CN111886246A - 抗tmem106b抗体及其使用方法 - Google Patents

抗tmem106b抗体及其使用方法 Download PDF

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Abstract

本公开总体涉及包含特异性结合TMEM106B多肽(例如哺乳动物TMEM106B或人类TMEM106B)的抗体(例如单克隆抗体、抗体片段等)的组合物，以及此类组合物在预防、降低风险或治疗有需要的个体中的用途。

Description

抗TMEM106B抗体及其使用方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2017年12月29日提交的美国临时申请号62/612,098的权益，该临时申请据此以引用的方式整体并入。
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以下以ASCII文本文件提交的内容以引用的方式整体并入本文：序列表的计算机可读形式(CRF)(文件名：735022002040SEQLIST.TXT，记录日期：2018年12月19日，大小：169KB)。
技术领域
本公开涉及抗TMEM106B抗体和此类抗体的治疗用途。
背景技术
跨膜蛋白106B(TMEM106B)是2型单次跨膜糖蛋白，主要存在于晚期胞内体和溶酶体的膜内。(参见例如，Lang等人,2012,J Biol Chem,287:19355-19365；Chen-Plotkin等人,2012,J Neurosci,32:11213-11227；Brady等人,2013,Human Molecular Genetics,22:685-695。)TMEM106B在人体组织中广泛表达，并且在大脑的神经元、神经胶质细胞以及内皮和血管周细胞中的表达尤其令人关注。TMEM106B在哺乳动物中是高度保守的，人类蛋白质与食蟹猴变体共有99％的序列同一性，而与鼠科动物直系同源物则共有97％的序列同一性。
TMEM106B具有预计在(人类TMEM106B；SEQ ID NO:1的)氨基酸残基1-92的范围内的胞质结构域、预计在氨基酸残基96-117的范围内的跨膜结构域以及预计在氨基酸残基118-274的范围内的腔结构域。翻译后N-糖基化位点(N-X-T/S)的五个序列基序跨越它的腔结构域。简单聚糖被添加至三个天冬酰胺残基(N145、N151和N164)，并且对于TMEM106B定位不是关键的。复合聚糖被添加至N183和N256处的大多数C-末端基序；N183上的复合聚糖的丧失会损害TMEM106B至胞内体/溶酶体的正向运输，并且导致内质网保留。另外，N256复合糖基化对于适当的TMEM106B分选是必要的。(参见例如，Nicholson和Rademakers,2016,Acta Neuropathol,132:639-651。)
TMEM106B的功能尚未完全表征。最近的报道展示了TMEM106B通过抑制沿树突的溶酶体运输而在树突分支、形态发生和维持中的作用。(参见例如，Brady等人,2013,HumanMolecular Genetics,126:696-698；Schwenk等人,2014,EMBO J,33:450-467；Clayton等人,2018,Brain 141(12):3428-3442。)
TMEM106B已显示出与多种蛋白质相互作用，这些蛋白质包括但不限于前颗粒蛋白(GRN)、其他TMEM106蛋白家族成员(诸如TMEM106A和TMEM106C)、网格蛋白重链(CLTC)、脂肪细胞蛋白2的μ1亚基(AP2M1)、带电的多囊体蛋白2b(CHMP2B)、微管相关蛋白6(MAP6)、溶酶体相关膜蛋白1(LAMP1)和液泡-ATP酶亚基辅助蛋白1(v-ATP酶Ap1)。
TMEM106B在遗传上与多种病症和疾病(尤其是神经退行性病症)相关。此类病症包括但不限于以存在病理性TDP-43包涵体(即，TDP-43蛋白质病；反式活化响应DNA结合蛋白43)为特征的病状、额颞叶退化(FTLD)、具有TDP-43包涵体的FTLD(FTLD-TDP)(包括前颗粒蛋白(GRN)或C90rf72突变导致的FTLD-TDP)、TDP-43蛋白质病、阿尔茨海默氏病。路易体痴呆(LBD)、海马硬化(HpScl)、衰老的海马硬化(HS-老化)、低髓鞘化脑白质营养不良以及各种病症中的认知缺损(诸如肌萎缩性侧索硬化(ALS))。TMEM106B也与非小细胞肺癌中的转移相关(Kundu等人,2016；Nature Commun.2018；9:2731,Cancer Research,Proceedingsof the 107th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research,文摘号688)。TMEM106B还与CTE患者中的慢性创伤性脑病变(CTE)相关的神经病理学和痴呆(包括AT8τ沉积、CD68细胞密度和PSD-95浓度的变化)相关(Cherry等人,2018,ActaNeuropathol Commun.6:115)。
因此，需要靶向TMEM106B的疗法(包括特异性结合TMEM106B的治疗性抗体)和/或能够抑制TMEM106B的活性(诸如通过降低TMEM106B蛋白水平或功能或通过阻断或减少TMEM106B与它的配体或结合配偶体中的一者或多者的结合，或者以其他方式调节它的配体或结合配偶体中的一者或多者的有效浓度)的疗法，以治疗与TMEM106B活性相关的各种疾病、病症和病状。
本文引用的所有参考文献，包括专利申请和出版物，据此以引用的方式整体并入。
发明内容
本公开总体涉及抗TMEM106B抗体和使用此类抗体的方法。本文提供的方法可用于预防神经退行性疾病、病症或病状，降低神经退行性疾病、病症或病状的风险或者治疗患有神经退行性疾病、病症或病状的个体。在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防疾病、病症或损伤，降低疾病、病症或损伤的风险或者治疗患有疾病、病症或损伤的个体的方法，所述疾病、病症或损伤选自由以下各项组成的组：神经退行性疾病、以存在TDP-43包涵体为特征的病症、TDP-43蛋白质病、炎性细胞碎片或蛋白质聚集体、循环骨髓细胞异常、不健康的衰老、额颞叶退化(FTLD)、额颞叶痴呆(FTD)、具有前颗粒蛋白突变的FTD、具有C90rf72突变的FTD、具有TDP-43包涵体的额颞叶退化、海马硬化(HpScl)、衰老的海马硬化(HS-衰老)、阿尔茨海默氏病、路易体痴呆、认知缺损、年龄相关的认知缺损、年龄相关的脑萎缩、年龄相关的性状(包括但不限于炎症)、神经元缺失和认知缺陷(诸如在不存在已知的脑疾病的情况下的认知缺陷，包括老年个体的额叶大脑皮质的认知缺陷、肌萎缩性侧索硬化中的认知缺损、慢性创伤性脑病变(CTE)中的认知缺损)、与TMEM106B的过表达或活性增加相关的疾病、病症和病状、低髓鞘化病症、癌症和转移，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
因此，本公开的某些方面涉及一种分离的(例如，单克隆)抗TMEM106B抗体，其中所述抗TMEM106B抗体具有选自由以下各项组成的组的性质：降低TMEM106B的细胞水平、降低TMEM106B的细胞内水平、抑制或减少TMEM106B与它的配体或结合蛋白中的一者或多者的相互作用以及它们的任何组合。
在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗体降低TMEM106B的细胞表面水平、降低TMEM106B的细胞内水平、降低TMEM106B的总水平、降低TMEM106B的胞内体水平、降低TMEM106B的溶酶体水平或它们的任何组合。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体诱导TMEM106B降解、TMWM106B切割、TMEM106B内化、TMEM106B下调或它们的任何组合。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体降低体内TMEM106B的细胞水平。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体降低大脑中的TMEM106B的细胞水平。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体降低一个或多个外周器官中的TMEM106B的细胞水平。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体降低大脑、一个或多个外周器官或它们的任何组合中的TMEM106B的细胞水平。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体降低小胶质细胞中的TMEM106B的细胞水平。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体降低神经元中的TMEM106B的细胞水平。
在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体抑制或减少TMEM106B与前颗粒蛋白、其他TMEM106蛋白家族成员(诸如TMEM106B和TMEM106C)、网格蛋白重链(CLTC)、脂肪细胞蛋白2的μ1亚基(AP2M1)、CHMP2B、微管相关蛋白6(MAP6)、溶酶体相关膜蛋白1(LAMP1)、液泡-ATP酶亚基辅助蛋白1或者调节TMEM106B的功能的任何蛋白质或多肽之间的一种或多种相互作用。
在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合不连续的TMEM106B表位。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，不连续的TMEM106B表位包含两个或更多个肽、三个或更多个肽、四个或更多个肽、五个或更多个肽、六个或更多个肽、七个或更多个肽、八个或更多个肽、九个或更多个肽或者10个或更多个肽。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，每个肽包含SEQID NO:1的氨基酸序列、SEQ ID NO:2的氨基酸序列或SEQ ID NO:315的氨基酸序列的五个或更多个、六个或更多个、七个或更多个、八个或更多个、九个或更多个、10个或更多个、11个或更多个、12个或更多个、13个或更多个、14个或更多个、15个或更多个、16个或更多个、17个或更多个、18个或更多个、19个或更多个、20个或更多个、21个或更多个、22个或更多个、23个或更多个、24个或更多个、25个或更多个、26个或更多个、27个或更多个、28个或更多个、29个或更多个或者30个或更多个氨基酸残基；或者对应于SEQ ID NO:1的氨基酸序列、SEQ ID NO:2的氨基酸序列或SEQ ID NO:315的氨基酸序列的哺乳动物TMEM106B蛋白上的五个或更多个、六个或更多个、七个或更多个、八个或更多个、九个或更多个、10个或更多个、11个或更多个、12个或更多个、13个或更多个、14个或更多个、15个或更多个、16个或更多个、17个或更多个、18个或更多个、19个或更多个、20个或更多个、21个或更多个、22个或更多个、23个或更多个、24个或更多个、25个或更多个、26个或更多个、27个或更多个、28个或更多个、29个或更多个或者30个或更多个氨基酸残基。
在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至TMEM106B的构象表位。
在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体与一种或多种参考抗TMEM106B抗体竞争与TMEM106B的结合，所述参考抗TMEM106B抗体选自由以下各项组成的组：TM-1、TM-17、TM-22、TM-23、TM-26和TM-27以及它们的任何组合。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体与一种或多种参考抗TMEM106B抗体竞争与TMEM106B的结合，所述参考抗TMEM106B抗体选自由以下各项组成的组：TM-2、TM-3、TM-5、TM-7、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-18、TM-19、TM-21、TM-25、TM-28、TM-29、TM-32、TM-35、TM-37、TM-39、TM-42、TM-45、TM-48和TM-53以及它们的任何组合。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体与一种或多种参考抗TMEM106B抗体竞争与TMEM106B的结合，所述参考抗TMEM106B抗体选自由以下各项组成的组：TM-4、TM-6、TM-8、TM-14、TM-15、TM-16、TM-20、TM-31、TM-33、TM-34、TM-36、TM-41、TM-44、TM-46、TM-47、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52以及它们的任何组合。在一些实施方案中，参考抗TMEM106B抗体包含选自由以下各项组成的组的抗体的VH和VL：TM-4、TM-6、TM-8、TM-14、TM-15、TM-16、TM-20、TM-31、TM-33、TM-34、TM-36、TM-41、TM-44、TM-46、TM-47、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52以及它们的任何组合。
本公开的其他方面涉及一种分离的(例如，单克隆)抗TMEM106B抗体，其中所述抗TMEM106B抗体包含选自由以下各项组成的组的抗体的至少一个、两个、三个、四个、五个或六个HVR：TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53。在一些实施方案中，抗TMEM106B抗体包含选自由以下各项组成的组的抗体的六个HVR(例如，如下表4A所示)：TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53。
本公开的其他方面涉及一种分离的(例如，单克隆)抗TMEM106B抗体，所述抗TMEM106B抗体结合与参照抗TMEM106B抗体基本上相同的TMEM106B表位，所述抗TMEM106B抗体包含选自由以下各项组成的组的抗体的六个HVR：TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53。在一些实施方案中，参考抗TMEM106B抗体包含选自由以下各项组成的组的抗体的VH和VL(例如，如下表4B所示)：TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53。
本公开的其他方面涉及一种分离的(例如，单克隆)抗TMEM106B抗体，所述抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B(SEQ ID NO:1)的氨基酸残基59-73、80-90、5-19、59-69、52-62、64-74、151-165、185-195、139-149、248-258、156-161、202-207、219-233、126-140、185-195、260-274、202-212、151-161、223-233、143-153、223-228、133-145和/或198-212内的一个或多个氨基酸。
在本公开的一些实施方案中，抗TMEM106B抗体结合至氨基酸残基151-165和/或185-195内的一个或多个氨基酸。在本公开的一些实施方案中，抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B(SEQ ID NO:1)的氨基酸残基59-73、80-90、139-149和/或248-258内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B(SEQ ID NO:1)的氨基酸残基5-19、156-161、202-207和/或219-233内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B(SEQ ID NO:1)的氨基酸残基126-140、185-195和/或260-274内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B(SEQ ID NO:1)的氨基酸残基202-212内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B(SEQ ID NO:1)的氨基酸残基151-161和/或223-233内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B(SEQ IDNO:1)的氨基酸残基59-69、143-153和/或223-228内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B(SEQ ID NO:1)的氨基酸残基133-145和/或198-212内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B(SEQID NO:1)的氨基酸残基52-62、64-75和/或223-228内的一个或多个氨基酸。
本公开的其他方面涉及一种分离的抗TMEM106B抗体，所述抗TMEM106B抗体结合至氨基酸序列NITNNNYYSVEVENI(SEQ ID NO:324)、TIIGPLDMKQI(SEQ ID NO:325)、VTCPTCQGTGRIPRG(SEQ ID NO:326)、(ALIPYSDQRLR(SEQ ID NO:327)、(KRTIYLNITNT(SEQID NO:328)、YQYVDCGRNTT(SEQ ID NO:329)、(LSHLPLHSSKEDAYD(SEQ ID NO:332)、(NYYSVE(SEQ ID NO:334)、(VIAEEM(SEQ ID NO:335)、(IKVHNIVLMMQVTVT；SEQ ID NO:336)、(IGVKSAYVSYDVQKR；SEQ ID NO:337)、(QLGQSEYLNVLQPQQ(SEQ ID NO:338)、(VIAEEMSYMYD(SEQ ID NO:340)、(NITNNNYYSVE(SEQ ID NO:341)、(NIVLMMQVTV(SEQ ID NO:342)、(VTCPTCQGTGR(SEQ ID NO:343)、(YLNITNTLNIT(SEQ ID NO:344)、(NIVLMM(SEQ ID NO:345)、(VSYDVQKRTIYLN(SEQ ID NO:346)、(TVPTVIAEEMSYMYD(SEQ ID NO:347)、(EFTGRDSVTCP(SEQ ID NO:348)和/或(CQGTGRIPRGQE(SEQ ID NO:349)内的一个或多个氨基酸。
在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体通过以下方式进一步抑制TMEM106B与它的配体、信号传导蛋白或结合蛋白之间的相互作用：a)降低可用于与一种或多种配体或结合蛋白相互作用的TMEM106B的有效水平；b)；阻断与一种或多种配体或结合蛋白相互作用所需的TMEM106B上的位点中的一者或多者；c)防止与一种或多种配体或结合蛋白相互作用和/或校正TMEM106B的加工和/或亚细胞定位所需的TMEM106B上的一个或多个翻译后事件；d)诱导TMEM106B的降解；e)改变TMEM106B的构象，或它们中的二者。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体特异性结合至人类TMEM106B、小鼠TMEM106B、食蟹猴TMEM106B或它们的组合。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体是人类抗体、人源化抗体、双特异性抗体、单克隆抗体、多价抗体、缀合抗体或嵌合抗体。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体是识别第一抗原和第二抗原的双特异性抗体。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，第一抗原是TMEM106B，第二抗原是有利于跨血脑屏障运输的抗原。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，第二抗原选自由以下各项组成的组：TMEM106B、运铁蛋白受体(TR)、胰岛素受体(HIR)、胰岛素样生长因子受体(IGFR)、低密度脂蛋白受体相关蛋白1和2(LPR-1和2)、白喉毒素受体、CRM197、美洲驼单结构域抗体、TMEM 30(A)、蛋白质转导结构域、TAT、Syn-B、穿膜肽、聚精氨酸肽、血管肽(angiopep)、基础免疫球蛋白(basigin)、Glut1和CD98hc以及ANG1005。
在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增加TGFβ的表达。
在可以与前述实施方案中的任一者组合的一些实施方案中，抗体是单克隆抗体。在可以与前述实施方案中的任一者组合的一些实施方案中，抗体属于IgG类、IgM类或IgA类。在一些实施方案中，抗体属于IgG类，并且具有IgG1、IgG2或IgG4同种型。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体是结合至包含人类TMEM106B或哺乳动物TMEM106B蛋白上的氨基酸残基的表位的抗体片段。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，片段是Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2、Fv或scFv片段。在可以与前述实施方案中的任一者组合的一些实施方案中，抗体是人源化抗体或嵌合抗体。
本公开的其他方面涉及一种分离的核酸，所述核酸包含编码前述实施方案中的任一者的抗TMEM106B抗体的核酸序列。本公开的其他方面涉及一种包含前述实施方案中的任一者的核酸的载体。本公开的其他方面涉及一种分离的宿主细胞，所述宿主细胞包含前述实施方案中的任一者的载体。本公开的其他方面涉及一种产生抗TMEM106B抗体的方法，所述方法包括培养前述实施方案中的任一者的宿主细胞，从而产生抗TMEM106B抗体。在某些实施方案中，所述方法还包括回收宿主细胞产生的抗TMEM106B抗体。本公开的其他方面涉及一种通过前述实施方案中的任一者的方法来产生的分离的抗TMEM106B抗体。本公开的其他方面涉及一种药物组合物，所述药物组合物包含前述实施方案中的任一者的抗TMEM106B抗体和药学上可接受的载剂。
本公开的其他方面涉及一种预防疾病、病症或损伤，降低疾病、病症或损伤的风险或者治疗患有疾病、病症或损伤的个体的方法，所述疾病、病症或损伤选自由以下各项组成的组：额颞叶痴呆、阿尔茨海默氏病、血管性痴呆、癫痫发作、视网膜营养不良、无创伤性脑损伤、脊髓损伤、长期抑郁、动脉粥样硬化血管疾病、正常衰老的不良症状、痴呆、混合性痴呆、克罗伊茨费尔特-雅各布(Creutzfeldt-Jakob)病、正常颅压脑积水、肌萎缩性侧索硬化、亨廷顿舞蹈症、τ蛋白病、中风、急性创伤、慢性创伤、狼疮、急慢性结肠炎、克罗恩(Crohn)病、炎性肠病、溃疡性结肠炎、疟疾、特发性震颤、中枢神经系统狼疮、贝赛特氏(Behcet)症、帕金森(Parkinson)病、路易体痴呆、多系统萎缩、退行性椎间盘疾病、夏伊-德雷格(Shy-Drager)综合征、进行性核上性麻痹、皮质基底神经节退化、急性播散性脑脊髓炎、肉芽肿病、结节病、衰老的疾病、年龄相关性黄斑变性、青光眼、色素性视网膜炎、视网膜变性、呼吸道感染、败血症、眼部感染、全身感染、炎性疾病、关节炎、多发性硬化、代谢紊乱、肥胖、胰岛素抵抗、2型糖尿病、组织或血管损伤、损伤、炎性细胞碎片或蛋白质聚集体、循环骨髓细胞异常、不健康的衰老、年龄相关的认知缺损、年龄相关的脑萎缩、年龄相关的性状(包括但不限于炎症)、神经元缺失和认知缺陷(诸如在不存在已知的脑疾病的情况下的认知缺陷，包括老年个体的额叶大脑皮质的认知缺陷以及正常衰老的一种或多种不良症状)，所述方法包括将治疗有效量的前述实施方案中的任一者的抗TMEM106B抗体施用于个体。本公开的其他方面涉及一种用于预防疾病、病症或损伤，降低疾病、病症或损伤的风险或者治疗患有疾病、病症或损伤的个体的前述实施方案中的任一者的抗TMEM106B抗体，所述疾病、病症或损伤选自由以下各项组成的组：额颞叶痴呆、阿尔茨海默氏病、血管性痴呆、癫痫发作、视网膜营养不良、创伤性脑损伤、脊髓损伤、长期抑郁、动脉粥样硬化血管疾病、正常衰老的不良症状、痴呆、混合性痴呆、克罗伊茨费尔特-雅各布病、正常颅压脑积水、肌萎缩性侧索硬化、亨廷顿舞蹈症、τ蛋白病、中风、急性创伤、慢性创伤、狼疮、急慢性结肠炎、克罗恩病、炎性肠病、溃疡性结肠炎、疟疾、特发性震颤、中枢神经系统狼疮、贝赛特氏症、帕金森病、路易体痴呆、多系统萎缩、退行性椎间盘疾病、夏伊-德雷格综合征、进行性核上性麻痹、皮质基底神经节退化、急性播散性脑脊髓炎、肉芽肿病、结节病、衰老的疾病、年龄相关性黄斑变性、青光眼、色素性视网膜炎、视网膜变性、呼吸道感染、败血症、眼部感染、全身感染、炎性疾病、关节炎、多发性硬化、代谢紊乱、肥胖、胰岛素抵抗、2型糖尿病、组织或血管损伤、损伤、炎性细胞碎片或蛋白质聚集体、循环骨髓细胞异常、不健康的衰老、年龄相关的认知缺损、年龄相关的脑萎缩、年龄相关的性状(包括但不限于炎症)、神经元缺失和认知缺陷(诸如在不存在已知的脑疾病的情况下的认知缺陷，包括老年个体的额叶大脑皮质的认知缺陷以及正常衰老的一种或多种不良症状)。本公开的其他方面涉及一种用于预防或减少转移的前述实施方案中的任一者的抗TMEM106B抗体。本公开的其他方面涉及一种用于预防癌症、降低癌症的风险或者治疗患有癌症的个体的前述实施方案中的任一者的抗TMEM106B抗体。
本公开的其他方面涉及前述实施方案中的任一者的抗TMEM106B抗体用于制造用于预防疾病、病症或损伤，降低疾病、病症或损伤的风险或者治疗患有疾病、病症或损伤的个体的药物的用途，所述疾病、病症或损伤选自由以下各项组成的组：额颞叶痴呆、阿尔茨海默氏病、血管性痴呆、癫痫发作、视网膜营养不良、无创伤性脑损伤、脊髓损伤、长期抑郁、动脉粥样硬化血管疾病、正常衰老的不良症状、痴呆、混合性痴呆、克罗伊茨费尔特-雅各布病、正常颅压脑积水、肌萎缩性侧索硬化、亨廷顿舞蹈症、τ蛋白病、中风、急性创伤、慢性创伤、狼疮、急慢性结肠炎、克罗恩病、炎性肠病、溃疡性结肠炎、疟疾、特发性震颤、中枢神经系统狼疮、贝赛特氏症、帕金森病、路易体痴呆、多系统萎缩、退行性椎间盘疾病、夏伊-德雷格综合征、进行性核上性麻痹、皮质基底神经节退化、急性播散性脑脊髓炎、肉芽肿病、结节病、衰老的疾病、年龄相关性黄斑变性、青光眼、色素性视网膜炎、视网膜变性、呼吸道感染、败血症、眼部感染、全身感染、炎性疾病、关节炎、多发性硬化、代谢紊乱、肥胖、胰岛素抵抗、2型糖尿病、组织或血管损伤、损伤、炎性细胞碎片或蛋白质聚集体、循环骨髓细胞异常、不健康的衰老、年龄相关的认知缺损、年龄相关的脑萎缩、年龄相关的性状(包括但不限于炎症)、神经元缺失和认知缺陷(诸如在不存在已知的脑疾病的情况下的认知缺陷，包括老年个体的额叶大脑皮质的认知缺陷以及正常衰老的一种或多种不良症状)。本公开的其他方面涉及一种预防疾病、病症或损伤，降低疾病、病症或损伤的风险或者治疗患有疾病、病症或损伤的个体的方法，所述疾病、病症或损伤选自由以下各项组成的组：额颞叶痴呆、进行性核上性麻痹、阿尔茨海默氏病、血管性痴呆、癫痫发作、视网膜营养不良、肌萎缩性侧索硬化、创伤性脑损伤、脊髓损伤、痴呆、中风、帕金森病、急性播散性脑脊髓炎、视网膜变性、年龄相关性黄斑变性、青光眼、多发性硬化、败血性休克、细菌感染、关节炎和骨关节炎，所述方法包括将治疗有效量的前述实施方案中的任一者的抗TMEM106B抗体施用于个体。本公开的其他方面涉及一种用于预防疾病、病症或损伤，降低疾病、病症或损伤的风险或者治疗患有疾病、病症或损伤的个体的前述实施方案中的任一者的抗TMEM106B抗体，所述疾病、病症或损伤选自由以下各项组成的组：额颞叶痴呆、进行性核上性麻痹、阿尔茨海默氏病、血管性痴呆、癫痫发作、视网膜营养不良、肌萎缩性侧索硬化、创伤性脑损伤、脊髓损伤、痴呆、中风、帕金森病、急性播散性脑脊髓炎、视网膜变性、年龄相关性黄斑变性、青光眼、多发性硬化、败血性休克、细菌感染、关节炎和骨关节炎。本公开的其他方面涉及前述实施方案中的任一者的抗TMEM106B抗体用于制造用于预防疾病、病症或损伤，降低疾病、病症或损伤的风险或者治疗患有疾病、病症或损伤的个体的药物的用途，所述疾病、病症或损伤选自由以下各项组成的组：额颞叶痴呆、进行性核上性麻痹。阿尔茨海默氏病、血管性痴呆、癫痫发作、视网膜营养不良、肌萎缩性侧索硬化、创伤性脑损伤、脊髓损伤、痴呆、中风、帕金森病、急性播散性脑脊髓炎、视网膜变性、年龄相关性黄斑变性、青光眼、多发性硬化、败血性休克、细菌感染、关节炎和骨关节炎。
在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体包括两种或更多种抗TMEM106B抗体。
应当理解，本文所述的各种实施方案的一个、一些或全部性质可以组合以形成本发明的其他实施方案。本发明的这些和其他方面对于本领域的技术人员将是显而易见的。通过以下具体实施方式来进一步描述本发明的这些和其他实施方案。
附图说明
图1列出了显示在本公开的各种抗TMEM106B抗体的添加后，A549细胞中的TMEM106B的下调(DR)百分比的数据。
图2列出了显示在本公开的各种抗TMEM106B抗体的添加后，A549细胞中的TMEM106B的下调百分比的数据。
具体实施方式
本公开涉及抗TMEM106B抗体(例如，单克隆抗体)；和制备和使用此类抗体的方法；包含此类抗体的药物组合物；编码此类抗体的核酸；以及包含编码此类抗体的核酸的宿主细胞。
本领域的技术人员使用常规方法可以很好地理解和一般地采用本文描述或参考的技术和程序，所述常规方法例如广泛采用的方法，诸如Sambrook等人MolecularCloning:A Laboratory Manual第3版(2001)Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.；Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel等人编,(2003)；Monoclonal Antibodies:A Practical Approach(P.Shepherd和C.Dean编,Oxford University Press,2000)描述的那些。
I.定义
除非另外指明，否则术语“TMEM106B”或“TMEM106B多肽”在本文中可互换使用，是指来自任何脊椎动物来源的任何天然TMEM106B，所述脊椎动物来源包括哺乳动物(诸如灵长类动物(例如，人类和食蟹猴)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠))。在一些实施方案中，该术语涵盖野生型序列和天然存在的变体序列(例如，剪接变体或等位基因变体)二者。在一些实施方案中，该术语涵盖“全长”、未经加工的TMEM106B以及由细胞中的加工产生的任何形式的TMEM106B。在一些实施方案中，TMEM106B是人类TMEM106B。在一些实施方案中，示例性TMEM106B的氨基酸序列是截至2006年6月27日的Uniprot登录号：Q9NUM4。在一些实施方案中，示例性人类TMEM106B的氨基酸序列是SEQ ID NO:1。
术语“抗TMEM106B抗体”、“结合至TMEM106B的抗体”和“特异性结合TMEM106B的抗体”是指能够以足够的亲和力结合TMEM106B的抗体，所述亲和力足以使得所述抗体可用作靶向TMEM106B的诊断和/或治疗剂。在一个实施方案中，抗TMEM106B抗体与不相关的非TMEM106B多肽的结合程度小于抗体与TMEM106B的结合的约10％，如例如通过放射免疫测定法(RIA)所测量。在某些实施方案中，结合至TMEM106B的抗体具有的解离常数(KD)<1μM、<100nM、<10nM、<1nM、<0.1nM、<0.01nM或<0.001nM(例如10-8M或更小，例如10-8M至10-13M，例如10-9M至10-13M)。在某些实施方案中，抗TMEM106B抗体结合至在不同物种的TMEM106B之间保守的TMEM106B的表位。
关于抗体与靶分子的结合，术语“特异性结合”特定多肽或特定多肽靶标上的表位或者“特异性地结合”特定多肽或特定多肽靶标上的表位或者对特定多肽或特定多肽靶标上的表位“具有特异性”意指可测量地不同于非特异性相互作用的结合。特异性结合可以例如通过测定与对照分子的结合相比的分子的结合来测量。例如，特异性结合可以通过与类似于靶标的对照分子(例如，过量的未标记的靶标)的竞争来测定。在这种情况下，如果标记的靶标与探针的结合被过量的未标记的靶标竞争性抑制，则表示特异性结合。如本文所用，术语“特异性结合”特定多肽或特定多肽靶标上的表位或者“特异性结合至”特定多肽或特定多肽靶标上的表位或者对特定多肽或特定多肽靶标上的表位“具有特异性”可以例如通过对靶标的KD为约10-4M或更小、10-5M或更小、10-6M或更小、10-7M或更小、10-8M或更小、10-9M或更小、10-10M或更小、10-11M或更小、10-12M或更小的或者KD在10-4M至10-6M或10-6M至10-10M或10-7M至10-9M的范围内的分子来展示。如技术人员所理解，亲和力和KD值成反比。对抗原的高亲和力通过低KD值来测量。在一个实施方案中，术语“特异性结合”是指分子结合至特定多肽或特定多肽上的表位而基本上不结合至任何其他多肽或多肽表位的结合。
术语“免疫球蛋白”(Ig)在本文中可与“抗体”互换使用。本文中的术语“抗体”以最广泛的意义使用，并且特别涵盖单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)(包括由至少两种完整抗体形成的那些)和抗体片段，只要它们表现出所期望的生物学活性即可。
“天然的抗体”通常是由两条相同的轻(“L”)链和两条相同的重(“H”)链组成的约150,000道尔顿的异源四聚体糖蛋白。每条轻链通过一个共价二硫键连接至重链，而二硫键的数量在不同的免疫球蛋白同种型的重链之间有所不同。每条重链和轻链还具有规律间隔的链内二硫桥。每条重链在一端具有可变结构域(VH)，然后是若干恒定结构域。每条轻链在一端具有可变结构域(VL)，在另一端具有恒定结构域；轻链的恒定结构域与重链的第一恒定结构域对齐，轻链的可变结构域与重链的可变结构域对齐。据信特定的氨基酸残基会在轻链和重链可变结构域之间形成界面。
关于不同类别抗体的结构和性质，参见例如Basic and Clinical Immunology,第8版,Daniel P.Stites,Abba I.Terr和Tristram G.Parslow(编),Appleton&Lange,Norwalk,CT,1994,第71页和第6章。
可以根据来自任何脊椎动物物种的轻链的恒定结构域的氨基酸序列，将轻链归类为两种明显不同的类型(称为卡帕(“κ”)和兰姆达(“λ”))中的一种。可以根据免疫球蛋白的重链(CH)的恒定结构域的氨基酸序列，将免疫球蛋白归类为不同的类别或同种型。免疫球蛋白有五种类别：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，它们具有的重链分别称为阿尔法(“α”)、德尔塔(“δ”)、艾普斯龙(“ε”)、伽马(“γ”)和mu(“μ”)。可以根据CH序列和功能的相对较小差异，将γ和α类进一步分为子类(同种型)，例如人类表达以下子类：IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2。不同类别的免疫球蛋白的亚基结构和三维构型是熟知的，并且通常在例如Abbas等人,Cellular and Molecular Immunology,第4版(W.B.Saunders Co.,2000)中有所描述。
抗体(诸如本公开的抗TMEM106B抗体)的“可变区”或“可变结构域”是指抗体的重链或轻链的氨基末端结构域。重链和轻链的可变结构域可以分别称为“VH”和“VL”。这些结构域通常是抗体中变化最大的部分(相对于其他相同类别的抗体)，并且含有抗原结合位点。
术语“可变”是指下述事实：即在抗体(诸如本公开的抗TMEM106B抗体)间，可变结构域的某些区段在序列上广泛不同。可变结构域介导抗原结合，并且定义特定抗体对其特定抗原的特异性。然而，可变性不会均匀分布在整个可变结构域范围内。相反，在轻链和重链可变结构域中，可变性集中在三个称为高变区(HVR)的区段中。可变结构域的更加高度保守的部分称为框架区(FR)。天然重链和轻链的可变结构域各自包含四个FR区，它们大多采用β-折叠构型，通过三个HVR连接，这三个HVR形成连接β-折叠结构(在一些情况下形成β-折叠结构的一部分)的环。每条链中的HVR通过FR区紧密靠近地保持在一起，并且与另一条链的HVR一起，有助于抗体的抗原-结合位点的形成(参见Kabat等人,Sequences ofImmunological Interest,第五版,National Institute of Health,Bethesda,MD(1991))。恒定结构域不直接涉及抗体与抗原的结合，但是表现出多种效应子功能，诸如抗体对抗体依赖性细胞毒性的参与。
如本文所用，术语“单克隆抗体”是指从一群基本上同质的抗体获得的抗体(诸如本公开的单克隆抗TMEM106B抗体)，即构成该抗体群的各单独抗体，除了可以少量存在的可能天然存在的突变和/或翻译后修饰(例如，异构化、酰胺化等)之外，其他方面是相同的。单克隆抗体具有高度特异性(针对单个抗原位点)。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物相比，每种单克隆抗体针对抗原上的单个决定簇。除特异性之外，单克隆抗体的优点在于它们通过杂交瘤培养来合成，未被其他免疫球蛋白污染。修饰语“单克隆”表示从基本上同质的抗体群获得的抗体特征，并且不应解释为需要通过任何特定方法来产生该抗体。例如，可以通过多种技术来制备根据本发明使用的单克隆抗体，所述技术包括例如杂交瘤方法、重组DNA方法以及用于在动物中产生人或人样抗体的技术，所述动物具有部分或全部的人免疫球蛋白基因座或编码人免疫球蛋白序列的基因。
术语“全长抗体”、“完整抗体”或“完全抗体”可互换使用，是指与抗体片段相比，基本上完整形式的抗体(诸如本公开的抗TMEM106B抗体)。具体而言，完全抗体包括具有包含Fc区的重链和轻链的那些。恒定结构域可以是天然序列恒定结构域(例如，人天然序列恒定结构域)或它们的氨基酸序列变体。在一些情况下，完整抗体可以具有一种或多种效应子功能。
“抗体片段”是指除了完整抗体以外的分子，其包含完整抗体的一部分，该完整抗体结合完整抗体所结合的抗原。抗体片段的实例包括Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段；双体；线性抗体(参见美国专利5641870,实施例2；Zapata等人,Protein Eng.8(10):1057-1062(1995))；由抗体片段形成的单链抗体分子和多特异性抗体。
抗体(诸如本公开的抗TMEM106B抗体)的木瓜蛋白酶消化产生两个相同的称为“Fab”片段的抗原结合片段和残留的“Fc”片段(反映易于结晶的能力的名称)。Fab片段由整个轻链以及重链的可变区结构域(VH)和一条重链的第一恒定结构域(CH1)组成。每个Fab片段就抗原结合而言是单价的，即具有单个抗原结合位点。抗体的胃蛋白酶处理产生单个大F(ab')2片段，所述片段大致对应于具有不同的抗原结合活性的两个二硫键连接的Fab片段，并且仍能够交联抗原。Fab'片段与Fab片段的不同之处在于在CH1结构域的羧基末端具有几个另外的残基，包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab'-SH是本文对恒定结构域的一个或多个半胱氨酸残基携带游离硫醇基团的Fab'的称谓。F(ab')2抗体片段最初以Fab'片段对的形式产生，所述Fab'片段对在Fab'片段之间具有铰链半胱氨酸。抗体片段的其他化学偶联物也是已知的。
Fc片段包含通过二硫键保持在一起的两条重链的羧基末端部分。抗体的效应子功能由Fc区的序列确定，所述Fc区也由某些类型细胞上存在的Fc受体(FcR)识别。
抗体(诸如本公开的抗TMEM106B抗体)的“功能片段”包含完整抗体的一部分，通常包括完整抗体的抗原结合或可变区，或者保留或具有经修饰的FcR结合能力的抗体的Fc区。抗体片段的实例包括线性抗体、单链抗体分子以及由抗体片段形成的多特异性抗体。
术语“双体”是指通过使用VH结构域和VL结构域之间的短接头(约5-10个残基)构建sFv片段(参见前述段落)而制备的小抗体片段，以使得可变结构域的链间而非链内配对得以实现，从而产生二价片段，即具有两个抗原结合位点的片段。双特异性双体是两个“交联”sFv片段的异源二聚体，其中两个抗体的VH结构域和VL结构域存在于不同的多肽链上。
如本文所用，“嵌合抗体”是指这样的抗体(免疫球蛋白)(诸如本公开的嵌合抗TMEM106B抗体)：其中重链和/或轻链的一部分与来源于特定物种或属于特定抗体类别或子类的抗体中的对应序列相同或同源，而一条或多条链的其余部分与来源于另一个物种或属于另一个抗体类别或子类的抗体以及此类抗体的片段中的对应序列相同或同源，只要它们表现出所期望的生物学活性即可。本文关注的嵌合抗体包括
Figure BDA0002649294190000201
抗体，其中所述抗体的抗原结合区来源于例如使用所关注的抗原来免疫猕猴而产生的抗体。如本文所用，“人源化抗体”被用作“嵌合抗体”的子集。
非人类(例如，鼠科动物)抗体的“人源化”形式(诸如本公开的抗TMEM106B抗体的人源化形式)是包含来自非人类HVR的氨基酸残基和来自人类FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体将包含至少一个、通常两个可变结构域的基本上全部，其中全部或基本上全部HVR(例如，CDR)对应于非人类抗体的HVR，并且全部或基本上全部FR对应于人类抗体的FR。人源化抗体任选地可以包含来源于人类抗体的抗体恒定区的至少一部分。抗体(例如，非人类抗体)的“人源化形式”是指已经历人源化的抗体。
“人类抗体”是具有对应于人类产生的抗体(诸如本公开的抗TMEM106B抗体)的氨基酸序列和/或已经使用如本文公开的制备人类抗体的技术中的任一者来制备的抗体。人类抗体的此定义明确排除了包含非人类抗原结合残基的人源化抗体。人类抗体可以使用本领域已知的多种技术(包括噬菌体展示文库和酵母展示文库)来产生。人类抗体可以通过将抗原施用于转基因动物来制备，以及经由人类B细胞杂交瘤技术来产生，所述转基因动物已被修饰为响应于抗原挑战而产生此类抗体，但是转基因动物的内源性基因座已失能(例如，免疫化的xenomice)。
当在本文中使用时，术语“高变区”、“HVR”或“HV”是指抗体可变结构域(诸如本公开的抗TMEM106B抗体的可变结构域)的区域，所述区域的序列是高变的和/或形成在结构上定义的环。通常，抗体包含六个HVR；VH中有三个(H1、H2、H3)，并且VL中有三个(L1、L2、L3)。在天然抗体中，H3和L3显示出这六个HVR最具多样性，并且据信H3特别在赋予抗体精细特异性方面发挥了独特的作用。仅由重链组成的天然存在的骆驼科动物抗体在不存在轻链的情况下具有功能性和稳定性。
许多HVR描述正在使用中并且涵盖在本文中。在一些实施方案中，HVR可以是基于序列可变性的Kabat互补决定区(CDR)，并且是最常用的(Kabat等人，同上)。在一些实施方案中，HVR可以是Chothia CDR。而Chothia是指结构环的位置(Chothia和LeskJ.Mol.Biol.196:901-917(1987))。在一些实施方案中，HVR可以是AbM HVR。AbM HVR代表Kabat CDR和Chothia结构环之间的折衷方案，并且由Oxford Molecular的AbM抗体建模软件使用。在一些实施方案中，HVR可以是“接触”HVR。“接触”HVR基于可用的复合物晶体结构的分析。来自这些HVR中的每个的残基注释如下。
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HVR可以包含如下的“延伸HVR”：VL中的24-36或24-34(L1)、46-56或50-56(L2)和89-97或89-96(L3)以及VH中的26-35(H1)、50-65或49-65(优选的实施方案)(H2)和93-102、94-102或95-102(H3)。对于这些延伸HVR定义中的每个，可变结构域残基根据Kabat等人(同上)来编号。
“框架”或“FR”残基是除如本文定义的HVR残基之外的那些可变结构域残基。
如本文所用，“接受体人类框架”是包含来源于人类免疫球蛋白框架或人类共有框架的VL或VH框架的氨基酸序列的框架。“来源于”人类免疫球蛋白框架或人类共有框架的接受体人类框架可以包含它们的相同氨基酸序列，或者它可以包含预先存在的氨基酸序列变化。在一些实施方案中，预先存在的氨基酸变化的数量为10或更小、9或更小、8或更小、7或更小、6或更小、5或更小、4或更小、3或更小或者2或更小。如果预先存在的氨基酸变化存在于VH中，则优选地那些变化仅出现在71H、73H和78H位置中的三个、两个或一个；例如，在那些位置处的氨基酸残基可以是71A、73T和/或78A。在一个实施方案中，VL接受体人类框架在序列上与VL人类免疫球蛋白框架序列或人类共有框架序列相同。
“人类共有框架”是在人类免疫球蛋白VL或VH框架序列的选择中代表最常见的氨基酸残基的框架。一般而言，人免疫球蛋白VL或VH序列的选择来自可变结构域序列的亚组。一般而言，序列的亚组是Kabat等人,Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版,Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991)所述的亚组。实例包括：对于VL，亚组可以是Kabat等人(同上)所述的亚组κI、κII、κIII或κIV。另外，对于VH，亚组可以是Kabat等人(同上)所述的亚组I、亚组II或亚组III。
在例如本公开的抗TMEM106B抗体的指定位置处的“氨基酸修饰”是指特定残基的置换或缺失，或邻近指定残基的至少一个氨基酸残基的插入。“邻近”指定残基的插入意指在该指定残基的一个至两个残基内的插入。插入可以在指定残基的N-末端或C-末端。本文的优选氨基酸修饰是置换。
“亲和力成熟”抗体(诸如本公开的亲和力成熟抗TMEM106B抗体)是在该抗体的一个或多个HVR中具有一个或多个改变，从而与不具有一个或多个那些改变的亲本抗体相比，引起抗体对抗原的亲和力改善的抗体。在一个实施方案中，亲和力成熟抗体对靶抗原具有纳摩尔或甚至皮摩尔亲和力。通过本领域已知的程序来产生亲和力成熟抗体。例如，Marks等人,Bio/Technology 10:779-783(1992)描述了通过VH结构域和VL结构域改组进行的亲和力成熟。HVR和/或构架残基的随机诱变如例如：Barbas等人,Proc Nat.Acad.Sci.USA91:3809-3813(1994)；Schier等人,Gene 169:147-155(1995)；Yelton等人,J.Immunol.155:1994-2004(1995)；Jackson等人,J.Immunol.154(7):3310-9(1995)；和Hawkins等人,J.Mol.Biol.226:889-896(1992)所描述。
“Fv”是包含完全抗原识别和结合位点的最小抗体片段。该片段由紧密、非共价缔合的一个重链和一个轻链可变区结构域的二聚体组成。由这两个结构域的折叠产生六个高变环(各自来自H和L链的3个环)，这六个高变环贡献了用于抗原结合的氨基酸残基，并且将抗原结合特异性赋予抗体。然而，即使单个可变结构域(或仅包含对抗原具有特异性的三个HVR的Fv的一半)也具有识别和结合抗原的能力，虽然亲和力小于整个结合位点。
“单链Fv”也缩写为“sFv”或“scFv”，是包含连接至单个多肽链的VH和VL抗体结构域的抗体片段。优选地，sFv多肽还包含VH和VL结构域之间的多肽接头，所述多肽接头使sFv形成用于抗原结合的所期望的结构。
抗体“效应子功能”是指可归因于抗体的Fc区(天然序列Fc区或氨基酸序列变体Fc区)，并且随抗体同种型而变化的那些生物学活性。
本文的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链的C-末端区，包括天然序列Fc区和变体Fc区。虽然免疫球蛋白重链的Fc区的边界可能有所变化，但是人类IgG重链Fc区通常被定义为从第Cys226位或从第Pro230位的氨基酸残基至它们的羧基末端的序列段。可以例如在抗体的产生或纯化期间或通过对编码抗体的重链的核酸进行重组工程化改造来移除Fc区的C-末端赖氨酸(根据EU编号系统的残基447)。因此，完整抗体的组合物可以包括全部K447残基均被移除的抗体群、K447残基未被移除的抗体群以及具有和不具有K447残基的抗体混合物的抗体群。适用于本公开的抗体的天然序列Fc区包括人类IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。
“天然序列Fc区”包含与自然界中存在的Fc区的氨基酸序列相同的氨基酸序列。天然序列人类Fc区包括天然序列人类IgG1 Fc区(非A和A同种异型)；天然序列人类IgG2 Fc区；天然序列人类IgG3 Fc区；和天然序列人类IgG4 Fc区以及它们的天然存在的变体。
“变体Fc区”包含由于至少一种氨基酸修饰(优选地一个或多个氨基酸置换)而不同于天然序列Fc区的氨基酸序列。优选地，与天然序列Fc区或亲本多肽的Fc区相比，变体Fc区在天然序列的Fc区中或在亲本多肽的Fc区中具有至少一个氨基酸置换，例如约一个至约十个氨基酸置换，并且优选地约一个至约五个氨基酸置换。本文的变体Fc区优选地与天然序列Fc区和/或与亲本多肽的Fc区具有至少约80％的同源性，最优选地与它们具有至少约90％的同源性，更优选地至少约95％的同源性。
“Fc受体”或“FcR”描述结合至抗体的Fc区的受体。优选的FcR是天然序列人类FcR。此外，优选的FcR是结合IgG抗体(γ受体)的FcR，并且包括FcγRI、FcγRII和FcγRIII子类的受体，包括这些受体的等位基因变体和可变剪接形式，FcγRII受体包括FcγRIIA(“活化性受体”)和FcγRIIB(“抑制性受体”)，它们具有相似的氨基酸序列，所述氨基酸序列的主要区别在于它们的胞质结构域。活化性受体FcγRIIA在其胞质结构域中含有基于免疫受体酪氨酸的活化基序(“ITAM”)。抑制性受体FcγRIIB在其胞质结构域中含有基于免疫受体酪氨酸的抑制基序(“ITIM”)。其他FcR(包括未来鉴定的那些FcR)也涵盖在本文的术语“FcR”中。FcR还可以增加抗体的血清半衰期。
如本文所用，就肽、多肽或抗体序列而言，“氨基酸序列同一性百分比(％)”和“同源性”是指在比对序列和引入空位(如果需要的话)，以实现最大序列同一性百分比之后，并且不考虑作为序列同一性的一部分的任何保守置换的情况下，与特定肽或多肽序列中的氨基酸残基相同的候选序列中的氨基酸残基的百分比。为了测定氨基酸序列同一性百分比的比对可以通过本领域技术范围内的多种方式实现，例如，使用公开获得的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或MEGALIGNTM(DNASTAR)软件。本领域的技术人员可以确定用于测量比对的适当参数，包括在所比较序列的全长上实现最大比对所需的本领域已知的任何算法。
当在竞争相同表位的抗体(例如，中和抗体)的语境中使用时，术语“竞争”意指抗体之间的竞争，如通过所测试的抗体防止或抑制(例如，减少)参考分子(例如，配体或参考抗体)与共同抗原(例如，TMEM106B或它们的片段)的特异性结合的测定法所确定。多种类型的竞争性结合测定法可以用于确定抗体是否与另一种抗体竞争，例如：固相直接或间接放射免疫测定法(RIA)、固相直接或间接酶免疫测定法(EIA)、夹心竞争测定法(参见例如，Stahli等人,1983,Methods in Enzymology 9:242-253)；固相直接生物素-亲和素EIA(参见例如，Kirkland等人,1986,J.Immunol.137:3614-3619)、固相直接标记测定法、固相直接标记夹心测定法(参见例如，Harlow和Lane,1988,Antibodies,A Laboratory Manual,ColdSpring Harbor Press)；使用1-125标记的固相直接标记RIA(参见例如，Morel等人,1988,Molec.Immunol.25:7-15)；固相直接生物素-亲和素EIA(参见例如，Cheung等人,1990,Virology 176:546-552)；和直接标记RIA(Moldenhauer等人,1990,Scand.J.Immunol.32:77-82)。通常，这种测定法涉及使用结合至固体表面或携带这些未标记的测试抗体和标记的参考抗体中的任一者的细胞的纯化的抗原。竞争性抑制通过在存在测试抗体的情况下测定结合至固体表面或细胞的标记的量来测量。通常，测试抗体过量存在。通过竞争测定法鉴定的抗体(竞争性抗体)包括结合至与参考抗体相同的表位的抗体和结合至与参考抗体所结合的表位足够近的邻近表位以发生空间位阻的抗体。下文和本文的实施例中提供了关于确定竞争性结合的方法的其他细节。通常，当竞争性抗体过量存在时，它将抑制(例如，减少)参考抗体与共同抗原的特异性结合至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、97.5％和/或几乎100％。
如本文所用，TMEM106B多肽和第二多肽之间的“相互作用”涵盖但不限于蛋白质-蛋白质相互作用、物理相互作用、化学相互作用、结合、共价结合和离子结合。如本文所用，当抗体破坏、减少或完全消除两种多肽之间的相互作用时，所述抗体“抑制”两种多肽之间的“相互作用”。当多肽的抗体结合至两种多肽中的一种时，本公开的多肽的抗体“抑制”两种多肽之间的“相互作用”。在一些实施方案中，相互作用可以被抑制至少约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、97.5％和/或几乎100％中的任一者。
术语“表位”包括能够被抗体结合的任何决定簇。表位是被靶向抗原的抗体结合的抗原的区域，并且当抗原是多肽时，包括直接接触抗体的特定氨基酸。最常见的是，表位位于多肽上，但是在一些情况下，可以位于其他种类的分子(诸如核酸)上。表位决定簇可以包括分子的化学活性表面基团，诸如氨基酸、糖侧链、磷酰基或磺酰基基团，并且可以具有特定的三维结构特征和/或特定的电荷特征。通常，对特定靶抗原具有特异性的抗体将优先识别多肽和/或大分子的复杂混合物中的靶抗原上的表位。
“激动性”抗体或“活化性”抗体是在抗体结合抗原后诱导(例如，增加)抗原的一种或多种活性或功能的抗体。
“拮抗性”抗体或“阻断性”抗体或“抑制性”抗体是在抗体结合抗原后，减少、抑制和/或消除(例如，减少)抗原与一种或多种配体结合，以及/或者在抗体结合抗原后，减少、抑制和/或消除(例如，减少)抗原的一种或多种活性或功能的抗体。在一些实施方案中，拮抗性抗体或阻断性抗体或抑制性抗体基本上或完全抑制抗原与一种或多种配体的结合和/或抗原的一种或多种活性或功能。
“分离的”抗体(诸如本公开的分离的抗TMEM106B抗体)是已经从抗体的产生环境的组分(例如，天然的或重组的)鉴定、分离和/或回收的抗体。优选地，分离的抗体与抗体的产生环境的所有其他污染组分无关。抗体的产生环境的污染组分，诸如从重组转染细胞产生的那些污染组分，是通常会干扰抗体的研究、诊断或治疗用途的物质，并且可以包括酶、激素和其他蛋白质或非蛋白质溶质。在优选的实施方案中，抗体将被纯化为：(1)如通过例如Lowry方法所测定，抗体的大于95重量％，在一些实施方案中，大于99重量％；(2)通过使用旋转杯测序仪所测定，达到足以获得至少15个N-末端的残基或内部氨基酸序列的程度，或者(3)使用考马斯蓝或优选地银染色，在非还原或还原条件下通过SDS-PAGE所测定的均质性。因为抗体天然环境的至少一种组分将不存在，所以分离的抗体包括重组T细胞内的原位抗体。然而，通常，将通过至少一个纯化步骤来制备分离的多肽或抗体。
编码抗体(诸如本公开的抗TMEM106B抗体)的“分离的”核酸分子是从至少一种污染核酸分子鉴定和分离的核酸分子，所述污染核酸分子通常与分离的核酸分子产生的环境有关。优选地，分离的核酸与产生环境相关的所有组分无关。编码本文的多肽和抗体的分离的核酸分子的形式不同于所述核酸分子在自然界中存在的形式或背景。所以，分离的核酸分子不同于编码本文的天然存在于细胞中的多肽和抗体的核酸。
如本文所用，术语“载体”旨在指能够运输所连接的另一种核酸的核酸分子。载体的一种类型是“质粒”，它是指环状双链DNA，另外的DNA区段可以连接至所述环状双链DNA。载体的另一种类型是噬菌体载体。载体的另一种类型是病毒载体，其中另外的DNA区段可以连接至病毒基因组。某些载体能够在它们引入的宿主细胞中自主复制(例如，具有细菌复制起点的细菌载体和附加型哺乳动物载体)。其他载体(例如，非附加型哺乳动物载体)可以在引入宿主细胞时被整合进宿主细胞的基因组中，从而与宿主基因组一起复制。此外，某些载体能够引导与它们可操作地连接的基因的表达。这些载体在本文中称为“重组表达载体”，或简称为“表达载体”。通常，在重组DNA技术中有用的表达载体通常是质粒的形式。在本说明书中，“质粒”和“载体”可以互换使用，因为质粒是最常用的载体形式。
如本文可互换使用的“多核苷酸”或“核酸”是指具有任何长度的核苷酸的聚合物，并且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、经修饰的核苷酸或碱基和/或它们的类似物或者可以通过DNA或RNA聚合酶或通过合成反应整合进聚合物的任何底物。
“宿主细胞”包括单个细胞或细胞培养物，它可以是或已经是用于掺入多核苷酸插入物的载体的接受者。宿主细胞包括单个宿主细胞的子代，并且由于天然、偶然或有意突变，子代不一定与原始亲代细胞完全相同(在形态或基因组DNA补体方面)。宿主细胞包括用一种或多种本发明的多核苷酸体内转染的细胞。
如本文所用，“载剂”包括在所采用的剂量和浓度下对所暴露的细胞或哺乳动物无毒的药学上可接受的载剂、赋形剂或稳定剂。
如本文所用，术语“预防”包括提供针对个体中的特定疾病、病症或病状的发生或复发的预防。个体可以倾向于患上、易患特定疾病、病症或病状，或者具有患上这种疾病、病症或病状的风险，但是尚未被诊断为患有所述疾病、病症或病状。
如本文所用，具有患上特定疾病、病症或病状的“风险”的个体可以具有或可以不具有可检测的疾病或疾病的症状，并且在本文所述的治疗方法之前可以显示出或可以不显示出可检测的疾病或疾病的症状。如本领域所已知，“具有风险”表示个体具有一个或多个风险因素，它们是与特定疾病、病症或病状的产生相关联的可测量的参数。具有这些风险因素中的一个或多个的个体与不具有这些风险因素中的一个或多个的个体相比，具有更高的患上特定疾病、病症或病状的概率。
如本文所用，术语“治疗”是指被设计为在临床病理的过程中改变被治疗的个体的自然病程的临床干预。所期望的治疗效果包括降低进展率、改善或减轻病理状态以及缓解或改善特定疾病、病症或病状的预后。例如，如果与特定疾病、病症或病状相关的一种或多种症状得以减轻或消除，则个体得到成功“治疗”。
“有效量”是指至少在必要的剂量下和时间期内有效实现所期望的治疗或预防结果的量。有效量可以在一次或多次施用中提供。本文的有效量可以根据各种因素而变化，诸如个体的疾病状态、年龄、性别和体重以及治疗在个体中引起所期望的响应的能力。有效量也是治疗有益效果超过治疗的任何毒性或有害效果的量。对于预防用途，有益的或期望的结果包括诸如消除或降低风险、减轻严重度或延缓疾病的发病的结果，包括疾病的生物化学、组织学和/或行为症状、疾病的并发症以及在疾病的产生期间出现的中间病理表型。对于治疗用途，有益的或期望的结果包括诸如减少疾病引起的一个或多个症状、提高疾病患者的生活质量、减少治疗疾病所需的其他药物的剂量、增强另一种药物的效果的临床结果，所述临床结果诸如经由靶向、延缓疾病的进展和/或延长存活期来进行。药物、化合物或药物组合物的有效量是足以直接或间接达到预防性或治疗性处理的量。如在临床语境中所理解，有效量的药物、化合物或药物组合物可以或不可以与另一种药物、化合物或药物组合物联合实现。因此，“有效量”可以在施用一种或多种治疗剂的语境中考虑，并且如果单一药剂与一种或多种其他药剂联合可以实现或已实现所期望的结果，则所述单一药剂可以被认为以有效量给予。
对于治疗、预防或降低风险目的，“个体”是指被归类为哺乳动物的任何动物，包括人类、家畜和农场动物、动物园动物、运动动物或宠物，诸如狗、马、兔、牛、猪、仓鼠、沙鼠、小鼠、貂、大鼠、猫等等。在一些实施方案中，个体是人类。
如本文所用，与另一种化合物或组合物“联合”施用包括同时施用和/或在不同时间施用。联合施用还涵盖作为共制剂施用或作为单独的组合物施用，包括以不同的给药频率或间隔施用，并且使用相同的施用途径或不同的施用途径。在一些实施方案中，联合施用是作为相同的治疗方案的一部分施用。
如本文所用，术语“约”是指本技术领域的技术人员容易知道的相应值的常见误差范围。本文对“约”某一值或参数的提及包括(和描述)涉及该值或参数本身的实施方案。
除非上下文另外明确指明，否则如本文和所附权利要求中所用，单数形式“一个”、“一种”和“所述”包括复数指代物。例如，对“抗体”的提及是指对一种至多种抗体的提及，诸如摩尔量，并且包括本领域的技术人员已知的它们的等同物等等。
如本文所用，本公开的“TMEM106B”蛋白包括但不限于哺乳动物TMEM106B蛋白、人类TMEM106B蛋白、灵长类动物TMEM106B蛋白、食蟹猴TMEM106B蛋白、小鼠TMEM106B蛋白和大鼠TMEM106B蛋白。另外，本公开的抗TMEM106B抗体可以结合哺乳动物TMEM106B蛋白、人类TMEM106B蛋白、灵长类动物TMEM106B、食蟹猴TMEM106B蛋白、小鼠TMEM106B蛋白和大鼠TMEM106B蛋白中的一者或多者内的表位。
应当理解，本文所述的本公开的方面和实施方案包括“包括方面和实施方案”、“由方面和实施方案组成”和“基本上由方面和实施方案组成”。
II.抗TMEM106B抗体
本文提供了抗TMEM106B抗体。所提供的抗体可用于例如TMEM106B相关疾病的诊断或治疗。
在一个方面，本公开提供了结合至本公开的TMEM106B蛋白内的表位的分离的(例如，单克隆)抗体。本公开的TMEM106B蛋白包括但不限于哺乳动物TMEM106B蛋白、人类TMEM106B蛋白、小鼠TMEM106B蛋白和食蟹猴TMEM106B蛋白。
人类TMEM106B是一种编码2型膜糖蛋白的274个氨基酸的蛋白质。人类TMEM106B的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示：MGKSLSHLPLHSSKEDAYDGVTSENMRNGLVNSEVHNEDGRNGDVSQFPYVEFTGRDSVTCPTCQGTGRIPRGQENQLVALIPYSDQRLRPRRTKLYVMASVFVCLLLSGLAVFFLFPRSIDVKYIGVKSAYVSYDVQKRTIYLNITNTLNITNNNYYSVEVENITAQVQFSKTVIGKARLNNITIIGPLDMKQIDYTVPTVIAEEMSYMYDFCTLISIKVHNIVLMMQVTVTTTYFGHSEQISQERYQYVDCGRNTTYQLGQSEYLNVLQPQQ
另外，小鼠TMEM106B的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示：GKSLSHLPLHSNKEDGYDGVTSTDNMRNGLVSSEVHNEDGRNGDVSQFPYVEFTGRDSVTCPTCQGTGRIPRGQENQLVALIPYSDQRLRPRRTKLYVMASVFVCLLLSGLAVFFLFPRSIEVKYIGVKSAYVSYDAEKRTIYLNITNTLNITNNNYYSVEVENITAQVQFSKTVIGKARLNNITNIGPLDMKQIDYTVPTVIAEEMSYMYDFCTLLSIKVHNIVLMMQVTVTTAYFGHSEQISQERYQYVDCGRNTTYQLAQSEYLNVLQPQQ
另外，食蟹猴(cyno)TMEM106B的氨基酸序列如SEQ ID NO:315所示：
MGKSLSHLPLHSSKEDAYDGVTSENMRNGLVNSEVHNEDGRNGDVSQFPYVEFTGRDSVTRPTCQGTGRIPRGQENQLVALIPYSDQRLRPRRTKLYVMASVFVCLLLSGLAVFFLFPRSIDVKYIGVKSAYVSYDVQKRTIYLNITNTLNITNNNYYSVEVENITAQVQFAKTVIGKARLNNITHIGPLDMKQIDYTVPTVIAEEMSYMYDFCTLISIKVHNIVLMMQVTVTTTYFGHSEQISQERYQYVDCGRNTTYQLGQSEYLNVLQPQQ
在一些实施方案中，TMEM106B在细胞中表达。在一些实施方案中，TMEM106B在胞内体和/或溶酶体中表达。在一些实施方案中，TMEM106B在晚期胞内体和/或晚期溶酶体中表达。在一些实施方案中，TMEM106B在细胞表面上表达。
本公开的TMEM106B蛋白包括若干结构域，这些结构域包括但不限于N-末端腔结构域(预计在人类TMEM106B的氨基酸残基11-274的范围内；参见SEQ ID NO:1)、跨膜结构域(预计在人类TMEM106B的氨基酸残基96-117的范围内)和C-末端结构域(预计在人类TMEM106B的氨基酸残基1-92的范围内)。另外，本公开的TMEM106B蛋白在许多组织和细胞中表达，这些组织和细胞包括但不限于大脑、神经元、神经胶质细胞、内皮细胞、血管周细胞、周细胞等。
TMEM106B结合配偶体
本公开的TMEM106B蛋白可以与一种或多种配体或结合蛋白相互作用(例如，结合至一种或多种配体或结合蛋白)，所述配体或结合蛋白包括但不限于前颗粒蛋白(GRN)、其他TMEM106蛋白家族成员(诸如TMEM106B和TMEM106C)、网格蛋白重链(CLTC)、脂肪细胞蛋白2的μL亚基(AP2M1)、带电的多囊体蛋白2b(CHMP2B)、微管相关蛋白6(MAP6)、溶酶体相关膜蛋白1(LAMP1)和液泡-ATP酶辅助蛋白1。本公开的抗TMEM106B抗体影响TMEM106B与它的各种配体和结合配偶体的相互作用。
前颗粒蛋白
TMEM106B已显示出在神经元晚期内溶酶体中与前颗粒蛋白共定位，并且TMEM106B过表达增加了前颗粒蛋白的胞内水平(Chen-Plotkin等人，2012,J Neurosci,32:11213-11227)。
前颗粒蛋白被不同地称为PGRN、前上皮因子、颗粒蛋白-上皮因子前体、PC(前列腺癌)细胞源性生长因子(PCDGF)和acrogranin。前颗粒蛋白是一种编码68.5kD的分泌糖蛋白的593个氨基酸的蛋白质，所述分泌糖蛋白具有7.5个重复单元的较小的颗粒蛋白(上皮因子)基序(在6-25kDa的范围内)，所述基序可以通过蛋白水解从前体PGRN切下。前颗粒蛋白切割产物的实例包括但不限于颗粒蛋白A/上皮因子1、颗粒蛋白B、上皮因子2、颗粒蛋白C、颗粒蛋白D、颗粒蛋白E、颗粒蛋白F、颗粒蛋白G和来源于前颗粒蛋白的任何其他已知的肽产物。
前颗粒蛋白是广泛表达的，并且在非神经元细胞中与许多事件相关，所述事件诸如细胞周期调控和细胞运动性、伤口修复、炎症、生长因子(诸如血管内皮生长因子(VEGF))的诱导和肿瘤发生。前颗粒蛋白在早期神经发育中也是广泛表达的，但是在晚期发育中局限于特定神经元群体(诸如皮质神经元、海马锥体神经元和浦肯野细胞)中。
因此，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制(例如，阻断)或减少TMEM106B和前颗粒蛋白之间的相互作用。或者，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增强或增加TMEM106B和前颗粒蛋白之间的相互作用。
其他TMEM106家族成员
TMEM106B蛋白已显示出与其他TMEM106蛋白家族成员相互作用。例如，TMEM106B的N-末端已显示出与它的家族成员TMEM106C相互作用。(参见Stagi等人,2014,Mol CellNeurosci,61:226-240。)本公开的TMEM106B蛋白结合至并且改变TMEM106B的功能和活性。另外，TMEM106B蛋白结合至并且改变TMEM106C的功能和活性。
因此，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制(例如，阻断)或减少TMEM106B和其他TMEM106蛋白家族成员之间的相互作用。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制(例如，阻断)或减少TMEM106B和另一种TMEM106B多肽之间的相互作用。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制(例如，阻断)或减少TMEM106B和TMEM106C之间的相互作用。或者，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增强或增加TMEM106B和其他TMEM106蛋白家族成员之间的相互作用。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增强或增加TMEM106B和另一种TMEM106B多肽之间的相互作用。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增强或增加TMEM106B和TMEM106C之间的相互作用。
网格蛋白重链
TMEM106B的N-末端已显示出与内吞衔接蛋白网格蛋白重链(CLTC)相互作用。(参见Stagi等人,2014,Mol Cell Neurosci,61:226-240。)蛋白质相互作用与TMEM106B的内吞溶酶体定位共同暗示，TMEM106B胞质结构域可能参与内吞货物至溶酶体的递送。
因此，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制(例如，阻断)或减少TMEM106B和CLTC之间的相互作用。或者，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增强或增加TMEM106B和CLTC之间的相互作用。
脂肪细胞蛋白2的μl亚基
TMEM106B的N-末端已显示出与内吞衔接蛋白脂肪细胞蛋白2的μ1亚基(AP2M1)相互作用。(参见Stagi等人,2014,Mol Cell Neurosci,61:226-240。)蛋白质相互作用与TMEM106的内吞溶酶体定位共同暗示，TMEM106B胞质结构域可能参与内吞货物至溶酶体的递送。
因此，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制(例如，阻断)或减少TMEM106B和脂肪细胞蛋白2的μ1亚基(AP2M1)之间的相互作用。或者，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增强或增加TMEM106B和脂肪细胞蛋白2的μ1亚基(AP2M1)之间的相互作用。
带电的多囊体蛋白2b
TMEM106B已显示出直接结合带电的多囊体蛋白2b(CHMP2B)，带电的多囊体蛋白2b是运输III(ESCRT-III)复合物所需的胞内体分选复合物的成员，所述运输III复合物调控内吞溶酶体蛋白运输和自噬结构形成(Jun等人,2015,Mol Brain,8:85)。因此，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制(例如，阻断)或减少TMEM106B和CHMP2B之间的相互作用。或者，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增强或增加TMEM106B和CHMP2B之间的相互作用。
微管相关蛋白6
微管相关蛋白6(MAP6)的C-末端直接结合TMEM106B的N-末端(Schwenk等人,2014,EMBO J,33:450-467)。与TMEM106B敲低类似，MAP6过表达抑制树突分支。MAP6敲低完全挽救TMEM106B敲低的树突表型，这支持了TMEM106B和MAP6之间的功能相互作用。TMEM106B/MAP6相互作用显示出对于调控溶酶体的树突运输是至关重要的，大概是作为逆行运输的分子破坏而发挥作用。溶酶体错误指向可以促进具有TMEM106B风险变体的患者的神经退化。MAP6的富含神经元的剪接变体的C-末端重复区域优先结合至TMEM106B的胞质N-末端。
因此，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制(例如，阻断)或减少TMEM106B和MAP6之间的相互作用。或者，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增强或增加TMEM106B和MAP6之间的相互作用。
溶酶体相关膜蛋白1
TMEM106B在细胞体和树突中的晚期胞内体/溶酶体囊泡中与LAMP1共定位，但是突触囊泡或者早期或再循环胞内体则不发生共定位。(Stagi等人,2014,Mol Cell Neurosci,61:226-240。)LAMP1(溶酶体相关膜蛋白1)是晚期胞内体/溶酶体标志物。TMEM106B的减少增加了轴突运输的溶酶体(增加了运动性)，而TMEM106B的升高则抑制了这种运输并且产生了大溶酶体。因此，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制(例如，阻断)或减少TMEM106B和LAMP1之间的相互作用。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增加轴突运输的溶酶体。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增加轴突运输的溶酶体的运动性。或者，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增强或增加TMEM106B和LAMP1之间的相互作用。
液泡-ATP酶亚基辅助蛋白1
TMEM106B已显示出通过它的腔(C-末端)结构域结合液泡-ATP酶亚基辅助蛋白1(v-ATP酶API)(Klein等人,2017,Neuron,95:281-296)。V-ATP酶负责溶酶体酸化；它的功能的调控(诸如通过多单元蛋白质复合物的稳定来进行)将影响溶酶体功能。因此，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制(例如，阻断)或减少TMEM106B和液泡-ATP酶亚基辅助蛋白1之间的相互作用。或者，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体增强或增加TMEM106B和液泡-ATP酶亚基辅助蛋白1之间的相互作用。
本文还提供了筛选抗TMEM106B抗体的方法，所述抗TMEM106B抗体结合TMEM106B，并且阻断TMEM106B和一种或多种TMEM106B配体或结合配偶体(例如，前颗粒蛋白、其他TMEM106家族成员(即，TMEM106A、TMTM106C)、网格蛋白重链、脂肪细胞蛋白2的μ1亚基、CHMP2B、微管相关蛋白6、溶酶体相关膜蛋白1和液泡-ATP酶辅助蛋白1)之间的相互作用。在一些实施方案中，可以合成肽文库，其中TMEM106B蛋白被切为由一个氨基酸残基分隔开的连续的15聚体和25聚体肽，随后将肽文库点样到滤膜上。然后可以通过SPOT结合分析来测试在存在或不存在抗TMEM106B抗体的情况下TMEM106B配体或结合配偶体的结合与TMEM106B肽或与多个肽相互作用的能力(例如，Frank,R和Overwin,H(1996)Methods.Mol.Biol.66,149-169；Reineke,U等人,(2002)J.Immunol.Methods 267,13-26；和Andersen,OS等人,(2010)J,BIOLOGICAL CHEMISTRY 285,12210-12222)。在一些实施方案中，纤维素支持物可以被制备为N-修饰的纤维素-氨基羟基丙基醚膜，并且所有合成轮次都以通过9-芴基甲氧基羰基丙氨酸-五氟苯基酯(在肽和膜之间产生丙氨酸接头)进行的斑点定义开始。例如，通过不同氨基酸的逐步添加进行的自动化线性合成在N-末端由9-芴基-甲氧基羰基保护，并且对正在生长的肽链进行适当的侧链保护。在一些实施方案中，脱保护、活化和偶联的模式持续进行直到产生16聚体肽，从而在C-末端处产生共价锚定肽与纤维素支持物的均匀分布阵列，并且N-末端是游离末端(Scham,D等人,(2000)J.Comb.Chem.2,361-369)。在一些实施方案中，侧保护基团的除去可以以两个步骤进行。首先，可以用90％三氟乙酸(溶于二氯甲烷，含有3％三异丁基硅烷和2％H2O)处理膜；其次，用例如60％三氟乙酸(溶于二氯甲烷，含有3％三异丁基硅烷和2％H2O)处理膜。为了除去三氟乙酸盐，可以用H2O、乙醇、Tris缓冲盐水和乙醇洗涤膜若干次，然后干燥膜。最后，在准备预定的肽文库以进行配体结合分析之前，在封闭缓冲液中封闭膜，所述封闭缓冲液在Tris缓冲盐水(pH8.0)中膨胀，并且补充5％蔗糖2h。在一些实施方案中，对于纤维素结合肽的结合研究，在存在或不存在抗TMEM106B抗体的情况下，膜结合文库可以与组合S肽和聚组氨酸标记的配体一起温育，例如在封闭缓冲液中在4℃下温育过夜，然后另外在封闭缓冲液中用1mg/ml HRP缀合的S蛋白进行第二次温育，但是在室温下进行3h。随后，可以用Tris缓冲盐水洗涤膜(例如洗涤三次10分钟)，然后可以使用UptiLight化学发光底物和Lumilmager仪器进行结合配体的定量表征，以提供斑点信号强度(勃林格(Boehringer)光单位)。或者，结合配体的检测可以通过免疫化学测定法来进行，所述免疫化学测定法用针对组氨酸标签的抗体和HRP缀合的抗小鼠二抗来进行。可以采用标准蛋白质印迹程序和斑点检测来进行温育。
本文还提供了筛选抗TMEM106B抗体的方法，所述抗TMEM106B抗体阻断TMEM106B和一种或多种TMEM106B配体或结合配偶体(例如，前颗粒蛋白、其他TMEM106家族成员(即，TMEM106A、TMEM106C)、网格蛋白重链、脂肪细胞蛋白2的μl亚基、CHMP2B、微管相关蛋白6、溶酶体相关膜蛋白1和液泡-ATP酶辅助蛋白1)的相互作用(例如，结合)。
在一些实施方案中，TMEM106B和TMEM106B配体或结合配偶体(例如，前颗粒蛋白、其他TMEM106家族成员(即，TMEM106A、TMEM106C)、网格蛋白重链、脂肪细胞蛋白2的μl亚基、CHMP2B、微管相关蛋白6、溶酶体相关膜蛋白1和液泡-ATP酶辅助蛋白1)之间的相互作用可以使用表面等离子共振分析来表征(例如，Skeldal等人,2012J Biol Chem.,287:43798；和Andersen等人,201,J Biol Chem,285,12210-12222)。在存在或不存在封闭性抗TMEM106B抗体的情况下，可以例如在Biacore2000仪器(Biacore,Sweden)上使用CaHBS作为标准运行缓冲液(10mM HEPES pH7.4、140mM NaCl、2mM CaCl2、1mM EGTA和0.005％Tween 20)来进行TMEM106B配体或结合配偶体与固定化的TMEM106B的直接结合的测定。在一些实施方案中，可以使用NHS/EDC方法来活化来自Biacore(CM5)的生物传感器芯片，然后用TMEM106B来涂覆至79fmol/mm2的蛋白质密度，并且用于结合配偶体的亲和力测量。使用pro-TMEM106B的生物传感器表面的制备将按照相同的程序进行。在配体结合实验的每个循环后，流动池的再生可以通过两次10-μl再生缓冲液(10mM甘氨酸-HCl pH4.0、500mM NaCl、20mM EDTA和0.005％Tween 20)脉冲和0.001％SDS的单次注射来进行。可以例如通过使用BIAevaluation 3.1版来进行针对亲和力估计的传感图的拟合。按照相似的方案，还可以使用NHS/EDC偶联试剂盒在CM5生物传感器芯片上进行HisS-NGFpro或HisS-BDNFpro的固定化，从而获得相似的固定化蛋白质的表面密度(～300fmol/mm2)。在不存在或存在竞争性TMEM106B抗体的情况下，用TMEM106B配体或结合配偶体固定化的生物传感器芯片也可以用于检查TMEM106B的结合。
在一些实施方案中，TMEM106B和TMEM106B配体和结合配偶体(例如，前颗粒蛋白、其他TMEM106家族成员(即，TMEM106A、TMEM106C)、网格蛋白重链、脂肪细胞蛋白2的μ1亚基、CHMP2B、微管相关蛋白6、溶酶体相关膜蛋白1和液泡-ATP酶辅助蛋白1)之间的相互作用可以使用沉降测定法来表征(例如，Andersen等人,2010,J Biol Chem,285,12210-12222)。例如，可以在不存在或存在TMEM106B阻断性抗体的情况下，可以将TMEM106B的表达的胞内或胞外结构域与标记的TMEM106B配体或结合配偶体一起温育，并且使用100μl谷胱甘肽(GSH)-琼脂糖珠粒(Amersham Biosciences，产品目录号17-0756-01)进行沉淀。可以使用Talon珠粒作为对照通过沉淀来测定所施加的受体结构域的量。结合蛋白质可以通过SDS-PAGE分析来分离，并且使用抗组氨酸抗体通过标准蛋白质印迹分析来显示。
在一些实施方案中，TMEM106B和TMEM106B配体和结合配偶体(例如，前颗粒蛋白、其他TMEM106家族成员(即，TMEM106A、TMEM106C)、网格蛋白重链、脂肪细胞蛋白2的μ1亚基、CHMP2B、微管相关蛋白6、溶酶体相关膜蛋白1和液泡-ATP酶辅助蛋白1)之间的相互作用可以使用纤维素结合蛋白来表征(例如，Andersen等人,2010,J Biol Chem,285,12210-12222)。例如，可以将膜结合蛋白与S肽和聚组氨酸标记的前颗粒蛋白、其他TMEM106家族成员(即，TMEM106A、TMEM106C)、网格蛋白重链、脂肪细胞蛋白2的μ1亚基、CHMP2B、微管相关蛋白6、溶酶体相关膜蛋白1、液泡-ATP酶辅助蛋白1或另一种TMEM106B配体或结合配偶体一起；在封闭缓冲液中在4℃下温育过夜，然后另外在封闭缓冲液中用1μg/ml HRP缀合的S蛋白进行第二次温育，但是在室温下进行3小时。随后，可以用Tris缓冲盐水洗涤膜三次10分钟，然后使用UptiLight化学发光底物和Lumilmager仪器进行结合配体的定量表征，以提供斑点信号强度(勃林格(Boehringer)光单位)。或者，结合配体的检测可以通过免疫化学测定法来进行，所述免疫化学测定法用针对组氨酸标签的抗体和HRP缀合的抗小鼠二抗来进行。温育可以在标准蛋白质印迹分析和斑点检测之后进行。
在一些实施方案中，TMEM106B和TMEM106B配体和结合配偶体(例如，前颗粒蛋白、其他TMEM106家族成员(即，TMEM106A、TMEM106C)、网格蛋白重链、脂肪细胞蛋白2的μ1亚基、CHMP2B、微管相关蛋白6、溶酶体相关膜蛋白1和液泡-ATP酶辅助蛋白1)之间的相互作用可以使用邻近连接测定法来表征(例如，Gustafsen等人,2013The Journal ofNeuroscience,33:64-71)。例如，可以使用抗TMEM106B的一抗和针对结合配偶体的抗体对表达或暴露于TMEM106B及其配体或结合配偶体的细胞进行邻近连接测定法(PLA)(DuolinkII)，然后用缀合至寡核苷酸的二抗温育，所述二抗杂交至随后添加的形成环的寡核苷酸，并且当抗原定位于附近40nM时引发滚环扩增。可以通过添加互补的荧光标记的寡核苷酸来显示扩增的DNA。
在一些实施方案中，TMEM106B和TMEM106B配体和结合配偶体(例如，前颗粒蛋白、其他TMEM106家族成员(即，TMEM106A、TMEM106C)、网格蛋白重链、脂肪细胞蛋白2的μ1亚基、CHMP2B、微管相关蛋白6、溶酶体相关膜蛋白1和液泡-ATP酶辅助蛋白1)之间的相互作用可以使用碱性磷酸酶标记的配体来表征(例如，Hu等人,2005,J.Neurosci.25,5298-5304；Fournier等人,2001,Nature 409,341-346；Lauren等人,2009,Nature 457,1128-1132；和Hu等人,2010,Neuron 68,654-667)。例如，可以制备碱性磷酸酶(AP)标记的配体，以评估与转染细胞或原代神经元上的TMEM106B的结合。为了检测AP标记的配体与表达TMEM106B的细胞的结合，可以用例如汉克斯(Hanks)平衡盐溶液(HBH)来洗涤培养物，所述汉克斯平衡盐溶液含有20mM HEPES钠pH7.05和1mg/ml牛血清白蛋白(BSA)。然后，可以在存在或不存在TMEM106B阻断性抗体的情况下，将平板与AP标记的配体一起温育，例如在23℃下的HBH中温育2h。可以根据本领域熟知的方法来检测和定量AP结合的配体。
在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体通过以下方式进一步抑制TMEM106B与它的配体、信号传导蛋白或结合蛋白之间的相互作用：a)降低可用于与一种或多种配体或结合蛋白相互作用的TMEM106B的有效水平；b)；阻断与一种或多种配体或结合蛋白相互作用所需的TMEM106B上的位点中的一者或多者；c)防止与一种或多种配体或结合蛋白相互作用和/或校正TMEM106B的加工和/或亚细胞定位所需的TMEM106B上的一个或多个翻译后事件；d)诱导TMEM106B的降解；e)改变TMEM106B的构象，或它们中的二者。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体特异性结合至人类TMEM106B、小鼠TMEM106B、食蟹猴TMEM106B或它们的组合。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体是人类抗体、人源化抗体、双特异性抗体、单克隆抗体、多价抗体、缀合抗体或嵌合抗体。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，抗TMEM106B抗体是识别第一抗原和第二抗原的双特异性抗体。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，第一抗原是TMEM106B，第二抗原是有利于跨血脑屏障运输的抗原。在可以与前述实施方案中的任一者组合的某些实施方案中，第二抗原选自由以下各项组成的组：TMEM106B、运铁蛋白受体(TR)、胰岛素受体(HIR)、胰岛素样生长因子受体(IGFR)、低密度脂蛋白受体相关蛋白1和2(LPR-1和2)、白喉毒素受体、CRM197、美洲驼单结构域抗体、TMEM 30(A)、蛋白质转导结构域、TAT、Syn-B、穿膜肽、聚精氨酸肽、血管肽(angiopep)、基础免疫球蛋白(basigin)、Glut1和CD98hc以及ANG1005。
TMEM106B蛋白水解
TMEM106B经历膜内蛋白水解，并且被加工为含有跨膜和胞内结构域的N-末端片段(NTF)；该加工是溶酶体蛋白酶依赖性的。(Brady等人,2014,J Biol Chem,289:19670-19680)GxGD天冬氨酰蛋白酶SPPL2A(以及较低程度的SPPL2B)已显示出负责该膜内切割事件。另外，据报道，一种或多种未表征的溶酶体蛋白酶和SPPL2A分别在N-末端的大约第127位和第106位氨基酸处切割TMEM106B，以产两个TMEM106B的NTF(Brady等人，2014，同上)；然而，确切的切割位点尚未得到确定。TMEM106B的过表达导致NTF 17(1-127)和NTF 13(1-106)的出现，这可能是由半胱天冬酶活性介导的。
因此，在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制TMEM106B的蛋白水解。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制TMEM106B的膜内蛋白水解。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制TMEM106B的蛋白水解，从而防止TMEM106B被切割为N-末端片段。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制TMEM106B的GxGD天冬氨酰蛋白酶SPPL2A切割。在其他实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制TMEM106B的GxGD天冬氨酰蛋白酶SPPL2B切割。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体抑制TMEM106B的半胱天冬酶介导的切割。
作为疾病靶标的TMEM106B
TMEM106B与多种疾病、病症和病状相关。额颞叶退化(FTLD)(或额颞叶痴呆(FTD))是继阿尔茨海默氏病和帕金森病之后的第三常见的神经退行性疾病，占老年性痴呆病例的20％。(参见例如，Rademakers等人,2012,Nat Rev Neurol,8:423-434)。该病状是由于大脑额叶的进行性恶化而导致的。随时间推移，退化可以进展至颞叶。临床表现是多种多样的，症状包括痴呆、行为变化以及言语缺损。(参见例如，Cruts&Van Broeckhoven,2008,TrendsGenet.24:186-194；Neary等人,1998,Neurology 51:1546-1554；Ratnavalli等人,2002,Neurology 58:1615-1621。)上或下运动神经元疾病的其他症状是常见的，这表明与肌萎缩性侧索硬化(ALS)部分重叠。大多数FTLD病例显示出核DNA/RNA结合蛋白TDP-43的神经元胞质聚集体(Neumann等人,2006,Science,314:130-133)和TARDBP中的致病性突变，编码TDP-43的基因是罕见的并且是ALS的主要致因(Sreedharan等人,2008,Science,319:1668-1672)。具有TDP-43病理学的FTLD家族性形式主要是由于C9orf72中的六核苷酸重复扩增(DeJesus-Hemandez等人,2011；Renton等人,2011)和生长因子前颗粒蛋白(GRN)中的显性功能丧失突变(Cruts等人,2006,Curr Alzheimer Res,3:485-491)而导致的。虽然与疾病的罕见家族性形式相关的突变的鉴定使人们对FTLD的发病机理有了更深入的了解，但是更常见的散发病例的病因却更加难以捉摸，并且由于临床和神经病理学表现的可变性而变得更加复杂。
大部分FTD病例以常染色体显性方式遗传，但是即使在一个家族中，症状也可以涉及从具有行为障碍的FTD到原发性进行性失语，再到皮质-基底神经节退化。像大多数神经退行性疾病那样，FTD的特征在于特定蛋白质聚集体在患病大脑中的病理存在。过去，FTD的首次描述认识到在神经原纤维缠结或皮克(Pick)体中存在过度磷酸化的Tau蛋白的神经内积聚。若干家族中的编码τ蛋白的基因中的突变的鉴定支持了微管相关蛋白τ的因果作用(Hutton,M.等人,Nature393:702-705(1998))。然而，大多数FTD大脑均未显示出过度磷酸化的Tau的积聚，但是确实表现出对泛素(Ub)和TAR DNA结合蛋白43(TDP-43)的免疫反应性(Neumann等人,2007,Arch.Neurol.64:1388-1394)。这些具有Ub包涵体的FTD病例(FTD-U)中的大多数显示出在前颗粒蛋白基因中带有突变。
在7号染色体上鉴定的单核苷酸多态性(SNP)发现，FTLD-TDP的第一个遗传风险因素是编码TMEM106B的基因组区域中的SNP。(Van Deerlin等人,2010,Nat Genetics,42:234-239。)
在2012年发现C9orf72重复扩增之前进行了将TMEM106B SNP评估为FTLD-TDP中的疾病风险因素的初步研究。自从该发现以来，两个独立的小组发现TMEM106B SNP也与由C9orf72突变导致的产生FTLD和/或ALS的风险相关。(参见Gallagher等人,2014,ActaNeuropathol,127:407-418；van Blitterswijk等人,2014,Acta Neuropath,127:397-406。)在这些C9orf72突变体队列中，携带TMEM106B SNP的次等位基因[rs 1990622和/或rs3173615的个体在具有rs 1990622的LD中的频率显著降低，但是不像在GRN突变携带者的队列中那样显著。基于FTLD、FTLD-ALS或ALS的主要疾病表现对各组中的C9orf72重复扩增携带者的进一步分析表明，TMEM106B SNP特异性地防御FTLD的发展，但是不能防御ALS的发展，与风险等位基因携带者相比，C9orf72扩增携带者(对于保护性TMEM106B等位基因是纯合的)的大脑中的TDP-43负担较少。这些发现与ALS患者的临床队列中的TMEM106B SNP的早期检查一致，其中TMEM106B SNP rs 1990622和rs 1020004与疾病风险无关，但是与ALS患者中的认知功能显著相关，rs 1990622次等位基因纯合的个体与主风险等位基因的杂合或纯合的个体相比，具有更好的认知行为(Vass等人,2011,Acta Neuropathol,121:373-380)。
神经退行性疾病标志(诸如TDP-43聚集体)不是FTLD特异性的，并且在其他神经退行性疾病(包括阿尔茨海默氏病(AD)、路易体痴呆(LBD)和海马硬化(HpScl))(Amador-Ortiz等人,2007,Ann Neurol,61:435-445；Zarow等人,2008,Curr Neurol Neurosci Rep,8:363-370)，甚至是明显健康的个体中也观察到，即使在有限程度上(参见例如，Yu等人,2015,Neurology,84:927-934)。在不存在临床神经诊断的情况下，TMEM106B风险变体与TDP-43神经病理学相关。类似地发现，在AD患者中，它影响与TDP-43病理学较少相关的具有保护性TMEM106B单倍型的AD的病理学表现(Rutherford等人,2012,Neurology,79:717-718)。海马硬化也是老年痴呆患者(包括FTLD-TDP和AD)的常见病理标志，通常与TDP-43病理学共同存在。据发现，在AD患者中，TMEM106B基因型与原发性海马硬化(Aoki等人,2015,Acta Neuropathol,129:53-64)以及海马硬化病理学相关，这使TMEM106B成为迄今为止已知的AD-HpScl和HpScl的最强遗传指标(Murray等人,2014,Acta Neuropathol,128:411-421)。这些研究共同表明，在非FTLD疾病(诸如AD和HpScl)中，TMEM106B SNP是TDP-43蛋白质病的发展和严重度的风险因素。
一项针对超过1500份人类大脑尸检样品的基因组学研究将TMEM106B的常见变体鉴定为人类大脑的生物学衰老速率的主要全基因组决定因素：根据基因表达谱，TMEM106B基因的基因座处存在2个风险等位基因使个体表现出比实际年龄-12岁(Rhinn和Abeliovich,2017,Cell Syst,4:404-415)。在不患有已知神经疾病的个体以及患有神经退行性病变(诸如阿尔茨海默氏病)的个体中，可以观察到TMEM106B风险等位基因的这种效果。就大脑和生命(皮质而非小脑，尤其是65岁以上)而言，TMEM106B在衰老中的作用显示出高度选择性。该效果在另外的队列中得到独立地证实，其中保护性TMEM106B单倍型的携带者显示出减少年龄相关的认知下降(Rhinn和Abeliovich，2017，同上)。对于一定量的大脑病理学，TMEM106B保护性单倍型显示出与更好的认知行为相关，从而证实了对认知行为的效果(White等人,2017,PLoS Med,14:e1002287)。这些结果加强了TMEM106B在除神经退行性疾病之外的衰老中的多效性作用。
有证据表明，TMEM106B变体通过增加TMEM106B mRNA和蛋白质表达水平来增加产生FTLD-TDP的风险。TMEM106B的增加导致每个细胞的晚期胞内体/溶酶体的平均数量减少、溶酶体酸化丧失和溶酶体降解削弱。
具有TDP-43包涵体的额颞叶退化(FTLD-TDP)是致命的神经发生性疾病，尚无可用的治疗方法。前颗粒蛋白基因(GRN)中的突变导致的前颗粒蛋白的产生或分泌削弱是FTLD-TDP的常见致因。如上文所讨论，TMEM106B与具有和不具有GRN突变的FTLD-TDP的全基因组关联相关。对疾病进行建模的TMEM106B表达的增加会导致内溶酶体的增大和酸化减少，以及甘露糖-6-磷酸受体运输缺损。内源性神经元TMEM106B在晚期溶酶体中与前颗粒蛋白共定位，并且TMEM106B过表达增加了前颗粒蛋白的胞内水平。(Chen-Plotkin等人,2012,JNeurosci,32:11213-11227。)在一些实施方案中，本公开提供了通过将治疗有效量的本公开的抗TMEM-160B抗体施用于有需要的个体来预防FTLD-TDP、降低FTLD-TDP的风险或治疗FTLD-TDP的方法。在一些实施方案中，本公开提供了方法
FTLD被认为是具有肌萎缩性侧索硬化(ALS)的常见病理背景的疾病。ALS是一种无法治愈的运动神经元退行性疾病，它的特征在于上运动神经元和下运动神经元均丧失。大约15％的FTLD患者发展为运动神经元疾病，并且超过15％的ALS患者具有认知和行为缺损。FTLD和ALS的重要病理标志是细胞质反式活化响应DNA结合蛋白-43(TDP-43)包涵体。TDP-43是～50^％的FTLD患者(亚型FTLD-TDP)和大多数ALS患者中的包涵体的主要组分。全基因组相关研究和队列研究已将TMEM106B基因区域中的三个SNP(re1990622、rs6966915和rs1020004)鉴定为FTLD-TDP的遗传风险调节因子。在具有GRN和C9ORF72突变的FTLD-TDP病例中，风险关联更为突出。使用基于细胞的模型，TMEM106B的过表达诱导细胞死亡，增强氧化应激诱导的细胞毒性，并且引起TDP-43的切割，这表明TMEM106B的上调通过直接引起神经毒性来增加FTLD的风险。(Suzuki和Matsuoka,2016,J Biol Chem,291:21448-21460。)另外，TMEM106B涉及ALS中的认知缺损的发展(Vass等人,2011,Acta Neuropathol,121:373-380)。
衰老的海马硬化(HS-衰老)是一种老年人常见的高发病率相关神经退行性疾病，当在海马形成中观察到神经元丧失和星形细胞增多时，可通过神经病理学诊断，并且不被认为是由于阿尔茨海默氏病型斑块和缠结而引起的。它具有类似于阿尔茨海默氏病的临床病程。HS-衰老与其他海马硬化病症的区别在于TDP-43病理学的存在以及额颞叶痴呆的严重症状或临床征象的不存在。HS-衰老与SNP rs1990622(TMEM106b)和其他SNP以及TMEM106b、ABCC9(与FTLD不相关)和GRN中的多态性相关。(Nelson等人,2015,JNeuropathol Exp Neurol,74:75-84。)在一些实施方案中，本公开提供了通过将治疗有效量的本公开的抗TMEM-160B抗体施用于有需要的个体来预防衰老的海马硬化、降低衰老的海马硬化的风险或治疗衰老的海马硬化的方法。
最近的TMEM106B的鼠科动物基因敲除(Klein等人2017,Neuron 95,281-296)在颗粒蛋白通路中显示出针对TMEM106B的效果。具体而言，TMEM106B蛋白的基因敲除能够挽救小鼠模型中的一些与GRN敲除相关的致病性表型，包括溶酶体蛋白水平的部分挽救、行为变化(诸如多动症和抑制解除)的挽救。正如其他研究所报道的那样，TMEM106B基因敲除本身在小鼠中具有良好的耐受性。此外，这项工作通过显示与v-ATP酶亚基AP1的直接相互作用(通过共免疫沉淀)表明了TMEM106B的可能作用机制。v-ATP酶复合物在降低溶酶体的pH从而引发蛋白质降解和再循环中发挥重要作用。因此，它与TMEM106B的相互作用可以导致一些与TMEM106B过表达相关的溶酶体表型，相反，阻断这种相互作用(或仅仅降低存在的TMEM106B的水平)能够改善这种表型。
慢性创伤性脑病变(CTE)是一种已在具有反复头部撞击史的个体中通过病理学诊断的进行性神经退行性疾病。TMEM106B已显示出是CTE进展，尤其是CTE相关的神经病理学和痴呆的重要因素。具体而言，SNP rs3173615(T185S编码突变)处的次(G)等位基因的携带者显示出神经病理学的水平降低，包括AT8阳性p-tau水平降低、CD68阳性细胞密度降低和PSD-95(一种通常用于研究突触丧失的突触后标志物)的水平增加。G-等位基因还与死前痴呆几率降低60％相关。在这两种情况下，G-等位基因的效果都是加合性的，而GG基因型是最具保护性的。TMEM106B基因型对疾病的风险无效果；相反，在疾病进展的严重度中观察到效果。
小胶质细胞是中枢神经系统(CNS)的主要先天免疫细胞。小胶质细胞根据炎性环境以静止或活化状态存在，这在健康CNS和各种疾病状态中有所不同。TGFβ是小胶质细胞发育和功能的重要因素，是小胶质细胞特异性稳态基因标志的维持必需的。TGFβ信号转导和TGFβ通路的抑制是从神经退行性疾病模型分离的小胶质细胞的常见特征。另外，TGFβ已被描述为在小胶质细胞/巨噬细胞介导的CNS病理学和神经退化的预防中具有关键功能(Butovsky和Weiner,2018,Nature,19:622-635；Lund等人,2018,Nature Immunol,19:425-441)。因此，直接或间接增加TGFβ表达、信号传导和/或功能的疗法将在神经退行性疾病和病症的治疗中提供有益效果，所述神经退行性疾病和病症包括肌萎缩性侧索硬化、阿尔茨海默氏病、多发性硬化、帕金森病、自闭症谱系病症、痴呆等。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体在增加细胞中的TGFβ水平方面是有效的。
痴呆是一种表现为此前未受损的人的总体认知能力的严重丧失、超出正常衰老的预期范围的非特异性综合征(即，一组征象和症状)。由于独特的总体脑损伤，痴呆可以是静态的。或者，痴呆可以是进行性的，由于身体的损伤或疾病会导致长期抑郁。虽然痴呆在老年群体中更为常见，但是它也可以在65岁前出现。痴呆影响的认知领域包括但不限于记忆、注意力广度、语言和问题解决。通常，症状必须存在至少六个月至个体被诊断为痴呆前。
痴呆的示例性形式包括但不限于额颞叶痴呆、阿尔茨海默氏病、血管性痴呆、语义性痴呆和路易体痴呆。
不希望受理论的束缚，据信施用本公开的抗TMEM106B抗体可以预防痴呆、降低痴呆的风险和/或治疗痴呆。
阿尔茨海默氏病(AD)是痴呆的最常见形式。这种疾病无法治愈，随着进展而恶化，最终导致死亡。在大多数情况下，在65岁以上的人中诊断出AD。然而，较不流行的早发性阿尔茨海默氏病可以更早出现。
阿尔茨海默氏病的常见症状包括行为症状，诸如难以回忆最近事件；认知症状、精神混乱、易怒和攻击性、情绪波动、语言障碍和长期记忆丧失。随着疾病的进展，身体功能丧失，最终导致死亡。阿尔茨海默氏病在完全显现之前会发展一段未知和可变的时间，并且可以在未确诊的情况下进展多年。
肌萎缩性侧索硬化(ALS)或运动神经元疾病或卢·贾里格(Lou Gehrig)症可互换使用，是指病因多样的衰弱疾病，它的特征在于快速进行性虚弱、肌肉萎缩和肌束震颤、肌肉痉挛、说话困难(构音障碍)、吞咽困难(吞咽障碍)和呼吸困难(呼吸障碍)。
TMEM106B也涉及低髓鞘化脑白质营养不良。(Simons等人,2017,Brain。)低髓鞘化脑白质营养不良是一组异质性疾病，临床表现包括早发性眼球震颤、共济失调和痉挛。四名低髓鞘化脑白质营养不良患者的大脑低髓鞘化在TMEM106B中显示出相同的显性突变(Aps252Asn)，这表明TMEM106B与低髓鞘化病症相关，可能是由于TMEM106B在溶酶体功能中发挥的作用。因此，在一些实施方案中，本公开提供了一种治疗有需要的个体中的低髓鞘化病症的方法，所述方法包括将治疗有效量的本公开的抗TMEM106B抗体施用于个体。在一些实施方案中，本公开提供了一种治疗有需要的个体中的低髓鞘化脑白质营养不良的方法，所述方法包括将治疗有效量的本公开的抗TMEM106B抗体施用于个体。
本文提供的方法可用于预防神经退行性疾病、病症或病状，降低神经退行性疾病、病症或病状的风险或者治疗患有神经退行性疾病、病症或病状的个体。在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防神经退行性疾病、降低神经退行性疾病的风险或者治疗患有神经退行性疾病的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防特征在于TDP-43包涵体的存在的疾病、病症、病状或损伤，降低这些疾病、病症、病状或损伤的风险或者治疗患有这些疾病、病症、病状或损伤的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防TDP-43蛋白质病、降低TDP-43蛋白质病的风险或者治疗患有TDP-43蛋白质病的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防特征在于炎性细胞碎片或蛋白质聚集体的存在的疾病、病症、病状或损伤，降低这些疾病、病症、病状或损伤的风险或者治疗患有这些疾病、病症、病状或损伤的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防特征在于循环骨髓细胞异常的存在的疾病、病症、病状或损伤，降低这些疾病、病症、病状或损伤的风险或者治疗患有这些疾病、病症、病状或损伤的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防不健康的衰老、降低不健康的衰老的风险或者治疗患有不健康的衰老的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防额颞叶退化(FTLD)、降低额颞叶退化的风险或者治疗患有额颞叶退化的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防额颞叶痴呆(FTD)、降低额颞叶痴呆的风险或者治疗患有额颞叶痴呆的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防具有前颗粒蛋白突变的额颞叶痴呆、降低具有前颗粒蛋白突变的额颞叶痴呆的风险或者治疗患有具有前颗粒蛋白突变的额颞叶痴呆的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防具有C90rf72突变的额颞叶痴呆、降低具有C9orf72突变的额颞叶痴呆的风险或者治疗患有具有C90rf72突变的额颞叶痴呆的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防具有TDP-43包涵体的额颞叶退化、降低具有TDP-43包涵体的额颞叶退化的风险或者治疗患有具有TDP-43包涵体的额颞叶退化的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防海马硬化(HpScl)、降低海马硬化的风险或者治疗患有海马硬化的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防衰老的海马硬化(HS-衰老)、降低衰老的海马硬化的风险或者治疗患有衰老的海马硬化的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防阿尔茨海默氏病、降低阿尔茨海默氏病的风险或者治疗患有阿尔茨海默氏病的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防路易体痴呆、降低路易体痴呆的风险或者治疗患有路易体痴呆的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防认知缺损、降低认知缺损的风险或者治疗患有认知缺损的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防年龄相关的认知缺损、降低年龄相关的认知缺损的风险或者治疗患有年龄相关的认知缺损的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防CTE相关的认知缺损、降低CTE相关的认知缺损的风险或者治疗患有CTE相关的认知缺损的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防年龄相关的脑萎缩、降低年龄相关的脑萎缩的风险或者治疗患有年龄相关的脑萎缩的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防年龄相关的性状、降低年龄相关的性状的风险或治疗具有年龄相关的性状的个体的方法，所述年龄相关的性状包括但不限于炎症、神经元缺失和认知缺陷(诸如在不存在已知的脑疾病的情况下的认知缺陷，包括老年个体的额叶大脑皮质的认知缺陷)，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防肌萎缩性侧索硬化相关的认知缺损、降低肌萎缩性侧索硬化相关的认知缺损的风险或者治疗患有肌萎缩性侧索硬化相关的认知缺损的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防TMEM106B的过表达或活性增加相关的疾病、病症或病状，降低这些疾病、病症或病状的风险或者治疗患有这些疾病、病症或病状的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防低髓鞘化病症、降低低髓鞘化病症的风险或者治疗患有低髓鞘化病症的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于减少或抑制有需要的个体中的转移的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
在一些实施方案中，本发明提供了一种用于预防癌症、降低癌症的风险或者治疗患有癌症的个体的方法，所述方法包括将治疗有效量的抗TMEM106B抗体施用于有需要的个体。
A.示例性抗体和某些其他抗体实施方案
在一些实施方案中，本文提供了抗TMEM106B抗体，所述抗TMEM106B抗体包含选自以下各项的至少一个、两个、三个、四个、五个或六个HVR：(a)HVR-H1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34和35，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34和35；(b)HVR-H2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77和78，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77和78；(c)HVR-H3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQID NO:79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119和120，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQID NO:79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119和120；(d)HVR-L1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159和160，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159和160；(e)HVR-L2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184和185，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184和185；以及(f)HVR-L3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223和224，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223和224。
在一些实施方案中，本文提供了抗TMEM106B抗体，所述抗TMEM106B抗体包含选自以下各项的至少一个、两个、三个、四个、五个或六个HVR：(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:36的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ IDNO:79的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:121的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:161的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:186的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:37的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:80的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:122的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:162的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:187的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ IDNO:38的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:81的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:123的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:163的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:188的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:39的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:82的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:124的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:164的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:189的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQID NO:7的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:40的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:83的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:125的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:165的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:190的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:41的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:84的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:126的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:166的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ IDNO:191的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:42的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:85的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:127的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:167的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:192的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:43的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:86的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:128的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ IDNO:168的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:193的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:44的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:87的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:123的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:169的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:188的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:45的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:88的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQID NO:129的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:170的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:194的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:46的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:89的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:130的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:171的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:195的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ IDNO:14的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:47的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:90的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:131的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:170的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:196的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:48的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:91的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:132的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:172的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ IDNO:197的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:49的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:92的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:133的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:173的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:198的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:93的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:134的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ IDNO:172的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:199的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:94的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:135的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:174的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:200的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:18的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:52的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:95的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQID NO:133的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:173的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:198的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:53的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:96的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:136的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:175的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:201的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ IDNO:14的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:54的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:97的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:137的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:176的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:202的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:94的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:135的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:174的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ IDNO:200的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:19的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:55的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:98的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:138的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:169的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:203的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:20的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:99的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:139的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ IDNO:161的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:204的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:57的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:100的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:140的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:177的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:205的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:46的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:89的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ IDNO:141的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:171的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:206的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:58的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:101的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:138的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:169的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:207的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:57的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ IDNO:100的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:140的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:177的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:205的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:59的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:102的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:142的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:178的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:208的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQID NO:60的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:103的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:143的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:167的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:192的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:21的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:61的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:104的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:144的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:169的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:209的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:22的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:62的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:105的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:145的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:161的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:210的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:63的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:106的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ IDNO:128的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:179的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:211的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:64的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:107的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:146的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:161的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:202的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:65的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQID NO:108的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:147的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:180的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:212的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:66的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:109的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:148的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:162的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ IDNO:213的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:25的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:67的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:110的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:149的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:161的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:196的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:68的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:111的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:150的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ IDNO:181的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:214的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:27的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:112的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:151的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:181的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:215的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:28的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:70的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:113的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQID NO:152的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:182的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:216的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:29的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:71的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:111的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:153的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:181的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:214的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ IDNO:30的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:72的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:114的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:152的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:182的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:217的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:31的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:73的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:115的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:154的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:183的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:218的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:32的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:74的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:116的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:155的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:182的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:219的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:33的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:75的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ IDNO:117的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:156的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:161的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:220的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:34的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:76的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:118的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:157的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:184的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:221的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:32的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQID NO:74的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:116的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:158的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:185的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:222的氨基酸序列；(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:35的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:77的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:119的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:159的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:182的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:223的氨基酸序列；以及(a)HVR-H1，它包含SEQ ID NO:29的氨基酸序列；(b)HVR-H2，它包含SEQ ID NO:78的氨基酸序列；(c)HVR-H3，它包含SEQ ID NO:120的氨基酸序列；(d)HVR-L1，它包含SEQ ID NO:160的氨基酸序列；(e)HVR-L2，它包含SEQ ID NO:183的氨基酸序列；和(f)HVR-L3，它包含SEQ ID NO:224的氨基酸序列。
在一些实施方案中，本文提供了抗TMEM106B抗体，所述抗TMEM106B抗体包含选自以下各项的至少一个、至少两个或全部三个VH HVR序列：(a)HVR-H1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34和35，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34和35；(b)HVR-H2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77和78，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列SEQ ID NO:36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77和78；以及(c)HVR-H3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119和120，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119和120。
在一些实施方案中，本文提供了抗TMEM106B抗体，所述抗TMEM106B抗体包含选自以下各项的至少一个、至少两个或全部三个VL HVR序列：(a)HVR-L1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159和160，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159和160；(b)HVR-L2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184和185，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184和185；以及(c)HVR-L3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223和224，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223和224。
在一些实施方案中，本文提供了抗TMEM106B抗体，所述抗TMEM106B抗体包含(a)VH结构域，它包含选自以下各项的至少一个、至少两个或全部三个VH HVR序列：(i)HVR-H1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34和35，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34和35，(ii)HVR-H2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77和78，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列SEQ ID NO:36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77和78，以及(iii)HVR-H3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119和120，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119和120，以及(b)VL结构域，它包含选自以下各项的至少一个、至少两个或全部三个VL HVR序列：(i)HVR-L1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159和160，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159和160，(ii)HVR-L2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184和185，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184和185，以及(iii)HVR-L3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223和224，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQID NO:186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223和224。
在一些实施方案中，本文提供了抗TMEM106B抗体，所述抗TMEM106B抗体包含(a)VH结构域，它包含(i)HVR-H1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34和35，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34和35，(ii)HVR-H2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77和78，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列SEQ ID NO:36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77和78，以及(iii)HVR-H3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119和120，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119和120，以及(b)VL结构域，它包含(i)HVR-L1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159和160，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159和160，(ii)HVR-L2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184和185，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184和185，以及(iii)HVR-L3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223和224，或者与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少约95％同源性的氨基酸序列：SEQ ID NO:186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223和224。
在另一个方面，抗TMEM106B抗体包含重链可变结构域(VH)序列，所述重链可变结构域序列与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性：SEQ ID NO:225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267和268。在某些实施方案中，与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的VH序列相对于参考序列含有置换(例如，保守置换)、插入或缺失：SEQ ID NO:225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267和268，但是包含该序列的抗TMEM106B抗体保留了结合至TMEM106B的能力。在某些实施方案中，在SEQ ID NO:225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267或268中，总共1至10个氨基酸被置换、插入和/或缺失。在某些实施方案中，在SEQ ID NO:225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267或268中，总共1至5个氨基酸被置换、插入和/或缺失。在某些实施方案中，置换、插入或缺失出现在HVR之外的区域中(即，FR中)。任选地，抗TMEM106B抗体包含SEQ ID NO:225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267或268的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。在一个特定实施方案中，VH包含选自以下各项的一个、两个或三个HVR：(a)HVR-H1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34和35，(b)HVR-H2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77和78，以及(c)HVR-H3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119和120。
在另一个方面，提供了抗TMEM106B抗体，其中所述抗体包含轻链可变结构域(VL)，所述轻链可变结构域与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性：SEQ ID NO:269、270、271、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313和314。在某些实施方案中，与选自由以下各项组成的组的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的VL序列相对于参考序列含有置换(例如，保守置换)、插入或缺失：SEQ ID NO:269、270、271、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313和314，但是包含该序列的抗TMEM106B抗体保留了结合至TMEM106B的能力。在一些实施方案中，在SEQ ID NO:269、270、271、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313或314中，总共1至10个氨基酸被置换、插入和/或缺失。在某些实施方案中，在SEQ ID NO:269、270、271、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313或314中，总共1至5个氨基酸被置换、插入和/或缺失。在某些实施方案中，置换、插入或缺失出现在HVR之外的区域中(即，FR中)。任选地，抗TMEM106B抗体包含SEQ ID NO:269、270、271、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313或314的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。在一个特定实施方案中，VL包含选自以下各项的一个、两个或三个HVR：(a)HVR-L1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159和160，(b)HVR-L2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184和185，以及(c)HVR-L3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223和224。
在一些实施方案中，提供了抗TMEM106B抗体，其中所述抗体包含如上文提供的任何实施方案中的VH和如上文提供的任何实施方案中的VL。在一些实施方案中，本文提供了抗TMEM106B抗体，其中所述抗体包含如上文提供的任何实施方案中的VH和如上文提供的任何实施方案中的VL。在一个实施方案中，抗体包含分别地SEQ ID NO:225-268和SEQ ID NO:269-314中的VH和VL序列，包括那些序列的翻译后修饰。
在一些实施方案中，本文提供了抗TMEM106B抗体，所述抗TMEM106B抗体包含重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，其中VH和VL选自由以下各项组成的组：包含SEQ IDNO:225的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:269的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:226的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:270的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:227的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:271的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:228的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:272的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:229的氨基酸序列的VH和包含SEQID NO:273的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:230的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:274的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:231的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:275的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:232的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:276的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:233的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:277的氨基酸序列的VL；包含SEQID NO:234的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:278的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:235的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:279的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:236的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:280的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:237的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:281的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:238的氨基酸序列的VH和包含SEQID NO:282的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:239的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:283的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:240的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:284的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:241的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:285的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:242的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:286的氨基酸序列的VL；包含SEQID NO:243的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:287的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:240的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:288的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:244的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:289的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:245的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:290的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:246的氨基酸序列的VH和包含SEQID NO:291的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:235的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:292的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:247的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:293的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:248的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:294的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:249的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:295的氨基酸序列的VL；包含SEQID NO:250的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:296的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:251的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:297的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:252的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:298的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:253的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:299的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:254的氨基酸序列的VH和包含SEQID NO:300的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:255的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:301的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:256的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:302的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:257的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:303的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:258的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:304的氨基酸序列的VL；包含SEQID NO:259的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:305的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:260的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:306的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:261的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:307的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:262的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:308的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:263的氨基酸序列的VH和包含SEQID NO:309的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:264的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:310的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:265的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:311的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:266的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:312的氨基酸序列的VL；包含SEQ ID NO:267的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:313的氨基酸序列的VL；以及包含SEQ ID NO:268的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:314的氨基酸序列的VL。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体竞争性抑制选自由以下各项组成的组的至少一种抗体的结合：TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53。在一些实施方案中，与在不存在抗TMEM106B抗体的情况下与TMEM106B的结合相比，当本公开的抗TMEM106B抗体减少一种或多种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53以及它们的任何组合的抗体与TMEM106B的结合约50％至100％的范围内的量时，抗TMEM106B抗体与一种或多种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53以及它们的任何组合的抗体竞争与TMEM106B的结合。在一些实施方案中，与在不存在抗TMEM106B抗体的情况下与TMEM106B的结合相比，当本公开的抗TMEM106B抗体减少一种或多种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53以及它们的任何组合的抗体与TMEM106B的结合至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或100％时，抗TMEM106B抗体与一种或多种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53以及它们的任何组合的抗体竞争与TMEM106B的结合。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体减少一种或多种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53以及它们的任何组合的抗体与TMEM106B的结合100％表示抗TMEM106B抗体基本上完全阻断一种或多种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53以及它们的任何组合的抗体与TMEM106B的结合。在一些实施方案中，抗TMEM106B抗体和一种或多种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53以及它们的任何组合的抗体以对应于以下的量存在：10:1比率、9:1比率、8:1比率、7:1比率、6:1比率、5:1比率、4:1比率、3:1比率、2:1比率、1:1比率、0.75:1比率、0.5:1比率、0.25:1比率、0.1:1比率、0.075:1比率、0.050:1比率、0.025:1比率、0.01:1比率、0.0075:比率、0.0050:1比率、0.0025:1比率、0.001:比率、0.00075:1比率、0.00050:1比率、0.00025:1比率、0.0001:比率、1:10比率、1:9比率、1:8比率、1:7比率、1:6比率、1:5比率、1:4比率、1:3比率、1:2比率、1:0.75比率、1:0.5比率、1:0.25比率、1:0.1比率、1:0.075比率、1:0.050比率、1:0.025比率、1:0.01比率、1:0.0075比率、1:0.0050比率、1:0.0025比率、1:0.001比率、1:0.00075比率、1:0.00050比率、1:0.00025比率或1:0.0001比率的抗TMEM106B抗体与一种或多种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53以及它们的任何组合的抗体。在一些实施方案中，与一种或多种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53以及它们的任何组合的抗体的量相比，抗TMEM106B抗体以约1.5倍至100倍的范围、或大于100倍的量过量存在。在一些实施方案中，与一种或多种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53以及它们的任何组合的抗体的量相比，抗TMEM106B抗体以约2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、25倍、30倍、35倍、40倍、45倍、50倍、55倍、60倍、65倍、70倍、75倍、80倍、85倍、90倍、95倍或100倍过量的量存在。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的表位，所述表位与至少一种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53的抗体结合的TMEM106B表位相同或重叠。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合与至少一种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53的抗体结合的基本上相同的TMEM106B表位。用于绘制抗体结合的表位的详细示例性方法提供于Morris(1996)“EpitopeMapping Protocols”，载于Methods in Molecular Biology第66卷(Humana Press,Totowa,NJ)中。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体与一种或多种选自TM-1、TM-17、TM-22、TM-23、TM-26和TM-27以及它们的任何组合的抗体竞争与TMEM106B的结合。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体与一种或多种选自TM-2、TM-3、TM-5、TM-7、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-18、TM-19、TM-21、TM-25、TM-28、TM-29、TM-32、TM-35、TM-37、TM-39、TM-42、TM-45、TM-48和TM-53以及它们的任何组合的抗体竞争与TMEM106B的结合。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体与一种或多种选自TM-4、TM-6、TM-8、TM-14、TM-15、TM-16、TM-20、TM-31、TM-33、TM-34、TM-36、TM-41、TM-44、TM-46、TM-47、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52以及它们的任何组合的抗体竞争与TMEM106B的结合。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体与一种或多种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-7、TM-12、TM-13、TM-23、TM-24、TM-29、TM-30、TM-51以及它们的任何组合的抗体竞争与TMEM106B的结合。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体竞争性抑制至少一种选自TM-1、TM-17、TM-22、TM-23、TM-26和TM-27以及它们的任何组合的抗体与TMEM106B的结合。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体竞争性抑制至少一种选自TM-2、TM-3、TM-5、TM-7、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-18、TM-19、TM-21、TM-25、TM-28、TM-29、TM-32、TM-35、TM-37、TM-39、TM-42、TM-45、TM-48和TM-53以及它们的任何组合的抗体与TMEM106B的结合。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体竞争性抑制至少一种选自TM-4、TM-6、TM-8、TM-14、TM-15、TM-16、TM-20、TM-31、TM-33、TM-34、TM-36、TM-41、TM-44、TM-46、TM-47、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52以及它们的任何组合的抗体与TMEM106B的结合。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体竞争性抑制至少一种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-7、TM-12、TM-13、TM-23、TM-24、TM-29、TM-30、TM-51以及它们的任何组合的抗体与TMEM106B的结合。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体具有与TMEM106B结合的与至少一种选自TM-1、TM-17、TM-22、TM-23、TM-26和TM-27以及它们的任何组合的抗体相同或重叠的TMEM106B上的表位。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体具有与TMEM106B结合的与至少一种选自TM-2、TM-3、TM-5、TM-7、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-18、TM-19、TM-21、TM-25、TM-28、TM-29、TM-32、TM-35、TM-37、TM-39、TM-42、TM-45、TM-48和TM-53以及它们的任何组合的抗体相同或重叠的TMEM106B上的表位。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体具有与TMEM106B结合的与至少一种选自TM-4、TM-6、TM-8、TM-14、TM-15、TM-16、TM-20、TM-31、TM-33、TM-34、TM-36、TM-41、TM-44、TM-46、TM-47、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52以及它们的任何组合的抗体相同或重叠的TMEM106B上的表位。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体具有与TMEM106B结合的与至少一种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-7、TM-12、TM-13、TM-23、TM-24、TM-29、TM-30、TM-51以及它们的任何组合的抗体相同或重叠的TMEM106B上的表位。
本领域已知的任何合适的竞争测定法或TMEM106B结合测定法(诸如BIAcore分析、ELISA测定法或流式细胞术)可以被用于确定抗TMEM106B抗体是否与一种或多种选自TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53以及它们的任何组合的抗体竞争与TMEM106B的结合(或者竞争性抑制这种结合)。在一种示例性竞争测定法中，将固定化的TMEM106B或在细胞表面上表达TMEM106B的细胞在溶液中温育，所述溶液包含结合至TMEM106B的第一标记抗体(例如，人类或非人类灵长类动物)和第二未标记抗体，所述第二未标记抗体与第一抗体竞争与TMEM106B结合的能力得到测试。第二抗体可以存在于杂交瘤上清液中。作为对照，将固定化的TMEM106B或表达TMEM106B的细胞在溶液中温育，所述溶液包含第一标记抗体，但是不包含第二未标记抗体。在允许第一抗体与TMEM106B结合的条件下温育后，除去过量的未结合的抗体，并且测量与固定化的TMEM106B或表达TMEM106B的细胞相关的标记的量。如果相对于对照样品，在测试样品中与固定化的TMEM106B或表达TMEM106B的细胞相关的标记的量实质上减少，则表示第二抗体正在与第一抗体竞争与TMEM106B的结合。参见，Harlow和Lane(1988)Antibodies:ALaboratory Manual第14章(Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,NY)。
本文还提供了抗TMEM106B抗体，它竞争性抑制抗TMEM106B抗体的结合和/或竞争与抗TMEM106B抗体的结合，所述抗TMEM106B抗体包含(a)VH结构域，它包含(i)HVR-H1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34和35，(ii)HVR-H2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77和78，以及(iii)HVR-H3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119和120，以及(b)VL结构域，它包含(i)HVR-L1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159和160，(ii)HVR-L2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184和185，以及(iii)HVR-L3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223和224。在一些实施方案中，抗体包含分别地SEQID NO:225-268和SEQ ID NO:269-314中的VH和VL序列。
本文提供了结合至人类TMEM106B的表位的抗TMEM106B抗体，所述表位与抗TMEM106B抗体结合的表位相同或重叠，所述抗TMEM106B抗体包含：(a)VH结构域，它包含(i)HVR-H1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34和35，(ii)HVR-H2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77和78，以及(iii)HVR-H3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119和120，以及(b)VL结构域，它包含(i)HVR-L1，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159和160，(ii)HVR-L2，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184和185，以及(iii)HVR-L3，它包含选自由以下各项组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223和224。在一些实施方案中，抗体包含分别地SEQ ID NO:225-268和SEQ ID NO:269-314中的VH和VL序列。在一些实施方案中，人类TMEM106B的表位与抗TMEM106B抗体结合的表位相同。
本公开的抗TMEM106B抗体可以结合至TMEM106B的各个区域，包括人类TMEM106B的各个区域。TMEM106B的此类区域包括TMEM106B的胞质结构域或TMEM106B的腔结构域。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至TMEM106B的一个或多个区域或结构域。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的一个或多个区域或结构域。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至TMEM106B的胞质和/或腔结构域。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B(SEQ ID NO:1)的氨基酸残基59-73、80-90、15-24、33-40、5-19、30-40、34-40、59-69、52-62、64-74、151-165、185-195、139-149、248-258、156-161、202-207、219-233、126-140、185-195、260-274、202-212、151-161、223-233、143-153、223-228、133-145和/或198-212内的一个或多个氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基151-165和/或185-195内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至氨基酸残基151-165(NITNNNYYSVEVENI；SEQ ID NO:324)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基T>S是风险等位基因185-195(TIIGPLDMKQI；SEQ ID NO:325)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基151-165(NITNNNYYSVEVENI；SEQ ID NO:324)内的一个或多个氨基酸和氨基酸残基185-195(TIIGPLDMKQI；SEQ ID NO:325)内的一个或多个氨基酸形成的非连续表位。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基59-73、80-90胞质、139-149和/或248-258内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基59-73(VTCPTCQGTGRIPRG；SEQ IDNO:326)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基80-90(ALIPYSDQRLR；SEQ ID NO:327)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基139-149(KRTIYLNITNT；SEQ ID NO:328)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基248-258(YQYVDCGRNTT:329)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基59-73(VTCPTCQGTGRIPRG；SEQ ID NO:326)内的一个或多个氨基酸，氨基酸残基80-90(ALIPYSDQRLR；SEQ ID NO:327)内的一个或多个氨基酸，氨基酸残基139-149(KRTIYLNITNT；SEQ ID NO:328)内的一个或多个氨基酸，以及氨基酸残基248-258(YQYVDCGRNTT:329)内的一个或多个氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基15-24和/或33-40内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基15-24(EDAYDGVTSE；SEQ ID NO:330)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基33-40(SEVHNEDG；SEQ ID NO:331)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基15-24(EDAYDGVTSE；SEQ ID NO:330)内的一个或多个氨基酸和氨基酸残基33-40(SEVHNEDG；SEQ ID NO:331)内的一个或多个氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基5-19、30-40、156-161、202-207和/或219-233内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基5-19(LSHLPLHSSKEDAYD；SEQID NO:332)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基30-40(SEVHNEDG；SEQ ID NO:333)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基156-161(NYYSVE；SEQ ID NO:334)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基202-207(VIAEEM；SEQ ID NO:335)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基219-233(IKVHNIVLMMQVTVT；SEQ ID NO:336)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基5-19(LSHLPLHSSKEDAYD；SEQ ID NO:332)、30-40(SEVHNEDG；SEQ ID NO:333)、156-161(NYYSVE；SEQ ID NO:334)、202-207(VIAEEM；SEQ ID NO:335)和219-233(IKVHNIVLMMQVTVT；SEQ IDNO:336)内的一个或多个氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基126-140、185-195和/或260-274内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基126-140(IGVKSAYVSYDVQKR；SEQ ID NO:337)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基T185S风险等位基因185-195(TIIGPLDMKQI；SEQ ID NO:325)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基260-274(QLGQSEYLNVLQPQQ；SEQ ID NO:338)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基126-140(IGVKSAYVSYDVQKR；SEQ ID NO:337)、185-195(TIIGPLDMKQI；SEQ ID NO:325)和260-274(QLGQ SEYLNVLQPQ Q；SEQ ID NO:338)内的一个或多个氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基34-40和/或202-212内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基粘性34-40(EVHNEDG；SEQ ID NO:339)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基202-212(VIAEEMSYMYD；SEQ ID NO:340)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基34-40(EVHNEDG；SEQ ID NO:339)和202-212(VIAEEMSYMYD；SEQ ID NO:340)内的一个或多个氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基151-161和/或223-233内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基151-161(NITNNNYYSVE；SEQ ID NO:341)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基223-233(NIVLMMQVTV；SEQ ID NO:342)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基151-161(NITNNNYYSVE；SEQ IDNO:341)和223-233(NIVLMMQVTV；SEQ ID NO:342)内的一个或多个氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基59-69、143-153和/或223-228内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基59-69(VTCPTCQGTGR；SEQ ID NO:343)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基143-153(YLNITNTLNIT；SEQ ID NO:344)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基223-228(NIVLMM；SEQID NO:345)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基59-69(VTCPTCQGTGR；SEQ ID NO:343)、143-153(YLNITNTLNIT；SEQ ID NO:344)和223-228(NIVLMM；SEQ ID NO:345)内的一个或多个氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基133-145和/或198-212内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基133-145(V SYD V QKRTIYLN；SEQ ID NO:346)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基198-212(TVPTVIAEEMSYMYD；SEQ ID NO:347)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基133-145(VSYDVQKRTIYLN；SEQ ID NO:346)和198-212(TVPTVIAEEMSYMYD；SEQ ID NO:347)内的一个或多个氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基52-62、64-75和/或223-228内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基52-62(EFTGRDSVTCP；SEQ ID NO:348)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基64-75(CQGTGRIPRGQE；SEQ ID NO:349)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基223-228(NIVLMM；SEQID NO:345)内的一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸残基52-62(EFTGRDSVTCP；SEQ ID NO:348)、64-75(CQGTGRIPRGQE；SEQ ID NO:349)和223-228(NIVLMM；SEQ ID NO:345)内的一个或多个氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体结合至选自由以下各项组成的组的人类TMEM106B内的一个或多个表位：人类TMEM106B的氨基酸残基NITNNNYYSVEVENI(SEQ IDNO:324)、TIIGPLDMKQI(SEQ ID NO:325)、VTCPTCQGTGRIPRG(SEQ ID NO:326)、ALIPYSDQRLR(SEQ ID NO:327)、KRTIYLNITNT(SEQ ID NO:328)、YQYVDCGRNTT(SEQ ID NO:329)、EDAYDGVTSE(SEQ ID NO:330)、SEVHNEDG(SEQ ID NO:331)、LSHLPLHSSKEDAYD(SEQ ID NO:332)、LVNSEVHNEDG(SEQ ID NO:333)、NYYSVE(SEQ ID NO:334)、VIAEEM(SEQ ID NO:335)、IKVHNIVLMMQVTVT(SEQ ID NO:336)、IGVKSAYVSYDVQKR(SEQ ID NO:337)、QLGQSEYLNVLQPQQ(SEQ ID NO:338)、EVHNEDG(SEQ ID NO:339)、VIAEEMSYMYD(SEQ ID NO:340)、NITNNNYYSVE(SEQ ID NO:341)、NIVLMMQVTVT(SEQ ID NO:342)、VTCPTCQGTGR(SEQ ID NO:343)、YLNITNTLNIT(SEQ ID NO:344)、NIVLMM(SEQ ID NO:345)、VSYDVQKRTIYLN(SEQ ID NO:346)、TVPTVIAEEMSYMYD(SEQ ID NO:347)、EFTGRDSVTCP(SEQ ID NO:348)和CQGTGRIPRGQE(SEQ ID NO:349)。
在一些实施方案中，根据任何上述实施方案的抗TMEM106B抗体是单克隆抗体，包括人源化抗体和/或人类抗体。在一些实施方案中，抗TMEM106B抗体是抗体片段，例如Fv、Fab、Fab'、scFv、双体或F(ab')2片段。在一些实施方案中，抗TMEM106B抗体是基本上全长抗体，例如IgG1抗体、IgG2a抗体或者如本文定义的其他抗体类别或同种型。
在一些实施方案中，根据任何上述实施方案的抗TMEM106B抗体可以单独地或组合地包括如下文第1-7节中所述的任何特征：
(1)抗TMEM106B抗体结合亲和力
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，抗体具有的解离常数(Kd)<1μM、<100nM、<10nM、<1nM、<0.1nM、<0.01nM或<0.001nM(例如，10-8M或更小，例如10-8M至10- 13M，例如10-9M至10-13M)。解离常数可以通过任何分析技术来确定，所述分析技术包括任何生物化学或生物物理学技术，诸如ELISA、表面等离子共振(SPR)、生物层干涉测量(参见例如，通过ForteBio的Octet系统)、等温滴定量热法(ITC)、差示扫描量热法(DSC)、圆二色性(CD)、停流分析以及比色或荧光蛋白质解链分析。在一个实施方案中，通过放射性标记的抗原结合测定法(RIA)来测量Kd。在某个实施方案中，用所关注的抗体的Fab型式及其抗原来进行RIA，例如如Chen等人J.Mol.Biol.293:865-881(1999)所述。在一些实施方案中，使用BIACORE表面等离子共振测定法来测量Kd，例如在25℃下用固定化抗原CM5以～10个响应单位(RU)来进行通过BIACORE-2000或BIACORE-3000(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)进行的测定法。在一些实施方案中，使用单价抗体(例如，Fab)或全长抗体来测定KD。在一些实施方案中，使用单价形式的全长抗体来测定KD。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体可以具有纳摩尔或甚至皮摩尔的针对TMEM106B的亲和力。在一些实施方案中，抗体的解离常数(Kd)为约0.1nM至约500nM。例如，抗体与人类TMEM106B结合的Kd为约500nM、约400nM、约300nM、约200nM、约100nM、约75nM、约50nM、约25nM、约10nM、约9nM、约8nM、约7nM、约6nM、约5nM、约4nM、约3nM、约2nM、约1nM或约1nM至约0.1nM中的任一者。
(2)抗体片段
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，抗体是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2、Fv和scFv片段以及下文所述的其他片段。关于某些抗体片段的综述，参见Hudson等人Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述，参见例如WO 93/16185；和美国专利号5571894和5587458。关于包含补救受体结合表位残基并且具有增加的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，参见美国专利号5869046。
双体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，该抗体片段可以是二价的或双特异性的。参见例如，EP404097；WO 1993/01161；Hudson等人Nat.Med.9:129-134(2003)。三体和四体还在Hudson等人Nat.Med.9:129-134(2003)中有所描述。单结构域抗体是包含抗体的全部或一部分重链可变结构域或全部或一部分轻链可变结构域的抗体片段。在某些实施方案中，单结构域抗体是人类单结构域抗体(参见例如，美国专利号6248516)。
如本文所述，抗体片段可以通过各种技术来制备，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及通过重组宿主细胞(例如，大肠埃希氏菌(E.coli)或噬菌体)产生。
(3)嵌合和人源化抗体
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，抗体是嵌合抗体。某些嵌合抗体例如在美国专利号4816567中有所描述。在一个实例中，嵌合抗体包含非人类可变区(例如，来源于小鼠、大鼠、仓鼠、兔或非人类灵长类动物(诸如猴)的可变区)和人类恒定区。在另一个实例中，嵌合抗体是“类别转换”抗体，其中类别或子类已从亲本抗体的类别或子类改变。嵌合抗体包括它们的抗原结合片段。
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，抗体是人源化抗体。通常，非人类抗体被人源化以减少对人类的免疫原性，同时保留亲本非人类抗体的特异性和亲和力。在某些实施方案中，人源化抗体在人类中是基本上非免疫原性的。在某些实施方案中，人源化抗体对靶标的亲和力与来自衍生出人源化抗体的另一个物种的抗体基本上相同。参见例如，美国专利号5530101、5693761；5693762；和5585089。在某些实施方案中，鉴定了可以在不减少抗原结合结构域的天然亲和力而减少免疫原性的情况下修饰的抗体可变结构域的氨基酸。参见例如，美国专利号5766886和5869619。一般而言，人源化抗体包含一个或多个可变结构域，其中HVR(或它们的部分)来源于非人类抗体，并且FR(或它们的部分)来源于人类抗体序列。人源化抗体任选地还将包含人类恒定区的至少一部分。在一些实施方案中，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人类抗体(例如，衍生出HVR残基的抗体)的对应残基置换，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其制备方法例如在Almagro等人Front.Biosci.13:161 9-1633(2008)中有所综述，并且例如在美国专利号5821337、7527791、6982321和7087409中进一步描述。可用于人源化的人类框架区包括但不限于：使用“最佳拟合”法选择的框架区(参见例如Sims等人,J.Immunol.151:2296(1993))；来源于特定轻链可变区或重链可变区子组的人类抗体的共有序列的框架区(参见例如Carter等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；以及Presta等人,J.Immunol.,151:2623(1993))；人类成熟(体细胞突变)框架区或人类种系框架区(参见例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；以及来源于筛选FR文库的框架区(参加例如，Baca等人,J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)和Rosok等人,J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
(4)人类抗体
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，抗体是人类抗体。人类抗体可以使用本领域已知的各种技术来产生。人类抗体通常在van Dijk等人,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)和Lonberg Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)中有所描述。
可以通过将免疫原施用于转基因动物来制备人类抗体，所述转基因动物已被修饰为响应于抗原挑战而产生完整人类抗体或具有人类可变区的完整抗体。可以用大片段的人类Ig基因座来工程化改造小鼠抗体产生缺陷的小鼠品系，以期望这种小鼠可以在不存在小鼠抗体的情况下产生人类抗体。人类Ig大片段可以保留较大的可变基因多样性以及抗体产生和表达的适当调控。通过利用小鼠的抗体多样化和选择机制以及人类蛋白质的免疫耐受性缺乏，在这些小鼠品系中复制的人类抗体库可以产生针对任何所关注的抗原(包括人类抗原)的高亲和力完全人类抗体。使用杂交瘤技术，可以生产和选择具有所期望的特异性的抗原特异性人类单克隆抗体。某些示例性方法在美国专利号5545807、EP 546073和EP546073中有所描述。另外参见，例如，描述XENOMOUSETM技术的美国专利号6075181和6150584；描述
Figure BDA0002649294190000911
技术的美国专利号5770429；描述K-M
Figure BDA0002649294190000912
技术的美国专利号7041870，以及描述
Figure BDA0002649294190000913
技术的美国专利申请公开号US 2007/0061900。由此类动物产生的完整抗体的人类可变区还可以例如通过与不同的人类恒定区组合来进一步修饰。
还可以通过基于杂交瘤的方法来制备人类抗体。用于产生人类单克隆抗体的人类骨髓瘤和小鼠-人类异源骨髓瘤细胞系已有所描述。(参加例如，Kozbor.J.Immunol.133:3001(1984)和Boemer等人,J.Immunol.147:86(1991))。经由人类B细胞杂交瘤技术产生的人类抗体还在Li等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1 03:3557-3562(2006)中有所描述。另外的方法包括例如在美国专利号7189826(描述从杂交瘤细胞系产生单克隆人类IgM抗体)中描述的那些方法。人类杂交瘤技术(三源杂交瘤技术)还在Vollmers等人,Histology andHistopathology20(3):927-937(2005)和Vollmers等人,Methods and Findings inExperimental and Clinical Pharmacology 27(3):185-91(2005)中有所描述。还可以通过分离从人类衍生的噬菌体展示文库选择的Fv克隆可变结构域序列来产生人类抗体。然后，可以将此类可变结构域序列与所期望的人类恒定结构域组合。用于从抗体文库选择人类抗体的技术如下文所述。
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，所述抗体是通过体外方法和/或筛选组合文库(以获得具有一个或多个所期望的活性的抗体)来分离的人类抗体。合适的实例包括但不限于噬菌体展示(CAT、Morphosys、Dyax、Biosite/Medarex、Xoma、Symphogen、Alexion(以前称为Proliferon)、Affimed)、核糖体展示(CAT)、酵母展示(Adimab)等等。在某些噬菌体展示方法中，通过聚合酶链式反应(PCR)分别克隆VH和VL基因库，并且在噬菌体文库中进行随机重组，然后可以筛选抗原结合噬菌体，如Winter等人,Ann.Rev.Immunol.12:433-455(1994)所述。例如，用于产生噬菌体展示文库以及从此类文库筛选具有所期望的结合特征的抗体的许多方法是本领域已知的。另外参见Sidhu等人,J.Mol.Biol.338(2):299-310,2004；Lee等人,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093,2004；Fellouse Proc.Natl.Acad.Sci.USA101(34):12467-12472(2004)；和Lee等人,J.Immunol.Methods284(-2):1 19-132(2004)。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段来展示抗体片段。免疫来源的文库为免疫原提供了高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可以克隆(例如，从人类)初始库以提供针对广泛的非自身抗原和自身抗原的单一来源的抗体，而无需进行任何免疫，如Griffiths等人,EMBO J.12:725-734(1993)所述。最后，初始文库也可以通过以下方式合成制备：使用包含随机序列的PCR引物从干细胞克隆未重排的V基因区段，以编码高度可变的HVR3区并且在体外实现重排，如Hoogenboom等人,J.Mol.Biol.,227:381-388,1992所述。描述人类抗体噬菌体文库的专利公开包括例如：美国专利号5750373和美国专利公开号2007/0292936和2009/0002360。从人类抗体文库分离的抗体被视为本文的人类抗体或人类抗体片段。
(5)包含Fc区的恒定区
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，抗体包含Fc。在一些实施方案中，Fc是人类IgG1、IgG2、IgG3和/或IgG4同种型。在一些实施方案中，抗体属于IgG类、IgM类或IgA类。
在本文提供的抗体中的任一者的某些实施方案中，抗体具有IgG2同种型。在一些实施方案中，抗体含有人类IgG2恒定区。在一些实施方案中，人类IgG2恒定区包含Fc区。在一些实施方案中，抗体诱导一种或多种TMEM106B活性或与Fc受体的结合无关。在一些实施方案中，抗体结合抑制性Fc受体。在某些实施方案中，抑制性Fc受体是抑制性Fc-γ受体IIB(FcγIIB)。
在本文提供的抗体中的任一者的某些实施方案中，抗体具有IgG1同种型。在一些实施方案中，抗体含有小鼠IgG1恒定区。在一些实施方案中，抗体含有人类IgG1恒定区。在一些实施方案中，人类IgG1恒定区包含Fc区。在一些实施方案中，抗体结合抑制性Fc受体。在某些实施方案中，抑制性Fc受体是抑制性Fc-γ受体IIB(FcγIIB)。
在本文提供的抗体中的任一者的某些实施方案中，抗体具有IgG4同种型。在一些实施方案中，抗体含有人类IgG4恒定区。在一些实施方案中，人类IgG4恒定区包含Fc区。在一些实施方案中，抗体结合抑制性Fc受体。在某些实施方案中，抑制性Fc受体是抑制性Fc-γ受体IIB(FcγIIB)。
在本文提供的抗体中的任一者的某些实施方案中，抗体具有杂合IgG2/4同种型。在一些实施方案中，抗体包含氨基酸序列，所述氨基酸序列包含根据人类IgG2的EU编号的氨基酸118-260和根据人类IgG4的EU编号的氨基酸261-447(WO 1997/11971；WO2007/106585)。
在一些实施方案中，与包含Fc区(不包含氨基酸置换)的对应的抗体相比，Fc区增加聚类但不活化补体。在一些实施方案中，抗体诱导抗体特异性结合的靶标的一种或多种活性。在一些实施方案中，抗体结合至TMEM106B。
修饰本公开的抗TMEM106B抗体以修饰效应子功能和/或增加抗体的血清半衰期也是所期望的。例如，恒定区上的Fc受体结合位点可以被修饰或突变，以除去或减少对某些Fc受体(诸如FcγRI、FcγRII和/或FcγRIII)的结合亲和力，从而减少抗体依赖性细胞介导的细胞毒性。在一些实施方案中，通过除去抗体的Fc区(例如，在IgG的CH2结构域中)的N-糖基化来削弱效应子功能。在一些实施方案中，通过修饰诸如人类IgG的233-236、297和/或327-331的区域来削弱效应子功能，如WO 99/58572和Armour等人,MolecularImmunology40:585-593(2003)；Reddy等人,J.Immunology 164:1925-1933(2000)所述。在其他实施方案中，修饰本公开的抗TMEM106B抗体，以修饰效应子功能，从而在不活化体液响应的情况下，增加对含ITIM的FcgRIIb(CD32b)的发现选择性，增加邻近细胞上的TMEM106B抗体的聚类，包括抗体依赖性细胞介导的细胞毒性和抗体依赖性细胞吞噬作用也是所期望的。
例如，为了增加抗体的血清半衰期，可以将补救受体结合表位纳入抗体(尤其是抗体片段)中，如美国专利5739277所述。如本文所用，术语“补救受体结合表位”是指负责增加IgG分子的体内血清半衰期的IgG分子(例如，IgG1、IgG2、IgG3或IgG4)的Fc区的表位。其他氨基酸序列修饰。
(6)多特异性抗体
多特异性抗体是对至少两个不同的表位具有结合特异性的抗体，所述表位包括在相同的或另一个多肽(例如，本公开的一个或多个TMEM106B多肽)上的那些表位。在一些实施方案中，多特异性抗体可以是双特异性抗体。在一些实施方案中，多特异性抗体可以是三特异性抗体。在一些实施方案中，多特异性抗体可以是四特异性抗体。此类抗体可以衍生自全长抗体或抗体片段(例如，F(ab')2双特异性抗体)。在一些实施方案中，多特异性抗体包含结合至TMEM106B上的第一位点的第一抗原结合区，并且包含结合至TMEM106B上的第二位点的第二抗原结合区。在某个实施方案中，多特异性抗体包含结合至TMEM106B的第一抗原结合区和结合至第二多肽的第二抗原结合区。
本文提供了包含第一抗原结合区和第二抗原结合区的多特异性抗体，其中所述第一抗原结合区包含本文所述的抗体的六个HVR，结合至TMEM106B，所述第二抗原结合区结合至第二多肽。在一些实施方案中，第一抗原结合区包含本文所述的抗体的VH或VL。
在多特异性抗体中的任一者的一些实施方案中，第二多肽是：a)有利于跨血脑屏障运输的抗原；(b)有利于跨血脑屏障运输的抗原，所述抗原选自：运铁蛋白受体(TR)、胰岛素受体(HIR)、胰岛素样生长因子受体(IGFR)、低密度脂蛋白受体相关蛋白1和2(LPR-1和2)、白喉毒素受体、CRM 197、美洲驼单结构域抗体、TMEM 30(A)、蛋白质转导结构域、TAT、Syn-B、穿膜肽、聚精氨酸肽、血管肽和ANG1005；(c)致病蛋白，所述致病蛋白选自淀粉样蛋白β、寡聚体淀粉样蛋白β、淀粉样蛋白β斑块、淀粉样蛋白前体蛋白或其片段、τ、IAPP、α-突触核蛋白、TDP-43、FUS蛋白、C9orf72(9号染色体开放阅读框72)、c9RAN蛋白、朊病毒蛋白、PrPSc、亨廷顿蛋白、降钙素、超氧化物歧化酶、共济失调蛋白、共济失调蛋白1、共济失调蛋白2、共济失调蛋白3、共济失调蛋白7、共济失调蛋白8、共济失调蛋白10、路易体、心房利尿钠因子、胰岛淀粉样多肽、胰岛素、载脂蛋白AI、血清淀粉样蛋白A、麦丁蛋白、催乳素、转甲状腺素蛋白、溶菌酶、β2微球蛋白、凝溶胶蛋白、角膜上皮蛋白、胱抑素、免疫球蛋白轻链AL、S-IBM蛋白、重复序列相关非ATG(RAN)翻译产物、二肽重复序列(DPR)肽、甘氨酸-丙氨酸(GA)重复序列肽、甘氨酸-脯氨酸(GP)重复序列肽、甘氨酸-精氨酸(GR)重复序列肽、脯氨酸-丙氨酸(PA)重复序列肽、泛素和脯氨酸-精氨酸(PR)重复序列肽；(d)在免疫细胞上表达的配体和/或蛋白质，其中所述配体和/或蛋白质选自：CD40、OX40、ICOS、CD28、CD137/4-1BB、CD27、GITR、PD-L1、CTLA-4、PD-L2、PD-1、B7-H3、B7-H4、HVEM、BTLA、KIR、GAL9、TIM3、A2AR、LAG-3和磷脂酰丝氨酸；和/或(e)在一个或多个肿瘤细胞上表达的蛋白质、脂质、多糖或糖脂以及它们的任何组合。
许多有利于跨血脑屏障运输的抗原是本领域已知的(参见例如，GabathulerR.Neurobiol.Dis.37:48-57(2010))。此类第二抗原包括但不限于运铁蛋白受体(TR)、胰岛素受体(HIR)、胰岛素样生长因子受体(IGFR)、低密度脂蛋白受体相关蛋白1和2(LPR-1和2)、白喉毒素受体(包括CRM197(白喉毒素的无毒突变体))、美洲驼单结构域抗体(诸如TMEM30(A)(Flippase))、蛋白质转导结构域(诸如TAT)、Syn-B或穿膜肽、聚精氨酸或通常带正电的肽、血管肽(诸如ANG1005)(参见例如，Gabathuler，2010)和富集在血脑屏障内皮细胞上的其他细胞表面蛋白质(参见例如，Daneman等人,PLoS One 5(10):e13741(2010))。
多价抗体可以识别TMEM106B抗原，以及但不限于另外的抗原Aβ肽抗原、或α-突触核蛋白抗原、或τ蛋白抗原、或TDP-43蛋白抗原、或朊病毒蛋白抗原、或亨廷顿蛋白抗原、或RAN、翻译产物抗原(包括由甘氨酸-丙氨酸(GA)、甘氨酸-脯氨酸(GP)、甘氨酸-精氨酸(GR)、脯氨酸-丙氨酸(PA)或脯氨酸-精氨酸(PR)组成的二肽重复序列(DPR肽))、胰岛素受体、胰岛素样生长因子受体。运铁蛋白受体或有利于抗体跨血脑屏障转移的任何其他抗原。在一些实施方案中，第二多肽是运铁蛋白。在一些实施方案中，第二多肽是τ。在一些实施方案中，第二多肽是Aβ。在一些实施方案中，第二多肽是TREM2。在一些实施方案中，第二多肽是α-突触核蛋白。
多价抗体含有至少一条多肽链(并且优选地两条多肽链)，其中一条或多条多肽链包含两个或更多个可变结构域。例如，一条或多条多肽链可以包含VD1-(X1)n-VD2-(X2)n-Fc，其中VD1是第一可变结构域，VD2是第二可变结构域，Fc是Fc区的一条多肽链，X1和X2代表氨基酸或多肽，并且n为0或1。类似地，一条或多条多肽链可以包含VH-CH1-柔性接头-VH-CH1-Fc区链；或VH-CH1-VH-CH1-Fc区链。本文的多价抗体优选地另外包含至少两条(并且优选地四条)轻链可变结构域多肽。本文的多价抗体可以例如包含约二至约八个轻链可变结构域多肽。这里设想的轻链可变结构域多肽包含轻链可变结构域，并且任选地还包含CL结构域。
用于制备多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两个免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(参见Milstein和Cuello Nature 305:537(1983)，WO 93/08829和Traunecker等人,EMBO J.10:3655(1991))，和“钮入孔”工程(参见例如美国专利号5731168)。还可参见WO 2013/026833(CrossMab)。还可以通过以下技术来制备多特异性抗体：对用于制备抗体Fc异源二聚体分子的静电转向效应进行工程化改造(WO 2009/089004A1)；使两个或更多个抗体交联(参见例如美国专利号4676980)；使用亮氨酸；使用“双抗体”技术来制备双特异性抗体片段(参见例如，Hollinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6444-6448(1993))；以及使用单链Fv(scFv)二聚体(参见例如，Gruber等人,J.Immunol.152:5368(1994))；以及制备三特异性抗体，如例如Tutt等人,J.Immunol.147:60(1991)所述。
本文还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化抗体，包括“章鱼抗体”(参见例如，US 2006/0025576)。本文的抗体还包括“双重作用性FAb”或“DAF”，它包含结合至多个TMEM106B的抗原结合位点(参见例如，US 2008/0069820)。
(7)抗体变体
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，设想了抗体的氨基酸序列变体。例如，改善抗体的结合亲和力和/或其他生物学性质可以是所期望的。
(i)置换、插入和缺失变体
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，提供了具有一个或多个氨基酸置换的抗体变体。可以通过将适当的修饰引入编码抗体的核苷酸序列中，或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如抗体的氨基酸序列内的残基的缺失和/或插入和/或置换。
表A：氨基酸置换
Figure BDA0002649294190000981
Figure BDA0002649294190000991
抗体生物学特性的实质性修饰通过选择在维持以下性质的作用显著不同的置换来实现：(a)置换区域中的多肽主链的结构(例如，折叠或螺旋构象)，(b)分子在靶位点处的电荷或疏水性，或(c)侧链体积。根据常见侧链性质将天然存在的残基分为几组：
(1)疏水性：正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
(2)中性亲水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；
(3)酸性：Asp、Glu；
(4)碱性：His、Lys、Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly、Pro；以及
(6)芳香族：Trp、Tyr、Phe。
例如，非保守置换可以涉及将这些类别之一的成员替换为另一个类别的成员。例如可以将此类置换的残基引入与非人类抗体同源的人类抗体的区域中，或引入分子的非同源区中。
根据某些实施方案，在改变本文所述的多肽或抗体时，可以考虑氨基酸的亲水指数。根据氨基酸的疏水性和电荷特征，已为每个氨基酸分配亲水指数。它们是：异亮氨酸(+4.5)；缬氨酸(+4.2)；亮氨酸(+3.8)；苯丙氨酸(+2.8)；半胱氨酸/胱氨酸(+2.5)；甲硫氨酸(+1.9)；丙氨酸(+1.8)；甘氨酸(-0.4)；苏氨酸(-0.7)；丝氨酸(-0.8)；色氨酸(-0.9)；酪氨酸(-1.3)；脯氨酸(-1.6)；组氨酸(-3.2)；谷氨酸(-3.5)；谷氨酰胺(-3.5)；天冬氨酸(-3.5)；天冬酰胺(-3.5)；赖氨酸(-3.9)；和精氨酸(-4.5)。
亲水氨基酸指数在赋予蛋白质相互作用生物学功能方面的重要性是本领域所理解的。Kyte等人,J.Mol.Biol.,157:105-131(1982)。已知某些氨基酸可以置换具有相似的亲水指数或得分的其他氨基酸，并且仍然保留相似的生物学活性。在根据亲水指数进行改变时，在某些实施方案中，亲水指数在±2以内的氨基酸的置换被包括在内。在某些实施方案中，在±1以内的那些氨基酸被包括在内，并且在某些实施方案中，在±0.5以内的那些氨基酸被包括在内。
在本领域中还应理解，可以根据亲水性有效地进行相似的氨基酸的置换，尤其是在打算将由此产生的生物学功能性蛋白质或肽用于免疫学实施方案的情况下，正如目前的情况那样。在某些实施方案中，蛋白质的最大局部平均亲水性，由蛋白质的邻近氨基酸的亲水性所支配，与蛋白质的免疫原性和抗原性，即与蛋白质的生物学性质相关联。
已为这些氨基酸残基分配以下亲水性值：精氨酸(+3.0)；赖氨酸(+3.0±1)；天冬氨酸(+3.0±1)；谷氨酸(+3.0±1)；丝氨酸(+0.3)；天冬酰胺(+0.2)；谷氨酰胺(+0.2)；甘氨酸(0)；苏氨酸(-0.4)；脯氨酸(-0.5±1)；丙氨酸(-0.5)；组氨酸(-0.5)；半胱氨酸(-1.0)；甲硫氨酸(-1.3)；缬氨酸(-1.5)；亮氨酸(-1.8)；异亮氨酸(-1.8)；酪氨酸(-2.3)；苯丙氨酸(-2.5)和色氨酸(-3.4)。在根据相似的亲水性值进行改变时，在某些实施方案中，亲水性值在±2以内的氨基酸的置换被包括在内，在某些实施方案中，在+1以内的那些氨基酸的置换被包括在内，并且在某些实施方案中，在±0.5以内的那些氨基酸的置换被包括在内。还可以根据亲水性从一级氨基酸序列鉴定出表位。这些区域也被称为“表位核心区”。
在某些实施方案中，置换、插入或缺失可以在一个或多个HVR内出现，只要这些改变基本上不降低抗体结合抗原的能力即可。例如，可以在HVR中作出不会基本上降低结合亲和力的保守改变(例如，本文提供的保守置换)。此类改变可以例如在HVR中的抗原接触残基外部。在上文提供的变体VH和VL序列的某些实施方案中，每个HVR是未改变的，或含有不超过一个、两个或三个氨基酸置换。
氨基酸序列插入包括长度在一个残基至包含一百个或更多个残基的多肽的范围内的氨基和/或羧基末端融合体，以及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的实例包括具有N-末端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其他插入变体包括抗体的N-末端或C-末端与酶(例如，对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合体。
还可以通常用丝氨酸置换不涉及维持抗体的适当构象的任何半胱氨酸残基，以改善分子的氧化稳定性并且防止异常交联。相反，可以将一个或多个半胱氨酸键添加至抗体，以改善抗体的稳定性(尤其是在抗体是抗体片段(诸如Fv片段)的情况下)。
(ii)糖基化变体
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，改变抗体以增加或减少抗体的糖基化程度。可以通过改变氨基酸序列以产生或除去一个或多个糖基化位点来方便地实现抗体的糖基化位点的添加或缺失。
抗体的糖基化通常是N-连接的或O-连接的。N-连接是指碳水化合物部分至天冬酰胺残基的侧链的附接。三肽序列天冬酰胺-X-丝氨酸和天冬酰胺-X-苏氨酸是用于将碳水化合物部分酶促附接至天冬酰胺侧链的识别序列，其中X为除脯氨酸之外的任何氨基酸。因此，这些三肽序列中的任一者存在于多肽中产生了潜在的糖基化位点。O-连接糖基化是指糖(即，N-乙酰半乳糖胺、半乳糖或木糖中的一者)与羟氨基酸(最常见地丝氨酸或苏氨酸，但是还可以使用5-羟脯氨酸或5-羟赖氨酸)的附接。
糖基化位点至抗体的添加通过改变氨基酸序列来方便地实现，以使得所述抗体含有上述三肽序列中的一者或多者(对于N-连接糖基化位点)。还可以通过一个或多个丝氨酸或苏氨酸残基至原始抗体的序列的添加或者被一个或多个丝氨酸或苏氨酸残基的置换来进行改变(对于O-连接糖基化位点)。
在抗体包含Fc区的情况下，可以改变与其连接的碳水化合物。哺乳动物细胞产生的天然抗体通常包含支链的双触角寡糖，所述寡糖通常通过N-连接来连接至Fc区的CH2结构域的Asn297(根据Kabat编号)。寡糖可以包括各种碳水化合物，例如甘露糖、N-乙酰基葡萄糖胺(GlcNAc)、半乳糖和唾液酸，以及附接至双触角寡糖结构的“茎”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中，可以对本发明的抗体中的寡糖进行修饰以产生具有某些改善的性质的抗体变体。
在一个实施方案中，提供具有缺乏(直接或间接)附接至Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构的抗体变体。参见例如，美国专利公开号2003/0157108和2004/0093621。涉及“去岩藻糖基化”或“岩藻糖缺乏型”抗体变体的公开的实例包括：US 2003/0157108；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US2004/0110282；US 2004/0109865；Okazaki等人,J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等人,Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够产生去岩藻糖基化抗体的细胞系的实例包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Led 3CHO细胞(Ripka等人,Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；US 2003/0157108)，以及敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因、FUT8、敲除CHO细胞(参见例如，Yamane-Ohnuki等人,Biotech.Bioeng.87:614(2004)和Kanda等人,Biotechnol.Bioeng.94(4):680-688(2006))。
(iii)经修饰的恒定区
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，抗体Fc是抗体Fc同种型和/或修饰。在一些实施方案中，抗体Fc同种型和/或修饰能够结合至Fcγ受体。
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，经修饰的抗体Fc是IgG1修饰的Fc。在一些实施方案中，IgG1修饰的Fc包含一个或多个修饰。例如，在一些实施方案中，IgG1修饰的Fc包含一个或多个氨基酸置换(例如，相对于相同同种型的野生型Fc区)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸置换选自N297A(Bolt S等人,(1993)Eur J Immunol 23:403-411)、D265A(Shields等人,(2001)R.J.Biol.Chem.276,6591-6604)、L234A、L235A(Hutchins等人,(1995)Proc Natl Acad Sci USA,92:11980-11984；Alegre等人,(1994)Transplantation57:1537-1543.31；Xu等人,(2000)Cell Immunol,200:16-26)、G237A(Alegre等人,(1994)Transplantation 57:1537-1543.31；Xu等人,(2000)Cell Immunol,200:16-26)、C226S、C229S、E233P、L234V、L234F、L235E(McEarchem等人,(2007)Blood,109:1185-1192)、P33 IS(Sazinsky等人,(2008)Proc Natl Acad Sci USA 2008,105:20167-20172)、S267E、L328F、A330L、M252Y、S254T和/或T256E，其中氨基酸位置根据EU编号惯例进行。
在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的N297A突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的D265A和N297A突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的D270A突变。在一些实施方案中，IgG1修饰的Fc包含根据EU编号的L234A和L235A突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的L234A和G237A突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的L234A、L235A和G237A突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的P238D、L328E、E233、G237D、H268D、P271G和A330R突变中的一者或多者(包括全部突变)。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的S267E/L328F突变中的一者或多者。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的P238D、L328E、E233D、G237D、H268D、P271G和A330R突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的P238D、L328E、G237D、H268D、P271G和A330R突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的P238D、S267E、L328E、E233D、G237D、H268D、P271G和A330R突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的P238D、S267E、L328E、G237D、H268D、P271G和A330R突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的C226S、C229S、E233P、L234V和L235A突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的L234F、L235E和P331S突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的S267E和L328F突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的S267E突变。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含用CH1进行的恒定重链1(CH1)和铰链区的置换和用κ轻链进行的IgG2的铰链区(根据EU编号的IgG2的氨基酸118-230)的置换。
在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，与具有Fc区(不包含两个或更多个氨基酸置换)的对应的抗体相比，Fc包含两个或更多个氨基酸置换，所述氨基酸置换增加抗体聚类但不活化补体。因此，在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，IgG1修饰的Fc是包含Fc区的抗体，其中所述抗体包含在位置E430G处的氨基酸置换和在Fc区中的一个或多个氨基酸置换，所述氨基酸置换的残基位置选自：根据EU编号的L234F、L235A、L235E、S267E、K322A、L328F、A330S、P331S以及它们的任何组合。在一些实施方案中，IgG1修饰的Fc包含根据EU编号的位置E430G、L243A、L235A和P331S处的氨基酸置换。在一些实施方案中，IgG1修饰的Fc包含根据EU编号的位置E430G和P331S处的氨基酸置换。在一些实施方案中，IgG1修饰的Fc包含根据EU编号的位置E430G和K322A处的氨基酸置换。在一些实施方案中，IgG1修饰的Fc包含根据EU编号的位置E430G、A330S和P331S处的氨基酸置换。在一些实施方案中，IgG1修饰的Fc包含根据EU编号的位置E430G、K322A、A330S和P331S处的氨基酸置换。在一些实施方案中，IgG1修饰的Fc包含根据EU编号的位置E430G、K322A和A330S处的氨基酸置换。在一些实施方案中，IgG1修饰的Fc包含根据EU编号的位置E430G、K322A和P331S处的氨基酸置换。
在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，IgG1修饰的Fc可以另外包含在本文中可以与根据EU编号惯例的A330L突变(Lazar等人,Proc Natl Acad Sci USA,103:4005-4010(2006))，或L234F、L235E和/或P331S突变中的一者或多者(Sazinsky等人,ProcNatl Acad Sci USA,105:20167-20172(2008))组合，以消除补体活化。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，IgG1修饰的Fc可以另外包含根据EU编号的A330L、A330S、L234F、L235E和/或P331S中的一者或多者。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，IgG1修饰的Fc可以另外包含一个或多个突变，以增强在人类血清中的抗体半衰期(例如，根据EU编号惯例的M252Y、S254T和T256E突变中的一者或多者(包括全部突变))。在IgG1修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，IgG1修饰的Fc可以另外包含根据EU编号的E430G、E430S、E430F、E430T、E345K、E345Q、E345R、E345Y、S440Y和/或S440W中的一者或多者。
本公开的其他方面涉及具有经修饰的恒定区(即，Fc区)的抗体。如果抗体被工程化改造为消除FcgR结合，则根据与FcgR受体的结合以活化被靶向受体的抗体可以丧失激动剂活性(参见例如，Wilson等人,Cancer Cell 19:101-113(2011)；Armour等人,Immunology40:585-593(2003)；和White等人,Cancer Cell 27:138-148(2015))。因此，据认为，当抗体具有来自人类IgG2同种型的Fc结构域(CH1和铰链区)或者能够优先地结合抑制性FcgRIIB r受体或它们的变异体的另一种类型的Fc结构域时，具有正确表位特异性的本公开的抗TMEM106B抗体可以活化靶抗原，而不良反应最小。
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，经修饰的抗体Fc是IgG2修饰的Fc。在一些实施方案中，IgG2修饰的Fc包含一个或多个修饰。例如，在一些实施方案中，IgG2修饰的Fc包含一个或多个氨基酸置换(例如，相对于相同同种型的野生型Fc区)。在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，一个或多个氨基酸置换选自根据EU编号惯例的V234A(Alegre等人,Transplantation57:1537-1543(1994)；Xu等人,Cell Immunol,200:16-26(2000))；G237A(Cole等人,Transplantation,68:563-571(1999))；H268Q、V309L、A330S、P331S(US 2007/0148167；Armour等人,Eur J Immunol29:2613-2624(1999)；Armour等人,The Haematology Journal1(Suppl.1):27(2000)；Armour等人,The HaematologyJournal1(Suppl.1):27(2000))、C219S和/或C220S(White等人,Cancer Cell 21,138-148(2015))；S267E、L328F(Chu等人,Mol Immunol,45:3926-3933(2008))；以及M252Y、S254T和/或T256E(根据EU编号规范)。在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置V234A和G237A处的氨基酸置换。在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置C219S或C220S处的氨基酸置换。在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置A330S和P331S处的氨基酸置换。在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置S267E和L328F处的氨基酸置换。
在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号惯例的C127S氨基酸置换(White等人,(2015)Cancer Cell 27,138-148；Lightle等人,Protein Sci.19:753-762(2010)；和WO 2008/079246)。在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，抗体具有IgG2同种型，所述IgG2同种型具有κ轻链恒定结构域，所述κ轻链恒定结构域包含根据EU编号惯例的C214S氨基酸置换(White等人,Cancer Cell 27:138-148(2015)；Lightle等人,Protein Sci.19:753-762(2010)；和WO 2008/079246)。
在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号惯例的C220S氨基酸置换。在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，抗体具有IgG2同种型，所述IgG2同种型具有κ轻链恒定结构域，所述κ轻链恒定结构域包含根据EU编号惯例的C214S氨基酸置换。
在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号惯例的C219S氨基酸置换。在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，抗体具有IgG2同种型，所述IgG2同种型具有κ轻链恒定结构域，所述κ轻链恒定结构域包含根据EU编号惯例的C214S氨基酸置换。
在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含IgG2同种型重链恒定结构域1(CH1)和铰链区(White等人,Cancer Cell27:138-148(2015))。在IgG2修饰的Fc中的任一者的某些实施方案中，IgG2同种型CH1和铰链区包含根据EU编号的118-230的氨基酸序列。在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，抗体Fc区包含根据EU编号惯例的S267E氨基酸置换、L328F氨基酸置换或它们二者，和/或N297A或N297Q氨基酸置换。
在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc还包含根据EU编号的位置E430G、E430S、E430F、E430T、E345K、E345Q、E345R、E345Y、S440Y和S440W处的一个或多个氨基酸置换。在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc可以另外包含一个或多个突变，以增强在人类血清中的抗体半衰期(例如，根据EU编号惯例的M252Y、S254T和T256E突变中的一者或多者(包括全部突变))。在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc可以另外包含A330S和P331S。
在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc是IgG2/4杂合Fc。在一些实施方案中，IgG2/4杂合Fc包含IgG2 aa 118至260和IgG4 aa 261至447。在IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置H268Q、V309L、A330S和P331S处的一个或多个氨基酸置换。
在IgG1和/或IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含一个或多个选自根据EU编号的A330L、L234F、L235E或P331S；以及它们的任何组合的另外的氨基酸置换。
在IgG1和/或IgG2修饰的Fc中的任一者的某些实施方案中，Fc包含选自根据EU编号的C127S、L234A、L234F、L235A、L235E、S267E、K322A、L328F、A330S、P331S、E345R、E430G、S440Y以及它们的任何组合的残基位置处的一个或多个氨基酸置换。在IgG1和/或IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E430G、L243A、L235A和P331S处的氨基酸置换。在IgG1和/或IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E430G和P331S处的氨基酸置换。在IgG1和/或IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E430G和K322A处的氨基酸置换。在IgG1和/或IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E430G、A330S和P331S处的氨基酸置换。在IgG1和/或IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E430G、K322A、A330S和P331S处的氨基酸置换。在IgG1和/或IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E430G、K322A和A330S处的氨基酸置换。在IgG1和/或IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E430G、K322A和P331S处的氨基酸置换。在IgG1和/或IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置S267E和L328F处的氨基酸置换。在IgG1和/或IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置C127S处的氨基酸置换。在IgG1和/或IgG2修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E345R、E430G和S440Y处的氨基酸置换。
在本文提供的抗体中的任一者的一些实施方案中，经修饰的抗体Fc是IgG4修饰的Fc。在一些实施方案中，IgG4修饰的Fc包含一个或多个修饰。例如，在一些实施方案中，IgG4修饰的Fc包含一个或多个氨基酸置换(例如，相对于相同同种型的野生型Fc区)。在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，一个或多个氨基酸置换选自根据EU编号惯例的L235A、G237A、S229P、L236E(Reddy等人,J Immunol 164:1925-1933(2000))、S267E、E318A、L328F、M252Y、S254T和/或T256E。在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc可以另外包含根据EU编号惯例的L235A、G237A和E318A。在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc可以另外包含根据EU编号惯例的S228P和L235E。在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，IgG4修饰的Fc可以另外包含根据EU编号惯例的S267E和L328F。
在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，IgG4修饰的Fc包含可以与根据EU编号惯例的S228P突变(Angal等人,Mol Immunol.30:105-108(1993))和/或与(Peters等人,J Biol Chem.287(29):24525-33(2012))所述的一个或多个突变组合，以增强抗体稳定性。
在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，IgG4修饰的Fc可以另外包含一个或多个突变，以增强在人类血清中的抗体半衰期(例如，根据EU编号惯例的M252Y、S254T和T256E突变中的一者或多者(包括全部突变))。
在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的L235E。在IgG4修饰的Fc中的任一者的某些实施方案中，Fc包含选自根据EU编号的C127S、F234A、L235A、L235E、S267E、K322A、L328F、E345R、E430G、S440Y以及它们的任何组合的残基位置处的一个或多个氨基酸置换。在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E430G、L243A、L235A和P331S处的氨基酸置换。在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E430G和P331S处的氨基酸置换。在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E430G和K322A处的氨基酸置换。在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E430处的氨基酸置换。在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc区包含根据EU编号的位置E430G和K322A处的氨基酸置换。在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置S267E和L328F处的氨基酸置换。在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置C127S处的氨基酸置换。在IgG4修饰的Fc中的任一者的一些实施方案中，Fc包含根据EU编号的位置E345R、E430G和S440Y处的氨基酸置换。
(8)其他抗体修饰
在抗体中的任一者的一些实施方案中，抗体是衍生物。术语“衍生物”是指包含除氨基酸(或核酸)的插入、缺失或置换之外的化学修饰的分子。在某些实施方案中，衍生物包含共价修饰，包括但不限于与聚合物、脂质或者其他有机或无机部分的化学键合。在某些实施方案中，经化学修饰的抗原结合蛋白可以具有比未经化学修饰的抗原结合蛋白更长的循环半衰期。在某些实施方案中，经化学修饰的抗原结合蛋白可以具有针对所期望的细胞、组织和/或器官的改善的靶向能力。在一些实施方案中，衍生物抗原结合蛋白被共价修饰为包含一个或多个水溶性聚合物附接物，包括但不限于聚乙二醇、聚氧乙二醇或聚丙二醇。参见例如，美国专利号4640835、4496689、4301144、4670417、4791192和4179337。在某些实施方案中，衍生物抗原结合蛋白包含一种或多种聚合物，包括但不限于单甲氧基-聚乙二醇、葡聚糖、纤维素、乙二醇/丙二醇的共聚物、羧甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三氧己环、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或无规共聚物)、聚-(N-乙烯基吡咯烷酮)-聚乙二醇、丙二醇均聚物、聚环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙基化多元醇(例如，甘油)和聚乙烯醇，以及此类聚合物的混合物。
在某些实施方案中，衍生物被聚乙二醇(PEG)亚基共价修饰。在某些实施方案中，一种或多种水溶性聚合物在衍生物的一个或多个特定位置处(例如在氨基末端)键合。在某些实施方案中，一种或多种水溶性聚合物无规附接至衍生物的一个或多个侧链。在某些实施方案中，PEG被用于改善抗原结合蛋白的治疗能力。在某些实施方案中，PEG被用于改善人源化抗体的治疗能力。某些此类方法例如在美国专利号6133426中有所讨论，该专利据此以引用的方式并入用于任何目的。
肽类似物通常在制药行业中用作非肽药物，它的性质类似于模板肽的那些药物。这些类型的非肽化合物称为“肽模拟物(peptide mimetics或peptidomimetics)”。Fauchere,J.Adv.Drug Res.,15:29(1986)；和Evans等人,J.Med.Chem.,30:1229(1987)，这些文献以引用的方式并入本文用于任何目的。此类化合物通常借助于计算机化分子建模来开发。结构上类似于治疗使用的肽的肽模拟物可以用于产生类似的治疗或预防效果。通常，模拟物在结构上类似于范例多肽(即，具有生物化学性质或药理学活性的多肽)，诸如人类抗体，但是具有一个或多个肽键，所述肽键任选地通过本领域熟知的方法被选自以下各项的键替换：-CH2NH-、-CH2S-、-CH2-CH2-、-CH-CH-(顺式和反式)、-COCH2-、-CH(OH)CH2-和-CH2SO-。共有序列的一个或多个氨基酸与相同类型的D-氨基酸的系统置换(例如，D-赖氨酸替换L-赖氨酸)在某些实施方案中可以用于产生更稳定的肽。此外，包含共有序列或基本上相同的共有序列变化的约束肽可以通过本领域已知的方法产生(Rizo和GieraschAnn.Rev.Biochem.,61:387(1992)，以引用的方式并入本文用于任何目的)；例如，通过添加能够形成分子内二硫桥的内部半胱氨酸残基，所述二硫桥使肽环化。
药物缀合涉及将生物学活性细胞毒性(抗癌)有效负载或药物偶联至特异性靶向某种肿瘤标志物(例如，理想地仅存在于肿瘤细胞内或肿瘤细胞上的多肽)的抗体。抗体在体内追踪这些蛋白质并且使它们自身附接至癌细胞的表面。抗体和靶蛋白(抗原)之间的生物化学反应会触发肿瘤细胞中的信号，然后所述信号与细胞毒素一起吸收或内化抗体。在ADC内化后，细胞毒性药物被释放并且杀死癌症。由于这种靶向，理想地，药物与其他化学治疗剂相比，具有更低的副作用并且提供更广泛的治疗窗口。缀合抗体的技术已有所公开，是本领域已知的(参见例如，Jane de Lartigue QncLive 2012年7月5日；ADC Review onantibody-drug conjugates；和Ducry等人Bioconjugate Chemistry 21(1):5-13(2010)。
III.核酸、载体和宿主细胞
本公开的抗TMEM106B抗体可以使用重组方法和组合物来产生，例如如美国专利号4816567所述。在一些实施方案中，提供了具有编码本公开的抗TMEM106B抗体中的任一者的核苷酸序列的分离的核酸。此类核酸可以编码抗TMEM106B抗体的包含VL的氨基酸序列和/或包含VH的氨基酸序列(例如，抗体的轻链和/或重链)。在一些实施方案中，提供了包含此类核酸的一种或多种载体(例如，表达载体)。在一些实施方案中，还提供了包含这种核酸的宿主细胞。在一些实施方案中，宿主细胞包含(例如，已转导有)：(1)包含核酸的载体，所述核酸编码包含抗体的VL的氨基酸序列和包含抗体的VH的氨基酸序列，(2)第一载体，它包含编码包含抗体的VL的氨基酸序列的核酸，以及第二载体，它包含编码包含抗体的VH的氨基酸序列的核酸。在一些实施方案中，宿主细胞是真核细胞，例如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或淋巴细胞(例如，Y0、NS0、Sp20细胞)。本公开的宿主细胞还包括但不限于分离的细胞、体外培养的细胞和离体培养的细胞。
提供了制备本公开的抗TMEM106B抗体的方法。在一些实施方案中，所述方法包括在适用于抗体表达的条件下培养包含编码抗TMEM106B抗体的核酸的本公开的宿主细胞。在一些实施方案中，随后从宿主细胞(或宿主细胞培养基)回收抗体。
对于本公开的抗TMEM106B抗体的重组产生，将编码抗TMEM106B抗体的核酸分离并且插入一种或多种载体中，以在宿主细胞中进一步克隆和/或表达。这种核酸可以使用常规程序容易地分离和测序(例如，通过使用能够特异性结合至编码抗体的重链和轻链的基因的寡核苷酸探针)。
包含编码本公开的抗TMEM106B抗体中的任一者的核酸序列，或本文所述的细胞表面表达的片段或它们的多肽(包括抗体)的合适载体包括但不限于克隆载体和表达载体。合适的克隆载体可以根据标准技术来构建，或者可以选自本领域可用的大量克隆载体。虽然所选的克隆载体可以根据希望使用的宿主细胞而变化，但是有用的克隆载体通常具有自我复制能力，可以具有特定限制性核酸内切酶的单个靶标，和/或可以携带标志物的基因，所述标记物可以用于选择包含载体的克隆。合适的实例包括质粒和细菌病毒，例如pUC18、pUC19、Bluescript(例如，pBS SK+)及其衍生物、mpl8、mpl9、pBR322、pMB9、ColE1、pCR1、RP4、噬菌体DNA和穿梭载体(诸如pSA3和pAT28)。这些和很多其他克隆载体可以从商业供应商(诸如BioRad、Strategene和Invitrogen)获得。
用于克隆或表达抗体编码载体的合适的宿主细胞包括细胞原核或真核细胞。例如，本公开的抗TMEM106B抗体可以在细菌中产生，尤其是在不需要糖基化和Fc效应子功能时。关于抗体片段和多肽在细菌中的表达(例如，美国专利号5648237、5789199和5840523)。在表达后，抗体可以从细菌细胞浆以可溶性级分分离，并且可以进一步纯化。
除原核生物之外，真核微生物(诸如丝状真菌或酵母)也是抗体编码载体的合适的克隆或表达宿主，包括真菌和酵母菌株，这些菌株的糖基化通路已被“人源化”，从而产生具有部分或全部人类糖基化模式的抗体(例如，Gemgross Nat.Biotech.22:1409-1414(2004)；和Li等人,Nat.Biotech.24:210-215(2006))。
用于表达糖基化抗体的合适的宿主细胞也可以来源于多细胞生物体(无脊椎动物和脊椎动物)。无脊椎动物细胞的实例包括植物和昆虫细胞。已经鉴定出许多杆状病毒株，它们可以与昆虫细胞联合使用，尤其是用于草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)细胞的转染。植物细胞培养物也可以用作宿主(例如，美国专利号5959177、6040498、6420548、7125978和6417429，它们描述了用于在转基因植物中产生抗体的PLANTIBODIESTM技术)。
脊椎动物细胞也可以用作宿主。例如，适用于在悬浮液中生长的哺乳动物细胞系可以是有用的。有用的哺乳动物宿主细胞系的其他实例是由SV40转化的猴肾CV1系(COS-7)；人类胚肾细胞系(293或293细胞，如例如Graham等人J.Gen Virol.36:59(1977)所述)；幼仓鼠肾细胞(BHK)；小鼠塞尔托利氏细胞(TM4细胞，如例如Mather,Biol.Reprod.23:243-251(1980)所述)；猴肾细胞(CV1)；非洲绿猴肾细胞(VERO-76)；人类宫颈癌细胞(HELA)；犬肾细胞(MDCK)；布法罗(buffalo)大鼠肝细胞(BRL 3A)；人类肺细胞(W138)；人类肝细胞(Hep G2)；小鼠乳腺肿瘤(MMT 060562)；TRI细胞，如例如Mather等人AnnalsN.Y.Acad.Sci.383:44-68(1982)所述；MRC 5细胞；以及FS4细胞。其他有用的哺乳动物宿主细胞系包括中国仓鼠卵巢(CHO)细胞，包括DHFR-CHO细胞(Urlaub等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA77:4216(1980))；和骨髓瘤细胞系，诸如Y0、NS0和Sp2/0。关于适用于抗体产生的某些哺乳动物宿主细胞系的综述，参见例如，Yazaki和Wu,Methods inMolecular Biology,第248卷(B.K.C.Lo编,Humana Press,Totowa,NJ),第255-268页(2003)。
IV.药物组合物/制剂
本文提供了包含本公开的抗TMEM106B抗体和药学上可接受的载剂的药物组合物和/或药物制剂。
在一些实施方案中，药学上可接受的载剂优选地在所采用的剂量和浓度下对接受者是无毒的。本文所述的抗体可以配制为固体、半固体、液体或气体形式的制备物。此类制剂的实例包括但不限于片剂、胶囊剂、粉末剂、颗粒剂、软膏剂、溶液剂、栓剂、注射剂、吸入剂、凝胶剂、微球剂和气雾剂。根据所需的制剂，药学上可接受的载剂可以包括稀释剂的药学上可接受的无毒载剂，所述载剂是通常用于配制针对动物或人类施用的药物组合物的媒介物。在某些实施方案中，药物组合物可包含用于改变、维持或保持例如组合物的pH、渗透压体积摩尔浓度、粘度、透明度、颜色、等渗性、气味、无菌性、稳定性、溶解或释放速率、吸附或渗透的制剂材料。
在某些实施方案中，药学上可接受的载剂包括但不限于氨基酸(诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、精氨酸或赖氨酸)；抗微生物剂；抗氧化剂(诸如抗坏血酸、亚硫酸钠或亚硫酸氢钠)；缓冲剂(诸如硼酸盐、碳酸氢盐，Tris-HCl、柠檬酸盐、磷酸盐或其他有机酸)；填充剂(诸如甘露糖醇或甘氨酸)；螯合剂(诸如乙二胺四乙酸(EDTA))；络合剂(诸如咖啡因、聚乙烯吡咯烷酮、β-环糊精或羟丙基-β-环糊精)；填充剂；单糖；二糖；和其他碳水化合物(诸如葡萄糖、甘露糖或糊精)；蛋白质(诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白)；着色剂、矫味剂和稀释剂；乳化剂；亲水性聚合物(诸如聚乙烯吡咯烷酮)；低分子量多肽；成盐抗衡离子(诸如钠)；防腐剂(诸如苯扎氯铵、苯甲酸、水杨酸、硫柳汞、苯乙醇、对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯、氯己定、山梨酸或过氧化氢)；溶剂(诸如甘油、丙二醇或聚乙二醇)；糖醇(诸如甘露糖醇或山梨糖醇)；助悬剂；表面活性剂或湿润剂(诸如普朗尼克(pluronics)、PEG、脱水山梨糖醇酯、聚山梨醇酯(诸如聚山梨醇酯20、聚山梨醇酯80)、triton、三羟甲基氨基甲烷、卵磷脂、胆固醇、泰洛沙泊)；稳定性增强剂(诸如蔗糖或山梨糖醇)；张力增强剂(诸如碱金属卤化物，优选地氯化钠或氯化钾、甘露糖醇、山梨糖醇)；递送媒介物；稀释剂；赋形剂和/或药物佐剂。适用于各种施用类型的制剂的另外的实例可见于Remington:The Scienceand Practice of Pharmacy,Pharmaceutical Press第22版(2013)。关于药物递送方法的简要综述，参见Langer,Science 249:1527-1533(1990)。
适用于肠胃外施用的制剂包括水性和非水性等渗无菌注射溶液，所述溶液可以包含抗氧化剂、缓冲剂、抑菌剂以及使该制剂与预期接受者的血液等渗的溶质；以及水性和非水性无菌混悬剂，所述混悬剂可以包含助悬剂、增溶剂、增稠剂、稳定剂和防腐剂。
可以优化制剂以便于在大脑或中枢神经系统中的保持和稳定。当将药剂施用于颅腔中时，使药剂保留在腔中，并且不扩散或者跨过血脑屏障是所期望的。稳定技术包括交联、多聚化或连接至诸如聚乙二醇、聚丙烯酰胺、中性蛋白质载体等的基团，以实现分子量的增加。
用于增加保留的其他策略包括在可生物降解或可生物蚀解的植入物中包埋抗体，诸如本公开的抗TMEM106B抗体。治疗活性剂的释放速率由通过聚合物基质的运输速率和植入物的生物降解来控制。植入物可以是颗粒、薄片、贴片、斑块、纤维、微胶囊等等，并且可以具有与所选的插入部位相容的任何大小或形状。可以使用的可生物降解的聚合物组合物可以是有机酯或醚，它们在降解时会产生生理学上可接受的降解产物(包括单体)。可以单独或与其他单体组合使用酸酐、酰胺、原酸酯等等。聚合物将是缩合聚合物。聚合物可以是交联的或非交联的。特别关注的是羟基脂族羧酸的聚合物、均聚物或共聚物以及多糖。在所关注的聚酯中，D-乳酸、L-乳酸、外消旋乳酸、乙醇酸、聚己内酯以及它们的组合的聚合物被包括在内。所关注的多糖是藻酸钙和功能化的纤维素，尤其是羧甲基纤维素酯，它的特征在于水不溶性，分子量为约5kD至500kD的等。可生物降解的水凝胶也可以用于主题发明的植入物。水凝胶通常是共聚物材料，它的特征在于能够吸收液体。
V.治疗用途
如本文所公开，本公开的抗TMEM106B抗体可以用于预防各种疾病、病症和病状，降低各种疾病、病症和病状的风险，或者治疗各种疾病、病症和病状。在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体能够有效地预防以下疾病、病症和病状，降低以下疾病、病症和病状的风险，或者治疗以下疾病、病症和病状：额颞叶退化、额颞叶痴呆、具有前颗粒蛋白突变的额颞叶痴呆、具有C90rf72突变的额颞叶痴呆、具有TDP-43包涵体的额颞叶退化、TDP-43蛋白质病、海马硬化(HpScl)、衰老的海马硬化(HS-衰老)、各种病症相关的认知缺损(包括但不限于肌萎缩性侧索硬化中的认知缺损)、慢性创伤性脑病变相关的认知缺损和低髓鞘化病症(包括但不限于低髓鞘化脑白质营养不良)。
本公开的其他方面涉及一种预防疾病、病症或损伤，降低疾病、病症或损伤的风险，或者治疗患有疾病、病症或损伤的个体的方法，所述疾病、病症或损伤选自由以下各项组成的组：额颞叶痴呆、阿尔茨海默氏病、血管性痴呆、癫痫发作、视网膜营养不良、无创伤性脑损伤、脊髓损伤、长期抑郁、动脉粥样硬化血管疾病、正常衰老的不良症状、痴呆、混合性痴呆、克罗伊茨费尔特-雅各布病、正常颅压脑积水、肌萎缩性侧索硬化、亨廷顿舞蹈症、τ蛋白病、中风、急性创伤、慢性创伤、狼疮、急慢性结肠炎、克罗恩病、炎性肠病、溃疡性结肠炎、疟疾、特发性震颤、中枢神经系统狼疮、贝赛特氏症、帕金森病、路易体痴呆、多系统萎缩、退行性椎间盘疾病、夏伊-德雷格综合征、进行性核上性麻痹、皮质基底神经节退化、急性播散性脑脊髓炎、肉芽肿病、结节病、衰老的疾病、年龄相关性黄斑变性、青光眼、色素性视网膜炎、视网膜变性、呼吸道感染、败血症、眼部感染、全身感染、炎性疾病、关节炎、多发性硬化、代谢紊乱、肥胖、胰岛素抵抗、2型糖尿病、组织或血管损伤、损伤以及正常衰老的一种或多种不良症状，所述方法包括将治疗有效量的前述实施方案中的任一者的抗TMEM106B抗体施用于个体。
在一些实施方案中，本公开的抗TMEM106B抗体可以减少大脑中的TDP-43包涵体、减少认知和行为功能的下降以及改善认知和行为功能。
在一些实施方案中，受试者或个体是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于家畜(例如，奶牛、绵羊、猫、狗和马)、灵长类动物(例如，人类和非人类灵长类动物(诸如猴))、兔和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。在一些实施方案中，受试者或个体是人类。
本文提供的抗体(和任何其他治疗剂)可以通过任何合适的手段施用，包括肠胃外、肺内、鼻内、病灶内施用、脑脊柱内、颅内、脊柱内、滑膜内、鞘内、口服、局部或吸入途径。肠胃外输注包括肌肉内、以大丸剂静脉内施用或连续输注一段时间、动脉内、关节内、腹膜内或皮下施用。在一些实施方案中，施用是静脉内施用。在一些实施方案中，施用是皮下施用。给药可以通过任何合适的途径，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射进行，这部分地取决于施用是短暂的还是长期的。本文设想了各种给药时间表，包括但不限于单次施用或在各个时间点的多次施用、推注施用和脉冲输注。
本文提供的抗体将以与良好医学实践一致的方式配制、给药和施用。在此背景下考虑的因素包括所治疗的具体病症、所治疗的具体哺乳动物、个体患者的临床状况、病症的致因、药剂的递送部位、施用方法、施用时间表以及从业医生已知的其他因素。抗体无需但任选地与当前用于预防或治疗所讨论的病症的一种或多种药剂一起配制。此类其他药剂的有效量取决于制剂中存在的抗体的量、病症或治疗的类型以及上文讨论的其他因素。这些药剂通常以如本文所述的相同剂量以及通过如本文所述的施用途径，或以本文所述的剂量的约1％至99％、或以凭经验/临床上确定为适当的任何剂量以及通过凭经验/临床上确定为适当的任何途径使用。
对于疾病的预防或治疗，本发明的抗体的适当剂量(当单独使用或与一种或多种其他其他治疗剂组合使用时)将取决于待治疗的疾病的类型、抗体的类型、疾病的严重度和病程、是否出于预防性或治疗性目的而施用抗体、既往疗法、患者的病史和对抗体的响应以及主治医生的判断。抗体一次或通过一系列治疗合适地施用于患者。
根据疾病的类型和严重度，约1μg/kg至15mg/kg(例如，0.1mg/kg-10mg/kg)的抗体可以作为施用于患者的初始候选剂量，无论是例如通过一次或多次单独施用，还是通过连续输注。根据上文提及的因素，一种典型的每日剂量可以在约1μg/kg至100mg/kg或更多的范围内。对于几天或更长时间的重复施用，根据病状，治疗应通常持续直至出现对疾病症状的所需抑制为止。抗体的一个示例性剂量将在约0.05mg/kg至约10mg/kg的范围内。因此，可以将约0.5mg/kg、2.0mg/kg、4.0mg/kg或10mg/kg的一个或多个剂量(或它们的任何组合)施用于患者。这些剂量可以间歇地，例如每周或每三周施用(例如，使得患者接受约两剂至约二十剂，或例如约六剂抗体)。在某些实施方案中，给药频率是每日三次、每日两次、每日一次、隔日一次、每周一次、每两周一次、每四周一次、每五周一次、每五周一次、每六周一次、每七周一次、每八周一次、每九周一次、每十周一次或每月一次、每两月一次、每三月一次或更长时间。可以施用初始的较高负荷剂量，然后施用一个或多个较低剂量。然而，其他剂量方案也可以是可用的。通过常规技术和测定法可以容易地监测该疗法的进程。
VI.诊断用途
在抗体中的任一者的一些实施方案中，本文提供的抗TMEM106B抗体中的任一者可用于检测样品或个体中的TMEM106B的存在。如本文所用，术语“检测”涵盖定量或定性检测。本文提供了将本公开的抗体用于诊断目的(诸如个体或来源于个体的组织样品中的TMEM106B的检测)的方法。在一些实施方案中，个体是人类。在一些实施方案中，组织样品是血液、大脑、脊髓液等。
检测方法可以涉及抗原结合抗体的定量。生物学样品中的抗体检测可以通过本领域已知的任何方法进行，包括免疫荧光显微镜检查、免疫细胞化学、免疫组织化学、ELISA、FACS分析、免疫沉淀或微正电子发射断层扫描。在某些实施方案中，例如用18F对抗体进行放射性标记，随后采用微正电子发射断层扫描分析来检测。还可以通过非侵入性技术对患者中的抗体结合进行定量，所述非侵入性技术诸如正电子发射断层扫描(PET)、X射线计算机断层扫描、单光子发射计算机断层扫描(SPECT)、计算机断层扫描(CT)和计算机轴向断层扫描(CAT)。
VII.制品
本文提供了包含本文所述的抗TMEM106B抗体的制品(例如，试剂盒)。制品可以包括一个或多个包含本文所述的抗体的容器。容器可以具有任何合适的包装，包括但不限于小瓶、瓶、广口瓶、软包装(例如，密封Mylar或塑料袋)等等。容器可以是单位剂量，散装包装(例如，多剂量包装)或亚单位剂量。
在一些实施方案中，试剂盒可以另外包括第二试剂。在一些实施方案中，第二试剂是药学上可接受的缓冲剂或稀释剂，包括但不限于诸如注射用抑菌水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏溶液和葡萄糖溶液。在一些实施方案中，第二试剂是药物活性剂。
在制品中的任一者的一些实施方案中，制品还包括根据本公开的方法的使用说明。说明通常包括关于预期治疗的剂量、给药时间表和给药途径的信息。在一些实施方案中，这些说明包括根据本公开的任何方法，施用本公开的分离的抗体(例如，本文所述的抗TMEM106B抗体)以预防疾病、病症或损伤，降低疾病、病症或损伤的风险，或者治疗患有疾病、病症或损伤的个体的描述，所述疾病、病症或损伤选自额颞叶退化、额颞叶痴呆、具有前颗粒蛋白突变的额颞叶痴呆、具有C9orf72突变的额颞叶痴呆、具有TDP-43包涵体的额颞叶退化、TDP-43蛋白质病、海马硬化(HpScl)、衰老的海马硬化(HS-衰老)、各种病症相关的认知缺损(包括但不限于肌萎缩性侧索硬化中的认知缺损)和低髓鞘化病症(包括但不限于低髓鞘化脑白质营养不良)。在一些实施方案中，说明包括抗TMEM106B抗体和第二试剂(例如，第二药物活性剂)的使用说明。
参考以下实施例将更充分地理解本公开。然而，它们不应被解释为限制本公开的范围。整个本公开的所有引用据此明确地以引用的方式并入。
实施例
实施例1：TMEM106B是各种神经退行性病症中的风险因素
为了寻找FTLD的遗传风险因素，对2509名对照受试者和515名患有病理证实的FTLD-TDP的受试者进行全基因组关联研究(GWAS)，它们中的一些含有GRN突变(vanDeerlin等人,2010,Nat Genetics,42:234-239)。该GWAS在染色体7p21.3上的68kb区域内发现3个SNP，这些SNP与具有全基因组显著性的FTLD-TDP的发生相关(rs6966915、rs102004和上标志物SNP rs1990622；p值范围＝5.00×10-11至1.08×10-11)。三个显著相关的SNP与九个其他名义关联的SNP在相同的连锁不平衡(LD)块内，并且均跨越TMEM106B基因的基因座。在这种情况下，对照队列每个显著的SNP的次等位基因在FTLD-TDP患者中均大大不足(对于rs1990622次C等位基因，在对照中，32.1对比43.6％；p值＝1.08×10-11)，这表明表达次TMEM106B等位基因的个体患上疾病的可能性较小[对于rs1990622次等位基因，优势率(OR)＝0.61]。在根据GRN突变状态对初始GWAS队列进行分层后，两组中的前三个SNP的关联仍然显著，但是在GRN携带者(rs 1990622p值＝1.34×10-9；OR 0.34)中与在非GRN携带者(rs1990622p值＝6.90×10-7；OR 0.68)中相比，在患有GRN相关的FTLD-TDP的人们中关联最大。这些SNP在另外携带GRN突变的患者中赋予最大风险，这表明TMEM106B和GRN之间存在功能相互作用。TMEM106B变体与FTLD-TDP的遗传关联得到了高置信度复制(Cruchaga等人,2011；Finch等人,2011；Van der Zee等人,2011)。除增加FTLD的风险之外，rs1990622处的主等位基因还降低了FTLD发病的年龄。(参见例如，Finch等人,2011,Neurology,76:467-474；Cruchaga等人,2011,Arch Neurol.)
在2012年发现C9orf72重复扩增之前进行了将TMEM106B SNP评估为FTLD-TDP中的疾病风险因素的初步研究。两个独立的组发现TMEM106B SNP也与由C9orf72突变导致的产生FTLD和/或ALS的风险相关。(参见Gallagher等人,2014,Acta Neuropathol,127:407-418；van Blitterswijk等人,2014,Acta Neuropath,127:397-406。)在这些C9orf72突变体队列中，携带TMEM106B SNP的次等位基因[rs1990622和/或rs3173615的个体在具有rs1990622的LD中的频率显著降低，但是不像在GRN突变携带者的队列中那样显著。有趣的是，基于FTLD、FTLD-ALS或ALS的主要疾病表现对各组中的C9orf72重复扩增携带者的分析显示，TMEM106B SNP特异性地防御FTLD的发展，但是不能防御ALS的发展，与风险等位基因携带者相比，C9orf72扩增携带者(对于保护性TMEM106B等位基因是纯合的)的大脑中的TDP-43负担较少。这些发现与ALS患者的临床队列中的TMEM106B SNP的早期检查一致，其中TMEM106B SNP rs 1990622和rs 1020004与疾病风险无关，但是与ALS患者中的认知功能显著相关，rs 1990622次等位基因纯合的个体与主风险等位基因的杂合或纯合的个体相比，具有更好的认知行为(Vass等人,2011,Acta Neuropathol,121:373-380)。
神经退行性疾病标志(诸如TDP-43聚集体)不是FTLD特异性的，并且在其他神经退行性疾病(包括阿尔茨海默氏病(AD)、路易体痴呆(LBD)和海马硬化(HpScl))(Amador-Ortiz等人,2007,Ann Neurol,61:435-445；Zarow等人,2008,Curr Neurol Neurosci Rep,8:363-370)，甚至是明显健康的个体中也观察到，即使在有限程度上(参见例如，Yu等人,2015,Neurology,84:927-934)。在不存在临床神经诊断的情况下，TMEM106B风险变体与TDP-43神经病理学相关。类似地发现，在AD患者中，它影响与TDP-43病理学较少相关的具有保护性TMEM106B单倍型的AD的病理学表现(Rutherford等人,2012,Neurology,79:717-718)。海马硬化也是老年痴呆患者(包括FTLD-TDP和AD)的常见病理标志，通常与TDP-43病理学共同存在。据发现，在AD患者中，TMEM106B基因型与原发性海马硬化(Aoki等人,2015,Acta Neuropathol,129:53-64)以及海马硬化病理学相关，这使TMEM106B成为迄今为止已知的AD-HpScl和HpScl的最强遗传指标(Murray等人,2014,Acta Neuropathol,128:411-421)。这些研究共同表明，在非FTLD病症(诸如AD和HpScl)中，TMEM106B SNP是TDP-43蛋白质病的发展和严重度的风险因素。
一项针对超过1500份人类大脑尸检样品的基因组学研究将TMEM106B的常见变体鉴定为人类大脑的生物学衰老速率的主要全基因组决定因素：根据基因表达谱，TMEM106B基因的基因座处存在2个风险等位基因使个体表现出比大～12岁(Rhinn和Abeliovich,2017,Cell Syst,4:404-415)。在不患有已知神经疾病的个体以及患有神经退行性病变(诸如阿尔茨海默氏病)的个体中，可以观察到TMEM106B风险等位基因的这种效果。就大脑和生命(皮质而非小脑，尤其是65岁以上)而言，TMEM106B在衰老中的作用显示出高度选择性。该效果在另外的队列中得到独立地证实，其中保护性TMEM106B单倍型的携带者显示出减少年龄相关的认知下降(Rhinn和Abeliovich，2017，同上)。对于一定量的大脑病理学，TMEM106B保护性单倍型显示出与更好的认知行为相关，从而证实了对认知行为的效果(White等人,2017,PLoS Med,14:e1002287)。那些结果加强了TMEM106B在除神经退行性疾病之外的衰老中的多效性作用。
TMEM106B变体可以通过增加TMEM106B mRNA和蛋白质表达水平来增加产生FTLD-TDP的风险。TMEM106B的增加导致每个细胞的晚期胞内体/溶酶体的平均数量减少、溶酶体酸化丧失和溶酶体降解削弱。
TMEM106B的鼠科动物基因敲除(Klein等人,2017,Neuron 95,281-296)在颗粒蛋白通路中显示出针对TMEM106B的效果。具体而言，TMEM106B蛋白的基因敲除能够挽救小鼠模型中的一些与GRN敲除相关的致病性表型，包括溶酶体蛋白水平的部分挽救、和行为变化(诸如多动症和抑制解除)的挽救。TMEM106B敲除本身在小鼠中具有良好的耐受性，并且TMEM106B可以通过与v-ATP酶亚基AP1的直接相互作用(通过共免疫沉淀来证实)来发挥作用。v-ATP酶复合物在降低溶酶体的pH并从而引发蛋白质降解和再循环中发挥重要作用。因此，它与TMEM106B的相互作用可以导致一些与TMEM106B过表达相关的溶酶体表型，并且相反，阻断这种相互作用(或仅仅降低存在的TMEM106B的水平)可以能够改善这种表型。
上文和另外的分析鉴定了TMEM106B和各种疾病、病症和病状的关联，所述疾病、病症和病状诸如但不限于额颞叶退化、额颞叶痴呆、具有前颗粒蛋白突变的额颞叶痴呆、具有C9orf72突变的额颞叶痴呆、具有TDP-43包涵体的额颞叶退化、TDP-43蛋白质病、海马硬化、衰老的海马硬化、各种病症相关的认知缺损(包括但不限于肌萎缩性侧索硬化和慢性创伤性脑病变中的认知缺损)和低髓鞘化病症(包括但不限于低髓鞘化脑白质营养不良)。因此，本公开提供了靶向TMEM106B的疗法，包括特异性结合TMEM106B并且影响其功能的抗TMEM106B抗体。
实施例2：GST和鼠科动物Fc缀合的人类TMEM106B的产生
如下所述产生各种人类TMEM106B多肽和TMEM106B多肽融合蛋白。通过根据TMEM106B cDNA将合成基因克隆至哺乳动物表达载体中，然后在HEK293T细胞中瞬时转染和表达，可以进行各种TMEM106B多肽的哺乳动物重组表达。每个TMEM106B表达构建体包含异源信号肽，以及用于融合构建体的His标签、人类IgG1 Fc、谷胱甘肽-S-转移酶或鼠科动物IgG1 Fc。一些TMEM106B表达构建体包含TMEM106B的C-末端区域(推定的胞外结构域(ECD)(SEQ ID NO:1的氨基酸残基122-274))。其他TMEM106B表达构建体包括ECD的截短形式(SEQID NO:1的氨基酸残基122-210)，以避免在TMEM106B蛋白内表达疏水性小片段(定位于大约氨基酸残基210-240)，所述疏水性小片段被认为可能削弱可溶性TMEM106B蛋白产物的折叠。
下文提供了用于表达构建体的每个TMEM106B多肽的氨基酸序列：
人TMEM106B截短的ECD聚His(SEQ ID NO:316)
Figure BDA0002649294190001251
人IgG1 Fc-TMEM106B ECD截短的融合体(SEQ ID NO:317)
Figure BDA0002649294190001252
鼠科动物IgG1-TMEM106B人类ECD融合体(SEQ ID NO:318)
Figure BDA0002649294190001253
鼠科动物IgG1-TMEM106B人截短的ECD融合体(SEQ ID NO:319)
Figure BDA0002649294190001261
GST融合体人TMEM106B ECD(截短)(SEQ ID NO:320)
Figure BDA0002649294190001262
GST融合体人TMEM106B ECD(SEQ ID NO:321)
Figure BDA0002649294190001263
根据制造商的方案(Thermo Fischer Scientific目录号A14524)，使用Expifectamine-293系统进行TMEM106B表达构建体的转染。简而言之，对于每30mL的Expi293细胞，将30μg质粒DNA稀释至1.5mL OptiMEM(Thermo Fischer Scientific目录号31985070)中，向其中添加80μL Expifectamine试剂。将所得溶液混合并且在室温下温育30min，然后添加至在125mL烧瓶(Fischer Scientific FIS#PBV12-5)中的Expi293表达培养基(Thermo Fischer Scientific目录号A1435101)中培养的30mL Expi293细胞(ThemoFischer ScientificA14527)中，直至转染前的大约3×10^6个细胞/ml。在37℃和8％CO2下以125rpm的轨道振荡培养Expi293细胞。在转染后16-24小时，将150μL ExpiFectamineTM293转染增强剂1和1.5mL ExpiFectamineTM293转染增强剂2添加至每个烧瓶中，以提高蛋白质收率。对于某些TMEM106B蛋白表达实验，使用较大体积的培养物，并且相应地放大所有试剂的比例(即，对于120mL培养物，所有试剂均乘以4×，等)。在转染后5-7天收获细胞培养上清液，过滤(0.2微米)，并且经由蛋白A、Ni-NTA或谷胱甘肽色谱法来纯化TMEM106B多肽。
测定上文所述的每个TMEM106B表达构建体(SEQ ID NO:316-321)的瞬时表达的蛋白质收率。截短的GST融合人类TMEM106B(SEQ ID NO:320)以足够的收率表达，并且提供足够的纯度，以用于另外的实验，诸如如下文所述的ELISA和表面等离子共振(SPR)结合测定法以及基于SPR的框并测定法。
使用上文所述的其他TMEM106B表达构建体获得的TMEM106B多肽的数量不足以用于抗体产生的免疫。因此，使用如本文所述的质粒DNA构建体进行抗TMEM106B抗体产生的初始免疫。
实施例3：用于DNA免疫的TMEM106B表达质粒的构建
DNA免疫方法被用于开发针对TMEM106B的抗体。将编码人类TMEM106B、小鼠TMEM106B和食蟹猴TMEM106B的cDNA序列(分别为SEQ ID NO:1、2和315)克隆至pCAGGS哺乳动物表达载体(KeraFAST EH1017)中以进行DNA免疫。通过表达构建体向HEK293T细胞的瞬时转染，然后通过使用商购获得的抗TMEM106B抗体(EMD Millipore MAB-N473、Thermo-Fischer PA5-6338、Abcam ab140185、Abcam ab116023、Protein Tech 20995-1-AP、LifeSpan Biosciences LS-C145601、Abgent A112796、MyBioSource MBS9412982、SigmaSAB2106773、Bethyl Labs A303-439A)进行的蛋白质印迹以及胞内和胞外FACS分析来确认每个TMEM106B多肽的表达。然后如下文所述将表达构建体用于小鼠中的DNA免疫。
实施例4：抗TMEM106B杂交瘤抗体的产生
为了获得针对TMEM106B的抗体，使用以下程序来产生杂交瘤。每周在存在或不存在稀释于乳酸林格氏溶液中的mFlt3配体(DNA)和mGM-CSF(DNA)(Invitrogen,San Diego,CA)的情况下，用50μg编码全长人类、食蟹猴或小鼠TMEM106B的质粒DNA(SEQ ID No:1、2和315)中的每个来共免疫NZB/W小鼠(JAX100008,Jackson Laboratory,Bar Harbor,ME)、SJL小鼠(JAX000686,Jackson Laboratory)或TMEM 106B.敲除小鼠(Taconic,Rensselaer,NY)。每只小鼠进行总共5-7次TMEM106B表达质粒注射以进行DNA免疫。在最终DNA免疫后三天，从小鼠收获脾脏。使用过表达人类、食蟹猴和/或小鼠TMEM106B的HEK293细胞通过FACS分析来分析来自小鼠的血清与TMEM106B的反应性。将血清显示出与过表达人类、食蟹猴和/或小鼠TMEM106B的HEK293细胞的强结合的小鼠的脾细胞与P3X63Ag8.653小鼠骨髓瘤细胞(CRL-1580,美国典型培养物保藏中心(American Type Culture Collection),Rockville,MD)经由电融合法(ECM 2001,BTX,Holliston,MA)来融合，并且在37℃/5％CO2下在Clonacell-HY培养基C(StemCell Technologies,Vancouver,BC,Canada)中温育过夜。进行三轮融合：融合A，使用从免疫的TMEM 106B.敲除小鼠获得的脾细胞；融合B，使用从免疫的SJL小鼠获得的脾细胞；以及融合C，使用从免疫的NZB/W小鼠获得的脾细胞。
第二天，将融合的细胞离心并且重悬于10ml具有抗小鼠IgG Fc-FITC的ClonaCell-HY培养基C(Jackson Immunoresearch,West Grove,PA)中，然后与90ml含有HAT组分的基于甲基纤维素的ClonaCell-HY培养基D(Stemcell Technologies)轻轻混合。将细胞涂铺至Nunc OmniTrays(Thermo Fisher Scientific,Rochester,NY)中，并且使细胞在37℃/5％CO2下生长七天。选择荧光群落，并且使用Clonepix 2(Molecular Devices,Sunnyvale,CA)将荧光群落转移至含有Clonacell-HY培养基E(StemCell Technologies)的96孔板中，并且在5天后筛选TMEM106B反应性。获得1205个杂交瘤。
实施例5：抗TMEM106B杂交瘤的初步筛选
抗TMEM106B杂交瘤的初步筛选如下所述进行。通过与转染细胞进行亲本(未转染)HEK293细胞的结合程度比较，初步筛选从1205个杂交瘤获得的组织培养上清液的差异结合人类TMEM106B瞬时转染的HEK293细胞的能力。根据制造商的方案(如上文实施例1所述进行修订)，经由使用lipofectamine系统进行的HEK293细胞的瞬时转染来产生TMEM106B过表达细胞。为了确保整个筛选实验的再现性，在单轮瞬时转染中制备大转染细胞库(约1×109)，并且等分和冷冻以进行所有进一步筛选实验。
为了筛选杂交瘤细胞培养上清液，将人类TMEM106B转染的HEK293细胞在96孔圆底板中等分(每孔2×105个细胞)，并且与50μL杂交瘤细胞培养上清液在冰上一起温育30分钟。在初次温育后，经由离心除去上清液，将细胞用175μL冰冷的FACS缓冲液(PBS+1％FBS+2mM EDTA)洗涤两次，然后与抗小鼠IgG Fc-APC(Jackson Labs,目录号115-136-071)(1:500稀释)一起在冰上进一步温育20分钟。在该二次温育后，将细胞用冰冷的FACS缓冲液再次洗涤两次，并且重悬于最终体积为30μL的FACS缓冲液+0.25μl/孔的碘化丙啶(BDBiosciences目录号556463)中。在FACS Canto系统(BD Biosciences)或iQue(Intellicyt)上进行细胞分选，并且设置分选门以排除死(即，碘化丙啶阳性)细胞。计算每个克隆的抗小鼠APC MFI在TMEM106B+HEK293细胞上的中位数荧光强度(MFI)，并且将与仅二抗的孔相比显示出信号为本底的至少2倍的那些克隆用于进一步分析和表征。
在3轮融合中测试上文鉴定的1205个杂交瘤克隆。鉴定出与阴性对照(例如，使用非特异性上清液、仅培养基、仅二抗)相比显示出与TMEM106B瞬时转染的HEK293细胞的结合差异大于2倍的总共53个克隆。在这53个杂交瘤克隆中，32个从融合A获得，18个从融合B获得，并且3个从融合C获得。这些克隆被命名为抗TMEM106B抗体TM-1至TM-53，并且如下文所述进一步表征。
实施例6：抗TMEM106B抗体交叉反应性筛选
使用类似于初始筛选中所使用的方法，但是使用过表达鼠科动物TMEM106B或食蟹猴TMEM106B的HEK293细胞以及亲本HEK293细胞作为阴性对照，筛选从如上文所述的初轮分选获得的抗人类TMEM106B抗体阳性克隆与小鼠TMEM106B和食蟹猴(cyno)TMEM106B的交叉反应性。根据该筛选的结果，将来自杂交瘤克隆的抗TMEM106B抗体框并为人类/小鼠/食蟹猴交叉反应性、仅人类、人类/小鼠交叉反应性和人类/食蟹猴交叉反应性。该交叉反应性筛选的结果显示于下表1中；数据以与亲本HEK293细胞的结合相比，人类TMEM106B(hu)、食蟹猴TMEM106B或小鼠TMEM106B(mo)瞬时转染的HEK293细胞结合的倍数变化提供。
表1
Figure BDA0002649294190001301
Figure BDA0002649294190001311
这些结果表明，所获得的分离的抗TMEM106B抗体对TMEM106B蛋白具有特异性，并且通常与人类、小鼠和食蟹猴来源的TMEM106B蛋白发生交叉反应。通常，如根据这些蛋白质的极其高度同源性所预测，抗TMEM106B抗体显示出高度的人类和食蟹猴交叉反应性。在从融合A(TM1-TM32)获得的克隆中，与小鼠TMEM106B蛋白的交叉反应性也很高(24/31个克隆)，其中使用TMEM106B敲除小鼠进行免疫。来自融合B(TM33-TM49)和融合C(TM50-TM52)的克隆(其中使用野生型(TMEM106B+/+)小鼠进行免疫)具有低得多的克隆百分比(8/20)，显示出很强的小鼠交叉反应性。
实施例7：抗TMEM106B ELISA筛选
使用酶联免疫吸附测定法(ELISA)测试抗TMEM106B杂交瘤上清液与重组产生的GST-TMEM106B截短的蛋白(SEQ ID NO:321)的结合。简而言之，用1-10μg/ml溶于PBS中的重组GST-TMEM106B截短的蛋白或GST(Pierce)涂覆96孔聚苯乙烯板，在37℃下持续1-4小时或在4℃下持续过夜。然后将涂覆的板用5％BSA封闭1小时，用3×150μL的TBST(Tris缓冲盐水+0.1％Tween20)洗涤，然后将抗体以各种稀释度(100-1000×)添加在PBS中。在1小时温育(室温，振荡)后，用3×150μL的TBST洗涤板。将抗小鼠HRP二抗(Jackson Immunoresearch目录号115-035-003)以1:1000的稀释度添加在TBST(100μl/孔)中，并且在室温下振荡温育30分钟。在最后一组洗涤(3×150μL的TBST)后，添加100μl过氧化物酶底物1分钟；然后用2N硫酸(100μl)猝灭反应。使用GEN5 2.04软件，用BioTek Synergy微孔读板仪检测猝灭反应孔在650nm下的吸光度。
在所鉴定的53个抗TMEM106B阳性杂交瘤克隆中，来自29个杂交瘤克隆的上清液显示出与GST-TMEM106B截短的蛋白的强结合(即，在100×和1000×稀释的上清液中结合程度相同)；来自2个杂交瘤克隆的上清液显示出低结合；并且来自18个杂交瘤克隆的上清液不结合至GST-TMEM106B截短的蛋白。未测定来自4个杂交瘤细胞克隆的上清液的结合数据。这些结合结果并不出乎意料，因为该筛选中使用的TMEM106B的截短型式不含有人类TMEM106B蛋白的C-末端部分的最后64个氨基酸残基；因此，在该特定TMEM106B截短的蛋白上可能不存在18个非结合物的结合位点。所测试的抗TMEM106B杂交瘤上清液并非在任何浓度下都结合GST。ELISA结合实验的结果显示于下表2中。
表2
Figure BDA0002649294190001331
实施例8：对天然表达TMEM106B的细胞系进行的抗TMEM106B筛选。
另外筛选从初始轮分选鉴定的抗人类TMEM106B抗体杂交瘤克隆结合在人源性细胞系上天然表达的TMEM106B的能力。以下人源性细胞系被用于这些研究：人类腺癌系HeLa(ATCC CTL-2)、人类胶质母细胞瘤细胞系U251(Sigma 09063001)、小鼠神经母细胞瘤细胞系Neuro2a(ATCC CCL-131)和A549人类肺癌细胞系(ATCC CCL-185)。
在伊戈尔最低必需培养基(EMEM,ATCC#30-2003)+10％FBS(胎牛血清)中培养HeLa细胞、U251细胞和Neuro2a细胞；在DMEM+10％FBS中培养A549细胞。所有细胞均在T75或T150烧瓶中培养。当细胞达到>80％汇合时，使用胰蛋白酶-EDTA(ThermoFischerScientific目录号25200056)在37℃下使细胞从烧瓶脱壁10分钟。通过添加新鲜培养基来使酶猝灭，然后将细胞分配至96孔板中以进行FACS分析。
FACS分析如下所述进行。将每种细胞类型等分至96孔圆底板中(每孔2×105个细胞)，用FACS缓冲液(PBS+2％FBS+1mM EDTA)洗涤一次，并且与50μL杂交瘤上清液或纯化的抗体(10μg/ml溶于FACS缓冲液)在冰上一起温育1小时。在初次温育后，经由离心除去上清液，将细胞用150μL冰冷的FACS缓冲液洗涤2×，然后与抗小鼠APC(Jackson Labs#115-136-071)(1:200稀释)一起在冰上温育30分钟。在该二次温育后，将细胞用冰冷的FACS缓冲液再次洗涤2×，并且重悬于最终体积为50μL的FACS缓冲液+0.25μl/孔的碘化丙啶(FisherScientific#BDB556463)中。在FACSCanto系统(BD Biosciences)或iQue(Intellicyt)上进行分析，并且设置分选门以排除死(即，碘化丙啶阳性)细胞。
抗TMEM106B抗体与HeLa细胞、U251细胞、Neuro2a细胞和A549细胞(天然表达人类TMEM106B)的结合的FACS分析的结果显示于下表3中。数据以平均荧光强度(MFI)提供。
表3
Figure BDA0002649294190001341
Figure BDA0002649294190001351
使用这些细胞系(天然表达TMEM106B)获得的结合数据证实了抗TMEM106B抗体的结合特异性。与使用始终显示低结合的阴性对照抗体观察到的结合相比，所有TMEM106B特异性抗体在至少一种上述细胞系上均显示出增加的结合。与U251细胞(人类)和Neuro2a细胞(小鼠)的结合也被用作与大脑中的TMEM106B的结合的代表，因为这两种细胞系均来源于大脑：U251细胞来源于人类星形细胞瘤，并且Neuro2A细胞来源于神经元谱系。
实施例9：抗TMEM106B杂交瘤抗体的分子克隆
从杂交瘤获得的抗TMEM106B抗体如下所述进行亚克隆。将5×105个杂交瘤细胞重悬于0.5ml Trizol溶液(Thermo Fisher Scientific,目录号15596026)中。通过氯仿提取和乙醇沉淀从细胞中提取总RNA。按照制造商的方案通过使用Clontech的
Figure BDA0002649294190001361
RACE 5’/3'试剂盒(Takara Bio USA Inc,Cat.No.634859)来产生cDNA。使用RACE试剂盒中提供的5'UPM引物以及重链恒定区引物(5'-AGCTGGGAAGGTGTGCACA-3')[SEQ ID NO:322]和轻链恒定区引物(5'-CCATTTTGTCGTTCACTGCCA-3’)[SEQ ID NO:323]通过降落PCR分别克隆重链和轻链免疫球蛋白可变区。通过QIA快速PCR纯化试剂盒(QIAGEN,Cat No.28106)来纯化PCR产物，并且连接至
Figure BDA0002649294190001362
克隆载体(
Figure BDA0002649294190001363
TA克隆试剂盒,Invitrogen)，并转化至
Figure BDA0002649294190001364
TOP 10感受态细胞中。分离转化的大肠埃希氏菌(E.coli)菌落，并且对每种相应的杂交瘤细胞系的可变重链(VH)和可变轻链(VL)核酸进行测序。在序列测定后，使用含有核酸内切酶限制性位点(对于HV，BsrGI和BstEII，和对于LV，BssHII和BsiWI)的引物通过PCR来扩增可变重链区和可变轻链区，并且亚克隆至分别编码人类IgG1和IgGK的pJG哺乳动物表达载体(Alector Inc.)中。
实施例10：重组抗TMEM106B抗体的产生
在低IgG或化学成分确定的培养基中培养杂交瘤后，使用来自杂交瘤上清液的蛋白A纯化经纯化的杂交瘤来源的抗TMEM106B抗体。还经由从杂交瘤获得的可变基因区至重组表达质粒中的直接克隆来生产一些抗TMEM106B抗体，从而产生含有人类Fc结构域的嵌合抗体(人类IgG1)。将表达质粒瞬时转染至Expi293细胞中，并且经由蛋白A纯化所得的抗TMEM106B抗体。
抗TMEM106B抗体的重组产生如下进行。表达质粒(含有编码抗TMEM106B抗体VH链和VL链的核酸)被用于在Expi293细胞中进行重组抗体表达。根据制造商的方案，使用Expifectamine-293系统(Thermo Fischer Scientific目录号A14524)进行表达质粒的转染。简而言之，对于每种抗TMEM106B抗体，将12μg轻链质粒DNA和18μg重链质粒DNA稀释至1.5mL OptiMEM(Thermo Fischer Scientific目录号31985070)中，向其中添加80μLExpifectamine试剂。将所得溶液混合并且在室温下温育30分钟，然后添加至在125mL烧瓶(Fischer Scientific FIS#PBV12-5)中的Expi293表达培养基(Thermo FischerScientific目录号A1435101)中的30mL Expi293细胞(Themo Fischer ScientificA14527)中。在转染之前，将细胞培养至大约3×10^6个细胞/ml。Expi293细胞的培养条件为37℃/8％CO2，并且以125rpm轨道振荡。在转染后16-24小时，将150μL ExpiFectamineTM293转染增强剂1和1.5mL ExpiFectamineTM293转染增强剂2添加至每个烧瓶，以提高重组抗体收率。在转染后5-7天收获培养上清液，过滤(0.2微米)，并且经由蛋白A色谱法来纯化。
实施例11：抗体重链和轻链可变结构域序列
对在初次筛选中鉴定的48/53的阳性杂交瘤抗TMEM106B抗体进行测序测定。使用标准技术，测定编码所产生的抗体的轻链可变区和重链可变区的氨基酸序列。抗体的Kabat轻链CDR序列和重链CDR序列如下表4A所示。抗体的轻链可变区和重链可变区序列如下表4B所示。
表4A：抗体CDR序列
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Figure BDA0002649294190001391
Figure BDA0002649294190001401
表4B：VH和VL序列
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Figure BDA0002649294190001421
Figure BDA0002649294190001431
Figure BDA0002649294190001441
实施例12：抗TMEM106B抗体的动力学表征
纯化的抗体的结合动力学表征由Carterra使用专有阵列SPR仪器(MX-96)如下进行。简而言之，通过以150mL/孔在10mM乙酸盐(pH4.5)(Carterra)中稀释至5μg/ml来制备抗体，然后由此通过将11μL滴定至100μL中以1:10进一步稀释。使用CFM将抗体印刷在CMD 50M芯片(Xantec#SPMXCMD50M批号SCCMD50M0416.a exp 31.03.18)上。使用在100mM MESpH5.5中稀释的18mM EDC(Sigma Bioxtra)和4.5mM S-NHS(Thermo Fisher)活化芯片7分钟，然后以45μL/分钟使抗体偶联10分钟。在偶联后，将芯片放回MX-96，并且使用1M乙醇胺pH8.5(Carterra)猝灭7分钟。
对印刷的抗体结合GST-TMEM106B(截短的)蛋白的能力进行谱分析(如上文所述)。简而言之，通过将2.7μL 2.0mg/ml抗原混合至298μL运行缓冲液(HBS-EP+,Teknova与1mg/ml BSA,Sigma)中，将GST-TMEM106B(截短的)抗原稀释至18μg/ml(500nM 36kDa融合蛋白)，并将50μl滴定至200μl中进行5倍连续稀释。此外，在相同的条件下测定与GST(Pierce)的结合，以确定抗TMEM106B抗体与TMEM106B-GST融合蛋白的GST部分的任何非特异性结合的程度。对每种抗TMEM106B抗体进行重复测量以确保再现性。
四十八种抗TMEM106B抗体中的三十种与截短的TMEM106B蛋白结合。十八种抗TMEM106B抗体不结合至截短的TMEM106B蛋白，这与如上文所述的在ELISA结合分析中观察到的结合一致。48种测试的抗TMEM106B抗体均未显示出任何与GST蛋白的结合。
对于显示出与截短的TMEM106B蛋白结合的30种抗TMEM106B抗体中的每种，计算Kon、Koff和KD，其结果显示于下表5中。
表5
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Figure BDA0002649294190001461
Figure BDA0002649294190001471
Figure BDA0002649294190001481
这些结果表明，对于大多数克隆，抗TMEM106B抗体显示出在1-100nM的范围内的一系列亲和力。TMEM106B抗体TM-2在大约InM时显示出最强结合；根据这些实验，最弱(平均)结合物是TMEM106B抗体TM-20，它显示出亲和力为大约225nM。
实施例13：抗TMEM106B抗体与瞬时和天然表达的细胞系的结合
评价纯化的抗TMEM106B抗体与各种表达TMEM106B的细胞系的结合亲和力，所述细胞系包括用人类/食蟹猴/小鼠TMEM106B瞬时转染的HEK293，以及HeLa细胞和A549细胞。针对该实验测试的抗体是从杂交瘤上清液纯化的小鼠IgG。与细胞的亲和力结合如下进行测定。简而言之，将1×10^5个细胞等分至96孔圆底板中的每孔，并且在FACS缓冲液(PBS+2％FBS+1Mm EDTA)的各种浓度(从10μg/ml开始10×稀释)下与50μL纯化的抗TMEM106B抗体一起温育。在初次温育后，经由离心除去过量的抗TMEM106B抗体，将细胞用150μL冰冷的FACS缓冲液洗涤2×，并且与1:200稀释的抗小鼠APC(Jackson Labs#115-136-071)一起在冰上温育30分钟。在二次温育后，将细胞用冰冷的FACS缓冲液再次洗涤2×，并且重悬于最终体积为50μL的FACS缓冲液+0.25μl/孔的碘化丙啶(BD Biosciences目录号556463)中以进行活/死细胞门控。在iQue(Intellicyt)上进行分选，并且设置分选门以排除死(碘化丙啶+)细胞。使用中位数荧光强度(MFI)来分析结合数据，并且在Prism中绘图。来自这些实验的数据显示于下表6中。所提供的值是MFI。
表6
Figure BDA0002649294190001501
Figure BDA0002649294190001511
根据这些数据，计算多个抗TMEM106B克隆与细胞TMEM106B的平衡结合常数。对细胞的平衡亲和力与最大细胞结合的总体水平无很好相关性，一些低结合克隆(例如，TM-1)和很多高结合克隆(例如，TM-18或TM-19)具有大约1nM的明显亲和力。与A549和转染的HEK293细胞的结合高度相关，虽然这种相关是非线性方式的。根据这些数据，基于最大结合信号而非亲和力，将抗TMEM106B克隆分为“高”和“低”结合物。高结合克隆包括TM-2、TM-3、TM-5。TM-7、TM-9、TM-10、TM-11、TM-112、TM-12、TM-15、TM-18、TM-19。TM-21、TM-24、TM-25、TM-28、TM-29、TM-30、TM-32、TM-35、TM-37、TM-38、TM-39、TM-42、TM-45、TM-48，并且大多数来自融合A(使用TMEM106B敲除小鼠)。
实施例14：抗TMEM106B抗体的表位框并
抗TMEM106B抗体的表位框并由Carterra(Salt Lake City,Nevada,USA)使用预混合表位框并方法进行。将单克隆抗TMEM106B抗体固定化至CMD 50M芯片(Xantec#SPMXCMD50M批号SCCMD50M0416.a exp 31.03.18)。运行缓冲液是具有1mg/ml BSA的HBS-EP+。GST-TMEM106B(截短的)抗原以55nM(相当于2μg/ml)的终浓度制备，并且以333nM(相当于50μg/ml)的终浓度与竞争性分析物抗TMEM106B抗体混合，或者与缓冲液对照进行比较。将样品注射至阵列上5分钟，并且在每个循环后用1分钟的两份Pierce IgG-洗脱缓冲液(ThermoFisher目录号21004)和1份10mM甘氨酸pH2.0(Carterra)进行再生。
抗TMEM106B抗体被分选至多个广泛的竞争性框中，但是通常被分选为两个“群体”的抗体，这些抗体在另一个群体中未显示出阻断抗体的能力。这些实验的这些结果显示于下表7中。群体3是指由于不能结合在这些框并实验中使用的截短的GST-TMEM106B融合蛋白而未显示出阻断与其他抗TMEM106B抗体中的任一者的结合的能力的抗TMEM106B抗体。所有群体1抗TMEM106B抗体均来源于TMEM106B敲除小鼠的免疫，具有人类/食蟹猴/小鼠交叉反应性，并且被框并在一起(框1)。在群体2内，大多数抗TMEM106B抗体都在一个共同框(框2)中，其中含有从两组免疫获得的抗TMEM106B抗体的混合物，并且具有人类/食蟹猴/小鼠交叉反应性和人类/食蟹猴交叉反应性抗体。在群体2内，几个值得注意的亚组包括TM-7、TM-10和TM-28(框3)或者TM-5和TM-29(框4)。群体1内的所有抗TMEM106B抗体均来源于TMEM106B敲除小鼠免疫。框3和框4内的所有抗TMEM106B抗体均来源于TMEM106B敲除小鼠免疫，并且具有人类/食蟹猴/小鼠TMEM106B交叉反应性。
表7
Figure BDA0002649294190001531
实施例15：抗TMEM106B抗体的表位作图
抗TMEM106B抗体的表位作图由Pepscan(Lelystad,Netherlands)进行。Pepscan使用专有的CLIPS技术创建了线性肽以及人类TMEM106B蛋白的环状和不连续表位模拟物的文库(>2500)。这些肽是在Pepscan小型阵列的专有水凝胶上原位制备的，并且使用基于ELISA的方法来测量抗TMEM106B抗体与每个肽的结合。
使用标准Fmoc化学方法根据靶蛋白的氨基酸序列来合成线性和CLIPS肽，并且使用含有清除剂的三氟酸进行脱保护。使用支架上的化学连接肽(CLIPS)技术(Timmerman等人(2007))在化学支架上合成约束肽，以便重建构象表位。例如，合成了含有双半胱氨酸的单环肽，它通过用α,α'-二溴二甲苯处理来环化，并且通过以可变间隔引入半胱氨酸残基来改变环的大小。如果除新引入的半胱氨酸之外还存在其他半胱氨酸，则将它们替换为半胱氨酸-乙酰氨基甲基。通过使用0.5mM的CLIPS模板(诸如溶于碳酸氢铵(20mM,pH7.9)/乙腈(1:1(v/v))的1,3-双(溴甲基)苯)溶液与信用卡形式的聚丙烯PEPSCAN卡(455个肽形式/卡)反应，将肽中的多个半胱氨酸的侧链与CLIPS模板偶联。在完全覆盖在溶液中时，将卡在溶液中轻轻振荡30至60分钟。最后，将卡用过量的H2O充分洗涤，并且在70℃的溶于PBS(pH7.2)的1％SDS/0.1％β-巯基乙醇的破坏缓冲液中超声处理30分钟，然后在H2O中再次超声处理45分钟。在基于PEPSCAN的ELISA中测试抗体与每个肽的结合。将含有共价连接肽的455孔信用卡形式聚丙烯卡与一抗溶液一起温育，例如一抗溶液由在封闭溶液中稀释的1μg/ml组成，例如于PBS/1％Tween中的4％马血清、5％卵清蛋白(w/v)。在洗涤后，将肽与1/1000稀释的抗体过氧化物酶缀合物一起在25℃下温育一小时。在洗涤后，添加过氧化物酶底物2,2’-联氮基-二-3-乙基苯并噻唑啉磺酸盐(ABTS)和2μl 3％H2O2。在一小时后，测量显色。用电荷耦合器件(CCD)-照相机和图像处理系统对显色进行定量(由Slootstra等人,1996首先描述)。
如下所述制备六组合成肽。第1组：从人类TMEM106B的氨基酸序列合成长度为15个氨基酸残基的线性肽，偏移1个氨基酸残基。第2组：合成长度为15个氨基酸残基的线性肽，第10和11位的残基被Ala替换；当天然Ala残基出现在第10或11位时，被替换为Gly。第3组：合成长度为15个氨基酸残基的线性肽，其中天然Cys残基被Cys-乙酰氨基甲基(Cys-acm)替换。第4组：合成长度为17个氨基酸残基的约束肽，第2-16位是来源于人类TMEM106B的氨基酸序列的15聚体肽；Cys残基被插入第1和17位，并且借助mP2 CLIPS连接以产生环状结构。15聚体内的天然Cys被Cys-acm替换。第5组：构建长度为22个氨基酸的约束肽，其中第2-21位是来源于人类TMEM106B的氨基酸序列的20聚体肽，偏移一个氨基酸残基；第11和12位上的残基被“PG”基序替换以诱导β-转角形成。Cys残基被插入第1和22位，并且借助mP2 CLIPS连接以产生β-股样结构。这些肽中的天然Cys被Cys-acm替代。第6组：长度为33个氨基酸的组合肽，第2-16和18-32位是来源于人类TMEM106B序列的15聚体肽。Cys残基被插入第1、17和33位，并且借助T3 CLIPS连接以产生双环结构。这些肽中的天然Cys被Cys-acm替代。合成肽对应于人类TMEM106B的腔和胞质区二者。
Pepscan分析的结果显示于下表8中。除TM-1和TM-23识别TMEM106B的腔结构域内的相同的表位之外，大多数抗TMEM106b抗体识别重叠的表位。
表8
Figure BDA0002649294190001551
表8中的数据显示，某些序列被多次鉴定为被所测试的各种抗TMEM106b抗体识别。例如，跨越氨基酸残基219-233的区域以TM-7(219IKVHNIVLMMQVTVT233)、TM-24(223NIVLMMQVTVT233)、TM-29(223NIVLMM228)和TM-51(223NIVLMM228)示例。
TM-1和TM-23的结合数据(通过表位框并二者均落入群体1)与结构同源性建模组合表明，这两种抗TMEM106b抗体结合至TMEM106b上的不连续表位，所述不连续表位包括151NITNNNYYSVEVENI165和185TIIGPLDMKQI195。
实施例16：通过细胞系中的抗TMEM106B抗体进行的细胞TMEM106B的下调
如下所述评估抗TMEM106B抗体降低或下调各种细胞系中的TMEM106B的细胞表面和总细胞蛋白水平的能力。用于此类下调实验的细胞系是在文献中被鉴定为表达TMEM106B并且上文所述的实验中被证实显示出与抗TMEM106B抗体的显著结合的那些细胞系。例如，使用以下细胞系来进行实验：腺癌HeLa细胞(ATCC CTL-2)、胶质母细胞瘤U251细胞(Sigma目录号09063001)、A549人类肺癌细胞(ATCC CCL-185)和小鼠神经母细胞瘤细胞系Neuro2a(ATCC CCL-131)。优选地，使用显示出TMEM106B的高表达的A549细胞来进行实验，如上文所示。将细胞系与各种浓度或量的本发明抗TMEM106B抗体一起温育各种时间期，然后使用FACS(用于测量细胞表面TMEM106B的水平变化)或蛋白质印迹(用于测量总细胞TMEM106B水平的变化)来测量细胞相关的剩余TMEM106B的水平。
在伊戈尔最低必需培养基(EMEM)+10％FBS(胎牛血清)中培养HeLa细胞、U251细胞和Neuro2a细胞，并在DMEM+10％FBS中培养A549细胞，培养各自在T75或T150烧瓶中进行。当细胞达到>80％汇合时，通过在37C下施加胰蛋白酶-EDTA使它们脱壁，将酶用培养基(包含FBS)猝灭，洗涤至新鲜培养基中，并且分配至96孔板中(10μL每孔1×10^5个细胞)以进行FACS测定，或分配至24孔板中(1mL每孔4×10^5个细胞)以进行蛋白质印迹读出。在涂铺后24小时，将抗TMEM106B抗体添加到孔(使用例如0.1-10μg/ml的最终抗体浓度)，并且使其在37℃下与靶细胞一起温育过夜。对于FACS测定法，使用上文确定的直接dyelight-650缀合的非竞争性抗体进行剩余TMEM106B的检测。对于蛋白质印迹检测，经由除去培养基使A549细胞脱壁，用PBS洗涤，然后添加胰蛋白酶-EDTA(在370C下10分钟)。然后用培养基(DMEM+10％FBS)猝灭胰蛋白酶-EDTA，并将细胞从板移至96孔圆底板中，在PBS中洗涤，然后经由添加50μL裂解缓冲液(RIPA裂解缓冲液(Thermo Fischer Scientific目录号89900)+1:100HALT蛋白酶抑制剂混合物(Thermo Fischer Scientific目录号87786))来裂解。可以通过BCA测定法(Pierce,目录号23225)来测定裂解物中的总蛋白质水平，并且将等水平的蛋白质上样至SDS-PAGE凝胶上，然后转移至硝酸纤维素膜上以进行蛋白质印迹分析(化学发光，使用来自Thermo Fischer Scientific的iBright系统)。
对于FACS实验，TMEM106B的下调与第二非竞争性dylight缀合的抗TMEM106B抗体的结合减少相关。在过夜温育期间，在存在和不存在抗TMEM106B抗体的情况下，从与A549细胞结合的MFI的差异计算下调百分比。对于蛋白质印迹实验，根据化学发光信号的水平来直接测定总蛋白质水平，并且通过来自使用或不使用抗TMEM106B抗体处理的细胞的信号的比率来测定下调百分比。
如图1和图2所示，本公开的各种抗TMEM106B抗体降低或下调了A549细胞中的TMEM106B水平。
实施例17：原代细胞培养物中的TMEM106b的下调
如下所述评价本发明的抗TMEM106B抗体降低或下调原代细胞培养物中的细胞表面/细胞表达的能力。从出生后早期(第0-3天)收获小鼠原代皮质神经元，并且根据本领域的标准方法进行培养(Maximov等人,2007,J.Neu.Meth.,161 75-87)。然后将培养的神经元与抗TMEM106B抗体一起在各种条件下温育(1-20μg/ml，2-48小时)，收获，并且使用FACS(用于测量细胞表面TMEM106B的水平变化)或蛋白质印迹(用于测量总细胞TMEM106B水平的变化)对总TMEM106B水平进行定量。
原代皮层神经元如下分离。简而言之，通过在含有6mg/ml胰蛋白酶(Sigma,目录号T1005-1G)、0.5mg/ml DNA酶(Sigma,目录号D5025)和137nM NaCl、5mM KCl、7mM Na2HP04和25mM HEPES-NaOH pH7.2的消化溶液中在37℃下温育7分钟来解离P0小鼠幼崽的皮质、海马或纹状体中的细胞。然后用含有20％胎牛血清(FBS)的Hank平衡盐溶液(HBSS)来洗涤含有神经元的解离的细胞一次，然后在无血清的HBS中洗涤两次，并且通过在含有12mM MgSO4和0.5mg/ml DNA酶的HBS中轻轻吸取来进一步解离。将细胞悬浮液以160g离心10分钟，并涂铺在MEM(Invitrogen)中的基质胶(Collaborative Biomedical Products,目录号871-275-0004)涂覆的圆形玻璃盖玻片(Φ12mm)上，所述MEM补充有B27(Invitrogen,目录号17504-044)、葡萄糖、运铁蛋白和5％胎牛血清。对于皮质培养物，将从单个大脑的皮质获得的细胞悬浮液用于涂铺24孔板中的12孔。对于所有培养物，涂铺时的初始细胞密度(包括胶质细胞)在每平方毫米1500个至2500个细胞之间变化。当培养物中的胶质细胞的汇合达到～40-50％(通常在涂铺后2天)时，将50％的条件培养基替换为含有4mM Ara-C(Sigma)的新鲜培养基。将培养物维持在37℃和5％CO2下的含有2mM Ara-C的培养基中，直到进行实验(13-18DIV)。
使用抗TMEM106B抗体进行的处理可以进行1-7天，并且浓度范围为0.001-10μg/ml。简而言之，将抗TMEM106B抗体稀释至培养基中，并且添加至细胞培养物中，然后在标准培养条件下进行1-7天温育/培养。然后用胰蛋白酶-EDTA分离神经培养物，并且如上文所述制备以进行FACS或蛋白质印迹分析。
通过显示较低的细胞表面TMEM106B水平(通过使用非阻断性TMEM106B抗体进行的FACS分析来测定)或较低的总体细胞TMEM106B水平(通过使用蛋白质印迹分析来检测)来测定抗TMEM106B抗体下调TMEM106B的水平的能力。
实施例18：从TMEM106B过表达挽救HEK293细胞
TMEM106B在某些细胞系中的过表达可能导致细胞毒性。假设这种毒性是由于这些细胞中的TMEM106B的过表达相关的TMEM106B的功能增加而引起的，则细胞毒性的范围和程度可以为检查抗TMEM106B抗体活性提供有用的功能读出。因此，在已知可促进细胞毒性的条件下，使用TMEM106B表达质粒转染的HEK293细胞来开发测定法。细胞毒性通过已知受细胞毒性影响的各种参数来衡量：细胞数、细胞健康、培养物中的可见细胞碎片和细胞代谢的总体变化(如通过Cell Titer-GLO系统(Promega)来测量)。在不存在或存在各种浓度的抗TMEM106B抗体的情况下，使转染的HEK293细胞培养各种时间长度(例如，24小时、48小时、72小时)，然后使用CellTiter-GLO系统来评估细胞数和细胞活力。
在转染前24小时，将HEK293细胞以每孔2.5×10^4个细胞的密度接种于96孔组织培养板(Coming目录号087722C)中的100μL DMEM+10％FBS中；外孔仅填充培养基，以减少潜在的边缘效应。使用Lipofectamine 3000系统进行转染。简而言之，对于每个板(60个含有细胞的孔)，将1-12μg TMEM106B表达质粒DNA稀释至600μL Optimem培养基中，然后向其中添加25μL P3000试剂。分别将25μL lipofectamine试剂添加至另外600μL Optimem培养基中。在室温下5分钟后，将Optimem的两个等分试样混合，并且在室温下放置30分钟以形成lipofectamine-DNA复合物，然后每孔添加15μL lipofectamine-DNA。然后在转染前或转染后最多6小时，将抗TMEM106B抗体以1-10μg/ml添加至细胞培养物。然后在转染后24、48和72小时，使用CellTiter-GLO系统(Promega目录号G7570)来测定转染的细胞的活力。简而言之，将96孔板以1500rpm离心3分钟并除去上清液，然后每孔添加50μL PBS和50μLCellTiter-GLO试剂，然后在室温下振荡10分钟。将75μL所得的裂解物转移至白色不透明的96孔板(Costar目录号3922)中，并且使用GEN5 2.04软件在BioTek Synergy微孔读板仪上读取发光。
如通过CellTiter-GLO发光的增加所检测，通过细胞数量和活力所测量，预计阻断TMEM106B功能的抗TMEM106B抗体可预防或减少细胞毒性。
实施例19：通过抗TMEM106B抗体进行的TMEM106B的体内下调
使用两个体内小鼠模型系统来进一步检查抗TMEM106B下调抗体的活性。在野生型小鼠中测试人类/小鼠交叉反应性抗TMEM106B抗体，而在其天然增强子下表达人类TMEM106B的BAC转基因品系用于测试仅人类和人类/食蟹猴交叉反应性抗TMEM106B抗体。经由腹膜内注射来将抗TMEM106B抗体施用于小鼠，然后通过蛋白质印迹从不同的组织类型(肝和额叶皮质分离物)评估总TMEM106B蛋白水平的变化，并且经由FACS来分离细胞(肝细胞)。
实施例20：TMEM106B和TMEM106B结合配偶体之间的相互作用的表征
TMEM106B已显示出与各种蛋白质(包括晚期胞内体/溶酶体区室相关的各种蛋白质)相互作用。可以测试抗TMEM106B抗体阻断或抑制TMEM106B与其各种结合配偶体中的任一种的相互作用的用途，所述结合配偶体诸如但不限于前颗粒蛋白、其他TMEM106蛋白家族成员(诸如TMEM106B和TMEM106C)、网格蛋白重链(CLTC)、脂肪细胞蛋白2的μ1亚基(AP2M1)、CHMP2B、微管相关蛋白6(MAP6)、溶酶体相关膜蛋白1(LAMP1)和液泡-ATP酶亚基辅助蛋白1。通过在存在或不存在抗TMEM106B抗体的情况下TMEM106B蛋白的共免疫沉淀来测量抗TMEM106B抗体阻断TMEM106B与其结合配偶体中的任一者的结合的范围或程度，然后进行结合配偶体的蛋白质印迹检测。或者，将抗TMEM106B抗体施用于表达TMEM106B的细胞系，然后使用读出(诸如共定位或荧光共振能量转移(FRET))对TMEM106B和结合配偶体蛋白水平进行染色。
实施例21：抗TMEM106B抗体对表达TMEM106B的细胞系中的溶酶体表达模式的影响。
TMEM106B定位于晚期胞内体/溶酶体细胞区室中。Strittmeyer等人(Klein等人2017,Neuron,95:281-296)和其他人最近的研究提出，对溶酶体蛋白水平的广泛影响是由TMEM106B基因敲除引起的。为了检查抗TMEM106B抗体对表达TMEM106B蛋白的细胞系中的各种溶酶体蛋白表达模式的影响，进行了以下实验。在将TMEM106B抗体施用于表达TMEM106B的细胞系后，可以通过探测已知的溶酶体蛋白的RNA或蛋白质水平来测量对抗TMEM106B抗体的影响。通过RNA-seq来分析各种溶酶体蛋白的mRNA水平；如此前所述(Klein等人2017,Neuron 95,281-296)通过无标记定量液相色谱质谱(LFQ-LCMS)或通过其他等同方法来测定溶酶体蛋白水平。
实施例22：抗TMEM106B抗体对小鼠模型中的溶酶体表达模式的影响
在将抗TMEM106B抗体施用于野生型TMEM106B+或TMEM106B BAC转基因小鼠后，还可以通过探测已知的溶酶体蛋白的RNA或蛋白质水平来测量抗TMEM106B抗体对各种溶酶体蛋白表达模式的影响。可以通过RNA-seq来分析TMEM106B或其他溶酶体蛋白mRNA的水平；如此前所述(Klein等人2017,Neuron 95,281-296)通过无标记定量液相色谱质谱(LFQ-LCMS)或通过其他等同方法来定量溶酶体蛋白水平。
实施例23：抗TMEM106B抗体对报告细胞系中的溶酶体表达模式的影响
抗TMEM106B抗体对各种溶酶体表达模式的影响也可以在萤光素酶报告细胞测定法中测量。最近的报告(Kundu等人,2016；Nature Commun.2018；9:2731)表明，在肺癌细胞和患者样品中的协同溶酶体表达和调控(CLEAR)通路中，TMEM106B诱导的溶酶体基因表达水平增加。据推测，该表达通过TFEB-CLEAR轴发挥作用，因为TFEB是CLEAR通路的主要转录调节因子。此前已经产生了4×CLEAR萤光素酶报告细胞系(Cortes等人Nat Neurosci.2014年9月；17(9):1180-9)。使用类似的方法来产生报告细胞系，以测量在TMEM106b敲低、过表达或抗TMEM106B抗体处理后CLEAR通路活化的变化。
实施例24：抗TMEM106B抗体对FTLD小鼠模型中的由前颗粒蛋白敲除引起的病理学的影响
前颗粒蛋白(GRN)敲除小鼠是可用于人类GRN依赖性FTLD的最接近的动物模型。该小鼠模型重现了该病症的若干表型。小鼠显示出溶酶体异常、脂褐素积聚、视网膜变性、额颞叶痴呆样行为和神经病理学的渐进发展。小鼠还在海马和丘脑神经元中显示出增强的小胶质细胞和星形胶质细胞的活化，以及泛素化和磷酸化反式活化响应元件DNA结合蛋白-43(TDP-43)的细胞质积聚。到十八个月龄时，小鼠表现出削弱的空间学习和记忆。预期用抗TMEM106B抗体对这些小鼠的治疗可改善该病症的各种表型和方面。
使GRN-/-小鼠生长至6-12个月，并且每周经由静脉内注射抗TMEM106B抗体持续14周。在各个时间点，对小鼠进行已知由颗粒蛋白敲除引起的行为和表型异常的测定，所述行为和表型异常使用诸如旷场试验或高架水迷宫的测定法来测量。成功治疗与改善的行为或者行为测定法中的下降速率减慢相关。此外，还检查了这些小鼠的死后大脑的小胶质细胞增生、溶酶体蛋白水平、一般溶酶体活性、TDP-43聚集体和神经元中的脂褐素积聚，PGRN纯合小鼠也以类似的方式进行测试，以表征抗TMEM106B抗体对行为和溶酶体表型的影响，所述影响不如在敲除小鼠中观察到的严重。
实施例25：抗TMEM106B抗体在衰老、癫痫发作、脊髓损伤、视网膜营养不良、额颞叶痴呆和阿尔茨海默氏病的动物模型中的作用
抗TMEM106B抗体的治疗效果也在各种病症的动物模型中进行测试，所述动物模型例如衰老、癫痫发作、脊髓损伤、视网膜营养不良、额颞叶痴呆和阿尔茨海默氏病的动物模型，如此前所述(例如，Beattie,MS等人,(2002)Neuron 36,375-386；Volosin,M等人,(2006)J.Neurosci.26,7756-7766；Nykjaer,A等人,(2005)Curr.Opin.Neurobiol.15,49-57；Jansen,P等人,(2007)Nat.Neurosci.10,1449-1457；Volosin,M等人,(2008)J.Neurosci.28,9870-9879；Fahnestock,M等人,(2001)Mol.Cell Neurosci.18,210-220；Nakamura,K等人,(2007)Cell Death.Differ.14,1552-1554；Yune,T等人,(2007)BrainRes.1183,32-42；Wei,Y等人,(2007)Neurosci.Lett.429,169-174；Provenzano,MJ等人,(2008)Laryngoscope 118,87-93；Nykjaer,A等人,(2004)Nature 427,843-848；Harrington,AW等人,(2004)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.101,6226-6230；Teng,HK等人,(2005)J.Neurosci.25,5455-5463；Jansen,P等人,(2007)Nat.Neurosci.10,1449-1457；Volosin,M等人,(2008)J.Neurosci.28,9870-9879；Fan,YJ等人,(2008)Eur.J.Neurosci.27,2380-2390；Al-Shawi,R等人,(2008)Eur.J.Neurosci.27,2103-2114；和Yano,H等人,(2009)J.Neurosci.29,14790-14802)。
使用这些动物模型中的任一者，将抗TMEM106B抗体以各种量和在不同的时间期内施用于动物。其后在各个时间点，测定动物与人类疾病的每个特定动物模型相关的行为和表型异常的改善。成功治疗与改善的行为或者下降速率更慢(行为测定法中)相关。
实施例26：抗体人源化
抗体人源化被用于通过序列和结构关系将在不同物种中产生的抗体转化为与人类抗体最相似的抗体，以防止人类施用中的免疫原性。来自不同物种的抗体共有特征序列和结构特征，这些特征序列和结构特征允许将非人类抗体的特异性决定区(SDR)植入人类抗体框架上。这导致非人类抗体的特异性得以保留。人源化过程涉及非人类抗体序列和特征(包括构架区和SDR)的鉴定。以下标准被用于使抗体人源化：1)非人类和已知的人类抗体之间的框架区的相似性百分比；2)非人类和已知的人类抗体之间的SDR的长度相似性；3)用于产生人类抗体的框架区的基因，以及4)人类抗体框架在人源化和治疗中的先前使用。类似地，构架区和SDR长度也很重要，因为差异可以在抗体中产生结构差异，所述结构差异可以改变抗体的特异性。已知用于产生人类抗体的框架的特定基因对抗体的稳定性或特异性是有利的或有害的，因此被选择性使用或避免。最后，此前成功的人源化框架，包括人类治疗中使用的那些框架，它们具有良好的耐受性和良好的半衰期，很可能成为未来成功人源化的候选物。
各种方法可以用于抗体人源化。例如，本公开的抗TMWM106B抗体的重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)序列可用于NCBI网站上的IgBLAST程序的输入(Ye等人,NucleicAcids Res,2013,41:W34-W40)。IgBLAST采取鼠科动物VH或VL序列，并且将它与已知的人类种系序列的文库进行比较。使用的数据库是IMGT人类VH基因(F+ORF，273个种系序列)和IMGT人类LVκ基因(F+ORF，74个种系序列)。选择适当的VH种系和连接区(J基因)以及适当的VL种系和连接区(J基因)作为良好的接受体序列。根据AbM定义来定义抗体VH和VH的互补决定区(CDR)(AbM抗体建模软件)。为了优化与人源化抗体的结合，可能需要将人类种系框架(即，VH和VL中的非CDR残基)位置改变为对应的亲本鼠科动物序列。
序列表
<110> Alector LLC
Rosenthal, Arnon
Brown, Eric
Schwabe, Tina
Yee, Angie
Herve, Rhinn
<120> 抗TMEM106B抗体及其使用方法
<130> 73502-20020.40
<140> 尚未分配
<141> 同时随同提交
<150> US 62/612,098
<151> 2017-12-29
<160> 349
<170> FastSEQ for Windows Version 4.0
<210> 1
<211> 274
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 1
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65 70 75 80
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<213> 小家鼠(Mus musculus)
<400> 2
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20 25 30
Ser Glu Val His Asn Glu Asp Gly Arg Asn Gly Asp Val Ser Gln Phe
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Gln Gly Thr Gly Arg Ile Pro Arg Gly Gln Glu Asn Gln Leu Val Ala
65 70 75 80
Leu Ile Pro Tyr Ser Asp Gln Arg Leu Arg Pro Arg Arg Thr Lys Leu
85 90 95
Tyr Val Met Ala Ser Val Phe Val Cys Leu Leu Leu Ser Gly Leu Ala
100 105 110
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Asp
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Arg
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<211> 9
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<211> 9
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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Gln His Ser Arg Glu Leu Pro Tyr Thr
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<223> 合成构建体
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Phe Gln Gly Ser His Val Pro Phe Thr
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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Ala Gln Asn Leu Glu Leu Pro Tyr Thr
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Leu Gln Tyr Asp Glu Phe Pro Phe Thr
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<223> 合成构建体
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Gln Gln Tyr Ser Ser Tyr Pro Tyr Thr
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<223> 合成构建体
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Gln Gln Trp Ser Ser Asn Pro Tyr Thr
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<223> 合成构建体
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Met Gln His Leu Glu Tyr Pro Tyr Thr
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<211> 9
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<223> 合成构建体
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Met Gln His Leu Asp Tyr Pro Tyr Thr
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<211> 9
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<223> 合成构建体
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Gln Gln Tyr Tyr Ser Tyr Pro Tyr Thr
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<211> 8
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<223> 合成构建体
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Gln Gln Tyr Tyr Ser Tyr Pro Thr
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<211> 9
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<223> 合成构建体
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Gln Gln Trp Ser Ser Asn Pro Pro Thr
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<211> 9
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<223> 合成构建体
<400> 219
Gln Asn Asp Tyr Ser Tyr Pro Leu Thr
1 5
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<211> 9
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 220
Phe Gln Gly Ser His Leu Pro Tyr Thr
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 221
Gln Gln Tyr His Ser Tyr Pro Pro Thr
1 5
<210> 222
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 222
Gln Gln Gly Ser Thr Leu Met Tyr Thr
1 5
<210> 223
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 223
Lys Gln Ser Tyr Asn Leu Leu Thr
1 5
<210> 224
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 224
Phe Gln Gly Ser Gly Tyr Pro Leu Thr
1 5
<210> 225
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 225
Gln Val Gln Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ala Phe Thr Asn Tyr
20 25 30
Leu Ile Glu Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Val Ile Asn Pro Gly Ser Gly Gly Thr Lys Tyr Asn Glu Lys Leu
50 55 60
Lys Gly Lys Ala Thr Leu Thr Ala Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Gln Leu Ser Ser Leu Thr Ser Val Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys
85 90 95
Ala Arg Arg Gly Tyr Thr Ile Tyr Asp Phe Tyr Ala Met Asp Tyr Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 226
<211> 112
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 226
His Ile Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Leu Lys Lys Pro Gly Glu
1 5 10 15
Thr Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Glu Tyr
20 25 30
Pro Met His Trp Val Lys Gln Ala Pro Gly Lys Gly Phe Arg Trp Met
35 40 45
Gly Met Ile Tyr Thr Asn Thr Gly Glu Pro Thr Tyr Ala Ala Glu Phe
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Ala Phe Ser Leu Glu Thr Ser Ala Ser Thr Gly Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Ile Asn Asn Leu Lys Asn Glu Asp Ser Ala Thr Tyr Phe Cys
85 90 95
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<400> 253
Glu Val Gln Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ala
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 254
Glu Phe Gln Leu Gln Gln Ser Gly Pro Glu Leu Val Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ser Phe Thr Asp Tyr
20 25 30
Asn Met Asn Trp Val Lys Gln Ser Asn Gly Lys Ser Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Val Ile Asn Pro Asn Tyr Gly Thr Thr Ser Tyr Asn Gln Lys Phe
50 55 60
Lys Gly Lys Ala Thr Leu Thr Val Asp Gln Ser Ser Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Gln Leu Asn Ser Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ser Ser Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ala
100 105 110
<210> 255
<211> 119
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 255
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Ser Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Gly Met Asp Trp Val Arg Gln Ala Pro Glu Lys Gly Leu Glu Trp Phe
35 40 45
Ala Tyr Ile Ser Ser Gly Ser Ser Thr Thr His Tyr Ala Asp Thr Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Ile Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Thr Leu Phe
65 70 75 80
Leu Gln Met Thr Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys
85 90 95
Val Arg Arg Asp Gly Asn Tyr Trp Tyr Phe Asp Val Trp Gly Thr Gly
100 105 110
Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 256
Gln Val Gln Leu Gln Gln Ser Gly Pro Glu Leu Val Arg Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Pro Gly Tyr Thr Phe Thr Arg His
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Trp Met Gln Trp Val Arg Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Glu Ile Leu Pro Gly Ser Asn Asn Ile Tyr Tyr Asn Glu Lys Val
50 55 60
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65 70 75 80
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<220>
<223> 合成构建体
<400> 257
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1 5 10 15
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<220>
<223> 合成构建体
<400> 258
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1 5 10 15
Ser Val Lys Leu Ser Cys Lys Thr Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 259
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Thr Val Ser Ala
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<211> 121
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 260
Gln Val Gln Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Ala Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Leu Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr
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Thr Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
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<211> 119
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 261
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
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Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Glu Lys Gly Leu Glu Trp Val
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 262
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1 5 10 15
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 263
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1 5 10 15
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<220>
<223> 合成构建体
<400> 264
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<211> 119
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 265
Gln Val Gln Leu Gln Gln Pro Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ser
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 266
Gln Val Gln Leu Lys Glu Ser Gly Pro Val Leu Val Ala Pro Ser Gln
1 5 10 15
Ser Leu Ser Ile Thr Cys Thr Val Ser Gly Phe Ser Leu Thr Asn Tyr
20 25 30
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35 40 45
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50 55 60
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<220>
<223> 合成构建体
<400> 267
Gln Val Gln Leu Gln Gln Pro Gly Ala Glu Leu Val Lys Pro Gly Ala
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<211> 120
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 268
Gln Val Gln Leu Gln Gln Pro Gly Ala Glu Leu Val Lys Pro Gly Ala
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<220>
<223> 合成构建体
<400> 269
Asp Val Leu Met Thr Gln Thr Pro Leu Ser Leu Pro Val Ser Leu Gly
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 270
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50 55 60
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65 70 75 80
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<210> 271
<211> 112
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 271
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1 5 10 15
Thr Ser Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Lys Ser Leu Leu His Ser
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 272
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 273
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 274
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<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 275
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<211> 107
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 276
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<210> 277
<211> 112
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 277
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 278
Asp Val Val Met Thr Gln Thr Pro Leu Ser Leu Pro Val Ser Leu Gly
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<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 279
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<210> 280
<211> 112
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 280
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 281
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<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
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<400> 282
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Leu Asn Trp Leu Gln Gln Glu Pro Asp Gly Thr Ile Lys Arg Leu Ile
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Tyr Ala Thr Ser Ser Leu Asp Ser Gly Val Pro Lys Arg Phe Ser Gly
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Ser Arg Ser Gly Ser Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Ser
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Glu Asp Phe Val Val Tyr Tyr Cys Leu Gln Tyr Ala Ser Ser Pro Arg
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Thr Phe Gly Gly Gly Thr Arg Leu Glu Ile Lys
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<220>
<223> 合成构建体
<400> 283
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1 5 10 15
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35 40 45
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50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Gln Phe Ser Leu Lys Ile Asn Ser Leu Gln Ser
65 70 75 80
Glu Asp Phe Gly Thr Tyr Tyr Cys Gln His Phe Trp Asp Thr Pro Phe
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<220>
<223> 合成构建体
<400> 294
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<220>
<223> 合成构建体
<400> 295
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<220>
<223> 合成构建体
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<220>
<223> 合成构建体
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<220>
<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
<400> 300
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<220>
<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
<400> 305
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 306
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 307
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<223> 合成构建体
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<223> 合成构建体
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Gln Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Ile Met Ser Ala Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Lys Val Thr Ile Ser Cys Ser Ala Ser Ser Ser Val Ser Tyr Met
20 25 30
Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Ser Ser Pro Lys Pro Trp Ile His
35 40 45
Arg Thr Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Val Arg Phe Ser Gly Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Thr Ser Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Ser Met Glu Ala Glu
65 70 75 80
Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr His Ser Tyr Pro Pro Thr
85 90 95
Phe Gly Ala Gly Thr Lys Leu Glu Leu Lys
100 105
<210> 312
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 312
Asp Val Gln Met Thr Gln Thr Thr Ser Ser Leu Ser Ala Ser Leu Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asp Ile Asn Asn Tyr
20 25 30
Leu Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Asp Gly Thr Val Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Tyr Thr Ser Met Leu His Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Gln
65 70 75 80
Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Phe Cys Gln Gln Gly Ser Thr Leu Met Tyr
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
100 105
<210> 313
<211> 112
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 313
Asp Ile Val Met Ser Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ala Val Ser Val Gly
1 5 10 15
Glu Lys Val Thr Met Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Arg Asn Ser
20 25 30
Arg Thr Arg Lys Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln
35 40 45
Ser Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val
50 55 60
Pro Asp Arg Phe Thr Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr
65 70 75 80
Ile Ser Ser Val Gln Ala Glu Asp Leu Ala Ile Tyr Tyr Cys Lys Gln
85 90 95
Ser Tyr Asn Leu Leu Thr Phe Gly Ala Gly Thr Lys Leu Glu Leu Lys
100 105 110
<210> 314
<211> 106
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 314
Glu Asn Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Ile Met Ser Ala Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Lys Val Thr Met Thr Cys Ser Ala Ser Ser Ser Val Ser Tyr Met
20 25 30
His Trp Tyr Gln Gln Lys Ser Asn Thr Ser Pro Lys Leu Trp Ile Tyr
35 40 45
Asp Thr Ser Lys Leu Ala Ser Gly Val Pro Gly Arg Phe Ser Gly Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Asn Ser Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Ser Ala Glu Ala Glu
65 70 75 80
Asp Val Ala Thr Tyr Tyr Cys Phe Gln Gly Ser Gly Tyr Pro Leu Thr
85 90 95
Phe Gly Ala Gly Thr Lys Leu Glu Leu Lys
100 105
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<211> 274
<212> PRT
<213> 食蟹猕猴(Macaca fascicularis)
<400> 315
Met Gly Lys Ser Leu Ser His Leu Pro Leu His Ser Ser Lys Glu Asp
1 5 10 15
Ala Tyr Asp Gly Val Thr Ser Glu Asn Met Arg Asn Gly Leu Val Asn
20 25 30
Ser Glu Val His Asn Glu Asp Gly Arg Asn Gly Asp Val Ser Gln Phe
35 40 45
Pro Tyr Val Glu Phe Thr Gly Arg Asp Ser Val Thr Arg Pro Thr Cys
50 55 60
Gln Gly Thr Gly Arg Ile Pro Arg Gly Gln Glu Asn Gln Leu Val Ala
65 70 75 80
Leu Ile Pro Tyr Ser Asp Gln Arg Leu Arg Pro Arg Arg Thr Lys Leu
85 90 95
Tyr Val Met Ala Ser Val Phe Val Cys Leu Leu Leu Ser Gly Leu Ala
100 105 110
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Gln Gln
<210> 316
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 316
Met Asp Met Arg Val Pro Ala Gln Leu Leu Gly Leu Leu Leu Leu Trp
1 5 10 15
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Gly Gly Gly Gly Ser His His His His His His His His His
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<211> 338
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 317
Met Asp Met Arg Val Pro Ala Gln Leu Leu Gly Leu Leu Leu Leu Trp
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<211> 620
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 318
Met Glu Phe Gly Leu Ser Trp Val Phe Leu Val Ala Leu Leu Arg Gly
1 5 10 15
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130 135 140
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145 150 155 160
Val Thr Leu Gly Cys Leu Val Lys Gly Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr
165 170 175
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Ala Val Leu Gln Ser Asp Leu Tyr Thr Leu Ser Ser Ser Val Thr Val
195 200 205
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Gly Cys Lys Pro Cys Ile Cys Thr Val Pro Glu Val Ser Ser Val Phe
245 250 255
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Lys Val Thr Cys Val Val Val Asp Ile Ser Lys Asp Asp Pro Glu Val
275 280 285
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Gln Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Phe Arg Ser Val Ser Glu
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Asn Ile Thr Asn Asn Asn Tyr Tyr Ser Val Glu Val Glu Asn Ile Thr
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565 570 575
Thr Val Thr Thr Thr Tyr Phe Gly His Ser Glu Gln Ile Ser Gln Glu
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Arg Tyr Gln Tyr Val Asp Cys Gly Arg Asn Thr Thr Tyr Gln Leu Gly
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610 615 620
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 319
Met Glu Phe Gly Leu Ser Trp Val Phe Leu Val Ala Leu Leu Arg Gly
1 5 10 15
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Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe
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Glu Trp Val Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala
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115 120 125
Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser Ala Lys Thr Thr Pro Pro
130 135 140
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Val Thr Leu Gly Cys Leu Val Lys Gly Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr
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Pro Ser Ser Pro Arg Pro Ser Glu Thr Val Thr Cys Asn Val Ala His
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Pro Ala Ser Ser Thr Lys Val Asp Lys Lys Ile Val Pro Arg Asp Cys
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Gly Cys Lys Pro Cys Ile Cys Thr Val Pro Glu Val Ser Ser Val Phe
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Gln Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Phe Arg Ser Val Ser Glu
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Glu Ala Gly Asn Thr Phe Thr Cys Ser Val Leu His Glu Gly Leu His
435 440 445
Asn His His Thr Glu Lys Ser Leu Ser His Ser Pro Gly Lys Ser Gly
450 455 460
Gly Gly Gly Asp Val Lys Tyr Ile Gly Val Lys Ser Ala Tyr Val Ser
465 470 475 480
Tyr Asp Val Gln Lys Arg Thr Ile Tyr Leu Asn Ile Thr Asn Thr Leu
485 490 495
Asn Ile Thr Asn Asn Asn Tyr Tyr Ser Val Glu Val Glu Asn Ile Thr
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515 520 525
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Val Pro Thr Val Ile Ala Glu Glu Met Ser Tyr Met
545 550 555
<210> 320
<211> 347
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 320
Met Asp Met Arg Val Pro Ala Gln Leu Leu Gly Leu Leu Leu Leu Trp
1 5 10 15
Leu Arg Gly Ala Arg Cys Met Ser Pro Ile Leu Gly Tyr Trp Lys Ile
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Lys Gly Leu Val Gln Pro Thr Arg Leu Leu Leu Glu Tyr Leu Glu Glu
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Lys Tyr Glu Glu His Leu Tyr Glu Arg Asp Glu Gly Asp Lys Trp Arg
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Glu Ile Ser Met Leu Glu Gly Ala Val Leu Asp Ile Arg Tyr Gly Val
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Ser Arg Ile Ala Tyr Ser Lys Asp Phe Glu Thr Leu Lys Val Asp Phe
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Leu Ser Lys Leu Pro Glu Met Leu Lys Met Phe Glu Asp Arg Leu Cys
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<210> 321
<211> 415
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 321
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1 5 10 15
Leu Arg Gly Ala Arg Cys Met Ser Pro Ile Leu Gly Tyr Trp Lys Ile
20 25 30
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65 70 75 80
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85 90 95
Ile Ala Asp Lys His Asn Met Leu Gly Gly Cys Pro Lys Glu Arg Ala
100 105 110
Glu Ile Ser Met Leu Glu Gly Ala Val Leu Asp Ile Arg Tyr Gly Val
115 120 125
Ser Arg Ile Ala Tyr Ser Lys Asp Phe Glu Thr Leu Lys Val Asp Phe
130 135 140
Leu Ser Lys Leu Pro Glu Met Leu Lys Met Phe Glu Asp Arg Leu Cys
145 150 155 160
His Lys Thr Tyr Leu Asn Gly Asp His Val Thr His Pro Asp Phe Met
165 170 175
Leu Tyr Asp Ala Leu Asp Val Val Leu Tyr Met Asp Pro Met Cys Leu
180 185 190
Asp Ala Phe Pro Lys Leu Val Cys Phe Lys Lys Arg Ile Glu Ala Ile
195 200 205
Pro Gln Ile Asp Lys Tyr Leu Lys Ser Ser Lys Tyr Ile Ala Trp Pro
210 215 220
Leu Gln Gly Trp Gln Ala Thr Phe Gly Gly Gly Asp His Pro Pro Lys
225 230 235 240
Ser Asp Pro Arg Glu Phe Ile Val Thr Asp Asp Ile Glu Gly Arg Met
245 250 255
Asp Pro Pro Arg Ser Ile Asp Val Lys Tyr Ile Gly Val Lys Ser Ala
260 265 270
Tyr Val Ser Tyr Asp Val Gln Lys Arg Thr Ile Tyr Leu Asn Ile Thr
275 280 285
Asn Thr Leu Asn Ile Thr Asn Asn Asn Tyr Tyr Ser Val Glu Val Glu
290 295 300
Asn Ile Thr Ala Gln Val Gln Phe Ser Lys Thr Val Ile Gly Lys Ala
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340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
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385 390 395 400
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<211> 19
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 322
agctgggaag gtgtgcaca 19
<210> 323
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 323
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<210> 324
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 324
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1 5 10 15
<210> 325
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 325
Thr Ile Ile Gly Pro Leu Asp Met Lys Gln Ile
1 5 10
<210> 326
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 326
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1 5 10 15
<210> 327
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 327
Ala Leu Ile Pro Tyr Ser Asp Gln Arg Leu Arg
1 5 10
<210> 328
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 328
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1 5 10
<210> 329
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 329
Tyr Gln Tyr Val Asp Cys Gly Arg Asn Thr Thr
1 5 10
<210> 330
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 330
Glu Asp Ala Tyr Asp Gly Val Thr Ser Glu
1 5 10
<210> 331
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 331
Ser Glu Val His Asn Glu Asp Gly
1 5
<210> 332
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 332
Leu Ser His Leu Pro Leu His Ser Ser Lys Glu Asp Ala Tyr Asp
1 5 10 15
<210> 333
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 333
Leu Val Asn Ser Glu Val His Asn Glu Asp Gly
1 5 10
<210> 334
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 334
Asn Tyr Tyr Ser Val Glu
1 5
<210> 335
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 335
Val Ile Ala Glu Glu Met
1 5
<210> 336
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 336
Ile Lys Val His Asn Ile Val Leu Met Met Gln Val Thr Val Thr
1 5 10 15
<210> 337
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 337
Ile Gly Val Lys Ser Ala Tyr Val Ser Tyr Asp Val Gln Lys Arg
1 5 10 15
<210> 338
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 338
Gln Leu Gly Gln Ser Glu Tyr Leu Asn Val Leu Gln Pro Gln Gln
1 5 10 15
<210> 339
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 339
Glu Val His Asn Glu Asp Gly
1 5
<210> 340
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 340
Val Ile Ala Glu Glu Met Ser Tyr Met Tyr Asp
1 5 10
<210> 341
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 341
Asn Ile Thr Asn Asn Asn Tyr Tyr Ser Val Glu
1 5 10
<210> 342
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 342
Asn Ile Val Leu Met Met Gln Val Thr Val Thr
1 5 10
<210> 343
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 343
Val Thr Cys Pro Thr Cys Gln Gly Thr Gly Arg
1 5 10
<210> 344
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 344
Tyr Leu Asn Ile Thr Asn Thr Leu Asn Ile Thr
1 5 10
<210> 345
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 345
Asn Ile Val Leu Met Met
1 5
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<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 346
Val Ser Tyr Asp Val Gln Lys Arg Thr Ile Tyr Leu Asn
1 5 10
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<211> 15
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
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Thr Val Pro Thr Val Ile Ala Glu Glu Met Ser Tyr Met Tyr Asp
1 5 10 15
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<211> 11
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<223> 合成构建体
<400> 348
Glu Phe Thr Gly Arg Asp Ser Val Thr Cys Pro
1 5 10
<210> 349
<211> 12
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体
<400> 349
Cys Gln Gly Thr Gly Arg Ile Pro Arg Gly Gln Glu
1 5 10

Claims (29)

1.一种结合至人类TMEM106B的分离的抗体，其中所述抗体降低TMEM106B的细胞表面水平或降低TMEM106B的胞内水平。
2.一种结合至人类TMEM106B的分离的抗体，其中所述抗体结合至人类TMEM106B的氨基酸序列NITNNNYYSVEVENI(SEQ ID NO:324)、TIIGPLDMKQI(SEQ ID NO:325)、VTCPTCQGTGRIPRG(SEQ ID NO:326)、(ALIPYSDQRLR(SEQ ID NO:327)、(KRTIYLNITNT(SEQID NO:328)、YQYVDCGRNTT(SEQ ID NO:329)、(LSHLPLHSSKEDAYD(SEQ ID NO:332)、(NYYSVE(SEQ ID NO:334)、(VIAEEM(SEQ ID NO:335)、(IKVHNIVLMMQVTVT；SEQ ID NO:336)、(IGVKSAYVSYDVQKR；SEQ ID NO:337)、(QLGQSEYLNVLQPQQ(SEQ ID NO:338)、(VIAEEMSYMYD(SEQ ID NO:340)、(NITNNNYYSVE(SEQ ID NO:341)、(NIVLMMQVTV(SEQ ID NO:342)、(VTCPTCQGTGR(SEQ ID NO:343)、(YLNITNTLNIT(SEQ ID NO:344)、(NIVLMM(SEQ ID NO:345)、(VSYDVQKRTIYLN(SEQ ID NO:346)、(TVPTVIAEEMSYMYD(SEQ ID NO:347)、(EFTGRDSVTCP(SEQ ID NO:348)或(CQGTGRIPRGQE(SEQ ID NO:349)内的一个或多个氨基酸。
3.一种分离的抗TMEM106B抗体，其中所述抗TMEM106B抗体包含选自由以下各项组成的组的抗体的至少一个、两个、三个、四个、五个或六个HVR：TM-1、TM-2、TM-3、TM-4、TM-5、TM-6、TM-7、TM-8、TM-9、TM-10、TM-11、TM-12、TM-13、TM-14、TM-15、TM-16、TM-17、TM-18、TM-19、TM-20、TM-21、TM-22、TM-23、TM-24、TM-25、TM-26、TM-27、TM-28、TM-29、TM-30、TM-31、TM-32、TM-33、TM-34、TM-35、TM-36、TM-37、TM-38、TM-39、TM-40、TM-41、TM-42、TM-43、TM-44、TM-45、TM-46、TM-47、TM-48、TM-49、TM-50、TM-51、TM-52和TM-53。
4.一种结合至人类TMEM106B的分离的抗体，其中所述抗体包含重链可变区和轻链可变区，
其中所述重链可变区包含：
HVR-H1，其包含选自由SEQ ID NO:3-35组成的组的氨基酸序列；
HVR-H2，其包含选自由SEQ ID NO:36-78组成的组的氨基酸序列；以及
HVR-H3，其包含选自由SEQ ID NO:79-120组成的组的氨基酸序列；并且
其中所述轻链可变区包含：
HVR-L1，其包含选自由SEQ ID NO:121-160组成的组的氨基酸序列；
HVR-L2，其包含选自由SEQ ID NO:161-185组成的组的氨基酸序列；以及
HVR-L3，其包含选自由SEQ ID NO:186-224组成的组的氨基酸序列。
5.如权利要求1-4中任一项所述的抗体，其中所述重链可变区包含选自由SEQ ID NO:225-268组成的组的氨基酸序列。
6.如权利要求1-5中任一项所述的抗体，其中所述轻链可变区包含选自由SEQ ID NO:269-314组成的组的氨基酸序列。
7.一种结合至人类TMEM106B的分离的抗体，其中所述抗体与如权利要求1-6中任一项所述的抗体中的一者或多者竞争与人类TMEM106B的结合。
8.一种结合至人类TMEM106B的分离的抗体，其中所述抗体结合与如权利要求1-7中任一项所述的抗体基本上相同或重叠的TMEM106B表位。
9.如权利要求1-8中任一项所述的抗体，其中所述抗体减少或抑制TMEM106B和至少一种TMEM106B配体或结合配偶体的相互作用或结合。
10.如权利要求9所述的抗体，其中所述TMEM106B配体或结合配偶体选自由以下各项组成的组：前颗粒蛋白、TMEM106A、TMTM106C、网格蛋白重链、脂肪细胞蛋白2的μl亚基、CHMP2B、微管相关蛋白6、溶酶体相关膜蛋白1和液泡-ATP酶辅助蛋白1。
11.如权利要求1-10中任一项所述的抗体，其中所述抗体减少或抑制TMEM106B的蛋白水解。
12.如权利要求1-11中任一项所述的抗体，其中所述抗体增加TGFβ表达。
13.如权利要求1-12中任一项所述的抗体，其中所述抗体减少TDP-43包涵体。
14.如权利要求1-13中任一项所述的抗体，其中所述抗体减少认知和行为功能的下降，并且改善认知和行为功能。
15.如权利要求1-14中任一项所述的抗体，其中所述抗体是单克隆抗体。
16.如权利要求1-15中任一项所述的抗体，其中所述抗体属于IgG类、IgM类或IgA类。
17.如权利要求16所述的抗体，其中所述抗体属于IgG类，并且具有IgG1、IgG2或IgG4同种型。
18.如权利要求1-17中任一项所述的抗体，其中所述抗体是抗体片段。
19.如权利要求18所述的抗体，其中所述片段是Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2、Fv或scFv片段。
20.如权利要求1-19中任一项所述的抗体，其中所述抗体还包含：
(a)有利于跨血脑屏障运输的抗原；
(b)有利于跨血脑屏障运输的抗原，所述抗原选自由以下各项组成的组：运铁蛋白受体(TR)、胰岛素受体(HIR)、胰岛素样生长因子受体(IGFR)、低密度脂蛋白受体相关蛋白1和2(LPR-1和2)、白喉毒素受体、CRM 197、美洲驼单结构域抗体、TMEM 30(A)、蛋白质转导结构域、TAT、Syn-B、穿膜肽、聚精氨酸肽、血管肽和ANG1005；
(c)致病原，所述致病原选自由以下各项组成的组：致病肽或蛋白质或者致病核酸，其中所述致病核酸是反义GGCCCC(G2C4)重复扩增RNA，所述致病蛋白质选自由以下各项组成的组：淀粉样蛋白β、寡聚体淀粉样蛋白β、淀粉样蛋白β斑块、淀粉样蛋白前体蛋白或其片段、τ、IAPP、α-突触核蛋白、TDP-43、FUS蛋白、C9orf72(9号染色体开放阅读框72)、c9RAN蛋白、朊病毒蛋白、PrPSc、亨廷顿蛋白、降钙素、超氧化物歧化酶、共济失调蛋白、共济失调蛋白1、共济失调蛋白2、共济失调蛋白3、共济失调蛋白7、共济失调蛋白8、共济失调蛋白10、路易体、心房利尿钠因子、胰岛淀粉样多肽、胰岛素、载脂蛋白AI、血清淀粉样蛋白A、麦丁蛋白、催乳素、转甲状腺素蛋白、溶菌酶、β2微球蛋白、凝溶胶蛋白、角膜上皮蛋白、胱抑素、免疫球蛋白轻链AL、S-IBM蛋白、重复序列相关非ATG(RAN)翻译产物、二肽重复序列(DPR)肽、甘氨酸-丙氨酸(GA)重复序列肽、甘氨酸-脯氨酸(GP)重复序列肽、甘氨酸-精氨酸(GR)重复序列肽、脯氨酸-丙氨酸(PA)重复序列肽、泛素和脯氨酸-精氨酸(PR)重复序列肽；
(d)在免疫细胞上表达的配体和/或蛋白质，其中所述配体和/或蛋白质选自由以下各项组成的组：CD40、OX40、ICOS、CD28、CD137/4-1BB、CD27、GITR、PD-L1、CTLA-4、PD-L2、PD-1、B7-H3、B7-H4、HVEM、BTLA、KIR、GAL9、TIM3、A2AR、LAG-3和磷脂酰丝氨酸；以及
(e)在一个或多个肿瘤细胞上表达的蛋白质、脂质、多糖或糖脂。
21.一种分离的核酸，所述核酸包含编码如前述权利要求中任一项所述的抗体的核酸序列。
22.一种载体，所述载体包含如权利要求21所述的核酸。
23.一种分离的宿主细胞，所述宿主细胞包含如权利要求22所述的载体。
24.一种产生结合至人类TMEM106B的抗体的方法，所述方法包括培养如权利要求23所述的细胞，从而产生所述抗体。
25.如权利要求24所述的方法，其还包括回收由所述细胞产生的所述抗体。
26.一种药物组合物，所述药物组合物包含如权利要求1-20中任一项所述的抗体和药学上可接受的载剂。
27.一种预防疾病、病症、病状或损伤，降低疾病、病症、病状或损伤的风险或者治疗患有疾病、病症、病状或损伤的个体的方法，所述疾病、病症、病状或损伤选自由以下各项组成的组：神经退行性病症、以存在TDP-43包涵体为特征的病症、TDP-43蛋白质病、额颞叶退化、额颞叶痴呆、具有TDP-43包涵体的额颞叶退化、具有前颗粒蛋白突变的额颞叶痴呆、具有C90rf72突变的额颞叶痴呆、海马硬化、衰老的海马硬化、阿尔茨海默氏病、路易体痴呆、认知缺损、肌萎缩性侧索硬化相关的认知缺损、慢性创伤性脑病变(CTE)中的认知缺损和癌症，所述方法包括将治疗有效量的如权利要求1-20中任一项所述的抗体施用于有需要的个体。
28.一种预防疾病、病症、病状或损伤，降低疾病、病症、病状或损伤的风险或者治疗患有疾病、病症、病状或损伤的个体的方法，所述疾病、病症、病状或损伤选自由以下各项组成的组：炎性细胞碎片或蛋白质聚集体相关的病症、循环骨髓细胞异常、不健康的衰老、年龄相关的脑萎缩、年龄相关的性状、年龄相关的炎症、年龄相关的神经元缺失、年龄相关的认知缺陷、低髓鞘化病症和转移，所述方法包括将治疗有效量的如权利要求1-20中任一项所述的抗体施用于有需要的个体。
29.一种预防疾病、病症、病状或损伤、降低疾病、病症、病状或损伤的风险或者治疗患有疾病、病症、病状或损伤的个体的方法，所述疾病、病症、病状或损伤由TMEM106B的过表达或活性增加引起或与TMEM106B的过表达或活性增加相关，所述方法包括将治疗有效量的如权利要求1-20中任一项所述的抗体施用于有需要的个体。
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