JP2023530274A - ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の抗体療法 - Google Patents

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Abstract

本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を、例えば、ＣＯＶＩＤ－１９を発症しているまたは発症するリスクがある被験体において、抗体（または抗原結合断片）組成物を使用して処置または予防する方法を提供する。開示される方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している被験体の処置ばかりでなく、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染または伝播に対する予防も含む。処置されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９の原因となる）は、あらゆる感染ステージのものであり得、および／またはあらゆる疾患ステージ、例えば、軽度、軽度から中等度、重度もしくは重篤につながり得る。

Description

配列表に関する陳述
本出願に関連する配列表は、紙の写しの代わりにテキストフォーマットで提供され、これは、参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名称は、９３０５８５＿４１３ＷＯ ＿ＳＥＱＵＥＮＣＥ＿ＬＩＳＴＩＮＧ．ｔｘｔである。テキストファイルは、３２７ＫＢであり、２０２１年６月１０日に作製され、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。
背景
新規なベータコロナウイルスが、２０１９年末に中国の武漢において明らかになった。２０２１年６月９日現在、このウイルスによる感染のおよそ１億７４００万の症例（他の名称の中でも、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２および武漢コロナウイルスと称される）が世界中で確認され、およそ３７０万人の死亡がもたらされた。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染およびＣＯＶＩＤ－１９を予防または処置するための治療法が必要とされている。
図１は、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９疾患の処置のための組換えモノクローナルＩｇＧ１抗体ソトロビマブ（本明細書では、例えば、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳとも呼ばれる）の臨床研究デザインを示す。
図２Ａ～２Ｄは、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９疾患の処置のためのソトロビマブの臨床研究の事象のタイムラインを示す。 図２Ａ～２Ｄは、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９疾患の処置のためのソトロビマブの臨床研究の事象のタイムラインを示す。 図２Ａ～２Ｄは、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９疾患の処置のためのソトロビマブの臨床研究の事象のタイムラインを示す。 図２Ａ～２Ｄは、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９疾患の処置のためのソトロビマブの臨床研究の事象のタイムラインを示す。
図３は、重度～重篤ＣＯＶＩＤ－１９疾患の処置のためのソトロビマブの臨床研究の研究デザインを示す。
図４は、ＣＯＶＩＤ－１９疾患の曝露後の予防のためのソトロビマブの臨床研究の研究デザインを示す。
図５は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質上のソトロビマブの結合部位を示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメインが示されており、ＡＣＥ２受容体結合モチーフが緑色で、ソトロビマブエピトープが橙色で示されている。ＡＣＥ２は、アンジオテンシン変換酵素２を示す。
図６は、本明細書に記載されるソトロビマブを使用する臨床研究のデザインを示す。Ｒは、無作為化を示す。＊患者を年齢（７０歳以下対７０歳超）、症状継続期間（３日以内対４～５日）、および領域により層別化した。† 盲検化を維持するために研究薬剤師が全ての研究対象薬を等しい時間枠内に再構成し、調剤した。
詳細な説明
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を、例えば、ＣＯＶＩＤ－１９を発症した、または発症するリスクがある被験体において、抗体、抗原結合断片、またはそれを含む組成物を使用して処置または予防する方法が、本明細書で提供される。方法における使用のためのある特定の抗体および抗原結合断片は、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳ糖タンパク質に保存されたエピトープを認識し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を強力に中和する。抗体の非限定的な例としては、Ｓ３０９、およびＳ３０９の操作されたバリアント（例えば、ソトロビマブ、ＶＩＲ－７８３２）が挙げられる。一部の実施形態では、Ｓ３０９のバリアントは、ＶＨ領域にＮ５５Ｑ置換を含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、例えば、抗体もしくは抗原結合断片のｉｎ ｖｉｖｏ半減期を延長することができる、および／または抗体もしくは抗原結合断片のワクチン効果を促進することができる、１つまたは複数のアミノ酸変異を含む、Ｆｃポリペプチドを含む。
本開示の方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している被験体の処置ばかりでなく、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染または伝播を予防するための予防的投与も含む。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９の原因となる）は、いずれの感染ステージであってもよく、および／またはあらゆる疾患ステージ、例えば、軽度、軽度から中等度、重度もしくは重篤につながり得る。例えば、さらに本明細書に記載されるように、本開示の抗体の単一用量は、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している被験体の入院または死亡を低減するのに十分であり得る。
抗体または抗原結合断片の投与は、例えば静脈内注射および筋肉内注射などの、任意の方法を使用して行うことができる。一部の状況では、抗体または抗原結合断片（またはそれを含む組成物）の単一用量が被験体に投与される。被験体は、本明細書において提供されるように、１つもしくは複数の基準に従って特徴付けられることがあり、および／または１つもしくは複数の特徴を有することができる。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（またはＣＯＶＩＤ－１９）を処置または予防する方法において、ならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の処置のために、それを処置するための、またはその予防のための医薬の調製において使用のための、抗体、抗原結合断片、および組成物も提供される。
本開示をより詳細に記載する前に、本明細書で使用されるある特定の用語の定義を提供することはその理解を助け得る。追加の定義は、本開示全体を通して記載される。
本明細書で使用される場合、「武漢コロナウイルス」、「武漢海鮮市場肺炎ウイルス」、または「武漢ＣｏＶ」、「新型ＣｏＶ」、または「ｎＣｏＶ」、または「２０１９ ｎＣｏＶ」、または「武漢ｎＣｏＶ」またはそのバリアントとも元来称される、「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２」は、Ｂ系統のベータコロナウイルス（サルベコウイルス）である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、２０１９年末に中国、湖北省武漢において最初に同定され、２０２０年初めまでに中国内および世界の他の場所に広がった。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染は、ＣＯＶＩＤ－１９として公知の疾患につながり得、ＣＯＶＩＤ－１９の症状としては、発熱または悪寒、乾性咳、呼吸困難、疲労、体の痛み、頭痛、新たな味覚または臭覚の消失、喉の痛み、鼻づまりまたは鼻水、悪心または嘔吐、下痢、持続的な胸の圧迫感または痛み、新たな錯乱、起きることまたは起きていることができないこと、および唇が紫色または顔面蒼白が挙げられる。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２分離株Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１のゲノム配列は、配列番号１６３に提供され（ＧｅｎＢａｎｋ ＭＮ９０８９４７．３、２０２０年１月２３日も参照されたい）、ゲノムのアミノ酸翻訳は、配列番号１６４に提供される（ＧｅｎＢａｎｋ ＱＨＤ４３４１６．１、２０２０年１月２３日も参照されたい）。他のコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ）と同様に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含有する「スパイク」または表面（「Ｓ」）Ｉ型膜貫通糖タンパク質を含む。ＲＢＤは、細胞表面受容体であるアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）に結合することによって、系統ＢのＳＡＲＳコロナウイルスの呼吸上皮細胞への侵入を媒介すると考えられる。特に、ウイルスのＲＢＤ中の受容体結合モチーフ（ＲＢＭ）は、ＡＣＥ２と相互作用すると考えられる。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１表面糖タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１６５で提供される。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢コロナウイルスＲＢＤのアミノ酸配列は配列番号１６６で提供される。武漢コロナウイルスＳタンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶとおよそ７３％のアミノ酸配列同一性を有する。武漢コロナウイルスＲＢＭのアミノ酸配列は、配列番号１６７で提供される。武漢コロナウイルスＲＢＤは、ＳＡＲＳコロナウイルスＲＢＤに対しておよそ７５％～７７％のアミノ酸配列類似性を有し、武漢コロナウイルスＲＢＭは、ＳＡＲＳコロナウイルスＲＢＭに対しておよそ５０％のアミノ酸配列類似性を有する。
本明細書で他に指示されない限り、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｗｕ－Ｈｕ－１は、必要に応じて配列番号１６３に記載されるゲノム配列を有する、配列番号１６４、１６５、および１６６のいずれか１つまたは複数に記載されるアミノ酸配列を含むウイルスを指す。
いくつかのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントが新たに出現している。一部のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントは、Ｎ４３９Ｋ変異を含有し、これは、ヒトＡＣＥ２受容体への結合親和性を増強する（Ｔｈｏｍｓｏｎ， Ｅ．Ｃ．， ｅｔ ａｌ．， Ｔｈｅ ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｓｐｉｋｅ ｖａｒｉａｎｔ Ｎ４３９Ｋ ｍａｉｎｔａｉｎｓ ｆｉｔｎｅｓｓ ｗｈｉｌｅ ｅｖａｄｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｍｍｕｎｉｔｙ． ｂｉｏＲｘｉｖ， ２０２０）。一部のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントは、Ｎ５０１Ｙ変異を含有し、これは、感染性の増加に関連し、系統Ｂ．１．１．７（２０Ｉ／５０１Ｙ．Ｖ１およびＶＯＣ ２０２０１２／０１としても公知）およびＢ．１．３５１（２０Ｈ／５０１Ｙ．Ｖ２としても公知）を含み、これらは、それぞれ、英国および南アフリカで発見された（Ｔｅｇａｌｌｙ， Ｈ．， ｅｔ ａｌ．， Ｅｍｅｒｇｅｎｃｅ ａｎｄ ｒａｐｉｄ ｓｐｒｅａｄ ｏｆ ａ ｎｅｗ ｓｅｖｅｒｅ ａｃｕｔｅ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ－ｒｅｌａｔｅｄ ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ２ （ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２） ｌｉｎｅａｇｅ ｗｉｔｈ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｐｉｋｅ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｓｏｕｔｈ Ａｆｒｉｃａ． ｍｅｄＲｘｉｖ， ２０２０： ｐ． ２０２０．１２．２１．２０２４８６４０；Ｌｅｕｎｇ， Ｋ．， ｅｔ ａｌ．， Ｅａｒｌｙ ｅｍｐｉｒｉｃａｌ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ Ｎ５０１Ｙ ｍｕｔａｎｔ ｓｔｒａｉｎｓ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｉｎ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ， Ｏｃｔｏｂｅｒ ｔｏ Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ２０２０． ｍｅｄＲｘｉｖ， ２０２０： ｐ． ２０２０．１２．２０．２０２４８５８１）。Ｂ．１．３５１はまた、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２スパイクタンパク質のＲＢＤドメインに２つの他の変異、Ｋ４１７ＮおよびＥ４８４Ｋを含む（Ｔｅｇａｌｌｙ， Ｈ．， ｅｔ ａｌ．， Ｅｍｅｒｇｅｎｃｅ ａｎｄ ｒａｐｉｄ ｓｐｒｅａｄ ｏｆ ａ ｎｅｗ ｓｅｖｅｒｅ ａｃｕｔｅ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ－ｒｅｌａｔｅｄ ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ２ （ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２） ｌｉｎｅａｇｅ ｗｉｔｈ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｐｉｋｅ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｓｏｕｔｈ Ａｆｒｉｃａ． ｍｅｄＲｘｉｖ， ２０２０： ｐ． ２０２０．１２．２１．２０２４８６４０）。他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントとしては、最初にブラジルで報告された系統Ｂ．１．１．２８；最初に日本で報告されたバリアントＰ．１、系統Ｂ．１．１．２８（２０Ｊ／５０１Ｙ．Ｖ３としても公知）；最初に米国のカリフォルニア州で報告されたバリアントＬ４５２Ｒ（Ｐａｎ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ， Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｕｐｄａｔｅ： Ｏｃｃｕｒｒｅｎｃｅ ｏｆ ｖａｒｉａｎｔｓ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｉｎ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｓ， Ｊａｎｕａｒｙ ２０， ２０２１， ｈｔｔｐｓ：／／ｒｅｌｉｅｆｗｅｂ．ｉｎｔ／ｓｉｔｅｓ／ｒｅｌｉｅｆｗｅｂ．ｉｎｔ／ｆｉｌｅｓ／ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ／２０２１－ｊａｎ－２０－ｐｈｅ－ｅｐｉ－ｕｐｄａｔｅ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２．ｐｄｆで利用可能）が挙げられる。他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントとしては、系統群１９ＡのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群１９ＢのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＡのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＢのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＣのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＤのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＥのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２（ＥＵ１）；系統群２０ＦのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＧのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；およびＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｂ１．１．２０７；ならびにＲａｍｂａｕｔ， Ａ．， ｅｔ ａｌ．， Ａ ｄｙｎａｍｉｃ ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ ｐｒｏｐｏｓａｌ ｆｏｒ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｌｉｎｅａｇｅｓ ｔｏ ａｓｓｉｓｔ ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ． Ｎａｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ５， １４０３－１４０７ （２０２０）に記載される他のＳＡＲＳ ＣｏＶ－２系統が挙げられる。本開示によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染は、上述のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスおよびそれらのバリアントのうちのいずれか１つまたは複数による感染を含む。
本明細書では、任意の濃度範囲、パーセンテージの範囲、比の範囲、または整数の範囲は、他に指示されない限り、列挙された範囲内の任意の整数の値、および適切な場合には、その分数（整数の１０分の１、および１００分の１など）を含むことが理解されるべきである。また、ポリマーサブユニット、サイズ、または厚さなどの任意の物理的特徴に関して本明細書に列挙される任意の数の範囲は、他に指示されない限り、列挙された範囲内の任意の整数を含むことが理解されるべきである。本明細書で使用される場合、「約」という用語は、他に指示されない限り、示された範囲、値、または構造の±２０％を意味する。「ａ」および「ａｎ」という用語は、本明細書で使用される場合、数え上げられている構成成分の「１つまたは複数」を指すことが理解されるべきである。代替物（例えば、「または」）の使用は、代替物のいずれか１つ、その両方、またはこれらの任意の組み合わせを意味することが理解されるべきである。本明細書で使用される場合、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「有する」、および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という用語は、同意語として使用され、これらの用語およびその変形は、非限定的と解釈されることが意図される。
「必要に応じた」または「必要に応じて」は、それに続いて記載される要素、構成成分、事象、または状況が存在してもよく、または存在しなくてもよいこと、ならびにその記載が、その要素、構成成分、事象、または状況が存在する例、およびそれらが存在しない例を含むことを意味する。
加えて、本明細書に記載される構造およびサブユニットのさまざまな組み合わせに由来する個々の構築物または構築物の群が、各構築物または構築物の群が個々に記載されたのと同じ程度に、本出願により開示されることが理解されるべきである。そのため、特定の構造または特定のサブユニットの選択は、本開示の範囲内である。
「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」という用語は、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と等価ではなく、特許請求の範囲の指定される材料もしくはステップ、または特許請求の範囲に記載された主題の基本的な特徴に実質的に影響を及ぼさないものを指す。例えば、タンパク質ドメイン、領域、またはモジュール（例えば、結合ドメイン）、またはタンパク質は、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質のアミノ酸配列が、組み合わせて、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質の長さの多くて２０％（例えば、多くて１５％、１０％、８％、６％、５％、４％、３％、２％または１％）に寄与し、ドメイン（複数可）、領域（複数可）、モジュール（複数可）、またはタンパク質の活性（例えば、結合タンパク質の標的結合親和性）に実質的に影響を及ぼさない（すなわち、活性を、４０％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、または１％以下など、５０％よりも大きくは低減しない）、伸長、欠失、変異、またはこれらの組み合わせ（例えば、アミノもしくはカルボキシ末端の、またはドメイン間のアミノ酸）を含む場合、特定のアミノ酸配列「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」。
「処置する」、「処置」、または「回復させる」は、被験体（例えば、ヒトまたは非ヒト哺乳動物、例えば、霊長類、ウマ、ネコ、イヌ、ヤギ、マウスもしくはラット）の疾患、障害または状態の医学的管理を指す。一般に、本開示の抗体、抗原結合断片または組成物を含む適切な用量または処置レジメンは、治療上または予防上の利益を引き出すのに十分な量で投与される。治療上または予防上の／予防的な利益は、例えば、臨床アウトカムの改善；疾患に関連する症状の軽減もしくは緩和；症状の発生の減少；生活の質の向上；より長い無病状態；疾患の程度の減少、病態の安定化；疾患進行の遅延もしくは予防；寛解；生存；生存期間の延長；またはこれらの任意の組合せを含む。ある特定の実施形態では、治療上または予防上の／予防的な利益は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染またはＣＯＶＩＤ－１９の処置のための入院の低減または防止を含む（すなわち、統計的に有意な形で）。ある特定の実施形態では、治療上または予防上の／予防的な利益は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染またはＣＯＶＩＤ－１９の処置のための入院期間の短縮を含む（すなわち、統計的に有意な形で）。ある特定の実施形態では、治療上または予防上の／予防的な利益は、挿管、および／または人工呼吸器デバイスの使用などの、呼吸介入の必要性の低減または抑制を含む。ある特定の実施形態では、治療上または予防上の／予防的な利益は、後期疾患病状を好転させること、および／または死亡率を低下させることを含む。ある特定の実施形態では、治療上および／または予防上の利益は、例えば、被験体からの呼吸器試料（肺組織、鼻腔スワブ、痰など）における、ウイルス負荷量および／またはウイルス排出の低減を含む。ある特定の実施形態では、治療上および／または予防上の利益は、例えば、本明細書に記載される軽度から中等度から重度への、または重度から重篤への、ＣＯＶＩＤ－１９の進行を予防することを含む。ある特定の実施形態では、治療上および／または予防上の利益は、例えば、症候性であることもあり、または無症候性であることもある、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の罹患および／または伝播を予防することを含む。
本開示の抗体、抗原結合断片または組成物の「治療有効量」または「有効量」は、統計的に有意な形での、臨床転帰の改善；疾患に関連する症状の軽減もしくは緩和；症状の発生の減少；生活の質の向上；より長い無病状態；疾患の程度の減少、病態の安定化；疾患進行の遅延；寛解；生存；または生存期間の延長を含む、治療効果をもたらすのに十分な、組成物または分子の量を指す。単独で投与される個々の活性成分に言及する場合、治療有効量は、その成分の効果、または単独でその成分を発現する細胞の効果を指す。組合せに言及する場合、治療有効量は、連続的に投与されるのか、逐次的に投与されるのか、同時に投与されるのかを問わず、治療効果をもたらす、活性成分の合わせた量、または活性成分を発現する細胞と組み合わせた補助活性成分の合わせた量を指す。組合せは、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原に特異的に結合する２つの異なる抗体を含み得、このＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原は、ある特定の実施形態では、同じもしくは異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原であり得、および／または同じもしくは異なるエピトープを含み得る。
本明細書で使用される場合、「アミノ酸」は、天然に存在するアミノ酸および合成アミノ酸、ならびに天然に存在するアミノ酸と類似の様式で機能するアミノ酸アナログおよびアミノ酸ミメティックを指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝コードによってコードされるもの、ならびに後に修飾されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ－カルボキシグルタミン酸、およびＯ－ホスホセリンである。アミノ酸アナログは、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、およびＲ基に結合しているα－炭素を有する化合物、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのようなアナログは、修飾されたＲ基（例えば、ノルロイシン）または修飾されたペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を保持する。アミノ酸ミメティックは、アミノ酸の一般的な化学構造とは異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と類似の様式で機能する化合物を指す。
本明細書で使用される場合、「変異」は、それぞれ、参照または野生型核酸分子またはポリペプチド分子と比較して、核酸分子またはポリペプチド分子の配列における変化を指す。変異は、ヌクレオチド（複数可）またはアミノ酸（複数可）の置換、挿入または欠失を含む、いくつかの異なる種類の配列の変化をもたらし得る。
「保存的置換」は、特定のタンパク質の結合特徴に有意に影響を及ぼさないか、またはそれを有意に変更しない、アミノ酸置換を指す。一般に、保存的置換は、置換されたアミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられるものである。保存的置換は、以下の群の１つにおいて見出される置換を含む：群１：アラニン（ＡｌａまたはＡ）、グリシン（ＧｌｙまたはＧ）、セリン（ＳｅｒまたはＳ）、トレオニン（ＴｈｒまたはＴ）；群２：アスパラギン酸（ＡｓｐまたはＤ）、グルタミン酸（ＧｌｕまたはＺ）；群３：アスパラギン（ＡｓｎまたはＮ）、グルタミン（ＧｌｎまたはＱ）；群４：アルギニン（ＡｒｇまたはＲ）、リシン（ＬｙｓまたはＫ）、ヒスチジン（ＨｉｓまたはＨ）；群５：イソロイシン（ＩｌｅまたはＩ）、ロイシン（ＬｅｕまたはＬ）、メチオニン（ＭｅｔまたはＭ）、バリン（ＶａｌまたはＶ）；および群６：フェニルアラニン（ＰｈｅまたはＦ）、チロシン（ＴｙｒまたはＹ）、トリプトファン（ＴｒｐまたはＷ）。加えて、または代わりに、アミノ酸は、類似の機能、化学構造、または組成（例えば、酸性、塩基性、脂肪族、芳香族、または硫黄含有）によって保存的置換の群に分類することができる。例えば、脂肪族の分類は、置換の目的について、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、およびＩｌｅを含み得る。他の保存的置換群としては、硫黄含有：Ｍｅｔおよびシステイン（ＣｙｓまたはＣ）；酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、およびＧｌｎ；小さな脂肪族の、非極性の、またはわずかに極性の残基：Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、およびＧｌｙ；極性の、負に荷電した残基、およびそれらのアミド：Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、およびＧｌｎ；極性の、正に荷電した残基：Ｈｉｓ、Ａｒｇ、およびＬｙｓ；大きな脂肪族の、非極性の残基：Ｍｅｔ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、およびＣｙｓ；ならびに大きな芳香族の残基：Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、およびＴｒｐが挙げられる。追加の情報は、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ
（１９８４） Ｐｒｏｔｅｉｎｓ， Ｗ．Ｈ． Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙに見出すことができる。
本明細書で使用される場合、「タンパク質」または「ポリペプチド」は、アミノ酸残基のポリマーを指す。タンパク質は、天然に存在するアミノ酸ポリマー、ならびに１つまたは複数のアミノ酸残基が対応する天然に存在するアミノ酸および天然に存在しないアミノ酸のポリマーの人工的な化学ミメティックであるアミノ酸ポリマーに適用される。本開示のタンパク質、ペプチド、およびポリペプチドのバリアントも企図される。ある特定の実施形態では、バリアントのタンパク質、ペプチド、およびポリペプチドは、本明細書に記載される定義されたアミノ酸配列または参照アミノ酸配列のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．９％同一であるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる。
「核酸分子」または「ポリヌクレオチド」または「ポリ核酸」は、共有結合的に連結したヌクレオチドを含むポリマー化合物を指し、これは、天然のサブユニット（例えば、プリンまたはピリミジン塩基）または非天然サブユニット（例えば、モルホリン環）で構成され得る。プリン塩基としては、アデニン、グアニン、ヒポキサンチン、およびキサンチンが挙げられ、ピリミジン塩基としては、ウラシル、チミン、およびシトシンが挙げられる。核酸分子は、ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ウイルスゲノムＲＮＡ、および合成ＲＮＡを含むポリリボ核酸（ＲＮＡ）、ならびにｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、および合成ＤＮＡを含むポリデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を含み、これらはいずれも一本鎖または二本鎖であり得る。一本鎖の場合、核酸分子は、コード鎖または非コード（アンチセンス）鎖であり得る。アミノ酸配列をコードする核酸分子は、同じアミノ酸配列をコードするすべてのヌクレオチド配列を含む。ヌクレオチド配列の一部のバージョンは、イントロン（複数可）が共転写のまたは転写後の機構により除去されるであろう程度にイントロン（複数可）も含み得る。言い換えれば、異なるヌクレオチド配列は、遺伝コードの重複性もしくは縮重の結果として、またはスプライシングにより、同じアミノ酸配列をコードし得る。
本開示の核酸分子のバリアントも企図される。バリアント核酸分子は、本明細書に記載される定義されたまたは参照ポリヌクレオチドの核酸分子と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％同一であり、好ましくは、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．９％同一であり、あるいは、これは、０．０１５Ｍの塩化ナトリウム、０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム、約６５～６８℃の、または０．０１５Ｍの塩化ナトリウム、０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム、および５０％ホルムアミド、約４２℃のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でポリヌクレオチドにハイブリダイズする。核酸分子バリアントは、標的分子の結合などの本明細書に記載される機能性を有するその結合ドメインをコードする能力を保持する。
「配列同一性パーセント」は、配列を比較することによって決定される、２つまたはそれより多くの配列間の関係を指す。配列同一性を決定するための好ましい方法は、比較される配列間の最良の一致を与えるように設計される。例えば、最適な比較の目的で、配列を整列させる（例えば、最適な整列のために、第１および第２のアミノ酸配列または核酸配列の一方または両方にギャップを導入することができる）。さらに、非相同配列は、比較の目的で、無視してもよい。本明細書において言及される配列同一性パーセントは、他に指示されない限り、参照配列の長さにわたって算出される。配列同一性および類似性を決定する方法は、公に利用可能なコンピュータープログラムに見出すことができる。配列の整列および同一性パーセントの算出は、ＢＬＡＳＴプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴ ２．０、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、またはＢＬＡＳＴＸ）を使用して行ってもよい。ＢＬＡＳＴプログラムにおいて使用される数学アルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５：３３８９－３４０２， １９９７に見出すことができる。本開示の文脈内では、配列解析ソフトウェアを解析のために使用する場合、解析の結果は、言及されるプログラムの「デフォルト値」に基づくことが理解される。「デフォルト値」は、最初に初期化された場合に、ソフトウェアに元々ロードされた任意の値またはパラメーターのセットを意味する。
「単離された」という用語は、材料が、その元々の環境（例えば、それが天然に存在する場合、天然の環境）から取り出されていることを意味する。例えば、生きている動物中に存在する天然に存在する核酸またはポリペプチドは、単離されていないが、同じ核酸またはポリペプチドが、天然の系中で共存している材料の一部または全部から分離されている場合、単離されている。そのような核酸は、ベクターの部分であり得、かつ／あるいは、そのような核酸またはポリペプチドは、組成物（例えば、細胞溶解物）の部分であり得、それでもなお、そのようなベクターまたは組成物が核酸またはポリペプチドについて天然の環境の一部ではないという点で、単離されている。
「遺伝子」という用語は、ポリペプチド鎖の生成に関与するＤＮＡまたはＲＮＡのセグメントを意味し、ある特定の文脈では、これは、コード領域の前後の領域（例えば、５’非翻訳領域（ＵＴＲ）および３’ＵＴＲ）、ならびに個々のコードセグメント（エクソン）の間の介在配列（イントロン）を含む。
「機能的バリアント」は、本開示の親化合物または参照化合物と構造的に類似しているか、または実質的に構造的に類似しているが、組成がわずかに異なる（例えば、１つの塩基、原子または官能基が異なる、付加されている、または除去されている）ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを指し、その結果、ポリペプチドまたはコードされるポリペプチドは、親ポリペプチドの少なくとも１つの機能を、少なくとも５０％の効率で、好ましくは、親ポリペプチドの活性の少なくとも５５％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または１００％のレベルで行うことができる。言い換えれば、本開示のポリペプチドまたはコードされるポリペプチドの機能的バリアントは、結合親和性を測定するためのアッセイ（例えば、Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標）または会合定数（Ｋａ）または解離定数（ＫＤ）を測定する四量体染色）などの選択されたアッセイにおいて、親化合物または参照ポリペプチドと比較して、機能的バリアントが性能の５０％以下の低減を示す場合、「類似の結合性」、「類似の親和性」、または「類似の活性」を有する。
本明細書で使用される場合、「機能的部分」または「機能的断片」は、親化合物または参照化合物のドメイン、部分または断片のみを含むポリペプチドまたはポリヌクレオチドを指し、ポリペプチドまたはコードされるポリペプチドは、親化合物または参照化合物のドメイン、部分または断片に関連する少なくとも５０％の活性、好ましくは、親ポリペプチドの活性の少なくとも５５％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または１００％のレベルを保持するか、あるいは生物学的利益（例えば、エフェクター機能）を提供する。本開示のポリペプチドまたはコードされるポリペプチドの「機能的部分」または「機能的断片」は、選択されたアッセイにおいて、親ポリペプチドまたは参照ポリペプチドと比較して、機能的部分または断片が、５０％以下（好ましくは、２０％以下または１０％以下、あるいは親和性に関して、親または参照と比較して対数差以下）の性能の低減を示す場合、「類似の結合性」または「類似の活性」を有する。
本明細書で使用される場合、「操作された」、「組換え」、または「非天然」という用語は、少なくとも１つの遺伝的変更を含むか、あるいは外因性または異種核酸分子の導入によって改変された、生物体、微生物、細胞、核酸分子、またはベクターを指し、そのような変更または改変は、遺伝子操作（すなわち、人為的な介入）によって導入される。遺伝的変更としては、例えば、機能的ＲＮＡ、タンパク質、融合タンパク質または酵素をコードする発現可能な核酸分子を導入する改変、あるいは他の核酸分子の付加、欠失、置換、または細胞の遺伝子材料の他の機能的破壊が挙げられる。追加の改変には、例えば、改変がポリヌクレオチド、遺伝子、またはオペロンの発現を変更する、非コード調節領域を含む。
本明細書で使用される場合、「異種」、または「非内因性」、または「外因性」は、宿主細胞または被験体に対してネイティブではない任意の遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、または活性、あるいは、宿主細胞または被験体に対してネイティブであるが変更されている任意の遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、または活性を指す。異種、非内因性、または外因性としては、ネイティブなおよび変更された遺伝子、タンパク質、化合物、または核酸分子の間で構造、活性、またはその両方が異なるように変異しているか、またはそうでなければ変更されている、遺伝子、タンパク質、化合物、または核酸分子が挙げられる。ある特定の実施形態では、異種、非内因性、または外因性の遺伝子、タンパク質、または核酸分子（例えば、受容体、リガンドなど）は、宿主細胞または被験体に対して内因性でなくてもよいが、代わりに、そのような遺伝子、タンパク質、または核酸分子をコードする核酸が、コンジュゲーション、形質転換、トランスフェクション、電気穿孔などによって宿主細胞に付加されていてもよく、ここで、付加された核酸分子は、宿主細胞のゲノムに組み込まれていてもよく、または染色体外遺伝子材料として（例えば、プラスミド、または他の自己複製性ベクターとして）存在することができる。「相同な」または「ホモログ」という用語は、宿主細胞、種、または株において見出されるか、またはそれに由来する、遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、または活性を指す。例えば、ポリペプチドをコードする異種または外因性のポリヌクレオチドまたは遺伝子は、ネイティブなポリヌクレオチドまたは遺伝子と相同であってもよく、相同なポリペプチドまたは活性をコードするが、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドが、変更された構造、配列、発現レベル、またはこれらの任意の組み合わせを有していてもよい。非内因性のポリヌクレオチドまたは遺伝子、ならびにコードされるポリペプチドまたは活性は、同じ種、異なる種、またはこれらの組み合わせ由来であってもよい。
ある特定の実施形態では、変更されているか、または変異している場合、宿主細胞に対してネイティブな核酸分子またはその部分は、宿主細胞に対して異種とみなされ、あるいは、異種発現制御配列を用いて変更されているか、または宿主細胞に対してネイティブな核酸分子に通常は関連しない内因性発現制御配列を用いて変更されている場合、宿主細胞に対してネイティブな核酸分子は、異種とみなされてもよい。加えて、「異種」という用語は、宿主細胞に対して異なる、変更された、または内因性ではない、生物活性を指し得る。本明細書に記載されるように、１つより多くの異種核酸分子は、別々の核酸分子として、複数の個々に制御される遺伝子として、ポリシストロニックな核酸分子として、融合タンパク質をコードする単一の核酸分子として、またはこれらの任意の組み合わせで、宿主細胞に導入することができる。
本明細書で使用される場合、「内因性」または「ネイティブ」という用語は、宿主細胞または被験体に通常存在する、ポリヌクレオチド、遺伝子、タンパク質、化合物、分子、または活性を指す。
「発現」という用語は、本明細書で使用される場合、遺伝子などの核酸分子のコード配列に基づいてポリペプチドが産生されるプロセスを指す。プロセスは、転写、転写後制御、転写後修飾、翻訳、翻訳後制御、翻訳後修飾、またはこれらの任意の組み合わせを含み得る。発現される核酸分子は、典型的には、発現制御配列（例えば、プロモーター）に作動可能に連結されている。
「作動可能に連結される」という用語は、一方の機能が他方によって影響を受けるような、単一の核酸断片上の２つまたはそれより多くの核酸分子の会合を指す。例えば、プロモーターは、コード配列の発現に影響を及ぼすことができる場合、コード配列と作動可能に連結されている（すなわち、コード配列は、プロモーターの転写制御下にある）。「連結されていない」とは、関連する遺伝エレメントが互いに密接に関連せず、一方の機能が他方に影響を及ぼさないことを意味する。
本明細書に記載されるように、１つより多くの異種核酸分子は、別々の核酸分子として、複数の個々に制御される遺伝子として、ポリシストロニックな核酸分子として、タンパク質（例えば、抗体の重鎖）をコードする単一の核酸分子として、またはこれらの任意の組み合わせで、宿主細胞に導入することができる。２つまたはそれより多くの異種核酸分子が宿主細胞に導入される場合、２つまたはそれより多くの異種核酸分子を、単一の核酸分子として（例えば、単一のベクターにおいて）、別々のベクターにおいて、宿主染色体の単一の部位または複数の部位に組み込んで、あるいはこれらの任意の組み合わせで導入することができることが理解される。言及される異種核酸分子、またはタンパク質活性の数は、宿主細胞に導入される別々の核酸分子の数ではなく、コードする核酸分子の数またはタンパク質活性の数を指す。
「構築物」という用語は、組換え核酸分子（または、文脈が明確に指示する場合、本開示の融合タンパク質）を含有する任意のポリヌクレオチドを指す。（ポリヌクレオチド）構築物は、ベクター（例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター）中に存在していてもよく、またはゲノムに組み込まれていてもよい。「ベクター」は、別の核酸分子を輸送できる核酸分子である。ベクターは、例えば、染色体、非染色体、半合成または合成核酸分子を含み得る、プラスミド、コスミド、ウイルス、ＲＮＡベクター、あるいは直鎖状または環状のＤＮＡまたはＲＮＡ分子であり得る。本開示のベクターは、トランスポゾン系も含む（例えば、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ、例えば、Ｇｅｕｒｔｓ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． ８：１０８， ２００３： Ｍａｔｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｇｅｎｅｔ． ４１：７５３， ２００９を参照されたい）。例示的なベクターは、自律複製できるベクター（エピソームベクター）、ポリヌクレオチドを細胞ゲノムに送達できるベクター（例えば、ウイルスベクター）、または連結された核酸分子を発現させることができるベクター（発現ベクター）である。
本明細書で使用される場合、「発現ベクター」または「ベクター」は、適切な宿主における核酸分子の発現をもたらすことができる適切な制御配列に作動可能に連結されている核酸分子を含有するＤＮＡ構築物を指す。そのような制御配列は、転写をもたらすためのプロモーター、そのような転写を制御するための必要に応じたオペレーター配列、適切なｍＲＮＡリボソーム結合部位をコードする配列、ならびに転写および翻訳の終結を制御する配列を含む。ベクターは、プラスミド、ファージ粒子、ウイルス、または単なる潜在的なゲノム挿入物であってもよい。適切な宿主に形質転換されたら、ベクターは、宿主ゲノ
ムとは独立して複製および機能し得、あるいは、一部の例では、ゲノムにそれ自体が組みむか、またはベクターに含有されるポリヌクレオチドをベクター配列なしでゲノムに送達することができる。本明細書では、「プラスミド」、「発現プラスミド」、「ウイルス」、および「ベクター」は、多くの場合、互換的に使用される。
核酸分子を細胞に挿入する文脈における「導入される」という用語は、「トランスフェクション」、「形質転換」、または「形質導入」を意味し、核酸分子の真核細胞または原核細胞への組込みへの言及を含み、ここで、核酸分子は、細胞のゲノム（例えば、染色体、プラスミド、色素体、またはミトコンドリアＤＮＡ）に組み込まれ得るか、自律的なレプリコンに変換され得るか、または一過的に発現され得る（例えば、トランスフェクトされたｍＲＮＡ）。
ある特定の実施形態では、本開示のポリヌクレオチドは、ベクターのある特定のエレメントに機能的に連結されていてもよい。例えば、ライゲーションされるコード配列の発現およびプロセシングをもたらすのに必要なポリヌクレオチド配列が、機能的に連結されていてもよい。発現制御配列は、妥当な転写開始、終結、プロモーター、およびエンハンサー配列；スプライシングおよびポリアデニル化シグナルなどの効率的なＲＮＡプロセシングシグナル；細胞質ｍＲＮＡを安定化する配列；翻訳効率を増強する配列（すなわち、Ｋｏｚａｋコンセンサス配列）；タンパク質安定性を増強する配列；ならびに場合により、タンパク質分泌を増強する配列を含んでいてもよい。発現制御配列は、それらが、目的の遺伝子と、トランスにまたは目的の遺伝子が制御される距離で作用する発現制御配列とが近接する場合、機能的に連結され得る。
ある特定の実施形態では、ベクターは、プラスミドベクター、またはウイルスベクター（例えば、レンチウイルスベクター、またはγ－レトロウイルスベクター）を含む。ウイルスベクターとしては、レトロウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス（例えば、アデノ随伴ウイルス）、コロナウイルス、オルトミクソウイルス（例えば、インフルエンザウイルス）、ラブドウイルス（例えば、狂犬病および水疱性口内炎ウイルス）、パラミクソウイルス（例えば、麻疹およびセンダイ）などのマイナス鎖ＲＮＡウイルス、ピコルナウイルスおよびアルファウイルスなどのプラス鎖ＲＮＡウイルス、ならびにアデノウイルス、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス１型および２型、エプスタインバーウイルス、サイトメガロウイルス）、およびポックスウイルス（例えば、ワクシニア、鶏痘、およびカナリアポックス）を含む二本鎖ＤＮＡウイルスが挙げられる。他のウイルスとしては、例えば、ノーウォークウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、パポーバウイルス、ヘパドナウイルス、および肝炎ウイルスが挙げられる。レトロウイルスの例としては、トリ白血症肉腫、哺乳動物Ｃ型、Ｂ型ウイルス、Ｄ型ウイルス、ＨＴＬＶ－ＢＬＶ群、レンチウイルス、スプーマウイルスが挙げられる（Ｃｏｆｆｉｎ， Ｊ． Ｍ．， Ｒｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ： Ｔｈｅ ｖｉｒｕｓｅｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ， Ｉｎ Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ， Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｂ． Ｎ． Ｆｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．， Ｅｄｓ．， Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ－Ｒａｖｅｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ， Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ， １９９６）。
「レトロウイルス」は、ＲＮＡゲノムを有するウイルスであり、これは、逆転写酵素を使用してＤＮＡに逆転写され、次いで、逆転写されたＤＮＡは、宿主細胞のゲノムに組み込まれる。「ガンマレトロウイルス」は、レトロウイルス科の属を指す。ガンマレトロウイルスの例としては、マウス幹細胞ウイルス、マウス白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ネコ肉腫ウイルス、およびトリ細網内皮症ウイルスが挙げられる。
「レンチウイルスベクター」は、遺伝子送達のためのＨＩＶに基づくレンチウイルスベクターを含み、これは、組込みまたは非組込みであり得、比較的大きなパッケージング容量を有し、異なる細胞型の範囲に形質導入することができる。レンチウイルスベクターは、通常、３つ（パッケージング、エンベロープ、および移入）またはそれより多くのプラスミドの産生細胞への一過性トランスフェクション後に生成される。ＨＩＶと同様に、レンチウイルスベクターは、標的細胞に、ウイルス表面糖タンパク質と細胞表面上の受容体との相互作用により侵入する。侵入したら、ウイルスＲＮＡは、ウイルス逆転写酵素複合体によって媒介される逆転写を受ける。逆転写の産物は、二本鎖直鎖状ウイルスＤＮＡであり、これは、感染細胞のＤＮＡへのウイルス組込みのための基質である。
ある特定の実施形態では、ウイルスベクターは、ガンマレトロウイルス、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）由来ベクターであり得る。他の実施形態では、ウイルスベクターは、より複雑なレトロウイルス由来ベクター、例えば、レンチウイルス由来ベクターであり得る。ＨＩＶ－１由来ベクターは、このカテゴリーに属する。他の例としては、ＨＩＶ－２、ＦＩＶ、ウマ伝染性貧血ウイルス、ＳＩＶ、およびマエディビスナウイルス（ヒツジレンチウイルス）に由来するレンチウイルスベクターが挙げられる。導入遺伝子を含有するウイルス粒子を用いて哺乳動物宿主細胞を形質導入するために、レトロウイルスベクターおよびレンチウイルスベクター、ならびにパッケージング細胞を使用する方法は当技術分野において公知であり、以前に、例えば、米国特許第８，１１９，７７２号；Ｗａｌｃｈｌｉ ｅｔ ａｌ．， ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ６：３２７９３０， ２０１１；Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １７４：４４１５， ２００５；Ｅｎｇｅｌｓ ｅｔ ａｌ．， Ｈｕｍ． Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． １４：１１５５， ２００３；Ｆｒｅｃｈａ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． １８：１７４８， ２０１０；およびＶｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ５０６：９７， ２００９に記載されている。レトロウイルスベクターおよびレンチウイルスベクターの構築物および発現系も市販されている。他のウイルスベクターはまた、ポリヌクレオチド送達のために使用することができ、例えば、アデノウイルスに基づくベクターおよびアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に基づくベクターを含むＤＮＡウイルスベクター；アンプリコンベクター、複製欠損ＨＳＶおよび弱毒化ＨＳＶを含む単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）に由来するベクターを含む（Ｋｒｉｓｋｙ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． ５：１５１７， １９９８）。
本開示の組成物および方法とともに使用することができる他のベクターとしては、バキュロウイルスおよびα－ウイルスに由来するベクター（Ｊｏｌｌｙ， Ｄ Ｊ． １９９９． Ｅｍｅｒｇｉｎｇ Ｖｉｒａｌ Ｖｅｃｔｏｒｓ． ｐｐ ２０９－４０ ｉｎ Ｆｒｉｅｄｍａｎｎ Ｔ． ｅｄ． Ｔｈｅ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ． Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ： Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂ）、またはプラスミドベクター（ｓｌｅｅｐｉｎｇ ｂｅａｕｔｙ、または他のトランスポゾンベクターなど）が挙げられる。
ウイルスベクターゲノムが、宿主細胞において発現される複数のポリヌクレオチドを別々の転写物として含む場合、ウイルスベクターはまた、バイシストロン性または多シストロン性発現を可能にする２つ（またはそれより多くの）転写物の間に追加の配列を含んでいてもよい。ウイルスベクターにおいて使用されるそのような配列の例としては、配列内リボソーム侵入部位（ＩＲＥＳ）、フューリン切断部位、ウイルス２Ａペプチド、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられる。
被験体への直接投与のためのＤＮＡに基づく抗体または抗原結合断片をコードするプラスミドベクターを含むプラスミドベクターは、本明細書でさらに記載される。
本明細書で使用される場合、「宿主」という用語は、目的のポリペプチド（例えば、本開示の抗体）を産生する異種核酸分子による遺伝子改変のために標的にされる細胞または微生物を指す。
宿主細胞は、ベクター、または核酸の組込みを受け入れ得るか、あるいはタンパク質を発現し得る、任意の個々の細胞または細胞培養物を含み得る。この用語は、遺伝学的にまたは表現型的に同じまたは異なるかにかかわらず、宿主細胞の子孫も包含する。適切な宿主細胞は、ベクターに依存してもよく、哺乳動物細胞、動物細胞、ヒト細胞、サル細胞、昆虫細胞、酵母細胞、および細菌細胞が挙げられ得る。これらの細胞は、ウイルスベクター、リン酸カルシウム沈殿による形質転換、ＤＥＡＥ－デキストラン、電気穿孔、マイクロインジェクション、または他の方法の使用により、ベクターまたは他の材料を組み込むように誘導されてもよい。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ２ｄ ｅｄ． （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， １９８９）．を参照されたい。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の文脈では、「宿主」は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した細胞または被験体を指す。
「抗原」または「Ａｇ」は、本明細書で使用される場合、免疫応答を起こさせる免疫原性分子を指す。この免疫応答は、抗体産生、特定の免疫適格細胞の活性化、補体の活性化、抗体依存性細胞傷害、またはこれらの任意の組み合わせを含み得る。抗原（免疫原性分子）は、例えば、ペプチド、グリコペプチド、ポリペプチド、グリコポリペプチド、ポリヌクレオチド、多糖、脂質などであり得る。抗原が、合成され得るか、組換的に生成し得るか、または生体試料に由来し得ることは、容易に明らかである。１つまたは複数の抗原を含有し得る例示的な生体試料としては、組織試料、糞便試料、細胞、生体液、またはこれらの組み合わせが挙げられる。抗原は、抗原を発現するように改変または遺伝子操作されている細胞によって産生され得る。抗原はまた、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、表面糖タンパク質、またはその部分）に存在することができ、例えば、ビリオン中に存在することができ、あるいはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した細胞の表面上で発現または提示され得る。
「エピトープ」または「抗原エピトープ」という用語は、免疫グロブリン、または他の結合分子、ドメイン、またはタンパク質などの同族の結合分子によって認識され、および特異的に結合する、任意の分子、構造、アミノ酸配列、またはタンパク質決定基を含む。エピトープ決定基は、一般に、アミノ酸または糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面の基を含有し、特定の三次元構造の特徴ならびに特定の電荷特徴を有することができる。抗原が、ペプチドまたはタンパク質であるか、またはこれを含む場合、エピトープは、連続したアミノ酸で構成され得るか（例えば、直鎖状エピトープ）、あるいはタンパク質フォールディングによって近接するタンパク質の異なる部分または領域由来のアミノ酸で構成され得るか（例えば、不連続エピトープもしくはコンフォメーションエピトープ）、またはタンパク質フォールディングとは無関係に極めて近接する非連続アミノ酸で構成され得る。
抗体、抗原結合断片、および組成物
ある特定の本開示の方法および使用は、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質（例えば、宿主細胞の細胞表面上および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ビリオン上に発現されるような）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片を、被験体に投与することを含む。
本明細書にさらに記載される、ある特定の好ましい実施形態では、方法に使用される抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１０６、１２１、１０８、１６９、１７０、および１７１にそれぞれ記載される、または配列番号１０６、１０７、１０８、１６９、１７０、および１７１にそれぞれ記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、方法に使用される抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１１３または１０５に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号１６８に記載されるＶＬアミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、方法において使用される抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質のエピトープ、またはエピトープを含む抗原に会合するか、またはそれと合体する一方で、試料中の任意の他の分子または構成成分と有意に会合も合体もしない。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質のエピトープに会合または合体し（例えば、結合する）、試料中に存在する別のコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ）由来のエピトープにも会合または合体することができるが、試料中の任意の他の分子または構成成分に有意に会合も合体もしない。言い換えれば、ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、および１つまたは複数の追加のコロナウイルスに対して交差反応性である。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に特異的に結合する。本明細書で使用される場合、「特異的に結合する」は、試料中の任意の他の分子または構成成分と有意に会合も合体もしないが、１０５Ｍ－１（この会合反応のオンレート［Ｋｏｎ］のオフレート［Ｋｏｆｆ］に対する比と等しい）と等しいまたはそれより大きい親和性またはＫａ（すなわち、単位１／Ｍの特定の結合相互作用の平衡会合定数）での抗体または抗原結合断片の抗原への会合または合体を指す。あるいは、親和性は、単位Ｍの特定の結合相互作用の平衡解離定数（Ｋｄ）として定義され得る（例えば、１０－５Ｍ～１０－１３Ｍ）。抗体は、「高親和性」抗体または「低親和性」抗体に分類され得る。「高親和性」抗体は、少なくとも１０７Ｍ－１、少なくとも１０８Ｍ－１、少なくとも１０９Ｍ－１、少なくとも１０１０Ｍ－１、少なくとも１０１１Ｍ－１、少なくとも１０１２Ｍ－１、または少なくとも１０１３Ｍ－１のＫａを有する抗体を指す。「低親和性」抗体は、１０７Ｍ－１まで、１０６Ｍ－１まで、１０５Ｍ－１までのＫａを有する抗体を指す。あるいは、親和性は、単位Ｍの特定の結合相互作用の平衡解離定数（Ｋｄ）として定義され得る（例えば、１０－５Ｍ～１０－１３Ｍ）。
特定の標的に結合する本開示の抗体を同定するため、および結合ドメインまたは結合タンパク質の親和性を決定するための種々のアッセイ、例えば、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ（例えば、直接、間接、またはサンドイッチ）、分析超遠心、分光法、および表面プラズモン共鳴（Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標））分析が公知である（例えば、Ｓｃａｔｃｈａｒｄ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ． Ｎ．Ｙ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ５１：６６０， １９４９；Ｗｉｌｓｏｎ， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９５：２１０３， ２００２；Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ５３：２５６０， １９９３；および米国特許第５，２８３，１７３号、同第５，４６８，６１４号、または等価物を参照されたい）。親和性、または見かけの親和性、または相対的な親和性を評価するためのアッセイも公知である。
結合は、例えば、宿主細胞においてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原を組換えで発現させること（例えば、トランスフェクションにより）、および抗体で宿主細胞を免疫染色すること（例えば、固定する、または固定および透過処理する）、およびフローサイトメトリー（例えば、ＺＥ５ Ｃｅｌｌ Ａｎａｌｙｚｅｒ（ＢｉｏＲａｄ（登録商標））およびＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ）を使用する）によって結合を分析することによって、決定することができる。一部の実施形態では、正の結合は、対照（例えば、偽）細胞に対するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２発現細胞の抗体による分染によって定義することができる。
一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、バイオレイヤー干渉法を使用して測定されるように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合する。ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、約４．５×１０－９Ｍ未満、約５×１０－９Ｍ未満、約１×１０－１０Ｍ未満、約５×１０－１０Ｍ未満、約１×１０－１１Ｍ未満、約５×１０－１１Ｍ未満、約１×１０－１２Ｍ未満、または約５×１０－１２Ｍ未満のＫＤで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合する。一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、約４．５×１０－９Ｍ未満、約５×１０－９Ｍ未満、約１×１０－１０Ｍ未満、約５×１０－１０Ｍ未満、約１×１０－１１Ｍ未満、約５×１０－１１Ｍ未満、約１×１０－１２Ｍ未満、または約５×１０－１２Ｍ未満のＫＤで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質のＲＢＤに結合する。ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、本明細書に示されるＫＤ、ｋａ、および／またはｋｄで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質（例えば、グリコシル化または脱グリコシル化されたＳタンパク質のＲＢＤ）に結合する。特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、グリコシル化Ｓタンパク質ＲＢＤに、約０．３５、約０．３６、約０．３７、約０．３８、約０．３９、約０．４０、約０．４１、約０．４２、約０．４３、約０．４４もしくは約０．４５ｎＭのＫＤ、約８．５ｅ４ １／Ｍｓのｋａ、および／または約３．３ｅ－５ １／Ｓのｋｄで結合できる。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、脱グリコシル化Ｓタンパク質ＲＢＤに、約０．９５、約０．９６ｎＭ、約０．９７ｎＭ、約０．９８ｎＭ、約０．９９ｎＭ、約１．０ｎＭ、約１．１ｎＭ、約１．２ｎＭ、約１．３ｎＭ、約１．４ｎＭ、約１．５ｎＭもしくは約１．６ｎＭのＫＤ、約３．１ｅ５ １／Ｍｓのｋａ、および／または約３．２ｅ－４ １／Ｓのｋｄで結合できる。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和できる。本明細書で使用される場合、「中和抗体」は、宿主における感染を開始および／または永続化する病原体の能力を、中和することができる抗体、すなわち、防止することができる抗体、阻害することができる抗体、低減することができる抗体、妨げることができる抗体、または妨害することができる抗体である。「中和抗体」および「～を中和する抗体（ａｎｔｉｂｏｄｙ ｔｈａｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｅｓ）」または「～を中和する抗体（ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｔｈａｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｅ）」という用語は、本明細書では、互換的に使用される。ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防できる、かつ／または中和できる。一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、約１６～約２０μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和できる。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、約０．３～約０．４μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でシュードタイプ化されたウイルスを中和できる。一部の実施形態では、本開示の、抗体または抗原結合断片、あるいは２つまたはそれより多くの抗体または抗原結合断片を含む組成物は、約０．０７～約０．０８μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でシュードタイプ化されたウイルスを中和できる。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２受容体結合モチーフ（ＲＢＭ、配列番号１６７）中のエピトープを認識するか；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＡＣＥ２の間の相互作用を遮断できるか；（ｉｉ）ＳＡＲＳコロナウイルスのＳタンパク質に対するよりも高いアビディティーでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合できるか；（ｉｖ）抗体または抗原結合断片が１０μｇ／ｍｌで存在する場合に、およそ１００μＬ中の約５０，０００個の標的細胞（例えば、ＥｘｐｉＣＨＯ細胞）を含む試料中で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質を発現する標的細胞の約３０％、約３５％、約４０％、約５０％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、またはそれより多くを染色する（例えば、フローサイトメトリーＥＬＩＳＡによって決定されるように染色する）ことができるか；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２ ＲＢＭ中、およびＳＡＲＳコロナウイルスのＡＣＥ２ ＲＢＭ中で保存されているエピトープを認識するか；（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳコロナウイルスに対して交差反応性であるか；（ｖｉｉ）ＡＣＥ２ ＲＢＭ中のものではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質中のエピトープを認識するか；あるいは（ｖｉｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の任意の組み合わせである。
抗体技術の当業者によって理解される用語は、本明細書で明らかに異なって定義されない限り、当技術分野において得られる意味をそれぞれ示す。例えば、「抗体」という用語は、ジスルフィド結合によって相互接続された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖および２つの軽（Ｌ）鎖を含む完全な抗体、ならびに完全な抗体によって認識される抗原標的分子に結合する能力を有するか、またはこれを保持する、完全な抗体の任意の抗原結合部分または断片、例えば、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、またはＦａｂ’２断片を指す。そのため、本明細書の「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を含み、完全な抗体、ならびに断片抗原結合（Ｆａｂ）断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、Ｆｖ断片、組換えＩｇＧ（ｒＩｇＧ）断片、一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）を含む一本鎖抗体断片、およびシングルドメイン抗体（例えば、ｓｄＡｂ、ｓｄＦｖ、ナノボディ）断片を含むその機能的（抗原結合）抗体断片を含む。この用語は、免疫グロブリンの遺伝子操作された形態および／または他の方法で改変された形態、例えば、イントラボディ、ペプチボディ、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、およびヘテロコンジュゲート抗体、多特異性、例えば、二特異性抗体、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、タンデムジ－ｓｃＦｖ、ならびにタンデムトリ－ｓｃＦｖを包含する。他に言及されない限り、「抗体」という用語は、その機能的抗体断片を包含することが理解されるべきである。この用語は、完全な抗体または全長抗体も包含し、ＩｇＧおよびそのサブクラス（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４）、ＩｇＭ、ＩｇＥ、ＩｇＡ、およびＩｇＤを含む、任意のクラスまたはサブクラスの抗体を含む。
「ＶＬ」または「ＶＬ」、および「ＶＨ」または「ＶＨ」という用語は、それぞれ、抗体軽鎖および抗体重鎖由来の可変結合領域を指す。ある特定の実施形態では、ＶＬは、カッパ（κ）クラス（また、本明細書では「ＶＫ」）である。ある特定の実施形態では、ＶＬは、ラムダ（λ）クラスである。可変結合領域は、「相補性決定領域」（ＣＤＲ）および「フレームワーク領域」（ＦＲ）として公知の別個の十分に定義されたサブ領域を含む。「相補性決定領域」および「ＣＤＲ」という用語は、「超可変領域」または「ＨＶＲ」と同義であり、一般に、抗体の抗原特異性および／または結合親和性を一緒に付与する抗体可変領域内のアミノ酸の配列を指し、ここで、連続ＣＤＲ（すなわち、ＣＤＲ１およびＣＤＲ２、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３）は、フレームワーク領域によって、一次構造が互いに分離されている。各可変領域中に３つのＣＤＲが存在する（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３；ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３；それぞれ、ＣＤＲＨおよびＣＤＲＬとも称される）。ある特定の実施形態では、抗体ＶＨは、以下の通り４つのＦＲおよび３つのＣＤＲを含み：ＦＲ１－ＨＣＤＲ１－ＦＲ２－ＨＣＤＲ２－ＦＲ３－ＨＣＤＲ３－ＦＲ４；抗体ＶＬは、以下の通り４つのＦＲおよび３つのＣＤＲを含む：ＦＲ１－ＬＣＤＲ１－ＦＲ２－ＬＣＤＲ２－ＦＲ３－ＬＣＤＲ３－ＦＲ４。一般に、ＶＨおよびＶＬは、それらのそれぞれのＣＤＲを通して抗原結合部位を一緒に形成する。
本明細書で使用される場合、ＣＤＲの「バリアント」は、１～３つまでのアミノ酸置換（例えば、保存的置換または非保存的置換）、欠失、またはこれらの組み合わせを有するＣＤＲ配列の機能的バリアントを指す。
ＣＤＲおよびフレームワーク領域の番号付けは、任意の公知の方法またはスキーム、例えば、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＥＵ、ＩＭＧＴ、およびＡＨｏの番号付けスキーム（例えば、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．， ”Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ， ＵＳ Ｄｅｐｔ． Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ， Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ， １９９１， ５ｔｈ ｅｄ．；Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． １９６：９０１－９１７ （１９８７））；Ｌｅｆｒａｎｃ ｅｔ ａｌ．， Ｄｅｖ． Ｃｏｍｐ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２７：５５， ２００３；Ｈｏｎｅｇｇｅｒ ａｎｄ Ｐｌｕｅｃｋｔｈｕｎ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏ． ３０９：６５７－６７０ （２００１）を参照されたい）に従い得る。等価の残基位置を、Ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ Ａｎｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ（ＡＮＡＲＣＩ）ソフトウェアツール（２０１６， Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １５：２９８－３００）を使用して、比較される異なる分子についてアノテートすることができる。
したがって、ある番号付けスキームに従う本明細書に提供される例示的な可変ドメイン（ＶＨまたはＶＬ）配列のＣＤＲの同定は、異なる番号付けスキームを使用して決定される同じ可変ドメインのＣＤＲを含む抗体を除外するものではない。ある特定の実施形態では、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＥＵ、ＩＭＧＴ、Ｍａｒｔｉｎ（改良されたＣｈｏｔｈｉａ）、Ｃｏｎｔａｃｔ、およびＡＨｏの番号付け方法を含む任意の公知のＣＤＲ番号付け方法を使用して決定されるように、配列番号１、９～１５、２３、２４、２７、２８～４６、５５、６３、７９、８７、９５、１０３、１０５、１１３～１２０、１２９～１４６、１５５、１７２、１７６～１７８、１９４、１９６、１９８、２００、２０２および２３９のいずれか１つに記載のＶＨ配列において同定されるＣＤＲと、配列番号５、４７～５０、５９、６７、７１～７２、７５、７６、８３、９１、９９、１０９、１４７～１５０、１５９、１６８、１８２、１９０、２３４、および２４３のいずれか１つに記載のＶＬ配列において同定されるＣＤＲとを含む抗体または抗原結合断片が提供される。ある特定の実施形態では、ＣＤＲは、ＩＭＧＴ番号付け方法に従う。ある特定の実施形態では、ＣＤＲは、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ（ＭＯＥ）ソフトウェアを使用して、Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ（ＣＣＧ）によって開発された抗体の番号付け方法に従う。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号１０６、１２１または１０７、１０８、１６９、１７０、および１７１に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体または抗原結合断片であって、（ｉ）ＣＤＲＨ１が、配列番号２、５６、６４、８０、８８、９６、１０６、１５６、１７９、１９５、または２４０のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｉｉ）ＣＤＲＨ２が、配列番号３、１６～２２、５７、６５、８１、８９、９７、１０７、１２１～１２６、１５７、１８０、１９７、１９９、または２４１のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｉｉｉ）ＣＤＲＨ３が、配列番号４、２５、２６、５８、６６、８２、９０、９８、１０４、１０８、１２７、１２８、１５８、１８１、２０１、２０３、または２４２のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｉｖ）ＣＤＲＬ１が、配列番号６、５１～５４、６０、６８、７３、７４、８４、９２、１００、１１０、１６０、１６９、１８３、２３５、または２４４のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｖ）ＣＤＲＬ２が、配列番号７、６１、６９、８５、９３、１０１、１１１、１６１、１７０、１８４、２３６、または２４５のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；かつ／あるいは（ｖｉ）ＣＤＲＬ３が、配列番号８、６２、７０、７７、７８、８６、９４、１０２、１１２、１５１、１５２、１５３、１５４、１６２、１７１、１８５、２３７、または２４６のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含む有する（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ ｈａｖｉｎｇ）その配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり、抗体または抗原結合断片が、宿主細胞の細胞表面上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体または抗原結合断片が提供される。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防できる、かつ／または中和できる。
「ＣＬ」という用語は、「免疫グロブリン軽鎖定常領域」または「軽鎖定常領域」、すなわち、抗体軽鎖由来の定常領域を指す。「ＣＨ」という用語は、「免疫グロブリン重鎖定常領域」または「重鎖定常領域」を指し、これは、抗体のアイソタイプに応じて、ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３ドメイン（ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＧ）、またはＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３、およびＣＨ４ドメイン（ＩｇＥ、ＩｇＭ）にさらに分けられる。抗体重鎖のＦｃ領域は、本明細書にさらに記載される。ここに開示される実施形態のいずれかでは、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＣＬ、ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３のいずれか１つまたは複数を含む。ある特定の実施形態では、ＣＬは、配列番号１７４または配列番号１９３のアミノ酸配列に対して９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、ＣＨ１－ＣＨ２－ＣＨ３は、配列番号１７３または配列番号１７５のアミノ酸配列に対して９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
例えば、哺乳動物細胞系における産生は、抗体重鎖の１つまたは複数のＣ末端リシンを除去することができることが理解される（例えば、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ． ｍＡｂｓ ６（５）：１１４５－１１５４ （２０１４）を参照されたい）。したがって、本開示の抗体または抗原結合断片は、重鎖、ＣＨ１－ＣＨ３、ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドを含むことができ、ここで、Ｃ末端リシン残基は、存在するか、または存在せず、言い換えれば、重鎖、ＣＨ１－ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドのＣ末端残基がリシンではない実施形態、およびリシンがＣ末端残基である実施形態を包含する。Ｃ末端リシンを欠いているＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列の例は、配列番号２６５および２６６に提供される。
ある特定の実施形態では、組成物は、複数の本開示の抗体および／または抗原結合断片を含み、ここで、１つまたは複数の抗体または抗原結合断片は、重鎖、ＣＨ１－ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドのＣ末端にリシン残基を含まず、１つまたは複数の抗体または抗原結合断片は、重鎖、ＣＨ１－ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドのＣ末端にリシン残基を含む。
「Ｆａｂ」（抗原に結合する断片）は、抗原に結合する抗体の部分であり、鎖間ジスルフィド結合を介して軽鎖に連結された重鎖の可変領域およびＣＨ１を含む。各Ｆａｂ断片は、抗原結合に関して一価である、すなわち、単一の抗原結合部位を有する。抗体のペプシン処置は、二価の抗原結合活性を有し、さらに抗原を架橋することができる、２つのジスルフィド結合したＦａｂ断片におおよそ対応する単一の大きなＦ（ａｂ’）２断片を生じる。ＦａｂおよびＦ（ａｂ’）２は両方とも、「抗原結合断片」の例である。Ｆａｂ’断片は、ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端において、抗体ヒンジ領域由来の１つまたは複数のシステインを含む追加のいくつかの残基を有することによって、Ｆａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’－ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基（複数可）が遊離のチオール基を持つＦａｂ’についての本明細書での表示である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、元々、それらの間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片の対として生成された。抗体断片の他の化学的カップリングも公知である。
Ｆａｂ断片は、例えば、ペプチドリンカーによって接合されて、本明細書で「ｓｃＦａｂ」とも称される一本鎖Ｆａｂを形成し得る。これらの実施形態では、ネイティブのＦａｂに存在する鎖間ジスルフィド結合は存在しなくてもよく、リンカーは、単一のポリペプチド鎖においてＦａｂ断片を連結または接続するように、完全にまたは部分的に役割を果たす。重鎖由来のＦａｂ断片（例えば、ＶＨ＋ＣＨ１、または「Ｆｄ」を含むか、これからなるか、または本質的にこれからなる）および軽鎖由来Ｆａｂ断片（例えば、ＶＬ＋ＣＬを含むか、これからなるか、または本質的にこれからなる）は、任意の配置で連結されて、ｓｃＦａｂを形成し得る。例えば、ｓｃＦａｂは、Ｎ末端からＣ末端への方向で、（重鎖Ｆａｂ断片－リンカー－軽鎖Ｆａｂ断片）または（軽鎖Ｆａｂ断片－リンカー－重鎖Ｆａｂ断片）に従って配置されていてもよい。ｓｃＦａｂにおいて使用するためのペプチドリンカーおよび例示的なリンカー配列は、本明細書でさらに詳細に議論される。
ｓｃＦａｂは、本明細書に開示される、ＶＨおよびＶＬ配列の任意の組み合わせ、またはＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３配列の任意の組み合わせを含むことができる。ある特定の実施形態では、ｓｃＦａｂは、配列番号１０５または配列番号１１３に提供されるＶＨ配列、および配列番号１６８に提供されるＶＬ配列を含む。ある特定の実施形態では、ｓｃＦａｂは、配列番号１０６に提供されるＣＤＲＨ１配列、配列番号１０７または１２１に提供されるＣＤＲＨ２配列、配列番号１０８に提供されるＣＤＲＨ３配列、配列番号１６９に提供されるＣＤＲＬ１配列、配列番号１７０に提供されるＣＤＲＬ２配列、および配列番号１７１に提供されるＣＤＲＬ３配列を含む。ある特定の実施形態では、ｓｃＦａｂは、配列番号２１８～２１９または２２６～２２７のいずれか１つに提供されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
「Ｆｖ」は、完全な抗原認識および抗原結合部位を含有する小さな抗体断片である。この断片は、一般に、密接に非共有結合的に会合した１つの重鎖可変領域ドメインおよび１つの軽鎖可変領域ドメインの二量体からなる。しかしながら、単一の可変ドメイン（または、抗原に特異的な３つのＣＤＲのみを含むＦｖの半分）でさえ、抗原を認識し、かつそれに結合する能力を有するが、典型的には、結合部位全体よりも親和性が低い。
「一本鎖Ｆｖ」は、「ｓＦｖ」または「ｓｃＦｖ」とも略され、単一のポリペプチド鎖に接続されたＶＨおよびＶＬ抗体ドメインを含む抗体断片である。一部の実施形態では、ｓｃＦｖポリペプチドは、ｓｃＦｖが抗原結合のために所望の構造を保持または形成することを可能にする、ＶＨおよびＶＬドメインの間に配置され、ＶＨおよびＶＬドメインを連結するポリペプチドリンカーを含む。そのようなペプチドリンカーは、当技術分野において周知の標準的な技法を使用して、融合ポリペプチドに組み込むことができる。ｓｃＦｖの概説について、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ ｉｎ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ， ｖｏｌ． １１３， Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ ｅｄｓ．， Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ｐｐ． ２６９－３１５ （１９９４）；以下のＢｏｒｒｅｂａｅｃｋ １９９５を参照されたい。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、およびＶＨドメインをＶＬドメインに連結するペプチドリンカーを含むｓｃＦｖを含む。特定の実施形態では、ｓｃＦｖは、ペプチドリンカーによってＶＬドメインに連結されたＶＨドメインを含み、これは、ＶＨ－リンカー－ＶＬの方向、またはＶＬ－リンカー－ＶＨの方向であり得る。本開示の任意のｓｃＦｖは、ＶＬドメインのＣ末端が短いペプチド配列によってＶＨドメインのＮ末端に連結されるように、またはその逆のように（すなわち、（Ｎ）ＶＬ（Ｃ）－リンカー－（Ｎ）ＶＨ（Ｃ）または（Ｎ）ＶＨ（Ｃ）－リンカー－（Ｎ）ＶＬ（Ｃ））、操作されていてもよい。あるいは、一部の実施形態では、リンカーは、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、またはその両方のＮ末端部分またはＶＨドメイン、ＶＬドメイン、またはその両方の末端に連結されていてもよい。
ペプチドリンカー配列は、例えば、（１）可撓性の伸長コンフォメーションを採用するそれらの能力、（２）第１および第２のポリペプチド上のおよび／または標的分子上の機能的エピトープと相互作用し得る二次構造を採用できないこと、またはこれを採用する能力の欠如、ならびに／あるいは（３）ポリペプチドおよび／または標的分子と反応する可能性がある疎水性または荷電残基の欠如または相対的な欠如に基づいて選択され得る。リンカー設計に関する他の考慮事項（例えば、長さ）は、ＶＨおよびＶＬが機能的抗原結合部位を形成することができるコンフォメーションまたはコンフォメーションの範囲を含み得る。ある特定の実施形態では、ペプチドリンカー配列は、例えば、Ｇｌｙ、Ａｓｎ、およびＳｅｒ残基を含有する。ＴｈｒおよびＡｌａなどの他のほぼ中性アミノ酸もまた、リンカー配列に含まれていてもよい。リンカーとして有用に用いられ得る他のアミノ酸配列としては、Ｍａｒａｔｅａ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ ４０：３９ ４６ （１９８５）；Ｍｕｒｐｈｙ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８３：８２５８ ８２６２ （１９８６）；米国特許第４，９３５，２３３号、および米国特許第４，７５１，１８０号に開示されているものが挙げられる。リンカーの他の実例および非限定的な例としては、例えば、単一の反復が存在するか、または１～５回もしくはそれより多くの回数、またはそれより多く繰り返される場合、Ｇｌｕ－Ｇｌｙ－Ｌｙｓ－Ｓｅｒ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｇｌｕ－Ｓｅｒ－Ｌｙｓ－Ｖａｌ－Ａｓｐ（配列番号２１５）（Ｃｈａｕｄｈａｒｙ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８７：１０６６－１０７０ （１９９０））、およびＬｙｓ－Ｇｌｕ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｖａｌ－Ｓｅｒ－Ｓｅｒ－Ｇｌｕ－Ｇｌｎ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｇｌｎ－Ｐｈｅ－Ａｒｇ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ａｓｐ（配列番号２１６）（Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３－４２６（１９８８））、および五量体のＧｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ（配列番号２１７）が挙げられ得る；例えば、配列番号２１３を参照されたい。任意の適切なリンカーが使用され得、一般に、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、１５、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００アミノ酸長、または約２００アミノ酸長未満であり得、好ましくは、可撓性の構造を含み（リンカーによって接続された２つの領域、ドメイン、モチーフ、断片、またはモジュールの間のコンフォメーションの動きのための可撓性および場所を提供することができる）、好ましくは、生物学的に不活性であり、かつ／またはヒトにおいて免疫原性の低い危険性を有する。例示的なリンカーとしては、配列番号２０６～２１７のいずれか１つまたは複数に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるリンカーが挙げられる。ある特定の実施形態では、リンカーは、配列番号２０６～２１７のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも７５％（すなわち、少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる。
ｓｃＦｖは、本明細書に開示される、ＶＨおよびＶＬ配列の任意の組み合わせ、またはＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３配列の任意の組み合わせを使用して、構築することができる。ある特定の実施形態では、ｓｃＦｖは、配列番号１０５または配列番号１１３に提供されるＶＨ配列、および配列番号１６８に提供されるＶＬ配列を含む。ある特定の実施形態では、ｓｃＦａｂは、配列番号１０６に提供されるＣＤＲＨ１配列、配列番号１０７または１２１に提供されるＣＤＲＨ２配列、配列番号１０８に提供されるＣＤＲＨ３配列、配列番号１６９に提供されるＣＤＲＬ１配列、配列番号１７０に提供されるＣＤＲＬ２配列、および配列番号１７１に提供されるＣＤＲＬ３配列を含む。ある特定の実施形態では、ｓｃＦｖは、配列番号２２０～２２１または配列番号２２８～２２９に提供されるアミノ酸配列を含むことができる。
一部の実施形態では、例えば、第１および第２のポリペプチドが、機能的ドメインを分離し、立体的な干渉を防止するために使用され得る非必須Ｎ末端アミノ酸領域を有する場合、リンカー配列は必要ではない。
ここに開示される（「親」）抗体と比較して、可変領域（例えば、ＶＨ、ＶＬ、フレームワーク、またはＣＤＲ）中に１つまたは複数のアミノ酸の変更を含むバリアント抗体であって、バリアント抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原に結合できる、バリアント抗体も本明細書に提供される。
ある特定の実施形態では、ＶＨは、配列番号１、９～１５、２３、２４、２７、２８～４６、５５、６３、７９、８７、９５、１０３、１０５、１１３～１２０、１２９～１４６、１５５、１７２、１７６～１７８、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、および２３９のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（すなわち、８５％、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ここで、変動は、必要に応じて、１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、かつ／あるいは変動は、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含み、かつ／あるいは（ｉｉ）ＶＬは、配列番号５、４７～５０、５９、６７、７１～７２、７５、７６、８３、９１、９９、１０９、１４７～１５０、１５９、１６８、１８２、１９０、２３４、および２４３のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（すなわち、８５％、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ここで、変動は、必要に応じて、１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、かつ／あるいは変動は、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含む。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、配列番号１０５に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨ、および配列番号１６８に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬを含む。さらなる実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、配列番号１０５に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨ、および配列番号１６８に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬを含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に、約４．５×１０－９Ｍ未満、約５×１０－９Ｍ未満、約１×１０－１０Ｍ未満、約５×１０－１０Ｍ未満、約１×１０－１１Ｍ未満、約５×１０－１１Ｍ未満、約１×１０－１２Ｍ、または約５×１０－１２Ｍ未満のＫＤで結合する。なおさらなる実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、配列番号１０５に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨ、および配列番号１６８に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬを含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でシュードタイプ化されたウイルスを、約０．３～約０．４μｇ／ｍｌのＩＣ５０で中和できる。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、配列番号１０５に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨ、および配列番号１６８に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬを含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質ＲＢＤに約１１～約２５ｎｇ／ｍｌのＥＣ５０で結合する。ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、配列番号１１３に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨ、および配列番号１６８に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬを含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質ＲＢＤに約９～約２３ｎｇ／ｍｌのＥＣ５０で結合する。ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、配列番号１２９に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨ、および配列番号１６８に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬを含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質ＲＢＤに約８～約２２ｎｇ／ｍｌのＥＣ５０で結合する。ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、配列番号１１９に記載の配列を含むか、またはこれからなるＶＨ、および配列番号１６８に記載の配列を含むか、またはこれからなるＶＬを含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質ＲＢＤに約８～約２２ｎｇ／ｍｌのＥＣ５０で結合する。ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、配列番号１７２に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨ、および配列番号１６８に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬを含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質ＲＢＤに、約７～約１９ｎｇ／ｍｌのＥＣ５０で結合する。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、単特異性であるか（例えば、単一のエピトープに結合する）、または多特異性である（例えば、複数のエピトープおよび／または標的分子に結合する）。抗体および抗原結合断片は、さまざまなフォーマットで構築され得る。Ｓｐｉｅｓｓ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ６７（２）：９５ （２０１５）およびＢｒｉｎｋｍａｎｎ ａｎｄ Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ， ｍＡｂｓ ９（２）：１８２－２１２ （２０１７）に開示される例示的な抗体フォーマット、このフォーマットおよびそれを作製する方法は、参照により本明細書に組み込まれ、例えば、二特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）、ＤＡＲＴ、ノブイントゥホール（ＫＩＨ）アセンブリー、ｓｃＦｖ－ＣＨ３－ＫＩＨアセンブリー、ＫＩＨ共通軽鎖抗体、ＴａｎｄＡｂ、トリプルボディ、ＴｒｉＢｉミニボディ、Ｆａｂ－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ－ＣＨ－ＣＬ－ｓｃＦｖ、Ｆ（ａｂ’）２－ｓｃＦｖ２、四価ＨＣａｂ、イントラボディ、クロスマブ、二重作用Ｆａｂ（ＤＡＦ）（ツーインワンまたはフォーインワン）、ＤｕｔａＭａｂ、ＤＴ－ＩｇＧ、Ｃｈａｒｇｅ Ｐａｉｒ、Ｆａｂアーム交換、ＳＥＥＤボディ、トリオマブ、ＬＵＺ－Ｙアセンブリー、Ｆｃａｂ、κλボディ、オルソゴナルＦａｂ、ＤＶＤ－Ｉｇ（例えば、米国特許第８，２５８，２６８号、このフォーマットは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）、ＩｇＧ（Ｈ）－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ－（Ｈ）ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｌ）－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ－（Ｌ）ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｌ，Ｈ）－Ｆｖ、ＩｇＧ（Ｈ）－Ｖ、Ｖ（Ｈ）－ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｌ）－Ｖ、Ｖ（Ｌ）－ＩｇＧ、ＫＩＨ ＩｇＧ－ｓｃＦａｂ、２ｓｃＦｖ－ＩｇＧ、ＩｇＧ－２ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ４－Ｉｇ、Ｚｙｂｏｄｙ、およびＤＶＩ－ＩｇＧ（フォーインワン）、ならびに、いわゆるＦＩＴ－Ｉｇ（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１５／１０３０７２号、このフォーマットは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）、いわゆるＷｕｘｉＢｏｄｙフォーマット（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１９／０５７１２２号、このフォーマットは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）、およびいわゆるＩｎ－Ｅｌｂｏｗ－Ｉｎｓｅｒｔ Ｉｇフォーマット（ＩＥＩ－Ｉｇ；例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１９／０２４９７９号およびＷＯ２０１９／０２５３９１号、このフォーマットは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）を含む。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、２つまたはそれより多くのＶＨドメイン、２つまたはそれより多くのＶＬドメイン、あるいはその両方（すなわち、２つまたはそれより多くのＶＨドメイン、および２つまたはそれより多くのＶＬドメイン）を含む。特定の実施形態では、抗原結合断片は、フォーマット（Ｎ末端からＣ末端への方向）ＶＨ－リンカー－ＶＬ－リンカー－ＶＨ－リンカー－ＶＬを含み、ここで、２つのＶＨ配列は、同じまたは異なり得、２つのＶＬ配列は、同じまたは異なり得る。そのように連結されたｓｃＦｖは、所与の標的に結合するように配置され、フォーマットにおいて、２つまたはそれより多くのＶＨ、および／あるいは２つまたはそれより多くのＶＬを含む、ＶＨおよびＶＬドメインの任意の組み合わせを含むことができ、１、２、またはそれより多くの異なるエピトープまたは抗原が結合し得る。複数の抗原結合ドメインを組み込むフォーマットが、任意の組み合わせまたは方向で、ＶＨおよび／またはＶＬ配列を含み得ることが認識される。例えば、抗原結合断片は、フォーマットＶＬ－リンカー－ＶＨ－リンカー－ＶＬ－リンカー－ＶＨ、ＶＨ－リンカー－ＶＬ－リンカー－ＶＬ－リンカー－ＶＨ、またはＶＬ－リンカー－ＶＨ－リンカー－ＶＨ－リンカー－ＶＬを含むことができる。
構築される本開示の単一特異性または多特異性抗体または抗原結合断片は、本明細書で開示されるＶＨおよびＶＬ配列の任意の組合せならびに／またはＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３配列の任意の組合せを含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、配列番号１０５または配列番号１１３に提供されるＶＨ配列、および配列番号１６８に提供されるＶＬ配列を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、配列番号１０６に提供されるＣＤＲＨ１配列、配列番号１０７もしくは１２１に提供されるＣＤＲＨ２配列、配列番号１０８に提供されるＣＤＲＨ３配列、配列番号１６９に提供されるＣＤＲＬ１配列、配列番号１７０に提供されるＣＤＲＬ２配列、および配列番号１７１に提供されるＣＤＲＬ３配列を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、配列番号２２２～２２５または配列番号２３０～２３３に提供されるアミノ酸配列を含む。二特異性または多特異性の抗体または抗原結合断片は、一部の実施形態では、本開示の１つ、２つ、またはそれより多くの抗原結合ドメイン（例えば、ＶＨおよびＶＬ）を含み得る。同じまたは異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２エピトープに結合する２つまたはそれより多くの結合ドメインが存在していてもよく、本明細書に提供される二特異性または多特異性の抗体または抗原結合断片は、一部の実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２結合ドメインをさらに含むことができ、かつ／または異なる抗原または病原体全体に結合する結合ドメインを含むことができる。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、多特異性、例えば、二特異性、三特異性などであり得る。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、（ｉ）第１のＶＨおよび第１のＶＬ；ならびに（ｉｉ）第２のＶＨおよび第２のＶＬを含み、第１のＶＨおよび第２のＶＨが、異なり、それぞれ独立して、配列番号１、９～１５、２３、２４、２７～４６、５５、６３、７９、８７、９５、１０３、１０５、１１３～１２０、１２９～１４６、１５５、１７２、１７６～１７８、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、および２３９のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（すなわち、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、第１のＶＬおよび第２のＶＬが、異なり、それぞれ独立して、配列番号５、４７～５０、５９、６７、７１、７２、７５、７６、８３、９１、９９、１０９、１４７～１５０、１５９、１６８、１８２、１９０、２３４、および２４３のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（すなわち、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、ここで、第１のＶＨおよび第１のＶＬが、第１の抗原結合部位を一緒に形成し、第２のＶＨおよび第２のＶＬが、第２の抗原結合部位を一緒に形成する。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、Ｆｃポリペプチドまたはその断片を含む。「Ｆｃ」断片またはＦｃポリペプチドは、ジスルフィドによって一緒に保持された両方の抗体のＨ鎖のカルボキシ末端部分（すなわち、ＩｇＧのＣＨ２およびＣＨ３ドメイン）を含む。抗体の「エフェクター機能」は、抗体のＦｃ領域（ネイティブ配列のＦｃ領域またはアミノ酸配列バリアントのＦｃ領域）に起因するそれらの生物活性を指し、抗体アイソタイプにより変わる。抗体のエフェクター機能の例としては、Ｃ１ｑ結合および補体依存性細胞傷害；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）；ファゴサイトーシス；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）の下方調節；ならびにＢ細胞活性化が挙げられる。本明細書で議論されるように、Ｆｃ含有ポリペプチド（例えば、本開示の抗体）の１つまたは複数の機能性を改変する（例えば、改善する、低減する、または取り除く）ために、改変（例えば、アミノ酸置換）がＦＣドメインに行われてもよい。そのような機能としては
、例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合、抗体の半減期のモジュレーション（例えば、ＦｃＲｎへの結合による）、ＡＤＣＣ機能、プロテインＡ結合、プロテインＧ結合、および補体結合が挙げられる。Ｆｃ機能性を改変する（例えば、改善する、低減する、または取り除く）アミノ酸改変としては、例えば、Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌ、Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ、Ｈ４３３Ｋ／Ｎ４３４Ｆ、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ、Ｅ２３３Ｐ／Ｌ２３４Ｖ／Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３６＋Ａ３２７Ｇ／Ａ３３０Ｓ／Ｐ３３１Ｓ、Ｅ３３３Ａ、Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ、Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１、Ｋ３２６Ｗ／Ｅ３３３Ｓ、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ／Ｇ２３６Ａ、Ｎ２９７Ｑ、Ｋ３２２Ａ、Ｓ２２８Ｐ、Ｌ２３５Ｅ＋Ｅ３１８Ａ／Ｋ３２０Ａ／Ｋ３２２Ａ、Ｌ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ（本明細書で「ＬＡＬＡ」とも称される）、およびＬ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ／Ｐ３２９Ｇ変異が挙げられ、この変異は、ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ （２０１１）によって公開され、ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ．ｃｏｍ／ＰＤＦ／ｒｅｖｉｅｗ／ｒｅｖｉｅｗ－Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ－Ｆｃ－Ｒｅｇｉｏｎｓ－ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ．ｐｄｆ？ｕｔｍ＿ｓｏｕｒｃｅ＝ｒｅｖｉｅｗ＆ｕｔｍ＿ｍｅｄｉｕｍ＝ｐｄｆ＆ｕｔｍ＿ ｃａｍｐａｉｇｎ＝ｒｅｖｉｅｗ＆ｕｔｍ＿ｃｏｎｔｅｎｔ＝Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ－Ｆｃ－Ｒｅｇｉｏｎｓにおいてオンラインで利用可能な”Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ｆｃ Ｒｅｇｉｏｎｓ”に概説および注釈付けされており、これは、参照により本明細書に組み込まれる。
例えば、補体カスケードを活性化するために、Ｃ１ｑタンパク質複合体は、免疫グロブリン分子（複数可）が抗原標的に結合する場合、少なくとも２分子のＩｇＧ１または１分子のＩｇＭに結合することができる（Ｗａｒｄ， Ｅ． Ｓ．， ａｎｄ Ｇｈｅｔｉｅ， Ｖ．， Ｔｈｅｒ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２ （１９９５） ７７－９４）。Ｂｕｒｔｏｎ， Ｄ． Ｒ．は、アミノ酸残基３１８～３３７を含む重鎖領域が補体固定に関与することを記載した（Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２２ （１９８５） １６１－２０６）。Ｄｕｎｃａｎ， Ａ． Ｒ．， ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ， Ｇ． （Ｎａｔｕｒｅ ３３２ （１９８８） ７３８－７４０）は、部位特異的変異誘発を使用して、Ｇｌｕ３１８、Ｌｙｓ３２０、およびＬｙｓ３２２がＣ１ｑに対する結合部位を形成することを報告した。Ｃ１ｑの結合におけるＧｌｕ３１８、Ｌｙｓ３２０、およびＬｙｓ３２２残基の役割は、これら残基を含有する短い合成ペプチドの補体媒介性溶解を阻害する能力によって確認された。
例えば、ＦｃＲ結合は、（抗体の）Ｆｃ部分と、造血細胞を含む細胞上の特殊な細胞表面受容体であるＦｃ受容体（ＦｃＲ）との相互作用によって媒介され得る。Ｆｃ受容体は、免疫グロブリンスーパーファミリーに属し、免疫複合体のファゴサイトーシスによる抗体被覆病原体の除去、および抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ；Ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ， Ｊ． Ｇ．， ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓｏｎ， Ｃ． Ｌ．， Ｊ． Ｌｅｕｋｏｃ． Ｂｉｏｌ． ４９ （１９９１） ５１１－５２４）を介した、対応する抗体で被覆された赤血球およびさまざまな他の細胞標的（例えば、腫瘍細胞）の溶解の両方を媒介することを示した。ＦｃＲは、免疫グロブリンクラスに対するそれらの特異性によって定義され、ＩｇＧ抗体に対するＦｃ受容体はＦｃγＲと称され、ＩｇＥに対するＦｃ受容体はＦｃεＲと称され、ＩｇＡに対するＦｃ受容体はＦｃαＲと称されるなどであり、新生児のＦｃ受容体はＦｃＲｎと称される。Ｆｃ受容体結合は、例えば、Ｒａｖｅｔｃｈ， Ｊ． Ｖ．， ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ， Ｊ． Ｐ．， Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ９ （１９９１） ４５７－４９２；Ｃａｐｅｌ， Ｐ． Ｊ．， ｅｔ ａｌ．， Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４ （１９９４） ２５－３４；ｄｅ Ｈａａｓ， Ｍ．， ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｌａｂ． Ｃｌｉｎ． Ｍｅｄ． １２６ （１９９５） ３３０－３４１；およびＧｅｓｓｎｅｒ， Ｊ． Ｅ．， ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ． Ｈｅｍａｔｏｌ． ７６ （１９９８） ２３１－２４８に記載されている。
ネイティブＩｇＧ抗体のＦｃドメインによる受容体（ＦｃγＲ）の架橋は、ファゴサイトーシス、抗体依存性細胞性細胞傷害、および炎症メディエーターの放出、ならびに免疫複合体のクリアランス、および抗体産生の調節を含む多種多様なエフェクター機能を引き起こす。受容体（例えば、ＦｃγＲ）の架橋を提供するＦｃ部分が本明細書で企図される。ヒトでは、これまでに、ＦｃγＲの３つのクラスが特徴付けられており、以下である：（ｉ）ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、これは、単量体ＩｇＧに高い親和性で結合し、マクロファージ、単球、好中球、および好酸球上で発現される；（ｉｉ）ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）、これは、中から低い親和性で複合体化ＩｇＧに結合し、特に、白血球上で広く発現され、抗体媒介性免疫の中心的なプレーヤーであると考えられ、かつ、これは、ＦｃγＲＩＩＡ、ＦｃγＲＩＩＢ、およびＦｃγＲＩＩＣに分けることができ、これらは、免疫系において異なる機能を行うが、ＩｇＧ－Ｆｃに対して類似の低い親和性で結合し、これらの受容体の細胞外ドメインは高度に相同（ｈｏｍｏｌｏｇｕｏｕｓ）である；ならびに（ｉｉｉ）ＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）、これは、中から低い親和性でＩｇＧに結合し、２つの形態で見出されている：ＦｃγＲＩＩＩＡ、これは、ＮＫ細胞、マクロファージ、好酸球、ならびに一部の単球およびＴ細胞において見出されており、ＡＤＣＣを媒介すると考えられる；ならびにＦｃγＲＩＩＩＢ、これは、好中球において高度に発現される。
ＦｃγＲＩＩＡは、殺傷に関与する多くの細胞（例えば、マクロファージ、単球、好中球）において見出され、殺傷プロセスを活性化することができるようである。ＦｃγＲＩＩＢは、阻害プロセスにおいて役割を果たすようであり、Ｂ細胞、マクロファージ、ならびに、肥満細胞および好酸球において見出される。重要なことには、全ＦｃγＲＩＩＢの７５％が肝臓中で見出されることが示されている（Ｇａｎｅｓａｎ， Ｌ． Ｐ． ｅｔ ａｌ．， ２０１２： ”ＦｃγＲＩＩｂ ｏｎ ｌｉｖｅｒ ｓｉｎｕｓｏｉｄａｌ ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｕｍ ｃｌｅａｒｓ ｓｍａｌｌ ｉｍｍｕｎｅ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ，” Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １８９： ４９８１－４９８８）。ＦｃγＲＩＩＢは、ＬＳＥＣと呼ばれる肝類洞内皮、および肝臓におけるクッパー細胞において多量に発現され、ＬＳＥＣは、小さな免疫複合体のクリアランスの主要部位である（Ｇａｎｅｓａｎ， Ｌ． Ｐ． ｅｔ ａｌ．， ２０１２： ＦｃγＲＩＩｂ ｏｎ ｌｉｖｅｒ ｓｉｎｕｓｏｉｄａｌ ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｕｍ ｃｌｅａｒｓ ｓｍａｌｌ ｉｍｍｕｎｅ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １８９： ４９８１－４９８８）。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体およびその抗原結合断片は、ＦｃγＲＩＩｂへの結合のためのＦｃポリペプチドまたはその断片、特に、例えばＩｇＧ型抗体などのＦｃ領域を含む。また、Ｃｈｕ， Ｓ． Ｙ． ｅｔ ａｌ．， ２００８： Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ Ｂ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｉｍａｒｙ ｈｕｍａｎ Ｂ ｃｅｌｌｓ ｂｙ ｃｏｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ＣＤ１９ ａｎｄ ＦｃｇａｍｍａＲＩＩｂ ｗｉｔｈ Ｆｃ－ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ４５， ３９２６－３９３３に記載されるように、変異Ｓ２６７ＥおよびＬ３２８Ｆを導入することによって、Ｆｃ部分を操作してＦｃγＲＩＩＢ結合を増強することが可能である。それによって、免疫複合体のクリアランスを増強することができる（Ｃｈｕ， Ｓ．， ｅｔ ａｌ．， ２０１４： Ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄ Ｃｌｅａｒａｎｃｅ ｏｆ ＩｇＥ Ｉｎ Ｃｈｉｍｐａｎｚｅｅｓ Ｉｓ Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ｂｙ Ｘｍａｂ７１９５， Ａｎ Ｆｃ－Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｗｉｔｈ Ｅｎｈａｎｃｅｄ Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｆｏｒ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＦｃγＲＩＩｂ． Ａｍ Ｊ Ｒｅｓｐｉｒ Ｃｒｉｔ， Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｈｏｒａｃｉｃ Ｓｏｃｉｅｔｙ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ Ａｂｓｔｒａｃｔｓ）。一部の実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、特に、Ｃｈｕ， Ｓ． Ｙ． ｅｔ ａｌ．， ２００８： Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ Ｂ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｉｍａｒｙ ｈｕｍａｎ Ｂ ｃｅｌｌｓ ｂｙ ｃｏｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ＣＤ１９ ａｎｄ ＦｃｇａｍｍａＲＩＩｂ ｗｉｔｈ Ｆｃ－ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ４５， ３９２６－３９３３に記載されるように、変異Ｓ２６７ＥおよびＬ３２８Ｆを有する操作されたＦｃ部分を含む。
Ｂ細胞において、ＦｃγＲＩＩＢは、さらなる免疫グロブリン産生、および例えば、ＩｇＥクラスへのアイソタイプスイッチングを抑制するように機能し得る。マクロファージにおいて、ＦｃγＲＩＩＢは、ＦｃγＲＩＩＡを通して媒介されるファゴサイトーシスを阻害すると考えられる。好酸球および肥満細胞において、Ｂ形態は、ＩｇＥのその別々の受容体への結合を通して、これら細胞の活性化を抑制するのに役立ち得る。
ＦｃγＲＩ結合に関して、ネイティブＩｇＧのＥ２３３～Ｇ２３６、Ｐ２３８、Ｄ２６５、Ｎ２９７、Ａ３２７、およびＰ３２９の少なくとも１つの改変は、ＦｃγＲＩへの結合を低減する。２３３～２３６位のＩｇＧ２残基が、ＩｇＧ１およびＩｇＧ４の対応する位置へと置換されることで、ＩｇＧ１およびＩｇＧ４のＦｃγＲＩへの結合が１０３倍低減し、抗体で感作された赤血球に応答するヒト単球応答が排除される（Ａｒｍｏｕｒ， Ｋ． Ｌ．， ｅｔ ａｌ． Ｅｕｒ． Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２９ （１９９９）
２６１３－２６２４）。
ＦｃγＲＩＩ結合に関して、例えば、Ｅ２３３～Ｇ２３６、Ｐ２３８、Ｄ２６５、Ｎ２９７、Ａ３２７、Ｐ３２９、Ｄ２７０、Ｑ２９５、Ａ３２７、Ｒ２９２、およびＫ４１４の少なくとも１つのＩｇＧ変異について、ＦｃγＲＩＩＡに対する結合の低減が見出される。
ヒトＦｃγＲＩＩＡの２つの対立形質は、高親和性でＩｇＧ１ Ｆｃに結合する「Ｈ１３１」バリアント、および低親和性でＩｇＧ１ Ｆｃに結合する「Ｒ１３１」バリアントである。例えば、Ｂｒｕｈｎｓ ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １１３：３７１６－３７２５ （２００９）を参照されたい。
ＦｃγＲＩＩＩ結合に関して、例えば、Ｅ２３３～Ｇ２３６、Ｐ２３８、Ｄ２６５、Ｎ２９７、Ａ３２７、Ｐ３２９、Ｄ２７０、Ｑ２９５、Ａ３２７、Ｓ２３９、Ｅ２６９、Ｅ２９３、Ｙ２９６、Ｖ３０３、Ａ３２７、Ｋ３３８、およびＤ３７６の少なくとも１つの変異について、ＦｃγＲＩＩＩＡに対する結合の低減が見出される。Ｆｃ受容体についてのヒトＩｇＧ１上の結合部位のマッピング、上記で言及された変異部位、ならびにＦｃγＲＩおよびＦｃγＲＩＩＡへの結合を測定するための方法は、Ｓｈｉｅｌｄｓ， Ｒ． Ｌ．， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７６ （２００１） ６５９１－６６０４に記載されている。
ヒトＦｃγＲＩＩＩＡの２つの対立形質は、低親和性でＩｇＧ１ Ｆｃに結合する「Ｆ１５８」バリアント、および高親和性でＩｇＧ１ Ｆｃに結合する「Ｖ１５８」バリアントである。例えば、Ｂｒｕｈｎｓ ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １１３：３７１６－３７２５ （２００９）を参照されたい。
ＦｃγＲＩＩへの結合に関して、ネイティブＩｇＧ Ｆｃの２つ領域、すなわち、（ｉ）ＩｇＧ Ｆｃの下部ヒンジ部位、特に、アミノ酸残基Ｌ、Ｌ、Ｇ、Ｇ（２３４～２３７、ＥＵ番号付け）、ならびに（ｉｉ）ＩｇＧ ＦｃのＣＨ２ドメインの隣接領域、特に、例えば、Ｐ３３１の領域における、下部ヒンジ領域に隣接する上部ＣＨ２ドメインにおけるループおよび鎖が、ＦｃγＲＩＩおよびＩｇＧの間の相互作用に関与するようである（Ｗｉｎｅｓ， Ｂ．Ｄ．， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２０００； １６４： ５３１３ － ５３１８）。また、ＦｃγＲＩは、ＩｇＧ Ｆｃ上の同じ部位に結合するようであるが、ＦｃＲｎおよびプロテインＡは、ＣＨ２－ＣＨ３境界面にあるようであるＩｇＧ Ｆｃ上の異なる位置に結合する（Ｗｉｎｅｓ， Ｂ．Ｄ．， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２０００； １６４： ５３１３ － ５３１８）。
本開示のＦｃポリペプチドまたはその断片の、（すなわち、１つまたは複数の）Ｆｃγ受容体への結合親和性を増加させる（例えば、参照Ｆｃポリペプチドまたはその断片、あるいは変異（複数可）を含まないそれを含有するものと比較して）変異も企図される。例えば、Ｄｅｌｉｌｌｏ ａｎｄ Ｒａｖｅｔｃｈ， Ｃｅｌｌ １６１（５）：１０３５－１０４５ （２０１５）およびＡｈｍｅｄ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｓｔｒｕｃ． Ｂｉｏｌ． １９４（１）：７８ （２０１６）を参照されたく、このＦｃ変異および技法は、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、Ｇ２３６Ａ；Ｓ２３９Ｄ；Ａ３３０Ｌ；およびＩ３３２Ｅ；あるいはそのいずれか２つまたはそれより多くを含む組み合わせ；例えば、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ（本明細書では「ＧＡＡＬＩＥ」とも称される）；またはＧ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅから選択される変異を含むＦｃポリペプチドまたはその断片を含むことができる。一部の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、Ｓ２３９Ｄを含まない。
ある特定の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、ＦｃＲｎ結合への結合に関与するＦｃポリペプチドまたはその断片の少なくとも一部を含み得るか、またはこれからなり得る。ある特定の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、ＦｃＲｎ（例えば、約６．０のｐＨで）に対する結合親和性を改善する（例えば、結合を増強する）１つまたは複数のアミノ酸改変を含み、一部の実施形態では、それによって、Ｆｃポリペプチドまたはその断片を含む分子のｉｎ ｖｉｖｏ半減期が延長される（例えば、参照Ｆｃポリペプチドまたはその断片、あるいは改変（複数可）を含まないがそうでなければ同じ抗体と比較して）。ある特定の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、ＩｇＧ Ｆｃを含むか、またはこれに由来し、半減期を延長する変異は、Ｍ４２８Ｌ；Ｎ４３４Ｓ；Ｎ４３４Ｈ；Ｎ４３４Ａ；Ｎ４３４Ｓ；Ｍ２５２Ｙ；Ｓ２５４Ｔ；Ｔ２５６Ｅ；Ｔ２５０Ｑ；Ｐ２５７Ｉ；Ｑ３１１Ｉ；Ｄ３７６Ｖ；Ｔ３０７Ａ；Ｅ３８０Ａ（ＥＵ番号付け）のいずれか１つまたは複数を含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ（本明細書では「ＭＬＮＳ」とも称される）を含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１Ｉを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｐ２５７Ｉ／Ｎ４３４Ｈを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｄ３７６Ｖ／Ｎ４３４Ｈを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｔ３０７Ａ／Ｅ３８０Ａ／Ｎ４３４Ａを含む。
一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、置換変異Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓを含むＦｃ部分を含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、置換変異Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含むＦｃポリペプチドまたはその断片を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、Ｇ２３６Ａ変異、Ａ３３０Ｌ変異、およびＩ３３２Ｅ変異（ＧＡＡＬＩＥ）を含み、Ｓ２３９Ｄ変異を含まない（例えば、２３９位にネイティブＳを含む）、（例えば、ＩｇＧ）Ｆｃ部分を含む。特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、置換変異：Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４ＳおよびＧ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含み、かつ、必要に応じてＳ２３９Ｄを含まない、Ｆｃポリペプチドまたはその断片を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、置換変異：Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４ＳおよびＧ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含むＦｃポリペプチドまたはその断片を含む。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、グリコシル化を変更する変異を含み、ここで、グリコシル化を変更する変異は、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、またはＮ２９７Ｇを含み、かつ／あるいは抗体または抗原結合断片は、部分的にもしくは完全にアグリコシル化（ａｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｅ）されており、かつ／または部分的にもしくは完全にアフコシル化（ａｆｕｃｏｓｙｌａｔｅ）されている。宿主細胞系、および部分的にもしくは完全にアグリコシル化されたか、または部分的にもしくは完全にアフコシル化された抗体および抗原結合断片を作製する方法は公知である（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１６／１８１３５７号；Ｓｕｚｕｋｉ ｅｔ ａｌ． Ｃｌｉｎ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． １３（６）：１８７５－８２ （２００７）；Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ． ＭＡｂｓ ６：１－１２ （２０１８）を参照されたい）。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、検出可能なレベルの抗体または抗原結合断片が被験体において見出すことができない場合であっても（すなわち、抗体または抗原結合断片が、投与後に被験体から除去されている場合）、被験体において、ｉｎ ｖｉｖｏでの継続的な保護を誘発できる。そのような保護は、本明細書ではワクチン効果と称される。理論に縛られることを望まないが、樹状細胞が、抗体および抗原の複合体を内部移行することができ、その後、抗原に対する内因性の免疫応答を誘導またはこれに寄与することができると考えられる。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、例えば、Ｇ２３６Ａ、Ａ３３０Ｌ、およびＩ３３２Ｅを含むＦｃ中の変異などの１つまたは複数の改変を含み、これは、抗原に対して、例えばＴ細胞免疫を誘導し得る樹状細胞を活性化できる。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、ＣＨ２（またはその断片）、ＣＨ３（またはその断片）、またはＣＨ２およびＣＨ３を含むＦｃポリペプチドまたはその断片を含み、ここで、ＣＨ２、ＣＨ３、またはその両方は、任意のアイソタイプのものであり得、それぞれ、対応する野生型ＣＨ２またはＣＨ３と比較して、アミノ酸置換または他の改変を含有していてもよい。ある特定の実施形態では、本開示のＦｃポリペプチドは、会合して二量体を形成する２つのＣＨ２－ＣＨ３ポリペプチドを含む。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、モノクローナルであり得る。「モノクローナル抗体」（ｍＡｂ）という用語は、本明細書で使用される場合、実質的に均質な抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、集団を構成する個々の抗体は、一部の場合では、微量で存在し得る可能な天然に存在する変異を除いて同一である。モノクローナル抗体は、非常に特異的であり、単一の抗原部位に向けられている。さらにまた、異なるエピトープに向けられている異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原の単一のエピトープに向けられている。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体は、それらが、他の抗体によって汚染されずに合成され得るという点で有利である。「モノクローナル」という用語は、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするとして解釈されるべきではない。例えば、本発明において有用なモノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５ （１９７５）によって最初に記載されたハイブリドーマ方法論によって調製されてもよく、あるいは、細菌細胞、真核細胞、動物細胞、または植物細胞において組換えＤＮＡ法を使用して作製されてもよい（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照されたい）。モノクローナル抗体はまた、例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ， ３５２：６２４－６２８ （１９９１）およびＭａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ２２２：５８１－５９７ （１９９１）に記載されている技法を使用して、ファージ抗体ライブラリーから単離されてもよい。モノクローナル抗体はまた、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２００４／０７６６７７Ａ２号に開示される方法を使用して得てもよい。
本開示の抗体および抗原結合断片は、「キメラ抗体」を含み、ここで、重鎖および／または軽鎖の一部は、特定の種に由来する抗体中の、あるいは特定の抗体のクラスまたはサブクラスに属する抗体中の対応する配列と同一または相同であるが、鎖（複数可）の残部は、それらが所望の生物活性を示す限り、別の種に由来する抗体中の、あるいは別の抗体のクラスまたはサブクラスに属する抗体中の、ならびにそのような抗体の断片中の対応する配列と同一または相同である（米国特許第４，８１６，５６７号；同第５，５３０，１０１号および同第７，４９８，４１５号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ８１：６８５１－６８５５ （１９８４）を参照されたい）。例えば、キメラ抗体は、ヒトおよび非ヒト残基を含んでいてもよい。さらにまた、キメラ抗体は、レシピエント抗体またはドナー抗体において見出されない残基を含んでいてもよい。これらの改変は、抗体の性能をさらに改良するために行われる。さらなる詳細について、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２－５２５ （１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３－３２９ （１９８８）；およびＰｒｅｓｔａ， Ｃｕｒｒ． Ｏｐ． Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ． ２：５９３－５９６ （１９９２）を参照されたい。キメラ抗体は、霊長類化抗体およびヒト化抗体も含む。
「ヒト化抗体」は、一般に、非ヒトである供給源から導入された１つまたは複数のアミノ酸残基を有するヒト抗体であると考えられる。これらの非ヒトアミノ酸残基は、典型的には、可変ドメインから取得される。ヒト化は、Ｗｉｎｔｅｒおよび共同研究者（Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ， ３２１：５２２－５２５ （１９８６）；Ｒｅｉｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ， ３３２：３２３－３２７ （１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２３９：１５３４－１５３６ （１９８８））の方法に従って、非ヒト可変配列をヒト抗体の対応する配列と置換することによって行われてもよい。したがって、そのような「ヒト化」抗体は、キメラ抗体であり（米国特許第４，８１６，５６７号；同第５，５３０，１０１号および同第７，４９８，４１５号）、ここで、実質的に無傷ヒト可変ドメインよりも少ない配列が、非ヒト種由来の対応する配列によって置換されている。一部の例では、「ヒト化」抗体は、非ヒト細胞または動物によって産生され、ヒト配列、例えば、ＨＣドメインを含むものである。
「ヒト抗体」は、ヒトによって産生される抗体中に存在する配列のみを含有する抗体である。しかしながら、本明細書で使用される場合、ヒト抗体は、本明細書に記載される改変およびバリアント配列を含む天然に存在するヒト抗体（例えば、ヒトから単離されている抗体）中で見出されない残基または改変を含んでいてもよい。これらは、典型的には、抗体の性能をさらに改良または増強するために行われる。一部の例では、ヒト抗体は、トランスジェニック動物によって産生される。例えば、米国特許第５，７７０，４２９号；同第６，５９６，５４１号および同第７，０４９，４２６号を参照されたい。ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、キメラ、ヒト化されたもの、またはヒトのものである。
本開示の例示的な抗体は、Ｓ３０９、ソトロビマブ、およびＶＩＲ－７８３２を含む。Ｓ３０９は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ生存者のＢ細胞から得られたヒトモノクローナル抗体である。Ｓ３０９は、配列番号１０５のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１６８のＶＬアミノ酸配列を含む。ソトロビマブ（ＩｇＧ１＊０１ Ｇ１ｍ１７；配列番号１１３のＶＨ、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異；配列番号１６８のＶＬ（カッパ軽鎖ＩｇＫＣ＊０１ ｋ１ｍ３））およびＶＩＲ－７８３２（（ＩｇＧ１＊０１ Ｇ１ｍ１７；配列番号１１３のＶＨ、Ｇ２３６Ａ、Ａ３３０Ｌ、Ｉ３３２Ｅ、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異；配列番号１６８のＶＬ（カッパ軽鎖ＩｇＫＣ＊０１ ｋ１ｍ３））は、Ｓ３０９に由来する操作されたヒトモノクローナル抗体である。
ポリヌクレオチド、ベクター、および宿主細胞
本開示の抗体および抗原結合断片（およびそれらの部分；例えば、ＣＤＲ、ＶＨ、ＶＬ、重鎖、または軽鎖）は、ポリヌクレオチドによりコードされ得る。ポリヌクレオチドは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）を含み得る。ＲＮＡは、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を含み得る。ポリヌクレオチドを宿主細胞における発現のためにコドン最適化することができる。コード配列が公知であるか、または同定されると、公知の技法およびツールを使用して、例えば、ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ（登録商標）ＯｐｔｉｍｉｕｍＧｅｎｅ（商標）ツールを使用して、コドン最適化を行うことができる（Scholten et al., Clin. Immunol. 119:135, 2006も参照されたい）。コドン最適化配列は、部分的にコドン最適化されている（すなわち、１つまたは複数のコドンが宿主細胞における発現のために最適化されている）配列、および完全にコドン最適化されている配列を含む。本開示の抗体および抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドは、異なるヌクレオチド配列を有し得るが、同じ抗体または抗原結合断片を、例えば、遺伝コードの縮重、スプライシングなどに起因して、さらにコードすることも、理解されよう。抗体または抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドが、例えば、宿主細胞におけるその抗体または抗原結合断片の発現のために、他の配列および／または特徴を含むポリヌクレオチドに含まれていることもあることは、理解されよう。例示的な特徴としては、プロモーター配列、ポリアデニル化配列、シグナルペプチドをコードする（例えば、発現された抗体重鎖もしくは軽鎖のＮ末端に位置する）配列などが挙げられる。
ポリヌクレオチドは、ベクターに含まれているまたは含有されていることもある。ベクターは、本明細書で開示されるベクターのいずれか１つまたは複数を含み得る。ベクターは、例えば、抗体もしくは抗原結合断片またはその一部分をコードするＤＮＡプラスミド構築物（例えば、いわゆる「ＤＭＡｂ」；例えば、Muthumani et al., J Infect Dis. 214(3):369-378 (2016)；Muthumani et al., Hum Vaccin Immunother 9:2253-2262 (2013))；Flingai et al., Sci Rep. 5:12616 (2015)；およびElliott et al., NPJ Vaccines 18 (2017)を参照されたく、これらの文献の抗体コードＤＮＡ構築物および関連使用方法は、その投与を含めて、参照により本明細書に組み込まれる）を含み得る。ＤＮＡプラスミド構築物は、抗体または抗原結合断片の重鎖および軽鎖（またはＶＨおよびＶＬ）をコードする単一のオープンリーディングフレームであって、重鎖をコードする配列と軽鎖をコードする配列が、必要に応じて、プロテアーゼ切断部位をコードするポリヌクレオチドにより、および／または自己切断性ペプチドをコードするポリヌクレオチドにより、隔てられている、オープンリーディングフレームを含み得る。抗体または抗原結合断片の置換基成分は、単一のプラスミドに含まれているポリヌクレオチドによりコードされ得る。あるいは、抗体または抗原結合断片の置換基成分は、２つまたはそれより多くのプラスミドに含まれているポリヌクレオチドによりコードされ得る（例えば、第１のプラスミドは、重鎖、ＶＨ、またはＶＨ＋ＣＨをコードするポリヌクレオチドを含み、第２のプラスミドは、コグネイト軽鎖、ＶＬ、またはＶＬ＋ＣＬをコードするポリヌクレオチドを含む）。単一のプラスミドは、本開示の２つまたはそれより多くの抗体または抗原結合断片からの重鎖および／または軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含み得る。例示的な発現ベクターは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（登録商標）から入手可能なｐＶａｘ１である。本開示のＤＮＡプラスミドを、被験体に、例えば、電気穿孔（例えば、筋肉内電気穿孔）により、または適切な製剤（例えば、ヒアルロニダーゼ）を用いて、送達することができる。ベクターは、シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み得る。シグナルペプチドは、成熟抗体または抗原結合断片上に存在することもあり、またはしないこともある（例えば、酵素により切断された形態であり得る）。シグナルペプチドをコードする核酸配列は、配列番号２５２または配列番号２６３に記載されるヌクレオチド配列を含む。シグナルペプチドは、配列番号２５６または配列番号２６４に記載されるアミノ酸配列を含み得るか、またはこれらからなり得る。ベクターは、ポリアデニル化シグナル配列を含み得る。ポリアデニル化シグナル配列の例は、配列番号２５３に記載されるヌクレオチド配列を含むか、またはこれからなる。
ベクターは、ＣＭＶプロモーター（例えば、配列番号２５１に記載されるヌクレオチド配列を含むか、またはこれからなる）を含み得る。
本開示の抗原またはその抗原結合断片を発現するために使用され得る宿主細胞の例としては、真核細胞、例えば、酵母細胞、動物細胞、昆虫細胞、植物細胞；およびＥ．ｃｏｌｉをはじめとする原核細胞が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、細胞は、哺乳動物細胞である。細胞は、哺乳動物細胞系、例えば、ＣＨＯ細胞（例えば、ＤＨＦＲ－ＣＨＯ細胞（Ｕｒｌａｕｂ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ ７７：４２１６ （１９８０））、ヒト胎児腎細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞）、ＰＥＲ．Ｃ６細胞、Ｙ０細胞、Ｓｐ２／０細胞、ＮＳ０細胞、ヒト肝細胞、例えばＨｅｐａ ＲＧ細胞、骨髄腫細胞、またはハイブリドーマ細胞を包含する。哺乳動物宿主細胞系の他の例としては、マウスセルトリ細胞（例えば、ＴＭ４細胞）；ＳＶ４０により形質転換されたサル腎ＣＶ１系（ＣＯＳ－７）；ベビーハムスター腎細胞（ＢＨＫ）；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ－７６）；サル腎細胞（ＣＶ１）；ヒト子宮頸癌細胞（ＨＥＬＡ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ Ｇ２）；イヌ腎細胞（ＭＤＣＫ）；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ ３Ａ）；マウス乳腺腫瘍（ＭＭＴ ０６０５６２）；ＴＲＩ細胞；ＭＲＣ ５細胞；およびＦＳ４細胞が挙げられる。抗体生成に好適な哺乳動物宿主細胞系は、例えば、Ｙａｚａｋｉ ａｎｄ Ｗｕ， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｖｏｌ． ２４８ （Ｂ． Ｋ． Ｃ． Ｌｏ， ｅｄ．， Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ， Ｔｏｔｏｗａ， Ｎ．Ｊ．）， ｐｐ． ２５５－２６８ （２００３）に記載されているものも含む。
宿主細胞はまた、Ｅ．ｃｏｌｉなどの原核細胞を包含する。Ｅ．ｃｏｌｉなどの原核細胞におけるペプチドの発現は、十分に確証されている（例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ， Ａ． Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ９：５４５－５５１ （１９９１）を参照されたい）。例えば、特に、グリコシル化及びＦｃエフェクター機能が必要とされない場合、抗体を細菌において生成することができる。細菌における抗体断片およびポリペプチドの発現については、例えば、米国特許第５，６４８，２３７号、同第５，７８９，１９９号、および同第５，８４０，５２３号を参照されたい。発現ベクターに関する本記載に従って、細胞にベクターをトランスフェクトすることができる。用語「トランスフェクション」は、核酸分子、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）分子の、細胞への、例えば、真核細胞への導入を指す。本記載に関して、用語「トランスフェクション」は、核酸分子の細胞への導入、例えば、哺乳動物細胞への導入を含む、真核細胞への導入、のための、当業者に公知の任意の方法を包含する。そのような方法は、例えば、電気穿孔、リポフェクション、例えばカチオン性脂質および／もしくはリポソームに基づくリポフェクション、リン酸カルシウム沈殿法、ナノ粒子に基づくトランスフェクション、ウイルスに基づくトランスフェクション、またはカチオン性ポリマー、例えばＤＥＡＥ－デキストランもしくはポリエチレンイミン、に基づくトランスフェクションなどを包含する。ある特定の実施形態では、導入は、非ウイルス性である。
さらに、宿主細胞に、ベクターを、例えば、抗体またはその抗原結合断片の発現のために、安定にまたは一過性にトランスフェクトすることができる。細胞にベクターを安定にトランスフェクトすることができる。あるいは、細胞に、抗体または抗原結合断片をコードするベクターを一過性にトランスフェクトすることができる。
抗体または抗原結合断片（またはそれをコードするポリヌクレオチド）は、宿主細胞に対して異種であり得る。例えば、細胞は、抗体を完全にまたは部分的に得た種とは異なる種の細胞（例えば、ヒト抗体または操作されたヒト抗体を発現するＣＨＯ細胞）であり得る。宿主細胞の細胞型は、抗体または抗原結合断片を自然に発現しないかもしれない。さらに、宿主細胞は、天然状態の抗体または抗原結合断片に（または抗体もしくは抗原結合断片が操作されたかもしくは由来した天然状態の親抗体に）存在しない翻訳後改変（ＰＴＭ；例えば、グリコシル化またはフコシル化）を抗体または抗原結合断片に付与し得る。そのようなＰＴＭは、機能差（例えば、免疫原性の低下）を生じさせる結果となり得る。したがって、本明細書で開示される宿主細胞により生成される本開示の抗体または抗原結合断片は、その天然状態の抗体（または親抗体）とは明確に異なる１つまたは複数の翻訳後改変を含み得る（例えば、ＣＨＯ細胞により生成されるヒト抗体は、ヒトから単離されたおよび／または天然ヒトＢ細胞もしくは形質細胞により生成された場合の抗体とは明確に異なる１つまたは複数の翻訳後改変を含むことができる）。
本開示の結合タンパク質の発現に有用な昆虫細胞は、当技術分野において公知であり、例えば、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒａ Ｓｆ９細胞、Ｔｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ ｎｉ ＢＴＩ－ＴＮ５Ｂ１－４細胞、およびＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒａ ＳｆＳＷＴ０１「Ｍｉｍｉｃ（商標）」細胞を含む。例えば、Ｐａｌｍｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． １５３（３－４）：１６０－１６６ （２０１１）を参照されたい。非常に多数のバキュロウイルス株が同定されており、それらは、特に、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞のトランスフェクションのために、昆虫細胞と併用され得る。
糸状菌または酵母などの真核微生物も、タンパク質コードベクターのクローニングまたは発現に好適な宿主であり、該真核微生物は、部分的にまたは完全にヒトのグリコシル化パターンを有する抗体の生成をもたらす「ヒト化」グリコシル化経路を有する真菌および酵母株を含む。Ｇｅｒｎｇｒｏｓｓ， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈ． ２２：１４０９－１４１４ （２００４）；Ｌｉ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈ． ２４：２１０－２１５ （２００６）を参照されたい。
植物細胞も、本開示の結合タンパク質の発現のための宿主として利用することができる。例えば、ＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ（商標）技術（例えば、米国特許第５，９５９，１７７号、同第６，０４０，４９８号、同第６，４２０，５４８号、同第７，１２５，９７８号、および同第６，４１７，４２９号に記載されている）は、トランスジェニック植物を利用して抗体を生成する。
哺乳動物宿主細胞は、例えば、ＣＨＯ細胞、ＨＥＫ２９３細胞、ＰＥＲ．Ｃ６細胞、Ｙ０細胞、Ｓｐ２／０細胞、ＮＳ０細胞、ヒト肝細胞、骨髄腫細胞、またはハイブリドーマ細胞を含む。
抗体または抗原結合断片を生成するための方法は、宿主細胞を、抗体または抗原結合断片を生成するための十分な条件下で、十分な時間にわたって培養することを含み得る。組換え生成された抗体の単離および精製に有用な方法は、例として、組換え抗体を培養培地に分泌する好適な宿主細胞／ベクター系から上清を得ること、次いで、市販のフィルターを使用して培地を濃縮することを含み得る。濃縮後、濃縮物を、単一の好適な精製マトリックスに、または一連の好適なマトリックス、例えば、親和性マトリックスもしくはイオン交換樹脂に適用することができる。１つまたは複数の逆相ＨＰＬＣステップを利用して、組換えポリペプチドをさらに精製することができる。これらの精製方法を、免疫原をその天然環境から単離する際に利用することもできる。本明細書に記載される単離された／組換え抗体の１つまたは複数についての大規模生成のための方法は、適切な培養条件を維持するためにモニターされ、制御される、バッチ細胞培養を含む。可溶性抗体の精製は、本明細書に記載されるおよび当技術分野において公知の方法であって、自国および外国の規制機関の法律およびガイドラインに適合する方法に従って、行うことができる。
医薬組成物
本開示の抗体または抗原結合断片のいずれか１つまたは複数を含む組成物であって、薬学的に許容されるキャリアー、賦形剤、または希釈剤をさらに含み得る組成物も、本明細書で提供される。キャリアー、賦形剤および希釈剤は、本明細書中でさらに詳細に論じられる。
ある特定の実施形態では、組成物は、本開示による２つまたはそれより多くの異なる抗体または抗原結合断片を含む。ある特定の実施形態では、組み合わせて使用される抗体または抗原結合断片は、各々独立して、次の特徴のうちの１つまたは複数を有する：天然に存在するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントを中和する；スパイクタンパク質結合について互いに競合しない；明確に異なるスパイクタンパク質エピトープに結合する；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する耐性の形成の低減を有する；組合せでの場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する耐性の形成の低減を有する；生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスを強く中和する；組み合わせて使用された場合、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの中和に対して相加または相乗効果を示す；エフェクター機能を示す；感染の妥当な動物モデル（複数可）において防御的である；大規模生成に十分な量で生成できる。
一部の実施形態では、組成物は、抗体または抗原結合断片をコードする、ポリヌクレオチドまたはベクターを含む。ある特定の実施形態では、組成物は、第１のプラスミドを含む第１のベクター、および第２のプラスミドを含む第２のベクターを含み、第１のプラスミドは、重鎖、ＶＨ、またはＶＨ＋ＣＨをコードするポリヌクレオチドを含み、第２のプラスミドは、抗体またはその抗原結合断片のコグネイト軽鎖、ＶＬ、またはＶＬ＋ＣＬをコードするポリヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、組成物は、好適な送達ビヒクルまたはキャリアーに連結されたポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。ヒト被験体への投与のための例示的なビヒクルまたはキャリアーとしては、脂質または脂質由来の送達ビヒクル、例えば、リポソーム、固体脂質ナノ粒子、油性懸濁液、サブミクロン脂質乳剤、脂質マイクロバブル、逆脂質ミセル、渦巻型リポソーム（ｃｏｃｈｌｅａｒ ｌｉｐｏｓｏｍｅ）、脂質マイクロチューブル（ｌｉｐｉｄ ｍｉｃｒｏｔｕｂｕｌｅ）、脂質マイクロシリンダー（ｌｉｐｉｄ ｍｉｃｒｏｃｙｌｉｎｄｅｒ）、または脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）もしくはナノスケールプラットフォーム（例えば、Ｌｉ ｅｔ ａｌ． Ｗｉｌｅｒｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ Ｒｅｖ． Ｎａｎｏｍｅｄ Ｎａｎｏｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． １１（２）：ｅ１５３０ （２０１９）を参照されたい）が挙げられる。適切なｍＲＮＡを設計するための、および（ａｎｄ ａｎｄ）ｍＲＮＡ－ＬＮＰを製剤化するための、およびそれを送達するための、原理、試薬および技法は、例えば、Ｐａｒｄｉ ｅｔ ａｌ． （Ｊ Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｒｅｌｅａｓｅ ２１７３４５－３５１ （２０１５））；Ｔｈｅｓｓ ｅｔ ａｌ． （Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ ２３： １４５６－１４６４ （２０１５））；Ｔｈｒａｎ ｅｔ ａｌ． （ＥＭＢＯ Ｍｏｌ Ｍｅｄ ９（１０）：１４３４－１４４８ （２０１７）；Ｋｏｓｅ ｅｔ ａｌ． （Ｓｃｉ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ４ ｅａａｗ６６４７ （２０１９）；およびＳａｂｎｉｓ ｅｔ ａｌ． （Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． ２６：１５０９－１５１９ （２０１８））に記載されており、その技法は、キャッピング、コドン最適化、ヌクレオシド改変、ｍＲＮＡの精製、ｍＲＮＡの安定した脂質ナノ粒子（例えば、イオン化可能なカチオン性脂質／ホスファチジルコリン／コレステロール／ＰＥＧ－脂質；イオン化可能な脂質：ジステアロイルＰＣ：コレステロール：ポリエチレングリコール脂質）への組込みを含み、ならびにその皮下、筋肉内、皮内、静脈内、腹腔内および気管内投与を含む、これらの技法は、参照により本明細書に組み込まれる。
使用
本開示の抗体もしくは抗原結合断片、またはそれを含む組成物を使用して被験体を処置する方法であって、被験体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している、感染していると考えられる、または感染するリスクがある、必要に応じて、ＣＯＶＩＤ－１９に感染している、感染していると考えられる、または感染するリスクがある、方法も、本明細書で提供される。
したがって、ある特定の実施形態では、被験体（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染またはＣＯＶＩＤ－１９に罹患しているまたはそのリスクがある）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置するための方法であって、本明細書で開示される抗体、抗原結合断片、または組成物の有効量を被験体に投与することを含む方法が、提供される。
本開示により処置され得る被験体は、一般に、ヒトおよび他の霊長類被験体、例えば、獣医学目的のためのサルおよび類人猿である。マウスおよびラットなどの他のモデル生物も、本開示に従って処置することができる。上述の実施形態のいずれにおいても、被験体は、ヒト被験体であり得る。被験体は、男性または女性であり得、任意の好適な年齢であり得、乳児、若年、青年、成人および老年被験体を含む。
手短には、本開示のある特定の実施形態による医薬組成物は、患者への組成物の投与の際にその中に含有される活性成分が生物学的に利用可能になることを可能にするように製剤化される。被験体または患者に投与される組成物は、１つまたは複数の投与単位の形態をとることができ、例えば、錠剤が単一投与単位であってよく、エアロゾル形態の本明細書に記載の抗体または抗原結合のコンテナは、複数の投与単位を保持することができる。そのような剤形の実際の調製方法は、当業者には公知であるか、明らかである。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ： Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ， ２０ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ （Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２０００）を参照されたい。いずれにせよ、投与される組成物は、本明細書での教示に従って目的の疾患または状態を処置するための本開示の抗体もしくは抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞または組成物の有効量を含有する。
組成物は、固体の形態であることもあり、または液体の形態であることもある。一部の実施形態では、キャリアー（複数可）は粒状であり、組成物は例えば錠剤または粉末形態である。組成物が、例えば、経口油、注射可能な液体、または例えば吸入投与に有用であるエアロゾルである場合、キャリアー（複数可）は液体であり得る。経口投与が意図される場合、医薬組成物は、好ましくは、固体形態または液体形態のどちらかであり、半固体、半液体、懸濁液およびゲル形態は、本明細書で固体または液体のどちらかとみなされる形態の中に含まれる。
経口投与のための固体組成物として、医薬組成物を、粉剤・散剤（ｐｏｗｄｅｒ）、顆粒剤、圧縮錠剤、丸剤、カプセル剤、チューインガム剤、カシェ剤などに製剤化することができる。そのような固体組成物は、１つまたは複数の不活性希釈剤または食用キャリアーを通常は含有する。加えて、次のうちの１つまたは複数が存在することもある：結合剤、例えば、カルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、微結晶性セルロース、トラガカントガムまたはゼラチン；賦形剤、例えば、デンプン、ラクトースまたはデキストリン；崩壊剤、例えば、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、Ｐｒｉｍｏｇｅｌ、トウモロコシデンプンなど；滑沢剤、例えば、ステアリン鎖マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅｘ；流動促進剤、例えば、コロイド状二酸化ケイ素；甘味剤、例えば、スクロースまたはサッカリン；着香剤、例えばペパーミント、サリチル酸メチルまたはオレンジ香味料；ならびに着色剤。組成物が、カプセル、例えばゼラチンカプセル、の形態である場合、その組成物は、上記のタイプの材料に加えて、液体キャリアー、例えば、ポリエチレングリコールまたは油を含有し得る。
組成物は、液体、例えば、エリキシル、シロップ、溶液、乳剤または懸濁液、の形態であることもある。液体は、２つの例として、経口投与のためのもの、または注射による送達のためのものであり得る。経口投与が意図される場合、好ましい組成物は、本化合物に加えて、甘味剤、保存剤、色素／着色剤および風味増強剤のうちの１つまたは複数を含有する。注射により投与することが意図される組成物には、界面活性剤、保存剤、湿潤剤、分散化剤、懸濁化剤、緩衝液、安定剤および等張剤のうちの１つまたは複数を含めることができる。
液体医薬組成物は、それらが溶液であるか、懸濁液であるか、他のこれらに類する形態であるかを問わず、次のアジュバントのうちの１つまたは複数を含み得る：滅菌希釈剤、例えば、注射用水、食塩溶液、好ましくは生理食塩水、リンゲル液、等張塩化ナトリウム、固定油、例えば、溶媒もしくは懸濁媒体として役立ち得る合成モノもしくはジグリセリド、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の溶媒；抗菌剤、例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン；抗酸化剤、例えば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム；キレート剤、例えば、エチレンジアミン四酢酸；緩衝液、例えば、酢酸緩衝液、クエン酸緩衝液またはリン酸緩衝液；および等張性の調整用の剤、例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロース。非経口調製物を、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨てのシリンジまたは複数回用量のバイアルに封入することができる。生理食塩水は、好ましいアジュバントである。注射用医薬組成物は、好ましくは無菌である。
非経口投与または経口投与のどちらかが意図される液体組成物は、本明細書で開示される抗体または抗原結合断片の量を、好適な投与量が得られるように、含有するべきである。通常は、この量は、組成物中、少なくとも０．０１％の抗体または抗原結合断片である。経口投与が意図される場合、この量を、組成物の重量の０．１％～約７０％の間になるように変動させることができる。ある特定の経口医薬組成物は、約４％～約７５％の間の抗体または抗原結合断片を含有する。ある特定の実施形態では、本発明による医薬組成物および調製物は、非経口投与単位が希釈前に０．０１～１０重量％の間の抗体または抗原結合断片を含有するように調製される。
組成物は、局所投与が意図されたものであることがあり、その場合、キャリアーは、溶液、乳剤、軟膏またはゲル基剤を適切に含み得る。基剤は、例えば、次のうちの１つまたは複数を含み得る：ワセリン、ラノリン、ポリエチレングリコール、蜜蝋、鉱油、希釈剤、例えば水およびアルコール、ならびに乳化剤および安定剤。増粘剤が局所投与のための組成物中に存在してよい。経皮投与が意図される場合、組成物は、経皮パッチまたはイオン導入デバイスを含み得る。医薬組成物は、直腸内で融解して薬物を放出する形態、例えば座薬の形態での、直腸投与が意図されたものであることもある。直腸投与のための組成物は、油性基剤を好適な無刺激賦形剤として含有し得る。そのような基剤としては、ラノリン、カカオ脂、およびポリエチレングリコールが挙げられるが、これらに限定されない。
組成物は、固体または液体投与単位の物理的形態を改変する様々な材料を含み得る。例えば、組成物は、活性成分の周囲にコーティングシェルを形成する材料を含み得る。コーティングシェルを形成する材料は、通常は不活性であり、例えば、糖、セラック、および他の腸溶コーティング剤から選択され得る。あるいは、活性成分は、ゼラチンカプセルに封入され得る。固体または液体形態の組成物は、本開示の抗体または抗原結合断片に結合し、それによって化合物の送達を補助する、作用物質を含み得る。この能力で作用し得る好適な作用物質は、モノクローナルもしくはポリクローナル抗体、１つもしくは複数のタンパク質、またはリポソームを含む。組成物は、エアロゾルとして投与することができる投与単位から本質的になり得る。用語エアロゾルは、コロイド状の性質のものから、加圧パッケージからなる系までの幅がある、様々な系を示すために使用される。送達は、液化もしくは圧縮ガスによることもあり、または活性成分を分注する好適なポンプシステムによることもある。エアロゾルは、活性成分（複数可）を送達するために単相、二相または三相系で送達され得る。エアロゾルの送達は、必要なコンテナ、アクチベーター、バルブ、サブコンテナなどを含み、これらが一緒にキットを形成し得る。当業者は、過度の実験をしなくても、好ましいエアロゾルを決定することができる。
本開示の組成物が、本明細書に記載されるようなポリヌクレオチドのためのキャリアー分子（例えば、脂質ナノ粒子、ナノスケール送達プラットフォームなど）も包含することは、理解されよう。
医薬組成物は、製薬技術分野で周知の方法論により調製することができる。例えば、注射により投与されることが意図される組成物は、本明細書に記載の抗体、その抗原結合断片、または抗体コンジュゲートと、必要に応じて塩、緩衝液および／または安定剤のうちの１つまたは複数とを含む組成物を、溶液を形成するための滅菌蒸留水と合わせることにより、調製することができる。界面活性剤を添加して、均一な溶液または懸濁液の形成を促進することができる。界面活性剤は、ペプチド組成物と非共有結合的に相互作用して水性送達系への抗体またはその抗原結合断片の溶解または均一な懸濁を促進する化合物である。
一般に、適切な用量および処置レジメンは、治療上および／または予防上の利益（例えば、臨床転帰の改善（例えば、下痢もしくは関連する脱水症または炎症の頻度の低下、継続期間の短縮、または重症度の低下、あるいはより長い無病および／または全生存期間、あるいは症状重症度の軽減）を含む、本明細書に記載されるもの）をもたらすのに十分な量の組成物（複数可）を提供する。予防上の使用のための用量は、疾患もしくは障害に関連する疾患を防止するのに、その開始を遅延するのに、またはその重症度を低下させるのに十分であるべきである。本明細書に記載される方法に従って投与される組成物の予防上の利益を、前臨床研究（ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏ動物研究を含む）および臨床研究を行うこと、そしてそこから得られたデータを、適切な統計学的、生物学的および臨床的方法および技法により分析することによって、決定することができ、これらの全てを当業者は容易に実行することができる。
組成物を有効量（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置するための）で投与し、この有効量は、利用される具体的な化合物の活性；化合物の代謝安定性および作用の長さ；被験体の年齢、体重、一般的健康、性別および食事；投与の方法およびタイミング；排泄率；薬物の組合せ；特定の障害または状態の重症度；ならびに治療を受けている被験体を含む、様々な因子に依存して変わる。ある特定の実施形態では、本開示の製剤および方法による治療の投与後（ｔｏｌｌｏｗｉｎｇ ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）、試験被験体は、プラセボで処置される被験体または他の好適な対照被験体と比較して、処置される疾患または障害に関連する１つまたは複数の症状の約１０％から約９９％までの低減を示す。
一般に、抗体または抗原結合断片の治療有効１日用量は、（７０ｋｇの哺乳動物について）約０．００１ｍｇ／ｋｇ（すなわち、０．０７ｍｇ）～約１００ｍｇ／ｋｇ（すなわち、７．０ｇ）であり；好ましくは、治療有効用量は、（７０ｋｇの哺乳動物について）約０．０１ｍｇ／ｋｇ（すなわち、０．７ｍｇ）～約５０ｍｇ／ｋｇ（すなわち、３．５ｇ）であり；より好ましくは、治療有効用量は、（７０ｋｇの哺乳動物について）約１ｍｇ／ｋｇ（すなわち、７０ｍｇ）～約２５ｍｇ／ｋｇ（すなわち、１．７５ｇ）である。本開示のポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、および関連組成物についての治療有効用量は、抗体または抗原結合断片についての治療有効用量とは異なり得る。
ある特定の実施形態では、本開示による方法は、本開示の抗体または抗原結合断片を、被験体に、１００ｍｇ以下、１５０ｍｇ以下、２００ｍｇ以下、２５０ｍｇ以下、３００ｍｇ以下、３５０ｍｇ以下、４００ｍｇ以下、４５０ｍｇ以下、または５００ｍｇ以下の用量で投与することを含む。ある特定の実施形態では、方法は、本開示の抗体または抗原結合断片を、被験体に、約５０ｍｇ～約５００ｍｇの範囲、または約５０ｍｇ～約２５０ｍｇの範囲、または約５０ｍｇ～１００ｍｇの範囲、または約１００ｍｇ～約５００ｍｇの範囲、または約２５０ｍｇ～約５００ｍｇの範囲の用量で投与することを含む。一部の実施形態では、方法は、被験体に、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５または５００ｍｇの抗体または抗原結合断片を投与することを含む。一部の実施形態では、方法は、被験体に、５０、１５０、２５０または５００ｍｇの抗体または抗原結合断片を投与することを含む。一部の実施形態では、方法は、被験体に５００ｍｇの抗体または抗原結合断片を投与することを含む。
特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号１０６、１２１、１０８、１６９、１７０および１７１の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。さらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、配列番号１１３のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＶＬを含む。ある特定のさらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異、ならびに／またはＧ２３６Ａ、Ａ３３０ＬおよびＩ３３２Ｅ Ｆｃ変異を含む。
いくつかの基準が、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２感染に関連する疾患の罹患、伝播、進行の、および／または重症症状または死亡の、高いリスクの一因となると考えられる。これらは、年齢、職業、一般的健康、既存の健康状態；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している、もしくは感染している疑いがある、もしくは感染するリスクが高い被験体との、濃厚接触；および生活習慣を含むが、それらに限定されない。一部の実施形態では、本開示に従って処置される被験体は、１つまたは複数リスク因子を含む。
ある特定の実施形態では、本開示に従って処置されるヒト被験体は、乳児、小児、若年成人、中年成人、または高齢者である。ある特定の実施形態では、本開示に従って処置されるヒト被験体は、１歳未満であるか、または１～５歳であるか、または５～１２５歳の間（例えば、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５または１２５歳、これらのうちのまたはこれらの間の任意のおよび全ての年齢を含む）である。ある特定の実施形態では、本開示に従って処置されるヒト被験体は、０～１９歳、２０～４４歳、４５～５４歳、５５～６４歳、６５～７４歳、７５～８４歳、または８５歳もしくはそれより高齢である。中年の、特に高齢の人物は、特にリスクがあると考えられる。特定の実施形態では、ヒト被験体は、４５～５４歳、５５～６４歳、６５～７４歳、７５～８４歳、または８５歳もしくはそれより高齢である。一部の実施形態では、ヒト被験体は、男性である。一部の実施形態では、ヒト被験体は、女性である。
ある特定の実施形態では、本開示に従って処置されるヒト被験体（例えば、リスクのある被験体またはリスクの高い被験体）は、介護施設もしくは長期ケア施設の入居者である；ホスピス介護福祉士である；医療提供者もしくは医療従事者である；ファーストレスポンダーである；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していると診断されたもしくは感染している疑いがある被験体の家族の一員もしくは他の濃厚接触者である；過体重もしくは医学的に言って肥満である；喫煙者である、または喫煙者であった；慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）に罹患している、もしくは罹患したことがある；喘息である（例えば、中等度から重度の喘息に罹患している）；自己免疫疾患もしくは状態（例えば、糖尿病）に罹患している；および／または免疫系が損なわれている、もしくは免疫系が枯渇している（例えば、ＡＩＤＳ／ＨＩＶ感染、がん、例えば血液がん、リンパ球除去療法、例えば化学療法、骨髄もしくは臓器移植、または遺伝性免疫状態に起因して）；慢性肝疾患に罹患している；心血管疾患に罹患している；肺もしくは心臓に欠陥がある；他人に極めて接近して、例えば、工場、配送センター、病院環境などの場所で、働いている、もしくは別様に時間を過ごす。
一部の実施形態では、濃厚接触者は、（ａ）インデックス診断の前の７日間に発端者と一緒に住んでいた被験体であって、集合した環境、例えば、長期ケア施設もしくは老人ホームにおける居住者もしくはスタッフを含み得る被験体；（ｂ）医療スタッフ、ファーストレスポンダー、もしくは発端者に関与する他の介護スタッフである、被験体；および／または（ｃ）発端者への最後の曝露（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している人物との濃厚接触）から３日未満である被験体を含む。
ある特定の実施形態では、本開示に従って処置される被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２用のワクチンを受けたことがある。一部の実施形態では、このワクチンは、例えば、被験体におけるワクチン後の感染または症状により、臨床診断または科学的もしくは規制基準により、効果がないと決定されている。ある特定の実施形態では、本開示に従って処置される被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２用のワクチンを受けたことがない。ある特定の実施形態では、本開示に従って処置される被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のための回復期血漿療法、レムデシビル、または両方を受けたことがある。
ある特定の実施形態では、処置は、曝露前または曝露前後（ｐｅｒｉ－ｅｘｐｏｓｕｒｅ）の予防として投与される。ある特定の実施形態では、処置は、軽度から中等度の疾患に罹患している被験体に投与され、これは外来患者の状況においてであり得る。ある特定の実施形態では、処置は、中等度から重度の疾患に罹患している被験体、例えば、入院を必要とする被験体に投与される。重度の疾患の続発症としては、呼吸不全；肺塞栓症および脳卒中につながる血栓塞栓性疾患；不整脈；ショック；またはこれらの任意の組合せを挙げることができる。ある特定の実施形態では、重度のＣＯＶＩＤ－１９は、（ｉ）１日より長い酸素補給を必要とする低酸素血症（室内空気でのＯ２飽和度≦９３％、もしくはＰａＯ２／ＦｉＯ２＜３００）または（ｉｉ）≧４Ｌ／分の酸素補給もしくは同等の処置を必要とする被験体を含む。
一部の実施形態では、被験体は、重篤ＣＯＶＩＤ－１９に罹患しているか、またはそれに進行するリスクがある。重篤な疾患は、一般に、重度の疾患と比較して死亡リスクの増加を含む。一部の実施形態では、重篤ＣＯＶＩＤ－１９は、侵襲的機械的人工換気およびＥＣＭＯの少なくとも一方を必要とする呼吸不全；ショック；ならびに多臓器機能不全／不全を含む。
ある特定の実施形態では、被験体は、ＣＯＶＩＤ－１９で入院しており、これは、例えば、集中治療室（ＩＣＵ）に入れられることまたは移されることを含み得る。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している被験体は、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患しており；発熱、咳、疲労、息切れもしくは呼吸困難、筋肉の痛み、悪寒、喉の痛み、鼻水、頭痛、胸痛、味覚および／もしくは臭覚の消失、ならびにはやり目（結膜炎）、倦怠感、ならびに画像診断での異常のうちのいずれか１つもしくは複数を経験しており；臨床評価もしくは画像診断による下気道疾患の証拠、および海抜ゼロでの室内空気で９３パーセント（％）より高い（＞）酸素飽和度（ＳａＯ２）を有し；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス試験の結果が陽性であり、ならびに／または重度のＣＯＶＩＤ－１９および／もしくは入院に進行するリスクが高く、例えば、ヒト被験体が、（１）６５歳もしくはそれより高齢（≧６５）であり；３５もしくはそれより高い（≧３５）ボディーマスインデックス（ＢＭＩ）を有し；慢性腎疾患に罹患しており；糖尿病に罹患しており；（５）免疫抑制疾患に罹患しており、免疫抑制処置を受けており；５５歳またはそれより高齢（≧５５）であり、心血管疾患、高血圧、慢性閉塞性肺疾患、もしくは他の慢性呼吸器疾患を有し；および／または１２～１７歳であり、彼らの年齢および性別の値の≧８５％のＢＭＩ、または鎌状赤血球症、先天性もしくは後天性心疾患、神経発達障害（例えば、脳性麻痺）、医療関連の技術依存（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９に関係のない気管切開、胃瘻造設もしくは陽圧換気）、または管理のために日常の投薬を必要とする喘息、反応性気道もしくは他の慢性呼吸器疾患を有し；ＣＯＶＩＤ－１９による診断を最近（例えば、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日もしくは１４日以内に）受けており、および／または症状開始から１０日以内であり；または上述のもののいずれかの組合せを経験したことがある、もしくは経験している。
一部の実施形態では、治療を受けている被験体は、１８歳またはそれより高齢である。一部の実施形態では、治療を受ける被験体は、被験体が１８歳もしくはそれより高齢であることを条件として５５歳もしくはそれより若年である。一部の実施形態では、被験体は、ＣＯＶＩＤ－１９感染が、例えば、任意のタイプの気道試料で、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ、例えば、ＲＴ－ＰＣＲ）試験陽性による検査で確認された者である。一部の実施形態では、被験体は、末梢毛細血管酸素飽和度（ＳｐＯ２）＞９４％ 室内空気（ＲＡ）を有し、ＣＯＶＩＤ－１９の１つまたは複数の症状を≦１２０時間（５日間）経験したことがある。一部の実施形態では、本開示による治療を受ける被験体は、レムデシビル、デキサメタゾン、トシリズマブ、またはこれらの任意の組合せを受けている、または受けたことがある。ここに開示される実施形態のいずれかでは、方法は、抗体、抗原結合断片、または組成物の単一用量を被験体に投与することを含み得る。
したがって、本開示の組成物を投与する典型的な経路は、経口、局所、経皮、吸入、非経口、舌下、頬側、直腸、膣および鼻腔内経路を含むが、これらに限定されない。用語「非経口」は、本明細書で使用される場合、皮下注射、静脈内、筋肉内、胸骨内注射または注入技法を含む。ある特定の実施形態では、投与は、経口、静脈内、非経口、胃内、胸膜内、肺内、直腸内、皮内、腹腔内、腫瘍内、皮下、局所、経皮、大槽内、髄腔内、鼻腔内、および筋肉内経路から選択される経路による投与を含む。特定の実施形態では、方法は、抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物を被験体に経口投与することを含む。
好ましい実施形態では、方法は、抗体、抗原結合断片、または組成物を被験体に静脈内または筋肉内投与することを含む。
一部の実施形態では、被験体は、（ｉ）１８～４９歳である；（ｉｉ）１８歳またはそれより高齢である；（ｉｉｉ）軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している；（ｉｖ）重度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している；（ｖ）重度から重篤のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している；（ｖｉ）症状の開始から７日未満または５日もしくはそれより少ない日数しか経過していない；（ｖｉｉ）症状の開始から７日またはそれより長く経過した；（ｖｉｉｉ）逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応または抗原ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が陽性であったことがある；（ｉｘ）５５歳またはそれより高齢である；（ｘ）投薬を必要とする糖尿病、肥満（ボディーマスインデックス＞３０ｋｇ／ｍ２）、慢性腎疾患（推定糸球体濾過量＜６０ｍＬ／分／１．７３ｍ２）、うっ血性心不全（ニューヨーク心臓学会クラスＩＩもしくはそれより上）、慢性閉塞性肺疾患（慢性気管支炎、慢性閉塞性の肺疾患、もしくは労作時の呼吸困難を伴う肺気腫の病歴）、および中等度から重度の喘息（被験体が、症状を制御するために吸入ステロイドを必要とする、もしくは過去１年以内に経口ステロイド治療を受けた）のうちの１つまたは複数に罹患している；または（ｘｉ）（ｉ）～（ｘ）の任意の組合せである。
本明細書でさらに論じられるように、投与は、例えば、静脈内投与または筋肉内投与を含み得る。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片の単一用量は、被験体に、３０分、６０分または９０分にわたって静脈内投与される。
ある特定の実施形態では、方法は、抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物を被験体に２、３、４、５、６、７、８、９、１０回またはそれより多くの回数投与することを含む。
ある特定の実施形態では、方法は、抗体、抗原結合断片、または組成物を被験体に複数回投与することを含み、第２のまたは次に続く投与は、それぞれ、第１のまたは前の投与の少なくとも約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約２４、約４８、約７４、約９６時間後またはそれより後に行われる。
ある特定の実施形態では、方法は、被験体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する前に少なくとも１回、抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物を投与することを含む。
ある特定の実施形態では、処置を受ける被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が検査で（例えば、ＰＣＲ試験によって）確認された、１８歳またはそれより高齢である。
一部の実施形態では、被験体は、ＷＨＯ臨床重症度スコア、９点順序尺度による定義に従って、グレード４（入院している；マスクもしくは鼻プロングによる酸素）、５（入院している；非侵襲的換気を用いている、もしくは高流量の酸素）、６（入院している；挿管および機械的人工換気）、または７（換気および追加の臓器サポート－昇圧薬、腎代替療法（ＲＲＴ）、体外式膜型人工肺（ＥＣＭＯ））の臨床状態を有する。
一部の実施形態では、被験体は、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している。一部の実施形態では、被験体は、重度のＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクがある。一部の実施形態では、被験体への抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、被験体は、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクが低下された状態になる。ある特定の実施形態では、被験体への抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクは、１０％もしくはそれより大きく、２０％もしくはそれより大きく、３０％もしくはそれより大きく、４０％もしくはそれより大きく、５０％もしくはそれより大きく、６０％もしくはそれより大きく、７０％もしくはそれより大きく、８０％もしくはそれより大きく、または８５％もしくはそれより大きく低下される。
一部の実施形態では、被験体は、重度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患しているか、またはそれに進行するリスクがあり、必要に応じて、重度のＣＯＶＩＤ－１９は、（ｉ）１日より長い酸素補給を必要とする低酸素血症（室内空気でのＯ２飽和度≦９３％、もしくはＰａＯ２／ＦｉＯ２＜３００）または（ｉｉ）≧４Ｌ／分の酸素補給もしくは同等の処置を必要とする被験体を含む。
一部の実施形態では、被験体は、重篤ＣＯＶＩＤ－１９に罹患しているか、またはそれに進行するリスクがあり、必要に応じて、重篤ＣＯＶＩＤ－１９は、侵襲的機械的人工換気およびＥＣＭＯの少なくとも一方を必要とする呼吸不全；ショック；ならびに多臓器機能不全／不全を含む。
一部の実施形態では、被験体は、症状の開始から７日未満である。他の実施形態では、被験体は、症状の開始から７日であるか、またはそれを超えている。
一部の実施形態では、被験体は、（ｉ）１８歳またはそれより高齢であり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が（任意の有効性が認められた試験、例えばＲＴ－ＰＣＲ、により任意の検体タイプで）陽性である；（ｉｉ）（１）グレード４もしくはグレード５の疾患と一致する酸素補給もしくは非侵襲性換気が必要と定義される重度のＣＯＶＩＤ－１９疾患で入院しているか、または（２）機械的人工換気を用いている者（グレード６もしくはグレード７の疾患）と定義される重篤のＣＯＶＩＤ－１９疾患で入院している；（ｉｉｉ）男性または女性であり、必要に応じて、（１）女性が、非妊娠可能女性（ＷＯＮＣＢＰ）であるか、または（２）妊娠可能な女性（ＷＯＣＢＰ）であり、避妊法を使用する。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、方法は、５００ｍｇの抗体または抗原結合断片を被験体に投与することを含み得る。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が確認された人物に濃厚接触したことがある、または濃厚接触することがある。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、処置することは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２および／またはＣＯＶＩＤ－１９による感染を予防することを含み得る。ここに開示される実施形態のいずれかでは、処置することは、被験体におけるＣＯＶＩＤ－１９の進行を予防することを含み得る。ここに開示される実施形態のいずれかでは、処置することは、有症候性ＣＯＶＩＤ－１９の罹患および／または伝播を予防することを含み得る。ここに開示される実施形態のいずれかでは、処置することは、無症候性ＣＯＶＩＤ－１９の罹患および／または伝播を予防することを含み得る。ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、ＣＯＶＩＤ－１９に罹患するまたはそれが進行するリスクがあり得る。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、処置することは、（１）咳、痰が出ること、喉の痛み、および息切れから選択される１つもしくは複数の急性呼吸器症状；または（２）３８℃より高い発熱；（３）次の症状：疲労、筋肉痛／関節痛、悪寒、悪心／嘔吐、下痢、および臭覚脱失／味覚異常のうちの２つもしくはそれより多くの症状を、予防または低減することを含み得る。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、処置することは、次の症状：３８℃より高い発熱、悪寒、咳、喉の痛み、倦怠感、頭痛、筋肉痛、嗅覚または味覚の変化、鼻閉／鼻漏、嘔吐、下痢、労作時の息切れのうちの１つまたは複数を、予防または低減することを含み得る。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、成人であり得る。ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、１８歳もしくはそれより高齢であり得る、または１９歳もしくはそれより高齢であり得る。ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、５５歳であり得るかもしくは５５歳であり、または６５歳であるかもしくはそれより高齢である。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体、抗原結合断片、または組成物を投与することは、静脈内注入を含み得る。ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体、抗原結合断片、または組成物を投与することは、筋肉内注射を含み得る。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、方法は、２５０ｍｇの抗体または抗原結合断片を被験体に投与することを含み得る。ここに開示される実施形態のいずれかでは、方法は、５００ｍｇの抗体または抗原結合断片を被験体に投与することを含み得る。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、軽度から中等度のＳＡＲＳ－２－ＣｏＶに感染している（例えば、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している）ことがあり、必要に応じて、重度の疾患に進行するリスクがあり得る。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、（ｉ）１２歳またはそれより高齢であり得、（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が確認された人物と最後に接触したのが組成物の投与３日前以降であり得る。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患しており、方法は、抗体、抗原結合断片、または組成物の単一用量を被験体に筋肉内投与することを含む。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、単一用量は、抗体または抗原結合断片２５０ｍｇを含む。一部の実施形態では、処置方法による単一用量は、抗体または抗原結合断片５００ｍｇを含む。
一部の実施形態では、（ｉ）（ｉ）（ａ）被験体は、１２歳もしくはそれより高齢であり、ＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクが高いか、または（ｉ）（ｂ）被験体が、６５歳もしくはそれより高齢であり；および／または（ｉｉ）被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果（例えば、ＰＣＲ試験による）が陽性であり、室内空気での酸素飽和度≧９４％を有し、ＣＯＶＩＤ－１９症状を有し、症状の開始から７日未満または７日である。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、（ｉ）（ｉ）（ａ）被験体は、１２歳もしくはそれより高齢であり得、ＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクが高いか、または（ｉ）（ｂ）被験体は、６５歳もしくはそれより高齢であり得；（ｉｉ）被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果（例えば、ＰＣＲ試験による）が陽性であり、室内空気での酸素飽和度≧９４％を有し得、ＣＯＶＩＤ－１９症状を有し、症状の開始から７日未満または７日である。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、入院しておらず、（ｉ）入院するおよび／または（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９が進行するリスクが高い。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、（１）１２歳もしくはそれより高齢であり得、必要に応じて、ＣＯＶＩＤ－１９が進行するリスクが高いことがあり；および／または（２）６５歳もしくはそれより高齢であり得る。ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が陽性であったことがあり、室内空気での酸素飽和度≧９４％を有し、ＣＯＶＩＤ－１９症状を有し、症状の開始から７日未満または７日である。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、その抗体または抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドが安定にトランスフェクトされた細胞の非クローンプールから得られた。ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、クローンマスターセルバンクから得られた。マスターセルバンク（ＭＣＢ）は、元の抗体／抗原結合断片産生細胞系から産生される。ＭＣＢは、一般に、製造プロセス中に細胞系が継代または処理される全回数をなくすことにより遺伝的多様性および可能性のある夾雑を防止するために複数のバイアルで凍結保存される。ＭＣＢは、好ましくは、細菌、真菌およびマイコプラズマなどの夾雑物について試験され、これらの夾雑物はＭＣＢ中に存在すべきではない。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、介護施設もしくは長期ケア施設の入居者である；ホスピス介護福祉士である；医療提供者もしくは医療従事者である；ファーストレスポンダーである；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していると診断されたもしくは感染している疑いがある被験体の、家族の一員もしくは他の濃厚接触者である；過体重もしくは医学的に言って肥満である；喫煙者である、または喫煙者であった；慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）に罹患している、もしくは罹患していた；喘息である（例えば、中等度から重度の喘息に罹患している）；自己免疫疾患もしくは状態（例えば、糖尿病）に罹患している；免疫系が損なわれている、もしくは免疫系が枯渇している（例えば、ＡＩＤＳ／ＨＩＶ感染、がん、例えば血液がん、リンパ球除去療法、例えば化学療法、骨髄もしくは臓器移植、または遺伝性免疫状態に起因して）；慢性肝疾患に罹患している；心血管疾患に罹患している；および／または肺もしくは心臓に欠陥がある；および／または他人に極めて接近して、例えば、工場、配送センター、病院環境などの場所で、働いている、もしくは別様に時間を過ごす。ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のワクチンを受けたことがあり、ワクチンは、例えば、被験体におけるワクチン後の感染または症状により、臨床診断または科学的もしくは規制基準により、効果がないと決定されている。ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のワクチンを受けたことがない。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のために回復期血漿療法、レムデシビル、または両方を受けたことがある。ここに開示される実施形態のいずれかでは、処置は、曝露前または曝露前後の予防を含む。ここに開示される実施形態のいずれかでは、処置は、軽度から中等度の疾患に罹患している被験体に、必要に応じて外来患者の状況で、投与される。ここに開示される実施形態のいずれかでは、処置は、中等度から重度の疾患に罹患している被験体、例えば、入院を必要とする被験体に投与される。ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、ＣＯＶＩＤ－１９で入院している。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している被験体は、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患しており；発熱、咳、疲労、息切れもしくは呼吸困難、筋肉の痛み、悪寒、喉の痛み、鼻水、頭痛、胸痛、味覚および／もしくは臭覚の消失、ならびにはやり目（結膜炎）、倦怠感、ならびに画像診断での異常のうちのいずれか１つもしくは複数を経験しており；臨床評価もしくは画像診断による下気道疾患の証拠、および海抜ゼロでの室内空気で９３パーセント（％）より高い（＞）酸素飽和度（ＳａＯ２）を有し；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス試験の結果が陽性であり、ならびに／または重度のＣＯＶＩＤ－１９および／もしくは入院に進行するリスクが高く、例えば、ヒト被験体が、（１）６５歳もしくはそれより高齢（≧６５）であり；３５もしくはそれより高い（≧３５）ボディーマスインデックス（ＢＭＩ）を有し；慢性腎疾患に罹患しており；糖尿病に罹患しており；（５）免疫抑制疾患に罹患しており、免疫抑制処置を受けており；５５歳またはそれより高齢（≧５５）であり、心血管疾患、高血圧、慢性閉塞性肺疾患、もしくは他の慢性呼吸器疾患を有し；および／または１２～１７歳であり、彼らの年齢および性別の値の≧８５％のＢＭＩ、または鎌状赤血球症、先天性もしくは後天性心疾患、神経発達障害（例えば、脳性麻痺）、医療関連の技術依存（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９に関係のない気管切開、胃瘻造設もしくは陽圧換気）、または管理のために日常の投薬を必要とする喘息、反応性気道もしくは他の慢性呼吸器疾患を有し；ＣＯＶＩＤ－１９の診断を最近（例えば、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日もしくは１４日以内に）受けており、および／または症状開始から１０日以内であり；または上述のもののいずれかの組合せを経験したことがある、もしくは経験している。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、（ａ）１８歳もしくはそれより高齢であるか、または（ｂ）被験体が１８歳もしくはそれより高齢であることを条件として５５歳もしくはそれより若年である。ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、ＣＯＶＩＤ－１９感染が、例えば、任意のタイプの気道試料で、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ、例えば、ＲＴ－ＰＣＲ）試験陽性による検査で確認された者である。ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、末梢毛細血管酸素飽和度（ＳｐＯ２）＞９４％ 室内空気（ＲＡ）を有し、ＣＯＶＩＤ－１９の１つまたは複数の症状を≦１２０時間（５日間）経験したことがある。ここに開示される実施形態のいずれかでは、被験体は、さらに、レムデシビル、酸素補給、換気療法、呼吸療法、デキサメタゾン、トシリズマブ、またはこれらの任意の組合せを受けている、または受けたことがある。
一部の実施形態では、以下のうちの１つまたは複数は、本開示による治療を受ける被験体に適用されない：筋肉内注射を受けることが禁忌となるあらゆる状態、例えば、凝固障害、出血性素因、または血小板減少症；抗体組成物中に存在するいずれかの構成要素に対する公知のアレルギーまたは過敏性；モノクローナル抗体による以前のアナフィラキシーまたはモノクローナル抗体に対する以前の過敏症；ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを以前に受けたことがある；ＣＯＶＩＤ－１９生存者からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２高力価静注用免疫グロブリン（ｈＩＶＩＧ）を以前に受けたことがある；回復したＣＯＶＩＤ－１９患者からの回復期血漿または抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂを以前に受けたことがある；妊娠しているまたは授乳中の女性；アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）および／またはアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）＞正常上限（ＵＬＮ）５回；ステージ４重度慢性腎疾患、または透析を必要とすること（すなわち、推定糸球体濾過量＜３０ｍＬ／分／１．７３ｍ２）；安静時の息切れ、または呼吸促迫、または酸素補給を必要とすることにより定義される、重度のＣＯＶＩＤ－１９と一致する症状を有する；免疫抑制化学療法または免疫療法を受けているがん患者、過去３カ月以内に固形臓器移植または同種幹細胞移植を受けた、何らかの心臓もしくは肺移植歴がある、または高用量の長期全身性コルチコステロイド（２週間を超える期間にわたって１日に≧２０ｍｇのプレドニゾンもしくは全身性等価物に相当する）を受けた者を含むがこれらに限定されない、重度免疫不全の参加者；糖尿病（投薬を必要とする）、慢性腎疾患（すなわち、Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｄｉｅｔ ｉｎ Ｒｅｎａｌ Ｄｉｓｅａｓｅ（ＭＤＲＤ）研究により決定される、ｅＧＦＲ＜６０）、慢性肝疾患（例えば、肝硬変）、うっ血性心不全（ニューヨーク心臓学会（ＮＹＨＡ）クラスＩＩもしくはそれより上）、慢性閉塞性肺疾患（慢性気管支炎、慢性閉塞性の肺疾患、もしくは労作時の呼吸困難を伴う肺気腫の病歴）、および中等度から重度の喘息（参加者が、症状を制御するために吸入ステロイドを必要とする、もしくは過去１年以内に経口ステロイド治療を受けた）に罹患していた；モノクローナル抗体による以前のアナフィラキシーまたはモノクローナル抗体に対する以前の過敏症；終末臓器機能不全、例えば、ａ．脳卒中、ｂ．髄膜炎、ｃ．脳炎、ｄ．脊髄炎、ｅ．心筋梗塞、ｆ．心筋炎、ｇ．心膜炎、ｈ．症候性うっ血性心不全（ニューヨーク心臓学会［ＮＹＨＡ］クラＩＩＩ～ＩＶ）、ｉ．動脈もしくは深部静脈血栓症または肺塞栓症；末梢臓器不全カテゴリー、例えば、ａ．高流量酸素、非侵襲的換気、または侵襲的機械的人工換気を必要とすること、ｂ．体外式膜型人工肺（ＥＣＭＯ）、ｃ．機械的循環補助（例えば、大動脈内バルーンポンプ、心室補助デバイス）、ｄ．昇圧剤治療、ｅ．この入院中の腎代替療法（ＲＲＴ）の開始（すなわち、長期ＲＲＴを受けている患者ではない）；脳卒中；髄膜炎；脳炎；脊髄炎；心筋虚血；心筋炎；心膜炎；症候性うっ血性心不全；動脈もしくは深部静脈血栓症または肺塞栓症；および侵襲的機械的人工換気、ＥＣＭＯ（体外式膜型人工肺）、機械的循環補助、昇圧剤治療、またはこの入院中の腎代替療法の開始（すなわち、長期腎代替療法を受けている患者ではない）を現在または差し迫って必要としていること。
本開示の抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞または組成物を含む組成物を、１つもしくは複数の他の治療剤の投与と同時に、その前に、またはその後に投与することもできる。そのような併用療法は、本発明の化合物と１つまたは複数の追加の活性薬剤とを含有する単一の医薬投与製剤の投与はもちろん、本開示の抗体または抗原結合断片を含む組成物および各活性薬剤を含む組成物のその独自の別個の投与製剤での投与も含み得る。例えば、本明細書に記載の抗体もしくはその抗原結合断片と他の活性薬剤とを、患者に、錠剤もしくはカプセル剤などの単一経口投与組成物で一緒に投与することができ、または各薬剤を別個の経口投与製剤で投与することができる。同様に、本明細書に記載の抗体もしくは抗原結合断片と他の活性薬剤とを、被験体に、単一非経口投与組成物で、例えば、食塩溶液もしくは他の生理的に許容される溶液で、一緒に投与することができ、または各薬剤を別個の非経口投与製剤で投与することができる。別個の投与製剤が使用される場合、抗体または抗原結合断片を含む組成物と、１つまたは複数の追加の活性薬剤を含む組成物とを、本質的に同時に、すなわち並行して、投与することができ、または別々にずらした時間で、すなわち、逐次的にかつ任意の順序で投与することができ、併用療法は、これらのレジメン全てを含むと理解される。
ある特定の実施形態では、本開示の１つもしくは複数の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体（または１つもしくは複数の核酸、宿主細胞、ベクターもしくは組成物）と、１つもしくは複数の抗炎症剤および／または１つもしくは複数の抗ウイルス剤とを含む、併用療法が提供される。特定の実施形態では、１つまたは複数の抗炎症剤は、例えば、デキサメタゾン、プレドニゾンなどのような、コルチコステロイドを含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の抗炎症剤は、例えば、ＩＬ６に結合する抗体（例えば、シルツキシマブ）、またはＩＬ－６Ｒに結合する抗体（例えば、トシリズマブ）、またはＩＬ－１β、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＦＧＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＰ－１０、ＭＣＰ－１、ＭＩＰ－１Ａ、ＭＩＰ１－Ｂ、ＰＤＧＲ、ＴＮＦ－αもしくはＶＥＧＦに結合する抗体などの、サイトカインアンタゴニストを含む。一部の実施形態では、抗炎症剤、例えば、ルキソリチニブおよび／またはアナキンラが使用される。一部の実施形態では、１つまたは複数抗ウイルス剤は、例えば、レムデシビル、ソホスブビル、アシクロビルおよびジドブジンなどの、ヌクレオチドアナログまたはヌクレオチドアナログプロドラッグを含む。特定の実施形態では、抗ウイルス剤は、ロピナビル、リトナビル、ファビピラビル、レロンリマブまたはこれらの任意の組合せを含む。本開示の併用療法で使用するための他の抗炎症剤は、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤＳ）を含む。そのような併用療法において、１つまたは複数の抗体（または１つもしくは複数の核酸、宿主細胞、ベクター、もしくは組成物）と、１つもしくは複数の抗炎症剤および／または１つのまたはより多くの抗ウイルス剤（ｏｎｅ ｏｒ ｔｈｅ ｍｏｒｅ ａｎｔｉｖｉｒａｌ ａｇｅｎｔ）とを、任意の順序および任意の順番で、または一緒に投与することができることは、理解される。
一部の実施形態では、抗体（または１つもしくは複数の核酸、宿主細胞、ベクター、もしくは組成物）は、１つもしくは複数の抗炎症剤および／または１つもしくは複数の抗ウイルス剤を以前に受けたことがある被験体に投与される。一部の実施形態では、１つもしくは複数の抗炎症剤および／または１つもしくは複数の抗ウイルス剤は、抗体（または１つもしくは複数の核酸、宿主細胞、ベクター、もしくは組成物）を以前に受けたことがある被験体に投与される。
ある特定の実施形態では、本開示の２つまたはそれより多くの抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を含む併用療法が、提供される。方法は、第１の抗体を、第２の抗体を受けたことがある被験体に投与することを含むことができ、または２つまたはそれより多くの抗体を一緒に投与することを含むことができる。例えば、特定の実施形態では、方法は、被験体に、（ａ）被験体が第２の抗体もしくは抗原結合断片を受けたことがある場合に第１の抗体もしくは抗原結合断片を投与すること；（ｂ）被験体が第１の抗体もしくは抗原結合断片を受けたことがある場合に第２の抗体もしくは抗原結合断片を投与すること；または（ｃ）第１の抗体もしくは抗原結合断片および第２の抗体もしくは抗原結合断片を投与することを含む方法が、提供される。
関連態様では、本開示の抗体、抗原結合断片、ベクター、宿主細胞、および組成物の使用が、提供される。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物のいずれかが、被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染および／またはＣＯＶＩＤ－１９を処置する方法（例えば、本開示の方法のいずれか）において使用するために提供される。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体、抗原結合断片、または組成物のいずれかが、被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染および／またはＣＯＶＩＤ－１９を処置するための医薬を製造または調製する方法において使用するために提供される。
本開示は、以下の実施形態も提供する。
実施形態１．ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、抗体またはその抗原結合断片であって、（ｉ）ＣＤＲＨ１が、配列番号２、５６、６４、８０、８８、９６、１０６、１５６、１７９、１９５、もしくは２４０のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つの酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｉｉ）ＣＤＲＨ２が、配列番号３、１６～２２、５７、６５、８１、８９、９７、１０７、１２１～１２６、１５７、１８０、１９７、１９９、もしくは２４１のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｉｉｉ）ＣＤＲＨ３が、配列番号４、２５、２６、５８、６６、８２、９０、９８、１０４、１０８、１２７、１２８、１５８、１８１、２０１、２０３、もしくは２４２のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｉｖ）ＣＤＲＬ１が、配列番号６、５１～５４、６０、６８、７３、７４、８４、９２、１００、１１０、１６０、１６９、１８３、２３５、もしくは２４４のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｖ）ＣＤＲＬ２が、配列番号７、６１、６９、８５、９３、１０１、１１１、１６１、１７０、１８４、２３６もしくは２４５のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；および／または（ｖｉ）ＣＤＲＬ３が、配列番号８、６２、７０、７７、７８、８６、９４、１０２、１１２、１５１～１５４、１６２、１７１、１８５、２３７、もしくは２４６のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸置換を含む／有するその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり、抗体または抗原結合断片が、宿主細胞の細胞表面上および／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態２．感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和できる、実施形態１に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態３．（ｉ）それぞれ、配列番号２～４および６～８または２３５～２３７；（ｉｉ）それぞれ、配列番号２、１６～２２のいずれか１つ、４、および６～８または２３５～２３７；（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号２、３、２５～２６のいずれか１つ、および６～８または２３５～２３７；（ｉｖ）それぞれ、配列番号２～４、５１、７または２３６、および８または２３７；（ｖ）それぞれ、配列番号２～４、５２、７または２３６、および８または２３７；（ｖｉ）それぞれ、配列番号２～４、５３、７または２３６、および８または２３７；（ｖｉｉ）それぞれ、配列番号２～５、５４、７または２３６、および８または２３７；（ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号５６～５８および６０～６２；（ｉｘ）それぞれ、配列番号６４～６６および６８～７０；（ｘ）それぞれ、配列番号６４～６６、７３または７４、６９、および７０；（ｘｉ）それぞれ、配列番号６４～６６、６８、６９、および７７または７８；（ｘｉｉ）それぞれ、配列番号８０～８２および８４～８６；（ｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号８８～９０および９２～９４；（ｘｉｖ）それぞれ、配列番号９６～９８および１０１～１０２；（ｘｖ）それぞれ、配列番号９６、９７、１０４、および１００～１０２；（ｘｖｉ）それぞれ、配列番号１０６～１０８および１１０～１１２または１６７～１７１；（ｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号１０６、１２１～１２６のいずれか１つ、１０８、および１１０～１１２；（ｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号１０６、１０７、１２７または１２８、および１１０～１１２；（ｘｉｘ）それぞれ、配列番号１０６～１０８、１１０、１１１、および１５１；（ｘｘ）それぞれ、配列番号１０６～１０８、１１０、１１１、および１５２；（ｘｘｉ）それぞれ、配列番号１０６～１０８、１１０、１１１、および１５３；（ｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号１０６～１０８、１１０、１１１、および１５４；（ｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号１０６～１０８および１６９～１７１；（ｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号１５６～１５８および１６０～１６２；（ｘｘｖ）それぞれ、配列番号１０６、１２３、１２７、および１６９～１７１；（ｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号２、１７、２５、６または２３５、または５１～５４のいずれか１つ、７または２３６、および８または２３７；（ｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号２、２０、２５、６または２３５、または５１～５４のいずれか１つ、７または２３６、および８または２３７；または（ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号１７９～１８１および１８３～１８５；（ｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号１９５、１８０、１８１および１８３～１８５；（ｘｘｘ）それぞれ、配列番号１９５、１９７、１８１および１８３～１８５；（ｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号１９５、１９９、１８１および１８３～１８５；（ｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号１９５、１９７、２０１および１８３～１８５；（ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号１９５、１９７、２０３および１８３～１８５；（ｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号１９５、１９９、２０１および１８３～１８５；（ｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号１９５、１９９、２０３および１８３～１８５；（ｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号１７９、１８０、１８１および１８３～１８５；（ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号１７９、１９７、１８１および１８３～１８５；（ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号１７９、１９９、１８１および１８３～１８５；（ｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号１７９、１９７、２０１および１８３～１８５；（ｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号１７９、１９７、２０３および１８３～１８５；（ｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号１７９、１９９、２０１および１８３～１８５；（ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号１７９、１９９、２０３および１８３～１８５；（ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号１７９、１８０、２０１および１８３～１８５；（ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号１７９、１８０、２０３および１８３～１８５；および（ｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号２４０～２４２および２４４～２４６に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、実施形態１～２のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態４．（ｉ）ＶＨが、配列番号１、９～１５、２３、２４、２７、２８～４６、５５、６３、７９、８７、９５、１０３、１０５、１１３～１２０、１２９～１４６、１５５、１７２、１７６～１７８、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、および２３９のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはそれからなり、ここで、変動が、必要に応じて、１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、かつ／あるいは変動が、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含み、かつ／あるいは（ｉｉ）ＶＬが、配列番号５、４７～５０、５９、６７、７１～７２、７５、７６、８３、９１、９９、１０９、１４７～１５０、１５９、１６８、１８２、１９０、２３４、および２４３のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはそれからなり、ここで、変動が、必要に応じて、１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、かつ／あるいは変動が、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含む、実施形態１～５のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５．ＶＨが、表１に記載される任意のＶＨアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＶＬが、表１に記載される任意のＶＬアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、必要に応じて、ＶＨおよびＶＬが、（ｉ）それぞれ、配列番号１および５または２３４；（ｉｉ）それぞれ、配列番号９～１５のいずれか１つ、および５または２３４；（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号２３または２４および５または２３４；（ｉｖ）それぞれ、配列番号２７および５または２３４；（ｖ）それぞれ、配列番号２８～４６のいずれか１つ、および５または２３４；（ｖｉ）それぞれ、配列番号１、および４７～５０のいずれか１つ；（ｖｉｉ）それぞれ、配列番号９～１５のいずれか１つ、および４７～５０のいずれか１つ；（ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号２３または２４、および４７～５０のいずれか１つ；（ｉｘ）それぞれ、配列番号２７、および４７～５０のいずれか１つ；（ｘ）それぞれ、配列番号２８～４６のいずれか１つ、および４７～５０のいずれか１つ；（ｘｉ）それぞれ、配列番号５５および５９；（ｘｉｉ）それぞれ、配列番号６３および６７；（ｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号６３および７１または７２；（ｘｉｖ）それぞれ、配列番号６３および７５または７６；（ｘｖ）それぞれ、配列番号７９および８３；（ｘｖｉ）それぞれ、配列番号８７および９１；（ｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号９５および９９；（ｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号１０３および９９；（ｘｉｖ）それぞれ、配列番号１０５および１０９または１６８；（ｘｘ）それぞれ、配列番号１１３～１２０のいずれか１つ、および１０９または１６８；（ｘｘｉ）それぞれ、配列番号１２９および１０９または１６８；（ｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号１３０～１４６のいずれか１つ、および１０９または１６８；（ｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号１０５、および１４７～１５０のいずれか１つ；（ｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号１１３～１２０のいずれか１つ、および１４７～１５０のいずれか１つ；（ｘｘｖ）それぞれ、配列番号１３０～１４６のいずれか１つ、および１４７～１５０のいずれか１つ；（ｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号１５５および１５９；（ｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号１７２および１６８；（ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号１７６または１７７および５または２３４、または４７～５０のいずれか１つ；（ｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号１７８および１８２または１９０；（ｘｘｘ）それぞれ、配列番号１９４および１８２；（ｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号１９６および１８２；（ｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号１９８および１８２；（ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号２００および１８２；（ｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号２０２および１８２；または（ｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号２３９および２４３に記載の、アミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、実施形態１～６のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６．重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、ＶＨが、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＶＬが、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態７．ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号８０～８２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号８４～８６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態８．重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、ＶＨが、配列番号１０５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＶＬが、配列番号１６８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態９．ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１０６～１０８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１６９～１７１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態１０．重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、ＶＨが、配列番号１７８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＶＬが、配列番号１８２または配列番号１９０に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態１１．ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１７９～１８１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１８３～１８５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態１２．（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２受容体結合モチーフ（ＲＢＭ、配列番号１６７）中のエピトープを認識する；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＭ）とＡＣＥ２との間の相互作用を遮断できる；（ｉｉ）ＳＡＲＳコロナウイルスのＳタンパク質に対するよりも高いアビディティーでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合できる；（ｉｖ）抗体または抗原結合断片が１０μｇ／ｍｌで存在する場合に、およそ１００μＬ中の約５０，０００個の標的細胞を含む試料中で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質を発現する標的細胞の約３０％、約３５％、約４０％、約５０％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、またはそれより多くを染色できる；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２ ＲＢＭ中、およびＳＡＲＳコロナウイルスのＡＣＥ２ ＲＢＭ中で保存されているエピトープを認識する；（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳコロナウイルスに対して交差反応性である；（ｖｉｉ）ＡＣＥ２ ＲＢＭ中のものではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質中のエピトープを認識する；または（ｖｉｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の任意の組合せである、実施形態１～１１のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１３．ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、またはＩｇＤアイソタイプである、実施形態１～１２のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１４．ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４から選択されるＩｇＧアイソタイプである、実施形態１～１３のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１５．ヒト、ヒト化、またはキメラである、実施形態１～１４のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１６．ヒト抗体、モノクローナル抗体、精製された抗体、一本鎖抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、またはｓｃＦａｂを含む、実施形態１～１５のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１７．ｓｃＦａｂが、（ｉ）配列番号２１８～２１９および２２６～２２７のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列；（ｉｉ）配列番号１６８に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬ、および配列番号１０５または配列番号１１３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨ；あるいは（ｉｉｉ）配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ１、配列番号１０７または１２１に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ２、配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ３、配列番号１６９に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ１、配列番号１７０に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ２、および配列番号１７１に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ３を含む、実施形態１６に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１８．ｓｃＦｖが、（ｉ）配列番号２２０～２２１または２２８～２２９のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列；（ｉｉ）配列番号１６８に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬ、および配列番号１０５または配列番号１１３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨ；あるいは（ｉｉｉ）配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ１、配列番号１０７または１２１に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ２、配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ３、配列番号１６９に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ１、配列番号１７０に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ２、および配列番号１７１に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ３を含む、実施形態１６に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１９．ｓｃＦｖが、１つより多くのＶＨドメインおよび１つより多くのＶＬドメインを含む、実施形態１６に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態２０．ｓｃＦｖが、（ｉ）配列番号２２２～２２５または配列番号２３０～２３３のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列；（ｉｉ）配列番号１６８に記載されるアミノ酸配列をそれぞれ含む２つのＶＬドメイン、および配列番号１０５または配列番号１１３に記載されるアミノ酸配列をそれぞれ含む２つのＶＨドメイン；あるいは（ｉｉｉ）配列番号１６９に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ１、配列番号１７０に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ２、および配列番号１７１に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ３をそれぞれ含む２つのＶＬドメイン、および配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ１、配列番号１０７または１２１に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ２、配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ３をそれぞれ含む２つのＶＨドメインを含む、実施形態１９に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態２１．多特異性抗体または抗原結合断片である、実施形態１～１９のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態２２．二特異性抗体または抗原結合断片である、実施形態２１に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態２３．（ｉ）第１のＶＨおよび第１のＶＬ；ならびに（ｉｉ）第２のＶＨおよび第２のＶＬを含み、第１のＶＨおよび第２のＶＨが、異なり、それぞれ独立して、配列番号１、９～１５、２３、２４、２７～４６、５５、６３、７９、８７、９５、１０３、１０５、１１３～１２０、１２９～１４６、１５５、１７２、１７６～１７８、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、および２３９のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、第１のＶＬおよび第２のＶＬが、異なり、それぞれ独立して、配列番号５、４７～５０、５９、６７、７１、７２、７５、７６、８３、９１、９９、１０９、１４７～１５０、１５９、１６８、１８２、１９０、２３４、および２４３のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含み；
第１のＶＨおよび第１のＶＬが、第１の抗原結合部位を一緒に形成し、第２のＶＨおよび第２のＶＬが、第２の抗原結合部位を一緒に形成する、
実施形態２１または２２に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態２４．Ｆｃポリペプチドまたはその断片をさらに含む、実施形態１～２３のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態２５．Ｆｃポリペプチドまたはその断片が、（ｉ）変異であって、変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃＲｎへの結合を増強する変異；および／または（ｉｉ）変異であって、変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃγＲへの結合を増強する変異を含む、実施形態２４に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態２６．ＦｃＲｎへの結合を増強する変異が、Ｍ４２８Ｌ；Ｎ４３４Ｓ；Ｎ４３４Ｈ；Ｎ４３４Ａ；Ｎ４３４Ｓ；Ｍ２５２Ｙ；Ｓ２５４Ｔ；Ｔ２５６Ｅ；Ｔ２５０Ｑ；Ｐ２５７Ｉ；Ｑ３１１Ｉ；Ｄ３７６Ｖ；Ｔ３０７Ａ；Ｅ３８０Ａ；またはこれらの任意の組合せを含む、実施形態２５に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態２７．ＦｃＲｎへの結合を増強する変異が、（ｉ）Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ；（ｉｉ）Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ；（ｉｉｉ）Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌ；（ｉｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１Ｉ；（ｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｎ４３４Ｈ；（ｖｉ）Ｄ３７６Ｖ／Ｎ４３４Ｈ；（ｖｉｉ）Ｔ３０７Ａ／Ｅ３８０Ａ／Ｎ４３４Ａ；または（ｖｉｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の任意の組合せを含む、実施形態２５または２６に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態２８．ＦｃＲｎへの結合を増強する変異が、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓを含む、実施形態２５～２７のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態２９．ＦｃγＲへの結合を増強する変異が、Ｓ２３９Ｄ；Ｉ３３２Ｅ；Ａ３３０Ｌ；Ｇ２３６Ａ；またはこれらの任意の組合せを含む、実施形態２５～２８のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態３０．ＦｃγＲへの結合を増強する変異が、（ｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；（ｉｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；（ｉｉｉ）Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；または（ｉｖ）Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含む、実施形態２５～２９のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態３１．グリコシル化を変化させる変異を含み、グリコシル化を変化させる変異が、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、もしくはＮ２９７Ｇを含み、ならびに／またはアグリコシル化および／もしくはアフコシル化されている、実施形態１～３０のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態３２．実施形態１～３１のいずれか１つに記載の抗体もしくは抗原結合断片をコードするか、または抗体もしくは抗原結合断片のＶＨ、重鎖、ＶＬ、および／もしくは軽鎖をコードする、単離されたポリヌクレオチド。
実施形態３３．デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）を含み、ＲＮＡが、必要に応じて、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を含む、実施形態３２に記載のポリヌクレオチド。
実施形態３４．宿主細胞での発現のためにコドン最適化されている、実施形態３２または３３に記載のポリヌクレオチド。
実施形態３５．配列番号１８６～１８９、１９１～１９２、２３８、２４７、２４８～２５５、および２５７～２６２のいずれか１つまたは複数に記載のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも５０％の同一性を有するポリヌクレオチドを含む、実施形態３２～３４のいずれか１つに記載のポリヌクレオチド。
実施形態３６．実施形態３２～３５のいずれか１つに記載のポリヌクレオチドを含む、組換えベクター。
実施形態３７．実施形態３２～３５のいずれか１つに記載のポリヌクレオチド、および／または実施形態３６に記載のベクターを含む、宿主細胞であって、ポリヌクレオチドが宿主細胞に対して異種である、宿主細胞。
実施形態３８．実施形態３２～３５のいずれか１つに記載のポリヌクレオチドを含むヒトＢ細胞であって、ポリヌクレオチドがヒトＢ細胞に対して異種である、および／またはヒトＢ細胞が不死化されている、ヒトＢ細胞。
実施形態３９．組成物であって：（ｉ）実施形態１～３１もしくは４９～５２のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片；（ｉｉ）実施形態３２～３５のいずれか１つに記載のポリヌクレオチド；（ｉｉｉ）実施形態３６に記載の組換えベクター；（ｉｖ）実施形態３７に記載の宿主細胞；および／または（ｖ）実施形態３８に記載のヒトＢ細胞と、薬学的に許容される賦形剤、キャリアー、または希釈剤とを含む、組成物。
実施形態４０．実施形態１～３１または４９～５２のいずれか１つに記載の２つまたはそれより多くの抗体または抗原結合断片を含む、実施形態３９に記載の組成物。
実施形態４１．（ｉ）配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む第１の抗体または抗原結合断片；および（ｉｉ）配列番号１０５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１６８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む第２の抗体または抗原結合断片を含む、実施形態４０に記載の組成物。
実施形態４２．（ｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号８０～８２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号８４～８６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；および（ｉｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１０６～１０８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１６９～１７１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片を含む、実施形態４０に記載の組成物。
実施形態４３．（ｉ）配列番号１７８に記載のアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＨと、配列番号１８２もしくは配列番号１９０に記載のアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＬとを含む、第１の抗体または抗原結合断片；および（ｉｉ）配列番号１０５に記載のアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＨと、配列番号１６８に記載のアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＬとを含む、第２の抗体または抗原結合断片を含む、実施形態４０に記載の組成物。
実施形態４４．（ｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１７９～１８１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１８３～１８５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；および（ｉｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１０６～１０８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１６９～１７１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片を含む、実施形態４０に記載の組成物。
実施形態４５．（ｉ）配列番号１７８に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１８２もしくは配列番号１９０に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第１の抗体または抗原結合断片；および（ｉｉ）配列番号６３に記載のアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＨと、配列番号６７、配列番号７１～７１のいずれか１つ、または配列番号７５～７６のいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第２の抗体または抗原結合断片を含む、実施形態４０に記載の組成物。
実施形態４６．（ｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１７９～１８１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１８３～１８５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；および（ｉｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号６４～６６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１が、配列番号６８、配列番号７３、または配列番号７４のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ２が、配列番号６９に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ３が、配列番号７０、配列番号７７、または配列番号７８のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片を含む、実施形態４０に記載の組成物。
実施形態４７．キャリアー分子に被包された実施形態３２～３５のいずれか１つに記載のポリヌクレオチドを含む組成物であって、キャリアー分子が、必要に応じて、脂質、脂質由来の送達ビヒクル、例えば、リポソーム、固体脂質ナノ粒子、油性懸濁液、サブミクロン脂質乳剤、脂質マイクロバブル、逆脂質ミセル、渦巻型リポソーム、脂質マイクロチューブル、脂質マイクロシリンダー、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）、またはナノスケールプラットフォームを含む、組成物。
実施形態４８．被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、有効量の、（ｉ）実施形態１～３１もしくは５１～５４のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片；（ｉｉ）実施形態３２～３５のいずれか１つに記載のポリヌクレオチド；（ｉｉｉ）実施形態３６に記載の組換えベクター；（ｉｖ）実施形態３７に記載の宿主細胞；（ｖ）実施形態３８に記載のヒトＢ細胞；および／または（ｖｉ）実施形態３９～４７のいずれか１つに記載の組成物を被験体に投与することを含む、方法。
実施形態４９．被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法における使用のための、実施形態１～３１もしくは５１～５４のいずれか１つに記載の抗体もしくは抗原結合断片、実施形態３２～３５のいずれか１つに記載のポリヌクレオチド、実施形態３６に記載の組換えベクター、実施形態３７に記載の宿主細胞、実施形態３８に記載のヒトＢ細胞、および／または実施形態３９～４７のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態５０．被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の処置のための医薬の調製における使用のための、実施形態１～３１もしくは５１～５４のいずれか１つに記載の抗体もしくは抗原結合断片、実施形態３２～３５のいずれか１つに記載のポリヌクレオチド、実施形態３６に記載の組換えベクター、実施形態３７に記載の宿主細胞、実施形態３８に記載のヒトＢ細胞、および／または実施形態３９～４７のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態５１．Ｆｃポリペプチドが、Ｌ２３４Ａ変異およびＬ２３５Ａ変異を含む、実施形態２４～３１のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５２．バイオレイヤー干渉法を使用して測定されるように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合する、実施形態１～３１または５１のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５３．約４．５×１０－９Ｍ未満のＫＤで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合する、実施形態５２に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５４．約１×１０－１２Ｍ未満のＫＤで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合する、実施形態５２または５３に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５５．約１６～約２０μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、および／または標的細胞の感染を中和できる、実施形態１～３１または５１～５４のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５６．約０．３～約０．４μｇ／ｍｌまたは約３～約４ｎＭのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、実施形態１～３１または５１～５４のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５７．（ｉ）実施形態８または９に記載の抗体または抗原結合断片、および（ｉｉ）実施形態１０または１１に記載の抗体または抗原結合断片を含む組成物であって、約０．０７～約０．０８μｇ／ｍｌのＩＣ５０でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和できる、組成物。
実施形態５８．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した標的細胞に対して、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）および／または抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）を誘導できる、実施形態１～３１または５１～５４のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５９．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染のｉｎ ｖｉｔｒｏ診断のための方法であって、
（ｉ）被験体からの試料を実施形態１～３１または５１～５４のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片と接触させること；および
（ｉｉ）抗原と抗体とを含む、または抗原と抗原結合断片とを含む、複合体を検出すること
を含む方法。
実施形態６０．試料が、被験体から単離された血液を含む、実施形態５９に記載の方法。
実施形態６１．抗体または抗原結合断片のＦａｂが、２．０×１０－９もしくはそれ未満、１．９×１０－９もしくはそれ未満、または１．８×１０－９もしくはそれ未満のＫＤで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合できる、実施形態５２～５６のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６２．抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和でき、かつＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質への結合についてヒトＡＣＥ２と競合せず、
必要に応じて、中和が、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて感染を中和することを含む、
実施形態１～３１、５１～５４または６１のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６３． ３．０ｎＭ、３．１ｎＭ、３．２ｎＭ、３．３ｎＭ、３．４ｎＭ、３．５ｎＭ、３．６ｎＭ、３．７ｎＭ、３．８ｎＭ、３．９ｎＭ、または４．０ｎＭのＩＣ５０でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和できる、実施形態１～３１、５１～５４、６１または６２のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６４．ＡＤＣＣの誘導が、Ｖ１５８ ＦｃγＲＩＩＩａバリアントを含むナチュラルキラー細胞、Ｆ１５８ ＦｃγＲＩＩＩａバリアントを含むナチュラルキラー細胞、またはその両方を活性化することを含む、実施形態５８に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６５．ＡＤＣＰが、食細胞、例えば、単球、マクロファージ、または樹状細胞の表面上で発現されるＦｃγＲＩＩａに係合することを含む、実施形態５８または６４に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６６．実施形態１～３１、５１～５４、または６１～６５のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質への結合について競合する、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態６７．抗体Ｓ３０９および／または抗体Ｓ３０３とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質への結合について競合する、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態６８．抗体Ｓ３０４および／または抗体Ｓ３１５とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質への結合について競合する、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態６９．（ｉ）以下を含む抗体または抗原結合断片：
（ａ）ＣＤＲＨ１アミノ酸配列ＧＹＰＦＴＳＹＧ、ＣＤＲＨ２アミノ酸配列ＩＳＴＹＮＧＮＴもしくはＩＳＴＹＱＧＮＴ、ＣＤＲＨ３アミノ酸配列ＡＲＤＹＴＲＧＡＷＦＧＥＳＬＩＧＧＦＤＮ；ＣＤＲＬ１アミノ酸配列ＱＴＶＳＳＴＳ、ＣＤＲＬ２アミノ酸配列ＧＡＳ、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列ＱＱＨＤＴＳＬＴ；または
（ｂ）ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＰＦＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＩＳＴＹＮＧＮＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＭＴＴＤＴＳＴＴＴＧＹＭＥＬＲＲＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＹＴＲＧＡＷＦＧＥＳＬＩＧＧＦＤＮＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳを含むか、もしくはこれからなる、または
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＰＦＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＩＳＴＹＱＧＮＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＭＴＴＤＴＳＴＴＴＧＹＭＥＬＲＲＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＹＴＲＧＡＷＦＧＥＳＬＩＧＧＦＤＮＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳを含むか、もしくはこれからなる、ＶＨアミノ酸配列；および
ＥＩＶＬＴＱＳＰＧＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＴＶＳＳＴＳＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＧＡＳＳＲＡＴＧＩＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＲＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＨＤＴＳＬＴＦＧＧＧＴＫＶＥＩＫを含むか、もしくはこれからなるＶＬアミノ酸配列；ならびに
（ｉｉ）以下を含む抗体または抗原結合性断片：（ａ）それぞれ、配列番号７９および８３に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列；（ｂ）それぞれ、配列番号８０～８２および８４～８６に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列；（ｃ）それぞれ、配列番号１７８もしくは１９４もしくは１９６もしくは１９８もしくは２００もしくは２０２、および１８２もしくは１９０に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列；または（ｄ）それぞれ、配列番号１７９もしくは１９５、１８０もしくは１９７もしくは１９９、１８１ ２０１もしくは２０３、および１８３～１８５に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、組み合わせ物または組成物。
実施形態７０．被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、実施形態６９に記載の組み合わせ物または組成物を被験体に投与することを含み、必要に応じて、（ｉ）の抗体または抗原結合断片および（ｉｉ）の抗体または抗原結合断片が、並行して、同時に、または連続して投与される、方法。
実施形態７１．被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、（ａ）それぞれ、配列番号７９および８３に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列；または（ｂ）それぞれ、配列番号８０～８２および８４～８６に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む第１の抗体または抗原結合断片、を受けた被験体に、（ａ）配列番号１０５もしくは１１３に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１６８に記載のＶＬアミノ酸配列；または（ｂ）それぞれ、配列番号１０６～１０８、もしくはそれぞれ、配列番号１０６、１２１、および１０８に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸、ならびに、それぞれ、配列番号１６９～１７１に記載のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む第２の抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法。
実施形態７２．被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、（ａ）配列番号１０５または１１３に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１６８に記載のＶＬアミノ酸配列；または（ｂ）それぞれ、配列番号１０６～１０８、またはそれぞれ、配列番号１０６、１２１、および１０８に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸、ならびに、それぞれ、配列番号１６９～１７１に記載のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む第１の抗体または抗原結合断片、を受けた被験体に、（ａ）それぞれ、配列番号７９および８３に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列；または（ｂ）それぞれ、配列番号８０～８２および８４～８６に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む第２の抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法。
実施形態７３．被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
（ａ）それぞれ、配列番号１７８もしくは１９４もしくは１９６もしくは１９８もしくは２００もしくは２０２、および１８２もしくは１９０に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列；または（ｂ）それぞれ、配列番号１７９もしくは１９５、１８０もしくは１９７もしくは１９９、１８１ ２０１もしくは２０３、および１８３～１８５に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を
含む、第１の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に、
（ａ）配列番号１０５もしくは１１３に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１６８に記載のＶＬアミノ酸配列；または（ｂ）それぞれ、配列番号１０６～１０８、もしくはそれぞれ、配列番号１０６、１２１、および１０８に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸、ならびにそれぞれ、配列番号１６９～１７１に記載のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第２の抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法。
実施形態７４．被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、（ａ）配列番号１０５もしくは１１３に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１６８に記載のＶＬアミノ酸配列；または（ｂ）それぞれ、配列番号１０６～１０８、もしくはそれぞれ、配列番号１０６、１２１、および１０８に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸、ならびにそれぞれ、配列番号１６９～１７１に記載のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む第１の抗体または抗原結合断片、を受けた被験体に、（ａ）それぞれ、配列番号１７８もしくは１９４もしくは１９６もしくは１９８もしくは２００もしくは２０２、および１８２もしくは１９０に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列；または（ｂ）それぞれ、配列番号１７９もしくは１９５、１８０もしくは１９７もしくは１９９、１８１ ２０１もしくは２０３、および１８３～１８５に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む第２の抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法。
実施形態７５．被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、実施形態１～３１、５１～５４、および６１～６５のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片を含む組成物の単一用量を被験体に投与することを含む、方法。
実施形態７６．抗体または抗原結合断片が、それぞれ、配列番号１０６、１２１、１０８、１６９、１７０、および１７１に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ変異を含む（ｎ、例えばＩｇＧ１）Ｆｃポリペプチドをさらに含み、好ましくは、抗体または抗原結合断片が、配列番号１７３のＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号１７４のＣＬアミノ酸配列を含む、実施形態４８または７５に記載の方法。
実施形態７７．抗体または抗原結合断片が、配列番号１１３に記載のＶＨ、および配列番号１６８に記載のＶＬを含み、必要に応じて、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ変異を含む（ｎ、例えばＩｇＧ１）Ｆｃポリペプチドをさらに含み、好ましくは、抗体または抗原結合断片が、配列番号１７３のＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号１７４のＣＬアミノ酸配列を含む、実施形態４８、７５、および７６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７８．被験体が、（ｉ）１８～４９歳である；（ｉｉ）１８歳またはそれより高齢である；（ｉｉｉ）軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している；（ｉｖ）重度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している；（ｖ）重度から重篤のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している；（ｖｉ）症状の開始から７日未満または５日もしくはそれより少ない日数しか経過していない；（ｖｉｉ）症状の開始から７日またはそれより長く経過した；（ｖｉｉｉ）逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応または抗原ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が陽性であったことがある；（ｉｘ）５５歳またはそれより高齢である；
（ｘ）投薬を必要とする糖尿病、肥満（ボディーマスインデックス＞３０ｋｇ／ｍ２）、慢性腎疾患（推定糸球体濾過量＜６０ｍＬ／分／１．７３ｍ２）２３、うっ血性心不全（ニューヨーク心臓学会クラスＩＩもしくはそれより上）、慢性閉塞性肺疾患（慢性気管支炎、慢性閉塞性の肺疾患、もしくは労作時の呼吸困難を伴う肺気腫の病歴）、および中等度から重度の喘息（被験体が、症状を制御するために吸入ステロイドを必要とする、もしくは過去１年以内に経口ステロイド治療を受けた）のうちの１つまたは複数に罹患している；または
（ｘｉ）（ｉ）～（ｘ）の任意の組合せである、
実施形態４８および７５～７７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７９．投与することが、静脈内注入を含む、実施形態４８または７５～７８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８０．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が確認された人物に濃厚接触する被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防するまたはその重症度を低下させる方法であって、実施形態１～３１、５１～５４、および６１～６５のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合断片を含む組成物の単一用量を被験体に投与することを含む、方法。
実施形態８１．抗体または抗原結合断片が、それぞれ、配列番号１０６、１２１、１０８、１６９、１７０、および１７１に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ変異を含む（ｎ、例えばＩｇＧ１）Ｆｃポリペプチドをさらに含み、好ましくは、抗体または抗原結合断片が、配列番号１７３のＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号１７４のＣＬアミノ酸配列を含む、実施形態８０に記載の方法。
実施形態８２．抗体または抗原結合断片が、配列番号１１３に記載のＶＨ、および配列番号１６８に記載のＶＬを含み、必要に応じて、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ変異を含む（ｎ、例えばＩｇＧ１）Ｆｃポリペプチドをさらに含み、好ましくは、抗体または抗原結合断片が、配列番号１７３のＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号１７４のＣＬアミノ酸配列を含む、実施形態８０または８１に記載の方法。
実施形態８３．被験体が、（ｉ）１２歳またはそれより高齢であり；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が確認された人物と最後に接触したのが組成物の投与３日前以降である、実施形態８０～８２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８４．投与することが、静脈内注入を含む、実施形態４８または８０～８３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８５．投与することが、筋肉内注射を含む、実施形態４８または７５～７８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８６．投与することが、筋肉内注射を含む、実施形態４８または８０～８３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８７．組成物の単一用量が、抗体または抗原結合断片２５０ｍｇを含む、実施形態７５～８６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８８．組成物の単一用量が、抗体または抗原結合断片５００ｍｇを含む、実施形態７５～８６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８９．１．被験体が、軽度から中等度のＳＡＲＳ－２－ＣｏＶに感染しており（例えば、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患しており）、必要に応じて、重度の疾患に進行するリスクがある、実施形態４８または７５～８８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８９．２．軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している被験体におけるＣＯＶＩＤ－１９を処置する方法であって、抗体を含む組成物の単一用量を被験体に筋肉内投与することを含み、抗体が、配列番号１１３に記載のＶＨ、および配列番号１６８に記載のＶＬを含み、必要に応じて、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ変異を含む（ｎ、例えばＩｇＧ１）Ｆｃポリペプチドをさらに含み、好ましくは、抗体が、配列番号１７３のＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号１７４のＣＬアミノ酸配列を含む、方法。
実施形態９０．組成物の単一用量が、抗体２５０ｍｇを含む、実施形態８９．２に記載の方法。
実施形態９１．組成物の単一用量が、抗体５００ｍｇを含む、実施形態８９．２に記載の方法。
実施形態９２．（ｉ）（ｉ）（ａ）被験体が、１２歳もしくはそれより高齢であり、ＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクが高いか、または（ｉ）（ｂ）被験体が、６５歳もしくはそれより高齢である；および／または
（ｉｉ）被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果（例えば、ＰＣＲ試験による）が陽性であり、室内空気での酸素飽和度≧９４％を有し、ＣＯＶＩＤ－１９症状を有し、症状の開始から７日未満または７日である、
実施形態８９．２～９１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９３．（ｉ）（ｉ）（ａ）被験体が、１２歳もしくはそれより高齢であり、ＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクが高いか、または（ｉ）（ｂ）被験体が、６５歳もしくはそれより高齢であり；
（ｉｉ）被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果（例えば、ＰＣＲ試験による）が陽性であり、室内空気での酸素飽和度≧９４％を有し、ＣＯＶＩＤ－１９症状を有し、症状の開始から７日未満または７日である、
実施形態８９．２～９２のいずれか１つに記載の方法。
［実施形態９４～１００－保留］
実施形態１０１．被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、宿主細胞の細胞表面上および／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる抗体または抗原結合断片を含む組成物の単一用量を被験体に投与することを含み、抗体が、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、（１）それぞれ、配列番号１０６、１２１、１０８、１６９、１７０、および１７１；または（２）それぞれ、配列番号１０６、１０７、１０８、１６９、１７０、および１７１に記載されるアミノ酸配列を含む、方法。
実施形態１０２．被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、有効量の（ｉ）宿主細胞の細胞表面上および／もしくはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる抗体またはその抗原結合断片、または（ｉｉ）（ｉｉ）（ａ）抗体もしくは抗原結合断片と（ｉｉ）（ｂ）薬学的に許容される賦形剤、キャリアーもしくは希釈剤とを含む組成物を、被験体に投与することを含み、抗体が、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、（１）それぞれ、配列番号１０６、１２１、１０８、１６９、１７０、および１７１；または（２）それぞれ、配列番号１０６、１０７、１０８、１６９、１７０、および１７１に記載されるアミノ酸配列を含む、方法。
実施形態１０３．（ｉ）の抗体もしくは抗原結合断片または（ｉｉ）の組成物の単一用量を被験体に投与することを含む、実施形態１０２に記載の方法。
実施形態１０４．ＶＨが、配列番号１１３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬが、配列番号１６８に記載されるアミノ酸配列を含む、実施形態１０１～１０３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１０５．ＶＨが、配列番号１０５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬが、配列番号１６８に記載されるアミノ酸配列を含む、実施形態１０１～１０３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１０６．抗体または抗原結合断片が、Ｆｃポリペプチドまたはその断片をさらに含む、実施形態１０１～１０５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１０７．ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、またはＩｇＤアイソタイプである、実施形態１０１～１０６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１０８．ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４から選択されるＩｇＧアイソタイプである、実施形態１０１～１０７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１０９．ＩｇＧ１アイソタイプである、実施形態１０１～１０８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１０．Ｆｃポリペプチドまたはその断片が、
（ｉ）変異であって、変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃＲｎへの結合を増強する変異；および／または
（ｉｉ）変異であって、変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃγＲへの結合を増強する変異
を含む、実施形態１０６～１０９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１１．ＦｃＲｎへの結合を増強する変異が、Ｍ４２８Ｌ；Ｎ４３４Ｓ；Ｎ４３４Ｈ；Ｎ４３４Ａ；Ｎ４３４Ｓ；Ｍ２５２Ｙ；Ｓ２５４Ｔ；Ｔ２５６Ｅ；Ｔ２５０Ｑ；Ｐ２５７Ｉ；Ｑ３１１Ｉ；Ｄ３７６Ｖ；Ｔ３０７Ａ；Ｅ３８０Ａ；またはこれらの任意の組合せを含む、実施形態１１０に記載の方法。
実施形態１１２．ＦｃＲｎへの結合を増強する変異が、
（ｉ）Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ；
（ｉｉ）Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ；
（ｉｉｉ）Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌ；
（ｉｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１Ｉ；
（ｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｎ４３４Ｈ；
（ｖｉ）Ｄ３７６Ｖ／Ｎ４３４Ｈ；
（ｖｉｉ）Ｔ３０７Ａ／Ｅ３８０Ａ／Ｎ４３４Ａ；または
（ｖｉｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の任意の組合せ
を含む、実施形態１１０または１１１に記載の方法。
実施形態１１３．ＦｃＲｎへの結合を増強する変異が、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓを含む、実施形態１１０～１１２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１４．ＦｃγＲへの結合を増強する変異が、Ｓ２３９Ｄ；Ｉ３３２Ｅ；Ａ３３０Ｌ；Ｇ２３６Ａ；またはこれらの任意の組合せを含み、必要に応じて、Ｓ２３９Ｄを含まない、実施形態１１０～１１３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１５．ＦｃγＲへの結合を増強する変異が、
（ｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；
（ｉｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；
（ｉｉｉ）Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；または
（ｉｖ）Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ
を含む、実施形態１１０～１１４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１６．抗体または抗原結合断片が、配列番号１７３または２６５のＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号１７４のＣＬアミノ酸配列を含む、実施形態１０１～１１５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１７．抗体または抗原結合断片が、配列番号１７５または２６６のＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号１７４のＣＬアミノ酸配列を含む、実施形態１０１～１１５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１８．抗体または抗原結合断片が、重鎖ポリペプチドおよび軽鎖ポリペプチドを含み、
（ｉ）重鎖ポリペプチドが、配列番号１１３に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号１７３または２６５に記載されるＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列を含み；
（ｉｉ）軽鎖が、配列番号１６８に記載されるＶＬアミノ酸配列、および配列番号１７４に記載されるＣＬアミノ酸配列を含み、
必要に応じて、方法が、抗体または抗原結合断片の単一用量を被験体に投与することを含む、
実施形態１０１～１１７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１９．抗体または抗原結合断片が、重鎖ポリペプチドおよび軽鎖ポリペプチドを含み、
（ｉ）重鎖ポリペプチドが、配列番号１１３に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号１７５または２６６に記載されるＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列を含み；
（ｉｉ）軽鎖が、配列番号１６８に記載されるＶＬアミノ酸配列、および配列番号１７４に記載されるＣＬアミノ酸配列を含み、
必要に応じて、方法が、抗体または抗原結合断片の単一用量を被験体に投与することを含む、
実施形態１０１～１１７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２０．被験体が、
（ｉ）１８～４９歳である；
（ｉｉ）１８歳またはそれより高齢である；
（ｉｉｉ）軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している；
（ｉｖ）重度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している；
（ｖ）重度から重篤のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している；
（ｖｉ）症状の開始から７日未満または５日もしくはそれより少ない日数しか経過していない；
（ｖｉｉ）症状の開始から７日またはそれより長く経過した；
（ｖｉｉｉ）逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応または抗原ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が陽性であったことがある；
（ｉｘ）５５歳またはそれより高齢である；
（ｘ）投薬を必要とする糖尿病、肥満（ボディーマスインデックス＞３０ｋｇ／ｍ２）、慢性腎疾患（推定糸球体濾過量＜６０ｍＬ／分／１．７３ｍ２）、うっ血性心不全（ニューヨーク心臓学会クラスＩＩもしくはそれより上）、慢性閉塞性肺疾患（慢性気管支炎、慢性閉塞性の肺疾患、もしくは労作時の呼吸困難を伴う肺気腫の病歴）、および中等度から重度の喘息（被験体が、症状を制御するために吸入ステロイドを必要とする、もしくは過去１年以内に経口ステロイド治療を受けた）のうちの１つまたは複数に罹患している；または
（ｘｉ）（ｉ）～（ｘ）の任意の組合せである、
実施形態１０１～１１９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２１．抗体、抗原結合断片、または組成物を被験体に静脈内投与することを含む、実施形態１０１～１２０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２２．抗体、抗原結合断片、または組成物を、被験体に、３０分、６０分または９０分にわたって静脈内投与することを含む、実施形態１２１に記載の方法。
実施形態１２３．抗体、抗原結合断片、または組成物を被験体に筋肉内投与することを含む、実施形態１０１～１２２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２４．抗体または抗原結合断片を、被験体に、１００ｍｇ以下、１５０ｍｇ以下、２００ｍｇ以下、２５０ｍｇ以下、３００ｍｇ以下、３５０ｍｇ以下、４００ｍｇ以下、４５０ｍｇ以下、または５００ｍｇ以下の用量で投与することを含む、実施形態１０１～１２３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２５．抗体または抗原結合断片を、被験体に、約５０ｍｇ～約５００ｍｇの範囲、または約５０ｍｇ～約２５０ｍｇの範囲、または約５０ｍｇ～約１００ｍｇの範囲、または約１００ｍｇ～約５００ｍｇの範囲、または約２５０ｍｇ～約５００ｍｇの範囲の用量で投与することを含む、実施形態１０１～１２４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２６． ５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５または５００ｍｇの抗体または抗原結合断片を被験体に投与することを含む、実施形態１０１～１２５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２７． ５０、１５０、２５０または５００ｍｇの抗体または抗原結合断片を被験体に投与することを含む、実施形態１０１～１２６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２８． ５００ｍｇの抗体または抗原結合断片を被験体に投与することを含む、実施形態１０１～１２７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２９．抗体、抗原結合断片、または組成物を、被験体に、２、３、４、５、６、７、８、９もしくは１０回、またはそれより多い回数、投与することを含む、実施形態１０１～１２８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３０．抗体、抗原結合断片、または組成物を被験体に複数回投与することを含み、第２のまたは次に続く投与が、第１のまたは先行する投与の約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約２４、約４８、約７４、約９６時間後またはそれより後に行われる、実施形態１０１～１２９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３１．被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が検査で（例えば、ＰＣＲ試験によって）確認された、１８歳またはそれより高齢である、実施形態１０１～１３０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３２．被験体が、ＷＨＯ臨床重症度スコア、９点順序尺度による定義に従って、グレード４（入院している；マスクもしくは鼻プロングによる酸素）、５（入院している；非侵襲的換気を用いている、もしくは高流量の酸素）、６（入院している；挿管および機械的人工換気）、または７（換気および追加の臓器サポート－昇圧薬、腎代替療法（ＲＲＴ）、体外式膜型人工肺（ＥＣＭＯ））の臨床状態を有する、実施形態１０１～１３１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３３．被験体が、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している、実施形態１０１～１３１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３４．被験体が、重度のＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクがある、実施形態１３３に記載の方法。
実施形態１３５．被験体への抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、被験体が、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクが低下された状態になる、実施形態１３４に記載の方法。
実施形態１３６．被験体への抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクが１０％またはそれより大きく低下される、実施形態１３５に記載の方法。
実施形態１３７．被験体への抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクが２０％またはそれより大きく低下される、実施形態１３５に記載の方法。
実施形態１３８．被験体への抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクが３０％またはそれより大きく低下される、実施形態１３５に記載の方法。
実施形態１３９．被験体への抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクが４０％またはそれより大きく低下される、実施形態１３５に記載の方法。
実施形態１４０．被験体への抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクが５０％またはそれより大きく低下される、実施形態１３５に記載の方法。
実施形態１４１．被験体への抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクが６０％またはそれより大きく低下される、実施形態１３５に記載の方法。
実施形態１４２．被験体への抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクが７０％またはそれより大きく低下される、実施形態１３５に記載の方法。
実施形態１４３．被験体への抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクが８０％またはそれより大きく低下される、実施形態１３５に記載の方法。
実施形態１４４．被験体への抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクが８５％またはそれより大きく低下される、実施形態１３５に記載の方法。
実施形態１４５．被験体が、重度のＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクを有するか、またはそのリスクがあり、必要に応じて、重度のＣＯＶＩＤ－１９が、（ｉ）１日より長い酸素補給を必要とする低酸素血症（室内空気でのＯ２飽和度≦９３％、もしくはＰａＯ２／ＦｉＯ２＜３００）、または（ｉｉ）≧４Ｌ／分の酸素補給もしくは同等の処置を必要とする被験体を含む、実施形態１０１～１４４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４６．被験体が、重篤ＣＯＶＩＤ－１９に罹患しているか、またはそれに進行するリスクがあり、必要に応じて、重篤ＣＯＶＩＤ－１９が、侵襲的機械的人工換気およびＥＣＭＯの少なくとも一方を必要とする呼吸不全；ショック；ならびに多臓器機能不全／不全を含む、実施形態１０１～１４５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４７．被験体が、症状の開始から７日未満である、実施形態１０１～１４６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４８．被験体が、症状の開始から７日であるか、またはそれを超えている、実施形態１０１～１４６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４９．被験体が、（ｉ）～（ｉｉｉ）：
（ｉ）１８歳またはそれより高齢であり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が（任意の有効性が認められた任意の試験、例えばＲＴ－ＰＣＲ、により任意の検体タイプで）陽性である；
（ｉｉ）（１）グレード４もしくはグレード５の疾患と一致する酸素補給もしくは非侵襲性換気が必要と定義される重度のＣＯＶＩＤ－１９疾患で入院しているか、または（２）機械的人工換気を用いている者（グレード６もしくはグレード７の疾患）と定義される重篤のＣＯＶＩＤ－１９疾患で入院している；
（ｉｉｉ）男性または女性であり、必要に応じて、（１）女性が、非妊娠可能な女性（ＷＯＮＣＢＰ）であるか、または（２）妊娠可能な女性（ＷＯＣＢＰ）であり、避妊法を使用する、
のうちのいずれか１つまたは複数である、実施形態１０１～１４８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５０． ５００ｍｇの抗体または抗原結合断片を被験体に投与することを含む、実施形態１０１～１４９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５１．被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症が確認された人物に濃厚接触した、または濃厚接触している、実施形態１０１～１５０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５２．処置することが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を予防することおよび／またはＣＯＶＩＤ－１９を予防することを含む、実施形態１０１～１５１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５３．処置することが、被験体におけるＣＯＶＩＤ－１９の進行を予防することを含む、実施形態１０１～１５２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５４．処置することが、症候性ＣＯＶＩＤ－１９の罹患および／または伝播を予防することを含む、実施形態１０１～１５３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５５．処置することが、無症候性ＣＯＶＩＤ－１９の罹患および／または伝播を予防することを含む、実施形態１０１～１５３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５６．被験体が、ＣＯＶＩＤ－１９に罹患するまたはそれが進行するリスクがある、実施形態１０１～１５５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５７．処置することが、
（１）咳、痰が出ること、喉の痛み、および息切れから選択される１つもしくは複数の急性呼吸器症状；または
（２）３８℃より高い発熱；
（３）次の症状：疲労、筋肉痛／関節痛、悪寒、悪心／嘔吐、下痢、および臭覚脱失／味覚異常のうちの２つもしくはそれより多くの症状
を予防または低減することを含む、実施形態１０１～１５６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５８．処置することが、次の症状：３８℃より高い発熱、悪寒、咳、喉の痛み、倦怠感、頭痛、筋肉痛、嗅覚および味覚の変化、鼻閉／鼻漏、嘔吐、下痢、労作時の息切れのうちの１つまたは複数を、予防または低減することを含む、実施形態１０１～１５７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５９．被験体が、成人である、実施形態１０１～１５８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６０．被験体が、１８歳もしくはそれより高齢である、または１９歳もしくはそれより高齢である、実施形態１０１～１５９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６１．被験体が、５５歳であるかもしくはそれより高齢である、または６５歳であるかもしくはそれより高齢である、実施形態１０１～１６０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６２．抗体、抗原結合断片、または組成物を投与することが、静脈内注入を含む、実施形態１０１～１６１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６３．抗体、抗原結合断片、または組成物を投与することが、筋肉内注射を含む、実施形態１０１～１６２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６４． ２５０ｍｇの抗体または抗原結合断片を被験体に投与することを含む、実施形態１０１～１６３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６５． ５００ｍｇの抗体または抗原結合断片を被験体に投与することを含む、実施形態１０１～１６３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６６．被験体が、軽度から中等度のＳＡＲＳ－２－ＣｏＶに感染しており（例えば、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患しており）、必要に応じて、重度の疾患に進行するリスクがある、実施形態１０１～１６５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６７．被験体が、
（ｉ）１２歳またはそれより高齢であり、
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が確認された人物と最後に接触したのが組成物の投与３日前以降である、
実施形態１０１～１６６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６８．被験体が、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患しており、方法が、抗体、抗原結合断片、または組成物の単一用量を被験体に筋肉内投与することを含む、実施形態１０１～１６７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６９．単一用量が、抗体または抗原結合断片２５０ｍｇを含む、実施形態１６８に記載の方法。
実施形態１７０．単一用量が、抗体または抗原結合断片５００ｍｇを含む、実施形態１６８または１６９に記載の方法。
実施形態１７１．（ｉ）（ｉ）（ａ）被験体が、１２歳もしくはそれより高齢であり、ＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクが高いか、または（ｉ）（ｂ）被験体が、６５歳もしくはそれより高齢であり；および／または
（ｉｉ）被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果（例えば、ＰＣＲ試験による）が陽性であり、室内空気での酸素飽和度≧９４％を有し、ＣＯＶＩＤ－１９症状を有し、症状の開始から７日未満または７日である、実施形態１６８～１７０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７２．（ｉ）（ｉ）（ａ）被験体が、１２歳もしくはそれより高齢であり、ＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクが高いか、または（ｉ）（ｂ）被験体が、６５歳もしくはそれより高齢であり；（ｉｉ）被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果（例えば、ＰＣＲ試験による）が陽性であり、室内空気での酸素飽和度≧９４％を有し、ＣＯＶＩＤ－１９症状を有し、症状の開始から７日未満または７日に等しい、実施形態１０１～１７１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７３．被験体が、入院しておらず、（ｉ）入院するおよび／または（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９が進行するリスクが高い、実施形態１０１～１７２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７４．被験体が、
（１）１２歳またはそれより高齢であり、必要に応じて、ＣＯＶＩＤ－１９が進行するリスクが高い；および／または
（２）６５歳またはそれより高齢である、
実施形態１０１～１７３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７５．被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が陽性であったことがあり、室内空気での酸素飽和度≧９４％を有し、ＣＯＶＩＤ－１９症状を有し、症状の開始から７日未満または７日である、実施形態１０１～１７４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７６．抗体または抗原結合断片が、抗体または抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドが安定にトランスフェクトされた細胞の非クローンプールから得られた、実施形態１０１～１７５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７７．抗体または抗原結合断片が、クローンマスターセルバンクから得られた、実施形態１０１～１７５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７８．被験体が、介護施設もしくは長期ケア施設の入居者である；ホスピス介護福祉士である；医療提供者もしくは医療従事者である；ファーストレスポンダーである；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していると診断されたもしくは感染している疑いがある被験体の、家族の一員もしくは他の濃厚接触者である；過体重もしくは医学的に言って肥満である；喫煙者である、または喫煙者であった；慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）に罹患している、もしくは罹患していた；喘息である（例えば、中等度から重度の喘息に罹患している）；自己免疫疾患もしくは状態（例えば、糖尿病）に罹患している；免疫系が損なわれている、もしくは免疫系が枯渇している（例えば、ＡＩＤＳ／ＨＩＶ感染、がん、例えば血液がん、リンパ球除去療法、例えば化学療法、骨髄もしくは臓器移植、または遺伝性免疫状態に起因して）；慢性肝疾患に罹患している；心血管疾患に罹患している；および／または肺もしくは心臓に欠陥がある；および／または他人に極めて接近して、例えば、工場、配送センター、病院環境などの場所で、働いている、もしくは別様に時間を過ごす、実施形態１０１～１７７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７９．被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のワクチンを受けたことがあり、ワクチンが、例えば、被験体におけるワクチン後の感染または症状により、臨床診断または科学的もしくは規制基準により、効果がないと決定されている、実施形態１０１～１７８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８０．被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のワクチンを受けたことがない、実施形態１０１～１７８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８１．被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のために回復期血漿療法（すなわち、回復期ＣＯＶＩＤ－１９被験体からの）、レムデシビル、または両方を受けたことがある、実施形態１０１～１８０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８２．処置が、曝露前または曝露前後の予防を含む、実施形態１０１～１８１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８３．処置が、軽度から中等度の疾患に罹患している被験体に、必要に応じて外来患者の状況で、投与される、実施形態１０１～１８２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８４．処置が、中等度から重度の疾患に罹患している被験体、例えば、入院を必要とする被験体に投与される、実施形態１０１～１８３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８５．被験体が、ＣＯＶＩＤ－１９で入院している、実施形態１０１～１８４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８６．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している被験体が、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患しており；発熱、咳、疲労、息切れもしくは呼吸困難、筋肉の痛み、悪寒、喉の痛み、鼻水、頭痛、胸痛、味覚および／もしくは臭覚の消失、ならびにはやり目（結膜炎）、倦怠感、ならびに画像診断での異常のうちのいずれか１つもしくは複数を経験しており；臨床評価もしくは画像診断による下気道疾患の証拠、および海抜ゼロでの室内空気で９３パーセント（％）より高い（＞）酸素飽和度（ＳａＯ２）を有し；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス試験の結果が陽性であり、ならびに／または重度のＣＯＶＩＤ－１９および／もしくは入院に進行するリスクが高く、例えば、ヒト被験体が、（１）６５歳もしくはそれより高齢（≧６５）であり；３５もしくはそれより高い（≧３５）ボディーマスインデックス（ＢＭＩ）を有し；慢性腎疾患に罹患しており；糖尿病に罹患しており；（５）免疫抑制疾患に罹患しており、免疫抑制処置を受けており；５５歳またはそれより高齢（≧５５）であり、心血管疾患、高血圧、慢性閉塞性肺疾患、もしくは他の慢性呼吸器疾患を有し；および／または１２～１７歳であり、彼らの年齢および性別の値の≧８５％のＢＭＩ、または鎌状赤血球症、先天性もしくは後天性心疾患、神経発達障害（例えば、脳性麻痺）、医療関連の技術依存（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９に関係のない気管切開、胃瘻造設もしくは陽圧換気）、または管理のために日常の投薬を必要とする喘息、反応性気道もしくは他の慢性呼吸器疾患を有し；ＣＯＶＩＤ－１９である診断を最近（例えば、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日もしくは１４日以内に）受けており、および／または症状開始から１０日以内であり；または上述のもののいずれかの組合せを経験したことがある、もしくは経験している、実施形態１０１～１８５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８７．被験体が、（ａ）１８歳もしくはそれより高齢であるか、または（ｂ）被験体が１８歳もしくはそれより高齢であることを条件として５５歳もしくはそれより若年である、実施形態１０１～１８６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８８．被験体が、ＣＯＶＩＤ－１９感染が、例えば、任意のタイプの気道試料で、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ、例えば、ＲＴ－ＰＣＲ）試験陽性による検査で確認された者である、実施形態１０１～１８７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８９．被験体が、末梢毛細血管酸素飽和度（ＳｐＯ２）＞９４％ 室内空気（ＲＡ）を有し、ＣＯＶＩＤ－１９の１つまたは複数の症状を≦１２０時間（５日間）経験したことがある、実施形態１０１～１８７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１９０．被験体が、さらに、レムデシビル、酸素補給、換気療法、呼吸療法、デキサメタゾン、トシリズマブ、またはこれらの任意の組合せを受けている、または受けたことがある、実施形態１０１～１８９のいずれか１つに記載の方法。
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（実施例１）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合するヒトモノクローナル抗体
欧州特許ＥＰ１５９７２８０Ｂ１に記載のとおりに、以前にＳＡＲＳ－ＣｏＶに感染したドナーからのＢ細胞を３８４ウェルプレートにおいて選別し、ＥＢＶで不死化し、スクリーニングした。
不死化の２週間後、フローサイトメトリーに基づく方法を使用して、不死化Ｂ細胞の上清をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質への抗体結合について試験した。ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９株）のＳタンパク質を、または陰性対照として空のプラスミドを、ＥｘｐｉＣＨＯ細胞にトランスフェクトした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓに結合する１４のモノクローナル抗体を同定し、これらを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ３００からＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ３１２まで、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ３１５と名付けた。
（実施例２）
Ｏｃｔｅｔを使用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤへのヒトモノクローナル抗体の結合
キネティクス緩衝液（ＫＢ；ＰＢＳ中、０．０１％のエンドトキシン不含のＢＳＡ、０．００２＾ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）－２０、０．００５％ ＮａＮ３）を用いる１０分間の湿潤化ステップ後、ストレプトアビジンバイオセンサー（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用して３ｕｇ／ｍｌの抗Ｓｔｒｅｐ Ｔａｇ ＩＩ抗体（クローン５Ａ９Ｆ９、ビオチン、ＬａｂＦｏｒｃｅ ＡＧ、Ｍｕｔｔｅｎｚ ＣＨ）を固定した。次いで、Ｓｔｒｅｐ Ｔａｇ ＩＩを有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（内部で生成）を６分間、ＫＢ中、４μｇ／ｍｌの濃度で負荷した。Ｂ細胞上清からの抗体をある期間にわたって会合させた。解離を観察するために、センサーを抗体溶液からＫＢに移動させ、抗体解離をモニターした。
Ｓ３０９ ｍＡｂは、表１で提供したＳ３０９－ｖ１ ＶＨおよびＳ３０９－ｖ１３ ＶＬアミノ酸配列（それぞれ、配列番号１０５および１６８）を含む。Ｓ３０３の結合曲線とＳ３０９の結合曲線の比較は、Ｓ３０３が、Ｓ３０９より速いオンレート（ｏｎ－ｒａｔｅ）と速いオフレート（ｏｆｆ－ｒａｔｅ）の両方を有することを示し、これは、Ｓ３０９が、より高い親和性で結合し得ることを示唆する。
（実施例３）
Ｏｃｔｅｔを使用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のＲＢＤへのヒトモノクローナル抗体の結合
３つの交差反応性組換え抗体（Ｓ３０３ ｒＩｇＧ１、Ｓ３０４ ｒＩｇＧ１、Ｓ３０９ ｒＩｇＧ１）および２つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１特異的抗体の親和性を、Ｏｃｔｅｔを使用して試験した。抗体をセンサー上に固定すること、およびそのセンサーを異なる濃度のＲＢＤを含有するウェルに浸漬することにより、親和性を測定した。
ＲＢＤへの抗体結合のキネティクスを会合段階中に記録し、その後、抗体を含まない緩衝液にセンサーを浸漬して解離段階中にＲＢＤから離脱する抗体のキネティクスを観察した。手短に述べると、キネティクス緩衝液（ＫＢ；ＰＢＳ中、０．０１％のエンドトキシン不含のＢＳＡ、０．００２＾ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）－２０、０．００５％ ＮａＮ３）を用いる１０分間の湿潤化ステップ後、プロテインＡバイオセンサー（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用して２．７ｕｇ／ｍｌの組換え抗体を１分間、固定した。抗体で被覆されたセンサーを異なる濃度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（Ｅｘｐｉ－ＣＨＯ細胞において内部で生成；ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７、からのスパイクの残基３３１～５５０）とともにインキュベートすることにより、５分間、会合曲線を記録した。試験した最高ＲＢＤ濃度は１０ｕｇ／ｍｌであり、次いで、それを１：２．５で連続希釈した。ＫＢを含有するウェルにセンサーを移動させることによって、解離を９分間記録した。ＫＤ値により表される親和性を、グローバルフィットモデル（Ｏｃｔｅｔ）を使用して算出した。Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）装置を使用した。
３つの交差反応性抗体（Ｓ３０３ ｒＩｇＧ１、Ｓ３０４ ｒＩｇＧ１、Ｓ３０９ ｒＩｇＧ１）および２つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１特異的抗体（Ｓ２３０およびＳ１０９）を試験した。全ての抗体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤへの強い結合を示した。Ｓ２３０およびＳ１０９は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに結合しなかった。Ｓ３０３ ｒＩｇＧ１、Ｓ３０４ ｒＩｇＧ１およびＳ３０９ ｒＩＧｇ１のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合は、ナノモル範囲であり、Ｓ３０９ ｒＩｇＧ１が最も高い親和性を示した。ＫＤ値をグラフの下に示す。抗体結合が非常に強く、解離が遅い場合、ＫＤ値は推定に過ぎない（ＫＤ＝＜１．０×１０－１２Ｍ）。Ｓ３０９ ｒＩｇＧ１についての正確なＫＤは、解離が遅すぎたので、このアッセイでは測定することができなかった。
（実施例４）
ヒトモノクローナル抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の中和
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳ遺伝子でシュードタイプ化された複製能力のないウイルス（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９分離株；受託番号ＭＮ９０８９４７）を、以前に記載されたような方法（Ｔｅｍｐｅｒｔｏｎ ＮＪ， ｅｔ ａｌ． （２００５） Ｌｏｎｇｉｔｕｄｉｎａｌｌｙ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ＳＡＲＳ ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ｗｉｔｈ ｐｓｅｕｄｏｔｙｐｅｓ． Ｅｍｅｒｇ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ １１（３）：４１１－４１６）を使用して生成した。手短に述べると、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓを発現するプラスミド（ｐｈＣＭＶ１、Ｇｅｎｌａｎｔｉｓ）と、補完ウイルス－ゲノムレポーター遺伝子ベクター、ｐＮＬ４－３．Ｌｕｃ＋．Ｅ－Ｒ＋とを、ＨＥＫ２９３Ｔ／１７に共トランスフェクトした。単一サイクル感染力アッセイを使用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質でシュードタイプ化されたルシフェラーゼをコードするビリオンの中和を、以前に記載されたように（Ｔｅｍｐｅｒｔｏｎ ＮＪ， ｅｔ ａｌ． （２００７） Ａ ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｒｅｔｒｏｖｉｒａｌ ｐｓｅｕｄｏｔｙｐｅ ａｓｓａｙ ｆｏｒ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｈ５Ｎ１－ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ． Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｏｔｈｅｒ Ｒｅｓｐｉ Ｖｉｒｕｓｅｓ １（３）：１０５－１１２．）測定した。手短に述べると、ビリオンを含有する培養上清の適切な希釈物を、３７℃で１時間、様々な濃度の抗体とともにプレインキュベートし、次いで、ウイルス－ｍＡｂ混合物を、感染の前日に播種したＶｅｒｏ Ｅ６細胞に添加した。次いで、細胞をＳｔｅａｄｙ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｅ２５２０）で溶解し、細胞溶解物の相対的な発光単位（ＲＬＵ）をルミノメーターマイクロプレートリーダー（Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｈ１ Ｈｙｂｒｉｄ Ｍｕｌｔｉ－Ｍｏｄｅ Ｒｅａｄｅｒ；Ｂｉｏｔｅｋ）で決定した。感染力の低下を、抗体の存在下でのＲＬＵと非存在下でのＲＬＵとを比較することにより決定し、中和のパーセンテージとして表した。
抗体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ３００－ｖ１、Ｓ３０１、Ｓ３０２、Ｓ３０３－ｖ１、Ｓ３０４、Ｓ３０６、Ｓ３０７、Ｓ３０８－ｖ１、Ｓ３０９（Ｓ３０９－ｖ１ ＶＨ配列およびＳ３０９－ｖ１３ ＶＬ（ＶＫ）配列を含む）、およびＳ３１０を、中和能について試験した。抗体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ３００－ｖ１およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ３０９は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を中和することが明らかになった。
ＳＡＲＳドナー血漿、ならびに抗体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ３０９、Ｓ３１１、Ｓ３１２、Ｓ３０３－ｖ１（ｒＩｇＧ１）、Ｓ３０４（ｒＩｇＧ１）、Ｓ３０６（ｒＩｇＧ１）、Ｓ３１０（ｒＩｇＧ１）およびＳ３１５を使用して、さらなる中和アッセイを行った。このアッセイを使用して、抗体Ｓ３０９、Ｓ３１１、Ｓ３１２、およびＳ３１５は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を中和することが明らかになった。
モノクローナル抗体Ｓ３０３、Ｓ３０４、Ｓ３０６、Ｓ３０９、Ｓ３１０、およびＳ３１５を使用して、追加の中和アッセイを行った。
（実施例５）
組換えヒトモノクローナル抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の中和
２つの組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２交差中和抗体、Ｓ３０４ ｒＩｇＧ１およびＳ３０９ ｒＩｇＧ１の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐ）に対する中和活性を決定した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐ）を使用した。ＡＣＥ２を安定にトランスフェクトしたＤＢＴ細胞（ＤＢＴ－ＡＣＥ２）を標的細胞として使用した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐを１０ｕｇ／ｍｌのトリプシンＴＰＣＫで活性化した。活性化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐを抗体の希釈系列（抗体ごとに５０ｕｇ／ｍｌの最終濃度で出発して、３倍希釈）に添加した。Ｓ３０４ ｒＩｇＧ１とＳ３０９ ｒＩｇＧ１の組合せについては５０ｕｇ／ｍｌ～０．０２ｕｇ／ｍｌ、の間の濃度で抗体を試験し、出発濃度は、各抗体について５０ｕｇ／ｍｌであった、すなわち、合計出発抗体量は、１００ｕｇ／ｍｌであった。ＤＢＴ－ＡＣＥ２細胞を抗体－ウイルス混合物に添加し、４８時間インキュベートした。細胞培養上清の吸引およびｓｔｅａｄｙ－ＧＬＯ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ）の添加後に発光を測定した。
Ｓ３０９ ｒＩｇＧ１は、０．３７ｕｇ／ｍｌのＩＣ５０を示し、Ｓ３０４ ｒＩｇＧ１は、おおよそ１７ｕｇ／ｍｌのＩＣ５０を示した。両方の抗体の組合せが０．０７７μｇ／ｍｌのＩＣ５０で強く中和されることになった。個々におよび組み合わせて、組換えモノクローナル抗体Ｓ３０９およびＳ３１５について同じ手順を使用して、さらなる中和アッセイを行った。Ｓ３０９は、１．０９１ｕｇ／ｍｌのＩＣ５０を示し、Ｓ３１５は、２５．１ｕｇ／ｍｌのＩＣ５０を示した。両方の抗体の組合せは、０．３０４７ｕｇ／ｍｌのＩＣ５０を示した。
（実施例６）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するヒトモノクローナル抗体の反応性
スパイクＳ１サブユニットタンパク質、ならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質のＲＢＤに対する、追加のヒトｍＡｂ Ｓ３１１およびＳ３１２の反応性を、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）により決定した。
組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１サブユニットタンパク質（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、または内部で生成；ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７、からのスパイクの残基３３１～５５０）、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクＳ１サブユニットタンパク質（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）で、９６ウェルプレートを被覆した。
ウェルを洗浄し、ＰＢＳ＋１％ＢＳＡで１時間、室温でブロックし、次いで、連続希釈したｍＡｂとともに１時間、室温でインキュベートした。結合したｍＡｂを、アルカリホスファターゼコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：２０４０－０４）を１時間、室温でインキュベートすることにより検出し、０．１Ｍグリシン緩衝液（ｐＨ１０．４）中の１ｍｇ／ｍｌのｐ－ニトロフェニルリン酸基質により３０分間、室温で発色させた。光学密度（ＯＤ）値をＥＬＩＳＡリーダー（Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ ３４０／９６分光光度計、ＢｉｏＴｅｋ）において４０５ｎｍの波長で測定した。
同じ手順を使用してさらなるアッセイを行って、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のＲＢＤに対するヒトモノクローナル抗体Ｓ３００、Ｓ３０７、およびＳ３０９の反応性を決定した。
（実施例７）
組換えヒトモノクローナル抗体Ｓ３０９およびＳ３１５によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の中和
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐ）に対する組換え抗体Ｓ３０９ ｒＩｇＧ１－ＬＳおよびＳ３１５ ｒＩｇＧ１－ＬＳの中和活性を決定した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐ）を使用した。ＡＣＥ２を安定にトランスフェクトしたＤＢＴ細胞（ＤＢＴ－ＡＣＥ２）を標的細胞として使用した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐを１０ｕｇ／ｍｌのトリプシンＴＰＣＫで活性化した。活性化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐを、抗体の希釈系列に添加した。ＤＢＴ－ＡＣＥ２細胞を抗体－ウイルス混合物に添加し、４８時間インキュベートした。細胞培養上清の吸引およびｓｔｅａｄｙ－ＧＬＯ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ）の添加後に発光を測定した。感染細胞のルシフェラーゼシグナルを使用して、無抗体対照に対する中和のパーセンテージを算出した。
Ｓ３０９ ｒＩｇＧ１－ＬＳは、おおよそ３．９ｎＭのＩＣ５０を示し、Ｓ３１５ ｒＩｇＧ１－ＬＳは、おおよそ１１１．７ｍＭのＩＣ５０を示した。
Ｓ３０９－ｒＦａｂの中和活性を、全長Ｓ３０９ ｒＩｇＧ１－ＬＳのものと比較した。全長Ｓ３０９ ｒＩｇＧ－ＬＳは、３．８２１ｎＭのＩＣ５０を示し、Ｓ３０９－ｒＦａｂは、３．５３２ｎＭのＩＣ５０を示した。
（実施例８）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のＲＢＤ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤ、および様々なコロナウイルスの細胞外ドメインに対するヒトモノクローナル抗体の反応性
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤ、ならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＯＣ４３およびＭＥＲＳのスパイクタンパク質に対するモノクローナル抗体の反応性を、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）により決定した。
１μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＯＣ４３もしくはＭＥＲＳの安定化した融合前スパイクタンパク質三量体で、または１０μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（内部で生成；ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７、からのスパイクの残基３３１～５５０）、もしくは１μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）で、３８４ウェル浅底ＥＬＩＳＡプレートを被覆した。
ウェルを洗浄し、ＰＢＳ＋１％ＢＳＡで１時間、室温でブロックし、次いで、連続希釈した抗体とともに１～２時間、室温でインキュベートした。抗体を５～０．０００２８μｇ／ｍｌの濃度範囲で試験した。プレートを洗浄し、結合した抗体を、アルカリホスファターゼコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：２０４０－０４）を１時間、室温でインキュベートし、続いて０．１Ｍグリシン緩衝液（ｐＨ１０．４）中の１ｍｇ／ｍｌのｐ－ニトロフェニルリン酸基質（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ７１７６８）を使用して３０分間、室温で発色させることによって、検出した。光学密度（ＯＤ）値をＥＬＩＳＡリーダー（Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ ３４０／９６分光光度計、ＢｉｏＴｅｋ）において４０５ｎｍの波長で測定した。
（実施例９）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質へのモノクローナル抗体の結合
Ｅｘｐｉｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＣＨＯエンハンサーを使用して、ｐｈＣＭＶ１－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ、ＳＡＲＳ－スパイク＿ｐｃＤＮＡ．３（ＳＡＲＳ株）、または空のｐｈＣＭＶ１を、ＥｘｐｉＣＨＯ細胞にトランスフェクトした。トランスフェクションの２日後、細胞を抗体での免疫染色のために採取した。Ａｌｅｘａ６４７標識二次抗体抗ヒトＩｇＧ Ｆｃを検出に使用した。トランスフェクト細胞へのモノクローナル抗体の結合を、ＺＥ５セルアナライザー（Ｂｉｏｒａｒｄ）およびＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ）を使用してフローサイトメトリーにより分析した。陽性結合を、ＣｏＶ－Ｓトランスフェクタントのモックトランスフェクタントに対する示差染色により定義した。モノクローナル抗体Ｓ３０９を、１０μｇ／ｍｌで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質を発現するＥｘｐｉＣＨＯ細胞を染色する能力についてフローサイトメトリーにより試験した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のＳタンパク質またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質への結合をモノクローナル抗体Ｓ３０３、Ｓ３０４、Ｓ３０６、Ｓ３０９、Ｓ３１０、Ｓ３１５、Ｓ１１０、Ｓ１２４、Ｓ２３０、およびＳ１０９についてフローサイトメトリーにより測定し、ＥＣ５０値を算出した。これらの抗体のうちの８つは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質結合について１．４ｎｇ／ｍｌ～６，１００ｎｇ／ｍｌの間の範囲のおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のＳタンパク質結合について０．８ｎｇ／ｍｌ～２５４ｎｇ／ｍｌの間の範囲のＥＣ５０値を有すると算出された。
同じ手順を使用するさらなる結合アッセイを、組換えモノクローナル抗体Ｓ３０９および４つのＳ３０９バリアントに関して行った。抗体ごとのＥＣ５０値を表２に示す。ＶＨおよびＶＬアミノ酸配列番号を実施例１７で要約する。
Figure 2023530274000062
同じ手順を使用する追加のアッセイを、モノクローナル抗体Ｓ３０３、Ｓ３０４、Ｓ３０６、Ｓ３０９、Ｓ３１０、Ｓ３１５、ならびに比較対照抗体Ｓ１０９、Ｓ１１０、Ｓ１２４およびＳ２３０を使用して行った。
同じ手順を使用するアッセイをまた、組換えモノクローナル抗体Ｓ３００およびＳ３０７を使用して行った。
（実施例１０）
Ｏｃｔｅｔを使用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のＲＢＤへのヒトモノクローナル抗体Ｓ３０９、Ｓ３０３、Ｓ３０４およびＳ３１５の結合
組換えモノクローナル抗体Ｓ３０９、Ｓ３０３、Ｓ３０４およびＳ３１５の親和性を、Ｏｃｔｅｔを使用して試験した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＨｉｓタグ付きＲＢＤを、キネティクス緩衝液（ＫＢ）中、３μｇ／ｍｌで１５分間、抗ＨＩＳ（ＨＩＳ２）バイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ、ＦｏｒｔｅＢｉｏ）上に負荷した。全長抗体の会合を、ＫＢ中、１５μｇ／ｍｌで５分間、行った。Ｆａｂ断片の会合を、ＫＢ中、５μｇ／ｍＬで５分間、行った。ＫＢ中での解離を１０分間、測定した。
ＫＤ値により表される親和性を、グローバルフィットモデル（Ｏｃｔｅｔ）を使用して計算した。Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）装置を使用した。
これらの抗体の各々は、ナノモル濃度からピコモル濃度未満の親和性でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤに結合した。
（実施例１１）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質細胞外ドメイン三量体およびＲＢＤへのヒトモノクローナル抗体Ｓ３０９ ＩｇＧおよびＳ３０９ Ｆａｂの結合
Ｆａｂ断片と比較したＩｇＧ１の親和性およびアビディティーの決定：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のビオチン化ＲＢＤ（内部で生成；ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒからのＥＺ－Ｌｉｎｋ ＮＨＳ－ＰＥＧ４－Ｂｉｏｔｉｎでビオチン化した、ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７、からのスパイクタンパク質の残基３３１～５５０）、およびａｖｉタグ付きビオチン化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ２Ｐ Ｓを、キネティクス緩衝液（ＫＢ；ＰＢＳ中、０．０１％のエンドトキシン不含のＢＳＡ、０．００２％ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）－２０、０．００５％ ＮａＮ３）中、７．５μｇ／ｍｌで８分間、ストレプトアビジンバイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ、ＦｏｒｔｅＢｉｏ）上に負荷した。ＩｇＧ１およびＦａｂの会合を、ＫＢ中、１００、３３、１１、３．６、１．２ｎＭで５分間、行った。ＫＢ中での解離を１０分間、測定した。１：１グローバルフィットモデル（Ｏｃｔｅｔ）を使用してＫＤ値を算出した。Ｓ３０９ ＩｇＧは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに、およびＳ細胞外ドメイン三量体に、それぞれ、ピコモル濃度未満のアビディティーおよびピコモル濃度のアビディティーで結合した。Ｓ３０９ Ｆａｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤとＳ細胞外ドメイン三量体の両方にナノモル濃度からナノモル濃度未満の親和性で結合した。
（実施例１２）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤへのヒトモノクローナル抗体の競合的結合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの対のモノクローナル抗体の競合的結合を測定して、抗体のそれぞれの結合部位を定義した。
キネティクス緩衝液（ＫＢ；ＰＢＳ中、０．０１％のエンドトキシン不含のＢＳＡ、０．００２＾Ｔｗｅｅｎ（登録商標）－２０、０．００５％ ＮａＮ３）を用いる１０分間の湿潤化ステップ後、ストレプトアビジンバイオセンサー（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用して３ｕｇ／ｍｌの抗Ｓｔｒｅｐ Ｔａｇ ＩＩ抗体（クローン５Ａ９Ｆ９、ビオチン、ＬａｂＦｏｒｃｅ ＡＧ、Ｍｕｔｔｅｎｚ ＣＨ）を固定した。次いで、Ｓｔｒｅｐ Ｔａｇ ＩＩを有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（内部で生成）のどちらかを、ＫＢ中４μｇ／ｍｌの濃度で６分間、負荷した。第１の抗体をある期間、会合させ、次いで、第２の抗体をある期間にわたって会合させた。
（実施例１３）
ヒトＡＣＥ２へのヒトモノクローナル抗体Ｓ３０９およびＲＢＤの競合的結合
ヒトＡＣＥ２へのモノクローナル抗体およびＲＢＤの競合的結合を測定した。ＡＣＥ２－Ｈｉｓ（Ｂｉｏ－Ｔｅｃｈｎｅ ＡＧ）を、キネティクス緩衝液（ＫＢ）中の５μｇ／ｍｌで３０分間、抗ＨＩＳ（ＨＩＳ２）バイオセンサー（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ－ＦｏｒｔｅＢｉｏ）上に負荷し、１μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤ－ウサギＦｃまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－マウスＦｃ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｕｒｏｐｅ ＧｍｂＨ）を、３０μｇ／ｍｌの抗体を含むまたは含まない３０分間のプレインキュベーション後に１５分間会合させた。解離を５分間モニターした。
（実施例１４）
ヒトモノクローナル抗体の抗体依存性細胞傷害および抗体依存性細胞食作用
ナチュラルキラー（ＮＫ）媒介性抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）は、その表面上にウイルスタンパク質を提示する感染細胞を殺傷することによってウイルス制御に寄与し得る。この機能を利用する単離されたＡｂの能力を調査するために、新たに単離されたヒトＮＫ細胞をエフェクター細胞として、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＳトランスフェクトＥｘｐｉＣＨＯ細胞を標的細胞として使用して、ＡＤＣＣをｉｎ ｖｉｔｒｏで調査した。標的細胞を異なる量の抗体とともにインキュベートし、１０分後、エフェクター細胞としての初代ヒトＮＫ細胞とともに９：１の標的：エフェクター比でインキュベートした。ＭＡＣＳｘｐｒｅｓｓ ＮＫ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、カタログ番号１３０－０９８－１８５）を使用して、健康なドナーの新鮮な血液からＮＫ細胞を単離した。３７℃での４時間のインキュベーション後にＬＤＨ放出アッセイ（細胞傷害検出キット（ＬＤＨ）（Ｒｏｃｈｅ；カタログ番号：１１６４４７９３００１）を使用して、抗体依存性細胞殺傷を測定した。
マクロファージ媒介性または樹状細胞媒介性抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）もまた、感染細胞を排除することにより、およびウイルス抗原提示によってＴ細胞応答を潜在的に刺激することにより、ウイルス制御に寄与し得る。末梢血単核細胞をファゴサイトとして使用し、ＰＫＨ６７蛍光細胞リンカーキット（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号：ＭＩＮＩ６７）で蛍光標識したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＳをトランスフェクトしたＥｘｐｉＣＨＯを標的細胞として使用して、ＡＤＣＰを試験した。標的細胞を異なる量の抗体とともに１０分間インキュベートし、続いて、セルトレースバイオレット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログ番号：Ｃ３４５５７）で蛍光標識した健康なドナーから単離したヒトＰＢＭＣとともに２０：１のエフェクター：標的比でインキュベートした。３７℃での一晩のインキュベーション後、食細胞を染色するための抗ヒトＣＤ１４－ＡＰＣ抗体（ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ、カタログ番号：５６１７０８、クローンＭ５Ｅ２）で細胞を染色した。フローサイトメトリーによりＰＫＨ６７蛍光について陽性である単球の％を測定して、抗体媒介性食作用を決定した。
ヒトモノクローナル抗体Ｓ３０９、Ｓ３０４、Ｓ３０６、Ｓ３１５、Ｓ２３０、およびＳ３０９とＳ３０４の組合せを、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）および抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）についてアッセイした。
モノクローナル抗体Ｓ３０９のＦｃバリアントをＡＤＣＣについて試験した。Ｓ３０９－ＬＳは、ＭＬＮＳ Ｆｃ変異を含む。Ｓ３０９－ＧＲＬＲは、Ｇ２３６Ｒ／Ｌ３２８Ｒ Ｆｃ変異を含み、ＦｃγＲへの結合をほとんど示さない。Ｓ３０９－ＬＳ－ＧＡＡＬＩＥは、ＭＬＮＳ Ｆｃ変異とＧＡＡＬＩＥ Ｆｃ変異の両方を含む。
ヒトモノクローナル抗体Ｓ３０３、Ｓ３０４、Ｓ３０６、Ｓ３０９、Ｓ３１５、およびＳ３０９とＳ３１５の組合せを、ＡＤＣＣおよびＡＤＣＰについてアッセイした。少なくとも、非ＧＲＬＲ Ｓ３０９抗体は（単独で、またはＳ３０４との組合せで）、ＡＤＣＣおよびＡＤＣＰを明示した。
（実施例１５）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染細胞の細胞溶解物に対するモノクローナル抗体の反応性
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染ＶｅｒｏＥ６細胞の細胞溶解物に対するモノクローナル抗体Ｓ３０４、Ｓ３０６、Ｓ３０９およびＳ３１０の反応性を測定した。
（実施例１６）
単独での、および組合せでの、モノクローナル抗体Ｓ３０４およびＳ３０９によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和
モノクローナル抗体Ｓ３０４およびＳ３０９によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２生ウイルスアッセイを使用して評価した。生ウイルス中和アッセイは、ウイルス核タンパク質（ＮＰ）についてのＮＰ特異的ポリクローナルウサギ血清による染色によって感染細胞の数を定量する。感染後２４および４５時間の時点でＮＰ発現を測定することにより阻害を評価した。酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）を使用して、試験した各抗体希釈物についての感染レベルを定量した。
９６ウェルプレートにおいて単層のＶｅｒｏ Ｅ６細胞を使用して１時間、室温で、示されている抗体濃度で、中和を行った。ウェルを１００ ＴＣＩＤ５０のウイルスに感染させた。２４または４５時間後、単層を固定し、ＮＰ発現の阻害について染色した。モノクローナル抗体Ｓ３０４およびＳ３０９は、中和の相乗的増強を示す。
（実施例１７）
Ｓ３０９ ｒＩｇＧバリアントの生成
組換えＩｇＧ１抗体を、モノクローナル抗体Ｓ３０９のＶＨおよびＶＬ配列を使用して生成した。Ｓ３０９－１１は、Ｓ３０９の野生型ＶＨ配列（配列番号１０５）および野生型ＶＬ配列（配列番号１６８）を含む。Ｓ３０９－１２は、Ｓ３０９のＮ５５Ｑ ＶＨバリアント配列（配列番号１１３）および野生型ＶＬ配列（配列番号１６８）を含む。Ｓ３０９－１３は、Ｓ３０９のＷ５０Ｆバリアント配列（配列番号１２９）および野生型ＶＬ配列（配列番号１６８）を含む。Ｓ３０９－１４は、Ｓ３０９のＷ１０５Ｆバリアント配列（配列番号１１９）および野生型ＶＬ配列（配列番号１６８）を含む。Ｓ３０９－１５は、Ｓ３０９のＷ５０Ｆ／Ｇ５６Ａ／Ｗ１０５Ｆ ＶＨバリアント配列（配列番号１７２）および野生型ＶＬ配列を含む。Ｓ３０９組換え抗体、および４つのバリアントの各々を、組換え抗体をコードするプラスミドベクターのＨＤ ２９３Ｆ細胞（ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ）への一過性トランスフェクションおよびそれらの細胞での発現によって生成した。細胞を４日目に回収し、ウェスタンブロットおよびプロテインＡ力価分析によってＩｇＧ発現を検証した。
（実施例１８）
ＳＰＲによって測定される、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへのＳ３０９ ｒＩｇＧおよびバリアントの結合
組換えモノクローナル抗体Ｓ３０９および４つのバリアント（実施例１７を参照のこと）のＲＢＤへの結合を、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を使用して測定した。ＳＰＲ実験は、シングルサイクルキネティクス手法を使用してＢｉａｃｏｒｅ Ｔ２００装置を用いて行った。Ｓ３０９ ＩｇＧを表面上で捕捉し、グリコシル化または脱グリコシル化のどちらかの、漸増濃度の精製されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを注入した。抗ヒトＦｃが共有結合で固定されたセンサーチップ（ＧＥ）を使用してＳＰＲを行った。使用した緩衝液は、１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ ｐＨ７．４、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、３ｍＭ ＥＤＴＡ、および０．０５％ Ｐ２０界面活性物質であった。アッセイを２５℃で行った。組換え抗体を上清からおおよそ２μｇ／ｍｌに希釈した。ＲＢＤ濃度は、０．８ｎＭ、３．１ｎＭ、１２．５ｎＭ、５０ｎＭ、および２００ｎＭであった。グリコシル化ＲＢＤをＨＥＫ２９３細胞における発現によって得て、ワンステップＮｉ親和性精製を使用して精製した。脱グリコシル化ＲＢＤは、キフネンシンの存在下で成長したＥｘｐｉ２９３細胞における内部での発現、ワンステップＮｉ親和性精製を使用する精製、およびエンドグリコシダーゼＨでの処置によって得た。シングルサイクルキネティクスアッセイを３分の注入および２０分の解離期間で行った。会合および解離キネティクスをモニターし、結合モデルにあてはめて親和性を決定した。結果を表３にまとめる。
Figure 2023530274000063
脱グリコシル化ＲＢＤへの結合を、異なるパラメーターを使用して２つの異なるＳＰＲアッセイで測定した。実験１は、１０分の注入、および１００ｎＭから４倍希釈のＲＢＤ濃度系列を使用した。実験２は、上記のような、３分の注入、および２００ｎＭから４倍希釈の濃度系列を使用した。結果を表４に示す。
Figure 2023530274000064
組換えモノクローナル抗体Ｓ３０９および５つのバリアントのＲＢＤへの結合を、細胞培養上清ではなく精製組換え抗体を使用したことを除いて上で説明したのと同じ手順を使用して表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）により測定した。結果を表５に示す。
Figure 2023530274000065
（実施例１９）
組換えモノクローナル抗体Ｓ３０９および４つのバリアントによるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の中和
組換えモノクローナル抗体Ｓ３０９および４つのバリアント（実施例１７）の中和活性を、ＶＳＶに基づくルシフェラーゼレポーターシュードタイピングシステム（Ｋｅｒａｆａｓｔ）を使用して決定した。ＶＳＶシュード粒子および抗体をＤＭＥＭ中で混合し、３０分間、３７℃で放置してインキュベートする。次いで、感染混合物をＶｅｒｏ Ｅ６細胞とともに１時間、３７℃で放置してインキュベートし、続いて、Ｐｅｎ－Ｓｔｒｅｐと１０％ ＦＢＳとを含有するＤＭＥＭを添加する（感染混合物を除去しない）。細胞を３７℃で１８～２４時間インキュベートする。Ｂｉｏ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）の添加後、Ｅｎｓｉｇｈｔ Ｐｌａｔｅ Ｒｅａｄｅｒ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用してルシフェラーゼを測定する。この実験に基づく算出ＥＣ５０値を表６に示す。
Figure 2023530274000066
（実施例２０）
ヒトＦｃγＲＩＩＩａまたはＦｃγＲＩＩａの抗体依存性活性化の決定
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９）を一過性にトランスフェクトして滴定濃度の抗体とともに１０分間インキュベートしたＥｘｐｉＣＨＯ細胞を使用して、ヒトＦｃｇＲＩＩＩａまたはＦｃｇＲＩＩａの抗体依存性活性化の決定を行った。次いで、その表面上にＦｃγＲＩＩＩａ受容体またはＦｃｇＲＩＩａを発現するジャーカット細胞であって、ＮＦＡＴ駆動ルシフェラーゼ遺伝子（Ｐｒｏｍｅｇａ、カタログ番号：Ｇ９７９８およびＧ７０１８）をＦｃγＲＩＩＩａについては６：１およびＦｃγＲＩＩａについては５：１のエフェクター対標的比で安定にトランスフェクトしたジャーカット細胞とともに、ＥｘｐｉＣＨＯ細胞をインキュベートした。このバイオアッセイでのヒトＦｃγＲの活性化は、ルシフェラーゼレポーター遺伝子のＮＦＡＴ媒介性発現をもたらす。３７℃で、５％ ＣＯ２での２１時間のインキュベーション後、Ｂｉｏ－Ｇｌｏ（商標）ルシフェラーゼアッセイ試薬を製造業者の使用説明書に従って使用して発光を測定した。モノクローナル抗体Ｓ３０３、Ｓ３０４、Ｓ３０６、Ｓ３０９、Ｓ３１５、およびＳ３０９とＳ３１５の組合せを、比較対照抗体Ｓ３２０とともに、アッセイした。単独での、またはＳ３１５との組合せでの、Ｓ３０９は、ＦｃγＲＩＩＩａ（Ｖ１５８）およびＦｃγＲＩＩａ（Ｈ１３１）を活性化した。
（実施例２１）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳ糖タンパク質配列の分析
２，２２９のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２分離株のＳ糖タンパク質配列の分析が行われ、いくつかの変異がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ細胞外ドメイン上に可変頻度で存在することを示す。
Ｓ糖タンパク質配列のさらなる分析を、１１，８３９のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２分離株を使用して行った。Ｓ３０９が結合したエピトープは、４つの分離株を除く全てで保存され、これらの単離株は、Ｓ３０９の認識に影響を与えると予想されないＮ３５４ＤまたはＳ３５９Ｎ置換を含有した。
（実施例２２）
抗体Ｓ３０９とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２患者から単離した抗体との競合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したヒトモノクローナル抗体を、ＲＢＤ結合部位と、モノクローナル抗体Ｓ３０９の重複について試験した。競合アッセイを、Ｏｃｔｅｔ（装置：Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６、ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用して行った。抗Ｈｉｓセンサー（ＢＩＯＳＥＮＳＯＲ ＡＮＴＩ－ＰＥＮＴＡ－ＨＩＳ（ＨＩＳ１Ｋ）１＊１ＳＴ）を使用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７、からのスパイクタンパク質の残基３３１～５５０）の内部で生成したＨＩＳタグ付きＲＢＤを３μｇ／ｍｌの濃度で固定した。抗体を１５μｇ／ｍｌで６分間、会合させた。全てのタンパク質をキネティクス緩衝液（ＫＢ）で希釈した（dilited）。次いで、競合抗体を同じ濃度でさらに６分間、会合させた。２つの抗体は、ＲＢＤへの結合についてＳ３０９と競合することを示したが、Ｓ３０９とは異なり、それらはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対して中和性でなかった。データを示さない。
（実施例２３）
モノクローナル抗体Ｓ３０９－１２－ＭＬＮＳに対するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の耐性選択
耐性選択を調べるために、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２を、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞および固定濃度のモノクローナル抗体Ｓ３０９－１２－ＭＬＮＳ（すなわち、ＦｃにＭＬＮＳ変異を有するＳ３０９ Ｎ５５Ｑ（ＶＨ））の存在下で、１カ月にわたって継代させた。細胞変性効果（ＣＰＥ）をプレートの目視検査によって評価した。ＣＰＥが観察されなかった場合でも、メチルセルロース重層を用いるフォーカス形成アッセイによってウイルス力価を評価した。試験した最小抗体濃度ででも、抗体処置ウェルにおいてウイルスのブレークスルーの証拠は観察されなかった。データは、三連のウェルの代表である。
（実施例２４）
モノクローナル抗体Ｓ３０９によるＣａｌｕ－３ヒト肺細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和
モノクローナル抗体Ｓ３０９を、ナノルシフェラーゼアッセイを使用して、Ｃａｌｕ－３ヒト肺細胞（これは、膜貫通型プロテアーゼＴＭＰＲＳＳ２について陽性である）およびＶｅｒｏＥ６細胞の生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス感染を中和するその能力について試験した。このアッセイでは、Ｓ３０９は、Ｃａｌｕ－３細胞では９７．７０μｇ／ｍＬおよびＶｅｒｏＥ６細胞では１５８．５μｇ／ｍＬのＩＣ５０を有した。
（実施例２５）
モノクローナル抗体Ｓ３０９によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和
モノクローナル抗体Ｓ３０９を、ナノルシフェラーゼアッセイとＩＦＡアッセイの両方を使用して、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス感染の中和について試験した。手短に述べると、モデル細胞を、６時間、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ルシフェラーゼウイルスに感染させた。３つの異なる抗体濃度：１、０．１および０．０１ ＭＯＩを使用して、データを収集した。
ナノルシフェラーゼアッセイからの結果は、次の通りであった：１ＭＯＩで、Ｓ３０９ ＩＣ５０は、２４０．６μｇ／ｍＬであり、０．１ＭＯＩで、Ｓ３０９ ＩＣ５０は、２３５．３μｇ／ｍＬであり、０．０１ＭＯＩで、Ｓ３０９ ＩＣ５０は、２０６．６μｇ／ｍＬであった。
ＩＦＡアッセイからの結果は、次の通りであった：１ＭＯＩで、Ｓ３０９ ＩＣ５０は、２３３．０μｇ／ｍＬであり、０．１ＭＯＩで、Ｓ３０９ ＩＣ５０は、１５６．５μｇ／ｍＬであり、０．０１ＭＯＩで、Ｓ３０９ ＩＣ５０は、１４２．８μｇ／ｍＬであった。注目すべきことに、感染のクラスター（またはフォーカス）は、この感染形式では観察されなかった。
（実施例２６）
モノクローナル抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥによるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和
モノクローナル抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ（本明細書では、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＭＬＮＳとも呼ばれ、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ Ｆｃ突然変異を含む）およびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥ（本明細書ではＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＭＬＮＳ ＧＡＡＬＩＥとも呼ばれ、Ｇ２３６Ａ、Ａ３３０Ｌ、Ｉ３３２Ｅ、Ｍ４２８Ｌ、およびＮ４３４Ｓ Ｆｃ突然変異を含む）を、肝臓ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス感染を中和する能力についてアッセイした。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥの各々は、配列番号１１３に記載される配列を有するＶＨ、および配列番号１６８に記載される配列を有するＶＬを含む。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳについての算出ＥＣ５０は、１００．１ｎｇ／ｍｌであった。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥについての算出ＥＣ５０は、７８．３ｎｇ／ｍｌであった。
（実施例２７）
モノクローナル抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥによるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルスの中和
モノクローナル抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥによるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルスの中和を試験した。シュードタイプ化ウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶであった。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳについての算出ＥＣ５０値は、２４．０６ｎｇ／ｍｌであった。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥについての算出ＥＣ５０値は、２２．０９ｎｇ／ｍｌであった。
（実施例２８）
モノクローナル抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合
モノクローナル抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合を、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）により測定した。両方の抗体が強い結合を示した。
（実施例２９）
モノクローナル抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質への結合
モノクローナル抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質への結合を、フローサイトメトリーにより測定した。両方の抗体は、おおよそ１０ｎｇ／ｍＬほども低い濃度でスパイクタンパク質に結合し、細胞の６０％より多くに抗体１０，０００ｎｇ／ｍＬで結合した。
（実施例３０）
モノクローナル抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥのヒトＦｃγ受容体への結合
モノクローナル抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥのヒトＦｃγ受容体への結合を、ＳＰＲを使用してアッセイした。ＦｃγＲＩＩａ（低親和性Ｒ１３１対立遺伝子と高親和性Ｈ１３１対立遺伝子の両方）、ＦｃγＲＩＩＩａ（低親和性Ｆ１５８対立遺伝子と高親和性Ｖ１５８対立遺伝子の両方）、およびＦＣγＲＩＩｂへの結合を、測定した。Ｂｉｏｔｉｎ ＣＡＰｔｕｒｅ Ｒｅａｇｅｎｔ（改変ストレプトアビジン）を、Ｂｉａｃｏｒｅ Ｔ２００（Ｃｙｔｉｖａ）にドッキングしたＣＡＰセンサーチップの全てのフローセルにわたり注入した。１つのフローセルを参照表面として取っておいて、１μｇ／ｍＬのビオチン化Ｆｃ受容体を、単一フローセルにわたり６０秒間、１０μＬ／分で注入した（１フローセル当たり１つの受容体）。１００μｇ／ｍＬの抗体（ＨＢＳ－ＥＰ＋で希釈した）を、３０μＬ／分の流量を使用して２００秒間、全てのフローセルにわたり注入し、会合をモニターした。注入後さらに２００秒間、解離をモニターした。データを１０Ｈｚで収集した。各々の結合測定後、ＣＡＰ Ｒｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ試薬を注入して、新しいサイクルのための表面を用意した。試料を注入の前に装置内で１５℃で保持して、実験を２５℃で行った。両方の抗体は、試験した全てのＦｃγ受容体に少なくとも測定可能な結合を有した。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥは、ＦｃγＲＩＩｂを除く全てのＦｃγ受容体への結合の増加（Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳと比較して）があった。
（実施例３１）
モノクローナル抗体Ｓ３０９ ＬＳ、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ、およびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥの補体成分Ｃ１ｑへの結合
モノクローナル抗体Ｓ３０９ ＬＳ、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ、およびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥの補体成分Ｃ１ｑへの結合を、Ｏｃｔｅｔ装置でのバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）により測定した。抗ヒトＦａｂ（ＣＨ１特異的）センサーを使用して、１０μｇ／ｍｌの抗体を１０分間、捕捉した。次いで、ＩｇＧを負荷したセンサーを、３μｇ／ｍｌの精製ヒトＣ１ｑを含有するキネティクス緩衝液に４分間、曝露し、続いて、さらに４分間、同じ緩衝液中で解離ステップを行った。会合および解離プロファイルを、干渉パターンの変化としてリアルタイムで測定した。Ｓ３０９ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳは、Ｃ１ｑに強く結合したが、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥはしなかった。
（実施例３２）
モノクローナル抗体Ｓ３０９ ＬＳ、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ、およびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥによるヒトＦｃガンマ受容体のｉｎ ｖｉｔｒｏ活性化
ヒトＦｃγ受容体の抗体依存性活性化を惹起するモノクローナル抗体Ｓ３０９ ＬＳ、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ、およびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥの能力をｉｎ ｖｉｔｒｏでアッセイした。Ｓ３０９ ＬＳ、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥ、および陰性対照抗体Ｓ３０９－ＧＲＬＲの各々を、アッセイ緩衝液で１０，０００ｎｇ／ｍｌから０．００６ｎｇ／ｍｌへと６倍連続希釈した。抗体の９点連続希釈物を、白色の平底プレートにおいて９６プレートウェル当たり１２，５００（ＦｃγＲＩＩＩａおよびＦｃγＲＩＩｂについて）または１０，０００（ＦｃγＲＩＩａについて）のＣＨＯ－ＣｏＶ－２－スパイク細胞とともに１５分間、室温でインキュベートした。示したＦｃγＲを発現するジャーカットエフェクター細胞であって、ＮＦＡＴ駆動ルシフェラーゼ遺伝子を安定にトランスフェクトしたジャーカットエフェクター細胞を解凍し、アッセイ緩衝液で希釈し、ＦｃＲγＩＩＩａおよびＦｃγＲＩＩｂについては６：１またはＦｃγＲＩＩａについては５：１のエフェクター対標的細胞比でプレートに添加した。抗体非依存性活性化（標的細胞およびエフェクター細胞を含有するが抗体を含有しない）、およびプレートのバックグラウンド発光（アッセイ緩衝液のみを含有するウェル）を測定するために、対照ウェルを含めた。プレートを１８時間、３７℃で、５％ ＣＯ２でインキュベートした。このバイオアッセイでのヒトＦｃγＲの活性化は、ルシフェラーゼレポーター遺伝子のＮＦＡＴ媒介性発現をもたらす。Ｂｉｏ－Ｇｌｏ（商標）ルシフェラーゼアッセイ試薬の添加後に製造業者の使用説明書に従ってルミノメーターで発光を測定した。陰性対照は、ＦｃγＲＩＩｂの低レベル活性化を示したが、他のいずれのＦｃγＲも活性化しなかった。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥは、ＦｃγＲＩＩＩａ（Ｆ１５８）を強く活性化する唯一の抗体であった。全ての非ＧＲＬＲ Ｓ３０９抗体は、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ、およびＦｃγＲＩＩＩａ（Ｖ１５８）を活性化した。
（実施例３３）
ヒトモノクローナル抗体Ｓ３０９ ＬＳ、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ、およびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥのエフェクター機能
ヒトモノクローナル抗体Ｓ３０９ ＬＳ、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ、およびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥを、ＣｏＶ２－スパイクタンパク質を発現する細胞に対するＮＫ細胞媒介性抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）および単球媒介性抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）を促進するそれらの能力についてアッセイした。
ホモ接合性低親和性（Ｆ／Ｆ１５８）または高親和性（Ｖ／Ｖ１５８）ＦｃγＲＩＩＩａを発現する、２名の遺伝子型同定ドナーから新鮮に単離したヒトＮＫ細胞を、ＣＨＯ－ＣｏＶ－２－スパイク細胞とともにプレインキュベートした抗体に曝露すること、および３７℃で４時間のインキュベーション後にＬＤＨ放出を製造業者の使用説明書（Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ＬＤＨ）、Ｒｏｃｈｅ）に従って読み出しとして測定することによって、ＡＤＣＣをｉｎ ｖｉｔｒｏで測定した。手短に言うと、プレートを４分間４００×ｇで遠心分離し、３５μｌの上清を平坦な３８４ウェルプレートに移した。ＬＤＨ試薬を調製し、３５μｌを各ウェルに添加した。キネティックプロトコールを使用して、４９０ｎｍおよび６５０ｎｍでの吸光度を２分に１回、８分間測定し、キネティクス曲線の傾きを結果として使用した。次の式を当てはめることにより特異的溶解パーセントを決定した：（特異的放出－自然放出）／（最大放出－自然放出）×１００。Ｓ３０９ ＧＲＬＲを陰性対照として使用した。全ての非ＧＲＬＲ Ｓ３０９抗体がＡＤＣＣを惹起した。
初代ＣＤ１４＋単球によるＡＤＣＰを促進するモノクローナル抗体Ｓ３０９ ＬＳ、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥ、および対照抗体Ｓ３０９－ＧＲＬＲの能力を、新鮮に単離したヒトＰＢＭＣ（セルトレースバイオレットで標識したもの）を、抗体とともにプレインキュベートしたＣＨＯ－ＣｏＶ－２－スパイク発現細胞（ＰＫＨ６７蛍光細胞リンカーキット（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）で標識したもの）に曝露することによって、ｉｎ ｖｉｔｒｏで測定した。ｍＡｂの連続希釈物（１０％ Ｈｙｃｌｏｎｅ ＦＢＳ＋２×抗・抗（抗生物質・抗真菌薬）を補充した、ＲＰＭＩ－１６４０＋Ｌ－グルタミンで、５，０００ｎｇ／ｍｌから０．３２ｎｇ／ｍｌに５倍連続希釈したもの）を、９６ウェルポリプロピレンプレートの１ウェル当たり１０，０００のＣＨＯ－ＣｏＶ－２－スパイク細胞とともに１０分間インキュベートした。セルトレースバイオレットを製造業者の使用説明書に従って用いて初代ＰＢＭＣを蛍光標識した。次いで、標的細胞と抗体の混合物を、標識したＰＢＭＣとともに１６：１のエフェクター対標的比でインキュベートした。一晩のインキュベーション後、単球集団をＣＤ１４について標識すること、およびＣＤ１４＋単球の中のセルトレースバイオレット＋ＰＫＨ６７＋細胞のパーセンテージをフローサイトメトリーによって測定することによって、ＡＤＣＰ活性を測定した。
（実施例３４）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質媒介性細胞融合に対するモノクローナル抗体Ｓ３０９の効果
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質媒介性融合に対するモノクローナル抗体Ｓ３０９の効果を、細胞表面上にスパイクタンパク質を過剰発現するように操作した細胞を使用して試験した。これらの細胞培養物へのＳ３０９の添加は、Ｓタンパク質媒介性細胞－細胞融合を阻害した。
（実施例３５）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２複製に対するモノクローナル抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥの効果
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２複製に対するモノクローナル抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥの効果を、ＶｅｒｏＥ６細胞、ＰＢＭＣ、および樹状細胞において試験した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスを、抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳまたはＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥとともに１時間インキュベートした。次いで、ウイルス／抗体混合物を、平板培養したＶｅｒｏＥ６、ＰＢＭＣ、または単球由来樹状（ＭｏＤＣ）細胞に添加した。細胞をウイルス／抗体混合物とともに１時間、３７℃でインキュベートした後、細胞を洗浄し、さらに７２時間、新鮮培地中でインキュベートした。次いで、培養細胞からの上清をフォーカス形成単位（ＦＦＵ）についてアッセイした。上清を１：５希釈し、ＶｅｒｏＥ６細胞に添加した。３７℃で１時間後、ＶｅｒｏＥ６細胞にメチルセルロースを重層した。２４時間のさらなるインキュベーション後、ＶｅｒｏＥ６細胞培養物をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核タンパク質について染色した。結果は、Ｓ３０９バリアント抗体が、ヒトドナー由来ＰＢＭＣまたは樹状細胞においてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２複製の抗体媒介性増強を引き起こさないことを示した。
（実施例３６）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した個体の血清におけるＲＢＤエピトープ特異的抗体
ＣＯＶＩＤ－１９と診断された入院している有症状および無症状の個体からの血清を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤの同定された抗原結合部位に結合するモノクローナル抗体との結合の競合について試験した。
Ｘ線結晶構造解析またはＣｒｙｏ－ＥＭによりＲＢＤ分子上の抗原結合部位が同定された６つの抗体（Ｓ２Ｈ１３、Ｓ２Ｈ１４、Ｓ２Ａ４、Ｓ２Ｘ３５、Ｓ３０４およびＳ３０９）を生成し、精製し、ＥＺ－Ｌｉｎｋ（商標）ＮＨＳ－ＰＥＯ固相ビオチン化キット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ ＃２１４５０）を製造業者の使用説明書に従って使用してビオチン化した。ＲＢＤへの結合をＥＬＩＳＡにより測定した。手短に述べると、９６ウェルハーフエリアプレート（ｃｏｒｎｉｎｇ、カタログ番号３６９０）を、１ｕｇ／ｍｌのＲＢＤ（マウスＦｃ Ｔａｇ、Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｕｒｏｐａ ＧｍｂＨ、カタログ番号４０５９２－Ｖ０５Ｈ）で被覆し、Ｂｌｏｃｋｅｒ ｂｕｆｆｅｒ（カゼイン１％、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カタログ番号３７５２８、＋０．０５％ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０）でブロックした。ビオチン化モノクローナル抗体を滴定し、プレートに添加し、続いてストレプトアビジン－ＡＰおよびｐＮＰＰ基質（Ｓｉｇｍａ Ｎ２７６５－１００ＴＡＢ）とともにインキュベートした。プレートを４０５ｎｍで分光光度計により読み取って光学密度（ＯＤ）を決定した。ＲＢＤへの結合の８０％を決定するビオチン化抗体の濃度（ＥＣ８０）を、Ｇｒａｐｈ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用して非線形回帰分析により算出した。ほとんどの血清（５８～６２％）は、ＡＣＥ２受容体と相互作用する受容体結合モチーフの主要部分の１つであるＲＢＤ部位Ｉａに結合する抗体を含有した。この部分は、ＲＢＤが開いたコンフォメーションである場合にのみ接近可能である。より少ない血清画分（２５～４１％）は、他のＲＢＤ部位を認識する抗体を含有した。
ＲＢＤ抗原部位特異的抗体の量を決定するために、滴定した血清を、上記のＥＬＩＳＡと、２０分のインキュベーション後に２×ＢＣ８０濃度のビオチン化抗体を血清の最上部に添加する追加のステップにより、試験した。ビオチン化抗体の残基の結合を表すＯＤを測定し、結合の阻害パーセンテージを対照ウェル（血清およびビオチン化抗体が入っていないウェルでの１００％、血清が入っていないウェルでの０％）と比較測定した。結合の８０％遮断を決定する血清の希釈度（ＢＤ８０）を、Ｇｒａｐｈ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用して非線形回帰分析により算出した。同様に、６つのモノクローナル抗体の結合の８０％自己遮断を、血清の代わりに精製モノクローナル抗体の滴定物を試験することにより決定した（ＢＣ８０）。ＲＢＤ抗原部位特異的抗体の推定量を、各血清について、次の式を用いて試料の相当濃度（ｕｇ／ｍｌ）として決定した：ＢＤ８０×ＢＣ８０。６つのＲＢＤ部位への抗体応答は個体によって異なり、一部の個体は、不良な抗体応答を示した。
（実施例３７）
材料および方法
哺乳動物細胞上に発現されたＣｏＶ Ｓタンパク質への結合についてのフローサイトメトリーに基づくスクリーニング
ＥｘｐｉＣＨＯ細胞に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶおよびＭＥＲＳ－ＣｏＶのＳタンパク質を、または陰性対照として空のプラスミドを、トランスフェクトした。次いで、モノクローナル抗体を、１０μｇ／ｍｌで、フローサイトメトリーにより、２０１９－ｎＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶのＳタンパク質を発現するＥｘｐｉＣＨＯ細胞またはモック細胞トランスフェクタントを染色するそれらの能力について試験した。
組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質の一過性発現
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株（２０１９－ｎＣｏＶ－Ｓ）ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９分離株（受託番号ＭＮ９０８９４７）の全長Ｓ遺伝子を、ヒト細胞発現のためにコドン最適化し、ｐｈＣＭＶ１発現ベクター（Ｇｅｎｌａｎｔｉｓ）にクローニングした。Ｅｘｐｉｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＣＨＯエンハンサーを使用して、ｐｈＣＭＶ１－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ、ｐｈＣＭＶ１－ＭＥＲＳ－ＣｏＶ－Ｓ（Ｌｏｎｄｏｎ１／２０１２）、ＳＡＲＳ－スパイク＿ｐｃＤＮＡ．３（ＳＡＲＳ株）または空のｐｈＣＭＶ１（モック）をＥｘｐｉ－ＣＨＯ細胞に一過性にトランスフェクトした。トランスフェクションの２日後、細胞を収集し、固定したか、または固定し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に反応するモノクローナル抗体のパネルでの免疫染色のためにサポニンで透過処理した。Ａｌｅｘａ６４７標識二次抗体抗ヒトＩｇＧ Ｆｃを検出に使用した。トランスフェクト細胞への抗体の結合を、ＺＥ５セルアナライザー（Ｂｉｏｒａｒｄ）およびＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ）を使用してフローサイトメトリーにより分析した。陽性結合を、ＣｏＶ－Ｓトランスフェクタントのモックトランスフェクタントに対する分染により定義した。
Ｏｃｔｅｔ（ＢＬＩ、バイオレイヤー干渉法）を使用する競合実験
本明細書で別段の指示がない限り、抗Ｈｉｓセンサー（ＢＩＯＳＥＮＳＯＲ ＡＮＴＩ－ＰＥＮＴＡ－ＨＩＳ（ＨＩＳ１Ｋ））を使用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＳ１サブユニットタンパク質（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｕｒｏｐｅ ＧｍｂＨ）を固定した。センサーを、１０分間、キネティクス緩衝液（ＫＢ；ＰＢＳ中、０．０１％のエンドトキシン不含のＢＳＡ、０．００２＾ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）－２０、０．００５％ ＮａＮ３）で水和した。次いで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ Ｓ１サブユニットタンパク質を、８分間、ＫＢ中１０μｇ／ｍｌの濃度で負荷した。抗体を、全長ｍＡｂ ｎＣｏＶ－１０およびｎＣｏｖ－６ ｍＡｂについては１５μｇ／ｍｌで、Ｆａｂ ｎＣｏＶ－４については５μｇ／ｍｌで、ならびにｎＣｏＶ－１を含む後続の実験では全て１０μｇ／ｍｌで、６分間、会合させた。次いで、競合抗体を同じ濃度でさらに６分間、会合させた。
Ｏｃｔｅｔ（ＢＬＩ、バイオレイヤー干渉法）を使用する競合実験
ＡＣＥ２競合実験のために、ＡＣＥ２－Ｈｉｓ（Ｂｉｏ－Ｔｅｃｈｎｅ ＡＧ）を、３０分間、ＫＢ中５μｇ／ｍｌで抗ＨＩＳ（ＨＩＳ２）バイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ－ＦｏｒｔｅＢｉｏ）上に負荷した。抗体を含むまたは含まないプレインキュベーション（３０μｇ／ｍｌ、３０分）後に１５分間、１μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤ－ウサギＦｃまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－マウスＦｃ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｕｒｏｐｅ ＧｍｂＨ）を会合させた。解離を５分間モニターした。
Ｏｃｔｅｔ（ＢＬＩ、バイオレイヤー干渉法）を使用する親和性の決定
全長抗体のＫＤ決定のために、キネティクス緩衝液での１０分間の湿潤化ステップ後、プロテインＡバイオセンサー（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用して、２．７μｇ／ｍｌの組換え抗体を１分間、固定した。抗体で被覆されたセンサーを異なる濃度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（内部で生成；ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７、からのスパイクの残基３３１～５５０）とともにインキュベートすることにより、５分間、会合曲線を記録した。試験した最高ＲＢＤ濃度は１０ｕｇ／ｍｌであり、その後これを１：２．５で連続希釈した。ＫＢを含有するウェルにセンサーを移動させることによって、解離を９分間記録した。ＫＤ値を、グローバルフィットモデル（Ｏｃｔｅｔ）を使用して算出した。Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）装置を使用した。
Ｆａｂ断片と比較して全長抗体のＫＤを決定するために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＨｉｓタグ付きＲＢＤを、ＫＢ中３μｇ／ｍｌで１５分間、抗ＨＩＳ（ＨＩＳ２）バイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ、ＦｏｒｔｅＢｉｏ）上に負荷した。全長抗体およびＦａｂの会合を、ＫＢ中それぞれ１５ｕｇ／ｍｌおよび５ｕｇ／ｍｌで５分間、行った。ＫＢ中での解離を１０分間測定した。
ＥＬＩＳＡ結合
ｍＡｂとＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクＳ１サブユニットタンパク質（ＷＨ２０株）タンパク質の反応性を、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）により決定した。手短に述べると、９６ウェルプレートを３μｇ／ｍｌの組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクＳ１サブユニットタンパク質（Ｓｉｎｏ．Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）で被覆した。ウェルを洗浄し、ＰＢＳ＋１％ ＢＳＡで１時間、室温でブロックし、次いで、連続希釈したｍＡｂとともに１時間、室温でインキュベートした。結合したｍＡｂを、アルカリホスファターゼコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：２０４０－０４）を１時間、室温でインキュベートすることにより検出し、０．１Ｍグリシン緩衝液（ｐＨ１０．４）中の１ｍｇ／ｍｌのｐ－ニトロフェニルリン酸基質により３０分間、室温で発色させた。光学密度（ＯＤ）値をＥＬＩＳＡリーダー（Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ ３４０／９６分光光度計、ＢｉｏＴｅｋ）において４０５ｎｍの波長で測定した。
中和アッセイ
別段の指示がない限り、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐ）、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ｐｐ）を使用した。ＡＣＥ２を安定にトランスフェクトしたＤＢＴ細胞（ＤＢＴ－ＡＣＥ２）を標的細胞として使用した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ｐｐを１０ｕｇ／ｍｌのトリプシンＴＰＣＫで活性化した。活性化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ｐｐを、抗体の希釈系列（抗体ごとに５０ｕｇ／ｍｌの最終濃度で出発して、３倍希釈）に添加した。ＤＢＴ－ＡＣＥ２細胞を抗体－ウイルス混合物に添加し、４８時間インキュベートした。細胞培養上清の吸引およびｓｔｅａｄｙ－ＧＬＯ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ）の添加後に発光を測定した。
別段の指示がない限り、シュード粒子中和アッセイは、ＶＳＶに基づくルシフェラーゼレポーターシュードタイピングシステム（Ｋｅｒａｆａｓｔ）を使用する。ＶＳＶシュード粒子および抗体をＤＭＥＭ中で混合し、３０分間、３７℃でインキュベートする。次いで、感染混合物をＶｅｒｏ Ｅ６細胞とともに１時間、３７℃でインキュベートし、続いて、Ｐｅｎ－Ｓｔｒｅｐと１０％ ＦＢＳとを含有するＤＭＥＭを添加する（感染混合物を除去しない）。細胞を３７℃で１８～２４時間インキュベートする。Ｂｉｏ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）の添加後、Ｅｎｓｉｇｈｔプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用してルシフェラーゼを測定する。
ＳＰＲシングルサイクルキネティクス
ＳＰＲ実験は、シングルサイクルキネティクス手法を使用してＢｉａｃｏｒｅ Ｔ２００装置を用いて行った。Ｓ３０９ ＩｇＧを表面上で捕捉し、グリコシル化されたまたは脱グリコシル化された、漸増濃度の精製されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを注入した。会合および解離キネティクスをモニターし、結合モデルにあてはめて親和性を決定した。
組換え抗体の発現
組換え抗体を、以前に記載されたように重鎖を発現するプラスミドと軽鎖を発現するプラスミドとを一過性に共トランスフェクトしたＥｘｐｉＣＨＯ細胞に発現させた。（Ｓｔｅｔｔｌｅｒ ｅｔ ａｌ． （２０１６） Ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ， ｃｒｏｓｓ－ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ， ａｎｄ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｂｙ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ． Ｓｃｉｅｎｃｅ， ３５３（６３０１）， ８２３－８２６）。モノクローナル抗体Ｓ３０３、Ｓ３０４、Ｓ３０６、Ｓ３０９、Ｓ３１０およびＳ３１５を、ｒＩｇＧ－ＬＳ抗体として発現させた。ＬＳ変異は、ｉｎ ｖｉｖｏでのより長い半減期をもたらす。（Ｚａｌｅｖｓｋｙ ｅｔ ａｌ． （２０１０） Ｅｎｈａｎｃｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｈａｌｆ－ｌｉｆｅ ｉｍｐｒｏｖｅｓ ｉｎ ｖｉｖｏ ａｃｔｉｖｉｔｙ． Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２８（２）， １５７－１５９）。
配列アラインメント
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム配列を、２０２０年３月２９日にＧＩＳＡＩＤから「ｃｏｍｐｌｅｔｅ（＞２９，０００ｂｐ）」フィルターおよび「ｌｏｗ ｃｏｖｅｒａｇｅ ｅｘｃｌｕｓｉｏｎ」フィルターを使用してダウンロードした。コウモリおよびセンザンコウ配列を除去して、ヒトのみの配列を得た。ＧｅｎｅＷｉｓｅ２で参照タンパク質（ＹＰ＿００９７２４３９０．１）－ゲノムアラインメントを行うことにより、スパイクＯＲＦの位置を特定した。不完全マッチおよびインデル含有ＯＲＦをレスキューし、下流の分析に含めた。ｓｅｑｋｉｔを使用して、ヌクレオチド配列をｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳した。１０％より多くの未確定アミノ酸を（Ｎベースコールに起因して）有する配列を除去した。ＭＡＦＦＴを使用して多重配列アラインメントを行った。アラインメントされた配列（ｎ＝２，２２９）と参照配列とを、Ｒ／ＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒパッケージＢｉｏｓｔｒｉｎｇｓを使用して比較することにより、バリアントを決定した。同様の戦略を使用して、ＶｉＰＲが出典のＳＡＲＳ－ＣｏＶゲノムからスパイクタンパク質配列を抽出し、翻訳した（検索基準：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を除外するために２０１９年１２月より前に寄託された、ＳＡＲＳ関連コロナウイルス、全長ゲノム、ヒト宿主、ｎ＝５３）。提供されているＳＡＲＳ－ＣｏＶゲノム配列は、数ある中でもＵｒｂａｎｉ、Ｔｏｒ２、ＴＷ１、Ｐ２、Ｆｒａｎｋｆｕｒｔ１などの、主要な公開株の全てを含んでいた。Ｔｓａｎ－Ｙｕｋ Ｌａｍらにより示されたようなセンザンコウ配列は、ＧＩＳＡＩＤが出典であった。Ｌｕ ｅｔ ａｌ （Ｌａｎｃｅｔ ２０２０）により示されたようなサルベコウイルスの３つの分岐群からのコウモリ配列は、Ｇｅｎｂａｎｋが出典であった。ジャコウネコおよびタヌキ配列は、同様にＧｅｎｂａｎｋが出典であった。
（実施例３８）
軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９疾患の処置のためのソトロビマブ（Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ）およびＶＩＲ－７８３２（Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ ＧＡＡＬＩＥ）の第１／２相臨床研究
ＣＯＶＩＤ－１９の処置のための複数の候補薬剤の最適な用量、活性および安全性を決定するための、多施設、マルチアーム、複数用量、複数ステージ非盲検、アダプティブ、シームレス第Ｉ／ＩＩ相ベイズ無作為化プラットフォーム試験（患者６００名）の１つのアームにおいて、ソトロビマブ（Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ；より詳細には、ソトロビマブは、操作されたモノクローナル抗体（ＩｇＧ１＊０１ Ｇ１ｍ１７；配列番号１１３のＶＨ、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異；配列番号１６８のＶＬ（カッパ軽鎖ＩｇＫＣ＊０１ ｋ１ｍ３）である）およびＶＩＲ－７８３２（ＩｇＧ１＊０１ Ｇ１ｍ１７；配列番号１１３のＶＨ、Ｇ２３６Ａ、Ａ３３０Ｌ、Ｉ３３２Ｅ、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異：配列番号１６８のＶＬ（カッパ軽鎖ＩｇＫＣ＊０１ ｋ１ｍ３））を、候補者を優先して候補者と対照とに２：１で無作為に割り振って評価する。各用量を、患者６名のコホートで順次、安全性について評価する。このアームは、ＶＩＲ－７８３２の３：１無作為化、盲検、プラセボ対照第Ｉ相、続いて、ＶＩＲ－７８３２対ソトロビマブ対プラセボの２：２：１盲検、並行群間第ＩＩ相試験を含む。ＶＩＲ－７８３２単一用量を静脈内（ＩＶ）注入により投与する。出発用量は５０ｍｇであり、１５０および５００ｍｇの用量漸増を使用し得る。実薬比較対照は、ソトロビマブ（１時間にわたってのｉ．ｖ．注入による５００ｍｇ）である。プラセボを１時間にわたってｉ．ｖ．注入により与える。
主要アウトカム指標：
１．用量設定／第Ｉ相［時間枠：無作為化から２９日］
有効性評価のための用量（複数可）の決定。用量制限毒性（研究中の薬物の安全性および忍容性－ＣＴＣＡＥ ｖ５グレード≧３ 有害事象）
２．有効性評価／第ＩＩ相－重症患者（Ａ群）［時間枠：無作為化から２９日］
活性および安全性の決定。
重症患者（群Ａ）における：臨床的改善までの時間。改善は、ＷＨＯ臨床進行尺度に従って決定することになる；改善は、無作為化後最大２９日目までの、無作為化から最低限２段階の尺度の変化と定義する。
３．有効性評価／第ＩＩ相－軽症から中等症患者（Ｂ群）［時間枠：無作為化から１５日］
活性および安全性の決定。
軽症から中等症患者（Ｂ群）における：無作為化後最大１５日まで測定して、鼻および／または咽頭スワブにおける陰性ウイルス力価までの時間と定義する、研究中の薬物の薬力学特性。
副次的アウトカム指標：
１．有害事象率により評価する安全性［時間枠：無作為化から最大２９日］
ＣＴＣＡＥ ｖ５に準拠する有害事象率
２．臨床的改善の評価［時間枠：無作為化から２９日目まで］
８日目、１５日目および２９日目に臨床的改善（上で定義したとおり）があった患者の割合。
３．ＷＨＯ臨床進行尺度を使用する臨床的改善の評価［時間枠：無作為化から１５日目まで］
８日目および１５日目におけるＷＨＯ臨床進行尺度で無作為化からの変化
４．ＷＨＯ臨床進行尺度を使用する臨床的改善の評価［時間枠：無作為化から２９日目まで］
ＷＨＯ臨床進行尺度での１点変化までの時間
５．ＳｐＯ２／ＦｉＯ２を使用する臨床的改善の評価［時間枠：無作為化から２９日目まで］
酸素飽和度の吸収酸素濃度比（ＳｐＯ２／ＦｉＯ２）に対する比
６．退院の評価［時間枠：無作為化から２９日目まで］
８、１５および２９日目に退院した患者の割合
７．ＩＣＵへの入院の評価［時間枠：無作為化から２９日目まで］
ＩＣＵへの入院率
８．安全性のさらなる評価（ＷＣＣ）［時間枠：無作為化から２９日目まで］
１、３、５、８、１１日目（入院中）、ならびに１５および２９日目の白血球計数
９．安全性のさらなる評価（Ｈｇ）［時間枠：無作為化から２９日目まで］
１、３、５、８、１１日目（入院中）、ならびに１５および２９日目のヘモグロビン
１０．安全性のさらなる評価（血小板）［時間枠：無作為化から２９日目まで］
１、３、５、８、１１日目（入院中）、ならびに１５および２９日目の血小板
１１．安全性のさらなる評価（クレアチニン）［時間枠：無作為化から２９日目まで］
１、３、５、８、１１日目（入院中）、ならびに１５および２９日目のクレアチニン
１２．安全性のさらなる評価（ＡＬＴ）［時間枠：無作為化から２９日目まで］
１、３、５、８、１１日目（入院中）、ならびに１５および２９日目のＡＬＴ
１３．全死亡率の評価［時間枠：無作為化から２９日目まで］
８、１５および２９日目の死亡率。無作為化から死亡までの時間
１４．酸素供給を行わなかった日数の評価［時間枠：無作為化から２９日目まで］
酸素供給を使用した日および酸素供給を行わなかった日の継続期間（日数）
１５．人工呼吸器離脱日数の評価［時間枠：無作為化から２９日目まで］
機械的人工換気を行った日および機械的人工換気を行わなかった日の継続期間（日数）
１６．新たな機械的人工換気の使用の発生頻度の評価［時間枠：無作為化から２９日目まで］
新たな機械的人工換気の使用の発生頻度
１７．早期警告スコア（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｅａｒｌｙ Ｗａｒｎｉｎｇ Ｓｃｏｒｅ）（ＮＥＷＳ）２／ｑＳＯＦＡの評価［時間枠：無作為化から２９日目まで］
入院中に毎日ＮＥＷＳ２／ｑＳＯＦＡを評価する
１８．トランスレーショナルアウトカム（ウイルス負荷量）の評価［時間枠：無作為化から２９日目まで］
経時的なウイルス負荷量の変化
１９．トランスレーショナルアウトカム（ベースラインＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）の評価［時間枠：無作為化から２９日目まで］
経時的なウイルス負荷量の変化
適格性
研究に適格な年齢：１８歳およびそれより高齢（成人、高齢者）
研究に適格な性別：全て
健康なボランティアを受入れる：無
組入れ基準
１．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が検査（ＰＣＲ）で確認された成人（≧１８歳）
２．研究患者または法定代理人が署名したインフォームドコンセントを提供することができること
３．妊娠可能な女性（ＷＯＣＢＰ）およびＷＯＣＢＰと性交渉がある男性患者は、試験処置の最終投与後、候補者特異的試験プロトコールに概要が示されている期間中、試験処置の最初の投与から試験処置を通して、非常に有効な避妊方法（プロトコールに概要が示される通り）に同意する
追加の基準が適用され得る：
Ａ群（重度の疾患）４ａ。ＷＨＯ臨床重症度スコア、９点順序尺度による定義に従って、グレード４（入院している；マスクもしくは鼻プロングによる酸素）、５（入院している；非侵襲的換気を用いている、もしくは高流量の酸素）、６（入院している；挿管および機械的人工換気）、または７（換気および追加の臓器サポート－昇圧薬、腎代替療法（ＲＲＴ）、体外式膜型人工肺（ＥＣＭＯ））の臨床状態を有する患者。
Ｂ群（軽度から中等度の疾患）４ｂ。次の特徴を有する外来または入院患者：末梢毛細血管酸素飽和度（ＳｐＯ２）＞９４％ＲＡ Ｎ．Ｂ．
以下のような主な試験除外基準の概要をマスタープロトコールに示す：
１．＊
２．＊
３．妊娠または授乳
４．＊
５．いずれかの研究対象薬に対するアレルギー
６．登録から３０日または半減期の５倍（どちらか長い方）以内に他の禁忌薬（ＣＳＴプロトコールに概要を示すような）を摂取している患者
７．別の治験医薬品の臨床試験（ＣＴＩＭＰ）に参加している患者
＊「マスタープロトコールは、「１」、「２」および「４」について以下のことを定める：
「１．アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）および／またはアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）＞正常上限（ＵＬＮ）５回
２．ステージ４重度慢性腎疾患、または透析を必要とすること（すなわち、推定糸球体濾過量＜３０ｍＬ／分／１．７３ｍ２）
４．「７２時間以内に研究施設でない別の病院に移されることが予想される」
ＩＭＰは、肝臓または腎臓により体から除去されない（１および２）モノクローナル抗体であり、入院している患者は、この研究から除外されるので、これらの基準は、このプロトコールに適用されない。
ＶＩＲ－７８３２およびソトロビマブ候補特異的試験の目的では、以下の除外基準も適用する：
８．現在入院しているか、または治験責任医師によって今後２４時間以内に急性期医療のために入院を必要とする可能性が高いと判断される
９．安静時の息切れ、または呼吸促迫、または酸素補給を必要とすることにより定義される、重度のＣＯＶＩＤ－１９と一致する症状
１０．治験責任医師の判断で、今後７日以内に死亡する可能性が高い参加者
１１．免疫抑制化学療法または免疫療法を受けているがん患者、過去３カ月以内に固形臓器移植または同種幹細胞移植を受けた、何らかの心臓もしくは肺移植歴がある、または高用量の長期全身性コルチコステロイド（２週間を超える期間にわたって１日に≧２０ｍｇのプレドニゾンもしくは全身性等価物に相当する）を受けた者を含むがこれらに限定されない、重度免疫不全の参加者
１２．第Ｉ相のみ：糖尿病（投薬を必要とする）、慢性腎疾患（すなわち、Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｄｉｅｔ ｉｎ Ｒｅｎａｌ Ｄｉｓｅａｓｅ（ＭＤＲＤ）研究により決定される、ｅＧＦＲ＜６０）、慢性肝疾患（例えば、肝硬変）、うっ血性心不全（ニューヨーク心臓学会（ＮＹＨＡ）クラスＩＩもしくはそれより上）、慢性閉塞性肺疾患（慢性気管支炎、慢性閉塞性の肺疾患、もしくは労作時の呼吸困難を伴う肺気腫の病歴）、および中等度から重度の喘息（参加者が、症状を制御するために吸入ステロイドを必要とする、もしくは過去１年以内に経口ステロイド治療を受けた）。
１３．治験責任医師の判断で、研究への参加者の安全な参加およびその研究の遂行を不可能にする、あらゆる現行の病状
１４．治験製品中に存在するいずれかの構成要素に対する既知の過敏性
１５．モノクローナル抗体による以前のアナフィラキシーまたはモノクローナル抗体に対する以前の過敏症
１６．臨床試験の一部としてまたは別様にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のワクチンをこれまでに受けたことがある。
１７．登録前４８時間以内に何らかのワクチンを受けたこと。ワクチン接種は、投与後４週間は認められないことになる。
１８．回復したＣＯＶＩＤ－１９患者からの回復期血漿、または抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂを、過去３カ月以内に受けたこと。
１９．治験責任医師の判断で、プロトコールの要件を満たす可能性が低いまたは満たすことができない参加者。
（実施例３９）
軽度から中等度ＣＯＶＩＤ－１９疾患の処置のためのソトロビマブの第２／３相臨床研究
ランダム化、多施設、二重盲検、プラセボ対照研究を行って、外来患者におけるＣＯＶＩＤ－１９の早期処置のためのソトロビマブ（Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ）の安全性および有効性を評価する。ソトロビマブは、操作されたモノクローナル抗体（ＩｇＧ１＊０１ Ｇ１ｍ１７；配列番号１１３のＶＨ、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異；配列番号１６８のＶＬ（カッパ軽鎖ＩｇＫＣ＊０１ ｋ１ｍ３））である。
主目的は、軽度／中等度から重度または重篤ＣＯＶＩＤ－１９疾患への進行を予防する点でのソトロビマブの有効性をプラセボに対して評価することである。主要評価項目は、２９日目までの主要解析による、重度の疾患、重篤疾患、または死亡に進展する参加者の割合である。
重要な副次的目的は、ソトロビマブの安全性および忍容性をプラセボと比較して決定すること、８、１５および２２日目にＣＯＶＩＤ－１９疾患進行を予防する点でのソトロビマブの有効性をプラセボに対して評価すること、死亡を予防する点でのソトロビマブの有効性をプラセボに対して評価すること、人工呼吸器使用日数、ＩＣＵ滞在期間（ＬＯＳ）、および全病院ＬＯＳを短縮する点でのソトロビマブの有効性をプラセボに対して評価すること、ＣＯＶＩＤ－１９臨床兆候および症状の継続期間を短縮する点およびその重症度を低下させる点でのソトロビマブの有効性をプラセボに対して評価すること、ＣＯＶＩＤ－１９の非呼吸器合併症を予防する点でのソトロビマブの有効性をプラセボに対して評価すること、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス排出の継続期間を低減する点でのソトロビマブの有効性をプラセボに対して評価すること、抗ウイルス応答を誘導する点でのソトロビマブの有効性をプラセボに対して評価すること、正常な生活への復帰を助長する点でのソトロビマブの有効性をプラセボに対して評価すること、血清中のソトロビマブの薬物動態（ＰＫ）を評価すること、およびソトロビマブの免疫原性を評価することである。
予備的な目的は、８、１５および２２日目までＣＯＶＩＤ－１９疾患進行を予防する点でのソトロビマブの有効性をプラセボに対して評価すること、ソトロビマブに対するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２耐性変異体の処置中の出現をモニターすること、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス負荷量を低減する点でのソトロビマブの有効性をプラセボに対して評価すること、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する宿主応答の潜在的バイオマーカーを用いてソトロビマブの効果をプラセボに対して評価すること、被験体の遺伝的多型とソトロビマブの作用機序および／またはＰＫとの潜在的な関係性を評価すること、ならびにＣＯＶＩＤ－１９病に起因する仕事の離脱期間および仕事の生産性に対するソトロビマブ処置の影響を測定することである。
さらなる研究の詳細を図６に示す。
評価基準の詳細
この研究の主要評価項目は、以下の通りである：
・以下により定義される、２９日目までに重度もしくは重篤ＣＯＶＩＤ－１９に進行する、または死亡する被験体の割合：
１．重症疾患：酸素補給＞１日を必要とする低酸素血症（室内空気でのＯ２飽和度≦９３％、またはＰａＯ２／ＦｉＯ２＜３００）、または
被験体が、≧４Ｌ／分の酸素補給もしくは同等の処置を必要とし、治験責任医師もしくは委任された者により室内空気でのＯ２飽和度の測定が医学的に安全でないと判断される。
または
２．重篤疾患：侵襲的機械的人工換気、ＥＣＭＯの少なくとも一方を必要とする呼吸不全；またはショック；または多臓器機能不全／不全
または
３．死亡
この研究の副次的評価項目は、以下の通りである：
１．有害事象（ＡＥ）の発生
２．重篤有害事象（ＳＡＥ）の発生
３．特に注目すべき有害事象（ＡＥＳＩ）の発生
４．進行して８日目、１５日目または２２日目に重度もしくは重篤ＣＯＶＩＤ－１９を発症する被験体の割合
５．２９日目、６０日目、および９０日目の全死因死亡率
６．無作為化から２９日にわたって呼吸器使用日の総数
７．全集中治療室滞在期間（ＬＯＳ）
８．全病院ＬＯＳ
９．Ｆｌｕ－ＰＲＯ患者報告アウトカム測定装置を使用するＣＯＶＩＤ－１９関連疾病についての被験体報告兆候および症状の重症度および継続期間
１０．心臓、血栓塞栓、腎、神経学的事象の発生
１１．ベースラインでの、および追跡調査期間中、２９日目までの、ＰＣＲによる鼻汁中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出
１２．血清中のソトロビマブの薬物動態（ＰＫ）
１３．ソトロビマブに対する血清ＡＤＡの発生率および力価（該当する場合）
この研究の予備的評価項目は、以下の通りである：
１．臨床的改善についての順序尺度の各カテゴリー（下記参照）の８日目、１５日目、２２日目および２９日目における被験体の割合
２．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によるｍＡｂに対するウイルス耐性変異体の出現
３．ｑＲＴ－ＰＣＲによる鼻汁および血液中のウイルス負荷量
４．宿主トランスクリプトームおよび免疫表現型解析
５．遺伝子型判定により決定されるＦｃγＲ多型
６．遺伝子型判定により決定されるＩｇＧ１アロタイプ
７．仕事の生産性および活動障害（ＷＰＡＩ）のベースラインからの変化
８．ＥＱ－５Ｄ－５Ｌによる健康に関連する生活の質のベースラインからの変化
臨床的改善をカテゴリー分けする際に使用するための順序尺度は、以下の通りである：
１．未感染：感染の臨床的証拠もウイルス学的証拠もない。
２．非入院者；活動制限なし（在宅で酸素を使用する場合、カテゴリー４として報告する）
３．非入院者；活動制限あり
４．入院者；酸素療法なし
５．入院者；マスクもしくは鼻プロングによる低流量酸素
６．入院者；高流量酸素；持続的気道陽圧法（ＣＰＡＰ）；二相性気道陽圧法（ＢｉＰＡＰ）；非侵襲的換気
７．入院者；挿管および機械的人工換気
８．入院者；機械的人工換気に加えて臓器サポート（昇圧剤、ＲＲＴ、ＥＣＭＯ）
９．死亡
被験体の数
この研究は、２部から構成される。導入期には、疾患進行リスクが高い、早期、軽度から中等度ＣＯＶＩＤ－１９に罹患している被験体おおよそ２０名を登録する。拡大期には、疾患進行リスクが高い、早期、軽度から中等度ＣＯＶＩＤ－１９に罹患している被験体おおよそ８５０名を登録する。
診断および主な組入れ基準
組み入れ基準は、以下を含む：
年齢：
１．糖尿病、肥満（ＢＭＩ＞３０）、慢性腎疾患、うっ血性心不全、慢性閉塞性肺疾患および中等度から重度の喘息をはじめとする合併症をＣＯＶＩＤ－１９疾患から発症するリスクが高い１８歳およびそれより高齢の被験体
および
２．併存疾患に関係なく、被験体≧５５歳
疾患特性：
１．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果（任意の有効性が認められた試験、例えば、任意の検体タイプでのＲＴ－ＰＣＲ、による）が陽性である被験体
および
２．室内空気での酸素飽和度≧９４％を有する被験体
および
１．次の症状の１つまたは複数により定義される、軽度から中等度または中等度の合併症のないＣＯＶＩＤ－１９病を有する者：
発熱、悪寒、咳、喉の痛み、倦怠感、頭痛、関節または筋肉痛、嗅覚および味覚の変化、嘔吐、下痢、労作時の息切れ
および
３．症状の開始から４日未満または４日である者
性別：
１．性別による制限なし
２．女性被験体は、次の避妊基準を満さなければならず、順守することに同意しなければならない。女性による避妊具の使用は、臨床研究に参加する者のための避妊方法に関する当該国の規制と一致していなければならない。
３．女性被験体は、妊娠しておらず、授乳中でもなく、以下の条件の１つが当てはまる場合、適格である：
非妊娠可能な女性（ＷＯＮＣＢＰ）である
または
妊娠可能な女性（ＷＯＣＢＰ）であって、失敗率が＜１％である非常に有効である避妊法を研究治療期間中および研究治療薬の最終投与後１年までの間、使用する女性である。治験責任医師は、研究治療薬の初回投与と関係付けながら避妊方法の失敗の可能性（例えば、不遵守、最近開始されたもの）を評価しなければならない。
４．ＷＯＣＢＰは、入院時または研究治療薬の初回投与の前に高感度妊娠検査（当該国の規制の要求に応じて尿または血清）が陰性でなければならない。尿検査が陰性と確認できない場合（例えば、あいまいな結果）、血清妊娠検査が必要である。そのような場合、血清妊娠結果が陽性であった場合には被験体を参加から除外しなければならない。
インフォームドコンセント：
５．研究要件を満たす意思があり、署名済みのインフォームドコンセントを提出することができるか、または署名済みのインフォームドコンセントを提出することができない場合、代替承諾手順に従うことができる場合。
除外基準：
医学的状態
・現在入院しているか、または治験責任医師によって今後２４時間以内に入院を必要とする可能性が高いと判断される
・安静時の息切れまたは呼吸困難、または酸素補給を必要とすることにより定義される、重度Ｃｏｖｉｄ－１９と一致する症状
・治験責任医師の判断で、今後７日以内に死亡する可能性が高い患者
・免疫抑制化学療法または免疫療法を受けているがん患者、過去３カ月以内に固形臓器移植または同種幹細胞移植を受けた者、または無作為化から６週間以内に１日に≧０．５ｍｇ／ｋｇ体重のプレドニゾンに相当する全身性コルチコステロイドの使用を必要とする状態を有する者を含むがこれらに限定されない、重度免疫不全の患者
・治験製品中に存在するいずれかの構成要素に対する既知の過敏性
・モノクローナル抗体による以前のアナフィラキシーまたはモノクローナル抗体に対する以前の過敏症
過去の臨床研究／並行臨床研究の経験
・過去１８０日以内の何らかの治験ワクチン研究への参加、または１日目の前の３０日以内、もしくは治験化合物の５半減期以内、どちらか長い方、の何らかの他の治験薬研究への参加
・ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２用の治験ワクチンの何らかの試験への参加
他の除外
・登録前４８時間以内の何らかのワクチンを受けたこと。無作為化前の何らかの時点でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチンを受けたこと。ワクチン接種（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２用のワクチン接種を含む）は、投与後４週間は認められないことになる。
・回復したＣｏｖｉｄ－１９患者からの回復期血漿、または抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体を、過去３カ月以内に受けたこと
・治験責任医師の判断で、２９日目までプロトコールの要件を満たす可能性が低いまたは満たすことができない患者
研究参加および追跡調査の継続期間
研究対象薬物による処置の継続期間は、単回投与である。各被験体について、スクリーニングおよび追跡調査を含めて、研究にかかる推定合計時間は、おおよそ９カ月である。全ての被験体を、研究ユニットからの退院前に、投与後、少なくとも２時間にわたってモニターする。研究の導入部分に登録した被験体を、最低７日間、入院環境でモニターする。その後、被験体を、外来患者として１、２、３および４週目に対面での研究のための受診で、ならびに１４日目まで研究のための受診日以外の日に毎日架電で、積極的にモニターする。２９日目の後は、投与から合計９カ月間、月に１回、遠隔医療によってまたは架電によって患者をモニターする。
研究デザイン
独立データモニタリング委員会（Ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ Ｄａｔａ Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ）（ＩＤＭＣ）が、中間の非盲検化安全性データ（導入期）ならびに中間の非盲検化安全性および有効性データ（拡大期）を積極的にモニターして、進行中の研究の実施に関する提言を行う。ＩＤＭＣメンバーは、関連する医学の専門的訓練を受けた医師および１名の統計学者を含む。ＩＤＭＣは、拡大期の開始前に研究の導入期からの非盲検化安全性データを再調査する。加えて、ＩＤＭＣは、拡大期中に定期的な安全性の再調査を行う。第１の安全性再調査は、患者合計６０名（１アームあたり３０名）からの１４日目までに入手可能な安全性および忍容性データを含む。事前に指定された基準に従って安全性の懸念も忍容性の懸念もない場合、ＩＤＭＣは、重度から重篤ＣＯＶＩＤ－１９に罹患している入院患者における別の研究の開始を提言する。必要に応じて、追加の患者おおよそ１００名（１アームあたり５０名）各々を登録した後に追加の安全性の再調査を行う。最後に、登録した被験体のおおよそ３３％（１アームあたり１４５名）および登録した被験体のおおよそ６７％（１アームあたり２９０名）による２つの中間解析を行って、安全性、無益性および有効性を評価する。共同安全性再調査チーム（Ｊｏｉｎｔ Ｓａｆｅｔｙ Ｒｅｖｉｅｗ Ｔｅａｍ）（ＪＳＲＴ）は、インストリーム盲検化データ再調査中に特定された安全性の懸念を、ＩＤＭＣに付託する必要があるかどうかを決定する。
この研究は、高リスク被験体における軽度から中等度ＣＯＶＩＤ－１９疾患の進行を予防するための、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するモノクローナル抗体（ｍＡｂ）であるソトロビマブの、無益性、有効性または安全性のための早期中止を可能にする中間解析用モニタリングを伴う、無作為化、二重盲検、多施設、プラセボ対照試験である。疾患進行リスクが高い早期、軽度から中等度ＣＯＶＩＤ－１９に罹患している被験体を１：１無作為化して、ソトロビマブまたは等体積の生理食塩水プラセボのどちらかの単回静脈内注入を彼らに施す。安全性および有効性の比較は、並行して無作為化した参加者からのデータに基づく。
この研究は、２部から構成される。導入期には、疾患進行リスクが高い、早期、軽度から中等度ＣＯＶＩＤ－１９に罹患している被験体２０名を登録する。独立データモニタリング委員会（ＩＤＭＣ）による非盲検化データ安全性評価の後に、追加の被験体を登録する拡大期が進行し、これらの被験体は、早期、軽度から中等度ＣＯＶＩＤ－１９に罹患しており、疾患進行リスクが高い。
導入期：
研究の導入期は、重度の疾患に進行リスクが高い、早期、軽度から中等度ＣＯＶＩＤ－１９に罹患している被験体におけるソトロビマブの安全性および忍容性を評価する。呼吸器の状態、酸素化および他のバイタルサインの評価ならびに検査室評価を含む入院環境で７日間、被験体をモニターする。単一用量レベルを研究し、静脈内注入により送達する。被験体を研究ユニットに受け入れ、有害事象、検査室パラメーターの変化、ならびに疾患の兆候および症状の進行または改善について厳密にモニターする。
登録した最初の２名の適格な被験体をソトロビマブまたはプラセボに１：１無作為化する。これらの指標被験体に投与し、彼らを少なくとも４８時間、入院環境でモニターする。用量投与中、１時間のＩＶ注入を通して１５分ごとにバイタルサインをモニターする。バイタルサインを注入後にも２時間にわたって１時間ごとにモニターする。バイタルサイン、ＥＣＧ、症状関連身体検査、および有害事象（ＡＥ）を、治験責任医師が再調査する。治験責任医師が差し迫った安全性の懸念を抱かなければ、導入期の被験体の残部に投与する（指標被験体を含めて１アームあたり合計１０名）。
導入期に登録した被験体２０名の全て（１アームあたりＮ＝１０；ソトロビマブまたはプラセボ）を、インテンシブＰＫおよび免疫原性の下位研究に割り当てる。下位研究に登録していない全ての参加者から、スパース試料を採取する。血清ＰＫおよび抗薬物抗体（ＡＤＡ）試料を採取する。
拡大期：
研究の拡大期は、ＩＤＭＣによる導入期（１４日の追跡調査にわたって１アームあたりＮ＝１０）からの入手可能な非盲検化安全性データの評価後に進行する。拡大期の目的は、プラセボ対照アームと比較してソトロビマブの安全性および有効性を評価することである。重度の疾患に進行リスクがある早期の軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している被験体を１：１比（１アームあたり４３５名）で無作為化して、ソトロビマブまたはプラセボの単回ＩＶ注入を彼らに施す。
被験体を、研究ユニットからの退院前に、投与後、少なくとも２時間にわたってモニターする。その後、被験体を、外来患者として１、２、３および４週目に対面での研究のための受診で、ならびに１４日目まで研究のための受診日以外の日に毎日架電で、ＡＥおよび疾病の悪化について積極的にモニターする。加えて、低酸素血症をモニターするためのデバイスを被験体に提供する。
２９日目の後は、必要に応じて、投与から合計９カ月間、月に１回、遠隔医療によってまたは架電によって患者をモニターして、その後のＣＯＶＩＤ－１９病の発生率および重症度について評価する。
登録した被験体のおおよそ３３％（１アームあたり１４５名）および登録した被験体のおおよそ６７％（１アームあたり２９０名）による２つの中間解析を行って、無益性、有効性および安全性を評価し、これらの中間解析によって、全疾患進行率が予想より低かった場合には試料サイズを概算し直すことが可能になる。
プラセボ対照は、ソトロビマブの安全性および忍容性とＣＯＶＩＤ－１９のバックグラウンド兆候および症状を区別し、臨床アウトカムに対するその潜在的利益を評価する。プラセボアームの使用によって、研究中に施されるバックグラウンド支持療法に起因し得るものに対してソトロビマブに起因し得る有効性および安全性のあらゆる変化を正当に評価することが可能になる。
処置の有効性を評価するための主要評価項目は、酸素補給を必要とする低酸素症と定義される重度疾患への進行、または重篤疾患（次のうちの少なくとも一方を必要とする呼吸不全：侵襲的機械的人工換気、ＥＣＭＯ；またはショック；または多臓器機能不全／不全）の発生、または無作為化から２９日以内の死亡である。低酸素症も酸素要求もない外来患者状態から、酸素療法または高レベルの呼吸／臓器サポートを必要とする低酸素症への移行は、臨床的に有意なマイルストーンである。
有意な副次的評価項目は、２９日目の全死因死亡率である。入院に関係する他の副次的有効性評価項目－入院の長さ、ＩＣＵ滞在、換気を受ける時間、被験体報告兆候の重症度および継続期間、ならびにＣＯＶＩＤ－１９の症状も、臨床的に意義がある。
免疫学評価下位研究：
宿主免疫応答および感染の潜在的バイオマーカーを探究するために、被験体は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を指定された時点で採取する必要に応じた下位研究に同意し得る。この必要に応じた下位研究を選択された施設で行う。１アームあたり参加者おおよそ２０～５０名をこの必要に応じた下位研究に登録する。研究の導入期と拡大期の両方からの被験体を免疫学評価下位研究に組み入れることができる。
研究治療群および継続期間
スクリーニング評価を初回投与前２４時間以内に行う。適格な被験体を１日目に盲検方式で単回ＩＶ投与によって処置し、９カ月まで（３６週間）追跡調査する。
導入期に、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している被験体２０名を１：１無作為化して、ソトロビマブまたはプラセボの単回ＩＶ投与を彼らに施す。研究の導入期に登録した被験体を、最低７日間、入院環境で厳密にモニターする。この７日の終了時、彼らは、治験責任医師による臨床状態の評価に基づいて、退院して家に戻るか、入院ユニットに留まるか、または正式に入院する。
拡大期に、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している被験体を１：１無作為化して、ソトロビマブまたはプラセボの単回ＩＶ投与を彼らに施す。
拡大期への参加者を以下の基準によって層別化する：
１．症状の継続期間：≦２日対３～４日
２．年齢≦７０歳対＞７０歳
研究治療薬
研究治療薬および投与指示は、次の表７の通りである。
Figure 2023530274000067
用量選択は、生ウイルス中和データ、耐性データ、非ヒト霊長類ＰＫによる情報に基づくヒトＰＫ予測、およびカニクイザルにおける無毒性量（ＮＯＡＥＬ）により導かれる。
さらなる研究の詳細を図１～２Ｄに示す。
（実施例４０）
ソトロビマブ単剤療法は、ＣＯＶＩＤ－１９に罹患している成人の早期処置で入院を低減し、死亡リスクを低下させる
実施例３９で説明した臨床試験の第３相部分での、ソトロビマブ（５００ｍｇ）またはプラセボの単回静脈内注入の安全性および有効性を、世界規模で非入院参加者５８３名（処理アームの患者２９１名およびプラセボアームの患者２９２名）において評価した。主要有効性評価項目は、ＣＯＶＩＤ－１９が進行した患者の割合であり、この進行を、少なくとも２４時間の入院の必要性、または無作為化から２９日以内の死亡により定義した。研究した者の中で、６３％は、ヒスパニック系アメリカ人またはラテンアメリカ系住人であり、７％は、黒人またはアフリカ系アメリカ人であった。アメリカ疾病管理予防センター（Ｃｅｎｔｅｒｓ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ）によれば、これらの個体群は、ＣＯＶＩＤ－１９によって入院する可能性がおおよそ３倍高く、死亡する可能性がおおよそ２倍高い（データソース：ＣＯＶＩＤ－ＮＥＴ(www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/covid-data/covid-net/purpose-methods.html、２０２０年３月１日から２０２１年１月３０日までアクセスした）；数は、２０１９ ＵＳ ｓｔａｎｄａｒｄ ＣＯＶＩＤ－ＮＥＴ ｃａｔｃｈｍｅｎｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎに標準化された年齢調整比の比率である；データソース：ＮＣＨＳ暫定死亡者数（data.cdc.gov/NCHS/Deaths-involving-coronavirus-disease-2019-COVID-19/ks3g-spdg、２０２１年１月３０日までのデータ）。数は、２０１９ ＵＳ ｉｎｔｅｒｃｅｎｓａｌ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｅｓｔｉｍａｔｅに標準化された年齢を調整した比の比率である）。
試験に登録した患者５８３名からのデータの中間解析は、試験の主要評価項目である、プラセボと比較して単剤療法としてのソトロビマブによる患者の入院または死亡の８５％（ｐ＝０．００２）低下を実証した。ソトロビマブは、忍容性良好であった。この試験は、現在進行中であり、患者に対して盲検化して２４週間の追跡調査が継続しており、疫学およびウイルス学データを含む追加の結果を採取している。
この研究および結果をさらに詳細に説明する：
方法：多施設、二重盲検、第３相試験において、症候性Ｃｏｖｉｄ－１９に罹患しており、少なくとも１つの疾患進行リスク因子を有する非入院患者を、ソトロビマブ５００ｍｇまたはプラセボの静脈内注入に無作為化（１：１）した。主要有効性評価項目は、Ｃｏｖｉｄ－１９が進行した患者の割合であり、この進行を、２９日までの、２４時間より長い入院、または死亡と定義した。
結果：患者５８３名（ソトロビマブ、２９１名；プラセボ、２９２名）の治療企図解析対象集団を含む、この予め計画された中間解析において、主要有効性評価項目を満たした。Ｃｏｖｉｄ－１９進行リスクは、有意に８５％低下され（９７．２４％信頼区画、４４％～９６％；Ｐ＝０．００２）、プラセボ群での患者２１名（７％）に対してソトロビマブ群では主要評価項目に進行した患者は合計３名（１％）であった。２９日目までに死亡した１名を含む、集中治療に入れた患者５名は全て、プラセボを施した者であった。安全性を患者８６８名（ソトロビマブ、４３０名；プラセボ、４３８名）で評価した。有害事象は、ソトロビマブおよびプラセボを施した患者のそれぞれ１７％および１９％により報告され、重篤有害事象は、一般的に、プラセボ（６％）に対してソトロビマブ（２％）のほうが低かった。
治療企図解析（Ｎ＝１０５７、フルデータセット）において、２９日までの入院（あらゆる原因）についての調整した相対リスク低下は、プラセボのレシピエント（ｎ＝５２６）に対してソトロビマブのレシピエント（ｎ＝５２３）では７９％（９５％ＣＩ、９％～５０％；ｐ＜０．００１）であった。ソトロビマブでの処置（ＩＴＴ）は、プラセボと比較して、疾病管理のためのＥＲ受診の必要性、急性疾病管理のための入院（任意の継続期間）、または死亡（任意の理由）に関する数値低減をもたらした。参加者４名が機械的人工換気を必要とした参加者９名のプラセボと比較して、ソトロビマブを用いた参加者にＩＣＵ入院を必要とした者はいなかった。プラセボを用いた参加者４名と比較して、ソトロビマブを施して死亡した参加者はいなかった。有害事象の発生率は、処置アーム間で同様であり、ＳＡＥは、プラセボアームでのほうが数値的に多く見られた。
結論：ソトロビマブは、Ｃｏｖｉｄ－１９の軽度／中等度の疾患に罹患している患者の進行を低減し、忍容性良好であり、安全性シグナルは特定されなかった。
方法
試験目的および監視
この第３相、無作為化、二重盲検、多施設、プラセボ対照研究は、ソトロビマブ５００ｍｇの単回静脈内注入を高リスク、非入院患者における軽度／中等度のＣｏｖｉｄ－１９の進行の予防について評価する。この予め計画された中間解析のために、患者を４カ国の３７の研究施設（米国、カナダ、ブラジルおよびスペイン）で２０２０年８月２７日に募集し始め、２０２１年３月４日まで続けた。試験開始後にプロトコールおよび統計解析プランに加えたあらゆる変更を本実施例の補足付録に要約する。
この研究は、ヘルシンキ宣言および国際医学団体協議会の国際的倫理指針（Ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｈｅｌｓｉｎｋｉ ａｎｄ Ｃｏｕｎｃｉｌ ｆｏｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｔｈｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ）の原則、適用Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｕｎｃｉｌ ｆｏｒ Ｈａｒｍｏｎｉｓａｔｉｏｎ Ｇｏｏｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅガイドライン、ならびに準拠法および規則に従って行う。全ての患者が書面によるインフォームドコンセントを提出した。
患者および手順
逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応または抗原ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が陽性であり、過去５日以内に症状が開始した、１８歳またはそれより高齢の成人患者を、適格についてスクリーニングした；スクリーニングは、研究対象薬物投与前２４時間以内に行った。患者は、Ｃｏｖｉｄ－１９に進行するリスクが高い必要があり、リスクの高い患者を、高齢の成人（年齢≧５５歳）、または次のリスク因子の少なくとも１つを有する成人と定義した：投薬を必要とする糖尿病、肥満（ボディーマスインデックス＞３０ｋｇ／ｍ２）、慢性腎疾患（推定糸球体濾過量＜６０ｍＬ／分／１．７３ｍ２）２３、うっ血性心不全（ニューヨーク心臓学会クラスＩＩもしくはそれより上）、慢性閉塞性肺疾患、および中等度から重度の喘息２４。
安静時の息切れ、呼吸困難、または酸素補給を必要とすることにより定義される、既に重度のＣｏｖｉｄ－１９に罹患している患者は、除外した。組入れ基準を本実施例の補足付録に記載する。
適格な患者を、１日目に、双方向ウェブ応答システムを使用して、ソトロビマブの単回５００ｍｇ、１時間注入、または等体積の生理食塩水プラセボに、１：１無作為化して与えた（図６９）。
有効性評価
主要評価項目は、２９日目までに、何らかの原因により、２４時間を超えて入院した、または死亡した患者の割合であった。副次的有効性評価項目は、救急外来受診、入院、または死亡があった患者の割合；死亡率；患者報告アウトカム；ウイルス負荷量の変化；および酸素補給を必要とするところまで進行した患者の割合を含んだ。
安全性評価
安全性評価項目は、有害事象、重篤有害事象、および注入に伴う反応（過敏症反応を含む）として定義される特に注目すべき有害事象、抗薬物抗体についての免疫原性試験、ならびに抗体依存性感染増強の評価を含んだ。Ｃｏｖｉｄ－１９によるものを含む、全ての入院を、重篤有害事象と見なした。
統計解析
安全性、無益性、および絶大な有効性についての予め計画された中間解析を、研究患者の必要数のおおよそ４１％が２９日目に達したときに始動させた。試料サイズ計算は、有効性の欠如に起因する無益性または絶大な有効性の両方を評価するために２つの中間解析を用いる群逐次デザインに基づいた。第１種過誤を制御するためにＬａｎ－ＤｅＭｅｔｓのアルファ消費関数を使用し、無益性についてはＰｏｃｏｃｋアナログ規則を利用し、有効性についてはＨｗａｎｇ－Ｓｈｉｈ－ＤｅＣａｎｉ（パラメーターγ＝１を用いて）アナログを利用した２５。１３６０の全試料サイズによって、全体として両側５％の有意レベルで２９日目までのＣｏｖｉｄ－１９の進行の低減に関して３７．５％相対有効性を検出する検出力おおよそ９０％が得られ、プラセボ群での仮定進行率は１６％であった。
中間解析治療企図（ＩＴＴ）集団は、研究対象薬物が施されたかどうかに関係なく、２０２１年１月１９日の事前に指定された中間解析カットオフ日までの全ての無作為化患者を含んだ。中間解析安全性解析集団は、研究対象薬を施し、２０２１年２月１７日まで無作為化した、全ての患者を含み、施した実際の処置に従って患者を群別化した。ポアソン回帰モデルを使用して、処置、症状の継続期間、年齢および性別について調整したロバストなサンドイッチ推定で、ＩＴＴ集団において主要評価項目を解析した。進行のない状態は、多重代入法を使用して、ランダムな欠測を仮定して代入した。この解析モデルに基づいて、統計的有意性検定、相対進行リスク、およびその適切な信頼区間（ＣＩ）を、この中間解析のために、調整した有意性レベルを使用して得る。
観察された有効性の結果として、独立データモニタリング委員会は、研究への登録を２０２１年３月１０日に中止することを提言し、この時点で患者１０５７名が無作為化されていた。全ての副次的および予備的評価項目の解析は、全ての患者が２９日目を完了したときに行う。
結果
患者
スクリーニングした患者７９５名のうち、５８３名を２０２１年１月１９日までにソトロビマブ（患者２９１名）またはプラセボ（患者２９２名）に無作為化した。これらの患者は、中間解析ＩＴＴ集団を含む（本実施例の補足付録におけるスキーム１）。このＩＴＴ集団において、処置群にわたって同様の気質が見られた。全体として、各々ソトロビマブおよびプラセボ群における患者４名が、研究を中止した。ソトロビマブ群の患者３名は、投与の前に中止し、患者４名は、個人的理由で５日目に同意を取り消した。プラセボ群の患者１名は、投与の前に同意を取り消し、患者３名は、投与後に個人的理由で取り消した（１６、２５、および８５日目）。ＩＴＴ集団における追跡調査継続期間の中央値は、ソトロビマブ群について７２日（範囲、５～１９０日）およびプラセボ群について７２日（範囲、１６～１９０日）であった。
全体として、患者８６８名（ソトロビマブ、患者４３０名；プラセボ、患者４３８名）を無作為化し、２０２１年２月１７日まで研究対象薬物を施した。これらの患者は、中間解析安全性解析対象集団を含む。この集団における追跡調査継続期間の中央値は、ソトロビマブ群について５６日（範囲、５～１９０日）およびプラセボ群について５５日（範囲、２～１９０日）であった。
ＩＴＴ集団の処置群は、ベースライン人口統計および疾患特性のバランスがよく取れていた（表８）。全体として、患者の２２％は、６５歳より高齢であり、７％は、黒人またはアフリカ系アメリカ人であり、６３％は、ヒスパニック系またはラテンアメリカ系であり、４２％は、Ｃｏｖｉｄ－１９進行のリスク因子と考えられる２つまたはそれより多くの状態を有した。最もよく見られたリスク因子は、肥満、５５歳またはそれより高齢、および投薬を必要とする糖尿病であった。最もよく見られた提示症状（全患者の＞６０％）は、咳、筋肉の痛み／筋肉痛、頭痛、および疲労であった（本実施例の補足付録における表１１）。安全性解析対象集団におけるベースライン人口統計および疾患特性は、処置群にわたって同様であった。これらを本実施例の補足付録における表１２で報告する。
有効性アウトカム
ソトロビマブでの処置は、何らかの原因による２４時間を超える入院の必要性または死亡をプラセボと比較して８５％低減する結果となった（相対リスク、０．１５［９７．２４％ＣＩ、０．０４対０．５６］）。プラセボ群の患者２１名（７％）に対してソトロビマブ群では患者３名（１％）が主要評価項目に進行した（Ｐ＝０．００２）（表９）。２４時間より長い入院２４件の主な理由は、進行性Ｃｏｖｉｄ－１９と一致した（本実施例の補足付録における表１３）が、次の１件はこの例外となる可能性が高かった：感染後２２日目に小腸閉塞を示した、小腸閉塞の顕著な過去の医療歴があるソトロビマブ群の患者。これらの入院の重症度に関して、集中治療に入れる必要があった患者５名全てがプラセボ群の者であり、これら患者５名のうちの２名は、侵襲的機械的人工換気を必要とし、３番目の患者は、挿管を断り、その後、２９日目までに死亡した。救急外来受診または２４時間未満の入院が、ソトロビマブ群においてプラセボ群と比較して少ない患者に見られた（表９）。
安全性
有害事象を報告した安全性解析対象集団における患者の割合は、ソトロビマブ群が１７％（患者４３０名のうちの７３名）およびプラセボ群が１９％（患者４３８名のうちの８５名）であった（表１０）。グレード３または４有害事象を報告した患者の割合は、ソトロビマブ群（２％）におけるほうがプラセボ群（６％）より低かった。全体として、ソトロビマブを施した患者の少なくとも１％に発生した唯一の有害事象は下痢であり、下痢は、まれに発生した－プラセボ群の患者３名（＜１％）に対してソトロビマブ群では患者６名（１％）。ソトロビマブ群の患者の中で、下痢の全ての症例は、重症度の点で軽度（患者５名）または中等度（患者１名）であった。
注入に伴う反応が、プラセボ（１％）と比較してソトロビマブを施した患者の同様の割合（１％）に認められた。ソトロビマブを施した患者１名に、研究処置に関連すると考えられる注入に伴う反応があった：中等度（グレード２）の呼吸困難。
重篤有害事象は、ソトロビマブを施した患者の２％およびプラセボを施した患者の６％に発生した。これらの事象の大部分は、Ｃｏｖｉｄ－１９に関連する原因による入院であった。ソトロビマブに関連する重篤有害事象は認められなかった。
プラセボ群の患者１名は、２９日目より後に死亡した。この患者は、３７日目にＣｏｖｉｄ－１９肺炎に起因して死亡した。
血液、肝臓または化学検査データに傾向は認められなかった。全体として、検査結果は、ソトロビマブおよびプラセボ群において同様であった。
論考
ＣＯＭＥＴ－ＩＣＥ研究のこの予め計画された中間解析では、ソトロビマブの単一５００ｍｇ用量が、症候性Ｃｏｖｉｄ－１９に罹患していた高リスク成人における入院（＞２４時間）または死亡のリスクをプラセボと比較して８５％低下させた（Ｐ＝０．００２）。症候性Ｃｏｖｉｄ－１９に罹患していた高リスク患者１７名いずれに対しても、ソトロビマブは１回の入院を防止した。プラセボを施した患者５名と比較して、入院したこれらの患者の中にはソトロビマブを施し集中治療に入る必要があった患者はおらず、これは、ソトロビマブが、入院の必要自体を防止することに加えてＣｏｖｉｄ－１９のより重度の合併症を予防することができることを示唆していた。完全解析によって同様の結果が得られた。さらに、治験責任医師施設選択の結果として、研究対象集団の６０％より多くがヒスパニック系またはラテンアメリカ系として自己認識している患者からなったため、この試験は、パンデミックがこの民族グループで起こってきた不当な悪影響にもかかわらずＣｏｖｉｄ－１９臨床試験に占める割合が非常に低い集団において有効性を実証する初めてのものである。全体として、ソトロビマブは、忍容性良好であり、安全性シグナルはこの研究では特定されなかった。プラセボと比較して疾患の増悪として現れ得る、ソトロビマブによる抗体依存性感染増強の証拠もなかった２６。
Ｃｏｖｉｄ－１９の処置は、進化するウイルスにさらされても活性を保持することが必要となる。そのために、ソトロビマブは、汎サルベコウイルスエピトープを標的とすることの結果として耐性に対する本質的に高いバリアを有し得る１４。１つの解析では、Ｇｌｏｂａｌ Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ ａｎｄ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｓｙｓｔｅｍデータベース（Ｇｌｏｂａｌ Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ ｏｎ Ｓｈａｒｉｎｇ Ａｌｌ Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｄａｔａ）における５８４，０００より多い配列の中で、ソトロビマブエピトープを含むアミノ酸位置は、天然に存在するウイルスに少なくとも９９．９６％保存されていた１４。さらに、耐性に対する幅広さおよびバリアをさらに強化する必要がある場合、ソトロビマブと現在認可されている受容体結合モチーフ標的化抗体とをその非オーバーラップ耐性プロファイルのために組み合わせることができる可能性が高い。
これらの結果はまた、ＡＣＥ２受容体相互作用を直接遮断しない非受容体結合モチーフ結合抗体が臨床治療用になり得ることを示し、他の受容体の役割を示唆する２７。さらに、ソトロビマブは強力なエフェクター機能を有するので、安全性シグナルの非存在、および認められた有効性は、エフェクター機能が有害でもなく、抗体依存性感染増強に関連もしないことを強く示唆している２６。実際、Ｃｏｖｉｄ－１９の前臨床モデルは、その強力なエフェクター機能が有益であり得ることを示唆している１３、１４。
ＣＯＭＥＴ－ＩＣＥ試験のこの中間解析からの（ならびに完全治療企図解析からの）結果は、ソトロビマブがＣｏｖｉｄ－１９の外来患者処置のための重要な治療薬であり得ることを裏付ける。注目すべきことに、５００ｍｇ用量を筋肉内投与することができ、それによって、Ｃｏｖｉｄ－１９に罹患している患者にとっての抗体治療薬の利便性が高まり、患者がそれを入手しやすくなる。研究は、この投与経路を評価するために現在進行中である。
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Figure 2023530274000068
Figure 2023530274000069
Figure 2023530274000070
Figure 2023530274000071
補足付録
目次
補給方法
プロトコール／ＳＡＰへの変更
表１１． 症状の提示（ＩＴＴ集団）
表１２． ベースライン人口統計および疾患特性（安全性解析対象集団）
表１３． ２４時間より長い入院の主な理由（ＩＴＴ集団）
スキーム１． 患者の内訳（ＩＴＴ集団）
補足方法
組入れ基準
患者は、以下の基準の全てが当てはまった場合にのみ研究に組み入れられる資格がある。
年齢およびリスク因子
６．患者は、１８歳またはそれより高齢でなければならず、以下のリスク因子のうちの１つまたは複数の存在に基づいてＣｏｖｉｄ－１９が進行するリスクが高くなければならない：
１．糖尿病（投薬を必要とする）
２．肥満（ボディーマスインデックス＞３５ｋｇ／ｍ２）
１．変更：ボディーマスインデックス閾値は、元のプロトコールでは＞３０ｋｇ／ｍ２であった。より多くの情報については「プロトコール／ＳＡＰへの変更」の項を参照されたい
３．慢性腎疾患（すなわち、Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｄｉｅｔ ｉｎ Ｒｅｎａｌ Ｄｉｓｅａｓｅ研究の計算式に従って推定糸球体濾過量＜６０ｍＬ／分／１．７３ｍ２）
４．うっ血性心不全（ニューヨーク心臓学会クラスＩＩもしくはそれより上）
５．慢性閉塞性肺疾患（慢性気管支炎、慢性閉塞性の肺疾患、もしくは労作時の呼吸困難を伴う肺気腫の病歴）および中等度から重度の喘息（患者が、症状を制御するために吸入ステロイドを必要とする、もしくは過去１年以内に経口ステロイド治療を受けた）
または
７．併存疾患に関係なく、５５歳またはそれより高齢の患者
注記：患者数の約１５％が７０歳より高齢である目標登録者数
変更：目標登録者数基準は元のプロトコールにはなかった。より多くの情報については「プロトコール／ＳＡＰへの変更」を参照されたい
患者のタイプおよび疾患特性
８．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果（任意の有効性が認められた診断試験［例えば、任意の検体タイプでの、ＲＴ－ＰＣＲ、抗原に基づく検査］による）が陽性である患者
および
９．室内空気での酸素飽和度≧９４％
および
１０．次の症状のうちの１つまたは複数により定義されるＣｏｖｉｄ－１９を有する：発熱、悪寒、咳、喉の痛み、倦怠感、頭痛、関節または筋肉痛、嗅覚または味覚の変化、嘔吐、下痢、労作時の息切れ
および
１１．症状の開始から５日未満または５日
性交および避妊／バリア要件
１２．性別による制限なし
１３．女性患者は、次の避妊基準を満さなければならず、順守することに同意しなければならない。
１．女性による避妊具の使用は、臨床研究に参加する者のための避妊方法に関する当該国の規制と一致していなければならない
２．女性患者は、妊娠しておらず、授乳中でもなく、以下の条件の１つが当てはまる場合、適格である：
１４．非妊娠可能な女性である
１５．妊娠可能な女性であって、失敗率が＜１％である非常に有効である避妊法を研究治療期間中および研究治療薬の最終投与後２４週間までの間、使用する女性である。治験責任医師は、研究治療薬の初回投与と関係付けながら避妊方法の失敗の可能性（例えば、不遵守、最近開始されたもの）を評価しなければならない。
１６．妊娠可能な女性は、研究治療薬の初回投与の前に高感度妊娠検査（当該国の規制の要求に応じて尿または血清）が陰性でなければならない。尿検査が陰性と確認できない場合（例えば、あいまいな結果）、血清妊娠検査が必要である。そのような場合、血清妊娠結果が陽性であった場合には患者を参加から除外しなければならない。
１７．治験責任医師は、早期の未検出の妊娠がある女性の組入れリスクを低下させるために、医療歴、月経歴、および現在の性行為について再調査する責任がある。
インフォームドコンセント
１８．インフォームドコンセント用紙におよび本プロトコールに記載されている要件および制限の順守を含む、署名済みのインフォームドコンセントを提出することができる
または
１９．患者が、署名済みのインフォームドコンセントを提出することができない場合、代替承諾手順に従うことになる
過去の臨床研究／並行臨床研究の経験
２０．過去１８０日以内の何らかの治験ワクチン研究への登録、または１日目の前の３０日以内、もしくは治験化合物の５半減期以内、どちらか長い方、の何らかの他の治験薬研究への登録
２１．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２用の治験ワクチンの何らかの試験への登録
手順
有害事象およびＣｏｖｉｄ－１９の増悪について評価するための、５、８、１１、１５、２２および２９日目の対面での研究のための受診、ならびに１５日目まで毎日架電（対面での受診日を除く）。８週目に開始して、患者を、投与から合計２４週間、Ｃｏｖｉｄ－１９病について架電（８および１６週目）と対面での受診（１２、２０および２４週目）を交互に行うことによって、毎月モニターした。血液試料を検査室評価のために１、１５、２２および２９日目に、抗薬物抗体のために１および２９日目に採取した。患者報告アウトカムの評価を２４週目まで行う。
プロトコール／ＳＡＰへの変更
２２．スクリーニング時の実施医療機関による安全性の検査室評価を、ＡＢＯ型判定のみをプロトコールごとに必要とすることを指定するように改良した
２３．根拠：
２４．研究対象患者の適格性を確認するためのある特定のスクリーニング評価（例えば、妊娠可能な女性についての妊娠検査、および有効性が認められた診断試験によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染）を実施医療機関で行わなければならないまたは文書化しなければならないが、ＡＢＯ型判定が、安全性を目的としてスクリーニング時に唯一求められる実施医療機関による検査室評価である。
２５．スクリーニングのための来院中に実施医療機関による全ての他の安全性検査室評価（血液学、臨床化学、および凝固パラメーター）を、治験責任医師の臨床的判断に従って、または当該国の規制による要求に応じて、行ってもよく、または行わなくてもよい。
２６．無作為化までの時間および１日目（無作為化）における中央検査室検査の要件を考えると、採取する試料の量は、施設にとってあまりにも面倒であった。
２７．研究目的および評価項目（副次的および予備的評価項目）を改良し、これは、追加の副次的評価項目（すなわち、疾病の管理のための病院の救急外来の受診、疾病の救急管理のための入院、または死亡により定義されるような、２９日目までにＣｏｖｉｄ－１９の進行があった患者の割合の評価）の導入、既存の患者報告アウトカムおよびウイルス学評価項目の修正、ならびに追加の予備的評価項目の導入を含むものであった。
１．根拠：
２．Ｃｏｖｉｄ－１９を標的とする他のモノクローナル抗体について生成された予備的な臨床試験データは、入院の必要につながるＣｏｖｉｄ－１９の進行速度が、当初推定された速度より遅い可能性があること、および外来患者集団のＣｏｖｉｄ－１９の処置における抗スパイクタンパク質モノクローナル抗体の有効性が、２９日目までの医療機関の受診割合の５０％より大きい低下であることを示唆している。
３．抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂの最近の臨床試験からの新しいデータを踏まえて、副次的および予備的評価項目を、Ｃｏｖｉｄ－１９モノクローナル抗体を施した外来患者集団において最も適切である臨床アウトカムを反映するように改良した。
２８．「年齢およびリスク因子」適格基準（組入れ基準＃３および＃４）を、医療ニーズが最も満たされていない高リスク集団を多く含むように改良した。
１．根拠：
２．「年齢およびリスク因子」適格基準を、肥満を定義するボディーマスインデックス要件を増加させるように、および患者（おおよそ１５％）＞７０歳の目標最小数を導入するように改良した
３．外来患者の状況におけるＣｏｖｉｄ－１９の進行に関する出現臨床データを踏まえて、適格基準を、重度のＣｏｖｉｄ－１９に進行するリスクが高い集団を多く含むように変更した
４．「医学的状態」適格基準（除外基準＃１０）を、医療ニーズが最も満たされていない高リスク集団を多く含むように改良した
５．根拠：
６．「医学的状態」適格基準を、「重度免疫不全」の定義を明確にするように改良した
７．外来患者の状況におけるＣｏｖｉｄ－１９の進行に関する出現臨床データを踏まえて、適格基準を、重度のＣｏｖｉｄ－１９に進行するリスクが高い免疫抑制集団を多く含むように改良した
２９．「他の除外」適格基準および「研究中に許可されない投薬」を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチンの投与に関する制約を明確にするように改良した
１．根拠：
１．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチンに関して公開された最近のデータを考慮して、プロトコールを、実験的または承認されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチンの投与に関する制約を明確にするように改良した
２．注入に伴う反応についてのガイダンスを明確にした
１．根拠：
１．プロトコール言語を、実施施設が注入に伴う反応の処置についての実施医療機関または施設のガイドラインに従わなければならないことを明確にするように修正した
２．統計解析計画（中間解析＃１、中間解析＃２、および統計手法）を改良した
１．根拠：
１．Ｃｏｖｉｄ－１９を標的とする他のモノクローナル抗体について生成された予備的な臨床試験データは、入院の必要に至るＣｏｖｉｄ－１９の進行速度が、当初推定された速度より遅い可能性があること、および外来患者集団のＣｏｖｉｄ－１９の処置における抗スパイクタンパク質モノクローナル抗体の有効性が、２９日目までの医療機関の受診割合の５０％より大きい低下であることを示唆している
２．この出現データを踏まえて、中間解析を、Ｃｏｖｉｄ－１９の進行に関するおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するモノクローナル抗体の潜在的有効性に関する最新データをより正確に反映するように改良した
３．「非Ｃｏｖｉｄ－１９」安全性解析を行う意図を明記した
１．根拠：
１．入院が、Ｃｏｖｉｄ－１９合併症に直接関係するのか、抗体依存性感染増強に起因してより重症度の高い疾患を引き起こすソトロビマブに関係する可能性があるのかを、それぞれの患者に関して詳しく記述するのは不可能であるので、原因が何であれ全ての入院を主要評価項目に含め、重篤有害事象として計数する
２．非Ｃｏｖｉｄ－１９有害事象および重篤有害事象の数および性質に関する情報を提供するために、追加の安全性解析を行い、この解析では、Ｃｏｖｉｄ－１９疾患の既知の進行と一致する、選ばれた、事前に指定された用語を除外する。
Figure 2023530274000072
Figure 2023530274000073
Figure 2023530274000074
Figure 2023530274000075
スキーム１．患者の内訳（ＩＴＴ集団）。
Figure 2023530274000076
（実施例４１）
重度から重篤ＣＯＶＩＤ－１９疾患に罹患している入院している被験体の処置のためのソトロビマブの第２／３相臨床研究
無作為化、多施設、二重盲検、プラセボ対照研究を、重度または重篤ＣＯＶＩＤ－１９疾患に罹患している患者におけるモノクローナル抗体ソトロビマブの安全性および有効性を評価するために行う。
主目的は、ソトロビマブの有効性をプラセボに対して比較することである。副次的目的は、上気道および下気道試料におけるウイルス排出に関するソトロビマブの有効性をプラセボに対して比較すること、ソトロビマブの安全性および忍容性をプラセボに対して比較すること、抗ウイルス応答の誘導に対するソトロビマブの有効性をプラセボと対比して決定すること、ＩＣＵ非滞在日数および非在院日数の増加に対するソトロビマブの有効性をプラセボと対比して決定すること、およびソトロビマブの血清薬物動態（ＰＫ）を決定することである。
予備的目的は、ＣＯＶＩＤ－１９疾患の非呼吸器合併症を予防する点でのソトロビマブの有効性をプラセボに対して比較すること、上気道および下気道試料ならびに血液試料におけるウイルス排出に関するソトロビマブの効果をプラセボに対して比較すること、ソトロビマブに対する耐性の出現を評価すること、宿主応答の潜在的バイオマーカーに対するソトロビマブの効果を評価すること、および有効性と安全性とＰＫとウイルス排出と免疫原性との相関関係を評価することである。
評価基準の詳細
この研究の主要評価項目は、以下の通りである：
１．以下により定義される、２９日目までに重度もしくは重篤ＣＯＶＩＤ－１９に進行する、または死亡する被験体の割合：
１．重症疾患：酸素補給＞１日を必要とする低酸素血症（室内空気でのＯ２飽和度≦９３％、またはＰａＯ２／ＦｉＯ２＜３００）、または被験体が、≧４Ｌ／分の酸素補給もしくは同等の処置を必要とし、治験責任医師もしくは委任された者により室内空気でのＯ２飽和度の測定が医学的に安全でないと判断される
または
２．臨床疾患：侵襲的機械的人工換気、ＥＣＭＯの少なくとも一方を必要とする呼吸不全；またはショック；または多臓器機能不全／不全
または
３．死亡
２．標準治療（ＳＯＣ）と比較して、２９日目まで生きており、酸素補給に依存していないと定義される、臨床応答までの時間。
この研究の副次的評価項目は、以下の通りである：
３．有害事象（ＡＥ）の発生
４．重篤有害事象（ＳＡＥ）の発生
５．特に注目すべき有害事象（ＡＥＳＩ）の発生
６．進行して８日目、１５日目または２２日目に重度もしくは重篤ＣＯＶＩＤ－１９を発症する被験体の割合
７．２９日目、６０日目、および９０日目の全死因死亡率
８．無作為化から２９日にわたっての呼吸器使用日の総数
９．２９日にわたっての酸素補給を必要とする日数の総数
１０．全集中治療室滞在期間（ＬＯＳ）
１１．全病院ＬＯＳ
１２．Ｆｌｕ－ＰＲＯ患者報告アウトカム測定装置を使用するＣＯＶＩＤ－１９関連疾病についての被験体報告兆候および症状の重症度および継続期間
１３．心臓、血栓塞栓、腎、神経学的事象の発生
１４．ベースラインでの、および２９日目までの追跡調査期間中、ＰＣＲによる鼻汁中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出
１５．上咽頭試料からの定量的ＲＴ－ＰＣＲにより検出可能なウイルスＲＮＡがなくなる（＜ＬＬＯＱ）までの時間
１６．血清中のソトロビマブの薬物動態（ＰＫ）
１７．ソトロビマブに対する血清ＡＤＡの発生率および力価（該当する場合）
この研究の予備的評価項目は、以下の通りである：
３０．臨床的改善についての順序尺度の各カテゴリー（下記参照）の８日目、１５日目、２２日目および２９日目における被験体の割合
３１．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によるｍＡｂに対するウイルス耐性変異体の出現
３２．ｑＲＴ－ＰＣＲによる鼻汁および血液中のウイルス負荷量
３３．宿主トランスクリプトームおよび免疫表現型判定解析
３４．遺伝子型判定により決定されるＦｃγＲ多型
３５．遺伝子型判定により決定されるＩｇＧ１アロタイプ
３６．仕事の生産性および活動障害（ＷＰＡＩ）のベースラインからの変化
３７．ＥＱ－５Ｄ－５Ｌによる健康に関連する生活の質のベースラインからの変化
臨床的改善のカテゴリー分けに使用するための順序尺度は、以下の通りである：
１．未感染：感染の臨床的証拠もウイルス学的証拠もない
２．非入院者；活動制限なし（在宅で酸素を使用する場合、カテゴリー４として報告する）
３．非入院者；活動制限あり
４．入院者；酸素療法なし
５．入院者；マスクもしくは鼻プロングによる低流量酸素
６．入院者；高流量酸素；持続的気道陽圧法（ＣＰＡＰ）；二相性気道陽圧法（ＢｉＰＡＰ）；非侵襲的換気
７．入院者；挿管および機械的人工換気
８．入院者；機械的人工換気に加えて臓器サポート（昇圧剤、ＲＲＴ、ＥＣＭＯ）
９．死亡
計画した被験体数
この研究は、２部から構成される。第１部は、重度のＣＯＶＩＤ－１９疾患に罹患している被験体おおよそ２０名を登録する。第２部は、重度から重篤のＣＯＶＩＤ－１９疾患に罹患している被験体おおよそ５００名、１処置アームあたり被験体おおよそ２５０名、が登録する。
無作為化および層別化
被験体を１：１比で無作為化して、標準治療（ＳｏＣ）に加えてソトロビマブの単一ＩＶ用量、またはＳｏＣに加えて等体積の生理食塩水プラセボを彼らに施す。
第１部については、研究に登録される最初の被験体２０名（１アームあたり１０名）は、重度のＣＯＶＩＤ－１９疾患集団（グレード４または５）である。これらの被験体を、症状の開始から、１）７日未満までの時間、または２）７日もしくはそれ以降までの時間、いずれかにより層別化する。第１部に登録される全ての被験体をインテンシブＰＫ試料採取に割り当てる。血清ＰＫ試料をこれらの被験体から採取する。
第２部については、被験体の臨床状態を、以下のように、病状（重度または重篤）、および症状の開始からの時間により層別化する：
１．重度（グレード４または５）であり、症状の開始から７日未満
２．重度（グレード４または５）であり、症状の開始から７日またはそれ以降
３．重篤（グレード６または７）であり、症状の開始から７日未満
４．重篤（グレード６または７）であり、症状の開始から７日またはそれ以降。
スパースＰＫ試料を第２部に登録した被験体から採取する。
診断および主な組入れ基準
組み入れ基準は、以下を含む：
年齢：
１０．１８歳およびそれより高齢の被験体
疾患特性：
１１．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果（任意の有効性が認められた試験、例えば、任意の検体タイプでのＲＴ－ＰＣＲ、による）が陽性である被験体
および
１２．グレード４またはグレード５の疾患と一致する酸素補給もしくは非侵襲性換気が必要と定義される重度のＣＯＶＩＤ－１９疾患で入院している
または
１３．機械的人工換気を用いている者（グレード６もしくはグレード７の疾患）と定義される重篤のＣＯＶＩＤ－１９疾患で入院している
および
１４．１４日目の１４日以内のＣＯＶＩＤ－１９症状の開始
および
１５．病院への入院の４８時間以内の無作為化
性別：
１６．性別による制限なし
１７．女性被験体は、次の避妊基準を満さなければならず、順守することに同意しなければならない。女性による避妊具の使用は、臨床研究に参加する者のための避妊方法に関する当該国の規制と一致していなければならない。
１８．女性被験体は、妊娠しておらず、授乳中でもなく、以下の条件の１つが当てはまる場合、適格である：
非妊娠可能な女性（ＷＯＮＣＢＰ）である
または
妊娠可能な女性（ＷＯＣＢＰ）であって、失敗率が＜１％である非常に有効である避妊法を研究治療期間中および研究治療薬の最終投与後１年までの間、使用する女性である。治験責任医師は、研究治療薬の初回投与と関係付けながら避妊方法の失敗の可能性（例えば、不遵守、最近開始されたもの）を評価しなければならない。
１９．ＷＯＣＢＰは、入院時または研究治療薬の初回投与の前に高感度妊娠検査（当該国の規制の要求に応じて尿または血清）が陰性でなければならない。尿検査が陰性と確認できない場合（例えば、あいまいな結果）、血清妊娠検査が必要である。そのような場合、血清妊娠結果が陽性であった場合には被験体を参加から除外する。
インフォームドコンセント：
２０．研究要件を満たす意思があり、署名済みのインフォームドコンセントを提出することができるか、または意識不明の成人、および彼らの医学的状態に起因して彼ら自身が同意することができない者については、法定代理人が、研究に参加するために被験体の代理として署名済みのインフォームドコンセントを提出する意思があり、それをすることができる。
除外基準：
・主幹研究責任医師の見解で、参加することが参加者にとって得策にならない、またはプロトコール指定の評価を制限する可能性がある、あらゆる状態；研究手順に参加することができないと予想されること；研究責任医師の見解で、無作為化の時点で４８時間を越えて生存している可能性が低い参加者；無作為化の時点で７２時間以内に退院することまたは別の病院に移されることが計画または予想されること；治験製品中に存在する他のｍＡｂに対するまたは賦形剤のいずれかに対する過敏症の病歴；
・導入期について：終末臓器不全または機能不全に罹患している参加者は、導入期には適格でないが、拡大期には適格である。
○終末臓器機能不全カテゴリーは、例えば、ａ．脳卒中、ｂ．髄膜炎、ｃ．脳炎、ｄ．脊髄炎、ｅ．心筋梗塞、ｆ．心筋炎、ｇ．心膜炎、ｈ．症候性うっ血性心不全（ニューヨーク心臓学会［ＮＹＨＡ］クラスＩＩＩ～ＩＶ）、ｉ．動脈もしくは深部静脈血栓症または肺塞栓症である
○末梢臓器不全カテゴリーは、例えば、ａ．高流量酸素、非侵襲的換気、または侵襲的機械的人工換気を必要とすること、ｂ．体外式膜型人工肺（ＥＣＭＯ）、ｃ．機械的循環補助（例えば、大動脈内バルーンポンプ、心室補助デバイス）、ｄ．昇圧剤治療、ｅ．この入院中の腎代替療法（ＲＲＴ）の開始（すなわち、長期ＲＲＴを受けている患者ではない）である。
・過去に、時を問わず、以下のものを受けたこと：
○ＣＯＶＩＤ－１９生存者からの任意のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２高力価静注用免疫グロブリン（ｈＩＶＩＧ）
○ＣＯＶＩＤ－１９から回復した人物からの回復期血漿または
○ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和ｍＡｂ。
・ＣＯＶＩＤ－１９のためのものを含む、治験研究治療に関わる他の臨床試験への参加
・妊娠しているまたは授乳中の女性
研究参加および追跡調査の継続期間
研究対象薬物による処置の継続期間は、単回投与である。各被験体について、スクリーニングおよび追跡調査を含めて、研究の推定合計時間は、おおよそ３６週間である。スクリーニング評価を初回投与前４８時間までに行う。スクリーニング評価の完了後、適格な被験体をソトロビマブまたはプラセボの単一ＩＣ用量で処置する。被験体を退院日まで毎日評価する。退院後、評価を１５日目および２９日目に行い、追跡調査を無作為化後３６週目まで継続する。
研究デザイン
独立データモニタリング委員会（ＩＤＭＣ）が、中間の非盲検化安全性データ（第１部）ならびに中間の非盲検化安全性および有効性データ（第２部）を積極的にモニターして、進行中の研究の実施に関する提言を行う。ＩＤＭＣメンバーは、関連する医学の専門的訓練を受けた医師３～４名および統計学者１名を含む。共同安全性再調査チーム（ＪＳＲＴ）は、インストリーム盲検化データ再調査に基づいて安全性の懸念をＩＤＭＣに付託する必要があるかどうかを決定する。
この研究は、ＣＯＶＩＤ－１９疾患で入院している成人参加者における処置としての治験責任医師により定義された標準治療（ＳｏＣ）に加えてソトロビマブの単一ＩＶ用量の有効性および安全性をプラセボに対して評価するための、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するモノクローナル抗体（ｍＡｂ）であるソトロビマブの、無作為化、二重盲検、多施設、プラセボ対照試験である。研究対象集団は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が陽性であるＣＯＶＩＤ－１９疾患に罹患している、入院している被験体からなる。これらの参加者は、重篤（グレード６もしくは７）または重度（グレード４もしくは５）疾患に罹患している可能性がある。全ての被験体に、研究処置に加えて、実施医療機関のプロトコールに従ってＳｏＣを施す。
この研究は、２部を含む。第１部は、重度のＣＯＶＩＤ－１９疾患に罹患している参加者２０名を登録する。ＩＤＭＣによる１４日目の盲検化されたデータの最初の安全性評価後、第２部（主コホート）が進行し、第２部には重度および重篤ＣＯＶＩＤ－１９疾患に罹患している両方の参加者を登録する。重症参加者のみを、ＩＤＭＣが重篤参加者の動員をさらに推奨するまで研究を中断せずに第２部に登録する。
宿主免疫応答および感染の潜在的バイオマーカーを探究するために、被験体は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を指定された時点で採取する、必要に応じた下位研究に同意し得る。この必要に応じた下位研究を選択された施設で行う。１アームあたり参加者おおよそ５０～１００名をこの必要に応じた下位研究に登録する。
この研究中に、ＩＤＭＣにより行われた非盲検安全性データの再調査によって、重度（グレード４または５）ＣＯＶＩＤ－１９疾患に罹患している被験体を含む第１部から、重篤（グレード６または７）ＣＯＶＩＤ－１９疾患に罹患している被験体をさらに含む第２部に拡大することが安全であるかどうかが決定される。
プラセボ対照は、ソトロビマブの安全性および忍容性とＣＯＶＩＤ－１９のバックグラウンド兆候および症状を区別し、臨床アウトカムに対するその潜在的利益を評価する。プラセボアームの使用によって、研究中に施されるＳｏＣおよび他の処置に起因し得るものに対してソトロビマブに起因し得る有効性および安全性のあらゆる変化を正当に評価することが可能になる。
処置の有効性を評価するための主要評価項目は、生きており、補給酸素に依存していない、または無作為化から２９日以内に少なくとも２４時間の発病前酸素要求量に戻る被験体（慢性的に酸素供給を使用する被験体）と定義される、臨床応答までの時間である。酸素療法または高レベルの呼吸／臓器サポートを必要とすることからの移行は、臨床的に有意なマイルストーンである。
有意な副次的評価項目は、２９日目の全死因死亡率である。入院に関係する他の副次的有効性評価項目－入院の長さ、ＩＣＵ滞在、換気を受ける時間、被験体報告兆候の重症度および継続期間、ならびにＣＯＶＩＤ－１９の症状も、臨床的に意義がある。
研究治療群および継続期間
スクリーニング評価を初回投与前４８時間までに行う。スクリーニング手順は、医療および病歴を受け取ること；試験で陽性が以前に確認されていない被験体に関して鼻、上咽頭または気管内スワブによりＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染について試験すること；身長および体重の測定を含む全身身体検査；血圧、脈拍、呼吸数および体温を含むバイタルサインの測定；侵襲的機械的人工換気を用いていない被験体についての酸素飽和度（ＳｐＯ２）；酸素運搬および換気状態；１２誘導ＥＣＧ（三反復）；妊娠可能な全ての女性被験体についての尿または血清妊娠検査；血液学、臨床化学プロファイル、凝固パラメーター、ＣＲＰ、Ｄダイマー、尿検査、および心臓トロポニンを含む、検査室評価；胸部Ｘ線撮影（ＳｏＣに従って入院後に行われる胸部Ｘ線またはコンピューター断層撮影スキャン）；および過去の薬または併用薬についての再調査を含む。
適格な被験体を、１日目に、ＳｏＣに加えて単一ＩＶ用量（ソトロビマブまたはプラセボ）で処置する。被験体を退院日まで毎日評価する。退院後、評価を１５日目および２９日目に行い、追跡調査を無作為化後３６週目まで継続する。
第１部では、重度のＣＯＶＩＤ－１９疾患（グレード４または５）に罹患している被験体を盲検方式で双方向自動応答技術（ＩＲＴ）により１：１無作為化して単一ＩＶ用量のソトロビマブまたはプラセボを彼らに施す。第２部（主コホート）では、重度（グレード４もしくは５）または重篤（グレード６または７）ＣＯＶＩＤ－１９疾患に罹患している被験体を１：１無作為化して単一ＩＶ用量のソトロビマブまたはプラセボを彼らに施す。全ての参加者に、研究処置に加えて、実施医療機関のプロトコールに従ってＳｏＣを施す。
無作為化を、無作為化時の疾患重症度（重度または重篤）および症状の開始からの時間（７日未満または７日もしくはそれより長い）に基づいて層別化する。
研究治療薬
研究治療薬および投与指示は、次の通りである：
Figure 2023530274000077
さらなる研究の詳細を図３に示す。
（実施例４２）
ＣＯＶＩＤ－１９で入院している患者におけるソトロビマブの第３相臨床研究
第３相臨床研究を、感染で入院している人々のＣＯＶＩＤ－１９の処置における異なる薬物の安全性および有効性を評価するために行う。研究の参加者を、現行の標準治療（ＳＯＣ）に加えて研究対象薬物（例えば、ソトロビマブ）、または現行のＳＯＣに加えてプラセボ、どちらかで処置する。
このプロトコールは、研究過程で治験薬を加えることおよびやめることを可能にする、無作為化、盲検、対照プラットフォーム研究のためのプロトコールである。これは、同じ研究の中でプラセボおよび標準治療（ＳＯＣ）処置に対する薬物の効率的な試験を可能にする。１つより多くの薬物を同時に試験する場合、参加者を処置薬またはプラセボに無作為に割り振る。
無作為化は、研究施設の薬局、および疾患の重症度により層別化される。疾患重症度には、臓器不全のない参加者（重症度第１層）および臓器不全のある参加者（重症度第２層）という２つの層がある。
独立データ安全性モニタリング委員会（Ｄａｔａ ａｎｄ Ｓａｆｅｔｙ Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ Ｂｏａｒｄ）（ＤＳＭＢ）は、中間解析を定期的に再調査し、安全性および有効性アウトカムをまとめている。既存の安全性の知識がごくわずかである治験薬の場合、登録ペースは、最初は制限され、ＤＳＭＢによる安全性データの初期再調査がある。各薬剤の研究のために、試験の開始時には、疾患重症度第１層の参加者のみが登録される。これは、参加者おおよそ３００名を登録して５日間追跡するまで、継続する。実際の数は、登録速度およびＤＳＭＢの会合のタイミングによって変わり得る。疾患重症度第２層の患者も含める拡大登録の前に、安全性を評価し、５日目に評価した２つの順序アウトカムを使用してＤＳＭＢによる指定前無益性評価が行われる。
研究中の治験剤が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に伴ってリスクが上昇される非肺アウトカムに、一部は、肺のアウトカムに影響を及ぼす機序とは異なり得る機序によって、主として影響を及ぼすことになるかどうかが不明確であるため、両方の順序アウトカムが無益性を評価するために使用される。
この無益性評価に合格する治験剤への参加者の登録を、途切れなく、データ盲検化を一切用いずに、拡大して、疾患重症度第１層の参加者のみならず疾患重症度第２層の参加者も含める。さらなる中間解析は、持続的回復の主要評価項目に基づくものであり、事前に指定されたガイドラインを使用して、治験剤についての利益、損害または無益性の初期の証拠を判定する。参加者を、無作為化後１８カ月間、追跡する。
このプロトコールの中の国際試験を数百の臨床施設で行う。参加施設は、アメリカ合衆国国立衛生研究所（Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ）（ＮＩＨ）およびアメリカ合衆国退役軍人省（ＵＳ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｖｅｔｅｒａｎｓ Ａｆｆａｉｒｓ）による資金提供を受けたネットワークと提携している。
参加者おおよそ１０，０００名を登録する。割振りを無作為化する。治療モデルは、並行群間比較試験である。マスキングは、三重（参加者、医療提供者、治験責任医師）である。主要目的は、処置である。１つのアームでは、参加者を無作為化して、ＳＯＣに加えて薬物（例えば、ソトロビマブ）、またはＳＯＣに加えてプラセボを彼らに施す。その後、参加者がソトロビマブに無作為に割り当てられることはもはやない。プラセボアームには、レムデシビルに加えてプラセボ（ＩＶ注入により投与される市販の０．９％塩化ナトリウム溶液）を、禁忌がない限り、提供する。
主要アウトカム尺度
１．無作為化から持続回復までの時間［時間枠：９０日目まで］ 持続的回復、これは、インデックス入院から退院し、その後、９０日目より前に１４日間連続して生きており、在宅していることと定義される。
副次的アウトカム尺度
１．全死因死亡率［時間枠：９０日目まで］
２．持続的回復までの時間および死亡率の合計［時間枠：９０日目まで］
３．短期救急病院外での生存日数［時間枠：９０日目まで］
４．肺の順序アウトカム［時間枠：１～７、１４および２８日目］
７つのカテゴリー（１＝最も軽度、７＝最も重度）で測定される酸素要求量。参加者の最高の（すなわち、最も重症度が高い）観察スコアを使用する。
５．肺＋順序アウトカム［時間枠：１～７日目］
肺外の合併症、および７つのカテゴリー（１＝最も軽度、７＝最も重度）で測定される呼吸機能障害。参加者の最高（すなわち、最も重症度が高い）観察スコアを使用する。
６．臨床的臓器不全の発生率［時間枠：２８日目まで］
７．死亡または重篤な臨床的ＣＯＶＩＤ－１９関連事象の合計［時間枠：９０日目まで］
８．心血管事象および血栓塞栓事象の合計［時間枠：９０日目まで］
９．グレード３および４臨床的有害事象、重篤有害事象（ＳＡＥ）または死亡の合計［時間枠：５日目および２８日目まで］
１０．注入反応の発生率［時間枠：０日目まで］
１１．ＳＡＥまたは死亡の合計［時間枠：１８カ月まで］
１２．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和抗体レベルの変化［時間枠：ベースライン～１、３、５、２８および９０日目］
１３．抗体の総合力価の変化［時間枠：ベースライン～１、３、５、２８および９０日目］
１４．中和抗体レベルの変化［時間枠：ベースライン～１、３、５、２８および９０日目］
１５．発病前の酸素使用を上回る酸素補給の在宅使用の発生率［時間枠：１８カ月］
次のこととして測定する：自宅で生きており、途切れのない１４日間の継続的な酸素補給の使用がない
１６．発病前の酸素使用を上回る酸素補給の在宅不使用の発生率［時間枠：１４日］
次のこととして測定する：途切れなく１４日間、自宅で生きており、１４日間の終了時に継続的な酸素補給の使用がない。
全ての性の１８歳またはそれより高齢の成人（成人および高齢者）は、適格である。組入れ基準は、次の通りである：インフォームドコンセントへの署名；ＣＯＶＩＤ－１９の試験陽性、およびＣＯＶＩＤ－１９感染が継続中であることを示唆する進行性疾患；≦１２日間のＣＯＶＩＤ－１９の症状；ならびに急性期医療のために（単に公衆衛生目的でも隔離目的でもなく）入院を必要とする。除外基準は、次の通りである：
・ＣＯＶＩＤ－１９から回復した人物からの血漿を施された患者、または入院前の任意の時点で中和モノクローナル抗体を施された患者。
・研究の５日目後まで他のＣＯＶＩＤ－１９処置試験への参加を控える意思がない患者。推奨される標準治療処置を比較する、ある特定の試験への同時登録が、研究首脳部の意見に基づいて許可されることもある。
・主幹研究責任医師の見解で、参加することが参加者にとって得策にならない、またはプロトコール指定の評価を妨げる、制限する、もしくは混乱させる可能性がある、あらゆる状態。
・研究手順に参加することができないと考えられる患者。
・研究への登録時にまだ妊娠していない妊娠可能な女性であって、１８カ月の研究を通して男性との性交を控えるまたは適切な避妊を実践するという確かな助言を受け入れようとしない妊娠可能な女性。
・１８カ月の研究を通して妊娠可能な女性との性交を控えるまたはバリア避妊法を使用するという確かな助言を受け入れようとしない男性。
・妊婦
・授乳期間中の母親
・研究登録時に以下のいずれかが存在すること：
１．脳卒中
２．髄膜炎
３．脳炎
４．脊髄炎
５．心筋虚血
６．心筋炎
７．心膜炎
８．症候性うっ血性心不全
９．動脈もしくは深部静脈血栓症または肺塞栓症
・以下のいずれかを現在または差し迫って必要としていること：
１．侵襲的機械的人工換気
２．ＥＣＭＯ（体外式膜型人工肺）
３．機械的循環補助
４．昇圧剤治療
５．この入院中の腎代替療法の開始（すなわち、長期腎代替療法を受けている患者ではない）。
加えて、参加者おおよそ１５０名をソトロビマブに登録し、１５０名をプラセボに登録したときに行われる、最初の無益性評価の前に、高流量酸素または非侵襲的換気を用いている患者（肺の順序アウトカムのカテゴリー５）は、除外することになる。これらの患者は、この薬剤によって最初の無益性評価に合格した場合、試験に適格となる可能性がある。
５００ｍｇのソトロビマブの単一用量を投与する。この用量は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ中和データ、ｉｎ ｖｉｔｒｏ耐性データ、カニクイザルにおける研究から外挿された予想ヒトＰＫ、およびＧＬＰサル毒性研究の結果に基づいて選択する。ソトロビマブは、１８６．３ｎｇ／ｍＬ（範囲１２５．８～３２９．５ｎｇ／ｍＬ）の平均ＥＣ９０値で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２生ウイルスを中和した。耐性分析では、ウイルスのブレークスルーは、抗体の固定濃度で、試験した最低用量（約１０×ＥＣ５０）ででも、１０継代にわたって観察されなかった。このことは、ソトロビマブが耐性への高いバリアを有する可能性を示している。
耐性の出現を強いるために濃度漸増選択方法を使用すると、ＥＣ５０の小規模な倍率の変化が一部の継代についてウイルス選択中に観察された（ＥＣ５０の５倍～６倍の変化）。シュードタイプ化ウイルス系を使用するこれらの継代からのスパイクバリアントの配列決定および試験によって、作用強度のこの小規模なシフトの原因となるバリアントは同定されなかった。ウイルスの１継代は、ＥＣ５０の＞１０倍シフトを明示し、これは、Ｅ３４０Ａ突然変異との相関関係が認められた。さらなる評価によって、Ｅ３４０Ａが、ソトロビマブに対する感受性の１００分の１以下への低下を付与するモノクローナル抗体耐性突然変異体（ＭＡＲＭ）であることを同定した。注目すべきことに、Ｅ３４０は、入手可能なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２配列間で１００％保存される。耐性選択結果の二元性に起因して、耐性プロファイリングにより具体的な阻害指数（ＩＱ）の情報は得られなかった。しかし、カバー率の幅を直接評価するために利用できる株がほとんどないので、この場合はコンサバティブなＩＱ（＞１０）が適切である。カニクイザルＰＫ研究（単一ＩＶ用量、５ｍｇ／ｋｇ）を２コンパートメントＰＫモデルに当てはめた。完全ヒトＩｇＧについての相対成長率手法（ＣＬおよびＶについて、それぞれ、０．８５および１の相対成長係数；１０）を使用して、カニクイザルからヒトＰＫパラメーターを拡大した。ヒトにおけるソトロビマブの予測血清クリアランスは、１４１ｍＬ／日であると推定され、推定分布容積は、ヒトの体重７０ｋｇを仮定すると、６５００ｍＬ（約９３ｍＬ／ｋｇ）である。予測されるヒト終末相消失半減期は、おおよそ３２日である。
患者へのリスク（処置の失敗、ウイルス耐性の出現）を低下させるために、肺内のソトロビマブ濃度が、２８日の処置ウィンドウおよびそれを超える継続期間にわたってＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を防御すると予想されるレベルよりはるかに上に確実に維持される、単一治療用量を選択した。５００ｍｇの用量は、２８日の処置継続期間にわたって血清レベルを３８．５μｇ／ｍＬでまたはそれより高く維持すると予想される。ＥＣ９０範囲の上限からのコンサバティブなＥＣ９０（０．３３μｇ／ｍＬ）に基づく、およびＩｇＧの肺：血清比（０．２５のコンサバティブな値を仮定した；肺全体および腸液についてそれぞれ報告されている範囲０．２５～０．６８）の主な原因となる、５００ｍｇ用量後の血清トラフ濃度は、２８日の処置継続期間中に最大（＞９９％）抗ウイルス活性に関連する肺内濃度、＞２９×組織調整ＥＣ９０、をもたらすと予想される。肺内のこのコンサバティブな阻害指数（２９倍）は、処置成功の可能性を増加させ、耐性リスクを低下させるために適切であると考えられる。
加えて、５００ｍｇ用量は、伝播を低減し得る可能性がある、上咽頭分泌物中のソトロビマブの防御レベル（０．０５のＮＰＳ：血清比を仮定して、＞５×組織調整ＥＣ９０、１２）を生じさせる結果となると予想される。
ソトロビマブをＩＶ注入によって２週間、週１回、カニクイザルに投与したとき、ソトロビマブのＮＯＡＥＬは、５００ｍｇ／ｋｇ、試験した最高用量、であった。このＮＯＡＥＬで、予備的Ｃｍａｘおよび曲線下面積（ＡＵＣ）０－ｔ（２回目の用量後の注入終了後の時間０～１６８時間のＡＵＣ）は、それぞれ、１３５００μｇ／ｍＬおよび４８２００μｇ・日／ｍＬであった。ヒト等価用量（ＨＥＤ）（Ｍｒ＞１００，０００ダルトンに関する血管内投与されるタンパク質についてのＦＤＡガイダンスに従って直接ｍｇ／ｋｇ変換によって算出したＨＥＤ）は、５００ｍｇ／ｋｇまたは３０，０００ｍｇ固定用量（６０ｋｇのヒト体重を使用して）である。１０の安全率を使用して、ヒトにおける最大推奨出発用量は、おおよそ５０ｍｇ／ｋｇまたは３，０００ｍｇ固定用量である。提案５００ｍｇヒト用量に基づいて、ＨＥＤ、Ｃｍａｘ、およびＡＵＣに基づくマージン（ＴＸ－７８３１－０１０２からの部分的ＡＵＣ０－ｔおよびヒトにおける予想ＡＵＣｉｎｆに基づくコンサバティブなＡＵＣマージン）は、５００ｍｇの提案臨床用量を支持する、それぞれ、６０倍、８７倍、および１３．６倍である。
マスタープロトコールに概要を示した組入れおよび除外基準に加えて、以下の患者は、除外されることになる：１）妊婦；および２）授乳期間中の母親。加えて、参加者おおよそ１５０名がソトロビマブに登録し、１５０名がプラセボに登録したときに行う、最初の無益性評価の前に、高流量酸素または非侵襲的換気を用いている患者（肺の順序アウトカムのカテゴリー５）は、除外する。これらの患者は、この薬剤によって最初の無益性評価に合格した場合、試験に適格となる可能性がある。
単回注入を１時間かけて投与する。研究参加者を厳密にモニターし、および注入を監督する医師の裁量により、注入速度の調整を行い、および／または注入を中断するかまたは停止する。
注入を監督する医師は、必要であれば、実施医療機関の慣行に従って対症療法を使用することができる。ソトロビマブは、２５０ｍｇの抗体を含有する１０ｍｌ溶液のバイアルで各々提供される。ソトロビマブを２℃～８℃の間で保管しなければならない。合計２本のバイアルが５００ｍｇの薬剤の投与に必要である。薬剤を１ｍｇ／ｍｌ～１０ｍｇ／ｍｌの濃度で投与する。プラセボは、現地調達による生理食塩水である。注入反応が投与中に起こった場合、または参加者に前投薬による恩恵を受ける可能性があることを示唆する医療歴がある場合、治験責任医師が適切な前投与を決定しなければならない。参加者間での注入反応の頻度によって正当化される場合には、前投与が推奨され得る。小規模な注入反応が観察された場合、アセトアミノフェン、５００ｍｇ～１０００ｍｇ、抗ヒスタミン薬、および／または他の適切に指示された薬の投与を、後続の参加者の注入開始前に施すことができる。その後の参加者の注入についての前投与の実行の決定を治験責任医師およびスポンサーが行い、総括報告書に記録する。施したあらゆる前投薬を併用療法として記述する。
０、２８および９０日目に、静脈血試料を採取して、ソトロビマブに対する抗体産生を判定する。ソトロビマブの存在下でＡＤＡを検出するように設計された、有効性が認められたアッセイにより、免疫原性を評価することができる。抗体を、ソトロビマブの活性を中和するそれらの能力について、さらに特徴付けることができる。ＰＫ試料からの残りの体積を必要に応じて免疫原性の評定に使用することもできる。
０、１、５、２８および９０日目に、静脈血試料を採取して、薬物動態評価のためのソトロビマブ血清濃度を決定する。ＰＫ／免疫原性評価には、採取された血清２ｍＬが必要である。有効性が認められたアッセイにより、生物分析研究所で、ＰＫ試料を評価することができる。ＰＫ評価は、同じ２ｍｌの血清を使用する。プラセボ処置被験体からの試料の分析は、計画していない。ＰＫに使用した残りの試料をプールし、適切と思われる場合には予備的な代謝または生物学的分析法実験に使用する。下位研究が展開するにつれて分析のために研究所に試料を数回に分けて発送することができる。そのような分析からの結果は、試験中央データベースに返送される。参加者に関するこのデータおよび全ての他のデータは、試験が非盲検化されるまで試験中央データベースに残っている。いずれかの生物学的製剤に伴う注入反応および過敏症（アナフィラキシーを含む）のリスクがあるので、全ての参加者を注入後、２時間は厳密にモニターしなければならない。
注入反応の一部として起こり得る症状および兆候としては、発熱、悪寒、悪心、頭痛、気管支痙攣、低血圧、血管性浮腫、咽頭刺激感、発疹（蕁麻疹を含む）、そう痒、筋肉痛、およびめまいが挙げられるが、これらに限定されない。
臨床施設は、酸素、ＩＶ液、エピネフリン（／アドレナリン）、アセトアミノフェン（／パラセタモール）および抗ヒスタミン薬を含み得るがこれらに限定されない、あらゆる注入反応の管理のために必要な装置、薬、適切な医療保険を有する十分な資格および経験を持つスタッフを有さなければならない。
参加者が注入反応を経験した場合には、兆候および症状に従って支持療法を使用しなければならない。重度の、生命を脅かす可能性のある注入反応が、ソトロビマブ／プラセボで起こった場合、その使用を恒久的に中止しなければならない。以下のことが薬剤ソトロビマブ、またはソトロビマブのプラセボについてのＡＥＳＩである：注入に伴う反応；アレルギー／過敏性反応。
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（実施例４３）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された成人および青年被験体間のＣＯＶＩＤ－１９の予防のためのソトロビマブの第３相臨床研究
無作為化、多施設、二重盲検、プラセボ対照第３相研究を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された成人および青年被験体のＣＯＶＩＤ－１９の予防におけるモノクローナル抗体ソトロビマブの安全性および有効性を評価するために行う。
主目的は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している人物の濃厚接触者間の症候性ＣＯＶＩＤ－１９の予防のためのソトロビマブの有効性をプラセボに対して評価すること、ならびにソトロビマブの安全性および忍容性をプラセボと比較して決定することである。
副次的目的は、以下である：
・ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している人物の濃厚接触者間の無症候性ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の予防におけるソトロビマブの有効性をプラセボと比較して評価する
・ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染者間のウイルス排出の継続期間を低減する点でのソトロビマブの有効性を評価する
・ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染者間のＣＯＶＩＤ－１９の臨床兆候および症状の発生率、重症度および継続期間を低減する点でのソトロビマブの有効性を評価する
・ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染者間の臨床症状の緩和までの時間に関するソトロビマブの有効性を評価する
・ＣＯＶＩＤ－１９に起因する入院率、ＩＣＵへの入院率または死亡率により評価して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染者間の重度の疾患への進行を低減する点でのソトロビマブの有効性を評価する
・ソトロビマブの血清薬物動態（ＰＫ）を評価すること
・ソトロビマブへの潜在的免疫原性（ＡＤＡの誘導）応答を評価する
予備的目的としては、以下のことが挙げられる：
・ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染者間のウイルス負荷量を低減する点でのソトロビマブの有効性を評価する
・ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス負荷量と疾患の処置とのおよび重症度との関連性を評価する
・ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が確認された被験体におけるソトロビマブに対する耐性ウイルスの出現をモニターする
・被験体の遺伝的多型とソトロビマブの作用機序および／またはＰＫとの潜在的な関係性を評価する
・ＣＯＶＩＤ－１９に起因する仕事の離脱期間および仕事の生産性に対するソトロビマブの影響を測定する
・宿主応答の潜在的バイオマーカーに対するソトロビマブの効果を評価する
評価の基準
この研究の主要有効性評価項目は、以下の通りである：
・２週目（１５日目±１日）までに以下のうちの１つまたは複数として定義されるＣＯＶＩＤ－１９が検査（ＲＴ－ＰＣＲ）で確認された被験体の割合：
１．急性呼吸器症状（咳、痰が出ること、喉の痛み、または息切れ）；
または
２．発熱＞３８℃；
または
３．次のうちの２つまたはそれより多くの症状（疲労、筋肉痛／関節痛、悪寒、悪心／嘔吐、下痢、臭覚脱失／味覚異常）
この研究の主要安全性評価項目は、以下の通りである：
・ソトロビマブの投与後に出現した有害事象（ＡＥ）および重篤ＡＥ（ＳＡＥ）の処置を施した被験体の割合
・臨床検査結果を含むがこれらに限定されない、臨床評価
この研究の副次的評価項目は、以下の通りである：
・ベースライン試験で陰性であった被験体における２週目（１５日目±１日）までに検査（ＲＴ－ＰＣＲ）で確認される無症候性ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の発生率
・鼻腔スワブからＲＴ－ＰＣＲにより評価されるソトロビマブ処置群とプラセボ処置群とのウイルス排出継続期間の差
・ＣＯＶＩＤ－１９の臨床兆候および症状の発生率、重症度および継続期間
・ＣＯＶＩＤ－１９に起因して入院を必要とする参加者のパーセンテージ
・ＩＣＵ治療を必要とする参加者のパーセンテージ
・機械的人工換気またはＥＣＭＯを必要とする参加者のパーセンテージ
・ＣＯＶＩＤ－１９に関連して死亡した参加者のパーセンテージ
・血清中のソトロビマブの濃度
・ソトロビマブに対する血清ＡＤＡの発生率および力価（該当する場合）
この研究の予備的評価項目としては、以下のことが挙げられる：
・鼻腔スワブからｑＲＴ－ＰＣＲにより評価されるソトロビマブ処置群とプラセボ処置群との病気の開始時にウイルス負荷量の差
・ウイルス負荷量（ｑＲＴ－ＰＣＲ）とＣＯＶＩＤ－１９の重症度との関係性
・ベースライン試験で陰性であった被験体における４週目に血清学による検査で確認されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の発生率
・遺伝子型判定により決定されるＦｃＲ多型
・遺伝子型判定により決定される免疫グロブリンＧ１（ＩｇＧ１）アロタイプ
・仕事の生産性および活動障害（ＷＰＡＩ）のベースラインからの変化
・ＥＱ－５Ｄ－５Ｌによる健康に関連する生活の質のベースラインからの変化
・宿主トランスクリプトームおよび免疫表現型判定分析により評価される宿主応答のバイオマーカーに対するソトロビマブ投与の影響
被験体の数
被験体おおよそ１３５０名（１処置アームあたり４５０名）を登録する。
診断および主な適格性基準
１．１２歳またはそれより高齢の男性および女性被験体
２．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していることがＰＣＲにより確認され、分かっている人物（発端者）の濃厚接触者
濃厚接触者を以下のように定義する：
ａ．インデックス診断の前の７日間に発端者と一緒に住んでいる者（集合した環境、例えば、長期ケア施設もしくは老人ホームにおける居住者もしくはスタッフを含む）
ｂ．医療スタッフ、ファーストレスポンダー、または他の介護スタッフ
ｃ．発端者への最後の曝露（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している人物との濃厚接触）から３日未満である者
４．女性被験体は、妊娠検査で陰性でなければならず、または閉経後状態である確認が取れていなければならない
５．投与前４時間以内にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の迅速試験で陰性であること
研究参加継続期間
スクリーニングを含めて、各被験体の研究にかかる推定合計時間は、最大で３６週間である。被験体を無作為化前２４時間以内にスクリーニングする。研究対象薬物投与後、被験体を評価項目評価のために６週目（Ｄ４３±３）まで、および安全性追跡調査のために３６週間以下、評価する。
研究デザイン
これは、ウイルスに曝露された成人の症候性ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の予防のためのソトロビマブの２用量レベルについての、無作為化、二重盲検、プラセボ対照研究である。症候性ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の予防における低および高用量のソトロビマブの有効性をプラセボと比較して評価するように研究をデザインする。
この研究は、併存疾患に罹患している者を含む、１２歳またはそれより高齢の無症状の男性および女性被験体であって、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が確認された人物の濃厚接触者（すなわち、家族または医療提供者）である被験体おおよそ１３５０名を登録する。迅速診断試験をスクリーニング時に使用して、感染が確定されていない被験体を多く含むようにする。適格な被験体を無作為化して、低用量のソトロビマブ、高用量のソトロビマブ、またはプラセボのいずれかを比率１：１：１で１日目に単回投与として彼らに施す。
関連する専門知識を有するメンバーからなる独立データモニタリング委員会（ＤＭＣ）が、研究データを再調査するために招集される。ＤＭＣの目的は、安全性、有効性および無益性をモニターし、プラセボアームで観察された感染率に基づいて試料サイズ再調整の必要性を決定する。２つの中間解析を行う。第１の中間解析を、被験体のおおよそ２０％を登録した後（１アームあたり約９０）に行って、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳの各用量レベルの安全性および忍容性を評価する。
第２の中間解析を、被験体のおおよそ５０％を登録した後（１アームあたり約２２５）に行って、安全性、無益性および有効性を評価する。安全性の懸念または有効性の欠如に起因して用量レベルが中止されることもある。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２予防に有効な薬剤に関するデータがでたら、プロトコールを改良して対照アームに新しい標準治療剤を含めることができる。
研究は、インテンシブＰＫおよびＡＤＡ試料採取のための被験体おおよそ７５名（１アームあたり２５名）においてＰＫ下位研究を含む。他の全ての被験体からスパースＰＫおよびＡＤＡ試料を採取する。ソトロビマブの新しいロットを研究に導入する場合、追加の被験体をインテンシブＰＫおよび免疫原性下位研究に含めることができる。
研究手順
スクリーニング：
スクリーニングを無作為化前２４時間以内に行い、スクリーニングは、署名済みのインフォームドコンセント；適格性の決定；人口統計、過去および現在の医学的状態（既知の妊娠および／または授乳状態を含む）、併用薬、および発端者への曝露に関する情報の収集を含む。
投与（１日目）：
１日目にＲＴ－ＰＣＲのためのベースライン鼻腔スワブの採取後、適格な被験体を無作為化してソトロビマブまたはプラセボのどちらかを彼らに施す。ソトロビマブの安全性および実施医療機関による忍容性を評価し、評価を完了するために、投与後最低４時間、被験体は診療所内に留まる。
追跡調査期間：
被験体は、１日目から２週間目の受診まで毎日の日誌の全ての項目に記入する。この調査は、感染の臨床兆候および症状ならびに併用薬再調査の文書化を含む。加えて、全ての被験体は、無症候性ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染をモニターするために４、７および１０日目に自宅で鼻腔スワブを採取する。研究チームのメンバーは、有害事象を評価するために架電により被験体と連絡を取り、研究手順を遂行するため支援を行う。被験体は、２週目（１５日目±１日）および６週目（４２日目±３日）に来院し、評価を完了する。
被験体が、呼吸器症状（乾性咳、息切れ、喉の痛み、もしくは痰が出ること）の急性発症；または＞３８．０℃の発熱；または≧２の次の症状：筋肉痛／関節痛、悪寒、悪心／嘔吐、下痢、臭覚脱失／味覚異常と定義される症状発症を経験した場合、被験体をＣＯＶＩＤ－１９モニタリングスケジュールに従って追跡する。
可能性のある症候性ＣＯＶＩＤ－１９の基準を満たす被験体は、感染の確認のための鼻腔内スワブをはじめとする、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染についての院内評価を遂行する。被験体は、症状開始後２１日間、毎日の日誌の全ての項目に記入し続ける。追加の鼻腔スワブを採取して、ウイルス負荷量およびウイルス排出の継続期間を評価する。これらの被験体の場合、鼻腔スワブを試験陽性後第１週に１日おきに採取し、次いで感染後第２および第３週の間は３日おきに採取する。
被験体を、投与後最大３６週間、安全性、ＰＫおよび免疫原性の評価について追跡する。追跡調査期間は、ＮＨＰ ＰＫの相対成長率に基づいてソトロビマブの予測ヒトｔ１／２による情報に基づく。最終追跡調査期間は、プロトコールに指定されている。６週目の来院と最後の追跡調査のための来院の間、有害事象モニタリングのために架電により被験体と連絡を取る。
製品、投薬量、および投与方法
ソトロビマブは、半減期を増加させるように改変された、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対する操作されたヒトＩｇＧモノクローナル抗体である。ソトロビマブを低用量レベルまたは高用量レベルのどちらかの単一用量ＩＶまたはＩＭで投与する。プラセボに無作為に割り当てられた被験体には、無菌の、保存薬不含の生理食塩水の０．９％溶液をＩＭ注射により投与する。
統計法
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された全ての個体が感染し、症状を発症するとは限らず、初期の推定は、推定曝露後の家族の感染リスクを３％～１５％に設定する。試料サイズの算出を目的として、推定１０％の発病率を使用した。検査で確認された症候性ＣＯＶＩＤ－１９の評価項目についての両側第１種過誤０．０５、発病率１０％、および症候性ＣＯＶＩＤ－１９を低減させる点でのソトロビマブの有効性５０％で、検出力８０％を達成するように、試料サイズを選択した。これらの仮定に基づいて、１処置アームあたり被験体おおよそ４５０名を登録する（合計１３５０名）。
２つの中間解析をこの研究のために行う。第１の中間解析を、被験体のおおよそ２０％を登録した後（１アームあたり９０名）に行って、ソトロビマブの各用量レベルの安全性および忍容性を評価する。安全性の懸念に起因して用量レベルが中止されることもある。第２の中間解析を、被験体のおおよそ５０％を登録した後（１アームあたり２２５名）に行って、安全性、無益性および有効性を評価する。安全性の懸念または有効性の欠如に起因して用量レベルが中止されることもある。中間解析で認められた発病率に基づいて、主要評価項目を満たすための全予想症例数を獲得する尤度を上昇させるように試料サイズを調整することができる。全第１種過誤率（「アルファ」）を０．０５レベルで正確に制御するために、オブライエン・フレミング法を使用して、第２の中間解析（０．００５２）と最終の解析（０．０４８）間にアルファを割り振る。
全ての有効性解析を、ＩＴＴ集団（全ての無作為化された被験体）を使用して行う。症候性および無症候性ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の発生率も、ｍＩＴＴ集団（ベースライン来院でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２陰性である被験体）において評価する。研究対象薬物のいずれかの量を施した全ての被験体に関して、安全性を評価する。
研究のさらなる詳細を図４に示す。
（実施例４４）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された成人および青年被験体間のＣＯＶＩＤ－１９の予防のためのソトロビマブの第３相臨床研究
無作為化、二重盲検、プラセボ対照第３相研究を、ＣＯＶＩＤ－１９の予防のためのソトロビマブの安全性および有効性を評価するために行う。参加者おおよそ３１５０名を２：１比で無作為化して、それぞれソトロビマブまたはプラセボのどちらかを彼らに施してＣＯＶＩＤ－１９の予防のためのソトロビマブの安全性および有効性を評価する。
主要目的は、ＣＯＶＩＤ－１９を予防する点での安全性および有効性をプラセボに対して評価することである。主要評価項目は、１３週目までの（３カ月）、以下のことにより定義されるプロトコール定義ＣＯＶＩＤ－１９の発生率である：
・上咽頭スワブからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応
（ＲＴ－ＰＣＲ）陽性
および
・少なくとも２４時間の期間の後に存続するまたは再発する以下の症状の少なくとも１つまたは複数の新たな開始（または増悪）：
○発熱＞３８℃、悪寒、咳、喉の痛み、倦怠感、頭痛、筋肉痛、嗅覚または味覚の変化、鼻閉／鼻漏、嘔吐、下痢、労作時の息切れ
これは、臨床家にとっても参加者にとっても臨床的に意義のある評価項目である。症候性ＣＯＶＩＤ－１９の予防は、この疾患による罹患率および死亡率の低下につながり得ることはもちろん、伝播の低減につながる可能性もあり得るからである。加えて、統計検定階層手法を利用して全Ｉ型過誤を制御して、さらなる時点（１７、２１および２６週目まで）で、プロトコール定義症候性ＣＯＶＩＤ－１９の予防の点でのソトロビマブの有効性を決定する。
ＣＤＣ定義症候性ＣＯＶＩＤ－１９の予防、および無症候性ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の予防（１３および２６週目にセロコンバージョンにより評価して）を含む、他の副次的有効性評価項目も、臨床的に意義がある。
参加者は、彼／彼女が２６週目まで研究を遂行した場合に、研究を遂行したと見なされる。
インフォームドコンセントの提出時に１８歳またはそれより高齢（参加者が１９歳またはそれより高齢である、韓国における参加者を除く）であり、任意の性別の参加者が、適格である。女性参加者は、以下に列挙する避妊基準を満さなければならず、順守することに同意しなければならない。女性による避妊具の使用は、臨床研究に参加する者のための避妊方法に関する当該国の規制と一致していなければならない。
女性参加者は、妊娠しておらず、授乳中でもなく、以下の条件の１つが当てはまる場合、適格である：
ａ．非妊娠可能な女性（ＷＯＮＣＢＰ）であるか、
または
ｂ．妊娠可能な女性（ＷＯＣＢＰ）であって、失敗率が＜１％である非常に有効である避妊法を研究治療期間中および研究治療薬の最終投与後２６週間までの間、使用する女性。
治験責任医師は、研究治療薬の初回投与と関係付けながら避妊方法の失敗の可能性（例えば、不遵守、最近開始されたもの）を評価しなければならない。
ＷＯＣＢＰは、研究治療薬の初回投与の前に高感度妊娠検査（当該国の規制の要求に応じて尿または血清）が陰性でなければならない。
ａ．尿検査が陰性と確認できない場合（例えば、あいまいな結果）、血清妊娠検査が必要である。そのような場合、血清妊娠結果が陽性であった場合には参加者を参加から除外しなければならない。
ｂ．研究治療中または研究治療後の妊娠検査についての追加の要件を実施する可能性がある。
治験責任医師は、早期の未検出の妊娠がある女性の組入れリスクを低下させるために、医療歴、月経歴、および最近の性行為を再調査する。
参加者は、インフォームドコンセントを提出できる。参加者は、活動スケジュールに指定された、上咽頭スワブの採取、鼻腔中鼻甲介スワブおよび静脈血の自己採取を含む、研究手順に同意する。参加者は、研究調査質問票の全ての項目に記入することおよび活動を遂行することができ、そうする意思がある。
参加者には登録のためのスクリーニング中に抗スパイクＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体試験がある。抗スパイクＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体試験が陽性である参加者を登録しない。参加者は、投与前の１日目に上咽頭ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＴ－ＰＣＲおよび抗Ｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体試験を受ける。１日目のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＴ－ＰＣＲ試験で陽性または抗Ｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体試験で陽性であることが判明した参加者を主要解析（ｍＩＴＴ）集団から除外する。
除外基準
参加者が以下の基準のいずれかが当てはまった場合、参加者を研究から除外する。
医学的状態
１．過去のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＴ－ＰＣＲもしくは抗原試験での陽性歴またはスクリーニング中を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２血清検査での陽性歴
２．無作為化前７日以内の呼吸器症状（例えば、咳、鼻閉）を伴うまたは伴わない熱病
３．治験責任医師が判断して、研究参加継続期間の不安定な医学的状態、およびこの期間に生存していると予想されない
４．参加者が、治験責任医師の見解で、筋肉内注射を受けることが禁忌となる何らかの状態、例えば、凝固障害、出血性素因、または血小板減少症を有する
５．治験製品中に存在するいずれかの構成要素に対する既知の過敏性
６．モノクローナル抗体による以前のアナフィラキシーまたはモノクローナル抗体に対する以前の過敏症
７．治験責任医師の判断で、２６週間目までプロトコールの要件を満たす可能性が低いまたは満たすことができない参加者
過去の投薬
８．登録前に時を問わずＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを受けたこと、または研究の最初の１３週間の間にＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを受ける計画があること
９．登録前４８時間以内に何らかのワクチンを受けたこと。ワクチン接種は、投与後２週間は認められないことになる
１０．ＣＯＶＩＤ－１９生存者からの任意のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２高力価静注用免疫グロブリン（ｈＩＶＩＧ）を受けたこと
１１．スクリーニング前３カ月もしくは５半減期以内に、どちらか長い方、および／または研究中に、ＣＯＶＩＤ－１９から回復した患者からの回復期血漿または抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂを受けたこと
過去／現在の臨床研究経験
１２．１日目の前の９０日以内、または治験化合物の５半減期以内、どちらか長い方、のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／ＣＯＶＩＤ－１９の何らかの治験薬研究またはデバイス研究への登録
他の除外
１３．妊娠しているまたは授乳中の女性。
（妊娠可能な状態を顧慮せず全ての女性参加者は、スクリーニング時／投与前の妊娠検査が陰性でなければならない）
ソトロビマブを単回使用用バイアル内の溶液（６２．５ｍｇ／ｍＬ）の状態に製剤化する。単位用量強度は、５００ｍｇ／バイアル（５００ｍｇ／８ｍＬ）である。ソトロビマブを単一用量（１回、５００ｍｇ）で筋肉内注射により投与する。プラセボは、単一用量で筋肉内注射により投与される、地元産の無菌０．９％（ｗ／ｖ）塩化ナトリウム溶液である。
概要：
導入期
研究の導入期は、注射部位反応（ＩＳＲ）の高頻度の評価、およびＰＫ分析のための集中的な血液試料採取によって、ソトロビマブの安全性、忍容性および薬物動態（ＰＫ）を評価することを目的としている。これらの参加者を有効性評価のための拡大期参加者とともにプールする。参加者おおよそ２１名を登録し、２：１無作為化してＶＩＲ－７８３１（Ｎ＝１４）または等体積の生理食塩水プラセボ（Ｎ＝７）を彼らに施す。投与後６時間、安全性モニタリングおよび局所注射部位忍容性評価のために、参加者をモニターする。６時間の終了時に、彼らを退院させる。導入期に登録したら、共同安全性再調査チーム（ＪＳＲＴ）による８日目の安全性評価により継続が推奨されるまで、無作為化を中断する。ＪＳＲＴが、ＩＤＭＣへの付託を求めた場合には、ＩＤＭＣによる進行の推奨の結果が出るまで無作為化を中断する。
インテンシブＰＫ試料採取および免疫原性
導入期に登録した全ての参加者には、ＰＫ血液試料採取のための追加の時点がある。血清ＰＫおよび抗薬物抗体（ＡＤＡ）試料を採取する。
研究の導入期をスキーム２に要約し、このスキームでは、ソトロビマブがＶＩＲ－７８３１として同定される。
スキーム２．導入期
Figure 2023530274000078
拡大期
研究の拡大期は、ＪＳＲＴからの、進行しても安全であるという推奨に依存する。具体的には、拡大期の無作為化は、導入期からＪＳＲＴによる追跡調査の８日目までの局所注射部位忍容性評価データ（ＩＳＲ）および他の安全性データの盲検評価後に開始する。
追加の参加者おおよそ３１２９名を登録し、２：１比で無作為化してソトロビマブまたは等体積の生理食塩水プラセボをそれぞれＩＭ投与によって彼らに施す。
拡大期の参加者を、診療所／研究ユニットからの退院前に、投与後、１～２時間にわたってモニターする。モニタリングの継続期間（１または２時間）は、導入期からのＩＳＲの評価に基づく。モニタリングの継続期間に関する決定を、実施施設へのＪＳＲＴ推奨事項の一部として、およびプロトコールファイルの注記として連絡する。
導入期と拡大期の両方からの参加者を、研究を通して以下の２つの機構でＣＯＶＩＤ－１９についてモニターする：
１．参加者に、注意すべきＣＯＶＩＤ－１９兆候および症状の印刷されたガイドと、それらの症状のいずれかを経験してから２４時間以内に、または自分がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している可能性があるのではないかと思う任意の他の理由がある場合に、架電するための研究施設の電話番号とを提供する。
２．加えて、施設は、有害事象（ＡＥ）、重篤有害事象（ＳＡＥ）を捕捉するために、および参加者に関するＣＯＶＩＤ－１９症状チェックリストを再調査するために、１日目から１３週目まで定期的に週１回（１３週目～２６週目は２週間おきに）参加者に架電する。
全ての参加者に、研究開始日に、鼻腔（中鼻甲介）スワブセルフテストキット、および中央研究所での試験のための返信用封筒を提供する。２６週間の研究追跡調査期間中にＣＯＶＩＤ－１９症状を経験するいずれの参加者にも、セルフテストキットをすぐに使用するように、および疑われるＣＯＶＩＤ－１９を管理するために実施医療機関の任意の追加のガイダンスに従うように、指示する。試験で陽性である者は、週１回の自己報告ＣＯＶＩＤ－１９症状調査質問票ならびに週１回の仕事の生産性および活動障害（ＷＰＡＩ）質問票の全ての項目に記入し、彼らを、症状開始後４週間、ＣＯＶＩＤ－１９病モニタリングスケジュールに従って追跡する。参加者が試験で陰性であり、それでもやはり症状を経験している場合、その参加者に反復試験のための第２の自己採取キットを送付する。
全ての参加者には定期的な追跡調査のための架電があり、全ての参加者は、有効性、安全性およびＰＫ（スパース）の評価のための特定の追跡調査を受けに行く。
参加者数：
参加者おおよそ３１５０名を、ソトロビマブまたはプラセボへの２：１比での研究治療薬に無作為に割り当てる。研究治療薬を施すいずれの参加者も評価可能と考えられる。
研究スクリーニング、無作為化、および継続期間
スクリーニング評価を１日目の前の１４日間に行う。適格な参加者を１日目に盲検方式でＩＭ用量によって処置し、研究終了（ＥＯＳ）まで－２６週間（６カ月）－追跡調査する。参加者は、ＥＯＳまで盲検化されたままである。ＣＯＶＩＤ－１９を発症する（入院しているまたは入院していない）参加者を、症候性感染後４週間にわたって、またはＥＯＳまで、どちらか早い方、追跡する。
導入期と拡大期の両方における参加者の無作為化を、以下のことに基づいて層別化する：
□年齢層（＜６５歳、≧６５歳） 曝露リスク上昇群
□免疫不全状態（immunocompromising condition）の存在
ブロック別無作為化（block randomization）は、国ごとに行う。
独立データモニタリング委員会
非盲検化独立データモニタリング委員会（ＩＤＭＣ）は、ソトロビマブの全安全性プロファイルを研究の実施全体にわたって評価し、これには、プラセボに無作為に割り当てられた参加者と比較してソトロビマブに無作為に割り当てられた参加者におけるＣＯＶＩＤ－１９症例の発生率および重症度を評価することが含まれる。メンバーシップ、範囲、会合の頻度および通信計画をはじめとする、ＩＤＭＣの役割および責任は、ＩＤＭＣ憲章で定義されている。ＩＤＭＣの会合は、ＩＤＭＣ憲章に概要が示されている通り、研究全体にわたって定期的に行われる。
共同安全性再調査チーム
研究スポンサーからの臨床研究、医薬品安全性監視、および統計学からのチームメンバーから構成される共同安全性再調査チーム（ＪＳＲＴ）は、インストリーム盲検化データ再調査中に同定された安全性の懸念をＩＤＭＣに付託する必要があるかどうかを決定する。ＪＳＲＴは、上記の導入期の盲検化安全性再調査の責任を負うものであり、必要に応じてＩＤＭＣに付託する。ＩＤＭＣは、ＩＤＭＣ憲章に定義されているプロセスに従って行動する。拡大期の開始は、ＪＳＲＴからの、進行しても安全であるという推奨を条件とする。ＪＳＲＴの責任および評価の頻度は、関連安全性再調査チーム（ＳＲＴ）文書で入手可能である。
１３週目（３カ月）までのプロトコール定義ＣＯＶＩＤ－１９の発生率を、ポアソン回帰モデルを使用して解析して、相対リスクを推定する。このモデルは、処置群、年齢層、曝露リスク群、免疫不全群および国についての用語を含む。しかし、事象がない国については、このモデルについては国を領域に落とすことができる。相対リスク、９５％信頼区画、および対応するｐ値を、ソトロビマブとプラセボの比較のために提示する。
（実施例４５）
軽度／中等度ＣＯＶＩＤ－１９のための筋肉内用ソトロビマブ
高リスクの非入院患者の軽度／中等度ＣＯＶＩＤ－１９の処置のために筋肉内投与されるソトロビマブの有効性、安全性および忍容性を、静脈内投与されるものに対して評価するための、第３相無作為化、多施設、非盲検研究を行う。アームおよび治療薬は、表１５にある通りである。
Figure 2023530274000079
アウトカム尺度
主要アウトカム尺度：
１．ＣＯＶＩＤ－１９の進行
［時間枠：２９日まで］
副次的アウトカム尺度：
２．有害事象（ＡＥ）の発生
［時間枠：２４週間まで］
３．重篤有害事象（ＳＡＥ）の発生
［時間枠：２４週間まで］
４．特に注目すべき有害事象（ＡＥＳＩ）の発生
［時間枠：２４週間まで］
５．ソトロビマブに対する血清抗薬物抗体（ＡＤＡ）の発生率および力価（該当する場合）
［時間枠：２４週間まで］
６．ｑＲＴ－ＰＣＲにより測定した鼻汁中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス負荷量の平均曲線下面積
［時間枠：８日まで］
７．ｑＲＴ－ＰＣＲによるウイルス負荷量のベースラインからの変化
［時間枠：８日まで］
８．ｑＲＴ－ＰＣＲによる８日目のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス負荷量が持続的に高い参加者の割合
［時間枠：８日まで］
９．重度および／または重篤な呼吸器ＣＯＶＩＤ－１９の発生
［時間枠：２９日まで］
１０．ＩＶおよびＩＭソトロビマブの血清中薬物動態（ＰＫ）
［時間枠：２４週間まで］
参加資格
最低年齢：１２歳
最高年齢：
性別：全て
性差に基づくもの：なし
健康なボランディアを受入れる：なし
基準：組入れ基準：
・参加者は、同意時に１２歳またはそれより高齢であり、ＣＯＶＩＤ－１９の進行リスクが高くなければならないか、または≧６５歳でなければならない
・参加者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が陽性であり、室内空気での酸素飽和度≧９４％を有し、ＣＯＶＩＤ－１９症状を有し、症状の開始から７日未満または７日でなければならない
除外基準：
・現在入院しているか、または治験責任医師によって今後２４時間以内に入院を必要とする可能性が高いと判断される
・重度ＣＯＶＩＤ－１９と一致する症状
・治験責任医師の判断で、今後７日以内に死亡する可能性が高い参加者
・治験製品中に存在するいずれかの構成要素に対する既知の過敏性
（実施例４６）
軽度から中等度のコロナウイルス疾患２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）に罹患している非入院参加者の第二世代ソトロビマブ材料の第ＩＩ相研究
実施例３９～４０に記載した研究で使用したソトロビマブ薬物材料を、安定にトランスフェクトされた細胞の非クローンプールを使用して生成した。これを「Ｇｅｎ１」薬物材料と呼ぶ。「Ｇｅｎ２」薬物材料を、トランスフェクタントの元のプールに由来するクローンマスターセルバンクを使用して作製する。軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している非入院参加者におけるＧｅｎ２薬物材料の安全性、忍容性および薬物動態を評価するために、多施設、無作為化、二重盲検、並行群間第ＩＩ相研究を行う。
主要目的は、Ｇｅｎ２およびＧｅｎ１ソトロビマブ薬物材料の安全性および忍容性を評価することである。評価項目は、次の通りである：２９日目までの有害事象（ＡＥ）の発生；２９日目までの重篤有害事象（ＳＡＥ）の発生；２９日までの特に注目すべき有害事象（ＡＥＳＩ）の発生；２９日目までの１２誘導心電図（ＥＣＧ）読み取り値に基づく臨床的に有意な異常の発生；および２９日目までの疾患進行事象（ＡＥと分類されない）の発生。
副次的目的は、以下である：
（１）ソトロビマブＧｅｎ２およびＧｅｎ１の血清中薬物動態（ＰＫ）を評価すること
評価項目：Ｃｍａｘ、Ｃｌａｓｔ、Ｔｍａｘ、Ｔｌａｓｔ、ＡＵＣＤ０－２８、ＡＵＣｉｎｆ、ＡＵＣｌａｓｔ、％ＡＵＣｅｘｐ、ｔ１／２、λｚ、Ｖｚ、Ｖｓｓ、ＣＬ；
（２）ソトロビマブＧｅｎ２およびＧｅｎ１の安全性および忍容性プロファイルを評価すること
評価項目：２４週目までのＳＡＥの発生；２４週目までのＡＥＳＩの発生；２４週目までの１２誘導ＥＣＧ読み取り値に基づく臨床的に有意な異常の発生；２４週目までの疾患進行事象（ＡＥと分類されない）の発生。
予備的評価項目は、以下である：
（１）ソトロビマブＧｅｎ２およびＧｅｎ１の潜在的免疫原性を評価すること
評価項目：ソトロビマブに対する血清抗薬物抗体（ＡＤＡ）の発生率および力価（該当する場合）
（２）上気道試料におけるウイルス排出プロファイルに対するソトロビマブＧｅｎ２およびＧｅｎ１の効果を特徴付けること。
評価項目：唾液試料から定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ－ＰＣＲ）により測定される２９日目までの全来院のウイルス負荷量のベースラインからの変化。
この研究は、非入院患者の軽度から中等度ＣＯＶＩＤ－１９の進行を予防するためのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するモノクローナル抗体（ｍＡｂ）であるソトロビマブの、無作為化、二重盲検、多施設、並行群間第ＩＩ相試験である。早期の軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している参加者を３：１無作為化して、Ｇｅｎ２研究材料またはＧｅｎ１研究材料のどちらかの単回５００ｍｇ静脈内注入を施す。安全性、忍容性およびＰＫを評価する。
スクリーニング評価を注入開始前２４時間以内に行う。適格な参加者を１日目に盲検方式で単回ＩＶ投与によって処置し、２４週間まで追跡調査する。参加者を、１日目におおよそ９時間、安全性評価およびインテンシブＰＫ試料採取のためにモニターする。
この研究は、実施医療機関臨床検査および／またはポイントオブケア試験により確認された軽度から中等度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している非入院患者を含む。Ｇｅｎ１または等体積Ｇｅｎ２材料の単一用量レベルを研究し、ＩＶ注入によって送達する。参加者に診療所／研究施設において注入を施し、そこで彼らを注入後期間の有害事象について厳密にモニターする。研究活動および臨床モニタリングのためのその後の受診は、診療所または訪問看護によって行う（１６週目を除いて）。二重盲検設計は、偏りを最小限に抑えるために無作為化、対照研究の標準的な方法論である。研究の実施中にＧｅｎ２ソトロビマブ研究材料を受けることに対してＧｅｎ１ソトロビマブ研究材料を受けることの盲検化を維持するためにＧｅｎ１研究アームを含める。この盲検化は、ＡＥおよび疾患関連安全性アウトカムの評価中に起こり得るものを含めて、研究評価中に起こり得る偏りを最小限に抑えるために非常に重要である。
盲検化安全性データを２４週目までＪＳＲＴが定期的に再調査する。主要目的がＧｅｎ２材料の安全性および忍容性を評価することであるため、この研究にはプラセボがない。この研究中には、全ての参加者に、主幹研究責任医師が必要と思った場合の入院を含む、ＣＯＶＩＤ－１９疾患の標準治療を施す。
分析的比較可能性研究が臨床研究におけるＧｅｎ２の使用を支持する。
（実施例４７）
Ｓ３０９抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ２中和のＡＣＥ２非依存性機序
以下の実験では、Ｓ３０９抗体（配列番号１０５のＶＨ、配列番号１６８のＶＬ）を、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異を有する組換えＩｇＧ１として発現させた。Ｓ３０９抗体の感染中和に対するＡＣＥ２過剰発現の効果を調査した。Ｖｅｒｏ Ｅ６またはＶｅｒｏ Ｅ６－ＴＭＰＲＳＳ２細胞を、Ｓ３０９（１０μｇ／ｍｌ）の存在下でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０分離株）にＭＯＩ ０．０１で感染させた。感染の２４時間後に細胞を固定し、ウイルスヌクレオカプシドタンパク質を免疫染色し、定量した。ヌクレオカプシド染色は、抗体処置細胞には実質的に存在しなかった。Ｓ３０９は、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞では６５のおよびＶｅｒｏ Ｅ６－ＴＭＰＲＳＳ２では９１のＩＣ５０（ｎｇ／ｍＬ）を有した（データを示さない）。
７つの細胞系（ＨｅＬａ、２９３Ｔ（ｗｔ）、Ｖｅｒｏ Ｅ６、Ｈｕｈ７、２９３Ｔ ＡＣＥ２、ＭＲＣ ５－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン５、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン１０）のパネルを、Ｓ３０９の存在下で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃに、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶに、感染させた。ルシフェラーゼシグナルを感染の２４時間後に定量した。Ｓ３０９最大中和値は、表１６に示す通りであった。
Figure 2023530274000080
これらの細胞系に結合する精製された蛍光標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の結合をフローサイトメトリーにより定量した。ＨｅＬａおよび２３９Ｔ ＷＴ細胞は、最低ＭＦＩを有し、これにＨｕｈ７およびＶｅｒｏＥ６細胞が続いた。２９３Ｔ ＡＣＥ２細胞（最高）、ＭＲＣ ５－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２（３番目に高い）、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン５（４番目に高い）、およびＡ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン１０（２番目に高い）は、より高いＭＦＩを有した。Ｓ３０９のスパイク結合最大中和能力間の相関分析を決定し、Ｓ３０９スピアマン相関値は、両方のウイルスモデルについてｒ＝－０．９４であった。ｐ＝０．０１７。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感受性細胞系をさらに特徴付けるために、上記の７つの細胞系を、精製された蛍光標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはＲＢＤタンパク質とともにインキュベートし、タンパク質結合をフローサイトメトリーにより定量した。ＭＦＩの降順で、細胞系は、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン１０、２９３Ｔ ＡＣＥ２、ＭＲＣ ５－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン５、Ｖｅｒｏ Ｅ６、Ｈｕｈ７、２９３Ｔ（ｗｔ）、そしてＨｅＬａであった。
選択されたレクチンおよび公開されている受容体候補を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＳＶシュードウイルスに感染したＨＥＫ２９３Ｔ細胞を使用してスクリーニングした。ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１は、最高のシグナルを生じさせた。ＡＣＥ２は、おおよそ１０５の相対的な発光単位（ＲＬＵ）のシグナルをもたらし、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１、およびＬ－ＳＩＧＮは、おおよそ１０４ＲＬＵのシグナルを有した。試験した全ての他のレクチン／候補は、おおよそ１０２～１０３ＲＬＵのシグナルを生じさせた。
ＨＥＫ ２９３Ｔ、ＨｅＬａおよびＭＲＣ５細胞に、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現するように一過性に形質導入し、それらの細胞をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＳＶシュードウイルスに感染させた。未感染細胞および非形質導入細胞を対照として含めた。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞では、ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１、およびＬ－ＳＩＧＮ全てが、感染の大幅な増加をもたらした。ＨｅＬａおよびＭＲＣ５細胞では、ＡＣＥ２のみが感染を増加させた。
ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１またはＡＣＥ２を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系を真正のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染させ（ＭＯＩ ０．１）、２４時間の時点で、固定し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核タンパク質について免疫染色した。野生型細胞（感染および未感染）を対照として使用した。ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、またはＳＩＧＬＥＣ－１を過剰発現する細胞では染色の増加が観察され、ＡＣＥ２を過剰発現する細胞では染色が有意に増加された。
安定した細胞系をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃに感染させ、ルシフェラーゼレベルを２４時間の時点で定量した。ＲＬＵの昇順で、未感染（おおよそ１０２～１０３ＲＬＵ）、親２９３Ｔ（おおよそ１０４ＲＬＵ）、ＤＣ－ＳＩＧＮ（おおよそ１０５ＲＬＵ）、Ｌ－ＳＩＧＮ（おおよそ１０５ＲＬＵ）、ＳＩＧＬＥＣ－１（おおよそ１０５～１０６ＲＬＵ）、ＡＣＥ２（＞１０７ＲＬＵ）。
安定した細胞系を異なる濃度の抗ＳＩＧＬＥＣ１ ｍＡｂ（クローン７－２３９）とともにインキュベートし、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃに感染させた。未処置細胞のパーセンテージとしての感染は、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮまたはＡＣＥ２を発現する２９３Ｔ細胞ではほぼ１００％を維持した～１００％を超えたが、ＳＩＧＬＥＣ－１を発現する２９３Ｔ細胞では５０％未満へ（０．２μｇ／ｍＬの抗ＳＩＧＬＥＣ）または０近くへ（１μｇ／ｍＬまたは５μｇ／ｍＬの抗ＳＩＧＬＥＣ）と降下した。
選択された、可能性のあるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（共）受容体候補の単一細胞発現レベルを、Ｈｕｍａｎ Ｌｕｎｇ Ｃｅｌｌ Ａｔｌａｓ（ｎａｔｕｒｅ．ｃｏｍ／ａｒｔｉｃｌｅｓ／ｓ４１５８６－０２０－２９２２－４）から得た異なる肺細胞型で決定した。ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮおよびＳＩＧＬＥＣ－１は、ＡＣＥ２と同様のレベルでまたはさらにはそれより高いレベルで肺における様々な細胞型に発現される。
それぞれの付着受容体を安定的に過剰発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞上のＤＣ－／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を標的とする抗体の結合を、フローサイトメトリーおよび免疫蛍光分析により分析した。それぞれの付着受容体を過剰発現するＨＥＫ ２９３Ｔ細胞を、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２野生型スパイクでまたはＢ１．１．７系統の変異を有するスパイクでシュードタイプ化されたＶＳＶに感染させた。感染の１日後に発光を分析した。付着受容体を発現する細胞では感染が増加された。どちらかのスパイクでシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染は、各試験群について同様であった。ＡＣＥ２を発現する細胞は、最も高い発光シグナルを生じさせた。
Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞、ｉｎ ｖｉｔｒｏで分化させたｍｏＤＣまたはＰＢＭＣを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２にＭＯＩ ０．０１で感染させた。感染後２４時間の時点で、細胞を固定し、ウイルスヌクレオカプシドタンパク質について免疫染色し、感染細胞を定量した。ＶｅｒｏＥ６細胞のみが感染を示した（細胞のおおよそ７％）。感染細胞の上清を２４、４８および７２時間の時点で採取し、感染性ウイルス力価をＶｅｒｏ Ｅ６細胞に関してＦＦＵアッセイにより定量した。
重症ＣＯＶＩＤ－１９患者の気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）および痰において検出可能なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムを有する主要細胞型を評価した。ｔ－ＳＮＥプロットを作成し、各ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２＋細胞型の計数を決定した（Ｒｅｎ ｅｔ ａｌ． Ｃｅｌｌ ２０２１では、８名の被験体から合計ｎ＝３，０８５細胞）。細胞型は、Ｔ細胞型、ＮＫ細胞型、形質細胞型、好中球型、マクロファージ型、線毛細胞型、扁平上皮細胞型、および分泌細胞型であった。ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１、およびこれらの組合せの発現を、各細胞型について評価した。
ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ（ＣＤ２０９）、Ｌ－ＳＩＧＮ（ＣＬＥＣ４Ｍ）、ＳＩＧＬＥＣ１転写物の計数は、マクロファージにおいておよび分泌細胞においてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＮＡの計数と相関していた。相関は、Ｒｅｎ ｅｔ ａｌ． Ｃｅｌｌ ２０２１からの（ｌｏｇ変換前の）計数に基づくものであった。
細胞系を作製して、導入遺伝子をコードするレンチウイルスでＨＥＫ２９３Ｔ細胞に形質導入することによりＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮまたはＡＣＥ２を過剰発現させ、免疫蛍光アッセイを行って導入遺伝子発現を評価した。
ＤＣ－ＳＩＧＮまたはＬ－ＳＩＧＮの発現は、シュードウイルス感染レベルをＷＴ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染と比較して１０倍を超えて上昇させ、ＡＣＥ２の発現は、シュードウイルス感染レベルをＷＴ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染と比較して１００倍を超えて上昇させた。
ＶＳＶシュードウイルスに対する例示的なｍＡｂ Ｓ３０９の中和活性を、操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞において評価した。Ｓ３０９は、ＤＣ－ＳＩＧＮおよびＬ－ＳＩＧＮを介した感染を完全に中和し、それより低い程度にだが、ＡＣＥ２を介した感染を中和した。
ルシフェラーゼレポーターを有する生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞を感染させる能力を、発光アッセイを使用して調べた。ＤＣ－ＳＩＧＮまたはＬ－ＳＩＧＮの発現は、生ウイルス感染レベルをＷＴ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染と比較して３倍を超えて上昇させ、ＡＣＥ２の発現は、生ウイルス感染レベルをＷＴ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染と比較して１００倍を超えて上昇させた。
ＶＳＶシュードウイルスに対するｍＡｂ Ｓ３０９の中和活性を、操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞において評価した。Ｓ３０９は、ＤＣ－ＳＩＧＮおよびＬ－ＳＩＧＮを介した感染を完全に中和し、それより低い程度にだが、ＡＣＥ２を介した感染を中和した。
Ｓ３０９抗体が、ＳＩＧＬＥＣ－１を介したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の侵入を中和することができるかどうかを調査するために、実験を行った。手短に述べると、安定した細胞ＨＥＫ２９３Ｔ系を上で説明したように作製して、ＤＣ－ＳＩＧＮ／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１、またはＡＣＥ２を過剰発現させた。ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、またはＳＩＧＬＥＣの発現は、生ウイルス感染レベルをＷＴ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染と比較して１０倍を超えて上昇させ、ＡＣＥ２の発現は、シュードウイルス感染レベルをＷＴ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染と比較して１００倍を超えて上昇させた。Ｓ３０９は、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１を介した感染を完全に中和した。
ＤＣ－ＳＩＧＮ（ＣＤ２０９）、ならびにＳＩＧＬＥＣ－１および他のＳＩＧＬＥＣをはじめとする他の細胞表面受容体タンパク質の発現を、様々な細胞型上で決定した。
さらなる実験を行って、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染におけるＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１の機能を調査した。１セットの実験では、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１またはＡＣＥ２を安定的に発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、３つの異なる感染多重度（ＭＯＩ）：０．０１、０．１および１で、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｎｌｕｃに感染させた。相対的な発光単位を使用して感染を決定し、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞（親）における感染と比較した。試験した最低ＭＯＩで、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮまたはＳＩＧＬＥＣを発現する細胞において感染の増加が観察された。試験した最高ＭＯＩでは、感染は、親のものと対比して、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮまたはＳＩＧＬＥＣの発現によってさらに増加されなかった。これらのデータは、親２９３Ｔ細胞がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を受けやすいこと、ならびにＬ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１が、感染レベルを高めるが、感染の主受容体として機能しないことを示す。
別のセットの実験では、２９３Ｔ細胞、ＨｅＬａ細胞、およびＭＲＣ５細胞に、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１またはＡＣＥ２をコードするレンチウイルスで一過性に形質導入し、形質導入の３日後にこれらの細胞をＶＳＶシュードウイルスに感染させた。２９３Ｔ細胞は、低い感受性レベル（形質導入されていないものと未感染のものを比較して）を示した一方で、ＨｅＬａおよびＭＲＣ５細胞は、ウイルスに対して完全に不応性であった。２９３Ｔ細胞におけるこの低い感染レベルを、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮまたはＳＩＧＬＥＣ－１の発現によって上昇させることができ、これは、これらのタンパク質の付着因子としての役割と合致する。ＨｅＬａおよびＭＲＣ５細胞は、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮまたはＳＩＧＬＥＣ－１の発現後であっても感染に対して不応性のままであり、ＡＣＥ２の発現後にのみ感受性になる。これらのデータは、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮおよびＳＩＧＬＥＣ－１が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の主受容体でないことを示す。
（実施例４８）
感染の動物モデルにおけるＳ３０９抗体のｉｎ ｖｉｖｏ有効性
Ｓ３０９の有効性をゴールデンハムスターで調査した。この動物モデルは、今のところ、生産的感染および疾患を支持するためにＡＣＥ２のｉｎ ｖｉｖｏ過剰発現を必要としなかったＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の最も関連性のあるモデルの代表である。Ｓ３０９の予防的投与は、ウイルスＲＮＡレベル、ウイルス負荷量、ならびに肺における病理組織学的スコアによって実証されるように、ハムスターにおいてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染および組織損傷に対する用量依存的防御を誘導した。これらのデータは、ｉｎ ｖｉｔｒｏでＡＣＥ２を過剰発現する細胞を使用した際のＳ３０９による侵入の不良かつ不完全な中和が、非ＲＢＭ ｍＡｂのｉｎ ｖｉｖｏ有効性を損なわせなかったことを示す。
Ｎ２９７Ａ変異を有するＳ３０９は、Ｆｃγ受容体への係合減少の結果として、エフェクター機能を誘発する能力が低い。このことを、ハムスターの脾臓内の単球へのＳ３０９－Ｎ２９７Ａバリアントの結合の低減によってさらに確認した。Ｎ２９７Ａ ｍＡｂで測定されるｉｎ ｖｉｖｏ有効性は、ｗｔ Ｓ３０９と同様であるか、またはほんの少し劣り、このことは、ｍＡｂの中和能がこれらの条件ではそのエフェクター機能能力に基づいて優勢になることを示唆する。肺におけるウイルスＲＮＡを９０％低下させるために必要なＳ３０９の血清濃度は、９μｇ／ｍｌであった。
（実施例４９）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントに対する抗体活性
いくつかのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントが出現してきており、バリアントによる感染数の増加が２０２０年後半に報告されている。受容体結合モチーフ（ＲＢＭ）は、変異に特に変わりやすいようである。注目に値する新たに出現したバリアントが、スコットランド、ＵＫ、南アフリカ、カリフォルニア、コロンバスにおいて、およびデンマークにおけるミンクにおいて観察されており、一部の変異は、抗体からの逃避または血清中和をもたらすと報告されている。バリアントを中和するＳ３０９抗体の能力を評価するために実験を行った。配列読み取りデータにより決定して、２０の最も頻度の高いＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤバリアント変異のパネルを有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対してＳ３０９ Ｎ５５Ｑ ＭＬＮＳ（ＶＨ：配列番号１１３、ＶＬ：配列番号１６８；Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異を有する）を試験した。抗体ＲＥＧＮ１０９３３およびＲＥＧＮ１０９８７（Ｈａｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ３６９（６５０６）：１０１０－１０１４； ｅａｂｄ０８２７－０８１０ （２０２０）およびＰＤＢ ６ＸＤＧ （ｒｃｓｂ．ｏｒｇ／ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ／６ＸＤＧ））を、比較のために含めた。結果を表１７に要約する。
Figure 2023530274000081
Figure 2023530274000082
 Ｙ＝生ウイルスまたはシュードウイルスの中和が１／３まで低下しない
Ｎ＝生ウイルスまたはシュードウイルスの中和が１／３未満に低下する
Ｐ＝エピトープの外側にあるバリアントアミノ酸に起因して抗体による中和が予測される
？＝不明。
抗体から逃避することが公知のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の配列決定された変異体の総数（２０２１年１月２９日現在）は、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＭＬＮＳ＝２９、ＲＥＧＮ１０９８７＝１０，４２５、ＲＥＧＮ１０９３３＝３，６２１であった。
Ｓ３０９抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントＲＢＤへの結合をＢＬＩにより評価した。野生型Ｆｃを有するＳ３０９（ＶＨ：配列番号１０５、ＶＬ：配列番号１６８）、およびＭＬＮＳまたはＭＬＮＳ＋ＧＡＡＬＩＥ Ｆｃ変異を有するＳ３０９ Ｎ５５Ｑ（ＶＨ：配列番号１１３、ＶＬ：配列番号１６８）を、評価した。ＲＥＧＮ１０９８７およびＲＥＧＮ１０９３３を比較対照として含めた。手短に述べると、抗体をキネティクス緩衝液中、３ｕｇ／ｍｌで希釈し、プロテインＡセンサー上に７５秒間、負荷した。キネティクス緩衝液中での短時間の平衡ステップ後、負荷されたセンサーを、キネティクス緩衝液中５ｕｇ／ｍｌのＲＢＤバリアントを含有するウェル内に移動させ、３分の間、会合を記録した。複合体の解離をキネティクス緩衝液中で３分間、行った。データを図７１Ａ～７１Ｂに示す。「ＷＴ」＝Ｄ６１４Ｇを有するＷｕｈａｎ－Ｈｕ－１；下方横列の「三重変異体」＝Ｄ６１４Ｇを有し、かつ南アフリカバリアントＢ．１．３５１ ＲＢＤ変異Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４ＫおよびＮ５０１Ｙが加えられた、Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１。南アフリカバリアントＢ．１．３５１に存在する他の変異は、試験した「ＳＡ」ＲＢＤには存在しなかった。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントに対するＳ３０９抗体の中和を、ＭＬＶシュードウイルスとＴＭＰＲＳＳ２を発現するＶｅｒｏ－Ｅ６標的細胞とを使用して評価した。野生型Ｆｃを有するＳ３０９（ＶＨ：配列番号１０５、ＶＬ：配列番号１６８）、およびＭＬＮＳまたはＭＬＮＳ＋ＧＡＡＬＩＥ Ｆｃ変異を有するＳ３０９ Ｎ５５Ｑ（ＶＨ：配列番号１１３、ＶＬ：配列番号１６８）を、評価した。ＲＥＧＮ１０９８７、ＲＥＧＮ１０９３３、およびＲＥＧＮ１０９８７＋ＲＥＧＮ１０９３３の組合せも評価した。Ｓ３０９抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントを中和した。
上記の様々な実施形態を組み合わせて、さらなる実施形態を得ることができる。本明細書で参照するおよび／または出願データシートに収載する米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願、および非特許公表文献は、２０２０年６月１２日に出願された米国特許出願第６３／０３８，７３８号、２０２０年８月１８日に出願された米国特許出願第６３／０６６，９６６号、２０２１年１月２５日に出願された米国特許出願第６３／１４１，４３０号、２０２１年３月１０日に出願された米国特許出願第６３／１５９，４０４号、２０２１年５月７日に出願された米国特許出願第６３／１８６，０５５号、および２０２１年６月２日に出願された米国特許出願第６３／１９６，０８９号を含めて、それら全体が、参照により本明細書に組み込まれる。様々な特許、出願および公表文献の概念を利用するために必要に応じて実施形態の態様を変更して、またさらなる実施形態を得ることができる。
上記の詳細な説明に照らして、これらおよび他の変更を実施形態に加えることができる。一般に、下記の特許請求の範囲において使用する用語は、本特許請求の範囲を、本明細書および本特許請求の範囲で開示する特定の実施形態に限定するように解釈すべきでなく、当該特許請求の範囲に権利がある均等物の全範囲とともに全ての可能な実施形態を含むように解釈すべきである。したがって、本特許請求の範囲は、本開示によって限定されない。

Claims (90)

  1. 被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、
    宿主細胞の細胞表面上および／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる抗体または抗原結合断片を含む組成物の単一用量を、前記被験体に投与することを含み、
    前記抗体が、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、
    ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、
    （１）それぞれ、配列番号１０６、１２１、１０８、１６９、１７０、および１７１；または
    （２）それぞれ、配列番号１０６、１０７、１０８、１６９、１７０、および１７１
    に記載されるアミノ酸配列を含む、方法。
  2. 被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、有効量の（ｉ）宿主細胞の細胞表面上および／もしくはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる抗体または抗原結合断片、または（ｉｉ）（ｉｉ）（ａ）前記抗体もしくは抗原結合断片と（ｉｉ）（ｂ）薬学的に許容される賦形剤、キャリアーもしくは希釈剤とを含む組成物を、前記被験体に投与することを含み、
    前記抗体が、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＬＲ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、
    ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、
    （１）それぞれ、配列番号１０６、１２１、１０８、１６９、１７０、および１７１；または
    （２）それぞれ、配列番号１０６、１０７、１０８、１６９、１７０、および１７１
    に記載されるアミノ酸配列を含む、方法。
  3. （ｉ）の前記抗体もしくは抗原結合断片または（ｉｉ）の前記組成物の単一用量を前記被験体に投与することを含む、請求項２に記載の方法。
  4. 前記ＶＨが、配列番号１１３に記載されるアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが、配列番号１６８に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 前記ＶＨが、配列番号１０５に記載されるアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが、配列番号１６８に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  6. 前記抗体または抗原結合断片が、Ｆｃポリペプチドまたはその断片をさらに含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
  7. ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、またはＩｇＤアイソタイプである、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  8. ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４から選択されるＩｇＧアイソタイプである、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
  9. ＩｇＧ１アイソタイプである、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
  10. 前記Ｆｃポリペプチドまたはその断片が、
    （ｉ）変異であって、前記変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃＲｎへの結合を増強する変異；および／または
    （ｉｉ）変異であって、前記変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃγＲへの結合を増強する変異
    を含む、請求項６～９のいずれか一項に記載の方法。
  11. ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が、Ｍ４２８Ｌ；Ｎ４３４Ｓ；Ｎ４３４Ｈ；Ｎ４３４Ａ；Ｎ４３４Ｓ；Ｍ２５２Ｙ；Ｓ２５４Ｔ；Ｔ２５６Ｅ；Ｔ２５０Ｑ；Ｐ２５７Ｉ；Ｑ３１１Ｉ；Ｄ３７６Ｖ；Ｔ３０７Ａ；Ｅ３８０Ａ；またはこれらの任意の組合せを含む、請求項１０に記載の方法。
  12. ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が、
    （ｉ）Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ；
    （ｉｉ）Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ；
    （ｉｉｉ）Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌ；
    （ｉｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１Ｉ；
    （ｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｎ４３４Ｈ；
    （ｖｉ）Ｄ３７６Ｖ／Ｎ４３４Ｈ；
    （ｖｉｉ）Ｔ３０７Ａ／Ｅ３８０Ａ／Ｎ４３４Ａ；または
    （ｖｉｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の任意の組合せ
    を含む、請求項１０または１１に記載の方法。
  13. ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓを含む、請求項１０～１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. ＦｃγＲへの結合を増強する前記変異が、Ｓ２３９Ｄ；Ｉ３３２Ｅ；Ａ３３０Ｌ；Ｇ２３６Ａ；またはこれらの任意の組合せを含み、必要に応じて、Ｓ２３９Ｄを含まない、請求項１０～１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. ＦｃγＲへの結合を増強する前記変異が、
    （ｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；
    （ｉｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；
    （ｉｉｉ）Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；または
    （ｉｖ）Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ
    を含む、請求項１０～１４のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記抗体または抗原結合断片が、配列番号１７３または２６５のＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号１７４のＣＬアミノ酸配列を含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記抗体または抗原結合断片が、配列番号１７５または２６６のＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号１７４のＣＬアミノ酸配列を含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記抗体または抗原結合断片が、重鎖ポリペプチドおよび軽鎖ポリペプチドを含み、
    （ｉ）前記重鎖ポリペプチドが、配列番号１１３に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号１７３または２６５に記載されるＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列を含み；
    （ｉｉ）前記軽鎖が、配列番号１６８に記載されるＶＬアミノ酸配列、および配列番号１７４に記載されるＣＬアミノ酸配列を含み、
    必要に応じて、前記方法が、前記抗体または抗原結合断片の単一用量を前記被験体に投与することを含む、
    請求項１～１７のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記抗体または抗原結合断片が、重鎖ポリペプチドおよび軽鎖ポリペプチドを含み、
    （ｉ）前記重鎖ポリペプチドが、配列番号１１３に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号１７５または２６６に記載されるＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列を含み；
    （ｉｉ）前記軽鎖が、配列番号１６８に記載されるＶＬアミノ酸配列、および配列番号１７４に記載されるＣＬアミノ酸配列を含み、
    必要に応じて、前記方法が、前記抗体または抗原結合断片の単一用量を前記被験体に投与することを含む、
    請求項１～１７のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記被験体が、
    （ｉ）１８～４９歳である；
    （ｉｉ）１８歳またはそれより高齢である；
    （ｉｉｉ）軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している；
    （ｉｖ）重度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している；
    （ｖ）重度から重篤のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している；
    （ｖｉ）症状の開始から７日未満または５日もしくはそれより少ない日数しか経過していない；
    （ｖｉｉ）症状の開始から７日またはそれより長く経過した；
    （ｖｉｉｉ）逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応または抗原ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が陽性であったことがある；
    （ｉｘ）５５歳またはそれより高齢である；
    （ｘ）投薬を必要とする糖尿病、肥満（ボディーマスインデックス＞３０ｋｇ／ｍ２）、慢性腎疾患（推定糸球体濾過量＜６０ｍＬ／分／１．７３ｍ２）、うっ血性心不全（ニューヨーク心臓学会クラスＩＩもしくはそれより上）、慢性閉塞性肺疾患（慢性気管支炎、慢性閉塞性の肺疾患、もしくは労作時の呼吸困難を伴う肺気腫の病歴）、および中等度から重度の喘息（被験体が、症状を制御するために吸入ステロイドを必要とする、もしくは過去１年以内に経口ステロイド治療を受けた）のうちの１つまたは複数に罹患している；または
    （ｘｉ）（ｉ）～（ｘ）の任意の組合せである、
    請求項１～１９のいずれか一項に記載の方法。
  21. 前記抗体、抗原結合断片、または組成物を前記被験体に静脈内投与することを含む、請求項１～２０のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記抗体、抗原結合断片、または組成物を、前記被験体に、３０分、６０分または９０分にわたって静脈内投与することを含む、請求項２１に記載の方法。
  23. 前記抗体、抗原結合断片、または組成物を前記被験体に筋肉内投与することを含む、請求項１～２２のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記抗体または抗原結合断片を、前記被験体に、１００ｍｇ以下、１５０ｍｇ以下、２００ｍｇ以下、２５０ｍｇ以下、３００ｍｇ以下、３５０ｍｇ以下、４００ｍｇ以下、４５０ｍｇ以下、または５００ｍｇ以下の用量で投与することを含む、請求項１～２３のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記抗体または抗原結合断片を、前記被験体に、約５０ｍｇ～約５００ｍｇの範囲、または約５０ｍｇ～約２５０ｍｇの範囲、または約５０ｍｇ～約１００ｍｇの範囲、または約１００ｍｇ～約５００ｍｇの範囲、または約２５０ｍｇ～約５００ｍｇの範囲の用量で投与することを含む、請求項１～２４のいずれか一項に記載の方法。
  26. ５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５または５００ｍｇの前記抗体または抗原結合断片を前記被験体に投与することを含む、請求項１～２５のいずれか一項に記載の方法。
  27. ５０、１５０、２５０または５００ｍｇの前記抗体または抗原結合断片を前記被験体に投与することを含む、請求項１～２６のいずれか一項に記載の方法。
  28. ５００ｍｇの前記抗体または抗原結合断片を前記被験体に投与することを含む、請求項１～２７のいずれか一項に記載の方法。
  29. 前記抗体、抗原結合断片、または組成物を、前記被験体に、２、３、４、５、６、７、８、９もしくは１０回、またはそれより多い回数、投与することを含む、請求項１～２８のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記抗体、抗原結合断片、または組成物を前記被験体に複数回投与することを含み、第２のまたは次に続く投与が、第１のまたは先行する投与の約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約２４、約４８、約７４、約９６時間後またはそれより後に行われる、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が検査で（例えば、ＰＣＲ試験によって）確認された、１８歳またはそれより高齢である、請求項１～３０のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記被験体が、ＷＨＯ臨床重症度スコア、９点順序尺度による定義に従って、グレード４（入院している；マスクもしくは鼻プロングによる酸素）、５（入院している；非侵襲的換気を用いている、もしくは高流量の酸素）、６（入院している；挿管および機械的人工換気）、または７（換気および追加の臓器サポート－昇圧薬、腎代替療法（ＲＲＴ）、体外式膜型人工肺（ＥＣＭＯ））の臨床状態を有する、請求項１～３１のいずれか一項に記載の方法。
  33. 前記被験体が、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患している、請求項１～３１のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記被験体が、重度のＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクがある、請求項３３に記載の方法。
  35. 前記被験体への前記抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、前記被験体が、ＣＯＶＩＤ－１９による入院リスクが低下された状態になる、請求項３４に記載の方法。
  36. 前記被験体への前記抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による前記入院リスクが１０％またはそれより大きく低下される、請求項３５に記載の方法。
  37. 前記被験体への前記抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による前記入院リスクが２０％またはそれより大きく低下される、請求項３５に記載の方法。
  38. 前記被験体への前記抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による前記入院リスクが３０％またはそれより大きく低下される、請求項３５に記載の方法。
  39. 前記被験体への前記抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による前記入院リスクが４０％またはそれより大きく低下される、請求項３５に記載の方法。
  40. 前記被験体への前記抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による前記入院リスクが５０％またはそれより大きく低下される、請求項３５に記載の方法。
  41. 前記被験体への前記抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による前記入院リスクが６０％またはそれより大きく低下される、請求項３５に記載の方法。
  42. 前記被験体への前記抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による前記入院リスクが７０％またはそれより大きく低下される、請求項３５に記載の方法。
  43. 前記被験体への前記抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による前記入院リスクが８０％またはそれより大きく低下される、請求項３５に記載の方法。
  44. 前記被験体への前記抗体、抗原結合断片、または組成物の投与後、ＣＯＶＩＤ－１９による前記入院リスクが８５％またはそれより大きく低下される、請求項３５に記載の方法。
  45. 前記被験体が、重度のＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクを有するか、またはそのリスクがあり、必要に応じて、重度のＣＯＶＩＤ－１９が、（ｉ）１日より長い酸素補給を必要とする低酸素血症（室内空気でのＯ２飽和度≦９３％、もしくはＰａＯ２／ＦｉＯ２＜３００）、または（ｉｉ）≧４Ｌ／分の酸素補給もしくは同等の処置を必要とする被験体を含む、請求項１～４４のいずれか一項に記載の方法。
  46. 前記被験体が、重篤ＣＯＶＩＤ－１９に罹患しているか、またはそれに進行するリスクがあり、必要に応じて、重篤ＣＯＶＩＤ－１９が、侵襲的機械的人工換気およびＥＣＭＯの少なくとも一方を必要とする呼吸不全；ショック；ならびに多臓器機能不全／不全を含む、請求項１～４５のいずれか一項に記載の方法。
  47. 前記被験体が、症状の開始から７日未満である、請求項１～４６のいずれか一項に記載の方法。
  48. 前記被験体が、症状の開始から７日であるか、またはそれを超えている、請求項１～４６のいずれか一項に記載の方法。
  49. 前記被験体が、（ｉ）～（ｉｉｉ）：
    （ｉ）１８歳またはそれより高齢であり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が（任意の有効性が認められた任意の試験、例えばＲＴ－ＰＣＲ、により任意の検体タイプで）陽性である；
    （ｉｉ）（１）グレード４もしくはグレード５の疾患と一致する酸素補給もしくは非侵襲性換気が必要と定義される重度のＣＯＶＩＤ－１９疾患で入院しているか、または（２）機械的人工換気を用いている者（グレード６もしくはグレード７の疾患）と定義される重篤のＣＯＶＩＤ－１９疾患で入院している；
    （ｉｉｉ）男性または女性であり、必要に応じて、（１）女性が、非妊娠可能な女性（ＷＯＮＣＢＰ）であるか、または（２）妊娠可能な女性（ＷＯＣＢＰ）であり、避妊法を使用する、
    のうちのいずれか１つまたは複数である、請求項１～４８のいずれか一項に記載の方法。
  50. ５００ｍｇの前記抗体または抗原結合断片を前記被験体に投与することを含む、請求項１～４９のいずれか一項に記載の方法。
  51. 前記被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症が確認された人物に濃厚接触した、または濃厚接触している、請求項１～５０のいずれか一項に記載の方法。
  52. 処置することが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を予防することおよび／またはＣＯＶＩＤ－１９を予防することを含む、請求項１～５１のいずれか一項に記載の方法。
  53. 処置することが、前記被験体におけるＣＯＶＩＤ－１９の進行を予防することを含む、請求項１～５２のいずれか一項に記載の方法。
  54. 処置することが、症候性ＣＯＶＩＤ－１９の罹患および／または伝播を予防することを含む、請求項１～５３のいずれか一項に記載の方法。
  55. 処置することが、無症候性ＣＯＶＩＤ－１９の罹患および／または伝播を予防することを含む、請求項１～５３のいずれか一項に記載の方法。
  56. 前記被験体が、ＣＯＶＩＤ－１９に罹患するまたはそれが進行するリスクがある、請求項１～５５のいずれか一項に記載の方法。
  57. 処置することが、
    （１）咳、痰が出ること、喉の痛み、および息切れから選択される１つもしくは複数の急性呼吸器症状；または
    （２）３８℃より高い発熱；
    （３）次の症状：疲労、筋肉痛／関節痛、悪寒、悪心／嘔吐、下痢、および臭覚脱失／味覚異常のうちの２つもしくはそれより多くの症状
    を予防または低減することを含む、請求項１～５６のいずれか一項に記載の方法。
  58. 処置することが、次の症状：３８℃より高い発熱、悪寒、咳、喉の痛み、倦怠感、頭痛、筋肉痛、嗅覚および味覚の変化、鼻閉／鼻漏、嘔吐、下痢、労作時の息切れのうちの１つまたは複数を、予防または低減することを含む、請求項１～５７のいずれか一項に記載の方法。
  59. 前記被験体が、成人である、請求項１～５８のいずれか一項に記載の方法。
  60. 前記被験体が、１８歳もしくはそれより高齢である、または１９歳もしくはそれより高齢である、請求項１～５９のいずれか一項に記載の方法。
  61. 前記被験体が、５５歳であるかもしくはそれより高齢である、または６５歳であるかもしくはそれより高齢である、請求項１～６０のいずれか一項に記載の方法。
  62. 前記抗体、抗原結合断片、または組成物を前記投与することが、静脈内注入を含む、請求項１～６１のいずれか一項に記載の方法。
  63. 前記抗体、抗原結合断片、または組成物を投与することが、筋肉内注射を含む、請求項１～６２のいずれか一項に記載の方法。
  64. ２５０ｍｇの前記抗体または抗原結合断片を前記被験体に投与することを含む、請求項１～６３のいずれか一項に記載の方法。
  65. ５００ｍｇの前記抗体または抗原結合断片を前記被験体に投与することを含む、請求項１～６３のいずれか一項に記載の方法。
  66. 前記被験体が、軽度から中等度のＳＡＲＳ－２－ＣｏＶに感染しており（例えば、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患しており）、必要に応じて、重度の疾患に進行するリスクがある、請求項１～６５のいずれか一項に記載の方法。
  67. 前記被験体が、
    （ｉ）１２歳またはそれより高齢であり、
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が確認された人物と最後に接触したのが前記組成物の投与３日前以降である、
    請求項１～６６のいずれか一項に記載の方法。
  68. 前記被験体が、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患しており、前記方法が、前記抗体、抗原結合断片、または組成物の単一用量を前記被験体に筋肉内投与することを含む、請求項１～６７のいずれか一項に記載の方法。
  69. 前記単一用量が、前記抗体または抗原結合断片２５０ｍｇを含む、請求項６８に記載の方法。
  70. 前記単一用量が、前記抗体または抗原結合断片５００ｍｇを含む、請求項６８または６９に記載の方法。
  71. （ｉ）（ｉ）（ａ）前記被験体が、１２歳もしくはそれより高齢であり、ＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクが高いか、または（ｉ）（ｂ）前記被験体が、６５歳もしくはそれより高齢である；および／または
    （ｉｉ）前記被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果（例えば、ＰＣＲ試験による）が陽性であり、室内空気での酸素飽和度≧９４％を有し、ＣＯＶＩＤ－１９症状を有し、症状の開始から７日未満または７日である、
    請求項６８～７０のいずれか一項に記載の方法。
  72. （ｉ）（ｉ）（ａ）前記被験体が、１２歳もしくはそれより高齢であり、ＣＯＶＩＤ－１９に進行するリスクが高いか、または（ｉ）（ｂ）前記被験体が、６５歳もしくはそれより高齢であり；
    （ｉｉ）前記被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果（例えば、ＰＣＲ試験による）が陽性であり、室内空気での酸素飽和度≧９４％を有し、ＣＯＶＩＤ－１９症状を有し、症状の開始から７日未満または７日である、
    請求項１～７１のいずれか一項に記載の方法。
  73. 前記被験体が、入院しておらず、（ｉ）入院するおよび／または（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９が進行するリスクが高い、請求項１～７２のいずれか一項に記載の方法。
  74. 前記被験体が、
    （１）１２歳またはそれより高齢であり、必要に応じて、ＣＯＶＩＤ－１９が進行するリスクが高い；および／または
    （２）６５歳またはそれより高齢である、
    請求項１～７３のいずれか一項に記載の方法。
  75. 前記被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２試験の結果が陽性であったことがあり、室内空気での酸素飽和度≧９４％を有し、ＣＯＶＩＤ－１９症状を有し、症状の開始から７日未満または７日である、請求項１～７４のいずれか一項に記載の方法。
  76. 前記抗体または抗原結合断片が、前記抗体または抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドが安定にトランスフェクトされた細胞の非クローンプールから得られた、請求項１～７５のいずれか一項に記載の方法。
  77. 前記抗体または抗原結合断片が、クローンマスターセルバンクから得られた、請求項１～７５のいずれか一項に記載の方法。
  78. 前記被験体が、介護施設もしくは長期ケア施設の入居者である；ホスピス介護福祉士である；医療提供者もしくは医療従事者である；ファーストレスポンダーである；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していると診断されたもしくは感染している疑いがある被験体の、家族の一員もしくは他の濃厚接触者である；過体重もしくは医学的に言って肥満である；喫煙者である、または喫煙者であった；慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）に罹患している、もしくは罹患していた；喘息である（例えば、中等度から重度の喘息に罹患している）；自己免疫疾患もしくは状態（例えば、糖尿病）に罹患している；免疫系が損なわれている、もしくは免疫系が枯渇している（例えば、ＡＩＤＳ／ＨＩＶ感染、がん、例えば血液がん、リンパ球除去療法、例えば化学療法、骨髄もしくは臓器移植、または遺伝性免疫状態に起因して）；慢性肝疾患に罹患している；心血管疾患に罹患している；および／または肺もしくは心臓に欠陥がある；および／または他人に極めて接近して、例えば、工場、配送センター、病院環境などの場所で、働いている、もしくは別様に時間を過ごす、請求項１～７７のいずれか一項に記載の方法。
  79. 前記被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のワクチンを受けたことがあり、前記ワクチンが、例えば、前記被験体におけるワクチン後の感染または症状により、臨床診断または科学的もしくは規制基準により、効果がないと決定されている、請求項１～７８のいずれか一項に記載の方法。
  80. 前記被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のワクチンを受けたことがない、請求項１～７８のいずれか一項に記載の方法。
  81. 前記被験体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のために回復期血漿療法、レムデシビル、または両方を受けたことがある、請求項１～８０のいずれか一項に記載の方法。
  82. 処置が、曝露前または曝露前後の予防を含む、請求項１～８１のいずれか一項に記載の方法。
  83. 処置が、軽度から中等度の疾患に罹患している被験体に、必要に応じて外来患者の状況で、投与される、請求項１～８２のいずれか一項に記載の方法。
  84. 処置が、中等度から重度の疾患に罹患している被験体、例えば、入院を必要とする被験体に投与される、請求項１～８３のいずれか一項に記載の方法。
  85. 前記被験体が、ＣＯＶＩＤ－１９で入院している、請求項１～８４のいずれか一項に記載の方法。
  86. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している前記被験体が、軽度から中等度のＣＯＶＩＤ－１９に罹患しており；発熱、咳、疲労、息切れもしくは呼吸困難、筋肉の痛み、悪寒、喉の痛み、鼻水、頭痛、胸痛、味覚および／もしくは臭覚の消失、ならびにはやり目（結膜炎）、倦怠感、ならびに画像診断での異常のうちのいずれか１つもしくは複数を経験しており；臨床評価もしくは画像診断による下気道疾患の証拠、および海抜ゼロでの室内空気で９３パーセント（％）より高い（＞）酸素飽和度（ＳａＯ２）を有し；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス試験の結果が陽性であり、ならびに／または重度のＣＯＶＩＤ－１９および／もしくは入院に進行するリスクが高く、例えば、ヒト被験体が、（１）６５歳もしくはそれより高齢（≧６５）であり；３５もしくはそれより高い（≧３５）ボディーマスインデックス（ＢＭＩ）を有し；慢性腎疾患に罹患しており；糖尿病に罹患しており；（５）免疫抑制疾患に罹患しており、免疫抑制処置を受けており；５５歳またはそれより高齢（≧５５）であり、心血管疾患、高血圧、慢性閉塞性肺疾患、もしくは他の慢性呼吸器疾患を有し；および／または１２～１７歳であり、彼らの年齢および性別の値の≧８５％のＢＭＩ、または鎌状赤血球症、先天性もしくは後天性心疾患、神経発達障害（例えば、脳性麻痺）、医療関連の技術依存（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９に関係のない気管切開、胃瘻造設もしくは陽圧換気）、または管理のために日常の投薬を必要とする喘息、反応性気道もしくは他の慢性呼吸器疾患を有し；ＣＯＶＩＤ－１９である診断を最近（例えば、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日もしくは１４日以内に）受けており、および／または症状開始から１０日以内であり；または上述のもののいずれかの組合せを経験したことがある、もしくは経験している、請求項１～８５のいずれか一項に記載の方法。
  87. 前記被験体が、（ａ）１８歳もしくはそれより高齢であるか、または（ｂ）前記被験体が１８歳もしくはそれより高齢であることを条件として５５歳もしくはそれより若年である、請求項１～８５のいずれか一項に記載の方法。
  88. 前記被験体が、ＣＯＶＩＤ－１９感染が、例えば、任意のタイプの気道試料で、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ、例えば、ＲＴ－ＰＣＲ）試験陽性による検査で確認された者である、請求項１～８７のいずれか一項に記載の方法。
  89. 前記被験体が、末梢毛細血管酸素飽和度（ＳｐＯ２）＞９４％ 室内空気（ＲＡ）を有し、ＣＯＶＩＤ－１９の１つまたは複数の症状を≦１２０時間（５日間）経験したことがある、請求項１～８８のいずれか一項に記載の方法。
  90. 前記被験体が、さらに、レムデシビル、酸素補給、換気療法、呼吸療法、デキサメタゾン、トシリズマブ、またはこれらの任意の組合せを受けている、または受けたことがある、請求項１～８９のいずれか一項に記載の方法。
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