KR20160138210A - 분자의 막횡단 전달을 위한 화합물 및 방법 - Google Patents

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Abstract

거대분자의 모이어티에의 접합을 포함하며, 이것이 생물학적 막을 통하여 효과적으로 통과할 수 있도록 하는 것인, 거대분자, 예컨대, 단백질 및 올리고뉴클레오티드, 및 구체적으로 siRNA를 생물학적 막을 통해 전달하기 위한 신규한 전달 시스템을 제공한다. 상기 전달 시스템을 이용하는 신규한 화합물 및 제약 조성물을 각각 제공한다. 본 발명의 한 측면에서, 화합물은 의료 행위에서, 예를 들어, 의학적 장애 치료를 위해 siRNA 또는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 생물학적 막을 통해 가로질러 전달하는 데에서 사용될 수 있다.

Description

분자의 막횡단 전달을 위한 화합물 및 방법 {COMPOUNDS AND METHODS FOR TRANS-MEMBRANE DELIVERY OF MOLECULES}
본 발명은 분자를 생물학적 막을 가로질러 세포 내로 전달하고, 이어서, 임의적으로 세포내 포획시키기 위한 전달 시스템 및 관련 방법에 관한 것이다.
단백질 병리는 돌연변이된 단백질의 기능 부전에서부터, 특정 단백질이 그를 독성으로 만드는 신규한 특성을 획득하게 되는 것인 병리적 기능 획득 범위에 이르기까지, 많은 의학적 장애의 병인론 또는 발병기전의 공통 분모이다. 개념상으로는 유전자 요법에 의해 이들 단백질의 합성을 억제시키는 것이 이러한 단백질 이상을 가진 환자를 위해 유망할 수 있다.
최근의 중요한 진보들 중 하나는 소형 간섭 RNA (siRNA)를 이용하는 RNA 간섭에 의해 특정 유전자를 침묵시킨다는 개념이다. RNA 간섭은 세포 생물학적 시스템 (그 중에서도, 이중 가닥 RNA를 절단하여 siRNA, 및 RNA-유도성 침묵화 복합체 (RISC))를 생성하는 다이서(Dicer) 단백질 복합체)과 협력하여 번역을 억제하고, 특정 mRNA 서열 분해를 마킹하는 작용을 하여 번역 단계에서 유전자 발현을 억제할 수 있는 짧은 (대략 19-27개의 염기쌍) 이중 가닥 RNA 서열에 기초한다. 특정 mRNA에 상보적인, 비변형된 또는 화학적으로 변형된 DNA 분자의 짧은 서열 (일반적으로 13-25개의 뉴클레오티드)인 안티센스 올리고뉴클레오티드 (ASO)를 사용하는 것 또한 각각의 특정 표적 단백질의 발현을 억제시키고, 그의 생산을 차단시킨다고 제안되었다.
그러나, 비록 상기 접근법이 의료 관리에 막대한 잠재적인 이점을 가지고 있음에도 불구하고, siRNA는 비교적 크고, 고도로 하전된 구조이기 때문에 (평균 MW = 13 kD, 약 40개의 음으로 하전된 포스페이트 기), 상기 거대분자의 막횡단 전달은 상당한 도전 과제로서 그대로 남아있다. 그러므로, siRNA의 막횡단 전달을 위해서는 매우 큰 에너지 장벽을 극복하여야 한다.
막 쌍극자 포텐셜은 임의 인지질 막 내에서 물/막 계면과 막 중심 (내부 양성) 사이에 존재하는 전위이다. 이는 인지질 글리세릴 에스테르 결합의 고도로 정돈된 카르보닐 기에 기인하여 생성되는 것으로 가정된다. 그의 진폭은 약 220-280 mV이다. 이는 고도로 소수성인 환경에서 유전율이 2-4이기 때문에, 108-109 V/m의 매우 강한 전기장으로 변환된다. 막 쌍극자 포텐셜 및 관련된 막내 전기장이 막 단백질의 기능에 매우 중요한 것으로 생각된다. 쌍극자 포텐셜은 막 단백질의 입체구조 및 활성을 측정하는 데 있어 중요한 생리학적 역할을 할 가능성을 가지고 있다. 그러나, 현재까지 의학적 용도로 쌍극자 포텐셜이 동원된 바는 없다.
올리고뉴클레오티드를 생물학적 막을 가로질러 전달시키기 위한 다양한 방법이 개발되었다. 이들 방법으로는 바이러스성 벡터 뿐만 아니라, 비-바이러스성 전달 시스템, 예컨대, 양이온성 지질 또는 리포솜을 포함한다. 그러나, 현재까지는 시험관내에서, 또는 예컨대, 안구로의 직접 주사에 의한 또는 폐로의 직접 투여에 의한 생체내 국소 투여를 위해 이들 방법을 사용하는 것은 크게 제한되어 왔다. 예를 들어, 전기천공은 거대분자를 생물학적 장벽을 가로질러 전달하는 데 있어 효과적이고, 널리 사용되는 전달 방법이다. 상기 방법에 따라, 세포 현탁액에 외부 전기장을 가하여 하전된 표적 분자를 막과 충돌시킨 후, 일시적으로 및 국소적으로 막을 탈안정화시켜 그 결과로서 거대분자가 통과하여 세포 내로 유입된다. 그러나, 현재까지 전기천공은 주로 시험관내에서 사용된다. 생체내 전기천공은 제한된 성공만을 거두어 왔고, 외부 전극이 표적 기관 내로 삽입될 수 있는 특정 기관 (예컨대, 근육, 폐)에만 시도되었다.
결론적으로, 거대분자, 예컨대, 올리고뉴클레오티드 및 다른 치료제를 세포막 및 다른 생물학적 장벽, 예컨대, 혈액-뇌 장벽을 통해 통과시켜 전달하는 것은 여전히 상당히 요구를 충족하지 못하고, 상기 거대분자의 전신 전달 (즉, 정맥내 투여 또는 경구적으로 전달)은 해결하지 못한 큰 도전 과제로 여전히 남아있다.
본 발명의 실시양태는 신규하고 합리적으로 디자인된 "분자 모터"에 기초한 전달 시스템을 제공한다. 본 발명의 실시양태에 따른 "분자 모터"는 소분자 약물 또는 거대분자, 예컨대, 펩티드, 단백질 또는 올리고뉴클레오티드 (예컨대, 단일 가닥 또는 이중 가닥, RNA 또는 DNA)를 포함할 수 있는 것인 약물의 막횡단 전달을 위해 사용될 수 있다. 구체적인 실시양태에서, 거대분자는 유전자 침묵화를 위한 RNA 가닥, 즉, siRNA (소형 간섭 RNA), 또는 안티센스 올리고뉴클레오티드 (ASO)로서 작용하도록 디자인된 DNA 서열을 포함할 수 있다.
본 발명의 실시양태에 따른, "분자 모터"와 약물 (예컨대, 소분자 약물 또는 거대분자)의 접합체는 의료 행위에서, 그 중에서도, 비정상적인 단백질 또는 단백질 기능 장애가 중요한 역할을 하는 의학적 장애, 및 상기 단백질을 코딩하는 유전자의 발현을 침묵시키는 것이 유익할 수 있는 의학적 장애를 치료하는 데; 예를 들어, 퇴행성 장애, 암, 독성 또는 허혈성 손상, 감염, 또는 면역 매개 장애 치료에서 사용될 수 있다.
한 실시양태에서, 하기 화학식 II에 따른 화합물이며, 약물에 연결가능한 것인, 약물의 막횡단 전달을 위한 화합물을 제공한다:
<화학식 II>
Figure pct00001
상기 식에서, a는 정수 1, 2, 3 또는 4이고, 상기 식에서, A는 하기 화학식 III, IV 및 V에 기재된 바와 같은 구조식으로부터 선택되고:
<화학식 III>
Figure pct00002
<화학식 IV>
Figure pct00003
<화학식 V>
Figure pct00004
여기서, M은 -O- 또는 -CH2-로부터 선택되고; g 및 h는 개별적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 및 16으로부터 선택되는 정수이고;
상기 식에서,
B는 포화 또는 부분적으로 포화된 선형, 분지형 또는 시클릭 C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, C30, C31, C32, C33, C34, C35, C36, C37, C38, C39, C40, C41, C42 알킬, 알킬렌, 헤테로알킬렌, 아릴, 헤테로아릴; 스테로이드 또는 그의 조합이고;
Q는 부재(null), 에스테르, 티오에스테르, 아미드, 카르바메이트, 디술피드 [-(S-S)-], 에테르 [-O-], pH 감수성 모이어티, 및 산화 환원 감수성 모이어티로부터 선택되고;
L은 존재하지 않거나, 또는 임의적으로 치환된 선형, 시클릭 또는 분지형, 포화, 불포화 또는 부분적으로 포화된 C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, C30, C31, C32, C33, C34, C35, C36, C37, C38, C39, C40, C41, C42 알킬, 알킬렌, 헤테로알킬렌, 아릴, 헤테로아릴; 스테로이드 또는 -(O-CH2-CH2)u- (여기서, u는 정수 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10이다); 또는 그의 조합이다.
한 실시양태에서, 약물에 부착된 상기 기술된 화합물을 포함하는 접합체를 제공한다.
본 발명의 일부 실시양태는 상기 기술된 접합체와 세포를 인큐베이션시키는 단계를 포함하는, 약물을 생물학적 막을 가로질러 전달하는 방법에 관한 것이다.
또 다른 실시양태는 의학적 장애 치료를 필요로 하는 환자에게 적절량의, 상기 기술된 접합체를 포함하는 제약 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 의학적 장애를 치료하는 방법에 관한 것이다.
이제, 본 발명은 하기 예시하는 도면을 참조로 하여 비제한적인 방식으로 특정 예 및 실시양태와 관련하여 기술될 것이며, 이로써 본 발명은 더 완전하게 이해될 수 있다. 본 도면에서:
도 1a는 본 발명의 실시양태에 따른 화합물의 활성의 기초가 되는 비대칭 극성의 원리를 나타낸 개략도이고;
도 1b는 화학식 IX에 따른 화합물에 의해 명시되는 본 발명의 분자의 구조적 모티프를 개략적으로 도시한 것이고;
도 2는 본 발명의 실시양태에 따른 접합체의 포텐셜 작용 기전을 개략적으로 보여주는 것이고;
도 3은 다이서 효소를 이용한, 세포질 내의 siRNA의 포획 기전을 개략적으로 보여주는 것이고;
도 4는 Cas9 단백질에 접합된, 본 발명의 "분자 모터"를 포함하는 접합체의 예시적인 구조를 보여주는 것이고;
도 5a5b는 본 발명의 실시양태에 따른 화합물의 생물학적 성능의 결과를 보여주는 것으로서; 도 5a는 형광 현미경법 결과를 보여주는 것이고, 도 5b는 인큐베이션 24시간째의 ELISA 판독기에 의한 정량적 분석 결과를 보여주는 것이다.
본 발명의 실시양태는 약물을 생물학적 막, 예컨대, 인지질 세포막을 가로질러 세포질 내로 전달하기 위한 전달 시스템으로서 작용할 수 있는 신규한 화합물에 관한 것이다. 본 발명의 실시양태에 따른 화합물은, 인지질 막 내에서 막 쌍극자 포텐셜과 관련된 내부 막 전기장을 이용하여 막/물 계면으로부터 막 코어로 이동하도록 디자인된, 신규하고 합리적으로 디자인된 "분자 모터"를 포함한다. 상기 전달 시스템은 약물에 부착되는 경우 약물을 막 코어 쪽으로 잡아 당기고, 그의 막횡단 이동을 촉진시키는 작용을 한다. 그 중에서도, 상기 전달 시스템은 치료학적 거대분자: 단백질 또는 올리고뉴클레오티드의 전달을 위한 것으로 디자인된 것이며, 여기서, 후자는 단일 또는 이중 가닥 DNA 또는 RNA이다. 그 중에서도, 상기 전달 시스템은 안티센스 올리고뉴클레오티드 (ASO), siRNA 및 치료학적 단백질, 예컨대, Cas9 단백질의 전달을 위한 것으로 디자인된 것이다.
본 발명의 실시양태에 따른 화합물의 구조의 기초가 되는 원리 중 하나는 그의 logP에 따라 생물학적 막들로 분할하는 소수성 비하전된 분자에 관련한 "비대칭 극성"의 원리이다 (도 1a 참조). 분자는 극성을 띠며, 그의 부분 전하는 불균등하게 분포되어 있는데: 부분 음전하는 고도로 국재화되어 있고, 집중화되어 있는 반면, 부분 양전하는 분자내 탄화수소 쇄를 따라 분산되어 있다. 추가로, 부분 양전하는 또한 막 지질 환경 내에서 인접한 탄화수소 쇄와의 런던 타입 상호작용 (런던 분산력)을 통해 차폐된다. 결과적으로, 도 1a에 개략적으로 제시된 바와 같이, 본 발명의 실시양태에 따른 분자는 막 환경에서 음으로 하전된 분자와 같이 이동한다. 막 내부 전기장은 막/물 계면에는 음극 및 막 중심에는 양극을 가지기 때문에, 상기 분자는 관련된 전기장에서 막 중심 쪽으로 이동하게 되고, 카고(cargo) (예컨대, siRNA 또는 ASO, 치료학적 단백질 또는 다른 의약)에 부착된 경우 상기 카고를 막 중심으로 잡아 당긴다.
추가로, 임의 절단가능한 기 (예컨대, 다이서 효소에 의해 절단가능한 디술피드 기 또는 올리고뉴클레오티드 서열)가 본 발명의 실시양태에 따른 분자에 포함되고, 이는 표적 세포의 세포질에서 카고 (예컨대, siRNA 또는 ASO 또는 다른 의약)를 포획하는 작용을 할 뿐만 아니라, 또한 세포막을 가로지르는 접합체의 농도 구배를 유지시키는 데 도움을 주는 작용을 할 수 있다. 그러므로, 본 발명의 맥락상 "절단가능한 기"라는 용어는 특정의 생리학적 조건하에서, 예컨대, pH 변화 또는 산화 환원 상태 변화에서 자발적 절단 또는 효소 매개 절단이 이루어질 수 있는 화학적 모이어티에 관한 것이다. 절단가능한 기의 예로는 에스테르, 티오에스테르, 아미드, 카르바메이트, 디술피드 [-(S-S)-] 에테르 (-O-) 또는 티오에테르 (-S-)가 있다. 개념상, 절단가능한 기는 약물의 막횡단 통과 후, 그의 표적 세포 내에 약물을 포획하는 데 도움을 줄 수 있거나, 또는 생물학적 막을 가로지르는 농도 구배를 유지시키는 데 도움을 줄 수 있다.
예를 들어, siRNA, ASO 또는 치료학적 단백질, 및 디술피드 기를 포함하는, 본 발명의 실시양태에 따른 접합체의 경우; 일단 세포질 내부에서는 주변의 지배적인 환원성 환경이 디술피드 결합을 -SH 기로 환원시키는 작용을 할 것이며, 이로써, 카고는 전달 모이어티로부터 유리될 것이다. "분자 모터" (전달 모이어티)가 없는 바, 이어서, 카고 거대분자는 세포질에서 포착될 것이며, 여기서, 예를 들어, siRNA일 경우에는 특정 유전자의 발현을 침묵시키기 위해 RNA-유도성 침묵화 복합체 (RISC)와의 상호작용할 수 있는 준비를 갖추게 될 것이다. 본 발명의 실시양태에 따라, 상기 유전자는 특정 질환의 병인 또는 발병기전에 참여하는 단백질을 코딩하는 것일 수 있다.
본 발명의 한 실시양태에 따라, 카고는 세포내 단백질 표적에 대하여 유익한 치료학적 효과를 발휘하도록 하기 위해 세포막 세포를 가로질러 전달하고자 하는 치료학적 단백질이다.
세포내 표적을 위한 단백질 약물(Protein Drugs for Intracellular Targets: PDIT) 분야는 인간 게놈 서열분석 프로젝트(Human Genome Sequencing Project)의 부분적 완성으로부터 유도된 신규 분야로서, 이를 통해, 단백질 약물의 투여, 유전자 침묵화, RNA 또는 DNA 편집, 또는 단백질 대체 요법을 통한 잠재적인 의학적 개입을 위한 엄청난 수의 세포내 표적을 확인할 수 있다. 개념상, 상기 치료학적 전략법은 거의 모든 의학적 장애에 유용할 수 있다. PDIT 분야에서 고도로 관심의 대상이 되는 구체적인 후보 단백질은 CRISPR (클러스터링된 규칙적 간격의 짧은 회 반복부(clustered regularly interspaced short palindromic repeats))-관련 단백질, 및 구체적으로, Cas9 단백질이다. 가장 최근에 발견된 상기 단백질은 처음에는, 천연적으로 항바이러스 기전으로서 박테리아에 의해 사용되는 박테리아 단백질이다. 사실상, 이러한 단백질은 상기 단백질을 특이적으로 게놈 내의 임의의 유전자좌로 유도하는 특이성을 수반하면서, 임의의 RNA 서열에 의해 로딩될 수 있다. 잠재적으로, 상기 유전자좌는 돌연변이된, 결함 유전자를 보유하는 부위일 수 있다. 이어서, 상기 부위에서, Cas9 단백질은 정확한 커팅을 유도할 것이며, 즉, DNA의 이중 가닥 파단을 유도할 것이다. 이어서, 천연적으로 발생된 DNA 수복 기전이 활성화되어 상기 기능 부전 유전자 부위를 수복시킨다. 그러므로, 상기 단백질은, 생물 계통수 전역에 걸쳐 모든 종에 적용가능한, 고도로 효과적인 유전자 편집 (특정 유전자의 서열의 부가, 파괴 또는 변이) 및 유전자 조절 및 수복을 가능하게 한다. Cas9 단백질 및 적절한 가이드 RNA를 세포 내로 전달함으로써 유기체의 게놈을 임의의 원하는 위치에서 커팅할 수 있고, 편집 및 수복시킬 수 있다.
하기 예시되는 바와 같이, 본 발명의 실시양태는 하나 이상의 "분자 모터," 및 DNA 또는 RNA 편집에서 중요한 역할을 하는 Cas9 단백질 또는 관련 단백질을 포함하는 접합체를 포함한다. 본 발명의 또 다른 실시양태는 생리학상 중요한 특정 단백질의 수준이 상대적으로 감소된 것과 연관이 있는 질환을 위한 치환 요법으로서 투여되는, 치료학적 단백질을 포함한다.
본 발명의 실시양태에 따른 화합물은 전형적으로 (상기 설명된) 비대칭 극성의 원리에 따라 디자인된, 소수성 (옥탄올 대 물 분배 계수 (logP>1)), 쌍극자, 비하전된 화학적 모이어티를 포함한다. 논의된 바와 같이, 소수성이고, 중성이지만 국소화되어 있는 부분 음전하 및 분산되어 있는 부분 양전하를 포함하는 것인, 분자의 독특한 구조는, 막의 역장(force field) 내에 놓이게 되면, 그에 의해 분자는 인지질 막 내에서 막/물 계면으로부터 막 코어로 이동하게 되는 방향성 시스템을 생성한다. 상기 분자가 약물에 부착된 경우에는 각각 약물을 막 코어로 잡아 당기게 될 것이다.
도 1b에 개략적으로 제시되어 있는 바와 같이, (예를 들어, 화학식 IX에 따른 화합물에 의해 명시된) 본 발명의 실시양태에 따른 화합물은 전형적으로 하기 구조 요소의 조합인 "분자 모터"를 전형적으로 포함한다:
(i). 음극 (A) : 이는 전형적으로 할로겐 (예컨대, 불소 원자(들)) 및 산소로부터 선택되는, 1개 이상의 음전기 원자를 포함하는 것으로서; 여기서, 상기 음극이 수개의 음전기 원자를 포함하는 경우, 이는 공간에 국소적, 구형 (거의 구형) 배열로 배열되어 있다. 상기 원자의 전자-끌어당기는 특성, 및 그의 공간상 배열에 기인하여 화합물의 음극은 전자가 풍부한 초점이다.
(ii). 양극 (B) : 탄소, 규소, 붕소, 인 및 황으로부터 선택되는, 상대적으로 양전기를 띠는 원자를 포함하는 것으로서; 인지질 막에 놓여진 경우에는 인접한 탄화수소 쇄와, 바람직하게 선형, 분지형 또는 시클릭 쇄, 또는 그의 조합의 지방족 또는 방향족 구조와 같은 배열을 통해 최대로 상호작용할 수 있도록 배열되어 있다. 본 발명의 한 실시양태에서, 양극은 선형 포화된 탄화수소 쇄, 또는 스테로이드 모이어티, 예컨대, 콜레스테롤, 담즙산, 에스트라디올, 에스트리올 또는 그의 조합을 포함한다.
"분자 모터" 이외에도, 본 발명의 실시양태에 따른 화합물은 하기 추가로 기술되는 하나 이상의 링커 (L) 및 절단가능한 기 (Q)를 포함할 수 있다. 화합물은 링커 또는 절단가능한 기를 통해 약물 (D)와 접합되거나, 또는 그에 연결될 수 있다.
본 발명의 실시양태는 추가로 특이 단백질이 질환의 병인 또는 발병기전에서 중요한 역할을 할 수 있고, 여기서, siRNA 또는 안티센스 기전을 통해 각 유전자(들)의 발현을 침묵시키는 것이 질환과 관련된 프로세스를 억제시키는 데 유익한 효과가 있을 수 있는 것인, 의학적 장애, 예컨대, 퇴행성 장애, 암, 독성 또는 허혈성 손상, 감염 또는 면역 매개 장애의 치료를 위한, 약물, 예컨대, 단백질 또는 올리고뉴클레오티드 (예컨대, siRNA 또는 ASO)에 접합된, 본 발명의 실시양태에 따른 화합물의 용도에 관한 것이다.
예를 들어, 본 발명의 실시양태에 따른 접합체는, 특정 단백질을 코딩하는 DNA에, 또는 메신저 RNA (mRNA)에 결합하게 되는 한 가닥 또는 이중 가닥의 핵산 (DNA, RNA 또는 화학적 유사체)의 투여를 포함하는 의학적 치료 형태인 안티센스 요법으로서 사용될 수 있다. 이러한 치료는 유전자의 발현을 억제시키고, 각 단백질의 생산을 막는 작용을 한다. 대안적으로, 본 발명의 접합체는 치료학적 단백질, 예컨대, Cas9 단백질을 포함할 수 있다.
본 발명의 맥락상, "약물" 또는 "의약"이라는 용어는, 질환을 앓고 있는 환자에게 투여되었을 때, 환자에게 유익한 효과를 발휘할 수 있는 화학적 물질에 관한 것이다. 상기 유익한 효과는 증상 호전, 또는 질환 프로세스에서 중요한 역할을 할 수 있는 작용제(들) 또는 물질(들)의 효과를 중화시키는 것일 수 있다. 약물은 유전자 발현을 억제시키기 위해 투여되는, 소분자 또는 거대분자, 예컨대, 단백질 또는 RNA 또는 DNA 가닥일 수 있다. 그 중에서도, 약물은 siRNA 또는 ASO를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 약물은 퇴행성 장애, 암, 허혈성, 감염성 또는 독성 손상, 또는 면역 매개 장애를 치료하는 것을 목표로 한다.
본 발명의 실시양태는 본 발명의 실시양태에 따른 화합물, 및 약물을 포함하는 신규한 접합체를 제공한다. 본 발명의 실시양태는 상기 접합체를 포함하는 신규한 제약 조성물, 및 상기 제약 조성물에 기반한, 의학적 장애를 치료하는 신규한 방법을 추가로 제공한다.
일부 실시양태에 따라, 본 발명의 화합물 및 제약 조성물은 생체내에서 치환 단백질 요법 또는 유전자 요법, 예컨대, siRNA 또는 안티센스 요법 (ASO)의 더욱 효과적인 성과를 달성하기 위해 사용될 수 있다.
본 발명의 실시양태에 따른 접합체는 세포막을 통한 또는 혈액-뇌 장벽을 통한 siRNA, ASO 또는 치료학적 단백질 전달을 개선시킴으로써, 하나 이상의 측면에서, 예컨대, 예를 들어, 효능, 독성, 또는 약동학적 성질 측면에 있어서 siRNA 또는 ASO의 성능을 개선시키는 데 이로울 수 있다.
상기 기술된 바와 같이, 비제한적인 포텐셜 작용 기전 (MOA)으로서, 약물, 예컨대, siRNA 또는 치료학적 단백질을 포함하는 본 발명의 실시양태에 따른 접합체는 인지질 막 내에 배치되었을 때, (예컨대, 상기 기술된 바와 같은) "분자 모터"는 약물을 막 코어 쪽으로 잡아 당기는 작용을 한다. 그 결과, 인지질 헤드 기가 측면 이동하게 되고, 일시적 막 공극이 생성되면서 막은 국소적으로 탈안정화될 수 있고, 상기 막 공극을 통한 약물의 막횡단 통과가 일어날 수 있다. 이러한 포텐셜 MOA는 도 2에 개략적으로 요약되어 있다.
도 2에 개략적으로 제시되어 있는 한 예에서, 접합체는 siRNA, ASO 또는 치료학적 단백질인 카고, 및 세포질에의 카고 포획을 위해 디술피드 기를 포함한다. 제1 단계에서 (A), 내부 막 전기장에 의해 에너지를 받은 "모터"는 비대칭 극성의 원리에 기인하여 막 표면으로부터 막 코어로 이동하게 된다.
제2 단계에서 (B), "모터"에 연결된 거대분자는 막 표면으로 접근하도록 강제되고, 이로써 수화 껍질은 교란된다. 그 결과, 인지질 헤드 기는 측면 이동하게 되고, 일시적 막 공극이 형성되고, 상기 막 공극을 통해 거대분자가 세포 내로 전달되게 된다. 후속되는 일시적 공극의 폐쇄는 열역학상 유리한 방식으로 이루어지게 된다 (C).
또 다른 실시양태에서, 세포질에의 siRNA 포획은 (i). 표적 유전자를 침묵시키기 위한 서열을 포함하는, 25-30개 뉴클레오티드의 이중 가닥 RNA를 포함하는 다이서 기질로서, 여기서, "분자 모터(들)"가 센스 (패신저) 가닥의 3'-단부에 및/또는 안티센스 (가이드) 가닥의 5'-단부에 부착되어 있는 것인 다이서 기질의 투여; (ii). 약물 (예컨대, siRNA)의 막횡단 전달, 및 다이서 효소에 의한 dsRNA의 절단을 유발함으로써 접합체로부터 "분자 모터(들)"를 제거하고, siRNA를 유리시키는 것인, 본 발명의 실시양태에 따른 접합체의 투여를 포함하는 방법을 포함할 수 있다. siRNA는 그의 수많은 음전하에 기인하여 세포질에 포획될 것이며, 표적 유전자를 침묵시키기 위해 RISC 복합체와 상호작용할 수 있게 될 것이다.
도 3에 개략적으로 제시되어 있는 한 실시양태에서, 다이서 효소를 이용하여 세포질 내에 siRNA를 포획하는 기전이 제시되어 있다. 표적 유전자를 침묵시키기 위한 서열을 포함하는, 25-30개 뉴클레오티드의 이중 가닥 RNA를 포함하는 다이서 기질이 제시되어 있다. "분자 모터" (화살표 표시)는 표적 유전자를 침묵시키도록 디자인된 siRNA의 센스 (패신저) 가닥의 3'-단부에 및/또는 안티센스 (가이드) 가닥의 5'-단부에 부착되어 있다. 막횡단 전달 후, 다이서 효소에 의해 dsRNA가 절단되고, 이로써, "분자 모터"는 접합체로부터 제거되고, siRNA는 유리되어, 표적 유전자를 침묵시키기 위해 RISC 복합체와 상호작용하게 된다. 따라서, 상기 기전에 의해, siRNA는 그의 수많은 음전하에 기인하여 세포질에 포획된다.
본 발명의 실시양태에 따른 접합체는 하기 일반 화학식 I에 기재된 구조식으로 표현된 화합물의 제약상 허용되는 염, 수화물, 용매화물 및 금속 킬레이트를 비롯하여 화학식 I에 의해 기술될 수 있다:
<화학식 I>
E y -D- E z
상기 식에서,
D는 생물학적 막을 가로질러 전달시키고자 하는 약물이다. D는 소분자 약물, 펩티드, 단백질, 또는 천연 또는 변형된, 단일 가닥 또는 이중 가닥 DNA 또는 RNA, 예컨대, siRNA 또는 ASO이고;
E는 본 발명의 실시양태에 따른 화합물을 나타내고; yz는 각각 독립적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6으로부터 선택되는 정수이고; y 또는 z 중 적어도 하나는 부재가 아니다. 한 실시양태에서, y=1 및 z=0이고; 또 다른 실시양태에서 y=1 및 z=1이다. E는 하기 일반 화학식 II에 의해 기술될 수 있다:
<화학식 II>
(A) a -B-Q-L
상기 식에서,
a는 1, 2, 3 또는 4로부터 선택되는 정수이고, A는 하기 기술되는 바와 같은 화학식 III, IV V에 기재된 구조식으로부터 선택되고;
B는 포화 또는 부분적으로 포화된 선형, 분지형 또는 시클릭 C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, C30, C31, C32, C33, C34, C35, C36, C37, C38, C39, C40, C41, C42 알킬, 알킬렌, 헤테로알킬렌, 아릴, 헤테로아릴; 스테로이드 모이어티, 예컨대, 콜레스테롤, 담즙산, 에스트로겐, 또는 그의 조합의 화학기이고;
Q는 부재, 에스테르, 티오에스테르, 아미드, 카르바메이트, 디술피드 [-(S-S)-], 에테르 [-O-], pH 감수성 모이어티, 및 산화 환원 감수성 모이어티로부터 선택되고;
L은 존재하지 않을 수 있거나, 또는 상기 정의된 B와 동일할 수 있고, (산소, 히드록실, 질소, 포스페이트 또는 황에 의해) 임의적으로 치환된 선형, 시클릭 또는 분지형의, 포화, 불포화 또는 부분적으로 포화된 C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, C30, C31, C32, C33, C34, C35, C36, C37, C38, C39, C40, C41, C42 알킬, 알킬렌, 헤테로알킬렌, 아릴, 헤테로아릴; 스테로이드, 예컨대, 콜레스테롤, 담즙산; 에스트로겐, 구조식 -(O-CH2-CH2)u- (여기서, u는 정수 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10이다)의 화학적 모이어티; 또는 그의 조합을 포함할 수 있다.
상기 논의된 바와 같이, A는 하기 화학식 III, IV, V에 기재된 구조식으로부터 선택되고, 여기서, *는 B, Q, L 또는 D에의 부착 지점이다:
<화학식 III>
Figure pct00005
상기 식에서,
M은 -O- 또는 -CH2-로부터 선택되고;
<화학식 IV>
Figure pct00006
상기 식에서,
g는 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 및 16으로부터 선택되는 정수이고;
<화학식 V>
Figure pct00007
상기 식에서, h는 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 및 16으로부터 선택되는 정수이다.
분자의 모이어티에의 D의 연결은 에테르, 에스테르, 아미드, 티오에스테르, 티오에테르 또는 카르바메이트 기를 통하여 이루어질 수 있다. D가 올리고뉴클레오티드인 경우, 연결은 핵염기에의, (예컨대, 2', 3' 또는 5'번 위치를 통한) 리보스 모이어티에의, 또는 뉴클레오티드 포스페이트 모이어티에의 연결일 수 있고; 연결은 올리고뉴클레오티드 쇄의 말단에의 또는 비말단 뉴클레오티드에의 연결일 수 있으며; D가 단백질인 경우, 그의 분자의 다른 모이어티에의 연결은 단백질, 예컨대, 리신, 글루타메이트 또는 아스파르테이트의 아미노산의 측쇄(들)에의 연결을 통해 이루어질 수 있다.
본 발명의 맥락상, "올리고뉴클레오티드"라는 용어는 DNA 또는 RNA 분자를 포함할 수 있으며, 이들은 각각 하나 이상의 뉴클레오티드의 단일 가닥 또는 이중 가닥 서열이다. 각각의 뉴클레오티드는 질소성 염기 (핵염기), 5탄당 (리보스 또는 데옥시리보스), 및 포스페이트 기를 포함한다. 핵염기는 퓨린 (아데닌, 구아닌) 및 피리미딘 (티민, 시토신, 우라실)으로부터 선택된다. 추가로, 상기 용어는 변형된 형태의 뉴클레오티드를 지칭할 수 있고, 여기서, 변형은 분자의 백본에서 이루어진 변형 (예컨대, 포스포로티오에이트), 또는 핵염기에서 이루어진 변형 (예컨대, RNA 중 리보스 기의 2'번 위치에서의 메틸화)일 수 있다. 이들 변형은 올리고뉴클레오티드의 안정성 개선 또는 약동학적 성질 개선과 같은 특성을 가능하게 할 수 있고, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드 사용 또한 본 발명의 범주 내에 포함된다.
연결은 핵염기에의, (예컨대, 2', 3' 또는 5'번 위치를 통한) 리보스 모이어티에의, 또는 뉴클레오티드의 포스페이트 모이어티에의 연결일 수 있다. 연결은 올리고뉴클레오티드 쇄의 말단에의 또는 비말단 뉴클레오티드에의 연결일 수 있다.
한 실시양태에서, 본 발명의 접합체 또는 각 제약 조성물 (여기서, D는 질환의 병인 또는 발병기전에서 중요한 역할을 하는 병원성 단백질을 코딩하는 특정 유전자의 발현을 침묵시키도록 디자인된 siRNA 또는 ASO이다)을 사용하는 것을 포함하는, 시험관내 또는 생체내에서 유전자 발현을 특이적으로 억제시키는 방법을 개시한다.
따라서, 본 발명의 실시양태에 따른 접합체는 의학적 장애를 치료하는 데 사용될 수 있다. 본 발명의 실시양태는 또한 의학적 치료를 필요로 하는 환자에게 적절량의 본 발명의 실시양태에 따른 제약 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 의학적 치료 방법을 개시한다. 한 실시양태에서, 투여되는 제약 조성물은 특정 병원성 (즉, 질환 관련된) 단백질을 코딩하는 유전자의 발현을 억제시키는 데 활성을 띠는 siRNA 또는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
한 실시양태에서, 일반 화학식 I에 따른 분자는 하기 화학식 VI에 기재된 구조식을 가지는 E를 포함한다:
<화학식 VI>
Figure pct00008
상기 식에서,
nm은 각각 개별적으로 부재 및 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20으로부터 선택되는 정수이고; k는 2, 3, 4, 5, 6, 7로부터 선택되는 정수이다. 한 실시양태에서, k=2이고; Z는 부재 및 -S-S-로부터 선택되고; Q는 상기 기술된 바와 같고, D에의 연결부이다.
또 다른 실시양태에서, 일반 화학식 I에 따른 분자는 하기 화학식 VII 또는 VIIa에 기재된 구조식을 가지는 E를 포함한다:
<화학식 VII>
Figure pct00009
<화학식 VIIa>
Figure pct00010
.
또 다른 실시양태에서, 일반 화학식 I에 따른 분자는 하기 화학식 VIII에 기재된 구조식을 가지는 E를 포함한다:
<화학식 VIII>
Figure pct00011
상기 식에서,
nm은 각각 개별적으로 부재 및 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20으로부터 선택되는 정수이고; Z는 부재 및 -S-S-로부터 선택되고; (상기 기술된 바와 같은) QD에의 연결부이다.
추가의 또 다른 실시양태에서, 일반 화학식 I에 따른 분자는 하기 화학식 IX 또는 IXa에 기재된 구조식을 가지는 E를 포함한다:
<화학식 IX>
Figure pct00012
<화학식 IXa>
Figure pct00013
.
본 발명의 실시양태에 따른 접합체의 합성에서 사용되는 분자 (이는 또한 "전구체"로서 명명된다) 또한 본 발명의 실시양태의 범주 내에 포함된다.
한 실시양태에서, 상기 분자는 하기 화학식 X에 기재된 구조식을 가진다:
<화학식 X>
Figure pct00014
상기 식에서,
W화학식 II, III, IV, V, VI, VII, VIIa , VIII, IX 또는 IXa 중 임의의 것에 따른 화합물이다. 상기 전구체는 그 중에서도 올리고뉴클레오티드의 5'-단부에의 부착에 유용할 수 있다.
본 발명의 또 다른 전구체는 하기 화학식 XI에 따른 구조식을 가진다:
<화학식 XI>
Figure pct00015
상기 식에서,
G화학식 II, III, IV, V, VI, VII, VIIa , VIII, IX 또는 IXa 중 임의의 것에 따른 화합물이다. 상기 전구체는 그 중에서도 올리고뉴클레오티드의 3'-단부에의 부착에 유용할 수 있다.
본 발명의 실시양태는 I, II, III, IV, V, VI, VII, VIIa , VIII, IX 또는 IXa 중 임의의 것에 따른 분자, 및 제약상 허용되는 염 또는 담체를 포함하는 접합체를 포함하는 제약 조성물을 추가로 포함할 수 있다.
본 발명은 시험관내에서 또는 생체내에서 유전자 발현을 특이적으로 억제시키는 방법 또한 포함한다. 한 실시양태에서, 본 방법은 화학식 I에 따른 접합체 또는 각 제약 조성물 (여기서, D는 질환의 병인 또는 발병기전에서 중요한 역할을 하는 병원성 단백질을 코딩하는 특정 유전자의 발현을 침묵시키도록 디자인된 siRNA 또는 ASO; 또는 치료학적 단백질이다)을 사용하는 것을 포함한다.
본 발명의 실시양태에 따른 접합체는 의학적 장애를 치료하는 데 사용될 수 있다. 본 발명의 실시양태는 의학적 치료를 필요로 하는 환자에게 적절량의, 화학식 I에 따른 접합체 (여기서, D는 각 의학적 장애를 치료하는 데 유용한 약물이다)를 포함하는 제약 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 의학적 치료 방법을 포함한다.
한 실시양태에서, 본 방법은 치료를 필요로 하는 환자에게 적절량의, 특이 환자의 질환에서 중요한 역할을 하는 유전자 발현을 억제시키는 데 유용한, 화학식 I에 따른 본 발명의 접합체 (여기서, D는 siRNA, ASO 또는 치료학적 단백질이다)를 포함하는 제약 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, siRNA 또는 ASO를 이용한 유전적 치료법이다.
본 발명의 또 다른 실시양태에서, D는 생물학적 인지질 막을 가로질러 세포 내로, 또는 생물학적 장벽, 예컨대, 혈액-뇌 장벽을 통해 전달하고자 하는 단백질이다.
본 발명의 또 다른 실시양태에서, D는 예컨대, 돌연변이된 기능 부전 단백질을 치환시키기 위해 치환 요법으로서 투여되는 일반 단백질이다.
또 다른 실시양태에서, D는 유전자 조절에서 중요한 역할을 하는 단백질, 그 중에서도, DNA 또는 RNA 편집 (특정 유전자의 서열의 부가, 파괴 또는 변이)에서 중요한 역할을 하는 단백질을 비롯한 것이다. 한 실시양태에서, 상기 단백질은 CRISPR (클러스터링된 규칙적 간격의 짧은 회문식 반복부)-관련 단백질의 구성원일 수 있다. 구체적으로, 상기 단백질은 Cas9 단백질 (CRISPR 연관 단백질 9), RNA-가이드된 DNA 뉴클레아제 효소, 또는 그의 유사체일 수 있거나, 또는 그를 포함할 수 있다.
한 실시양태에서, 본 발명은 의학적 장애 치료를 필요로 하는 환자에게 적절한 가이드 올리고뉴클레오티드와 함께 투여되는, 적절량의, 화학식 I에 따른 접합체 (여기서, D는 CRISPR 단백질, 예컨대, Cas9이다)를 포함하는 제약 조성물을 투여함으로써 각 가이드 올리고뉴클레오티드에 의해 로딩된, 상기 단백질의 세포 내로의 전달을 달성하고, 세포에서 상기 단백질은 그의 게놈 편집 활성을 발휘할 수 있는 것인 단계를 포함하는, 의학적 장애를 치료하는 유전적 치료 방법을 기술한다. 이와 관련하여, 가이드 올리고뉴클레오티드는 유전 물질 중의 결함을 수복시키기 위해 DNA 상의 특정 유전자좌 (위치)로 Cas-9 단백질을 가이드하는 RNA 또는 DNA의 서열이다. Cas9 단백질인 경우, 가이드 올리고뉴클레오티드는 RNA이다.
그러므로, 본 발명의 실시양태에 따른 접합체, 및 각 제약 조성물 및 방법은 그 중에서도, 의학적 장애를 치료하는 데, 그 중에서도 암, 독성 손상, 허혈성 질환, 감염성 질환, 단백질 축적증, 외상, 면역 매개 질환, 또는 퇴행성 질환으로부터 선택되는 의학적 장애를 치료하는 데 유익할 수 있다.
신경 장애 분야에서, 본 발명의 실시양태에 따른 접합체는 그 중에서도, 신경퇴행성 장애, 예컨대, 알츠하이머병, 운동 신경세포 질환, 파킨슨병, 헌팅턴병, 다발성 경화증 및 크로이츠펠트-야콥병을 치료하는 데 유용할 수 있다.
실시예
실시예 1: 본 발명의 실시양태에 따른, 올리고뉴클레오티드를 포함하는 접합체를 합성하는 일반 방법
먼저, 질환 병인 또는 발병기전에서의 그의 역할에 기초하여 침묵시키고자 하는 유전자를 선택한다. 이어서, 관련 기술분야에 공지된 생물정보학적 방법론에 기초하여, ASO의 DNA 서열의 각 siRNA의 뉴클레오티드 서열 (전형적으로, RISC 기질의 경우, 19-21개의 염기쌍, 및 다이서 기질의 경우, 25-29개)을 결정한다.
3' → 5' 방향으로 합성을 수행한다. 보호된 2'-데옥시뉴클레오시드 (dA, dC, dG, 및 T), 리보뉴클레오시드 (A, C, G, 및 U), 또는 화학적으로 변형된 뉴클레오시드, 예컨대, LNA (잠금 핵산) 또는 BNA (가교 결합된 핵산)로부터 유도된 포스포라미다이트 빌딩 블록을 이용하여 고체상 합성을 적용한다. 빌딩 블록은 원하는 siRNA 또는 ASO의 서열이 요구하는 순서대로 성장 올리고뉴클레오티드 쇄에 순차적으로 커플링된다.
올리고뉴클레오티드의 구축 후, 본 발명에 따른 화합물 (상기 기술된 바와 같은, E)은 올리고뉴클레오티드의 빌딩 블록 중 하나로서 부가된다. 임의적으로, 화합물은 상기 기술된 바와 같이 그의 전구체 형태로 부가될 수 있다. 올리고뉴클레오티드의 5'-단부에의 화합물 부가를 위해, 그의 전구체 형태의 화합물은 포스포라미다이트 모이어티를 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드의 3'-단부에의 화합물 부가를 위해, 그의 전구체 형태의 화합물은 아세틸렌 또는 아지드 모이어티를 포함할 수 있다. 일반적으로, 본 프로세스는 완전히 자동화된다. 쇄의 어셈블리 완료시, 생성물을 고체상으로부터 용액으로 유리시키고, 탈보호화하고, 수집한다. 이어서, 원하는 접합체를 수집하고, 고성능 액체 크로마토그래피 (HPLC)에 의해 단리시켜 원하는 올리고뉴클레오티드를 고순도로 수득한다. siRNA인 경우, 각각의 상보적인 RNA 가닥을 따로따로 합성한 후, 두 가닥의 어닐링을 수행하여 원하는 siRNA 이중 가닥 RNA를 수득한다.
실시예 2: 본 발명의 실시양태에 따른 구체적 예시 화합물을 합성하는 방법:
본 발명의 실시양태에 따른 예시 화합물의 합성은 (상기 기술된 바와 같이 모이어티 B의 예로서 작용할 수 있는) 담즙산 리토콜산으로부터 개시된다.
퍼플루오로-tert-부탄올은 상업적으로 이용가능하고, 이는 상기 기술된 바와 같이 모이어티 A의 예로서 작용할 수 있다.
합성은 하기 반응식 I에 기술된 바와 같이 진행된다. 본 실시예에서, E 모이어티는 올리고뉴클레오티드의 5'-단부에 연결되도록 디자인되고, 그러므로, 포스포라미다이트 모이어티는 합성 최종 단계에서 부가된다.
<반응식 I>
Figure pct00016
25 g의 물질 (1)을 26 g의 (정량적) 메틸 에스테르 (물질 (2))로 전환시켰다. 26 g의 물질 (2)를 TBDMSCl NS와 반응시키고, NMR에 따라 29 g (87%)의 순수한 물질 (3)을 수득하였다. NaBH4 THF/MeOH를 이용하여 물질 (3) (29 g)을 물질 (4)로 환원시키고, 후처리 및 정제한 후, NMR에 따라 25 g의 물질 (4) (85%) (일부 미량의 물질 (3) 포함)를 수득하였다. 물질 (4)와 퍼플루오로 t-부탄올과의 미츠노부(Mitsunobu) 반응을 통하여, 후처리 칼럼 크로마토그래피 및 MeOH로부터의 연마 후, 33.5 g (92%)의 물질 (5)를 수득하였고, 이후 이를 탈보호화하여 스테로이드 (6)을 수득하였다. 이어서, 스테로이드 (6) (2.5 g)을 THP-보호된 브로모테트라데카놀에 커플링시켰다. 커플링은 3일 소요되었고, 완전히 전환시키는 데에는 4 당량의 THP-보호된 브로모테트라데카놀이 필요하였다. 생성물을 칼럼 크로마토그래피에 의해 정제하였다. MeOH/1,4-디옥산 (HCl, 4 N)/THF로 보호기 (THP)를 제거한 후, 생성물 (7)을 칼럼 크로마토그래피에 의해 정제하여 불순물을 제거하였다. 백색 고체로서 생성물 (7) (1.5 g, c.y 48%)을 수득하였다. 이어서, 생성물 (7)을 포스포라미다이트 기의 부착에 의해 필요한 화합물 (8)로 전환시켰다.
실시예 3: 전구체, 및 올리고뉴클레오티드에 부착된 각 화합물의 구조
a. 5' 변형:
전구체 :
Figure pct00017
올리고뉴클레오티드에 부착된 것 :
Figure pct00018
b. 3' 변형:
전구체 :
Figure pct00019
DMT= 디메톡시트리틸;
CPG= 올리고뉴클레오티드의 합성을 위한 고체 지지체로서의 조절된 세공 유리 (CPG).
올리고뉴클레오티드에 부착된 것 :
Figure pct00020
c. 5' 변형; 화합물의 핵염기 (예컨대, 티민)에의 부착:
전구체
Figure pct00021
올리고뉴클레오티드에 부착된 것
Figure pct00022
실시예 4: 본 발명의 실시양태에 따른, Cas9 단백질과 접합된 화합물의 예시적 구조
Cas9 단백질에 접합된, 본 발명의 "분자 모터"의 구조는 도 4에 개략적으로 제시되어 있다. 이 구조는 Cas9 단백질의 구조에 관한 결정학적 연구에 기반한 것이다 (Nishimazu FG , et al., Cell 156 :935-949, 2014). 본 발명의 실시양태에 따른 화합물 E는 그의 Q 기를 통해 단백질 표면 상의 리신 측쇄에 결합하여 단백질에 부착될 것이다. 부착을 위해, 활성 에스테르가 사용될 것이다. 알콜은 산소 (물)보다는 질소 (단백질 리신 측쇄)와 우선적으로 반응하는 카르보네이트 활성 에스테르로 전환될 것이다. 반응은 하기 반응식 II에 따라 수행될 것이다:
<반응식 II>
Figure pct00023
가능한 유도체화제로는 하기와 같은 것들이 있다:
a) 포스겐: 연결이 클로로포르메이트 에스테르를 통해 이루어지는 경우.
b) 디숙신이미딜 카르보네이트 (X = N-히드록시숙신이미드): 연결이 숙신이미딜 카르보네이트를 통해 이루어지는 경우.
c) 카르보닐디이미다졸 (CDI, X = 이미다졸): 연결이 이미다졸릴 카르바메이트를 통해 이루어지는 경우.
아민 무함유 (트리스(Tris) 아닌), 약간 염기성을 띠는 완충제 (pH = 8-9) 중에서 상기 기들 중 임의의 것으로 단백질을 표지한다. 연결 지점은 소수성이고, 따라서, 단백질과의 반응을 위해 공용매 (일반적으로 DMF 또는 DMSO)를 필요로 한다. 반응성이 높다는 것은 반응 시간이 더 짧을 뿐만 아니라, 산소 선택성에 비하여 질소 선택성이 더 낮고, 수성 완충제 중에서의 수명이 더 짧다는 것을 의미한다. 모든 활성 에스테르의 경우, 생성물은 쉽게 효소적으로 절단될 수 있는 카르바메이트이다. 상기의 이들 3가지 옵션 중, 카르보닐디이미다졸의 경우, 산소 선택성에 비하여 질소 선택성이 가장 높을 뿐만 아니라, 합성도 가장 간단하다. 한편, 단백질 유도체화는 더 장시간 소요될 수 있다 (아마도 밤새도록 소요). 단백질 분자 1개당 E 모이어티의 개수는 원하는 몰비를 미리 설정해 놓음으로써 결정된다.
실시예 5: 본 발명의 실시양태에 따른 시험관내에서의 Cy3 -표지된 SS 29-mer DNA 서열의 세포 흡수 및 국재화
세포 배양물:
GFP로 안정하게 형질감염된 NIH-3T3 세포주를 셀 바이오랩스(Cell Biolabs: 미국 샌디에고) (cat-AKR214)로부터 입수하였다.
5% CO2를 함유하는 습식 인큐베이터 중 37℃에서 10% 우태아 혈청 (FBS; 바이오로지칼 인더스트리즈(Biological Industries) cat-04-011-1A), 2 mM L-글루타민 (바이오로지칼 인더스트리즈 cat-03-020-1B), 1% Pen-Strep (바이오로지칼 인더스트리즈 cat-03-031-1B) 및 10 ㎍/ml 블라스티시딘 (엔조(Enzo) cat-ALX-380-089)으로 보충된, 둘베코 변형 이글 배지(Dulbecco modified Eagle's medium: DMEM; 기브코(Gibco) cat-41965)에서 세포를 성장시켰다.
세포 내로의 29-mer DNA 전달 평가; 시험관내 검정법:
실험 하루 전날, 항생제 없이 DMEM과 보충제 성장 배지 (500 ㎕/웰)를 포함하는 웰당 4.5x104개의 세포인 밀도로 지수 성장기에 있는 NIH-3T3-GFP 세포를 24 웰 플레이트에 플레이팅하였다. 각각의 Cy3-표지된 올리고뉴클레오티드를 100 ㎕/웰의 옵티-멤(Opti-Mem) (라이프 테크놀로지즈(Life technologies)-Cat. 31985062)에 희석시키고, 40 내지 100 nM의 다양한 최종 농도로 세포에 첨가하였다.
인큐베이션 후 2, 4, 8 및 24 h째에 세포 내의 Cy3-표지된 올리고뉴클레오티드 전달 시스템의 축적을 평가하였다. 인큐베이션 기간 후, 세포를 행크스 완충처리된 염 용액(Hank's Buffered Salt Solution: HBSS 완충제; 바이오로지칼 인더스트리즈)으로 세척하고, 분석하였다.
테칸 인피니트(Tecan Infinite)® 200 PRO 다중 모드 판독기 (여기 파장 548±4.5 nm 및 방출 파장 580±10 nm)를 이용하여 Cy3-양성 집단의 검출 및 정량화를 수행하였다.
Cy3-ssDNA 올리고뉴클레오티드 (29 nt) (신콤(Syncom: 네덜란드); IDT (미국))에 부착된, 본 발명의 실시양태에 따른 화합물의 막횡단 전달을 대조군 Cy3-ssDNA 올리고뉴클레오티드 (IDT (미국))와 비교하고, 이를 비처리된 세포와 비교하였을 때의 Cy3-양성 세포의 백분율로서 표시하였다.
형광 현미경법 :
실험 24 h 전, NIH-3T3 GFP 세포를 4.5x104개/웰의 밀도로 플레이팅하였다. 성장 배지를 (DNase/RNase 무함유 물에 40-100 nM로 용해된) Cy3-ssDNA 올리고뉴클레오티드 (29 nt)에 부착된, 본 발명의 실시양태에 따른 화합물 또는 대조군 Cy3-ssDNA (IDT (미국))을 함유하는 새 배지로 교체하고, 37℃에서 2, 4, 8 및 24 h 동안 인큐베이션시켰다.
인큐베이션 후, 세포를 HBSS로 세척하고, 수은 램프로부터 UV 조사하면서, 올림푸스(Olympus) 형광 현미경 (BX51TF; 올림푸스 옵티칼(Olympus Optical: 영국))을 사용하여 시각화하였다. 470-495 nm에서의 여기 및 590 nm에서의 방출을 이용하여 Cy3-형광단을 시각화하였다. 530-550 nmnm에서의 여기 및 510-550 nm에서의 방출을 이용하여 GFP-형광단을 시각화하였다.
본 발명의 실시양태에 따른, 그의 5'-단부에서 포스페이트 결합을 통하여 E 모이어티 (본 실시예에서 화학식 VIIa의 화합물)에 연결된 ss 29-mer DNA의 ASO의 인지질 막을 가로질러 수행된 세포 내로의 전달에서 본 발명의 실시양태에 따른 접합체의 생물학적 성능은 도 5a5b에 기술되어 있다. 상기 구축물은 또한 5'-단부에 iCy3-형광단도 가졌다. GFP 단백질로 안정하게 형질감염된 NIH-3T3 세포에서 전달을 평가하였다.
도 5a는 8시간의 동안 100 nM의 농도로 Cy3-ssDNA에 부착된 본 발명의 실시양태에 따른 화합물 ("E-접합체") 또는 Cy3-ssDNA와 함께 인큐베이션된 3T3-GFP 세포의 결과를 보여주는 것이다. 이후, 세포를 형광 현미경법 (x20 배율)에 의해 분석하였다.
E-접합체는 상단 패널에 제시되어 있는 반면, 하단 패널에는 본 발명의 실시양태에 따른 화합물 ("E 모이어티")이 없는 대조군 ASO가 제시되어 있다.
제시되어 있는 바와 같이, E 모이어티가 없는 대조군 구축물은 세포 내로의 어떤 유의적인 전달도 보이지 않은 반면, E-접합체는 거의 모든 세포 내로의 흡수를 보였다. 영상은 37℃에서의 인큐베이션 8시간째에 획득하였다. 100 nM의 E-접합체와의 인큐베이션이 제시되어 있다.
ELISA에 의한 정량적 분석
3T3-GFP 세포를 다양한 농도로 (40 nM 및 100 nM) 24시간 동안 E-접합체 또는 Cy3-ssDNA와 함께 인큐베이션시켰다. 세포를 세척하고, ElISA 형광계에 의해 평가하였다. Cy3 형광 수준을 3T3-GFP 비처리된 세포와 비교하였다. 도 5b에 제시되어 있는 바와 같이, 40 nM 및 100 nM의 용량에서 접합체는 세포 내로의 전달을 대조군과 비교하였을 때, 4배 및 3배 증가시킨 것으로 나타났다.
실시예 6: 시험관내에서의 siRNA에 의한 mRNA의 넉 다운
GFP (녹색 형광 단백질) 리포터 유전자를 안정하게 발현하는 세포에서 25 - 27 bp dsRNA의 억제 활성을 평가한다. 본 목적을 위해, GFP를 발현하는, 안정하게 형질감염된 NIH 3T3 세포를 25 - 27-mer dsRNA 이중체 (각각 10-40 nM씩)로 형질감염시킨다. GFP 유전자 넉 다운 지속 기간에 대한 정량적 추정치를 수득하기 위해, 형질감염 후 GFP 발현을 관찰하는 시간-경과 실험을 수행할 것이다.
실험 하루 전날, 항생제 없이 DMEM과 보충제 성장 배지 (500 ㎕/웰)를 포함하는 웰당 4.5x104개의 세포인 밀도로 지수 성장기에 있는 NIH-3T3-GFP 세포를 24 웰 플레이트에 플레이팅할 것이다. 각각의 Cy3-표지된 올리고뉴클레오티드를 100 ㎕/웰의 옵티-멤 (라이프 테크놀로지즈-Cat. 31985062)에 희석시키고, 40 내지 100 nM의 다양한 최종 농도로 세포에 첨가하였다.
인큐베이션 후 24, 48 및 72 h째에 세포 내에서의 GFP의 mRNA의 넉 다운을 평가할 것이다. 인큐베이션 기간 후, 세포를 행크스 완충처리된 염 용액(HBSS 완충제; 바이오로지칼 인더스트리즈)으로 세척하고, 분석하였다.
테칸 인피니트® 200 PRO 다중 모드 판독기 (여기 파장 488±4.5 nm 및 방출 파장 535±10 nm)를 이용하여 GFP-양성 집단의 검출 및 정량화를 수행하였다.
25 - 27 bp dsRNA (신콤 (네덜란드); IDT (미국))에 부착된, 본 발명의 실시양태에 따른 화합물의 넉 다운 활성을 대조군 25 - 27 bp dsRNA (IDT (미국))와 비교하고, 이를 비처리된 세포와 비교하였을 때의 GFP-양성 세포의 백분율로서 표시할 것이다.
실시예 7: 다이서 기질의 투여를 포함하는, siRNA의 세포내 포획을 위한 기전
본 발명의 한 실시양태에서, 세포질에 siRNA를 포획시키는 방법은 이중 가닥 RNA를 프로세싱할 때, 이중 가닥 RNA를, 유전자 침묵를 위해 RISC 복합체와 상호작용하는 데 적합한, 19-21개의 염기쌍 크기로 커팅하는 효소 다이서의 활성에 기초한다. 상기 방법은 (i) . 표적 유전자를 침묵시키기 위한 서열을 포함하는, 25-30개 뉴클레오티드의 이중 가닥 RNA를 포함하는 다이서 기질로서, 여기서, 본 발명의 실시양태에 따른 화합물은 센스 (패신저) 가닥의 3'-단부에 및/또는 안티센스 (가이드) 가닥의 5'-단부에 부착되어 있는 것인 다이서 기질의 투여; (ii) . siRNA의 막횡단 전달; 및 ( iii ). 다이서 효소에 의해 dsRNA를 절단함으로써 siRNA를 유리시켜 표적 유전자를 침묵시키기 위해 RISC 복합체와 상호작용하도록 하는 것을 포함한다.
시험관내 다이서 절단 검정법을 위해, siRNA 이중체 (100 pmol)를 20 ml의 20 mM 트리스 (pH 8.0), 200 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2 중에서 1 유니트의 재조합 인간 다이서 (스트라타진(Stratagene))와 함께 24 h 동안 인큐베이션시킬 수 있다. 3 ml 분취량의 각 반응물 (15 pmol RNA)을 15% 비변성 폴리아크릴아미드 겔에서 분리하고, 겔스타(GelStar) (암브렉스(Ambrex))로 염색하고, UV 여기를 사용하여 시각화할 것이다. 다이서 처리 전 및 처리 후, 써모핀니간TSQ7000(ThermoFinniganTSQ7000), X칼리버(Xcalibur) 데이터 시스템, 프로매스(ProMass) 데이터 프로세싱 소프트웨어 및 패러다임(Paradigm) MS4 HPLC (마이크롬 바이오리소시스(Michrom BioResources))로 이루어진, 올리고(Oligo) HTCS 시스템 (노바티아(Novatia))를 이용하여 이중체 RNA의 전기분무-이온화 액체 크로마토그래피 질량 분광법 (ESILCMS)을 수행할 것이다.

Claims (16)

  1. 하기 화학식 II에 따른 화합물이며, 약물에 연결가능한 것인, 약물의 막횡단 전달을 위한 화합물.
    <화학식 II>
    Figure pct00024

    상기 식에서,
    a는 정수 1, 2, 3 또는 4이고, 상기 식에서, A는 하기 화학식 III, IV 및 V에 기재된 구조식으로부터 선택되고:
    <화학식 III>
    Figure pct00025

    <화학식 IV>
    Figure pct00026

    <화학식 V>
    Figure pct00027

    여기서, M은 -O- 또는 -CH2-로부터 선택되고; g 및 h는 개별적으로 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 및 16으로부터 선택되는 정수이고;
    상기 식에서,
    B는 포화 또는 부분적으로 포화된 선형, 분지형 또는 시클릭 C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, C30, C31, C32, C33, C34, C35, C36, C37, C38, C39, C40, C41, C42 알킬, 알킬렌, 헤테로알킬렌, 아릴, 헤테로아릴; 스테로이드 또는 그의 조합이고;
    Q는 부재(null), 에스테르, 티오에스테르, 아미드, 카르바메이트, 디술피드 [-(S-S)-], 에테르 [-O-], pH 감수성 모이어티, 및 산화 환원 감수성 모이어티로부터 선택되고;
    L은 존재하지 않거나, 또는 임의적으로 치환된 선형, 시클릭 또는 분지형의, 포화, 불포화 또는 부분적으로 포화된 C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, C30, C31, C32, C33, C34, C35, C36, C37, C38, C39, C40, C41, C42 알킬, 알킬렌, 헤테로알킬렌, 아릴, 헤테로아릴; 스테로이드 또는 -(O-CH2-CH2)u- (여기서, u는 정수 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10이다); 또는 그의 조합이다.
  2. 제1항에 있어서, 하기 화학식 VI에 기재된 화합물의 제약상 허용되는 염, 수화물, 용매화물 및 금속 킬레이트를 포함하는 화학식 VI에 기재된 화합물.
    <화학식 VI>
    Figure pct00028

    상기 식에서,
    n 및 m은 각각 개별적으로 부재 및 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20으로부터 선택되는 정수이고;
    k는 2, 3, 4, 5, 6, 7로부터 선택되는 정수이고;
    Z는 부재 및 -S-S-로부터 선택되고;
    Q는 약물에의 연결 지점이다.
  3. 제2항에 있어서, k=2인 화합물.
  4. 제1항에 있어서, 하기 화학식 VII에 기재된 화합물.
    <화학식 VII>
    Figure pct00029
  5. 제1항에 있어서, 하기 화학식 VIIa에 기재된 화합물.
    <화학식 VIIa>
    Figure pct00030
  6. 제1항에 있어서, 하기 화학식 VIII에 기재된 화합물.
    <화학식 VIII>
    Figure pct00031

    상기 식에서,
    n 및 m은 각각 개별적으로 부재 및 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20으로부터 선택되는 정수이고;
    Z는 부재 및 -S-S-로부터 선택되고;
    Q는 약물에의 연결 지점이다.
  7. 제1항에 있어서, 하기 화학식 IX에 기재된 화합물.
    <화학식 IX>
    Figure pct00032
  8. 제1항에 있어서, 하기 화학식 IXa에 기재된 화합물.
    <화학식 IXa>
    Figure pct00033
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 약물이 거대분자를 포함하는 것인 화합물.
  10. 제9에 있어서, 약물이 siRNA, ASO 및 치료학적 단백질로부터 선택되는 것인 화합물.
  11. 제10에 있어서, 치료학적 단백질이 CRISPR 단백질을 포함하는 것인 화합물.
  12. 제11에 있어서, CRISPR 단백질이 Cas9 단백질을 포함하는 것인 화합물.
  13. 약물에 부착된 제1항에 따른 화합물을 포함하는 접합체.
  14. 세포를, 제13항에 따른 접합체인 접합체와 함께 인큐베이션시키는 단계를 포함하는, 약물을 생물학적 막을 가로질러 전달하는 방법.
  15. 의학적 장애 치료를 필요로 하는 환자에게 적절량의, 제13항에 따른 접합체를 포함하는 제약 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 의학적 장애를 치료하는 방법.
  16. 제14항에 있어서, 환자에게, 표적 유전자를 침묵시키기 위한 서열을 포함하는, 25-30개 뉴클레오티드의 이중 가닥 RNA를 포함하는 다이서(Dicer) 기질을 투여하는 단계를 포함하는 것인 방법.
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