ES2248127T3 - Metodo para regular la transcripcion de genes foraneos en presencia de nigtrogeno. - Google Patents

Metodo para regular la transcripcion de genes foraneos en presencia de nigtrogeno.

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ES2248127T3 ES00965684T ES00965684T ES2248127T3 ES 2248127 T3 ES2248127 T3 ES 2248127T3 ES 00965684 T ES00965684 T ES 00965684T ES 00965684 T ES00965684 T ES 00965684T ES 2248127 T3 ES2248127 T3 ES 2248127T3
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Abstract

Una secuencia de promotor aislada para promover la transcripción de un gen foráneo en organismos transgénicos, la cual comprende un promotor inducible por nitrógeno, con o sin secuencia que actúa en cis, para la expresión de dicho gen foráneo y destinada a ser modulada para la expresión transcripcional de dicho gen foráneo por la adición o eliminación de un inductor de nitrógeno; en la que dicho promotor aislado tiene la secuencia de ácido nucleico según se representa en la SEQ ID nº 1 a 13.

Description

Método para regular la transcripción de genes foráneos en presencia de nitrógeno.
Antecedentes del invento (a) Campo del invento
El invento se refiere a un método para regular la transcripción del transgén en organismos genéticamente modificados. Más específicamente, el invento se refiere al empleo de vectores de expresión que albergan la secuencia codificante de un gen de interés bajo el control transcripcional de secuencias promotoras, por las que la actividad se regula por la presencia de nitrógeno. Preferiblemente, estos constructos se emplean en plantas leguminosas transgénicas (por ejemplo, soja, alfalfa, trébol de prados, trébol de cuerno, habas, guisantes, cacahuetes) donde el crecimiento no está impedido por ausencia de nitrógeno mineral, y en las que la inducción de la expresión puede llevarse a cabo en cualquier momento durante el desarrollo, a través de la adición de una fuente apropiada de nitrógeno. En una perspectiva más amplia, el invento podría usarse para inducir la expresión de cualquier transgén dado a través de la adición de cualquier fuente de nitrógeno, siempre que el organismo pueda crecer adecuadamente en ausencia de ese inductor de nitrógeno; como un ejemplo dentro del reino vegetal, la lenteja de agua (Lemna minor) puede adaptarse a crecer o sobre nitrato o sobre amonio como fuente de nitrógeno; la lenteja de agua transgénica puede, por tanto, crecer sobre nitrato como única fuente de nitrógeno y la expresión del transgén dispararse por la adición de amonio, siempre que el casete contenga un promotor de un gen nativo para el que la expresión se inicia por la adición de amonio. En consecuencia, el invento proporciona un medio de regular la expresión de un rasgo transgénico en cualquier organismo, a través de la adición de varios inductores de nitrógeno.
(b) Descripción de la técnica anterior
El nitrógeno es una molécula esencial para la vida. Todos los organismos vivos necesitan nitrógeno para sintetizar aminoácidos, los ladrillos de las proteínas, y nucleótidos, los ladrillos de los ácidos nucleicos. El nitrato de amonio es la forma preferida de nitrógeno mineral suministrado a las cosechas en forma de fertilizante. El nitrógeno del nitrato se reduce primero a nitrito y luego a amonio a través de la actividad de una vía metabólica común a la mayoría de las plantas herbáceas. Dependiendo de las especies, parte o todo el nitrato absorbido se transportará a las células de las hojas a través del xilema antes de reducirse a amonio. El amonio u otras formas reducidas de nitrógeno también se absorben (aunque normalmente a velocidades inferiores) por el sistema radicular, pero su asimilación no precisa reducción. Estas moléculas de amonio o que contienen amonio recién absorbidas se unen a la reserva endógena de las células que se forma por ciclación del amonio por medio de aminoácidos y otras moléculas nitrogenadas. Algunas especies no metabolizan el nitrógeno del nitrato fácilmente y, por tanto, no pueden depender del nitrato como única fuente de nitrógeno; muchas especies de coníferas se encuentran dentro de esta última categoría. Las legumbres y otras especies de plantas simbióticas forman una tercera gran clase de utilizadores de nitrógeno dentro del reino vegetal; forman una alianza metabólica con un microorganismo a través del cual pueden fijar el nitrógeno gaseoso. La planta emplea eficazmente este nitrógeno reducido para crecer y, por tanto, estas cosechas pueden desarrollarse independientemente de la disponibilidad de nitrógeno mineral en el suelo.
Muchos microbios y especies de plantas silvestres se adaptarán ampliamente a la disponibilidad de fuentes de nitrógeno y pueden, por tanto, completar su ciclo vital en ausencia de una forma molecular de nitrógeno, que podrían usar de forma exclusiva y eficaz si estuviese disponible en otro medio ambiente de crecimiento. Como para la mayoría de las vías asimilatorias, la asimilación de nitrógeno está estrechamente regulada en las células. Como ejemplo, la expresión de genes que codifican la nitrato reductasa (NaR) y la nitrito reductasa (NiR), que son responsables de la reducción del nitrato a amonio, se han descrito ampliamente en varias especies microbianas y de plantas (para una revisión, véase Miflin y Lea, Libros 5 y 12, en The Biochemistry of plants). Aunque el nitrato no es la única molécula reguladora implicada en el control de la expresión de NaR y NiR, su presencia es esencial para iniciar la cascada de transducción que eventualmente conduce a la transcripción y traducción sostenidas de estos genes. Se ha mostrado que la expresión de los genes NaR y NiR está reprimida en las plantas leguminosas cuando crecen en ausencia de nitrógeno mineral.
Los promotores de NiR se han caracterizado en algunas especies de plantas (Back et al., 1991, Plant Molecular Biology 17:9-18; Sander et al., 1995, Plant Molecular Biology 27:165-177). La inducibilidad de estos promotores se ha caracterizado también empleando genes marcadores en plantas transgénicas, donde se demostró que se precisa la disponibilidad de nitrato para la completa activación de la transcripción.
También se han descrito las vías de asimilación de otras fuentes de nitrógeno y también se han caracterizado los promotores de los genes implicados en algunas de estas vías.
Durante más de 15 años se ha empleado la transformación genética de microbios para producir moléculas recombinantes útiles, y en la actualidad se están explotando las aplicaciones en las industrias farmacéuticas, cosmecéutica y dermacéutica. Esta tecnología se ha extendido de los microorganismos a las plantas y los animales en los últimos diez años con el desarrollo de las técnicas requeridas para adaptar este concepto general a los organismos eucariotas complejos. Básicamente, un gen que codifica una proteína de interés o un gen que codifica una enzima responsable de una modificación de una vía metabólica que conduce a una molécula de interés está unido de una manera apropiada a secuencias reguladoras que actúan en cis y trans y se transfiere a una célula diana donde se incorpora en la maquinaria molecular (de forma transitoria o estable). La célula transgénica, o un tejido u organismo regenerado a partir de la célula transgénica, llevarán a cabo entonces la transcripción y traducción del transgén y, por tanto, serán capaces de acumular la proteína de interés o de desarrollar la nueva reacción metabólica a través de la actividad de la enzima de interés.
La industria emergente del cultivo molecular (producción de moléculas recombinantes en animales o cosechas) es una de las industrias más prometedoras del siglo venidero. Su promesa es proporcionar factorías de moléculas seguras y renovables para la industria. Entre las aplicaciones que están desarrollándose actualmente se encuentran la producción de anticuerpos monoclonales de bajo coste para usos terapéuticos y diagnósticos, la producción de cantidades ilimitadas de hormonas, citocinas y otras moléculas bioactivas para el tratamiento de enfermedades crónicas o letales, la producción de sustitutos de varios componentes sanguíneos seguros biológicamente, la producción de cantidades ilimitadas de enzimas de procesamiento para la industria de la alimentación y de la pasta papelera, la producción de enzimas a bajo coste para tratamientos de residuos y la producción de moléculas biológicamente activas seguras para la industria cosmética.
Las limitaciones para la aplicación de esta tecnología han venido a menudo de la incapacidad de los organismos transgénicos para acumular cantidades adecuadas del producto recombinante, como resultado de bajas velocidades de transcripción, corte y empalme inadecuado del mensajero, inestabilidad del ARNm foráneo, deficientes velocidades de traducción, hipersusceptibilidad de la proteína recombinante a la acción de proteasas endógenas o hipersusceptibilidad del organismo recombinante a la proteína foránea que da como resultado un crecimiento inadecuado y limitado o, en los peores casos, fuertes efectos perjudiciales para el organismo hospedante. La insuficiencia del nivel de producción tiene un impacto directo en el desarrollo de las aplicaciones cuando los márgenes de beneficio son estrechos, o cuando el tratamiento y/o la eliminación de la materia residual causa problemas de bioseguridad o medioambientales. La mejora del nivel de acumulación del producto recombinante deseado parece, de ese modo, ser un factor crítico que garantiza la comercialización de muchas aplicaciones del cultivo molecular.
Se ha propuesto el empleo de promotores inducibles, y en algunos casos se han empleado con éxito, para contrarrestar el efecto combinado de todos los factores anteriormente mencionados. Promotores fuertes inducibles pueden conseguir generar altas velocidades de transcripción efímeras que dan como resultado acumulaciones transitorias elevadas de ARNm foráneo y de producto de traducción. Como resultado, cuando la inducibilidad de la expresión se empareja con adecuados procedimientos sincronizados de recuperación de proteína, el rendimiento por unidad obtenida es mayor que con el empleo de expresión constitutiva.
Se han desarrollado varios casetes de expresión que albergan promotores inducibles para sistemas de producción microbiana, y algunos se encuentran actualmente disponibles para investigación. Algunos promotores inducibles se emplean actualmente en sistemas de plantas (inducibilidad de heridas) o animales (especificidad para células de las glándulas mamarias, PPL), aunque ninguno de los sistemas publicados emplea inductores químicos de bajo coste y bioseguros como las sales de nitrato.
Sería altamente deseable proveerse de un método de regulación de la transcripción de un transgén en organismos genéticamente modificados.
Compendio del invento
Un objetivo del presente invento es proporcionar un método para regular la transcripción de un transgén en organismos genéticamente modificados.
Otro objetivo del presente invento es proporcionar el empleo de vectores de expresión que albergan la secuencia codificante de un gen de interés bajo el control transcripcional de secuencias promotoras para las que la actividad se regula por la presencia de nitrógeno.
El presente invento se refiere al empleo de casetes de expresión inducibles por nitrógeno para la expresión controlada de genes foráneos en plantas. Se mostrará por la siguiente descripción que el aislamiento de tales secuencias reguladoras puede realizarse de modo que cuando las secuencias que actúan en cis están apropiadamente asociadas con el marco abierto de lectura de un gen de interés, su transcripción puede controlarse por la adición de fuentes de nitrógeno específicas.
En un aspecto de este invento, el sistema fijado emplea especies de plantas leguminosas, de modo que constructos que contienen un promotor inducible por nitrato se mantendrán transcripcionalmente bajos a lo largo del periodo de crecimiento si la planta transgénica se mantiene en un medio sin nitrato, permitiendo así el desarrollo de la biomasa de la planta sin interferencia del rasgo transgénico. Con la adición de nitrato al medio de crecimiento, la transcripción se inducirá en una proporción relativamente grande de la biomasa durante los días siguientes. La optimización del tiempo de inducción y de la acumulación de proteína tendrá lugar entonces para maximizar la recuperación del producto recombinante deseado.
Aunque la siguiente descripción aclarará que este invento puede adaptarse fácilmente a la inducción por nitrato en plantas leguminosas transgénicas privadas de nitrato, debe recordarse que este concepto general puede aplicarse también al desarrollo de otros sistemas de producción, aprovechando la amplia variedad de sistemas de asimilación de nitrógeno en los reinos microbiano, vegetal y animal.
En otro aspecto de este invento, la inducibilidad por nitrógeno también puede usarse para maximizar la producción de proteína en organismos que no realizan la fijación de nitrógeno a través de asociación simbiótica, pero que pueden usar fuentes variables de nitrógeno (reducidas u oxidadas) para crecer, y de ese modo poseen la capacidad de desarrollarse de forma adecuada aunque una de sus vías de asimilación de nitrógeno esté inactiva debido a la ausencia de un sustrato nitrogenado en el medio de crecimiento. El empleo de casetes de expresión que controlan la transcripción de cualquier gen en esta vía inactiva para conducir la expresión de un gen de interés en tal organismo permitirá la expresión inducible de un rasgo transgénico tras la adición del compuesto nitrogenado ausente previamente. Como ejemplo, la lenteja de agua es una especie vegetal que puede crecer alternativamente en nitrato o amonio; este invento podría usarse para desarrollar un casete de expresión que alberga un promotor inducible por amonio unido de forma apropiada a un gen de interés de modo que la inducción se realizaría en plantas transgénicas de lenteja de agua que han crecido con nitrato.
El presente invento proporciona una secuencia aislada de promotor de acuerdo con las reivindicaciones 1-4 y los usos de esta secuencia promotora de acuerdo con las reivindicaciones 5-18.
De acuerdo con una realización preferida del presente invento, la secuencia que actúa en cis puede aislarse a partir de la región en 5' respecto de un gen Nir expresado en alfalfa.
El promotor tiene la secuencia declarada en SEQ ID nº 1 a 13.
De acuerdo con una realización preferida del presente invento, el organismo es una planta, más preferiblemente una planta dicotiledónea.
De acuerdo con una realización preferida del presente invento, el organismo es alfalfa o tabaco.
De acuerdo con una realización preferida del presente invento, el inductor de nitrógeno es nitrato.
De acuerdo con una realización preferida del presente invento, el organismo es una planta, un hongo, una bacteria, una levadura o un animal.
De acuerdo con una realización preferida del presente invento, la secuencia que actúa en cis se aísla de una región en 5' de cualquier gen implicado en una vía de asimilación de nitrógeno.
De acuerdo con una realización preferida del presente invento, la secuencia que actúa en cis se aísla de una región en 5' de cualquier gen para el que la transcripción está modulada por la disponibilidad de una fuente de nitrógeno dada.
De acuerdo con una realización preferida del presente invento, la secuencia que actúa en cis es cualquier secuencia para la que la actividad transcripcional está regulada por adición o eliminación de cualquier fuente de nitrógeno en o desde cualquier medio ambiente de un organismo vivo.
De acuerdo con una realización preferida del presente invento, el organismo a partir del cual la secuencia que actúa en cis se aísla es cualquier planta, hongo, levadura, bacteria o animal.
De acuerdo con una realización preferida del presente invento, se proporciona un promotor para promover la transcripción de un gen foráneo en organismos transgénicos, el cual comprende un promotor inducible por nitrógeno con o sin secuencia que actúa en cis para la expresión de dicho gen y está adaptado a modularse por la expresión transcripcional de dicho gen por adición o eliminación de un inductor de nitrógeno; dicho promotor tiene la secuencia de ácido nucleico según se representa en SEQ ID nº 1 a 13.
De acuerdo con una realización preferida del presente invento, dicho promotor se emplea en combinación con un terminador que comprende un sitio terminal con señal de poliadenilación para inserción en el extremo 3' de dicho gen, en el que dicho terminador está operacionalmente situado con respecto a dicho gen y a dicho promotor y, por eso, permite la expresión de dicho gen.
Preferiblemente, el terminador tiene una secuencia seleccionada del grupo constituido por SEQ ID nº 14 a 16.
Breve descripción de los dibujos
La Fig. 1 ilustra el nivel de expresión de GUS empleando el promotor Nir (SEQ ID nº 2-13) y el terminador NOS en las hojas de plantas de tabaco transgénicas antes (columnas huecas) y después (columnas rellenas) de la fertilización con nitrato de las plantas. Las plantas de tabaco se transformaron con el promotor NiR de alfalfa completo y delecionado y con el terminador NOS situados funcionalmente para controlar la transcripción y terminación del gen indicador GUS, según se describe en Métodos. La actividad de GUS se midió de acuerdo con Jefferson et al. (1987, EMBO J. 13:3901-3907) antes y después de la inducción por nitrato.
La Fig. 2 ilustra el nivel de expresión de GUS empleando el promotor Nir (SEQ ID nº 2, 3, 5-6) y el terminador Nir (SEQ ID nº 15-16) en las hojas de plantas de tabaco transgénicas antes (columnas huecas) y después (columnas rellenas) de la fertilización con nitrato de las plantas. Las plantas de tabaco se transformaron con el promotor NiR de alfalfa completo y delecionado y con el terminador NiR situados funcionalmente para controlar la transcripción y la terminación del gen indicador GUS, según se describe en Materiales y Métodos a continuación. La actividad de GUS se midió según Jefferson et al. (1987, EMBO J. 13:3901-3907) antes y después de la inducción por nitrato.
La Fig. 3 ilustra el nivel de expresión de GUS empleando el promotor NiR y el terminador NOS en las hojas de plantas transgénicas de alfalfa noduladas antes (columnas huecas) y después (columnas rellenas) de la fertilización con nitrato. El genotipo 11.9 de alfalfa se transformó con los constructos GC2-E, GC2-B, DC1-D y 35S situados funcionalmente para conducir la expresión del gen indicador GUS, según se describió en Khoudi et al. (1997, Gene 197:343-351). Tras la regeneración, las plantas transgénicas se transfirieron a vermiculita estéril y se inocularon con la cepa Balzac de Rhizobium (Nitragin). Se dejaron crecer las plantas durante 3 semanas con adiciones repetidas de solución de Hoagland sin nitrato; la actividad de GUS se midió después en las primeras hojas totalmente expandidas, según se describió por Jefferson et al. (1987, EMBO J. 13:3901-3907). Las plantas se fertilizaron después con 40 mM de nitrato durante 2 días. La actividad de GUS se midió de nuevo en las primeras hojas totalmente expandidas. Los datos mostrados en esta memoria son proporciones de las actividades específicas de GUS posteriores y anteriores a la inducción por nitrato.
Descripción detallada del invento
A continuación se presenta una descripción detallada del método empleado para generar líneas transgénicas de tabaco y alfalfa que pueden modularse en su expresión de un gen indicador. Debe recordarse que podrían incorporarse variaciones al método por las que podrían aislarse promotores inducibles por nitrógeno, por las que podrían unirse a los ORF en el constructo empleado para expresión en plantas, por las que diferentes elementos de los constructos que actúan en cis y trans se emplean y se disponen espacialmente, por las que la inducibilidad por nitrógeno se demuestra y emplea, en tanto permanece dentro del alcance de este invento.
En esta realización, se aisló primero una cadena de ADNc de NiR a partir de alfalfa mediante RT-PCR con cebadores deducidos a partir de una secuencia consenso de NiR de planta. Este ADNc estirado se usó entonces para realizar llevar a cabo paseo genómico en dirección 5' y 3'. La región promotora de NiR y deleciones, el 5'UTR y el terminador NiR se colocaron entonces funcionalmente para controlar la transcripción y la terminación del gen indicador GUS. Estos constructos se insertaron dentro de vectores de expresión adecuados para bombardeo de ADN sobre las hojas de tabaco y alfalfa y para transferencia de ADN mediada por Agrobacterium, según describió Desgagnés et al. (1995, Plant Cell Tissue Organ Cult. 42:129-140). Estos dos métodos de transferencia del ADN se emplearon para demostrar que la expresión del gen indicador puede modularse por adición o eliminación del nitrato en el medio de crecimiento.
Materiales y Métodos Material biológico
La cepa DH5-\alpha de E. coli se empleó para realizar todas las etapas de clonación. El genotipo 11.9 de alfalfa resistente al frío se empleó para todos los experimentos que incluyeron transformación estable mediante infección por A. tumefaciens (Desgagnés et al., 1995, Plant Cell Tissue Organ Cult. 42:129-140).
Aislamiento del ARN total
El ARN total se extrajo empleando un método de fenol caliente, esencialmente como se describió por de Vries et al. (1988, B6 página 1, En: Gevin SB y Shilperoot RA editores, Plant Molecular Biology Manual, Dordrecht: Kluwer Academic Publisher).
RT-PCR
Se empleó RT-PCR para producir un fragmento de ADN correspondiente a una especie molecular abundante de ARNm de NiR a partir de ARNm total de hoja. Se identificó primero una región conservada a partir de 5 ORF de NiR de planta públicos, a saber, secuencias de Genbank #AB006032 (ARNm de Nir de Arabidopsis), #X66145 (ARNm de Nir parcial de tabaco), #U10419 (cadena codificante completa de Nir de haba), #X07568 (ARNm de Nir de espinaca) y #U90429 (cadena codificante completa de Nir de Glycine max). Los oligonucleótidos degenerados se dedujeron a partir de dos regiones conservadas, a saber, Nir5 - 5' GATATTGATGTTAGACTCAAGTGGC 3' (SEQ ID nº 17), en el extremo 5' y Nir3 - 5' CACYSATTCCACTTCCTWGGC 3' (SEQ ID nº 18), en el extremo 3' de la cadena codificante. En primer lugar se llevó a cabo una reacción de transcripción inversa con 200 unidades de transcriptasa inversa M-MLV-RT durante una hora a 37ºC empleando 1 \mug de ARN de hoja total, 4 mM de dNTP (1 mM de cada), 5 \muM de cebadores hexaméricos aleatorios en un tampón 1X de M-MLV-RT (50 mM de Tris-HCl pH 8,3, 75 mM de KCl, 3 mM de MgCl_{2}). La reacción de PCR se realizó en un sistema de PCR Perkin Elmer Cetus GenAmp 9600 (EG&G, Wellesley, MA), empleando 2,5 unidades de ADN polimerasa Taq, 2 \muM de cebador Nir5, 2 \muM de cebador Nir3, 800 \muM de dNTPs (200 \muM de cada) en un tampón 1X de PCR (20 mM de Tris-HCl pH 8,4, 50 mM de KCl, 2 mM de MgCl_{2}). El programa de ciclos empleado fue: 4 min iniciales a 94ºC, 30 ciclos de 1 min a 94ºC, 30 s a 55ºC y 3 min a 72ºC. Se incluyó en el programa un periodo de extensión de 7 min a 72ºC.
Secuenciación del ADN
La secuenciación del ADN se llevó a cabo según se describió por Sanger et al. (1977, P.N.A.S. USA, 74:5643-5647).
Paseo cromosómico
El paseo en dirección 5' del fragmento ADNc Nir de alfalfa clonado a partir de la reacción de RT-PCR se llevó a cabo empleando el kit Universal Genome Walker de Clontech Laboratories (Palo Alto, CA) (nº de catálogo 1807-1). Los cebadores a medida de NiR específicos empleados para amplificar las secuencias en 5' respecto de la secuencia codificante fueron:
Nir1106r - 5' TTGTCACATCAGCACATCCGTCTTTGC 3' (SEQ ID nº 19), y
Nir1061r - 5' TCGCCAAGTATCTTGTTTGAGCACTTG 3' (SEQ ID nº 20).
El fragmento amplificado de 3.775 pb se subclonó dentro del vector pGEM-T Easy (Promega, Madison, WI) (nº de catálogo A1360) para análisis posterior. El plásmido resultante se denominó pGNir4c.
El paseo en dirección 3' se llevó a cabo como el paseo en dirección 5' empleando los siguientes cebadores específicos de NiR:
Nir1c - 5' ATGTCTTCCTTCTCAGTACGTTTCCTC 3' (SEQ ID nº 28), y
Nir138c - 5' CAAGTTGATGCATCAAGGTGGGAGCCTAGA 3' (SEQ ID nº 29).
El fragmento amplificado de 3.508 pb se subclonó dentro del vector pGEM-T easy (Promega, Madison, WI) (nº de catálogo A1360) para análisis posterior. El plásmido resultante se denominó pGN3'1.
Construcción de casetes y vectores de expresión
Los casetes para el análisis de expresión empleando el gen indicador GUS se ensamblaron como sigue. Un casete de GUS sin promotor se dirigió a partir de pBI101 con HindIII y EcoRI, y se introdujo dentro de los sitios HindIII y EcoRI del sitio de policlonación de pUC19. El plásmido resultante se denominó pBI201 y se empleó para otros constructos. Las secuencias en 5' respecto de Nir se amplificaron por PCR empleando el cebador AP2 del kit Universal Genome Walker como cebador situado en dirección 5', y cualquiera de los cebadores diseñados a medida en dirección 3' terminando con un sitio de restricción SmaI. Los 4 cebadores se colocaron bien en la región 5'UTR del gen (Nir-23r-Sma - 5' AGAGCCCGGGAGAAGAGAGTGTGTTTG 3'(SEQ ID nº 21)), en el extremo de la secuencia codificante del péptido de tránsito (Nir51r-Sma - 5' TTCTCCCGGGGGACGAGAGATGGATGGT 3' (SEQ ID nº 22)), 50 pb después de la secuencia codificante del péptido de tránsito (Nir103r-Sma - 5' TTCTCCCGGGGTT
GAA-ACAGGTGCAACTGA 3' (SEQ ID nº 23)) y 100 pb después de la secuencia codificante del péptido de tránsito (Nir158r-Sma - 5' TTCTCCCGGGTAACCATCTTTTTCCTCA 3' (SEQ ID nº 24)). La amplificación se llevó a cabo bajo condiciones estándar con el plásmido pGNir4c como molde.
Los fragmentos amplificados se digirieron con enzimas de restricción específicas para producir deleciones 5' del promotor Nir. El Nir3k-23 se produjo por digestión del fragmento previamente amplificado por los cebadores AP2 y Nir-23r-Sma con XmaI, e insertando el fragmento resultante dentro de pBI201 previamente digerido con XmaI. Una estrategia similar se empleó para producir los plásmidos pNir3k51, pNir3k103 y pNir3k158, salvo que los cebadores empleados en dirección 3' fueron Nir51r-Sma, Nir103r-Sma y Nir158r-Sma, respectivamente. El pNir2.2k-23 se produjo a partir de una digestión SmaI-BglII del fragmento amplificado AP2 - Nir-23-Sma insertado dentro del pBI201 previamente digerido con SmaI y BamHI. La misma estrategia se empleó para producir los plásmidos pNir2.2k51, pNir2.2k103 y pNir2.2k158, salvo que los cebadores en dirección 3' usados fueron Nir51r-Sma, Nir103r-Sma y Nir158r-Sma, respectivamente. La fidelidad y orientación de las inserciones se verificaron por digestión con enzimas de restricción. Estos fragmentos de deleción se ligaron al extremo 5' del gen indicador GUS en pBI201 y se emplearon para estudios de expresión transitoria mediante bombardeo de ADN. Tras identificación de los fragmentos de deleción adecuados, éstos se subclonaron dentro de un vector de expresión binario de plantas, como el pBI101 (Clonetech).
Para la construcción de los casetes que contienen el terminador de NiR en 3' respecto del gen GUS en adición al promotor NiR, se emplearon los siguientes cebadores específicos de NiR:
Nir2514c-Sac - 5' AGAAGAGCTCAGTATATAGGTATTTGGTGA 3' (SEQ ID nº 30)
Nir2728c-Sac - 5' AGAAGAGCTCTTGTACATTTGGATAAGTCA 3' (SEQ ID nº 31)
Nir3029r-Eco - 5' AGAAGAATTCGTTTTCCCGATACTTCAACT 3' (SEQ ID NO:32).
\newpage
Un fragmento terminador de 617 pb se amplificó por PCR empleando los cebadores Nir2514c-Sac y Nir3029r-Eco, y un fragmento terminador de 503 pb se amplificó por PCR empleando los cebadores Nir2728c-Sac y Nir3029r-Eco. Los fragmentos obtenidos se digirieron con Sacl y EcoRI y se insertaron dentro de los plásmidos que contenían los constructos NiR-GUS después de eliminar el terminador NOS entre los sitios SacI y EcoRI.
Estos plásmidos recombinantes se emplearon para la integración estable a través de infección de A. tumefaciens, según se describe a continuación.
Transferencia de ADN mediada por Agrobacterium y regeneración de las líneas transgénicas de alfalfa
Los plásmidos recombinantes se introdujeron dentro de la cepa LBA4404 de Agrobacterium tumefaciens por electroporación según se describió en Khoudi et al. (1997, Gene 197:343-351). Las cepas de Agrobacterium seleccionadas fueron entonces cultivadas junto con discos de hojas de genotipo C5-1 durante 4 días en ausencia de presión de selección (kanamicina). Tras este periodo de incubación, los discos de hojas se lavaron y alimentaron, y entonces se permitió formar callos en medio B5H. Los callos se transfirieron durante 21 días a medio SH para la inducción embrionaria y durante 28 días a BOi2Y para el desarrollo embrionario. Los embriones con forma de torpedo se retiraron del Boi2Y y se colocaron en medio MS para regeneración. La kanamicina estuvo presente en todos los medios de cultivo, salvo durante el cultivo conjunto y regeneración en MS. Este método se describe en detalle en Desgagnés et al. (1995, Plant Cell Tissue Organ Cult. 42:129-140). Plántulas con raíces se cultivaron hasta su maduración en el invernadero. La integración del transgén se verificó por amplificación mediante PCR de un fragmento NiR-GUS a partir de ADN genómico. Los cebadores empleados fueron:
Nir-102c - 5' CACACTTCTTCACTCACCTCTCAA 3' (SEQ ID nº 25) Nir-2016c- 5' ATCTAGGAGGGGCAGACATTG 3' (SEQ ID nº 26) GUS228r – 5' TCGGTATAAAGACTTCGCGCTGAT 3' (SEQ ID nº 27).
Transferencia de ADN mediada por Agrobacterium y regeneración de las líneas transgénicas de tabaco
Los plásmidos recombinantes se introdujeron en la cepa LBA4404 de Agrobacterium tumefaciens por electroporación según se describió en Khoudi et al. (1997, Gene 197:343-351). Las cepas seleccionadas se cultivaron junto con discos de hojas durante 2 días en medio MS sin kanamicina. Después de este periodo, los explantes se transfirieron al medio de selección (MS con kanamicina). Los explantes se mantuvieron en ese medio durante 3 semanas para permitir la formación de callos y brotes a partir de las células transfectadas. Los brotes resistentes a kanamicina se transfirieron dentro del medio MS para echar raíces. Las plántulas con raíces crecieron hasta maduración en el invernadero. La integración del transgén se verificó por amplificación mediante PCR de un fragmento NiR-GUS a partir de ADN genómico. Los cebadores empleados fueron:
Nir-102c - 5' CACACTTCTTCACTCACCTCTCAA 3' (SEQ ID nº 25) Nir-2016c - 5' ATCTAGGAGGGGCAGACATTG 3' (SEQ ID nº 26) GUS228r - 5' TCGGTATAAAGACTTCGCGCTGAT 3' (SEQ ID nº 27).
Inducción por nitrato
Las plantas de tabaco y alfalfa transgénicas y no transgénicas se cultivaron en medio vermiculita sin nitrato. El balance mineral se mantuvo por adiciones repetidas de soluciones de Hoagland sin nitrato (Hoagland y Vamon, 1950, Circular 347, California Agr. Exp. Stat. Berkeley). La inducción por nitrato se llevó a cabo regando las plantas con fertilizador 20-20-20 a concentración de 5 g/l o, como alternativa, con solución de Hoagland suplementada con 40 mM de nitrato.
Actividad del promotor de NiR en las hojas de tabaco
Los promotores derivados de NiR se colocaron en 5' respecto del gen indicador GUS en fusiones transcripcional y traduccional. Las deleciones 5' del promotor de NiR analizadas en esta memoria consistieron en 1) un promotor putativo de extensión completa con 2.813 pb en 5' respecto del ATG inicial de la región codificante, 2) una versión del promotor de 1.905 pb y 3) una versión más corta del promotor de 1.111 pb. El extremo 3' del promotor se fusionó al extremo 5' de la región codificante de GUS para formar las fusiones transcripcional y traduccional. Las fusiones traduccionales analizadas permitieron producir la \beta-glucuronidasa que contenía 1) el péptido de tránsito NiR del cloroplasto, 2) el péptido de tránsito NiR con 17 aminoácidos adicionales del NiR y 3) el péptido de tránsito NiR con 36 aminoácidos adicionales del NiR. Las doce combinaciones de deleciones 5' y 3' del promotor de NiR introducidas dentro de plantas de tabaco se presentan en la Fig. 1.
Los constructos génicos se transfirieron dentro de las plantas de tabaco empleando el método de transfección mediado por Agrobacterium (Khoudi et al., 1997, Gene 197:343-351). Las plantas transgénicas se transfirieron a las cámaras de crecimiento y se analizaron en su contenido de \beta-glucuronidasa de las hojas antes y después de la fertilización con nitrato. La Fig. 1 presenta el nivel medio de la actividad \beta-glucuronidasa medido en la primera hoja expandida de las plántulas.
Todos los promotores derivados de NiR mostraron reactividad a la inducción por nitrato. Se observó generalmente una aumento entre 5 y 10 veces de la expresión de \beta-glucuronidasa, sin tomar en consideración el truncamiento del promotor, lo que indica que los elementos importantes que responden al nitrato están contenidos dentro del cebador 1,1 kb en 5' respecto del ATG inicial. Ambas deleciones 5' y 3' del promotor NiR condujeron a modificaciones importantes de la actividad \beta-glucuronidasa. El mayor nivel de expresión de GUS se obtuvo con el promotor de 2,8 kb, lo que indica que las regiones en 5' más alejadas tienen un papel regulador del nivel de expresión de NiR en las hojas.
Las fusiones traduccionales del promotor de la región codificante de GUS dieron como resultado un nivel de expresión variable, dependiendo de la extensión del extremo 5' del promotor. Sin embargo, la fusión más corta (que contenía los 17 aminoácidos del péptido de tránsito de NiR fusionados al extremo aminoterminal de la \beta-glucuronidasa) dieron constantemente como resultado el mayor nivel de actividad para los tres truncamientos en el extremo 5'. Esta corta fusión traduccional, combinada con las regiones del promotor de mayor extensión en 5' dieron lugar al promotor más potente (3 kb + 50). Cuando se indujo, este constructo específico dio como resultado más de 13 veces el nivel de expresión de GUS obtenido con el constructo 35S-GUS-NOS.
Cuando se considera la extensión 5' más larga del promotor, la fusión transcripcional del gen GUS (3 kb-5)
fue \sim 7 veces menos eficaz que la fusión traduccional corta (3 kb + 50). Sin embargo, en su estado inducido, el nivel de expresión de GUS en las plantas que albergan la deleción 3 kb-5 del promotor fue más de 1,8 veces la observada en las plantas 35S-GUS-NOS.
En conjunto, los resultados presentados en esta memoria indican claramente que las secuencias en 5' respecto del gen NiR de alfalfa tienen la capacidad de conducir una expresión elevada e inducible de un gen exógeno en las hojas de tabaco.
Eficacia del terminador NiR
Las plantas de tabaco se transformaron con constructos que consistían en el promotor NiR y deleciones (SEQ ID nº 2, 3, 5 y 6) y 35S, junto con secuencias 3'UTR y terminador (SEQ ID nº 15 y 16), colocados funcionalmente para conducir la transcripción y la terminación del gen indicador GUS. Las medidas de crecimiento, inducción por nitrato y actividad de GUS se realizaron como para el experimento ilustrado en la Fig. 1. Los resultados mostrados en la Fig. 2 demuestran que la secuencia terminadora de Nir permite terminar la transcripción en un ARN mensajero traducible.
Actividad del promotor NiR en las hojas de alfalfa
Las plantas transgénicas de alfalfa que contienen los constructos génicos presentados en la Fig. 3 se obtuvieron empleando el método de transfección mediado por Agrobacterium de Desgagnés et al. (1995, Plant Cell Tissue Organ Cult, 42:129-140). Las plantas in vitro se transfirieron dentro de la cámara de crecimiento para permitir un crecimiento vegetativo normal. Esquejes de cada línea transgénica crecieron en vermiculita y se fertilizaron con medio de Hoagland sin nitrato. Después de dos semanas, las raíces se inocularon con Nitragin (LiphaTech inc., Milwaukee, WI). Dos semanas después de la inoculación se habían desarrollado nódulos en las raíces. Se permitió que las plantas con nódulos continuasen su crecimiento vegetativo durante al menos otra semana antes de llevarse a cabo la medición fluorimétrica de la actividad \beta-glucuronidasa (antes de la inducción). Después de la medición, las plantas se regaron con medio de Hoagland que contenía 40 mmol de KNO_{3}. Dos días después de la inducción, se midió la actividad \beta-glucuronidasa de la hoja para evaluar la inducibilidad por nitrato del promotor NiR en las hojas de alfalfa. Los resultados se presentan en la Fig. 3. Los resultados muestran que el promotor NiR induce la expresión del gen indicador GUS tras la adición de nitrato en las plantas de alfalfa noduladas. En conjunto, esta última serie de resultados demuestra que la inducibilidad del promotor NiR puede emplearse para regular positivamente la expresión de un gen foráneo en plantas de alfalfa cuando se reemplaza la fijación de nitrógeno atmosférico por asimilación de nitrato.
Aunque el invento se ha descrito en conexión con realizaciones específicas del mismo, se entenderá que es capaz de modificaciones adicionales y que esta solicitud pretende cubrir cualquier variación, uso o adaptación del invento, siguiendo de manera general, los principios del invento, e incluyendo desviaciones tales de la descripción presente como las que surgen de la práctica conocida o habitual dentro de la técnica a la que el invento corresponde y según pueden aplicarse a las características esenciales anteriores expuestas, y según sigue en el alcance de las reivindicaciones anexas.
<110> VÉZINA, Louis-Philippe
\hskip1cm D'AOUST, Marc-André
\hskip1cm MEDICAGO INC.
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<120> Método para regular la transcripción de genes foráneos
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<130> 14149-3 "PCT"
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<150> US 60/157, 133
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<151> 1999-10-04
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<160> 32
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<170> FastSEQ para Windows, versión 3.0
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<210> 1
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<211> 3.714
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Secuencias para emplearse como promotor para regular la expresión de genes foráneos
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2
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<223> Secuencias para emplearse como promotor para regular la expresión de genes foráneos
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4
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<223> Secuencias para emplearse como promotor para regular la expresión de genes foráneos
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<223> Secuencias para emplearse como promotor para regular la expresión de genes foráneos
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<212> ADN
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<212> ADN
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cacysattcc acttcctwgg c
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ttgtcacatc agcacatccg tctttgc
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27
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agagcccggg agaagagagt gtgtttg
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ttctcccggg ggacgagaga tggatggt
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ttctcccggg gttgaaacag gtgcaactga
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ttctcccggg taaccatctt tttcctca
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cacacttctt cactcacctc tcaa
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atctaggagg ggcagacatt g
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agaagagctc ttgtacattt ggataagtca
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agaagaattc gttttcccga tacttcaact
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Claims (19)

1. Una secuencia de promotor aislada para promover la transcripción de un gen foráneo en organismos transgénicos, la cual comprende un promotor inducible por nitrógeno, con o sin secuencia que actúa en cis, para la expresión de dicho gen foráneo y destinada a ser modulada para la expresión transcripcional de dicho gen foráneo por la adición o eliminación de un inductor de nitrógeno; en la que dicho promotor aislado tiene la secuencia de ácido nucleico según se representa en la SEQ ID nº 1 a 13.
2. El promotor aislado de la reivindicación 1, en el que dicho organismo se selecciona del grupo que consiste en una planta, un hongo, una bacteria, una levadura y un animal.
3. El promotor aislado de la reivindicación 2, en el que dicha planta es una dicotiledónea.
4. El promotor aislado de la reivindicación 3, en el que dicha dicotiledónea es alfalfa o tabaco.
5. El uso de un promotor aislado, según se describe en la reivindicación 1, en la preparación de un organismo transgénico para la expresión de una proteína recombinante.
6. El uso de la reivindicación 5, que comprende además la regulación de la transcripción de dicho gen foráneo por adición o eliminación de un inductor de nitrógeno.
7. El uso de la reivindicación 5, en el que dicho organismo se selecciona del grupo que consiste en una planta, un hongo, una bacteria, una levadura y un animal.
8. El uso de la reivindicación 7, en el que dicha planta es una dicotiledónea.
9. El uso de la reivindicación 8, en el que dicha dicotiledónea es alfalfa o tabaco.
10. El uso de la reivindicación 1, en el que dicho inductor de nitrógeno es nitrato.
11. El uso de la reivindicación 5, en el que dicho promotor está asociado operativamente a al menos un elemento que actúa en cis o en trans.
12. El uso de la reivindicación 11, en el que dicho elemento que actúa en cis se aísla a partir de la región en 5' respecto de cualquier gen implicado en una vía asimilatoria de nitrógeno.
13. El uso de la reivindicación 11, en el que dicho elemento que actúa en cis se aísla a partir de la región en 5' respecto de cualquier gen para el que la transcripción se modula por disponibilidad de una fuente de nitrógeno.
14. El uso de la reivindicación 11, en el que dicho elemento que actúa en cis es cualquier secuencia para la que la actividad transcripcional se modula por adición o eliminación de cualquier fuente de nitrógeno en o desde cualquier medio de organismo vivo.
15. El uso de la reivindicación 11, en el que dicho elemento que actúa en cis se aísla a partir de cualquier planta, hongo, levadura, bacteria o animal.
16. El uso de la reivindicación 11, en el que dicho elemento que actúa en cis se aísla a partir de la región en 5' respecto de un gen Nir expresado en alfalfa.
17. El uso de la reivindicación 5, en el que dicho promotor se emplea en combinación con un terminador que comprende un sitio terminal con señal de poliadenilación para la inserción en el extremo 3' de dicho gen foráneo, en el que dicho terminador está colocado operativamente con respecto a dicho gen foráneo y a dicho promotor aislado y, de tal modo, permite la expresión de dicho gen foráneo.
18. El uso de la reivindicación 17, en el que dicho terminador tiene una secuencia seleccionada del grupo que consiste en las SEQ ID nº 14 a 16.
19. Un terminador aislado para regular la expresión de un gen en un organismo transgénico, en el que la secuencia de dicho terminador aislado se selecciona del grupo que consiste en las secuencias según se representa en SEQ ID nº 14 a 16.
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