TW202207983A - 用於sars-cov-2感染的抗體療法 - Google Patents

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溫蒂 葉
菲利普 Ｓ 彭
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珍妮 薩格爾
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Abstract

本揭露內容提供治療或預防例如患有COVID-19或處於發展COVID-19之風險下之個體的SARS-CoV-2感染的方法，其中該等方法包含向個體投予抗體、抗原結合片段或包含該抗體、抗原結合片段之組成物。所揭露之方法包括針對預防SARS-CoV-2感染或傳播之預防性投予，以及治療患有SARS-CoV-2感染之個體。待治療之SARS-CoV-2感染(例如，引起COVID-19)可能處於感染之任何階段，及/或可引起任何階段之疾病，例如輕度、輕度至中度、重度或危重疾病。

Description

用於SARS-COV-2感染的抗體療法
關於序列表之聲明
以文本格式代替紙張複本提供與本申請案相關之序列表，且特此以引用之方式併入本說明書中。含有序列表之正文檔案之名稱為930585_413TW_SEQUENCE_LISTING.txt.。2021年六月10日產生之正文檔案係約327 KB且經由EFS-Web以電子方式提交。
本發明係有關於用於SARS-COV-2感染的抗體療法。
發明背景
2019年末一種新穎β冠狀病毒出現於中國武漢。截至2021年6月9日，已經確認全球有約1.74億感染此病毒(被稱為SARS-CoV-2及武漢冠狀病毒等其他名稱)案例，且已導致約370萬死亡。需要用於預防或治療SARS-CoV-2感染及COVID-19之療法。
依據本發明之一實施例，係特地提出一種治療一個體之一SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含向該個體投予一單次劑量之包含以下之一組成物： 能夠結合至表現於一宿主細胞之一細胞表面上及/或表現於一病毒粒子上之一SARS-CoV-2的一表面醣蛋白的一抗體或抗原結合片段， 其中該抗體包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3， 其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3包含以下中所闡述之胺基酸序列： (1)分別SEQ ID NO.:106、121、108、169、170及171；或 (2)分別SEQ ID NO.:106、107、108、169、170及171。
較佳實施例之詳細說明
本發明提供治療或預防例如具有或處於患上COVID-19之風險下之個體的SARS-CoV-2感染的方法，其使用抗體、抗原結合片段或包含該抗體、抗原結合片段之組成物。用於該等方法中之某些抗體及抗原結合片段識別SARS-CoV-2 S醣蛋白中之守恆的表位，且活體外及活體內強力中和SARS-CoV-2。抗體之非限制性實例包括S309及S309之經工程化變異體(例如，索曲韋單抗，VIR-7832)。在一些實施例中，S309之變異體包含VH區中之N55Q取代。在一些實施例中，抗體或抗原結合片段包含Fc多肽，其包含例如可延長抗體或抗原結合片段之活體內半衰期及/或可促進抗體或抗原結合片段之疫苗作用的一或多個胺基酸突變。
當前所揭露之方法包括預防SARS-CoV-2感染或傳播，以及治療具有SARS-CoV-2感染之個體。SARS-CoV-2感染(例如，引起COVID-19)可能處於任何感染階段，及/或可引起任何階段之疾病，例如輕度、輕度至中度、重度或危重疾病。舉例而言，如本文中進一步描述，單次劑量之本揭露內容的抗體可足以降低具有輕度至中度COVID-19之個體的住院或死亡。
可使用任何方法，諸如靜脈內注射及肌肉內注射投予該抗體或抗原結合片段。在一些情況下，向個體投予單次劑量之抗體或抗原結合片段(或包含其之組成物)。個體可根據一或多個準則來表徵，及/或可擁有一或多個特性，如本文所提供。亦提供用於治療或預防SARS-CoV-2感染(或COVID-19)之方法中，以及用於製備用以治療或治療或預防SARS-CoV-2感染之藥劑中的抗體、抗原結合片段及組成物。
在更詳細闡述本揭露內容之前，其理解可有助於提供本文中待使用之某些術語的定義。其他定義闡述於整篇本揭露內容中。
如本文所用，「SARS-CoV-2」，最初亦稱為「武漢冠狀病毒」、「武漢海產食品市場肺炎病毒」或「武漢CoV」、「新穎CoV」或「nCoV」或「2019 nCoV」或「武漢nCoV」或其變異體，為一種β冠狀病毒譜系B (薩貝冠狀病毒)。2019年末，在中國湖北省武漢市首次識別到SARS-CoV-2，且到2020年年初，在中國境內及世界其他地區傳播。SARS CoV-2感染可引起稱為COVID-19之疾病；COVID-19之症狀包括發熱或發冷、乾咳、呼吸困難、疲勞、身體疼痛、頭痛、嗅覺或味覺之新的缺失、喉嚨痛、鼻塞或流鼻涕、噁心或嘔吐、腹瀉、胸部持續壓力或疼痛、新的錯亂、無法醒來或保持清醒，及口唇或面色青紫。
SARS-CoV-2分離株武漢-Hu-1之基因體序列提供於SEQ ID NO.:163 (亦參見GenBank MN908947.3，2020年1月23日)中，且基因體之胺基酸轉譯提供於SEQ ID NO.:164 (亦參見GenBank QHD43416.1，2020年1月23日)中。如同其他冠狀病毒(例如，SARS CoV)，SARS-CoV-2包含含有受體結合域(RBD)之「刺突」或表面(「S」) I型跨膜醣蛋白。咸信RBD藉由結合至細胞表面受體血管收縮素轉化酶2 (ACE2)介導譜系B SARS冠狀病毒進入呼吸上皮細胞。特定言之，咸信病毒RBD中之受體結合模體(RBM)與ACE2相互作用。
SARS-CoV-2武漢-Hu-1表面醣蛋白之胺基酸序列提供於SEQ ID NO.:165中。SARS-CoV-2武漢冠狀病毒RBD之胺基酸序列提供於SEQ ID NO.:166中。武漢冠狀病毒S蛋白質具有與SARS-CoV之約73%胺基酸序列一致性。武漢冠狀病毒RBM之胺基酸序列提供於SEQ ID NO.:167中。武漢冠狀病毒RBD具有與SARS冠狀病毒RBD之約75%至77%胺基酸序列相似性，且武漢冠狀病毒RBM具有與SARS冠狀病毒RBM之約50%胺基酸序列相似性。
除非本文中另外規定，否則SARS-CoV-2 Wu-Hu-1係指一種包含SEQ ID NO.:164、165及166中之任一者或多者所闡述之胺基酸序列的病毒，任擇地基因體序列闡述於SEQ ID NO.:163中。
已出現多種新興SARS-CoV-2變異體。一些SARS-CoV-2變異體含有N439K突變，其具有與人類ACE2受體之增強的結合親和力(Thomson, E.C.等人,The circulating SARS-CoV-2 spike variant N439K maintains fitness while evading antibody-mediated immunity. bioRxiv, 2020)。一些SARS-CoV-2變異體含有與增加之傳播性相關的N501Y突變，包括分別發現於英國及南非的譜系B.1.1.7 (亦稱為20I/501Y.V1及VOC 202012/01)及B.1.351 (亦稱為20H/501Y.V2)(Tegally, H.等人,Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv, 2020: p. 2020.12.21.20248640；Leung, K.等人,Early empirical assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. medRxiv, 2020: p. 2020.12.20.20248581)。B.1.351亦包括在SARS-CoV2刺突蛋白之RBD域中的二個其他突變K417N及E484K (Tegally, H.等人,Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv, 2020: p. 2020.12.21.20248640)。其他SARS-CoV-2變異體包括首次報導於巴西之譜系B.1.1.28；首次報導於日本之變異體P.1，譜系B.1.1.28 (亦稱為20J/501Y.V3)；首次報導於美國加利福尼亞之變異體L452R(Pan American Health Organization,Epidemiological update: Occurrence of variants of SARS-CoV-2 in the Americas , 2021年一月20日，可在https://reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/2021-jan-20-phe-epi-update-SARS-CoV-2.pdf獲得)。其他SARS-CoV-2變異體包括描述於SARS CoV-2分枝系19A；SARS CoV-2分枝系19B；SARS CoV-2分枝系20A；SARS CoV-2分枝系20B；SARS CoV-2分枝系20C；SARS CoV-2分枝系20D；SARS CoV-2分枝系20E (EU1)；SARS CoV-2分枝系20F；SARS CoV-2分枝系20G；及SARS CoV-2 B1.1.207；及描述於以下中之其他SARS CoV-2譜系：Rambaut, A.等人,A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology 。 Nat Microbiol 5, 1403-1407 (2020)。根據本揭露內容之SARS CoV-2感染包括藉由前述SARS-CoV-2病毒及其變異體中之任一者或多者的感染。
在本說明書中，除非另外指明，否則任何濃度範圍、百分比範圍、比率範圍或整數範圍應理解為包括在所列舉範圍內之任何整數值及(在適當時)其分數(諸如整數之十分之一及百分之一)。此外，除非另外指明，否則本文中所述之與諸如聚合物次單位、尺寸或厚度之任何物理特徵相關之任何數值範圍理解為包括所述範圍內之任何整數。如本文所用，除非另外指明，否則術語「約」意謂指定範圍、值或結構之±20%。應理解，如本文中所使用之術語「一(a/an)」係指所列舉之組分之「一或多者」。應瞭解，替代物(例如「或」)之使用意謂替代物之一者、二者或其任何組合。如本文所用，術語「包括」、「具有」及「包含」同義地使用，該等術語及其變化形式意欲被理解為非限制性的。
「任擇的」或「任擇地」意謂隨後描述之可能發生或可能不發生之要素、組分、事件或狀況，且該說明書包括該要素、組分、事件或狀況發生之情況及不發生之情況。
另外，應理解，來源於本文所述之結構及次單位之各種組合的個別構築體或構築體之群體係由本申請案揭露，其程度如同各構築體或構築體之群體單獨地闡述一般。因此，特定結構或特定次單位之選擇在本揭露內容之範疇內。
術語「主要由…組成」不同於「包含」，且係指主張之指定物質或步驟，或實質上不影響所主張之標的物的基本特徵的物質或步驟。舉例而言，當蛋白質域、區域、模組或蛋白質之胺基酸序列包括延伸、刪除、突變或其組合(例如，在胺基或羧基末端處或在域之間的胺基酸)時，域、區域或模組(例如結合域)或蛋白質「基本上由特定胺基酸序列組成」，其組合地佔域、區域、模組或蛋白質之長度的至多20% (例如，至多15%、10%、8%、6%、5%、4%、3%、2%或1%)且不實質上影響(亦即，活性降低不超過50%，諸如不超過40%、30%、25%、20%、15%、10%、5%或1%)域、區域、模組或蛋白質之活性(例如，結合蛋白質之目標結合親和力)。
「治療(treat)」、「治療(treatment)」或「改善」係指個體(例如，人類或非人類哺乳動物，諸如靈長類動物、馬、貓、犬、山羊、小鼠或大鼠)之病症、疾病或病狀的醫學管理。一般而言，包含本揭露內容之抗體、抗原結合片段或組成物的適當劑量或治療方案係以足以引發治療效益或預防效益的量投予。治療性或預防性/預防性效益包括例如改進的臨床結果；減輕或緩解與疾病相關之症狀；減少症狀的發生；改進的生活品質；更長的無疾病狀態；疾病嚴重程度減輕；疾病病況之穩定；延緩或預防疾病進展；緩解；存活期；延長的存活期；或其任何組合。在某些實施例中，治療性或預防性/預防性效益包括減小或預防因治療SARS-CoV-2感染或COVID-19而住院(亦即，以統計學上顯著之方式)。在某些實施例中，治療性或預防性/預防性效益包括降低因治療SARS-CoV-2感染或COVID-19而住院的持續時間(亦即，以統計學上顯著之方式)。在某些實施例中，治療性或預防性/預防性效益包括降低或消除對呼吸干預，諸如插管及/或使用呼吸器裝置之需求。在某些實施例中，治療性或預防性/預防性效益包括晚期疾病病理學及/或減少之死亡率。在某些實施例中，治療及/或預防效益包含降低例如來自個體之呼吸樣品(肺組織、鼻拭子、痰液或其類似物)之病毒負荷及/或病毒排出。在某些實施例中，治療及/或預防效益包含預防本文所述之COVID-19的進展，例如輕度至中度至重度、重度至危重。在某些實施例中，治療性及/或預防性包含預防SARS-CoV-2感染之感染及/或傳播，例如其可為症狀性或無症狀性的。
本揭露內容之抗體、抗原結合片段或組成物的「治療有效量」或「有效量」係指足以產生治療作用之該組成物或分子的量，該治療作用包括以統計學上顯著之方式改進的臨床結果；減輕或緩解與疾病相關之症狀；減少症狀的發生；改進的生活品質；更長的無疾病狀態；疾病嚴重程度減輕；疾病病況之穩定；延緩或預防疾病進展；緩解；存活期或延長的存活期。當提及單獨投予之個別活性成分時，治療有效量係指彼成分或單獨表現該成分之細胞的作用。當提及組合時，治療有效量係指不論連續、依次或同時投予，產生治療作用之活性成分或組合的輔助活性成分與表現活性成分之細胞的組合量。組合可包含例如特異性結合SARS-CoV-2抗原之二個不同抗體，其在某些實施例中可為相同或不同SARS-CoV-2抗原，及/或可包含相同或不同表位。
如本文所用，術語「胺基酸」係指天然存在及合成的胺基酸，以及以與天然存在之胺基酸類似的方式起作用之胺基酸類似物及胺基酸模擬物。天然存在之胺基酸為由遺傳密碼編碼之胺基酸，以及之後經修飾之彼等胺基酸，例如羥基脯胺酸、γ-羧基麩胺酸及O-磷絲胺酸。胺基酸類似物係指具有與天然存在之胺基酸相同之基本化學結構(亦即α-碳與氫、羧基、胺基及R基團結合)的化合物，例如高絲胺酸、正白胺酸、甲硫胺酸亞碸、甲硫胺酸甲基鋶。此等類似物具有經修飾之R基團(例如正白胺酸)或經修飾之肽主鏈，然而保持與天然存在之胺基酸相同之基本化學結構。胺基酸模擬物係指具有與胺基酸之一般化學結構不同之結構，但以與天然存在之胺基酸類似之方式發揮功能的化合物。
如本文所用，「突變」係指核酸分子或多肽分子之序列分別與參考或野生型核酸分子或多肽分子相比的變化。突變可引起若干不同類型之序列的變化，包括核苷酸或胺基酸之取代、插入或刪除。
「守恆取代」係指不顯著影響或改變特定蛋白質之結合特徵的胺基酸取代。通常，守恆取代為經取代之胺基酸殘基置換為具有類似側鏈之胺基酸殘基的取代。守恆取代包括在以下組中之一者中發現之取代：第1組；丙胺酸(Ala或A)、甘胺酸(Gly或G)、絲胺酸(Ser或S)、蘇胺酸(Thr或T)；第2組：天冬胺酸(Asp或D)、麩胺酸(Glu或Z)；第3組：天冬醯胺(Asn或N)、麩醯胺(Gln或Q)；第4組：精胺酸(Arg或R)、離胺酸(Lys或K)、組胺酸(His或H)；第5組：異白胺酸(Ile或I)、白胺酸(Leu或L)、甲硫胺酸(Met或M)、纈胺酸(Val或V)；及第6組：苯丙胺酸(Phe或F)、酪胺酸(Tyr或Y)、色胺酸(Trp或W)。另外地或可替代地，胺基酸可藉由類似功能、化學結構或組成(例如，酸性、鹼性、脂族、芳族或含硫)分至守恆取代組中。舉例而言，脂族分組可包括出於取代之目的的Gly、Ala、Val、Leu及Ile。其他守恆取代組包括：含硫：Met及半胱胺酸(Cys或C)；酸性：Asp、Glu、Asn及Gln；小脂族、非極性或略微極性殘基：Ala、Ser、Thr、Pro及Gly；極性、帶負電殘基及其醯胺：Asp、Asn、Glu及Gln；極性、帶正電殘基：His、Arg及Lys；大脂族、非極性殘基：Met、Leu、Ile、Val及Cys；及大芳族殘基：Phe、Tyr及Trp。額外資訊可見於Creighton (1984) Proteins, W.H. Freeman and Company。
如本文所用，「蛋白質」或「多肽」係指胺基酸殘基之聚合物。蛋白質適用於天然存在之胺基酸聚合物，以及適用於其中一或多個胺基酸殘基為相應天然存在之胺基酸的人工化學模擬物的胺基酸聚合物，及非天然存在之胺基酸聚合物。亦涵蓋本揭露內容之蛋白質、肽及多肽的變異體。在某些實施例中，變異體蛋白質、肽及多肽包含或由與本文所述之經定義或參考胺基酸序列的胺基酸序列至少70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或99.9%一致的胺基酸序列組成。
「核酸分子」或「聚核苷酸」或「聚核酸」係指包括由天然次單位(例如，嘌呤或嘧啶鹼基)或非天然次單位(例如，𠰌啉環)組成之經共價連接的核苷酸的聚合化合物。嘌呤鹼基包括腺嘌呤、鳥嘌呤、次黃嘌呤及黃嘌呤，且嘧啶鹼基包括尿嘧啶、胸(腺)嘧啶及胞嘧啶。核酸分子包括聚核糖核酸(RNA)，其包括mRNA、微小RNA、siRNA、病毒基因體RNA及合成RNA；及聚脫氧核糖核苷酸(DNA)，其包括cDNA、基因體DNA及合成DNA；其中之任一者可為單股或雙股。若為單股，則核酸分子可為編碼股或非編碼(反義)股。編碼胺基酸序列之核酸分子包括編碼相同胺基酸序列之所有核苷酸序列。核苷酸序列之一些型式亦可包括內含子，其達到經由共轉錄或轉錄後機制移除內含子的程度。換言之，由於遺傳密碼之冗餘或簡併或藉由剪接，不同核苷酸序列可編碼相同胺基酸序列。
亦涵蓋本揭露內容之核酸分子的變異體。變異體核酸分子為與本文所述之經定義或參考聚核苷酸的核酸分子至少70%、75%、80%、85%、90%，且較佳95%、96%、97%、98%、99%或99.9%一致，或在約65-68℃下在0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉或在約42℃下0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉及50%羧醯胺的嚴格雜交條件下與聚核苷酸雜交。核酸分子變異體保留編碼具有本文所述之官能性之其結合域，諸如結合目標分子的能力。
「序列一致性百分比」係指如藉由比較序列確定之在二個或更多個序列之間的關係。確定序列一致性之較佳方法經設計以給出在所比較序列之間的最大匹配。舉例而言，出於最佳比較目的來比對序列(例如，可在第一及第二胺基酸或核酸序列中的一者或二者中引入間隔以用於最佳比對)。此外，出於比較目的可忽略非同源序列。除非另外指明，否則根據參考序列之長度計算本文所提及之序列一致性百分比。用以確定序列一致性及相似性之方法可見於公開可用的電腦程式中。序列比對及百分比一致性計算可使用BLAST程式(例如，BLAST 2.0、BLASTP、BLASTN或BLASTX)進行。用於BLAST程式中之數學算法可見於Altschul等人, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402, 1997。在本揭露內容之上下文內，將理解，當序列分析軟體用於分析時，分析結果係基於所參考之程式的「預設值」。「預設值」意謂最初在首次初始化時使用軟體加載之任何值或參數集。
術語「經分離」意謂自其初始環境(例如若其為天然存在的，則為天然環境)中移除該物質。舉例而言，存在於活動物中之天然存在之核酸或多肽為未經分離的，但與天然系統中之一些或所有共存物質分離的相同核酸或多肽為經分離的。此類核酸可為載體之一部分及/或此類核酸或多肽可為組成物(例如細胞溶解物)之一部分，且仍經分離，因為此類載體或組成物不為核酸或多肽之天然環境的一部分。
術語「基因」意謂涉及產生多肽鏈之DNA或RNA片段；在某些情況下，其包括在編碼區之前及之後的區域(例如，5'非轉譯區(UTR)及3' UTR)，以及個別編碼片段(外顯子)之間的介入序列(內含子)。
「功能變異體」係指在結構上類似或在結構上實質上類似於本揭露內容之親體或參考化合物，但在組成(例如，一個鹼基、原子或官能基不同、經添加或移除)方面略微不同的多肽或聚核苷酸，使得該多肽或經編碼多肽能夠以至少50%效率，較佳地親體多肽之活性的至少55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%或100%位準，進行親體多肽之至少一個功能。換言之，當功能變異體與親體或參考多肽相比在所選分析中，諸如用於量測結合親和力之分析(例如，量測締合(Ka)或解離(KD )常數之Biacore®或四聚體染色)，展現出效能減小不超過50%時，本揭露內容之多肽或經編碼多肽的功能變異體具有「類似結合」、「類似親和力」或「類似活性」。
如本文所用，「功能部分」或「功能片段」係指包含僅親體或參考化合物之域、部分或片段的多肽或聚核苷酸，且多肽或經編碼多肽保持與親體或參考化合物之域、部分或片段相關之至少50%活性，較佳地為至少親體多肽之活性的55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%或100%位準，或提供生物效益(例如，效應功能)。當功能部分或片段與親體或參考多肽相比，展現出效能減小不超過50%時(關於親和力，與親體或參考相比較佳不超過20%或10%，或不超過對數差異)，本揭露內容之多肽或經編碼多肽的「功能部分」或「功能片段」具有「類似結合」或「類似活性」。
如本文所用，術語「經工程化」、「重組」或「非天然」係指包括至少一個基因改變或藉由引入外源性或異源性核酸分子而經修飾之生物體、微生物、細胞、核酸分子或載體，其中此類改變或修飾藉由基因工程化(亦即，人工干預)來引入。基因改變包括例如引入編碼功能性RNA、蛋白質、融合蛋白質或酶類之可表現的核酸分子的修飾，或其他核酸分子添加、刪除、取代或細胞之基因物質的其他功能性破壞。額外修飾包括例如非編碼調節區，其中修飾改變聚核苷酸、基因或操縱子之表現。
如本文所用，「異源性」或「非內源性」或「外源性」係指並非宿主細胞或個體原生的任何基因、蛋白質、化合物、核酸分子或活性，或已被改變的宿主細胞或個體原生的任何基因、蛋白質、化合物、核酸分子或活性。異源性、非內源性或外源性包括已突變或以其他方式改變使得結構、活性或二者在原生與改變的基因、蛋白質、化合物或核酸分子之間不同的基因、蛋白質、化合物或核酸分子。在某些實施例中，異源性、非內源性或外源性基因、蛋白質或核酸分子(例如，受體、配位體等)可能不對宿主細胞或個體為內源性的，但實際上，編碼此類基因、蛋白質或核酸分子之核酸可藉由共軛、轉型、轉染、電穿孔或其類似方式添加至宿主細胞，其中經添加之核酸分子可整合至宿主細胞基因體中或可以染色體外基因物質之形式存在(例如，作為質體或其他自我複製載體)。術語「同源性」或「同源物」係指見於或衍生自宿主細胞、物種或菌株之基因、蛋白質、化合物、核酸分子或活性。舉例而言，異源性或外源性聚核苷酸或編碼多肽之基因可與原生聚核苷酸或基因同源，且對同源性多肽或活性編碼，但聚核苷酸或多肽可具有改變的結構、序列、表現位準或其任何組合。非內源性聚核苷酸或基因以及經編碼多肽或活性可來自相同物種、不同物種或其組合。
在某些實施例中，若其已改變或突變，則宿主細胞原生之核酸分子或其部分將視為對宿主細胞為異源的，或若其已經異源表現控制序列改變或已經通常不與宿主細胞原生之核酸分子相關的內源性表現控制序列改變，則宿主細胞原生之核酸分子可視為異源的。另外，術語「異源性」可指與宿主細胞不同、改變或不為內源性的生物活性。如本文所述，超過一個異源核酸分子可作為單獨核酸分子、作為多個單獨受控基因、作為多順反子核酸分子、作為編碼融合蛋白質之單核酸分子或其任何組合引入至宿主細胞中。
如本文所用，術語「內源性」或「原生」係指通常存在於宿主細胞或個體中之聚核苷酸、基因、蛋白質、化合物、分子或活性。
如本文所用之術語「表現」係指基於核酸分子，諸如基因之編碼序列產生多肽之方法。方法可包括轉錄、轉錄後控制、轉錄後修飾、轉譯、轉譯後控制、轉譯後修飾，或其任何組合。經表現核酸分子通常可操作地連接至表現控制序列(例如，啟動子)。
術語「可操作地連接」係指單一核酸片段上之二個或更多個核酸分子締合，使得一者之功能受另一者影響。舉例而言，在啟動子能夠影響編碼序列之表現時，該啟動子可操作地與該編碼序列連接(亦即編碼序列在該啟動子之轉錄控制下)。「不連接」意謂相關基因要素彼此不緊密相關，且一者之功能不影響另一者。
如本文所述，超過一個異源核酸分子可作為單獨核酸分子、作為多個單獨受控基因、作為多順反子核酸分子、作為編碼融合蛋白質(例如，抗體之重鏈)之單核酸分子或其任何組合引入至宿主細胞中。當二個或更多個異源核酸分子引入至宿主細胞中時，應理解，二個或更多個異源核酸分子可作為在單獨載體上之單核酸分子(例如，在單一載體上)引入，在單個位點或多個位點處整合至宿主染色體中，或其任何組合。所提及之異源核酸分子或蛋白質活性的數目係指編碼核酸分子之數目或蛋白質活性之數目，而非引入至宿主細胞中之單獨核酸分子之數目。
術語「構築體」係指含有重組核酸分子(或當上下文清楚地指示時，本揭露內容之融合蛋白質)之任何聚核苷酸。(聚核苷酸)構築體可存在於載體(例如，細菌載體、病毒載體)中，或可整合至基因體中。「載體」為能夠輸送另一核酸分子之核酸分子。載體可為例如質體、黏質體、病毒、RNA載體或線性或環狀DNA或RNA分子，其可包括染色體、非染色體、半合成或合成核酸分子。本揭露內容之載體亦包括轉位子系統(例如，Sleeping Beauty，參見例如， Geurts 等人, Mol. Ther. 8 :108, 2003: Mátés等人,Nat. Genet. 41 :753, 2009)。例示性載體為能夠自主複製(附加型載體)、能夠將聚核苷酸遞送至細胞基因體(例如，病毒載體)或能夠表現其所連接之核酸分子(表現載體)的載體。
如本文所用，「表現載體」或「載體」係指含有可操作地連接至適合之控制序列的核酸分子的DNA構築體，該控制序列能夠實現適合之宿主中核酸分子之表現。此類控制序列包括實現轉錄之啟動子、控制此類轉錄之任擇的操縱序列、編碼適合之mRNA核糖體結合位點之序列及控制轉錄及轉譯終止之序列。載體可為質體、噬菌體粒子、病毒或僅潛在的基因體插入。一旦轉型至適合之宿主中，載體可獨立於宿主基因體複製及起作用，或可在某些情況下整合至基因體自身中，或將載體中所含之聚核苷酸遞送至不具有載體序列之基因體中。在本發明書中，「質體」、「表現質體」、「病毒」及「載體」通常可互換地使用。
在將核酸分子插入至細胞中之上下文中，術語「引入」意謂「轉染」、「轉型」或「轉導」，且包括提及到將核酸分子併入至真核或原核細胞中，其中該核酸分子可併入至細胞之基因體(例如，染色體、質體、色素體或粒線體DNA)中，轉化成自主複製子或暫時表現(例如，經傳染mRNA)。
在某些實施例中，本揭露內容之聚核苷酸可以可操作方式連接至載體之某一要素。舉例而言，實現所接合之編碼序列的表現及加工所需的聚核苷酸序列可以可操作方式連接。表現控制序列可包括適當轉錄起始、終止、啟動子及強化子序列；有效RNA加工訊號，諸如剪接及聚腺苷酸化訊號；使細胞質mRNA穩定之序列；增強轉譯效率之序列(亦即克紮克共有序列(Kozak consensus sequence))；增強蛋白質穩定性之序列；及增強蛋白質分泌之可能的序列。若表現控制序列與感興趣的基因及以反式或在一定距離下作用以控制感興趣的基因的表現控制序列鄰接，則表現控制序列可以可操作方式連接。
在某些實施例中，載體包含質體載體或病毒載體(例如，慢病毒載體或γ-反轉錄病毒載體)。病毒載體包括反轉錄病毒；腺病毒；小病毒(例如腺相關病毒)；冠狀病毒；負股RNA病毒，諸如正黏病毒(例如流感病毒)、棒狀病毒(例如狂犬病及水泡性口炎病毒)、副黏病毒(例如麻疹及仙台)；正股RNA病毒，諸如小RNA病毒及α病毒；及雙股DNA病毒，包括腺病毒、疱疹病毒(例如1型及2型單純疱疹病毒、埃-巴二氏病毒(Epstein-Barr virus)、細胞巨大病毒)及痘病毒(例如牛痘、禽痘及金絲雀痘)。其他病毒包括例如諾沃克病毒(Norwalk virus)、披衣病毒、黃病毒、呼腸孤病毒、乳多泡病毒、嗜肝DNA病毒及肝炎病毒。反轉錄病毒之實例包括：鳥類白血病性肉瘤性病毒、哺乳動物C型病毒、B型病毒、D型病毒、HTLV-BLV群、慢病毒、泡沫病毒(Coffin, J. M., Retroviridae: The viruses and their replication, Fundamental Virology,第三版, B.N.Fields等人編, Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, 1996)。
「反轉錄病毒」為具有RNA基因體之病毒，該RNA基因體使用逆轉錄酶反轉錄至DNA中，隨後將反轉錄DNA併入至宿主細胞基因體中。「γ逆轉錄病毒屬」係指逆轉錄病毒科之屬。γ反轉錄病毒之實例包括小鼠幹細胞病毒、鼠類白血病病毒、貓白血病病毒、貓肉瘤病毒及禽類網狀內皮細胞增生病毒。
「慢病毒載體」包括用於基因遞送之HIV類慢病毒載體，其可為整合或未整合的，具有相對較大封裝能力，且可轉導一系列不同細胞類型。慢病毒載體通常在將三個(封裝、包膜及轉移)或更多個質體短暫轉染至生產細胞中之後產生。與HIV相同，慢病毒載體經由病毒表面醣蛋白與細胞表面上之受體的相互作用而進入目標細胞。在進入後，病毒RNA進行反轉錄，此係由病毒反轉錄酶複合體所介導。反轉錄之產物為雙股線性病毒DNA，其為整合至感染細胞之DNA中病毒之受質。
在某些實施例中，病毒載體可為γ逆轉錄病毒屬，例如莫洛尼鼠類白血病病毒(MLV)衍生之載體。在其他實施例中，病毒載體可為更複雜反轉錄病毒衍生之載體，例如慢病毒衍生之載體。HIV-1衍生之載體屬於此類別。其他實例包括衍生自HIV-2、FIV、馬感染性貧血病毒、SIV及馬迪-維斯納病毒(Maedi-Visna virus) (綿羊慢病毒)之慢病毒載體。使用反轉錄病毒及慢病毒病毒載體及封裝細胞以便用含有轉殖基因之病毒粒子轉導哺乳動物宿主細胞的方法為此項技術中已知的且先前已描述於例如以下中：美國專利第8,119,772號；Walchli等人,PLoS One 6 :327930, 2011；Zhao等人,J. Immunol. 174 :4415, 2005；Engels等人,Hum. Gene Ther. 14 :1155, 2003；Frecha等人,Mol. Ther .18 :1748, 2010；及Verhoeyen等人,Methods Mol. Biol. 506 :97, 2009。反轉錄病毒及慢病毒載體構築體及表現系統亦為可商購的。其他病毒載體亦可用於包括DNA病毒載體之聚核苷酸遞送，該等DNA病毒載體包括例如腺病毒類載體及腺相關病毒(AAV)類載體；衍生自單純疱疹病毒(HSV)之載體，包括擴增子載體、複製缺陷型HSV及減毒性HSV (Krisky等人, Gene Ther. 5:1517, 1998)。
可用於本揭露內容之組成物及方法的其他載體包括衍生自桿狀病毒及α-病毒之載體。(Jolly, D J. 1999. Emerging Viral Vectors.第209-40頁in Friedmann T.編輯. The Development of Human Gene Therapy. New York: Cold Spring Harbor Lab)，或質體載體(諸如睡美人或其他轉位子載體)。
當病毒載體基因體包含待在宿主細胞中表現之多個聚核苷酸作為單獨轉錄物時，病毒載體亦可包含在二個(或更多個)轉錄物之間允許雙順反子或多順反子表現的額外序列。用於病毒載體之此類序列的實例包括內部核糖體入口位點(IRES)、弗林裂解位點、病毒2A肽或其任何組合。
本文中進一步描述質體載體，其包括編碼基於DNA之抗體或抗原結合片段的質體載體，用於向個體直接投予。
如本文所用，術語「宿主」係指靶向用異源核酸分子基因修飾以產生感興趣的多肽(例如，本揭露內容之抗體)的細胞或微生物。
宿主細胞可包括可接受載體或併入核酸或表現蛋白質之任何單獨的細胞或細胞培養物。該術語亦涵蓋宿主細胞之後代，不論基因或表現型上相同或不同。適合之宿主細胞可取決於載體，且可包括哺乳動物細胞、動物細胞、人類細胞、猿猴細胞、昆蟲細胞、酵母細胞及細菌細胞。此等細胞可藉由使用病毒載體、經由磷酸鈣沈澱之轉型作用、DEAE-聚葡萄糖、電穿孔、顯微注射或其他方法來誘導以併入載體或其他物質。參見例如Sambrook等人,Molecular Cloning:  A Laboratory Manual 2d編輯. (Cold Spring Harbor Laboratory, 1989)。
在SARS-CoV-2感染之情形下，「宿主」係指感染SARS-CoV-2之細胞或個體。
如本文所用，「抗原」或「Ag」係指引起免疫反應之免疫原性分子。此免疫反應可涉及抗體產生、特異性免疫學上感受態細胞之活化、補體活化、抗體依賴性細胞毒性或其任何組合。抗原(免疫原性分子)可為例如肽、醣肽、多肽、醣多肽、聚核苷酸、多醣、脂質或其類似物。容易地顯而易見，抗原可由生物樣品合成、以重組方式產生或自其衍生。可含有一或多個抗原之例示性生物樣品包括組織樣品、糞便樣品、細胞、生物流體或其組合。抗原可藉由已經修飾或遺傳工程化以表現抗原之細胞產生。抗原亦可存在於SARS-CoV-2 (例如，表面醣蛋白或其部分)中，諸如存在於病毒粒子中，或在由SARS-CoV-2感染之細胞表面上表現或呈遞。
術語「表位」或「抗原表位」包括由諸如免疫球蛋白之同源結合分子或其他結合分子、域或蛋白質識別且特異性結合的任何分子、結構、胺基酸序列或蛋白質決定子。表位決定子通常含有分子，諸如胺基酸或糖側鏈之化學活性表面群組，且可具有特定三維結構特性以及荷質比特性。當抗原為或包含肽或蛋白質時，表位可包括連續胺基酸(例如，線性表位)，或可包括來自蛋白質之不同部分或區的因蛋白質摺疊而接近之胺基酸(例如，非連續或構象表位)，或與蛋白質摺疊無關的緊密相鄰的非鄰接胺基酸。 抗體、抗原結合片段及組成物
某些本發明所揭露之方法及用途包含向個體投予包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)且能夠結合至SARS-CoV-2之表面醣蛋白(例如，作為表現於宿主細胞之細胞表面上及/或SARS-CoV-2病毒粒子上)的抗體或其抗原結合片段，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3。
在本文進一步描述之某些較佳實施例中，用於方法中之抗體或其抗原結合片段包含分別在SEQ ID NO.:106、121、108、169、170及171中所闡述，或分別在SEQ ID NO.:106、107、108、169、170及171中所闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。在某些實施例中，用於方法中之抗體或其抗原結合片段包含SEQ ID NO.:113或105中所闡述之該VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:168中所闡述之該VL胺基酸序列。
在某些實施例中，用於方法中之抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2表面醣蛋白表位或包含該表位之抗原結合或聯合，但不與樣品中之任何其他分子或組分顯著結合或聯合。
在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2表面醣蛋白表位結合或聯合(例如，結合)，且亦可與來自存在於樣品中之另一冠狀病毒(例如，SARS CoV)的表位結合或聯合，但不與樣品中之任何其他分子或組分顯著結合或聯合。換言之，在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2及一或多個額外冠狀病毒交叉反應。
在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段特異性結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白。如本文所用，「特異性結合」係指抗體或抗原結合片段與抗原之締合或聯合的親和力或Ka (亦即，特定結合相互作用之平衡結合常數，單位為1/M)等於或大於105 M-1 (其等於此締合反應之締合速率[Kon ]與解離速率[Koff ]的比率)，但不與樣品中之任何其他分子或組分顯著締合或聯合。或者，親和力可定義為特定結合相互作用之平衡解離常數(KD )，單位為M (例如，10-5 M至10-13 M)。抗體可分類為「高親和力」抗體或「低親和力」抗體。「高親和力」抗體係指Ka 為至少107 M-1 、至少108 M-1 、至少109 M-1 、至少1010 M-1 、至少1011 M-1 、至少1012 M-1 或至少1013 M-1 的彼等抗體。「低親和力」抗體係指Ka 為至多107 M-1 、至多106 M-1 、至多105 M-1 的彼等抗體。或者，親和力可定義為特定結合相互作用之平衡解離常數(KD )，單位為M (例如，10-5 M至10-13 M)。
已知用於鑑別結合特定目標之本揭露內容的抗體以及確定結合域或結合蛋白質親和力的多種分析，諸如西方墨點、ELISA (例如，直接、間接或夾心)、分析型超速離心、光譜法及表面電漿子共振(Biacore®)分析(參見例如， Scatchard等人,Ann. N.Y. Acad. Sci. 51 :660, 1949；Wilson,Science 295 :2103, 2002；Wolff等人,Cancer Res. 53 :2560, 1993；及美國專利第5,283,173, 5,468,614號或等效物)。用於評定親和力或表觀親和力或相對親和力之分析為已知的。
結合可藉由例如在宿主細胞中以重組方式表現SARS-CoV-2抗原(例如，藉由轉染)，及用抗體對(例如，固定的，或固定的及預滲透的)宿主細胞免疫染色，及藉由流式細胞術(例如，使用ZE5細胞分析儀(BioRad®)及FlowJo軟體(TreeStar)分析結合來確定。在一些實施例中，陽性結合可由表現SARS-CoV-2之細胞相對於對照(例如，模擬)細胞之抗體的不同染色來定義。
在一些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白質，如使用生物層干涉法所量測。在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白，其中KD 低於約4.5x10-9 M、低於約5x10-9 M、低於約1x10-10 M、低於約5x10-10 M、低於約1x10-11 M、低於約5x10-11 M、低於約1x10-12 M或低於約5x10-12 M。在一些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白RBD，其中KD 低於約4.5x10-9 M、低於約5x10-9 M、低於約1x10-10 M、低於約5x10-10 M、低於約1x10-11 M、低於約5x10-11 M、低於約1x10-12 M或低於約5x10-12 M。在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白(例如，醣化或去醣化S蛋白RBD)，其中KD 、ka 及/或kd 如本文所示。在特定實施例中，抗體或抗原結合片段能夠結合至醣化S蛋白RBD，其中KD 為約0.35、約0.36、約0.37、約0.38、約0.39、約0.40、約0.41、約0.42、約0.43、約0.44或約0.45 nM，ka 為約8.5e4 1/Ms及/或kd 為約3.3e-5 1/S。在某些實施例中，抗體或抗原結合片段能夠結合至去醣化S蛋白RBD，其中KD 為0.95、約0.96 nM、約0.97 nM、約0.98 nM、約0.99 nM、約1.0 nM、約1.1 nM、約1.2 nM、約1.3 nM、約1.4 nM、約1.5 nM或約1.6nM，ka 為約3.1e5 1/Ms及/或kd 為約3.2e-4 1/S。
在某些實施例中，抗體或抗原結合片段能夠中和SARS-CoV-2之感染。如本文所用，「中和抗體」為可中和，亦即防止、抑制、減少、阻礙或干擾病原體在宿主中引發及/或維持感染之能力。術語「中和抗體」及「用以中和之抗體」或「用以中和之抗體」在本文中可互換使用。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，抗體或抗原結合片段能夠預防及/或中和在活體外感染模型中及/或在活體內動物感染模型及/或人類中之SARS-CoV-2感染。在一些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段能夠以約16 μg/ml至約20 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染。在一些實施例中，抗體或抗原結合片段能夠中和SARS-CoV-2感染，或用SARS-CoV-2假模式化之病毒，其中IC50為約0.3至約0.4 μg/ml。在一些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段或包含二個或更多個抗體或抗原結合片段之組成物能夠中和SARS-CoV-2感染，或用SARS-CoV-2假模式化之病毒，其中IC50為約0.07至約0.08 μg/ml。
在某些實施例中，抗體或抗原結合片段(i)識別SARS-CoV-2之ACE2受體結合模體(RBM，SEQ ID NO.:167)中的表位；(ii)能夠阻斷SARS-CoV-2與ACE2之間的相互作用；(ii)能夠以比結合至SARS冠狀病毒S蛋白更大的親合力結合至SARS-CoV-2 S蛋白；(iv)當抗體或抗原結合片段以10 µg/ml (例如，如由流式細胞測量術ELISA確定染色)呈遞時，能夠在約100 µL之包含約50,000個目標細胞(例如，ExpiCHO細胞)的樣品中染色約30%、約35%、約40%、約50%、約55%、約56%、約57%、約58%、約59%、約60%或更多表現SARS-CoV-2表面醣蛋白之目標細胞；(v)識別在SARS-CoV-2之ACE2 RBM中及在SARS冠狀病毒之ACE2 RBM中守恆的表位；(vi)針對SARS-CoV-2及SARS冠狀病毒交叉反應；(vii)識別未在ACE2 RBM中在SARS-CoV-2表面醣蛋白中之表位；或(viii)(i)-(vii)之任何組合。
除非本文中明確地定義，否則熟習此項抗體技術者理解之術語各自賦予此項技術中獲得之含義。舉例而言，術語「抗體」係指包含藉由二硫鍵互連之至少二個重(H)鏈及二個輕(L)鏈的完整抗體，以及具有或保持結合至由完整抗體所識別之抗原目標分子之能力的完整抗體之任何抗原結合部分或片段，諸如scFv、Fab或Fab'2片段。因此，本文中術語「抗體」係在最廣泛的意義上使用且包括多株及單株抗體，包括完整抗體及其功能性(抗原結合)抗體片段，包括抗原結合片段(Fab)片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、重組IgG (rIgG)片段、單鏈抗體片段，包括單鏈可變片段(scFv)，及單域抗體(例如sdAb、sdFv、奈米抗體)片段。該術語涵蓋免疫球蛋白之經基因工程改造及/或以其他方式修飾之形式，諸如胞內抗體、肽體、嵌合抗體、完全人類抗體、人源化抗體，及異結合抗體、多特異性(例如雙特異性)抗體、雙功能抗體、三功能抗體及四功能抗體、串聯二scFv、串聯三scFv。除非另有說明，否則術語「抗體」應理解為涵蓋其功能性抗體片段。該術語亦涵蓋完整或全長抗體，包括任何種類或亞類的抗體，包括IgG及其子類(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgM、IgE、IgA及IgD。
術語「VL 」或「VL」及「VH 」或「VH」係指分別來自抗體輕鏈及抗體重鏈之可變結合區。在某些實施例中，VL為卡帕(κ)類(本文中亦為「VK」)。在某些實施例中，VL為拉姆達(λ)類。可變結合區包含稱為「互補決定區」(CDR)及「構架區」(FR)之分散的定義明確的子區。術語「互補決定區」及「CDR」與「高變區」或「HVR」同義，且係指抗體可變區內之胺基酸序列，其一般而言一同賦予抗原特定性及/或該抗體之結合親和力，其中連續CDR (亦即，CDR1及CDR2，CDR2及CDR3)在一級結構中藉由構架區彼此分離。在各可變區中存在三個CDR (HCDR1、HCDR2、HCDR3；LCDR1、LCDR2、LCDR3；分別亦稱為CDRH及CDRL)。在某些實施例中，抗體VH包含如下四個FR及三個CDR：FR1-HCDR1-FR2-HCDR2-FR3-HCDR3-FR4；且抗體VL包含如下四個FR及三個CDR：FR1-LCDR1-FR2-LCDR2-FR3-LCDR3-FR4。一般而言，VH及VL經由其對應的CDR共同形成抗原結合位點。
如本文所用，CDR之「變異體」係指具有至多1至3個胺基酸取代(例如，守恆或非守恆取代)、刪除或其組合之CDR序列的功能變異體。
可根據任何已知方法或方案，諸如Kabat、Chothia、EU、IMGT或AHo編號方案對CDR及構架區進行編號(參見例如， Kabat等人, 「Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept. Health and Human Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991, 5th 編輯.；Chothia and Lesk,J. Mol. Biol. 196 :901-917 (1987))；Lefranc等人,Dev. Comp. Immunol. 27 :55, 2003；Honegger and Plückthun,J. Mol. Bio. 309 :657-670 (2001))。等效殘基位置可使用抗原受體編號及受體分類(ANARCI)軟體工具(2016，Bioinformatics 15:298-300)標註且比較不同分子。
因此，根據一個編號方案鑑別如本文所提供之例示性可變域(VH或VL)序列的CDR不包括包含使用不同編號方案確定的相同可變域之CDR的抗體。在某些實施例中，提供抗體或抗原結合片段，其包含根據SEQ ID NO.: 1、9-15、23、24、27、28-46、55、63、79、87、95、103、105、113-120、129-146、155、172、176-178、194、196、198、200、202及239中之任一者在VH序列中鑑別之CDR，及根據SEQ ID NO.: 5、47-50、59、67、71-72、75、76、83、91、99、109、147-150、159、168、182、190、234及243中之任一者在VL序列中鑑別之CDR，如使用任何已知CDR編號方法確定，包括Kabat、Chothia、EU、IMGT、Martin (增強之Chothia)、接觸及AHo編號方法。在一些實施例中，CDR係根據IMGT編號方法。在某些實施例中，CDR係根據由化學計算組(CCG)研發之抗體編號方法；例如使用分子操作環境(MOE)軟體。
在某些實施例中，抗體或抗原結合片段包含分別根據SEQ ID NO.:106、121或107、108、169、170或171之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
在一些實施例中，提供一種抗體或抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中：(i)CDRH1包含或其組成為根據SEQ ID NO.: 2、56、64、80、88、96、106、156、179、195或240中之任一者的胺基酸序列，或包含一個、二個或三個酸取代之其序列變異體，該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或對經生殖系編碼之胺基酸的取代；(ii) CDRH2包含或其組成為根據SEQ ID NO.: 3、16-22、57、65、81、89、97、107、121-126、157、180、197、199或241中之任一者的胺基酸序列，或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體，該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或對經生殖系編碼之胺基酸的取代；(ii) CDRH3包含或其組成為根據SEQ ID NO.: 4、25、26、58、66、82、90、98、104、108、127、128、158、181、201、203或242中之任一者的胺基酸序列，或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體，該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或對經生殖系編碼之胺基酸的取代；(iv) CDRL1包含或其組成為根據SEQ ID NO.: 6、51-54、60、68、73、74、84、92、100、110、160、169、183、235或244中之任一者的胺基酸序列，或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體，該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或對經生殖系編碼之胺基酸的取代；(v) CDRL2包含或其組成為根據SEQ ID NO.: 7、61、69、85、93、101、111、161、170、184、236或245中之任一者的胺基酸序列，或包含具有一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體，該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或對經生殖系編碼之胺基酸的取代；及/或(vi) CDRL3包含或其組成為根據SEQ ID NO.: 8、62、70、77、78、86、94、102、112、151、152、153、154、162、171、185、237或246中之任一者的胺基酸序列，或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體，該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或對經生殖系編碼之胺基酸的取代，其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至表現於宿主細胞之細胞表面上的SARS-CoV-2的表面醣蛋白。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，抗體或抗原結合片段能夠預防及/或中和在活體外感染模型中及/或在活體內動物感染模型及/或人類中之SARS-CoV-2感染。
術語「CL」係指「免疫球蛋白輕鏈恆定區」或「輕鏈恆定區」，亦即來自抗體輕鏈之恆定區。術語「CH」係指「免疫球蛋白重鏈恆定區」或「重鏈恆定區」，根據抗體同型可進一步分為CH1、CH2及CH3 (IgA、IgD、IgG)或CH1、CH2、CH3，及CH4域(IgE，IgM)。抗體重鏈之Fc區進一步描述於本文中。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含CL、CH1、CH2及CH3中之任一者或多者。在某些實施例中，CL包含與胺基酸序列SEQ ID NO.:174或SEQ ID NO.:193具有90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的胺基酸序列。在某些實施例中，CH1-CH2-CH3包含與胺基酸序列SEQ ID NO.:173或SEQ ID NO.:175具有90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的胺基酸序列。
應理解，例如在哺乳動物細胞株中產生可移除抗體重鏈之一或多個C端離胺酸(參見例如Liu等人，mAbs 6(5):1145-1154 (2014))。因此，本揭露內容之抗體或抗原結合片段可包含重鏈、CH1-CH3、CH3或Fc多肽，其中存在或不存在C端離胺酸殘基；換言之，涵蓋其中重鏈、CH1-CH3或Fc多肽之C端殘基不為離胺酸的實施例，及其中離胺酸為C端殘基的實施例。缺乏C端離胺酸之CH1-CH3胺基酸序列的實例提供於SEQ ID NO.:265及266中。
在某些實施例中，組成物包含本揭露內容之多個抗體及/或抗原結合片段，其中一或多個抗體或抗原結合片段不包含在重鏈、CH1-CH3或Fc多肽之C端處的離胺酸殘基，且其中一或多個抗體或抗原結合片段包含在重鏈、CH1-CH3或Fc多肽之C端處的離胺酸殘基。
「Fab」(抗原結合片段)為結合至抗原之抗體的一部分，且包括可變區及經由鏈間二硫鍵連接至輕鏈之重鏈的CH1。各Fab片段就抗原結合而言係單價的，亦即，其具有單一抗原結合位點。用胃蛋白酶處理抗體產生單一大型F(ab')2片段，其大致對應於具有二價抗原結合活性且仍能夠交聯抗原之二個二硫鍵連接的Fab片段。Fab及F(ab')2二者為「抗原結合片段」的實例。Fab'片段與Fab片段不同之處在於，Fab'片段在CH1域之羧基端具有額外的極少殘基，包括一或多個來自抗體鉸鏈區之半胱胺酸。Fab'-SH係其中恆定域之半胱胺酸殘基具有游離硫醇基之Fab'在本文中的名稱。F(ab')2抗體片段最初係以其間具有鉸鏈半胱胺酸之Fab'片段對形式產生。抗體片段之其他化學偶合亦已知。
Fab片段可例如藉由肽連接子接合以形成單鏈Fab，在本文中亦稱為「scFab」。在此等實施例中，可能不會存在存在於原生Fab中之鏈間二硫鍵，且連接子完全或部分用以連接或連接單一多肽鏈中之Fab片段。重鏈衍生之Fab片段(例如，包含VH + CH1或「Fd」、由VH + CH1或「Fd」組成或基本上由VH + CH1或「Fd」組成)及輕鏈衍生之Fab片段(例如，包含VL + CL、由VL + CL組成或基本上由VL + CL組成)可以任何排列連接以形成scFab。舉例而言，scFab可根據(重鏈Fab片段-連接子-輕鏈Fab片段)或(輕鏈Fab片段-連接子-重鏈Fab片段)自N端至C端方向排列。用於scFab中之肽連接子及例示性連接子序列在本文中更詳細地論述。
scFab可包含本文所揭露之VH及VL序列之任何組合或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2或CDRL3序列之任何組合。在某些實施例中，scFab包含如SEQ ID NO: 105或SEQ ID NO: 113中所提供之VH序列及如SEQ ID NO: 168中所提供之VL序列。在某些實施例中，scFab包含如SEQ ID NO: 106中所提供之CDRH1序列、如SEQ ID NO: 107或121中所提供之CDRH2序列、如SEQ ID NO: 108中所提供之CDRH3序列、如SEQ ID NO: 169中所提供之CDRL1序列、如SEQ ID NO: 170中所提供之CDRL2序列及如SEQ ID NO: 171中所提供之CDRL3序列。在某些實施例中，scFab包含與SEQ ID NO.: 218-219或226-227中之任一者中所提供之胺基酸序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的胺基酸序列。
「Fv」為含有完整抗原識別及抗原結合位點之小抗體片段。此片段通常由緊密、非共價締合之一個重鏈可變區域與一個輕鏈可變區域之二聚體組成。然而，即使單一可變域(或僅包含對抗原具有特異性之三個CDR之Fv的一半)能夠識別且結合抗原，但通常親和力比整個結合位點低。
「單鏈Fv」(亦縮寫為「sFv」或「scFv」)為包含連接成單一多肽鏈的VH 及VL 抗體域的抗體片段。在一些實施例中，scFv多肽包含介於VH 與VL 域之間的多肽連接子，其使得scFv能夠形成用於抗原結合之所需結構。可使用在此項技術中熟知之標準技術將此類肽連接子併入至融合多肽中。關於scFv之評述，參見Pluckthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,第113卷, Rosenburg及Moore編，Springer-Verlag, New York,第269-315頁(1994)；Borrebaeck 1995，見下文。在某些實施例中，抗體或抗原結合片段包含scFv，該scFv包含VH域、VL域及將VH域連接至VL域之肽連接子。在特定實施例中，scFv包含藉由肽連接子連接至VL域之VH域，該肽連接子可呈VH-連接子-VL定向或呈VL-連接子-VH定向。本揭露內容之任何scFv可經工程化使得VL域之C端藉由短肽序列連接至VH域之N端，或反之亦然(亦即，(N)VL(C)-連接子-(N)VH(C)或(N)VH(C)-連接子-(N)VL(C)。或者，在一些實施例中，連接子可連接至VH域、VL域或二者之N端部分或末端。
肽連接子序列可例如基於以下進行選擇：(1)其能呈現可撓性延伸構形；(2)其不能或缺乏呈現可與第一及第二多肽上之及/或目標分子上之功能性表位相互作用的二級結構的能力；及/或(3)缺乏或相對缺乏可能與多肽及/或目標分子反應之疏水性或帶電殘基。關於連接子設計(例如，長度)之其他考慮因素可包括其中VH及VL可形成功能性抗原結合位點之構形或構形範圍。在某些實施例中，肽連接子序列含有例如Gly、Asn及Ser殘基。連接子序列中亦可包括其他幾乎中性的胺基酸，諸如Thr及Ala。可適用作連接子之其他胺基酸序列包括以下中所揭露之序列：Maratea等人，Gene 40:39 46 (1985)；Murphy等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:8258 8262 (1986)；美國專利第4,935,233號及美國專利第4,751,180號。連接子之其他例示性及非限制性實例可包括例如Glu-Gly-Lys-Ser-Ser-Gly-Ser-Gly-Ser-Glu-Ser-Lys-Val-Asp (SEQ ID NO: 215) (Chaudhary等人,  Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1066-1070 (1990))及Lys-Glu-Ser-Gly-Ser-Val-Ser-Ser-Glu-Gln-Leu-Ala-Gln-Phe-Arg-Ser-Leu-Asp (SEQ ID NO: 216) (Bird等人, Science 242:423-426 (1988))及五聚體Gly-Gly-Gly-Gly-Ser (SEQ ID NO: 217)，當存在於單一迭代中或重複1至5次或更多次時，或更高；參見例如SEQ ID NO: 213。可使用任何適合之連接子，且一般而言長度可為約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、15 23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100個胺基酸，或長度低於約200個胺基酸，且將較佳包含可撓性結構(可為經連接子連接之二個區域、域、模體、片段或模組之間的構象運動提供彈性及空間)，且將較佳為生物惰性的及/或在人類中具有免疫原性之低風險。例示性連接子包括包含以下或由以下組成之連接子：SEQ ID NO: 206-217中之任一者或多者中所闡述的胺基酸序列。在某些實施例中，連接子包含或其組成為與SEQ ID NO: 206-217中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少75% (亦即，至少約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高)之一致性的胺基酸序列。
scFv可使用本文所揭露之VH及VL序列之任何組合或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2或CDRL3序列之任何組合構築。在某些實施例中，scFv包含SEQ ID NO: 105或SEQ ID NO: 113中所提供之VH序列及SEQ ID NO: 168中所提供之VL序列。在某些實施例中，scFab包含如SEQ ID NO: 106中所提供之CDRH1序列、如SEQ ID NO: 107或121中所提供之CDRH2序列、如SEQ ID NO: 108中所提供之CDRH3序列、如SEQ ID NO: 169中所提供之CDRL1序列、如SEQ ID NO: 170中所提供之CDRL2序列及如SEQ ID NO: 171中所提供之CDRL3序列。在某些實施例中，scFv可包含如SEQ ID NO: 220-221或SEQ ID NO: 228-229中所提供之胺基酸序列。
在一些實施例中，不需要連接子序列；例如當第一及第二多肽具有可用於分離功能域且預防空間干擾之非必需N端胺基酸區時。
本文亦提供與本發明所揭露之(「親體」)抗體相比包含在可變區(例如，VH、VL、構架或CDR)中之一或多個胺基酸改變的變異體抗體，其中該變異體抗體能夠結合至SARS-CoV-2抗原。
在某些實施例中，VH包含或其組成為與根據SEQ ID NO.: 1、9-15、23、24、27、28-46、55、63、79、87、95、103、105、113-120、129-146、155、172、176-178、194、196、198、200、202及239中之任一者的胺基酸序列具有至少85% (亦即，85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)之一致性的胺基酸序列，其中該變化任擇地限於一或多個構架區及/或該變化包含對經生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代；及/或(ii) VL包含或其組成為與根據SEQ ID NO.: 5、47-50、59、67、71-72、75、76、83、91、99、109、147-150、159、168、182、190、234及243中之任一者的胺基酸序列具有至少85% (亦即，85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)之一致性的胺基酸序列，其中該變化任擇地限於一或多個構架區及/或該變化包含對經生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代。
在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含VH及VL，該VH包含根據SEQ ID NO: 105之胺基酸序列或由其組成，且該VL包含根據SEQ ID NO: 168之胺基酸序列或由其組成。在其他實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含VH及VL，該VH包含根據SEQ ID NO: 105之胺基酸序列或由其組成，且該VL包含根據SEQ ID NO: 168之胺基酸序列或由其組成；且該抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白，其中KD 低於約4.5x10-9 M、低於約5x10-9 M、低於約1x10-10 M、低於約5x10-10 M、低於約1x10-11 M、低於約5x10-11 M、低於約1x10-12 M或低於約5x10-12 M。在另外其他實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含VH及VL，該VH包含根據SEQ ID NO: 105之胺基酸序列或由其組成，且該VL包含根據SEQ ID NO: 168之胺基酸序列或由其組成；且該抗體或抗原結合片段能夠中和SARS-CoV-2感染，或用SARS-CoV-2假模式化之病毒，其中IC50為約0.3至約0.4 μg/ml。
在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含VH及VL，該VH包含根據SEQ ID NO: 105之胺基酸序列或由其組成，且該VL包含根據SEQ ID NO: 168之胺基酸序列或由其組成；且該抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2蛋白質RBD，其中EC50為約11至約25 ng/ml。在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含VH及VL，該VH包含根據SEQ ID NO: 113之胺基酸序列或由其組成，且該VL包含根據SEQ ID NO: 168之胺基酸序列或由其組成；且該抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白RBD，其中EC50為約9至約23 ng/ml。在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含VH及VL，該VH包含根據SEQ ID NO: 129之胺基酸序列或由其組成，且該VL包含根據SEQ ID NO: 168之胺基酸序列或由其組成；且該抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白RBD，其中EC50為約8至約22 ng/ml。在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含VH及VL，該VH包含根據SEQ ID NO: 119之序列或由其組成，且該VL包含根據SEQ ID NO: 168之序列或由其組成；且該抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白RBD，其中EC50為約8至約22 ng/ml。在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含VH及VL，該VH包含根據SEQ ID NO: 172之胺基酸序列或由其組成，且該VL包含根據SEQ ID NO: 168之胺基酸序列或由其組成；且該抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白RBD，其中EC50為約7至約19 ng/ml。
在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段為單特異性(例如，結合至單一表位)或多特異性的(例如，結合至多個表位及/或目標分子)。抗體及抗原結合片段可以多種形式構築。例示性抗體形式揭露於Spiess等人, Mol. Immunol. 67(2):95 (2015)中，且揭露於Brinkmann and Kontermann, mAbs 9(2):182-212 (2017)中，其形式及其製備方法以引用的方式併入本文中且包括例如雙特異性T細胞銜接器(BiTEs)、DARTs、杵臼結構(KIH)組件、scFv-CH3-KIH組件、KIH共同輕鏈抗體、TandAbs、三體(Triple Bodies)、TriBi迷你抗體、Fab-scFv、scFv-CH-CL-scFv、F(ab')2-scFv2、四價HCabs、胞內抗體、CrossMabs、雙功能Fabs (DAFs) (二合一或四合一)、DutaMabs、DT-IgG、電荷對、Fab臂交換、SEEDbodies、Triomabs、LUZ-Y組件、Fcabs、κλ-體、正交Fabs、DVD-Igs (例如，美國專利案第8,258,268號，其形式以全文引用之方式併入本文中)、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L,H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Ig、Zybody及DVI-IgG (四合一)、以及所謂的FIT-Ig (例如，PCT公開案第WO 2015/103072號，其形式以全文引用之方式併入本文中)、所謂的WuxiBody形式(例如，PCT公開案第WO 2019/057122號，其形式以全文引用之方式併入本文中)及所謂的In-Elbow-Insert Ig形式(IEI-Ig，例如PCT公開案第WO 2019/024979及WO 2019/025391號，其形式以全文引用之方式併入本文中)。
在某些實施例中，抗體或抗原結合片段包含VH域、二個或更多個VL域或二者(亦即，二個或更多個VH域及二個或更多個VL域)中之二者或更多者。在特定實施例中，抗原結合片段包含形式(N端至C端方向) VH-連接子-VL-連接子-VH-連接子-VL，其中該等二個VH序列可能相同或不同，且二個VL序列可能相同或不同。此類連接之scFv可包括配置成結合至給定目標之VH及VL域的任何組合，且呈包含二個或更多個VH及/或二個或更多個VL之形式，可結合一個、二個或更多個不同表位或抗原。應瞭解，併入多個抗原結合域之形式可包括以任何組合或定向之VH及/或VL序列。舉例而言，抗原結合片段可包含形式VL-連接子-VH-連接子-VL-連接子-VH、VH-連接子-VL-連接子-VL-連接子-VH或VL-連接子-VH-連接子-VH-連接子-VL。
本揭露內容之構築的單特異性或多特異性抗體或抗原結合片段包含本文中所揭露之VH及VL序列之任何組合及/或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3序列之任何組合。在某些實施例中，抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NO: 105或SEQ ID NO: 113中所提供之VH序列及SEQ ID NO: 168中所提供之VL序列。在某些實施例中，抗體或抗原結合片段包含如SEQ ID NO: 106中所提供之CDRH1序列、如SEQ ID NO: 107或121中所提供之CDRH2序列、如SEQ ID NO: 108中所提供之CDRH3序列、如SEQ ID NO: 169中所提供之CDRL1序列、如SEQ ID NO: 170中所提供之CDRL2序列及如SEQ ID NO: 171中所提供之CDRL3序列。在某些實施例中，抗體或抗原結合片段包含如SEQ ID NO: 222-225或SEQ ID NO: 230-233中所提供之胺基酸序列。在一些實施例中，雙特異性或多特異性抗體或抗原結合片段可包含本揭露內容之一個、二個或更多個抗原結合域(例如，VH及VL)。可能存在結合至相同或不同SARS-CoV-2表位之二個或更多個結合域，且在一些實施例中，如本文所提供之雙特異性或多特異性抗體或抗原結合片段可包含另一SARS-CoV-2結合域，及/或可包含一起結合至不同抗原或病原體之結合域。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，抗體或抗原結合片段可為多特異性的；例如雙特異性、三特異性或其類似性質。
在某些實施例中，抗體或抗原結合片段包含：(i)第一VH及第一VL；及(ii)第二VH及第二VL，其中該第一VH及第二VH不同且各自獨立地包含與SEQ ID NO.: 1、9-15、23、24、27-46、55、63、79、87、95、103、105、113-120、129-146、155、172、176-178、194、196、198、200、202及239中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少85% (亦即，85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)之一致性的胺基酸序列，且其中該第一VL及第二VL不同且各自獨立地包含與SEQ ID NO.: 5、47-50、59、67、71、72、75、76、83、91、99、109、147-150、159、168、182、190、234及243中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少85% (亦即，85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)之一致性的胺基酸序列，且其中第一VH與第一VL共同形成第一抗原結合位點，且其中第二VH與第二VL共同形成第二抗原結合位點。
在某些實施例中，抗體或抗原結合片段包含Fc多肽或其片段。「Fc」片段或Fc多肽包含藉由二硫鍵固持在一起的二個抗體H鏈的羧基端部分(亦即，IgG之CH2及CH3域)。抗體「效應功能」係指可歸因於抗體之Fc區(例如原生序列Fc區或胺基酸序列變異Fc區)的彼等生物活性，且隨抗體同型而變化。抗體效應功能之實例包括：C1q結合及補體依賴性細胞毒性；Fc受體結合；抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)；吞噬作用；細胞表面受體(例如B細胞受體)之下調；及B細胞活化。如本文所論述，可對Fc域進行修飾(例如，胺基酸取代)，以便改變(例如，改進、減低或消除)含Fc之多肽(例如，本揭露內容之抗體)的一或多種功能性。此類功能包括例如Fc受體(FcR)結合、抗體半衰期調節(例如，藉由結合至FcRn)、ADCC功能、蛋白質A結合、蛋白質G結合及補體結合。改變(例如，改進、減低或消除)Fc功能性之胺基酸修飾包括例如T250Q/M428L、M252Y/S254T/T256E、H433K/N434F、M428L/N434S、E233P/L234V/L235A/G236 + A327G/A330S/P331S、E333A、S239D/A330L/I332E、P257I/Q311、K326W/E333S、S239D/I332E/G236A、N297Q、K322A、S228P、L235E + E318A/K320A/K322A、L234A/L235A (在本文中亦稱為「LALA」)及L234A/L235A/P329G突變，該等突變概述且標註於由InvivoGen (2011)所公開且在invivogen.com/PDF/review/review-Engineered-Fc-Regions-invivogen.pdf?utm _source=review&utm_medium=pdf&utm_campaign=review&utm_content=Engineered-Fc-Regions下線上可用之「工程化Fc區」，且以全文引用之方式併入本文中。
舉例而言，為了活化補體級聯，當免疫球蛋白分子附接至抗原目標時，C1q蛋白質複合物可結合至IgG1之至少二個分子或IgM之一個分子(Ward, E. S.及Ghetie, V.,Ther. Immunol. 2 (1995) 77-94)。Burton, D. R.描述(Mol. Immunol. 22 (1985) 161-206)包含胺基酸殘基318至337之重鏈區參與補體結合。Duncan, A. R.及Winter, G. (Nature 332 (1988) 738-740)使用定點突變報導Glu318、Lys320及Lys322形成與C1q之結合位點。Glu318、Lys320及Lys 322殘基在C1q結合中之作用係藉由含有此等殘基之短合成肽抑制補體介導之溶解的能力證實。
舉例而言，FcR結合可藉由Fc部分(抗體之Fc部分)與Fc受體(FcR)之相互作用介導，該Fc受體為在包括造血細胞之細胞上經特殊化的細胞表面受體。Fc受體屬於免疫球蛋白超家族，且表明介導藉由免疫複合體之吞噬作用移除經抗體塗佈之病原體及經由抗體依賴性細胞介導之細胞毒性溶解紅血球及塗佈有對應抗體之各種其他細胞目標(例如腫瘤細胞)二者(ADCC；Van de Winkel, J. G., and Anderson, C. L.,J. Leukoc. Biol. 49 (1991) 511-524)。FcRs由其對免疫球蛋白類型之特定性定義；針對IgG抗體之Fc受體被稱為FcγR，針對IgE被稱為FcεR，針對IgA被稱為FcαR等等，且新生兒Fc受體被稱為FcRn。Fc受體結合描述於例如Ravetch, J. V., and Kinet, J. P.,Annu. Rev. Immunol. 9 (1991) 457-492；Capel, P. J.等人,Immunomethods 4 (1994) 25-34；de Haas, M.等人,J Lab. Clin. Med. 126 (1995) 330-341；及Gessner, J. E.等人,Ann. Hematol. 76 (1998) 231-248。
受體對原生IgG抗體之Fc域(FcγR)的交聯觸發多種效應功能，包括吞噬作用、抗體依賴性細胞毒性，及炎性介體釋放，以及免疫複合物清除及對抗體產生的調控。本文中涵蓋提供受體(例如，FcγR)之交聯的Fc部分。在人類中，迄今為止已表徵三種類別之FcγR，其為：(i) FcγRI (CD64)，其以較高親和力結合單體IgG且在巨噬細胞、單核細胞、嗜中性白血球及嗜酸性白血球上表現；(ii) FcγRII (CD32)，其以中等至較低親和力結合複合的IgG，尤其在白細胞上廣泛表現，咸信為抗體介導之免疫性之核心參與者，且其可分成FcγRIIA、FcγRIIb及FcγRIIC，其在免疫系統中執行不同功能，但以較低親和力結合至IgG-Fc，且此等受體之胞外域為高度同源的；及(iii) FcγRIII (CD16)，其以中等至較低親和力結合IgG且已發現呈二種形式：FcγRIIIA，其已在NK細胞、巨噬細胞、嗜酸性白血球及一些單核細胞及T細胞上發現且咸信介導ADCC；及FcγRIIIB，其高度表現於嗜中性白血球上。
在許多涉及殺傷作用之細胞(例如巨噬細胞、單核細胞、嗜中性白血球)上發現FcγRIIA，且其似乎能夠活化殺傷過程。FcγRIIB似乎在抑制過程中起一定作用，且在B細胞、巨噬細胞上及肥大細胞及嗜酸性白血球上發現FcγRIIB。重要的是，已顯示75%之所有FcγRIIb發現於肝臟中(Ganesan, L. P.等人, 2012: 「FcγRIIb on liver sinusoidal endothelium clears small immune complexes」 Journal of Immunology 189: 4981-4988)。FcγRIIB在肝竇內皮(稱為LSEC)上充分表現，且在肝臟及LSEC中之庫弗細胞中為小免疫複合體清除之主要部位(Ganesan, L. P.等人, 2012: FcγRIIb on liver sinusoidal endothelium clears small immune complexes. Journal of Immunology 189: 4981-4988)。
在一些實施例中，本文中所揭露之抗體及其抗原結合片段包含用於結合至FcγRIIb，尤其Fc區之Fc多肽或其片段，諸如IgG型抗體。此外，有可能藉由引入如Chu, S. Y.等人, 2008: Inhibition of B cell receptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-engineered antibodies. Molecular Immunology 45, 3926-3933所述之突變S267E及L328F對Fc部分工程化以促進FcγRIIb結合。藉此，可增強免疫複合體之清除(Chu, S.等人, 2014: Accelerated Clearance of IgE In Chimpanzees Is Mediated By Xmab7195, An Fc-Engineered Antibody With Enhanced Affinity For Inhibitory Receptor FcγRIIb. Am J Respir Crit, American Thoracic Society International Conference Abstracts)。在一些實施例中，本揭露內容之抗體或其抗原結合片段包含具有突變S267E及L328F之經工程化Fc部分，尤其如以下所述：Chu, S. Y.等人, 2008: Inhibition of B cell receptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-engineered antibodies. Molecular Immunology 45, 3926-3933。
在B細胞上，FcγRIIb可用以抑制免疫球蛋白進一步產生及同型轉換為例如IgE類。在巨噬細胞上，認為FcγRIIb抑制如經由FcγRIIA介導之吞噬作用。在嗜酸性白血球及肥大細胞上，B形式可經由IgE結合至其單獨受體而有助於抑制此等細胞之活化。
關於FcγRI結合，E233-G236、P238、D265、N297、A327及P329中之至少一者的原生IgG中之修飾減少結合至FcγRI。取代至對應位置IgG1及IgG4中之位置233-236處的IgG2殘基使IgG1及IgG4與FcγRI之結合減少103 倍，且消除人類單核細胞對抗體致敏型紅細胞之反應(Armour, K. L.,等人.Eur. J. Immunol. 29 (1999) 2613-2624)。
關於FcγRII結合，發現針對FcγRIIA之結合降低，例如針對E233-G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、R292及K414中之至少一者的IgG突變。
人類FcγRIIA之二個等位基因形式為「H131」變異體，其以較高親和力結合至IgG1 Fc；及「R131」變異體，其以較低親和力結合至IgG1 Fc。參見例如， Bruhns等人,Blood 113 :3716-3725 (2009)。
關於FcγRIII結合，發現與FcγRIIIA之結合降低，例如針對E233-G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、S239、E269、E293、Y296、V303、A327、K338及D376中之至少一者的突變。在人類IgG1上映射Fc受體之結合位點、上述突變位點及用於量測FcγRI及FcγRIIA結合之方法描述於Shields, R. L.等人, J. Biol. Chem. 276 (2001) 6591-6604中。
人類FcγRIIIA之二個等位基因形式為「F158」變異體，其以較低親和力結合至IgG1 Fc；及「V158」變異體，其以較高親和力結合至IgG1 Fc。參見例如， Bruhns等人,Blood 113 :3716-3725 (2009)。
關於結合至FcγRII，原生IgG Fc之二個區似乎參與FcγRIIs及IgG之間的相互作用，即(i) IgG Fc之下部鉸鏈部位，尤其胺基酸殘基L、L、G、G (234 - 237，EU編號)，及(ii) IgG Fc之CH2域的相鄰區，尤其鄰近於下部鉸鏈區之上部CH2域(例如，在P331區)中的環及帶(Wines, B.D.,等人, J. Immunol. 2000；164: 5313 - 5318)。此外，FcγRI似乎結合至IgG Fc上之相同位點，而FcRn及蛋白質A結合至IgG Fc上之不同位點，其似乎在CH2-CH3界面處(Wines, B.D.,等人, J. Immunol. 2000；164: 5313 - 5318)。
亦涵蓋增加本揭露內容之Fc多肽或其片段與(亦即，一或多個) Fcγ受體之結合親和力的突變(例如，與參考Fc多肽或其片段或含有不包含一或多個突變之多肽或其片段相比)。參見例如， Delillo及Ravetch, Cell 161(5):1035-1045 (2015)及Ahmed等人, J. Struc. Biol. 194(1):78 (2016)，Fc突變及其技術以引用之方式併入本文中。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，抗體或抗原結合片段可包含Fc多肽或其片段，其包含選自G236A；S239D；A330L及I332E之突變；或包含該等突變中之任何二者或更多者的組合；例如S239D/I332E；S239D/A330L/I332E；G236A/S239D/I332E；G236A/A330L/I332E (在本文中亦稱為「GAALIE」)；或G236A/S239D/A330L/I332E。在一些實施例中，Fc多肽或其片段不包含S239D。
在某些實施例中，Fc多肽或其片段可包含以下或由以下組成：參與結合至FcRn結合之Fc多肽或其片段的至少一部分。在某些實施例中，Fc多肽或其片段包含改進針對(例如，促進結合至) FcRn之結合親和力(例如，在pH為約6.0下)，且在一些實施例中，藉此延長包含Fc多肽或其片段之分子之活體內半衰期(例如，與參考Fc多肽或其片段或在其他方面相同但不包含該(該等)修飾之抗體相比)的一或多個胺基酸修飾。在某些實施例中，Fc多肽或其片段包含或衍生自IgG Fc，且半衰期延長之突變包含以下中之任一者或多者：M428L；N434S；N434H；N434A；N434S；M252Y；S254T；T256E；T250Q；P257I；Q311I；D376V；T307A；E380A (EU編號)。在某些實施例中，半衰期延長之突變包含M428L/N434S (在本文中亦稱為「MLNS」)。在某些實施例中，半衰期延長之突變包含M252Y/S254T/T256E。在某些實施例中，半衰期延長之突變包含T250Q/M428L。在某些實施例中，半衰期延長之突變包含P257I/Q311I。在某些實施例中，半衰期延長之突變包含P257I/N434H。在某些實施例中，半衰期延長之突變包含D376V/N434H。在某些實施例中，半衰期延長之突變包含T307A/E380A/N434A。
在一些實施例中，抗體或抗原結合片段包括包含取代型突變M428L/N434S之Fc部分。在一些實施例中，抗體或抗原結合片段包括包含取代型突變G236A/A330L/I332E之Fc多肽或其片段。在某些實施例中，抗體或抗原結合片段包括(例如，IgG) Fc部分，其包含G236A突變、A330L突變及I332E突變(GAALIE)，且不包含S239D突變(例如，包含位置239處之原生S)。在特定實施例中，抗體或抗原結合片段包括Fc多肽或其片段，其包含取代型突變：M428L/N434S及G236A/A330L/I332E，且任擇地不包含S239D。在某些實施例中，抗體或抗原結合片段包括Fc多肽或其片段，其包含取代型突變：M428L/N434S及G236A/S239D/A330L/I332E。
在某些實施例中，抗體或抗原結合片段包含改變醣基化之突變，其中改變醣基化之突變包含N297A、N297Q或N297G，及/或抗體或抗原結合片段經部分或完全去醣基化及/或部分或完全去岩藻醣基化。宿主細胞株及部分或完全去醣基化或部分或完全去岩藻醣基化抗體及抗原結合片段之製備方法為已知的(參見例如， PCT公開案第WO 2016/181357號；Suzuki等人. Clin. Cancer Res. 13 (6):1875-82 (2007)；Huang等人. MAbs 6 :1-12 (2018))。
在某些實施例中，抗體或抗原結合片段即使當在個體中未發現可偵測位準之抗體或抗原結合片段時(亦即，當抗體或抗原結合片段在投予之後已自個體中清除時)，亦能夠在個體中引發活體內持續保護。此類保護在本文中稱為疫苗作用。在不希望受理論束縛的情況下，咸信樹突狀細胞可內化抗體與抗原之複合物，且其後誘導或促成針對抗原之內源性免疫反應。在某些實施例中，抗體或抗原結合片段包含一或多個修飾，諸如Fc中之突變，包含G236A、A330L及I332E，該等修飾能夠活化可誘導例如對抗原之T細胞免疫性的樹突狀細胞。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，抗體或抗原結合片段包含Fc多肽或其片段，其包括CH2 (或其片段)、CH3 (或其片段)或CH2及CH3，其中該CH2、CH3或二者可具有任何同型且可含有胺基酸取代或分別與對應野生型CH2或CH3相比之其他修飾。在某些實施例中，本揭露內容之Fc多肽包含締合以形成二聚體之二個CH2-CH3多肽。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，抗體或抗原結合片段可為單株抗體或抗原結合片段。如本文所用，術語「單株抗體」係指獲自基本上同種之抗體群體(亦即構成該群體之個別抗體為相同的，除了在一些情況下少量存在的可能天然存在之突變外)的抗體。單株抗體為高度特異性的，其針對單一抗原位點。此外，與包括針對不同表位之不同抗體的多株抗體製劑相反，各單株抗體針對抗原之單一表位。除其特異性以外，單株抗體亦為有利的，在於其可由其他抗體未經污染地合成。術語「單株」不應解釋為需要藉由任何特定方法來產生抗體。舉例而言，適用於本發明之單株抗體可藉由首先由Kohler等人, Nature 256:495 (1975)描述之融合瘤方法製備，或可在細菌、真核動物或植物細胞中使用重組DNA方法製得(參見例如美國專利案第4,816,567號)。亦可使用例如Clackson等人, Nature, 352:624-628 (1991)及Marks等人, J. Mol. Biol., 222:581-597 (1991)中描述之技術自噬菌體抗體庫中分離單株抗體。單株抗體亦可使用揭露於PCT公開案第WO 2004/076677A2號中之方法得到。
本揭露內容之抗體及抗原結合片段包括「嵌合抗體」，其中重鏈及/或輕鏈之一部分與衍生自特定物種或屬於特定抗體類別或子類別之抗體中的對應序列相同或同源，而該(等)鏈之其餘部分與衍生自另一物種或屬於另一抗體類別或子類別之抗體，以及此類抗體之片段(只要其表現出所需生物活性)中的對應序列相同或同源(參見美國專利第4,816,567；5,530,101及7,498,415號；及Morrison等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984))。舉例而言，嵌合抗體可包含人類及非人類殘基。此外，嵌合抗體可包含在接受者抗體或供體抗體中未發現之殘基。進行此等修飾以進一步改進抗體效能。關於其他細節，參見 Jones 等人, Nature 321:522-525 (1986) ；Riechmann 等人, Nature 332:323-329 (1988) ； 及Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992) 。 嵌合抗體亦包括靈長類化及人源化抗體。
「人源化抗體」通常被視為具有自非人類來源引入其中之一或多個胺基酸殘基的人類抗體。此等非人類胺基酸殘基通常獲自可變域。人源化可遵循Winter及同事之方法(Jones等人, Nature, 321:522-525 (1986)；Reichmann等人, Nature, 332:323-327 (1988)；Verhoeyen等人, Science, 239:1534-1536 (1988))，藉由用非人類可變序列取代人類抗體之對應序列進行。相應地，此類「人源化」抗體是嵌合抗體(美國專利第4,816,567；5,530,101及7,498,415號)，其中實質上小於完整人類可變域已經非人類物種的相應序列取代。在某些情況下，「人源化」抗體為一種藉由非人類細胞或動物產生且包含人類序列，例如HC 域之抗體。
「人抗體」為一種僅含有存在於由人類產生之抗體中之序列的抗體。然而，如本文所用，人類抗體可包含未在天然存在之人類抗體(例如，自人類中分離之抗體)中發現的殘基或修飾，包括本文所述之彼等修飾及變異體序列。此等係為了進一步改進或增強抗體效能而達成。在某些情況下，人類抗體藉由轉殖基因動物產生。舉例而言，參見美國專利第5,770,429；6,596,541及7,049,426號。在某些實施例中，本揭露內容之抗體或抗原結合片段為嵌合、人源化或人類抗體或抗原結合片段。
本揭露內容之例示性抗體包括S309、索曲韋單抗及VIR-7832。S309為一種自SARS-CoV存活者之B細胞獲得的人類單株抗體。S309包含SEQ ID NO.:105之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:168之VL胺基酸序列。索曲韋單抗(IgG1*01 G1m17；SEQ ID NO.:113之VH，M428L及N434S Fc突變；SEQ ID NO.:168之VL (κ輕鏈IgKC*01 k1m3))及VIR-7832 ((IgG1*01 G1m17；SEQ ID NO.:113之VH，G236A、A330L、I332E、M428L及N434S Fc突變；SEQ ID NO.:168之VL (κ輕鏈IgKC*01 k1m3))為衍生自S309之經工程化人類單株抗體。 聚核苷酸、載體及宿主細胞
本發明所揭露之抗體及抗原結合片段(及其部分；例如CDR、VH、VL、重鏈或輕鏈)可由聚核苷酸編碼。聚核苷酸可包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)。RNA可包含信使核糖核酸(mRNA)。聚核苷酸可經密碼子最佳化以在宿主細胞中表現。當已知或鑑別到編碼序列時，密碼子最佳化可使用已知技術及工具，例如使用GenScript® OptimiumGeneTM 工具進行；亦參見Scholten等人，Clin. Immunol. 119:135, 2006)。密碼子最佳化序列包括經部分密碼子最佳化(亦即，一或多個密碼子經最佳化以在宿主細胞中表現)之序列及經完全密碼子最佳化之序列。亦應瞭解，本揭露內容之編碼抗體及抗原結合片段的聚核苷酸可能具有不同核苷酸序列，但因例如遺傳密碼之簡併、剪接及其類似物仍編碼相同抗體或抗原結合片段。應瞭解，編碼抗體或抗原結合片段之聚核苷酸可包含於聚核苷酸中，該聚核苷酸包括用於例如在宿主細胞中表現抗體或抗原結合片段之其他序列及/或特徵。例示性特徵包括啟動子序列、聚腺苷酸化序列、編碼訊號肽(例如，位於經表現抗體重鏈或輕鏈之N端處)的序列或其類似物。
聚核苷酸可包含於或含於載體中。載體可包含本文中所揭露之載體中之任一者或多者。載體可包含例如編碼抗體或抗原結合片段或其部分之DNA質體構築體(例如，所謂的「DMAb」；參見例如Muthumani等人, J Infect Dis. 214(3):369-378 (2016)；Muthumani等人, Hum Vaccin Immunother 9:2253-2262 (2013))；Flingai等人, Sci Rep. 5:12616 (2015)；及Elliott等人, NPJ Vaccines 18 (2017)，其抗體編碼DNA構築體及相關使用方法，包括投予抗體編碼DNA構築體，以引用的方式併入本文中)。DNA質體構築體可包含編碼抗體或抗原結合片段之重鏈及輕鏈(或VH及VL)的單一開放閱讀框架，其中編碼重鏈之序列及編碼輕鏈之序列任擇地藉由編碼蛋白酶裂解位點之聚核苷酸及/或藉由編碼自裂解肽之聚核苷酸分隔開。抗體或抗原結合片段之取代性組分可由包含於單一質體中之聚核苷酸編碼。或者，抗體或抗原結合片段之取代性組分可由包含於二個或更多個質體(例如，第一質體包含編碼重鏈、VH或VH+CH之聚核苷酸，且第二質體包含編碼同源輕鏈、VL或VL+CL之聚核苷酸)中之聚核苷酸編碼。單一質體可包含編碼來自本揭露內容之二個或更多個抗體或抗原結合片段之重鏈及/或輕鏈的聚核苷酸。例示性表現載體為pVax1，可購自Invitrogen®。本揭露內容之DNA質體可藉由例如電穿孔(例如，肌肉內電穿孔)或藉由適當的調配物(例如，玻尿酸酶)遞送至個體。載體可包含編碼訊號肽之核苷酸序列。訊號肽可能存在(例如，可自其以酶方式裂解)或可能不存在於成熟抗體或抗原結合片段上。編碼訊號肽之核酸序列包括SEQ ID NO.: 252或SEQ ID NO.: 263中所闡述之核苷酸序列。訊號肽可包含或由SEQID NO.:256或SEQ ID NO.: 264中所闡述之胺基酸序列組成。載體可包含聚腺苷酸化訊號序列。聚腺苷酸化訊號序列之實例包含或其組成為如SEQ ID NO.: 253中所闡述之核苷酸序列。
載體可包含CMV啟動子(例如，包含以下或由如SEQ ID NO.: 251中所闡述之核苷酸序列組成)。
可用於表現本發明所揭露之抗原或抗原結合片段細胞之宿主細胞的實例包括但不限於真核細胞，例如酵母細胞、動物細胞、昆蟲細胞、植物細胞；及原核細胞，包括大腸桿菌。在一些實施例中，細胞為哺乳動物細胞。細胞包括哺乳動物細胞株，諸如CHO細胞(例如，DHFR- CHO細胞(Urlaub等人, PNAS 77:4216 (1980))、人類胚胎腎細胞(例如，HEK293T細胞)、PER.C6細胞、Y0細胞、Sp2/0細胞。NS0細胞、人類肝臟細胞，例如，Hepa RG細胞、骨髓瘤細胞或融合瘤細胞。哺乳動物宿主細胞株之其他實例包括小鼠塞爾托利氏細胞(例如，TM4細胞)；由SV40 (COS-7)轉型之猴腎臟CV1株；幼倉鼠腎細胞(BHK)；非洲綠猴腎細胞(VERO-76)；猴腎細胞(CV1)；人類子宮頸癌細胞(HELA)；人類肺細胞(W138)；人類肝臟細胞(Hep G2)；犬腎細胞(MDCK；水牛鼠肝臟細胞(BRL 3A)；小鼠乳房腫瘤(MMT 060562)；TRI細胞；MRC 5細胞；及FS4細胞。適合於抗體產生之哺乳動物宿主細胞株亦包括描述於例如Yazaki and Wu, Methods in Molecular Biology,第248卷(B. K. C. Lo編, Humana Press, Totowa, N.J.),第255-268頁(2003)中之彼等宿主細胞株。
宿主細胞亦包括原核細胞，諸如大腸桿菌。充分建立諸如大腸桿菌之原核細胞中之肽的表現(參見例如Pluckthun, A. Bio/Technology 9:545-551 (1991)。舉例而言，抗體可於細菌中產生，在不需要糖基化及Fc效應功能時尤其如此。關於抗體片段及多肽在細菌中之表現，參見例如美國專利第5,648,237；5,789,199；及5,840,523號。細胞可經根據本說明書之載體，例如經表現載體轉染。術語「轉染」係指將核酸分子，諸如DNA或RNA(例如mRNA)分子引入細胞中，例如引入真核細胞中。在本說明書之情形下，術語「轉染」涵蓋熟習此項技術者已知用於將核酸分子引入至細胞中，諸如引入至真核細胞中，包括引入至哺乳動物細胞中的任何方法。此類方法涵蓋例如電穿孔、例如基於陽離子脂質及/或脂質體之脂質體轉染、磷酸鈣沈澱、基於奈米粒子之轉染、基於病毒之轉染或基於陽離子聚合物(諸如DEAE-聚葡萄糖或聚伸乙亞胺等)之轉染。在某些實施例中，引入為非病毒。
此外，宿主細胞可經載體穩定地或暫時地轉染，例如用於表現抗體或其抗原結合片段。細胞可經載體穩定地轉染。或者，細胞可經編碼抗體或抗原結合片段之載體暫時地轉染。
抗體或抗原結合片段(或編碼抗體或抗原結合片段之聚核苷酸)可對於宿主細胞為異源性的。舉例而言，細胞可屬於與完全或部分自其中得到該抗體之物種不同的物種(例如，表現人類抗體或工程化人類抗體之CHO細胞)。宿主細胞之細胞類型可能不會在自然界中表現抗體或抗原結合片段。此外，宿主細胞可在不存在於抗體或抗原結合片段之原生狀態中(或在抗體或抗原結合片段經工程化或自其衍生之親體抗體的原生狀態中)之抗體或抗原結合片段上賦予轉譯後修飾(PTM；例如醣基化或岩藻醣基化)。此類PTM可產生功能差異(例如，降低之免疫原性)。因此，由宿主細胞產生之本揭露內容的抗體或抗原結合片段可包括不同於在原生狀態中之該抗體(或親體抗體)的一或多個轉譯後修飾(例如，由CHO細胞產生之人類抗體可包含當與人類分離及/或由原生人類B細胞或漿細胞產生時不同於該抗體之一或多個轉譯後修飾)。
適用於表現本揭露內容之結合蛋白質的昆蟲細胞為此項技術中已知的且包括例如草地貪夜蛾Sf9細胞、粉紋夜蛾BTI-TN5B1-4細胞及草地貪夜蛾SfSWT01「MimicTM 」細胞。參見例如， Palmberger等人,J. Biotechnol. 153 (3-4):160-166 (2011)。已鑑別出眾多可與昆蟲細胞聯合使用，尤其用於轉染草地黏蟲(Spodoptera frugiperda)細胞之桿狀病毒株。
諸如絲狀真菌或酵母之真核微生物亦為蛋白質編碼載體之適合的選殖或表現宿主，包括醣基化路徑已經「人源化」，從而使得產生抗體具有部分或完全人類醣基化模式的真菌及酵母菌株。參見 Gerngross,Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004)；Li等人,Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)。
植物細胞亦可用作用於表現本揭露內容之結合蛋白質的宿主。舉例而言，PLANTIBODIES™技術(描述於例如美國專利第5,959,177；6,040,498；6,420,548；7,125,978；及6,417,429號中)採用轉殖基因植物以產生抗體。
哺乳動物宿主細胞包括例如CHO細胞、HEK293細胞、PER.C6細胞、Y0細胞、Sp2/0細胞、NS0細胞、人類肝臟細胞、骨髓瘤細胞或融合瘤細胞。
用於產生抗體或抗原結合片段之方法可包含在足以產生該抗體或抗原結合片段之條件及時間下培養宿主細胞。舉例而言，適用於分離及純化以重組方式產生之抗體的方法可包括獲得來自適合宿主細胞/載體系統(分泌重組抗體至培養基中)的上清液，且隨後使用可商購的過濾器濃縮培養基。在濃縮之後，可將濃縮物施加至單一適合之純化基質或施加至一系列適合之基質，諸如親和基質或離子交換樹脂。一或多個逆相HPLC步驟可用以進一步純化重組多肽。當免疫原與其自然環境分離時，亦可使用此等純化方法。大規模製備本文所述之經分離/重組抗體中之一或多者的方法包括分批細胞培養，其經監測及控制以維持適當培養條件。可溶性抗體之純化可根據本文所述及此項技術中已知之方法進行，且與國內及外來管控機構之法律及指導原則一致。 醫藥組成物
本文亦提供包含本發明所揭露之抗體或抗原結合片段中之任一者或多者且可進一步包含醫藥學上可接受之載體、賦形劑或稀釋劑的組成物。本文進一步詳細論述載劑、賦形劑及稀釋劑。
在某些實施例中，組成物包含根據本揭露內容之二個或更多個不同抗體或抗原結合片段。在某些實施例中，待以組合形式使用之抗體或抗原結合片段各自獨立地具有以下特徵中之任一者或多者：中和天然存在之SARS-CoV-2變異體；不與彼此競爭刺突蛋白結合；結合不同刺突蛋白表位；對SARS-CoV-2之抗性的形成減少；當以組合形式時，對SARS-CoV-2之抗性的形成減少；強力中和活SARS-CoV-2病毒；當組合使用時對活SARS-CoV-2病毒表現累加或協同效應；表現效應功能；在相關動物感染模型中具有保護性；能夠以充足數量產生以用於大規模生產。
在一些實施例中，組成物包含編碼抗體或抗原結合片段之聚核苷酸或載體。在某些實施例中，組成物包含第一載體及第二載體，該第一載體包含第一質體，且該第二載體包含第二質體，其中該第一質體包含編碼抗體或其抗原結合片段之重鏈、VH或VH+CH之聚核苷酸，且第二質體包含編碼同源輕鏈、VL或VL+CL之聚核苷酸。在某些實施例中，組成物包含耦合至適合之遞送媒劑或載劑之聚核苷酸(例如，mRNA)。用於向人類個體投予之例示性媒劑或載劑包括脂質或脂質衍生之遞送媒劑，諸如脂質體、固體脂質奈米粒子、油性懸浮液、次微米級脂質乳液、脂質微泡、逆脂質微胞、耳蝸脂質體、脂質微管、脂質微柱或脂質奈米粒子(LNP)或奈米尺度平台(參見例如， Li等人. Wilery Interdiscip Rev. Nanomed Nanobiotechnol. 11 (2):e1530 (2019))。用於設計適當的mRNA及調配mRNA-LNP及其遞送之原理、試劑及技術描述於例如Pardi等人(J Control Release 217345-351 (2015))；Thess等人(Mol Ther 23: 1456-1464 (2015))；Thran等人(EMBO Mol Med 9(10):1434-1448 (2017)；等人(Sci. Immunol. 4 eaaw6647 (2019)；及Sabnis等人(Mol. Ther. 26:1509-1519 (2018))，該等技術包括封端、密碼子最佳化、核苷修飾、mRNA純化、將mRNA併入穩定的脂質奈米粒子中(例如，可離子化陽離子脂質/磷脂醯膽鹼/膽固醇/PEG-脂質；可離子化脂質:二硬脂醯基PC:膽固醇:聚乙二醇脂質)，及其皮下、肌肉內、皮內、靜脈內、腹膜內及氣管內投予，以引用的方式併入本文中。 用途
本文亦提供使用本揭露內容之抗體或抗原結合片段或包含該抗體或抗原結合片段之組成物治療個體之方法，其中該個體具有、被認為具有或處於患上SARS-CoV-2之感染的風險下，任擇地具有、被認為具有或處於COVID-19之風險下。
因此，在某些實施例中，提供用於治療個體之SARS-CoV-2感染(例如具有或處於感染SARS-CoV-2感染或COVID-19之風險下)的方法，其中該等方法包含向該個體投予有效量之本文所揭露之抗體、抗原結合片段或組成物。
一般而言，可藉由本揭露內容治療之個體為人類及其他靈長類動物個體，諸如用於獸醫學目的之猴及猿。諸如小鼠及大鼠之其他模型生物亦可根據本揭露內容治療。在前述實施例中之任一者中，個體可為人類個體。個體可為雄性或雌性且可為任何適齡個體，包括嬰兒、幼年、青年、成年及老年。
簡言之，調配根據本揭露內容之某些實施例的醫藥組成物以使得含於其中之活性成分在向患者投予該組成物後為生物可用的。將投予個體或患者之組成物可呈一或多個劑量單元之形式，其中例如錠劑可為單一劑量單元，且本文所述之呈霧劑形式之抗體或抗原結合的容器可容納多個劑量單元。製備此類劑型之實際方法對熟習此項技術者為已知的或將為顯而易見的；舉例而言，參見Remington: The Science and Practice of Pharmacy,第20版(Philadelphia College of Pharmacy and Science, 2000)。待投予之組成物將在任何情況下含有有效量之本揭露內容之抗體或抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物，以根據本文中之教示治療感興趣的疾病或病狀。
組成物可呈固體或液體形式。在一些實施例中，載劑為粒子，以使得組成物例如呈錠劑或散劑形式。一或多種載劑可為液體，且組成物為例如口服油、可注射液體或適用於例如吸入投予之霧劑。當意欲經口投予時，醫藥組成物較佳為固體或液體形式，其中半固體、半液體、懸浮液及凝膠形式包括在本文視為固體或液體之形式內。
作為用於經口投予之固體組成物，醫藥組成物可調配成散劑、顆粒、壓縮錠劑、丸劑、膠囊、口嚼錠、粉片或其類似物。此類固體組成物將通常含有一或多種惰性稀釋劑或可食載劑。另外，可存在以下中之一或多者：黏合劑，諸如羧甲基纖維素、乙基纖維素、微晶纖維素、黃蓍膠或明膠；賦形劑，諸如澱粉、乳糖或糊精；崩解劑，諸如海藻酸、海藻酸鈉、澱粉羥基乙酸鈉(Primogel)、玉米澱粉及其類似物；潤滑劑，諸如硬脂酸鎂或氫化植物油(Sterotex)；助滑劑，諸如膠態二氧化矽；甜味劑，諸如蔗糖或糖精；調味劑，諸如胡椒薄荷、水楊酸甲酯或柑橘調味劑；及著色劑。當該組成物呈膠囊(例如，明膠膠囊)形式時，除以上類型之物質之外，其可含有諸如聚乙二醇或油之液體載劑。
該組成物可呈液體形式，例如酏劑、糖漿、溶液、乳液或懸浮液。舉二個例子而言，液體可用於經口投予或用於藉由注射遞送。當意欲用於經口投予時，較佳組成物除本發明之化合物之外亦含有甜味劑、防腐劑、染料/著色劑及香味增強劑中之一或多者。在意欲藉由注射投予之組成物中，可包括界面活性劑、防腐劑、濕潤劑、分散劑、懸浮劑、緩衝劑、穩定劑及等張劑中之一或多者。
液體醫藥組成物，無論其為溶液、懸浮液或其他類似形式，均可包括以下佐劑中之一或多者：無菌稀釋劑，諸如注射用水，生理食鹽水溶液，較佳生理鹽水，林格氏溶液(Ringer's solution)，等張氯化鈉，不揮發性油，諸如可充當溶劑或懸浮介質之合成單酸甘油酯或二酸甘油酯，聚乙二醇，丙三醇，丙二醇或其他溶劑；抗細菌劑，諸如苯甲醇或對羥基苯甲酸甲酯；抗氧化劑，諸如抗壞血酸或亞硫酸氫鈉；螯合劑，諸如乙二胺四乙酸；緩衝劑，諸如乙酸鹽、檸檬酸鹽或磷酸鹽；及張力調節劑，諸如氯化鈉或右旋糖。非經腸製劑可封裝於由玻璃或塑膠製成之安瓿、拋棄式注射器或多劑量小瓶中。生理鹽水係較佳佐劑。可注射醫藥組成物較佳地為無菌的。
意欲用於非經腸或經口投予之液態組成物應含有一定量的如本文所揭露之抗體或抗原結合片段以使得將獲得適合之劑量。通常，此量為組成物中之至少0.01%的抗體或抗原結合片段。當意欲用於經口投予時，此量可在0.1%與約70%組成物重量之間變化。某些經口醫藥組成物含有約4%與約75%之間的抗體或抗原結合片段。在某些實施例中，製備根據本發明之醫藥組成物及製劑以使得非經腸劑量單元在稀釋之前含有0.01至10重量%之間的抗體或抗原結合片段。
該組成物可意欲局部投予，在此情況下載劑可適合地包含溶液、乳液、軟膏或凝膠基質。舉例而言，基質可包含以下中之一或多者：石蠟脂、羊毛蠟、聚乙二醇、蜂蠟、礦物油、稀釋劑(諸如水及醇)及乳化劑以及穩定劑。增稠劑可存在於組成物中以用於局部投予。若意欲用於經皮投予，則組成物可包括經皮貼片或離子電滲療法(iontophoresis)裝置。醫藥組成物可意欲用於以例如栓劑形式經直腸投予，該栓劑將在直腸中熔融且釋放藥物。用於經直腸投予之組成物可含有油性基質作為適合之無刺激性賦形劑。此類基質包括(但不限於)羊毛蠟、可可脂及聚乙二醇。
組成物可包括各種材料，該等材料改變固體或液體劑量單元之物理形式。舉例而言，組成物可包括圍繞活性成分形成包覆殼層之材料。形成包覆殼層之材料通常為惰性的，且可選自例如糖、蟲膠及其他腸溶包覆劑。或者，活性成分可裝入明膠膠囊中。呈固體或液體形式之該組成物可包括結合至本揭露內容之抗體或抗原結合片段，且藉此幫助遞送化合物之試劑。可起此能力作用之適合試劑包括單株或多株抗體、一或多種蛋白質或脂質體。該組成物可基本上由可以霧劑形式投予之劑量單元組成。術語氣溶膠用於表示介於膠態性質之彼等系統至由加壓封裝組成之系統範圍內的多種系統。遞送可藉由液化或壓縮氣體或藉由分配活性成分的適合之泵系統。氣溶膠可以單相、雙相或三相系統形式遞送以遞送活性成分。氣霧劑之遞送包括必需容器、活化劑、閥門、次容器及其類似物，其在一起可形成套組。一般熟習此項技術者在不進行過度實驗的情況下即可確定較佳氣溶膠。
應理解，本揭露內容之組成物亦涵蓋用於本文所述之聚核苷酸的載劑分子(例如，脂質奈米粒子、奈米尺度遞送平台及其類似物)。
醫藥組成物可藉由醫藥技術中熟知之方法製備。舉例而言，意欲藉由注射投予之組成物可藉由將包含如本文所述之抗體、其抗原結合片段或抗體共軛物及任擇地，鹽、緩衝液及/或穩定劑中之一或多者的組成物與無菌蒸餾水組合以形成溶液來製備。可添加界面活性劑以促進形成均勻溶液或懸浮液。界面活性劑為與肽組成物非共價相互作用，以促進抗體或其抗原結合片段在水性遞送系統中之溶解或均勻懸浮的化合物。
一般而言，適當劑量及治療方案提供呈足以提供治療及/或預防效益(諸如本文所述，包括改進的臨床結果(例如，腹瀉或相關脫水或發炎之頻率、持續時間或嚴重程度降低，或更長的無疾病期及/或總存活期，或症狀嚴重程度減輕)之量的組成物。對於預防用途，劑量應足以預防與疾病或病症相關之疾病、延遲其發作或減輕其嚴重程度。根據本文所述之方法投予之組成物的預防效益可藉由進行臨床前(包括活體外及活體內動物研究)及臨床研究，且藉由適當的統計、生物學及臨床方法及技術分析自其得到的資料確定，其皆可藉由熟習此項技術者容易地實踐。
組成物以有效量投予(例如以治療SARS-CoV-2感染)，該有效量將視包括以下之多種因素而變化：所採用之特定化合物的活性；該化合物之代謝穩定性及作用時長；個體之年齡、體重、一般健康狀況、性別及膳食；投予模式及時間；排泄速率；藥物組合；特定病症或病狀之嚴重性；及經歷療法之個體。在某些實施例中，在根據本揭露內容之調配物及方法投予療法之後，與經安慰劑處理或其他適合之對照個體相比，測試個體將展現出與疾病或病症相關之一或多個症狀的約10%至多約99%減少。
通常，抗體或抗原結合片段之治療有效日劑量為(對於70 kg哺乳動物)約0.001 mg/kg (亦即，0.07 mg)至約100 mg/kg (亦即，7.0 g)；較佳治療有效劑量為(對於70 kg哺乳動物)約0.01 mg/kg (亦即，0.7 mg)至約50 mg/kg (亦即，3.5 g)；更佳治療有效劑量為(對於70 kg哺乳動物)約1 mg/kg (亦即，70 mg)至約25 mg/kg (亦即，1.75 g)。對於本揭露內容之聚核苷酸、載體、宿主細胞及相關組成物，治療有效劑量可不同於抗體或抗原結合片段之治療有效劑量。
在某些實施例中，根據本揭露內容之方法包含向個體投予以至多100 mg、至多150 mg、至多200 mg、至多250 mg、至多300 mg、至多350 mg、至多400 mg、至多450 mg或至多500 mg之劑量的本發明所揭露之抗體或抗原結合片段。在某些實施例中，方法包含向個體投予在約50 mg至約500 mg範圍內、或在約50 mg至約250 mg範圍內、或在約50 mg至100 mg範圍內、或在約100 mg至約500 mg範圍內、或在約250 mg至約500 mg範圍內之本發明所揭露的抗體或抗原結合片段。在一些實施例中，方法包含向個體投予50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475或500 mg抗體或抗原結合片段。在一些實施例中，方法包含向個體投予50、150、250或500 mg抗體或抗原結合片段。在一些實施例中，方法包含向個體投予500 mg抗體或抗原結合片段。
在特定實施例中，抗體或抗原結合片段包含分別為SEQ ID NO.:106、121、108、169、170及171之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。在其他實施例中，抗體或抗原結合片段包含VH，其包含胺基酸序列SEQ ID NO.:113；及VL，其包含胺基酸序列SEQ ID NO.:168。在某些其他實施例中，抗體或抗原結合片段包含M428L及N434S Fc突變及/或G236A、A330L及I332E Fc突變。
咸信多個標準造成與SARS CoV-2感染相關之感染、傳播、疾病進展及/或嚴重症狀或死亡的較高風險。此等包括(但不限於)年齡、職業、一般健康、預先存在之健康狀況、與具有或疑似具有或處於患上SARS-CoV-2感染之風險下的個體的密切接觸及生活方式習慣。在一些實施例中，根據本揭露內容治療之個體包含一或多種風險因子。
在某些實施例中，根據本揭露內容治療之人類個體為嬰兒、兒童、青少年、中年及老年個體。在某些實施例中，根據本揭露內容治療之人類個體低於1歲、或為1至5歲、或在5與125歲之間(例如，5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115或125歲，包括其中或其間之任何及所有年齡)。在某些實施例中，根據本揭露內容治療之人類個體為0-19歲、20-44歲、45-54歲、55-64歲、65-74歲、75-84歲或85歲，或更大年齡。咸信，中年個體，及尤其老年個體具有特定風險。在特定實施例中，人類個體為45-54歲、55-64歲、65-74歲、75-84歲或85歲，或更大年齡。在一些實施例中，人類個體為男性。在一些實施例中，人類個體為女性。
在某些實施例中，根據本揭露內容治療之人類個體(例如，在風險下之個體或在較高風險下之個體)為護理之家或長期照護設施的居住者；為臨終關懷照護工作者；為健康照護提供者或健康照護工作者；為第一線救護人員；為經診斷具有或疑似具有SARS-CoV-2感染之個體的家族成員或其他密切接觸者；為超重或臨床上肥胖；為或曾經為吸菸者；具有或曾具有慢性阻塞性肺病(COPD)；為氣喘(例如，具有中度至重度氣喘)；具有自體免疫疾病或病狀(例如，糖尿病)；及/或具有受損或耗乏的免疫系統(例如，歸因於AIDS/HIV感染，癌症，諸如血液癌症，淋巴細胞耗竭(lymphodepleting)療法，諸如化療，骨髓或器官移植，或遺傳免疫病狀)；具有慢性肝病；具有心血管疾病；具有肺病或心臟病；與他人一起工作或以其他方式近距離接觸，諸如在工廠、運輸中心、醫院環境或其類似環境中。
在一些實施例中，密切接觸包含以下個體：(a)在指標診斷之前7天曾與指標病例居住在一起，且可包括在諸如長期照護設施或護理之家之聚集環境中居住或工作者；(b)為醫療工作人員、第一線救護人員或參與指標病例之其他照護人員；及/或(c)自最後一次暴露(與具有SARS-CoV-2感染之個體密切接觸)至指標病例低於3天。
在某些實施例中，根據本揭露內容治療之個體已接受針對SARS-CoV-2之疫苗。在一些實施例中，該疫苗藉由臨床診斷或科學或法規準則，例如藉由該個體之疫苗後感染或症狀確定為無效的。在某些實施例中，根據本揭露內容治療之個體尚未接受針對SARS-CoV-2之疫苗。在某些實施例中，根據本揭露內容治療之個體已接受針對SARS-CoV-2之恢復期血漿治療、瑞德西韋(remdesivir)或二者。
在某些實施例中，治療係作為暴露前或暴露期間預防投予。在某些實施例中，向具有輕度至中度疾病之個體，其可在門診環境中，投予治療。在某些實施例中，向具有中度至重度疾病，諸如需要住院之個體投予治療。重度疾病之後遺症可包括：呼吸衰竭；引起肺栓塞及中風之血栓栓塞疾病；心律不整；休克；或其任何組合。在某些實施例中，重度COVID-19包含(i)需要氧氣補充持續超過1天之低血氧症(室內空氣中的O2飽和度≤93%或PaO2/FiO2＜300)，或(ii)需要≥ 4L/min氧氣補充或等效物之該個體。
在一些實施例中，其中該個體具有或處於進展為危重COVID-19之風險下。危重疾病通常包括與重度疾病相比增加之死亡風險。在一些實施例中，危重COVID-19包含呼吸衰竭，其需要以下中之至少一者：侵入性機械式通氣及ECMO；休克；及多器官功能障礙/衰竭。
在某些實施例中，個體因COVID-19而住院，其可包括例如入院或轉移至加護病房(ICU)。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，具有SARS-CoV-2感染之該個體：具有輕度至中度COVID-19；正在經歷發熱、咳嗽、疲勞、呼吸急促或呼吸困難、肌肉疼痛、發冷、喉嚨痛、流鼻涕、頭痛、胸部疼痛、嗅覺及/或味覺缺失、及紅眼症(結膜炎)、不適、及異常成像中之任一者或多者；具有藉由臨床評定或成像之下呼吸道疾病的證據及在海平面下室內空氣中的超過(＞)93百分比(%)之血氧飽和度(SaO2)，具有陽性SARS-CoV-2病毒測試結果，及/或處於進展為重度COVID-19及/或住院之較高風險下，例如該人類個體(1)為65歲或更大(≥ 65)；身體質量指數(BMI)為35或更高(≥35)；具有慢性腎病；具有糖尿病；(5)具有免疫抑制性疾病，正接受免疫抑制性治療；為55歲或更大(≥55)且具有心血管疾病、高血壓、慢性阻塞性肺病或其他慢性呼吸道疾病；及/或為12-17歲且針對其年齡及性別之BMI≥85%，或鐮形血球貧血症、先天性心臟病或後天性心臟病、神經發展障礙症(例如，腦性麻痺)、醫療相關技術依賴性(例如，與COVID-19無關之氣管造口術、胃造口術或正壓換氣)或氣喘、需要每日藥物控制的反應性呼吸道或其他慢性呼吸道疾病；近期已診斷具有COVID-19 (例如在1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天或14天內)及/或在症狀發作10天內；或已經歷或正經歷前述之任何組合。
在一些實施例中，接受治療之個體為18歲或更大。在一些實施例中，接受治療之個體為55歲或更小，其限制條件為個體為18歲或更大。在一些實施例中，該個體具有藉由陽性聚合酶連鎖反應(PCR；例如RT-PCR)測試，例如對任何類型之呼吸道樣品的經實驗室確認之COVID-19感染。在一些實施例中，個體在室內空氣(RA)中的末梢毛細管氧飽和度(SpO2 ) ＞94%，該個體已經歷COVID-19之一或多種症狀持續≤120 h (5天)。在一些實施例中，根據本揭露內容之接受治療之個體正接受或已接受瑞德西韋、地塞米松、托珠單抗或其任何組合。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，本方法可包含向個體投予一單次劑量之該抗體、抗原結合片段或組成物。
投予本發明所揭露之組成物之典型途徑包括(但不限於)經口、局部、經皮、吸入、非經腸、舌下、經頰、經直腸、經陰道及鼻內。如本文所用，術語「非經腸」包括皮下注射、靜脈內、肌肉內、胸骨內注射或輸注技術。在某些實施例中，投予包含藉由選自以下之途徑投予：經口、靜脈內、非經腸、胃內、胸膜內、肺內、直腸內、皮內、腹膜內、瘤內、皮下、局部、經皮、腦池內、鞘內、鼻內及肌肉內。在特定實施例中，方法包含向個體經口投予該抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物。
在較佳實施例中，方法包含向個體靜脈內或肌肉內投予該抗體、抗原結合片段或組成物。
在一些實施例中，該個體：(i)為18至49歲；(ii)為18歲或更大；(iii)具有輕度至中度COVID-19；(iv)具有重度COVID-19；(v)具有重度至危重COVID-19；(vi)自症狀發作起低於七天或5天或更短；(vii)自症狀發作起已有七天或更久；
(viii)已具有陽性反轉錄酶-聚合酶連鎖反應或抗原SARS-CoV-2測試結果；(ix)為55歲或更大；(x)具有以下中之一或多者：需要藥物治療之糖尿病、肥胖(身體質量指數＞30 kg/m2 )、慢性腎病(所估計之腎小球濾過率＜60 mL/min/1.73 m2 )、鬱血性心臟衰竭(紐約心臟學會II級或更高)、慢性阻塞性肺病(慢性支氣管炎、慢性阻塞性肺病或肺氣腫伴有在體力運動時呼吸困難的病史)，及中度至重度氣喘(個體需要吸入型類固醇以控制症狀或在過去一年裏已被開具一個療程的口服類固醇)；或(xi) (i)-(x)之任何組合。
如本文中進一步所論述，投予可包括例如靜脈內投予或肌肉內投予。在一些實施例中，經30分鐘、60分鐘或90分鐘之過程向個體靜脈內投予單次劑量之抗體或抗原結合片段。
在某些實施例中，方法包含向個體投予該抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物2、3、4、5、6、7、8、9、10次或更多次。
在某些實施例中，方法包含向個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物多次，其中第二次或相繼投予係分別在第一次或先前投予之後約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約24、約48、約74、約96小時或更久時進行。
在某些實施例中，方法包含在個體經SARS-CoV-2之感染之前投予該抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物至少一次。
在某些實施例中，接受治療之個體為18歲或更大，具有經實驗室確認之(例如，藉由PCR測試) SARS-CoV-2感染。
在一些實施例中，該個體之臨床狀態為4級(住院，藉由面罩或鼻叉管吸氧)、5級(住院，使用非侵入性通氣或高流量氧)、6級(住院，插管及機械式通氣)或7級(通氣及額外器官支持-升壓劑、腎臟替代治療(RRT)、體外膜氧合(ECMO))，如藉由WHO臨床嚴重程度評分9點順序量表所定義。
在一些實施例中，該個體具有輕度至中度COVID-19。在一些實施例中，該個體處於進展為重度COVID-19之風險下。在一些實施例中，在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，該個體因COVID-19而住院之風險減小。在某些實施例中，在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19而住院之風險減小10%或更多、20%或更多、30%或更多、40%或更多、50%或更多、60%或更多、70%或更多、80%或更多，或85%或更多。
在一些實施例中，該個體具有或處於進展為重度COVID-19之風險下，其中任擇地，重度COVID-19包含(i)需要氧氣補充持續超過1天之低血氧症(室內空氣中的O2飽和度≤93%或PaO2/FiO2＜300)，或(ii)需要≥ 4L/min氧氣補充或等效物之該個體。
在一些實施例中，該個體具有或處於進展為危重COVID-19之風險下，其中任擇地，危重COVID-19包含需要以下：侵入性機械式通氣及ECMO中之至少一者的呼吸衰竭；休克；及多器官功能障礙/衰竭。
在一些實施例中，該個體自症狀發作起低於七天。在其他實施例中，該個體為自症狀發作起七天或更久。
在一些實施例中，該個體為(i)-(iii)中之任一者或多者：(i)18歲或更大，且具有陽性SARS-CoV-2測試結果(藉由任何經驗證的測試，例如對任何樣本類型之RT-PCR)；(ii)(1)因定義為與4級或5級疾病一致之需要補充氧或非侵入性通氣的重度COVID-19疾病而住院，或(2)因定義為使用機械式通氣之彼等臨床狀態(6級或7級疾病)的危重COVID-19疾病而住院；(iii)為男性或女性，其中任擇地，(1)該女性為無生育能力(WONCBP)，或(2)為具有生育能力的女性(WOCBP)且使用避孕方法。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該方法可包含向個體投予500 mg抗體或抗原結合片段。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，個體已具有或可能具有與具有確認之SARS-CoV-2感染之個體的密切接觸。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，治療可包含預防藉由SARS-CoV-2及/或COVID-19感染。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，治療可包含預防該個體之COVID-19進展。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，治療可包含預防症狀性COVID-19之感染及/或傳播。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，治療可包含預防無症狀性COVID-19之感染及/或傳播。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，個體可處於感染或進展為COVID-19之風險下。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，治療可包含預防或減輕：(1)選自以下之一或多個急性呼吸道症狀：咳嗽；產生痰；喉嚨痛；及呼吸急促；或(2)發熱超過38℃；(3)以下症狀中之二個或更多個：疲勞；肌肉痛/關節痛；發冷；噁心/嘔吐；腹瀉；及嗅覺缺失/味覺障礙。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，治療可包含預防或減輕以下症狀中之一或多者：發熱超過38℃；發冷；咳嗽；喉嚨痛；不適；頭痛；肌肉痛；嗅覺或味覺改變；鼻充血/鼻漏；嘔吐；腹瀉；運動時呼吸急促。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，個體可為成年人。 在本發明所揭露之實施例中之任一者中，個體可為18歲或更大，或可為19歲或更大。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，個體可為55歲或更大，或為65歲或更大。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，投予該抗體、抗原結合片段或組成物可包含靜脈內輸注。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，投予該抗體、抗原結合片段或組成物可包含肌肉內注射。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該方法可包含向個體投予250 mg抗體或抗原結合片段。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該方法可包含向個體投予500 mg抗體或抗原結合片段。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，個體可具有輕度至中度SARS-2-CoV感染(例如，具有輕度至中度COVID-19)，且任擇地，處於進展為重度疾病之風險下。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該個體：(i)可為12歲或更大；及(ii)最後一次與具有經確認之SARS-CoV-2感染的個體接觸在投予該組成物之前低於三天。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該個體具有輕度至中度COVID-19，且該方法包含向該個體肌肉內投予單次劑量之該抗體、抗原結合片段或組成物。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，單次劑量包含250 mg抗體或抗原結合片段。在一些實施例中，根據治療方法之單次劑量包含500 mg抗體或抗原結合片段。
在一些實施例中：(i) (i)(a)該個體為12歲或更大，且處於COVID-19之進展的較高風險下，或(i)(b)該個體為65歲或更大；及/或(ii)該個體具有陽性SARS-CoV-2測試結果(例如，藉由PCR測試)，具有在室內空氣中的氧飽和度≥94%，具有COVID-19症狀，且自症狀發作起低於或等於7天。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，(i) (i)(a)該個體可為12歲或更大，且處於COVID-19之進展的較高風險下，或(i)(b)該個體可為65歲或更大；及(ii)該個體可具有陽性SARS-CoV-2測試結果(例如，藉由PCR測試)，具有在室內空氣中的氧飽和度≥94%，具有COVID-19症狀，且自症狀發作起低於或等於7天。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該個體未住院且處於(i)住院及/或(ii) COVID-19之進展的較高風險下。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，個體可為：(1)12歲或更大，且任擇地，處於COVID-19之進展的高風險下；及/或(2)65歲或更大。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該個體可能已具有陽性SARS-CoV-2測試結果，具有在室內空氣中的氧飽和度≥94%，具有COVID-19症狀，且自症狀發作起低於或等於7天。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該抗體或抗原結合片段係自經編碼該抗體或抗原結合片段之聚核苷酸穩定轉染的非純系細胞池獲得。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，抗體或抗原結合片段係自純系主細胞庫獲得。主細胞庫(MCB)由產生原始抗體/抗原結合片段之細胞株產生。MCB通常在多個小瓶中低溫保存，以藉由消除細胞株在製造過程期間繼代或處置之總次數來防止遺傳變異及潛在污染。較佳測試MCB之污染物，諸如細菌、真菌及黴漿菌；此等污染物不應存在於MCB中。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該個體：為護理之家或長期照護設施的居住者；為臨終關懷照護工作者；為健康照護提供者或健康照護工作者；為第一線救護人員；為經診斷具有或疑似具有SARS-CoV-2感染之個體的家族成員或其他密切接觸者；為超重或臨床上肥胖；為或曾經為吸菸者；具有或曾具有慢性阻塞性肺病(COPD)；為氣喘(例如，具有中度至重度氣喘)；具有自體免疫疾病或病狀(例如，糖尿病)；具有受損或耗乏的免疫系統(例如，歸因於AIDS/HIV感染，癌症，諸如血液癌症，淋巴細胞耗竭(lymphodepleting)療法，諸如化療，骨髓或器官移植，或遺傳免疫病狀)；具有慢性肝病；具有心血管疾病；及/或具有肺病或心臟病；及/或與他人一起工作或以其他方式近距離接觸，諸如在工廠、運輸中心、醫院環境或其類似環境中。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該個體已接受針對SARS-CoV-2之疫苗，且該疫苗藉由臨床診斷或科學或法規準則，例如藉由該個體之疫苗後感染或症狀確定為無效的。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該個體未接受針對SARS-CoV-2之疫苗。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該個體已接受針對SARS-CoV-2之恢復期血漿療法、瑞德西韋或二者。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，治療包含暴露前或暴露期間預防。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，任擇地在門診環境中向具有輕度至中度疾病之該個體投予治療。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，向具有中度至重度疾病，諸如需要住院之個體投予治療。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該個體因COVID-19而住院。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，具有SARS-CoV-2感染之該個體：具有輕度至中度COVID-19；正在經歷發熱、咳嗽、疲勞、呼吸急促或呼吸困難、肌肉疼痛、發冷、喉嚨痛、流鼻涕、頭痛、胸部疼痛、嗅覺及/或味覺缺失、及紅眼症(結膜炎)、不適、及異常成像中之任一者或多者；具有藉由臨床評定或成像之下呼吸道疾病的證據及在海平面下室內空氣中的超過(＞)93百分比(%)之血氧飽和度(SaO2)，具有陽性SARS-CoV-2病毒測試結果，及/或處於進展為重度COVID-19及/或住院之較高風險下，例如該人類個體(1)為65歲或更大(≥ 65)；身體質量指數(BMI)為35或更高(≥35)；具有慢性腎病；具有糖尿病；(5)具有免疫抑制性疾病，正接受免疫抑制性治療；為55歲或更大(≥55)且具有心血管疾病、高血壓、慢性阻塞性肺病或其他慢性呼吸道疾病；及/或為12-17歲且針對其年齡及性別之BMI≥85%，或鐮形血球貧血症、先天性心臟病或後天性心臟病、神經發展障礙症(例如，腦性麻痺)、醫療相關技術依賴性(例如，與COVID-19無關之氣管造口術、胃造口術或正壓換氣)或氣喘、需要每日藥物控制的反應性呼吸道或其他慢性呼吸道疾病；近期已診斷具有COVID-19 (例如在1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天或14天內)及/或在症狀發作10天內；或已經歷或正經歷前述之任何組合。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中，個體為(a) 18歲或更大，或(b) 55歲或更小，其限制條件為個體為18歲或更大。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該個體具有藉由陽性聚合酶連鎖反應(PCR；例如RT-PCR)測試，例如對任何類型之呼吸道樣品的經實驗室確認之COVID-19感染。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，個體在室內空氣(RA)中的末梢毛細管氧飽和度(SpO2 ) ＞94%，且已經歷COVID-19之一或多種症狀持續≤120 h (5天)。在本發明所揭露之實施例中之任一者中，該個體進一步接受或已接受瑞德西韋、補充氧、通氣療法、呼吸療法、地塞米松、托珠單抗(tocilizumab)或其任何組合。
在一些實施例中，以下中之一或多者不適用於接受根據本揭露內容之治療的個體：將阻止接收肌肉內注射之任何病況，諸如凝血障礙、瘀青或血小板減少症；已知對存在於抗體組成物中之任何成分的過敏或過敏；先前對單株抗體之急性過敏或過敏；先前已接受COVID-19疫苗；先前已接受來自COVID-19存活者之SARS-CoV-2高免疫靜脈內免疫球蛋白(hIVIG)；先前已接受來自恢復的COVID-19患者之恢復期血漿或抗SARS-CoV-2 mAb；懷孕或哺育母乳的女性；丙胺酸胺基轉移酶(ALT)及/或天冬胺酸胺基轉移酶(AST)＞5倍正常上限(ULN)；4期重度慢性腎病或需要透析(亦即，所估計之腎小球濾過率＜30 mL/min/1.73 m2 )；具有與藉由靜息時呼吸急促或呼吸困難或需要補充氧所定義之重度COVID-19相符的症狀；嚴重免疫功能不全參與者，包括(但不限於)接受免疫抑制性化療或免疫療法之癌症患者、在最後3個月內具有實體器官移植或同種異體幹細胞移植之患者、任何心臟或肺移植病史或高劑量長期全身性皮質類固醇(等效於一日≥20mg普賴松或全身性等效物持續2週)；具有糖尿病(需要藥物治療)、慢性腎病(亦即，eGFR ＜60，如由腎臟疾病飲食調整(MDRD)研究所確定)、慢性肝病(例如，肝硬化)、充血性心臟衰竭(紐約心臟學會(NYHA) II級或更高)、慢性阻塞性肺病(慢性支氣管炎、慢性阻塞性肺病或肺氣腫伴有在體力運動時呼吸困難的病史)及中度至重度氣喘(個體需要吸入型類固醇以控制症狀或在過去一年裏已被開具一個療程的口服類固醇)；先前對單株抗體之急性過敏或過敏；末梢器官功能障礙，諸如a.中風b.腦膜炎c.腦炎d.脊髓炎e.心肌梗塞f.心肌炎g.心包炎h.症狀性充血性心臟衰竭(紐約心臟協會[NYHA] III-IV類) i.動脈或深靜脈血栓形成或肺栓塞；末梢器官衰竭類型，諸如a.需要高流量氧、非侵入通氣或侵入性機械式通氣，b.體外膜氧合(ECMO) c.機械循環支持(例如，主動脈內氣球幫浦、左心室輔助裝置) d.血管加壓劑療法e.在此入院期間開始腎替代療法(RRT)(亦即，非慢性RRT患者)；中風；腦膜炎；腦炎；脊髓炎；心肌缺血；心肌炎；心包炎；症狀性充血性心臟衰竭；動脈或深靜脈血栓形成或肺栓塞；及當前或迫切需要侵入性機械式通氣、體外膜式氧合(ECMO)、機械循環支架、血管加壓劑療法，或在此入院期間開始腎替代療法(亦即非慢性腎替代療法之患者)。
包含本揭露內容之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物的組成物亦可與一或多種其他治療劑之投予同時、在其之前或在其之後。此類組合療法可包括投予含有本發明化合物及一或多個額外活性劑之單一醫藥劑型調配物，以及投予包含本揭露內容之抗體或抗原結合片段的組成物，且各活性劑呈其自身單獨劑型調配物形式。舉例而言，如本文所述之抗體或其抗原結合片段及其他活性劑可以單一口服劑量組成物，諸如錠劑或膠囊一同向患者投予，或投予之各藥劑呈單獨口服劑量調配物形式。類似地，如本文所述之抗體或抗原結合片段及其他活性劑可呈單一非經腸劑量組成物(諸如在生理食鹽水溶液或其他生理學上可接受之溶液中)一起向個體投予，或投予之各藥劑呈單獨非經腸劑量調配物形式。當使用單獨劑量調配物時，包含抗體或抗原結合片段及一或多個額外活性劑之組成物可基本上同時，亦即並行地投予，或在單獨交錯的時間，亦即依次及以任何次序投予；組合療法應理解為包括所有此等方案。
在某些實施例中，提供一種組合療法，其包含本揭露內容之一或多個抗SARS-CoV-2抗體(或一或多個核酸、宿主細胞、載體或組成物)及一或多個抗炎劑及/或一或多個抗病毒劑。在特定實施例中，該一或多個抗炎劑包含皮質類固醇，諸如地塞米松、普賴松或其類似物。在一些實施例中，一或多個抗炎劑包含細胞介素拮抗劑，諸如結合至IL6 (諸如司妥昔單抗)，或結合至IL-6R (諸如，托珠單抗)，或結合至IL-1β、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、FGF、G-CSF、GM-CSF、IFN-γ、IP-10、MCP-1、MIP-1A、MIP1-B、PDGR、TNF-α或VEGF之抗體。在一些實施例中，使用抗炎劑，諸如盧利替尼及/或阿那白滯素(anakinra)。在一些實施例中，一或多個抗病毒劑包含核苷酸類似物或核苷酸模擬前藥，諸如瑞德西韋、索非布韋、無環鳥苷(acyclovir)及齊多夫定(zidovudine)。在特定實施例中，抗病毒劑包含咯匹那韋(lopinavir)、利托那韋(ritonavir)、法維拉韋、勒隆利單抗或其任何組合。用於本揭露內容之組合療法的其他抗炎劑包括非類固醇抗炎藥(NSAIDS)。應瞭解，在此類組合療法中，一或多個抗體(或一或多個核酸、宿主細胞、載體或組成物)及一或多個抗炎劑及/或一或多個抗病毒劑可以任何次序及任何順序或一起投予。
在一些實施例中，向先前已接受一或多個抗炎劑及/或一或多個抗病毒劑之個體投予抗體(或一或多個核酸、宿主細胞、載體或組成物)。在一些實施例中，向先前已接受抗體(或一或多個核酸、宿主細胞、載體或組成物)個體投予一或多個抗炎劑及/或一或多個抗病毒劑。
在某些實施例中，提供一種組合療法，其包含本揭露內容之二個或更多個抗SARS-CoV-2抗體。一種方法可包含向已接受第二抗體之個體投予第一抗體，或可包含一起投予二個或更多個抗體。舉例而言，在特定實施例中，提供一種方法，其包含向個體投予(a)第一抗體或抗原結合片段，當該個體已接受第二抗體或抗原結合片段時；(b)第二抗體或抗原結合片段，當該個體已接受第一抗體或抗原結合片段時；或(c)第一抗體或抗原結合片段，及第二抗體或抗原結合片段。
在一相關態樣中，提供本發明所揭露之抗體、抗原結合片段、載體、宿主細胞及組成物之用途。
在某些實施例中，提供本發明所揭露之抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物中之任一者，用於治療個體之SARS-CoV-2感染及/或COVID-19的方法(例如，本發明所揭露之方法中之任一者)中。
在某些實施例中，提供本發明所揭露之抗體、抗原結合片段或組成物中之任一者，用於製造或製備用以治療個體之SARS-CoV-2感染及/或COVID-19之藥劑的方法。
本揭露內容亦提供以下實施例。
實施例1.一種抗體或其抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中：(i) CDRH1包含或其組成為根據SEQ ID NO.: 2、56、64、80、88、96、106、156、179、195或240中之任一者的胺基酸序列，或包含一個、二個或三個酸取代之其序列變異體，該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或對經生殖系編碼之胺基酸的取代；(ii) CDRH2包含或其組成為根據SEQ ID NO.: 3、16-22、57、65、81、89、97、107、121-126、157、180、197、199或241中之任一者的胺基酸序列，或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體，該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或對經生殖系編碼之胺基酸的取代；(ii) CDRH3包含或其組成為根據SEQ ID NO.: 4、25、26、58、66、82、90、98、104、108、127、128、158、181、201、203或242中之任一者的胺基酸序列，或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體，該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或對經生殖系編碼之胺基酸的取代；(iv) CDRL1包含或其組成為根據SEQ ID NO.: 6、51-54、60、68、73、74、84、92、100、110、160、169、183、235或244中之任一者的胺基酸序列，或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體，該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或對經生殖系編碼之胺基酸的取代；(v) CDRL2包含或其組成為根據SEQ ID NO.: 7、61、69、85、93、101、111、161、170、184、236或245中之任一者的胺基酸序列，或包含一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體，該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或對經生殖系編碼之胺基酸的取代；及/或(vi) CDRL3包含或其組成為根據SEQ ID NO.: 8、62、70、77、78、86、94、102、112、151-154、162、171、185、237或246中之任一者的胺基酸序列，或包含具有一個、二個或三個胺基酸取代之其序列變異體，該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或對經生殖系編碼之胺基酸的取代，其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至表現於宿主細胞之細胞表面及/或表現於病毒粒子上之SARS-CoV-2的表面醣蛋白。
實施例2.如實施例1之抗體或抗原結合片段，其能夠中和在活體外感染模型中及/或在活體內動物感染模型及/或人類中之SARS-CoV-2感染。
實施例3.如實施例1-2中任一項之抗體或抗原結合片段，其包含根據以下之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列：SEQ ID NO.: (i)分別為2-4及6-8或235-237；(ii)分別2，16-22、4及6-8或235-237中之任一者；(iii)分別2、3，25-26及6-8或235-237中之任一者；(iv)分別2-4、51、7或236及8或237；(v)分別2-4、52、7或236及8或237；(vi)分別2-4、53、7或236及8或237；(vii)分別2-5、54、7或236及8或237；(viii)分別56-58及60-62；(ix)分別64-66及68-70；(x)分別64-66、73或74、69及70；(xi)分別64-66、68、69及77或78；(xii)分別80-82及84-86；(xiii)分別88-90及92-94；(xiv)分別96-98及101-102；(xv)分別96、97、104及100-102；(xvi)分別106-108及110-112或167-171；(xvii)分別106，121-126、108及110-112中之任一者； (xviii)分別106、107、127或128及110-112；(xix)分別106-108、110、111及151；(xx)分別106-108、110、111及152；(xxi)分別106-108、110、111及153；(xxii)分別106-108、110、111及154；(xxiii)分別106-108及169-171；(xxiv)分別156-158及160-162；(xxv)分別106、123、127及169-171；(xxvi)分別2、17、25、6或235，或51-54中之任一者、7或236及8或237；(xxvii)分別2、20、25、6或235，或51-54中之任一者、7或236及8或237；或(xxviii)分別179-181及183-185；(xxix)分別195、180、181及183-185；(xxx)分別195、197、181及183-185；(xxxi)分別195、199、181及183-185；(xxxii)分別195、197、201及183-185；(xxxiii)分別195、197、203及183-185；(xxxiv)分別195、199、201及183-185；(xxxv)分別195、199、203及183-185； (xxxvi)分別179、180、181及183-185；(xxxvii)分別179、197、181及183-185；(xxxviii)分別179、199、181及183-185；(xxxix)分別179、197、201及183-185；(xxxx)分別179、197、203及183-185；(xxxxi)分別179、199、201及183-185；(xxxxii)分別179、199、203及183-185；(xxxxiii)分別179、180、201及183-185；(xxxxiv)分別179、180、203及183-185；及(xxxxv)分別240-242及244-246。
實施例4.如實施例1-5中任一項之抗體或抗原結合片段，其中：(i) VH包含或其組成為與根據SEQ ID NO.: 1、9-15、23、24、27、28-46、55、63、79、87、95、103、105、113-120、129-146、155、172、176-178、194、196、198、200、202及239中之任一者之胺基酸序列具有至少85%一致性的胺基酸序列，其中該變化任擇地限於一或多個構架區及/或該變化包含對經生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代；及/或(ii) VL包含或其組成為與根據SEQ ID NO.: 5、47-50、59、67、71-72、75、76、83、91、99、109、147-150、159、168、182、190、234及243中之任一者之胺基酸序列具有至少85%一致性的胺基酸序列，其中該變化任擇地限於一或多個構架區及/或該變化包含對經生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代。
實施例5.如實施例1-6中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該VH包含或其組成為表1中所闡述之任何VH胺基酸序列，且其中VL包含或其組成為表1中所闡述之任何VL胺基酸序列，其中任擇地，VH及VL包含或由根據以下之胺基酸序列組成：SEQ ID NO.: (i)分別1及5或234；(ii)分別9-15中之任一者及5或234；(iii)分別23或24及5或234；(iv)分別27及5或234；(v)分別28-46中之任一者及5或234；(vi)分別1及47-50中之任一者；(vii)分別9-15中之任一者及47-50中之任一者；(viii)分別23或24及47-50中之任一者；(ix)分別27及47-50中之任一者；(x)分別28-46中之任一者及47-50中之任一者；(xi)分別55及59；(xii)分別63及67；(xiii)分別63及71或72；(xiv)分別63及75或76；(xv)分別79及83；(xvi)分別87及91；(xvii)分別95及99；(xviii)分別103及99；(xiv)分別105及109或168；(xx)分別113-120中之任一者及109或168；(xxi)分別129及109或168；(xxii)分別130-146中之任一者及109或168；(xxiii)分別105及147-150中之任一者；(xxiv)分別113-120中之任一者及147-150中之任一者；(xxv)分別130-146中之任一者及147-150中之任一者；(xxvi)分別155及159；(xxvii)分別172及168；(xxviii)分別176或177及5或234或47-50中之任一者；(xxix)分別178及182或190；(xxx)分別194及182；(xxxi)分別196及182；(xxxii)分別198及182；(xxxiii)分別200及182；(xxxiv)分別202及182；或(xxxv)分別239及243。
實施例6.一種抗體或其抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含或其組成為如SEQ ID NO: 79中所闡述之胺基酸序列，且該VL包含或其組成為如SEQ ID NO: 83中所闡述之胺基酸序列。
實施例7. 一種抗體或其抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含或由分別SEQ ID NO: 80-82中所闡述之胺基酸序列組成，且CDRL1、CDRL2及CDRL3包含或由分別SEQ ID NO: 84-86中所闡述之胺基酸序列組成。
實施例8.一種抗體或其抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含或其組成為如SEQ ID NO: 105中所闡述之胺基酸序列，且該VL包含或其組成為如SEQ ID NO: 168中所闡述之胺基酸序列。
實施例9.一種抗體或其抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含或由分別SEQ ID NO: 106-108中所闡述之胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含或由分別SEQ ID NO: 169-171中所闡述之胺基酸序列組成。
實施例10.一種抗體或其抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含或其組成為如SEQ ID NO: 178中所闡述之胺基酸序列，且該VL包含或其組成為如SEQ ID NO: 182或SEQ ID NO: 190中所闡述之胺基酸序列。
實施例11.一種抗體或其抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含或由分別SEQ ID NO: 179-181中所闡述之胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含或由分別SEQ ID NO: 183-185中所闡述之胺基酸序列組成。
實施例12.如實施例1-11中任一項之抗體或抗原結合片段，其：(i)識別SARS-CoV-2之ACE2受體結合模體(RBM，SEQ ID NO.:167)中之表位；(ii)能夠阻斷SARS-CoV-2 (例如，SARS-CoV-2 RBM)與ACE2之間的相互作用； (ii)能夠以比結合至SARS冠狀病毒S蛋白更大的親合力結合至SARS-CoV-2 S蛋白；(iv)當抗體或抗原結合片段以10 µg/ml呈遞時，能夠在約100 µL之包含約50,000個目標細胞的樣品中染色約30%、約35%、約40%、約50%、約55%、約56%、約57%、約58%、約59%、約60%或更多表現SARS-CoV-2表面醣蛋白之目標細胞；(v)識別在SARS-CoV-2之ACE2 RBM中及在SARS冠狀病毒之ACE2 RBM中守恆的表位；(vi)針對SARS-CoV-2及SARS冠狀病毒交叉反應；(vii)識別未在ACE2 RBM中在SARS-CoV-2表面醣蛋白中之表位；或(viii)(i)-(vii)之任何組合。
實施例13.如實施例1-12中任一項之抗體或抗原結合片段，其為IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
實施例14.如實施例1-13中任一項之抗體或抗原結合片段，其為選自IgG1、IgG2、IgG3及IgG4之IgG同型。
實施例15.如實施例1-14中任一項之抗體或抗原結合片段，其為人類、人源化或嵌合的。
實施例16.如實施例1-15中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段包含人類抗體、單株抗體、經純化抗體、單鏈抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv或scFab。
實施例17.如實施例16之抗體或抗原結合片段，其中該scFab包含：(i)SEQ ID NO: 218-219及226-227中之任一者中所闡述之胺基酸序列；(ii)VL及VH，VL包含如SEQ ID NO: 168中所闡述之胺基酸序列，且VH包含如SEQ ID NO: 105或SEQ ID NO: 113中所闡述之胺基酸序列；或(iii)包含如SEQ ID NO: 106中所闡述之胺基酸序列的CDRH1、包含如SEQ ID NO: 107或121中所闡述之胺基酸序列的CDRH2、包含如SEQ ID NO: 108中所闡述之胺基酸序列的CDRH3、包含如SEQ ID NO: 169中所闡述之胺基酸序列的CDRL1、包含如SEQ ID NO: 170中所闡述之胺基酸序列的CDRL2及包含如SEQ ID NO: 171中所闡述之胺基酸序列的CDRL3。
實施例18.如實施例16之抗體或抗原結合片段，其中該scFv包含：(i)SEQ ID NO: 220-221或228-229中之任一者中所闡述之胺基酸序列；(ii)VL及VH，VL包含如SEQ ID NO: 168中所闡述之胺基酸序列，且VH包含如SEQ ID NO: 105或SEQ ID NO: 113中所闡述之胺基酸序列；或(iii)包含如SEQ ID NO: 106中所闡述之胺基酸序列的CDRH1、包含如SEQ ID NO: 107或121中所闡述之胺基酸序列的CDRH2、包含如SEQ ID NO: 108中所闡述之胺基酸序列的CDRH3、包含如SEQ ID NO: 169中所闡述之胺基酸序列的CDRL1、包含如SEQ ID NO: 170中所闡述之胺基酸序列的CDRL2及包含如SEQ ID NO: 171中所闡述之胺基酸序列的CDRL3。
實施例19.如實施例16之抗體或抗原結合片段，其中該scFv包含超過一個VH域及超過一個VL域。
實施例20.如實施例19之抗體或抗原結合片段，其中該scFv包含：(i) SEQ ID NO: 222-225或SEQ ID NO: 230-233中之任一者中所闡述之胺基酸序列；(ii)二個VL域及二個VH域，VL域各自包含如SEQ ID NO: 168中所闡述之胺基酸序列，且VH域各自包含如SEQ ID NO: 105或SEQ ID NO: 113中所闡述之胺基酸序列；或(iii)二個VL域及二個VH域，VL域各自包含：包含如SEQ ID NO: 169中所闡述之胺基酸序列的CDRL1、包含如SEQ ID NO: 170中所闡述之胺基酸序列的CDRL2及包含如SEQ ID NO: 171中所闡述之胺基酸序列的CDRL3，且VH域各自包含：包含如SEQ ID NO: 106中所闡述之胺基酸序列的CDRH1、包含如SEQ ID NO: 107或121中所闡述之胺基酸序列的CDRH2、包含如SEQ ID NO: 108中所闡述之胺基酸序列的CDRH3。
實施例21.如實施例1-19中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段為多特異性抗體或抗原結合片段。
實施例22.如實施例21之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段為雙特異性抗體或抗原結合片段。
實施例23.如實施例21或22之抗體或抗原結合片段，其包含：(i)第一VH及第一VL；及(ii)第二VH及第二VL，其中該第一VH及第二VH不同，且各自獨立地包含與SEQ ID NO.: 1、9-15、23、24、27-46、55、63、79、87、95、103、105、113-120、129-146、155、172、176-178、194、196、198、200、202及239中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少85%之一致性的胺基酸序列，且其中第一VL及第二VL不同，且各自獨立地包含與SEQ ID NO.: 5、47-50、59、67、71、72、75、76、83、91、99、109、147-150、159、168、182、190、234及243中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少85%之一致性的胺基酸序列； 且其中第一VH及第一VL共同形成第一抗原結合位點，且其中第二VH及第二VL共同形成第二抗原結合位點。
實施例24.如實施例1-23中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段進一步包含Fc多肽或其片段。
實施例25.如實施例24之抗體或抗原結合片段，其中該Fc多肽或其片段包含：(i)與不包含突變之參考Fc多肽相比，增強結合至FcRn的突變；及/或(ii)與不包含該突變之參考Fc多肽相比，增強結合至FcγR的突變。
實施例26.如實施例25之抗體或抗原結合片段，其中增強結合至FcRn之該突變包含：M428L；N434S；N434H；N434A；N434S；M252Y；S254T；T256E；T250Q；P257I；Q311I；D376V；T307A；E380A；或其任何組合。
實施例27.如實施例25或26之抗體或抗原結合片段，其中增強結合至FcRn之該突變包含：(i) M428L/N434S；(ii) M252Y/S254T/T256E；(iii) T250Q/M428L；(iv) P257I/Q311I；(v) P257I/N434H；(vi) D376V/N434H；(vii) T307A/E380A/N434A；或(viii) (i)-(vii)之任何組合。
實施例28.如實施例25-27中任一項之抗體或抗原結合片段，其中增強結合至FcRn之該突變包含M428L/N434S。
實施例29.如實施例25-28中任一項之抗體或抗原結合片段，其中增強結合至FcγR之該突變包含S239D；I332E；A330L；G236A；或其任何組合。
實施例30.如實施例25-29中任一項之抗體或抗原結合片段，其中增強結合至FcγR之該突變包含：(i) S239D/I332E；(ii) S239D/A330L/I332E；(iii) G236A/S239D/I332E；或(iv) G236A/A330L/I332E。
實施例31.如實施例1-30中任一項之抗體或抗原結合片段，其包含改變醣基化之突變，其中改變醣基化之突變包含N297A、N297Q或N297G，及/或該抗體或抗原結合片段經去醣基化及/或去岩藻醣基化。
實施例32.一種經分離聚核苷酸，其編碼如實施例1-31中任一項之抗體或抗原結合片段，或編碼該抗體或抗原結合片段之VH、重鏈、VL及/或輕鏈。
實施例33.如實施例32之聚核苷酸，其中該聚核苷酸包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)，其中該RNA任擇地包含信使核糖核酸(mRNA)。
實施例34.如實施例32或33之聚核苷酸，其經密碼子最佳化以表現於宿主細胞中。
實施例35.如實施例32-34中任一項之聚核苷酸，其包含與根據SEQ ID NO.:186-189、191-192、238、247、248-255及257-262中之任一者或多者之聚核苷酸序列具有至少50%之一致性的聚核苷酸。
實施例36.一種重組載體，其包含如實施例32-35中任一項之聚核苷酸。
實施例37.一種宿主細胞，其包含如實施例32至35中任一項之聚核苷酸及/或如實施例36之載體，其中該聚核苷酸對於宿主細胞為異源性的。
實施例38.一種人類B細胞，其包含如實施例32至35中任一項之聚核苷酸，其中該聚核苷酸對於人類B細胞為異源性的及/或其中人類B細胞為永生化的。
實施例39.一種組成物，其包含：(i)如實施例1-31或49-52中任一項之抗體或抗原結合片段；(ii)如實施例32-35中任一項之聚核苷酸；(iii)如實施例36之重組載體；(iv)如實施例37之宿主細胞；及/或(v)如實施例38之人類B細胞，及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑或稀釋劑。
實施例40.如實施例39之組成物，其包含如實施例1-31或49-52中任一項之二個或更多個抗體或抗原結合片段。
實施例41. 如實施例40之組成物，其包含： (i)第一抗體或抗原結合片段，其包含VH及VL，該VH包含或由如SEQ ID NO: 79中所闡述之胺基酸序列組成，且該VL包含或由如SEQ ID NO: 83中所闡述之胺基酸序列組成；及 (ii)第二抗體或抗原結合片段，其包含VH及VL，該VH包含或由如SEQ ID NO: 105中所闡述之胺基酸序列組成，且該VL包含或由如SEQ ID NO: 168中所闡述之胺基酸序列組成。
實施例42.如實施例40之組成物，其包含： (i)第一抗體或抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含或由分別SEQ ID NO: 80-82中所闡述之胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含或由分別SEQ ID NO: 84-86中所闡述之胺基酸序列組成；及(ii)第二抗體或抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含或由分別SEQ ID NO: 106-108中所闡述之胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含或由分別SEQ ID NO: 169-171中所闡述之胺基酸序列組成。
實施例43. 如實施例40之組成物，其包含： (i)第一抗體或抗原結合片段，其包含VH及VL，其中該VH包含或由如SEQ ID NO: 178中所闡述之胺基酸序列組成，且該VL包含或由如SEQ ID NO: 182或SEQ ID NO: 190中所闡述之胺基酸序列組成；及(ii)第二抗體或抗原結合片段，其包含VH及VL，其中該VH包含或由如SEQ ID NO: 105中所闡述之胺基酸序列組成，且該VL包含或由如SEQ ID NO: 168中所闡述之胺基酸序列組成。
實施例44.如實施例40之組成物，其包含： (i)第一抗體或抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含或由分別SEQ ID NO: 179-181中所闡述之胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含或由分別SEQ ID NO: 183-185中所闡述之胺基酸序列組成；及(ii)第二抗體或抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含或由分別SEQ ID NO: 106-108中所闡述之胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含或由分別SEQ ID NO: 169-171中所闡述之胺基酸序列組成。
實施例45.如實施例40之組成物，其包含： (i)第一抗體或抗原結合片段，其包含VH及VL，其中該VH包含或由如SEQ ID NO: 178中所闡述之胺基酸序列組成，且該VL包含或由如SEQ ID NO: 182或SEQ ID NO: 190中所闡述之胺基酸序列組成；及(ii)第二抗體或抗原結合片段，其包含VH及VL，其中該VH包含或由如SEQ ID NO: 63中所闡述之胺基酸序列組成，且該VL包含或由如SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 71-71中任一項或SEQ ID NO: 75-76中任一項中所闡述之胺基酸序列組成。
實施例46.如實施例40之組成物，其包含： (i)第一抗體或抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含或由分別SEQ ID NO: 179-181中所闡述之胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含或由分別SEQ ID NO: 183-185中所闡述之胺基酸序列組成；及(ii)第二抗體或抗原結合片段，其包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含或由分別SEQ ID NO: 64-66中所闡述之胺基酸序列組成，CDRL1包含或其組成為SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 73或SEQ ID NO: 74中之任一者中所闡述之胺基酸序列，CDRL2包含或其組成為SEQ ID NO: 69中所闡述之胺基酸序列，及CDRL3包含或其組成為SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO:77或SEQ ID NO:78中之任一者中所闡述之胺基酸序列。
實施例47.一種組成物，其包含囊封於載劑分子中之如實施例32至35中任一項之聚核苷酸，其中該載劑分子任擇地包含脂質、脂質衍生之遞送媒劑，諸如脂質體、固體脂質奈米粒子、油性懸浮液、次微米級脂質乳液、脂質微泡、逆脂質微胞、耳蝸脂質體、脂質微管、脂質微柱、脂質奈米粒子(LNP)或奈米尺度平台。
實施例48.一種治療個體之SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含向該個體投予有效量之 (i)如實施例1-31或51-54中任一項之抗體或抗原結合片段；(ii)如實施例32-35中任一項之聚核苷酸；(iii)如實施例36之重組載體；(iv)如實施例37之宿主細胞；(v)如實施例38之人類B細胞；及/或(vi)如實施例39-47中任一項之組成物。
實施例49.如實施例1-31或51-54中任一項之抗體或抗原結合片段如實施例32-35中任一項之聚核苷酸、如實施例36之重組載體、如實施例37之宿主細胞、如實施例38之人類B細胞及/或如實施例39-47中任一項之組成物，其用於治療個體之SARS-CoV-2感染的方法中。
實施例50.如實施例1-31或51-54中任一項之抗體或抗原結合片段、如實施例32-35中任一項之聚核苷酸、如實施例36之重組載體、如實施例37之宿主細胞、如實施例38之人類B細胞及/或如實施例39-47中任一項之組成物，其用於製備用以治療個體之SARS-CoV-2感染的藥劑。
實施例51.如實施例24-31中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該Fc多肽包含L234A突變及L235A突變。
實施例52.如實施例1-31或51中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白，如使用生物層干涉法所量測。
實施例53.如實施例52之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白，其中KD為低於約4.5x10-9 M。
實施例54.如實施例52或53之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2 S蛋白，其中KD為低於約1x10-12 M。
實施例55.如實施例1-31或51-54中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠以約16至約20 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染及/或中和目標細胞之感染。
實施例56.如實施例1-31或51-54中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠以約0.3至約0.4 μg/ml或約3至約4 nM之IC50中和SARS-CoV-2感染及/或中和目標細胞之感染。
實施例57.一種組成物，其包含(i)如實施例8或9之抗體或抗原結合片段，及(ii)如實施例10或11之抗體或抗原結合片段，其中該組成物能夠以約0.07至約0.08 μg/ml之IC50中和SARS-CoV-2感染。
實施例58. 如實施例1-31或51-54中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠誘導針對受SARS-CoV-2感染之目標細胞的抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)及/或抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)。
實施例59.一種用於活體外診斷SARS-CoV-2感染之方法，該方法包含： (i)使來自個體之樣品與如實施例1-31或51-54中任一項之抗體或抗原結合片段接觸；及 (ii)偵測包含抗原及抗體，或包含抗原及抗原結合片段之複合物。
實施例60.如實施例59之方法，其中該樣品包含自該個體分離之血液。
實施例61.如實施例52-56中任一項之抗體或抗原結合片段，其中抗體或抗原結合片段之Fab能夠結合至SARS-CoV-2 S蛋白，其中KD為2.0x10-9或更低、1.9x10-9或更低、1.8x10-9或更低。
實施例62.如實施例1-31、51-54或61中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠中和SARS-CoV-2之感染，且不與人類ACE2競爭結合至SARS-CoV-2 S蛋白。 其中任擇地，中和包含在活體外感染模型中中和感染。
實施例63.如實施例1-31、51-54、61或62中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠中和SARS-CoV-2之感染，其中IC50為3.0 nM、3.1 nM、3.2 nM、3.3 nM、3.4 nM、3.5 nM、3.6 nM、3.7 nM、3.8 nM、3.9 nM或4.0 nM。
實施例64.如實施例58之抗體或抗原結合片段，其中該誘導ADCC包含活化包含V158 FcγRIIIa變異體之自然殺手細胞、包含F158 FcγRIIIa變異體之自然殺手細胞或二者。
實施例65.如實施例58或64之抗體或抗原結合片段，其中該ADCP包含接合表現於諸如單核球、巨噬細胞或樹突狀細胞之吞噬細胞之表面上的FcγRIIa。
實施例66.一種抗體或其抗原結合片段，其與如實施例1-31、51-54或61-65中任一項之抗體或抗原結合片段競爭結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白。
實施例67.一種抗體或其抗原結合片段，其與抗體S309及/或抗體S303競爭結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白。
實施例68.一種抗體或其抗原結合片段，其與抗體S304及/或抗體S315競爭結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白。
實施例69.一種組合或組成物，其包含： (i)抗體或抗原結合片段，其包含： (a) CDRH1胺基酸序列GYPFTSYG、CDRH2胺基酸序列ISTYNGNT或ISTYQGNT、CDRH3胺基酸序列ARDYTRGAWFGESLIGGFDN；CDRL1胺基酸序列QTVSSTS、CDRL2胺基酸序列GAS，及CDRL3胺基酸序列QQHDTSLT；或 (b)VH胺基酸序列，其包含以下或由以下組成：QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS 或包含以下或由以下組成：QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS， 及VL胺基酸序列，其包含以下或由以下組成：EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTSLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLTFGGGTKVEIK；及 (ii) 抗體或抗原結合片段，其包含：(a)分別根據SEQ ID NO.:79及83之VH及VL胺基酸序列；(b)分別根據SEQ ID NO.:80-82及84-86之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列；(c)分別根據SEQ ID NO.:178或194或196或198或200或202及182或190之VH及VL胺基酸序列；或(d)分別根據SEQ ID NO.:179或195、180或197或199、181 201或203及183-185之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
實施例70. 一種預防或治療或中和個體之冠狀病毒感染的方法，該方法包含向個體投予如實施例69之組合或組成物，其中任擇地，並行地同時或相繼投予(i)之該抗體或抗原結合片段及(ii)之抗體或抗原結合片段。
實施例71.一種預防或治療或中和個體之冠狀病毒感染的方法，該方法包含向已接受第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段之個體投予，該第一抗體或抗原結合片段包含：(a)根據分別SEQ ID NO.:79及83之VH及VL胺基酸序列；或(b)分別根據SEQ ID NO.:80-82及84-86之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列；該第二抗體或抗原結合片段包含(a)根據SEQ ID NO.:105或113之VH胺基酸序列，及根據SEQ ID NO: 168之VL胺基酸序列；或 (b)根據分別SEQ ID NO.: 106-108、分別SEQ ID NO.: 106、121及108之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸，及根據分別SEQ ID NO.:169-171之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
實施例72.一種預防或治療或中和個體之冠狀病毒感染的方法，該方法包含向已接受第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段之個體投予，該第一抗體或抗原結合片段包含：(a)根據SEQ ID NO.:105或113之VH胺基酸序列，及根據SEQ ID NO: 168之VL胺基酸序列；或(b)根據分別SEQ ID NO.: 106-108、或分別SEQ ID NO.: 106、121及108之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸，及根據分別SEQ ID NO.:169-171之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列；該第二抗體或抗原結合片段包含(a)根據分別SEQ ID NO.:79及83之VH及VL胺基酸序列；或(b)根據分別SEQ ID NO.:80-82及84-86之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
實施例73.一種預防或治療或中和個體之冠狀病毒感染的方法，該方法包含向已接受第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段之個體投予，該第一抗體或抗原結合片段包含： (a) 根據分別SEQ ID NO.:178或194或196或198或200或202及182或190之VH及VL胺基酸序列；或(b)根據分別SEQ ID NO.:179或195、180或197或199、181 201或203及183-185之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列； 該第二抗體或抗原結合片段包含(a)根據SEQ ID NO.:105或113之VH胺基酸序列，及根據SEQ ID NO: 168之VL胺基酸序列；或(b)根據分別SEQ ID NO.: 106-108、或分別SEQ ID NO.: 106、121及108之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸，及根據分別SEQ ID NO.:169-171之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
實施例74.一種預防或治療或中和個體之冠狀病毒感染的方法，該方法包含向已接受第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段之個體投予，該第一抗體或抗原結合片段包含：(a)根據SEQ ID NO.:105或113之VH胺基酸序列，及根據SEQ ID NO: 168之VL胺基酸序列；或(b)根據分別SEQ ID NO.: 106-108、或分別SEQ ID NO.: 106、121及108之CDRH1、CDRH2及CDRH3胺基酸，及根據分別SEQ ID NO.:169-171之CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列；該第二抗體或抗原結合片段包含(a)根據分別SEQ ID NO.:178或194或196或198或200或202及182或190之VH及VL胺基酸序列；或(b)根據分別SEQ ID NO.:179或195、180或197或199、181 201或203及183-185之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列。
實施例75.一種治療個體之SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含向個體投予單次劑量之包含如實施例1-31、51-54及61-65中任一項之抗體或抗原結合片段的組成物。
實施例76.如實施例48或75之方法，其中該抗體或抗原結合片段包含根據分別SEQ ID NO.:106、121、108、169、170及171之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列，及任擇地進一步包含含有M428L/N434S突變之(例如，IgG1)Fc多肽，較佳其中該抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NO.:173之CH1-CH3胺基酸序列及SEQ ID NO.:174之CL胺基酸序列。
實施例77.如實施例48、75及76中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段包含根據SEQ ID NO: 113之VH及根據SEQ ID NO: 168之VL，且任擇地進一步包含含有M428L/N434S突變之(例如，IgG1)Fc多肽，較佳其中該抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NO.:173之CH1-CH3胺基酸序列及SEQ ID NO.:174之CL胺基酸序列。
實施例78.如實施例48及75-77中任一項之方法，其中該個體：(i)為18至49歲；(ii)為18歲或更大；(iii)具有輕度至中度COVID-19；(iv)具有重度COVID-19；(v)具有重度至危重COVID-19；(vi)自症狀發作起低於七天或5天或更短；(vii)自症狀發作起已有七天或更久；(viii)具有陽性反轉錄酶-聚合酶連鎖反應或抗原SARS-CoV-2測試結果；(ix)為55歲或更大； (x)具有以下中之一或多者：需要藥物治療之糖尿病、肥胖(身體質量指數＞30 kg/m2 )、慢性腎病(所估計之腎小球濾過率＜60 mL/min/1.73 m2 )23 、鬱血性心臟衰竭(紐約心臟學會II級或更高)、慢性阻塞性肺病(慢性支氣管炎、慢性阻塞性肺病或肺氣腫伴有在體力運動時呼吸困難的病史)，及中度至重度氣喘(個體需要吸入型類固醇以控制症狀或在過去一年裏已被開具一個療程的口服類固醇)；或 (xi)(i)-(x)之任何組合。
實施例79.如實施例48或75-78中任一項之方法，其中該投予包含靜脈內輸注。
實施例80.  一種預防或減輕與具有經確認之SARS-CoV-2感染的個體密切接觸的個體之SARS-CoV-2感染之嚴重程度的方法，該方法包含向個體投予單次劑量之包含如實施例1-31、51-54及61-65中任一項之抗體或抗原結合片段的組成物。
實施例81.如實施例80之方法，其中該抗體或抗原結合片段包含根據分別SEQ ID NO.:106、121、108、169、170及171之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列，及任擇地進一步包含含有M428L/N434S突變之(例如，IgG1)Fc多肽，較佳其中該抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NO.:173之CH1-CH3胺基酸序列及SEQ ID NO.:174之CL胺基酸序列。
實施例82. 如實施例80或81之方法，其中該抗體或抗原結合片段包含根據SEQ ID NO: 113之VH及根據SEQ ID NO: 168之VL，及任擇地進一步包含含有M428L/N434S突變之(例如，IgG1)Fc多肽，較佳其中該抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NO.:173之CH1-CH3胺基酸序列及SEQ ID NO.:174之CL胺基酸序列。
實施例83. 如實施例80-82中任一項之方法，其中該個體：(i)為12歲或更大；及(ii)最後一次與具有經確認之SARS-CoV-2感染的個體接觸在投予該組成物之前低於三天。
實施例84.如實施例48或80-83中任一項之方法，其中該投予包含靜脈內輸注。
實施例85.如實施例48或75-78中任一項之方法，其中該投予包含肌肉內注射。
實施例86.如實施例48或80-83中任一項之方法，其中該投予包含肌肉內注射。
實施例87.如實施例75-86中任一項之方法，其中單次劑量之該組成物包含250 mg抗體或抗原結合片段。
實施例88.如實施例75-86中任一項之方法，其中單次劑量之該組成物包含500 mg抗體或抗原結合片段。
實施例89.1.如實施例48或75-88中任一項之方法，其中該個體具有輕度至中度SARS-2-CoV感染(例如，具有輕度至中度COVID-19)，且任擇地處於進展為重度疾病之風險下。
實施例89.2.一種治療具有輕度至中度COVID-19之個體之COVID-19的方法，該方法包含向個體肌肉內投予包含抗體之單次劑量的組成物，該抗體包含根據SEQ ID NO: 113之VH及根據SEQ ID NO: 168之VL，及任擇地進一步包含含有M428L/N434S突變之(例如，IgG1)Fc多肽，較佳其中該抗體包含SEQ ID NO.:173之CH1-CH3胺基酸序列及SEQ ID NO.:174之CL胺基酸序列。
實施例90.如實施例89.2之方法，其中該單次劑量之該組成物包含250 mg該抗體。
實施例91.如實施例89.2之方法，其中該單次劑量之該組成物包含500 mg該抗體。
實施例92.如實施例89.2-91中任一項之方法，其中： (i) (i)(a)該個體為12歲或更大，且處於COVID-19之進展的較高風險下，或(i)(b)該個體為65歲或更大；及/或 (ii)該個體具有陽性SARS-CoV-2測試結果(例如，藉由PCR測試)，具有在室內空氣中的氧飽和度≥94%，具有COVID-19症狀，且自症狀發作起低於或等於7天。
實施例93.如實施例89.2-92中任一項之方法，其中： (i) (i)(a)該個體為12歲或更大，且處於COVID-19之進展的較高風險下，或(i)(b)該個體為65歲或更大；及 (ii)該個體具有陽性SARS-CoV-2測試結果(例如，藉由PCR測試)，具有在室內空氣中的氧飽和度≥94%，具有COVID-19症狀，且自症狀發作起低於或等於7天。
[實施例94-100-保留] 實施例101.一種治療個體之SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含向個體投予單次劑量之組成物，該組成物包含能夠結合至表現於宿主細胞之細胞表面及/或病毒粒子上之SARS-CoV-2之表面醣蛋白的抗體或抗原結合片段，其中該抗體包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3包含以下中所闡述之胺基酸序列：(1)分別SEQ ID NO.:106、121、108、169、170及171；或(2)分別SEQ ID NO.:106、107、108、169、170及171。
實施例102.一種治療個體之SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含向個體投予有效量之(i)能夠結合至表現於宿主細胞之細胞表面及/或病毒粒子上之SARS-CoV-2之表面醣蛋白的抗體或抗原結合片段，或(ii)包含以下之組成物：(ii)(a)抗體或抗原結合片段，及(ii)(b)醫藥學上可接受之賦形劑、載劑或稀釋劑，其中該抗體包含重鏈可變域(VH)及輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含CDRH1、CDRH2及CDRH3，且該輕鏈可變域(VL)包含CDRL1、CDRL2及CDRL3，其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3包含以下中所闡述之胺基酸序列：(1)分別SEQ ID NO.:106、121、108、169、170及171；或(2)分別SEQ ID NO.:106、107、108、169、170及171。
實施例103.如實施例102之方法，其中該方法包含向該個體投予單次劑量之(i)之抗體或抗原結合片段或(ii)之該組成物。
實施例104.如實施例101-103中任一項之方法，其中該VH包含SEQ ID NO.:113中所闡述之該胺基酸序列，且該VL包含SEQ ID NO.:168中所闡述之該胺基酸序列。
實施例105.如實施例101-103中任一項之方法，其中該VH包含SEQ ID NO.:105中所闡述之該胺基酸序列，且該VL包含SEQ ID NO.:168中所闡述之該胺基酸序列。
實施例106.如實施例101-105中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段進一步包含Fc多肽或其片段。
實施例107.如實施例101-106中任一項之方法，其為IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
實施例108.如實施例101-107中任一項之方法，其為選自IgG1、IgG2、IgG3及IgG4之IgG同型。
實施例109.如實施例101-108中任一項之方法，其為IgG1同型。
實施例110.如實施例106-109中任一項之方法，其中該Fc多肽或其片段包含：(i)與不包含突變之參考Fc多肽相比，增強結合至FcRn的突變；及/或(ii)與不包含該突變之參考Fc多肽相比，增強結合至FcγR的突變。
實施例111.如實施例110之方法，其中增強結合至FcRn之該突變包含：M428L；N434S；N434H；N434A；N434S；M252Y；S254T；T256E；T250Q；P257I；Q311I；D376V；T307A；E380A；或其任何組合。
實施例112.如實施例110或111之方法，其中增強結合至FcRn之該突變包含：(i) M428L/N434S；(ii) M252Y/S254T/T256E；(iii) T250Q/M428L；(iv) P257I/Q311I；(v) P257I/N434H；(vi) D376V/N434H；(vii) T307A/E380A/N434A；或(viii) (i)-(vii)之任何組合。
實施例113.如實施例110-112中任一項之方法，其中增強結合至FcRn之該突變包含M428L/N434S。
實施例114.如實施例110-113中任一項之方法，其中增強結合至FcγR之該突變包含S239D；I332E；A330L；G236A；或其任何組合，且任擇地不包含S239D。
實施例115.如實施例110-114中任一項之方法，其中增強結合至FcγR之該突變包含： (i) S239D/I332E； (ii) S239D/A330L/I332E； (iii) G236A/S239D/I332E；或 (iv) G236A/A330L/I332E。
實施例116.如實施例101-115中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NO.:173或265之CH1-CH3胺基酸序列及SEQ ID NO.:174之CL胺基酸序列。
實施例117.如實施例101-115中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NO.:175或266之該CH1-CH3胺基酸序列及SEQ ID NO.:174之該CL胺基酸序列。
實施例118.如實施例101-117中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段包含重鏈多肽及輕鏈多肽，其中： (i)該重鏈多肽包含SEQ ID NO.:113中所闡述之該VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:173或265中所闡述之該CH1-CH3胺基酸序列；及 (ii)該輕鏈包含SEQ ID NO.:168中所闡述之該VL胺基酸序列及SEQ ID NO.:174中所闡述之該CL胺基酸序列，且其中任擇地，該方法包含向該個體投予單次劑量之該抗體或抗原結合片段。
實施例119.如實施例101-117中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段包含重鏈多肽及輕鏈多肽，其中： (i)該重鏈多肽包含SEQ ID NO.:113中所闡述之該VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:175或266中所闡述之該CH1-CH3胺基酸序列；及 (ii)該輕鏈包含SEQ ID NO.:168中所闡述之該VL胺基酸序列及SEQ ID NO.:174中所闡述之該CL胺基酸序列，且其中任擇地，該方法包含向該個體投予單次劑量之該抗體或抗原結合片段。
實施例120.如實施例101-119中任一項之方法，其中該個體： (i)為18至49歲； (ii)為18歲或更大； (iii)具有輕度至中度COVID-19； (iv)具有重度COVID-19； (v)具有重度至危重COVID-19； (vi)自症狀發作起低於七天或5天或更短； (vii)自症狀發作起已有七天或更久； (viii)已具有陽性反轉錄酶-聚合酶連鎖反應或抗原SARS-CoV-2測試結果； (ix)為55歲或更大； (x)具有以下中之一或多者：需要藥物治療之糖尿病、肥胖(身體質量指數＞30 kg/m2 )、慢性腎病(所估計之腎小球濾過率＜60 mL/min/1.73 m2 )、鬱血性心臟衰竭(紐約心臟學會II級或更高)、慢性阻塞性肺病(慢性支氣管炎、慢性阻塞性肺病或肺氣腫伴有在體力運動時呼吸困難的病史)，及中度至重度氣喘(個體需要吸入型類固醇以控制症狀或在過去一年裏已被開具一個療程的口服類固醇)；或 (xi)(i)-(x)之任何組合。
實施例121.如實施例101-120中任一項之方法，其包含向該個體靜脈內投予該抗體、抗原結合片段或組成物。
實施例122.如實施例121之方法，其包含經30分鐘、60分鐘或90分鐘之過程向該個體靜脈內投予該抗體、抗原結合片段或組成物。
實施例123.如實施例101-122中任一項之方法，其包含向該個體肌肉內投予該抗體、抗原結合片段或組成物。
實施例124.如實施例101-123中任一項之方法，其中該方法包含向該個體以至多100 mg、至多150 mg、至多200 mg、至多250 mg、至多300 mg、至多350 mg、至多400 mg、至多450 mg或至多500 mg之劑量投予該抗體或抗原結合片段。
實施例125.如實施例101-124中任一項之方法，其中該方法包含向該個體以在約50 mg至約500 mg之範圍內，或在約50 mg至約250 mg之範圍內，或在約50 mg至100 mg之範圍內，或在約100 mg至約500 mg之範圍內，或在約250 mg至約500 mg之範圍內的劑量投予該抗體或抗原結合片段。
實施例126.如實施例101-125中任一項之方法，其中該方法包含向該個體投予50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475或500 mg之該抗體或抗原結合片段。
實施例127.如實施例101-126中任一項之方法，其中該方法包含向該個體投予50、150、250或500 mg之該抗體或抗原結合片段。
實施例128.如實施例101-127中任一項之方法，其中該方法包含向該個體投予500 mg之該抗體或抗原結合片段。
實施例129.如實施例101-128中任一項之方法，其包含向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物2、3、4、5、6、7、8、9或10次或更多次。
實施例130.如實施例101-129中任一項之方法，其包含向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物多次，其中在第一次或前述投予後約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約24、約48、約74、約96小時或更久時進行第二次或相繼投予。
實施例131.如實施例101-130中任一項之方法，其中該個體為18歲或更大，具有經實驗室確認之(例如，藉由PCR測試) SARS-CoV-2感染。
實施例132.如實施例101-131中任一項之方法，其中該個體之臨床狀態為4級(住院，藉由面罩或鼻叉管吸氧)、5級(住院，使用非侵入性通氣或高流量氧)、6級(住院，插管及機械式通氣)或7級(通氣及額外器官支持-升壓劑、腎臟替代治療(RRT)、體外膜氧合(ECMO))，如藉由WHO臨床嚴重程度評分9點順序量表所定義。
實施例133.如實施例101-131中任一項之方法，其中該個體具有輕度至中度COVID-19。
實施例134.如實施例133之方法，其中該個體處於進展為重度COVID-19之風險下。
實施例135.如實施例134之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，該個體因COVID-19而住院之風險減小。
實施例136. 如實施例135之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19住院之該風險減小10%或更高。
實施例137. 如實施例135之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19住院之該風險減小20%或更高。
實施例138. 如實施例135之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19住院之該風險減小30%或更高。
實施例139.如實施例135之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19住院之該風險減小40%或更高。
實施例140. 如實施例135之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19住院之該風險減小50%或更高。
實施例141. 如實施例135之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19住院之該風險減小60%或更高。
實施例142. 如實施例135之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19住院之該風險減小70%或更高。
實施例143.如實施例135之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19住院之該風險減小80%或更高。
實施例144.如實施例135之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19住院之該風險減小85%或更高。
實施例145.如實施例101-144中任一項之方法，其中該個體具有或處於進展為重度COVID-19之風險下，其中任擇地，重度COVID-19包含(i)需要氧氣補充持續超過1天之低血氧症(室內空氣中的O2飽和度≤93%或PaO2/FiO2＜300)，或(ii)需要≥ 4L/min氧氣補充或等效物之該個體。
實施例146.如實施例101-145中任一項之方法，其中該個體具有或處於進展為危重COVID-19之風險下，其中任擇地，危重COVID-19包含需要以下：侵入性機械式通氣及ECMO中之至少一者的呼吸衰竭；休克；及多器官功能障礙/衰竭。
實施例147.如實施例101-146中任一項之方法，其中該個體自症狀發作起低於七天。
實施例148.如實施例101-146中任一項之方法，其中該個體為自症狀發作起七天或更久。
實施例149.如實施例101-148中任一項之方法，其中該個體為(i)-(iii)中之任一者或多者： (i) 18歲或更大，且具有陽性SARS-CoV-2測試結果(藉由任何經驗證的測試，例如對任何樣本類型之RT-PCR)； (ii)(1)因定義為與4級或5級疾病一致之需要補充氧或非侵入性通氣的重度COVID-19疾病而住院，或(2)因定義為使用機械式通氣之彼等臨床狀態(6級或7級疾病)的危重COVID-19疾病而住院； (iii)為男性或女性，其中任擇地，(1)該女性為無生育能力(WONCBP)，或(2)為具有生育能力的女性(WOCBP)且使用避孕方法。
實施例150.如實施例101-149中任一項之方法，其中該方法包含向該個體投予500 mg之該抗體或抗原結合片段。
實施例151.如實施例101-150中任一項之方法，其中該個體與具有經確認之SARS-CoV-2感染的個體有過或有密切接觸。
實施例152.如實施例101-151中任一項之方法，其中治療包含預防SARS-CoV-2之感染及/或預防COVID-19。
實施例153.如實施例101-152中任一項之方法，其中治療包含預防該個體之COVID-19進展。
實施例154.如實施例101-153中任一項之方法，其中治療包含預防症狀性COVID-19之感染及/或傳播。
實施例155.如實施例101-153中任一項之方法，其中治療包含預防無症狀性COVID-19之感染及/或傳播。
實施例156.如實施例101-155中任一項之方法，其中該個體處於感染或進展為COVID-19之風險下。
實施例157.如實施例101-156中任一項之方法，其中治療包含預防或減輕： (1)選自以下之一或多個急性呼吸道症狀：咳嗽；產生痰；喉嚨痛；及呼吸急促；或 (2)發熱超過38℃； (3)以下症狀中之二個或更多個：疲勞；肌肉痛/關節痛；發冷；噁心/嘔吐；腹瀉；及嗅覺缺失/味覺障礙。
實施例158.如實施例101-157中任一項之方法，其中治療包含預防或減輕以下症狀中之一或多者：發熱超過38℃；發冷；咳嗽；喉嚨痛；不適；頭痛；肌肉痛；嗅覺或味覺改變；鼻充血/鼻漏；嘔吐；腹瀉；運動時呼吸急促。
實施例159.如實施例101-158中任一項之方法，其中該個體為成人。
實施例160.如實施例101-159中任一項之方法，其中該個體為18歲或更大，或為19歲或更大。
實施例161.如實施例101-160中任一項之方法，其中該個體為55歲或更大，或為65歲或更大。
實施例162.如實施例101-161中任一項之方法，其中該投予該抗體、抗原結合片段或組成物包含靜脈內輸注。
實施例163.如實施例101-162中任一項之方法，其中投予該抗體、抗原結合片段或組成物包含肌肉內注射。
實施例164.如實施例101-163中任一項之方法，其中該方法包含向該個體投予250 mg之該抗體或抗原結合片段。
實施例165.如實施例101-163中任一項之方法，其中該方法包含向該個體投予500 mg之該抗體或抗原結合片段。
實施例166.如實施例101-165中任一項之方法，其中該個體具有輕度至中度SARS-2-CoV感染(例如，具有輕度至中度COVID-19)，且任擇地處於進展為重度疾病之風險下。
實施例167. 如實施例101-166中任一項之方法，其中該個體： (i)為12歲或更大；及 (ii)最後一次與具有經確認之SARS-CoV-2感染的個體接觸在投予該組成物之前低於三天。
實施例168.如實施例101-167中任一項之方法，其中該個體具有輕度至中度COVID-19，且該方法包含向該個體肌肉內投予單次劑量之該抗體、抗原結合片段或組成物。
實施例169.如實施例168之方法，其中該單次劑量包含250 mg之該抗體或抗原結合片段。
實施例170.如實施例168或169之方法，其中該單次劑量包含500 mg之該抗體或抗原結合片段。
實施例171.如實施例168-170中任一項之方法，其中：(i)(a)該個體為12歲或更大，且處於COVID-19之進展的較高風險下，或(i)(b)該個體為65歲或更大；及/或 (ii)該個體具有陽性SARS-CoV-2測試結果(例如，藉由PCR測試)，具有在室內空氣中的氧飽和度≥94%，具有COVID-19症狀，且自症狀發作起低於或等於7天。
實施例172.如實施例101-171中任一項之方法，其中：(i)(a)該個體為12歲或更大，且處於COVID-19之進展的較高風險下，或(i)(b)該個體為65歲或更大；及 (ii)該個體具有陽性SARS-CoV-2測試結果(例如，藉由PCR測試)，具有在室內空氣中的氧飽和度≥94%，具有COVID-19症狀，且自症狀發作起低於或等於7天。
實施例173.如實施例101-172中任一項之方法，其中該個體未住院且處於(i)住院及/或(ii) COVID-19之進展的較高風險下。
實施例174.如實施例101-173中任一項之方法，其中該個體為：(1)12歲或更大，且任擇地處於COVID-19之進展的較高風險下；及/或(2)為65歲或更大。
實施例175.如實施例101-174中任一項之方法，其中該個體已具有陽性SARS-CoV-2測試結果，具有在室內空氣中的氧飽和度≥94%，具有COVID-19症狀，且自症狀發作起低於或等於7天。
實施例176.如實施例101-175中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段係自經編碼該抗體或抗原結合片段之聚核苷酸穩定轉染的非純系細胞池獲得。
實施例177.如實施例101-175中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段係自純系主細胞庫(master cell bank)獲得。
實施例178.如實施例101-177中任一項之方法，其中該個體：為護理之家或長期照護設施之居住者；為臨終關懷照護工作者；為健康照護提供者或健康照護工作者；為第一線救護人員；為經診斷具有或疑似具有SARS-CoV-2感染之個體的家族成員或其他密切接觸者；為超重或臨床上肥胖；為或曾經為吸菸者；具有或曾具有慢性阻塞性肺病(COPD)；為氣喘(例如，具有中度至重度氣喘)；具有自體免疫疾病或病狀(例如，糖尿病)；具有受損或耗乏的免疫系統(例如，歸因於AIDS/HIV感染，癌症，諸如血液癌症，淋巴細胞耗竭(lymphodepleting)療法，諸如化療，骨髓或器官移植，或遺傳免疫病狀)；具有慢性肝病；具有心血管疾病；及/或具有肺病或心臟病；及/或與他人一起工作或以其他方式近距離接觸，諸如在工廠、運輸中心、醫院環境或其類似環境中。
實施例179.如實施例101-178中任一項之方法，其中該個體已接受針對SARS-CoV-2之疫苗，且該疫苗藉由臨床診斷或科學或法規準則，例如藉由該個體之疫苗後感染或症狀確定為無效的。
實施例180.如實施例101-178中任一項之方法，其中該個體未接受針對SARS-CoV-2之疫苗。
實施例181.如實施例101-180中任一項之方法，其中該個體已接受針對SARS-CoV-2之恢復期血漿療法(亦即，來自恢復期COVID-19個體)、瑞德西韋或二者。
實施例182.如實施例101-181中任一項之方法，其中治療包含暴露前或暴露期間預防。
實施例183.如實施例101-182中任一項之方法，其中任擇地在門診環境中向具有輕度至中度疾病之該個體投予治療。
實施例184.如實施例101-183中任一項之方法，其中向具有中度至重度疾病，諸如需要住院之個體投予治療。
實施例185.如實施例101-184中任一項之方法，其中該個體因COVID-19而住院。
實施例186.如實施例101-185中任一項之方法，其中具有SARS-CoV-2感染之該個體：具有輕度至中度COVID-19；正在經歷發熱、咳嗽、疲勞、呼吸急促或呼吸困難、肌肉疼痛、發冷、喉嚨痛、流鼻涕、頭痛、胸部疼痛、嗅覺及/或味覺缺失、及紅眼症(結膜炎)、不適、及異常成像中之任一者或多者；具有藉由臨床評定或成像之下呼吸道疾病的證據及在海平面下室內空氣中的超過(＞)93百分比(%)之血氧飽和度(SaO2)，具有陽性SARS-CoV-2病毒測試結果，及/或處於進展為重度COVID-19及/或住院之較高風險下，例如該人類個體(1)為65歲或更大(≥ 65)；身體質量指數(BMI)為35或更高(≥35)；具有慢性腎病；具有糖尿病；(5)具有免疫抑制性疾病，正接受免疫抑制性治療；為55歲或更大(≥55)且具有心血管疾病、高血壓、慢性阻塞性肺病或其他慢性呼吸道疾病；及/或為12-17歲且針對其年齡及性別之BMI≥85%，或鐮形血球貧血症、先天性心臟病或後天性心臟病、神經發展障礙症(例如，腦性麻痺)、醫療相關技術依賴性(例如，與COVID-19無關之氣管造口術、胃造口術或正壓換氣)或氣喘、需要每日藥物控制的反應性氣道或其他慢性呼吸道疾病；近期已診斷具有COVID-19 (例如在1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天或14天內)及/或在症狀發作10天內；或已經歷或正經歷前述之任何組合。
實施例187.如實施例101-186中任一項之方法，其中該個體為(a) 18歲或更大，或(b) 55歲或更小，其限制條件為該個體為18年或更大。
實施例188.如實施例101-187中任一項之方法，其中該個體具有藉由陽性聚合酶連鎖反應(PCR；例如RT-PCR)測試，例如對任何類型之呼吸道樣品的經實驗室確認之COVID-19感染。
實施例189.如實施例101-187中任一項之方法，該個體在室內空氣(RA)中的末梢毛細管氧飽和度(SpO2 ) ＞94%，且已經歷COVID-19之一或多種症狀持續≤120 h (5天)。
實施例190.如實施例101-189中任一項之方法，其中該個體進一步接受或已接受瑞德西韋、補充氧、通氣療法、呼吸療法、地塞米松、托珠單抗(tocilizumab)或其任何組合。表 1 . 序列
序列描述 SEQ ID NO. 序列
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb VH (aa) 1 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb CDRH1 (aa) 2 GYTFTDYY
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb CDRH2 (aa) 3 VNGYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb CDRH3 (aa) 4 ARDRPSHEWAMYFFDN
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb VL (VK) (aa) 5 QIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVPSSC LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS GRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTIRRLEPEDFAVYYCQQYGSSPPLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb CDRL1 (aa) 6 QSVPSSC
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb CDRL2 (aa) 7 GAS
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb CDRL3 (aa) 8 QQYGSSPPLT
SARS-CoV-2 S300-v1.1 mAb VH (aa) 9 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVQGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.2 mAb VH (aa) 10 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNAYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.3 mAb VH (aa) 11 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNSYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.4 mAb VH (aa) 12 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNPYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.5 mAb VH (aa) 13 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNQYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.6 mAb VH (aa) 14 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVLGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.7 mAb VH (aa) 15 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVTGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.1 mAb CDRH2 (aa) 16 VQGYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.2 mAb CDRH2 (aa) 17 VNAYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.3 mAb CDRH2 (aa) 18 VNSYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.4 mAb CDRH2 (aa) 19 VNPYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.5 mAb CDRH2 (aa) 20 VNQYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.6 mAb CDRH2 (aa) 21 VLGYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.7 mAb CDRH2 (aa) 22 VTGYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.8 mAb VH (aa) 23 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEFAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.9 mAb VH (aa) 24 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEYAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.8 mAb CDRH3 (aa) 25 ARDRPSHEFAMYFFDN
SARS-CoV-2 S300-v1.9 mAb CDRH3 (aa) 26 ARDRPSHEYAMYFFDN
SARS-CoV-2 S300-v2 mAb VH (aa) 27 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.1 mAb VH (aa) 28 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVQGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.2 mAb VH (aa) 29 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNAYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.3 mAb VH (aa) 30 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNSYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.4 mAb VH (aa) 31 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNPYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.5 mAb VH (aa) 32 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNQYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.6 mAb VH (aa) 33 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVLGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.7 mAb VH (aa) 34 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVTGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.8 mAb VH (aa) 35 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEFAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.9 mAb VH (aa) 36 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEYAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3 mAb VH (aa) 37 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.1 mAb VH (aa) 38 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVQGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.2 mAb VH (aa) 39 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNAYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.3 mAb VH (aa) 40 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNSYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.4 mAb VH (aa) 41 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNPYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.5 mAb VH (aa) 42 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNQYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.6 mAb VH (aa) 43 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVLGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.7 mAb VH (aa) 44 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVTGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.8 mAb VH (aa) 45 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEFAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.9 mAb VH (aa) 46 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEYAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v10 mAb VL (VK) (aa) 47 QIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVPSSY LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS GRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTIRRLEPEDFAVYYCQQYGSSPPLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S300-v11 mAb VL (VK) (aa) 48 QIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVPSSS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS GRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTIRRLEPEDFAVYYCQQYGSSPPLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S300-v12 mAb VL (VK) (aa) 49 QIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVPSST LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS GRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTIRRLEPEDFAVYYCQQYGSSPPLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S300-v13 mAb VL (VK) (aa) 50 QIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVPSSA LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS GRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTIRRLEPEDFAVYYCQQYGSSPPLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S300-v10 mAb CDRL1 (aa) 51 QSVPSSY
SARS-CoV-2 S300-v11 mAb CDRL1 (aa) 51 QSVPSSS
SARS-CoV-2 S300-v12 mAb CDRL1 (aa) 53 QSVPSST
SARS-CoV-2 S300-v13 mAb CDRL1 (aa) 54 QSVPSSA
SARS-CoV-2 S302 mAb VH (aa) 55 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYG MHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNK YYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDISSGWDRVFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S302 mAb CDRH1 (aa) 56 GFTFSSYG
SARS-CoV-2 S302 mAb CDRH2 (aa) 57 ISYDGSNK
SARS-CoV-2 S302 mAb CDRH3 (aa) 58 AKDISSGWDRVFDY
SARS-CoV-2 S302 mAb VL (VK) (aa) 59 EILLTQSPGTLSLSPGERATLSCRTSQSVGSSY LAWYQQKPGQAPRLLIYAAS SRAIGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPWT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S302 mAb CDRL1 (aa) 60 QSVGSSY
SARS-CoV-2 S302 mAb CDRL2 (aa) 61 AAS
SARS-CoV-2 S302 mAb CDRL3 (aa) 62 QQYGSSPWT
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb VH (aa) 63 EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFLTYS MNWVRQTPGKRLQWVSAISGSGGAT YYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNTVTADDTAIYFCARERDDIFPMGLNAFDI WGQGAMVIVSS
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb CDRH1 (aa) 64 GFTFLTYS
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb CDRH2 (aa) 65 ISGSGGAT
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb CDRH3 (aa) 66 ARERDDIFPMGLNAFDI
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb VL (VK) (aa) 67 DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISNW LAWYQQKPGKAPKLLIYKAS SLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDSATYYCQQYDTYSWT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb CDRL1 (aa) 68 QSISNW
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb CDRL2 (aa) 69 KAS
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb CDRL3 (aa) 70 QQYDTYSWT
SARS-CoV-2 S303-v2 mAb VL (VK) (aa) 71 DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISNF LAWYQQKPGKAPKLLIYKAS SLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDSATYYCQQYDTYSWT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S303-v3 mAb VL (VK) (aa) 72 DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISNY LAWYQQKPGKAPKLLIYKAS SLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDSATYYCQQYDTYSWT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S303-v2 mAb CDRL1 (aa) 73 QSISNF
SARS-CoV-2 S303-v3 mAb CDRL1 (aa) 74 QSISNY
SARS-CoV-2 S303-v4 mAb VL (VK) (aa) 75 DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISNW LAWYQQKPGKAPKLLIYKAS SLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDSATYYCQQYDTYSFT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S303-v5 mAb VL (VK) (aa) 76 DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISNW LAWYQQKPGKAPKLLIYKAS SLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDSATYYCQQYDTYSYT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S303-v4 mAb CDRL3 (aa) 77 QQYDTYSFT
SARS-CoV-2 S303-v5 mAb CDRL3 (aa) 78 QQYDTYSYT
SARS-CoV-2 S304 mAb VH (aa) 79 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYD MHWVRQTTGKGLEWVSTIGTAGDT YYPDSVKGRFTISREDAKNSLYLQMNSLRAGDTAVYYCARGDSSGYYYYFDY WGQGTLLTVSS
SARS-CoV-2 S304 mAb CDRH1 (aa) 80 GFTFSSYD
SARS-CoV-2 S304 mAb CDRH2 (aa) 81 IGTAGDT
SARS-CoV-2 S304 mAb CDRH3 (aa) 82 ARGDSSGYYYYFDY
SARS-CoV-2 S304 mAb VL (VK) (aa) 83 DIQMTQSPSSLSAAVGDRVTITCRASQSIGSY LNWYQQKPGKAPKLLIYAAS SLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFAIYYCQQSYVSPTYT FGPGTKVDIK
SARS-CoV-2 S304 mAb CDRL1 (aa) 84 QSIGSY
SARS-CoV-2 S304 mAb CDRL2 (aa) 85 AAS
SARS-CoV-2 S304 mAb CDRL3 (aa) 86 QQSYVSPTYT
SARS-CoV-2 S306 mAb VH (aa) 87 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASTYTFTSFG ISWVRQAPGQGLEWMGWITTYSGDT NYAQKFQGRVTMTTDTSTNTAYMELRSLRSDDTAVYYCASDYFDSSGYYHSFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S306 mAb CDRH1 (aa) 88 TYTFTSFG
SARS-CoV-2 S306 mAb CDRH2 (aa) 89 ITTYSGDT
SARS-CoV-2 S306 mAb CDRH3 (aa) 90 ASDYFDSSGYYHSFDY
SARS-CoV-2 S306 mAb VL (VK) (aa) 91 EIVLTQSPDTLSLSPGERATLSCRASQSVSSY LAWYQQRPGQAPRLLIYDAS KRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQRSNWPPGCS FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S306 mAb CDRL1 (aa) 92 QSVSSY
SARS-CoV-2 S306 mAb CDRL2 (aa) 93 DAS
SARS-CoV-2 S306 mAb CDRL3 (aa) 94 QQRSNWPPGCS
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb VH (aa) 95 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASRFTFSSYG MHWVRQAPGKGLEWVAVIWHDGNNK HYGDSVKGRVTISRDNSKNTLYLQMTSLRAEDTAVYYCARAVTTFKGSGRARMRGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb CDRH1 (aa) 96 RFTFSSYG
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb CDRH2 (aa) 97 IWHDGNNK
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb CDRH3 (aa) 98 ARAVTTFKGSGRARMRGMDV
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb VL (VK) (aa) 99 DIQLTQSPSFLSASVGDRVTITCRASQGINTY LAWYQQKPGKAPKLLIYAAS TLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCQHLDTYPFT FGPGTKVDIK
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb CDRL1 (aa) 100 QGINTY
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb CDRL2 (aa) 101 AAS
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb CDRL3 (aa) 102 QHLDTYPFT
SARS-CoV-2 S308-v2 mAb VH (aa) 103 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASRFTFSSYG MHWVRQAPGKGLEWVAVIWHDGNNK HYGDSVKGRVTISRDNSKNTLYLQMTSLRAEDTAVYYCARAVTTFKGSGRARLRGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S308-v2 mAb CDRH3 (aa) 104 ARAVTTFKGSGRARLRGMDV
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb VH (aa) 105 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb CDRH1 (aa) 106 GYPFTSYG
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb CDRH2 (aa) 107 ISTYNGNT
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb CDRH3 (aa) 108 ARDYTRGAWFGESLIGGFDN
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb VL (VK) (aa) 109 DIQMTQSPSSLSTSVGDRVTITCRASQGINNY VAWYQQKPGKVPKLLIYGAS TLQSGVPSRFRGSGSGTGFTLTISSLQPEDVASYYCRKYNSAPWT FGQGTRVEIK
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb CDRL1 (aa) 110 QGINNY
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb CDRL2 (aa) 111 GAS
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb CDRL3 (aa) 112 RKYNSAPWT
SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb VH (aa) 113 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1.2 mAb VH (aa) 114 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNSNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1.3 mAb VH (aa) 115 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNANT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1.4 mAb VH (aa) 116 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNQNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
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SARS-CoV-2 S309-v1.6 mAb VH (aa) 118 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYTGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
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SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb CDRH2 (aa) 121 ISTYQGNT
SARS-CoV-2 S309-v1.2 mAb CDRH2 (aa) 122 ISTYNSNT
SARS-CoV-2 S309-v1.3 mAb CDRH2 (aa) 123 ISTYNANT
SARS-CoV-2 S309-v1.4 mAb CDRH2 (aa) 124 ISTYNQNT
SARS-CoV-2 S309-v1.5 mAb CDRH2 (aa) 125 ISTYLGNT
SARS-CoV-2 S309-v1.6 mAb CDRH2 (aa) 126 ISTYTGNT
SARS-CoV-2 S309-v1.7 mAb CDRH3 (aa) 127 ARDYTRGAFFGESLIGGFDN
SARS-CoV-2 S309-v1.8 mAb CDRH3 (aa) 128 ARDYTRGAYFGESLIGGFDN
SARS-CoV-2 S309-v2 mAb VH (aa) 129 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
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SARS-CoV-2 S309-v2.8 mAb VH (aa) 137 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAYFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3 mAb VH (aa) 138 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.1 mAb VH (aa) 139 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.2 mAb VH (aa) 140 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNSNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.3 mAb VH (aa) 141 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNANT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.4 mAb VH (aa) 142 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNQNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.5 mAb VH (aa) 143 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYLGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.6 mAb VH (aa) 144 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYTGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.7 mAb VH (aa) 145 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.8 mAb VH (aa) 146 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAYFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v9 mAb VL (VK) (aa) 147 DIQMTQSPSSLSTSVGDRVTITCRASQGINNY VAWYQQKPGKVPKLLIYGAS TLQSGVPSRFRGSGSGTGFTLTISSLQPEDVASYYCRKYNSAPGT FGQGTRVEIK
SARS-CoV-2 S309-v10 mAb VL (VK) (aa) 148 DIQMTQSPSSLSTSVGDRVTITCRASQGINNY VAWYQQKPGKVPKLLIYGAS TLQSGVPSRFRGSGSGTGFTLTISSLQPEDVASYYCRKYNSAPRT FGQGTRVEIK
SARS-CoV-2 S309-v11 mAb VL (VK) (aa) 149 DIQMTQSPSSLSTSVGDRVTITCRASQGINNY VAWYQQKPGKVPKLLIYGAS TLQSGVPSRFRGSGSGTGFTLTISSLQPEDVASYYCRKYNSAPFT FGQGTRVEIK
SARS-CoV-2 S309-v12 mAb VL (VK) (aa) 150 DIQMTQSPSSLSTSVGDRVTITCRASQGINNY VAWYQQKPGKVPKLLIYGAS TLQSGVPSRFRGSGSGTGFTLTISSLQPEDVASYYCRKYNSAPYT FGQGTRVEIK
SARS-CoV-2 S309-v9 mAb CDRL3 (aa) 151 RKYNSAPGT
SARS-CoV-2 S309-v10 mAb CDRL3 (aa) 152 RKYNSAPRT
SARS-CoV-2 S309-v11 mAb CDRL3 (aa) 153 RKYNSAPFT
SARS-CoV-2 S309-v12 mAb CDRL3 (aa) 154 RKYNSAPYT
SARS-CoV-2 S310 mAb VH (aa) 155 QVQLVQSGAELKKPGSSVKVSCKASGGTFNSYS FNWVRQAPGQGLEWLGGIIPVLGTS NYAQKFQGRVAVTADEFTTTAYMELSSLRSEDTAVYYCATRTYDSSGYRPYYYGLDV WGQGTPVTVSS
SARS-CoV-2 S310 mAb CDRH1 (aa) 156 GGTFNSYS
SARS-CoV-2 S310 mAb CDRH2 (aa) 157 IIPVLGTS
SARS-CoV-2 S310 mAb CDRH3 (aa) 158 ATRTYDSSGYRPYYYGLDV
SARS-CoV-2 S310 mAb VL (VK) (aa) 159 QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGSYNL VSWYQQRPGKAPELMIYEVT KRPSGLSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCCSYAGSDTVI FGGGTKVTVL
SARS-CoV-2 S310 mAb CDRL1 (aa) 160 SSDVGSYNL
SARS-CoV-2 S310 mAb CDRL2 (aa) 161 EVT
SARS-CoV-2 S310 mAb CDRL3 (aa) 162 CSYAGSDTVI
武漢海產食品市場肺炎病毒分離株武漢-Hu-1基因體序列(GenBank：MN908947.3；2020年1月23日) 163 1 attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct 61 gttctctaaa cgaactttaa aatctgtgtg gctgtcactc ggctgcatgc ttagtgcact 121 cacgcagtat aattaataac taattactgt cgttgacagg acacgagtaa ctcgtctatc 181 ttctgcaggc tgcttacggt ttcgtccgtg ttgcagccga tcatcagcac atctaggttt 241 cgtccgggtg tgaccgaaag gtaagatgga gagccttgtc cctggtttca acgagaaaac 301 acacgtccaa ctcagtttgc ctgttttaca ggttcgcgac gtgctcgtac gtggctttgg 361 agactccgtg gaggaggtct tatcagaggc cgtcaacat cttaaagatg gcacttgtgg 421 cttagtagaa gttgaaaaag gcgttttgcc tcaacttgaa cagccctatg tgttcatcaa 481 acgttcggat gctcgaactg cacctcatgg tcatgttatg gttgagctgg tagcagaact 541 cgaaggcatt cagtacggtc gtagtggtga gacacttggt gtccttgtcc ctcatgtggg 601 cgaaatacca gtggcttacc gcaaggttct tcttcgtaag  aacggtaata aaggagctgg 661 tggccatagt tacggcgccg atctaaagtc atttgactta ggcgacgagc ttggcactga 721 tccttatgaa gattttcaag aaaactggaa cactaaacat agcagtggtg ttacccgtga 781 actcatgcgt gagcttaacg gaggggcata cactcgctat gtcgataaca acttctgtgg 841 ccctgatggc taccctcttg agtgcattaa agaccttcta gcacgtgctg gtaaagcttc 901 atgcactttg tccgaacaac tggactttat tgacactaag aggggtgtat actgctgccg 961 tgaacatgag catgaaattg cttggtacac ggaacgttct  gaaaagagct atgaattgca 1021 gacacctttt gaaattaaat tggcaaagaa atttgacacc ttcaatgggg aatgtccaaa 1081 ttttgtattt cccttaaatt ccataatcaa gactattcaa ccaagggttg aaaagaaaaa 1141 gcttgatggc tttatgggta gaattcgatc tgtctatcca gttgcgtcac caaatgaatg 1201 caaccaaatg tgcctttcaa ctctcatgaa gtgtgatcat tgtggtgaaa cttcatggca 1261 gacgggcgat tttgttaaag ccacttgcga attttgtggc actgagaatt tgactaaaga 1321 aggtgccact acttgtggtt acttacccca aaatgctgtt gttaaaattt attgtccagc 1381 atgtcacaat tcagaagtag gacctgagca tagtcttgcc gaataccata atgaatctgg 1441 cttgaaaacc attcttcgta agggtggtcg cactattgcc tttggaggct gtgtgttctc 1501 ttatgttggt tgccataaca agtgtgccta ttgggttcca cgtgctagcg ctaacatagg 1561 ttgtaaccat acaggtgttg ttggagaagg ttccgaaggt cttaatgaca accttcttga 1621 aatactccaa aaagagaaag tcaacatcaa tattgttggt gactttaaac ttaatgaaga 1681 gatcgccatt attttggcat ctttttctgc ttccacaagt gcttttgtgg aaactgtgaa 1741 aggtttggat tataaagcat tcaaacaaat tgttgaatcc tgtggtaatt ttaaagttac 1801 aaaaggaaaa gctaaaaaag gtgcctggaa tattggtgaa cagaaatcaa tactgagtcc 1861 tctttatgca tttgcatcag aggctgctcg tgttgtacga tcaattttct cccgcactct 1921 tgaaactgct caaaattctg tgcgtgtttt acagaaggcc gctataacaa tactagatgg 1981 aatttcacag tattcactga gactcattga tgctatgatg ttcacatctg atttggctac 2041 taacaatcta gttgtaatgg cctacattac aggtggtgtt gttcagttga cttcgcagtg 2101 gctaactaac atctttggca ctgtttatga aaaactcaaa cccgtccttg attggcttga 2161 agagaagttt aaggaaggtg tagagtttct tagagacggt tgggaaattg ttaaatttat 2221 ctcaacctgt gcttgtgaaa ttgtcggtgg acaaattgtc acctgtgcaa aggaaattaa 2281 ggagagtgtt cagacattct ttaagcttgt aaataaattt ttggctttgt gtgctgactc 2341 tatcattatt ggtggagcta aacttaaagc cttgaattta ggtgaaacat ttgtcacgca 2401 ctcaaaggga ttgtacagaa agtgtgttaa atccagagaa gaaactggcc tactcatgcc 2461 tctaaaagcc ccaaaagaaa ttatcttctt agagggagaa acacttccca cagaagtgtt 2521 aacagaggaa gttgtcttga aaactggtga tttacaacca  ttagaacaac ctactagtga 2581 agctgttgaa gctccattgg ttggtacacc agtttgtatt aacgggctta tgttgctcga 2641 aatcaaagac acagaaaagt actgtgccct tgcacctaat atgatggtaa caaacaatac 2701 cttcacactc aaaggcggtg caccaacaaa ggttactttt ggtgatgaca ctgtgataga 2761 agtgcaaggt tacaagagtg tgaatatcac ttttgaactt gatgaaagga ttgataaagt 2821 acttaatgag aagtgctctg cctatacagt tgaactcggt acagaagtaa atgagttcgc 2881 ctgtgttgtg gcagatgctg tcataaaaac tttgcaacca gtatctgaat tacttacacc 2941 actgggcatt gatttagatg agtggagtat ggctacatac tacttatttg atgagtctgg 3001 tgagtttaaa ttggcttcac atatgtattg ttctttctac cctccagatg aggatgaaga 3061 agaaggtgat tgtgaagaag aagagtttga gccatcaact caatatgagt atggtactga 3121 agatgattac caaggtaaac ctttggaatt tggtgccact tctgctgctc ttcaacctga 3181 agaagagcaa gaagaagatt ggttagatga tgatagtcaa caaactgttg gtcaacaaga 3241 cggcagtgag gacaatcaga caactactat tcaaacaatt gttgaggttc aacctcaatt 3301 agagatggaa cttacaccag ttgttcagac tattgaagtg aatagtttta gtggttattt 3361 aaaacttact gacaatgtat acattaaaaa tgcagacatt gtggaagaag ctaaaaaggt 3421 aaaaccaaca gtggttgtta atgcagccaa tgtttacctt aaacatggag gaggtgttgc 3481 aggagcctta aataaggcta ctaacaatgc catgcaagtt gaatctgatg attacatagc 3541 tactaatgga ccacttaaag tgggtggtag ttgtgtttta agcggacaca atcttgctaa 3601 acactgtctt catgttgtcg gcccaaatgt taacaaaggt gaagacattc aacttcttaa 3661 gagtgcttat gaaaatttta atcagcacga agttctactt gcaccattat tatcagctgg 3721 tatttttggt gctgacccta tacattcttt aagagtttgt gtagatactg ttcgcacaaa 3781 tgtctactta gctgtctttg ataaaaatct ctatgacaaa cttgtttcaa gctttttgga 3841 aatgaagagt gaaaagcaag ttgaacaaaa gatcgctgag attcctaaag aggaagttaa 3901 gccatttata actgaaagta aaccttcagt tgaacagaga aaacaagatg ataagaaaat 3961 caaagcttgt gttgaagaag ttacaacaac tctggaagaa actaagttcc tcacagaaaa 4021 cttgttactt tatattgaca ttaatggcaa tcttcatcca gattctgcca ctcttgttag 4081 tgacattgac atcactttct taaagaaaga tgctccatat atagtgggtg atgttgttca 4141 agagggtgtt ttaactgctg tggttatacc tactaaaaag gctggtggca ctactgaaat 4201 gctagcgaaa gctttgagaa aagtgccaac agacaattat ataaccactt acccgggtca 4261 gggtttaaat ggttacactg tagaggaggc aaagacagtg cttaaaaagt gtaaaagtgc 4321 cttttacatt ctaccatcta ttatctctaa tgagaagcaa gaaattcttg gaactgtttc 4381 ttggaatttg cgagaaatgc ttgcacatgc agaagaaaca cgcaaattaa tgcctgtctg 4441 tgtggaaact aaagccatag tttcaactat acagcgtaaa tataagggta ttaaaataca 4501 agagggtgtg gttgattatg gtgctagatt ttacttttac accagtaaaa caactgtagc 4561 gtcacttatc aacacactta acgatctaaa tgaaactctt gttacaatgc cacttggcta 4621 tgtaacacat ggcttaaatt tggaagaagc tgctcggtat atgagatctc tcaaagtgcc 4681 agctacagtt tctgtttctt cacctgatgc tgttacagcg tataatggtt atcttacttc 4741 ttcttctaaa acacctgaag aacattttat tgaaaccatc tcacttgctg gttcctataa 4801 agattggtcc tattctggac aatctacaca actaggtata gaatttctta agagaggtga 4861 taaaagtgta tattacacta gtaatcctac cacattccac ctagatggtg aagttatcac 4921 ctttgacaat cttaagacac ttctttcttt gagagaagtg aggactatta aggtgtttac 4981 aacagtagac aacattaacc tccacacgca agttgtggac atgtcaatga catatggaca 5041 acagtttggt ccaacttatt tggatggagc tgatgttact aaaataaaac ctcataattc 5101 acatgaaggt aaaacatttt atgttttacc taatgatgac actctacgtg ttgaggcttt 5161 tgagtactac cacacaactg atcctagttt tctgggtagg tacatgtcag cattaaatca 5221 cactaaaaag tggaaatacc cacaagttaa tggtttaact tctattaaat gggcagataa 5281 caactgttat cttgccactg cattgttaac actccaacaa atagagttga agtttaatcc 5341 acctgctcta caagatgctt attacagagc aagggctggt gaagctgcta acttttgtgc 5401 acttatctta gcctactgta ataagacagt aggtgagtta ggtgatgtta gagaaacaat 5461 gagttacttg tttcaacatg ccaatttaga ttcttgcaaa agagtcttga acgtggtgtg 5521 taaaacttgt ggacaacagc agacaaccct taagggtgta gaagctgtta tgtacatggg 5581 cacactttct tatgaacaat ttaagaaagg tgttcagata ccttgtacgt gtggtaaaca 5641 agctacaaaa tatctagtac aacaggagtc accttttgtt atgatgtcag caccacctgc 5701 tcagtatgaa cttaagcatg gtacatttac ttgtgctagt gagtacactg gtaattacca 5761 gtgtggtcac tataaacata taacttctaa agaaactttg tattgcatag acggtgcttt 5821 acttacaaag tcctcagaat acaaaggtcc tattacggat gttttctaca aagaaaacag 5881 ttacacaaca accataaaac cagttactta taaattggat ggtgttgttt gtacagaaat 5941 tgaccctaag ttggacaatt attataagaa agacaattct tatttcacag agcaaccaat 6001 tgatcttgta ccaaaccaac catatccaaa cgcaagcttc gataatttta agtttgtatg 6061 tgataatatc aaatttgctg atgatttaaa ccagttaact ggttataaga aacctgcttc 6121 aagagagctt aaagttacat ttttccctga cttaaatggt gatgtggtgg ctattgatta 6181 taaacactac acaccctctt ttaagaaagg agctaaattg ttacataaac ctattgtttg 6241 gcatgttaac aatgcaacta ataaagccac gtataaacca aatacctggt gtatacgttg 6301 tctttggagc acaaaaccag ttgaaacatc aaattcgttt gatgtactga agtcagagga 6361 cgcgcaggga atggataatc ttgcctgcga agatctaaaa ccagtctctg aagaagtagt 6421 ggaaaatcct accatacaga aagacgttct tgagtgtaat gtgaaaacta ccgaagttgt 6481 aggagacatt atacttaaac cagcaaataa tagtttaaaa attacagaag aggttggcca 6541 cacagatcta atggctgctt atgtagacaa ttctagtctt actattaaga aacctaatga 6601 attatctaga gtattaggtt tgaaaaccct tgctactcat ggtttagctg ctgttaatag 6661 tgtcccttgg gatactatag ctaattatgc taagcctttt cttaacaaag ttgttagtac 6721 aactactaac atagttacac ggtgtttaaa ccgtgtttgt actaattata tgccttattt 6781 ctttacttta ttgctacaat tgtgtacttt tactagaagt acaaattcta gaattaaagc 6841 atctatgccg actactatag caaagaatac tgttaagagt gtcggtaaat tttgtctaga 6901 ggcttcattt aattatttga agtcacctaa tttttctaaa ctgataaata ttataatttg 6961 gtttttacta ttaagtgttt gcctaggttc tttaatctac tcaaccgctg ctttaggtgt 7021 tttaatgtct aatttaggca tgccttctta ctgtactggt tacagagaag gctatttgaa 7081 ctctactaat gtcactattg caacctactg tactggttct ataccttgta gtgtttgtct 7141 tagtggttta gattctttag acacctatcc ttctttagaa actatacaaa ttaccatttc 7201 atcttttaaa tgggatttaa ctgcttttgg cttagttgca gagtggtttt tggcatatat 7261 tcttttcact aggtttttct atgtacttgg attggctgca atcatgcaat tgtttttcag 7321 ctattttgca gtacatttta ttagtaattc ttggcttatg tggttaataa ttaatcttgt 7381 acaaatggcc ccgatttcag ctatggttag aatgtacatc ttctttgcat cattttatta 7441 tgtatggaaa agttatgtgc atgttgtaga cggttgtaat tcatcaactt gtatgatgtg 7501 ttacaaacgt aatagagcaa 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武漢海產食品市場肺炎病毒分離株武漢-Hu-1基因體序列(GenBank：MN908947.3；2020年1月23日)-胺基酸轉譯 164 MESLVPGFNEKTHVQLSLPVLQVRDVLVRGFGDSVEEVLSEARQHLKDGTCGLVEVEKGVLPQLEQPYVFIKRSDARTAPHGHVMVELVAELEGIQYGRSGETLGVLVPHVGEIPVAYRKVLLRKNGNKGAGGHSYGADLKSFDLGDELGTDPYEDFQEN                     WNTKHSSGVTRELMRELNGGAYTRYVDNNFCGPDGYPLECIKDLLARAGKASCTLSEQLDFIDTKRGVYCCREHEHEIAWYTERSEKSYELQTPFEIKLAKKFDTFNGECPNFVFPLNSIIKTIQPRVEKKKLDGFMGRIRSVYPVASPNECNQMCLSTLMKCDHCGETSWQTGDFVKATCEFCGTENLTKEGATTCGYLPQNAVVKIYCPACHNSEVGPEHSLAEYHNESGLKTILRKGGRTIAFGGCVFSYVGCHNKCAYWVPRASANIGCNHTGVVGEGSEGLNDNL 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DSYYSLLMPILTLTRALTAESHVDTDLTKPYIKWDLLKYDFTEERLKLFDRYFKYWDQTYHPNCVNCLDDRCILHCANFNVLFSTVFPPTSFGPLVRKIFVDGVPFVVSTGYHFRELGVVHNQDVNLHSSRLSFKELLVYAADPAMHAASGNLLLDKRTTCFSVAALTNNVAFQTVKPGNFNKDFYDFAVSKGFFKEGSSVELKHFFFAQDGNAAISDYDYYRYNLPTMCDIRQLLFVVEVVDKYFDCYDGGCINANQVIVNNLDKSAGFPFNKWGKARLYYDSMSYEDQDALFAYTKRNVIPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSICSTMTNRQFHQKLLKSIAATRGATVVIGTSKFYGGWHNMLKTVYSDVENPHLMGWDYPKCDRAMPNMLRIMASLVLARKHTTCCSLSHRFYRLANECAQVLSEMVMCGGSLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNICQAVTANVNALLSTDGNKIADKYVRNLQHRLYECLYRNRDVDTDFVNEFYAYLRKHFSMMILSDDAVVCFNSTYASQGLVASIKNFKSVLYYQNNVFMSEAKCWTETDLTKGPHEFCSQHTMLVKQGDDYVYLPYPDPSRILGAGCFVDDIVKTDGTLMIERFVSLAIDAYPLTKHPNQEYADVFHLYLQYIRKLHDELTGHMLDMYSVMLTNDNTSRYWEPEFYEAMYTPHTVLQAVGACVLCNSQTSLRCGACIRRPFLCCKCCYDHVISTSHKLVLSVNPYVCNAPGCDVTDVTQLYLGGMSYYCKSHKPPISFPLCANGQVFGLYKNTCVGSDNVTDFNAIATCDWTNAGDYILANTCTERLKLFAAETLKATEETFKLSYGIATVREVLSDRELHLSWEVGKPRPPLNRNYVFTGYRVTKNSKVQIGEYTFEKGDYGDAVVYRGTTTYKLNVGDYFVLTSHTVMPLSAPTLVPQEHYVRITGLYPTLNISDEFSSNVANYQKVGMQKYSTLQGPPGTGKSHFAIGLALYYPSARIVYTACSHAAVDALCEKALKYLPIDKCSRIIPARARVECFDKFKVNSTLEQYVFCTVNALPETTADIVVFDEISMATNYDLSVVNARLRAKHYVYIGDPAQLPAPRTLLTKGTLEPEYFNSVCRLMKTIGPDMFLGTCRRCPAEIVDTVSALVYDNKLKAHKDKSAQCFKMFYKGVITHDVSSAINRPQIGVVREFLTRNPAWRKAVFISPYNSQNAVASKILGLPTQTVDSSQGSEYDYVIFTQTTETAHSCNVNRFNVAITRAKVGILCIMSDRDLYDKLQFTSLEIPRRNVATLQAENVTGLFKDCSKVITGLHPTQAPTHLSVDTKFKTEGLCVDIPGIPKDMTYRRLISMMGFKMNYQVNGYPNMFITREEAIRHVRAWIGFDVEGCHATREAVGTNLPLQLGFSTGVNLVAVPTGYVDTPNNTDFSRVSAKPPPGDQFKHLIPLMYKGLPWNVVRIKIVQMLSDTLKNLSDRVVFVLWAHGFELTSMKYFVKIGPERTCCLCDRRATCFSTASDTYACWHHSIGFDYVYNPFMIDVQQWGFTGNLQSNHDLYCQVHGNAHVASCDAIMTRCLAVHECFVKRVDWTIEYPIIGDELKINAACRKVQHMVVKAALLADKFPVLHDIGNPKAIKCVPQADVEWKFYDAQPCSDKAYKIEELFYSYATHSDKFTDGVCLFWNCNVDRYPANSIVCRFDTRVLSNLNLPGCDGGSLYVNKHAFHTPAFDKSAFVNLKQLPFFYYSDSPCESHGKQVVSDIDYVPLKSATCITRCNLGGAVCRHHANEYRLYLDAYNMMISAGFSLWVYKQFDTYNLWNTFTRLQSLENVAFNVVNKGHFDGQQGEVPVSIINNTVYTKVDGVDVELFENKTTLPVNVAFELWAKRNIKPVPEVKILNNLGVDIAANTVIWDYKRDAPAHISTIGVCSMTDIAKKPTETICAPLTVFFDGRVDGQVDLFRNARNGVLITEGSVKGLQPSVGPKQASLNGVTLIGEAVKTQFNYYKKVDGVVQQLPETYFTQSRNLQEFKPRSQMEIDFLELAMDEFIERYKLEGYAFEHIVYGDFSHSQLGGLHLLIGLAKRFKESPFELEDFIPMDSTVKNYFITDAQTGSSKCVCSVIDLLLDDFVEIIKSQDLSVVSKVVKVTIDYTEISFMLWCKDGHVETFYPKLQSSQAWQPGVAMPNLYKMQRMLLEKCDLQNYGDSATLPKGIMMNVAKYTQLCQYLNTLTLAVPYNMRVIHFGAGSDKGVAPGTAVLRQWLPTGTLLVDSDLNDFVSDADSTLIGDCATVHTANKWDLIISDMYDPKTKNVTKENDSKEGFFTYICGFIQQKLALGGSVAIKITEHSWNADLYKLMGHFAWWTAFVTNVNASSSEAFLIGCNYLGKPREQIDGYVMHANYIFWRNTNPIQLSSYSLFDMSKFPLKLRGTAVMSLKEGQINDMILSLLSKGRLIIRENNRVVISSDVLVNN
表面醣蛋白[武漢海產食品市場肺炎病毒]：GenBank：QHD43416.1；2020年1月23日 165 mfvflvllpl vssqcvnltt rtqlppaytn sftrgvyypd kvfrssvlhs tqdlflpffs 61 nvtwfhaihv sgtngtkrfd npvlpfndgv yfasteksni irgwifgttl dsktqslliv 121 nnatnvvikv cefqfcndpf lgvyyhknnk swmesefrvy ssannctfey vsqpflmdle181 gkqgnfknlr efvfknidgy fkiyskhtpi nlvrdlpqgf saleplvdlp iginitrfqt 241 llalhrsylt pgdsssgwta gaaayyvgyl qprtfllkyn engtitdavd caldplsetk 301 ctlksftvek giyqtsnfrv qptesivrfp nitnlcpfge vfnatrfasv yawnrkrisn 361 cvadysvlyn sasfstfkcy gvsptklndl cftnvyadsf virgdevrqi apgqtgkiad 421 ynyklpddft gcviawnsnn ldskvggnyn ylyrlfrksn lkpferdist eiyqagstpc 481 ngvegfncyf plqsygfqpt ngvgyqpyrv vvlsfellha patvcgpkks tnlvknkcvn 541 fnfngltgtg vltesnkkfl pfqqfgrdia dttdavrdpq tleilditpc sfggvsvitp 601 gtntsnqvav lyqdvnctev pvaihadqlt ptwrvystgs nvfqtragcl igaehvnnsy 661 ecdipigagi casyqtqtns prrarsvasq siiaytmslg aensvaysnn siaiptnfti 721 svtteilpvs mtktsvdctm yicgdstecs nlllqygsfc tqlnraltgi aveqdkntqe 781 vfaqvkqiyk tppikdfggf nfsqilpdps kpskrsfied llfnkvtlad agfikqygdc 841 lgdiaardli caqkfngltv lpplltdemi aqytsallag titsgwtfga gaalqipfam 901 qmayrfngig vtqnvlyenq klianqfnsa igkiqdslss tasalgklqd vvnqnaqaln 961 tlvkqlssnf gaissvlndi lsrldkveae vqidrlitgr lqslqtyvtq qliraaeira 1021 sanlaatkms ecvlgqskrv dfcgkgyhlm sfpqsaphgv vflhvtyvpa qeknfttapa 1081 ichdgkahfp regvfvsngt hwfvtqrnfy epqiittdnt fvsgncdvvi givnntvydp 1141 lqpeldsfke eldkyfknht spdvdlgdis ginasvvniq keidrlneva knlneslidl 1201 qelgkyeqyi kwpwyiwlgf iagliaivmv timlccmtsc csclkgccsc gscckfdedd 1261 sepvlkgvkl hyt
表面醣蛋白RBD [武漢海產食品市場肺炎病毒]；GenBank：QHD43416.1；2020年1月23日 166 nitnlcpfgevfnatrfasvyawnrkrisncvadysvlynsasfstfkcygvsptklndlcftnvyadsfvirgdevrqiapgqtgkiadynyklpddftgcviawnsnnldskvggnynylyrlfrksnlkpferdisteiyqagstpcngvegfncyfplqsygfqptngvgyqpyrvvvlsfellhapatvcgpkkstnlvknkcvnfnfngltgtg
表面醣蛋白RBD中之受體結合模體(RBM) [武漢海產食品市場肺炎病毒]；GenBank：QHD43416.1；2020年1月23日 167 Nsnnldskvggnynylyrlfrksnlkpferdisteiyqagstpcngvegfncyfplqsygfqptngvgyqpy
SARS-CoV-2 S309-v13 mAb VL (VK) (aa) 168 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTSLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLTFGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-v13 mAb CDRL1 (aa) 169 QTVSSTS
SARS-CoV-2 S309-v13 mAb CDRL2 (aa) 170 GAS
SARS-CoV-2 S309-v13 mAb CDRL3 (aa) 171 QQHDTSLT
SARS-CoV-2 S309-v2.9 mAb VH (aa) 172 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNANT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 CH1-CH3 G1m17；IgG1*01 LS (aa) 173 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPGK
SARS-CoV-2 mAb CL (Ck) IgKC*01 k1m3 (aa) 174 RTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
SARS-CoV-2 CH1-CH3 G1m17；IgG1*01 LS GAALIE (aa) 175 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLAGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPLPEEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPGK
SARS-CoV-2 S300-v2.10 mAb VH (aa) 176 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNAYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEFAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.11 mAb VH (aa) 177 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVQGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEFAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb VH (aa) 178 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYW MTWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLWWNDQAHYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb CDRH1 (aa) 179 GFTFSNYW
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb CDRH2 (aa) 180 IKQDGSEK
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb CDRH3 (aa) 181 ARDLWWNDQAHYYGMDV
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb VL (aa) 182 SYELTQPPSVSVSPGQTARITCSGDAFPNQY AYWYQQKPGQAPVMLIYKDS ERPSGIPERFFGSSSGTTVTLTIRGVQAEDEADYYCQSADSSGTV FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb CDRL1 (aa) 183 AFPNQY
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb CDRL2 (aa) 184 KDS
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb CDRL3 (aa) 185 QSADSSGTV
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb VH (nt - wt) 186 gaggtgcagctggtggagtctgggggaggcttggtccagcctggggggtccctgagactctcctgtgcagcctctggattcacctttagtaattattgg atgacctgggtccgccaggctccagggaaggggctggagtgggtggccaacataaagcaagatggaagtgagaaa tactatgtggactctgtgaagggccgattcaccatctccagagacaacgccaagaactcactgtatctgcaaatgaacagcctgagagccgaggacacggctgtgtattactgtgcgagagatctttggtggaacgaccaggctcactactacggtatggacgtc tggggccaagggaccacggtcaccgtctcctcag
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb VL (nt - wt) 187 tcctatgagctgacacagccaccctcggtgtcagtgtccccaggacagacggccaggatcacctgctctggagatgcattcccaaaccaatat gcttattggtaccagcagaagccaggccaggcccctgtgatgctgatctataaagacagt gagaggccctcagggatccctgagcgattctttggctccagctcagggacaacagtcacgttgaccatcagaggagtccaggcagaagacgaggctgactattactgtcaatcagcagacagcagtggtaccgtg ttcggcggagggaccaagctgaccgtcctag
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb VH (nt -經密碼子最佳化) 188 GAAGTGCAGCTTGTCGAGAGCGGCGGAGGCCTCGTTCAGCCAGGTGGGAGTCTCCGTCTTTCATGCGCCGCTTCAGGATTTACGTTCTCCAACTACTGG ATGACATGGGTGAGGCAGGCACCTGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTGGCTAACATCAAGCAGGACGGATCTGAAAAA TATTATGTAGATTCTGTGAAGGGGCGGTTTACCATCTCAAGGGATAATGCCAAAAACTCTTTGTATTTACAGATGAACTCTCTTCGAGCCGAGGACACCGCCGTTTACTACTGTGCCCGAGATCTATGGTGGAATGACCAGGCTCACTATTATGGAATGGACGTG TGGGGCCAGGGTACTACCGTTACCGTCTCCTCA
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb VL (nt-經密碼子最佳化) 189 TCTTACGAGCTCACCCAGCCACCCTCAGTGTCAGTGAGCCCTGGCCAAACAGCTCGCATCACCTGTTCAGGTGACGCCTTTCCAAATCAGTAC GCCTACTGGTATCAGCAGAAACCCGGCCAGGCACCCGTTATGCTCATCTACAAAGATTCT GAGCGGCCATCCGGTATCCCCGAACGCTTTTTCGGAAGCTCCAGTGGGACTACAGTTACACTTACTATCCGGGGAGTGCAAGCTGAAGATGAGGCCGACTATTATTGCCAGAGCGCAGACTCCTCAGGCACAGTG TTTGGGGGCGGGACTAAACTAACTGTGCTG
SARS-CoV-2 S315-v2 mAb VL (aa) 190 SYELTQPPSVSVSPGQTARITCSGDAFPNQY AYWYQQKPGQAPVMLIYKDS ERPSGIPERFFGSSSGTTVTLTISGVQAEDEADYYCQSADSSGTV FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S315-v2 mAb VL (nt-wt) 191 tcctatgagctgacacagccaccctcggtgtcagtgtccccaggacagacggccaggatcacctgctctggagatgcattcccaaaccaatat gcttattggtaccagcagaagccaggccaggcccctgtgatgctgatctataaagacagt gagaggccctcagggatccctgagcgattctttggctccagctcagggacaacagtcacgttgaccatcagtggagtccaggcagaagacgaggctgactattactgtcaatcagcagacagcagtggtaccgtgttc ggcggagggaccaagctgaccgtcctag
SARS-CoV-2 S315-v2 mAb VL (nt -經密碼子最佳化) 192 TCCTACGAGCTCACCCAGCCCCCCTCAGTCTCTGTGTCTCCTGGACAGACAGCCAGAATCACCTGCTCGGGAGATGCTTTTCCCAACCAATAC GCCTACTGGTACCAACAGAAACCAGGTCAGGCGCCTGTCATGCTGATTTATAAAGACTCA GAGCGGCCTTCAGGAATTCCCGAAAGATTCTTCGGGAGTTCAAGCGGAACTACCGTGACCTTAACCATAAGCGGGGTGCAGGCCGAAGATGAAGCAGACTATTATTGCCAGAGTGCCGATAGTAGTGGCACAGTC TTTGGGGGGGGGACAAAGCTGACAGTACTC
SARS-CoV-2 mAb CL IgLC*01 193 GQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS
SARS-CoV-2 S315-v3 mAb VH (aa) 194 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYF MTWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLWWNDQAHYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v3 mAb CDRH1 (aa) 195 GFTFSNYF
SARS-CoV-2 S315-v4 mAb VH (aa) 196 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYW MTWVRQAPGKGLEWVANIKQDASEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLWWNDQAHYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v4 mAb CDRH2 (aa) 197 IKQDASEK
SARS-CoV-2 S315-v5 mAb VH (aa) 198 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYW MTWVRQAPGKGLEWVANIKQEGSEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLWWNDQAHYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v5 mAb CDRH2 (aa) 199 IKQEGSEK
SARS-CoV-2 S315-v6 mAb VH (aa) 200 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYW MTWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLFWNDQAHYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v6 mAb CDRH3 (aa) 201 ARDLFWNDQAHYYGMDV
SARS-CoV-2 S315-v7 mAb VH (aa) 202 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYW MTWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLWFNDQAHYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v7 mAb CDRH3 (aa) 203 ARDLWFNDQAHYYGMDV
SARS-CoV-2 重鏈IgHG1*01 Fd (aa) 204 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC
SARS-CoV-2 輕鏈IgKC*01 (aa) 205 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
連接子(aa) 206 GSTSGSGKPGSGEGSTKG
連接子(aa) 207 GSGKPGSGEG
連接子(aa) 208 GKPGSGEG
連接子(aa) 209 SGKPGSGE
連接子(aa)   210 BPXXXZ，其中各X獨立地為甘胺酸(G)或絲胺酸(S)，B為帶正電胺基酸且Z為甘胺酸(G)或帶負電胺基酸
連接子(aa) 211 (GxS)y，其中x為1-10且y為1-10。
連接子(aa) 212 GGGGSGGGGSGGGGS
連接子(aa) 213 GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
連接子(aa) 214 GSTSGGGSGGGSGGGGSS
連接子(aa) 215 EGKSSGSGSESKVD
連接子(aa) 216 KESGSVSSEQLAQFRSLD
連接子(aa) 217 GGGGS
SARS-CoV-2 S309-scFab (H-L) (aa) 218 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
SARS-CoV-2 S309-scFab (L-H) (aa) 219 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC
SARS-CoV-2 S309-scFv (VH-VL) (aa) 220 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-scFv (VL-VH) (aa) 221 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-scFv (VH-VL)-(VH-VL) (aa) 222 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VH-VL)-(VL-VH) (aa) 223 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VL-VH)-(VH-VL) (aa) 224 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VL-VH)-(VL-VH) (aa) 225 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-scFab-(H-L) v1.1 (aa) 226 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
SARS-CoV-2 S309-scFab-(L-H) v1.1 (aa) 227 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VH-VL) v1.1 (aa) 228 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VL-VH) v1.1 (aa) 229 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VH-VL)-(VH-VL) v1.1 (aa) 230 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VH-VL)-(VL-VH) v1.1 (aa) 231 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VL-VH)-(VH-VL) v1.1 (aa) 232 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VL-VH)-(VL-VH) v1.1 (aa) 233 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v14 mAb VL (VK) (aa) 234 DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNY LAWYQQKPGQPPKLLISWAS TRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSAPGIT FGQGTRLEIK
SARS-CoV-2 S300-v14 mAb CDRL1 (aa) 235 QSVLYSSNNKNY
SARS-CoV-2 S300-v14 mAb CDRL2 (aa) 236 WAS
SARS-CoV-2 S300-v14 mAb CDRL3 (aa) 237 QQYYSAPGIT
SARS-CoV2 S300-v14 mAb VL (VK) (nt) 238 GACATCGTGATGACCCAGTCTCCAGACTCACTGGCTGTGTCTCTGGGCGAGAGGGCCACCATCAACTGTAAGTCCAGCCAGAGTGTTTTATACAGCTCCAACAATAAGAACTAC TTAGCTTGGTACCAGCAGAAACCAGGACAGCCTCCTAAGCTGCTCATTTCCTGGGCTTCT ACCCGGGAATCCGGGGTCCCTGACCGATTCAGTGGCAGCGGGTCTGGGACAGATTTCACTCTCACCATCAGCAGCCTGCAGGCTGAAGATGTGGCAGTTTATTACTGTCAACAATATTATAGTGCTCCCGGGATCACC TTCGGCCAGGGGACACGACTGGAGATTAAAC  
SARS-CoV2 S307 mAb VH (aa) 239 QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSVTSGSYY WSWIRQPPGKGLEWIGYMYYSGST NYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARAGCTGITCLRYDYYYGLDV WGQGTTVTVSS  
SARS-CoV2 S307 mAb CDRH1 (aa) 240 GGSVTSGSYY
SARS-CoV2 S307 mAb CDRH2 (aa) 241 MYYSGST
SARS-CoV2 S307 mAb CDRH3 (aa) 242 ARAGCTGITCLRYDYYYGLDV
SARS-CoV2 S307 mAb VL(VK) (aa) 243 EIVLTQSPGTLSLSPGKRATLSCRASQSVSSSY LAWYQQRPGQAPRLLIYGAS SRAAGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSSWT FGQGTKVEIK  
SARS-CoV2 S307 mAb CDRL1 (aa) 244 QSVSSSY
SARS-CoV2 S307 mAb CDRL2 (aa) 245 GAS
SARS-CoV2 S307 mAb CDRL3 (aa) 246 QQYGSSSWT
SARS-CoV2 S307 mAb VH (nt) 247 CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGAGACCCTGTCCCTCACCTGCACTGTCTCTGGTGGCTCCGTCACCAGTGGTAGTTACTAC TGGAGCTGGATCCGGCAGCCCCCAGGGAAGGGACTGGAGTGGATTGGGTATATGTATTACAGTGGGAGCACC AATTACAACCCCTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACACGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGAGCTCTGTGACCGCTGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGGGCAGGTTGTACTGGTATCACCTGCTTACGTTACGACTACTACTACGGTCTGGACGTC TGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA  
SARS-CoV2 S307 mAb VL(VK) (nt) 248 GAAATTGTGTTGACGCAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGAAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGAGTGTTAGCAGCAGCTAC TTAGCCTGGTACCAGCAGAGACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGGTGCATCC AGCAGGGCCGCTGGCATCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCACCATCAGCAGACTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTGTATTACTGTCAGCAGTATGGTAGCTCATCGTGGACG TTCGGCCAAGGGACCAAGGTGGAAATCAAAC  
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb VH (nt) 249 CAGGTTCAGCTGGTGCAGTCTGGAGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGTTACCCCTTTACCAGTTATGGT ATCAGCTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAGCACTTACAATGGTAACACA AATTATGCACAGAAGTTCCAGGGCAGAGTCACCATGACCACAGACACATCCACGACCACAGGCTACATGGAGCTGAGGAGGCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGATTATACTCGTGGTGCTTGGTTCGGGGAGTCATTGATAGGGGGCTTTGACAAC TGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA  
SAES-CoV-2 S309-v13 mAb VL(VK) (nt) 250 GAAATTGTGTTGACGCAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGGAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGACTGTTAGCAGCACCTCCTTAGCCTGGTACCAGCAGAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGGTGCATCCAGCAGGGCCACTGGCATCCCAGACAGGTTCAGCGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCACCATCAGCAGACTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTGTATTACTGTCAGCAGCATGATACCTCACTCACTTTCGGCGGAGGGACCAAGGTGGAGATCAAAC  
CMV啟動子(nt) 251 GACATTGATTATTGACTAGTTATTAATAGTAATCAATTACGGGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGAGTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATGGTGATGCGGTTTTGGCAGTACATCAATGGGCGTGGATAGCGGTTTGACTCACGGGGATTTCCAAGTCTCCACCCCATTGACGTCAATGGGAGTTTGTTTTGGCACCAAAATCAACGGGACTTTCCAAAATGTCGTAACAACTCCGCCCCATTGACGCAAATGGGCGGTAGGCGTGTACGGTGGGAGGTCTATATAAGCAGAGCTCGTTTAGTGAACCGTCAGATCGCCTGGAGACGCCATCCACGCTGTTTTGACCTCCATAGAAGACACCGGGACCGATCCAGCCTCCGCGGCCGGGAACGGTGCATTGGAACGCGGATTCCCCGTGCCAAGAGTGACGTAAGTACCGCCTATAGAGTCTATAGGCCCACCCCCTTGGCTTCGTTAG  
訊號肽(nt) 252 ATGGGATGGTCATGTATCATCCTTTTTCTAGTAGCAACTGCAACCGGTGT  
聚腺苷酸化訊號序列(nt) 253 AACTTGTTTATTGCAGCTTATAATGGTTACAAATAAAGCAATAGCATCACAAATTTCACAAATAAAGCATTTTTTTCACTGCATTCTAGTTGTGGTTTGTCCAAACTCATCAATGTATCTTATCATGTCTGGATC  
SARS-CoV-2 輕鏈IgKC*01 (nt) 254 GTACGGTGGCTGCACCATCTGTCTTCATCTTCCCGCCATCTGATGAGCAGTTGAAATCTGGAACTGCCTCTGTTGTGTGCCTGCTGAATAACTTCTATCCCAGAGAGGCCAAAGTACAGTGGAAGGTGGATAACGCCCTCCAATCGGGTAACTCCCAGGAGAGTGTCACAGAGCAGGACAGCAAGGACAGCACCTACAGCCTCAGCAGCACCCTGACGCTGAGCAAAGCAGACTACGAGAAACACAAAGTCTACGCCTGCGAAGTCACCCATCAGGGCCTGAGCTCGCCCGTCACAAAGAGCTTCAACAGGGGAGAGTGTTAG  
SARS-CoV-2 CH1-CH3 G1m17；IgG1*01 (nt) 255 GCGTCGACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCTGTGACGGTCTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGACCGTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAACCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTATCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTATAGCAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGAGCCTCTCCCTGTCCCCGGGTAAATGA  
訊號肽(aa) 256 MGWSCIILFLVATATG
SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb CH1-CH3 G1m17；IgGHG1*01 LS；GAALIE；訊號肽(nt-CO) 257 atgggctggtcctgtatcatcctgttcctggtcgccacagccaccggagtgcacagccaagtgcagctggtccagagcggcgccgaggtgaagaagcccggcgctagcgtgaaggtgtcctgtaaagccagcggatatccttttaccagctacggcatctcctgggtgcggcaggcccctggccagggcctggaatggatgggctggatcagcacctaccagggaaataccaactacgcccagaagttccagggaagagtgacaatgaccacagatacatctacaaccaccggctacatggaactgaggcggctgagaagcgacgacaccgccgtgtactactgcgccagagattacaccagaggcgcttggttcggcgagagcctgatcggcggcttcgacaactggggccagggaaccctggtgacagtgtctagcgcttctaccaaaggcccttctgtctttcctctggccccttctagcaagtctacaagcggaggcaccgccgccctgggctgcctggtgaaggactacttccccgagcccgtgaccgtgagctggaatagcggcgccctgacaagcggcgtgcacaccttcccagctgtgctgcagagcagcggcctgtatagcctgagcagcgtggtcaccgtgcccagcagcagcctgggaacacagacctacatctgcaacgtgaaccacaagccttctaataccaaggtggataagaaggtggaacctaagagctgcgacaaaacacacacatgccctccatgtcctgctccagagctgctggccggccccagcgtttttctgttcccccccaaacctaaagacaccctgatgatcagcagaacccctgaggtgacctgtgtggtggtggacgtgtcccacgaagatcctgaggtgaagttcaactggtacgtggatggagtggaagtgcacaacgccaagaccaaacctagagaagagcagtacaacagcacatatagagtcgtgtccgtgcttacagtgctgcaccaggactggctgaatggaaaggaatacaagtgcaaggtgtccaacaaggccctgcctctgcctgaggagaagacaatctctaaagccaagggccaacctcgggaacctcaggtgtacacactgccccccagccgggacgagctgaccaagaaccaggtgtccctgacctgcctggtcaagggcttctacccctctgatatcgccgtggaatgggagagcaacggccaacctgagaacaactacaagaccacccctccagtgctggacagcgacggcagcttcttcctgtacagcaagctgaccgttgacaagtccagatggcagcagggcaacgtgttcagctgtagcgtcctgcacgaggccctgcattctcactacacccagaagagcctgtccctcagccctggcaagtga  
SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb CH1-CH3 G1m17；IgGHG1*01 LS；GAALIE；(nt-CO) 258 caagtgcagctggtccagagcggcgccgaggtgaagaagcccggcgctagcgtgaaggtgtcctgtaaagccagcggatatccttttaccagctacggcatctcctgggtgcggcaggcccctggccagggcctggaatggatgggctggatcagcacctaccagggaaataccaactacgcccagaagttccagggaagagtgacaatgaccacagatacatctacaaccaccggctacatggaactgaggcggctgagaagcgacgacaccgccgtgtactactgcgccagagattacaccagaggcgcttggttcggcgagagcctgatcggcggcttcgacaactggggccagggaaccctggtgacagtgtctagcgcttctaccaaaggcccttctgtctttcctctggccccttctagcaagtctacaagcggaggcaccgccgccctgggctgcctggtgaaggactacttccccgagcccgtgaccgtgagctggaatagcggcgccctgacaagcggcgtgcacaccttcccagctgtgctgcagagcagcggcctgtatagcctgagcagcgtggtcaccgtgcccagcagcagcctgggaacacagacctacatctgcaacgtgaaccacaagccttctaataccaaggtggataagaaggtggaacctaagagctgcgacaaaacacacacatgccctccatgtcctgctccagagctgctggccggccccagcgtttttctgttcccccccaaacctaaagacaccctgatgatcagcagaacccctgaggtgacctgtgtggtggtggacgtgtcccacgaagatcctgaggtgaagttcaactggtacgtggatggagtggaagtgcacaacgccaagaccaaacctagagaagagcagtacaacagcacatatagagtcgtgtccgtgcttacagtgctgcaccaggactggctgaatggaaaggaatacaagtgcaaggtgtccaacaaggccctgcctctgcctgaggagaagacaatctctaaagccaagggccaacctcgggaacctcaggtgtacacactgccccccagccgggacgagctgaccaagaaccaggtgtccctgacctgcctggtcaagggcttctacccctctgatatcgccgtggaatgggagagcaacggccaacctgagaacaactacaagaccacccctccagtgctggacagcgacggcagcttcttcctgtacagcaagctgaccgttgacaagtccagatggcagcagggcaacgtgttcagctgtagcgtcctgcacgaggccctgcattctcactacacccagaagagcctgtccctcagccctggcaagtga  
SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb CH1-CH3 G1m17；IgGHG1*01 LS；訊號肽(nt-CO) 259 atgggctggtcctgtatcatcctgttcctggtcgccacagccaccggagtgcacagccaagtgcagctggtccagagcggcgccgaggtgaagaagcccggcgctagcgtgaaggtgtcctgtaaagccagcggatatccttttaccagctacggcatctcctgggtgcggcaggcccctggccagggcctggaatggatgggctggatcagcacctaccagggaaataccaactacgcccagaagttccagggaagagtgacaatgaccacagatacatctacaaccaccggctacatggaactgaggcggctgagaagcgacgacaccgccgtgtactactgcgccagagattacaccagaggcgcttggttcggcgagagcctgatcggcggcttcgacaactggggccagggaaccctggtgacagtgtctagcgcttctaccaaaggcccttctgtctttcctctggccccttctagcaagtctacaagcggaggcaccgccgccctgggctgcctggtgaaggactacttccccgagcccgtgaccgtgagctggaatagcggcgccctgacaagcggcgtgcacaccttcccagctgtgctgcagagcagcggcctgtatagcctgagcagcgtggtcaccgtgcccagcagcagcctgggaacacagacctacatctgcaacgtgaaccacaagccttctaataccaaggtggataagaaggtggaacctaagagctgcgacaaaacacacacatgccctccatgtcctgctccagagctgctgggcggccccagcgtttttctgttcccccccaaacctaaagacaccctgatgatcagcagaacccctgaggtgacctgtgtggtggtggacgtgtcccacgaagatcctgaggtgaagttcaactggtacgtggatggagtggaagtgcacaacgccaagaccaaacctagagaagagcagtacaacagcacatatagagtcgtgtccgtgcttacagtgctgcaccaggactggctgaatggaaaggaatacaagtgcaaggtgtccaacaaggccctgcctgcccctatcgagaagacaatctctaaagccaagggccaacctcgggaacctcaggtgtacacactgccccccagccgggacgagctgaccaagaaccaggtgtccctgacctgcctggtcaagggcttctacccctctgatatcgccgtggaatgggagagcaacggccaacctgagaacaactacaagaccacccctccagtgctggacagcgacggcagcttcttcctgtacagcaagctgaccgttgacaagtccagatggcagcagggcaacgtgttcagctgtagcgtcctgcacgaggccctgcattctcactacacccagaagagcctgtccctcagccctggcaagtga  
SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb CH1-CH3 G1m17；IgGHG1*01 LS (nt-CO) 260 caagtgcagctggtccagagcggcgccgaggtgaagaagcccggcgctagcgtgaaggtgtcctgtaaagccagcggatatccttttaccagctacggcatctcctgggtgcggcaggcccctggccagggcctggaatggatgggctggatcagcacctaccagggaaataccaactacgcccagaagttccagggaagagtgacaatgaccacagatacatctacaaccaccggctacatggaactgaggcggctgagaagcgacgacaccgccgtgtactactgcgccagagattacaccagaggcgcttggttcggcgagagcctgatcggcggcttcgacaactggggccagggaaccctggtgacagtgtctagcgcttctaccaaaggcccttctgtctttcctctggccccttctagcaagtctacaagcggaggcaccgccgccctgggctgcctggtgaaggactacttccccgagcccgtgaccgtgagctggaatagcggcgccctgacaagcggcgtgcacaccttcccagctgtgctgcagagcagcggcctgtatagcctgagcagcgtggtcaccgtgcccagcagcagcctgggaacacagacctacatctgcaacgtgaaccacaagccttctaataccaaggtggataagaaggtggaacctaagagctgcgacaaaacacacacatgccctccatgtcctgctccagagctgctgggcggccccagcgtttttctgttcccccccaaacctaaagacaccctgatgatcagcagaacccctgaggtgacctgtgtggtggtggacgtgtcccacgaagatcctgaggtgaagttcaactggtacgtggatggagtggaagtgcacaacgccaagaccaaacctagagaagagcagtacaacagcacatatagagtcgtgtccgtgcttacagtgctgcaccaggactggctgaatggaaaggaatacaagtgcaaggtgtccaacaaggccctgcctgcccctatcgagaagacaatctctaaagccaagggccaacctcgggaacctcaggtgtacacactgccccccagccgggacgagctgaccaagaaccaggtgtccctgacctgcctggtcaagggcttctacccctctgatatcgccgtggaatgggagagcaacggccaacctgagaacaactacaagaccacccctccagtgctggacagcgacggcagcttcttcctgtacagcaagctgaccgttgacaagtccagatggcagcagggcaacgtgttcagctgtagcgtcctgcacgaggccctgcattctcactacacccagaagagcctgtccctcagccctggcaagtga
S309-v13輕鏈k1m3；IgKC*01；訊號肽(nt-CO) 261 tgggctggtcctgcatcatcctgttcctggtggccacagccaccggcgtgcacagcgagatcgtcctgacacagagccccggcacactgagcctctccccaggcgagcgggctacactgtcttgtagagcttctcagaccgtgtccagcaccagcctggcctggtatcagcagaaacctggccaggcccctagactgctgatctacggcgccagcagcagagccaccggcatccctgatagattcagcggcagcggatctggaaccgacttcaccctgaccatcagccggctggaacccgaggactttgccgtgtactactgccagcaacacgacaccagcctgaccttcggcggcggaacaaaggtggaaatcaagagaaccgtggccgcccctagcgtgttcatcttcccccccagcgacgagcagctgaagagcggtacagcttctgtggtgtgcctgctgaacaacttctacccgcgggaagccaaggtgcagtggaaggtggacaacgccctgcagagcggcaacagccaggagagcgtgacagagcaggacagcaaggacagcacctacagcctgagcagcaccctgaccctgagcaaggccgactacgagaagcacaaggtgtacgcctgtgaagtgacccaccagggcctgtctagccctgtgaccaagtcttttaacagaggcgagtgctga  
S309-v13輕鏈k1m3；IgKC*01；(nt-CO) 262 Gagatcgtcctgacacagagccccggcacactgagcctctccccaggcgagcgggctacactgtcttgtagagcttctcagaccgtgtccagcaccagcctggcctggtatcagcagaaacctggccaggcccctagactgctgatctacggcgccagcagcagagccaccggcatccctgatagattcagcggcagcggatctggaaccgacttcaccctgaccatcagccggctggaacccgaggactttgccgtgtactactgccagcaacacgacaccagcctgaccttcggcggcggaacaaaggtggaaatcaagagaaccgtggccgcccctagcgtgttcatcttcccccccagcgacgagcagctgaagagcggtacagcttctgtggtgtgcctgctgaacaacttctacccgcgggaagccaaggtgcagtggaaggtggacaacgccctgcagagcggcaacagccaggagagcgtgacagagcaggacagcaaggacagcacctacagcctgagcagcaccctgaccctgagcaaggccgactacgagaagcacaaggtgtacgcctgtgaagtgacccaccagggcctgtctagccctgtgaccaagtcttttaacagaggcgagtgctga
訊號肽(nt-CO) 263 Atgggctggtcctgcatcatcctgttcctggtggccacagccaccggcgtgcacagc
訊號肽(aa) 264 MGWSCIILFLVATATGVHS
SARS-CoV-2 CH1-CH3 G1m17；IgG1*01 LS無C端Lys (aa) 265 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPG
SARS-CoV-2 CH1-CH3 G1m17；IgG1*01 LS GAALIE無C端Lys (aa) 266 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLAGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPLPEEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPG
實例 實例1 結合SARS -CoV -2 之 刺突蛋白的人類單株抗體
將來自具有先前SARS-CoV感染之供體的B細胞分類且用EBV永生化，且在384孔盤中篩選，如歐洲專利EP1597280B1中所述。
在永生化之後二週，使用基於流式細胞測量術之方法測試永生化B細胞之上清液的與SARS-CoV-2刺突蛋白結合之抗體。ExpiCHO細胞經SARS-CoV-2之S蛋白(菌株βCoV/武漢-Hu-1/2019)轉染，或經空質體轉染作為陰性對照。鑑別出結合SARS-CoV-2 S之十四種單株抗體，且被稱為SARS-CoV-2 S300至SARS-CoV-2 S312及SARS-CoV-2 S315。實例2 使用 Octet 之 人類單株抗體結合至 SARS - CoV - 2 之 RBD
在使用動力學緩衝液(KB；0.01%無內毒素BSA，0.002 Tween-20，0.005% NaN3於PBS中)進行水合步驟10 min之後，使用鏈黴親和素生物感測器(Pall ForteBio)固化3 ug/ml之抗-Strep Tag II抗體(純系5A9F9，Biotin，LabForce AG，Muttenz CH)。隨後將具有Strep Tag II (內部產生)之SARS-CoV-2 RBD在KB中以4 µg/ml之濃度負載6 min。使來自B細胞上清液之抗體締合一段時間。為了觀測解離，將感測器自該抗體溶液移至KB，且監測抗體解離。
S309 mAb包含表1中所提供之S309-v1 VH及S309-v13 VL胺基酸序列(分別SEQ ID NO.: 105及168)。S303及S309之結合曲線的比較指示，S303具有比S309更快的締合速率及更快的解離速率二者，表明S309可以更高的親和力結合。實例3 使用 Octet 之 人類單株抗體結合至 SARS-CoV-2 及 SARS-CoV-1 之 RBD
使用Octet測試三個交叉反應重組抗體(S303 rIgG1、S304 rIgG1、S309 rIgG1)及二個SARS-CoV-1特異性抗體之親和力。藉由將該抗體固定在感測器上且將感測器浸漬至不同濃度之RBD的孔中來量測親和力。
記錄在締合期間結合至RBD之抗體的動力學，其後將感測器浸漬至不具有抗體之緩衝液中，以觀測在解離期間抗體自RBD分離之動力學。簡言之，在使用動力學緩衝液(KB；0.01%無內毒素BSA，0.002 Tween-20，0.005% NaN3於PBS中)進行水合步驟10 min之後，使用蛋白質A生物感測器(Pall ForteBio)固化2.7 ug/ml之重組抗體持續1分鐘。藉由用不同濃度之SARS-CoV-1 RBD (Sino Biological)或SARS-CoV-2 RBD (在Expi-CHO細胞中內部產生；來自βCoV/武漢-Hu-1/2019之刺突蛋白的殘基331-550，寄存編號MN908947)培育經抗體塗佈之感測器來記錄締合曲線5分鐘。所測試之最高RBD濃度為10 ug/ml，隨後1:2.5連續稀釋。藉由將感測器移動至含有KB之孔記錄解離9分鐘。使用整體擬合模型(Octet)計算由KD值表示之親和力。使用Octet Red96 (ForteBio)設備。
測試三個交叉反應抗體(S303 rIgG1、S304 rIgG1、S309 rIgG1)及二個SARS-CoV-1特異性抗體(S230及S109)。所有抗體顯示出較強結合至SARS-CoV-1 RBD。S230及S109未結合至SARS-CoV-2 RBD。S303 rIgG1、S304 rIgG1及S309 rIGg1結合至SARS-CoV-2 RBD係在奈莫耳範圍內，其中S309 rIgG1展現出最強親和力。KD值如以下曲線所示。若抗體結合極強且解離緩慢，則KD值僅為估計值(KD=＜1.0x10-12 M)。由於解離太慢，因此S309 rIgG1之精確KD可不由此分析量測。實例4 藉由人類單株抗體中和 SARS - CoV - 2
使用如先前所述之方法(Temperton NJ等人(2005) Longitudinally profiling neutralizing antibody response to SARS coronavirus with pseudotypes. Emerg Infect Dis 11(3):411-416.)產生經SARS-CoV-2 S基因(分離株βCoV/武漢-Hu-1/2019；寄存編號MN908947)假模式化之複製缺陷型病毒。簡言之，將HEK293T/17與表現SARS-CoV-2 S之質體(phCMV1，Genlantis)及補充病毒-基因體報導基因載體pNL4-3. Luc+.E-R+共轉染。使用單循環感染性分析來量測經SARS-CoV-2 S蛋白假模式化之編碼螢光素酶之病毒粒子的中和，如先前所述(Temperton NJ等人(2007) A sensitive retroviral pseudotype assay for influenza H5N1-neutralizing antibodies. Influenza Other Respi Viruses 1(3):105-112.)。簡言之，在37℃下用各種濃度之抗體預培育含病毒粒子之培養物上清液的適當稀釋液1小時，且隨後將病毒-mAb混合物添加至在感染前一天接種之Vero E6細胞中。隨後用Steady-Glo試劑(Promega，E2520)溶解細胞，且在光度計微量盤讀取器(協同性H1混合多模式讀取器；Biotek)上確定細胞溶胞物中之相對發光單位(RLU)。藉由確定比較在抗體存在及不存在下之RLU感染性之減少且表示為中和百分比。
測試抗體SARS-CoV-2 S300-v1、S301、S302、S303-v1、S304、S306、S307、S308-v1、S309 (包含S309-v1 VH序列及S309-v13 VL (VK)序列)及S310之中和能力。顯示抗體SARS-CoV-2 S300-v1及SARS-CoV-2 S309中和SARS-CoV-2。
使用SARS供體血漿及抗體SARS-CoV-2 S309、S311、S312、S303-v1 (rIgG1)、S304 (rIgG1)、S306 (rIgG1)、S310 (rIgG1)及S315進行進一步中和分析。使用此分析，顯示抗體S309、S311、S312及S315中和SARS-CoV-2。
使用單株抗體S303、S304、S306、S309、S310及S315進行額外中和分析。實例5 藉由重組人類單株抗體中和SARS -CoV -2
確定二個重組SARS-CoV-1及SARS-CoV-2交叉中和抗體S304 rIgG1及S309 rIgG1針對SARS-CoV-2假模式化病毒(SARS-CoV-2pp)之中和活性。
使用經SARS-CoV-2刺突蛋白(SARS-CoV-2pp)假模式化之鼠白血病病毒(MLV)。將經ACE2 (DBT-ACE2)穩定轉染之DBT細胞用作目標細胞。SARS-CoV-2pp用胰蛋白酶TPCK以10ug/ml活化。將活化的SARS-CoV-2pp添加至抗體之連續稀釋液中(以50ug/ml最終濃度/抗體開始，3倍稀釋)。對於S304 rIgG1及S309 rIgG1之組合，在50 ug/ml及0.02 ug/ml之間的濃度下測試抗體，各抗體之起始濃度為50 ug/ml，亦即總起始抗體量為100 ug/ml。將DBT-ACE2細胞添加至該抗體-病毒混合物中，且培育48小時。在抽吸細胞培養物上清液且添加穩定-GLO受質(Promega)之後量測發光。
S309 rIgG1顯示出0.37 ug/ml之IC50，且S304 rIgG1顯示出約17 ug/ml之IC50。二種抗體之組合強烈中和，其中IC50為0.077 μg/ml。使用重組單株抗體S309及S315之相同程序單獨及以組合形式進行其他中和分析。S309顯示出1.091 ug/mL之IC50，且S315顯示出25.1 ug/mL之IC50。二種抗體之組合顯示出0.3047 ug/mL之IC50。實例6 人類單株抗體對SARS -CoV 及SARS -CoV -2 之 反應性
額外人類mAb S311及S312與刺突蛋白S1次單位蛋白質及SARS-CoV及SARS-CoV-2蛋白質之RBD的反應性藉由酶聯免疫吸附分析(ELISA)確定。
96孔盤用重組SARS-CoV-2刺突蛋白S1次單位蛋白質(Sino Biological)、SARS-CoV-2 RBD (Sino Biological或內部產生；來自βCoV/武漢-Hu-1/2019之刺突蛋白的殘基331-550，寄存編號MN908947)、重組SARS-CoV刺突蛋白S1次單位蛋白質(Sino Biological)或SARS-CoV RBD (Sino Biological)塗佈。
洗滌各孔，且在室溫下用PBS+1%BSA阻斷1小時，且隨後用連續稀釋的mAb在室溫下培育1小時。藉由在室溫下培育經鹼性磷酸酶共軛之山羊抗人類IgG (Southern Biotechnology：2040-04)1小時來偵測結合的mAb，且藉由含1 mg/ml對硝基苯磷酸受質之0.1 M甘胺酸緩衝液(pH 10.4)在室溫下顯影30分鐘。在ELISA讀取器(Powerwave 340/96分光光度計，BioTek)中量測在405 nm之波長下之光學密度(OD)值。
使用相同程序進行其他分析以確定人類單株抗體S300、S307及S309對SARS-CoV-2及SARS-CoV-1之RBD的反應性。實例7 藉由重組人類單株抗體S309 及S315 中和SARS -CoV -2
確定重組抗體S309 rIgG1-LS及S315 rIgG1-LS針對經SARS-CoV-2假模式化病毒(SARS-CoV-2pp)之中和活性。
使用經SARS-CoV-2刺突蛋白(SARS-CoV-2pp)假模式化之鼠白血病病毒(MLV)。將經ACE2 (DBT-ACE2)穩定轉染之DBT細胞用作目標細胞。SARS-CoV-2pp用胰蛋白酶TPCK以10ug/ml活化。將活化的SARS-CoV-2pp添加至抗體之連續稀釋液中。將DBT-ACE2細胞添加至該抗體-病毒混合物中，且培育48小時。在抽吸細胞培養物上清液且添加穩定-GLO受質(Promega)之後量測發光。經感染細胞之螢光素酶訊號用於計算中和相對於無抗體對照之百分比。
S309 rIgG1-LS顯示出約3.9 nM之IC50，且S315 rIgG1-LS顯示出約111.7 mM之IC50。
比較S309-rFab之中和活性與S309 rIgG1-LS之全長的中和活性。全長S309 rIgG-LS顯示出3.821 nM之IC50，而S309-rFab顯示出3.532 nM之IC50。實例8 人類單株抗體對SARS -CoV -1 之RBD 、SARS -CoV -2 之RBD 及各種冠狀病毒之胞外域的反應性
單株抗體與SARS-CoV-1及SARS-CoV-2之RBD及SARS-CoV-1、SARS-CoV-2、OC43及MER之刺突蛋白的反應性藉由酶聯免疫吸附分析(ELISA)確定。
384孔淺ELISA盤用SARS-CoV-1、SARS-CoV-2、OC43或MERS穩定的融合前刺突蛋白三聚體以1 μg/ml，或用SARS-CoV-2 RBD (內部產生；來自βCoV/武漢-Hu-1/2019之刺突蛋白的殘基331-550，寄存編號MN908947)以10 μg/ml，或SARS-CoV-1 RBD (Sino Biological)以1 μg/ml塗佈。
洗滌各孔，且在室溫下用PBS+1%BSA阻斷1小時，且隨後用連續稀釋的抗體在室溫下培育1-2小時。在5至0.00028 μg/ml之濃度下測試抗體。洗滌盤且結合的抗體藉由在室溫下培育經鹼性磷酸酶共軛之山羊抗人類IgG (Southern Biotechnology：2040-04)1小時，接著使用含1 mg /ml對硝基苯磷酸受質(Sigma-Aldrich 71768)之0.1 M甘胺酸緩衝液(pH 10.4)在室溫下顯色30 min來偵測。在ELISA讀取器(Powerwave 340/96分光光度計，BioTek)中量測在405 nm之波長下之光學密度(OD)值。實例9 單株抗體與SARS -CoV -1 及SARS -CoV -2 刺突蛋白之結合
使用Expifectamine CHO增強子，ExpiCHO細胞經phCMV1- SARS-CoV-2-S、SARS-刺突蛋白_pcDNA.3 (菌株SARS)或空phCMV1轉染。在轉染之後二天，收集細胞以用抗體免疫染色。經Alexa647標記之二級抗體抗人類IgG Fc用於偵測。使用ZE5細胞分析儀(Biorard)及FlowJo軟體(TreeStar)藉由流式細胞測量術分析單株抗體結合至經轉染的細胞。陽性結合由CoV-S轉染物相對於模擬轉染物之差異性染色定義。藉由流動式細胞測量術在10 µg/ml下測試單株抗體S309對表現SARS-CoV-1或SARS-CoV-2之S蛋白之ExpiCHO細胞染色的能力。
針對單株抗體S303、S304、S306、S309、S310、S315、S110、S124、S230及S109藉由流式細胞測量術來量測與SARS-CoV-1 S蛋白或SARS-CoV-2 S蛋白之結合，且計算EC50值。計算此等抗體中之八者的EC50值，其中針對SARS-CoV-2 S蛋白結合在1.4 ng/ml與6,100 ng/ml之間且針對SARS-CoV-1 S蛋白結合在0.8 ng/ml與254 ng/ml之間。
對重組單株抗體S309及四個S309變異體使用相同程序進行其他結合分析。各抗體之EC50值展示於表2中。VH及VL胺基酸SEQ ID NO.:概述於實例17中。表2
抗體 EC50 (ng/ml) - Exp. 1 EC50 (ng/ml) - Exp. 2
S309-11 (「11」) 23.1 11.5
S309-12 (「12」) 22.3 9.6
S309-13 (「13」) 21.8 8.9
S309-14 (「14」) 21.4 8.4
S309-15 (「15」) 18.8 7.8
使用單株抗體S303、S304、S306、S309、S310、S315及比較抗體S109、S110、S124及S230進行使用相同程序進行之額外分析。
亦使用重組單株抗體S300及S307進行使用相同程序進行之分析。實例10 使用 Octet 之 人類單株抗體 S309 、 S303 、 S304 及 S315 與 SARS - CoV - 2 及 SARS - CoV - 1 之 RBD 的 結合
使用Octet測試重組單株抗體S309、S303、S304及S315之親和力。
SARS-CoV-1或SARS-CoV-2之經his標記的RBD在動力學緩衝液(KB)中以3 μg/ml負載到抗HIS (HIS2)生物感測器(Molecular Devices，ForteBio)上15分鐘。全長抗體之締合在15 μg/ml下在KB中進行5分鐘。Fab片段之締合在5 μg/ml下在KB中進行5分鐘。量測KB中之解離10分鐘。
使用整體擬合模型(Octet)計算由KD值表示之親和力。使用Octet Red96 (ForteBio)設備。
此等抗體中之每一者以奈莫耳至亞皮莫耳親和力結合SARS-CoV-2及SARS-CoV-1 RBD。實例11 人類單株抗體S309 IgG 及S309 Fab 與SARS -CoV -2 S 蛋白 胞外域三聚體及RBD 之 結合
IgG1與Fab片段相比之親和力及親合力確定：經生物素標記之SARS-CoV-2的RBD (內部產生；來自βCoV/武漢-Hu-1/2019之刺突蛋白的殘基331-550，寄存編號MN908947，用來自ThermoFisher之EZ-Link NHS-PEG4-Biotin生物素標記)及經生物素標記之SARS-CoV-2 2P S avi-標記在動力學緩衝液(KB；0.01%無內毒素BSA，0.002% Tween-20，0.005% NaN3於PBS中)中以7.5 µg/ml負載到鏈黴抗生物素蛋白生物感測器(Molecular Devices，ForteBio)上8分鐘。IgG1及Fab之締合在KB中在100、33、11、3.6、1.2 nM下進行5分鐘。量測KB中之解離10分鐘。使用1:1整體擬合模型(Octet)計算KD值。S309 IgG分別以亞皮莫耳及皮莫耳親合力結合至SARS-CoV-2 RBD及結合至S胞外域三聚體。S309 Fab以奈莫耳至亞奈莫耳親和力結合至SARS-CoV-2 RBD及S胞外域三聚體二者。實例12 人類單株抗體與 SARS - CoV - 1 或 SARS - CoV - 2 之 RBD 的 競爭性結合
量測單株抗體對與SARS-CoV-1 RBD或SARS-CoV-2 RBD之競爭性結合以界定抗體之結合位點。
在使用動力學緩衝液(KB；0.01%無內毒素BSA，0.002 Tween-20，0.005% NaN3於PBS中)進行水合步驟10 min之後，使用鏈黴親和素生物感測器(Pall ForteBio)固化3 ug/ml之抗-Strep Tag II抗體(純系5A9F9，Biotin，LabForce AG，Muttenz CH)。隨後將具有Strep Tag II (內部產生)之SARS-CoV-1或SARS-CoV-2 RBD以4 µg/ml在KB中之濃度負載6 min。使第一抗體締合一段時間，隨後使第二抗體締合一段時間。實例13 人類單株抗體 S309 及 RBD 與 人類 ACE2 之 競爭性結合
量測單株抗體及RBD與人類ACE2之競爭性結合。將ACE2-His (Bio-Techne AG)以5 μg/ml在動力學緩衝液(KB)中負載到抗-HIS (HIS2)生物感測器(molecular Devices-ForteBio)上30分鐘。在使用或不使用30 μg/ml之抗體預培育30分鐘之後，SARS-CoV-1 RBD-兔Fc或SARS-CoV-2 RBD-小鼠Fc (Sino Biological Europe GmbH)以1 μg/ml締合15分鐘。監測解離持續5分鐘。實例14 人類單株抗體之抗體依賴性細胞毒性及抗體依賴性細胞吞噬作用
自然殺手(NK)介導之抗體依賴性細胞毒性(ADCC)可藉由殺傷在其表面上呈遞病毒蛋白之經感染細胞而促成病毒控制。為了研究分離之Ab利用此功能的能力，活體外使用新鮮分離之人類NK細胞作為效應細胞及經SARS-CoV-2 S轉染之ExpiCHO細胞作為目標細胞來研究ADCC。目標細胞用不同量之抗體培育，且在10分鐘之後，以9:1之目標:效應比率用一級人類NK細胞作為效應細胞培育。使用MACSxpress NK分離套組(Miltenyi Biotec, Cat. Nr.: 130-098-185)自健康供體之新鮮血液中分離NK細胞。在37℃下培育4小時之後，使用LDH釋放分析(細胞毒性偵測套組(LDH) (Roche；Cat. Nr.：11644793001)來量測抗體依賴性殺傷。
巨噬細胞或樹突狀細胞介導之抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)亦可藉由清除經感染細胞且藉由用病毒抗原呈遞潛在地刺激T細胞反應來促成病毒控制。將ADCP用外周血液單核細胞作為吞噬細胞及經SARS-CoV-2 S轉染之ExpiCHO作為目標細胞測試，該SARS-CoV-2 S經PKH67螢光細胞連接子套組(Sigma Aldrich，Cat. Nr.：MINI67)螢光標記。目標細胞用不同量之抗體培育10分鐘，接著與自健康供體分離之人類PBMC一起培育，該人類PBMC經Cell Trace Violet (Invitrogen，Cat. Nr.：C34557)以20:1之效應:目標比率螢光標記。在37℃下隔夜培育之後，細胞用抗人類CD14-APC抗體(BD Pharmingen，Cat. Nr.: 561708，純系M5E2)染色，以染色吞噬細胞。抗體介導之吞噬作用藉由流式細胞測量術，量測對於PKH67螢光呈陽性之單核細胞%來確定。
分析人類單株抗體S309、S304、S306、S315、S230及S309與S304之組合的抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)及抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)。
測試單株抗體S309之Fc變異體的ADCC。S309-LS包括MLNS Fc突變。S309-GRLR包括G236R/L328R Fc突變，其表現出最低結合至FcγR。S309-LS-GAALIE包括MLNS及GAALIE Fc突變二者。
分析人類單株抗體S303、S304、S306、S309、S315及S309與S315之組合的ADCC及ADCP。至少非GRLR S309抗體(單獨或與S304組合)顯示出ADCC及ADCP。實例15 單株抗體對經SARS -CoV -2 感染細胞之細胞溶解物的反應性
量測單株抗體S304、S306、S309及S310對經SARS-CoV-2感染之VeroE6細胞之細胞溶解物的反應性。實例16 藉由單株抗體S304 及S309 單獨或以組合形式 中和SARS -CoV -2 感染
使用SARS-CoV-2活病毒分析，評定藉由單株抗體S304及S309之SARS-CoV-2感染的中和。活病毒中和分析藉由用NP特異性多株兔血清染色病毒核蛋白(NP)定量經感染細胞之數目。藉由在感染後24及45小時時量測NP表現來評定抑制。酶免疫分析法(EIA)用於定量所測試之各抗體稀釋液的感染位準。
在室溫下，使用在96孔盤之單層中之Vero E6細胞在指示抗體濃度下進行中和一小時。各孔經100 TCID50病毒轉染。在24或45小時之後，固定單層且針對抑制NP表現染色。單株抗體S304及S309顯示出中和之協同增強。實例17 產生S309 rIgG 變異體
使用單株抗體S309之VH及VL序列產生重組IgG1抗體。S309-11包含S309之野生型VH序列(SEQ ID NO: 105)及野生型VL序列(SEQ ID NO: 168)。S309-12包含S309之N55Q VH變異序列(SEQ ID NO: 113)及野生型VL序列(SEQ ID NO: 168)。S309-13包含S309之W50F變異序列(SEQ ID NO: 129)及野生型VL序列(SEQ ID NO: 168)。S309-14包含S309之W105F變異序列(SEQ ID NO: 119)及野生型VL序列(SEQ ID NO: 168)。S309 -15包含S309之W50F/G56A/W105F VH變異序列(SEQ ID NO: 172)及野生型VL序列。S309重組抗體及四個變異體中之每一者由瞬時轉染及表現編碼HD 293F細胞(GenScript)中之重組抗體的質體載體產生。在第4天時收穫細胞，且藉由西方墨點法及蛋白質A效價分析驗證IgG表現。實例18 藉由SPR 量測之S309 rIgG 及變異體與SARS -CoV -2 RBD 的 結合
使用表面電漿子共振(SPR)來量測重組單株抗體S309及四個變異體(參見實例17)與RBD結合。使用單循環動力學方法用Biacore T200儀器進行SPR實驗。在表面上俘獲S309 IgG，且注射濃度增加之經醣基化或經去醣基化的經純化SARS-CoV-2 RBD。使用具有經共價固定(Ge)之抗人類Fc的感測器晶片進行SPR。所用之緩衝液為10 mM HEPES pH 7.4、150 mM NaCl、3mM EDTA及0.05% P20清潔劑。在25℃下進行分析。自上清液將重組抗體稀釋至約2 μg/ml。RBD濃度為0.8 nM、3.1 nM、12.5 nM、50 nM及200 nM。藉由在HEK293細胞中表現得到醣基化RBD且使用一步驟Ni親和純化進行純化。去醣基化RBD藉由以下得到：在基夫鹼(kifunensine)存在下在Expi293細胞中內部表現，使用一步驟Ni親和純化進行純化，及經糖苷內切酶H處理。單循環動力學分析係用3分鐘注射及20分鐘解離週期進行。監測締合及解離動力學，且擬合至結合模型，以確定親和力。結果概述於表3中。表 3.
  醣基化RBD 去醣基化RBD
S309變異體 KD Ka (1/Ms) Kd (1/s) KD Ka (1/Ms) Kd (1/s)
S309-11 (WT) 0.50 nM 10.0e4 5.0e-5 0.91 nM 3.0e5 2.8e-4
S309-11 (WT)複製 0.68 nM 9.5e4 6.5e-5 0.98 nM 2.9e5 2.9e-4
S309-12 (N55Q) 0.46 nM 9.2e4 4.2e-5 1.3 nM 2.7e5 3.6e-4
S309-13 (W50F) 0.51 nM 9.9e4 5.0e-5 1.8 nM 3.0e5 5.3e-4
S309-14 (W105F) 0.38 nM 1.0e5 3.9e-5 7.9 nM 9.8e5 7.7e-3
S309-15 (W50F/G56A/W105F) 1.7 nM 9.9e4 1.6e-4 ＞10 nM 在穩態擬合下評估Kd
在二個不同SPR分析中使用不同參數量測與去醣基化RBD之結合。實驗1使用10分鐘注射及自100 nm之4倍稀釋的RBD濃度系列。實驗2使用3分鐘注射及自200 nm之4倍連續稀釋的濃度，如上文所述。結果展示於表4中。表4.
  實驗1 實驗2
S309變異體 KD Ka (1/Ms) Kd (1/s) KD Ka (1/Ms) Kd (1/s)
S309-11 (WT) 0.83 nM 3.0e5 2.5e-4 0.91 nM 3.0e5 2.8e-4
S309-11 (WT)複製 0.91 nM 3.0e5 2.7e-4 0.98 nM 2.9e5 2.9e-4
S309-12 (N55Q) 1.2 nM 2.7e5 3.2e-4 1.3 nM 2.7e5 3.6e-4
S309-13 (W50F) 1.7 nM 2.8e5 4.6e-4 1.8 nM 3.0e5 5.3e-4
S309-14 (W105F) 14 nM 擬合至穩態 7.9 nM 9.8e5 7.7e-3
S309-15 (W50F/G56A/W105F) 37 nM 擬合至穩態 穩態擬合不可能
使用上文所述之相同程序藉由表面電漿子共振(SPR)來量測重組單株抗體S309及五個變異體與RBD之結合，除使用純化的重組抗體而非細胞培養物上清液之外。結果展示於表5中。表5.
  醣基化RBD 去醣基化RBD
S309變異體 KD Ka (1/Ms) Kd (1/s) KD Ka (1/Ms) Kd (1/s)
S309 WT 0.26 nM 9.3e4 2.4e-5 0.67 nM 3.4e5 2.3e-4
S309 N55Q 0.39 nM 8.5e4 3.3e-5 1.1 nM 3.1e5 3.2e-4
S309 W50F 0.39 nM 9.2e4 3.6e-5 1.4 nM 3.5e5 4.9e-4
S309 W105F 0.35 nM 9.6e5 3.4e-5 5.1 nM 1.5e6 7.9e-3
S309 W50F/G56A/W105F 1.6 nM 9.4e4 1.5e-4 ＞10 nM 在穩態擬合下評估Kd
S306 G56A 0.54 nM 9.3e4 5.1e-5 0.70 nM 3.4e5 2.4e-4
實例19 藉由重組單株抗體S309 及四個變異體中和SARS -CoV -2
使用基於VSV之螢光素酶報導假模式化系統(Kerafast)確定重組單株抗體S309及四個變異體(實例17)之中和活性。VSV偽粒子及抗體在DMEM中混合且使其在37℃下培育30分鐘。隨後使感染混合物與Vero E6細胞一起在37℃下培育1 h，隨後添加具有青黴素-鏈黴素及10%FBS之DMEM (未移除感染混合物)。使細胞在37℃下培育18-24小時。在添加Bio-Glo試劑(普洛麥格)之後使用Ensight盤讀取器(Perkin Elmer)來量測螢光素酶。基於此實驗之所計算的EC50值展示於表6中。表 6.
重組抗體 EC50
S309-11 (WT) 109
S309-12 (N55Q) 103
S309-13 (W50F) 97
S309-14 (W105F) 65
S309-15 (W50F/G56A/W105F) 53
實例20 確定人類FcγRIIIa 或FcγRIIa 之 抗體依賴性活化
使用經用滴定的抗體濃度培育10分鐘之SARS-CoV-2 S (βCoV/武漢-Hu-1/2019)暫時地轉染ExpiCHO細胞確定人類FcgRIIIa或FcgRIIa之抗體依賴性活化。隨後用在其表面上表現FcγRIIIa受體或FcgRIIa之Jurkat細胞培育ExpiCHO細胞，且針對FcγRIIIa以效應:目標之6:1比率及針對FcγRIIa以5:1比率經NFAT驅動之螢光素酶基因(Promega, Cat. Nr.: G9798及G7018)穩定轉染。此生物分析中之人類FcγR的活化產生螢光素酶報導基因之NFAT介導的表現。根據製造商說明書，使用Bio-Glo-TM螢光素酶分析試劑，在用5% CO2在37℃下培育21小時之後量測發光分析單株抗體S303、S304、S306、S309、S315及S309與S315之組合，以及比較抗體S320。單獨或與S315組合之S309活化FcγRIIIa (V158)及FcγRIIa (H131)。實例21 SARS -CoV -2 S 醣蛋白序列之分析
對2,229 SARS-CoV-2分離株之S醣蛋白序列進行分析，且指示在SARS-CoV-2 S胞外域上出現不同頻率的若干突變。
S醣蛋白序列之進一步分析係使用11,839 SARS-CoV-2分離株進行。由S309結合之表位在除四個分離株之外的全部中守恆，且彼等分離株含有預期不影響S309識別之N354D或S359N取代。實例22 抗體S309 與自SARS -CoV -2 患者分離之抗體競爭
用單株抗體S309測試由自SARS-CoV-2感染恢復之患者分離的人類單株抗體之重疊RBD結合位點。使用Octet (儀器：Octet Red96，ForteBio)進行競爭分析。抗His感測器(BIOSENSOR ANTI-PENTA-HIS (HIS1K)1*1ST)用於以3 µg/ml之濃度固化內部產生之SARS-CoV-2 (來自βCoV/武漢-Hu-1/2019之刺突蛋白的殘基331-550，寄存編號MN908947)的HIS標記之RBD。抗體在15 µg/ml下締合6 min。所有蛋白質在動力學緩衝液(KB)中稀釋。隨後使競爭抗體在相同濃度下締合再6 min。二個抗體顯示出與S309競爭結合至RBD，但不同於S309，其未中和SARS-CoV-2。資料未顯示。實例23 SARS -CoV -2 針對 單株抗體S309 -12 -MLNS 之 抗性選擇
為了檢驗抗性選擇，使SARS CoV-2在Vero E6細胞及固定濃度之單株抗體S309-12-MLNS (亦即S309 N55Q (VH)，具有Fc中之MLNS突變)存在下繼代一個月。藉由目視檢查盤評估細胞病變作用(CPE)。即使當未觀測到CPE時，藉由使用甲基纖維素覆層之病灶形成分析評估病毒效價。甚至在所測試之最小抗體濃度下，在經抗體處理之孔中未觀測到病毒穿透之跡象。資料一式三份地表示孔。實例24 藉由單株抗體S309 中和Calu -3 人類肺細胞之SARS -CoV -2 感染
使用奈米螢光素酶分析測試單株抗體S309中和Calu-3人類肺細胞(其對於跨膜蛋白酶TMPRSS2呈陽性)及VeroE6細胞之活SARS-CoV-2病毒感染的能力。在此分析中，S309在Calu-3中之IC50為97.70 μg/ml，且在VeroE6細胞中為158.5 μg/ml。實例25 藉由單株抗體S309 中和SARS -CoV -2 感染
使用奈米螢光素酶分析及IFA分析二者測試單株抗體S309之活SARS-CoV-2病毒感染的中和。簡言之，模型細胞經活SARS-CoV-2螢光素酶病毒轉染六小時。使用三個不同抗體濃度：1、0.1及0.01 MOI收集資料。
奈米-螢光素酶分析之結果如下：在1 MOI下，S309 IC50為240.6 μg/mL；在0.1 MOI下，S309 IC50為235.3 μg/mL，及在0.01 MOI下，S309 IC50為206.6 μg/mL。
來自IFA分析之結果如下：在1 MOI下，S309 IC50為233.0 μg/mL；在0.1 MOI下，S309 IC50為156.5 μg/mL，及在0.01 MOI下，S309 IC50為142.8 μg/mL。值得注意地，在此感染形式中未觀測到感染(或病灶)簇集。實例26 藉由單株抗體S309 N55Q LS 及S309 N55Q LS GAALIE 中和SARS -CoV -2 感染
分析單株抗體S309 N55Q LS (在本文中亦稱為S309 N55Q MLNS，包含M428L/N434S Fc突變)及S309 N55Q LS GAALIE (在本文中亦稱為S309 N55Q MLNS GAALIE，包含G236A、A330L、I332E、M428L及N434S Fc突變)中和活SARS-CoV-2病毒感染之能力。S309 N55Q LS及S309 N55Q LS GAALIE中之每一者包含VH及VL，該VH具有SEQ ID NO.: 113中所示之序列，且該VL具有SEQ ID NO.: 168中所示之序列。S309 N55Q LS之所計算的EC50為100.1 ng/ml。S309 N55Q LS GAALIE之所計算的EC50為78.3 ng/ml。實例27 藉由單株抗體S309 N55Q LS 及S309 N55Q LS GAALIE 中和SARS -CoV -2 假模式化病毒
藉由單株抗體S309 N55Q LS及S309 N55Q LS GAALIE中和SARS-CoV-2假模式化病毒。假模式化病毒為經SARS-CoV-2刺突蛋白假模式化的VSV。S309 N55Q LS之所計算的EC50值為24.06 ng/ml。S309 N55Q LS GAALIE之所計算的EC50為22.09 ng/ml。實例28 單株抗體S309 N55Q LS 及S309 N55Q LS GAALIE 與SARS -CoV -2 RBD 之 結合
藉由表面電漿子共振(SPR)來量測單株抗體S309 N55Q LS及S309 N55Q LS GAALIE與SARS-CoV-2 RBD之結合。二種抗體展現出較強結合。實例29 單株抗體S309 N55Q LS 及S309 N55Q LS GAALIE 與SARS -CoV -2 刺突蛋白之結合
藉由流式細胞測量術來量測單株抗體S309 N55Q LS及S309 N55Q LS GAALIE與SARS-CoV-2至SARS-CoV-2刺突蛋白之結合。二種抗體以低至約10 ng/ml之濃度結合至刺突蛋白，且以10,000 ng/ml抗體結合至超過60%細胞。實例30 單株抗體S309 N55Q LS 及S309 N55Q LS GAALIE 與 人類Fcγ 受體之 結合
使用SPR分析單株抗體S309 N55Q LS及S309 N55Q LS GAALIE與人類Fcγ受體之結合。量測與FcγRIIa (低親和力R131及高親和力H131對偶基因二者)、FcγRIIIa (低親和力F158及高親和力V158對偶基因二者)及FCγRIIb之結合。將生物素捕捉試劑(經修飾鏈黴抗生物素蛋白)注射在Biacore T200 (Cytiva)中對接之CAP感測器晶片之所有流量槽上。在1 µg/ml下將生物素標記之Fc受體以10 µL/min注射在單流量槽上持續60秒(一個受體/流量槽)，其中一個流量槽保留作為參考表面。使用30 µL/min之流動速率將抗體在100 µg/ml下(稀釋於HBS-EP+)注射在所有流量槽上持續200秒，且監測締合。在注射之後監測解離再200秒。在10 Hz下收集資料。在每次結合量測之後，注射CAP再生試劑，得到用於新循環之表面。實驗在25℃下進行，其中樣品在注射之前保持在15℃下之儀器中。二種抗體具有與所測試之所有Fcγ受體的至少可量測結合。S309 N55Q LS GAALIE (與S309 N55Q LS相比)與除FcγRIIb之外的所有Fcγ受體的結合增加。實例31 單株抗體S309 LS 、S309 N55Q LS 及S309 N55Q LS GAALIE 與 補體組分C1q 之 結合
藉由在Octet儀器上之生物層干涉法(BLI)來量測單株抗體S309 LS、S309 N55Q LS及S309 N55Q LS GAALIE與補體組分C1q之結合。抗人類Fab (CH1特異性)感測器用於在10 µg/ml下捕捉抗體10分鐘。隨後使IgG負載型感測器暴露於含有3 µg/ml之純化的人類C1q之動力學緩衝液持續4分鐘，接著在相同緩衝液中進行解離步驟再4分鐘。實時量測締合及解離曲線作為干擾圖案之變化。S309 LS及S309 N55Q LS，但並非S309 N55Q LS GAALIE強烈結合至C1q。實例32 藉由單株抗體S309 LS 、S309 N55Q LS 及S309 N55Q LS GAALIE 活體外活化人類Fc γ 受體
活體外分析單株抗體S309 LS、S309 N55Q LS及S309 N55Q LS GAALIE引發人類Fcγ受體之抗體依賴性活化的能力。S309 LS、S309 N55Q LS、S309 N55Q LS GAALIE及陰性對照抗體S309-GRLR中之每一者在分析緩衝液中自10,000 ng/ml連續稀釋6倍至0.006 ng/ml。在室溫下，將抗體之九點連續稀釋液在白色平底盤中與12,500 (對於FcγRIIIa及FcγRIIb)或10,000 (對於FcγRIIa) CHO-CoV-2-刺突蛋白細胞/96孔盤一起培育15分鐘。使表現指示FcγR及經NFAT驅動之螢光素酶基因穩定轉染的Jurkat效應細胞解凍，在分析緩衝液中稀釋，且針對FcRγIIIa以效應:目標之6:1比率及針對FcγRIIa以5:1比率添加至該盤。包括對照孔以量測非抗體依賴性活化(含有目標細胞及效應細胞，但無抗體)及盤之背景發光(僅含有分析緩衝液之孔)。將盤在37℃下與5% CO2 培育18小時。此生物分析中之人類FcγR的活化產生螢光素酶報導基因之NFAT介導的表現。根據製造商說明書，在添加Bio-GloTM 螢光素酶分析試劑之後，用光度計量測發光。陰性對照表現出FcγRIIb之較低活化位準，且未活化其他FcγR中之任一者。S309 N55Q LS GAALIE為強烈活化FcγRIIIa (F158)之唯一抗體。所有非GRLR S309抗體活化FcγRIIa、FcγRIIb及FcγRIIIa (V158)。實例33 人類單株抗體S309 LS 、S309 N55Q LS 及S309 N55Q LS GAALIE 之 效應功能
分析人類單株抗體S309 LS、S309 N55Q LS及S309 N55Q LS GAALIE促進針對表現CoV2刺突蛋白之細胞的NK細胞介導之抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)及單核球介導之抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)的能力。
藉由以下活體外量測ADCC：使自表現同型低親和力(F/F158)或高親和力(V/V158) FcγRIIIa之二個基因型供體新鮮分離之人類NK細胞暴露至與CHO-CoV-2-刺突蛋白細胞一起預培育之抗體，且根據製造商說明書(細胞毒性偵測套組(LDH)，Roche)在37℃下培育4小時之後量測LDH釋放作為讀數。簡言之，使盤在400×g下離心4分鐘，且使35 µl上清液轉移至平384孔盤。製備LDH試劑，且將35 µl添加至各孔中。使用動力學方案，每2分鐘量測一次在490 nm及650 nm下之吸收度持續8分鐘，且結果使用動力學曲線之斜率。藉由應用以下式確定比溶胞率百分比：(特異性釋放-自發性釋放) / (最大釋放-自發性釋放) x 100。S309 GRLR用作陰性對照。所有非GRLR S309抗體引發ADCC。
藉由使新鮮分離之人類PBMC (用細胞痕量紫色標記)暴露至與抗體一起預培育之表現CHO-CoV-2-刺突蛋白的細胞(用PKH67螢光細胞連接套組(Sigma Aldrich)標記)活體外量測單株抗體S309 LS、S309 N55Q LS、S309 N55Q LS GAALIE及對照抗體S309-GRLR藉由一級CD14+單核細胞促進ADCP的能力。使mAb之連續稀釋液(自5',000 ng/ml連續稀釋5倍至0.32 ng/ml，在補充有10% Hyclone FBS + 2x抗-抗(抗生素-抗黴劑)之RPMI-1640 + L-麩醯胺酸中)與10'000 CHO-CoV-2-刺突蛋白細胞/孔之96孔聚丙烯盤一起培育10分鐘。根據製造商說明書用細胞痕量紫色對一級PBMC螢光標記。隨後使目標細胞及抗體混合物以16 :1之效應:目標比率與經標記PBMC一起培育。在隔夜培育之後藉由針對CD14標記單核球群體，且藉由流式細胞測量術量測CD14+單核細胞當中細胞痕量紫色+PKH67+細胞之百分比量測ADCP活性。實例34 單株抗體S309 對SARS -CoV -2 刺突蛋白介導之細胞融合的作用
使用經工程化以過度表現細胞表面上之刺突蛋白的細胞來測試單株抗體S309對SARS-CoV-2刺突蛋白介導之融合的作用。添加S309此等細胞培養物抑制S蛋白介導之細胞與細胞融合。實例35 單株抗體S309 N55Q LS 及S309 N55Q LS GAALIE 對SARS -CoV -2 複製之作用
在VeroE6細胞、PBMC及樹突狀細胞中測試單株抗體S309 N55Q LS及S309 N55Q L GAALIE對SARS-CoV-2複製之作用。SARS-CoV-2病毒用抗體S309 N55Q LS或S309 N55Q LS GAALIE培育一小時。隨後將病毒/抗體混合物添加至接種的VeroE6、PBMC或單核球衍生之樹突狀(MoDC)細胞。在37℃下將細胞與病毒/抗體混合物一起培育一小時之後，洗滌細胞且在新鮮培養基中再培育72小時。隨後分析來自經培養細胞之上清液的病灶形成單位(FFU)。將上清液以1:5稀釋且添加至VeroE6細胞中。在37℃下一小時之後，VeroE6細胞與甲基纖維素重疊。在再培育24小時之後，將VeroE6細胞培養物用於SARS-CoV-2核蛋白染色。結果顯示，S309變異抗體不引起在人類供體衍生之PBMC或樹突狀細胞中之SARS-CoV-2複製的抗體介導之增強。實例36 自SARS -CoV -2 感染恢復之 個體的血清中之RBD 表位 - 特異性抗體
針對與結合SARS-CoV-2刺突蛋白RBD之經識別抗原位點的單株抗體競爭結合測試來自經診斷患有COVID-19之住院、症狀性及無症狀性個體的血清。
根據製造商說明書產生六個抗體(S2H13、S2H14、S2A4、S2X35、S304及S309)，在RBD分子上藉由X-晶體學或Cryo-EM識別其抗原結合位點，純化且使用EZ-LinkTM NHS-PEO固相生物素標記套組(Thermo Scientific #21450)生物素標記。藉由ELISA來量測與RBD之結合。簡言之，用1 ug/ml RBD (小鼠Fc Tag，Sino Biological Europa GmbH，目錄號40592-V05H)塗佈96孔半面積盤(corning，目錄號3690)且用阻斷劑緩衝液(Casein 1%，Thermo Fisher Scientific，目錄號37528，+ 0.05% Tween 20)阻斷。滴定生物素標記之單株抗體且添加至盤中，接著與鏈黴抗生物素蛋白-AP及pNPP受質(Sigma N2765-100TAB)一起培育。藉由分光光度計在405 nm下讀取盤以確定光學密度(OD)。使用Graph Prism軟體藉由非線性回歸分析計算確定80%結合至RBD (EC80)之生物素標記之抗體的濃度。大部分血清(58-62%)含有針對RBD位點Ia之抗體，其為與ACE2受體相互作用之受體結合模體的主要部分中之一者。此部分僅可在RBD之開放構形中獲得。較小血清部分(25-41%)含有識別另一RBD位點之抗體。
為確定RBD抗原位點-特異性抗體之量，藉由如上文所述之ELISA用額外步驟測試滴定的血清，藉以在培育20 min之後將2X BC80濃度之生物素標記的抗體添加至血清頂部上。量測反映生物素標記之抗體的殘餘結合之OD且量測與對照孔(100%於不具有血清及生物素標記之抗體的孔中，及0%於不具有血清之孔中)相比之結合抑制的百分比。使用Graph Prism軟體藉由非線性回歸分析計算確定80%阻斷結合(BD80)之血清稀釋液。類似地，藉由測試純化的單株抗體而非血清之滴定來確定6個單株抗體之80%自阻斷結合(BC80)。使用以下式：BD80xBC80確定各血清之RBD抗原位點-特異性抗體之估計量作為濃度等效物(ug/mL)樣品。對六個RBD位點之抗體反應因人而異，其中一些個體表現出不良抗體反應。實例37 材料及方法 針對結合至表現於哺乳動物細胞上之 CoV S 蛋白的 基於流動式細胞測量術之篩選
ExpiCHO細胞經SARS-CoV-2、SARS-CoV及MERS-CoV之S蛋白轉染，或經空質體轉染作為陰性對照。隨後在10 µg/ml下藉由流動式細胞測量術測試單株抗體對表現2019-nCoV、SARS-CoV、MERS-CoV或模擬物細胞轉染物之S蛋白之ExpiCHO細胞進行染色的能力。重組SARS -CoV -2 蛋白質之暫時表現
針對人類細胞表現使SARS-CoV-2菌株(2019-nCoV-S)分離株βCoV/武漢-Hu-1/2019之全長S基因(寄存編號MN908947)經密碼子最佳化，且選殖至phCMV1表現載體(Genlantis)中。使用Expifectamine CHO增強子將Expi-CHO細胞經phCMV1-SARS-CoV-2-S、phCMV1-MERS-CoV-S (London1/2012)、SARS-刺突蛋白_pcDNA.3 (菌株SARS)或空phCMV1 (Mock)暫時地轉染。在轉染後二天，收集細胞，固定，或用皂素固定及預滲透以便用對SARS-CoV受體結合域(RBD)具有反應性之一組單株抗體進行免疫染色。經Alexa647標記之二級抗體抗人類IgG Fc用於偵測。使用ZE5細胞分析儀(Biorard)及FlowJo軟體(TreeStar)藉由流式細胞測量術分析抗體與經轉染的細胞之結合。陽性結合由CoV-S-轉染物相對於模擬物-轉染物之差異性染色來定義。使用 Octet ( BLI ， 生物層干涉法 ) 之 競爭實驗
除非本文中另外規定，否則使用抗His感測器(BIOSENSOR ANTI-PENTA-HIS (HIS1K))來固化SARS-CoV之S1次單位蛋白質(Sino Biological Europe GmbH)。用動力學緩衝液(KB；0.01%無內毒素BSA，0.002 Tween-20，0.005% NaN3於PBS中)使感測器水合10 min。隨後使SARS-CoV S1次單位蛋白質以10 µg/ml之濃度在KB中負載8 min。針對全長mAbs nCoV-10及nCov-6 mAbs使抗體在15 µg/ml下，或針對Fab nCoV-4在5 µg/ml下締合6 min，且在包含在10 µg/ml下之nCoV-1所有的連續實驗中。隨後使競爭抗體在相同濃度下締合再6 min。使用 Octet ( BLI ， 生物層干涉法 ) 之 競爭實驗
對於ACE2競爭實驗，使ACE2-His (Bio-Techne AG)以5 µg/ml在KB中負載到抗-HIS (HIS2)生物感測器(Molecular Devices-ForteBio)上30分鐘。在使用或不使用抗體預培育之後(30 µg/ml，30分鐘)，使SARS-CoV-1 RBD-兔Fc或SARS-CoV-2 RBD-小鼠Fc (Sino Biological Europe GmbH)在1 µg/ml下締合15分鐘。監測解離持續5分鐘。使用 Octet ( BLI ， 生物層干涉法 ) 之 親和力確定
對於全長抗體之KD 確定，在用動力學緩衝液進行水合步驟10分鐘之後，使用蛋白質A生物感測器(Pall ForteBio)在2.7 μg/ml下固化重組抗體持續1分鐘。藉由用不同濃度之SARS-CoV-1 RBD (Sino Biological)或SARS-CoV-2 RBD (內部產生；來自βCoV/武漢-Hu-1/2019之刺突蛋白的殘基331-550，寄存編號MN908947)培育經抗體塗佈之感測器來記錄締合曲線5分鐘。所測試之最高RBD濃度為10 ug/ml，隨後1:2.5連續稀釋。藉由將感測器移動至含有KB之孔來記錄解離9分鐘。使用整體擬合模型(Octet)計算KD 值。使用Octet Red96 (ForteBio)設備。
對於全長抗體與Fab片段相比之KD 確定，使SARS-CoV-1或SARS-CoV-2之HIS標記之RBD在3 µg/ml下在KB中負載到抗-HIS (HIS2)生物感測器(Molecular Devices，ForteBio)上15分鐘。分別以15 ug/mL及5 ug/mL在KB中進行全長抗體與Fab之締合5分鐘。量測KB中之解離10分鐘。ELISA 結合
藉由酶聯免疫吸附分析(ELISA)確定mAb與SARS-CoV刺突蛋白S1次單位蛋白質(菌株WH20)蛋白質之反應性。簡言之，96孔盤用3 µg/ml重組SARS-CoV刺突蛋白S1次單位蛋白質(Sino. Biological)塗佈。洗滌各孔，且在室溫下用PBS+1%BSA阻斷1小時，且隨後用連續稀釋的mAb在室溫下培育1小時。藉由在室溫下培育經鹼性磷酸酶共軛之山羊抗人類IgG (Southern Biotechnology：2040-04)1小時來偵測結合的mAb，且藉由含1 mg/ml對硝基苯磷酸受質之0.1 M甘胺酸緩衝液(pH 10.4)在室溫下顯影30分鐘。在ELISA讀取器(Powerwave 340/96分光光度計，BioTek)中量測在405 nm之波長下之光學密度(OD)值。中和分析
除非另外規定，否則使用經SARS-CoV-2刺突蛋白(SARS-CoV-2pp)或SARS-CoV-1刺突蛋白(SARS-CoV-1pp)假模式化之鼠白血病病毒(MLV)。將經ACE2 (DBT-ACE2)穩定轉染之DBT細胞用作目標細胞。SARS-CoV-2pp或SARS-CoV-1pp用胰蛋白酶TPCK以10 ug/ml活化。將活化的SARS-CoV-2pp或SARS-CoV-1pp添加至抗體之連續稀釋液中(以50 ug/ml最終濃度/抗體開始，3倍稀釋)。將DBT-ACE2細胞添加至該抗體-病毒混合物中，且培育48小時。在抽吸細胞培養物上清液且添加穩定-GLO受質(Promega)之後量測發光。
除非另外規定，否則偽粒子中和分析使用基於VSV之螢光素酶報導基因假模式化系統(Kerafast)。VSV偽粒子及抗體在DMEM中混合且使其在37℃下培育30分鐘。隨後使感染混合物與Vero E6細胞一起在37℃下培育1 h，隨後添加具有青黴素-鏈黴素及10%FBS之DMEM (未移除感染混合物)。使細胞在37℃下培育18-24小時。在添加Bio-Glo試劑(普洛麥格)之後使用Ensight盤讀取器(Perkin Elmer)來量測螢光素酶。SPR 單循環動力學
使用單循環動力學方法用Biacore T200儀器進行SPR實驗。在表面上俘獲S309 IgG，且注射濃度增加之經醣基化或經去醣基化的經純化SARS-CoV-2 RBD。監測締合及解離動力學，且擬合至結合模型，以確定親和力。重組抗體之表現
重組抗體表現於如先前所述之經表現重鏈及輕鏈之質體暫時地共轉染的ExpiCHO細胞中。(Stettler等人. (2016)  Specificity, cross-reactivity, and function of antibodies elicited by Zika virus infection. Science, 353(6301), 823-826)。單株抗體S303、S304、S306、S309、S310及S315表示為rIgG-LS抗體。LS突變賦予活體內更長的半衰期。(Zalevsky等人. (2010) Enhanced antibody half-life improves in vivo activity. Nature Biotechnology, 28(2), 157-159)序列比對
SARS-CoV-2基因體學序列自2020年3月29日上之GISAID下載，使用「完全(＞29,000 bp)」及「較低覆蓋率排除過濾器」。移除蝙蝠及穿山甲序列，得到僅人類序列。藉由用GeneWise2進行參考蛋白質(YP_009724390.1)-基因體比對來定位刺突蛋白ORF。救助不完全匹配及含插入或缺失之ORF且包括於下游分析中。使用seqkit電子雜交轉譯核苷酸序列。移除具有超過10%未確定胺基酸(由於N個鹼基響應)之序列。使用MAFFT進行多序列比對。藉由使用R/Bioconductor封裝Biostrings比較比對序列(n=2，229)與參考序列來確定變異體。使用類似策略以自來源於ViPR之SARS-CoV基因體提取及轉譯刺突蛋白序列(檢索準則：SARS相關冠狀病毒，全長基因體，人類宿主，在2019年12月之前寄存以排除SARS-CoV-2，n=53)。來源的SARS-CoV基因體序列包含所有主要公開之菌株，諸如Urbani、Tor2、TW1、P2、Frankfurt1以及其他。如Tsan-Yuk Lam等人所示之穿山甲序列來源於GISAID。如Lu等人(Lancet 2020)所示之來自沙貝病毒之三個分枝系的蝙蝠序列來源於Genbank。麝貓及浣熊市犬序列類似地來源於Genbank。實例38 用於治療輕度至中度COVID -19 疾病之索曲韋單抗 (S309 N55Q LS ) 及VIR -7832 (S309 N55Q LS GAALIE ) 的1 /2 期 臨床研究
在確定用於治療COVID-19之多種候選藥劑的最佳劑量、活性及安全性之多中心、多臂、多劑量、多階段、開放標記、適應性、無縫I/II期貝氏隨機化平台試驗(600名患者)中，評估索曲韋單抗(S309 N55Q LS；更詳細地，索曲韋單抗為經工程化單株抗體(IgG1*01 G1m17；SEQ ID NO.:113之VH，M428L及N434S Fc突變；SEQ ID NO.:168之VL (κ輕鏈IgKC*01 k1m3))及VIR-7832 ((IgG1*01 G1m17；SEQ ID NO.:113之VH，G236A、A330L、I332E、M428L及N434S Fc突變；SEQ ID NO.:168之VL (κ輕鏈IgKC*01 k1m3))，以有利於候選物之2:1分配在候選物與對照之間隨機化。在6名患者組中依次評定各劑量之安全性。此臂包含3:1隨機化、盲化、安慰劑對照I期之VIR-7832，接著VIR-7832相對於索曲韋單抗相對於安慰劑之2:2:1盲化平行組II期試驗。藉由靜脈內(IV)輸注投予單次劑量之VIR-7832。起始劑量為50mg，可使用150及500 mg之劑量遞增。活性比較劑為索曲韋單抗(500 mg，藉由靜脈內輸注，經1小時)。安慰劑藉由靜脈內輸注經1小時給予。
主要結果量測 ： 1.劑量-發現/I期[時間範圍：自隨機化29天] 確定用於有效性評估之劑量。劑量限制毒性(在研究下藥物之安全性及耐受性——CTCAE v5級≥3個不良事件) 2.有效性評估/II期-重度患者(A組) [時間範圍：自隨機化29天] 確定活性及安全性 在重度患者(A組)中：達至臨床改善之時間。根據WHO臨床進展量表確定改善；改善經定義為自量表中之隨機化至隨機化後29天的最小2步變化。 3.有效性評估/II期-輕度至中度患者(B組) [時間範圍：自隨機化15天] 確定活性及安全性 在輕度至中度患者中(B組)，在研究下藥物之藥力學經定義為至多隨機化後15天量測之在鼻及/或咽喉拭子中達至陰性病毒效價之時間。
次要結果量測： 1.藉由不良事件率[時間範圍：自隨機化至多29天]評估之安全性 根據CTCAE v5之不良事件率 2.為了評估臨床改善[時間範圍：自隨機化至第29天] 在第8、15及29天時具有臨床改善(如上文所定義)之患者比例。 3.為了使用WHO臨床進展量表評估臨床改善[時間範圍：自隨機化至第15天] 在WHO臨床進展量表中在第8天及第15天時自隨機化之變化 4.為了使用WHO臨床進展量表評估臨床改善[時間範圍：自隨機化至第29天] 達至WHO臨床進展量表上之一點變化的時間 5.為了使用SpO2/FiO2評估臨床改善[時間範圍：自隨機化至第29天] 氧飽和度與吸入氧濃度(SpO2/FiO2)之比率 6.為了評估出院[時間範圍：自隨機化至第29天] 在第8、15及29天時出院的患者比例 7.為了評估進入ICU[時間範圍：自隨機化至第29天] ICU進入率 8.為了進一步評估安全性(WCC)[時間範圍：自隨機化至第29天] 在第1天、第3天、第5天、第8天、第11天時(同時住院)；及第15天及第29天之白細胞計數 9.為了進一步評估安全性(Hg)[時間範圍：自隨機化至第29天] 在第1天、第3天、第5天、第8天、第11天時(同時住院)；及第15天及第29天之血紅素 10.為了進一步評估安全性(血小板) [時間範圍：自隨機化至第29天] 在第1天、第3天、第5天、第8天、第11天時(同時住院)；及第15天及第29天之血小板 11.為了進一步評估安全性(肌酸酐)[時間範圍：自隨機化至第29天] 在第1天、第3天、第5天、第8天、第11天時(同時住院)；及第15天及第29天之肌酐 12.為了進一步評估安全性(ALT)[時間範圍：自隨機化至第29天] 在第1天、第3天、第5天、第8天、第11天時(同時住院)；及第15天及第29天之ALT 13.為了評估整體死亡率[時間範圍：自隨機化至第29天] 在第8天、第15天及第29天時之死亡率。自隨機化達至死亡之時間 14.為了評估無氧天數[時間範圍：自隨機化至第29天] 氧氣使用之持續時間(天)及無氧天數 15.為了評估無呼吸器天數[時間範圍：自隨機化至第29天] 機械通風之持續時間(天)及無機械通風天數 16.為了評估新機械通風使用之發生率[時間範圍：自隨機化至第29天] 新機械通風使用之發生率 17.為了評估全國預警評分(NEWS)2/qSOFA[時間範圍：自隨機化至第29天] 每日評估NEWS2/qSOFA (同時住院) 18.為了評估轉譯結果[時間範圍：自隨機化至第29天] 隨時間推移之病毒負荷的變化 19.為了評估轉譯結果(基線SARS-CoV-2)[時間範圍：自隨機化至第29天] 隨時間推移之病毒負荷的變化
合格性 符合研究條件的年齡：18歲及更大(成年人、老年人) 符合研究條件的性別：全部 接受健康志願者：無
納入準則 1.具有經實驗室確認之SARS-CoV-2感染(PCR)的成年人(≥18歲) 2.能夠提供由研究患者或法律上可接受的代表簽署的知情同意書。 3.具有生育能力的女性(WOCBP)及具有WOCBP之性活躍的男性患者自試驗處理之第一次投予、在整個試驗處理中及在試驗處理之最後一個劑量之後在候選物特異性試驗方案中概述之持續時間同意使用高效避孕方法(如方案中所概述)。
可應用額外準則： A組(重度疾病)4a.具有以下之患者：臨床狀態為4級(住院，藉由面罩或鼻叉管吸氧)、5級(住院，使用非侵入性通氣或高流量氧)、6級(住院，插管及機械式通氣)或7級(通氣及額外器官支持-升壓劑、腎臟替代治療(RRT)、體外膜氧合(ECMO))，如藉由WHO臨床嚴重程度評分9級順序量表所定義。 B組(輕度-中度疾病)4b.末梢毛細管氧飽和度(SpO2) ＞94% RA N.B之無需臥床的或住院患者。
主要試驗排除準則在主方案中概述為： 1. * 2. * 3.懷孕或母乳哺育 4. * 5.對任何研究藥品過敏 6.在入選之30天或5倍半衰期(以較長者為凖)內服用其他禁止藥物(如CST方案中概述)之患者 7.參與研究性藥品之另一臨床試驗(CTIMP)的患者 * 『主方案規定以下『1』、『2』及『4』： '1.丙胺酸胺基轉移酶(ALT)及/或天冬胺酸胺基轉移酶(AST) ＞5倍正常上限(ULN) 2.  4期重度慢性腎病或需要透析(亦即，所估計之腎小球濾過率＜30 mL/min/1.73 m2 ) 4. 『預期在72小時內轉移至不為研究點之另一醫院』 彼等準則不適用於此方案，因為IMP為單株抗體，其未藉由肝臟或腎(1及2)自身體清除，且將住院之患者自該研究中排除。 出於VIR-7832及索曲韋單抗候選物特異性試驗之目的，亦應用以下排除準則： 8.當前住院或藉由調查員判定為可能在隨後24小時內需要住院以便進行急性醫療照護 9.與如靜息時呼吸急促或呼吸窘迫或需要補充氧所定義之重度COVID-19一致之症狀。 10.調查員判定為可能在隨後7天內死亡之參與者 11.嚴重免疫功能不全參與者，包括(但不限於)接受免疫抑制性化療或免疫療法之癌症患者、在最後3個月內具有實體器官移植或同種異體幹細胞移植之患者、任何心臟或肺移植病史或高劑量長期全身性皮質類固醇(等效於一日≥20mg普賴松或全身性等效物持續2週) 12.僅I期：糖尿病(需要藥物治療)、慢性腎病(亦即，eGFR ＜60，如由腎臟疾病飲食調整(MDRD)研究所確定)、慢性肝病(例如，肝硬化)、充血性心臟衰竭(紐約心臟學會(NYHA) II級或更高)、慢性阻塞性肺病(慢性支氣管炎、慢性阻塞性肺病或肺氣腫伴有在體力運動時呼吸困難的病史)及中度至重度氣喘(個體需要吸入型類固醇以控制症狀或在過去一年裏已被開具一個療程的口服類固醇)。 13.調查員判定為妨礙參與者安全參與且完成該研究之任何當前醫學病況。 14.已知對研究產品中存在之任何成分過敏。 15.先前對單株抗體之急性過敏或過敏 16.曾接受針對SARS-CoV-2之疫苗作為臨床試驗或其他方式之一部分。 17.在入選之前48小時內接受任何疫苗。在給藥之後4週，不允許接種疫苗。 18.在最近3個月內接受來自經恢復COVID-19患者之恢復期血漿或抗SARS-CoV-2 mAb。 19.調查員判定為不大可能或無法遵守方案之要求的參與者實例39 用於治療輕度至中度COVID -19 疾病之索曲韋單抗的2 /3 期 臨床研究
進行隨機化、多中心、雙盲、安慰劑對照研究，以評定索曲韋單抗(S309 N55Q LS)用於門診患者之COVID-19的早期治療之安全性及有效性。索曲韋單抗為一種經工程化單株抗體(IgG1*01 G1m17；SEQ ID NO.:113之VH，M428L及N434S Fc突變；SEQ ID NO.:168之VL (κ輕鏈IgKC*01 k1m3))。
主要目標為評估索曲韋單抗相對於安慰劑在預防輕度/中度至重度或危重COVID-19疾病之進展方面的有效性。主要終點為參與者發展成重度疾病、危重疾病或死亡之比例，其中主要分析直至第29天。
關鍵次要目標為確定索曲韋單抗與安慰劑相比之安全性及耐受性；評估索曲韋單抗相對於安慰劑第8、15及22天在預防COVID-19疾病進展方面之有效性；評估索曲韋單抗相較於安慰劑在預防死亡方面之有效性；評估索曲韋單抗相對於安慰劑在縮短呼吸器天數、ICU住院時長及總醫院LOS方面之有效性；評估索曲韋單抗相對於安慰劑在縮短COVID-19臨床跡象及症狀之持續時間且減輕其嚴重程度方面之有效性；評估索曲韋單抗相對於安慰劑在預防COVID-19之非呼吸併發症方面之有效性；評估索曲韋單抗相對於安慰劑在減少SARS-CoV-2病毒排出持續時間方面之有效性；評估索曲韋單抗相對於安慰劑在誘導抗病毒反應方面之有效性；評估索曲韋單抗相對於安慰劑在促進恢復至正常生活方面之有效性；評定血清中之索曲韋單抗的藥物動力學(PK)及評定索曲韋單抗之免疫原性。
探測性目標為評估索曲韋單抗相對於安慰劑在第8、15及22天在預防COVID-19疾病進展中之有效性；監測治療中出現的針對索曲韋單抗之SARS-CoV-2抗性突變；評估索曲韋單抗相對於安慰劑在減少SARS-CoV-2病毒負荷方面之有效性；評估索曲韋單抗相對於安慰劑對宿主之潛在生物標記物對SARS-CoV-2反應的作用；評估在個體基因多態性與索曲韋單抗之作用機制及/或PK之間的潛在關係；及量測索曲韋單抗治療對因COVID-19疾病所致之停止工作之時間及工作效率的影響。
其他研究細節展示於圖6中。評估準則之細節
此研究之主要終點如下： • 直至第29天進展至重度或危重COVID-19或死亡之個體的比例，定義如下： 1.重度疾病：需要氧氣補充＞1天之低血氧症(室內空氣中的O2飽和度≤93%或PaO2/FiO2＜300)，或 個體需要≥ 4L/min氧氣補充或等效物，及調查員或指定人員確定在室內空氣中的O2飽和度之量測結果為醫療上不安全的。 或 2.危重疾病：需要侵入性機械式通氣、ECMO中之至少一者的呼吸衰竭；或休克；或多器官功能障礙/衰竭。 或 3.死亡
此研究之次要終點如下： 1.出現不良事件(AE) 2.出現嚴重不良事件(SAE) 3.出現特別感興趣的不良事件(AESI) 4.在第8天、第15天或第22天時發展成重度或危重COVID-19之個體的比例 5.第29天、第60天及第90天全因死亡率 6.自隨機化直至29天之呼吸器天數之總數目 7.總加護病房住院時長(LOS) 8.總醫院LOS 9.使用Flu-PRO患者報導之結果量測儀器，報導COVID-19相關疾病之病徵及症狀的個體之嚴重程度及持續時間 10.出現心臟、血栓栓塞、腎、神經事件 11.在基線時及追蹤期間直至第29天藉由PCR偵測鼻分泌物中之SARS-CoV-2 12.血清中之索曲韋單抗藥物動力學(PK) 13.血清ADA對索曲韋單抗之發生率及效價(若適用)
此研究之探測性終點如下： 1.在臨床改善之順序量表之各類別中第8天、第15天、第22天及第29天之個體的比例(參見下文) 2.出現藉由SARS-CoV-2之針對mAb的病毒抗性突變 3.藉由qRT-PCR之鼻分泌物及血液中之病毒負荷 4.宿主轉錄組及免疫表型分析 5.如由基因分型確定之FcγR多態性 6.如由基因分型確定之IgG1同種異型 7.工作效率及活性減弱(WPAI)相對於基線的變化 8.根據EQ-5D-5L之健康相關生活品質相對於基線的變化
用於對臨床改善進行分類之順序量表如下： 1.未感染：無感染之臨床或病毒跡象 2.未住院，無活動限制(若在家中使用氧，則報導為類別4) 3.未住院，活動限制 4.住院，不使用氧氣治療 5.住院，藉由面罩或鼻叉管之低流動氧 6.住院，高流動氧，持續氣道正壓(CPAP)、雙位準氣道正壓(BiPAP)、非侵入性通氣 7.住院，插管及機械通氣 8.住院，機械通氣加器官支持(血管加壓劑、RRT、ECMO) 9.死亡 個體數目
此研究由二個部分構成。引入期招募約20名具有早期輕度至中度COVID-19、處於疾病進展之較高風險下的個體。擴增期招募約850名具有早期輕度至中度COVID-19、處於疾病進展之較高風險下的個體。 診斷及主要納入準則 納入準則包括：
年齡： 1.處於來自包括糖尿病、肥胖(BMI＞30)、慢性腎病、充血性心臟衰竭、慢性阻塞性肺病及中度至重度氣喘之COVID-19疾病之併發症的較高風險下的18歲及更大的個體 及 2.個體≥55歲，與共病症無關
疾病特徵 ： 1.具有陽性SARS-CoV-2測試結果(藉由任何經驗證的測試，例如對任何樣本類型之RT-PCR)之個體 及 2.室內空氣中的氧飽和度≥94% 及 1.具有由以下症狀中之一或多者定義的輕度至中度或中度無併發症的COVID-19疾病： 發熱、發冷、咳嗽、喉嚨痛、不適、頭痛、關節或肌肉疼痛、嗅覺或味覺改變、嘔吐、腹瀉、運動時呼吸急促 及 3.自症狀發作起低於或等於4天
性別： 1.無性別限制 2.女性個體必須符合且同意遵守以下避孕準則。女性所用之避孕應與當地關於參與臨床研究者之避孕方法的法規一致。 3.若女性個體未懷孕或未哺乳，且符合以下條件中之一者，則其符合參與的條件： 為無生育能力(WONCBP)之女性 或 具有生育能力(WOCBP)且使用高效避孕方法，在研究干預期間及直至在研究干預之最後一個劑量之後一年的失敗率＜1%的女性。調查員應評估與研究干預之第一劑量有關的避孕方法失敗(例如，不順從、近期開始)之可能性。 4. WOCBP必須在入住醫院時或在研究干預之第一劑量之前具有陰性高敏懷孕測試(當地法規要求的尿或血清)。若尿測試無法確認為陰性(例如，不明確的結果)，則需要血清驗孕測試。在此類情況下，若血清驗孕結果呈陽性，則個體必須自參與中排除。
知情同意書： 5.願意遵守研究要求且能夠提供簽署的知情同意書，或若不能提供簽署的知情同意書，則能夠遵循替代的同意書程序。
排除準則： 醫學病況 • 當前住院或藉由調查員判定為可能在隨後24小時內需要住院 • 與如靜息時呼吸急促或呼吸窘迫或需要補充氧所定義之重度Covid-19一致之症狀。 • 調查員判定為可能在隨後7天內死亡之患者 • 嚴重免疫功能不全患者，包括(但不限於)主動地接受免疫抑制性化療或免疫療法之癌症患者、在最後3個月內具有實體器官移植或同種異體幹細胞移植之患者，或具有在隨機化6週內需要使用等效於≥0.5mg/kg體重/天普賴松之全身性皮質類固醇之病狀的彼等患者 • 已知對研究產品中存在之任何成分過敏。 • 先前對單株抗體之急性過敏或過敏 先前 / 併發臨床研究經歷 • 參與在最後180天內之任何研究性疫苗研究或在第1天之前30天內或在研究性化合物之五個半衰期內(以較長者為凖)參與任何其他研究性藥物研究 • 參與針對SARS-CoV-2之研究性疫苗的任何試驗 其他排除 • 在入選之前48小時內接受任何疫苗。在隨機化之前在任何時間點時接受SARS-CoV-2疫苗。在給藥之後4週不允許接種疫苗(包括SARS-CoV-2之疫苗接種) • 在最近3個月內接受來自經恢復Covid-19患者之恢復期血漿或抗SARS-CoV-2單株抗體。 • 調查員判定為至第29天不大可能或無法遵守方案之要求的患者 研究參與及追蹤之持續時間
研究藥物處理之持續時間為單次劑量。對於各個體之研究的所估計之總時間(包括篩選及追蹤)為約九個月。在自該研究單位出院之前，監測所有個體直至給藥後至少二小時。在住院患者環境中監測參與該研究之引入部分中之個體最少七天。隨後在門診病人基數上主動地監測個體，在第1、2、3及4週時進行親自訪問，在非研究訪問日至第14天每日電話呼叫。在第29天之後，自給藥開始每月經由遠端遠距健康或電話呼叫對患者進行監測持續總計九個月。 研究設計
非依賴性資料監視委員會(IDMC)主動地監測中期非盲安全性資料(引入期)及中期非盲安全性及有效性資料(擴增期)，以對進行中的研究行為提出建議。IDMC成員包括具有相關醫療專業培訓之醫師及一名統計學家。IDMC審查在擴增期起始之前來自研究之引入期的非盲安全性資料。另外，IDMC在擴增期執行常規安全性審查。第一安全性審查包括直至第14天來自總計60名患者(30名/臂)之可獲得的安全性及耐受性資料。若根據預先指定準則不存在安全性或耐受性問題，則IDMC建議在具有重度至危重COVID-19之住院患者中起始單獨研究。必要時，在各額外約100名患者(50名/臂)參與之後進行額外安全性審查。最終，對約33%參與之個體(145名/臂)及約67%參與之個體(290名/臂)進行二次中期分析，以評估安全性、無效性及有效性。聯合安全性審查小組(JSRT)確定是否需要將在插入式(instream)盲化資料審查期間鑑別出的安全性問題上報給IDMC。
此研究為用於預防較高風險個體之輕度至中度COVID-19疾病之進展的針對SARS-CoV-2之索曲韋單抗，單株抗體(mAb)的隨機、雙盲、多中心、安慰劑對照試驗，其中中期檢測允許因無效性、有效性或安全性而提前停止。使處於疾病進展之較高風險下的具有早期輕度至中度COVID-19之個體1:1隨機化，以接受索曲韋單抗或相同體積生理鹽水安慰劑之單次靜脈內輸注。安全性及有效性之比較係基於來自並行隨機化參與者之資料。
該研究由2個部分構成。引入期招募20名具有早期輕度至中度COVID-19且處於疾病進展之較高風險下的個體。在非依賴性資料檢測委員會(IDMC)對非盲資料之安全性評定後，擴增期進展，其中具有早期輕度至中度COVID-19且處於疾病進展之較高風險下之額外個體參與。 引入期：
該研究之引入期評估具有早期輕度至中度COVID-19之處於進展為重度疾病之較高風險下之個體的索曲韋單抗的安全性及耐受性。在住院患者環境中監測個體持續七天，包括評定呼吸道狀態、氧合及其他生命體徵及實驗室評定。研究單次劑量位準且經由靜脈內輸注遞送。使個體進入研究單位且密切監測不良事件、實驗室參數之變化及疾病跡象及症狀之進展或改善。
使前二名參與之符合條件的個體1:1隨機化至索曲韋單抗或安慰劑。在住院患者環境中對此等標記個體給藥且監測至少48小時。在劑量投予期間，在一小時靜脈內輸注內每15分鐘監測生命體徵。亦在輸注之後每一小時監測生命體徵持續二小時。調查員審查生命體徵、ECG、針對症狀之身體檢查及不良事件(AE)。若調查員無直接安全性問題，則對引入期中之其餘個體給藥(總計十名/臂，包括前哨個體)。
使所有參與引入期(N=10名/臂；索曲韋單抗或安慰劑)中之20名個體分配至密集PK及免疫原性子研究。自未參與子研究中之所有參與者收集稀疏樣品。收集血清PK及抗藥物抗體(ADA)樣品。 擴增期：
在藉由IDMC評定來自引入期之可獲得的非盲安全性資料之後(N=10名/臂，直至追蹤之14天)，該研究之擴增期進展。擴增期之目的在於評估索曲韋單抗與安慰劑對照組相比之安全性及有效性。使具有早期輕度至中度COVID-19之處於進展為重度疾病風險下之個體以1:1比率隨機化(435名/臂)，以接受索曲韋單抗或安慰劑之單次靜脈內輸注。
在自該研究單位出院之前，監測個體直至給藥後至少2小時。隨後在門診病人基數上主動地監測個體，在第1、2、3及4週時針對AE及疾病之惡化進行親自訪問，在非研究訪問日至第14天每日電話呼叫。另外，為個體提供用以監測低血氧症之裝置。
在第29天之後，自給藥開始每月經由遠端遠距健康或電話呼叫對患者進行監測持續總計9個月，以評定後續COVID-19疾病之發病率及嚴重程度(若存在)。
對約33%參與之個體(145名/臂)及約67%參與之個體(290名/臂)進行二次中期分析，以評估安全性、無效性及有效性，以及若整體疾病進展速率比預期低，則允許重新估計樣品量。
安慰劑對照將索曲韋單抗之安全性及耐受性與COVID-19之背景跡象及症狀區分開來，且評估其對臨床結果之潛在益處。使用安慰劑臂允許有效評估在研究期間提供的可歸因於索曲韋單抗之有效性及安全性相對於可歸因於背景支持性照護之有效性及安全性的任何變化。
評定治療有效性之主要終點為進展至重度疾病，該重度疾病定義為需要氧氣補充之低氧症或發展成危重疾病(需要侵入性機械式通氣、ECMO中之至少一者的呼吸衰竭；或休克；或多器官功能障礙/衰竭)或在隨機化29天內死亡。自不具有低氧症或氧氣需求之門診狀態轉變至需要氧氣治療或更高位準之呼吸/器官支持的低氧症為臨床上顯著之里程碑。
顯著次要終點為在第29天時之全因死亡率。與住院時間-住院時長、ICU住院時間、通氣時間及個體報導之COVID-19的跡象及症狀之嚴重程度及持續時間相關的其他次要有效性終點亦為臨床上相關的。 免疫學評定子研究：
為了研究宿主免疫反應及感染之潛在生物標記物，個體可同意任擇的子研究，其中在指定時間點時收集外周血液單核細胞(PBMC)。在所選站點下進行此任擇的子研究。每臂約20-50名參與者參與任擇的子研究中。來自該研究之引入及擴增期二者的個體可包括於免疫學評定子研究中。 研究干預組及持續時間
在第一劑量之前在24小時內進行篩選評定。符合條件的個體在第1天以盲化方式用單次靜脈內劑量處理且追蹤直至9個月(36週)。
在引入期中，使具有輕度至中度COVID-19之20名個體1:1隨機化，以接受索曲韋單抗或安慰劑之單次靜脈內劑量。在住院患者環境中密切監測參與該研究之引入期中之個體最少7天。在7天結束時，其出院回家、留在住院病房或根據臨床狀態之調查員評定正式住院。
在擴增期中，使具有輕度至中度COVID-19之個體1:1隨機化，以接受索曲韋單抗或安慰劑之單次靜脈內劑量。
擴增期中之參與者藉由以下準則分級： 1.症狀之持續時間：≤2天相對於3-4天 2.年齡：≤ 70相對於＞ 70歲 研究干預 研究干預及給藥說明如下表7中：表7.
劑量調配物 單次用瓶中之溶液(25 mg/mL) 無菌0.9% (w/v)氯化鈉溶液
單位劑量強度 250 mg/瓶(250 mg/10 mL) 不適用
劑量位準 nn mg一次 一次
投予途徑 靜脈內輸注 靜脈內輸注
給藥說明 藉由非盲藥劑師自瓶中抽出10.0 mL至10-20 mL小注射器中，且轉移至150 mL或250 mL靜脈內空生理鹽水袋中。重複此程序，直至達成所需劑量且經1小時投予。 根據靜脈內輸注說明給藥
特殊說明 在靜脈內輸注之前輕輕混合索曲韋單抗及生理鹽水。 無
封裝及標記 研究干預提供於單獨的紙箱中之單次使用瓶中，且根據國家要求進行標記。 根據國家要求進行標記
劑量選擇藉由活病毒中和資料、抗性資料、由非人類靈長類動物PK告知之人類PK預測及在食蟹獼猴中未觀測到之不良作用位準(NOAEL)來指導。
其他研究細節展示於圖1-2D中。實例40 索曲韋單抗單一療法減少具有COVID -19 之成人早期處理之住院及死亡風險
在描述於實例39中之臨床試驗的3期部分中，在583名非住院參與者中全局評估索曲韋單抗(500 mg)或安慰劑之單次靜脈內輸注的安全性及有效性(291名患者在處理臂且292名患者在安慰劑臂)。主要有效性終點為具有如需要住院至少24小時或在隨機化29天內死亡所定義之COVID-19進展之患者的比例。在彼等研究者中，63%為西班牙裔或拉丁裔，且7%為黑人或非裔美國人。根據疾病控制與預防中心，此等群體住院之可能性為約三次且死於COVID-19之可能性為約二倍(資料源：COVID-NET (www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/covid-data/covid-net/purpose-methods.html，2020年3月1日至2021年1月30日訪問)；數值為根據2019 US標準COVID-NET流域群體標準化之年齡調整率的比率；資料源：NCHS臨時死亡人數(data.cdc.gov/NCHS/Deaths-involving-coronavirus-disease-2019-COVID-19/ks3g-spdg，截至2021年1月30日之資料)。數值為根據2019 US標準人口普查間人口估計數標準化之年齡調整率的比率)。
來自參與試驗中之583名患者之資料的中期分析表明，與該試驗之主要終點的安慰劑相比，索曲韋單抗作為單一療法之患者的住院或死亡減少85% (p=0.002)。索曲韋單抗具有良好耐受性。試驗保持進行且盲化，繼續追蹤患者24週；收集額外結果，包括流行病學及病毒學資料。 進一步詳細描述此研究及結果：
方法： 在多中心雙盲3期試驗中，將具有症狀性Covid-19及至少一個疾病進展風險因素之非住院患者隨機化(1:1)至索曲韋單抗500 mg或安慰劑之靜脈內輸注。主要有效性終點為直至第29天具有經定義為住院長於24小時或死亡之Covid-19進展之患者的比例。
結果： 在包括583名患者(索曲韋單抗，291；安慰劑，292)之意向治療群體的此預先計劃的中期分析中，滿足主要有效性終點。Covid-19進展之風險顯著降低85% (97.24%信賴區間，44%至96%；P = 0.002)，其中在索曲韋單抗組中總計三名(1%)患者發展為主要終點，相對於在安慰劑組中21名(7%)患者。使所有五名進入加護病房之患者，包括截至第29天死亡之患者，接受安慰劑。在868名患者(索曲韋單抗，430；安慰劑，438)中評估安全性。分別17%及19%之接受索曲韋單抗及安慰劑之患者報導不良事件；相對於安慰劑(6%)，索曲韋單抗(2%)之嚴重不良事件不太常見。
在意向治療分析中(N = 1057，完整資料集)，在索曲韋單抗(n=523)相對於安慰劑(n=526)之接收者中，直至第29天住院(所有原因)之調整後相對風險減少為79% (95% CI，9%至50%；p＜0.001)。與安慰劑相比，經索曲韋單抗(ITT)處理引起因疾病管理、因急性疾病管理而住院(任何持續時間)或死亡(任何原因)之ER訪問需求的數量減少。索曲韋單抗組無參與者需要入住ICU，而安慰劑組有9名參與者，其中4名參與者需要機械通氣。接受索曲韋單抗之參與者中無人死亡，而接受安慰劑之參與者中4人死亡。處理組之間的不良事件發生率類似，且SAE在安慰劑組中在數值上更常見。
結論 ： 索曲韋單抗降低具有良好耐受性之具有輕度/中度疾病之患者中的Covid-19進展，且未識別到安全性訊號。方法 試驗目標及監管
此3期、隨機化、雙盲、多中心、安慰劑對照研究評估用於預防較高風險非住院患者之輕度/中度Covid-19進展的索曲韋單抗500 mg之單次靜脈內輸注。對於此預先計劃的中期分析，在2020年8月27日開始招募患者，且在四個國家(美國、加拿大、巴西及西班牙)的37個研究點追蹤至2021年3月4日。在試驗開始之後，對方案及統計分析計劃作出的任何改變概述於此實例之補充附錄中。
此研究根據赫爾辛基宣言及國際醫學組織委員會國際倫理指南之原理、可適用的國際協調委員會良好臨床規範指南及可適用的法律及法規進行。所有患者均提供書面知情同意書。患者及程序
篩選具有陽性逆轉錄酶-聚合酶-鏈-反應或抗原SARS-CoV-2測試結果及在前5天內症狀發作之18歲或更大的成人患者之合格性；篩選在研究藥物投予之前24小時內進行。需要處於Covid-19進展之較高風險下的患者，經定義為老年人(年齡≥55歲)或具有以下風險因子中之至少一者的成年人：需要藥物治療之糖尿病、肥胖(身體質量指數＞30 kg/m2 )、慢性腎病(所估計之腎小球濾過率＜60 mL/min/1.73 m2 )23 、鬱血性心臟衰竭(紐約心臟學會II級或更高)、慢性阻塞性肺病及中度至重度氣喘。24
排除已具有由靜息時呼吸急促、呼吸窘迫或需要補充氧所定義之重度Covid-19的患者。納入準則描述於此實例之補充附錄中。
使用互動式網反應系統使符合的條件患者1:1隨機化，以在第1天接受索曲韋單抗或相同體積生理鹽水安慰劑之500-mg單次1小時輸注(圖69)。有效性評估
主要終點為直至第29天因任何原因住院超過24小時或死亡之患者的比例。次要有效性終點包括具有急診室訪問、住院或死亡之患者的比例；死亡率；患者報導之結果；病毒負荷之變化；及進展為需要補充氧之患者的比例。安全性評定
安全性終點包括不良事件、嚴重不良事件及特別感興趣的不良事件，其經定義為輸注相關反應(包括過敏反應)、針對抗藥物抗體之免疫原性測試及評估抗體依賴性增強。將包括因Covid-19之住院的所有住院視為嚴重不良事件。統計分析
當約41%之所需研究患者數目達成第29天時，觸發安全性、無效及深入有效性之預先計劃的中期分析。樣品量計算係基於具有二個中期分析之組序設計，以評定由於缺乏有效性之無效性或深入有效性二者。Lan-DeMets阿法(α)耗費函數以控制I型誤差，採用Pocock類比規則用於無效性，及Hwang-Shih-DeCani (具有參數γ = 1)類比用於有效性。25 1360之總樣品量將提供約90%之功效，以偵測在整體雙側5%顯著位準下直至第29天在減少Covid-19進展方面37.5%之相對有效性，其中在安慰劑組中假定進展率為16%。
中期分析意向治療(ITT)群體包括直至2021年1月19日之預定中期分析截止日期的所有隨機化患者，無關於其是否接受研究藥物。中期分析安全性分析群體包括直至2021年2月17日接受研究藥品且隨機化之所有患者；根據所接受之實際處理對患者進行分組。在ITT群體中使用帕松回歸模型分析主要終點，該模型具有針對處理、症狀持續時間、年齡及性別調整的穩固夾心估計器。在隨機假設缺失下，使用多重插補來插補缺失的進展狀態。基於此分析模型，使用對此中期分析之調整後的顯著位準提供統計顯著性測試、進展相對風險及其適當的信賴區間(CI)。
作為所觀測到的有效性結果，非依賴性資料監測委員會建議，該研究之招募將於2021年3月10日停止，屆時1057名患者已被隨機化。當所有患者在第29天完成時，進行所有次要及探測性終點之分析。結果 患者
在所篩選之795名患者中，583名直至2021年1月19日隨機化至索曲韋單抗(291名患者)或安慰劑(292名患者)；此等患者包含中期分析ITT群體(方案1，在此實例之補充附錄中)。在此ITT群體中，在處理組中觀測到類似配置。總體而言，在索曲韋單抗及安慰劑組中各有四名患者退出該研究。在索曲韋單抗組中之三名患者在給藥前退出，第四名患者在第5天出於個人原因撤銷同意書。在安慰劑組中之一名患者在給藥前撤銷同意書，且三名患者出於個人原因在給藥後退出(第16、25及85天)。ITT群體中之追蹤的中值持續時間對於索曲韋單抗組為72天(範圍5至190)且對於安慰劑組為72天(範圍16至190)。
總體而言，直至2021年2月17日使868名患者(索曲韋單抗，430名患者；安慰劑，438名患者)隨機化且接受研究藥物；此等患者包含中期分析安全分析群體。此群體中之追蹤的中值持續時間對於索曲韋單抗組為56天(範圍5至190)且對於安慰劑組為55天(範圍2至190)。
ITT群體中之處理組在基線人口統計及疾病特徵方面很好地平衡(表8)。總體而言，22%患者超過65歲，7%為黑人或非裔美國黑人，63%為西班牙裔或拉丁裔，且42%具有二個或更多個被視為Covid-19進展之風險因子的病況。最常見風險因子為肥胖、年齡55歲或更大及需要藥物治療之糖尿病。最常見表現症狀(＞60%所有患者)為咳嗽、肌肉疼痛/肌肉痛、頭痛及疲勞(表11，在此實例之補充附錄中)。安全分析群體中之基線人口統計及疾病特徵在處理組中類似且報導於表12，此實例之補充附錄中。功效結果
與安慰劑相比(相對風險，0.15 [97.24% CI，0.04至0.56])，用索曲韋單抗處理引起需要因任何原因之24小時住院或死亡的降低85%。索曲韋單抗組中三名(1%)患者進展至主要終點，而安慰劑組(P = 0.002)中21名(7%)患者進展至主要終點(表9)。超過24小時之24名住院的主要原因與進行性Covid-19一致(表13，此實例之補充附錄中)，一個可能例外：在索曲韋單抗組中具有小腸梗阻之顯著既往病史的患者在輸注後22天出現小腸梗阻。關於此等住院之嚴重程度，所有五名需要住進加護病房之患者位於安慰劑組中；此等五名患者中之二名需要侵入性機械式通氣，且第三名拒絕插管且隨後在第29天死亡。與安慰劑組相比，在索曲韋單抗組中更少患者觀測到急診室訪問或低於24小時之住院(表9)。安全性
在安全分析群體中報導不良事件之患者的比例在索曲韋單抗組中為17% (430名患者中之73名)且在安慰劑組中為19% (438名患者中之85名)(表10)。與安慰劑組(6%)相比，在索曲韋單抗組(2%)中報導3級或4級不良事件之患者的比例更低。總體而言，在至少1%接受索曲韋單抗之患者中出現的唯一不良事件為腹瀉，其偶爾出現——在索曲韋單抗組中為六名患者(1%)，而在安慰劑組中三名(＜1%)患者。在索曲韋單抗組中之患者當中，所有腹瀉案例之嚴重程度為輕度(五名患者)或中度(一名患者)。
與安慰劑(1%)相比，在接受索曲韋單抗(1%)之患者中觀測到類似比例之輸注相關反應。一名接受索曲韋單抗之患者具有視為與研究處理相關之輸注相關反應：中度(2級)呼吸困難。
在接受索曲韋單抗之2%患者及接受安慰劑之6%患者中出現嚴重不良事件。大部分此等事件為因Covid-19相關原因引起的住院。無嚴重不良事件被認為與索曲韋單抗相關。
在第29天之後安慰劑組中之一名患者死亡；此患者在第37天因Covid-19肺炎死亡。
在血液、肝臟或化學反應實驗室資料中未觀測到趨勢。總體而言，實驗室結果在索曲韋單抗及安慰劑組中類似。論述
在COMET-ICE研究之此預先計劃的中期分析中，索曲韋單抗之單一500 mg劑量與安慰劑(P = 0.002)相比使在具有症狀性Covid-19之較高風險成年人中住院(＞24小時)或死亡風險減小85%。對於每17名具有症狀性Covid-19之較高風險的患者，索曲韋單抗避免一名住院。在住院之患者當中，與接受安慰劑之五名患者相比，無接受索曲韋單抗之患者需要住進加護病房，表明索曲韋單抗除了預防需要住院治療本身之外，亦可防止Covid-19之更嚴重的併發症。全分析提供類似結果。此外，根據調查員位置選擇，該研究群體之超過60%由自我認同為西班牙裔或拉丁裔之患者組成；因此，儘管流行病已對此種族產生不成比例的負面影響，但此試驗為首個證明在Covid-19臨床試驗中代表性不足之群體中有效的試驗之一。總體而言，索曲韋單抗具有良好耐受性，且在此研究中未識別到安全性訊號。亦不存在在索曲韋單抗下之抗體依賴性增強的跡象，與安慰劑相比，其可能表現為疾病惡化。26
面對不斷進化的病毒，Covid-19之處理將需要保持活性。為此目的，由於靶向泛薩貝冠狀病毒表位，索曲韋單抗可能具有固有的較高抗性屏障。14 在一個分析中，在全球流感監測及反應系統資料庫(共享所有流感資料之球倡議)之超過584,000個序列當中，包含索曲韋單抗表位之胺基酸位置在天然存在之病毒中至少99.96%守恆。14 此外，當需要進一步增強廣度及抗性之屏障時，由於其非重疊的抗性概況，索曲韋單抗可能與當前授權的受體結合模體靶向之抗體組合。 此等結果亦指示，未直接阻斷ACE2受體相互作用之非受體結合模體結合抗體可能具有臨床上治療性，且表現出對於其他受體之作用。27 此外，由於索曲韋單抗具有強效效應功能，缺乏安全性訊號及觀測到的有效性強烈表明效應功能既不有害亦不與抗體依賴性增強相關。26 實際上，Covid-19之臨床前模型表明，其強效效應功能可為有益的。13,14
來自COMET-ICE試驗之此中期分析(以及來自完整意向治療分析)的結果支持，索曲韋單抗可為用於Covid-19之門診治療的重要療法。特別地，可肌肉內投予500 mg劑量，為具有Covid-19之患者增加抗體療法之便利性及可及性。當前正在進行研究以評估此投予途徑。
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特徵 索曲韋單抗 (N = 291) 安慰劑 (N = 292) 總 (N = 583)
年齡-歲，中值(範圍) 53.0 (18-96) 52.5 (18-88) 53.0 (18-96)
≥65歲-數目(%) 63 (22) 65 (22) 128 (22)
＞70歲-數目(%) 33 (11) 32 (11) 65 (11)
男性-數目(%) 135 (46) 131 (45) 266 (46)
種族* -數目(%)      
白種人 254 (88) 252 (87) 506 (87)
黑人或非裔美國黑人 16 (6) 22 (8) 38 (7)
亞裔 17 (6) 17 (6) 34 (6)
混合人種 2 (＜1) 0 2 (＜1)
美洲印第安人或阿拉斯加土著人 1 (＜1) 0 1 (＜1)
西班牙裔或拉丁裔種族-數目(%) 190 (65) 178 (61) 368 (63)
身體質量指數† -平均值(SD) 32.0 (6.4) 32.1 (6.3) 32.1 (6.3)
症狀持續時間‡ -數目(%)      
≤3天 167 (57) 171 (59) 338 (58)
4-5天 123 (42) 121 (41) 244 (42)
Covid-19進展之任何風險因子-數目(%) 291 (100) 290 (＞99) 581 (＞99)
年齡≥55歲 135 (46) 141 (48) 276 (47)
需要藥物治療之糖尿病 66 (23) 66 (23) 132 (23)
肥胖(身體質量指數＞30†) 182 (63) 187 (64) 369 (63)
慢性腎病(eGFR ＜藉由MDRD之60) 1 (＜1) 4 (1) 5 (＜1)
充血性心臟衰竭(NYHA II級或更高) 1 (＜1) 3 (1) 4 (＜1)
慢性阻塞性肺病 14 (5) 10 (3) 24 (4)
中度至重度氣喘 46 (16) 46 (16) 92 (16)
Covid-19進展之併發風險因子的數目-數目(%)      
0 0 2 (＜1) 2 (＜1)
1 170 (58) 168 (58) 338 (58)
2 91 (31) 86 (29) 177 (30)
≥3 30 (10) 36 (12) 66 (11)
ITT指示意向治療，SD為標準差，eGFR為所估計之腎小球濾過率，MDRD為腎臟疾病飲食調整，NYHA為紐約心臟學會。*在索曲韋單抗組中之一名患者及在安慰劑組中之一名患者無種族資料。
†身體-質量指數為以千克計之重量除以以公尺計之高度的平方。
‡索曲韋單抗組中之一名患者的症狀持續時間為6天。表9 . 直至 第29 天有效性結果之概述 (ITT 群體 )
  索曲韋單抗(N = 291) 安慰劑(N = 292)
主要結果    
因任何原因之住院＞24小時或死亡-數目(%) 3 (1) 21 (7)
因任何原因之住院＞24小時 3 (1) 21 (7)
因任何原因之死亡 0 1 (＜1)
存活及未住院-數目(%) 284 (98) 270 (92)
缺失-數目(%) 4 (1) 1 (＜1)
在給藥之前撤銷同意書-數目(%) 3 (1) 1 (＜1)
降低(97.24% CI)，P值 85% (44%至96%)；P = 0.002
其他臨床結果 *    
因任何原因之急診室訪問、住院或死亡-數目(%) 6 (2) 28 (10)
因任何原因之急診室訪問 2 (＜1) 8 (3)
因任何原因之住院 4 (1)† 21 (7)
因任何原因之死亡 0 1 (＜1)
因任何原因之急診室訪問(無住院)或住院＜24小時-數目(%) 3 (1) 7 (2)
重度或危重進展‡ -數目(%) 2 (＜1) 19 (7)
低流動鼻叉管或面罩 2 (＜1) 11 (4)
非再呼吸面罩、高流動鼻叉管或非侵入性通氣 0 5 (2)
侵入性機械式通氣 0 2 (＜1)
因任何原因之死亡 0 1 (＜1)
因任何原因之住進加護病房-數目(%) 0 5 (2)
ITT指示意向治療，CI為信賴區間。*在此中期分析下尚未進行次要終點之推理測試。
†一名患者因糖尿病管理而住院低於24小時。
‡如補充氧用途所表明之重度或危重進展。表10 . 不良事件之概述 ( 安全分析群體 )
  索曲韋單抗 (N = 430) 安慰劑 (N = 438)
任何不良事件-數值(%) 73 (17) 85 (19)
與研究處理相關* 8 (2) 8 (2)
引起研究處理之永久性中斷† 0 0
引起劑量中斷/延遲 2 (＜1)‡ 0
經由較佳術語，在≥1%接受索曲韋單抗之患者中出現    
腹瀉 6 (1) 3 (＜1)
任何輸注相關之反應§ -數目(%) 6 (1) 5 (1)
與研究處理相關* 1 (＜1) 2 (＜1)
引起研究處理之永久性中斷† 0 0
引起劑量中斷/延遲 0 0
任何3級或4級不良事件-數值(%) 7 (2) 27 (6)
任何嚴重不良事件-數值(%) 7 (2) 26 (6)
與研究處理相關* 0 1 (＜1)
致死性 0 2 (＜1)¶
與研究處理相關* 0 0
*相關性藉由單獨的研究調查員在對研究處理不知情的情況下確定。
†若患者經歷危及生命的輸注相關反應，包括在靜脈內輸注期間嚴重過敏或過敏，則使其自完成藥物輸注中永久地中斷。
‡對於二名患者，不良事件為輸注外滲；二次輸注均已完成。
§輸注相關反應經定義為不良事件，其較佳術語為發熱、發冷、眩暈、呼吸困難、瘙癢、皮疹及在研究藥物投予24小時內之輸注相關反應。
¶除在安慰劑組中第29天死亡之患者之外，安慰劑組中之另一患者在第37天因Covid-19肺炎而死亡；此患者在第29天之前送進醫院且因此被視為已符合Covid-19之主要終點定義。補充附錄
目錄
補充方法
對方案/SAP之改變
表11.表現症狀(ITT群體)
表12.基線人口統計及疾病特徵(安全分析群體)
表13.超過24小時之住院的主要原因(ITT群體)
流程1.患者安排(ITT群體)
補充方法 納入準則 患者僅在符合以下所有準則時，才有資格被納入研究中：年齡及風險因子 6.患者必須為18歲或更大，且在基於存在以下風險因子中之一或多者的Covid-19進展之較高風險下： 1.糖尿病(需要藥物治療) 2.肥胖(身體質量指數＞35 kg/m2 ) 1.變化：初始方案中之身體質量指數臨界值＞30 kg/m2 。更多資訊參見「對方案/SAP之改變」部分。 3.慢性腎病(亦即，根據腎臟疾病研究方程中之飲食調整的所估計之腎小球濾過率＜60 mL/min/1.73 m2 ) 4.鬱血性心臟衰竭(紐約心臟學會II級或更高) 5.慢性阻塞性肺病(慢性支氣管炎、慢性阻塞性肺病或肺氣腫伴有在體力運動時呼吸困難的病史)及中度至重度氣喘(患者需要吸入型類固醇以控制症狀或在過去一年裏已被開具一個療程的口服類固醇)或 7.患者為55歲或更大，與共病症無關 應注意，目標入選之約15%患者為70歲以上 變化：目標入選準則不在初始方案中。更多資訊參見「對方案/SAP之改變」部分。 患者類型及疾病特徵 8.具有陽性SARS-CoV-2測試結果(藉由任何經驗證的測試[例如對任何樣本類型之RT-PCR，基於抗原之測試])的患者及 9.室內空氣中的氧飽和度≥94%及 10.具有由以下症狀中之一或多者定義的Covid-19：發熱、發冷、咳嗽、喉嚨痛、不適、頭痛、關節或肌肉疼痛、嗅覺或味覺改變、嘔吐、腹瀉、運動時呼吸急促及 11.自症狀發作起低於或等於5天 性及避孕/障礙要求 12.無性別限制 13.女性患者必須符合且同意遵守以下避孕準則： 1.女性所用之避孕應與當地關於參與臨床研究者之避孕方法的法規一致 2.若女性患者未懷孕或未哺乳，且符合以下條件中之一者，則其符合參與的條件： 14.為無生育能力之女性 15.具有生育能力且使用高效避孕方法，在研究干預期間及直至在研究干預之最後一個劑量之後24週的失敗率＜1%的女性。調查員應評估與研究干預之第一劑量有關的避孕方法失敗(例如，不順從、近期開始)之可能性。 16.具有生育能力之女性必須在研究干預之第一劑量之前具有陰性高敏懷孕測試(當地法規要求的尿或血清)。若尿測試無法確認為陰性(例如，不明確的結果)，則需要血清驗孕測試。在此類情況下，若血清驗孕結果呈陽性，則患者必須自參與中排除。 17.調查員負責審查病史、月經史及近期性活動，以降低將早期未偵測出懷孕之女性納入的風險知情同意 18.能夠提供簽署的知情同意書，其包括遵從知情同意書及此方案中所列之要求及限制。或 19.若患者不能提供簽署的知情同意書，則將遵循替代的同意書程序。先前 / 併發臨床研究經歷 20.參與在最後180天內之任何研究性疫苗研究或在第1天之前30天內或在研究性化合物之五個半衰期內(以較長者為凖)參與任何其他研究性藥物研究 21.參與針對SARS-CoV-2之研究性疫苗的任何試驗程序
在第5天、第8天、第11天、第15天、第22天及第29天進行個體親身研究訪問，以及直至第15天每日電話呼叫(除個體親身訪問日之外)，以評定不良事件及Covid-19之惡化。自第8週開始，每月經由交替的電話呼叫(第8週及第16週)及個體親身訪問(第12週、第20週及第24週)監測患者之Covid-19疾病自給藥起總計24週。在第1天、第15天、第22天及第29天收集血液樣品用於實驗室評定且在第1天及第29天收集血液樣品用於抗藥物抗體。患者報導之結果評定直至第24週提供。對方案 /SAP 之改變 22.修改在篩選時之當地安全性實驗室評定以指定每個方案僅需要ABO分型 23.基本原理： 24.儘管必須在本地進行或記錄用以證實研究患者合格性之某些篩選評定(例如，針對具有生育能力之女性的懷孕測試及經由經驗證的診斷測試之SARS-CoV-2感染)，但ABO分型是出於安全性目的在篩選時唯一需要的當地實驗室評定。 25.在篩選訪問期間所有其他當地安全性實驗室評定(血液學、臨床化學及凝聚參數)可能或可能不根據該研究調查員之臨床判斷或當地法規之要求進行。 26.考慮到達至隨機化之時間及中央實驗室測試在第1天(隨機化)之要求，站點之樣品收集量過於繁瑣 27.修改研究目標及終點(次要及探測性終點)，包括引入額外次要終點(亦即，評估直至第29天具有如去醫院急診室治療疾病、急性疾病治療之住院或死亡所定義之Covid-19進展的患者的比例)，校正現有的患者報導之結果及病毒學終點，及引入額外的探索性終點 1.基本原理： 2.針對靶向Covid-19之其他單株抗體產生的初步臨床試驗資料表明，引起住院需求之Covid-19的進展速率可低於最初所估計的，且在門診群體中抗刺突蛋白單株抗體在治療Covid-19方面中的有效性超過直至第29天醫療就診之比例的50%減少量 3.根據來自抗SARS-CoV-2 mAb之近期臨床試驗的新資料，修改次要及探測性終點，以反映在接受Covid-19單株抗體之門診群體中最相關的臨床結果 28.修改「年齡及風險因子」合格性準則(納入準則#3及#4)，以富集具有最高未滿足的醫療需求之較高風險群體 1.基本原理： 2.已修改「年齡及風險因子」合格性準則以增加定義肥胖之身體質量指數要求，且引入＞70歲之靶向的最小患者數(約15%) 3.根據關於在門診環境中Covid-19進展之新出現的臨床資料，修改合格性準則以富集處於進展為重度Covid-19之高風險下的群體 4.修改「醫學病況」合格性準則(排除準則#10)，以富集具有最高未滿足的醫療需求之較高風險群體 5.基本原理： 6.已修改「醫學病況」合格性準則以闡明「嚴重免疫功能不全」之定義 7.根據關於在門診環境中Covid-19進展之新出現的臨床資料，修改合格性準則以富集處於進展為重度Covid-19之高風險下的免疫抑制型群體 29.修改「其他排除」合格性準則及「在研究期間不允許之藥物治療」，以闡明關於用SARS-CoV-2疫苗給藥之限制 1.基本原理： 1.考慮到在SARS-CoV-2疫苗上公開之近期資料，修改方案以闡明關於投予實驗或審批通過的SARS-CoV-2疫苗之限制 2.輸注相關反應之澄清指南 1.基本原理： 1.修改方案語言以闡明站點應遵循用於處理輸注相關反應之當地或機構指南 2.修改統計分析計劃(中期分析#1、中期分析#2及統計方法) 1.基本原理： 1.針對靶向Covid-19之其他單株抗體產生的初步臨床試驗資料表明，引起住院需求之Covid-19的進展速率可低於最初所估計的，且在門診群體中抗刺突蛋白單株抗體在治療Covid-19方面中的有效性超過直至第29天醫療就診之比例的50%減少量 2.根據此新出現的資料，修改中期分析以更準確地反映關於Covid-19進展及單株抗體針對SARS-CoV-2之潛在有效性的最新資料 3.指定進行「非Covid-19」安全性分析之意圖 1.基本原理： 1.由於不可能在單一患者中劃定住院係直接與Covid-19併發症相關或可與索曲韋單抗因抗體依賴性增強而引起更嚴重的疾病相關，所有住院不管何原因均包括於主要終點中且視為嚴重不良事件。 2.為了告知非Covid-19不良事件及嚴重不良事件之數目及性質，進行其中排除了與Covid-19疾病之已知進展一致的所選預先指定之術語的額外安全性分析。表11 . 表現症狀 (ITT 群體 )
症狀 - 數值 (%) 索曲韋單抗 (N = 291) 安慰劑 (N = 292) 總 (N = 538)
咳嗽 240 (82) 247 (85) 487 (84)
肌肉疼痛/肌肉痛 215 (74) 215 (74) 430 (74)
頭痛 202 (69) 216 (74) 418 (72)
疲勞 180 (62) 183 (63) 363 (62)
不適 172 (59) 172 (59) 344 (59)
喉嚨痛 171 (59) 172 (59) 343 (59)
發熱 164 (56) 168 (58) 332 (57)
嗅覺缺失 171 (59) 159 (54) 330 (57)
味覺缺失 175 (60) 152 (52) 327 (56)
發冷 164 (56) 158 (54) 322 (55)
關節疼痛/關節痛 153 (53) 153 (52) 306 (52)
呼吸急促 131 (45) 131 (45) 262 (45)
腹瀉 87 (30) 101 (35) 188 (32)
噁心 85 (29) 91 (31) 176 (30)
嘔吐 34 (12) 37 (13) 71 (12)
ITT指示意向治療。表12 . 基線人口統計及疾病特徵 ( 安全分析群體 )
特徵 索曲韋單抗 (N = 430) 安慰劑 (N = 438) 總 (N = 868)
年齡-歲，中值(範圍) 53.0 (18-96) 52.0 (17-88) 53.0 (17-96)
≥65歲-數目(%) 84 (20) 88 (20) 172 (20)
＞70歲-數目(%) 42 (10) 42 (10) 84 (10)
男性-數目(%) 194 (45) 212 (48) 406 (47)
種族* -數目(%)      
白種人 374 (87) 384 (88) 758 (88)
黑人或非裔美國黑人 27 (6) 33 (8) 60 (7)
亞裔 21 (5) 19 (4) 40 (5)
混合人種 6 (1) 0 6 (＜1)
美洲印第安人或阿拉斯加土著人 1 (＜1) 1 (＜1) 2 (＜1)
西班牙裔或拉丁裔種族-數目(%) 280 (65) 280 (64) 560 (65)
身體質量指數† -平均值(SD) 32.1 (6.4) 32.5 (6.7) 32.3 (6.5)
症狀持續時間‡ -數目(%)      
≤3天 254 (59) 260 (59) 514 (59)
4-5天 173 (40) 178 (41) 351 (40)
COVID-19進展之任何風險因子-數目(%) 427 (＞99) 434 (＞99) 861 (＞99)
年齡≥55歲 195 (45) 205 (47) 400 (46)
需要藥物治療之糖尿病 93 (22) 88 (20) 181 (21)
肥胖(身體質量指數＞30†) 267 (62) 292 (67) 559 (64)
慢性腎病(eGFR ＜藉由MDRD之60) 2 (＜1) 5 (1) 7 (＜1)
充血性心臟衰竭(NYHA II級或更高) 4 (＜1) 3 (＜1) 7 (＜1)
慢性阻塞性肺病 24 (6) 18 (4) 42 (5)
中度至重度氣喘 69 (16) 72 (16) 141 (16)
COVID-19進展之併發風險因子的數目-數目(%)      
0 3 (＜1) 4 (＜1) 7 (＜1)
1 251 (58) 250 (57) 501 (58)
2 132 (31) 130 (30) 262 (30)
≥3 44 (10) 54 (13) 98 (11)
SD指示標準差，eGFR為所估計之腎小球濾過率，MDRD為腎臟疾病飲食調整，NYHA為紐約心臟學會。*在索曲韋單抗組中之一名患者及在安慰劑組中之一名患者無種族資料。
†身體-質量指數為以千克計之重量除以以公尺計之高度的平方。
‡索曲韋單抗組中之一名患者的症狀持續時間為6天。對於索曲韋單抗組中之二個其他患者，在此中期分析時之症狀持續時間資料不可用。表13 . 超過24 小時之 住院的主要原因 (ITT 群體 )
患者 年齡 ( 歲 ) 性別 住院天數 主要原因 入住加護病房 侵入性機械式通氣 致死性
索曲韋單抗處理之患者
A 96 M 19 Covid-19 N N N
B 65 F 22 小腸梗阻 N N N
C 71 F 2 Covid-肺炎 N N N
安慰劑處理之患者
D 52 F 4 Covid-肺炎 N N N
E 50 F 4* Covid-肺炎 N N N
F 66 F 6 Covid-肺炎 N N N
G 38 M 9* Covid-肺炎 N N N
H 50 F 4* Covid-肺炎 Y N N
I 82 F 7 急性呼吸衰竭 N N N
J 70 M 12 呼吸窘迫 Y Y N
K 70 M 5 肺炎 Y N Y
L 65 M 6 脫水 N N N
M 52 F 5 Covid-肺炎 N N N
N 62 M 7 Covid-肺炎 N N N
O 57 M 6 肺炎 N N N
P 65 M 12 肺炎 N N N
Q 68 M 7 Covid-肺炎 N N N
R 55 F 7 肺栓塞 N N N
S 60 M 10 Covid-肺炎 N N N
T 71 F 10 Covid-肺炎 Y Y Y
U 37 F 6* Covid-肺炎 N N N
V 83 M 8 呼吸困難 N N N
W 56 M 2 Covid-肺炎 Y N N
X 55 M 7 Covid-肺炎 N N N
ITT指示意向治療，M男性，F女性，N否，Y是。 *與住院相關之不良事件在將患者送進醫院之前一天開始。 流程1.患者安排(ITT群體)
Figure 02_image001
ITT指示意向治療。實例41 用於治療具有重度至危重COVID -19 疾病之住院個體的索曲韋單抗之2 /3 期 臨床研究
進行隨機化、多中心、雙盲、安慰劑對照研究，以評定在具有重度或危重COVID-19疾病之患者中的單株抗體索曲韋單抗的安全性及有效性。
主要目標為比較索曲韋單抗相對於安慰劑之有效性。次要目標為比較索曲韋單抗相對於安慰劑在上呼吸道及下呼吸道樣品中之病毒排出方面的有效性，比較索曲韋單抗相對於安慰劑之安全性及耐受性，確定索曲韋單抗相對於安慰劑用於誘導抗病毒反應之有效性，確定索曲韋單抗相對於安慰劑用於增加無ICU及醫院之天數及確定索曲韋單抗之血清藥物動力學(PK)。
探測性目標為比較索曲韋單抗相對於安慰劑在預防COVID-19疾病之非呼吸道併發症方面的有效性，比較索曲韋單抗相對於安慰劑對上呼吸道及下呼吸道樣品及血液樣品中之病毒排出的作用，評估出現的對索曲韋單抗之抗性，評估索曲韋單抗對宿主反應之潛在生物標記物的作用及評定有效性、安全性、PK、病毒排出及免疫原性之間的相關性。
評估準則之細節 此研究之主要終點如下： 1.直至第29天進展至重度或危重COVID-19或死亡之個體的比例，定義如下： 1.重度疾病：重度疾病：需要氧氣補充＞1天之低血氧症(室內空氣中的O2飽和度≤93%或PaO2/FiO2＜300)，或個體需要≥ 4L/min氧氣補充或等效物，及調查員或指定人員確定在室內空氣中的O2飽和度之量測結果為醫療上不安全的。 或 2.危重疾病：需要侵入性機械式通氣、ECMO中之至少一者的呼吸衰竭；或休克；或多器官功能障礙/衰竭。 或 3.死亡 2. 臨床反應之時間，經定義為與標準照護(SoC)相比存活且不依賴氧氣補充直至第29天。 此研究之次要終點如下： 3.出現不良事件(AE) 4.出現嚴重不良事件(SAE) 5.出現特別感興趣的不良事件(AESI) 6.在第8天、第15天或第22天時發展成重度或危重COVID-19之個體的比例 7.第29天、第60天及第90天全因死亡率 8.自隨機化直至29天之呼吸器天數之總數目 9.直至29天需要補充氧之天數的總數目 10. 總加護病房住院時長(LOS) 11.總醫院LOS 12.使用Flu-PRO患者報導之結果量測儀器，報導COVID-19相關疾病之病徵及症狀的個體之嚴重程度及持續時間 13.出現心臟、血栓栓塞、腎、神經事件 14.在基線時及追蹤期間直至第29天藉由PCR偵測鼻分泌物中之SARS-CoV-2 15.達至藉由定量RT-PCR無來自鼻咽樣品之可偵測病毒RNA (＜LLOQ)的時間 16.血清中之索曲韋單抗藥物動力學(PK) 17.血清ADA對索曲韋單抗之發生率及效價(若適用) 此研究之探測性終點如下： 30.在臨床改善之順序量表之各類別中第8天、第15天、第22天及第29天之個體的比例(參見下文) 31.出現藉由SARS-CoV-2之針對mAb的病毒抗性突變 32.藉由qRT-PCR之鼻分泌物及血液中之病毒負荷 33.宿主轉錄組及免疫表型分析 34.如由基因分型確定之FcγR多態性 35.如由基因分型確定之IgG1同種異型 36.工作效率及活性減弱(WPAI)相對於基線的變化 37.根據EQ-5D-5L之健康相關生活品質相對於基線的變化
待用於臨床改善之分類的順序量表如下： 1.未感染：無感染之臨床或病毒跡象 2.未住院，無活動限制(若在家中使用氧，則報導為類別4) 3.未住院，活動限制 4.住院，不使用氧氣治療 5.住院，藉由面罩或鼻叉管之低流動氧 6.住院，高流動氧，持續氣道正壓(CPAP)、雙位準氣道正壓(BiPAP)、非侵入性通氣 7.住院，插管及機械通氣 8.住院，機械通氣加器官支持(血管加壓劑、RRT、ECMO) 9.死亡 計劃之個體之數目
此研究由二個部分構成。部分1招募約20名具有重度COVID-19疾病之個體。部分2招募約500名具有重度至危重COVID-19疾病之個體；約250名個體/處理組。 隨機分組及分層
使個體以1:1比率隨機化以接受索曲韋單抗之單一靜脈內劑量加標準照護(SoC)或相同體積生理鹽水安慰劑加SoC。
對於部分1，參與該研究中之前20名個體(十名/臂)處於重度COVID-19疾病群體(4級或5級)。此等個體藉由自症狀發作起之時間分級：1)低於七天或2)七天或更久。使參與部分1中之所有個體分配至密集PK取樣。收集來自此等個體之血清PK樣品。
對於部分2，個體之臨床狀態藉由疾病狀態(重度或危重)及自症狀發作起之時間分級，如下： 1.重度(4級或5級)且自症狀發作起低於七天 2.重度(4級或5級)且自症狀發作起七天或更久 3.危重(6級或7級)且自症狀發作起低於七天 4.危重(6級或7級)且自症狀發作起七天或更久
收集來自參與部分2之個體的稀疏PK樣品。 診斷及主要納入準則 納入準則包括：
年齡： 10. 18歲及更大的個體 疾病特徵： 11.具有陽性SARS-CoV-2測試結果(藉由任何經驗證的測試，例如對任何樣本類型之RT-PCR)之個體 及 12.因定義為與4級或5級疾病一致之需要補充氧或非侵入性通氣的重度COVID-19疾病而住院 或 13.因定義為使用機械式通氣之彼等疾病(6級或7級疾病)的危重COVID-19疾病而住院 及 14.在14天內之第14天COVID-19症狀發作 及 15.在住院48小時內隨機化性別 ： 16.無性別限制 17.女性個體必須符合且同意遵守以下避孕準則。女性所用之避孕應與當地關於參與臨床研究者之避孕方法的法規一致。 18.若女性個體未懷孕或未哺乳，且符合以下條件中之一者，則其符合參與的條件： 為無生育能力(WONCBP)之女性 或 具有生育能力(WOCBP)且使用高效避孕方法，在研究干預期間及直至在研究干預之最後一個劑量之後一年的失敗率＜1%的女性。調查員應評估與研究干預之第一劑量有關的避孕方法失敗(例如，不順從、近期開始)之可能性。 19.  WOCBP必須在入住醫院時或在研究干預之第一劑量之前具有陰性高敏懷孕測試(當地法規要求的尿或血清)。若尿測試無法確認為陰性(例如，不明確的結果)，則需要血清驗孕測試。在此類情況下，若血清驗孕結果呈陽性，則個體自參與中排除。知情同意書 ： 20.願意遵守該研究要求且能夠提供簽署的知情同意書或法定地可接受之代表願意且能夠提供代表個體參與針對無意識成年人及因其醫學病況而無法同意自身者之研究的手寫的知情同意書。
排除準則： • 在負責調查員看來，參與將不符合參與者最佳利益，或可限制方案所指定之評定的任何病況；預期不可能參與研究程序；在調查員看來，不可能在隨機化時存活超過48小時之參與者；在隨機化時72小時內計劃或預期出院或轉移至另一醫院；對其他mAb或存在於研究產品中之賦形劑中之任一者的過敏史； • 對於引入期：具有終端器官衰竭或功能障礙之參與者不符合引入期條件但符合擴增期條件。 o終端器官功能障礙類別為：a.中風b.腦膜炎c.腦炎d.脊髓炎e.心肌梗塞f.心肌炎g.心包炎h.症狀性充血性心臟衰竭(紐約心臟協會[NYHA] III-IV類) i.動脈或深靜脈血栓形成或肺栓塞 o末梢器官衰竭類型，諸如a.需要高流量氧、非侵入通氣或侵入性機械式通氣，b.體外膜氧合(ECMO) c.機械循環支持(例如，主動脈內氣球幫浦、左心室輔助裝置) d.血管加壓劑療法e.在此入院期間開始腎替代療法(RRT)(亦即，非慢性RRT患者)。 • 先前接受 o來自COVID-19存活者之SARS-CoV-2高免疫靜脈內免疫球蛋白(hIVIG) o自COVID-19恢復之個體的恢復期血漿或 o在任何時間下SARS-CoV-2中和mAb。 • 參與涉及研究性研究干預(包括針對COVID-19)之其他臨床試驗 • 懷孕或哺育母乳的女性 研究參與及追蹤之持續時間
研究藥物處理之持續時間為單次劑量。對於各個體之研究的所估計之總時間(包括篩選及追蹤)為約36週。在第一劑量之前直至48小時內進行篩選評定。完成篩選評定後，符合條件的個體用索曲韋單抗或安慰劑之單一皮內劑量處理。每日評定個體直至出院當天。自醫院出院後，在第15天及第29天進行評定且追蹤持續在隨機化之後第36週。 研究設計
非依賴性資料監視委員會(IDMC)主動地監測中期非盲安全性資料(部分1)及中期非盲安全性及有效性資料(部分2)，以對進行中的研究行為提出建議。IDMC成員包括具有相關醫療專業培訓之3-4名醫師及一名統計學家。聯合安全性審查小組(JSRT)確定是否需要將基於插入式(instream)盲化資料審查之安全性問題上報給IDMC。
此研究為針對SARS-CoV-2之索曲韋單抗，單株抗體(mAb)的隨機化、雙盲、多中心、安慰劑對照試驗，用以評定在因COVID-19疾病而住院之成年參與者中作為處理的在調查員定義之標準照護(SoC)上索曲韋單抗相對於安慰劑之單一靜脈內劑量的有效性及安全性。該研究群體由以下組成：具有陽性SARS-CoV-2測試結果之COVID-19疾病的住院個體。此等參與者可具有危重(6級或7級)或重度(4級或5級)疾病。除研究處理之外，所有個體接受按照機構方案之SoC。
該研究包含2部分。部分1招募具有重度COVID-19疾病之20名參與者。藉由IDMC在第14天對非盲資料進行初始安全性評定後，部分2 (主要組)進展，其中具有重度及危重COVID-19疾病二者之參與者入選。僅重度參與者入選部分2而不暫停該研究，直至IDMC建議亦募集危重參與者。
為了研究宿主免疫反應及感染之潛在生物標記物，個體可同意任擇的子研究，其中在指定時間點時收集外周血液單核細胞(PBMC)。在所選站點下進行此任擇的子研究。每臂約50-100名參與者參與任擇的子研究中。
在此研究期間，藉由IDMC進行之非盲安全性資料審查確定自包括具有重度(4級或5級) COVID-19疾病之個體的部分1擴展至另外包括具有危重(6級或7級) COVID-19疾病之個體的部分2是否安全。
安慰劑對照將索曲韋單抗之安全性及耐受性與COVID-19之背景跡象及症狀區分開來，且評估其對臨床結果之潛在益處。使用安慰劑臂允許有效評估在研究期間提供的可歸因於索曲韋單抗之有效性及安全性相對於可歸因於SoC及其他處理之功效及安全性的任何變化。
用以評定治療功效之主要終點為臨床反應之時間，經定義為在隨機化29天內，個體存活且不依賴補充氧或恢復至發病前氧需求(針對長期氧使用之個體)歷時至少24小時。自需要氧氣治療或更高位準之呼吸道/器官支架的轉變為臨床上顯著的里程碑。
顯著次要終點為在第29天時之全因死亡率。與住院時間-住院時長、ICU住院時間、通氣時間及個體報導之COVID-19的跡象及症狀之嚴重程度及持續時間相關的其他次要有效性終點亦為臨床上相關的。 研究干預組及持續時間
在第一劑量之前直至48小時內進行篩選評定。篩選程序包括記錄醫療及疾病史；藉由鼻、鼻咽或氣管內拭子針對不具有先前經確認之陽性測試的個體測試其SARS-CoV-2感染；全面身體檢查，包括量測高度及體重；量測包括血壓、脈搏、呼吸率及體溫之生命體徵；不使用侵入性機械式通氣之個體的氧飽和度(SpO2)；氧氣遞送及通氣狀態；12導聯ECG(一式三份)；針對具有生育能力之所有女性個體的尿或血清驗孕測試；包括血液學、臨床化學概況、凝聚參數、CRP、d-二元體、尿樣分析及肌鈣蛋白之實驗室評定；胸部放射線照相術(根據SoC在住院之後進行的胸部x射線或電腦斷層掃描)；及先前或伴隨藥物治療之審查。
符合條件的個體在第1天用單一靜脈內劑量(索曲韋單抗或安慰劑)加SOC處理。對其每日評定直至出院當天。自醫院出院後，在第15天及第29天進行評定且追蹤持續在隨機化之後第36週。
在部分1中，使具有重度COVID-19疾病(4級或5級)之個體藉由交互式反應技術(IRT)以盲化方式1:1隨機化以接受索曲韋單抗或安慰劑之單次靜脈內劑量。在部分2 (主要組)中，使具有重度(4級或5級)或危重(6級或7級)COVID-19疾病之個體1:1隨機化，以接受索曲韋單抗或安慰劑之單次靜脈內劑量。除研究處理之外，所有參與者接受按照機構方案之SoC。
在隨機化時基於疾病嚴重程度(重度或危重)及自症狀發作起之時間(低於七天，或七天或更久)對隨機化分級。 研究干預
研究干預及給藥說明如下： 表14.
劑量調配物 單次用瓶中之溶液(25 mg/mL) 無菌0.9% (w/v)氯化鈉溶液
單位劑量強度 250 mg/瓶(250 mg/10 mL) 不適用
劑量位準 (tbc) mg一次 一次
投予途徑 靜脈內輸注 靜脈內輸注
給藥說明 藉由非盲藥劑師自瓶中抽出10.0 mL至10-20 mL小注射器中，且轉移至150 mL或250 mL靜脈內空生理鹽水袋中。重複此程序，直至達成所需劑量且經1小時投予。 根據靜脈內輸注說明給藥
特殊說明 在靜脈內輸注之前輕輕混合索曲韋單抗及生理鹽水。 無
封裝及標記 研究干預提供於單獨的紙箱中之單次使用瓶中，且根據國家要求進行標記。 根據國家要求進行標記  
其他研究細節展示於圖3中。實例42 已 因COVID -19 而 住院之患者中之索曲韋單抗的3 期 臨床研究
進行3期臨床研究，以在因感染而住院之人中評估不同藥物在處理COVID-19方面的安全性及有效性。該研究中之參與者用研究藥物(例如，索曲韋單抗)加當前標準照護(SOC)，或用安慰劑加當前SOC處理。
該方案係用於允許在該研究過程期間添加及減少研究性藥物之隨機化、盲化、受控平台研究。此允許在相同研究內針對安慰劑及標準照護(SOC)處理有效測試藥物。當同時測試超過一種藥物時，使參與者隨機分配至處理或安慰劑。
藉由研究點藥學及疾病嚴重程度對隨機化分級。存在2種疾病嚴重程度層級：不具有器官衰竭之參與者(嚴重程度1層)；及具有器官衰竭之參與者(嚴重程度2層)。
非依賴性資料及安全性監測委員會(DSMB)定期審查中期分析且概述安全性及有效性結果。對於具有最少預先存在之安全性知識的入選研究性藥物，入選速度最初受到限制，且藉由DSMB早期審查安全性資料。對於各藥劑之研究，在試驗開始時，僅招募疾病嚴重程度1層之參與者。此持續直至約300名參與者參與且追蹤5天。確切數值可根據入選速度及DSMB會議之時序而變化。在擴大入選以亦包括疾病嚴重程度2層之患者之前，評估安全性且使用在第5天評估之2個順序結果進行藉由DSMB之預先指定的無效性評定。
使用二種順序結果以評定無效性，因為不明確在研究下之研究性藥劑是否將主要影響非肺結果，因為該風險部分地經由可與影響肺結果之機制不同的機制在SARS-CoV-2感染之情況下增大。
對於通過此無效性評定之研究性藥劑，參與者之招募無縫地擴大而不具有任何資料揭盲，以包括疾病嚴重程度2層之參與者以及疾病嚴重程度1層之參與者。未來中期分析係基於維持性恢復之主要終點及使用預先指定的指南以確定針對研究性藥劑之益處、損害或無效性的早期證據。在隨機化之後，追蹤參與者18個月。
在數百個臨床站點中進行此方案內之國際試驗。參與站點隸屬於由美國國家衛生研究院(NIH)及美國退伍軍人事務部資助的網路。
約10,000參與者入選。使分配隨機化。干預模型係平行分派。執行三重掩蔽(參與者、照護提供者、調查員)。主要目的為處理。在一個組中，參與者經隨機化以接受藥物(例如索曲韋單抗)加SOC或安慰劑加SOC。隨後，參與者不再隨機化至索曲韋單抗。在安慰劑組中，提供安慰劑(藉由靜脈內輸注投予之可商購的0.9%氯化鈉溶液)加瑞德西韋，而無禁忌症。 主要結果量測
1.自隨機化至維持性恢復之時間[時間範圍：直至第90天]。維持性恢復經定義為自指標住院出院，接著在第90天之前14個連續日存活且回家。
次要結果量測 1.全因死亡率[時間範圍：直至第90天] 2.達至維持性恢復之時間及死亡率的組合[時間範圍：直至第90天] 3.在短期急症照護醫院之外存活天數[時間範圍：直至第90天] 4.肺順序結果[時間範圍：第1天至第7天、第14天及第28天] 藉由7種類別量測之氧需求(1=最不嚴重，7=最嚴重)。使用參與者之最高(亦即，最嚴重)觀測評分。 5.肺+順序結果[時間範圍：第1天至第7天] 藉由7種類別量測之肺外併發症及呼吸道功能障礙(1=最不嚴重，7=最嚴重)。使用參與者之最高(亦即，最嚴重)觀測評分。 6.臨床器官衰竭之發病率[時間範圍：直至第28日] 7.死亡或嚴重臨床COVID-19相關事件之組合[時間範圍：直至第90天] 8.心臟血管事件及血栓栓塞事件之組合[時間範圍：直至第90天] 9.  3級及4級臨床不良事件、嚴重不良事件(SAE)或死亡之組合[時間範圍：直至第5天及第28天] 10.輸注反應之發病率[時間範圍：直至第0天] 11.  SAE或死亡之組合[時間範圍：直至18個月] 12.  SARS-CoV-2中和抗體位準之變化[時間範圍：基線至第1天、第3天、第5天、第28天及第90天] 13.抗體總效價之變化[時間範圍：基線至第1天、第3天、第5天、第28天及第90天] 14.中和抗體位準之變化[時間範圍：基線至第1天、第3天、第5天、第28天及第90天] 15.家庭用補充氧之發生率高於發病前氧使用[時間範圍：18個月] 量測為：在家中存活且在不間斷的14天期間不使用連續補充氧 16.未家庭使用補充氧之發生率高於發病前氧使用[時間範圍：14天]
量測為：在不間斷的14天期間在家中存活且在14天時段結束時不使用連續補充氧。
所有性別之18歲及更大的成年人(成年人及老年人)為符合條件的。納入準則為：簽署知情同意書；COVID-19之陽性測試及提示進行中的COVID-19感染之進行性疾病；COVID-19之症狀持續≤12天；及需要住院以便進行急性醫療照護(並非出於純粹公眾健康或隔離目的)。排除準則為： • 患者在住院之前任何時間已接受自COVID-19恢復之個體的血漿或已接受中和單株抗體。 • 直至在該研究之第5天之後，患者不願意避免參與其他COVID-19處理試驗。根據研究領導小組之觀點，可允許共同參與某些用以比較建議標準照護處理之試驗。 • 在負責調查員看來，參與將不符合參與者最佳利益，或可防礙、限制或混淆方案所指定之評定的任何病況； • 認為患者無法參與研究程序中。 • 在研究開始時尚未懷孕且不願意接受強烈建議，在直至該研究之18個月避免與男性發生性關係或採取適當避孕措施之具有生育能力的女性。 • 不願意接受強烈建議，在直至該研究之18個月避免與具有生育能力的女性發生性關係或使用屏障避孕法之男性。 • 妊娠期婦女 • 哺乳母親 • 在研究入選時存在以下中之任一者： 1.中風 2.腦膜炎 3.腦炎 4.脊髓炎 5.心肌缺血 6.心肌炎 7.心包炎 8.症狀性充血性心臟衰竭 9.動脈或深靜脈血栓形成或肺栓塞 • 當前或迫切需要以下中之任一者： 1.侵入性機械式通氣 2. ECMO (體外膜氧合) 3.機械式循環支持 4.血管加壓劑療法 5.在此入院期間開始腎替代療法(RRT)(亦即，非慢性腎替代療法之患者)。
另外，在當約150名參與者已入選索曲韋單抗及150名參與者已入選安慰劑時進行之初始無效性評定之前，將排除使用高流動氧或非侵入通氣之患者(肺順序結果之類別5)。若此藥劑通過初始無效性評定，則此等患者可能符合試驗條件。
投予500 mg索曲韋單抗之單次劑量。基於活體外中和資料、活體外抗性資料、自食蟹獼猴之研究外推的預期人類PK及GLP猴毒理學研究之結果選擇劑量。經索曲韋單抗中和之SARS-CoV-2活病毒的平均EC90值為186.3 ng/ml (範圍：125.8-329.5 ng/ml)。在抗性分析中，在固定濃度之抗體下，甚至在所測試之最低劑量下(約10x EC50)經由10次繼代未觀測到病毒穿透，表明索曲韋單抗具有較高抗性屏障之潛力。
使用增加之濃度選擇方法以迫使抗性出現，對於一些繼代在病毒選擇期間觀測到適度的EC50之倍數變化(EC50之5至6倍變化)。使用假模式化病毒對來自此等繼代之刺突蛋白變異體定序及測試並未鑑別出針對此適度的效能變化之因果變異體。一次病毒繼代確實展現出與E340A突變相關之＞10倍EC50變化。其他評定已鑑別出E340A為使對索曲韋單抗之易感性降低＞100倍的單株抗體抗性突變(MARM)。值得注意地，E340在可獲得的SARS-CoV-2序列當中100%守恆。由於抗性選擇結果之二元性質，特定的抑制性商(IQ)未由抗性分析告知。然而，由於極少菌株可用於直接評定覆蓋寬度，故在此情況下，守恆的IQ (＞10)為適當的。食蟹獼猴PK研究(單次靜脈內劑量，5 mg/kg)擬合至2隔室PK模型。人類PK參數係使用針對全人類IgG之類比方法自食蟹獼猴按比例縮放的(CL及V之異速生長係數分別為0.85及1；10)。人類中之索曲韋單抗的預測血清清除經估計為141 mL/天且估計的分佈體積為6500 mL(約93 mL/kg)，假定人類體重為70 Kg。計劃的人類終端消除半衰期為約32天。
為了降低患者之風險(處理失敗、病毒抗性出現)，選擇確保肺中之索曲韋單抗濃度保持遠高於預期在28天處理窗之持續時間內及更久對SARS-CoV-2感染具有保護性之位準的單一治療劑量。預期500 mg之劑量在28天處理期之持續時間內使血清位準維持位於或高於38.5 μg/ml。基於自EC90範圍之最高端的守恆EC90 (0.33 μg/ml)及考慮到IgG之肺:血清比率，假定守恆值為0.25；整個肺及間質液之報導範圍分別為0.25-0.68；預期500 mg劑量之後的血清谷值濃度引起與最大(＞99%)抗病毒活性相關之肺濃度；在28天處理期之持續時間內＞29×組織調整後的EC90。咸信肺中之此守恆的抑制性商(29倍)適合於增加處理成功的可能且降低抗性之風險。
另外，預期500 mg劑量引起在鼻咽分泌物中之索曲韋單抗的(＞5 x組織調整後的EC90，假定NPS:血清之比率為0.05、12)保護性位準，其可潛在地降低傳播。
當在食蟹獼猴中經由靜脈內輸注投予索曲韋單抗一週一次持續2週時，索曲韋單抗之NOAEL為500 mg/Kg，所測試之最高劑量。在此NOAEL下，初步Cmax及曲線下面積(AUC)0-t (在第2劑量之後輸注結束後0時至168hr的AUC)分別為13500 μg/mL及48200 μg•天/mL。人類等效劑量(HED)(根據FDA導引，在Mr＞100,000道爾頓下在血管內投予蛋白質時經由直接mg/kg轉化率計算的HED)為500 mg/kg或30,000 mg固定劑量(使用60 Kg之人體重量)。使用10之安全係數，人類中之最大建議起始劑量為約50 mg/kg或3,000 mg固定劑量。基於所提議的500 mg人類劑量，基於HED、Cmax及AUC (基於來自TX-7831-0102之AUC0-t及人類中之預期AUCinf的守恆AUC界限)的界限分別為60、87及13.6倍，支持500 mg之所提議臨床劑量。
除主方案中所概述之納入及排除準則之外，將排除以下患者：1)妊娠期婦女；及2)哺乳母親。另外，在當約150名參與者已入選索曲韋單抗及150名參與者已入選安慰劑時進行之初始無效性評定之前，排除使用高流動氧或非侵入通氣之患者(肺順序結果之類別5)。若此藥劑通過初始無效性評定，則此等患者可能符合試驗條件。
單次輸注經一小時時段投予。密切地監測研究參與者，且根據監督輸注之醫師的判斷，調節輸注速率及/或暫停或停止輸注。
若有指示，則監督輸注之醫師可根據當地實踐使用支持性措施。索曲韋單抗提供於各自含有250 mg抗體之10 ml溶液小瓶中。索曲韋單抗必須儲存於2℃及8℃之間。對於500 mg之藥劑的給藥，需要總共2個小瓶。以1 mg /ml至10 mg/mL之濃度投予藥劑。安慰劑為來自當地供應之標準生理鹽水。若在投予期間發生輸注反應，或若參與者具有表明來自術前用藥之潛在益處的病史，則該研究調查員應確定適當的術前用藥。若參與者當中之輸注反應的頻率有保證，則可建議術前用藥。若觀測到微量輸注反應，則可在後續參與者之輸注開始之前給予乙醯胺苯酚，500 mg至1000 mg，抗組織胺及/或其他適當地指示藥劑的投予。調查員及發起人作出關於在後續參與者中實施輸注之術前用藥的決策且記錄於該研究文件中。所給予之任何預先用藥記錄為伴隨療法。
在第0天、第28天及第90天，收集靜脈血液樣品以確定針對索曲韋單抗之抗體產生。可藉由經設計以偵檢在索曲韋單抗存在下之ADA的經驗證之分析評估免疫原性。抗體可進一步針對其中和索曲韋單抗之活性的能力表徵。PK樣品之剩餘體積亦可視需要用於免疫原性評估。
在第0天、第1天、第5天、第28天及第90天，收集靜脈血液樣品以確定索曲韋單抗血清濃度用於藥物動力學評定。PK/免疫原性評定需要2 mL收集的血清。可藉由生物分析實驗室之經驗證分析評定PK樣品。PK評定使用相同2 ml血清。未計劃來自經安慰劑處理之個體的樣品的分析。用於PK之剩餘樣品可經合併且在認為適當時用於探測性代謝或生物分析方法實驗。隨著子研究之開展，可運送樣品至實驗室用於分批分析。使來自此類分析之結果返回至試驗中心資料庫。此資料及關於參與者之所有其他資料保留在試驗中心資料庫中，直至該試驗揭盲。所有參與者應在輸注之後密切地監測2小時，因為任何生物製劑存在輸注反應及過敏(包括急性過敏)之風險。
可作為輸注反應之一部分出現的症狀及跡象包括(但不限於)發熱、發冷、噁心、頭痛、支氣管痙攣、低血壓、血管性水腫、咽喉刺激、包括風疹之皮疹、瘙癢、肌痛及眩暈。
臨床站點應具有必需的設備、藥劑、足夠合格且有經驗的工作人員以及針對任何輸注反應管理之適當的醫療保險，其可包括(但不限於)氧氣、靜脈內流體、腎上腺素(/腎上腺素)、乙醯胺苯酚(/撲熱息痛)及抗組胺劑。
若參與者經歷輸注反應，則應根據跡象及症狀使用支持性照護。若在索曲韋單抗/安慰劑下出現重度及潛在地危及生命的輸注反應，則其使用應永久地中斷。以下為針對藥劑索曲韋單抗或用於索曲韋單抗之安慰劑的AESI：輸注相關反應；過敏/過敏反應。
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進行隨機化、多中心、雙盲、安慰劑對照3期研究，以評定單株抗體索曲韋單抗在暴露於SARS-CoV-2之成年及青年個體中預防COVID-19之安全性及有效性。
主要目標為評估索曲韋單抗相對於安慰劑用於在與具有SARS-CoV-2感染之個人的密切接觸者當中預防症狀性COVID-19之有效性且確定索曲韋單抗與安慰劑相比之安全性及耐受性。
次要目標為： •評估索曲韋單抗與安慰劑相比在與具有SARS-CoV-2感染之個人的密切接觸者當中預防無症狀性SARS-CoV-2感染的有效性 •評估索曲韋單抗在具有SARS-CoV-2感染之個人當中降低病毒排出持續時間之有效性 •評估索曲韋單抗在具有SARS-CoV-2感染之個人當中降低COVID-19之臨床跡象及症狀的發病率、嚴重程度及持續時間之有效性 •評估索曲韋單抗在具有SARS-CoV-2感染之個人當中達至臨床症狀緩解之時間方面的有效性 •評估索曲韋單抗在具有SARS-CoV-2感染之個人當中降低如藉由因COVID-19之住院率、入住ICU或死亡評定之進展至重度疾病的有效性 •評估索曲韋單抗之血清藥物動力學(PK) •評估對索曲韋單抗之潛在免疫原性(誘導ADA)反應 探測性目標包括： •評估索曲韋單抗在具有SARS-CoV-2感染之個人當中降低病毒負荷之有效性 •評估SARS-CoV-2病毒負荷與處理及與疾病之嚴重程度的相關性 •監測在具有經確認之SARS-CoV-2的個體中出現對索曲韋單抗具有抗性之病毒 •評估個體遺傳多態性與索曲韋單抗之作用機制及/或PK之間的潛在關係 •量測索曲韋單抗對因COVID-19所致之停止工作之時間及工作效率的影響 •評估索曲韋單抗對宿主反應之潛在生物標記物的作用
評估準則 此研究之主要有效性終點如下： •直至第2週(第15±1天)具有如以下中之一或多者定義的經實驗室確認之(RT-PCR) COVID-19之個體的比例： 1.急性呼吸道症狀(咳嗽、產生痰、喉嚨痛或呼吸急促)； 或 2.發熱＞38℃； 或 3.以下症狀中之2種或更多種(疲勞、肌肉痛/關節痛、發冷、噁心/嘔吐、腹瀉、嗅覺缺失/味覺障礙) 此研究之主要安全性終點如下： •在投予索曲韋單抗之後具有處理出現的不良事件(AE)及嚴重AE (SAE)之個體的比例 •臨床評定包括(但不限於)實驗室測試結果 此研究之次要終點如下： •在具有陰性基線測試之個體中直至第2週(第15±1天)經實驗室確認之(RT-PCR)無症狀性SARS-CoV-2感染的發生率 •來自鼻拭子之如藉由RT-PCR評定之索曲韋單抗與安慰劑處理組之間的病毒排出持續時間的差異 •  COVID-19之臨床跡象及症狀的發生率、嚴重程度及持續時間 •因COVID-19而需要住院之參與者百分比 •需要ICU照護之參與者百分比 •需要機械式通氣或ECMO之參與者百分比 •  COVID-19相關死亡之參與者百分比 •血清中之索曲韋單抗濃度 •血清ADA對索曲韋單抗之發生率及效價(若適用) 此研究之探測性終點包括： •來自鼻拭子之如藉由qRT-PCR評定之索曲韋單抗與安慰劑處理組之間疾病發作時之病毒負荷的差異 •病毒負荷(qRT-PCR)及COVID-19嚴重程度之間的關係 •在具有陰性基線測試之個體中在第4週時藉由血清學之經實驗室確認之SARS-CoV-2感染的發生率 •如由基因分型確定之FcR多態性 •如由基因分型確定之免疫球蛋白G1 (IgG1)同種異型 •工作效率及活性減弱(WPAI)相對於基線的變化 •根據EQ-5D-5L之健康相關生活品質相對於基線的變化 •如藉由宿主轉錄組及免疫表型分析評定之索曲韋單抗投予對宿主反應之生物標記物的影響個體數目
約1350名個體(450/處理組)入選。
診斷及主要合格性準則 1.  12歲或更大之男性及女性個體 2.具有已知PCR確認之SARS-CoV-2感染之個體(指標)的緊密接觸者 緊密接觸定義為： a.在指標診斷之前7天內與指標病例同住，包括在諸如長期照護設施或護理之家之聚集環境中的居住或工作者 b.醫療工作人員、第一線救護人員或其他照護人員 c.自最後一次暴露(與具有SARS-CoV-2感染之個體密切接觸)至指標病例低於3天 4.女性個體必須具有陰性懷孕測試或絕經後狀態之確認 5.在給藥之前在4小時內針對SARS-CoV-2感染之陰性快速測試研究參與之持續時間
各個體之研究(包括篩選)的總估計時間為直至36週。在隨機化之前在24小時內篩選個體。在研究藥物之後，直至第6週(D43±3)針對終點評定評估個體且直至36週針對安全性追蹤評估。研究設計
此為用於在暴露於病毒之成年人中預防症狀性SARS-CoV-2感染的2劑量位準之索曲韋單抗的隨機化、雙盲、安慰劑對照研究。該研究經設計以評估較低及較高劑量索曲韋單抗與安慰劑相比在預防症狀性SARS-CoV-2感染中之有效性。
此研究招募約1350名12歲或更大的無症狀性男性及女性個體，包括具有共病症之個體，該等個體為與具有逆轉錄酶-聚合酶連鎖反應(RT-PCR)確認之SARS-CoV-2感染的密切接觸者(亦即家庭成員或健康照護提供者)。在篩選時使用快速診斷測試以豐富不具有所建立的感染之個體。符合條件的個體經1:1:1比率隨機化以接受索曲韋單抗較低劑量、索曲韋單抗較高劑量或安慰劑作為在第1天之單次投予。
非依賴性資料監測委員會(DMC)由具有相關專門知識之成員召集組成以審查研究資料。DMC之目的為監測安全性、有效性及無效性且基於在安慰劑組中之所觀測的感染率確定重新調整樣品量的需求。進行二個中期分析。第一中期分析在約20%個體已入選(約90/組)之後進行，以評定S309 N55Q LS之各劑量位準的安全性及耐受性。
第二中期分析在約50%個體已入選(約225/組)之後進行以評定安全性、無效性及有效性。因安全性問題或缺乏有效性可中斷劑量位準。
若出現用於SARS-CoV-2預防之有效藥劑的資料，則該方案可經修改以在對照組中包括新標準照護藥劑。
該研究包括針對密集PK及ADA樣品集合之約75名個體(25名/臂)的PK子研究。所有其他個體具有稀疏PK及ADA樣品集合。若將新批次之索曲韋單抗引入至該研究中，則額外個體可包括於密集PK及免疫原性子研究中。研究程序 篩選：
在隨機化之前在24小時內進行篩選且包括手寫的知情同意書、合格性之確定、人口統計資料之收集、過去及當前醫學病況(包括已知懷孕及/或哺乳狀態)、伴隨藥物治療及關於暴露於指標病例之資訊。 給藥(第1天)：
在第1天收集RT-PCR之基線鼻拭子之後，使符合條件的個體隨機化以接受索曲韋單抗或安慰劑。使個體在給藥後最少4小時留在診所，以評定索曲韋單抗之安全性及局部耐受性且完成評定。 追蹤期：
自第1天直至第2週訪問，個體完成每日日記。此調查包括感染之臨床跡象及症狀之文件以及伴隨藥物治療審查。另外，所有個體在家中在第4、7及10天收集鼻拭子以監測無症狀性SARS-CoV-2感染。研究組成員經由電話接觸個體以評估不良事件且為完成研究程序提供支持。個體在第2週(第15±1天)及第6週(第42±3天)接受臨床內訪問且完成評定。
若個體經歷定義為急性呼吸道症狀(乾咳、呼吸急促、喉嚨痛或產生痰)之症狀發作；或發熱＞38.0℃；或≥2種以下症狀：肌痛/關節痛、發冷、噁心/嘔吐、腹瀉、嗅覺缺失/味覺障礙，則根據COVID-19監測時程追蹤個體。
符合潛在症狀性COVID-19之準則的個體完成SARS-CoV-2感染之臨床內評估，包括用於確認感染之鼻拭子。個體繼續完成每日日記持續症狀發作後21天。收集額外鼻拭子以評定病毒負荷及病毒排出持續時間。在此等個體中，在陽性測試之後第一週每隔一天收集鼻拭子，且隨後在感染後第二週及第三週期間每隔3天收集鼻拭子。
在給藥之後直至36週追蹤個體以評定安全性、PK及免疫原性。追蹤持續時間由基於NHP PK之異速生長尺度變化(allometric scaling)的索曲韋單抗之預測人類t1/2告知。在方案中指定最終追蹤時段。在第6週訪問與最後追蹤訪問之間，藉由電話接觸個體以便監測不良事件。產物、劑量及投予模式
索曲韋單抗為一種針對SARS-CoV-2刺突蛋白之工程化人類IgG單株抗體，其經修飾以增加半衰期。索曲韋單抗在較低或較高劑量位準下以單次劑量靜脈內或肌肉內投予。隨機化至安慰劑之個體藉由肌肉內注射投予無菌無防腐劑之標準生理鹽水0.9%溶液。統計方法
並非所有暴露於SARS-CoV-2之個體將被感染或發展出症狀，且早期估計使家庭成員在可能的暴露之後處於3%至15%感染風險下。出於計算樣品量之目的，使用估計的10%疾病侵襲率。樣品量經選擇以在0.05雙側1型誤差之實驗室確認之症狀性COVID-19的終點下達成80%檢定力，疾病侵襲率為10%及索曲韋單抗在減少症狀性COVID-19中之有效性為50%。基於此等假定，每處理臂約450名個體入選(總1350名)。
針對此研究進行二個中期分析。第一中期分析在約20%個體已入選(90/組)之後進行，以評定索曲韋單抗之各劑量位準的安全性及耐受性。因安全性問題可中斷劑量位準。第二中期分析在約50%個體已入選(225/組)之後進行以評定安全性、無效性及有效性。因安全性問題或缺乏有效性可中斷劑量位準。基於在中期分析時所觀測到的疾病侵襲率，可調整樣品量以提高達成符合主要終點之總體預期案例數目的可能性。為了將總體1型錯誤率(「α」)適當控制在0.05位準下，使用O'Brien-Fleming方法以在第二中期分析(0.0052)與最終分析(0.048)之間分配α。
使用ITT群體(所有隨機化個體)進行所有有效性分析。亦在mITT群體(在基線訪問時呈SARS-CoV-2陰性之個體)中評估症狀性及無症狀性SARS-CoV-2感染之發生率。在接受任何量之研究藥物的所有個體中評定安全性。
該研究之其他細節展示於圖4中。實例44 索曲韋單抗用於在暴露於SARS -CoV -2 之 成年及青年個體當中預防COVID -19 之3 期 臨床研究
進行隨機化、雙盲、安慰劑對照3期研究以評估索曲韋單抗用於預防COVID-19之安全性及有效性。使約3150名參與者以2:1比率隨機化以分別接受索曲韋單抗或安慰劑，以評估索曲韋單抗用於預防COVID-19之安全性及有效性。
主要目標為評估在預防COVID-19中相對於安慰劑之安全性及有效性。主要終點為直至第13週(3個月)如以下所定義之經方案定義之COVID-19的發病率： • 來自鼻咽拭子之陽性SARS-CoV-2逆轉錄酶聚合酶連鎖反應(RT-PCR) 及 • 在至少24小時時段之後持續或再次出現以下症狀中之至少一或多者的新發作(或惡化)： o發熱＞38℃、發冷、咳嗽、喉嚨痛、不適、頭痛、肌肉痛、嗅覺或味覺改變、鼻充血/鼻漏、嘔吐、腹瀉、運動時呼吸急促
此為對於臨床醫師及參與者二者而言臨床上有意義的終點，因為預防症狀性COVID-19可引起此疾病之發病率及死亡率下降以及潛在地引起傳播下降。另外，統計測試分層方法用以控制總體I型誤差，以確定索曲韋單抗在額外時間點時(直至第17、21及26週)預防經方案定義之症狀性COVID-19方面的有效性。
包括預防經CDC定義之症狀性COVID-19及預防無症狀性SARS-CoV-2感染(如在第13及26週時藉由血清轉化評定)之其他次要有效性終點亦為臨床上相關的。
若直至第26週參與者已完成該研究，則他/她視為已完成該研究。
在提供知情同意書時18歲或更大(除韓國之外，其中參與者為19歲或更大)且為任何性別之參與者為符合條件的。女性參與者必須符合且同意遵守由下文列舉之避孕準則。女性所用之避孕應與當地關於參與臨床研究者之避孕方法的法規一致。
若女性參與者未懷孕或未哺乳，且符合以下條件中之一者，則其符合參與的條件： a.為無生育能力(WONCBP)之女性，或 或 b.具有生育能力(WOCBP)且使用高效避孕方法，在研究干預期間及直至在研究干預之最後一個劑量之後26週的失敗率＜1%的女性。 調查員應評估與研究干預之第一劑量有關的避孕方法失敗(例如，不順從、近期開始)之可能性。
WOCBP必須在研究干預之第一劑量之前具有陰性高敏懷孕測試(當地法規要求的尿或血清)。 a.若尿測試無法確認為陰性(例如，不明確的結果)，則需要血清驗孕測試。在此類情況下，若血清驗孕結果呈陽性，則參與者必須自參與中排除。 b. 在該研究干預期間或之後針對懷孕測試之額外要求可能就位。
調查員審查病史、月經史及近期性活動，以降低將早期未偵測出懷孕之女性納入的風險。
參與者能夠提供知情同意書。參與者同意包括如活動時程表所指定之收集鼻咽拭子、自收集的中鼻甲拭子及靜脈血液之研究程序。參與者能夠且願意完成研究監測調查表及活動。
參與者在篩選入選期間具有抗刺突蛋白SARS-CoV-2抗體測試。具有陽性抗刺突蛋白SARS-CoV-2抗體測試之參與者未入選。參與者在給藥之前第1天具有鼻咽SARS-CoV-2 RT-PCR及抗N SARS-CoV-2抗體測試。發現在第1天具有陽性SARS-CoV-2 RT-PCR測試或陽性抗N SARS-CoV-2抗體測試之參與者自主要分析(mITT)群體中排除。排除準則
若參與者適於以下任何準則，則排除在研究之外：
醫學病況 1.先前陽性SARS-CoV-2 RT-PCR或抗原測試病史或陽性SARS-CoV-2血清學測試病史(包括在篩選期間)。 2.在隨機化之前在7天內具有或不具有呼吸道症狀(例如，咳嗽、鼻充血)之發熱性疾病 3.如藉由調查員判定不穩定的醫學病況及預期在研究參與持續時間內不會存活 4.參與者具有在調查員看來將阻止接受肌肉內注射之任何病況，諸如凝血障礙、瘀青或血小板減少症 5.已知對研究產品中存在之任何成分過敏。6. 先前對單株抗體之急性過敏或過敏 7.調查員判定為直至第26週不大可能或無法遵守方案之要求的參與者
先前藥物 8.在參與之前時任何時間接受COVID-19疫苗，或在該研究之前13週期間計劃接受COVID-19疫苗 9.在入選之前48小時內接受任何疫苗。在給藥之後2週，不允許接種疫苗。 10.接受來自COVID-19存活者之任何SARS-CoV-2高免疫靜脈內免疫球蛋白(hIVIG) 11.在篩選之前及/或在研究期間，在3個月或5個半衰期內(以較長者為凖)接受來自經恢復COVID-19患者之恢復期血漿或抗SARS-CoV-2 mAb
先前 / 併發臨床研究經歷 12.在第1天之前90天內或研究性化合物之5個半衰期內(以較長者為凖)入選針對SARS-CoV-2/COVID-19之任何研究性藥物或裝置研究。其他排除
13.懷孕或哺育母乳的女性 (不管生育能力狀態之所有女性參與者在篩選時/給藥前必須具有陰性懷孕測試)
索曲韋單抗經調配成於單次使用瓶中之溶液(62.5 mg/ml)。單位劑量強度為500 mg/瓶(500 mg/8 mL)。索曲韋單抗藉由肌肉內注射以單次劑量(500 mg，一次)投予。安慰劑為當地採購的無菌0.9% (w/v)氯化鈉溶液，藉由肌肉內注射以單次劑量投予。簡明概述： 引入期
該研究之引入期意欲藉由頻繁評定注射部位反應(ISR)及用於PK分析之密集血液取樣評估索曲韋單抗之安全性、耐受性及藥物動力學(PK)。將此等參與者與擴增期參與者合併以便有效性評定。約21名參與者入選且以2:1隨機化以接受VIR-7831 (N=14)或相同體積生理鹽水安慰劑(N=7)。在給藥之後6小時監測參與者以便安全性監視及局部注射部位耐受性評定。在6小時結束時，使其出院。在入選引入期時暫停隨機化，直至第8天藉由聯合安全性審查小組(JSRT)之安全性評定建議繼續。若JSRT需要上報至IDMC，則暫停隨機化以等待IDMC提出的建議。密集PK 取樣及免疫原性
入選引入期中之所有參與者具有用於PK血液取樣之額外時間點。收集血清PK及抗藥物抗體(ADA)樣品。
該研究之引入期概述於方案2中，其中索曲韋單抗被標識為VIR-7831。方案2 . 引入期
Figure 02_image003
擴增期
該研究之擴增期門控至安全以進行來自JSRT之建議。特定言之，在局部注射部位耐受性評定資料(ISR)及來自引入期直至追蹤第8天藉由JSRT之其他安全性資料的盲化評定之後，隨機化開始至擴增期中。
約3129名額外參與者入選且以2:1比率隨機化，以分別經由肌肉內投予接受索曲韋單抗或相同體積生理鹽水安慰劑。
直至在自臨床/研究單元出院之前給藥後1或2小時監測擴增期中之參與者。監測持續時間(1或2小時)係基於評定來自引入期之ISR。關於檢測持續時間之決策作為JSRT建議之部分傳達至位點，且作為方案檔案筆記。
在整個研究期間經由二種機制針對COVID-19監測來自引入及擴增期二者之參與者，如下： 1.向參與者提供用於查看的COVID-19跡象及症狀之印刷指南，及在經歷彼等症狀中之任一者的24小時內呼叫的研究站點電話號碼，或若其具有懷疑其可能感染SARS-CoV-2之任何其他原因。 2.另外，該站點自第1天直至第13週(自第13週至第26週每二週)向參與者定期每週一次電話呼叫，以捕獲不良事件(AE)、嚴重不良事件(SAE)，且與參與者一起審查
COVID-19症狀檢核表。
在該研究開始時向所有參與者提供鼻(中鼻甲)拭子自測試套組及用於中央實驗室測試之返回信封。在26週研究追蹤期間經歷COVID-19症狀之任何參與者受指示立即使用自測試套組，且遵循用於管理疑似COVID-19之任何額外當地指導。彼等測試呈陽性者完成每週自報導式COVID-19症狀監測及每週工作效率及活性減弱(WPAI)調查表，且在症狀發作之後根據COVID-19疾病監測時程表追蹤持續4週。若參與者測試呈陰性但仍經歷症狀，則將第二自收集套組送至參與者用於重複測試。
所有參與者具有定期電話呼叫且參加特定追蹤訪問，以評定有效性、安全性及PK (稀疏)。參與者數目：
使約3150名參與者隨機分配至該研究干預以2:1比率接受索曲韋單抗或安慰劑。接受該研究干預之任何參與者視為可評估的。研究篩選、隨機化及持續時間
在第1天之前的14天期間進行篩選評定。在第1天在肌肉內劑量下以盲化方式處理符合條件的參與者，且追蹤直至研究結束(EOS) - 26週(6個月)。參與者經由EOS保持盲化。追蹤患上COVID-19之參與者直至症狀性感染後4週或EO (以較早者為凖)。
引入及擴增期二者中之參與者的隨機化基於以下分級： ‧ 年齡層(＜65歲，≥65歲)風險增加之暴露組 ‧ 存在免疫功能不全病況
藉由國家區域隨機化。獨立資料監測委員會
非盲非依賴性資料監測委員會(IDMC)評估索曲韋單抗之總體安全概況，包括在整個研究過程中評估與隨機化至安慰劑相比隨機化至索曲韋單抗參與者中之COVID-19案例的發生率及嚴重程度。IDMC之角色及責任，包括成員資格、範疇、會議頻率及通信計劃，定義於IDMC章程中。如IDMC章程所概述，在整個研究期間定期舉行IDMC會議。聯合安全性審查小組
由來自臨床研究、藥物警戒及研究贊助商之統計資料的小組成員組成之聯合安全性審查小組(JSRT)確定在插入式盲化資料審查期間所鑑別之安全性問題是否需要上報給IDMC。JSRT負責如上文所述之引入期的盲化安全性審查，必要時上報給IDMC。IDMC根據IDMC章程中定義之流程行事。擴增期之起始視安全進行JSRT之建議而定。JSRT之責任及評定頻率可在相關安全性審查小組(SRT)文檔中獲得。
直至第13週(3個月)經方案定義之COVID-19的發病率，且使用帕松回歸模型分析進行以評估相對風險。該模型包括處理組、年齡層、暴露風險組、免疫功能不全組及國家之術語。然而，對於無事件之國家，國家可分解成用於該模型之區域。呈現相對風險、95%信賴區間及對應p值用於比較索曲韋單抗與安慰劑。實例 45 用於輕度 / 中度 COVID - 19 之 肌肉內索曲韋單抗
進行3期隨機化、多中心、開放標籤試驗，以評定在具有較高風險之非住院患者中用於治療輕度/中度COVID-19之肌肉內相對於靜脈內給予之索曲韋單抗的有效性、安全性及耐受性。組及干預如表15中。表 15 . 組 及干預
組 指定干預
活性比較劑：索曲韋單抗500mg靜脈內，藉由靜脈內輸注給予之索曲韋單抗 索曲韋單抗500mg靜脈內
實驗：索曲韋單抗500mg肌肉內，藉由肌肉內注射給予之索曲韋單抗 索曲韋單抗500mg肌肉內
實驗：索曲韋單抗250mg肌肉內，藉由肌肉內注射給予之索曲韋單抗 索曲韋單抗250mg肌肉內
結果量測
主要結果量測： 1.  COVID-19進展 [時間範圍：直至第29天]
次要結果量測： 2.出現不良事件(AE) [時間範圍：直至24週] 3.出現嚴重不良事件(SAE) [時間範圍：直至24週] 4.出現特別感興趣的不良事件(AESI) [時間範圍：直至24週] 5.血清抗藥物抗體(ADA)對索曲韋單抗之發生率及效價(若適用) [時間範圍：直至24週] 6.如藉由qRT-PCR所量測之鼻分泌物中SARS-CoV-2病毒負荷的平均曲線下面積 [時間範圍：直至第8天] 7.藉由qRT-PCR之病毒負荷相對於基線的變化 [時間範圍：直至第8天] 8.在第8天藉由qRT-PCR具有持續性較高SARS-CoV-2病毒負荷之參與者的比例 [時間範圍：直至第8天] 9.重度及/或危重呼吸道COVID-19之發展 [時間範圍：直至第29天] 10.血清中之靜脈內及肌肉內索曲韋單抗藥物動力學(PK) [時間範圍：直至第24週]合格性
最小年齡：12歲 最大年齡： 性別：所有 基於性別：無 接受健康志願者：無 準則：納入準則： •參與者在同意時必須為12歲或更大且處於COVID-19進展之較高風險或≥65歲 •參與者必須具有陽性SARS-CoV-2測試結果及在室內空氣中的氧飽和度≥94%且具有COVID-19症狀及自症狀發作起低於或等於7天 排除準則： •當前住院或藉由調查員判定為可能在隨後24小時內需要住院 •與重度COVID-19一致之症狀 •調查員判定為可能在隨後7天內死亡之參與者 •已知對研究產品中存在之任何成分過敏。實例 46 在具有輕度至中度冠狀病毒疾病 2019 ( COVID - 19 ) 之非住院參與者中的第二代索曲韋單抗物質的 II 期研究
使用穩定轉染的細胞之非純系池產生用於實例39-40所述之研究中的索曲韋單抗藥物材料。此被稱為「Gen1」藥物材料。「Gen2」藥物材料係使用衍生自轉染物初始池中之純系主細胞庫製得。進行多中心、隨機化、雙盲、平行組II期研究，以評估具有輕度至中度COVID-19之非住院參與者中的Gen2藥物材料之安全性、耐受性及藥物動力學。
主要目標為評估Gen2及Gen1索曲韋單抗藥物材料之安全性及耐受性。終點為：直至第29天出現不良事件(AE)；直至第29天出現嚴重不良事件(SAE)；直至第29天出現特別感興趣的不良事件(AESI)；直至第29天出現12導聯心電圖(ECG)讀數上之臨床上顯著異常；及直至第29天出現疾病進展事件(不歸類為AE)。
次要目標為： (1)為評定血清中之索曲韋單抗Gen2及Gen1的藥物動力學(PK) 終點：Cmax 、Clast 、Tmax 、Tlast 、AUCD0 - 28 、AUCinf 、AUClast 、%AUCexp 、t1 / 2 、λz 、Vz 、Vss 、CL； (2)為評估索曲韋單抗Gen2及Gen1之安全性及耐受性概況 終點：直至第24週出現SAE；直至第24週出現AESI；直至第24週出現12導聯ECG讀數上之臨床上顯著異常；直至第24週出現疾病進展事件(不歸類為AE)。
探索性終點為： (1)為了評定索曲韋單抗Gen2及Gen1之潛在免疫原性 終點：血清抗藥物抗體(ADA)對索曲韋單抗之發生率及效價(若適用) (2)為了表徵索曲韋單抗Gen2及Gen1對呼吸道樣品中之病毒排出概況的作用。 終點：來自唾液樣品之如藉由定量逆轉錄酶聚合酶連鎖反應(qRT-PCR)所量測直至第29天所有訪問時之病毒負荷相對於基線的變化。
此研究為用於在非住院患者中預防輕度至中度COVID-19之進展的針對SARS-CoV-2之索曲韋單抗，單株抗體(mAb)的隨機化、雙盲、多中心、平行組II期試驗。使具有早期輕度至中度COVID-19之參與者3:1隨機化以接受Gen2或Gen1研究材料之單次500 mg靜脈內輸注。評估安全性、耐受性及PK。
在輸注開始之前在24小時內進行篩選評定。符合條件的參與者在第1天以盲化方式用單次靜脈內劑量處理且追蹤直至24週。在第1天重新監測參與者持續約9小時用於安全性評定及密集PK取樣。
該研究包括具有如藉由當地實驗室測試及/或定點照護測試確認之SARS-CoV-2感染的非住院患者。研究Gen1或相同體積Gen2材料之單次劑量位準且經由靜脈內輸注遞送。參與者在臨床/研究單元中接受輸注，其中密切監測其在輸注後期間之不良事件。針對研究活性及臨床監測之後續訪問經由臨床或家庭護理訪問進行(除第16週之外)。雙盲設計為一種用於隨機化受控研究以使偏差降至最低的標準方法論。包括Gen1研究臂以維持在研究過程期間Gen1相對於Gen2索曲韋單抗研究材料接受者之盲法。此盲法對於使可在研究評定期間，包括在評估AE及疾病相關安全性結果期間出現之偏差降至最低為至關重要的。
藉由JSRT定期審查盲化安全性資料直至第24週。在此研究中不存在安慰劑，因為主要目標為評估Gen2材料之安全性及耐受性。所有參與者在此研究期間接受針對COVID-19疾病之標準照護，包括若負責調查員認為有必要，則住進醫院。
分析型可比較性研究支持臨床研究中之Gen2的用途。實例47 藉由 S309 抗體之 SARS - COV2 中和的非 ACE2 依賴性機制
在以下實驗中，S309抗體(SEQ ID NO.:105之VH、SEQ ID NO.:168之VL)表示為具有M428L及N434S Fc突變之重組IgG1。研究ACE2過度表現對感染之S309抗體中和的作用。Vero E6或Vero E6-TMPRSS2細胞在S309 (10 µg/ml)存在下經SARS-CoV-2 (分離株USA-WA1/2020)在MOI 0.01下轉染。感染後24 h固定細胞，對病毒核衣殼蛋白免疫染色且定量。在經抗體處理細胞中核蛋白殼染色有效不存在。S309在Vero E6細胞中的IC50 (ng/ml)為65且在Vero E6-TMPRSS2中為91 (資料未示出)。
一組7個細胞株(HeLa、293T (wt)、Vero E6、Huh7、293T ACE2、MRC 5-ACE2-TMPRSS2、A549-ACE2-TMPRSS2純系5、A549-ACE2-TMPRSS2純系10)在S309存在下經SARS-CoV-2-Nluc或經SARS-CoV-2刺突蛋白假模式化之VSV轉染。螢光素酶訊號在感染後24 h定量。S309最大中和值如表16中所示。表16 . S309 之 最大中和值
 細胞類型 病毒 / 假模式標本
SARS-CoV-2-Nluc VSV 假模式標本
Vero E6 ＞99% ＞99%
Vero E6-TMPRSS2 ＞99% 96%
Huh7 98% 78%
293T ACE2 26% 34%
MRC5-ACE2-TMPRSS2 87% 45%
A549-ACE2-TMPRSS2純系5 89% 65%
A549-ACE2-TMPRSS2純系10 81% 42%
純化的螢光標記之SARS-CoV-2刺突蛋白與此等細胞株之結合係藉由流式細胞測量術定量。HeLa及239T WT細胞已具有最低MFI，接著Huh7及VeroE6細胞。293T ACE2細胞(最高)、MRC 5-ACE2-TMPRSS2 (第三高)、A549-ACE2-TMPRSS2純系5 (第四高)及A549-ACE2-TMPRSS2純系10 (第二高)具有更高MFI。確定在S309之刺突蛋白結合最大中和潛力之間的相關性分析；針對二種病毒模型之S309 Spearman相關值為r = -0.94。p=0.017。
為了進一步表徵SARS-CoV-2敏感性細胞株，使上文所述之七個細胞株與純化的螢光標記之SARS-CoV-2刺突蛋白或RBD蛋白質一起培育，且藉由流式細胞測量術定量蛋白質結合。按MFI之降序，細胞株為：A549-ACE2-TMPRSS2純系10；293T ACE2；MRC 5-ACE2-TMPRSS2；A549-ACE2-TMPRSS2純系5；Vero E6；Huh7；293T (wt)；及HeLa。
使用經SARS-CoV-2 VSV假病毒轉染之HEK293T細胞篩選所選凝集素及所公開之受體候選物。ACE2、DC-SIGN、L-SIGN及SIGLEC-1得到最高訊號。ACE2提供約105 個相對發光單位(RLU)之訊號，且DC-SIGN、SIGLEC-1及L-SIGN具有約104 個RLU之訊號。所有所測試之其他凝集素/候選物得到約102 - 103 個RLU之訊號。
HEK 293T、HeLa及MRC5經短暫轉導以過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2，且經SARS-CoV-2 VSV假病毒轉染。包括未感染細胞及未經轉導之細胞作為對照。在HEK293T細胞中，ACE2、DC-SIGN、SIGLEC-1及L-SIGN均引起感染之實質性增加。在HeLa及MRC5細胞中，僅ACE2增加感染。
過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2之穩定的HEK293T細胞株經可靠的SARS-CoV-2 (MOI 0.1)轉染，固定且在24小時時針對SARS-CoV-2核蛋白進行免疫染色。野生型細胞(感染及未感染)用作對照。在過度表現DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC-1之細胞中觀測到增加之染色，且在過度表現ACE2之細胞中染色顯著增加。
穩定的細胞株經SARS-CoV-2-Nluc轉染且在24小時時定量螢光素酶位準。按RLU之升序為：未感染(約102 -103 RLU)；親體293T (約104 RLU)；DC-SIGN (約105 RLU)；L-SIGN (約105 RLU)；SIGLEC-1 (約105 -106 RLU)；ACE2 (＞107 RLU)。
使穩定的細胞株與不同濃度之抗SIGLEC1 mAb (純系7-239)一起培育且經SARS-CoV-2-Nluc轉染。感染佔未處理細胞之百分比在表現DC-SIGN、L-SIGN或ACE2之293T細胞中保持幾乎超過100%，但在表現SIGLEC-1之293T細胞中降至50%以下(0.2 μg/mL抗-SIGLEC)至將近0 (1 μg/mL或5 μg/mL抗-SIGLEC)。
在衍生自人類肺細胞Atlas (nature.com/articles/s41586-020-2922-4)之不同肺細胞類型中確定所選潛在SARS-CoV-2 (共)受體候選物的單一細胞表現位準。以類似於或甚至比ACE2更高的位準在肺中在多種細胞類型中表現DC-SIGN、L-SIGN及SIGLEC-1。
藉由流式細胞測量術及免疫螢光分析對在穩定地過度表現對應黏附受體之HEK293T細胞上靶向DC-/L-SIGN、DC-SIGN、SIGLEC1或ACE2之抗體的結合進行分析。過度表現對應的黏附受體之HEK 293T細胞經藉由SARS-CoV-2野生型刺突蛋白或攜載B1.1.7譜系之刺突蛋白假模式化的VSV轉染。感染後一天分析發光。在表現黏附受體之細胞中感染增加。對於各測試組，藉由經刺突蛋白假模式化之VSV的感染為類似的。表現ACE2之細胞得到最高發光訊號。
活體外分化moDC或PBMC之Vero E6細胞經SARS-CoV-2在MOI 0.01下轉染。在感染後24 h，固定細胞，針對病毒核衣殼蛋白進行免疫染色且定量經感染細胞。僅VeroE6細胞表現出感染(約7%細胞)。在24、48及72 h時獲取經感染細胞之上清液且在Vero E6細胞上藉由FFU分析定量感染性病毒效價。
評定在重度COVID-19患者之支氣管肺泡灌洗液(BALF)及痰中具有可偵測SARS-CoV-2基因體之主要細胞類型。得到t-SNE曲線，且確定各SARS-CoV-2+細胞類型之計數(總n=3,085個細胞，來自8名個體，於Ren等人Cell 2021中)。細胞類型為T、NK、血漿、嗜中性白血球、巨噬細胞、纖毛、鱗狀及分泌性細胞。針對各細胞評定ACE2、DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1及此等之組合的表現。
ACE2、DC-SIGN (CD209)、L-SIGN (CLEC4M)、SIGLEC1轉錄計數與巨噬細胞及分泌細胞中之SARS-CoV-2 RNA計數值相關。相關性基於來自Ren等人Cell 2021之計數(在對數轉換之前)。
藉由用編碼轉殖基因之慢病毒轉導HEK293T細胞產生細胞株以過度表現DC-SIGN、L-SIGN或ACE2，且進行免疫螢光分析以評定轉殖基因表現。
DC-SIGN或L-SIGN之表現使假病毒感染位準與WT HEK293T細胞之感染相比增加超過10倍，且ACE2之表現使假病毒感染位準與WT HEK293T細胞之感染相比增加超過100倍。
在經工程化HEK293T細胞中評定例示性mAb S309針對VSV假病毒之中和活性。S309經由DC-SIGN及L-SIGN完全中和感染，且在較低程度下經由ACE2。
活SARS-CoV-2使用螢光素酶報導子感染HEK293T細胞之能力係使用發光分析檢測。DC-SIGN或L-SIGN之表現使活病毒感染位準與WT HEK293T細胞之感染相比增加超過3倍，且ACE2之表現使活病毒感染位準與WT HEK293T細胞之感染相比增加超過100倍。
在經工程化HEK293T細胞中評定mAb S309針對VSV假病毒之中和活性。S309經由DC-SIGN及L-SIGN完全中和感染，且經由ACE2在較低程度下中和感染。
進行實驗以研究S309抗體是否可經由SIGLEC-1中和SARS-CoV-2進入。簡言之，如上文所述產生穩定的細胞HEK293T株以過度表現DC-SIGN/L-SIGN、DC-SIGN、SIGLEC-1或ACE2。DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC之表現使活病毒感染位準與WT HEK293T細胞之感染相比增加超過10倍，且ACE2之表現使假病毒感染位準與WT HEK293T細胞之感染相比增加超過100倍。S309經由DC-SIGN、L-SIGN及SIGLEC-1完全中和感染。
在多種細胞類型上確定DC-SIGN (CD209)及包括SIGLEC-1及其他SIGLEC之其他細胞表面受體蛋白質的表現。
進行其他實驗以研究DC-SIGN、L-SIGN及SIGLEC-1在SARS-CoV-2感染中之功能。在一組實驗中，穩定地表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2之HEK293T細胞以三種不同感染倍率(MOI：0.01、0.1及1)經活SARS-CoV-2 Nluc轉染。使用相對發光單元確定感染且與HEK293T細胞(親體)中之感染進行比較。在所測試之最低MOI下，在DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC中觀測到感染增加。在所測試之最高MOI下，相較於親體，感染未藉由DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC之表現進一步增加。此等資料指示，親體293T細胞對SARS-CoV-2之感染敏感，且L-SIGN、DC-SIGN及SIGLEC-1增加感染位準但不充當用於感染之主要受體。
在另一組實驗中，293T細胞、HeLa細胞及MRC5細胞經編碼DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2之慢病毒短暫轉導且在轉導之後三天經VSV假病毒轉染。293T細胞表現出易感性之較低位準(比較未感染與未經轉導)，而HeLa及MRC5細胞則完全對病毒具有抵抗性。293T細胞中之較低感染位準可藉由L-SIGN、DC-SIGN或SIGLEC-1之表現而增加，與此等蛋白質作為黏附因子之作用一致。HeLa及MRC5細胞甚至在L-SIGN、DC-SIGN或SIGLEC-1之表現之後仍對感染具有抵抗性，且僅在ACE2之表現之後變為易感。此等資料指示，L-SIGN、DC-SIGN及SIGLEC-1不為SARS-CoV-2之主要受體。實例 48 動物感染模型中之 S309 抗體的活體內功效
在敍利亞倉鼠中研究S309之有效性。此動物模型表示迄今為止SARS-CoV-2感染之最相關模型，其不需要ACE2之活體內過度表現以支持產毒性感染及疾病。預防性投予S309誘導針對在倉鼠中SARS-CoV-2感染及組織損害之劑量依賴性保護，如藉由肺中之病毒RNA位準、病毒負荷以及組織病理學評分所表明。此等資料指示，當使用ACE2過度表現細胞時藉由S309活體外進入之不良及不完全中和不會危害非RBM mAb之活體內功效。
攜載N297A突變之S309由於與Fcγ受體之接合減弱而具有降低之觸發效應功能的能力。此藉由在脾臟中S309-N297A變異體與倉鼠單核細胞的結合降低進一步確認。用N297A mAb量測之活體內有效性與wt S309類似或僅略遜於其，此表明在此等條件下mAb之中和能力勝於其效應功能能力。使肺中之病毒RNA降低90%所需的S309之血清濃度為9 µg/ml。實例49 針對 SARS - COV - 2 變異體之抗體活性
已出現多個SARS-CoV-2變異體，其中在2020年報導的變異體感染之數目增加。受體結合模體(RBM)似乎對突變尤其可變。已在蘇格蘭、英國、南非、加利福尼亞、哥倫布及丹麥的水貂中觀測到顯著的新出現的變異體，且已報導一些突變引起抗體逃避或血清中和。進行實驗以評定S309抗體中和變異體之能力。針對攜載一組20個最常見的SARS-CoV-2 RBD變異體突變之SARS-CoV-2測試S309 N55Q MLNS (VH：SEQ ID NO.:113；VL：SEQ ID NO.:168；具有M428L及N434S Fc突變)，如由序列讀段確定。包括抗體REGN10933及REGN10987 (Hansen等人, Science 369(6506):1010-1014；eabd0827-0810 (2020)及PDB 6XDG (rcsb.org/structure/6XDG))用於比較。結果概述於表17中。表 17 . 針對 SARS CoV - 2 變異體之藉由抗體中和的概述
變異體突變 S309 N55Q MLNS REGN10933 REGN10987
N501Y (英國、南非及巴西突變體) Y Y Y
S477N Y Y Y
N439K (蘇格蘭突變體) Y Y N
L452R (加利福尼亞突變體) Y P P
E484K (南非及巴西突變體) Y N Y
Y453F (貂突變體) Y N N                (4x減小)
A520S Y Y Y
K417N (南非突變體) Y                        (K417N/V) N Y (K417N/E/V)
S494P Y N P
S477R P ? P
V367F Y Y Y
P384L Y P P
A522S Y P P
A522V Y P P
V382L Y P P
N501T Y P P
P330S Y P P
T478I Y ? P
S477I Y ? P
P479S Y P P
Y =活病毒或假病毒之中和減小低於三倍 N =活病毒或假病毒之中和減小超過三倍 P =由於變異體胺基酸位於表位外部預測藉由抗體之中和 ? =未知。
已知逃逸抗體之SARS-CoV-2定序突變體的總計數(截至2021年1月29日)為S309 N55Q MLNS = 29；REGN10987 = 10,425；REGN10933 = 3,621。
藉由BLI評定S309抗體與SARS-CoV-2變異體RBD之結合。評定具有野生型Fc之S309 (VH：SEQ ID NO.:105；VL：SEQ ID NO.:168)及攜載MLNS或MLNS+GAALIE Fc突變之S309 N55Q (VH：SEQ ID NO.:113；VL：SEQ ID NO.:168)。包括REGN10987及REGN10933作為比較。簡言之，抗體在3 ug/mL下稀釋於動力學緩衝液且負載於蛋白質A感測器上持續75秒。在動力學緩衝液中之較短平衡步驟之後，將負載感測器移動於在動力學緩衝液中含有5 ug/mL之RBD變異體的孔中，且在3分鐘期間記錄締合。在動力學緩衝液中進行複合物之解離持續3分鐘。資料展示於圖71A-71B中；「WT」=具有D614G之武漢-Hu-1；下部列中之「三重突變體」=具有D614G之武漢-Hu-1且添加南非變異體B.1.351 RBD突變K417N、E484K及N501Y。存在於南非變異體B.1.351中之其他突變未存在於所測試之「SA」RBD中。
使用MLV假病毒及表現TMPRSS2之Vero-E6目標細胞評定針對SARS-CoV-2變異體之S309抗體的中和。評定具有野生型Fc之S309 (VH：SEQ ID NO.:105；VL：SEQ ID NO.:168)及攜載MLNS或MLNS+GAALIE Fc突變之S309 N55Q (VH：SEQ ID NO.:113；VL：SEQ ID NO.:168)。亦評定REGN10987、REGN10933及REGN10987+REGN10933之組合。S309抗體中和SARS-CoV-2變異體。
可組合上述各種實施例以提供其他實施例。本說明書中所參考及/或本申請資料表中所列之所有美國專利、美國專利申請公開案、美國專利申請案、外國專利、外國專利申請案及非專利公開案，包括2020年六月12日申請之美國專利申請案第63/038,738號、2020年八月18日申請之美國專利申請案第63/066,966號、2021年一月25日申請之美國專利申請案第63/141,430號、2021年三月10日申請之美國專利申請案第63/159,404號、2021年五月7日申請之美國專利申請案第63/186,055號及2021年六月2日申請之美國專利申請案第63/196,089號均以全文引用的方式併入本文中。必要時，可以修改實施例之態樣以採用多個專利、申請案及公開案之構思，從而提供又另外的實施例。
可鑒於以上實施方式對實施例進行此等及其他改變。一般而言，在以下申請專利範圍中，所用術語不應解釋為將申請專利範圍限制於本說明書及申請專利範圍中所揭露之特定實施例，而應解釋為包括所有可能之實施例以及該申請專利範圍有權要求的等效物之全部範疇。因此，申請專利範圍不受本發明限制。
無
圖1 展示用於治療輕度至中度COVID-19疾病之重組單株IgG1抗體索曲韋單抗(sotrovimab)(在本文中亦稱為例如S309 N55Q LS)的臨床研究之設計。
圖2A-2D 展示用於治療輕度至中度COVID-19疾病之索曲韋單抗的臨床研究之事件時刻表。
圖3 展示用於治療重度至危重COVID-19疾病之索曲韋單抗的臨床研究之研究設計。
圖4 展示用於暴露後預防COVID-19疾病之索曲韋單抗的臨床研究之研究設計。
圖5 展示在SARS-CoV-2之刺突蛋白上之索曲韋單抗的結合位點。展示了SARS-CoV-2受體-結合域，其中ACE2受體結合模體呈綠色且索曲韋單抗表位呈橙色。ACE2指示血管收縮素轉化酶2。
圖6 展示使用本文所述之索曲韋單抗的臨床研究之設計。R指示隨機化。*患者根據年齡(≤70歲相對於＞70歲)、症狀持續時間(≤3天相對於4-5天)及區域分級。†研究藥劑師在相同時間範圍內重配且施配所有研究藥劑以維持盲法性。
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Claims (90)

  1. 一種治療一個體中之一SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含向該個體投予一單次劑量之一組成物，該組成物包含一抗體或抗原結合片段，其能夠結合至表現於一宿主細胞之一細胞表面上及/或一病毒粒子上之一SARS-CoV-2的一表面醣蛋白， 其中該抗體包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3，該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3， 其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3包含以下所闡述之胺基酸序列： (1)分別SEQ ID NOs.:106、121、108、169、170及171；或 (2)分別SEQ ID NOs.:106、107、108、169、170及171。
  2. 一種治療一個體中之一SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含向該個體投予一有效量之(i)一抗體或抗原結合片段，其能夠結合至表現於一宿主細胞之一細胞表面上及/或一病毒粒子上之一SARS-CoV-2的一表面醣蛋白的；或(ii)一組成物，其包含：(ii)(a)該抗體或抗原結合片段及(ii)(b)一醫藥學上可接受之賦形劑、載劑或稀釋劑， 其中該抗體包含一重鏈可變域(VH)及一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3，該輕鏈可變域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3， 其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3包含以下所闡述之胺基酸序列： (1)分別SEQ ID NOs.:106、121、108、169、170及171；或 (2)分別SEQ ID NOs.:106、107、108、169、170及171。
  3. 如請求項2之方法，其中該方法包含向該個體投予一單次劑量之該(i)之抗體或抗原結合片段或該(ii)之組成物。
  4. 如請求項1至3中任一項之方法，其中該VH包含SEQ ID NO.:113中所闡述之胺基酸序列，且該VL包含SEQ ID NO.:168中所闡述之胺基酸序列。
  5. 如請求項1至3中任一項之方法，其中該VH包含SEQ ID NO.:105中所闡述之胺基酸序列，且該VL包含SEQ ID NO.:168中所闡述之胺基酸序列。
  6. 如請求項1至5中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段進一步包含一Fc多肽或其一片段。
  7. 如請求項1至6中任一項之方法，其為一IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
  8. 如請求項1至7中任一項之方法，其為選自IgG1、IgG2、IgG3及IgG4之一IgG同型。
  9. 如請求項1至8中任一項之方法，其為一IgG1同型。
  10. 如請求項6至9中任一項之方法，其中該Fc多肽或其片段包含： (i)一突變，與不包含該突變之一參考Fc多肽相比，其增強結合至一FcRn；及/或 (ii)一突變，與不包含該突變之一參考Fc多肽相比，其增強結合至一FcγR。
  11. 如請求項10之方法，其中增強結合至一FcRn的該突變包含：M428L；N434S；N434H；N434A；N434S；M252Y；S254T；T256E；T250Q；P257I；Q311I；D376V；T307A；E380A；或其等之任何組合。
  12. 如請求項10或11之方法，其中增強結合至FcRn的該突變包含： (i) M428L/N434S； (ii) M252Y/S254T/T256E； (iii) T250Q/M428L； (iv) P257I/Q311I； (v) P257I/N434H； (vi) D376V/N434H； (vii) T307A/E380A/N434A；或 (viii)(i)-(vii)之任何組合。
  13. 如請求項10至12中任一項之方法，其中增強結合至FcRn的該突變包含M428L/N434S。
  14. 如請求項10至13中任一項之方法，其中增強結合至一FcγR的該突變包含S239D；I332E；A330L；G236A；或其等之任何組合，且任擇地不包含S239D。
  15. 如請求項10至14中任一項之方法，其中增強結合至一FcγR的該突變包含： (i) S239D/I332E； (ii) S239D/A330L/I332E； (iii) G236A/S239D/I332E；或 (iv) G236A/A330L/I332E。
  16. 如請求項1至15中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NO.:173或265之CH1-CH3胺基酸序列及SEQ ID NO.:174之CL胺基酸序列。
  17. 如請求項1至15中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NO.:175或266之該CH1-CH3胺基酸序列及SEQ ID NO.:174之該CL胺基酸序列。
  18. 如請求項1至17中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段包含一重鏈多肽及一輕鏈多肽，其中： (i)該重鏈多肽包含SEQ ID NO.:113中所闡述之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:173或265中所闡述之CH1-CH3胺基酸序列；及 (ii)該輕鏈包含SEQ ID NO.:168中所闡述之VL胺基酸序列及SEQ ID NO.:174中所闡述之CL胺基酸序列，且其中任擇地，該方法包含向該個體投予一單次劑量之該抗體或抗原結合片段。
  19. 如請求項1至17中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段包含一重鏈多肽及一輕鏈多肽，其中： (i)該重鏈多肽包含SEQ ID NO.:113中所闡述之VH胺基酸序列及SEQ ID NO.:175或266中所闡述之CH1-CH3胺基酸序列；及 (ii)該輕鏈包含SEQ ID NO.:168中所闡述之VL胺基酸序列及SEQ ID NO.:174中所闡述之CL胺基酸序列，且其中任擇地，該方法包含向該個體投予一單次劑量之該抗體或抗原結合片段。
  20. 如請求項1至19中任一項之方法，其中該個體： (i)為18至49歲； (ii)為18歲或更大； (iii)患有輕度至中度COVID-19； (iv)患有重度COVID-19； (v)患有重度至危重COVID-19； (vi)自症狀發作起不到七天或5天或更短； (vii)自症狀發作起已有七天或更久； (viii)已具有一陽性反轉錄酶-聚合酶連鎖反應或抗原SARS-CoV-2測試結果； (ix)為55歲或更大； (x)患有以下之一或多者：需要藥物治療之糖尿病、肥胖(身體質量指數＞30 kg/m2 )、慢性腎病(所估計之腎小球濾過率＜60 mL/min/1.73 m2 )、鬱血性心臟衰竭(紐約心臟學會II級或更高)、慢性阻塞性肺病(慢性支氣管炎、慢性阻塞性肺病或肺氣腫伴有在體力運動時呼吸困難的病史)，及中度至重度氣喘(個體需要一吸入型類固醇以控制症狀或在過去一年中已被開具一個療程的口服類固醇)；或 (xi)(i)-(x)之任何組合。
  21. 如請求項1至20中任一項之方法，其包含向該個體靜脈內投予該抗體、抗原結合片段或組成物。
  22. 如請求項21之方法，其包含在30分鐘、60分鐘或90分鐘之過程期間向該個體靜脈內投予該抗體、抗原結合片段或組成物。
  23. 如請求項1至22中任一項之方法，其包含向該個體肌肉內投予該抗體、抗原結合片段或組成物。
  24. 如請求項1至23中任一項之方法，其中該方法包含向該個體以至多100 mg、至多150 mg、至多200 mg、至多250 mg、至多300 mg、至多350 mg、至多400 mg、至多450 mg或至多500 mg之一劑量來投予該抗體或抗原結合片段。
  25. 如請求項1至24中任一項之方法，其中該方法包含向該個體以一劑量來投予該抗體或抗原結合片段，該劑量在約50 mg至約500 mg之一範圍內，或在約50 mg至約250 mg之一範圍內，或在約50 mg至100 mg之一範圍內，或在約100 mg至約500 mg之一範圍內，或在約250 mg至約500 mg之一範圍內。
  26. 如請求項1至25中任一項之方法，其中該方法包含向該個體投予50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475或500 mg之該抗體或抗原結合片段。
  27. 如請求項1至26中任一項之方法，其中該方法包含向該個體投予50、150、250或500 mg之該抗體或抗原結合片段。
  28. 如請求項1至27中任一項之方法，其中該方法包含向該個體投予500 mg之該抗體或抗原結合片段。
  29. 如請求項1至28中任一項之方法，其包含向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物2、3、4、5、6、7、8、9或10次或更多次。
  30. 如請求項1至29中任一項之方法，其包含向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物多次，其中在第一次或先前投予後約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約24、約48、約74、約96小時或更久時進行一第二次或相繼投予。
  31. 如請求項1至30中任一項之方法，其中該個體為18歲或更大，患有經實驗室確認(例如，藉由PCR測試)之SARS-CoV-2感染。
  32. 如請求項1至31中任一項之方法，其中該個體之一臨床狀態為4級(住院，藉由面罩或鼻叉管吸氧)、5級(住院，使用非侵入性通氣或高流量氧)、6級(住院，插管及機械式通氣)或7級(通氣及額外器官支持-升壓劑、腎臟替代療法(RRT)、體外膜氧合(ECMO))，如藉由WHO臨床嚴重程度評分9點順序量表所定義。
  33. 如請求項1至31中任一項之方法，其中該個體患有輕度至中度COVID-19。
  34. 如請求項33之方法，其中該個體處於進展為重度COVID-19之風險下。
  35. 如請求項34之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，該個體處於因COVID-19而住院之一減小的風險下。
  36. 如請求項35之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19住院之該風險減小10%或更多。
  37. 如請求項35之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19而住院之風險減小20%或更多。
  38. 如請求項35之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19而住院之風險減小30%或更多。
  39. 如請求項35之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19而住院之風險減小40%或更多。
  40. 如請求項35之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19而住院之風險減小50%或更高。
  41. 如請求項35之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19住院之該風險減小60%或更高。
  42. 如請求項35之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19而住院之風險減小70%或更高。
  43. 如請求項35之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19而住院之風險減小80%或更高。
  44. 如請求項35之方法，其中在向該個體投予該抗體、抗原結合片段或組成物之後，因COVID-19而住院之風險減小85%或更高。
  45. 如請求項1至44中任一項之方法，其中該個體患有重度COVID-19或處於進展為重度COVID-19之風險下，其中任擇地，重度COVID-19包含(i)需要氧氣補充持續超過1天之低血氧症(室內空氣中的O2飽和度≤93%或PaO2/FiO2＜300)，或(ii)該個體需要≥ 4L/min氧氣補充或等效物。
  46. 如請求項1至45中任一項之方法，其中該個體患有危重COVID-19或處於進展為危重COVID-19之風險下，其中任擇地，危重COVID-19包含：呼吸衰竭而需要以下之至少一者：侵入性機械式通氣及ECMO；休克；及多器官功能障礙/衰竭。
  47. 如請求項1至46中任一項之方法，其中該個體自症狀發作起不到七天。
  48. 如請求項1至46中任一項之方法，其中該個體自症狀發作起七天或更久。
  49. 如請求項1至48中任一項之方法，其中該個體為(i)-(iii)中之任一者或多者： (i)  18歲或更大，且具有一陽性SARS-CoV-2測試結果(藉由任何經驗證的測試，例如在任何樣本類型上之RT-PCR)； (ii) (1)患有定義為與4級或5級疾病一致之需要補充氧或非侵入性通氣的重度COVID-19疾病而住院，或(2)患有定義為使用機械式通氣之彼等臨床狀態(6級或7級疾病)的危重COVID-19疾病而住院； (iii)為男性或女性，其中任擇地，(1)該女性為無生育能力(WONCBP)，或(2)為具有生育能力的一女性(WOCBP)且使用一避孕方法。
  50. 如請求項1至49中任一項之方法，其中該方法包含向該個體投予500 mg之該抗體或抗原結合片段。
  51. 如請求項1至50中任一項之方法，其中該個體與患有一經確認之SARS-CoV-2感染的一個體有過或有密切接觸。
  52. 如請求項1至51中任一項之方法，其中治療包含預防SARS-CoV-2之感染及/或預防COVID-19。
  53. 如請求項1至52中任一項之方法，其中治療包含預防該個體之COVID-19進展。
  54. 如請求項1至53中任一項之方法，其中治療包含預防症狀性COVID-19之感染及/或傳播。
  55. 如請求項1至53中任一項之方法，其中治療包含預防無症狀性COVID-19之感染及/或傳播。
  56. 如請求項1至55中任一項之方法，其中該個體處於感染或進展為COVID-19之風險下。
  57. 如請求項1至56中任一項之方法，其中治療包含預防或減輕： (1) 一或多個選自以下之急性呼吸道症狀：咳嗽；產生痰；喉嚨痛；及呼吸急促；或 (2) 超過38℃之發熱； (3)以下症狀中之二個或更多個：疲勞；肌肉痛/關節痛；發冷；噁心/嘔吐；腹瀉；及嗅覺缺失/味覺障礙。
  58. 如請求項1至57中任一項之方法，其中治療包含預防或減輕以下症狀中之一或多者：超過38℃之發熱；發冷；咳嗽；喉嚨痛；不適；頭痛；肌肉痛；嗅覺或味覺改變；鼻充血/鼻漏；嘔吐；腹瀉；運動時呼吸急促。
  59. 如請求項1至58中任一項之方法，其中該個體為一成人。
  60. 如請求項1至59中任一項之方法，其中該個體為18歲或更大，或為19歲或更大。
  61. 如請求項1至60中任一項之方法，其中該個體為55歲或更大，或為65歲或更大。
  62. 如請求項1至61中任一項之方法，其中投予該抗體、抗原結合片段或組成物包含靜脈內輸注。
  63. 如請求項1至62中任一項之方法，其中投予該抗體、抗原結合片段或組成物包含肌肉內注射。
  64. 如請求項1至63中任一項之方法，其中該方法包含向該個體投予250 mg之該抗體或抗原結合片段。
  65. 如請求項1至63中任一項之方法，其中該方法包含向該個體投予500 mg之該抗體或抗原結合片段。
  66. 如請求項1至65中任一項之方法，其中該個體患有一輕度至中度SARS-2-CoV感染(例如，患有輕度至中度COVID-19)，且任擇地處於進展為重度疾病之風險下。
  67. 如請求項1至66中任一項之方法，其中該個體： (i)為12歲或更大；及 (ii)在投予該組成物之前，最後一次與患有一經確認之SARS-CoV-2感染的一個體有過接觸不到三天。
  68. 如請求項1至67中任一項之方法，其中該個體患有輕度至中度COVID-19，且該方法包含向該個體肌肉內投予一單次劑量之該抗體、抗原結合片段或組成物。
  69. 如請求項68之方法，其中該單次劑量包含250 mg之該抗體或抗原結合片段。
  70. 如請求項68或69之方法，其中該單次劑量包含500 mg之該抗體或抗原結合片段。
  71. 如請求項68至70中任一項之方法，其中： (i)  (i)(a)該個體為12歲或更大，且處於COVID-19之進展的高風險下，或(i)(b)該個體為65歲或更大；及/或 (ii)該個體具有一陽性SARS-CoV-2測試結果(例如，藉由PCR測試)，具有在室內空氣中的氧飽和度≥94%，具有COVID-19症狀，且自症狀發作起小於或等於7天。
  72. 如請求項1至71中任一項之方法，其中： (i) (i)(a)該個體為12歲或更大，且處於COVID-19之進展的高風險下，或(i)(b)該個體為65歲或更大；及 (ii)該個體具有一陽性SARS-CoV-2測試結果(例如，藉由PCR測試)，具有在室內空氣中的氧飽和度≥94%，具有COVID-19症狀，且自症狀發作起小於或等於7天。
  73. 如請求項1至72中任一項之方法，其中該個體未住院且處於(i)住院及/或(ii) COVID-19之進展的高風險下。
  74. 如請求項1至73中任一項之方法，其中該個體為： (1) 12歲或更大，且任擇地處於COVID-19之進展的高風險下；及/或 (2)為65歲或更大。
  75. 如請求項1至74中任一項之方法，其中該個體已具有一陽性SARS-CoV-2測試結果，具有在室內空氣中的氧飽和度≥94%，具有COVID-19症狀，且自症狀發作起小於或等於7天。
  76. 如請求項1至75中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段係自穩定地轉染以一聚核苷酸的一非純系細胞池(non-clonal pool of cells)獲得，該聚核苷酸編碼該抗體或抗原結合片段。
  77. 如請求項1至75中任一項之方法，其中該抗體或抗原結合片段係自一純系主細胞庫(clonal master cell bank)獲得。
  78. 如請求項1至77中任一項之方法，其中該個體：為一護理之家或一長期照護設施之一居住者；為一臨終關懷照護工作者；為一健康照護提供者或健康照護工作者；為一第一線救護人員；為經診斷患有或疑似患有一SARS-CoV-2感染之一個體的一家族成員或其他密切接觸者；為超重或臨床上肥胖；為或曾經為一吸菸者；患有或曾患有慢性阻塞性肺病(COPD)；為氣喘(例如，患有中度至重度氣喘)；患有一自體免疫疾病或病狀(例如，糖尿病)；具有一受損或耗乏的免疫系統(例如，由於AIDS/HIV感染；一癌症，諸如一血液癌症；一淋巴細胞耗竭(lymphodepleting)療法，諸如一化療；一骨髓或器官移植；或一遺傳免疫病狀)；患有慢性肝病；患有心血管疾病；及/或患有一肺病或心臟病；及/或與他人一起工作或以其他方式近距離接觸，諸如在一工廠、運輸中心、醫院環境或其類似環境中。
  79. 如請求項1至78中任一項之方法，其中該個體已接受針對SARS-CoV-2之一疫苗，且該疫苗確定為無效的，例如藉由該個體之疫苗後感染或症狀、藉由臨床診斷或科學或法規準則。
  80. 如請求項1至78中任一項之方法，其中該個體未接受針對SARS-CoV-2之一疫苗。
  81. 如請求項1至80中任一項之方法，其中該個體已接受針對SARS-CoV-2之恢復期血漿療法、瑞德西韋(remdesivir)或這二者。
  82. 如請求項1至81中任一項之方法，其中治療包含暴露前或暴露期間預防。
  83. 如請求項1至82中任一項之方法，其中治療係向患有輕度至中度疾病之該個體投予，任擇地在一門診環境中。
  84. 如請求項1至83中任一項之方法，其中治療係向患有中度至重度疾病，諸如需要住院之一個體投予。
  85. 如請求項1至84中任一項之方法，其中該個體因COVID-19而住院。
  86. 如請求項1至85中任一項之方法，其中患有一SARS-CoV-2感染之該個體：患有輕度至中度COVID-19；正在經歷發熱、咳嗽、疲勞、呼吸急促或呼吸困難、肌肉疼痛、發冷、喉嚨痛、流鼻涕、頭痛、胸部疼痛、嗅覺及/或味覺缺失、及紅眼症(結膜炎)、不適及異常成像中之任一者或多者；具有藉由臨床評定或成像之下呼吸道疾病的證據及在海平面下室內空氣中的超過(＞)93百分比(%)之一血氧飽和度(SaO2)；具有一陽性SARS-CoV-2病毒測試結果，及/或處於進展為重度COVID-19及/或住院之高風險下，例如該人類個體(1)為65歲或更大(≥ 65)；具有一身體質量指數(BMI)為35或更高(≥35)；患有慢性腎病；患有糖尿病；(5)患有免疫抑制性疾病，正接受免疫抑制性治療；為55歲或更大(≥55)且患有心血管疾病、高血壓、慢性阻塞性肺病或其他慢性呼吸道疾病；及/或為12-17歲且針對其年齡及性別具有一BMI≥85%，或鐮形血球貧血症、先天性心臟病或後天性心臟病、神經發展障礙症(例如，腦性麻痺)、一醫療相關技術依賴性(例如，與COVID-19無關之氣管造口術、胃造口術或正壓換氣)或氣喘、反應性氣道或其他慢性呼吸道疾病，其需要每日藥物控制；近期已診斷患有COVID-19 (例如在1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天或14天內)及/或在症狀發作10天內；或已經歷或正經歷前述之任何組合。
  87. 如請求項1至85中任一項之方法，其中該個體為(a) 18歲或更大，或(b) 55歲或更小，其限制條件為該個體為18歲或更大。
  88. 如請求項1至87中任一項之方法，其中該個體患有藉由陽性聚合酶連鎖反應(PCR；例如RT-PCR)測試，例如對任何類型之呼吸道樣品的一經實驗室確認之COVID-19感染。
  89. 如請求項1至88中任一項之方法，該個體具有在室內空氣(RA)中的末梢毛細管氧飽和度(SpO2 ) ＞94%，且已經歷COVID-19之一或多種症狀歷時≤120 h (5天)。
  90. 如請求項1至89中任一項之方法，其中該個體進一步接受或已接受瑞德西韋、補充氧、通氣療法、呼吸療法、地塞米松(dexamethasone)、托珠單抗(tocilizumab)或其等之任何組合。
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