TW202204395A - 抗sars-cov-2之抗體及使用其之方法 - Google Patents

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戴維德 寇提
卡加 芬克
瑪蒂娜 貝特拉美洛
伊莉莎貝塔 卡麥隆尼
朵拉 平托
西羅 比安奇
馬泰奧 比薩托
法布里齊亞 扎塔
喬爾吉 斯內爾
納丁 楚德諾喬夫斯基
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美商維爾生物科技股份有限公司
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Abstract

本揭露內容提供可結合至SARS-CoV-2抗原,且在某些實施例中能夠中和SARS-CoV-2感染之抗體及其抗原結合片段。在某些實施例中,本發明所揭露之抗體能夠結合至多個薩貝冠狀病毒之S蛋白及/或中和藉由多個薩貝冠狀病毒引起之感染。亦提供編碼抗體或抗原結合片段之聚核苷酸、包含聚核苷酸之載體及宿主細胞、醫藥組成物及使用本發明所揭露之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞及組成物來治療或診斷諸如SARS-CoV-2感染之薩貝冠狀病毒感染的方法。

Description

抗SARS-COV-2之抗體及使用其之方法
關於序列表之聲明
以文本格式代替紙張複本提供與本申請案相關之序列表,且特此以引用之方式併入本說明書中。含有序列表之正文檔案之名稱為930585_407WO_SEQUENCE_LISTING.txt。2021年4月14日產生之正文檔案係約346 KB且經由EFS-Web以電子方式提交。
本發明係有關於抗SARS-COV-2之抗體及使用其之方法。
發明背景
2019年末一種新穎β冠狀病毒出現於中國武漢。截至2021年四月7日,已經確認全球有約1.32億感染此病毒(被稱為SARS-CoV-2及武漢冠狀病毒等其他名稱)案例,且已導致約287萬死亡。需要用於預防或治療SARS-CoV-2感染之型式及用於診斷SARS-CoV-2感染之診斷工具。
依據本發明之一實施例,係特地提出一種抗體或其抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3,其中: (i)   該CDRH1包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 409、23、33、38、46、53、55、63、70、72、83、93、103、113、123、137、147、160、166、181、191、201、211、221、233、243、268、305、315、325、330、335、349、359、369、379、389、399、419或449中之任一者之胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其一序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸之一取代; (ii)  該CDRH2包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 410、24、31、36、39、48、51、56、65、67、73、83、93、103、113、123、137、147、161、167、182、192、202、212、222、234、244、263、269、285、287、289、293、299、301、306、316、326、331、336、350、360、370、380、390、400、420、447、457中之任一者之胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其一序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸之一取代; (iii)該CDRH3包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 411、25、40、57、74、84、94、104、114、124、138、148、156、162、168、183、193、203、213、223、235、245、254、257、259、261、265、271、273、275、277、279、281、290、294、296、307、317、324、327、332、337、351、361、371、381、391、401、421或435中之任一者之胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其一序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸之一取代; (iv) 該CDRL1包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 413、27、42、59、76、86、96、106、116、126、140、150、163、169、185、195、205、215、225、237、247、309、319、328、333、338、353、363、373、383、393、403或423中之任一者之胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其一序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸之一取代; (v)  該CDRL2包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 414、28、43、60、77、87、97、107、117、127、141、151、164、170、186、196、206、216、226、238、248、310、320、329、334、339、354、364、374、384、394、404、424或440中之任一者之胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其一序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸之一取代;及/或 (vi) 該CDRL3包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 415、29、44、61、78、88、98、108、118、128、142、152、165、171、187、197、207、217、227、239、249、283、303、311、321、355、365、375、385、395、405或425中之任一者之胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其一序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸之一取代, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至表現於一宿主細胞之一細胞表面上、一SARS-CoV-2病毒粒子上,或二者上之一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
較佳實施例之詳細說明
本發明提供一種抗體及抗原結合片段,其能夠結合至SARS-CoV-2冠狀病毒(例如,在SARS-CoV-2病毒粒子中及/或表現於宿主細胞,諸如藉由SARS-CoV-2冠狀病毒感染之細胞之表面上的如本文所述之SARS-CoV-2表面醣蛋白及/或RBD)。宿主細胞可為例如肺細胞、CHO細胞(諸如經轉染以表現表面醣蛋白之ExpiCHO細胞)或其類似物。在某些實施例中,本發明所揭露之抗體及抗原結合片段可中和活體外感染模型及/或人類個體中之SARS-CoV-2感染。
在某些實施例中,本發明所揭露之抗體及抗原結合片段能夠結合至及/或中和二個、三個或更多個薩貝冠狀病毒及/或SARS-CoV-2病毒,諸如分枝系1a之薩貝冠狀病毒、分枝系1b之薩貝冠狀病毒、分枝系2之薩貝冠狀病毒、分枝系3之薩貝冠狀病毒及/或SARS-CoV-2之變異體。
亦提供編碼抗體及抗原結合片段之聚核苷酸、載體、宿主細胞及相關組成物,以及使用該等抗體、核酸、載體、宿主細胞及相關組成物來治療(例如,降低、延遲、消除或預防)個體之SARS-CoV-2感染的方法及/或用於製造用以治療個體之SARS-CoV-2感染的藥劑。
本文進一步提供能夠結合至多個薩貝冠狀病毒(例如,一或多個(例如,一個、二個、三個、四個、五個、六個、或更多個)不同薩貝冠狀病毒病毒粒子及/或表現於藉由二個或更多個薩貝冠狀病毒感染之細胞的表面上之如本文所述之表面醣蛋白)的抗體及抗原結合片段。在某些實施例中,本發明所揭露之抗體及抗原結合片段可中和活體外感染模型及/或人類個體中之藉由二個或更多個薩貝冠狀病毒引起之感染。亦提供編碼抗體及抗原結合片段之聚核苷酸、載體、宿主細胞及相關組成物,以及使用該等抗體、核酸、載體、宿主細胞及相關組成物來治療(例如,降低、延遲、消除或預防)個體之藉由二個或更多個薩貝冠狀病毒感染的方法及/或用於製造用以治療個體之藉由二個或更多個薩貝冠狀病毒感染的藥劑。
在更詳細闡述本揭露內容之前,其理解可有助於提供本文中待使用之某些術語的定義。其他定義闡述於整篇本揭露內容中。
如本文所用,「薩貝冠狀病毒」係指在譜系B內之任何β冠狀病毒,且包括分枝系1a、分枝系1b、分枝系2及分枝系3中之譜系B病毒。分枝系1a薩貝冠狀病毒之實例為SARS-CoV及蝙蝠SARS樣冠狀病毒WIV1 (WIV1)。分枝系1b薩貝冠狀病毒之實例為SARS-CoV-2、RatG13、穿山甲-Guanxi-2017 (PANG/GX)及穿山甲-Guangdon-2019 (PANG/GD)。分枝系2薩貝冠狀病毒之實例為蝙蝠ZC45 (ZC45)、蝙蝠ZXC21 (ZXC21)、YN2013及RmYN02。分枝系3薩貝冠狀病毒之實例為BtkY72及BGR2008。
在一些實施例中,抗體或其抗原結合片段能夠結合至:分枝系1a之薩貝冠狀病毒(例如,SARS-CoV、WIV1或二者);分枝系1b之薩貝冠狀病毒(例如,SARS-CoV-2、RatG13、穿山甲-Guanxi-2017 (PANG/GX)、穿山甲-Guangdon-209或其任何組合);分枝系2之薩貝冠狀病毒;或分枝系3之薩貝冠狀病毒。
在某些其他實施例中,抗體或其抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2變異體;例如N501Y變異體;Y453F變異體;N439K變異體;K417V變異體;N501Y-K417N-E484K變異體;E484K變異體;加利福尼亞變異體;巴西變異體;瑞士變異體;或其任何組合。
在一些實施例中,抗體或其抗原結合片段能夠以約12 ng/ml、約12.5 ng/ml或約13 ng/ml之IC50抑制人類ACE2與薩貝冠狀病毒(例如,SARS-CoV-2)受體結合域(RBD)之間的結合相互作用。
如本文所用,「SARS-CoV-2」,在本文中亦稱為「武漢海產食品市場肺炎病毒」或「武漢冠狀病毒」或「武漢CoV」或「新穎CoV」或「nCoV」或「2019 nCoV」或「武漢nCoV」,為一種咸信具有譜系B (薩貝冠狀病毒)之β冠狀病毒。2019年末,在中國湖北省武漢市首次識別到SARS-CoV-2,且到2020年年初,在中國境內及世界其他地區傳播。SARS-CoV-2感染之症狀包括發熱、乾咳及呼吸困難。
SARS-CoV-2分離株Wuhan-Hu-1之基因體序列提供於SEQ ID NO.:1 (亦參見GenBank MN908947.3,2020年一月23日)中,且基因體之胺基酸轉譯提供於SEQ ID NO.:2 (亦參見GenBank QHD43416.1,2020年一月23日)中。如同其他冠狀病毒(例如,SARS-CoV-1),SARS-CoV-2包含含有受體結合域(RBD)之「刺突」或表面(「S」) I型跨膜醣蛋白。咸信RBD藉由結合至細胞表面受體血管收縮素轉化酶2 (ACE2)介導譜系B SARS冠狀病毒進入呼吸上皮細胞。特定言之,咸信病毒RBD中之受體結合模體(RBM)與ACE2相互作用。
SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1表面醣蛋白之胺基酸序列提供於SEQ ID NO.:3中。本揭露內容之抗體及抗原結合片段能夠結合至SARS CoV-2表面醣蛋白(S),諸如Wuhan-Hu-1之表面醣蛋白(S)。舉例而言,在某些實施例中,抗體或抗原結合片段結合至Wuhan-Hu-1 S蛋白RBD中之表位。
SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 RBD之胺基酸序列提供於SEQ ID NO.:4中。SARS-CoV-2 S蛋白與SARS-CoV S蛋白具有約73%胺基酸序列一致性。SARS-CoV-2 RBM之胺基酸序列提供於SEQ ID NO.:5中。SARS-CoV-2 RBD與SARS-CoV-1 RBD具有約75%至77%胺基酸序列相似性,且SARS-CoV-2 RBM與SARS-CoV RBM具有約50%胺基酸序列相似性。
除非本文中另外規定,否則SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1係指包含任擇地具有SEQ ID NO.:1中所闡述之基因體序列的SEQ ID NO.:2、3及4中之任一者或多者中所闡述之胺基酸序列的病毒。
已出現多種新興SARS-CoV-2變異體。一些SARS-CoV-2變異體含有N439K突變,該突變增強與人類ACE2受體之結合親和力(Thomson, E.C.等人,The circulating SARS-CoV-2 spike variant N439K maintains fitness while evading antibody-mediated immunity. bioRxiv, 2020)。一些SARS-CoV-2變異體含有與增加之傳播性相關的N501Y突變,包括分別發現於英國及南非的譜系B.1.1.7 (亦稱為20I/501Y.V1及VOC 202012/01;(del69-70、del144、N501Y、A570D、D614G、P681H、T716I、S982A及D1118H突變))及B.1.351 (亦稱為20H/501Y.V2;L18F、D80A、D215G、R246I、K417N、E484K、N501Y、D614G及A701V突變)(Tegally, H.,等人, Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv, 2020: p. 2020.12.21.20248640;Leung, K.,等人, Early empirical assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. medRxiv, 2020: p. 2020.12.20.20248581)。B.1.351亦包括在SARS-CoV2刺突蛋白之RBD域中的二個其他突變K417N及E484K (Tegally, H.等人, Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv, 2020: p. 2020.12.21.20248640)。其他SARS-CoV-2變異體包括譜系B.1.1.28,其在巴西首次報導;變異體P.1,譜系B.1.1.28 (亦稱為20J/501Y.V3),其在日本首次報導;變異體L452R,其在美國加利福尼亞首次報導(Pan American Health Organization, Epidemiological update: Occurrence of variants of SARS-CoV-2 in the Americas,2021年一月20日,可在reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/2021-jan-20-phe-epi-update-SARS-CoV-2.pdf獲得)。其他SARS-CoV-2變異體包括分枝系19A之SARS CoV-2;分枝系19B之SARS CoV-2;分枝系20A之SARS CoV-2;分枝系20B之SARS CoV-2;分枝系20C之SARS CoV-2;分枝系20D之SARS CoV-2;分枝系20E (EU1)之SARS CoV-2;分枝系20F之SARS CoV-2;分枝系20G之CoV-2;SARS CoV-2 B1.1.207;及Rambaut, A.等人, A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nat Microbiol 5, 1403-1407 (2020)中所述之其他SARS CoV-2譜系。前述SARS-CoV-2變異體及其胺基酸及核苷酸序列以引用的方式併入本文中。
SARS-CoV為引起感染個體中之呼吸道症狀的譜系B (薩貝冠狀病毒)之另一β冠狀病毒。SARS-CoV Urbani菌株之基因體序列具有GenBank寄存編號AAP13441.1。SARS-CoV表面醣蛋白(「S蛋白」)之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 450中。
在本說明書中,除非另外指明,否則任何濃度範圍、百分比範圍、比率範圍或整數範圍應理解為包括在所列舉範圍內之任何整數值及(在適當時)其分數(諸如整數之十分之一及百分之一)。此外,除非另外指明,否則本文中所述之與諸如聚合物次單位、尺寸或厚度之任何物理特徵相關之任何數值範圍理解為包括所述範圍內之任何整數。如本文所用,除非另外指明,否則術語「約」意謂指定範圍、值或結構之±20%。應理解,如本文中所使用之術語「一(a/an)」係指所列舉之組分之「一或多者」。應瞭解,替代物(例如「或」)之使用意謂替代物之一者、二者或其任何組合。如本文所用,術語「包括」、「具有」及「包含」同義地使用,該等術語及其變化形式意欲被理解為非限制性的。
「任擇的」或「任擇地」意謂隨後描述之可能發生或可能不發生之要素、組分、事件或狀況,且該說明書包括該要素、組分、事件或狀況發生之情況及不發生之情況。
另外,應理解,來源於本文所述之結構及次單位之各種組合的個別構築體或構築體之群體係由本申請案揭露,其程度如同各構築體或構築體之群體單獨地闡述一般。因此,特定結構或特定次單位之選擇在本揭露內容之範疇內。
術語「主要由…組成」不同於「包含」,且係指主張之指定物質或步驟,或實質上不影響所主張之標的物的基本特徵的物質或步驟。舉例而言,當蛋白質域、區域、模組或蛋白質之胺基酸序列包括延伸、刪除、突變或其組合(例如,在胺基或羧基末端處或在域之間的胺基酸)時,域、區域或模組(例如結合域)或蛋白質「基本上由特定胺基酸序列組成」,其組合地佔域、區域、模組或蛋白質之長度的至多20% (例如,至多15%、10%、8%、6%、5%、4%、3%、2%或1%)且不實質上影響(亦即,活性降低不超過50%,諸如不超過40%、30%、25%、20%、15%、10%、5%或1%)域、區域、模組或蛋白質之活性(例如,結合蛋白質之目標結合親和力)。
如本文所用,「胺基酸」係指天然存在及合成之胺基酸,以及以類似於天然存在之胺基酸的方式起作用的胺基酸類似物及胺基酸模擬物。天然存在之胺基酸為由遺傳密碼編碼之胺基酸以及之後經修飾之彼等胺基酸,例如羥基脯胺酸、γ-羧基麩胺酸及O-磷絲胺酸。胺基酸類似物係指具有與天然存在之胺基酸相同之基本化學結構(亦即α-碳與氫、羧基、胺基及R基團結合)的化合物,例如高絲胺酸、正白胺酸、甲硫胺酸亞碸、甲硫胺酸甲基鋶。此等類似物具有經修飾之R基團(例如正白胺酸)或經修飾之肽主鏈,然而保持與天然存在之胺基酸相同之基本化學結構。胺基酸模擬物係指具有與胺基酸之一般化學結構不同之結構,但以與天然存在之胺基酸類似之方式發揮功能的化合物。
如本文所用,「突變」係指核酸分子或多肽分子之序列分別與參考或野生型核酸分子或多肽分子相比的變化。突變可引起若干不同類型之序列的變化,包括核苷酸或胺基酸之取代、插入或刪除。
「守恆取代」係指不顯著影響或改變特定蛋白質之結合特徵的胺基酸取代。通常,守恆取代為經取代之胺基酸殘基置換為具有類似側鏈之胺基酸殘基的取代。守恆取代包括在以下組中之一者中發現之取代:第1組;丙胺酸(Ala或A)、甘胺酸(Gly或G)、絲胺酸(Ser或S)、蘇胺酸(Thr或T);第2組:天冬胺酸(Asp或D)、麩胺酸(Glu或Z);第3組:天冬醯胺(Asn或N)、麩醯胺(Gln或Q);第4組:精胺酸(Arg或R)、離胺酸(Lys或K)、組胺酸(His或H);第5組:異白胺酸(Ile或I)、白胺酸(Leu或L)、甲硫胺酸(Met或M)、纈胺酸(Val或V);及第6組:苯丙胺酸(Phe或F)、酪胺酸(Tyr或Y)、色胺酸(Trp或W)。另外地或可替代地,胺基酸可藉由類似功能、化學結構或組成(例如,酸性、鹼性、脂族、芳族或含硫)分至守恆取代組中。舉例而言,脂族分組可包括出於取代之目的的Gly、Ala、Val、Leu及Ile。其他守恆取代組包括:含硫:Met及半胱胺酸(Cys或C);酸性:Asp、Glu、Asn及Gln;小脂族、非極性或略微極性殘基:Ala、Ser、Thr、Pro及Gly;極性、帶負電殘基及其醯胺:Asp、Asn、Glu及Gln;極性、帶正電殘基:His、Arg及Lys;大脂族、非極性殘基:Met、Leu、Ile、Val及Cys;及大芳族殘基:Phe、Tyr及Trp。額外資訊可見於Creighton (1984) Proteins, W.H. Freeman and Company。
如本文所用,「蛋白質」或「多肽」係指胺基酸殘基之聚合物。蛋白質適用於天然存在之胺基酸聚合物,以及適用於其中一或多個胺基酸殘基為相應天然存在之胺基酸的人工化學模擬物的胺基酸聚合物,及非天然存在之胺基酸聚合物。亦涵蓋本揭露內容之蛋白質、肽及多肽的變異體。在某些實施例中,變異體蛋白質、肽及多肽包含或由與本文所述之經定義或參考胺基酸序列的胺基酸序列至少70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或99.9%一致的胺基酸序列組成。
「核酸分子」或「聚核苷酸」或「聚核酸」係指包括由天然次單位(例如,嘌呤或嘧啶鹼基)或非天然次單位(例如,**口末**啉環)組成之經共價連接的核苷酸的聚合化合物。嘌呤鹼基包括腺嘌呤、鳥嘌呤、次黃嘌呤及黃嘌呤,且嘧啶鹼基包括尿嘧啶、胸(腺)嘧啶及胞嘧啶。核酸分子包括聚核糖核酸(RNA),其包括mRNA、微小RNA、siRNA、病毒基因體RNA及合成RNA;及聚脫氧核糖核苷酸(DNA),其包括cDNA、基因體DNA及合成DNA;其中之任一者可為單股或雙股。若為單股,則核酸分子可為編碼股或非編碼(反義)股。編碼胺基酸序列之核酸分子包括編碼相同胺基酸序列之所有核苷酸序列。核苷酸序列之一些型式亦可包括內含子,其達到經由共轉錄或轉錄後機制移除內含子的程度。換言之,由於遺傳密碼之冗餘或簡併或藉由剪接,不同核苷酸序列可編碼相同胺基酸序列。
亦涵蓋本揭露內容之核酸分子的變異體。變異體核酸分子為與本文所述之經定義或參考聚核苷酸的核酸分子至少70%、75%、80%、85%、90%,且較佳95%、96%、97%、98%、99%或99.9%一致,或在約65-68ºC下在0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉或在約42ºC下0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉及50%羧醯胺的嚴格雜交條件下與聚核苷酸雜交。核酸分子變異體保留編碼具有本文所述之官能性之其結合域,諸如結合目標分子的能力。
「序列一致性百分比」係指如藉由比較序列確定之在二個或更多個序列之間的關係。確定序列一致性之較佳方法經設計以給出在所比較序列之間的最大匹配。舉例而言,出於最佳比較目的來比對序列(例如,可在第一及第二胺基酸或核酸序列中的一者或二者中引入間隔以用於最佳比對)。此外,出於比較目的可忽略非同源序列。除非另外指明,否則根據參考序列之長度計算本文所提及之序列一致性百分比。用以確定序列一致性及相似性之方法可見於公開可用的電腦程式中。序列比對及百分比一致性計算可使用BLAST程式(例如,BLAST 2.0、BLASTP、BLASTN或BLASTX)進行。用於BLAST程式中之數學算法可見於Altschul等人, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402, 1997。在本揭露內容之上下文內,將理解,當序列分析軟體用於分析時,分析結果係基於所參考之程式的「預設值」。「預設值」意謂最初在首次初始化時使用軟體加載之任何值或參數集。
術語「經分離」意謂自其初始環境(例如若其為天然存在的,則為天然環境)中移除該物質。舉例而言,存在於活動物中之天然存在之核酸或多肽為未經分離的,但與天然系統中之一些或所有共存物質分離的相同核酸或多肽為經分離的。此類核酸可為載體之一部分及/或此類核酸或多肽可為組成物(例如細胞溶解物)之一部分,且仍經分離,因為此類載體或組成物不為核酸或多肽之天然環境的一部分。
術語「基因」意謂涉及產生多肽鏈之DNA或RNA片段;在某些情況下,其包括在編碼區之前及之後的區域(例如,5'非轉譯區(UTR)及3' UTR),以及個別編碼片段(外顯子)之間的介入序列(內含子)。
「功能變異體」係指在結構上類似或在結構上實質上類似於本揭露內容之親代或參考化合物,但在組成(例如,一個鹼基、原子或官能基不同、經添加或移除)方面略微不同的多肽或聚核苷酸,使得該多肽或經編碼多肽能夠以至少50%效率,較佳地親代多肽之活性的至少55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%或100%位準,進行親代多肽之至少一個功能。換言之,當功能變異體與親代或參考多肽相比在所選分析中,諸如用於量測結合親和力之分析(例如,量測締合(Ka)或解離(KD )常數之Biacore®或四聚體染色),展現出效能減小不超過50%時,本揭露內容之多肽或經編碼多肽的功能變異體具有「類似結合」、「類似親和力」或「類似活性」。
如本文所用,「功能部分」或「功能片段」係指包含僅親代或參考化合物之域、部分或片段的多肽或聚核苷酸,且多肽或經編碼多肽保持與親代或參考化合物之域、部分或片段相關之至少50%活性,較佳地為至少親代多肽之活性的55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%或100%位準,或提供生物效益(例如,效應功能)。當功能部分或片段與親代或參考多肽相比,展現出效能減小不超過50%時(關於親和力,與親代或參考相比較佳不超過20%或10%,或不超過對數差異),本揭露內容之多肽或經編碼多肽的「功能部分」或「功能片段」具有「類似結合」或「類似活性」。
如本文所用,術語「經工程化」、「重組」或「非天然」係指包括至少一個基因改變或藉由引入外源性或異源性核酸分子而經修飾之生物體、微生物、細胞、核酸分子或載體,其中此類改變或修飾藉由基因工程化(亦即,人工干預)來引入。基因改變包括例如引入編碼功能性RNA、蛋白質、融合蛋白質或酶類之可表現的核酸分子的修飾,或其他核酸分子添加、刪除、取代或細胞之基因物質的其他功能性破壞。額外修飾包括例如非編碼調節區,其中修飾改變聚核苷酸、基因或操縱子之表現。
如本文所用,「異源性」或「非內源性」或「外源性」係指並非宿主細胞或個體原生的任何基因、蛋白質、化合物、核酸分子或活性,或已被改變的宿主細胞或個體原生的任何基因、蛋白質、化合物、核酸分子或活性。異源性、非內源性或外源性包括已突變或以其他方式改變使得結構、活性或二者在原生與改變的基因、蛋白質、化合物或核酸分子之間不同的基因、蛋白質、化合物或核酸分子。在某些實施例中,異源性、非內源性或外源性基因、蛋白質或核酸分子(例如,受體、配位體等)可能不對宿主細胞或個體為內源性的,但實際上,編碼此類基因、蛋白質或核酸分子之核酸可藉由共軛、轉型、轉染、電穿孔或其類似方式添加至宿主細胞,其中經添加之核酸分子可整合至宿主細胞基因體中或可以染色體外基因物質之形式存在(例如,作為質體或其他自我複製載體)。術語「同源性」或「同源物」係指見於或衍生自宿主細胞、物種或菌株之基因、蛋白質、化合物、核酸分子或活性。舉例而言,異源性或外源性聚核苷酸或編碼多肽之基因可與原生聚核苷酸或基因同源,且對同源性多肽或活性編碼,但聚核苷酸或多肽可具有改變的結構、序列、表現位準或其任何組合。非內源性聚核苷酸或基因以及經編碼多肽或活性可來自相同物種、不同物種或其組合。
在某些實施例中,若其已改變或突變,則宿主細胞原生之核酸分子或其部分將視為對宿主細胞為異源的,或若其已經異源表現控制序列改變或已經通常不與宿主細胞原生之核酸分子相關的內源性表現控制序列改變,則宿主細胞原生之核酸分子可視為異源的。另外,術語「異源性」可指與宿主細胞不同、改變或不為內源性的生物活性。如本文所述,超過一個異源核酸分子可作為單獨核酸分子、作為多個單獨受控基因、作為多順反子核酸分子、作為編碼融合蛋白質之單核酸分子或其任何組合引入至宿主細胞中。
如本文所用,術語「內源性」或「原生」係指通常存在於宿主細胞或個體中之聚核苷酸、基因、蛋白質、化合物、分子或活性。
如本文所用之術語「表現」係指基於核酸分子,諸如基因之編碼序列產生多肽之方法。方法可包括轉錄、轉錄後控制、轉錄後修飾、轉譯、轉譯後控制、轉譯後修飾,或其任何組合。經表現核酸分子通常可操作地連接至表現控制序列(例如,啟動子)。
術語「可操作地連接」係指單一核酸片段上之二個或更多個核酸分子結合,使得一者之功能受另一者影響。舉例而言,在啟動子能夠影響編碼序列之表現時,該啟動子可操作地與該編碼序列連接(亦即編碼序列在該啟動子之轉錄控制下)。「不連接」意謂相關基因要素彼此不緊密相關,且一者之功能不影響另一者。
如本文所述,超過一個異源核酸分子可作為單獨核酸分子、作為多個單獨受控基因、作為多順反子核酸分子、作為編碼融合蛋白質(例如,抗體之重鏈)之單核酸分子或其任何組合引入至宿主細胞中。當二個或更多個異源核酸分子引入至宿主細胞中時,應理解,二個或更多個異源核酸分子可作為在單獨載體上之單核酸分子(例如,在單一載體上)引入,在單個位點或多個位點處整合至宿主染色體中,或其任何組合。所提及之異源核酸分子或蛋白質活性的數目係指編碼核酸分子之數目或蛋白質活性之數目,而非引入至宿主細胞中之單獨核酸分子之數目。
術語「構築體」係指含有重組核酸分子(或當上下文清楚地指示時,本揭露內容之融合蛋白質)之任何聚核苷酸。(聚核苷酸)構築體可存在於載體(例如,細菌載體、病毒載體)中,或可整合至基因體中。「載體」為能夠輸送另一核酸分子之核酸分子。載體可為例如質體、黏質體、病毒、RNA載體或線性或環狀DNA或RNA分子,其可包括染色體、非染色體、半合成或合成核酸分子。本揭露內容之載體亦包括轉位子系統(例如,Sleeping Beauty,參見例如,Geurts等人, Mol. Ther. 8:108, 2003: Mátés等人, Nat. Genet. 41:753, 2009)。例示性載體為能夠自主複製(附加型載體)、能夠將聚核苷酸遞送至細胞基因體(例如,病毒載體)或能夠表現其所連接之核酸分子(表現載體)的載體。
如本文所用,「表現載體」或「載體」係指含有可操作地連接至適合之控制序列的核酸分子的DNA構築體,該控制序列能夠實現適合之宿主中核酸分子之表現。此類控制序列包括實現轉錄之啟動子、控制此類轉錄之任擇的操縱序列、編碼適合之mRNA核糖體結合位點之序列及控制轉錄及轉譯終止之序列。載體可為質體、噬菌體粒子、病毒或僅潛在的基因體插入。一旦轉型至適合之宿主中,載體可獨立於宿主基因體複製及起作用,或可在某些情況下整合至基因體自身中,或將載體中所含之聚核苷酸遞送至不具有載體序列之基因體中。在本發明書中,「質體」、「表現質體」、「病毒」及「載體」通常可互換地使用。
在將核酸分子插入至細胞中之上下文中,術語「引入」意謂「轉染」、「轉型」或「轉導」,且包括提及到將核酸分子併入至真核或原核細胞中,其中該核酸分子可併入至細胞之基因體(例如,染色體、質體、色素體或粒線體DNA)中,轉化成自主複製子或暫時表現(例如,經傳染mRNA)。
在某些實施例中,本揭露內容之聚核苷酸可以可操作方式連接至載體之某一要素。舉例而言,實現所接合之編碼序列的表現及加工所需的聚核苷酸序列可以可操作方式連接。表現控制序列可包括適當轉錄起始、終止、啟動子及強化子序列;有效RNA加工訊號,諸如剪接及聚腺苷酸化訊號;使細胞質mRNA穩定之序列;增強轉譯效率之序列(亦即克紮克共有序列(Kozak consensus sequence));增強蛋白質穩定性之序列;及增強蛋白質分泌之可能的序列。若表現控制序列與感興趣的基因及以反式或在一定距離下作用以控制感興趣的基因的表現控制序列鄰接,則表現控制序列可以可操作方式連接。
在某些實施例中,載體包含質體載體或病毒載體(例如,慢病毒載體或γ-反轉錄病毒載體)。病毒載體包括反轉錄病毒;腺病毒;小病毒(例如腺相關病毒);冠狀病毒;負股RNA病毒,諸如正黏病毒(例如流感病毒)、棒狀病毒(例如狂犬病及水泡性口炎病毒)、副黏病毒(例如麻疹及仙台);正股RNA病毒,諸如小RNA病毒及α病毒;及雙股DNA病毒,包括腺病毒、疱疹病毒(例如1型及2型單純疱疹病毒、埃-巴二氏病毒(Epstein-Barr virus)、細胞巨大病毒)及痘病毒(例如牛痘、禽痘及金絲雀痘)。其他病毒包括例如諾沃克病毒(Norwalk virus)、披衣病毒、黃病毒、呼腸孤病毒、乳多泡病毒、嗜肝DNA病毒及肝炎病毒。反轉錄病毒之實例包括:鳥類白血病性肉瘤性病毒、哺乳動物C型病毒、B型病毒、D型病毒、HTLV-BLV群、慢病毒、泡沫病毒(Coffin, J. M., Retroviridae: The viruses and their replication, Fundamental Virology, 第三版, B.N.Fields等人編, Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, 1996)。
「反轉錄病毒」為具有RNA基因體之病毒,該RNA基因體使用逆轉錄酶反轉錄至DNA中,隨後將反轉錄DNA併入至宿主細胞基因體中。「γ逆轉錄病毒屬」係指逆轉錄病毒科之屬。γ反轉錄病毒之實例包括小鼠幹細胞病毒、鼠類白血病病毒、貓白血病病毒、貓肉瘤病毒及禽類網狀內皮細胞增生病毒。
「慢病毒載體」包括用於基因遞送之HIV類慢病毒載體,其可為整合或未整合的,具有相對較大封裝能力,且可轉導一系列不同細胞類型。慢病毒載體通常在將三個(封裝、包膜及轉移)或更多個質體短暫轉染至生產細胞中之後產生。與HIV相同,慢病毒載體經由病毒表面醣蛋白與細胞表面上之受體的相互作用而進入標靶細胞。在進入後,病毒RNA進行反轉錄,此係由病毒反轉錄酶複合體所介導。反轉錄之產物為雙股線性病毒DNA,其為整合至感染細胞之DNA中病毒之受質。
在某些實施例中,病毒載體可為γ逆轉錄病毒屬,例如莫洛尼鼠類白血病病毒(MLV)衍生之載體。在其他實施例中,病毒載體可為更複雜反轉錄病毒衍生之載體,例如慢病毒衍生之載體。HIV-1衍生之載體屬於此類別。其他實例包括衍生自HIV-2、FIV、馬感染性貧血病毒、SIV及馬迪-維斯納病毒(Maedi-Visna virus) (綿羊慢病毒)之慢病毒載體。使用反轉錄病毒及慢病毒病毒載體及封裝細胞以便用含有轉殖基因之病毒粒子轉導哺乳動物宿主細胞的方法為此項技術中已知的且先前已描述於例如以下中:美國專利第8,119,772號;Walchli等人, PLoS One 6:327930, 2011;Zhao等人, J. Immunol. 174:4415, 2005;Engels等人, Hum. Gene Ther. 14:1155, 2003;Frecha等人, Mol. Ther. 18:1748, 2010;及Verhoeyen等人, Methods Mol. Biol. 506:97, 2009。反轉錄病毒及慢病毒載體構築體及表現系統亦為可商購的。其他病毒載體亦可用於包括DNA病毒載體之聚核苷酸遞送,該等DNA病毒載體包括例如腺病毒類載體及腺相關病毒(AAV)類載體;衍生自單純疱疹病毒(HSV)之載體,包括擴增子載體、複製缺陷型HSV及減毒性HSV (Krisky等人, Gene Ther. 5:1517, 1998)。
可用於本揭露內容之組成物及方法的其他載體包括衍生自桿狀病毒及α-病毒之載體。(Jolly, D J. 1999. Emerging Viral Vectors.第209-40頁in Friedmann T.編輯. The Development of Human Gene Therapy. New York: Cold Spring Harbor Lab),或質體載體(諸如睡美人或其他轉位子載體)。
當病毒載體基因體包含待在宿主細胞中表現之多個聚核苷酸作為單獨轉錄物時,病毒載體亦可包含在二個(或更多個)轉錄物之間允許雙順反子或多順反子表現的額外序列。用於病毒載體之此類序列的實例包括內部核糖體入口位點(IRES)、弗林裂解位點、病毒2A肽或其任何組合。
本文中進一步描述質體載體,其包括編碼基於DNA之抗體或抗原結合片段的質體載體,用於向個體直接投予。
如本文所用,術語「宿主」係指靶向用異源核酸分子基因修飾以產生感興趣的多肽(例如,本揭露內容之抗體)的細胞或微生物。
宿主細胞可包括可接受載體或併入核酸或表現蛋白質之任何單獨的細胞或細胞培養物。該術語亦涵蓋宿主細胞之後代,不論基因或表現型上相同或不同。適合之宿主細胞可取決於載體,且可包括哺乳動物細胞、動物細胞、人類細胞、猿猴細胞、昆蟲細胞、酵母細胞及細菌細胞。此等細胞可藉由使用病毒載體、經由磷酸鈣沈澱之轉型作用、DEAE-聚葡萄糖、電穿孔、顯微注射或其他方法來誘導以併入載體或其他物質。參見例如Sambrook等人, Molecular Cloning:  A Laboratory Manual 2d編輯. (Cold Spring Harbor Laboratory, 1989)。
在SARS-CoV-2感染(或藉由另一薩貝冠狀病毒引起之感染)的情形下,「宿主」係指感染SARS-CoV-2冠狀病毒(或其他薩貝冠狀病毒)之細胞或個體。
如本文所用,「抗原」或「Ag」係指引起免疫反應之免疫原性分子。此免疫反應可涉及抗體產生、特異性免疫學上感受態細胞之活化、補體活化、抗體依賴性細胞毒性或其任何組合。抗原(免疫原性分子)可為例如肽、醣肽、多肽、醣多肽、聚核苷酸、多醣、脂質或其類似物。容易地顯而易見,抗原可由生物樣品合成、以重組方式產生或自其衍生。可含有一或多個抗原之例示性生物樣品包括組織樣品、糞便樣品、細胞、生物流體或其組合。抗原可藉由已經修飾或遺傳工程化以表現抗原之細胞產生。抗原亦可存在於薩貝冠狀病毒,例如SARS-CoV-2冠狀病毒(例如,表面醣蛋白或其部分)中,諸如存在於病毒粒子中,或在由SARS-CoV-2感染之細胞表面上表現或呈遞。
術語「表位」或「抗原表位」包括由諸如免疫球蛋白之同源結合分子或其他結合分子、域或蛋白質識別且特異性結合的任何分子、結構、胺基酸序列或蛋白質決定子。表位決定子通常含有分子,諸如胺基酸或糖側鏈之化學活性表面群組,且可具有特定三維結構特性以及荷質比特性。當抗原為或包含肽或蛋白質時,表位可包括連續胺基酸(例如,線性表位),或可包括來自蛋白質之不同部分或區的因蛋白質摺疊而接近之胺基酸(例如,非連續或構象表位),或與蛋白質摺疊無關的緊密相鄰的非鄰接胺基酸。 抗體、抗原結合片段及組成物
在一個態樣中,本揭露內容提供一種經分離抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)且能夠結合至SARS-CoV-2之表面醣蛋白,該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3。在某些實施例中,抗體或抗原結合片段能夠結合至諸如表現於宿主細胞之細胞表面上及/或SARS-CoV-2病毒粒子上之SARS-CoV-2的表面醣蛋白。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2表面醣蛋白表位或包含該表位之抗原結合或聯合,但不與樣品中之任何其他分子或組分顯著結合或聯合。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2表面醣蛋白表位結合或聯合(例如,結合),且亦可與來自存在於樣品中之另一冠狀病毒(例如,SARS CoV)的表位結合或聯合,但不與樣品中之任何其他分子或組分顯著結合或聯合。換言之,在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2及一或多個額外冠狀病毒交叉反應。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段能夠結合至二個或更多個薩貝冠狀病毒之表面醣蛋白。在一些實施例中,二個或更多個薩貝冠狀病毒係選自:分枝系1a薩貝冠狀病毒及/或分枝系1b薩貝冠狀病毒;分枝系2薩貝冠狀病毒;分枝系3薩貝冠狀病毒;或天然存在之其變異體,及其任何組合。在某些實施例中,抗體或抗原結合片段能夠結合至二個或更多個薩貝冠狀病毒之表面醣蛋白;例如當薩貝冠狀病毒表現於宿主細胞之細胞表面及/或薩貝冠狀病毒病毒粒子上時能夠結合。在某些實施例中,二個或更多個薩貝冠狀病毒係選自SARS-CoV、WIV1、SARS-CoV2、PANG/GD、PANG/GX、RatG13、ZXC21、ZC45、RmYN02、BGR2008、BtkY72及天然存在之其變異體。在一些實施例中,二個或更多個薩貝冠狀病毒包括SARS-CoV-2變異體P.1、B.1.1.7、B.1.429及B.1.351中之一或多者。在一些實施例中,二個或更多個薩貝冠狀病毒包括具有S蛋白突變N501Y、Y453F、N439K、K417V、E484K或其任何組合之一或多個SARS-CoV-2變異體。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段與薩貝冠狀病毒表面醣蛋白表位或包含該表位之抗原結合或聯合,但不與樣品中之任何其他分子或組分顯著結合或聯合。在一些實施例中,表位包含於刺突(S)蛋白之S1次單位中。在其他實施例中,表位包含於S蛋白之受體結合域(RBD)中。在一些實施例中,表位為構形表位或線性表位。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段與第一薩貝冠狀病毒表面醣蛋白表位結合或聯合(例如,結合),且亦可與來自存在於樣品中之另一薩貝冠狀病毒的表位結合或聯合,但不與樣品中之任何其他分子或組分顯著結合或聯合。換言之,在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段針對二個或更多個薩貝冠狀病毒交叉反應,且更明確地說結合至二個或更多個薩貝冠狀病毒。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段特異性結合至薩貝冠狀病毒表面醣蛋白,諸如SARS-CoV-2表面醣蛋白。如本文所用,「特異性結合」係指抗體或抗原結合片段與抗原之締合或聯合的親和力或Ka (亦即,特定結合相互作用之平衡結合常數,單位為1/M)等於或大於105 M-1 (其等於此締合反應之締合速率[Kon ]與解離速率[Koff ]的比率),但不與樣品中之任何其他分子或組分顯著締合或聯合。或者,親和力可定義為特定結合相互作用之平衡解離常數(KD ),單位為M (例如,10-5 M至10-13 M)。抗體可分類為「高親和力」抗體或「低親和力」抗體。「高親和力」抗體係指Ka 為至少107 M-1 、至少108 M-1 、至少109 M-1 、至少1010 M-1 、至少1011 M-1 、至少1012 M-1 或至少1013 M-1 的彼等抗體。「低親和力」抗體係指Ka 為至多107 M-1 、至多106 M-1 、至多105 M-1 的彼等抗體。或者,親和力可定義為特定結合相互作用之平衡解離常數(KD ),單位為M (例如,10-5 M至10-13 M)。
在一些情況下,抗體及抗原結合片段可參照親和力及/或對於抗原之親合力描述。除非另外規定,否則親合力係指抗體或其抗原結合片段與抗原之總結合強度,且反映結合親和力、抗體或抗原結合片段之價數(例如,抗體或抗原結合片段是否包含一個、二個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個或更多個結合位點)及例如是否存在可影響結合之另一藥劑(例如,抗體或抗原結合片段之非競爭性抑制劑)。
已知用於鑑別結合特定目標之本揭露內容的抗體以及確定結合域或結合蛋白質親和力的多種分析,諸如西方墨點、ELISA (例如,直接、間接或夾心)、分析型超速離心、光譜法及表面電漿子共振(Biacore®)分析(參見例如,Scatchard等人, Ann. N.Y. Acad. Sci. 51:660, 1949;Wilson, Science 295:2103, 2002;Wolff等人, Cancer Res. 53:2560, 1993;及美國專利第5,283,173, 5,468,614號或等效物)。用於評定親和力或表觀親和力或相對親和力之分析為已知的。
在某些實例中,結合可藉由在宿主細胞中以重組方式表現薩貝冠狀病毒抗原,諸如SARS-CoV-2抗原(例如,藉由轉染),及用抗體對(例如,固定的,或固定的及預滲透的)宿主細胞免疫染色,及藉由流式細胞術(例如,使用ZE5細胞分析儀(BioRad®)及FlowJo軟體(TreeStar)分析結合來確定。在一些實施例中,陽性結合可由表現SARS-CoV-2之細胞相對於對照(例如,模擬)細胞之抗體的不同染色來定義。
在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段結合至如藉由流式細胞測量術所確定之表現於宿主細胞(例如,Expi-CHO細胞)之表面上的薩貝冠狀病毒刺突蛋白(亦即,來自二個或更多個薩貝冠狀病毒)。
在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段結合至薩貝冠狀病毒S蛋白,諸如SARS-CoV-2S蛋白,如使用生物層干涉法所量測。在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白,其中KD 低於約4.5x10-9 M、低於約5x10-9 M、低於約1x10-10 M、低於約5x10-10 M、低於約1x10-11 M、低於約5x10-11 M、低於約1x10-12 M或低於約5x10-12 M。在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白RBD,其中KD 低於約4.5x10-9 M、低於約5x10-9 M、低於約1x10-10 M、低於約5x10-10 M、低於約1x10-11 M、低於約5x10-11 M、低於約1x10-12 M或低於約5x10-12 M。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體能夠中和藉由SARS-CoV-2之感染。在某些實施例中,本揭露內容之抗體能夠中和藉由二個或更多個薩貝冠狀病毒引起之感染。如本文所用,「中和抗體」為可中和,亦即防止、抑制、減少、阻礙或干擾病原體在宿主中引發及/或維持感染之能力。術語「中和抗體」及「用以中和之抗體」或「用以中和之抗體」在本文中可互換使用。在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段能夠預防及/或中和活體外感染模型及/或活體內動物感染模型及/或人類中之SARS-CoV-2感染(或藉由另一薩貝冠狀病毒引起之感染)。在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段能夠以約16至約20 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染(或藉由另一薩貝冠狀病毒引起之感染)或經假模式化之病毒。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段能夠以約3至約4 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染(或藉由另一薩貝冠狀病毒引起之感染),或經SARS-CoV-2假模式化之病毒。在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段能夠以如表4中所示之IC50、IC80、IC90及/或IC95中和SARS-CoV-2感染(或藉由另一薩貝冠狀病毒引起之感染)或經SARS-CoV-2假模式化之病毒。
在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段或包含二個或更多個抗體或抗原結合片段之組成物能夠以約0.8至約0.9 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染,或經SARS-CoV-2假模式化之病毒。在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段或包含二個或更多個抗體或抗原結合片段之組成物能夠以約0.5至約0.6 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染,或經SARS-CoV-2假模式化之病毒。在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段或包含二個或更多個抗體或抗原結合片段之組成物能夠以約0.1至約0.2 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染,或經SARS-CoV-2假模式化之病毒。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段(i)識別SARS-CoV-2之ACE2受體結合模體(RBM,SEQ ID NO.:5)中之表位;(ii)能夠阻斷SARS-CoV-2與ACE2之間的相互作用;(ii)能夠以比與SARS-CoV S蛋白之結合更大的親合力結合至SARS-CoV-2 S蛋白;(iv)識別在SARS-CoV-2之該ACE2 RBD中及在SARS-CoV之ACE2 RBD中守恆的表位;(v)針對SARS-CoV-2及SARS-CoV冠狀病毒交叉反應;(vi)識別該SARS-CoV-2表面醣蛋白中存在且該ACE2 RBM中不存在的表位;或(vii) (i)-(vi)之任何組合。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段(i)識別二個或更多個薩貝冠狀病毒之刺突蛋白中之表位;(ii)能夠阻斷一或多個薩貝冠狀病毒之刺突蛋白與細胞表面受體之間的相互作用;(iii)識別在二個或更多個薩貝冠狀病毒之刺突蛋白中守恆的表位;(iv)針對二個或更多個薩貝冠狀病毒交叉反應;或(v) (i)-(iv)之任何組合。
在一些實施例中,抗體或其抗原結合片段能夠抑制(i) SARS-CoV-2與人類DC-SIGN;(ii) SARS-CoV-2與人類L-SIGN;(iii) SARS-CoV-2與人類SIGLEC-1;或(iv) (i)-(iii)之任何組合之間的相互作用。如本文所揭露,DC-SIGN、L-SIGN及SIGLEC-1可參與SARS-CoV-2感染,其作用包含黏附受體之彼等感染。抑制SARS-CoV-2與DC-SIGN、L-SIGN及/或SIGLEC-1之間的相互作用可在一些情況下中和藉由SARS-CoV-2之感染。
在一些實施例中,抗體或其抗原結合片段能夠結合至以下之表面醣蛋白:(i) SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 (SEQ ID NO.:3);(ii) SARS-CoV-2 B.1.1.7;及/或(iii) SARS-CoV-2 B.1.351。
除非本文中明確地定義,否則熟習此項抗體技術者理解之術語各自賦予此項技術中獲得之含義。舉例而言,術語「抗體」係指包含藉由二硫鍵互連之至少二個重(H)鏈及二個輕(L)鏈的完整抗體,以及具有或保持結合至由完整抗體所識別之抗原目標分子之能力的完整抗體之任何抗原結合部分或片段,諸如scFv、Fab或Fab'2片段。因此,本文中術語「抗體」係在最廣泛的意義上使用且包括多株及單株抗體,包括完整抗體及其功能性(抗原結合)抗體片段,包括抗原結合片段(Fab)片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、重組IgG (rIgG)片段、單鏈抗體片段,包括單鏈可變片段(scFv),及單域抗體(例如sdAb、sdFv、奈米抗體)片段。該術語涵蓋免疫球蛋白之經基因工程改造及/或以其他方式修飾之形式,諸如胞內抗體、肽體、嵌合抗體、完全人類抗體、人源化抗體,及異結合抗體、多特異性(例如雙特異性)抗體、雙功能抗體、三功能抗體及四功能抗體、串聯二scFv、串聯三scFv。除非另有說明,否則術語「抗體」應理解為涵蓋其功能性抗體片段。該術語亦涵蓋完整或全長抗體,包括任何種類或亞類的抗體,包括IgG及其子類(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgM、IgE、IgA及IgD。
術語「VL 」或「VL」及「VH 」或「VH」係指分別來自抗體輕鏈及抗體重鏈之可變結合區。在某些實施例中,VL為卡帕(κ)類(本文中亦為「VK」)。在某些實施例中,VL為拉姆達(λ)類。可變結合區包含稱為「互補決定區」(CDR)及「骨架區」(FR)之分散的定義明確的子區。術語「互補決定區」及「CDR」與「高變區」或「HVR」同義,且係指抗體可變區內之胺基酸序列,其一般而言一同賦予抗原特異性及/或該抗體之結合親和力,其中連續CDR (亦即,CDR1及CDR2,CDR2及CDR3)在一級結構中藉由骨架區彼此分離。在各可變區中存在三個CDR (HCDR1、HCDR2、HCDR3;LCDR1、LCDR2、LCDR3;分別亦稱為CDRH及CDRL)。在某些實施例中,抗體VH包含如下四個FR及三個CDR:FR1-HCDR1-FR2-HCDR2-FR3-HCDR3-FR4;且抗體VL包含如下四個FR及三個CDR:FR1-LCDR1-FR2-LCDR2-FR3-LCDR3-FR4。一般而言,VH及VL經由其對應的CDR共同形成抗原結合位點。
如本文所用,CDR之「變異體」係指具有至多1至3個胺基酸取代(例如,守恆或非守恆取代)、刪除或其組合之CDR序列的功能變異體。
可根據任何已知方法或方案,諸如Kabat、Chothia、EU、IMGT或AHo編號方案對CDR及骨架區進行編號(參見例如,Kabat等人, 「Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept. Health and Human Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991, 5th 編輯.;Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987));Lefranc等人, Dev. Comp. Immunol. 27:55, 2003;Honegger and Plückthun, J. Mol. Bio. 309:657-670 (2001))。等效殘基位置可使用抗原受體編號及受體分類(ANARCI)軟體工具(2016,Bioinformatics 15:298-300)標註且比較不同分子。因此,根據一個編號方案鑑別如本文所提供之例示性可變域(VH或VL)序列的CDR不包括包含使用不同編號方案確定的相同可變域之CDR的抗體。在某些實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含根據SEQ ID NO.: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、158、180、190、200、210、220、232、242、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、458、459及460中之任一者之VH序列的CDR,及根據SEQ ID NO.: 26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444及445中之任一者在VL序列中的CDR,根據任何已知CDR編號方法確定,包括Kabat、Chothia、EU、IMGT、Martin (增強之Chothia)、接觸及AHo編號方法。在某些實施例中,CDR係根據由化學計算組(CCG)研發之抗體編號方法;例如使用分子操作環境(MOE)軟體(www.chemcomp.com)。
在某些實施例中,提供一種抗體或一種抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中:(i)該CDRH1包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 409、23、33、38、46、53、55、63、70、72、83、93、103、113、123、137、147、160、166、181、191、201、211、221、233、243、268、305、315、325、330、335、349、359、369、379、389、399、419或449中之任一者之該胺基酸序列,或包含一個、二個或三個酸取代之其序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 24、31、36、39、48、51、56、65、67、73、83、93、103、113、123、137、147、161、167、182、192、202、212、222、234、244、263、269、285、287、289、293、299、301、306、316、326、331、336、350、360、370、380、390、400、410、420、447或457中之任一者之該胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸之取代;(iii)該CDRH3包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 25、40、57、74、84、94、104、114、124、138、148、156、162、168、183、193、203、213、223、235、245、254、257、259、261、265、271、273、275、277、279、281、290、294、296、307、317、324、327、332、337、351、361、371、381、391、401、411、421或435中之任一者之該胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸之取代;(iv)該CDRL1包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 27、42、59、76、86、96、106、116、126、140、150、163、169、185、195、205、215、225、237、247、309、319、328、333、338、353、363、373、383、393、403、413或423中之任一者之該胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸之取代;(v)該CDRL2包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 28、43、60、77、87、97、107、117、127、141、151、164、170、186、106、206、216、226、238、248、310、320、329、334、339、354、364、374、384、394、404、414、424或440中之任一者之該胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸之取代;及/或(vi)該CDRL3包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 29、44、61、78、88、98、108、118、128、142、152、165、171、187、197、207、217、227、239、249、283、303、311、321、355、365、375、385、395、405、415或425中之任一者之該胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸之取代,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至表現於宿主細胞之細胞表面上之SARS-CoV-2的表面醣蛋白。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段能夠預防及/或中和在活體外感染模型中及/或在活體內動物感染模型及/或人類中之SARS-CoV-2感染。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段包含根據以下之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列:(i) SEQ ID NO.: 23-25及27-29;(ii) SEQ ID NO.: 23或160、31、25或162及27-29或163-165;(iii) SEQ ID NO.: 33、24或161、25或162及27-29或163-165;(iv) SEQ ID NO.: 33、31、25或162及27-29或163-165;(v) SEQ ID NO.: 33、36、25或162及27-29或163-165;(vi) SEQ ID NO.: 38-40及42-44;(vii) SEQ ID NO.: 46、39或167、40或168及42-44或169-171;(viii) SEQ ID NO.: 38或166、48、40或168及42-44或169-171;(ix) SEQ ID NO.: 46、48、40或168及42-44或169-171;(x) SEQ ID NO.: 46、51、40或168及42-44或169-171;(xi) SEQ ID NO.: 53、48、40或168及42-44或169-171;(xii) SEQ ID NO.: 55-57及59-61;(xiii) SEQ ID NO.: 63、56、57及59-61;(xiv) SEQ ID NO.: 55、65、57及59-61;(xv) SEQ ID NO.: 63、67、57及59-61;(xvi) SEQ ID NO.: 63、65、57及59-61;(xvii) SEQ ID NO.: 70、65、57及59-61;(xviii) SEQ ID NO.: 72-74及76-78;(xix) SEQ ID NO.: 82-84及86-88;(xx) SEQ ID NO.: 92-94及96-98;(xxi) SEQ ID NO.: 102-104及106-108;(xxii) SEQ ID NO.: 112-114及116-118;(xxiii) SEQ ID NO.: 122-124及126-128;(xxiv) SEQ ID NO.: 136-138及140-142;(xxv) SEQ ID NO.: 146-148及150-152;(xxvi) SEQ ID NO.: 112、113、156及116-118;(xxvii) SEQ ID NO.: 181-183及185-187;(xxviii) SEQ ID NO.: 191-193及195-197;(xxix) SEQ ID NO.: 201-203及205-207;(xxx) SEQ ID NO.: 211-213及215-217;(xxxi) SEQ ID NO.: 221-223及225-227;(xxxii) SEQ ID NO.: 233-235及237-239;(xxxiii) SEQ ID NO.: 243-245及247-249;(xxxiv) SEQ ID NO.: 211、212,254、257、259、261或324中之任一者及215-217;(xxxv) SEQ ID NO.: 221、268或325,222、263、269或326中之任一者,223、265、271、273或327中之任一者及225、226或328及227或329;(xxxvi) SEQ ID NO.: 233或330、234或331,235、275、277、279、281或332中之任一者,237、282或333中之任一者、238或334及239;(xxxvii) SEQ ID NO.: 243或335,244、285、287、289、293、299、301或336中之任一者,245、290、294、296或337中之任一者、247或338、248或339及249或303;(xxxviii) SEQ ID NO.: 305-307及309-311;(xxxix) SEQ ID NO.: 315-317及319-321;(xxxx) SEQ ID NO.: 349-351及353-355;(xxxxi) SEQ ID NO.: 359-361及363-365;(xxxxii) SEQ ID NO.: 369-371及373-375;(xxxxiii) SEQ ID NO.: 379-381及383-385;(xxxxiv) SEQ ID NO.: 389-391及393-395;(xxxxv) SEQ ID NO.: 399、400、401或435及403、404或440及405;(xxxxvi) SEQ ID NO.: 409-411及413-415;(xxxxvii) SEQ ID NO.: 419-421及423-425;(xxxxviii) SEQ ID NO.: 409、447、411及413-415;(xxxxix) SEQ ID NO.: 449、410、411及413-415;或(xxxxx) SEQ ID NO.: 449、447、411及413-415。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中各CDR獨立地選自如表3中所提供之SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2H7-v2 mAb、SARS-CoV-2 S2H7-v3 mAb、SARS-CoV-2 S2H7-v4 mAb、SARS-CoV-2 S2H7-v5 mAb、SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2H13-v2 mAb、SARS-CoV-2 S2H13-v3 mAb、SARS-CoV-2 S2H13-v4 mAb或SARS-CoV-2 S2H13-v5 mAb SARS-CoV-2 S2H13-v6 mAb、SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2H14-v2 mAb、SARS-CoV-2 S2H14-v3 mAb、SARS-CoV-2 S2H14-v4 mAb、SARS-CoV-2 S2H14-v5 mAb、SARS-CoV-2 S2-H14-v6 mAb、SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2A5-v1mAb、SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2A15-v2 mAb、SARS-CoV-2 S2-B2v1、SARS-CoV-2 S2B2-v2 mAb、SARS-CoV-2 S2F1-v1、SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2D25-v2 mAb、SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb、SARS-CoV-2 S2X200 mAb、SARS-CoV-2 S2X227 mAb、SARS-CoV-2 S2X259 mAb、SARS-CoV-2 S2X259-v3 mAb、SARS-CoV-2 S2X259-v4 mAb、SARS-CoV-2 S2X259-v5 mAb、SARS-CoV-2 S2X259-v6 mAb、SARS-CoV-2 S2X259-v7 mAb、SARS-CoV-2 S2X259-v8 mAb、SARS-CoV-2 S2X288 mAb、抗體407_10_1_v2、抗體407_10_2_v2、抗體407_10_2_v3、抗體407_10_2_v4或抗體407_10_2_v5的相對應的CDR。亦即,涵蓋來自SARS-CoV-2 mAb及表3中所提供之其變異體序列之CDR的所有組合。
本揭露內容之例示性抗體包括抗體S2X259及其經工程化變異體。在特定實施例中,抗體或抗原結合片段包含選自表1中所提供之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列(分別)中之任一者的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段包含:SEQ ID NO.:408、428、446、448、458、459及460中之任一者中所闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及SEQ ID NO.:412、442、443、444及445中之任一者中所闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDRL2及CDRL3 (亦即,根據此項技術中已知之任何CDR編號或確定方法,諸如IMGT、Kabat、Chothia、AHo、North、Contact、CCG、EU或Martin (Enhanced Chothia))。在其他實施例中,抗體或抗原結合片段包含與表1中所提供之VH胺基酸序列具有至少85% (亦即,85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)之一致性的VH,及/或與表1中所提供之VL胺基酸序列具有至少85% (亦即,85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)之一致性的VL。在又其他實施例中,抗體或抗原結合片段包含與表1中所提供之VH胺基酸序列具有至少90%之一致性的VH及/或與表1中所提供之VL胺基酸序列具有至少90%之一致性的VL。在又其他實施例中,抗體或抗原結合片段包含與表1中所提供之VH胺基酸序列具有至少95%之一致性的VH及/或與表1中所提供之VL胺基酸序列具有至少95%之一致性的VL。在又其他實施例中,抗體或抗原結合片段包含與表1中所提供之VH胺基酸序列具有至少99%之一致性的VH及/或與表1中所提供之VL胺基酸序列具有至少99%之一致性的VL。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段包含選自表1中所提供之VH胺基酸序列的VH胺基酸序列及選自表1中所提供之VL胺基酸序列的VL胺基酸序列。表1. 某些S2X259 抗體之CDR 及可變區胺基酸序列
CDRH1 GGIFNTYT (SEQ ID NO.:409);GGIFSTYT (SEQ ID NO.:449)
CDRH2 IILMSGMA (SEQ ID NO.:410);IILISGIA (SEQ ID NO.:447);IILMSGKA (SEQ ID NO.:457)
CDRH3 ARGFNGNYYGWGDDDAFDI (SEQ ID NO.:411)
VH QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFNTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILMSGMA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI SGQGTLVTVYS (SEQ ID NO.:408) QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFNTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILMSGMA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI WGQGTLVTVYS (SEQ ID NO.:428) QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFNTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILISGIA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI SGQGTLVTVYS (SEQ ID NO.:446) QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFSTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILMSGMA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI SGQGTLVTVYS (SEQ ID NO.:448) QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFNTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILMSGMA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:458) QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFNTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILMSGKA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:459) QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFNTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILISGIA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:460)
CDRL1 NSNIGAGYD (SEQ ID NO.:413)
CDRL2 GNS (SEQ ID NO.:414)
CDRL3 QSYDSSLSGPNWV (SEQ ID NO.:415)
VL QTVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSNSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLICGNS NRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGPNWV FGGGTKLTVL (SEQ ID NO.:412) QTVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSNSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLISGNS NRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGPNWV FGGGTKLTVL (SEQ ID NO.:442) QTVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSNSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLIAGNS NRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGPNWV FGGGTKLTVL (SEQ ID NO.:443) QTVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSNSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLIYGNS NRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGPNWV FGGGTKLTVL (SEQ ID NO.:444) QTVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSNSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLIVGNS NRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGPNWV FGGGTKLTVL (SEQ ID NO.:445)
在特定實施例中,抗體或抗原結合片段分別包含SEQ ID NO.:409或449、410、447或457及411中所闡述之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸序列,及分別SEQ ID NO.:413、414或415中所闡述之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段包含以下中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列:(a)分別SEQ ID NO.: 409、410、411、413、414及415;(b)分別SEQ ID NO.: 409、447、411、413、414及415;(c)分別SEQ ID NO.: 409、457、411、413、414及415;(d)分別SEQ ID NO.: 449、410、411、413、414及415;(e)分別SEQ ID NO.: 449、447、411、413、414及415;或(f)分別SEQ ID NO.: 449、457、411、413、414及415。
在其他實施例中,VH及VL與以下中所闡述之胺基酸序列具有至少85%之一致性、至少90%之一致性、至少95%之一致性、至少97%之一致性、至少99%之一致性,或包含以下中所闡述之胺基酸序列或由其組成:(i) SEQ ID NO.: 408及412;(ii) SEQ ID NO.: 408及442;(iii) SEQ ID NO.: 408及443;(iv) SEQ ID NO.: 408及444;(v) SEQ ID NO.: 408及445;(vi) SEQ ID NO.: 428及412;(vii) SEQ ID NO.: 428及442;(viii) SEQ ID NO.: 428及443;(ix) SEQ ID NO.: 428及444;(x) SEQ ID NO.: 428及445;(xi) SEQ ID NO.: 446及412;(xii) SEQ ID NO.: 446及442;(xiii) SEQ ID NO.: 446及443;(xiv) SEQ ID NO.: 446及444;(xv) SEQ ID NO.: 446及445;(xvi) SEQ ID NO.: 448及412;(xvii) SEQ ID NO.: 448及442;(xviii) SEQ ID NO.: 448及443;(xix) SEQ ID NO.: 448及444;(xx) SEQ ID NO.: 448及445;(xxi) SEQ ID NO.: 458及412;(xxii) SEQ ID NO.: 458及442;(xxiii) SEQ ID NO.: 458及443;(xxiv) SEQ ID NO.: 458及444;(xxv) SEQ ID NO.: 458及445;(xxvi) SEQ ID NO.: 459及412;(xxvii) SEQ ID NO.: 459及442;(xxviii) SEQ ID NO.: 459及443;(xxix) SEQ ID NO.: 459及444;(xxx) SEQ ID NO.: 459及445;(xxxi) SEQ ID NO.: 460及412;(xxxii) SEQ ID NO.: 460及442;(xxxiii) SEQ ID NO.: 460及443;(xxxiv) SEQ ID NO.: 460及444;或(xxxv) SEQ ID NO.: 460及445。
本揭露內容之例示性抗體包括抗體S2X227及其經工程化變異體。在特定實施例中,抗體或抗原結合片段包含選自表2中所提供之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列(分別)中之任一者的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3。
在一些實施例中,抗體或抗原結合片段包含:SEQ ID NO.:398、432、434及437中之任一者中所闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及SEQ ID NO.:402及439中之任一者中所闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDRL2及CDRL3 (亦即,根據此項技術中已知之任何CDR編號或確定方法,諸如IMGT、Kabat、Chothia、AHo、North、Contact、CCG、EU或Martin (Enhanced Chothia))。
在其他實施例中,抗體或抗原結合片段包含與表2中所提供之VH胺基酸序列具有至少85% (亦即,85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)之一致性的VH,及/或與表2中所提供之VL胺基酸序列具有至少85% (亦即,85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)之一致性的VL。在又其他實施例中,抗體或抗原結合片段包含與表2中所提供之VH胺基酸序列具有至少90%之一致性的VH及/或與表2中所提供之VL胺基酸序列具有至少90%之一致性的VL。在又其他實施例中,抗體或抗原結合片段包含與表2中所提供之VH胺基酸序列具有至少95%之一致性的VH及/或與表2中所提供之VL胺基酸序列具有至少95%之一致性的VL。在又其他實施例中,抗體或抗原結合片段包含與表2中所提供之VH胺基酸序列具有至少99%之一致性的VH及/或與表2中所提供之VL胺基酸序列具有至少99%之一致性的VL。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段包含選自表2中所提供之VH胺基酸序列的VH胺基酸序列及選自表2中所提供之VL胺基酸序列的VL胺基酸序列。表2. 某些S2X227 抗體之CDR 及可變區胺基酸序列
CDRH1 GYTFTSYY (SEQ ID NO.:399)
CDRH2 INPGGVST (SEQ ID NO.:400)
CDRH3 ARSIAVFWGDAFDI (SEQ ID NO.:401);ARSIAVFFGDAFDI (SEQ ID NO.:435)
VH EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYY MHWVRQAPGQGLEWMGIINPGGVST TYAHYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYM ELSSLRSEDTAVYYCARSIAVFWGDAFDI WGQGTMVTVSS (SEQ ID NO.:398) EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYY IHWVRQAPGQGLEWMGIINPGGVST TYAHYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYM ELSSLRSEDTAVYYCARSIAVFWGDAFDI WGQGTMVTVSS (SEQ ID NO.:432) EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYY MHWVRQAPGQGLEWMGIINPGGVST TYAHYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYM ELSSLRSEDTAVYYCARSIAVFFGDAFDI WGQGTMVTVSS (SEQ ID NO.:434) EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYY IHWVRQAPGQGLEWMGIINPGGVST TYAHYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYM ELSSLRSEDTAVYYCARSIAVFFGDAFDI WGQGTMVTVSS (SEQ ID NO.:437)
CDRL1 QSVLYSSNNKNY (SEQ ID NO.:403)
CDRL2 WAS (SEQ ID NO.:404);FAS (SEQ ID NO.:440)
CDRL3 QQYSSSPLT (SEQ ID NO.:405)
VL DIQMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNY LAWYQQKPGQPPKLLIYWAS TRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAED VAVYYCQQYSSSPLT FGGGTKVEIK (SEQ ID NO.:402) DIQMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNY LAWYQQKPGQPPKLLIYFAS TRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAED VAVYYCQQYSSSPLT FGGGTKVEIK (SEQ ID NO.:439)
在特定實施例中,抗體或抗原結合片段分別包含SEQ ID NO.:399、400及401或435中所闡述之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸序列,及分別SEQ ID NO.:403、404或440及405中所闡述之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段包含以下中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列:(a)分別SEQ ID NO.: 399、400、401、403、404及405;(b)分別SEQ ID NO.: 399、400、435、403、404及405;(c)分別SEQ ID NO.: 399、400、401、403、440及405;或(d)分別SEQ ID NO.: 399、400、435、403、440及405。
在其他實施例中,VH及VL與以下中所闡述之胺基酸序列具有至少85%之一致性、至少90%之一致性、至少95%之一致性、至少97%之一致性、至少99%之一致性,或包含以下中所闡述之胺基酸序列或由其組成:(i) SEQ ID NO.: 398及402;(ii) SEQ ID NO.: 398及439;(iii) SEQ ID NO.: 432及402;(iv) SEQ ID NO.: 432及439;(v) SEQ ID NO.: 434及402;(vi) SEQ ID NO.: 434及439;(vii) SEQ ID NO.: 437及402;或(viii) SEQ ID NO.: 437及439。
術語「CL」係指「免疫球蛋白輕鏈恆定區」或「輕鏈恆定區」,亦即來自抗體輕鏈之恆定區。術語「CH」係指「免疫球蛋白重鏈恆定區」或「重鏈恆定區」,根據抗體同型可進一步分為CH1、CH2及CH3 (IgA、IgD、IgG)或CH1、CH2、CH3,及CH4域(IgE,IgM)。抗體重鏈之Fc區進一步描述於本文中。在本發明所揭露之實施例中之任一者中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含CL、CH1、CH2及CH3中之任一者或多者。在某些實施例中,CL包含與胺基酸序列SEQ ID NO.:6或SEQ ID NO.: 7具有90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、975、98%、99%或100%一致性的胺基酸序列。在某些實施例中,CH1-CH2-CH3包含與胺基酸序列SEQ ID NO.:6或SEQ ID NO.:7具有90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、975、98%、99%或100%一致性的胺基酸序列。應理解,例如在哺乳動物細胞株中產生可移除抗體重鏈之一或多個C端離胺酸(參見例如Liu等人,mAbs 6(5):1145-1154 (2014))。因此,本揭露內容之抗體或抗原結合片段可包含重鏈、CH1-CH3、CH3或Fc多肽,其中存在或不存在C端離胺酸殘基;換言之,涵蓋其中重鏈、CH1-CH3或Fc多肽之C端殘基不為離胺酸的實施例,及其中離胺酸為C端殘基的實施例。在某些實施例中,組成物包含本揭露內容之多個抗體及/或抗原結合片段,其中一或多個抗體或抗原結合片段不包含在重鏈、CH1-CH3或Fc多肽之C端處的離胺酸殘基,且其中一或多個抗體或抗原結合片段包含在重鏈、CH1-CH3或Fc多肽之C端處的離胺酸殘基。
「Fab」(抗原結合片段)為結合至抗原之抗體的一部分,且包括可變區及經由鏈間二硫鍵連接至輕鏈之重鏈的CH1。各Fab片段就抗原結合而言係單價的,亦即,其具有單一抗原結合位點。用胃蛋白酶處理抗體產生單一大型F(ab')2片段,其大致對應於具有二價抗原結合活性且仍能夠交聯抗原之二個二硫鍵連接的Fab片段。Fab及F(ab')2二者為「抗原結合片段」的實例。Fab'片段與Fab片段不同之處在於,Fab'片段在CH1域之羧基端具有額外的極少殘基,包括一或多個來自抗體鉸鏈區之半胱胺酸。Fab'-SH係其中恆定域之半胱胺酸殘基具有游離硫醇基之Fab'在本文中的名稱。F(ab')2抗體片段最初係以其之間具有鉸鏈半胱胺酸之Fab'片段對形式產生。抗體片段之其他化學偶合亦已知。
Fab片段可例如藉由肽連接子接合以形成單鏈Fab,在本文中亦稱為「scFab」。在此等實施例中,可能不會存在存在於原生Fab中之鏈間二硫鍵,且連接子完全或部分用以連接或連接單一多肽鏈中之Fab片段。重鏈衍生之Fab片段(例如,包含VH + CH1或「Fd」、由VH + CH1或「Fd」組成或基本上由VH + CH1或「Fd」組成)及輕鏈衍生之Fab片段(例如,包含VL + CL、由VL + CL組成或基本上由VL + CL組成)可以任何排列連接以形成scFab。舉例而言,scFab可根據(重鏈Fab片段-連接子-輕鏈Fab片段)或(輕鏈Fab片段-連接子-重鏈Fab片段)自N端至C端方向排列。用於scFab中之肽連接子及例示性連接子序列在本文中更詳細地論述。
「Fv」為含有完整抗原識別及抗原結合位點之小抗體片段。此片段通常由緊密、非共價締合之一個重鏈可變區域與一個輕鏈可變區域之二聚體組成。然而,即使單一可變域(或僅包含對抗原具有特異性之三個CDR之Fv的一半)能夠識別且結合抗原,但通常親和力比整個結合位點低。
「單鏈Fv」(亦縮寫為「sFv」或「scFv」)為包含連接成單一多肽鏈的VH 及VL 抗體域的抗體片段。在一些實施例中,scFv多肽包含介於VH 與VL 域之間的多肽連接子,其使得scFv能夠形成用於抗原結合之所需結構。可使用在此項技術中熟知之標準技術將此類肽連接子序列併入至融合多肽中。關於scFv之評述,參見Pluckthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, 第113卷, Rosenburg及Moore編,Springer-Verlag, New York, 第269-315頁(1994);Borrebaeck 1995,見下文。在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含scFv,該scFv包含VH域、VL域及將VH域連接至VL域之肽連接子。在特定實施例中,scFv包含藉由肽連接子連接至VL域之VH域,該肽連接子可呈VH-連接子-VL定向或呈VL-連接子-VH定向。本揭露內容之任何scFv可經工程化使得VL域之C端藉由短肽序列連接至VH域之N端,或反之亦然(亦即,(N)VL(C)-連接子-(N)VH(C)或(N)VH(C)-連接子-(N)VL(C)。或者,在一些實施例中,連接子可連接至VH域、VL域或二者之N端部分或末端。
肽連接子序列可例如基於以下進行選擇:(1)其能呈現可撓性延伸構形;(2)其不能或缺乏呈現可與第一及第二多肽上之及/或目標分子上之功能性表位相互作用的二級結構的能力;及/或(3)缺乏或相對缺乏可能與多肽及/或目標分子反應之疏水性或帶電殘基。關於連接子設計(例如,長度)之其他考慮因素可包括其中VH及VL可形成功能性抗原結合位點之構形或構形範圍。在某些實施例中,肽連接子序列含有例如Gly、Asn及Ser殘基。連接子序列中亦可包括其他幾乎中性的胺基酸,諸如Thr及Ala。可適用作連接子之其他胺基酸序列包括以下中所揭露之序列:Maratea等人,Gene 40:39 46 (1985);Murphy等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:8258 8262 (1986);美國專利第4,935,233號及美國專利第4,751,180號。連接子之其他例示性及非限制性實例可包括例如Glu-Gly-Lys-Ser-Ser-Gly-Ser-Gly-Ser-Glu-Ser-Lys-Val-Asp (SEQ ID NO: 19) (Chaudhary等人,  Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1066-1070 (1990))及Lys-Glu-Ser-Gly-Ser-Val-Ser-Ser-Glu-Gln-Leu-Ala-Gln-Phe-Arg-Ser-Leu-Asp (SEQ ID NO: 20) (Bird等人, Science 242:423-426 (1988))及五聚體Gly-Gly-Gly-Gly-Ser (SEQ ID NO: 21),當存在於單一迭代中或重複1至5次或更多次時,或更高;參見例如SEQ ID NO: 17。可使用任何適合之連接子,且一般而言長度可為約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、15 23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100個胺基酸,或長度低於約200個胺基酸,且將較佳包含可撓性結構(可為經連接子連接之二個區域、域、模體、片段或模組之間的構象運動提供彈性及空間),且將較佳為生物惰性的及/或在人類中具有免疫原性之低風險。例示性連接子包括包含以下或由以下組成之連接子:SEQ ID NO: 10-21中之任一者或多者中所闡述的胺基酸序列。在某些實施例中,連接子包含以下或由以下組成:與SEQ ID NO: 10-21中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少75% (亦即,至少約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高)之一致性的胺基酸序列。
scFv可使用本文所揭露之VH及VL序列之任何組合或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2或CDRL3序列之任何組合構築。
在一些實施例中,不需要連接子序列;例如當第一及第二多肽具有可用於分離功能域且預防空間干擾之非必需N端胺基酸區時。
在抗體發展期間,生殖系可變(v)、連接(J)及多樣性(D)基因座中之DNA可重新佈置且編碼序列中之核苷酸插入及/或缺失可出現。體細胞突變可由所得序列編碼,且可參照相對應的已知生殖系序列來鑑別。在一些情況下,對於抗體之所需特性(例如,結合至SARS-CoV-2抗原)而言並不重要,或對抗體賦予非所需特性(例如,投予抗體之個體的增加之免疫原性風險)或二者之體細胞突變可經相對應的經生殖系編碼之胺基酸或藉由不同胺基酸置換,使得改進或維持抗體之所需特性且降低或消除抗體之非所需特性。因此,在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含與親代抗體或抗原結合片段相比在可變區中之至少一個更多經生殖系編碼之胺基酸,其限制條件為親代抗體或抗原結合片段包含一或多個體細胞突變。本揭露內容之例示性抗SARS-CoV-2抗體之可變區及CDR胺基酸序列提供於本文中之表1、2及3中。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含胺基酸修飾(例如,取代突變)以消除氧化、去醯胺及/或異構化之不良風險。
本文亦提供與本發明所揭露之(「親代」)抗體相比包含在可變區(例如,VH、VL、骨架或CDR)中之一或多個胺基酸改變的變異體抗體,其中該變異體抗體能夠結合至SARS-CoV-2抗原。
在某些實施例中,VH包含以下或由以下組成:與根據SEQ ID NO.: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、158、180、190、200、210、220、232、242、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、458、459及460中之任一者之胺基酸序列具有至少85% (亦即,85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)之一致性的胺基酸序列,其中該變化任擇地限於一或多個骨架區及/或該變化包含對經生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代;及/或(ii)該VL包含以下或由以下組成:與根據SEQ ID NO.: 26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444及445中之任一者之胺基酸序列具有至少85% (亦即,85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)之一致性的胺基酸序列,其中該變化任擇地限於一或多個骨架區及/或該變化包含對經生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代。
在某些實施例中,VH包含以下或由以下組成:表1、2或3中所闡述之任何VH胺基酸序列,且VL包含以下或由以下組成:表1、2或3中所闡述之任何VL胺基酸序列。在特定實施例中,VH及VL包含或由根據以下之胺基酸序列組成:(i) SEQ ID NO.: 22及26;(ii) SEQ ID NO.: 30及26;(iii) SEQ ID NO.: 32及26;(iv) SEQ ID NO.: 34及26;(v) SEQ ID NO.: 35及26;(vi) SEQ ID NO.: 37及41;(vii) SEQ ID NO.: 45及41;(viii) SEQ ID NO.: 47及41;(ix) SEQ ID NO.: 49及41;(x) SEQ ID NO.: 50及41;(xi) SEQ ID NO.: 52及41;(xii) SEQ ID NO.: 54及58;(xiii) SEQ ID NO.: 62及58;(xiv) SEQ ID NO.: 64及58;(xv) SEQ ID NO.: 66及58;(xvi) SEQ ID NO.: 68及58;(xvii) SEQ ID NO.: 69及58;(xviii) SEQ ID NO.: 71及75;(xix) SEQ ID NO.: 81及85;(xx) SEQ ID NO.: 91及95;(xxi) SEQ ID NO.: 101或158及105;(xxii) SEQ ID NO.: 111或155及115;(xxiii) SEQ ID NO.: 121及125;(xxiv) SEQ ID NO.: 135及139;(xxv) SEQ ID NO.: 145及149;(xxvi) SEQ ID NO.: 180及184;(xxvii) SEQ ID NO.: 190及194;(xxviii) SEQ ID NO.: 200及204;(xxix) SEQ ID NO.: 210及214;(xxx) SEQ ID NO.: 220及224;(xxxi) SEQ ID NO.: 220及230;(xxxii) SEQ ID NO.: 232及236;(xxxiii) SEQ ID NO.: 242及246;(xxxiv) SEQ ID NO.: 252、253、255、256、258或260及214中之任一者;(xxxv) SEQ ID NO.: 262、264、266、267、270或272及224中之任一者;(xxxvi) SEQ ID NO.: 274、276、278或280及236或282中之任一者;(xxxvii) SEQ ID NO.: 284、286、288、291、292、295、297、298或300及246或302中之任一者;(xxxviii) SEQ ID NO.: 304及308;(xxxix) SEQ ID NO.: 314及318;(xxxx) SEQ ID NO.: 348及352;(xxxxi) SEQ ID NO.: 358及362;(xxxxii) SEQ ID NO.: 368及372;(xxxxiii) SEQ ID NO.: 378及382;(xxxxiv) SEQ ID NO.: 388及392;(xxxxv) SEQ ID NO.: 398或432或434或437及402或439;(xxxxvi) SEQ ID NO.: 408或428及412;(xxxxvii) SEQ ID NO.: 418及422;(xxxxviii) SEQ ID NO.: 408、446及448中之任一者,及412、442、443、444及445中之任一者;或(xxxxix) SEQ ID NO.: 408、446及448中之任一者,及412、442、443、444及445中之任一者,任擇地根據(a)分別SEQ ID NO.:408及412、(b)分別SEQ ID NO.:408及442、(c)分別SEQ ID NO.:408及443、(d)分別SEQ ID NO.:408及444、(e)分別SEQ ID NO.:408及445、(e)分別SEQ ID NO.:446及412、(f)分別SEQ ID NO.:446及442、(g)分別SEQ ID NO.:446及443、(h)分別SEQ ID NO.:446及444、(i)分別SEQ ID NO.:446及448、(j)分別SEQ ID NO.:448及412、(k)分別SEQ ID NO.:448及442、(l)分別SEQ ID NO.:448及443、(m)分別SEQ ID NO.:448及444或(n)分別SEQ ID NO.:448及445。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段為單特異性(例如,結合至單一表位)或多特異性的(例如,結合至多個表位及/或目標分子)。抗體及抗原結合片段可以多種形式構築。例示性抗體形式揭露於Spiess等人, Mol. Immunol. 67(2):95 (2015)中,且揭露於Brinkmann and Kontermann, mAbs 9(2):182-212 (2017)中,其形式及其製備方法以引用的方式併入本文中且包括例如雙特異性T細胞銜接器(BiTEs)、DARTs、杵臼結構(KIH)組件、scFv-CH3-KIH組件、KIH共同輕鏈抗體、TandAbs、三體(Triple Bodies)、TriBi迷你抗體、Fab-scFv、scFv-CH-CL-scFv、F(ab')2-scFv2、四價HCabs、胞內抗體、CrossMabs、雙功能Fabs (DAFs) (二合一或四合一)、DutaMabs、DT-IgG、電荷對、Fab臂交換、SEEDbodies、Triomabs、LUZ-Y組件、Fcabs、κλ-體、正交Fabs、DVD-Igs (例如,美國專利案第8,258,268號,其形式以全文引用之方式併入本文中)、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L,H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Ig、Zybody及DVI-IgG (四合一)、以及所謂的FIT-Ig (例如,PCT公開案第WO 2015/103072號,其形式以全文引用之方式併入本文中)、所謂的WuxiBody形式(例如,PCT公開案第WO 2019/057122號,其形式以全文引用之方式併入本文中)及所謂的In-Elbow-Insert Ig形式(IEI-Ig,例如PCT公開案第WO 2019/024979及WO 2019/025391號,其形式以全文引用之方式併入本文中)。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含VH域、二個或更多個VL域或二者(亦即,二個或更多個VH域及二個或更多個VL域)中之二者或更多者。在特定實施例中,抗原結合片段包含形式(N端至C端方向) VH-連接子-VL-連接子-VH-連接子-VL,其中該等二個VH序列可能相同或不同,且二個VL序列可能相同或不同。此類連接之scFv可包括配置成結合至給定目標之VH及VL域的任何組合,且呈包含二個或更多個VH及/或二個或更多個VL之形式,可結合一個、二個或更多個不同表位或抗原。應瞭解,併入多個抗原結合域之形式可包括以任何組合或定向之VH及/或VL序列。舉例而言,抗原結合片段可包含形式VL-連接子-VH-連接子-VL-連接子-VH、VH-連接子-VL-連接子-VL-連接子-VH或VL-連接子-VH-連接子-VH-連接子-VL。
本揭露內容之構築的單特異性或多特異性抗體或抗原結合片段包含本文中所揭露之VH及VL序列之任何組合及/或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3序列之任何組合。在一些實施例中,雙特異性或多特異性抗體或抗原結合片段可包含本揭露內容之一個、二個或更多個抗原結合域(例如,VH及VL)。可能存在結合至相同或不同SARS-CoV-2表位之二個或更多個結合域,且在一些實施例中,如本文所提供之雙特異性或多特異性抗體或抗原結合片段可包含另一SARS-CoV-2結合域,及/或可包含一起結合至不同抗原或病原體之結合域。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段可為多特異性的;例如雙特異性、三特異性或其類似性質。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)第一VH及第一VL;及(ii)第二VH及第二VL,其中該第一VH及第二VH不同且各自獨立地包含與SEQ ID NO.: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、158、180、190、200、210、220、232、242、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、458、459及460中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少85%(亦即,85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)之一致性的胺基酸序列,且其中第一VL及第二VL不同且各自獨立地包含與SEQ ID NO.: 26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444及445中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少85%(亦即,85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)之一致性的胺基酸序列,且其中第一VH及第一VL共同形成第一抗原結合位點,且其中第二VH及第二VL共同形成第二抗原結合位點。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含Fc多肽或其片段。「Fc」片段或Fc多肽包含藉由二硫鍵固持在一起的二個抗體H鏈的羧基端部分(亦即,IgG之CH2及CH3域)。抗體「效應功能」係指可歸因於抗體之Fc區(例如原生序列Fc區或胺基酸序列變異Fc區)的彼等生物活性,且隨抗體同型而變化。抗體效應功能之實例包括:C1q結合及補體依賴性細胞毒性;Fc受體結合;抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC);吞噬作用;細胞表面受體(例如B細胞受體)之下調;及B細胞活化。如本文所論述,可對Fc域進行修飾(例如,胺基酸取代),以便改變(例如,改進、減低或消除)含Fc之多肽(例如,本揭露內容之抗體)的一或多種功能性。此類功能包括例如Fc受體(FcR)結合、抗體半衰期調節(例如,藉由結合至FcRn)、ADCC功能、蛋白質A結合、蛋白質G結合及補體結合。改變(例如,改進、減低或消除)Fc功能性之胺基酸修飾包括例如T250Q/M428L、M252Y/S254T/T256E、H433K/N434F、M428L/N434S、E233P/L234V/L235A/G236 + A327G/A330S/P331S、E333A、S239D/A330L/I332E、P257I/Q311、K326W/E333S、S239D/I332E/G236A、N297Q、K322A、S228P、L235E + E318A/K320A/K322A、L234A/L235A (在本文中亦稱為「LALA」)及L234A/L235A/P329G突變,該等突變概述且標註於由InvivoGen (2011)所公開且在invivogen.com/PDF/review/review-Engineered-Fc-Regions-invivogen. pdf? utm_source=review&utm_medium=pdf&utm_ campaign= review&utm_content= Engineered-Fc-Regions下線上可用之「工程化Fc區」,且以全文引用之方式併入本文中。
舉例而言,為了活化補體級聯,當免疫球蛋白分子附接至抗原目標時,C1q蛋白質複合物可結合至IgG1之至少二個分子或IgM之一個分子(Ward, E. S.及Ghetie, V., Ther. Immunol. 2 (1995) 77-94)。Burton, D. R.描述(Mol. Immunol. 22 (1985) 161-206)包含胺基酸殘基318至337之重鏈區參與補體結合。Duncan, A. R.及Winter, G. (Nature 332 (1988) 738-740)使用定點突變報導Glu318、Lys320及Lys322形成與C1q之結合位點。Glu318、Lys320及Lys 322殘基在C1q結合中之作用係藉由含有此等殘基之短合成肽抑制補體介導之溶解的能力證實。
舉例而言,FcR結合可藉由Fc部分(抗體之Fc部分)與Fc受體(FcR)之相互作用介導,該Fc受體為在包括造血細胞之細胞上經特殊化的細胞表面受體。Fc受體屬於免疫球蛋白超家族,且表明介導藉由免疫複合體之吞噬作用移除經抗體塗佈之病原體及經由抗體依賴性細胞介導之細胞毒性溶解紅血球及塗佈有對應抗體之各種其他細胞目標(例如腫瘤細胞)二者(ADCC;Van de Winkel, J. G., and Anderson, C. L., J. Leukoc. Biol. 49 (1991) 511-524)。FcRs由其對免疫球蛋白類型之特異性定義;針對IgG抗體之Fc受體被稱為FcγR,針對IgE被稱為FcεR,針對IgA被稱為FcαR等等,且新生兒Fc受體被稱為FcRn。Fc受體結合描述於例如Ravetch, J. V., and Kinet, J. P.,Annu. Rev. Immunol. 9 (1991) 457-492; Capel, P. J.,等人,Immunomethods 4 (1994) 25-34; de Haas, M.,等人,J Lab. Clin. Med. 126 (1995) 330-341;及Gessner, J. E.,等人,Ann. Hematol. 76 (1998) 231-248。
受體對原生IgG抗體之Fc域(FcγR)的交聯觸發多種效應功能,包括吞噬作用、抗體依賴性細胞毒性,及炎性介體釋放,以及免疫複合物清除及對抗體產生的調控。本文中涵蓋提供受體(例如,FcγR)之交聯的Fc部分。在人類中,迄今為止已表徵三種類別之FcγR,其為:(i) FcγRI (CD64),其以較高親和力結合單體IgG且在巨噬細胞、單核細胞、嗜中性白血球及嗜酸性白血球上表現;(ii) FcγRII (CD32),其以中等至較低親和力結合複合的IgG,尤其在白細胞上廣泛表現,咸信為抗體介導之免疫性之核心參與者,且其可分成FcγRIIA、FcγRIIb及FcγRIIC,其在免疫系統中執行不同功能,但以較低親和力結合至IgG-Fc,且此等受體之胞外域為高度同源的;及(iii) FcγRIII (CD16),其以中等至較低親和力結合IgG且已發現呈二種形式:FcγRIIIA,其已在NK細胞、巨噬細胞、嗜酸性白血球及一些單核細胞及T細胞上發現且咸信介導ADCC;及FcγRIIIB,其高度表現於嗜中性白血球上。
在許多涉及殺傷作用之細胞(例如巨噬細胞、單核細胞、嗜中性白血球)上發現FcγRIIA,且其似乎能夠活化殺傷過程。FcγRIIB似乎在抑制過程中起一定作用,且在B細胞、巨噬細胞上及肥大細胞及嗜酸性白血球上發現FcγRIIB。重要的是,已顯示75%之所有FcγRIIb發現於肝臟中(Ganesan, L. P.等人, 2012: 「FcγRIIb on liver sinusoidal endothelium clears small immune complexes」 Journal of Immunology 189: 4981-4988)。FcγRIIB在肝竇內皮(稱為LSEC)上充分表現,且在肝臟及LSEC中之庫弗細胞中為小免疫複合體清除之主要部位(Ganesan, L. P.等人, 2012: FcγRIIb on liver sinusoidal endothelium clears small immune complexes. Journal of Immunology 189: 4981-4988)。
在一些實施例中,本文中所揭露之抗體及其抗原結合片段包含用於結合至FcγRIIb,尤其Fc區之Fc多肽或其片段,諸如IgG型抗體。此外,有可能藉由引入如Chu, S. Y.等人, 2008: Inhibition of B cell receptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-engineered antibodies. Molecular Immunology 45, 3926-3933所述之突變S267E及L328F對Fc部分工程化以促進FcγRIIb結合。藉此,可增強免疫複合體之清除(Chu, S.等人, 2014: Accelerated Clearance of IgE In Chimpanzees Is Mediated By Xmab7195, An Fc-Engineered Antibody With Enhanced Affinity For Inhibitory Receptor FcγRIIb. Am J Respir Crit, American Thoracic Society International Conference Abstracts)。在一些實施例中,本揭露內容之抗體或其抗原結合片段包含具有突變S267E及L328F之經工程化Fc部分,尤其如以下所述:Chu, S. Y.等人, 2008: Inhibition of B cell receptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-engineered antibodies. Molecular Immunology 45, 3926-3933。
在B細胞上,FcγRIIb可用以抑制免疫球蛋白進一步產生及同型轉換為例如IgE類。在巨噬細胞上,認為FcγRIIb抑制如經由FcγRIIA介導之吞噬作用。在嗜酸性白血球及肥大細胞上,B形式可經由IgE結合至其單獨受體而有助於抑制此等細胞之活化。
關於FcγRI結合,E233-G236、P238、D265、N297、A327及P329中之至少一者的原生IgG中之修飾減少結合至FcγRI。取代至對應位置IgG1及IgG4中之位置233-236處的IgG2殘基使IgG1及IgG4與FcγRI之結合減少103 倍,且消除人類單核細胞對抗體致敏型紅細胞之反應(Armour, K. L.,等人. Eur. J. Immunol. 29 (1999) 2613-2624)。
關於FcγRII結合,發現針對FcγRIIA之結合降低,例如針對E233-G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、R292及K414中之至少一者的IgG突變。
人類FcγRIIA之二個等位基因形式為「H131」變異體,其以較高親和力結合至IgG1 Fc;及「R131」變異體,其以較低親和力結合至IgG1 Fc。參見例如 Bruhns等人,Blood 113 :3716-3725 (2009)。
關於FcγRIII結合,發現與FcγRIIIA之結合降低,例如針對E233-G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、S239、E269、E293、Y296、V303、A327、K338及D376中之至少一者的突變。在人類IgG1上映射Fc受體之結合位點、上述突變位點及用於量測FcγRI及FcγRIIA結合之方法描述於Shields, R. L.等人, J. Biol. Chem. 276 (2001) 6591-6604中。
人類FcγRIIIA之二個等位基因形式為「F158」變異體,其以較低親和力結合至IgG1 Fc;及「V158」變異體,其以較高親和力結合至IgG1 Fc。參見例如,Bruhns等人, Blood 113:3716-3725 (2009)。
關於結合至FcγRII,原生IgG Fc之二個區似乎參與FcγRIIs及IgG之間的相互作用,即(i) IgG Fc之下部鉸鏈部位,尤其胺基酸殘基L、L、G、G (234 - 237,EU編號),及(ii) IgG Fc之CH2域的相鄰區,尤其鄰近於下部鉸鏈區之上部CH2域(例如,在P331區)中的環及帶(Wines, B.D.,等人, J. Immunol. 2000;164: 5313 - 5318)。此外,FcγRI似乎結合至IgG Fc上之相同位點,而FcRn及蛋白質A結合至IgG Fc上之不同位點,其似乎在CH2-CH3界面處(Wines, B.D.,等人, J. Immunol. 2000;164: 5313 - 5318)。
亦涵蓋增加本揭露內容之Fc多肽或其片段與(亦即,一或多個) Fcγ受體之結合親和力的突變(例如,與參考Fc多肽或其片段或含有不包含一或多個突變之多肽或其片段相比)。參見例如,Delillo及Ravetch, Cell 161(5):1035-1045 (2015)及Ahmed等人, J. Struc. Biol. 194(1):78 (2016),Fc突變及其技術以引用之方式併入本文中。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段可包含Fc多肽或其片段,其包含選自G236A;S239D;A330L及I332E之突變;或包含該等突變中之任何二者或更多者的組合;例如S239D/I332E;S239D/A330L/I332E;G236A/S239D/I332E;G236A/A330L/I332E (在本文中亦稱為「GAALIE」);或G236A/S239D/A330L/I332E。在一些實施例中,Fc多肽或其片段不包含S239D。在一些實施例中,Fc多肽或其片段包含位置239處之S。
在某些實施例中,Fc多肽或其片段可包含以下或由以下組成:參與結合至FcRn結合之Fc多肽或其片段的至少一部分。在某些實施例中,Fc多肽或其片段包含改進針對(例如,促進結合至) FcRn之結合親和力(例如,在pH為約6.0下),且在一些實施例中,藉此延長包含Fc多肽或其片段之分子之活體內半衰期(例如,與參考Fc多肽或其片段或在其他方面相同但不包含該(該等)修飾之抗體相比)的一或多個胺基酸修飾。在某些實施例中,Fc多肽或其片段包含或衍生自IgG Fc,且半衰期延長之突變包含以下中之任一者或多者:M428L;N434S;N434H;N434A;N434S;M252Y;S254T;T256E;T250Q;P257I;Q311I;D376V;T307A;E380A (EU編號)。在某些實施例中,半衰期延長之突變包含M428L/N434S (在本文中亦稱為「MLNS」)。在某些實施例中,半衰期延長之突變包含M252Y/S254T/T256E。在某些實施例中,半衰期延長之突變包含T250Q/M428L。在某些實施例中,半衰期延長之突變包含P257I/Q311I。在某些實施例中,半衰期延長之突變包含P257I/N434H。在某些實施例中,半衰期延長之突變包含D376V/N434H。在某些實施例中,半衰期延長之突變包含T307A/E380A/N434A。
在一些實施例中,抗體或抗原結合片段包括包含取代型突變M428L/N434S之Fc部分。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段包括包含取代型突變G236A/A330L/I332E之Fc多肽或其片段。在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包括(例如,IgG) Fc部分,其包含G236A突變、A330L突變及I332E突變(GAALIE),且不包含S239D突變(例如,包含位置239處之原生S)。在特定實施例中,抗體或抗原結合片段包括Fc多肽或其片段,其包含取代型突變:M428L/N434S及G236A/A330L/I332E,且任擇地不包含S239D。在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包括Fc多肽或其片段,其包含取代型突變:M428L/N434S及G236A/S239D/A330L/I332E。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含改變醣基化之突變,其中改變醣基化之突變包含N297A、N297Q或N297G,及/或抗體或抗原結合片段經部分或完全去醣基化及/或部分或完全去岩藻醣基化。宿主細胞株及部分或完全去醣基化或部分或完全去岩藻醣基化抗體及抗原結合片段之製備方法為已知的(參見例如,PCT公開案第WO 2016/181357號;Suzuki等人. Clin. Cancer Res. 13(6):1875-82 (2007);Huang等人. MAbs 6:1-12 (2018))。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段即使當在個體中未發現可偵測位準之抗體或抗原結合片段時(亦即,當抗體或抗原結合片段在投予之後已自個體中清除時),亦能夠在個體中引發活體內持續保護。此類保護在本文中稱為疫苗作用。在不希望受理論束縛的情況下,咸信樹突狀細胞可內化抗體與抗原之複合物,且其後誘導或促成針對抗原之內源性免疫反應。在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含一或多個修飾,諸如Fc中之突變,包含G236A、A330L及I332E,該等修飾能夠活化可誘導例如對抗原之T細胞免疫性的樹突狀細胞。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段包含Fc多肽或其片段,其包括CH2 (或其片段)、CH3 (或其片段)或CH2及CH3,其中該CH2、CH3或二者可具有任何同型且可含有胺基酸取代或分別與對應野生型CH2或CH3相比之其他修飾。在某些實施例中,本揭露內容之Fc多肽包含締合以形成二聚體之二個CH2-CH3多肽。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段可為單株抗體或抗原結合片段。如本文所用,術語「單株抗體」係指獲自基本上同種之抗體群體(亦即構成該群體之個別抗體為相同的,除了在一些情況下少量存在的可能天然存在之突變外)的抗體。單株抗體為高度特異性的,其針對單一抗原位點。此外,與包括針對不同表位之不同抗體的多株抗體製劑相反,各單株抗體針對抗原之單一表位。除其特異性以外,單株抗體亦為有利的,在於其可由其他抗體未經污染地合成。術語「單株」不應解釋為需要藉由任何特定方法來產生抗體。舉例而言,適用於本發明之單株抗體可藉由首先由Kohler等人, Nature 256:495 (1975)描述之融合瘤方法製備,或可在細菌、真核動物或植物細胞中使用重組DNA方法製得(參見例如美國專利案第4,816,567號)。亦可使用例如Clackson等人, Nature, 352:624-628 (1991)及Marks等人, J. Mol. Biol., 222:581-597 (1991)中描述之技術自噬菌體抗體庫中分離單株抗體。單株抗體亦可使用揭露於PCT公開案第WO 2004/076677A2號中之方法得到。
本揭露內容之抗體及抗原結合片段包括「嵌合抗體」,其中重鏈及/或輕鏈之一部分與衍生自特定物種或屬於特定抗體類別或子類別之抗體中的對應序列相同或同源,而該(等)鏈之其餘部分與衍生自另一物種或屬於另一抗體類別或子類別之抗體,以及此類抗體之片段(只要其表現出所需生物活性)中的對應序列相同或同源(參見美國專利第4,816,567;5,530,101及7,498,415號;及Morrison等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984))。舉例而言,嵌合抗體可包含人類及非人類殘基。此外,嵌合抗體可包含在接受者抗體或供體抗體中未發現之殘基。進行此等修飾以進一步改進抗體效能。關於其他細節,參見 Jones 等人, Nature 321:522-525 (1986) ;Riechmann 等人, Nature 332:323-329 (1988) ;及Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992) 嵌合抗體亦包括靈長類化及人源化抗體。
「人源化抗體」通常被視為具有自非人類來源引入其中之一或多個胺基酸殘基的人類抗體。此等非人類胺基酸殘基通常獲自可變域。人源化可遵循Winter及同事之方法(Jones等人, Nature, 321:522-525 (1986);Reichmann等人, Nature, 332:323-327 (1988);Verhoeyen等人, Science, 239:1534-1536 (1988)),藉由用非人類可變序列取代人類抗體之對應序列進行。相應地,此類「人源化」抗體是嵌合抗體(美國專利第4,816,567;5,530,101及7,498,415號),其中實質上小於完整人類可變域已經非人類物種的相應序列取代。在某些情況下,「人源化」抗體為一種藉由非人類細胞或動物產生且包含人類序列,例如HC 域之抗體。
「人抗體」為一種僅含有存在於由人類產生之抗體中之序列的抗體。然而,如本文所用,人類抗體可包含未在天然存在之人類抗體(例如,自人類中分離之抗體)中發現的殘基或修飾,包括本文所述之彼等修飾及變異體序列。此等係為了進一步改進或增強抗體效能而達成。在某些情況下,人類抗體藉由轉殖基因動物產生。舉例而言,參見美國專利第5,770,429;6,596,541及7,049,426號。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段為嵌合、人源化或人類抗體或抗原結合片段。 聚核苷酸、載體及宿主細胞
在另一態樣中,本揭露內容提供經分離聚核苷酸,其編碼本發明所揭露之抗體或其抗原結合片段或其部分(例如,CDR、VH、VL、重鏈或輕鏈)中之任一者。在某些實施例中,聚核苷酸經密碼子最佳化以表現於宿主細胞中。當已知或鑑別到編碼序列時,密碼子最佳化可使用已知技術及工具,例如使用GenScript® OptimiumGeneTM 工具進行;亦參見Scholten等人,Clin. Immunol. 119:135, 2006)。密碼子最佳化序列包括經部分密碼子最佳化(亦即,一或多個密碼子經最佳化以在宿主細胞中表現)之序列及經完全密碼子最佳化之序列。
亦應瞭解,本揭露內容之編碼抗體及抗原結合片段的聚核苷酸可能具有不同核苷酸序列,但因例如遺傳密碼之簡併、剪接及其類似物仍編碼相同抗體或抗原結合片段。
在某些實施例中,聚核苷酸包含與根據SEQ ID NO.:79、80、89、90、99、100、109、110、119、120、129-134、143、144、153、154、157、159、188、189、198、199、208、209、218、219、228、229、231、240、241、250、251、312、313、322、323、356、357、366、367、376、377、386、387、396、397、406、407、416、417、426、427、429、430、431、433、436、438及441中之任一者或多者之聚核苷酸序列具有至少50%(亦即,50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)之一致性的聚核苷酸。
應瞭解,在某些實施例中,編碼抗體或抗原結合片段之聚核苷酸包含於包括其他序列及/或用於例如抗體或抗原結合片段在宿主細胞中之表現之特徵的聚核苷酸中。例示性特徵包括啟動子序列、聚腺苷酸化序列、編碼訊號肽(例如,位於經表現抗體重鏈或輕鏈之N端處)的序列或其類似物。因此,在一些實施例中,聚核苷酸進一步包含與SEQ ID NO.:451-453及455中之任一者中所闡述之聚核苷酸序列具有至少50%之一致性、包含或由該聚核苷酸序列組成的聚核苷酸序列。在一些實施例中,聚核苷酸編碼包含與SEQ ID NO.: 454或SEQ ID NO.: 456中所闡述之胺基酸序列具有至少90%之一致性、包含或由該胺基酸序列組成之訊號肽(亦稱為前導序列)的序列。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,聚核苷酸可包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)。在一些實施例中,RNA包含信使RNA (mRNA)。
亦提供載體,其中該載體包含或含有如本文中所揭露之聚核苷酸(例如,編碼結合至SARS-CoV-2之抗體或抗原結合片段的聚核苷酸)。載體可包含本文中所揭露之載體中之任一者或多者。在特定實施例中,提供一種載體,其包含例如編碼抗體或抗原結合片段或其部分之DNA質體構築體(例如,所謂的「DMAb」;參見例如Muthumani等人, J Infect Dis. 214(3):369-378 (2016);Muthumani等人, Hum Vaccin Immunother 9:2253-2262 (2013));Flingai等人, Sci Rep. 5:12616 (2015);及Elliott等人, NPJ Vaccines 18 (2017),其抗體編碼DNA構築體及相關使用方法,包括投予抗體編碼DNA構築體,以引用的方式併入本文中)。在某些實施例中,DNA質體構築體包含編碼抗體或抗原結合片段之重鏈及輕鏈(或VH及VL)的單一開放閱讀框架,其中編碼重鏈之序列及編碼輕鏈之序列任擇地藉由編碼蛋白酶裂解位點之聚核苷酸及/或藉由編碼自裂解肽之聚核苷酸分隔開。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段之取代基組分由包含於單一質體中之聚核苷酸編碼。在其他實施例中,抗體或抗原結合片段之取代性組分由包含於二個或更多個質體(例如,第一質體包含編碼重鏈、VH或VH+CH之聚核苷酸,且第二質體包含編碼同源輕鏈、VL或VL+CL之聚核苷酸)中之聚核苷酸編碼。在某些實施例中,單一質體包含編碼來自本揭露內容之二個或更多個抗體或抗原結合片段之重鏈及/或輕鏈的聚核苷酸。例示性表現載體為pVax1,可購自Invitrogen®。本揭露內容之DNA質體可藉由例如電穿孔(例如,肌肉內電穿孔)或藉由適當的調配物(例如,玻尿酸酶)遞送至個體。
例示性表現載體為pVax1,可購自Invitrogen®。本揭露內容之DNA質體可藉由例如電穿孔(例如,肌肉內電穿孔)或藉由適當的調配物(例如,玻尿酸酶)遞送至個體。在一些實施例中,本揭露內容之載體包含編碼訊號肽之核苷酸序列。訊號肽可能存在(例如,可自其以酶方式裂解)或可能不存在於成熟抗體或抗原結合片段上。在某些實施例中,訊號肽由如SEQ ID NO.: 452或SEQ ID NO.: 455中所闡述之核苷酸序列編碼,及/或訊號肽包含以下或由以下組成:SEQID NO.:454或SEQ ID NO.: 456中所闡述之胺基酸序列。在一些實施例中,本揭露內容之載體包含聚腺苷酸化信號序列。在某些實施例中,聚腺苷酸化信號序列包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO.: 453中所闡述之核苷酸序列。
在一些實施例中,本揭露內容之載體包含CMV啟動子。在某些實施例中,啟動子包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO.: 451中所闡述之核苷酸序列。
在另一態樣中,本揭露內容亦提供一種宿主細胞,其表現根據本揭露內容之抗體或抗原結合片段;或包含或含有根據本揭露內容之載體或聚核苷酸。
此類細胞之實例包括(但不限於)真核細胞,例如酵母細胞、動物細胞、昆蟲細胞、植物細胞;及原核細胞,包括大腸桿菌。在一些實施例中,細胞為哺乳動物細胞。在某些此類實施例中,細胞為哺乳動物細胞株,諸如CHO細胞(例如,DHFR-CHO細胞(Urlaub等人, PNAS 77:4216 (1980))、人類胚胎腎細胞(例如,HEK293T細胞)、PER.C6細胞、Y0細胞、Sp2/0細胞。NS0細胞、人類肝臟細胞,例如Hepa RG細胞、骨髓瘤細胞或融合瘤細胞。哺乳動物宿主細胞株之其他實例包括小鼠塞爾托利氏細胞(例如,TM4細胞);由SV40 (COS-7)轉型之猴腎臟CV1株;幼倉鼠腎細胞(BHK);非洲綠猴腎細胞(VERO-76);猴腎細胞(CV1);人類子宮頸癌細胞(HELA);人類肺細胞(W138);人類肝臟細胞(Hep G2);犬腎細胞(MDCK;水牛鼠肝臟細胞(BRL 3A);小鼠乳房腫瘤(MMT 060562);TRI細胞;MRC 5細胞;及FS4細胞。適合於抗體產生之哺乳動物宿主細胞株亦包括描述於例如Yazaki and Wu, Methods in Molecular Biology, 第248卷(B. K. C. Lo編, Humana Press, Totowa, N.J.), 第255-268頁(2003)中之彼等宿主細胞株。
在某些實施例中,宿主細胞為原核細胞,諸如大腸桿菌。充分建立諸如大腸桿菌之原核細胞中之肽的表現(參見例如Pluckthun, A. Bio/Technology 9:545-551 (1991)。舉例而言,抗體可於細菌中產生,在不需要糖基化及Fc效應功能時尤其如此。關於抗體片段及多肽在細菌中之表現,參見例如美國專利第5,648,237;5,789,199;及5,840,523號。
在特定實施例中,細胞可經根據本說明書之載體,用表現載體轉染。術語「轉染」係指將核酸分子,諸如DNA或RNA(例如mRNA)分子引入細胞中,例如引入真核細胞中。在本說明書之情形下,術語「轉染」涵蓋熟習此項技術者已知用於將核酸分子引入至細胞中,諸如引入至真核細胞中,包括引入至哺乳動物細胞中的任何方法。此類方法涵蓋例如電穿孔、例如基於陽離子脂質及/或脂質體之脂質體轉染、磷酸鈣沈澱、基於奈米粒子之轉染、基於病毒之轉染或基於陽離子聚合物(諸如DEAE-聚葡萄糖或聚伸乙亞胺等)之轉染。在某些實施例中,引入為非病毒。
此外,本揭露內容之宿主細胞可經根據本揭露內容之載體穩定地或暫時地轉染,例如用於表現根據本揭露內容之抗體或其抗原結合片段。在此類實施例中,細胞可經如本文所述之載體穩定地轉染。或者,細胞可經編碼如本文中所揭露之抗體或抗原結合片段之根據本揭露內容的載體暫時地轉染。在本發明所揭露之實施例中之任一者中,聚核苷酸可對宿主細胞為異源的。
因此,本揭露內容亦提供異源性地表現本揭露內容之抗體或抗原結合片段的重組宿主細胞。舉例而言,細胞可屬於與完全或部分自其中得到該抗體之物種不同的物種(例如,表現人類抗體或工程化人類抗體之CHO細胞)。在一些實施例中,宿主細胞之細胞類型在自然界中不表現抗體或抗原結合片段。此外,宿主細胞可在不存在於抗體或抗原結合片段之原生狀態中(或在抗體或抗原結合片段經工程化或自其衍生之親代抗體的原生狀態中)之抗體或抗原結合片段上賦予轉譯後修飾(PTM;例如醣基化或岩藻醣基化)。此類PTM可產生功能差異(例如,降低之免疫原性)。因此,由宿主細胞產生之本揭露內容的抗體或抗原結合片段可包括不同於在原生狀態中之該抗體(或親代抗體)的一或多個轉譯後修飾(例如,由CHO細胞產生之人類抗體可包含當與人類分離及/或由原生人類B細胞或漿細胞產生時不同於該抗體之一或多個轉譯後修飾)。
適用於表現本揭露內容之結合蛋白質的昆蟲細胞為此項技術中已知的且包括例如草地貪夜蛾Sf9細胞、粉紋夜蛾BTI-TN5B1-4細胞及草地貪夜蛾SfSWT01「MimicTM」細胞。參見例如Palmberger等人, J. Biotechnol. 153(3-4):160-166 (2011)。已鑑別出眾多可與昆蟲細胞聯合使用,尤其用於轉染草地黏蟲(Spodoptera frugiperda)細胞之桿狀病毒株。
諸如絲狀真菌或酵母之真核微生物亦為蛋白質編碼載體之適合的選殖或表現宿主,包括醣基化路徑已經「人源化」,從而使得產生抗體具有部分或完全人類醣基化模式的真菌及酵母菌株。參見Gerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004);Li等人, Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)。
植物細胞亦可用作用於表現本揭露內容之結合蛋白質的宿主。舉例而言,PLANTIBODIES™技術(描述於例如美國專利第5,959,177;6,040,498;6,420,548;7,125,978;及6,417,429號中)採用轉殖基因植物以產生抗體。
在某些實施例中,宿主細胞包含哺乳動物細胞。在特定實施例中,宿主細胞為CHO細胞、HEK293細胞、PER.C6細胞、Y0細胞、Sp2/0細胞、NS0細胞、人類肝臟細胞、骨髓瘤細胞或融合瘤細胞。
在一相關態樣中,本揭露內容提供用於產生抗體或抗原結合片段之方法,其中該等方法包含在足以產生抗體或抗原結合片段之條件及時間下培養本揭露內容之宿主細胞。舉例而言,適用於分離及純化以重組方式產生之抗體的方法可包括獲得來自適合宿主細胞/載體系統(分泌重組抗體至培養基中)的上清液,且隨後使用可商購的過濾器濃縮培養基。在濃縮之後,可將濃縮物施加至單一適合之純化基質或施加至一系列適合之基質,諸如親和基質或離子交換樹脂。一或多個逆相HPLC步驟可用以進一步純化重組多肽。當免疫原與其自然環境分離時,亦可使用此等純化方法。大規模製備本文所述之經分離/重組抗體中之一或多者的方法包括分批細胞培養,其經監測及控制以維持適當培養條件。可溶性抗體之純化可根據本文所述及此項技術中已知之方法進行,且與國內及外來管控機構之法律及指導原則一致。 組成物
本文亦提供包含單獨或以任何組合形式之本發明所揭露之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體或宿主細胞中之任一者或多者,且可進一步包含醫藥學上可接受之載體、賦形劑或稀釋劑的組成物。本文進一步詳細論述載劑、賦形劑及稀釋劑。
在某些實施例中,組成物包含本揭露內容之多個抗體及/或抗原結合片段,其中一或多個抗體或抗原結合片段不包含在重鏈、CH1-CH3或Fc多肽之C端處的離胺酸殘基,且其中一或多個抗體或抗原結合片段包含在重鏈、CH1-CH3或Fc多肽之C端處的離胺酸殘基。
在某些實施例中,組成物包含根據本揭露內容之二個或更多個不同抗體或抗原結合片段。在某些實施例中,待以組合形式使用之抗體或抗原結合片段各自獨立地具有以下特徵中之任一者或多者:中和天然存在之SARS-CoV-2變異體;不與彼此競爭刺突蛋白結合;結合不同刺突蛋白表位;對SARS-CoV-2之抗性的形成減少;當以組合形式時,對SARS-CoV-2之抗性的形成減少;強力中和活SARS-CoV-2病毒;當組合使用時對活SARS-CoV-2病毒表現累加或協同效應;表現效應功能;在中具有保護性;能夠以充足數量產生以用於大規模生產。
在某些實施例中,待以組合形式使用之抗體或抗原結合片段各自獨立地具有以下特徵中之任一者或多者:中和一個、二個、三個、四個、五個或更多個天然存在之薩貝冠狀病毒變異體;不與彼此競爭刺突蛋白結合;結合不同薩貝冠狀病毒刺突蛋白表位;對薩貝冠狀病毒之抗性的形成減少;當以組合形式時,對薩貝冠狀病毒之抗性的形成減少;強力中和一個、二個、三個、四個、五個或更多個活薩貝冠狀病毒;當組合使用時對一個、二個、三個、四個、五個或更多個活薩貝冠狀病毒表現累加或協同效應;表現效應功能;在相關動物感染模型中具有保護性;能夠以充足數量產生以用於大規模生產。
在某些實施例中,組成物包含根據本揭露內容之二個或更多個不同抗體或抗原結合片段。在某些實施例中,組成物包含第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段,該第一抗體或抗原結合片段包含VH及VL,該VH包含或由如SEQ ID NO: 172中所闡述之胺基酸序列組成,且該VL包含或由如SEQ ID NO: 176中所闡述之胺基酸序列組成;且該第二抗體或抗原結合片段包含VH及VL,該VH包含或由SEQ ID NO: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69中之任一者中所闡述之胺基酸序列組成,且該VL包含或由SEQ ID NO: 26、41或58中之任一者中所闡述之胺基酸序列組成。在某些實施例中,組成物包含第一抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NO: 173-175中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NO: 177-179中所闡述之胺基酸序列或由其組成,及第二抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含或由(i)分別SEQ ID NO: 23-25、(ii)分別SEQ ID NO: 160-162、(iii)分別SEQ ID NO: 38-40、或(iv)分別SEQ ID NO: 166-168中所闡述之胺基酸序列組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含或由(i)分別SEQ ID NO: 27-29、(ii)分別SEQ ID NO: 163-165、(iii)分別SEQ ID NO: 42-44、或(iv)分別SEQ ID NO: 169-171中所闡述之胺基酸序列組成。
在某些實施例中,組成物包含第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段,該第一抗體或抗原結合片段包含VH及VL,該VH包含或由SEQ ID NO.: 172中所闡述之胺基酸序列組成,且該VL包含或由SEQ ID NO.: 176中所闡述之胺基酸序列組成;且該第二抗體或抗原結合片段包含VH及VL,該VH包含或由SEQ ID NO.: 200中所闡述之胺基酸序列組成,且該VL包含或由SEQ ID NO.: 204中所闡述之胺基酸序列組成。在某些實施例中,組成物包含第一抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NO: 173-175中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NO: 177-179中所闡述之胺基酸序列或由其組成,及第二抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NO: 201-203中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NO: 205-207中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
在某些實施例中,組成物包含第一載體及第二載體,該第一載體包含第一質體,且該第二載體包含第二質體,其中該第一質體包含編碼抗體或其抗原結合片段之重鏈、VH或VH+CH之聚核苷酸,且第二質體包含編碼同源輕鏈、VL或VL+CL之聚核苷酸。在某些實施例中,組成物包含耦合至適合之遞送媒劑或載劑之聚核苷酸(例如,mRNA)。用於向人類個體投予之例示性媒劑或載劑包括脂質或脂質衍生的遞送載劑,諸如脂質體、固體脂質奈米粒子、油性懸浮液、次微米級脂質乳液、脂質微泡、逆脂質微胞、耳蝸脂質體、脂質微管、脂質微柱或脂質奈米粒子(LNP)或奈米尺度平台(參見例如,Li等人. Wilery Interdiscip Rev. Nanomed Nanobiotechnol. 11(2):e1530 (2019))。用於設計適當的mRNA及調配mRNA-LNP及其遞送之原理、試劑及技術描述於例如Pardi等人(J Control Release 217345-351 (2015));Thess等人(Mol Ther 23: 1456-1464 (2015));Thran等人(EMBO Mol Med 9(10):1434-1448 (2017);等人(Sci. Immunol. 4 eaaw6647 (2019);及Sabnis等人(Mol. Ther. 26:1509-1519 (2018)),該等技術包括封端、密碼子最佳化、核苷修飾、mRNA純化、將mRNA併入穩定的脂質奈米粒子中(例如,可離子化陽離子脂質/磷脂醯膽鹼/膽固醇/PEG-脂質;可離子化脂質:二硬脂醯基PC:膽固醇:聚乙二醇脂質),及其皮下、肌肉內、皮內、靜脈內、腹膜內及氣管內投予,以引用的方式併入本文中。 方法及用途
本文亦提供使用本揭露內容之抗體或抗原結合片段、核酸、載體、細胞或組成物來診斷薩貝冠狀病毒感染,諸如SARS-CoV-2感染(例如,人類個體中或自人類個體獲得之樣品中)的方法。
診斷方法(例如,活體外、活體外)可包括使抗體、抗體片段(例如,抗原結合片段)與樣品接觸。此類樣品可自個體分離,例如,獲自例如鼻腔通道、鼻竇腔、唾液腺、肺、肝臟、胰臟、腎臟、耳、眼睛、胎盤、消化道、心臟、卵巢、垂體、腎上腺、甲狀腺、腦、皮膚或血液之經分離組織樣品。診斷之方法亦可包括偵測抗原/抗體複合物,尤其在使抗體或抗體片段與樣品接觸之後。此類偵測步驟在實驗台上進行,亦即不與人類或動物身體有任何接觸。偵測方法之實例為熟習此項技術者所熟知,且包括例如酶聯結免疫吸附分析(ELISA),包括直接、間接及夾層ELISA。
本文亦提供使用本揭露內容之抗體或抗原結合片段或包含該抗體或抗原結合片段之組成物治療個體之方法,其中該個體具有、被認為具有或處於患上薩貝冠狀病毒,諸如SARS-CoV-2之感染的風險下。「治療(treat)」、「治療(treatment)」或「改善」係指個體(例如,人類或非人類哺乳動物,諸如靈長類動物、馬、貓、犬、山羊、小鼠或大鼠)之病症、疾病或病狀的醫學管理。一般而言,包含本揭露內容之抗體或組成物的適當劑量或治療方案係以足以引發治療效益或預防效益的量投予。治療性或預防性/預防性效益包括改進的臨床結果;減輕或緩解與疾病相關之症狀;減少症狀的發生;改進的生活品質;更長的無疾病狀態;疾病嚴重程度減輕;疾病病況之穩定;延緩或預防疾病進展;緩解;存活期;延長的存活期;或其任何組合。在某些實施例中,治療性或預防性/預防性效益包括減小或預防因治療薩貝冠狀病毒感染,諸如SARS-CoV-2感染而住院(亦即,以統計學上顯著之方式)。在某些實施例中,治療性或預防性/預防性效益包括降低因治療薩貝冠狀病毒感染,諸如SARS-CoV-2感染而住院的持續時間(亦即,以統計學上顯著之方式)。在某些實施例中,治療性或預防性/預防性效益包括降低或消除對呼吸干預,諸如插管及/或使用呼吸器裝置之需求。在某些實施例中,治療性或預防性/預防性效益包括晚期疾病病理學及/或減少之死亡率。
本揭露內容之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物的「治療有效量」或「有效量」係指足以產生治療作用之該組成物或分子的量,該治療作用包括以統計學上顯著之方式改進的臨床結果;減輕或緩解與疾病相關之症狀;減少症狀的發生;改進的生活品質;更長的無疾病狀態;疾病嚴重程度減輕;疾病病況之穩定;延緩或預防疾病進展;緩解;存活期或延長的存活期。當提及單獨投予之個別活性成分時,治療有效量係指彼成分或單獨表現該成分之細胞的作用。當提及組合時,治療有效量係指不論連續、依次或同時投予,產生治療作用之活性成分或組合的輔助活性成分與表現活性成分之細胞的組合量。組合可包含例如特異性結合SARS-CoV-2抗原之二個不同抗體,其在某些實施例中可為相同或不同SARS-CoV-2抗原,及/或可包含相同或不同表位。
因此,在某些實施例中,提供用於治療個體之薩貝冠狀病毒感染,諸如SARS-CoV-2感染的方法,其中該等方法包含向該個體投予如本文中所揭露之有效量之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物。
一般而言,可藉由本揭露內容治療之個體為人類及其他靈長類動物個體,諸如用於獸醫學目的之猴及猿。諸如小鼠及大鼠之其他模型生物亦可根據本揭露內容治療。在前述實施例中之任一者中,個體可為人類個體。個體可為雄性或雌性且可為任何適齡個體,包括嬰兒、幼年、青年、成年及老年。
咸信多個準則引起與SARS CoV-2感染相關之重度症狀或死亡的較高風險。此等包括(但不限於)年齡、職業、一般健康、預先存在之健康狀況及生活方式習慣。在一些實施例中,根據本揭露內容治療之個體包含一或多種風險因子。
在某些實施例中,根據本揭露內容治療之人類個體為嬰兒、兒童、青少年、中年及老年個體。在某些實施例中,根據本揭露內容治療之人類個體低於1歲、或為1至5歲、或在5與125歲之間(例如,5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115或125歲,包括其中或其間之任何及所有年齡)。在某些實施例中,根據本揭露內容治療之人類個體為0-19歲、20-44歲、45-54歲、55-64歲、65-74歲、75-84歲或85歲,或更大年齡。咸信,中年個體,及尤其老年個體具有特定風險。在特定實施例中,人類個體為45-54歲、55-64歲、65-74歲、75-84歲或85歲,或更大年齡。在一些實施例中,人類個體為男性。在一些實施例中,人類個體為女性。
在某些實施例中,根據本揭露內容治療之人類個體為護理之家或長期照護設施的居住者;為臨終關懷照護工作者;為健康照護提供者或健康照護工作者;為第一線救護人員;為經診斷具有或疑似具有SARS-CoV-2感染之個體的家族成員或其他密切接觸者;為超重或臨床上肥胖;為或曾經為吸煙者;具有或曾具有慢性阻塞性肺病(COPD);為氣喘(例如,具有中度至重度氣喘);具有自體免疫疾病或病狀(例如,糖尿病);及/或具有受損或耗乏的免疫系統(例如,歸因於AIDS/HIV感染,癌症,諸如血液癌症,淋巴細胞耗竭(lymphodepleting)療法,諸如化療,骨髓或器官移植,或基因免疫病狀);具有慢性肝病;具有心血管疾病;具有肺病或心臟病;與他人一起工作或以其他方式近距離接觸,諸如在工廠、運輸中心、醫院環境或其類似環境中。
在某些實施例中,根據本揭露內容治療之個體已接受針對SARS-CoV-2之疫苗,且該疫苗藉由臨床診斷或科學或法規準則,例如藉由該個體之疫苗後感染或症狀確定為無效的。
在某些實施例中,治療係作為暴露期間預防投予。在某些實施例中,向具有輕度至中度疾病之個體,其可在門診環境中,投予治療。在某些實施例中,向具有中度至重度疾病,諸如需要住院之個體投予治療。
投予本發明所揭露之組成物之典型途徑包括(但不限於)經口、局部、經皮、吸入、非經腸、舌下、經頰、經直腸、經陰道及鼻內。如本文所用,術語「非經腸」包括皮下注射、靜脈內、肌肉內、胸骨內注射或輸注技術。在某些實施例中,投予包含藉由選自以下之途徑投予:經口、靜脈內、非經腸、胃內、胸膜內、肺內、直腸內、皮內、腹膜內、瘤內、皮下、局部、經皮、腦池內、鞘內、鼻內及肌肉內。在特定實施例中,方法包含向個體經口投予該抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物。
調配根據本發明之某些實施例之醫藥組成物以使得含於其中之活性成分在向患者投予該組成物後為生物可用的。將投予個體或患者之組成物可呈一或多個劑量單元之形式,其中例如錠劑可為單一劑量單元,且本文所述之呈霧劑形式之抗體或抗原結合的容器可容納多個劑量單元。製備此類劑型之實際方法對熟習此項技術者為已知的或將為顯而易見的;舉例而言,參見Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 第20版(Philadelphia College of Pharmacy and Science, 2000)。待投予之組成物將在任何情況下含有有效量之本揭露內容之抗體或抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物,以根據本文中之教示治療感興趣的疾病或病狀。
組成物可呈固體或液體形式。在一些實施例中,載劑為粒子,以使得組成物例如呈錠劑或散劑形式。一或多種載劑可為液體,並且組成物為例如口服油、可注射液體或適用於例如吸入投予之霧劑。當意欲經口投予時,醫藥組成物較佳為固體或液體形式,其中半固體、半液體、懸浮液及凝膠形式包括在本文視為固體或液體之形式內。
作為用於經口投予之固體組成物,醫藥組成物可調配成散劑、顆粒、壓縮錠劑、丸劑、膠囊、口嚼錠、粉片或其類似物。此類固體組成物將通常含有一或多種惰性稀釋劑或可食載劑。另外,可存在以下中之一或多者:黏合劑,諸如羧甲基纖維素、乙基纖維素、微晶纖維素、黃蓍膠或明膠;賦形劑,諸如澱粉、乳糖或糊精;崩解劑,諸如海藻酸、海藻酸鈉、澱粉羥基乙酸鈉(Primogel)、玉米澱粉及其類似物;潤滑劑,諸如硬脂酸鎂或氫化植物油(Sterotex);助滑劑,諸如膠態二氧化矽;甜味劑,諸如蔗糖或糖精;調味劑,諸如胡椒薄荷、水楊酸甲酯或柑橘調味劑;及著色劑。當該組成物呈膠囊(例如,明膠膠囊)形式時,除以上類型之物質之外,其可含有諸如聚乙二醇或油之液體載劑。
該組成物可呈液體形式,例如酏劑、糖漿、溶液、乳液或懸浮液。舉二個例子而言,液體可用於經口投予或用於藉由注射遞送。當意欲用於經口投予時,較佳組成物除本發明之化合物之外亦含有甜味劑、防腐劑、染料/著色劑及香味增強劑中之一或多者。在意欲藉由注射投藥之組成物中,可包括界面活性劑、防腐劑、濕潤劑、分散劑、懸浮劑、緩衝劑、穩定劑及等張劑中之一或多者。
液體醫藥組成物,無論其為溶液、懸浮液或其他類似形式,均可包括以下佐劑中之一或多者:無菌稀釋劑,諸如注射用水,生理食鹽水溶液,較佳生理鹽水,林格氏溶液(Ringer's solution),等張氯化鈉,不揮發性油,諸如可充當溶劑或懸浮介質之合成單酸甘油酯或二酸甘油酯,聚乙二醇,丙三醇,丙二醇或其他溶劑;抗細菌劑,諸如苯甲醇或對羥基苯甲酸甲酯;抗氧化劑,諸如抗壞血酸或亞硫酸氫鈉;螯合劑,諸如乙二胺四乙酸;緩衝劑,諸如乙酸鹽、檸檬酸鹽或磷酸鹽;及張力調節劑,諸如氯化鈉或右旋糖。非經腸製劑可封裝於由玻璃或塑膠製成之安瓿、拋棄式注射器或多劑量小瓶中。生理鹽水係較佳佐劑。可注射醫藥組成物較佳地為無菌的。
意欲用於非經腸或經口投予之液態組成物應含有一定量的如本文所揭露之抗體或抗原結合片段以使得將獲得適合之劑量。通常,此量為組成物中之至少0.01%的抗體或抗原結合片段。當意欲用於經口投予時,此量可在0.1%與約70%組成物重量之間變化。某些經口醫藥組成物含有約4%與約75%之間的抗體或抗原結合片段。在某些實施例中,製備根據本發明之醫藥組成物及製劑以使得非經腸劑量單元在稀釋之前含有0.01至10重量%之間的抗體或抗原結合片段。
該組成物可意欲局部投予,在此情況下載劑可適合地包含溶液、乳液、軟膏或凝膠基質。舉例而言,基質可包含以下中之一或多者:石蠟脂、羊毛蠟、聚乙二醇、蜂蠟、礦物油、稀釋劑(諸如水及醇)及乳化劑以及穩定劑。增稠劑可存在於組成物中以用於局部投予。若意欲用於經皮投藥,則組成物可包括經皮貼片或離子電滲療法(iontophoresis)裝置。醫藥組成物可意欲用於以例如栓劑形式經直腸投藥,該栓劑將在直腸中熔融且釋放藥物。用於經直腸投予之組成物可含有油性基質作為適合之無刺激性賦形劑。此類基質包括(但不限於)羊毛蠟、可可脂及聚乙二醇。
組成物可包括各種材料,該等材料改變固體或液體劑量單元之物理形式。舉例而言,組成物可包括圍繞活性成分形成包覆殼層之材料。形成包覆殼層之材料通常為惰性的,且可選自例如糖、蟲膠及其他腸溶包覆劑。或者,活性成分可裝入明膠膠囊中。呈固體或液體形式之該組成物可包括結合至本揭露內容之抗體或抗原結合片段,且藉此幫助遞送化合物之試劑。可起此能力作用之適合試劑包括單株或多株抗體、一或多種蛋白質或脂質體。該組成物可基本上由可以霧劑形式投予之劑量單元組成。術語氣溶膠用於表示介於膠態性質之彼等系統至由加壓封裝組成之系統範圍內的多種系統。遞送可藉由液化或壓縮氣體或藉由分配活性成分的適合之泵系統。氣溶膠可以單相、雙相或三相系統形式遞送以遞送活性成分。氣霧劑之遞送包括必需容器、活化劑、閥門、次容器及其類似物,其在一起可形成套組。一般熟習此項技術者在不進行過度實驗的情況下即可確定較佳氣溶膠。
應理解,本揭露內容之組成物亦涵蓋用於本文所述之聚核苷酸的載劑分子(例如,脂質奈米粒子、奈米尺度遞送平台及其類似物)。
醫藥組成物可藉由醫藥技術中熟知之方法製備。舉例而言,意欲藉由注射投予之組成物可藉由將包含如本文所述之抗體、其抗原結合片段或抗體共軛物及任擇地,鹽、緩衝液及/或穩定劑中之一或多者的組成物與無菌蒸餾水組合以形成溶液來製備。可添加界面活性劑以促進形成均勻溶液或懸浮液。界面活性劑為與肽組成物非共價相互作用,以促進抗體或其抗原結合片段在水性遞送系統中之溶解或均勻懸浮的化合物。
一般而言,適當劑量及治療方案提供呈足以提供治療及/或預防效益(諸如本文所述,包括改進的臨床結果(例如,腹瀉或相關脫水或發炎之頻率、持續時間或嚴重程度降低,或更長的無疾病期及/或總存活期,或症狀嚴重程度減輕)之量的組成物。對於預防用途,劑量應足以預防與疾病或病症相關之疾病、延遲其發作或減輕其嚴重程度。根據本文所述之方法投予之組成物的預防效益可藉由進行臨床前(包括活體外及活體內動物研究)及臨床研究,且藉由適當的統計、生物學及臨床方法及技術分析自其得到的資料確定,其皆可藉由熟習此項技術者容易地實踐。
組成物以有效量投予(例如以治療SARS-CoV-2感染),該有效量將視包括以下之多種因素而變化:所採用之特定化合物的活性;該化合物之代謝穩定性及作用時長;個體之年齡、體重、一般健康狀況、性別及膳食;投予模式及時間;排泄速率;藥物組合;特定病症或病狀之嚴重性;及經歷療法之個體。在某些實施例中,在根據本揭露內容之調配物及方法投予療法之後,與經安慰劑處理或其他適合之對照個體相比,測試個體將展現出與疾病或病症相關之一或多個症狀的約10%至多約99%減少。
通常,抗體或抗原結合片段之治療有效日劑量為(對於70 kg哺乳動物)約0.001 mg/kg (亦即,0.07 mg)至約100 mg/kg (亦即,7.0 g);較佳治療有效劑量為(對於70 kg哺乳動物)約0.01 mg/kg (亦即,0.7 mg)至約50 mg/kg (亦即,3.5 g);更佳治療有效劑量為(對於70 kg哺乳動物)約1 mg/kg (亦即,70 mg)至約25 mg/kg (亦即,1.75 g)。對於本揭露內容之聚核苷酸、載體、宿主細胞及相關組成物,治療有效劑量可不同於抗體或抗原結合片段之治療有效劑量。
在某些實施例中,方法包含向個體投予該抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物2、3、4、5、6、7、8、9、10次或更多次。
在某些實施例中,方法包含向個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物多次,其中第二次或連續投予係分別在第一次或先前投予之後約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約24、約48、約74、約96小時或更久時進行。
在某些實施例中,方法包含在個體經薩貝冠狀病毒,諸如SARS-CoV-2感染之前,投予抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物至少一次。
包含本揭露內容之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物的組成物亦可與一或多種其他治療劑之投予同時、在其之前或在其之後。此類組合療法可包括投予含有本發明化合物及一或多個額外活性劑之單一醫藥劑型調配物,以及投予包含本揭露內容之抗體或抗原結合片段的組成物,且各活性劑呈其自身單獨劑型調配物形式。舉例而言,如本文所述之抗體或其抗原結合片段及其他活性劑可以單一口服劑量組成物,諸如錠劑或膠囊一同向患者投予,或投予之各藥劑呈單獨口服劑量調配物形式。類似地,如本文所述之抗體或抗原結合片段及其他活性劑可呈單一非經腸劑量組成物(諸如在生理食鹽水溶液或其他生理學上可接受之溶液中)一起向個體投予,或投予之各藥劑呈單獨非經腸劑量調配物形式。當使用單獨劑量調配物時,包含抗體或抗原結合片段及一或多個額外活性劑之組成物可基本上同時,亦即並行地投予,或在單獨交錯的時間,亦即依次及以任何次序投予;組合療法應理解為包括所有此等方案。
在某些實施例中,提供一種組合療法,其包含本揭露內容之一或多個抗薩貝冠狀病毒抗體,諸如抗SARS-CoV-2抗體(或一或多個核酸、宿主細胞、載體或組成物)及一或多個消炎劑及/或一或多個抗病毒劑。在特定實施例中,該一或多個抗炎劑包含皮質類固醇,諸如地塞米松、普賴松或其類似物。在一些實施例中,一或多個抗炎劑包含細胞介素拮抗劑,諸如結合至IL6 (諸如司妥昔單抗),或結合至IL-6R (諸如,托珠單抗),或結合至IL-1β、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、FGF、G-CSF、GM-CSF、IFN-γ、IP-10、MCP-1、MIP-1A、MIP1-B、PDGR、TNF-α或VEGF之抗體。在一些實施例中,使用抗炎劑,諸如勒隆利單抗(leronlimab)、盧利替尼及/或阿那白滯素(anakinra)。在一些實施例中,一或多個抗病毒劑包含核苷酸類似物或核苷酸模擬前藥,諸如瑞德西韋、索非布韋、無環鳥苷(acyclovir)及齊多夫定(zidovudine)。在特定實施例中,抗病毒藥劑包含咯匹那韋(lopinavir)、利托那韋(ritonavir)、法維拉韋或其任何組合。用於本揭露內容之組合療法的其他抗炎劑包括非類固醇抗炎藥(NSAIDS)。應瞭解,在此類組合療法中,一或多個抗體(或一或多個核酸、宿主細胞、載體或組成物)及一或多個抗炎劑及/或一或多個抗病毒劑可以任何次序及任何順序或一起投予。
在一些實施例中,向先前已接受一或多個抗炎劑及/或一或多個抗病毒劑之個體投予抗體(或一或多個核酸、宿主細胞、載體或組成物)。在一些實施例中,向先前已接受抗體(或一或多個核酸、宿主細胞、載體或組成物)個體投予一或多個抗炎劑及/或一或多個抗病毒劑。
在某些實施例中,提供一種組合療法,其包含本揭露內容之二個或更多個抗薩貝冠狀病毒抗體,諸如二個或更多個抗SARS-CoV-2抗體。一種方法可包含向已接受第二抗體之個體投予第一抗體,或可包含一起投予二個或更多個抗體。舉例而言,在特定實施例中,提供一種方法,其包含向個體投予(a)第一抗體或抗原結合片段,當該個體已接受第二抗體或抗原結合片段時;(b)第二抗體或抗原結合片段,當該個體已接受第一抗體或抗原結合片段時;或(c)第一抗體或抗原結合片段,及第二抗體或抗原結合片段。
在一相關態樣中,提供本發明所揭露之抗體、抗原結合片段、載體、宿主細胞及組成物之用途。
在某些實施例中,提供抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物用於治療個體之SARS-CoV-2感染的方法中。
在某些實施例中,提供抗體、抗原結合片段或組成物用於製造或製備用以治療個體之薩貝冠狀病毒感染,諸如SARS-CoV-2感染之藥劑的方法中。 3. 序列
序列描述 SEQ ID NO. 序列
SARS-CoV-2武漢海產食品市場肺炎病毒分離株Wuhan-Hu-1基因體序列(GenBank:MN908947.3;2020年一月23日) 1 1 attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct 61 gttctctaaa cgaactttaa aatctgtgtg gctgtcactc ggctgcatgc ttagtgcact 121 cacgcagtat aattaataac taattactgt cgttgacagg acacgagtaa ctcgtctatc 181 ttctgcaggc tgcttacggt ttcgtccgtg ttgcagccga tcatcagcac atctaggttt 241 cgtccgggtg tgaccgaaag gtaagatgga gagccttgtc cctggtttca acgagaaaac 301 acacgtccaa ctcagtttgc ctgttttaca ggttcgcgac gtgctcgtac gtggctttgg 361 agactccgtg gaggaggtct tatcagaggc cgtcaacat cttaaagatg gcacttgtgg 421 cttagtagaa gttgaaaaag gcgttttgcc tcaacttgaa cagccctatg tgttcatcaa 481 acgttcggat gctcgaactg cacctcatgg tcatgttatg gttgagctgg tagcagaact 541 cgaaggcatt cagtacggtc gtagtggtga gacacttggt gtccttgtcc ctcatgtggg 601 cgaaatacca gtggcttacc gcaaggttct tcttcgtaag  aacggtaata aaggagctgg 661 tggccatagt tacggcgccg atctaaagtc atttgactta ggcgacgagc ttggcactga 721 tccttatgaa gattttcaag aaaactggaa cactaaacat agcagtggtg ttacccgtga 781 actcatgcgt gagcttaacg gaggggcata cactcgctat gtcgataaca acttctgtgg 841 ccctgatggc taccctcttg agtgcattaa agaccttcta gcacgtgctg gtaaagcttc 901 atgcactttg tccgaacaac tggactttat tgacactaag aggggtgtat actgctgccg 961 tgaacatgag catgaaattg cttggtacac ggaacgttct  gaaaagagct atgaattgca 1021 gacacctttt gaaattaaat tggcaaagaa atttgacacc ttcaatgggg aatgtccaaa 1081 ttttgtattt cccttaaatt ccataatcaa gactattcaa ccaagggttg aaaagaaaaa 1141 gcttgatggc tttatgggta gaattcgatc tgtctatcca gttgcgtcac caaatgaatg 1201 caaccaaatg tgcctttcaa ctctcatgaa gtgtgatcat tgtggtgaaa cttcatggca 1261 gacgggcgat tttgttaaag ccacttgcga attttgtggc actgagaatt tgactaaaga 1321 aggtgccact acttgtggtt acttacccca aaatgctgtt gttaaaattt attgtccagc 1381 atgtcacaat tcagaagtag gacctgagca tagtcttgcc gaataccata atgaatctgg 1441 cttgaaaacc attcttcgta agggtggtcg cactattgcc tttggaggct gtgtgttctc 1501 ttatgttggt tgccataaca agtgtgccta ttgggttcca cgtgctagcg ctaacatagg 1561 ttgtaaccat acaggtgttg ttggagaagg ttccgaaggt cttaatgaca accttcttga 1621 aatactccaa 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aacattaacc tccacacgca agttgtggac atgtcaatga catatggaca 5041 acagtttggt ccaacttatt tggatggagc tgatgttact aaaataaaac ctcataattc 5101 acatgaaggt aaaacatttt atgttttacc taatgatgac actctacgtg ttgaggcttt 5161 tgagtactac cacacaactg atcctagttt tctgggtagg tacatgtcag cattaaatca 5221 cactaaaaag tggaaatacc cacaagttaa tggtttaact tctattaaat gggcagataa 5281 caactgttat cttgccactg cattgttaac actccaacaa atagagttga agtttaatcc 5341 acctgctcta caagatgctt attacagagc aagggctggt gaagctgcta acttttgtgc 5401 acttatctta gcctactgta ataagacagt aggtgagtta ggtgatgtta gagaaacaat 5461 gagttacttg tttcaacatg ccaatttaga ttcttgcaaa agagtcttga acgtggtgtg 5521 taaaacttgt ggacaacagc agacaaccct taagggtgta gaagctgtta tgtacatggg 5581 cacactttct tatgaacaat ttaagaaagg tgttcagata ccttgtacgt gtggtaaaca 5641 agctacaaaa tatctagtac aacaggagtc accttttgtt atgatgtcag caccacctgc 5701 tcagtatgaa cttaagcatg gtacatttac ttgtgctagt gagtacactg gtaattacca 5761 gtgtggtcac tataaacata taacttctaa agaaactttg tattgcatag acggtgcttt 5821 acttacaaag tcctcagaat acaaaggtcc tattacggat gttttctaca aagaaaacag 5881 ttacacaaca accataaaac cagttactta taaattggat ggtgttgttt gtacagaaat 5941 tgaccctaag ttggacaatt attataagaa agacaattct tatttcacag agcaaccaat 6001 tgatcttgta ccaaaccaac catatccaaa cgcaagcttc gataatttta agtttgtatg 6061 tgataatatc aaatttgctg atgatttaaa ccagttaact ggttataaga aacctgcttc 6121 aagagagctt aaagttacat ttttccctga cttaaatggt gatgtggtgg ctattgatta 6181 taaacactac acaccctctt ttaagaaagg agctaaattg ttacataaac ctattgtttg 6241 gcatgttaac aatgcaacta ataaagccac gtataaacca aatacctggt gtatacgttg 6301 tctttggagc acaaaaccag ttgaaacatc aaattcgttt gatgtactga agtcagagga 6361 cgcgcaggga atggataatc ttgcctgcga agatctaaaa ccagtctctg aagaagtagt 6421 ggaaaatcct accatacaga aagacgttct tgagtgtaat gtgaaaacta ccgaagttgt 6481 aggagacatt atacttaaac cagcaaataa tagtttaaaa attacagaag aggttggcca 6541 cacagatcta atggctgctt atgtagacaa ttctagtctt actattaaga aacctaatga 6601 attatctaga gtattaggtt tgaaaaccct tgctactcat ggtttagctg ctgttaatag 6661 tgtcccttgg 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gtgttagagg tacaacagta 27481 cttttaaaag aaccttgctc ttctggaaca tacgagggca attcaccatt tcatcctcta 27541 gctgataaca aatttgcact gacttgcttt agcactcaat ttgcttttgc ttgtcctgac 27601 ggcgtaaaac acgtctatca gttacgtgcc agatcagttt cacctaaact gttcatcaga 27661 caagaggaag ttcaagaact ttactctcca atttttctta ttgttgcggc aatagtgttt 27721 ataacacttt gcttcacact caaaagaaag acagaatgat tgaactttca ttaattgact 27781 tctatttgtg ctttttagcc tttctgctat tccttgtttt aattatgctt attatctttt 27841 ggttctcact tgaactgcaa gatcataatg aaacttgtca cgcctaaacg aacatgaaat 27901 ttcttgtttt cttaggaatc atcacaactg tagctgcatt tcaccaagaa tgtagtttac 27961 agtcatgtac tcaacatcaa ccatatgtag ttgatgaccc gtgtcctatt cacttctatt 28021 ctaaatggta tattagagta ggagctagaa aatcagcacc tttaattgaa ttgtgcgtgg 28081 atgaggctgg ttctaaatca cccattcagt acatcgatat cggtaattat acagtttcct 28141 gtttaccttt tacaattaat tgccaggaac ctaaattggg tagtcttgta gtgcgttgtt 28201 cgttctatga agacttttta gagtatcatg acgttcgtgt tgttttagat ttcatctaaa 28261 cgaacaaact aaaatgtctg ataatggacc ccaaaatcag cgaaatgcac cccgcattac 28321 gtttggtgga ccctcagatt caactggcag taaccagaat ggagaacgca gtggggcgcg     28381 atcaaaacaa cgtcggcccc aaggtttacc caataatact gcgtcttggt tcaccgctct 28441 cactcaacat ggcaaggaag accttaaatt ccctcgagga caaggcgttc caattaacac 28501 caatagcagt ccagatgacc aaattggcta ctaccgaaga gctaccagac gaattcgtgg 28561 tggtgacggt aaaatgaaag atctcagtcc aagatggtat ttctactacc taggaactgg 28621 gccagaagct ggacttccct atggtgctaa caaagacggc atcatatggg ttgcaactga 28681 gggagccttg aatacaccaa aagatcacat tggcacccgc aatcctgcta acaatgctgc 28741 aatcgtgcta caacttcctc aaggaacaac attgccaaaa  ggcttctacg cagaagggag 28801 cagaggcggc agtcaagcct cttctcgttc ctcatcacgt agtcgcaaca gttcaagaaa 28861 ttcaactcca ggcagcagta ggggaacttc tcctgctaga atggctggca atggcggtga 28921 tgctgctctt gctttgctgc tgcttgacag attgaaccag cttgagagca aaatgtctgg 28981 taaaggccaa caacaacaag gccaaactgt cactaagaaa tctgctgctg aggcttctaa 29041 gaagcctcgg caaaaacgta ctgccactaa agcatacaat gtaacacaag ctttcggcag 29101 acgtggtcca gaacaaaccc aaggaaattt tggggaccag gaactaatca gacaaggaac 29161 tgattacaaa cattggccgc aaattgcaca atttgccccc agcgcttcag cgttcttcgg 29221 aatgtcgcgc attggcatgg aagtcacacc ttcgggaacg tggttgacct acacaggtgc 29281 catcaaattg gatgacaaag atccaaattt caaagatcaa gtcattttgc tgaataagca 29341 tattgacgca tacaaaacat tcccaccaac agagcctaaa aaggacaaaa agaagaaggc 29401 tgatgaaact caagccttac cgcagagaca gaagaaacag caaactgtga ctcttcttcc 29461 tgctgcagat ttggatgatt tctccaaaca attgcaacaa tccatgagca gtgctgactc 29521 aactcaggcc taaactcatg cagaccacac aaggcagatg ggctatataa acgttttcgc 29581 ttttccgttt acgatatata gtctactctt gtgcagaatg aattctcgta actacatagc 29641 acaagtagat gtagttaact ttaatctcac atagcaatct ttaatcagtg tgtaacatta 29701 gggaggactt gaaagagcca ccacattttc accgaggcca cgcggagtac gatcgagtgt 29761 acagtgaaca atgctaggga gagctgccta tatggaagag ccctaatgtg taaaattaat 29821 tttagtagtg ctatccccat gtgattttaa tagcttctta ggagaatgac aaaaaaaaaa 29881 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa
SARS-CoV-2武漢海產食品市場肺炎病毒分離株Wuhan-Hu-1基因體序列(GenBank:MN908947.3;2020年一月23日)-胺基酸轉譯 2 MESLVPGFNEKTHVQLSLPVLQVRDVLVRGFGDSVEEVLSEARQHLKDGTCGLVEVEKGVLPQLEQPYVFIKRSDARTAPHGHVMVELVAELEGIQYGRSGETLGVLVPHVGEIPVAYRKVLLRKNGNKGAGGHSYGADLKSFDLGDELGTDPYEDFQEN                     WNTKHSSGVTRELMRELNGGAYTRYVDNNFCGPDGYPLECIKDLLARAGKASCTLSEQLDFIDTKRGVYCCREHEHEIAWYTERSEKSYELQTPFEIKLAKKFDTFNGECPNFVFPLNSIIKTIQPRVEKKKLDGFMGRIRSVYPVASPNECNQMCLSTLMKCDHCGETSWQTGDFVKATCEFCGTENLTKEGATTCGYLPQNAVVKIYCPACHNSEVGPEHSLAEYHNESGLKTILRKGGRTIAFGGCVFSYVGCHNKCAYWVPRASANIGCNHTGVVGEGSEGLNDNL LEILQKEKVNINIVGDFKLNEEIAIILASFSASTSAFVETVKGLDYKAFKQIVESCGNFKVTKGKAKKGAWNIGEQKSILSPLYAFASEAARVVRSIFSRTLETAQNSVRVLQKAAITILDGISQYSLRLIDAMMFTSDLATNNLVVMAYITGGVVQLTSQWLTNIFGTVYEKLKPVLDWLEEKFKEGVEFLRDGWEIVKFISTCACEIVGGQIVTCAKEIKESVQTFFKLVNKFLALCADSIIIGGAKLKALNLGETFVTHSKGLYRKCVKSREETGLLMPLKAPKEIIFLEGETLPTEVLTEEVVLKTGDLQPLEQPTSEAVEAPLVGTPVCINGLMLLEIKDTEKYCALAPNMMVTNNTFTLKGGAPTKVTFGDDTVIEVQGYKSVNITFELDERIDKVLNEKCSAYTVELGTEVNEFACVVADAVIKTLQPVSELLTPLGIDLDEWSMATYYLFDESGEFKLASHMYCSFYPPDEDEEEGDCEEEEFEPSTQYEYGTEDDYQGKPLEFGATSAALQPEEEQEEDWLDDDSQQTVGQQDGSEDNQTTTIQTIVEVQPQLEMELTPVVQTIEVNSFSGYLKLTDNVYIKNADIVEEAKKVKPTVVVNAANVYLKHGGGVAGALNKATNNAMQVESDDYIATNGPLKVGGSCVLSGHNLAKHCLHVVGPNVNKGEDIQLLKSAYENFNQHEVLLAPLLSAGIFGADPIHSLRVCVDTVRTNVYLAVFDKNLYDKLVSSFLEMKSEKQVEQKIAEIPKEEVKPFITESKPSVEQRKQDDKKIKACVEEVTTTLEETKFLTENLLLYIDINGNLHPDSATLVSDIDITFLKKDAPYIVGDVVQEGVLTAVVIPTKKAGGTTEMLAKALRKVPTDNYITTYPGQGLNGYTVEEAKTVLKKCKSAFYILPSIISNEKQEILGTVSWNLREMLAHAEETRKLMPVCVETKAIVSTIQRKYKGIKIQEGVVDYGARFYFYTSKTTVASLINTLNDLNETLVTMPLGYVTHGLNLEEAARYMRSLKVPATVSVSSPDAVTAYNGYLTSSSKTPEEHFIETISLAGSYKDWSYSGQSTQLGIEFLKRGDKSVYYTSNPTTFHLDGEVITFDNLKTLLSLREVRTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTFYVLPNDDTLRVEAFEYYHTTDPSFLGRYMSALNHTKKWKYPQVNGLTSIKWADNNCYLATALLTLQQIELKFNPPALQDAYYRARAGEAANFCALILAYCNKTVGELGDVRETMSYLFQHANLDSCKRVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQFKKGVQIPCTCGKQATKYLVQQESPFVMMSAPPAQYELKHGTFTCASEYTGNYQCGHYKHITSKETLYCIDGALLTKSSEYKGPITDVFYKENSYTTTIKPVTYKLDGVVCTEIDPKLDNYYKKDNSYFTEQPIDLVPNQPYPNASFDNFKFVCDNIKFADDLNQLTGYKKPASRELKVTFFPDLNGDVVAIDYKHYTPSFKKGAKLLHKPIVWHVNNATNKATYKPNTWCIRCLWSTKPVETSNSFDVLKSEDAQGMDNLACEDLKPVSEEVVENPTIQKDVLECNVKTTEVVGDIILKPANNSLKITEEVGHTDLMAAYVDNSSLTIKKPNELSRVLGLKTLATHGLAAVNSVPWDTIANYAKPFLNKVVSTTTNIVTRCLNRVCTNYMPYFFTLLLQLCTFTRSTNSRIKASMPTTIAKNTVKSVGKFCLEASFNYLKSPNFSKLINIIIWFLLLSVCLGSLIYSTAALGVLMSNLGMPSYCTGYREGYLNSTNVTIATYCTGSIPCSVCLSGLDSLDTYPSLETIQITISSFKWDLTAFGLVAEWFLAYILFTRFFYVLGLAAIMQLFFSYFAVHFISNSWLMWLIINLVQMAPISAMVRMYIFFASFYYVWKSYVHVVDGCNSSTCMMCYKRNRATRVECTTIVNGVRRSFYVYANGGKGFCKLHNWNCVNCDTFCAGSTFISDEVARDLSLQFKRPINPTDQSSYIVDSVTVKNGSIHLYFDKAGQKTYERHSLSHFVNLDNLRANNTKGSLPINVIVFDGKSKCEESSAKSASVYYSQLMCQPILLLDQALVSDVGDSAEVAVKMFDAYVNTFSSTFNVPMEKLKTLVATAEAELAKNVSLDNVLSTFISAARQGFVDSDVETKDVVECLKLSHQSDIEVTGDSCNNYMLTYNKVENMTPRDLGACIDCSARHINAQVAKSHNIALIWNVKDFMSLSEQLRKQIRSAAKKNNLPFKLTCATTRQVVNVVTTKIALKGGKIVNNWLKQLIKVTLVFLFVAAIFYLITPVHVMSKHTDFSSEIIGYKAIDGGVTRDIASTDTCFANKHADFDTWFSQRGGSYTNDKACPLIAAVITREVGFVVPGLPGTILRTTNGDFLHFLPRVFSAVGNICYTPSKLIEYTDFATSACVLAAECTIFKDASGKPVPYCYDTNVLEGSVAYESLRPDTRYVLMDGSIIQFPNTYLEGSVRVVTTFDSEYCRHGTCERSEAGVCVSTSGRWVLNNDYYRSLPGVFCGVDAVNLLTNMFTPLIQPIGALDISASIVAGGIVAIVVTCLAYYFMRFRRAFGEYSHVVAFNTLLFLMSFTVLCLTPVYSFLPGVYSVIYLYLTFYLTNDVSFLAHIQWMVMFTPLVPFWITIAYIICISTKHFYWFFSNYLKRRVVFNGVSFSTFEEAALCTFLLNKEMYLKLRSDVLLPLTQYNRYLALYNKYKYFSGAMDTTSYREAACCHLAKALNDFSNSGSDVLYQPPQTSITSAVLQSGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIRKSNHNFLVQAGNVQLRVIGHSMQNCVLKLKVDTANPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNGSPSGVYQCAMRPNFTIKGSFLNGSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGNFYGPFVDRQTAQAAGTDTTITVNVLAWLYAAVINGDRWFLNRFTTTLNDFNLVAMKYNYEPLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCASLKELLQNGMNGRTILGSALLEDEFTPFDVVRQCSGVTFQSAVKRTIKGTHHWLLLTILTSLLVLVQSTQWSLFFFLYENAFLPFAMGIIAMSAFAMMFVKHKHAFLCLFLLPSLATVAYFNMVYMPASWVMRIMTWLDMVDTSLSGFKLKDCVMYASAVVLLILMTARTVYDDGARRVWTLMNVLTLVYKVYYGNALDQAISMWALIISVTSNYSGVVTTVMFLARGIVFMCVEYCPIFFITGNTLQCIMLVYCFLGYFCTCYFGLFCLLNRYFRLTLGVYDYLVSTQEFRYMNSQGLLPPKNSIDAFKLNIKLLGVGGKPCIKVATVQSKMSDVKCTSVVLLSVLQQLRVESSSKLWAQCVQLHNDILLAKDTTEAFEKMVSLLSVLLSMQGAVDINKLCEEMLDNRATLQAIASEFSSLPSYAAFATAQEAYEQAVANGDSEVVLKKLKKSLNVAKSEFDRDAAMQRKLEKMADQAMTQMYKQARSEDKRAKVTSAMQTMLFTMLRKLDNDALNNIINNARDGCVPLNIIPLTTAAKLMVVIPDYNTYKNTCDGTTFTYASALWEIQQVVDADSKIVQLSEISMDNSPNLAWPLIVTALRANSAVKLQNNELSPVALRQMSCAAGTTQTACTDDNALAYYNTTKGGRFVLALLSDLQDLKWARFPKSDGTGTIYTELEPPCRFVTDTPKGPKVKYLYFIKGLNNLNRGMVLGSLAATVRLQAGNATEVPANSTVLSFCAFAVDAAKAYKDYLASGGQPITNCVKMLCTHTGTGQAITVTPEANMDQESFGGASCCLYCRCHIDHPNPKGFCDLKGKYVQIPTTCANDPVGFTLKNTVCTVCGMWKGYGCSCDQLREPMLQSADAQSFLNRVCGVSAARLTPCGTGTSTDVVYRAFDIYNDKVAGFAKFLKTNCCRFQEKDEDDNLIDSYFVVKRHTFSNYQHEETIYNLLKDCPAVAKHDFFKFRIDGDMVPHISRQRLTKYTMADLVYALRHFDEGNCDTLKEILVTYNCCDDDYFNKKDWYDFVENPDILRVYANLGERVRQALLKTVQFCDAMRNAGIVGVLTLDNQDLNGNWYDFGDFIQTTPGSGVPVV DSYYSLLMPILTLTRALTAESHVDTDLTKPYIKWDLLKYDFTEERLKLFDRYFKYWDQTYHPNCVNCLDDRCILHCANFNVLFSTVFPPTSFGPLVRKIFVDGVPFVVSTGYHFRELGVVHNQDVNLHSSRLSFKELLVYAADPAMHAASGNLLLDKRTTCFSVAALTNNVAFQTVKPGNFNKDFYDFAVSKGFFKEGSSVELKHFFFAQDGNAAISDYDYYRYNLPTMCDIRQLLFVVEVVDKYFDCYDGGCINANQVIVNNLDKSAGFPFNKWGKARLYYDSMSYEDQDALFAYTKRNVIPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSICSTMTNRQFHQKLLKSIAATRGATVVIGTSKFYGGWHNMLKTVYSDVENPHLMGWDYPKCDRAMPNMLRIMASLVLARKHTTCCSLSHRFYRLANECAQVLSEMVMCGGSLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNICQAVTANVNALLSTDGNKIADKYVRNLQHRLYECLYRNRDVDTDFVNEFYAYLRKHFSMMILSDDAVVCFNSTYASQGLVASIKNFKSVLYYQNNVFMSEAKCWTETDLTKGPHEFCSQHTMLVKQGDDYVYLPYPDPSRILGAGCFVDDIVKTDGTLMIERFVSLAIDAYPLTKHPNQEYADVFHLYLQYIRKLHDELTGHMLDMYSVMLTNDNTSRYWEPEFYEAMYTPHTVLQAVGACVLCNSQTSLRCGACIRRPFLCCKCCYDHVISTSHKLVLSVNPYVCNAPGCDVTDVTQLYLGGMSYYCKSHKPPISFPLCANGQVFGLYKNTCVGSDNVTDFNAIATCDWTNAGDYILANTCTERLKLFAAETLKATEETFKLSYGIATVREVLSDRELHLSWEVGKPRPPLNRNYVFTGYRVTKNSKVQIGEYTFEKGDYGDAVVYRGTTTYKLNVGDYFVLTSHTVMPLSAPTLVPQEHYVRITGLYPTLNISDEFSSNVANYQKVGMQKYSTLQGPPGTGKSHFAIGLALYYPSARIVYTACSHAAVDALCEKALKYLPIDKCSRIIPARARVECFDKFKVNSTLEQYVFCTVNALPETTADIVVFDEISMATNYDLSVVNARLRAKHYVYIGDPAQLPAPRTLLTKGTLEPEYFNSVCRLMKTIGPDMFLGTCRRCPAEIVDTVSALVYDNKLKAHKDKSAQCFKMFYKGVITHDVSSAINRPQIGVVREFLTRNPAWRKAVFISPYNSQNAVASKILGLPTQTVDSSQGSEYDYVIFTQTTETAHSCNVNRFNVAITRAKVGILCIMSDRDLYDKLQFTSLEIPRRNVATLQAENVTGLFKDCSKVITGLHPTQAPTHLSVDTKFKTEGLCVDIPGIPKDMTYRRLISMMGFKMNYQVNGYPNMFITREEAIRHVRAWIGFDVEGCHATREAVGTNLPLQLGFSTGVNLVAVPTGYVDTPNNTDFSRVSAKPPPGDQFKHLIPLMYKGLPWNVVRIKIVQMLSDTLKNLSDRVVFVLWAHGFELTSMKYFVKIGPERTCCLCDRRATCFSTASDTYACWHHSIGFDYVYNPFMIDVQQWGFTGNLQSNHDLYCQVHGNAHVASCDAIMTRCLAVHECFVKRVDWTIEYPIIGDELKINAACRKVQHMVVKAALLADKFPVLHDIGNPKAIKCVPQADVEWKFYDAQPCSDKAYKIEELFYSYATHSDKFTDGVCLFWNCNVDRYPANSIVCRFDTRVLSNLNLPGCDGGSLYVNKHAFHTPAFDKSAFVNLKQLPFFYYSDSPCESHGKQVVSDIDYVPLKSATCITRCNLGGAVCRHHANEYRLYLDAYNMMISAGFSLWVYKQFDTYNLWNTFTRLQSLENVAFNVVNKGHFDGQQGEVPVSIINNTVYTKVDGVDVELFENKTTLPVNVAFELWAKRNIKPVPEVKILNNLGVDIAANTVIWDYKRDAPAHISTIGVCSMTDIAKKPTETICAPLTVFFDGRVDGQVDLFRNARNGVLITEGSVKGLQPSVGPKQASLNGVTLIGEAVKTQFNYYKKVDGVVQQLPETYFTQSRNLQEFKPRSQMEIDFLELAMDEFIERYKLEGYAFEHIVYGDFSHSQLGGLHLLIGLAKRFKESPFELEDFIPMDSTVKNYFITDAQTGSSKCVCSVIDLLLDDFVEIIKSQDLSVVSKVVKVTIDYTEISFMLWCKDGHVETFYPKLQSSQAWQPGVAMPNLYKMQRMLLEKCDLQNYGDSATLPKGIMMNVAKYTQLCQYLNTLTLAVPYNMRVIHFGAGSDKGVAPGTAVLRQWLPTGTLLVDSDLNDFVSDADSTLIGDCATVHTANKWDLIISDMYDPKTKNVTKENDSKEGFFTYICGFIQQKLALGGSVAIKITEHSWNADLYKLMGHFAWWTAFVTNVNASSSEAFLIGCNYLGKPREQIDGYVMHANYIFWRNTNPIQLSSYSLFDMSKFPLKLRGTAVMSLKEGQINDMILSLLSKGRLIIRENNRVVISSDVLVNN
表面醣蛋白[SARS-CoV-2武漢海產食品市場肺炎病毒]:GenBank:QHD43416.1;2020年一月23日 3 mfvflvllpl vssqcvnltt rtqlppaytn sftrgvyypd kvfrssvlhs tqdlflpffs 61 nvtwfhaihv sgtngtkrfd npvlpfndgv yfasteksni irgwifgttl dsktqslliv 121 nnatnvvikv cefqfcndpf lgvyyhknnk swmesefrvy ssannctfey vsqpflmdle181 gkqgnfknlr efvfknidgy fkiyskhtpi nlvrdlpqgf saleplvdlp iginitrfqt 241 llalhrsylt pgdsssgwta gaaayyvgyl qprtfllkyn engtitdavd caldplsetk 301 ctlksftvek giyqtsnfrv qptesivrfp nitnlcpfge vfnatrfasv yawnrkrisn 361 cvadysvlyn sasfstfkcy gvsptklndl cftnvyadsf virgdevrqi apgqtgkiad 421 ynyklpddft gcviawnsnn ldskvggnyn ylyrlfrksn lkpferdist eiyqagstpc 481 ngvegfncyf plqsygfqpt ngvgyqpyrv vvlsfellha patvcgpkks tnlvknkcvn 541 fnfngltgtg vltesnkkfl pfqqfgrdia dttdavrdpq tleilditpc sfggvsvitp 601 gtntsnqvav lyqdvnctev pvaihadqlt ptwrvystgs nvfqtragcl igaehvnnsy 661 ecdipigagi casyqtqtns prrarsvasq siiaytmslg aensvaysnn siaiptnfti 721 svtteilpvs mtktsvdctm yicgdstecs nlllqygsfc tqlnraltgi aveqdkntqe 781 vfaqvkqiyk tppikdfggf nfsqilpdps kpskrsfied llfnkvtlad agfikqygdc 841 lgdiaardli caqkfngltv lpplltdemi aqytsallag titsgwtfga gaalqipfam 901 qmayrfngig vtqnvlyenq klianqfnsa igkiqdslss tasalgklqd vvnqnaqaln 961 tlvkqlssnf gaissvlndi lsrldkveae vqidrlitgr lqslqtyvtq qliraaeira 1021 sanlaatkms ecvlgqskrv dfcgkgyhlm sfpqsaphgv vflhvtyvpa qeknfttapa 1081 ichdgkahfp regvfvsngt hwfvtqrnfy epqiittdnt fvsgncdvvi givnntvydp 1141 lqpeldsfke eldkyfknht spdvdlgdis ginasvvniq keidrlneva knlneslidl 1201 qelgkyeqyi kwpwyiwlgf iagliaivmv timlccmtsc csclkgccsc gscckfdedd 1261 sepvlkgvkl hyt
表面醣蛋白RBD [SARS-CoV-2武漢海產食品市場肺炎病毒];GenBank:QHD43416.1;2020年一月23日 4 nitnlcpfgevfnatrfasvyawnrkrisncvadysvlynsasfstfkcygvsptklndlcftnvyadsfvirgdevrqiapgqtgkiadynyklpddftgcviawnsnnldskvggnynylyrlfrksnlkpferdisteiyqagstpcngvegfncyfplqsygfqptngvgyqpyrvvvlsfellhapatvcgpkkstnlvknkcvnfnfngltgtg
表面醣蛋白RBD中之受體結合模體(RBM) [SARS-CoV-2武漢海產食品市場肺炎病毒];GenBank:QHD43416.1;2020年一月23日 5 Nsnnldskvggnynylyrlfrksnlkpferdisteiyqagstpcngvegfncyfplqsygfqptngvgyqpy
SARS-CoV-2 CH1-CH3 LS G1m17 IgHG1*01 (aa) 6 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPGK
SARS-CoV-2 CH1-CH3 LS,ALE G1m17 IgHG1*01 (aa) 7 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLAGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPLPEEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPGK
SARS-CoV-2 CL IgLC*01 (aa) 8 GQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS
SARS-CoV-2 CL (CK) k1m3 IgKC*01 (aa) 9 RTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
連接子(aa) 10 GSTSGSGKPGSGEGSTKG
連接子(aa) 11 GSGKPGSGEG
連接子(aa) 12 GKPGSGEG
連接子(aa) 13 SGKPGSGE
連接子(aa) 14  BPXXXZ,其中各X獨立地為甘胺酸(G)或絲胺酸(S),B為帶正電胺基酸且Z為甘胺酸(G)或帶負電胺基酸
連接子(aa) 15 (GxS)y,其中x為1-10且y為1-10
連接子(aa) 16 GGGGSGGGGSGGGGS
連接子(aa) 17 GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
連接子(aa) 18 GSTSGGGSGGGSGGGGSS
連接子(aa) 19 EGKSSGSGSESKVD
連接子(aa) 20 KESGSVSSEQLAQFRSLD
連接子(aa) 21 GGGGS
SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb VH (aa) 22 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFIVSSNY MSWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGST YYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTSVYYCARDRQYSGSPSFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb CDRH1 (aa) 23 GFIVSSNY
SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb CDRH2 (aa) 24 IYSGGST
SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb CDRH3 (aa) 25 ARDRQYSGSPSFDY
SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb VL(VK) (aa) 26 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSY LNWYQQKPGKAPKLLIYTAS SLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPGLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb CDRL1 (aa) 27 QSISSY
SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb CDRL2 (aa) 28 TAS
SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb CDRL3 (aa) 29 QQSYSTPGLT
SARS-CoV-2 S2H7-v2 mAb VH (aa) 30 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFIVSSNYMS WVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYAESVKG RFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTSVYYCARDRQYSGSPSFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H7-v2 mAb CDRH2 (aa) 31 VIYSGGSTYYAESVKG
SARS-CoV-2 S2H7-v3 mAb VH (aa) 32 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFIVSSNYIS WVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYADSVKG RFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTSVYYCARDRQYSGSPSFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H7-v3 mAb CDRH1 (aa) 33 GFIVSSNYIS
SARS-CoV-2 S2H7-v4 mAb VH (aa) 34 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFIVSSNYIS WVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYAESVKG RFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTSVYYCARDRQYSGSPSFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H7-v5 mAb VH (aa) 35 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFIVSSNYIS WVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYADAVKG RFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTSVYYCARDRQYSGSPSFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H7-v5 mAb CDRH2 (aa) 36 VIYSGGSTYYADAVKG
SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb VH (aa) 37 EVQLVESGGDSVQPGGSLRLSCAAAGFTFSSYW MNWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCALSSGYSGYAGNY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb CDRH1 (aa) 38 GFTFSSYW
SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb CDRH2 (aa) 39 IKQDGSEK
SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb CDRH3 (aa) 40 ALSSGYSGYAGNY
SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb VL (aa) 41 QAVVTQEPSLTVSPGGTVTLTCGSSTGAVTSGHY PYWFQQKPGQAPRTLIYDTS NKHSWTPARFSGSLLGGKAALTLSGARPEDEAEYYCLLSYSGARGV FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb CDRL1 (aa) 42 TGAVTSGHY
SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb CDRL2 (aa) 43 DTS
SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb CDRL3 (aa) 44 LLSYSGARGV
SARS-CoV-2 S2H13-v2 mAb VH (aa) 45 EVQLVESGGDSVQPGGSLRLSCAAAGFTFSSYFMN WVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEKYYVDSVKG RFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCALSSGYSGYAGNY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H13-v2 mAb CDRH1 (aa) 46 GFTFSSYFMN
SARS-CoV-2 S2H13-v3 mAb VH (aa) 47 EVQLVESGGDSVQPGGSLRLSCAAAGFTFSSYWMN WVRQAPGKGLEWVANIKQEGSEKYYVDSVKG RFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCALSSGYSGYAGNY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H13-v3 mAb CDRH2 (aa) 48 NIKQEGSEKYYVDSVKG
SARS-CoV-2 S2H13-v4 mAb VH (aa) 49 EVQLVESGGDSVQPGGSLRLSCAAAGFTFSSYFMN WVRQAPGKGLEWVANIKQEGSEKYYVDSVKG RFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCALSSGYSGYAGNY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H13-v5 mAb VH (aa) 50 EVQLVESGGDSVQPGGSLRLSCAAAGFTFSSYFMN WVRQAPGKGLEWVANIKQDASEKYYVDSVKG RFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCALSSGYSGYAGNY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H13-v5 mAb CDRH2 (aa) 51 NIKQDASEKYYVDSVKG
SARS-CoV-2 S2H13-v6 mAb VH (aa) 52 EVQLVESGGDSVQPGGSLRLSCAAAGFTFSSYYMN WVRQAPGKGLEWVANIKQEGSEKYYVDSVKG RFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCALSSGYSGYAGNY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H13-v6 mAb CDRH1 (aa) 53 GFTFSSYYMN
SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb VH (aa) 54 EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSNAWMS WVRQAPGKGLEWVGRIKSKTDGGTTDYAAPVKG RFTISRDDSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTTGSETYYYDSSGPFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb CDRH1 (aa) 55 GFTFSNAWMS
SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb CDRH2 (aa) 56 RIKSKTDGGTTDYAAPVKG
SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb CDRH3 (aa) 57 GSETYYYDSSGPFDY
SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb VL (aa) 58 NFMLTQPHSVSESPGKTVTISCTRSSGSIASNYVQ WYQQRPGSSPTTVIYEDNQRPS GVPDRFSGSIDSSSNSASLTISGLKTEDEADYYCQSYDSSNQV FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb CDRL1 (aa) 59 TRSSGSIASNYVQ
SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb CDRL2 (aa) 60 EDNQRPS
SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb CDRL3 (aa) 61 QSYDSSNQV
SARS-CoV-2 S2H14-v2 mAb VH (aa) 62 EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSNAFMS WVRQAPGKGLEWVGRIKSKTDGGTTDYAAPVKG RFTISRDDSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTTGSETYYYDSSGPFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H14-v2 mAb CDRH1 (aa) 63 GFTFSNAFMS
SARS-CoV-2 S2H14-v3 mAb VH (aa) 64 EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSNAWMS WVRQAPGKGLEWVGRIKSKTEGGTTDYAAPVKG RFTISRDDSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTTGSETYYYDSSGPFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H14-v3 mAb CDRH2 (aa) 65 RIKSKTEGGTTDYAAPVKG
SARS-CoV-2 S2H14-v4 mAb VH (aa) 66 EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSNAFMS WVRQAPGKGLEWVGRIKSKTDAGTTDYAAPVKG RFTISRDDSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTTGSETYYYDSSGPFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H14-v4 mAb CDRH2 (aa) 67 RIKSKTDAGTTDYAAPVKG
SARS-CoV-2 S2H14-v5 mAb VH (aa) 68 EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSNAFMS WVRQAPGKGLEWVGRIKSKTEGGTTDYAAPVKG RFTISRDDSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTTGSETYYYDSSGPFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H14-v6 mAb VH (aa) 69 EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSNAYMS WVRQAPGKGLEWVGRIKSKTEGGTTDYAAPVKG RFTISRDDSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTTGSETYYYDSSGPFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2H14-v6 mAb CDRH1 (aa) 70 GFTFSNAYMS
SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb VH (aa) 71 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYW MNWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLFLQMNSLRAEDTAVYYCARVWWLRGSFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb CDRH1 (aa) 72 GFTFSSYW
SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb CDRH2 (aa) 73 IKQDGSEK
SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb CDRH3 (aa) 74 ARVWWLRGSFDY
SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb VL (aa) 75 NFMLTQPHSVSESPGKTVTISCTGSSGSIASNY VQWYQQRPGSAPTTVIYEDN QRPSGVPDRFSGSIDSSSNSASLTISGLKTEDEADYYCQSYDSSNHVV FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb CDRL1 (aa) 76 SGSIASNY
SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb CDRL2 (aa) 77 EDN
SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb CDRL3 (aa) 78 QSYDSSNHVV
SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb VH (nt) 79 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTTAGTAGCTATTGG ATGAACTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCAACATAAAGCAAGATGGAAGTGAGAAA TACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAACGCCAAGAACTCACTGTTTCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCGAGAGTCTGGTGGCTACGAGGTTCCTTTGACTAC TGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb VL (nt) 80 AATTTTATGCTGACTCAGCCCCACTCTGTGTCGGAGTCTCCGGGGAAGACGGTAACCATCTCCTGCACCGGCAGCAGTGGCAGCATTGCCAGCAACTAT GTGCAGTGGTACCAGCAGCGCCCGGGCAGTGCCCCCACCACTGTGATCTATGAGGATAAC CAAAGACCCTCTGGGGTCCCTGATCGGTTCTCTGGCTCCATCGACAGCTCCTCCAACTCTGCCTCCCTCACCATCTCTGGACTGAAGACTGAGGACGAGGCTGACTACTACTGTCAGTCTTATGATAGCAGCAATCATGTGGTA TTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb VH (aa) 81 EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCAASGFTFDDYA MHWVRQAPGKGLRWVSGISWNSGSI GYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTALYYCAKEVGKNYYDSSGYERDYFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb CDRH1 (aa) 82 GFTFDDYA
SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb CDRH2 (aa) 83 ISWNSGSI
SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb CDRH3 (aa) 84 AKEVGKNYYDSSGYERDYFDY
SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb VL (aa) 85 SYVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGNNIGSKS VHWYQQKPGQAPVLVIYYDS DRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVWDSSSDHYV FGTGTKVTVL
SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb CDRL1 (aa) 86 NIGSKS
SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb CDRL2 (aa) 87 YDS
SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb CDRL3 (aa) 88 QVWDSSSDHYV
SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb VH (nt) 89 GAAGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTACAGCCTGGCAGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTTGATGATTATGCC ATGCACTGGGTCCGGCAAGCTCCAGGGAAGGGCCTGCGGTGGGTCTCAGGTATTAGTTGGAATAGTGGTAGCATA GGCTATGCGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAACGCCAAGAACTCCCTGTATCTGCAAATGAACAGTCTGAGAGCTGAGGACACGGCCTTGTATTACTGTGCAAAAGAGGTGGGAAAGAATTACTATGATAGTAGTGGTTATGAAAGGGACTACTTTGACTAC TGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb VL (nt) 90 TCCTATGTGCTGACTCAGCCACCCTCAGTGTCAGTGGCCCCAGGAAAGACGGCCAGGATTACCTGTGGGGGAAACAACATTGGAAGTAAAAGT GTGCACTGGTACCAGCAGAAGCCAGGCCAGGCCCCTGTGCTGGTCATCTATTATGATAGC GACCGGCCCTCAGGGATCCCTGAGCGATTCTCTGGCTCCAACTCTGGGAACACGGCCACCCTGACCATCAGCAGGGTCGAAGCCGGGGATGAGGCCGACTATTACTGTCAGGTGTGGGATAGTAGTAGTGATCATTATGTC TTCGGAACTGGGACCAAGGTCACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb VH (aa) 91 QVQLQESGPGLVKPSQTLSLTCTVSGGSISSGDYY WSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGST YYNPSLKSRVTISVDSSKNQFSLRLSSVTAADTAVYYCARGIKDAYCGGDCYHAFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb CDRH1 (aa) 92 GGSISSGDYY
SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb CDRH2 (aa) 93 IYYSGST
SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb CDRH3 (aa) 94 ARGIKDAYCGGDCYHAFDI
SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb VL(VK) (aa) 95 SYVLTQPPSVSVAPGQTARITCGGNNIGSKS VHWYQQKPGQAPVLVVYDDS DRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVWDSTSDHPNV FGTGTKVTVL
SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb CDRL1 (aa) 96 NIGSKS
SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb CDRL2 (aa) 97 DDS
SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb CDRL3 (aa) 98 QVWDSTSDHPNV
SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb VH (nt) 99 CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCACAGACCCTGTCCCTCACCTGCACTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGCAGTGGTGATTACTAC TGGAGTTGGATCCGCCAGCCCCCAGGGAAGGGCCTGGAGTGGATTGGGTACATCTATTACAGTGGGAGCACC TACTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTTACCATATCAGTAGACTCGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAGGCTGAGCTCTGTGACTGCCGCAGACACGGCCGTGTATTACTGTGCCAGAGGGATTAAGGACGCATATTGTGGTGGTGATTGCTACCATGCTTTTGATATC TGGGGCCAAGGGACAATGGTCACCGTCTCTTCAG
SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb VL(VK) (nt) 100 TCCTATGTGCTGACTCAGCCACCCTCGGTGTCAGTGGCCCCAGGACAGACGGCCAGGATTACCTGTGGGGGAAACAACATTGGAAGTAAAAGT GTGCACTGGTACCAGCAGAAGCCAGGCCAGGCCCCTGTGCTGGTCGTCTATGATGATAGC GACCGGCCCTCAGGGATCCCTGAGCGATTCTCTGGCTCCAACTCTGGGAACACGGCCACCCTGACCATCAGCAGGGTCGAAGCCGGGGATGAGGCCGACTATTACTGTCAGGTGTGGGATAGTACTAGTGATCATCCAAATGTC TTCGGAACTGGGACCAAGGTCACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb VH (aa) 101 QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSSNW WSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGNT NYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLTSVTAADTAVYYCASRYCSSTSCPNWFDP WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb CDRH1 (aa) 102 GGSISSSNW
SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb CDRH2 (aa) 103 IYHSGNT
SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb CDRH3 (aa) 104 ASRYCSSTSCPNWFDP
SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb VL (aa) 105 QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGSYNL VSWYQQHPGKAPKFMIYEGS KRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCCSYAGSSTWV FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb CDRL1 (aa) 106 SSDVGSYNL
SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb CDRL2 (aa) 107 EGS
SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb CDRL3 (aa) 108 CSYAGSSTWV
SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb VH (nt) 109 CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGGGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGCAGTAGTAACTGG TGGAGTTGGGTCCGCCAGCCCCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGATTGGGGAAATCTATCATAGTGGGAACACC AACTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACAAGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGACCTCTGTGACCGCCGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGCCGATATTGTAGTAGTACCAGTTGCCCCAACTGGTTCGACCCC TGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb VL (nt) 110 CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTGCCTCCGTGTCTGGGTCTCCTGGACAGTCGATCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGATGTTGGGAGTTATAACCTT GTCTCCTGGTACCAACAGCACCCAGGCAAAGCCCCCAAATTCATGATTTATGAGGGCAGT AAGCGGCCCTCAGGGGTTTCTAATCGCTTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCAACACGGCCTCCCTGACAATCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGACGAGGCTGATTATTACTGCTGCTCATATGCAGGTAGTAGCACTTGGGTG TTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb VH (aa) 111 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSNFG MHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGNNK FYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKPTVSFGVVIDAFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb CDRH1 (aa) 112 GFTFSNFG
SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb CDRH2 (aa) 113 ISYDGNNK
SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb CDRH3 (aa) 114 AKPTVSFGVVIDAFDI
SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb VL(VK) (aa) 115 DIVMTQSPDSLAVSLGERASINCKSSQSVLYSSNNKNY LAWYQQKPGQPPKLLIYWAS TRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYRIIT FGQGTRLEIK
SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb CDRL1 (aa) 116 QSVLYSSNNKNY
SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb CDRL2 (aa) 117 WAS
SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb CDRL3 (aa) 118 QQYYRIIT
SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb VH (nt) 119 CAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCGTGGTCCAGCCTGGGAGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACGTTCAGTAACTTTGGC ATGCACTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGCAAGGGGCTGGAGTGGGTGGCAGTTATATCATATGATGGAAATAATAAA TTCTATGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCTGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCGAAACCCACCGTATCTTTTGGAGTGGTTATTGATGCTTTTGATATC TGGGGCCAAGGGACAATGGTCACCGTCTCTTCAG
SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb VL(VK) (nt) 120 GACATCGTGATGACCCAGTCTCCAGACTCCCTGGCTGTGTCTCTGGGCGAGAGGGCCAGCATCAACTGCAAGTCCAGCCAGAGTGTTTTATACAGCTCCAACAATAAGAACTAC TTAGCTTGGTACCAGCAGAAACCAGGACAGCCTCCTAAGCTGCTCATTTACTGGGCATCT ACCCGGGAATCCGGGGTCCCTGACCGATTCAGTGGCAGCGGGTCTGGGACAGATTTCACTCTCACCATCAGCAGCCTGCAGGCTGAAGATGTGGCAGTTTATTACTGTCAGCAATATTATAGAATTATCACC TTCGGCCAAGGGACACGACTGGAGATTAAAC
SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb VH (aa) 121 EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAGSGFSVSNHA MSWVRQAPGKGLEWVSAIGGSDSTT YYADSVKGRFAISRDNSKNTLYLQMNSLRADDTAIYYCAKDNYTSTWFPFDY WGQGTQVIVSS
SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb CDRH1 (aa) 122 GFSVSNHA
SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb CDRH2 (aa) 123 IGGSDSTT
SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb CDRH3 (aa) 124 AKDNYTSTWFPFDY
SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb VL (aa) 125 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSHSLVHGDGNTY LNWFQQRPGQSPRRLIHKVS NRDSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQGSYWPPWT FGQGTKVEIN
SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb CDRL1 (aa) 126 HSLVHGDGNTY
SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb CDRL2 (aa) 127 KVS
SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb CDRL3 (aa) 128 MQGSYWPPWT
SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb VH (nt) 129 GAGGTGCAACTGTTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTACAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGCGCAGGCTCTGGATTCAGTGTTAGCAACCATGCC ATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAGCAATTGGTGGAAGTGACAGTACTACA TACTACGCAGACTCTGTGAAGGGCCGGTTCGCCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGACGACACGGCCATATATTACTGTGCCAAAGACAACTATACCAGTACCTGGTTCCCCTTTGACTAC TGGGGCCAGGGAACCCAGGTCATCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb VL(VK) (nt) 130 GATGTTGTGATGACTCAGTCTCCACTCTCTCTGCCCGTCACCCTTGGGCAGCCGGCCTCCATCTCCTGCAGGTCTAGTCACAGTCTCGTACACGGTGATGGAAACACCTAC TTGAATTGGTTTCAGCAGAGGCCTGGCCAATCTCCAAGGCGCCTGATTCATAAGGTTTCT AACCGGGACTCTGGGGTCCCTGACAGATTCAGCGGCAGTGGGTCAGGCACTGATTTCACACTGAAGATCAGCAGGGTGGAGGCTGAGGATGTTGGGGTTTATTACTGCATGCAAGGTTCATATTGGCCCCCGTGGACG TTCGGCCAAGGGACCAAGGTGGAAATCAATC
SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb VH (nt) 131 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCATCGTCAGTAGTAATTAC ATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAGTTATTTATAGTGGTGGTAGCACA TACTACGCAGACTCCGTGAAGGGCAGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTTCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGTCTGTGTATTACTGTGCGAGAGATCGGCAGTATAGTGGGAGCCCCAGCTTTGACTAC TGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb VL(VK) (nt) 132 GACATCCAGATGACCCAGTCTCCATCCTCCCTGTCTGCATCTGTAGGAGACAGAGTCACCATCACTTGCCGGGCAAGTCAGAGCATTAGCAGCTAT TTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGGGAAAGCCCCTAAGCTCCTGATCTATACTGCATCC AGTTTGCAAAGTGGGGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGATCTGGGACAGATTTCACTCTCACCATCAGCAGTCTGCAACCTGAAGATTTTGCAACTTACTACTGTCAACAGAGTTACAGTACCCCTGGGCTCACT TTCGGCGGAGGGACCAAGGTGGAGATCAAAC
SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb VH (nt) 133 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGACTCGGTCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCGCTGGATTCACCTTTAGTAGCTATTGG ATGAACTGGGTCCGCCAGGCACCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCAACATAAAGCAAGATGGAAGTGAGAAA TACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAACGCCAAGAACTCACTGTATCTACAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGCTATCATCAGGATATAGTGGCTACGCAGGTAACTAC TGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb VL (nt) 134 CAGGCTGTGGTGACTCAGGAGCCCTCACTGACTGTGTCCCCAGGAGGGACAGTCACTCTCACCTGTGGCTCCAGCACTGGAGCTGTCACCAGTGGTCATTAT CCCTACTGGTTCCAGCAGAAGCCTGGCCAAGCCCCCAGGACACTGATTTATGATACAAGC AACAAACACTCCTGGACCCCTGCCCGATTCTCAGGCTCCCTCCTTGGGGGCAAAGCTGCCCTGACCCTTTCGGGTGCGCGGCCTGAGGATGAGGCTGAGTATTACTGCTTGCTCTCCTATAGTGGTGCTCGGGGGGTG TTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb VH (aa) 135 QVQLVESGGGVVQPGGSLRLSCVASGFTFSDYG VNWVRQAPGKGLDWVAYIQYDGSNK YYADSVKGRFTISRDNFKNTLHLQMNSLRAEDTAVYFCAKLSVAGSFGPFDI WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb CDRH1 (aa) 136 GFTFSDYG
SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb CDRH2 (aa) 137 IQYDGSNK
SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb CDRH3 (aa) 138 AKLSVAGSFGPFDI
SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb VL (aa) 139 QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSNDVGGFNY VSWYQQHPGKAPKLLIYEVS SRPSGVSTRFSGSKSANTASLTVSGLQAEDEADYYCGSYSSTNTLVV FGSGTKVTVL
SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb CDRL1 (aa) 140 SNDVGGFNY
SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb CDRL2 (aa) 141 EVS
SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb CDRL3 (aa) 142 GSYSSTNTLVV
SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb VH (nt) 143 CAGGTGCAGTTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCGTGGTCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGTAGCGTCCGGGTTCACCTTCAGTGACTATGGA GTTAACTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGCAAGGGGCTGGACTGGGTGGCATATATACAATATGATGGAAGTAATAAA TACTATGCGGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCCGAGACAATTTCAAGAACACGCTGCATCTTCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCTGTGTATTTCTGTGCGAAGCTTTCAGTGGCTGGTTCTTTCGGTCCTTTTGATATC TGGGGCCAAGGGACATTGGTCACCGTCTCTTCAG
SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb VL (nt) 144 CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTGCCTCCGTGTCTGGGTCTCCTGGACAGTCGATCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAATGACGTTGGTGGTTTTAACTAT GTCTCCTGGTACCAACAACACCCAGGCAAAGCCCCCAAACTCCTGATTTATGAGGTCAGT AGTCGGCCCTCAGGGGTCTCTACTCGCTTCTCTGGCTCCAAGTCTGCCAACACGGCCTCCCTGACCGTCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGACGAGGCTGATTATTACTGCGGCTCATATTCAAGCACCAACACTCTCGTTGTC TTCGGAAGTGGGACCAAGGTCACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb VH (aa) 145 QVQLQESGPGLVRPSETLSLTCTVSSASIPTGTHY WGWIRQPPGQGLEWIGSISNIGYS FYNPSLKSRVSISIDTSKKQFSLKVRSVTAADTAVYYCVRPTNEYGGFWFDR WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb CDRH1 (aa) 146 SASIPTGTHY
SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb CDRH2 (aa) 147 ISNIGYS
SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb CDRH3 (aa) 148 VRPTNEYGGFWFDR
SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb VL (aa) 149 SYVLTQPPSVSVAPGKTARFTCGGDNIGSKR VHWYQQKPGQAPVLVIYYDA DRPSGIPERFSGSKSGSTATLTISRVEAGDEADYYCQVWESTRDHVI FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb CDRL1 (aa) 150 NIGSKR
SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb CDRL2 (aa) 151 YDA
SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb CDRL3 (aa) 152 QVWESTRDHVI
SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb VH (nt) 153 CAGGTGCAACTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAGGCCTTCGGAGACCCTGTCGCTCACCTGCACTGTCTCTAGTGCCTCCATCCCCACTGGTACTCACTAT TGGGGCTGGATCCGCCAGCCCCCAGGGCAGGGACTGGAGTGGATTGGGAGTATCTCTAATATTGGGTACAGC TTCTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTCAGCATATCCATTGACACGTCCAAGAAGCAGTTCTCCCTGAAAGTGAGGTCTGTGACCGCCGCGGACACGGCTGTCTACTACTGTGTGAGACCTACGAACGAATACGGTGGTTTCTGGTTCGACCGC TGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACGGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb VL (nt) 154 TCCTATGTGCTGACTCAGCCACCCTCAGTGTCAGTGGCCCCTGGAAAGACGGCCAGATTTACCTGTGGGGGAGACAACATTGGAAGTAAAAGA GTGCACTGGTACCAGCAGAAGCCAGGCCAGGCCCCTGTTCTGGTCATCTATTATGATGCC GACCGGCCCTCAGGGATCCCTGAGCGATTCTCTGGCTCCAAGTCTGGGAGCACGGCCACCCTGACCATCAGCAGGGTCGAAGCCGGGGATGAGGCCGACTATTACTGTCAGGTGTGGGAAAGTACTCGTGATCATGTGATT TTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2B2-v2 mAb VH (aa) 155 EVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSNFG MHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGNNK FYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCSKPTVSFGVVIDAFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2B2-v2 mAb CDRH3 (aa) 156 SKPTVSFGVVIDAFDI
SARS-CoV-2 S2B2-v2 mAb VH (nt) 157 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCGTGGTCCAGCCTGGGAGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACGTTCAGTAACTTTGGC ATGCACTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGCAAGGGGCTGGAGTGGGTGGCAGTTATATCATATGATGGAAATAATAAA TTCTATGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCTGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTTCGAAACCCACCGTATCTTTTGGAGTGGTTATTGATGCTTTTGATATC TGGGGCCAAGGGACAATGGTCACCGTCTCTTCAG
SARS-CoV-2 S2A15-v2 mAb VH (aa) 158 QITLKESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSSNWW SWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGNT NYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLTSVTAADTAVYYCASRYCSSTSCPNWFDP WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2A15-v2 mAb VH (nt) 159 CAGATCACCTTGAAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGGGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGCAGTAGTAACTGG TGGAGTTGGGTCCGCCAGCCCCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGATTGGGGAAATCTATCATAGTGGGAACACC AACTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACAAGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGACCTCTGTGACCGCCGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGCCGATATTGTAGTAGTACCAGTTGCCCCAACTGGTTCGACCCC TGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2H7-v1.1 mAb CDRH1 (aa) 160 GFIVSSNYMS
SARS-CoV-2 S2H7-v1.1 mAb CDRH2 (aa) 161 VIYSGGSTYYADSVKG
SARS-CoV-2 S2H7-v1.1 mAb CDRH3 (aa) 162 DRQYSGSPSFDY
SARS-CoV-2 S2H7-v1.1 mAb CDRL1 (aa) 163 RASQSISSYLN
SARS-CoV-2 S2H7-v1.1 mAb CDRL2 (aa) 164 TASSLQS
SARS-CoV-2 S2H7-v1.1 mAb CDRL3 (aa) 165 QQSYSTPGLT
SARS-CoV-2 S2H13-v1.1 mAb CDRH1 (aa) 166 GFTFSSYWMN
SARS-CoV-2 S2H13-v1.1 mAb CDRH2 (aa) 167 NIKQDGSEKYYVDSVKG
SARS-CoV-2 S2H13-v1.1 mAb CDRH3 (aa) 168 SSGYSGYAGNY
SARS-CoV-2 S2H13-v1.1 mAb CDRL1 (aa) 169 GSSTGAVTSGHYPY
SARS-CoV-2 S2H13-v1.1 mAb CDRL2 (aa) 170 DTSNKHS
SARS-CoV-2 S2H13-v1.1 mAb CDRL3 (aa) 171 DTSNKHS
SARS-CoV-2 S309 mAb VH (aa) 172 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309 mAb CDRH1 (aa) 173 GYPFTSYG
SARS-CoV-2 S309 mAb CDRH2 (aa) 174 ISTYNGNT
SARS-CoV-2 S309 mAb CDRH3 (aa) 175 ARDYTRGAWFGESLIGGFDN
SARS-CoV-2 S309 mAb VL (aa) 176 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309 mAb CDRL1 (aa) 177 QTVSSTS
SARS-CoV-2 S309 mAb CDRL2 (aa) 178 GAS
SARS-CoV-2 S309 mAb CDRL3 (aa) 179 QQHDTSLT
SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb VH (aa) 180 EVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGVFSSYA ISWVRQAPGQGLEWMGGIIPLFVTP TYAQKFQGRVTITADESTTTASMELSSLTSDDTAVYYCARDRSGYSGSWPVPNFAFHI WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb CDRH1 (aa) 181 GGVFSSYA
SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb CDRH2 (aa) 182 IIPLFVTP
SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb CDRH3 (aa) 183 ARDRSGYSGSWPVPNFAFHI
SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb VL(VK) (aa) 184 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSRS LA WYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGT DFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGTSPRS FGPGTK VDIK
SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb CDRL1 (aa) 185 QSVSSRS
SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb CDRL2 (aa) 186 GAS
SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb CDRL3 (aa) 187 QQYGTSPRS
SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb VH (nt) 188 GAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGTCCTCGGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGAGGCGTCTTCAGCAGCTATGCT ATCAGCTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGGGGGATCATCCCTCTCTTTGTTACACCA ACTTATGCACAGAAGTTCCAGGGCAGAGTCACGATTACCGCGGACGAATCCACGACCACAGCCTCCATGGAGCTGAGCAGCCTGACATCTGACGACACGGCCGTCTATTACTGTGCGCGAGATCGTTCCGGATATAGCGGCAGCTGGCCAGTCCCGAACTTTGCTTTTCATATC TGGGGCCAAGGGACACTGGTCACCGTCTCTTCAG
SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb VL(VK) (nt) 189 GAAATTGTGTTGACGCAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGGAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGAGTGTTAGCAGCAGGTCC TTAGCCTGGTACCAGCAGAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGGTGCATCC AGCAGGGCCACTGGCATCCCGGACAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCACCATCAGCAGACTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTGTATTACTGTCAGCAGTATGGTACCTCACCTCGGTCT TTCGGCCCTGGGACCAAAGTGGATATCAAAC
SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb VH (aa) 190 QVQLVQSGAEVKRPGSSVKVSCKASGGVFSSFA ISWVRQAPGQGLEWMGGIIPLFVKP DYAQKFQDRVTITADESTTTAYMELRSLKSDDTAVYYCARDHSGYSGSWPVPNYPFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb CDRH1 (aa) 191 GGVFSSFA
SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb CDRH2 (aa) 192 IIPLFVKP
SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb CDRH3 (aa) 193 ARDHSGYSGSWPVPNYPFDI
SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb VL(VK) (aa) 194 EIVLTQSPGTLSLSPGERAILSCRASQSVSSNS LA WYQQIPGQPPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGT DFTLSISRLEPEDFAVYYCQQYGGSTRS FGPGTK VDIK
SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb CDRL1 (aa) 195 QSVSSNS
SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb CDRL2 (aa) 196 GAS
SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb CDRL3 (aa) 197 QQYGGSTRS
SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb VH (nt) 198 CAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGGGCTGAGGTGAAGAGGCCTGGGTCCTCCGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCCTCTGGAGGCGTCTTCAGCAGCTTTGCT ATCAGCTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGAGGGATCATCCCTTTGTTTGTTAAACCA GACTACGCACAGAAATTCCAGGACAGAGTCACGATTACCGCGGACGAATCAACGACCACAGCCTACATGGAGCTGCGCAGCCTTAAATCTGACGACACGGCCGTTTATTACTGTGCGAGAGATCATTCCGGCTATAGTGGCAGCTGGCCGGTGCCGAACTATCCTTTTGATATC TGGGGCCAAGGGACAATGGTCACCGTCTCTTCAG
SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb VL(VK) (nt) 199 GAAATTGTGTTGACGCAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCTGGGGAAAGAGCCATCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGAGTGTTAGCAGCAACTCC TTAGCCTGGTACCAGCAGATTCCTGGCCAGCCTCCCAGGCTCCTCATCTACGGTGCATCC AGCAGGGCCACTGGCATCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCAGTATCAGCAGACTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTATATTACTGTCAGCAGTATGGTGGCTCAACTCGGTCT TTCGGCCCTGGGACCAAAGTGGATATCAAAC
SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb VH (aa) 200 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYG VSWVRQAPGQGLEWMGWISAYNGNT NYAQNLQGRVTMTTDTSTSTAYMELRSLRSDDTAVYYCARDAVITIFGVVIGKSGYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb CDRH1 (aa) 201 GYTFTSYG
SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb CDRH2 (aa) 202 ISAYNGNT
SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb CDRH3 (aa) 203 ARDAVITIFGVVIGKSGYYGMDV
SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb VL(VK) (aa) 204 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQSLVYSDGNTY LNWFQQRPGQSPRRLIYKVS NRDSGVPDRFSGSGSGTDFTLEISRVEAEDVGVYYCMQGTHWPAWT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb CDRL1 (aa) 205 QSLVYSDGNTY
SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb CDRL2 (aa) 206 KVS
SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb CDRL3 (aa) 207 MQGTHWPAWT
SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb VH (nt) 208 CAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGAGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGTTACACCTTTACCAGCTATGGT GTCAGCTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAGCGCTTACAATGGTAACACA AACTATGCACAGAACCTCCAGGGCAGAGTCACCATGACCACAGACACATCCACGAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGGAGCCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGATGCCGTGATTACGATTTTTGGAGTGGTTATTGGGAAATCGGGCTATTACGGTATGGACGTC TGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA
SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb VL(VK) (nt) 209 GATGTTGTGATGACTCAGTCTCCACTCTCCCTGCCCGTCACCCTTGGACAGCCGGCCTCCATCTCCTGCAGGTCTAGTCAAAGCCTCGTATACAGTGATGGAAACACCTAC TTGAATTGGTTTCAGCAGAGGCCAGGCCAATCTCCAAGGCGCCTAATTTATAAGGTTTCT AACCGGGACTCTGGGGTCCCAGACAGATTCAGCGGCAGTGGGTCAGGCACTGATTTCACACTGGAAATCAGCAGGGTGGAGGCTGAGGATGTTGGGGTTTATTACTGCATGCAAGGTACACACTGGCCTGCGTGGACG TTCGGCCAAGGGACCAAGGTGGAGATCAAAC
SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb VH (aa) 210 EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTTYA MSWVRQAPGKGLEWVSGISGSGGNT YHADSVKGRFTISRDNSKSTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDLWFREILHGMDV WGEGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb CDRH1 (aa) 211 GFTFTTYA
SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb CDRH2 (aa) 212 ISGSGGNT
SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb CDRH3 (aa) 213 AKDLWFREILHGMDV
SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb VL (aa) 214 QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDIGGYNY VSWYQHHPGKAPKIMIYEVT NRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTSSNTYV FGTGTKVTVL
SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb CDRL1 (aa) 215 SSDIGGYNY
SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb CDRL2 (aa) 216 EVT
SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb CDRL3 (aa) 217 SSYTSSNTYV
SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb VH (nt) 218 GAGGTGCAGCTGTTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTGCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCTTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTTACCACCTATGCC ATGAGTTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAGGTATTAGTGGTAGTGGTGGTAACACA TACCACGCAGACTCCGTGAAGGGCCGGTTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAGCACGCTGTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAAAGACCTCTGGTTCAGGGAGATACTCCACGGTATGGATGTC TGGGGCGAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb VL (nt) 219 CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTGCCTCCGTGTCTGGGTCTCCTGGACAGTCGATCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGACATTGGTGGTTATAACTAT GTCTCCTGGTACCAACACCACCCAGGCAAAGCCCCCAAAATAATGATTTATGAGGTCACT AATCGGCCCTCAGGGGTTTCTAATCGCTTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCAACACGGCCTCCCTGACCATCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGACGAGGCTGATTATTACTGCAGCTCATATACAAGCAGCAACACTTATGTC TTCGGAACTGGGACCAAGGTCACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb VH (aa) 220 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFPFNIYA MSWVRQAPGKGLEWVSGISGSGGST YYADSVRGRFAISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAEYYCAKDLWFREILHGMDV WGKGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb CDRH1 (aa) 221 GFPFNIYA
SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb CDRH2 (aa) 222 ISGSGGST
SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb CDRH3 (aa) 223 AKDLWFREILHGMDV
SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb VL (aa) 224 QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNY VSWYQHHPGRAPKLMIYEVS NRPSGVSNRFSGSKSGNTASLSISGLQAEDEADYYCSSYTSSSTYV FGAGTKVTVL
SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb CDRL1 (aa) 225 SSDVGGYNY
SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb CDRL2 (aa) 226 EVS
SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb CDRL3 (aa) 227 SSYTSSSTYV
SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb VH (nt) 228 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTACAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCCCATTTAACATCTATGCC ATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAGGTATTAGTGGAAGTGGTGGTAGCACA TACTACGCAGACTCCGTGAGGGGCCGGTTCGCCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGAATATTACTGTGCGAAAGACCTCTGGTTCAGGGAGATACTCCACGGTATGGACGTC TGGGGCAAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb VL (nt) 229 CAGTCTGACCTGACTCAGCCTGCCTCCGTGTCTGGGTCTCCTGGACAGTCGATCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGACGTTGGTGGTTATAACTAT GTCTCCTGGTACCAACACCACCCAGGCAGAGCCCCCAAACTCATGATTTATGAGGTCAGT AATCGGCCCTCAGGGGTTTCTAATCGCTTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCAACACGGCCTCCCTGAGCATCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGACGAGGCTGATTATTACTGCAGCTCATATACAAGCAGCAGCACTTATGTC TTCGGAGCTGGGACCAAGGTCACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2D25-v2 mAb VL (aa) 230 QSDLTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNY VSWYQHHPGRAPKLMIYEVS NRPSGVSNRFSGSKSGNTASLSISGLQAEDEADYYCSSYTSSSTYV FGAGTKVTVL
SARS-CoV-2 S2D25-v2 mAb VL (nt) 231 CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTGCCTCCGTGTCTGGGTCTCCTGGACAGTCGATCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGACGTTGGTGGTTATAACTAT GTCTCCTGGTACCAACACCACCCAGGCAGAGCCCCCAAACTCATGATTTATGAGGTCAGT AATCGGCCCTCAGGGGTTTCTAATCGCTTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCAACACGGCCTCCCTGAGCATCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGACGAGGCTGATTATTACTGCAGCTCATATACAAGCAGCAGCACTTATGTC TTCGGAGCTGGGACCAAGGTCACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb VH (aa) 232 EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCTSSGFTFGDYP MSWFRQAPGKGLEWVGFIRSKAYGGTT QYAASVKGRFTISRDDSKNIAYLQMNSLKTEDTAVYYCTREMWDCSGGRCYSPFFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb CDRH1 (aa) 233 GFTFGDYP
SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb CDRH2 (aa) 234 IRSKAYGGTT
SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb CDRH3 (aa) 235 TREMWDCSGGRCYSPFFDY
SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb VL (VK) (aa) 236 EIVMTQSPATLSVSPGERATLSCRASQTVSSN LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS TRATGIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQQYNNWRT FGQGTKLEIK
SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb CDRL1 (aa) 237 QTVSSN
SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb CDRL2 (aa) 238 GAS
SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb CDRL3 (aa) 239 QQYNNWRT
SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb VH (nt) 240 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTACAGCCAGGGCGGTCCCTGAGACTCTCCTGTACATCTTCTGGATTCACCTTTGGTGATTATCCT ATGAGCTGGTTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTAGGTTTCATTAGAAGCAAAGCTTATGGTGGGACAACA CAATACGCCGCGTCTGTGAAAGGCAGATTCACCATCTCAAGAGATGACTCCAAAAACATCGCCTATCTGCAAATGAACAGCCTGAAAACCGAGGACACAGCCGTGTATTACTGTACTAGAGAAATGTGGGATTGTAGTGGTGGTAGGTGCTACTCCCCTTTTTTCGACTAC TGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb VL(VK) (nt) 241 GAAATAGTGATGACGCAGTCTCCAGCCACCCTGTCTGTGTCTCCAGGGGAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGACTGTTAGCAGCAAC TTAGCCTGGTACCAGCAGAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGGTGCATCC ACCAGGGCCACTGGTATCCCAGCCAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGAGTTCACTCTCACCATCAGCAGCCTGCAGTCTGAAGATTTTGCAGTTTATTACTGTCAGCAGTATAATAACTGGCGGACT TTTGGCCAGGGGACCAAGCTGGAGATCAAAC
SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb VH (aa) 242 EVQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFMSSA VQWVRQARGQRLEWIGWIVVGSGNT NYTQKFRERVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAAPRCSGGSCHDGFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb CDRH1 (aa) 243 GFTFMSSA
SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb CDRH2 (aa) 244 IVVGSGNT
SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb CDRH3 (aa) 245 AAPRCSGGSCHDGFDI
SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb VL (VK) (aa) 246 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSY LGWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGRSPWT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb CDRL1 (aa) 247 QSVSSSY
SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb CDRL2 (aa) 248 GAS
SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb CDRL3 (aa) 249 QQYGRSPWT
SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb VH (nt) 250 GAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGGCCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGACCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGATTCACCTTTATGAGCTCTGCT GTGCAGTGGGTGCGACAGGCTCGTGGACAACGCCTTGAGTGGATAGGATGGATCGTCGTTGGCAGTGGTAACACA AACTACACACAGAAGTTCCGGGAAAGAGTCACCATCACCAGGGACATGTCCACAAGTACAGCCTACATGGAGCTGAGCAGCCTGAGATCCGAGGACACGGCCGTGTATTATTGTGCGGCTCCTCGTTGTAGTGGTGGTAGCTGCCATGATGGTTTTGATATC TGGGGCCAAGGGACAATGGTCACCGTCTCTTCAG
SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb VL(VK) (nt) 251 GAAATTGTGTTGACGCAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGGAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGAGTGTTAGCAGCAGCTAC TTAGGCTGGTACCAGCAGAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGGTGCATCC AGCAGGGCCACTGGCATCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCACCATCAGCAGACTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTGTATTACTGTCAGCAGTATGGTAGGTCACCGTGGACG TTCGGCCAAGGGACCAAGGTGGAGATCAAAC
SARS-CoV-2 S2D8-v2 mAb VH (aa) 252 EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTTYA MSWVRQAPGKGLEWVSGISGSGGNT YHAESVKGRFTISRDNSKSTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDLWFREILHGMDV WGEGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D8-v3 mAb VH (aa) 253 EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTTYA MSWVRQAPGKGLEWVSGISGSGGNT YHADSVKGRFTISRDNSKSTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDLFFREILHGMDV WGEGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D8-v3 mAb CDRH3 (aa) 254 DLFFREILHGMDV
SARS-CoV-2 S2D8-v4 mAb VH (aa) 255 EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTTYA MSWVRQAPGKGLEWVSGISGSGGNT YHAESVKGRFTISRDNSKSTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDLFFREILHGMDV WGEGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D8-v5 mAb VH (aa) 256 EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTTYA MSWVRQAPGKGLEWVSGISGSGGNT YHADAVKGRFTISRDNSKSTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDLWFREALHGMDV WGEGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D8-v5 mAb CDRH3 (aa) 257 DLWFREALHGMDV
SARS-CoV-2 S2D8-v6 mAb VH (aa) 258 EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTTYA MSWVRQAPGKGLEWVSGISGSGGNT YHADAVKGRFTISRDNSKSTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDLFFREALHGMDV WGEGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D8-v6 mAb CDRH3 (aa) 259 DLFFREALHGMDV
SARS-CoV-2 S2D8-v7 mAb VH (aa) 260 EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTTYA MSWVRQAPGKGLEWVSGISGSGGNT YHADAVKGRFTISRDNSKSTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDLYFREALHGMDV WGEGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D8-v7 mAb CDRH3 (aa) 261 DLYFREALHGMDV
SARS-CoV-2 S2D25-v3 mAb VH (aa) 262 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFPFNIYAMS WVRQAPGKGLEWVSGISGSGGSTYYAESVRG RFAISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAEYYCAKDLWFREILHGMDV WGKGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D25-v3 mAb CDRH2 (aa) 263 GISGSGGSTYYAESVRG
SARS-CoV-2 S2D25-v4 mAb VH (aa) 264 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFPFNIYAMS WVRQAPGKGLEWVSGISGSGGSTYYADSVRG RFAISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAEYYCAKDLFFREILHGMDV WGKGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D25-v4 mAb CDRH3 (aa) 265 DLFFREILHGMDV
SARS-CoV-2 S2D25-v5 mAb VH (aa) 266 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFPFNIYAMS WVRQAPGKGLEWVSGISGSGGSTYYAESVRG RFAISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAEYYCAKDLFFREILHGMDV WGKGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D25-v6 mAb VH (aa) 267 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFPFNSYAMS WVRQAPGKGLEWVSGISGSGGSTYYADAVRG RFAISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAEYYCAKDLFFREILHGMDV WGKGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D25-v6 mAb CDRH1 (aa) 268 GFPFNSYAMS
SARS-CoV-2 S2D25-v6 mAb CDRH2 (aa) 269 GISGSGGSTYYADAVRG
SARS-CoV-2 S2D25-v7 mAb VH (aa) 270 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFPFNSYAMS WVRQAPGKGLEWVSGISGSGGSTYYADAVRG RFAISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAEYYCAKDLWFREALHGMDV WGKGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D25-v7 mAb CDRH3 (aa) 271 DLWFREALHGMDV
SARS-CoV-2 S2D25-v8 mAb VH (aa) 272 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFPFNSYAMS WVRQAPGKGLEWVSGISGSGGSTYYADAVRG RFAISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAEYYCAKDLYFREILHGMDV WGKGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2D25-v8 mAb CDRH3 (aa) 273 DLYFREILHGMDV
SARS-CoV-2 S2D32-v2 mAb VH (aa) 274 EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCTSSGFTFGDYPMS WFRQAPGKGLEWVGFIRSKAYGGTTQYAASVKG RFTISRDDSKNIAYLQMNSLKTEDTAVYYCTREMFDCSGGRCYSPFFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2D32-v2 mAb CDRH3 (aa) 275 EMFDCSGGRCYSPFFDY
SARS-CoV-2 S2D32-v3 mAb VH (aa) 276 EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCTSSGFTFGDYPMS WFRQAPGKGLEWVGFIRSKAYGGTTQYAASVKG RFTISRDDSKNIAYLQMNSLKTEDTAVYYCTREMWDSSGGRSYSPFFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2D32-v3 mAb CDRH3 (aa) 277 EMWDSSGGRSYSPFFDY
SARS-CoV-2 S2D32-v4 mAb VH (aa) 278 EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCTSSGFTFGDYPMS WFRQAPGKGLEWVGFIRSKAYGGTTQYAASVKG RFTISRDDSKNIAYLQMNSLKTEDTAVYYCTREMWDPSGGRPYSPFFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2D32-v4 mAb CDRH3 (aa) 279 EMWDPSGGRPYSPFFDY
SARS-CoV-2 S2D32-v5 mAb VH (aa) 280 EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCTSSGFTFGDYPMS WFRQAPGKGLEWVGFIRSKAYGGTTQYAASVKG RFTISRDDSKNIAYLQMNSLKTEDTAVYYCTREMWDASGGRAYSPFFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2D32-v5 mAb CDRH3 (aa) 281 EMWDASGGRAYSPFFDY
SARS-CoV-2 S2D32-v6 mAb VL(VK) (aa) 282 EIVMTQSPATLSVSPGERATLSCRASQTVSSNLA WYQQKPGQAPRLLIYGASTRATGIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQQYNNFRT FGQGTKLEIK
SARS-CoV-2 S2D32-v6 mAb CDRL3 (aa) 283 QQYNNFRT
SARS-CoV-2 S2D60-v2 mAb VH (aa) 284 EVQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFMSSAVQ WVRQARGQRLEWIGFIVVGSGNTNYAQKFRE RVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAAPRCSGGSCHDGFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2D60-v2 mAb CDRH2 (aa) 285 FIVVGSGNTNYAQKFRE
SARS-CoV-2 S2D60-v3 mAb VH (aa) 286 EVQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFMSSAVQ WVRQARGQRLEWIGFIVVGSGNTQYTQKFRE RVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAAPRCSGGSCHDGFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2D60-v3 mAb CDRH2 (aa) 287 FIVVGSGNTQYTQKFRE
SARS-CoV-2 S2D60-v4 mAb VH (aa) 288 EVQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFMSSAVQ WVRQARGQRLEWIGWIVVGSGNTNYAQKFRE RVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAAPRCSGGSCHDAFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2D60-v4 mAb CDRH2 (aa) 289 WIVVGSGNTNYAQKFRE
SARS-CoV-2 S2D60-v4 mAb CDRH3 (aa) 290 PRCSGGSCHDAFDI
SARS-CoV-2 S2D60-v5 mAb VH (aa) 291 EVQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFMSSAVQ WVRQARGQRLEWIGFIVVGSGNTNYAQKFRE RVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAAPRCSGGSCHDAFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2D60-v6 mAb VH (aa) 292 EVQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFMSSAVQ WVRQARGQRLEWIGYIVVGSGNTQYTQKFRE RVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAAPRCSGGSCHEGFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2D60-v6 mAb CDRH2 (aa) 293 YIVVGSGNTQYTQKFRE
SARS-CoV-2 S2D60-v6 mAb CDRH3 (aa) 294 PRCSGGSCHEGFDI
SARS-CoV-2 S2D60-v7 mAb VH (aa) 295 EVQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFMSSAVQ WVRQARGQRLEWIGWIVVGSGNTNYAQKFRE RVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAAPRSSGGSSHDGFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2D60-v7 mAb CDRH3 (aa) 296 PRSSGGSSHDGFDI
SARS-CoV-2 S2D60-v8 mAb VH (aa) 297 EVQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFMSSAVQ WVRQARGQRLEWIGWIVVGSGNTNYAQKFRE RVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAAPRCSGGSCHDGFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2D60-v9 mAb VH (aa) 298 EVQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFMSSAVQ WVRQARGQRLEWIGWIVVGSGNTQYTQKFRE RVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAAPRCSGGSCHDGFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2D60-v9 mAb CDRH2 (aa) 299 WIVVGSGNTQYTQKFRE
SARS-CoV-2 S2D60-v10 mAb VH (aa) 300 EVQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFMSSAVQ WVRQARGQRLEWIGWIVVGSGNTDYTQKFRE RVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAAPRCSGGSCHDGFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2D60-v10 mAb CDRH2 (aa) 301 WIVVGSGNTDYTQKFRE
SARS-CoV-2 S2D60-v11 mAb VL(VK) (aa) 302 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLG WYQQKPGQAPRLLIYGASSRAT GIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGRSPFT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S2D60-v11 mAb CDRL3 (aa) 303 QQYGRSPFT
SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb VH (aa) 304 EVHLVESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFTFSGSA MHWVRQASGKGLEWVGRIRTKANTYAT AYAASVKGRFTISRDDSKNTAYLQMNSLKTEDTAVYYCTRPAPYDFLSDYYTGEQLDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb CDRH1 (aa) 305 GFTFSGSA
SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb CDRH2 (aa) 306 IRTKANTYAT
SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb CDRH3 (aa) 307 TRPAPYDFLSDYYTGEQLDY
SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb VL (aa) 308 QSVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSSSNIGAGYD VHWYQQLPGAAPKLLIYGNS NRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGPEV FGTGTKVTVL
SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb CDRL1 (aa) 309 SSNIGAGYD
SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb CDRL2 (aa) 310 GNS
SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb CDRL3 (aa) 311 QSYDSSLSGPEV
SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb VH (nt) 312 GAGGTGCATCTGGTGGAGTCCGGGGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAAACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGGTTCACCTTCAGTGGCTCTGCT ATGCACTGGGTCCGCCAGGCTTCCGGGAAAGGGCTGGAGTGGGTTGGCCGTATAAGAACCAAAGCTAATACTTACGCGACA GCATATGCTGCGTCGGTGAAAGGCAGGTTCACCATCTCCAGAGATGATTCAAAGAACACGGCTTATCTGCAAATGAACAGCCTGAAAACCGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTACTAGACCCGCCCCCTACGATTTTTTGAGTGATTATTATACCGGTGAACAACTTGACTAC TGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb VL (nt) 313 CAGTCTGTGCTGACGCAGCCGCCCTCAGTGTCTGGGGCCCCAGGGCAGAGGGTCACCATCTCCTGCACTGGGAGCAGCTCCAACATCGGGGCAGGTTATGAT GTACACTGGTACCAGCAACTTCCAGGAGCAGCCCCCAAACTCCTCATCTATGGTAACAGC AATCGGCCCTCAGGGGTCCCTGACCGATTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCACCTCAGCCTCCCTGGCCATCACTGGGCTCCAGGCTGAGGATGAGGCTGATTATTACTGCCAGTCCTATGACAGCAGCCTGAGTGGTCCGGAGGTC TTCGGAACTGGGACCAAGGTCACCGTCCTGG
SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb VH (aa) 314 QVTLKESGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVG VGWLRQPPGKALEWLALIYWDDDK RYSPSLKNRLTVTKDTSKNQVVLTMTNLDPVDTATYYCAHDNTLGGSSTWQSTFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb CDRH1 (aa) 315 GFSLSTSGVG
SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb CDRH2 (aa) 316 IYWDDDK
SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb CDRH3 (aa) 317 AHDNTLGGSSTWQSTFDY
SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb VL (aa) 318 QSVLTQPPSVSEAPRQRVTISCSGSNSNIGNNA VHWYQQLPGKAPKLLIYYDD LLPSGVSDRFSGSKSGTSASLAISGLQSEDEADYYCAAWDDRMNGPV FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb CDRL1 (aa) 319 NSNIGNNA
SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb CDRL2 (aa) 320 YDD
SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb CDRL3 (aa) 321 AAWDDRMNGPV
SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb VH (nt) 322 CAGGTCACCTTGAAGGAGTCTGGTCCTACGCTGGTGAAACCCACACAGACCCTCACGCTGACCTGCACCTTCTCTGGGTTCTCACTCAGCACTAGTGGAGTGGGT GTGGGCTGGCTCCGTCAGCCCCCAGGAAAGGCCCTGGAGTGGCTTGCACTCATTTATTGGGATGATGATAAG CGCTACAGTCCATCTCTGAAGAATAGGCTCACCGTCACCAAGGACACCTCCAAAAACCAGGTGGTCCTCACAATGACCAATTTGGACCCTGTGGACACAGCCACATATTACTGTGCACACGACAACACCTTGGGAGGTAGCAGCACCTGGCAATCAACCTTTGACTAC TGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb VL (nt) 323 CAGTCTGTGCTGACTCAGCCACCCTCGGTGTCTGAAGCCCCCAGGCAGAGGGTCACCATCTCCTGTTCTGGAAGCAACTCCAACATCGGAAATAATGCT GTACACTGGTACCAGCAGCTCCCAGGAAAGGCTCCCAAACTCCTCATCTATTATGATGAT CTGCTGCCCTCAGGGGTCTCTGACCGATTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCACCTCAGCCTCCCTGGCCATCAGTGGGCTCCAGTCTGAGGATGAGGCTGATTATTACTGTGCAGCATGGGATGACAGGATGAATGGTCCGGTA TTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2D8-v1.1 mAb CDRH3 (aa) 324 DLWFREILHGMDV
SARS-CoV-2 S2D25-v1.1 mAb CDRH1 (aa) 325 GFPFNIYAMS
SARS-CoV-2 S2D25-v1.2 mAb CDRH2 (aa) 326 GISGSGGSTYYADSVRG
SARS-CoV-2 S2D25-v1.3 mAb CDRH3 (aa) 327 DLWFREILHGMDV
SARS-CoV-2 S2D25-v1.4 mAb CDRL1 (aa) 328 TGTSSDVGGYNYVS
SARS-CoV-2 S2D25-v1.5 mAb CDRL2 (aa) 329 EVSNRPS
SARS-CoV-2 S2D32-v1.1 mAb CDRH1 (aa) 330 GFTFGDYPMS
SARS-CoV-2 S2D32-v1.2 mAb CDRH2 (aa) 331 FIRSKAYGGTTQYAASVKG
SARS-CoV-2 S2D32-v1.3 mAb CDRH3 (aa) 332 EMWDCSGGRCYSPFFDY
SARS-CoV-2 S2D32-v1.4 mAb CDRL1 (aa) 333 RASQTVSSNLA
SARS-CoV-2 S2D32-v1.5 mAb CDRL2 (aa) 334 GASTRAT
SARS-CoV-2 S2D60-v1.1 mAb CDRH1 (aa) 335 GFTFMSSAVQ
SARS-CoV-2 S2D60-v1.2 mAb CDRH2 (aa) 336 WIVVGSGNTNYTQKFRE
SARS-CoV-2 S2D60-v1.3 mAb CDRH3 (aa) 337 PRCSGGSCHDGFDI
SARS-CoV-2 S2D60-v1.4 mAb CDRL1 (aa) 338 RASQSVSSSYLG
SARS-CoV-2 S2D60-v1.5 mAb CDRL2 (aa) 339 GASSRAT
SARS-CoV-2 S309-v2 mAb VH (aa) 340 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v2 mAb CDRH1 (aa) 341 GYPFTSYG
SARS-CoV-2 S309-v2 mAb CDRH2 (aa) 342 ISTYQGNT
SARS-CoV-2 S309-v2 mAb CDRH3 (aa) 343 ARDYTRGAWFGESLIGGFDN
SARS-CoV-2 S309-v2 mAb VL(VK) (aa) 344 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-v2 mAb CDRL1 (aa) 345 QTVSSTS
SARS-CoV-2 S309-v2 mAb CDRL2 (aa) 346 GAS
SARS-CoV-2 S309-v2 mAb CDRL3 (aa) 347 QQHDTSLT
SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb VH (aa) 348 EVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGLTVRSNY MSWVRQAPGKGLEWVSVMYSGGST FYADSVKGRSTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGDIADDYHYGLDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb CDRH1 (aa) 349 GLTVRSNY
SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb CDRH2 (aa) 350 MYSGGST
SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb CDRH3 (aa) 351 ARGDIADDYHYGLDV
SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb VL (aa) 352 QSVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSTSNIGAGYN VHWYQHFPGTSPKLLIYGNS NRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEAAYYCQSYDSNLSGV FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb CDRL1 (aa) 353 TSNIGAGYN
SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb CDRL2 (aa) 354 GNS
SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb CDRL3 (aa) 355 QSYDSNLSGV
SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb VH (nt) 356 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGAGGAGGCTTGATCCAGCCGGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGGCTCACCGTCAGGAGCAACTAT ATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAGTTATGTATAGCGGTGGTAGTACA TTCTACGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATCCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTTCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGGTGATATAGCAGATGACTACCACTACGGTTTGGACGTC TGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCG
SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb VL (nt) 357 CAGTCTGTGTTGACGCAGCCGCCCTCAGTGTCTGGGGCCCCAGGGCAGAGGGTCACCATCTCCTGCACTGGGAGCACCTCCAACATCGGGGCAGGTTATAAT GTACACTGGTACCAGCACTTTCCAGGAACATCCCCCAAACTCCTCATCTATGGTAACAGC AATCGGCCCTCAGGGGTCCCTGACCGATTTTCTGGCTCCAAGTCTGGCACCTCAGCCTCCCTGGCCATCACTGGGCTCCAGGCTGAGGATGAGGCTGCTTATTACTGCCAGTCCTATGACAGCAACCTGAGTGGAGTG TTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb VH (aa) 358 EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYF MHWVRQAPGQGLEWMGWISPNSGGT NYAQRFQGRVTMTRDTSISTTYMELSRLRSDDTAVYYCARDQAYIVLAQGSGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb CDRH1 (aa) 359 GYTFTDYF
SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb CDRH2 (aa) 360 ISPNSGGT
SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb CDRH3 (aa) 361 ARDQAYIVLAQGSGMDV
SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb VL(VK) (aa) 362 DIVMTQTPSSVSASVGDRVTITCRASQGISSW LAWYQQKPGKAPKLLISAAS SLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISTLQPEDFATYYCQQANSFPLA FGPGTKVDIK
SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb CDRL1 (aa) 363 QGISSW
SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb CDRL2 (aa) 364 AAS
SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb CDRL3 (aa) 365 QQANSFPLA
SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb VH (nt) 366 GAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCCGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTTCACCGACTACTTT ATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAGCCCTAACAGTGGTGGCACA AACTATGCACAGAGGTTTCAGGGCAGGGTCACCATGACCAGGGACACGTCCATCAGTACAACCTACATGGAGCTGAGCAGGCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGATCAGGCGTATATTGTTCTAGCCCAAGGCTCCGGTATGGACGTC TGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA
SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb VL(VK) (nt) 367 GATATTGTGATGACCCAGACTCCATCTTCCGTGTCTGCATCTGTAGGAGACAGAGTCACCATCACTTGTCGGGCGAGTCAGGGTATTAGCAGCTGG TTAGCCTGGTATCAGCAGAAACCAGGGAAAGCCCCTAAGCTCCTGATCTCTGCTGCATCC AGTTTGCAAAGTGGGGTCCCATCAAGGTTCAGCGGCAGTGGATCTGGGACAGATTTCACTCTCACCATCAGCACCCTGCAGCCTGAAGATTTTGCAACTTACTATTGTCAACAGGCTAACAGTTTCCCCCTCGCT TTCGGCCCTGGGACCAAAGTGGATATCAAAC
SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb VH (aa) 368 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTVSSNY MSWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGNT YYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMISLRAEDTAVYYCARDRRLPSIIFGLDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb CDRH1 (aa) 369 GFTVSSNY
SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb CDRH2 (aa) 370 IYSGGNT
SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb CDRH3 (aa) 371 ARDRRLPSIIFGLDV
SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb VL (aa) 372 QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGNNH VSWYRQHPGKAPKLMIYEVS NRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAGDEADYYCSSFTTYTTDVV FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb CDRL1 (aa) 373 SSDVGGNNH
SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb CDRL2 (aa) 374 EVS
SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb CDRL3 (aa) 375 SSFTTYTTDVV
SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb VH (nt) 376 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGAGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCGTCAGTAGCAACTAC ATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAGTTATTTATAGCGGTGGTAACACA TACTACGCAGACTCCGTAAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTTCAAATGATCAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGATAGGAGGTTGCCCTCGATCATCTTCGGTCTGGACGTC TGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA
SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb VL (nt) 377 CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTGCCTCCGTGTCTGGGTCTCCTGGACAGTCGATCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGACGTTGGTGGTAATAACCAT GTCTCCTGGTACCGACAGCACCCAGGCAAAGCCCCCAAACTCATGATTTATGAGGTCAGT AATCGGCCCTCAGGGGTTTCTAATCGCTTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCAACACGGCCTCCCTGACCATCTCTGGGCTCCAGGCTGGGGACGAGGCTGATTATTACTGCAGCTCATTTACAACCTACACCACGGATGTGGTA TTCGGCGGAGGGACCAAGCTTACCGTCCTAG
SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb VH (aa) 378 EVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFPFSTYG MHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSTK YYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTALYYCARVHSSGPGDEYFQH WGQGTLLTVSS
SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb CDRH1 (aa) 379 GFPFSTYG
SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb CDRH2 (aa) 380 IWYDGSTK
SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb CDRH3 (aa) 381 ARVHSSGPGDEYFQH
SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb VL(VK) (aa) 382 DIVMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSG LAWYQQKPGKGPKVLIYDAS SLESGVPSRFSGSASGTDFTLTISSLQPEDFATYFCQQFYSYPLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb CDRL1 (aa) 383 QGISSG
SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb CDRL2 (aa) 384 DAS
SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb CDRL3 (aa) 385 QQFYSYPLT
SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb VH (nt) 386 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCGTGGTCCAGCCTGGCAGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCGTCTGGATTCCCCTTCAGTACCTATGGC ATGCACTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGCAAGGGGCTGGAGTGGGTGGCAGTTATATGGTATGATGGAAGTACTAAA TACTATGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACTCTCTATCTGCAAATGAACAGCCTCAGAGCCGAGGACACGGCTTTGTATTACTGTGCGAGAGTCCATAGCAGTGGCCCGGGGGATGAATACTTCCAGCAC TGGGGCCAGGGCACCCTGCTCACCGTCTCCTCAG
SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb VL(VK) (nt) 387 GACATCGTGATGACCCAGTCTCCATCCTCCCTGTCTGCATCTGTAGGAGACAGAGTCACCATCACTTGCCGGGCAAGTCAGGGCATCAGCAGTGGT TTAGCCTGGTATCAACAGAAACCAGGGAAAGGTCCTAAGGTCCTGATCTATGATGCCTCC AGTTTGGAAAGTGGAGTCCCATCAAGGTTCAGCGGCAGTGCATCTGGGACAGATTTCACTCTCACCATCAGCAGCCTGCAGCCTGAAGATTTTGCAACTTATTTCTGTCAACAGTTTTATAGTTACCCTCTCACT TTCGGCGGAGGGACCAAGGTGGAGATCAAGC
SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb VH (aa) 388 EVHLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGITVSSNY MSWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGST FYADSVKGRFTISRDNSKNTVYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLVTYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb CDRH1 (aa) 389 GITVSSNY
SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb CDRH2 (aa) 390 IYSGGST
SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb CDRH3 (aa) 391 ARDLVTYGMDV
SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb VL(VK) (aa) 392 EIVLTQSPSFLSASVGDRVTITCRASQGISSY LAWYQQKPGKAPKLLIYAAS TLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCQQLNGDPPI FGHGTRLEIK
SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb CDRL1 (aa) 393 QGISSY
SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb CDRL2 (aa) 394 AAS
SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb CDRL3 (aa) 395 QQLNGDPPI
SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb VH (nt) 396 GAGGTGCATCTGGTGGAGTCTGGAGGAGGCTTGATCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGGATCACCGTCAGTAGCAACTAT ATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAGTTATTTATAGCGGTGGTAGCACA TTCTATGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGGTGTATCTTCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGATCTGGTAACCTACGGTATGGACGTC TGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA
SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb VL(VK) (nt) 397 GAAATTGTGTTGACACAGTCTCCATCCTTCCTGTCTGCATCTGTAGGAGACAGAGTCACCATCACTTGCCGGGCCAGTCAGGGCATTAGCAGTTAT TTAGCCTGGTATCAGCAAAAACCAGGGAAAGCCCCTAAGCTCCTGATCTATGCTGCATCC ACTTTGCAAAGTGGGGTCCCATCAAGGTTCAGCGGCAGTGGATCTGGGACAGAATTCACTCTCACAATCAGCAGCCTGCAGCCTGAAGATTTTGCAACTTATTACTGTCAACAGCTTAATGGTGACCCTCCTATC TTCGGCCATGGGACACGACTGGAGATTAAAC
SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb VH (aa) 398 EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYY MHWVRQAPGQGLEWMGIINPGGVST TYAHYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARSIAVFWGDAFDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb CDRH1 (aa) 399 GYTFTSYY
SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb CDRH2 (aa) 400 INPGGVST
SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb CDRH3 (aa) 401 ARSIAVFWGDAFDI
SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb VL(VK) (aa) 402 DIQMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNY LAWYQQKPGQPPKLLIYWAS TRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYSSSPLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb CDRL1 (aa) 403 QSVLYSSNNKNY
SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb CDRL2 (aa) 404 WAS
SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb CDRL3 (aa) 405 QQYSSSPLT
SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb VH (nt) 406 GAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTTTCCTGCAAGGCATCTGGATACACCTTCACCAGCTACTAT ATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGAATAATCAACCCTGGTGGTGTTAGCACA ACGTACGCACATTACGCACAGAAGTTCCAGGGCAGAGTCACCATGACCAGGGACACGTCCACGAGCACAGTCTACATGGAGCTGAGCAGCCTGAGATCTGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGATCTATAGCAGTGTTTTGGGGAGATGCTTTTGATATC TGGGGCCAAGGGACAATGGTCACCGTCTCTTCAG
SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb VL(VK) (nt) 407 GACATCCAGATGACCCAGTCTCCAGACTCCCTGGCTGTGTCTCTGGGCGAGAGGGCCACCATCAACTGCAAGTCCAGCCAGAGTGTTTTATACAGCTCCAACAATAAGAACTAC TTAGCTTGGTACCAGCAGAAACCAGGACAGCCTCCTAAGCTGCTCATTTACTGGGCGTCT ACCCGGGAATCCGGGGTCCCTGACCGATTCAGTGGCAGCGGGTCTGGGACAGATTTCACTCTCACCATCAGCAGCCTGCAGGCTGAAGATGTGGCAGTTTATTACTGTCAGCAATATTCTAGTTCTCCCCTCACT TTCGGCGGAGGGACCAAGGTGGAGATCAAAC
SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb VH (aa) 408 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFNTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILMSGMA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI SGQGTLVTVYS
SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb CDRH1 (aa) 409 GGIFNTYT
SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb CDRH2 (aa) 410 IILMSGMA
SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb CDRH3 (aa) 411 ARGFNGNYYGWGDDDAFDI
SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb VL (aa) 412 QTVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSNSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLICGNS NRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGPNWV FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb CDRL1 (aa) 413 NSNIGAGYD
SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb CDRL2 (aa) 414 GNS
SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb CDRL3 (aa) 415 QSYDSSLSGPNWV
SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb VH (nt) 416 CAGGTACAGCTGGTGCAATCTGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGTCCTCGGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGGGGCATCTTCAACACCTATACT ATCAGCTGGGTGCGACAGGCCCCTGGGCAAGGGCTTGAGTGGATGGGAAGGATCATCCTTATGTCTGGTATGGCA AACTACGCACAGAAGATCCAGGGCAGAGTCACGATAACCGCGGACAAATCGACGAGCACAGCCTACATGGAGCTGACCAGCCTGAGATCTGACGACACGGCCGTCTATTACTGTGCGAGAGGCTTCAACGGGAACTATTATGGTTGGGGGGACGATGATGCTTTTGATATC TCGGGCCAAGGGACACTGGTCACCGTCTATTCAG
SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb VL (nt) 417 CAGACTGTGTTGACGCAGCCGCCCTCAGTGTCTGGGGCCCCAGGGCAGAGGGTCACCATCTCCTGCACTGGGAGCAACTCCAACATCGGGGCTGGTTATGAT GTACACTGGTACCAGCAGCTTCCAGGAACAGCCCCCAAACTCCTCATCTGTGGTAACAGC AATCGGCCCTCAGGGGTCCCTGACCGATTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCACCTCAGCCTCCCTGGCCATCACTGGGCTCCAGGCTGAGGATGAGGCTGATTATTACTGCCAGTCCTATGACAGCAGCCTGAGTGGCCCGAATTGGGTG TTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTAC
SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb VH (aa) 418 EVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGFTVSSNY MSWVRQAPGKGLEWVSVIYFGGTT YYADSVKGRFTISRDTSENTLFLQMNSLRVEDTAVYYCARDQGIAVAGLDFGAYDI WGQGTMVTVSS
SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb CDRH1 (aa) 419 GFTVSSNY
SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb CDRH2 (aa) 420 IYFGGTT
SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb CDRH3 (aa) 421 ARDQGIAVAGLDFGAYDI
SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb VL(VK) (aa) 422 DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNY LAWYQQKPGQPPKLLIYWAS TRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYRTPTWT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb CDRL1 (aa) 423 QSVLYSSNNKNY
SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb CDRL2 (aa) 424 WAS
SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb CDRL3 (aa) 425 QQYYRTPTWT
SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb VH (nt) 426 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGAGGAGGCTTGATCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGGTTCACCGTCAGTAGCAACTAC ATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAGTTATTTATTTCGGTGGTACCACA TACTACGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACACTTCCGAGAACACGCTGTTTCTTCAGATGAACAGCCTGAGAGTCGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCCAGAGATCAGGGTATAGCAGTGGCTGGTCTCGATTTTGGCGCTTATGATATC TGGGGCCAAGGGACAATGGTCACCGTCTCTTCAG
SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb VL(VK) (nt) 427 GACATCGTGATGACCCAGTCTCCAGACTCCCTGGCTGTGTCTCTGGGCGAGAGGGCCACCATCAACTGCAAGTCCAGCCAGAGTGTTTTATATAGCTCCAACAATAAGAACTAC TTAGCTTGGTACCAGCAGAAGCCAGGACAGCCTCCTAAGCTGCTCATTTACTGGGCATCT ACCCGGGAATCCGGGGTCCCTGACCGATTCAGTGGCAGCGGGTCTGGGACAGATTTCACTCTCACCATCAGCAGCCTGCAGGCTGAAGATGTGGCAGTTTATTACTGTCAGCAATATTATAGGACTCCCACGTGGACG TTCGGCCAAGGGACCAAGGTGGAAATCAAAC
抗體407_10_1_v2 (VH) (aa) 428 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFNTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILMSGMA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI WGQGTLVTVYS
抗體407_10_1_v2 (VH) (nt) 429 CAGGTGCAGCTGGTCCAGAGCGGCGCAGAGGTCAAAAAGCCCGGCAGTAGTGTCAAGGTGTCTTGTAAAGCATCAGGGGGTATCTTCAACACCTACACAATCAGCTGGGTGAGACAGGCTCCAGGACAGGGACTGGAGTGGATGGGCCGCATCATCCTGATGTCTGGCATGGCCAATTACGCTCAGAAGATCCAGGGCAGGGTGACCATCACAGCCGACAAGTCCACCAGCACAGCTTATATGGAGCTGACCTCTCTGAGGTCCGACGATACAGCCGTGTACTATTGCGCTCGGGGCTTCAACGGCAATTACTATGGCTGGGGAGATGATGATGCTTTTGACATTTGGGGGCAGGGCACTCTGGTGACAGTCTACAGT
SARS-CoV-2 S2X227-v1 (WT) (nt-CO) 430 GAAGTGCAACTAGTGCAAAGTGGTGCAGAAGTCAAGAAGCCCGGCGCTTCTGTTAAAGTGTCCTGCAAGGCCTCTGGCTACACCTTTACATCCTACTACATGCACTGGGTGCGGCAGGCTCCTGGCCAGGGCCTGGAGTGGATGGGCATCATCAACCCTGGAGGAGTGAGCACCACCTACGCTCACTACGCCCAGAAGTTCCAGGGCAGAGTGACAATGACCCGGGACACCTCCACCTCTACCGTGTACATGGAACTGTCCTCTCTGAGATCTGAGGATACCGCTGTGTACTATTGTGCCAGATCCATCGCCGTGTTCTGGGGCGACGCCTTCGACATCTGGGGCCAAGGCACCATGGTGACCGTGTCCAGC
SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb VL(VK) (nt-CO) 431 GATATCCAAATGACTCAAAGTCCAGATAGTCTCGCTGTGTCCCTGGGCGAGCGGGCTACCATCAACTGCAAGTCCAGCCAGTCCGTGCTGTACTCCTCCAATAACAAGAACTACCTGGCCTGGTATCAACAGAAGCCTGGCCAGCCTCCAAAGCTGCTGATCTACTGGGCCTCTACCAGAGAGTCCGGCGTCCCCGATAGATTCTCCGGATCTGGCTCTGGCACCGACTTCACCCTGACCATCTCCTCTCTGCAGGCCGAGGACGTGGCCGTGTACTACTGTCAGCAGTACAGCTCTTCTCCTCTGACCTTTGGCGGCGGAACAAAAGTGGAAATCAAG
抗體407_10_2_v2 VH (aa) 432 EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYYIHWVRQAPGQGLEWMGIINPGGVSTTYAHYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARSIAVFWGDAFDIWGQGTMVTVSS
抗體407_10_2_v2 VH (nt-CO) 433 GAAGTGCAACTAGTGCAAAGTGGTGCAGAAGTCAAGAAGCCCGGAGCTTCTGTGAAAGTGTCCTGCAAGGCCTCTGGCTACACCTTTACCTCCTACTACATCCACTGGGTGCGGCAGGCTCCTGGACAAGGCCTGGAGTGGATGGGCATCATCAACCCTGGCGGCGTGTCCACCACCTACGCTCACTACGCCCAGAAGTTCCAGGGCAGAGTGACAATGACCAGAGATACCAGCACATCTACCGTGTACATGGAACTGTCCTCTCTGCGGTCCGAGGACACCGCTGTGTACTATTGTGCCAGATCCATCGCCGTGTTCTGGGGCGACGCCTTCGACATCTGGGGCCAGGGCACCATGGTTACCGTGTCTAGC
抗體407_10_2_v3 VH (aa) 434 EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYYMHWVRQAPGQGLEWMGIINPGGVSTTYAHYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARSIAVFFGDAFDIWGQGTMVTVSS
抗體407_10_2_v3 CDRH3 (aa) 435 ARSIAVFFGDAFDI
抗體407_10_2_v3 VH (nt-CO) 436 GAAGTGCAACTAGTGCAAAGTGGTGCAGAAGTCAAGAAGCCCGGAGCTTCTGTGAAAGTGTCCTGCAAGGCCTCTGGCTACACCTTTACCTCCTACTACATGCACTGGGTCCGGCAGGCTCCTGGACAAGGCCTGGAGTGGATGGGCATCATCAACCCTGGCGGCGTGTCTACCACCTACGCTCACTACGCCCAGAAGTTCCAGGGCAGAGTGACAATGACCAGAGATACCAGCACCTCTACAGTGTACATGGAACTGTCCTCTCTGCGGTCCGAGGACACCGCTGTGTACTATTGTGCCAGATCCATCGCCGTGTTCTTCGGCGACGCCTTCGACATCTGGGGCCAGGGCACCATGGTGACCGTGTCCAGC
抗體407_10_2_v4 VH (aa) 437 EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYYIHWVRQAPGQGLEWMGIINPGGVSTTYAHYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARSIAVFFGDAFDIWGQGTMVTVSS
抗體407_10_2_v4 VH (nt-CO) 438 GAAGTGCAACTAGTGCAAAGTGGTGCAGAAGTGAAGAAGCCTGGCGCTTCTGTTAAAGTGTCCTGCAAGGCCTCTGGCTACACCTTTACCTCCTACTACATCCACTGGGTGCGGCAGGCTCCTGGACAAGGCCTGGAGTGGATGGGCATCATCAACCCCGGCGGCGTGTCTACCACCTACGCTCACTACGCCCAGAAGTTCCAGGGAAGAGTGACCATGACCAGAGATACCAGCACATCTACAGTGTACATGGAACTGTCCTCTCTGCGGTCCGAGGACACCGCTGTGTACTATTGTGCCAGATCCATCGCCGTGTTCTTCGGCGACGCCTTCGACATCTGGGGCCAGGGCACCATGGTCACCGTGTCCAGC
抗體407_10_2_v5 VL (aa) 439 DIQMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYFASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYSSSPLTFGGGTKVEIK
抗體407_10_2_v5 CDRL2 (aa)   440 FAS
抗體407_10_2_v5 VL (nt-CO) 441 GATATCCAAATGACTCAAAGTCCAGATAGTCTCGCTGTGTCCCTGGGCGAGAGAGCTACAATCAACTGCAAGTCCAGCCAGTCCGTGCTGTACTCCTCCAATAACAAGAACTACCTGGCCTGGTACCAGCAGAAACCAGGCCAGCCTCCTAAGCTGCTGATCTACTTCGCCTCCACCAGAGAGTCCGGCGTCCCCGATCGGTTTTCTGGCTCTGGATCTGGCACCGACTTCACCCTGACCATCTCCTCTCTGCAGGCCGAGGACGTGGCCGTGTACTACTGTCAGCAATATTCTAGCTCT CCTCTGACCTTCGGCGGCGGAACCAAGGTGGAAATCAAG
抗體S2X259-v3 VL (aa) 442 QTVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSNSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLISGNS NRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGPNWV FGGGTKLTVL
抗體S2X259-v4 VL (aa) 443 QTVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSNSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLIAGNS NRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGPNWV FGGGTKLTVL
抗體S2X259-v5 VL (aa) 444 QTVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSNSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLIYGNS NRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGPNWV FGGGTKLTVL
抗體S2X259-v6 VL (aa) 445 QTVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSNSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLIVGNS NRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGPNWV FGGGTKLTVL
抗體S2X259-v7 VH (aa) 446 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFNTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILISGIA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI SGQGTLVTVYS
抗體S2X259-v7 CDRH2 (aa) 447 IILISGIA
抗體S2X259-v8 VH (aa) 448 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFSTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILMSGMA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI SGQGTLVTVYS
抗體S2X259-v8 CDRH1 (aa) 449 GGIFSTYT
SARS-CoV;Urbani菌株;表面醣蛋白;GenBank:AAP13441.1 450 MFIFLLFLTL TSGSDLDRCT TFDDVQAPNY TQHTSSMRGV YYPDEIFRSD TLYLTQDLFL PFYSNVTGFH TINHTFGNPV IPFKDGIYFA ATEKSNVVRG WVFGSTMNNK SQSVIIINNS TNVVIRACNF ELCDNPFFAV SKPMGTQTHT MIFDNAFNCT FEYISDAFSL DVSEKSGNFK HLREFVFKNK DGFLYVYKGY QPIDVVRDLP SGFNTLKPIF KLPLGINITN FRAILTAFSP AQDIWGTSAA AYFVGYLKPT TFMLKYDENG TITDAVDCSQ NPLAELKCSV KSFEIDKGIY QTSNFRVVPS GDVVRFPNIT NLCPFGEVFN ATKFPSVYAW ERKKISNCVA DYSVLYNSTF FSTFKCYGVS ATKLNDLCFS NVYADSFVVK GDDVRQIAPG QTGVIADYNY KLPDDFMGCV LAWNTRNIDA TSTGNYNYKY RYLRHGKLRP FERDISNVPF SPDGKPCTPP ALNCYWPLND YGFYTTTGIG YQPYRVVVLS FELLNAPATV CGPKLSTDLI KNQCVNFNFN GLTGTGVLTP SSKRFQPFQQ FGRDVSDFTD SVRDPKTSEI LDISPCSFGG VSVITPGTNA SSEVAVLYQD VNCTDVSTAI HADQLTPAWR IYSTGNNVFQ TQAGCLIGAE HVDTSYECDI PIGAGICASY HTVSLLRSTS QKSIVAYTMS LGADSSIAYS NNTIAIPTNF SISITTEVMP VSMAKTSVDC NMYICGDSTE CANLLLQYGS FCTQLNRALS GIAAEQDRNT REVFAQVKQM YKTPTLKYFG GFNFSQILPD PLKPTKRSFI EDLLFNKVTL ADAGFMKQYG ECLGDINARD LICAQKFNGL TVLPPLLTDD MIAAYTAALV SGTATAGWTF GAGAALQIPF AMQMAYRFNG IGVTQNVLYE NQKQIANQFN KAISQIQESL TTTSTALGKL QDVVNQNAQA LNTLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDKVE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RVDFCGKGYH LMSFPQAAPH GVVFLHVTYV PSQERNFTTA PAICHEGKAY FPREGVFVFN GTSWFITQRN FFSPQIITTD NTFVSGNCDV VIGIINNTVY DPLQPELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQELGKYEQ YIKWPWYVWL GFIAGLIAIV MVTILLCCMT SCCSCLKGAC SCGSCCKFDE DDSEPVLKGV KLHYT
CMV啟動子(nt) 451 GACATTGATTATTGACTAGTTATTAATAGTAATCAATTACGGGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGAGTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATGGTGATGCGGTTTTGGCAGTACATCAATGGGCGTGGATAGCGGTTTGACTCACGGGGATTTCCAAGTCTCCACCCCATTGACGTCAATGGGAGTTTGTTTTGGCACCAAAATCAACGGGACTTTCCAAAATGTCGTAACAACTCCGCCCCATTGACGCAAATGGGCGGTAGGCGTGTACGGTGGGAGGTCTATATAAGCAGAGCTCGTTTAGTGAACCGTCAGATCGCCTGGAGACGCCATCCACGCTGTTTTGACCTCCATAGAAGACACCGGGACCGATCCAGCCTCCGCGGCCGGGAACGGTGCATTGGAACGCGGATTCCCCGTGCCAAGAGTGACGTAAGTACCGCCTATAGAGTCTATAGGCCCACCCCCTTGGCTTCGTTAG
訊號肽(nt) 452 ATGGGATGGTCATGTATCATCCTTTTTCTAGTAGCAACTGCAACCGGTGT
聚腺苷酸化訊號序列(nt) 453 AACTTGTTTATTGCAGCTTATAATGGTTACAAATAAAGCAATAGCATCACAAATTTCACAAATAAAGCATTTTTTTCACTGCATTCTAGTTGTGGTTTGTCCAAACTCATCAATGTATCTTATCATGTCTGGATC
訊號肽(aa) 454 MGWSCIILFLVATATG
訊號肽(nt-CO) 455 atgggctggtcctgcatcatcctgttcctggtggccacagccaccggcgtgcacagc
訊號肽(aa) 456 MGWSCIILFLVATATGVHS
S2X259變異體CDRH2 457 IILMSGKA
S2X259變異體VH W118_S127 458 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFNTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILMSGMA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI WGQGTLVTVSS
S2X259變異體VH M64K_W118_S127 459 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFNTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILMSGKA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI WGQGTLVTVSS
S2X259變異體VH M59I_M64I_W118_S127 460 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGIFNTYT ISWVRQAPGQGLEWMGRIILISGIA NYAQKIQGRVTITADKSTSTAYMELTSLRSDDTAVYYCARGFNGNYYGWGDDDAFDI WGQGTLVTVSS
ACE2正向引子 461 CAAGAGCAAACGGTTGAACAC
ACE2反向引子 462 CCAGAGCCTCTCATTGTAGTCT
HPRT正向引子 463 CCTGGCGTCGTGATTAGTG
HPRT反向引子 464 ACACCCTTTCCAAATCCTCAG
TMPRSS2正向引子 465 CAAGTGCTCCRACTCTGGGAT
TMPRSS2反向引子 466 AACACACCGRTTCTCGTCCTC
本揭露內容亦提供以下實施例:
實施例1.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中:(i)該CDRH1包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 409、23、33、38、46、53、55、63、70、72、83、93、103、113、123、137、147、160、166、181、191、201、211、221、233、243、268、305、315、325、330、335、349、359、369、379、389、399、419或449中之任一者之該胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸之取代;(ii)該CDRH2包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 410、24、31、36、39、48、51、56、65、67、73、83、93、103、113、123、137、147、161、167、182、192、202、212、222、234、244、263、269、285、287、289、293、299、301、306、316、326、331、336、350、360、370、380、390、400、420、447、457中之任一者之該胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸之取代;(iii)該CDRH3包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 411、25、40、57、74、84、94、104、114、124、138、148、156、162、168、183、193、203、213、223、235、245、254、257、259、261、265、271、273、275、277、279、281、290、294、296、307、317、324、327、332、337、351、361、371、381、391、401、421或435中之任一者之該胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸之取代;(iv)該CDRL1包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 413、27、42、59、76、86、96、106、116、126、140、150、163、169、185、195、205、215、225、237、247、309、319、328、333、338、353、363、373、383、393、403或423中之任一者之該胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸之取代;(v)該CDRL2包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 414、28、43、60、77、87、97、107、117、127、141、151、164、170、186、196、206、216、226、238、248、310、320、329、334、339、354、364、374、384、394、404、424或440中之任一者之該胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸之取代;及/或(vi)該CDRL3包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NO.: 415、29、44、61、78、88、98、108、118、128、142、152、165、171、187、197、207、217、227、239、249、283、303、311、321、355、365、375、385、395、405或425中之任一者之該胺基酸序列,或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸之取代,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至表現於宿主細胞之細胞表面上、SARS-CoV-2病毒粒子上,或二者上之SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例2.如實施例1之抗體或抗原結合片段,其能夠中和活體外感染模型及/或活體內動物感染模型及/或人類中之SARS-CoV-2感染,其中任擇地,該SARS-CoV-2感染包含SARS-CoV-2,其包含根據SEQ ID NO.:3之該胺基酸序列。
實施例3.如實施例1或2之抗體或抗原結合片段,其為(i)能夠結合至表現於宿主細胞之細胞表面上、薩貝冠狀病毒病毒粒子上,或二者上之二個或更多個(例如,二個、三個、四個、五個或更多個)薩貝冠狀病毒之該表面醣蛋白;及/或(ii)能夠中和活體外感染模型及/或活體內動物感染模型及/或人類中之藉由二個或更多個薩貝冠狀病毒引起之感染。
實施例4.如實施例1至3中任一項之抗體或抗原結合片段,其包含根據以下之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列:(i)分別SEQ ID NO.: 409-411及413-415;(ii)分別SEQ ID NO.: 23或160、31、25或162及27-29或163-165;(iii)分別SEQ ID NO.: 33、24或161、25或162及27-29或163-165;(iv)分別SEQ ID NO.: 33、31、25或162及27-29或163-165;(v)分別SEQ ID NO.: 33、36、25或162及27-29或163-165; (vi)分別SEQ ID NO.: 38-40及42-44;(vii)分別SEQ ID NO.: 46、39或167、40或168及42-44或169-171;(viii)分別SEQ ID NO.: 38或166、48、40或168及42-44或169-171;(ix)分別SEQ ID NO.: 46、48、40或168及42-44或169-171;(x)分別SEQ ID NO.: 46、51、40或168及42-44或169-171;(xi)分別SEQ ID NO.: 53、48、40或168及42-44或169-171;(xii)分別SEQ ID NO.: 55-57及59-61;(xiii)分別SEQ ID NO.: 63、56、57及59-61;(xiv)分別SEQ ID NO.: 55、65、57及59-61;(xv)分別SEQ ID NO.: 63、67、57及59-61;(xvi)分別SEQ ID NO.: 63、65、57及59-61;(xvii)分別SEQ ID NO.: 70、65、57及59-61;(xviii)分別SEQ ID NO.: 72-74及76-78;(xix)分別SEQ ID NO.: 82-84及86-88;(xx)分別SEQ ID NO.: 92-94及96-98;(xxi)分別SEQ ID NO.: 102-104及106-108;(xxii)分別SEQ ID NO.: 112-114及116-118;(xxiii)分別SEQ ID NO.: 122-124及126-128;(xxiv)分別SEQ ID NO.: 136-138及140-142;(xxv)分別SEQ ID NO.: 146-148及150-152;(xxvi)分別SEQ ID NO.: 112、113、156及116-118;(xxvii)分別SEQ ID NO.: 181-183及185-187;(xxviii)分別SEQ ID NO.: 191-193及195-197;(xxix)分別SEQ ID NO.: 201-203及205-207;(xxx)分別SEQ ID NO.: 211-213及215-217;(xxxi)分別SEQ ID NO.: 221-223及225-227;(xxxii)分別SEQ ID NO.: 233-235及237-239;(xxxiii)分別SEQ ID NO.: 243-245及247-249;(xxxiv)分別SEQ ID NO.: 211、212,254、257、259、261或324中之任一者及215-217;(xxxv)分別SEQ ID NO.: 221、268或325,222、263、269或326中之任一者,223、265、271、273或327中之任一者及225、226或328及227或329;(xxxvi)分別SEQ ID NO.: 233或330、234或331,235、275、277、279、281或332中之任一者,及237、282或333中之任一者、238或234及239;(xxxvii)分別SEQ ID NO.: 243或335,244、285、287、289、293、299、301或336中之任一者,245、290、294、296或337中之任一者及247或338、248或339及249或303;(xxxviii)分別SEQ ID NO.: 305-307及309-311;(xxxix)分別SEQ ID NO.: 315-317及319-321;(xxxx)分別SEQ ID NO.: 349-351及353-355;(xxxxi)分別SEQ ID NO.: 359-361及363-365;(xxxxii)分別SEQ ID NO.: 369-371及373-375;(xxxxiii)分別SEQ ID NO.: 379-381及383-385;(xxxxiv)分別SEQ ID NO.: 389-391及393-395;(xxxxv)分別SEQ ID NO.: 399、400、401或435及403、404或440及405;(xxxxvi)分別SEQ ID NO.: 23-25及27-29;(xxxxvii)分別SEQ ID NO.: 419-421及423-425;(xxxxviii)分別SEQ ID NO.: 409、447、411及413-415;(xxxxix)分別SEQ ID NO.: 449、410、411及413-415;(xxxxx)分別SEQ ID NO.: 449、447、411及413-415;(xxxxxi)分別SEQ ID NO.: 409、457、411及413-415;(xxxxxii)分別SEQ ID NO.: 449、457、411及413-415。
實施例5.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3包含以下中所闡述之胺基酸序列或由其組成:(i)分別SEQ ID NO.: 409、410、411、413、414及415;(ii)分別SEQ ID NO.: 409、447、411、413、414及415;(iii)分別SEQ ID NO.: 409、457、411、413、414及415;(iv)分別SEQ ID NO.: 449、410、411、413、414及415;(v)分別SEQ ID NO.: 449、447、411、413、414及415;或(vi)分別SEQ ID NO.: 449、457、411、413、414及415,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例6.如實施例1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NO.: 409、410、411、413、414及415中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
實施例7.如實施例1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NO.: 409、447、411、413、414及415中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
實施例8.如實施例1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NO.: 409、457、411、413、414及415中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
實施例9.如實施例1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NO.: 449、410、411、413、414及415中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
實施例10.如實施例1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NO.: 449、447、411、413、414及415中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
實施例11.如實施例1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NO.: 449、457、411、413、414及415中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
實施例12.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3包含以下中所闡述之胺基酸序列或由其組成: (i)分別SEQ ID NO.: 399、400、401、403、404及405; (ii)分別SEQ ID NO.: 399、400、435、403、404及405; (iii)分別SEQ ID NO.: 399、400、401、403、440及405;或 (iv)分別SEQ ID NO.: 399、400、435、403、440及405, 且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例13.如實施例1-4及12中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NO.: 399、400、401、403、404及405中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
實施例14.如實施例1-4及12中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NO.: 399、400、435、403、404及405中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
實施例15.如實施例1-4及12中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NO.: 399、400、401、403、440及405中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
實施例16.如實施例1-4及12中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NO.: 399、400、435、403、440及405中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
實施例17.如實施例1-16中任一項之抗體或抗原結合片段,其中:(i)該VH包含以下或由以下組成:與根據SEQ ID NO.: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、158、180、190、200、210、220、232、242、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、448、459及460中之任一者之胺基酸序列具有至少85%之一致性的胺基酸序列,其中該變化任擇地限於一或多個骨架區及/或該變化包含對經生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代;及/或(ii)該VL包含以下或由以下組成:與根據SEQ ID NO.: 26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444及445中之任一者之胺基酸序列具有至少85%之一致性的胺基酸序列,其中該變化任擇地限於一或多個骨架區及/或該變化包含對經生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代。
實施例18.如實施例1-17中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該VH包含以下或由表3中所闡述之任何VH胺基酸序列組成,且其中該VL包含以下或由表3中所闡述之任何VL胺基酸序列組成,其中任擇地,該VH及該VL包含或由根據以下之該胺基酸序列組成: (i)分別SEQ ID NO.: 408、446、448、458、459及460中之任一者,及412、442、443、444及445中之任一者,任擇地根據(a)分別SEQ ID NO.: 408及412;(b)分別SEQ ID NO.: 408及442;(c)分別SEQ ID NO.: 408及443;(d)分別SEQ ID NO.: 408及444;(e)分別SEQ ID NO.: 408及445;(f)分別SEQ ID NO.: 428及412;(g)分別SEQ ID NO.: 428及442;(h)分別SEQ ID NO.: 428及443;(i)分別SEQ ID NO.: 428及444;(j)分別SEQ ID NO.: 428及445;(k)分別SEQ ID NO.: 446及412;(l)分別SEQ ID NO.: 446及442;(m)分別SEQ ID NO.: 446及443;(n)分別SEQ ID NO.: 446及444;(o)分別SEQ ID NO.: 446及445;(p)分別SEQ ID NO.: 448及412;(q)分別SEQ ID NO.: 448及442;(r)分別SEQ ID NO.: 448及443;(s)分別SEQ ID NO.: 448及444;(t)分別SEQ ID NO.: 448及445;(u)分別SEQ ID NO.: 458及412;(v)分別SEQ ID NO.: 458及442;(w)分別SEQ ID NO.: 458及443;(x)分別SEQ ID NO.: 458及444;(y)分別SEQ ID NO.: 458及445;(z)分別SEQ ID NO.: 459及412;(aa)分別SEQ ID NO.: 459及442;(bb)分別SEQ ID NO.: 459及443;(cc)分別SEQ ID NO.: 459及444;(dd)分別SEQ ID NO.: 459及445;(ee)分別SEQ ID NO.: 460及412;(ff)分別SEQ ID NO.: 460及442;(gg)分別SEQ ID NO.: 460及443;(hh)分別SEQ ID NO.: 460及444;或(ii)分別SEQ ID NO.: 460及445;(ii)分別SEQ ID NO.: 30及26;(iii)分別SEQ ID NO.: 32及26;(iv)分別SEQ ID NO.: 34及26;(v)分別SEQ ID NO.: 35及26;(vi)分別SEQ ID NO.: 37及41;(vii)分別SEQ ID NO.: 45及41;(viii)分別SEQ ID NO.: 47及41; (ix)分別SEQ ID NO.: 49及41;(x)分別SEQ ID NO.: 50及41;(xi)分別SEQ ID NO.: 52及41;(xii)分別SEQ ID NO.: 54及58;(xiii)分別SEQ ID NO.: 62及58;(xiv)分別SEQ ID NO.: 64及58;(xv)分別SEQ ID NO.: 66及58;(xvi)分別SEQ ID NO.: 68及58;(xvii)分別SEQ ID NO.: 69及58;(xviii)分別SEQ ID NO.: 71及75;(xix)分別SEQ ID NO.: 81及85;(xx)分別SEQ ID NO.: 91及95;(xxi)分別SEQ ID NO.: 101或158及105;(xxii)分別SEQ ID NO.: 111或155及115;(xxiii)分別SEQ ID NO.: 121及125;(xxiv)分別SEQ ID NO.: 135及139;(xxv)分別SEQ ID NO.: 145及149;(xxvi)分別SEQ ID NO.: 180及184;(xxvii)分別SEQ ID NO.: 190及194;(xxviii)分別SEQ ID NO.: 200及204;(xxix)分別SEQ ID NO.: 210及214;(xxx)分別SEQ ID NO.: 220及224; (xxxi)分別SEQ ID NO.: 220及230;(xxxii)分別SEQ ID NO.: 232及236;(xxxiii)分別SEQ ID NO.: 242及246;(xxxiv)分別SEQ ID NO.: 252、253、255、256、258或260及214中之任一者;(xxxv)分別SEQ ID NO.: 262、264、266、267、270或272及224中之任一者;(xxxvi)分別SEQ ID NO.: 274、276、278或280及236或282中之任一者;(xxxvii)分別SEQ ID NO.: 284、286、288、291、292、295、297或300及246或302中之任一者;(xxxviii)分別SEQ ID NO.: 304及308;(xxxix)分別SEQ ID NO.: 314及318;(xxxx)分別SEQ ID NO.: 348及352;(xxxxi)分別SEQ ID NO.: 358及362;(xxxxii)分別SEQ ID NO.: 368及372; (xxxxiii)分別SEQ ID NO.: 378及382;(xxxxiv)分別SEQ ID NO.: 388及392;(xxxxv)分別SEQ ID NO.: 398或432或434或437及402或439,任擇地(a)分別SEQ ID NO.: 398及402、(b)分別SEQ ID NO.: 398及439、(c)分別SEQ ID NO.: 432及402、(d)分別SEQ ID NO.: 432及439、(e)分別SEQ ID NO.: 434及402、(f)分別SEQ ID NO.: 434及439、(g)分別SEQ ID NO.: 437及402、或(h)分別SEQ ID NO.: 437及439;(xxxxvi)分別SEQ ID NO.: 408或428及412;(xxxxvii)分別SEQ ID NO.: 418及422;(xxxxviii)分別SEQ ID NO.: 408、446、448、458、459及460中之任一者,及412、442、443、444及445中之任一者;或(xxxxix)分別SEQ ID NO.: 22及26。
實施例19.如實施例1至18中任一項之抗體或其抗原結合片段,其中該VH及該VL與以下中所闡述之胺基酸序列具有至少85%之一致性、或包含以下中所闡述之胺基酸序列或由其組成:(a)分別SEQ ID NO.: 458及445;(b)分別SEQ ID NO.: 408及442;(c)分別SEQ ID NO.: 408及443;(d)分別SEQ ID NO.: 408及444;(e)分別SEQ ID NO.: 408及445;(f)分別SEQ ID NO.: 428及412;(g)分別SEQ ID NO.: 428及442;(h)分別SEQ ID NO.: 428及443;(i)分別SEQ ID NO.: 428及444;(j)分別SEQ ID NO.: 428及445;(k)分別SEQ ID NO.: 446及412;(l)分別SEQ ID NO.: 446及442;(m)分別SEQ ID NO.: 446及443;(n)分別SEQ ID NO.: 446及444;(o)分別SEQ ID NO.: 446及445;(p)分別SEQ ID NO.: 448及412;(q)分別SEQ ID NO.: 448及442;(r)分別SEQ ID NO.: 448及443;(s)分別SEQ ID NO.: 448及444;(t)分別SEQ ID NO.: 448及445;(u)分別SEQ ID NO.: 458及412;(v)分別SEQ ID NO.: 458及442;(w)分別SEQ ID NO.: 458及443;(x)分別SEQ ID NO.: 458及444;(y)分別SEQ ID NO.: 408及412;(z)分別SEQ ID NO.: 459及412;(aa)分別SEQ ID NO.: 459及442;(bb)分別SEQ ID NO.: 459及443;(cc)分別SEQ ID NO.: 459及444;(dd)分別SEQ ID NO.: 459及445;(ee)分別SEQ ID NO.: 460及412;(ff)分別SEQ ID NO.: 460及442;(gg)分別SEQ ID NO.: 460及443;(hh)分別SEQ ID NO.: 460及444;或(ii)分別SEQ ID NO.: 460及445。
實施例20.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含或由SEQ ID NO.:458中所闡述之胺基酸序列組成,且該輕鏈可變域(VL)包含或由SEQ ID NO.:445中所闡述之胺基酸序列組成, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例21.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含或由SEQ ID NO.:408中所闡述之胺基酸序列組成,且該輕鏈可變域(VL)包含或由SEQ ID NO.:412中所闡述之胺基酸序列組成, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例22.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含或由SEQ ID NO.:460中所闡述之胺基酸序列組成,且該輕鏈可變域(VL)包含或由SEQ ID NO.:445中所闡述之胺基酸序列組成, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例23.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含或由SEQ ID NO.:459中所闡述之胺基酸序列組成,且該輕鏈可變域(VL)包含或由SEQ ID NO.:445中所闡述之胺基酸序列組成, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例24.如實施例1-18中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該VH及該VL與以下中所闡述之胺基酸序列具有至少85%之一致性:(i)分別SEQ ID NO.: 398及402;(ii)分別SEQ ID NO.: 398及439;(iii)分別SEQ ID NO.: 432及402;(iv)分別SEQ ID NO.: 432及439; (v)分別SEQ ID NO.: 434及402;(vi)分別SEQ ID NO.: 434及439;(vii)分別SEQ ID NO.: 437及402;或(viii)分別SEQ ID NO.: 437及439。
實施例25.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),其中該VH及該VL包含以下中所闡述之胺基酸序列或由其組成:(i)分別SEQ ID NO.: 398及402;(ii)分別SEQ ID NO.: 398及439; (iii)分別SEQ ID NO.: 432及402;(iv)分別SEQ ID NO.: 432及439;(v)分別SEQ ID NO.: 434及402;(vi)分別SEQ ID NO.: 434及439;(vii)分別SEQ ID NO.: 437及402;或(viii)分別SEQ ID NO.: 437及439,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例26.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),其中該VH包含或由如SEQ ID NO: 22中所闡述之胺基酸序列,且該VL包含或由如SEQ ID NO: 26中所闡述之胺基酸序列,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例27.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NO: 23-25中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NO: 27-29中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例28.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),其中該VH包含或由如SEQ ID NO: 37中所闡述之胺基酸序列組成,且該VL包含或由如SEQ ID NO: 41中所闡述之胺基酸序列組成。且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例29.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NO: 38-40中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NO: 42-44中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例30.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),其中該VH包含或由如SEQ ID NO: 54中所闡述之胺基酸序列組成,且該VL包含或由如SEQ ID NO: 58中所闡述之胺基酸序列組成,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例31.一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NO: 55-57中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NO: 59-61中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例32.如實施例1-31中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠特異性結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例33.如實施例1-32中任一項之抗體或抗原結合片段,其:(i)識別SARS-CoV-2之ACE2受體結合模體(RBM,SEQ ID NO.:5)中之表位;(ii)能夠阻斷SARS-CoV-2 RBD (例如,SARS-CoV-2 RBM)與ACE2之間的相互作用; (iii)能夠以比與SARS-CoV S蛋白之結合更大的親合力結合至SARS-CoV-2 S蛋白;(iv)識別在SARS-CoV-2之該ACE2 RBD中及在SARS-CoV之ACE2 RBD中守恆的表位;(v)針對SARS-CoV-2及SARS-CoV冠狀病毒交叉反應;(vii)識別該SARS-CoV-2表面醣蛋白中存在且該ACE2 RBM中不存在的表位;或(viii) (i)-(vii)之任何組合。
實施例34.如實施例1-33中任一項之抗體或抗原結合片段,其:(i)識別二個或更多個薩貝冠狀病毒之S蛋白中之表位;(ii)能夠阻斷一個、二個或更多個薩貝冠狀病毒之S蛋白與細胞表面受體之間的相互作用;(iii)識別在二個或更多個薩貝冠狀病毒之刺突蛋白中守恆的表位;(iv)針對二個或更多個薩貝冠狀病毒交叉反應;或(v) (i)-(iv)之任何組合。
實施例35.如實施例1-34中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠抑制SARS-CoV-2與DC-SIGN、L-SIGN及SIGLEC-1中之任一者或多者之間的相互作用。
實施例36.如實施例1-35中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠抑制SARS-CoV-2與DC-SIGN;L-SIGN;SIGLEC-1;CD22;CD33;CLEC4M,SIGLEC-16;SIGLEC-15;SIGLEC-14;SIGLEC-12;SIGLEC-11;SIGLEC-10;SIGLEC-9;SIGLEC-8;SIGLEC-7;SIGLEC-6;SIGLEC-5;或其任何組合中之任一者或多者之間的相互作用。
實施例37.如實施例1-36中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至(i)-(viii)中之任一者或多者之表面醣蛋白:(i)分枝系1a之一或多個薩貝冠狀病毒,其中該一或多個薩貝冠狀病毒任擇地包含SARS-CoV、Rs3367、Rs4084、LYRa3、Rs4231、Rs4874、WIV1或其任何組合;(ii)分枝系1b之一或多個薩貝冠狀病毒,其中該一或多個薩貝冠狀病毒包含SARS-CoV-2,及任擇地,RatG13、PangGD及PangGX中之一或多者;(iii)分枝系2之一或多個薩貝冠狀病毒,其中該一或多個薩貝冠狀病毒包含Rm1/2004、As6526、HKU3-12、Rp/Shaanxi2011、Cp/Yunnan2011、Rf4092、Rs4255、ZXC21、ZC45、YN2013、RMYN02、SC2018、Anlong112、YN2013、SC2011、ZC45或其任何組合; (iv)分枝系3之一或多個薩貝冠狀病毒,其中該一或多個薩貝冠狀病毒任擇地包含BtKY72、BGR2008或二者;(iv)SEQ ID NO.:3之變異體,其包含:(iv)(a) N501Y突變;(iv)(b) Y453F突變;(iv)(c) N439K突變;(iv)(d) K417V突變;及/或(iv)(e) N501Y突變、K417N突變及E484K突變;(v) SARS-CoV-2 B.1.351變異體;(vi) SARS-CoV-2 B.1.429變異體;(vii) SARS-CoV-2 P.1變異體;(viii) SARS-CoV-2 B.1.1.222變異體。
實施例38.如實施例1-37中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至以下之表面醣蛋白(S): (i) SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 (SEQ ID NO.:3);(ii) SARS-CoV-2 B.1.1.7;(iii) SARS-CoV-2 B.1.351;(iv) SARS-CoV-2變異體P.1;(v) SARS-CoV-2變異體B.1.429;(vi) SARS-CoV;(vii) WIV1;(viii) PANG/GD;(ix) PANG/GX;(x) RatG13;(xi) ZXC21;(xii) ZC45;(xiii) RmYN02;(xiv) BGR2008;(xv) BtkY72;或(xvi) (i)-(xv)之任何組合。
實施例39.如實施例1-38中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段之Fab能夠以低於0.1 nM之Kd結合至SARS-CoV-2 S蛋白三聚體,任擇地使用表面電漿子共振,進一步任擇地以單循環動力學形式在11、33、100及300 nM下量測捕獲的S蛋白三聚體與該Fab之結合。
實施例40.如實施例1至39中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段之一Fab能夠以低於0.1 nM,任擇地0.08 nM之一Kd結合至一SARS-CoV-2 RBD,進一步任擇地使用表面電漿子共振,進一步任擇地以單循環動力學形式在11、33、100及300 nM下量測捕獲的RBD與該Fab之結合。
實施例41.如實施例1至40中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段之Fab能夠結合至:(i)以在9與11 nM之間,任擇地10 nm之Kd結合至穿山甲-GX RBD;(ii)以在1.5 nM與1.7 nM之間,任擇地1.6 nM之Kd結合至SARS-CoV RBD;(iii)以在1.0 nM與1.2 nM之間,任擇地1.1nM之Kd結合至RaTG13 RBD;(iv)以在0.1 nM與0.3 nM之間,任擇地0.2 nM之Kd結合至穿山甲-GD RBD;(v)以在1.3 nM與1.5 nM之間,任擇地1.4 nMl之Kd結合至WIV1 RBD;(vi)以在63 nM與65 nM之間,任擇地64 nM之Kd結合至SC2018 RBD;(vii)以在3 nM與5 nM之間,任擇地4 nM之Kd結合至ZC45 RBD;(viii)以在0.3 nM與0.5 nM之間,任擇地0.4 nM之Kd結合至BTKY72 RBD;及/或(ix)以在3.5 nM與3.7 nM之間,任擇地3.6 nM之Kd結合至BGR/2008 RBD,其中結合任擇地使用表面電漿子共振來量測,進一步任擇地以單循環動力學形式在11、33、100及300 nM下量測捕獲的RBD與該Fab之結合。
實施例42.如實施例1-41中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠中和藉由SARS-CoV-2及任擇地不為SARS-CoV-2之一或多個薩貝冠狀病毒引起之感染。
實施例43.如實施例1-42中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠以約31.6 ng/ml之IC50、約58.7 ng/ml之IC80及/或約87 ng/ml之IC90中和藉由SARS-CoV-2假病毒,任擇地經SARS-CoV-2 S蛋白假模式化之鼠白血病病毒引起的活體外感染。
實施例44.如實施例1-43中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠以在85 ng/ml與95 ng/ml之間、任擇地在91 ng/ml與93 ng/ml之間或在85 ng/ml與88 ng/ml之間的IC50、約184.5 ng/ml之IC80及/或約274 ng/ml之IC90中和藉由SARS-CoV-2假病毒,任擇地經SARS-CoV-2 S蛋白假模式化之鼠白血病病毒引起的活體外感染。
實施例45.如實施例1-44中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠任擇地以140 ng/ml與150 ng/ml之間的IC50,進一步任擇地以142 ng/ml與146 ng/ml之間的IC50中和藉由活SARS-CoV-2之感染。
實施例46.如實施例1-45中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠中和藉由以下之感染:(i)經SARS-CoV-2 S蛋白假模式化之水泡性口炎病毒(VSV),任擇地其中IC50在210 ng/ml與215 ng/ml之間,進一步任擇地在212 ng/ml與214 ng/ml之間;(ii)經B.1.1.7 S蛋白假模式化之VSV,其中IC50在200與210 ng/ml之間,任擇地在203 ng/ml與207 ng/ml之間;(iii)經B.1.351 S蛋白假模式化之VSV,任擇地其中IC50在110 ng/mL與120 ng/mL之間,進一步任擇地在112 ng/mL與116 ng/mL之間;(iv)經B.1.429 S蛋白假模式化之VSV,任擇地其中IC50在350 ng/mL與360 ng/mL之間,進一步任擇地在355 ng/mL與359 ng/mL之間;(v)經P.1 S蛋白假模式化之VSV,任擇地其中IC50在450 ng/mL與470 ng/mL之間,進一步任擇地在455 ng/mL與465 ng/mL之間;(vi)經包含N439K突變之SARS-CoV-2 S蛋白假模式化之VSV,任擇地其中IC50在270 ng/mL與290 ng/mL之間,進一步任擇地在275 ng/mL與285 ng/mL之間;(vii)經包含Y453F突變之SARS-CoV-2 S蛋白假模式化之VSV,任擇地其中IC50在210 ng/ml與230 ng/ml之間,進一步任擇地在215 ng/ml與225 ng/ml之間;(viii)經SARS-CoV S蛋白假模式化之VSV,任擇地其中IC50在80 ng/ml與100 ng/mL之間,進一步任擇地在85 ng/mL與90 ng/mL之間;(ix)經RsSHC014 S蛋白假模式化之VSV,任擇地其中IC50在5 ng/mL與10 ng/mL之間,進一步任擇地在6 ng/mL與8 ng/mL之間;(x)經WIV1 S蛋白假模式化之VSV,任擇地其中IC50在570 ng/mL與590 ng/mL之間,進一步任擇地在575 ng/mL與585 ng/mL之間;(xi)經WIV16 S蛋白假模式化之VSV,任擇地其中IC50在190 ng/mL與200 ng/mL之間,進一步任擇地在193 ng/mL與199 ng/mL之間;(xii)經RaTG-13 S蛋白假模式化之VSV,任擇地其中IC50在30 ng/ml與45 ng/ml之間,進一步任擇地在35 ng/mL與42 ng/mL之間;(xiii)經穿山甲-GX S蛋白假模式化之VSV,任擇地其中IC50在4800 ng/ml與4900 ng/ml之間,進一步任擇地在4840 ng/ml與4870 ng/ml之間,進一步任擇地在4850 ng/ml與4860 ng/ml之間;及/或(xiv)經穿山甲-GD S蛋白假模式化之VSV,任擇地其中IC50在100 ng/mL與110 ng/mL之間,進一步任擇地在103 ng/mL與109 ng/mL之間。
實施例47.如實施例1-46中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠抑制SARS-CoV-2 S蛋白RBD與人類ACE2之結合,任擇地如藉由ELISA所量測,進一步任擇地其中IC50在22 ng/ml與28 ng/ml之間,任擇地又進一步任擇地在22 ng/ml與23 ng/ml之間或在27 ng/ml與28 ng/ml之間。
實施例48.如實施例1-47中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠抑制SARS-CoV-2 S蛋白RBD與人類ACE2之結合,任擇地如藉由ELISA所量測,進一步任擇地其中IC50在9 ng/ml與11 ng/ml之間。
實施例49.如實施例1-48中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠抑制自經該SARS-CoV-2感染之細胞中排出SARS-CoV-2 S蛋白S1次單位。
實施例50.如實施例1-49中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠預防在表現SARS-CoV-2 S蛋白之細胞之間的細胞與細胞融合。
實施例51.如實施例1-50中任一項之抗體或抗原結合片段,其為IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
實施例52.如實施例1-51中任一項之抗體或抗原結合片段,其為選自IgG1、IgG2、IgG3及IgG4之IgG同型。
實施例53.如實施例1-52中任一項之抗體或抗原結合片段,其為人類、人源化或嵌合的。
實施例54.如實施例1-53中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或該抗原結合片段包含人類抗體、單株抗體、經純化抗體、單鏈抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv或scFab。
實施例55.如實施例54之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段包含scFv,其包含超過一個VH域及超過一個VL域。
實施例56.如實施例1-55中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段為多特異性抗體或抗原結合片段。
實施例57.如實施例56之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段為雙特異性抗體或抗原結合片段。
實施例58.如實施例56或57之抗體或抗原結合片段,其包含: (i)第一VH及第一VL;及 (ii)第二VH及第二VL, 其中該第一VH及該第二VH不同且各自獨立地包含與以下中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少85%之一致性的一胺基酸序列:SEQ ID NO.: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、180、190、200、210、220、233、243、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、458、459及460,及 其中該第一VL及該第二VL不同且各自獨立地包含與以下中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少85%之一致性的一胺基酸序列:SEQ ID NO.: 26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444及445; 且其中第一VH及第一VL共同形成第一抗原結合位點,且其中第二VH及第二VL共同形成第二抗原結合位點。
實施例59.如實施例1-58中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段進一步包含Fc多肽或其片段。
實施例60.如實施例59之抗體或抗原結合片段,其中該Fc多肽或其片段包含: (i)與不包含該突變之參考Fc多肽相比,增強結合至FcRn的突變;及/或 (ii)與不包含該突變之參考Fc多肽相比,增強結合至FcγR的突變。
實施例61.如實施例60之抗體或抗原結合片段,其中增強與FcRn之結合之該突變包含:M428L;N434S;N434H;N434A;N434S;M252Y;S254T;T256E;T250Q;P257I;Q311I;D376V;T307A;E380A;或其任何組合。
實施例62.如實施例60或61之抗體或抗原結合片段,其中增強其中增強與FcRn之結合之該突變: (i) M428L/N434S;(ii) M252Y/S254T/T256E;(iii) T250Q/M428L;(iv) P257I/Q311I;(v) P257I/N434H;(vi) D376V/N434H;(vii) T307A/E380A/N434A;或(viii) (i)-(vii)之任何組合。
實施例63.如實施例60-62中任一項之抗體或抗原結合片段,其中增強結合至FcRn之該突變包含M428L/N434S。
實施例64.如實施例60-63中任一項之抗體或抗原結合片段,其中增強與FcγR之結合之該突變包含S239D;I332E;A330L;G236A;或其任何組合。
實施例65.如實施例60-64中任一項之抗體或抗原結合片段,其中增強與FcγR之結合之該突變包含: (i) S239D/I332E;(ii) S239D/A330L/I332E;(iii) G236A/S239D/I332E;或(iv) G236A/A330L/I332E。
實施例66.如實施例1-65中任一項之抗體或抗原結合片段,其包含改變醣基化之突變,其中改變醣基化之該突變包含N297A、N297Q或N297G,及/或該抗體或抗原結合片段經去醣基化及/或去岩藻醣基化。
實施例67.如實施例1-66中任一項之抗體或抗原結合片段,當結合至表現於目標細胞之表面上之SARS-CoV-2 S蛋白時,其能夠活化人類FcγRIIa、人類FcγRIIIa或二者,其中任擇地: (i)該目標細胞包含EpiCHO細胞; (ii)該人類FcγRIIa包含H131對偶基因; (iii)該人類FcγRIIIa包含V158對偶基因;及/或 (iv)該人類FcγRIIIa及/或該人類FcγRIIa由諸如Jurkat細胞或自然殺手細胞之宿主細胞表現,且使用該宿主細胞中之經NFAT驅動之螢光素酶訊號來測定活化。
實施例68.如實施例1-67中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠誘導針對藉由SARS-CoV-2感染之目標細胞的抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)及/或抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)。
實施例69.如實施例59-68中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該Fc多肽包含L234A突變及L235A突變。
實施例70.如實施例1-69中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2 S蛋白,如使用生物層干涉法所測定。
實施例71.如實施例1至70之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠以約16至約20 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染及/或中和目標細胞之感染。
實施例72.如實施例1至71之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠以約3至約4 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染及/或中和目標細胞之感染。
實施例73.如實施例1-72中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠以約0.8至約0.9 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染及/或中和目標細胞之感染。
實施例74.如實施例1-73中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠以約0.5至約0.6 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染及/或中和目標細胞之感染。
實施例75.如實施例1-74中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠以約0.1至約0.2 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染及/或中和目標細胞之感染。
實施例76.一種經分離聚核苷酸,其編碼如實施例1-75中任一項之抗體或抗原結合片段,或編碼該抗體或抗原結合片段之VH、重鏈、VL及/或輕鏈。
實施例77.如實施例76之聚核苷酸,其中該聚核苷酸包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA),其中該RNA任擇地包含信使RNA (mRNA)。
實施例78.如實施例76或77之聚核苷酸,其經密碼子最佳化以表現於宿主細胞中。
實施例79.如實施例76-78中任一項之聚核苷酸,其包含與根據以下中之任一者或多者之聚核苷酸序列具有至少50%之一致性的聚核苷酸:SEQ ID NO.: 79、80、89、90、99、100、109、110、119、120、129-134、143、144、153、154、157、159、188、189、198、199、208、209、218、219、228、229、231、240、241、250、251、312、313、322、323、356、357、366、367、376、377、386、387、396、397、406、407、416、417、426、427、429、430、431、433、436、438及441。
實施例80.一種重組載體,其包含如實施例76-79中任一項之聚核苷酸。
實施例81.一種宿主細胞,其包含如實施例76-79中任一項之聚核苷酸及/或如實施例80之載體,其中該聚核苷酸對於宿主細胞為異源性的。
實施例82.一種人類B細胞,其包含如實施例76-79中任一項之聚核苷酸,其中該聚核苷酸對於人類B細胞為異源性的及/或其中人類B細胞為永生化的。
實施例83.一種組成物,其包含: (i)如實施例1-75中任一項之抗體或抗原結合片段;(ii)如實施例76-79中任一項之聚核苷酸;(iii)如實施例80之重組載體;(iv)如實施例81之宿主細胞;及/或(v)如實施例82之人類B細胞;及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑或稀釋劑。
實施例84.如實施例83之組成物,其包含二個或更多個不同抗體或抗原結合片段,其中該等二個或更多個不同抗體或抗原結合片段中之各者不同且獨立地為根據如實施例1至75中任一項。
實施例85.如實施例83或84之組成物,其進一步包含一抗體或抗原結合片段,該抗體或抗原結合片段包含分別如SEQ ID NO.:173、174、175、177、178及179中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列,且任擇地包含SEQ ID NO.:172之該VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:176之該VL胺基酸序列。
實施例86.如實施例83或84之組成物,其進一步包含一抗體或抗原結合片段,該抗體或抗原結合片段包含分別如SEQ ID NO.:341、342、343、345、346及347中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列,且任擇地包含SEQ ID NO.:340之該VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:344之該VL胺基酸序列。
實施例87.如實施例83-86中任一項之組成物,其包含如實施例5-11中任一項之抗體或抗原結合片段。
實施例88.如實施例83-87中任一項之組成物,其包含如實施例19-23中任一項之抗體或抗原結合片段。
實施例89.如實施例83-88中任一項之組成物,其包含如實施例12-18中任一項之抗體或抗原結合片段。
實施例90.如實施例83-89中任一項之組成物,其包含如實施例24或25中任一項之抗體或抗原結合片段。
實施例91.如實施例83-90中任一項之組成物,該組成物包含第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段,(i)該第一抗體或抗原結合片段包含VH及VL,該VH包含或由如SEQ ID NO: 172中所闡述之胺基酸序列組成,且該VL包含或由如SEQ ID NO: 176中所闡述之胺基酸序列組成;且(ii)該第二抗體或抗原結合片段包含VH及VL,該VH包含或由SEQ ID NO: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69中之任一者中所闡述之胺基酸序列組成,且該VL包含或由SEQ ID NO: 26、41或58中之任一者中所闡述之胺基酸序列組成。
實施例92.如實施例83-91中任一項之組成物,其包含:(i)第一抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NO: 173-175中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NO: 177-179中所闡述之胺基酸序列或由其組成;及(ii)第二抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含或由(i)分別SEQ ID NO: 23-25、(ii)分別SEQ ID NO: 160-162、(iii)分別SEQ ID NO: 38-40、或(iv)分別SEQ ID NO: 166-168中所闡述之胺基酸序列組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含或由(i)分別SEQ ID NO: 27-29、(ii)分別SEQ ID NO: 163-165、(iii)分別SEQ ID NO: 42-44、或(iv)分別SEQ ID NO: 169-171中所闡述之胺基酸序列組成。
實施例93.如實施例83-92中任一項之組成物,其包含:(i)該第一抗體或抗原結合片段包含VH及VL,該VH包含或由如SEQ ID NO: 172中所闡述之胺基酸序列組成,且該VL包含或由如SEQ ID NO: 176中所闡述之胺基酸序列組成;及(ii)第二抗體或抗原結合片段,其包含VH及VL,該VH包含或由如SEQ ID NO: 200中所闡述之胺基酸序列組成,且該VL包含或由如SEQ ID NO: 204中所闡述之胺基酸序列組成。
實施例94.如實施例83-93中任一項之組成物,其包含:(i)第一抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NO: 173-175中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NO: 177-179中所闡述之胺基酸序列或由其組成;及(ii)第二抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NO: 201-203中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NO: 205-207中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
實施例95.一種組成物,其包含囊封於載劑分子中之如實施例76至79中任一項之聚核苷酸,其中該載劑分子任擇地包含脂質、脂質衍生的遞送載劑,諸如脂質體、固體脂質奈米粒子、油性懸浮液、次微米級脂質乳液、脂質微泡、逆脂質微胞、耳蝸脂質體、脂質微管、脂質微柱、脂質奈米粒子(LNP)或奈米尺度平台。
實施例96.一種治療個體之薩貝冠狀病毒感染的方法,該方法包含向個體投予有效量之(i)如實施例1-75中任一項之抗體或抗原結合片段;(ii)如實施例76-79中任一項之聚核苷酸;(iii)如實施例80之重組載體;(iv)如實施例81之宿主細胞;(v)如實施例82之人類B細胞;及/或(vi)如實施例83-95中任一項之組成物。
實施例97.如實施例1-75中任一項之抗體或抗原結合片段、如實施例76-79中任一項之聚核苷酸、如實施例80之重組載體、如實施例81之宿主細胞、如實施例82之人類B細胞及/或如實施例83-95中任一項之組成物,其用於治療個體之薩貝冠狀病毒感染的方法中。
實施例98.如實施例1-75中任一項之抗體或抗原結合片段、如實施例76-79中任一項之聚核苷酸、如實施例80之重組載體、如實施例81之宿主細胞、如實施例82之人類B細胞及/或如實施例83-95中任一項之組成物,其用於製備用以治療個體之SARS-CoV-2感染的藥劑。
實施例99.如實施例96之方法,或如實施例97或98所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該抗體或抗原結合片段為根據實施例5至11中任一項之抗體或抗原結合片段。
實施例100.如實施例96或99之方法,或如實施例97至99中任一項所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該抗體或抗原結合片段為根據實施例19至23中任一項之抗體或抗原結合片段。
實施例101.如實施例96之方法,或如實施例97或98所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該抗體或抗原結合片段為根據實施例12至18中任一項之抗體或抗原結合片段。
實施例102.如實施例96或99之方法,或如實施例97至99中任一項所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該抗體或抗原結合片段為根據實施例24或25中任一項之抗體或抗原結合片段。
實施例103.如實施例96至102中任一項之方法,或如實施例97至102中任一項所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該方法進一步包含投予及/或其中該個體已接受抗體或抗原結合片段,其包含分別如SEQ ID NO.:173、174、175、177、178及179中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列,及任擇地包含SEQ ID NO.:172之該VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:176之該VL胺基酸序列。
實施例104.如實施例96至103中任一項之方法,或如實施例97至103中任一項所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該方法進一步包含投予及/或其中該個體已接受抗體或抗原結合片段,其包含分別如SEQ ID NO.:341、342、343、345、346及347中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列,及任擇地包含SEQ ID NO.:340之該VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:344之該VL胺基酸序列。
實施例105.如實施例96至104中任一項之方法,或如實施例97至104中任一項所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該薩貝冠狀病毒包含分枝系1a之薩貝冠狀病毒、分枝系1b之薩貝冠狀病毒、分枝系2之薩貝冠狀病毒及/或分枝系3之薩貝冠狀病毒。
實施例106.如實施例96至105中任一項之方法,或如實施例97至105中任一項所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該薩貝冠狀病毒包含SARS-CoV-2。
實施例107.一種用於活體外診斷SARS-CoV-2感染之方法,該方法包含:(i)使來自個體之樣品與如實施例1至75中任一項之抗體或抗原結合片段接觸;及(ii)偵測包含抗原及該抗體,或包含抗原及該抗原結合片段之複合物。
實施例108.如實施例107之方法,其中該樣品包含自該個體分離之血液。
實施例109.一種用以預防或治療或中和個體之冠狀病毒感染的方法,該方法包含:向已接受第一抗體或抗原結合片段之個體投予第二抗體或抗原結合片段,該第一抗體或抗原結合片段包含:(a)分別根據SEQ ID NO.:172及176之VH及VL胺基酸序列;或(b)分別根據SEQ ID NO.:173-175及177-179之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列;及該第二抗體或抗原結合片段包含:(a)根據SEQ ID NO.: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69中之任一者之VH胺基酸序列及根據SEQ ID NO: 26、41或58中之任一者之VL胺基酸序列;或(b)根據(i)分別SEQ ID NO: 23-25、(ii)分別SEQ ID NO: 160-162、(iii)分別SEQ ID NO: 38-40或(iv)分別SEQ ID NO: 166-168之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸,及根據(i)分別SEQ ID NO: 27-29、(ii)分別SEQ ID NO: 163-165、(iii)分別SEQ ID NO: 42-44或(iv)分別SEQ ID NO: 169-171之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
實施例110.一種用以預防或治療或中和個體之冠狀病毒感染的方法,該方法包含:向已接受第一抗體或抗原結合片段之個體投予第二抗體或抗原結合片段,該第一抗體或抗原結合片段包含:(a)根據SEQ ID NO.: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69中之任一者之VH胺基酸序列及根據SEQ ID NO: 26、41或58中之任一者之VL胺基酸序列;或(b)根據(i)分別SEQ ID NO: 23-25、(ii)分別SEQ ID NO: 160-162、(iii)分別SEQ ID NO: 38-40或(iv)分別SEQ ID NO: 166-168之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸,及根據(i)分別SEQ ID NO: 27-29、(ii)分別SEQ ID NO: 163-165、(iii)分別SEQ ID NO: 42-44或(iv)分別SEQ ID NO: 169-171之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列;及該第二抗體或抗原結合片段包含:(a)分別根據SEQ ID NO.:172及176之VH及VL胺基酸序列;或(b)分別根據SEQ ID NO.:173-175及177-179之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
實施例111.一種用以預防或治療或中和個體之冠狀病毒感染的方法,該方法包含:向已接受第一抗體或抗原結合片段之個體投予第二抗體或抗原結合片段,該第一抗體或抗原結合片段包含:(a)分別根據SEQ ID NO.:172及176之VH及VL胺基酸序列;或(b)分別根據SEQ ID NO.:173-175及177-179之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列;及該第二抗體或抗原結合片段包含:(a)根據SEQ ID NO.: 200之VH胺基酸序列及根據SEQ ID NO: 204之VL胺基酸序列;或(b)分別根據SEQ ID NO: 201-203之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸,及根據分別SEQ ID NO: 205-207之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
實施例112.一種用以預防或治療或中和個體之冠狀病毒感染的方法,該方法包含:向已接受第一抗體或抗原結合片段之個體投予第二抗體或抗原結合片段,該第一抗體或抗原結合片段包含:(a)根據SEQ ID NO.: 200之VH胺基酸序列及根據SEQ ID NO: 204之VL胺基酸序列;或(b)分別根據SEQ ID NO: 201-203之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸,及根據分別SEQ ID NO: 205-207之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列;及該第二抗體或抗原結合片段包含:(a)分別根據SEQ ID NO.:172及176之VH及VL胺基酸序列;或(b)分別根據SEQ ID NO.:173-175及177-179之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
實施例113.一種預防或治療或中和個體之薩貝冠狀病毒感染之方法,該方法包含向該個體投予有效量之抗體或抗原結合片段,該抗體或抗原結合片段包含如以下中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列:(i)分別SEQ ID NO.: 409、410、411、413、414及415;(ii)分別SEQ ID NO.: 409、447、411、413、414及415;(iii)分別SEQ ID NO.: 409、457、411、413、414及415;(iv)分別SEQ ID NO.: 449、410、411、413、414及415;(v)分別SEQ ID NO.: 449、447、411、413、414及415;或(vi)分別SEQ ID NO.: 449、457、411、413、414及415,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例114.一種預防或治療或中和個體之薩貝冠狀病毒感染之方法,該方法包含向該個體投予有效量之抗體或抗原結合片段,該抗體或抗原結合片段包含如以下中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列:(i)分別SEQ ID NO.: 409、410、411、413、414及415;(ii)分別SEQ ID NO.: 409、447、411、413、414及415;(iii)分別SEQ ID NO.: 409、457、411、413、414及415;(iv)分別SEQ ID NO.: 449、410、411、413、414及415;(v)分別SEQ ID NO.: 449、447、411、413、414及415;或 (vi)分別SEQ ID NO.: 449、457、411、413、414及415,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例115.如實施例114之方法,其中該抗體或抗原結合片段包含以下中所闡述之VH及VL胺基酸序列:(a)分別SEQ ID NO.: 408及412;(b)分別SEQ ID NO.: 408及442;(c)分別SEQ ID NO.: 408及443;(d)分別SEQ ID NO.: 408及444;(e)分別SEQ ID NO.: 408及445;(f)分別SEQ ID NO.: 428及412;(g)分別SEQ ID NO.: 428及442;(h)分別SEQ ID NO.: 428及443;(i)分別SEQ ID NO.: 428及444;(j)分別SEQ ID NO.: 428及445;(k)分別SEQ ID NO.: 446及412; (l)分別SEQ ID NO.: 446及442;(m)分別SEQ ID NO.: 446及443;(n)分別SEQ ID NO.: 446及444;(o)分別SEQ ID NO.: 446及445;(p)分別SEQ ID NO.: 448及412;(q)分別SEQ ID NO.: 448及442;(r)分別SEQ ID NO.: 448及443;(s)分別SEQ ID NO.: 448及444;(t)分別SEQ ID NO.: 448及445;(u)分別SEQ ID NO.: 458及412;(v)分別SEQ ID NO.: 458及442;(w)分別SEQ ID NO.: 458及443;(x)分別SEQ ID NO.: 458及444;(y)分別SEQ ID NO.: 458及445;(z)分別SEQ ID NO.: 459及412;(aa)分別SEQ ID NO.: 459及442;(bb)分別SEQ ID NO.: 459及443;(cc)分別SEQ ID NO.: 459及444;(dd)分別SEQ ID NO.: 459及445;(ee)分別SEQ ID NO.: 460及412;(ff)分別SEQ ID NO.: 460及442;(gg)分別SEQ ID NO.: 460及443;(hh)分別SEQ ID NO.: 460及444;或(ii)分別SEQ ID NO.: 460及445。
實施例116.一種預防或治療或中和個體之薩貝冠狀病毒感染之方法,該方法包含向該個體投予有效量之抗體或抗原結合片段,該抗體或抗原結合片段包含如以下中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列:(i)分別SEQ ID NO.: 399、400、401、403、404及405;(ii)分別SEQ ID NO.: 399、400、435、403、404及405;(iii)分別SEQ ID NO.: 399、400、401、403、440及405;或(iv)分別SEQ ID NO.: 399、400、435、403、440及405,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例117.如實施例116之方法,其中該抗體或抗原結合片段包含以下中所闡述之VH及VL胺基酸序列:(i)分別SEQ ID NO.: 398及402;(ii)分別SEQ ID NO.: 398及439;(iii)分別SEQ ID NO.: 432及402;(iv)分別SEQ ID NO.: 432及439;(v)分別SEQ ID NO.: 434及402;(vi)分別SEQ ID NO.: 434及439;(vii)分別SEQ ID NO.: 437及402;或(viii)分別SEQ ID NO.: 437及439,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施例118.如實施例113至117中任一項之方法,其中該薩貝冠狀病毒包含分枝系1a之薩貝冠狀病毒、分枝系1b之薩貝冠狀病毒、分枝系2之薩貝冠狀病毒及/或分枝系3之薩貝冠狀病毒,及任擇地包含SARS-CoV-2。
實施例119.如實施例113至118中任一項之方法,其中該方法進一步包含投予及/或其中該個體已接受一抗體或抗原結合片段,其包含分別如SEQ ID NO.:341、342、343、345、346及347中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列,及任擇地包含SEQ ID NO.:340之該VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:344之該VL胺基酸序列。
實施例120.如實施例113至119中任一項之方法,其中該方法進一步包含投予及/或其中該個體已接受一抗體或抗原結合片段,其包含分別如SEQ ID NO.:173、174、175、177、178及179中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列,及任擇地包含SEQ ID NO.:172之該VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:176之該VL胺基酸序列。實例 實例1 藉由重組人類單株抗體中和SARS-CoV-2
以重組方式表現由自SARS-CoV-2感染恢復之患者分離之人類單株抗體且在中和分析中針對SARS-CoV-2假模式化病毒進行測試。
使用經SARS-CoV-2刺突蛋白(SARS-CoV-2pp)假模式化之鼠白血病病毒(MLV)。VeroE6細胞係用作目標細胞,且在添加病毒及抗體之前一天接種。SARS-CoV-2pp用胰蛋白酶TPCK以10ug/ml活化。將活化的SARS-CoV-2pp添加至抗體之連續稀釋液中且培育48小時。抗體之起始濃度為每抗體5ug/ml,3倍稀釋液。在抽吸細胞培養物上清液且添加Bio-Glo受質(Promega)之後量測發光。
抗體S2A15-v1、S2A15-v2、S2B2-v1、S2B2-v2、S2A5及S2A10之結果展示於圖1A中。抗體S2H13、S2H14、S2A4、S2H7、S2F1及S2R7之結果,以及由自SARS-CoV感染恢復之患者分離之人類單株抗體S307及S309 (S309 VH SEQ ID NO.:172;S309 VL SEQ ID NO.:176)之結果展示於圖1B中。以µg/ml為單位之IC50值展示於表4中。圖1C展示來自圖1B之中和SARS-CoV-2pp之四個抗體的結果。 表4.
  S2H13 S2H14 S2A4 S2H7 S309 S2F1 S307 S2R7
IC50 0.5343 0.8468 3.453 0.1949 0.5142 -- 約16.18 --
亦使用假模式化MLV量測藉由抗體S2X2及S309之感染的中和。資料展示於圖8中。分析S2X2及S309中之每一者以及S2X2與S309之組合的SARS-CoV-2假模式化MLV之中和。使用具有LS (M428L/N434S) Fc突變之重組S2X2及S309抗體。以ng/ml為單位之IC50值展示於表5中。 表5.
  S309-rIgG1-LS S2X2-rIgG1-LS S309-rIgG1-LS + S2X2-rIgG1-LS
IC50 899.2 401.6 177.3
使用類似方法分析藉由抗體S2D60、S2D22、S2D52、S2D32、S2D8、S2D38、S2D25、S2D19、S2D34及S309之感染的中和。結果展示於圖11A-11C中。以ng/ml形式之中和IC值展示於表6中。 表6.
mAb IC50 IC80 IC90 IC95
S2D60 12 40 84 164
S2D8 30 58 87 125
S2D25 40 91 146 228
S2D32 36 81 129 200
S2D38 73 117 154 200
S2D52 108 510 1265 2919
S2D19 150 405 723 1235
S2D34 230 1014 2417 5378
S2D22 865 3284 7164 14701
S309 968 1699 2361 3197
使用類似方法分析抗體S2X127、S2X129、S2X132及S2X190之感染的中和。結果展示於圖17A及17B中。所計算的IC50、IC80及IC90值展示於各圖之右側。
使用類似方法分析抗體S2X200、S2X259、S2X227及S2X288之感染的中和。結果展示於圖22A-22C中。所計算的IC50、IC80及IC90值展示於各圖之右側的框中。實例2 人類單株抗體與SARS-CoV 及SARS-CoV-2 RBD 結合
使用酶聯結免疫吸附分析(ELISA)研究由自SARS-CoV-2感染恢復之患者分離之人類單株抗體與SARS-CoV及SARS-CoV-2刺突蛋白之RBD的結合。
96孔盤用SARS-CoV-2 RBD (內部產生;來自βCoV/ Wuhan-Hu-1/2019之刺突蛋白的殘基331-550,寄存編號MN908947)或SARS-CoV RBD (Sino Biological)塗佈。
洗滌各孔,且在室溫下用PBS+1%BSA阻斷1小時,且隨後用連續稀釋的重組單株抗體在室溫下培育1小時。藉由在室溫下培育經鹼性磷酸酶共軛之山羊抗人類IgG (Southern Biotechnology:2040-04)1小時來偵測結合的抗體,且藉由含1 mg/ml對硝基苯磷酸受質之0.1 M甘胺酸緩衝液(pH 10.4)在室溫下顯影30分鐘。在ELISA讀取器(Powerwave 340/96分光光度計,BioTek)中量測在405 nm之波長下之光學密度(OD)值。
ELISA分析結果展示於圖2A至圖2D中。在各圖中,與SARS-CoV-2之RBD的結合展示於左側圖中,且與SARS-CoV之RBD的結合展示於右側圖中。實例3 人類單株抗體與SARS-CoV 之RBD 及SARS-CoV-2 之RBD 及S1 域的結合
使用酶聯結免疫吸附分析(ELISA)研究由自SARS-CoV-2感染恢復之患者分離之人類單株抗體與SARS-CoV之RBD及SARS-CoV-2之RBD及S1域的結合。
用SARS-CoV RBD (Sino Biological,40150-V08B1)在1 μg/ml下、SARS-CoV-2 RBD (內部產生;來自βCoV/ Wuhan-Hu-1/2019之刺突蛋白的殘基331-550,寄存編號MN908947)在10 μg/ml下或SARS-CoV-2 S1 (Sino Biological)在1 μg/ml下塗佈96孔ELISA盤。
洗滌各孔,且在室溫下用PBS+1%BSA阻斷1小時,且隨後用連續稀釋的抗體在室溫下培育1小時。洗滌盤且結合的抗體藉由在室溫下培育經鹼性磷酸酶共軛之山羊抗人類IgG (Southern Biotechnology:2040-04)1小時,接著使用含1 mg /ml對硝基苯磷酸受質(Sigma-Aldrich 337 71768)之0.1 M甘胺酸緩衝液(pH 10.4)在室溫下顯色30 min來偵測。在ELISA讀取器(ELx808IU盤讀取器,BioTek)中量測在405 nm之波長下之光學密度(OD)值。
ELISA分析結果展示於圖3A至圖3C中,且對於抗體S2H7及S2R7,在表7及8中。表7.  S2H7 結合IC50
  SARS-2_S1 SARS-2_RBD SARS_RBD
IC50 0.05371 0.05663 約0.8615
表8.S2R7 結合IC50
  SARS2_S1 SARS2_RBD SARS1_RBD
IC50 0.1046 0.05544 約1.268
使用類似方法確定由自SARS-CoV-2感染恢復之患者分離之單株人類抗體S2D4、S2D5、S2D8、S2D10、S2D11、S2D13、S2D15、S2D19、S2D22、S2D24、S2D25、S2D27、S2D31、S2D32、S2D34、S2D38、S2D39、S2D41、S2D43、S2D47、S2D51、S2D52、S2D53、S2D57及S2D60與SARS-CoV-2之RBD的結合。結果展示於圖13A-13C中。單株抗體S2D10、S2D22及S2D43亦結合至SARS-CoV之RBD。單株抗體S2D60、S2D32、S2D25及S2D8未展示出與SARS-CoV之RBD的特異性結合(資料未展示)。
使用類似方法確定人類單株抗體S2X227及S2X259與SARS-CoV、SARS-CoV刺突蛋白RBD及SARS-CoV-2 RBD之結合。結果展示於圖23A及23B中。實例4 單株抗體與 SARS-CoV-2 刺突蛋白之結合
使用酶聯結免疫吸附分析(ELISA)研究由自SARS-CoV-2感染恢復之患者分離之人類單株抗體S2A15-v1、S2A15-v2、S2B2-v1及S2B2-v2與SARS-CoV-2刺突蛋白之結合。
96孔ELISA盤用SARS-CoV-2刺突蛋白之胞外域(經穩定融合前三聚體)在1 μg/ml下塗佈。
洗滌各孔,且在室溫下用PBS+1%BSA阻斷1小時,且隨後用連續稀釋的重組單株抗體在室溫下培育1小時。洗滌盤且結合的抗體藉由在室溫下培育經鹼性磷酸酶共軛之山羊抗人類IgG (Southern Biotechnology:2040-04)1小時,接著使用含1 mg /ml對硝基苯磷酸受質(Sigma-Aldrich 337 71768)之0.1 M甘胺酸緩衝液(pH 10.4)在室溫下顯色30 min來偵測。在ELISA讀取器(ELx808IU盤讀取器,BioTek)中量測在405 nm之波長下之光學密度(OD)值。
ELISA分析結果展示於圖4A及4B中。EC50值在各圖之右上方的方框中給出。實例5 單株抗體與 SARS-CoV-2 之RBD 的結合
量測由自SARS-CoV-2感染恢復之患者分離之人類單株抗體S2N3、S2N6、S2X2及S2X3,及由自SARS-CoV感染恢復之患者分離之人類單株抗體S309與SARS-CoV-2刺突蛋白之RBD的結合。在3 µg/ml下在動力學緩衝液中負載抗體之前使蛋白質A感測器(Bioforte)水合1.5分鐘。抗體來自產生經轉染單株抗體之ExpiCHO細胞的培養物上清液。藉由ELISA確定培養物上清液中之抗體濃度。在5 µg/ml下使SARS-CoV-2之RBD (來自βCoV/ Wuhan-Hu-1/2019之刺突蛋白之殘基331-550,寄存編號MN908947)締合5分鐘,隨後使其解離10分鐘。結果展示於圖9中。解離期之起始在圖9中用豎直虛線指示。實例 6 人類單株抗體與 SARS-CoV-2 RBD 競爭性結合
為了評定由自SARS-CoV-2感染恢復之患者分離之重組人類單株抗體S2A5及S2A10之重疊結合位點,與由自SARS-CoV-2感染恢復之患者分離之重組人類單株抗體S303、S304、S309及S315之結合位點,使用Octet (儀器:Octet Red96,ForteBio)進行競爭分析。抗His感測器(BIOSENSOR ANTI-PENTA-HIS (HIS1K)1*1ST)用於以3 µg/ml之濃度固化內部產生之SARS-CoV-2 (來自βCoV/ Wuhan-Hu-1/2019之刺突蛋白的殘基331-550,寄存編號MN908947)的HIS標記之RBD。抗體在15 µg/ml下締合6 min。所有蛋白質在動力學緩衝液(KB)中稀釋。隨後使競爭抗體在相同濃度下締合再6 min。結果展示於圖5A至圖5C中。實例7 人類單株抗體及人類 ACE2 RBD 競爭性結合
量測重組人類單株抗體及人類ACE2與RBD之競爭性結合。將人類ACE2-His (Bio-Techne AG)以5 μg/ml在動力學緩衝液(KB)中負載到抗HIS (HIS1K)生物感測器(分子裝置-ForteBio)上30分鐘。在量測與hACE2之RBD締合之前使用或不使用抗體(30 μg/ml持續30分鐘)預培育1 μg/ml SARS-CoV-2 RBD-小鼠Fc (Sino Biological Europe GmbH)持續15分鐘。圖6A展示單株抗體S309、S2H14、S2H13、S2H7、S2F1及S2R7與ACE2競爭性結合至RBD。圖6B展示抗體與ACE2競爭性結合至RBD;抗體經測試為純化的重組抗體(左側圖)及為ExpiCHO培養物上清液(SN)(右側圖)。圖6A及6B中之每一者中之豎直虛線指示具有或不具有抗體之RBD的負載的開始。
進行進一步研究以量測重組人類抗體S2X2及人類ACE2競爭性結合至RBD。將人類ACE2-His (Sino Biological)在動力學緩衝液中以2 μg/ml負載到抗HIS (HIS1K)生物感測器(分子裝置- ForteBio)上30分鐘。在量測RBD與hACE2締合之前,使SARS-CoV-2 RBD (內部產生;來自βCoV/ Wuhan-Hu-1/2019之刺突蛋白之殘基331-550,寄存編號MN908947)與或不與mAb S2X2 (15 μg/ml,30分鐘)一起在0.5 μg/ml下預培育10分鐘。記錄解離持續5分鐘。抗體呈來自經轉染ExpiCHO細胞之細胞培養物上清液形式。結果展示於圖10中。解離期之起始在圖10中用垂直虛線指示。實例8 藉由重組人類單株抗體中和SARS-CoV-2
以重組方式表現由自SARS-CoV-2感染恢復之患者分離之人類單株抗體且在中和分析中針對SARS-CoV-2假模式化病毒(VSV)進行測試。
重組單株抗體經連續稀釋且在37℃下與恆定量之經SARS-CoV-2 (菌株βCoV/武漢-Hu-1/2019,寄存編號MN908947)假模式化的VSV-deltaG-luc一起培育1.5小時。隨後將VeroE6細胞添加於完全DMEM培養基中且使盤在37℃下培育24小時。為了量測在經感染細胞中表現之螢光素酶的量,抽吸培養基且添加升溫至室溫之螢光素酶受質Bio-Glo螢光素酶分析系統(Promega AG)。在暗處在振盪器上培育10分鐘之後,使用1秒積分時間在光度計中量測訊號。
重組單株抗體S2X2、S2X2、S2N3及S2N6之結果,以及由自SARS-CoV感染恢復之患者分離之重組單株抗體S309的結果展示於圖7中。IC50值(ng/ml)展示於表9中。所有抗體作為LS Fc變異體測試。表9.
  S309-rIgG1-LS S2N3-rIgG1-LS S2N6-rIgG1-LS S2X2-rIgG1-LS S2X3- rIgG1-LS
IC50 12.75 21200 4001 247.2 約4882
使用類似方法分析抗體S2X127、S2X129、S2X132及S2X190之感染的中和。結果展示於圖18A及18B中。所計算的IC50及IC90值展示於各圖下方。實例9 藉由重組人類單株抗體中和SARS-CoV-2
以重組方式表現由自SARS-CoV-2感染恢復之患者分離之人類單株抗體且在中和分析中針對活SARS-CoV-2病毒進行測試。
使在補充有10% FBS (VWR)及1x青黴素/鏈黴素(Thermo Fisher Scientific)之DMEM中培養之Vero E6細胞在20,000個細胞/孔下接種於白色96孔盤中且附著隔夜。在37℃下在BSL-3設施中使單株抗體之連續1:4稀釋液與200 pfu之SARS-CoV-2 (分離株USA-WA1/2020,繼代3,在Vero E6細胞中繼代)一起培育30分鐘。移除細胞上清液且將病毒-抗體混合物添加至細胞中。24小時感染後,用4%多聚甲醛固定細胞30分鐘,接著二個PBS (pH 7.4)洗滌,且用含0.25% Triton X-100之PBS滲透30分鐘。在5%奶粉/PBS中阻斷30分鐘之後,將細胞與靶向SARS-CoV-2核衣殼蛋白(Sino Biological,cat. 40143-R001)之一級抗體在1:2000稀釋下一起培育1小時。在洗滌且與與1 µg/ml Hoechst33342混合之二級經Alexa647標記之抗體一起培育1小時之後,使盤在自動細胞成像讀取器上(Cytation 5,Biotek)成像,且使用製造商提供的軟體對核衣殼-陽性細胞進行計數。使用Prism軟體(GraphPad Prism 8.0)處理資料。
結果顯示於圖16及表10中。所計算的IC50值展示於表11 (ng/ml)中。所計算的IC50及IC90值展示於表12 (ng/ml)中。圖16中之比較抗體「S309-v2」包含SEQ ID NO.:340中所闡述之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:344中所闡述之VL胺基酸序列,且為由自SARS-CoV感染恢復之患者分離之抗體的經工程化變異體。表10.
X (內插的) S309-v2 (進入的) S2D60 (進入的) S2D32 (進入的) S2D8 (進入的) S2D43 (進入的) S2D25 (進入的)
538.271 90.000          
253.345 50.000          
25.014   90.000        
6.835   50.000        
11.847     90.000      
5.029     50.000      
24.765       90.000    
6.842       50.000    
4918.950         90.000  
83.335         50.000  
6.971           90.000
6.312           50.000
表11.
抗體 IC50 (ng/mL)
S309-v2 244.6
S2D60 6.395
S2D32 4.956
S2D8 6.494
S2D43 48.19
S2D25 約6.263
表12.
抗體 IC50 (ng/mL) IC90 (ng/mL)
S2D60 7 25
S2D8 7 25
S2D25 6 7
S2D32 5 12
使用類似方法針對額外單株抗體進行中和分析。結果展示於圖27A-27C、29及30中。圖27A展示抗體S2X193,以及五個比較抗體,包括S309 N55Q LS之結果。S309 N55Q LS包含SEQ ID NO:340中所闡述之VH胺基酸序列及SEQ ID NO: 344中所闡述之VL胺基酸序列,且包含Fc區中之MLNS修飾。對於S309 N55Q LS,所測試之抗體的IC50值量測為268.4 ng/ml,對於S2X127為17.18 ng/ml,對於S2X129為5.379 ng/ml,對於S2X132為16.50 ng/ml,對於S2X190為24.18 ng/ml且對於S2X193為26.69 ng/ml。所測試之抗體的內插EC50及EC90值展示於表13 (ng/ml)中。表13.
抗體 EC50 EC90
S309 N55Q LS 256 635
S2X127 17 54
S2X129 5 12
S2X132 16 38
S2X190 23 64
S2X193 26 61
圖27B展示例示性抗體S2X195、S2X219及S2X246,以及三個比較抗體之結果。對於S309 N55Q LS,所測試之抗體的IC50值量測為205.4 ng/ml,對於S2X129為4.104 ng/ml,對於S2X132為9.265 ng/ml,對於S2X195為17.85 ng/ml,對於S2X219為20.63 ng/ml且對於S2X246為7.894 ng/ml。所測試之抗體的內插EC50及EC90值展示於表14 (ng/ml)中。表14.
抗體 EC50 EC90
S309 N55Q LS 194 634
S2X129 4 12
S2X132 9 24
S2X195 17 47
S2X219 20 69
S2X246 8 22
圖27C展示五個抗體及比較抗體S309 N55Q LS之結果。對於S309 N55Q LS,所測試之抗體的IC50值量測為236.4 ng/ml,對於S2M16為31.85 ng/ml,對於S2M7為50.24 ng/ml,對於S2M28為21.22 ng/ml,對於S2L49為80.37 ng/ml且對於S2M11為6.774 ng/ml。所測試之抗體的內插EC50及EC90值展示於表15 (ng/ml)中。表15
抗體 EC50 EC90
S309 N55Q LS 233 670
S2M16 30 62
S2M7 50 131
S2M28 21 85
S2L49 79 200
S2M11 7 12
圖29及30展示使用VSV假病毒之藉由某些抗體中和SARS-CoV-2感染。
圖29展示來自使用VSV-luc(刺突蛋白D19)假病毒之一式三份孔的單一實驗的資料。「LS」=Fc突變M428L+N434S。對於具有野生型Fc之S309,所測試之抗體的IC50值量測為25.69 ng/ml,對於S2E12-LS為1.401 ng/mL、對於S2M11-LS為0.9143 ng/mL、對於S2D106-LS為3.376 ng/mL、對於409_11_3_v1-LS為4.085 ng/mL、對於S2X227-v1-LS為4.446 ng/mL及對於409_11_2-LS為2.327。所測試之抗體的內插EC50及EC90值展示於表16 (ng/ml)中。所有抗體表示為重組IgG1。表16.
抗體 EC50 EC90
S309 wt 25.8 121
S2E12-LS 1.4 11.9
S2M11-LS 1.1 14.4
S2D106-LS 3.6 15.4
409_11_2-LS 5.3 40.9
S2X227-LS 5.3 27.5
409_11_2-LS 2.4 9.3
圖30展示使用VSV假病毒之藉由某些抗體中和藉由活SARS-CoV-2之感染。資料來自一式三份孔SARS-CoV-2-luc,MOI 0.1,6h感染。「LS」=Fc突變M428L+N434S。對於S2E12-LS,所測試之抗體的IC50值量測為4.844 ng/mL,對於S2M11-LS為3.214 ng/mL,對於S2D106-LS為4.485 ng/mL,對於409_11_3-LS為8.233 ng/mL,對於S2X227-LS為7.061 ng/mL且對於S309為84.30 ng/mL。所測試之抗體的內插EC50及EC90值展示於表17 (ng/ml)中。表17.
抗體 EC50 EC90
S2E12-LS 5 30
S2M11-LS 4 11
S2D106-LS 6 22
409_11_3-LS 10 39
S2X227-LS 10 44
409_11_2-LS 5 20
S309 79 289
實例10 人類單株抗體及 RBD 人類 ACE2 競爭性結合
藉由單株抗體S2D4、S2D5、S2D8、S2D10、S2A4、S2D11、S2D15、S2D19、S2D22、S2D25、S2D27、S2D31、S2D32、S2D34、S2D38、S2D39、S2D41、S2D43、S2D47、S2D51、S2D52、S2D53、S2D60之競爭ELISA來量測重組人類單株抗體及人類ACE2與RBD之競爭性結合。
ELISA盤係用重組人類ACE2 (內部產生)塗佈。在PBS中在2 ug/ml下用ACE2進行塗佈。使盤在4℃下培育隔夜,且在室溫下用阻斷劑酪蛋白(來自Thermofisher之1%酪蛋白)進行阻斷1小時。
在37℃下使單株抗體之連續稀釋液與SARS-CoV-2 RBD在20ng/ml (RBD與小鼠Fc稠合,來自Sino Biological)下一起培育30分鐘,且隨後轉移至經ACE2塗佈之盤上,在室溫下再培育。洗滌盤且使用多株山羊抗小鼠Fc-AP抗體(Southern Biotech)偵測RBD與ACE2之結合。在額外洗滌之後,添加AP受質pNPP (Sigma)且使盤在室溫下培育20分鐘,隨後使用分光光度計(Powerwave340 Biotek)量測在405nm下之吸附量。結果展示於圖12A-12F中。
使用單株抗體S2X127、S2X129、S2X132及S2X190之類似方法進行其他分析。結果展示於圖19中。所計算的IC50值展示於圖之右側。
使用類似方法確定單株抗體S2X200、S2X227、S2X259及比較抗體S2X179與人類ACE2競爭性結合至RBD。結果展示於圖24A-24B中。所計算的IC50值展示於各圖之右側。實例11 人類單株抗體與 SARS-CoV-2 RBD 競爭性結合
量測單株抗體對與SARS-CoV-2 RBD之競爭性結合以區分抗體之結合位點。
在使用動力學緩衝液(KB;0.01%無內毒素BSA,0.002 Tween-20,0.005% NaN3於PBS中)進行水合步驟10 min之後,使用鏈黴親和素生物感測器(Pall ForteBio)固化3 ug/ml之抗-Strep Tag II抗體(純系5A9F9,Biotin,LabForce AG,Muttenz CH)。隨後將具有Strep Tag II (內部產生)之SARS-CoV-2 RBD在KB中以4 µg/ml之濃度負載6 min。使第一抗體締合一段時間,隨後使第二抗體締合一段時間。結果展示於圖14A-14E中。各圖式中之豎直虛線指示自第一抗體(左側指示)至第二抗體(頂部指示)之轉換。實例12 使用 Octet 人類單株抗體結合至RBD
使用Octet測試單株抗體S2D8、S2D25、S2D32、S2D60及S2D22針對SARS-CoV-2 RBD之結合親和力。SARS-CoV-2之HIS標記的RBD在動力學緩衝液(KB)中以3 μg/ml負載到抗HIS (HIS2)生物感測器(分子裝置,ForteBio)上15分鐘。單株抗體之締合在15 μg/ml下在KB中進行5分鐘。量測KB中之解離10分鐘。使用Octet Red96 (ForteBio)設備。
藉由Octet來量測單株抗體S2X127、S2X129、S2X132及S2X190針對SARS-CoV-2 RBD之結合親和力及親合力。使抗體在2.7 µg/ml下負載於蛋白質A針上。使SARS-CoV-2 RBD在6 µg/ml、1.5 µg/ml或0.4 µg/ml下負載5分鐘。量測解離7分鐘。各圖中之豎直虛線指示解離期之起始。結果展示於圖20A-20D中。
藉由Octet來量測單株抗體S2X127、S2X129、S2X132及S2X190以及七個比較抗體與SARS-CoV RBD之結合親和力及親合力。使抗體在2.7 µg/ml下負載於蛋白質A針上。使SARS-CoV RBD在6 µg/ml下負載5分鐘。量測解離7分鐘。各圖中之豎直虛線指示解離期之起始。結果以及七個比較抗體之結果展示於圖21中。實例13 SARS-CoV-2 刺突蛋白之定量表位- 特異性血清學
SARS-CoV-2刺突蛋白抗體結合藉由抗體競爭分析、cryo-EM資料及結晶學資料分析。根據此分析,鑑定刺突蛋白RBD抗原位點Ia、Ib、Ic、Id、II及IV。圖26中展示表現此等位點及在各位點內結合之代表性抗體的圖。實例14 S2D5 、S2D25 、S2D32 及S2D60 rIgG 變異體之產生
使用單株抗體S2D5、S2D25、S2D32及S2D60之VH及VL序列來產生重組IgG1抗體。如表18中所指示產生組合。變異抗體中之每一者由瞬時轉染及表現編碼HD 293F細胞(GenScript)中之重組抗體的質體載體產生。在第4天時收穫細胞,且藉由西方墨點法及蛋白質A效價分析驗證IgG表現。表18.
mAb VH ( WT或變異體) VH SEQ ID VL (WT或變異體) VL  SEQ ID
S2D8-11 WT 210 WT 214
S2D8-21 D62E 252 WT 214
S2D8-31 W101F 253 WT 214
S2D8-41 W101F-D62E 255 WT 214
S2D8-51 I105A-S63A 256 WT 214
S2D8-61 W101F-I105A-S63A 258 WT 214
S2D8-71 W101Y-I105A-S63A 260 WT 214
S2D25-11 WT 220 WT 224
S2D25-21 D62E 262 WT 224
S2D25-31 W101F 264 WT 224
S2D25-41 W101F-D62E 266 WT 224
S2D25-51 W101F-S63A-I31S 267 WT 224
S2D25-61 I31S-I105A-S63A 270 WT 224
S2D25-71 W101Y-S63A-I31S 272 WT 224
S2D32-11 WT 232 WT 236
S2D32-21 W103F 274 WT 236
S2D32-12 WT 232 W94F 282
S2D32-22 W103F 274 W94F 282
S2D32-31 C105S-C110S 276 WT 236
S2D32-41 C105P-C110P 278 WT 236
S2D32-51 C105A-C110A 280 WT 236
S2D60-11 WT 242 WT 246
S2D60-21 W50F-T61A 284 WT 246
S2D60-31 W50F-N59Q 286 WT 246
S2D60-41 T61A-G109A 288 WT 246
S2D60-51 W50F-G109A-T61A 291 WT 246
S2D60-61 W50Y-D108E-N59Q 292 WT 246
S2D60-71 C101S-C106S-T61A 295 WT 246
S2D60-82 T61A 297 W97F 302
S2D60-92 N59Q 298 W97F 302
S2D60-102 N59D 300 W97F 302
實例15 針對多個薩貝冠狀病毒測試抗體
測試單株抗體S2X259及S2D22針對多種薩貝冠狀病毒之特性。
藉由酵母表面展示分析研究抗體S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))與來自分枝系1a、分枝系1b、分枝系2 (未利用ACE2之Adian薩貝冠狀病毒)及分枝系3 (非洲及歐洲薩貝冠狀病毒)之薩貝冠狀病毒的刺突蛋白RBD的結合。所測試之分枝系1a病毒為12 SARS-CoV菌株LYRa11、WIV1、Rs7327、Rs4231、RsSHC014及Rs4084。所測試之分枝系1b病毒為SARS-CoV-2、RaTG13、GD-穿山甲及GX-穿山甲。所測試之分枝系2病毒為Rf4092、RbYN02、YN2013、ZC45、ZXC21、Rf1、JL2012、273-2005、HeB2013、HuB2013、Rs4247、Longquan-140、HKU3-1、GX2013、Shaanxi2011、279-2005、As6526、Yunnan2011、Rs4237、Rs4081及Rp3。所測試之分枝系3病毒為BM48-31及BtKY72。發現S2X259結合至所有測試之分枝系1a、分枝系1b及所測試之分枝系3薩貝冠狀病毒的刺突蛋白RBD,同時表現出較弱或不結合至分枝系2薩貝冠狀病毒。
藉由流式細胞測量術(FACS)來量測抗體S2X259及S2D22與來自不同薩貝冠狀病毒之刺突蛋白的結合,且藉由酶聯免疫吸附分析(ELISA)來量測與來自不同薩貝冠狀病毒之刺突蛋白RBD的結合。結果展示於表19 (「POS」=結合呈陽性;「NEG =結合呈陰性)中。表19.
      S2X259 S2D22
FACS結合 分枝系1a SARS-CoV POS POS
分枝系1b SARS-CoV-2 POS POS
PANG/GD POS POS
PANG/GX POS POS
RATG13 POS POS
分枝系2 ZXC21 POS POS
ZC45 POS POS
RMYN02 POS POS
YN2013 POS NEG
分枝系3 BGR2008 POS NEG
BtkY72 POS POS
ELISA結合EC50 (ng/ml) 分枝系1a SARS-CoV 28.54 42.21
分枝系1b SARS-CoV-2 34.34 35.27
PANG/GD 36.16 49.06
PANG/GX 28.13 43.2
RATG13 40.13 45.11
分枝系2 ZC45 NEG 48.48
分枝系3 BGR2008 30.79 NEG
BtkY72 37.6 52.86
亦發現抗體S2X259以在以下範圍(ng/ml)內之EC50值結合至其他分枝系2病毒之刺突蛋白RBD:Anlong112:100-1000,YN2013:1-50,SC2018:1-50,SX2011:1-50。發現抗體S2D22以在以下範圍(ng/ml)內之EC50值結合至額外分枝系2病毒之刺突蛋白RBD:Anlong112: 1-50,YN2013:100-1000。S2D22未結合至分枝系2病毒SC2018或SX2011之RBD。
藉由BLI來量測來自各種分枝系之薩貝冠狀病毒之刺突蛋白RBD的抗體S2X259及S2D22之親和力。結果展示於表20中,其列舉以M為單位之所量測之KD。表20.
    S2X259 S2D22
分枝系1a SARS-CoV 5.37E-10 5.35E-08
WIV-1 5.70E-10 4.00E-08
分枝系1b SARS-CoV-2 1.00E-12 5.21E-09
分枝系2 ZC45 未偵測 4.14E-08
分枝系3 BGR2008 1.04E-09 未偵測
量測針對經SARS-CoV刺突蛋白假模式化之VSV、經SARS-CoV-2刺突蛋白假模式化之MLV、經PANG/GD19刺突蛋白假模式化之VSV及經PANG-GX17刺突蛋白假模式化之VSV之抗體S2X259及S2D22的中和活性。IC50值展示於表21 (µg/ml)中。表21.
  S2X259 S2D22
VSV-SARS-CoV pp 0.18855 3.634
MLV-SARS-CoV-2 pp 0.046 1.033
VSV-PANG/GD19 pp 0.1792 0.09548
VSV-PANG/GX17 pp 1.322 0.284
進行額外研究以研究抗體S2X259及S2D22阻斷ACE2與SARS-CoV及SARS-CoV-2之刺突蛋白RBD的結合及誘導FcγR活化的能力。藉由ELISA來量測抗體阻斷RBD與固定的人類重組ACE2胞外域之結合。人類FcγR之抗體依賴性活化係用生物發光報導分析進行。使短暫表現全長野生型SARS-CoV-2 S (目標細胞)或全長融合前經穩定SARS-CoV-2 S之ExpiCHO細胞,其攜載2P突變及S1/S2弗林裂解位點突變(RRARS至SGAG),與不同量之mAb一起培育。在15分鐘培育之後,以針對FcγRIIIa之6:1之效應:目標比率及針對FcγRIIa之5:1之比率添加穩定地表現FcγRIIIa受體(V158變異體)或FcγRIIa受體(H131變異體)及NFAT驅動之螢光素酶基因(效應細胞)的Jurkat細胞。傳訊藉由根據NFAT路徑活化所產生之螢光素酶訊號來定量。根據製造商說明書,使用Bio-Glo-TM螢光素酶分析試劑,在用5% CO2在37℃下培育20小時之後量測發光。結果展示於表22中。表22.
    S2X259 S2D22
ACE2/RBD阻斷 SARS-CoV +++ +
SARS-CoV-1 +++ +
FcγR活化 FcγRIIIA +/- ++
FcγRIIA - -
實例16 額外變異抗體之設計及測試
產生S2X259變異抗體且使用BLI測試針對薩貝冠狀病毒RBD之結合。亦測試親代S2X259 (SEQ ID NO.:408之VH,SEQ ID NO.:412之VL)。資料概述於表23中。表23.
某些 S2X259 抗體之 V SEQ ID NO. (aa) KD [M]
VH VL RBD2-D SARS1 BGR2008 ZC45 WIV-1 SC2018
408 412 8.74E-11 8.62E-10 1.24E-09 n.d. 6.10E-10 6.93E-09*
408 442 6.05E-11 3.97E-10 5.22E-10 n.d. 3.45E-10 5.55E-09
408 443 8.28E-11 5.21E-10 7.35E-10 n.d. 4.22E-10 7.94E-09
408 444 6.42E-11 1.34E-09 1.96E-09 n.d. 9.86E-10 6.00E-09*
408 445 7.64E-11 5.30E-10 8.59E-10 n.d. 4.46E-10 8.36E-09
446 412 5.72E-10 5.58E-09 4.95E-09 n.d. 3.06E-09 1.20E-09*
448 412 5.84E-10 n.d. n.d. n.d. n.d. n.d.
*無最佳擬合
此等S2X259抗體亦藉由ELISA測試與分枝系1a (SARS-CoV、WIV1)、分枝系1b (SARS-CoV-2、RatG13、PangGD、PangGX)、分枝系2 (Anlong112、YN2013、SC2018、SX2011、ZC45)、分枝系3 (BtKY72、BGR2008、N501Y)及SARS-CoV-2突變體(N501Y、Y453F、N439K、K417V、N501Y-K417N-E484K) RBD之結合(ELISA)。除具有SEQ ID NO.:448之VH及SEQ ID NO.:412之VL的S2X259變異體(其不可偵測地結合至SARS-CoV、WIV1、RatG13、PanGX、Anlong112、YN2013、SC2018、SX2011、ZC45、BtKY472及BGR2008)之外,S2X259抗體均以1與1,000 ng/ml之間的EC50結合至所有所測試之RBD,大部分EC50值在1與100 ng/ml之間。
亦評估S2X259抗體之中和藉由經SARS-CoV2 S蛋白假模式化之MLV之感染的能力。IC50值如表24中所示。表24.
某些 S2X259 抗體之 V SEQ ID NO. (aa)  
VH SEQ ID NO.: VL SEQ ID NO.: IC50 (ng/mL)
408 412 230.8
408 442 190.0
408 443 97.48
408 444 167.1
408 445 189.7
446 412 320.5
448 412 13.38
另外,表示為在Fc中具有M428L/N434S突變之rIgG1的具有SEQ ID NO.:408之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:412之VL胺基酸序列的變異體抗體具有184.2 ng/ml之IC50。為了比較,測試以下亦表示為在Fc中具有M428L/N434S突變之rIgG1抗體,得到以下IC50值:S2K15 = 570.3 ng/mL;S2H90 = 115.1 ng/mL;S2H94 = 1671 ng/mL;S2H97 = 2761 ng/mL。
亦評估S2X259抗體中和藉由經SARS-CoV假模式化之VSV之感染的能力。亦測試抗體S309 (VH SEQ ID NO.:172;VL SEQ ID NO.: 176)及S2H94。IC50值如表25中所示。表25.
抗體之 V SEQ ID NO. (aa)  
VH SEQ ID NO.: VL SEQ ID NO.: IC50 (ng/mL)
408 412 80.6
408 442 53.1
408 443 35.3
408 444 81.1
408 445 36.0
(S2H94) (S2H94) 76.9
(S309) (S309) 41.0
亦評估S2X259抗體中和藉由經SARS-CoV、GD19、GX17、WIV-1或SARS-CoV-2假模式化之VSV之感染的能力。亦測試抗體S309 (VH SEQ ID NO.:172;VL SEQ ID NO.: 176)及S2H94。除具有SEQ ID NO.:448之VH及SEQ ID NO.:412之VL的變異體之外的所有S2X259抗體以低於450 ng/ml,且在大多數情況下低於300或低於200 ng/ml之IC50值中和所有假模式化VSV病毒。在此分析中,S2H94未中和WIV-1、SARS-CoV-2或GX17。在此分析中,S309未中和WIV-1。二個S2X259變異體(VH = SEQ ID NO.:408,VL = SEQ ID NO.:443;VH = SEQ ID NO.:408,VL = SEQ ID NO.:445)以低於100 ng/ml之IC50中和所有假模式化VSV病毒。
產生三個額外S2X259變異抗體且測試其結合寬度(ELISA)、針對Vero E6細胞及Vero-TMPRSS2細胞中之VSV假病毒的中和、針對Vero E6細胞中之MLV假病毒的中和、與SARS-CoV-1 RBD及SARS-CoV-2 RBD之結合(藉由BLI)及細胞株產率及溶離分析。此等三個額外S2X259變異抗體具有如下VH及VL胺基酸序列: ● VH = SEQ ID NO.:458,VL = SEQ ID NO.:445 ● VH = SEQ ID NO.:459,VL = SEQ ID NO.:445 ● VH = SEQ ID NO.:460,VL = SEQ ID NO.:445
在ELISA結合研究中,使用以下病毒:分枝系1a (SARS-CoV、WIV1);分枝系2 (SARS-CoV-2、RatG13、PangGD、PangGX);分枝系2 (Anlong112、YN2013、SC2018、SX2011、ZC45);分枝系3 (BtkY72、BGR2008);SARS-CoV-2突變體(N501Y、Y453F、N439K、K417V、E484K、B.1.351、B.1.429、P.1、B.1.1222)。二個其他S2X259變異抗體以及抗體S2H9及S2K146用作對照。藉由三個額外S2X259變異體之結合概述於表26中。此等結果與用其他S2X259抗體,包括具有SEQ ID NO.:408之VH及SEQ ID NO.:445之VL的抗體達成之結果類似或更佳。表26.
VH SEQ ID NO.: VL SEQ ID NO.: IC50 1-50 ng/mL IC50 50-100 ng/mL IC50 100-1000 ng/mL 未結合
458 445 SARS-CoV;WIV1;RatG13;PangGX;YN2013;SC2018;S2X2011;BtKY72;BGR2008;K417V;B.1.429;P.1 SARS-CoV-2 PangGD;N501Y;Y453F;N439K;E484K;B.1.351;B.1.1.222 Anlong112; ZC45  
459 445 SARS-CoV;WIV1; RatG13;PangGX; YN2013;SC2018; SX2011;BGR2008; K417V;B.1.129 SARS-CoV-2;PangGD;BtKY72;N501Y Y453F;N439K E484K;B.1.351 P.1;B.1.1.222 Anlong112 ZC45
460 445 SARS-CoV;WIV1 RatG43;PangGD PangGX;YN2013 SC2018;BtKY72 BGR2008;N501Y Y453F;N439K K417V;E484K B.1.351;B.1.429 PP.1;B.1.1.222 SARS-CoV-2 SX2011 Anlong112; ZC45
使用VSV假病毒(在VeroE6細胞及Vero-TMPRSS2細胞中)及MSV假病毒(在Vero E6細胞中)之抗體的中和IC50值如表27中所示。另一S2X259變體抗體(SEQ ID NO.:408之VH;SEQ ID NO.:445之VL)包括於該分析中。表27.
VH SEQ ID NO.: VL SEQ ID NO.: IC50 (ng/mL) (VSV-VeroE6) IC50 ng/mL (VSV-Vero-TMPRSS2) IC50 ng/mL (MLV-Vero-TMPRSS2)
458 445 105.6 133.1 約354.1
459 445 105.3 255.3 約323.2
460 445 108.7 260.6 約372.9
408 445 47.57 96.92 約370.2
使用BLI之針對SARS-CoV-1 RBD及SARS-CoV-2 RBD的抗體之親和力量測如表28及29中所示。另一S2X259變體抗體(SEQ ID NO.:408之VH;SEQ ID NO.:445之VL)包括於該分析中。表28.
    SARS-CoV-1 RBD
VH SEQ ID NO.: VL SEQ ID NO.: KD (M) Kon (1/Ms) Kdis (1/s)
458 445 4.547E-10 379700 0.0001727
459 445 7.917E-10 344700 0.0002729
460 445 1.588E-09 391300 0.0006212
408 445 1.763E-10 410600 0.00002078
表29.
  SARS-CoV-2 RBD
VH SEQ ID NO.: VL SEQ ID NO.: KD (M) Kon (1/Ms) Kdis (1/s)
458 445 8.361E-11 601200 0.00005026
459 445 1.076E-10 600700 0.00006463
460 445 2.979E-10 594800 0.0001772
408 445 3.143E-11 661200 0.00002078
S2X259變異抗體表現於Epi-CHO細胞中,且分析產率及溶離概況。結果概述於表30中。表30.
VH SEQ ID NO.: VL SEQ ID NO.: Expi-CHO 細胞之 產率 (μg/mL) 溶離概況
458 445 350 (較高產率) 澄清
459 445 170 (較低產率) 澄清
460 445 300 (中間/較高產率) 澄清
實例17 材料及方法 針對結合至表現於哺乳動物細胞上之 CoV S 蛋白的基於流動式細胞測量術之篩選
ExpiCHO細胞經SARS-CoV-2、SARS-CoV及MERS-CoV之S蛋白轉染,或經空質體轉染作為陰性對照。隨後在10 µg/ml下藉由流動式細胞測量術測試單株抗體對表現2019-nCoV、SARS-CoV、MERS-CoV或模擬物細胞轉染物之S蛋白之ExpiCHO細胞進行染色的能力。 重組SARS-CoV-2 蛋白質之暫時表現
針對人類細胞表現使SARS-CoV-2菌株(2019-nCoV-S)分離株βCoV/武漢-Hu-1/2019之全長S基因(寄存編號MN908947)經密碼子最佳化,且選殖至phCMV1表現載體(Genlantis)中。使用Expifectamine CHO增強子將Expi-CHO細胞經phCMV1-SARS-CoV-2-S、phCMV1-MERS-CoV-S (London1/2012)、SARS-刺突蛋白_pcDNA.3 (菌株SARS)或空phCMV1 (Mock)暫時地轉染。在轉染後二天,收集細胞,固定,或用皂素固定及預滲透以便用對SARS-CoV受體結合域(RBD)具有反應性之一組單株抗體進行免疫染色。經Alexa647標記之二級抗體抗人類IgG Fc用於偵測。使用ZE5細胞分析儀(Biorard)及FlowJo軟體(TreeStar)藉由流式細胞測量術分析抗體與經轉染的細胞之結合。陽性結合由CoV-S-轉染物相對於模擬物-轉染物之差異性染色來定義。 使用 Octet (BLI ,生物層干涉法 ) 之競爭實驗
除非本文中另外規定,否則使用抗His感測器(BIOSENSOR ANTI-PENTA-HIS (HIS1K))來固化SARS-CoV之S1次單位蛋白質(Sino Biological Europe GmbH)。用動力學緩衝液(KB;0.01%無內毒素BSA,0.002 Tween-20,0.005% NaN3於PBS中)使感測器水合10 min。隨後使SARS-CoV S1次單位蛋白質以10 µg/ml之濃度在KB中負載8 min。針對全長mAbs nCoV-10及nCov-6 mAbs使抗體在15 µg/ml下,或針對Fab nCoV-4在5 µg/ml下締合6 min,且在包含在10 µg/ml下之nCoV-1所有的連續實驗中。隨後使競爭抗體在相同濃度下締合再6 min。 使用 Octet (BLI ,生物層干涉法 ) 之競爭實驗
對於ACE2競爭實驗,使ACE2-His (Bio-Techne AG)以5 µg/ml在KB中負載到抗-HIS (HIS2)生物感測器(Molecular Devices-ForteBio)上30分鐘。在使用或不使用抗體預培育之後(30 µg/ml,30分鐘),使SARS-CoV RBD-兔Fc或SARS-CoV-2 RBD-小鼠Fc (Sino Biological Europe GmbH)在1 µg/ml下締合15分鐘。監測解離持續5分鐘。 使用 Octet (BLI ,生物層干涉法 ) 之親和力確定
對於全長抗體之KD確定,在用動力學緩衝液進行水合步驟10分鐘之後,使用蛋白質A生物感測器(Pall ForteBio)在2.7 μg/ml下固化重組抗體持續1分鐘。藉由用不同濃度之SARS-CoV RBD (Sino Biological)或SARS-CoV-2 RBD (內部產生;來自βCoV/武漢-Hu-1/2019之刺突蛋白的殘基331-550,寄存編號MN908947)培育經抗體塗佈之感測器來記錄締合曲線5分鐘。所測試之最高RBD濃度為10 ug/ml,隨後1:2.5連續稀釋。藉由將感測器移動至含有KB之孔來記錄解離9分鐘。使用整體擬合模型(Octet)計算KD值。使用Octet Red96 (ForteBio)設備。
對於全長抗體與Fab片段相比之KD 確定,使SARS-CoV或SARS-CoV-2之HIS標記之RBD在3 µg/ml下在KB中負載到抗-HIS (HIS2)生物感測器(Molecular Devices,ForteBio)上15分鐘。分別以15 ug/mL及5 ug/mL在KB中進行全長抗體與Fab之締合5分鐘。量測KB中之解離10分鐘。 ELISA 結合
藉由酶聯免疫吸附分析(ELISA)確定mAb與SARS-CoV刺突蛋白S1次單位蛋白質(菌株WH20)蛋白質之反應性。簡言之,96孔盤用3 µg/ml重組SARS-CoV刺突蛋白S1次單位蛋白質(Sino. Biological)塗佈。洗滌各孔,且在室溫下用PBS+1%BSA阻斷1小時,且隨後用連續稀釋的mAb在室溫下培育1小時。藉由在室溫下培育經鹼性磷酸酶共軛之山羊抗人類IgG (Southern Biotechnology:2040-04)1小時來偵測結合的mAb,且藉由含1 mg/ml對硝基苯磷酸受質之0.1 M甘胺酸緩衝液(pH 10.4)在室溫下顯影30分鐘。在ELISA讀取器(Powerwave 340/96分光光度計,BioTek)中量測在405 nm之波長下之光學密度(OD)值。 中和分析
除非另外規定,否則使用經SARS-CoV-2刺突蛋白(SARS-CoV-2pp)或SARS-CoV刺突蛋白(SARS-CoVpp)假模式化之鼠白血病病毒(MLV)。將經ACE2 (DBT-ACE2)穩定轉染之DBT細胞用作目標細胞。SARS-CoV-2pp或SARS-CoVpp用胰蛋白酶TPCK以10 ug/ml活化。將活化的SARS-CoV-2pp或SARS-CoVpp添加至抗體之連續稀釋液中(以50 ug/ml最終濃度/抗體開始,3倍稀釋)。將DBT-ACE2細胞添加至該抗體-病毒混合物中,且培育48小時。在抽吸細胞培養物上清液且添加穩定-GLO受質(Promega)之後量測發光。
除非另外規定,否則偽粒子中和分析使用基於VSV之螢光素酶報導基因假模式化系統(Kerafast)。VSV偽粒子及抗體在DMEM中混合且使其在37℃下培育30分鐘。隨後使感染混合物與Vero E6細胞一起在37℃下培育1 h,隨後添加具有青黴素-鏈黴素及10%FBS之DMEM (未移除感染混合物)。使細胞在37℃下培育18-24小時。在添加Bio-Glo試劑(普洛麥格)之後使用Ensight盤讀取器(Perkin Elmer)來量測螢光素酶。 SPR 單循環動力學
使用單循環動力學方法用Biacore T200儀器進行SPR實驗。在表面上俘獲S309 IgG,且注射濃度增加之經醣基化或經去醣基化的經純化SARS-CoV-2 RBD。監測締合及解離動力學,且擬合至結合模型,以確定親和力。 重組抗體之表現
重組抗體表現於如先前所述之經表現重鏈及輕鏈之質體暫時地共轉染的ExpiCHO細胞中。(Stettler等人. (2016)  Specificity, cross-reactivity, and function of antibodies elicited by Zika virus infection. Science, 353(6301), 823-826)。單株抗體S303、S304、S306、S309、S310及S315表示為rIgG-LS抗體。LS突變賦予活體內更長的半衰期。(Zalevsky等人. (2010) Enhanced antibody half-life improves in vivo activity. Nature Biotechnology, 28(2), 157-159) 序列比對
SARS-CoV-2基因體學序列自2020年三月29日上之GISAID下載,使用「完全(>29,000 bp)」及「較低覆蓋率排除過濾器」。移除蝙蝠及穿山甲序列,得到僅人類序列。藉由用GeneWise2進行參考蛋白質(YP_009724390.1)-基因體比對來定位刺突蛋白ORF。救助不完全匹配及含插入或缺失之ORF且包括於下游分析中。使用seqkit電子雜交轉譯核苷酸序列。移除具有超過10%未確定胺基酸(由於N個鹼基響應)之序列。使用MAFFT進行多序列比對。藉由使用R/Bioconductor封裝Biostrings比較比對序列(n=2,229)與參考序列來確定變異體。使用類似策略以自來源於ViPR之SARS-CoV基因體提取及轉譯刺突蛋白序列(檢索準則:SARS相關冠狀病毒,全長基因體,人類宿主,在2019年十二月之前寄存以排除SARS-CoV-2,n=53)。來源的SARS-CoV基因體序列包含所有主要公開之菌株,諸如Urbani、Tor2、TW1、P2、Frankfurt1以及其他。如Tsan-Yuk Lam等人所示之穿山甲序列來源於GISAID。如Lu等人(Lancet 2020)所示之來自沙貝病毒之三個分枝系的蝙蝠序列來源於Genbank。麝貓及浣熊市犬序列類似地來源於Genbank。 產生穩定的過度表現細胞株
藉由用編碼DC-SIGN (CD209)、L-SIGN (CLEC4M)、SIGLEC1、TMPRSS2或ACE2 (所有自Genecopoeia獲得)之慢病毒表現質體及對應的慢病毒輔助質體共轉染Lenti-X 293T細胞(Takara)來產生慢病毒。轉染後四十八小時,收穫上清液中之慢病毒且藉由在20,000 rpm下超速離心2 h濃縮。在6 ug/mL凝聚胺(Millipore)存在下使Lenti-X 293T (Takara)、Vero E6 (ATCC)、MRC5 (Sigma-Aldrich)、A549 (ATCC)轉導24小時。隨後轉導過度表現二個轉殖基因之細胞株。在轉導之後二天開始用嘌呤黴素及/或殺稻瘟菌素(Gibco)之選擇且使選擇試劑保持在生長介質中以用於所有後續培養。單一細胞純系衍生自A549-ACE2-TMPRSS2細胞株,所有其他細胞株表示細胞池。 SARS-CoV-2 中和
使在補充有10% FBS (VWR)及1x青黴素/鏈黴素(Thermo Fisher Scientific)之DMEM中培養之Vero E6或Vero E6-TMPRSS2細胞在20,000個細胞/孔下接種於黑色96孔盤中。在37℃下在BSL-3設施中使單株抗體之連續1:4稀釋液與200 pfu之SARS-CoV-2 (分離株USA-WA1/2020,繼代3,在Vero E6細胞中繼代)一起培育30分鐘。移除細胞上清液且將病毒-抗體混合物添加至細胞中。24小時感染後,用4%多聚甲醛固定細胞30分鐘,接著二個PBS (pH 7.4)洗滌,且用含0.25% Triton X-100之PBS滲透30分鐘。在5%奶粉/PBS中阻斷30分鐘之後,將細胞與靶向SARS-CoV-2核衣殼蛋白(Sino Biological,cat. 40143-R001)之一級抗體在1:2000稀釋下一起培育1小時。在洗滌且與與1 µg/ml Hoechst33342混合之二級經Alexa647標記之抗體一起培育1小時之後,使盤在自動細胞成像讀取器上(Cytation 5,Biotek)成像,且使用製造商提供的軟體對核衣殼-陽性細胞進行計數。 SARS-CoV-2-Nluc 中和
中和使用SARS-CoV-2-Nluc,一種編碼奈米螢光素酶而非病毒ORF7之SARS-CoV-2 (基於菌株2019-nCoV/USA_WA1/2020)的感染性純系確定,其表明出可與野生型病毒相當的生長動力學(Xie等人, Nat Comm, 2020, https://doi.org/10.1038/s41467-020-19055-7)。使細胞以20,000個細胞/孔接種至黑色外壁、透明底的96孔盤中(293T細胞以35,000個細胞/孔接種至經聚-L-離胺酸塗佈之孔中)且在37℃下培養隔夜。次日,在感染培養基(DMEM + 10% FBS)中製備抗體之9點4倍連續稀釋液。將SARS-CoV-2-Nluc以指定MOI稀釋於感染培養基中,添加至抗體稀釋液且在37℃下培育30 min。自細胞中移除培養基,添加mAb-病毒複合物,且在37℃下培育細胞24小時。自細胞中移除培養基,根據製造商的建議添加奈米-Glo螢光素酶受質(Promega),在室溫下培育10 min,且在VICTOR Nivo盤讀取器(Perkin Elmer)上定量螢光素酶訊號。 SARS-CoV-2 假模式化 VSV 產生及中和
為了產生SARS-CoV-2假模式化水泡性口炎病毒,使Lenti-X 293T細胞(Takara)接種於10-cm培養皿中,直至80%次日匯合。次日,根據製造商說明書使用TransIT-Lenti (Mirus Bio)使細胞經編碼含有C端19 aa截斷之SARS-CoV-2 S-醣蛋白(YP_009724390.1)的質體轉染。轉染後一天,使細胞以3個感染性單位/細胞之MOI經VSV(G*ΔG-螢光素酶) (Kerafast)感染。在一小時之後洗去病毒接種物且在37℃下再培育細胞一天。在轉染後第2天收集含有SARS-CoV-2假模式化VSV之細胞上清液,在1000 x g下離心5分鐘,以移除細胞碎片,等分且在80℃下冷凍。
對於病毒中和,使細胞以20,000個細胞/孔接種至黑色外壁、透明底的96孔盤中(293T細胞以35,000個細胞/孔接種至經聚-L-離胺酸塗佈之孔中)且在37℃下培養隔夜。次日,在培養基中製備抗體之9點4倍連續稀釋液。SARS-CoV-2假模式化VSV在100 ng/mL抗VSV-G抗體(純系8G5F11,絕對抗體)存在下在培養基中以1:30稀釋,且1:1添加至各抗體稀釋液中。病毒:抗體混合物在37℃下培育1小時。自細胞中移除培養基且將50 μL病毒:抗體混合物添加至細胞中。感染後一小時,將100 μL培養基添加至所有孔中且在37℃下培育17-20小時。移除培養基且將50 μL Bio-Glo試劑(Promega)添加至各孔中。在室溫下使盤在盤振盪器上在300 RPM下振盪15分鐘,且在EnSight盤讀取器(Perkin-Elmer)上讀取RLU。 基於轉染之黏附受體篩選
Lenti -X293T細胞(Takara)經編碼以下受體候選物之質體(所有購自Genecopoeia)轉染:ACE2 (NM_021804)、DC-SIGN (NM_021155)、L-SIGN (BC110614)、LGALS3 (NM_002306)、SIGLEC1 (NM_023068)、SIGLEC3 (XM_057602)、SIGLEC9 (BC035365)、SIGLEC10 (NM_033130)、MGL (NM_182906)、MINCLE (NM_014358)、CD147 (NM_198589)、ASGR1 (NM_001671.4)、ASGR2 (NM_080913)、NRP1 (NM_003873)。轉染後一天,在37℃下使細胞在100 ng/ml抗VSV-G抗體(純系8G5F11,絕對抗體)存在下經SARS-CoV-2假模式化VSV以1:20稀釋度感染。感染後一小時,將100 μL培養基添加至所有孔中且在37℃下培育17-20小時。移除培養基且將50 μL Bio-Glo試劑(Promega)添加至各孔中。在室溫下使盤在盤振盪器上在300 RPM下振盪15分鐘,且在EnSight盤讀取器(Perkin-Elmer)上讀取RLU。 反感染
使穩定地表現DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC1之親代HeLa細胞或HeLa細胞以5,000個細胞/孔接種於黑色外壁、透明底的96孔盤中。一天後,細胞達成約50%匯合且在37℃下在100 ng/mL抗VSV-G抗體(純系8G5F11,絕對抗體)存在下經SARS-CoV-2假模式化VSV以1:10稀釋度接種2小時。對於抗體介導之反感染的抑制,使細胞與10 ug/mL抗SIGLEC1抗體(Biolegend,純系7-239)一起預培育30 min。2 h接種之後,細胞用完全培養基洗滌四次且添加10,000個VeroE6-TMPRSS2細胞/孔,且在37℃下培育17-20 h以用於反感染。移除培養基且將50 μL Bio-Glo試劑(Promega)添加至各孔中。在室溫下使盤在盤振盪器上在300 RPM下振盪15分鐘,且在EnSight盤讀取器(Perkin-Elmer)上讀取RLU。 CHO-S 細胞之細胞 - 細胞融合
使穩定地表現SARS-CoV-2 S-醣蛋白之CHO細胞以12ʹ500個細胞/孔接種於96孔盤中以用於顯微法,且在第二天,將不同濃度之mAb及細胞核標記物Hoechst (最終稀釋度1:1000)添加至細胞且再培育24小時。使用Cytation 5 Imager (BioTek)確立融合程度,且使用對象偵測方案將細胞核偵測作為對象且量測其大小。發現稠合細胞(亦即,融合細胞)之細胞核在融合細胞之中心處聚集,且識別為獨特的較大對象,根據其大小來門控。稠合細胞中之對象的面積除以所有對象之總面積乘以100得到稠合細胞之百分比。 免疫螢光分析
在用4%多聚甲醛接種30 min之後,將HEK 293T細胞接種到經聚-D-離胺酸塗佈之96孔盤(Sigma-Aldrich)上且固定24小時,接著二個PBS (pH 7.4)洗滌且用含0.25%Triton X-100之PBS滲透30 min。使細胞與在室溫下稀釋於3%奶粉/PBS中之一級抗體抗-DC-SIGN/L-SIGN (Biolegend,cat. 845002,1:500 dilution)、抗-DC-SIGN (Cell Signaling,cat. 13193S,1:500 dilution)、抗-SIGLEC1 (Biolegend,cat. 346002,1:500 dilution)或抗-ACE2 (R&D Systems,cat. AF933,1:200 dilution)一起培育2小時。在洗滌且與與1 ug/mL Hoechst33342混合之二級經Alexa647標記之抗體一起培育1小時之後,將盤在反向螢光顯微鏡(Echo Revolve)上成像。 ACE2/TMPRSS2 RT-qPCR
使用NucleoSpin RNA Plus套組(Macherey-Nagel)根據製造商的方案自細胞中提取RNA。RNA根據製造商說明書使用高容量cDNA反轉錄套組(Applied Biosystems)進行反轉錄。根據製造商的方案使用Luna Universal qPCR主混合物(新英格蘭生物實驗室)來定量ACE2 (正向引子:CAAGAGCAAACGGTTGAACAC (SEQ ID NO.:461)、反向引子:CCAGAGCCTCTCATTGTAGTCT (SEQ ID NO.:462))、HPRT (正向引子:CCTGGCGTCGTGATTAGTG (SEQ ID NO.:463)、反向引子:ACACCCTTTCCAAATCCTCAG (SEQ ID NO.:464))及TMPRSS2 (正向引子:CAAGTGCTCCRACTCTGGGAT (SEQ ID NO.:465)、反向引子:AACACACCGRTTCTCGTCCTC (SEQ ID NO.:466))之胞內位準。使ACE2及TMPRSS2之位準標準化至HPRT。HeLa細胞用作參照樣品。所有qPCR在QuantStudio 3實時PCR系統(Applied Biosystems)上運行。 SARS2 D614G 刺突蛋白產生及生物素標記
使用293fectin作為轉染劑,將具有C端TEV裂解位點、T4噬菌體纖維蛋白摺疊子、8x His-、Avi-及EPEA-標籤之預融合穩定的SARS2 D614G刺突蛋白(包含胺基酸序列Q14至K1211)轉染至HEK293自由式細胞中。使細胞在37℃下三天以產生蛋白質。隨後,藉由在500 xg下使細胞離心30分鐘,接著在4000 xg下再自旋30分鐘來收穫上清液。細胞培養物上清液經由0.2 μM過濾器過濾,且負載到5 mL C-標籤親和基質管柱上,用50 mM Tris pH 8及200 mM NaCl預平衡。使用10管柱體積之100 mM Tris、200 mM NaCl及3.8 mM SEPEA肽使SARS2 D614G刺突蛋白溶離。濃縮溶離峰且使用50 mM Tris pH 8及200 mM NaCl作為操作緩衝液,在Superose 6增加10/300 GL凝膠過濾管柱上注射。收集對應於單分散SARS2 D614G刺突蛋白之SEC溶離份且在液氮中急驟冷凍以儲存在-80℃下。使用BirA500生物素標記套組自親合力對純化的SARS2 D614G刺突蛋白生物素標記。向50 μg刺突蛋白中添加5 ug BirA及11 uL BiomixA及BiomixB。在生物素標記反應期間之最終刺突蛋白濃度為約1 μM。使反應在4℃下進行16小時。隨後,使用用1×PBS pH 7.4預平衡之二個Zeba自旋管柱使蛋白質去鹽化。 針對 DC-SIGN L-SIGN SIGLEC1 ACE-2 之流式細胞測量術分析
使表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2之HEK 293T細胞在4x106 個細胞/mL下再懸浮且將100 μL/孔接種到V形底96孔盤(Corning,3894)上。使盤在2,000 rpm下離心5分鐘且用PBS (pH 7.4)洗滌。使細胞再懸浮於含有Ghost violet 510成活力染料(Cell Signaling,cat. 13-0870-T100,1:1,000稀釋度)之200 μL PBS中,在冰上培育15分鐘且隨後洗滌。使細胞再懸浮於在含有以1:100稀釋度:小鼠抗DC/L-SIGN (Biolegend,cat. 845002)、兔抗-DC-SIGN (Cell Signaling,cat. 13193)、小鼠抗SIGLEC1 (Biologend,cat. 346002)或山羊抗ACE2 (R&D Systems,cat. AF933)之一級抗體的PBS中用0.5% BSA (Sigma-Aldrich)製備之100 μL FACS緩衝液中。在冰上培育1小時之後,將細胞洗滌二次且再懸浮於含有在1:200稀釋度下之Alexa Fluor-488標記的二次抗體:山羊抗小鼠(Invitrogen cat. A11001)、山羊抗兔(Invitrogen cat. A11008)或驢抗山羊(Invitrogen cat. A11055)之FACS緩衝液中。在冰上培育45 min之後,細胞用200 μL FACS緩衝液洗滌三次且在室溫下用200 μL 4% PFA (阿法埃莎公司)固定15 min。洗滌細胞三次,再懸浮於200 μL FACS緩衝液中且藉由流式細胞測量術使用CytoFLEX流式細胞儀(Beckman Coulter)分析。 結合至細胞之 SARS-CoV-2 刺突蛋白及 RBD 的流式細胞測量術
在室溫下使生物素標記之SARS-CoV-2刺突蛋白D614G蛋白質(Spikebiotin,內部產生)或生物素標記之SARS-CoV-2刺突蛋白受體-結合域(RBDbiotin,Sino Biological,40592-V08B)與Alexa Fluor® 647鏈黴抗生物素蛋白(AF647-strep,Invitrogen,S21374)以按體積計之1:20比率一起培育20 min。隨後將標記之蛋白質儲存於4℃下直至進一步使用。細胞用TrpLE Express (Gibco,12605-010)解離且使105 個細胞轉移至96孔V底盤(Corning,3894)之各孔中。在流式細胞測量術緩衝液(2% FBS於PBS中(w/o Ca/Mg))中洗滌細胞二次,且在冰上在20 µg/ml之最終濃度下用Spikebiotin-AF647-strep染色或在7.5 µg/ml之最終濃度下用RBDbiotin-AF647-strep染色1 h。染色細胞用流式細胞測量術緩衝液洗滌二次,再懸浮於1% PFA (Electron Microscopy Sciences,15714-S)中且用Cytoflex LX (Beckman Coulter)分析。 SARS-CoV-2 特異性 mAb 之重組表現
如先前所述,自SARS-CoV-2免疫供體之漿細胞或記憶B細胞中分離人類mAb。重組抗體在37℃及8% CO2 下表現於ExpiCHO細胞中。使用ExpiFect胺轉染細胞。在用ExpiCHO進料及ExpiFectamine CHO增強子轉染之後1天,補充經轉染的細胞。在轉染之後八天收集細胞培養物上清液,且經由0.2 µm過濾器過濾。重組抗體使用5 mL HiTrap™ MabSelect™ PrismA管柱在ÄKTA xpress FPLC裝置上親和力純化,接著使用HiPrep 26/10去鹽化管柱與組胺酸緩衝液(20 mM組胺酸,8%蔗糖,pH 6)進行緩衝液交換。 倉鼠病毒製劑中之 SARS-CoV-2 感染模型
自獲自2020年二月自中國武漢返回的經RT-qPCR確認之無症狀性患者的鼻咽拭子中回收用於此研究中之SARS-CoV-2菌株βCov/Belgium/GHB-03021/2020 (EPI ISL 109 407976|2020-02-03)。藉由譜系學分析確認與原型武漢-Hu-1 2019-nCoV (GenBank寄存112編號MN908947.3)菌株之密切關係。藉由在HuH7及Vero E6細胞上連續繼代來分離感染性病毒;繼代6病毒用於本文所述之研究中。病毒原液之效價藉由用Reed及Muench方法在Vero E6細胞上進行端點稀釋來確定。 細胞
在補充有10%胎牛血清(Integro)、1% L-麩醯胺酸(Gibco)及1%碳酸氫鹽(Gibco)之最小基本培養基(Gibco)中培養Vero E6細胞(非洲綠猴腎臟,ATCC CRL-1586)。用含有2%胎牛血清而非10%之培養基進行端點滴定。 倉鼠中之 SARS-CoV-2 感染 模型
先前已描述SARS-CoV-2之倉鼠感染模型。特定研究設計展示於以下示意圖中。簡言之,野生型敍利亞黃金倉鼠(金倉鼠)係購自Janvier實驗室,且每二隻圈養在通氣的隔離籠(IsoCage N Biocontainment系統,Tecniplast)中,可隨意獲取食物及水且在籠中富集(木材阻擋)。在研究開始之前使動物適應4天。飼養條件及實驗程序經魯汶大學動物實驗倫理委員會批准(許可證P065- 2020)。雌性6-8週齡倉鼠用氯胺酮/甲苯噻嗪/阿托品麻醉且鼻內接種50 μL含有2×106 TCID50 SARS-CoV-2 (第0天)。 治療方案
在藉由腹膜內投予(i.p.)感染之前預防性處理動物48 h,且監測外觀、行為及體重。在感染後第4天,藉由腹膜內注射500 μL Dolethal (200 mg/mL戊巴比妥鈉,Vétoquinol SA)使倉鼠安樂死。收集肺且分別藉由RT-qPCR及端點病毒滴定來定量病毒RNA及感染性病毒。在感染之前收集血液樣品用於PK分析。 SARS-CoV-2 RT-qPCR
使用珠粒破壞(Precellys)使所收集之肺組織在350 μL RLT緩衝液(RNeasyMinikit,Qiagen)中均質化,且離心(10.000 rpm,5 min)以集結細胞碎片。根據製造商說明書提取RNA。在50 μL溶離液中,4 μL用作RT-qPCR反應中之模板。使用具有靶向核衣殼之N2引物及探針的iTaq通用探針一步驟RT-qPCR套組(BioRad)在LightCycler96平台(羅氏)上進行RT-qPCR。SARS-CoV-2 cDNA (IDT)之標準物用於表現每mg組織或每mL血清之病毒基因體複本。 端點病毒滴定
使用珠粒破壞(Precellys)使肺組織在350 μL最小基本培養基中均質化,且離心(10.000 rpm,5 min,4℃)以集結細胞碎片。為了定量感染性SARS-CoV-2粒子,在96孔盤中在匯合的Vero E6細胞上進行終點滴定。藉由Reed及Muench方法使用Lindenbach計算器計算病毒效價,且表示為每mg組織50%組織培養物感染劑量(TCID50)。 組織學
對於組織學檢查,將肺在4%甲醛中固定隔夜且包埋於鏈烷烴中。在用蘇木精及曙紅染色之後分析組織切片(5 μm),且藉由專門病理學家對肺損害無分別地進行評分。累積評分為1至3之評分參數如下:充血、肺泡內出血、支氣管壁中之凋亡體、壞死性細支氣管炎、血管周圍水腫、支氣管性肺炎、血管周圍發炎、血管周圍發炎及血管炎。 免疫複合體與倉鼠單核細胞之結合
免疫複合體(IC)藉由使用精確莫耳比(分別為4:8:1)使S309 mAb (倉鼠IgG,wt或N297A)與經生物素標記之抗個體基因型Fab片段及Alexa-488-鏈黴抗生物素蛋白來產生。在4℃下用自未處理動物中獲得之新鮮成活的倉鼠脾細胞連續稀釋培育預先產生之螢光IC持續3小時。隨後在排除死亡細胞及在單核球群體上物理門控時藉由細胞測量術評估細胞結合。結果表示為整個單核球群體之Alexa-488平均螢光強度。 生物資訊分析
自Github (github.com/krasnowlab/HLCA)下載所處理之人類肺細胞圖譜(HLCA)資料及細胞類型標註。自NCBI GEO資料庫(ID:GSE158055)及Github (github.com/zhangzlab/covid_balf)下載所處理之單細胞轉錄組資料及來自SARS-CoV-2感染個體之肺上皮及免疫細胞的標註。自NCBI SRA (ID:PRJNA608742)下載來自藉由Liao等人之第二單細胞轉錄組學研究之可用的序列資料,以用於檢驗對應於病毒RNA之讀數。藉由對支持前導-TRS接合點之含TRS之讀數進行計數估計sgRNA相對於基因體RNA之比例。自Alexandersen等人中改編用於偵測前導-TRS接合點讀數的準則及方法。病毒基因體參考及TRS標註係基於武漢-Hu-1 NC_045512.2/MN908947。僅來自具有重度COVID-19之個體的2個樣品具有可偵測之前導-TRS接合點讀數(SRR11181958,SRR11181959)。
可組合上述各種實施例以提供其他實施例。本說明書中所參考及/或本申請資料表中所列之所有美國專利、美國專利申請公開案、美國專利申請案、外國專利、外國專利申請案及非專利公開案,包括2020年四月14日申請之美國專利申請案第63/010,025號、2020年四月24日申請之美國專利申請案第63/015,399號、2020年五月4日申請之美國專利申請案第63/019,926號、2020年五月6日申請之美國專利申請案第63/021,063號、2020年五月12日申請之美國專利申請案第63/023,808號、2020年五月26日申請之美國專利申請案第63/030,254號、2020年六月9日申請之美國專利申請案第63/036,631號、2020年六月30日申請之美國專利申請案第63/046,452號、2020年七月28日申請之美國專利申請案第63/057,557號、2020年十月14日申請之美國專利申請案第63/091,841號、2021年三月26日申請之美國專利申請案第63/166,879號、2021年四月2日申請之美國專利申請案第63/170,360號及2021年四月7日申請之美國專利申請案第63/171,892號均以全文引用的方式併入本文中。必要時,可以修改實施例之態樣以採用多個專利、申請案及公開案之構思,從而提供又另外的實施例。
可鑒於以上實施方式對實施例進行此等及其他改變。一般而言,在以下申請專利範圍中,所用術語不應解釋為將申請專利範圍限制於本說明書及申請專利範圍中所揭露之特定實施例,而應解釋為包括所有可能之實施例以及該申請專利範圍有權要求的等效物之全部範疇。因此,申請專利範圍不受本發明限制。
圖1A-1C 展示使用針對SARS-CoV-2假模式化病毒之抗體的感染之中和分析的結果。由自COVID-19或SARS感染恢復之患者分離之人類單株抗體係以重組方式表現且在針對經SARS-CoV-2刺突蛋白假模式化之鼠白血病病毒(MLV)的中和分析中測試。圖1A展示由自COVID-19恢復之患者分離之六個抗體的結果。圖1B展示由自COVID-19恢復之患者分離之另六個抗體及自SARS (S307及S309 (S309具有SEQ ID NO.:172之VH(SEQ ID NO.:173-175HCDR)及VL SEQ ID NO.:176 (SEQ ID NO.:177-179之LCDR)恢復之患者分離之二個抗體的結果,且描述於Pinto等人Nature 583:290-295 (2020))中。圖1C展示圖1B中所繪示之由自COVID-19恢復之患者分離之六個抗體中之四個的結果。在x軸中指示之濃度下測試抗體。符號展示一式二份之平均值。
圖2A-2D 展示某些抗體與SARS-CoV-2刺突蛋白RBD及SARS-CoV刺突蛋白RBD之結合。人類單株抗體以重組方式表現且藉由ELISA測試。圖2A展示八個抗體與SARS-CoV-2刺突蛋白RBD (左側圖)及SARS-CoV刺突蛋白RBD (右側圖)之結合。圖2B展示另二個抗體與SARS-CoV-2刺突蛋白RBD (左側圖)及SARS-CoV刺突蛋白RBD (右側圖)之結合。圖2C展示另三個抗體與SARS-CoV-2刺突蛋白RBD (左側圖)及SARS-CoV刺突蛋白RBD (右側圖)之結合。圖2D展示另一抗體與SARS-CoV-2刺突蛋白RBD (左側圖)及SARS-CoV刺突蛋白RBD (右側圖)之結合。
圖3A-3C 展示抗體與SARS-CoV-2 RBD、SARS-CoV-1 RBD及SARS-CoV-2 S1域之結合,如藉由ELISA所量測。圖3A展示重組單株抗體S2H7之結合。圖3B展示重組單株抗體S2R7之結合。圖3C展示重組單株抗體S2R5之結合。符號為一式二份之平均值。
圖4A 及4B 展示某些抗體與SARS-CoV-2刺突蛋白胞外域之結合。與刺突蛋白之經穩定融合前三聚體的結合係藉由ELISA來量測。使重組抗體以在x軸中所指示之濃度範圍1:3稀釋。以ng/ml之EC50值係在方框中提供於右上方。圖4A展示重組單株抗體S2A15-v1及S2A15-v2之結合。圖4B展示重組單株抗體S2B2-v1及S2B2-v2之結合。
圖5A-5C 展示某些抗體競爭結合至SARS-CoV-2 RBD。使HIS標記之SARS-CoV-2 RBD (來自βCoV/Wuhan-Hu-1/2019之刺突蛋白之殘基331-550,寄存編號MN908947)負載到Octet針上,接著與第一抗體一起培育,接著與第二抗體一起培育。圖5A展示某些抗體與第一抗體S2A5之競爭。圖5B展示某些抗體與第一抗體S2A10之競爭。圖5C展示某些抗體與第一抗體S309 (VH SEQ ID NO.:172;VL SEQ ID NO.:176;Pinto等人Nature 583:290-295 (2020))之競爭。
圖6A 及6B 藉由某些抗體及人類ACE2展示競爭結合至RBD。使人類ACE2負載到Octet針上,接著使RBD與單獨的抗體或RBD締合在一起。豎直虛線指示RBD或RBD與抗體締合之起點。圖6A展示四個純化的重組抗體及以ExpiCHO培養物上清液(SN)形式使用之二個抗體的結果。圖6B展示四個純化的重組抗體(左側圖)及以ExpiCHO培養物上清液形式使用之二個抗體(右側圖)的單獨圖式。
圖7 展示使用針對SARS-CoV-2假模式化病毒之某些抗體的感染之中和分析的結果。由自COVID-19或SARS感染恢復之患者分離之人類單株抗體係以重組方式表現且在針對經SARS-CoV-2刺突蛋白假模式化之水泡性口炎病毒(VSV)的中和分析中測試。展示由自COVID-19 (S2N3、S2N6、S2X2及S2X3)恢復之患者分離之四個抗體及由自SARS (S309 (VH SEQ ID NO.:172;VL SEQ ID NO.:176;Pinto等人Nature 583:290-295 (2020))恢復之患者分離之一個抗體的結果。所有抗體表示為具有M428L及N434S (「LS」)Fc突變之變異體。在x軸上指示之濃度下測試抗體。符號展示一式二份之平均值。
圖8 展示使用由自COVID-19 (S2X2)恢復之患者分離之單株抗體、由自SARS (S309 (VH SEQ ID NO.:172;VL SEQ ID NO.:176;Pinto等人Nature 583:290-295 (2020))恢復之患者分離之單株抗體及S2X2與S309之組合的感染之中和分析的結果。抗體係以重組方式表現(作為LS Fc變異體),且在針對經SARS-CoV-2刺突蛋白假模式化之鼠白血病病毒(MLV)的中和分析中測試。針對個別抗體之起始濃度為5 μg/ml。針對抗體之組合的起始濃度為10 μg/ml總抗體。x軸展示抗體之總濃度。符號展示一式二份之平均值±SD。
圖9 展示某些抗體與SARS-CoV-2之RBD的結合。使用產生由自COVID-19 (S2N3、S2N6、S2X2、S2X3)或SARS-CoV (S309 (VH SEQ ID NO.:172;VL SEQ ID NO.:176;Pinto等人Nature 583:290-295 (2020))感染恢復之患者分離之人類單株抗體的經轉染ExpiCHO細胞之培養物上清液。在測試之前,藉由ELISA確定培養物上清液中之抗體濃度。在3 µg/ml下在動力學緩衝液中負載抗體之前使蛋白質A感測器(Bioforte)水合1.5分鐘。在5 µg/ml下使SARS-CoV-2之RBD (來自βCoV/Wuhan-Hu-1/2019之刺突蛋白之殘基331-550,寄存編號MN908947;內部產生)締合5分鐘。使RBD解離10分鐘。解離期之起始由豎直虛線指示。
圖10 藉由人類單株抗體S2X2及人類ACE2與競爭結合至SARS-CoV-2 RBD。使人類ACE2-His (Sino Biological)負載到抗HIS (HIS1K)生物感測器(分子裝置- ForteBio)上,接著使RBD與單獨抗體或RBD締合在一起。在量測RBD與ACE2-His締合10分鐘之前,使RBD在15 µg/ml下與或不與抗體一起預培育30分鐘。記錄解離持續5分鐘。豎直虛線指示解離期之起始。抗體呈來自經轉染ExpiCHO細胞之細胞培養物上清液形式。
圖11A-11C 展示使用由自COVID-19恢復之患者分離之單株抗體及由自SARS (S309 (VH SEQ ID NO.:172;VL SEQ ID NO.:176;Pinto等人Nature 583:290-295 (2020))恢復之患者分離之比較單株抗體的感染之中和分析的結果。圖11A展示單株抗體S2D60、S2D22、S2D52及S309之結果。圖11B展示單株抗體S2D32、S2D8、S2D38及S309之結果。圖11C展示單株抗體S2D25、S2D19、S2D34及S309之結果。在針對經SARS-CoV-2刺突蛋白假模式化之鼠白血病病毒(MLV)的中和分析中測試抗體。x軸展示抗體之總濃度。
圖12A-12F 展示由自COVID-19恢復之患者分離之單株抗體相對於人類ACE2競爭結合至SARS-CoV-2 RBD。ELISA盤係用重組人類ACE2塗佈。在PBS中在2 ug/ml下用ACE2進行塗佈。使盤在4℃下培育隔夜,且在室溫下用阻斷劑酪蛋白(來自Thermofisher之1%酪蛋白)進行阻斷1小時。在37℃下使單株抗體之連續稀釋液與SARS-CoV-2 RBD在20ng/ml (RBD與小鼠Fc稠合,來自Sino Biological)下一起培育30分鐘,且隨後轉移至經ACE2塗佈之盤上,在室溫下再培育。洗滌盤且使用多株山羊抗小鼠Fc-AP抗體(Southern Biotech)偵測RBD與ACE2之結合。在額外洗滌之後,添加AP受質pNPP (Sigma)且使盤在室溫下培育20分鐘,隨後使用分光光度計(Powerwave340 Biotek)量測在405nm下之吸附量。圖12A展示單株抗體S2D4、S2D5、S2D8、S2D10及S2A4之結果。圖12B展示單株抗體S2D11、S2D15、S2D19、S2D22及S2A4之結果。圖12C展示單株抗體S2D25、S2D27、S2D31、S2D32及S2A4之結果。圖12D展示單株抗體S2D34、S2D38、S2D39、S2D41及S2A4之結果。圖12E展示單株抗體S2D43、S2D47、S2D51、S2D52及S2A4之結果。圖12F展示單株抗體S2D53、S2D60及S2A4之結果。
圖13A-13C 展示使用由自COVID-19恢復之患者分離之單株抗體之RBD結合分析的結果。圖13A展示單株抗體S2D4、S2D5、S2D8、S2D10、S2D11、S2D13、S2D15、S2D19、S2D22、S2D24及S2D25之結果。圖13B展示單株抗體S2D27、S2D31、S2D32、S2D34、S2D38、S2D39、S2D41、S2D43、S2D47、S2D51及S2D52之結果。圖13C展示單株抗體S2D53、S2D57及S2D60之結果。在此等實驗中,抗體表示為具有M428L及N434 (「LS」) Fc突變之重組IgG1。圖中以粗體顯示之抗體與SARS-CoV RBD交叉反應。
圖14A-14E 展示本揭露內容之五個單株抗體(S2D8、S2D25、S2D32、S2D60及S2D22)成對競爭結合至SARS-CoV-2之RBD。圖14A-14E中之每一者展示左側指示之單株抗體與其他抗體(沿著圖頂部指示)中之每一者競爭的結果。圖14A展示單株抗體S2D8之結果。圖14B展示單株抗體S2D25之結果。圖14C展示單株抗體S2D32之結果。圖14D展示單株抗體S2D60之結果。圖14E展示單株抗體S2D22之結果。各圖式中之豎直虛線展示自第一抗體(在圖左側指示)至第二抗體(在圖頂部指示)之轉換。
圖15 展示本揭露內容之五個單株抗體與SARS-CoV-2 RBD之結合親和力及親合力,如藉由Octet所量測。使RBD負載至BLI針上且量測所指示抗體之締合。垂直虛線指示當BLI針轉換至緩衝液時解離期的開始。
圖16 展示使用針對可靠SARS-CoV-2病毒之抗體的感染之中和分析的結果。圖16中標記為「S309-v2」(在本文中亦稱為S309 N55Q)之比較抗體包含SEQ ID NO.:340  (SEQ ID NO.:341-343之HCDR)中所闡述之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:344 (SEQ ID NO.:345-347之LCDR)中所闡述之VL胺基酸序列。使在補充有10% FBS (VWR)及1x青黴素/鏈黴素(Thermo Fisher Scientific)之DMEM中培養之Vero E6細胞在20,000個細胞/孔下接種於白色96孔盤中且附著隔夜。在37℃下在BSL-3設施中使單株抗體之連續1:4稀釋液與200 pfu之SARS-CoV-2 (分離株USA-WA1/2020,繼代3,在Vero E6細胞中繼代)一起培育30分鐘。移除細胞上清液且將病毒-抗體混合物添加至細胞中。感染後24小時,用4%多聚甲醛固定細胞30分鐘,接著二個PBS (pH 7.4)洗滌,且用含0.25% Triton X-100之PBS滲透30分鐘。在5%奶粉/PBS中阻斷30分鐘之後,將細胞與靶向SARS-CoV-2核衣殼蛋白(Sino Biological,cat. 40143-R001)之一級抗體在1:2000稀釋下一起培育1小時。在洗滌且與與1 µg/ml Hoechst33342混合之二級經Alexa647標記之抗體一起培育1小時之後,使盤在自動細胞成像讀取器上(Cytation 5,Biotek)成像,且使用製造商提供的軟體對核衣殼-陽性細胞進行計數。使用Prism軟體(GraphPad Prism 8.0)處理資料。
圖17A 及17B 展示使用單株抗體之感染之中和分析的結果。圖17A展示單株抗體S2X127及S2X129之結果。圖17B展示單株抗體S2X132及S2X190之結果。在針對經SARS-CoV-2刺突蛋白假模式化之鼠白血病病毒(MLV)的中和分析中測試抗體。x軸展示抗體之總濃度。所計算的IC50、IC80及IC90值展示於各圖之右側的框中。
圖18A 及18B 展示使用某些單株抗體之感染之中和分析的結果。以重組方式表現人類單株抗體且在針對經SARS-CoV-2刺突蛋白假模式化之水泡性口炎病毒(VSV)的中和分析中測試。圖18A展示單株抗體S2X127、S2X129及S2X132之結果。圖18B展示單株抗體S2X190及比較單株抗體S2X193及S2X195之結果。在x軸上指示之濃度下測試抗體。所計算的IC50及IC90值展示於各圖之底部。
圖19 展示某些抗SARS-CoV-2單株抗體抑制SARS-CoV-2 RBD與人類ACE2之結合的能力。ELISA盤在2 µg/ml下在PBS中用重組人類ACE2塗佈。在37℃下使單株抗體之連續稀釋液與SARS-CoV-2 RBD在20ng/ml (RBD與小鼠Fc稠合,來自Sino Biological)下一起培育30分鐘,且隨後轉移至經ACE2塗佈之盤上,在室溫下再培育20分鐘。使用十一個連續稀釋,以10 µg/ml起始且在1:3下稀釋。使用與鹼性磷酸酶共軛之二級抗體山羊F(abʹ)2抗小鼠IgG(H+L)抗體(Southern Biotech)偵測RBD與ACE2之結合,接著添加含pNPP (Sigma Aldrich N2765-100TAB)之碳酸氫鹽緩衝液且在405nm下讀取吸光度。展示單株抗體S2X127、S2X129、S2X132及S2X190,以及比較抗體S2X193及S2X195之結果。所計算的IC50值展示於圖式之右側。
圖20A-20D 展示本揭露內容之四個單株抗體與SARS-CoV-2 RBD之結合親和力及親合力,如藉由Octet所量測。使抗體(如圖之右下方所指示)在2.7 µg/ml下負載於蛋白質A針上。使SARS-CoV-2 RBD在6 µg/ml、1.5 µg/ml或0.4 µg/ml下負載5分鐘。量測解離7分鐘。各圖中之豎直虛線指示解離期之起始。
圖21 展示單株抗體S2X127、S2X129、S2X132及S2X190以及七個比較抗體與SARS-CoV RBD之結合親和力及親合力,如藉由Octet所量測。使抗體在2.7 µg/ml下負載於蛋白質A針上。使SARS-CoV RBD在6 µg/ml下負載5分鐘。量測解離7分鐘。各圖中之豎直虛線指示解離期之起始。圖式中曲線之自上而下順序對應於圖右側抗體名稱之自上而下順序;亦即,抗體S2X127對應於圖式中頂部曲線,且抗體S2X278對應於圖式中底部曲線。
圖22A-22C 展示使用某些單株抗體之感染之中和分析的結果。圖22A展示單株抗體S2X227 (SEQ ID NO.:398中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:399-401中所闡述之HCDR);SEQ ID NO.:402中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:403-405中所闡述之LCDR)之結果。圖22B展示單株抗體S2X200及S2X259之結果。S2X259包含SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR)及SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR)。圖22C展示單株抗體S2X288之結果。在針對經SARS-CoV-2刺突蛋白假模式化之鼠白血病病毒(MLV)的中和分析中測試抗體。x軸展示抗體之總濃度。所計算的IC50、IC80及IC90展示於各圖之右側的框中(框之左側欄;例如圖22A中之S2X227之內插的IC90為86.995 ng/mL)。
圖23A 及23B 展示人類單株抗體S2X227(亦在本文中鑑別為「S2X227-v1」;SEQ ID NO.:398中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:399-401中所闡述之HCDR),SEQ ID NO.:402中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:403-405中所闡述之LCDR))及S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))與SARS-CoV刺突蛋白、SARS-CoV刺突蛋白RBD及SARS-CoV-2刺突蛋白RBD之結合。人類單株抗體以重組方式表現且藉由ELISA測試結合。圖23A展示抗體與SARS-CoV刺突蛋白RBD(上圖)及SARS-CoV刺突蛋白(下圖)之結合。圖23B展示抗體與SARS-CoV-2刺突蛋白RBD (上圖)及與未經塗佈之對照盤(下圖)之結合。圖式右側的框展示所計算的EC50值。
圖24A 及24B 展示單株抗體抑制SARS-CoV-2 RBD與人類ACE2之結合的能力,如藉由ELISA所量測。圖24A展示單株抗體S2X200以及比較抗體S2X179之結果。圖24B展示單株抗體S2X227 (SEQ ID NO.:398中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:399-401中所闡述之HCDR),SEQ ID NO.:402中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:403-405中所闡述之LCDR))及S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))之結果。所計算的IC50值展示於各圖式之右側的框。
圖25A 及25B 展示人類單株抗體S2X200及比較抗體S2X179與SARS-CoV刺突蛋白、SARS-CoV刺突蛋白RBD及SARS-CoV-2刺突蛋白RBD之結合。人類單株抗體以重組方式表現且藉由ELISA測試結合。圖25A展示抗體與SARS-CoV刺突蛋白RBD (上圖)及SARS-CoV刺突蛋白(下圖)之結合。圖25B展示抗體與SARS-CoV-2刺突蛋白RBD (上圖)及與未經塗佈之對照盤(下圖)之結合。圖25B中頂部圖式之右側的框展示用於結合SARS-CoV-2 RBD之所計算的EC50值。
圖26 概述使用單株抗體S309及其他抗刺突蛋白抗體研究之定量的表位-特異性血清學之結果,如由結合競爭、低溫EM及晶體學資料所確定。帶下劃線的抗體與SARS-CoV交叉反應。
圖27A-27C 展示藉由某些單株抗體中和SARS-CoV-2感染。圖27A展示抗體S2X193,以及五個比較抗體,包括S309 N55Q LS之結果。S309 N55Q LS包含如SEQ ID NO.:340中所闡述之VH序列(SEQ ID NO.:341-343之HCDR)及如SEQ ID NO.: 344中所闡述之VL序列(SEQ ID NO.:345-347之LCDR),且包含Fc區中之MLNS (M428L/N434S;在圖中簡稱為「LS」)突變。圖27B展示抗體S2X195、S2X219及S2X246,以及三個比較抗體之結果。圖27C展示五個抗體以及比較抗體S309 N55Q LS之結果。
圖28 展示藉由抗體S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))及407_10_1_v2 (S2X259之經工程化變異體,其具有SEQ ID NO.:428中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR)及SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR)結合至RBD,如藉由ELISA所量測。
圖29 展示使用VSV假病毒之藉由某些抗體中和SARS-CoV-2感染。資料來自一個單一實驗,成一式三份孔VSV-luc(刺突蛋白D19)假病毒。「LS」=Fc突變M428L+N434S。「S2X227-v1」包含SEQ ID NO.:398中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:399-401中所闡述之HCDR)及SEQ ID NO.:402中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:403-405中所闡述之LCDR))。「S309wt」包含SEQ ID NO.:172中所闡述之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:176中所闡述之VL胺基酸序列。
圖30 展示使用VSV假病毒之藉由某些抗體中和藉由活SARS-CoV-2之感染。資料來自一式三份孔SARS-CoV-2-luc,MOI 0.1,6h感染。「S2X227-v1」包含SEQ ID NO.:398中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:399-401中所闡述之HCDR)及SEQ ID NO.:402中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:403-405中所闡述之LCDR))。「S309wt」包含SEQ ID NO.:172中所闡述之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:176中所闡述之VL胺基酸序列。
圖31A 及31B 展示藉由某些抗體活化FcγRIIIa (V158對偶基因) (圖31A)及FcγRIIa (H131對偶基因) (圖31B)。資料展示使用表現SARS CoV2 S蛋白之CHO目標細胞的實驗。「S2X227-v1」包含SEQ ID NO.:398中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:399-401中所闡述之HCDR)及SEQ ID NO.:402中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:403-405中所闡述之LCDR))。「S309」包含SEQ ID NO.:172中所闡述之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:176中所闡述之VL胺基酸序列。
圖32 展示經由自GISAID及GenBank擷取之胺基酸序列的最大可能性分析構築之薩貝冠狀病毒RBD的系統發生樹。展示S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))、S2E12 (參見Tortorici等人Ultrapotent human antibodies protect against SARS-CoV-2 challenge via multiple mechanisms. Science 370, 950-957 (2020))、S309 (SEQ ID NO.:172中所闡述之VH胺基酸序列,SEQ ID NO.:176中所闡述之VL胺基酸序列;參見Pinto等人Cross-neutralization of SARS-CoV-2 by a human monoclonal SARS-CoV antibody. Nature 583, 290-295 (2020))及ADG-2 (參見Rappazzo等人Broad and potent activity against SARS-like viruses by an engineered human monoclonal antibody. Science 371, 823-829 (2021))在薩貝冠狀病毒亞屬內之交叉反應。
圖33 展示S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))與代表薩貝冠狀病毒分枝系1a、1b、2及3以及所關注之SARS-CoV-2變異體(VOC)之一組30個S醣蛋白交叉反應的流式細胞測量術分析。展示至少二個中之一個獨立實驗。
圖34 展示如藉由所量測ELISA,S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))結合至代表不同薩貝冠狀病毒分枝系及SARS-CoV-2變異體的RBD。展示至少二個中之一個獨立實驗。誤差條指示一式二份或一式三份之標準差。
圖35 展示SARS-CoV-2-Nluc可靠病毒及SARS-CoV-2 S MLV假模式化病毒之S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))介導之中和。展示至少二個中之一個獨立實驗。誤差條指示一式二份或一式三份之標準差。
圖36 展示攜帶來自代表B.1.1.7、B.1.351、P.1及B.1.429 VOC (上圖)以及單一RBD突變體(下圖)之分離株的SARS-CoV-2 S之VSV假模式標本的S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))介導之中和。展示至少二個中之一個獨立實驗。誤差條指示一式二份或一式三份之標準差。
圖37 展示攜帶SARS-CoV-相關(分枝系1a,上圖)或SARS-CoV-2-相關(分枝系1b,下圖) S醣蛋白之VSV假模式標本的S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))介導之中和。展示至少二個中之一個獨立實驗。誤差條指示一式二份或一式三份之標準差。
圖38A-38C 展示藉由表面電漿子共振所分析,S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR)) Fab結合至重組薩貝冠狀病毒RBD、融合前SARS-CoV-2 S胞外域三聚體及RBD變異體。在感測器晶片表面上捕獲S或RBD抗原,且以單循環動力學形式在11、33、100及300 nM下量測與S2X259 Fab之結合。所有資料已擬合至1:1結合模型且報導平衡解離常數(KD)。對於S結合資料,報導表觀KD (KD,app),因為動力學併入開放與閉合RBD狀態之間的構形動力學。
圖39 展示截至2021年三月在循環的SARS-CoV-2分離株中鑑別為對S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))結合或中和無影響、有影響或具有未知作用的突變頻率;截至2021年四月,在S2X259表位中具有天然存在之突變的0.001%之232,598個病毒分離株中發現了降低S2X259之中和的G504D突變;232,598個病毒分離株佔約27.4%之所有當前可用的序列。
圖40 展示S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))活體外中和活性相對於基於VSV之SARS-CoV-2 S突變。對於各突變體,報導針對SARS-CoV-2 S WT (Wuhan-Hu-1)之倍數變化相對於中和。* Q506K突變體展現出與另一突變體相比病毒進入降低10倍。
圖41 展示代表性薩貝冠狀病毒RBD之蛋白質序列比對,其中匹配殘基繪示為點且守恆表示為條形圖。位置係基於SARS-CoV-2 RBD。指示對S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))結合以及延伸的表位確定為重要的殘基。在比對中指示位置D405及G504處之取代。所示薩貝冠狀病毒RBD包括分枝系1a (SARS-CoV、WIV1、RsSHC014、LYRa3、CS24、A021、Rs3367、HKU3、PC4-127、Rs4231及Rs4084)、分枝系1b (SARS-CoV-2、RaTG13、PG-GD-2019及PG-GX-2017)、分枝系2 (SX2011、YN2013、Anlong112、Rs4255、YN2011、SC2018、ZC45、ZXC21、RmYN02、Rm1/2004、Rf1-2004、Rf4092及As6526)及分枝系3 (BtkY72及BGR/2008)之表示。
圖42 展示RBD與ACE2結合的抑制。S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))之連續稀釋液與SARS-CoV-2 RBD (灰色)或SARS-CoV RBD (黑色)之預培育防止在ELISA中固定的人類ACE2 (hACE2)胞外域之結合。
圖43 展示如由流動式細胞測量術所確定,自細胞表面表現之SARS-CoV-2 S排出的mAb介導之S1次單位。檢測S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR));S2E12包括為陽性對照;S2M11包括為陰性對照。使穩定地表現野生型SARS-CoV-2 S之CHO細胞再懸浮於洗滌緩衝液(PBS 1% BSA,2 mM EDTA)中,且在37℃下用10 μg/mL TPCK-胰蛋白酶(Worthington Biochem)處理30 min。隨後洗滌細胞且分佈至圓底96孔盤(90,000個細胞/孔)中。在37℃下以15 μg/ml最終濃度將S2X259添加至細胞中180 min。在不同時間點時(5、30、60、120及180)收集細胞,在4℃下用洗滌緩衝液洗滌,且在冰上與1.5 μg/mL二級山羊抗人類IgG,Fc片段特異性(Jackson ImmunoResearch)一起培育20 min。洗滌細胞且再懸浮於洗滌緩衝液中且用ZE5 FACS (Bio-rad)分析。
圖44 展示在以1 mg/kg (n=6)、4 mg/kg (n=6)及與S309組合(1+1 mg/kg,n=6)預防性投予S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))之後,用B.1.351 SARS-CoV-2 VOC鼻內攻擊後4天,敍利亞倉鼠之肺中病毒RNA負荷(左側圖)及複製病毒效價(TCID50)(右側圖)之定量。曼-惠特尼檢定用於顯著性之統計分析中。*p < 0.05,**p < 0.01。呈現來自一個獨立實驗之資料。簡言之,自分別獲自經RT-qPCR確認之無症狀性患者及自患有呼吸道症狀之患者的鼻咽拭子回收SARS-CoV-2武漢(βCov/Belgium/GHB-03021/2020-EPI ISL 109 407976|2020-02-03)及B.1.351 (hCoV105 19/Belgium/rega-1920/2021;EPI_ISL_896474,2021-01-11)分離株。藉由定序及譜系學分析確認與原型Wuhan-Hu-1 2019 SARS-CoV-2及與B.1.351譜系之密切相關性。藉由在Vero E6細胞上連續繼代來分離感染性病毒,且針對SARS-CoV-2武漢之繼代6及B.1.351病毒之繼代2用於該研究中。病毒原液之效價藉由用Reed及Muench方法在Vero E6細胞上進行端點稀釋來確定。敍利亞倉鼠(金倉鼠)係購自Janvier實驗室,且每二隻圈養在通氣的隔離籠(IsoCage N Biocontainment系統,Tecniplast)中,可隨意獲取食物及水且在籠中富集(木材阻擋)。飼養條件及實驗程序經魯汶大學動物實驗倫理委員會批准(許可證P065-2020)。在50 μl接種物中在鼻內感染1.89×106 TCID50之前,藉由在1 mg/kg及4 mg/kg下腹膜內注射S2X259 mAb持續48小時投予6-10週齡雌性倉鼠。監測倉鼠之外觀、行為及體重。在感染後第4天,藉由腹膜內注射500 μL Dolethal (200 mg/mL戊巴比妥鈉,Vetoquinol SA)使倉鼠安樂死。收集肺,使用珠粒破壞(Precellys)在350 μL RLT緩衝液(RNeasy Mini套組,Qiagen)中均質化,且離心(10,000 rpm,5分鐘,4℃)以集結細胞碎片。使用NucleoSpin套組(Macherey-Nagel)根據製造商說明書提取RNA。使用具有靶向核衣殼之N2引物及探針的iTaq通用探針一步驟RTqPCR套組(BioRad)在LightCycler96平台(羅氏)上進行RT-qPCR。SARS-CoV-2 cDNA (IDT)之標準物用於表現每mg組織或每mL血清之病毒基因體複本。為了定量感染性SARS-CoV-2粒子,在96孔盤中在匯合的Vero E6細胞上進行終點滴定。藉由Reed及Muench方法計算病毒效價且表示為每mg組織之50%組織培養感染劑量(TCID50)。
圖45 展示用原型SARS-CoV-2鼻內感染後4天敍利亞倉鼠之肺中病毒RNA負荷(左側圖)及複製病毒效價(右側圖)。展示針對一個獨立實驗之結果。不相關的mAb n=3;S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))4 mg/kg n=4。
圖46 展示如藉由生物層干涉法所量測,在SARS-CoV-2 RBD上S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))相對於靶向部位I之S2E12 (上圖)及靶向部位IV之S309 (SEQ ID NO.:172中所闡述之VH胺基酸序列,SEQ ID NO.:176中所闡述之VL胺基酸序列) (下圖) mAb的競爭結合分析之資料。展示二個中之一個獨立實驗。
圖47 展示在感染之前(第0天;x軸)血清中所量測之單株抗體的濃度與感染後四天肺中之感染性病毒(TCID50)之間的相關性。在預防性投予抗體S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))或抗體S2X259與S309 (SEQ ID NO.:172中所闡述之VH胺基酸序列,SEQ ID NO.:176中所闡述之VL胺基酸序列)之組合之後,用B.1.351 SARS-CoV-2鼻內刺激敍利亞倉鼠(亦參見圖44)。由圓圈指示:S2X259,1 mg/kg;S2X259,4 mg/kg;及S309 + S2X259,1+1 mg/kg。呈現來自一個獨立實驗之資料。
圖48 展示在預防性投予S2X259抗體(SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))之後,用原型(Wuhan-1相關) SARS-CoV-2鼻內感染後四天敍利亞倉鼠之肺中病毒RNA負荷(RNA基因體複本/mg肺)的定量,繪製為感染之前(第0天)之血清單株抗體濃度的函數。以4 mg/kg投予S2X259抗體;n=4。
圖49 展示在預防性投予S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))抗體之後,用原型(Wuhan-1相關) SARS-CoV-2鼻內感染後四天敍利亞倉鼠之肺中複製病毒效價(TCID50)的定量,繪製為感染之前(第0天)之血清單株抗體濃度的函數。以4 mg/kg投予S2X259抗體;n=4。
圖50 展示S2X259 (SEQ ID NO.:408中所闡述之VH胺基酸序列(SEQ ID NO.:409-411之HCDR);SEQ ID NO.:412中所闡述之VL胺基酸序列(SEQ ID NO.:413-415之LCDR))活體外中和活性相對於在229個臨床分離株中發現的具有較高頻率之攜載S2X259接觸殘基之S突變的VSV假病毒。對於各突變體,報導針對SARS-CoV-2 S WT之倍數變化相對於中和。* Q506K突變體展現出與另一突變體相比病毒進入降低10倍。報導二個獨立實驗之結果。
圖51 展示經轉染以過度表現ACE2或一組所選凝集素及受體候選物中之一者的HEK293T細胞藉由VSV-SARS-CoV-2假病毒引起之感染。
圖52 展示過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2之穩定的HEK293T細胞株的顯微照片,該等細胞株經可靠SARS-CoV-2 (MOI為0.1)轉染,隨後固定且針對SARS-CoV-2核蛋白進行免疫染色24小時。
圖53 展示過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2之穩定的HEK293T細胞株中之螢光素酶位準之定量,如在用SARS-CoV-2-Nluc感染之後24小時所量測。
圖54 展示在與不同濃度之抗SIGLEC1單株抗體(純系7-239)一起培育且用SARS-CoV-2-Nluc感染之後,過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2之穩定的HEK293T細胞株中之螢光素酶位準之定量。
圖55 展示經短暫轉導以過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2之細胞藉由VSV-SARS-CoV-2假病毒引起之感染。展示HEK293T細胞(左側圖)、HeLa細胞(中間圖)及MRC5細胞(右側圖)之結果。
圖56 展示在用ACE2 siRNA處理,接著用VSV-SARS-CoV-2假病毒感染後過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2之穩定的HEK293T細胞株之感染。
圖57 展示在用不同濃度之抗ACE2抗體(多株血清)處理,接著用VSV-SARS-CoV-2假病毒感染後過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2之穩定的HEK293T細胞株之感染。
圖58 展示人類肺細胞圖譜中之ACE2、DC-SIGN (CD209)、L-SIGN (CLEC4M)及SIGLEC1之分佈及表現。
圖59 展示在重度COVID-19患者之支氣管肺泡灌洗液或痰液中具有可偵測SARS-CoV-2基因體之主要細胞類型的分析。單一細胞基因表現譜繪示為t-SNE (t-分佈隨機鄰域嵌入)曲線,其藉由細胞類型鑑別且藉由病毒負荷設定大小。
圖60 展示在重度COVID-19患者之支氣管肺泡灌洗液或痰液中具有可偵測SARS-CoV-2基因體之主要細胞類型的分析。展示所指示細胞類型中之每一者之細胞累積分數(y軸),其中所偵測之病毒RNA/細胞達至相對應的logCPM (log(計數/百萬);x軸)。
圖61 展示具有針對x軸上所示之受體基因及y軸上所示之SARS-CoV-2+細胞類型的所偵測之轉錄物之細胞計數的熱圖矩陣。來自八名個體之總n=3,085個細胞。參見Ren, X.等人 COVID-19 immune features revealed by a large-scale single cell transcriptome atlas.Cell , doi:10.1016/j.cell.2021.01.053 (2021)。
圖62 展示在巨噬細胞中及在分泌細胞中受體轉錄物計數(各曲線之y軸)與SARS-CoV-2 RNA計數(各曲線之x軸)的相關性。相關性係基於來自Ren等人之對數轉換前的計數。
圖63 展示經VSV-SARS-CoV-2之反感染的結果。反感染過程之示意圖展示於左側圖中。使經DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC1轉導之HeLa細胞與VSV-SARS-CoV-2一起培育,充分洗滌且與Vero-E6-TMPRSS2敏感性目標細胞共培養。在存在或不存在目標細胞下之結果展示於右側圖中。
圖64 展示反感染之結果,其中在存在或不存在抗SIGLEC1阻斷抗體下進行VSV-SARS-CoV-2病毒吸收。
圖65 展示如藉由流式細胞測量術所量測,純化的螢光標記之SARS-CoV-2刺突蛋白或RBD與所指示之細胞株的結合的定量。「A」指示過度表現ACE2之細胞株;「T」指示過度表現TMPRSS2之細胞株。
圖66 展示如藉由RT-qPCR所量測,所指示之細胞株中細胞ACE2及TMPRSS2轉錄物的定量。「A」指示過度表現ACE2之細胞株;「T」指示過度表現TMPRSS2之細胞株。
圖67 展示由不同刺突蛋白-特異性抗體介導之CHO-S細胞-細胞融合。使用Cytation 5 Imager (BioTek)及將細胞核偵測作為對象且量測其大小的對象偵測方案定量融合。稠合細胞中之對象的面積除以所有對象之總面積乘以100得到稠合細胞之百分比。
圖68 展示藉由15 µg/ml所指示之抗體抑制CHO-S細胞之S2E12誘導之細胞-細胞融合。
圖69 展示在不存在ACE2之情況下具有經螢光標記之S陰性CHO細胞的S陽性CHO-S細胞之S2E12誘導之單向融合(亦稱為反融合)。細胞核用Hoechst染料染色;細胞質用CellTracker綠色染色。
圖70 展示如藉由流式細胞測量術所量測,在穩定地過度表現對應的黏附受體之HEK293T細胞上靶向DC/L-SIGN、DC-SIGN、SIGLEC1或ACE2之抗體之結合的分析。
圖71 展示如藉由免疫螢光所量測,在穩定地過度表現對應的黏附受體之HEK293T細胞上靶向DC/L-SIGN、DC-SIGN、SIGLEC1或ACE2之抗體之結合的分析。
圖72 展示穩定地過度表現所指示之黏附受體HEK293T細胞藉由經野生型刺突蛋白(深灰色條)假模式化之VSV-SARS-CoV-2或經攜帶B1.1.7譜系之突變的刺突蛋白(淺灰色條)假模式化之VSV-SARS-CoV-2的感染。感染後一天分析發光。
圖73 展示如藉由流式細胞測量術所量測,純化的螢光標記之SARS-CoV-2刺突蛋白(左側圖)或RBD (右側圖)與所指示之細胞株的結合的定量。
圖74 展示如藉由流式細胞測量術所量測,純化的螢光標記之SARS-CoV-2刺突蛋白(左側圖)或RBD (右側圖)與所指示之細胞株的結合的定量。
圖75 展示免疫複合體與倉鼠脾細胞之結合。滴定Alexa-488螢光免疫複合體(IC) (0-200 nM範圍)且與總未處理倉鼠脾細胞一起培育。在排除死亡/凋亡細胞且對真正單核球群體實體門控時用細胞計數器揭露結合。左側圖展示與用倉鼠或人類Fc抗體皮內製得之倉鼠細胞相關的螢光強度(人類S309展示為綠色;GH-S309展示為深灰色;GH-S309-N297A展示為藍色)。展示二個之單次重複。右側圖展示在整個單核球群體上量測之複本的相對Alexa-488平均螢光強度。
圖76 展示在SARS-CoV-2攻擊中宿主效應功能之作用的分析。對敍利亞倉鼠以指定量(mg/kg)之倉鼠IgG2a S309,wt或Fc沉默(S309-N297A),注射。上圖展示感染後4天肺中病毒RNA之定量。中間圖展示感染後4天肺中複製病毒之定量。下部圖展示感染後4天肺中之組織病理學評分。向對照動物(白色符號)注射4 mg/kg不相關對照同型抗體。* p< 0.05、** p< 0.01、*** p< 0.001、**** p< 0.0001相對於對照動物,使用曼-惠特尼檢定。
 
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Claims (120)

  1. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3,其中: (i)   該CDRH1包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NOs.: 409、23、33、38、46、53、55、63、70、72、83、93、103、113、123、137、147、160、166、181、191、201、211、221、233、243、268、305、315、325、330、335、349、359、369、379、389、399、419或449中之任一者之胺基酸序列,或其一包含一個、二個或三個胺基酸取代之序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸之一取代; (ii)  該CDRH2包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NOs.: 410、24、31、36、39、48、51、56、65、67、73、83、93、103、113、123、137、147、161、167、182、192、202、212、222、234、244、263、269、285、287、289、293、299、301、306、316、326、331、336、350、360、370、380、390、400、420、447、457中之任一者之胺基酸序列,或其一包含一個、二個或三個胺基酸取代之序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸之一取代; (iii)該CDRH3包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NOs.: 411、25、40、57、74、84、94、104、114、124、138、148、156、162、168、183、193、203、213、223、235、245、254、257、259、261、265、271、273、275、277、279、281、290、294、296、307、317、324、327、332、337、351、361、371、381、391、401、421或435中之任一者之胺基酸序列,或其一包含一個、二個或三個胺基酸取代之序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸之一取代; (iv) 該CDRL1包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NOs.: 413、27、42、59、76、86、96、106、116、126、140、150、163、169、185、195、205、215、225、237、247、309、319、328、333、338、353、363、373、383、393、403或423中之任一者之胺基酸序列,或其一包含一個、二個或三個胺基酸取代之序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸之一取代; (v)  該CDRL2包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NOs.: 414、28、43、60、77、87、97、107、117、127、141、151、164、170、186、196、206、216、226、238、248、310、320、329、334、339、354、364、374、384、394、404、424或440中之任一者之胺基酸序列,或其一包含一個、二個或三個胺基酸取代之序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸之一取代;及/或 (vi) 該CDRL3包含以下或由以下組成:根據SEQ ID NOs.: 415、29、44、61、78、88、98、108、118、128、142、152、165、171、187、197、207、217、227、239、249、283、303、311、321、355、365、375、385、395、405或425中之任一者之胺基酸序列,或其一包含一個、二個或三個胺基酸取代之序列變異體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸之一取代, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至表現於一宿主細胞之一細胞表面上、一SARS-CoV-2病毒粒子上,或這二者上之一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  2. 如請求項1之抗體或抗原結合片段,其能夠中和一活體外感染模型及/或一活體內動物感染模型及/或一人類中之一SARS-CoV-2感染,其中任擇地,該SARS-CoV-2感染包含一SARS-CoV-2,其包含根據SEQ ID NO.:3之胺基酸序列。
  3. 如請求項1或2之抗體或抗原結合片段,其為 (i)   能夠結合至表現於一宿主細胞之一細胞表面上、一薩貝冠狀病毒(sarbecovirus)病毒粒子上,或這二者上之二個或更多個(例如,二個、三個、四個、五個或更多個)薩貝冠狀病毒之表面醣蛋白;及/或 (ii)  能夠中和一活體外感染模型及/或一活體內動物感染模型及/或一人類中之藉由二個或更多個薩貝冠狀病毒引起之一感染。
  4. 如請求項1至3中任一項之抗體或抗原結合片段,其包含根據以下之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列: (i)   分別SEQ ID NOs.: 409-411及413-415; (ii)  分別SEQ ID NOs.: 23或160、31、25或162,及27-29或163-165; (iii) 分別SEQ ID NOs.: 33、24或161、25或162,及27-29或163-165; (iv) 分別SEQ ID NOs.: 33、31、25或162,及27-29或163-165; (v)  分別SEQ ID NOs.: 33、36、25或162,及27-29或163-165; (vi) 分別SEQ ID NOs.: 38-40及42-44; (vii)   分別SEQ ID NOs.: 46、39或167、40或168,及42-44或169-171; (viii)  分別SEQ ID NOs.: 38或166、48、40或168及42-44或169-171; (ix) 分別SEQ ID NOs.: 46、48、40或168及42-44或169-171; (x)  分別SEQ ID NOs.: 46、51、40或168,及42-44或169-171; (xi) 分別SEQ ID NOs.: 53、48、40或168,及42-44或169-171; (xii)   分別SEQ ID NOs.: 55-57及59-61; (xiii)  分別SEQ ID NOs.: 63、56、57及59-61; (xiv)  分別SEQ ID NOs.: 55、65、57及59-61; (xv)   分別SEQ ID NOs.: 63、67、57,及59-61; (xvi)  分別SEQ ID NOs.: 63、65、57及59-61; (xvii) 分別SEQ ID NOs.: 70、65、57,及59-61; (xviii)    分別SEQ ID NOs.: 72-74及76-78; (xix)  分別SEQ ID NOs.: 82-84及86-88; (xx)   分別SEQ ID NOs.: 92-94及96-98; (xxi)  分別SEQ ID NOs.: 102-104,及106-108; (xxii) 分別SEQ ID NOs.: 112-114及116-118; (xxiii)    分別SEQ ID NOs.: 122-124及126-128; (xxiv) 分別SEQ ID NOs.: 136-138及140-142; (xxv) 分別SEQ ID NOs.: 146-148及150-152; (xxvi) 分別SEQ ID NOs.: 112、113、156及116-118; (xxvii)   分別SEQ ID NOs.: 181-183及185-187; (xxviii)  分別SEQ ID NOs.: 191-193及195-197; (xxix) 分別SEQ ID NOs.: 201-203及205-207; (xxx) 分別SEQ ID NOs.: 211-213及215-217; (xxxi) 分別SEQ ID NOs.: 221-223及225-227; (xxxii)   分別SEQ ID NOs.: 233-235及237-239; (xxxiii)  分別SEQ ID NOs.: 243-245及247-249; (xxxiv)  分別SEQ ID NOs.: 211、212,254、257、259、261或324中之任一者及215-217; (xxxv)   分別SEQ ID NOs.: 221、268或325中之任一者;222、263、269或326中之任一者;223、265、271、273或327中之任一者及225、226或328,及227或329; (xxxvi)  分別SEQ ID NOs.: 233或330,234或331,235、275、277、279、281或332中之任一者,及237、282或333中之任一者,238或234,及239; (xxxvii) 分別SEQ ID NOs.: 243或335,244、285、287、289、293、299、301或336中之任一者,245、290、294、296或337中之任一者,及247或338,248或339,及249或303; (xxxviii)   分別SEQ ID NOs.: 305-307及309-311; (xxxix)  分別SEQ ID NOs.: 315-317及319-321; (xxxx)   分別SEQ ID NOs.: 349-351及353-355; (xxxxi)  分別SEQ ID NOs.: 359-361及363-365; (xxxxii) 分別SEQ ID NOs.: 369-371及373-375; (xxxxiii)   分別SEQ ID NOs.: 379-381及383-385; (xxxxiv)   分別SEQ ID NOs.: 389-391及393-395; (xxxxv) 分別SEQ ID NOs.: 399、400、401或435,及403、404或440,及405; (xxxxvi)   分別SEQ ID NOs.: 23-25及27-29; (xxxxvii)  分別SEQ ID NOs.: 419-421及423-425; (xxxxviii) 分別SEQ ID NOs.: 409、447、411,及413-415; (xxxxix)   分別SEQ ID NOs.: 449、410、411,及413-415; (xxxxx) 分別SEQ ID NOs.: 449、447、411,及413-415; (xxxxxi)   分別SEQ ID NOs.: 409、457、411,及413-415; (xxxxxii)  分別SEQ ID NOs.: 449、457、411,及413-415。
  5. 一種抗體或其一抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3包含以下所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成: (i)分別SEQ ID NOs.: 409、410、411、413、414及415; (ii)分別SEQ ID NOs.: 409、447、411、413、414及415; (iii)分別SEQ ID NOs.: 409、457、411、413、414及415; (iv)分別SEQ ID NOs.: 449、410、411、413、414及415; (v)分別SEQ ID NOs.: 449、447、411、413、414及415;或 (vi)分別SEQ ID NOs.: 449、457、411、413、414及415, 且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  6. 如請求項1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 409、410、411、413、414及415中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成。
  7. 如請求項1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 409、447、411、413、414及415中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成。
  8. 如請求項1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 409、457、411、413、414及415中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成。
  9. 如請求項1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 449、410、411、413、414及415中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成。
  10. 如請求項1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 449、447、411、413、414及415中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成。
  11. 如請求項1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 449、457、411、413、414及415中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成。
  12. 一種抗體或其一抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3包含以下所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成: (i)   分別SEQ ID NOs.: 399、400、401、403、404及405; (ii)  分別SEQ ID NOs.: 399、400、435、403、404及405; (iii) 分別SEQ ID NOs.: 399、400、401、403、440及405;或 (iv) 分別SEQ ID NOs.: 399、400、435、403、440及405, 且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  13. 如請求項1至4及12中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 399、400、401、403、404及405中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成。
  14. 如請求項1至4及12中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 399、400、435、403、404及405中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成。
  15. 如請求項1至4及12中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 399、400、401、403、440及405中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成。
  16. 如請求項1至4及12中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該CDRH1、該CDRH2、該CDRH3、該CDRL1、該CDRL2及該CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 399、400、435、403、440及405中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成。
  17. 如請求項1至16中任一項之抗體或抗原結合片段,其中: (i)   該VH包含與根據以下中之任一者之胺基酸序列具有至少85%之一致性的一胺基酸序列或由其組成:SEQ ID NOs.: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、158、180、190、200、210、220、232、242、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、448、459及460,其中變化任擇地限於一或多個骨架區及/或該變化包含一或多個對一經生殖系編碼之胺基酸之取代;及/或 (ii)  該VL包含與根據以下中之任一者之胺基酸序列具有至少85%之一致性的一胺基酸序列或由其組成:SEQ ID NOs.: 26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444及445,其中變化任擇地限於一或多個骨架區及/或該變化包含一或多個對一經生殖系編碼之胺基酸之取代。
  18. 如請求項1至17中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該VH包含表3中所闡述之任何VH胺基酸序列或由其組成,且其中該VL包含表3中所闡述之任何VL胺基酸序列或由其組成,其中任擇地,該VH及該VL包含根據以下之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成: (i)   分別SEQ ID NOs.: 408、446、448、458、459及460中之任一者,及412、442、443、444及445中之任一者,任擇地根據(a)分別SEQ ID NOs.: 408及412;(b)分別SEQ ID NOs.: 408及442;(c)分別SEQ ID NOs.: 408及443;(d)分別SEQ ID NOs.: 408及444;(e)分別SEQ ID NOs.: 408及445;(f)分別SEQ ID NOs.: 428及412;(g)分別SEQ ID NOs.: 428及442;(h)分別SEQ ID NOs.: 428及443;(i)分別SEQ ID NOs.: 428及444;(j)分別SEQ ID NOs.: 428及445;(k)分別SEQ ID NOs.: 446及412;(l)分別SEQ ID NOs.: 446及442;(m)分別SEQ ID NOs.: 446及443;(n)分別SEQ ID NOs.: 446及444;(o)分別SEQ ID NOs.: 446及445;(p)分別SEQ ID NOs.: 448及412;(q)分別SEQ ID NOs.: 448及442;(r)分別SEQ ID NOs.: 448及443;(s)分別SEQ ID NOs.: 448及444;(t)分別SEQ ID NOs.: 448及445;(u)分別SEQ ID NOs.: 458及412;(v)分別SEQ ID NOs.: 458及442;(w)分別SEQ ID NOs.: 458及443;(x)分別SEQ ID NOs.: 458及444;(y)分別SEQ ID NOs.: 458及445;(z)分別SEQ ID NOs.: 459及412;(aa)分別SEQ ID NOs.: 459及442;(bb)分別SEQ ID NOs.: 459及443;(cc)分別SEQ ID NOs.: 459及444;(dd)分別SEQ ID NOs.: 459及445;(ee)分別SEQ ID NOs.: 460及412;(ff)分別SEQ ID NOs.: 460及442;(gg)分別SEQ ID NOs.: 460及443;(hh)分別SEQ ID NOs.: 460及444;或(ii)分別SEQ ID NOs.: 460及445; (ii)  分別SEQ ID NOs.: 30及26; (iii) 分別SEQ ID NOs.: 32及26; (iv) 分別SEQ ID NOs.: 34及26; (v)  分別SEQ ID NOs.: 35及26; (vi) 分別SEQ ID NOs.: 37及41; (vii)   分別SEQ ID NOs.: 45及41; (viii)  分別SEQ ID NOs.: 47及41; (ix) 分別SEQ ID NOs.: 49及41; (x)  分別SEQ ID NOs.: 50及41; (xi) 分別SEQ ID NOs.: 52及41; (xii)   分別SEQ ID NOs.: 54及58; (xiii)  分別SEQ ID NOs.: 62及58; (xiv)  分別SEQ ID NOs.: 64及58; (xv)   分別SEQ ID NOs.: 66及58; (xvi)  分別SEQ ID NOs.: 68及58; (xvii) 分別SEQ ID NOs.: 69及58; (xviii)    分別SEQ ID NOs.: 71及75; (xix)  分別SEQ ID NOs.: 81及85; (xx)   分別SEQ ID NOs.: 91及95; (xxi)  分別SEQ ID NOs.: 101或158及105; (xxii) 分別SEQ ID NOs.: 111或155及115; (xxiii)    分別SEQ ID NOs.: 121及125; (xxiv) 分別SEQ ID NOs.: 135及139; (xxv) 分別SEQ ID NOs.: 145及149; (xxvi) 分別SEQ ID NOs.: 180及184; (xxvii)   分別SEQ ID NOs.: 190及194; (xxviii)  分別SEQ ID NOs.: 200及204; (xxix) 分別SEQ ID NOs.: 210及214; (xxx) 分別SEQ ID NOs.: 220及224; (xxxi)    分別SEQ ID NOs.: 220及230; (xxxii)   分別SEQ ID NOs.: 232及236; (xxxiii)  分別SEQ ID NOs.: 242及246; (xxxiv)  分別SEQ ID NOs.: 252、253、255、256、258或260中之任一者及214; (xxxv)   分別SEQ ID NOs.: 262、264、266、267、270或272中之任一者及224; (xxxvi)  分別SEQ ID NOs.: 274、276、278或280中之任一者及236或282; (xxxvii)分別SEQ ID NOs.: 284、286、288、291、292、295、297或300中之任一者及246或302中之任一者; (xxxviii)   分別SEQ ID NOs.: 304及308; (xxxix)  分別SEQ ID NOs.: 314及318; (xxxx)   分別SEQ ID NOs.: 348及352; (xxxxi)  分別SEQ ID NOs.: 358及362; (xxxxii) 分別SEQ ID NOs.: 368及372; (xxxxiii)   分別SEQ ID NOs.: 378及382; (xxxxiv)   分別SEQ ID NOs.: 388及392; (xxxxv) 分別SEQ ID NOs.: 398或432或434或437及402或439,任擇地(a)分別SEQ ID NOs.: 398及402、(b)分別SEQ ID NOs.: 398及439、(c)分別SEQ ID NOs.: 432及402、(d)分別SEQ ID NOs.: 432及439、(e)分別SEQ ID NOs.: 434及402、(f)分別SEQ ID NOs.: 434及439、(g)分別SEQ ID NOs.: 437及402、或(h)分別SEQ ID NOs.: 437及439; (xxxxvi)   分別SEQ ID NOs.: 408或428及412; (xxxxvii)  分別SEQ ID NOs.: 418及422; (xxxxviii) 分別SEQ ID NOs.: 408、446、448、458、459及460中之任一者,及412、442、443、444及445中之任一者;或 (xxxxix)   分別SEQ ID NOs.: 22及26。
  19. 如請求項1至18中任一項之抗體或其抗原結合片段,其中該VH及該VL與以下中所闡述之胺基酸序列具有至少85%之一致性,或包含以下中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成: (a)  分別SEQ ID NOs.: 458及445; (b)  分別SEQ ID NOs.: 408及442; (c)  分別SEQ ID NOs.: 408及443; (d)  分別SEQ ID NOs.: 408及444; (e)  分別SEQ ID NOs.: 408及445; (f)  分別SEQ ID NOs.: 428及412; (g)  分別SEQ ID NOs.: 428及442; (h)  分別SEQ ID NOs.: 428及443; (i)   分別SEQ ID NOs.: 428及444; (j)   分別SEQ ID NOs.: 428及445; (k)  分別SEQ ID NOs.: 446及412; (l)   分別SEQ ID NOs.: 446及442; (m) 分別SEQ ID NOs.: 446及443; (n)  分別SEQ ID NOs.: 446及444; (o)  分別SEQ ID NOs.: 446及445; (p)  分別SEQ ID NOs.: 448及412; (q)  分別SEQ ID NOs.: 448及442; (r)  分別SEQ ID NOs.: 448及443; (s)  分別SEQ ID NOs.: 448及444; (t)   分別SEQ ID NOs.: 448及445; (u)  分別SEQ ID NOs.: 458及412; (v)  分別SEQ ID NOs.: 458及442; (w) 分別SEQ ID NOs.: 458及443; (x)  分別SEQ ID NOs.: 458及444; (y)  分別SEQ ID NOs.: 408及412; (z)  分別SEQ ID NOs.: 459及412; (aa)     分別SEQ ID NOs.: 459及442; (bb)   分別SEQ ID NOs.: 459及443; (cc)     分別SEQ ID NOs.: 459及444; (dd)   分別SEQ ID NOs.: 459及445; (ee)     分別SEQ ID NOs.: 460及412; (ff) 分別SEQ ID NOs.: 460及442; (gg)   分別SEQ ID NOs.: 460及443; (hh)   分別SEQ ID NOs.: 460及444;或 (ii)  分別SEQ ID NOs.: 460及445。
  20. 一種抗體或其一抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含SEQ ID NO.:458中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該輕鏈可變域(VL)包含SEQ ID NO.:445中所闡述之胺基酸序列或由其組成, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  21. 一種抗體或其一抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含SEQ ID NO.:408中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該輕鏈可變域(VL)包含SEQ ID NO.:412中所闡述之胺基酸序列或由其組成, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  22. 一種抗體或其一抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含SEQ ID NO.:460中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該輕鏈可變域(VL)包含SEQ ID NO.:445中所闡述之胺基酸序列或由其組成, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  23. 一種抗體或其一抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含SEQ ID NO.:459中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該輕鏈可變域(VL)包含SEQ ID NO.:445中所闡述之胺基酸序列或由其組成, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  24. 如請求項1至18中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該VH及該VL與以下中所闡述之胺基酸序列具有至少85%之一致性,或包含以下中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成: (i)分別SEQ ID NOs.: 398及402; (ii)分別SEQ ID NOs.: 398及439; (iii)分別SEQ ID NOs.: 432及402; (iv)分別SEQ ID NOs.: 432及439; (v)分別SEQ ID NOs.: 434及402; (vi)分別SEQ ID NOs.: 434及439; (vii)分別SEQ ID NOs.: 437及402;或 (viii)分別SEQ ID NOs.: 437及439。
  25. 一種抗體或其一抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),其中該VH及該VL包含以下中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成: (i)分別SEQ ID NOs.: 398及402; (ii)分別SEQ ID NOs.: 398及439; (iii)分別SEQ ID NOs.: 432及402; (iv)分別SEQ ID NOs.: 432及439; (v)分別SEQ ID NOs.: 434及402; (vi)分別SEQ ID NOs.: 434及439; (vii)分別SEQ ID NOs.: 437及402;或 (viii)分別SEQ ID NOs.: 437及439, 且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  26. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),其中該VH包含如SEQ ID NO: 22中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NO: 26中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  27. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NO: 23-25中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NO: 27-29中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  28. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),其中該VH包含如SEQ ID NO: 37中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NO: 41中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  29. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NO: 38-40中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NO: 42-44中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  30. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),其中該VH包含如SEQ ID NO: 54中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NO: 58中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  31. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NO: 55-57中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NO: 59-61中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成,且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  32. 如請求項1至31中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠特異性結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  33. 如請求項1至32中任一項之抗體或抗原結合片段,其: (i)   識別SARS-CoV-2之ACE2受體結合模體(RBM,SEQ ID NO.:5)中之一表位; (ii)  能夠阻斷SARS-CoV-2 RBD (例如,SARS-CoV-2 RBM)與ACE2之間的一相互作用; (iii) 能夠以比結合至SARS-CoV S蛋白之更大的親合力結合至SARS-CoV-2 S蛋白; (iv) 識別在SARS-CoV-2之該ACE2 RBD中及在SARS-CoV之一ACE2 RBD中守恆的一表位; (v)  針對SARS-CoV-2及SARS-CoV冠狀病毒交叉反應; (vii)   識別在該SARS-CoV-2表面醣蛋白中而不在該ACE2 RBM中的一表位;或 (viii)  (i)-(vii)之任何組合。
  34. 如請求項1至33中任一項之抗體或抗原結合片段,其: (i)   識別二個或更多個薩貝冠狀病毒之一S蛋白中之一表位; (ii)  能夠阻斷一個、二個或更多個薩貝冠狀病毒之一S蛋白與一細胞表面受體之間的一相互作用; (iii) 識別在二個或更多個薩貝冠狀病毒之刺突蛋白中守恆的一表位; (iv) 針對二個或更多個薩貝冠狀病毒交叉反應;或 (v)  (i)-(iv)之任何組合。
  35. 如請求項1至34中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠抑制SARS-CoV-2與DC-SIGN、L-SIGN及SIGLEC-1中之任一者或多者之間的一相互作用。
  36. 如請求項1至35中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠抑制SARS-CoV-2與下列任一者或多者之間的一相互作用:DC-SIGN;L-SIGN;SIGLEC-1;CD22;CD33;CLEC4M,SIGLEC-16;SIGLEC-15;SIGLEC-14;SIGLEC-12;SIGLEC-11;SIGLEC-10;SIGLEC-9;SIGLEC-8;SIGLEC-7;SIGLEC-6;SIGLEC-5;或其等之任何組合。
  37. 如請求項1至36中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至(i)-(viii)中之任一者或多者之一表面醣蛋白: (i)   分枝系1a之一或多個薩貝冠狀病毒,其中該一或多個薩貝冠狀病毒任擇地包含SARS-CoV、Rs3367、Rs4084、LYRa3、Rs4231、Rs4874、WIV1或其等之任何組合; (ii)  分枝系1b之一或多個薩貝冠狀病毒,其中該一或多個薩貝冠狀病毒包含SARS-CoV-2,及任擇地,RatG13、PangGD及PangGX中之一或多者; (iii) 分枝系2之一或多個薩貝冠狀病毒,其中該一或多個薩貝冠狀病毒包含Rm1/2004、As6526、HKU3-12、Rp/Shaanxi2011、Cp/Yunnan2011、Rf4092、Rs4255、ZXC21、ZC45、YN2013、RMYN02、SC2018、Anlong112、YN2013、SC2011、ZC45或其等之任何組合; (iv) 分枝系3之一或多個薩貝冠狀病毒,其中該一或多個薩貝冠狀病毒任擇地包含BtKY72、BGR2008或這二者; (iv) SEQ ID NO.:3之一變異體,其包含: (iv)(a)   一N501Y突變; (iv)(b)  一Y453F突變; (iv)(c)   一N439K突變; (iv)(d)  一K417V突變;及/或 (iv)(e)   一N501Y突變、一K417N突變及一E484K突變; (v)  一SARS-CoV-2 B.1.351變異體; (vi) 一SARS-CoV-2 B.1.429變異體; (vii)   一SARS-CoV-2 P.1變異體; (viii)  一SARS-CoV-2 B.1.1.222變異體。
  38. 如請求項1至37中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至以下之一表面醣蛋白: (i)   一SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 (SEQ ID NO.:3); (ii)  一SARS-CoV-2 B.1.1.7; (iii) 一SARS-CoV-2 B.1.351; (iv) 一SARS-CoV-2變異體P.1; (v)  一SARS-CoV-2變異體B.1.429; (vi) 一SARS-CoV; (vii)   一WIV1; (viii)  一PANG/GD; (ix) 一PANG/GX; (x)  一RatG13; (xi) 一ZXC21; (xii)   一ZC45; (xiii)  一RmYN02; (xiv)  一BGR2008; (xv)   一BtkY72;或 (xvi)  (i)-(xv)之任何組合。
  39. 如請求項1至38中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段之一Fab能夠以低於0.1 nM之一Kd結合至一SARS-CoV-2 S蛋白三聚體,任擇地使用表面電漿子共振,進一步任擇地以單循環動力學形式在11、33、100及300 nM下量測捕獲的S蛋白三聚體與該Fab之結合。
  40. 如請求項1至39中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段之一Fab能夠以低於0.1 nM,任擇地0.08 nM之一Kd結合至一SARS-CoV-2 RBD,進一步任擇地使用表面電漿子共振,進一步任擇地以單循環動力學形式在11、33、100及300 nM下量測捕獲的RBD與該Fab之結合。
  41. 如請求項1至40中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段之一Fab能夠: (i)   以在9與11 nM之間,任擇地10 nm之一Kd結合至一穿山甲-GX RBD; (ii)  以在1.5 nM與1.7 nM之間,任擇地1.6 nM之一Kd結合至一SARS-CoV RBD; (iii) 以在1.0 nM與1.2 nM之間,任擇地1.1nM之一Kd結合至一RaTG13 RBD; (iv) 以在0.1 nM與0.3 nM之間,任擇地0.2 nM之一Kd結合至一穿山甲-GD RBD; (v)  以在1.3 nM與1.5 nM之間,任擇地1.4 nMl之一Kd結合至一WIV1 RBD; (vi) 以在63 nM與65 nM之間,任擇地64 nM之一Kd結合至一SC2018 RBD; (vii)   以在3 nM與5 nM之間,任擇地4 nM之一Kd結合至一ZC45 RBD; (viii)  以在0.3 nM與0.5 nM之間,任擇地0.4 nM之一Kd結合至一BTKY72 RBD;及/或 (ix) 以在3.5 nM與3.7 nM之間,任擇地3.6 nM之一Kd結合至一BGR/2008 RBD, 其中結合係任擇地使用表面電漿子共振來量測,進一步任擇地以單循環動力學形式在11、33、100及300 nM下量測捕獲的RBD與該Fab之結合。
  42. 如請求項1至41中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠中和藉由一SARS-CoV-2及任擇地由不為一SARS-CoV-2之一或多個薩貝冠狀病毒引起之一感染。
  43. 如請求項1至42中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠以約31.6 ng/ml之一IC50、約58.7 ng/ml之一IC80及/或約87 ng/ml之一IC90來中和藉由一SARS-CoV-2假病毒,任擇地使用SARS-CoV-2 S蛋白假模式化之一鼠白血病病毒引起的活體外感染。
  44. 如請求項1至43中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠以在85 ng/ml與95 ng/ml之間、任擇地在91 ng/ml與93 ng/ml之間或在85 ng/ml與88 ng/ml之間的一IC50、約184.5 ng/ml之一IC80及/或約274 ng/ml之一IC90來中和藉由一SARS-CoV-2假病毒,任擇地使用SARS-CoV-2 S蛋白假模式化之一鼠白血病病毒引起的活體外感染。
  45. 如請求項1至44中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠任擇地以140 ng/ml與150 ng/ml之間的一IC50,進一步任擇地以142 ng/ml與146 ng/ml之間的一IC50來中和藉由一活SARS-CoV-2引起之感染。
  46. 如請求項1至45中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠中和藉由以下引起之感染: (i)   使用SARS-CoV-2 S蛋白假模式化之一水泡性口炎病毒(VSV),任擇地以一IC50在210 ng/ml與215 ng/ml之間,進一步任擇地在212 ng/ml與214 ng/ml之間; (ii)  使用一B.1.1.7 S蛋白假模式化之一VSV,以一IC50在200與210 ng/ml之間,任擇地在203 ng/ml與207 ng/ml之間; (iii) 使用一B.1.351 S蛋白假模式化之一VSV,任擇地以一IC50在110 ng/mL與120 ng/mL之間,進一步任擇地在112 ng/mL與116 ng/mL之間; (iv) 使用一B.1.429 S蛋白假模式化之一VSV,任擇地以一IC50在350 ng/mL與360 ng/mL之間,進一步任擇地在355 ng/mL與359 ng/mL之間; (v)  使用一P.1 S蛋白假模式化之一VSV,任擇地以一IC50在450 ng/mL與470 ng/mL之間,進一步任擇地在455 ng/mL與465 ng/mL之間; (vi) 使用包含一N439K突變之一SARS-CoV-2 S蛋白假模式化之一VSV,任擇地以一IC50在270 ng/mL與290 ng/mL之間,進一步任擇地在275 ng/mL與285 ng/mL之間; (vii)   使用包含一Y453F突變之一SARS-CoV-2 S蛋白假模式化之一VSV,任擇地以一IC50在210 ng/ml與230 ng/ml之間,進一步任擇地在215 ng/ml與225 ng/ml之間; (viii)  使用一SARS-CoV S蛋白假模式化之一VSV,任擇地以一IC50在80 ng/ml與100 ng/mL之間,進一步任擇地在85 ng/mL與90 ng/mL之間; (ix) 使用一RsSHC014 S蛋白假模式化之一VSV,任擇地以一IC50在5 ng/mL與10 ng/mL之間,進一步任擇地在6 ng/mL與8 ng/mL之間; (x)  使用一WIV1 S蛋白假模式化之一VSV,任擇地以一IC50在570 ng/mL與590 ng/mL之間,進一步任擇地在575 ng/mL與585 ng/mL之間; (xi) 使用一WIV16 S蛋白假模式化之一VSV,任擇地以一IC50在190 ng/mL與200 ng/mL之間,進一步任擇地在193 ng/mL與199 ng/mL之間; (xii)   使用一RaTG-13 S蛋白假模式化之一VSV,任擇地以一IC50在30 ng/ml與45 ng/ml之間,進一步任擇地在35 ng/mL與42 ng/mL之間; (xiii)  使用一穿山甲-GX S蛋白假模式化之一VSV,任擇地以一IC50在4800 ng/ml與4900 ng/ml之間,進一步任擇地在4840 ng/ml與4870 ng/ml之間,進一步任擇地在4850 ng/ml與4860 ng/ml之間;及/或 (xiv)  使用一穿山甲-GD S蛋白假模式化之一VSV,任擇地以一IC50在100 ng/mL與110 ng/mL之間,進一步任擇地在103 ng/mL與109 ng/mL之間。
  47. 如請求項1至46中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠抑制一SARS-CoV-2 S蛋白RBD結合至人類ACE2,任擇地如藉由ELISA所量測,進一步任擇地以一IC50在22 ng/ml與28 ng/ml之間,任擇地又進一步任擇地在22 ng/ml與23 ng/ml之間或在27 ng/ml與28 ng/ml之間。
  48. 如請求項1至47中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠抑制一SARS-CoV-2 S蛋白RBD結合至人類ACE2之,任擇地如藉由ELISA所量測,進一步任擇地以一IC50在9 ng/ml與11 ng/ml之間。
  49. 如請求項1至48中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠抑制自經該SARS-CoV-2感染之一細胞中排出之一SARS-CoV-2 S蛋白S1次單位。
  50. 如請求項1至49中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠預防在表現一SARS-CoV-2 S蛋白之細胞之間的細胞-細胞融合。
  51. 如請求項1至50中任一項之抗體或抗原結合片段,其為一IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
  52. 如請求項1至51中任一項之抗體或抗原結合片段,其為選自IgG1、IgG2、IgG3及IgG4之一IgG同型。
  53. 如請求項1至52中任一項之抗體或抗原結合片段,其為人類、人源化或嵌合的。
  54. 如請求項1至53中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或該抗原結合片段包含一人類抗體、一單株抗體、一經純化抗體、一單鏈抗體、一Fab、一Fab'、一F(ab')2、一Fv、一scFv或一scFab。
  55. 如請求項54之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段包含一scFv,其包含超過一個VH域及超過一個VL域。
  56. 如請求項1至55中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段為一多特異性抗體或抗原結合片段。
  57. 如請求項56之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段為一雙特異性抗體或抗原結合片段。
  58. 如請求項56或57之抗體或抗原結合片段,其包含: (i)   一第一VH及一第一VL;及 (ii)  一第二VH及一第二VL, 其中該第一VH及該第二VH不同且各自獨立地包含與以下之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少85%之一致性的一胺基酸序列:SEQ ID NOs.: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、180、190、200、210、220、233、243、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、458、459及460,及 其中該第一VL及該第二VL不同且各自獨立地包含與以下之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少85%之一致性的一胺基酸序列:SEQ ID NOs.: 26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444及445; 且其中該第一VH及該第一VL共同形成一第一抗原結合位點,且其中該第二VH及該第二VL共同形成一第二抗原結合位點。
  59. 如請求項1至58中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段進一步包含一Fc多肽或其一片段。
  60. 如請求項59之抗體或抗原結合片段,其中該Fc多肽或其片段包含: (i)   一突變,與不包含該突變之一參考Fc多肽相比,其增強結合至一FcRn;及/或 (ii)  一突變,與不包含該突變之一參考Fc多肽相比,其增強結合至一FcγR。
  61. 如請求項60之抗體或抗原結合片段,其中增強結合至一FcRn之該突變包含:M428L;N434S;N434H;N434A;N434S;M252Y;S254T;T256E;T250Q;P257I;Q311I;D376V;T307A;E380A;或其等之任何組合。
  62. 如請求項60或61之抗體或抗原結合片段,其中增強結合至FcRn之該突變包含: (i)   M428L/N434S; (ii)  M252Y/S254T/T256E; (iii) T250Q/M428L; (iv) P257I/Q311I; (v)  P257I/N434H; (vi) D376V/N434H; (vii)   T307A/E380A/N434A;或 (viii)  (i)-(vii)之任何組合。
  63. 如請求項60至62中任一項之抗體或抗原結合片段,其中增強結合至FcRn之該突變包含M428L/N434S。
  64. 如請求項60至63中任一項之抗體或抗原結合片段,其中增強結合至一FcγR之該突變包含S239D;I332E;A330L;G236A;或其等之任何組合。
  65. 如請求項60至64中任一項之抗體或抗原結合片段,其中增強結合至一FcγR之該突變包含: (i)   S239D/I332E; (ii)  S239D/A330L/I332E; (iii) G236A/S239D/I332E;或 (iv) G236A/A330L/I332E。
  66. 如請求項1至65中任一項之抗體或抗原結合片段,其包含改變醣基化之一突變,其中改變醣基化之該突變包含N297A、N297Q或N297G,及/或該抗體或抗原結合片段係經去醣基化及/或去岩藻醣基化。
  67. 如請求項1至66中任一項之抗體或抗原結合片段,當結合至表現於一目標細胞之一表面上之一SARS-CoV-2 S蛋白時,其能夠活化一人類FcγRIIa、一人類FcγRIIIa或這二者,其中任擇地: (i)   該目標細胞包含一EpiCHO細胞; (ii)  該人類FcγRIIa包含一H131對偶基因; (iii) 該人類FcγRIIIa包含一V158對偶基因;及/或 (iv) 該人類FcγRIIIa及/或該人類FcγRIIa由諸如一Jurkat細胞或一自然殺手細胞之一宿主細胞表現,且使用該宿主細胞中之一經NFAT驅動之螢光素酶訊號來測定活化。
  68. 如請求項1至67中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠誘導針對一被SARS-CoV-2感染之目標細胞的抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)及/或抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)。
  69. 如請求項59至68中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該Fc多肽包含一L234A突變及一L235A突變。
  70. 如請求項1至69中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2 S蛋白,如使用生物層干涉法所測定。
  71. 如請求項1至70之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠以約16至約20 μg/ml之一IC50來中和一SARS-CoV-2感染及/或中和一目標細胞之一感染。
  72. 如請求項1至71之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠以約3至約4 μg/ml之一IC50來中和一SARS-CoV-2感染及/或中和一目標細胞之一感染。
  73. 如請求項1至72中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠以約0.8至約0.9 μg/ml之一IC50來中和一SARS-CoV-2感染及/或中和一目標細胞之一感染。
  74. 如請求項1至73中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠以約0.5至約0.6 μg/ml之一IC50來中和一SARS-CoV-2感染及/或中和一目標細胞之一感染。
  75. 如請求項1至74中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠以約0.1至約0.2 μg/ml之一IC50來中和一SARS-CoV-2感染及/或中和一目標細胞之一感染。
  76. 一種經分離之聚核苷酸,其編碼如請求項1至75中任一項之抗體或抗原結合片段,或編碼該抗體或該抗原結合片段之一VH、一重鏈、一VL及/或一輕鏈。
  77. 如請求項76之聚核苷酸,其中該聚核苷酸包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA),其中該RNA任擇地包含信使RNA (mRNA)。
  78. 如請求項76或77之聚核苷酸,其經密碼子最佳化以表現於一宿主細胞中。
  79. 如請求項76至78中任一項之聚核苷酸,其包含與根據以下中之任一者或多者之聚核苷酸序列具有至少50%之一致性的一聚核苷酸:SEQ ID NOs.: 79、80、89、90、99、100、109、110、119、120、129-134、143、144、153、154、157、159、188、189、198、199、208、209、218、219、228、229、231、240、241、250、251、312、313、322、323、356、357、366、367、376、377、386、387、396、397、406、407、416、417、426、427、429、430、431、433、436、438及441,及/或包含(i)根據SEQ ID NO.:406之一聚核苷酸及根據SEQ ID NO.:407之一聚核苷酸,或(ii)根據SEQ ID NOs.:416、429、430、432、433、436、437或441中之任一者之一聚核苷酸及根據SEQ ID NO.:417或431之一聚核苷酸。
  80. 一種重組載體,其包含如請求項76至79中任一項之聚核苷酸。
  81. 一種宿主細胞,其包含如請求項76至79中任一項之聚核苷酸及/或如請求項80之載體,其中該聚核苷酸對於該宿主細胞為異源的。
  82. 一種人類B細胞,其包含如請求項76至79中任一項之聚核苷酸,其中聚核苷酸對於該人類B細胞為異源性的及/或其中該人類B細胞為永生化的。
  83. 一種組成物,其包含: (i)   如請求項1至75中任一項之抗體或抗原結合片段; (ii)  如請求項76至79中任一項之聚核苷酸; (iii) 如請求項80之重組載體; (iv) 如請求項81之宿主細胞;及/或 (v)  如請求項82之人類B細胞;及 一醫藥學上可接受之賦形劑、載劑或稀釋劑。
  84. 如請求項83之組成物,其包含二個或更多個不同抗體或抗原結合片段,其中該等二個或更多個不同抗體或抗原結合片段中之各者係不同且獨立地根據如請求項1至75中任一項。
  85. 如請求項83或84之組成物,其進一步包含一抗體或抗原結合片段,該抗體或抗原結合片段包含分別如SEQ ID NOs.:173、174、175、177、178及179中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列,且任擇地包含SEQ ID NO.:172之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:176之VL胺基酸序列。
  86. 如請求項83或84之組成物,其進一步包含一抗體或抗原結合片段,該抗體或抗原結合片段包含分別如SEQ ID NOs.:341、342、343、345、346及347中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列,且任擇地包含SEQ ID NO.:340之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:344之VL胺基酸序列。
  87. 如請求項83至86中任一項之組成物,其包含如請求項5至11中任一項之抗體或抗原結合片段。
  88. 如請求項83至87中任一項之組成物,其包含如請求項19至23中任一項之抗體或抗原結合片段。
  89. 如請求項83至88中任一項之組成物,其包含如請求項12至18中任一項之抗體或抗原結合片段。
  90. 如請求項83至89中任一項之組成物,其包含如請求項24或25中任一項之抗體或抗原結合片段。
  91. 如請求項83至90中任一項之組成物,其包含: (i)   一第一抗體或抗原結合片段,其包含一VH及一VL,該VH包含如SEQ ID NO: 172中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NO: 176中所闡述之胺基酸序列或由其組成;及 (ii)  一第二抗體或抗原結合片段,其包含一VH及一VL,該VH包含如SEQ ID NOs: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69中之任一者中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NOs: 26、41或58中之任一者中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
  92. 如請求項83至91中任一項之組成物,其包含: (i)   一第一抗體或抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NOs: 173-175中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NOs: 177-179中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成;及 (ii)  一第二抗體或抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含如下所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成:(i)分別SEQ ID NOs: 23-25、(ii)分別SEQ ID NOs: 160-162、(iii)分別SEQ ID NOs: 38-40、或(iv)分別SEQ ID NOs: 166-168,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含如下所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成:(i)分別SEQ ID NOs: 27-29、(ii)分別SEQ ID NOs: 163-165、(iii)分別SEQ ID NOs: 42-44、或(iv)分別SEQ ID NOs: 169-171。
  93. 如請求項83至92中任一項之組成物,其包含: (i)一第一抗體或抗原結合片段,其包含一VH及一VL,該VH包含如SEQ ID NO: 172中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NO: 176中所闡述之胺基酸序列或由其組成;及 (ii)  一第二抗體或抗原結合片段,其包含一VH及一VL,該VH包含如SEQ ID NO: 200中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NO: 204中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
  94. 如請求項83至93中任一項之組成物,其包含: (i)   一第一抗體或抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NOs: 173-175中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NOs: 177-179中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成;及 (ii)  一第二抗體或抗原結合片段,其包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL),該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3,且該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3,其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3分別包含SEQ ID NOs: 201-203中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成,且該CDRL1、CDRL2及CDRL3分別包含SEQ ID NOs: 205-207中所闡述之胺基酸序列或由該等胺基酸序列組成。
  95. 一種組成物,其包含囊封於一載劑分子中之如請求項76至79中任一項之聚核苷酸,其中該載劑分子任擇地包含一脂質、一脂質衍生的遞送載劑,諸如一脂質體、一固體脂質奈米粒子、一油性懸浮液、一次微米級脂質乳液、一脂質微泡、一逆脂質微胞、一耳蝸脂質體、一脂質微管、一脂質微柱、脂質奈米粒子(LNP)或一奈米尺度平台。
  96. 一種治療一個體之一薩貝冠狀病毒感染的方法,該方法包含向該個體投予一有效量之 (i)   如請求項1至75中任一項之抗體或抗原結合片段; (ii)  如請求項76至79中任一項之聚核苷酸; (iii) 如請求項80之重組載體; (iv) 如請求項81之宿主細胞; (v)  如請求項82之人類B細胞;及/或 (vi) 如請求項83至95中任一項之組成物。
  97. 如請求項1至75中任一項之抗體或抗原結合片段、如請求項76至79中任一項之聚核苷酸、如請求項80之重組載體、如請求項81之宿主細胞、如請求項82之人類B細胞及/或如請求項83至95中任一項之組成物,係供用於治療一個體之一薩貝冠狀病毒感染的一方法中。
  98. 如請求項1至75中任一項之抗體或抗原結合片段、如請求項76至79中任一項之聚核苷酸、如請求項80之重組載體、如請求項81之宿主細胞、如請求項82之人類B細胞及/或如請求項83至95中任一項之組成物供,係供用於製備用以治療一個體之一SARS-CoV-2感染的一藥劑。
  99. 如請求項96之方法,或如請求項97或98所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該抗體或抗原結合片段為如請求項5至11中任一項之抗體或抗原結合片段。
  100. 如請求項96或99之方法,或如請求項97至99中任一項所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該抗體或抗原結合片段為如請求項19至23中任一項之抗體或抗原結合片段。
  101. 如請求項96之方法,或如請求項97或98所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該抗體或抗原結合片段為如請求項12至18中任一項之抗體或抗原結合片段。
  102. 如請求項96或99之方法,或如請求項97至99中任一項所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該抗體或抗原結合片段為如請求項24或25中任一項之抗體或抗原結合片段。
  103. 如請求項96至102中任一項之方法,或如請求項97至102中任一項所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該方法進一步包含投予及/或其中該個體已接受一抗體或抗原結合片段,其包含分別如SEQ ID NOs.:173、174、175、177、178及179中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列,及任擇地包含SEQ ID NO.:172之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:176之VL胺基酸序列。
  104. 如請求項96至103中任一項之方法,或如請求項97至103中任一項所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該方法進一步包含投予及/或其中該個體已接受一抗體或抗原結合片段,其包含分別如SEQ ID NOs.:341、342、343、345、346及347中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列,及任擇地包含SEQ ID NO.:340之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:344之VL胺基酸序列。
  105. 如請求項96至104中任一項之方法,或如請求項97至104中任一項所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該薩貝冠狀病毒包含分枝系1a之一薩貝冠狀病毒、分枝系1b之一薩貝冠狀病毒、分枝系2之一薩貝冠狀病毒及/或分枝系3之一薩貝冠狀病毒。
  106. 如請求項96至105中任一項之方法,或如請求項97至105中任一項所用之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞及/或組成物,其中該薩貝冠狀病毒包含一SARS-CoV-2。
  107. 一種用於活體外診斷一SARS-CoV-2感染之方法,該方法包含: (i)   使來自一個體之一樣品與如請求項1至75中任一項之一抗體或抗原結合片段接觸;及 (ii)  偵測包含一抗原及該抗體或包含一抗原及該抗原結合片段之一複合物。
  108. 如請求項107之方法,其中該樣品包含自該個體分離之血液。
  109. 一種用以預防或治療或中和一個體之一冠狀病毒感染的方法,該方法包含: 向已接受一第一抗體或抗原結合片段之一個體投予一第二抗體或抗原結合片段,該第一抗體或抗原結合片段包含: (a) 分別根據SEQ ID NOs.:172及176之VH及VL胺基酸序列;或 (b) 分別根據SEQ ID NOs.:173-175及177-179之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列;及 該第二抗體或抗原結合片段包含: (a) 根據SEQ ID NOs.: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69中之任一者之一VH胺基酸序列及根據SEQ ID NOs: 26、41或58中之任一者之一VL胺基酸序列;或 (b) 根據(i)分別SEQ ID NOs: 23-25、(ii)分別SEQ ID NOs: 160-162、(iii)分別SEQ ID NOs: 38-40或(iv)分別SEQ ID NOs: 166-168之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸,及根據(i)分別SEQ ID NOs: 27-29、(ii)分別SEQ ID NOs: 163-165、(iii)分別SEQ ID NOs: 42-44或(iv)分別SEQ ID NOs: 169-171之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
  110. 一種用以預防或治療或中和一個體之一冠狀病毒感染的方法,該方法包含: 向已接受一第一抗體或抗原結合片段之一個體投予一第二抗體或抗原結合片段,該第一抗體或抗原結合片段包含: (a) 根據SEQ ID NOs.: 22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69中之任一者之一VH胺基酸序列及根據SEQ ID NOs: 26、41或58中之任一者之一VL胺基酸序列;或 (b) 根據(i)分別SEQ ID NOs: 23-25、(ii)分別SEQ ID NOs: 160-162、(iii)分別SEQ ID NOs: 38-40或(iv)分別SEQ ID NOs: 166-168之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸,及根據(i)分別SEQ ID NOs: 27-29、(ii)分別SEQ ID NOs: 163-165、(iii)分別SEQ ID NOs: 42-44或(iv)分別SEQ ID NOs: 169-171之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列;及 該第二抗體或抗原結合片段包含: (a) 分別根據SEQ ID NOs.:172及176之VH及VL胺基酸序列;或 (b) 分別根據SEQ ID NOs.:173-175及177-179之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
  111. 一種用以預防或治療或中和一個體之一冠狀病毒感染的方法,該方法包含: 向已接受一第一抗體或抗原結合片段之一個體投予一第二抗體或抗原結合片段,該第一抗體或抗原結合片段包含: (a) 分別根據SEQ ID NOs.:172及176之VH及VL胺基酸序列;或 (b) 分別根據SEQ ID NOs.:173-175及177-179之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列;及 該第二抗體或抗原結合片段包含: (a) 根據SEQ ID NO.: 200之一VH胺基酸序列及根據SEQ ID NO: 204之一VL胺基酸序列;或 (b) 分別根據SEQ ID NOs: 201-203之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸,及分別根據SEQ ID NOs: 205-207之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
  112. 一種用以預防或治療或中和一個體之一冠狀病毒感染的方法,該方法包含: 向已接受一第一抗體或抗原結合片段之一個體投予一第二抗體或抗原結合片段,該第一抗體或抗原結合片段包含: (a) 根據SEQ ID NO.: 200之一VH胺基酸序列及根據SEQ ID NO: 204之一VL胺基酸序列;或 (b) 分別根據SEQ ID NOs: 201-203之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸,及分別根據SEQ ID NOs: 205-207之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列;及 該第二抗體或抗原結合片段包含: (a) 分別根據SEQ ID NOs.:172及176之VH及VL胺基酸序列;或 (b) 分別根據SEQ ID NOs.:173-175及177-179之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
  113. 一種預防或治療或中和一個體之一薩貝冠狀病毒感染之方法,該方法包含向該個體投予一有效量之一抗體或一抗原結合片段,該抗體或抗原結合片段包含如以下中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列: (i)分別SEQ ID NOs.: 409、410、411、413、414及415; (ii)分別SEQ ID NOs.: 409、447、411、413、414及415; (iii)分別SEQ ID NOs.: 409、457、411、413、414及415; (iv)分別SEQ ID NOs.: 449、410、411、413、414及415; (v)分別SEQ ID NOs.: 449、447、411、413、414及415;或 (vi)分別SEQ ID NOs.: 449、457、411、413、414及415, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  114. 一種預防或治療或中和一個體之一薩貝冠狀病毒感染之方法,該方法包含向該個體投予一有效量之一抗體或一抗原結合片段,該抗體或抗原結合片段包含如以下中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列: (i)分別SEQ ID NOs.: 409、410、411、413、414及415; (ii)分別SEQ ID NOs.: 409、447、411、413、414及415; (iii)分別SEQ ID NOs.: 409、457、411、413、414及415; (iv)分別SEQ ID NOs.: 449、410、411、413、414及415; (v)分別SEQ ID NOs.: 449、447、411、413、414及415;或 (vi)分別SEQ ID NOs.: 449、457、411、413、414及415, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  115. 如請求項114之方法,其中該抗體或抗原結合片段包含如以下中所闡述之VH及VL胺基酸序列: (a)  分別SEQ ID NOs.: 408及412; (b)  分別SEQ ID NOs.: 408及442; (c)  分別SEQ ID NOs.: 408及443; (d)  分別SEQ ID NOs.: 408及444; (e)  分別SEQ ID NOs.: 408及445; (f)  分別SEQ ID NOs.: 428及412; (g)  分別SEQ ID NOs.: 428及442; (h)  分別SEQ ID NOs.: 428及443; (i)   分別SEQ ID NOs.: 428及444; (j)   分別SEQ ID NOs.: 428及445; (k)  分別SEQ ID NOs.: 446及412; (l)   分別SEQ ID NOs.: 446及442; (m) 分別SEQ ID NOs.: 446及443; (n)  分別SEQ ID NOs.: 446及444; (o)  分別SEQ ID NOs.: 446及445; (p)  分別SEQ ID NOs.: 448及412; (q)  分別SEQ ID NOs.: 448及442; (r)  分別SEQ ID NOs.: 448及443; (s)  分別SEQ ID NOs.: 448及444; (t)   分別SEQ ID NOs.: 448及445; (u)  分別SEQ ID NOs.: 458及412; (v)  分別SEQ ID NOs.: 458及442; (w) 分別SEQ ID NOs.: 458及443; (x)  分別SEQ ID NOs.: 458及444; (y)  分別SEQ ID NOs.: 458及445; (z)  分別SEQ ID NOs.: 459及412; (aa) 分別SEQ ID NOs.: 459及442; (bb)   分別SEQ ID NOs.: 459及443; (cc) 分別SEQ ID NOs.: 459及444; (dd)   分別SEQ ID NOs.: 459及445; (ee) 分別SEQ ID NOs.: 460及412; (ff) 分別SEQ ID NOs.: 460及442; (gg)   分別SEQ ID NOs.: 460及443; (hh)   分別SEQ ID NOs.: 460及444;或 (ii)  分別SEQ ID NOs.: 460及445。
  116. 一種預防或治療或中和一個體之一薩貝冠狀病毒感染之方法,該方法包含向該個體投予一有效量之一抗體或一抗原結合片段,該抗體或抗原結合片段包含如以下中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列: (i)   分別SEQ ID NOs.: 399、400、401、403、404及405; (ii)  分別SEQ ID NOs.: 399、400、435、403、404及405; (iii) 分別SEQ ID NOs.: 399、400、401、403、440及405;或 (iv) 分別SEQ ID NOs.: 399、400、435、403、440及405, 且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  117. 如請求項116之方法,其中該抗體或抗原結合片段包含如以下中所闡述之VH及VL胺基酸序列: (i)分別SEQ ID NOs.: 398及402; (ii)分別SEQ ID NOs.: 398及439; (iii)分別SEQ ID NOs.: 432及402; (iv)分別SEQ ID NOs.: 432及439; (v)分別SEQ ID NOs.: 434及402; (vi)分別SEQ ID NOs.: 434及439; (vii)分別SEQ ID NOs.: 437及402;或 (viii)分別SEQ ID NOs.: 437及439, 且其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  118. 如請求項113至117中任一項之方法,其中該薩貝冠狀病毒包含分枝系1a之一薩貝冠狀病毒、分枝系1b之一薩貝冠狀病毒、分枝系2之一薩貝冠狀病毒及/或分枝系3之一薩貝冠狀病毒,及任擇地包含一SARS-CoV-2。
  119. 如請求項113至118中任一項之方法,其中該方法進一步包含投予及/或其中該個體已接受一抗體或抗原結合片段,其包含分別如SEQ ID NOs.:341、342、343、345、346及347中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列,及任擇地包含SEQ ID NO.:340之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:344之VL胺基酸序列。
  120. 如請求項113至119中任一項之方法,其中該方法進一步包含投予及/或其中該個體已接受一抗體或抗原結合片段,其包含分別如SEQ ID NOs.:173、174、175、177、178及179中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列,及任擇地包含SEQ ID NO.:172之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:176之VL胺基酸序列。
TW110119887A 2020-06-09 2021-06-01 抗sars-cov-2之抗體及使用其之方法 TW202204395A (zh)

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN116284359A (zh) * 2023-02-11 2023-06-23 四川大学 两种靶向新冠病毒s2亚基茎螺旋表位的广谱中和纳米抗体及其潜在应用

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