KR20230095129A - 아데노신 핵염기 편집제 및 그의 용도 - Google Patents
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Abstract
본 개시내용은 DNA 중 아데노신을 탈아미노화할 수 있는 아데노신 데아미나제를 제공한다. 본 개시내용은 또한 Cas9 (예를 들어, Cas9 니카제) 도메인 및 DNA 중 아데노신을 탈아미노화하는 아데노신 데아미나제를 포함하는 융합 단백질을 제공한다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 핵 국재화 서열 (NLS) 및/또는 염기 복구의 억제제, 예컨대 뉴클레아제 기능상실 이노신 특이적 뉴클레아제 (dISN)를 추가로 포함한다.
Description
핵산 서열의 표적화된 편집, 예를 들어 표적화된 절단 또는 게놈 DNA 내로의 특정 변형의 표적화된 도입은 유전자 기능의 연구를 위한 고도로 유망한 접근법이고, 또한 인간 유전 질환에 대한 새로운 요법을 제공하는 잠재력을 갖는다. 많은 유전 질환은 원칙적으로 게놈 내 특정 위치에서 특정 뉴클레오디드 변화 (예를 들어, 질환과 연관된 유전자의 특정 코돈에서 A에서 G로 또는 T에서 C로의 변화)를 유발함으로써 치료될 수 있기 때문에, 이러한 정확한 유전자 편집을 달성하기 위한 프로그램가능한 방식의 개발은 강력한 신규 연구 도구, 뿐만 아니라 유전자 편집-기반 치료제에 대한 잠재적 신규 접근법 둘 다를 나타낸다.
아데노신 데아미나제 및 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (예를 들어, Cas9)을 사용하여 폴리뉴클레오티드 (예를 들어, DNA)를 변형시키는 조성물, 키트 및 방법이 본원에 제공된다. 본 개시내용의 일부 측면은 DNA와 관련하여 아데노신의 가수분해성 탈아미노화 (구아닌 (G)과 같이 염기 쌍을 형성하는 이노신을 형성함)를 촉매하는 핵염기 편집 단백질을 제공한다. DNA에 작용하는 공지된 자연 발생 아데노신 데아미나제는 존재하지 않는다. 대신에, 공지된 아데노신 데아미나제는 RNA (예를 들어, tRNA 또는 mRNA)에 작용한다. 이 결점을 극복하기 위해, 최초 데옥시아데노신 데아미나제를 진화시켜 DNA 기질을 받아들이고 데옥시아데노신 (dA)을 데옥시이노신으로 탈아미노화하도록 하였다. 에스케리키아 콜라이(Escherichia coli)로부터의 tRNA에 작용하는 아데노신 데아미나제 (ADAT) (tRNA 아데노신 데아미나제 A, TadA)를 dCas9 도메인에 공유 융합시키고, 구축물의 데아미나제 부분에 돌연변이를 함유하는 상기 융합체의 라이브러리를 조립하였다. 이. 콜라이 TadA (ecTadA) 데아미나제는 또한 ecTadA의 말단절단물을 포함한다는 것이 인지되어야 한다. 예를 들어, 전장 ecTadA (서열식별번호(SEQ ID NO): 84)의 말단절단물 (예를 들어, N-말단의 말단절단물), 예컨대 서열식별번호: 1에 제시된 N-말단에서 말단절단된 ecTadA가 본 발명에서 사용하기 위해 본원에 제공된다. 또한, 다른 아데노신 데아미나제 돌연변이체, 예컨대 에스. 아우레우스(S. aureus) TadA 돌연변이체도 아데노신을 탈아미노화할 수 있는 것으로 발견되었다. 어떠한 특정한 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, 아데노신 데아미나제 (예를 들어, ecTadA)의 말단절단물은 그의 전장 대응부와 비교하여 목적하는 용해도 및/또는 발현 특성을 가질 수 있다.
핵염기 편집 단백질의 데아미나제 도메인 내 돌연변이는 아데노신 데아미나제를 진화시킴으로써 만들어졌다. 생산성 변이체는 (공동-형질전환된 선택 플라스미드 상에서 코딩된) 클로람페니콜의 아세틸-트랜스퍼라제 유전자 내 활성-부위 His의 코돈에서의 A에서 G로의 복귀에 대한 선택을 통해 확인되었다. 진화의 제1 라운드는 DNA 중 A를 G로 전환시킬 수 있는 ecTadA 변이체인 ecTadA D108X (X=G, V 또는 N)를 생성시켰다. 일부 실시양태에서, ecTadA 변이체는 서열식별번호: 1에서의 D108A 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 진화의 제1 라운드는 또한 ecTadA 변이체인 ecTadA A106V를 생성시켰다. 진화의 후속 라운드는 고농도의 클로람페니콜의 존재 하에 이. 콜라이를 생존시키는 또 다른 변이체인 ecTadA D108N_E155X (X=G, V 또는 D)를 생성시켰다. 추가의 변이체는 ecTadA를 진화시킴으로써 확인되었다. 예를 들어, DNA 중 아데노신을 탈아미노화할 수 있는 ecTadA 변이체는 서열식별번호: 1의 하기 돌연변이 D108N, A106V, D147, E155V, L84F, H123Y 및 I157F 중 1개 이상을 포함한다. 그러나 다른 아데노신 데아미나제에서도 DNA 중 아데노신을 탈아미노화할 수 있는 변이체를 생성하는 상동 돌연변이가 만들어질 수 있다는 것이 인지되어야 한다. 진화의 추가의 라운드는 추가의 ecTadA 변이체를 제공하였다. 예를 들어, 추가의 ecTadA 변이체는 도 11, 16, 97, 104-106, 125-128, 115 및 표 4에 제시된다.
본원에 제공된 예에서, 일반 구조를 갖는 예시적인 핵염기 편집제는 세포, 예컨대 진핵 세포 (예를 들어, Hek293T 포유동물 세포)에서의 A에서 G로의 전이 돌연변이를 촉매하는 ecTadA(D108X; X=G, V, 또는 N)-XTEN-nCas9를 진화시켰다. 다른 예에서, 예시적인 핵염기 편집제는 2개의 ecTadA 도메인 및 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp)을 함유한다. 예를 들어 핵염기 편집제는 일반 구조 ecTadA(D108N)-ecTadA(D108N)-nCas9를 가질 수 있다. 본원에 제공된 ecTadA 변이체를 함유하는 핵염기 편집제의 추가의 예는 포유동물 세포에서의 핵염기 편집제의 성능 개선을 입증한다. 예를 들어, 특정 아데노신 염기 편집제는 서열식별번호: 1에 제시된 바와 같은 ecTadA 또는 또 다른 아데닌 데아미나제에서의 D108X (여기서 X=G, V 또는 N) 및/또는 E155X (여기서 X=B, V 또는 D) 돌연변이를 갖는 ecTadA를 포함한다. 특정 실시양태에서, 돌연변이체인 핵염기 편집제는 촉매 기능상실 알킬 아데노신 글리코실라제 (AAG)에 공유 융합되며, 이는 편집된 이노신을, 예를 들어 미스매치 복구 (또는 다른 DNA 복구 시스템)를 통해 대향하는 가닥 상의 T가 C로 변화될 때까지 염기 절제 복구 (또는 다른 DNA 복구 시스템)로부터 보호할 수 있다. 이노신에 대향하는 염기가 C로 변화되면, 이때 이노신은 세포 DNA 복구 과정을 통해 비가역적으로 및 영구적으로 G로 변화될 수 있으며, 이에 따라 A:T 염기 쌍에서 G:C 염기 쌍으로의 영구적 변화가 이루어진다.
어떠한 특정한 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, 본원에 기재된 아데노신 핵염기 편집제는 DNA 중 A 염기를 탈아미노화하는 ecTadA 변이체를 사용하여 이노신 형성을 통해 A에서의 G로의 돌연변이를 유발함으로써 작용한다. 이노신은 우선적으로 C와 수소 결합하여 DNA 복제 동안 A에서 G로의 돌연변이를 유발한다. Cas9 (또는 또 다른 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질)에 공유 테더링되는 경우에, 아데노신 데아미나제 (예를 들어, ecTadA)는 관심 유전자에 국재화되고 ssDNA 기질에서 A에서 G로의 돌연변이를 촉매한다. 이 편집제는 A에서 G로의 복귀가 요구되는 질환-관련 유전자에서 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)을 표적화하고 되돌리는데 사용될 수 있다. 이 편집제는 또한 T에 대향하는 A를 G로 돌연변이시킴으로써 T에서 C로의 복귀가 요구되는 질환-관련 유전자에서 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)을 표적화하고 되돌리는데 사용될 수도 있다. 이때, T는, 예를 들어 염기 절제 복구 메카니즘에 의해 C로 대체될 수 있거나, 또는 DNA 복제의 후속 라운드에서 변화될 수 있다.
본 개시내용의 일부 측면은 조작된 (예를 들어, 진화된) 아데노신 데아미나제가 데옥시리보핵산 (DNA) 기질에서 아데노신을 탈아미노화할 수 있다는 발견에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 이러한 아데노신 데아미나제를 제공한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 아데노신 데아미나제는 DNA 분자에서 아데노신을 탈아미노화할 수 있다. 본 개시내용의 다른 측면은 Cas9 도메인 및 아데노신 데아미나제 도메인, 예를 들어 DNA에서 아데노신을 탈아미노화할 수 있는 조작된 데아미나제 도메인을 포함하는 융합 단백질을 제공한다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 핵 국재화 서열 (NLS), 이노신 염기 절제 복구의 억제제 (예를 들어, dISN) 및/또는 링커 중 1종 이상을 포함한다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 데옥시리보핵산 (DNA) 기질에서 아데노신을 탈아미노화할 수 있는 아데노신 데아미나제를 제공한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 박테리아, 예를 들어, 이. 콜라이 또는 에스. 아우레우스로부터의 것이다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 TadA 데아미나제이다. 일부 실시양태에서, TadA 데아미나제는 이. 콜라이 TadA 데아미나제 (ecTadA)이다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 D108X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 단백질에서 발견된 아미노산 이외의 임의의 아미노산이다. 일부 실시양태에서, X는 G, N, V, A 또는 Y이다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 E155X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 단백질에서 발견된 아미노산 이외의 임의의 아미노산이다. 일부 실시양태에서, X는 D, G 또는 V이다. 본원에 제공된 아데노신 데아미나제는 본원에 제공된 돌연변이 중 1개 이상을 임의의 조합으로 함유할 수 있다는 것이 인지되어야 한다.
본 개시내용의 일부 측면은 다음을 포함하는 융합 단백질을 제공한다: (i) Cas9 도메인 및 (ii) 아데노신 데아미나제, 예컨대 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것. 일부 실시양태에서, 융합 단백질의 Cas9 도메인은 뉴클레아제 기능상실 Cas9 (dCas9), Cas9 니카제 (nCas9) 또는 뉴클레아제 활성 Cas9이다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 추가로 이노신 염기 절제 복구의 억제제, 예를 들어 dISN 또는 단일 가닥 DNA 결합 단백질을 포함한다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (예를 들어, Cas9)에 아데닌 데아미나제 (예를 들어, ecTadA)를 부착시키는데 사용되는 1종 이상의 링커를 포함한다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 1종 이상의 핵 국재화 서열 (NLS)을 포함한다.
상기 개요는 비제한적 방식으로 본원에 개시된 기술의 실시양태, 이점, 특색 및 용도의 일부를 예시하는 것으로 의도된다. 본원에 개시된 기술의 다른 실시양태, 이점, 특색 및 용도는 상세한 설명, 도면, 실시예 및 청구범위로부터 분명해질 것이다.
도 1은 다양한 데아미나제를 사용한 고처리량 스크린 결과를 보여준다. APOBEC (BE3)는 양성 대조군이고; ADAR은 mRNA에 작용하고, ADA는 데옥시아데노신에 작용하고, ADAT는 tRNA에 작용한다. 비처리군은 음성 대조군이다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 2는 탈아미노화 선택 플라스미드의 개략도이다.
도 3은 증가하는 농도의 클로람페니콜 상에 플레이팅된 S1030 세포에서의 선택 플라스미드의 연속 희석물을 보여준다.
도 4는 양성 대조군으로서의 rAPOBEC1-XTEN-dCas9 구축물을 사용한 클로람페니콜 선택의 검증을 보여준다. 상단에서 하단으로의 서열은 서열식별번호: 95 (뉴클레오티드 서열), 96 (아미노산 서열), 97 (뉴클레오티드 서열), 98 (아미노산 서열), 95 (뉴클레오티드 서열) 및 99 (말단절단된 뉴클레오티드 서열)에 상응한다.
도 5는 데아미나제-XTEN-dCas9 구축물의 개략도이다.
도 6은 TadA-XTEN-dCas9 라이브러리의 제1 라운드로부터의 서열분석 결과를 제시한다.
도 7은 선택 플라스미드의 서열을 보여주며; A에서 G로의 복귀가 관찰되었다. 상단에서 하단으로의 서열은 서열식별번호: 100 (뉴클레오티드 서열), 101 (아미노산 서열), 102 (뉴클레오티드 서열), 103 (아미노산 서열), 104 (뉴클레오티드 서열) 및 100 (뉴클레오티드 서열)에 상응한다.
도 8은 잔기 D108에서의 수렴을 예시하는, 데아미나제 서열분석의 결과를 보여준다. 서열은 상단에서 하단으로 서열식별번호: 589-607에 상응한다.
도 9는 이. 콜라이 TadA 결정 구조를 보여준다. 도면에서의 잔기 넘버링이 오프셋됨에 따라 도면에서의 D119는 D108에 상응한다는 것을 주목한다.
도 10은 TadA (에스. 아우레우스에서) tRNA의 결정 구조 및 이. 콜라이로부터의 TadA와의 정렬을 보여준다. 상단에서 하단으로의 서열은 서열식별번호: 105-107에 상응한다.
도 11은 ecTadA 진화로부터의 개별 구축물의 단리 및 챌린지의 결과를 보여준다.
도 12는 증가하는 농도의 클로람페니콜 상에서 챌린지된 다양한 구축물의 콜로니 형성 단위 (C.F.U.)를 보여준다. 구축물 번호는 도 11에 열거된 것에 상응한다.
도 13은 D108N 돌연변이를 함유하는 구축물로부터의 진화의 제2 라운드로부터의 데이터를 보여준다. 상단에서 하단으로의 서열은 서열식별번호: 608-623에 상응한다.
도 14는 포유동물 세포에서의 A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 15는 ABE의 개발을 보여주는 개략도이다.
도 16은 제2 라운드 진화 후에 검정된 클론의 결과를 보여주는 표이다. 칼럼 1, 8 및 10은 제1 라운드 진화로부터의 돌연변이를 나타낸다. 칼럼 11 및 14는 제2 라운드 진화로부터의 컨센서스 돌연변이를 나타낸다.
도 17은 개별 클론 항생제 챌린지 검정의 결과를 보여준다. 구축물 번호의 정체는 도 16으로부터의 pNMG 클론 번호에 상응한다.
도 18은 개발된 새로운 구축물의 개략적 표현을 보여준다. 새로운 구축물은 UGI, AAG*E125Q 및 EndoV*D35A 도메인을 포함한다.
도 19는 ecTadA에서 단일 또는 이중 돌연변이를 함유하는 구축물의 포유동물 세포 내로의 형질감염을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 20은 아데노신 핵염기 편집제 (ABE)에 UGI가 부가된 (D108N) 구축물의 형질감염을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 21은 ABE가 시험된 6개의 게놈 부위 중 1개에서 가장 잘 작동한다는 것을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 46에 상응한다.
도 22는 Hek-3 부위가 또한 프로토스페이서의 위치 8에서 Hek-2 부위 편집에 비해 더 낮은 편집을 갖는다는 것을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 23은 구축물 pNMG-164 내지 pNMG-173에 대한 ecTadA의 불활성 C-말단 Cas9 융합체를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 24는 pNMG-174 내지 pNMG-177에 대한 ecTadA의 불활성 C-말단 Cas9 융합체를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 25는 ecTadA 핵염기 편집제 (pNMG-143, pNMG-144, pNMG-164 및 pNMG-177)로부터의 편집 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 26은 ecTadA 핵염기 편집제 (pNMG-164, pNMG-177, pNMG-178, pNMG-179 및 pNMG-180)로부터의 편집 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 27은 Hek-3 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 28은 Hek-2 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 29는 Hek-3 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 30은 Hek-4 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 43에 상응한다.
도 31은 RNF-2 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 44에 상응한다.
도 32는 FANCF 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 33은 EMX-1 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 46에 상응한다.
도 34는 Hek-2 부위에서의 C-말단 융합의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 35는 Hek-3 부위에서의 C-말단 융합의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 36은 Hek-4 부위에서의 C-말단 융합의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 43에 상응한다.
도 37은 EMX-1 부위에서의 C-말단 융합의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 46에 상응한다.
도 38은 RNF-2 부위에서의 C-말단 융합의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 44에 상응한다.
도 39는 FANCF 부위에서의 C-말단 융합의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 40은 Hek-2 부위에서의 형질감염의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 41은 Hek-3 부위에서의 형질감염의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 42는 RNF-2 부위에서의 형질감염의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 44에 상응한다.
도 43은 Hek-4 부위에서의 형질감염의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 43에 상응한다.
도 44는 EMX-1 부위에서의 형질감염의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 46에 상응한다.
도 45는 FANCF 부위에서의 형질감염의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 46은 sgRNA의 데아미나제 편집을 보여준다.
도 47은 다양한 부위에서의 융합체에 대해 개발된 구축물을 보여준다.
도 48은 다양한 부위에서의 상이한 융합체에 대한 삽입결실(indel) 비율을 보여준다.
도 49는 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 46, 45, 6, 42, 43 및 468에 제시된 염기 편집 부위의 프로토스페이서 및 PAM 서열을 보여준다.
도 50은 추가로 돌연변이된 D108 잔기를 사용하는 다양한 부위에서의 융합체에 대해 개발된 구축물을 보여준다.
도 51은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 6, 46 및 42에 제시된 염기 편집 부위의 프로토스페이서 및 PAM 서열을 보여준다.
도 52는 데아미나제가 기질로서 RNA를 거부하고 편집 결과를 변화시키도록 야기하는 돌연변이된 D108 잔기를 사용한 결과를 보여준다.
도 53은 데아미나제가 기질로서 RNA를 거부하고 편집 결과를 변화시키도록 야기하는 돌연변이된 D108 잔기를 사용한 결과를 보여준다.
도 54는 다양한 부위에서의 융합체에 대해 개발된 구축물을 보여준다.
도 55는 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 6, 358, 359에 제시된 염기 편집 부위의 프로토스페이서 및 PAM 서열을 보여준다.
도 56은 HEK 부위 2에 대한 ABE의 결과를 보여준다.
도 57은 HEK 부위 2에 대한 ABE의 결과를 보여준다.
도 58은 다양한 링커 길이를 사용하는 다양한 부위에서의 융합체에 대해 개발된 구축물을 보여준다.
도 59는 염기 편집 기능에 대한 링커 길이의 중요성을 보여준다.
도 60은 염기 편집 기능에 대한 링커 길이의 중요성을 보여준다.
도 61은 데아미나제의 이량체화를 보여주는 개략도이다.
도 62는 다양한 링커 길이를 사용하는 다양한 부위에서의 융합체에 대해 개발된 구축물을 보여준다.
도 63은 현재 편집제 아키텍처 (상단 패널), 트랜스 이량체화의 것 (하단 패널, 좌측) 및 시스 이량체화의 것 (하단 패널, 우측)을 보여준다.
도 64는 염기 편집으로부터의 이량체화 결과를 보여준다.
도 65는 염기 편집으로부터의 이량체화 결과를 보여준다.
도 66은 염기 편집으로부터의 이량체화 결과를 보여준다.
도 67은 다양한 sgRNA 부위에서의 융합체에 대해 개발된 구축물을 보여준다.
도 68은 새로운 선택 서열에 대한 ABE 편집제의 진화를 보여준다. 상단에서 하단으로 및 좌측에서 우측으로의 서열은 각각 서열식별번호: 707-719에 상응한다.
도 69는 Q4 정지 부위를 표적화하는 현재 편집제를 보여준다. 상단에서 하단으로의 서열은 서열식별번호: 624-628에 상응한다.
도 70은 W15 정지 부위를 표적화하는 현재 편집제를 보여준다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 629-633에 상응한다.
도 71은 HEK293 부위 2 서열을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 360에 상응한다.
도 72는 도 71의 서열을 사용하는 다양한 edTadA 돌연변이에 의한 제1 실행의 결과를 보여준다.
도 73은 도 71의 서열을 사용하는 다양한 edTadA 돌연변이에 의한 제2 실행의 결과를 보여준다.
도 74는 FANCF 서열을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 75는 다양한 edTadA 돌연변이 및 도 74의 서열을 사용하는 제2 실행의 결과를 보여준다.
도 76은 모든 부위에 대한 돌연변이된 D108의 결과를 보여준다.
도 77은 이전 실행 (좌측 패널) 및 매우 긴 링커에 의해 방해된 mut-mut 융합체로부터의 트랜스 데이터를 보여준다.
도 78은 ABE에 대한 mutTadA의 테더링의 결과를 보여준다.
도 79는 시험된 모든 억제제의 구축물을 보여준다.
도 80은 ABE에 AAG를 테더링할 때 사용된 구축물을 보여준다.
도 81은 ABE에 대한 AAG의 테더링을 보여주는 개략도이다.
도 82는 ABE에 대한 AAG의 테더링의 결과를 보여준다.
도 83은 TadA의 N-말단을 갖는 ABE에 AAG를 테더링할 때 사용된 구축물을 보여준다.
도 84는 TadA의 N-말단을 갖는 ABE에 대한 AAG의 테더링을 보여주는 개략도이다.
도 85는 ABE에 대한 AAG의 테더링의 결과를 보여준다.
도 86은 ABE에 EndoV를 테더링할 때 사용된 구축물을 보여준다.
도 87은 ABE에 대한 EndoV의 테더링을 보여주는 개략도이다.
도 88은 ABE에 대한 EndoV의 테더링의 결과를 보여준다.
도 89는 ABE에 UGI를 테더링할 때 사용된 구축물을 보여준다.
도 90은 ABE의 말단에 대한 UGI의 테더링의 결과를 보여준다.
도 91은 A에서 G로의 편집을 증가시키는 다양한 억제제의 결과를 보여준다.
도 92는 원핵 TadA 아미노산 서열의 서열 정렬을 보여준다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 634-657에 상응한다.
도 93은 TadA 아미노산 서열의 상대 서열 동일성 분석의 개략도를 보여준다.
도 94는 예시적인 아데노신 염기 편집 과정의 개략적 표현을 보여준다.
도 95는 아데노신을 이노신으로 탈아미노화하는 예시적인 아데노신 염기 편집제의 개략적 표현을 보여준다.
도 96은 예시적인 염기-편집 선택 플라스미드의 개략도를 보여준다.
도 97은 ecTadA에서의 확인된 돌연변이를 포함하는 클론의 목록을 보여준다.
도 98은 생존하는 콜로니로부터의 선택 플라스미드의 예시적인 서열 분석을 보여준다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 658-661에 상응한다.
도 99는 진화의 제3 라운드로부터의 예시적인 아데노신 염기 편집제의 개략도를 보여준다.
도 100은 Hek293T 세포에서 A에서 G로의 전환의 백분율을 보여준다.
도 101은 예시적인 염기-편집 선택 플라스미드의 개략도를 보여준다.
도 102는 에스. 아우레우스 TadA의 베르딘 결정 구조의 개략적 표현을 보여준다. ecTadA의 상동체인 에스. 아우레우스 TadA가 그의 tRNA 기질과 공-결정화된 채로 제시되어 있다. 적색 화살표는 tRNA 기질에서의 다양한 핵산과의 H-결합 접촉이다. 문헌 [Losey, H.C., et al., "Crystal structure of Staphylococcus sureus tRNA adenosine deaminase tadA in complex with RNA", Nature Struct. Mol. Biol. 2, 153-159 (2006)] 참조.
도 103은 돌연변이된 ecTadA 잔기를 확인시켜 주는, ecTadA_2.2 및 dCas9를 함유하는 구축물의 개략도를 보여준다.
도 104는 부위 E25 및 R26에서의 ecTadA 진화 (진화 #4)의 결과를 보여준다.
도 105는 부위 R107에서의 ecTadA 진화 (진화 #4)의 결과를 보여준다.
도 106은 부위 A142 및 A143에서의 ecTadA 진화 (진화 #4)의 결과를 보여준다.
도 107은 생존하는 콜로니로부터의 선택 플라스미드의 예시적인 서열 분석을 보여준다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 662-671에 상응한다.
도 108은 Hek-2 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 도면에 제공된 Hek-2 서열은 A에서 G로의 편집이 일어난 DNA 가닥인 서열식별번호: 41의 역 상보체를 나타낸다. 서열은 서열식별번호: 6에 상응한다.
도 109는 Hek2-3 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 363에 상응한다.
도 110은 Hek2-6 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 364에 상응한다.
도 111은 Hek2-7 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 도면에 제공된 Hek2-7 서열은 A에서 G로의 편집이 일어난 DNA 가닥의 역 상보체를 나타낸다. 서열은 서열식별번호: 365에 상응한다.
도 112는 Hek2-10 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 366에 상응한다.
도 113은 Hek-3 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 114는 FANCF 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 115는 Hek-2 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 367에 상응한다.
도 116은 Hek2-2 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 368에 상응한다.
도 117은 Hek2-3 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 363에 상응한다.
도 118은 Hek2-6 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 364에 상응한다.
도 119는 Hek2-7 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 365에 상응한다.
도 120은 Hek2-10 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 366에 상응한다.
도 121은 Hek-3 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 122는 FANCF 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 123은 HEK2, HEK2-2, HEK2-3, HEK2-6, HEK2-7 및 HEK2-10 부위에서의 ecTadA 진화 (진화 #4)의 결과를 보여준다. 사용된 구축물은 pNMG-370 (진화 #2), pNMG-371 (진화 #3) 및 pNMG 382-389 (진화 #4)였다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 7, 368, 363, 364, 369 및 370에 상응한다.
도 124는 ecTadA 진화 (진화 #5)에 사용된 ecTadA 및 dCas9를 함유하는 구축물의 개략도를 보여준다.
도 125는 제5 라운드 진화 후 검정된 클론의 결과를 보여주는 표이다 (128 ug/mL chlor, 7h).
도 126a 내지 136b는 가변 조건 하에 제5 라운드 후 검정된 서브클로닝 및 재형질전환된 클론의 결과를 보여주는 표이다.
도 127은 제5 라운드 진화 후 검정된 스펙티노마이신 선택 클론으로부터의 앰플리콘의 결과를 보여주는 표이다.
도 128은 제5 라운드 진화 후 검정된 클론의 결과를 보여주는 표이다.
도 129는 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek-2 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 6에 상응한다.
도 130은 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-1 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 도면에 제공된 Hek2-1 서열은 A에서 G로의 편집이 일어난 DNA 가닥을 나타낸다. 서열은 서열식별번호: 465에 상응한다.
도 131은 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-2 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 368에 상응한다.
도 132는 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-3 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 363에 상응한다.
도 133은 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-4 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 도면에 제공된 Hek2-4 서열은 A에서 G로의 편집이 일어난 DNA 가닥을 나타낸다. 서열은 서열식별번호: 466에 상응한다.
도 134는 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-6 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 364에 상응한다.
도 135는 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-9 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 도면에 제공된 Hek2-9 서열은 A에서 G로의 편집이 일어난 DNA 가닥을 나타낸다. 서열은 서열식별번호: 467에 상응한다.
도 136은 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-10 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 도면에 제공된 Hek2-10 서열은 A에서 G로의 편집이 일어난 DNA 가닥을 나타낸다. 서열은 서열식별번호: 370에 상응한다.
도 137은 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek3 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 138은 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 RNF2 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 468에 상응한다.
도 139는 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 FANCF 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 140은 아데노신 염기 편집제 (ABE) 구축물의 다양한 개략적 표현을 보여준다. 편집제의 정체, 예를 들어 "pNMG-367"은 표 4에 나타나 있다. 하기 돌연변이는 하기와 같이 약칭된다: ecTadA1 (A106V D108N), ecTadA2 (A106V D108N D147Y E155V), ecTadA3 (ecTadA2 + L84F H123Y I156F), ecTadA3+ (ecTadA3 + A142N), ecTadA5a1 (ecTadA3 + H36L R51L S146C K157N), ecTadA5a3 (ecTadA3 + N37S K161T), ecTadA5a11 (ecTadA3 + R51L S146C K157N K161T), ecTadA5a12 (ecTadA3 + S146C K161T), ecTadA5a14 (ecTadA3 + RS146C K157N K160E), 및 ecTadA5a1+ (ecTadA5a1 + A142N), ecTadA5a9 (ecTadA3 + S146R K161T). 상위 3개의 ABE 5a 구축물의 이종이량체를 제조한 다음, 동종이량체에 비교하여 시험하였다. ABE 편집제의 이종이량체 버전은 전형적으로 상응하는 동종이량체 구축물보다 더 잘 수행한다. 동종이량체 및 이종이량체 구축물은 둘 다 도 140에 제시된다.
도 141은 다양한 ABE 구축물에 대한 편집 결과를 보여준다. ABE 플라스미드 #는 표 4에 제시된 바와 같은 pNMG 번호를 지칭한다. 예를 들어 367은 표 4에서의 구축물 pNMG-367을 지칭한다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 469 (pNMG-466), 470 (pNMG-467), 471 (pNMG-469), 472 (pNMG-470), 473 (pNMG-501), 474 (pNMG-509) 및 475 (pNMG-502)에 상응한다.
도 142는 특정 부위에서의 다양한 ABE 구축물에 대한 편집 결과를 보여준다. 상단 열의 번호는 표 4에 제시된 바와 같은 pNMG 번호를 나타낸다. 예를 들어 107은 표 4에서의 구축물 pNMG-107을 지칭한다. 특정 맥락에서, 동종이량체 구축물은 헤테로이량체 구축물보다 더 잘 작용하는 것으로 제시되었고, 그 반대의 경우도 있다 (예를 들어 동종이량체인 구축물 371 대 이종이량체인 구축물 476 참조). 이들 ABE 구축물에 대한 개략도는 도 140에 제시되고, 구축물 아키텍처는 표 4에 제시된다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 478, 478, 514, 516, 516, 520, 520, 521, 521 및 509에 상응한다.
도 143은 도 142로부터의 ABE 구축물에 대해 형성된 삽입결실의 백분율을 보여준다.
도 144는 특정 부위에서의 다양한 ABE 구축물에 대한 편집 결과를 보여준다. 구축물의 정체는 상단 열에 제시되고, 표 4의 pNMG 참조 번호를 지칭한다. 도 144에서의 결과는 ABE 구축물에 ecTadA 단량체를 부가하는 것이 편집을 개선시키지 않을 수 있다는 것을 나타낸다. 그러나, 단량체 사이에 긴 링커를 부가하는 것은 일부 부위에서 편집을 도울 수 있다 (예를 들어, 부위 502, 505, 507에서 sgRNA 구축물 285b 대 277에 대한 편집 결과 참조). sgRNA 구축물의 정체는 표 8에 제시된다. 이들 ABE 구축물에 대한 개략도는 도 140에 제시된다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 478, 480, 480, 514, 517, 517, 517, 517, 519 및 521에 상응한다.
도 145는 모든 NAN 부위 (여기서 표적 A는 프로토스페이서 및 PAM 서열의 위치 5에 있음)에서의 ABE 구축물에 대한 결과를 보여준다. 상단 열에 제시된 ABE 구축물의 정체는 표 4에서의 pNMG 참조 번호를 지칭한다. 수치는 편집된 표적 A 잔기의 %를 나타낸다 (예를 들어, % 편집 효율). 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 537-552에 상응한다.
도 146은 표 4에서의 그의 참조 pNMG 번호에 의해 지칭되는 다양한 ABE 구축물에 대한 Hek2 부위에서의 A에서 G로의 편집 퍼센트를 보여준다.
도 147은 진화 라운드 #5b 진화 결과를 보여준다. 수치는 나타낸 부위에 대한 A에서 G로의 편집의 %를 나타낸다. 상단에서 하단으로의 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 7, 465, 368, 363, 364 및 370에 상응한다.
도 148은 진화의 상이한 라운드 (예를 들어, evo3)로부터 수득된 다양한 ABE 구축물에 대한 편집 결과를 보여준다. ABE 구축물에 대한 일반적 개략도가 또한 제시된다. 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA의 정체 및 표 4에 제시된 바와 같은 염기 편집제의 정체 (pNMG 참조번호)가 제시된다. 수치는 나타낸 부위에 대한 A에서 G로의 편집의 %를 나타낸다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 478, 503, 506, 521, 513, 505, 507 및 509에 상응한다.
도 149는 Hek-2 서열 이외의 게놈 부위에서의 ABE 구축물의 조사를 보여준다. Hek-2 부위 (sgRNA 299)는 별표에 의해 표시된다. sgRNA의 정체는 표 8에 나타나 있다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 478, 514, 516, 517, 517, 517, 517, 519, 520, 529, 521에 상응한다.
도 150은 ABE 진화 #6으로 지칭되는, 뉴클레오티드 교환 및 절제 기술 (NExT)을 사용하는 DNA 셔플링 실험의 개략도를 보여준다. 이러한 접근법의 목적은 보다 효율적인 편집제를 조립하고 잠재적 상위 돌연변이를 제거하는 것이었다. 다양한 진화로부터의 구축물의 DNA 셔플링을 사용하여 목적하는 돌연변이를 최적화하고 편집 효율 및/또는 단백질 안정성에 부정적으로 영향을 미치는 돌연변이를 제거하였다.
도 151은 DNA 셔플 (NeXT)에 대한 개략도를 보여준다. spect 표적 서열은 5'-CAATGATGACTTCTACAGCG-3' (서열식별번호: 444)이고, chlor 표적 서열은 5'-TACGGCGTAGTGCACCTGGA-3' (서열식별번호: 441)이다.
도 152는 spect 단독에서 생존하는 진화 #6으로부터의 클론의 서열 동일성을 제시한다 (비-YAC 표적). 나타낸 돌연변이는 ecTadA (서열식별번호: 1)에 대한 것이다.
도 153은 진화 #6으로부터의 클론의 풍부화를 나타내는 진화 # 6.2를 보여준다. 나타낸 돌연변이는 ecTadA (서열식별번호: 1)에 대한 것이다. A142N은 서열분석된 거의 모든 클론에 존재하고, Pro48 돌연변이도 또한 풍부하다. 스펙티노마이신 부위에서 "GAT"에 대해 클론을 선택하였다. 선택 표적 서열은 5'-CAATGATGACTTCTACAGCG-3' (서열식별번호: 444)였다.
도 154는 ABE 6 구축물의 개략적 표현을 보여준다. 총 8개의 새로운 구축물을 개발하였다. Evo #6에서 상위 2개의 최고 빈도 앰플리콘으로부터의 돌연변이를 각각의 4개의 아키텍처에 사용하였다.
도 155는 ABE에 대해 수거한 데이터를 보여준다: 단계 1 - 형질감염 + 6개의 게놈 부위에서의 주요 중간체의 HTS, n = 3. 형질감염을 750 ng ABE + 250 ng gRNA로 수행하고, 5일 동안 인큐베이션한 후에 게놈 DNA를 추출하여 HTS를 수행하였다. 각각의 ABE 구축물의 정체는 표 4에 제시된 바와 같은 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 509, 510, 512, 520, 530, 478에 상응한다.
도 156은 ABE 편집 효율이 진화의 반복 라운드에 의해 개선된다는 것을 보여준다. 상단 패널은 진화된/조작된 ABE 구축물을 사용한 Hek293T 세포 내 표적화된 유전자좌에서의 대표적인 A에서 G로의 % 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 561에 상응한다. 하단 패널은 진화의 반복 라운드 및 조작이 ABE를 개선시킨다는 것을 보여준다. ABE 구축물은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다. '508' 표적 서열은 서열식별번호: 520에 상응한다.
도 157은 10개의 "최상" ABE로부터의 핵심 6개의 게놈 부위의 HTS 결과를 보여준다. 결과는 상이한 편집제가 상이한 국부 서열 선호 (하단 패널)를 갖는다는 것을 나타낸다. 그래프는 6개의 상이한 유전자좌에서 A에서 G로의 퍼센트 편집을 보여준다. ABE 구축물은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 509, 510, 512, 520, 530, 478에 상응한다.
도 158은 NAN 서열의 모든 조합을 커버하는 모든 게놈 부위에서의 기능하는 "상위 10개"의 ABE의 형질감염을 보여준다. 데이터는 n=1을 나타낸다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 489, 490, 493, 497, 503, 504, 507, 508, 511 및 513에 상응한다.
도 159는 어느 A가 편집되는지를 확인하기 위한 ABE 윈도우 실험을 보여준다 (A는 홀수 위치에 있음). ABE pNMG-477, pNMG-586, pNMG-588, BE3 및 비처리 대조군이 제시된다. 편집을 위한 서열은 상단에 제시된다. 서열은 서열식별번호: 562에 상응한다.
도 160은 어느 A가 편집되는지를 확인하기 위한 ABE 윈도우 실험을 보여준다 (A는 짝수 위치에 있음). ABE pNMG-477, pNMG-586, pNMG-588, BE3 및 비처리 대조군이 제시된다. 편집을 위한 서열은 상단에 제시된다. 서열은 서열식별번호: 563에 상응한다.
도 161은 어느 A가 편집되는지를 확인하기 위한 추가의 ABE 윈도우 실험을 보여준다. ABE pNMG-586, pNMG-560 및 비처리 대조군이 제시된다. 편집을 위한 서열은 상단에 제시된다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 544 및 541에 상응한다.
도 162는 어느 A가 편집되는지를 확인하기 위한 추가의 ABE 윈도우 실험을 보여준다. ABE pNMG-576, pNMG-586 및 비처리 대조군이 제시된다. 편집을 위한 서열은 상단에 제시된다. 서열은 서열식별번호: 564에 상응한다.
도 163은 다중-A 부위를 편집하기 위한 시도로 진화 # 7을 보여준다. 진화 선택 설계는 Kan 내 D208N 역 돌연변이를 만들고 정지 코돈을 Q로 되돌리기 위해 다음 2개의 개별 gRNA를 사용하여 동일한 유전자 내 2개의 점 돌연변이를 표적화하는 것이었다: 5'-TTCATTA(7)ACTGTGGCCGGCT-3' (서열식별번호: 565) 및 5'-ATCTTA(6)TTCGATCATGCGAA-3' (서열식별번호: 566).
도 164는 다중 A 부위 내의 A를 표적화하도록 진화된 진화 #7 돌연변이를 보여주며, 이는 이들이 A의 한쪽 측면 또는 양쪽 측면에 플랭킹되어 있다는 것을 의미한다. 서열식별번호: 1에 대한 돌연변이의 정체가 제시된다.
도 165는 잔기 R152 및 P48을 확인시켜 주는 ecTadA의 개략도를 보여준다.
도 166은 대안적 세포주에서 질환 관련 돌연변이에 대한 ABE 편집의 MiSeq 결과를 보여준다. 론자 키트를 사용한 뉴클레오펙션을 3종의 상이한 뉴클레오펙션 용액 x 16종의 상이한 전기천공 조건 (총 48개의 조건/세포주)과 함께 사용하였다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 522-524에 상응한다.
도 167은 다양한 구축물에 대한 다중 위치에서의 A에서 G로의 편집에 대한 결과를 보여준다. ABE 구축물은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다. 상단 패널에서 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 469-471, 567, 475 및 474에 상응한다. 하단 패널에서 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 469 (pNMG-466), 470 (pNMG-467), 471 (pNMG-469), 567 (pNMG-472) 및 474 (pNMG-509)에 상응한다.
도 168은 상이한 링커를 갖는 ABE를 사용한 다양한 구축물에 대한 편집 결과를 보여준다. ABE 구축물은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다. 새로운 링커 ABE의 개략도가 또한 제시된다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 469 (pNMG-466), 568 (pNMG-468), 471 (pNMG-469), 567 (pNMG-472), 574 (pNGM-509) 및 569 (pNMG-539)에 상응한다.
도 169는 제4 라운드 진화를 보여준다. 진화를 단량체 구축물로 수행하였고, 내인성 TadA는 TadA-dCas9 융합체를 보충한다.
도 170은 제4 라운드 진화 결과를 보여준다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 7, 368, 363, 364, 369 및 370에 상응한다.
도 171은 진화 라운드 #5를 보여준다. 플라스미드 및 실험 개요가 제시된다 (상단 패널). 그래프는 클로람페니콜 대 스펙티노마이신 "TAG" 대 "GAT" 상의 생존을 예시한다. chlor 표적 서열은 5'-TACGGCGT A GTGCACCTGGA-3' (서열식별번호: 441)이고 spect 표적 서열은 5'-CAATGATG A CTTCTACAGCG-3 '(서열식별번호: 444)이다.
도 172는 chlor 및 spect 부위에서의 편집 결과를 보여준다. 진화 #4로부터 확인된 구축물 (부위 포화/NNK 라이브러리)은 chor 부위 상에서보다 오히려 spect 부위 상에서 더 효율적으로 편집되는 것처럼 보인다. ABE 구축물은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다.
도 173은 제5 라운드 진화를 보여준다 (파트 a). 서열은 서열식별번호: 570에 상응한다.
도 174는 제5 라운드 이종이량체 (트랜스) 결과를 보여준다. 라운드 #5a 확인된 돌연변이는 편집 효율 및 확장된 기질 특이성 둘 다를 개선시켰다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 7, 368 및 363, 364, 369 및 370에 상응한다.
도 175는 제5 라운드 이종이량체 (시스) 결과를 보여준다. 라운드 #5a 확인된 돌연변이는 편집 효율 및 확장된 기질 특이성 둘 다를 개선시켰지만, 시스 결과가 더 높은 편집 효율을 제공하였다. ABE 구축물은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 7, 571, 465, 368, 363, 466, 364, 369, 572 및 370에 상응한다.
도 176은 진화 5에 대한 다양한 구축물의 편집 결과를 보여준다.
도 177은 진화 5에 대한 다양한 구축물의 편집 결과를 보여준다.
도 178은 ABE에 대한 gRNA를 보여준다. 5a 구축물은 모든 16개의 NAN 서열에 대해 프로토스페이서 내 위치 5에서의 A를 특징으로 한다 (좌측 패널). 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 573-578에 상응한다. gRNA 합성 수율에서의 변동을 최소화하기 위해 "G"로 시작하는 추가의 서열이 제안된다 (우측 패널). 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 579-588에 상응한다.
도 179는 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA 299 및 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 ABE 구축물을 사용한 A5의 % A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 478에 상응한다.
도 180은 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA 469 및 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 ABE 구축물을 사용한 A5의 % A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 509에 상응한다.
도 181은 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA 470 및 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 ABE 구축물을 사용한 A5의 % A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 510에 상응한다.
도 182는 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA 472 및 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 ABE 구축물을 사용한 A5의 % A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 512에 상응한다.
도 183은 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA 508 및 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 ABE 구축물을 사용한 A5의 % A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 520에 상응한다.
도 184는 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA 536 및 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 ABE 구축물을 사용한 A7의 % A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 530에 상응한다.
도 185는 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 각각의 나타낸 염기 편집제에 대해 sgRNA: 310, sgRNA: 311, sgRNA: 314, sgRNA: 318, sgRNA: 463, 및 sgRNA: 464를 사용한 강조된 A (A5)의 A에서 G로의 편집 %를 보여준다. 서열은 각각 좌측에서 우측으로 및 상단에서 하단으로 서열식별번호: 489, 490, 493, 497, 503 및 504에 상응한다.
도 186은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 각각의 나타낸 염기 편집제에 대해 sgRNA: 466, sgRNA: 467, sgRNA: 468, sgRNA: 471, sgRNA: 501, 및 sgRNA: 601을 사용한 강조된 A (A5)의 A에서 G로의 편집 %를 보여준다. 서열은 각각 좌측에서 우측으로 및 상단에서 하단으로 서열식별번호: 506, 507, 508, 511, 513 및 535에 상응한다.
도 2는 탈아미노화 선택 플라스미드의 개략도이다.
도 3은 증가하는 농도의 클로람페니콜 상에 플레이팅된 S1030 세포에서의 선택 플라스미드의 연속 희석물을 보여준다.
도 4는 양성 대조군으로서의 rAPOBEC1-XTEN-dCas9 구축물을 사용한 클로람페니콜 선택의 검증을 보여준다. 상단에서 하단으로의 서열은 서열식별번호: 95 (뉴클레오티드 서열), 96 (아미노산 서열), 97 (뉴클레오티드 서열), 98 (아미노산 서열), 95 (뉴클레오티드 서열) 및 99 (말단절단된 뉴클레오티드 서열)에 상응한다.
도 5는 데아미나제-XTEN-dCas9 구축물의 개략도이다.
도 6은 TadA-XTEN-dCas9 라이브러리의 제1 라운드로부터의 서열분석 결과를 제시한다.
도 7은 선택 플라스미드의 서열을 보여주며; A에서 G로의 복귀가 관찰되었다. 상단에서 하단으로의 서열은 서열식별번호: 100 (뉴클레오티드 서열), 101 (아미노산 서열), 102 (뉴클레오티드 서열), 103 (아미노산 서열), 104 (뉴클레오티드 서열) 및 100 (뉴클레오티드 서열)에 상응한다.
도 8은 잔기 D108에서의 수렴을 예시하는, 데아미나제 서열분석의 결과를 보여준다. 서열은 상단에서 하단으로 서열식별번호: 589-607에 상응한다.
도 9는 이. 콜라이 TadA 결정 구조를 보여준다. 도면에서의 잔기 넘버링이 오프셋됨에 따라 도면에서의 D119는 D108에 상응한다는 것을 주목한다.
도 10은 TadA (에스. 아우레우스에서) tRNA의 결정 구조 및 이. 콜라이로부터의 TadA와의 정렬을 보여준다. 상단에서 하단으로의 서열은 서열식별번호: 105-107에 상응한다.
도 11은 ecTadA 진화로부터의 개별 구축물의 단리 및 챌린지의 결과를 보여준다.
도 12는 증가하는 농도의 클로람페니콜 상에서 챌린지된 다양한 구축물의 콜로니 형성 단위 (C.F.U.)를 보여준다. 구축물 번호는 도 11에 열거된 것에 상응한다.
도 13은 D108N 돌연변이를 함유하는 구축물로부터의 진화의 제2 라운드로부터의 데이터를 보여준다. 상단에서 하단으로의 서열은 서열식별번호: 608-623에 상응한다.
도 14는 포유동물 세포에서의 A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 15는 ABE의 개발을 보여주는 개략도이다.
도 16은 제2 라운드 진화 후에 검정된 클론의 결과를 보여주는 표이다. 칼럼 1, 8 및 10은 제1 라운드 진화로부터의 돌연변이를 나타낸다. 칼럼 11 및 14는 제2 라운드 진화로부터의 컨센서스 돌연변이를 나타낸다.
도 17은 개별 클론 항생제 챌린지 검정의 결과를 보여준다. 구축물 번호의 정체는 도 16으로부터의 pNMG 클론 번호에 상응한다.
도 18은 개발된 새로운 구축물의 개략적 표현을 보여준다. 새로운 구축물은 UGI, AAG*E125Q 및 EndoV*D35A 도메인을 포함한다.
도 19는 ecTadA에서 단일 또는 이중 돌연변이를 함유하는 구축물의 포유동물 세포 내로의 형질감염을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 20은 아데노신 핵염기 편집제 (ABE)에 UGI가 부가된 (D108N) 구축물의 형질감염을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 21은 ABE가 시험된 6개의 게놈 부위 중 1개에서 가장 잘 작동한다는 것을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 46에 상응한다.
도 22는 Hek-3 부위가 또한 프로토스페이서의 위치 8에서 Hek-2 부위 편집에 비해 더 낮은 편집을 갖는다는 것을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 23은 구축물 pNMG-164 내지 pNMG-173에 대한 ecTadA의 불활성 C-말단 Cas9 융합체를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 24는 pNMG-174 내지 pNMG-177에 대한 ecTadA의 불활성 C-말단 Cas9 융합체를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 25는 ecTadA 핵염기 편집제 (pNMG-143, pNMG-144, pNMG-164 및 pNMG-177)로부터의 편집 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 26은 ecTadA 핵염기 편집제 (pNMG-164, pNMG-177, pNMG-178, pNMG-179 및 pNMG-180)로부터의 편집 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 27은 Hek-3 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 28은 Hek-2 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 29는 Hek-3 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 30은 Hek-4 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 43에 상응한다.
도 31은 RNF-2 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 44에 상응한다.
도 32는 FANCF 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 33은 EMX-1 부위에서의 편집의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 46에 상응한다.
도 34는 Hek-2 부위에서의 C-말단 융합의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 35는 Hek-3 부위에서의 C-말단 융합의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 36은 Hek-4 부위에서의 C-말단 융합의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 43에 상응한다.
도 37은 EMX-1 부위에서의 C-말단 융합의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 46에 상응한다.
도 38은 RNF-2 부위에서의 C-말단 융합의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 44에 상응한다.
도 39는 FANCF 부위에서의 C-말단 융합의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 40은 Hek-2 부위에서의 형질감염의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 41에 상응한다.
도 41은 Hek-3 부위에서의 형질감염의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 42는 RNF-2 부위에서의 형질감염의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 44에 상응한다.
도 43은 Hek-4 부위에서의 형질감염의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 43에 상응한다.
도 44는 EMX-1 부위에서의 형질감염의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 46에 상응한다.
도 45는 FANCF 부위에서의 형질감염의 결과를 보여준다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 46은 sgRNA의 데아미나제 편집을 보여준다.
도 47은 다양한 부위에서의 융합체에 대해 개발된 구축물을 보여준다.
도 48은 다양한 부위에서의 상이한 융합체에 대한 삽입결실(indel) 비율을 보여준다.
도 49는 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 46, 45, 6, 42, 43 및 468에 제시된 염기 편집 부위의 프로토스페이서 및 PAM 서열을 보여준다.
도 50은 추가로 돌연변이된 D108 잔기를 사용하는 다양한 부위에서의 융합체에 대해 개발된 구축물을 보여준다.
도 51은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 6, 46 및 42에 제시된 염기 편집 부위의 프로토스페이서 및 PAM 서열을 보여준다.
도 52는 데아미나제가 기질로서 RNA를 거부하고 편집 결과를 변화시키도록 야기하는 돌연변이된 D108 잔기를 사용한 결과를 보여준다.
도 53은 데아미나제가 기질로서 RNA를 거부하고 편집 결과를 변화시키도록 야기하는 돌연변이된 D108 잔기를 사용한 결과를 보여준다.
도 54는 다양한 부위에서의 융합체에 대해 개발된 구축물을 보여준다.
도 55는 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 6, 358, 359에 제시된 염기 편집 부위의 프로토스페이서 및 PAM 서열을 보여준다.
도 56은 HEK 부위 2에 대한 ABE의 결과를 보여준다.
도 57은 HEK 부위 2에 대한 ABE의 결과를 보여준다.
도 58은 다양한 링커 길이를 사용하는 다양한 부위에서의 융합체에 대해 개발된 구축물을 보여준다.
도 59는 염기 편집 기능에 대한 링커 길이의 중요성을 보여준다.
도 60은 염기 편집 기능에 대한 링커 길이의 중요성을 보여준다.
도 61은 데아미나제의 이량체화를 보여주는 개략도이다.
도 62는 다양한 링커 길이를 사용하는 다양한 부위에서의 융합체에 대해 개발된 구축물을 보여준다.
도 63은 현재 편집제 아키텍처 (상단 패널), 트랜스 이량체화의 것 (하단 패널, 좌측) 및 시스 이량체화의 것 (하단 패널, 우측)을 보여준다.
도 64는 염기 편집으로부터의 이량체화 결과를 보여준다.
도 65는 염기 편집으로부터의 이량체화 결과를 보여준다.
도 66은 염기 편집으로부터의 이량체화 결과를 보여준다.
도 67은 다양한 sgRNA 부위에서의 융합체에 대해 개발된 구축물을 보여준다.
도 68은 새로운 선택 서열에 대한 ABE 편집제의 진화를 보여준다. 상단에서 하단으로 및 좌측에서 우측으로의 서열은 각각 서열식별번호: 707-719에 상응한다.
도 69는 Q4 정지 부위를 표적화하는 현재 편집제를 보여준다. 상단에서 하단으로의 서열은 서열식별번호: 624-628에 상응한다.
도 70은 W15 정지 부위를 표적화하는 현재 편집제를 보여준다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 629-633에 상응한다.
도 71은 HEK293 부위 2 서열을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 360에 상응한다.
도 72는 도 71의 서열을 사용하는 다양한 edTadA 돌연변이에 의한 제1 실행의 결과를 보여준다.
도 73은 도 71의 서열을 사용하는 다양한 edTadA 돌연변이에 의한 제2 실행의 결과를 보여준다.
도 74는 FANCF 서열을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 75는 다양한 edTadA 돌연변이 및 도 74의 서열을 사용하는 제2 실행의 결과를 보여준다.
도 76은 모든 부위에 대한 돌연변이된 D108의 결과를 보여준다.
도 77은 이전 실행 (좌측 패널) 및 매우 긴 링커에 의해 방해된 mut-mut 융합체로부터의 트랜스 데이터를 보여준다.
도 78은 ABE에 대한 mutTadA의 테더링의 결과를 보여준다.
도 79는 시험된 모든 억제제의 구축물을 보여준다.
도 80은 ABE에 AAG를 테더링할 때 사용된 구축물을 보여준다.
도 81은 ABE에 대한 AAG의 테더링을 보여주는 개략도이다.
도 82는 ABE에 대한 AAG의 테더링의 결과를 보여준다.
도 83은 TadA의 N-말단을 갖는 ABE에 AAG를 테더링할 때 사용된 구축물을 보여준다.
도 84는 TadA의 N-말단을 갖는 ABE에 대한 AAG의 테더링을 보여주는 개략도이다.
도 85는 ABE에 대한 AAG의 테더링의 결과를 보여준다.
도 86은 ABE에 EndoV를 테더링할 때 사용된 구축물을 보여준다.
도 87은 ABE에 대한 EndoV의 테더링을 보여주는 개략도이다.
도 88은 ABE에 대한 EndoV의 테더링의 결과를 보여준다.
도 89는 ABE에 UGI를 테더링할 때 사용된 구축물을 보여준다.
도 90은 ABE의 말단에 대한 UGI의 테더링의 결과를 보여준다.
도 91은 A에서 G로의 편집을 증가시키는 다양한 억제제의 결과를 보여준다.
도 92는 원핵 TadA 아미노산 서열의 서열 정렬을 보여준다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 634-657에 상응한다.
도 93은 TadA 아미노산 서열의 상대 서열 동일성 분석의 개략도를 보여준다.
도 94는 예시적인 아데노신 염기 편집 과정의 개략적 표현을 보여준다.
도 95는 아데노신을 이노신으로 탈아미노화하는 예시적인 아데노신 염기 편집제의 개략적 표현을 보여준다.
도 96은 예시적인 염기-편집 선택 플라스미드의 개략도를 보여준다.
도 97은 ecTadA에서의 확인된 돌연변이를 포함하는 클론의 목록을 보여준다.
도 98은 생존하는 콜로니로부터의 선택 플라스미드의 예시적인 서열 분석을 보여준다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 658-661에 상응한다.
도 99는 진화의 제3 라운드로부터의 예시적인 아데노신 염기 편집제의 개략도를 보여준다.
도 100은 Hek293T 세포에서 A에서 G로의 전환의 백분율을 보여준다.
도 101은 예시적인 염기-편집 선택 플라스미드의 개략도를 보여준다.
도 102는 에스. 아우레우스 TadA의 베르딘 결정 구조의 개략적 표현을 보여준다. ecTadA의 상동체인 에스. 아우레우스 TadA가 그의 tRNA 기질과 공-결정화된 채로 제시되어 있다. 적색 화살표는 tRNA 기질에서의 다양한 핵산과의 H-결합 접촉이다. 문헌 [Losey, H.C., et al., "Crystal structure of Staphylococcus sureus tRNA adenosine deaminase tadA in complex with RNA", Nature Struct. Mol. Biol. 2, 153-159 (2006)] 참조.
도 103은 돌연변이된 ecTadA 잔기를 확인시켜 주는, ecTadA_2.2 및 dCas9를 함유하는 구축물의 개략도를 보여준다.
도 104는 부위 E25 및 R26에서의 ecTadA 진화 (진화 #4)의 결과를 보여준다.
도 105는 부위 R107에서의 ecTadA 진화 (진화 #4)의 결과를 보여준다.
도 106은 부위 A142 및 A143에서의 ecTadA 진화 (진화 #4)의 결과를 보여준다.
도 107은 생존하는 콜로니로부터의 선택 플라스미드의 예시적인 서열 분석을 보여준다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 662-671에 상응한다.
도 108은 Hek-2 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 도면에 제공된 Hek-2 서열은 A에서 G로의 편집이 일어난 DNA 가닥인 서열식별번호: 41의 역 상보체를 나타낸다. 서열은 서열식별번호: 6에 상응한다.
도 109는 Hek2-3 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 363에 상응한다.
도 110은 Hek2-6 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 364에 상응한다.
도 111은 Hek2-7 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 도면에 제공된 Hek2-7 서열은 A에서 G로의 편집이 일어난 DNA 가닥의 역 상보체를 나타낸다. 서열은 서열식별번호: 365에 상응한다.
도 112는 Hek2-10 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 366에 상응한다.
도 113은 Hek-3 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 114는 FANCF 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 115는 Hek-2 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 367에 상응한다.
도 116은 Hek2-2 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 368에 상응한다.
도 117은 Hek2-3 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 363에 상응한다.
도 118은 Hek2-6 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 364에 상응한다.
도 119는 Hek2-7 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 365에 상응한다.
도 120은 Hek2-10 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 366에 상응한다.
도 121은 Hek-3 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 122는 FANCF 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 123은 HEK2, HEK2-2, HEK2-3, HEK2-6, HEK2-7 및 HEK2-10 부위에서의 ecTadA 진화 (진화 #4)의 결과를 보여준다. 사용된 구축물은 pNMG-370 (진화 #2), pNMG-371 (진화 #3) 및 pNMG 382-389 (진화 #4)였다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 7, 368, 363, 364, 369 및 370에 상응한다.
도 124는 ecTadA 진화 (진화 #5)에 사용된 ecTadA 및 dCas9를 함유하는 구축물의 개략도를 보여준다.
도 125는 제5 라운드 진화 후 검정된 클론의 결과를 보여주는 표이다 (128 ug/mL chlor, 7h).
도 126a 내지 136b는 가변 조건 하에 제5 라운드 후 검정된 서브클로닝 및 재형질전환된 클론의 결과를 보여주는 표이다.
도 127은 제5 라운드 진화 후 검정된 스펙티노마이신 선택 클론으로부터의 앰플리콘의 결과를 보여주는 표이다.
도 128은 제5 라운드 진화 후 검정된 클론의 결과를 보여주는 표이다.
도 129는 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek-2 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 6에 상응한다.
도 130은 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-1 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 도면에 제공된 Hek2-1 서열은 A에서 G로의 편집이 일어난 DNA 가닥을 나타낸다. 서열은 서열식별번호: 465에 상응한다.
도 131은 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-2 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 368에 상응한다.
도 132는 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-3 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 363에 상응한다.
도 133은 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-4 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 도면에 제공된 Hek2-4 서열은 A에서 G로의 편집이 일어난 DNA 가닥을 나타낸다. 서열은 서열식별번호: 466에 상응한다.
도 134는 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-6 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 364에 상응한다.
도 135는 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-9 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 도면에 제공된 Hek2-9 서열은 A에서 G로의 편집이 일어난 DNA 가닥을 나타낸다. 서열은 서열식별번호: 467에 상응한다.
도 136은 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek2-10 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 도면에 제공된 Hek2-10 서열은 A에서 G로의 편집이 일어난 DNA 가닥을 나타낸다. 서열은 서열식별번호: 370에 상응한다.
도 137은 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 Hek3 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 42에 상응한다.
도 138은 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 RNF2 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 468에 상응한다.
도 139는 pNMG-346-349를 포함하는, 조작된 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)를 함유하는 염기 편집제를 사용한 FANCF 부위에서의 편집의 결과의 요약을 보여준다. 비교로서, pNMG-339-341을 포함하는, 조작된 이. 콜라이 TadA (ecTadA)를 함유하는 편집제의 결과가 제시된다. 서열은 서열식별번호: 45에 상응한다.
도 140은 아데노신 염기 편집제 (ABE) 구축물의 다양한 개략적 표현을 보여준다. 편집제의 정체, 예를 들어 "pNMG-367"은 표 4에 나타나 있다. 하기 돌연변이는 하기와 같이 약칭된다: ecTadA1 (A106V D108N), ecTadA2 (A106V D108N D147Y E155V), ecTadA3 (ecTadA2 + L84F H123Y I156F), ecTadA3+ (ecTadA3 + A142N), ecTadA5a1 (ecTadA3 + H36L R51L S146C K157N), ecTadA5a3 (ecTadA3 + N37S K161T), ecTadA5a11 (ecTadA3 + R51L S146C K157N K161T), ecTadA5a12 (ecTadA3 + S146C K161T), ecTadA5a14 (ecTadA3 + RS146C K157N K160E), 및 ecTadA5a1+ (ecTadA5a1 + A142N), ecTadA5a9 (ecTadA3 + S146R K161T). 상위 3개의 ABE 5a 구축물의 이종이량체를 제조한 다음, 동종이량체에 비교하여 시험하였다. ABE 편집제의 이종이량체 버전은 전형적으로 상응하는 동종이량체 구축물보다 더 잘 수행한다. 동종이량체 및 이종이량체 구축물은 둘 다 도 140에 제시된다.
도 141은 다양한 ABE 구축물에 대한 편집 결과를 보여준다. ABE 플라스미드 #는 표 4에 제시된 바와 같은 pNMG 번호를 지칭한다. 예를 들어 367은 표 4에서의 구축물 pNMG-367을 지칭한다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 469 (pNMG-466), 470 (pNMG-467), 471 (pNMG-469), 472 (pNMG-470), 473 (pNMG-501), 474 (pNMG-509) 및 475 (pNMG-502)에 상응한다.
도 142는 특정 부위에서의 다양한 ABE 구축물에 대한 편집 결과를 보여준다. 상단 열의 번호는 표 4에 제시된 바와 같은 pNMG 번호를 나타낸다. 예를 들어 107은 표 4에서의 구축물 pNMG-107을 지칭한다. 특정 맥락에서, 동종이량체 구축물은 헤테로이량체 구축물보다 더 잘 작용하는 것으로 제시되었고, 그 반대의 경우도 있다 (예를 들어 동종이량체인 구축물 371 대 이종이량체인 구축물 476 참조). 이들 ABE 구축물에 대한 개략도는 도 140에 제시되고, 구축물 아키텍처는 표 4에 제시된다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 478, 478, 514, 516, 516, 520, 520, 521, 521 및 509에 상응한다.
도 143은 도 142로부터의 ABE 구축물에 대해 형성된 삽입결실의 백분율을 보여준다.
도 144는 특정 부위에서의 다양한 ABE 구축물에 대한 편집 결과를 보여준다. 구축물의 정체는 상단 열에 제시되고, 표 4의 pNMG 참조 번호를 지칭한다. 도 144에서의 결과는 ABE 구축물에 ecTadA 단량체를 부가하는 것이 편집을 개선시키지 않을 수 있다는 것을 나타낸다. 그러나, 단량체 사이에 긴 링커를 부가하는 것은 일부 부위에서 편집을 도울 수 있다 (예를 들어, 부위 502, 505, 507에서 sgRNA 구축물 285b 대 277에 대한 편집 결과 참조). sgRNA 구축물의 정체는 표 8에 제시된다. 이들 ABE 구축물에 대한 개략도는 도 140에 제시된다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 478, 480, 480, 514, 517, 517, 517, 517, 519 및 521에 상응한다.
도 145는 모든 NAN 부위 (여기서 표적 A는 프로토스페이서 및 PAM 서열의 위치 5에 있음)에서의 ABE 구축물에 대한 결과를 보여준다. 상단 열에 제시된 ABE 구축물의 정체는 표 4에서의 pNMG 참조 번호를 지칭한다. 수치는 편집된 표적 A 잔기의 %를 나타낸다 (예를 들어, % 편집 효율). 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 537-552에 상응한다.
도 146은 표 4에서의 그의 참조 pNMG 번호에 의해 지칭되는 다양한 ABE 구축물에 대한 Hek2 부위에서의 A에서 G로의 편집 퍼센트를 보여준다.
도 147은 진화 라운드 #5b 진화 결과를 보여준다. 수치는 나타낸 부위에 대한 A에서 G로의 편집의 %를 나타낸다. 상단에서 하단으로의 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 7, 465, 368, 363, 364 및 370에 상응한다.
도 148은 진화의 상이한 라운드 (예를 들어, evo3)로부터 수득된 다양한 ABE 구축물에 대한 편집 결과를 보여준다. ABE 구축물에 대한 일반적 개략도가 또한 제시된다. 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA의 정체 및 표 4에 제시된 바와 같은 염기 편집제의 정체 (pNMG 참조번호)가 제시된다. 수치는 나타낸 부위에 대한 A에서 G로의 편집의 %를 나타낸다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 478, 503, 506, 521, 513, 505, 507 및 509에 상응한다.
도 149는 Hek-2 서열 이외의 게놈 부위에서의 ABE 구축물의 조사를 보여준다. Hek-2 부위 (sgRNA 299)는 별표에 의해 표시된다. sgRNA의 정체는 표 8에 나타나 있다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 478, 514, 516, 517, 517, 517, 517, 519, 520, 529, 521에 상응한다.
도 150은 ABE 진화 #6으로 지칭되는, 뉴클레오티드 교환 및 절제 기술 (NExT)을 사용하는 DNA 셔플링 실험의 개략도를 보여준다. 이러한 접근법의 목적은 보다 효율적인 편집제를 조립하고 잠재적 상위 돌연변이를 제거하는 것이었다. 다양한 진화로부터의 구축물의 DNA 셔플링을 사용하여 목적하는 돌연변이를 최적화하고 편집 효율 및/또는 단백질 안정성에 부정적으로 영향을 미치는 돌연변이를 제거하였다.
도 151은 DNA 셔플 (NeXT)에 대한 개략도를 보여준다. spect 표적 서열은 5'-CAATGATGACTTCTACAGCG-3' (서열식별번호: 444)이고, chlor 표적 서열은 5'-TACGGCGTAGTGCACCTGGA-3' (서열식별번호: 441)이다.
도 152는 spect 단독에서 생존하는 진화 #6으로부터의 클론의 서열 동일성을 제시한다 (비-YAC 표적). 나타낸 돌연변이는 ecTadA (서열식별번호: 1)에 대한 것이다.
도 153은 진화 #6으로부터의 클론의 풍부화를 나타내는 진화 # 6.2를 보여준다. 나타낸 돌연변이는 ecTadA (서열식별번호: 1)에 대한 것이다. A142N은 서열분석된 거의 모든 클론에 존재하고, Pro48 돌연변이도 또한 풍부하다. 스펙티노마이신 부위에서 "GAT"에 대해 클론을 선택하였다. 선택 표적 서열은 5'-CAATGATGACTTCTACAGCG-3' (서열식별번호: 444)였다.
도 154는 ABE 6 구축물의 개략적 표현을 보여준다. 총 8개의 새로운 구축물을 개발하였다. Evo #6에서 상위 2개의 최고 빈도 앰플리콘으로부터의 돌연변이를 각각의 4개의 아키텍처에 사용하였다.
도 155는 ABE에 대해 수거한 데이터를 보여준다: 단계 1 - 형질감염 + 6개의 게놈 부위에서의 주요 중간체의 HTS, n = 3. 형질감염을 750 ng ABE + 250 ng gRNA로 수행하고, 5일 동안 인큐베이션한 후에 게놈 DNA를 추출하여 HTS를 수행하였다. 각각의 ABE 구축물의 정체는 표 4에 제시된 바와 같은 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 509, 510, 512, 520, 530, 478에 상응한다.
도 156은 ABE 편집 효율이 진화의 반복 라운드에 의해 개선된다는 것을 보여준다. 상단 패널은 진화된/조작된 ABE 구축물을 사용한 Hek293T 세포 내 표적화된 유전자좌에서의 대표적인 A에서 G로의 % 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 561에 상응한다. 하단 패널은 진화의 반복 라운드 및 조작이 ABE를 개선시킨다는 것을 보여준다. ABE 구축물은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다. '508' 표적 서열은 서열식별번호: 520에 상응한다.
도 157은 10개의 "최상" ABE로부터의 핵심 6개의 게놈 부위의 HTS 결과를 보여준다. 결과는 상이한 편집제가 상이한 국부 서열 선호 (하단 패널)를 갖는다는 것을 나타낸다. 그래프는 6개의 상이한 유전자좌에서 A에서 G로의 퍼센트 편집을 보여준다. ABE 구축물은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 509, 510, 512, 520, 530, 478에 상응한다.
도 158은 NAN 서열의 모든 조합을 커버하는 모든 게놈 부위에서의 기능하는 "상위 10개"의 ABE의 형질감염을 보여준다. 데이터는 n=1을 나타낸다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 489, 490, 493, 497, 503, 504, 507, 508, 511 및 513에 상응한다.
도 159는 어느 A가 편집되는지를 확인하기 위한 ABE 윈도우 실험을 보여준다 (A는 홀수 위치에 있음). ABE pNMG-477, pNMG-586, pNMG-588, BE3 및 비처리 대조군이 제시된다. 편집을 위한 서열은 상단에 제시된다. 서열은 서열식별번호: 562에 상응한다.
도 160은 어느 A가 편집되는지를 확인하기 위한 ABE 윈도우 실험을 보여준다 (A는 짝수 위치에 있음). ABE pNMG-477, pNMG-586, pNMG-588, BE3 및 비처리 대조군이 제시된다. 편집을 위한 서열은 상단에 제시된다. 서열은 서열식별번호: 563에 상응한다.
도 161은 어느 A가 편집되는지를 확인하기 위한 추가의 ABE 윈도우 실험을 보여준다. ABE pNMG-586, pNMG-560 및 비처리 대조군이 제시된다. 편집을 위한 서열은 상단에 제시된다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 544 및 541에 상응한다.
도 162는 어느 A가 편집되는지를 확인하기 위한 추가의 ABE 윈도우 실험을 보여준다. ABE pNMG-576, pNMG-586 및 비처리 대조군이 제시된다. 편집을 위한 서열은 상단에 제시된다. 서열은 서열식별번호: 564에 상응한다.
도 163은 다중-A 부위를 편집하기 위한 시도로 진화 # 7을 보여준다. 진화 선택 설계는 Kan 내 D208N 역 돌연변이를 만들고 정지 코돈을 Q로 되돌리기 위해 다음 2개의 개별 gRNA를 사용하여 동일한 유전자 내 2개의 점 돌연변이를 표적화하는 것이었다: 5'-TTCATTA(7)ACTGTGGCCGGCT-3' (서열식별번호: 565) 및 5'-ATCTTA(6)TTCGATCATGCGAA-3' (서열식별번호: 566).
도 164는 다중 A 부위 내의 A를 표적화하도록 진화된 진화 #7 돌연변이를 보여주며, 이는 이들이 A의 한쪽 측면 또는 양쪽 측면에 플랭킹되어 있다는 것을 의미한다. 서열식별번호: 1에 대한 돌연변이의 정체가 제시된다.
도 165는 잔기 R152 및 P48을 확인시켜 주는 ecTadA의 개략도를 보여준다.
도 166은 대안적 세포주에서 질환 관련 돌연변이에 대한 ABE 편집의 MiSeq 결과를 보여준다. 론자 키트를 사용한 뉴클레오펙션을 3종의 상이한 뉴클레오펙션 용액 x 16종의 상이한 전기천공 조건 (총 48개의 조건/세포주)과 함께 사용하였다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 522-524에 상응한다.
도 167은 다양한 구축물에 대한 다중 위치에서의 A에서 G로의 편집에 대한 결과를 보여준다. ABE 구축물은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다. 상단 패널에서 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 469-471, 567, 475 및 474에 상응한다. 하단 패널에서 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 469 (pNMG-466), 470 (pNMG-467), 471 (pNMG-469), 567 (pNMG-472) 및 474 (pNMG-509)에 상응한다.
도 168은 상이한 링커를 갖는 ABE를 사용한 다양한 구축물에 대한 편집 결과를 보여준다. ABE 구축물은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다. 새로운 링커 ABE의 개략도가 또한 제시된다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 469 (pNMG-466), 568 (pNMG-468), 471 (pNMG-469), 567 (pNMG-472), 574 (pNGM-509) 및 569 (pNMG-539)에 상응한다.
도 169는 제4 라운드 진화를 보여준다. 진화를 단량체 구축물로 수행하였고, 내인성 TadA는 TadA-dCas9 융합체를 보충한다.
도 170은 제4 라운드 진화 결과를 보여준다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 7, 368, 363, 364, 369 및 370에 상응한다.
도 171은 진화 라운드 #5를 보여준다. 플라스미드 및 실험 개요가 제시된다 (상단 패널). 그래프는 클로람페니콜 대 스펙티노마이신 "TAG" 대 "GAT" 상의 생존을 예시한다. chlor 표적 서열은 5'-TACGGCGT A GTGCACCTGGA-3' (서열식별번호: 441)이고 spect 표적 서열은 5'-CAATGATG A CTTCTACAGCG-3 '(서열식별번호: 444)이다.
도 172는 chlor 및 spect 부위에서의 편집 결과를 보여준다. 진화 #4로부터 확인된 구축물 (부위 포화/NNK 라이브러리)은 chor 부위 상에서보다 오히려 spect 부위 상에서 더 효율적으로 편집되는 것처럼 보인다. ABE 구축물은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다.
도 173은 제5 라운드 진화를 보여준다 (파트 a). 서열은 서열식별번호: 570에 상응한다.
도 174는 제5 라운드 이종이량체 (트랜스) 결과를 보여준다. 라운드 #5a 확인된 돌연변이는 편집 효율 및 확장된 기질 특이성 둘 다를 개선시켰다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 7, 368 및 363, 364, 369 및 370에 상응한다.
도 175는 제5 라운드 이종이량체 (시스) 결과를 보여준다. 라운드 #5a 확인된 돌연변이는 편집 효율 및 확장된 기질 특이성 둘 다를 개선시켰지만, 시스 결과가 더 높은 편집 효율을 제공하였다. ABE 구축물은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어진다. 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 7, 571, 465, 368, 363, 466, 364, 369, 572 및 370에 상응한다.
도 176은 진화 5에 대한 다양한 구축물의 편집 결과를 보여준다.
도 177은 진화 5에 대한 다양한 구축물의 편집 결과를 보여준다.
도 178은 ABE에 대한 gRNA를 보여준다. 5a 구축물은 모든 16개의 NAN 서열에 대해 프로토스페이서 내 위치 5에서의 A를 특징으로 한다 (좌측 패널). 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 573-578에 상응한다. gRNA 합성 수율에서의 변동을 최소화하기 위해 "G"로 시작하는 추가의 서열이 제안된다 (우측 패널). 서열은 각각 상단에서 하단으로 서열식별번호: 579-588에 상응한다.
도 179는 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA 299 및 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 ABE 구축물을 사용한 A5의 % A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 478에 상응한다.
도 180은 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA 469 및 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 ABE 구축물을 사용한 A5의 % A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 509에 상응한다.
도 181은 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA 470 및 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 ABE 구축물을 사용한 A5의 % A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 510에 상응한다.
도 182는 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA 472 및 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 ABE 구축물을 사용한 A5의 % A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 512에 상응한다.
도 183은 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA 508 및 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 ABE 구축물을 사용한 A5의 % A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 520에 상응한다.
도 184는 표 8에 나타난 바와 같은 sgRNA 536 및 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 ABE 구축물을 사용한 A7의 % A에서 G로의 편집을 보여준다. 서열은 서열식별번호: 530에 상응한다.
도 185는 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 각각의 나타낸 염기 편집제에 대해 sgRNA: 310, sgRNA: 311, sgRNA: 314, sgRNA: 318, sgRNA: 463, 및 sgRNA: 464를 사용한 강조된 A (A5)의 A에서 G로의 편집 %를 보여준다. 서열은 각각 좌측에서 우측으로 및 상단에서 하단으로 서열식별번호: 489, 490, 493, 497, 503 및 504에 상응한다.
도 186은 표 4에 제시된 바와 같은 그의 pNMG 참조 번호에 의해 나타내어지는 각각의 나타낸 염기 편집제에 대해 sgRNA: 466, sgRNA: 467, sgRNA: 468, sgRNA: 471, sgRNA: 501, 및 sgRNA: 601을 사용한 강조된 A (A5)의 A에서 G로의 편집 %를 보여준다. 서열은 각각 좌측에서 우측으로 및 상단에서 하단으로 서열식별번호: 506, 507, 508, 511, 513 및 535에 상응한다.
본원 및 청구범위에 사용된 단수 형태는 문맥이 달리 명백하게 나타내지 않는 한 단수 및 복수 지시대상을 포함한다. 따라서, 예를 들어, "작용제"에 대한 언급은 단일 작용제 및 복수의 이러한 작용제를 포함한다.
용어 "데아미나제" 또는 "데아미나제 도메인"은 탈아미노화 반응을 촉매하는 단백질 또는 효소를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 데아미나제는 아데닌 또는 아데노신의 가수분해성 탈아미노화를 촉매하는 아데노신 데아미나제이다. 일부 실시양태에서, 데아미나제 또는 데아미나제 도메인은 각각 아데노신 또는 데옥시아데노신의 이노신 또는 데옥시이노신으로의 가수분해성 탈아미노화를 촉매하는 아데노신 데아미나제 이다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 데옥시리보핵산 (DNA) 중 아데닌 또는 아데노신의 가수분해성 탈아미노화를 촉매한다. 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 (예를 들어 조작된 아데노신 데아미나제, 진화된 아데노신 데아미나제)는 임의의 유기체, 예컨대 박테리아로부터의 것일 수 있다. 일부 실시양태에서, 데아미나제 또는 데아미나제 도메인은 유기체로부터의 자연 발생 데아미나제의 변이체이다. 일부 실시양태에서, 데아미나제 또는 데아미나제 도메인은 자연에서 발생하지 않는다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 데아미나제 또는 데아미나제 도메인은 자연 발생 데아미나제에 대해 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 적어도 99.5% 동일하다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 박테리아, 예컨대 이. 콜라이(E. coli), 에스. 아우레우스(S. aureus), 에스. 티피(S. typhi), 에스. 푸트레파시엔스(S. putrefaciens), 에이치. 인플루엔자에(H. influenzae) 또는 씨. 크레센투스(C. crescentus)로부터의 것이다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 TadA 데아미나제이다. 일부 실시양태에서, TadA 데아미나제는 이. 콜라이 TadA 데아미나제 (ecTadA)이다. 일부 실시양태에서, TadA 데아미나제는 말단절단된 이. 콜라이 TadA 데아미나제이다. 예를 들어, 말단절단된 ecTadA는 전장 ecTadA에 비해 1개 이상의 N-말단 아미노산이 결여되어 있을 수 있다. 일부 실시양태에서, 말단절단된 ecTadA는 전장 ecTadA에 비해 1, 2, 3, 4, 5,6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 6, 17, 18, 19 또는 20개의 N-말단 아미노산 잔기가 결여되어 있을 수 있다. 일부 실시양태에서, 말단절단된 ecTadA는 전장 ecTadA에 비해 1, 2, 3, 4, 5,6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 6, 17, 18, 19 또는 20개의 C-말단 아미노산 잔기가 결여되어 있을 수 있다. 일부 실시양태에서, ecTadA 데아미나제는 N-말단 메티오닌을 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, TadA 데아미나제는 N-말단 말단절단된 TadA이다.
특정 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 하기 아미노산 서열을 포함한다:
일부 실시양태에서 TadA 데아미나제는 전장 이. 콜라이 TadA 데아미나제이다. 예를 들어, 특정 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 하기 아미노산 서열을 포함한다:
그러나, 본 출원에 유용한 추가의 아데노신 데아미나제는 통상의 기술자에게 분명할 것이고 본 개시내용의 범주 내에 있다는 것이 인지되어야 한다. 예를 들어, 아데노신 데아미나제는 ADAT의 상동체일 수 있다. 예시적인 ADAT 상동체는 비제한적으로 하기를 포함한다:
스타필로코쿠스 아우레우스(Staphylococcus aureus) TadA:
바실루스 서브틸리스(Bacillus subtilis) TadA:
살모넬라 티피무리움(Salmonella typhimurium) (에스. 티피무리움) TadA:
슈와넬라 푸트레파시엔스(Shewanella putrefaciens) (에스. 푸트레파시엔스) TadA:
헤모필루스 인플루엔자에(Haemophilus influenzae) F3031 (에이치. 인플루엔자에) TadA:
카울로박터 크레센투스(Caulobacter crescentus) (씨. 크레센투스) TadA:
게오박터 술푸레두센스(Geobacter sulfurreducens) (지. 술푸레두센스) TadA:
용어 "염기 편집제 (BE)"또는 "핵염기 편집제 (NBE)"는 핵산 서열 (예를 들어, DNA 또는 RNA) 내의 염기 (예를 들어, A, T, C, G 또는 U)에 변형을 가할 수 있는 폴리펩티드를 포함하는 작용제를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 핵산 내의 염기를 탈아미노화 수 있다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 DNA 분자 내의 염기를 탈아미노화 수 있다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 DNA 중 아데닌 (A)을 탈아미노화 수 있다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 아데노신 데아미나제에 융합된 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp)을 포함하는 융합 단백질이다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 아데노신 데아미나제에 융합된 Cas9 단백질이다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 아데노신 데아미나제에 융합된 Cas9 니카제 (nCas9)이다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 아데노신 데아미나제에 융합된 뉴클레아제-불활성 Cas9 (dCas9)이다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 염기 절제 복구의 억제제, 예를 들어 UGI 도메인 또는 dISN 도메인에 융합된다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 데아미나제에 융합된 Cas9 니카제 및 염기 절제 복구의 억제제, 예컨대 UGI 또는 dISN 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질의 dCas9 도메인은 서열식별번호: 52의 D10A 및 H840A 돌연변이, 또는 서열식별번호: 108-357 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 이는 Cas9 단백질의 뉴클레아제 활성을 불활성화킨다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 서열식별번호: 52의 D10A 돌연변이 및 잔기 840에서의 히스티딘, 또는 서열식별번호: 108-357 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 이는 Cas9가 핵산 듀플렉스의 단지 한 가닥만을 절단할 수 있게 한다. Cas9 니카제의 예는 서열식별번호: 35에 제시된다.
본원에 사용된 용어 "링커"는 2개의 분자 또는 모이어티, 예를 들어 융합 단백질의 2개의 도메인, 예컨대, 예를 들어 뉴클레아제-불활성 Cas9 도메인 및 핵산-편집 도메인 (예를 들어, 아데노신 데아미나제)을 연결하는 결합 (예를 들어, 공유 결합), 화학적 기 또는 분자를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 링커는 Cas9 뉴클레아제 도메인을 포함한 RNA-프로그램가능 뉴클레아제의 gRNA 결합 도메인, 및 핵산-편집 단백질의 촉매 도메인을 연결한다. 일부 실시양태에서, 링커는 dCas9 및 핵산-편집 단백질을 연결한다. 전형적으로, 링커는 2개의 기, 분자 또는 다른 모이어티 사이에 위치되거나, 그에 플랭킹되고, 공유 결합을 통해 서로 연결되어, 2개를 연결한다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 또는 복수의 아미노산 (예를 들어, 펩티드 또는 단백질)이다. 일부 실시양태에서, 링커는 유기 분자, 기, 중합체 또는 화학적 모이어티이다. 일부 실시양태에서, 링커는 5-100개 아미노산의 길이, 예를 들어 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 30-35, 35-40, 40-45, 45-50, 50-60, 60-70, 70-80, 80-90, 90-100, 100-150 또는 150-200개 아미노산의 길이이다. 보다 긴 또는 보다 짧은 링커가 또한 고려된다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10)를 포함하며, 이는 또한 XTEN 링커로 지칭될 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 (SGGS)n (서열식별번호: 37), (GGGS)n (서열식별번호: 38), (GGGGS)n (서열식별번호: 39), (G)n, (EAAAK)n (서열식별번호: 40), (GGS)n, SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10), 또는 (XP)n 모티프, 또는 이들 중 임의의 것의 조합을 포함하며, 여기서 n은 독립적으로 1 내지 30의 정수이고, X는 임의의 아미노산이다. 일부 실시양태에서, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15이다.
본원에 사용된 용어 "돌연변이"는 서열, 예를 들어 핵산 또는 아미노산 서열 내의 잔기의 또 다른 잔기로의 치환, 또는 서열 내의 1개 이상의 잔기의 결실 또는 삽입을 지칭한다. 돌연변이는 전형적으로 원래 잔기에 이어서 서열 내의 그 잔기의 위치 및 이어서 새롭게 치환된 잔기의 정체를 확인함으로써 본원에 기재된다. 본원에 제공된 아미노산 치환 (돌연변이)을 만드는 다양한 방법은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있고, 예를 들어 문헌 [Green and Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4th ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2012))]에 제공되어 있다.
용어 "염기 복구의 억제제" 또는 "IBR"은 핵산 복구 효소, 예를 들어 염기 절제 복구 효소의 활성을 억제할 수 있는 단백질을 지칭한다. 일부 실시양태에서, IBR은 이노신 염기 절제 복구의 억제제이다. 예시적인 염기 복구의 억제제는 APE1, Endo III, Endo IV, Endo V, Endo VIII, Fpg, hOGG1, hNEIL1, T7 EndoI, T4PDG, UDG, hSMUG1 및 hAAG의 억제제를 포함한다. 일부 실시양태에서, IBR은 Endo V 또는 hAAG의 억제제이다. 일부 실시양태에서, IBR은 촉매 불활성 EndoV 또는 촉매 불활성 hAAG이다.
본원에 사용된 용어 "우라실 글리코실라제 억제제" 또는 "UGI"는 우라실-DNA 글리코실라제 염기-절제 복구 효소를 억제할 수 있는 단백질을 지칭한다. 일부 실시양태에서, UGI 도메인은 야생형 UGI 또는 서열식별번호: 3에 제시된 바와 같은 UGI를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 UGI 단백질은 UGI의 단편 및 UGI 또는 UGI 단편에 상동인 단백질을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, UGI 도메인은 서열식별번호: 3에 제시된 아미노산 서열의 단편을 포함한다. 일부 실시양태에서, UGI 단편은 서열식별번호: 3에 제시된 아미노산 서열의 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5%를 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, UGI는 서열식별번호: 3에 제시된 아미노산 서열에 상동인 아미노산 서열, 또는 서열식별번호: 3에 제시된 아미노산 서열의 단편에 상동인 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, UGI 또는 UGI의 단편 또는 UGI 또는 UGI 단편의 상동체를 포함하는 단백질은 "UGI 변이체"로 지칭된다. UGI 변이체는 UGI 또는 그의 단편에 대한 상동성을 공유한다. 예를 들어 UGI 변이체는 야생형 UGI 또는 서열식별번호: 3에 제시된 바와 같은 UGI에 대해 적어도 70% 동일하거나, 적어도 75% 동일하거나, 적어도 80% 동일하거나, 적어도 85% 동일하거나, 적어도 90% 동일하거나, 적어도 95% 동일하거나, 적어도 96% 동일하거나, 적어도 97% 동일하거나, 적어도 98% 동일하거나, 적어도 99% 동일하거나, 적어도 99.5% 동일하거나, 또는 적어도 99.9% 동일하다. 일부 실시양태에서, UGI 변이체는 UGI의 단편을 포함하며, 이러한 단편은 야생형 UGI 또는 서열식별번호: 3에 제시된 바와 같은 UGI의 상응하는 단편에 대해 적어도 70% 동일하거나, 적어도 80% 동일하거나, 적어도 90% 동일하거나, 적어도 95% 동일하거나, 적어도 96% 동일하거나, 적어도 97% 동일하거나, 적어도 98% 동일하거나, 적어도 99% 동일하거나, 적어도 99.5% 동일하거나, 또는 적어도 99.9% 동일하다. 일부 실시양태에서, UGI는 하기 아미노산 서열을 포함한다:
>sp|P14739|UNGI_BPPB2 우라실-DNA 글리코실라제 억제제
본원에 사용된 용어 "촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제" 또는 "기능상실 이노신-특이적 뉴클레아제 (dISN)"는 이노신-특이적 뉴클레아제를 억제할 수 있는 단백질을 지칭한다. 어떠한 특정한 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, 촉매 불활성 이노신 글리코실라제 (예를 들어, 알킬 아데닌 글리코실라제 [AAG])는 이노신에 결합할 것이지만, 무염기성 부위를 생성하거나 이노신을 제거하지 않을 것이므로, 새롭게-형성된 이노신 모이어티를 DNA 손상/복구 메카니즘으로부터 입체적으로 차단할 것이다. 일부 실시양태에서, 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제는 핵산 내 이노신에 결합할 수 있을 수 있지만, 핵산을 절단하지 않는다. 예시적인 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제는, 비제한적으로, 예를 들어 인간으로부터의 촉매 불활성 알킬 아데노신 글리코실라제 (AAG 뉴클레아제), 및 예를 들어 이. 콜라이로부터의 촉매 불활성 엔도뉴클레아제 V (EndoV 뉴클레아제)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 촉매 불활성 AAG 뉴클레아제는 서열식별번호: 32에 제시된 바와 같은 E125Q 돌연변이 또는 또 다른 AAG 뉴클레아제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 촉매 불활성 AAG 뉴클레아제는 서열식별번호: 32에 제시된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 촉매 불활성 EndoV 뉴클레아제는 서열식별번호: 32에 제시된 바와 같은 D35A 돌연변이, 또는 또 다른 EndoV 뉴클레아제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 촉매 불활성 EndoV 뉴클레아제는 서열식별번호: 33에 제시된 아미노산 서열을 포함한다. 다른 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제 (dISN)가 통상의 기술자에게 분명할 것이고 본 개시내용의 범주 내에 있다는 것이 인지되어야 한다.
말단절단된 AAG (에이치. 사피엔스) 뉴클레아제 (E125Q); 돌연변이된 잔기는 볼드체로 밑줄표시되어 있다.
EndoV 뉴클레아제 (D35A); 돌연변이된 잔기는 볼드체로 밑줄표시되어 있다.
용어 "핵 국재화 서열" 또는 "NLS"는, 예를 들어 핵 수송에 의한 세포 핵 내로의 단백질의 유입을 촉진하는 아미노산 서열을 지칭한다. 핵 국재화 서열은 관련 기술분야에 공지되어 있고 통상의 기술자에게 분명할 것이다. 예를 들어, NLS 서열은 2000년 11월 23일 출원되고 2001년 5월 31일에 WO/2001/038547로 공개된 국제 PCT 출원 PCT/EP2000/011690 (Plank et al.)에 기재되어 있으며, 상기 문헌의 내용은 예시적인 핵 국재화 서열의 개시내용에 대해 본원에 참조로 포함된다. 일부 실시양태에서, NLS는 아미노산 서열 PKKKRKV (서열식별번호: 4) 또는 MDSLLMNRRKFLYQFKNVRWAKGRRETYLC (서열식별번호: 5)를 포함한다.
용어 "핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질" 또는 "napDNAbp"는 핵산 (예를 들어, DNA 또는 RNA), 예컨대 napDNAbp를 특이적 핵산 서열로 가이드하는 가이드 핵산과 회합되는 단백질을 지칭한다. 예를 들어, Cas9 단백질은 Cas9 단백질을 가이드 RNA에 상보적인 특정 DNA 서열로 가이드하는 가이드 RNA와 회합될 수 있다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 부류 2 미생물 CRISPR-Cas 이펙터이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 Cas9 도메인, 예를 들어 뉴클레아제 활성 Cas9, Cas9 니카제 (nCas9) 또는 뉴클레아제 불활성 Cas9 (dCas9)이다. 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질의 예는, 비제한적으로, Cas9 (예를 들어, dCas9 및 nCas9), CasX, CasY, Cpf1, C2c1, C2c2, C2C3 및 아르고노트를 포함한다. 그러나, 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질은 또한 RNA에 결합하는 핵산 프로그램가능 단백질을 포함한다는 것이 인지되어야 한다. 예를 들어, napDNAbp는 napDNAbp를 RNA로 가이드하는 핵산과 회합될 수 있다. 다른 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질은 이들이 본 개시내용에 구체적으로 열거되어 있지 않을 수 있더라도 또한 본 개시내용의 범주 내에 있다.
용어 "Cas9" 또는 "Cas9 뉴클레아제"는 Cas9 단백질, 또는 그의 단편 (예를 들어, Cas9의 활성, 불활성, 또는 부분적 활성 DNA 절단 도메인, 및/또는 Cas9의 gRNA 결합 도메인을 포함하는 단백질)을 포함하는 RNA-가이드 뉴클레아제를 지칭한다. Cas9 뉴클레아제는 또한 때때로 casn1 뉴클레아제 또는 CRISPR (클러스터링된 규칙적 간격의 짧은 회문식 반복부)-연관 뉴클레아제로 지칭된다. CRISPR은 이동성 유전 요소 (바이러스, 전위가능 요소 및 접합 플라스미드)에 대한 보호를 제공하는 적응 면역계이다. CRISPR 클러스터는 스페이서, 선행 이동성 요소에 상보적인 서열, 및 표적 침입 핵산을 함유한다. CRISPR 클러스터는 전사되고, CRISPR RNA (crRNA)로 프로세싱된다. 유형 II CRISPR 시스템에서 프리-crRNA의 교정 프로세싱은 트랜스-코딩된 소형 RNA (tracrRNA), 내인성 리보뉴클레아제 3 (rnc) 및 Cas9 단백질을 요구한다. tracrRNA는 프리-crRNA의 리보뉴클레아제 3-보조된 프로세싱을 위한 가이드로서의 역할을 한다. 후속적으로, Cas9/crRNA/tracrRNA는 스페이서에 상보적인 선형 또는 원형 dsDNA 표적을 핵산내부분해로 절단한다. crRNA에 상보적이지 않은 표적 가닥은 먼저 핵산내부분해로 절단된 다음, 핵산외부분해로 3'-5' 트리밍된다. 사실상, DNA-결합 및 절단은 전형적으로 단백질 및 둘 다의 RNA를 요구한다. 그러나, 단일 가이드 RNA ("sgRNA" 또는 간단히 "gNRA")는 crRNA 및 tracrRNA 둘 다의 측면을 단일 RNA 종 내로 혼입하도록 조작될 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Jinek M., Chylinski K., Fonfara I., Hauer M., Doudna J.A., Charpentier E. Science 337:816-821(2012)]을 참조하며, 그의 전체 내용은 본원에 참조로 포함된다. Cas9는 자기 대 비-자기를 구별하는 것을 돕기 위한 CRISPR 반복 서열 (PAM 또는 프로토스페이서 인접 모티프)에서의 짧은 모티프를 인식한다. Cas9 뉴클레아제 서열 및 구조는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 널리 공지되어 있다 (예를 들어, 문헌 ["Complete genome sequence of an M1 strain of Streptococcus pyogenes." Ferretti et al., J.J., McShan W.M., Ajdic D.J., Savic D.J., Savic G., Lyon K., Primeaux C., Sezate S., Suvorov A.N., Kenton S., Lai H.S., Lin S.P., Qian Y., Jia H.G., Najar F.Z., Ren Q., Zhu H., Song L., White J., Yuan X., Clifton S.W., Roe B.A., McLaughlin R.E., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98:4658-4663(2001); "CRISPR RNA maturation by trans-encoded small RNA and host factor RNase III." Deltcheva E., Chylinski K., Sharma C.M., Gonzales K., Chao Y., Pirzada Z.A., Eckert M.R., Vogel J., Charpentier E., Nature 471:602-607(2011); 및 "A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity." Jinek M., Chylinski K., Fonfara I., Hauer M., Doudna J.A., Charpentier E. Science 337:816-821(2012)] 참조, 상기 문헌 각각의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨). Cas9 오르토로그는 에스. 피오게네스(S. pyogenes) 및 에스. 써모필루스(S. thermophilus)를 포함하나 이에 제한되지는 않는 다양한 종에서 설명되었다. 추가의 적합한 Cas9 뉴클레아제 및 서열은 이 본 개시내용에 기초하여 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 분명할 것이며, 이러한 Cas9 뉴클레아제 및 서열은 문헌 [Chylinski, Rhun, and Charpentier, "The tracrRNA and Cas9 families of type II CRISPR-Cas immunity systems" (2013) RNA Biology 10:5, 726-737] (그의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 개시된 유기체 및 유전자좌로부터의 Cas9 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, Cas9 뉴클레아제는 불활성 (예를 들어, 불활성화된) DNA 절단 도메인을 가지며, 즉, Cas9는 니카제이다.
뉴클레아제-불활성화된 Cas9 단백질은 "dCas9" 단백질 (뉴클레아제-"기능상실" Cas9에 대한 것)로 상호교환가능하게 지칭될 수 있다. 불활성 DNA 절단 도메인을 갖는 Cas9 단백질 (또는 그의 단편)을 생성하는 방법은 공지되어 있다 (예를 들어, 문헌 [Jinek et al., Science. 337:816-821(2012); Qi et al., "Repurposing CRISPR as an RNA-Guided Platform for Sequence-Specific Control of Gene Expression" (2013) Cell. 28;152(5):1173-83] 참조, 상기 문헌 각각의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨). 예를 들어, Cas9의 DNA 절단 도메인은 2종의 서브도메인인 HNH 뉴클레아제 서브도메인 및 RuvC1 서브도메인을 포함하는 것으로 공지되어 있다. HNH 서브도메인은 gRNA에 상보적인 가닥을 절단하고, 반면에 RuvC1 서브도메인은 비-상보적 가닥을 절단한다. 이들 서브도메인 내의 돌연변이는 Cas9의 뉴클레아제 활성을 침묵시킬 수 있다. 예를 들어, 돌연변이 D10A 및 H840A는 에스. 피오게네스 Cas9의 뉴클레아제 활성을 완전히 불활성화시킨다 (Jinek et al., Science. 337:816-821(2012); Qi et al., Cell. 28;152(5):1173-83 (2013)). 일부 실시양태에서, Cas9의 단편을 포함하는 단백질이 제공된다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 단백질은 다음 2개의 Cas9 도메인 중 1개를 포함한다: (1) Cas9의 gRNA 결합 도메인; 또는 (2) Cas9의 DNA 절단 도메인. 일부 실시양태에서, Cas9 또는 그의 단편을 포함하는 단백질은 "Cas9 변이체"로 지칭된다. Cas9 변이체는 Cas9 또는 그의 단편에 대한 상동성을 공유한다. 예를 들어 Cas9 변이체는 야생형 Cas9에 대해 적어도 약 70% 동일하거나, 적어도 약 80% 동일하거나, 적어도 약 90% 동일하거나, 적어도 약 95% 동일하거나, 적어도 약 96% 동일하거나, 적어도 약 97% 동일하거나, 적어도 약 98% 동일하거나, 적어도 약 99% 동일하거나, 적어도 약 99.5% 동일하거나, 또는 적어도 약 99.9% 동일하다. 일부 실시양태에서, Cas9 변이체는 야생형 Cas9와 비교하여 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 21, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개 또는 그 초과의 아미노산 변화를 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, Cas9 변이체는 Cas9의 단편 (예를 들어, gRNA 결합 도메인 또는 DNA-절단 도메인)을 포함하며, 이러한 단편은 야생형 Cas9의 상응하는 단편에 대해 적어도 약 70% 동일하거나, 적어도 약 80% 동일하거나, 적어도 약 90% 동일하거나, 적어도 약 95% 동일하거나, 적어도 약 96% 동일하거나, 적어도 약 97% 동일하거나, 적어도 약 98% 동일하거나, 적어도 약 99% 동일하거나, 적어도 약 99.5% 동일하거나, 또는 적어도 약 99.9% 동일하다. 일부 실시양태에서, 단편은 상응하는 야생형 Cas9의 아미노산 길이의 적어도 30%, 적어도 35%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5%이다.
일부 실시양태에서, 단편은 적어도 100개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 단편은 적어도 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000, 1050, 1100, 1150, 1200, 1250 또는 1300개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 야생형 Cas9는 스트렙토코쿠스 피오게네스로부터의 Cas9 (NCBI 참조 서열: NC_017053.1, 서열식별번호: 47 (뉴클레오티드); 서열식별번호: 48 (아미노산))에 상응한다.
(단일 밑줄: HNH 도메인; 이중 밑줄: RuvC 도메인)
일부 실시양태에서, 야생형 Cas9는 서열식별번호: 49 (뉴클레오티드) 및/또는 서열식별번호: 50 (아미노산)에 상응하거나, 또는 이를 포함한다:
(단일 밑줄: HNH 도메인; 이중 밑줄: RuvC 도메인)
일부 실시양태에서, 야생형 Cas9는 스트렙토코쿠스 피오게네스로부터의 Cas9 (NCBI 참조 서열: NC_002737.2, 서열식별번호: 51 (뉴클레오티드); 및 유니프롯 참조 서열: Q99ZW2, 서열식별번호: 52 (아미노산))에 상응한다.
(단일 밑줄: HNH 도메인; 이중 밑줄: RuvC 도메인)
일부 실시양태에서, Cas9는 하기로부터의 Cas9를 지칭한다: 코리네박테리움 울세란스(Corynebacterium ulcerans) (NCBI Ref: NC_015683.1, NC_017317.1); 코리네박테리움 디프테리아(Corynebacterium diphtheria) (NCBI Ref: NC_016782.1, NC_016786.1); 스피로플라스마 시르피디콜라(Spiroplasma syrphidicola) (NCBI Ref: NC_021284.1); 프레보텔라 인터메디아(Prevotella intermedia) (NCBI Ref: NC_017861.1); 스피로플라스마 타이와넨세(Spiroplasma taiwanense) (NCBI Ref: NC_021846.1); 스트렙토코쿠스 이니아에(Streptococcus iniae) (NCBI Ref: NC_021314.1); 벨리엘라 발티카(Belliella baltica) (NCBI Ref: NC_018010.1); 사이크로플렉수스 토르퀴시(Psychroflexus torquisI) (NCBI Ref: NC_018721.1); 스트렙토코쿠스 써모필루스(Streptococcus thermophilus) (NCBI Ref: YP_820832.1); 리스테리아 인노쿠아(Listeria innocua) (NCBI Ref: NP_472073.1); 캄필로박터 제주니(Campylobacter jejuni) (NCBI Ref: YP_002344900.1); 또는 네이세리아 메닌기티디스(Neisseria meningitidis) (NCBI Ref: YP_002342100.1); 또는 임의의 다른 유기체로부터의 Cas9.
일부 실시양태에서, dCas9는 Cas9 뉴클레아제 활성을 불활성화시키는 1개 이상의 돌연변이를 갖는 Cas9 아미노산 서열에 상응하거나, 또는 이를 부분적으로 또는 전체적으로 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, dCas9 도메인은 서열식별번호: 52의 D10A 및 H840A 돌연변이 또는 또 다른 Cas9에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, dCas9는 서열식별번호: 53의 아미노산 서열을 포함한다.
dCas9 (D10A 및 H840A):
(단일 밑줄: HNH 도메인; 이중 밑줄: RuvC 도메인)
일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 D10A 돌연변이를 포함하고, 반면에 위치 840 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 위치에서의 잔기는 서열식별번호: 52에 제공된 아미노산 서열에서의 히스티딘을 유지한다. 어떠한 특정한 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, 촉매 잔기 H840의 존재는 표적화된 A에 대향하는 T를 함유하는 비-편집 (예를 들어, 비-탈아미노화) 가닥을 절단하기 위한 Cas9의 활성을 유지한다. H840의 회복 (예를 들어, dCas9의 A840으로부터)은 A를 함유하는 표적 가닥의 절단을 유발하지 않는다. 이러한 Cas9 변이체는 gRNA-한정된 표적 서열에 기초하여 특이적 위치에서 단일-가닥 DNA 파괴 (닉)를 생성할 수 있어, 비-편집 가닥의 복구를 유도하여, 궁극적으로 비-편집 가닥 상의 T에서 C로의 변화를 유발한다. 이 과정의 개략적 표현은 도 94에 제시되어 있다. 간략하게, 및 어떠한 특정한 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, A-T 염기 쌍의 A는 아데노신 데아미나제, 예를 들어 DNA 중 아데노신을 탈아미노화하는 아데노신 데아미나제에 의해 이노신 (I)으로 탈아미노화될 수 있다. T를 갖는 비-편집 가닥을 니킹하는 것은 미스매치 복구 메카니즘을 통한 T의 제거를 용이하게 한다. UGI 도메인 또는 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제 (dISN)는 이노신-특이적 뉴클레아제를 (예를 들어, 입체적으로) 억제할 수 있고, 이에 의해 이노신 (I)의 제거를 방지한다.
다른 실시양태에서, 예를 들어 뉴클레아제 불활성화된 Cas9 (dCas9)를 유발하는, D10A 및 H840A 이외의 돌연변이를 갖는 dCas9 변이체가 제공된다. 이러한 돌연변이는, 예로서, D10 및 H840에서의 다른 아미노산 치환, 또는 Cas9의 뉴클레아제 도메인 내에서의 다른 치환 (예를 들어, HNH 뉴클레아제 서브도메인 및/또는 RuvC1 서브도메인 내에서의 치환)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 10에 대해 적어도 약 70% 동일하거나, 적어도 약 80% 동일하거나, 적어도 약 90% 동일하거나, 적어도 약 95% 동일하거나, 적어도 약 98% 동일하거나, 적어도 약 99% 동일하거나, 적어도 약 99.5% 동일하거나, 또는 적어도 약 99.9% 동일한 dCas9의 변이체 또는 상동체 (예를 들어, 서열식별번호: 53의 변이체)가 제공된다. 일부 실시양태에서, 약 5개 아미노산, 약 10개 아미노산, 약 15개 아미노산, 약 20개 아미노산, 약 25개 아미노산, 약 30개 아미노산, 약 40개 아미노산, 약 50개 아미노산, 약 75개 아미노산, 약 100개 아미노산 또는 그 초과 만큼 서열식별번호: 53보다 더 짧거나 더 긴 아미노산 서열을 갖는 dCas9의 변이체 (예를 들어, 서열식별번호: 53의 변이체)가 제공된다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 바와 같은 Cas9 융합 단백질은 Cas9 단백질의 전장 아미노산 서열, 예를 들어 본원에 제공된 Cas9 서열 중 하나를 포함한다. 그러나, 다른 실시양태에서, 본원에 제공된 바와 같은 융합 단백질은 전장 Cas9 서열을 포함하는 것이 아니라, 단지 그의 단편만을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 Cas9 융합 단백질은 Cas9 단편을 포함하며, 여기서 단편은 crRNA 및 tracrRNA 또는 sgRNA에 결합하지만, 예를 들어 그것이 단지 뉴클레아제 도메인의 말단절단된 형태만을 포함하거나 또는 뉴클레아제 도메인을 전혀 포함하지 않는다는 점에서 기능적 뉴클레아제 도메인을 포함하지 않는다.
적합한 Cas9 도메인 및 Cas9 단편의 예시적인 아미노산 서열은 본원에 제공되며, Cas9 도메인 및 단편의 추가의 적합한 서열은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 분명할 것이다.
일부 실시양태에서, Cas9는 하기로부터의 Cas9를 지칭한다: 코리네박테리움 울세란스 (NCBI Ref: NC_015683.1, NC_017317.1); 코리네박테리움 디프테리아 (NCBI Ref: NC_016782.1, NC_016786.1); 스피로플라스마 시르피디콜라 (NCBI Ref: NC_021284.1); 프레보텔라 인터메디아 (NCBI Ref: NC_017861.1); 스피로플라스마 타이와넨세 (NCBI Ref: NC_021846.1); 스트렙토코쿠스 이니아에 (NCBI Ref: NC_021314.1); 벨리엘라 발티카 (NCBI Ref: NC_018010.1); 사이크로플렉수스 토르퀴시 (NCBI Ref: NC_018721.1); 스트렙토코쿠스 써모필루스 (NCBI Ref: YP_820832.1); 리스테리아 인노쿠아 (NCBI Ref: NP_472073.1); 캄필로박터 제주니 (NCBI Ref: YP_002344900.1); 또는 네이세리아 메닌기티디스 (NCBI Ref: YP_002342100.1).
추가의 Cas9 단백질 (예를 들어, 뉴클레아제 기능상실 Cas9 (dCas9), Cas9 니카제 (nCas9) 또는 뉴클레아제 활성 Cas9)은, 그의 변이체 및 상동체를 포함하여, 본 개시내용의 범주 내에 있다는 것이 인지되어야 한다. 예시적인 Cas9 단백질은, 비제한적으로, 하기 제공된 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, Cas9 단백질은 뉴클레아제 기능상실 Cas9 (dCas9)이다. 일부 실시양태에서, dCas9는 아미노산 서열 (서열식별번호: 34)을 포함한다. 일부 실시양태에서, Cas9 단백질은 Cas9 니카제 (nCas9)이다. 일부 실시양태에서, nCas9는 아미노산 서열 (서열식별번호: 35)을 포함한다. 일부 실시양태에서, Cas9 단백질은 뉴클레아제 활성 Cas9이다. 일부 실시양태에서, 뉴클레아제 활성 Cas9는 아미노산 서열 (서열식별번호: 36)을 포함한다.
예시적인 촉매 불활성 Cas9 (dCas9):
예시적인 Cas9 니카제 (nCas9):
예시적인 촉매 활성 Cas9:
일부 실시양태에서, Cas9는 단세포형 원핵 미생물의 도메인 및 계를 구성하는 고세균 (예를 들어 나노고세균)으로부터의 Cas9를 지칭한다. 일부 실시양태에서, Cas9는 CasX 또는 CasY를 지칭하며, 이는 예를 들어 문헌 [Burstein et al., "New CRISPR-Cas systems from uncultivated microbes." Cell Res. 2017 Feb 21. doi: 10.1038/cr.2017.21] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 기재되었다. 게놈-분해 메타유전체학을 사용하여, 생명체의 고세균 도메인에서 최초 보고된 Cas9를 포함한, 수많은 CRISPR-Cas 시스템이 확인되었다. 이 분기 Cas9 단백질은 활성 CRISPR-Cas 시스템의 일부로서 거의 연구되지 않은 나노고세균에서 발견되었다. 박테리아에서, 2종의 이전에 공지되지 않은 시스템인 CRISPR-CasX 및 CRISPR-CasY가 발견되었으며, 이는 이제껏 발견된 시스템 중 가장 소형이다. 일부 실시양태에서, Cas9는 CasX 또는 CasX의 변이체를 지칭한다. 일부 실시양태에서, Cas9는 CasY 또는 CasY의 변이체를 지칭한다. 다른 RNA-가이드 DNA 결합 단백질은 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp)로서 사용될 수 있고 본 개시내용의 범주 내에 있다는 것이 인지되어야 한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것의 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp)은 CasX 또는 CasY 단백질일 수 있다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 CasX 단백질이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 CasY 단백질이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 자연 발생 CasX 또는 CasY 단백질에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 자연 발생 CasX 또는 CasY 단백질이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 서열식별번호: 417-419 중 어느 하나에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 서열식별번호: 417-419 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 다른 박테리아 종으로부터의 CasX 및 CasY는 또한 본 개시내용에 따라 사용될 수 있다는 것이 인지되어야 한다.
본원에 사용된 용어 "유효량"은 목적하는 생물학적 반응을 도출해내기에 충분한 생물학적 활성제의 양을 지칭한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 핵염기 편집제의 유효량은 핵염기 편집제에 의해 특이적으로 결합되고 돌연변이되는 표적 부위의 돌연변이를 유도하기에 충분한 핵염기 편집제의 양을 지칭할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질, 예를 들어 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 및 데아미나제 도메인 (예를 들어, 아데노신 데아미나제 도메인)을 포함하는 융합 단백질의 유효량은 융합 단백질에 의해 특이적으로 결합되고 편집되는 표적 부위의 편집을 유도하기에 충분한 융합 단백질의 양을 지칭할 수 있다. 통상의 기술자에 의해 인지될 바와 같이, 작용제, 예를 들어 융합 단백질, 핵염기 편집제, 데아미나제, 하이브리드 단백질, 단백질 이량체, 단백질 (또는 단백질 이량체) 및 폴리뉴클레오티드의 복합체, 또는 폴리뉴클레오티드의 유효량은, 예를 들어 목적하는 생물학적 반응, 예를 들어 편집될 특이적 대립유전자, 게놈 또는 표적 부위, 표적화될 세포 또는 조직, 및 사용될 작용제와 같은 다양한 인자에 좌우될 수 있다.
본원에 사용된 용어 "핵산" 및 "핵산 분자"는 핵염기 및 산성 모이어티, 예를 들어 뉴클레오시드, 뉴클레오티드, 또는 뉴클레오티드의 중합체를 포함하는 화합물을 지칭한다. 전형적으로, 중합체 핵산, 예를 들어 3개 이상의 뉴클레오티드를 포함하는 핵산 분자는 선형 분자이며, 여기서 인접 뉴클레오티드는 포스포디에스테르 연결을 통해 서로 연결된다. 일부 실시양태에서, "핵산"은 개별 핵산 잔기 (예를 들어 뉴클레오티드 및/또는 뉴클레오시드)를 지칭한다. 일부 실시양태에서, "핵산"은 3개 이상의 개별 뉴클레오티드 잔기를 포함하는 올리고뉴클레오티드 쇄를 지칭한다. 본원에 사용된 용어 "올리고뉴클레오티드" 및 "폴리뉴클레오티드"는 뉴클레오티드의 중합체 (예를 들어, 일련의 적어도 3개의 뉴클레오티드)를 지칭하는 것으로 상호교환가능하게 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, "핵산"은 RNA 뿐만 아니라 단일 및/또는 이중-가닥 DNA를 포괄한다. 핵산은, 예를 들어 게놈, 전사체, mRNA, tRNA, rRNA, siRNA, snRNA, 플라스미드, 코스미드, 염색체, 크로마티드 또는 다른 자연 발생 핵산 분자와 관련하여 자연 발생일 수 있다. 다른 한편으로, 핵산 분자는 비-자연 발생 분자, 예를 들어 재조합 DNA 또는 RNA, 인공 염색체, 조작된 게놈, 또는 그의 단편, 또는 합성 DNA, RNA, DNA/RNA 하이브리드이거나, 또는 비-자연 발생 뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드를 포함할 수 있다. 추가로, 용어 "핵산", "DNA", "RNA", 및/또는 유사한 용어는 핵산 유사체, 예를 들어 포스포디에스테르 백본 이외의 것을 갖는 유사체를 포함한다. 핵산은 천연 공급원으로부터 정제되고, 재조합 발현 시스템을 사용하여 생성되고, 임의로 정제되고, 화학적으로 합성 등이 될 수 있다. 적절한 경우, 예를 들어 화학적으로 합성된 분자의 경우, 핵산은 뉴클레오시드 유사체, 예컨대 화학적으로 변형된 염기 또는 당, 및 백본 변형을 갖는 유사체를 포함할 수 있다. 핵산 서열은 달리 나타내지 않는 한 5'에서 3'로의 방향으로 제시된다. 일부 실시양태에서, 핵산은 천연 뉴클레오시드 (예를 들어 아데노신, 티미딘, 구아노신, 시티딘, 우리딘, 데옥시아데노신, 데옥시티미딘, 데옥시구아노신 및 데옥시시티딘); 뉴클레오시드 유사체 (예를 들어, 2-아미노아데노신, 2-티오티미딘, 이노신, 피롤로-피리미딘, 3-메틸 아데노신, 5-메틸시티딘, 2-아미노아데노신, C5-브로모우리딘, C5-플루오로우리딘, C5-아이오도우리딘, C5-프로피닐-우리딘, C5-프로피닐-시티딘, C5-메틸시티딘, 2-아미노아데노신, 7-데아자아데노신, 7-데아자구아노신, 8-옥소아데노신, 8-옥소구아노신, O(6)-메틸구아닌 및 2-티오시티딘); 화학적으로 변형된 염기; 생물학적으로 변형된 염기 (예를 들어, 메틸화 염기); 삽입된 염기; 변형된 당 (예를 들어, 2'-플루오로리보스, 리보스, 2'-데옥시리보스, 아라비노스 및 헥소스); 및/또는 변형된 포스페이트 기 (예를 들어, 포스포로티오에이트 및 5'-N-포스포르아미다이트 연결)이거나 또는 이를 포함한다.
본원에 사용된 용어 "증식성 질환"은 세포 또는 세포 집단이 비정상적으로 상승된 증식률을 나타낸다는 점에서 세포 또는 조직 항상성이 교란된 임의의 질환을 지칭한다. 증식성 질환은 과다증식성 질환, 예컨대 전-신생물성 과다형성 상태 및 신생물성 질환을 포함한다. 신생물성 질환은 세포의 비정상적 증식을 특징으로 하며, 양성 및 악성 신생물 둘 다를 포함한다. 악성 신생물은 또한 암으로 지칭된다.
용어 "단백질", "펩티드" 및 "폴리펩티드"는 본원에서 상호교환가능하게 사용되며, 펩티드 (아미드) 결합에 의해 함께 연결된 아미노산 잔기의 중합체를 지칭한다. 상기 용어는 임의의 크기, 구조 또는 기능의 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드를 지칭한다. 전형적으로, 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드는 적어도 3개의 아미노산 길이일 것이다. 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드는 개별 단백질 또는 단백질의 집합을 지칭할 수 있다. 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드에서의 아미노산 중 1개 이상은, 예를 들어 화학 물질, 예컨대 탄수화물 기, 히드록실 기, 포스페이트 기, 파르네실 기, 이소파르네실 기, 지방산 기, 접합용 링커의 첨가, 관능화, 또는 다른 변형 등에 의해 변형될 수 있다. 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드는 또한 단일 분자일 수 있거나 또는 다중-분자 복합체일 수 있다. 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드는 단지 자연 발생 단백질 또는 펩티드의 단편일 수 있다. 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드는 자연 발생, 재조합 또는 합성, 또는 그의 임의의 조합일 수 있다. 본원에 사용된 용어 "융합 단백질"은 적어도 2종의 상이한 단백질로부터의 단백질 도메인을 포함하는 하이브리드 폴리펩티드를 지칭한다. 1종의 단백질은 융합 단백질의 아미노-말단 (N-말단) 부분에 또는 카르복시-말단 (C-말단) 단백질에 위치하며, 따라서 각각 "아미노-말단 융합 단백질" 또는 "카르복시-말단 융합 단백질"을 형성할 수 있다. 단백질은 핵산 편집 단백질의 상이한 도메인, 예를 들어 핵산 결합 도메인 (예를 들어, 표적 부위에 대한 단백질의 결합을 지시하는 Cas9의 gRNA 결합 도메인) 및 핵산 절단 도메인 또는 촉매 도메인을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 단백질은 단백질성 부분, 예를 들어 핵산 결합 도메인을 구성하는 아미노산 서열, 및 유기 화합물, 예를 들어 핵산 절단제로서 작용할 수 있는 화합물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단백질은 핵산, 예를 들어 RNA와 복합체로 존재하거나 또는 그와 회합된다. 본원에 제공된 단백질 중 임의의 것은 관련 기술분야에 공지된 임의의 방법에 의해 생성될 수 있다. 예를 들어, 본원에 제공된 단백질은 펩티드 링커를 포함하는 융합 단백질에 특별히 적합한 재조합 단백질 발현 및 정제를 통해 생성될 수 있다. 재조합 단백질 발현 및 정제를 위한 방법은 널리 공지되어 있고 문헌 [Green and Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4th ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2012)] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 기재된 것을 포함한다.
용어 "RNA-프로그램가능 뉴클레아제" 및 "RNA-가이드 뉴클레아제"는 본원에서 상호교환가능하게 사용되며, 절단을 위한 표적이 아닌 1개 이상의 RNA(들)와 복합체를 형성하는 (예를 들어, 그와 결합하거나 회합하는) 뉴클레아제를 지칭한다. 일부 실시양태에서, RNA-프로그램가능 뉴클레아제는, RNA와의 복합체로 존재하는 경우, 뉴클레아제:RNA 복합체로 지칭될 수 있다. 전형적으로, 결합된 RNA(들)는 가이드 RNA (gRNA)로 지칭된다. gRNA는 2개 이상의 RNA의 복합체로서, 또는 단일 RNA 분자로서 존재할 수 있다. 단일 RNA 분자로서 존재하는 gRNA는 단일-가이드 RNA (sgRNA)로 지칭될 수 있으며, "gRNA"는 단일 분자로서 또는 2개 이상의 분자의 복합체로서 존재하는 가이드 RNA를 지칭하는데 상호교환가능하게 사용된다. 전형적으로, 단일 RNA 종으로서 존재하는 gRNA는 다음 2개의 도메인을 포함한다: (1) 표적 핵산에 대한 상동성을 공유하는 (예를 들어, 그리고 표적에 대한 Cas9 복합체의 결합을 지시하는) 도메인; 및 (2) Cas9 단백질에 결합하는 도메인. 일부 실시양태에서, 도메인 (2)는 tracrRNA로 공지된 서열에 상응하며, 스템-루프 구조를 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 도메인 (2)는 문헌 [Jinek et al., Science 337:816-821(2012)] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 제공된 바와 같은 tracrRNA와 동일하거나 상동이다. gRNA의 다른 예 (예를 들어, 도메인 2를 포함하는 것)는 2013년 9월 6일에 출원된 발명의 명칭 "스위칭가능한 Cas9 뉴클레아제 및 그의 용도"인 미국 특허 가출원 U.S.S.N. 61/874,682, 및 2013년 9월 6일에 출원된 발명의 명칭 "기능적 뉴클레아제를 위한 전달 시스템"인 미국 특허 가출원 U.S.S.N. 61/874,746에서 발견될 수 있으며, 각각의 전체 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다. 일부 실시양태에서, gRNA는 도메인 (1) 및 (2) 중 2개 이상을 포함하며, "연장된 gRNA"로 지칭될 수 있다. 예를 들어, 연장된 gRNA는, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이 2종 이상의 Cas9 단백질에 결합하고, 2개 이상의 별개의 영역에서 표적 핵산에 결합할 것이다. gRNA는 표적 부위를 보완하는 뉴클레오티드 서열을 포함하며, 이는 상기 표적 부위에 대한 뉴클레아제/RNA 복합체의 결합을 매개하여, 뉴클레아제:RNA 복합체의 서열 특이성을 제공한다. 일부 실시양태에서, RNA-프로그램가능 뉴클레아제는 (CRISPR-연관 시스템) Cas9 엔도뉴클레아제, 예를 들어 스트렙토코쿠스 피오게네스로부터의 Cas9 (Csn1)이다 (예를 들어, 문헌 ["Complete genome sequence of an M1 strain of Streptococcus pyogenes." Ferretti J.J., McShan W.M., Ajdic D.J., Savic D.J., Savic G., Lyon K., Primeaux C., Sezate S., Suvorov A.N., Kenton S., Lai H.S., Lin S.P., Qian Y., Jia H.G., Najar F.Z., Ren Q., Zhu H., Song L., White J., Yuan X., Clifton S.W., Roe B.A., McLaughlin R.E., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98:4658-4663(2001); "CRISPR RNA maturation by trans-encoded small RNA and host factor RNase III." Deltcheva E., Chylinski K., Sharma C.M., Gonzales K., Chao Y., Pirzada Z.A., Eckert M.R., Vogel J., Charpentier E., Nature 471:602-607(2011); 및 "A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity." Jinek M., Chylinski K., Fonfara I., Hauer M., Doudna J.A., Charpentier E. Science 337:816-821(2012)] 참조, 상기 문헌 각각의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨).
RNA-프로그램가능 뉴클레아제 (예를 들어, Cas9)는 DNA 절단 부위를 표적화하기 위해 RNA:DNA 혼성화를 사용하기 때문에, 이들 단백질은 원칙적으로 가이드 RNA에 의해 특정된 임의의 서열에 표적화될 수 있다. 부위-특이적 절단 (예를 들어, 게놈을 변형시키기 위함)을 위해 RNA-프로그램가능 뉴클레아제, 예컨대 Cas9를 사용하는 방법은 관련 기술분야에 공지되어 있다 (예를 들어, 문헌 [Cong, L. et al., Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems. Science 339, 819-823 (2013); Mali, P. et al., RNA-guided human genome engineering via Cas9. Science 339, 823-826 (2013); Hwang, W.Y. et al., Efficient genome editing in zebrafish using a CRISPR-Cas system. Nature biotechnology 31, 227-229 (2013); Jinek, M. et al., RNA-programmed genome editing in human cells. eLife 2, e00471 (2013); Dicarlo, J.E. et al., Genome engineering in Saccharomyces cerevisiae using CRISPR-Cas systems. Nucleic acids research (2013); Jiang, W. et al. RNA-guided editing of bacterial genomes using CRISPR-Cas systems. Nature biotechnology 31, 233-239 (2013)] 참조, 상기 문헌 각각의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨).
본원에 사용된 용어 "대상체"는 개별 유기체, 예를 들어 개별 포유동물을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 인간이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 비-인간 포유동물이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 비-인간 영장류이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 설치류이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 양, 염소, 소, 고양이 또는 개이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 척추동물, 양서류, 파충류, 어류, 곤충, 파리 또는 선충류이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 연구용 동물이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 유전자 조작되며, 예를 들어 유전자 조작된 비-인간 대상체이다. 대상체는 어느 한 성별일 수 있고 임의의 발달 단계에 있을 수 있다.
용어 "표적 부위"는 데아미나제 또는 데아미나제를 포함하는 융합 단백질 (예를 들어, 본원에 제공된 dCas9-아데노신 데아미나제 융합 단백질)에 의해 탈아미노화되는 핵산 분자 내의 서열을 지칭한다.
용어 "치료", "치료하다" 및 "치료하는"은 본원에 기재된 바와 같은 질환 또는 장애, 또는 그의 1종 이상의 증상을 역전시키거나, 완화시키거나, 그의 발병을 지연시키거나 또는 그의 진행을 억제하는 것을 목표로 하는 임상 개입을 지칭한다. 본원에 사용된 용어 "치료", "치료하다" 및 "치료하는"은 본원에 기재된 바와 같은 질환 또는 장애, 또는 그의 1종 이상의 증상을 역전시키거나, 완화시키거나, 그의 발병을 지연시키거나 또는 그의 진행을 억제하는 것을 목표로 하는 임상 개입을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 치료는 1종 이상의 증상이 발생하였고/거나 질환이 진단된 후에 투여될 수 있다. 다른 실시양태에서, 치료는 증상의 부재 하에서, 예를 들어 증상의 발병을 예방 또는 지연시키거나, 또는 질환의 발병 또는 진행을 억제하기 위해 투여될 수 있다. 예를 들어, 치료는 증상의 발병 전에 (예를 들어, 증상의 병력에 비추어 및/또는 유전적 또는 다른 감수성 인자에 비추어) 걸리기 쉬운 개체에게 투여될 수 있다. 치료는 또한, 예를 들어 그의 재발을 방지 또는 지연시키기 위해, 증상이 해소된 후에 계속될 수 있다.
단백질 또는 핵산과 관련하여 본원에 사용된 용어 "재조합"은 자연에서 발생하는 것이 아니라 인간 조작의 생성물인 단백질 또는 핵산을 지칭한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 재조합 단백질 또는 핵산 분자는 임의의 자연 발생 서열과 비교하여 적어도 1개, 적어도 2개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개 또는 적어도 7개의 돌연변이를 포함하는 아미노산 또는 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
발명의 상세한 설명
본 개시내용의 일부 측면은 핵염기 아데닌을 탈아미노화하는 단백질에 관한 것이다. 본 개시내용은 데옥시리보핵산 (DNA) 내 데옥시아데노신 잔기의 아데닌을 탈아미노화 (즉, 아민 기 제거)할 수 있는 아데노신 데아미나제 단백질을 제공한다. 예를 들어, 본원에 제공된 아데노신 데아미나제는 DNA의 데옥시아데노신 잔기의 아데닌을 탈아미노화할 수 있다. 본 발명 전에는 DNA 중 데옥시아데노신을 탈아미노화할 수 있는 공지된 아데노신 데아미나제가 존재하지 않았다는 것이 인지되어야 한다. 본 개시내용의 다른 측면은 아데노신 데아미나제 (예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 DNA 중 데옥시아데노신을 탈아미노화하는 아데노신 데아미나제) 및 특이적 뉴클레오티드 서열에 결합할 수 있는 도메인 (예를 들어, Cas9 또는 Cpf1 단백질)을 포함하는 융합 단백질을 제공한다. 아데노신 데아미나제에 의한 아데노신의 탈아미노화는 점 돌연변이를 유도할 수 있으며, 이 과정은 본원에서 핵산 편집으로 지칭된다. 예를 들어, 아데노신은 이노신 잔기로 전환될 수 있으며, 이는 전형적으로 시토신 잔기와 염기 쌍을 이룬다. 이러한 융합 단백질은 특히 핵산 서열의 표적화된 편집에 유용하다. 이러한 융합 단백질은 시험관내 DNA의 표적화된 편집, 예를 들어 돌연변이체 세포 또는 동물의 생성; 표적화된 돌연변이의 도입, 예를 들어 생체외 세포에서의, 예를 들어 대상체로부터 수득된 후 후속적으로 동일한 또는 또 다른 대상체 내로 재-도입되는 세포에서의 유전적 결함의 교정; 및 생체내 표적화된 돌연변이의 도입, 예를 들어 대상체에서의 질환-연관된 유전자 내 유전적 결함의 교정 또는 탈활성화 돌연변이의 도입에 유용하다. 예로서, A에서 G 또는 T에서 C로의 돌연변이를 만듦으로써 치료될 수 있는 질환은 본원에 제공된 핵염기 편집제를 사용하여 치료될 수 있다. 본 발명은 데아미나제 및 핵염기 편집제를 이용하는, 데아미나제, 융합 단백질, 핵산, 벡터, 세포, 조성물, 방법, 키트, 시스템 등을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 핵염기 편집제는 1개 이상의 단백질 도메인을 함께 융합시켜 융합 단백질을 생성함으로써 제조될 수 있다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질은 융합 단백질의 염기 편집 활성 (예를 들어, 효율, 선택성 및 특이성)을 개선시키는 1개 이상의 특색을 포함한다. 예를 들어, 본원에 제공된 융합 단백질은 감소된 뉴클레아제 활성을 갖는 Cas9 도메인을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질은 뉴클레아제 활성을 갖지 않는 Cas9 도메인 (dCas9), 또는 Cas9 니카제 (nCas9)로 지칭되는, 듀플렉스 DNA 분자의 한 가닥을 절단하는 Cas9 도메인을 가질 수 있다. 어떠한 특정한 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, 촉매 잔기 (예를 들어, H840) 돌연변이의 존재는 표적화된 A에 대향하는 T를 함유하는 비-편집 (예를 들어, 비-탈아미노화) 가닥을 절단하기 위한 Cas9의 활성을 유지한다. Cas9의 촉매 잔기의 돌연변이 (예를 들어, D10에서 A10으로)는 표적화된 A 잔기를 함유하는 편집된 가닥의 절단을 방지한다. 이러한 Cas9 변이체는 gRNA-한정된 표적 서열에 기초하여 특이적 위치에서 단일-가닥 DNA 파괴 (닉)를 생성할 수 있어, 비-편집 가닥의 복구를 유도하여, 궁극적으로 비-편집 가닥 상의 T에서 C로의 변화를 유발한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것은 이노신 염기 절제 복구의 억제제, 예를 들어 우라실 글리코실라제 억제제 (UGI) 도메인 또는 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제 (dISN)를 추가로 포함한다. 어떠한 특정한 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, UGI 도메인 또는 dISN은 탈아미노화된 아데노신 잔기 (예를 들어, 이노신)의 염기 절제 복구를 억제 또는 방지할 수 있으며, 이는 염기 편집제의 활성 또는 효율을 개선시킬 수 있다.
아데노신 데아미나제
본 개시내용의 일부 측면은 아데노신 데아미나제를 제공한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 아데노신 데아미나제는 아데닌을 탈아미노화할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 아데노신 데아미나제는 DNA의 데옥시아데노신 잔기에서의 아데닌을 탈아미노화할 수 있다. 아데노신 데아미나제는 임의의 적합한 유기체 (예를 들어, 이. 콜라이)로부터 유래될 수 있다. 일부 실시양태에서, 아데닌 데아미나제는 본원에 제공된 돌연변이 (예를 들어, ecTadA에서의 돌연변이) 중 임의의 것에 상응하는 1개 이상의 돌연변이를 포함하는 자연 발생 아데노신 데아미나제이다. 관련 기술분야의 통상의 기술자는 관련 기술분야에 널리 공지된 방법, 예를 들어 서열 정렬 및 상동 잔기의 결정에 의해 임의의 상동 단백질 및 각각의 코딩 핵산에서 상응하는 잔기를 확인할 수 있을 것이다. 따라서, 관련 기술분야의 통상의 기술자는 본원에 기재된 돌연변이 중 임의의 것, 예를 들어 ecTadA에서 확인된 돌연변이 중 임의의 것에 상응하는 임의의 자연 발생 아데노신 데아미나제 (예를 들어, ecTadA에 대한 상동성을 갖는 것)에 돌연변이를 생성시킬 수 있을 것이다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 원핵생물로부터의 것이다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 박테리아로부터의 것이다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 에스케리키아 콜라이, 스타필로코쿠스 아우레우스, 살모넬라 티피, 슈와넬라 푸트레파시엔스, 헤모필루스 인플루엔자에, 카울로박터 크레센투스 또는 바실루스 서브틸리스로부터의 것이다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 이. 콜라이로부터의 것이다.
원핵 TadA 단백질의 예시적인 정렬은 도 92에 제시된다. 청색으로 강조된 잔기는 ssDNA 상에서 A에서 I로의 탈아미노화를 촉매하는데 중요할 수 있는 잔기이다. 따라서, 본원에 제공된 ecTadA에서 확인된 돌연변이 중 임의의 것은 또 다른 아데닌 데아미나제, 예를 들어 또 다른 박테리아로부터의 TadA 데아미나제 내 임의의 상동 잔기에서 만들어질 수 있다는 것이 인지되어야 한다. 도 93은 상대 서열 동일성 분석 (서열 동일성의 열지도)을 보여준다:
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437, 672-684 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것에 대해 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 본원에 제공된 아데노신 데아미나제는 1개 이상의 돌연변이 (예를 들어, 본원에 제공된 돌연변이 중 임의의 것)를 포함할 수 있다는 것이 인지되어야 한다. 본 개시내용은 임의의 데아미나제 도메인에 특정 퍼센트 동일성 플러스 본원에 기재된 돌연변이 중 임의의 것 또는 그의 조합을 제공한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437, 672-684에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것과 비교하여 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 21, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개 또는 그 초과의 돌연변이를 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437, 672-684에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것과 비교하여 적어도 5, 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50, 적어도 60, 적어도 70, 적어도 80, 적어도 90, 적어도 100, 적어도 110, 적어도 120, 적어도 130, 적어도 140, 적어도 150, 적어도 160 또는 적어도 170개의 동일한 인접 아미노산 잔기를 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
진화 #1 및 #2 돌연변이
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 D108X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 D108G, D108N, D108V, D108A 또는 D108Y 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 데아미나제의 예시적인 정렬은 도 92에 제시된다. 그러나, 추가의 데아미나제가 본원에 제공된 바와 같이 돌연변이될 수 있는 상동 아미노산 잔기를 확인하기 위해 유사하게 정렬될 수 있다는 것이 인지되어야 한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 A106X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 A106V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 E155X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X의 존재는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 E155D, E155G 또는 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 D147X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X의 존재는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 D147Y 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
본원에 제공된 돌연변이 중 임의의 것 (예를 들어, 서열식별번호: 1의 ecTadA 아미노산 서열에 기초함)은 다른 아데노신 데아미나제, 예컨대 에스. 아우레우스 TadA (saTadA) 또는 다른 아데노신 데아미나제 (예를 들어, 박테리아 아데노신 데아미나제) 내로 도입될 수 있다는 것이 인지되어야 한다. ecTadA에서의 돌연변이된 잔기에 상동인 다른 아데노신 데아미나제로부터의 아미노산 잔기를 확인하는 방법은 통상의 기술자에게 분명할 것이다. 따라서, ecTadA에서 확인된 돌연변이 중 임의의 것은 상동 아미노산 잔기를 갖는 다른 아데노신 데아미나제에서 만들어질 수 있다. 또한 본원에 제공된 돌연변이 중 임의의 것은 ecTadA 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서 개별적으로 또는 임의의 조합으로 만들어질 수 있다는 것인 인지되어야 한다. 예를 들어, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 D108N, A106V, E155V 및/또는 D147Y 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 함유할 수 있다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 하기 돌연변이의 군 (돌연변이의 군은 ";"으로 구분됨) 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다: D108N 및 A106V; D108N 및 E155V; D108N 및 D147Y; A106V 및 E155V; A106V 및 D147Y; E155V 및 D147Y; D108N, A106V, 및 E55V; D108N, A106V, 및 D147Y; D108N, E55V, 및 D147Y; A106V, E55V, 및 D147Y; 및 D108N, A106V, E55V, 및 D147Y. 그러나, 본원에 제공된 상응하는 돌연변이의 임의의 조합이 아데노신 데아미나제 (예를 들어, ecTadA)에서 만들어질 수 있다는 것이 인지되어야 한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 및 saTadA에서 만들어진 개별 돌연변이 및 돌연변이의 조합을 확인시켜 주는 표 4에 제시된 돌연변이 중 1개 이상을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 표 4에 제시된 돌연변이 또는 돌연변이의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8X, T17X, L18X, W23X, L34X, W45X, R51X, A56X, E59X, E85X, M94X, I95X, V102X, F104X, A106X, R107X, D108X, K110X, M118X, N127X, A138X, F149X, M151X, R153X, Q154X, I156X 및/또는 K157X 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X의 존재는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, T17S, L18E, W23L, L34S, W45L, R51H, A56E, 또는 A56S, E59G, E85K, 또는 E85G, M94L, I95I, V102A, F104L, A106V, R107C, 또는 R107H, 또는 R107P, D108G, 또는 D108N, 또는 D108V, 또는 D108A, 또는 D108Y, K110I, M118K, N127S, A138V, F149Y, M151V, R153C, Q154L, I156D 및/또는 K157R 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에 상응하는 도 11에 제공된 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에 상응하는, 도 11에 제시된 구축물 1-16 중 어느 하나 또는 표 4에 제시된 구축물 중 어느 하나에서의 돌연변이 또는 돌연변이들 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8X, D108X 및/또는 N127X 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 임의의 아미노산의 존재를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, D108N 및/또는 N127S 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8X, R26X, M61X, L68X, M70X, A106X, D108X, A109X, N127X, D147X, R152X, Q154X, E155X, K161X, Q163X 및/또는 T166X 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산의 존재를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, R26W, M61I, L68Q, M70V, A106T, D108N, A109T, N127S, D147Y, R152C, Q154H 또는 Q154R, E155G 또는 E155V 또는 E155D, K161Q, Q163H 및/또는 T166P 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8X, D108X, N127X, D147X, R152X 및 Q154X 로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산의 존재를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8X, M61X, M70X, D108X, N127X, Q154X, E155X 및 Q163X로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산의 존재를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8X, D108X, N127X, E155X 및 T166X로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4 또는 5개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산의 존재를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8X, A106X, D108X, N127X, E155X 및 K161X로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산의 존재를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8X, R126X, L68X, D108X, N127X, D147X 및 E155X로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산의 존재를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8X, D108X, A109X, N127X 및 E155X 로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4 또는 5개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산의 존재를 나타낸다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, D108N, N127S, D147Y, R152C 및 Q154H로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, M61I, M70V, D108N, N127S, Q154R, E155G 및 Q163H로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, D108N, N127S, E155V 및 T166P로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4 또는 5개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, A106T, D108N, N127S, E155D 및 K161Q로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, R126W, L68Q, D108N, N127S, D147Y 및 E155V로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, D108N, A109T, N127S 및 E155G로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4 또는 5개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에 상응하는 도 16에 제공된 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에 상응하는 도 16의 구축물 pNMG-149 내지 pNMG-154 중 어느 하나의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 D108N, D108G 또는 D108V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 A106V 및 D108N 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 R107C 및 D108N 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, D108N, N127S, D147Y 및 Q154H 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, R24W, D108N, N127S, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 D108N, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, D108N 및 S127S 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 A106V, D108N, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 S2X, H8X, I49X, L84X, H123X, N127X, I156X 및/또는 K160X 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X의 존재는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제 서열식별번호: 1에서의 S2A, H8Y, I49F, L84F, H123Y, N127S, I156F 및/또는 K160S 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에 상응하는 도 97에 제공된 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에 상응하는 도 97에 제시된 클론 1-3 중 어느 하나의 돌연변이 또는 돌연변이들 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 L84X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 L84F 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 H123X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H123Y 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 I157X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 I157F 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 L84X, A106X, D108X, H123X, D147X, E155X 및 I156X로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산의 존재를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 S2X, I49X, A106X, D108X, D147X 및 E155X로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산의 존재를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8X, A106X, D108X, N127X 및 K160X로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4 또는 5개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산의 존재를 나타낸다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 L84F, A106V, D108N, H123Y, D147Y, E155V 및 I156F로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 S2A, I49F, A106V, D108N, D147Y 및 E155V로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H8Y, A106T, D108N, N127S 및 K160S로 이루어진 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4 또는 5개의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 E25X, R26X, R107X, A142X 및/또는 A143X 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X의 존재는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 E25M, E25D, E25A, E25R, E25V, E25S, E25Y, R26G, R26N, R26Q, R26C, R26L, R26K, R107P, R07K, R107A, R107N, R107W, R107H, R107S, A142N, A142D, A142G, A143D, A143G, A143E, A143L, A143W, A143M, A143S, A143Q 및/또는 A143R 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에 상응하는 표 7에 제공된 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에 상응하는 표 7에 제시된 클론 1-22 중 어느 하나의 돌연변이 또는 돌연변이들 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 E25X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 E25M, E25D, E25A, E25R, E25V, E25S 또는 E25Y 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 R26X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 R26G, R26N, R26Q, R26C, R26L 또는 R26K 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 R107X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 R107P, R07K, R107A, R107N, R107W, R107H 또는 R107S 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 A142X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 A142N, A142D, A142G 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 A143X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 A143D, A143G, A143E, A143L, A143W, A143M, A143S, A143Q 및/또는 A143R 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H36X, N37X, P48X, I49X, R51X, M70X, N72X, D77X, E134X, S146X, Q154X, K157X 및/또는 K161X 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X의 존재는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H36L, N37T, N37S, P48T, P48L, I49V, R51H, R51L, M70L, N72S, D77G, E134G, S146R, S146C, Q154H, K157N 및/또는 K161T 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에 상응하는 도 125-128 중 어느 하나에 제공된 돌연변이 중 1개 이상 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에 상응하는 도 125-128 중 어느 하나에 제시된 클론 1-11 중 어느 하나의 돌연변이 또는 돌연변이들 또는 또 다른 아데노신 데아미나제서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 H36X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 H36L 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 N37X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 N37T 또는 N37S 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 P48X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 P48T 또는 P48L 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 R51X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 R51H 또는 R51L 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 S146X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 S146R 또는 S146C 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 K157X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 K157N 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 P48X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 P48S, P48T 또는 P48A 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 A142X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 A142N 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 W23X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 W23R 또는 W23L 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 ecTadA 서열식별번호: 1에서의 R152X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 야생형 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 아미노산 이외의 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에서의 R152P 또는 R52H 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
아데노신 데아미나제 (예를 들어, 제1 또는 제2 아데노신 데아미나제)는 표 4에 제시된 아데노신 데아미나제 (예를 들어, ecTadA 아데노신 데아미나제) 중 임의의 것에 제공된 돌연변이 중 1개 이상을 포함할 수 있다는 것이 인지되어야 한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 표 4에 제시된 아데노신 데아미나제 (예를 들어, ecTadA 아데노신 데아미나제) 중 임의의 것에 제공된 돌연변이의 조합을 포함한다. 예를 들어, 아데노신 데아미나제는 돌연변이 H36L, R51L, L84F, A106V, D108N, H123Y, S146C, D147Y, E155V, I156F 및 K157N을 포함할 수 있으며, 이들은 클론 pNMG-477의 제2 ecTadA (서열식별번호: 1에 대한 것)에 제시된다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1에 대해 하기 돌연변이의 조합을 포함하며, 여기서 조합의 각각의 돌연변이는 "_"로 분리되고 돌연변이의 각각의 조합은 괄호 사이에 있다:
(A106V_D108N), (R107C_D108N), (H8Y_D108N_S127S_D147Y_Q154H), (H8Y_R24W_D108N_N127S_D147Y_E155V), (D108N_D147Y_E155V), (H8Y_D108N_S127S), (H8Y_D108N_N127S_D147Y_Q154H), (A106V_D108N_D147Y_E155V), (D108Q_D147Y_E155V), (D108M_D147Y_E155V), (D108L_D147Y_E155V), (D108K_D147Y_E155V), (D108I_D147Y_E155V), (D108F_D147Y_E155V), (A106V_D108N_D147Y), (A106V_D108M_D147Y_E155V), (E59A_A106V_D108N_D147Y_E155V), (E59A 촉매 기능상실_A106V_D108N_D147Y_E155V), (L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156Y), (L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F), (D103A_D014N), (G22P_D103A_D104N), (G22P_D103A_D104N_S138A), (D103A_D104N_S138A), (R26G_L84F_A106V_R107H_D108N_H123Y_A142N_A143D_D147Y_E155V_I156F), (E25G_R26G_L84F_A106V_R107H_D108N_H123Y_A142N_A143D_D147Y_E155V_I156F), (E25D_R26G_L84F_A106V_R107K_D108N_H123Y_A142N_A143G_D147Y_E155V_I156F), (R26Q_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142N_D147Y_E155V_I156F), (E25M_R26G_L84F_A106V_R107P_D108N_H123Y_A142N_A143D_D147Y_E155V_I156F), (R26C_L84F_A106V_R107H_D108N_H123Y_A142N_D147Y_E155V_I156F), (L84F_A106V_D108N_H123Y_A142N_A143L_D147Y_E155V_I156F), (R26G_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142N_D147Y_E155V_I156F), (E25A_R26G_L84F_A106V_R107N_D108N_H123Y_A142N_A143E_D147Y_E155V_I156F), (R26G_L84F_A106V_R107H_D108N_H123Y_A142N_A143D_D147Y_E155V_I156F), (A106V_D108N_A142N_D147Y_E155V), (R26G_A106V_D108N_A142N_D147Y_E155V), (E25D_R26G_A106V_R107K_D108N_A142N_A143G_D147Y_E155V), (R26G_A106V_D108N_R107H_A142N_A143D_D147Y_E155V), (E25D_R26G_A106V_D108N_A142N_D147Y_E155V), (A106V_R107K_D108N_A142N_D147Y_E155V), (A106V_D108N_A142N_A143G_D147Y_E155V), (A106V_D108N_A142N_A143L_D147Y_E155V), (H36L_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N), (N37T_P48T_M70L_L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_I49V_E155V_I156F), (N37S_L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F_K161T), (H36L_L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_Q154H_E155V_I156F), (N72S_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146R_D147Y_E155V_I156F), (H36L_P48L_L84F_A106V_D108N_H123Y_E134G_D147Y_E155V_I156F), (H36L_L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F_K157N), (H36L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F), (L84F_A106V_D108N_H123Y_S146R_D147Y_E155V_I156F_K161T), (N37S_R51H_D77G_L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F), (R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F_K157N), (D24G_Q71R_L84F_H96L_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F_K160E), (H36L_G67V_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146T_D147Y_E155V_I156F), (Q71L_L84F_A106V_D108N_H123Y_L137M_A143E_D147Y_E155V_I156F), (E25G_L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F_Q159L), (L84F_A91T_F104I_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F), (N72D_L84F_A106V_D108N_H123Y_G125A_D147Y_E155V_I156F), (P48S_L84F_S97C_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F), (W23G_L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F), (D24G_P48L_Q71R_L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F_Q159L), (L84F_A106V_D108N_H123Y_A142N_D147Y_E155V_I156F), (H36L_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142N_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N), (N37S_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142N_D147Y_E155V_I156F_K161T), (L84F_A106V_D108N_D147Y_E155V_I156F), (R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N_K161T), (L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K161T), (L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N_K160E_K161T), (L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N_K160E), (R74Q_L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F), (R74A_L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F), (L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F), (R74Q_L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F), (L84F_R98Q_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F), (L84F_A106V_D108N_H123Y_R129Q_D147Y_E155V_I156F), (P48S_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142N_D147Y_E155V_I156F), (P48S_A142N), (P48T_I49V_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142N_D147Y_E155V_I156F_L157N), (P48T_I49V_A142N), (H36L_P48S_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N), (H36L_P48S_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_A142N_D147Y_E155V_I156F_K157N), (H36L_P48T_I49V_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N), (H36L_P48T_I49V_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142N_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N), (H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N), (H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142N_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N), (H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_A142N_D147Y_E155V_I156F_K157N), (W23L_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N), (W23R_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N), (W23L_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146R_D147Y_E155V_I156F_K161T), (H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_R152H_E155V_I156F_K157N), (H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N), (W23L_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N), (W23L_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142A_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N), (W23L_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142A_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N), (W23L_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146R_D147Y_E155V_I156F_K161T), (W23R_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N), (H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142N_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N).
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437, 672-684 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것에 대해 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95, 98%, 99% 또는 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437, 672-684에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것과 비교하여 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 21, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개 또는 그 초과의 돌연변이를 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437, 672-684에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것과 비교하여 적어도 5, 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50, 적어도 60, 적어도 70, 적어도 80, 적어도 90, 적어도 100, 적어도 110, 적어도 120, 적어도 130, 적어도 140, 적어도 150, 적어도 160 또는 적어도 166개의 동일한 인접 아미노산 잔기를 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437, 672-684 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437, 672-684 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것의 아미노산 서열로 이루어진다. 하기 제공된 ecTadA 서열은 ecTadA (서열식별번호: 1)로부터 N-말단 메티오닌 (M)이 부재하는 것이다. 하기 제공된 saTadA 서열은 saTadA (서열식별번호: 8)로부터 N-말단 메티오닌 (M)이 부재하는 것이다. 명확성을 위해, 다양한 아미노산 돌연변이를 확인하는데 사용된 아미노산 넘버링 스킴은 이. 콜라이 TadA 대한 ecTadA (서열식별번호: 1) 및 에스. 아우레우스 TadA 대한 saTadA (서열식별번호: 8)로부터 유래된다. 서열식별번호: 1 (ecTadA) 또는 서열식별번호: 8 (saTadA)에 대한 아미노산 돌연변이는 밑줄표시에 의해 나타나 있다.
핵염기 편집제의 Cas9 도메인
일부 측면에서, 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp)은 Cas9 도메인이다. 비제한적, 예시적인 Cas9 도메인이 본원에 제공된다. Cas9 도메인은 뉴클레아제 활성 Cas9 도메인, 뉴클레아제 불활성 Cas9 도메인 또는 Cas9 니카제일 수 있다. 일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 뉴클레아제 활성 도메인이다. 예를 들어, Cas9 도메인은 듀플렉스 핵산의 양쪽 가닥 (예를 들어, 듀플렉스 DNA 분자의 양쪽 가닥)을 절단하는 Cas9 도메인일 수 있다. 일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 서열식별번호: 108-357에 제시된 바와 같은 아미노산 서열 중 어느 하나를 포함한다. 일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 서열식별번호: 108-357에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나에 대해 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 서열식별번호: 108-357에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나와 비교하여 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 21, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개 또는 그 초과의 돌연변이를 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 서열식별번호: 108-357에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나와 비교하여 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 30, 적어도 40, 적어도 50, 적어도 60, 적어도 70, 적어도 80, 적어도 90, 적어도 100, 적어도 150, 적어도 200, 적어도 250, 적어도 300, 적어도 350, 적어도 400, 적어도 500, 적어도 600, 적어도 700, 적어도 800, 적어도 900, 적어도 1000, 적어도 1100 또는 적어도 1200개의 동일한 인접 아미노산 잔기를 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 뉴클레아제-불활성 Cas9 도메인 (dCas9)이다. 예를 들어, dCas9 도메인은 듀플렉스 핵산 분자의 어느 하나의 가닥을 절단하지 않고 듀플렉스 핵산 분자에 (예를 들어, gRNA 분자를 통해) 결합할 수 있다. 일부 실시양태에서, 뉴클레아제-불활성 dCas9 도메인은 서열식별번호: 52에 제시된 아미노산 서열의 D10X 돌연변이 및 H840X 돌연변이 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 임의의 아미노산 변화이다. 일부 실시양태에서, 뉴클레아제-불활성 dCas9 도메인은 서열식별번호: 52에 제시된 아미노산 서열의 D10A 돌연변이 및 H840A 돌연변이 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 한 예로서, 뉴클레아제-불활성 Cas9 도메인은 서열식별번호: 54에 제시된 아미노산 서열을 포함한다 (클로닝 벡터 pPlatTET-gRNA2, 수탁 번호 BAV54124).
(서열식별번호: 54; 예를 들어, 문헌 [Qi et al., "Repurposing CRISPR as an RNA-guided platform for sequence-specific control of gene expression." Cell. 2013; 152(5):1173-83] 참조, 이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨).
추가의 적합한 뉴클레아제-불활성 dCas9 도메인은 본 개시내용 및 관련 기술분야의 지식에 기초하여 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 분명할 것이며, 본 개시내용의 범주 내에 있다. 이러한 추가의 예시적인 적합한 뉴클레아제-불활성 Cas9 도메인은 D10A/H840A, D10A/D839A/H840A 및 D10A/D839A/H840A/N863A 돌연변이체 도메인을 포함하나 이에 제한되지는 않는다 (예를 들어, 문헌 [Prashant et al., CAS9 transcriptional activators for target specificity screening 및 paired nickases for cooperative genome engineering. Nature Biotechnology. 2013; 31(9): 833-838] 참조, 이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨). 일부 실시양태에서 dCas9 도메인은 본원에 제공된 dCas9 도메인 중 어느 하나에 대해 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 서열식별번호: 108-357에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나와 비교하여 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 21, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개 또는 그 초과의 돌연변이를 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 서열식별번호: 108-357에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나와 비교하여 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 30, 적어도 40, 적어도 50, 적어도 60, 적어도 70, 적어도 80, 적어도 90, 적어도 100, 적어도 150, 적어도 200, 적어도 250, 적어도 300, 적어도 350, 적어도 400, 적어도 500, 적어도 600, 적어도 700, 적어도 800, 적어도 900, 적어도 1000, 적어도 1100 또는 적어도 1200개의 동일한 인접 아미노산 잔기를 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 Cas9 니카제이다. Cas9 니카제는 듀플렉스 핵산 분자 (예를 들어, 듀플렉스 DNA 분자)의 단지 1개의 가닥만을 절단할 수 있는 Cas9 단백질일 수 있다. 일부 실시양태에서, Cas9 니카제는 듀플렉스 핵산 분자의 표적 가닥을 절단하며, 이는 Cas9 니카제가 Cas9에 결합된 gRNA (예를 들어, sgRNA)에 염기 쌍형성된 (그에 상보적인) 가닥을 절단함을 의미한다. 일부 실시양태에서, Cas9 니카제는 D10A 돌연변이를 포함하며, 서열식별번호: 52의 위치 840에 히스티딘 또는 서열식별번호: 108-357 중 임의의 것에서의 돌연변이를 갖는다. 한 예로서, Cas9 니카제는 서열식별번호: 35에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, Cas9 니카제는 듀플렉스 핵산 분자의 비-표적, 비-염기-편집 가닥을 절단하며, 이는 Cas9 니카제가 Cas9에 결합된 gRNA (예를 들어, sgRNA)에 염기 쌍형성되지 않은 가닥을 절단함을 의미한다. 일부 실시양태에서, Cas9 니카제는 H840A 돌연변이를 포함하며, 서열식별번호: 52의 위치 10에 아스파르트산 잔기 또는 서열식별번호: 108-357 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 갖는다. 일부 실시양태에서 Cas9 니카제는 본원에 제공된 Cas9 니카제 중 어느 하나에 대해 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 추가의 적합한 Cas9 니카제는 본 개시내용 및 관련 기술분야의 지식에 기초하여 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 분명할 것이며, 본 개시내용의 범주 내에 있다.
감소된 PAM 배타성을 갖는 Cas9 도메인
본 개시내용의 일부 측면은 상이한 PAM 특이성을 갖는 Cas9 도메인을 제공한다. 전형적으로, Cas9 단백질, 예컨대 에스. 피오게네스로부터의 Cas9 (spCas9)는 정규 NGG PAM 서열이 특정한 핵산 영역에 결합할 것을 요구하며, 여기서 "NGG" 내 "N"은 아데닌 (A), 티민 (T), 구아닌 (G) 또는 시토신 (C)이고, G는 구아닌이다. 이는 게놈 내에서 목적하는 염기를 편집하는 능력을 제한할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 염기 편집 융합 단백질은, 예를 들어 표적 염기가 PAM의 대략 15개 염기 상류에 있는 4개의 염기 영역 (예를 들어, "탈아미노화 윈도우") 내인 정확한 위치에 놓일 필요가 있을 수 있다. 문헌 [Komor, A.C., et al., "Programmable editing of a target base in genomic DNA without double-stranded DNA cleavage" Nature 533, 420-424 (2016)]을 참조하며, 이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함된다. 일부 실시양태에서, 탈아미노화 윈도우는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개 염기 영역 내이다. 일부 실시양태에서, 탈아미노화 윈도우는 PAM의 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 또는 25개 염기 상류에 있다. 따라서, 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것은 정규 (예를 들어, NGG) PAM 서열을 함유하지 않는 뉴클레오티드 서열에 결합할 수 있는 Cas9 도메인을 함유할 수 있다. 비-정규 PAM 서열에 결합하는 Cas9 도메인은 관련 기술분야에 기재되었으며, 통상의 기술자에게 분명할 것이다. 예를 들어, 비-정규 PAM 서열에 결합하는 Cas9 도메인은 문헌 [Kleinstiver, B. P., et al., "Engineered CRISPR-Cas9 nucleases with altered PAM specificities" Nature 523, 481-485 (2015); 및 Kleinstiver, B. P., et al., "Broadening the targeting range of Staphylococcus aureus CRISPR-Cas9 by modifying PAM recognition" Nature Biotechnology 33, 1293-1298 (2015)] (각각의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 기재되었다.
일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 스타필로코쿠스 아우레우스로부터의 Cas9 도메인 (SaCas9)이다. 일부 실시양태에서, SaCas9 도메인은 뉴클레아제 활성 SaCas9, 뉴클레아제 불활성 SaCas9 (SaCas9d), 또는 SaCas9 니카제 (SaCas9n)이다. 일부 실시양태에서, SaCas9는 아미노산 서열 서열식별번호: 55를 포함한다. 일부 실시양태에서, SaCas9는 서열식별번호: 55의 N579X 돌연변이 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 N을 제외한 임의의 아미노산이다. 일부 실시양태에서, SaCas9는 서열식별번호: 55의 N579A 돌연변이 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, SaCas9 도메인, SaCas9d 도메인 또는 SaCas9n 도메인은 비-정규 PAM을 갖는 핵산 서열에 결합할 수 있다. 일부 실시양태에서, SaCas9 도메인, SaCas9d 도메인 또는 SaCas9n 도메인은 NNGRRT PAM 서열을 갖는 핵산 서열에 결합할 수 있으며, 여기서 N = A, T, C 또는 G 및 R = A 또는 G이다. 일부 실시양태에서, SaCas9 도메인은 서열식별번호: 55의 E781X, N967X 및 R1014X 돌연변이 중 1개 이상 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 임의의 아미노산이다. 일부 실시양태에서, SaCas9 도메인은 서열식별번호: 55의 E781K, N967K 및 R1014H 돌연변이 중 1개 이상 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, SaCas9 도메인은 서열식별번호: 55의 E781K, N967K 또는 R1014H 돌연변이 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것의 Cas9 도메인은 서열식별번호: 55-57 중 어느 하나에 대해 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것의 Cas9 도메인은 서열식별번호: 55-57 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것의 Cas9 도메인은 서열식별번호: 55-57 중 어느 하나의 아미노산 서열로 이루어진다.
예시적인 SaCas9 서열
밑줄표시 및 볼드체인 서열식별번호: 55의 잔기 N579는 돌연변이되어 (예를 들어, A579로) SaCas9 니카제를 생성할 수 있다.
예시적인 SaCas9n 서열
서열식별번호: 55의 N579로부터 돌연변이되어 SaCas9 니카제를 생성할 수 있는 서열식별번호: 56의 잔기 A579는 밑줄표시되어 있고 볼드체이다.
예시적인 SaKKH Cas9
서열식별번호: 55의 N579로부터 돌연변이되어 SaCas9 니카제를 생성할 수 있는 서열식별번호: 57의 잔기 A579는 밑줄표시되어 있고 볼드체이다. 서열식별번호: 55의 E781, N967 및 R1014로부터 돌연변이되어 SaKKH Cas9를 생성할 수 있는 서열식별번호: 57의 잔기 K781, K967 및 H1014는 밑줄표시되어 있고 이탤릭체이다.
일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 스트렙토코쿠스 피오게네스로부터의 Cas9 도메인 (SpCas9)이다. 일부 실시양태에서, SpCas9 도메인은 뉴클레아제 활성 SpCas9, 뉴클레아제 불활성 SpCas9 (SpCas9d) 또는 SpCas9 니카제 (SpCas9n)이다. 일부 실시양태에서, SpCas9는 아미노산 서열 서열식별번호: 58을 포함한다. 일부 실시양태에서, SpCas9는 서열식별번호: 58의 D9X 돌연변이 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 D를 제외한 임의의 아미노산이다. 일부 실시양태에서, SpCas9는 서열식별번호: 58의 D9A 돌연변이 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, SpCas9 도메인, SpCas9d 도메인 또는 SpCas9n 도메인은 비-정규 PAM을 갖는 핵산 서열에 결합할 수 있다. 일부 실시양태에서, SpCas9 도메인, SpCas9d 도메인 또는 SpCas9n 도메인은 NGG, NGA 또는 NGCG PAM 서열을 갖는 핵산 서열에 결합할 수 있다. 일부 실시양태에서, SpCas9 도메인은 서열식별번호: 58의 D1134X, R1334X 및 T1336X 돌연변이 중 1개 이상 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 임의의 아미노산이다. 일부 실시양태에서, SpCas9 도메인은 서열식별번호: 58의 D1134E, R1334Q 및 T1336R 돌연변이 중 1개 이상 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, SpCas9 도메인은 서열식별번호: 58의 D1134E, R1334Q 및 T1336R 돌연변이 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, SpCas9 도메인은 서열식별번호: 58의 D1134X, R1334X 및 T1336X 돌연변이 중 1개 이상 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 임의의 아미노산이다. 일부 실시양태에서, SpCas9 도메인은 서열식별번호: 58의 D1134V, R1334Q 및 T1336R 돌연변이 중 1개 이상 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, SpCas9 도메인은 서열식별번호: 58의 D1134V, R1334Q 및 T1336R 돌연변이 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, SpCas9 도메인은 서열식별번호: 58의 D1134X, G1217X, R1334X 및 T1336X 돌연변이 중 1개 이상 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 임의의 아미노산이다. 일부 실시양태에서, SpCas9 도메인은 서열식별번호: 58의 D1134V, G1217R, R1334Q 및 T1336R 돌연변이 중 1개 이상 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, SpCas9 도메인은 서열식별번호: 58의 D1134V, G1217R, R1334Q 및 T1336R 돌연변이 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것의 Cas9 도메인은 서열식별번호: 58-62 중 어느 하나에 대해 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것의 Cas9 도메인은 서열식별번호: 58-62 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것의 Cas9 도메인은 서열식별번호: 58-62 중 어느 하나의 아미노산 서열로 이루어진다.
예시적인 SpCas9
예시적인 SpCas9n
예시적인 SpEQR Cas9
서열식별번호: 58의 D1134, R1334 및 T1336으로부터 돌연변이되어 SpEQR Cas9를 생성할 수 있는 서열식별번호: 60의 잔기 E1134, Q1334 및 R1336은 밑줄표시되어 있고 볼드체이다.
예시적인 SpVQR Cas9
서열식별번호: 58의 D1134, R1334 및 T1336으로부터 돌연변이되어 SpVQR Cas9를 생성할 수 있는 서열식별번호: 61의 잔기 V1134, Q1334 및 R1336은 밑줄표시되어 있고 볼드체이다.
예시적인 SpVRER Cas9
서열식별번호: 58의 D1134, G1217, R1334 및 T1336으로부터 돌연변이되어 SpVRER Cas9를 생성할 수 있는 서열식별번호: 62의 잔기 V1134, R1217, Q1334 및 R1336은 밑줄표시되어 있고 볼드체이다.
고충실도 Cas9 도메인
본 개시내용의 일부 측면은 본원에 제공된 핵염기 편집제의 고충실도 Cas9 도메인을 제공한다. 일부 실시양태에서, 고충실도 Cas9 도메인은 상응하는 야생형 Cas9 도메인과 비교하여, Cas9 도메인과 DNA의 당-포스페이트 백본 사이의 정전기적 상호작용을 감소시키는 1개 이상의 돌연변이를 포함하는 조작된 Cas9 도메인이다. 어떠한 특정한 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, DNA의 당-포스페이트 백본과의 감소된 정전기적 상호작용을 갖는 고충실도 Cas9 도메인은 보다 적은 오프-타겟 효과를 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, Cas9 도메인 (예를 들어, 야생형 Cas9 도메인)은 Cas9 도메인과 DNA의 당-포스페이트 백본 사이의 회합을 감소시키는 1개 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 Cas9 도메인과 DNA의 당-포스페이트 백본 사이의 회합을 적어도 1%, 적어도 2%, 적어도 3%, 적어도 4%, 적어도 5%, 적어도 10%, 적어도 15%, 적어도 20%, 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 35%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70% 또는 그 초과만큼 감소시키는 1개 이상의 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 Cas9 융합 단백질 중 임의의 것은 서열식별번호: 52에 제공된 아미노산 서열의 N497X, R661X, Q695X 및/또는 Q926X 돌연변이 중 1개 이상 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 임의의 아미노산이다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 Cas9 융합 단백질 중 임의의 것은 서열식별번호: 52에 제공된 아미노산 서열의 N497A, R661A, Q695A 및/또는 Q926A 돌연변이 중 1개 이상 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, Cas9 도메인은 서열식별번호: 52에 제공된 아미노산 서열의 D10A 돌연변이 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, Cas9 도메인 (예를 들어, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것의)은 서열식별번호: 62에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 고충실도를 갖는 Cas9 도메인은 관련 기술분야에 공지되어 있으며, 통상의 기술자에게 분명할 것이다. 예를 들어, 고충실도를 갖는 Cas9 도메인은 문헌 [Kleinstiver, B.P., et al. "High-fidelity CRISPR-Cas9 nucleases with no detectable genome-wide off-target effects." Nature 529, 490-495 (2016); 및 Slaymaker, I.M., et al. "Rationally engineered Cas9 nucleases with improved specificity." Science 351, 84-88 (2015)] (각각의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 기재되었다.
본원에 제공된 염기 편집제 중 임의의 것, 예를 들어, 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 염기 편집제 중 임의의 것은 본원에 기재된 바와 같이 Cas9 도메인을 변형시킴으로써 고충실도 염기 편집제로 전환되어 고충실도 염기 편집제, 예를 들어 고충실도 아데노신 염기 편집제를 생성할 수 있다는 것이 인지되어야 한다. 일부 실시양태에서, 고충실도 Cas9 도메인은 dCas9 도메인이다. 일부 실시양태에서, 고충실도 Cas9 도메인은 nCas9 도메인이다.
서열식별번호: 10의 Cas9에 대한 돌연변이가 볼드체 및 밑줄표시된 고충실도 Cas9 도메인
핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질
본 개시내용의 일부 측면은 단백질, 예컨대 염기 편집제를 특정 핵산 (예를 들어, DNA 또는 RNA) 서열에 가이드하는데 사용될 수 있는 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질을 제공한다. 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질은, 비제한적으로, Cas9 (예를 들어, dCas9 및 nCas9), CasX, CasY, Cpf1, C2c1, C2c2, C2C3, 및 아르고노트를 포함한다. Cas9와 상이한 PAM 특이성을 갖는 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질의 한 예는 프레보텔라 및 프란시셀라 1로부터의 클러스터링된 규칙적 간격의 짧은 회문식 반복부 (Cpf1)이다. Cas9와 유사하게, Cpf1도 또한 부류 2 CRISPR 이펙터이다. Cpf1은 Cas9와는 다른 특색을 가지면서 강건한 DNA 간섭을 매개한다. Cpf1은 tracrRNA가 결여된 단일 RNA-가이드 엔도뉴클레아제이고, T-풍부 프로토스페이서-인접 모티프 (TTN, TTTN 또는 YTN)를 이용한다. 더욱이, Cpf1은 엇갈린 DNA 이중-가닥을 통해 DNA를 절단한다. 16종의 Cpf1-패밀리 단백질 중에서, 아시다미노코쿠스(Acidaminococcus)및 라크노스피라세아에(Lachnospiraceae)로부터의 2종의 효소는 인간 세포에서의 효율적인 게놈-편집 활성을 갖는 것으로 밝혀져 있다. Cpf1 단백질은 관련 기술분야에 공지되어 있고, 이전에, 예를 들어 문헌 [Yamano et al., "Crystal structure of Cpf1 in complex with guide RNA and target DNA." Cell (165) 2016, p. 949-962] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 기재되었다.
가이드 뉴클레오티드 서열-프로그램가능 DNA 결합 단백질 도메인으로서 사용될 수 있는 뉴클레아제-불활성 Cpf1 (dCpf1) 변이체가 또한 본 발명의 조성물 및 방법에 유용하다. Cpf1 단백질은 Cas9의 RuvC 도메인과 유사한 RuvC-유사 엔도뉴클레아제 도메인을 갖지만, HNH 엔도뉴클레아제 도메인을 갖지 않고, Cpf1의 N-말단은 Cas9의 알파-나선형 인식 엽을 갖지 않는다. Cpf1의 RuvC-유사 도메인은 두 DNA 가닥의 절단을 담당하고 RuvC-유사 도메인의 불활성화는 Cpf1 뉴클레아제 활성을 불활성화시킨다는 것이 문헌 [Zetsche et al., Cell, 163, 759-771, 2015] (이는 본원에 참조로 포함됨)에 제시되었다. 예를 들어, 프란시셀라 노비시다(Francisella novicida) Cpf1 (서열식별번호: 382)에서의 D917A, E1006A 또는 D1255A에 상응하는 돌연변이는 Cpf1 뉴클레아제 활성을 불활성화시킨다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 dCpf1은 서열식별번호: 376에서의 D917A, E1006A, D1255A, D917A/E1006A, D917A/D1255A, E1006A/D1255A 또는 D917A/ E1006A/D1255A에 상응하는 돌연변이를 포함한다. Cpf1의 RuvC 도메인을 불활성화시키는 임의의 돌연변이, 예를 들어 치환 돌연변이, 결실 또는 삽입이 본 개시내용에 따라 사용될 수 있다는 것이 이해될 것이다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것의 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp)은 Cpf1 단백질일 수 있다. 일부 실시양태에서, Cpf1 단백질은 Cpf1 니카제 (nCpf1)이다. 일부 실시양태에서, Cpf1 단백질은 뉴클레아제 불활성 Cpf1 (dCpf1)이다. 일부 실시양태에서, Cpf1, nCpf1 또는 dCpf1은 서열식별번호: 376-382 중 어느 하나에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, dCpf1은 서열식별번호: 376-382 중 어느 하나에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함하고, 서열식별번호: 376에서의 D917A, E1006A, D1255A, D917A/E1006A, D917A/D1255A, E1006A/D1255A 또는 D917A/E1006A/D1255A에 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, dCpf1은 서열식별번호: 376-382 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 다른 박테리아 종으로부터의 Cpf1도 또한 본 개시내용에 따라 사용될 수 있다는 것이 인지되어야 한다.
야생형 프란시셀라 노비시다 Cpf1 (서열식별번호: 376) (D917, E1006 및 D1255는 볼드체이고 밑줄표시되어 있다)
프란시셀라 노비시다 Cpf1 D917A (서열식별번호: 377) (A917, E1006 및 D1255는 볼드체이고 밑줄표시되어 있다)
프란시셀라 노비시다 Cpf1 E1006A (서열식별번호: 378) (D917, A1006 및 D1255는 볼드체이고 밑줄표시되어 있다)
프란시셀라 노비시다 Cpf1 D1255A (서열식별번호: 379) (D917, E1006 및 A1255는 볼드체이고 밑줄표시되어 있다)
프란시셀라 노비시다 Cpf1 D917A/E1006A (서열식별번호: 380) (A917, A1006 및 D1255는 볼드체이고 밑줄표시되어 있다)
프란시셀라 노비시다 Cpf1 D917A/D1255A (서열식별번호: 381) (A917, E1006 및 A1255는 볼드체이고 밑줄표시되어 있다)
프란시셀라 노비시다 Cpf1 E1006A/D1255A (서열식별번호: 382) (D917, A1006 및 A1255는 볼드체이고 밑줄표시되어 있다)
프란시셀라 노비시다 Cpf1 D917A/E1006A/D1255A (서열식별번호: 383) (A917, A1006 및 A1255는 볼드체이고 밑줄표시되어 있다)
일부 실시양태에서, 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp)은 정규 (NGG) PAM 서열을 요구하지 않는 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 아르고노트 단백질이다. 이러한 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질의 한 예는 나트로노박테리움 그레고리(Natronobacterium gregoryi)로부터의 아르고노트 단백질 (NgAgo)이다. NgAgo는 ssDNA-가이드 엔도뉴클레아제이다. NgAgo는 ~24개 뉴클레오티드의 5' 인산화 ssDNA (gDNA)에 결합하여 그것을 그의 표적 부위로 가이드하고, gDNA 부위에서 DNA 이중-가닥 파괴를 만들 것이다. Cas9와 달리, NgAgo-gDNA 시스템은 프로토스페이서-인접 모티프 (PAM)를 요구하지 않는다. 뉴클레아제 불활성 NgAgo (dNgAgo)를 사용하는 것은 표적화될 수 있는 염기를 매우 확장시킬 수 있다. NgAgo의 특징화 및 용도는 문헌 [Gao et al., Nat Biotechnol., 2016 Jul;34(7):768-73. PubMed PMID: 27136078; Swarts et al., Nature. 507(7491) (2014):258-61; 및 Swarts et al., Nucleic Acids Res. 43(10) (2015):5120-9] (이들 각각은 본원에 참조로 포함됨)에 기재되었다. 나트로노박테리움 그레고리 아르고노트의 서열은 서열식별번호: 416에 제공된다.
야생형 나트로노박테리움 그레고리 아르고노트 (서열식별번호: 416)
일부 실시양태에서, napDNAbp는 아르고노트 단백질의 원핵 상동체이다. 아르고노트 단백질의 원핵 상동체는 공지되어 있으며, 예를 들어 문헌 [Makarova K., et al., "Prokaryotic homologs of Argonaute proteins are predicted to function as key components of a novel system of defense against mobile genetic elements", Biol Direct. 2009 Aug 25;4:29. doi: 10.1186/1745-6150-4-29] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 기재되었다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 마리니토가 피에조필라(Marinitoga piezophila) 아르고노트 (MpAgo) 단백질이다. CRISPR-연관 마리니토가 피에조필라 아르고노트 (MpAgo) 단백질은 5'-인산화 가이드를 사용하여 단일-가닥 표적 서열을 절단한다. 5' 가이드는 모든 공지된 아르고노트에 의해 사용된다. MpAgo-RNA 복합체의 결정 구조는 5' 포스페이트 상호작용을 차단하는 잔기를 포함하는 가이드 가닥 결합 부위를 보여준다. 이 데이터는 5'-히드록실화 가이드에 대한 비정규 특이성을 갖는 아르고노트 하위부류의 진화를 시사한다. 예를 들어, 문헌 [Kaya et al., "A bacterial Argonaute with noncanonical guide RNA specificity", Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Apr 12;113(15):4057-62] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)을 참조한다. 다른 아르고노트 단백질이 사용될 수 있으며 본 개시내용의 범주 내에 있다는 것이 인지되어야 한다.
일부 실시양태에서, 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp)은 미생물 CRISPR-Cas 시스템의 단일 이펙터이다. 미생물 CRISPR-Cas 시스템의 단일 이펙터는, 비제한적으로, Cas9, Cpf1, C2c1, C2c2 및 C2c3을 포함한다. 전형적으로, 미생물 CRISPR-Cas 시스템은 부류 1 및 부류 2 시스템으로 나누어진다. 부류 1 시스템은 멀티서브유닛 이펙터 복합체를 갖고, 반면에 부류 2 시스템은 단일 단백질 이펙터를 갖는다. 예를 들어, Cas9 및 Cpf1은 부류 2 이펙터이다. Cas9 및 Cpf1 이외에, 3종의 특유한 부류 2 CRISPR-Cas 시스템 (C2c1, C2c2 및 C2c3)이 문헌 [Shmakov et al., "Discovery and Functional Characterization of Diverse Class 2 CRISPR Cas Systems", Mol. Cell, 2015 Nov 5; 60(3): 385-397] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 기재되었다. 상기 시스템 중 2종인 C2c1 및 C2c3의 이펙터는 Cpf1과 관련된 RuvC-유사 엔도뉴클레아제 도메인을 함유한다. 제3 시스템인 C2c2는 2개의 예측된 HEPN RNase 도메인을 갖는 이펙터를 함유한다. 성숙 CRISPR RNA의 생산은 C2c1에 의한 CRISPR RNA의 생산과 달리 tracrRNA-비의존성이다. C2c1은 DNA 절단을 위해 CRISPR RNA 및 tracrRNA 둘 다에 의존한다. 박테리아 C2c2는 그의 RNA-활성화된 단일-가닥 RNA 분해 활성과는 다른 CRISPR RNA 성숙을 위한 고유한 RNase 활성을 보유하는 것으로 밝혀졌다. 이들 RNase 기능은 서로 및 Cpf1의 CRISPR RNA-프로세싱 거동과 상이하다. 예를 들어, 문헌 [East-Seletsky, et al., "Two distinct RNase activities of CRISPR-C2c2 enable guide-RNA processing and RNA detection", Nature, 2016 Oct 13;538(7624):270-273] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)을 참조한다. 렙토트리키아 샤히이의 C2c2의 시험관내 생화학적 분석은 C2c2가 단일 CRISPR RNA에 의해 가이드되고 상보적 프로토스페이서를 보유하는 ssRNA 표적을 절단하도록 프로그램화될 수 있다는 것을 제시하였다. 2개의 보존된 HEPN 도메인 내의 촉매 잔기는 절단을 매개한다. 촉매 잔기 내의 돌연변이는 촉매 불활성 RNA-결합 단백질을 생성한다. 예를 들어, 문헌 [Abudayyeh et al., "C2c2 is a single-component programmable RNA-guided RNA-targeting CRISPR effector", Science, 2016 Aug 5; 353(6299)] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)을 참조한다.
알리시클로바실루스 아시도테레스트리스(Alicyclobacillus acidoterrestris) C2c1 (AacC2c1)의 결정 구조는 키메라 단일-분자 가이드 RNA (sgRNA)와의 복합체로 보고되었다. 예를 들어, 문헌 [Liu et al., "C2c1-sgRNA Complex Structure Reveals RNA-Guided DNA Cleavage Mechanism", Mol. Cell, 2017 Jan 19;65(2):310-322] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)을 참조한다. 결정 구조는 또한 3원 복합체로서 표적 DNA에 결합된 알리시클로바실루스 아시도테레스트리스 C2c1에서 보고되었다. 예를 들어, 문헌 [Yang et al., "PAM-dependent Target DNA Recognition and Cleavage by C2C1 CRISPR-Cas endonuclease", Cell, 2016 Dec 15;167(7):1814-1828] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)을 참조한다. AacC2c1의 촉매 적격 입체형태는 표적 및 비-표적 DNA 가닥 둘 다와 함께, 단일 RuvC 촉매 포켓 내에 독립적으로 위치된 채로 포획되었으며, 이때 C2c1-매개 절단은 표적 DNA의 엇갈린 7개-뉴클레오티드 파괴를 일으켰다. C2c1 3원 복합체와 이전에 확인된 Cas9 및 Cpf1 대응부 사이의 구조적 비교는 CRISPR-Cas9 시스템에 의해 사용된 메카니즘의 다양성을 입증한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것의 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp)은 C2c1, C2c2 또는 C2c3 단백질일 수 있다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 C2c1 단백질이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 C2c2 단백질이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 C2c3 단백질이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 자연 발생 C2c1, C2c2 또는 C2c3 단백질에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 자연 발생 C2c1, C2c2 또는 C2c3 단백질이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 서열식별번호: 438 또는 439 중 어느 하나에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 서열식별번호: 438 또는 439 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 다른 박테리아 종으로부터의 C2c1, C2c2 또는 C2c3이 또한 본 개시내용에 따라 사용될 수 있다는 것이 인지되어야 한다.
C2c1 (uniprot.org/uniprot/T0D7A2#)
sp|T0D7A2|C2C1_ALIAG CRISPR-연관 엔도뉴클레아제 C2c1 OS=알리시클로바실루스 아시도테레스트리스 (균주 ATCC 49025 / DSM 3922 / CIP 106132 / NCIMB 13137 / GD3B) GN=c2c1 PE=1 SV=1
C2c2 (uniprot.org/uniprot/P0DOC6)
>sp|P0DOC6|C2C2_LEPSD CRISPR-연관 엔도리보뉴클레아제 C2c2 OS=렙토트리키아 샤히이 (균주 DSM 19757 / CCUG 47503 / CIP 107916 / JCM 16776 / LB37) GN=c2c2 PE=1 SV=1
뉴클레아제 프로그램가능 DNA 결합 단백질 및 아데노신 데아미나제를 포함하는 융합 단백질
본 개시내용의 일부 측면은 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp) 및 아데노신 데아미나제를 포함하는 융합 단백질을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것은 염기 편집제이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 Cas9 도메인, Cpf1 도메인, CasX 도메인, CasY 도메인, C2c1 도메인, C2c2 도메인, aC2c3 도메인 또는 아르고노트 도메인이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 본원에 제공된 임의의 napDNAbp이다. 본 개시내용의 일부 측면은 Cas9 도메인 및 아데노신 데아미나제를 포함하는 융합 단백질을 제공한다. Cas9 도메인은 본원에 제공된 Cas9 도메인 또는 Cas9 단백질 (예를 들어, dCas9 또는 nCas9)중 임의의 것일 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 Cas9 도메인 또는 Cas9 단백질 (예를 들어, dCas9 또는 nCas9) 중 임의의 것은 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것과 융합될 수 있다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 하기 구조를 포함한다:
NH2-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH; 또는
NH2-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-COOH
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp (예를 들어, Cas9 도메인)를 포함하는 융합 단백질은 링커 서열을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 링커는 아데노신 데아미나제 도메인과 napDNAbp 사이에 존재한다. 일부 실시양태에서, 상기 일반적 아키텍처에 사용된 "-"는 임의적인 링커의 존재를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp는 본원에 제공된 링커 중 임의의 것을 통해 융합된다. 예를 들어, 일부 실시양태에서 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp는 하기 "링커" 표제의 섹션에 제공된 링커 중 임의의 것을 통해 융합된다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp는 1 내지 200개의 아미노산을 포함하는 링커를 통해 융합된다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp는 1 내지 5, 1 내지 10, 1 내지 20, 1 내지 30, 1 내지 40, 1 내지 50, 1 내지 60, 1 내지 80, 1 내지 100, 1 내지 150, 1 내지 200, 5 내지 10, 5 내지 20, 5 내지 30, 5 내지 40, 5 내지 60, 5 내지 80, 5 내지 100, 5 내지 150, 5 내지 200, 10 내지 20, 10 내지 30, 10 내지 40, 10 내지 50, 10 내지 60, 10 내지 80, 10 내지 100, 10 내지 150, 10 내지 200, 20 내지 30, 20 내지 40, 20 내지 50, 20 내지 60, 20 내지 80, 20 내지 100, 20 내지 150, 20 내지 200, 30 내지 40, 30 내지 50, 30 내지 60, 30 내지 80, 30 내지 100, 30 내지 150, 30 내지 200, 40 내지 50, 40 내지 60, 40 내지 80, 40 내지 100, 40 내지 150, 40 내지 200, 50 내지 60 50 내지 80, 50 내지 100, 50 내지 150, 50 내지 200, 60 내지 80, 60 내지 100, 60 내지 150, 60 내지 200, 80 내지 100, 80 내지 150, 80 내지 200, 100 내지 150, 100 내지 200, 또는 150 내지 200개 아미노산의 길이를 포함하는 링커를 통해 융합된다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp는 4, 16, 32 또는 104개 아미노산의 길이를 포함하는 링커를 통해 융합된다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp는 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10), SGGS (서열식별번호: 37), SGGSSGSETPGTSESATPESSGGS (서열식별번호: 384), SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGS (서열식별번호: 385) 또는 GGSGGSPGSPAGSPTSTEEGTSESATPESGPGTSTEPSEGSAPGSPAGSPTSTEEGTSTEPSEGSAPGTSTEPSEGSAPGTSESATPESGPGSEPATSGGSGGS (서열식별번호: 386)의 아미노산 서열을 포함하는 링커를 통해 융합된다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp는 XTEN 링커로 또한 지칭될 수 있는 아미노산 서열 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10)를 포함하는 링커를 통해 융합된다. 일부 실시양태에서, 링커는 24개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 685)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 40개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSSGGSSGGS (서열식별번호: 686)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 64개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGS (서열식별번호: 687)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 92개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 PGSPAGSPTSTEEGTSESATPESGPGTSTEPSEGSAPGSPAGSPTSTEEGTSTEPSEGSAPGTSTEPSEGSAPGTSESATPESGPGSEPATS (서열식별번호: 688)를 포함한다.
염기 복구의 억제제를 포함하는 융합 단백질
본 개시내용의 일부 측면은 염기 복구의 억제제 (IBR)를 포함하는 융합 단백질을 제공한다. 예를 들어 아데노신 데아미나제 및 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질을 포함하는 융합 단백질은 염기 복구의 억제제를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, IBR은 이노신 염기 복구의 억제제를 포함한다. 일부 실시양태에서, IBR은 이노신 염기 절제 복구의 억제제이다. 일부 실시양태에서, 이노신 염기 절제 복구의 억제제는 촉매 불활성 이노신 특이적 뉴클레아제 (dISN)이다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질은 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제 (dISN)를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, napDNAbp (예를 들어, 뉴클레아제 활성 Cas9 도메인, 뉴클레아제 불활성 dCas9 도메인 또는 Cas9 니카제) 및 아데노신 데아미나제를 포함하는 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것은 직접적으로 또는 링커를 통해 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제 (dISN)에 추가로 융합될 수 있다. 본 개시내용의 일부 측면은 아데노신 데아미나제 (예를 들어, DNA 중 아데노신을 탈아미노화하는 조작된 아데노신 데아미나제), napDNAbp (예를 들어, dCas9 또는 nCas9) 및 dISN을 포함하는 융합 단백질을 제공한다. 어떠한 특정한 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, I:T 헤테로듀플렉스 DNA의 존재에 대한 세포의 DNA-복구 반응은 세포에서의 핵염기 편집 효율의 감소의 원인이 될 수 있다. 예를 들어, AAG는 세포에서의 DNA로부터의 이노신 (I)의 제거를 촉매하며, 이는 염기 절제 복구를 개시할 수 있고, 가장 흔한 결과물로서 I:T 쌍에서 A:T 쌍으로의 복귀가 일어난다. 일부 실시양태에서, 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제는 DNA 중 이노신 잔기의 제거 (예를 들어, 세포 DNA 복구 메카니즘에 의함)를 방지하기 위해, 핵산을 절단하지 않으면서 핵산 내 이노신에 결합가능할 수 있다.
일부 실시양태에서, dISN은 (예를 들어, 입체 장애에 의해) 이노신 제거 효소가 DNA로부터 이노신 잔기를 절제하는 것을 억제할 수 있다. 예를 들어, 촉매 기능상실 이노신 글리코실라제 (예를 들어, 알킬 아데닌 글리코실라제 [AAG])는 이노신에 결합할 것이지만, 무염기성 부위를 생성하거나 이노신을 제거하지는 않을 것이며, 이에 의해 잠재적 DNA 손상/복구 메카니즘으로부터 새로 형성된 이노신 모이어티를 입체적으로 차단한다. 따라서, 본 개시내용은 napDNAbp 및 아데노신 데아미나제를 포함하며 dISN에 추가로 융합된 융합 단백질을 고려한다. 본 개시내용은 임의의 Cas9 도메인, 예를 들어 Cas9 니카제 (nCas9) 도메인, 촉매 불활성 Cas9 (dCas9) 도메인, 고충실도 Cas9 도메인, 또는 감소된 PAM 배타성을 갖는 Cas9 도메인을 포함하는 융합 단백질을 고려한다. dISN의 사용은 A에서 I로의 변화를 촉매할 수 있는 아데노신 데아미나제의 편집 효율을 증가시킬 수 있다는 것이 이해되어야 한다. 예를 들어, dISN 도메인을 포함하는 융합 단백질은 A 잔기를 탈아미노화하는데 보다 효율적일 수 있다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 하기 구조를 포함한다:
NH2-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[dISN]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[dISN]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[dISN] -[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-[dISN]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[dISN]-[아데노신 데아미나제]-COOH; 또는
NH2-[dISN]-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-COOH
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질은 링커를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 링커는 2개의 도메인 또는 단백질 (예를 들어, 아데노신 데아미나제, napDNAbp 또는 dISN) 사이에 존재한다. 일부 실시양태에서, 상기 일반적 아키텍처에 사용된 "-"는 임의적인 링커 서열의 존재를 나타낸다. 일부 실시양태에서, dISN은 감소된 뉴클레아제 활성을 갖거나 또는 뉴클레아제 활성을 갖지 않는 이노신-특이적 뉴클레아제를 포함한다. 일부 실시양태에서, dISN은 상응하는 (예를 들어, 야생형) 이노신-특이적 뉴클레아제의 뉴클레아제 활성의 최대 1%, 최대 2%, 최대 3%, 최대 4%, 최대 5%, 최대 10%, 최대 15%, 최대 20%, 최대 25%, 최대 30%, 최대 35%, 최대 40%, 최대 45% 또는 최대 50%를 갖는다. 일부 실시양태에서, dISN은 야생형 이노신-특이적 뉴클레아제의 뉴클레아제 활성을 감소시키거나 제거하는 1개 이상의 돌연변이를 포함하는 야생형 이노신-특이적 뉴클레아제이다. 예시적인 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제는, 비제한적으로, 촉매 불활성 AAG 뉴클레아제 및 촉매 불활성 EndoV 뉴클레아제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 촉매 불활성 AAG 뉴클레아제는 서열식별번호: 32와 비교하여 E125Q 돌연변이 또는 또 다른 AAG 뉴클레아제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 촉매 불활성 AAG 뉴클레아제는 서열식별번호: 32에 제시된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 촉매 불활성 EndoV 뉴클레아제는 서열식별번호: 32와 비교하여 D35A 돌연변이 또는 또 다른 EndoV 뉴클레아제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 촉매 불활성 EndoV 뉴클레아제는 서열식별번호: 33에 제시된 아미노산 서열을 포함한다. 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제 (dISN)는 통상의 기술자에게 분명할 것이며, 본 개시내용의 범주 내에 있다는 것이 인지되어야 한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 dISN 단백질은 dISN 단백질의 단편 및 dISN 또는 dISN 단편에 상동인 단백질을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, dISN은 서열식별번호: 32 또는 33에 제시된 아미노산 서열의 단편을 포함한다. 일부 실시양태에서, dISN 단편은 서열식별번호: 32 또는 33에 제시된 바와 같은 아미노산 서열의 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5%를 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, dISN은 서열식별번호: 32 또는 33에 제시된 아미노산 서열에 상동인 아미노산 서열, 또는 서열식별번호: 32 또는 33에 제시된 아미노산 서열의 단편에 상동인 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, dISN 또는 dISN의 단편 또는 dISN 또는 dISN 단편의 상동체를 포함하는 단백질은 "dISN 변이체"로 지칭된다. dISN 변이체는 dISN 또는 그의 단편에 대한 상동성을 공유한다. 예를 들어 dISN 변이체는 야생형 dISN 또는 서열식별번호: 32 또는 33에 제시된 바와 같은 dISN에 대해 적어도 70% 동일하거나, 적어도 75% 동일하거나, 적어도 80% 동일하거나, 적어도 85% 동일하거나, 적어도 90% 동일하거나, 적어도 95% 동일하거나, 적어도 96% 동일하거나, 적어도 97% 동일하거나, 적어도 98% 동일하거나, 적어도 99% 동일하거나, 적어도 99.5% 동일하거나, 또는 적어도 99.9% 동일하다. 일부 실시양태에서, dISN 변이체는 dISN의 단편을 포함하며, 이러한 단편은 야생형 dISN 또는 서열식별번호: 32 또는 33에 제시된 바와 같은 dISN에 대해 적어도 70% 동일하거나, 적어도 80% 동일하거나, 적어도 90% 동일하거나, 적어도 95% 동일하거나, 적어도 96% 동일하거나, 적어도 97% 동일하거나, 적어도 98% 동일하거나, 적어도 99% 동일하거나, 적어도 99.5% 동일하거나, 또는 적어도 99.9% 동일하다. 일부 실시양태에서, dISN은 하기 아미노산 서열을 포함한다:
AAG 뉴클레아제 (E125Q); 돌연변이된 잔기는 볼드체로 밑줄표시되어 있다.
EndoV 뉴클레아제 (D35A); 돌연변이된 잔기는 볼드체로 밑줄표시되어 있다.
적합한 dISN 단백질은 본원에 제공되고, 추가의 적합한 dISN 단백질은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지되어 있으며, 예를 들어 AAG, EndoV 및 그의 변이체를 포함한다. 염기-절제 복구, 예컨대 이노신의 염기 절제를 차단하거나 억제하는 추가의 단백질도 또한 본 개시내용의 범주 내에 있다는 것이 인지되어야 한다. 일부 실시양태에서, DNA 중 이노신에 결합하는 단백질이 사용된다.
본 개시내용의 일부 측면은 염기 복구의 억제제로서 사용될 수 있는 MBD4 또는 TDG를 포함하는 융합 단백질에 관한 것이다. 따라서, 본 개시내용은 napDNAbp 및 아데노신 데아미나제를 포함하며 MBD4 또는 TDG에 추가로 융합된 융합 단백질을 고려한다. 본 개시내용은 임의의 Cas9 도메인, 예를 들어 Cas9 니카제 (nCas9) 도메인, 촉매 불활성 Cas9 (dCas9) 도메인, 고충실도 Cas9 도메인 또는 감소된 PAM 배타성을 갖는 Cas9 도메인을 포함하는 융합 단백질을 고려한다. MBD4 또는 TDG의 사용은 A에서 I로의 변화를 촉매할 수 있는 아데노신 데아미나제의 편집 효율을 증가시킬 수 있다는 것이 이해되어야 한다. 예를 들어, MBD4 또는 TDG를 포함하는 융합 단백질은 A 잔기를 탈아미노화하는데 보다 효율적일 수 있다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 하기 구조를 포함한다:
NH2-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[MBD4 또는 TDG]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[MBD4 또는 TDG]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[MBD4 또는 TDG] -[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-[MBD4 또는 TDG]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[MBD4 또는 TDG]-[아데노신 데아미나제]-COOH; 또는
NH2-[MBD4 또는 TDG]-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-COOH
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질은 링커를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 링커는 2개의 도메인 또는 단백질 (예를 들어, 아데노신 데아미나제, napDNAbp, MBD4 또는 TDG) 사이에 존재한다. 일부 실시양태에서, 상기 일반적 아키텍처에 사용된 "-"는 임의적인 링커 서열의 존재를 나타낸다. 일부 실시양태에서, MBD4 또는 TDG는 야생형 MBD4 또는 TDG이다. 예시적인 MBD4 및 TDG 아미노산 서열은 통상의 기술자에게 분명할 것이고, 비제한적으로, 하기 제공된 MBD4 및 TDG 아미노산 서열을 포함한다.
MBD4의 서열:
TDG의 서열:
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 MBD4 또는 TDG 단백질은 MBD4 또는 TDG 단백질의 단편 및 MBD4 또는 TDG 단편에 상동인 단백질을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, MBD4 또는 TDG 단백질은 서열식별번호: 689 또는 690에 제시된 아미노산 서열의 단편을 포함한다. 일부 실시양태에서, MBD4 또는 TDG 단편은 서열식별번호: 689 또는 690에 제시된 바와 같은 아미노산 서열의 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5%를 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, MBD4 또는 TDG 단백질은 서열식별번호: 689 또는 690에 제시된 아미노산 서열에 상동인 아미노산 서열, 또는 서열식별번호: 689 또는 690에 제시된 아미노산 서열의 단편에 상동인 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, MBD4 또는 TDG 또는 MBD4 또는 TDG의 단편 또는 MBD4 또는 TDG 단편의 상동체를 포함하는 단백질은 "MBD4 변이체" 또는 "TDG 변이체"로 지칭된다. MBD4 또는 TDG 변이체는 MBD4 또는 TDG 또는 그의 단편에 대한 상동성을 공유한다. 예를 들어 MBD4 또는 TDG 변이체는 야생형 MBD4 또는 TDG 또는 서열식별번호: 689 또는 690에 제시된 바와 같은 MBD4 또는 TDG에 대해 적어도 70% 동일하거나, 적어도 75% 동일하거나, 적어도 80% 동일하거나, 적어도 85% 동일하거나, 적어도 90% 동일하거나, 적어도 95% 동일하거나, 적어도 96% 동일하거나, 적어도 97% 동일하거나, 적어도 98% 동일하거나, 적어도 99% 동일하거나, 적어도 99.5% 동일하거나, 또는 적어도 99.9% 동일하다. 일부 실시양태에서, MBD4 또는 TDG 변이체는 MBD4 또는 TDG의 단편을 포함하며, 이러한 단편은 야생형 MBD4 또는 TDG 또는 서열식별번호: 689 또는 690에 제시된 바와 같은 MBD4 또는 TDG에 대해 적어도 70% 동일하거나, 적어도 80% 동일하거나, 적어도 90% 동일하거나, 적어도 95% 동일하거나, 적어도 96% 동일하거나, 적어도 97% 동일하거나, 적어도 98% 동일하거나, 적어도 99% 동일하거나, 적어도 99.5% 동일하거나, 또는 적어도 99.9% 동일하다. 일부 실시양태에서, dISN은 하기 아미노산 서열을 포함한다:
본 개시내용의 일부 측면은 우라실 글리코실라제 억제제 (UGI) 도메인을 포함하는 융합 단백질에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp (예를 들어, 뉴클레아제 활성 Cas9 도메인, 뉴클레아제 불활성 dCas9 도메인 또는 Cas9 니카제) 및 아데노신 데아미나제를 포함하는 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것은 직접적으로 또는 링커를 통해 UGI 도메인에 추가로 융합될 수 있다. 본 개시내용의 일부 측면은 아데노신 데아미나제 (예를 들어, DNA 중 데옥시아데노신을 탈아미노화하는 조작된 아데노신 데아미나제), napDNAbp (예를 들어, dCas9 또는 nCas9)및 UGI 도메인을 포함하는 융합 단백질을 제공한다. 어떠한 특정한 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, I:T 헤테로듀플렉스 DNA의 존재에 대한 세포의 DNA-복구 반응은 세포에서의 핵염기 편집 효율의 감소의 원인이 될 수 있다. 예를 들어, 알킬 아데노신 글리코실라제 (AAG)는 이노신 (I) 연관 DNA 복구에 수반되고, 세포에서 DNA로부터 I의 제거를 촉매한다. 이는 염기 절제 복구를 개시할 수 있고, 가장 흔한 결과물로서 I:T 쌍에서 A:T 쌍으로의 복귀가 일어난다. UGI 도메인은 (예를 들어, 입체 장애에 의해) 이노신 제거 효소가 DNA로부터 이노신 잔기를 절제하는 것을 억제할 수 있다. 따라서, 본 개시내용은 Cas9 도메인 및 아데노신 데아미나제 도메인을 포함하며 UGI 도메인에 추가로 융합된 융합 단백질을 고려한다. 본 개시내용은 임의의 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질, 예를 들어 Cas9 니카제 (nCas9) 도메인, 촉매 불활성 Cas9 (dCas9) 도메인, 고충실도 Cas9 도메인 또는 감소된 PAM 배타성을 갖는 Cas9 도메인을 포함하는 융합 단백질을 고려한다. UGI 도메인의 사용은 A에서 I로의 변화를 촉매할 수 있는 아데노신 데아미나제의 편집 효율을 증가시킬 수 있다는 것이 이해되어야 한다. 예를 들어, UGI 도메인을 포함하는 융합 단백질은 아데노신 잔기를 탈아미노화하는데 보다 효율적일 수 있다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 하기 구조를 포함한다:
NH2-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[UGI]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[UGI]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[UGI]-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-[UGI]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[UGI]-[아데노신 데아미나제]-COOH; 또는
NH2-[UGI]-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-COOH
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질은 링커를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 링커는 도메인 또는 단백질 (예를 들어, 아데노신 데아미나제, napDNAbp 및/또는 UGI 도메인) 중 임의의 것 사이에 존재한다. 일부 실시양태에서, 상기 일반적 아키텍처에 사용된 "-"는 임의적인 링커의 존재를 나타낸다.
일부 실시양태에서, UGI 도메인은 야생형 UGI 또는 서열식별번호: 3에 제시된 바와 같은 UGI를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 UGI 단백질은 UGI의 단편 및 UGI 또는 UGI 단편에 상동인 단백질을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, UGI 도메인은 서열식별번호: 3에 제시된 아미노산 서열의 단편을 포함한다. 일부 실시양태에서, UGI 단편은 서열식별번호: 3에 제시된 바와 같은 아미노산 서열의 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5%를 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, UGI는 서열식별번호: 3에 제시된 아미노산 서열에 상동인 아미노산 서열 또는 서열식별번호: 3에 제시된 아미노산 서열의 단편에 상동인 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, UGI 또는 UGI의 단편 또는 UGI 또는 UGI 단편의 상동체를 포함하는 단백질은 "UGI 변이체"로 지칭된다. UGI 변이체는 UGI 또는 그의 단편에 대해 상동성을 공유한다. 예를 들어 UGI 변이체는 야생형 UGI 또는 서열식별번호: 3에 제시된 바와 같은 UGI에 대해 적어도 70% 동일하거나, 적어도 75% 동일하거나, 적어도 80% 동일하거나, 적어도 85% 동일하거나, 적어도 90% 동일하거나, 적어도 95% 동일하거나, 적어도 96% 동일하거나, 적어도 97% 동일하거나, 적어도 98% 동일하거나, 적어도 99% 동일하거나, 적어도 99.5% 동일하거나, 또는 적어도 99.9% 동일하다. 일부 실시양태에서, UGI 변이체는 UGI의 단편을 포함하며, 이러한 단편은 야생형 UGI 또는 서열식별번호: 3에 제시된 바와 같은 UGI에 대해 적어도 70% 동일하거나, 적어도 80% 동일하거나, 적어도 90% 동일하거나, 적어도 95% 동일하거나, 적어도 96% 동일하거나, 적어도 97% 동일하거나, 적어도 98% 동일하거나, 적어도 99% 동일하거나, 적어도 99.5% 동일하거나, 또는 적어도 99.9% 동일하다. 일부 실시양태에서, UGI는 하기 아미노산 서열을 포함한다:
>sp|P14739|UNGI_BPPB2 우라실-DNA 글리코실라제 억제제
적합한 UGI 단백질 및 뉴클레오티드 서열은 본원에 제공되고, 추가의 적합한 UGI 서열은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지되어 있으며, 예를 들어 문헌 [Wang et al., Uracil-DNA glycosylase inhibitor gene of bacteriophage PBS2 encodes a binding protein specific for uracil-DNA glycosylase. J. Biol. Chem. 264:1163-1171(1989); Lundquist et al., Site-directed mutagenesis and characterization of uracil-DNA glycosylase inhibitor protein. Role of specific carboxylic amino acids in complex formation with Escherichia coli uracil-DNA glycosylase. J. Biol. Chem. 272:21408-21419(1997); Ravishankar et al., X-ray analysis of a complex of Escherichia coli uracil DNA glycosylase (EcUDG) with a proteinaceous inhibitor. The structure elucidation of a prokaryotic UDG. Nucleic Acids Res. 26:4880-4887(1998); 및 Putnam et al., Protein mimicry of DNA from crystal structures of the uracil-DNA glycosylase inhibitor protein and its complex with Escherichia coli uracil-DNA glycosylase. J. Mol. Biol. 287:331-346(1999)] (각각의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 공개된 것을 포함한다.
염기-절제 복구, 예컨대 이노신의 염기 절제를 차단하거나 억제하는 추가의 단백질도 또한 본 개시내용의 범주 내에 있다는 것이 인지되어야 한다. 일부 실시양태에서, DNA에 결합하는 단백질이 사용된다. 또 다른 실시양태에서, UGI에 대한 치환이 사용된다. 일부 실시양태에서, 우라실 글리코실라제 억제제는 단일-가닥 DNA에 결합하는 단백질이다. 예를 들어, 우라실 글리코실라제 억제제는 에르위니아 타스마니엔시스(Erwinia tasmaniensis) 단일-가닥 결합 단백질일 수 있다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 결합 단백질은 아미노산 서열 (서열식별번호: 29)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 우라실 글리코실라제 억제제는 우라실에 결합하는 단백질이다. 일부 실시양태에서, 우라실 글리코실라제 억제제는 DNA 중 우라실에 결합하는 단백질이다. 일부 실시양태에서, 우라실 글리코실라제 억제제는 촉매 불활성 우라실 DNA-글리코실라제 단백질이다. 일부 실시양태에서, 우라실 글리코실라제 억제제는 DNA로부터 우라실을 절제하지 않는 촉매 불활성 우라실 DNA-글리코실라제 단백질이다. 예를 들어, 우라실 글리코실라제 억제제는 UdgX이다. 일부 실시양태에서, UdgX는 아미노산 서열 (서열식별번호: 30)을 포함한다. 또 다른 예로서, 우라실 글리코실라제 억제제는 촉매 불활성 UDG이다. 일부 실시양태에서, 촉매 불활성 UDG는 아미노산 서열 (서열식별번호: 31)을 포함한다. 다른 우라실 글리코실라제 억제제는 통상의 기술자에게 분명할 것이며, 본 개시내용의 범주 내에 있다는 것이 인지되어야 한다. 일부 실시양태에서, 우라실 글리코실라제 억제제는 서열식별번호: 29-31 중 어느 하나에 상동인 단백질이다. 일부 실시양태에서, 우라실 글리코실라제 억제제는 서열식별번호: 29-31 중 어느 하나에 대해 적어도 50% 동일하거나, 적어도 55% 동일하거나, 적어도 60% 동일하거나, 적어도 65% 동일하거나, 적어도 70% 동일하거나, 적어도 75% 동일하거나, 적어도 80% 동일하거나, 적어도 85% 동일하거나, 적어도 90% 동일하거나, 적어도 95% 동일하거나, 적어도 96% 동일하거나, 적어도 98% 동일하거나, 적어도 99% 동일하거나, 또는 적어도 99.5% 동일한 단백질이다.
에르위니아 타스마니엔시스 SSB (열안정성 단일-가닥 DNA 결합 단백질)
UdgX (DNA 중 우라실에 결합하지만 절제하지는 않음)
UDG (촉매 불활성 인간 UDG는 DNA 중 우라실에 결합하지만 절제하지는 않음)
핵 국재화 서열 (NLS)을 포함하는 융합 단백질
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질은 1개 이상의 핵 표적화 서열, 예를 들어 핵 국재화 서열 (NLS)을 포함한다. 일부 실시양태에서, NLS는 NLS를 포함하는 단백질의 세포 핵 내로의 유입 (예를 들어, 핵 수송에 의해)을 용이하게 하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것은 핵 국재화 서열 (NLS)을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, NLS는 융합 단백질의 N-말단에 융합된다. 일부 실시양태에서, NLS는 융합 단백질의 C-말단에 융합된다. 일부 실시양태에서, NLS는 IBR (예를 들어, dISN)의 N-말단에 융합된다. 일부 실시양태에서, NLS는 IBR (예를 들어, dISN)의 C-말단에 융합된다. 일부 실시양태에서, NLS는 napDNAbp의 N-말단에 융합된다. 일부 실시양태에서, NLS는 napDNAbp의 C-말단에 융합된다. 일부 실시양태에서, NLS는 아데노신 데아미나제의 N-말단에 융합된다. 일부 실시양태에서, NLS는 아데노신 데아미나제의 C-말단에 융합된다. 일부 실시양태에서, NLS는 1개 이상의 링커를 통해 융합 단백질에 융합된다. 일부 실시양태에서, NLS는 링커 없이 융합 단백질에 융합된다. 일부 실시양태에서, NLS는 본원에 제공되거나 언급된 NLS 서열 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, NLS는 서열식별번호: 4 또는 서열식별번호: 5에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 추가의 핵 국재화 서열은 관련 기술분야에 공지되어 있으며, 통상의 기술자에게 분명할 것이다. 예를 들어, NLS 서열은 PCT/EP2000/011690 (Plank et al.)에 기재되어 있으며, 상기 문헌의 내용은 예시적인 핵 국재화 서열의 개시내용에 대해 본원에 참조로 포함된다. 일부 실시양태에서, NLS는 아미노산 서열 PKKKRKV (서열식별번호: 4) 또는 MDSLLMNRRKFLYQFKNVRWAKGRRETYLC (서열식별번호: 5)를 포함한다.
일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp를 갖는 예시적인 융합 단백질의 일반적 아키텍처는 하기 구조 중 어느 하나를 포함하며, 여기서 NLS는 핵 국재화 서열 (예를 들어, 본원에 제공된 임의의 NLS), NH2는 융합 단백질의 N-말단이고, COOH는 융합 단백질의 C-말단이다.
아데노신 데아미나제, napDNAbp 및 NLS를 포함하는 융합 단백질.
NH2-[NLS]-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[NLS]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[NLS]-COOH;
NH2-[NLS]-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[NLS]-[아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-[NLS]-COOH;
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질은 링커를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 링커는 도메인 또는 단백질 (예를 들어, 아데노신 데아미나제, napDNAbp 및/또는 NLS) 중 1개 이상 사이에 존재한다. 일부 실시양태에서, 상기 일반적 아키텍처에 사용된 "-"는 임의적인 링커의 존재를 나타낸다.
아데노신 데아미나제, napDNAbp 및 염기 복구의 억제제 (IBR)를 포함하는 융합 단백질.
NH2-[IBR]-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[IBR]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[IBR]-COOH;
NH2-[IBR]-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[IBR]-[아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-[IBR]-COOH;
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질은 링커를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 링커는 도메인 또는 단백질 (예를 들어, 아데노신 데아미나제, napDNAbp 및/또는 IBR) 중 1개 이상 사이에 존재한다. 일부 실시양태에서, 상기 일반적 아키텍처에 사용된 "-"는 임의적인 링커의 존재를 나타낸다.
아데노신 데아미나제, napDNAbp, (IBR) 염기 복구의 억제제 및 NLS를 포함하는 융합 단백질.
NH2-[IBR]-[NLS]-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[NLS]-[IBR]-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[NLS]-[아데노신 데아미나제]-[IBR]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[NLS]-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[IBR]-COOH;
NH2-[IBR]-[아데노신 데아미나제]-[NLS]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[IBR]-[NLS]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[NLS]-[IBR]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[NLS]-[napDNAbp]-[IBR]-COOH;
NH2-[IBR]-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[NLS]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[IBR]-[napDNAbp]-[NLS]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[IBR]-[NLS]-COOH;
NH2-[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[NLS]-[IBR]-COOH;
NH2-[IBR]-[NLS]-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[NLS]-[IBR]-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[NLS]-[napDNAbp]-[IBR]-[아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[NLS]-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-[IBR]-COOH;
NH2-[IBR]-[napDNAbp]-[NLS]-[아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[IBR]-[NLS]-[아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[NLS]-[IBR]-[아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[NLS]-[아데노신 데아미나제]-[IBR]-COOH;
NH2-[IBR]-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-[NLS]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[IBR]-[아데노신 데아미나제]-[NLS]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-[IBR]-[NLS]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-[NLS]-[IBR]-COOH;
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질은 링커를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 링커는 도메인 또는 단백질 (예를 들어, 아데노신 데아미나제, napDNAbp, NLS 및/또는 IBR) 중 1개 이상 사이에 존재한다. 일부 실시양태에서, 상기 일반적 아키텍처에 사용된 "-"는 임의적인 링커의 존재를 나타낸다.
본 개시내용의 일부 측면은 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp) 및 적어도 2개의 아데노신 데아미나제 도메인을 포함하는 융합 단백질을 제공한다. 어떠한 특정한 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, 아데노신 데아미나제의 이량체화 (예를 들어, 시스 또는 트랜스)는 융합 단백질이 핵산 염기를 변형시키는, 예를 들어 아데닌을 탈아미노화하는 능력 (예를 들어, 효율)을 개선시킬 수 있다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질 중 임의의 것은 2, 3, 4 또는 5개의 아데노신 데아미나제 도메인을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것은 2개의 아데노신 데아미나제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것은 단지 2개의 아데노신 데아미나제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 동일하다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것이다. 일부 실시양태에서, 아데노신 데아미나제는 상이하다. 일부 실시양태에서, 제1 아데노신 데아미나제는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것이고, 제2 아데노신은 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것이지만 제1 아데노신 데아미나제와는 동일하지 않다. 한 예로서, 융합 단백질은 둘 다가 ecTadA (서열식별번호: 1)로부터의 A106V, D108N, D147Y 및 E155V 돌연변이를 함유하는 서열식별번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제를 포함할 수 있다. 또 다른 예로서, 융합 단백질은 ecTadA (서열식별번호: 1)로부터의 A106V, D108N, D147Y 및 E155V 돌연변이를 함유하는 서열식별번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 제1 아데노신 데아미나제 도메인 및 ecTadA (서열식별번호: 1)로부터의 L84F, A106V, D108N, H123Y, D147Y, E155V 및 I156F 돌연변이를 함유하는 서열식별번호: 421의 아미노산 서열을 포함하는 제2 아데노신 데아미나제를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 융합 단백질은 2개의 아데노신 데아미나제 (예를 들어, 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 아데노신 데아미나제는 융합 단백질에서 제2 아데노신 데아미나제의 N-말단에 있다. 일부 실시양태에서, 제1 아데노신 데아미나제는 융합 단백질에서 제2 아데노신 데아미나제의 C-말단. 일부 실시양태에서, 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 데아미나제는 직접적으로 또는 링커를 통해 융합된다. 일부 실시양태에서, 링커는 본원에 제공된 링커 중 임의의 것, 예를 들어 "링커" 섹션에 기재된 링커 중 임의의 것이다. 일부 실시양태에서, 링커는 서열식별번호: 10, 37-40, 384-386 또는 685-688 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 아데노신 데아미나제는 제2 아데노신 데아미나제와 동일하다. 일부 실시양태에서, 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제는 본원에 기재된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것이다. 일부 실시양태에서, 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제는 상이하다. 일부 실시양태에서, 제1 아데노신 데아미나제는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것이다. 일부 실시양태에서, 제2 아데노신 데아미나제는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것이지만 제1 아데노신 데아미나제와 동일하지 않다. 일부 실시양태에서, 제1 아데노신 데아미나제는 ecTadA 아데노신 데아미나제이다. 일부 실시양태에서, 제1 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437, 672-684 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것에 대해 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제2 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437, 672-684 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것에 대해 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제2 아데노신 데아미나제는 서열식별번호: 1의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질의 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제는 ecTadA (서열식별번호: 1)에서의 돌연변이, 또는 표 4에 제공된 구축물 (예를 들어, pNMG-371, pNMG-477, pNMG-576, pNMG-586 및 pNMG-616) 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 표 4에서의 구축물 (예를 들어, pNMG-371, pNMG-477, pNMG-576, pNMG-586 및 pNMG-616) 중 어느 하나의 2개의 아데노신 데아미나제 (예를 들어, 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제)를 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 아데노신 데아미나제, 제2 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp를 갖는 예시적인 융합 단백질의 일반적 아키텍처는 하기 구조 중 어느 하나를 포함하며, 여기서 NLS는 핵 국재화 서열 (예를 들어, 본원에 제공된 임의의 NLS)이고, NH2는 융합 단백질의 N-말단이고, COOH는 융합 단백질의 C-말단이다.
제1 아데노신 데아미나제, 제2 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp를 포함하는 융합 단백질.
NH2-[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[제1 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[제2 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[제2 아데노신 데아미나제]-[제1 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[제2 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[제1 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[제2 아데노신 데아미나제]-[제1 아데노신 데아미나제]-COOH;
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질은 링커를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 링커는 도메인 또는 단백질 (예를 들어, 제1 아데노신 데아미나제, 제2 아데노신 데아미나제 및/또는 napDNAbp) 중 1개 이상 사이에 존재한다. 일부 실시양태에서, 상기 일반적 아키텍처에 사용된 "-"는 임의적인 링커의 존재를 나타낸다.
제1 아데노신 데아미나제, 제2 아데노신 데아미나제, napDNAbp 및 NLS를 포함하는 융합 단백질.
NH2-[NLS]-[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[제1 아데노신 데아미나제]-[NLS]-[제2 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]-[NLS]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[NLS]-COOH;
NH2-[NLS]-[제1 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[제2 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[제1 아데노신 데아미나제]-[NLS]-[napDNAbp]-[제2 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[제1 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[NLS]-[제2 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[제1 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[제2 아데노신 데아미나제]-[NLS]-COOH;
NH2-[NLS]-[napDNAbp]-[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[NLS]-[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[제1 아데노신 데아미나제]-[NLS]-[제2 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]-[NLS]-COOH;
NH2-[NLS]-[제2 아데노신 데아미나제]-[제1 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[제2 아데노신 데아미나제]-[NLS]-[제1 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[제2 아데노신 데아미나제]-[제1 아데노신 데아미나제]-[NLS]-[napDNAbp]-COOH;
NH2-[제2 아데노신 데아미나제]-[제1 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[NLS]-COOH;
NH2-[NLS]-[제2 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[제1 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[제2 아데노신 데아미나제]-[NLS]-[napDNAbp]-[제1 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[제2 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[NLS]-[제1 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[제2 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[제1 아데노신 데아미나제]-[NLS]-COOH;
NH2-[NLS]-[napDNAbp]-[제2 아데노신 데아미나제]-[제1 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[NLS]-[제2 아데노신 데아미나제]-[제1 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[제2 아데노신 데아미나제]-[NLS]-[제1 아데노신 데아미나제]-COOH;
NH2-[napDNAbp]-[제2 아데노신 데아미나제]-[제1 아데노신 데아미나제]-[NLS]-COOH;
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질은 링커를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 링커는 도메인 또는 단백질 (예를 들어, 제1 아데노신 데아미나제, 제2 아데노신 데아미나제, napDNAbp 및/또는 NLS) 중 1개 이상 사이에 존재한다. 일부 실시양태에서, 상기 일반적 아키텍처에 사용된 "-"는 임의적인 링커의 존재를 나타낸다.
본 개시내용의 융합 단백질은 1개 이상의 추가의 특색을 포함할 수 있다는 것이 인지되어야 한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 세포질 국재화 서열, 유출 서열, 예컨대 핵 유출 서열, 또는 다른 국재화 서열, 뿐만 아니라 융합 단백질의 가용화, 정제 또는 검출에 유용한 서열 태그 포함할 수 있다. 본원에 제공된 적합한 단백질 태그는 또한 비오틴 카르복실라제 담체 단백질 (BCCP) 태그, myc-태그, 칼모둘린-태그, FLAG-태그, 헤마글루티닌 (HA)-태그, 히스티딘 태그 또는 His-태그로도 지칭되는 폴리히스티딘 태그, 말토스 결합 단백질 (MBP)-태그, nus-태그, 글루타티온-S-트랜스퍼라제 (GST)-태그, 녹색 형광 단백질 (GFP)-태그, 티오레독신-태그, S-태그, 소프태그 (예를 들어, 소프태그 1, 소프태그 3), 스트렙-태그, 비오틴 리가제 태그, FlAsH 태그, V5 태그, 및 SBP-태그를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 추가의 적합한 서열은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 분명할 것이다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 1종 이상의 His 태그를 포함한다.
링커
특정 실시양태에서, 링커는 본원에 기재된 단백질 또는 단백질 도메인 중 임의의 것을 연결하는데 사용될 수 있다. 링커는 공유 결합만큼 단순할 수 있거나 또는 다수의 원자 길이의 중합체 링커일 수 있다. 특정 실시양태에서, 링커는 폴리펩티드이거나 또는 아미노산을 기재로 한다. 다른 실시양태에서, 링커는 펩티드-유사가 아니다. 특정 실시양태에서, 링커는 공유 결합 (예를 들어, 탄소-탄소 결합, 디술피드 결합, 탄소-헤테로원자 결합 등)이다. 특정 실시양태에서, 링커는 아미드 연결의 탄소-질소 결합이다. 특정 실시양태에서, 링커는 시클릭 또는 비-시클릭, 치환 또는 비치환, 분지형 또는 비분지형 지방족 또는 헤테로지방족 링커이다. 특정 실시양태에서, 링커는 중합체 (예를 들어, 폴리에틸렌, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리아미드, 폴리에스테르 등)이다. 특정 실시양태에서, 링커는 아미노알칸산의 단량체, 이량체 또는 중합체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 링커는 아미노알칸산 (예를 들어, 글리신, 에탄산, 알라닌, 베타-알라닌, 3-아미노프로판산, 4-아미노부탄산, 5-펜탄산 등)을 포함한다. 특정 실시양태에서, 링커는 아미노헥산산 (Ahx)의 단량체, 이량체 또는 중합체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 링커는 카르보시클릭 모이어티 (예를 들어, 시클로펜탄, 시클로헥산)를 기재로 한다. 다른 실시양태에서, 링커는 폴리에틸렌 글리콜 모이어티 (PEG)를 포함한다. 다른 실시양태에서, 링커는 아미노산을 포함한다. 특정 실시양태에서, 링커는 펩티드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 링커는 아릴 또는 헤테로아릴 모이어티를 포함한다. 특정 실시양태에서, 링커는 페닐 고리를 기재로 한다. 링커는 펩티드에서 링커로 친핵체 (예를 들어, 티올, 아미노)의 부착을 용이하게 하는 관능화된 모이어티를 포함할 수 있다. 임의의 친전자체는 링커의 일부로서 사용될 수 있다. 예시적인 친전자체는 활성화된 에스테르, 활성화된 아미드, 마이클 수용자, 알킬 할라이드, 아릴 할라이드, 아실 할라이드 및 이소티오시아네이트를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 또는 복수의 아미노산 (예를 들어, 펩티드 또는 단백질)이다. 일부 실시양태에서, 링커는 결합 (예를 들어, 공유 결합), 유기 분자, 기, 중합체 또는 화학적 모이어티이다. 일부 실시양태에서, 링커는 5-100개 아미노산의 길이, 예를 들어 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 30-35, 35-40, 40-45, 45-50, 50-60, 60-70, 70-80, 80-90, 90-100, 100-110, 110-120, 120-130, 130-140, 140-150 또는 150-200개 아미노산의 길이이다. 보다 긴 또는 보다 짧은 링커도 또한 고려된다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10)를 포함하며, 이는 또한 XTEN 링커로 지칭될 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 (SGGS)n (서열식별번호: 37), (GGGS)n (서열식별번호: 38), (GGGGS)n (서열식별번호: 39), (G)n, (EAAAK)n (서열식별번호: 40), (GGS)n, SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10), 또는 (XP)n 모티프, 또는 이들 중 임의의 것의 조합을 포함하며, 여기서 n은 독립적으로 1 내지 30의 정수이고, X는 임의의 아미노산이다. 일부 실시양태에서, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15이다. 일부 실시양태에서, 링커는 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10) 및 SGGS (서열식별번호: 37)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 SGGSSGSETPGTSESATPESSGGS (서열식별번호: 384)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGS (서열식별번호: 385)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 GGSGGSPGSPAGSPTSTEEGTSESATPESGPGTSTEPSEGSAPGSPAGSPTSTEEGTSTEPSEGSAPGTSTEPSEGSAPGTSESATPESGPGSEPATSGGSGGS (서열식별번호: 386)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 24개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 685)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 40개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSSGGSSGGS (서열식별번호: 686)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 64개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGS (서열식별번호: 687)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 92개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 PGSPAGSPTSTEEGTSESATPESGPGTSTEPSEGSAPGSPAGSPTSTEEGTSTEPSEGSAPGTSTEPSEGSAPGTSESATPESGPGSEPATS (서열식별번호: 688)를 포함한다. 본원에 제공된 링커 중 임의의 것은 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제; 아데노신 데아미나제 (예를 들어, 제1 또는 제2 아데노신 데아미나제) 및 napDNAbp; napDNAbp 및 NLS; 또는 아데노신 데아미나제 (예를 들어, 제1 또는 제2 아데노신 데아미나제) 및 NLS를 연결하는데 사용될 수 있다는 것이 인지되어야 한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것은 링커를 통해 서로에 융합된 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것은 링커를 통해 서로에 융합된 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것은 아데노신 데아미나제 (예를 들어, 제1 및/또는 제2 아데노신 데아미나제), 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp), 및/또는 염기 복구의 억제제 (IBR)에 융합될 수 있는 NLS를 포함한다. 아데노신 데아미나제 (예를 들어, 조작된 ecTadA)와 napDNAbp (예를 들어, Cas9 도메인) 사이 및/또는 제1 아데노신 데아미나제와 제2 아데노신 데아미나제 사이에 다양한 링커 길이 및 가요성이 사용되어 (예를 들어, 형태 (GGGGS)n (서열식별번호: 38), (GGGGS)n (서열식별번호: 39) 및 (G)n의 매우 가요성인 링커에서 형태 (EAAAK)n (서열식별번호: 40), (SGGS)n (서열식별번호: 37), SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10) (예를 들어, 문헌 [Guilinger JP, Thompson DB, Liu DR. Fusion of catalytically inactive Cas9 to FokI nuclease improves the specificity of genome modification. Nat. Biotechnol. 2014; 32(6): 577-82] (전체 내용은 본원에 참조로 포함됨) 및 (XP)n의 보다 강성인 링커에 이르는 범위) 특정한 적용을 위한 데아미나제 활성을 위한 최적 길이를 달성할 수 있다. 일부 실시양태에서, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15이다. 일부 실시양태에서, 링커는 (GGS)n 모티프를 포함하며, 여기서 n은 1, 3 또는 7이다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것의 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp 및/또는 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제는 아미노산 서열 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10), SGGS (서열식별번호: 37), SGGSSGSETPGTSESATPESSGGS (서열식별번호: 384), SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGS (서열식별번호: 385) 또는 GGSGGSPGSPAGSPTSTEEGTSESATPESGPGTSTEPSEGSAPGSPAGSPTSTEEGTSTEPSEGSAPGTSTEPSEGSAPGTSESATPESGPGSEPATSGGSGGS (서열식별번호: 386)를 포함하는 링커를 통해 융합된다. 일부 실시양태에서, 링커는 24개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 685)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 40개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSSGGSSGGS (서열식별번호: 686)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 64개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGS (서열식별번호: 687)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 92개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 서열 PGSPAGSPTSTEEGTSESATPESGPGTSTEPSEGSAPGSPAGSPTSTEEGTSTEPSEGSAPGTSTEPSEGSAPGTSESATPESGPGSEPATS (서열식별번호: 688)를 포함한다.
본 개시내용의 일부 측면은 Cas9 도메인 및 아데노신 데아미나제를 포함하는 융합 단백질을 제공한다. 예시적인 융합 단백질은, 비제한적으로, 하기 융합 단백질을 포함한다 (명확성의 목적을 위해, 아데노신 데아미나제 도메인은 볼드체로 제시되고; ecTadA 데아미나제 도메인의 돌연변이는 볼드체 밑줄표시로 제시되고; XTEN 링커는 이탤릭체로 제시되고; UGI/AAG/EndoV 도메인은 볼드체 이탤릭체로 제시되고; NLS는 밑줄표시된 이탤릭체로 제시된다):
ecTadA(wt)-XTEN-nCas9-NLS:
ecTadA(D108N)-XTEN-nCas9-NLS: (포유동물 구축물, DNA, A에서 G로의 편집에 대해 활성):
ecTadA(D108G)-XTEN-nCas9-NLS: 포유동물 구축물, DNA, A에서 G로의 편집에 대해 활성):
ecTadA(D108V)-XTEN-nCas9-NLS: (포유동물 구축물, DNA, A에서 G로의 편집에 대해 활성):
ecTadA(D108N)-XTEN-nCas9-UGI-NLS (A에서 G로의 편집제의 BE3 유사체):
ecTadA(D108G)-XTEN-nCas9-UGI-NLS (A에서 G로의 편집제의 BE3 유사체):
ecTadA(D108V)-XTEN-nCas9-UGI-NLS (A에서 G로의 편집제의 BE3 유사체):
ecTadA(D108N)-XTEN-dCas9-UGI-NLS (포유동물 세포, A에서 G로의 편집제의 BE2 유사체):
ecTadA(D108G)-XTEN-dCas9-UGI-NLS (포유동물 세포, A에서 G로의 편집제의 BE2 유사체):
ecTadA(D108V)-XTEN-dCas9-UGI-NLS (포유동물 세포, A에서 G로의 편집제의 BE2 유사체):
ecTadA(D108N)-XTEN-nCas9-AAG(E125Q)-NLS - 촉매 알킬아데노신 글리코실라제:
ecTadA(D108G)-XTEN-nCas9-AAG(E125Q)-NLS - 촉매 알킬아데노신 글리코실라제:
ecTadA(D108V)-XTEN-nCas9-AAG(E125Q)-NLS - 촉매 알킬아데노신 글리코실라제:
ecTadA(D108N)-XTEN-nCas9-EndoV(D35A)-NLS: 촉매 엔도뉴클레아제 V 함유:
ecTadA(D108G)-XTEN-nCas9-EndoV (D35A)-NLS: 촉매 엔도뉴클레아제 V 함유:
ecTadA(D108V)-XTEN-nCas9-EndoV(D35A)-NLS: 촉매 엔도뉴클레아제 V 함유:
진화의 제1 라운드로부터 생성된 변이체 (박테리아에서) ecTadA(H8Y_D108N_N127S)-XTEN-dCas9:
진화의 제2 라운드로부터의 풍부화된 변이체 (박테리아에서) ecTadA (H8Y_D108N_N127S_E155X)-XTEN-dCas9; X=D, G 또는 V:
ecTadA*-XTEN-nCas9-GGS-DNA 복구 억제제-GGS-NLS (억제제 = UGI, AAG*E125Q 또는 EndoV*D35A)
pNMG-160: ecTadA(D108N)-XTEN-nCas9-GGS- AAG*(E125Q) -GGS- NLS
pNMG-161: ecTadA(D108N)-XTEN-nCas9-GGS- EndoV*(D35A) -GGS- NLS
pNMG-371: ecTadA(L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F)-SGGS-SGGS-XTEN-SGGS-SGGS- ecTadA(L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F)-SGGS-SGGS-XTEN-SGGS-SGGS-nCas9-SGGS- NLS
pNMG-616 아미노산 서열: ecTadA (야생형) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2-ecTadA (W23L_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2_nCas9_SGGS_NLS
pNMG-624 아미노산 서열: ecTadA (야생형) -32 a.a. 링커-ecTadA (W23R_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N) -24 a.a. 링커_nCas9_SGGS_ NLS
pNMG-476 아미노산 서열 (진화 #3 이종이량체, wt TadA + TadA evo #3 돌연변이): ecTadA (야생형) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2-ecTadA (L84F_A106V_D108N_H123Y_D147Y_E155V_I156F) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2_nCas9_SGGS_ NLS
pNMG-477 아미노산 서열: ecTadA (야생형) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2-ecTadA (H36L_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2_nCas9_SGGS_ NLS
pNMG-558 아미노산 서열: ecTadA (야생형) - 32 a.a. 링커-ecTadA (H36L_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N) - 24 a.a. 링커_nCas9_SGGS_ NLS
pNMG-576 아미노산 서열: ecTadA (야생형) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2-ecTadA (H36L_P48S_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2_nCas9_GGS_ NLS
pNMG-577 아미노산 서열: ecTadA (야생형) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2-ecTadA (H36L_P48S_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_A142N_D147Y_E155V_I156F_K157N) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2_nCas9_GGS_ NLS
pNMG-586 아미노산 서열: ecTadA (야생형) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2-ecTadA (H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2_nCas9_GGS_ NLS
pNMG-588 아미노산 서열: ecTadA (야생형) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2-ecTadA (H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_A142N_D147Y_E155V_I156F_K157N) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2_nCas9_GGS_ NLS
pNMG-620 아미노산 서열: ecTadA (야생형) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2-ecTadA (W23R_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2_nCas9_GGS_ NLS
pNMG-617 아미노산 서열: ecTadA (야생형) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2-ecTadA (W23L_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142A_S146C_D147Y_E155V_I156F_K157N) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2_nCas9_GGS_ NLS
pNMG-618 아미노산 서열: ecTadA (야생형) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2-ecTadA (W23L_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142A_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2_nCas9_GGS_ NLS
pNMG-620 아미노산 서열: ecTadA (야생형) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2-ecTadA (W23R_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N) -(SGGS)2-XTEN-(SGGS)2_nCas9_GGS_ NLS
pNMG-621 아미노산 서열: ecTadA (야생형) - 32 a.a. 링커-ecTadA (H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N) - 24 a.a. 링커_nCas9_GGS_ NLS
pNMG-622 아미노산 서열: ecTadA (야생형) - 32 a.a. 링커-ecTadA (H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_A142N_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N) - 24 a.a. 링커_nCas9_GGS_ NLS
pNMG-623 아미노산 서열: ecTadA (야생형 )- 32 a.a. 링커-ecTadA (W23L_H36L_P48A_R51L_L84F_A106V_D108N_H123Y_S146C_D147Y_R152P_E155V_I156F_K157N) - 24 a.a. 링커_nCas9_GGS_ NLS
일부 실시양태에서, 융합 단백질은 서열식별번호: 11-28, 387, 388, 440, 691-706 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것에 대해 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 서열식별번호: 11-28, 387, 388, 440, 691-706에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것과 비교하여 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 21, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개 또는 그 초과의 돌연변이를 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 서열식별번호: 11-28, 387, 388, 440, 691-706에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나 또는 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것과 비교하여 적어도 5, 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50, 적어도 60, 적어도 70, 적어도 80, 적어도 90, 적어도 100, 적어도 110, 적어도 120, 적어도 130, 적어도 140, 적어도 150, 적어도 160, 적어도 170, 적어도 200, 적어도 300, 적어도 400, 적어도 500, 적어도 600, 적어도 700, 적어도 800, 적어도 900, 적어도 1000, 적어도 1100, 적어도 1200, 적어도 1300, 적어도 1400, 적어도 1500, 적어도 1600, 적어도 1700, 적어도 1750 또는 적어도 1800개의 동일한 인접 아미노산 잔기를 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
가이드 핵산과의 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp) 복합체
본 개시내용의 일부 측면은 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것 및 융합 단백질의 napDNAbp에 결합된 가이드 핵산을 포함하는 복합체를 제공한다. 본 개시내용의 일부 측면은 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것, 및 융합 단백질의 Cas9 도메인 (예를 들어, dCas9, 뉴클레아제 활성 Cas9 또는 Cas9 니카제)에 결합된 가이드 RNA를 포함하는 복합체를 제공한다.
일부 실시양태에서, 가이드 핵산 (예를 들어, 가이드 RNA)은 15-100개 뉴클레오티드의 길이이고, 표적 서열에 상보적인 적어도 10개의 인접 뉴클레오티드의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 가이드 RNA는 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 또는 50개 뉴클레오티드의 길이이다. 일부 실시양태에서, 가이드 RNA는 표적 서열에 상보적인 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 또는 40개의 인접 뉴클레오티드의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 서열은 DNA 서열이다. 일부 실시양태에서, 표적 서열은 RNA 서열이다. 일부 실시양태에서, 표적 서열은 포유동물의 게놈에서의 서열이다. 일부 실시양태에서, 표적 서열은 인간의 게놈에서의 서열이다. 일부 실시양태에서, 표적 서열의 3' 말단은 정규 PAM 서열 (NGG)에 바로 인접한다. 일부 실시양태에서, 가이드 핵산 (예를 들어, 가이드 RNA)은 질환 또는 장애와 연관된 서열에 상보적이다. 일부 실시양태에서, 가이드 핵산 (예를 들어, 가이드 RNA)은 표 1 및 2 중 어느 하나에 개시된 유전자로부터 선택된 유전자에서의 돌연변이를 갖는 질환 또는 장애와 연관된 서열에 상보적이다.
아데노신 데아미나제 및 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp) 도메인을 포함하는 융합 단백질을 사용하는 방법
본 개시내용의 일부 측면은 본원에 제공된 융합 단백질 또는 가이드 핵산 (예를 들어, gRNA) 및 핵염기 편집제를 포함하는 복합체를 사용하는 방법을 제공한다. 예를 들어, 본 개시내용의 일부 측면은 DNA 또는 RNA 분자를 본원에 제공된 융합 단백질 중 임의의 것 및 적어도 1종의 가이드 핵산 (예를 들어, 가이드 RNA)과 접촉시키는 것을 포함하며, 여기서 가이드 핵산 (예를 들어, 가이드 RNA)은 약 15-100개 뉴클레오티드의 길이이고, 표적 서열에 상보적인 적어도 10개의 인접 뉴클레오티드의 서열을 포함하는 것인 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 표적 서열의 3' 말단은 정규 PAM 서열 (NGG)에 바로 인접한다. 일부 실시양태에서, 표적 서열의 3' 말단은 정규 PAM 서열 (NGG)에 바로 인접하지 않는다. 일부 실시양태에서, 표적 서열의 3' 말단은 AGC, GAG, TTT, GTG 또는 CAA 서열에 바로 인접한다.
일부 실시양태에서, 표적 DNA 서열은 질환 또는 장애와 연관된 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 DNA 서열은 질환 또는 장애와 연관된 점 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질 (예를 들어, 아데노신 데아미나제 및 Cas9 도메인을 포함함) 또는 복합체의 활성은 점 돌연변이의 교정을 유발한다. 일부 실시양태에서, 표적 DNA 서열은 질환 또는 장애와 연관된 G→A 점 돌연변이를 포함하며, 여기서 돌연변이체 A 염기의 탈아미노화는 질환 또는 장애와 연관되지 않은 서열을 생성한다. 일부 실시양태에서, 표적 DNA 서열은 단백질을 코딩하고, 점 돌연변이는 코돈에 있으며, 야생형 코돈과 비교하여 돌연변이체 코돈에 의해 코딩되는 아미노산의 변화를 유발한다. 일부 실시양태에서, 돌연변이체 A의 탈아미노화는 돌연변이체 코돈에 의해 코딩되는 아미노산의 변화를 유발한다. 일부 실시양태에서, 돌연변이체 A의 탈아미노화는 야생형 아미노산을 코딩하는 코돈을 유발한다. 일부 실시양태에서, 접촉은 대상체의 생체내에서 이루어진다. 일부 실시양태에서, 대상체는 질환 또는 장애를 갖거나 갖는 것으로 진단되었다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 페닐케톤뇨, 폰 빌레브란트 질환 (vWD), 돌연변이체 PTEN 또는 BRCA1과 연관된 신생물성 질환 또는 리-프라우메니 증후군이다. 본원에 제공된 핵염기 편집제를 사용하여 치료될 수 있는 예시적인 질환 및 장애의 목록이 표 1에 제시된다. 표 1은 표적 유전자, 교정될 돌연변이, 관련 질환 및 연관된 프로토스페이서 및 PAM의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
표 1 - 본원에 제공된 핵염기 편집제를 사용하여 치료될 수 있는 예시적인 질환의 목록. 프로토스페이서에서 편집될 A는 밑줄표시에 의해 나타나 있고, PAM은 볼드체로 나타나 있다.
일부 실시양태는 본원에 제공된 DNA 편집 융합 단백질을 사용하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 융합 단백질은 표적 핵염기, 예를 들어 A 잔기를 탈아미노화함으로써 점 돌연변이를 핵산 내로 도입하는데 사용된다. 일부 실시양태에서, 표적 핵염기의 탈아미노화는 유전적 결함의 교정, 예를 들어 유전자 산물에서의 기능 상실을 초래하는 점 돌연변이의 교정을 유발한다. 일부 실시양태에서, 유전적 결함은 질환 또는 장애, 예를 들어 리소좀 축적 장애 또는 대사 질환, 예컨대, 예를 들어 유형 I 당뇨병과 연관된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 탈활성화 점 돌연변이를 질환 또는 장애와 연관된 유전자 산물을 코딩하는 유전자 또는 대립유전자 내로 도입하는데 사용된다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, DNA 편집 융합 단백질을 사용하여 탈활성화 점 돌연변이를 종양유전자 내로 도입하는 (예를 들어, 증식성 질환의 치료에서) 방법이 본원에 제공된다. 탈활성화 돌연변이는 일부 실시양태에서, 코딩 서열에서의 조기 정지 코돈을 생성할 수 있으며, 이는 말단절단된 유전자 산물, 예를 들어 전장 단백질의 기능이 결여된 말단절단된 단백질의 발현을 유발한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 방법의 목적은 게놈 편집을 통해 기능이상 유전자의 기능을 회복시키는 것이다. 본원에 제공된 핵염기 편집 단백질은, 예를 들어 인간 세포 배양물에서 질환-연관 돌연변이를 교정함으로써, 시험관내에서 유전자 편집-기반 인간 치료제에 대해 검증될 수 있다. 본원에 제공된 핵염기 편집 단백질, 예를 들어 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (예를 들어, Cas9) 및 아데노신 데아미나제 도메인을 포함하는 융합 단백질은 임의의 단일 점 G에서 A로 또는 C에서 T로의 돌연변이를 교정하는데 사용될 수 있다는 것이 통상의 기술자에 의해 이해될 것이다. 전자의 경우에, 돌연변이체 A에서 I로의 탈아미노화는 돌연변이를 교정하고, 후자의 경우에, 돌연변이체 T와 염기-쌍형성된 A의 탈아미노화, 이어서 복제의 라운드는 돌연변이를 교정한다. 교정될 수 있는 예시적인 점 돌연변이는 표 1 및 2에 열거된다.
질환-연관 유전자 및 대립유전자에서의 점 돌연변이의 성공적인 교정은 치료제 및 기초 연구에서의 적용과 함께 유전자 교정을 위한 새로운 전략을 열고 있다. 개시된 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 및 아데노신 데아미나제 도메인의 융합체와 같은 부위-특이적 단일-염기 변형 시스템은 또한 "역" 유전자 요법에서의 적용을 가지며, 여기서 특정 유전자 기능은 고의로 억제되거나 폐지된다. 이들 경우에, 단백질 내 불활성화 돌연변이 또는 단백질의 기능을 억제하는 돌연변이를 유도하는 부위-특이적 돌연변이 잔기는 시험관내, 생체외 또는 생체내에서 단백질 기능을 폐지하거나 억제하는데 사용될 수 있다.
본 개시내용은 본원에 제공된 DNA 편집 융합 단백질에 의해 교정될 수 있는 점 돌연변이와 연관되거나 그에 의해 유발되는 질환을 갖는 것으로 진단된 대상체의 치료 방법을 제공한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 이러한 질환, 예를 들어 상기 기재된 바와 같은 점 돌연변이와 연관된 암을 갖는 대상체에게, 점 돌연변이를 교정하거나 탈활성화 돌연변이를 질환-연관 유전자 내로 도입하는 아데노신 데아미나제 융합 단백질의 유효량을 투여하는 것을 포함하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 질환은 증식성 질환이다. 일부 실시양태에서, 질환은 유전 질환이다. 일부 실시양태에서, 질환은 신생물성 질환이다. 일부 실시양태에서, 질환은 대사 질환이다. 일부 실시양태에서, 질환은 리소좀 축적 질환이다. 점 돌연변이를 교정하거나 탈활성화 돌연변이를 질환-연관 유전자 내로 도입함으로써 치료될 수 있는 다른 질환은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지되어 있을 것이며, 본 개시내용은 이에 관하여 제한되지 않는다.
본 개시내용은 추가의 질환 또는 장애, 예를 들어 데아미나제-매개된 유전자 편집에 의해 교정될 수 있는 점 돌연변이와 연관되거나 그에 유발되는 질환 또는 장애의 치료 방법을 제공한다. 일부 이러한 질환은 본원에 기재되고, 본원에 제공된 전략 및 융합 단백질로 치료될 수 있는 추가의 적합한 질환은 본 개시내용에 기초하여 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 분명할 것이다. 예시적인 적합한 질환 및 장애는 하기 열거된다. 각각의 서열에서의 특정 위치 또는 잔기의 넘버링은 사용된 특정한 단백질 및 넘버링 스킴에 의존한다는 것이 이해될 것이다. 넘버링은, 예를 들어 성숙 단백질의 전구체 및 성숙 단백질 자체에서 상이할 수 있고, 종 대 종 간의 서열 차이가 넘버링에 영향을 미칠 수 있다. 관련 기술분야의 통상의 기술자는 관련 기술분야에 널리 공지된 방법에 의해, 예를 들어 서열 정렬 및 상동 잔기의 결정에 의해 임의의 상동 단백질 및 각각의 코딩 핵산에서 각각의 잔기를 확인할 수 있을 것이다. 예시적인 적합한 질환 및 장애는 제한 없이 다음을 포함한다: 2-메틸-3-히드록시부티르산뇨; 3 베타-히드록시스테로이드 데히드로게나제 결핍; 3-메틸클루타콘산뇨; 3-옥소-5 알파-스테로이드 델타 4-데히드로게나제 결핍; 46,XY 성별 반전, 유형 1, 3, 및 5; 5-옥소프롤리나제 결핍; 6-피루보일-테트라히드로프테린 신타제 결핍; 아르스코그 증후군; 아즈 증후군; 연골무발생증 유형 2; 완전색맹 2 및 7; 후천성 긴 QT 증후군; 뇌량무형성 증후군, 쉰젤 유형; 아크로카피토페모랄 이형성증; 선단이골증 2, 호르몬 저항성 동반 또는 비동반; 말단홍색각피증; 말단왜소 이형성증; ACTH-비의존성 거대결정성 부신 증식증 2; 활성화된 PI3K-델타 증후군; 급성 간헐성 포르피린증; 아실-CoA 데히드로게나제 패밀리, 멤버 9의 결핍; 아담스-올리버 증후군 5 및 6; 아데닌 포스포리보실트랜스퍼라제 결핍; 아데닐레이트 키나제 결핍; 아데닐로숙시네이트 리아제 결핍으로 인한 용혈성 빈혈; 청소년 신결석증; 신장-간-췌장 이형성증; 멕켈 증후군 유형 7; 부신백질이영양증; 성인 접합부 수포성 표피박리증; 수포성 표피박리증, 접합부, 국소 변이형; 성인 신경 세로이드 리포푸신증; 성인 신경 세로이드 리포푸신증; 안구운동 실행증을 동반한 성인 발병 운동실조; 성인 증후군; 무섬유소혈증 및 선천성 무섬유소혈증; 상염색체 열성 무감마글로불린혈증 2; 연령-관련 황반 변성 3, 6, 11, 및 12; 에카르디 구티에레스 증후군 1, 4, 및 5; 동창 루푸스 1; 알라질 증후군 1 및 2; 알렉산더병; 알캅톤뇨증; 알란-헌던-두들리 증후군; 범발성 탈모증 선천성; 알퍼스 뇌병증; 알파-1-항트립신 결핍; 상염색체 우성, 상염색체 열성, 및 X-연관 열성 알포트 증후군; 알츠하이머병, 가족성, 3, 경직성 하반신부전마비 및 실행증 동반; 알츠하이머병, 유형, 1, 3, 및 4; 저석회화 유형 및 저성숙 유형, IIA1 불완전 사기질형성증; 아미노아실라제 1 결핍; 아미시 영아 간질 증후군; 아밀로이드생성 트랜스티레틴 아밀로이드증; 아밀로이드 심근병증, 트랜스티레틴-관련; 심근병증; 근위축성 측삭 경화증 유형 1, 6, 15 (전두측두엽 치매 동반 또는 비동반), 22 (전두측두엽 치매 동반 또는 비동반), 및 10; TDP43 함유물을 동반한 전두측두엽 치매, TARDBP-관련; 앤더만 증후군; 앤더슨 타윌 증후군; 선천성 긴 QT 증후군; 빈혈, 비구상 용혈성, G6PD 결핍으로 인함; 안젤만 증후근; 소두증을 동반한 중증 신생아-발병 뇌병증; 자폐증에 감수성, X-연관 3; 혈관병증, 유전성, 신병증, 동맥류 및 근육 경련 동반; 안지오텐신 i-전환 효소, 양성 혈청 증가; 무홍채증, 소뇌 운동실조, 및 정신 지체; 손발톱결여증; 항트롬빈 III 결핍; 생식기 기형 및 장애성 스테로이드생성을 동반한 앤틀리-빅슬러 증후군; 대동맥류, 가족성 흉부 4, 6, 및 9; 흉부 대동맥류 및 대동맥 박리; 전신성 평활근 기능장애 증후군; 모야모야병 5; 재생불량성 빈혈; 겉보기 미네랄로코르티코이드 과잉; 아르기나제 결핍; 아르기니노숙시네이트 리아제 결핍; 아로마타제 결핍; 부정맥유발성 우심실 심근병증 유형 5, 8, 및 10; 원발성 가족성 비후성 심근병증; 선천성 다발성 관절만곡증, 원위, X-연관; 관절만곡증 신장 기능장애 담즙정체 증후군; 관절만곡증, 신장 기능장애, 및 담즙정체 2; 아스파라긴 신테타제 결핍; 뉴런 이동의 이상; 비타민 E 결핍을 동반한 운동실조; 운동실조, 감각, 상염색체 우성; 운동실조-모세혈관확장증 증후군; 유전성 암-소인 증후군; 무트랜스페린혈증; 심방 세동, 가족성, 11, 12, 13, 및 16; 심방 중격 결손 2, 4, 및 7 (방실 전도 결함 동반 또는 비동반); 심방 정지 2; 방실 중격 결손 4; 유전성 안구 위축증; ATR-X 증후군; 귓바퀴관절융기 증후군 2; 자가면역 질환, 다기관, 영아-발병; 자가면역 림프증식성 증후군, 유형 1a; 상염색체 우성 발한저하성 외배엽 이형성증; 미토콘드리아 DNA 결실을 동반한 상염색체 우성 진행성 외안근마비 1 및 3; 상염색체 우성 염전 이상긴장증 4; 상염색체 열성 중심핵성 근병증; 상염색체 열성 선천성 어린선 1, 2, 3, 4A, 및 4B; 상염색체 열성 이완성 피부증 유형 IA 및 1B; 상염색체 열성 발한저하성 외배엽 이형성증 증후군; 외배엽 이형성증 11b; 발한저하성/모발/치아 유형, 상염색체 열성; 상염색체 열성 저인산혈증 골 질환; 악센펠트-리거 증후군 유형 3; 베인브리지-로퍼스 증후군; 바나얀-릴리-루발카바 증후군; PTEN 과오종 종양 증후군; 바레이처-윈터 증후군 1 및 2; 바라카트 증후군; 바르데-비들 증후군 1, 11, 16, 및 19; 무표지 림프구 증후군 유형 2, 상보군 E; 바터 증후군 산전 유형 2; 바터 증후군 유형 3, 저칼슘뇨 동반 3, 및 4; 기저 신경절 석회화, 특발성, 4; 염주털; 양성 가족성 혈뇨; 양성 가족성 신생아 발작 1 및 2; 발작, 양성 가족성 신생아, 1 및/또는 근파동; 발작, 조기 영아 간질성 뇌병증 7; 양성 가족성 신생아-영아 발작; 양성 유전성 무도병; 심근병증을 동반한 양성 견갑비골 근육 이영양증; 버나드-술리에 증후군, 유형 A1 및 A2 (상염색체 우성); 베스트로핀병증, 상염색체 열성; 베타 지중해빈혈; 베스렘 근병증 및 베스렘 근병증 2; 비에티 결정질 각막망막 이영양증; 담즙산 합성 결함, 선천성, 2; 비오티니다제 결핍; 버크 바렐 정신 지체 이형 증후군; 실눈증, 안검하수증, 및 역내안각주름; 블룸 증후군; 보제슨-포스만-레만 증후군; 보우셔 네우하우저 증후군; 단지증 유형 A1 및 A2; 고혈압을 동반한 단지증; 출혈을 동반한 뇌 소혈관 질환; 분지형-쇄 분지형-쇄 데히드로게나제 키나제 결핍; 아가미귀 증후군 2 및 3; 유방암, 조기 발병; 유방-난소암, 가족성 1, 2, 및 4; 취약 각막 증후군 2; 브로디 근병증; 땀 염화물 상승을 동반한 또는 동반하지 않은 기관지확장증 3; 브라운-비알레토-반 라에레 증후군 및 브라운-비알레토-반 라에레 증후군 2; 브루가다 증후군; 브루가다 증후군 1; 심실 세동; 발작성 가족성 심실 세동; 브루가다 증후군 및 브루가다 증후군 4; 긴 QT 증후군; 심장 돌연사; 과녁 황반 이영양증; 스타르가르트병 4; 추체-간체 이영양증 12; 수포성 어린선형 홍피증; 번-맥코운 증후군; 칸디다증, 가족성, 2, 5, 6, 및 8; 탄수화물-결핍 당단백질 증후군 유형 I 및 II; 탄산 안히드라제 VA 결핍, 이에 기인한 고암모니아혈증; 결장의 암종; 심장 부정맥; 긴 QT 증후군, LQT1 하위유형; 심뇌근병증, 치명성 영아, 시토크롬 c 옥시다제 결핍으로 인함; 심장얼굴피부 증후군; 심근병증; 다논병; 비대성 심근병증; 좌심실 비치밀 심근병증; 카네발 증후군; 카니 복합증, 유형 1; 카르니틴 아실카르니틴 트랜스로카제 결핍; 카르니틴 팔미토일트랜스퍼라제 I, II, II (후기 발병), 및 II (영아) 결핍; 백내장 1, 4, 상염색체 우성, 상염색체 우성, 다중 유형, 소각막 동반, 코폭-유사, 소아, 소각막 및 글루코스뇨 동반, 및 핵 미만성 비진행성; 카테콜아민성 다형성 심실성 빈맥; 미측 퇴행 증후군; Cd8 결핍, 가족성; 중심핵병; 염색체 1,9 및 16의 동원체 불안정성 및 면역결핍; 진행성 외안근마비를 동반한 영아 소뇌 운동실조 및 소뇌 운동실조, 정신 지체, 및 평형이상 증후군 2; 뇌 아밀로이드 혈관병증, APP-관련; 피질하 경색 및 백질뇌병증을 동반한 뇌 상염색체 우성 및 열성 동맥병증; 뇌 해면 기형 2; 뇌안구안면골격 증후군 2; 뇌-안구-안면-골격 증후군; 석회화 및 낭을 동반한 대뇌망막 미세혈관병증; 세로이드 리포푸신증 뉴런 2, 6, 7, 및 10; 체디악-히가시 증후군, 체디악-히가시 증후군, 성인 유형; 샤르코-마리-투스병 유형 1B, 2B2, 2C, 2F, 2I, 2U (축삭), 1C (탈수초성), 우성 중간체 C, 열성 중간체 A, 2A2, 4C, 4D, 4H, IF, IVF, 및 X; 견갑비골 척수성 근육 위축; 원위 척수성 근육 위축, 선천성 비진행성; 척수성 근육 위축, 원위, 상염색체 열성, 5; CHARGE 연합증; 소아기 저포스파타제증; 성인 저포스파타제증; 담낭염; 진행성 가족성 간내 담즙정체 3; 담즙정체, 간내, 임신중 3; 콜레스타놀 축적 질환; 콜레스테롤 모노옥시게나제 (측쇄 절단) 결핍; 연골이형성증 블롬스트랜드 유형; 점상 연골이형성증 1, X-연관 열성 및 2 X-연관 우성; CHOPS 증후군; 만성 육아종성 질환, 상염색체 열성 시토크롬 b-양성, 유형 1 및 2; 추들리-맥쿨로우 증후군; 섬모 이상운동증, 원발성, 7, 11, 15, 20 및 22; 시트룰린혈증 유형 I; 시트룰린혈증 유형 I 및 II; 쇄골두개 이골증; C-유사 증후군; 코케인 증후군 유형 A; 조효소 Q10 결핍, 원발성 1, 4, 및 7; 코핀 시리스/지적 장애; 코핀-로우리 증후군; 코헨 증후군; 감기-유발 발한 증후군 1; 콜-카펜터 증후군 2; 육아종을 동반한 복합 세포성 및 체액성 면역 결함; 복합 d-2- 및 l-2-히드록시글루타르산뇨; 복합 말론산 및 메틸말론산뇨; 복합 산화성 인산화 결핍 1, 3, 4, 12, 15, 및 25; 복합 부분 및 완전 17-알파-히드록실라제/17,20-리아제 결핍; 공통 가변성 면역결핍 9; 보체 성분 4, 이의 부분 결핍, 기능장애성 c1 억제제로 인함; 보체 인자 B 결핍; 추체 단색형색각; 추체-간체 이영양증 2 및 6; 추체-간체 이영양증 불완전 사기질형성증; 선천성 부신 증식증 및 선천성 부신 저형성증, X-연관; 선천성 무거핵구성 혈소판감소증; 선천성 무홍채증; 선천성 중앙 저환기; 히르쉬스프룽 질환 3; 선천성 구축성 거미가락증; 선천성 사지 및 안면 구축, 저긴장증, 및 발달 지체; 선천성 글리코실화 장애 유형 1B, 1D, 1G, 1H, 1J, 1K, 1N, 1P, 2C, 2J, 2K, IIm; 선천성 적혈구생성이상 빈혈, 유형 I 및 II; 선천성 안면 외배엽 이형성증; 선천성 적혈구생성 포르피린증; 선천성 전신 지방이영양증 유형 2; 선천적 심장 질환, 다중 유형, 2; 선천적 심장 질환; 단속 대동맥궁; 선천성 지방종성 과도성장, 혈관 기형, 및 표피 모반; 비소세포 폐암; 난소의 신생물; 심장 전도 결손, 비특이적; 선천성 미세융모 위축; 선천성 근육 이영양증; 부분 LAMA2 결핍으로 인한 선천성 근육 이영양증; 뇌 및 안구 기형을 동반한 선천성 근육 이영양증-디스트로글리칸병증, 유형 A2, A7, A8, A11, 및 A14; 정신 지체를 동반한 선천성 근육 이영양증-디스트로글리칸병증, 유형 B2, B3, B5, 및 B15; 정신 지체를 동반하지 않은 선천성 근육 이영양증-디스트로글리칸병증, 유형 B5; 선천성 근육 비대-뇌 증후군; 선천성 근무력 증후군, 아세타졸아미드-반응성; 섬유 유형 불균등을 동반한 선천성 근병증; 선천성 안구 결손증; 선천성 비진행성 야맹증, 유형 1A, 1B, 1C, 1E, 1F, 및 2A; 코프로포르피린증; 납작각막 2; 각막 이영양증, 푸크스 내피, 4; 각막 내피 이영양증 유형 2; 각막 취약성 구형각막, 청색 공막 및 관절 과운동성; 코넬리아 드 랑쥐 증후군 1 및 5; 관상 동맥 질환, 상염색체 우성 2; 관상동맥 심장 질환; 고알파지단백혈증 2; 피질 이형성증, 복합체, 다른 뇌 기형 동반 5 및 6; 피질 기형, 후두; 코르티코스테로이드-결합 글로불린 결핍; 코르티코스테론 메틸옥시다제 유형 2 결핍; 코스텔로 증후군; 코우덴 증후군 1; 편평고; 두개골간 이형성증, 상염색체 우성; 두개골유합증 1 및 4; 두개골유합증 및 치아 기형; 크레아틴 결핍, X-연관; 크루존 증후군; 잠복안구 증후군; 잠복고환, 일측 또는 양측; 쿠싱 지절유합증; 피부 악성 흑색종 1; 골이영양증 및 중증 폐, 위장 및 요 이상을 동반한 이완성 피부증; 청색증, 일과성 신생아 및 비정형 신병증성; 낭성 섬유증; 시스틴뇨; 시토크롬 c 옥시다제 i 결핍; 시토크롬-c 옥시다제 결핍; D-2-히드록시글루타르산뇨 2; 다리에병, 분절성; 미로 무형성 소이증 및 소치증 (LAMM)을 동반한 난청; 난청, 상염색체 우성 3a, 4, 12, 13, 15, 상염색체 우성 비증후군성 감각신경성 17, 20, 및 65; 난청, 상염색체 열성 1A, 2, 3, 6, 8, 9, 12, 15, 16, 18b, 22, 28, 31, 44, 49, 63, 77, 86, 및 89; 난청, 와우, 근시 및 지적 손상 동반, 전정 침범 비동반, 상염색체 우성, X-연관 2; 2-메틸부티릴-CoA 데히드로게나제의 결핍; 3-히드록시아실-CoA 데히드로게나제의 결핍; 알파-만노시다제의 결핍; 방향족-L-아미노산 데카르복실라제의 결핍; 비스포스포글리세레이트 뮤타제의 결핍; 부티릴-CoA 데히드로게나제의 결핍; 페록시다제의 결핍; 갈락토키나제의 결핍; 구아니디노아세테이트 메틸트랜스퍼라제의 결핍; 히알루로노글루코사미니다제의 결핍; 리보스-5-포스페이트 이소머라제의 결핍; 스테로이드 11-베타-모노옥시게나제의 결핍; UDP글루코스-헥소스-1-포스페이트 우리딜트랜스퍼라제의 결핍; 크산틴 옥시다제의 결핍; 데제린-소타스병; 샤르코-마리-투스병, 유형 ID 및 IVF; 데제린-소타스 증후군, 상염색체 우성; 수지상 세포, 단핵구, B 림프구, 및 자연 킬러 림프구 결핍; 데스부쿼스 이형성증 2; 데스부쿼스 증후군; DFNA 2 비증후군성 청각 상실; 시신경 위축 및 난청을 동반한 당뇨병 및 요붕증; 당뇨병, 유형 2, 및 인슐린-의존성, 20; 다이아몬드-블랙판 빈혈 1, 5, 8, 및 10; 설사 3 (분비 나트륨, 선천성, 증후군성) 및 5 (터프팅 장병증 동반, 선천성); 디카르복실산 아미노산뇨증; 미만성 수장족저 각피증, 보트니안 유형; 수족지신장뇌 증후군; 디히드로프테리딘 리덕타제 결핍; 확장성 심근병증 1A, 1AA, 1C, 1G, 1BB, 1DD, 1FF, 1HH, 1I, 1KK, 1N, 1S, 1Y, 및 3B; 좌심실 비치밀 3; 시토크롬 p450 옥시도리덕타제 결핍으로 인한 장애성 스테로이드생성; 원위 관절만곡증 유형 2B; 원위 유전성 모터 뉴런병증 유형 2B; 원위 근병증 마르케스베리-그릭스 유형; 원위 척수성 근육 위축, X-연관 3; 첩모중생증-림프부종 증후군; 피부의 부재를 동반한 우성 이영양성 수포성 표피박리증; 우성 유전성 시신경 위축; 돈나이 바로우 증후군; 도파민 베타 히드록실라제 결핍; 도파민 수용체 d2, 감소된 뇌 밀도; 다울링-데고스병 4; 도인 벌집형 망막 이영양증; 말라티아 레벤티네스; 듀안 증후군 유형 2; 두빈-존슨 증후군; 뒤시엔느 근육 이영양증; 베커 근육 이영양증; 이상피브리노겐혈증; 선천성 이상각화증 상염색체 우성 및 상염색체 우성, 3; 선천성 이상각화증, 상염색체 열성, 1, 3, 4, 및 5; 선천성 이상각화증 X-연관; 이상운동증, 가족성, 안면 근파동 동반; 이상플라스미노겐혈증; 이상긴장증 2 (염전, 상염색체 열성), 3 (염전, X-연관), 5 (도파-반응성 유형), 10, 12, 16, 25, 26 (근간대성); 발작, 양성 가족성 영아, 2; 조기 영아 간질성 뇌병증 2, 4, 7, 9, 10, 11, 13, 및 14; 비정형 레트 증후군; 초기 T 세포 전구세포 급성 림프모구성 백혈병; 외배엽 이형성증 피부 취약성 증후군; 외배엽 이형성증-합지증 증후군 1; 수정체 편위, 고립성 상염색체 열성 및 우성; 가락결손증, 외배엽 이형성증, 및 구순열/구개 증후군 3; 엘러스-단로스 증후군 유형 7 (상염색체 열성), 전형적 유형, 유형 2 (조로), 히드록시리신-결핍, 유형 4, 유형 4 변이형, 및 테나신-X 결핍으로 인함; 아이흐스펠트 유형 선천성 근육 이영양증; 내분비-뇌골이형성증; 증진된 s-추체 증후군; 비대 전정 수도관 증후군; 엔테로키나제 결핍; 사마귀양 표피이형성증; 단순 수포성 표피박리증 및 지대 근육 이영양증, 얼룩덜룩한 색소침착을 동반한 단순 수포성 표피박리증, 유문 폐쇄증을 동반한 단순 수포성 표피박리증, 상염색체 열성 및 유문 폐쇄증을 동반한 단순 수포성 표피박리증; 표피박리성 수장족저 각피증; 가족성 열성 발작 8; 간질, 소아기 부재 2, 12 (특발성 전신, 이에 감수성) 5 (야간 전두엽), 야간 전두엽 유형 1, 부분, 가변성 초점 동반, 진행성 근간대성 3, 및 X-연관, 가변성 학습 불능 및 행동 장애 동반; 간질성 뇌병증, 소아기-발병, 초기 영아, 1, 19, 23, 25, 30, 및 32; 골단 이형성증, 다중, 근시 및 전도성 난청 동반; 간헐성 운동실조 유형 2; 간헐성 통증 증후군, 가족성, 3; 엡스타인 증후군; 펙트너 증후군; 적혈구생성 프로토포르피린증; 에스트로겐 저항성; 삼출성 유리체망막병증 6; 파브리병 및 심장 변이형 파브리병; 인자 H, VII, X, v 및 인자 viii, 2의 복합 결핍, xiii, 서브유닛, 결핍; 가족성 선종성 폴립증 1 및 3; 두드러기 및 난청을 동반한 가족성 아밀로이드 신병증; 가족성 한랭 두드러기; 충부의 가족성 무형성증; 가족성 양성 천포창; 가족성 유방암; 유방암, 이에 감수성; 골육종; 췌장암 3; 가족성 심근병증; 가족성 한랭 자가염증성 증후군 2; 가족성 결장직장암; 가족성 삼출성 유리체망막병증, X-연관; 가족성 편마비성 편두통 유형 1 및 2; 가족성 고콜레스테롤혈증; 가족성 비후성 심근병증 1, 2, 3, 4, 7, 10, 23 및 24; 가족성 저칼륨혈증-저마그네슘혈증; 가족성 형성부전성, 사구체낭성 신장; 가족성 영아 근무력증; 가족성 소아 통풍; 가족성 지중해열 및 가족성 지중해열, 상염색체 우성; 가족성 공뇌증; 가족성 만발성 피부 포르피린증; 가족성 폐 모세혈관종증; 가족성 신장 글루코스뇨; 가족성 신장 저요산혈증; 가족성 제한성 심근병증 1; 가족성 유형 1 및 3 고지단백혈증; 판코니 빈혈, 상보군 E, I, N, 및 O; 판코니-빅켈 증후군; 잠두중독증, 이에 감수성; 열성 발작, 가족성, 11; 페인골드 증후군 1; 태아성 헤모글로빈 정량적 형질 유전자좌 1; FG 증후군 및 FG 증후군 4; 외안근의 섬유증, 선천성, 1, 2, 3a (안외 침범 동반 또는 비동반), 3b; 피쉬-아이 질환; 반점 각막 이영양증; 플로팅-하버 증후군; 정신 지체를 동반한 또는 동반하지 않은 언어 장애를 동반한 초점성 간질; 초점성 분절성 사구체경화증 5; 전뇌 결함; 프랭크 테르 하르 증후군; 보론 디 로코 크로바토 증후군; 프레이저 증후군; 윌름스 종양 1; 프리만-쉘돈 증후군; 전두골간단 이형성증 1 및 3; 전두측두엽 치매; 전두측두엽 치매 및/또는 근위축성 측삭 경화증 3 및 4; 전두측두엽 치매 염색체 3-연관 및 전두측두엽 치매 유비퀴틴-양성; 프룩토스-비포스파타제 결핍; 푸르만 증후군; 감마-아미노부티르산 트랜스아미나제 결핍; 감스토르프-볼파르트 증후군; 고셔병 유형 1 및 아급성 뉴런병증성; 주시 마비, 가족성 수평, 진행성 척추측만증 동반; 전신 우성 이영양성 수포성 표피박리증; 열성 발작을 동반한 전신 간질 플러스 3, 유형 1, 유형 2; 간질성 뇌병증 레녹스-가스토 유형; 거대 축삭 신경병증; 글라즈만 혈소판무력증; 녹내장 1, 개방각, e, F, 및 G; 녹내장 3, 원발성 선천성, d; 녹내장, 선천성 및 녹내장, 선천성, 결손증; 녹내장, 원발성 개방각, 소아-발병; 신경교종 감수성 1; 글루코스 수송체 유형 1 결핍 증후군; 글루코스-6-포스페이트 수송 결함; GLUT1 결핍 증후군 2; 간질, 특발성 전신, 이에 감수성, 12; 글루타메이트 포름이미노트랜스퍼라제 결핍; 글루타르산 산혈증 IIA 및 IIB; 글루타르산 산뇨, 유형 1; 글루타티온 신테타제 결핍; 글리코겐 축적 질환 0 (근육), II (성인 형태), IXa2, IXc, 유형 1A; 유형 II, 유형 IV, IV (복합 간 및 근병증성), 유형 V, 및 유형 VI; 골드만-파브르 증후군; 고돈 증후군; 골린 증후군; 완전전뇌증 서열; 완전전뇌증 7; 육아종성 질환, 만성, X-연관, 변이형; 난소의 과립막 세포 종양; 회색 혈소판 증후군; 그리셀리 증후군 유형 3; 그뢰노우브 각막 이영양증 유형 I; 성장 및 정신 지체, 하악안면 이골증, 소두증, 및 구개열; 뇌하수체 기형을 동반한 성장 호르몬 결핍; 면역결핍을 동반한 성장 호르몬 무감응; GTP 시클로히드롤라제 I 결핍; 하쥬-체니 증후군; 수족 자궁 증후군; 청각 장애; 혈관종, 모세관 영아; 혈액 신생물; 혈색소증 유형 1, 2B, 및 3; 당뇨병의 미세혈관 합병증 7; 트랜스페린 혈청 수준 정량적 형질 유전자좌 2; 헤모글로빈 H 질환, 비결실; 용혈성 빈혈, 비구상, 글루코스 포스페이트 이소머라제 결핍으로 인함; 혈구포식성 림프조직구증식증, 가족성, 2; 혈구포식성 림프조직구증식증, 가족성, 3; 헤파린 보조인자 II 결핍; 유전성 장병증성 말단피부염; 유전성 유방 및 난소암 증후군; 운동실조-모세혈관확장증-유사 장애; 유전성 미만성 위암; 타원체를 동반한 유전성 미만성 백질뇌병증; 유전성 인자 II, IX, VIII 결핍 질환; 유전성 출혈성 모세혈관확장증 유형 2; 무한증을 동반한 유전성 무통각증; 유전성 림프부종 유형 I; 시신경 위축을 동반한 유전성 운동 및 감각 신경병증; 초기 호흡 부전을 동반한 유전성 근병증; 유전성 신경통 근위축; 유전성 비폴립증 결장직장 신생물; 린치 증후군 I 및 II; 유전성 췌장염; 췌장염, 만성, 이에 감수성; 유전성 감각 및 자율 신경병증 유형 IIB 및 IIA; 유전성 철적혈모구성 빈혈; 헤르만스키-푸들라크 증후군 1, 3, 4, 및 6; 착위, 내장, 2, 4, 및 6, 상염색체; 착위, 내장, X-연관; 이소증; 조직구성 수질성 망상증; 조직구증-림프절병증 플러스 증후군; 홀로카르복실라제 신테타제 결핍; 완전전뇌증 2, 3,7, 및 9; 홀트-오람 증후군; MTHFR 결핍으로 인한 호모시스테인혈증, CBS 결핍으로 인한 호모시스틴뇨증, 및 호모시스틴뇨증, 피리독신-반응성; 코발라민 대사에서의 결함으로 인한 코발라민 호모시스틴뇨증-거대적모구성 빈혈, cblE 보완 유형; 호웰-에반스 증후군; 후를러 증후군; 허친슨-길포드 증후군; 수두증; 고암모니아혈증, 유형 III; 고콜레스테롤혈증 및 고콜레스테롤혈증, 상염색체 열성; 과도놀람증 2 및 과도놀람증 유전성; 고페리틴혈증 백내장 증후군; 고글리신뇨증; 주기열을 동반한 고이뮤노글로불린 D; 메발론산뇨증; 고이뮤노글로불린 E 증후군; 고인슐린혈증성 저혈당증 가족성 3, 4, 및 5; 고인슐린증-고암모니아혈증 증후군; 고리신혈증; 이상긴장증, 다혈구혈증 및 간경변증을 동반한 고망가니즈혈증; 고오르니틴혈증-고암모니아혈증-호모시트룰린뇨증 증후군; 부갑상선기능항진증 1 및 2; 부갑상선기능항진증, 신생아 중증; 고페닐알라닌혈증, bh4-결핍, a, 부분 pts 결핍으로 인함, BH4-결핍, D, 및 비-pku; 정신 지체 증후군을 동반한 고포스파타제증 2, 3, 및 4; 털감소증성 골연골이형성증; 저베타지단백혈증, 가족성, apob32 연관; 저칼슘혈증, 상염색체 우성 1; 저칼슘뇨 고칼슘혈증, 가족성, 유형 1 및 3; 저연골형성; 철 과부하를 동반한 저색소성 소구성 빈혈; 간 내 글리코겐 신테타제의 결핍을 동반한 저혈당증; 후각결여를 동반한 또는 동반하지 않은 저생식선자극 생식선기능저하증 11; 면역 결핍을 동반한 발한저하성 외배엽 이형성증; 발한저하성 X-연관 외배엽 이형성증; 저칼륨혈성 주기성 마비 1 및 2; 저마그네슘혈증 1, 장; 저마그네슘혈증, 발작, 및 정신 지체; 저수초형성 백질이영양증 7; 형성부전성 좌심 증후군; 방실 중격 결손 및 공통 방실 접합부; 요도하열 1 및 2, X-연관; 갑상선기능저하증, 선천성, 비갑상선종성, 1; 털감소증 8 및 12; 털감소증-림프부종-모세혈관확장증 증후군; I 혈액형 시스템; 지멘스 수포성 어린선; 박탈성 어린선; 어린선 조숙 증후군; 특발성 기저 신경절 석회화 5; 특발성 섬유화 폐포염, 만성 형태; 선천성 이상각화증, 상염색체 우성, 2 및 5; 영아기의 특발성 고칼슘혈증; 칼슘 유입 결함으로 인한 T-세포 불활성화를 동반한 면역 기능장애 2; 면역결핍 15, 16, 19, 30, 31C, 38, 40, 8, cd3-제타에서의 결함으로 인함, 과다 IgM 동반 유형 1 및 2, 및 X-연관, 마그네슘 결함, 엡스타인-바르 바이러스 감염 및 신생물 동반; 면역결핍-동원체 불안정성-안면 기형 증후군 2; 봉입체 근병증 2 및 3; 노나카 근병증; 영아 경련 및 발작성 무도무정위운동증, 가족성; 영아 피질 과골증; 영아 GM1 강글리오시드증; 영아 저포스파타제증; 영아 신결석증; 영아 안진, X-연관; 영아 파킨슨증-이상긴장증; 다중-꼬리 정자 및 과도한 DNA와 연관된 불임; 인슐린 저항성; 인슐린-저항성 당뇨병 및 흑색 극세포증; 인슐린-의존성 당뇨병 분비성 설사 증후군; 간질성 신염, 거대세포핵; 자궁내 성장 지연, 골간단 이형성증, 선청성 부신 저형성증, 및 생식기 기형; 아이오도티로실 커플링 결함; IRAK4 결핍; 이리도전방각이발생증 우성 유형 및 유형 1; 뇌 내 철 축적; 좌골슬개골 이형성증; 도세포 증식증; 고립성 17,20-리아제 결핍; 고립성 루트로핀 결핍; 이소발레릴-CoA 데히드로게나제 결핍; 잔코빅 리베라 증후군; 제벨 랑쥐-닐슨 증후군 2; 주버트 증후군 1, 6, 7, 9/15 (이유전자), 14, 16, 및 17, 및 구안지 증후군 xiv; 헬리츠 중증 접합부 수포성 표피박리증; 소아 GM>1< 강글리오시드증; 소아 폴립증 증후군; 소아 폴립증/유전성 출혈성 모세혈관확장증 증후군; 소아 망막층간분리; 가부키 메이크업 증후군; 칼만 증후군 1, 2, 및 6; 지연된 사춘기; 칸자키병; 카라크 증후군; 카르타게너 증후군; 케니-카페이 증후군 유형 2; 케펜-루빈스키 증후군; 원추각막 1; 모낭 각화증; 선상 수장족저 각화증 1; 킨틀러 증후군; L-2-히드록시글루타르산뇨; 라슨 증후군, 우성 유형; 격자 각막 이영양증 유형 III; 레베르 흑암시; 젤베거 증후군; 퍼옥시솜 생물발생 장애; 젤베거 증후군 스펙트럼; 레베르 선천성 흑암시 11, 12, 13, 16, 4, 7, 및 9; 레베르 시신경 위축; 아미노글리코시드-유발 난청; 난청, 비증후군성 감각신경성, 미토콘드리아; 좌심실 비치밀 5; 좌우축 기형; 라이병; 미토콘드리아 단쇄 에노일-CoA 히드라타제 1 결핍; 미토콘드리아 복합체 I 결핍으로 인한 라이 증후군; 라이너병; 레리 웨일 이상연골골형성증; 치사 선천성 구축 증후군 6; 백혈구 부착 결핍 유형 I 및 III; 백질이영양증, 저수초형성, 11 및 6; 백질뇌병증, 운동실조 동반, 뇌간 및 척수 침범 및 락테이트 상승 동반, 소멸 백질 동반, 및 진행성, 난소 부전 동반; 전체 백색손발톱; 루이 소체 치매; 리히텐스타인-노르 증후군; 리-프라우메니 증후군 1; Lig4 증후군; 지대 근육 이영양증, 유형 1B, 2A, 2B, 2D, C1, C5, C9, C14; 뇌 및 안구 기형을 동반한 선천성 근육 이영양증-디스트로글리칸병증, 유형 A14 및 B14; 리파제 결핍 복합; 지질 단백증; 지방이영양증, 가족성 부분, 유형 2 및 3; 활택뇌증 1, 2 (X-연관), 3, 6 (소두증 동반), X-연관; 피질하 층형 이소증, X-연관; 간부전 급성 영아; 로이스-디에츠 증후군 1, 2, 3; 긴 QT 증후군 1, 2, 2/9, 2/5, (이유전자), 3, 5 및 5, 후천성, 이에 감수성; 폐암; 림프부종, 유전성, ID; 림프부종, 원발성, 골수이형성증 동반; 림프증식성 증후군 1, 1 (X-연관), 및 2; 리소솜 산 리파제 결핍; 대두증, 거구증, 안면 이형 증후군; 황반 이영양증, 난황상, 성인-발병; 악성 고체온 감수성 유형 1; 악성 림프종, 비-호지킨; 악성 흑색종; 전립선의 악성 종양; 하악말단 이골증; 유형 A 또는 B 지방이영양증을 동반한 하악말단 이형성증, 비정형; 하악안면 이골증, 트리처 콜린스 유형, 상염색체 열성; 만노스-결합 단백질 결핍; 메이플 시럽뇨 질환 유형 1A 및 유형 3; 마르덴 워커 유사 증후군; 마르팡 증후군; 마린스코-쇼그렌 증후군; 마트솔프 증후군; 청소년의 성숙기-발병 당뇨병, 유형 1, 유형 2, 유형 11, 유형 3, 및 유형 9; 메이-헤글린 기형; MYH9 관련 장애; 세바스티안 증후군; 맥쿤-올브라이트 증후군; 소마토트로프 선종; 성별 코드-기질 종양; 쿠싱 증후군; 맥쿠식 카우프만 증후군; 맥레오드 신경유극적혈구증가증 증후군; 멕켈-그루버 증후군; 중간쇄 아실-조효소 A 데히드로게나제 결핍; 수모세포종; 피질하 낭을 동반한 거대뇌성 백질뇌병증 1 및 2a; 거대뇌증 선천성 모세혈관확장 대리석 피부증; PIK3CA 관련 과도성장 스펙트럼; 거대뇌증-다소뇌회증-다지증-수두증 증후군 2; 거대적모구성 빈혈, 티아민-반응성, 당뇨병 및 감각신경성 난청 동반; 마이어-골린 증후군 1 및 4; 멜닉-니들스 증후군; 수막종; 정신 지체, X-연관, 3, 21, 30, 및 72; 정신 지체 및 뇌교 및 소뇌 저형성증을 동반한 소두증; 정신 지체 X-연관 증후군 5; 정신 지체, 전방 상악 돌출, 및 사시; 정신 지체, 상염색체 우성 12, 13, 15, 24, 3, 30, 4, 5, 6,및 9; 정신 지체, 상염색체 열성 15, 44, 46, 및 5; 정신 지체, 상동증적 운동, 간질 및/또는 뇌 기형; 정신 지체, 증후군성, 클라에스-젠슨 유형, X-연관; 정신 지체, X-연관, 비특이적, 증후군성, 헤데라 유형, 및 증후군성, wu 유형; 메로신 결핍 선천성 근육 이영양증; 이염성 백질이영양증 소아, 후기 영아, 및 성인 유형; 이염성 백질이영양증; 영양위축성 이형성증; 메트헤모글로빈혈증 유형 I 및 2; 메티오닌 아데노실트랜스퍼라제 결핍, 상염색체 우성; 호모시스틴뇨증을 동반한 메틸말론산혈증; 메틸말론산 산뇨 cblB 유형; 메틸말로닐-CoA 뮤타제 결핍으로 인한 메틸말론산뇨; 메틸말론산 산뇨, mut(0) 유형; 소두 골이형성 원발 왜소증 유형 2; 맥락망막병증, 림프부종 또는 정신 지체를 동반한 또는 동반하지 않은 소두증; 소두증, 열공 헤르니아 및 신증후군; 소두증; 뇌량의 저형성증; 경직성 하반신마비 50, 상염색체 열성; 전반적 발달 지연; CNS 저수포형성증; 뇌 위축; 소두증, 정상 지능 및 면역결핍; 소두증-모세관 기형 증후군; 소구성 빈혈; 소안구증 증후군성 5, 7, 및 9; 소안구증, 고립성 3, 5, 6, 8, 및 결손증 동반 6; 구형소수정체증; 편두통, 가족성 뇌기저; 밀러 증후군; 외안근마비를 동반한 미니코어 근병증; 근병증, 코어 동반 선천성; 미첼-릴리 증후군; 미토콘드리아 3-히드록시-3-메틸글루타릴-CoA 신타제 결핍; 미토콘드리아 복합체 I, II, III, III (핵 유형 2, 4, 또는 8) 결핍; 미토콘드리아 DNA 고갈 증후군 11, 12 (심근병증 유형), 2, 4B (MNGIE 유형), 8B (MNGIE 유형); 미토콘드리아 DNA-고갈 증후군 3 및 7, 간뇌 유형, 및 13 (뇌근병증 유형); 미토콘드리아 포스페이트 담체 및 피루베이트 담체 결핍; 미토콘드리아 삼관능성 단백질 결핍; 긴-쇄 3-히드록시아실-CoA 데히드로게나제 결핍; 미요시 근육 이영양증 1; 근병증, 원위, 전경골 발병 동반; 모어-트라네뱌예르크 증후군; 몰리브데넘 보조인자 결핍, 상보군 A; 모와트-윌슨 증후군; 점액지질증 III 감마; 뮤코폴리사카라이드증 유형 VI, 유형 VI (중증), 및 유형 VII; 뮤코폴리사카라이드증, MPS-I-H/S, MPS-II, MPS-III-A, MPS-III-B, MPS-III-C, MPS-IV-A, MPS-IV-B; 색소성 망막염 73; 강글리오시드증 GM1 유형1 (심장 침범 동반) 3; 다중심성 골용해 신병증; 다중심성 골용해, 소결절증 및 관절병증; 다발성 선천성 기형; 심방 중격 결손 2; 다발성 선천성 기형-저긴장증-발작 증후군 3; 다중 피부 및 점막 정맥 기형; 다발성 내분비 신생물, 유형 1 및 4; 다중 골단 이형성증 5 또는 우성; 다중 위장 폐쇄증; 다중 익상편 증후군 에스코바르 유형; 다중 술파타제 결핍; 다중 익상편 증후군 3; 근육 AMP 데아미나제 결핍; 근육 안구 뇌 질환; 근육 이영양증, 선천성, 메가코니알 유형; 근무력증, 가족성 영아, 1; 근무력 증후군, 선천성, 11, 아세틸콜린 수용체 결핍 연관; 근무력 증후군, 선천성, 17, 2A (느린-채널), 4B (빠른-채널), 및 관상 응집체 부재; 미엘로퍼옥시다제 결핍; MYH-연관 폴립증; 자궁내막 암종; 심근경색 1; 근간대성 이상긴장증; 근간대성-무긴장성 간질; 불균일 적색 근섬유를 동반한 간질을 동반한 근간대성경련; 근원섬유성 근병증 1 및 ZASP-관련; 미오글로빈뇨, 급성 재발성, 상염색체 열성; 근신경 위장 뇌병증 증후군; 진행성 외안근마비를 동반한 영아 소뇌 운동실조; 미토콘드리아 DNA 고갈 증후군 4B, MNGIE 유형; 근병증, 중심핵성, 1, 선천성, 과량의 근육 스핀들 동반, 원위, 1, 락트산증, 및 철적혈모구성 빈혈 1, 미토콘드리아 진행성, 선천성 백내장, 청각 상실 및 발달 지체 동반, 및 관상 응집체, 2; 근시 6; 근경화증, 상염색체 열성; 선천성 근긴장증; 선천성 근긴장증, 상염색체 우성 및 열성 형태; 손발톱-슬개골 증후군; 난스-호란 증후군; 소안구증 2; 나바호 신경간병증; 네말린 근병증 3 및 9; 신생아 저긴장증; 지적 장애; 발작; 지연된 말 및 언어 발달; 정신 지체, 상염색체 우성 31; 시트린 결핍에 의해 유발된 신생아 간내 담즙정체; 신원성 요붕증, 신원성 요붕증, X-연관; 신석증/골다공증, 저인산혈증, 2; 신결석증 13, 15 및 4; 불임; 뇌-안구-신장 증후군 (신결석증, 안구운동 실행증 및 소뇌 이상); 신증후군, 유형 3, 유형 5, 안구 이상 동반 또는 비동반, 유형 7, 및 유형 9; 네스토르-기예르모 조로증 증후군; 네우-락소바 증후군 1; 뇌 철 축적을 동반한 신경변성 4 및 6; 신경계페리틴병증; 신경섬유종증, 유형 1 및 유형 2; 신경섬유육종; 신경뇌하수체 요붕증; 신경병증, 유전성 감각, 유형 IC; 중성 1 아미노산 수송 결함; 근병증을 동반한 중성 지질 축적 질환; 호중구 면역결핍 증후군; 니콜라이데스-바라이처 증후군; 니만-픽병 유형 C1, C2, 유형 A, 및 유형 C1, 성인 형태; 비-케톤성 고글리신혈증; 누난 증후군 1 및 4, 레오파드 증후군 1; 소아 골수단핵구성 백혈병을 동반한 또는 동반하지 않은 누난 증후군-유사 장애; 정상칼륨혈성 주기성 마비, 칼륨-감수성; 노룸병; 간질, 청각 상실, 및 정신 지체 증후군; 정신 지체, X-연관 102 및 증후군성 13; 비만; 안구 백색증, 유형 I; 눈피부 백색증 유형 1B, 유형 3, 및 유형 4; 눈코치아골격 이형성증; 치아저포스파타제증; 오돈토트리코멜릭 증후군; 오구치병; 치아부족증-결장직장암 증후군; 오피츠 G/BBB 증후군; 시신경 위축 9; 구강-안면-수족지 증후군; 오르니틴 아미노트랜스퍼라제 결핍; 구강안면열 11 및 7, 구순열/구개-외배엽 이형성증 증후군; 오르스타빅 린데만 솔베르크 증후군; 경도 연골이형성증을 동반한 골관절염; 박리성 골연골염; 골형성 부전증 유형 12, 유형 5, 유형 7, 유형 8, 유형 I, 유형 III, 정상 공막 동반, 우성 형태, 열성 주산기 치사; 두개 경화증을 동반한 선상 골병증; 골화석증 상염색체 우성 유형 1 및 2, 열성 4, 열성 1, 열성 6; 가성신경교종을 동반한 골다공증; 구강-안면-수족지 증후군, 유형 I 및 II; 난소 이발생증 1; 난소백질이영양증; 선천성 손발톱비대증 4 및 유형 2; 골의 파제트병, 가족성; 팔리스터-홀 증후군; 수장족저 각피증, 비표피박리성, 초점성 또는 미만성; 췌장 무발생증 및 선천적 심장 질환; 파피용-르페브르 증후군; 부신경절종 3; 폰 오일렌부르크의 선천성 이상근긴장증; 부갑상선 암종; 파킨슨병 14, 15, 19 (소아-발병), 2, 20 (조기 발병), 6, (상염색체 열성 조기 발병, 및 9; 부분 백색증; 부분 하이포크산틴-구아닌 포스포리보실트랜스퍼라제 결핍; 망막 색소 상피의 패턴화된 이영양증; PC-K6a; 펠리제우스-메르츠바허병; 펜드레드 증후군; 말초 탈수초성 신경병증, 중앙 이상수초화; 히르쉬스프룽 질환; 영속성 신생아 당뇨병; 당뇨병, 영속성 신생아, 신경계 양상 동반; 신생아 인슐린-의존성 당뇨병; 청소년의 성숙기-발병 당뇨병 2; 퍼옥시솜 생물발생 장애 14B, 2A, 4A, 5B, 6A, 7A, 및 7B; 페라울트 증후군 4; 페리 증후군; 영아기의 지속성 고인슐린혈증성 저혈당증; 가족성 고인슐린증; 표현형; 페닐케톤뇨; 크롬친화세포종; 유전성 부신경절종-크롬친화세포종 증후군; 부신경절종 1; 장의 카르시노이드 종양; 코우덴 증후군 3; 포스포글리세레이트 데히드로게나제 결핍; 포스포글리세레이트 키나제 1 결핍; 감광성 모발유황이영양증; 피탄산 축적 질환; 픽병; 피어슨 증후군; 색소성 망막 이영양증; 색소침착 결절성 부신피질 질환, 원발성, 1; 모기질세포종; 피트-홉킨스 증후군; 뇌하수체 의존성 고코르티솔증; 뇌하수체 호르몬 결핍, 복합 1, 2, 3, 및 4; 플라스미노겐 활성화제 억제제 유형 1 결핍; 플라스미노겐 결핍, 유형 I; 혈소판-유형 출혈 장애 15 및 8; 다형피부증, 유전성 섬유화성, 건 구축, 근병증 및 폐 섬유증 동반; 다낭성 신장 질환 2, 성인 유형, 및 영아 유형; 경화성 백질뇌병증을 동반한 다낭성 지질막성 골이형성증; 면역결핍을 동반한 또는 동반하지 않은 폴리글루코산체 근병증 1; 다소뇌회증, 비대칭, 양측 전두두정; 다발신경병증, 청각 상실, 운동실조, 색소성 망막염, 및 백내장; 교뇌소뇌 저형성증 유형 4; 슬와 익상편 증후군; 공뇌증 2; 한공각화증 8, 파종성 표재성 광선 유형; 포르포빌리노겐 신타제 결핍; 만발성 피부 포르피린증; 색소성 망막염을 동반한 뒤기둥 운동실조; 후방 극성 백내장 유형 2; 프라더-윌리-유사 증후군; 조기 난소 부전 4, 5, 7, 및 9; 원발성 상염색체 열성 소두증 10, 2, 3, 및 5; 원발성 섬모 이상운동증 24; 원발성 확장성 심근병증; 좌심실 비치밀 6; 4, 좌심실 비치밀 10; 발작성 심방 세동; 원발성 고옥살산뇨, 유형 I, 유형, 및 유형 III; 원발성 비대성 골관절병증, 상염색체 열성 2; 원발성 저마그네슘혈증; 원발성 개방각 녹내장 소아 발병 1; 원발성 폐고혈압; 프림로즈 증후군; 진행성 가족성 심장 차단 유형 1B; 진행성 가족성 간내 담즙정체 2 및 3; 진행성 간내 담즙정체; 운동실조를 동반한; 진행성 가성류마티스 이형성증; 진행성 경화성 회백질위축증; 프롤리다제 결핍; 프롤린 데히드로게나제 결핍; 정신분열증 4; 프로페르딘 결핍, X-연관; 프로피온산혈증; 전구단백질 컨버타제 1/3 결핍; 전립선암, 유전성, 2; 적색각이상 결함; 단백뇨; 핀란드 선천성 신증후군; 프로테우스 증후군; 유방 선암종; 가연골무형성 척추골단 이형성증 증후군; 제1형 가성저알도스테론증 상염색체 우성 및 열성 및 유형 2; 가성부갑상선기능저하증 유형 1A, 가가성부갑상선기능저하증; 가성신생아 부신백질이영양증; 가성원발성 고알도스테론증; 탄성섬유 가성황색종; 영아기의 전신 동맥 석회화 2; 다중 응고 인자 결핍을 동반한 탄성섬유 가성황색종-유사 장애; 건선 감수성 2; PTEN 과오종 종양 증후군; 유전성 출혈성 모세혈관확장증 관련 폐동맥 고혈압; 폐 섬유증 및/또는 골수 부전, 텔로미어-관련, 1 및 3; 폐고혈압, 원발성, 1, 유전성 출혈성 모세혈관확장증 동반; 퓨린-뉴클레오시드 포스포릴라제 결핍; 피루베이트 카르복실라제 결핍; 피루베이트 데히드로게나제 E1-알파 결핍; 적혈구의 피루베이트 키나제 결핍; 레인 증후군; RAS병증; 열성 이영양성 수포성 표피박리증; 손발톱 장애, 비증후군성 선천성, 8; 라이펜스타인 증후군; 신장 이형성증; 신장 카르니틴 수송 결함; 신장 결손증 증후군; 신장 이형성증; 신장 이형성증, 망막 색소성 이영양증, 소뇌 운동실조 및 골격 이형성증; 신세관성 산증, 원위, 상염색체 열성, 후기-발병 감각신경성 청각 상실 동반, 또는 용혈성 빈혈 동반; 신세관성 산증, 근위, 안구 이상 및 정신 지체 동반; 망막 원추 이영양증 3B; 색소성 망막염; 색소성 망막염 10, 11, 12, 14, 15, 17, 및 19; 색소성 망막염 2, 20, 25, 35, 36, 38, 39, 4, 40, 43, 45, 48, 66, 7, 70, 72; 망막모세포종; 레트 장애; 횡문근양 종양 소인 증후군 2; 열공성 망막 박리, 상염색체 우성; 근형부 점상 연골이형성증 유형 2 및 유형 3; 로버츠-SC 해표지증 증후군; 로비노우 소라우프 증후군; 로비노우 증후군, 상염색체 열성, 상염색체 열성, 단지-신-다지증 동반; 로트문드-톰슨 증후군; 라파딜리노 증후군; RRM2B-관련 미토콘드리아 질환; 루빈스타인-테이비 증후군; 살라병; 샌드호프병, 성인 및 영아 유형; 사르코이드증, 조기 발병; 블라우 증후군; 쉰들러병, 유형 1; 분열뇌증; 정신분열증 15; 슈네켄베켄 이형성증; 슈반세포종증 2; 슈바르츠 얌펠 증후군 유형 1; 공막화각막, 상염색체 열성; 경화협착; 속발성 갑상선기능저하증; 세가와 증후군, 상염색체 열성; 시니어-로켄 증후군 4 및 5; 감각 실조성 신경병증, 구음장애, 및 안근부전마비; 세피아프테린 리덕타제 결핍; 참깨 증후군; ADA 결핍으로 인한 중증 복합 면역결핍, 소두증, 성장 지연 및 이온화 방사선에 대한 감수성 동반, 비정형, 상염색체 열성, T 세포-음성, B 세포-양성, NK 세포-음성, NK-양성; 부분 아데노신 데아미나제 결핍; 중증 선천성 호중구감소증; 중증 선천성 호중구감소증 3, 상염색체 열성 또는 우성; 중증 선천성 호중구감소증 및 6, 상염색체 열성; 영아기에서의 중증 근간대성 간질; 열성 발작을 동반한 전신 간질 플러스, 유형 1 및 2; 중증 X-연관 근세관성 근병증; 짧은 QT 증후군 3; 비특이적 골격 이상을 동반한 저신장; 저신장, 이도 폐쇄증, 하악 저형성증, 골격 이상; 저신장, 손발톱이형성증, 안면 이형, 및 털감소증; 원발 왜소증; 다지증을 동반한 또는 동반하지 않은 짧은-늑골 흉부 이형성증 11 또는 3; 시알산증 유형 I 및 II; 은 경직성 하반신마비 증후군; 느려진 신경 전도 속도, 상염색체 우성; 스미스-렘리-오피츠 증후군; 스나이더 로빈슨 증후군; 소마토트로프 선종; 프로락틴선종; 가족성, 뇌하수체 선종 소인; 소토스 증후군 1 또는 2; 경직성 운동실조 5, 상염색체 열성, 샤를부아-사기네이 유형, 1, 10, 또는 11, 상염색체 열성; 근위축성 측삭 경화증 유형 5; 경직성 하반신마비 15, 2, 3, 35, 39, 4, 상염색체 우성, 55, 상염색체 열성, 및 5A; 담즙산 합성 결함, 선천성, 3; 정자발생 실패 11, 3, 및 8; 구상적혈구증 유형 4 및 5; 타원체 근병증; 척수성 근육 위축, 하지 우세형 2, 상염색체 우성; 척수성 근육 위축, 유형 II; 척수소뇌성 운동실조 14, 21, 35, 40,및 6; 척수소뇌성 운동실조 상염색체 열성 1 및 16; 비장 저형성증; 척추손목발목 유합증 증후군; 스폰딜로케이로디스플라시아, 엘러스-단로스 증후군-유사, 면역 조절이상 동반, 아그레칸 유형, 선천성 관절 탈구 동반, 짧은 사지-손 유형, 세다가티안 유형, 추체-간체 이영양증 동반, 및 코즐로우스키 유형; 파라스트렘마틱 왜소증; 스타르가르트병 1; 추체-간체 이영양증 3; 스티클러 증후군 유형 1; 니스트 이형성증; 스티클러 증후군, 유형 1(비증후군성 안구) 및 4; 자상-연관 혈관병증, 영아-발병; 스토르모르켄 증후군; 스터지-웨버 증후군, 모세관 기형, 선천성, 1; 숙시닐-CoA 아세토아세테이트 트랜스퍼라제 결핍; 수크라제-이소말타제 결핍; 영아 돌연사 증후군; 술파이트 옥시다제 결핍, 고립성; 판막위 대동맥 협착; 계면활성제 대사 기능장애, 폐, 2 및 3; 지절유합증, 근위, 1b; 합지증 세나니 렌즈 유형; 합지증 유형 3; 증후군성 X-연관 정신 지체 16; 내반첨족; 탄지에르병; TARP 증후군; 테이-삭스병, B1 변이형, Gm2-강글리오시드증 (성인), Gm2-강글리오시드증 (성인-발병); 템타미 증후군; 테노리오 증후군; 말단 골 이형성증; 테스토스테론 17-베타-데히드로게나제 결핍; 사지절단증, 상염색체 열성; 팔로 사징증; 형성부전성 좌심 증후군 2; 동맥간증; 심장 및 대혈관의 기형; 심실 중격 결손 1; 티엘-벤케 각막 이영양증; 흉부 대동맥류 및 대동맥 박리; 마르파노이드 체형; 3 M 증후군 2; 혈소판감소증, 혈소판 기능장애, 용혈, 및 불균형 글로빈 합성; 혈소판감소증, X-연관; 혈전성향증, 유전성, 단백질 C 결핍으로 인함, 상염색체 우성 및 열성; 갑상선 무발생증; 갑상선암, 여포성; 갑상선 호르몬 대사, 비정상적; 갑상선 호르몬 저항성, 전신, 상염색체 우성; 갑상선중독성 주기성 마비 및 갑상선중독성 주기성 마비 2; 티로트로핀-방출 호르몬 저항성, 전신; 티모시 증후군; TNF 수용체-연관 주기성 발열 증후군 (TRAPS); 치아 무발생증, 선택적, 3 및 4; 토르사드 드 포인트; 타운즈-브룩스-아가미귀신장; 신생아의 일과성 수포성 피부박리증; 트리처 콜린스 증후군 1; 정신 지체, 왜소증 및 색소성 망막 변성을 동반한 긴속눈썹증; 모발비지절 이형성증 유형 I; 모발비지절 증후군 유형 3; 트리메틸아민뇨; 결절성 경화증 증후군; 림프관근종증; 결절성 경화증 1 및 2; 티로시나제-음성 눈피부 백색증; 티로시나제-양성 눈피부 백색증; 티로신혈증 유형 I; UDP글루코스-4-에피머라제 결핍; 울리히 선천성 근육 이영양증; 중증 사지 결핍을 동반한 척골 및 비골 부재; 업쇼-슐만 증후군; 우로카네이트 히드라타제 결핍; 어셔 증후군, 유형 1, 1B, 1D, 1G, 2A, 2C, 및 2D; 색소성 망막염 39; UV-감수성 증후군; 반더우드 증후군; 반 말데르겜 증후군 2; 헤네캄 림프관확장증-림프부종 증후군 2; 혼합 포르피린증; 낭성 신장 질환을 동반한 뇌실확장증; 베르헤이즈 증후군; 초장쇄 아실-CoA 데히드로게나제 결핍; 방광요관 역류 8; 내장 착위 5, 상염색체; 내장 근병증; 비타민 D-의존성 구루병, 유형 1 및 2; 난황상 이영양증; 폰 빌레브란트 질환 유형 2M 및 유형 3; 바르덴부르크 증후군 유형 1, 4C, 및 2E (신경계 침범 동반); 클라인-바르덴베르크 증후군; 바커-바르부르크 선천성 근육 이영양증; 바르부르크 마이크로 증후군 2 및 4; 사마귀, 저감마글로불린혈증, 감염, 및 골수배출장애; 위버 증후군; 바일-마르케사니 증후군 1 및 3; 바일-바르케사니-유사 증후군; 바이센바허-즈베이뮬러 증후군; 베르드니히-호프만 질환; 샤르코-마리-투스병; 베르너 증후군; WFS1-관련 장애; 비데만-스타이너 증후군; 윌슨병; 볼프람-유사 증후군, 상염색체 우성; 워스병; 반 부헴병 유형 2; 색소성 건피증, 상보군 b, D군, E군, 및 G군; X-연관 무감마글로불린혈증; X-연관 유전성 운동 및 감각 신경병증; 스테릴-술파타제 결핍을 동반한 X-연관 어린선; X-연관 뇌실주위 이소증; 오토-팔라토-디지탈 증후군, 유형 I; X-연관 중증 복합 면역결핍; 짐메르만-라반트 증후군 및 짐메르만-라반트 증후군 2; 및 층판 분말상 백내장 3.
본 개시내용은 병원성 G에서 A로 또는 C에서 T로의 돌연변이를 포함하는 유전자의 목록을 제공한다. 이러한 병원성 G에서 A로 또는 C에서 T로의 돌연변이는 본원에 제공된 방법 및 조성물을 사용하여, 예를 들어 A를 G로 및/또는 T를 C로 돌연변이시켜 유전자 기능을 회복시킴으로써 교정될 수 있다. 표 2는 본원에 제공된 핵염기 편집제를 사용하여 교정될 수 있는 예시적인 돌연변이를 포함한다. 표 2는 유전자 기호, 연관된 표현형, 교정될 돌연변이 및 돌연변이를 교정하는데 사용될 수 있는 예시적인 gRNA 서열을 포함한다. 표 2에 제공된 gRNA 서열은 Cas9 또는 본원에 제공된 염기 편집제 중 임의의 것을 표적 부위로 지시할 수 있는 RNA를 코딩하는 서열이다. 예를 들어, 표 2에 제공된 gRNA 서열은 질환-관련 돌연변이를 교정하기 위해 gRNA 발현 벡터, 예컨대 Cas9 또는 본원에 제공된 염기 편집제 중 임의의 것을 표적 부위로 표적화하는 gRNA를 코딩하는 pFYF 내로 클로닝될 수 있다. 그러나, 추가의 돌연변이가 G에서 A로 또는 C에서 T로의 돌연변이와 연관된 추가의 질환을 치료하기 위해 교정될 수 있다는 것이 인지되어야 한다. 또한, 추가의 gRNA는 본 개시내용 및 관련 기술분야에서의 지식에 기초하여 설계될 수 있으며, 이는 통상의 기술자에 의해 인지될 것이다.
표 2. 예시적인 gRNA 서열을 포함한 핵염기 편집제를 사용하여 교정될 수 있는 표적 돌연변이. 표 내 gRNA 서열은 상단에서 하단으로 서열식별번호: 740-5526에 상응한다.
일부 실시양태에서, 융합 단백질은 정규 PAM을 인식하고 따라서 플랭킹 서열에서 각각 정규 PAM, 예를 들어 NGG에 의해 병원성 G에서 A로 또는 C에서 T로의 돌연변이를 교정할 수 있다. 예를 들어, 정규 PAM을 인식하는 Cas9 단백질은 서열식별번호: 52에 의해 제공된 바와 같은 스트렙토코쿠스 피오게네스 Cas9의 아미노산 서열에 대해, 또는 서열식별번호: 52의 RuvC 및 HNH 도메인을 포함하는 그의 단편에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 아미노산 서열을 포함한다.
본원에 개시된 바와 같은 Cas9 도메인 및 아데노신 데아미나제를 포함하는 융합 단백질 중 임의의 것을 표적 부위, 예를 들어 편집될 점 돌연변이를 포함하는 부위에 표적화하기 위해, 전형적으로 융합 단백질을 가이드 RNA, 예를 들어 sgRNA와 함께 공-발현시킬 필요가 있다는 것은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 분명할 것이다. 본원의 다른 곳에서 보다 상세히 설명된 바와 같이, 가이드 RNA는 전형적으로 Cas9 결합을 허용하는 tracrRNA 프레임워크, 및 가이드 서열을 포함하며, 이는 Cas9:핵산 편집 효소/도메인 융합 단백질에 서열 특이성을 부여한다. 일부 실시양태에서, 가이드 RNA는 구조 5'-[가이드 서열]- guuuuagagcuagaaauagcaaguuaaaauaaaggcuaguccguuaucaacuugaaaaaguggcaccgagucggugcuuuuu-3' (서열식별번호: 389)를 포함하며, 여기서 가이드 서열은 표적 서열에 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 가이드 서열은 표 2에 제공된 뉴클레오티드 서열 중 임의의 것을 포함한다. 가이드 서열은 전형적으로 20개 뉴클레오티드의 길이이다. Cas9:핵산 편집 효소/도메인 융합 단백질을 특이적 게놈 표적 부위에 표적화하는데 적합한 가이드 RNA의 서열은 본 개시내용에 기초하여 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 분명할 것이다. 이러한 적합한 가이드 RNA 서열은 전형적으로 편집될 표적 뉴클레오티드의 50개 뉴클레오티드 상류 또는 하류 내의 핵 서열에 상보적인 가이드 서열을 포함한다. 제공된 융합 단백질 중 임의의 것을 특이적 표적 서열에 표적화하는데 적합한 일부 예시적인 가이드 RNA 서열이 본원에 제공된다. 추가의 가이드 서열은 그의 유전자좌를 포함하여, 하기 표 3에 제시된다.
표 3. 추가의 표적 부위.
염기 편집제 효율
본 개시내용의 일부 측면은 본원에 제공된 염기 편집제 중 임의의 것이 유의한 비율의 삽입결실을 생성하지 않으면서 특이적 뉴클레오티드 염기를 변형시킬 수 있다는 인식에 기초한다. 본원에 사용된 "삽입결실"은 핵산 내의 뉴클레오티드 염기의 삽입 또는 결실을 지칭한다. 이러한 삽입 또는 결실은 유전자의 코딩 영역 내의 프레임 시프트 돌연변이를 초래할 수 있다. 일부 실시양태에서, 핵산에서 다수의 삽입 또는 결실 (즉, 삽입결실)을 생성하지 않으면서, 핵산 내의 특이적 뉴클레오티드를 효율적으로 변형시키는 (예를 들어 돌연변이시키거나 탈아미노화하는) 염기 편집제를 생성하는 것이 바람직하다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 염기 편집제 중 임의의 것은 보다 큰 비율의 의도된 변형 (예를 들어, 점 돌연변이 또는 탈아미노화) 대 삽입결실을 생성할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 염기 편집제는 1:1 초과인 의도된 점 돌연변이 대 삽입결실의 비를 생성할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 염기 편집제는 적어도 1.5:1, 적어도 2:1, 적어도 2.5:1, 적어도 3:1, 적어도 3.5:1, 적어도 4:1, 적어도 4.5:1, 적어도 5:1, 적어도 5.5:1, 적어도 6:1, 적어도 6.5:1, 적어도 7:1, 적어도 7.5:1, 적어도 8:1, 적어도 10:1, 적어도 12:1, 적어도 15:1, 적어도 20:1, 적어도 25:1, 적어도 30:1, 적어도 40:1, 적어도 50:1, 적어도 100:1, 적어도 200:1, 적어도 300:1, 적어도 400:1, 적어도 500:1, 적어도 600:1, 적어도 700:1, 적어도 800:1, 적어도 900:1 또는 적어도 1000:1 또는 그 초과의 의도된 점 돌연변이 대 삽입결실의 비를 생성할 수 있다. 의도된 돌연변이 및 삽입결실의 수는 임의의 적합한 방법, 예를 들어 하기 실시예에 사용된 방법을 사용하여 결정될 수 있다. 일부 실시양태에서, 삽입결실 빈도를 계산하기 위해, 서열분석 판독물을 삽입결실이 발생할 수 있는 윈도우의 양쪽 측면에 플랭킹되어 있는 2개의 10-bp 서열에 대한 정확한 매치에 대해 스캐닝한다. 정확한 매치가 위치하지 않는 경우에, 판독물을 분석으로부터 제외한다. 이 삽입결실 윈도우의 길이가 참조 서열에 정확하게 매치되는 경우에, 판독물을 삽입결실을 함유하지 않는 것으로서 분류한다. 삽입결실 윈도우가 참조 서열보다 2개 이상의 염기 더 길거나 더 짧은 경우에, 서열분석 판독물을 각각 삽입 또는 결실로서 분류한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 염기 편집제는 핵산의 영역에서의 삽입결실의 형성을 제한할 수 있다. 일부 실시양태에서, 영역은 염기 편집제에 의해 표적화되는 뉴클레오티드, 또는 염기 편집제에 의해 표적화되는 뉴클레오티드의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 뉴클레오티드 내의 영역에 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 염기 편집제 중 임의의 것은 핵산의 영역에서의 삽입결실의 형성을 1% 미만, 1.5% 미만, 2% 미만, 2.5% 미만, 3% 미만, 3.5% 미만, 4% 미만, 4.5% 미만, 5% 미만, 6% 미만, 7% 미만, 8% 미만, 9% 미만, 10% 미만, 12% 미만, 15% 미만 또는 20% 미만으로 제한할 수 있다. 핵산 영역에서 형성된 삽입결실의 수는 핵산 (예를 들어, 세포의 게놈 내의 핵산)이 염기 편집제에 노출되는 시간의 양에 의존할 수 있다. 일부 실시양태에서, 삽입결실의 수 또는 비율은 염기 편집제에 핵산 (예를 들어, 세포의 게놈 내의 핵산)을 노출시킨지 적어도 1시간, 적어도 2시간, 적어도 6시간, 적어도 12시간, 적어도 24시간, 적어도 36시간, 적어도 48시간, 적어도 3일, 적어도 4일, 적어도 5일, 적어도 7일, 적어도 10일 또는 적어도 14일 후에 결정된다.
본 개시내용의 일부 측면은 본원에 제공된 염기 편집제 중 임의의 것이 유의한 수의 비의도된 돌연변이, 예컨대 비의도된 점 돌연변이를 생성하지 않으면서 핵산 (예를 들어 대상체의 게놈 내의 핵산)에서 의도된 돌연변이, 예컨대 점 돌연변이를 효율적으로 생성할 수 있다는 인식에 기초한다. 일부 실시양태에서, 의도된 돌연변이는 의도된 돌연변이를 생성하도록 특이적으로 설계된 gRNA에 결합된 특이적 염기 편집제에 의해 생성된 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 의도된 돌연변이는 질환 또는 장애와 연관된 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 의도된 돌연변이는 질환 또는 장애와 연관된 아데닌 (A)에서 구아닌 (G)으로의 점 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 의도된 돌연변이는 질환 또는 장애와 연관된 티민 (T)에서 시토신 (C)으로의 점 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 의도된 돌연변이는 유전자의 코딩 영역 내의 아데닌 (A)에서 구아닌 (G)으로의 점 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 의도된 돌연변이는 유전자의 코딩 영역 내의 티민 (T)에서 시토신 (C)으로의 점 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 의도된 돌연변이는 정지 코돈, 예를 들어 유전자의 코딩 영역 내의 조기 정지 코돈을 생성하는 점 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 의도된 돌연변이는 정지 코돈을 제거하는 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 의도된 돌연변이는 유전자의 스플라이싱을 변경시키는 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 의도된 돌연변이는 유전자의 조절 서열 (예를 들어, 유전자 프로모터 또는 유전자 리프레서)을 변경시키는 돌연변이이다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 염기 편집제 중 임의의 것은 1:1 초과인 의도된 돌연변이 대 비의도된 돌연변이 (예를 들어, 의도된 점 돌연변이:비의도된 점 돌연변이)의 비를 생성할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 염기 편집제 중 임의의 것은 적어도 1.5:1, 적어도 2:1, 적어도 2.5:1, 적어도 3:1, 적어도 3.5:1, 적어도 4:1, 적어도 4.5:1, 적어도 5:1, 적어도 5.5:1, 적어도 6:1, 적어도 6.5:1, 적어도 7:1, 적어도 7.5:1, 적어도 8:1, 적어도 10:1, 적어도 12:1, 적어도 15:1, 적어도 20:1, 적어도 25:1, 적어도 30:1, 적어도 40:1, 적어도 50:1, 적어도 100:1, 적어도 150:1, 적어도 200:1, 적어도 250:1, 적어도 500:1 또는 적어도 1000:1 또는 그 초과인 의도된 돌연변이 대 비의도된 돌연변이 (예를 들어, 의도된 점 돌연변이:비의도된 점 돌연변이)의 비를 생성할 수 있다. 본원에서 "염기 편집제 효율" 섹션에 기재된 염기 편집제의 특징은 본원에 제공된 융합 단백질 또는 융합 단백질을 사용하는 방법 중 임의의 것에 적용될 수 있다는 것이 인지되어야 한다.
핵산을 편집하는 방법
본 개시내용의 일부 측면은 핵산을 편집하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 방법은 핵산의 핵염기 (예를 들어, 이중-가닥 DNA 서열의 염기 쌍)를 편집하는 방법이다. 일부 실시양태에서, 방법은 하기 단계를 포함한다: a) 핵산의 표적 영역 (예를 들어, 이중-가닥 DNA 서열)을 염기 편집제 (예를 들어, 아데노신 데아미나제 도메인에 융합된 Cas9 도메인) 및 가이드 핵산 (예를 들어, gRNA)을 포함하는 복합체와 접촉시키는 단계이며, 여기서 표적 영역은 표적화된 핵염기 쌍을 포함하는 것인 단계, b) 상기 표적 영역의 가닥 분리를 유도하는 단계, c) 표적 영역의 단일 가닥에서의 상기 표적 핵염기 쌍의 제1 핵염기를 제2 핵염기로 전환시키는 단계, 및 d) 상기 표적 영역의 1개 이하의 가닥을 절단하는 단계이며, 여기서 제1 핵염기 염기에 상보적인 제3 핵염기는 제2 핵염기에 상보적인 제4 핵염기에 의해 대체되는 것인 단계. 일부 실시양태에서, 방법은 핵산에서 20% 미만의 삽입결실 형성을 유발한다. 일부 실시양태에서, 단계 b는 생략된다는 것이 인지되어야 한다. 일부 실시양태에서, 제1 핵염기는 아데닌이다. 일부 실시양태에서, 제2 핵염기는 탈아미노화된 아데닌 또는 이노신이다. 일부 실시양태에서, 제3 핵염기는 티민이다. 일부 실시양태에서, 제4 핵염기는 시토신이다. 일부 실시양태에서, 방법은 19%, 18%, 16%, 14%, 12%, 10%, 8%, 6%, 4%, 2%, 1%, 0.5%, 0.2% 미만 또는 0.1% 미만의 삽입결실 형성을 유발한다. 일부 실시양태에서, 방법은 제2 핵염기를 제4 핵염기에 상보적인 제5 핵염기로 대체함으로써, 의도된 편집된 염기 쌍 (예를 들어, A:T에서 G:C로)을 생성하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 제5 핵염기는 구아닌이다. 일부 실시양태에서, 의도된 염기 쌍의 적어도 5%가 편집된다. 일부 실시양태에서, 의도된 염기 쌍의 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45% 또는 50%가 편집된다.
일부 실시양태에서, 표적 뉴클레오티드에서의 의도된 생성물 대 비의도된 생성물의 비는 적어도 2:1, 5:1, 10:1, 20:1, 30:1, 40:1, 50:1, 60:1, 70:1, 80:1, 90:1, 100:1 또는 200:1 또는 그 초과이다. 일부 실시양태에서, 의도된 점 돌연변이 대 삽입결실 형성의 비는 1:1, 10:1, 50:1, 100:1, 500:1 또는 1000:1 또는 그 초과보다 더 크다. 일부 실시양태에서, 절단된 단일 가닥 (니킹된 가닥)은 가이드 핵산에 혼성화된다. 일부 실시양태에서, 절단된 단일 가닥은 제1 핵염기를 포함하는 가닥에 대향한다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 Cas9 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 염기는 아데닌이고 제2 염기는 G, C, A 또는 T가 아니다. 일부 실시양태에서, 제2 염기는 이노신이다. 일부 실시양태에서, 제1 염기는 아데닌이다. 일부 실시양태에서, 제2 염기는 G, C, A 또는 T가 아니다. 일부 실시양태에서, 제2 염기는 이노신이다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 편집된 가닥의 염기 절제 복구를 억제한다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 비-편집 가닥을 보호하거나 그에 결합한다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 UGI 활성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 니카제 활성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 의도된 편집된 염기 쌍은 PAM 부위의 상류에 있다. 일부 실시양태에서, 의도된 편집된 염기 쌍은 PAM 부위의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 뉴클레오티드 상류에 있다. 일부 실시양태에서, 의도된 편집된 염기쌍은 PAM 부위의 하류에 있다. 일부 실시양태에서, 의도된 편집된 염기 쌍은 PAM 부위의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 뉴클레오티드 하류에 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 정규 (예를 들어, NGG) PAM 부위를 요구하지 않는다. 일부 실시양태에서, 핵염기 편집제는 링커를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 1 내지 25개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 5 내지 20개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 표적 영역은 표적 윈도우를 포함하며, 여기서 표적 윈도우는 표적 핵염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 윈도우는 1-10개의 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 윈도우는 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 또는 1개 뉴클레오티드의 길이이다. 일부 실시양태에서, 표적 윈도우는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 뉴클레오티드의 길이이다. 일부 실시양태에서, 의도된 편집된 염기 쌍은 표적 윈도우 내에 있다. 일부 실시양태에서, 표적 윈도우는 의도된 편집된 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 본원에 제공된 염기 편집제 중 임의의 것을 사용하여 수행된다. 일부 실시양태에서, 표적 윈도우는 탈아미노화 윈도우이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 뉴클레오티드를 편집하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 이중-가닥 DNA 서열의 핵염기 쌍을 편집하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 방법은 a) 이중-가닥 DNA 서열의 표적 영역을 염기 편집제 및 가이드 핵산 (예를 들어, gRNA)을 포함하는 복합체와 접촉시키는 단계이며, 여기서 표적 영역은 표적 핵염기 쌍을 포함하는 것인 단계, b) 상기 표적 영역의 가닥 분리를 유도하는 단계, c) 표적 영역의 단일 가닥에서의 상기 표적 핵염기 쌍의 제1 핵염기를 제2 핵염기로 전환시키는 단계, d) 상기 표적 영역의 1개 이하의 가닥을 절단하는 단계를 포함하며, 여기서 제1 핵염기 염기에 상보적인 제3 핵염기는 제2 핵염기에 상보적인 제4 핵염기에 의해 대체되고, 제2 핵염기는 제4 핵염기에 상보적인 제5 핵염기로 대체됨으로써, 의도된 편집된 염기 쌍을 생성하고, 의도된 편집된 염기 쌍을 생성하는 효율은 적어도 5%이다. 일부 실시양태에서, 단계 b는 생략된다는 것이 인지되어야 한다. 일부 실시양태에서, 의도된 염기 쌍의 적어도 5%가 편집된다. 일부 실시양태에서, 의도된 염기 쌍의 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45% 또는 50%가 편집된다. 일부 실시양태에서, 방법은 19%, 18%, 16%, 14%, 12%, 10%, 8%, 6%, 4%, 2%, 1%, 0.5%, 0.2% 미만 또는 0.1% 미만의 삽입결실 형성을 유발한다. 일부 실시양태에서, 표적 뉴클레오티드에서의 의도된 생성물 대 비의도된 생성물의 비는 적어도 2:1, 5:1, 10:1, 20:1, 30:1, 40:1, 50:1, 60:1, 70:1, 80:1, 90:1, 100:1 또는 200:1 또는 그 초과보다 더 크다. 일부 실시양태에서, 의도된 점 돌연변이 대 삽입결실 형성의 비는 1:1, 10:1, 50:1, 100:1, 500:1 또는 1000:1 또는 그 초과보다 더 크다. 일부 실시양태에서, 절단된 단일 가닥은 가이드 핵산에 혼성화된다. 일부 실시양태에서, 절단된 단일 가닥은 제1 핵염기를 포함하는 가닥에 대향한다. 일부 실시양태에서, 제1 염기는 아데닌이다. 일부 실시양태에서, 제2 핵염기는 G, C, A 또는 T가 아니다. 일부 실시양태에서, 제2 염기는 이노신이다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 편집된 가닥의 염기 절제 복구를 억제한다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 비-편집 가닥을 보호하거나 (예를 들어, 염기 절제 복구를 형성하거나) 또는 그에 결합한다. 일부 실시양태에서, 핵염기 편집제는 UGI 활성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 염기 편집제는 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 핵염기 편집제는 니카제 활성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 의도된 편집된 염기 쌍은 PAM 부위의 상류에 있다. 일부 실시양태에서, 의도된 편집된 염기 쌍은 PAM 부위의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 뉴클레오티드 상류에 있다. 일부 실시양태에서, 의도된 편집된 염기쌍은 PAM 부위의 하류에 있다. 일부 실시양태에서, 의도된 편집된 염기 쌍은 PAM 부위의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 뉴클레오티드 하류에 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 정규 (예를 들어, NGG) PAM 부위를 요구하지 않는다. 일부 실시양태에서, 핵염기 편집제는 링커를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 1 내지 25개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 5 내지 20개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 링커는 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 아미노산의 길이이다. 일부 실시양태에서, 표적 영역은 표적 윈도우를 포함하며, 여기서 표적 윈도우는 표적 핵염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 윈도우는 1-10개의 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 윈도우는 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 또는 1개 뉴클레오티드의 길이이다. 일부 실시양태에서, 표적 윈도우는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 뉴클레오티드의 길이이다. 일부 실시양태에서, 의도된 편집된 염기 쌍은 표적 윈도우 내에서 발생한다. 일부 실시양태에서, 표적 윈도우는 의도된 편집된 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 핵염기 편집제는 본원에 제공된 염기 편집제 중 어느 하나이다.
제약 조성물
본 개시내용의 다른 측면은 본원에 기재된 아데노신 데아미나제, 융합 단백질 또는 융합 단백질-gRNA 복합체 중 어느 것을 포함하는 제약 조성물에 관한 것이다. 본원에 사용된 용어 "제약 조성물"은 제약 용도를 위해 제제화된 조성물을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 제약상 허용되는 담체를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 추가의 작용제 (예를 들어 특정 전달, 반감기 증가 또는 다른 치료 화합물을 위해)를 포함한다.
본원에 사용된 용어 "제약상 허용되는 담체"는 신체의 한 부위 (예를 들어, 전달 부위)로부터 또 다른 부위 (예를 들어, 신체의 기관, 조직 또는 부분)로 화합물을 운반하거나 수송하는 데 수반되는 제약상 허용되는 물질, 조성물 또는 비히클, 예컨대 액체 또는 고체 충전제, 희석제, 부형제, 제조 보조제 (예를 들어, 윤활제, 활석, 스테아르산마그네슘, 스테아르산칼슘 또는 스테아르산아연, 또는 스테아르산), 또는 용매 캡슐화 물질을 의미한다. 제약상 허용되는 담체는 제제의 다른 성분과 상용성이고 대상체의 조직에 유해하지 않다는 (예를 들어, 생리학상 상용성, 멸균, 생리적 pH 등) 의미에서 "허용된다". 제약상 허용되는 담체로서의 역할을 할 수 있는 물질의 일부 예는 하기를 포함한다: (1) 당, 예컨대 락토스, 글루코스 및 수크로스; (2) 전분, 예컨대 옥수수 전분 및 감자 전분; (3) 셀룰로스 및 그의 유도체, 예컨대 소듐 카르복시메틸 셀룰로스, 메틸셀룰로스, 에틸 셀룰로스, 미세결정질 셀룰로스 및 셀룰로스 아세테이트; (4) 분말화 트라가칸트; (5) 맥아; (6) 젤라틴; (7) 윤활제, 예컨대 스테아르산마그네슘, 소듐 라우릴 술페이트 및 활석; (8) 부형제, 예컨대 코코아 버터 및 좌제 왁스; (9) 오일, 예컨대 땅콩 오일, 목화씨 오일, 홍화 오일, 참깨 오일, 올리브 오일, 옥수수 오일 및 대두 오일; (10) 글리콜, 예컨대 프로필렌 글리콜; (11) 폴리올, 예컨대 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜 (PEG); (12) 에스테르, 예컨대 에틸 올레에이트 및 에틸 라우레이트; (13) 한천; (14) 완충제, 예컨대 수산화마그네슘 및 수산화알루미늄; (15) 알긴산; (16) 발열원 무함유 물; (17) 등장성 염수; (18) 링거액; (19) 에틸 알콜; (20) pH 완충 용액; (21) 폴리에스테르, 폴리카르보네이트 및/또는 폴리무수물; (22) 벌킹제, 예컨대 폴리펩티드 및 아미노산 (23) 혈청 성분, 예컨대 혈청 알부민, HDL 및 LDL; (22) C2-C12 알콜, 예컨대 에탄올; 및 (23) 제약 제제에 사용된 다른 비-독성 상용성 물질. 습윤제, 착색제, 방출제, 코팅제, 감미제, 향미제, 퍼퓸제, 보존제 및 항산화제가 또한 제제에 존재할 수 있다. "부형제", "담체", "제약상 허용되는 담체" 등과 같은 용어는 본원에서 상호교환가능하게 사용된다.
일부 실시양태에서, 제약 조성물은 대상체에의 전달을 위해, 예를 들어 유전자 편집을 위해 제제화된다. 본원에 기재된 제약 조성물을 투여하는 적합한 경로는 비제한적으로 하기를 포함한다: 국소, 피하, 경피, 피내, 병변내, 관절내, 복강내, 방광내, 경점막, 치은, 치아내, 안구내, 경고실, 기관내, 경막외, 척수강내, 근육내, 정맥내, 혈관내, 골내, 안구주위, 종양내, 뇌내 및 뇌실내 투여.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 제약 조성물은 이환 부위 (예를 들어, 종양 부위)에 국부로 투여된다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 제약 조성물은 주사에 의해, 카테터에 의해, 좌제에 의해 또는 이식물에 의해 대상체에게 투여되며, 이식물은 막, 예컨대 실라스틱 막, 또는 섬유를 포함한, 다공성, 비-다공성 또는 젤라틴성 물질이다.
다른 실시양태에서, 본원에 기재된 제약 조성물은 제어 방출 시스템으로 전달된다. 한 실시양태에서, 펌프가 사용될 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Langer, 1990, Science 249:1527-1533; Sefton, 1989, CRC Crit. Ref. Biomed. Eng. 14:201; Buchwald et al., 1980, Surgery 88:507; Saudek et al., 1989, N. Engl. J. Med. 321:574] 참조). 또 다른 실시양태에서, 중합체 물질이 사용될 수 있다. (예를 들어, 문헌 [Medical Applications of Controlled Release (Langer and Wise eds., CRC Press, Boca Raton, Fla., 1974); Controlled Drug Bioavailability, Drug Product Design and Performance (Smolen and Ball eds., Wiley, New York, 1984); Ranger and Peppas, 1983, Macromol. Sci. Rev. Macromol. Chem. 23:61] 참조. 또한, 문헌 [Levy et al., 1985, Science 228:190; During et al., 1989, Ann. Neurol. 25:351; Howard et al., 1989, J. Neurosurg. 71:105] 참조.). 다른 제어 방출 시스템은, 예를 들어 [Langer, 상기 문헌]에서 논의된다.
일부 실시양태에서, 제약 조성물은 대상체, 예를 들어 인간에의 정맥내 또는 피하 투여에 적합화된 조성물로서 상용 절차에 따라 제제화된다. 일부 실시양태에서, 주사에 의한 투여를 위한 제약 조성물은 멸균 등장성 수성 완충제 중 용액이다. 필요한 경우, 제약은 또한 가용화제 및 주사 부위에서 통증을 완화시키기 위한 국부 마취제, 예컨대 리그노카인을 포함할 수 있다. 일반적으로, 성분은 개별적으로 또는 함께 혼합되어 단위 투여 형태로, 예를 들어 활성제의 양을 표시하는 기밀 용기, 예컨대 앰플 또는 사쉐 내의 건조 동결건조 분말 또는 무수 농축물로서 공급된다. 제약이 주입에 의해 투여될 경우에, 이는 멸균 제약 등급 물 또는 염수를 함유하는 주입 병으로 분배될 수 있다. 제약 조성물이 주사에 의해 투여되는 경우에, 성분이 투여 전에 혼합될 수 있도록 멸균 주사용수 또는 염수의 앰플이 제공될 수 있다.
전신 투여를 위한 제약 조성물은 액체, 예를 들어 멸균 염수, 락테이트화된 링거액 또는 행크 용액일 수 있다. 추가로, 제약 조성물은 고체 형태일 수 있고, 사용 직전 재-용해되거나 현탁될 수 있다. 동결건조된 형태가 또한 고려된다.
제약 조성물은 지질 입자 또는 소포, 예컨대 리포솜 또는 미세결정 내에 함유될 수 있으며, 이는 또한 비경구 투여에 적합하다. 입자는 조성물이 그 안에 함유되는 한, 임의의 적합한 구조, 예컨대 단층 또는 복수층일 수 있다. 화합물은 융합생성 지질 디올레오일포스파티딜에탄올아민 (DOPE), 낮은 수준 (5-10 몰%)의 양이온성 지질을 함유하는 "안정화된 플라스미드-지질 입자" (SPLP)에 포획될 수 있고, 폴리에틸렌글리콜 (PEG) 코팅에 의해 안정화될 수 있다 (Zhang Y. P. et al., Gene Ther. 1999, 6:1438-47). 양으로 하전된 지질, 예컨대 N-[1-(2,3-디올레오일옥시)프로필]-N,N,N-트리메틸-암모늄메틸술페이트 또는 "DOTAP"는 이러한 입자 및 소포에 특히 바람직하다. 이러한 지질 입자의 제조는 널리 공지되어 있다. 예를 들어, 미국 특허 번호 4,880,635; 4,906,477; 4,911,928; 4,917,951; 4,920,016 및 4,921,757 (이들 각각은 본원에 참조로 포함됨)을 참조한다.
본원에 기재된 제약 조성물은, 예를 들어 단위 용량으로 투여되거나 포장될 수 있다. 본 개시내용의 제약 조성물에 관하여 사용되는 경우 용어 "단위 용량"은 대상체에 대한 단일 투여량으로서 적합한 물리적 이산 단위를 지칭하며, 각각의 단위는 요구되는 희석제; 즉, 담체 또는 비히클과 함께 목적하는 치료 효과를 생성하도록 계산된 미리 결정된 양의 활성 물질을 함유한다.
추가로, 제약 조성물은 (a) 동결건조 형태의 본 발명의 화합물을 함유하는 용기 및 (b) 주사용 제약상 허용되는 희석제 (예를 들어, 멸균수)를 함유하는 제2 용기를 포함하는 제약 키트로서 제공될 수 있다. 제약상 허용되는 희석제는 본 발명의 동결건조 화합물의 재구성 또는 희석을 위해 사용될 수 있다. 인간 투여를 위한 제조, 사용 또는 판매의 기관에 의한 승인을 반영하는, 제약 또는 생물학적 제품의 제조, 사용 또는 판매를 관할하는 정부 기관에 의해 규정된 형태의 통지서가 이러한 용기(들)에 임의로 회합될 수 있다.
또 다른 측면에서, 상기 기재된 질환의 치료에 유용한 물질을 함유하는 제조 물품이 포함된다. 일부 실시양태에서, 제조 물품은 용기 및 라벨을 포함한다. 적합한 용기는, 예를 들어 병, 바이알, 시린지 및 시험 튜브를 포함한다. 용기는 다양한 물질, 예컨대 유리 또는 플라스틱으로 형성될 수 있다. 일부 실시양태에서, 용기는 본원에 기재된 질환을 치료하는데 효과적인 조성물을 보유하며, 멸균 접근 포트를 가질 수 있다. 예를 들어, 용기는 피하 주사 바늘에 의해 뚫릴 수 있는 마개를 갖는 정맥내 용액 백 또는 바이알일 수 있다. 조성물 중 활성제는 본 발명의 화합물이다. 일부 실시양태에서, 용기 상의 또는 그와 회합된 라벨은 조성물이 선택 질환을 치료하는데 사용된다는 것을 표시한다. 제조 물품은 제약상 허용되는 완충제, 예컨대 포스페이트 완충 염수, 링거액 또는 덱스트로스 용액을 함유하는 제2 용기를 추가로 포함할 수 있다. 이는 다른 완충제, 희석제, 필터, 바늘, 시린지, 및 사용에 대한 지침서를 갖는 패키지 삽입물을 포함한, 상업적 및 사용자 관점에서 바람직한 다른 물질을 추가로 포함할 수 있다.
키트, 벡터, 세포
본 개시내용의 일부 측면은 데옥시리보핵산 (DNA) 분자 내 아데노신을 탈아미노화할 수 있는 아데노신 데아미나제를 코딩하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산 구축물을 포함하는 키트를 제공한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 서열은 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것을 코딩한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 서열은 아데노신 데아미나제의 발현을 유도하는 이종 프로모터를 포함한다.
본 개시내용의 일부 측면은 (a) 본원에 제공된 바와 같은, 아데노신 데아미나제에 융합된 napDNAbp (예를 들어, Cas9 도메인), 또는 napDNAbp (예를 들어, Cas9 도메인) 및 아데노신 데아미나제를 포함하는 융합 단백질을 코딩하는 뉴클레오티드 서열; 및 (b) (a)의 서열의 발현을 유도하는 이종 프로모터를 포함하는 핵산 구축물을 포함하는 키트를 제공한다. 일부 실시양태에서, 키트는 가이드 핵산 백본 (예를 들어, 가이드 RNA 백본)을 코딩하는 발현 구축물을 추가로 포함하며, 여기서 구축물은 표적 서열과 동일하거나 그에 상보적인 핵산 서열의 가이드 핵산 백본 (예를 들어, 가이드 RNA 백본) 내로의 클로닝을 허용하도록 위치된 클로닝 부위를 포함한다.
본 개시내용의 일부 측면은 본원에 제공된 아데노신 데아미나제, 융합 단백질 또는 복합체 중 임의의 것을 포함하는 세포를 제공한다. 일부 실시양태에서, 세포는 본원에 제공된 아데노신 데아미나제 또는 융합 단백질 중 임의의 것을 코딩하는 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 세포는 본원에 제공된 뉴클레오티드 또는 벡터 중 임의의 것을 포함한다.
상기 리포터 시스템의 예시적인 실시양태의 설명은 단지 예시 목적으로 제공되며, 제한하는 것으로 의도되지 않는다. 추가의 리포터 시스템, 예를 들어 상기 상세히 기재된 예시적인 시스템의 변형은 또한 본 개시내용에 의해 포함된다.
그러나 추가의 융합 단백질이 본 개시내용 및 관련 기술분야의 지식에 기초하여 통상의 기술자에게 분명할 것이라는 것이 인지되어야 한다.
본 발명의 이들 및 다른 실시양태의 기능 및 이점은 하기 실시예로부터 보다 완전히 이해될 것이다. 하기 실시예는 본 발명의 이익을 예시하고 특정한 실시양태를 기재하고자 의도된 것이지만, 본 발명의 전체 범주를 예시하고자 의도된 것은 아니다. 따라서, 실시예는 본 발명의 범주를 제한하는 것으로 의도되지 않는다는 것이 이해될 것이다.
실시예
하기 실시예에 제공된 데이터는 DNA와 관련하여 아데노신의 가수분해성 탈아미노화 (구아닌 (G)과 같이 염기 쌍을 형성하는 이노신을 형성함)를 촉매할 수 있는 염기 편집제의 조작을 기재한다. DNA에 작용하는 공지된 자연 발생 아데노신 데아미나제는 존재하지 않는다. 대신에, 공지된 아데노신 데아미나제는 RNA (예를 들어, tRNA 또는 mRNA)에 작용한다. 최초 데옥시아데노신 데아미나제를 진화시켜 DNA 기질을 받아들이고 데옥시아데노신 (dA)을 데옥시이노신으로 탈아미노화하도록 하였다. 한 예로서, DNA에 작용하는 아데노신 데아미나제를 조작하기 위해, 에스케리키아 콜라이로부터의 tRNA에 작용하는 아데노신 데아미나제 (ADAT) (tRNA 아데노신 데아미나제 A, TadA)를 사용하여 진화 실험을 수행하였다. 간략하게, ecTadA를 dCas9 도메인에 공유 융합시키고, 구축물의 데아미나제 부분에 돌연변이를 함유하는 상기 융합체의 라이브러리를 조립하였다. 하기 기재된 진화 실험에서, ecTadA 내 여러 돌연변이는 DNA 중 아데노신을 탈아미노화하는 ecTadA의 능력을 개선시키는 것으로 발견되었다.
실시예 1 - 아데노신 염기 편집제의 진화 (진화 #1)
아데노신 염기 편집제 (ABE)의 진화는, 단지 편집제의 ecTadA 부분에서만 돌연변이유발을 일으키는 오류-유발 PCR을 통해 ecTadA-XTEN-기능상실 Cas9 구축물 (pNMG-104)의 라이브러리를 생성함으로써 달성되었다. DNA 상의 A에서 I로의 탈아미노화 (A에서 G로의 복귀)를 촉매할 수 있는 편집제의 선택을, 항생제 선택 플랫폼을 사용하기 위해 선택하였다. 진화의 제1 라운드 (진화 #1) 동안, 아데노신 염기 편집제 (ABE) 라이브러리를, 아세틸-트랜스퍼라제 활성 및 후속 클로람페니콜 선택 배지 상의 생존을 회복하기 위해 A에서 G로의 복귀를 요구하는 클로람페니콜 아세틸-트랜스퍼라제 유전자 내 활성 부위 돌연변이를 표적화하는 gRNA와 공-발현시켰다. 선택 플라스미드를 ABE 라이브러리와 함께 S1030 숙주 균주 내로 공동-형질전환시켰다. 진화 #1을 수행하고, 돌연변이 D108N 및 A106V를 DNA 상의 A에서 G로의 복귀를 가능하게 하는 2개의 돌연변이로서 확인하였다. D108N 돌연변이가 A106V보다 더 효율적으로 DNA 중 A에서 G로의 복귀를 유도하였다. 에스. 아우레우스 TadA를 사용한 서열 정렬 연구는 잔기 D108이 야생형 tRNA 기질에서 리보스 당의 2' OH와의 H-결합 접촉에 참여한다는 것을 밝혀냈다. DNA에서는, 이러한 3' OH가 3' H로 대체되어 있다.
야생형 아데노신 데아미나제 및 A에서 G로의 데아미나제
다양한 A에서 G로의 데아미나제 융합체 (+XTEN-nCas9)의 Hek293T 세포 내로의 형질감염은 표적화된 부위에서 A에서 G로의 SNP를 유발하지 않았다. 6개의 상이한 부위가 표적화되었지만, 야생형 아데노신 데아미나제 Cas9 융합체 중 어떤 것도 DNA에서 관찰가능한 A에서 G로의 변형을 생성하지 않았다. BE3 (rAPOBEC1-XTEN-nCas9-UGI-NLS)을 양성 대조군으로서 사용하였다. 하기 야생형 데아미나제-nCas9 융합체를 시험하였다: ADAR (mRNA에 대해 작용함), ADA (데옥시아데노신에 대해 작용함) 및 ADAT (tRNA에 대해 작용함) (도 1).
DNA에 대해 작용하는 A에서 G로의 데아미나제를 개발하였다. 먼저, 항생제-내성 유전자에서의 활성 부위 잔기의 회복 (A에서 G로의 복귀)이 항생제 챌린지에 대한 숙주의 내성을 유발하는 항생제 선택 플라스미드를 개발하였다. 고 카피 플라스미드 (RSF1030)를 구축하였다. 그것은 야생형 아미노산으로의 STOP 복귀 (Kan) 또는 활성 부위 잔기 회복 (Chlor)을 요구하였다. 구체적으로, 주형 가닥 상에서, STOP은 글루탐산으로 되돌아갈 필요가 있거나 (Kan) 또는 티로신은 히스티딘 (양이온성 잔기)으로 되돌아갈 필요가 있었다 (Chlor) (도 2).
최소 억제 농도 (MIC)를 선택 플라스미드에 의해 결정하였다. A에서 I로의 선택 플라스미드를 S1030에서 성장시키고, 다양한 농도의 클로람페니콜 상에 플레이팅하였다. MIC는 대략 1 μg/mL인 것으로 결정되었다. S1030 세포 (숙주 균주) 내 선택 플라스미드의 연속 희석물을 증가하는 농도의 chlor 상에 플레이팅하였다 (도 3). 1 μg/mL 초과의 농도의 chlor 상에서 생존하는 라이브러리 구성원을 보유하는 세포를 가능한 히트인 것으로 간주하였다.
양성 대조군으로서 rAPOBEC1-XTEN-dCas9 구축물을 사용하여 클로람페니콜 (Chlor) 선택을 추가로 검증하였다. 이어서, 8 μg/mL chlor에서 생존한 콜로니를 서열분석하고, DNA 중 C에서 T로의 복귀를 관찰하였다 (도 4). 세포를 선택 플라스미드 및 데아미나제 융합체와 함께 OD600nm ~0.3으로 성장시킨 다음, 밤새 융합체 발현을 유도함으로써 검정을 수행하였다. 이어서, 생성된 배양물을 증가하는 농도의 클로람페니콜 상에 플레이팅하고, 목적하는 DNA 복귀를 스크리닝하였다.
이어서 A에서 I로의 데아미나제 라이브러리를 생성하였다. PreCR 대 사용자, 전기천공 대 화학적 조성물, 뉴클레오펙션 대 전기천공, 생장 시간, SOC 대 DRM, 및 서브-클로닝 대 직접적 형질전환을 포함한 최적화된 조립/라이브러리 발생 조건을 조사하였다. 라이브러리 조립/전기천공 조건을 최적화한 후에 하기 2종의 라이브러리를 제조하였다: APOBEC-XTEN-dCas9 및 ADAT-XTEN-dCas9. 평균 라이브러리 크기는 계산된 콜로니-형성 유닛 (CFU)을 기준으로 2-4 x 106이었다. APOBEC-XTEN-dCas9 라이브러리는 어떤 유용한 히트도 생성하지 않았다. ADAT-XTEN-dCas9 라이브러리는 성공적으로 생성하였다. 사용된 ADAT는 이. 콜라이에서의 TadA (말단절단)였다.
데아미나제 라이브러리의 아키텍처
데아미나제-XTEN-dCas9 융합체는 SC101 백본 및 클로람페니콜 부위를 표적화하는 gRNA (lac 프로모터)를 포함한다 (도 5). 단지 데아미나제만이 오류-유발 PCR을 받고, 조립은 2-피스 PreCR (변형된 사용자 프로토콜)이다. gRNA는 lac 프로모터에 의해 유도되고; Chlor 활성 부위를 표적화한다. A에서 G로의 복귀는 His 활성 부위를 회복하기 위해 (티로신에서 히스티딘으로의 복귀) 프로토스페이서의 위치 9에서 필요하다. 복구는 주형 가닥 상에서 필요하고 표적화된다. APOBEC/CDA를 양성 대조군으로서 사용하였다. A에서 I로의 구축물은 하기를 포함하였다: mADA, ADAR1 및 ADAT2.
TadA-XTEN-dCas9 라이브러리를 또한 구축하였다. 단지 TadA 효소에 대해서만 오류 유발 PCR을 사용하였다. 최적화된 프로토콜을 사용하고, 생성된 구축물을 서브클로닝하였다. S1030 세포 (선택 플라스미드를 가짐)를 TadA*-XTEN-dCas9 무작위화 라이브러리에 의해 형질전환시켰다. 단백질 발현을 회복 단계 후에 유도하였다. 이어서, 다음 날 라이브러리를 별개의 24x24 cm 플레이트 상으로 증가하는 농도의 클로람페니콜 (0.5, 1, 2 및 4 μg/mL) 상에 플레이팅하고, 밤새 인큐베이션하였다. TadA(wt)-XTEN-dCas9를 음성 대조군으로서 사용하였다. 콜로니는 모든 4곳의 장소에서 성장하였으며, 농도가 증가함에 따라 보다 적은 콜로니가 관찰되었다. 음성 대조군은 라이브러리 구성원을 갖는 플레이트보다 훨씬 더 적은 콜로니를 가졌다. 8종의 선택 플라스미드를 서열분석하였으며, 모든 플라스미드는 표적화된 부위에서 A에서 G로의 복귀를 함유하였다. 모두, 120개의 콜로니를 PCR-증폭시킨 다음, 서열분석하였다. 서열분석의 제1 라운드의 결과는 도 6에 제시된다. A에서 G로의 복귀를 갖는 선택 플라스미드의 예시적인 서열은 도 7에 제공된다. 표적은 주형 가닥의 A에서 G로이다 (코딩에서는 T에서 C로 관찰됨). 예는 생어 추적에서 약 50% 복귀 (Y에서 H로)를 나타낸다.
잔기 D108에서의 수렴이 관찰되었다 (도 8). 이. 콜라이 TadA의 결정 모습이 도 9에 제시된다. 도면에서 잔기 번호가 오프셋됨에 따라 D119는 D108이다. 그 잔기에서 많은 돌연변이가 발생하는 것으로 발견되었다. 도 10은 TadA (에스. 아우레우스)의 결정 구조를 보여주고, 이. 콜라이의 것과의 서열을 정렬시키고 있다. ecTadA 잔기 108은 에스. 아우레우스 TadA 잔기 104와 동등하며, 이는 리보스 당의 2'OH와의 중요한 아스파라긴 수소 결합의 부분이다.
진화 실험에 사용된 선택 플라스미드는 아데노신 염기 편집제에 의해 표적화되는 다양한 항생제 내성 유전자에서의 돌연변이를 함유한다. 다양한 항생제 내성 유전자의 표적 서열 (서열식별번호: 441-444)이 하기에 있으며, 여기서 그의 각각의 항생제에 대한 내성을 회복하는데 요구되는 표적화된 아데닌은 볼드체 및 밑줄로 제시된다. 사용된 플라스미드는 RSF1030 기점을 갖는 고-카피 플라스미드였다.
클로람페니콜 표적 (H193Y): 5'-TACGGCGT A GTGCACCTGGA-3' (서열식별번호: 441)
카나마이신 표적 1 (Q4Term): 5'-ATCTT A TTCGATCATGCGAA-3' (서열식별번호: 442)
카나마이신 표적 2 (W15Term): 5'-GCTT A GGTGGAGCGCCTATT-3' (서열식별번호: 443)
스펙티노마이신 표적 (T89I): 5'-CAATG A TGACTTCTACAGCG-3' (서열식별번호: 444)
포유동물 코돈 최적화된 구축물은 유전자 블록으로서 인티그레이티드 디엔에이 테크놀로지스 (IDT)로부터의 ecTadA의 포유동물 코돈 최적화된 버전을 주문하여 제조하였다. 이 유전자 블록을 사용하여 pNMG-142를 제조하였으며, 이는 모든 후속 포유동물 코돈-최적화된 구축물에 대한 주형으로서의 역할을 하였다. 표 4를 참조한다. 돌연변이를 진화의 다양한 라운드로부터 확인한 후에, 목적하는 돌연변이(들)를 포유동물 구축물 내로 도입하기 위해 프라이머를 설계 및 주문하였다.
ecTadA 진화 및 챌린지
ecTadA 진화로부터의 개별 구축물을 단리하고 챌린지하였다. 16개의 클론을 서브-클로닝하여, 진화의 제1 라운드를 생성하였다. 각각의 16개의 클론을 선택 플라스미드를 갖는 S1030 세포에서 형질전환시키고, 증가하는 용량의 클로람페니콜로 챌린지하였다. 동일한 부위에서 C에서 T로의 복귀를 갖는 rAPOBEC1-XTEN-dCas9를 대조군으로서 사용하였다. 결과는 도 11 및 12에 제시된다. 도 12는 증가하는 농도의 클로람페니콜 상에 챌린지된 다양한 구축물의 C.F.U.를 보여준다. 구축물 3 및 4가 검정의 조건 하에 최상으로 수행하였다. D108N이 주요 돌연변이이다.
ecTadA의 잔기 D108에서 돌연변이를 갖는 염기 편집제는 아데닌 부위에서 이노신 형성을 유발하는 아데닌의 가수분해성 탈아미노화를 통해 DNA 중 아데닌에서 구아닌으로의 돌연변이를 생성할 수 있다. 이노신은 DNA 폴리머라제에 의해 구아닌으로서 판독된다. 다양한 표적 DNA 서열, 예컨대 Hek2 (도 19, 20 및 129), Hek 2-1 (도 130), Hek 2-2 (도 131), Hek 2-3 (도 132), Hek 2-4 (도 133), Hek 2-6 (도 134), Hek 2-9 (도 135), Hek 2-10 (도 136), RNF2 (도 138), FANCF (도 139), EMX1 (도 21) 및 Hek3 (도 22 및 137)에서의 DNA 중 아데닌에서 구아닌으로의 돌연변이를 생성하는 다양한 염기 편집제의 능력을 보여주는 도 18-22 및 129-139를 참조한다. 이들 실험에서 D108N 돌연변이는 A에서 G로의 돌연변이를 생성하는데 가장 효율적이었으며, 이때 A106V 돌연변이의 부가는 효율을 추가로 개선시켰다. 추가적으로, 염기 편집제는 시험된 어느 다른 부위보다 Hek2 부위에서 A에서 G로의 돌연변이를 더 효율적으로 생성하였다. 도면에서, BE3 및 BE2는 C에서 G로의 돌연변이를 유도하며 C에서 G로의 염기 편집에 대해 양성 대조군으로서 작용하는 염기 편집제를 지칭한다.
하기에 보다 상세히 기재된 진화의 제2 라운드를 수행하였다. D108N 돌연변이를 함유하는 구축물을 무작위화하였다 (플라스미드 NMG-128). 선택 검정을 반복하고, 클론을 고 농도의 클로람페니콜로 챌린지하였다. 생성된 물질을 서브-클로닝하고, 선택 검정을 반복하였다. 이어서, 그 결과 고 농도의 클로람페니콜 상에서 생존한 콜로니를 서열분석하였다. 위치 E155에서의 돌연변이의 풍부화가 관찰되었다 (도 13).
포유동물 세포에서의 A에서 G로의 편집
A에서 G로의 편집을 포유동물 (Hek293T) 세포에서 조사하였다. 도 14에 제시된 바와 같이, 편집 (A에서 G로)은 다양한 진화된 ecTadA 구축물에서 발생했고, 반면에 음성 대조군에서는 발생하지 않았다. 본원에 기재된 실험에 사용된 구축물 (예를 들어, 진화 #1 - #7)은 표 4에 제시된다. 표 4는 구축물 명칭, 구축물 아키텍처 및 ecTadA 돌연변이를 포함한다. 표 4에서, pCMV는 구축물을 포함하는 발현 벡터를 지칭한다. ecTadA는 서열식별번호: 1의 ecTadA를 지칭하지만, 2개의 ecTadA 서열을 포함하는 구축물의 경우, 제2 (제1 ecTadA의 C-말단에 있음) ecTadA 서열은 N-말단 메티오닌을 포함하지 않는다. 표 4는 또한 서열식별번호: 1에 대한 ecTadA에서의 돌연변이를 열거한다. 야생형 ecTadA는 서열식별번호: 1을 지칭한다. 2개의 ecTadA 도메인이 존재하는 경우에 양쪽 ecTadA 도메인 내 돌연변이가 표시되며, N-말단 ecTadA가 먼저 표시된다. 24개 a.a 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 685)를 지칭하고, 32개 a.a 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGS (서열식별번호: 385)를 지칭하고, 40개 a.a 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSSGGSSGGS (서열식별번호: 686)를 지칭하고, 64개 a.a 링커는 아미노산 서열 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGS (서열식별번호: 687)를 지칭하고, 92개 a.a. 링커는 아미노산 서열 PGSPAGSPTSTEEGTSESATPESGPGTSTEPSEGSAPGSPAGSPTSTEEGTSTEPSEGSAPGTSTEPSEGSAPGTSESATPESGPGSEPATS (서열식별번호: 688)를 지칭한다.
표 4: 플라스미드 정체 키
실시예 2 - ecTadA의 D108N 돌연변이를 함유하는 아데노신 염기 편집제의 진화 (진화 #2)
D108N 돌연변이를 갖는 ecTadA 구축물 (pNMG-128)을 진화 #1에서와 같이 오류-유발 PCR을 통해 돌연변이유발시키고, 선택의 엄격도를 증가시키기 위해 선택 배지에서 보다 높은 농도의 클로람페니콜을 사용한다는 것을 제외하고, 이 라이브러리를 동일한 클로람페니콜 부위에 대해 선택하였다. 이 라운드의 선택은 ABE의 편집 효율을 개선시키는 2개의 새로운 돌연변이를 생성하였다: D147Y 및 E155V.
진화의 제1 라운드에서, 오류-유발 PCR을 ecTadA-XTEN-dCas9 융합 구축물의 ecTadA 데아미나제 부분에 대해 수행하고, 이어서 사용자 조립을 수행하여 ecTadA-XTEN-dCas9 변이체의 라이브러리를 생성하였다 (단지 데아미나제 부분에서만 변이됨). 이들 라이브러리 구성원을 클로람페니콜 내성 유전자의 활성 부위 부분에 단일 G에서 A로의 점 돌연변이를 함유한 선택 플라스미드를 함유하는 S1030 세포 내로 형질전환시켰다. 세포를 밤새 배양하고, 선택 플라스미드를 갖는 S1030 세포의 MIC보다 더 높은 농도의 클로람페니콜 상에 플레이팅하였다. 생존하는 콜로니를 서브-클로닝하고, 선택 조건 하에 다시 챌린지한 다음, 서열분석하여 생산성 변이체의 유전자형을 확인하였다. 생어 서열 분석은 D108N, D108V 및 D108G 돌연변이가 목적하는 표현형 (DNA 중 A에서 G로의 전이 돌연변이)을 부여하였다는 것을 밝혀냈다. 이러한 진화의 제1 라운드로부터 단리된 개별 클론을 수반하는 후속 연구는 D108N 돌연변이가 이 부위에서 최적 치환이었다는 것을 입증하였다.
진화의 제2 라운드는 D108N 돌연변이를 함유하는 ecTadA (진화의 제1 라운드로부터 확인된, 도 11에 열거된 바와 같은 구축물 3, 클론 5 (pNMG-128) 참조)를 진화시킴으로써 수행하였다. pNMG-128은 또한 "히치-하이커" 돌연변이인 돌연변이 H8Y 및 N127S를 함유한다. 생성된 라이브러리의 진화된 클론을 32, 64 및 128 ug/mL 클로람페니콜 (제1 라운드 진화의 1, 2 및 4 ug/mL보다 더 높은 엄격도)로 챌린지하였다. 32, 64 및 128 ug/mL 클로람페니콜 상에서 생존한 클론을 서브클로닝하고, 재-플레이팅하고, 이러한 풍부화로부터의 개별 클론을 단리하고, 검정하였다. 가변 농도의 클로람페니콜 하에 각각 구축물, pNMG-128 및 pNMG 149-154에 대한 콜로니 형성 단위 (C.F.U)의 수가 도 17에 제시된다. 고 엄격도 조건을 갖는 진화의 제2 라운드는 ecTadA의 D147 및 E155에서의 돌연변이의 고 빈도를 유발하였으며, 이는 도 16에 강조되어 있다.
도 23-27은 편집제를 다양한 유전자좌에 지시하는 gRNA를 사용하는 다양한 ABE 구축물의 Hek293T 세포 내로의 형질감염의 결과를 보여준다. 도 23은 Hek-2에 대한 pNMG-164, 171, 172 및 173 편집을 보여준다. 도 24는 Hek-2에 대한 NMG-174-177 편집을 보여준다. 도 25는 Hek-2에 대한 pNMG 143, 144, 164, 177 편집을 보여준다. 도 26은 Hek-2에 대한 pNMG-164, pNMG-177, pNMG-178, pNMG-179 및 pNMG-180 편집을 보여준다. 도 27은 Hek-2에 대한 pNMG-164, 177-180 편집을 보여준다.
도 28-45와 관련하여, D108에서의 돌연변이 (일부 경우에 돌연변이는 하기를 포함하였음: D108N, D108G, D108V)를 함유하는 ecTadA의 포유동물 코돈 최적화된 구축물을 사용하여 진화의 제1 라운드에서 확인된 D108 돌연변이가 포유동물 세포에서 A에서 G로의 복귀를 또한 촉매하였는지 여부를 프로빙하였다. 구축물 pNMG-142 - 147을 Hek293T 세포 내로 형질감염시켰으며, 이는 Hek-2 부위의 위치 #5에서 A에서 G로의 편집 효율의 최대 양을 나타냈고, 임의의 다른 부위에서는 아데닌의 저 편집 내지 편집 부재를 나타냈다. 표적화된 예시적인 DNA 서열은 하기에 HEk2 (서열식별번호: 41), Hek3 (서열식별번호: 42), Hek4 (서열식별번호: 43), RNF2 (서열식별번호: 44), FANCF (서열식별번호: 45) 및 EMX1 (서열식별번호: 46)로 기재된다. 후속 실험 및 진화는 편집 효율을 증가시켰으며, 편집 윈도우가 일반적으로 프로토스페이서 내 위치 4-6 및 주위 "YAC" 서열 (여기서 "Y"는 피리미딘 (T 또는 C) 염기이고 하기 서열에서 밑줄표시된 뉴클레오티드는 PAM 서열임)에서 발생한다는 것을 확인하였다. 하기 제시된 Hek2 서열 (서열식별번호: 41)의 경우, 프로토스페이서 위치는 우측으로부터 좌측으로 진행하여 1-20으로 표시된다. Hek2 부위에서의 프로토스페이서의 위치 5는 T이며, 이는 본원에 기재된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것에 의해 편집될 수 있는 A에 대향한다. 하기 제시된 Hek3, Hek4 RNF2, FANCF 및 EMX1 서열 (서열식별번호: 42-46)의 경우, 프로토스페이서 위치는 좌측으로부터 우측으로 진행하여 1-20으로 표시된다. 이들 서열의 경우 아데닌 (A) 중 1개 이상, 예컨대 Hek3 부위 (서열식별번호: 41)의 위치 6에서의 A는 본원에 기재된 아데노신 데아미나제 중 임의의 것에 의해 편집될 수 있다. pNMG-142 (nCas9에 융합된 야생형 ecTadA)의 형질감염은 어떤 관찰가능한 양의 편집도 생성하지 않았으며, 이는 방향적 진화 실험으로부터 비롯된 돌연변이의 구현의 중요성 및 필요성을 강조한다.
실시예에 사용된 표적 서열은 하기에 제공된다 (PAM 서열은 볼드체로 밑줄표시되어 있다):
Hek2:
CCC GCAGTCTATGCTTTGTGTTC (서열식별번호: 41)
Hek3:
GGCCCAGACTGAGCACGTGA TGG (서열식별번호: 42)
Hek4:
GGCACTGCGGCTGGAGGTGG GGG (서열식별번호: 43)
RNF2:
GTCATCTTAGTCAGGACCTG AGG (서열식별번호: 44)
FANCF:
GGAATCCCTTCTGCAGCACC TGG (서열식별번호: 45)
EMX1:
GAGTCCGAGCAGAAGAAGAA GGG (서열식별번호: 46)
이노신에서 아데닌으로의 복귀를 억제하는 도메인을 갖는 아데노신 염기 편집제의 조작
예를 들어 내인성 hAAG 활성의 결과로서 이노신에서 아데닌으로의 복귀를 차단하는 것이 염기 편집 효율을 개선시킬 수 있다는 것으로 가설화하였다. 따라서, ABE 편집제의 C-말단 단부에 촉매 불활성 알킬 아데노신 글리코실라제를 부가하는 효과를 조사하기 위해 실험을 수행하였다. 이들 형질감염에서의 염기 편집제 3 (BE3)은 C에서 G로의 염기 편집에 대한 양성 대조군으로서의 역할을 하였고, pNMG-142는 음성 대조군이고, pNMG-143은 진화 라운드 #1 구축물이고, pNMG-144 (D108N)는 또 다른 진화 라운드 #1 구축물 (A106V_D108N)이다. pNMG-156 구축물에서의 돌연변이는 ecTadA 박테리아 진화의 제1 라운드로부터 생성된 최고 빈도 앰플리콘으로부터 확인된 모든 돌연변이이다 ("히치-하이커" 돌연변이 포함). 히치-하이커 돌연변이는 진화 실험에서 확인된 돌연변이를 지칭하지만, 아데노신 염기 편집에 대한 유의한 영향을 미치지 않을 수 있다. 히치-하이커 돌연변이를 확인하는 방법은 돌연변이가 염기 편집에 대해 영향을 미치는지 여부를 결정하기 위해 복귀 분석을 수행한 다음 구축물을 재검정하는 것이다. pNMG-156은 C-말단 UGI를 함유하는 pNMG-128의 포유동물 코돈-최적화된 버전이다 (선택에서 단리된 박테리아 벡터 I). pNMG-160은 촉매 불활성 AAG (E125Q)를 갖는 pNMG-143의 등가물이고, pNMG-161은 촉매 불활성 Endo V (D35A)를 갖는 pNMG-143이다. 돌연변이 E125Q 및 D35A는 각각 촉매 기능상실 AAG 및 EndoV 오픈 리딩 프레임 (ORF)에서의 돌연변이에 상응한다. pNMG-162는 UGI를 함유하지 않는다는 것을 제외하고는 pNMG-156과 동일한 구축물 아키텍처를 갖는다. 표적 서열, HEk2 (서열식별번호: 41), Hek3 (서열식별번호: 42), Hek4 (서열식별번호: 43), RNF2 (서열식별번호: 44), FANCF (서열식별번호: 45) 및 EMX1 (서열식별번호: 46)에서의 아데노신을 탈아미노화하는 이들 구축물의 능력은 각각 도 28-33에 제시된다. 일반적으로, 시험된 구축물의 경우, ecTadA 및 Cas9 도메인의 C-말단에의 UGI, AAG(E125Q) 또는 EndoV (D35A)의 혼입은 아데노신에서 구아닌으로의 돌연변이를 생성하는 염기 편집제의 효율의 유의한 증가를 제공하지 않은 것으로 발견되었다.
Cas9 도메인에 대한 아데노신 데아미나제 도메인의 배열
아데노신 염기 편집제 내 Cas9 도메인에 대한 아데노신 데아미나제 도메인 (예를 들어, ecTadA)의 배열을 시험하였다. 예를 들어, Cas9 도메인에 대한 N-말단 또는 C-말단에의 아데노신 데아미나제의 배치가 염기 편집 효율에 영향을 미치는지 여부를 시험하였다. 추가로, ecTadA의 진화 #1 및 ecTadA의 진화 #2로부터의 돌연변이를 포함한 실험을 비교하였다. 도 34-39를 참조한다. 일반적으로, 진화 #2에서 확인된 돌연변이는 진화 #1에서 확인된 ABE 편집제의 편집 효율을 개선시켰다. 추가적으로, 아데노신 염기 편집제는 아데노신 데아미나제가 Cas9의 N-말단에 배열되었을 때 활성 (아데닌에서 구아닌으로 돌연변이됨)인 것으로 발견되었다. 아데노신 데아미나제가 Cas9의 C-말단에 배열된 아데노신 염기 편집제 구축물은 관찰가능한 아데닌에서 구아닌으로의 편집을 거의 내지 전혀 나타내지 않았다.
하기 ABE 구축물을 Hek293T 세포 내로 형질감염시켰다; 음성 대조군 (ecTadA에서의 돌연변이 부재)으로서의 역할을 한 pNMG-142; pNMG-143 (여기서 ecTadA는 D108N 돌연변이를 가짐), pNMG-144 (여기서 ecTadA는 A106V 및 D108N 돌연변이를 가짐) 및 pNMG-164 (여기서 ecTadA는 D108N, D147Y 및 E155V 돌연변이를 가짐). 이들 구축물은 진화 #1로부터의 돌연변이를 갖는 포유동물 코돈 최적화된 구축물이었다. 구축물 pNMG-171은 다양한 ecTadA 돌연변이를 함유하는 pNMG-172 내지 pNMG-176의 C-말단 TadA 융합 구축물에 대한 대조군으로서의 역할을 했다. pNMG-171은 nCas9에 C-말단 야생형 ecTadA 융합체를 함유하고, 반면에 pNMG-172-176은 진화 #1로부터 확인된 TadA에서의 돌연변이를 함유한다. pNMG-177 및 pNMG-178은 진화 #2로부터 확인된 돌연변이를 갖는 2종의 포유동물 코돈 최적화된 플라스미드를 나타내며, 여기서 pNMG-178은 UGI 도메인을 함유한다. pNMG-179 및 pNMG-180은 pNMG-177과 동일하지만, 각각 C-말단 촉매 불활성 AAG (E125Q) 및 UGI 도메인이 부가되어 있다. 표적 서열, HEk2 (서열식별번호: 41), Hek3 (서열식별번호: 42), Hek4 (서열식별번호: 43), RNF2 (서열식별번호: 44), FANCF (서열식별번호: 45) 및 EMX1 (서열식별번호: 46)에서 아데노신을 탈아미노화하는 이들 구축물의 능력은 각각 도 34-39에 제시된다.
일반적으로, C-말단과 달리, Cas9의 N-말단에 아데노신 데아미나제 (ecTadA)를 융합시키는 것은 아데닌의 더 효율적인 염기 편집을 생성한 것으로 발견되었다. 또한 돌연변이 A106V, D108N, D147Y 및 E155V를 함유하는 ecTadA가 진화 #1 및 진화 #2에서 시험된 다른 ecTadA 돌연변이보다 더 잘 수행하는 (예를 들어, 아데닌을 더 효율적으로 편집하는) 것으로 발견되었다. 추가로, 시험된 구축물의 경우, 이들 구축물에의 UGI 또는 AAG(E125Q)의 혼입은 아데노신에서 구아닌으로의 돌연변이를 생성하는 염기 편집제의 효율의 유의한 증가를 제공하지 않은 것으로 발견되었다.
도 40에 제시된 형질감염 실험을 수행하여 하기 4가지 주요 사항을 결정하였다: 하나, ecTadA가 가이드의 RNA 내 A를 탈아미노화함으로써 gRNA/Cas9 결합을 방해하는지 여부. 둘, 진화된 데아미나제와 Cas9 사이의 짧은 링커 (단지 GGS) 또는 긴 링커 ((SGGS)2-XTEN-(SGGS)2) ((SGGS)2는 서열식별번호: 2에 상응함)가 ABE의 윈도우 크기 및/또는 전체 편집 효율에 영향을 미치는지 여부. 셋, 진화된 ecTadA의 이량체화가 ABE 편집 효율을 개선시키는지 여부. 넷, TadA 내 위치 D108에서의 다른 치환이 편집 효율을 추가로 개선시킬 수 있는지 여부. ABE 편집제는 gRNA/Cas9 결합을 방해하지 않고 ecTadA의 이량체화는 편집 효율을 개선시키는 것으로 발견되었다. ABE가 gRNA/Cas9 결합을 방해하는지 여부를 시험하기 위해, nCas9를 다양한 진화된 ABE 구축물 (pNMG-247-251)에서 야생형 Cas9로 대체하고 삽입결실 비율을 Cas9 (wt) 단독 삽입결실 비율과 비교하였다 (도 48 참조). A에서 G로의 편집 효율은 아마도 야생형 Cas9 뉴클레아제 활성으로 인해 pNMG-247-251에 대해 도 40에서 검출불가능하다. 진화된 ecTadA와 nCas9 (pNMG-183) 사이의 긴 링커는 XTEN 단독 및 GGS 단독 링커에 비해 더 높은 편집 효율을 생성한 것으로 또한 결정되었다. 가장 두드러지게는, ABE의 ecTadA 유닛의 이량체화를 ABE 편집제 pNMG-142 (음성 대조군), pNMG-177 (A106V_D108N_D147Y_E155V)에 의해 등몰량의 ecTadA (진화로부터의 돌연변이 존재 및 부재)를 공동-형질감염시킴으로써 트랜스로, 및 ecTadA의 2개 유닛을 공유 테더링시키는 ((SGGS)2-XTEN-(SGGS로)2 링커에 의함) 편집제를 제조함으로써 시스로, 둘 다 시험하였다. 트랜스 이량체화 실험에 사용된 단량체 단위는 pNMG-274 및 pNMG-275이다. ABE 편집제 내 ecTadA의 2개 유닛의 공유 융합체는 pNMG-276 (음성 대조군, ABE 편집제 내 야생형 TadA의 2개 유닛) 및 pNMG-277에 나타내어진다. 마지막으로, ecTadA 내 D108 위치에서의 가변 돌연변이 (예를 들어 D108M, D108Q, D108K 등)를 갖는 ABE 편집제를 나타내는 플라스미드 pNMG-278-283에 의한 형질감염은 원래 라운드 #1 진화에서 확인된 D108N 치환이 이 위치에서의 최상 수행 돌연변이라는 것을 제시하였다.
실시예 3 - 아데노신 염기 편집제의 개발 (진화 #3)
컨센서스 돌연변이 A106V, D108N, D147Y (pNMG-184) 및 E155V를 갖는 ecTadA 구축물을 오류-유발 PCR에 의해 돌연변이유발시키고, 생성된 ABE 라이브러리를 2개의 개별 gRNA에 의해, 카나마이신 내성을 부여하기 위해 2개의 A에서 G로의 복귀 (둘 다 조기 정지 코돈 내에 있음)를 요구하는 카나마이신 내성 유전자 내 2개의 상이한 부위로 표적화하였다. 선택의 엄격도를 증가시키기 위해 2개의 gRNA/2개의 표적 접근법을 사용하였다. 이 진화는 하기 새로운 돌연변이의 확인을 가져왔다: L84F, H123Y 및 I157F.
sgRNA를 편집하는 데아미나제
ABE의 개발 동안, 데아미나제가 sgRNA를 편집하는지 아닌지 및 TadA가 여전히 RNA 활성을 갖는지 아닌지 여부에 의문이 제기되었다. 도 48에 제시된 결과에 기초하면, 융합체는 잘 결합하는 것처럼 보였지만, ABE 및 Cas9 삽입결실 백분율 사이의 유의차는 존재하지 않았다. 이것은 ABE가 gRNA 가닥을 방해하거나 변형시키지 않는다는 것을 입증한다. wt Cas9 단독과 야생형 Cas9에 융합된 ABE 사이의 차이는 gRNA에 의한 데아미나제 간섭을 시사할 것이다. 이것은 그러한 경우가 아니었다.
D108 잔기가 데아미나제로 하여금 기질로서의 RNA를 거부하도록 하기 위해 추가로 돌연변이될 수 있는지 아닌지에 의문이 제기되었다. sgRNA 코딩 부위는 도 51에서 찾아볼 수 있다. 결과는 ecTadA 내 D108M 돌연변이가 아데노신 염기 편집제의 편집 효율을 유의하게 개선시키지 않는다는 것을 제시하였다.
ABE에 돌연변이체 TadA의 추가의 유닛을 테더링하는 것은 DNA의 탈아미노화를 위한 보다 높은 편집 효율을 유발하는 것으로 발견되었다. ABE에 염기 절제 복구 효소인 AAG를 테더링하는 것은 염기 편집을 유의하게 증진시키지 않았다. ABE에 이. 콜라이 DNA 복구 효소인 촉매 불활성화 EndoV를 테더링하는 것도 또한 염기 편집을 유의하게 증진시키지 않았다. 추가로, AAG의 녹아웃 세포주 (이는 이노신을 다시 A로 되돌림)는 모 세포주보다 더 우수한 편집 효율을 갖지 않았다.
다음 목적은 왜 ABE가 시험된 다른 부위에서보다 HEK 부위 2에서 더 효율적으로 편집하는지의 이유를 결정하는 것이었다. 아데노신 염기 편집제가 모든 부위에서 잘 작동하였지만, 이들은 Hek-2 부위에서 최적으로 작동하였다. ABE는 풍부한 아데닌 잔기로 인해 HEK 부위 2에서 가장 잘 작동하는 것으로 이론화하였다. 도 57에 제시된 결과는 이것이 그러한 경우가 아니라는 것을 제시한다. 또 다른 이론은 ABE가 단지 HEK 부위 2에서만 작동한 이유가 링커 길이때문일 수 있다는 것이었다. 도 59 및 도 60에 제시된 결과는 결정적이 아닌 것으로 입증되었다. ecTadA와 Cas9 사이에서 Cas9에 대한 가장 긴 링커는 편집 효율을 증진시켰지만 염기 편집 윈도우를 확장하는 것으로 보이지는 않았다. 또한 ABE가 Hek-2 유사 부위를 효율적으로 편집하였는지 여부를 시험하고, Hek-2 유사 부위에서 매우 효율적인 편집이 존재하는 것으로 발견되었다. 이 데이터로부터 ABE는 "YAC" 컨센서스 서열 (여기서 Y는 C 또는 T임)의 일부일 때 아데닌을 보다 효율적으로 편집한 것으로 발견되었다. 또한, ecTadA의 tRNA 기질은 YAC인 "U-A-C"의 콘텍스트에 있다.
데아미나제의 이량체화가 염기 편집을 개선시킬 수 있다는 것이 시사되었다. 트랜스 이량체화 및 시스 이량체화의 현재 편집제 아키텍처는 도 63에 제시된다 (상단 구조, 하단 좌측 구조 및 하단 우측 구조). 도 64 내지 도 66에 제시된 결과는 데아미나제의 이량체화가 염기 편집을 개선시켰다는 것을 제시한다. "YAC" 서열 특이성에 관하여, 데이터에 의해 지지되는 1가지 가설은 ABE가 프로토스페이서의 위치 4-6 내 A 및 주위 "YAC" 서열 (표적 A는 밑줄표시되어 있으며, 여기서 Y는 C 또는 T임)에서 가장 잘 작동한다는 것이다.
새로운 선택 서열에 대한 ABE 편집제의 진화
다음 목적은 ABE 편집제 서열 선호도를 변형시키는 것이었다. 한 ABE는 단지 Q4 정지 부위만을 표적화하였으며, A에서 G로의 복귀는 도 69에 제시된 바와 같이 관찰되었다. 결과는 또한 편집제가 단지 W15 정지 부위만을 표적화하였으며, A에서 G로의 복귀가 도 70에 제시된 바와 같이 관찰되었다는 것을 제시하였다. 서열은 클로람페니콜 활성 부위인 원래 진화 표적과는 상이하였다. 새로운 돌연변이는 동역학적으로 보다 빠른 효소를 유발할 수 있었다. 진화의 제3 라운드는 카나마이신 유전자 내 Q4 및 W15 부위를 둘 다 동시에 표적화하였다. 원래 클로람페니콜 유전자와 유사하지 않은 서열 동일성을 갖는 표적 부위 이외에, 동일한 유전자 내 2개의 부위의 교정은 보다 큰 선택 엄격도를 생성한다. 진화 #3에 사용된 주형은 2gRNA (카나마이신 내 Q4 정지 및 W15 정지를 표적화함)를 함유한 박테리아 플라스미드 pNMG-288이었다. 오류-유발 PCR은 이미 하기 돌연변이를 함유한 pNMG-288의 데아미나제 부분에 대해 수행하였다: A106V, D108N, D147Y, E155V.
진화 라운드 #3으로부터 생성된 상응하는 변이체의 포유동물 구축물을 생성하였을 때, pNMG-341 및 pNMG-340은 일반적으로 진화 #2로부터의 가장 고도로 최적화된 구축물인 pNMG-290을 능가한 것으로 발견되었다.
표 5. 예시적인 프로토스페이서 및 PAM 서열을 포함한다. 표에서 프로토스페이서 서열에 상보적인 RNA 서열은 ABE를 그 서열로 표적화하기 위해 gRNA에 사용될 것이다. 원래 Hek-2 부위에 관하여 표적 A (원래 위치 5)는 볼드체로 제시되고, 원래 Hek-2 서열과 상이한 뉴클레오티드는 밑줄표시되어 있다. 서열은 상단에서 하단으로 서열식별번호: 445-464에 상응한다.
실시예 3 - ecTadA의 A106V, D108N, D147Y 및 E155V 돌연변이를 함유하는 아데노신 염기 편집제의 진화 (진화 #3)
컨센서스 돌연변이 A106V, D108N, D147Y (pNMG-184) 및 E155V를 갖는 ecTadA 구축물을 오류-유발 PCR에 의해 돌연변이유발시키고, 생성된 ABE 라이브러리를 2개의 개별 gRNA에 의해, 카나마이신 내성을 부여하기 위해 2개의 A에서 G로의 복귀 (둘 다 조기 정지 코돈 내에 있음)를 요구하는 카나마이신 내성 유전자 내 2개의 상이한 부위로 표적화하였다. 선택의 엄격도를 증가시키기 위해 2개의 gRNA/2개의 표적 접근법을 사용하였다. 도 96-99를 참조한다. 이 진화는 하기 새로운 돌연변이를 확인시켜 주었다: L84F, H123Y 및 I157F.
박테리아 플라스미드 pNMG-288을 주형으로서 사용하고, ecTadA 내 돌연변이 (A106V_D108N_D147Y_E155V) 및 선택 플라스미드 pNMG-27- 내 정지 코돈을 표적화하도록 발현된 2개의 gRNA (Q4term + W15term)를 사용한다는 것을 제외하고는, 진화 번호 1 및 2와 유사하게 진화 #3을 수행하였다. 라이브러리를 MIC 초과의 농도의 카나마이신 상에 플레이팅하였다. 진화 #3으로부터의 가장 효율적인 염기 편집제는 돌연변이 L84F, A106V, D108N, H123Y, D147Y, E155V 및 I156F를 포함하는 2개의 ecTadA 도메인을 함유하는 pNMG-371이었다.
실시예 4 - 비-YAC 서열에서 아데닌의 편집 효율을 증가시키기 위한 아데노신 염기 편집제 ecTadA 잔기 E25, R26, R107, A142 및 A143의 진화 (진화 #4)
ecTadA의 한 유닛, XTEN 링커 및 촉매 불활성 Cas9 (dCas9)로 구성된, 진화 #2로부터의 컨센서스 돌연변이인 A106V, D108N, D147Y 및 E155V를 갖는 ecTadA 박테리아 코돈-최적화된 구축물을 ecTadA 내 부위 (예를 들어, E25, R26 R107, A142 및 A143)를 표적화하는 NNK 프라이머를 사용하여 돌연변이유발시켜 부위-포화 ABE 라이브러리를 생성하였다. ecTadA의 잔기 E25, R26, R107, A142 및 A143은 wt ecTadA 동종이량체를 갖는 tRNA 기질과 접촉하는 것으로 가설화되어 있다. NNK 프라이머의 경우, N은 A, T, C 또는 G이고, K는 G 또는 T이다. 프라이머는 돌연변이를 함유하고, 5 관심 영역에서 결합하도록 설계되며, 전장 생성물은 PCR 중첩 연장 프로토콜을 사용하여 수득되고, 이전에 오류-유발 라이브러리 조립에서 사용된 바와 같이 사용자 접합을 사용하여 조립된다. 표적화된 ecTadA의 5개 잔기는 E25, R26, R107, A142 및 A143을 포함하였다. 이 진화의 목적은 아데노신 염기 편집제의 "YAC" 서열 선호도를 변형시키는 것이었다. 진화의 이 라운드에서, 비-YAC 콘텍스트에 표적 A가 제시된 ABE의 라이브러리를 스펙티노마이신 내성 유전자에 대해 선택하였다. 도 101-123을 참조한다. 진화의 이 라운드로부터의 결과는 하기 돌연변이를 생성하였다: R26G 및 A142N.
ecTadA_2.2 데아미나제 구축물을 스펙티노마이신 내 활성 부위 잔기 (T89)를 표적화하도록 돌연변이유발시켰다. gRNA 표적화된 영역: 5'-CAATGATGACTTCTACAGCG-3' (서열식별번호: 444)는 비 "YAC" 서열에 상응한다. 표적화된 잔기 및 그의 각각의 상호작용은 표 6에 제시된다.
표 6 - 구체적으로 열거된 상호작용을 담당하는 saTadA 및 ecTadA 내 아미노산 잔기를 제시함. 진화 #4에 사용된 라이브러리의 크기는 325이며, 이는 코돈 빈도에 기초한 라이브러리의 크기이다.
ecTadA_2.2 데아미나제 주형을 갖는 NNK 라이브러리를 128, 256, 384 및 512 ug/mL 스펙티노마이신을 함유하는 플레이트로부터의 총 대략 500개의 콜로니로부터 생성하였다. 편집제 구축물을 서브-클로닝하고, 비교정 스펙티노마이신 T89I 선택 플라스미드를 갖는 S1030 내로 재형질전환시키고, 증가하는 농도의 스펙티노마이신으로 다시 챌린지하여 무작위 복귀로부터의 진양성 표현형을 명확하게 하였다. 부위 HEK-2, HEK2-3, HEK2-6, HEK2-7, HEK2-10, HEK3 및 FANCF 부위에서의 진화 #4 변이체 (NNK 라이브러리)의 편집 결과는 도 108 내지 122에 제시된다. 진화 #4 변이체는 진화 #3 변이체보다 더 잘 수행하지 않고, "YAC" 서열에 관하여 완화된 기질 특이성을 나타내지 않는다.
부위 HEK-2, HEK2-2, HEK2-3, HEK2-6, HEK2-7 및 HEK2-10 부위에 대한 진화 #4 포유동물 형질감염의 결과는 도 123에 제시된다. ecTadA 진화 라운드 #4 돌연변이는 편집 효율을 개선시키지도 않았고 기질 내성을 확장시키지도 않았다.
ecTadA 내 표적 부위의 진화에 대한 진화 #4 주형 (A106V, D108N, D147Y, E155V)이 표 7에 제공되며, 이는 확인된 개별 클론을 확인시켜 준다.
표 7: 진화 #4에서 확인된 돌연변이. 진화에 대한 주형: ecTadA (A106V, D108N, D147Y 및 E155V).
실시예 5 - ecTadA의 L84F, A106V, D108N, H123Y, D147Y, E155V 및 I157F 돌연변이를 함유하는 아데노신 염기 편집제의 진화 (진화 #5)
진화 #3으로부터의 돌연변이인 L84F, A106V, D108N, H123Y, D147Y, E155V, I157F를 함유하는 ecTadA 구축물 (pNMG-325)을 오류-유발 PCR에 의해 돌연변이유발시키고, 생성된 ABE 라이브러리를 2개의 개별 gRNA에 의해, 2개의 상이한 항생제 내성 유전자: 클로람페니콜 및 스펙티노마이신 내 2개의 상이한 유전자좌로 표적화하였다. 두 표적 서열은 비-YAC 콘텍스트에 표적 A를 함유하였다.
편집제 플라스미드는 2개의 상이한 gRNA: chlor 및 spect를 코딩하며, 이들 둘 다는 "비-YAC" 표적이다. chlor 표적 서열은 5'-TACGGCGT A GTGCACCTGGA-3' (서열식별번호: 441)이고, 위치 "9"에 표적 "A"를 갖는다. spect 표적 서열은 5'-CAATG A TGACTTCTACAGCG-3 (서열식별번호: 444)이고, 위치 "6"에 표적 "A"를 갖는다. ecTadA 진화 (진화 #5)에 사용된 ecTadA 및 dCas9를 함유하는 구축물의 개략도는 도 124에 제시된다.
라이브러리를 S1030 + 선택 플라스미드 내로 형질전환시키고, ABE를 7시간 동안 발현시킨 후에 하기 선택 배지 상에 플레이팅하였다: 128 ug/mL 클로람페니콜 (+kan/carb), 128 ug/mL 클로람페니콜, 128 ug/mL 스펙티노마이신 (+kan/carb), 128 ug/mL 클로람페니콜, 256 ug/mL 스펙티노마이신 (+kan/carb), 128 ug/mL 클로람페니콜, 384 ug/mL 스펙티노마이신 (+kan/carb). 제5 진화 #5 후에 검정된 클론의 결과는 도 125 내지 128에 제시된다. 생존하는 콜로니가 나타나 있다. 진화 #5 후에 검정된 spect 선택 클론으로부터의 앰플리콘은 도 127에 제시된다. 이중 선택 플레이트로부터 서열분석된 모든 콜로니는 출발 물질에 비해 어떤 새로운 돌연변이도 갖지 않았다.
실시예 6 - 에스. 아우레우스 TadA 내로 도입된 돌연변이의 조사.
돌연변이를 문헌 [Losey H.C., et al., "Crystal structure of Staphylococcus aureus tRNA adenosine deaminase TadA in complex with RNA," Nature Stuctural and Molecular Biology, 13, p.153-159 (2006)] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에서 공개된 결정 구조에 기초하여 에스. 아우레우스 TadA (saTadA) 내로 도입하였다. 천연 tRNA 기질에 결합된 에스. 아우레우스 TadA의 결정 구조에 기초하여, 기질의 안티코돈 루프와 H-결합 접촉하는 4개의 잔기를 돌연변이유발을 위해 선택하였다. 제1 목적은, 예를 들어 또 다른 박테리아 종 (예를 들어, 에스. 아우레우스)으로부터의 TadA를 사용함으로써 DNA 중 A에서 G로의 돌연변이를 유발할 수 있는 ABE 편집제의 또 다른 버전을 제조할 수 있는지 아닌지 여부를 결정하는 것이었다. 제2 목적은 에스. 아우레우스 편집제의 서열 특이성이 ecTadA 편집제와 유사하거나 상이한지 여부를 결정하는 것이었다. 제3 목적은 에스. 아우레우스 ABE 편집제의 편집 효율이 이. 콜라이 ABE 편집제와 비교하여 개선되는지 여부를 시험하는 것이었다. 간단히, 돌연변이 D104N, D103A, G22P 및 S138A를 saTadA에서 만들었다. 표 4 내 구축물 pNMG-345-350을 참조한다. 부위 HEK-2, HEK2-1, HEK2-2, HEK2-3, HEK2-4, HEK2-6, HEK2-9, HEK2-10, HEK3, RNF2 및 FANCF 부위에서의 염기 편집의 편집 결과는 도 129 내지 139에 제시된다. 이들 도면은 ecTadA에서 확인된 돌연변이가 에스. 아우레우스 TadA (saTadA)에서 만들어져 DNA 중 아데닌을 탈아미노화하는 saTadA의 능력이 부여될 수 있다는 것을 보여준다. 도면은 또한 YAC 서열 선호도가 ecTadA에 대한 것처럼 saTadA에 대해 유사하다는 것을 보여준다.
실시예 7 - ecTadA 동종이량체 대 이종이량체 및 아데노신 염기 편집제의 링커 길이의 시험.
다양한 링커 길이 및 아데노신 데아미나제 (예를 들어, 야생형 ecTadA 및/또는 돌연변이체 ecTadA 도메인) 도메인의 다양한 조합을 시험하기 위해 아데노신 염기 편집제 구축물을 생성하였다. 각각의 구축물에 대해 표적 A를 G로 돌연변이시키는 효율을 시험하였다. 예를 들어, 구축물 pNMG 492-500 및 pNMG-513-518을 세포의 DNA 중 A에서 G로의 돌연변이 생성 능력에 대해 시험하였다. 구축물 pNMG 492-500 및 pNMG-513-551의 정체는 표 4에 제시된다. 이들 시험의 결과는, 예를 들어 도 141-149에 제시된다. 추가로, 염기 편집제의 아데노신 데아미나제 내의 아르기닌 잔기를 돌연변이시켜 이들이 표적 서열 특이성, 예를 들어 시험된 5'-YAC-3' 서열 (여기서 Y는 C 또는 T임)의 부분이 아닌 A를 돌연변이시키는 능력에 영향을 미치는지 여부를 결정하였다. 이들 시험의 결과는, 예를 들어 도 141에 제시된다.
표 8: sgRNA 플라스미드 키. 하기 플라스미드 키는 sgRNA 서열의 프로토스페이서 서열을 함유하고, 참조 플라스미드 번호 및 부위를 확인시켜 준다. 프로토스페이서 서열의 경우, T는 gRNA 내 U이다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 gRNA 중 임의의 것은 표 8 내 프로토스페이서 서열 (여기서 T는 U임) 중 임의의 것을 포함한다.
실시예 8 - 상위 돌연변이를 제거하기 위해 뉴클레오티드 교환 및 절제 기술 (NExT)을 사용하는 DNA 셔플링, 진화 #6.
보다 효율적인 아데노신 염기 편집제를 생성하고 잠재적 상위 돌연변이를 제거하기 위해 진화 4, 5a, 5b 및 2로부터의 구축물을 뉴클레오티드 교환 및 절제 기술 (NExT)을 사용하는 DNA 셔플 실험에 적용하였다. DNA 셔플링의 개략적 표현은 도 150 및 151에 제시된다. 간략하게, DNA 셔플 라이브러리를 생성하였다. NExT 셔플 및 사용자 조립을 10B 세포 내로 형질전환시켰다. 단리된 DNA 셔플 라이브러리를 선택 플라스미드를 갖는 S1030 내로 형질전환시켰다. 아데노신 염기 편집제 유도 7시간 후에 저 chlor, 고 chlor, 고 spect, 및 chlor 플러스 spect를 포함한 4개의 상이한 선택 선택 조건을 사용하여 플레이팅을 수행하였다. 인큐베이션을 37℃에서 48시간 동안 수행한 다음, 생존자에 대해 콜로니 PCR을 수행하였다. 도 150 및 151을 참조한다.
진화 #6으로부터 수득된 클론의 서열 동일성은 도 152 및 153에 제시된다. 돌연변이는 서열식별번호: 1에 대해 주어진다. 도 154는 진화 #6으로부터 유래된 염기 편집제의 개략적 표현을 함유한다. 진화 # 6은 서열식별번호: 1에 대해 P48에서의 돌연변이 (예를 들어, P48T, P48S 및 P48A) 및 A142에서의 돌연변이 (예를 들어, A142N)를 확인하였다. 이들 돌연변이는 DNA 중 A 잔기를 G로 돌연변이시키는 염기 편집제의 효율을 개선시켰다. 예를 들어, 도 155-158에서의 실험 결과를 참조한다.
실시예 9 - 다중 A 부위를 효율적으로 편집하기 위한 아데노신 염기 편집제의 진화, 진화 #7.
다중 A 잔기를 함유하는 부위 (예를 들어, 5'-AAA-3' 서열) 내 A를 편집하는데 보다 효율적인 염기 편집제를 생성하기 위해, 다중-A 부위를 편집할 수 있는 염기 편집제를 진화시켰다. 항생제 (kan) 내성이 되는 세포의 능력을 부여하는 2개의 점 돌연변이를 교정할 수 있는 진화된 염기 편집제를 확인함으로써 진화를 수행하였다. 예를 들어, 도 163-165를 참조한다. 다중-A 부위에서의 A를 편집하는 염기 편집 효율 및/또는 능력을 개선시키는 돌연변이는 도 164에 제시되며, 여기서 돌연변이는 서열식별번호: 1에 대해 확인된다. 진화 # 7은 서열식별번호: 1에 대해 W23에서의 돌연변이 (예를 들어, W23R 및 W23L) 및 R152에서의 돌연변이 (예를 들어, R152P 및 R152H)를 확인하였다. 다양한 표적 서열에 대한 선택된 아데노신 염기 편집제 구축물의 염기 편집 효율의 요약은 도 179-186에 제시된다. 표 9 및 10은 박테리아 선택 플라스미드 데이터를 함유한다.
표 9 - 박테리아 선택 플라스미드 데이터.
표 10 - 박테리아 선택 플라스미드 데이터
실시예 10 - Cas9 변이체 서열
본 개시내용은 Cas9 변이체, 예를 들어 1개 이상의 돌연변이 (예를 들어, dCas9 또는 Cas9 니카제를 생성하기 위한 것)를 포함할 수 있는 1종 이상의 유기체로부터의 Cas9 단백질을 제공한다. 일부 실시양태에서, 하기 별표에 의해 확인되는, Cas9 단백질의 아미노산 잔기 중 1개 이상이 돌연변이될 수 있다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 52에 제공된 아미노산 서열의 D10 및/또는 H840 잔기, 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이가 돌연변이된다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 52에 제공된 아미노산 서열의 D10 잔기, 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이는 D를 제외한 임의의 아미노산 잔기로 돌연변이된다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 52에 제공된 아미노산 서열의 D10 잔기, 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이는 A로 돌연변이된다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 52에 제공된 아미노산 서열의 H840 잔기, 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 잔기는 H이다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 52에 제공된 아미노산 서열의 H840 잔기, 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이는 H를 제외한 임의의 아미노산 잔기로 돌연변이된다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 52에 제공된 아미노산 서열의 H840 잔기, 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 돌연변이는 A로 돌연변이된다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 52에 제공된 아미노산 서열의 D10 잔기, 또는 서열식별번호: 108-357에 제공된 아미노산 서열 중 임의의 것에서의 상응하는 잔기는 D이다.
다양한 종으로부터의 다수의 Cas9 서열을 정렬시켜, 서열식별번호: 52 또는 서열식별번호: 108의 D10 및 H840의 상응하는 상동 아미노산 잔기가 다른 Cas9 단백질에서 확인되어 상동 아미노산 잔기의 상응하는 돌연변이를 갖는 Cas9 변이체의 생성을 허용할 수 있는지 여부를 결정하였다. 정렬은 NCBI 제약-기반 다중 정렬 도구 (COBALT (st-va.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt에서 접근가능함))를 사용하여 하기 파라미터로 수행하였다. 정렬 파라미터: 갭 페널티 -11,-1; 엔드-갭 페널티 -5,-1. CDD 파라미터: RPS BLAST 사용; 블라스트 E-값 0.003; 보존된 칼럼 발견 및 리컴퓨팅. 쿼리 클러스터링 파라미터: 쿼리 클러스터 사용; 워드 크기 4; 최대 클러스터 거리 0.8; 알파벳 규칙적.
4개의 Cas9 서열의 예시적인 정렬이 하기에 제공된다. 정렬에서의 Cas9 서열은 다음과 같다: 서열 1 (S1): 서열식별번호: 108 | WP_010922251| gi 499224711 | 유형 II CRISPR RNA-가이드 엔도뉴클레아제 Cas9 [스트렙토코쿠스 피오게네스]; 서열 2 (S2): 서열식별번호: 109 | WP_039695303 | gi 746743737 | 유형 II CRISPR RNA-가이드 엔도뉴클레아제 Cas9 [스트렙토코쿠스 갈롤리티쿠스]; 서열 3 (S3): 서열식별번호: 110 | WP_045635197 | gi 782887988 | 유형 II CRISPR RNA-가이드 엔도뉴클레아제 Cas9 [스트렙토코쿠스 미티스]; 서열 4 (S4): 서열식별번호: 111 | 5AXW_A | gi 924443546 | 스타필로코쿠스 아우레우스 Cas9. HNH 도메인 (볼드체 및 밑줄표시) 및 RuvC 도메인 (박스표시)이 각각의 4개의 서열에 대해 확인된다. S1에서의 아미노산 잔기 10 및 840 및 정렬된 서열에서의 상동 아미노산은 하기 각각의 아미노산 잔기에서 별표로 확인된다.
정렬은 참조 Cas9 아미노산 서열 또는 아미노산 잔기에 상동인 아미노산 서열 및 아미노산 잔기가, 관련 기술분야에 공지된 정렬 프로그램 및 알고리즘을 사용하여 참조 서열 또는 참조 잔기와 정렬되는 아미노산 서열 또는 잔기를 확인함으로써, 상이한 종으로부터의 Cas9 서열을 포함하나 이에 제한되지 않는 Cas9 서열 변이체에 걸쳐 확인될 수 있다는 것을 입증한다. 본 개시내용은 서열식별번호: 108-111에서 별표에 의해 확인되는 아미노산 잔기 중 1개 이상 (예를 들어, 각각 S1, S2, S3 및 S4)이 본원에 기재된 바와 같이 돌연변이된 Cas9 변이체를 제공한다. 서열식별번호: 108-111에서 별표에 의해 확인되는 잔기에 상응하는 서열식별번호: 52의 Cas9에서의 잔기 D10 및 H840은 본원에서 "상동" 또는 "상응하는" 잔기로 지칭된다. 이러한 상동 잔기는, 예를 들어 상기 기재된 바와 같은 서열 정렬에 의해, 및 참조 서열 또는 잔기와 정렬되는 서열 또는 잔기를 확인함으로써 확인될 수 있다. 유사하게, 본원에서 서열식별번호: 52에서 확인되는 돌연변이, 예를 들어 서열식별번호: 52에서의 잔기 10 및 840의 돌연변이에 상응하는 Cas9 서열에서의 돌연변이는 본원에서 "상동" 또는 "상응하는" 돌연변이로 지칭된다. 예를 들어, 상기 4개의 정렬된 서열에 대해 서열식별번호: 52 또는 S1 (서열식별번호: 108)에서의 D10A 돌연변이에 상응하는 돌연변이는 S2에 대해 D11A, S3에 대해 D10A, 및 S4에 대해 D13A이고; 서열식별번호: 52 또는 S1 (서열식별번호: 108)에서의 H840A에 대한 상응하는 돌연변이는 S2에 대해 H850A, S3에 대해 H842A, 및 S4에 대해 H560A이다.
상이한 종으로부터의 총 250개의 Cas9 서열 (서열식별번호: 108-357)을 상기 약술된 동일한 알고리즘 및 정렬 파라미터를 사용하여 정렬시켰다. 서열식별번호: 52의 잔기 10 및 840에 상동인 아미노산 잔기를 상기 약술된 것과 동일한 방식으로 확인하였다. 정렬은 하기에 제공된다. HNH 도메인 (볼드체 및 밑줄표시) 및 RuvC 도메인 (박스표시)이 각각의 4개의 서열에 대해 확인된다. 서열식별번호: 52에서의 아미노산 잔기 10 및 840에 상응하는 단일 잔기는 정렬에서의 서열식별번호: 108에서 박스표시되어 있으며, 이는 정렬된 서열에서의 상응하는 아미노산 잔기를 확인시켜 준다.
등가물 및 범주, 참고문헌에 의한 포함
관련 기술분야의 통상의 기술자는 상용 실험에 지나지 않는 것을 사용하여, 본원에 기재된 본 발명의 구체적 실시양태에 대한 많은 등가물을 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 본 발명의 범주는 상기 설명에 제한되도록 의도된 것은 아니며, 오히려 첨부된 청구범위에 제시된 바와 같다.
청구범위에서 단수표현은 달리 나타내지 않는 한 또는 달리 문맥으로부터 명백하지 않는 한 하나 또는 하나 초과를 의미할 수 있다. 군의 하나 이상의 구성원들 사이에 "또는"을 포함하는 청구범위 또는 설명은 달리 나타내지 않는 한 또는 달리 문맥으로부터 명백하지 않는 한 군 구성원 중 하나, 하나 초과 또는 모두가 주어진 생성물 또는 공정에 존재하거나, 그에 사용되거나, 또는 그와 달리 관련되어 있는 경우에 충족된 것으로 간주된다. 본 발명은 군의 정확하게 하나의 구성원이 주어진 생성물 또는 공정에 존재하거나, 그에 사용되거나, 또는 그와 달리 관련되어 있는 실시양태를 포함한다. 본 발명은 또한 군 구성원의 하나 초과 또는 모두가 주어진 생성물 또는 공정에 존재하거나, 그에 사용되거나, 또는 그와 달리 관련되어 있는 실시양태를 포함한다.
추가로, 본 발명은 하나 이상의 청구항 또는 명세서의 관련 부분으로부터의 하나 이상의 제한, 요소, 절, 서술적 용어 등이 또 다른 청구항 내에 도입되는 모든 변동, 조합 및 순열을 포괄하는 것으로 이해될 것이다. 예를 들어, 또 다른 청구항에 대해 종속항인 임의의 청구항은 동일 기반 청구항에 대해 종속항인 임의의 다른 청구항에서 발견되는 하나 이상의 제한을 포함하도록 변형될 수 있다. 추가로, 청구항이 조성물을 인용하는 경우에, 달리 나타내지 않거나 또는 모순 또는 불일치가 발생할 것임이 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 분명하지 않는 한, 본원에 개시된 임의의 목적을 위해 상기 조성물을 사용하는 방법이 포함되고, 본원에 개시된 임의의 제조 방법 또는 관련 기술분야에 공지된 다른 방법에 따라 상기 조성물을 제조하는 방법이 포함되는 것으로 이해될 것이다.
요소들이, 예를 들어 마쿠쉬 군 포맷의 목록으로서 제시되는 경우에, 요소의 각각의 하위군이 또한 개시되고, 임의의 요소(들)가 이러한 군으로부터 제거될 수 있는 것으로 이해될 것이다. 또한 용어 "포함하는"은 개방된 것을 의도하고 추가의 요소 또는 단계의 포함을 허용한다는 것에 주의한다. 일반적으로, 본 발명 또는 본 발명의 측면이 특정한 요소, 특색, 단계 등을 포함하는 것으로 언급된 경우, 본 발명 또는 본 발명의 측면의 특정 실시양태가 그러한 요소, 특색, 단계 등으로 이루어지거나 본질적으로 이루어지는 것으로 이해되어야 한다. 단순성의 목적을 위해, 그 실시양태는 본원에 구체적으로 제시되지 않았다. 따라서, 하나 이상의 요소, 특색, 단계 등을 포함하는 본 발명의 각각의 실시양태에 대해, 본 발명은 또한 그 요소, 특색, 단계 등으로 이루어지거나 본질적으로 이루어지는 실시양태를 제공한다.
범위가 주어진 경우, 종점들이 포함된다. 추가로, 달리 나타내지 않는 한 또는 달리 문맥 및/또는 관련 기술분야의 통상의 기술자의 이해로부터 명백하지 않는 한, 범위로서 표현된 값은 문맥이 달리 명백하게 지시하지 않는 한 본 발명의 다른 실시양태에서 언급된 범위 내에 있는 임의의 특정 값을 상기 범위의 하한치의 단위의 10분의 1로 취할 수 있는 것으로 이해될 것이다. 달리 나타내지 않는 한 또는 달리 문맥 및/또는 관련 기술분야의 통상의 기술자의 이해로부터 명백하지 않는 한, 범위로서 표현된 값은 주어진 범위 내에 있는 임의의 하위범위를 취할 수 있고, 여기서 하위범위의 종점은 상기 범위의 하한치의 단위의 10분의 1과 동일한 정도의 정확도로 표현되는 것으로 또한 이해될 것이다.
추가로, 본 발명의 임의의 특정한 실시양태는 어느 하나 이상의 청구항으로부터 명백하게 배제될 수 있는 것으로 이해될 것이다. 범위가 주어지는 경우에, 범위 내에 있는 임의의 값은 어느 하나 이상의 청구항으로부터 명백하게 배제될 수 있다. 본 발명의 조성물 및/또는 방법의 임의의 실시양태, 요소, 특색, 적용 또는 측면은 어느 하나 이상의 청구항으로부터 배제될 수 있다. 간결성의 목적을 위해, 하나 이상의 요소, 특색, 목적 또는 측면이 배제된 모든 실시양태는 본원에 명백하게 제시되지 않는다.
상기 열거된 항목을 포함한, 본원에 언급된 모든 공개물, 특허 및 서열 데이터베이스 목록은 마치 각각의 개별 공개물 또는 특허가 특이적으로 및 개별적으로 참조로 포함되는 것으로 나타내어진 바와 같이 그 전문이 본원에 참조로 포함된다. 상충되는 경우에, 본원의 임의의 정의를 포함하여 본 출원이 우선할 것이다.
SEQUENCE LISTING
<110> PRESIDENT AND FELLOWS OF HARVARD COLLEGE
<120> ADENOSINE NUCLEOBASE EDITORS AND USES THEREOF
<130> H0824.70244WO00
<140> Not Yet Assigned
<141> 2017-08-03
<150> US 62/370,684
<151> 2016-08-03
<150> US 62/454,035
<151> 2017-02-02
<150> US 62/473,714
<151> 2017-03-20
<160> 5526
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 167
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 1
Met Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu
1 5 10 15
Thr Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala
20 25 30
Val Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro
35 40 45
Ile Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg
50 55 60
Gln Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu
65 70 75 80
Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His
85 90 95
Ser Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly
100 105 110
Ala Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His
115 120 125
Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu
130 135 140
Leu Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys
145 150 155 160
Lys Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
<210> 2
<211> 8
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 2
Ser Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser
1 5
<210> 3
<211> 84
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 3
Met Thr Asn Leu Ser Asp Ile Ile Glu Lys Glu Thr Gly Lys Gln Leu
1 5 10 15
Val Ile Gln Glu Ser Ile Leu Met Leu Pro Glu Glu Val Glu Glu Val
20 25 30
Ile Gly Asn Lys Pro Glu Ser Asp Ile Leu Val His Thr Ala Tyr Asp
35 40 45
Glu Ser Thr Asp Glu Asn Val Met Leu Leu Thr Ser Asp Ala Pro Glu
50 55 60
Tyr Lys Pro Trp Ala Leu Val Ile Gln Asp Ser Asn Gly Glu Asn Lys
65 70 75 80
Ile Lys Met Leu
<210> 4
<211> 7
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 4
Pro Lys Lys Lys Arg Lys Val
1 5
<210> 5
<211> 30
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 5
Met Asp Ser Leu Leu Met Asn Arg Arg Lys Phe Leu Tyr Gln Phe Lys
1 5 10 15
Asn Val Arg Trp Ala Lys Gly Arg Arg Glu Thr Tyr Leu Cys
20 25 30
<210> 6
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 6
gaacacaaag catagactgc ggg 23
<210> 7
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 7
gaacacaaag catagactgc tgg 23
<210> 8
<211> 160
<212> PRT
<213> Staphylococcus aureus
<400> 8
Met Gly Ser His Met Thr Asn Asp Ile Tyr Phe Met Thr Leu Ala Ile
1 5 10 15
Glu Glu Ala Lys Lys Ala Ala Gln Leu Gly Glu Val Pro Ile Gly Ala
20 25 30
Ile Ile Thr Lys Asp Asp Glu Val Ile Ala Arg Ala His Asn Leu Arg
35 40 45
Glu Thr Leu Gln Gln Pro Thr Ala His Ala Glu His Ile Ala Ile Glu
50 55 60
Arg Ala Ala Lys Val Leu Gly Ser Trp Arg Leu Glu Gly Cys Thr Leu
65 70 75 80
Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Thr Ile Val Met
85 90 95
Ser Arg Ile Pro Arg Val Val Tyr Gly Ala Asp Asp Pro Lys Gly Gly
100 105 110
Cys Ser Gly Ser Leu Met Asn Leu Leu Gln Gln Ser Asn Phe Asn His
115 120 125
Arg Ala Ile Val Asp Lys Gly Val Leu Lys Glu Ala Cys Ser Thr Leu
130 135 140
Leu Thr Thr Phe Phe Lys Asn Leu Arg Ala Asn Lys Lys Ser Thr Asn
145 150 155 160
<210> 9
<211> 161
<212> PRT
<213> Bacillus subtilis
<400> 9
Met Thr Gln Asp Glu Leu Tyr Met Lys Glu Ala Ile Lys Glu Ala Lys
1 5 10 15
Lys Ala Glu Glu Lys Gly Glu Val Pro Ile Gly Ala Val Leu Val Ile
20 25 30
Asn Gly Glu Ile Ile Ala Arg Ala His Asn Leu Arg Glu Thr Glu Gln
35 40 45
Arg Ser Ile Ala His Ala Glu Met Leu Val Ile Asp Glu Ala Cys Lys
50 55 60
Ala Leu Gly Thr Trp Arg Leu Glu Gly Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu
65 70 75 80
Glu Pro Cys Pro Met Cys Ala Gly Ala Val Val Leu Ser Arg Val Glu
85 90 95
Lys Val Val Phe Gly Ala Phe Asp Pro Lys Gly Gly Cys Ser Gly Thr
100 105 110
Leu Met Asn Leu Leu Gln Glu Glu Arg Phe Asn His Gln Ala Glu Val
115 120 125
Val Ser Gly Val Leu Glu Glu Glu Cys Gly Gly Met Leu Ser Ala Phe
130 135 140
Phe Arg Glu Leu Arg Lys Lys Lys Lys Ala Ala Arg Lys Asn Leu Ser
145 150 155 160
Glu
<210> 10
<211> 16
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 10
Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser
1 5 10 15
<210> 11
<211> 1561
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 11
Met Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu
1 5 10 15
Thr Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala
20 25 30
Val Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro
35 40 45
Ile Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg
50 55 60
Gln Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu
65 70 75 80
Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His
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Tyr Val Asn Phe Leu Tyr Leu Ala Ser His Tyr Glu Lys Leu Lys
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Gly Ser Pro Glu Asp Asn Glu Gln Lys Gln Leu Phe Val Glu Gln
1430 1435 1440
His Lys His Tyr Leu Asp Glu Ile Ile Glu Gln Ile Ser Glu Phe
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Ser Lys Arg Val Ile Leu Ala Asp Ala Asn Leu Asp Lys Val Leu
1460 1465 1470
Ser Ala Tyr Asn Lys His Arg Asp Lys Pro Ile Arg Glu Gln Ala
1475 1480 1485
Glu Asn Ile Ile His Leu Phe Thr Leu Thr Asn Leu Gly Ala Pro
1490 1495 1500
Ala Ala Phe Lys Tyr Phe Asp Thr Thr Ile Asp Arg Lys Arg Tyr
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Thr Ser Thr Lys Glu Val Leu Asp Ala Thr Leu Ile His Gln Ser
1520 1525 1530
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Gly Asp Ser Gly Gly Ser Asp Leu Ala Ser Leu Arg Ala Gln Gln
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
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<211> 1550
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<220>
<221> misc_feature
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<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
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Glu Arg His Pro Ile Phe Gly Asn Ile Val Asp Glu Val Ala Tyr His
115 120 125
Glu Lys Tyr Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Lys Lys Leu Val Asp Ser
130 135 140
Thr Asp Lys Ala Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu Ala His Met
145 150 155 160
Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Asp Leu Asn Pro Asp
165 170 175
Asn Ser Asp Val Asp Lys Leu Phe Ile Gln Leu Val Gln Thr Tyr Asn
180 185 190
Gln Leu Phe Glu Glu Asn Pro Ile Asn Ala Ser Gly Val Asp Ala Lys
195 200 205
Ala Ile Leu Ser Ala Arg Leu Ser Lys Ser Arg Arg Leu Glu Asn Leu
210 215 220
Ile Ala Gln Leu Pro Gly Glu Lys Lys Asn Gly Leu Phe Gly Asn Leu
225 230 235 240
Ile Ala Leu Ser Leu Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe Asp
245 250 255
Leu Ala Glu Asp Ala Lys Leu Gln Leu Ser Lys Asp Thr Tyr Asp Asp
260 265 270
Asp Leu Asp Asn Leu Leu Ala Gln Ile Gly Asp Gln Tyr Ala Asp Leu
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Phe Leu Ala Ala Lys Asn Leu Ser Asp Ala Ile Leu Leu Ser Asp Ile
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Leu Arg Val Asn Thr Glu Ile Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala Ser Met
305 310 315 320
Ile Lys Arg Tyr Asp Glu His His Gln Asp Leu Thr Leu Leu Lys Ala
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Leu Val Arg Gln Gln Leu Pro Glu Lys Tyr Lys Glu Ile Phe Phe Asp
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Gln Ser Lys Asn Gly Tyr Ala Gly Tyr Ile Asp Gly Gly Ala Ser Gln
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Glu Glu Phe Tyr Lys Phe Ile Lys Pro Ile Leu Glu Lys Met Asp Gly
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Lys Asp Asn Arg Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile Pro
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485 490 495
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Gln Ser Gly Lys Thr Ile Leu Asp Phe Leu Lys Ser Asp Gly Phe Ala
675 680 685
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690 695 700
Glu Asp Ile Gln Lys Ala Gln Val Ser Gly Gln Gly Asp Ser Leu His
705 710 715 720
Glu His Ile Ala Asn Leu Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys Gly Ile
725 730 735
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755 760 765
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Gly Gly Gly Ser
1
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
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Gly Gly Gly Gly Ser
1 5
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<211> 5
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 45
ggaatccctt ctgcagcacc tgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 46
gagtccgagc agaagaagaa ggg 23
<210> 47
<211> 4104
<212> DNA
<213> Streptococcus pyogenes
<400> 47
atggataaga aatactcaat aggcttagat atcggcacaa atagcgtcgg atgggcggtg 60
atcactgatg attataaggt tccgtctaaa aagttcaagg ttctgggaaa tacagaccgc 120
cacagtatca aaaaaaatct tataggggct cttttatttg gcagtggaga gacagcggaa 180
gcgactcgtc tcaaacggac agctcgtaga aggtatacac gtcggaagaa tcgtatttgt 240
tatctacagg agattttttc aaatgagatg gcgaaagtag atgatagttt ctttcatcga 300
cttgaagagt cttttttggt ggaagaagac aagaagcatg aacgtcatcc tatttttgga 360
aatatagtag atgaagttgc ttatcatgag aaatatccaa ctatctatca tctgcgaaaa 420
aaattggcag attctactga taaagcggat ttgcgcttaa tctatttggc cttagcgcat 480
atgattaagt ttcgtggtca ttttttgatt gagggagatt taaatcctga taatagtgat 540
gtggacaaac tatttatcca gttggtacaa atctacaatc aattatttga agaaaaccct 600
attaacgcaa gtagagtaga tgctaaagcg attctttctg cacgattgag taaatcaaga 660
cgattagaaa atctcattgc tcagctcccc ggtgagaaga gaaatggctt gtttgggaat 720
ctcattgctt tgtcattggg attgacccct aattttaaat caaattttga tttggcagaa 780
gatgctaaat tacagctttc aaaagatact tacgatgatg atttagataa tttattggcg 840
caaattggag atcaatatgc tgatttgttt ttggcagcta agaatttatc agatgctatt 900
ttactttcag atatcctaag agtaaatagt gaaataacta aggctcccct atcagcttca 960
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caacaacttc cagaaaagta taaagaaatc ttttttgatc aatcaaaaaa cggatatgca 1080
ggttatattg atgggggagc tagccaagaa gaattttata aatttatcaa accaatttta 1140
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gttaagcaat taaaagaaga ttatttcaaa aaaatagaat gttttgatag tgttgaaatt 1740
tcaggagttg aagatagatt taatgcttca ttaggcgcct accatgattt gctaaaaatt 1800
attaaagata aagatttttt ggataatgaa gaaaatgaag atatcttaga ggatattgtt 1860
ttaacattga ccttatttga agataggggg atgattgagg aaagacttaa aacatatgct 1920
cacctctttg atgataaggt gatgaaacag cttaaacgtc gccgttatac tggttgggga 1980
cgtttgtctc gaaaattgat taatggtatt agggataagc aatctggcaa aacaatatta 2040
gattttttga aatcagatgg ttttgccaat cgcaatttta tgcagctgat ccatgatgat 2100
agtttgacat ttaaagaaga tattcaaaaa gcacaggtgt ctggacaagg ccatagttta 2160
catgaacaga ttgctaactt agctggcagt cctgctatta aaaaaggtat tttacagact 2220
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gaaatggcac gtgaaaatca gacaactcaa aagggccaga aaaattcgcg agagcgtatg 2340
aaacgaatcg aagaaggtat caaagaatta ggaagtcaga ttcttaaaga gcatcctgtt 2400
gaaaatactc aattgcaaaa tgaaaagctc tatctctatt atctacaaaa tggaagagac 2460
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tattggagac aacttctaaa cgccaagtta atcactcaac gtaagtttga taatttaacg 2700
aaagctgaac gtggaggttt gagtgaactt gataaagctg gttttatcaa acgccaattg 2760
gttgaaactc gccaaatcac taagcatgtg gcacaaattt tggatagtcg catgaatact 2820
aaatacgatg aaaatgataa acttattcga gaggttaaag tgattacctt aaaatctaaa 2880
ttagtttctg acttccgaaa agatttccaa ttctataaag tacgtgagat taacaattac 2940
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ccaaaacttg aatcggagtt tgtctatggt gattataaag tttatgatgt tcgtaaaatg 3060
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atcatgaact tcttcaaaac agaaattaca cttgcaaatg gagagattcg caaacgccct 3180
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cgtaaaaaag actgggatcc aaaaaaatat ggtggttttg atagtccaac ggtagcttat 3420
tcagtcctag tggttgctaa ggtggaaaaa gggaaatcga agaagttaaa atccgttaaa 3480
gagttactag ggatcacaat tatggaaaga agttcctttg aaaaaaatcc gattgacttt 3540
ttagaagcta aaggatataa ggaagttaaa aaagacttaa tcattaaact acctaaatat 3600
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aaaggaaatg agctggctct gccaagcaaa tatgtgaatt ttttatattt agctagtcat 3720
tatgaaaagt tgaagggtag tccagaagat aacgaacaaa aacaattgtt tgtggagcag 3780
cataagcatt atttagatga gattattgag caaatcagtg aattttctaa gcgtgttatt 3840
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atacgtgaac aagcagaaaa tattattcat ttatttacgt tgacgaatct tggagctccc 3960
gctgctttta aatattttga tacaacaatt gatcgtaaac gatatacgtc tacaaaagaa 4020
gttttagatg ccactcttat ccatcaatcc atcactggtc tttatgaaac acgcattgat 4080
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<210> 48
<211> 1367
<212> PRT
<213> Streptococcus pyogenes
<400> 48
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Lys Val Leu Gly Asn Thr Asp Arg His Ser Ile Lys Lys Asn Leu Ile
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Tyr Leu Gln Glu Ile Phe Ser Asn Glu Met Ala Lys Val Asp Asp Ser
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Phe Phe His Arg Leu Glu Glu Ser Phe Leu Val Glu Glu Asp Lys Lys
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His Glu Lys Tyr Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Lys Lys Leu Ala Asp
130 135 140
Ser Thr Asp Lys Ala Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu Ala His
145 150 155 160
Met Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Asp Leu Asn Pro
165 170 175
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Asn Gln Leu Phe Glu Glu Asn Pro Ile Asn Ala Ser Arg Val Asp Ala
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Lys Ala Ile Leu Ser Ala Arg Leu Ser Lys Ser Arg Arg Leu Glu Asn
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Leu Ile Ala Gln Leu Pro Gly Glu Lys Arg Asn Gly Leu Phe Gly Asn
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Leu Ile Ala Leu Ser Leu Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe
245 250 255
Asp Leu Ala Glu Asp Ala Lys Leu Gln Leu Ser Lys Asp Thr Tyr Asp
260 265 270
Asp Asp Leu Asp Asn Leu Leu Ala Gln Ile Gly Asp Gln Tyr Ala Asp
275 280 285
Leu Phe Leu Ala Ala Lys Asn Leu Ser Asp Ala Ile Leu Leu Ser Asp
290 295 300
Ile Leu Arg Val Asn Ser Glu Ile Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala Ser
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Met Ile Lys Arg Tyr Asp Glu His His Gln Asp Leu Thr Leu Leu Lys
325 330 335
Ala Leu Val Arg Gln Gln Leu Pro Glu Lys Tyr Lys Glu Ile Phe Phe
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Gly Glu Leu His Ala Ile Leu Arg Arg Gln Glu Asp Phe Tyr Pro Phe
420 425 430
Leu Lys Asp Asn Arg Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile
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Asn Ser Asp Lys Leu Ile Ala Arg Lys Lys Asp Trp Asp Pro Lys
1115 1120 1125
Lys Tyr Gly Gly Phe Asp Ser Pro Thr Val Ala Tyr Ser Val Leu
1130 1135 1140
Val Val Ala Lys Val Glu Lys Gly Lys Ser Lys Lys Leu Lys Ser
1145 1150 1155
Val Lys Glu Leu Leu Gly Ile Thr Ile Met Glu Arg Ser Ser Phe
1160 1165 1170
Glu Lys Asn Pro Ile Asp Phe Leu Glu Ala Lys Gly Tyr Lys Glu
1175 1180 1185
Val Lys Lys Asp Leu Ile Ile Lys Leu Pro Lys Tyr Ser Leu Phe
1190 1195 1200
Glu Leu Glu Asn Gly Arg Lys Arg Met Leu Ala Ser Ala Gly Glu
1205 1210 1215
Leu Gln Lys Gly Asn Glu Leu Ala Leu Pro Ser Lys Tyr Val Asn
1220 1225 1230
Phe Leu Tyr Leu Ala Ser His Tyr Glu Lys Leu Lys Gly Ser Pro
1235 1240 1245
Glu Asp Asn Glu Gln Lys Gln Leu Phe Val Glu Gln His Lys His
1250 1255 1260
Tyr Leu Asp Glu Ile Ile Glu Gln Ile Ser Glu Phe Ser Lys Arg
1265 1270 1275
Val Ile Leu Ala Asp Ala Asn Leu Asp Lys Val Leu Ser Ala Tyr
1280 1285 1290
Asn Lys His Arg Asp Lys Pro Ile Arg Glu Gln Ala Glu Asn Ile
1295 1300 1305
Ile His Leu Phe Thr Leu Thr Asn Leu Gly Ala Pro Ala Ala Phe
1310 1315 1320
Lys Tyr Phe Asp Thr Thr Ile Asp Arg Lys Arg Tyr Thr Ser Thr
1325 1330 1335
Lys Glu Val Leu Asp Ala Thr Leu Ile His Gln Ser Ile Thr Gly
1340 1345 1350
Leu Tyr Glu Thr Arg Ile Asp Leu Ser Gln Leu Gly Gly Asp
1355 1360 1365
<210> 49
<211> 4212
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 49
atggataaaa agtattctat tggtttagac atcggcacta attccgttgg atgggctgtc 60
ataaccgatg aatacaaagt accttcaaag aaatttaagg tgttggggaa cacagaccgt 120
cattcgatta aaaagaatct tatcggtgcc ctcctattcg atagtggcga aacggcagag 180
gcgactcgcc tgaaacgaac cgctcggaga aggtatacac gtcgcaagaa ccgaatatgt 240
tacttacaag aaatttttag caatgagatg gccaaagttg acgattcttt ctttcaccgt 300
ttggaagagt ccttccttgt cgaagaggac aagaaacatg aacggcaccc catctttgga 360
aacatagtag atgaggtggc atatcatgaa aagtacccaa cgatttatca cctcagaaaa 420
aagctagttg actcaactga taaagcggac ctgaggttaa tctacttggc tcttgcccat 480
atgataaagt tccgtgggca ctttctcatt gagggtgatc taaatccgga caactcggat 540
gtcgacaaac tgttcatcca gttagtacaa acctataatc agttgtttga agagaaccct 600
ataaatgcaa gtggcgtgga tgcgaaggct attcttagcg cccgcctctc taaatcccga 660
cggctagaaa acctgatcgc acaattaccc ggagagaaga aaaatgggtt gttcggtaac 720
cttatagcgc tctcactagg cctgacacca aattttaagt cgaacttcga cttagctgaa 780
gatgccaaat tgcagcttag taaggacacg tacgatgacg atctcgacaa tctactggca 840
caaattggag atcagtatgc ggacttattt ttggctgcca aaaaccttag cgatgcaatc 900
ctcctatctg acatactgag agttaatact gagattacca aggcgccgtt atccgcttca 960
atgatcaaaa ggtacgatga acatcaccaa gacttgacac ttctcaaggc cctagtccgt 1020
cagcaactgc ctgagaaata taaggaaata ttctttgatc agtcgaaaaa cgggtacgca 1080
ggttatattg acggcggagc gagtcaagag gaattctaca agtttatcaa acccatatta 1140
gagaagatgg atgggacgga agagttgctt gtaaaactca atcgcgaaga tctactgcga 1200
aagcagcgga ctttcgacaa cggtagcatt ccacatcaaa tccacttagg cgaattgcat 1260
gctatactta gaaggcagga ggatttttat ccgttcctca aagacaatcg tgaaaagatt 1320
gagaaaatcc taacctttcg cataccttac tatgtgggac ccctggcccg agggaactct 1380
cggttcgcat ggatgacaag aaagtccgaa gaaacgatta ctccatggaa ttttgaggaa 1440
gttgtcgata aaggtgcgtc agctcaatcg ttcatcgaga ggatgaccaa ctttgacaag 1500
aatttaccga acgaaaaagt attgcctaag cacagtttac tttacgagta tttcacagtg 1560
tacaatgaac tcacgaaagt taagtatgtc actgagggca tgcgtaaacc cgcctttcta 1620
agcggagaac agaagaaagc aatagtagat ctgttattca agaccaaccg caaagtgaca 1680
gttaagcaat tgaaagagga ctactttaag aaaattgaat gcttcgattc tgtcgagatc 1740
tccggggtag aagatcgatt taatgcgtca cttggtacgt atcatgacct cctaaagata 1800
attaaagata aggacttcct ggataacgaa gagaatgaag atatcttaga agatatagtg 1860
ttgactctta ccctctttga agatcgggaa atgattgagg aaagactaaa aacatacgct 1920
cacctgttcg acgataaggt tatgaaacag ttaaagaggc gtcgctatac gggctgggga 1980
cgattgtcgc ggaaacttat caacgggata agagacaagc aaagtggtaa aactattctc 2040
gattttctaa agagcgacgg cttcgccaat aggaacttta tgcagctgat ccatgatgac 2100
tctttaacct tcaaagagga tatacaaaag gcacaggttt ccggacaagg ggactcattg 2160
cacgaacata ttgcgaatct tgctggttcg ccagccatca aaaagggcat actccagaca 2220
gtcaaagtag tggatgagct agttaaggtc atgggacgtc acaaaccgga aaacattgta 2280
atcgagatgg cacgcgaaaa tcaaacgact cagaaggggc aaaaaaacag tcgagagcgg 2340
atgaagagaa tagaagaggg tattaaagaa ctgggcagcc agatcttaaa ggagcatcct 2400
gtggaaaata cccaattgca gaacgagaaa ctttacctct attacctaca aaatggaagg 2460
gacatgtatg ttgatcagga actggacata aaccgtttat ctgattacga cgtcgatcac 2520
attgtacccc aatccttttt gaaggacgat tcaatcgaca ataaagtgct tacacgctcg 2580
gataagaacc gagggaaaag tgacaatgtt ccaagcgagg aagtcgtaaa gaaaatgaag 2640
aactattggc ggcagctcct aaatgcgaaa ctgataacgc aaagaaagtt cgataactta 2700
actaaagctg agaggggtgg cttgtctgaa cttgacaagg ccggatttat taaacgtcag 2760
ctcgtggaaa cccgccaaat cacaaagcat gttgcacaga tactagattc ccgaatgaat 2820
acgaaatacg acgagaacga taagctgatt cgggaagtca aagtaatcac tttaaagtca 2880
aaattggtgt cggacttcag aaaggatttt caattctata aagttaggga gataaataac 2940
taccaccatg cgcacgacgc ttatcttaat gccgtcgtag ggaccgcact cattaagaaa 3000
tacccgaagc tagaaagtga gtttgtgtat ggtgattaca aagtttatga cgtccgtaag 3060
atgatcgcga aaagcgaaca ggagataggc aaggctacag ccaaatactt cttttattct 3120
aacattatga atttctttaa gacggaaatc actctggcaa acggagagat acgcaaacga 3180
cctttaattg aaaccaatgg ggagacaggt gaaatcgtat gggataaggg ccgggacttc 3240
gcgacggtga gaaaagtttt gtccatgccc caagtcaaca tagtaaagaa aactgaggtg 3300
cagaccggag ggttttcaaa ggaatcgatt cttccaaaaa ggaatagtga taagctcatc 3360
gctcgtaaaa aggactggga cccgaaaaag tacggtggct tcgatagccc tacagttgcc 3420
tattctgtcc tagtagtggc aaaagttgag aagggaaaat ccaagaaact gaagtcagtc 3480
aaagaattat tggggataac gattatggag cgctcgtctt ttgaaaagaa ccccatcgac 3540
ttccttgagg cgaaaggtta caaggaagta aaaaaggatc tcataattaa actaccaaag 3600
tatagtctgt ttgagttaga aaatggccga aaacggatgt tggctagcgc cggagagctt 3660
caaaagggga acgaactcgc actaccgtct aaatacgtga atttcctgta tttagcgtcc 3720
cattacgaga agttgaaagg ttcacctgaa gataacgaac agaagcaact ttttgttgag 3780
cagcacaaac attatctcga cgaaatcata gagcaaattt cggaattcag taagagagtc 3840
atcctagctg atgccaatct ggacaaagta ttaagcgcat acaacaagca cagggataaa 3900
cccatacgtg agcaggcgga aaatattatc catttgttta ctcttaccaa cctcggcgct 3960
ccagccgcat tcaagtattt tgacacaacg atagatcgca aacgatacac ttctaccaag 4020
gaggtgctag acgcgacact gattcaccaa tccatcacgg gattatatga aactcggata 4080
gatttgtcac agcttggggg tgacggatcc cccaagaaga agaggaaagt ctcgagcgac 4140
tacaaagacc atgacggtga ttataaagat catgacatcg attacaagga tgacgatgac 4200
aaggctgcag ga 4212
<210> 50
<211> 1368
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 50
Met Asp Lys Lys Tyr Ser Ile Gly Leu Ala Ile Gly Thr Asn Ser Val
1 5 10 15
Gly Trp Ala Val Ile Thr Asp Glu Tyr Lys Val Pro Ser Lys Lys Phe
20 25 30
Lys Val Leu Gly Asn Thr Asp Arg His Ser Ile Lys Lys Asn Leu Ile
35 40 45
Gly Ala Leu Leu Phe Asp Ser Gly Glu Thr Ala Glu Ala Thr Arg Leu
50 55 60
Lys Arg Thr Ala Arg Arg Arg Tyr Thr Arg Arg Lys Asn Arg Ile Cys
65 70 75 80
Tyr Leu Gln Glu Ile Phe Ser Asn Glu Met Ala Lys Val Asp Asp Ser
85 90 95
Phe Phe His Arg Leu Glu Glu Ser Phe Leu Val Glu Glu Asp Lys Lys
100 105 110
His Glu Arg His Pro Ile Phe Gly Asn Ile Val Asp Glu Val Ala Tyr
115 120 125
His Glu Lys Tyr Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Lys Lys Leu Val Asp
130 135 140
Ser Thr Asp Lys Ala Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu Ala His
145 150 155 160
Met Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Asp Leu Asn Pro
165 170 175
Asp Asn Ser Asp Val Asp Lys Leu Phe Ile Gln Leu Val Gln Thr Tyr
180 185 190
Asn Gln Leu Phe Glu Glu Asn Pro Ile Asn Ala Ser Gly Val Asp Ala
195 200 205
Lys Ala Ile Leu Ser Ala Arg Leu Ser Lys Ser Arg Arg Leu Glu Asn
210 215 220
Leu Ile Ala Gln Leu Pro Gly Glu Lys Lys Asn Gly Leu Phe Gly Asn
225 230 235 240
Leu Ile Ala Leu Ser Leu Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe
245 250 255
Asp Leu Ala Glu Asp Ala Lys Leu Gln Leu Ser Lys Asp Thr Tyr Asp
260 265 270
Asp Asp Leu Asp Asn Leu Leu Ala Gln Ile Gly Asp Gln Tyr Ala Asp
275 280 285
Leu Phe Leu Ala Ala Lys Asn Leu Ser Asp Ala Ile Leu Leu Ser Asp
290 295 300
Ile Leu Arg Val Asn Thr Glu Ile Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala Ser
305 310 315 320
Met Ile Lys Arg Tyr Asp Glu His His Gln Asp Leu Thr Leu Leu Lys
325 330 335
Ala Leu Val Arg Gln Gln Leu Pro Glu Lys Tyr Lys Glu Ile Phe Phe
340 345 350
Asp Gln Ser Lys Asn Gly Tyr Ala Gly Tyr Ile Asp Gly Gly Ala Ser
355 360 365
Gln Glu Glu Phe Tyr Lys Phe Ile Lys Pro Ile Leu Glu Lys Met Asp
370 375 380
Gly Thr Glu Glu Leu Leu Val Lys Leu Asn Arg Glu Asp Leu Leu Arg
385 390 395 400
Lys Gln Arg Thr Phe Asp Asn Gly Ser Ile Pro His Gln Ile His Leu
405 410 415
Gly Glu Leu His Ala Ile Leu Arg Arg Gln Glu Asp Phe Tyr Pro Phe
420 425 430
Leu Lys Asp Asn Arg Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile
435 440 445
Pro Tyr Tyr Val Gly Pro Leu Ala Arg Gly Asn Ser Arg Phe Ala Trp
450 455 460
Met Thr Arg Lys Ser Glu Glu Thr Ile Thr Pro Trp Asn Phe Glu Glu
465 470 475 480
Val Val Asp Lys Gly Ala Ser Ala Gln Ser Phe Ile Glu Arg Met Thr
485 490 495
Asn Phe Asp Lys Asn Leu Pro Asn Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser
500 505 510
Leu Leu Tyr Glu Tyr Phe Thr Val Tyr Asn Glu Leu Thr Lys Val Lys
515 520 525
Tyr Val Thr Glu Gly Met Arg Lys Pro Ala Phe Leu Ser Gly Glu Gln
530 535 540
Lys Lys Ala Ile Val Asp Leu Leu Phe Lys Thr Asn Arg Lys Val Thr
545 550 555 560
Val Lys Gln Leu Lys Glu Asp Tyr Phe Lys Lys Ile Glu Cys Phe Asp
565 570 575
Ser Val Glu Ile Ser Gly Val Glu Asp Arg Phe Asn Ala Ser Leu Gly
580 585 590
Thr Tyr His Asp Leu Leu Lys Ile Ile Lys Asp Lys Asp Phe Leu Asp
595 600 605
Asn Glu Glu Asn Glu Asp Ile Leu Glu Asp Ile Val Leu Thr Leu Thr
610 615 620
Leu Phe Glu Asp Arg Glu Met Ile Glu Glu Arg Leu Lys Thr Tyr Ala
625 630 635 640
His Leu Phe Asp Asp Lys Val Met Lys Gln Leu Lys Arg Arg Arg Tyr
645 650 655
Thr Gly Trp Gly Arg Leu Ser Arg Lys Leu Ile Asn Gly Ile Arg Asp
660 665 670
Lys Gln Ser Gly Lys Thr Ile Leu Asp Phe Leu Lys Ser Asp Gly Phe
675 680 685
Ala Asn Arg Asn Phe Met Gln Leu Ile His Asp Asp Ser Leu Thr Phe
690 695 700
Lys Glu Asp Ile Gln Lys Ala Gln Val Ser Gly Gln Gly Asp Ser Leu
705 710 715 720
His Glu His Ile Ala Asn Leu Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys Gly
725 730 735
Ile Leu Gln Thr Val Lys Val Val Asp Glu Leu Val Lys Val Met Gly
740 745 750
Arg His Lys Pro Glu Asn Ile Val Ile Glu Met Ala Arg Glu Asn Gln
755 760 765
Thr Thr Gln Lys Gly Gln Lys Asn Ser Arg Glu Arg Met Lys Arg Ile
770 775 780
Glu Glu Gly Ile Lys Glu Leu Gly Ser Gln Ile Leu Lys Glu His Pro
785 790 795 800
Val Glu Asn Thr Gln Leu Gln Asn Glu Lys Leu Tyr Leu Tyr Tyr Leu
805 810 815
Gln Asn Gly Arg Asp Met Tyr Val Asp Gln Glu Leu Asp Ile Asn Arg
820 825 830
Leu Ser Asp Tyr Asp Val Asp His Ile Val Pro Gln Ser Phe Leu Lys
835 840 845
Asp Asp Ser Ile Asp Asn Lys Val Leu Thr Arg Ser Asp Lys Asn Arg
850 855 860
Gly Lys Ser Asp Asn Val Pro Ser Glu Glu Val Val Lys Lys Met Lys
865 870 875 880
Asn Tyr Trp Arg Gln Leu Leu Asn Ala Lys Leu Ile Thr Gln Arg Lys
885 890 895
Phe Asp Asn Leu Thr Lys Ala Glu Arg Gly Gly Leu Ser Glu Leu Asp
900 905 910
Lys Ala Gly Phe Ile Lys Arg Gln Leu Val Glu Thr Arg Gln Ile Thr
915 920 925
Lys His Val Ala Gln Ile Leu Asp Ser Arg Met Asn Thr Lys Tyr Asp
930 935 940
Glu Asn Asp Lys Leu Ile Arg Glu Val Lys Val Ile Thr Leu Lys Ser
945 950 955 960
Lys Leu Val Ser Asp Phe Arg Lys Asp Phe Gln Phe Tyr Lys Val Arg
965 970 975
Glu Ile Asn Asn Tyr His His Ala His Asp Ala Tyr Leu Asn Ala Val
980 985 990
Val Gly Thr Ala Leu Ile Lys Lys Tyr Pro Lys Leu Glu Ser Glu Phe
995 1000 1005
Val Tyr Gly Asp Tyr Lys Val Tyr Asp Val Arg Lys Met Ile Ala
1010 1015 1020
Lys Ser Glu Gln Glu Ile Gly Lys Ala Thr Ala Lys Tyr Phe Phe
1025 1030 1035
Tyr Ser Asn Ile Met Asn Phe Phe Lys Thr Glu Ile Thr Leu Ala
1040 1045 1050
Asn Gly Glu Ile Arg Lys Arg Pro Leu Ile Glu Thr Asn Gly Glu
1055 1060 1065
Thr Gly Glu Ile Val Trp Asp Lys Gly Arg Asp Phe Ala Thr Val
1070 1075 1080
Arg Lys Val Leu Ser Met Pro Gln Val Asn Ile Val Lys Lys Thr
1085 1090 1095
Glu Val Gln Thr Gly Gly Phe Ser Lys Glu Ser Ile Leu Pro Lys
1100 1105 1110
Arg Asn Ser Asp Lys Leu Ile Ala Arg Lys Lys Asp Trp Asp Pro
1115 1120 1125
Lys Lys Tyr Gly Gly Phe Asp Ser Pro Thr Val Ala Tyr Ser Val
1130 1135 1140
Leu Val Val Ala Lys Val Glu Lys Gly Lys Ser Lys Lys Leu Lys
1145 1150 1155
Ser Val Lys Glu Leu Leu Gly Ile Thr Ile Met Glu Arg Ser Ser
1160 1165 1170
Phe Glu Lys Asn Pro Ile Asp Phe Leu Glu Ala Lys Gly Tyr Lys
1175 1180 1185
Glu Val Lys Lys Asp Leu Ile Ile Lys Leu Pro Lys Tyr Ser Leu
1190 1195 1200
Phe Glu Leu Glu Asn Gly Arg Lys Arg Met Leu Ala Ser Ala Gly
1205 1210 1215
Glu Leu Gln Lys Gly Asn Glu Leu Ala Leu Pro Ser Lys Tyr Val
1220 1225 1230
Asn Phe Leu Tyr Leu Ala Ser His Tyr Glu Lys Leu Lys Gly Ser
1235 1240 1245
Pro Glu Asp Asn Glu Gln Lys Gln Leu Phe Val Glu Gln His Lys
1250 1255 1260
His Tyr Leu Asp Glu Ile Ile Glu Gln Ile Ser Glu Phe Ser Lys
1265 1270 1275
Arg Val Ile Leu Ala Asp Ala Asn Leu Asp Lys Val Leu Ser Ala
1280 1285 1290
Tyr Asn Lys His Arg Asp Lys Pro Ile Arg Glu Gln Ala Glu Asn
1295 1300 1305
Ile Ile His Leu Phe Thr Leu Thr Asn Leu Gly Ala Pro Ala Ala
1310 1315 1320
Phe Lys Tyr Phe Asp Thr Thr Ile Asp Arg Lys Arg Tyr Thr Ser
1325 1330 1335
Thr Lys Glu Val Leu Asp Ala Thr Leu Ile His Gln Ser Ile Thr
1340 1345 1350
Gly Leu Tyr Glu Thr Arg Ile Asp Leu Ser Gln Leu Gly Gly Asp
1355 1360 1365
<210> 51
<211> 4107
<212> DNA
<213> Streptococcus pyogenes
<400> 51
atggataaga aatactcaat aggcttagat atcggcacaa atagcgtcgg atgggcggtg 60
atcactgatg aatataaggt tccgtctaaa aagttcaagg ttctgggaaa tacagaccgc 120
cacagtatca aaaaaaatct tataggggct cttttatttg acagtggaga gacagcggaa 180
gcgactcgtc tcaaacggac agctcgtaga aggtatacac gtcggaagaa tcgtatttgt 240
tatctacagg agattttttc aaatgagatg gcgaaagtag atgatagttt ctttcatcga 300
cttgaagagt cttttttggt ggaagaagac aagaagcatg aacgtcatcc tatttttgga 360
aatatagtag atgaagttgc ttatcatgag aaatatccaa ctatctatca tctgcgaaaa 420
aaattggtag attctactga taaagcggat ttgcgcttaa tctatttggc cttagcgcat 480
atgattaagt ttcgtggtca ttttttgatt gagggagatt taaatcctga taatagtgat 540
gtggacaaac tatttatcca gttggtacaa acctacaatc aattatttga agaaaaccct 600
attaacgcaa gtggagtaga tgctaaagcg attctttctg cacgattgag taaatcaaga 660
cgattagaaa atctcattgc tcagctcccc ggtgagaaga aaaatggctt atttgggaat 720
ctcattgctt tgtcattggg tttgacccct aattttaaat caaattttga tttggcagaa 780
gatgctaaat tacagctttc aaaagatact tacgatgatg atttagataa tttattggcg 840
caaattggag atcaatatgc tgatttgttt ttggcagcta agaatttatc agatgctatt 900
ttactttcag atatcctaag agtaaatact gaaataacta aggctcccct atcagcttca 960
atgattaaac gctacgatga acatcatcaa gacttgactc ttttaaaagc tttagttcga 1020
caacaacttc cagaaaagta taaagaaatc ttttttgatc aatcaaaaaa cggatatgca 1080
ggttatattg atgggggagc tagccaagaa gaattttata aatttatcaa accaatttta 1140
gaaaaaatgg atggtactga ggaattattg gtgaaactaa atcgtgaaga tttgctgcgc 1200
aagcaacgga cctttgacaa cggctctatt ccccatcaaa ttcacttggg tgagctgcat 1260
gctattttga gaagacaaga agacttttat ccatttttaa aagacaatcg tgagaagatt 1320
gaaaaaatct tgacttttcg aattccttat tatgttggtc cattggcgcg tggcaatagt 1380
cgttttgcat ggatgactcg gaagtctgaa gaaacaatta ccccatggaa ttttgaagaa 1440
gttgtcgata aaggtgcttc agctcaatca tttattgaac gcatgacaaa ctttgataaa 1500
aatcttccaa atgaaaaagt actaccaaaa catagtttgc tttatgagta ttttacggtt 1560
tataacgaat tgacaaaggt caaatatgtt actgaaggaa tgcgaaaacc agcatttctt 1620
tcaggtgaac agaagaaagc cattgttgat ttactcttca aaacaaatcg aaaagtaacc 1680
gttaagcaat taaaagaaga ttatttcaaa aaaatagaat gttttgatag tgttgaaatt 1740
tcaggagttg aagatagatt taatgcttca ttaggtacct accatgattt gctaaaaatt 1800
attaaagata aagatttttt ggataatgaa gaaaatgaag atatcttaga ggatattgtt 1860
ttaacattga ccttatttga agatagggag atgattgagg aaagacttaa aacatatgct 1920
cacctctttg atgataaggt gatgaaacag cttaaacgtc gccgttatac tggttgggga 1980
cgtttgtctc gaaaattgat taatggtatt agggataagc aatctggcaa aacaatatta 2040
gattttttga aatcagatgg ttttgccaat cgcaatttta tgcagctgat ccatgatgat 2100
agtttgacat ttaaagaaga cattcaaaaa gcacaagtgt ctggacaagg cgatagttta 2160
catgaacata ttgcaaattt agctggtagc cctgctatta aaaaaggtat tttacagact 2220
gtaaaagttg ttgatgaatt ggtcaaagta atggggcggc ataagccaga aaatatcgtt 2280
attgaaatgg cacgtgaaaa tcagacaact caaaagggcc agaaaaattc gcgagagcgt 2340
atgaaacgaa tcgaagaagg tatcaaagaa ttaggaagtc agattcttaa agagcatcct 2400
gttgaaaata ctcaattgca aaatgaaaag ctctatctct attatctcca aaatggaaga 2460
gacatgtatg tggaccaaga attagatatt aatcgtttaa gtgattatga tgtcgatcac 2520
attgttccac aaagtttcct taaagacgat tcaatagaca ataaggtctt aacgcgttct 2580
gataaaaatc gtggtaaatc ggataacgtt ccaagtgaag aagtagtcaa aaagatgaaa 2640
aactattgga gacaacttct aaacgccaag ttaatcactc aacgtaagtt tgataattta 2700
acgaaagctg aacgtggagg tttgagtgaa cttgataaag ctggttttat caaacgccaa 2760
ttggttgaaa ctcgccaaat cactaagcat gtggcacaaa ttttggatag tcgcatgaat 2820
actaaatacg atgaaaatga taaacttatt cgagaggtta aagtgattac cttaaaatct 2880
aaattagttt ctgacttccg aaaagatttc caattctata aagtacgtga gattaacaat 2940
taccatcatg cccatgatgc gtatctaaat gccgtcgttg gaactgcttt gattaagaaa 3000
tatccaaaac ttgaatcgga gtttgtctat ggtgattata aagtttatga tgttcgtaaa 3060
atgattgcta agtctgagca agaaataggc aaagcaaccg caaaatattt cttttactct 3120
aatatcatga acttcttcaa aacagaaatt acacttgcaa atggagagat tcgcaaacgc 3180
cctctaatcg aaactaatgg ggaaactgga gaaattgtct gggataaagg gcgagatttt 3240
gccacagtgc gcaaagtatt gtccatgccc caagtcaata ttgtcaagaa aacagaagta 3300
cagacaggcg gattctccaa ggagtcaatt ttaccaaaaa gaaattcgga caagcttatt 3360
gctcgtaaaa aagactggga tccaaaaaaa tatggtggtt ttgatagtcc aacggtagct 3420
tattcagtcc tagtggttgc taaggtggaa aaagggaaat cgaagaagtt aaaatccgtt 3480
aaagagttac tagggatcac aattatggaa agaagttcct ttgaaaaaaa tccgattgac 3540
tttttagaag ctaaaggata taaggaagtt aaaaaagact taatcattaa actacctaaa 3600
tatagtcttt ttgagttaga aaacggtcgt aaacggatgc tggctagtgc cggagaatta 3660
caaaaaggaa atgagctggc tctgccaagc aaatatgtga attttttata tttagctagt 3720
cattatgaaa agttgaaggg tagtccagaa gataacgaac aaaaacaatt gtttgtggag 3780
cagcataagc attatttaga tgagattatt gagcaaatca gtgaattttc taagcgtgtt 3840
attttagcag atgccaattt agataaagtt cttagtgcat ataacaaaca tagagacaaa 3900
ccaatacgtg aacaagcaga aaatattatt catttattta cgttgacgaa tcttggagct 3960
cccgctgctt ttaaatattt tgatacaaca attgatcgta aacgatatac gtctacaaaa 4020
gaagttttag atgccactct tatccatcaa tccatcactg gtctttatga aacacgcatt 4080
gatttgagtc agctaggagg tgactga 4107
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<213> Streptococcus pyogenes
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Lys Tyr Gly Gly Phe Asp Ser Pro Thr Val Ala Tyr Ser Val Leu
1130 1135 1140
Val Val Ala Lys Val Glu Lys Gly Lys Ser Lys Lys Leu Lys Ser
1145 1150 1155
Val Lys Glu Leu Leu Gly Ile Thr Ile Met Glu Arg Ser Ser Phe
1160 1165 1170
Glu Lys Asn Pro Ile Asp Phe Leu Glu Ala Lys Gly Tyr Lys Glu
1175 1180 1185
Val Lys Lys Asp Leu Ile Ile Lys Leu Pro Lys Tyr Ser Leu Phe
1190 1195 1200
Glu Leu Glu Asn Gly Arg Lys Arg Met Leu Ala Ser Ala Gly Glu
1205 1210 1215
Leu Gln Lys Gly Asn Glu Leu Ala Leu Pro Ser Lys Tyr Val Asn
1220 1225 1230
Phe Leu Tyr Leu Ala Ser His Tyr Glu Lys Leu Lys Gly Ser Pro
1235 1240 1245
Glu Asp Asn Glu Gln Lys Gln Leu Phe Val Glu Gln His Lys His
1250 1255 1260
Tyr Leu Asp Glu Ile Ile Glu Gln Ile Ser Glu Phe Ser Lys Arg
1265 1270 1275
Val Ile Leu Ala Asp Ala Asn Leu Asp Lys Val Leu Ser Ala Tyr
1280 1285 1290
Asn Lys His Arg Asp Lys Pro Ile Arg Glu Gln Ala Glu Asn Ile
1295 1300 1305
Ile His Leu Phe Thr Leu Thr Asn Leu Gly Ala Pro Ala Ala Phe
1310 1315 1320
Lys Tyr Phe Asp Thr Thr Ile Asp Arg Lys Arg Tyr Thr Ser Thr
1325 1330 1335
Lys Glu Val Leu Asp Ala Thr Leu Ile His Gln Ser Ile Thr Gly
1340 1345 1350
Leu Tyr Glu Thr Arg Ile Asp Leu Ser Gln Leu Gly Gly Asp
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Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
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Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
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65 70 75 80
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Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
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115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
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165
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<211> 166
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
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Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
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100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
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145 150 155 160
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165
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Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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85 90 95
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100 105 110
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130 135 140
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Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
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Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Val Ala Lys Thr Gly Ala
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Ser Glu Val Glu Phe Ser Tyr Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
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<220>
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<400> 83
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Val Thr Phe Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Val Arg Asn Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His Tyr Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Asn Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Phe Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
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165
<210> 84
<211> 178
<212> PRT
<213> E. coli
<400> 84
Met Arg Arg Ala Phe Ile Thr Gly Val Phe Phe Leu Ser Glu Val Glu
1 5 10 15
Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr Leu Ala Lys Arg
20 25 30
Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val Leu Val His Asn
35 40 45
Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile Gly Arg His Asp
50 55 60
Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln Gly Gly Leu Val
65 70 75 80
Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu
85 90 95
Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser Arg Ile Gly Arg
100 105 110
Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser Leu
115 120 125
Met Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile Thr
130 135 140
Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu Ser Asp Phe Phe
145 150 155 160
Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys Lys Ala Gln Ser Ser
165 170 175
Thr Asp
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tcattaagca ttctgccgac atggaagccg tcgcatacgg cgcggtgcac ctggatggcc 60
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caaatattat acgcaaggcg acaaggtgct gatgccgctg gccatccagg tgcaccacgc 60
cgtatgcgac ggcttccatg tcggcagaat gcttaa 96
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Lys Tyr Tyr Thr Gln Gly Asp Lys Val Leu Met Pro Leu Ala Ile Gln
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caaatattat acgcaaggcg acaaggtgct gatgccgctg gccatccagg tgcactacgc 60
cgtatgcgac ggcttccatg tcggcagaat gcttaa 96
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<400> 105
Xaa Xaa Xaa Arg Leu Xaa Xaa Xaa Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu Pro
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Xaa Xaa Arg Xaa
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<211> 84
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 106
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1 5 10 15
Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser Arg Ile Gly Arg Val
20 25 30
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35 40 45
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65 70 75 80
Met Arg Arg Gln
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<211> 84
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 107
Gly Ser Trp Arg Leu Glu Gly Cys Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu Pro
1 5 10 15
Cys Val Met Cys Ala Gly Thr Ile Val Met Ser Arg Ile Pro Arg Val
20 25 30
Val Tyr Gly Ala Asp Asp Pro Lys Gly Gly Cys Ser Gly Ser Leu Met
35 40 45
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50 55 60
Gly Val Leu Lys Glu Ala Cys Ser Thr Leu Leu Thr Thr Phe Phe Lys
65 70 75 80
Asn Leu Arg Ala
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<211> 1359
<212> PRT
<213> Streptococcus pyogenes
<400> 108
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1 5 10 15
Gly Trp Ala Val Ile Thr Asp Glu Tyr Lys Val Pro Ser Lys Lys Phe
20 25 30
Lys Val Leu Gly Asn Thr Asp Arg His Ser Ile Lys Lys Asn Leu Ile
35 40 45
Gly Ala Leu Leu Phe Asp Ser Gly Glu Thr Ala Glu Ala Thr Arg Leu
50 55 60
Lys Arg Thr Ala Arg Arg Arg Tyr Thr Arg Arg Lys Asn Arg Ile Cys
65 70 75 80
Tyr Leu Gln Glu Ile Phe Ser Asn Glu Met Ala Lys Val Asp Asp Ser
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Phe Phe His Arg Leu Glu Glu Ser Phe Leu Val Glu Glu Asp Lys Lys
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His Glu Arg His Pro Ile Phe Gly Asn Ile Val Asp Glu Val Ala Tyr
115 120 125
His Glu Lys Tyr Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Lys Lys Leu Val Asp
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Ser Thr Asp Lys Ala Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu Ala His
145 150 155 160
Met Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Asp Leu Asn Pro
165 170 175
Asp Asn Ser Asp Val Asp Lys Leu Phe Ile Gln Leu Val Gln Thr Tyr
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Asn Gln Leu Phe Glu Glu Asn Ile Asn Ala Ser Gly Val Asp Ala Lys
195 200 205
Ala Ile Leu Ser Ala Arg Leu Ser Lys Ser Arg Arg Leu Glu Asn Leu
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Ile Ala Gln Leu Pro Gly Glu Lys Lys Asn Gly Leu Phe Gly Asn Leu
225 230 235 240
Ile Ala Leu Ser Leu Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe Asp
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Leu Ala Glu Asp Ala Lys Leu Gln Leu Ser Lys Asp Thr Tyr Asp Asp
260 265 270
Asp Leu Asp Asn Leu Leu Ala Gln Ile Gly Asp Gln Tyr Ala Asp Leu
275 280 285
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305 310 315 320
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Leu Val Arg Gln Gln Leu Pro Glu Lys Tyr Lys Glu Ile Phe Phe Asp
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Gln Ser Lys Asn Gly Tyr Ala Gly Tyr Ile Asp Gly Gly Ala Ser Gln
355 360 365
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370 375 380
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Lys Asp Asn Arg Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile Pro
435 440 445
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450 455 460
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465 470 475 480
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485 490 495
Phe Asp Lys Asn Leu Pro Asn Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser Leu
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Leu Tyr Glu Tyr Phe Thr Val Tyr Asn Glu Leu Thr Lys Val Lys Tyr
515 520 525
Val Thr Glu Gly Met Arg Lys Pro Ala Phe Leu Ser Gly Glu Gln Lys
530 535 540
Lys Ala Ile Val Asp Leu Leu Phe Lys Thr Asn Arg Lys Val Thr Val
545 550 555 560
Lys Gln Leu Lys Glu Asp Tyr Phe Lys Lys Ile Glu Cys Phe Asp Ser
565 570 575
Val Glu Ile Ser Gly Val Glu Asp Arg Phe Asn Ala Ser Leu Gly Thr
580 585 590
Tyr His Asp Leu Leu Lys Ile Ile Lys Asp Lys Asp Phe Leu Asp Asn
595 600 605
Glu Glu Asn Glu Asp Ile Leu Glu Asp Ile Val Leu Thr Leu Thr Leu
610 615 620
Phe Glu Asp Arg Glu Met Ile Glu Glu Arg Leu Lys Thr Tyr Ala His
625 630 635 640
Leu Phe Asp Asp Lys Val Met Lys Gln Leu Lys Arg Arg Arg Tyr Thr
645 650 655
Gly Trp Gly Arg Leu Ser Arg Lys Leu Ile Asn Gly Ile Arg Asp Lys
660 665 670
Gln Ser Gly Lys Thr Ile Leu Asp Phe Leu Lys Asp Gly Phe Ala Asn
675 680 685
Arg Asn Phe Met Gln Leu Ile His Asp Asp Ser Leu Thr Phe Lys Glu
690 695 700
Asp Ile Gln Lys Ala Gln Val Ser Gly Gln Gly Asp Ser Leu His Glu
705 710 715 720
His Ile Ala Asn Leu Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys Gly Ile Leu
725 730 735
Gln Thr Val Lys Val Val Asp Glu Leu Val Lys Val Met Gly Arg His
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Lys Pro Glu Asn Ile Val Ile Glu Met Ala Arg Glu Asn Gln Thr Thr
755 760 765
Gln Lys Gly Gln Lys Asn Ser Arg Glu Arg Met Lys Arg Ile Glu Glu
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Gly Ile Lys Glu Leu Gly Ser Gln Ile Leu Lys Glu His Pro Val Glu
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Asn Thr Gln Leu Gln Asn Glu Lys Leu Tyr Leu Tyr Tyr Leu Gln Asn
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Asp Tyr Asp Val Asp His Ile Val Pro Gln Ser Phe Leu Lys Asp Asp
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Ser Ile Asp Asn Lys Val Leu Thr Arg Ser Asp Lys Asn Arg Gly Lys
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Ser Asp Asn Val Pro Ser Glu Glu Val Val Lys Lys Met Lys Asn Tyr
865 870 875 880
Trp Arg Gln Leu Leu Asn Ala Lys Leu Ile Thr Gln Arg Lys Phe Asp
885 890 895
Asn Leu Thr Lys Ala Glu Arg Gly Gly Leu Ser Glu Leu Asp Lys Ala
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Gly Phe Ile Lys Arg Gln Leu Val Glu Thr Arg Gln Ile Thr Lys His
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Asp Lys Leu Ile Arg Glu Val Lys Val Ile Thr Leu Lys Ser Lys Leu
945 950 955 960
Val Ser Asp Phe Arg Lys Asp Phe Gln Phe Tyr Lys Val Arg Glu Ile
965 970 975
Asn Asn Tyr His His Ala His Asp Ala Tyr Leu Asn Ala Val Val Gly
980 985 990
Thr Ala Leu Ile Lys Lys Tyr Pro Lys Leu Glu Ser Glu Phe Val Tyr
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Gly Asp Tyr Lys Val Tyr Asp Val Ser Glu Gln Glu Ile Gly Lys
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Leu Ile Glu Thr Asn Gly Glu Thr Gly Glu Ile Val Trp Asp Lys
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Val Asn Ile Val Lys Lys Thr Glu Val Gln Thr Gly Gly Phe Ser
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1265 1270 1275
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1280 1285 1290
Arg Glu Gln Ala Glu Asn Ile Ile His Leu Phe Thr Leu Thr Asn
1295 1300 1305
Leu Gly Ala Pro Ala Ala Phe Lys Tyr Phe Asp Thr Thr Ile Asp
1310 1315 1320
Arg Lys Arg Tyr Thr Ser Thr Lys Glu Val Leu Asp Ala Thr Leu
1325 1330 1335
Ile His Gln Ser Ile Thr Gly Leu Tyr Glu Thr Arg Ile Asp Leu
1340 1345 1350
Ser Gln Leu Gly Gly Asp
1355
<210> 109
<211> 1355
<212> PRT
<213> Streptococcus gallolyticus
<400> 109
Met Thr Lys Lys Asn Tyr Ser Ile Gly Leu Asp Ile Gly Thr Asn Ser
1 5 10 15
Val Gly Trp Ala Val Ile Thr Asp Asp Tyr Lys Val Pro Ala Lys Lys
20 25 30
Met Lys Val Leu Gly Asn Thr Asp Lys Lys Tyr Ile Lys Lys Asn Leu
35 40 45
Leu Gly Ala Leu Leu Phe Asp Ser Gly Glu Thr Ala Glu Ala Thr Arg
50 55 60
Leu Lys Arg Thr Ala Arg Arg Arg Tyr Thr Arg Arg Lys Asn Arg Leu
65 70 75 80
Arg Tyr Leu Gln Glu Ile Phe Ala Asn Glu Ile Ala Lys Val Asp Glu
85 90 95
Ser Phe Phe Gln Arg Leu Asp Glu Ser Phe Leu Thr Asp Asp Asp Lys
100 105 110
Thr Phe Asp Ser His Pro Ile Phe Gly Asn Lys Ala Glu Glu Asp Ala
115 120 125
Tyr His Gln Lys Phe Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Lys His Leu Ala
130 135 140
Asp Ser Ser Glu Lys Ala Asp Leu Arg Leu Val Tyr Leu Ala Leu Ala
145 150 155 160
His Met Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Glu Leu Asn
165 170 175
Ala Glu Asn Thr Asp Val Gln Lys Ile Phe Ala Asp Phe Val Gly Val
180 185 190
Tyr Asn Arg Thr Phe Asp Asp Ser His Leu Ser Glu Ile Thr Val Asp
195 200 205
Val Ala Ser Ile Leu Thr Glu Lys Ile Ser Lys Ser Arg Arg Leu Glu
210 215 220
Asn Leu Ile Lys Tyr Tyr Pro Thr Glu Lys Lys Asn Thr Leu Phe Gly
225 230 235 240
Asn Leu Ile Ala Leu Ala Leu Gly Leu Gln Pro Asn Phe Lys Thr Asn
245 250 255
Phe Lys Leu Ser Glu Asp Ala Lys Leu Gln Phe Ser Lys Asp Thr Tyr
260 265 270
Glu Glu Asp Leu Glu Glu Leu Leu Gly Lys Ile Gly Asp Asp Tyr Ala
275 280 285
Asp Leu Phe Thr Ser Ala Lys Asn Leu Tyr Asp Ala Ile Leu Leu Ser
290 295 300
Gly Ile Leu Thr Val Asp Asp Asn Ser Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala
305 310 315 320
Ser Met Ile Lys Arg Tyr Val Glu His His Glu Asp Leu Glu Lys Leu
325 330 335
Lys Glu Phe Ile Lys Ala Asn Lys Ser Glu Leu Tyr His Asp Ile Phe
340 345 350
Lys Asp Lys Asn Lys Asn Gly Tyr Ala Gly Tyr Ile Glu Asn Gly Val
355 360 365
Lys Gln Asp Glu Phe Tyr Lys Tyr Leu Lys Asn Ile Leu Ser Lys Ile
370 375 380
Lys Ile Asp Gly Ser Asp Tyr Phe Leu Asp Lys Ile Glu Arg Glu Asp
385 390 395 400
Phe Leu Arg Lys Gln Arg Thr Phe Asp Asn Gly Ser Ile Pro His Gln
405 410 415
Ile His Leu Gln Glu Met His Ala Ile Leu Arg Arg Gln Gly Asp Tyr
420 425 430
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435 440 445
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Asn Met Lys Gln Glu Ile Phe Asp His Val Phe Lys Glu Asn Arg Lys
545 550 555 560
Val Thr Lys Glu Lys Leu Leu Asn Tyr Leu Asn Lys Glu Phe Pro Glu
565 570 575
Tyr Arg Ile Lys Asp Leu Ile Gly Leu Asp Lys Glu Asn Lys Ser Phe
580 585 590
Asn Ala Ser Leu Gly Thr Tyr His Asp Leu Lys Lys Ile Leu Asp Lys
595 600 605
Ala Phe Leu Asp Asp Lys Val Asn Glu Glu Val Ile Glu Asp Ile Ile
610 615 620
Lys Thr Leu Thr Leu Phe Glu Asp Lys Asp Met Ile His Glu Arg Leu
625 630 635 640
Gln Lys Tyr Ser Asp Ile Phe Thr Ala Asn Gln Leu Lys Lys Leu Glu
645 650 655
Arg Arg His Tyr Thr Gly Trp Gly Arg Leu Ser Tyr Lys Leu Ile Asn
660 665 670
Gly Ile Arg Asn Lys Glu Asn Asn Lys Thr Ile Leu Asp Tyr Leu Ile
675 680 685
Asp Asp Gly Ser Ala Asn Arg Asn Phe Met Gln Leu Ile Asn Asp Asp
690 695 700
Thr Leu Pro Phe Lys Gln Ile Ile Gln Lys Ser Gln Val Val Gly Asp
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Val Asp Asp Ile Glu Ala Val Val His Asp Leu Pro Gly Ser Pro Ala
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Ile Lys Lys Gly Ile Leu Gln Ser Val Lys Ile Val Asp Glu Leu Val
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Lys Val Met Gly Gly Asn Pro Asp Asn Ile Val Ile Glu Met Ala Arg
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Lys Lys Leu Gln Asn Ser Leu Lys Pro Ser Tyr Ile Glu Asp Lys Val
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Glu Asn Ser His Leu Gln Asn Asp Gln Leu Phe Leu Tyr Tyr Ile Gln
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Ser Asp Tyr Asp Ile Asp His Ile Ile Pro Gln Ala Phe Ile Lys Asp
835 840 845
Asp Ser Ile Asp Asn Arg Val Leu Thr Ser Ser Ala Lys Asn Arg Gly
850 855 860
Lys Ser Asp Asp Val Pro Ser Leu Asp Ile Val Arg Ala Arg Lys Ala
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Asn Asp Lys Val Ile Arg Asp Val Lys Val Ile Thr Leu Lys Ser Asn
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Leu Val Ser Gln Phe Arg Lys Asp Phe Glu Phe Tyr Lys Val Arg Glu
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Ile Asn Asp Tyr His His Ala His Asp Ala Tyr Leu Asn Ala Val Val
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Ala Lys Tyr Phe Phe Tyr Ser Asn Leu Met Asn Phe Phe Lys Thr
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Lys Val Lys Tyr Ala Asp Gly Thr Val Phe Glu Arg Pro Ile Ile
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1340 1345 1350
Glu Glu
1355
<210> 110
<211> 1359
<212> PRT
<213> Streptococcus mitis
<400> 110
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Val Leu Gly Asn Thr Asp Lys Arg Phe Ile Lys Lys Asn Leu Ile Gly
35 40 45
Ala Leu Leu Phe Asp Glu Gly Thr Thr Ala Glu Ala Arg Arg Leu Lys
50 55 60
Arg Thr Ala Arg Arg Arg Tyr Thr Arg Arg Lys Asn Arg Leu Arg Tyr
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Phe His Arg Leu Asp Asp Ser Phe Leu Ile Pro Glu Asp Lys Arg Glu
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130 135 140
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Ile Lys Tyr Arg Gly His Phe Leu Tyr Glu Glu Ala Phe Asp Ile Lys
165 170 175
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Lys Asp Ile Ile His Tyr Leu His Asn Val Asp Gly Tyr Asp Gly Ile
565 570 575
Glu Leu Lys Gly Ile Glu Lys Gln Phe Asn Ala Ser Leu Ser Thr Tyr
580 585 590
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595 600 605
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Glu Lys Ile Lys Ser Leu Tyr Ala Asp Asn Glu Gln Ala Asp Ile
1280 1285 1290
Glu Ile Leu Ala Asn Ser Phe Ile Asn Leu Leu Thr Phe Thr Ala
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Leu Gly Ala Pro Ala Ala Phe Lys Phe Phe Gly Lys Asp Ile Asp
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Glu Tyr Tyr Glu Lys Phe Gln Ile Ile Glu Asn Val Phe Lys Gln Lys
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850 855 860
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Ile Lys Ile Asn Gly Glu Leu Tyr Arg Val Ile Gly Val Asn Asn Asp
915 920 925
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965 970 975
Lys Lys His Pro Gln Ile Ile Lys Lys Gly
980 985
<210> 112
<211> 1044
<212> PRT
<213> Streptococcus pyogenes
<400> 112
Leu Ser Ala Ser Met Ile Lys Arg Tyr Asp Glu His His Gln Asp Leu
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180 185 190
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245 250 255
Glu Cys Phe Asp Ser Val Glu Ile Ser Gly Val Glu Asp Arg Phe Asn
260 265 270
Ala Ser Leu Gly Thr Tyr His Asp Leu Leu Lys Ile Ile Lys Asp Lys
275 280 285
Asp Phe Leu Asp Asn Glu Glu Asn Glu Asp Ile Leu Glu Asp Ile Val
290 295 300
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325 330 335
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370 375 380
Leu Thr Phe Lys Glu Asp Leu Gln Lys Ala Gln Val Ser Gly Gln Gly
385 390 395 400
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405 410 415
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420 425 430
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435 440 445
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Gln Arg Lys Phe Asp Asn Leu Thr Lys Ala Glu Arg Gly Gly Leu Ser
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Glu Leu Asp Lys Ala Gly Phe Ile Lys Arg Gln Leu Val Glu Thr Arg
595 600 605
Gln Ile Thr Lys His Val Ala Gln Ile Leu Asp Ser Arg Met Asn Thr
610 615 620
Lys Tyr Asp Glu Asn Asp Lys Leu Ile Arg Glu Val Arg Val Ile Thr
625 630 635 640
Leu Lys Ser Lys Leu Val Ser Asp Phe Arg Lys Asp Phe Gln Phe Tyr
645 650 655
Lys Val Arg Glu Ile Asn Asn Tyr His His Ala His Asp Ala Tyr Leu
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Lys Ala Ile Val Asp Leu Leu Phe Lys Thr Asn Arg Lys Val Thr Val
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Lys Gln Leu Lys Glu Asp Tyr Phe Lys Lys Ile Glu Cys Phe Asp Ser
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Ile Ala Leu Ser Leu Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe Asp
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<223> Synthetic Polypeptide
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Arg Val Leu Gly Asn Thr Asp Lys Glu Tyr Ile Lys Lys Asn Leu Ile
35 40 45
Gly Ala Leu Leu Phe Asp Gly Gly Asn Thr Ala Ala Asp Arg Arg Leu
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Lys Arg Thr Ala Arg Arg Arg Tyr Thr Arg Arg Arg Asn Arg Ile Leu
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Tyr Leu Gln Glu Ile Phe Ala Glu Glu Met Ser Lys Val Asp Asp Ser
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100 105 110
Gly Ser Lys Tyr Pro Ile Phe Ala Thr Leu Gln Glu Glu Lys Asp Tyr
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Lys Lys Glu Lys Ala Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Ile Ala Leu Ala His
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Ile Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Asp Asp Ser Phe Asp
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Arg Ile Leu Ala Gln Tyr Pro Asn Gln Lys Ser Thr Gly Ile Phe Ala
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Glu Phe Leu Lys Leu Ile Val Gly Asn Gln Ala Asp Phe Lys Lys His
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Phe Asn Leu Glu Asp Lys Thr Pro Leu Gln Phe Ala Lys Asp Ser Tyr
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Asp Glu Asp Leu Glu Asn Leu Leu Gly Gln Ile Gly Asp Glu Phe Ala
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Asp Leu Phe Ser Ala Ala Lys Lys Leu Tyr Asp Ser Val Leu Leu Ser
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<220>
<221> misc_feature
<222> (9)..(9)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<400> 188
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Lys Pro Ile Arg Glu Val Lys Val Ile Thr Leu Lys Ser Lys Leu Val
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Ser Asp Phe Arg Lys Asp Phe Gln Leu Tyr Lys Val Arg Asp Ile Asn
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Leu Ala Val Glu Lys Ile Asp Ser Phe Ser Val Lys Glu Ile Ser
1280 1285 1290
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1295 1300 1305
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<211> 1356
<212> PRT
<213> Streptococcus dysgalactiae
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340 345 350
Gln Ser Lys Asn Gly Tyr Ala Gly Tyr Ile Asp Gly Gly Ala Ser Gln
355 360 365
Glu Glu Phe Tyr Lys Phe Ile Lys Pro Ile Leu Glu Lys Met Asp Gly
370 375 380
Thr Glu Glu Leu Leu Ala Lys Leu Asn Arg Glu Asp Leu Leu Arg Lys
385 390 395 400
Gln Arg Thr Phe Asp Asn Gly Ser Ile Pro His Gln Ile His Leu Gly
405 410 415
Glu Leu His Ala Ile Leu Arg Arg Gln Glu Asp Phe Tyr Pro Phe Leu
420 425 430
Lys Asp Asn Arg Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile Pro
435 440 445
Tyr Tyr Val Gly Pro Leu Ala Arg Gly Asn Ser Arg Phe Ala Trp Met
450 455 460
Thr Arg Lys Ser Glu Glu Thr Ile Thr Pro Trp Asn Phe Glu Glu Val
465 470 475 480
Val Asp Lys Gly Ala Ser Ala Gln Ser Phe Ile Glu Arg Met Thr Asn
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Phe Asp Lys Asn Leu Pro Asn Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser Leu
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Leu Tyr Glu Tyr Phe Thr Val Tyr Asn Glu Leu Thr Lys Val Lys Tyr
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Val Thr Glu Gly Met Arg Lys Pro Glu Phe Leu Ser Gly Lys Gln Lys
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Glu Ala Ile Val Asp Leu Leu Phe Lys Thr Asn Arg Lys Val Thr Val
545 550 555 560
Lys Gln Leu Lys Glu Asp Tyr Phe Lys Lys Ile Glu Cys Phe Asp Ser
565 570 575
Val Glu Ile Ser Gly Val Glu Asp Arg Phe Asn Ala Ser Leu Gly Thr
580 585 590
Tyr His Asp Leu Leu Lys Ile Ile Lys Asp Lys Asp Phe Leu Asp Asn
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Leu Phe Asp Asp Lys Val Met Lys Gln Leu Lys Arg Arg His Tyr Thr
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1355
<210> 202
<211> 1356
<212> PRT
<213> Streptococcus dysgalactiae
<400> 202
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1340 1345 1350
Gly Gly Asp
1355
<210> 203
<211> 1356
<212> PRT
<213> Streptococcus dysgalactiae
<400> 203
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Gly Trp Ala Val Ile Thr Asp Asp Tyr Lys Val Pro Ser Lys Lys Phe
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Gly Ala Leu Leu Phe Asp Ser Gly Glu Thr Ala Glu Ala Thr Arg Leu
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115 120 125
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195 200 205
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Ile Ala Gln Leu Pro Gly Glu Lys Arg Asn Gly Leu Phe Gly Asn Leu
225 230 235 240
Ile Ala Leu Ser Leu Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe Asp
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1235 1240 1245
Asp His Tyr Asn Asp Leu Tyr Gln Leu Leu Ser Tyr Ile Glu Arg
1250 1255 1260
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1265 1270 1275
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1280 1285 1290
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1295 1300 1305
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<210> 204
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Tyr Leu Lys Glu Ile Phe Thr Glu Glu Met Ala Lys Val Asp Asp Gly
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Phe Phe Gln Arg Leu Glu Asp Ser Phe Tyr Val Leu Glu Asp Lys Glu
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Gly Asn Lys His Pro Ile Phe Ala Asn Leu Ala Asp Glu Val Ala Tyr
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His Lys Lys Tyr Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Lys Glu Leu Val Asp
130 135 140
Asn Pro Gln Lys Ala Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Val Ala His
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Ile Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Thr Leu Ser Ser
165 170 175
Lys Asn Asn Asn Leu Gln Lys Ser Phe Asp His Leu Val Asp Thr Tyr
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Asn Leu Leu Phe Glu Glu Gln Leu Leu Thr Glu Gly Ile Asn Ala Lys
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Ile Ser Leu Ile Pro Gly Gln Lys Lys Thr Gly Ile Phe Gly Asn Ile
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Ile Ala Leu Ser Leu Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ala Asn Phe Gly
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Leu Ser Lys Asp Val Lys Leu Gln Leu Ala Lys Asp Thr Tyr Ala Asp
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<212> PRT
<213> Streptococcus equi
<400> 206
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980 985 990
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1205 1210 1215
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1220 1225 1230
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Leu Glu Lys Ile Asn His Thr Tyr His Asn Asn Ser Asp Leu Pro
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Val Asn Glu Arg Ala Glu Asn Ile Ile Asn Val Phe Thr Phe Val
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Leu Ile His Gln Ser Val Thr Gly Leu Tyr Glu Thr Arg Ile Asp
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<213> Streptococcus equinus
<400> 207
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260 265 270
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<213> Streptococcus gallolyticus
<400> 209
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Glu Lys Val Arg Arg Val Leu Ser Tyr Pro Gln Val Asn Ile Val
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Lys Lys Val Glu Thr Gln Thr Gly Gly Phe Ser Lys Glu Ser Ile
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Lys Ser Tyr Val Asp Val Glu Lys Asn Leu Gly Lys Ile Arg Ala
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1310 1315 1320
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<213> Streptococcus gallolyticus
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545 550 555 560
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595 600 605
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785 790 795 800
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835 840 845
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850 855 860
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885 890 895
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1160 1165 1170
Val Ser Phe Leu Glu Lys Lys Gly Tyr His Asn Val Gln Glu Asp
1175 1180 1185
Lys Leu Ile Lys Leu Pro Lys Tyr Ser Leu Phe Glu Phe Glu Gly
1190 1195 1200
Gly Arg Arg Arg Leu Leu Ala Ser Ala Thr Glu Leu Gln Lys Gly
1205 1210 1215
Asn Glu Val Met Leu Pro Ala His Leu Val Glu Leu Leu Tyr His
1220 1225 1230
Ala His Arg Ile Asp Ser Phe Asn Ser Thr Glu His Leu Lys Tyr
1235 1240 1245
Val Ser Glu His Lys Lys Glu Phe Glu Lys Val Leu Ser Cys Val
1250 1255 1260
Glu Asn Phe Ser Asn Leu Tyr Val Asp Val Glu Lys Asn Leu Ser
1265 1270 1275
Lys Val Arg Ala Ala Ala Glu Ser Met Thr Asn Phe Ser Leu Glu
1280 1285 1290
Glu Ile Ser Ala Ser Phe Ile Asn Leu Leu Thr Leu Thr Ala Leu
1295 1300 1305
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1310 1315 1320
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Lys Leu Gly Glu Glu
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<210> 212
<211> 1358
<212> PRT
<213> Streptococcus iniae
<400> 212
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Ile Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Asn Leu Asp Ser
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Leu Leu Glu Asp Ala Lys Leu Gln Ile Ser Lys Asp Ser Tyr Glu Glu
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Asp Leu Asp Asn Leu Leu Ala Gln Ile Gly Asp Gln Tyr Ala Asp Leu
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515 520 525
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<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
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<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
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Glu Leu Lys Ala Ile Ile Arg Arg Gln Glu Lys Phe Tyr Pro Phe Leu
420 425 430
Lys Glu Asn Gln Lys Lys Ile Glu Lys Leu Phe Thr Phe Lys Ile Pro
435 440 445
Tyr Tyr Val Gly Pro Leu Ala Asn Gly Gln Ser Ser Phe Ala Trp Leu
450 455 460
Lys Arg Gln Ser Asn Glu Ser Ile Thr Pro Trp Asn Phe Glu Glu Val
465 470 475 480
Val Asp Gln Glu Ala Ser Ala Arg Ala Phe Ile Glu Arg Met Thr Asn
485 490 495
Phe Asp Thr Tyr Leu Pro Glu Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser Pro
500 505 510
Leu Tyr Glu Met Phe Met Val Tyr Asn Glu Leu Thr Lys Val Lys Tyr
515 520 525
Gln Thr Glu Gly Met Lys Arg Pro Val Phe Leu Ser Ser Glu Asp Lys
530 535 540
Glu Glu Ile Val Asn Leu Leu Phe Lys Lys Glu Arg Lys Val Thr Val
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Lys Gln Leu Lys Glu Glu Tyr Phe Ser Lys Met Lys Cys Phe His Thr
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Val Thr Ile Leu Gly Val Glu Asp Arg Phe Asn Ala Ser Leu Gly Thr
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Tyr His Asp Leu Leu Lys Ile Phe Lys Asp Lys Ala Phe Leu Asp Asp
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Val Phe Glu Lys Ser Val Leu Lys Lys Leu Lys Lys Arg His Tyr Thr
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Gly Trp Gly Arg Leu Ser Gln Lys Leu Ile Asn Gly Ile Lys Asp Lys
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Leu Gln Ser Ile Lys Ile Val Asp Glu Ile Val Lys Ile Met Gly Gln
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Asn Pro Asp Asn Ile Val Ile Glu Met Ala Arg Glu Asn Gln Ser Thr
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Asn Thr Gln Leu Gln Ser Asp Arg Leu Tyr Leu Tyr Leu Leu Gln Asp
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820 825 830
Gln Tyr Asp Ile Asp His Ile Ile Pro Gln Ser Phe Ile Lys Asp Asn
835 840 845
Ser Ile Asp Asn Thr Val Leu Thr Thr Gln Ala Ser Asn Arg Gly Lys
850 855 860
Ser Asp Asn Val Pro Asn Ile Glu Thr Val Asn Lys Met Lys Ser Phe
865 870 875 880
Trp Tyr Lys Gln Leu Lys Ser Gly Ala Ile Ser Gln Arg Lys Phe Asp
885 890 895
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915 920 925
Val Ala Gln Ile Leu Asp Ser Arg Phe Asn Ser Asn Leu Thr Glu Asp
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Val Ser Asp Phe Arg Lys Asp Phe Gly Phe Tyr Lys Leu Arg Glu Val
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980 985 990
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<210> 217
<211> 1345
<212> PRT
<213> Streptococcus intermedius
<400> 217
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Gly Ala Leu Leu Phe Asp Ser Gly Asn Thr Ala Glu Asp Arg Arg Leu
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Tyr Leu Gln Glu Ile Phe Ser Glu Glu Met Gly Lys Val Asp Asp Ser
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435 440 445
Pro Tyr Tyr Ile Gly Pro Leu Ala Arg Gly Lys Ser Asp Phe Ser Trp
450 455 460
Leu Ser Arg Lys Ser Ala Asp Lys Ile Thr Pro Trp Asn Phe Asp Glu
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Asn Lys Glu Ser Arg Lys Thr Ile Leu Asp Tyr Leu Ile Asp Asp Gly
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Asn Ser Asn Arg Asn Phe Met Gln Leu Ile Asn Asp Asp Ala Leu Ser
690 695 700
Phe Lys Glu Glu Ile Ala Lys Ala Gln Val Ile Gly Glu Thr Asp Asn
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Leu Asn Gln Val Val Ser Asp Ile Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys
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850 855 860
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885 890 895
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1250 1255 1260
Leu Glu Lys Ile Glu Glu Leu Tyr Ala Gln Asn Asn Asn Lys Asp
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<210> 218
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<212> PRT
<213> Streptococcus massiliensis
<400> 218
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Gly Trp Ala Val Val Met Glu Asp Tyr Lys Val Pro Ser Lys Lys Met
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Gly Ala Leu Leu Phe Asp Ser Gly Glu Thr Ala Val Glu Arg Arg Leu
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195 200 205
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Gly Leu Phe Pro Asp Glu Thr Ala Ala Gly Asn Leu Asp Lys Phe Leu
225 230 235 240
Lys Leu Met Leu Gly Asn Gln Ala Asp Phe Lys Lys Val Phe Asp Leu
245 250 255
Glu Glu Lys Ile Thr Leu Gln Phe Ser Lys Asp Ser Tyr Glu Glu Asp
260 265 270
Leu Glu Leu Leu Leu Ser Lys Ile Asp Glu Glu Tyr Ala Ala Leu Phe
275 280 285
Asp Leu Ala Lys Lys Val Tyr Asp Ala Val Leu Leu Ser Asn Ile Leu
290 295 300
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305 310 315 320
Lys Arg Tyr Glu Glu His Lys Asp Asp Leu Lys Ala Phe Lys Arg Phe
325 330 335
Phe Arg Glu Arg Leu Pro Glu Lys Tyr Glu Thr Met Phe Lys Asp Leu
340 345 350
Thr Lys Pro Ser Tyr Ala Ala Tyr Val Ser Gly Ala Val Thr Glu Asp
355 360 365
Asp Phe Tyr Lys Phe Ser Lys Gly Leu Leu Ile Asp Val Glu Gly Ala
370 375 380
Glu Tyr Phe Leu Glu Lys Ile Glu Arg Glu Asp Phe Leu Arg Lys Gln
385 390 395 400
Arg Thr Phe Asp Asn Gly Ala Ile Pro Asn Gln Val His Val Lys Glu
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Glu Asn Lys Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile Pro Tyr
435 440 445
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Arg Lys Ser Asp Glu Ala Ile Arg Pro Trp Asn Phe Glu Gln Val Val
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485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
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530 535 540
Ile Phe Asp Ser Leu Phe Lys Arg Tyr Arg Lys Val Thr Lys Arg Lys
545 550 555 560
Leu Lys Asp Phe Ile Glu Lys Glu Leu Gly Tyr Gly Tyr Ile Asp Ile
565 570 575
Asp Asn Ile Lys Gly Val Glu Glu Gln Phe Asn Ala Ser Tyr Thr Thr
580 585 590
Tyr Gln Asp Leu Leu Lys Ile Ile Gly Asp Lys Glu Phe Leu Asp Asn
595 600 605
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645 650 655
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660 665 670
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675 680 685
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690 695 700
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705 710 715 720
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725 730 735
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740 745 750
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755 760 765
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770 775 780
Gly Ile Lys Leu Gly Ser Asp Leu Leu Lys Gln Asn Pro Ile Gln Asp
785 790 795 800
Asn Lys Asp Leu Gln Lys Glu Lys Leu Phe Leu Tyr Tyr Met Gln Asn
805 810 815
Gly Ile Asp Leu Tyr Thr Gly Gln Pro Leu Asn Cys Asp Pro Asp Ser
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835 840 845
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850 855 860
Lys Lys Leu Asp Asp Val Pro Ala Lys Glu Val Val Glu Lys Met Glu
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885 890 895
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900 905 910
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930 935 940
Glu Lys Leu Arg Thr Thr Lys Ile Ile Thr Leu Lys Ser Val Phe Ala
945 950 955 960
Ser Arg Phe Arg Ala Asn Phe Asp Leu Tyr Lys Leu Arg Glu Leu Asn
965 970 975
His Tyr His His Ala His Asp Ala Tyr Leu Asn Ala Val Val Ala Gln
980 985 990
Ala Leu Leu Lys Val Tyr Pro Lys Phe Glu Arg Glu Leu Val Tyr Gly
995 1000 1005
Ser Tyr Val Lys Glu Ser Ile Phe Ser Arg Lys Ala Thr Glu Arg
1010 1015 1020
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1025 1030 1035
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1115 1120 1125
Pro Lys Lys Lys Ser Thr Ile Ile Ala Ile Ser Arg Met Glu Lys
1130 1135 1140
Lys Asp Tyr Glu Lys Glu Pro Glu Arg Phe Leu Ala Gln Lys Gly
1145 1150 1155
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1160 1165 1170
Phe Glu Met Glu Lys Gly Arg Arg Arg Leu Leu Ala Ser Ser Gly
1175 1180 1185
Glu Leu Gln Lys Gly Asn Gln Val Leu Leu Pro Glu His Leu Ile
1190 1195 1200
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1205 1210 1215
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1220 1225 1230
Glu Leu Leu Asp Cys Ile Lys Lys Phe Asn Asp Met Tyr Ile Leu
1235 1240 1245
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1250 1255 1260
Ile Asp Ala Pro Ile Glu Glu Val Ala Arg Ser Phe Val Leu Leu
1265 1270 1275
Asn Phe Thr Met Met Gly Ala Ala Thr Asp Phe Lys Phe Phe Gly
1280 1285 1290
Gln Ile Ile Pro Arg Lys Arg Tyr Pro Ser Thr Thr Glu Cys Leu
1295 1300 1305
Lys Ser Thr Leu Ile His Gln Ser Val Thr Gly Leu Tyr Glu Thr
1310 1315 1320
Arg Ile Asp Leu Ser Lys Leu Gly Glu Asn
1325 1330
<210> 219
<211> 1361
<212> PRT
<213> Streptococcus mitis
<400> 219
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Ile Ile Lys Tyr Arg Gly His Phe Leu Tyr Glu Glu Ser Phe Asp Ile
165 170 175
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180 185 190
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195 200 205
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Leu Phe Leu Val Ala Lys Lys Leu Tyr Asp Ala Ile Leu Leu Ser Gly
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Ile Leu Thr Val Thr Asp Pro Ser Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala Ser
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Met Ile Asp Arg Tyr Glu Asn His Gln Lys Asp Leu Ala Ala Leu Lys
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Gln Phe Ile Lys Thr Asn Leu Pro Glu Lys Tyr Asp Glu Val Phe Ser
340 345 350
Asp Gln Ser Lys Asp Gly Tyr Ala Gly Tyr Ile Asp Gly Lys Thr Thr
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<211> 1345
<212> PRT
<213> Streptococcus mutans
<400> 221
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20 25 30
Lys Val Leu Gly Asn Thr Asp Lys Ser His Ile Glu Lys Asn Leu Leu
35 40 45
Gly Ala Leu Leu Phe Asp Ser Gly Asn Thr Ala Glu Asp Arg Arg Leu
50 55 60
Lys Arg Thr Ala Arg Arg Arg Tyr Thr Arg Arg Arg Asn Arg Ile Leu
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Tyr Leu Gln Glu Ile Phe Ser Glu Glu Met Gly Lys Val Asp Asp Ser
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Phe Phe His Arg Leu Glu Asp Ser Phe Leu Val Thr Glu Asp Lys Arg
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115 120 125
His Glu Asn Phe Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Gln Tyr Leu Ala Asp
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Asn Pro Glu Lys Val Asp Leu Arg Leu Val Tyr Leu Ala Leu Ala His
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Ile Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Lys Phe Asp Thr
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<211> 1345
<212> PRT
<213> Streptococcus mutans
<400> 224
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Gly Ser Gly Tyr Phe Leu Asp Lys Ile Glu Arg Glu Asp Phe Leu Arg
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Leu Ala Asp Asn Gln Asp Arg Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile
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Gly Glu Arg His Pro Ile Phe Gly Asn Leu Glu Glu Glu Val Lys Tyr
115 120 125
His Glu Asn Phe Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Gln Tyr Leu Ala Asp
130 135 140
Asn Pro Glu Lys Thr Asp Leu Arg Leu Val Tyr Leu Ala Leu Ala His
145 150 155 160
Ile Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Lys Phe Asp Thr
165 170 175
Arg Asn Asn Asp Val Gln Arg Leu Phe Gln Glu Phe Leu Ala Val Tyr
180 185 190
Asp Asn Thr Phe Glu Asn Ser Ser Leu Gln Glu Gln Asn Val Gln Val
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Glu Glu Ile Leu Thr Asp Lys Ile Ser Lys Ser Ala Lys Lys Asp Arg
210 215 220
Val Leu Lys Leu Phe Pro Asn Glu Lys Ser Asn Gly Arg Phe Ala Glu
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Phe Leu Lys Leu Ile Val Gly Asn Gln Ala Asp Phe Lys Lys His Phe
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Glu Leu Glu Glu Lys Ala Pro Leu Gln Phe Ser Lys Asp Ile Tyr Glu
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Glu Glu Leu Glu Val Leu Leu Ala Gln Ile Gly Asp Asn Tyr Ala Glu
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Leu Phe Leu Ser Ala Lys Lys Leu Tyr Asp Ser Ile Leu Leu Ser Gly
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<213> Streptococcus mutans
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Leu Lys Glu Leu Ala Ser Ser Phe Ile Asn Leu Leu Thr Phe Thr
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Asp Arg Lys Arg Tyr Thr Ser Thr Thr Glu Ile Leu Asn Ala Thr
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Leu Ile His Gln Ser Ile Thr Gly Leu Tyr Glu Thr Arg Ile Asp
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Leu Ser Lys Leu Gly Gly Asp
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<213> Streptococcus mutans
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<400> 244
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Leu Ala Asp Asn Gln Asp Arg Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile
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Pro Tyr Tyr Val Gly Pro Leu Ala Arg Gly Lys Ser Asp Phe Ala Trp
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Leu Ser Arg Lys Ser Ala Asp Lys Ile Thr Pro Trp Asn Phe Asp Glu
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Ile Val Asp Lys Glu Ser Ser Ala Glu Ala Phe Ile Asn Arg Met Thr
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Asn Tyr Asp Leu Tyr Leu Pro Asn Gln Lys Val Leu Pro Lys His Ser
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Glu Glu Ile Leu Thr Asp Lys Ile Ser Lys Ser Ala Lys Lys Asp Arg
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Phe Leu Lys Leu Ile Val Gly Asn Gln Ala Asp Phe Lys Lys His Phe
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Glu Leu Glu Glu Lys Ala Pro Leu Gln Phe Ser Lys Asp Thr Tyr Glu
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Glu Glu Leu Glu Val Leu Leu Ala Gln Ile Gly Asp Asn Tyr Ala Glu
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Leu Phe Leu Ser Ala Lys Lys Leu Tyr Asp Ser Ile Leu Leu Ser Gly
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Pro Lys Tyr Ser Leu Phe Lys Leu Glu Asn Gly Arg Lys Arg Leu
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Leu Ala Ser Ala Arg Glu Leu Gln Lys Gly Asn Glu Ile Val Leu
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Phe Lys Glu Ile Ile Lys Lys Ala Gln Val Val Gly Lys Thr Asp Asp
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Val Lys Gln Val Val Gln Glu Leu Pro Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys
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Gly Ile Leu Gln Ser Ile Lys Leu Val Asp Glu Leu Val Lys Val Met
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Gly His Glu Pro Glu Ser Ile Val Ile Glu Met Ala Arg Glu Asn Gln
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Thr Thr Ala Arg Gly Lys Lys Asn Ser Gln Gln Arg Tyr Lys Arg Ile
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Thr Asp Asn Ile Gln Leu Gln Asn Asp Arg Leu Phe Leu Tyr Tyr Leu
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Leu Ser Ser Tyr Asp Ile Asp His Ile Val Pro Gln Ala Phe Ile Lys
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Asp Asp Ser Leu Asp Asn Arg Val Leu Thr Ser Leu Lys Asp Asn Arg
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<213> Streptococcus parasanguinis
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Gly Arg Arg Arg Met Leu Ala Ser Ala Lys Glu Leu Gln Lys Gly
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1220 1225 1230
Ala Lys Arg Ile Gln Lys Lys Asp Glu Pro Glu His Leu Glu Tyr
1235 1240 1245
Ile Lys Gln His His Ser Glu Phe Asn Asp Leu Leu Asn Phe Val
1250 1255 1260
Ser Glu Phe Ser Gln Lys Tyr Val Leu Ala Glu Ser Asn Leu Glu
1265 1270 1275
Lys Ile Lys Asn Leu Tyr Ile Asp Asn Glu Gln Thr Asn Met Glu
1280 1285 1290
Glu Ile Ala Asn Ser Phe Ile Asn Leu Leu Thr Phe Thr Ala Phe
1295 1300 1305
Gly Ala Pro Ala Val Phe Lys Phe Phe Gly Lys Asp Ile Glu Arg
1310 1315 1320
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Lys Leu Gly Glu Glu
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<212> PRT
<213> Streptococcus parauberis
<400> 270
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275 280 285
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Val Lys Arg Arg Ser Asn Glu Ser Ile Thr Pro Trp Asn Phe Glu Glu
435 440 445
Val Val Glu Gln Glu Ala Ser Ala Lys Val Phe Ile Glu Arg Met Thr
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Asn Phe Asp Thr Tyr Leu Pro Glu Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser
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Leu Leu Tyr Glu Met Phe Thr Val Tyr Asn Glu Leu Thr Lys Val Lys
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Tyr Gln Ala Glu Gly Met Arg Lys Pro Glu Phe Leu Ser Ser Glu Glu
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Lys Ile Glu Ile Val Ser Asn Leu Phe Lys Thr Glu Arg Lys Val Thr
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Val Lys Gln Leu Lys Glu Asn Tyr Phe Asn Lys Ile Arg Cys Leu Asp
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Ser Ile Thr Ile Ser Gly Val Glu Asp Lys Phe Asn Ala Ser Leu Gly
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Thr Tyr His Asp Leu Leu Asn Ile Ile Lys Asn Gln Lys Ile Leu Asp
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195 200 205
Glu Ala Ile Phe Ser Asp Lys Ile Ser Lys Ser Ala Lys Arg Glu Arg
210 215 220
Val Leu Lys Leu Phe Pro Asp Glu Lys Ser Thr Gly Leu Phe Ser Glu
225 230 235 240
Phe Leu Lys Leu Ile Val Gly Asn Gln Ala Asp Phe Lys Lys His Phe
245 250 255
Asp Leu Glu Glu Lys Ala Pro Leu Gln Phe Ser Lys Asp Thr Tyr Asp
260 265 270
Glu Asp Leu Glu Asn Leu Leu Gly Gln Ile Gly Asp Gly Phe Ala Asp
275 280 285
Leu Phe Leu Val Ala Lys Lys Leu Tyr Asp Ala Ile Leu Leu Ser Gly
290 295 300
Ile Leu Thr Val Thr Asp Pro Ser Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala Ser
305 310 315 320
Met Ile Glu Arg Tyr Gln Asn His Gln Asn Asp Leu Ala Ser Leu Lys
325 330 335
Gln Phe Ile Lys Asn Asn Leu Pro Glu Lys Tyr Asp Glu Val Phe Ser
340 345 350
Asp Gln Ser Lys Asp Gly Tyr Ala Gly Tyr Val Asp Gly Lys Thr Thr
355 360 365
Gln Glu Ala Phe Tyr Lys Tyr Ile Lys Asn Leu Leu Ser Lys Phe Glu
370 375 380
Gly Ala Asp Tyr Phe Leu Glu Lys Ile Glu Arg Glu Asp Phe Leu Arg
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Lys Gln Arg Thr Phe Asp Asn Gly Ser Ile Pro His Gln Ile His Leu
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420 425 430
Leu Lys Glu Asn Lys Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile
435 440 445
Pro Tyr Tyr Val Gly Pro Leu Ala Arg Gly Asn Arg Asp Phe Ala Trp
450 455 460
Leu Thr Arg Asn Ser Asp Gln Ala Ile Arg Pro Trp Asn Phe Glu Glu
465 470 475 480
Ile Val Asp Lys Ala Ser Ser Ala Glu Asp Phe Ile Asn Lys Met Thr
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Asn Tyr Asp Leu Tyr Leu Pro Glu Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser
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545 550 555 560
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580 585 590
Tyr His Asp Leu Leu Lys Ile Ile Lys Asp Lys Glu Phe Met Asp Asp
595 600 605
Ser Lys Asn Glu Glu Ile Leu Glu Asn Ile Val His Thr Leu Thr Ile
610 615 620
Phe Glu Asp Arg Glu Met Ile Lys Gln Arg Leu Ala Gln Tyr Asp Ser
625 630 635 640
Ile Phe Asp Glu Lys Val Ile Lys Ala Leu Thr Arg Arg His Tyr Thr
645 650 655
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660 665 670
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675 680 685
Asn Arg Asn Phe Met Gln Leu Ile Asn Asp Asp Gly Leu Ser Phe Lys
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705 710 715 720
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755 760 765
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1325 1330 1335
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<210> 274
<211> 1363
<212> PRT
<213> Streptococcus pseudopneumoniae
<400> 274
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Met Ile Lys Tyr Arg Gly His Phe Leu Tyr Glu Glu Ala Phe Asp Ile
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Lys Asn Asn Asp Ile Gln Lys Ile Phe Asn Glu Phe Ile Ser Ile Tyr
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290 295 300
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325 330 335
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450 455 460
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485 490 495
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515 520 525
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530 535 540
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580 585 590
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675 680 685
Asn Arg Asn Phe Met Gln Leu Ile Asn Asp Asp Gly Leu Ser Phe Lys
690 695 700
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705 710 715 720
Gln Val Val Arg Glu Leu Pro Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys Gly Ile
725 730 735
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740 745 750
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755 760 765
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785 790 795 800
Asn Asn Gln Leu Gln Asn Asp Arg Leu Phe Leu Tyr Tyr Leu Gln Asn
805 810 815
Gly Lys Asp Met Tyr Thr Gly Glu Ala Leu Asp Ile Asn Gln Leu Ser
820 825 830
Ser Tyr Asp Ile Asp His Ile Ile Pro Gln Ala Phe Ile Lys Asp Asp
835 840 845
Ser Leu Asp Asn Arg Val Leu Thr Ser Ser Lys Asp Asn Arg Gly Lys
850 855 860
Ser Asp Asn Val Pro Ser Leu Glu Val Val Gln Lys Arg Lys Ala Phe
865 870 875 880
Trp Gln Gln Leu Leu Asp Ser Lys Leu Ile Ser Glu Arg Lys Phe Asn
885 890 895
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900 905 910
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915 920 925
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930 935 940
Glu Lys Asp Lys Lys Asn Arg Asn Val Lys Ile Ile Thr Leu Lys Ser
945 950 955 960
Asn Leu Val Ser Asn Phe Arg Lys Glu Phe Arg Leu Tyr Lys Val Arg
965 970 975
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980 985 990
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1055 1060 1065
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1070 1075 1080
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1130 1135 1140
Val Ile Ala Asp Ile Glu Lys Gly Lys Thr Lys Lys Leu Lys Arg
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Ile Lys Glu Met Val Gly Ile Thr Ile Gln Asp Lys Lys Lys Phe
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1175 1180 1185
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1190 1195 1200
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1220 1225 1230
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1235 1240 1245
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1250 1255 1260
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1265 1270 1275
Asn Val Glu Ser Leu Leu His Gln Ala Phe Glu Gln Ala Asp Asn
1280 1285 1290
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1295 1300 1305
Thr Ser Phe Gly Ala Pro Gly Ala Phe Lys Phe Leu Gly Ala Glu
1310 1315 1320
Ile Ser Gln Ser Ser Val Arg Tyr Lys Pro Asn Ser Gln Phe Leu
1325 1330 1335
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<210> 275
<211> 1360
<212> PRT
<213> Streptococcus pseudoporcinus
<400> 275
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115 120 125
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Gln Lys Ala Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu Ser His Ile Ile
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Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Lys Leu Asn Ser Glu Asn
165 170 175
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Leu Phe Glu Glu Glu Ile Ala Gly Glu Thr Cys Asp Ala Lys Ala Leu
195 200 205
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225 230 235 240
Leu Ala Leu Gly Leu Arg Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe Gly Leu Ser
245 250 255
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260 265 270
Asp Asn Leu Leu Ala Glu Ile Gly Asp His Tyr Ala Asp Leu Phe Leu
275 280 285
Ala Ala Lys Asn Leu Ser Asp Ala Ile Leu Leu Ser Asp Ile Leu Thr
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325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
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385 390 395 400
Thr Phe Asp Asn Gly Ser Ile Pro His Gln Ile His Leu Lys Glu Leu
405 410 415
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435 440 445
Val Gly Pro Leu Ala Lys Gly Gly Asn Ser Ser Phe Ala Trp Leu Lys
450 455 460
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465 470 475 480
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Asn Phe Ile Gln Leu Ile Asn Asp Ser Ser Leu Asp Phe Glu Lys Leu
690 695 700
Ile Asp Asp Ala Gln Lys Lys Ala Ile Lys Arg Glu Ser Leu Thr Glu
705 710 715 720
Ala Val Ala Asn Leu Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys Gly Ile Leu
725 730 735
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740 745 750
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755 760 765
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770 775 780
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785 790 795 800
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805 810 815
Asp Gly Lys Asp Met Tyr Thr Gly Gln Asp Leu Asp Ile Asn Asn Leu
820 825 830
Ser Gln Tyr Asp Ile Asp His Ile Ile Pro Gln Ser Phe Ile Lys Asp
835 840 845
Asn Ser Ile Asp Asn Leu Val Leu Thr Thr Gln Lys Ala Asn Arg Gly
850 855 860
Lys Ser Asp Asn Val Pro Ser Ile Glu Val Val Arg Asp Met Lys Asp
865 870 875 880
Arg Val Trp Arg Arg Gln Leu Ala Asn Gly Ala Ile Ser Arg Gln Lys
885 890 895
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900 905 910
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930 935 940
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945 950 955 960
Lys Ile Val Ser Asp Phe Arg Lys Asp Phe Gly Leu Tyr Lys Leu Arg
965 970 975
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980 985 990
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995 1000 1005
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1010 1015 1020
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1025 1030 1035
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1040 1045 1050
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1055 1060 1065
Asp Lys Val Lys Asp Phe Lys Thr Ile Arg Lys Val Leu Ser Tyr
1070 1075 1080
Pro Gln Val Asn Ile Val Lys Lys Thr Glu Ile Gln Ser Gly Ala
1085 1090 1095
Phe Ser Lys Glu Ser Val Leu Ser Lys Gly Asn Ser Asp Lys Leu
1100 1105 1110
Ile Glu Arg Lys Lys Gly Trp Asp Pro Lys Lys Tyr Gly Gly Phe
1115 1120 1125
Asp Ser Pro Asn Thr Ala Tyr Ser Ile Phe Val Val Ala Lys Val
1130 1135 1140
Ala Lys Arg Lys Ala Gln Lys Leu Lys Thr Val Lys Glu Ile Val
1145 1150 1155
Gly Ile Thr Ile Met Glu Gln Ala Glu Tyr Glu Lys Asp Asn Ile
1160 1165 1170
Ala Phe Leu Glu Lys Lys Gly Tyr Gln Asp Ile Gln Glu Lys Leu
1175 1180 1185
Leu Ile Lys Leu Pro Lys Tyr Ser Leu Phe Glu Leu Glu Asn Gly
1190 1195 1200
Arg Arg Arg Leu Leu Ala Ser Glu Phe Gln Lys Gly Asn Glu Leu
1205 1210 1215
Ala Leu Ser Gly Lys Tyr Met Lys Phe Leu Tyr Leu Ala Ser Arg
1220 1225 1230
Tyr Asp Lys Leu Ser Ser Lys Ile Glu Ser Glu Gln Gln Lys Lys
1235 1240 1245
Leu Phe Val Glu Gln His Leu His Tyr Phe Asp Glu Ile Leu Asp
1250 1255 1260
Ile Val Val Lys His Ala Thr Cys Tyr Ile Lys Ala Glu Asn Asn
1265 1270 1275
Leu Lys Lys Ile Ile Ser Leu Tyr Lys Lys Lys Glu Ala Tyr Ser
1280 1285 1290
Ile Asn Glu Gln Ala Leu Asn Met Leu Asn Leu Phe Ile Phe Thr
1295 1300 1305
Ser Leu Gly Ala Pro Ser Thr Phe Val Phe Phe Asp Glu Thr Ile
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Asp Arg Lys Arg Tyr Thr Thr Ser Ser Asp Val Leu Asn Gly Ile
1325 1330 1335
Leu Ile Gln Gln Ser Ile Thr Gly Leu Tyr Glu Thr Arg Ile Asp
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Leu Ser Arg Phe Gly Gly Asp
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<210> 276
<211> 1316
<212> PRT
<213> Streptococcus pseudoporcinus
<400> 276
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1 5 10 15
Arg Leu Lys Arg Thr Asn Arg Arg Arg Tyr Thr Arg Arg Arg Tyr Arg
20 25 30
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50 55 60
Lys Ala Phe Asp Lys His Pro Ile Phe Gly Asn Ser Lys Glu Glu Arg
65 70 75 80
Ala Tyr His Lys Thr Tyr Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Lys Asp Leu
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Ala Asp Arg Asp Gln Lys Ala Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu
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Ser His Ile Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Lys Leu
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Asn Ser Glu Asn Thr Asp Val Gln Lys Leu Phe Ile Ala Leu Val Thr
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305 310 315 320
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325 330 335
Lys Gly Gly Asp Glu Phe Leu Ala Lys Ile Asp Arg Asp Asp Phe Leu
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Leu Lys Glu Leu His Ala Ile Leu Arg Arg Gln Glu Lys Tyr Tyr Pro
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<210> 277
<211> 1359
<212> PRT
<213> Streptococcus sanguinis
<400> 277
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Tyr Asp Leu Tyr Leu Pro Glu Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser Leu
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530 535 540
Lys Gln Ile Val Asn Gln Leu Phe Lys Glu Lys Arg Lys Val Thr Glu
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Lys Asp Ile Ile His Tyr Leu His Asn Val Asp Gly Tyr Asp Gly Ile
565 570 575
Glu Leu Lys Gly Ile Glu Lys Gln Phe Asn Ala Asn Leu Ser Thr Tyr
580 585 590
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Leu Glu Ser Ile Val Ile Glu Met Ala Arg Glu Asn Gln Thr Thr Ala
755 760 765
Arg Gly Lys Lys Asn Ser Gln Gln Arg Tyr Lys Arg Ile Glu Asp Ala
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785 790 795 800
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805 810 815
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835 840 845
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885 890 895
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900 905 910
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Lys Ala Thr Glu Lys Tyr Phe Phe Tyr Ser Asn Leu Leu Asn Phe
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Ser Lys Glu Ser Ile Leu Pro Lys Gly Asn Ser Asp Lys Leu Ile
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1145 1150 1155
Leu Val Gly Ile Thr Ile Met Glu Lys Ala Ala Phe Glu Glu Asn
1160 1165 1170
Pro Ile Thr Phe Leu Glu Asn Lys Gly Tyr His Asn Val Arg Lys
1175 1180 1185
Glu Asn Ile Leu Cys Leu Pro Lys Tyr Ser Leu Phe Glu Leu Glu
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Asn Gly Arg Arg Arg Leu Leu Ala Ser Ala Lys Glu Leu Gln Lys
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1220 1225 1230
His Ser Lys Asn Leu His Lys Leu Asp Glu Pro Glu His Leu Glu
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Tyr Ile Gln Lys His Arg Asn Glu Phe Lys Asp Leu Leu Asn Leu
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Glu Lys Ile Lys Asp Leu Tyr Ala Asp Asn Glu Gln Ala Asp Ile
1280 1285 1290
Glu Ile Leu Ala Asn Ser Phe Ile Asn Leu Leu Thr Phe Thr Ala
1295 1300 1305
Leu Gly Ala Pro Ala Ala Phe Lys Phe Phe Gly Lys Asp Val Asp
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Ser Lys Leu Gly Glu Glu
1355
<210> 278
<211> 1362
<212> PRT
<213> Streptococcus sanguinis
<400> 278
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Phe His Arg Leu Asp Asp Ser Phe Leu Val Pro Glu Asp Lys Arg Gly
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Lys Glu Lys Thr Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu Ala His Met
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Leu Lys Leu Phe Ser Asp Glu Lys Ser Thr Gly Leu Phe Ser Glu Phe
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Leu Lys Leu Ile Val Gly Asn Gln Ala Asp Phe Lys Lys His Phe Asp
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Leu Glu Glu Lys Ala Pro Leu Gln Phe Ser Lys Asp Thr Tyr Asp Glu
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Asp Leu Glu Asn Leu Leu Gly Gln Ile Gly Asp Gly Phe Ala Asp Leu
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Phe Leu Val Ala Lys Lys Leu Tyr Asp Ala Ile Leu Leu Ser Gly Ile
290 295 300
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Ile Glu Arg Tyr Glu Asn His Gln Glu Asp Leu Ala Ala Leu Lys Gln
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Phe Ile Lys Asn Asn Leu Ser Glu Lys Tyr Ala Glu Val Phe Ser Asp
340 345 350
Gln Ser Lys Asp Gly Tyr Ala Gly Phe Ile Asp Gly Lys Thr Thr Gln
355 360 365
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370 375 380
Ala Asp Tyr Phe Leu Asn Lys Ile Glu Arg Glu Asp Phe Leu Arg Lys
385 390 395 400
Gln Arg Thr Phe Asp Asn Gly Ser Ile Pro His Gln Ile His Leu Gln
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Glu Met Asn Ala Ile Leu Arg Arg Gln Gly Glu His Tyr Leu Phe Leu
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Lys Glu Asn Arg Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Ala Phe Arg Ile Pro
435 440 445
Tyr Tyr Val Gly Pro Leu Ala Arg Gly Asn Arg Asp Phe Ala Trp Leu
450 455 460
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465 470 475 480
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Tyr Asp Leu Tyr Leu Pro Glu Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser Leu
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Ile Ala Glu Gly Leu Arg Asp Tyr Gln Phe Leu Asp Ser Gly Gln Lys
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Glu Lys Leu Met Asp Phe Leu Gly Lys Glu Phe Asp Glu Phe Arg Ile
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Val Asp Leu Leu Gly Leu Asp Lys Asp Asn Lys Ser Phe Asn Ala Ser
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Leu Gly Thr Tyr His Asp Leu Lys Lys Ile Val Ser Lys Asp Leu Leu
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Asp Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ile Leu Glu Asn Val Val Leu Thr Leu
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Thr Leu Phe Glu Asp Arg Glu Met Ile Arg Lys Arg Leu Glu Lys Tyr
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Lys Asp Val Leu Thr Glu Glu Gln Arg Lys Lys Leu Glu Arg Arg His
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Tyr Thr Gly Trp Gly Arg Leu Ser Ala Lys Leu Ile Asn Gly Ile Arg
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Asp Lys Val Thr Arg Lys Thr Ile Leu Asp Tyr Leu Ile Asp Asp Gly
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Leu Phe Ala Ser Ala Lys Asn Leu Tyr Asp Ala Ile Leu Leu Ser Gly
290 295 300
Ile Leu Thr Val Asp Asp Asn Ser Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala Ser
305 310 315 320
Met Val Lys Arg Tyr Glu Glu His Gln Lys Asp Leu Lys Lys Leu Lys
325 330 335
Asp Phe Ile Lys Val Asn Ala Pro Asp Gln Tyr Asn Ala Ile Phe Lys
340 345 350
Asp Lys Asn Lys Lys Gly Tyr Ala Gly Tyr Ile Glu Asn Gly Val Lys
355 360 365
Gln Asp Glu Phe Tyr Lys Tyr Leu Lys Gly Ile Leu Leu Gln Ile Asn
370 375 380
Gly Ser Gly Asp Phe Leu Asp Lys Ile Asp Arg Glu Asp Phe Leu Arg
385 390 395 400
Lys Gln Arg Thr Phe Asp Asn Gly Ser Ile Pro His Gln Ile His Leu
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Leu Lys Glu Asn Gln Asp Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile
435 440 445
Pro Tyr Tyr Val Gly Pro Leu Ala Arg Lys Gly Ser Arg Phe Ala Trp
450 455 460
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Ile Leu Asp Lys Glu Lys Ser Ala Glu Lys Phe Ile Thr Arg Met Thr
485 490 495
Leu Asn Asp Leu Tyr Leu Pro Glu Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser
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Leu Gly Thr Tyr His Asp Leu Arg Lys Ile Leu Asp Lys Ser Phe Leu
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610 615 620
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Asn Lys Glu Asn Lys Lys Thr Ile Leu Asp Tyr Leu Ile Asp Asp Gly
675 680 685
Tyr Ala Asn Arg Asn Phe Met Gln Leu Ile Asn Asp Asp Ala Leu Ser
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Phe Lys Glu Glu Ile Ala Lys Ala Gln Val Ile Gly Glu Thr Asp Asp
705 710 715 720
Leu Asn Gln Val Val Ser Asp Ile Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys
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740 745 750
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Ile Asp His Ile Ile Pro Gln Ala Phe Ile Lys Asp Asp Ser Phe Asp
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1340 1345 1350
<210> 288
<211> 1256
<212> PRT
<213> Brochothrix thermosphacta
<400> 288
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115 120 125
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370 375 380
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385 390 395 400
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420 425 430
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435 440 445
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450 455 460
Glu Asp Val Ile Pro Lys His Ser Phe Ser Tyr Ala Lys Phe Glu Val
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Leu Asn Glu Leu Asn Lys Ile Arg Leu Asp Gly Lys Pro Ile Asp Ile
485 490 495
Pro Leu Lys Lys Arg Ile Phe Glu Gly Leu Phe Leu Glu Lys Thr Lys
500 505 510
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515 520 525
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660 665 670
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Lys Asn Ala Gly Leu Ile Gly Glu Lys Lys Phe Arg Asn Leu Thr Arg
835 840 845
Thr Lys Ile Thr Asp Arg Asp Lys Glu Gly Phe Ile Ala Arg Gln Leu
850 855 860
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865 870 875 880
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885 890 895
Ser Gly Leu Arg Arg Lys Phe Glu Phe Ile Lys Asn Arg Asn Val Asn
900 905 910
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915 920 925
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1190 1195 1200
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1220 1225 1230
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1235 1240 1245
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1250 1255
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<211> 1290
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<213> Catenibacterium mitsuokai
<400> 289
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Arg Arg Ala Ser Arg Ser Ile Arg Arg Arg Tyr Asn Lys Arg Arg Glu
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Arg Ile Arg Leu Leu Arg Ala Ile Leu Gln Asp Met Val Leu Glu Lys
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195 200 205
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340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
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385 390 395 400
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420 425 430
Tyr Pro Ile Leu Lys Glu Lys Arg Glu Gln Leu Leu Ser Ile Leu Thr
435 440 445
Phe Arg Ile Pro Tyr Tyr Phe Gly Pro Leu Glu Thr Ser Glu His Ala
450 455 460
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465 470 475 480
Asn Tyr Gln Asp Ile Val Asp Val Asp Ala Thr Ala Glu Gly Phe Ile
485 490 495
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500 505 510
Pro Lys Asn Ser Leu Ile Val Ser Lys Tyr Glu Val Tyr Asn Glu Leu
515 520 525
Asn Lys Ile Arg Val Asp Asp Lys Leu Leu Glu Val Asp Val Lys Asn
530 535 540
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Lys Leu Lys Asn Trp Leu Val Asn Asn Gln Cys Cys Ser Lys Asp Ala
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595 600 605
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945 950 955 960
Tyr Ile Val Ala Leu Ile Gly Gly Phe Met Arg Asp Arg Tyr Pro Asn
965 970 975
Met His Asp Ser Lys Ala Val Tyr Ser Glu Tyr Met Lys Met Phe Arg
980 985 990
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995 1000 1005
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1010 1015 1020
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Lys Leu Asp Gln Lys Ser Gly Gln Leu Phe Asn Thr Val Leu Ser
1040 1045 1050
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1055 1060 1065
Asn Arg Ser Asp Val His Lys Tyr Gly Gly Phe Ser Gly Leu Gln
1070 1075 1080
Tyr Thr Ile Val Ala Ile Glu Gly Gln Lys Lys Lys Gly Lys Lys
1085 1090 1095
Thr Glu Leu Val Lys Lys Ile Ser Gly Val Pro Leu His Leu Lys
1100 1105 1110
Ala Ala Ser Ile Asn Glu Lys Ile Asn Tyr Ile Glu Glu Lys Glu
1115 1120 1125
Gly Leu Ser Asp Val Arg Ile Ile Lys Asp Asn Ile Pro Val Asn
1130 1135 1140
Gln Met Ile Glu Met Asp Gly Gly Glu Tyr Leu Leu Thr Ser Glu
1145 1150 1155
Tyr Val Asn Ala Arg Gln Leu Val Leu Asn Glu Lys Gln Cys Ala
1160 1165 1170
Leu Ile Ala Asp Ile Tyr Asn Ala Ile Tyr Lys Gln Asp Tyr Asp
1175 1180 1185
Asn Leu Asp Asp Ile Leu Met Ile Gln Leu Tyr Ile Glu Leu Thr
1190 1195 1200
Asn Lys Met Lys Val Leu Tyr Pro Ala Tyr Arg Gly Ile Ala Glu
1205 1210 1215
Lys Phe Glu Ser Tyr Val Val Ile Ser Lys Glu Glu Lys Ala Asn
1220 1225 1230
Ile Ile Gln Met Leu Ile Val Met His Arg Gly Pro Gln Asn Gly
1235 1240 1245
Asn Ile Val Tyr Asp Asp Phe Lys Ile Ser Asp Arg Ile Gly Arg
1250 1255 1260
Leu Lys Thr Lys Asn His Asn Leu Asn Ile Val Phe Ile Ser Gln
1265 1270 1275
Ser Pro Thr Gly Ile Tyr Thr Lys Lys Tyr Lys Leu
1280 1285 1290
<210> 290
<211> 1359
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 290
Met Asp Lys Lys Tyr Ser Ile Gly Leu Asp Ile Gly Thr Asn Ser Val
1 5 10 15
Gly Trp Ala Val Ile Thr Asp Glu Tyr Lys Val Pro Ser Lys Lys Phe
20 25 30
Lys Val Leu Gly Asn Thr Asp Arg His Ser Ile Lys Lys Asn Leu Ile
35 40 45
Gly Ala Leu Leu Phe Asp Ser Gly Glu Thr Ala Glu Ala Thr Arg Leu
50 55 60
Lys Arg Thr Ala Arg Arg Arg Tyr Thr Arg Arg Lys Asn Arg Ile Cys
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100 105 110
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130 135 140
Ser Thr Asp Lys Ala Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu Ala His
145 150 155 160
Met Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Asp Leu Asn Pro
165 170 175
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180 185 190
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195 200 205
Ala Ile Leu Ser Ala Arg Leu Ser Lys Ser Arg Arg Leu Glu Asn Leu
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Ile Ala Gln Leu Pro Gly Glu Lys Lys Asn Gly Leu Phe Gly Asn Leu
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Ile Ala Leu Ser Leu Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe Asp
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Leu Ala Glu Asp Ala Lys Leu Gln Leu Ser Lys Asp Thr Tyr Asp Asp
260 265 270
Asp Leu Asp Asn Leu Leu Ala Gln Ile Gly Asp Gln Tyr Ala Asp Leu
275 280 285
Phe Leu Ala Ala Lys Asn Leu Ser Asp Ala Ile Leu Leu Ser Asp Ile
290 295 300
Leu Arg Val Asn Thr Glu Ile Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala Ser Met
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Ile Lys Arg Tyr Asp Glu His His Gln Asp Leu Thr Leu Leu Lys Ala
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370 375 380
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Lys Asp Asn Arg Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile Pro
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Tyr Tyr Val Gly Pro Leu Ala Arg Gly Asn Ser Arg Phe Ala Trp Met
450 455 460
Thr Arg Lys Ser Glu Glu Thr Ile Thr Pro Trp Asn Phe Glu Glu Val
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Val Asp Lys Gly Ala Ser Ala Gln Ser Phe Ile Glu Arg Met Thr Asn
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625 630 635 640
Leu Phe Asp Asp Lys Val Met Lys Gln Leu Lys Arg Arg Arg Tyr Thr
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<400> 291
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
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Gly Ala Leu Leu Phe Asp Ser Gly Glu Thr Ala Glu Ala Thr Arg Leu
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740 745 750
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755 760 765
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770 775 780
Gly Ile Lys Glu Leu Gly Ser Gln Ile Leu Lys Glu His Pro Val Glu
785 790 795 800
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850 855 860
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1145 1150 1155
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1175 1180 1185
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1190 1195 1200
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1205 1210 1215
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1220 1225 1230
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1235 1240 1245
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1250 1255 1260
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1265 1270 1275
Asp Lys Val Leu Ser Ala Tyr Asn Lys His Arg Asp Lys Pro Ile
1280 1285 1290
Arg Glu Gln Ala Glu Asn Ile Ile His Leu Phe Thr Leu Thr Asn
1295 1300 1305
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1310 1315 1320
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1325 1330 1335
Ile His Gln Ser Ile Thr Gly Leu Tyr Glu Thr Arg Ile Asp Leu
1340 1345 1350
Ser Gln Leu Gly Gly Asp
1355
<210> 293
<211> 1327
<212> PRT
<213> Dolosigranulum pigrum
<400> 293
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1 5 10 15
Gly Trp Ala Val Met Lys Asp Asp Tyr Thr Leu Ile Arg Lys Arg Met
20 25 30
Lys Val Leu Gly Asn Thr Asp Ile Lys Lys Ile Lys Lys Asn Phe Trp
35 40 45
Gly Val Arg Leu Phe Asp Glu Gly Glu Thr Ala Lys Glu Thr Arg Leu
50 55 60
Lys Arg Gly Thr Arg Arg Arg Tyr Gln Arg Arg Arg Asn Arg Leu Ile
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polypeptide
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165 170 175
Glu Asn Thr Ser Ile Glu Glu Ser Phe Arg Val Phe Leu Glu Gln Tyr
180 185 190
Gly Lys Gln Ser Asp Gln Pro Leu Ile Val His Gln Pro Val Leu Thr
195 200 205
Ile Leu Thr Asp Lys Leu Ser Lys Thr Lys Lys Val Glu Glu Ile Leu
210 215 220
Lys Tyr Tyr Pro Thr Glu Lys Ile Asn Ser Phe Phe Ala Gln Cys Leu
225 230 235 240
Lys Leu Ile Val Gly Asn Gln Ala Asn Phe Lys Arg Ile Phe Asp Leu
245 250 255
Glu Ala Glu Val Lys Leu Gln Phe Ser Lys Glu Thr Tyr Glu Glu Asp
260 265 270
Leu Glu Ser Leu Leu Glu Lys Ile Gly Asp Glu Tyr Leu Asp Ile Phe
275 280 285
Leu Gln Ala Lys Lys Val His Asp Ala Ile Leu Leu Ser Glu Ile Ile
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Ser Ser Thr Val Lys His Thr Gln Ala Lys Leu Ser Ser Gly Met Val
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Glu Arg Tyr Glu Arg His Lys Ala Asp Leu Ala Lys Phe Lys Gln Phe
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340 345 350
Thr Lys Asn Gly Tyr Ala Gly Tyr Ile Lys Gly Lys Thr Thr Gln Glu
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Glu Phe Tyr Lys Phe Val Lys Lys Glu Leu Ser Gly Val Val Gly Ser
370 375 380
Glu Pro Phe Leu Glu Lys Ile Asp Gln Glu Thr Phe Leu Leu Lys Gln
385 390 395 400
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405 410 415
Leu Lys Ala Ile Ile Asp Gln Gln Lys Gln His Tyr Pro Phe Leu Glu
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Glu Ala Gly Pro Lys Ile Ile Ala Leu Phe Lys Phe Arg Ile Pro Tyr
435 440 445
Tyr Val Gly Pro Leu Ala Lys Glu Gln Glu Ala Ser Ser Phe Ala Trp
450 455 460
Ile Glu Arg Lys Thr Ala Glu Lys Ile Asn Pro Trp Asn Phe Ser Glu
465 470 475 480
Val Val Asp Ile Glu Lys Ser Ala Met Arg Phe Ile Gln Arg Met Thr
485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
Tyr Lys Asp Glu Arg Gly Val Lys Gln Tyr Phe Ser Gly Asp Glu Lys
530 535 540
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545 550 555 560
Val Lys Lys Leu Gln Asn Phe Leu Tyr Thr His Tyr His Ile Glu Asn
565 570 575
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580 585 590
Tyr His Asp Phe Met Lys Leu Ala Lys Thr Asn Glu Trp Leu Glu Gln
595 600 605
Pro Glu Met Glu Pro Ile Phe Glu Asp Ile Val Lys Ile Leu Thr Ile
610 615 620
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625 630 635 640
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645 650 655
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705 710 715 720
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1325
<210> 320
<211> 1324
<212> PRT
<213> Enterococcus italicus
<400> 320
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Ile Ile Lys Phe Arg Gly Asn Phe Leu Ile Glu Gly Glu Leu Asn Thr
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355 360 365
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370 375 380
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435 440 445
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530 535 540
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545 550 555 560
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675 680 685
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725 730 735
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Thr Thr Gly Arg Gly Lys Gln Asn Ser Lys Pro Arg Leu Lys Gly Ile
770 775 780
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785 790 795 800
Ile Asp Asn Lys Gln Leu Gln Asn Asp Arg Leu Tyr Leu Tyr Tyr Leu
805 810 815
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850 855 860
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865 870 875 880
Arg Phe Trp Arg Lys Leu Leu Asn Ala Lys Leu Ile Ser Glu Arg Lys
885 890 895
Tyr Thr Asn Leu Thr Lys Lys Glu Leu Thr Glu Ser Asp Lys Ala Gly
900 905 910
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915 920 925
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1145 1150 1155
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1160 1165 1170
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1175 1180 1185
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1190 1195 1200
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1205 1210 1215
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1220 1225 1230
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1235 1240 1245
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1250 1255 1260
Ile Ala Lys Ser Phe Ile Asn Leu Leu Thr Phe Thr Ala Met Gly
1265 1270 1275
Ala Pro Ala Asp Phe Glu Phe Phe Gly Glu Lys Ile Pro Arg Lys
1280 1285 1290
Arg Tyr Val Ser Ile Ser Glu Ile Ile Asp Ala Val Phe Ile His
1295 1300 1305
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Val
<210> 321
<211> 1323
<212> PRT
<213> Enterococcus mundtii
<400> 321
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Ser Ile Gln Gly Asp Ser Asn Arg Lys Lys Ile Lys Lys Asn Phe Trp
35 40 45
Gly Ala Arg Leu Phe Glu Glu Gly Lys Thr Ala Gln Phe Arg Arg Ile
50 55 60
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Ala Leu Gln Asp Ile Phe Ala Glu Glu Ile His Lys Lys Asp Pro Asn
85 90 95
Phe Phe Ala Arg Leu Glu Glu Gly Asp Arg Val Glu Ala Asp Lys Arg
100 105 110
Phe Ala Lys Phe Pro Val Phe Ala Thr Leu Ser Glu Glu Lys Asn Tyr
115 120 125
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145 150 155 160
Cys Leu Lys Tyr Arg Gly His Phe Leu Phe Glu Gly Glu Leu Asp Thr
165 170 175
Glu Asn Thr Ser Val Thr Glu Asn Tyr Gln Gln Phe Leu Gln Ala Tyr
180 185 190
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195 200 205
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210 215 220
Ala Tyr Tyr Pro Ser Glu Lys Ser Thr Gly Asn Phe Ala Gln Phe Leu
225 230 235 240
Lys Leu Met Val Gly Asn Gln Ala Asn Phe Lys Lys Thr Phe Asp Leu
245 250 255
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260 265 270
Leu Asn Glu Leu Leu Glu Lys Thr Ser Asp Asp Tyr Ala Glu Leu Phe
275 280 285
Leu Lys Ala Lys Gly Val Tyr Asp Ala Ile Leu Leu Ser Gln Ile Leu
290 295 300
Ser Lys Ser Asp Asp Glu Thr Lys Ala Lys Leu Ser Ala Asn Met Lys
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Leu Arg Phe Glu Glu His Gln Arg Asp Leu Lys Gln Leu Lys Glu Leu
325 330 335
Val Arg Arg Asp Leu Pro Lys Lys Tyr Asp Asp Phe Phe Lys Asn Arg
340 345 350
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705 710 715 720
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725 730 735
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770 775 780
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785 790 795 800
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Leu Val Ser Ser Lys Val Asn Arg Gly Lys Leu Asp Asn Ala Pro Asp
850 855 860
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Ala Lys Leu Ile Ser Asp Lys Lys Leu Ala Asn Leu Thr Lys Gln Asn
885 890 895
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945 950 955 960
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965 970 975
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980 985 990
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995 1000 1005
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1055 1060 1065
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1070 1075 1080
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Glu Lys Gly Lys Gln Lys Lys Val Thr Lys Gly Ile Glu Gly Ile
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1130 1135 1140
Leu Lys Thr Lys Gly Tyr Glu Gly Val Lys Gln Trp Leu Ile Leu
1145 1150 1155
Pro Lys Tyr Ile Leu Phe Glu Ala Gln Gly Gly Tyr Arg Arg Met
1160 1165 1170
Ile Ala Ser Gln Glu Thr Gln Lys Ala Asn Ser Leu Ile Leu Pro
1175 1180 1185
Glu Asn Leu Val Thr Leu Leu Tyr His Ala Arg His Tyr Asp Glu
1190 1195 1200
Ile Asn His Lys Val Ser Phe Asp Tyr Val Asn Ala His Lys Glu
1205 1210 1215
Gly Phe Asn Asp Ile Phe Asp Phe Ile Ser Asp Phe Gly Val Arg
1220 1225 1230
Tyr Ile Leu Ala Pro Gln His Leu Glu Lys Ile Lys Val Ala Tyr
1235 1240 1245
Glu Lys Asn Lys Glu Val Asp Leu Lys Glu Met Ile Asp Ala Ile
1250 1255 1260
Leu Ser Leu Leu Lys Phe Thr Leu Phe Gly Ala Ser Val Glu Phe
1265 1270 1275
Lys Phe Phe Asp Ile Lys Ile Leu Lys Arg Tyr Lys Ser Leu Thr
1280 1285 1290
Asp Ile Trp Glu Ala Thr Ile Ile Tyr Gln Ser Val Thr Gly Leu
1295 1300 1305
Tyr Glu Arg Arg Val Glu Val Arg Lys Leu Trp Asp Gly Glu Arg
1310 1315 1320
<210> 322
<211> 1330
<212> PRT
<213> Enterococcus phoeniculicola
<400> 322
Met Lys Lys Glu Tyr Thr Ile Gly Leu Asp Ile Gly Thr Asn Ser Val
1 5 10 15
Gly Trp Ala Val Leu Thr Glu Asn Tyr Asp Leu Val Lys Lys Lys Met
20 25 30
Lys Val Tyr Gly Asn Thr Glu Thr Lys Tyr Leu Lys Lys Asn Leu Trp
35 40 45
Gly Val Arg Leu Phe Asp Glu Gly Glu Thr Ala Ala Asp Arg Arg Leu
50 55 60
Lys Arg Thr Thr Arg Arg Arg Tyr Ser Arg Arg Arg Asn Arg Ile Cys
65 70 75 80
Arg Leu Gln Asp Leu Phe Thr Glu Glu Met Asn Gln Val Asp Ala Asn
85 90 95
Phe Phe His Arg Leu Gln Glu Ser Phe Leu Val Pro Asp Glu Lys Glu
100 105 110
Phe Glu Arg His Ala Ile Phe Gly Lys Met Glu Glu Glu Val Ser Tyr
115 120 125
Tyr Arg Glu Phe Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Lys His Leu Ala Asp
130 135 140
Thr Ser Glu Gln Ala Asp Leu Arg Leu Val Tyr Leu Ala Leu Ala His
145 150 155 160
Ile Val Lys Tyr Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Glu Leu Asn Thr
165 170 175
Glu Asn Ser Ser Val Ser Glu Thr Phe Arg Thr Phe Ile Gln Val Tyr
180 185 190
Asn Gln Ile Phe Arg Glu Asn Glu Pro Leu Ala Val Pro Asp Asn Ile
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210 215 220
Ile Leu Ser Val Tyr Ser Glu Glu Lys Ser Thr Gly Thr Leu Ala Gln
225 230 235 240
Phe Leu Lys Leu Met Val Gly Asn Gln Gly Arg Phe Lys Lys Thr Phe
245 250 255
Asp Leu Glu Glu Asp Gly Ile Ile Gln Ile Pro Lys Glu Glu Tyr Glu
260 265 270
Glu Glu Leu Glu Thr Leu Leu Ala Ile Ile Gly Asp Glu Tyr Ala Glu
275 280 285
Ile Phe Ser Ala Thr Lys Ser Val Tyr Asp Ala Val Ala Leu Ser Gly
290 295 300
Ile Leu Ser Val Thr Asp Gly Asp Thr Lys Ala Lys Leu Ser Ala Ser
305 310 315 320
Met Val Glu Arg Tyr Glu Ala His Gln Lys Asp Leu Val Gln Phe Lys
325 330 335
Gln Phe Ile Arg Lys Glu Leu Pro Glu Met Tyr Ala Pro Ile Phe Arg
340 345 350
Asp Asn Ser Val Ser Gly Tyr Ala Gly Tyr Val Glu Asn Ser Val Thr
355 360 365
Gln Ala Glu Phe Tyr Lys Tyr Ile Lys Lys Ala Ile Glu Lys Val Pro
370 375 380
Gly Ala Glu Tyr Phe Leu Glu Lys Ile Glu Gln Glu Thr Phe Leu Asp
385 390 395 400
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405 410 415
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465 470 475 480
Val Val Asp Ile Lys Lys Ser Ala Thr Lys Phe Ile Glu Arg Met Thr
485 490 495
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Met Ile Tyr Glu Lys Tyr Met Val Tyr Asn Glu Leu Thr Lys Val Ser
515 520 525
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545 550 555 560
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565 570 575
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<210> 323
<211> 1327
<212> PRT
<213> Enterococcus sp. AM1
<400> 323
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Tyr Glu Phe Asp Asp Gly Arg Arg Arg Leu Leu Ala Ser Ala Lys
1175 1180 1185
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Leu Lys Tyr Val Thr Glu His Gln Ser Gly Phe Ser Glu Ile Met
1220 1225 1230
Ala His Val Lys Asp Phe Ala Glu Lys Tyr Thr Leu Val Asp Lys
1235 1240 1245
Asn Leu Glu Lys Ile Leu Ser Leu Tyr Ala Lys Asn Met Asp Ser
1250 1255 1260
Glu Val Lys Glu Ile Ala Gln Ser Phe Val Asp Leu Met Gln Leu
1265 1270 1275
Asn Ala Phe Gly Ala Pro Ala Asp Phe Lys Phe Phe Gly Glu Thr
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Ile Pro Arg Lys Arg Tyr Thr Ser Val Asn Glu Leu Leu Glu Ala
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Thr Ile Ile Asn Gln Ser Ile Thr Gly Leu Tyr Glu Thr Arg Arg
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Arg Leu Gly Asp
1325
<210> 324
<211> 1332
<212> PRT
<213> Enterococcus villorum
<400> 324
Met Asn Lys Ala Tyr Thr Leu Gly Leu Asp Ile Gly Thr Asn Ser Val
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Gly Trp Ala Val Val Thr Asp Asp Tyr Arg Leu Met Ala Lys Lys Met
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Pro Val His Ser Lys Met Glu Lys Lys Lys Ile Lys Lys Asn Phe Trp
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Gly Ala Arg Leu Phe Asp Glu Gly Gln Thr Ala Glu Glu Arg Arg Asn
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Ser Thr Glu Lys Ala Asp Ile Arg Leu Val Tyr Leu Ala Leu Ala His
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Met Ile Lys Tyr Arg Gly His Phe Leu Phe Glu Gly Glu Leu Asp Thr
165 170 175
Glu Asn Thr Ser Val Glu Glu Thr Phe Lys Glu Phe Ile Asp Ile Tyr
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Asn Glu Gln Phe Glu Glu Gly Ile Ile Phe Tyr Lys Asp Ile Pro Leu
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Ile Leu Thr Asp Lys Leu Ser Lys Ser Lys Lys Val Glu Lys Ile Leu
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Gln Tyr Tyr Pro Lys Glu Lys Thr Thr Gly Cys Leu Ala Gln Phe Leu
225 230 235 240
Lys Leu Ile Val Gly Asn Gln Gly Asn Phe Lys Gln Ala Phe His Leu
245 250 255
Asp Glu Glu Val Lys Ile Gln Ile Ser Lys Glu Thr Tyr Glu Glu Asp
260 265 270
Leu Glu Lys Leu Leu Arg Lys Ser Asn Glu Glu Met Ile Asp Val Phe
275 280 285
Leu Gln Val Lys Lys Val Tyr Asp Ala Ile Leu Leu Ser Asp Ile Leu
290 295 300
Ser Thr Lys Met Lys Asp Thr Lys Ala Lys Leu Ser Ala Gly Met Ile
305 310 315 320
Glu Arg Tyr Gln Asn His Lys Lys Asp Leu Glu Glu Leu Lys Gln Phe
325 330 335
Val Arg Ala His Leu His Glu Lys Val Thr Val Phe Phe Lys Asp Ser
340 345 350
Ser Lys Asp Gly Tyr Ala Gly Tyr Ile Asp Gly Lys Thr Thr Gln Ala
355 360 365
Asp Phe Tyr Lys Phe Leu Lys Lys Glu Leu Thr Gly Val Pro Gly Ser
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Glu Pro Met Leu Ala Lys Ile Asp Gln Glu Asn Phe Leu Leu Lys Gln
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Leu Ala Asn Gly Gln Arg Arg Met Leu Ala Ser Gln Glu Leu Gln
1175 1180 1185
Lys Ala Asn Ser Phe Ile Leu Pro Glu Lys Leu Val Thr Leu Leu
1190 1195 1200
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Cys Phe Tyr Tyr Lys Asp Cys Phe Val Thr Lys Lys Leu Glu Glu
1040 1045 1050
Asn Asn Gly Thr Phe Phe Asn Thr Val Leu Pro Asn Asp Thr Asn
1055 1060 1065
Ser Asp Lys Asp Ala Thr Val Pro Val Asn Lys Tyr Arg Ser Asn
1070 1075 1080
Val Asn Lys Tyr Gly Gly Phe Ser Gly Val Asn Ser Phe Ile Val
1085 1090 1095
Ala Ile Lys Gly Lys Lys Lys Lys Gly Lys Lys Val Ile Glu Val
1100 1105 1110
Asn Lys Leu Thr Gly Ile Pro Leu Met Tyr Lys Asn Ala Asp Glu
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Glu Ile Lys Ile Asn Tyr Leu Lys Gln Ala Glu Asp Leu Glu Glu
1130 1135 1140
Val Gln Ile Gly Lys Glu Ile Leu Lys Asn Gln Leu Ile Glu Lys
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Tyr Lys Ala Met Lys Tyr Lys Asn Tyr Asp Asn Leu Asp Ser Glu
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Tyr Tyr Pro Glu Tyr Arg Lys Gln Leu Val Lys Lys Phe Glu Asp
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Leu Lys Val Ile Ser Ile Glu Glu Lys Cys Asn Ile Ile Gln Ile
1235 1240 1245
Leu Ala Thr Leu His Cys Asn Ser Ser Ile Gly Lys Ile Met Tyr
1250 1255 1260
Ser Asp Phe Lys Ile Ser Thr Thr Ile Gly Arg Leu Asn Gly Arg
1265 1270 1275
Thr Ile Ser Leu Asp Ile Ser Phe Ile Ala Glu Ser Pro Thr Gly
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Met Tyr Ser Lys Lys Tyr Lys Leu
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<210> 328
<211> 1304
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<213> Lactobacillus animalis
<400> 328
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1 5 10 15
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Lys Arg Gly Ala Arg Arg Arg Tyr Thr Arg Arg Lys Asn Arg Leu Arg
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Phe Phe Tyr Arg Leu Glu Glu Ser Ser Leu Val Ala Glu Asp Lys Lys
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Tyr Asp Val Tyr Pro Ile Phe Gly Lys Arg Glu Glu Glu Leu Leu Tyr
115 120 125
His Asp Thr His Lys Thr Ile Tyr His Leu Arg Ser Glu Leu Ala Asn
130 135 140
Asn Asp Arg Pro Ala Asp Leu Arg Leu Val Tyr Leu Ala Leu Ala His
145 150 155 160
Ile Ile Lys Tyr Arg Gly Asn Phe Leu Leu Glu Gly Glu Ile Asp Leu
165 170 175
Arg Thr Thr Asp Ile Asn Lys Val Phe Ala Glu Phe Ser Glu Thr Leu
180 185 190
Asn Glu Asn Ser Asp Glu Asn Leu Gly Lys Leu Asp Val Ala Asp Ile
195 200 205
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210 215 220
Lys Leu Ser Gly Lys Lys Asn Gln Leu Ala His Gln Leu Phe Lys Met
225 230 235 240
Met Val Gly Asn Met Gly Ser Phe Lys Lys Val Leu Gly Thr Asp Glu
245 250 255
Glu His Lys Leu Ser Phe Gly Lys Asp Thr Tyr Glu Asp Asp Leu Asn
260 265 270
Asp Leu Leu Ala Glu Ala Gly Asp Gln Tyr Leu Asp Ile Phe Val Ala
275 280 285
Ala Lys Lys Val Tyr Asp Ala Ala Ile Leu Ala Ser Ile Leu Asp Val
290 295 300
Lys Asp Thr Gln Thr Lys Thr Val Phe Ser Gln Ala Met Ile Glu Arg
305 310 315 320
Tyr Glu Glu His Gln Lys Asp Leu Ile Glu Leu Lys Arg Val Phe Lys
325 330 335
Lys Tyr Leu Pro Glu Lys Cys His Asp Phe Phe Ser Glu Pro Lys Ile
340 345 350
Ser Gly Tyr Ala Gly Tyr Ile Asp Gly Lys Val Ser Glu Glu Asp Phe
355 360 365
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370 375 380
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Lys Asp Lys Phe Glu Lys Ile Leu Asn Phe Arg Ile Pro Tyr Tyr Val
435 440 445
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450 455 460
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Asn Gly Glu Ala Lys Tyr Phe Asp Ala Gln Thr Lys Arg Ser Ile Phe
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Glu Leu Phe Lys Leu Asp Arg Lys Val Ser Glu Lys Met Val Ile Lys
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His Leu Lys Val Val Met Pro Ala Ile Arg Ile Gln Ala Leu Lys Gly
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Lys Arg Tyr Leu Tyr Arg Ala Gln Val Asn Lys Val Arg Lys Ala
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Glu Arg Gln Thr Gly Gly Phe Ser Asp Glu Met Leu Val Pro Lys
1055 1060 1065
Ser Asp Ser Gly Lys Leu Leu Pro Arg Lys Glu Gly Leu Asp Pro
1070 1075 1080
Val Lys Tyr Gly Gly Tyr Ala Lys Ala Val Glu Ser Tyr Ala Val
1085 1090 1095
Leu Ile Thr Ala Asp Glu Val Lys Lys Gly Lys Thr Lys Lys Val
1100 1105 1110
Lys Thr Leu Val Asn Ile Pro Ile Ile Asp Ser Lys Lys Tyr Glu
1115 1120 1125
Ala Asp Pro Thr Ala Tyr Leu Ala Ser Arg Gly Tyr Thr Asn Val
1130 1135 1140
Thr Asn Ser Phe Ile Leu Pro Lys Tyr Ser Leu Leu Glu Asp Pro
1145 1150 1155
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1160 1165 1170
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1190 1195 1200
Glu Phe Lys Glu Leu Phe Asp Lys Ile Met Glu Phe Ala Asp Lys
1205 1210 1215
Tyr Val Val Ala Pro Lys Asn Ser Glu Lys Ile Arg Arg Leu Tyr
1220 1225 1230
Glu Glu Asn Gln Asp Ala Thr Pro Met Glu Leu Gly Lys Asn Phe
1235 1240 1245
Val Glu Leu Leu Arg Tyr Thr Ala Asp Gly Ala Ala Ser Asp Phe
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Lys Phe Phe Gly Glu Asn Ile Pro Arg Lys Arg Tyr Asn Ser Ala
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Gly Ser Leu Leu Asn Gly Thr Leu Ile Tyr Gln Ser Lys Thr Gly
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<213> Lactobacillus curvatus
<400> 329
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225 230 235 240
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245 250 255
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260 265 270
Lys Leu Glu Ser Ser Leu Asp Asp Asn Ala His Gln Ile Ile Glu Ser
275 280 285
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Gln Leu His Gln Gln Glu Leu Asp Arg Ile Ile Glu Asn Gln Gln Gln
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Val Ala Phe Arg Val Pro Tyr Tyr Val Gly Pro Leu Gln Gln Gln Ser
435 440 445
Ser Asp Ala Lys Phe Ala Trp Met Ile Arg Lys Ala Glu Gly Gln Ile
450 455 460
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Glu Phe Ile Lys Arg Met Thr Thr Thr Asp Thr Tyr Leu Leu Ala Glu
485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
Leu Lys Gln Ala Ile Phe Thr Asp Leu Phe Met Gln Lys Thr Ser Val
530 535 540
Thr Val Lys Asn Ile Gln Asp Tyr Leu Val Ser Glu Lys Arg Tyr Ala
545 550 555 560
Ser Arg Pro Ala Ile Thr Gly Leu Ser Asp Glu Asn Lys Phe Asn Ser
565 570 575
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580 585 590
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595 600 605
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610 615 620
Asp Trp Leu Thr Asp Gln Gln Arg Val Gln Leu Ala Ala Lys Arg Tyr
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645 650 655
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660 665 670
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675 680 685
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690 695 700
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705 710 715 720
Val Val Asn Asp Ile Gln Lys Ala Met Lys Gly Gln Ala Pro Glu Arg
725 730 735
Ile Leu Ile Glu Phe Ala Arg Glu Asp Glu Val Asn Pro Arg Leu Ser
740 745 750
Val Gln Arg Lys Arg Gln Val Glu Gln Val Tyr Gln Asn Ile Ser Glu
755 760 765
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770 775 780
Asn Thr Arg Leu Phe Leu Tyr Phe Met Gln Gly Gly Arg Asp Met Tyr
785 790 795 800
Thr Gly Asp Ser Leu Asn Ile Asp Arg Leu Ser Thr Tyr Asp Ile Asp
805 810 815
His Ile Leu Pro Gln Ser Phe Ile Lys Asp Asn Ser Leu Asp Asn Arg
820 825 830
Val Leu Val Ser Gln Arg Met Asn Arg Ser Lys Ala Asp Gln Val Pro
835 840 845
Ser Val Glu Leu Gly Gln Lys Met Gln Ile Gln Trp Glu Gln Met Leu
850 855 860
Arg Ala Gly Leu Ile Thr Lys Lys Lys Tyr Asp Asn Leu Thr Leu Asn
865 870 875 880
Pro Asp Met Lys Gly Phe Ile Asn Arg Gln Leu Val Glu Thr Arg Gln
885 890 895
Val Ile Lys Leu Ala Thr Asn Leu Leu Met Glu Gln Tyr Gly Glu Asp
900 905 910
Asn Ile Glu Leu Ile Thr Val Lys Ser Gly Leu Thr His Gln Met Arg
915 920 925
Thr Glu Phe Asp Phe Pro Lys Asn Arg Asn Leu Asn Asn His His His
930 935 940
Ala Phe Asp Ala Tyr Leu Thr Ala Phe Val Gly Leu Tyr Leu Leu Lys
945 950 955 960
Arg Tyr Pro Lys Leu Lys Pro Tyr Phe Val Tyr Gly Glu Tyr Gln Lys
965 970 975
Ala Ser Gln Gln Asp Lys Arg Asn Phe Asn Phe Leu Asn Gly Leu Lys
980 985 990
Lys Asp Glu Leu Val Asp Glu Asn Thr Glu Ala Val Ile Trp Asn Lys
995 1000 1005
Glu Ser Gly Leu Ala Tyr Leu Asn Lys Ile Tyr Gln Phe Lys Lys
1010 1015 1020
Ile Leu Val Thr Arg Glu Val His Glu Asn Ser Gly Ala Leu Phe
1025 1030 1035
Asn Gln Thr Leu Tyr Ala Ala Lys Asp Asp Lys Ala Ser Gly Gln
1040 1045 1050
Leu Ile Pro Ala Lys Gln Asp Arg Pro Thr Ala Leu Tyr Gly Gly
1055 1060 1065
Tyr Ser Gly Lys Thr Val Ala Tyr Met Cys Ile Val Arg Ile Lys
1070 1075 1080
Asn Lys Lys Gly Asp Leu Tyr Lys Val Cys Gly Val Glu Thr Ser
1085 1090 1095
Trp Leu Ala Gln Leu Lys Gln Lys Lys Ala Phe Leu Lys Gln Lys
1100 1105 1110
Ile Ser Pro Gln Phe Thr Lys Val Lys Lys Gln Lys Gly Thr Ile
1115 1120 1125
Val Lys Val Val Glu Asp Phe Glu Val Ile Ala Pro His Ile Leu
1130 1135 1140
Ile Asn Gln Arg Phe Phe Asp Asn Gly Gln Glu Leu Thr Leu Gly
1145 1150 1155
Ser His Asn Glu Gln Glu Leu Ile Leu Asp Lys Thr Ala Val Lys
1160 1165 1170
Leu Leu Asn Gly Ala Leu Pro Leu Thr Gln Ser Glu Glu Leu Ala
1175 1180 1185
Glu Gln Val Tyr Asp Glu Ile Leu Asp Gln Val Met His Tyr Phe
1190 1195 1200
Pro Leu Tyr Asp Thr Asn Gln Phe Arg Ala Lys Leu Ser Ala Gly
1205 1210 1215
Lys Ala Ala Asp Gly Asn Lys Met Val Gln Val Gly Gln Gln Val
1220 1225 1230
Ile Leu Asp Arg Val Leu Ile Gly Leu His Ala Asn Ala Ala Val
1235 1240 1245
Ser Asp Leu Gly Val Leu Lys Ile Ser Thr Pro Leu Gly Lys Met
1250 1255 1260
Gln Gln Pro Ser Gly Ile Ser Asp Thr Gln Ile Ile Tyr Gln Ser
1265 1270 1275
Pro Thr Gly Leu Phe Glu Arg Arg Val Ala Leu Arg Asp Leu
1280 1285 1290
<210> 330
<211> 1291
<212> PRT
<213> Lactobacillus farciminis
<400> 330
Lys Glu Gln Pro Tyr Asn Ile Gly Leu Asp Ile Gly Thr Gly Ser Val
1 5 10 15
Gly Trp Ala Val Thr Asn Asp Asn Tyr Asp Leu Leu Asn Ile Lys Lys
20 25 30
Lys Asn Leu Trp Gly Val Arg Leu Phe Glu Gly Ala Gln Thr Ala Lys
35 40 45
Glu Thr Arg Leu Asn Arg Ser Thr Arg Arg Arg Tyr Arg Arg Arg Lys
50 55 60
Asn Arg Ile Asn Trp Leu Asn Glu Ile Phe Ser Glu Glu Leu Ala Asn
65 70 75 80
Thr Asp Pro Ser Phe Leu Ile Arg Leu Gln Asn Ser Trp Val Ser Lys
85 90 95
Lys Asp Pro Asp Arg Lys Arg Asp Lys Tyr Asn Leu Phe Ile Asp Asn
100 105 110
Pro Tyr Thr Asp Lys Glu Tyr Tyr Arg Glu Phe Pro Thr Ile Phe His
115 120 125
Leu Arg Lys Glu Leu Ile Ile Asn Lys Asn Lys Ala Asp Ile Arg Leu
130 135 140
Val Tyr Leu Ala Leu His Asn Ile Leu Lys Tyr Arg Gly Asn Phe Thr
145 150 155 160
Tyr Glu His Gln Lys Phe Asn Ile Ser Thr Leu Asn Ser Asn Leu Ser
165 170 175
Lys Glu Leu Ile Glu Leu Asn Gln Gln Leu Ile Lys Tyr Asp Ile Ser
180 185 190
Phe Pro Asp Asn Cys Asp Trp Asn His Ile Ser Asp Ile Leu Ile Gly
195 200 205
Arg Gly Asn Ala Thr Gln Lys Ser Ser Asn Ile Leu Asn Asn Phe Thr
210 215 220
Lys Glu Thr Lys Lys Leu Leu Lys Glu Val Ile Asn Leu Ile Leu Gly
225 230 235 240
Asn Val Ala His Leu Asn Thr Ile Phe Lys Thr Ser Leu Thr Lys Asp
245 250 255
Glu Glu Lys Leu Ser Phe Ser Gly Lys Asp Ile Glu Ser Lys Leu Asp
260 265 270
Asp Leu Asp Ser Ile Leu Asp Asp Asp Gln Phe Thr Val Leu Asp Thr
275 280 285
Ala Asn Arg Ile Tyr Ser Thr Ile Thr Leu Asn Glu Ile Leu Asn Gly
290 295 300
Glu Ser Tyr Phe Ser Met Ala Lys Val Asn Gln Tyr Glu Asn His Ala
305 310 315 320
Ile Asp Leu Cys Lys Leu Arg Asp Met Trp His Thr Thr Lys Asn Glu
325 330 335
Lys Ala Val Gly Leu Ser Arg Gln Ala Tyr Asp Asp Tyr Ile Asn Lys
340 345 350
Lys Lys Glu Leu Tyr Thr Ser Leu Lys Lys Phe Leu Lys Val Ala Leu
355 360 365
Pro Thr Asn Leu Ala Lys Glu Ala Glu Glu Lys Ile Ser Lys Gly Thr
370 375 380
Tyr Leu Val Lys Pro Arg Asn Ser Glu Asn Gly Val Val Pro Tyr Gln
385 390 395 400
Leu Asn Lys Ile Glu Met Glu Lys Ile Ile Asp Asn Gln Ser Gln Tyr
405 410 415
Tyr Pro Phe Leu Lys Glu Asn Lys Glu Lys Leu Leu Ser Ile Leu Ser
420 425 430
Phe Arg Ile Pro Tyr Tyr Val Gly Pro Leu Gln Ser Ser Glu Lys Asn
435 440 445
Pro Phe Ala Trp Met Glu Arg Lys Ser Asn Gly His Ala Arg Pro Trp
450 455 460
Asn Phe Asp Glu Ile Val Asp Arg Glu Lys Ser Ser Asn Lys Phe Ile
465 470 475 480
Arg Arg Met Thr Val Thr Asp Ser Tyr Leu Val Gly Glu Pro Val Leu
485 490 495
Pro Lys Asn Ser Leu Ile Tyr Gln Arg Tyr Glu Val Leu Asn Glu Leu
500 505 510
Asn Asn Ile Arg Ile Thr Glu Asn Leu Lys Thr Asn Pro Thr Gly Ser
515 520 525
Arg Leu Thr Val Glu Thr Lys Gln His Ile Tyr Asn Glu Leu Phe Lys
530 535 540
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545 550 555 560
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565 570 575
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580 585 590
Gly Ser Ser Phe Met Glu Asn Asn Lys Asn Tyr Asn Gln Ile Glu Glu
595 600 605
Leu Ile Glu Trp Leu Thr Ile Phe Glu Asp Lys Gln Ile Leu Asn Glu
610 615 620
Lys Leu His Ser Ser Asn Tyr Ser Tyr Thr Ser Asp Gln Ile Lys Lys
625 630 635 640
Ile Ser Asn Met Arg Tyr Lys Gly Trp Gly Arg Leu Ser Lys Lys Ile
645 650 655
Leu Thr Cys Ile Thr Thr Glu Thr Asn Thr Pro Lys Ser Leu Gln Leu
660 665 670
Ser Asn Asp Leu Met Trp Thr Thr Asn Asn Asn Phe Ile Ser Ile Ile
675 680 685
Ser Asn Asp Lys Tyr Asp Phe Lys Asn Tyr Ile Glu Asn His Asn Leu
690 695 700
Asn Lys Asn Glu Asp Gln Asn Ile Ser Asn Leu Val Asn Asp Ile His
705 710 715 720
Val Ser Pro Ala Leu Lys Arg Gly Ile Thr Gln Ser Ile Lys Ile Val
725 730 735
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740 745 750
Glu Val Thr Arg Glu Thr Lys Thr Thr Ser Arg Gly Lys Arg Ile Gln
755 760 765
Arg Leu Gln Ser Lys Leu Leu Asn Lys Ala Asn Gly Leu Val Pro Glu
770 775 780
Glu Leu Lys Lys His Lys Asn Asp Leu Ser Ser Glu Arg Ile Met Leu
785 790 795 800
Tyr Phe Leu Gln Asn Gly Lys Ser Leu Tyr Ser Glu Glu Ser Leu Asn
805 810 815
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835 840 845
Glu Asn Gln Arg Lys Ala Asp Asp Leu Leu Leu Asn Ser Asn Val Ile
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Thr Thr Cys Ile Gln Ala Arg Ala Asn Leu Ser Thr Ala Phe Arg Lys
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Ala Leu Glu Leu Val Lys Asn Arg Asn Ile Asn Asp Phe His His Ala
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690 695 700
Ile Glu Lys Glu Gln Val Ser Thr Ala Asp Lys Asp Leu Gln Ser Ile
705 710 715 720
Val Ala Asp Leu Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys Gly Ile Leu Gln
725 730 735
Ser Leu Lys Val Val Glu Glu Leu Val Ser Val Met Gly Tyr Pro Pro
740 745 750
Gln Thr Ile Val Val Glu Met Ala Arg Glu Asn Gln Thr Thr Asn Lys
755 760 765
Gly Lys Asn Asn Ser Lys Pro Arg Tyr Lys Ser Leu Glu Lys Ala Ile
770 775 780
Lys Glu Phe Gly Ser Gln Ile Leu Lys Glu His Pro Thr Asp Asn Gln
785 790 795 800
Glu Leu Lys Asn Asn Arg Leu Tyr Leu Tyr Tyr Leu Gln Asn Gly Lys
805 810 815
Asp Met Tyr Thr Gly Gln Glu Leu Asp Ile His Asn Leu Ser Asn Tyr
820 825 830
Asp Ile Asp His Ile Val Pro Gln Ser Phe Ile Thr Asp Asn Ser Ile
835 840 845
Asp Asn Leu Val Leu Thr Ser Ser Ala Gly Asn Arg Glu Lys Gly Asp
850 855 860
Asn Val Pro Pro Leu Glu Ile Val Gln Lys Arg Lys Ile Phe Trp Glu
865 870 875 880
Lys Leu Tyr Gln Gly Asn Leu Met Ser Lys Arg Lys Phe Asp Tyr Leu
885 890 895
Thr Lys Ala Glu Arg Gly Gly Leu Thr Glu Ala Asp Lys Ala Arg Phe
900 905 910
Ile His Arg Gln Leu Val Glu Thr Arg Gln Ile Thr Lys Asn Val Ala
915 920 925
Asn Ile Leu His Gln Arg Phe Asn Tyr Lys Thr Asp Asp Asn Glu Asp
930 935 940
Thr Met Glu Pro Val Arg Ile Val Thr Leu Lys Ser Ala Leu Val Ser
945 950 955 960
Gln Phe Arg Lys Gln Phe Gln Leu Tyr Lys Val Arg Glu Val Asn Asp
965 970 975
Tyr His His Ala His Asp Ala Tyr Leu Asn Gly Val Val Ala Asn Thr
980 985 990
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995 1000 1005
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1025 1030 1035
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1040 1045 1050
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1055 1060 1065
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1070 1075 1080
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1085 1090 1095
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1100 1105 1110
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1145 1150 1155
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1175 1180 1185
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1220 1225 1230
Ala His Ile Ser Glu Phe Ala Arg Lys Tyr Thr Leu Ala Asn Asp
1235 1240 1245
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1250 1255 1260
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1265 1270 1275
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1280 1285 1290
Ile Lys Arg Lys Arg Asp Arg Lys Leu Lys Glu Leu Leu Asn Ser
1295 1300 1305
Thr Ile Ile Tyr Gln Ser Ile Thr Gly Leu Tyr Glu Ser Arg Lys
1310 1315 1320
Arg Leu Asp Ser
1325
<210> 349
<211> 781
<212> PRT
<213> Listeria monocytogenes
<220>
<221> misc_feature
<222> (721)..(721)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<400> 349
Ile Phe Asn Asp Leu Phe Lys Gln Lys Arg Lys Val Lys Lys Lys Asp
1 5 10 15
Leu Glu Leu Phe Leu Arg Asn Ile Asn Gln Ile Glu Ser Pro Thr Ile
20 25 30
Glu Gly Leu Glu Asp Ser Phe Asn Ala Ser Tyr Ala Thr Tyr His Asp
35 40 45
Leu Leu Lys Val Gly Met Lys Gln Glu Ile Leu Asp Asn Pro Leu Asn
50 55 60
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65 70 75 80
Lys Arg Met Ile Lys Glu Gln Leu Gln Gln Phe Ser Asp Val Leu Asp
85 90 95
Gly Val Val Leu Lys Lys Leu Glu Arg Arg His Tyr Thr Gly Trp Gly
100 105 110
Arg Leu Ser Ala Lys Leu Leu Val Gly Ile Arg Asp Lys Gln Ser His
115 120 125
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130 135 140
Met Gln Leu Ile Asn Asp Ser Asn Leu Ser Phe Lys Ser Ile Ile Glu
145 150 155 160
Lys Glu Gln Val Ser Thr Thr Asp Lys Asp Leu Gln Ser Ile Val Ala
165 170 175
Asp Leu Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys Gly Ile Leu Gln Ser Leu
180 185 190
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195 200 205
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210 215 220
Asn Asn Ser Arg Pro Arg Tyr Lys Ser Leu Glu Lys Ala Ile Lys Glu
225 230 235 240
Phe Gly Ser Gln Ile Leu Lys Glu His Pro Thr Asp Asn Gln Glu Leu
245 250 255
Lys Asn Asn Arg Leu Tyr Leu Tyr Tyr Leu Gln Asn Gly Lys Asp Ile
260 265 270
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275 280 285
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290 295 300
Leu Val Leu Thr Ser Ser Ala Gly Asn Arg Glu Lys Gly Asp Asp Val
305 310 315 320
Pro Pro Leu Glu Ile Val Arg Lys Arg Lys Val Phe Trp Glu Lys Leu
325 330 335
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405 410 415
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435 440 445
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485 490 495
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500 505 510
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675 680 685
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690 695 700
Ser Lys Ile Asn Asn Leu Phe Glu Gln Asn Lys Glu Gly Asp Ile Lys
705 710 715 720
Xaa Ile Ala Gln Ser Phe Val Asp Leu Met Val Phe Asn Ala Met Gly
725 730 735
Ala Pro Ala Ser Phe Lys Phe Phe Glu Ala Thr Ile Asp Arg Lys Arg
740 745 750
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755 760 765
Ile Thr Gly Leu Tyr Glu Ser Arg Lys Arg Leu Asp Asp
770 775 780
<210> 350
<211> 1327
<212> PRT
<213> Listeria seeligeri
<400> 350
Met Lys Lys Pro Tyr Thr Ile Gly Leu Asp Ile Gly Thr Asn Ser Val
1 5 10 15
Gly Trp Ala Ala Leu Thr Asp Gln Tyr Asp Leu Val Lys Arg Lys Met
20 25 30
Lys Val Ala Gly Asn Ser Glu Lys Lys Gln Ile Lys Lys Asn Leu Trp
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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165 170 175
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210 215 220
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225 230 235 240
Gln Phe Ile Ser Leu Ile Ile Gly Ser Lys Gly Asn Phe Lys Lys Phe
245 250 255
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260 265 270
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275 280 285
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290 295 300
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305 310 315 320
Ser Met Ile Glu Arg Phe Asp Lys His Asp Lys Asp Leu Lys Arg Met
325 330 335
Lys Ala Phe Phe Lys Val Arg Leu Pro Glu Asn Phe Asn Glu Val Phe
340 345 350
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405 410 415
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420 425 430
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435 440 445
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450 455 460
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485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
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530 535 540
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545 550 555 560
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565 570 575
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580 585 590
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645 650 655
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660 665 670
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675 680 685
Asn Leu Met Gln Leu Ile Asn Asp Ser Asn Leu Ser Phe Lys Ser Ile
690 695 700
Ile Glu Lys Glu Gln Val Ser Thr Ala Asp Lys Asp Ile Gln Ser Ile
705 710 715 720
Val Ala Asp Leu Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys Gly Ile Leu Gln
725 730 735
Ser Leu Lys Ile Val Asp Glu Leu Val Gly Ile Met Gly Tyr Pro Pro
740 745 750
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755 760 765
Gly Lys Asn Asn Ser Lys Pro Arg Phe Thr Ser Leu Glu Lys Ala Ile
770 775 780
Lys Glu Leu Gly Ser Gln Ile Leu Lys Glu His Pro Thr Asp Asn Gln
785 790 795 800
Gly Leu Lys Asn Asp Arg Leu Tyr Leu Tyr Tyr Leu Gln Asn Gly Lys
805 810 815
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820 825 830
Asp Ile Asp His Val Val Pro Gln Ser Phe Ile Thr Asp Asn Ser Ile
835 840 845
Asp Asn Arg Val Leu Ala Ser Ser Ala Ala Asn Arg Glu Lys Gly Asp
850 855 860
Asn Val Pro Ser Leu Glu Val Val Arg Lys Arg Lys Val Tyr Trp Glu
865 870 875 880
Lys Leu Tyr Gln Ala Lys Leu Met Ser Lys Arg Lys Phe Asp Tyr Leu
885 890 895
Thr Lys Ala Glu Arg Gly Gly Leu Thr Glu Ala Asp Lys Ala Arg Phe
900 905 910
Ile His Arg Gln Leu Val Glu Thr Arg Gln Ile Thr Lys Asn Val Ala
915 920 925
Asn Ile Leu His Gln Arg Phe Asn Cys Lys Lys Asp Glu Ser Gly Asn
930 935 940
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945 950 955 960
Gln Phe Arg Lys Gln Phe Gln Leu Tyr Lys Val Arg Glu Val Asn Asp
965 970 975
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980 985 990
Leu Leu Lys Val Tyr Pro Gln Leu Glu Pro Glu Phe Val Tyr Gly Asp
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1010 1015 1020
Lys Gln Phe Tyr Thr Asn Ile Met Leu Phe Phe Ala Lys Lys Asp
1025 1030 1035
Arg Ile Ile Asp Glu Asn Gly Glu Ile Leu Trp Asp Lys Lys Tyr
1040 1045 1050
Leu Asp Thr Ile Lys Lys Val Leu Asn Tyr Arg Gln Met Asn Ile
1055 1060 1065
Val Lys Lys Thr Glu Ile Gln Lys Gly Glu Phe Ser Asn Ala Thr
1070 1075 1080
Ala Asn Pro Lys Gly Asn Ser Ser Lys Leu Ile Pro Arg Lys Ala
1085 1090 1095
Asp Trp Asp Pro Ile Lys Tyr Gly Gly Phe Asp Gly Ser Asn Met
1100 1105 1110
Ala Tyr Ala Ile Val Ile Glu His Glu Lys Arg Lys Lys Lys Thr
1115 1120 1125
Val Ile Lys Lys Glu Leu Ile Gln Ile Asn Ile Met Glu Arg Thr
1130 1135 1140
Ala Phe Glu Lys Asp Gln Lys Glu Phe Leu Glu Gly Lys Gly Tyr
1145 1150 1155
Arg Asn Pro Lys Val Ile Thr Lys Ile Pro Lys Tyr Thr Leu Tyr
1160 1165 1170
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1175 1180 1185
Ala Gln Lys Gly Asn Gln Met Val Leu Pro Asn His Leu Met Thr
1190 1195 1200
Leu Leu Tyr His Ala Lys Asn Cys Glu Ala Ser Asp Gly Lys Ser
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Leu Ala Tyr Ile Glu Ser His Arg Glu Met Phe Ala Glu Leu Leu
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1250 1255 1260
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Asn Ala Met Gly Ala Pro Ala Ser Phe Lys Tyr Phe Glu Thr Asn
1280 1285 1290
Ile Glu Arg Lys Arg Tyr Asn Asn Leu Lys Glu Leu Leu Asn Ala
1295 1300 1305
Thr Ile Ile Tyr Gln Ser Ile Thr Gly Leu Tyr Glu Ala Arg Lys
1310 1315 1320
Arg Leu Asp Asp
1325
<210> 351
<211> 1359
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 351
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1 5 10 15
Gly Trp Ala Val Ile Thr Asp Glu Tyr Lys Val Pro Ser Lys Lys Phe
20 25 30
Lys Val Leu Gly Asn Thr Asp Arg His Ser Ile Lys Lys Asn Leu Ile
35 40 45
Gly Ala Leu Leu Phe Asp Ser Gly Glu Thr Ala Glu Ala Thr Arg Leu
50 55 60
Lys Arg Thr Ala Arg Arg Arg Tyr Thr Arg Arg Lys Asn Arg Ile Cys
65 70 75 80
Tyr Leu Gln Glu Ile Phe Ser Asn Glu Met Ala Lys Val Asp Asp Ser
85 90 95
Phe Phe His Arg Leu Glu Glu Ser Phe Leu Val Glu Glu Asp Lys Lys
100 105 110
His Glu Arg His Pro Ile Phe Gly Asn Ile Val Asp Glu Val Ala Tyr
115 120 125
His Glu Lys Tyr Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Lys Lys Leu Val Asp
130 135 140
Ser Thr Asp Lys Ala Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu Ala His
145 150 155 160
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165 170 175
Asp Asn Ser Asp Val Asp Lys Leu Phe Ile Gln Leu Val Gln Thr Tyr
180 185 190
Asn Gln Leu Phe Glu Glu Asn Ile Asn Ala Ser Gly Val Asp Ala Lys
195 200 205
Ala Ile Leu Ser Ala Arg Leu Ser Lys Ser Arg Arg Leu Glu Asn Leu
210 215 220
Ile Ala Gln Leu Pro Gly Glu Lys Lys Asn Gly Leu Phe Gly Asn Leu
225 230 235 240
Ile Ala Leu Ser Leu Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe Asp
245 250 255
Leu Ala Glu Asp Ala Lys Leu Gln Leu Ser Lys Asp Thr Tyr Asp Asp
260 265 270
Asp Leu Asp Asn Leu Leu Ala Gln Ile Gly Asp Gln Tyr Ala Asp Leu
275 280 285
Phe Leu Ala Ala Lys Asn Leu Ser Asp Ala Ile Leu Leu Ser Asp Ile
290 295 300
Leu Arg Val Asn Thr Glu Ile Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala Ser Met
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Ile Lys Arg Tyr Asp Glu His His Gln Asp Leu Thr Leu Leu Lys Ala
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435 440 445
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530 535 540
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545 550 555 560
Lys Gln Leu Lys Glu Asp Tyr Phe Lys Lys Ile Glu Cys Phe Asp Ser
565 570 575
Val Glu Ile Ser Gly Val Glu Asp Arg Phe Asn Ala Ser Leu Gly Thr
580 585 590
Tyr His Asp Leu Leu Lys Ile Ile Lys Asp Lys Asp Phe Leu Asp Asn
595 600 605
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610 615 620
Phe Glu Asp Arg Glu Met Ile Glu Glu Arg Leu Lys Thr Tyr Ala His
625 630 635 640
Leu Phe Asp Asp Lys Val Met Lys Gln Leu Lys Arg Arg Arg Tyr Thr
645 650 655
Gly Trp Gly Arg Leu Ser Arg Lys Leu Ile Asn Gly Ile Arg Asp Lys
660 665 670
Gln Ser Gly Lys Thr Ile Leu Asp Phe Leu Lys Asp Gly Phe Ala Asn
675 680 685
Arg Asn Phe Met Gln Leu Ile His Asp Asp Ser Leu Thr Phe Lys Glu
690 695 700
Asp Ile Gln Lys Ala Gln Val Ser Gly Gln Gly Asp Ser Leu His Glu
705 710 715 720
His Ile Ala Asn Leu Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys Gly Ile Leu
725 730 735
Gln Thr Val Lys Val Val Asp Glu Leu Val Lys Val Met Gly Arg His
740 745 750
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755 760 765
Gln Lys Gly Gln Lys Asn Ser Arg Glu Arg Met Lys Arg Ile Glu Glu
770 775 780
Gly Ile Lys Glu Leu Gly Ser Gln Ile Leu Lys Glu His Pro Val Glu
785 790 795 800
Asn Thr Gln Leu Gln Asn Glu Lys Leu Tyr Leu Tyr Tyr Leu Gln Asn
805 810 815
Gly Arg Asp Met Tyr Val Asp Gln Glu Leu Asp Ile Asn Arg Leu Ser
820 825 830
Asp Tyr Asp Val Asp His Ile Val Pro Gln Ser Phe Leu Lys Asp Asp
835 840 845
Ser Ile Asp Asn Lys Val Leu Thr Arg Ser Asp Lys Asn Arg Gly Lys
850 855 860
Ser Asp Asn Val Pro Ser Glu Glu Val Val Lys Lys Met Lys Asn Tyr
865 870 875 880
Trp Arg Gln Leu Leu Asn Ala Lys Leu Ile Thr Gln Arg Lys Phe Asp
885 890 895
Asn Leu Thr Lys Ala Glu Arg Gly Gly Leu Ser Glu Leu Asp Lys Ala
900 905 910
Gly Phe Ile Lys Arg Gln Leu Val Glu Thr Arg Gln Ile Thr Lys His
915 920 925
Val Ala Gln Ile Leu Asp Ser Arg Met Asn Thr Lys Tyr Asp Glu Asn
930 935 940
Asp Lys Leu Ile Arg Glu Val Lys Val Ile Thr Leu Lys Ser Lys Leu
945 950 955 960
Val Ser Asp Phe Arg Lys Asp Phe Gln Phe Tyr Lys Val Arg Glu Ile
965 970 975
Asn Asn Tyr His His Ala His Asp Ala Tyr Leu Asn Ala Val Val Gly
980 985 990
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1055 1060 1065
Gly Arg Asp Phe Ala Thr Val Arg Lys Val Leu Ser Met Pro Gln
1070 1075 1080
Val Asn Ile Val Lys Lys Thr Glu Val Gln Thr Gly Gly Phe Ser
1085 1090 1095
Lys Glu Ser Ile Leu Pro Lys Arg Asn Ser Asp Lys Leu Ile Ala
1100 1105 1110
Arg Lys Lys Asp Trp Asp Pro Lys Lys Tyr Gly Gly Phe Asp Ser
1115 1120 1125
Pro Thr Val Ala Tyr Ser Val Leu Val Val Ala Lys Val Glu Lys
1130 1135 1140
Gly Lys Ser Lys Lys Leu Lys Ser Val Lys Glu Leu Leu Gly Ile
1145 1150 1155
Thr Ile Met Glu Arg Ser Ser Phe Glu Lys Asn Pro Ile Asp Phe
1160 1165 1170
Leu Glu Ala Lys Gly Tyr Lys Glu Val Lys Lys Asp Leu Ile Ile
1175 1180 1185
Lys Leu Pro Lys Tyr Ser Leu Phe Glu Leu Glu Asn Gly Arg Lys
1190 1195 1200
Arg Met Leu Ala Ser Gly Glu Leu Gln Lys Gly Asn Glu Leu Ala
1205 1210 1215
Leu Pro Ser Lys Tyr Val Asn Phe Leu Tyr Leu Ala Ser His Tyr
1220 1225 1230
Glu Lys Leu Lys Gly Ser Pro Glu Asp Asn Glu Gln Lys Gln Leu
1235 1240 1245
Phe Val Glu Gln His Lys His Tyr Leu Asp Glu Ile Ile Glu Gln
1250 1255 1260
Ile Ser Glu Phe Ser Lys Arg Val Ile Leu Ala Asp Ala Asn Leu
1265 1270 1275
Asp Lys Val Leu Ser Ala Tyr Asn Lys His Arg Asp Lys Pro Ile
1280 1285 1290
Arg Glu Gln Ala Glu Asn Ile Ile His Leu Phe Thr Leu Thr Asn
1295 1300 1305
Leu Gly Ala Pro Ala Ala Phe Lys Tyr Phe Asp Thr Thr Ile Asp
1310 1315 1320
Arg Lys Arg Tyr Thr Ser Thr Lys Glu Val Leu Asp Ala Thr Leu
1325 1330 1335
Ile His Gln Ser Ile Thr Gly Leu Tyr Glu Thr Arg Ile Asp Leu
1340 1345 1350
Ser Gln Leu Gly Gly Asp
1355
<210> 352
<211> 1290
<212> PRT
<213> Roseburia hominis
<400> 352
Ile Val Asp Tyr Cys Ile Gly Leu Asp Leu Gly Thr Gly Ser Val Gly
1 5 10 15
Trp Ala Val Val Asp Met Asn His Arg Leu Met Lys Arg Asn Gly Lys
20 25 30
His Leu Trp Gly Ser Arg Leu Phe Ser Asn Ala Glu Thr Ala Ala Thr
35 40 45
Arg Arg Ser Ser Arg Ser Ile Arg Arg Arg Tyr Asn Lys Arg Arg Glu
50 55 60
Arg Ile Arg Leu Leu Arg Ala Ile Leu Gln Asp Met Val Leu Glu Lys
65 70 75 80
Asp Pro Thr Phe Phe Ile Arg Leu Glu His Thr Ser Phe Leu Asp Glu
85 90 95
Glu Asp Lys Ala Lys Tyr Leu Gly Asp Asn Tyr Asn Leu Phe Ile Asp
100 105 110
Glu Asp Phe Asn Asp Tyr Thr Tyr Tyr His Lys Tyr Pro Thr Ile Tyr
115 120 125
His Leu Arg Lys Ala Leu Cys Glu Ser Thr Glu Lys Ala Asp Pro Arg
130 135 140
Leu Ile Tyr Leu Ala Leu His His Ile Val Lys Tyr Arg Gly Asn Phe
145 150 155 160
Leu Tyr Glu Gly Gln Lys Phe Asn Met Asp Ala Ser Asn Ile Glu Asp
165 170 175
Lys Leu Ser Asp Val Phe Thr Gln Phe Ala Asp Phe Asn Asn Ile Pro
180 185 190
Tyr Glu Asp Asp Lys Lys Asn Leu Glu Ile Leu Glu Ile Leu Lys Lys
195 200 205
Pro Leu Ser Lys Lys Ala Lys Val Asp Glu Val Met Ala Leu Ile Ser
210 215 220
Pro Glu Lys Glu Phe Lys Ser Ala Tyr Lys Glu Leu Val Thr Gly Ile
225 230 235 240
Ala Gly Asn Lys Met Asn Val Thr Lys Met Ile Leu Cys Glu Ser Ile
245 250 255
Lys Gln Gly Asp Ser Glu Ile Lys Leu Lys Phe Ser Asp Ser Asn Tyr
260 265 270
Asp Asp Gln Phe Ser Glu Val Glu Asn Asp Leu Gly Glu Tyr Val Glu
275 280 285
Phe Ile Asp Ser Leu His Asn Ile Tyr Ser Trp Val Glu Leu Gln Thr
290 295 300
Ile Met Gly Ala Thr His Thr Asp Asn Ala Ser Ile Ser Glu Ala Met
305 310 315 320
Val Ser Arg Tyr Asn Lys His His Glu Asp Leu Gln Leu Leu Lys Lys
325 330 335
Cys Ile Lys Asp Asn Val Pro Lys Lys Tyr Phe Asp Met Phe Arg Asn
340 345 350
Asp Ser Glu Lys Val Lys Gly Tyr Tyr Asn Tyr Ile Asn Arg Lys Ala
355 360 365
Pro Val Asp Glu Phe Tyr Lys Phe Val Lys Lys Cys Ile Glu Lys Val
370 375 380
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385 390 395 400
Phe Leu Leu Lys Gln Asn Ser Arg Thr Asn Gly Ser Val Pro Tyr Gln
405 410 415
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420 425 430
Tyr Pro Val Leu Lys Glu Lys Arg Glu Gln Leu Leu Ser Ile Leu Thr
435 440 445
Phe Arg Ile Pro Tyr Tyr Phe Gly Pro Leu Glu Thr Ser Glu His Ala
450 455 460
Trp Ile Lys Arg Leu Glu Gly Lys Glu Asn Gln Arg Ile Leu Pro Trp
465 470 475 480
Asn Tyr Gln Asp Thr Val Asp Val Asp Ala Thr Ala Glu Gly Phe Ile
485 490 495
Lys Arg Met Arg Ser Tyr Cys Thr Tyr Phe Pro Asp Glu Glu Val Leu
500 505 510
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515 520 525
Asn Lys Ile Arg Val Asp Asp Lys Leu Leu Glu Val Asp Val Lys Asn
530 535 540
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545 550 555 560
Lys Leu Lys Asn Trp Leu Val Asn Asn Gln Cys Cys Arg Lys Asp Ala
565 570 575
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580 585 590
Pro Trp Ile Asp Phe Thr Asn Ile Phe Gly Lys Ile Asp Gln Ser Asn
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610 615 620
Lys Lys Ile Met Lys Arg Arg Leu Lys Lys Lys Tyr Ala Leu Pro Asp
625 630 635 640
Asp Lys Ile Lys Gln Ile Leu Lys Leu Lys Tyr Lys Asp Trp Ser Arg
645 650 655
Leu Ser Lys Lys Leu Leu Asp Gly Ile Val Ala Asp Ser Val Thr Val
660 665 670
Leu Asp Val Leu Glu Ser Arg Leu Asn Leu Met Glu Ile Ile Asn Asp
675 680 685
Lys Glu Leu Gly Tyr Ala Gln Met Ile Glu Glu Ala Ser Ser Cys Pro
690 695 700
Lys Asp Gly Lys Phe Thr Tyr Glu Glu Val Ala Lys Leu Ala Gly Ser
705 710 715 720
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Val Lys Asp Asp Ser Phe Asp Asn Arg Val Leu Val Leu Pro Ser Glu
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865 870 875 880
Pro Lys Lys Phe Tyr Ser Leu Ile Lys Thr Glu Tyr Thr Glu Arg Asp
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Glu Glu Arg Phe Ile Asn Arg Gln Leu Val Glu Thr Arg Gln Ile Thr
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Ile Tyr Lys Asn Arg Asp Ile Asn Asp Tyr His His Ala His Asp Ala
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Tyr Ile Val Ala Leu Ile Gly Gly Phe Met Arg Asp Arg Tyr Pro Asn
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Glu Ile Lys Lys Cys Phe Tyr Tyr Lys Asp Cys Tyr Cys Thr Thr
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Asn Asp Ala His Ser Ala Lys Gly Ala Val Ile Pro Val Asn Lys
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Asn Arg Lys Asp Val Asn Lys Tyr Gly Gly Phe Ser Gly Leu Gln
1070 1075 1080
Tyr Val Ile Ala Ala Ile Glu Gly Thr Lys Lys Lys Gly Lys Lys
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Leu Ile Ala Asp Ile Tyr Asn Ala Ile Tyr Lys Gln Asp Phe Asp
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Gly Leu Asp Asn Met Leu Met Ile Gln Leu Tyr Leu Gln Leu Ile
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Asp Lys Leu Lys Thr Leu Tyr Pro Ile Tyr Met Gly Ile Val Glu
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Lys Phe Glu Lys Phe Val Ser Ile Ser Lys Glu Glu Lys Ala Asn
1220 1225 1230
Val Ile Gln Met Leu Ile Ile Met His Lys Gly Pro Gln Asn Gly
1235 1240 1245
Asn Ile Ile Tyr Asp Asp Phe Asn Val Gly Lys Arg Ile Gly Arg
1250 1255 1260
Leu Asn Gly Arg Thr Phe Tyr Leu Asn Ile Glu Phe Ile Ser Gln
1265 1270 1275
Ser Pro Thr Gly Ile Tyr Thr Lys Lys Tyr Lys Leu
1280 1285 1290
<210> 353
<211> 1292
<212> PRT
<213> Sharpea azabuensis
<400> 353
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1 5 10 15
Gly Trp Ala Val Met Asp Glu His Tyr Glu Leu Leu Lys Lys Gly Asn
20 25 30
His His Met Trp Gly Ser Arg Leu Phe Asp Ala Ala Glu Pro Ala Ala
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50 55 60
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65 70 75 80
Val Asp Pro Thr Phe Phe Ile Arg Leu Leu Asn Val Ser Phe Leu Asp
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Glu Lys Asp Phe Asn Asp Lys Thr Tyr Tyr Asp Lys Tyr Pro Thr Ile
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Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu His His Ile Val Lys Tyr Arg Gly Asn
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165 170 175
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195 200 205
Lys Ile Tyr Gln Arg Ser Lys Lys Ala Asp Asp Leu Leu Lys Ile Met
210 215 220
Asn Pro Thr Lys Glu Glu Lys Ala Ala Tyr Lys Glu Phe Thr Lys Ala
225 230 235 240
Leu Val Gly Leu Lys Phe Asn Ile Ser Lys Met Ile Leu Ala Gln Glu
245 250 255
Val Lys Lys Gly Asp Thr Asp Ile Val Leu Glu Phe Ser Asn Ala Asn
260 265 270
Tyr Asp Ser Thr Ile Asp Glu Leu Gln Ser Glu Leu Gly Glu Tyr Ile
275 280 285
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290 295 300
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305 310 315 320
Met Val Glu Arg Tyr Glu Glu His Lys Lys Asp Leu Arg Val Leu Lys
325 330 335
Lys Val Ile Arg Glu Glu Leu Pro Asp Lys Tyr Asn Glu Val Phe Arg
340 345 350
Lys Asp Asn Arg Lys Leu His Asn Tyr Leu Gly Tyr Ile Lys Tyr Asp
355 360 365
Thr Pro Val Glu Glu Phe Tyr Lys Tyr Ile Lys Gly Leu Leu Ala Lys
370 375 380
Val Asp Thr Asp Glu Ala Arg Glu Ile Leu Glu Arg Ile Asp Leu Glu
385 390 395 400
Lys Phe Met Leu Lys Gln Asn Ser Arg Thr Asn Gly Ser Ile Pro Tyr
405 410 415
Gln Met Gln Lys Asp Glu Met Ile Gln Ile Ile Asp Asn Gln Ser Val
420 425 430
Tyr Tyr Pro Gln Leu Lys Glu Asn Arg Asp Lys Leu Ile Ser Ile Leu
435 440 445
Glu Phe Arg Ile Pro Tyr Tyr Phe Gly Pro Leu Ala His Ser Glu Phe
450 455 460
Ala Trp Ile Lys Lys Phe Glu Asp Lys Gln Lys Glu Arg Ile Leu Pro
465 470 475 480
Trp Asn Tyr Asp Gln Ile Val Asp Ile Asp Ala Thr Ala Glu Gly Phe
485 490 495
Ile Glu Arg Met Lys Asn Thr Gly Thr Tyr Phe Pro Asp Glu Pro Val
500 505 510
Met Ala Lys Asn Ser Leu Thr Val Ser Lys Phe Glu Val Leu Asn Glu
515 520 525
Leu Asn Lys Ile Arg Ile Asn Gly Lys Leu Ile Ala Val Glu Thr Lys
530 535 540
Lys Glu Leu Leu Ser Asp Leu Phe Met Lys Asn Lys Thr Ile Thr Asp
545 550 555 560
Lys Lys Leu Lys Asp Trp Leu Val Thr His Gln Tyr Tyr Asp Ile Asn
565 570 575
Glu Glu Leu Lys Ile Glu Gly Tyr Gln Lys Asp Leu Gln Phe Ser Thr
580 585 590
Ser Leu Ala Pro Trp Ile Asp Phe Thr Lys Ile Phe Gly Glu Ile Asn
595 600 605
Ala Ser Asn Tyr Gln Leu Ile Glu Lys Ile Ile Tyr Asp Ile Ser Ile
610 615 620
Phe Glu Asp Lys Lys Ile Leu Lys Arg Arg Leu Lys Lys Val Tyr Gln
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Leu Asp Asp Leu Leu Val Asp Lys Ile Leu Lys Leu Asn Tyr Thr Gly
645 650 655
Trp Ser Arg Leu Ser Glu Lys Leu Leu Thr Gly Met Thr Ala Asp Lys
660 665 670
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675 680 685
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690 695 700
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705 710 715 720
Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Arg Gly Ile Trp Gln Ala Leu Leu Val
725 730 735
Val Arg Glu Ile Thr Lys Phe Met Lys His Glu Pro Ser His Ile Tyr
740 745 750
Ile Glu Phe Ala Arg Glu Glu Gln Lys Val Arg Lys Glu Ser Lys Ile
755 760 765
Ala Lys Leu Gln Lys Ile Tyr Glu Asn Leu Gln Thr Gln Val Tyr Glu
770 775 780
Ser Leu Lys Lys Glu Asp Ala Lys Lys Arg Met Glu Thr Asp Ala Leu
785 790 795 800
Tyr Leu Tyr Tyr Leu Gln Met Gly Lys Ser Met Tyr Ser Gly Lys Pro
805 810 815
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820 825 830
Gln Ser Leu Ile Lys Asp Asp Ser Phe Asp Asn Arg Val Leu Val Leu
835 840 845
Pro Glu Glu Asn Gln Trp Lys Leu Asp Ser Glu Thr Val Pro Phe Glu
850 855 860
Ile Arg Asn Lys Met Ile Gly Phe Trp Gln Met Leu His Glu Asn Gly
865 870 875 880
Leu Met Ser Asn Lys Lys Phe Phe Ser Leu Ile Arg Thr Asp Phe Ser
885 890 895
Asp Lys Asp Lys Glu Arg Phe Ile Asn Arg Gln Leu Val Glu Thr Arg
900 905 910
Gln Ile Ile Lys Asn Val Ala Val Ile Ile Asn Asp His Tyr Thr Asn
915 920 925
Thr Asn Ile Val Thr Val Arg Ala Glu Leu Ser His Gln Phe Arg Glu
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Arg Tyr Lys Ile Tyr Lys Asn Arg Asp Ile Asn Asp Phe His His Ala
945 950 955 960
His Asp Ala Tyr Ile Ala Cys Ile Val Gly Gln Phe Met His Gln Asn
965 970 975
Phe Glu His Leu Asp Ala Lys Ile Ile Tyr Gly Gln Tyr Lys Lys Asn
980 985 990
Tyr Lys Lys Asn Tyr Gly Phe Ile Leu Asn Ser Met Asn His Leu Gln
995 1000 1005
Ser Asp Ile Asp Thr Gly Glu Val Met Trp Asp Pro Ala Lys Ile
1010 1015 1020
Gly Lys Ile Lys Ser Cys Phe Tyr Tyr Lys Asp Val Tyr Val Thr
1025 1030 1035
Lys Lys Leu Glu Gln Asn Ser Gly Thr Leu Phe Asn Thr Val Leu
1040 1045 1050
Pro Asn Asp Ala His Ser Glu Lys Gly Ala Thr Val Pro Leu Asn
1055 1060 1065
Lys Tyr Arg Ala Asp Val His Lys Tyr Gly Gly Phe Gly Asn Val
1070 1075 1080
Gln Ser Ile Ile Val Ala Ile Glu Gly Lys Lys Lys Lys Gly Lys
1085 1090 1095
Lys Leu Ile Asp Val Arg Lys Leu Thr Ser Ile Pro Leu His Leu
1100 1105 1110
Lys Asn Ala Pro Val Glu Glu Gln Leu Ser Tyr Ile Ala Ser Pro
1115 1120 1125
Glu His Glu Asp Leu Ile Asp Val Arg Ile Val Lys Glu Ile Leu
1130 1135 1140
Lys Asn Gln Leu Ile Glu Ile Asp Gly Gly Leu Tyr Tyr Val Thr
1145 1150 1155
Ser Glu Tyr Val Thr Ala Arg Gln Leu Ser Leu Asn Glu Gln Ser
1160 1165 1170
Cys Lys Leu Ile Ser Glu Ile Tyr Ala Ala Met Leu Lys Lys Arg
1175 1180 1185
Tyr Glu Tyr Leu Asp Glu Glu Glu Ile Phe Asp Leu Tyr Leu Gln
1190 1195 1200
Leu Leu Gln Lys Met Asp Thr Leu Tyr Pro Ala Tyr Lys Gly Ile
1205 1210 1215
Ala Lys Arg Phe Phe Asp Phe Lys Asn Ile Asp Val Val Glu Lys
1220 1225 1230
Cys Asp Val Ile Gln Ile Leu Ile Ile Met His Ala Gly Pro Met
1235 1240 1245
Asn Gly Asn Ile Met Tyr Asp Asp Phe Lys Phe Thr Asn Arg Ile
1250 1255 1260
Gly Arg Phe Thr His Lys Asn Ile Asp Leu Lys Thr Thr Phe Ile
1265 1270 1275
Ser Thr Ser Val Thr Gly Leu Phe Ser Lys Lys Tyr Lys Leu
1280 1285 1290
<210> 354
<211> 1359
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 354
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Gly Trp Ala Val Ile Thr Asp Glu Tyr Lys Val Pro Ser Lys Lys Phe
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Lys Val Leu Gly Asn Thr Asp Arg His Ser Ile Lys Lys Asn Leu Ile
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Gly Ala Leu Leu Phe Asp Ser Gly Glu Thr Ala Glu Ala Thr Arg Leu
50 55 60
Lys Arg Thr Ala Arg Arg Arg Tyr Thr Arg Arg Lys Asn Arg Ile Cys
65 70 75 80
Tyr Leu Gln Glu Ile Phe Ser Asn Glu Met Ala Lys Val Asp Asp Ser
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Phe Phe His Arg Leu Glu Glu Ser Phe Leu Val Glu Glu Asp Lys Lys
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His Glu Arg His Pro Ile Phe Gly Asn Ile Val Asp Glu Val Ala Tyr
115 120 125
His Glu Lys Tyr Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Lys Lys Leu Val Asp
130 135 140
Ser Thr Asp Lys Ala Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu Ala His
145 150 155 160
Met Ile Lys Phe Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Asp Leu Asn Pro
165 170 175
Asp Asn Ser Asp Val Asp Lys Leu Phe Ile Gln Leu Val Gln Thr Tyr
180 185 190
Asn Gln Leu Phe Glu Glu Asn Ile Asn Ala Ser Gly Val Asp Ala Lys
195 200 205
Ala Ile Leu Ser Ala Arg Leu Ser Lys Ser Arg Arg Leu Glu Asn Leu
210 215 220
Ile Ala Gln Leu Pro Gly Glu Lys Lys Asn Gly Leu Phe Gly Asn Leu
225 230 235 240
Ile Ala Leu Ser Leu Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe Asp
245 250 255
Leu Ala Glu Asp Ala Lys Leu Gln Leu Ser Lys Asp Thr Tyr Asp Asp
260 265 270
Asp Leu Asp Asn Leu Leu Ala Gln Ile Gly Asp Gln Tyr Ala Asp Leu
275 280 285
Phe Leu Ala Ala Lys Asn Leu Ser Asp Ala Ile Leu Leu Ser Asp Ile
290 295 300
Leu Arg Val Asn Thr Glu Ile Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala Ser Met
305 310 315 320
Ile Lys Arg Tyr Asp Glu His His Gln Asp Leu Thr Leu Leu Lys Ala
325 330 335
Leu Val Arg Gln Gln Leu Pro Glu Lys Tyr Lys Glu Ile Phe Phe Asp
340 345 350
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500 505 510
Leu Tyr Glu Tyr Phe Thr Val Tyr Asn Glu Leu Thr Lys Val Lys Tyr
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Val Thr Glu Gly Met Arg Lys Pro Ala Phe Leu Ser Gly Glu Gln Lys
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Lys Ala Ile Val Asp Leu Leu Phe Lys Thr Asn Arg Lys Val Thr Val
545 550 555 560
Lys Gln Leu Lys Glu Asp Tyr Phe Lys Lys Ile Glu Cys Phe Asp Ser
565 570 575
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580 585 590
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595 600 605
Glu Glu Asn Glu Asp Ile Leu Glu Asp Ile Val Leu Thr Leu Thr Leu
610 615 620
Phe Glu Asp Arg Glu Met Ile Glu Glu Arg Leu Lys Thr Tyr Ala His
625 630 635 640
Leu Phe Asp Asp Lys Val Met Lys Gln Leu Lys Arg Arg Arg Tyr Thr
645 650 655
Gly Trp Gly Arg Leu Ser Arg Lys Leu Ile Asn Gly Ile Arg Asp Lys
660 665 670
Gln Ser Gly Lys Thr Ile Leu Asp Phe Leu Lys Asp Gly Phe Ala Asn
675 680 685
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Asp Ile Gln Lys Ala Gln Val Ser Gly Gln Gly Asp Ser Leu His Glu
705 710 715 720
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740 745 750
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930 935 940
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Gln Ser Gly Lys Thr Ile Leu Asp Phe Leu Lys Asp Gly Phe Ala Asn
675 680 685
Arg Asn Phe Met Gln Leu Ile His Asp Asp Ser Leu Thr Phe Lys Glu
690 695 700
Asp Ile Gln Lys Ala Gln Val Ser Gly Gln Gly Asp Ser Leu His Glu
705 710 715 720
His Ile Ala Asn Leu Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys Gly Ile Leu
725 730 735
Gln Thr Val Lys Val Val Asp Glu Leu Val Lys Val Met Gly Arg His
740 745 750
Lys Pro Glu Asn Ile Val Ile Glu Met Ala Arg Glu Asn Gln Thr Thr
755 760 765
Gln Lys Gly Gln Lys Asn Ser Arg Glu Arg Met Lys Arg Ile Glu Glu
770 775 780
Gly Ile Lys Glu Leu Gly Ser Gln Ile Leu Lys Glu His Pro Val Glu
785 790 795 800
Asn Thr Gln Leu Gln Asn Glu Lys Leu Tyr Leu Tyr Tyr Leu Gln Asn
805 810 815
Gly Arg Asp Met Tyr Val Asp Gln Glu Leu Asp Ile Asn Arg Leu Ser
820 825 830
Asp Tyr Asp Val Asp Ala Ile Val Pro Gln Ser Phe Leu Lys Asp Asp
835 840 845
Ser Ile Asp Asn Lys Val Leu Thr Arg Ser Asp Lys Asn Arg Gly Lys
850 855 860
Ser Asp Asn Val Pro Ser Glu Glu Val Val Lys Lys Met Lys Asn Tyr
865 870 875 880
Trp Arg Gln Leu Leu Asn Ala Lys Leu Ile Thr Gln Arg Lys Phe Asp
885 890 895
Asn Leu Thr Lys Ala Glu Arg Gly Gly Leu Ser Glu Leu Asp Lys Ala
900 905 910
Gly Phe Ile Lys Arg Gln Leu Val Glu Thr Arg Gln Ile Thr Lys His
915 920 925
Val Ala Gln Ile Leu Asp Ser Arg Met Asn Thr Lys Tyr Asp Glu Asn
930 935 940
Asp Lys Leu Ile Arg Glu Val Lys Val Ile Thr Leu Lys Ser Lys Leu
945 950 955 960
Val Ser Asp Phe Arg Lys Asp Phe Gln Phe Tyr Lys Val Arg Glu Ile
965 970 975
Asn Asn Tyr His His Ala His Asp Ala Tyr Leu Asn Ala Val Val Gly
980 985 990
Thr Ala Leu Ile Lys Lys Tyr Pro Lys Leu Glu Ser Glu Phe Val Tyr
995 1000 1005
Gly Asp Tyr Lys Val Tyr Asp Val Ser Glu Gln Glu Ile Gly Lys
1010 1015 1020
Ala Thr Ala Lys Tyr Phe Phe Tyr Ser Asn Ile Met Asn Phe Phe
1025 1030 1035
Lys Thr Glu Ile Thr Leu Ala Asn Gly Glu Ile Arg Lys Arg Pro
1040 1045 1050
Leu Ile Glu Thr Asn Gly Glu Thr Gly Glu Ile Val Trp Asp Lys
1055 1060 1065
Gly Arg Asp Phe Ala Thr Val Arg Lys Val Leu Ser Met Pro Gln
1070 1075 1080
Val Asn Ile Val Lys Lys Thr Glu Val Gln Thr Gly Gly Phe Ser
1085 1090 1095
Lys Glu Ser Ile Leu Pro Lys Arg Asn Ser Asp Lys Leu Ile Ala
1100 1105 1110
Arg Lys Lys Asp Trp Asp Pro Lys Lys Tyr Gly Gly Phe Asp Ser
1115 1120 1125
Pro Thr Val Ala Tyr Ser Val Leu Val Val Ala Lys Val Glu Lys
1130 1135 1140
Gly Lys Ser Lys Lys Leu Lys Ser Val Lys Glu Leu Leu Gly Ile
1145 1150 1155
Thr Ile Met Glu Arg Ser Ser Phe Glu Lys Asn Pro Ile Asp Phe
1160 1165 1170
Leu Glu Ala Lys Gly Tyr Lys Glu Val Lys Lys Asp Leu Ile Ile
1175 1180 1185
Lys Leu Pro Lys Tyr Ser Leu Phe Glu Leu Glu Asn Gly Arg Lys
1190 1195 1200
Arg Met Leu Ala Ser Gly Glu Leu Gln Lys Gly Asn Glu Leu Ala
1205 1210 1215
Leu Pro Ser Lys Tyr Val Asn Phe Leu Tyr Leu Ala Ser His Tyr
1220 1225 1230
Glu Lys Leu Lys Gly Ser Pro Glu Asp Asn Glu Gln Lys Gln Leu
1235 1240 1245
Phe Val Glu Gln His Lys His Tyr Leu Asp Glu Ile Ile Glu Gln
1250 1255 1260
Ile Ser Glu Phe Ser Lys Arg Val Ile Leu Ala Asp Ala Asn Leu
1265 1270 1275
Asp Lys Val Leu Ser Ala Tyr Asn Lys His Arg Asp Lys Pro Ile
1280 1285 1290
Arg Glu Gln Ala Glu Asn Ile Ile His Leu Phe Thr Leu Thr Asn
1295 1300 1305
Leu Gly Ala Pro Ala Ala Phe Lys Tyr Phe Asp Thr Thr Ile Asp
1310 1315 1320
Arg Lys Arg Tyr Thr Ser Thr Lys Glu Val Leu Asp Ala Thr Leu
1325 1330 1335
Ile His Gln Ser Ile Thr Gly Leu Tyr Glu Thr Arg Ile Asp Leu
1340 1345 1350
Ser Gln Leu Gly Gly Asp
1355
<210> 358
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 358
agaaaaacaa ttttagtatt tgg 23
<210> 359
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 359
gcagaaatag actaattgca tgg 23
<210> 360
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 360
gtcacccctg cgctgacagc 20
<210> 361
<211> 96
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 361
cttcggcttc ccctggagag agcgagattc tccgcgctgt agaagtcatc attgttgtgc 60
acgacgacat cattccgtgg cgttatccag ctaagc 96
<210> 362
<211> 34
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 362
Thr Ser Ala Ser Pro Gly Glu Ser Glu Ile Leu Arg Ala Val Glu Val
1 5 10 15
Ile Ile Val Val His Asp Asp Ile Ile Pro Trp Arg Trp Arg Tyr Pro
20 25 30
Ala Lys
<210> 363
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 363
gtaaacaaag catagactga ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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gaagaccaag gatagactgc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 365
gttttgttta gtaactgacg tcc 23
<210> 366
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 366
cttgtatttc ttatcttact acc 23
<210> 367
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 367
cttgtgtttc gtatctgacg ccc 23
<210> 368
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 368
gaatactaag catagactcc agg 23
<210> 369
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 369
gaaaacaaat cattgactgc agg 23
<210> 370
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 370
gaacataaag aatagaatga tgg 23
<210> 371
<211> 183
<212> PRT
<213> Salmonella typhimurium
<400> 371
Met Pro Pro Ala Phe Ile Thr Gly Val Thr Ser Leu Ser Asp Val Glu
1 5 10 15
Leu Asp His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr Leu Ala Lys Arg
20 25 30
Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val Leu Val His Asn
35 40 45
His Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile Gly Arg His Asp
50 55 60
Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln Gly Gly Leu Val
65 70 75 80
Leu Gln Asn Tyr Arg Leu Leu Asp Thr Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu
85 90 95
Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Val His Ser Arg Ile Gly Arg
100 105 110
Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser Leu
115 120 125
Ile Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile Ile
130 135 140
Glu Gly Val Leu Arg Asp Glu Cys Ala Thr Leu Leu Ser Asp Phe Phe
145 150 155 160
Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Leu Lys Lys Ala Asp Arg Ala
165 170 175
Glu Gly Ala Gly Pro Ala Val
180
<210> 372
<211> 164
<212> PRT
<213> Shewanella putrefaciens
<400> 372
Met Asp Glu Tyr Trp Met Gln Val Ala Met Gln Met Ala Glu Lys Ala
1 5 10 15
Glu Ala Ala Gly Glu Val Pro Val Gly Ala Val Leu Val Lys Asp Gly
20 25 30
Gln Gln Ile Ala Thr Gly Tyr Asn Leu Ser Ile Ser Gln His Asp Pro
35 40 45
Thr Ala His Ala Glu Ile Leu Cys Leu Arg Ser Ala Gly Lys Lys Leu
50 55 60
Glu Asn Tyr Arg Leu Leu Asp Ala Thr Leu Tyr Ile Thr Leu Glu Pro
65 70 75 80
Cys Ala Met Cys Ala Gly Ala Met Val His Ser Arg Ile Ala Arg Val
85 90 95
Val Tyr Gly Ala Arg Asp Glu Lys Thr Gly Ala Ala Gly Thr Val Val
100 105 110
Asn Leu Leu Gln His Pro Ala Phe Asn His Gln Val Glu Val Thr Ser
115 120 125
Gly Val Leu Ala Glu Ala Cys Ser Ala Gln Leu Ser Arg Phe Phe Lys
130 135 140
Arg Arg Arg Asp Glu Lys Lys Ala Leu Lys Leu Ala Gln Arg Ala Gln
145 150 155 160
Gln Gly Ile Glu
<210> 373
<211> 173
<212> PRT
<213> Haemophilus influenzae
<400> 373
Met Asp Ala Ala Lys Val Arg Ser Glu Phe Asp Glu Lys Met Met Arg
1 5 10 15
Tyr Ala Leu Glu Leu Ala Asp Lys Ala Glu Ala Leu Gly Glu Ile Pro
20 25 30
Val Gly Ala Val Leu Val Asp Asp Ala Arg Asn Ile Ile Gly Glu Gly
35 40 45
Trp Asn Leu Ser Ile Val Gln Ser Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile
50 55 60
Ile Ala Leu Arg Asn Gly Ala Lys Asn Ile Gln Asn Tyr Arg Leu Leu
65 70 75 80
Asn Ser Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Thr Met Cys Ala Gly
85 90 95
Ala Ile Leu His Ser Arg Ile Lys Arg Leu Val Phe Gly Ala Ser Asp
100 105 110
Tyr Lys Thr Gly Ala Ile Gly Ser Arg Phe His Phe Phe Asp Asp Tyr
115 120 125
Lys Met Asn His Thr Leu Glu Ile Thr Ser Gly Val Leu Ala Glu Glu
130 135 140
Cys Ser Gln Lys Leu Ser Thr Phe Phe Gln Lys Arg Arg Glu Glu Lys
145 150 155 160
Lys Ile Glu Lys Ala Leu Leu Lys Ser Leu Ser Asp Lys
165 170
<210> 374
<211> 161
<212> PRT
<213> Caulobacter crescentus
<400> 374
Met Arg Thr Asp Glu Ser Glu Asp Gln Asp His Arg Met Met Arg Leu
1 5 10 15
Ala Leu Asp Ala Ala Arg Ala Ala Ala Glu Ala Gly Glu Thr Pro Val
20 25 30
Gly Ala Val Ile Leu Asp Pro Ser Thr Gly Glu Val Ile Ala Thr Ala
35 40 45
Gly Asn Gly Pro Ile Ala Ala His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile
50 55 60
Ala Ala Met Arg Ala Ala Ala Ala Lys Leu Gly Asn Tyr Arg Leu Thr
65 70 75 80
Asp Leu Thr Leu Val Val Thr Leu Glu Pro Cys Ala Met Cys Ala Gly
85 90 95
Ala Ile Ser His Ala Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Asp Asp
100 105 110
Pro Lys Gly Gly Ala Val Val His Gly Pro Lys Phe Phe Ala Gln Pro
115 120 125
Thr Cys His Trp Arg Pro Glu Val Thr Gly Gly Val Leu Ala Asp Glu
130 135 140
Ser Ala Asp Leu Leu Arg Gly Phe Phe Arg Ala Arg Arg Lys Ala Lys
145 150 155 160
Ile
<210> 375
<211> 179
<212> PRT
<213> Geobacter sulfurreducens
<400> 375
Met Ser Ser Leu Lys Lys Thr Pro Ile Arg Asp Asp Ala Tyr Trp Met
1 5 10 15
Gly Lys Ala Ile Arg Glu Ala Ala Lys Ala Ala Ala Arg Asp Glu Val
20 25 30
Pro Ile Gly Ala Val Ile Val Arg Asp Gly Ala Val Ile Gly Arg Gly
35 40 45
His Asn Leu Arg Glu Gly Ser Asn Asp Pro Ser Ala His Ala Glu Met
50 55 60
Ile Ala Ile Arg Gln Ala Ala Arg Arg Ser Ala Asn Trp Arg Leu Thr
65 70 75 80
Gly Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Leu Met Cys Met Gly
85 90 95
Ala Ile Ile Leu Ala Arg Leu Glu Arg Val Val Phe Gly Cys Tyr Asp
100 105 110
Pro Lys Gly Gly Ala Ala Gly Ser Leu Tyr Asp Leu Ser Ala Asp Pro
115 120 125
Arg Leu Asn His Gln Val Arg Leu Ser Pro Gly Val Cys Gln Glu Glu
130 135 140
Cys Gly Thr Met Leu Ser Asp Phe Phe Arg Asp Leu Arg Arg Arg Lys
145 150 155 160
Lys Ala Lys Ala Thr Pro Ala Leu Phe Ile Asp Glu Arg Lys Val Pro
165 170 175
Pro Glu Pro
<210> 376
<211> 1300
<212> PRT
<213> Francisella novicida
<400> 376
Met Ser Ile Tyr Gln Glu Phe Val Asn Lys Tyr Ser Leu Ser Lys Thr
1 5 10 15
Leu Arg Phe Glu Leu Ile Pro Gln Gly Lys Thr Leu Glu Asn Ile Lys
20 25 30
Ala Arg Gly Leu Ile Leu Asp Asp Glu Lys Arg Ala Lys Asp Tyr Lys
35 40 45
Lys Ala Lys Gln Ile Ile Asp Lys Tyr His Gln Phe Phe Ile Glu Glu
50 55 60
Ile Leu Ser Ser Val Cys Ile Ser Glu Asp Leu Leu Gln Asn Tyr Ser
65 70 75 80
Asp Val Tyr Phe Lys Leu Lys Lys Ser Asp Asp Asp Asn Leu Gln Lys
85 90 95
Asp Phe Lys Ser Ala Lys Asp Thr Ile Lys Lys Gln Ile Ser Glu Tyr
100 105 110
Ile Lys Asp Ser Glu Lys Phe Lys Asn Leu Phe Asn Gln Asn Leu Ile
115 120 125
Asp Ala Lys Lys Gly Gln Glu Ser Asp Leu Ile Leu Trp Leu Lys Gln
130 135 140
Ser Lys Asp Asn Gly Ile Glu Leu Phe Lys Ala Asn Ser Asp Ile Thr
145 150 155 160
Asp Ile Asp Glu Ala Leu Glu Ile Ile Lys Ser Phe Lys Gly Trp Thr
165 170 175
Thr Tyr Phe Lys Gly Phe His Glu Asn Arg Lys Asn Val Tyr Ser Ser
180 185 190
Asn Asp Ile Pro Thr Ser Ile Ile Tyr Arg Ile Val Asp Asp Asn Leu
195 200 205
Pro Lys Phe Leu Glu Asn Lys Ala Lys Tyr Glu Ser Leu Lys Asp Lys
210 215 220
Ala Pro Glu Ala Ile Asn Tyr Glu Gln Ile Lys Lys Asp Leu Ala Glu
225 230 235 240
Glu Leu Thr Phe Asp Ile Asp Tyr Lys Thr Ser Glu Val Asn Gln Arg
245 250 255
Val Phe Ser Leu Asp Glu Val Phe Glu Ile Ala Asn Phe Asn Asn Tyr
260 265 270
Leu Asn Gln Ser Gly Ile Thr Lys Phe Asn Thr Ile Ile Gly Gly Lys
275 280 285
Phe Val Asn Gly Glu Asn Thr Lys Arg Lys Gly Ile Asn Glu Tyr Ile
290 295 300
Asn Leu Tyr Ser Gln Gln Ile Asn Asp Lys Thr Leu Lys Lys Tyr Lys
305 310 315 320
Met Ser Val Leu Phe Lys Gln Ile Leu Ser Asp Thr Glu Ser Lys Ser
325 330 335
Phe Val Ile Asp Lys Leu Glu Asp Asp Ser Asp Val Val Thr Thr Met
340 345 350
Gln Ser Phe Tyr Glu Gln Ile Ala Ala Phe Lys Thr Val Glu Glu Lys
355 360 365
Ser Ile Lys Glu Thr Leu Ser Leu Leu Phe Asp Asp Leu Lys Ala Gln
370 375 380
Lys Leu Asp Leu Ser Lys Ile Tyr Phe Lys Asn Asp Lys Ser Leu Thr
385 390 395 400
Asp Leu Ser Gln Gln Val Phe Asp Asp Tyr Ser Val Ile Gly Thr Ala
405 410 415
Val Leu Glu Tyr Ile Thr Gln Gln Ile Ala Pro Lys Asn Leu Asp Asn
420 425 430
Pro Ser Lys Lys Glu Gln Glu Leu Ile Ala Lys Lys Thr Glu Lys Ala
435 440 445
Lys Tyr Leu Ser Leu Glu Thr Ile Lys Leu Ala Leu Glu Glu Phe Asn
450 455 460
Lys His Arg Asp Ile Asp Lys Gln Cys Arg Phe Glu Glu Ile Leu Ala
465 470 475 480
Asn Phe Ala Ala Ile Pro Met Ile Phe Asp Glu Ile Ala Gln Asn Lys
485 490 495
Asp Asn Leu Ala Gln Ile Ser Ile Lys Tyr Gln Asn Gln Gly Lys Lys
500 505 510
Asp Leu Leu Gln Ala Ser Ala Glu Asp Asp Val Lys Ala Ile Lys Asp
515 520 525
Leu Leu Asp Gln Thr Asn Asn Leu Leu His Lys Leu Lys Ile Phe His
530 535 540
Ile Ser Gln Ser Glu Asp Lys Ala Asn Ile Leu Asp Lys Asp Glu His
545 550 555 560
Phe Tyr Leu Val Phe Glu Glu Cys Tyr Phe Glu Leu Ala Asn Ile Val
565 570 575
Pro Leu Tyr Asn Lys Ile Arg Asn Tyr Ile Thr Gln Lys Pro Tyr Ser
580 585 590
Asp Glu Lys Phe Lys Leu Asn Phe Glu Asn Ser Thr Leu Ala Asn Gly
595 600 605
Trp Asp Lys Asn Lys Glu Pro Asp Asn Thr Ala Ile Leu Phe Ile Lys
610 615 620
Asp Asp Lys Tyr Tyr Leu Gly Val Met Asn Lys Lys Asn Asn Lys Ile
625 630 635 640
Phe Asp Asp Lys Ala Ile Lys Glu Asn Lys Gly Glu Gly Tyr Lys Lys
645 650 655
Ile Val Tyr Lys Leu Leu Pro Gly Ala Asn Lys Met Leu Pro Lys Val
660 665 670
Phe Phe Ser Ala Lys Ser Ile Lys Phe Tyr Asn Pro Ser Glu Asp Ile
675 680 685
Leu Arg Ile Arg Asn His Ser Thr His Thr Lys Asn Gly Ser Pro Gln
690 695 700
Lys Gly Tyr Glu Lys Phe Glu Phe Asn Ile Glu Asp Cys Arg Lys Phe
705 710 715 720
Ile Asp Phe Tyr Lys Gln Ser Ile Ser Lys His Pro Glu Trp Lys Asp
725 730 735
Phe Gly Phe Arg Phe Ser Asp Thr Gln Arg Tyr Asn Ser Ile Asp Glu
740 745 750
Phe Tyr Arg Glu Val Glu Asn Gln Gly Tyr Lys Leu Thr Phe Glu Asn
755 760 765
Ile Ser Glu Ser Tyr Ile Asp Ser Val Val Asn Gln Gly Lys Leu Tyr
770 775 780
Leu Phe Gln Ile Tyr Asn Lys Asp Phe Ser Ala Tyr Ser Lys Gly Arg
785 790 795 800
Pro Asn Leu His Thr Leu Tyr Trp Lys Ala Leu Phe Asp Glu Arg Asn
805 810 815
Leu Gln Asp Val Val Tyr Lys Leu Asn Gly Glu Ala Glu Leu Phe Tyr
820 825 830
Arg Lys Gln Ser Ile Pro Lys Lys Ile Thr His Pro Ala Lys Glu Ala
835 840 845
Ile Ala Asn Lys Asn Lys Asp Asn Pro Lys Lys Glu Ser Val Phe Glu
850 855 860
Tyr Asp Leu Ile Lys Asp Lys Arg Phe Thr Glu Asp Lys Phe Phe Phe
865 870 875 880
His Cys Pro Ile Thr Ile Asn Phe Lys Ser Ser Gly Ala Asn Lys Phe
885 890 895
Asn Asp Glu Ile Asn Leu Leu Leu Lys Glu Lys Ala Asn Asp Val His
900 905 910
Ile Leu Ser Ile Asp Arg Gly Glu Arg His Leu Ala Tyr Tyr Thr Leu
915 920 925
Val Asp Gly Lys Gly Asn Ile Ile Lys Gln Asp Thr Phe Asn Ile Ile
930 935 940
Gly Asn Asp Arg Met Lys Thr Asn Tyr His Asp Lys Leu Ala Ala Ile
945 950 955 960
Glu Lys Asp Arg Asp Ser Ala Arg Lys Asp Trp Lys Lys Ile Asn Asn
965 970 975
Ile Lys Glu Met Lys Glu Gly Tyr Leu Ser Gln Val Val His Glu Ile
980 985 990
Ala Lys Leu Val Ile Glu Tyr Asn Ala Ile Val Val Phe Glu Asp Leu
995 1000 1005
Asn Phe Gly Phe Lys Arg Gly Arg Phe Lys Val Glu Lys Gln Val
1010 1015 1020
Tyr Gln Lys Leu Glu Lys Met Leu Ile Glu Lys Leu Asn Tyr Leu
1025 1030 1035
Val Phe Lys Asp Asn Glu Phe Asp Lys Thr Gly Gly Val Leu Arg
1040 1045 1050
Ala Tyr Gln Leu Thr Ala Pro Phe Glu Thr Phe Lys Lys Met Gly
1055 1060 1065
Lys Gln Thr Gly Ile Ile Tyr Tyr Val Pro Ala Gly Phe Thr Ser
1070 1075 1080
Lys Ile Cys Pro Val Thr Gly Phe Val Asn Gln Leu Tyr Pro Lys
1085 1090 1095
Tyr Glu Ser Val Ser Lys Ser Gln Glu Phe Phe Ser Lys Phe Asp
1100 1105 1110
Lys Ile Cys Tyr Asn Leu Asp Lys Gly Tyr Phe Glu Phe Ser Phe
1115 1120 1125
Asp Tyr Lys Asn Phe Gly Asp Lys Ala Ala Lys Gly Lys Trp Thr
1130 1135 1140
Ile Ala Ser Phe Gly Ser Arg Leu Ile Asn Phe Arg Asn Ser Asp
1145 1150 1155
Lys Asn His Asn Trp Asp Thr Arg Glu Val Tyr Pro Thr Lys Glu
1160 1165 1170
Leu Glu Lys Leu Leu Lys Asp Tyr Ser Ile Glu Tyr Gly His Gly
1175 1180 1185
Glu Cys Ile Lys Ala Ala Ile Cys Gly Glu Ser Asp Lys Lys Phe
1190 1195 1200
Phe Ala Lys Leu Thr Ser Val Leu Asn Thr Ile Leu Gln Met Arg
1205 1210 1215
Asn Ser Lys Thr Gly Thr Glu Leu Asp Tyr Leu Ile Ser Pro Val
1220 1225 1230
Ala Asp Val Asn Gly Asn Phe Phe Asp Ser Arg Gln Ala Pro Lys
1235 1240 1245
Asn Met Pro Gln Asp Ala Asp Ala Asn Gly Ala Tyr His Ile Gly
1250 1255 1260
Leu Lys Gly Leu Met Leu Leu Gly Arg Ile Lys Asn Asn Gln Glu
1265 1270 1275
Gly Lys Lys Leu Asn Leu Val Ile Lys Asn Glu Glu Tyr Phe Glu
1280 1285 1290
Phe Val Gln Asn Arg Asn Asn
1295 1300
<210> 377
<211> 1300
<212> PRT
<213> Francisella novicida
<400> 377
Met Ser Ile Tyr Gln Glu Phe Val Asn Lys Tyr Ser Leu Ser Lys Thr
1 5 10 15
Leu Arg Phe Glu Leu Ile Pro Gln Gly Lys Thr Leu Glu Asn Ile Lys
20 25 30
Ala Arg Gly Leu Ile Leu Asp Asp Glu Lys Arg Ala Lys Asp Tyr Lys
35 40 45
Lys Ala Lys Gln Ile Ile Asp Lys Tyr His Gln Phe Phe Ile Glu Glu
50 55 60
Ile Leu Ser Ser Val Cys Ile Ser Glu Asp Leu Leu Gln Asn Tyr Ser
65 70 75 80
Asp Val Tyr Phe Lys Leu Lys Lys Ser Asp Asp Asp Asn Leu Gln Lys
85 90 95
Asp Phe Lys Ser Ala Lys Asp Thr Ile Lys Lys Gln Ile Ser Glu Tyr
100 105 110
Ile Lys Asp Ser Glu Lys Phe Lys Asn Leu Phe Asn Gln Asn Leu Ile
115 120 125
Asp Ala Lys Lys Gly Gln Glu Ser Asp Leu Ile Leu Trp Leu Lys Gln
130 135 140
Ser Lys Asp Asn Gly Ile Glu Leu Phe Lys Ala Asn Ser Asp Ile Thr
145 150 155 160
Asp Ile Asp Glu Ala Leu Glu Ile Ile Lys Ser Phe Lys Gly Trp Thr
165 170 175
Thr Tyr Phe Lys Gly Phe His Glu Asn Arg Lys Asn Val Tyr Ser Ser
180 185 190
Asn Asp Ile Pro Thr Ser Ile Ile Tyr Arg Ile Val Asp Asp Asn Leu
195 200 205
Pro Lys Phe Leu Glu Asn Lys Ala Lys Tyr Glu Ser Leu Lys Asp Lys
210 215 220
Ala Pro Glu Ala Ile Asn Tyr Glu Gln Ile Lys Lys Asp Leu Ala Glu
225 230 235 240
Glu Leu Thr Phe Asp Ile Asp Tyr Lys Thr Ser Glu Val Asn Gln Arg
245 250 255
Val Phe Ser Leu Asp Glu Val Phe Glu Ile Ala Asn Phe Asn Asn Tyr
260 265 270
Leu Asn Gln Ser Gly Ile Thr Lys Phe Asn Thr Ile Ile Gly Gly Lys
275 280 285
Phe Val Asn Gly Glu Asn Thr Lys Arg Lys Gly Ile Asn Glu Tyr Ile
290 295 300
Asn Leu Tyr Ser Gln Gln Ile Asn Asp Lys Thr Leu Lys Lys Tyr Lys
305 310 315 320
Met Ser Val Leu Phe Lys Gln Ile Leu Ser Asp Thr Glu Ser Lys Ser
325 330 335
Phe Val Ile Asp Lys Leu Glu Asp Asp Ser Asp Val Val Thr Thr Met
340 345 350
Gln Ser Phe Tyr Glu Gln Ile Ala Ala Phe Lys Thr Val Glu Glu Lys
355 360 365
Ser Ile Lys Glu Thr Leu Ser Leu Leu Phe Asp Asp Leu Lys Ala Gln
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Glu Leu Thr Lys Val Lys Tyr Val Thr Glu Gly Met Arg Lys Pro Ala
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Phe Leu Ser Gly Glu Gln Lys Lys Ala Ile Val Asp Leu Leu Phe Lys
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Thr Asn Arg Lys Val Thr Val Lys Gln Leu Lys Glu Asp Tyr Phe Lys
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Lys Ile Glu Cys Phe Asp Ser Val Glu Ile Ser Gly Val Glu Asp Arg
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Phe Asn Ala Ser Leu Gly Thr Tyr His Asp Leu Leu Lys Ile Ile Lys
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Asp Lys Asp Phe Leu Asp Asn Glu Glu Asn Glu Asp Ile Leu Glu Asp
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Ile Val Leu Thr Leu Thr Leu Phe Glu Asp Arg Glu Met Ile Glu Glu
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Leu Lys Arg Arg Arg Tyr Thr Gly Trp Gly Arg Leu Ser Arg Lys Leu
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Pro Pro Asp Leu Ile Ala Gly Ala Ala Val Gly Phe Glu Gln Gly
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Leu Ala Ala Trp Glu Met Leu Ser Gln Lys Pro Asp Leu Val Phe
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uggcaccgag ucggugcuuu uu 82
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 415
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<211> 887
<212> PRT
<213> Natronobacterium gregoryi
<400> 416
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<213> Sulfolobus islandicus
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<211> 345
<212> PRT
<213> Sulfolobus islandicus
<400> 418
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145 150 155 160
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195 200 205
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Gly Gln Asn Pro Thr Thr Ile Asn Gly Gly Phe Ser Ile Asp Leu Thr
245 250 255
Lys Leu Leu Glu Lys Arg Asp Leu Leu Ser Glu Arg Leu Glu Ala Ile
260 265 270
Ala Arg Asn Ala Leu Ser Ile Ser Ser Asn Met Arg Glu Arg Tyr Ile
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Val Leu Ala Asn Tyr Ile Tyr Glu Tyr Leu Thr Gly Ser Lys Arg Leu
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325 330 335
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340 345
<210> 419
<211> 1210
<212> PRT
<213> Parcubacteria group bacterium
<400> 419
Met Ser Lys Arg His Pro Arg Ile Ser Gly Val Lys Gly Tyr Arg Leu
1 5 10 15
His Ala Gln Arg Leu Glu Tyr Thr Gly Lys Ser Gly Ala Met Arg Thr
20 25 30
Ile Lys Tyr Pro Leu Tyr Ser Ser Pro Ser Gly Gly Arg Thr Val Pro
35 40 45
Arg Glu Ile Val Ser Ala Ile Asn Asp Asp Tyr Val Gly Leu Tyr Gly
50 55 60
Leu Ser Asn Phe Asp Asp Leu Tyr Asn Ala Glu Lys Arg Asn Glu Glu
65 70 75 80
Lys Val Tyr Ser Val Leu Asp Phe Trp Tyr Asp Cys Val Gln Tyr Gly
85 90 95
Ala Val Phe Ser Tyr Thr Ala Pro Gly Leu Leu Lys Asn Val Ala Glu
100 105 110
Val Arg Gly Gly Ser Tyr Glu Leu Thr Lys Thr Leu Lys Gly Ser His
115 120 125
Leu Tyr Asp Glu Leu Gln Ile Asp Lys Val Ile Lys Phe Leu Asn Lys
130 135 140
Lys Glu Ile Ser Arg Ala Asn Gly Ser Leu Asp Lys Leu Lys Lys Asp
145 150 155 160
Ile Ile Asp Cys Phe Lys Ala Glu Tyr Arg Glu Arg His Lys Asp Gln
165 170 175
Cys Asn Lys Leu Ala Asp Asp Ile Lys Asn Ala Lys Lys Asp Ala Gly
180 185 190
Ala Ser Leu Gly Glu Arg Gln Lys Lys Leu Phe Arg Asp Phe Phe Gly
195 200 205
Ile Ser Glu Gln Ser Glu Asn Asp Lys Pro Ser Phe Thr Asn Pro Leu
210 215 220
Asn Leu Thr Cys Cys Leu Leu Pro Phe Asp Thr Val Asn Asn Asn Arg
225 230 235 240
Asn Arg Gly Glu Val Leu Phe Asn Lys Leu Lys Glu Tyr Ala Gln Lys
245 250 255
Leu Asp Lys Asn Glu Gly Ser Leu Glu Met Trp Glu Tyr Ile Gly Ile
260 265 270
Gly Asn Ser Gly Thr Ala Phe Ser Asn Phe Leu Gly Glu Gly Phe Leu
275 280 285
Gly Arg Leu Arg Glu Asn Lys Ile Thr Glu Leu Lys Lys Ala Met Met
290 295 300
Asp Ile Thr Asp Ala Trp Arg Gly Gln Glu Gln Glu Glu Glu Leu Glu
305 310 315 320
Lys Arg Leu Arg Ile Leu Ala Ala Leu Thr Ile Lys Leu Arg Glu Pro
325 330 335
Lys Phe Asp Asn His Trp Gly Gly Tyr Arg Ser Asp Ile Asn Gly Lys
340 345 350
Leu Ser Ser Trp Leu Gln Asn Tyr Ile Asn Gln Thr Val Lys Ile Lys
355 360 365
Glu Asp Leu Lys Gly His Lys Lys Asp Leu Lys Lys Ala Lys Glu Met
370 375 380
Ile Asn Arg Phe Gly Glu Ser Asp Thr Lys Glu Glu Ala Val Val Ser
385 390 395 400
Ser Leu Leu Glu Ser Ile Glu Lys Ile Val Pro Asp Asp Ser Ala Asp
405 410 415
Asp Glu Lys Pro Asp Ile Pro Ala Ile Ala Ile Tyr Arg Arg Phe Leu
420 425 430
Ser Asp Gly Arg Leu Thr Leu Asn Arg Phe Val Gln Arg Glu Asp Val
435 440 445
Gln Glu Ala Leu Ile Lys Glu Arg Leu Glu Ala Glu Lys Lys Lys Lys
450 455 460
Pro Lys Lys Arg Lys Lys Lys Ser Asp Ala Glu Asp Glu Lys Glu Thr
465 470 475 480
Ile Asp Phe Lys Glu Leu Phe Pro His Leu Ala Lys Pro Leu Lys Leu
485 490 495
Val Pro Asn Phe Tyr Gly Asp Ser Lys Arg Glu Leu Tyr Lys Lys Tyr
500 505 510
Lys Asn Ala Ala Ile Tyr Thr Asp Ala Leu Trp Lys Ala Val Glu Lys
515 520 525
Ile Tyr Lys Ser Ala Phe Ser Ser Ser Leu Lys Asn Ser Phe Phe Asp
530 535 540
Thr Asp Phe Asp Lys Asp Phe Phe Ile Lys Arg Leu Gln Lys Ile Phe
545 550 555 560
Ser Val Tyr Arg Arg Phe Asn Thr Asp Lys Trp Lys Pro Ile Val Lys
565 570 575
Asn Ser Phe Ala Pro Tyr Cys Asp Ile Val Ser Leu Ala Glu Asn Glu
580 585 590
Val Leu Tyr Lys Pro Lys Gln Ser Arg Ser Arg Lys Ser Ala Ala Ile
595 600 605
Asp Lys Asn Arg Val Arg Leu Pro Ser Thr Glu Asn Ile Ala Lys Ala
610 615 620
Gly Ile Ala Leu Ala Arg Glu Leu Ser Val Ala Gly Phe Asp Trp Lys
625 630 635 640
Asp Leu Leu Lys Lys Glu Glu His Glu Glu Tyr Ile Asp Leu Ile Glu
645 650 655
Leu His Lys Thr Ala Leu Ala Leu Leu Leu Ala Val Thr Glu Thr Gln
660 665 670
Leu Asp Ile Ser Ala Leu Asp Phe Val Glu Asn Gly Thr Val Lys Asp
675 680 685
Phe Met Lys Thr Arg Asp Gly Asn Leu Val Leu Glu Gly Arg Phe Leu
690 695 700
Glu Met Phe Ser Gln Ser Ile Val Phe Ser Glu Leu Arg Gly Leu Ala
705 710 715 720
Gly Leu Met Ser Arg Lys Glu Phe Ile Thr Arg Ser Ala Ile Gln Thr
725 730 735
Met Asn Gly Lys Gln Ala Glu Leu Leu Tyr Ile Pro His Glu Phe Gln
740 745 750
Ser Ala Lys Ile Thr Thr Pro Lys Glu Met Ser Arg Ala Phe Leu Asp
755 760 765
Leu Ala Pro Ala Glu Phe Ala Thr Ser Leu Glu Pro Glu Ser Leu Ser
770 775 780
Glu Lys Ser Leu Leu Lys Leu Lys Gln Met Arg Tyr Tyr Pro His Tyr
785 790 795 800
Phe Gly Tyr Glu Leu Thr Arg Thr Gly Gln Gly Ile Asp Gly Gly Val
805 810 815
Ala Glu Asn Ala Leu Arg Leu Glu Lys Ser Pro Val Lys Lys Arg Glu
820 825 830
Ile Lys Cys Lys Gln Tyr Lys Thr Leu Gly Arg Gly Gln Asn Lys Ile
835 840 845
Val Leu Tyr Val Arg Ser Ser Tyr Tyr Gln Thr Gln Phe Leu Glu Trp
850 855 860
Phe Leu His Arg Pro Lys Asn Val Gln Thr Asp Val Ala Val Ser Gly
865 870 875 880
Ser Phe Leu Ile Asp Glu Lys Lys Val Lys Thr Arg Trp Asn Tyr Asp
885 890 895
Ala Leu Thr Val Ala Leu Glu Pro Val Ser Gly Ser Glu Arg Val Phe
900 905 910
Val Ser Gln Pro Phe Thr Ile Phe Pro Glu Lys Ser Ala Glu Glu Glu
915 920 925
Gly Gln Arg Tyr Leu Gly Ile Asp Ile Gly Glu Tyr Gly Ile Ala Tyr
930 935 940
Thr Ala Leu Glu Ile Thr Gly Asp Ser Ala Lys Ile Leu Asp Gln Asn
945 950 955 960
Phe Ile Ser Asp Pro Gln Leu Lys Thr Leu Arg Glu Glu Val Lys Gly
965 970 975
Leu Lys Leu Asp Gln Arg Arg Gly Thr Phe Ala Met Pro Ser Thr Lys
980 985 990
Ile Ala Arg Ile Arg Glu Ser Leu Val His Ser Leu Arg Asn Arg Ile
995 1000 1005
His His Leu Ala Leu Lys His Lys Ala Lys Ile Val Tyr Glu Leu
1010 1015 1020
Glu Val Ser Arg Phe Glu Glu Gly Lys Gln Lys Ile Lys Lys Val
1025 1030 1035
Tyr Ala Thr Leu Lys Lys Ala Asp Val Tyr Ser Glu Ile Asp Ala
1040 1045 1050
Asp Lys Asn Leu Gln Thr Thr Val Trp Gly Lys Leu Ala Val Ala
1055 1060 1065
Ser Glu Ile Ser Ala Ser Tyr Thr Ser Gln Phe Cys Gly Ala Cys
1070 1075 1080
Lys Lys Leu Trp Arg Ala Glu Met Gln Val Asp Glu Thr Ile Thr
1085 1090 1095
Thr Gln Glu Leu Ile Gly Thr Val Arg Val Ile Lys Gly Gly Thr
1100 1105 1110
Leu Ile Asp Ala Ile Lys Asp Phe Met Arg Pro Pro Ile Phe Asp
1115 1120 1125
Glu Asn Asp Thr Pro Phe Pro Lys Tyr Arg Asp Phe Cys Asp Lys
1130 1135 1140
His His Ile Ser Lys Lys Met Arg Gly Asn Ser Cys Leu Phe Ile
1145 1150 1155
Cys Pro Phe Cys Arg Ala Asn Ala Asp Ala Asp Ile Gln Ala Ser
1160 1165 1170
Gln Thr Ile Ala Leu Leu Arg Tyr Val Lys Glu Glu Lys Lys Val
1175 1180 1185
Glu Asp Tyr Phe Glu Arg Phe Arg Lys Leu Lys Asn Ile Lys Val
1190 1195 1200
Leu Gly Gln Met Lys Lys Ile
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<223> Synthetic Polypeptide
<400> 420
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
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Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Ala Gly Glu Val Pro Val Gly Ala Val
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Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
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Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Phe Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Val Asn Asn Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His Tyr Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Asn Glu Leu Leu
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Ser Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Phe Lys Ala Gln Lys Lys
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Ala Gln Ser Ser Thr Asp
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<211> 166
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<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 421
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Phe Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Val Arg Asn Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His Tyr Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Phe Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 422
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Thr Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Thr Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
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85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Val Arg Asn Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
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115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Phe Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
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<211> 166
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 423
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Ser Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
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85 90 95
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100 105 110
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115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Phe Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 424
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val Leu Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
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85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Val Arg Asn Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
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115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Phe Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
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<211> 166
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 425
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
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85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Val Arg Asn Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
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115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Arg Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Phe Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 426
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val Leu Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Leu Ile
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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85 90 95
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100 105 110
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130 135 140
Ser Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Phe Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
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<213> Artificial Sequence
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Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
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Leu Val Leu Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
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50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
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Ser Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Phe Asn Ala Gln Lys Lys
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Leu Val Leu Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
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145 150 155 160
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<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 433
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145 150 155
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<211> 159
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 434
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 437
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<212> PRT
<213> Alicyclobacillus acidoterrestris
<400> 438
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Ile
<210> 439
<211> 1389
<212> PRT
<213> Leptotrichia shahii
<400> 439
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Asn Ala Val Ile Asn Lys Ile Arg Asn Arg Phe Phe Ala Thr Ser Val
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Lys Lys Val Asp Gln Tyr Ile Lys Asp Lys Asp Gln Glu Ile Lys Ser
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Lys Ile Leu Cys Arg Ile Ile Phe Asn Ser Asp Phe Leu Lys Lys
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 440
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
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Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
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Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp
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Ser Ile Gly Leu Ala Ile Gly Thr Asn Ser Val Gly Trp Ala Val Ile
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Lys Phe Ile Lys Pro Ile Leu Glu Lys Met Asp Gly Thr Glu Glu Leu
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Leu Val Lys Leu Asn Arg Glu Asp Leu Leu Arg Lys Gln Arg Thr Phe
785 790 795 800
Asp Asn Gly Ser Ile Pro His Gln Ile His Leu Gly Glu Leu His Ala
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Ile Leu Arg Arg Gln Glu Asp Phe Tyr Pro Phe Leu Lys Asp Asn Arg
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Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile Pro Tyr Tyr Val Gly
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Pro Leu Ala Arg Gly Asn Ser Arg Phe Ala Trp Met Thr Arg Lys Ser
850 855 860
Glu Glu Thr Ile Thr Pro Trp Asn Phe Glu Glu Val Val Asp Lys Gly
865 870 875 880
Ala Ser Ala Gln Ser Phe Ile Glu Arg Met Thr Asn Phe Asp Lys Asn
885 890 895
Leu Pro Asn Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser Leu Leu Tyr Glu Tyr
900 905 910
Phe Thr Val Tyr Asn Glu Leu Thr Lys Val Lys Tyr Val Thr Glu Gly
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Met Arg Lys Pro Ala Phe Leu Ser Gly Glu Gln Lys Lys Ala Ile Val
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Asp Leu Leu Phe Lys Thr Asn Arg Lys Val Thr Val Lys Gln Leu Lys
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Glu Asp Tyr Phe Lys Lys Ile Glu Cys Phe Asp Ser Val Glu Ile Ser
965 970 975
Gly Val Glu Asp Arg Phe Asn Ala Ser Leu Gly Thr Tyr His Asp Leu
980 985 990
Leu Lys Ile Ile Lys Asp Lys Asp Phe Leu Asp Asn Glu Glu Asn Glu
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Arg Glu Met Ile Glu Glu Arg Leu Lys Thr Tyr Ala His Leu Phe
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Asp Asp Lys Val Met Lys Gln Leu Lys Arg Arg Arg Tyr Thr Gly
1040 1045 1050
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Gln Ser Gly Lys Thr Ile Leu Asp Phe Leu Lys Ser Asp Gly Phe
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Ala Asn Arg Asn Phe Met Gln Leu Ile His Asp Asp Ser Leu Thr
1085 1090 1095
Phe Lys Glu Asp Ile Gln Lys Ala Gln Val Ser Gly Gln Gly Asp
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Ser Leu His Glu His Ile Ala Asn Leu Ala Gly Ser Pro Ala Ile
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Lys Lys Gly Ile Leu Gln Thr Val Lys Val Val Asp Glu Leu Val
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Lys Val Met Gly Arg His Lys Pro Glu Asn Ile Val Ile Glu Met
1145 1150 1155
Ala Arg Glu Asn Gln Thr Thr Gln Lys Gly Gln Lys Asn Ser Arg
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Glu Arg Met Lys Arg Ile Glu Glu Gly Ile Lys Glu Leu Gly Ser
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Gln Ile Leu Lys Glu His Pro Val Glu Asn Thr Gln Leu Gln Asn
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Glu Lys Leu Tyr Leu Tyr Tyr Leu Gln Asn Gly Arg Asp Met Tyr
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Val Asp Gln Glu Leu Asp Ile Asn Arg Leu Ser Asp Tyr Asp Val
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Asp His Ile Val Pro Gln Ser Phe Leu Lys Asp Asp Ser Ile Asp
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Asn Lys Val Leu Thr Arg Ser Asp Lys Asn Arg Gly Lys Ser Asp
1250 1255 1260
Asn Val Pro Ser Glu Glu Val Val Lys Lys Met Lys Asn Tyr Trp
1265 1270 1275
Arg Gln Leu Leu Asn Ala Lys Leu Ile Thr Gln Arg Lys Phe Asp
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Asn Leu Thr Lys Ala Glu Arg Gly Gly Leu Ser Glu Leu Asp Lys
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Lys Ser Lys Leu Val Ser Asp Phe Arg Lys Asp Phe Gln Phe Tyr
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Lys Val Arg Glu Ile Asn Asn Tyr His His Ala His Asp Ala Tyr
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Arg Lys Met Ile Ala Lys Ser Glu Gln Glu Ile Gly Lys Ala Thr
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1430 1435 1440
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Ile Val Lys Lys Thr Glu Val Gln Thr Gly Gly Phe Ser Lys Glu
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Ser Ile Leu Pro Lys Arg Asn Ser Asp Lys Leu Ile Ala Arg Lys
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Lys Asp Trp Asp Pro Lys Lys Tyr Gly Gly Phe Asp Ser Pro Thr
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Val Ala Tyr Ser Val Leu Val Val Ala Lys Val Glu Lys Gly Lys
1535 1540 1545
Ser Lys Lys Leu Lys Ser Val Lys Glu Leu Leu Gly Ile Thr Ile
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Ala Lys Gly Tyr Lys Glu Val Lys Lys Asp Leu Ile Ile Lys Leu
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Pro Lys Tyr Ser Leu Phe Glu Leu Glu Asn Gly Arg Lys Arg Met
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Gln Leu Gly Gly Asp Ser Gly Gly Ser Pro Lys Lys Lys Arg Lys
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 515
ggaccggctc cctggcggtc 20
<210> 516
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 516
gccacttcta agcccttgat 20
<210> 517
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 517
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<210> 518
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 518
gcggtacgcc gcttcagtga 20
<210> 519
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 519
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<210> 520
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 520
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<210> 521
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 521
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<210> 522
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 522
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<210> 523
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 523
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 524
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 527
ggatgcagct cgttaccacc 20
<210> 528
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 528
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 529
gggccaggtc cctcctctcc 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 530
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 531
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 532
gggccagtga aatcaccctg 20
<210> 533
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 533
ggggactttg ggaggtgatc 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 534
gcaccagcag atgcagtgtc 20
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 535
gacacacaca cttagaatct g 21
<210> 536
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 536
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<210> 537
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 537
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 538
gaaaaaaaag cagagactgc tgg 23
<210> 539
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 539
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 540
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<210> 541
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 541
gaagaccaag gatagactgc tgg 23
<210> 542
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 542
gaacataaag aatagaatga tgg 23
<210> 543
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 543
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 544
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 545
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 546
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 547
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 548
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 549
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 550
gtcaagaaag cagagactgc cgg 23
<210> 551
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 551
gggaataaat catagaatcc tgg 23
<210> 552
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 552
gagcaaagag aatagactgt agg 23
<210> 553
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 553
gaacacaaag catagactgc 20
<210> 554
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 554
ggacaggcag catagactgt 20
<210> 555
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 555
gaagatagag aatagactgc 20
<210> 556
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 556
gcctaggcag tgggggtgca 20
<210> 557
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 557
gacaaagagg aagagagacg 20
<210> 558
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 558
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<210> 559
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 559
ggctaaagac catagactgt 20
<210> 560
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 560
gagtatgagg catagactgc 20
<210> 561
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 561
gatgagataa tgatgagtca ggg 23
<210> 562
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 562
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<210> 563
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 563
cacacacact tagaatctgt ggg 23
<210> 564
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 564
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<210> 565
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 565
ttcattaact gtggccggct 20
<210> 566
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 566
atcttattcg atcatgcgaa 20
<210> 567
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 567
gagcaaagag aatagactgt agg 23
<210> 568
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 568
gtctagaaag cttagactgc tgg 23
<210> 569
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 569
ggggactttg ggaggtgatc agg 23
<210> 570
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 570
tacggcgtag tgcacctgga tgg 23
<210> 571
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 571
gaacacaatg catagattgc tgg 23
<210> 572
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 572
gatcacaaag catggactga agg 23
<210> 573
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 573
gaacacaaag catagactgc ggg 23
<210> 574
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 574
gaaaaaaaag cagagactgc tgg 23
<210> 575
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 575
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 576
gtaaacaaag catagactga ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 577
gaagaccaag gatagactgc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 578
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 579
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 580
gaagatagag aatagactgc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 581
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 582
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 583
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 584
gtctagaaag cttagactgc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 585
ggacaggcag catagactgt ggg 23
<210> 586
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 586
gagcaaagag aatagactgt agg 23
<210> 587
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 587
ggctaaagac catagactgt ggg 23
<210> 588
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 588
gggaataaat catagaatcc tgg 23
<210> 589
<211> 197
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 589
atcgacgcca cgttgtatgt cacgcttgaa ccatgtgtaa tgtgtgccgg agcgatgatc 60
cacagtcgca ttggtcgcgt ggtctttggt gcgcgtgacg cgaaaactgg cgctgcggga 120
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atactggcgg atgagtg 197
<210> 590
<211> 66
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 590
Ile Asp Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala
1 5 10 15
Gly Ala Met Ile His Ser Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg
20 25 30
Asp Ala Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His
35 40 45
Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp
50 55 60
Glu Cys
65
<210> 591
<211> 197
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 591
atcgacgcca cgttgtatgt cacgcttgaa ccatgtgtaa tgtgtgccgg agcgatgatc 60
cacagtcgca ttggtcgcgt ggtctttggt gcgcgtgacg cgaaaactgg cgctgcggga 120
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<210> 592
<211> 66
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 592
Ile Asp Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala
1 5 10 15
Gly Ala Met Ile His Ser Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg
20 25 30
Asp Ala Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His
35 40 45
Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp
50 55 60
Glu Cys
65
<210> 593
<211> 197
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 593
atcgacgcca cgttgtatgt cacgcttgaa ccatgtgtaa tgtgtgccgg agcgatgatc 60
cacagtcgca ttggtcgcgt ggtctttggt gcgtgtgacg cgaaaactgg cgctgcggga 120
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<210> 594
<211> 66
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 594
Ile Asp Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala
1 5 10 15
Gly Ala Met Ile His Ser Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Cys
20 25 30
Asp Ala Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His
35 40 45
Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp
50 55 60
Glu Cys
65
<210> 595
<211> 197
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 595
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cacagtcgca ttggtcgcgt ggtctttggt gcgcgtaacg cgaaaactgg cgctgcggga 120
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<211> 66
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 596
Ile Asp Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala
1 5 10 15
Gly Ala Met Ile His Ser Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg
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50 55 60
Glu Cys
65
<210> 597
<211> 197
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 597
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 598
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1 5 10 15
Gly Ala Met Ile His Ser Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg
20 25 30
Gly Ala Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His
35 40 45
Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp
50 55 60
Glu Cys
65
<210> 599
<211> 197
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 599
atcgacgcca cgttgtatgt cacgcttgaa ccatgtgtaa tgtgtgccgg agcgatgatc 60
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atactggcgg atgagtg 197
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<211> 66
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 600
Ile Asp Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala
1 5 10 15
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20 25 30
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35 40 45
Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp
50 55 60
Glu Cys
65
<210> 601
<211> 197
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 601
atcgacgcca cgttgtatgt cacgcttgaa ccatgtgtaa tgtgtgccgg agcgatgatc 60
cacagtcgca ttggtcgcgt ggtctttggt gtgcgtaacg cgaaaactgg cgctgcggga 120
tctttaatgg atgtgctgca tcatccgggt atgaatcacc gagtggaaat tacggaggga 180
atactggcgg atgagtg 197
<210> 602
<211> 66
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 602
Ile Asp Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala
1 5 10 15
Gly Ala Met Ile His Ser Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Val Arg
20 25 30
Asn Ala Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His
35 40 45
Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp
50 55 60
Glu Cys
65
<210> 603
<211> 197
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 603
atcgacgcca cgttgtatgt cacgcttgaa ccatgtgtaa tgtgtgccgg agcgatgatc 60
cacagtcgca ttggtcgcgt ggtctttggt gcgcgtggcg cgaaaactgg cgctgcggga 120
tctttaatgg atgtgctgca tcatccgggt atgaatcacc gagtggaaat tacggaagga 180
atactggcgg atgagtg 197
<210> 604
<211> 66
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 604
Ile Asp Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala
1 5 10 15
Gly Ala Met Ile His Ser Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg
20 25 30
Gly Ala Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His
35 40 45
Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp
50 55 60
Glu Cys
65
<210> 605
<211> 197
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 605
atcgacgcca cgttgtatgt cacgcttgaa ccatgtgtaa tgtgtgccgg agcgatgatc 60
cacagtcgca ttggtcgcgt ggtctttggt gtgcgtaacg cgaaaactgg cgctgcggga 120
tctttaatgg atgtgctgca tcatccgggt atgaatcacc gagtggaaat tacggaggga 180
atactggcgg atgagtg 197
<210> 606
<211> 66
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 606
Ile Asp Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala
1 5 10 15
Gly Ala Met Ile His Ser Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Val Arg
20 25 30
Asn Ala Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His
35 40 45
Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp
50 55 60
Glu Cys
65
<210> 607
<211> 197
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 607
atcgacgcca cgttgtatgt cacgcttgaa ccatgtgtaa tgtgtgccgg agcgatgatc 60
cacagtcgca ttggtcgcgt ggtctttggt gcgcgtggcg cgaaaactgg cgctgcggga 120
tctttaatgg atgtgctgca tcatccgggt atgaatcacc gagtggaaat tacggaagga 180
atactggcgg atgagtg 197
<210> 608
<211> 192
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 608
accgagtgga aattacggaa ggaatactgg cggatgagtg cgcggcgttg ctcagtgact 60
tctttcgcat gcgccgccag gwaattaaag cgcagaaaaa agcgcaatcc tcgacggatt 120
ccggtagcga aacaccgggg acttcagaat cggccacccc ggagtctgat aagaaatact 180
caataggctt ag 192
<210> 609
<211> 65
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 609
His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala
1 5 10 15
Leu Leu Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Val Ile Lys Ala
20 25 30
Gln Lys Lys Ala Gln Ser Ser Thr Asp Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly
35 40 45
Thr Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Asp Lys Lys Tyr Ser Ile Gly
50 55 60
Leu
65
<210> 610
<211> 192
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 610
accgagtgga aattacggaa ggaatactgg cggatgagtg cgcggcgttg ctcagtgact 60
tctttcgcat gcgccgccag gaaattaaag cgcagaaaaa agcgcaatcc tcgacggatt 120
ccggtagcga aacaccgggg acttcagaat cggccacccc ggagtctgat aagaaatact 180
caataggctt ag 192
<210> 611
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 611
His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala
1 5 10 15
Leu Leu Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln
20 25 30
Lys Lys Ala Gln Ser Ser Thr Asp Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr
35 40 45
Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Asp Lys Lys Tyr Ser Ile Gly Leu
50 55 60
<210> 612
<211> 192
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 612
accgagtgga aattacggaa ggaatactgg ctgatgagtg cgcggcgttg ctcagtgact 60
tctttcgcat gcgccgccag gatattaaag cgcagaaaca agcgcaatcc tcgacggatt 120
ccggtagcga aacaccgggg acttcagaat cggccacccc ggagtctgat aagaaatact 180
caataggctt ag 192
<210> 613
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 613
His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala
1 5 10 15
Leu Leu Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Asp Ile Lys Ala Gln
20 25 30
Lys Gln Ala Gln Ser Ser Thr Asp Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr
35 40 45
Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Asp Lys Lys Tyr Ser Ile Gly Leu
50 55 60
<210> 614
<211> 192
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 614
accgagtgga aattacagaa ggaatactgg cggatgagtg cgcggcgttg ctcagtgact 60
tctttcgcat gtgccgccat gaaattaaag cgcagaaaaa agcgcaatcc tcgacggatt 120
ccggtagcga aacaccgggg acttcagaat cggccacccc ggagtctgat aagaaatact 180
caataggctt ag 192
<210> 615
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 615
His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala
1 5 10 15
Leu Leu Ser Asp Phe Phe Arg Met Cys Arg His Glu Ile Lys Ala Gln
20 25 30
Lys Lys Ala Gln Ser Ser Thr Asp Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr
35 40 45
Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Asp Lys Lys Tyr Ser Ile Gly Leu
50 55 60
<210> 616
<211> 192
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 616
accgagtgga aattacggaa ggaatactgg cggatgagtg cgcggcgttg ctcagtgact 60
tctttcgcat gcgccgccgg ggaattaaag cgcagaaaaa agcgcattcc tcgacggatt 120
ccggtagcga aacaccgggg acttcagaat cggccacccc ggagtctgat aagaaatact 180
caataggctt ag 192
<210> 617
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 617
His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala
1 5 10 15
Leu Leu Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Arg Gly Ile Lys Ala Gln
20 25 30
Lys Lys Ala His Ser Ser Thr Asp Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr
35 40 45
Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Asp Lys Lys Tyr Ser Ile Gly Leu
50 55 60
<210> 618
<211> 192
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 618
accgagtgga aattacggaa ggaatactgg ctgatgagtg cgcggcgttg ctcagtgact 60
tctttcgcat gcgccgccag gatattaaag cgcagaaaca agcgcaatcc tcgacggatt 120
ccggtagcga aacaccgggg acttcagaat cggccacccc ggagtctgat aagaaatact 180
caataggctt ag 192
<210> 619
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 619
His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala
1 5 10 15
Leu Leu Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Asp Ile Lys Ala Gln
20 25 30
Lys Gln Ala Gln Ser Ser Thr Asp Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr
35 40 45
Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Asp Lys Lys Tyr Ser Ile Gly Leu
50 55 60
<210> 620
<211> 192
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 620
accgagtgga aattacggaa ggaatactgg cggatgagtg cgcggcgttg ctcagtgact 60
tctttcgcat gcgccgccag gtaattaaag cgcagaaaaa agcgcaatcc tcgccggatt 120
ccggtagcga aacaccgggg acttcagaat cggccacccc ggagtctgat aagaaatact 180
caataggctt ag 192
<210> 621
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 621
His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala
1 5 10 15
Leu Leu Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Ile Lys Ala Gln
20 25 30
Lys Lys Ala Gln Ser Ser Pro Asp Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr
35 40 45
Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Asp Lys Lys Tyr Ser Ile Gly Leu
50 55 60
<210> 622
<211> 192
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 622
accgagtgga aattacggaa ggaatactgg cggatgagtg cgcggcgttg ctcagttact 60
tctttcgcat gcgccgccag gtaattaaag cgcagaaaaa agcgcaatcc tcgacggatt 120
ccggtagcga aacaccgggg acttcagaat cggccacccc ggagtctgat aagaaatact 180
caataggctt ag 192
<210> 623
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 623
His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala
1 5 10 15
Leu Leu Ser Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Ile Lys Ala Gln
20 25 30
Lys Lys Ala Gln Ser Ser Thr Asp Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr
35 40 45
Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Asp Lys Lys Tyr Ser Ile Gly Leu
50 55 60
<210> 624
<211> 60
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 624
gacaggatga ggatcctttc gcatgatcga acaagatgga ttgcacgcag gttctccggc 60
<210> 625
<211> 13
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 625
Met Ile Glu Gln Asp Gly Leu His Ala Gly Ser Pro Ala
1 5 10
<210> 626
<211> 60
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 626
gacaggatga ggatcctttc gcatgatcga ataagatgga ttgcacgcag gttctccggc 60
<210> 627
<211> 13
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> Xaa is a stop codon
<400> 627
Met Ile Glu Xaa Asp Gly Leu His Ala Gly Ser Pro Ala
1 5 10
<210> 628
<211> 60
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 628
gacaggatga ggatcctttc gcatgatcga acaagatgga ttgcacgcag gttctccggc 60
<210> 629
<211> 81
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 629
atgattgaac aagatggatt gcacgcaggt tctccggccg cttgggtgga gcgcctattc 60
ggctatgact gggcacaaca g 81
<210> 630
<211> 27
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 630
Met Ile Glu Gln Asp Gly Leu His Ala Gly Ser Pro Ala Ala Trp Val
1 5 10 15
Glu Arg Leu Phe Gly Tyr Asp Trp Ala Gln Gln
20 25
<210> 631
<211> 81
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 631
atgattgaac aagatggatt gcacgcaggt tctccggccg cttaggtgga gcgcctattc 60
ggctatgact gggcacaaca g 81
<210> 632
<211> 27
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (15)..(15)
<223> Xaa is a stop codon
<400> 632
Met Ile Glu Gln Asp Gly Leu His Ala Gly Ser Pro Ala Ala Xaa Val
1 5 10 15
Glu Arg Leu Phe Gly Tyr Asp Trp Ala Gln Gln
20 25
<210> 633
<211> 81
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 633
atgattgaac aagatggatt gcacgcaggt tctccggccg cttgggtgga gcgcctattc 60
ggctatgact gggcacaaca g 81
<210> 634
<211> 63
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<220>
<221> misc_feature
<222> (9)..(11)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (14)..(14)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (17)..(17)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (27)..(27)
<223> X can be Ile or Leu
<220>
<221> misc_feature
<222> (28)..(29)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (36)..(36)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (47)..(47)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (54)..(54)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (56)..(56)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (62)..(62)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<400> 634
Met Pro Pro Ala Phe Ile Thr Met Xaa Xaa Xaa Lys Ser Xaa Val Glu
1 5 10 15
Xaa Asp Asp Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Xaa Xaa Xaa Ala Lys Lys
20 25 30
Ala Glu Ala Xaa Gly Glu Val Pro Val Gly Ala Val Leu Val Xaa Asp
35 40 45
Gly Arg Val Ile Gly Xaa Gly Xaa Asn Leu Arg Ile Gly Xaa His
50 55 60
<210> 635
<211> 52
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 635
Met Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu
1 5 10 15
Thr Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala
20 25 30
Val Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro
35 40 45
Ile Gly Arg His
50
<210> 636
<211> 51
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 636
Met Ser His Met Thr Asn Asp Ile Tyr Phe Met Thr Leu Ala Ile Glu
1 5 10 15
Glu Ala Lys Lys Ala Ala Gln Leu Gly Glu Val Pro Ile Gly Ala Ile
20 25 30
Ile Thr Lys Asp Asp Glu Val Ile Ala Arg Ala His Asn Leu Arg Glu
35 40 45
Thr Leu Gln
50
<210> 637
<211> 63
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 637
Met Pro Pro Ala Phe Ile Thr Gly Val Thr Ser Leu Ser Asp Val Glu
1 5 10 15
Leu Asp His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr Leu Ala Lys Arg
20 25 30
Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val Leu Val His Asn
35 40 45
His Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile Gly Arg His
50 55 60
<210> 638
<211> 56
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 638
Met Asp Ala Ala Lys Val Arg Ser Glu Phe Asp Glu Lys Met Met Arg
1 5 10 15
Tyr Ala Leu Glu Leu Ala Asp Lys Ala Glu Ala Leu Gly Glu Ile Pro
20 25 30
Val Gly Ala Val Leu Val Asp Asp Ala Arg Asn Ile Ile Gly Glu Gly
35 40 45
Trp Asn Leu Ser Ile Val Gln Ser
50 55
<210> 639
<211> 46
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 639
Met Asp Glu Tyr Trp Met Gln Val Ala Met Gln Met Ala Glu Lys Ala
1 5 10 15
Glu Ala Ala Gly Glu Val Pro Val Gly Ala Val Leu Val Lys Asp Gly
20 25 30
Gln Gln Ile Ala Thr Gly Tyr Asn Leu Ser Ile Ser Gln His
35 40 45
<210> 640
<211> 48
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 640
Met Thr Gln Asp Glu Leu Tyr Met Lys Glu Ala Ile Lys Glu Ala Lys
1 5 10 15
Lys Ala Glu Glu Lys Gly Glu Val Pro Ile Gly Ala Val Leu Val Ile
20 25 30
Asn Gly Glu Ile Ile Ala Arg Ala His Asn Leu Arg Glu Thr Glu Gln
35 40 45
<210> 641
<211> 56
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 641
Met Ser Ser Leu Lys Lys Thr Pro Ile Arg Asp Asp Ala Tyr Trp Met
1 5 10 15
Gly Lys Ala Ile Arg Glu Ala Ala Lys Ala Ala Ala Arg Asp Glu Val
20 25 30
Pro Ile Gly Ala Val Ile Val Arg Asp Gly Ala Val Ile Gly Arg Gly
35 40 45
His Asn Leu Arg Glu Gly Ser Asn
50 55
<210> 642
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<220>
<221> misc_feature
<222> (15)..(15)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (25)..(25)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (42)..(42)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (48)..(48)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<400> 642
Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Ile Ala Leu Arg Gln Ala Xaa Lys
1 5 10 15
Val Leu Gln Asn Tyr Arg Leu Leu Xaa Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu
20 25 30
Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Xaa Val His Ser Arg Ile Xaa
35 40 45
Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Pro Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser
50 55 60
<210> 643
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 643
Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln Gly Gly Leu
1 5 10 15
Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu
20 25 30
Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser Arg Ile Gly
35 40 45
Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser
50 55 60
<210> 644
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 644
Gln Pro Thr Ala His Ala Glu His Ile Ala Ile Glu Arg Ala Ala Lys
1 5 10 15
Val Leu Gly Ser Trp Arg Leu Glu Gly Cys Thr Leu Tyr Val Thr Leu
20 25 30
Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Thr Ile Val Met Ser Arg Ile Pro
35 40 45
Arg Val Val Tyr Gly Ala Asp Asp Pro Lys Gly Gly Cys Ser Gly Ser
50 55 60
<210> 645
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 645
Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln Gly Gly Leu
1 5 10 15
Val Leu Gln Asn Tyr Arg Leu Leu Asp Thr Thr Leu Tyr Val Thr Leu
20 25 30
Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Val His Ser Arg Ile Gly
35 40 45
Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser
50 55 60
<210> 646
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 646
Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Ile Ala Leu Arg Asn Gly Ala Lys
1 5 10 15
Asn Ile Gln Asn Tyr Arg Leu Leu Asn Ser Thr Leu Tyr Val Thr Leu
20 25 30
Glu Pro Cys Thr Met Cys Ala Gly Ala Ile Leu His Ser Arg Ile Lys
35 40 45
Arg Leu Val Phe Gly Ala Ser Asp Tyr Lys Thr Gly Ala Ile Gly Ser
50 55 60
<210> 647
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 647
Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Leu Cys Leu Arg Ser Ala Gly Lys
1 5 10 15
Lys Leu Glu Asn Tyr Arg Leu Leu Asp Ala Thr Leu Tyr Ile Thr Leu
20 25 30
Glu Pro Cys Ala Met Cys Ala Gly Ala Met Val His Ser Arg Ile Ala
35 40 45
Arg Val Val Tyr Gly Ala Arg Asp Glu Lys Thr Gly Ala Ala Gly Thr
50 55 60
<210> 648
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 648
Arg Ser Ile Ala His Ala Glu Met Leu Val Ile Asp Glu Ala Cys Lys
1 5 10 15
Ala Leu Gly Thr Trp Arg Leu Glu Gly Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu
20 25 30
Glu Pro Cys Pro Met Cys Ala Gly Ala Val Val Leu Ser Arg Val Glu
35 40 45
Lys Val Val Phe Gly Ala Phe Asp Pro Lys Gly Gly Cys Ser Gly Thr
50 55 60
<210> 649
<211> 64
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 649
Asp Pro Ser Ala His Ala Glu Met Ile Ala Ile Arg Gln Ala Ala Arg
1 5 10 15
Arg Ser Ala Asn Trp Arg Leu Thr Gly Ala Thr Leu Tyr Val Thr Leu
20 25 30
Glu Pro Cys Leu Met Cys Met Gly Ala Ile Ile Leu Ala Arg Leu Glu
35 40 45
Arg Val Val Phe Gly Cys Tyr Asp Pro Lys Gly Gly Ala Ala Gly Ser
50 55 60
<210> 650
<211> 56
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<220>
<221> misc_feature
<222> (9)..(10)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (13)..(13)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (16)..(16)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (43)..(43)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (45)..(45)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (47)..(47)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (49)..(49)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (53)..(54)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<400> 650
Leu Met Asx Leu Leu Gln His Pro Xaa Xaa Asn His Xaa Val Glu Xaa
1 5 10 15
Thr Ser Gly Val Leu Ala Glu Glu Cys Ser Thr Leu Leu Ser Asp Phe
20 25 30
Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Lys Lys Ala Xaa Lys Xaa Ala Xaa Lys
35 40 45
Xaa Leu Ser Glu Xaa Xaa Ala Val
50 55
<210> 651
<211> 51
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 651
Leu Met Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile
1 5 10 15
Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu Ser Asp Phe
20 25 30
Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys Lys Ala Gln Ser
35 40 45
Ser Thr Asp
50
<210> 652
<211> 44
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 652
Leu Met Asn Leu Leu Gln Gln Ser Asn Phe Asn His Arg Ala Ile Val
1 5 10 15
Asp Lys Gly Val Leu Lys Glu Ala Cys Ser Thr Leu Leu Thr Thr Phe
20 25 30
Phe Lys Asn Leu Arg Ala Asn Lys Lys Ser Thr Asn
35 40
<210> 653
<211> 56
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 653
Leu Ile Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile
1 5 10 15
Ile Glu Gly Val Leu Arg Asp Glu Cys Ala Thr Leu Leu Ser Asp Phe
20 25 30
Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Leu Lys Lys Ala Asp Arg
35 40 45
Ala Glu Gly Ala Gly Pro Ala Val
50 55
<210> 654
<211> 53
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 654
Arg Phe His Phe Phe Asp Asp Tyr Lys Met Asn His Thr Leu Glu Ile
1 5 10 15
Thr Ser Gly Val Leu Ala Glu Glu Cys Ser Gln Lys Leu Ser Thr Phe
20 25 30
Phe Gln Lys Arg Arg Glu Glu Lys Lys Ile Glu Lys Ala Leu Leu Lys
35 40 45
Ser Leu Ser Asp Lys
50
<210> 655
<211> 55
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 655
Val Val Asn Leu Leu Gln His Pro Ala Phe Asn His Gln Val Glu Val
1 5 10 15
Thr Ser Gly Val Leu Ala Glu Ala Cys Ser Ala Gln Leu Ser Arg Phe
20 25 30
Phe Glu Lys Arg Arg Arg Asp Glu Lys Lys Ala Leu Lys Leu Ala Gln
35 40 45
Arg Ala Gln Gln Gly Ile Glu
50 55
<210> 656
<211> 49
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 656
Leu Met Asn Leu Leu Gln Glu Glu Arg Phe Asn His Gln Ala Glu Val
1 5 10 15
Val Ser Gly Val Leu Glu Glu Glu Cys Gly Gly Met Leu Ser Ala Phe
20 25 30
Phe Arg Glu Leu Arg Lys Lys Lys Lys Ala Ala Arg Lys Asn Leu Ser
35 40 45
Glu
<210> 657
<211> 59
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 657
Leu Tyr Asp Leu Ser Ala Asp Pro Arg Leu Asn His Gln Val Arg Leu
1 5 10 15
Ser Pro Gly Val Cys Gln Glu Glu Cys Gly Thr Met Leu Ser Asp Phe
20 25 30
Phe Arg Asp Leu Arg Arg Arg Lys Lys Ala Lys Ala Thr Pro Ala Leu
35 40 45
Phe Ile Asp Glu Arg Lys Val Pro Pro Glu Pro
50 55
<210> 658
<211> 131
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 658
aagatctgat caagagacag gatgaggatc ctttcgcatg atcgaacaag atggattgca 60
cgcaggttct ccggccgctt gggtggagcg cctattcggc tatgactggg cacaacagac 120
aatcggctgc t 131
<210> 659
<211> 31
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 659
Met Ile Glu Gln Asp Gly Leu His Ala Gly Ser Pro Ala Ala Trp Val
1 5 10 15
Glu Arg Leu Phe Gly Tyr Asp Trp Ala Gln Gln Thr Ile Gly Cys
20 25 30
<210> 660
<211> 131
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 660
aagatctgat caagagacag gatgaggatc ctttcgcatg atcgaataag atggattgca 60
cgcaggttct ccggccgctt aggtggagcg cctattcggc tatgactggg cacaacagac 120
aatcggctgc t 131
<210> 661
<211> 30
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> Xaa is a stop codon
<400> 661
Met Ile Glu Xaa Asp Gly Leu His Ala Gly Ser Pro Ala Ala Val Glu
1 5 10 15
Arg Leu Phe Gly Tyr Asp Trp Ala Gln Gln Thr Ile Gly Cys
20 25 30
<210> 662
<211> 96
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 662
cttcggcttc ccctggagag agcgagattc tccgcgctgt agaagtcatc attgttgtgc 60
acgacgacat cattccgtgg cgttatccag ctaagc 96
<210> 663
<211> 32
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 663
Thr Ser Ala Ser Pro Gly Glu Ser Glu Ile Leu Arg Ala Val Glu Val
1 5 10 15
Ile Ile Val Val His Asp Asp Ile Ile Pro Trp Arg Tyr Pro Ala Lys
20 25 30
<210> 664
<211> 96
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 664
cttcggcttc ccctggagag agcgagattc tccgcgctgt agaagtcacc attgttgtgc 60
acgacgacat cattccgtgg cgttatccag ctaagc 96
<210> 665
<211> 32
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 665
Thr Ser Ala Ser Pro Gly Glu Ser Glu Ile Leu Arg Ala Val Glu Val
1 5 10 15
Thr Ile Val Val His Asp Asp Ile Ile Pro Trp Arg Tyr Pro Ala Lys
20 25 30
<210> 666
<211> 96
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 666
cttcggcttc ccctggagag agcgagattc tccgcgctgt agaagtcacc attgttgtgc 60
acgacgacat cattccgtgg cgttatccag ctaagc 96
<210> 667
<211> 32
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 667
Thr Ser Ala Ser Pro Gly Glu Ser Glu Ile Leu Arg Ala Val Glu Val
1 5 10 15
Thr Ile Val Val His Asp Asp Ile Ile Pro Trp Arg Tyr Pro Ala Lys
20 25 30
<210> 668
<211> 96
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 668
cttcggcttc ccctggagag agcgagattc tccgcgctgt agaagtcacc attgttgtgc 60
acgacgacat cattccgtgg cgttatccag ctaagc 96
<210> 669
<211> 32
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 669
Thr Ser Ala Ser Pro Gly Glu Ser Glu Ile Leu Arg Ala Val Glu Val
1 5 10 15
Thr Ile Val Val His Asp Asp Ile Ile Pro Trp Arg Tyr Pro Ala Lys
20 25 30
<210> 670
<211> 96
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 670
cttcggcttc ccctggagag agcgagattc tccgcgctgt agaagtcacc attgttgtgc 60
acgacgacat cattccgtgg cgttatccag ctaagc 96
<210> 671
<211> 32
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 671
Thr Ser Ala Ser Pro Gly Glu Ser Glu Ile Leu Arg Ala Val Glu Val
1 5 10 15
Thr Ile Val Val His Asp Asp Ile Ile Pro Trp Arg Tyr Pro Ala Lys
20 25 30
<210> 672
<211> 166
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 672
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Ser Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
<210> 673
<211> 166
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 673
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Thr Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
<210> 674
<211> 166
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 674
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Ala Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
<210> 675
<211> 166
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 675
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Asn Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
<210> 676
<211> 166
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 676
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Arg Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
<210> 677
<211> 166
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 677
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Leu Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
<210> 678
<211> 166
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 678
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Asp Phe Phe Arg Met Pro Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
<210> 679
<211> 166
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 679
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Asp Phe Phe Arg Met His Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
<210> 680
<211> 166
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 680
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Phe Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Val Arg Asn Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His Tyr Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Ser Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Phe Lys Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
<210> 681
<211> 166
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polypeptide
<400> 681
Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val Leu Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro Ile
35 40 45
Gly Leu His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
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65 70 75 80
Val Thr Phe Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
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100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His Tyr Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Cys Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Phe Asn Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
Ala Gln Ser Ser Thr Asp
165
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<220>
<223> Synthetic Polypeptide
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Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr Trp Met Arg His Ala Leu Thr
1 5 10 15
Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
20 25 30
Leu Val Leu Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Ser Ile
35 40 45
Gly Leu His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Val Thr Phe Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His Ser
85 90 95
Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Val Arg Asn Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His Tyr Pro Gly Met Asn His Arg
115 120 125
Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu
130 135 140
Cys Tyr Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Val Phe Asn Ala Gln Lys Lys
145 150 155 160
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165
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Leu Val Leu Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Ala Ile
35 40 45
Gly Leu His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln
50 55 60
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65 70 75 80
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Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Val Arg Asn Ala Lys Thr Gly Ala
100 105 110
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Leu Ala Lys Arg Ala Leu Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala Val
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65 70 75 80
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Ser Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser
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Ser Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr
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Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Ser Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser
20 25 30
Ser Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr
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Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Ser Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser
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Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Gly Pro Gly Thr Ser Thr Glu Pro Ser
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Glu Gly Ser Ala Pro Gly Ser Pro Ala Gly Ser Pro Thr Ser Thr Glu
35 40 45
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50 55 60
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<220>
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Pro Thr Val Thr Ser Ser Glu Arg Leu Val Pro Asp Pro Pro Asn Asp
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Leu Arg Lys Glu Asp Val Ala Met Glu Leu Glu Arg Val Gly Glu Asp
35 40 45
Glu Glu Gln Met Met Ile Lys Arg Ser Ser Glu Cys Asn Pro Leu Leu
50 55 60
Gln Glu Pro Ile Ala Ser Ala Gln Phe Gly Ala Thr Ala Gly Thr Glu
65 70 75 80
Cys Arg Lys Ser Val Pro Cys Gly Trp Glu Arg Val Val Lys Gln Arg
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Leu Phe Gly Lys Thr Ala Gly Arg Phe Asp Val Tyr Phe Ile Ser Pro
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Gln Gly Leu Lys Phe Arg Ser Lys Ser Ser Leu Ala Asn Tyr Leu His
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Lys Asn Gly Glu Thr Ser Leu Lys Pro Glu Asp Phe Asp Phe Thr Val
130 135 140
Leu Ser Lys Arg Gly Ile Lys Ser Arg Tyr Lys Asp Cys Ser Met Ala
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Ala Leu Thr Ser His Leu Gln Asn Gln Ser Asn Asn Ser Asn Trp Asn
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Leu Arg Thr Arg Ser Lys Cys Lys Lys Asp Val Phe Met Pro Pro Ser
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Ser Ser Ser Glu Leu Gln Glu Ser Arg Gly Leu Ser Asn Phe Thr Ser
195 200 205
Thr His Leu Leu Leu Lys Glu Asp Glu Gly Val Asp Asp Val Asn Phe
210 215 220
Arg Lys Val Arg Lys Pro Lys Gly Lys Val Thr Ile Leu Lys Gly Ile
225 230 235 240
Pro Ile Lys Lys Thr Lys Lys Gly Cys Arg Lys Ser Cys Ser Gly Phe
245 250 255
Val Gln Ser Asp Ser Lys Arg Glu Ser Val Cys Asn Lys Ala Asp Ala
260 265 270
Glu Ser Glu Pro Val Ala Gln Lys Ser Gln Leu Asp Arg Thr Val Cys
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Glu Asn Ser Leu Val Lys Lys Lys Glu Arg Ser Leu Ser Ser Gly Ser
305 310 315 320
Asn Phe Cys Ser Glu Gln Lys Thr Ser Gly Ile Ile Asn Lys Phe Cys
325 330 335
Ser Ala Lys Asp Ser Glu His Asn Glu Lys Tyr Glu Asp Thr Phe Leu
340 345 350
Glu Ser Glu Glu Ile Gly Thr Lys Val Glu Val Val Glu Arg Lys Glu
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370 375 380
Cys Ser Pro Thr Arg Lys Asp Phe Thr Gly Glu Lys Ile Phe Gln Glu
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Asp Thr Ile Pro Arg Thr Gln Ile Glu Arg Arg Lys Thr Ser Leu Tyr
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420 425 430
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435 440 445
Glu Thr Leu Phe His Asp Pro Trp Lys Leu Leu Ile Ala Thr Ile Phe
450 455 460
Leu Asn Arg Thr Ser Gly Lys Met Ala Ile Pro Val Leu Trp Lys Phe
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Leu Glu Lys Tyr Pro Ser Ala Glu Val Ala Arg Thr Ala Asp Trp Arg
485 490 495
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Lys Thr Ile Val Lys Phe Ser Asp Glu Tyr Leu Thr Lys Gln Trp Lys
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Lys Leu Asn Lys Tyr His Asp Trp Leu Trp Glu Asn His Glu Lys Leu
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Ser Leu Ser
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Tyr Thr Phe Pro Phe Gln Gln Leu Met Ala Glu Ala Pro Asn Met Ala
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Val Val Asn Glu Gln Gln Met Pro Glu Glu Val Pro Ala Pro Ala Pro
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50 55 60
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65 70 75 80
Ser Lys Lys Ser Gly Lys Ser Ala Lys Ser Lys Glu Lys Gln Glu Lys
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Ile Thr Asp Thr Phe Lys Val Lys Arg Lys Val Asp Arg Phe Asn Gly
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Phe Asn Leu Asp Ile Val Ile Ile Gly Ile Asn Pro Gly Leu Met Ala
130 135 140
Ala Tyr Lys Gly His His Tyr Pro Gly Pro Gly Asn His Phe Trp Lys
145 150 155 160
Cys Leu Phe Met Ser Gly Leu Ser Glu Val Gln Leu Asn His Met Asp
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Ile Ala Val Phe Asn Gly Lys Cys Ile Tyr Glu Ile Phe Ser Lys Glu
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Val Phe Gly Val Lys Val Lys Asn Leu Glu Phe Gly Leu Gln Pro His
245 250 255
Lys Ile Pro Asp Thr Glu Thr Leu Cys Tyr Val Met Pro Ser Ser Ser
260 265 270
Ala Arg Cys Ala Gln Phe Pro Arg Ala Gln Asp Lys Val His Tyr Tyr
275 280 285
Ile Lys Leu Lys Asp Leu Arg Asp Gln Leu Lys Gly Ile Glu Arg Asn
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Glu Asp Ala Lys Lys Met Ala Val Lys Glu Glu Lys Tyr Asp Pro Gly
325 330 335
Tyr Glu Ala Ala Tyr Gly Gly Ala Tyr Gly Glu Asn Pro Cys Ser Ser
340 345 350
Glu Pro Cys Gly Phe Ser Ser Asn Gly Leu Ile Glu Ser Val Glu Leu
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Gln Ser Phe Thr Asp Gln Ile Pro Ser Phe Ser Asn His Cys Gly Thr
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<223> Synthetic Polypeptide
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Thr Leu Ala Lys Arg Ala Trp Asp Glu Arg Glu Val Pro Val Gly Ala
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Val Leu Val His Asn Asn Arg Val Ile Gly Glu Gly Trp Asn Arg Pro
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Ile Gly Arg His Asp Pro Thr Ala His Ala Glu Ile Met Ala Leu Arg
50 55 60
Gln Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg Leu Ile Asp Ala Thr Leu
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Tyr Val Thr Leu Glu Pro Cys Val Met Cys Ala Gly Ala Met Ile His
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Ser Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Ala Arg Asp Ala Lys Thr Gly
100 105 110
Ala Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His His Pro Gly Met Asn His
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Leu Ser Asp Phe Phe Arg Met Arg Arg Gln Glu Ile Lys Ala Gln Lys
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Lys Ala Gln Ser Ser Thr Asp Ser Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ser
165 170 175
Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Ser
180 185 190
Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ser Glu Val Glu Phe Ser His Glu Tyr
195 200 205
Trp Met Arg His Ala Leu Thr Leu Ala Lys Arg Ala Leu Asp Glu Arg
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Glu Val Pro Val Gly Ala Val Leu Val Leu Asn Asn Arg Val Ile Gly
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Glu Gly Trp Asn Arg Ala Ile Gly Leu His Asp Pro Thr Ala His Ala
245 250 255
Glu Ile Met Ala Leu Arg Gln Gly Gly Leu Val Met Gln Asn Tyr Arg
260 265 270
Leu Ile Asp Ala Thr Leu Tyr Val Thr Phe Glu Pro Cys Val Met Cys
275 280 285
Ala Gly Ala Met Ile His Ser Arg Ile Gly Arg Val Val Phe Gly Val
290 295 300
Arg Asn Ala Lys Thr Gly Ala Ala Gly Ser Leu Met Asp Val Leu His
305 310 315 320
Tyr Pro Gly Met Asn His Arg Val Glu Ile Thr Glu Gly Ile Leu Ala
325 330 335
Asp Glu Cys Ala Ala Leu Leu Cys Tyr Phe Phe Arg Met Pro Arg Gln
340 345 350
Val Phe Asn Ala Gln Lys Lys Ala Gln Ser Ser Thr Asp Ser Gly Gly
355 360 365
Ser Ser Gly Gly Ser Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr Ser Glu Ser
370 375 380
Ala Thr Pro Glu Ser Ser Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Asp Lys Lys
385 390 395 400
Tyr Ser Ile Gly Leu Ala Ile Gly Thr Asn Ser Val Gly Trp Ala Val
405 410 415
Ile Thr Asp Glu Tyr Lys Val Pro Ser Lys Lys Phe Lys Val Leu Gly
420 425 430
Asn Thr Asp Arg His Ser Ile Lys Lys Asn Leu Ile Gly Ala Leu Leu
435 440 445
Phe Asp Ser Gly Glu Thr Ala Glu Ala Thr Arg Leu Lys Arg Thr Ala
450 455 460
Arg Arg Arg Tyr Thr Arg Arg Lys Asn Arg Ile Cys Tyr Leu Gln Glu
465 470 475 480
Ile Phe Ser Asn Glu Met Ala Lys Val Asp Asp Ser Phe Phe His Arg
485 490 495
Leu Glu Glu Ser Phe Leu Val Glu Glu Asp Lys Lys His Glu Arg His
500 505 510
Pro Ile Phe Gly Asn Ile Val Asp Glu Val Ala Tyr His Glu Lys Tyr
515 520 525
Pro Thr Ile Tyr His Leu Arg Lys Lys Leu Val Asp Ser Thr Asp Lys
530 535 540
Ala Asp Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu Ala His Met Ile Lys Phe
545 550 555 560
Arg Gly His Phe Leu Ile Glu Gly Asp Leu Asn Pro Asp Asn Ser Asp
565 570 575
Val Asp Lys Leu Phe Ile Gln Leu Val Gln Thr Tyr Asn Gln Leu Phe
580 585 590
Glu Glu Asn Pro Ile Asn Ala Ser Gly Val Asp Ala Lys Ala Ile Leu
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Ser Ala Arg Leu Ser Lys Ser Arg Arg Leu Glu Asn Leu Ile Ala Gln
610 615 620
Leu Pro Gly Glu Lys Lys Asn Gly Leu Phe Gly Asn Leu Ile Ala Leu
625 630 635 640
Ser Leu Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe Asp Leu Ala Glu
645 650 655
Asp Ala Lys Leu Gln Leu Ser Lys Asp Thr Tyr Asp Asp Asp Leu Asp
660 665 670
Asn Leu Leu Ala Gln Ile Gly Asp Gln Tyr Ala Asp Leu Phe Leu Ala
675 680 685
Ala Lys Asn Leu Ser Asp Ala Ile Leu Leu Ser Asp Ile Leu Arg Val
690 695 700
Asn Thr Glu Ile Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala Ser Met Ile Lys Arg
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Tyr Asp Glu His His Gln Asp Leu Thr Leu Leu Lys Ala Leu Val Arg
725 730 735
Gln Gln Leu Pro Glu Lys Tyr Lys Glu Ile Phe Phe Asp Gln Ser Lys
740 745 750
Asn Gly Tyr Ala Gly Tyr Ile Asp Gly Gly Ala Ser Gln Glu Glu Phe
755 760 765
Tyr Lys Phe Ile Lys Pro Ile Leu Glu Lys Met Asp Gly Thr Glu Glu
770 775 780
Leu Leu Val Lys Leu Asn Arg Glu Asp Leu Leu Arg Lys Gln Arg Thr
785 790 795 800
Phe Asp Asn Gly Ser Ile Pro His Gln Ile His Leu Gly Glu Leu His
805 810 815
Ala Ile Leu Arg Arg Gln Glu Asp Phe Tyr Pro Phe Leu Lys Asp Asn
820 825 830
Arg Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile Pro Tyr Tyr Val
835 840 845
Gly Pro Leu Ala Arg Gly Asn Ser Arg Phe Ala Trp Met Thr Arg Lys
850 855 860
Ser Glu Glu Thr Ile Thr Pro Trp Asn Phe Glu Glu Val Val Asp Lys
865 870 875 880
Gly Ala Ser Ala Gln Ser Phe Ile Glu Arg Met Thr Asn Phe Asp Lys
885 890 895
Asn Leu Pro Asn Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser Leu Leu Tyr Glu
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Tyr Phe Thr Val Tyr Asn Glu Leu Thr Lys Val Lys Tyr Val Thr Glu
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Gly Met Arg Lys Pro Ala Phe Leu Ser Gly Glu Gln Lys Lys Ala Ile
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Val Asp Leu Leu Phe Lys Thr Asn Arg Lys Val Thr Val Lys Gln Leu
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Lys Glu Asp Tyr Phe Lys Lys Ile Glu Cys Phe Asp Ser Val Glu Ile
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Ser Gly Val Glu Asp Arg Phe Asn Ala Ser Leu Gly Thr Tyr His Asp
980 985 990
Leu Leu Lys Ile Ile Lys Asp Lys Asp Phe Leu Asp Asn Glu Glu Asn
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Glu Asp Ile Leu Glu Asp Ile Val Leu Thr Leu Thr Leu Phe Glu
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Phe Asp Asp Lys Val Met Lys Gln Leu Lys Arg Arg Arg Tyr Thr
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Gly Trp Gly Arg Leu Ser Arg Lys Leu Ile Asn Gly Ile Arg Asp
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Lys Gln Ser Gly Lys Thr Ile Leu Asp Phe Leu Lys Ser Asp Gly
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Phe Ala Asn Arg Asn Phe Met Gln Leu Ile His Asp Asp Ser Leu
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Ile Lys Lys Gly Ile Leu Gln Thr Val Lys Val Val Asp Glu Leu
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1250 1255 1260
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Leu Lys Ser Lys Leu Val Ser Asp Phe Arg Lys Asp Phe Gln Phe
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Thr Ala Lys Tyr Phe Phe Tyr Ser Asn Ile Met Asn Phe Phe Lys
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1460 1465 1470
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Lys Lys Asp Trp Asp Pro Lys Lys Tyr Gly Gly Phe Asp Ser Pro
1520 1525 1530
Thr Val Ala Tyr Ser Val Leu Val Val Ala Lys Val Glu Lys Gly
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Lys Ser Lys Lys Leu Lys Ser Val Lys Glu Leu Leu Gly Ile Thr
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Ile Met Glu Arg Ser Ser Phe Glu Lys Asn Pro Ile Asp Phe Leu
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Val Ala Lys Val Glu Lys Gly Lys Ser Lys Lys Leu Lys Ser Val
1535 1540 1545
Lys Glu Leu Leu Gly Ile Thr Ile Met Glu Arg Ser Ser Phe Glu
1550 1555 1560
Lys Asn Pro Ile Asp Phe Leu Glu Ala Lys Gly Tyr Lys Glu Val
1565 1570 1575
Lys Lys Asp Leu Ile Ile Lys Leu Pro Lys Tyr Ser Leu Phe Glu
1580 1585 1590
Leu Glu Asn Gly Arg Lys Arg Met Leu Ala Ser Ala Gly Glu Leu
1595 1600 1605
Gln Lys Gly Asn Glu Leu Ala Leu Pro Ser Lys Tyr Val Asn Phe
1610 1615 1620
Leu Tyr Leu Ala Ser His Tyr Glu Lys Leu Lys Gly Ser Pro Glu
1625 1630 1635
Asp Asn Glu Gln Lys Gln Leu Phe Val Glu Gln His Lys His Tyr
1640 1645 1650
Leu Asp Glu Ile Ile Glu Gln Ile Ser Glu Phe Ser Lys Arg Val
1655 1660 1665
Ile Leu Ala Asp Ala Asn Leu Asp Lys Val Leu Ser Ala Tyr Asn
1670 1675 1680
Lys His Arg Asp Lys Pro Ile Arg Glu Gln Ala Glu Asn Ile Ile
1685 1690 1695
His Leu Phe Thr Leu Thr Asn Leu Gly Ala Pro Ala Ala Phe Lys
1700 1705 1710
Tyr Phe Asp Thr Thr Ile Asp Arg Lys Arg Tyr Thr Ser Thr Lys
1715 1720 1725
Glu Val Leu Asp Ala Thr Leu Ile His Gln Ser Ile Thr Gly Leu
1730 1735 1740
Tyr Glu Thr Arg Ile Asp Leu Ser Gln Leu Gly Gly Asp Ser Gly
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Gly Ser Pro Lys Lys Lys Arg Lys Val
1760 1765
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acttcrtaca ggggggctcg agg 23
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 801
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 802
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<210> 803
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 803
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 829
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 853
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 858
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 860
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 861
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 862
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 863
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 864
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 865
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 870
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 871
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 875
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 876
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 877
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 878
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 879
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 880
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 881
ccagagaggt ctctcagggy gaa 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 882
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 883
ccgtaaataa accttyagac cag 23
<210> 884
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 884
cctgcagcgg gtggcctyct ccc 23
<210> 885
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 885
cctctaagag ccttatctyg att 23
<210> 886
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 886
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 887
ccaaggtctc ctatyagcca atc 23
<210> 888
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 888
ccctgagcca aaccygggat gtc 23
<210> 889
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 889
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 890
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1001
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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cctctcgggg ggccayaggc cct 23
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<212> DNA
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<220>
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<220>
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1098
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<210> 1099
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1099
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<210> 1100
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1100
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<220>
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1131
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1160
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1174
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1177
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1178
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1179
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1180
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1181
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1182
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1183
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1184
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<210> 1185
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1185
caggtraata catcaagacc tgg 23
<210> 1186
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1186
taggaraata tataaaaaac tgg 23
<210> 1187
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1187
ctcgccrtgt accacgtctc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1188
ctcrccgtgt accacgtctc tgg 23
<210> 1189
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ggtrtgggta gaggggttga agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1190
ccctcatccc ttaggacygg gat 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1191
cctcatccct taggacyggg atg 23
<210> 1192
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1192
atccaargta tccgtaacag tgg 23
<210> 1193
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1193
cgacrtggac aaggctgtgg agg 23
<210> 1194
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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gcccgacrtg gacaaggctg tgg 23
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
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<400> 1276
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<211> 23
<212> DNA
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<212> DNA
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<211> 23
<212> DNA
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gatgragctg gatgcagctg tgg 23
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<212> DNA
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cctggtgccc agctyccggg ggg 23
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1337
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1338
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1339
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1340
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1341
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1342
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1343
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1344
aataccrcag cacccgcttc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1345
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1346
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1347
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1348
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1349
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1350
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1351
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1352
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1353
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1354
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1355
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1356
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1357
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1358
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1360
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1366
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1367
cctcagcgaa ttttacccty gag 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1368
ccaagcctct atcayagttc tgt 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1370
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1372
gggccggtrg ctggaacact tgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1373
tcctrtaagt tgaatgcctt ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1374
ttcctrtaag ttgaatgcct tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1375
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1376
cccggaagca ctgtaattgy ggg 23
<210> 1377
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1377
ccggaagcac tgtaattgyg ggg 23
<210> 1378
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1378
ctctcccrat gaaggtgccc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1379
aggargagga ttattttaac agg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1380
ccaggagctt gatgttaaay gaa 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1381
ctcargtcga tttagtaaca ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1382
tctcargtcg atttagtaac agg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1383
ctctrctatg agctgctggt ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1384
gctctrctat gagctgctgg tgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1385
agtgctctrc tatgagctgc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1386
agtccrgcca gaaggcgtgc ggg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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cagtccrgcc agaaggcgtg cgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccgtcgccct gccagtycgg cca 23
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<400> 1469
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1470
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1471
catatrgaaa ctggcagcta tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1472
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1473
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1475
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<210> 1476
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1476
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<400> 1550
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1573
ccggaagatc cacgagyagg ggc 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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ccgtatccat cgaagyagat gct 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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tcatcgrgga gccccaggac tgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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gatcragttt ctgtcgtgga cgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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caggaaargg atcattgagg ggg 23
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 1682
<211> 23
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1682
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1683
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<210> 1684
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1684
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<210> 1685
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 1686
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1686
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1687
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
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<220>
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1702
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1703
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1704
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1727
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1728
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1730
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1742
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1744
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1747
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1748
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1749
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1750
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1751
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1754
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1757
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1758
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1759
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<210> 1760
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1760
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<210> 1761
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1761
acaacgcrat attgcagcac agg 23
<210> 1762
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1762
ccagrccccc agggtcctcc agg 23
<210> 1763
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1763
cgtgrtgagg cagggcctcc tgg 23
<210> 1764
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1764
cctggtcccc cagggcctyg agg 23
<210> 1765
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1765
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<210> 1766
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1766
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<210> 1767
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1767
cccgrtagcc agggcgcccc tgg 23
<210> 1768
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1768
gctgrtcttc cagggcctaa ggg 23
<210> 1769
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1769
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<210> 1770
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1770
gctrgtcccc ctggccctgc cgg 23
<210> 1771
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1771
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1772
ccccctgrcc ccattgtgag tgg 23
<210> 1773
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1773
ccctrgtgaa tctggacgtg agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1774
cctrgacgag acggttctcc tgg 23
<210> 1775
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1775
accrgccccg ctggaccccc tgg 23
<210> 1776
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1776
gctgrcaaga gtggtgatcg tgg 23
<210> 1777
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1777
gtcrgccctg ttggcgcccg tgg 23
<210> 1778
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
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<212> DNA
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<220>
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<400> 1860
gatgrgcccc caggtcctgc ggg 23
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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accagrcatg ccaggtccta ggg 23
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<211> 23
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1864
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1870
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1962
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1964
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<210> 1965
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 1965
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<211> 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 1970
ccagrgattc ctgggccaat agg 23
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 2072
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2072
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<210> 2073
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2073
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<210> 2074
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2074
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<210> 2075
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2075
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<210> 2076
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2076
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2077
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<210> 2078
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2078
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2079
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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caargtcccc caggtccccc tgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2082
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2085
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2089
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<210> 2090
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2090
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<210> 2091
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2091
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<210> 2092
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2092
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<210> 2093
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2093
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<210> 2094
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2094
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<210> 2095
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2095
cctggcactc ctggayagga tgg 23
<210> 2096
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2096
cccagggaat atagggcyta tgg 23
<210> 2097
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2097
ccagggaata tagggcytat ggg 23
<210> 2098
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 2099
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2099
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2100
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2101
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2106
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2107
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2109
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<210> 2110
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2110
ccaggagatc ctggaygcaa tgg 23
<210> 2111
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2111
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<210> 2112
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2112
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2113
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2114
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<210> 2115
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2115
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2116
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2117
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2118
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2119
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2120
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2121
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2122
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2123
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2124
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<210> 2125
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2125
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<210> 2126
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2126
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2127
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<210> 2128
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2128
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2129
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2130
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2131
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<210> 2132
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2132
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<210> 2133
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2133
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2134
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<210> 2135
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2135
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<210> 2136
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2136
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<210> 2137
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2137
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2138
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2139
tccrgccttg ccggggagcc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2140
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2141
aaggrcgacc gtggagaccc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2142
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2143
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<210> 2144
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2144
ctgraaagcc tggtattccc ggg 23
<210> 2145
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2145
cctgraaagc ctggtattcc cgg 23
<210> 2146
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2146
gatgrccctc ctggactccc tgg 23
<210> 2147
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2147
cccrggctgg caggacacaa agg 23
<210> 2148
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2148
caggrgccac caggacccac tgg 23
<210> 2149
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2149
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2150
ccaggacctg ttggccccyg agg 23
<210> 2151
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2151
cctacccctc cagggtgacy gag 23
<210> 2152
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2152
cccctccagg gtgacygagg tcc 23
<210> 2153
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2153
ccctccaggg tgacygaggt cct 23
<210> 2154
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2154
cttcatcrgc atcaacgacc tgg 23
<210> 2155
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2155
catgcggrgt ggccgcctgg ggg 23
<210> 2156
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2156
ccatgcggrg tggccgcctg ggg 23
<210> 2157
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2157
catgcgggrt ggccgcctgg ggg 23
<210> 2158
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2158
gccaatcrtc caatagccgc tgg 23
<210> 2159
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2159
cctgtactat gagcggygct ggg 23
<210> 2160
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2160
agcgtrtggg cattgtggcc tgg 23
<210> 2161
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2161
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<210> 2162
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2162
ccartgaata tatctttagt ggg 23
<210> 2163
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2163
cccartgaat atatctttag tgg 23
<210> 2164
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2164
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<210> 2165
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2165
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<210> 2166
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2166
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<210> 2167
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2167
ttctattgrc atccactcca cgg 23
<210> 2168
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2168
cccatcgtgg agaayggcgg ggc 23
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2226
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
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<400> 2247
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<400> 2250
cccagctcat ctcacygtca gta 23
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
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<400> 2251
ccagctcatc tcacygtcag taa 23
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<211> 23
<212> DNA
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<400> 2252
ccaactatca gtgacygtaa ccg 23
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 2254
<211> 23
<212> DNA
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<220>
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<400> 2254
gatcgraaac gcggcggcgg tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
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<210> 2256
<211> 23
<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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agttctrgcc tggtatgtgg ggg 23
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2263
ccgaggtgct gcgcctgygg ccc 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccttcacgct gctgycctcc ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2267
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<210> 2268
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2268
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2269
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2270
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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aaactgrtcc ttatacctgt tgg 23
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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atgrggaccg ctacttcaag ggg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2306
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2309
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2310
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2314
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2315
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2316
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2317
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2318
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2319
ccagaagagc gagatcygag ttt 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2320
ccacaacatg ctgctycttt gac 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2324
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<400> 2327
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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agggagagra gagccggtga ggg 23
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<212> DNA
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<400> 2333
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2340
ccttctggtg tagcctcyag cgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2341
agargtctgt gtacagtgac agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2342
ggcgccccrg gatcgtcgcc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2343
ggcrccccgg gatcgtcgcc tgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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tctacrtgat tgacttcttc tgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2345
ccaagactcc acctataayg agg 23
<210> 2346
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2346
cctactgctg ttcgccycct tca 23
<210> 2347
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2347
cagtcacrgg ctttcagtgg tgg 23
<210> 2348
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2348
ccctagaccc agagtcttcy gcc 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2349
cctagaccca gagtcttcyg cct 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2350
aagacartgc agtaagttcc ggg 23
<210> 2351
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2351
aaagacartg cagtaagttc cgg 23
<210> 2352
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2352
cccacagaca gcacacytgc cac 23
<210> 2353
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2353
ccacagacag cacacytgcc acc 23
<210> 2354
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2354
tgtgttraag gaatggctgg tgg 23
<210> 2355
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2355
gaatrtcccc ccaacttcac cgg 23
<210> 2356
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2356
gctttgrtgg gaagaagtag agg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2357
tttgraatat aatcctccac tgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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gtggaargtc tatgccagaa agg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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cctgaagrtt ggtaaatttc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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agcccagarg taattgaatg tgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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ataatarggg acgaacaggg agg 23
<210> 2363
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2364
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<210> 2365
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2365
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<210> 2366
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2366
ccagctggtt gagcattgty aaa 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2367
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2368
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2369
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2370
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2420
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2424
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2425
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2426
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2430
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2431
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2432
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2440
ccgcgggagc gagggagcya ggg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2441
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2442
ccaggtcctc ctggtcctya agg 23
<210> 2443
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2443
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<210> 2444
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2444
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2445
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<210> 2446
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2446
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<210> 2447
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2447
ctatgacraa ttgtgcttcc tgg 23
<210> 2448
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2448
ccacaaatga atgcygggag gat 23
<210> 2449
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2449
ttctcctrcc actgcccaca ggg 23
<210> 2450
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2450
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<210> 2451
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2451
ccagctgctg gccacaygcc tct 23
<210> 2452
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2452
ccgccccttg gagccayagc cag 23
<210> 2453
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2453
ccgctctgac gagctgacay ggc 23
<210> 2454
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2454
ccgcgcaagt tagatygatt tca 23
<210> 2455
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2455
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<210> 2456
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2456
gcggtttcrg gtggtagtgg tgg 23
<210> 2457
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2457
agagrtaagt acagaggaaa agg 23
<210> 2458
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2458
ccaatgcccg gtgtattgyc ctg 23
<210> 2459
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2459
cccccagcca cccaactygt tgc 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2460
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<210> 2461
<211> 23
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2462
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2464
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2465
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2466
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2467
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<400> 2486
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2506
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2510
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2512
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2524
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2525
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<210> 2526
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2527
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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ccacaactca gactttygga aca 23
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<212> DNA
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<220>
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<400> 2537
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
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<400> 2539
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2540
ccgtttgcac ccaaytcatt ata 23
<210> 2541
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2541
cccaactcat tatagcatty gca 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2542
ccaactcatt atagcattyg cag 23
<210> 2543
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2543
cccaccgtta ctgactygct acc 23
<210> 2544
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2545
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<210> 2546
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2546
caaatatrga atatatacca agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2547
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<211> 23
<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 2553
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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ccctgttgca ggtgcayagt tgt 23
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2560
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<210> 2561
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2620
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2621
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
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ccaacctcaa tctgcctyga acc 23
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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tatcartata gcagtgggcc tgg 23
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<211> 23
<212> DNA
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<211> 23
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<220>
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cctgcccaaa gcagycctct ccc 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<211> 23
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<220>
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tgcttggcrg gtaattctat tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccctcgatac agccyggcca gca 23
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<211> 23
<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2650
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2651
cccgagcact tcctgcagcy gct 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2652
ccgagcactt cctgcagcyg ctg 23
<210> 2653
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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cctagtacct gatggggcgy ggg 23
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<212> DNA
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cctggccagg ggcttcyagc gct 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2753
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2754
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2755
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<210> 2756
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2756
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2758
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2773
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2774
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2798
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2800
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2801
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2802
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2804
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2810
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2813
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2814
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2815
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2818
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccctggtctc ggcggtggyc tgt 23
<210> 2821
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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cctggtctcg gcggtggyct gta 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 2828
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2828
ccagctattc attaacttcy ggg 23
<210> 2829
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2829
tgccrattcc gctctcttct agg 23
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<211> 5
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3)..(3)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 2830
grnaa 5
<210> 2831
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2831
ccctgaaaga gatcygcacg cag 23
<210> 2832
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2832
atgagcrctg gcgcgacggc tgg 23
<210> 2833
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2833
cctaatgaaa aaataygaaa tat 23
<210> 2834
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2834
gctgcagrgg gaagtgactg tgg 23
<210> 2835
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2835
tgaccrcttc cagcagaggt ggg 23
<210> 2836
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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atgaccrctt ccagcagagg tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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tgctggtcrt gcactggggt ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2838
cctgctctac ctcctggagy agc 23
<210> 2839
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2840
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 2841
cccagccctt caccctgygc ctg 23
<210> 2842
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccagcccttc accctgygcc tgg 23
<210> 2843
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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cagacctcrg cctgatgacc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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catrgtaagg tgaaaatgcg agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 2847
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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atggrcgact ggagctttct ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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aatggrcgac tggagctttc tgg 23
<210> 2849
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3045
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3046
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3047
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3048
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3063
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3065
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3066
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3074
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3090
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3091
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3092
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3094
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<211> 23
<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3096
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3098
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3100
gccttctcrt gatggccgtc ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3101
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<210> 3102
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3102
ccaagaagca gggattcycc tca 23
<210> 3103
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3103
ccaaagttcc tcacygtcca tca 23
<210> 3104
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3104
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3105
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<210> 3106
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3106
ttcrtcagat ccaacaggaa agg 23
<210> 3107
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3107
tgtccttcrt cagatccaac agg 23
<210> 3108
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3108
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3109
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<210> 3110
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3110
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3111
cgccraccgc ctcatgaccc agg 23
<210> 3112
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3112
gctgcrggtg accgagggct ggg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3113
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<210> 3114
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3114
ccgcgcggtg gacatcayca cat 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3115
ccgccacgca aactcgtgcy gct 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3116
ccacgcaaac tcgtgcygct cgc 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3117
ccacagtgtc ctggctgagy gac 23
<210> 3118
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3118
cccaagtgcc agtatyaggc ccc 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3119
ccaagtgcca gtatyaggcc cct 23
<210> 3120
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3120
cctccagctg tatgtgcggy gcc 23
<210> 3121
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3121
ccagctgtat gtgcggygcc gaa 23
<210> 3122
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3122
ccctgtccta tgaccttayc gca 23
<210> 3123
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3123
cctgtcctat gaccttaycg cag 23
<210> 3124
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3124
cctaggagct gatagcyaga ggt 23
<210> 3125
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3125
ccagtgagtg ctgttttyag gac 23
<210> 3126
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3126
cttccraggg gtaccggttg ggg 23
<210> 3127
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3127
acttccragg ggtaccggtt ggg 23
<210> 3128
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3128
aacttccrag gggtaccggt tgg 23
<210> 3129
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3129
ccctctctgc ccgcagatcy agc 23
<210> 3130
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3130
cctctctgcc cgcagatcya gcc 23
<210> 3131
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3131
gggctrgagc atctttgagc tgg 23
<210> 3132
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3132
ccctgtcagg acgatgcccy gaa 23
<210> 3133
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3133
cctgtcagga cgatgcccyg aat 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3134
ccagttaaac ctgaggctyc ttt 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3135
gggcrtcgac gtcatagtct tgg 23
<210> 3136
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3136
ccaggccaac gaggtgygga agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3137
cagctgcrga acgagtttat cgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3138
agcrgctgct ggactacacc agg 23
<210> 3139
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3139
ccagacctct caccatcacy gcc 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3140
cctctcacca tcacygccac cac 23
<210> 3141
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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cctgrcagcg agaaactgca tgg 23
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<211> 23
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3142
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3143
tactaccrga aagggggcaa ggg 23
<210> 3144
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3144
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3147
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3148
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3149
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3150
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3164
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<400> 3167
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3180
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3185
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3186
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3187
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3188
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3189
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3190
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3191
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3192
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3193
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<210> 3194
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3194
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<210> 3195
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3195
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<210> 3196
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3196
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3197
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3198
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3199
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3200
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<210> 3201
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3201
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3202
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3204
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3205
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3206
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3207
cagcttctrg ggggacagtc ggg 23
<210> 3208
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3208
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3209
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3210
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3215
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3216
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3217
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3218
cagtcrgggc cgccagtacc agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3219
cccgggrcga cgtggagagc agg 23
<210> 3220
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3220
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<210> 3221
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3221
ctccarccct gagagcagtg agg 23
<210> 3222
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3222
ccargggagg tgtcggcctt ggg 23
<210> 3223
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3223
gccargggag gtgtcggcct tgg 23
<210> 3224
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3224
gtagccrggg ccggccgggg ggg 23
<210> 3225
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3225
agtagccrgg gccggccggg ggg 23
<210> 3226
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3226
gagtagccrg ggccggccgg ggg 23
<210> 3227
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3227
agcttctgrg gggacagtcg ggg 23
<210> 3228
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3228
gtcgccccrc aggatctcga tgg 23
<210> 3229
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3229
ccggccgctg ggcgcctacy tgg 23
<210> 3230
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3230
ccgctgggcg cctacytggg tga 23
<210> 3231
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3231
cccgctacca cacayagatg ctg 23
<210> 3232
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3232
ccagtaccag gagctcccty gat 23
<210> 3233
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3233
cctaagataa aggagygaac cca 23
<210> 3234
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3234
cctttgcgct catcgcgyac tgg 23
<210> 3235
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3235
ccatgcaccc actgygcagc ggc 23
<210> 3236
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3236
ccttcctgct gaaggagayg gaa 23
<210> 3237
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3237
cctgctgaag gagayggaag aag 23
<210> 3238
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3336
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3337
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3338
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3384
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
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<400> 3388
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3394
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3401
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3415
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3416
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3418
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3420
acagatrtca gagttcctac tgg 23
<210> 3421
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3421
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<210> 3422
<211> 23
<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3422
aaagagrtac agtcgaggca tgg 23
<210> 3423
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 3424
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3424
tcaratgacc tcaagcagtt tgg 23
<210> 3425
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3425
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3426
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<210> 3427
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3427
ccgttcatgt agagygaact aga 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3428
ccatagaact gtgaccygag aag 23
<210> 3429
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3429
ccaaaggctg tcttyagaaa agc 23
<210> 3430
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3430
ccaatctcac aactctcyga gat 23
<210> 3431
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3431
ccaatcatgg agccctcyag ttt 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3480
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
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<400> 3484
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3496
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<220>
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<212> DNA
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<220>
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<400> 3509
ccactgcagc agctyggggg acc 23
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3510
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3512
cctacctcgc agcgcagcyg tgg 23
<210> 3513
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3515
ccttgctgac ttacyggttc cca 23
<210> 3516
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3516
ccaaggaggc gaagcttyga gac 23
<210> 3517
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3517
ccggctggcg gatgcgctgy agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3518
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3519
cccagcggcg cgccayccgc agc 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3520
ccagcggcgc gccayccgca gcg 23
<210> 3521
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3521
ccatggagac cccgtccyag cgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3522
cccgcggagg cccaagygac ccc 23
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccgcggaggc ccaagygacc ccg 23
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3524
cctcaccacg cagcagygaa gag 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3525
cctctctctg agccaggtcy gag 23
<210> 3526
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3526
atcrctcccc agtgtccccg agg 23
<210> 3527
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3527
ccgttttaga taaaygaagc cga 23
<210> 3528
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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gagttrggtg ccaaaacttg tgg 23
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<211> 23
<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3725
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3726
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3727
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3762
caactcagrt acctggatac tgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3764
ccgtttctct tggtcgtayc agc 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3791
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3800
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3810
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 3819
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
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<400> 3821
cctcgatcat gcgccgcgyt tca 23
<210> 3822
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3822
cccgggtcag ctccacccyg tcc 23
<210> 3823
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3823
ccgggtcagc tccacccygt cct 23
<210> 3824
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3824
ccagcctcct gaagcygcct gtg 23
<210> 3825
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3825
cctggctgga ggtggtcggy gga 23
<210> 3826
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3826
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<210> 3827
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3827
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3828
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3829
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3830
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3831
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3832
ccgcaggtgc gtctggcayg tct 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3833
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3834
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3836
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3839
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3840
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3841
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3842
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3843
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3845
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3850
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3860
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3861
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3862
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<210> 3863
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3863
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3864
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3865
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3868
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3870
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3871
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<210> 3872
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3872
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<210> 3873
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3873
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3874
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<210> 3875
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3875
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3876
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3877
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3878
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3879
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3880
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3881
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3882
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3883
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3884
ccacrgagaa gagaaggact agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3885
atcgacagrt atcttggtta cgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3886
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<210> 3887
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3887
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3888
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3889
ccagrtgagg ggggaaggtg ggg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3890
cccagrtgag gggggaaggt ggg 23
<210> 3891
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3891
acccagrtga ggggggaagg tgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3892
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3894
tcgccatrgt aagccgggtg cgg 23
<210> 3895
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3896
taaagrtggg ctggagggaa ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3897
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3898
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<210> 3899
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3899
cgtgcrcgac gccttcgtaa agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3900
ccgcaatgac aactcaagcy gtt 23
<210> 3901
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3901
ccctcactca cctacyaggt gtt 23
<210> 3902
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3902
cctcactcac ctacyaggtg ttc 23
<210> 3903
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3903
ccggcacctg tgcgtgcgcy agc 23
<210> 3904
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3904
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<210> 3905
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3905
ccagcccttc tttgtgygat gca 23
<210> 3906
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3906
ccggctcttg cagctgygaa cgg 23
<210> 3907
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3907
cccggaagta ccctcygcac ctg 23
<210> 3908
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3908
ccggaagtac cctcygcacc tgg 23
<210> 3909
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3909
aggatrtgga gaactagttt ggg 23
<210> 3910
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3910
caggatrtgg agaactagtt tgg 23
<210> 3911
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3911
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<210> 3912
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3912
ccagaccaaa cagtcttyca tta 23
<210> 3913
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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tgaggggcrc ctctgtcggc tgg 23
<210> 3914
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3914
tgtcrttttg ctgttgaaaa agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3915
ctctcatcra agtgtacatg cgg 23
<210> 3916
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3916
catgcrgcct ctgtccaaca agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3917
ccctcrctgg cggcttttcc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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gccrctacca gctgaccttg tgg 23
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 3920
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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ccacctgcca tgacygcgtg gct 23
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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gcctrtgtac tttgtcctgg agg 23
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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tccgcctrtg tactttgtcc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4018
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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gtaartgatg gtcagagact tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4100
ccacagtgta ttgtytagca tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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cctggctgat tacctcaygc tcc 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4102
ccttcaggca gctactcyaa agg 23
<210> 4103
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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cctcttggct gcactcycgt aag 23
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<211> 23
<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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gagrtgaggg cctgggagga ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4110
agagrtgagg gcctgggagg agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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cacagagrtg agggcctggg agg 23
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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cgggccrgct ggagtatgaa ggg 23
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 4113
tcgggccrgc tggagtatga agg 23
<210> 4114
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4114
actcrgtact tgctgagcac ggg 23
<210> 4115
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4115
cactcrgtac ttgctgagca cgg 23
<210> 4116
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4116
ccaggaggtc aaggcagccy agg 23
<210> 4117
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4117
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<210> 4118
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4118
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<210> 4119
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4119
cttgcccrag tcgagggtgc agg 23
<210> 4120
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4120
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<210> 4121
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4121
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<210> 4122
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4122
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<210> 4123
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4123
ctcgagcrgg tgagagcagc tgg 23
<210> 4124
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4124
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<210> 4125
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4125
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4126
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4127
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<210> 4128
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4128
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4129
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4130
tcctctcrgg atttcttggg tgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4131
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4132
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4133
tactrgttta ctgtggagtt tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4134
attacagrta tgaccttcac agg 23
<210> 4135
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4135
ccaaaattac actgtcaygg agt 23
<210> 4136
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4140
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<210> 4141
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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aggaaaargt gccgggggtg cgg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4148
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4149
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4150
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4151
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4152
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4153
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4154
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4155
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4156
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4157
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4158
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4159
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4160
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4162
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4164
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4165
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4166
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4167
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4168
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4169
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4170
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4171
ccaaraagga gtggagtctt tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4172
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4173
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4174
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4175
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4178
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4179
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4180
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4181
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4182
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4188
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4189
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4190
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4191
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 4193
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4193
acgagrtagg atgagggcca agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4194
ctgrcggcac ggcttcaacg tgg 23
<210> 4195
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4195
ccggagaatc acctacyaca act 23
<210> 4196
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4196
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4197
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4198
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<210> 4199
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4199
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<210> 4200
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4200
ccccatttac atcatcayag agt 23
<210> 4201
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4201
cccatttaca tcatcayaga gta 23
<210> 4202
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4202
ccatttacat catcayagag tat 23
<210> 4203
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4203
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4204
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<210> 4205
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4205
ccctccccat agttacygta cac 23
<210> 4206
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4206
cctccccata gttacygtac acg 23
<210> 4207
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4207
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4208
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<210> 4209
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4209
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<211> 23
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4210
ttgrtgggtt acatgaagtt agg 23
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<211> 23
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4212
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<210> 4213
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4213
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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ggcagragcc gccacgggac cgg 23
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4245
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4256
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4260
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4262
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4263
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4264
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<210> 4265
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4265
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4266
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4267
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4268
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4270
tggccrgtga gggggatatt ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4271
ctggccrgtg agggggatat tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4272
tcggtaccra gacagaagct ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4273
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4274
ccaagccccg gccaaygagg gca 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4275
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4276
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4279
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4280
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4281
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4282
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4284
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4286
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4287
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4288
cccatgctgt tgaacygacc act 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4289
ccatgctgtt gaacygacca ctg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4290
cctgccaatc atcatatyga ttg 23
<210> 4291
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4291
cctgcccgca ggagctgyag ctg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4292
cctgcgggag cgagcggagy agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4293
cccaagaggc tgcgygactg cgg 23
<210> 4294
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4294
caartgagat ttagctggag agg 23
<210> 4295
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4295
acccacaart gagatttagc tgg 23
<210> 4296
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4296
gttgactrct gcccactgct tgg 23
<210> 4297
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4297
ttactgtcrt aaccccgata ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4298
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4299
ccccagaaac acatgygact ttt 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4300
cccagaaaca catgygactt ttc 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4301
cccatggaat gctttcyctg gca 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4302
ccatggaatg ctttcyctgg caa 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4303
ccttccacct gtttattgyt gca 23
<210> 4304
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4304
ccacctgttt attgytgcat ttg 23
<210> 4305
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4305
cctggtgttt gcctgctytg ctg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4306
ctactccrtg acagcgcctg agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccaccatgat cctgtygatc atc 23
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4309
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4310
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4370
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4394
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccgacaatga catcgyactg ctg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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cacrggctcg ctcctgggcc agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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tgccgcacrg gctcgctcct ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccttgaacca gagctccygg gag 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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cctgacagag tacaaygcca aac 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 4406
<211> 23
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4406
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4407
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<210> 4408
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4408
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4409
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4426
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4432
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<210> 4433
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4451
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4462
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4464
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4467
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4480
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4481
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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cccaggtrgg gattgcaccc tgg 23
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4484
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4485
gtggcrgcgg caggagaagc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4486
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4487
ggagcrgctg gagtcaggct cgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4488
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4489
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4490
cctgaggagg acccagagya gga 23
<210> 4491
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4491
ccaatacctc acattcctyg aag 23
<210> 4492
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4492
ccaggaaccc ggacgggggy agc 23
<210> 4493
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4493
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<210> 4494
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4494
aaggccgcrg tctcgtagtc cgg 23
<210> 4495
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4495
ggtctcrtag tccggtgagc cgg 23
<210> 4496
<211> 23
<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccgcggtctc gtagtcyggt gag 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4497
ccactgacct catgtygatg atc 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4498
ctcagrtgag cactgggatg ggg 23
<210> 4499
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4499
cctcagrtga gcactgggat ggg 23
<210> 4500
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4500
tcctcagrtg agcactggga tgg 23
<210> 4501
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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caagrtaagt ctggagaaag agg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 4502
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4503
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4504
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4564
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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ccacccccac gctgcccyga ctc 23
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<212> DNA
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4660
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<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4662
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<400> 4677
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<400> 4680
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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tcctcrtctg cctcatcttc tgg 23
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 4790
cccagcccag ggctgyagcc tgc 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccagcccagg gctgyagcct gcc 23
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5070
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5086
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5087
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5105
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5106
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5107
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5108
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5144
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5147
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5148
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5150
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5160
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5161
tccgccagrt gggcctcccc ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5162
ccaggcacaa cgaacgcygc ttc 23
<210> 5163
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5163
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5164
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5165
cccagacctg ctcgatgayg acg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5166
ccagacctgc tcgatgayga cgg 23
<210> 5167
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5167
gcgrcaagga ggacttgatc tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5168
cgaagcgrat gctgtgacac tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5169
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5170
tcagaccrtc taccagcgtg tgg 23
<210> 5171
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5171
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5172
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<210> 5173
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5173
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5174
ccagaatggc cagtatygag cca 23
<210> 5175
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5175
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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cctgccacca agagaaygga gca 23
<210> 5179
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccattgcttg ttcagagaay aat 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5180
cctctagaga agaacgttyg tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5181
tctcrctgta atgcagtggg agg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5185
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5204
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5206
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5208
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<211> 23
<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5226
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5227
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5228
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5230
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5245
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5260
catccrgaat gagcgggaga agg 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5261
cccctgcagc tccaagaccy gcg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5262
ccctgcagct ccaagaccyg cgg 23
<210> 5263
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5263
cctgcagctc caagaccygc ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5264
ccacccacag gacatccacy gga 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5265
cccacaggac atccacygga agc 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5266
ccacaggaca tccacyggaa gcg 23
<210> 5267
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5267
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5268
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5269
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5270
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5271
acactgraag actccaggtc agg 23
<210> 5272
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5272
cacttttcra catagtgtgg tgg 23
<210> 5273
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5273
gacctrccct gtgcagctgt ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5274
agacctrccc tgtgcagctg tgg 23
<210> 5275
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5275
cccccaggga gcactaagyg agg 23
<210> 5276
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5276
ccccagggag cactaagyga ggt 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5277
cccagggagc actaagygag gta 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ccagggagca ctaagygagg taa 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5279
ccctcctcag catcttatcy gag 23
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5365
ccaggcctcg gcgatggygg tcg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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gtccragtac cagcagtacc agg 23
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5378
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<210> 5379
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5379
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<210> 5380
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5380
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5381
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5382
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5383
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5397
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5398
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5420
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5424
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5425
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5442
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5452
ccagctgatc ttgaatttya gca 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5453
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5454
acatcragga agttttggca agg 23
<210> 5455
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5455
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<210> 5456
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5456
ccgccagrta ggctgaggcc tgg 23
<210> 5457
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5457
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<210> 5458
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5458
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<210> 5459
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5459
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<210> 5460
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5460
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<210> 5461
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5462
cccaagtccc tgcagaagya gag 23
<210> 5463
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5463
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<210> 5464
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5464
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<210> 5465
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5465
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<210> 5466
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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ctctrtgtga gtggggccat tgg 23
<210> 5467
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5467
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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<210> 5469
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5469
ccaaactcac cacttcyaac ccc 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5470
cagccccrac atgggcttcg ggg 23
<210> 5471
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5471
gcagccccra catgggcttc ggg 23
<210> 5472
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5472
ggcrgctgca gccccgacat ggg 23
<210> 5473
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
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gggcrgctgc agccccgaca tgg 23
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<212> DNA
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<223> Synthetic Polynucleotide
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ccaggagtgc cagcacyagt tcc 23
<210> 5475
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5475
cctctctrca gccaactggc agg 23
<210> 5476
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5476
acctacrcca tcattgccgc cgg 23
<210> 5477
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5477
ccacactgcc acagtttygg gag 23
<210> 5478
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5478
gagcrgggct gtctctgtgt ggg 23
<210> 5479
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5479
cgagcrgggc tgtctctgtg tgg 23
<210> 5480
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5480
cctgtgctgg gatctcyggc agt 23
<210> 5481
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5481
cccacctctg ctttyatccc gat 23
<210> 5482
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5482
cccccttgat ttggagygag cag 23
<210> 5483
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5483
ccccttgatt tggagygagc agg 23
<210> 5484
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5484
cccttgattt ggagygagca ggc 23
<210> 5485
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5485
ccagtgtaaa acttgtcagy gaa 23
<210> 5486
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5486
cccacaggaa atctgtgcyg ctg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5487
ccacaggaaa tctgtgcygc tgc 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5488
ccataattrg taccagctac tgg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5489
gaaggactrc aggggagaga ggg 23
<210> 5490
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5490
tgcrggcaaa gaaggtaggc cgg 23
<210> 5491
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5491
aacttgcrgg caaagaaggt agg 23
<210> 5492
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5492
tctgttcrca ctttctcttt cgg 23
<210> 5493
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5493
cctgactcca cagcatgtty gag 23
<210> 5494
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5494
tactggrgaa cggcaaccac ggg 23
<210> 5495
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5495
ttactggrga acggcaacca cgg 23
<210> 5496
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5496
ctgtctctrg gagtcctcag tgg 23
<210> 5497
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5497
ggcggcccrc aacgtcctgc tgg 23
<210> 5498
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5498
ccgtgacctg gcggccygca acg 23
<210> 5499
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5499
ccttaaagga ttacyttatc aag 23
<210> 5500
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5500
cccacatcag aatccatygg taa 23
<210> 5501
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5501
ccacatcaga atccatyggt aaa 23
<210> 5502
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5502
agcrccgttt cacgcagtcc ggg 23
<210> 5503
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5503
gagcrccgtt tcacgcagtc cgg 23
<210> 5504
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5504
ccccatcaac ccatayaagg acc 23
<210> 5505
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5505
cccatcaacc catayaagga cca 23
<210> 5506
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5506
ccagtattcc tgggctayga cca 23
<210> 5507
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5507
ccatctgaaa gaacacctgy gaa 23
<210> 5508
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5508
ccccctgcca ggcacyagtg ggt 23
<210> 5509
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5509
cccctgccag gcacyagtgg gta 23
<210> 5510
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5510
ccacatccga gtgcacaygg gcg 23
<210> 5511
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5511
ctgactrgtt gttctcaatg tgg 23
<210> 5512
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5512
ccttcctagc acagcggyag gtg 23
<210> 5513
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5513
ccctaactga aaccyagcct cct 23
<210> 5514
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5514
ccttctgaaa acattyaaga tat 23
<210> 5515
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5515
gcagcrgtga ggccagatac tgg 23
<210> 5516
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5516
ccagctgcct gaactgcggy gcc 23
<210> 5517
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5517
ccggccctcc ctgcggctgy atc 23
<210> 5518
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5518
ccctccctgc ggctgyatcg caa 23
<210> 5519
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5519
cctccctgcg gctgyatcgc aag 23
<210> 5520
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5520
aaacccrgcc ccagctccca ggg 23
<210> 5521
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5521
caaacccrgc cccagctccc agg 23
<210> 5522
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5522
cctgtrcccc cggtgccccc ggg 23
<210> 5523
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5523
acctgtrccc ccggtgcccc cgg 23
<210> 5524
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5524
cccccagacc ccacygggga gaa 23
<210> 5525
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5525
ccttccccca ggggagacyc ctg 23
<210> 5526
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Polynucleotide
<400> 5526
cccccagggg agacycctgc tca 23
Claims (303)
- 데옥시리보핵산 (DNA) 중 데옥시아데노신의 아데닌을 탈아미노화할 수 있는 아데노신 데아미나제.
- 제1항에 있어서, 박테리아로부터의 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 또는 제2항에 있어서, 이. 콜라이(E. coli) 또는 에스. 아우레우스(S. aureus) 박테리아로부터의 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, TadA 데아미나제인 아데노신 데아미나제.
- 제4항에 있어서, TadA 데아미나제가 이. 콜라이 TadA 데아미나제 (ecTadA)인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 서열식별번호: 1의 아미노산 서열에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99% 또는 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 D108X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 D 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제7항에 있어서, X가 G, N, V, A 또는 Y인 아데노신 데아미나제.
- 제7항에 있어서, X가 N인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 A106X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 A 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제10항에 있어서, X가 V, I 또는 L인 아데노신 데아미나제.
- 제10항에 있어서, X가 V인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 E155X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 E 이외에 다른 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제13항에 있어서, X가 D, G 또는 V인 아데노신 데아미나제.
- 제13항에 있어서, X가 V인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 D147X 돌연변이 또는 또 다른 아데닌 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 D 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제16항에 있어서, X가 Y 또는 F인 아데노신 데아미나제.
- 제16항에 있어서, X가 Y인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 S2A, H8Y, I49F, L84F, A106V, A106T, D108R, H123Y, N127S, D147Y, E155V, I156F 및 K160S 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 1개 이상의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 L84F 돌연변이 또는 또 다른 아데닌 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 H123Y 돌연변이 또는 또 다른 아데닌 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 H156F 돌연변이 또는 또 다른 아데닌 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 E25X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 E 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제23항에 있어서, X가 M, D, A, R, V, S 또는 Y인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 R26X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 R 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제25항에 있어서, X가 G, N, Q, C, L 또는 K인 아데노신 데아미나제.
- 제25항 또는 제26항에 있어서, X가 G인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 R107X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 R 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제28항에 있어서, X가 P, K, A, N, W, H 또는 S인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 A142 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 A 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제30항에 있어서, X가 N, D 또는 G인 아데노신 데아미나제.
- 제30항 또는 제31항에 있어서, X가 N인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 A143 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 A 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제33항에 있어서, X가 D, G, E, L, W, M, S, Q 또는 R인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 H36X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 H 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제35항에 있어서, X가 L인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 N37X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 N 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제37항에 있어서, X가 T 또는 S인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 P48X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 P 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제39항에 있어서, X가 T 또는 L인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 R51X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 R 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제41항에 있어서, X가 H 또는 L인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 S146X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 S 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제43항에 있어서, X가 R 또는 C인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 L157X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 L 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제45항에 있어서, X가 N인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 A106V 및 D108N 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 R107C 및 D108N 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 H8Y, D108N, S127S, D147Y 및 Q154H 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 H8Y, R24W, D108N, N127S, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 D108N, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 H8Y, D108N, S127S 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 H8Y, D108N, N127S, D147Y 및 Q154H 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 H8Y, R24W, D108N, N127S, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 A106V, D108N, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 D108Q, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 D108M, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 D108L, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 D108K, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 D108I, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 D108F, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 A106V, D108N 및 D147Y 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 A106V, D108M, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 E59A, A106V, D108N, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 E59A 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 L84F, A106V, D108N, H123Y, D147Y, E155V, I156Y 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 R26G, L84F, A106V, R107H, D108N, H123Y, A142N, A143D, D147Y, E155V 및 I156F 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 E25G, R26G, L84F, A106V, R107H, D108N, H123Y, A142N, A143D, D147Y, E155V 및 I156F 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 R26Q, L84F, A106V, D108N, H123Y, A142N, D147Y, E155V 및 I156F 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 E25M, R26G, L84F, A106V, R107P, D108N, H123Y, A142N, A143D, D147Y, E155V 및 I156F 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 R26C, L84F, A106V, R107H, D108N, H123Y, A142N, D147Y, E155V 및 I156F 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 L84F, A106V, D108N, H123Y, A142N, A143L, D147Y, E155V 및 I156F 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 R26G, L84F, A106V, D108N, H123Y, A142N, D147Y, E155V 및 I156F 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 E25A, R26G, L84F, A106V, R107N, D108N, H123Y, A142N, A143E, D147Y, E155V 및 I156F 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 E25D, R26G, L84F, A106V, R107K, D108N, H123Y, A142N, A143G, D147Y, E155V 및 I156F 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 L84F, A106V, D108N, H123Y, D147Y, E155V, I156F 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 A106V, D108N, A142N, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 R26G, A106V, D108N, A142N, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 E25D, R26G, A106V, R107K, D108N, A142N, A143G, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 R26G, A106V, D108N, R107H, A142N, A143D, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 E25D, R26G, A106V, D108N, A142N, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 A106V, R107K, D108N, A142N, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 A106V, D108N, A142N, A143G, D147Y, E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 A106V, D108N, A142N, A143L, D147Y 및 E155V 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 H36L, R51L, L84F, A106V, D108N, H123Y, S146C, D147Y, E155V, I156F 및 K157N 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 P48X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 P 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제86항에 있어서, X가 S, T 또는 A인 아데노신 데아미나제.
- 제87항에 있어서, X가 A인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제88항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 A142X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 A 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제89항에 있어서, X가 N인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제90항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 W23X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 W 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제91항에 있어서, X가 R 또는 L인 아데노신 데아미나제.
- 제91항에 있어서, X가 L인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1에서의 R152X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 R 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제94항에 있어서, X가 P 또는 H인 아데노신 데아미나제.
- 제94항에 있어서, X가 P인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, TadA 데아미나제가 에스. 아우레우스 TadA 데아미나제 (saTadA)인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제4항 및 제97항 중 어느 한 항에 있어서, 서열식별번호: 8의 아미노산 서열에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99% 또는 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 아데노신 데아미나제.
- 제97항 또는 제98항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 8에서의 D107X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 D 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제99항에 있어서, X가 A인 아데노신 데아미나제.
- 제97항 내지 제100항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 8에서의 D108X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 D 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제101항에 있어서, X가 N인 아데노신 데아미나제.
- 제97항 내지 제102항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 8에서의 G26X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 G 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제103항에 있어서, X가 P인 아데노신 데아미나제.
- 제97항 내지 제104항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 8에서의 S142X 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하며, 여기서 X는 S 이외의 임의의 아미노산인 아데노신 데아미나제.
- 제105항에 있어서, X가 A인 아데노신 데아미나제.
- 제97항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 8에서의 D107A 및 D108N 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제97항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 8에서의 D107A, D108N 및 G26P 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제97항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 8에서의 D107A, D108N, G26P 및 S142A 돌연변이 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이를 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437 또는 672-684 중 어느 하나에 대해 적어도 85%, 90%, 95%, 98%, 99% 또는 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437 또는 672-684 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하는 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항에 있어서, 아데노신 데아미나제의 아미노산 서열이 서열식별번호: 1, 64-84, 420-437 또는 672-684 중 어느 하나의 아미노산 서열로 이루어진 것인 아데노신 데아미나제.
- 제1항 내지 제112항 중 어느 한 항에 있어서, 표 4에 제시된 돌연변이 또는 돌연변이의 조합 중 임의의 것 또는 또 다른 아데노신 데아미나제에서의 상응하는 돌연변이 또는 돌연변이들을 포함하는 아데노신 데아미나제.
- (i) 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp) 및 (ii) 제1항 내지 제113항 중 어느 한 항의 아데노신 데아미나제를 포함하는 융합 단백질.
- 제114항에 있어서, 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp)이 Cas9 도메인, Cpf1, CasX, CasY, C2c1, C2c2 또는 C2c3인 융합 단백질.
- 제115항에 있어서, Cas9 도메인이 뉴클레아제 기능상실 Cas9 (dCas9), Cas9 니카제 (nCas9) 또는 뉴클레아제 활성 Cas9인 융합 단백질.
- 제115항 또는 제116항에 있어서, Cas9 도메인이 뉴클레아제 기능상실 Cas9 (dCas9)인 융합 단백질.
- 제117항에 있어서, 뉴클레아제 기능상실 Cas9 (dCas9)가 서열식별번호: 34에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
- 제116항에 있어서, Cas9 도메인이 Cas9 니카제 (nCas9)인 융합 단백질.
- 제119항에 있어서, Cas9 니카제가 서열식별번호: 35에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
- 제114항 내지 제120항 중 어느 한 항에 있어서, (iii) 염기 복구의 억제제 (IBR)를 추가로 포함하는 융합 단백질.
- 제121항에 있어서, 염기 복구의 억제제 (IBR)가 염기 절제 복구의 억제제인 융합 단백질.
- 제121항 또는 제122항에 있어서, 염기 복구의 억제제가 이노신에 결합하는 단백질인 융합 단백질.
- 제121항 내지 제123항 중 어느 한 항에 있어서, 염기 복구의 억제제가 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제 (dISN)인 융합 단백질.
- 제124항에 있어서, 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제 (dISN)가 서열식별번호: 32 또는 서열식별번호: 33에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
- 제114항 내지 제125항 중 어느 한 항에 있어서, 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp)과 아데노신 데아미나제 사이에 1개 이상의 링커를 추가로 포함하는 융합 단백질.
- 제126항에 있어서, 1개 이상의 링커가 서열식별번호: 10, 37-40, 384-386 또는 685-688 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
- 제126항 또는 제127항에 있어서, 1개 이상의 링커가 서열식별번호: 10에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
- 제126항에 있어서, 1개 이상의 링커가 서열식별번호: 37에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
- 제114항 내지 제129항 중 어느 한 항에 있어서, 1개 이상의 핵 국재화 서열 (NLS)을 추가로 포함하는 융합 단백질.
- 제130항에 있어서, NLS가 서열식별번호: 4에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
- 제114항 내지 제131항 중 어느 한 항에 있어서,
[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp];
[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[NLS];
[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[IBR]; 또는
[아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[IBR]-[NLS]의 구조를 포함하며,
여기서 napDNAbp는 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질이고, IBR은 염기 복구의 억제제인 융합 단백질. - 제132항에 있어서, 구조 내 각각의 "-"는 임의적인 링커 서열의 존재를 나타내는 것인 융합 단백질.
- 제132항 또는 제133항에 있어서, napDNAbp가 Cas9 도메인인 융합 단백질.
- 제134항에 있어서, Cas9 도메인이 dCas9 또는 nCas9인 융합 단백질.
- 제132항 내지 제135항 중 어느 한 항에 있어서, IBR이 dISN인 융합 단백질.
- 제132항 내지 제136항 중 어느 한 항에 있어서, napDNAbp 및 NLS가 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37) 또는 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제132항 내지 제137항 중 어느 한 항에 있어서, napDNAbp 및 IBR이 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37) 또는 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제132항 내지 제138항 중 어느 한 항에 있어서, IBR 및 NLS가 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37) 또는 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제114항 내지 제131항 중 어느 한 항에 있어서,
[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제];
[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-[NLS];
[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-[IBR]; 또는
[napDNAbp]-[아데노신 데아미나제]-[IBR]-[NLS]의 구조를 포함하며,
여기서 napDNAbp는 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질이고, IBR은 염기 복구의 억제제인 융합 단백질. - 제140항에 있어서, 구조 내 각각의 "-"는 임의적인 링커 서열의 존재를 나타내는 것인 융합 단백질.
- 제140항 또는 제141항에 있어서, napDNAbp가 Cas9 도메인인 융합 단백질.
- 제142항에 있어서, Cas9 도메인이 dCas9 또는 nCas9인 융합 단백질.
- 제140항 내지 제143항 중 어느 한 항에 있어서, IBR이 dISN인 융합 단백질.
- 제140항 내지 제144항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제 및 NLS가 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37) 또는 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제140항 내지 제145항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노신 데아미나제 및 IBR이 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37) 또는 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제140항 내지 제146항 중 어느 한 항에 있어서, IBR 및 NLS가 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37) 또는 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제114항 내지 제147항 중 어느 한 항에 있어서, napDNAbp 및 아데노신 데아미나제가 아미노산 서열 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10) 또는 SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGS (서열식별번호: 385)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제114항 내지 제148항 중 어느 한 항에 있어서, napDNAbp 및 아데노신 데아미나제가 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제114항 내지 제149항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 아데노신 데아미나제를 추가로 포함하는 융합 단백질.
- 제150항에 있어서, 제2 아데노신 데아미나제가 제1항 내지 제113항 중 어느 한 항의 아데노신 데아미나제인 융합 단백질.
- 제150항 또는 제151항에 있어서,
[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp];
[제1 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[제2 아데노신 데아미나제]; 또는
[napDNAbp]-[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]의 구조를 포함하며,
여기서 napDNAbp는 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질인 융합 단백질. - 제114항 내지 제152항 중 어느 한 항에 있어서,
[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[NLS];
[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[IBR]; 또는
[제1 아데노신 데아미나제]-[제2 아데노신 데아미나제]-[napDNAbp]-[IBR]-[NLS]의 구조를 포함하며,
여기서 napDNAbp는 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질이고, IBR은 염기 복구의 억제제인 융합 단백질. - 제152항 또는 제153항에 있어서, 구조 내 각각의 "-"는 임의적인 링커 서열의 존재를 나타내는 것인 융합 단백질.
- 제152항 내지 제154항 중 어느 한 항에 있어서, napDNAbp가 Cas9 도메인인 융합 단백질.
- 제155항에 있어서, Cas9 도메인이 dCas9 또는 nCas9인 융합 단백질.
- 제152항 내지 제156항 중 어느 한 항에 있어서, IBR이 dISN인 융합 단백질.
- 제152항 내지 제157항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 아데노신 데아미나제 및/또는 제2 아데노신 데아미나제가 제1항 내지 제113항 중 어느 한 항의 아데노신 데아미나제인 융합 단백질.
- 제152항 내지 제158항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제가 동일한 것인 융합 단백질.
- 제152항 내지 제158항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제가 상이한 것인 융합 단백질.
- 제152항 내지 제160항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 아데노신 데아미나제가 서열식별번호: 1의 아미노산 서열에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99% 또는 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
- 제152항 내지 제161항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 아데노신 데아미나제가 서열식별번호: 1의 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
- 제152항 내지 제162항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 아데노신 데아미나제가 제2 아데노신 데아미나제의 N-말단에 있는 것인 융합 단백질.
- 제152항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 아데노신 데아미나제 및 제2 아데노신 데아미나제가 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37), SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10), SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGS (서열식별번호: 385), 또는 GGSGGSPGSPAGSPTSTEEGTSESATPESGPGTSTEPSEGSAPGSPAGSPTSTEEGTSTEPSEGSAPGTSTEPSEGSAPGTSESATPESGPGSEPATSGGSGGS (서열식별번호: 386)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제152항 내지 제164항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp 또는 제2 아데노신 데아미나제 및 napDNAbp가 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37), SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10), SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGS (서열식별번호: 385), 또는 GGSGGSPGSPAGSPTSTEEGTSESATPESGPGTSTEPSEGSAPGSPAGSPTSTEEGTSTEPSEGSAPGTSTEPSEGSAPGTSESATPESGPGSEPATSGGSGGS (서열식별번호: 386)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제153항 내지 제165항 중 어느 한 항에 있어서, napDNAbp 및 NLS가 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37) 또는 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제153항 내지 제166항 중 어느 한 항에 있어서, napDNAbp 및 IBR이 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37) 또는 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제153항 내지 제167항 중 어느 한 항에 있어서, IBR 및 NLS가 아미노산 서열 SGGS (서열식별번호: 37) 또는 SGSETPGTSESATPES (서열식별번호: 10)를 포함하는 링커를 통해 융합된 것인 융합 단백질.
- 제153항 내지 제168항 중 어느 한 항에 있어서, 서열식별번호: 11-28, 387-388, 440 또는 691-706의 아미노산 서열 중 어느 하나에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 적어도 99.5% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 융합 단백질.
- 제114항 내지 제169항 중 어느 한 항에 있어서, 서열식별번호: 11-28, 387-388, 440 또는 691-706의 아미노산 서열 중 어느 하나를 포함하는 융합 단백질.
- 제114항 내지 제170항 중 어느 한 항에 있어서, 서열식별번호: 11-28, 387-388, 440 또는 691-706의 아미노산 서열 중 어느 하나로 이루어진 융합 단백질.
- 제114항 내지 제171항 중 어느 한 항에 있어서, 표 4의 융합 단백질 중 어느 하나의 구조를 포함하는 융합 단백질.
- 제114항 내지 제172항 중 어느 한 항에 있어서, 표 4의 융합 단백질 중 어느 하나를 포함하는 융합 단백질.
- 제114항 내지 제173항 중 어느 한 항의 융합 단백질 및 융합 단백질의 핵산 프로그램가능 DNA 결합 단백질 (napDNAbp)에 결합된 가이드 RNA를 포함하는 복합체.
- 제174항에 있어서, 가이드 RNA가 15-100개 뉴클레오티드의 길이이고, 표적 서열에 상보적인 적어도 10, 적어도 15 또는 적어도 20개의 인접 뉴클레오티드의 서열을 포함하는 것인 복합체.
- 제174항 또는 제175항에 있어서, 가이드 RNA가 표적 서열에 상보적인 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 또는 40개의 인접 뉴클레오티드의 서열을 포함하는 것인 복합체.
- 제174항 내지 제176항 중 어느 한 항에 있어서, 가이드 RNA가 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 또는 50개 뉴클레오티드의 길이인 복합체.
- 제175항 내지 제177항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 서열이 DNA 서열인 복합체.
- 제175항 내지 제178항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 서열이 유기체의 게놈 중에 있는 것인 복합체.
- 제179항에 있어서, 유기체가 원핵생물인 복합체.
- 제180항에 있어서, 원핵생물이 박테리아인 복합체.
- 제179항에 있어서, 유기체가 진핵생물인 복합체.
- 제182항에 있어서, 유기체가 식물 또는 진균인 복합체.
- 제182항에 있어서, 유기체가 척추동물인 복합체.
- 제184항에 있어서, 척추동물이 포유동물인 복합체.
- 제185항에 있어서, 포유동물이 마우스, 래트 또는 인간인 복합체.
- 제179항에 있어서, 유기체가 세포인 복합체.
- 제187항에 있어서, 세포가 마우스 세포, 래트 세포 또는 인간 세포인 복합체.
- 제188항에 있어서, 세포가 HEK-293 세포인 복합체.
- 핵산 분자를 제114항 내지 제173항 중 어느 한 항의 융합 단백질 및 가이드 RNA와 접촉시키는 것을 포함하며, 여기서 가이드 RNA는 15-100개 뉴클레오티드의 길이이고, 표적 서열에 상보적인 적어도 10개의 인접 뉴클레오티드의 서열을 포함하는 것인 방법.
- 핵산 분자를 제174항 내지 제189항 중 어느 한 항의 복합체와 접촉시키는 것을 포함하는 방법.
- 제190항 또는 제191항에 있어서, 핵산이 DNA인 방법.
- 제192항에 있어서, 핵산이 이중-가닥 DNA인 방법.
- 제190항 내지 제193항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 서열이 질환 또는 장애와 연관된 서열을 포함하는 것인 방법.
- 제190항 내지 제194항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 서열이 질환 또는 장애와 연관된 점 돌연변이를 포함하는 것인 방법.
- 제195항에 있어서, 융합 단백질 또는 복합체의 활성이 점 돌연변이의 교정을 유발하는 것인 방법.
- 제190항 내지 제196항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 서열이 질환 또는 장애와 연관된 G에서 A로의 점 돌연변이를 포함하고, 돌연변이체 A 염기의 탈아미노화가 질환 또는 장애와 연관되지 않은 서열을 유발하는 것인 방법.
- 제190항 내지 제196항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 서열이 질환 또는 장애와 연관된 C에서 T로의 점 돌연변이를 포함하고, C에서 T로의 점 돌연변이의 T 염기에 상보적인 A 염기의 탈아미노화가 질환 또는 장애와 연관되지 않은 서열을 유발하는 것인 방법.
- 제197항 또는 제198항에 있어서, 표적 서열이 단백질을 코딩하고, 점 돌연변이가 코돈 중에 있으며 야생형 코돈과 비교하여 돌연변이체 코돈에 의해 코딩되는 아미노산의 변화를 유발하는 것인 방법.
- 제199항에 있어서, 돌연변이체 A의 탈아미노화가 돌연변이체 코돈에 의해 코딩되는 아미노산의 변화를 유발하는 것인 방법.
- 제200항에 있어서, 돌연변이체 A의 탈아미노화가 야생형 아미노산을 코딩하는 코돈을 유발하는 것인 방법.
- 제199항에 있어서, C에서 T로의 점 돌연변이의 T 염기에 상보적인 A 염기의 탈아미노화가 돌연변이체 코돈에 의해 코딩되는 아미노산의 변화를 유발하는 것인 방법.
- 제202항에 있어서, C에서 T로의 점 돌연변이의 T 염기에 상보적인 A 염기의 탈아미노화가 야생형 아미노산을 코딩하는 코돈을 유발하는 것인 방법.
- 제197항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 탈아미노화가 정지 코돈의 제거를 유발하는 것인 방법.
- 제204항에 있어서, 정지 코돈이 핵산 서열 5'-TAG-3', 5'-TAA-3' 또는 5'-TGA-3'를 포함하는 것인 방법.
- 제197항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 탈아미노화가 스플라이스 부위의 도입을 유발하는 것인 방법.
- 제197항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 탈아미노화가 스플라이스 부위의 제거를 유발하는 것인 방법.
- 제197항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 탈아미노화가 유전자 프로모터에서의 돌연변이의 도입을 유발하는 것인 방법.
- 제208항에 있어서, 돌연변이가 유전자 프로모터에 작동가능하게 연결된 유전자의 전사의 증가를 유도하는 것인 방법.
- 제208항에 있어서, 돌연변이가 유전자 프로모터에 작동가능하게 연결된 유전자의 전사의 감소를 유도하는 것인 방법.
- 제197항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 탈아미노화가 유전자 리프레서에서의 돌연변이의 도입을 유발하는 것인 방법.
- 제211항에 있어서, 돌연변이가 유전자 리프레서에 작동가능하게 연결된 유전자의 전사의 증가를 유도하는 것인 방법.
- 제211항에 있어서, 돌연변이가 유전자 리프레서에 작동가능하게 연결된 유전자의 전사의 감소를 유도하는 것인 방법.
- 제190항 내지 제213항 중 어느 한 항에 있어서, 접촉시키는 것이 대상체의 생체내에서 수행되는 것인 방법.
- 제190항 내지 제213항 중 어느 한 항에 있어서, 접촉시키는 것이 시험관내에서 수행되는 것인 방법.
- 제214항에 있어서, 대상체가 질환 또는 장애를 갖는 것으로 진단된 것인 방법.
- 제190항 내지 제216항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 서열이 DNA 서열 5'-NAN-3'를 포함하며, 여기서 N은 A, T, C 또는 G인 방법.
- 제217항에 있어서, 5'-NAN-3' 서열의 중간에 있는 A가 탈아미노화되는 것인 방법.
- 제217항 또는 제218항에 있어서, 5'-NAN-3' 서열의 중간에 있는 A가 G로 변화되는 것인 방법.
- 제217항 내지 제219항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 서열이 AAA, AAT, AAC, AAG, TAA, TAT, TAC, TAG, CAA, CAT, CAC, CAG, GAA, GAT, GAC 및 GAG로 이루어진 군으로부터 선택된 DNA 서열을 포함하는 것인 방법.
- 제190항 내지 제220항 중 어느 한 항에 있어서, 20%, 19%, 18%, 16%, 14%, 12%, 10%, 8%, 6%, 4%, 2%, 1%, 0.5%, 0.2% 또는 0.1% 미만의 삽입결실 형성을 유발하는 방법.
- 제218항 내지 제221항 중 어느 한 항에 있어서, A를 탈아미노화하는 효율이 적어도 5%인 방법.
- 제222항에 있어서, 효율이 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 또는 98%인 방법.
- 제219항 내지 제223항 중 어느 한 항에 있어서, A를 G로 변화시키는 효율이 적어도 5%인 방법.
- 제224항에 있어서, 효율이 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 또는 98%인 방법.
- a. 이중-가닥 DNA 서열의 표적 영역을 핵염기 편집제 및 가이드 핵산을 포함하는 복합체와 접촉시키는 단계이며, 여기서 표적 영역은 표적 핵염기 쌍을 포함하는 것인 단계;
b. 상기 표적 영역의 가닥 분리를 유도하는 단계;
c. 표적 영역의 단일 가닥에서의 상기 표적 핵염기 쌍의 제1 핵염기를 제2 핵염기로 전환시키는 단계; 및
d. 상기 표적 영역의 1개 이하의 가닥을 절단하는 단계
를 포함하는, 이중-가닥 DNA 서열의 핵염기 쌍을 편집하는 방법이며, 여기서 제1 핵염기 염기에 상보적인 제3 핵염기는 제2 핵염기에 상보적인 제4 핵염기에 의해 대체되고, 방법은 이중-가닥 DNA 서열에서의 20% 미만의 삽입결실 형성을 유발하는 것인 방법. - 제226항에 있어서, 20%, 19%, 18%, 16%, 14%, 12%, 10%, 8%, 6%, 4%, 2%, 1%, 0.5%, 0.2% 또는 0.1% 미만의 삽입결실 형성을 유발하는 방법.
- 제226항 또는 제227항에 있어서, 제2 핵염기를 제4 핵염기에 상보적인 제5 핵염기로 대체함으로써, 의도된 편집된 염기 쌍을 생성하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제226항 내지 제228항 중 어느 한 항에 있어서, 의도된 편집된 염기 쌍을 생성하는 효율이 적어도 5%인 방법.
- 제229항에 있어서, 효율이 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 또는 98%인 방법.
- 제228항에 있어서, 표적 뉴클레오티드에서의 의도된 생성물 대 의도되지 않는 생성물의 비가 적어도 2:1, 5:1, 10:1, 20:1, 30:1, 40:1, 50:1, 60:1, 70:1, 80:1, 90:1, 100:1 또는 200:1인 방법.
- 제228항에 있어서, 의도된 점 돌연변이 대 삽입결실 형성의 비가 1:1, 10:1, 50:1, 100:1, 500:1 또는 1000:1 초과인 방법.
- 제226항 내지 제232항 중 어느 한 항에 있어서, 절단된 단일 가닥이 가이드 핵산에 혼성화되는 것인 방법.
- 제226항 내지 제233항 중 어느 한 항에 있어서, 절단된 단일 가닥이 제1 핵염기를 포함하는 가닥에 대향하는 것인 방법.
- 제226항 내지 제234항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제1 염기가 아데닌인 방법.
- 제226항 내지 제235항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 핵염기가 G, C, A 또는 T가 아닌 것인 방법.
- 제226항 내지 제236항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 염기가 이노신인 방법.
- 제226항 내지 제237항 중 어느 한 항에 있어서, 핵염기 편집제가 염기 복구 억제 활성을 포함하는 것인 방법.
- 제226항 내지 제237항 중 어느 한 항에 있어서, 핵염기 편집제가 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제 (dISN)를 포함하는 것인 방법.
- 제226항 내지 제239항 중 어느 한 항에 있어서, 핵염기 편집제가 니카제 활성을 포함하는 것인 방법.
- 제228항 내지 제240항 중 어느 한 항에 있어서, 의도된 편집된 염기쌍이 PAM 부위의 상류에 있는 것인 방법.
- 제241항에 있어서, 의도된 편집된 염기 쌍이 PAM 부위의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 뉴클레오티드 상류에 있는 것인 방법.
- 제242항에 있어서, 의도된 편집된 염기쌍이 PAM 부위의 하류에 있는 것인 방법.
- 제243항에 있어서, 의도된 편집된 염기 쌍이 PAM 부위의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 뉴클레오티드 하류에 있는 것인 방법.
- 제226항 내지 제244항 중 어느 한 항에 있어서, 정규 PAM 부위를 요구하지 않는 방법.
- 제245항에 있어서, 정규 PAM 부위가 NGG를 포함하며, 여기서 N은 A, T, C 또는 G인 방법.
- 제226항 내지 제246항 중 어느 한 항에 있어서, 핵염기 편집제가 링커를 포함하는 것인 방법.
- 제247항에 있어서, 링커가 1-25개 아미노산의 길이인 방법.
- 제247항 또는 제248항에 있어서, 링커가 5-20개 아미노산의 길이인 방법.
- 제247항 내지 제249항 중 어느 한 항에 있어서, 링커가 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 아미노산의 길이인 방법.
- 제226항 내지 제250항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 영역이 표적 윈도우를 포함하며, 여기서 표적 윈도우는 표적 핵염기 쌍을 포함하는 것인 방법.
- 제251항에 있어서, 표적 윈도우가 1-10개의 뉴클레오티드를 포함하는 것인 방법.
- 제251항에 있어서, 표적 윈도우가 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 또는 1개 뉴클레오티드의 길이인 방법.
- 제251항에 있어서, 표적 윈도우가 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 뉴클레오티드의 길이인 방법.
- 제226항 내지 제254항 중 어느 한 항에 있어서, 의도된 편집된 염기 쌍이 표적 윈도우 내에서 발생하는 것인 방법.
- 제226항 내지 제255항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 윈도우가 의도된 편집된 염기 쌍을 포함하는 것인 방법.
- 제226항 내지 제256항 중 어느 한 항에 있어서, 핵염기 편집제가 제114항 내지 제173항 중 어느 한 항의 융합 단백질을 포함하는 것인 방법.
- a. 이중-가닥 DNA 서열의 표적 영역을 핵염기 편집제 및 가이드 핵산을 포함하는 복합체와 접촉시키는 단계이며, 여기서 표적 영역은 표적 핵염기 쌍을 포함하는 것인 단계;
b. 상기 표적 영역의 가닥 분리를 유도하는 단계;
c. 표적 영역의 단일 가닥에서의 상기 표적 핵염기 쌍의 제1 핵염기를 제2 핵염기로 전환시키는 단계;
d. 상기 표적 영역의 1개 이하의 가닥을 절단하는 단계이며, 여기서 제1 핵염기 염기에 상보적인 제3 핵염기는 제2 핵염기에 상보적인 제4 핵염기에 의해 대체되는 것인 단계; 및
e. 제2 핵염기를 제4 핵염기에 상보적인 제5 핵염기로 대체하여, 의도된 편집된 염기쌍을 생성하는 단계
를 포함하며, 여기서 의도된 편집된 염기쌍을 생성하는 효율은 적어도 5%인,
이중-가닥 DNA 서열의 핵염기 쌍을 편집하는 방법. - 제258항에 있어서, 효율이 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45% 또는 50%인 방법.
- 제258항 또는 제259항에 있어서, 19%, 18%, 16%, 14%, 12%, 10%, 8%, 6%, 4%, 2% 또는 1% 미만의 삽입결실 형성을 유발하는 방법.
- 제258항 내지 제260항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 뉴클레오티드에서의 의도된 생성물 대 의도되지 않은 생성물의 비가 적어도 2:1, 5:1, 10:1, 20:1, 30:1, 40:1, 50:1, 60:1, 70:1, 80:1, 90:1, 100:1 또는 200:1인 방법.
- 제258항 내지 제261항 중 어느 한 항에 있어서, 의도된 점 돌연변이 대 삽입결실 형성의 비가 1:1, 10:1, 50:1, 100:1, 500:1 또는 1000:1 초과인 방법.
- 제258항 내지 제262항 중 어느 한 항에 있어서, 절단된 단일 가닥이 가이드 핵산에 혼성화되는 것인 방법.
- 제258항 내지 제263항 중 어느 한 항에 있어서, 절단된 단일 가닥이 제1 핵염기를 포함하는 가닥에 대향하는 것인 방법.
- 제258항 내지 제264항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제1 염기가 아데닌인 방법.
- 제258항 내지 제265항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 핵염기가 G, C, A 또는 T가 아닌 것인 방법.
- 제258항 내지 제266항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 염기가 이노신인 방법.
- 제258항 내지 제267항 중 어느 한 항에 있어서, 핵염기 편집제가 염기 복구 억제 활성을 포함하는 것인 방법.
- 제258항 내지 제267항 중 어느 한 항에 있어서, 핵염기 편집제가 촉매 불활성 이노신-특이적 뉴클레아제 (dISN)를 포함하는 것인 방법.
- 제258항 내지 제269항 중 어느 한 항에 있어서, 핵염기 편집이 니카제 활성을 포함하는 것인 방법.
- 제258항 내지 제270항 중 어느 한 항에 있어서, 의도된 편집된 염기 쌍이 PAM 부위의 상류에 있는 것인 방법.
- 제271항에 있어서, 의도된 편집된 염기 쌍이 PAM 부위의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 뉴클레오티드 상류에 있는 것인 방법.
- 제258항 내지 제270항 중 어느 한 항에 있어서, 의도된 편집된 염기 쌍이 PAM 부위의 하류에 있는 것인 방법.
- 제273항에 있어서, 의도된 편집된 염기 쌍이 PAM 부위의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 뉴클레오티드 하류에 있는 것인 방법.
- 제258항 내지 제274항 중 어느 한 항에 있어서, 정규 PAM 부위를 요구하지 않는 방법.
- 제275항에 있어서, 정규 PAM 부위가 NGG를 포함하며, 여기서 N은 A, T, C 또는 G인 방법.
- 제258항 내지 제276항 중 어느 한 항에 있어서, 핵염기 편집제가 링커를 포함하는 것인 방법.
- 제277항에 있어서, 링커가 1-25개 아미노산의 길이인 방법.
- 제277항 또는 제278항에 있어서, 링커가 5-20개 아미노산의 길이인 방법.
- 제277항 내지 제279항 중 어느 한 항에 있어서, 링커가 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 아미노산의 길이인 방법.
- 제277항 내지 제280항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 영역이 표적 윈도우를 포함하며, 여기서 표적 윈도우는 표적 핵염기 쌍을 포함하는 것인 방법.
- 제281항에 있어서, 표적 윈도우가 1-10개의 뉴클레오티드를 포함하는 것인 방법.
- 제281항에 있어서, 표적 윈도우가 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 또는 1개 뉴클레오티드의 길이인 방법.
- 제281항에 있어서, 표적 윈도우가 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 뉴클레오티드의 길이인 방법.
- 제281항 내지 제284항 중 어느 한 항에 있어서, 의도된 편집된 염기 쌍이 표적 윈도우 내에서 발생하는 것인 방법.
- 제281항 내지 제285항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 윈도우가 의도된 편집된 염기 쌍을 포함하는 것인 방법.
- 제281항 내지 제286항 중 어느 한 항에 있어서, 핵염기 편집제가 제114항 내지 제173항 중 어느 한 항의 융합 단백질을 포함하는 것인 방법.
- 염기 절제 복구의 억제제에 커플링된 핵산-가이드 아데노신 데아미나제.
- 제288항에 있어서, 미스매치 복구의 개시제를 포함하는 핵산-가이드 아데노신 데아미나제.
- 제288항 또는 제289항에 있어서, 니카제를 포함하는 핵산-가이드 아데노신 데아미나제.
- (a) 제1항 내지 제113항 중 어느 한 항의 아데노신 데아미나제를 코딩하는 핵산 서열; 및
(b) (a)의 서열의 발현을 유도하는 이종 프로모터
를 포함하는 핵산 구축물을 포함하는 키트. - (a) 제114항 내지 제173항 중 어느 한 항의 융합 단백질을 코딩하는 핵산 서열; 및
(b) (a)의 서열의 발현을 유도하는 이종 프로모터
를 포함하는 핵산 구축물을 포함하는 키트. - 제292항에 있어서, 가이드 RNA 백본을 코딩하는 발현 구축물을 추가로 포함하며, 여기서 구축물은 표적 서열과 동일하거나 그에 상보적인 핵산 서열의 가이드 RNA 백본 내로의 클로닝을 허용하도록 위치된 클로닝 부위를 포함하는 것인 키트.
- 제1항 내지 제113항 중 어느 한 항의 아데노신 데아미나제 또는 제114항 내지 제173항 중 어느 한 항의 융합 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드.
- 제229항의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터.
- 제295항에 있어서, 폴리뉴클레오티드의 발현을 유도하는 이종 프로모터를 포함하는 벡터.
- 제1항 내지 제113항 중 어느 한 항의 아데노신 데아미나제 또는 제114항 내지 제173항 중 어느 한 항의 융합 단백질을 포함하는 세포.
- 제174항 내지 제189항 중 어느 한 항의 복합체를 포함하는 세포.
- 제1항 내지 제113항 중 어느 한 항의 아데노신 데아미나제 또는 제114항 내지 제173항 중 어느 한 항의 융합 단백질을 코딩하는 핵산 분자를 포함하는 세포.
- 제1항 내지 제113항 중 어느 한 항의 아데노신 데아미나제를 포함하는 제약 조성물.
- 제114항 내지 제173항 중 어느 한 항의 융합 단백질을 포함하는 제약 조성물.
- 제174항 내지 제189항 중 어느 한 항의 복합체를 포함하는 제약 조성물.
- 제300항 내지 제302항 중 어느 한 항에 있어서, 제약상 허용되는 부형제를 추가로 포함하는 제약 조성물.
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