CN105886498A - CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA - Google Patents

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本发明涉及基因工程技术领域,特别涉及CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,通过云端高通量计算设计、合成了一组利用CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因中特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,并分别将该sgRNA与线性的pCG-U6-SgRNA质粒连接成载体,将一对正向和方向sgRNA寡核苷酸载体与pCG-NLS-FLAG-Cas9质粒一起成功转染细胞即可实现PCSK9基因的敲除,sgRNA只需要小量合成多核苷酸片断,就能大批量生产的优点,该制备方法简单易行、sgRNA靶向性好,CRISPR-Cas9系统的敲除效率高。

Description

CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA
技术领域
本发明涉及基因工程技术领域,特别涉及CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA。
背景技术
规律成族间隔短回文重复系统(clustered regularly interspaced shortpalindromic repeat;CRISPR-associated,CRISPR-Cas9)是一种具有核酸内切酶活性的复合体,识别特定的DNA序列,进行特定位点切割造成双链DNA断裂(Double-strandbreaks,DSB),在没有模板的条件下,发生非同源重组末端连接(Non-homologous endjoining,NHEJ),造成移码突变(frameshift mutation),导致基因敲除(如图1)。
这一技术由于能快速、简便、高效地靶向基因组任何基因,从而引起了广泛的关注,在2012年开始流行开来。由于其容易操作、可以同时靶向多个基因,可以高通量制备、造价低等优势,Cas9已经成为一种发展最快的技术。正是由于其优越性,这一技术在Nature推荐的2013十大进展中位列第一,在Science推荐的2013十大进展中位列第二位。近年来,全世界的科学家已经利用此技术在小鼠、大鼠及猕猴上开展了高效的基因编辑工作。
Cas9靶向切割DNA是通过两种小RNA-crRNA(CRISPR RNA)和tracrRNA(trans-activating crRNA)和靶序列互补识别的原理实现的。现在已经把两 种小RNA融合成一条RNA链,简称sgRNA(single guide RNA)。因此,sgRNA能否做到特异性、精确靶向目标基因是CRISPR-Cas9能否特异性敲除目标基因的先决条件,无论是脱靶还是错误靶向,都会影响CRISPR-Cas9对目标基因的特异性敲除。因此,能够设计、制备出精确性和特异性靶向目标基因的sgRNA成为CRISPR-Cas9基因敲除的关键技术(如图1)。
前蛋白转化酶枯草杆菌蛋白酶9型(proprotein convertase subtilisin/kexin type 9,PCSK9)是降脂的一个新的靶点。PCSK9为分泌型丝氨酸蛋白酶,可与低密度脂蛋白胆固醇受体(low-density lipoprotein receptor,LDL-R)结合并将其内化引导至溶酶体降解,抑制其再循环到肝细胞表面,从而减弱肝脏代谢血浆低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)的能力。PCSK9的无义突变可以降低血浆低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)。
PCSK9的单克隆抗体在临床阶段备受关注,如美国安进公司研发的PCSK9单克隆抗体AMG145即可以显著降低正常人及高胆固醇血症患者的LDL-C水平。但是,利用PCSK9抗体的治疗高血脂也具有一定的局限性。因为利用抗体进行靶基因的治疗还受到一些因素的限制:(1)抗体的作用只是暂时阻断的作用;(2)需要定期进行注射,如每两周到四周需要注射一次,增加了患者的负担;(3)不容易研发出有效的抗体;(4)只针对细胞外靶点;(5)抗体药物昂贵等。
CRISPR-Cas9快速、简便、高效、特异性靶向敲除基因,通过靶向敲除PCSK9基因,为实现肿瘤免疫治疗提供了一种可行的策略。但是,能否设计、制备出精确性和特异性靶向PCSK9基因的sgRNA成为CRISPR-Cas9特异性敲除PCSK9基因的关键技术。本发明的目的就是要解决这一关键技术问题,提供相应的技术方案,达到特异性敲除PCSK9基因的目的。
发明内容
本发明的目的在于针对现有技术的缺陷和不足,提供一种结构简单,设计合理、使用方便的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,它通过云端高通量计算设计、合成了一组利用CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因中特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,并分别将该sgRNA与线性的pCG-U6-SgRNA质粒连接成载体,将一对正向和方向sgRNA寡核苷酸载体与pCG-NLS-FLAG-Cas9质粒一起成功转染细胞即可实现PCSK9基因的敲除,有效地解决了利用抗体治疗存在的问题:直接敲除PCSK9基因,可以实现永久的效果;提供了高效的SgRNA;sgRNA只需要小量合成多核苷酸片断,就能大批量生产的优点。
为实现上述目的,本发明采用的技术方案是:
本发明所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,它采用如下的技术方案:
一、sgRNA寡核苷酸的高通量设计和选择
1.靶向PCSK9基因的sgRNA的设计:
文中的设计均采用著作权软件《云端CRISPR-Cas9二核酸内切酶靶点优化设计系统V1.0》高通量设计。基本原理如下:
(1)在PCSK9基因上选择5,-GGN(19)GG的序列,如果没有5,-GGN(19)GG的序列,5’-GN(20)GG或者5’-N(21)GG也可以。
(2)sgRNA在PCSK9基因上的靶向位点位于基因的外显子。
(3)sgRNA在PCSK9基因上的靶向位点位于不同的各种剪切形式的共有外显子上。
(4)在NCBI数据库中用BLAST,对sgRNA的靶序列进行计算打分,选取并保留高分的sgRNA,确保sgRNA对PCSK9的特异性。
2.靶向PCSK9基因的sgRNA的选择:
(1)不能离ATG起始子太近,防止转录会后下游另一个ATG开始而出现一个被截短的基因形式,不能保证基因完全失活;
(2)sgRNA在PCSK9基因上的靶向位点位于整个基因的前半段,优先选择基因的第一或者第二外显子;
(3)选择相隔一定距离(5~30bp)成对的位点。这样既有利于形成特异性的片段缺失,也有利于降低脱靶效应;
二、构建sgRNA的寡聚核苷酸双链
根据选择的sgRNA,在其5’加上CCGG得到正向寡核苷酸(Forward oligo)(如果序列本身在5’端已经有1或者2个G,那么就对应的省略1或者2个G);根据选择的sgRNA,获得其对应DNA的互补链,并且在其5’加上AAAC得到反向寡核苷酸(Reverse oligo)。分别合成上述正向寡核苷酸和反向寡核苷酸,将合成的sgRNA寡聚核苷酸的forward oligo和reverse oligo成对变性、退火,退火之后形成可以连入U6真核表达载体的双链,如下:
Forward oligo:5’-CACCNNNNNNNNNNNNNNNNNN
IIIIIIIIIIIIIIIIII
Reverse oligo:NNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAA-5’
三、sgRNA寡聚核苷酸质粒的构建
1.线性化pCG-U6-sgRNA质粒(结构如图4所示)。
2.将退火的sgRNA寡聚核苷酸双链与线性化pCG-U6-SgRNA质粒连接获得pCG-U6-hPCSK9sg质粒。
3.转化并涂氨苄平板(50μg/ml)。
4.用通用引物U6测序的方法鉴定阳性克隆。
5.37℃摇床摇菌过夜并用Qiagen Plasmid Miniprep Kit抽提pCG-U6-hPCSK9sg质粒。
四、转染细胞获得PCSK9基因敲除细胞
1、按照LipofectamineTM2000Transfection Reagent(Invitrogen,11668-019)的操作手册,将分别带有对应sgRNA寡聚核苷酸的pCG-U6-sgRNA质粒(一种或者多种)与序列为SEQ ID NO.457的pCG-NLS-Cas9质粒混匀,共转染细胞。
2、用T7EN1酶切检测和TA克隆测序确认PCSK9基因已经被敲除。
更进一步的,同时利用一对相邻(在PCSK9基因上的靶向起始位点相距5bp-10bp)的sgRNA可以显著提高敲除效率。在靶向PCSK9的sgRNA寡核苷酸设计、选择和合成之后,将靶向PCSK9的sgRNA寡聚核苷酸与线性化pCG-U6-sgRNA质粒连接获得含靶向PCSK9的sgRNA寡聚核苷酸的载体pCG-U6-hPCSK9sg,在转染细胞获得PCSK9基因敲除细胞过程中,如下操作:
1、按照LipofectamineTM 2000Transfection Reagent操作手册,将两个分别含1个靶向PCSK9的sgRNA寡聚核苷酸的载体pCG-U6-sgRNA(这两个载体分别带有的靶向PCSK9的sgRNA寡聚核苷酸在PCSK9基因上的互补起始位点相距5bp-8bp)与序列为SEQ ID NO.457的pCG-NLS-FLAG-Cas9质粒混匀,共转染细胞。
2、用T7EN1酶切检测和TA克隆测序确认PCSK9基因已经被敲除。本发明还提供了特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,其序列如SEQ ID NO..46-54所示。
相比于现有利用PCSK9抗体进行降血脂的方法,本发明的优点在于:
(1)抗体的作用只是暂时封闭的作用,本发明直接敲除PCSK9基因,可以实现永久的效果;
(2)抑制性受体有多种,如何利用多种抗体封闭多种抑制性受体还没有对策,本发明既可以针对PCSK9的多个编码序列进行敲除;
(3)有效的PCSK9抗体研发很困难,本发明提供了针对人PCSK9基因的一组高效的sgRNA;
(4)抗体作用只能针对细胞外靶点,本发明既可以针对胞外,也能针对胞内靶点;
(5)开发抗体药物是一项费时、费力、费钱的过程,使得抗体药物昂贵等,利用sgRNA只需要小量合成多核苷酸片断,就能大批量生产
采用上述结构后,本发明有益效果为:本发明所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,它针对现有利用PCSK9抗体进行降血脂的问题:(1)抗体的作用只是暂时阻断的作用;(2)需要定期进行注射,如每两周到四周需要注射一次,增加了患者的负担;(3)不容易研发出有效的抗体;(4)只针对细胞外靶点;(5)抗体药物昂贵等等问题,本发明通过云端高通量计算设计、合成了一组利用CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因中特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,并分别将该sgRNA与线性的pCG-U6-SgRNA质粒连接成载体,将一对正向和方向sgRNA寡核苷酸载体与pCG-NLS-FLAG-Cas9质粒一起成功转染细胞即可实现PCSK9基因的敲除,有效地解决了利用抗体治疗存在的问题:直接敲除PCSK9基因,可以实现永久的效果;提供了高效的SgRNA,sgRNA只需要小量合成多核苷酸片断,就能大批量生产的优点。
附图说明
图1是Cas9实现定点切割导致DNA双链断裂过程示意图;
图2是T7EN1酶切鉴定sgRNA/Cas9介导的基因人PCSK9特异性切割;
图3是载体pCG-U6-sgRNA的结构;
图4是载体pCG-NLS-FLAG-Cas9的结构。
具体实施方式
下面结合附图对本发明作进一步的说明。
针对上述附图说明的图1和图2,进一步说明如下:
图1是Cas9实现定点切割导致DNA双链断裂过程示意图,CRISPR/Cas9系统定向识别和剪切从而导致基因敲除是通过sgRNA和Cas9实现的。sgRNA决定了Cas9的靶向性。
图2是T7EN1酶切鉴定sgRNA/Cas9介导的基因人PCSK9特异性切割,以提取的HEK293T细胞基因组为模板,使用序列如SEQ ID NO.464和SEQ ID NO..465的hPCSK9test For和hPCSK9test Rev为引物进行PCR扩增,PCR产物为390bp,纯化PCR产物。将上述PCR产物取200ng退火,使用T7EN1酶切鉴定,电泳。如图2所示,加入针对人PCSK9的sgRNA的样品都出现了切割条带,而且具有很高的效率。
本发明所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,实施例1CRISPR_Cas9特异性敲除人PCSK9基因中用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA的设计和合成
1.靶向人PCSK9基因的sgRNA的设计:
(1)在PCSK9基因上选择5,-GGN(19)GG的序列,如果没有5,-GGN(19)GG 的序列,5’-GN(20)GG或者5’-N(21)GG也可以。
(2)sgRNA在PCSK9基因上的靶向位点位于基因的外显子,这样更容易引起片段的缺失或移框突变,从而达到基因完全失活的目的。
(3)sgRNA在PCSK9基因上的靶向位点位于不同的各种剪切形式的共有外显子上。
(4)在NCBI数据库中用BLAST,确定sgRNA的靶序列是否唯一,减少潜在的脱靶位点。
根据以上方法,我们一共设计了457个靶向人PCSK9基因的sgRNA,序列分别如序列表SEQ ID NO..1-457所示。
2.靶向人PCSK9基因的sgRNA的选择:
(1)靶向PCSK9基因的sgRNA的靶序列在PCSK9基因上不能离ATG起始子太近,防止转录会后下游另一个ATG开始而出现一个截短的基因形式,不能保证基因完全失活。
(2)sgRNA在PCSK9基因上的靶向位点位于整个基因的前半段,尤其宜在基因的功能结构域中,常常位于第二外显子中。
(3)在PCSK9基因上选择相隔一定距离(5~30bp)成对的位点。这样有利于形成特异性的片段缺失,也有利于降低脱靶效应。
根据以上方法,在457个靶向人PCSK9基因的包含PAM序列的sgRNA(序列分别如序列表SEQ ID NO..46-80所示)中符合的序列有35个我们从中选择了6个(分别如序列表SEQ ID NO..46,49,51,52,54或70所示)进行后续实验。
3.靶向人PCSK9基因的sgRNA寡聚核苷酸的合成和构建
根据选择的6个(SEQ ID NO..46,49,51,52,54或70所示),在其5’ 加上CACC得到正向寡核苷酸(Forward oligo)(如果序列本身在5’端已经有1或者2个G,那么就对应的省略1或者2个G);根据选择的sgRNA,获得其互补链,并且在其5’加上AAAC得到反向寡核苷酸(Reverse oligo)。分别合成上述正向寡核苷酸和反向寡核苷酸,将合成的sgRNA寡聚核苷酸的forward oligo和reverse oligo成对变性、退火,退火之后形成可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸,模式如下:
Forward oligo:5’-CACCNNNNNNNNNNNNNNNNNN
I I I I I I I I I I I I I I I I I
Reverse oligo:NNNNNNNNNNNNNNNNNN CAAA-5’
变性、退火体系为:
2.5μL forward Oligo(100μM)
2.5μL reverse Oligo(100μM)
1μL NEB buffer2
4μl灭菌水
在PCR仪中按照以下touch down程序运行:95℃,5min;95-85℃at 2℃/s;85-25℃at-0.1℃/s;hold at4℃。
选择的第1个sgRNA(如序列表SEQ ID NO..46所示),其forward oligo和reverseoligo(Forward oligo和Reverse oligo序列分别如序列表SEQ ID NO..466和467所示意)成对变性、退火之后获得可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸。
选择的第2个sgRNA(如序列表SEQ ID NO..49所示),其forward oligo和reverseoligo(Forward oligo和Reverse oligo序列分别如序列表SEQ ID NO..468和469所示)成对变性、退火之后获得可以连入U6真核表达载体的双 链sgRNA寡聚核苷酸。
选择的第3个sgRNA(如序列表SEQ ID NO..51所示),其forward oligo和reverseoligo(Forward oligo和Reverse oligo序列分别如序列表SEQ ID NO..470和471所示)成对变性、退火之后获得可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸。
选择的第4个sgRNA(如序列表SEQ ID NO..52所示),其forward oligo和reverseoligo(Forward oligo和Reverse oligo序列分另如序列表SEQ ID NO..472和473所示)成对变性、退火之后获得可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸。
选择的第5个sgRNA(如序列表SEQ ID NO..54所示),其forward oligo和reverseoligo(Forward oligo和Reverse oligo序列分另如序列表SEQ ID NO..474和475所示)成对变性、退火之后获得可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸。
选择的第6个sgRNA(如序列表SEQ ID NO..70所示),其forward oligo和reverseoligo(Forward oligo和Reverse oligo序列分别如序列表SEQ ID NO..476和477所示)成对变性、退火之后获得可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸。
实施例2利用CRISPR_Cas9特异性敲除人PCSK9基因(用于靶向PCSK9基因的sgRNA如序列表SEQ ID NO..46,49,51,52,54或70所示,以46为例)
1、线性化序列如序列表SEQ ID NO..458所示的pCG-U6-sgRNA质粒。
酶切体系和条件如下:
2μg pCG-U6-sgRNA(400ng/μL);
1μL CutSmart Buffer;
1μL BfuAI(NEB,R0701L);
补水至50μL,37℃孵育3~4小时,每隔一段时间振荡一下并离心以防液滴蒸发
至管盖上。
酶切完成后用AxyPr印PCR Clean up Kit(AP-PCR-250)纯化回收至20~40μL灭菌水中。
2、将变性、退火之后获得的可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸(其Forward oligo和Reverse oligo序列分别如序列表SEQ ID NO..466和467所示)与线性化的pCG-U6-sgRNA质粒相连获得pCG-U6-hPCSK9sgl质粒。
连接体系如下:
3μL,50μM退火产物(双链sgRNA寡聚核苷酸,其forward oligo如序列表SEQ ID NO..466所示,其reverse oligo如序列表SEQ ID NO..467所示)
1μL线性化的pCG-U6-sgRNA质粒(25ng/μL)
1μL T4 ligation Buffer
0.5μl T4 ligase(NEB,M0202S)
4.5μl灭菌水
16℃孵育1小时。
4、将上述步骤获得的连接产物转化DH5a感受态细胞并涂氨苄平板(50μg/ml),并挑取克隆。
5、用如序列表SEQ ID NO..463所示的通用引物U6,用常规测序的方法鉴定获得阳性克隆。
6、37℃摇床摇菌过夜培养阳性克隆,用Qiagene质粒抽提试剂盒抽提质粒,获得pCG-U6-PCSK9sgl质粒(如序列表SEQ ID NO..478所示)。
7、细胞培养与转染
(1)293T细胞接种培养于DMEM培养基中,其中含10%FBS,penicillin(100U/ml)和streptomycin(100μg/ml)。
(2)在转染前分至6孔板中,待70%~80%密度时进行转染。(3)按照LipofectamineTM 2000Transfection Reagent(Invitrogen,11668-019)的操作手册,将0.5μg pCG-U6-hPCSK9sgl(如序列表SEQ ID NO..14所示)与1.5μg的pCG-NLS-FLAG-Cas9质粒(如序列表SEQ ID NO.457所示)混匀,共转染至每孔细胞中,6~8小时后换液,并加入G418(Sigma,A1720)进行药筛,48小时后收取细胞。
8、T7EN1酶切检测
(1)将收集的细胞在裂解液(10μM Tris-HCl,0.4M NaCl,2μM EDTA,1%SDS)中用100μg/ml蛋白酶K裂解消化后,酚-氯仿抽提后溶解到50μL去离子水中。
(2)使用序列如SEQ ID NO..464和SEQ ID NO..465的引物hPCSK9test For和hPCSK9test Rev进行PCR扩增,用AxyPr印PCR cleanup纯化获得PCR回收产物,取200ng统一稀释到20μL进行变性、退火,程序如:95℃,5min;95-85℃at 2℃/s;85-25℃at-0.1℃/s;hold at4℃。
(3)在20μL体系中加入T7E N1 0.3μL,37℃酶切30分钟后,加入2μL 10X Loading Buffer,用2.5%的琼脂糖胶电泳检测。如图2所示,靶向序列为46,51,52,54时敲除成功。
以上所述仅是本发明的较佳实施方式,故凡依本发明专利申请范围所述的构造、特征及原理所做的等效变化或修饰,均包括于本发明专利申请范围内。

Claims (9)

1.CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,其特征在于:
(1)所述SgRNA在PCSK9基因上的靶序列符合5’-GGN(19)GG、5’-GN(20)GG或者5’-N(21)GG的序列排列规则;
(2)所述SgRNA在PCSK9基因上的靶序列位于基因的外显子;
(3)所述SgRNA在PCSK9基因上的靶序列位于不同的各种剪切形式的共有外显子上;
(4)所述SgRNA在PCSK9基因上的靶序列是唯一的。
2.根据权利要求1所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,其特征在于:其对应的DNA序列如序列表SEQ ID NO..1-456任意一条序列所示。
3.根据权利要求1所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,其特征在于:其对应的DNA序列如序列表SEQ ID NO..46-80任意一条序列所示。
4.根据权利要求1所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,其特征在于:其对应的DNA序列如序列表SEQ ID NO.46、51、52或者54任意一条序列所示。
5.根据权利要求1所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法,其特征在于:
(1)权利要求1-4任意一项所述的sgRNA,在其对应DNA序列的5’加上CACC,合成得到正向寡核苷酸即Forward oligo;权利要求1-4任意一项所述的sgRNA,获得其对应DNA序列的互补链,并且在互补链的5’加上AAAC合成得到反向寡核苷酸即Reverse oligo;将合成的一对互补的sgRNA寡聚核苷酸的forward oligo和reverse oligo成对变性、退火,退火之后形成可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸;
(2)线性化序列如序列表SEQ ID No.458所示的pCG-U6-BfuAI-sgRNA质粒;将退火的双链sgRNA寡聚核苷酸与用BfuAI线性化pCG-U6-BfuAI-sgRNA质粒连接获得pCG-U6-hPCSK9sg质粒;pCG-U6-hPCSK9sg质粒转化stab13感受态细菌并涂氨苄平板,挑选阳性克隆并用序列如序列表SEQID NO..XX所示的通用引物U6测序的方法鉴定出阳性克隆;37℃摇床摇阳性克隆菌过夜并用康为试剂Plasmid Miniprep Kit抽提pCG-U6-hPCSK9sg质粒;
(3)用脂质体lipofectamine 2000混合pCG-U6-hPCSK9sg质粒和序列为SEQ ID NO..457的pCG-NLS-FLAG-Cas9质粒,共转染细胞;
(4)用T7EN1酶切检测和TA克隆测序确认PCSK9基因已经被敲除并获得基因敲除的细胞。
6.根据权利要求5所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法,其特征在于:步骤(3)所述的脂质体为LipofectamineTM2000 TransfectionReagent。
7.根据权利要求5所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法,其特征在于:
步骤(1)所述的sgRNA其对应的DNA序列为序列表SEQ ID NO.46、51、52或者54任意一条序列所示,分别对应的步骤(2)和(3)所述的pCG-U6-hPCSK9sg质粒的序列为序列表SEQ ID NO..459-462,即sgRNA序列为SEQ IDNO..46对应的pCG-U6-hPCSK9sg质粒为SEQ ID NO..459,sgRNA序列为SEQ IDNO...51对应的pCG-U6-hPCSK9sg质粒为SEQ ID NO..460,sgRNA序列为SEQ ID NO..52对应的pCG-U6-hPCSK9sg质粒为SEQ ID NO..461,sgRNA序列为SEQ ID NO..54对应的pCG-U6-hPCSK9sg质粒为SEQ ID NO..462。
8.根据权利要求7所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法中用到的pCG-U6-hPCSK9sg质粒,其特征为序列如序列表SEQ ID NO..459-462任意一条所述。
9.根据权利要求7所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,其特征在于:
(1)权利要求1-4任意一项所述的sgRNA,在其对应的DNA链5’加上CACC合成得到正向寡核苷酸即Forward oligo;权利要求1-4任意一项所述的sgRNA,获得其对应DNA的互补链,并且在互补链的5’加上AAAC合成得到反向寡核苷酸即Reverse oligo;将合成的I对互补的sgRNA寡聚核苷酸的forward oligo和reverse oligo成对变性、退火,退火之后形成可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸;
(2)线性化序列如序列表SEQ ID NO..458所示的pCG-U6-sgRNA质粒;将退火的双链sgRNA寡聚核苷酸与线性化pCG-U6-sgRNA质粒连接获得pCG-U6-hPCSK9sg质粒;pCG-U6-hPCSK9sg质粒转化感受态细菌并涂氨苄平板,挑选阳性克隆并用序列如序列表SEQID NO.463所示的通用引物U6测序的方法鉴定出阳性克隆;37℃摇床摇阳性克隆菌过夜并用康为试剂PlasmidMiniprep Kit抽提质粒;
(3)用LipofectamineTM2000 Transfection Reagent装载两种或者两种以上不同的pCG-U6-hPCSK9sg质粒和序列为SEQ ID NO.457的pCG-NLS-Cas9质粒,共转染细胞;
(4)用T7EN1酶切检测确认PCSK9基因已经被敲除并获得基因敲除的细胞。
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Cited By (34)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9840699B2 (en) 2013-12-12 2017-12-12 President And Fellows Of Harvard College Methods for nucleic acid editing
CN107893076A (zh) * 2017-11-23 2018-04-10 和元生物技术(上海)股份有限公司 CRISPR‑Cas9靶向敲除人乳腺癌细胞RASSF2基因及其特异性的sgRNA
CN107893075A (zh) * 2017-11-17 2018-04-10 和元生物技术(上海)股份有限公司 CRISPR‑Cas9靶向敲除人肠癌细胞RITA基因及其特异性的sgRNA
CN108148835A (zh) * 2017-12-07 2018-06-12 和元生物技术(上海)股份有限公司 CRISPR-Cas9靶向敲除SLC30A1基因及其特异性的sgRNA
US9999671B2 (en) 2013-09-06 2018-06-19 President And Fellows Of Harvard College Delivery of negatively charged proteins using cationic lipids
CN108342387A (zh) * 2017-01-24 2018-07-31 谭旭 Pcsk9抑制剂类降血脂药的递送系统和生物制剂
CN108410877A (zh) * 2018-03-27 2018-08-17 和元生物技术(上海)股份有限公司 CRISPR-Cas9靶向敲除人细胞SANIL1基因及其特异性的sgRNA
WO2018154380A1 (en) * 2017-02-22 2018-08-30 Crispr Therapeutics Ag Compositions and methods for treatment of proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 (pcsk9)-related disorders
US10077453B2 (en) 2014-07-30 2018-09-18 President And Fellows Of Harvard College CAS9 proteins including ligand-dependent inteins
US10113163B2 (en) 2016-08-03 2018-10-30 President And Fellows Of Harvard College Adenosine nucleobase editors and uses thereof
US10167457B2 (en) 2015-10-23 2019-01-01 President And Fellows Of Harvard College Nucleobase editors and uses thereof
US10323236B2 (en) 2011-07-22 2019-06-18 President And Fellows Of Harvard College Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity
US10508298B2 (en) 2013-08-09 2019-12-17 President And Fellows Of Harvard College Methods for identifying a target site of a CAS9 nuclease
WO2019237400A1 (zh) * 2018-06-16 2019-12-19 深圳市博奥康生物科技有限公司 CRISPR-Cas9特异性敲除人PSSALRE基因的方法及其特异的sgRNA
WO2020000461A1 (zh) * 2018-06-29 2020-01-02 深圳市博奥康生物科技有限公司 CRISPR/Cas9 靶向敲除人 NARC1 基因的方法及其特异性 gRNA
WO2020037882A1 (zh) * 2018-08-21 2020-02-27 杭州观梓健康科技有限公司 一种具有同时降低甘油三酯和胆固醇作用的干细胞及其制备方法和用途
US10597679B2 (en) 2013-09-06 2020-03-24 President And Fellows Of Harvard College Switchable Cas9 nucleases and uses thereof
WO2020156575A1 (en) * 2019-02-02 2020-08-06 Shanghaitech University Inhibition of unintended mutations in gene editing
US10745677B2 (en) 2016-12-23 2020-08-18 President And Fellows Of Harvard College Editing of CCR5 receptor gene to protect against HIV infection
US10858639B2 (en) 2013-09-06 2020-12-08 President And Fellows Of Harvard College CAS9 variants and uses thereof
US11046948B2 (en) 2013-08-22 2021-06-29 President And Fellows Of Harvard College Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof
US11268082B2 (en) 2017-03-23 2022-03-08 President And Fellows Of Harvard College Nucleobase editors comprising nucleic acid programmable DNA binding proteins
US11306324B2 (en) 2016-10-14 2022-04-19 President And Fellows Of Harvard College AAV delivery of nucleobase editors
US11319532B2 (en) 2017-08-30 2022-05-03 President And Fellows Of Harvard College High efficiency base editors comprising Gam
US11447770B1 (en) 2019-03-19 2022-09-20 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for prime editing nucleotide sequences
US11542496B2 (en) 2017-03-10 2023-01-03 President And Fellows Of Harvard College Cytosine to guanine base editor
US11542509B2 (en) 2016-08-24 2023-01-03 President And Fellows Of Harvard College Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing
US11560566B2 (en) 2017-05-12 2023-01-24 President And Fellows Of Harvard College Aptazyme-embedded guide RNAs for use with CRISPR-Cas9 in genome editing and transcriptional activation
US11661590B2 (en) 2016-08-09 2023-05-30 President And Fellows Of Harvard College Programmable CAS9-recombinase fusion proteins and uses thereof
US11732274B2 (en) 2017-07-28 2023-08-22 President And Fellows Of Harvard College Methods and compositions for evolving base editors using phage-assisted continuous evolution (PACE)
US11795443B2 (en) 2017-10-16 2023-10-24 The Broad Institute, Inc. Uses of adenosine base editors
US11898179B2 (en) 2017-03-09 2024-02-13 President And Fellows Of Harvard College Suppression of pain by gene editing
US11912985B2 (en) 2020-05-08 2024-02-27 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for simultaneous editing of both strands of a target double-stranded nucleotide sequence
US11999947B2 (en) 2023-02-24 2024-06-04 President And Fellows Of Harvard College Adenosine nucleobase editors and uses thereof

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103820454A (zh) * 2014-03-04 2014-05-28 黄行许 CRISPR-Cas9特异性敲除人PD1基因的方法以及用于特异性靶向PD1基因的sgRNA
CN103820441A (zh) * 2014-03-04 2014-05-28 黄行许 CRISPR-Cas9特异性敲除人CTLA4基因的方法以及用于特异性靶向CTLA4基因的sgRNA

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103820454A (zh) * 2014-03-04 2014-05-28 黄行许 CRISPR-Cas9特异性敲除人PD1基因的方法以及用于特异性靶向PD1基因的sgRNA
CN103820441A (zh) * 2014-03-04 2014-05-28 黄行许 CRISPR-Cas9特异性敲除人CTLA4基因的方法以及用于特异性靶向CTLA4基因的sgRNA

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BARRANGOU等: "Unraveling the potential of CRISPR-Cas9 for gene therapy", 《EXPERT OPINION ON BIOLOGICAL THERAPY》 *
DING等: "Permanent Alteration of PCSK9 With In Vivo CRISPR-Cas9 Genome Editing", 《CIRCULATION RESEARCH》 *

Cited By (55)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10323236B2 (en) 2011-07-22 2019-06-18 President And Fellows Of Harvard College Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity
US11920181B2 (en) 2013-08-09 2024-03-05 President And Fellows Of Harvard College Nuclease profiling system
US10954548B2 (en) 2013-08-09 2021-03-23 President And Fellows Of Harvard College Nuclease profiling system
US10508298B2 (en) 2013-08-09 2019-12-17 President And Fellows Of Harvard College Methods for identifying a target site of a CAS9 nuclease
US11046948B2 (en) 2013-08-22 2021-06-29 President And Fellows Of Harvard College Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof
US11299755B2 (en) 2013-09-06 2022-04-12 President And Fellows Of Harvard College Switchable CAS9 nucleases and uses thereof
US9999671B2 (en) 2013-09-06 2018-06-19 President And Fellows Of Harvard College Delivery of negatively charged proteins using cationic lipids
US10912833B2 (en) 2013-09-06 2021-02-09 President And Fellows Of Harvard College Delivery of negatively charged proteins using cationic lipids
US10858639B2 (en) 2013-09-06 2020-12-08 President And Fellows Of Harvard College CAS9 variants and uses thereof
US10682410B2 (en) 2013-09-06 2020-06-16 President And Fellows Of Harvard College Delivery system for functional nucleases
US10597679B2 (en) 2013-09-06 2020-03-24 President And Fellows Of Harvard College Switchable Cas9 nucleases and uses thereof
US10465176B2 (en) 2013-12-12 2019-11-05 President And Fellows Of Harvard College Cas variants for gene editing
US9840699B2 (en) 2013-12-12 2017-12-12 President And Fellows Of Harvard College Methods for nucleic acid editing
US11124782B2 (en) 2013-12-12 2021-09-21 President And Fellows Of Harvard College Cas variants for gene editing
US11053481B2 (en) 2013-12-12 2021-07-06 President And Fellows Of Harvard College Fusions of Cas9 domains and nucleic acid-editing domains
US11578343B2 (en) 2014-07-30 2023-02-14 President And Fellows Of Harvard College CAS9 proteins including ligand-dependent inteins
US10077453B2 (en) 2014-07-30 2018-09-18 President And Fellows Of Harvard College CAS9 proteins including ligand-dependent inteins
US10704062B2 (en) 2014-07-30 2020-07-07 President And Fellows Of Harvard College CAS9 proteins including ligand-dependent inteins
US10167457B2 (en) 2015-10-23 2019-01-01 President And Fellows Of Harvard College Nucleobase editors and uses thereof
US11214780B2 (en) 2015-10-23 2022-01-04 President And Fellows Of Harvard College Nucleobase editors and uses thereof
US11702651B2 (en) 2016-08-03 2023-07-18 President And Fellows Of Harvard College Adenosine nucleobase editors and uses thereof
US10113163B2 (en) 2016-08-03 2018-10-30 President And Fellows Of Harvard College Adenosine nucleobase editors and uses thereof
US10947530B2 (en) 2016-08-03 2021-03-16 President And Fellows Of Harvard College Adenosine nucleobase editors and uses thereof
US11661590B2 (en) 2016-08-09 2023-05-30 President And Fellows Of Harvard College Programmable CAS9-recombinase fusion proteins and uses thereof
US11542509B2 (en) 2016-08-24 2023-01-03 President And Fellows Of Harvard College Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing
US11306324B2 (en) 2016-10-14 2022-04-19 President And Fellows Of Harvard College AAV delivery of nucleobase editors
US10745677B2 (en) 2016-12-23 2020-08-18 President And Fellows Of Harvard College Editing of CCR5 receptor gene to protect against HIV infection
US11820969B2 (en) 2016-12-23 2023-11-21 President And Fellows Of Harvard College Editing of CCR2 receptor gene to protect against HIV infection
CN108342387A (zh) * 2017-01-24 2018-07-31 谭旭 Pcsk9抑制剂类降血脂药的递送系统和生物制剂
CN108342387B (zh) * 2017-01-24 2021-09-24 谭旭 Pcsk9抑制剂类降血脂药的递送系统和生物制剂
WO2018154380A1 (en) * 2017-02-22 2018-08-30 Crispr Therapeutics Ag Compositions and methods for treatment of proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 (pcsk9)-related disorders
CN110582570A (zh) * 2017-02-22 2019-12-17 克里斯珀医疗股份公司 用于治疗前蛋白转化酶枯草杆菌蛋白酶/Kexin 9型(PCSK9)相关的病症的组合物和方法
US11898179B2 (en) 2017-03-09 2024-02-13 President And Fellows Of Harvard College Suppression of pain by gene editing
US11542496B2 (en) 2017-03-10 2023-01-03 President And Fellows Of Harvard College Cytosine to guanine base editor
US11268082B2 (en) 2017-03-23 2022-03-08 President And Fellows Of Harvard College Nucleobase editors comprising nucleic acid programmable DNA binding proteins
US11560566B2 (en) 2017-05-12 2023-01-24 President And Fellows Of Harvard College Aptazyme-embedded guide RNAs for use with CRISPR-Cas9 in genome editing and transcriptional activation
US11732274B2 (en) 2017-07-28 2023-08-22 President And Fellows Of Harvard College Methods and compositions for evolving base editors using phage-assisted continuous evolution (PACE)
US11319532B2 (en) 2017-08-30 2022-05-03 President And Fellows Of Harvard College High efficiency base editors comprising Gam
US11932884B2 (en) 2017-08-30 2024-03-19 President And Fellows Of Harvard College High efficiency base editors comprising Gam
US11795443B2 (en) 2017-10-16 2023-10-24 The Broad Institute, Inc. Uses of adenosine base editors
CN107893075A (zh) * 2017-11-17 2018-04-10 和元生物技术(上海)股份有限公司 CRISPR‑Cas9靶向敲除人肠癌细胞RITA基因及其特异性的sgRNA
CN107893076A (zh) * 2017-11-23 2018-04-10 和元生物技术(上海)股份有限公司 CRISPR‑Cas9靶向敲除人乳腺癌细胞RASSF2基因及其特异性的sgRNA
CN108148835A (zh) * 2017-12-07 2018-06-12 和元生物技术(上海)股份有限公司 CRISPR-Cas9靶向敲除SLC30A1基因及其特异性的sgRNA
CN108410877A (zh) * 2018-03-27 2018-08-17 和元生物技术(上海)股份有限公司 CRISPR-Cas9靶向敲除人细胞SANIL1基因及其特异性的sgRNA
WO2019237400A1 (zh) * 2018-06-16 2019-12-19 深圳市博奥康生物科技有限公司 CRISPR-Cas9特异性敲除人PSSALRE基因的方法及其特异的sgRNA
WO2020000461A1 (zh) * 2018-06-29 2020-01-02 深圳市博奥康生物科技有限公司 CRISPR/Cas9 靶向敲除人 NARC1 基因的方法及其特异性 gRNA
WO2020037882A1 (zh) * 2018-08-21 2020-02-27 杭州观梓健康科技有限公司 一种具有同时降低甘油三酯和胆固醇作用的干细胞及其制备方法和用途
WO2020156575A1 (en) * 2019-02-02 2020-08-06 Shanghaitech University Inhibition of unintended mutations in gene editing
US11384353B2 (en) 2019-02-02 2022-07-12 Shanghaitech University Inhibition of unintended mutations in gene editing
US11795452B2 (en) 2019-03-19 2023-10-24 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for prime editing nucleotide sequences
US11447770B1 (en) 2019-03-19 2022-09-20 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for prime editing nucleotide sequences
US11643652B2 (en) 2019-03-19 2023-05-09 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for prime editing nucleotide sequences
US12006520B2 (en) 2019-06-14 2024-06-11 President And Fellows Of Harvard College Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity
US11912985B2 (en) 2020-05-08 2024-02-27 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for simultaneous editing of both strands of a target double-stranded nucleotide sequence
US11999947B2 (en) 2023-02-24 2024-06-04 President And Fellows Of Harvard College Adenosine nucleobase editors and uses thereof

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