JP2023523549A - ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する抗体およびそれを使用する方法 - Google Patents

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する抗体およびそれを使用する方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原に結合することができ、かつ、ある特定の実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和できる、抗体およびその抗原結合断片を提供する。ある特定の実施形態では、ここに開示される抗体は、複数のサルベコウイルスのＳタンパク質に結合でき、および／または複数のサルベコウイルスによる感染を中和できる。抗体または抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドを含むベクターおよび宿主細胞、医薬組成物、ならびにここに開示される抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、および組成物を使用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染などのサルベコウイルス感染を処置または診断する方法も提供される。

Description

配列表に関する陳述
本出願に関連する配列表は、紙の写しの代わりにテキストフォーマットで提供され、これは、参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名称は、９３０５８５＿４０７ＷＯ ＿ＳＥＱＵＥＮＣＥ＿ＬＩＳＴＩＮＧ．ｔｘｔである。テキストファイルは、３４６ＫＢであり、２０２１年４月１４日に作製され、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。
背景
新規なベータコロナウイルスが、２０１９年末に中国の武漢において明らかになった。２０２１年４月７日以後、このウイルスによる感染のおよそ１億３２００万の症例（他の名称の中でも、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と称され、元は武漢コロナウイルスとして同定された）が世界中で確認され、およそ２８７万人の死亡がもたらされた。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防または処置するためのモダリティ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を診断するための診断ツールが必要とされている。
図１Ａ～１Ｃは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプウイルスに対する抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。ＣＯＶＩＤ－１９またはＳＡＲＳ感染のどちらかから回復した患者から単離されたヒトモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。図１Ａは、ＣＯＶＩＤ－１９から回復した患者から単離された６つの抗体についての結果を示す。図１Ｂは、ＣＯＶＩＤ－１９から回復した患者から単離された６つのさらなる抗体、およびＳＡＲＳから回復した患者から単離された２つの抗体（Ｓ３０７およびＳ３０９（Ｓ３０９は、配列番号１７２のＶＨ（配列番号１７３～１７５のＨＣＤＲ）およびＶＬ配列番号１７６（配列番号１７７～１７９のＬＣＤＲ）を有し、Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－２９５ （２０２０）に記載されている）についての結果を示す。図１Ｃは、図１Ｂに示されているＣＯＶＩＤ－１９から回復した患者から単離された６つの抗体のうちの４つについての結果を示す。ｘ軸に示されている濃度で抗体を試験した。記号は、二重反復の平均を示す。 同上。
図２Ａ～２Ｄは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質ＲＢＤへの、ある特定の抗体の結合を示す。ヒトモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＥＬＩＳＡにより試験した。図２Ａは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ（左側パネル）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質ＲＢＤ（右側パネル）への、８つの抗体の結合を示す。図２Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ（左側パネル）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質ＲＢＤ（右側パネル）への、２つのさらなる抗体の結合を示す。図２Ｃは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ（左側パネル）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質ＲＢＤ（右側パネル）への、３つのさらなる抗体の結合を示す。図２Ｄは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ（左側パネル）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質ＲＢＤ（右側パネル）への、１つのさらなる抗体の結合を示す。 同上。 同上。 同上。
図３Ａ～３Ｃは、ＥＬＩＳＡにより測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ１ドメインへの抗体の結合を示す。図３Ａは、組換えモノクローナル抗体Ｓ２Ｈ７の結合を示す。図３Ｂは、組換えモノクローナル抗体Ｓ２Ｒ７の結合を示す。図３Ｃは、組換えモノクローナル抗体Ｓ２Ｒ５の結合を示す。記号は、二重反復の平均である。 同上。
図４Ａおよび４Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質細胞外ドメインへのある特定の抗体の結合を示す。スパイクの安定化したプレフュージョン三量体への結合をＥＬＩＳＡにより測定した。組換え抗体を、ｘ軸に示されている濃度範囲で１：３希釈した。ｎｇ／ｍｌでのＥＣ５０値が上方右側のボックスの中に示されている。図４Ａは、組換えモノクローナル抗体Ｓ２Ａ１５－ｖ１およびＳ２Ａ１５－ｖ２の結合を示す。図４Ｂは、組換えモノクローナル抗体Ｓ２Ｂ２－ｖ１およびＳ２Ｂ２－ｖ２の結合を示す。
図５Ａ～５Ｃは、ある特定の抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合についての競合を示す。ＨＩＳタグ付きＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクタンパク質の残基３３１～５５０）をＯｃｔｅｔピン上にロードし、続いて、第１の抗体とともにインキュベートし、続いて、第２の抗体とともにインキュベートした。図５Ａは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ２Ａ５の競合を示す。図５Ｂは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ２Ａ１０の競合を示す。図５Ｃは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２；ＶＬ配列番号１７６；Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－２９５ （２０２０））の競合を示す。 図５Ａ～５Ｃは、ある特定の抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合についての競合を示す。ＨＩＳタグ付きＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクタンパク質の残基３３１～５５０）をＯｃｔｅｔピン上にロードし、続いて、第１の抗体とともにインキュベートし、続いて、第２の抗体とともにインキュベートした。図５Ａは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ２Ａ５の競合を示す。図５Ｂは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ２Ａ１０の競合を示す。図５Ｃは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２；ＶＬ配列番号１７６；Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－２９５ （２０２０））の競合を示す。 図５Ａ～５Ｃは、ある特定の抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合についての競合を示す。ＨＩＳタグ付きＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクタンパク質の残基３３１～５５０）をＯｃｔｅｔピン上にロードし、続いて、第１の抗体とともにインキュベートし、続いて、第２の抗体とともにインキュベートした。図５Ａは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ２Ａ５の競合を示す。図５Ｂは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ２Ａ１０の競合を示す。図５Ｃは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２；ＶＬ配列番号１７６；Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－２９５ （２０２０））の競合を示す。 図５Ａ～５Ｃは、ある特定の抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合についての競合を示す。ＨＩＳタグ付きＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクタンパク質の残基３３１～５５０）をＯｃｔｅｔピン上にロードし、続いて、第１の抗体とともにインキュベートし、続いて、第２の抗体とともにインキュベートした。図５Ａは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ２Ａ５の競合を示す。図５Ｂは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ２Ａ１０の競合を示す。図５Ｃは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２；ＶＬ配列番号１７６；Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－２９５ （２０２０））の競合を示す。 図５Ａ～５Ｃは、ある特定の抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合についての競合を示す。ＨＩＳタグ付きＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクタンパク質の残基３３１～５５０）をＯｃｔｅｔピン上にロードし、続いて、第１の抗体とともにインキュベートし、続いて、第２の抗体とともにインキュベートした。図５Ａは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ２Ａ５の競合を示す。図５Ｂは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ２Ａ１０の競合を示す。図５Ｃは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２；ＶＬ配列番号１７６；Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－２９５ （２０２０））の競合を示す。 図５Ａ～５Ｃは、ある特定の抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合についての競合を示す。ＨＩＳタグ付きＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクタンパク質の残基３３１～５５０）をＯｃｔｅｔピン上にロードし、続いて、第１の抗体とともにインキュベートし、続いて、第２の抗体とともにインキュベートした。図５Ａは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ２Ａ５の競合を示す。図５Ｂは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ２Ａ１０の競合を示す。図５Ｃは、ある特定の抗体と第１の抗体Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２；ＶＬ配列番号１７６；Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－２９５ （２０２０））の競合を示す。
図６Ａおよび６Ｂは、ある特定の抗体およびヒトＡＣＥ２による、ＲＢＤへの結合についての競合を示す。ヒトＡＣＥ２をＯｃｔｅｔピン上にロードし、続いて、抗体と一緒にＲＢＤを、または単独でＲＢＤを会合させた。縦の破線は、ＲＢＤのまたは抗体に加えてＲＢＤの会合の開始を示す。図６Ａは、４つの精製された組換え抗体についての、およびＥｘｐｉＣＨＯ培養上清（ＳＮ）の形態で使用された２つの抗体についての結果を示す。図６Ｂは、４つの精製された組換え抗体についての（左側パネル）、およびＥｘｐｉＣＨＯ培養上清の形態で使用された２つの抗体についての（右側パネル）別々のグラフを示す。 図６Ａおよび６Ｂは、ある特定の抗体およびヒトＡＣＥ２による、ＲＢＤへの結合についての競合を示す。ヒトＡＣＥ２をＯｃｔｅｔピン上にロードし、続いて、抗体と一緒にＲＢＤを、または単独でＲＢＤを会合させた。縦の破線は、ＲＢＤのまたは抗体に加えてＲＢＤの会合の開始を示す。図６Ａは、４つの精製された組換え抗体についての、およびＥｘｐｉＣＨＯ培養上清（ＳＮ）の形態で使用された２つの抗体についての結果を示す。図６Ｂは、４つの精製された組換え抗体についての（左側パネル）、およびＥｘｐｉＣＨＯ培養上清の形態で使用された２つの抗体についての（右側パネル）別々のグラフを示す。
図７は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプウイルスに対するある特定の抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。ＣＯＶＩＤ－１９またはＳＡＲＳ感染のどちらかから回復した患者から単離されたヒトモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化された水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）に対する中和アッセイで試験した。ＣＯＶＩＤ－１９から回復した患者から単離された４つの抗体（Ｓ２Ｎ３、Ｓ２Ｎ６、Ｓ２Ｘ２、およびＳ２Ｘ３）およびＳＡＲＳから回復した患者から単離された１つの抗体（Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２；ＶＬ配列番号１７６；Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－２９５ （２０２０））についての結果が示されている。全ての抗体は、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ（「ＬＳ」）Ｆｃ変異を有するバリアントとして発現された。ｘ軸に示されている濃度で抗体を試験した。記号は、二重反復の平均を示す。
図８は、ＣＯＶＩＤ－１９から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体（Ｓ２Ｘ２）、ＳＡＲＳから回復した患者から単離されたモノクローナル抗体（Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２；ＶＬ配列番号１７６；Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－２９５ （２０２０））、およびＳ２Ｘ２とＳ３０９の組合せを使用する感染中和アッセイからの結果を示す。抗体を（ＬＳ Ｆｃバリアントとして）組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。個々の抗体についての出発濃度は、５μｇ／ｍｌであった。抗体の組合せについての出発濃度は、全抗体１０μｇ／ｍｌであった。ｘ軸は、抗体の総濃度を示す。記号は、二重反復の平均±ＳＤを示す。
図９は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤへの、ある特定の抗体の結合を示す。ＣＯＶＩＤ－１９感染から回復した患者から単離されたヒトモノクローナル抗体（Ｓ２Ｎ３、Ｓ２Ｎ６、Ｓ２Ｘ２、Ｓ２Ｘ３）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染から回復した患者から単離されたヒトモノクローナル抗体（Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２；ＶＬ配列番号１７６；Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－２９５ （２０２０））を産生するトランスフェクトしたＥｘｐｉＣＨＯ細胞の培養上清を使用した。培養上清中の抗体濃度を試験の前にＥＬＩＳＡにより決定した。プロテインＡセンサー（Ｂｉｏｆｏｒｔｅ）を水和した後、抗体を、キネティクス緩衝液中、３μｇ／ｍｌで１．５分間、ロードした。５μｇ／ｍｌの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤ（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクタンパク質の残基３３１～５５０；自社で生成）を５分間、会合させた。ＲＢＤを、１０分間放置して解離させた。解離相の開始が、縦の破線により示されている。
図１０は、ヒトモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２およびヒトＡＣＥ２による、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合についての競合を示す、および。ヒトＡＣＥ２－Ｈｉｓ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）を抗ＨＩＳ（ＨＩＳ１Ｋ）バイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ－ＦｏｒｔｅＢｉｏ）にロードし、続いて、抗体と一緒にＲＢＤを、または単独でＲＢＤを会合させた。ＲＢＤを、１５μｇ／ｍｌの抗体とともにまたはなしで３０分間プレインキュベートした後に１０分間、ＡＣＥ２－ＨｉｓへのＲＢＤの会合を測定した。解離を５分間記録した。縦の破線は、解離相の開始を示す。抗体は、トランスフェクトしたＥｘｐｉＣＨＯ細胞からの細胞培養上清の形態であった。
図１１Ａ～１１Ｃは、ＣＯＶＩＤ－１９から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体およびＳＡＲＳから回復した患者から単離された比較対照モノクローナル抗体（Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２；ＶＬ配列番号１７６；Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－２９５ （２０２０））を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。図１１Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ６０、Ｓ２Ｄ２２、Ｓ２Ｄ５２、およびＳ３０９についての結果を示す。図１１Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ３２、Ｓ２Ｄ８、Ｓ２Ｄ３８、およびＳ３０９についての結果を示す。図１１Ｃは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ２５、Ｓ２Ｄ１９、Ｓ２Ｄ３４、およびＳ３０９についての結果を示す。抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。ｘ軸は、抗体の総濃度を示す。 図１１Ａ～１１Ｃは、ＣＯＶＩＤ－１９から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体およびＳＡＲＳから回復した患者から単離された比較対照モノクローナル抗体（Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２；ＶＬ配列番号１７６；Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－２９５ （２０２０））を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。図１１Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ６０、Ｓ２Ｄ２２、Ｓ２Ｄ５２、およびＳ３０９についての結果を示す。図１１Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ３２、Ｓ２Ｄ８、Ｓ２Ｄ３８、およびＳ３０９についての結果を示す。図１１Ｃは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ２５、Ｓ２Ｄ１９、Ｓ２Ｄ３４、およびＳ３０９についての結果を示す。抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。ｘ軸は、抗体の総濃度を示す。
図１２Ａ～１２Ｆは、ヒトＡＣＥ２に対するＣＯＶＩＤ－１９から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合についての競合を示す。ＥＬＩＳＡプレートを組換えヒトＡＣＥ２でコーティングした。ＰＢＳ中の２ｕｇ／ｍｌのＡＣＥ２でコーティングを行った。プレートを一晩、４℃でインキュベートし、ブロッキング剤カゼイン（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒからの１％カゼイン）を用いて１時間、室温でブロッキングを行った。モノクローナル抗体の連続希釈物を、２０ｎｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌからの、マウスＦｃと融合したＲＢＤ）とともに３０分間、３７℃でインキュベートし、次いで、室温での追加のインキュベーションのためにＡＣＥ２をコーティングしたプレートに移した。プレートを洗浄し、ＡＣＥ２へのＲＢＤの結合を、ポリクローナルヤギ抗マウスＦｃ－ＡＰ抗体（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）を使用して検出した。追加の洗浄後、ＡＰ基質ｐＮＰＰ（Ｓｉｇｍａ）を添加し、プレートを２０分で、室温でインキュベートした後、分光光度計（Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ３４０、Ｂｉｏｔｅｋ）を用いて４０５ｎｍで吸光度（ａｄｓｏｒｂａｎｃｅ）を測定した。図１２Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ４、Ｓ２Ｄ５、Ｓ２Ｄ８、Ｓ２Ｄ１０およびＳ２Ａ４についての結果を示す。図１２Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ１１、Ｓ２Ｄ１５、Ｓ２Ｄ１９、Ｓ２Ｄ２２およびＳ２Ａ４についての結果を示す。図１２Ｃは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ２５、Ｓ２Ｄ２７、Ｓ２Ｄ３１、Ｓ２Ｄ３２およびＳ２Ａ４についての結果を示す。図１２Ｄは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ３４、Ｓ２Ｄ３８、Ｓ２Ｄ３９、Ｓ２Ｄ４１およびＳ２Ａ４についての結果を示す。図１２Ｅは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ４３、Ｓ２Ｄ４７、Ｓ２Ｄ５１、Ｓ２Ｄ５２およびＳ２Ａ４についての結果を示す。図１２Ｆは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ５３、Ｓ２Ｄ６０およびＳ２Ａ４についての結果を示す。 同上。 同上。
図１３Ａ～１３Ｃは、ＣＯＶＩＤ－１９から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体を使用するＲＢＤ結合アッセイからの結果を示す。図１３Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ４、Ｓ２Ｄ５、Ｓ２Ｄ８、Ｓ２Ｄ１０、Ｓ２Ｄ１１、Ｓ２Ｄ１３、Ｓ２Ｄ１５、Ｓ２Ｄ１９、Ｓ２Ｄ２２、Ｓ２Ｄ２４およびＳ２Ｄ２５についての結果を示す。図１３Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ２７、Ｓ２Ｄ３１、Ｓ２Ｄ３２、Ｓ２Ｄ３４、Ｓ２Ｄ３８、Ｓ２Ｄ３９、Ｓ２Ｄ４１、Ｓ２Ｄ４３、Ｓ２Ｄ４７、Ｓ２Ｄ５１およびＳ２Ｄ５２についての結果を示す。図１３Ｃは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ５３、Ｓ２Ｄ５７およびＳ２Ｄ６０についての結果を示す。これらの実験では、抗体を、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４（「ＬＳ」）Ｆｃ変異を有する組換えＩｇＧ１として発現させた。図凡例に太字フォントで示されている抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤと交差反応性であった。 図１３Ａ～１３Ｃは、ＣＯＶＩＤ－１９から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体を使用するＲＢＤ結合アッセイからの結果を示す。図１３Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ４、Ｓ２Ｄ５、Ｓ２Ｄ８、Ｓ２Ｄ１０、Ｓ２Ｄ１１、Ｓ２Ｄ１３、Ｓ２Ｄ１５、Ｓ２Ｄ１９、Ｓ２Ｄ２２、Ｓ２Ｄ２４およびＳ２Ｄ２５についての結果を示す。図１３Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ２７、Ｓ２Ｄ３１、Ｓ２Ｄ３２、Ｓ２Ｄ３４、Ｓ２Ｄ３８、Ｓ２Ｄ３９、Ｓ２Ｄ４１、Ｓ２Ｄ４３、Ｓ２Ｄ４７、Ｓ２Ｄ５１およびＳ２Ｄ５２についての結果を示す。図１３Ｃは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ５３、Ｓ２Ｄ５７およびＳ２Ｄ６０についての結果を示す。これらの実験では、抗体を、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４（「ＬＳ」）Ｆｃ変異を有する組換えＩｇＧ１として発現させた。図凡例に太字フォントで示されている抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤと交差反応性であった。
図１４Ａ～１４Ｅは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤへの結合についての本開示の５つのモノクローナル抗体（Ｓ２Ｄ８、Ｓ２Ｄ２５、Ｓ２Ｄ３２、Ｓ２Ｄ６０およびＳ２Ｄ２２）のペアワイズ競合を示す。図１４Ａ～１４Ｅの各々は、他の抗体（図の上端に沿って示されている）の各々との競合での、左側に示されているモノクローナル抗体の結果を示す。図１４Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ８についての結果を示す。図１４Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ２５についての結果を示す。図１４Ｃは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ３２についての結果を示す。図１４Ｄは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ６０についての結果を示す。図１４Ｅは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ２２についての結果を示す。各グラフ中の破線の縦線は、図の左側に示されている第１の抗体から、グラフの上部に示されている第２の抗体への切り替えを示す。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。
図１５は、Ｏｃｔｅｔにより測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する本開示の５つのモノクローナル抗体の結合親和性およびアビディティを示す。ＲＢＤをＢＬＩピンにロードし、示されている抗体の会合を測定した。縦の破線は、ＢＬＩピンを緩衝液に切り替えたときの解離相の開始を示す。
図１６は、真正ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスに対する抗体を使用する感染中和アッセイからのデータを示す。図１６に「Ｓ３０９－ｖ２」と表示されている比較対照抗体（本明細書ではＳ３０９ Ｎ５５Ｑとも呼ばれる）は、配列番号３４０に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号３４１～３４３のＨＣＤＲ）、および配列番号３４４に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号３４５～３４７のＬＣＤＲ）を含む。１０％ＦＢＳ（ＶＷＲ）および１×ペニシリン／ストレプトマイシン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を補充したＤＭＥＭにおいて培養したＶｅｒｏ Ｅ６細胞を白色の９６ウェルプレートに２０，０００細胞／ウェルで播種し、一晩、付着させた。モノクローナル抗体の連続１：４希釈物を、ＢＳＬ－３施設において、２００ｐｆｕのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（分離株ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、継代３、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞中で継代させた）とともに３０分間、３７℃でインキュベートした。細胞上清を除去し、ウイルス－抗体混合物を細胞に添加した。感染の２４時間後、細胞を４％パラホルムアルデヒドで３０分間固定し、続いて、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）洗浄を２回行い、ＰＢＳ中の０．２５％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で３０分間の透過処理を行った。５％粉乳／ＰＢＳ中で３０分間ブロッキングした後、細胞を、１：２０００希釈の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質を標的とする一次抗体（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、カタログ番号４０１４３－Ｒ００１）とともに、１時間インキュベートした。洗浄、および１μｇ／ｍｌのＨｏｅｃｈｓｔ３３３４２と混合した二次Ａｌｅｘａ６４７標識抗体との１時間のインキュベーション後、プレートを自動細胞イメージングリーダー（Ｃｙｔａｔｉｏｎ ５、Ｂｉｏｔｅｋ）で撮像し、製造業者の供給ソフトウェアを使用してヌクレオカプシド陽性細胞を計数した。Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ８．０）を使用してデータを処理した。
図１７Ａおよび１７Ｂは、モノクローナル抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。図１７Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１２７およびＳ２Ｘ１２９についての結果を示す。図１７Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１３２およびＳ２Ｘ１９０についての結果を示す。抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。ｘ軸は、抗体の総濃度を示す。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値が、各図の右側のボックスの中に示されている。 図１７Ａおよび１７Ｂは、モノクローナル抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。図１７Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１２７およびＳ２Ｘ１２９についての結果を示す。図１７Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１３２およびＳ２Ｘ１９０についての結果を示す。抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。ｘ軸は、抗体の総濃度を示す。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値が、各図の右側のボックスの中に示されている。
図１８Ａおよび１８Ｂは、ある特定のモノクローナル抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。ヒトモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化された水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）に対する中和アッセイで試験した。図１８Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１２７、Ｓ２Ｘ１２９およびＳ２Ｘ１３２についての結果を示す。図１８Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１９０についての結果、ならびに比較対照モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１９３およびＳ２Ｘ１９５の結果を示す。ｘ軸に示されている濃度で抗体を試験した。算出ＩＣ５０およびＩＣ９０値が、各図の下部に示されている。 図１８Ａおよび１８Ｂは、ある特定のモノクローナル抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。ヒトモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化された水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）に対する中和アッセイで試験した。図１８Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１２７、Ｓ２Ｘ１２９およびＳ２Ｘ１３２についての結果を示す。図１８Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１９０についての結果、ならびに比較対照モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１９３およびＳ２Ｘ１９５の結果を示す。ｘ軸に示されている濃度で抗体を試験した。算出ＩＣ５０およびＩＣ９０値が、各図の下部に示されている。
図１９は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤによるヒトＡＣＥ２への結合を阻害するある特定の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体の能力を示す。ＥＬＩＳＡプレートを、ＰＢＳ中の２μｇ／ｍｌの組換えヒトＡＣＥ２でコーティングした。モノクローナル抗体の連続希釈物を、２０ｎｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌからの、マウスＦｃと融合したＲＢＤ）とともに３０分間、３７℃でインキュベートし、次いで、室温でのさらなる２０分のインキュベーションのためにＡＣＥ２をコーティングしたプレートに移した。１０μｇ／ｍｌで出発し、１：３希釈して、１１の連続希釈物を使用した。アルカリホスファターゼにコンジュゲートした二次抗体ヤギＦ（ａｂ’）２抗マウスＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）抗体（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）を使用し、続いて、重炭酸緩衝液中のｐＮＰＰ（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ Ｎ２７６５－１００ＴＡＢ）を添加し、４０５ｎｍで吸光度を読み取ることにより、ＡＣＥ２へのＲＢＤの結合を検出した。比較対照抗体Ｓ２Ｘ１９３およびＳ２Ｘ１９５と一緒に、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１２７、Ｓ２Ｘ１２９、Ｓ２Ｘ１３２およびＳ２Ｘ１９０についての結果が示されている。算出ＩＣ５０値が、グラフの右側に示されている。
図２０Ａ～２０Ｄは、Ｏｃｔｅｔにより測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する本開示の４つのモノクローナル抗体の結合親和性およびアビディティを示す。抗体（図の下部右側に示されているとおり）をプロテインＡピン上に２．７μｇ／ｍｌでロードした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを、５分間、６μｇ／ｍｌ、１．５μｇ／ｍｌ、または０．４μｇ／ｍｌでロードした。解離を７分間、測定した。各図中の縦の破線は、解離相の開始を示す。 図２０Ａ～２０Ｄは、Ｏｃｔｅｔにより測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する本開示の４つのモノクローナル抗体の結合親和性およびアビディティを示す。抗体（図の下部右側に示されているとおり）をプロテインＡピン上に２．７μｇ／ｍｌでロードした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを、５分間、６μｇ／ｍｌ、１．５μｇ／ｍｌ、または０．４μｇ／ｍｌでロードした。解離を７分間、測定した。各図中の縦の破線は、解離相の開始を示す。 図２０Ａ～２０Ｄは、Ｏｃｔｅｔにより測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する本開示の４つのモノクローナル抗体の結合親和性およびアビディティを示す。抗体（図の下部右側に示されているとおり）をプロテインＡピン上に２．７μｇ／ｍｌでロードした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを、５分間、６μｇ／ｍｌ、１．５μｇ／ｍｌ、または０．４μｇ／ｍｌでロードした。解離を７分間、測定した。各図中の縦の破線は、解離相の開始を示す。 図２０Ａ～２０Ｄは、Ｏｃｔｅｔにより測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する本開示の４つのモノクローナル抗体の結合親和性およびアビディティを示す。抗体（図の下部右側に示されているとおり）をプロテインＡピン上に２．７μｇ／ｍｌでロードした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを、５分間、６μｇ／ｍｌ、１．５μｇ／ｍｌ、または０．４μｇ／ｍｌでロードした。解離を７分間、測定した。各図中の縦の破線は、解離相の開始を示す。
図２１は、Ｏｃｔｅｔにより測定したときの、７つの比較対照抗体と一緒に、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１２７、Ｓ２Ｘ１２９、Ｓ２Ｘ１３２およびＳ２Ｘ１９０についての、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤに対する結合親和性およびアビディティを示す。抗体をプロテインＡピンに２．７μｇ／ｍｌでロードした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤを、５分間、６μｇ／ｍｌでロードした。解離を７分間、測定した。各図中の縦の破線は、解離相の開始を示す。グラフ中の曲線の上から下への順序は、グラフの右側に名が挙げられている抗体の上から下への順序に対応し、すなわち、抗体Ｓ２Ｘ１２７は、グラフ中の一番上の曲線に対応し、抗体Ｓ２Ｘ２７８は、グラフ中の一番下の曲線に対応する。
図２２Ａ～２２Ｃは、ある特定のモノクローナル抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。図２２Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２２７（配列番号３９８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号３９９～４０１に記載されるＨＣＤＲ）；配列番号４０２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４０３～４０５に記載されるＬＣＤＲ）についての結果を示す。図２２Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２００およびＳ２Ｘ２５９についての結果を示す。Ｓ２Ｘ２５９は、配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）、および配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ）を含む。図２２Ｃは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２８８についての結果を示す。抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。ｘ軸は、抗体の総濃度を示す。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値が、各図中の右側のボックスの中に示されている（ボックスの左手の縦列；例えば、図２２Ａ中のＳ２Ｘ２２７の補間されたＩＣ９０は、８６．９９５ｎｇ／ｍＬである）。 同上。 同上。
図２３Ａおよび２３Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質、ＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質ＲＢＤ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤへの、ヒトモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２２７（本明細書では「Ｓ２Ｘ２２７－ｖ１」としても識別される；配列番号３９８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号３９９～４０１に記載されるＨＣＤＲ）、配列番号４０２に記載されるに記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４０３～４０５に記載されるＬＣＤＲ））およびＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）、配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））の結合を示す。ヒトモノクローナル抗体を組換え発現させ、結合をＥＬＩＳＡにより試験した。図２３Ａは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質ＲＢＤ（上部パネル）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質（下部パネル）への、抗体の結合を示す。図２３Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ（上部パネル）へのおよびコーティングされていない対照プレート（下部パネル）への、抗体の結合を示す。グラフの右側に、ボックスによって算出ＥＣ５０値が示されている。 同上。
図２４Ａおよび２４Ｂは、ＥＬＩＳＡにより測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤによるヒトＡＣＥ２への結合を阻害するモノクローナル抗体の能力を示す。図２４Ａは、比較対照抗体Ｓ２Ｘ１７９と一緒にモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２００についての結果を示す。図２４Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２２７（配列番号３９８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号３９９～４０１に記載されるＨＣＤＲ）、配列番号４０２に記載されるに記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４０３～４０５に記載されるＬＣＤＲ））およびＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）、配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））についての結果を示す。算出ＩＣ５０値が、各グラフの右側に、ボックスの中に示されている。 図２４Ａおよび２４Ｂは、ＥＬＩＳＡにより測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤによるヒトＡＣＥ２への結合を阻害するモノクローナル抗体の能力を示す。図２４Ａは、比較対照抗体Ｓ２Ｘ１７９と一緒にモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２００についての結果を示す。図２４Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２２７（配列番号３９８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号３９９～４０１に記載されるＨＣＤＲ）、配列番号４０２に記載されるに記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４０３～４０５に記載されるＬＣＤＲ））およびＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）、配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））についての結果を示す。算出ＩＣ５０値が、各グラフの右側に、ボックスの中に示されている。
図２５Ａおよび２５Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質、ＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質ＲＢＤ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤへの、ヒトモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２００および比較対照抗体Ｓ２Ｘ１７９の結合を示す。ヒトモノクローナル抗体を組換え発現させ、結合をＥＬＩＳＡにより試験した。図２５Ａは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質ＲＢＤ（上部パネル）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質（下部パネル）への、抗体の結合を示す。図２５Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ（上部パネル）へのおよびコーティングされていない対照プレート（下部パネル）への、抗体の結合を示す。図２５Ｂの上部のグラフの右側に、ボックスによってＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合についての算出ＥＣ５０値が示されている。 図２５Ａおよび２５Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質、ＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質ＲＢＤ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤへの、ヒトモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２００および比較対照抗体Ｓ２Ｘ１７９の結合を示す。ヒトモノクローナル抗体を組換え発現させ、結合をＥＬＩＳＡにより試験した。図２５Ａは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質ＲＢＤ（上部パネル）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質（下部パネル）への、抗体の結合を示す。図２５Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ（上部パネル）へのおよびコーティングされていない対照プレート（下部パネル）への、抗体の結合を示す。図２５Ｂの上部のグラフの右側に、ボックスによってＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合についての算出ＥＣ５０値が示されている。
図２６は、結合競合、クライオＥＭ、および結晶学データにより決定したときの、モノクローナル抗体Ｓ３０９および他の抗スパイク抗体を使用する定量的エピトープ特異的血清学研究の結果を要約する。下線付きの抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶと交差反応性である。
図２７Ａ～２７Ｃは、ある特定のモノクローナル抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。図２７Ａは、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳをはじめとする５つの比較対照抗体と一緒に、抗体Ｓ２Ｘ１９３についての結果を示す。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳは、配列番号３４０に記載されるＶＨ配列（配列番号３４１～３４３のＨＣＤＲ）および配列番号３４４に記載されるＶＬ配列（配列番号３４５～３４７のＬＣＤＲ）を含み、かつＦｃ領域にＭＬＮＳ（Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ；図中に「ＬＳ」と略記されている）変異を含む。図２７Ｂは、３つの比較対照抗体と一緒に、抗体Ｓ２Ｘ１９５、Ｓ２Ｘ２１９およびＳ２Ｘ２４６についての結果を示す。図２７Ｃは、比較対照抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳと一緒に５つの抗体についての結果を示す。 図２７Ａ～２７Ｃは、ある特定のモノクローナル抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。図２７Ａは、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳをはじめとする５つの比較対照抗体と一緒に、抗体Ｓ２Ｘ１９３についての結果を示す。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳは、配列番号３４０に記載されるＶＨ配列（配列番号３４１～３４３のＨＣＤＲ）および配列番号３４４に記載されるＶＬ配列（配列番号３４５～３４７のＬＣＤＲ）を含み、かつＦｃ領域にＭＬＮＳ（Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ；図中に「ＬＳ」と略記されている）変異を含む。図２７Ｂは、３つの比較対照抗体と一緒に、抗体Ｓ２Ｘ１９５、Ｓ２Ｘ２１９およびＳ２Ｘ２４６についての結果を示す。図２７Ｃは、比較対照抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳと一緒に５つの抗体についての結果を示す。 図２７Ａ～２７Ｃは、ある特定のモノクローナル抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。図２７Ａは、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳをはじめとする５つの比較対照抗体と一緒に、抗体Ｓ２Ｘ１９３についての結果を示す。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳは、配列番号３４０に記載されるＶＨ配列（配列番号３４１～３４３のＨＣＤＲ）および配列番号３４４に記載されるＶＬ配列（配列番号３４５～３４７のＬＣＤＲ）を含み、かつＦｃ領域にＭＬＮＳ（Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ；図中に「ＬＳ」と略記されている）変異を含む。図２７Ｂは、３つの比較対照抗体と一緒に、抗体Ｓ２Ｘ１９５、Ｓ２Ｘ２１９およびＳ２Ｘ２４６についての結果を示す。図２７Ｃは、比較対照抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳと一緒に５つの抗体についての結果を示す。
図２８は、ＥＬＩＳＡにより測定したときの、抗体Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）、配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））および４０７＿１０＿１＿ｖ２（配列番号４２８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１に記載されるＨＣＤＲ）と配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５に記載されるＬＣＤＲ）とを有する、Ｓ２Ｘ２５９の操作されたバリアント）による、ＲＢＤへの結合を示す。
図２９は、ＶＳＶシュードウイルスを使用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の、ある特定の抗体による中和を示す。データは、１つの単一実験、三重反復ウェルＶＳＶ－ｌｕｃ（スパイクＤ１９）シュードウイルスからのものである。「ＬＳ」＝Ｆｃ変異Ｍ４２８Ｌ＋Ｎ４３４Ｓ。「Ｓ２Ｘ２２７－ｖ１」は、配列番号３９８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号３９９～４０１に記載されるＨＣＤＲ）、および配列番号４０２に記載されるに記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４０３～４０５に記載されるＬＣＤＲ）を含む。「Ｓ３０９ｗｔ」は、配列番号１７２に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号１７６に記載されるＶＬアミノ酸配列を含む。
図３０は、ＶＳＶシュードウイルスを使用する生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染の、ある特定の抗体による中和を示す。データは、三重反復ウェルＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－ｌｕｃ、ＭＯＩ ０．１、６時間感染からのものである。「Ｓ２Ｘ２２７－ｖ１」は、配列番号３９８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号３９９～４０１に記載されるＨＣＤＲ）、および配列番号４０２に記載されるに記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４０３～４０５に記載されるＬＣＤＲ）を含む。「Ｓ３０９ｗｔ」は、配列番号１７２に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号１７６に記載されるＶＬアミノ酸配列を含む。
図３１Ａおよび３１Ｂは、ある特定の抗体によるＦｃγＲＩＩＩａ（Ｖ１５８対立遺伝子）（図３１Ａ）およびＦｃγＲＩＩａ（Ｈ１３１対立遺伝子）（図３１Ｂ）の活性化を示す。データは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ２ Ｓタンパク質を発現するＣＨＯ標的細胞を使用する実験を示す。「Ｓ２Ｘ２２７－ｖ１」は、配列番号３９８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号３９９～４０１に記載されるＨＣＤＲ）、および配列番号４０２に記載されるに記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４０３～４０５に記載されるＬＣＤＲ）を含む。「Ｓ３０９」は、配列番号１７２に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号１７６に記載されるＶＬアミノ酸配列を含む。
図３２は、ＧＩＳＡＩＤおよびＧｅｎＢａｎｋから検索したアミノ酸配列の最大尤度解析によって構築したサルベコウイルスＲＢＤの系統樹を示す。サルベコウイルス亜属内の交差反応性が、Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））、Ｓ２Ｅ１２（Ｔｏｒｔｏｒｉｃｉ ｅｔ ａｌ． Ｕｌｔｒａｐｏｔｅｎｔ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｐｒｏｔｅｃｔ ａｇａｉｎｓｔ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｃｈａｌｌｅｎｇｅ ｖｉａ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ． Ｓｃｉｅｎｃｅ ３７０， ９５０－９５７ （２０２０）を参照されたい）、Ｓ３０９（配列番号１７２に記載されるＶＨアミノ酸配列、配列番号１７６に記載されるＶＬアミノ酸配列；Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ． Ｃｒｏｓｓ－ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｂｙ ａ ｈｕｍａｎ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ａｎｔｉｂｏｄｙ． Ｎａｔｕｒｅ ５８３， ２９０－２９５ （２０２０）を参照されたい）、およびＡＤＧ－２（Ｒａｐｐａｚｚｏ ｅｔ ａｌ． Ｂｒｏａｄ ａｎｄ ｐｏｔｅｎｔ ａｃｔｉｖｉｔｙ ａｇａｉｎｓｔ ＳＡＲＳ－ｌｉｋｅ ｖｉｒｕｓｅｓ ｂｙ ａｎ ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ｈｕｍａｎ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ． Ｓｃｉｅｎｃｅ ３７１， ８２３－８２９ （２０２１）を参照されたい）について示されている。
図３３は、サルベコウイルスクレード１ａ、１ｂ、２および３を代表する３０のＳ糖タンパク質のパネル、ならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の懸念されるバリアント（ＶＯＣ）との、Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））交差反応性のフローサイトメトリー解析を示す。少なくとも２つのうちの１つの独立した実験が示されている。
図３４は、ＥＬＩＳＡにより測定したときの異なるサルベコウイルスクレードおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントを代表するＲＢＤへのＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））結合を示す。少なくとも２つのうちの１つの独立した実験が示されている。エラーバーは、二重反復または三重反復の標準偏差を示す。
図３５は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｎｌｕｃ真正ウイルスおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ ＭＬＶシュードタイプウイルスのＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））媒介性中和を示す。少なくとも２つのうちの１つの独立した実験が示されている。エラーバーは、二重反復または三重反復の標準偏差を示す。
図３６は、Ｂ．１．１．７、Ｂ．１．３５１、Ｐ．１およびＢ．１．４２９ ＶＯＣ（上部パネル）ならびに単一ＲＢＤ変異体（下部パネル）を表す分離株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓを保有するＶＳＶシュードタイプのＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））媒介性中和を示す。少なくとも２つのうちの１つの独立した実験が示されている。エラーバーは、二重反復または三重反復の標準偏差を示す。
図３７は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ関連（クレード１ａ、上部パネル）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２関連（クレード１ｂ、下部パネル）Ｓ糖タンパク質を保有するＶＳＶシュードタイプのＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））媒介性中和を示す。少なくとも２つのうちの１つの独立した実験が示されている。エラーバーは、二重反復または三重反復の標準偏差を示す。
図３８Ａ～３８Ｃは、表面プラズモン共鳴により解析した、組換えサルベコウイルスＲＢＤ、プレフュージョンＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ細胞外ドメイン三量体およびＲＢＤバリアントへのＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））Ｆａｂの結合を示す。ＳまたはＲＢＤ抗原をセンサーチップ表面に捕捉し、１１、３３、１００および３００ｎＭでのＳ２Ｘ２５９ Ｆａｂへの結合をシングルサイクルキネティクス形式で連続的に測定した。全てのデータを１：１結合モデルにあてはめた。平衡解離定数（ＫＤ）が報告されている。Ｓ結合データについては、キネティクスが、開いたＲＢＤ状態と閉じたＲＢＤ状態の間の立体配座ダイナミクスを含むので、見掛けのＫＤ（ＫＤ、ａｐｐ）が報告されている。 図３８Ａ～３８Ｃは、表面プラズモン共鳴により解析した、組換えサルベコウイルスＲＢＤ、プレフュージョンＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ細胞外ドメイン三量体およびＲＢＤバリアントへのＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））Ｆａｂの結合を示す。ＳまたはＲＢＤ抗原をセンサーチップ表面に捕捉し、１１、３３、１００および３００ｎＭでのＳ２Ｘ２５９ Ｆａｂへの結合をシングルサイクルキネティクス形式で連続的に測定した。全てのデータを１：１結合モデルにあてはめた。平衡解離定数（ＫＤ）が報告されている。Ｓ結合データについては、キネティクスが、開いたＲＢＤ状態と閉じたＲＢＤ状態の間の立体配座ダイナミクスを含むので、見掛けのＫＤ（ＫＤ、ａｐｐ）が報告されている。 図３８Ａ～３８Ｃは、表面プラズモン共鳴により解析した、組換えサルベコウイルスＲＢＤ、プレフュージョンＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ細胞外ドメイン三量体およびＲＢＤバリアントへのＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））Ｆａｂの結合を示す。ＳまたはＲＢＤ抗原をセンサーチップ表面に捕捉し、１１、３３、１００および３００ｎＭでのＳ２Ｘ２５９ Ｆａｂへの結合をシングルサイクルキネティクス形式で連続的に測定した。全てのデータを１：１結合モデルにあてはめた。平衡解離定数（ＫＤ）が報告されている。Ｓ結合データについては、キネティクスが、開いたＲＢＤ状態と閉じたＲＢＤ状態の間の立体配座ダイナミクスを含むので、見掛けのＫＤ（ＫＤ、ａｐｐ）が報告されている。
図３９は、２０２１年３月時点での循環ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２分離株においてＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））結合または中和に対して影響を与えない、影響を与える、または今のところ未知の効果があると同定された変異の頻度を示す。２０２１年４月の時点で、Ｓ２Ｘ２５９による中和を低減するＧ５０４Ｄ変異が、Ｓ２Ｘ２５９エピトープの天然に存在する変異を有する２３２，５９８のウイルス分離株の０．００１％に見られた。この２３２，５９８のウイルス分離株は、現在入手可能な全ての配列のおおよそ２７．４％を占める。
図４０は、ＶＳＶに基づくＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ Ｓ変異に対するＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））のｉｎ ｖｉｔｒｏ中和活性を示す。各変異体についてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ ＷＴ（Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１）に対する中和に対する変化倍率が報告されている。＊Ｑ５０６Ｋ変異体は、他の変異体と比較してウイルス侵入の１０倍低減を示した。
図４１は、マッチする残基がドットとして示され、保存がバープロットとして示されている、代表的なサルベコウイルスＲＢＤのタンパク質配列アラインメントを示す。位置は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに基づく。Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））結合にとって重要であると決定された残基、ならびに伸長エピトープが、示されている。Ｄ４０５およびＧ５０４位における置換がアラインメント内に示されている。示されているサルベコウイルスＲＢＤは、クレード１ａ（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＷＩＶ１、ＲｓＳＨＣ０１４、ＬＹＲａ３、ＣＳ２４、Ａ０２１、Ｒｓ３３６７、ＨＫＵ３、ＰＣ４－１２７、Ｒｓ４２３１、およびＲｓ４０８４）、クレード１ｂ（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＲａＴＧ１３、ＰＧ－ＧＤ－２０１９、およびＰＧ－ＧＸ－２０１７）、クレード２（ＳＸ２０１１、ＹＮ２０１３、Ａｎｌｏｎｇ１１２、Ｒｓ４２５５、ＹＮ２０１１、ＳＣ２０１８、ＺＣ４５、ＺＸＣ２１、ＲｍＹＮ０２、Ｒｍ１／２００４、Ｒｆ１－２００４、Ｒｆ４０９２、およびＡｓ６５２６）およびクレード３（ＢｔｋＹ７２およびＢＧＲ／２００８）の代表を含む。 同上。 同上。
図４２は、ＡＣＥ２へのＲＢＤ結合の阻害を示す。Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））の段階希釈物とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（灰色）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤ（黒色）のプレインキュベーションは、ＥＬＩＳＡにおいて、固定されたヒトＡＣＥ２（ｈＡＣＥ２）細胞外ドメインへの結合を防止する。
図４３は、フローサイトメトリーにより決定したときの、細胞表面発現ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＳからのｍＡｂ媒介Ｓ１サブユニット排出を示す。Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））を調べた。Ｓ２Ｅ１２を陽性対照として含め、Ｓ２Ｍ１１を陰性対照として含めた。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓを安定的に発現するＣＨＯ細胞を、洗浄緩衝液（ＰＢＳ １％ＢＳＡ、２ｍＭ ＥＤＴＡ）に再懸濁させ、１０μｇ／ｍＬのＴＰＣＫ－トリプシン（Ｗｏｒｔｈｉｎｇｔｏｎ Ｂｉｏｃｈｅｍ）で３０分間、３７℃で処置した。次いで、細胞を洗浄し、丸底９６ウェルプレートに分配した（９０，０００細胞／ウェル）。Ｓ２Ｘ２５９を、細胞に、最終濃度１５μｇ／ｍＬで１８０分間、３７℃で添加した。細胞を異なる時点（５、３０、６０、１２０および１８０）で収集し、４℃の洗浄緩衝液で洗浄し、１．５μｇ／ｍＬの二次ヤギ抗ヒトＩｇＧ、Ｆｃ断片特異的（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）とともに氷上で２０分間インキュベートした。細胞を洗浄し、洗浄緩衝液に再懸濁させ、ＺＥ５ ＦＡＣＳ（Ｂｉｏ－ｒａｄ）で解析した。
図４４は、１ｍｇ／ｋｇ（ｎ＝６）での、４ｍｇ／ｋｇ（ｎ＝６）での、およびＳ３０９との組合せ（１＋１ｍｇ／ｋｇ、ｎ＝６）での、Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））の予防的投与後のＢ．１．３５１ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣでの鼻腔内チャレンジの４日後の、シリアンハムスターの肺内のウイルスＲＮＡ負荷量（左側パネル）および複製ウイルス力価（ＴＣＩＤ５０）（右側パネル）の定量を示す。マン－ホイットニー検定を有意性の統計解析に使用した。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１。１つの独立した実験からのデータが提示されている。手短に述べると、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｗｕｈａｎ（ＢｅｔａＣｏｖ／Ｂｅｌｇｉｕｍ／ＧＨＢ－０３０２１／２０２０－ＥＰＩ ＩＳＬ １０９ ４０７９７６｜２０２０－０２－０３）およびＢ．１．３５１（ｈＣｏＶ１０５ １９／Ｂｅｌｇｉｕｍ／ｒｅｇａ－１９２０／２０２１；ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿８９６４７４， ２０２１－０１－１１）分離株を、ＲＴ－ｑＰＣＲで確認された無症候の患者からおよび呼吸器症状を有する患者からそれぞれ採取した鼻咽頭スワブから回収した。原型的なＷｕｈａｎ－Ｈｕ－１ ２０１９ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２とのおよびＢ．１．３５１系統との近縁関係を、シークエンシングおよび系統発生解析により確認した。感染性ウイルスを、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞での連続継代により単離し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｗｕｈａｎについては継代６、Ｂ．１．３５１ウイルスについては継代２を研究に使用した。ウイルスストックの力価を、ＲｅｅｄおよびＭｕｅｎｃｈの方法によるＶｅｒｏ Ｅ６細胞での終点希釈により決定した。シリアンハムスター（Ｍｅｓｏｃｒｉｃｅｔｕｓ ａｕｒａｔｕｓ）をＪａｎｖｉｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓから購入し、飼料および水を自由に摂取でき、ケージエンリッチメント（木製ブロック）が施されている、換気式アイソレーターケージ（ＩｓｏＣａｇｅ Ｎ Ｂｉｏｃｏｎｔａｉｎｍｅｎｔ Ｓｙｓｔｅｍ、Ｔｅｃｎｉｐｌａｓｔ）に２匹ずつ収容した。収容条件および実験手順は、ＫＵ Ｌｅｕｖｅｎの動物実験倫理委員会により承認された（ライセンスＰ０６５－２０２０）。６～１０週齢雌ハムスターに、１ｍｇ／ｋｇおよび４ｍｇ／ｋｇのＳ２Ｘ２５９ｍＡｂを腹腔内注射し、その４８時間後に、５０μｌの接種材料で、１．８９×１０６のＴＣＩＤ５０で、鼻腔内感染させた。ハムスターを外観、行動および体重についてモニターした。感染後４日目に、ハムスターを５００μＬのＤｏｌｅｔｈａｌ（２００ｍｇ／ｍＬのペントバルビタールナトリウム、Ｖｅｔｏｑｕｉｎｏｌ ＳＡ）の腹腔内注射により安楽死させた。肺を採取し、３５０μＬのＲＬＴ緩衝液（ＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉ ｋｉｔ、Ｑｉａｇｅｎ）中でビーズ破壊（Ｐｒｅｃｅｌｌｙｓ）を使用して均質化し、遠心分離（１０，０００ｒｐｍ、５分、４℃）して細胞デブリをペレット化した。ＮｕｃｌｅｏＳｐｉｎキット（Ｍａｃｈｅｒｅｙ－Ｎａｇｅｌ）を製造業者の指示に従って使用して、ＲＮＡを抽出した。ヌクレオカプシドを標的とするＮ２プライマーおよびプローブとを備えているｉＴａｑ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｐｒｏｂｅｓ Ｏｎｅ－Ｓｔｅｐ ＲＴｑＰＣＲキット（ＢｉｏＲａｄ）を使用してＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ９６プラットフォーム（Ｒｏｃｈｅ）でＲＴ－ｑＰＣＲを行った。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｃＤＮＡの標準物質（ＩＤＴ）を使用して、組織のｍｇあたりまたは血清のｍＬあたりのウイルスゲノムコピー数を表した。感染性ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２粒子を定量するために、９６ウェルプレート内の集密Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞で終点力価測定を行った。ＲｅｅｄおよびＭｕｅｎｃｈの方法によりウイルス力価を算出し、組織のｍｇあたりの５０％組織培養感染量（ＴＣＩＤ５０）として表した。
図４５は、原型的なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による鼻腔内感染の４日後のシリアンハムスターの肺内のウイルスＲＮＡ負荷量（左側パネル）および複製ウイルス力価（右側パネル）を示す。１つの独立した実験についての結果が示されている。無関係のｍＡｂ ｎ＝３；Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））４ｍｇ／ｋｇ ｎ＝４。
図４６は、バイオレイヤー干渉法によって測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤにおける、Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））の、部位Ｉを標的とするＳ２Ｅ１２（上部パネル）および部位ＩＶを標的とするＳ３０９（配列番号１７２に記載されるＶＨアミノ酸配列、配列番号１７６に記載されるＶＬアミノ酸配列）ｍＡｂに対する、競合結合アッセイからのデータを示す。２つのうちの１つの独立した実験が示されている。
図４７は、感染前の血清で測定されたモノクローナル抗体の濃度（０日目；ｘ軸）と、感染の４日後の肺内の感染性ウイルス（ＴＣＩＤ５０）（ｙ軸）との相関を示す。シリアンハムスターに、抗体Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））または抗体Ｓ２Ｘ２５９と抗体Ｓ３０９（配列番号１７２に記載されるＶＨアミノ酸配列、配列番号１７６に記載されるＶＬアミノ酸配列）の組合せ（図４４も参照されたい）の予防的投与後に、Ｂ．１．３５１ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による鼻腔内チャレンジを施した。丸によって示されているのは、Ｓ２Ｘ２５９、１ｍｇ／ｋｇ；Ｓ２Ｘ２５９、４ｍｇ／ｋｇ；およびＳ３０９＋Ｓ２Ｘ２５９、１＋１ｍｇ／ｋｇである。１つの独立した実験からのデータが提示されている。
図４８は、Ｓ２Ｘ２５９抗体（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））の予防的投与後の原型的な（Ｗｕｈａｎ－１関連）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による鼻腔内感染の４日後の、シリアンハムスターの肺内のウイルスＲＮＡ負荷量（ＲＮＡゲノムコピー／ｍｇ肺）の定量を、感染前（０日目）の血清モノクローナル抗体濃度の関数としてプロットして示す。Ｓ２Ｘ２５９抗体を４ｍｇ／ｋｇで投与した。ｎ＝４。
図４９は、Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））抗体の予防的投与後の原型的な（Ｗｕｈａｎ－１関連）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による鼻腔内感染の４日後の、シリアンハムスターの肺内の複製ウイルス力価（ＴＣＩＤ５０）の定量を、感染前（０日目）の血清モノクローナル抗体濃度の関数としてプロットして示す。Ｓ２Ｘ２５９抗体を４ｍｇ／ｋｇで投与した。ｎ＝４。
図５０は、２２９の臨床分離株においてより高い頻度で見られるＳ２Ｘ２５９接触残基へのＳ変異を保有するＶＳＶシュードウイルスに対するＳ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））のｉｎ ｖｉｔｒｏ中和活性を示す。各変異体について、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ ＷＴに対する中和に対する変化倍率が報告されている。＊Ｑ５０６Ｋ変異体は、他の変異体と比較してウイルス侵入の１０倍低減を示した。２つの独立した実験からの結果が報告されている。
図５１は、ＡＣＥ２を過剰発現するようにまたは選択されたレクチンおよび受容体候補のパネルのうちの１つを過剰発現するようにトランスフェクトされたＨＥＫ２９３Ｔ細胞の、ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによる感染を示す。
図５２は、真正ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染させ（０．１のＭＯＩ）、次いで固定し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核タンパク質について２４時間、免疫染色した、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系の顕微鏡写真を示す。
図５３は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃによる感染の２４時間後に測定したときの、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系におけるルシフェラーゼレベルの定量を示す。
図５４は、異なる濃度の抗ＳＩＧＬＥＣ１モノクローナル抗体（クローン７－２３９）とのインキュベーションおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃによる感染後にＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系におけるルシフェラーゼレベルの定量を示す。
図５５は、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現するように一過的に形質導入された細胞のＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによる感染を示す。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞（左側パネル）、ＨｅＬａ細胞（中央パネル）、およびＭＲＣ５細胞（右側パネル）についての結果が示されている。
図５６は、ＡＣＥ２ ｓｉＲＮＡでの処置、続いてのＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによる感染後の、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系の感染を示す。
図５７は、異なる濃度の抗ＡＣＥ２抗体（ポリクローナル血清）での処置、続いてのＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによる感染後の、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系の感染を示す。
図５８は、Ｈｕｍａｎ Ｌｕｎｇ Ｃｅｌｌ ＡｔｌａｓにおけるＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ（ＣＤ２０９）、Ｌ－ＳＩＧＮ（ＣＬＥＣ４Ｍ）およびＳＩＧＬＥＣ１の分布および発現を示す。
図５９は、重症ＣＯＶＩＤ－１９患者の気管支肺胞洗浄液または痰において検出可能なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム有する主要細胞型の解析を示す。細胞型により同定され、ウイルス負荷量によりサイズ分類された、単一細胞遺伝子発現プロファイルが、ｔ－ＳＮＥ（ｔ分布型確率的近傍埋め込み）プロットとして示されている。
図６０は、重症ＣＯＶＩＤ－１９患者の気管支肺胞洗浄液または痰において検出可能なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムを有する主要細胞型の解析を示す。対応するｌｏｇＣＰＭ（ｌｏｇ（１００万計数あたりの計数）；ｘ軸）までの細胞あたりの検出ウイルスＲＮＡに対して細胞の累積分率（ｙ軸）が、示されている細胞型の各々について示されている。
図６１は、受容体遺伝子についての検出された転写物をｘ軸に示し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２＋細胞型をｙ軸に示す細胞の計数のヒートマップ行列を示す。被験体８名からの総計ｎ＝３，０８５細胞。Ｒｅｎ， Ｘ． ｅｔ ａｌ． ＣＯＶＩＤ－１９ ｉｍｍｕｎｅ ｆｅａｔｕｒｅｓ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｂｙ ａ ｌａｒｇｅ－ｓｃａｌｅ ｓｉｎｇｌｅ ｃｅｌｌ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ａｔｌａｓ． Ｃｅｌｌ， ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２１．０１．０５３ （２０２１）を参照されたい。
図６２は、マクロファージにおけるおよび分泌細胞における受容体転写物計数（各プロットのｙ軸）とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＮＡ計数（各プロットのｘ軸）の相関を示す。相関は、Ｒｅｎらからのｌｏｇ変換前の計数に基づく。
図６３は、ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によるトランス感染の結果を示す。トランス感染プロセスの概略図が左側パネルに示されている。ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、またはＳＩＧＬＥＣ１で形質導入したＨｅＬａ細胞をＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２とともにインキュベートし、非常によく洗浄し、Ｖｅｒｏ－Ｅ６－ＴＭＰＲＳＳ２感受性標的細胞と共培養した。標的細胞の存在または非存在下での結果が、右側パネルに示されている。
図６４は、ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス吸着を抗ＳＩＧＬＥＣ１遮断抗体の存在または非存在下で行った、トランス感染の結果を示す。
図６５は、フローサイトメトリーにより測定したときの、示されている細胞系への、精製された、蛍光標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはＲＢＤの結合の定量を示す。「Ａ」は、ＡＣＥ２を過剰発現する細胞系を示し、「Ｔ」は、ＴＭＰＲＳＳ２を過剰発現する細胞系を示す。
図６６は、ＲＴ－ｑＰＣＲにより測定したときの、示されている細胞系における細胞ＡＣＥ２およびＴＭＰＲＳＳ２転写物の定量を示す。「Ａ」は、ＡＣＥ２を過剰発現する細胞系を示し、「Ｔ」は、ＴＭＰＲＳＳ２を過剰発現する細胞系を示す。
図６７は、異なるスパイク特異的抗体により媒介されるＣＨＯ－Ｓ細胞－細胞融合を示す。Ｃｙｔａｔｉｏｎ ５ Ｉｍａｇｅｒ（ＢｉｏＴｅｋ）、および物体として核を検出してそれらのサイズを測定する物体検出プロトコールを使用して、融合を定量した。融合細胞内の物体の面積を全ての物体の総面積で割って１００をかけることにより、融合細胞のパーセンテージが得られる。
図６８は、１５μｇ／ｍｌの示されている抗体による、ＣＨＯ－Ｓ細胞のＳ２Ｅ１２誘導細胞－細胞融合の阻害を示す。
図６９は、ＡＣＥ２の非存在下でのＳ陽性ＣＨＯ－Ｓ細胞と蛍光標識Ｓ陰性ＣＨＯ細胞のＳ２Ｅ１２誘導一方向融合（トランス融合とも呼ばれる）を示す。核をＨｏｅｃｈｓｔ色素で染色し、細胞質をＣｅｌｌＴｒａｃｋｅｒ Ｇｒｅｅｎで染色した。
図７０は、フローサイトメトリーにより測定したときの、それぞれの結合受容体を安定的に過剰発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞上のＤＣ／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を標的とする抗体の結合の解析を示す。 図７０は、フローサイトメトリーにより測定したときの、それぞれの結合受容体を安定的に過剰発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞上のＤＣ／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を標的とする抗体の結合の解析を示す。 図７０は、フローサイトメトリーにより測定したときの、それぞれの結合受容体を安定的に過剰発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞上のＤＣ／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を標的とする抗体の結合の解析を示す。
図７１は、免疫蛍光により測定したときの、それぞれの結合受容体を安定的に過剰発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞上のＤＣ／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を標的とする抗体の結合の解析を示す。
図７２は、野生型スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（濃灰色バー）、またはＢ１．１．７系統の変異を有するスパイクタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（明灰色バー）による、示されている結合受容体を安定的に過剰発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染を示す。感染の１日後に発光を分析した。
図７３は、フローサイトメトリーにより測定したときの、示されている細胞系への、精製された、蛍光標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（左側パネル）またはＲＢＤ（右側パネル）の結合の定量を示す。
図７４は、フローサイトメトリーにより測定したときの、示されている細胞系への、精製された、蛍光標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（左側パネル）またはＲＢＤ（右側パネル）の結合の定量を示す。
図７５は、ハムスター脾細胞への免疫複合体の結合を示す。Ａｌｅｘａ－４８８蛍光免疫複合体（ＩＣ）を、力価測定（０～２００ｎＭ範囲）し、全ナイーブハムスター脾細胞とともにインキュベートした。死／アポトーシス細胞の排除および真の単球集団に対する物理的ゲーティングによりサイトメトリーで結合を明らかにした。左側パネルは、ハムスターまたはヒトＦｃ抗体のどちらかで作製されたＩＣのハムスター細胞に関連する蛍光強度を示す（ヒトＳ３０９は緑色で示されており、ＧＨ－Ｓ３０９は、濃灰色で示されており、ＧＨ－Ｓ３０９－Ｎ２９７Ａは、青色で示されている）。２つの単一複製物が示されている。右側パネルは、単球集団全体に関して測定された複製物の相対Ａｌｅｘａ－４８８平均蛍光強度を示す。
図７６は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２チャレンジにおける宿主エフェクター機能の役割についての解析を示す。ｗｔであるかまたはＦｃがサイレンシングされている（Ｓ３０９－Ｎ２９７Ａ）ハムスターＩｇＧ２ａ Ｓ３０９の示されている量（ｍｇ／ｋｇ）を、シリアンハムスターに注射した。上部パネルは、感染の４日後の肺内のウイルスＲＮＡの定量を示す。中央パネルは、感染の４日後の肺内の複製ウイルスの定量を示す。下部パネルは、感染の４日後の肺内の病理組織学的スコアを示す。対照動物（白色記号）には４ｍｇ／ｋｇの無関係の対照アイソタイプ抗体を注射した。マン－ホイットニー検定を使用して、対照動物に対して、＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。
詳細な説明
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ビリオン中の、および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルスに感染した細胞などの宿主細胞の表面上に発現される、本明細書に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質および／またはＲＢＤ）に結合できる抗体および抗原結合断片が本明細書に提供される。宿主細胞は、例えば、肺細胞、ＣＨＯ細胞（例えば、表面糖タンパク質を発現するようにトランスフェクトされたＥｘｐｉＣＨＯ細胞など）などであり得る。ある特定の実施形態では、本開示の抗体および抗原結合断片は、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／またはヒト被験体において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和することができる。
ある特定の実施形態では、ここに開示される抗体および抗原結合断片は、２つ、３つ、またはそれより多くのサルベコウイルスおよび／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス、例えば、クレード１ａのサルベコウイルス、クレード１ｂのサルベコウイルス、クレード２のサルベコウイルス、クレード３のサルベコウイルス、および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のバリアントなどに結合および／または中和できる。
抗体および抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、および関連する組成物、ならびに抗体、核酸、ベクター、宿主細胞、および関連する組成物を、被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する（例えば、低減する、遅延させる、排除する、または予防する）ために、かつ／または被験体においてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置するための医薬の製造において、使用する方法も提供される。
複数のサルベコウイルス（例えば、１つもしくは複数（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくはそれより多く）の異なるサルベコウイルスビリオンの、および／または２つもしくはそれより多くのサルベコウイルスに感染した細胞の表面上に発現される、本明細書に記載される表面糖タンパク質）に結合できる抗体および抗原結合断片が、本明細書でさらに提供される。ある特定の実施形態では、ここに開示される抗体および抗原結合断片は、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／またはヒト被験体において、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスによる感染を中和することができる。抗体および抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞および関連する組成物、ならびに抗体、核酸、ベクター、宿主細胞、および関連する組成物を、被験体における２つもしくはそれより多くのサルベコウイルスによる感染を処置する（例えば、低減する、遅延させる、排除する、または予防する）ために、および／または被験体における２つもしくはそれより多くのサルベコウイルスによる感染を処置するための医薬の製造において、使用する方法も提供される。
本開示をより詳細に記載する前に、本明細書で使用されるある特定の用語の定義を提供することはその理解を助け得る。追加の定義は、本開示全体を通して記載される。
本明細書で使用される場合、「サルベコウイルス」は、Ｂ系統の中の任意のベータコロナウイルスを指し、クレード１ａ、クレード１ｂ、クレード２およびクレード３のＢ系統ウイルスを含む。クレード１ａサルベコウイルスの例は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶおよびコウモリＳＡＲＳ様コロナウイルスＷＩＶ１（ＷＩＶ１）である。クレード１ｂサルベコウイルスの例は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＲａｔＧ１３、センザンコウ－Ｇｕａｎｘｉ－２０１７（ＰＡＮＧ／ＧＸ）およびセンザンコウ－Ｇｕａｎｇｄｏｎ－２０１９（ＰＡＮＧ／ＧＤ）である。クレード２サルベコウイルスの例は、コウモリＺＣ４５（ＺＣ４５）、コウモリＺＸＣ２１（ＺＸＣ２１）、ＹＮ２０１３、およびＲｍＹＮ０２である。クレード３サルベコウイルスの例は、ＢｔｋＹ７２およびＢＧＲ２００８である。
一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、クレード１ａのサルベコウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＷＩＶ１、または両方）、クレード１ｂのサルベコウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＲａｔＧ１３、センザンコウ－Ｇｕａｎｘｉ－２０１７（ＰＡＮＧ／ＧＸ）、センザンコウ－Ｇｕａｎｇｄｏｎ－２０９、もしくはこれらの任意の組合せ）、クレード２のサルベコウイルス、またはクレード３のサルベコウイルスに結合できる。
さらなるある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント、例えば、Ｎ５０１Ｙバリアント、Ｙ４５３Ｆバリアント、Ｎ４３９Ｋバリアント、Ｋ４１７Ｖバリアント、Ｎ５０１Ｙ－Ｋ４１７Ｎ－Ｅ４８４Ｋバリアント、Ｅ４８４Ｋバリアント、カリフォルニアバリアント、ブラジルバリアント、スイスバリアント、またはこれらの任意の組合せに結合できる。
一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ヒトＡＣＥ２とサルベコウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）との結合相互作用を約１２ｎｇ／ｍＬ、約１２．５ｎｇ／ｍＬ、または約１３ｎｇ／ｍＬのＩＣ５０で阻害できる。
本明細書で使用される場合、本明細書で、「武漢海鮮市場表現型ウイルス」、または「武コロナウイルス」、または「武漢ＣｏＶ」、または「新型ＣｏＶ」、または「ｎＣｏＶ」、または「２０１９ ｎＣｏＶ」、または「武漢ｎＣｏＶ」とも称される「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２」は、Ｂ系統と考えられるベータコロナウイルス（サルベコウイルス）である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、２０１９年末に中国、湖北省武漢において最初に同定され、２０２０年初めに中国内および世界の他の場所に広がった。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の症状としては、発熱、乾性咳、および呼吸困難が挙げられる。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２分離株Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１のゲノム配列は、配列番号１に提供され（ＧｅｎＢａｎｋ ＭＮ９０８９４７．３、２０２０年１月２３日も参照されたい）、ゲノムのアミノ酸翻訳は、配列番号２に提供される（ＧｅｎＢａｎｋ ＱＨＤ４３４１６．１、２０２０年１月２３日も参照されたい）。他のコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１）と同様に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含有する「スパイク」または表面（「Ｓ」）Ｉ型膜貫通糖タンパク質を含む。ＲＢＤは、細胞表面受容体であるアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）に結合することによって、系統ＢのＳＡＲＳコロナウイルスの呼吸上皮細胞への侵入を媒介すると考えられる。特に、ウイルスのＲＢＤ中の受容体結合モチーフ（ＲＢＭ）は、ＡＣＥ２と相互作用すると考えられる。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１の表面糖タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号３に提供される。本開示の抗体および抗原結合断片は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質（Ｓ）、例えば、Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１の表面糖タンパク質に結合できる。例えば、ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１のＳタンパク質のＲＢＤ中のエピトープに結合する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１のＲＢＤのアミノ酸配列は、配列番号４に提供される。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＳタンパク質とおよそ７３％のアミノ酸配列同一性を有する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＭのアミノ酸配列は、配列番号５に提供される。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１のＲＢＤに対しておよそ７５％～７７％のアミノ酸配列類似性を有し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＭは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＲＢＭに対しておよそ５０％のアミノ酸配列類似性を有する。
本明細書で他に指示されない限り、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１は、必要に応じて配列番号１に記載されるゲノム配列を有する、配列番号２、３、および４のいずれか１つまたは複数に記載されるアミノ酸配列を含むウイルスを指す。
いくつかのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントが新たに出現している。一部のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントは、Ｎ４３９Ｋ変異を含有し、これは、ヒトＡＣＥ２受容体への結合親和性を増強する（Ｔｈｏｍｓｏｎ， Ｅ．Ｃ．， ｅｔ ａｌ．， Ｔｈｅ ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｓｐｉｋｅ ｖａｒｉａｎｔ Ｎ４３９Ｋ ｍａｉｎｔａｉｎｓ ｆｉｔｎｅｓｓ ｗｈｉｌｅ ｅｖａｄｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｍｍｕｎｉｔｙ． ｂｉｏＲｘｉｖ， ２０２０）。一部のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントは、Ｎ５０１Ｙ変異を含有し、これは、感染性の増加に関連し、系統Ｂ．１．１．７（２０Ｉ／５０１Ｙ．Ｖ１およびＶＯＣ ２０２０１２／０１としても公知；（ｄｅｌ６９～７０、ｄｅｌ１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、およびＤ１１１８Ｈ変異））およびＢ．１．３５１（２０Ｈ／５０１Ｙ．Ｖ２としても公知；Ｌ１８Ｆ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、およびＡ７０１Ｖ変異）を含み、これらは、それぞれ、英国および南アフリカで発見された（Ｔｅｇａｌｌｙ， Ｈ．， ｅｔ ａｌ．， Ｅｍｅｒｇｅｎｃｅ ａｎｄ ｒａｐｉｄ ｓｐｒｅａｄ ｏｆ ａ ｎｅｗ ｓｅｖｅｒｅ ａｃｕｔｅ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ－ｒｅｌａｔｅｄ ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ２ （ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２） ｌｉｎｅａｇｅ ｗｉｔｈ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｐｉｋｅ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｓｏｕｔｈ Ａｆｒｉｃａ． ｍｅｄＲｘｉｖ， ２０２０： ｐ． ２０２０．１２．２１．２０２４８６４０；Ｌｅｕｎｇ， Ｋ．， ｅｔ ａｌ．， Ｅａｒｌｙ ｅｍｐｉｒｉｃａｌ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ Ｎ５０１Ｙ ｍｕｔａｎｔ ｓｔｒａｉｎｓ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｉｎ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ， Ｏｃｔｏｂｅｒ ｔｏ Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ２０２０． ｍｅｄＲｘｉｖ， ２０２０： ｐ． ２０２０．１２．２０．２０２４８５８１）。Ｂ．１．３５１はまた、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２スパイクタンパク質のＲＢＤドメインに２つの他の変異、Ｋ４１７ＮおよびＥ４８４Ｋを含む（Ｔｅｇａｌｌｙ， Ｈ．， ｅｔ ａｌ．， Ｅｍｅｒｇｅｎｃｅ ａｎｄ ｒａｐｉｄ ｓｐｒｅａｄ ｏｆ ａ ｎｅｗ ｓｅｖｅｒｅ ａｃｕｔｅ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ－ｒｅｌａｔｅｄ ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ２ （ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２） ｌｉｎｅａｇｅ ｗｉｔｈ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｐｉｋｅ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｓｏｕｔｈ Ａｆｒｉｃａ． ｍｅｄＲｘｉｖ， ２０２０： ｐ． ２０２０．１２．２１．２０２４８６４０）。他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントとしては、最初にブラジルで報告された系統Ｂ．１．１．２８；最初に日本で報告されたバリアントＰ．１、系統Ｂ．１．１．２８（２０Ｊ／５０１Ｙ．Ｖ３としても公知）；最初に米国のカリフォルニア州で報告されたバリアントＬ４５２Ｒ（Ｐａｎ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ， Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｕｐｄａｔｅ： Ｏｃｃｕｒｒｅｎｃｅ ｏｆ ｖａｒｉａｎｔｓ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｉｎ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｓ， Ｊａｎｕａｒｙ ２０， ２０２１， ｒｅｌｉｅｆｗｅｂ．ｉｎｔ／ｓｉｔｅｓ／ｒｅｌｉｅｆｗｅｂ．ｉｎｔ／ｆｉｌｅｓ／ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ／２０２１－ｊａｎ－２０－ｐｈｅ－ｅｐｉ－ｕｐｄａｔｅ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２．ｐｄｆで利用可能）が挙げられる。他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントとしては、系統群１９ＡのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群１９ＢのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＡのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＢのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＣのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＤのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＥのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２（ＥＵ１）；系統群２０ＦのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＧのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；およびＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｂ１．１．２０７；ならびにＲａｍｂａｕｔ， Ａ．， ｅｔ ａｌ．， Ａ ｄｙｎａｍｉｃ ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ ｐｒｏｐｏｓａｌ ｆｏｒ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｌｉｎｅａｇｅｓ ｔｏ ａｓｓｉｓｔ ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ． Ｎａｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ５， １４０３－１４０７ （２０２０）に記載される他のＳＡＲＳ ＣｏＶ－２系統が挙げられる。前述のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント、ならびにそのアミノ酸配列およびヌクレオチド配列は、参照により本明細書に組み込まれる。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶは、感染した個体において呼吸器症状を引き起こす、Ｂ系統の別のベータコロナウイルス（サルベコウイルス）である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶウルバーニ株のゲノム配列は、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＡＰ１３４４１．１を有する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ表面糖タンパク質（「Ｓタンパク質」）のアミノ酸配列は、配列番号４５０で提供される。
本明細書では、任意の濃度範囲、パーセンテージの範囲、比の範囲、または整数の範囲は、他に指示されない限り、列挙された範囲内の任意の整数の値、および適切な場合には、その分数（整数の１０分の１、および１００分の１など）を含むことが理解されるべきである。また、ポリマーサブユニット、サイズ、または厚さなどの任意の物理的特徴に関して本明細書に列挙される任意の数の範囲は、他に指示されない限り、列挙された範囲内の任意の整数を含むことが理解されるべきである。本明細書で使用される場合、「約」という用語は、他に指示されない限り、示された範囲、値、または構造の±２０％を意味する。「ａ」および「ａｎ」という用語は、本明細書で使用される場合、数え上げられている構成成分の「１つまたは複数」を指すことが理解されるべきである。代替物（例えば、「または」）の使用は、代替物のいずれか１つ、その両方、またはこれらの任意の組み合わせを意味することが理解されるべきである。本明細書で使用される場合、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「有する」、および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という用語は、同意語として使用され、これらの用語およびその変形は、非限定的と解釈されることが意図される。
「必要に応じた」または「必要に応じて」は、それに続いて記載される要素、構成成分、事象、または状況が存在してもよく、または存在しなくてもよいこと、ならびにその記載が、その要素、構成成分、事象、または状況が存在する例、およびそれらが存在しない例を含むことを意味する。
加えて、本明細書に記載される構造およびサブユニットのさまざまな組み合わせに由来する個々の構築物または構築物の群が、各構築物または構築物の群が個々に記載されたのと同じ程度に、本出願により開示されることが理解されるべきである。そのため、特定の構造または特定のサブユニットの選択は、本開示の範囲内である。
「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」という用語は、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と等価ではなく、特許請求の範囲の指定される材料もしくはステップ、または特許請求の範囲に記載された主題の基本的な特徴に実質的に影響を及ぼさないものを指す。例えば、タンパク質ドメイン、領域、またはモジュール（例えば、結合ドメイン）、またはタンパク質は、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質のアミノ酸配列が、組み合わせて、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質の長さの多くて２０％（例えば、多くて１５％、１０％、８％、６％、５％、４％、３％、２％または１％）に寄与し、ドメイン（複数可）、領域（複数可）、モジュール（複数可）、またはタンパク質の活性（例えば、結合タンパク質の標的結合親和性）に実質的に影響を及ぼさない（すなわち、活性を、４０％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、または１％以下など、５０％よりも大きくは低減しない）、伸長、欠失、変異、またはこれらの組み合わせ（例えば、アミノもしくはカルボキシ末端の、またはドメイン間のアミノ酸）を含む場合、特定のアミノ酸配列「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」。
本明細書で使用される場合、「アミノ酸」は、天然に存在するアミノ酸および合成アミノ酸、ならびに天然に存在するアミノ酸と類似の様式で機能するアミノ酸アナログおよびアミノ酸ミメティックを指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝コードによってコードされるもの、ならびに後に修飾されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ－カルボキシグルタミン酸、およびＯ－ホスホセリンである。アミノ酸アナログは、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、およびＲ基に結合しているα－炭素を有する化合物、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのようなアナログは、修飾されたＲ基（例えば、ノルロイシン）または修飾されたペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を保持する。アミノ酸ミメティックは、アミノ酸の一般的な化学構造とは異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と類似の様式で機能する化合物を指す。
本明細書で使用される場合、「変異」は、それぞれ、参照または野生型核酸分子またはポリペプチド分子と比較して、核酸分子またはポリペプチド分子の配列における変化を指す。変異は、ヌクレオチド（複数可）またはアミノ酸（複数可）の置換、挿入または欠失を含む、いくつかの異なる種類の配列の変化をもたらし得る。
「保存的置換」は、特定のタンパク質の結合特徴に有意に影響を及ぼさないか、またはそれを有意に変更しない、アミノ酸置換を指す。一般に、保存的置換は、置換されたアミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられるものである。保存的置換は、以下の群の１つにおいて見出される置換を含む：群１：アラニン（ＡｌａまたはＡ）、グリシン（ＧｌｙまたはＧ）、セリン（ＳｅｒまたはＳ）、トレオニン（ＴｈｒまたはＴ）；群２：アスパラギン酸（ＡｓｐまたはＤ）、グルタミン酸（ＧｌｕまたはＺ）；群３：アスパラギン（ＡｓｎまたはＮ）、グルタミン（ＧｌｎまたはＱ）；群４：アルギニン（ＡｒｇまたはＲ）、リシン（ＬｙｓまたはＫ）、ヒスチジン（ＨｉｓまたはＨ）；群５：イソロイシン（ＩｌｅまたはＩ）、ロイシン（ＬｅｕまたはＬ）、メチオニン（ＭｅｔまたはＭ）、バリン（ＶａｌまたはＶ）；および群６：フェニルアラニン（ＰｈｅまたはＦ）、チロシン（ＴｙｒまたはＹ）、トリプトファン（ＴｒｐまたはＷ）。加えて、または代わりに、アミノ酸は、類似の機能、化学構造、または組成（例えば、酸性、塩基性、脂肪族、芳香族、または硫黄含有）によって保存的置換の群に分類することができる。例えば、脂肪族の分類は、置換の目的について、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、およびＩｌｅを含み得る。他の保存的置換群としては、硫黄含有：Ｍｅｔおよびシステイン（ＣｙｓまたはＣ）；酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、およびＧｌｎ；小さな脂肪族の、非極性の、またはわずかに極性の残基：Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、およびＧｌｙ；極性の、負に荷電した残基、およびそれらのアミド：Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、およびＧｌｎ；極性の、正に荷電した残基：Ｈｉｓ、Ａｒｇ、およびＬｙｓ；大きな脂肪族の、非極性の残基：Ｍｅｔ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、およびＣｙｓ；ならびに大きな芳香族の残基：Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、およびＴｒｐが挙げられる。追加の情報は、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ （１９８４） Ｐｒｏｔｅｉｎｓ， Ｗ．Ｈ． Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙに見出すことができる。
本明細書で使用される場合、「タンパク質」または「ポリペプチド」は、アミノ酸残基のポリマーを指す。タンパク質は、天然に存在するアミノ酸ポリマー、ならびに１つまたは複数のアミノ酸残基が対応する天然に存在するアミノ酸および天然に存在しないアミノ酸のポリマーの人工的な化学ミメティックであるアミノ酸ポリマーに適用される。本開示のタンパク質、ペプチド、およびポリペプチドのバリアントも企図される。ある特定の実施形態では、バリアントのタンパク質、ペプチド、およびポリペプチドは、本明細書に記載される定義されたアミノ酸配列または参照アミノ酸配列のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．９％同一であるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる。
「核酸分子」または「ポリヌクレオチド」または「ポリ核酸」は、共有結合的に連結したヌクレオチドを含むポリマー化合物を指し、これは、天然のサブユニット（例えば、プリンまたはピリミジン塩基）または非天然サブユニット（例えば、モルホリン環）で構成され得る。プリン塩基としては、アデニン、グアニン、ヒポキサンチン、およびキサンチンが挙げられ、ピリミジン塩基としては、ウラシル、チミン、およびシトシンが挙げられる。核酸分子は、ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ウイルスゲノムＲＮＡ、および合成ＲＮＡを含むポリリボ核酸（ＲＮＡ）、ならびにｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、および合成ＤＮＡを含むポリデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を含み、これらはいずれも一本鎖または二本鎖であり得る。一本鎖の場合、核酸分子は、コード鎖または非コード（アンチセンス）鎖であり得る。アミノ酸配列をコードする核酸分子は、同じアミノ酸配列をコードするすべてのヌクレオチド配列を含む。ヌクレオチド配列の一部のバージョンは、イントロン（複数可）が共転写のまたは転写後の機構により除去されるであろう程度にイントロン（複数可）も含み得る。言い換えれば、異なるヌクレオチド配列は、遺伝コードの重複性もしくは縮重の結果として、またはスプライシングにより、同じアミノ酸配列をコードし得る。
本開示の核酸分子のバリアントも企図される。バリアント核酸分子は、本明細書に記載される定義されたまたは参照ポリヌクレオチドの核酸分子と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％同一であり、好ましくは、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．９％同一であり、あるいは、これは、０．０１５Ｍの塩化ナトリウム、０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム、約６５～６８℃の、または０．０１５Ｍの塩化ナトリウム、０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム、および５０％ホルムアミド、約４２℃のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でポリヌクレオチドにハイブリダイズする。核酸分子バリアントは、標的分子の結合などの本明細書に記載される機能性を有するその結合ドメインをコードする能力を保持する。
「配列同一性パーセント」は、配列を比較することによって決定される、２つまたはそれより多くの配列間の関係を指す。配列同一性を決定するための好ましい方法は、比較される配列間の最良の一致を与えるように設計される。例えば、最適な比較の目的で、配列を整列させる（例えば、最適な整列のために、第１および第２のアミノ酸配列または核酸配列の一方または両方にギャップを導入することができる）。さらに、非相同配列は、比較の目的で、無視してもよい。本明細書において言及される配列同一性パーセントは、他に指示されない限り、参照配列の長さにわたって算出される。配列同一性および類似性を決定する方法は、公に利用可能なコンピュータープログラムに見出すことができる。配列の整列および同一性パーセントの算出は、ＢＬＡＳＴプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴ ２．０、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、またはＢＬＡＳＴＸ）を使用して行ってもよい。ＢＬＡＳＴプログラムにおいて使用される数学アルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５：３３８９－３４０２， １９９７に見出すことができる。本開示の文脈内では、配列解析ソフトウェアを解析のために使用する場合、解析の結果は、言及されるプログラムの「デフォルト値」に基づくことが理解される。「デフォルト値」は、最初に初期化された場合に、ソフトウェアに元々ロードされた任意の値またはパラメーターのセットを意味する。
「単離された」という用語は、材料が、その元々の環境（例えば、それが天然に存在する場合、天然の環境）から取り出されていることを意味する。例えば、生きている動物中に存在する天然に存在する核酸またはポリペプチドは、単離されていないが、同じ核酸またはポリペプチドが、天然の系中で共存している材料の一部または全部から分離されている場合、単離されている。そのような核酸は、ベクターの部分であり得、かつ／あるいは、そのような核酸またはポリペプチドは、組成物（例えば、細胞溶解物）の部分であり得、それでもなお、そのようなベクターまたは組成物が核酸またはポリペプチドについて天然の環境の一部ではないという点で、単離されている。
「遺伝子」という用語は、ポリペプチド鎖の生成に関与するＤＮＡまたはＲＮＡのセグメントを意味し、ある特定の文脈では、これは、コード領域の前後の領域（例えば、５’非翻訳領域（ＵＴＲ）および３’ＵＴＲ）、ならびに個々のコードセグメント（エクソン）の間の介在配列（イントロン）を含む。
「機能的バリアント」は、本開示の親化合物または参照化合物と構造的に類似しているか、または実質的に構造的に類似しているが、組成がわずかに異なる（例えば、１つの塩基、原子または官能基が異なる、付加されている、または除去されている）ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを指し、その結果、ポリペプチドまたはコードされるポリペプチドは、親ポリペプチドの少なくとも１つの機能を、少なくとも５０％の効率で、好ましくは、親ポリペプチドの活性の少なくとも５５％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または１００％のレベルで行うことができる。言い換えれば、本開示のポリペプチドまたはコードされるポリペプチドの機能的バリアントは、結合親和性を測定するためのアッセイ（例えば、Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標）または会合定数（Ｋａ）または解離定数（ＫＤ）を測定する四量体染色）などの選択されたアッセイにおいて、親化合物または参照ポリペプチドと比較して、機能的バリアントが性能の５０％以下の低減を示す場合、「類似の結合性」、「類似の親和性」、または「類似の活性」を有する。
本明細書で使用される場合、「機能的部分」または「機能的断片」は、親化合物または参照化合物のドメイン、部分または断片のみを含むポリペプチドまたはポリヌクレオチドを指し、ポリペプチドまたはコードされるポリペプチドは、親化合物または参照化合物のドメイン、部分または断片に関連する少なくとも５０％の活性、好ましくは、親ポリペプチドの活性の少なくとも５５％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または１００％のレベルを保持するか、あるいは生物学的利益（例えば、エフェクター機能）を提供する。本開示のポリペプチドまたはコードされるポリペプチドの「機能的部分」または「機能的断片」は、選択されたアッセイにおいて、親ポリペプチドまたは参照ポリペプチドと比較して、機能的部分または断片が、５０％以下（好ましくは、２０％以下または１０％以下、あるいは親和性に関して、親または参照と比較して対数差以下）の性能の低減を示す場合、「類似の結合性」または「類似の活性」を有する。
本明細書で使用される場合、「操作された」、「組換え」、または「非天然」という用語は、少なくとも１つの遺伝的変更を含むか、あるいは外因性または異種核酸分子の導入によって改変された、生物体、微生物、細胞、核酸分子、またはベクターを指し、そのような変更または改変は、遺伝子操作（すなわち、人為的な介入）によって導入される。遺伝的変更としては、例えば、機能的ＲＮＡ、タンパク質、融合タンパク質または酵素をコードする発現可能な核酸分子を導入する改変、あるいは他の核酸分子の付加、欠失、置換、または細胞の遺伝子材料の他の機能的破壊が挙げられる。追加の改変には、例えば、改変がポリヌクレオチド、遺伝子、またはオペロンの発現を変更する、非コード調節領域を含む。
本明細書で使用される場合、「異種」、または「非内因性」、または「外因性」は、宿主細胞または被験体に対してネイティブではない任意の遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、または活性、あるいは、宿主細胞または被験体に対してネイティブであるが変更されている任意の遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、または活性を指す。異種、非内因性、または外因性としては、ネイティブなおよび変更された遺伝子、タンパク質、化合物、または核酸分子の間で構造、活性、またはその両方が異なるように変異しているか、またはそうでなければ変更されている、遺伝子、タンパク質、化合物、または核酸分子が挙げられる。ある特定の実施形態では、異種、非内因性、または外因性の遺伝子、タンパク質、または核酸分子（例えば、受容体、リガンドなど）は、宿主細胞または被験体に対して内因性でなくてもよいが、代わりに、そのような遺伝子、タンパク質、または核酸分子をコードする核酸が、コンジュゲーション、形質転換、トランスフェクション、電気穿孔などによって宿主細胞に付加されていてもよく、ここで、付加された核酸分子は、宿主細胞のゲノムに組み込まれていてもよく、または染色体外遺伝子材料として（例えば、プラスミド、または他の自己複製性ベクターとして）存在することができる。「相同な」または「ホモログ」という用語は、宿主細胞、種、または株において見出されるか、またはそれに由来する、遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、または活性を指す。例えば、ポリペプチドをコードする異種または外因性のポリヌクレオチドまたは遺伝子は、ネイティブなポリヌクレオチドまたは遺伝子と相同であってもよく、相同なポリペプチドまたは活性をコードするが、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドが、変更された構造、配列、発現レベル、またはこれらの任意の組み合わせを有していてもよい。非内因性のポリヌクレオチドまたは遺伝子、ならびにコードされるポリペプチドまたは活性は、同じ種、異なる種、またはこれらの組み合わせ由来であってもよい。
ある特定の実施形態では、変更されているか、または変異している場合、宿主細胞に対してネイティブな核酸分子またはその部分は、宿主細胞に対して異種とみなされ、あるいは、異種発現制御配列を用いて変更されているか、または宿主細胞に対してネイティブな核酸分子に通常は関連しない内因性発現制御配列を用いて変更されている場合、宿主細胞に対してネイティブな核酸分子は、異種とみなされてもよい。加えて、「異種」という用語は、宿主細胞に対して異なる、変更された、または内因性ではない、生物活性を指し得る。本明細書に記載されるように、１つより多くの異種核酸分子は、別々の核酸分子として、複数の個々に制御される遺伝子として、ポリシストロニックな核酸分子として、融合タンパク質をコードする単一の核酸分子として、またはこれらの任意の組み合わせで、宿主細胞に導入することができる。
本明細書で使用される場合、「内因性」または「ネイティブ」という用語は、宿主細胞または被験体に通常存在する、ポリヌクレオチド、遺伝子、タンパク質、化合物、分子、または活性を指す。
「発現」という用語は、本明細書で使用される場合、遺伝子などの核酸分子のコード配列に基づいてポリペプチドが産生されるプロセスを指す。プロセスは、転写、転写後制御、転写後修飾、翻訳、翻訳後制御、翻訳後修飾、またはこれらの任意の組み合わせを含み得る。発現される核酸分子は、典型的には、発現制御配列（例えば、プロモーター）に作動可能に連結されている。
「作動可能に連結される」という用語は、一方の機能が他方によって影響を受けるような、単一の核酸断片上の２つまたはそれより多くの核酸分子の会合を指す。例えば、プロモーターは、コード配列の発現に影響を及ぼすことができる場合、コード配列と作動可能に連結されている（すなわち、コード配列は、プロモーターの転写制御下にある）。「連結されていない」とは、関連する遺伝エレメントが互いに密接に関連せず、一方の機能が他方に影響を及ぼさないことを意味する。
本明細書に記載されるように、１つより多くの異種核酸分子は、別々の核酸分子として、複数の個々に制御される遺伝子として、ポリシストロニックな核酸分子として、タンパク質（例えば、抗体の重鎖）をコードする単一の核酸分子として、またはこれらの任意の組み合わせで、宿主細胞に導入することができる。２つまたはそれより多くの異種核酸分子が宿主細胞に導入される場合、２つまたはそれより多くの異種核酸分子を、単一の核酸分子として（例えば、単一のベクターにおいて）、別々のベクターにおいて、宿主染色体の単一の部位または複数の部位に組み込んで、あるいはこれらの任意の組み合わせで導入することができることが理解される。言及される異種核酸分子、またはタンパク質活性の数は、宿主細胞に導入される別々の核酸分子の数ではなく、コードする核酸分子の数またはタンパク質活性の数を指す。
「構築物」という用語は、組換え核酸分子（または、文脈が明確に指示する場合、本開示の融合タンパク質）を含有する任意のポリヌクレオチドを指す。（ポリヌクレオチド）構築物は、ベクター（例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター）中に存在していてもよく、またはゲノムに組み込まれていてもよい。「ベクター」は、別の核酸分子を輸送できる核酸分子である。ベクターは、例えば、染色体、非染色体、半合成または合成核酸分子を含み得る、プラスミド、コスミド、ウイルス、ＲＮＡベクター、あるいは直鎖状または環状のＤＮＡまたはＲＮＡ分子であり得る。本開示のベクターは、トランスポゾン系も含む（例えば、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ、例えば、Ｇｅｕｒｔｓ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． ８：１０８， ２００３： Ｍａｔｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｇｅｎｅｔ． ４１：７５３， ２００９を参照されたい）。例示的なベクターは、自律複製できるベクター（エピソームベクター）、ポリヌクレオチドを細胞ゲノムに送達できるベクター（例えば、ウイルスベクター）、または連結された核酸分子を発現させることができるベクター（発現ベクター）である。
本明細書で使用される場合、「発現ベクター」または「ベクター」は、適切な宿主における核酸分子の発現をもたらすことができる適切な制御配列に作動可能に連結されている核酸分子を含有するＤＮＡ構築物を指す。そのような制御配列は、転写をもたらすためのプロモーター、そのような転写を制御するための必要に応じたオペレーター配列、適切なｍＲＮＡリボソーム結合部位をコードする配列、ならびに転写および翻訳の終結を制御する配列を含む。ベクターは、プラスミド、ファージ粒子、ウイルス、または単なる潜在的なゲノム挿入物であってもよい。適切な宿主に形質転換されたら、ベクターは、宿主ゲノムとは独立して複製および機能し得、あるいは、一部の例では、ゲノムにそれ自体が組みむか、またはベクターに含有されるポリヌクレオチドをベクター配列なしでゲノムに送達することができる。本明細書では、「プラスミド」、「発現プラスミド」、「ウイルス」、および「ベクター」は、多くの場合、互換的に使用される。
核酸分子を細胞に挿入する文脈における「導入される」という用語は、「トランスフェクション」、「形質転換」、または「形質導入」を意味し、核酸分子の真核細胞または原核細胞への組込みへの言及を含み、ここで、核酸分子は、細胞のゲノム（例えば、染色体、プラスミド、色素体、またはミトコンドリアＤＮＡ）に組み込まれ得るか、自律的なレプリコンに変換され得るか、または一過的に発現され得る（例えば、トランスフェクトされたｍＲＮＡ）。
ある特定の実施形態では、本開示のポリヌクレオチドは、ベクターのある特定のエレメントに機能的に連結されていてもよい。例えば、ライゲーションされるコード配列の発現およびプロセシングをもたらすのに必要なポリヌクレオチド配列が、機能的に連結されていてもよい。発現制御配列は、妥当な転写開始、終結、プロモーター、およびエンハンサー配列；スプライシングおよびポリアデニル化シグナルなどの効率的なＲＮＡプロセシングシグナル；細胞質ｍＲＮＡを安定化する配列；翻訳効率を増強する配列（すなわち、Ｋｏｚａｋコンセンサス配列）；タンパク質安定性を増強する配列；ならびに場合により、タンパク質分泌を増強する配列を含んでいてもよい。発現制御配列は、それらが、目的の遺伝子と、トランスにまたは目的の遺伝子が制御される距離で作用する発現制御配列とが近接する場合、機能的に連結され得る。
ある特定の実施形態では、ベクターは、プラスミドベクター、またはウイルスベクター（例えば、レンチウイルスベクター、またはγ－レトロウイルスベクター）を含む。ウイルスベクターとしては、レトロウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス（例えば、アデノ随伴ウイルス）、コロナウイルス、オルトミクソウイルス（例えば、インフルエンザウイルス）、ラブドウイルス（例えば、狂犬病および水疱性口内炎ウイルス）、パラミクソウイルス（例えば、麻疹およびセンダイ）などのマイナス鎖ＲＮＡウイルス、ピコルナウイルスおよびアルファウイルスなどのプラス鎖ＲＮＡウイルス、ならびにアデノウイルス、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス１型および２型、エプスタインバーウイルス、サイトメガロウイルス）、およびポックスウイルス（例えば、ワクシニア、鶏痘、およびカナリアポックス）を含む二本鎖ＤＮＡウイルスが挙げられる。他のウイルスとしては、例えば、ノーウォークウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、パポーバウイルス、ヘパドナウイルス、および肝炎ウイルスが挙げられる。レトロウイルスの例としては、トリ白血症肉腫、哺乳動物Ｃ型、Ｂ型ウイルス、Ｄ型ウイルス、ＨＴＬＶ－ＢＬＶ群、レンチウイルス、スプーマウイルスが挙げられる（Ｃｏｆｆｉｎ， Ｊ． Ｍ．， Ｒｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ： Ｔｈｅ ｖｉｒｕｓｅｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ， Ｉｎ Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ， Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｂ． Ｎ． Ｆｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．， Ｅｄｓ．， Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ－Ｒａｖｅｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ， Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ， １９９６）。
「レトロウイルス」は、ＲＮＡゲノムを有するウイルスであり、これは、逆転写酵素を使用してＤＮＡに逆転写され、次いで、逆転写されたＤＮＡは、宿主細胞のゲノムに組み込まれる。「ガンマレトロウイルス」は、レトロウイルス科の属を指す。ガンマレトロウイルスの例としては、マウス幹細胞ウイルス、マウス白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ネコ肉腫ウイルス、およびトリ細網内皮症ウイルスが挙げられる。
「レンチウイルスベクター」は、遺伝子送達のためのＨＩＶに基づくレンチウイルスベクターを含み、これは、組込みまたは非組込みであり得、比較的大きなパッケージング容量を有し、異なる細胞型の範囲に形質導入することができる。レンチウイルスベクターは、通常、３つ（パッケージング、エンベロープ、および移入）またはそれより多くのプラスミドの産生細胞への一過性トランスフェクション後に生成される。ＨＩＶと同様に、レンチウイルスベクターは、標的細胞に、ウイルス表面糖タンパク質と細胞表面上の受容体との相互作用により侵入する。侵入したら、ウイルスＲＮＡは、ウイルス逆転写酵素複合体によって媒介される逆転写を受ける。逆転写の産物は、二本鎖直鎖状ウイルスＤＮＡであり、これは、感染細胞のＤＮＡへのウイルス組込みのための基質である。
ある特定の実施形態では、ウイルスベクターは、ガンマレトロウイルス、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）由来ベクターであり得る。他の実施形態では、ウイルスベクターは、より複雑なレトロウイルス由来ベクター、例えば、レンチウイルス由来ベクターであり得る。ＨＩＶ－１由来ベクターは、このカテゴリーに属する。他の例としては、ＨＩＶ－２、ＦＩＶ、ウマ伝染性貧血ウイルス、ＳＩＶ、およびマエディビスナウイルス（ヒツジレンチウイルス）に由来するレンチウイルスベクターが挙げられる。導入遺伝子を含有するウイルス粒子を用いて哺乳動物宿主細胞を形質導入するために、レトロウイルスベクターおよびレンチウイルスベクター、ならびにパッケージング細胞を使用する方法は当技術分野において公知であり、以前に、例えば、米国特許第８，１１９，７７２号；Ｗａｌｃｈｌｉ ｅｔ ａｌ．， ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ６：３２７９３０， ２０１１；Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １７４：４４１５， ２００５；Ｅｎｇｅｌｓ ｅｔ ａｌ．， Ｈｕｍ． Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． １４：１１５５， ２００３；Ｆｒｅｃｈａ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． １８：１７４８， ２０１０；およびＶｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ５０６：９７， ２００９に記載されている。レトロウイルスベクターおよびレンチウイルスベクターの構築物および発現系も市販されている。他のウイルスベクターはまた、ポリヌクレオチド送達のために使用することができ、例えば、アデノウイルスに基づくベクターおよびアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に基づくベクターを含むＤＮＡウイルスベクター；アンプリコンベクター、複製欠損ＨＳＶおよび弱毒化ＨＳＶを含む単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）に由来するベクターを含む（Ｋｒｉｓｋｙ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． ５：１５１７， １９９８）。
本開示の組成物および方法とともに使用することができる他のベクターとしては、バキュロウイルスおよびα－ウイルスに由来するベクター（Ｊｏｌｌｙ， Ｄ Ｊ． １９９９． Ｅｍｅｒｇｉｎｇ Ｖｉｒａｌ Ｖｅｃｔｏｒｓ． ｐｐ ２０９－４０ ｉｎ Ｆｒｉｅｄｍａｎｎ Ｔ． ｅｄ． Ｔｈｅ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ． Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ： Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂ）、またはプラスミドベクター（ｓｌｅｅｐｉｎｇ ｂｅａｕｔｙ、または他のトランスポゾンベクターなど）が挙げられる。
ウイルスベクターゲノムが、宿主細胞において発現される複数のポリヌクレオチドを別々の転写物として含む場合、ウイルスベクターはまた、バイシストロン性または多シストロン性発現を可能にする２つ（またはそれより多くの）転写物の間に追加の配列を含んでいてもよい。ウイルスベクターにおいて使用されるそのような配列の例としては、配列内リボソーム侵入部位（ＩＲＥＳ）、フューリン切断部位、ウイルス２Ａペプチド、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられる。
被験体への直接投与のためのＤＮＡに基づく抗体または抗原結合断片をコードするプラスミドベクターを含むプラスミドベクターは、本明細書でさらに記載される。
本明細書で使用される場合、「宿主」という用語は、目的のポリペプチド（例えば、本開示の抗体）を産生する異種核酸分子による遺伝子改変のために標的にされる細胞または微生物を指す。
宿主細胞は、ベクター、または核酸の組込みを受け入れ得るか、あるいはタンパク質を発現し得る、任意の個々の細胞または細胞培養物を含み得る。この用語は、遺伝学的にまたは表現型的に同じまたは異なるかにかかわらず、宿主細胞の子孫も包含する。適切な宿主細胞は、ベクターに依存してもよく、哺乳動物細胞、動物細胞、ヒト細胞、サル細胞、昆虫細胞、酵母細胞、および細菌細胞が挙げられ得る。これらの細胞は、ウイルスベクター、リン酸カルシウム沈殿による形質転換、ＤＥＡＥ－デキストラン、電気穿孔、マイクロインジェクション、または他の方法の使用により、ベクターまたは他の材料を組み込むように誘導されてもよい。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ２ｄ ｅｄ． （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， １９８９）．を参照されたい。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または他のサルベコウイルスによる感染）の文脈では、「宿主」は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルス（または他のサルベコウイルス）に感染した細胞または被験体を指す。
「抗原」または「Ａｇ」は、本明細書で使用される場合、免疫応答を起こさせる免疫原性分子を指す。この免疫応答は、抗体産生、特定の免疫適格細胞の活性化、補体の活性化、抗体依存性細胞傷害、またはこれらの任意の組み合わせを含み得る。抗原（免疫原性分子）は、例えば、ペプチド、グリコペプチド、ポリペプチド、グリコポリペプチド、ポリヌクレオチド、多糖、脂質などであり得る。抗原が、合成され得るか、組換的に生成し得るか、または生体試料に由来し得ることは、容易に明らかである。１つまたは複数の抗原を含有し得る例示的な生体試料としては、組織試料、糞便試料、細胞、生体液、またはこれらの組み合わせが挙げられる。抗原は、抗原を発現するように改変または遺伝子操作されている細胞によって産生され得る。抗原はまた、サルベコウイルス、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルス（例えば、表面糖タンパク質、またはその部分）に存在することができ、例えば、ビリオン中に存在することができ、あるいはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した細胞の表面上で発現または提示され得る。
「エピトープ」または「抗原エピトープ」という用語は、免疫グロブリン、または他の結合分子、ドメイン、またはタンパク質などの同族の結合分子によって認識され、および特異的に結合する、任意の分子、構造、アミノ酸配列、またはタンパク質決定基を含む。エピトープ決定基は、一般に、アミノ酸または糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面の基を含有し、特定の三次元構造の特徴ならびに特定の電荷特徴を有することができる。抗原が、ペプチドまたはタンパク質であるか、またはこれを含む場合、エピトープは、連続したアミノ酸で構成され得るか（例えば、直鎖状エピトープ）、あるいはタンパク質フォールディングによって近接するタンパク質の異なる部分または領域由来のアミノ酸で構成され得るか（例えば、不連続エピトープもしくはコンフォメーションエピトープ）、またはタンパク質フォールディングとは無関係に極めて近接する非連続アミノ酸で構成され得る。
抗体、抗原結合断片組成物
一態様では、本開示は、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、単離された抗体またはその抗原結合断片を提供する。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、宿主細胞の細胞表面上および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のビリオン上に発現されるものなどのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質のエピトープ、またはエピトープを含む抗原に会合するか、またはそれと合体する一方で、試料中の任意の他の分子または構成成分と有意に会合も合体もしない。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質のエピトープに会合または合体し（例えば、結合する）、試料中に存在する別のコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ）由来のエピトープにも会合または合体することができるが、試料中の任意の他の分子または構成成分に有意に会合も合体もしない。言い換えれば、ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、および１つまたは複数の追加のコロナウイルスに対して交差反応性である。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスの表面糖タンパク質に結合できる。一部の実施形態では、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスは、クレード１ａサルベコウイルスおよび／もしくはクレード１ｂサルベコウイルス；クレード２サルベコウイルス；クレード３サルベコウイルス；またはこれらの天然に存在するバリアント、ならびにそれらの任意の組合せから選択される。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスの表面糖タンパク質に結合でき、例えば、サルベコウイルスが宿主細胞の細胞表面上および／またはサルベコウイルスビリオン上に発現されたときに結合できる。ある特定の実施形態では、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＷＩＶ１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２、ＰＡＮＧ／ＧＤ、ＰＡＮＧ／ＧＸ、ＲａｔＧ１３、ＺＸＣ２１、ＺＣ４５、ＲｍＹＮ０２、ＢＧＲ２００８、ＢｔｋＹ７２、およびこれらの天然に存在するバリアントから選択される。一部の実施形態では、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントＰ．１、Ｂ．１．１．７、Ｂ．１．４２９およびＢ．１．３５１のうちの１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスは、Ｓタンパク質変異Ｎ５０１Ｙ、Ｙ４５３Ｆ、Ｎ４３９Ｋ、Ｋ４１７Ｖ、Ｅ４８４Ｋまたはこれらの任意の組合せを有する、１つまたは複数のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントを含む。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、サルベコウイルス表面糖タンパク質エピトープと、またはエピトープを含む抗原と会合または合体するが、試料中のいずれの他の分子ともまたはいずれの構成要素とも有意に会合も合体もしない。一部の実施形態では、エピトープは、スパイク（Ｓ）タンパク質のＳ１サブユニットに含まれる。さらなる実施形態では、エピトープは、Ｓタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に含まれる。一部の実施形態では、エピトープは、立体構造エピトープまたは直鎖状エピトープである。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、第１のサルベコウイルス表面糖タンパク質エピトープと会合するか、またはそれに合体（例えば、結合）し、試料中に存在する別のサルベコウイルスからのエピトープとも会合または合体し得るが、試料中のいずれの他の分子とも、いずれの他の成分とも、有意に会合も合体もし得ない。言い換えれば、ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスに対して交差反応性であり、それらに特異的に結合する。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、サルベコウイルス表面糖タンパク質、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に、特異的に結合する。本明細書で使用される場合、「特異的に結合する」は、試料中の任意の他の分子または構成成分と有意に会合も合体もしないが、１０５Ｍ－１（この会合反応のオンレート［Ｋｏｎ］のオフレート［Ｋｏｆｆ］に対する比と等しい）と等しいまたはそれより大きい親和性またはＫａ（すなわち、単位１／Ｍの特定の結合相互作用の平衡会合定数）での抗体または抗原結合断片の抗原への会合または合体を指す。あるいは、親和性は、単位Ｍの特定の結合相互作用の平衡解離定数（Ｋｄ）として定義され得る（例えば、１０－５Ｍ～１０－１３Ｍ）。抗体は、「高親和性」抗体または「低親和性」抗体に分類され得る。「高親和性」抗体は、少なくとも１０７Ｍ－１、少なくとも１０８Ｍ－１、少なくとも１０９Ｍ－１、少なくとも１０１０Ｍ－１、少なくとも１０１１Ｍ－１、少なくとも１０１２Ｍ－１、または少なくとも１０１３Ｍ－１のＫａを有する抗体を指す。「低親和性」抗体は、１０７Ｍ－１まで、１０６Ｍ－１まで、１０５Ｍ－１までのＫａを有する抗体を指す。あるいは、親和性は、単位Ｍの特定の結合相互作用の平衡解離定数（Ｋｄ）として定義され得る（例えば、１０－５Ｍ～１０－１３Ｍ）。
一部の文脈では、抗体および抗原結合断片は、抗原に対する親和性および／またはアビディティを参照して記載され得る。他に指示されない限り、アビディティは、抗体またはその抗原結合断片の抗原への合計の結合の強さを指し、結合親和性、抗体または抗原結合断片の価数（例えば、抗体または抗原結合断片が、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれより多くの結合部位を含むかどうか）、および、例えば、結合に影響を及ぼし得る別の作用物質（ａｇｅｎｔ）が存在するかどうか（例えば、抗体または抗原結合断片の非競合的阻害剤）を反映する。
特定の標的に結合する本開示の抗体を同定するため、および結合ドメインまたは結合タンパク質の親和性を決定するための種々のアッセイ、例えば、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ（例えば、直接、間接、またはサンドイッチ）、分析超遠心、分光法、および表面プラズモン共鳴（Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標））分析が公知である（例えば、Ｓｃａｔｃｈａｒｄ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ． Ｎ．Ｙ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ５１：６６０， １９４９；Ｗｉｌｓｏｎ， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９５：２１０３， ２００２；Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ５３：２５６０， １９９３；および米国特許第５，２８３，１７３号、同第５，４６８，６１４号、または等価物を参照されたい）。親和性、または見かけの親和性、または相対的な親和性を評価するためのアッセイも公知である。
ある特定の例では、結合は、宿主細胞においてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原などのサルベコウイルス抗原を組換えで発現させること（例えば、トランスフェクションにより）、および抗体で宿主細胞を免疫染色すること（例えば、固定する、または固定および透過処理する）、およびフローサイトメトリー（例えば、ＺＥ５ Ｃｅｌｌ Ａｎａｌｙｚｅｒ（ＢｉｏＲａｄ（登録商標））およびＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ）を使用する）によって結合を分析することによって、決定することができる。一部の実施形態では、正の結合は、対照（例えば、偽）細胞に対するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２発現細胞の抗体による分染によって定義することができる。
一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、フローサイトメトリーにより決定されたとき、宿主細胞（例えば、Ｅｘｐｉ－ＣＨＯ細胞）の表面上に発現されたサルベコウイルススパイクタンパク質（すなわち、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスからの）に結合する。
一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、バイオレイヤー干渉法を使用して測定されるように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質などのサルベコウイルスのＳタンパク質に結合する。ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、約４．５×１０－９Ｍ未満、約５×１０－９Ｍ未満、約１×１０－１０Ｍ未満、約５×１０－１０Ｍ未満、約１×１０－１１Ｍ未満、約５×１０－１１Ｍ未満、約１×１０－１２Ｍ未満、または約５×１０－１２Ｍ未満のＫＤで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合する。一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、約４．５×１０－９Ｍ未満、約５×１０－９Ｍ未満、約１×１０－１０Ｍ未満、約５×１０－１０Ｍ未満、約１×１０－１１Ｍ未満、約５×１０－１１Ｍ未満、約１×１０－１２Ｍ未満、または約５×１０－１２Ｍ未満のＫＤで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質のＲＢＤに結合する。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和できる。ある特定の実施形態では、本開示の抗体は、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスによる感染を中和できる。本明細書で使用される場合、「中和抗体」は、宿主における感染を開始および／または永続化する病原体の能力を、中和することができる抗体、すなわち、防止することができる抗体、阻害することができる抗体、低減することができる抗体、妨げることができる抗体、または妨害することができる抗体である。「中和抗体」および「中和する抗体（ａｎｔｉｂｏｄｙ ｔｈａｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｅｓ）」または「中和する抗体（ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｔｈａｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｅ）」という用語は、本明細書では、互換的に使用される。ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または他のサルベコウイルスによる感染）を予防できる、かつ／または中和できる。一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、約１６～約２０μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または他のサルベコウイルスによる感染）またはシュードタイプ化されたウイルスを中和できる。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（もしくは別のサルベコウイルスによる感染）、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でシュードタイプ化されたウイルスを、約３～約４μｇ／ｍｌのＩＣ５０で中和できる。ここに開示される実施形態のいずれにおいても、抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（もしくは別のサルベコウイルスによる感染）、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でシュードタイプ化されたウイルスを、表４で示されるようなＩＣ５０、ＩＣ８０、ＩＣ９０および／またはＩＣ９５で中和できる。
一部の実施形態では、本開示の、抗体もしくは抗原結合断片、または２つもしくはそれより多くの抗体もしくは抗原結合断片を含む組成物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でシュードタイプ化されたウイルスを、約０．８～約０．９μｇ／ｍｌのＩＣ５０で中和できる。一部の実施形態では、本開示の、抗体もしくは抗原結合断片、または２つもしくはそれより多くの抗体もしくは抗原結合断片を含む組成物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でシュードタイプ化されたウイルスを、約０．５～約０．６μｇ／ｍｌのＩＣ５０で中和できる。一部の実施形態では、本開示の、抗体または抗原結合断片、あるいは２つまたはそれより多くの抗体または抗原結合断片を含む組成物は、約０．１～約０．２μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でシュードタイプ化されたウイルスを中和できる。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２受容体結合モチーフ（ＲＢＭ、配列番号５）中のエピトープを認識するか；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＡＣＥ２の間の相互作用を遮断できるか；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＳタンパク質に対するよりも高いアビディティでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合できるか；（ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２ ＲＢＭ中、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶのＡＣＥ２ ＲＢＭ中で保存されているエピトープを認識するか；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳ－ＣｏＶに対して交差反応性であるか；（ｖｉ）ＡＣＥ２ ＲＢＭ中のものではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質中のエピトープを認識するか；あるいは（ｖｉｉ）（ｉ）～（ｖｉ）の任意の組み合わせである。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、（ｉ）２つまたはそれより多くのサルベコウイルスのスパイクタンパク質中のエピトープを認識するか；（ｉｉ）１つまたは複数のサルベコウイルスのスパイクタンパク質と細胞表面受容体との間の相互作用を遮断できるか；（ｉｉｉ）２つまたはそれより多くのサルベコウイルスのスパイクタンパク質中に保存されているエピトープを認識するか；（ｉｖ）２つまたはそれより多くのサルベコウイルスに対して交差反応性であるか；または（ｖ）（ｉ）～（ｉｖ）の任意の組合せである。
一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびヒトＤＣ－ＳＩＧＮ；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびヒトＬ－ＳＩＧＮ；（ｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびヒトＳＩＧＬＥＣ－１；または（ｉｖ）（ｉ）～（ｉｉｉ）の任意の組み合わせの間の相互作用を阻害できる（ｃａｐａｂｌｅ ｏｆ ｃａｐａｂｌｅ ｏｆ ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ ａｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ）。本明細書に開示されるように、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１は、付着受容体の役割を含む役割で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に関与し得る。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ならびにＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、および／またはＳＩＧＬＥＣ－１の間の相互作用を阻害することにより、一部の文脈では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和することができる。
一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１（配列番号３）；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ．１．１．７；および／または（ｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ．１．３５１の表面糖タンパク質に結合できる。
抗体技術の当業者によって理解される用語は、本明細書で明らかに異なって定義されない限り、当技術分野において得られる意味をそれぞれ示す。例えば、「抗体」という用語は、ジスルフィド結合によって相互接続された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖および２つの軽（Ｌ）鎖を含む完全な抗体、ならびに完全な抗体によって認識される抗原標的分子に結合する能力を有するか、またはこれを保持する、完全な抗体の任意の抗原結合部分または断片、例えば、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、またはＦａｂ’２断片を指す。そのため、本明細書の「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を含み、完全な抗体、ならびに断片抗原結合（Ｆａｂ）断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、Ｆｖ断片、組換えＩｇＧ（ｒＩｇＧ）断片、一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）を含む一本鎖抗体断片、およびシングルドメイン抗体（例えば、ｓｄＡｂ、ｓｄＦｖ、ナノボディ）断片を含むその機能的（抗原結合）抗体断片を含む。この用語は、免疫グロブリンの遺伝子操作された形態および／または他の方法で改変された形態、例えば、イントラボディ、ペプチボディ、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、およびヘテロコンジュゲート抗体、多特異性、例えば、二特異性抗体、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、タンデムジ－ｓｃＦｖ、ならびにタンデムトリ－ｓｃＦｖを包含する。他に言及されない限り、「抗体」という用語は、その機能的抗体断片を包含することが理解されるべきである。この用語は、完全な抗体または全長抗体も包含し、ＩｇＧおよびそのサブクラス（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４）、ＩｇＭ、ＩｇＥ、ＩｇＡ、およびＩｇＤを含む、任意のクラスまたはサブクラスの抗体を含む。
「ＶＬ」または「ＶＬ」、および「ＶＨ」または「ＶＨ」という用語は、それぞれ、抗体軽鎖および抗体重鎖由来の可変結合領域を指す。ある特定の実施形態では、ＶＬは、カッパ（κ）クラス（また、本明細書では「ＶＫ」）である。ある特定の実施形態では、ＶＬは、ラムダ（λ）クラスである。可変結合領域は、「相補性決定領域」（ＣＤＲ）および「フレームワーク領域」（ＦＲ）として公知の別個の十分に定義されたサブ領域を含む。「相補性決定領域」および「ＣＤＲ」という用語は、「超可変領域」または「ＨＶＲ」と同義であり、一般に、抗体の抗原特異性および／または結合親和性を一緒に付与する抗体可変領域内のアミノ酸の配列を指し、ここで、連続ＣＤＲ（すなわち、ＣＤＲ１およびＣＤＲ２、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３）は、フレームワーク領域によって、一次構造が互いに分離されている。各可変領域中に３つのＣＤＲが存在する（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３；ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３；それぞれ、ＣＤＲＨおよびＣＤＲＬとも称される）。ある特定の実施形態では、抗体ＶＨは、以下の通り４つのＦＲおよび３つのＣＤＲを含み：ＦＲ１－ＨＣＤＲ１－ＦＲ２－ＨＣＤＲ２－ＦＲ３－ＨＣＤＲ３－ＦＲ４；抗体ＶＬは、以下の通り４つのＦＲおよび３つのＣＤＲを含む：ＦＲ１－ＬＣＤＲ１－ＦＲ２－ＬＣＤＲ２－ＦＲ３－ＬＣＤＲ３－ＦＲ４。一般に、ＶＨおよびＶＬは、それらのそれぞれのＣＤＲを通して抗原結合部位を一緒に形成する。
本明細書で使用される場合、ＣＤＲの「バリアント」は、１～３つまでのアミノ酸置換（例えば、保存的置換または非保存的置換）、欠失、またはこれらの組み合わせを有するＣＤＲ配列の機能的バリアントを指す。
ＣＤＲおよびフレームワーク領域の番号付けは、任意の公知の方法またはスキーム、例えば、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＥＵ、ＩＭＧＴ、およびＡＨｏの番号付けスキーム（例えば、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．， ”Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ， ＵＳ Ｄｅｐｔ． Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ， Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ， １９９１， ５ｔｈ ｅｄ．；Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． １９６：９０１－９１７ （１９８７））；Ｌｅｆｒａｎｃ ｅｔ ａｌ．， Ｄｅｖ． Ｃｏｍｐ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２７：５５， ２００３；Ｈｏｎｅｇｇｅｒ ａｎｄ Ｐｌｕｅｃｋｔｈｕｎ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏ． ３０９：６５７－６７０ （２００１）を参照されたい）に従い得る。等価の残基位置を、Ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ Ａｎｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ（ＡＮＡＲＣＩ）ソフトウェアツール（２０１６， Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １５：２９８－３００）を使用して、比較される異なる分子についてアノテートすることができる。したがって、ある番号付けスキームに従う本明細書に提供される例示的な可変ドメイン（ＶＨまたはＶＬ）配列のＣＤＲの同定は、異なる番号付けスキームを使用して決定される同じ可変ドメインのＣＤＲを含む抗体を除外するものではない。ある特定の実施形態では、例えば、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＥＵ、ＩＭＧＴ、Ｍａｒｔｉｎ（改良されたＣｈｏｔｈｉａ）、Ｃｏｎｔａｃｔ、またはＡＨｏの番号付け方法などの任意の公知のＣＤＲ番号付け方法に従って、配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、６９、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３５、１４５、１５５、１５８、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３２、２４２、２５２、２５３、２５５、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６７、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８４、２８６、２８８、２９１、２９２、２９５、２９７、２９８、３００、３０４、３１４、３４８、３５８、３６８、３７８、３８８、３９８、４０８、４１８、４２８、４３２、４３４、４３７、４４６、４４８、４５８、４５９、および４６０のいずれか１つに記載のＶＨ配列のＣＤＲと、配列番号２６、４１、５８、７５、８５、９５、１０５、１１５、１２５、１３９、１４９、１８４、１９４、２０４、２１４、２２４、２３０、２３６、２４６、２８２、３０２、３０８、３１９、３５２、３６２、３７２、３８２、３９２、４０２、４１２、４２２、４３９、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つに記載のＶＬ配列のＣＤＲとを含む抗体または抗原結合断片が提供される。ある特定の実施形態では、ＣＤＲは、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ（ＭＯＥ）ソフトウェア（ｗｗｗ．ｃｈｅｍｃｏｍｐ．ｃｏｍ）を使用して、Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ（ＣＣＧ）によって開発された抗体の番号付け方法に従う。
ある特定の実施形態では、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体または抗原結合断片であって、（ｉ）ＣＤＲＨ１が、配列番号２３、３３、３８、４６、５３、５５、６３、７０、７２、８３、９３、１０３、１１３、１２３、１３７、１４７、１６０、１６６、１８１、１９１、２０１、２１１、２２１、２３３、２４３、２６８、３０５、３１５、３２５、３３０、３３５、３４９、３５９、３６９、３７９、３８９、３９９、４０９、４１９、または４４９のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｉｉ）ＣＤＲＨ２が、配列番号２４、３１、３６、３９、４８、５１、５６、６５、６７、７３、８３、９３、１０３、１１３、１２３、１３７、１４７、１６１、１６７、１８２、１９２、２０２、２１２、２２２、２３４、２４４、２６３、２６９、２８５、２８７、２８９、２９３、２９９、３０１、３０６、３１６、３２６、３３１、３３６、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４４７、または４５７のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｉｉｉ）ＣＤＲＨ３が、配列番号２５、４０、５７、７４、８４、９４、１０４、１１４、１２４、１３８、１４８、１５６、１６２、１６８、１８３、１９３、２０３、２１３、２２３、２３５、２４５、２５４、２５７、２５９、２６１、２６５、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２９０、２９４、２９６、３０７、３１７、３２４、３２７、３３２、３３７、３５１、３６１、３７１、３８１、３９１、４０１、４１１、４２１、または４３５のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｉｖ）ＣＤＲＬ１が、配列番号２７、４２、５９、７６、８６、９６、１０６、１１６、１２６、１４０、１５０、１６３、１６９、１８５、１９５、２０５、２１５、２２５、２３７、２４７、３０９、３１９、３２８、３３３、３３８、３５３、３６３、３７３、３８３、３９３、４０３、４１３、または４２３のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｖ）ＣＤＲＬ２が、配列番号２８、４３、６０、７７、８７、９７、１０７、１１７、１２７、１４１、１５１、１６４、１７０、１８６、１０６、２０６、２１６、２２６、２３８、２４８、３１０、３２０、３２９、３３４、３３９、３５４、３６４、３７４、３８４、３９４、４０４、４１４、４２４、または４４０のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；かつ／あるいは（ｖｉ）ＣＤＲＬ３が、配列番号２９、４４、６１、７８、８８、９８、１０８、１１８、１２８、１４２、１５２、１６５、１７１、１８７、１９７、２０７、２１７、２２７、２３９、２４９、２８３、３０３、３１１、３２１、３５５、３６５、３７５、３８５、３９５、４０５、４１５、または４２５のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含む有する（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ ｈａｖｉｎｇ）その配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり、抗体または抗原結合断片が、宿主細胞の細胞表面上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体または抗原結合断片が提供される。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防できる、かつ／または中和できる。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、配列番号（ｉ）それぞれ、２３～２５および２７～２９；（ｉｉ）それぞれ、２３または１６０、３１、２５または１６２、および２７～２９または１６３～１６５；（ｉｉｉ）それぞれ、３３、２４または１６１、２５または１６２、および２７～２９または１６３～１６５；（ｉｖ）それぞれ、３３、３１、２５または１６２、および２７～２９または１６３～１６５；（ｖ）それぞれ、３３、３６、２５または１６２、および２７～２９または１６３～１６５；（ｖｉ）それぞれ、３８～４０および４２～４４；（ｖｉｉ）それぞれ、４６、３９または１６７、４０または１６８、および４２～４４または１６９～１７１；（ｖｉｉｉ）それぞれ、３８または１６６、４８、４０または１６８および４２～４４または１６９～１７１；（ｉｘ）それぞれ、４６、４８、４０または１６８および４２～４４または１６９～１７１；（ｘ）それぞれ、４６、５１、４０または１６８、および４２～４４または１６９～１７１；（ｘｉ）それぞれ、５３、４８、４０または１６８、および４２～４４または１６９～１７１；（ｘｉｉ）それぞれ、５５～５７および５９～６１；（ｘｉｉｉ）それぞれ、６３、５６、５７および５９～６１；（ｘｉｖ）それぞれ、５５、６５、５７および５９～６１；（ｘｖ）それぞれ、６３、６７、５７、および５９～６１；（ｘｖｉ）それぞれ、６３、６５、５７および５９～６１；（ｘｖｉｉ）それぞれ、７０、６５、５７、および５９～６１；（ｘｖｉｉｉ）それぞれ、７２～７４および７６～７８；（ｘｉｘ）それぞれ、８２～８４および８６～８８；（ｘｘ）それぞれ、９２～９４および９６～９８；（ｘｘｉ）それぞれ、１０２～１０４、および１０６～１０８；（ｘｘｉｉ）それぞれ、１１２～１１４および１１６～１１８；（ｘｘｉｉｉ）それぞれ、１２２～１２４および１２６～１２８；（ｘｘｉｖ）それぞれ、１３６～１３８および１４０～１４２；（ｘｘｖ）それぞれ、１４６～１４８および１５０～１５２；（ｘｘｖｉ）それぞれ、１１２、１１３、１５６および１１６～１１８；（ｘｘｖｉｉ）それぞれ、１８１～１８３および１８５～１８７；（ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、１９１～１９３および１９５～１９７；（ｘｘｉｘ）それぞれ、２０１～２０３および２０５～２０７；（ｘｘｘ）それぞれ、２１１～２１３および２１５～２１７；（ｘｘｘｉ）それぞれ、２２１～２２３および２２５～２２７；（ｘｘｘｉｉ）それぞれ、２３３～２３５および２３７～２３９；（ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、２４３～２４５および２４７～２４９；（ｘｘｘｉｖ）それぞれ、２１１、２１２、２５４、２５７、２５９、２６１、または３２４のいずれか１つおよび２１５～２１７；（ｘｘｘｖ）それぞれ、２２１、２６８、または３２５のいずれか１つ、２２２、２６３、２６９、または３２６のいずれか１つ、２２３、２６５、２７１、２７３、または３２７のいずれか１つおよび２２５、２２６または３２８、および２２７または３２９；（ｘｘｘｖｉ）それぞれ、２３３または３３０、２３４または３３１、２３５、２７５、２７７、２７９、２８１、または３３２のいずれか１つ、２３７、２８２、または３３３のいずれか１つ、２３８または３３４、および２３９；（ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、２４３または３３５、２４４、２８５、２８７、２８９、２９３、２９９、３０１、または３３６のいずれか１つ、２４５、２９０、２９４、２９６、または３３７のいずれか１つ、２４７または３３８、２４８または３３９、および２４９または３０３；（ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、３０５～３０７および３０９～３１１；（ｘｘｘｉｘ）それぞれ、３１５～３１７および３１９～３２１；（ｘｘｘｘ）それぞれ、３４９～３５１および３５３～３５５；（ｘｘｘｘｉ）それぞれ、３５９～３６１および３６３～３６５；（ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、３６９～３７１および３７３～３７５；（ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、３７９～３８１および３８３～３８５；（ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、３８９～３９１および３９３～３９５；（ｘｘｘｘｖ）それぞれ、３９９、４００、４０１または４３５、および４０３、４０４または４４０、および４０５；（ｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、４０９～４１１および４１３～４１５；（ｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、４１９～４２１および４２３～４２５；（ｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、４０９、４４７、４１１、および４１３～４１５；（ｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、４４９、４１０、４１１、および４１３～４１５；または（ｘｘｘｘｘ）それぞれ、４４９、４４７、４１１、および４１３～４１５のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含み、ここで、各ＣＤＲは、表３に提供される、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ７－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ７－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ７－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ７－ｖ４ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ７－ｖ５ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ１３－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ１３－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ１３－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ１３－ｖ４ ｍＡｂ、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ１３－ｖ５ ｍＡｂ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ１３－ｖ６ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ１４－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ１４－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ１４－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ１４－ｖ４ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ１４－ｖ５ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２－Ｈ１４－ｖ６ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ａ４－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ａ５－ｖ１ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ａ１０－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ａ１５－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ａ１５－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２－Ｂ２ｖ１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｂ２－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｆ１－ｖ１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ７－ｖ１ ｍＡｂ 、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｒ５－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｒ７－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ３－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ６－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｄ８－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｄ２５－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｄ２５－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｄ３２－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｄ６０－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１２７－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１２９－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１３２－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１９０－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２００ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２２７ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２５９ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２５９－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２５９－ｖ４ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２５９－ｖ５ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２５９－ｖ６ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２５９－ｖ７ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２５９－ｖ８ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２８８ ｍＡｂ、抗体４０７＿１０＿１＿ｖ２、抗体４０７＿１０＿２＿ｖ２、抗体４０７＿１０＿２＿ｖ３、抗体４０７＿１０＿２＿ｖ４、または抗体４０７＿１０＿２＿ｖ５の対応するＣＤＲから独立して選択される。すなわち、表３に提供されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂおよびそのバリアント配列由来のＣＤＲのすべての組み合わせが企図される。
本開示の例示的な抗体としては、抗体Ｓ２Ｘ２５９、およびその操作されたバリアントが挙げられる。特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表１に提供されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列（それぞれ）のいずれかから選択される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、配列番号４０８、４２８、４４６、４４８、４５８、４５９、および４６０のいずれか１つに記載されるＶＨアミノ酸配列のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３と；配列番号４１２、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つに記載されるＶＬアミノ酸配列のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３とを含む（すなわち、当技術分野において公知の任意のＣＤＲの番号付けまたは決定方法、例えば、ＩＭＧＴ、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＡＨｏ、Ｎｏｒｔｈ、Ｃｏｎｔａｃｔ、ＣＣＧ、ＥＵ、またはＭａｒｔｉｎ（改良されたＣｈｏｔｈｉａ）に従う）。さらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表１に提供されるＶＨアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性（すなわち、８５％、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％）の同一性を有するＶＨ、および／または表１に提供されるＶＬアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性（すなわち、８５％、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％）の同一性を有するＶＬを含む。またさらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表１に提供されるＶＨアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｉｄｅｎｔｉｔｙ）を有するＶＨ、および／または表１に提供されるＶＬアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するＶＬを含む。またさらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表１に提供されるＶＨアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｉｄｅｎｔｉｔｙ）を有するＶＨ、および／または表１に提供されるＶＬアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するＶＬを含む。またさらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表１に提供されるＶＨアミノ酸配列に対して少なくとも９９％の同一性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｉｄｅｎｔｉｔｙ）を有するＶＨ、および／または表１に提供されるＶＬアミノ酸配列に対して少なくとも９９％の同一性を有するＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表１に提供されるＶＨアミノ酸配列から選択されるＶＨアミノ酸配列、および表１に提供されるＶＬアミノ酸配列から選択されるＶＬアミノ酸配列を含む。
表１． ある特定のＳ２Ｘ２５９抗体のＣＤＲおよび可変領域のアミノ酸配列
Figure 2023523549000002
Figure 2023523549000003
特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号４０９または４４９、４１０、４４７、または４５７、および４１１に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列と、それぞれ、配列番号４１３、４１４、および４１５に記載のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列とを含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、（ａ）それぞれ、配列番号４０９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５；（ｂ）それぞれ、配列番号４０９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５；（ｃ）それぞれ、配列番号４０９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５；（ｄ）それぞれ、配列番号４４９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５；（ｅ）それぞれ、配列番号４４９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５；または（ｆ）それぞれ、配列番号４４９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。
さらなる実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、配列番号（ｉ）それぞれ、４０８および４１２；（ｉｉ）それぞれ、４０８および４４２；（ｉｉｉ）それぞれ、４０８および４４３；（ｉｖ）それぞれ、４０８および４４４；（ｖ）それぞれ、４０８および４４５；（ｖｉ）それぞれ、４２８および４１２；（ｖｉｉ）それぞれ、４２８および４４２；（ｖｉｉｉ）それぞれ、４２８および４４３；（ｉｘ）それぞれ、４２８および４４４；（ｘ）それぞれ、４２８および４４５；（ｘｉ）それぞれ、４４６および４１２；（ｘｉｉ）それぞれ、４４６および４４２；（ｘｉｉｉ）それぞれ、４４６および４４３；（ｘｉｖ）それぞれ、４４６および４４４；（ｘｖ）それぞれ、４４６および４４５；（ｘｖｉ）それぞれ、４４８および４１２；（ｘｖｉｉ）それぞれ、４４８および４４２；（ｘｖｉｉｉ）それぞれ、４４８および４４３；（ｘｉｘ）それぞれ、４４８および４４４；（ｘｘ）それぞれ、４４８および４４５；（ｘｘｉ）それぞれ、４５８および４１２；（ｘｘｉｉ）それぞれ、４５８および４４２；（ｘｘｉｉｉ）それぞれ、４５８および４４３；（ｘｘｉｖ）それぞれ、４５８および４４４；（ｘｘｖ）それぞれ、４５８および４４５；（ｘｘｖｉ）それぞれ、４５９および４１２；（ｘｘｖｉｉ）それぞれ、４５９および４４２；（ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、４５９および４４３；（ｘｘｉｘ）それぞれ、４５９および４４４；（ｘｘｘ）それぞれ、４５９および４４５；（ｘｘｘｉ）それぞれ、４６０および４１２；（ｘｘｘｉｉ）それぞれ、４６０および４４２；（ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、４６０および４４３；（ｘｘｘｉｖ）それぞれ、４６０および４４４；または（ｘｘｘｖ）それぞれ、４６０および４４５に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性、少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性、少なくとも９７％の同一性、少なくとも９９％の同一性を有する、またはこれを含む、またはこれからなる。
本開示の例示的な抗体としては、抗体Ｓ２Ｘ２２７、およびその操作されたバリアントも挙げられる。特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表２に（それぞれ）提供されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列のいずれかから選択される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む。
一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、配列番号３９８、４３２、４３４および４３７のいずれか１つに記載されるＶＨアミノ酸配列のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３と；配列番号４０２および４３９のいずれか１つに記載されるＶＬアミノ酸配列のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３とを含む（すなわち、当技術分野において公知の任意のＣＤＲの番号付けまたは決定方法、例えば、ＩＭＧＴ、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＡＨｏ、Ｎｏｒｔｈ、Ｃｏｎｔａｃｔ、ＣＣＧ、ＥＵ、またはＭａｒｔｉｎ（改良されたＣｈｏｔｈｉａ）に従う）。
さらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表２に提供されるＶＨアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性（すなわち、８５％、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％）同一性を有するＶＨ、および／または表２に提供されるＶＬアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性（すなわち、８５％、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％）同一性を有するＶＬを含む。なおさらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表２に提供されるＶＨアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性同一性を有するＶＨ、および／または表２に提供されるＶＬアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するＶＬを含む。なおさらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表２に提供されるＶＨアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性同一性を有するＶＨ、および／または表２に提供されるＶＬアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するＶＬを含む。なおさらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表２に提供されるＶＨアミノ酸配列に対して少なくとも９９％の同一性同一性を有するＶＨ、および／または表２に提供されるＶＬアミノ酸配列に対して少なくとも９９％の同一性を有するＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表２に提供されるＶＨアミノ酸配列から選択されるＶＨアミノ酸配列、および表２に提供されるＶＬアミノ酸配列から選択されるＶＬアミノ酸配列を含む。
Figure 2023523549000004
Figure 2023523549000005
特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号３９９、４００、および４０１または４３５に記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列、およびそれぞれ、配列番号４０３、４０４または４４０、および４０５に記載されるＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、（ａ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４０４、および４０５；（ｂ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４０４、および４０５；（ｃ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４４０、および４０５；または（ｄ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４４０、および４０５に記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。
さらなる実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、配列番号（ｉ）それぞれ、３９８および４０２；（ｉｉ）それぞれ、３９８および４３９；（ｉｉｉ）それぞれ、４３２および４０２；（ｉｖ）それぞれ、４３２および４３９；（ｖ）それぞれ、４３４および４０２；（ｖｉ）それぞれ、４３４および４３９；（ｖｉｉ）それぞれ、４３７および４０２；または（ｖｉｉｉ）それぞれ、４３７および４３９に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％同一性、少なくとも９０％同一性、少なくとも９５％同一性、少なくとも９７％同一性、少なくとも９９％同一性を有するか、またはこれを含むか、またはこれからなる。
「ＣＬ」という用語は、「免疫グロブリン軽鎖定常領域」または「軽鎖定常領域」、すなわち、抗体軽鎖由来の定常領域を指す。「ＣＨ」という用語は、「免疫グロブリン重鎖定常領域」または「重鎖定常領域」を指し、これは、抗体のアイソタイプに応じて、ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３ドメイン（ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＧ）、またはＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３、およびＣＨ４ドメイン（ＩｇＥ、ＩｇＭ）にさらに分けられる。抗体重鎖のＦｃ領域は、本明細書にさらに記載される。ここに開示される実施形態のいずれかでは、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＣＬ、ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３のいずれか１つまたは複数を含む。ある特定の実施形態では、ＣＬは、配列番号６または配列番号７のアミノ酸配列に対して９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７５、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、ＣＨ１－ＣＨ２－ＣＨ３は、配列番号６または配列番号７のアミノ酸配列に対して９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７５、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む。例えば、哺乳動物細胞系における産生は、抗体重鎖の１つまたは複数のＣ末端リシンを除去することができることが理解される（例えば、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ． ｍＡｂｓ ６（５）：１１４５－１１５４ （２０１４）を参照されたい）。したがって、本開示の抗体または抗原結合断片は、重鎖、ＣＨ１－ＣＨ３、ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドを含むことができ、ここで、Ｃ末端リシン残基は、存在するか、または存在せず、言い換えれば、重鎖、ＣＨ１－ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドのＣ末端残基がリシンではない実施形態、およびリシンがＣ末端残基である実施形態を包含する。ある特定の実施形態では、組成物は、複数の本開示の抗体および／または抗原結合断片を含み、ここで、１つまたは複数の抗体または抗原結合断片は、重鎖、ＣＨ１－ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドのＣ末端にリシン残基を含まず、１つまたは複数の抗体または抗原結合断片は、重鎖、ＣＨ１－ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドのＣ末端にリシン残基を含む。
「Ｆａｂ」（抗原に結合する断片）は、抗原に結合する抗体の部分であり、鎖間ジスルフィド結合を介して軽鎖に連結された重鎖の可変領域およびＣＨ１を含む。各Ｆａｂ断片は、抗原結合に関して一価である、すなわち、単一の抗原結合部位を有する。抗体のペプシン処置は、二価の抗原結合活性を有し、さらに抗原を架橋することができる、２つのジスルフィド結合したＦａｂ断片におおよそ対応する単一の大きなＦ（ａｂ’）２断片を生じる。ＦａｂおよびＦ（ａｂ’）２は両方とも、「抗原結合断片」の例である。Ｆａｂ’断片は、ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端において、抗体ヒンジ領域由来の１つまたは複数のシステインを含む追加のいくつかの残基を有することによって、Ｆａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’－ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基（複数可）が遊離のチオール基を持つＦａｂ’についての本明細書での表示である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、元々、それらの間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片の対として生成された。抗体断片の他の化学的カップリングも公知である。
Ｆａｂ断片は、例えば、ペプチドリンカーによって接合されて、本明細書で「ｓｃＦａｂ」とも称される一本鎖Ｆａｂを形成し得る。これらの実施形態では、ネイティブのＦａｂに存在する鎖間ジスルフィド結合は存在しなくてもよく、リンカーは、単一のポリペプチド鎖においてＦａｂ断片を連結または接続するように、完全にまたは部分的に役割を果たす。重鎖由来のＦａｂ断片（例えば、ＶＨ＋ＣＨ１、または「Ｆｄ」を含むか、これからなるか、または本質的にこれからなる）および軽鎖由来Ｆａｂ断片（例えば、ＶＬ＋ＣＬを含むか、これからなるか、または本質的にこれからなる）は、任意の配置で連結されて、ｓｃＦａｂを形成し得る。例えば、ｓｃＦａｂは、Ｎ末端からＣ末端への方向で、（重鎖Ｆａｂ断片－リンカー－軽鎖Ｆａｂ断片）または（軽鎖Ｆａｂ断片－リンカー－重鎖Ｆａｂ断片）に従って配置されていてもよい。ｓｃＦａｂにおいて使用するためのペプチドリンカーおよび例示的なリンカー配列は、本明細書でさらに詳細に議論される。
「Ｆｖ」は、完全な抗原認識および抗原結合部位を含有する小さな抗体断片である。この断片は、一般に、密接に非共有結合的に会合した１つの重鎖可変領域ドメインおよび１つの軽鎖可変領域ドメインの二量体からなる。しかしながら、単一の可変ドメイン（または、抗原に特異的な３つのＣＤＲのみを含むＦｖの半分）でさえ、抗原を認識し、かつそれに結合する能力を有するが、典型的には、結合部位全体よりも親和性が低い。
「一本鎖Ｆｖ」は、「ｓＦｖ」または「ｓｃＦｖ」とも略され、単一のポリペプチド鎖に接続されたＶＨおよびＶＬ抗体ドメインを含む抗体断片である。一部の実施形態では、ｓｃＦｖポリペプチドは、ｓｃＦｖが抗原結合のために所望の構造を保持または形成することを可能にする、ＶＨおよびＶＬドメインの間に配置され、ＶＨおよびＶＬドメインを連結するポリペプチドリンカーを含む。そのようなペプチドリンカーは、当技術分野において周知の標準的な技法を使用して、融合ポリペプチドに組み込むことができる。ｓｃＦｖの概説について、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ ｉｎ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ， ｖｏｌ． １１３， Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ ｅｄｓ．， Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ｐｐ． ２６９－３１５ （１９９４）；以下のＢｏｒｒｅｂａｅｃｋ １９９５を参照されたい。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、およびＶＨドメインをＶＬドメインに連結するペプチドリンカーを含むｓｃＦｖを含む。特定の実施形態では、ｓｃＦｖは、ペプチドリンカーによってＶＬドメインに連結されたＶＨドメインを含み、これは、ＶＨ－リンカー－ＶＬの方向、またはＶＬ－リンカー－ＶＨの方向であり得る。本開示の任意のｓｃＦｖは、ＶＬドメインのＣ末端が短いペプチド配列によってＶＨドメインのＮ末端に連結されるように、またはその逆のように（すなわち、（Ｎ）ＶＬ（Ｃ）－リンカー－（Ｎ）ＶＨ（Ｃ）または（Ｎ）ＶＨ（Ｃ）－リンカー－（Ｎ）ＶＬ（Ｃ））、操作されていてもよい。あるいは、一部の実施形態では、リンカーは、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、またはその両方のＮ末端部分またはＶＨドメイン、ＶＬドメイン、またはその両方の末端に連結されていてもよい。
ペプチドリンカー配列は、例えば、（１）可撓性の伸長コンフォメーションを採用するそれらの能力、（２）第１および第２のポリペプチド上のおよび／または標的分子上の機能的エピトープと相互作用し得る二次構造を採用できないこと、またはこれを採用する能力の欠如、ならびに／あるいは（３）ポリペプチドおよび／または標的分子と反応する可能性がある疎水性または荷電残基の欠如または相対的な欠如に基づいて選択され得る。リンカー設計に関する他の考慮事項（例えば、長さ）は、ＶＨおよびＶＬが機能的抗原結合部位を形成することができるコンフォメーションまたはコンフォメーションの範囲を含み得る。ある特定の実施形態では、ペプチドリンカー配列は、例えば、Ｇｌｙ、Ａｓｎ、およびＳｅｒ残基を含有する。ＴｈｒおよびＡｌａなどの他のほぼ中性アミノ酸もまた、リンカー配列に含まれていてもよい。リンカーとして有用に用いられ得る他のアミノ酸配列としては、Ｍａｒａｔｅａ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ ４０：３９ ４６ （１９８５）；Ｍｕｒｐｈｙ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８３：８２５８ ８２６２ （１９８６）；米国特許第４，９３５，２３３号、および米国特許第４，７５１，１８０号に開示されているものが挙げられる。リンカーの他の実例および非限定的な例としては、例えば、単一の反復が存在するか、または１～５回もしくはそれより多くの回数、またはそれより多く繰り返される場合、Ｇｌｕ－Ｇｌｙ－Ｌｙｓ－Ｓｅｒ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｇｌｕ－Ｓｅｒ－Ｌｙｓ－Ｖａｌ－Ａｓｐ（配列番号１９）（Ｃｈａｕｄｈａｒｙ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８７：１０６６－１０７０ （１９９０））、およびＬｙｓ－Ｇｌｕ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｖａｌ－Ｓｅｒ－Ｓｅｒ－Ｇｌｕ－Ｇｌｎ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｇｌｎ－Ｐｈｅ－Ａｒｇ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ａｓｐ（配列番号２０）（Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３－４２６ （１９８８））、および五量体のＧｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ（配列番号２１）が挙げられ得る；例えば、配列番号１７を参照されたい。任意の適切なリンカーが使用され得、一般に、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、１５、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００アミノ酸長、または約２００アミノ酸長未満であり得、好ましくは、可撓性の構造を含み（リンカーによって接続された２つの領域、ドメイン、モチーフ、断片、またはモジュールの間のコンフォメーションの動きのための可撓性および場所を提供することができる）、好ましくは、生物学的に不活性であり、かつ／またはヒトにおいて免疫原性の低い危険性を有する。例示的なリンカーとしては、配列番号１０～２１のいずれか１つまたは複数に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるリンカーが挙げられる。ある特定の実施形態では、リンカーは、配列番号１０～２１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも７５％（すなわち、少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる。
ｓｃＦｖは、本明細書に開示される、ＶＨおよびＶＬ配列の任意の組み合わせ、またはＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３配列の任意の組み合わせを使用して、構築することができる。
一部の実施形態では、例えば、第１および第２のポリペプチドが、機能的ドメインを分離し、立体的な干渉を防止するために使用され得る非必須Ｎ末端アミノ酸領域を有する場合、リンカー配列は必要ではない。
抗体発生の間、生殖系列可変（Ｖ）、接合（Ｊ）、および多様性（Ｄ）遺伝子の遺伝子座におけるＤＮＡが再構成され得、コード配列においてヌクレオチドの挿入および／または欠失が起こり得る。体細胞変異は、得られる配列によってコードされてもよく、対応する公知の生殖系列配列を参照することによって同定することができる。一部の文脈では、抗体の所望の性質（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原への結合）に重要ではないか、または抗体に望ましくない性質（例えば、抗体が投与される被験体における免疫原性の危険性の増加）を付与するか、またはその両方である体細胞変異を、対応する生殖系列にコードされたアミノ酸によって、または異なるアミノ酸によって置き換えることができ、その結果、抗体の望ましい性質が、改善または維持され、抗体の望ましくない性質が減少または抑止される。そのため、一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、親抗体または抗原結合断片が１つまたは複数の体細胞変異を含むことを条件に、親抗体または抗原結合断片と比較して、可変領域中に、少なくとももう１つの生殖系列にコードされたアミノ酸を含む。本開示の例示的な抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の可変領域およびＣＤＲアミノ酸配列は、本明細書の表１、２および３に提供される。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、酸化、脱アミド化、および／または異性化の望ましくない危険性を除去するためのアミノ酸改変（例えば、置換変異）を含む。
ここに開示される抗体と比較して、可変領域（例えば、ＶＨ、ＶＬ、フレームワーク、またはＣＤＲ）中に１つまたは複数のアミノ酸の変更を含むバリアント抗体であって、バリアント抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原に結合できる、バリアント抗体も本明細書に提供される。
ある特定の実施形態では、ＶＨは、配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、６９、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３５、１４５、１５５、１５８、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３２、２４２、２５２、２５３、２５５，２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６７、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８４、２８６、２８８、２９１、２９２、２９５、２９７、２９８、３００、３０４、３１４、３４８、３５８、３６８、３７８、３８８、３９８、４０８、４１８、４２８、４３２、４３４、４３７、４４６、４４８、４５８、４５９、および４６０のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（すなわち、８５％、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ここで、変動は、必要に応じて、１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、かつ／あるいは変動は、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含み、かつ／あるいは（ｉｉ）ＶＬは、配列番号２６、４１、５８、７５、８５、９５、１０５、１１５、１２５、１３９、１４９、１８４、１９４、２０４、２１４、２２４、２３０、２３６、２４６、２８２、３０２、３０８、３１９、３５２、３６２、３７２、３８２、３９２、４０２、４１２、４２２、４３９、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（すなわち、８５％、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ここで、変動は、必要に応じて、１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、かつ／あるいは変動は、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含む。
ある特定の実施形態では、ＶＨは、表１、２または３に記載される任意のＶＨアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＶＬは、表１、２または３に記載される任意のＶＬアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる。特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、配列番号（ｉ）それぞれ、２２および２６；（ｉｉ）それぞれ、３０および２６；（ｉｉｉ）それぞれ、３２および２６；（ｉｖ）それぞれ、３４および２６；（ｖ）それぞれ、３５および２６；（ｖｉ）それぞれ、３７および４１；（ｖｉｉ）それぞれ、４５および４１；（ｖｉｉｉ）それぞれ、４７および４１；（ｉｘ）それぞれ、４９および４１；（ｘ）それぞれ、５０および４１；（ｘｉ）それぞれ、５２および４１；（ｘｉｉ）それぞれ、５４および５８；（ｘｉｉｉ）それぞれ、６２および５８；（ｘｉｖ）それぞれ、６４および５８；（ｘｖ）それぞれ、６６および５８；（ｘｖｉ）それぞれ、６８および５８；（ｘｖｉｉ）それぞれ、６９および５８；（ｘｖｉｉｉ）それぞれ、７１および７５；（ｘｉｘ）それぞれ、８１および８５；（ｘｘ）それぞれ、９１および９５；（ｘｘｉ）それぞれ、１０１または１５８および１０５；（ｘｘｉｉ）それぞれ、１１１または１５５および１１５；（ｘｘｉｉｉ）それぞれ、１２１および１２５；（ｘｘｉｖ）それぞれ、１３５および１３９；（ｘｘｖ）それぞれ、１４５および１４９；（ｘｘｖｉ）それぞれ、１８０および１８４；（ｘｘｖｉｉ）それぞれ、１９０および１９４；（ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、２００および２０４；（ｘｘｉｘ）それぞれ、２１０および２１４；（ｘｘｘ）それぞれ、２２０および２２４；（ｘｘｘｉ）それぞれ、２２０および２３０；（ｘｘｘｉｉ）それぞれ、２３２および２３６；（ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、２４２および２４６；（ｘｘｘｉｖ）２５２、２５３、２５５、２５６、２５８、または２６０のいずれか１つおよび２１４；（ｘｘｘｖ）２６２、２６４、２６６、２６７、２７０、または２７２のいずれか１つおよび２２４；（ｘｘｘｖｉ）それぞれ、２７４、２７６、２７８、または２８０のいずれか１つおよび２３６または２８２；（ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、２８４、２８６、２８８、２９１、２９２、２９５、２９７、２９８、または３００のいずれか１つおよび２４６または３０２；（ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、３０４および３０８；（ｘｘｘｉｘ）それぞれ、３１４および３１８；（ｘｘｘｘ）それぞれ、３４８および３５２；（ｘｘｘｘｉ）それぞれ、３５８および３６２；（ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、３６８および３７２；（ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、３７８および３８２；（ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、３８８および３９２；（ｘｘｘｘｖ）それぞれ、３９８または４３２または４３４または４３７および４０２または４３９；（ｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、４０８または４２８および４１２；（ｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、４１８および４２２；（ｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、４０８、４４６、および４４８のいずれか１つおよび４１２、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つ；または（ｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、４０８、４４６、および４４８のいずれか１つおよび４１２、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つに記載の、必要に応じて（ａ）それぞれ、配列番号４０８および４１２、（ｂ）それぞれ、配列番号４０８および４４２、（ｃ）配列番号４０８および４４３、（ｄ）それぞれ、配列番号４０８および４４４、（ｅ）それぞれ、配列番号４０８および４４５、（ｅ）それぞれ、配列番号４４６および４１２、（ｆ）それぞれ、配列番号４４６および４４２、（ｇ）それぞれ、配列番号４４６および４４３、（ｈ）それぞれ、配列番号４４６および４４４、（ｉ）それぞれ、配列番号４４６および４４８、（ｊ）それぞれ、配列番号４４８および４１２、（ｋ）それぞれ、配列番号４４８および４４２、（ｌ）それぞれ、配列番号４４８および４４３、（ｍ）それぞれ、配列番号４４８および４４４、または（ｎ）それぞれ、配列番号４４８および４４５に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、単特異性であるか（例えば、単一のエピトープに結合する）、または多特異性である（例えば、複数のエピトープおよび／または標的分子に結合する）。抗体および抗原結合断片は、さまざまなフォーマットで構築され得る。Ｓｐｉｅｓｓ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ６７（２）：９５ （２０１５）およびＢｒｉｎｋｍａｎｎ ａｎｄ Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ， ｍＡｂｓ ９（２）：１８２－２１２ （２０１７）に開示される例示的な抗体フォーマット、このフォーマットおよびそれを作製する方法は、参照により本明細書に組み込まれ、例えば、二特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）、ＤＡＲＴ、ノブイントゥホール（ＫＩＨ）アセンブリー、ｓｃＦｖ－ＣＨ３－ＫＩＨアセンブリー、ＫＩＨ共通軽鎖抗体、ＴａｎｄＡｂ、トリプルボディ、ＴｒｉＢｉミニボディ、Ｆａｂ－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ－ＣＨ－ＣＬ－ｓｃＦｖ、Ｆ（ａｂ’）２－ｓｃＦｖ２、四価ＨＣａｂ、イントラボディ、クロスマブ、二重作用Ｆａｂ（ＤＡＦ）（ツーインワンまたはフォーインワン）、ＤｕｔａＭａｂ、ＤＴ－ＩｇＧ、Ｃｈａｒｇｅ Ｐａｉｒ、Ｆａｂアーム交換、ＳＥＥＤボディ、トリオマブ、ＬＵＺ－Ｙアセンブリー、Ｆｃａｂ、κλボディ、オルソゴナルＦａｂ、ＤＶＤ－Ｉｇ（例えば、米国特許第８，２５８，２６８号、このフォーマットは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）、ＩｇＧ（Ｈ）－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ－（Ｈ）ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｌ）－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ－（Ｌ）ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｌ，Ｈ）－Ｆｖ、ＩｇＧ（Ｈ）－Ｖ、Ｖ（Ｈ）－ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｌ）－Ｖ、Ｖ（Ｌ）－ＩｇＧ、ＫＩＨ ＩｇＧ－ｓｃＦａｂ、２ｓｃＦｖ－ＩｇＧ、ＩｇＧ－２ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ４－Ｉｇ、Ｚｙｂｏｄｙ、およびＤＶＩ－ＩｇＧ（フォーインワン）、ならびに、いわゆるＦＩＴ－Ｉｇ（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１５／１０３０７２号、このフォーマットは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）、いわゆるＷｕｘｉＢｏｄｙフォーマット（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１９／０５７１２２号、このフォーマットは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）、およびいわゆるＩｎ－Ｅｌｂｏｗ－Ｉｎｓｅｒｔ Ｉｇフォーマット（ＩＥＩ－Ｉｇ；例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１９／０２４９７９号およびＷＯ２０１９／０２５３９１号、このフォーマットは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）を含む。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、２つまたはそれより多くのＶＨドメイン、２つまたはそれより多くのＶＬドメイン、あるいはその両方（すなわち、２つまたはそれより多くのＶＨドメイン、および２つまたはそれより多くのＶＬドメイン）を含む。特定の実施形態では、抗原結合断片は、フォーマット（Ｎ末端からＣ末端への方向）ＶＨ－リンカー－ＶＬ－リンカー－ＶＨ－リンカー－ＶＬを含み、ここで、２つのＶＨ配列は、同じまたは異なり得、２つのＶＬ配列は、同じまたは異なり得る。そのように連結されたｓｃＦｖは、所与の標的に結合するように配置され、フォーマットにおいて、２つまたはそれより多くのＶＨ、および／あるいは２つまたはそれより多くのＶＬを含む、ＶＨおよびＶＬドメインの任意の組み合わせを含むことができ、１、２、またはそれより多くの異なるエピトープまたは抗原が結合し得る。複数の抗原結合ドメインを組み込むフォーマットが、任意の組み合わせまたは方向で、ＶＨおよび／またはＶＬ配列を含み得ることが認識される。例えば、抗原結合断片は、フォーマットＶＬ－リンカー－ＶＨ－リンカー－ＶＬ－リンカー－ＶＨ、ＶＨ－リンカー－ＶＬ－リンカー－ＶＬ－リンカー－ＶＨ、またはＶＬ－リンカー－ＶＨ－リンカー－ＶＨ－リンカー－ＶＬを含むことができる。
構築された本開示の単特異性または多特異性の抗体または抗原結合断片は、本明細書に開示される、ＶＨおよびＶＬ配列の任意の組み合わせ、ならびに／またはＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３の任意の組み合わせを含むことができる。二特異性または多特異性の抗体または抗原結合断片は、一部の実施形態では、本開示の１つ、２つ、またはそれより多くの抗原結合ドメイン（例えば、ＶＨおよびＶＬ）を含み得る。同じまたは異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２エピトープに結合する２つまたはそれより多くの結合ドメインが存在していてもよく、本明細書に提供される二特異性または多特異性の抗体または抗原結合断片は、一部の実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２結合ドメインをさらに含むことができ、かつ／または異なる抗原または病原体全体に結合する結合ドメインを含むことができる。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、多特異性、例えば、二特異性、三特異性などであり得る。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、（ｉ）第１のＶＨおよび第１のＶＬ；ならびに（ｉｉ）第２のＶＨおよび第２のＶＬを含み、第１のＶＨおよび第２のＶＨが、異なり、それぞれ独立して、配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、６９、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３５、１４５、１５５、１５８、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３２、２４２、２５２、２５３、２５５、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６７、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８４、２８６、２８８、２９１、２９２、２９５、２９７、２９８、３００、３０４、３１４、３４８、３５８、３６８、３７８、３８８、３９８、４０８、４１８、４２８、４３２、４３４、４３７、４４６、４４８、４５８、４５９、および４６０のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（すなわち、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、第１のＶＬおよび第２のＶＬが、異なり、それぞれ独立して、配列番号２６、４１、５８、７５、８５、９５、１０５、１１５、１２５、１３９、１４９、１８４、１９４、２０４、２１４、２２４、２３０、２３６、２４６、２８２、３０２、３０８、３１９、３５２、３６２、３７２、３８２、３９２、４０２、４１２、４２２、４３９、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（すなわち、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、ここで、第１のＶＨおよび第１のＶＬが、第１の抗原結合部位を一緒に形成し、第２のＶＨおよび第２のＶＬが、第２の抗原結合部位を一緒に形成する。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、Ｆｃポリペプチドまたはその断片を含む。「Ｆｃ」断片またはＦｃポリペプチドは、ジスルフィドによって一緒に保持された両方の抗体のＨ鎖のカルボキシ末端部分（すなわち、ＩｇＧのＣＨ２およびＣＨ３ドメイン）を含む。抗体の「エフェクター機能」は、抗体のＦｃ領域（ネイティブ配列のＦｃ領域またはアミノ酸配列バリアントのＦｃ領域）に起因するそれらの生物活性を指し、抗体アイソタイプにより変わる。抗体のエフェクター機能の例としては、Ｃ１ｑ結合および補体依存性細胞傷害；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）；ファゴサイトーシス；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）の下方調節；ならびにＢ細胞活性化が挙げられる。本明細書で議論されるように、Ｆｃ含有ポリペプチド（例えば、本開示の抗体）の１つまたは複数の機能性を改変する（例えば、改善する、低減する、または取り除く）ために、改変（例えば、アミノ酸置換）がＦＣドメインに行われてもよい。そのような機能としては、例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合、抗体の半減期のモジュレーション（例えば、ＦｃＲｎへの結合による）、ＡＤＣＣ機能、プロテインＡ結合、プロテインＧ結合、および補体結合が挙げられる。Ｆｃ機能性を改変する（例えば、改善する、低減する、または取り除く）アミノ酸改変としては、例えば、Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌ、Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ、Ｈ４３３Ｋ／Ｎ４３４Ｆ、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ、Ｅ２３３Ｐ／Ｌ２３４Ｖ／Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３６＋Ａ３２７Ｇ／Ａ３３０Ｓ／Ｐ３３１Ｓ、Ｅ３３３Ａ、Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ、Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１、Ｋ３２６Ｗ／Ｅ３３３Ｓ、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ／Ｇ２３６Ａ、Ｎ２９７Ｑ、Ｋ３２２Ａ、Ｓ２２８Ｐ、Ｌ２３５Ｅ＋Ｅ３１８Ａ／Ｋ３２０Ａ／Ｋ３２２Ａ、Ｌ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ（本明細書で「ＬＡＬＡ」とも称される）、およびＬ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ／Ｐ３２９Ｇ変異が挙げられ、この変異は、ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ （２０１１）によって公開され、ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ．ｃｏｍ／ＰＤＦ／ｒｅｖｉｅｗ／ｒｅｖｉｅｗ－Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ－Ｆｃ－Ｒｅｇｉｏｎｓ－ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ．ｐｄｆ？ｕｔｍ＿ｓｏｕｒｃｅ＝ｒｅｖｉｅｗ＆ｕｔｍ＿ｍｅｄｉｕｍ＝ｐｄｆ＆ｕｔｍ＿ ｃａｍｐａｉｇｎ＝ｒｅｖｉｅｗ＆ｕｔｍ＿ｃｏｎｔｅｎｔ＝Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ－Ｆｃ－Ｒｅｇｉｏｎｓにおいてオンラインで利用可能な”Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ｆｃ Ｒｅｇｉｏｎｓ”に概説および注釈付けされており、これは、参照により本明細書に組み込まれる。
例えば、補体カスケードを活性化するために、Ｃ１ｑタンパク質複合体は、免疫グロブリン分子（複数可）が抗原標的に結合する場合、少なくとも２分子のＩｇＧ１または１分子のＩｇＭに結合することができる（Ｗａｒｄ， Ｅ． Ｓ．， ａｎｄ Ｇｈｅｔｉｅ， Ｖ．， Ｔｈｅｒ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２ （１９９５） ７７－９４）。Ｂｕｒｔｏｎ， Ｄ． Ｒ．は、アミノ酸残基３１８～３３７を含む重鎖領域が補体固定に関与することを記載した（Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２２ （１９８５） １６１－２０６）。Ｄｕｎｃａｎ， Ａ． Ｒ．， ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ， Ｇ． （Ｎａｔｕｒｅ ３３２ （１９８８） ７３８－７４０）は、部位特異的変異誘発を使用して、Ｇｌｕ３１８、Ｌｙｓ３２０、およびＬｙｓ３２２がＣ１ｑに対する結合部位を形成することを報告した。Ｃ１ｑの結合におけるＧｌｕ３１８、Ｌｙｓ３２０、およびＬｙｓ３２２残基の役割は、これら残基を含有する短い合成ペプチドの補体媒介性溶解を阻害する能力によって確認された。
例えば、ＦｃＲ結合は、（抗体の）Ｆｃ部分と、造血細胞を含む細胞上の特殊な細胞表面受容体であるＦｃ受容体（ＦｃＲ）との相互作用によって媒介され得る。Ｆｃ受容体は、免疫グロブリンスーパーファミリーに属し、免疫複合体のファゴサイトーシスによる抗体コーティング病原体の除去、および抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ；Ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ， Ｊ． Ｇ．， ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓｏｎ， Ｃ． Ｌ．， Ｊ． Ｌｅｕｋｏｃ． Ｂｉｏｌ． ４９ （１９９１） ５１１－５２４）を介した、対応する抗体でコーティングされた赤血球およびさまざまな他の細胞標的（例えば、腫瘍細胞）の溶解の両方を媒介することを示した。ＦｃＲは、免疫グロブリンクラスに対するそれらの特異性によって定義され、ＩｇＧ抗体に対するＦｃ受容体はＦｃγＲと称され、ＩｇＥに対するＦｃ受容体はＦｃεＲと称され、ＩｇＡに対するＦｃ受容体はＦｃαＲと称されるなどであり、新生児のＦｃ受容体はＦｃＲｎと称される。Ｆｃ受容体結合は、例えば、Ｒａｖｅｔｃｈ， Ｊ． Ｖ．， ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ， Ｊ． Ｐ．， Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ９ （１９９１） ４５７－４９２；Ｃａｐｅｌ， Ｐ． Ｊ．， ｅｔ ａｌ．， Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４ （１９９４） ２５－３４；ｄｅ Ｈａａｓ， Ｍ．， ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｌａｂ． Ｃｌｉｎ． Ｍｅｄ． １２６ （１９９５） ３３０－３４１；およびＧｅｓｓｎｅｒ， Ｊ． Ｅ．， ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ． Ｈｅｍａｔｏｌ． ７６ （１９９８） ２３１－２４８に記載されている。
ネイティブＩｇＧ抗体のＦｃドメインによる受容体（ＦｃγＲ）の架橋は、ファゴサイトーシス、抗体依存性細胞性細胞傷害、および炎症メディエーターの放出、ならびに免疫複合体のクリアランス、および抗体産生の調節を含む多種多様なエフェクター機能を引き起こす。受容体（例えば、ＦｃγＲ）の架橋を提供するＦｃ部分が本明細書で企図される。ヒトでは、これまでに、ＦｃγＲの３つのクラスが特徴付けられており、以下である：（ｉ）ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、これは、単量体ＩｇＧに高い親和性で結合し、マクロファージ、単球、好中球、および好酸球上で発現される；（ｉｉ）ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）、これは、中から低い親和性で複合体化ＩｇＧに結合し、特に、白血球上で広く発現され、抗体媒介性免疫の中心的なプレーヤーであると考えられ、かつ、これは、ＦｃγＲＩＩＡ、ＦｃγＲＩＩＢ、およびＦｃγＲＩＩＣに分けることができ、これらは、免疫系において異なる機能を行うが、ＩｇＧ－Ｆｃに対して類似の低い親和性で結合し、これらの受容体の細胞外ドメインは高度に相同（ｈｏｍｏｌｏｇｕｏｕｓ）である；ならびに（ｉｉｉ）ＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）、これは、中から低い親和性でＩｇＧに結合し、２つの形態で見出されている：ＦｃγＲＩＩＩＡ、これは、ＮＫ細胞、マクロファージ、好酸球、ならびに一部の単球およびＴ細胞において見出されており、ＡＤＣＣを媒介すると考えられる；ならびにＦｃγＲＩＩＩＢ、これは、好中球において高度に発現される。
ＦｃγＲＩＩＡは、殺傷に関与する多くの細胞（例えば、マクロファージ、単球、好中球）において見出され、殺傷プロセスを活性化することができるようである。ＦｃγＲＩＩＢは、阻害プロセスにおいて役割を果たすようであり、Ｂ細胞、マクロファージ、ならびに、肥満細胞および好酸球において見出される。重要なことには、全ＦｃγＲＩＩＢの７５％が肝臓中で見出されることが示されている（Ｇａｎｅｓａｎ， Ｌ． Ｐ． ｅｔ ａｌ．， ２０１２： ”ＦｃγＲＩＩｂ ｏｎ ｌｉｖｅｒ ｓｉｎｕｓｏｉｄａｌ ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｕｍ ｃｌｅａｒｓ ｓｍａｌｌ ｉｍｍｕｎｅ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ，” Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １８９： ４９８１－４９８８）。ＦｃγＲＩＩＢは、ＬＳＥＣと呼ばれる肝類洞内皮、および肝臓におけるクッパー細胞において多量に発現され、ＬＳＥＣは、小さな免疫複合体のクリアランスの主要部位である（Ｇａｎｅｓａｎ， Ｌ． Ｐ． ｅｔ ａｌ．， ２０１２： ＦｃγＲＩＩｂ ｏｎ ｌｉｖｅｒ ｓｉｎｕｓｏｉｄａｌ ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｕｍ ｃｌｅａｒｓ ｓｍａｌｌ ｉｍｍｕｎｅ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １８９： ４９８１－４９８８）。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体およびその抗原結合断片は、ＦｃγＲＩＩｂへの結合のためのＦｃポリペプチドまたはその断片、特に、例えばＩｇＧ型抗体などのＦｃ領域を含む。また、Ｃｈｕ， Ｓ． Ｙ． ｅｔ ａｌ．， ２００８： Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ Ｂ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｉｍａｒｙ ｈｕｍａｎ Ｂ ｃｅｌｌｓ ｂｙ ｃｏｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ＣＤ１９ ａｎｄ ＦｃｇａｍｍａＲＩＩｂ ｗｉｔｈ Ｆｃ－ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ４５， ３９２６－３９３３に記載されるように、変異Ｓ２６７ＥおよびＬ３２８Ｆを導入することによって、Ｆｃ部分を操作してＦｃγＲＩＩＢ結合を増強することが可能である。それによって、免疫複合体のクリアランスを増強することができる（Ｃｈｕ， Ｓ．， ｅｔ ａｌ．， ２０１４： Ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄ Ｃｌｅａｒａｎｃｅ ｏｆ ＩｇＥ Ｉｎ Ｃｈｉｍｐａｎｚｅｅｓ Ｉｓ Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ｂｙ Ｘｍａｂ７１９５， Ａｎ Ｆｃ－Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｗｉｔｈ Ｅｎｈａｎｃｅｄ Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｆｏｒ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＦｃγＲＩＩｂ． Ａｍ Ｊ Ｒｅｓｐｉｒ Ｃｒｉｔ， Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｈｏｒａｃｉｃ Ｓｏｃｉｅｔｙ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ Ａｂｓｔｒａｃｔｓ）。一部の実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、特に、Ｃｈｕ， Ｓ． Ｙ． ｅｔ ａｌ．， ２００８： Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ Ｂ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｉｍａｒｙ ｈｕｍａｎ Ｂ ｃｅｌｌｓ ｂｙ ｃｏｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ＣＤ１９ ａｎｄ ＦｃｇａｍｍａＲＩＩｂ ｗｉｔｈ Ｆｃ－ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ４５， ３９２６－３９３３に記載されるように、変異Ｓ２６７ＥおよびＬ３２８Ｆを有する操作されたＦｃ部分を含む。
Ｂ細胞において、ＦｃγＲＩＩＢは、さらなる免疫グロブリン産生、および例えば、ＩｇＥクラスへのアイソタイプスイッチングを抑制するように機能し得る。マクロファージにおいて、ＦｃγＲＩＩＢは、ＦｃγＲＩＩＡを通して媒介されるファゴサイトーシスを阻害すると考えられる。好酸球および肥満細胞において、Ｂ形態は、ＩｇＥのその別々の受容体への結合を通して、これら細胞の活性化を抑制するのに役立ち得る。
ＦｃγＲＩ結合に関して、ネイティブＩｇＧのＥ２３３～Ｇ２３６、Ｐ２３８、Ｄ２６５、Ｎ２９７、Ａ３２７、およびＰ３２９の少なくとも１つの改変は、ＦｃγＲＩへの結合を低減する。２３３～２３６位のＩｇＧ２残基が、ＩｇＧ１およびＩｇＧ４の対応する位置へと置換されることで、ＩｇＧ１およびＩｇＧ４のＦｃγＲＩへの結合が１０３倍低減し、抗体で感作された赤血球に応答するヒト単球応答が排除される（Ａｒｍｏｕｒ， Ｋ． Ｌ．， ｅｔ ａｌ． Ｅｕｒ． Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２９ （１９９９）
２６１３－２６２４）。
ＦｃγＲＩＩ結合に関して、例えば、Ｅ２３３～Ｇ２３６、Ｐ２３８、Ｄ２６５、Ｎ２９７、Ａ３２７、Ｐ３２９、Ｄ２７０、Ｑ２９５、Ａ３２７、Ｒ２９２、およびＫ４１４の少なくとも１つのＩｇＧ変異について、ＦｃγＲＩＩＡに対する結合の低減が見出される。
ヒトＦｃγＲＩＩＡの２つの対立形質は、高親和性でＩｇＧ１ Ｆｃに結合する「Ｈ１３１」バリアント、および低親和性でＩｇＧ１ Ｆｃに結合する「Ｒ１３１」バリアントである。例えば、Ｂｒｕｈｎｓ ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １１３：３７１６－３７２５ （２００９）を参照されたい。
ＦｃγＲＩＩＩ結合に関して、例えば、Ｅ２３３～Ｇ２３６、Ｐ２３８、Ｄ２６５、Ｎ２９７、Ａ３２７、Ｐ３２９、Ｄ２７０、Ｑ２９５、Ａ３２７、Ｓ２３９、Ｅ２６９、Ｅ２９３、Ｙ２９６、Ｖ３０３、Ａ３２７、Ｋ３３８、およびＤ３７６の少なくとも１つの変異について、ＦｃγＲＩＩＩＡに対する結合の低減が見出される。Ｆｃ受容体についてのヒトＩｇＧ１上の結合部位のマッピング、上記で言及された変異部位、ならびにＦｃγＲＩおよびＦｃγＲＩＩＡへの結合を測定するための方法は、Ｓｈｉｅｌｄｓ， Ｒ． Ｌ．， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７６ （２００１） ６５９１－６６０４に記載されている。
ヒトＦｃγＲＩＩＩＡの２つの対立形質は、低親和性でＩｇＧ１ Ｆｃに結合する「Ｆ１５８」バリアント、および高親和性でＩｇＧ１ Ｆｃに結合する「Ｖ１５８」バリアントである。例えば、Ｂｒｕｈｎｓ ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １１３：３７１６－３７２５ （２００９）を参照されたい。
ＦｃγＲＩＩへの結合に関して、ネイティブＩｇＧ Ｆｃの２つ領域、すなわち、（ｉ）ＩｇＧ Ｆｃの下部ヒンジ部位、特に、アミノ酸残基Ｌ、Ｌ、Ｇ、Ｇ（２３４～２３７、ＥＵ番号付け）、ならびに（ｉｉ）ＩｇＧ ＦｃのＣＨ２ドメインの隣接領域、特に、例えば、Ｐ３３１の領域における、下部ヒンジ領域に隣接する上部ＣＨ２ドメインにおけるループおよび鎖が、ＦｃγＲＩＩおよびＩｇＧの間の相互作用に関与するようである（Ｗｉｎｅｓ， Ｂ．Ｄ．， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２０００； １６４： ５３１３ － ５３１８）。また、ＦｃγＲＩは、ＩｇＧ Ｆｃ上の同じ部位に結合するようであるが、ＦｃＲｎおよびプロテインＡは、ＣＨ２－ＣＨ３境界面にあるようであるＩｇＧ Ｆｃ上の異なる位置に結合する（Ｗｉｎｅｓ， Ｂ．Ｄ．， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２０００； １６４： ５３１３ － ５３１８）。
本開示のＦｃポリペプチドまたはその断片の、（すなわち、１つまたは複数の）Ｆｃγ受容体への結合親和性を増加させる（例えば、参照Ｆｃポリペプチドまたはその断片、あるいは変異（複数可）を含まないそれを含有するものと比較して）変異も企図される。例えば、Ｄｅｌｉｌｌｏ ａｎｄ Ｒａｖｅｔｃｈ， Ｃｅｌｌ １６１（５）：１０３５－１０４５ （２０１５）およびＡｈｍｅｄ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｓｔｒｕｃ． Ｂｉｏｌ． １９４（１）：７８ （２０１６）を参照されたく、このＦｃ変異および技法は、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、Ｇ２３６Ａ；Ｓ２３９Ｄ；Ａ３３０Ｌ；およびＩ３３２Ｅ；あるいはそのいずれか２つまたはそれより多くを含む組み合わせ；例えば、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ（本明細書では「ＧＡＡＬＩＥ」とも称される）；またはＧ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅから選択される変異を含むＦｃポリペプチドまたはその断片を含むことができる。一部の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、Ｓ２３９Ｄを含まない。一部の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、２３９位にＳを含む。
ある特定の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、ＦｃＲｎ結合への結合に関与するＦｃポリペプチドまたはその断片の少なくとも一部を含み得るか、またはこれからなり得る。ある特定の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、ＦｃＲｎ（例えば、約６．０のｐＨで）に対する結合親和性を改善する（例えば、結合を増強する）１つまたは複数のアミノ酸改変を含み、一部の実施形態では、それによって、Ｆｃポリペプチドまたはその断片を含む分子のｉｎ ｖｉｖｏ半減期が延長される（例えば、参照Ｆｃポリペプチドまたはその断片、あるいは改変（複数可）を含まないがそうでなければ同じ抗体と比較して）。ある特定の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、ＩｇＧ Ｆｃを含むか、またはこれに由来し、半減期を延長する変異は、Ｍ４２８Ｌ；Ｎ４３４Ｓ；Ｎ４３４Ｈ；Ｎ４３４Ａ；Ｎ４３４Ｓ；Ｍ２５２Ｙ；Ｓ２５４Ｔ；Ｔ２５６Ｅ；Ｔ２５０Ｑ；Ｐ２５７Ｉ；Ｑ３１１Ｉ；Ｄ３７６Ｖ；Ｔ３０７Ａ；Ｅ３８０Ａ（ＥＵ番号付け）のいずれか１つまたは複数を含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ（本明細書では「ＭＬＮＳ」および「ＬＳ」とも称される）を含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１Ｉを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｐ２５７Ｉ／Ｎ４３４Ｈを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｄ３７６Ｖ／Ｎ４３４Ｈを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｔ３０７Ａ／Ｅ３８０Ａ／Ｎ４３４Ａを含む。
一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、置換変異Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓを含むＦｃ部分を含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、置換変異Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含むＦｃポリペプチドまたはその断片を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、Ｇ２３６Ａ変異、Ａ３３０Ｌ変異、およびＩ３３２Ｅ変異（ＧＡＡＬＩＥ）を含み、Ｓ２３９Ｄ変異を含まない（例えば、２３９位にネイティブＳを含む）、（例えば、ＩｇＧ）Ｆｃ部分を含む。特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、置換変異：Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４ＳおよびＧ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含み、かつ、必要に応じてＳ２３９Ｄを含まない、Ｆｃポリペプチドまたはその断片を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、置換変異：Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４ＳおよびＧ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含むＦｃポリペプチドまたはその断片を含む。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、グリコシル化を変更する変異を含み、ここで、グリコシル化を変更する変異は、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、またはＮ２９７Ｇを含み、かつ／あるいは抗体または抗原結合断片は、部分的にもしくは完全にアグリコシル化（ａｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｅ）されており、かつ／または部分的にもしくは完全にアフコシル化（ａｆｕｃｏｓｙｌａｔｅ）されている。宿主細胞系、および部分的にもしくは完全にアグリコシル化されたか、または部分的にもしくは完全にアフコシル化された抗体および抗原結合断片を作製する方法は公知である（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１６／１８１３５７号；Ｓｕｚｕｋｉ ｅｔ ａｌ． Ｃｌｉｎ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． １３（６）：１８７５－８２ （２００７）；Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ． ＭＡｂｓ ６：１－１２ （２０１８）を参照されたい）。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、検出可能なレベルの抗体または抗原結合断片が被験体において見出すことができない場合であっても（すなわち、抗体または抗原結合断片が、投与後に被験体から除去されている場合）、被験体において、ｉｎ ｖｉｖｏでの継続的な保護を誘発できる。そのような保護は、本明細書ではワクチン効果と称される。理論に縛られることを望まないが、樹状細胞が、抗体および抗原の複合体を内部移行することができ、その後、抗原に対する内因性の免疫応答を誘導またはこれに寄与することができると考えられる。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、例えば、Ｇ２３６Ａ、Ａ３３０Ｌ、およびＩ３３２Ｅを含むＦｃ中の変異などの１つまたは複数の改変を含み、これは、抗原に対して、例えばＴ細胞免疫を誘導し得る樹状細胞を活性化できる。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、ＣＨ２（またはその断片）、ＣＨ３（またはその断片）、またはＣＨ２およびＣＨ３を含むＦｃポリペプチドまたはその断片を含み、ここで、ＣＨ２、ＣＨ３、またはその両方は、任意のアイソタイプのものであり得、それぞれ、対応する野生型ＣＨ２またはＣＨ３と比較して、アミノ酸置換または他の改変を含有していてもよい。ある特定の実施形態では、本開示のＦｃポリペプチドは、会合して二量体を形成する２つのＣＨ２－ＣＨ３ポリペプチドを含む。
ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、モノクローナルであり得る。「モノクローナル抗体」（ｍＡｂ）という用語は、本明細書で使用される場合、実質的に均質な抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、集団を構成する個々の抗体は、一部の場合では、微量で存在し得る可能な天然に存在する変異を除いて同一である。モノクローナル抗体は、非常に特異的であり、単一の抗原部位に向けられている。さらにまた、異なるエピトープに向けられている異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原の単一のエピトープに向けられている。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体は、それらが、他の抗体によって汚染されずに合成され得るという点で有利である。「モノクローナル」という用語は、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするとして解釈されるべきではない。例えば、本発明において有用なモノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５ （１９７５）によって最初に記載されたハイブリドーマ方法論によって調製されてもよく、あるいは、細菌細胞、真核細胞、動物細胞、または植物細胞において組換えＤＮＡ法を使用して作製されてもよい（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照されたい）。モノクローナル抗体はまた、例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ， ３５２：６２４－６２８ （１９９１）およびＭａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ２２２：５８１－５９７ （１９９１）に記載されている技法を使用して、ファージ抗体ライブラリーから単離されてもよい。モノクローナル抗体はまた、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２００４／０７６６７７Ａ２号に開示される方法を使用して得てもよい。
本開示の抗体および抗原結合断片は、「キメラ抗体」を含み、ここで、重鎖および／または軽鎖の一部は、特定の種に由来する抗体中の、あるいは特定の抗体のクラスまたはサブクラスに属する抗体中の対応する配列と同一または相同であるが、鎖（複数可）の残部は、それらが所望の生物活性を示す限り、別の種に由来する抗体中の、あるいは別の抗体のクラスまたはサブクラスに属する抗体中の、ならびにそのような抗体の断片中の対応する配列と同一または相同である（米国特許第４，８１６，５６７号；同第５，５３０，１０１号および同第７，４９８，４１５号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ８１：６８５１－６８５５ （１９８４）を参照されたい）。例えば、キメラ抗体は、ヒトおよび非ヒト残基を含んでいてもよい。さらにまた、キメラ抗体は、レシピエント抗体またはドナー抗体において見出されない残基を含んでいてもよい。これらの改変は、抗体の性能をさらに改良するために行われる。さらなる詳細について、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２－５２５ （１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３－３２９ （１９８８）；およびＰｒｅｓｔａ， Ｃｕｒｒ． Ｏｐ． Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ． ２：５９３－５９６ （１９９２）を参照されたい。キメラ抗体は、霊長類化抗体およびヒト化抗体も含む。
「ヒト化抗体」は、一般に、非ヒトである供給源から導入された１つまたは複数のアミノ酸残基を有するヒト抗体であると考えられる。これらの非ヒトアミノ酸残基は、典型的には、可変ドメインから取得される。ヒト化は、Ｗｉｎｔｅｒおよび共同研究者（Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ， ３２１：５２２－５２５ （１９８６）；Ｒｅｉｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ， ３３２：３２３－３２７ （１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２３９：１５３４－１５３６ （１９８８））の方法に従って、非ヒト可変配列をヒト抗体の対応する配列と置換することによって行われてもよい。したがって、そのような「ヒト化」抗体は、キメラ抗体であり（米国特許第４，８１６，５６７号；同第５，５３０，１０１号および同第７，４９８，４１５号）、ここで、実質的に無傷ヒト可変ドメインよりも少ない配列が、非ヒト種由来の対応する配列によって置換されている。一部の例では、「ヒト化」抗体は、非ヒト細胞または動物によって産生され、ヒト配列、例えば、Ｈｃドメインを含むものである。
「ヒト抗体」は、ヒトによって産生される抗体中に存在する配列のみを含有する抗体である。しかしながら、本明細書で使用される場合、ヒト抗体は、本明細書に記載される改変およびバリアント配列を含む天然に存在するヒト抗体（例えば、ヒトから単離されている抗体）中で見出されない残基または改変を含んでいてもよい。これらは、典型的には、抗体の性能をさらに改良または増強するために行われる。一部の例では、ヒト抗体は、トランスジェニック動物によって産生される。例えば、米国特許第５，７７０，４２９号；同第６，５９６，５４１号および同第７，０４９，４２６号を参照されたい。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、キメラ、ヒト化されたもの、またはヒトのものである。
ポリヌクレオチド、ベクター、および宿主細胞
別の態様では、本開示は、本開示の抗体もしくはこれらの抗原結合断片またはそれらの一部分（例えば、ＣＤＲ、ＶＨ、ＶＬ、重鎖または軽鎖）のいずれかをコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。ある特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、宿主細胞における発現のためにコドン最適化される。コード配列が公知であるか、または同定されると、公知の技法およびツールを使用して、例えば、ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ（登録商標）ＯｐｔｉｍｉｕｍＧｅｎｅ（商標）ツールを使用して、コドン最適化を行うことができる（Ｓｃｈｏｌｔｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｃｌｉｎ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １１９：１３５， ２００６も参照されたい）。コドン最適化配列は、部分的にコドン最適化されている（すなわち、１つまたは複数のコドンが宿主細胞における発現のために最適化されている）配列、および完全にコドン最適化されている配列を含む。
本開示の抗体および抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドは、異なるヌクレオチド配列を有し得るが、同じ抗体または抗原結合断片を、例えば、遺伝コードの縮重、スプライシングなどに起因して、さらにコードすることも、理解されよう。
ある特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号７９、８０、８９、９０、９９、１００、１０９、１１０、１１９、１２０、１２９－１３４、１４３、１４４、１５３、１５４、１５７、１５９、１８８、１８９、１９８、１９９、２０８、２０９、２１８、２１９、２２８、２２９、２３１、２４０、２４１、２５０、２５１、３１２、３１３、３２２、３２３、３５６、３５７、３６６、３６７、３７６、３７７、３８６、３８７、３９６、３９７、４０６、４０７、４１６、４１７、４２６、４２７、４２９、４３０、４３１、４３３、４３６、４３８、および４４１のいずれか１つまたは複数に記載のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも５０％（すなわち、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するポリヌクレオチドを含む。
ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドが、例えば、宿主細胞におけるその抗体または抗原結合断片の発現のために、他の配列および／または特徴を含むポリヌクレオチドに含まれていることは、理解されよう。例示的な特徴としては、プロモーター配列、ポリアデニル化配列、シグナルペプチドをコードする（例えば、発現された抗体重鎖または軽鎖のＮ末端に位置する）配列などが挙げられる。したがって、一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号４５１～４５３および４５５のいずれか１つに記載されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも５０％の同一性を有するか、該ポリヌクレオチド配列を含むか、または該ポリヌクレオチド配列からなる、ポリヌクレオチド配列をさらに含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号４５４もしくは配列番号４５６に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％を有するか、該アミノ酸配列を含むか、または該アミノ酸配列からなる、シグナルペプチド（リーダー配列とも呼ばれる）をコードする配列を含む。
本開示の実施形態のいずれにおいても、ポリヌクレオチドは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）を含み得る。一部の実施形態では、ＲＮＡは、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を含む。
本明細書で開示されるポリヌクレオチド（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合する抗体または抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド）を含むまたは含有するベクターも、提供される。ベクターは、本明細書で開示されるベクターのいずれか１つまたは複数を含み得る。特定の実施形態では、抗体もしくは抗原結合断片またはその一部分をコードするＤＮＡプラスミド構築物（例えば、いわゆる「ＤＭＡｂ」；例えば、Ｍｕｔｈｕｍａｎｉ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ． ２１４（３）：３６９－３７８ （２０１６）；Ｍｕｔｈｕｍａｎｉ ｅｔ ａｌ．， Ｈｕｍ Ｖａｃｃｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ９：２２５３－２２６２ （２０１３））；Ｆｌｉｎｇａｉ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉ Ｒｅｐ． ５：１２６１６ （２０１５）；およびＥｌｌｉｏｔｔ ｅｔ ａｌ．， ＮＰＪ Ｖａｃｃｉｎｅｓ １８ （２０１７）を参照されたく、これらの文献の抗体コードＤＮＡ構築物および関連使用方法は、その投与方法を含めて、参照により本明細書に組み込まれる）を含むベクターが、提供される。ある特定の実施形態では、ＤＮＡプラスミド構築物は、抗体または抗原結合断片の重鎖および軽鎖（またはＶＨおよびＶＬ）をコードする単一のオープンリーディングフレームであって、重鎖をコードする配列と軽鎖をコードする配列が、必要に応じて、プロテアーゼ切断部位をコードするポリヌクレオチドにより、および／または自己切断性ペプチドをコードするポリヌクレオチドにより、隔てられている、オープンリーディングフレームを含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片の置換基成分は、単一のプラスミドに含まれているポリヌクレオチドによりコードされる。他の実施形態では、抗体または抗原結合断片の置換基成分は、２つまたはそれより多くのプラスミドに含まれているポリヌクレオチドによりコードされる（例えば、第１のプラスミドは、重鎖、ＶＨ、またはＶＨ＋ＣＨをコードするポリヌクレオチドを含み、第２のプラスミドは、コグネイト軽鎖、ＶＬ、またはＶＬ＋ＣＬをコードするポリヌクレオチドを含む）。ある特定の実施形態では、単一のプラスミドは、本開示の２つまたはそれより多くの抗体または抗原結合断片からの重鎖および／または軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む。例示的な発現ベクターは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（登録商標）から入手可能なｐＶａｘ１である。本開示のＤＮＡプラスミドを、被験体に、例えば、電気穿孔（例えば、筋肉内電気穿孔）により、または適切な製剤（例えば、ヒアルロニダーゼ）を用いて、送達することができる。
例示的な発現ベクターは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（登録商標）から入手可能なｐＶａｘ１である。本開示のＤＮＡプラスミドを、被験体に、例えば、電気穿孔（例えば、筋肉内電気穿孔）により、または適切な製剤（例えば、ヒアルロニダーゼ）を用いて、送達することができる。一部の実施形態では、本開示のベクターは、シグナルポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。シグナルペプチドは、成熟抗体または抗原結合断片上に存在することもあり、またはしないこともある（例えば、成熟抗体または抗原結合断片から酵素により切断され得る）。ある特定の実施形態では、シグナルペプチドは、配列番号４５２もしくは配列番号４５５に記載されるヌクレオチド配列によりコードされ、および／またはシグナルペプチドは、配列番号４５４もしくは配列番号４５６に記載されるアミノ酸配列を含むか、もしくはこれからなる。一部の実施形態では、本開示のベクターは、ポリアデニル化シグナル配列を含む。ある特定の実施形態では、ポリアデニル化シグナル配列は、配列番号４５３に記載されるヌクレオチド配列を含むか、またはこれからなる。
一部の実施形態では、本開示のベクターは、ＣＭＶプロモーターを含む。ある特定の実施形態では、プロモーターは、配列番号４５１に記載されるヌクレオチド配列を含むか、またはこれからなる。
さらなる態様では、本開示は、本開示による抗体もしくは抗原結合断片を発現する宿主細胞、または本開示によるベクターもしくはポリヌクレオチドを含むかもしくは含有する宿主細胞も提供する。
そのような細胞の例としては、真核細胞、例えば、酵母細胞、動物細胞、昆虫細胞、植物細胞；およびＥ．ｃｏｌｉをはじめとする原核細胞が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、細胞は、哺乳動物細胞である。ある特定のそのような実施形態では、細胞は、哺乳動物細胞系、例えば、ＣＨＯ細胞（例えば、ＤＨＦＲ－ＣＨＯ細胞（Ｕｒｌａｕｂ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ ７７：４２１６ （１９８０））、ヒト胎児腎細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞）、ＰＥＲ．Ｃ６細胞、Ｙ０細胞、Ｓｐ２／０細胞、ＮＳ０細胞．ヒト肝細胞、例えばＨｅｐａ ＲＧ細胞、骨髄腫細胞、またはハイブリドーマ細胞である。哺乳動物宿主細胞系の他の例としては、マウスセルトリ細胞（例えば、ＴＭ４細胞）；ＳＶ４０により形質転換されたサル腎ＣＶ１系（ＣＯＳ－７）；ベビーハムスター腎細胞（ＢＨＫ）；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ－７６）；サル腎細胞（ＣＶ１）；ヒト子宮頸癌細胞（ＨＥＬＡ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ Ｇ２）；イヌ腎細胞（ＭＤＣＫ）；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ ３Ａ）；マウス乳腺腫瘍（ＭＭＴ ０６０５６２）；ＴＲＩ細胞；ＭＲＣ ５細胞；およびＦＳ４細胞が挙げられる。抗体生成に好適な哺乳動物宿主細胞系は、例えば、Ｙａｚａｋｉ ａｎｄ Ｗｕ， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｖｏｌ． ２４８ （Ｂ． Ｋ． Ｃ． Ｌｏ， ｅｄ．， Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ， Ｔｏｔｏｗａ， Ｎ．Ｊ．）， ｐｐ． ２５５－２６８ （２００３）に記載されているものも含む。
ある特定の実施形態では、宿主細胞は、Ｅ．ｃｏｌｉなどの原核細胞である。Ｅ．ｃｏｌｉなどの原核細胞におけるペプチドの発現は、十分に確証されている（例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ， Ａ． Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ９：５４５－５５１ （１９９１）を参照されたい）。例えば、特に、グリコシル化及びＦｃエフェクター機能が必要とされない場合、抗体を細菌において生成することができる。細菌における抗体断片およびポリペプチドの発現については、例えば、米国特許第５，６４８，２３７号、同第５，７８９，１９９号、および同第５，８４０，５２３号を参照されたい。
特定の実施形態では、発現ベクターに関する本記載に従って、細胞にベクターをトランスフェクトすることができる。用語「トランスフェクション」は、核酸分子、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）分子の、細胞への、例えば、真核細胞への導入を指す。本記載に関して、用語「トランスフェクション」は、核酸分子の細胞への導入、例えば、哺乳動物細胞への導入を含む、真核細胞への導入、のための、当業者に公知の任意の方法を包含する。そのような方法は、例えば、電気穿孔、リポフェクション、例えばカチオン性脂質および／もしくはリポソームに基づくリポフェクション、リン酸カルシウム沈殿法、ナノ粒子に基づくトランスフェクション、ウイルスに基づくトランスフェクション、またはカチオン性ポリマー、例えばＤＥＡＥ－デキストランもしくはポリエチレンイミン、に基づくトランスフェクションなどを包含する。ある特定の実施形態では、導入は、非ウイルス性である。
さらに、本開示の宿主細胞に、本開示によるベクターを、例えば、本開示による抗体またはその抗原結合断片の発現のために、安定にまたは一過性にトランスフェクトすることができる。そのような実施形態では、細胞に、本明細書に記載のベクターを安定にトランスフェクトすることができる。あるいは、細胞に、本明細書で開示される抗体または抗原結合断片をコードする本開示によるベクターを一過性にトランスフェクトすることができる。本開示の実施形態のいずれにおいても、ポリヌクレオチドは、宿主細胞に対して異種であり得る。
したがって、本開示は、本開示の抗体または抗原結合断片を異種発現する組換え宿主細胞も提供する。例えば、細胞は、抗体を完全にまたは部分的に得た種とは異なる種の細胞（例えば、ヒト抗体または操作されたヒト抗体を発現するＣＨＯ細胞）であり得る。一部の実施形態では、宿主細胞の細胞型は、抗体または抗原結合断片を自然に発現しない。さらに、宿主細胞は、天然状態の抗体または抗原結合断片に（または抗体もしくは抗原結合断片が操作されたかもしくは由来した天然状態の親抗体に）存在しない翻訳後改変（ＰＴＭ；例えば、グリコシル化またはフコシル化）を抗体または抗原結合断片に付与し得る。そのようなＰＴＭは、機能差（例えば、免疫原性の低下）を生じさせる結果となり得る。したがって、本明細書で開示される宿主細胞により生成される本開示の抗体または抗原結合断片は、その天然状態の抗体（または親抗体）とは明確に異なる１つまたは複数の翻訳後改変を含み得る（例えば、ＣＨＯ細胞により生成されるヒト抗体は、ヒトから単離されたおよび／または天然ヒトＢ細胞もしくは形質細胞により生成された場合の抗体とは明確に異なる、より多くの翻訳後修飾（ａ ｍｏｒｅ ｐｏｓｔ－ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ）を含むことができる）。
本開示の結合タンパク質の発現に有用な昆虫細胞は、当技術分野において公知であり、例えば、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒａ Ｓｆ９細胞、Ｔｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ ｎｉ ＢＴＩ－ＴＮ５Ｂ１－４細胞、およびＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒａ ＳｆＳＷＴ０１「Ｍｉｍｉｃ（商標）」細胞を含む。例えば、Ｐａｌｍｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． １５３（３－４）：１６０－１６６ （２０１１）を参照されたい。非常に多数のバキュロウイルス株が同定されており、それらは、特に、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞のトランスフェクションのために、昆虫細胞と併用され得る。
糸状菌または酵母などの真核微生物も、タンパク質コードベクターのクローニングまたは発現に好適な宿主であり、該真核微生物は、部分的にまたは完全にヒトのグリコシル化パターンを有する抗体の生成をもたらす「ヒト化」グリコシル化経路を有する真菌および酵母株を含む。Ｇｅｒｎｇｒｏｓｓ， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈ． ２２：１４０９－１４１４ （２００４）；Ｌｉ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈ． ２４：２１０－２１５ （２００６）を参照されたい。
植物細胞も、本開示の結合タンパク質の発現のための宿主として利用することができる。例えば、ＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ（商標）技術（例えば、米国特許第５，９５９，１７７号、同第６，０４０，４９８号、同第６，４２０，５４８号、同第７，１２５，９７８号、および同第６，４１７，４２９号に記載されている）は、トランスジェニック植物を利用して抗体を生成する。
ある特定の実施形態では、宿主細胞は、哺乳動物細胞を含む。特定の実施形態では、宿主細胞は、ＣＨＯ細胞、ＨＥＫ２９３細胞、ＰＥＲ．Ｃ６細胞、Ｙ０細胞、Ｓｐ２／０細胞、ＮＳ０細胞、ヒト肝細胞、骨髄腫細胞、またはハイブリドーマ細胞である。
関連態様では、本開示は、抗体または抗原結合断片を生成するための方法であって、本開示の宿主細胞を、抗体または抗原結合断片を生成するための十分な条件下で、かつ十分な時間にわたって培養することを含む、方法を提供する。組換え生成された抗体の単離および精製に有用な方法は、例として、組換え抗体を培養培地に分泌する好適な宿主細胞／ベクター系から上清を得ること、次いで、市販のフィルターを使用して培地を濃縮することを含み得る。濃縮後、濃縮物を、単一の好適な精製マトリックスに、または一連の好適なマトリックス、例えば、親和性マトリックスもしくはイオン交換樹脂に適用することができる。１つまたは複数の逆相ＨＰＬＣステップを利用して、組換えポリペプチドをさらに精製することができる。これらの精製方法を、免疫原をその天然環境から単離する際に利用することもできる。本明細書に記載される単離された／組換え抗体の１つまたは複数についての大規模生成のための方法は、適切な培養条件を維持するためにモニターされ、制御される、バッチ細胞培養を含む。可溶性抗体の精製は、本明細書に記載されるおよび当技術分野において公知の方法であって、自国および外国の規制機関の法律およびガイドラインに適合する方法に従って、行うことができる。
組成物
本開示の抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクターまたは宿主細胞のいずれか１つまたは複数を個々にまたは任意の組合せで含む組成物であって、薬学的に許容されるキャリアー、賦形剤、または希釈剤をさらに含み得る組成物も、本明細書で提供される。キャリアー、賦形剤および希釈剤は、本明細書でさらに詳細に論じられる。
ある特定の実施形態では、組成物は、１つまたは複数の抗体または抗原結合断片が、重鎖のＣ末端、ＣＨ１－ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドにリシン残基を含まない、および１つまたは複数の抗体または抗原結合断片が、重鎖のＣ末端、ＣＨ１－ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドにリシン残基を含む、本開示の複数の抗体および／または抗原結合断片を含む。
ある特定の実施形態では、組成物は、本開示による２つまたはそれより多くの異なる抗体または抗原結合断片を含む。ある特定の実施形態では、組み合わせて使用される抗体または抗原結合断片は、各々独立して、次の特徴のうちの１つまたは複数を有する：天然に存在するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントを中和する；スパイクタンパク質結合について互いに競合しない；明確に異なるスパイクタンパク質エピトープに結合する；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する耐性の形成の低減を有する；組合せでの場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する耐性の形成の低減を有する；生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスを強く中和する；組み合わせて使用された場合、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの中和に対して相加または相乗効果を示す；エフェクター機能を示す；感染の妥当な動物モデル（複数可）において防御的である；大規模生成に十分な品質で生成され得る。
ある特定の実施形態では、組み合わせて使用される抗体または抗原結合断片は、各々独立して、次の特徴のうちの１つまたは複数を有する：１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの天然に存在するサルベコウイルスバリアントを中和する；スパイクタンパク質結合について互いに競合しない；明確に異なるサルベコウイルススパイクタンパク質エピトープに結合する；サルベコウイルスに対する耐性の形成の低減を有する；組合せでの場合、サルベコウイルスに対する耐性の形成の低減を有する；１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの生サルベコウイルスを強く中和する；組み合わせて使用された場合、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの（ｏｒ ｍｏｒｅ ｏｒ ｍｏｒｅ）生サルベコウイルスの中和に対して相加または相乗効果を示す；エフェクター機能を示す；感染の妥当な動物モデル（複数可）において防御的である；大規模生産に十分な量で生産できる。
ある特定の実施形態では、組成物は、本開示による２つまたはそれより多くの異なる抗体または抗原結合断片を含む。ある特定の実施形態では、組成物は、配列番号１７２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１７６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第１の抗体または抗原結合断片；および配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、または６９のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号２６、４１、または５８のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ ｏｆ ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）ＶＬとを含む、第２の抗体または抗原結合断片を含む。ある特定の実施形態では、組成物は、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１７３～１７５に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１７７～１７９に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片と、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、（ｉ）それぞれ、配列番号２３～２５、（ｉｉ）それぞれ、配列番号１６０～１６２、（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３８～４０、または（ｉｖ）それぞれ、配列番号１６６～１６８に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、（ｉ）それぞれ、配列番号２７～２９、（ｉｉ）それぞれ、配列番号１６３～１６５、（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４２～４４、または（ｉｖ）それぞれ、配列番号１６９～１７１に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片とを含む。
ある特定の実施形態では、組成物は、配列番号１７２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１７６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第１の抗体または抗原結合断片；および配列番号２００に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号２０４に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第２の抗体または抗原結合断片を含む。ある特定の実施形態では、組成物は、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１７３～１７５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１７７～１７９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；ならびにＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号２０１～２０３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号２０５～２０７に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片を含む。
ある特定の実施形態では、組成物は、第１のプラスミドを含む第１のベクター、および第２のプラスミドを含む第２のベクターを含み、第１のプラスミドは、重鎖、ＶＨ、またはＶＨ＋ＣＨをコードするポリヌクレオチドを含み、第２のプラスミドは、抗体またはその抗原結合断片のコグネイト軽鎖、ＶＬ、またはＶＬ＋ＣＬをコードするポリヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、組成物は、好適な送達ビヒクルまたはキャリアーに連結されたポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。ヒト被験体への投与のための例示的なビヒクルまたはキャリアーとしては、脂質または脂質由来の送達ビヒクル、例えば、リポソーム、固体脂質ナノ粒子、油性懸濁液、サブミクロン脂質乳剤、脂質マイクロバブル、逆脂質ミセル、渦巻型リポソーム（ｃｏｃｈｌｅａｒ ｌｉｐｏｓｏｍｅ）、脂質マイクロチューブル（ｌｉｐｉｄ ｍｉｃｒｏｔｕｂｕｌｅ）、脂質マイクロシリンダー（ｌｉｐｉｄ ｍｉｃｒｏｃｙｌｉｎｄｅｒ）、または脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）もしくはナノスケールプラットフォーム（例えば、Ｌｉ ｅｔ ａｌ． Ｗｉｌｅｒｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ Ｒｅｖ． Ｎａｎｏｍｅｄ Ｎａｎｏｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． １１（２）：ｅ１５３０ （２０１９）を参照されたい）が挙げられる。適切なｍＲＮＡを設計するための、および（ａｎｄ ａｎｄ）ｍＲＮＡ－ＬＮＰを製剤化するための、およびそれを送達するための、原理、試薬および技法は、例えば、Ｐａｒｄｉ ｅｔ ａｌ． （Ｊ Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｒｅｌｅａｓｅ ２１７３４５－３５１ （２０１５））；Ｔｈｅｓｓ ｅｔ ａｌ． （Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ ２３： １４５６－１４６４ （２０１５））；Ｔｈｒａｎ ｅｔ ａｌ． （ＥＭＢＯ Ｍｏｌ Ｍｅｄ ９（１０）：１４３４－１４４８ （２０１７）；Ｋｏｓｅ ｅｔ ａｌ． （Ｓｃｉ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ４ ｅａａｗ６６４７ （２０１９）；およびＳａｂｎｉｓ ｅｔ ａｌ． （Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． ２６：１５０９－１５１９ （２０１８））に記載されており、その技法は、キャッピング、コドン最適化、ヌクレオシド改変、ｍＲＮＡの精製、ｍＲＮＡの安定した脂質ナノ粒子（例えば、イオン化可能なカチオン性脂質／ホスファチジルコリン／コレステロール／ＰＥＧ－脂質；イオン化可能な脂質：ジステアロイルＰＣ：コレステロール：ポリエチレングリコール脂質）への組込みを含み、ならびにその皮下、筋肉内、皮内、静脈内、腹腔内および気管内投与を含む、これらの技法は、参照により本明細書に組み込まれる。
方法および使用
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染などのサルベコウイルス感染（例えば、ヒト被験体における、またはヒト被験体から得られた試料における）の診断に本開示の抗体もしくは抗原結合断片、核酸、ベクター、細胞、または組成物を使用するための方法も、本明細書で提供される。
診断（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ）の方法は、抗体、抗体断片（例えば、抗原結合断片）と試料を接触させることを含み得る。そのような試料を被験体から単離することができ、例えば、そのような試料は、例えば、鼻腔、副鼻腔、唾液腺、肺、肝臓、膵臓、腎臓、耳、眼、胎盤、消化管、心臓、卵巣、下垂体、副腎、甲状腺、脳、皮膚または血液から採取された、単離された組織試料であり得る。診断の方法は、特に抗体または抗体断片と試料の接触後の、抗原／抗体複合体の検出も含み得る。そのような検出ステップは、ベンチで、すなわち、人体または動物体と一切接触することなく、行われ得る。検出方法の例は、当業者に周知であり、例えば、直接的、間接的およびサンドイッチＥＬＩＳＡをはじめとするＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着検定法）を含む。
本開示の抗体もしくは抗原結合断片、またはそれを含む組成物を使用して被験体を処置する方法であって、被験体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２などのサルベコウイルスに感染していると考えられるまたは感染するリスクがある、方法も、本明細書で提供される。「処置する」、「処置」、または「回復させる」は、被験体（例えば、ヒトまたは非ヒト哺乳動物、例えば、霊長類、ウマ、ネコ、イヌ、ヤギ、マウスもしくはラット）の疾患、障害または状態の医学的管理を指す。一般に、本開示の抗体または組成物を含む適切な用量または処置レジメンは、治療上または予防上の利益を引き出すのに十分な量で投与される。治療上または予防上の／予防的な利益は、臨床転帰の改善；疾患に関連する症状の軽減もしくは緩和；症状の発生の減少；生活の質の向上；より長い無病状態；疾患の程度の減少、病態の安定化；疾患進行の遅延もしくは予防；寛解；生存；生存期間の延長；またはこれらの任意の組合せを含む。ある特定の実施形態では、治療上または予防上の／予防的な利益は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染などのサルベコウイルス感染の処置のための入院の低減または防止を含む（すなわち、統計的に有意な形で）。ある特定の実施形態では、治療上または予防上の／予防的な利益は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染などのサルベコウイルス感染の処置のための入院期間の短縮を含む（すなわち、統計的に有意な形で）。ある特定の実施形態では、治療上または予防上の／予防的な利益は、挿管、および／または人工呼吸器デバイスの使用などの、呼吸介入の必要性の低減または抑制を含む。ある特定の実施形態では、治療上または予防上の／予防的な利益は、後期疾患病状を好転させること、および／または死亡率を低下させることを含む。
本開示の抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞または組成物の「治療有効量」または「有効量」は、統計的に有意な形での、臨床転帰の改善；疾患に関連する症状の軽減もしくは緩和；症状の発生の減少；生活の質の向上；より長い無病状態；疾患の程度の減少、病態の安定化；疾患進行の遅延；寛解；生存；または生存期間の延長を含む、治療効果をもたらすのに十分な、組成物または分子の量を指す。単独で投与される個々の活性成分に言及する場合、治療有効量は、その成分の効果、または単独でその成分を発現する細胞の効果を指す。組合せに言及する場合、治療有効量は、連続的に投与されるのか、逐次的に投与されるのか、同時に投与されるのかを問わず、治療効果をもたらす、活性成分の合わせた量、または活性成分を発現する細胞と組み合わせた補助活性成分の合わせた量を指す。組合せは、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原に特異的に結合する２つの異なる抗体を含み得、このＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原は、ある特定の実施形態では、同じもしくは異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原であり得、および／または同じもしくは異なるエピトープを含み得る。
したがって、ある特定の実施形態では、被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染などのサルベコウイルス感染を処置するための方法であって、本明細書で開示される抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物の有効量を被験体に投与することを含む方法が、提供される。
本開示により処置され得る被験体は、一般に、ヒトおよび他の霊長類被験体、例えば、獣医学目的のためのサルおよび類人猿である。マウスおよびラットなどの他のモデル生物も、本開示に従って処置することができる。上述の実施形態のいずれにおいても、被験体は、ヒト被験体であり得る。被験体は、男性または女性であり得、任意の好適な年齢であり得、乳児、若年、青年、成人および老年被験体を含む。
いくつかの基準が、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２感染に関連する重症症状または死亡の高いリスクの一因となると考えられる。これらは、年齢、職業、一般的健康、既存の健康状態、および生活習慣を含むが、それらに限定されない。一部の実施形態では、本開示に従って処置される被験体は、１つまたは複数リスク因子を含む。
ある特定の実施形態では、本開示に従って処置されるヒト被験体は、乳児、小児、若年成人、中年成人、または高齢者である。ある特定の実施形態では、本開示に従って処置されるヒト被験体は、１歳未満であるか、または１～５歳であるか、または５～１２５歳の間（例えば、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５または１２５歳、これらのうちのまたはこれらの間の任意のおよび全ての年齢を含む）である。ある特定の実施形態では、本開示に従って処置されるヒト被験体は、０～１９歳、２０～４４歳、４５～５４歳、５５～６４歳、６５～７４歳、７５～８４歳、または８５歳もしくはそれより高齢である。中年の、特に高齢の人物は、特にリスクがあると考えられる。特定の実施形態では、ヒト被験体は、４５～５４歳、５５～６４歳、６５～７４歳、７５～８４歳、または８５歳もしくはそれより高齢である。一部の実施形態では、ヒト被験体は、男性である。一部の実施形態では、ヒト被験体は、女性である。
ある特定の実施形態では、本開示に従って処置されるヒト被験体は、介護施設もしくは長期ケア施設の入居者である；ホスピス介護福祉士である；医療提供者もしくは医療従事者である；ファーストレスポンダーである；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していると診断されたもしくは感染している疑いがある被験体の家族の一員もしくは他の濃厚接触者である；過体重もしくは医学的に言って肥満である；喫煙者である、または喫煙者であった；慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）に罹患している、もしくは罹患したことがある；喘息である（例えば、中等度から重度の喘息に罹患している）；自己免疫疾患もしくは状態（例えば、糖尿病）に罹患している；および／または免疫系が損なわれている、もしくは免疫系が枯渇している（例えば、ＡＩＤＳ／ＨＩＶ感染、がん、例えば血液がん、リンパ球除去療法、例えば化学療法、骨髄もしくは臓器移植、または遺伝性免疫状態に起因して）；慢性肝疾患に罹患している；心血管疾患に罹患している；肺もしくは心臓に欠陥がある；他人に極めて接近して、例えば、工場、配送センター、病院環境などの場所で、働いている、もしくは別様に時間を過ごす。
ある特定の実施形態では、本開示に従って処置される被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のワクチンを受けたことがあり、このワクチンは、例えば、被験体におけるワクチン後の感染または症状により、臨床診断または科学的もしくは規制基準により、効果がないと決定されている。
ある特定の実施形態では、処置は、曝露前後の予防として投与される。ある特定の実施形態では、処置は、軽度から中等度の疾患に罹患している被験体に投与され、これは外来患者の状況においてであり得る。ある特定の実施形態では、処置は、中等度から重度の疾患に罹患している被験体、例えば、入院を必要とする被験体に投与される。
したがって、本開示の組成物を投与する典型的な経路は、経口、局所、経皮、吸入、非経口、舌下、頬側、直腸、膣および鼻腔内経路を含むが、これらに限定されない。用語「非経口」は、本明細書で使用される場合、皮下注射、静脈内、筋肉内、胸骨内注射または注入技法を含む。ある特定の実施形態では、投与は、経口、静脈内、非経口、胃内、胸膜内、肺内、直腸内、皮内、腹腔内、腫瘍内、皮下、局所、経皮、大槽内、髄腔内、鼻腔内、および筋肉内経路から選択される経路による投与を含む。特定の実施形態では、方法は、抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物を被験体に経口投与することを含む。
本発明のある特定の実施形態による医薬組成物は、患者への組成物の投与の際にその中に含有される活性成分が生物学的に利用可能になることを可能にするように製剤化される。被験体または患者に投与される組成物は、１つまたは複数の投与単位の形態をとることができ、例えば、錠剤が単一投与単位であってよく、エアロゾル形態の本明細書に記載の抗体または抗原結合のコンテナは、複数の投与単位を保持することができる。そのような剤形の実際の調製方法は、当業者には公知であるか、明らかである。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ： Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ， ２０ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ （Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２０００）を参照されたい。いずれにせよ、投与される組成物は、本明細書での教示に従って目的の疾患または状態を処置するための本開示の抗体もしくは抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞または組成物の有効量を含有する。
組成物は、固体の形態であることもあり、または液体の形態であることもある。一部の実施形態では、キャリアー（複数可）は粒状であり、組成物は例えば錠剤または粉末形態である。組成物が、例えば、経口油、注射可能な液体、または例えば吸入投与に有用であるエアロゾルである場合、キャリアー（複数可）は液体であり得る。経口投与が意図される場合、医薬組成物は、好ましくは、固体形態または液体形態のどちらかであり、半固体、半液体、懸濁液およびゲル形態は、本明細書で固体または液体のどちらかとみなされる形態の中に含まれる。
経口投与のための固体組成物として、医薬組成物を、粉剤・散剤（ｐｏｗｄｅｒ）、顆粒剤、圧縮錠剤、丸剤、カプセル剤、チューインガム剤、カシェ剤などに製剤化することができる。そのような固体組成物は、１つまたは複数の不活性希釈剤または食用キャリアーを通常は含有する。加えて、次のうちの１つまたは複数が存在することもある：結合剤、例えば、カルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、微結晶性セルロース、トラガカントガムまたはゼラチン；賦形剤、例えば、デンプン、ラクトースまたはデキストリン；崩壊剤、例えば、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、Ｐｒｉｍｏｇｅｌ、トウモロコシデンプンなど；滑沢剤、例えば、ステアリン鎖マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅｘ；流動促進剤、例えば、コロイド状二酸化ケイ素；甘味剤、例えば、スクロースまたはサッカリン；着香剤、例えばペパーミント、サリチル酸メチルまたはオレンジ香味料；ならびに着色剤。組成物が、カプセル、例えばゼラチンカプセル、の形態である場合、その組成物は、上記のタイプの材料に加えて、液体キャリアー、例えば、ポリエチレングリコールまたは油を含有し得る。
組成物は、液体、例えば、エリキシル、シロップ、溶液、乳剤または懸濁液、の形態であることもある。液体は、２つの例として、経口投与のためのもの、または注射による送達のためのものであり得る。経口投与が意図される場合、好ましい組成物は、本化合物に加えて、甘味剤、保存剤、色素／着色剤および風味増強剤のうちの１つまたは複数を含有する。注射により投与することが意図される組成物には、界面活性剤、保存剤、湿潤剤、分散化剤、懸濁化剤、緩衝液、安定剤および等張剤のうちの１つまたは複数を含めることができる。
液体医薬組成物は、それらが溶液であるか、懸濁液であるか、他のこれらに類する形態であるかを問わず、次のアジュバントのうちの１つまたは複数を含み得る：滅菌希釈剤、例えば、注射用水、食塩溶液、好ましくは生理食塩水、リンゲル液、等張塩化ナトリウム、固定油、例えば、溶媒もしくは懸濁媒体として役立ち得る合成モノもしくはジグリセリド、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の溶媒；抗菌剤、例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン；抗酸化剤、例えば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム；キレート剤、例えば、エチレンジアミン四酢酸；緩衝液、例えば、酢酸緩衝液、クエン酸緩衝液またはリン酸緩衝液；および等張性の調整用の剤、例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロース。非経口調製物を、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨てのシリンジまたは複数回用量のバイアルに封入することができる。生理食塩水は、好ましいアジュバントである。注射用医薬組成物は、好ましくは無菌である。
非経口投与または経口投与のどちらかが意図される液体組成物は、本明細書で開示される抗体または抗原結合断片の量を、好適な投与量が得られるように、含有するべきである。通常は、この量は、組成物中、少なくとも０．０１％の抗体または抗原結合断片である。経口投与が意図される場合、この量を、組成物の重量の０．１％～約７０％の間になるように変動させることができる。ある特定の経口医薬組成物は、約４％～約７５％の間の抗体または抗原結合断片を含有する。ある特定の実施形態では、本発明による医薬組成物および調製物は、非経口投与単位が希釈前に０．０１～１０重量％の間の抗体または抗原結合断片を含有するように調製される。
組成物は、局所投与が意図されたものであることがあり、その場合、キャリアーは、溶液、乳剤、軟膏またはゲル基剤を適切に含み得る。基剤は、例えば、次のうちの１つまたは複数を含み得る：ワセリン、ラノリン、ポリエチレングリコール、蜜蝋、鉱油、希釈剤、例えば水およびアルコール、ならびに乳化剤および安定剤。増粘剤が局所投与のための組成物中に存在してよい。経皮投与が意図される場合、組成物は、経皮パッチまたはイオン導入デバイスを含み得る。医薬組成物は、直腸内で融解して薬物を放出する形態、例えば座薬の形態での、直腸投与が意図されたものであることもある。直腸投与のための組成物は、油性基剤を好適な無刺激賦形剤として含有し得る。そのような基剤としては、ラノリン、カカオ脂、およびポリエチレングリコールが挙げられるが、これらに限定されない。
組成物は、固体または液体投与単位の物理的形態を改変する様々な材料を含み得る。例えば、組成物は、活性成分の周囲にコーティングシェルを形成する材料を含み得る。コーティングシェルを形成する材料は、通常は不活性であり、例えば、糖、セラック、および他の腸溶コーティング剤から選択され得る。あるいは、活性成分は、ゼラチンカプセルに封入され得る。固体または液体形態の組成物は、本開示の抗体または抗原結合断片に結合し、それによって化合物の送達を補助する、作用物質を含み得る。この能力で作用し得る好適な作用物質は、モノクローナルもしくはポリクローナル抗体、１つもしくは複数のタンパク質、またはリポソームを含む。組成物は、エアロゾルとして投与することができる投与単位から本質的になり得る。用語エアロゾルは、コロイド状の性質のものから、加圧パッケージからなる系までの幅がある、様々な系を示すために使用される。送達は、液化もしくは圧縮ガスによることもあり、または活性成分を分注する好適なポンプシステムによることもある。エアロゾルは、活性成分（複数可）を送達するために単相、二相または三相系で送達され得る。エアロゾルの送達は、必要なコンテナ、アクチベーター、バルブ、サブコンテナなどを含み、これらが一緒にキットを形成し得る。当業者は、過度の実験をしなくても、好ましいエアロゾルを決定することができる。
本開示の組成物が、本明細書に記載されるようなポリヌクレオチドのためのキャリアー分子（例えば、脂質ナノ粒子、ナノスケール送達プラットフォームなど）も包含することは、理解されよう。
医薬組成物は、製薬技術分野で周知の方法論により調製することができる。例えば、注射により投与されることが意図される組成物は、本明細書に記載の抗体、その抗原結合断片、または抗体コンジュゲートと、必要に応じて塩、緩衝液および／または安定剤のうちの１つまたは複数とを含む組成物を、溶液を形成するための滅菌蒸留水と合わせることにより、調製することができる。界面活性剤を添加して、均一な溶液または懸濁液の形成を促進することができる。界面活性剤は、ペプチド組成物と非共有結合的に相互作用して水性送達系への抗体またはその抗原結合断片の溶解または均一な懸濁を促進する化合物である。
一般に、適切な用量および処置レジメンは、治療上および／または予防上の利益（例えば、臨床転帰の改善（例えば、下痢もしくは関連する脱水症または炎症の頻度の低下、継続期間の短縮、または重症度の低下、あるいはより長い無病および／または全生存期間、あるいは症状重症度の軽減）を含む、本明細書に記載されるもの）をもたらすのに十分な量の組成物（複数可）を提供する。予防上の使用のための用量は、疾患もしくは障害に関連する疾患を防止するのに、その開始を遅延するのに、またはその重症度を低下させるのに十分であるべきである。本明細書に記載される方法に従って投与される組成物の予防上の利益を、前臨床研究（ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏ動物研究を含む）および臨床研究を行うこと、そしてそこから得られたデータを、適切な統計学的、生物学的および臨床的方法および技法により分析することによって、決定することができ、これらの全てを当業者は容易に実行することができる。
組成物を有効量（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置するための）で投与し、この有効量は、利用される具体的な化合物の活性；化合物の代謝安定性および作用の長さ；被験体の年齢、体重、一般的健康、性別および食事；投与の方法およびタイミング；排泄率；薬物の組合せ；特定の障害または状態の重症度；ならびに治療を受けている被験体を含む、様々な因子に依存して変わる。ある特定の実施形態では、本開示の製剤および方法による治療の投与後（ｔｏｌｌｏｗｉｎｇ ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）、試験被験体は、プラセボで処置される被験体または他の好適な対照被験体と比較して、処置される疾患または障害に関連する１つまたは複数の症状の約１０％から約９９％までの低減を示す。
一般に、抗体または抗原結合断片の治療有効１日用量は、（７０ｋｇの哺乳動物について）約０．００１ｍｇ／ｋｇ（すなわち、０．０７ｍｇ）～約１００ｍｇ／ｋｇ（すなわち、７．０ｇ）であり；好ましくは、治療有効用量は、（７０ｋｇの哺乳動物について）約０．０１ｍｇ／ｋｇ（すなわち、０．７ｍｇ）～約５０ｍｇ／ｋｇ（すなわち、３．５ｇ）であり；より好ましくは、治療有効用量は、（７０ｋｇの哺乳動物について）約１ｍｇ／ｋｇ（すなわち、７０ｍｇ）～約２５ｍｇ／ｋｇ（すなわち、１．７５ｇ）である。本開示のポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、および関連組成物についての治療有効用量は、抗体または抗原結合断片についての治療有効用量とは異なり得る。
ある特定の実施形態では、方法は、抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物を被験体に２、３、４、５、６、７、８、９、１０回またはそれより多くの回数投与することを含む。
ある特定の実施形態では、方法は、抗体、抗原結合断片、または組成物を被験体に複数回投与することを含み、第２のまたは次に続く投与は、それぞれ、第１のまたは前の投与の少なくとも約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約２４、約４８、約７４、約９６時間後またはそれより後に行われる。
ある特定の実施形態では、方法は、被験体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２などのサルベコウイルスに感染する前に少なくとも１回、抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物を投与することを含む。
本開示の抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞または組成物を含む組成物を、１つもしくは複数の他の治療剤の投与と同時に、その前に、またはその後に投与することもできる。そのような併用療法は、本発明の化合物と１つまたは複数の追加の活性薬剤とを含有する単一の医薬投与製剤の投与はもちろん、本開示の抗体または抗原結合断片を含む組成物および各活性薬剤を含む組成物のその独自の別個の投与製剤での投与も含み得る。例えば、本明細書に記載の抗体もしくはその抗原結合断片と他の活性薬剤とを、患者に、錠剤もしくはカプセル剤などの単一経口投与組成物で一緒に投与することができ、または各薬剤を別個の経口投与製剤で投与することができる。同様に、本明細書に記載の抗体もしくは抗原結合断片と他の活性薬剤とを、被験体に、単一非経口投与組成物で、例えば、食塩溶液もしくは他の生理的に許容される溶液で、一緒に投与することができ、または各薬剤を別個の非経口投与製剤で投与することができる。別個の投与製剤が使用される場合、抗体または抗原結合断片を含む組成物と、１つまたは複数の追加の活性薬剤を含む組成物とを、本質的に同時に、すなわち並行して、投与することができ、または別々にずらした時間で、すなわち、逐次的にかつ任意の順序で投与することができ、併用療法は、これらのレジメン全てを含むと理解される。
ある特定の実施形態では、本開示の１つもしくは複数の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体などの抗サルベコウイルス抗体（または１つもしくは複数の核酸、宿主細胞、ベクターもしくは組成物）と、１つもしくは複数の抗炎症剤および／または１つもしくは複数の抗ウイルス剤とを含む、併用療法が提供される。特定の実施形態では、１つまたは複数の抗炎症剤は、例えば、デキサメタゾン、プレドニゾンなどのような、コルチコステロイドを含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の抗炎症剤は、例えば、ＩＬ６に結合する抗体（例えば、シルツキシマブ）、またはＩＬ－６Ｒに結合する抗体（例えば、トシリズマブ）、またはＩＬ－１β、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＦＧＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＰ－１０、ＭＣＰ－１、ＭＩＰ－１Ａ、ＭＩＰ１－Ｂ、ＰＤＧＲ、ＴＮＦ－αもしくはＶＥＧＦに結合する抗体などの、サイトカインアンタゴニストを含む。一部の実施形態では、抗炎症剤、例えば、レロンリマブ、ルキソリチニブおよび／またはアナキンラが使用される。一部の実施形態では、１つまたは複数抗ウイルス剤は、例えば、レムデシビル、ソホスブビル、アシクロビルおよびジドブジンなどの、ヌクレオチドアナログまたはヌクレオチドアナログプロドラッグを含む。特定の実施形態では、抗ウイルス剤は、ロピナビル、リトナビル、ファビピラビル、またはこれらの任意の組合せを含む。本開示の併用療法で使用するための他の抗炎症剤は、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤＳ）を含む。そのような併用療法において、１つまたは複数の抗体（または１つもしくは複数の核酸、宿主細胞、ベクター、もしくは組成物）と、１つもしくは複数の抗炎症剤および／または１つのまたはより多くの抗ウイルス剤（ｏｎｅ ｏｒ ｔｈｅ ｍｏｒｅ ａｎｔｉｖｉｒａｌ ａｇｅｎｔ）とを、任意の順序および任意の順番で、または一緒に投与することができることは、理解される。
一部の実施形態では、抗体（または１つもしくは複数の核酸、宿主細胞、ベクター、もしくは組成物）は、１つもしくは複数の抗炎症剤および／または１つもしくは複数の抗ウイルス剤を以前に受けたことがある被験体に投与される。一部の実施形態では、１つもしくは複数の抗炎症剤および／または１つもしくは複数の抗ウイルス剤は、抗体（または１つもしくは複数の核酸、宿主細胞、ベクター、もしくは組成物）を以前に受けたことがある被験体に投与される。
ある特定の実施形態では、２つまたはそれより多くの抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体などの本開示の２つまたはそれより多くの抗サルベコウイルス抗体を含む併用療法が、提供される。方法は、第１の抗体を、第２の抗体を受けたことがある被験体に投与することを含むことができ、または２つもしくはそれより多くの抗体を一緒に投与することを含むことができる。例えば、特定の実施形態では、被験体に、（ａ）被験体が第２の抗体もしくは抗原結合断片を受けたことがある場合に第１の抗体もしくは抗原結合断片を投与すること；（ｂ）被験体が第１の抗体もしくは抗原結合断片を受けたことがある場合に第２の抗体もしくは抗原結合断片を投与すること；または（ｃ）第１の抗体もしくは抗原結合断片および第２の抗体もしくは抗原結合断片を投与することを含む方法が、提供される。
関連態様では、本開示の抗体、抗原結合断片、ベクター、宿主細胞、および組成物の使用が、提供される。
ある特定の実施形態では、抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物は、被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法において使用するために提供される。
ある特定の実施形態では、抗体、抗原結合断片、または組成物は、被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染などのサルベコウイルス感染を処置するための医薬を製造または調製する方法において使用するために提供される。
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本開示は、以下の実施形態も提供する。
実施形態１． 抗体またはその抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、
（ｉ）前記ＣＤＲＨ１が、配列番号４０９、２３、３３、３８、４６、５３、５５、６３、７０、７２、８３、９３、１０３、１１３、１２３、１３７、１４７、１６０、１６６、１８１、１９１、２０１、２１１、２２１、２３３、２４３、２６８、３０５、３１５、３２５、３３０、３３５、３４９、３５９、３６９、３７９、３８９、３９９、４１９、または４４９のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、前記置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
（ｉｉ）前記ＣＤＲＨ２が、配列番号４１０、２４、３１、３６、３９、４８、５１、５６、６５、６７、７３、８３、９３、１０３、１１３、１２３、１３７、１４７、１６１、１６７、１８２、１９２、２０２、２１２、２２２、２３４、２４４、２６３、２６９、２８５、２８７、２８９、２９３、２９９、３０１、３０６、３１６、３２６、３３１、３３６、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４２０、４４７、４５７のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、前記置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
（ｉｉｉ）前記ＣＤＲＨ３が、配列番号４１１、２５、４０、５７、７４、８４、９４、１０４、１１４、１２４、１３８、１４８、１５６、１６２、１６８、１８３、１９３、２０３、２１３、２２３、２３５、２４５、２５４、２５７、２５９、２６１、２６５、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２９０、２９４、２９６、３０７、３１７、３２４、３２７、３３２、３３７、３５１、３６１、３７１、３８１、３９１、４０１、４２１、または４３５のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、前記置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
（ｉｖ）前記ＣＤＲＬ１が、配列番号４１３、２７、４２、５９、７６、８６、９６、１０６、１１６、１２６、１４０、１５０、１６３、１６９、１８５、１９５、２０５、２１５、２２５、２３７、２４７、３０９、３１９、３２８、３３３、３３８、３５３、３６３、３７３、３８３、３９３、４０３、または４２３のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、前記置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
（ｖ）前記ＣＤＲＬ２が、配列番号４１４、２８、４３、６０、７７、８７、９７、１０７、１１７、１２７、１４１、１５１、１６４、１７０、１８６、１９６、２０６、２１６、２２６、２３８、２４８、３１０、３２０、３２９、３３４、３３９、３５４、３６４、３７４、３８４、３９４、４０４、４２４、または４４０のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、前記置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；かつ／あるいは
（ｖｉ）前記ＣＤＲＬ３が、配列番号４１５、２９、４４、６１、７８、８８、９８、１０８、１１８、１２８、１４２、１５２、１６５、１７１、１８７、１９７、２０７、２１７、２２７、２３９、２４９、２８３、３０３、３１１、３２１、３５５、３６５、３７５、３８５、３９５、４０５、または４２５のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、前記置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり、
前記抗体または抗原結合断片が、宿主細胞の細胞表面上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質（Ｓ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質（Ｓ）、またはその両方に結合できる、
抗体またはその抗原結合断片。
実施形態２． 感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、必要に応じて、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が、配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含む、実施形態１に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態３． （ｉ）宿主細胞の細胞表面上、サルベコウイルスビリオン上、または両方に発現される２つまたはそれより多くの（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの）サルベコウイルスの表面糖タンパク質に結合できる；および／または
（ｉｉ）感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスによる感染を中和できる、実施形態１または２に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態４． （ｉ）それぞれ、配列番号４０９～４１１および４１３～４１５；（ｉｉ）それぞれ、配列番号２３または１６０、３１、２５または１６２、および２７～２９または１６３～１６５；（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３３、２４または１６１、２５または１６２、および２７～２９または１６３～１６５；（ｉｖ）それぞれ、配列番号３３、３１、２５または１６２、および２７～２９または１６３～１６５；（ｖ）それぞれ、配列番号３３、３６、２５または１６２、および２７～２９または１６３～１６５；
（ｖｉ）それぞれ、配列番号３８～４０および４２～４４；（ｖｉｉ）それぞれ、配列番号４６、３９または１６７、４０または１６８、および４２～４４または１６９～１７１；（ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号３８または１６６、４８、４０または１６８および４２～４４または１６９～１７１；
（ｉｘ）それぞれ、配列番号４６、４８、４０または１６８および４２～４４または１６９～１７１；（ｘ）それぞれ、配列番号４６、５１、４０または１６８、および４２～４４または１６９～１７１；（ｘｉ）それぞれ、配列番号５３、４８、４０または１６８、および４２～４４または１６９～１７１；（ｘｉｉ）それぞれ、配列番号５５～５７および５９～６１；（ｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号６３、５６、５７および５９～６１；（ｘｉｖ）それぞれ、配列番号５５、６５、５７および５９～６１；（ｘｖ）それぞれ、配列番号６３、６７、５７、および５９～６１；（ｘｖｉ）それぞれ、配列番号６３、６５、５７および５９～６１；（ｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号７０、６５、５７、および５９～６１；（ｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号７２～７４および７６～７８；（ｘｉｘ）それぞれ、配列番号８２～８４および８６～８８；（ｘｘ）それぞれ、配列番号９２～９４および９６～９８；（ｘｘｉ）それぞれ、配列番号１０２～１０４、および１０６～１０８；（ｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号１１２～１１４および１１６～１１８；（ｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号１２２～１２４および１２６～１２８；（ｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号１３６～１３８および１４０～１４２；（ｘｘｖ）それぞれ、配列番号１４６～１４８および１５０～１５２；（ｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号１１２、１１３、１５６および１１６～１１８（ｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号１８１～１８３および１８５～１８７；（ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号１９１～１９３および１９５～１９７；（ｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号２０１～２０３および２０５～２０７；（ｘｘｘ）それぞれ、配列番号２１１～２１３および２１５～２１７；（ｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号２２１～２２３および２２５～２２７；（ｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号２３３～２３５および２３７～２３９；（ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号２４３～２４５および２４７～２４９；（ｘｘｘｉｖ）配列番号２１１、２１２、２５４、２５７、２５９、２６１、または３２４のいずれか１つおよび２１５～２１７；（ｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号２２１、２６８、または３２５のいずれか１つ、２２２、２６３、２６９、または３２６のいずれか１つ、２２３、２６５、２７１、２７３、または３２７のいずれか１つおよび２２５、２２６または３２８、および２２７または３２９；（ｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号２３３または３３０、２３４または３３１、２３５、２７５、２７７、２７９、２８１、または３３２のいずれか１つ、および２３７、２８２または３３３のいずれか１つ、２３８または２３４、および２３９；（ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号２４３または３３５、２４４、２８５、２８７、２８９、２９３、２９９、３０１、または３３６のいずれか１つ、２４５、２９０、２９４、２９６、または３３７のいずれか１つ、および２４７または３３８、２４８または３３９、および２４９または３０３；（ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号３０５～３０７および３０９～３１１；（ｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号３１５～３１７および３１９～３２１；（ｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号３４９～３５１および３５３～３５５；（ｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号３５９～３６１および３６３～３６５；（ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３６９～３７１および３７３～３７５；（ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号３７９～３８１および３８３～３８５；（ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号３８９～３９１および３９３～３９５；（ｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４０１または４３５、および４０３、４０４または４４０、および４０５；（ｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号２３～２５および２７～２９；（ｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号４１９～４２１および４２３～４２５；（ｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４４７、４１１、および４１３～４１５；（ｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号４４９、４１０、４１１、および４１３～４１５；（ｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号４４９、４４７、４１１、および４１３～４１５；（ｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号４０９、４５７、４１１、および４１３～４１５；（ｘｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号４４９、４５７、４１１、および４１３～４１５に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、実施形態１～３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５． ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２および前記ＣＤＲＬ３が、
（ｉ）それぞれ、配列番号４０９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５；
（ｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５；
（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５；
（ｉｖ）それぞれ、配列番号４４９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５；
（ｖ）それぞれ、配列番号４４９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５；または
（ｖｉ）それぞれ、配列番号４４９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５
に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態６． 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４０９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、実施形態１～５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態７． 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４０９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、実施形態１～５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態８． 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４０９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、実施形態１～５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態９． 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４４９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、実施形態１～５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１０． 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４４９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、実施形態１～５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１１． 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４４９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、実施形態１～５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１２． ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２および前記ＣＤＲＬ３が、
（ｉ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４０４、および４０５；
（ｉｉ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４０４、および４０５；
（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４４０、および４０５；または
（ｉｖ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４４０、および４０５
に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態１３． 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４０４、および４０５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、実施形態１～４および１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１４． 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４０４、および４０５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、実施形態１～４および１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１５． 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４４０、および４０５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、実施形態１～４および１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１６． 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４４０、および４０５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、実施形態１～４および１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１７． （ｉ）前記ＶＨが、配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、６９、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３５、１４５、１５５、１５８、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３２、２４２、２５２、２５３、２５５、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６７、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８４、２８６、２８８、２９１、２９２、２９５、２９７、２９８、３００、３０４、３１４、３４８、３５８、３６８、３７８、３８８、３９８、４０８、４１８、４２８、４３２、４３４、４３７、４４６、４４８、４４８、４５９、および４６０のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、変化が、必要に応じて１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、かつ／または前記変化が、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含み；かつ／あるいは （ｉｉ）前記ＶＬが、配列番号２６、４１、５８、７５、８５、９５、１０５、１１５、１２５、１３９、１４９、１８４、１９４、２０４、２１４、２２４、２３０、２３６、２４６、２８２、３０２、３０８、３１９、３５２、３６２、３７２、３８２、３９２、４０２、４１２、４２２、４３９、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、変化が、必要に応じて１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、かつ／または前記変化が、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含む、
実施形態１～１６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１８． 前記ＶＨが、表３に記載される任意のＶＨアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、表３に記載される任意のＶＬアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、必要に応じて、前記ＶＨおよび前記ＶＬが、
（ｉ）それぞれ、配列番号４０８、４４６、４４８、４５８、４５９、および４６０のいずれか１つおよび４１２、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つに記載の、必要に応じて、（ａ）それぞれ、配列番号４０８および４１２；（ｂ）それぞれ、配列番号４０８および４４２；（ｃ）それぞれ、配列番号４０８および４４３；（ｄ）それぞれ、配列番号４０８および４４４；（ｅ）それぞれ、配列番号４０８および４４５；（ｆ）それぞれ、配列番号４２８および４１２；（ｇ）それぞれ、配列番号４２８および４４２；（ｈ）それぞれ、配列番号４２８および４４３；（ｉ）それぞれ、配列番号４２８および４４４；（ｊ）それぞれ、配列番号４２８および４４５；（ｋ）それぞれ、配列番号４４６および４１２；（ｌ）それぞれ、配列番号４４６および４４２；（ｍ）それぞれ、配列番号４４６および４４３；（ｎ）それぞれ、配列番号４４６および４４４；（ｏ）それぞれ、配列番号４４６および４４５；（ｐ）それぞれ、配列番号４４８および４１２；（ｑ）それぞれ、配列番号４４８および４４２；（ｒ）それぞれ、配列番号４４８および４４３；（ｓ）それぞれ、配列番号４４８および４４４；（ｔ）それぞれ、配列番号４４８および４４５；（ｕ）それぞれ、配列番号４５８および４１２；（ｖ）それぞれ、配列番号４５８および４４２；（ｗ）それぞれ、配列番号４５８および４４３；（ｘ）それぞれ、配列番号４５８および４４４；（ｙ）それぞれ、配列番号４５８および４４５；（ｚ）それぞれ、配列番号４５９および４１２；（ａａ）それぞれ、配列番号４５９および４４２；（ｂｂ）それぞれ、配列番号４５９および４４３；（ｃｃ）それぞれ、配列番号４５９および４４４；（ｄｄ）それぞれ、配列番号４５９および４４５；（ｅｅ）それぞれ、配列番号４６０および４１２；（ｆｆ）それぞれ、配列番号４６０および４４２；（ｇｇ）それぞれ、配列番号４６０および４４３；（ｈｈ）それぞれ、配列番号４６０および４４４；または（ｉｉ）それぞれ、配列番号４６０および４４５； （ｉｉ）それぞれ、配列番号３０および２６； （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３２および２６； （ｉｖ）それぞれ、配列番号３４および２６； （ｖ）それぞれ、配列番号３５および２６； （ｖｉ）それぞれ、配列番号３７および４１； （ｖｉｉ）それぞれ、配列番号４５および４１； （ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４７および４１； （ｉｘ）それぞれ、配列番号４９および４１； （ｘ）それぞれ、配列番号５０および４１； （ｘｉ）それぞれ、配列番号５２および４１； （ｘｉｉ）それぞれ、配列番号５４および５８； （ｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号６２および５８； （ｘｉｖ）それぞれ、配列番号６４および５８； （ｘｖ）それぞれ、配列番号６６および５８； （ｘｖｉ）それぞれ、配列番号６８および５８； （ｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号６９および５８； （ｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号７１および７５； （ｘｉｘ）それぞれ、配列番号８１および８５； （ｘｘ）それぞれ、配列番号９１および９５； （ｘｘｉ）それぞれ、配列番号１０１または１５８および１０５； （ｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号１１１または１５５および１１５； （ｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号１２１および１２５； （ｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号１３５および１３９； （ｘｘｖ）それぞれ、配列番号１４５および１４９； （ｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号１８０および１８４； （ｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号１９０および１９４； （ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号２００および２０４； （ｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号２１０および２１４； （ｘｘｘ）それぞれ、配列番号２２０および２２４； （ｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号２２０および２３０； （ｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号２３２および２３６； （ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号２４２および２４６； （ｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号２５２、２５３、２５５、２５６、２５８、または２６０のいずれか１つおよび２１４； （ｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号２６２、２６４、２６６、２６７、２７０、または２７２のいずれか１つおよび２２４； （ｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号２７４、２７６、２７８、または２８０のいずれか１つおよび２３６または２８２ （ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号２８４、２８６、２８８、２９１、２９２、２９５、２９７、または３００のいずれか１つおよび２４６または３０２； （ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号３０４および３０８； （ｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号３１４および３１８； （ｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号３４８および３５２； （ｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号３５８および３６２； （ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３６８および３７２； （ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号３７８および３８２； （ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号３８８および３９２； （ｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号３９８または４３２または４３４または４３７および４０２または４３９、必要に応じて（ａ）それぞれ、配列番号３９８および４０２、（ｂ）それぞれ、配列番号３９８および４３９、（ｃ）それぞれ、配列番号４３２および４０２、（ｄ）それぞれ、配列番号４３２および４３９、（ｅ）それぞれ、配列番号４３４および４０２、（ｆ）それぞれ、配列番号４３４および４３９、（ｇ）それぞれ、配列番号４３７および４０２、または（ｈ）それぞれ、配列番号４３７および４３９； （ｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号４０８または４２８および４１２； （ｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号４１８および４２２； （ｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４０８、４４６、４４８、４５８、４５９、および４６０のいずれか１つおよび４１２、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つ；あるいは （ｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号２２および２６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、実施形態１～１７のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態１９． 前記ＶＨおよび前記ＶＬが、 （ａ）それぞれ、配列番号４５８および４４５； （ｂ）それぞれ、配列番号４０８および４４２； （ｃ）それぞれ、配列番号４０８および４４３； （ｄ）それぞれ、配列番号４０８および４４４； （ｅ）それぞれ、配列番号４０８および４４５； （ｆ）それぞれ、配列番号４２８および４１２； （ｇ）それぞれ、配列番号４２８および４４２； （ｈ）それぞれ、配列番号４２８および４４３； （ｉ）それぞれ、配列番号４２８および４４４； （ｊ）それぞれ、配列番号４２８および４４５； （ｋ）それぞれ、配列番号４４６および４１２； （ｌ）それぞれ、配列番号４４６および４４２； （ｍ）それぞれ、配列番号４４６および４４３； （ｎ）それぞれ、配列番号４４６および４４４； （ｏ）それぞれ、配列番号４４６および４４５； （ｐ）それぞれ、配列番号４４８および４１２； （ｑ）それぞれ、配列番号４４８および４４２； （ｒ）それぞれ、配列番号４４８および４４３； （ｓ）それぞれ、配列番号４４８および４４４； （ｔ）それぞれ、配列番号４４８および４４５； （ｕ）それぞれ、配列番号４５８および４１２； （ｖ）それぞれ、配列番号４５８および４４２； （ｗ）それぞれ、配列番号４５８および４４３； （ｘ）それぞれ、配列番号４５８および４４４； （ｙ）それぞれ、配列番号４０８および４１２； （ｚ）それぞれ、配列番号４５９および４１２； （ａａ）それぞれ、配列番号４５９および４４２； （ｂｂ）それぞれ、配列番号４５９および４４３； （ｃｃ）それぞれ、配列番号４５９および４４４； （ｄｄ）それぞれ、配列番号４５９および４４５； （ｅｅ）それぞれ、配列番号４６０および４１２； （ｆｆ）それぞれ、配列番号４６０および４４２； （ｇｇ）それぞれ、配列番号４６０および４４３； （ｈｈ）それぞれ、配列番号４６０および４４４；または （ｉｉ）それぞれ、配列番号４６０および４４５に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％の同一性を有するか、またはこれを含むか、またはこれからなる、実施形態１～１８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態２０． 配列番号４５８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、配列番号４４５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態２１． 配列番号４０８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、配列番号４１２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態２２． 配列番号４６０に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、配列番号４４５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態２３． 配列番号４５９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、配列番号４４５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態２４． 前記ＶＨおよび前記ＶＬが、 （ｉ）それぞれ、配列番号３９８および４０２； （ｉｉ）それぞれ、配列番号３９８および４３９； （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３２および４０２； （ｉｖ）それぞれ、配列番号４３２および４３９； （ｖ）それぞれ、配列番号４３４および４０２； （ｖｉ）それぞれ、配列番号４３４および４３９； （ｖｉｉ）それぞれ、配列番号４３７および４０２；または （ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３７および４３９に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％の同一性を有するか、またはこれを含むか、またはこれらからなる、実施形態１～１８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態２５． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＶＨおよび前記ＶＬが、 （ｉ）それぞれ、配列番号３９８および４０２； （ｉｉ）それぞれ、配列番号３９８および４３９； （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３２および４０２； （ｉｖ）それぞれ、配列番号４３２および４３９； （ｖ）それぞれ、配列番号４３４および４０２； （ｖｉ）それぞれ、配列番号４３４および４３９； （ｖｉｉ）それぞれ、配列番号４３７および４０２；または （ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３７および４３９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態２６． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＶＨが、配列番号２２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＶＬが、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態２７． ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号２３～２５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号２７～２９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態２８． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＶＨが、配列番号３７に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＶＬが、配列番号４１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態２９． ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号３８～４０に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４２～４４に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態３０． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＶＨが、配列番号５４に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＶＬが、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態３１． ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号５５～５７に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号５９～６１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
実施形態３２． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に特異的に結合できる、実施形態１～３１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態３３． （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２受容体結合モチーフ（ＲＢＭ、配列番号５）中のエピトープを認識するか； （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＭ（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ）およびＡＣＥ２の間の相互作用を遮断できるか； （ｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＳタンパク質に対するよりも高いアビディティでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合できるか； （ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２ ＲＢＤ中、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶのＡＣＥ２ ＲＢＤ中で保存されているエピトープを認識するか； （ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳ－ＣｏＶコロナウイルスに対して交差反応性であるか； （ｖｉｉ）ＡＣＥ２ ＲＢＭ中のものではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質中のエピトープを認識するか；または （ｖｉｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の任意の組み合わせである、実施形態１～３２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態３４． （ｉ）２つまたはそれより多くのサルベコウイルスのＳタンパク質中のエピトープを認識するか； （ｉｉ）１つ、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスのＳタンパク質と細胞表面受容体との間の相互作用を遮断できるか； （ｉｉｉ）２つまたはそれより多くのサルベコウイルスのスパイクタンパク質中に保存されているエピトープを認識するか； （ｉｖ）２つまたはそれより多くのサルベコウイルスに対して交差反応性であるか；または （ｖ）（ｉ）～（ｉｖ）の任意の組合せである、実施形態１～３３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態３５． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ならびにＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１のいずれか１つまたは複数の間の相互作用を阻害できる、実施形態１～３４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態３６． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、およびＤＣ－ＳＩＧＮ；Ｌ－ＳＩＧＮ；ＳＩＧＬＥＣ－１；ＣＤ２２；ＣＤ３３；ＣＬＥＣ４Ｍ、ＳＩＧＬＥＣ－１６；ＳＩＧＬＥＣ－１５；ＳＩＧＬＥＣ－１４；ＳＩＧＬＥＣ－１２；ＳＩＧＬＥＣ－１１；ＳＩＧＬＥＣ－１０；ＳＩＧＬＥＣ－９；ＳＩＧＬＥＣ－８；ＳＩＧＬＥＣ－７；ＳＩＧＬＥＣ－６；ＳＩＧＬＥＣ－５；またはこれらの任意の組み合わせのいずれか１つまたは複数の間の相互作用を阻害できる、実施形態１～３５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態３７． （ｉ）～（ｖｉｉｉ）： （ｉ）クレード１ａの１つまたは複数のサルベコウイルスであって、必要に応じて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、Ｒｓ３３６７、Ｒｓ４０８４、ＬＹＲａ３、Ｒｓ４２３１、Ｒｓ４８７４、ＷＩＶ１、またはこれらの任意の組合せを含む１つまたは複数のサルベコウイルス； （ｉｉ）クレード１ｂの１つまたは複数のサルベコウイルスであって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と、必要に応じて、ＲａｔＧ１３、ＰａｎｇＧＤおよびＰａｎｇＧＸのうちの１つもしくは複数とを含む１つまたは複数のサルベコウイルス； （ｉｉｉ）クレード２の１つまたは複数のサルベコウイルスであって、Ｒｍ１／２００４、Ａｓ６５２６、ＨＫＵ３－１２、Ｒｐ／Ｓｈａａｎｘｉ２０１１、Ｃｐ／Ｙｕｎｎａｎ２０１１、Ｒｆ４０９２、Ｒｓ４２５５、ＺＸＣ２１、ＺＣ４５、ＹＮ２０１３、ＲＭＹＮ０２、ＳＣ２０１８、Ａｎｌｏｎｇ１１２、ＹＮ２０１３、ＳＣ２０１１、ＺＣ４５、もしくはこれらの任意の組合せを含む１つまたは複数のサルベコウイルス；（ｉｖ）クレード３の１つまたは複数のサルベコウイルスであって、必要に応じて、ＢｔＫＹ７２、ＢＧＲ２００８、または両方を含む１つまたは複数のサルベコウイルス； （ｉｖ）配列番号３のバリアントであって、 （ｉｖ）（ａ）Ｎ５０１Ｙ変異、 （ｉｖ）（ｂ）Ｙ４５３Ｆ変異、 （ｉｖ）（ｃ）Ｎ４３９Ｋ変異、 （ｉｖ）（ｄ）Ｋ４１７Ｖ変異、ならびに／または （ｉｖ）（ｅ）Ｎ５０１Ｙ変異、Ｋ４１７Ｎ変異、およびＥ４８４Ｋ変異を含むバリアント； （ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ．１．３５１バリアント； （ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ．１．４２９バリアント； （ｖｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｐ．１バリアント； （ｖｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ．１．１．２２２バリアントのうちのいずれか１つまたは複数の表面糖タンパク質に結合できる、実施形態１～３６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態３８． （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１（配列番号３）； （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ．１．１．７； （ｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ．１．３５１； （ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントＰ．１； （ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントＢ．１．４２９； （ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ； （ｖｉｉ）ＷＩＶ１； （ｖｉｉｉ）ＰＡＮＧ／ＧＤ； （ｉｘ）ＰＡＮＧ／ＧＸ； （ｘ）ＲａｔＧ１３； （ｘｉ）ＺＸＣ２１； （ｘｉｉ）ＺＣ４５； （ｘｉｉｉ）ＲｍＹＮ０２； （ｘｉｖ）ＢＧＲ２００８； （ｘｖ）ＢｔｋＹ７２；または （ｘｖｉ）（ｉ）～（ｘｖ）の任意の組合せの、表面糖タンパク質に結合できる、実施形態１～３７のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態３９． 前記抗体または抗原結合断片のＦａｂが、必要に応じて、表面プラズモン共鳴を使用して、さらに必要に応じて、捕捉されたＳタンパク質三量体の１１、３３、１００および３００ｎＭでの前記Ｆａｂへの結合をシングルサイクルキネティクス形式で測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質三量体に０．１ｎＭ未満のＫｄで結合できる、実施形態１～３８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態４０． 前記抗体または抗原結合断片のＦａｂが、必要に応じて、表面プラズモン共鳴を使用して、さらに必要に応じて、捕捉されたＲＢＤの１１、３３、１００および３００ｎＭでの前記Ｆａｂへの結合をシングルサイクルキネティクス形式で測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに０．１ｎＭ、必要に応じて、０．０８ｎＭ未満のＫｄで結合できる、実施形態１～３９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態４１． 前記抗体または抗原結合断片のＦａｂが、 （ｉ）９～１１ｎＭの間の、必要に応じて１０ｎＭのＫｄで、センザンコウ－ＧＸ ＲＢＤに、 （ｉｉ）１．５ｎＭ～１．７ｎＭの間の、必要に応じて１．６ｎＭのＫｄで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤに、 （ｉｉｉ）１．０ｎＭ～１．２ｎＭの間の、必要に応じて１．１ｎＭのＫｄで、ＲａＴＧ１３ ＲＢＤに、 （ｉｖ）０．１ｎＭ～０．３ｎＭの間の、必要に応じて０．２ｎＭの、Ｋｄでセンザンコウ－ＧＤ ＲＢＤに、 （ｖ）１．３ｎＭ～１．５ｎＭの間の、必要に応じて１．４ｎＭのＫｄで、ＷＩＶ１ ＲＢＤに、 （ｖｉ）６３ｎＭ～６５ｎＭの間の、必要に応じて６４ｎＭのＫｄで、ＳＣ２０１８ ＲＢＤに、 （ｖｉｉ）３ｎＭ～５ｎＭの間の、必要に応じて４ｎＭのＫｄで、ＺＣ４５ ＲＢＤに、 （ｖｉｉｉ）０．３ｎＭ～０．５ｎＭの間の、必要に応じて０．４ｎＭのＫｄで、ＢＴＫＹ７２ ＲＢＤに、および／または （ｉｘ）３．５ｎＭ～３．７ｎＭの間の、必要に応じて３．６ｎＭのＫｄで、ＢＧＲ／２００８ ＲＢＤに結合でき、 結合が、必要に応じて、表面プラズモン共鳴を使用して、さらに必要に応じて、捕捉されたＲＢＤの１１、３３、１００および３００ｎＭでの前記Ｆａｂへの結合をシングルサイクルキネティクス形式で測定して、測定される、実施形態１～４０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態４２． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染および、必要に応じて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ではない１つまたは複数のサルベコウイルスによる感染を中和できる、実施形態１～４１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態４３． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによるｉｎ ｖｉｔｒｏ感染、必要に応じて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルスによるｉｎ ｖｉｔｒｏ感染を、約３１．６ｎｇ／ｍＬのＩＣ５０、約５８．７ｎｇ／ｍＬのＩＣ８０、および／または約８７ｎｇ／ｍＬのＩＣ９０で中和できる、実施形態１～４２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態４４． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによるｉｎ ｖｉｔｒｏ感染、必要に応じて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルスによるｉｎ ｖｉｔｒｏ感染を８５ｎｇ／ｍＬ～９５ｎｇ／ｍＬの間の、必要に応じて、９１ｎｇ／ｍＬ～９３ｎｇ／ｍＬの間、もしくは８５ｎｇ／ｍＬ～８８ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０、約１８４．５ｎｇ／ｍＬのＩＣ８０、および／または約２７４ｎｇ／ｍＬのＩＣ９０で中和できる、実施形態１～４３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態４５． 生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を、必要に応じて、１４０ｎｇ／ｍＬ～１５０ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０、さらに必要に応じて、１４２ｎｇ／ｍＬ～１４６ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で中和できる、実施形態１～４４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態４６． （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化された水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）による感染を、必要に応じて２１０ｎｇ／ｍＬ～２１５ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて２１２ｎｇ／ｍＬ～２１４ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で； （ｉｉ）Ｂ．１．１．７ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、２００～２１０ｎｇ／ｍＬの間の、必要に応じて２０３ｎｇ／ｍＬ～２０７ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で； （ｉｉｉ）Ｂ．１．３５１ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて１１０ｎｇ／ｍＬ～１２０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて１１２ｎｇ／ｍＬ～１１６ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で； （ｉｖ）Ｂ．１．４２９ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて３５０ｎｇ／ｍＬ～３６０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて３５５ｎｇ／ｍＬ～３５９ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で； （ｖ）Ｐ．１ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて４５０ｎｇ／ｍＬ～４７０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて４５５ｎｇ／ｍＬ～４６５ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で； （ｖｉ）Ｎ４３９Ｋ変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて２７０ｎｇ／ｍＬ～２９０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて２７５ｎｇ／ｍＬ～２８５ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で； （ｖｉｉ）Ｙ４５３Ｆ変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて２１０ｎｇ／ｍＬ～２３０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて２１５ｎｇ／ｍＬ～２２５ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で； （ｖｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて８０ｎｇ／ｍＬ～１００ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて８５ｎｇ／ｍＬ～９０ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で； （ｉｘ）ＲｓＳＨＣ０１４ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて５ｎｇ／ｍＬ～１０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて６ｎｇ／ｍＬ～８ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で； （ｘ）ＷＩＶ１ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて５７０ｎｇ／ｍＬ～５９０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて５７５ｎｇ／ｍＬ～５８５ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で； （ｘｉ）ＷＩＶ１６ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて１９０ｎｇ／ｍＬ～２００ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて１９３ｎｇ／ｍＬ～１９９ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で； （ｘｉｉ）ＲａＴＧ－１３ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて３０ｎｇ／ｍＬ～４５ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて３５ｎｇ／ｍＬ～４２ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で； （ｘｉｉｉ）センザンコウ－ＧＸ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて４８００ｎｇ／ｍＬ～４９００ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて４８４０ｎｇ／ｍＬ～４８７０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて４８５０ｎｇ／ｍＬ～４８６０ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；および／または （ｘｉｖ）センザンコウ－ＧＤ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて１００ｎｇ／ｍＬ～１１０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて１０３ｎｇ／ｍＬ～１０９ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で中和できる、実施形態１～４５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態４７． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質ＲＢＤのヒトＡＣＥ２への結合を、必要に応じて、ＥＬＩＳＡにより測定されたとき、さらに必要に応じて、２２ｎｇ／ｍＬ～２８ｎｇ／ｍＬの間の、必要に応じてなおさらに必要に応じて、２２ｎｇ／ｍＬ～２３ｎｇ／ｍＬの間、または２７ｎｇ／ｍＬ～２８ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で、阻害できる、実施形態１～４６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態４８． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質ＲＢＤのヒトＡＣＥ２への結合を、必要に応じて、ＥＬＩＳＡにより測定されたとき、さらに必要に応じて、９ｎｇ／ｍＬ～１１ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で阻害できる、実施形態１～４７のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態４９． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した細胞に由来するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質Ｓ１サブユニットの排出を阻害できる、実施形態１～４８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５０． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を発現する細胞間の細胞－細胞融合を防止できる、実施形態１～４９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５１． ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、またはＩｇＤアイソタイプである、実施形態１～５０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５２． ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４から選択されるＩｇＧアイソタイプである、実施形態１～５１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５３． ヒトのもの、ヒト化されたもの、またはキメラである、実施形態１～５２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５４． 前記抗体または前記抗原結合断片が、ヒト抗体、モノクローナル抗体、精製された抗体、一本鎖抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、またはｓｃＦａｂを含む、実施形態１～５３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５５． 前記抗体または抗原結合断片が、１つより多いＶＨドメインおよび１つより多いＶＬドメインを含むｓｃＦｖを含む、実施形態５４に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５６． 前記抗体または抗原結合断片が、多特異性抗体または抗原結合断片である、実施形態１～５５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５７． 前記抗体または抗原結合断片が、二特異性抗体または抗原結合断片である、実施形態５６に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５８． （ｉ）第１のＶＨおよび第１のＶＬ；ならびに
（ｉｉ）第２のＶＨおよび第２のＶＬ
を含み、
前記第１のＶＨおよび前記第２のＶＨが、異なり、それぞれ独立して、配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、６９、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３５、１４５、１５５、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３３、２４３、２５２、２５３、２５５、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６７、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８４、２８６、２８８、２９１、２９２、２９５、２９７、２９８、３００、３０４、３１４、３４８、３５８、３６８、３７８、３８８、３９８、４０８、４１８、４２８、４３２、４３４、４３７、４４６、４４８、４５８、４５９、および４６０のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
前記第１のＶＬおよび前記第２のＶＬが、異なり、それぞれ独立して、配列番号２６、４１、５８、７５、８５、９５、１０５、１１５、１２５、１３９、１４９、１８４、１９４、２０４、２１４、２２４、２３０、２３６、２４６、２８２、３０２、３０８、３１９、３５２、３６２、３７２、３８２、３９２、４０２、４１２、４２２、４３９、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
前記第１のＶＨおよび前記第１のＶＬが、第１の抗原結合部位を一緒に形成し、前記第２のＶＨおよび前記第２のＶＬが、第２の抗原結合部位を一緒に形成する、
実施形態５６または５７に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態５９． Ｆｃポリペプチドまたはその断片をさらに含む、実施形態１～５８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６０． 前記Ｆｃポリペプチドまたはその断片が：
（ｉ）変異であって、前記変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃＲｎへの結合を増強する変異；および／または
（ｉｉ）変異であって、前記変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃγＲへの結合を増強する変異
を含む、実施形態５９に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６１． ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が：Ｍ４２８Ｌ；Ｎ４３４Ｓ；Ｎ４３４Ｈ；Ｎ４３４Ａ；Ｎ４３４Ｓ；Ｍ２５２Ｙ；Ｓ２５４Ｔ；Ｔ２５６Ｅ；Ｔ２５０Ｑ；Ｐ２５７Ｉ；Ｑ３１１Ｉ；Ｄ３７６Ｖ；Ｔ３０７Ａ；Ｅ３８０Ａ；またはこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態６０に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６２． ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が：
（ｉ）Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ； （ｉｉ）Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ； （ｉｉｉ）Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌ； （ｉｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１Ｉ； （ｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｎ４３４Ｈ； （ｖｉ）Ｄ３７６Ｖ／Ｎ４３４Ｈ； （ｖｉｉ）Ｔ３０７Ａ／Ｅ３８０Ａ／Ｎ４３４Ａ；または （ｖｉｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の任意の組み合わせを含む、実施形態６０または６１に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６３． ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓを含む、実施形態６０～６２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６４． ＦｃγＲへの結合を増強する前記変異が、Ｓ２３９Ｄ；Ｉ３３２Ｅ；Ａ３３０Ｌ；Ｇ２３６Ａ；またはこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態６０～６３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６５． ＦｃγＲへの結合を増強する前記変異が、 （ｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ； （ｉｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ； （ｉｉｉ）Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；または （ｉｖ）Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含む、実施形態６０～６４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６６． グリコシル化を変化させる変異を含み、グリコシル化を変化させる前記変異が、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、もしくはＮ２９７Ｇを含み、ならびに／またはアグリコシル化および／もしくはアフコシル化されている、実施形態１～６５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６７． 標的細胞の表面に発現されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質に結合したときに、ヒトＦｃγＲＩＩａ、ヒトＦｃγＲＩＩＩａ、または両方を活性化でき、必要に応じて、
（ｉ）前記標的細胞が、ＥｐｉＣＨＯ細胞を含み；
（ｉｉ）前記ヒトＦｃγＲＩＩａが、Ｈ１３１対立遺伝子を含み；
（ｉｉｉ）前記ヒトＦｃγＲＩＩＩａが、Ｖ１５８対立遺伝子を含み；および／または
（ｉｖ）前記ヒトＦｃγＲＩＩＩａおよび／または前記ヒトＦｃγＲＩＩａが、宿主細胞、例えば、ジャーカット細胞またはナチュラルキラー細胞により発現され、活性化が、前記宿主細胞におけるＮＦＡＴ駆動ルシフェラーゼシグナルを使用して決定される、
実施形態１～６６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６８． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した標的細胞に対して、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）および／または抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）を誘導できる、実施形態１～６７のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態６９． 前記Ｆｃポリペプチドが、Ｌ２３４Ａ変異およびＬ２３５Ａ変異を含む、実施形態５９～６８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態７０． バイオレイヤー干渉法を使用して決定されたとき、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質に結合できる、実施形態１～６９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態７１． 約１６～約２０μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、実施形態１～７０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態７２． 約３～約４μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、実施形態１～７１に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態７３． 約０．８～約０．９μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、実施形態１～７２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態７４． 約０．５～約０．６μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、実施形態１～７３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態７５． 約０．１～約０．２μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、実施形態１～７４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
実施形態７６． 実施形態１～７５のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合断片をコードするか、または前記抗体もしくは前記抗原結合断片のＶＨ、重鎖、ＶＬ、および／もしくは軽鎖をコードする、単離されたポリヌクレオチド。
実施形態７７． デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）を含み、前記ＲＮＡが、必要に応じて、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を含む、実施形態７６に記載のポリヌクレオチド。
実施形態７８． 宿主細胞での発現のためにコドン最適化されている、実施形態７６または７７に記載のポリヌクレオチド。
実施形態７９． 配列番号７９、８０、８９、９０、９９、１００、１０９、１１０、１１９、１２０、１２９～１３４、１４３、１４４、１５３、１５４、１５７、１５９、１８８、１８９、１９８、１９９、２０８、２０９、２１８、２１９、２２８、２２９、２３１、２４０、２４１、２５０、２５１、３１２、３１３、３２２、３２３、３５６、３５７、３６６、３６７、３７６、３７７、３８６、３８７、３９６、３９７、４０６、４０７、４１６、４１７、４２６、４２７、４２９、４３０、４３１、４３３、４３６、４３８および４４１のいずれか１つまたは複数に記載のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも５０％の同一性を有するポリヌクレオチドを含む、実施形態７６～７８のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
実施形態８０． 実施形態７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む、組換えベクター。
実施形態８１． 実施形態７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドおよび／または実施形態８０に記載のベクターを含む、宿主細胞であって、前記ポリヌクレオチドが前記宿主細胞に対して異種である、宿主細胞。
実施形態８２． 実施形態７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むヒトＢ細胞であって、ポリヌクレオチドが前記ヒトＢ細胞に対して異種である、および／または前記ヒトＢ細胞が不死化されている、ヒトＢ細胞。
実施形態８３． （ｉ）実施形態１～７５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片、
（ｉｉ）実施形態７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、
（ｉｉｉ）実施形態８０に記載の組換えベクター、
（ｉｖ）実施形態８１に記載の宿主細胞、および／または
（ｖ）実施形態８２に記載のヒトＢ細胞；ならびに
薬学的に許容される賦形剤、キャリアー、または希釈剤
を含む、組成物。
実施形態８４． ２つまたはそれより多くの異なる抗体または抗原結合断片であって、前記２つまたはそれより多くの異なる抗体または抗原結合断片の各々が異なり、独立して、実施形態１～７５のいずれか一項に記載される抗体または抗原結合断片を含む、実施形態８３に記載の組成物。
実施形態８５． 配列番号１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、および１７９にそれぞれ記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号１７２のＶＨアミノ酸配列および配列番号１７６のＶＬアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片をさらに含む、実施形態８３または８４に記載の組成物。
実施形態８６． 配列番号３４１、３４２、３４３、３４５、３４６、および３４７にそれぞれ記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号３４０のＶＨアミノ酸配列および配列番号３４４のＶＬアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片をさらに含む、実施形態８３または８４に記載の組成物。
実施形態８７． 実施形態５～１１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片を含む、実施形態８３～８６のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態８８． 実施形態１９～２３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片を含む、実施形態８３～８７のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態８９． 実施形態１２～１８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片を含む、実施形態８３～８８のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態９０． 実施形態２４または２５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片を含む、実施形態８３～８９のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態９１． （ｉ）配列番号１７２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１７６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、または６９のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号２６、４１、または５８のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、実施形態８３～９０のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態９２． （ｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１７３～１７５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１７７～１７９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに
（ｉｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、（ｉ）それぞれ配列番号２３～２５、（ｉｉ）それぞれ配列番号１６０～１６２、（ｉｉｉ）それぞれ配列番号３８～４０、または（ｉｖ）それぞれ配列番号１６６～１６８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、（ｉ）それぞれ配列番号２７～２９、（ｉｉ）それぞれ配列番号１６３～１６５、（ｉｉｉ）それぞれ配列番号４２～４４、または（ｉｖ）それぞれ配列番号１６９～１７１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、実施形態８３～９１のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態９３． （ｉ）配列番号１７２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１７６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）配列番号２００に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号２０４に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む第２の抗体または抗原結合断片
を含む、実施形態８３～９２のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態９４． （ｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む第１の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１７３～１７５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、かつ、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１７７～１７９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに
（ｉｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む第２の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号２０１～２０３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、かつ、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号２０５～２０７に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、実施形態８３～９３のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態９５． キャリアー分子に被包された実施形態７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む組成物であって、前記キャリアー分子が、必要に応じて、脂質、脂質由来の送達ビヒクル、例えば、リポソーム、固体脂質ナノ粒子、油性懸濁液、サブミクロン脂質乳剤、脂質マイクロバブル、逆脂質ミセル、渦巻型リポソーム、脂質マイクロチューブル、脂質マイクロシリンダー、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）、またはナノスケールプラットフォームを含む、組成物。
実施形態９６． 被験体におけるサルベコウイルス感染を処置する方法であって、有効量の： （ｉ）実施形態１～７５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片； （ｉｉ）実施形態７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド； （ｉｉｉ）実施形態８０に記載の組換えベクター； （ｉｖ）実施形態８１に記載の宿主細胞； （ｖ）実施形態８２に記載のヒトＢ細胞；および／あるいは （ｖｉ）実施形態８３～９５のいずれか一項に記載の組成物を前記被験体に投与することを含む、方法。
実施形態９７． 被験体におけるサルベコウイルス感染を処置する方法における使用のための、実施形態１～７５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片、実施形態７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、実施形態８０に記載の組換えベクター、実施形態８１に記載の宿主細胞；実施形態８２に記載のヒトＢ細胞、および／あるいは実施形態８３～９５のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態９８． 被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の処置のための医薬の調製における使用のための、実施形態１～７５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片、実施形態７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、実施形態８０に記載の組換えベクター、実施形態８１に記載の宿主細胞、実施形態８２に記載のヒトＢ細胞、および／あるいは実施形態８３～９５のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態９９． 前記抗体または抗原結合断片が、実施形態５～１１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片である、実施形態９６に記載の方法、または実施形態９７もしくは９８に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
実施形態１００． 前記抗体または抗原結合断片が、実施形態１９～２３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片である、実施形態９６もしくは９９に記載の方法、または実施形態９７～９９のいずれか一項に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
実施形態１０１． 前記抗体または抗原結合断片が、実施形態１２～１８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片である、実施形態９６に記載の方法、または実施形態９７もしくは９８に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞、および／もしくは組成物。
実施形態１０２． 前記抗体または抗原結合断片が、実施形態２４または２５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片である、実施形態９６もしくは９９に記載の方法、または実施形態９７～９９のいずれか一項に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
実施形態１０３． 前記方法が、配列番号１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、および１７９にそれぞれ記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号１７２のＶＨアミノ酸配列および配列番号１７６のＶＬアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片を投与することをさらに含み、ならびに／あるいは前記被験体が、前記抗体または抗原結合断片を受けている、実施形態９６～１０２のいずれか一項に記載の方法、または実施形態９７～１０２のいずれか一項に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
実施形態１０４． 前記方法が、配列番号３４１、３４２、３４３、３４５、３４６、および３４７にそれぞれ記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号３４０のＶＨアミノ酸配列および配列番号３４４のＶＬアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片を投与することをさらに含み、ならびに／あるいは前記被験体が、前記抗体または抗原結合断片を受けている、実施形態９６～１０３のいずれか一項に記載の方法、または実施形態９７～１０３のいずれか一項に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
実施形態１０５． 前記サルベコウイルスが、クレード１ａのサルベコウイルス、クレード１ｂのサルベコウイルス、クレード２のサルベコウイルス、および／またはクレード３のサルベコウイルスを含む、実施形態９６～１０４のいずれか一項に記載の方法、または実施形態９７～１０４のいずれか一項に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
実施形態１０６． 前記サルベコウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含む、実施形態９６～１０５のいずれか一項に記載の方法、または実施形態９７～１０５のいずれか一項に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
実施形態１０７． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染のｉｎ ｖｉｔｒｏ診断のための方法であって、（ｉ）被験体由来の試料を実施形態１～７５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片と接触させること；ならびに （ｉｉ）抗原および前記抗体を含むか、または抗原および前記抗原結合断片を含む複合体を検出することを含む、方法。
実施形態１０８． 前記試料が、前記被験体から単離された血液を含む、実施形態１０７に記載の方法。
実施形態１０９． 被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、 （ａ）それぞれ、配列番号１７２および１７６に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列、または （ｂ）それぞれ、配列番号１７３～１７５および１７７～１７９に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに （ａ）配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、もしくは６９のいずれか１つに記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号２６、４１、もしくは５８のいずれか１つに記載のＶＬアミノ酸配列、または （ｂ）（ｉ）それぞれ、配列番号２３～２５、（ｉｉ）それぞれ、配列番号１６０～１６２、（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３８～４０、もしくは（ｉｖ）それぞれ、配列番号１６６～１６８に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸、および（ｉ）それぞれ、配列番号２７～２９、（ｉｉ）それぞれ、配列番号１６３～１６５、（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４２～４４、もしくは（ｉｖ）それぞれ、配列番号１６９～１７１に記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、第２の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に投与することを含む、方法。
実施形態１１０． 被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、 （ａ）配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、もしくは６９のいずれか１つに記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号２６、４１、もしくは５８のいずれか１つに記載のＶＬアミノ酸配列、または （ｂ）（ｉ）それぞれ、配列番号２３～２５、（ｉｉ）それぞれ、配列番号１６０～１６２、（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３８～４０、もしくは（ｉｖ）それぞれ、配列番号１６６～１６８に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸、および（ｉ）それぞれ、配列番号２７～２９、（ｉｉ）それぞれ、配列番号１６３～１６５、（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４２～４４、もしくは（ｉｖ）それぞれ、配列番号１６９～１７１に記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに （ａ）それぞれ、配列番号１７２および１７６に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列、または （ｂ）それぞれ、配列番号１７３～１７５および１７７～１７９に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、第２の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に投与することを含む、方法。
実施形態１１１． 被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、 （ａ）それぞれ、配列番号１７２および１７６に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列、または （ｂ）それぞれ、配列番号１７３～１７５および１７７～１７９に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに （ａ）配列番号２００に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号２０４に記載のＶＬアミノ酸配列、または （ｂ）それぞれ、配列番号２０１～２０３に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３アミノ酸、ならびにそれぞれ、配列番号２０５～２０７に記載のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、第２の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に投与することを含む、方法。
実施形態１１２． 被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、 （ａ）配列番号２００に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号２０４に記載のＶＬアミノ酸配列、または （ｂ）それぞれ、配列番号２０１～２０３に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３アミノ酸、ならびにそれぞれ、配列番号２０５～２０７に記載のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに （ａ）それぞれ、配列番号１７２および１７６に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列、または （ｂ）それぞれ、配列番号１７３～１７５および１７７～１７９に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、第２の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に投与することを含む、方法。
実施形態１１３． 被験体におけるサルベコウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、 （ｉ）それぞれ、配列番号４０９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５； （ｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５； （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５； （ｉｖ）それぞれ、配列番号４４９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５； （ｖ）それぞれ、配列番号４４９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５；または （ｖｉ）それぞれ、配列番号４４９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、抗体または抗原結合断片の有効量を前記被験体に投与することを含み、 前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、方法。
実施形態１１４． 被験体におけるサルベコウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、 （ｉ）それぞれ、配列番号４０９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５； （ｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５； （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５； （ｉｖ）それぞれ、配列番号４４９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５； （ｖ）それぞれ、配列番号４４９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５；または （ｖｉ）それぞれ、配列番号４４９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、抗体または抗原結合断片の有効量を前記被験体に投与することを含み、 前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、方法。
実施形態１１５． 前記抗体または抗原結合断片が、 （ａ）それぞれ、配列番号４０８および４１２； （ｂ）それぞれ、配列番号４０８および４４２； （ｃ）それぞれ、配列番号４０８および４４３； （ｄ）それぞれ、配列番号４０８および４４４； （ｅ）それぞれ、配列番号４０８および４４５； （ｆ）それぞれ、配列番号４２８および４１２； （ｇ）それぞれ、配列番号４２８および４４２； （ｈ）それぞれ、配列番号４２８および４４３； （ｉ）それぞれ、配列番号４２８および４４４； （ｊ）それぞれ、配列番号４２８および４４５； （ｋ）それぞれ、配列番号４４６および４１２； （ｌ）それぞれ、配列番号４４６および４４２； （ｍ）それぞれ、配列番号４４６および４４３； （ｎ）それぞれ、配列番号４４６および４４４； （ｏ）それぞれ、配列番号４４６および４４５； （ｐ）それぞれ、配列番号４４８および４１２； （ｑ）それぞれ、配列番号４４８および４４２； （ｒ）それぞれ、配列番号４４８および４４３； （ｓ）それぞれ、配列番号４４８および４４４； （ｔ）それぞれ、配列番号４４８および４４５； （ｕ）それぞれ、配列番号４５８および４１２； （ｖ）それぞれ、配列番号４５８および４４２； （ｗ）それぞれ、配列番号４５８および４４３； （ｘ）それぞれ、配列番号４５８および４４４； （ｙ）それぞれ、配列番号４５８および４４５； （ｚ）それぞれ、配列番号４５９および４１２； （ａａ）それぞれ、配列番号４５９および４４２； （ｂｂ）それぞれ、配列番号４５９および４４３； （ｃｃ）それぞれ、配列番号４５９および４４４； （ｄｄ）それぞれ、配列番号４５９および４４５； （ｅｅ）それぞれ、配列番号４６０および４１２； （ｆｆ）それぞれ、配列番号４６０および４４２； （ｇｇ）それぞれ、配列番号４６０および４４３； （ｈｈ）それぞれ、配列番号４６０および４４４；または （ｉｉ）それぞれ、配列番号４６０および４４５に記載されるＶＨおよびＶＬアミノ酸配列を含む、実施形態１１４に記載の方法。
実施形態１１６． 被験体におけるサルベコウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、 （ｉ）それぞれ、配列番号配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４０４、および４０５； （ｉｉ）それぞれ、配列番号配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４０４、および４０５； （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４４０、および４０５；または （ｉｖ）それぞれ、配列番号配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４４０、および４０５に記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、抗体または抗原結合断片の有効量を前記被験体に投与することを含み、 前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、方法。
実施形態１１７． 前記抗体または抗原結合断片が、 （ｉ）それぞれ、配列番号３９８および４０２； （ｉｉ）それぞれ、配列番号３９８および４３９； （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３２および４０２； （ｉｖ）それぞれ、配列番号４３２および４３９； （ｖ）それぞれ、配列番号４３４および４０２； （ｖｉ）それぞれ、配列番号４３４および４３９； （ｖｉｉ）それぞれ、配列番号４３７および４０２；または （ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３７および４３９に記載されるＶＨおよびＶＬアミノ酸配列を含み、 前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、実施形態１１６に記載の方法。
実施形態１１８． 前記サルベコウイルスが、クレード１ａのサルベコウイルス、クレード１ｂのサルベコウイルス、クレード２のサルベコウイルス、および／またはクレード３のサルベコウイルスを含み、必要に応じて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含む、実施形態１１３～１１７のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１１９． 配列番号３４１、３４２、３４３、３４５、３４６、および３４７にそれぞれ記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号３４０のＶＨアミノ酸配列および配列番号３４４のＶＬアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片を投与することをさらに含み、および／または前記被験体が、前記抗体または抗原結合断片を受けている、実施形態１１３～１１８のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１２０． 配列番号１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、および１７９にそれぞれ記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号１７２のＶＨアミノ酸配列および配列番号１７６のＶＬアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片を投与することをさらに含み、および／または前記被験体が、前記抗体または抗原結合断片を受けている、実施形態１１３～１１９のいずれか一項に記載の方法。
（実施例１）
組換えヒトモノクローナル抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の中和
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したヒトモノクローナル抗体を、組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプウイルスに対する中和アッセイで試験した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐ）を使用した。ＶｅｒｏＥ６細胞を標的細胞として使用し、ウイルスおよび抗体の添加の前日に播種した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐを１０ｕｇ／ｍｌのトリプシンＴＰＣＫで活性化した。活性化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐを抗体の希釈系列に添加し、４８時間インキュベートした。抗体の出発濃度は、抗体ごとに５ｕｇ／ｍｌ、３倍希釈であった。細胞培養上清の吸引およびＢｉｏ－Ｇｌｏ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ）の添加後に発光を測定した。
抗体Ｓ２Ａ１５－ｖ１、Ｓ２Ａ１５－ｖ２、Ｓ２Ｂ２－ｖ１、Ｓ２Ｂ２－ｖ２、Ｓ２Ａ５およびＳ２Ａ１０の結果を図１Ａに示す。抗体Ｓ２Ｈ１３、Ｓ２Ｈ１４、Ｓ２Ａ４、Ｓ２Ｈ７、Ｓ２Ｆ１およびＳ２Ｒ７の結果を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染から回復した患者から単離したヒトモノクローナル抗体Ｓ３０７およびＳ３０９（Ｓ３０９ ＶＨ配列番号１７２；Ｓ３０９ ＶＬ配列番号１７６）の結果と一緒に、図１Ｂに示す。μｇ／ｍｌでのＩＣ５０値を表４に示す。図１Ｃは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐを中和した、図１Ｂからの４つの抗体についての結果を示す。
Figure 2023523549000092
シュードタイプＭＬＶを使用して抗体Ｓ２Ｘ２およびＳ３０９による感染の中和も測定した。データを図８に示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプＭＬＶの中和をＳ２Ｘ２およびＳ３０９の各々について、ならびにＳ２Ｘ２とＳ３０９の組合せについてアッセイした。ＬＳ（Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ）Ｆｃ変異を有する組換えＳ２Ｘ２およびＳ３０９抗体を使用した。ｎｇ／ｍｌでのＩＣ５０値を表５に示す。
Figure 2023523549000093
抗体Ｓ２Ｄ６０、Ｓ２Ｄ２２、Ｓ２Ｄ５２、Ｓ２Ｄ３２、Ｓ２Ｄ８、Ｓ２Ｄ３８、Ｓ２Ｄ２５、Ｓ２Ｄ１９ Ｓ２Ｄ３４およびＳ３０９による感染の中和を、同様の方法を使用してアッセイした。結果を図１１Ａ～１１Ｃに示す。ｎｇ／ｍｌでの中和ＩＣ値を表６に示す。
Figure 2023523549000094
抗体Ｓ２Ｘ１２７、Ｓ２Ｘ１２９、Ｓ２Ｘ１３２およびＳ２Ｘ１９０による感染の中和を、同様の方法を使用してアッセイした。結果を図１７Ａおよび１７Ｂに示す。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値を各図の右側に示す。
抗体Ｓ２Ｘ２００、Ｓ２Ｘ２５９、Ｓ２Ｘ２２７およびＳ２Ｘ２８８による感染の中和を、同様の方法を使用してアッセイした。結果を図２２Ａ～２２Ｃに示す。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値を、各図の右側のボックスの中に示す。
（実施例２）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへのヒトモノクローナル抗体の結合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したヒトモノクローナル抗体の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤへの結合を、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）を使用して研究した。
９６ウェルプレートを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（自社で生成；ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクの残基３３１～５５０）、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）でコーティングした。
ウェルを洗浄し、ＰＢＳ＋１％ＢＳＡで１時間、室温でブロッキングし、次いで、連続希釈した組換えモノクローナル抗体とともに１時間、室温でインキュベートした。結合した抗体を、アルカリホスファターゼコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：２０４０－０４）を１時間、室温でインキュベートし、０．１Ｍグリシン緩衝液（ｐＨ１０．４）中の１ｍｇ／ｍｌのｐ－ニトロフェニルリン酸基質により３０分間、室温で発色させることにより検出した。光学密度（ＯＤ）値をＥＬＩＳＡリーダー（Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ ３４０／９６分光光度計、ＢｉｏＴｅｋ）において４０５ｎｍの波長で測定した。
ＥＬＩＳＡアッセイ結果を、図２Ａ～２Ｄに示す。各々の図において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤへの結合を左側のパネルに示し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＲＢＤへの結合を右側のパネルに示す。
（実施例３）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＲＢＤならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤおよびＳ１ドメインへのヒトモノクローナル抗体の結合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したヒトモノクローナル抗体の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＲＢＤならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤおよびＳ１ドメインへの結合を、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）を使用して研究した。
１μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、４０１５０－Ｖ０８Ｂ１）、１０μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（自社で生成；ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクの残基３３１～５５０）、または１μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ１（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）で、９６ウェルＥＬＩＳＡプレートをコーティングした。
ウェルを洗浄し、ＰＢＳ＋１％ＢＳＡで１時間、室温でブロッキングし、次いで、連続希釈した組換えモノクローナル抗体とともに１時間、室温でインキュベートした。プレートを洗浄し、結合した抗体を、アルカリホスファターゼコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：２０４０－０４）を１時間、室温でインキュベートすること、続いて０．１Ｍ グリシン緩衝液（ｐＨ１０．４）中の１ｍｇ／ｍｌのｐ－ニトロフェニルリン酸基質（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３３７ ７１７６８）を使用して３０分間、室温で発色させることにより検出した。光学密度（ＯＤ）値を、ＥＬＩＳＡリーダー（ＥＬｘ８０８ＩＵプレートリーダー、ＢｉｏＴｅｋ）において４０５ｎｍの波長で測定した。
ＥＬＩＳＡアッセイ結果を図３Ａ～３Ｃに示し、抗体Ｓ２Ｈ７およびＳ２Ｒ７について表７および８に示す。
Figure 2023523549000095
Figure 2023523549000096
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したモノクローナルヒト抗体Ｓ２Ｄ４、Ｓ２Ｄ５、Ｓ２Ｄ８、Ｓ２Ｄ１０、Ｓ２Ｄ１１、Ｓ２Ｄ１３、Ｓ２Ｄ１５、Ｓ２Ｄ１９、Ｓ２Ｄ２２、Ｓ２Ｄ２４、Ｓ２Ｄ２５、Ｓ２Ｄ２７、Ｓ２Ｄ３１、Ｓ２Ｄ３２、Ｓ２Ｄ３４、Ｓ２Ｄ３８、Ｓ２Ｄ３９、Ｓ２Ｄ４１、Ｓ２Ｄ４３、Ｓ２Ｄ４７、Ｓ２Ｄ５１、Ｓ２Ｄ５２、Ｓ２Ｄ５３、Ｓ２Ｄ５７およびＳ２Ｄ６０と、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤの結合を、同様の方法を使用して決定した。結果を図１３Ａ～１３Ｃに示す。モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ１０、Ｓ２Ｄ２２およびＳ２Ｄ４３も、ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＲＢＤに結合する。モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ６０、Ｓ２Ｄ３２、Ｓ２Ｄ２５およびＳ２Ｄ８は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＲＢＤへの特異的結合を示さない（データを示さない）。
ヒトモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２２７およびＳ２Ｘ２５９の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質ＲＢＤ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合を、同様の方法を使用して決定した。結果を図２３Ａおよび２３Ｂに示す。
（実施例４）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質へのモノクローナル抗体の結合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したヒトモノクローナル抗体Ｓ２Ａ１５－ｖ１、Ｓ２Ａ１５－ｖ２、Ｓ２Ｂ２－ｖ１およびＳ２Ｂ２－ｖ２と、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の結合を、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）を使用して研究した。
９６ウェルＥＬＩＳＡプレートを、１μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の細胞外ドメイン（安定化したプレフュージョン三量体）でコーティングした。
ウェルを洗浄し、ＰＢＳ＋１％ＢＳＡで１時間、室温でブロックし、次いで、連続希釈した組換えモノクローナル抗体とともに１時間、室温でインキュベートした。プレートを洗浄し、結合した抗体を、アルカリホスファターゼコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：２０４０－０４）を１時間、室温でインキュベートし、続いて０．１Ｍグリシン緩衝液（ｐＨ１０．４）中の１ｍｇ／ｍｌのｐ－ニトロフェニルリン酸基質（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３３７ ７１７６８）を使用して３０分間、室温で発色させることによって、検出した。光学密度（ＯＤ）値をＥＬＩＳＡリーダー（ＥＬｘ８０８ＩＵプレートリーダー）において４０５ｎｍの波長で測定した。
ＥＬＩＳＡアッセイ結果を図４Ａおよび４Ｂに示す。ＥＣ５０値を各図の上方右側のボックスの中に示す。
（実施例５）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤへのモノクローナル抗体の結合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したヒトモノクローナル抗体Ｓ２Ｎ３、Ｓ２Ｎ６、Ｓ２Ｘ２およびＳ２Ｘ３、ならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染から回復した患者から単離したヒトモノクローナル抗体Ｓ３０９の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤへの結合を測定した。プロテインＡセンサー（Ｂｉｏｆｏｒｔｅ）を水和した後、抗体を、キネティクス緩衝液中、３μｇ／ｍｌで１．５分間、ロードした。抗体は、トランスフェクトしたモノクローナル抗体産生ＥｘｐｉＣＨＯ細胞の培養上清からの抗体であった。培養上清中の抗体濃度をＥＬＩＳＡにより決定した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤ（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクタンパク質の残基３３１～５５０）を５分間、５μｇ／ｍｌで会合させ、次いで１０分間、放置して解離させた。結果を図９に示す。解離相の開始を図９に縦の破線で示す。
（実施例６）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤへのヒトモノクローナル抗体の競合的結合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離した組換えヒトモノクローナル抗体Ｓ２Ａ５およびＳ２Ａ１０の結合部位と、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離した組換えヒトモノクローナル抗体Ｓ３０３、Ｓ３０４、Ｓ３０９およびＳ３１５の結合部位との重複を評価するために、Ｏｃｔｅｔ（装置：Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６、ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用して競合アッセイを行った。抗Ｈｉｓセンサー（ＢＩＯＳＥＮＳＯＲ ＡＮＴＩ－ＰＥＮＴＡ－ＨＩＳ（ＨＩＳ１Ｋ）１＊１ＳＴ）を使用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の自社で生成したＨＩＳタグ付きＲＢＤ（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクタンパク質の残基３３１～５５０）を、３μｇ／ｍｌの濃度で固定した。抗体を１５μｇ／ｍｌで６分間、会合させた。全てのタンパク質をキネティクス緩衝液（ＫＢ）で希釈した。次いで、競合抗体を同じ濃度でさらに６分間、会合させた。結果を図５Ａ～５Ｃに示す。
（実施例７）
ＲＢＤへのヒトモノクローナル抗体およびヒトＡＣＥ２の競合的結合
ＲＢＤへの組換えヒトモノクローナル抗体およびヒトＡＣＥ２の競合的結合を測定した。ヒトＡＣＥ２－Ｈｉｓ（Ｂｉｏ－Ｔｅｃｈｎｅ ＡＧ）を、キネティクス緩衝液（ＫＢ）中、５μｇ／ｍｌで３０分間、抗ＨＩＳ（ＨＩＳ１Ｋ）バイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ－ＦｏｒｔｅＢｉｏ）にロードした。１μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－マウスＦｃ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｕｒｏｐｅ ＧｍｂＨ）を、抗体ありまたはなしでのプレインキュベーション（３０μｇ／ｍｌ、３０分）後に１５分間、ｈＡＣＥ２へのＲＢＤの会合を測定した。図６Ａは、ＲＢＤへのモノクローナル抗体Ｓ３０９、Ｓ２Ｈ１４、Ｓ２Ｈ１３、Ｓ２Ｈ７、Ｓ２Ｆ１およびＳ２Ｒ７とＡＣＥ２の競合的結合を示す。図６Ｂは、ＲＢＤへの抗体とＡＣＥ２の競合的結合を示す。抗体を、精製された組換え抗体として（左側パネル）、およびＥｘｐｉＣＨＯ培養上清（ＳＮ）として（右側パネル）試験した。図６Ａおよび６Ｂの各々における縦の破線は、抗体有りまたは無しでのＲＢＤのローディングの開始を示す。
さらなる研究を行って、ＲＢＤへの組換えヒト抗体Ｓ２Ｘ２およびヒトＡＣＥ２の競合的結合を測定した。ヒトＡＣＥ２－Ｈｉｓ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）を、キネティクス緩衝液中、２μｇ／ｍｌで３０分間、抗ＨＩＳ（ＨＩＳ１Ｋ）バイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ－ＦｏｒｔｅＢｉｏ）にロードした。０．５μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（自社で生成；ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクタンパク質の残基３３１～５５０）を、ｍＡｂ Ｓ２Ｘ２ありまたはなしでのプレインキュベーション（１５μｇ／ｍｌ、３０分間）後に１０分間、ｈＡＣＥ２へのＲＢＤの会合を測定した。解離を５分間記録した。抗体は、トランスフェクトしたＥｘｐｉＣＨＯ細胞からの細胞培養上清の形態であった。結果を図１０に示す。解離相の開始を図１０に縦の破線で示す。
（実施例８）
組換えヒトモノクローナル抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の中和
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したヒトモノクローナル抗体を、組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプウイルス（ＶＳＶ）に対する中和アッセイで試験した。
組換えモノクローナル抗体を連続希釈し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９株、受託番号ＭＮ９０８９４７）でシュードタイプ化したＶＳＶ－デルタＧ－ｌｕｃの一定量とともに１．５時間、３７℃でインキュベートした。次いで、ＶｅｒｏＥ６細胞を完全ＤＭＥＭ培地に添加し、プレートを２４時間、３７℃でインキュベートした。感染細胞において発現されたルシフェラーゼの量を測定するために、培養培地を吸引し、室温に温めたルシフェラーゼ基質Ｂｉｏ－Ｇｌｏ Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ ａｓｓａｙ ｓｙｓｔｅｍ（Ｐｒｏｍｅｇａ ＡＧ）を添加した。振盪機を用いて暗所で１０分間インキュベートした後、積分時間１秒を使用してルミノメーターでシグナルを測定した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染から回復した患者から単離した、組換えモノクローナル抗体Ｓ３０９についての結果とともに、組換えモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２、Ｓ２Ｘ２、Ｓ２Ｎ３およびＳ２Ｎ６についての結果を、図７に示す。ＩＣ５０値（ｎｇ／ｍｌ）を表９に示す。全ての抗体をＬＳ Ｆｃバリアントとして試験した。
Figure 2023523549000097
抗体Ｓ２Ｘ１２７、Ｓ２Ｘ１２９、Ｓ２Ｘ１３２およびＳ２Ｘ１９０による感染の中和を、同様の方法を使用してアッセイした。結果を図１８Ａおよび１８Ｂに示す。算出ＩＣ５０およびＩＣ９０値を各グラフの下に示す。
（実施例９）
組換えヒトモノクローナル抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の中和
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したヒトモノクローナル抗体を、組換え発現させ、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスに対する中和アッセイで試験した。
１０％ＦＢＳ（ＶＷＲ）および１×ペニシリン／ストレプトマイシン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を補充したＤＭＥＭにおいて培養したＶｅｒｏ Ｅ６細胞を、白色の９６ウェルプレートに２０，０００細胞／ウェルで播種し、一晩、付着させた。モノクローナル抗体の連続１：４希釈物を、ＢＳＬ－３施設において、２００ｐｆｕのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（分離株ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、継代３、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞中で継代させた）とともに３０分間、３７℃でインキュベートした。細胞上清を除去し、ウイルス－抗体混合物を細胞に添加した。感染の２４時間後、細胞を４％パラホルムアルデヒドで３０分間固定し、続いて、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）洗浄を２回行い、ＰＢＳ中の０．２５％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で３０分間の透過処理を行った。５％粉乳／ＰＢＳ中で３０分間ブロッキングした後、細胞を、１：２０００希釈の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質を標的とする一次抗体（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、カタログ番号４０１４３－Ｒ００１）とともに、１時間インキュベートした。洗浄、および１μｇ／ｍｌのＨｏｅｃｈｓｔ３３３４２と混合した二次Ａｌｅｘａ６４７標識抗体との１時間のインキュベーション後、プレートを自動細胞イメージングリーダー（Ｃｙｔａｔｉｏｎ ５、Ｂｉｏｔｅｋ）で撮像し、製造業者の供給ソフトウェアを使用してヌクレオカプシド陽性細胞を計数した。Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ８．０）を使用してデータを処理した。
結果を図１６および表１０に示す。算出ＩＣ５０値を表１１に示す（ｎｇ／ｍｌ）。算出ＩＣ５０およびＩＣ９０値を表１２に示す（ｎｇ／ｍｌ）。図１６中の比較対照抗体「Ｓ３０９－ｖ２」は、配列番号３４０に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号３４４に記載されるＶＬアミノ酸配列を含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染から回復した患者から単離した抗体の操作されたバリアントである。
Figure 2023523549000098
Figure 2023523549000099
Figure 2023523549000100
同様の方法を使用して追加のモノクローナル抗体について中和アッセイを行った。結果を図２７Ａ～２７Ｃ、２９および３０に示す。図２７Ａは、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳをはじめとする５つの比較対照抗体と一緒に、抗体Ｓ２Ｘ１９３についての結果を示す。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳは、配列番号３４０に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号３４４に記載されるＶＬアミノ酸配列を含み、Ｆｃ領域にＭＬＮＳ改変を含む。試験した抗体についてのＩＣ５０値は、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳについては２６８．４ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｘ１２７については１７．１８ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｘ１２９については５．３７９ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｘ１３２については１６．５０ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｘ１９０については２４．１８ｎｇ／ｍｌ、およびＳ２Ｘ１９３については２６．６９ｎｇ／ｍｌであると測定された。試験した抗体についての補間したＥＣ５０およびＥＣ９０値を表１３に示す（ｎｇ／ｍｌ）。
Figure 2023523549000101
図２７Ｂは、３つの比較対照抗体と一緒に、例示的な抗体Ｓ２Ｘ１９５、Ｓ２Ｘ２１９およびＳ２Ｘ２４６についての結果を示す。試験した抗体についてのＩＣ５０値は、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳについては２０５．４ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｘ１２９については４．１０４ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｘ１３２については９．２６５ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｘ１９５については１７．８５ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｘ２１９については２０．６３ｎｇ／ｍｌ、およびＳ２Ｘ２４６については７．８９４ｎｇ／ｍｌであると測定された。試験した抗体についての補間したＥＣ５０およびＥＣ９０値を表１４に示す（ｎｇ／ｍｌ）。
Figure 2023523549000102
図２７Ｃは、５つの抗体および比較対照抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳについての結果を示す。試験した抗体についてのＩＣ５０値は、Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳについては２３６．４ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｍ１６については３１．８５ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｍ７については５０．２４ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｍ２８については２１．２２ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｌ４９については８０．３７ｎｇ／ｍｌ、およびＳ２Ｍ１１については６．７７４ｎｇ／ｍｌであると測定された。試験した抗体についての補間したＥＣ５０およびＥＣ９０値を表１５に示す（ｎｇ／ｍｌ）。
Figure 2023523549000103
図２９および３０は、ＶＳＶシュードウイルスを使用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の、ある特定の抗体による中和を示す。
図２９は、データが、ＶＳＶ－ｌｕｃ（スパイクＤ１９）シュードウイルスの三重反復ウェルを使用する単一の実験からのものであることを示す。「ＬＳ」＝Ｆｃ変異Ｍ４２８Ｌ＋Ｎ４３４Ｓ。試験した抗体についてのＩＣ５０値は、野生型Ｆｃを有するＳ３０９については２５．６９ｎｇ／ｍｌ、Ｓ２Ｅ１２－ＬＳについては１．４０１ｎｇ／ｍＬ、Ｓ２Ｍ１１－ＬＳについては０．９１４３ｎｇ／ｍＬ、Ｓ２Ｄ１０６－ＬＳについては３．３７６ｎｇ／ｍＬ、４０９＿１１＿３＿ｖ１－ＬＳについては４．０８５ｎｇ／ｍＬ、Ｓ２Ｘ２２７－ｖ１－ＬＳについては４．４４６ｎｇ／ｍＬ、および４０９＿１１＿２－ＬＳについては２．３２７であると測定された。試験した抗体についての補間したＥＣ５０およびＥＣ９０値を表１６に示す（ｎｇ／ｍｌ）。全ての抗体を、組換えＩｇＧ１として発現させた。
Figure 2023523549000104
図３０は、ＶＳＶシュードウイルスを使用する生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染の、ある特定の抗体による中和を示す。データは、三重反復ウェルＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－ｌｕｃ、ＭＯＩ ０．１、６時間感染からのものである。「ＬＳ」＝Ｆｃ変異Ｍ４２８Ｌ＋Ｎ４３４Ｓ。試験した抗体についてのＩＣ５０値は、Ｓ２Ｅ１２－ＬＳについては４．８４４ｎｇ／ｍＬ、Ｓ２Ｍ１１－ＬＳについては３．２１４ｎｇ／ｍＬ、Ｓ２Ｄ１０６－ＬＳについては４．４８５ｎｇ／ｍＬ、４０９＿１１＿３－ＬＳについては８．２３３ｎｇ／ｍＬ、Ｓ２Ｘ２２７－ＬＳについては７．０６１ｎｇ／ｍＬ、およびＳ３０９については８４．３０ｎｇ／ｍＬであると測定された。試験した抗体についての補間したＥＣ５０およびＥＣ９０値を表１７に示す（ｎｇ／ｍｌ）。
Figure 2023523549000105
（実施例１０）
ヒトＡＣＥ２へのヒトモノクローナル抗体およびＲＢＤの競合的結合
ＲＢＤへの組換えヒトモノクローナル抗体およびヒトＡＣＥ２の競合的結合を、競合ＥＬＩＳＡにより、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ４、Ｓ２Ｄ５、Ｓ２Ｄ８、Ｓ２Ｄ１０、Ｓ２Ａ４、Ｓ２Ｄ１１、Ｓ２Ｄ１５、Ｓ２Ｄ１９、Ｓ２Ｄ２２、Ｓ２Ｄ２５、Ｓ２Ｄ２７、Ｓ２Ｄ３１、Ｓ２Ｄ３２、Ｓ２Ｄ３４、Ｓ２Ｄ３８、Ｓ２Ｄ３９、Ｓ２Ｄ４１、Ｓ２Ｄ４３、Ｓ２Ｄ４７、Ｓ２Ｄ５１、Ｓ２Ｄ５２、Ｓ２Ｄ５３、Ｓ２Ｄ６０について測定した。
ＥＬＩＳＡプレートを組換えヒトＡＣＥ２（自社で生成）でコーティングした。コーティングは、ＰＢＳ中２ｕｇ／ｍｌのＡＣＥ２で行った。プレートを一晩、４℃でインキュベートし、ブロッキング剤カゼイン（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒからの１％カゼイン）を用いて１時間、室温でブロッキングを行った。
モノクローナル抗体の連続希釈物を、２０ｎｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌからの、マウスＦｃと融合したＲＢＤ）とともに３０分間、３７℃でインキュベートし、次いで、室温での追加のインキュベーションのためにＡＣＥ２をコーティングしたプレートに移した。プレートを洗浄し、ＡＣＥ２へのＲＢＤの結合を、ポリクローナルヤギ抗マウスＦｃ－ＡＰ抗体（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）を使用して検出した。追加の洗浄後、ＡＰ基質ｐＮＰＰ（Ｓｉｇｍａ）を添加し、プレートを２０分で、室温でインキュベートした後、分光光度計（Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ３４０、Ｂｉｏｔｅｋ）を用いて４０５ｎｍで吸光度を測定した。結果を図１２Ａ～１２Ｆに示す。
同様の方法を使用してモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１２７、Ｓ２Ｘ１２９、Ｓ２Ｘ１３２、およびＳ２Ｘ１９０についてのさらなるアッセイを行った。結果を図１９に示す。算出ＩＣ５０値を図の右側に示す。
ＲＢＤへの、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２００、Ｓ２Ｘ２２７、Ｓ２Ｘ２５９および比較対照抗体Ｓ２Ｘ１７９とヒトＡＣＥ２の、競合的結合を、同様の方法を使用して決定した。結果を図２４Ａ～２４Ｂに示す。算出ＩＣ５０値を各図の右側に示す。
（実施例１１）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤへのヒトモノクローナル抗体の競合的結合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの対のモノクローナル抗体の競合的結合を測定して、抗体の結合部位を区別した。
キネティクス緩衝液（ＫＢ；ＰＢＳ中、０．０１％のエンドトキシン不含のＢＳＡ、０．００２＾ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）－２０、０．００５％ＮａＮ３）を用いる１０分間の湿潤化ステップ後、ストレプトアビジンバイオセンサー（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用して３ｕｇ／ｍｌの抗Ｓｔｒｅｐ Ｔａｇ ＩＩ抗体（クローン５Ａ９Ｆ９、ビオチン、ＬａｂＦｏｒｃｅ ＡＧ、Ｍｕｔｔｅｎｚ ＣＨ）を固定した。次いで、Ｓｔｒｅｐ Ｔａｇ ＩＩを有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（内部で生成）を、ＫＢ中４μｇ／ｍｌの濃度で６分間、ロードした。第１の抗体をある期間、会合させ、次いで、第２の抗体をある期間会合させた。結果を図１４Ａ～１４Ｅに示す。各グラフ中の破線の縦線は、左側に示されている第１の抗体から、上部に示されている第２の抗体への切り替えを示す。
（実施例１２）
Ｏｃｔｅｔを使用するＲＢＤへのヒトモノクローナル抗体の結合
モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ８、Ｓ２Ｄ２５、Ｓ２Ｄ３２、Ｓ２Ｄ６０およびＳ２Ｄ２２の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する結合親和性を、Ｏｃｔｅｔを使用して試験した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＨｉｓタグ付きＲＢＤを、キネティクス緩衝液（ＫＢ）中、３μｇ／ｍｌで１５分間、抗ＨＩＳ（ＨＩＳ２）バイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ、ＦｏｒｔｅＢｉｏ）にロードした。モノクローナル抗体の会合を、ＫＢ中、１５μｇ／ｍｌで５分間、行った。ＫＢ中での解離を１０分間、測定した。Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）装置を使用した。
モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１２７、Ｓ２Ｘ１２９、Ｓ２Ｘ１３２およびＳ２Ｘ１９０の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する結合親和性およびアビディティを、Ｏｃｔｅｔにより測定した。抗体をプロテインＡピンに２．７μｇ／ｍｌでロードした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを、５分間、６μｇ／ｍｌ、１．５μｇ／ｍｌ、または０．４μｇ／ｍｌでロードした。解離を７分間、測定した。各図中の縦の破線は、解離相の開始を示す。結果を図２０Ａ～２０Ｄに示す。
７つの比較対照抗体と一緒に、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１２７、Ｓ２Ｘ１２９、Ｓ２Ｘ１３２およびＳ２Ｘ１９０についての、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤに対する結合親和性およびアビディティも、Ｏｃｔｅｔにより測定した。抗体をプロテインＡピンに２．７μｇ／ｍｌでロードした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤを、５分間、６μｇ／ｍｌでロードした。解離を７分間、測定した。各図中の縦の破線は、解離相の開始を示す。結果を、７つの比較対照抗体についての結果と一緒に、図２１に示す。
（実施例１３）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の定量的エピトープ特異的血清検査
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質抗体結合を、抗体競合アッセイ、クライオＥＭデータ、および結晶学データにより解析した。この解析から、スパイクＲＢＤ抗原部位Ｉａ、Ｉｂ、Ｉｃ、Ｉｄ、ＩＩおよびＩＶを同定した。これらの部位と各部位内に結合する代表抗体とを示すマップを図２６に示す。
（実施例１４）
Ｓ２Ｄ５、Ｓ２Ｄ２５、Ｓ２Ｄ３２およびＳ２Ｄ６０ ｒＩｇＧバリアントの開発
モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ５、Ｓ２Ｄ２５、Ｓ２Ｄ３２およびＳ２Ｄ６０のＶＨおよびＶＬ配列を使用して、組換えＩｇＧ１抗体を開発した。表１８に示すような組合せを産生する。バリアント抗体の各々を、組換え抗体をコードするプラスミドベクターのＨＤ ２９３Ｆ細胞（ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ）への一過性トランスフェクションおよびそれらの細胞での発現によって産生する。細胞を４日目に回収し、ウェスタンブロットおよびプロテインＡ力価解析によってＩｇＧ発現を検証する。
Figure 2023523549000106
Figure 2023523549000107
（実施例１５）
複数のサルベコウイルスに対する抗体の試験
様々なサルベコウイルスに対するモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２５９およびＳ２Ｄ２２の特性を試験した。
クレード１ａからのサルベコウイルス、クレード１ｂからのサルベコウイルス、クレード２からのサルベコウイルス（非ＡＣＥ２利用Ａｄｉａｎサルベコウイルス）、およびクレード３からのサルベコウイルス（アフリカ型およびヨーロッパ型サルベコウイルス）のスパイクタンパク質ＲＢＤへの、抗体Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８に記載されるＶＨアミノ酸配列（配列番号４０９～４１１のＨＣＤＲ）；配列番号４１２に記載されるＶＬアミノ酸配列（配列番号４１３～４１５のＬＣＤＲ））の結合を、酵母表面ディスプレイアッセイにより調査した。試験したクレード１ａウイルスは、１２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ株、ＬＹＲａ１１、ＷＩＶ１、Ｒｓ７３２７、Ｒｓ４２３１、ＲｓＳＨＣ０１４、およびＲｓ４０８４であった。試験したクレード１ｂウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＲａＴＧ１３、ＧＤ－センザンコウ、およびＧＸ－センザンコウであった。試験したクレード２ウイルスは、Ｒｆ４０９２、ＲｂＹＮ０２、ＹＮ２０１３、ＺＣ４５、ＺＸＣ２１、Ｒｆ１、ＪＬ２０１２、２７３－２００５、ＨｅＢ２０１３、ＨｕＢ２０１３、Ｒｓ４２４７、Ｌｏｎｇｑｕａｎ－１４０、ＨＫＵ３－１、ＧＸ２０１３、Ｓｈａａｎｘｉ２０１１、２７９－２００５、Ａｓ６５２６、Ｙｕｎｎａｎ２０１１、Ｒｓ４２３７、Ｒｓ４０８１、およびＲｐ３であった。試験したクレード３ウイルスは、ＢＭ４８－３１およびＢｔＫＹ７２であった。Ｓ２Ｘ２５９は、クレード２サルベコウイルスへの弱い結合を示すかまたは結合を示さないが、試験した全ての試験したクレード１ａ、クレード１ｂおよびクレード３サルベコウイルスのスパイクタンパク質ＲＢＤに結合することが判明した。
異なるサルベコウイルスからのスパイクタンパク質への抗体Ｓ２Ｘ２５９およびＳ２Ｄ２２の結合を、フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）により測定し、異なるサルベコウイルスからのスパイクタンパク質ＲＢＤへの結合を、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）により測定した。結果を表１９に示す（「ＰＯＳ」＝結合について陽性；「ＮＥＧ」＝結合について陰性）。
Figure 2023523549000108
Figure 2023523549000109
抗体Ｓ２Ｘ２５９は、さらなるクレード２ウイルスのスパイクＲＢＤに、次の範囲内のＥＣ５０値（ｎｇ／ｍｌ）で結合することも判明した：Ａｎｌｏｎｇ１１２：１００～１０００、ＹＮ２０１３：１～５０、ＳＣ２０１８：１～５０、ＳＸ２０１１：１～５０。抗体Ｓ２Ｄ２２は、さらなるクレード２ウイルスのスパイクＲＢＤに、次の範囲内のＥＣ５０値（ｎｇ／ｍｌ）で結合することが判明した：Ａｎｌｏｎｇ１１２：１～５０、ＹＮ２０１３：１００～１０００。Ｓ２Ｄ２２は、クレード２ウイルスＳＣ２０１８のＲＢＤにもＳＸ２０１１のＲＢＤにも結合しなかった。
様々なクレードからのサルベコウイルスのスパイクタンパク質ＲＢＤに対する抗体Ｓ２Ｘ２５９およびＳ２Ｄ２２の親和性をＢＬＩにより測定した。結果を表２０に示し、この表は、測定したＫＤを単位Ｍで収載する。
Figure 2023523549000110
ＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたＭＬＶ、ＰＡＮＧ／ＧＤ１９スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶ、およびＰＡＮＧ－ＧＸ１７スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶに対する、抗体Ｓ２Ｘ２５９およびＳ２Ｄ２２の中和活性を測定した。ＩＣ５０値を表２１に示す（μｇ／ｍｌ）。
Figure 2023523549000111
追加の研究を行って、抗体Ｓ２Ｘ２５９およびＳ２Ｄ２２についての、ＳＡＲＳ－ＣｏＶおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質ＲＢＤへのＡＣＥ２の結合を遮断する能力ならびにＦｃγＲ活性化を誘導する能力を調査した。固定されたヒト組換えＡＣＥ２細胞外ドメインへのＲＢＤの結合についての抗体の遮断をＥＬＩＳＡにより測定した。生物発光レポーターアッセイを用いてヒトＦｃγＲの抗体依存性活性化を行った。全長野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓを一過的に発現するＥｘｐｉＣＨＯ細胞（標的細胞）、または２Ｐ変異とＳ１／Ｓ２フューリン切断部位変異（ＲＲＡＲＳからＳＧＡＧへ）を保有する全長プレフュージョン安定化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓを一過的に発現するＥｘｐｉＣＨＯ細胞を、異なる量のｍＡｂとともにインキュベートした。１５分のインキュベーション後、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体（Ｖ１５８バリアント）またはＦｃγＲＩＩａ受容体（Ｈ１３１バリアント）およびＮＦＡＴ駆動ルシフェラーゼ遺伝子を安定的に発現するジャーカット細胞（エフェクター細胞）を、ＦｃγＲＩＩＩａについては６：１およびＦｃγＲＩＩａについては５：１のエフェクター対標的比で添加した。ＮＦＡＴ経路活性化の結果として生成されたルシフェラーゼシグナルにより、シグナル伝達を定量した。５％ＣＯ２を用いて３７℃で２０時間のインキュベーション後、Ｂｉｏ－Ｇｌｏ（商標）ルシフェラーゼアッセイ試薬を製造業者の指示（Ｐｒｏｍｅｇａ）に従って使用して発光を測定した。結果を表２２に示す。
Figure 2023523549000112
（実施例１６）
追加のバリアント抗体の設計および試験
Ｓ２Ｘ２５９バリアント抗体を生成し、ＢＬＩを使用してサルベコウイルスＲＢＤに対する結合について試験した。親Ｓ２Ｘ２５９（配列番号４０８のＶＨ、配列番号４１２のＶＬ）も試験した。データを表２３に要約する。
Figure 2023523549000113
これらのＳ２Ｘ２５９抗体を、ＥＬＩＳＡにより、クレード１ａ（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＷＩＶ１）、クレード１ｂ（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＲａｔＧ１３、ＰａｎｇＧＤ、ＰａｎｇＧＸ）、クレード２（Ａｎｌｏｎｇ１１２、ＹＮ２０１３、ＳＣ２０１８、ＳＸ２０１１、ＺＣ４５）、クレード３（ＢｔＫＹ７２、ＢＧＲ２００８、Ｎ５０１Ｙ）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２変異体（Ｎ５０１Ｙ、Ｙ４５３Ｆ、Ｎ４３９Ｋ、Ｋ４１７Ｖ、Ｎ５０１Ｙ－Ｋ４１７Ｎ－Ｅ４８４Ｋ）ＲＢＤへの結合（ＥＬＩＳＡ）についても試験した。配列番号４４８のＶＨと配列番号４１２のＶＬとを有するＳ２Ｘ２５９バリアント（検出可能にＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＷＩＶ１、ＲａｔＧ１３、ＰａｎＧＸ、Ａｎｌｏｎｇ１１２、ＹＮ２０１３、ＳＣ２０１８、ＳＸ２０１１、ＺＣ４５、ＢｔＫＹ４７２、およびＢＧＲ２００８に結合しなかった）を除いて、Ｓ２Ｘ２５９抗体全てが、試験したＲＢＤの全てに１～１，０００ｎｇ／ｍＬの間のＥＣ５０で結合し、大部分のＥＣ５０値は１～１００ｎｇ／ｍＬの間であった。
Ｓ２Ｘ２５９抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化したＭＬＶによる感染を中和するそれらの能力についても評価した。ＩＣ５０値は、表２４に示すとおりであった。
Figure 2023523549000114
加えて、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ変異をＦｃに有するｒＩｇＧ１として発現させた、配列番号４０８のＶＨアミノ酸配列と配列番号４１２のＶＬアミノ酸配列とを有するバリアント抗体は、１８４．２ｎｇ／ｍＬのＩＣ５０を有した。比較のために、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ変異をＦｃに有するｒＩｇＧ１として同じく発現させた次の抗体を試験し、次のＩＣ５０値を得た：Ｓ２Ｋ１５＝５７０．３ｎｇ／ｍＬ；Ｓ２Ｈ９０＝１１５．１ｎｇ／ｍＬ；Ｓ２Ｈ９４＝１６７１ｎｇ／ｍＬ；Ｓ２Ｈ９７＝２７６１ｎｇ／ｍＬ。
Ｓ２Ｘ２５９抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶでシュードタイプ化したＶＳＶによる感染を中和するそれらの能力についても評価した。抗体Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２、ＶＬ配列番号１７６）およびＳ２Ｈ９４も試験した。ＩＣ５０値は、表２５に示すとおりであった。
Figure 2023523549000115
Ｓ２Ｘ２５９抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＧＤ１９、ＧＸ１７、ＷＩＶ－１、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でシュードタイプ化したＶＳＶによる感染を中和するそれらの能力についても評価した。抗体Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１７２、ＶＬ配列番号１７６）およびＳ２Ｈ９４も試験した。配列番号４４８のＶＨと配列番号４１２のＶＬとを有するバリアントを除いて、全てのＳ２Ｘ２５９抗体は、シュードタイプ化ＶＳＶウイルスの全てを、４５０ｎｇ／ｍＬ未満、ほとんどの場合、３００ｎｇ／ｍＬ未満または２００ｎｇ／ｍＬ未満のＩＣ５０値で中和した。このアッセイでは、Ｓ２Ｈ９４は、ＷＩＶ－１も、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２も、ＧＸ１７も中和しなかった。このアッセイでは、Ｓ３０９は、ＷＩＶ－１を中和しなかった。２つのＳ２Ｘ２５９バリアント（ＶＨ＝配列番号４０８、ＶＬ＝配列番号４４３；ＶＨ＝配列番号４０８、ＶＬ＝配列番号４４５）は、シュードタイプ化ＶＳＶウイルスの全ての全てを１００ｎｇ／ｍＬ未満のＩＣ５０で中和した。
３つの追加のＳ２Ｘ２５９バリアント抗体を生成し、結合の範囲（ＥＬＩＳＡ）、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞およびＶｅｒｏ－ＴＭＰＲＳＳ２細胞におけるＶＳＶシュードウイルスに対する中和、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞におけるＭＬＶシュードウイルスに対する中和、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合（ＢＬＩにより）、ならびに細胞系生産性および溶出プロファイリングについて試験した。これら３つの追加のＳ２Ｘ２５９バリアント抗体は、以下のとおりのＶＨおよびＶＬアミノ酸配列を有する：
・ ＶＨ＝配列番号４５８、ＶＬ＝配列番号４４５
・ ＶＨ＝配列番号４５９、ＶＬ＝配列番号４４５
・ ＶＨ＝配列番号４６０、ＶＬ＝配列番号４４５
ＥＬＩＳＡ結合研究では、以下のウイルスを使用した：クレード１ａ（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＷＩＶ１）、クレード２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＲａｔＧ１３、ＰａｎｇＧＤ、ＰａｎｇＧＸ）、クレード２（Ａｎｌｏｎｇ１１２、ＹＮ２０１３、ＳＣ２０１８、ＳＸ２０１１、ＺＣ４５）、クレード３（ＢｔｋＹ７２、ＢＧＲ２００８）；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２変異体（Ｎ５０１Ｙ、Ｙ４５３Ｆ、Ｎ４３９Ｋ、Ｋ４１７Ｖ、Ｅ４８４Ｋ、Ｂ．１．３５１、Ｂ．１．４２９、Ｐ．１、Ｂ．１．１２２２）。２つの他のＳ２Ｘ２５９バリアント抗体、ならびに抗体Ｓ２Ｈ９およびＳ２Ｋ１４６を、対照として使用した。３つの追加のＳ２Ｘ２５９バリアントによる結合を表２６に要約する。これらの結果は、配列番号４０８のＶＨと配列番号４４５のＶＬとを有する抗体を含む、他のＳ２Ｘ２５９抗体で達成された結果と同等であったか、またはそれらの結果より良好であった。
Figure 2023523549000116
Figure 2023523549000117
ＶＳＶシュードウイルスを（ＶｅｒｏＥ６細胞およびＶｅｒｏ－ＴＭＰＲＳＳ２細胞において）およびＭＳＶシュードウイルスを（Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞において）使用する抗体の中和ＩＣ５０値は、表２７に示すとおりであった。別のＳ２Ｘ２５９バリアント抗体（配列番号４０８のＶＨ、配列番号４４５のＶＬ）を解析に含めた。
Figure 2023523549000118
ＢＬＩを使用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する抗体の親和性の測定結果を、表２８および２９に示す。別のＳ２Ｘ２５９バリアント抗体（配列番号４０８のＶＨ、配列番号４４５のＶＬ）を解析に含めた。
Figure 2023523549000119
Figure 2023523549000120
Ｓ２Ｘ２５９バリアント抗体をＥｐｉ－ＣＨＯ細胞において発現させ、生産性および溶出プロファイルを評価した。結果を表３０に要約する。
Figure 2023523549000121
（実施例１７）
材料および方法
哺乳動物細胞上に発現されたＣｏＶ Ｓタンパク質への結合についてのフローサイトメトリーに基づくスクリーニング
ＥｘｐｉＣＨＯ細胞に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶおよびＭＥＲＳ－ＣｏＶのＳタンパク質を、または陰性対照として空のプラスミドを、トランスフェクトした。次いで、モノクローナル抗体を、１０μｇ／ｍｌで、フローサイトメトリーにより、２０１９－ｎＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶのＳタンパク質を発現するＥｘｐｉＣＨＯ細胞またはモック細胞トランスフェクタントを染色するそれらの能力について試験した。
組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質の一過性発現
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株（２０１９－ｎＣｏＶ－Ｓ）ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９分離株（受託番号ＭＮ９０８９４７）の全長Ｓ遺伝子を、ヒト細胞発現のためにコドン最適化し、ｐｈＣＭＶ１発現ベクター（Ｇｅｎｌａｎｔｉｓ）にクローニングした。Ｅｘｐｉｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＣＨＯエンハンサーを使用して、ｐｈＣＭＶ１－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ、ｐｈＣＭＶ１－ＭＥＲＳ－ＣｏＶ－Ｓ（Ｌｏｎｄｏｎ１／２０１２）、ＳＡＲＳ－スパイク＿ｐｃＤＮＡ．３（ＳＡＲＳ株）または空のｐｈＣＭＶ１（モック）をＥｘｐｉ－ＣＨＯ細胞に一過性にトランスフェクトした。トランスフェクションの２日後、細胞を収集し、固定したか、または固定し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に反応するモノクローナル抗体のパネルでの免疫染色のためにサポニンで透過処理した。Ａｌｅｘａ６４７標識二次抗体抗ヒトＩｇＧ Ｆｃを検出に使用した。トランスフェクト細胞への抗体の結合を、ＺＥ５セルアナライザー（Ｂｉｏｒａｒｄ）およびＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ）を使用してフローサイトメトリーにより分析した。陽性結合を、ＣｏＶ－Ｓトランスフェクタントのモックトランスフェクタントに対する分染により定義した。
Ｏｃｔｅｔ（ＢＬＩ、バイオレイヤー干渉法）を使用する競合実験
本明細書で別段の指示がない限り、抗Ｈｉｓセンサー（ＢＩＯＳＥＮＳＯＲ ＡＮＴＩ－ＰＥＮＴＡ－ＨＩＳ（ＨＩＳ１Ｋ））を使用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＳ１サブユニットタンパク質（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｕｒｏｐｅ ＧｍｂＨ）を固定した。センサーを、１０分間、キネティクス緩衝液（ＫＢ；ＰＢＳ中、０．０１％のエンドトキシン不含のＢＳＡ、０．００２＾ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）－２０、０．００５％ＮａＮ３）で水和した。次いで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ Ｓ１サブユニットタンパク質を、８分間、ＫＢ中１０μｇ／ｍｌの濃度でロードした。抗体を、全長ｍＡｂ ｎＣｏＶ－１０およびｎＣｏｖ－６ ｍＡｂについては１５μｇ／ｍｌで、Ｆａｂ ｎＣｏＶ－４については５μｇ／ｍｌで、ならびにｎＣｏＶ－１を含む後続の実験では全て１０μｇ／ｍｌで、６分間、会合させた。次いで、競合抗体を同じ濃度でさらに６分間、会合させた。
Ｏｃｔｅｔ（ＢＬＩ、バイオレイヤー干渉法）を使用する競合実験
ＡＣＥ２競合実験のために、ＡＣＥ２－Ｈｉｓ（Ｂｉｏ－Ｔｅｃｈｎｅ ＡＧ）を、３０分間、ＫＢ中５μｇ／ｍｌで抗ＨＩＳ（ＨＩＳ２）バイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ－ＦｏｒｔｅＢｉｏ）上にロードした。抗体を含むまたは含まないプレインキュベーション（３０μｇ／ｍｌ、３０分）後に１５分間、１μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤ－ウサギＦｃまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－マウスＦｃ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｕｒｏｐｅ ＧｍｂＨ）を会合させた。解離を５分間モニターした。
Ｏｃｔｅｔ（ＢＬＩ、バイオレイヤー干渉法）を使用する親和性の決定
全長抗体のＫＤ決定のために、キネティクス緩衝液での１０分間の湿潤化ステップ後、プロテインＡバイオセンサー（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用して、２．７μｇ／ｍｌの組換え抗体を１分間、固定した。抗体でコーティングされたセンサーを異なる濃度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（内部で生成；ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７、からのスパイクの残基３３１～５５０）とともにインキュベートすることにより、５分間、会合曲線を記録した。試験した最高ＲＢＤ濃度は１０ｕｇ／ｍｌであり、その後これを１：２．５で連続希釈した。ＫＢを含有するウェルにセンサーを移動させることによって、解離を９分間記録した。ＫＤ値を、グローバルフィットモデル（Ｏｃｔｅｔ）を使用して算出した。Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）装置を使用した。
Ｆａｂ断片と比較して全長抗体のＫＤを決定するために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＨｉｓタグ付きＲＢＤを、ＫＢ中３μｇ／ｍｌで１５分間、抗ＨＩＳ（ＨＩＳ２）バイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ、ＦｏｒｔｅＢｉｏ）上にロードした。全長抗体およびＦａｂの会合を、ＫＢ中それぞれ１５ｕｇ／ｍｌおよび５ｕｇ／ｍｌで５分間、行った。ＫＢ中での解離を１０分間測定した。
ＥＬＩＳＡ結合
ｍＡｂとＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクＳ１サブユニットタンパク質（ＷＨ２０株）タンパク質の反応性を、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）により決定した。手短に述べると、９６ウェルプレートを３μｇ／ｍｌの組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクＳ１サブユニットタンパク質（Ｓｉｎｏ．Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）でコーティングした。ウェルを洗浄し、ＰＢＳ＋１％ＢＳＡで１時間、室温でブロックし、次いで、連続希釈したｍＡｂとともに１時間、室温でインキュベートした。結合したｍＡｂを、アルカリホスファターゼコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：２０４０－０４）を１時間、室温でインキュベートすることにより検出し、０．１Ｍグリシン緩衝液（ｐＨ１０．４）中の１ｍｇ／ｍｌのｐ－ニトロフェニルリン酸基質により３０分間、室温で発色させた。光学密度（ＯＤ）値をＥＬＩＳＡリーダー（Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ ３４０／９６分光光度計、ＢｉｏＴｅｋ）において４０５ｎｍの波長で測定した。
中和アッセイ
別段の指示がない限り、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐ）、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶｐｐ）を使用した。ＡＣＥ２を安定にトランスフェクトしたＤＢＴ細胞（ＤＢＴ－ＡＣＥ２）を標的細胞として使用した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶｐｐを１０ｕｇ／ｍｌのトリプシンＴＰＣＫで活性化した。活性化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶｐｐを、抗体の希釈系列（抗体ごとに５０ｕｇ／ｍｌの最終濃度で出発して、３倍希釈）に添加した。ＤＢＴ－ＡＣＥ２細胞を抗体－ウイルス混合物に添加し、４８時間インキュベートした。細胞培養上清の吸引およびｓｔｅａｄｙ－ＧＬＯ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ）の添加後に発光を測定した。
別段の指示がない限り、シュード粒子中和アッセイは、ＶＳＶに基づくルシフェラーゼレポーターシュードタイピングシステム（Ｋｅｒａｆａｓｔ）を使用する。ＶＳＶシュード粒子および抗体をＤＭＥＭ中で混合し、３０分間、３７℃でインキュベートする。次いで、感染混合物をＶｅｒｏ Ｅ６細胞とともに１時間、３７℃でインキュベートし、続いて、Ｐｅｎ－Ｓｔｒｅｐと１０％ＦＢＳとを含有するＤＭＥＭを添加する（感染混合物を除去しない）。細胞を３７℃で１８～２４時間インキュベートする。Ｂｉｏ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）の添加後、Ｅｎｓｉｇｈｔプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用してルシフェラーゼを測定する。
ＳＰＲシングルサイクルキネティクス
ＳＰＲ実験は、シングルサイクルキネティクス手法を使用してＢｉａｃｏｒｅ Ｔ２００装置を用いて行った。Ｓ３０９ ＩｇＧを表面上で捕捉し、グリコシル化されたまたは脱グリコシル化された、漸増濃度の精製されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを注入した。会合および解離キネティクスをモニターし、結合モデルにあてはめて親和性を決定した。
組換え抗体の発現
組換え抗体を、以前に記載されたように重鎖を発現するプラスミドと軽鎖を発現するプラスミドとを一過性に共トランスフェクトしたＥｘｐｉＣＨＯ細胞に発現させた。（Ｓｔｅｔｔｌｅｒ ｅｔ ａｌ． （２０１６） Ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ， ｃｒｏｓｓ－ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ， ａｎｄ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｂｙ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ． Ｓｃｉｅｎｃｅ， ３５３（６３０１）， ８２３－８２６）。モノクローナル抗体Ｓ３０３、Ｓ３０４、Ｓ３０６、Ｓ３０９、Ｓ３１０およびＳ３１５を、ｒＩｇＧ－ＬＳ抗体として発現させた。ＬＳ変異は、ｉｎ ｖｉｖｏでのより長い半減期をもたらす。（Ｚａｌｅｖｓｋｙ ｅｔ ａｌ． （２０１０） Ｅｎｈａｎｃｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｈａｌｆ－ｌｉｆｅ ｉｍｐｒｏｖｅｓ ｉｎ ｖｉｖｏ ａｃｔｉｖｉｔｙ． Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２８（２）， １５７－１５９）。
配列アラインメント
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム配列を、２０２０年３月２９日にＧＩＳＡＩＤから「ｃｏｍｐｌｅｔｅ（＞２９，０００ｂｐ）」および「ｌｏｗ ｃｏｖｅｒａｇｅ ｅｘｃｌｕｓｉｏｎ」フィルターを使用してダウンロードした。コウモリおよびセンザンコウ配列を除去して、ヒトのみの配列を得た。ＧｅｎｅＷｉｓｅ２で参照タンパク質（ＹＰ＿００９７２４３９０．１）－ゲノムアラインメントを行うことにより、スパイクＯＲＦの位置を特定した。不完全マッチおよびインデル含有ＯＲＦをレスキューし、下流の分析に含めた。ｓｅｑｋｉｔを使用して、ヌクレオチド配列をｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳した。１０％より多くの未確定アミノ酸を（Ｎベースコールに起因して）有する配列を除去した。ＭＡＦＦＴを使用して多重配列アラインメントを行った。アラインメントされた配列（ｎ＝２，２２９）と参照配列とを、Ｒ／ＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒパッケージＢｉｏｓｔｒｉｎｇｓを使用して比較することにより、バリアントを決定した。同様の戦略を使用して、ＶｉＰＲが出典のＳＡＲＳ－ＣｏＶゲノムからスパイクタンパク質配列を抽出し、翻訳した（検索基準：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を除外するために２０１９年１２月より前に寄託された、ＳＡＲＳ関連コロナウイルス、全長ゲノム、ヒト宿主、ｎ＝５３）。提供されているＳＡＲＳ－ＣｏＶゲノム配列は、数ある中でもＵｒｂａｎｉ、Ｔｏｒ２、ＴＷ１、Ｐ２、Ｆｒａｎｋｆｕｒｔ１などの、主要な公開株の全てを含んでいた。Ｔｓａｎ－Ｙｕｋ Ｌａｍらにより示されたようなセンザンコウ配列は、ＧＩＳＡＩＤが出典であった。Ｌｕ ｅｔ ａｌ （Ｌａｎｃｅｔ ２０２０）により示されたようなサルベコウイルスの３つの分岐群からのコウモリ配列は、Ｇｅｎｂａｎｋが出典であった。ジャコウネコおよびタヌキ配列は、同様にＧｅｎｂａｎｋが出典であった。
安定した過剰発現細胞系の生成
レンチウイルスを、ＤＣ－ＳＩＧＮ（ＣＤ２０９）、Ｌ－ＳＩＧＮ（ＣＬＥＣ４Ｍ）、ＳＩＧＬＥＣ１、ＴＭＰＲＳＳ２またはＡＣＥ２をコードするレンチウイルス発現プラスミド（全てＧｅｎｅｃｏｐｏｅｉａから得た）とそれぞれのレンチウイルスヘルパープラスミドとをＬｅｎｔｉ－Ｘ ２９３Ｔ細胞（タカラバイオ株式会社）にコトランスフェクトすることにより生成した。トランスフェクションの４８時間後、上清中のレンチウイルスを回収し、超遠心分離法により２時間、２０，０００ｒｐｍで濃縮した。Ｌｅｎｔｉ－Ｘ ２９３Ｔ（タカラバイオ株式会社）、Ｖｅｒｏ Ｅ６（ＡＴＣＣ）、ＭＲＣ５（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）、Ａ５４９（ＡＴＣＣ）に、６ｕｇ／ｍＬのポリブレン（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）の存在下で２４時間、形質導入した。２つの導入遺伝子を過剰発現する細胞系に、その後、形質導入した。ピューロマイシンおよび／またはブラストサイジン（Ｇｉｂｃｏ）での選択を形質導入の２日後に開始し、選択試薬を全てのその後の培養について成長培地中に保持した。単一細胞クローンは、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２細胞系に由来した。全ての他の細胞系は、細胞プールを表す。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和
１０％ＦＢＳ（ＶＷＲ）および１×ペニシリン／ストレプトマイシン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を補充したＤＭＥＭにおいて培養したＶｅｒｏ Ｅ６またはＶｅｒｏ Ｅ６－ＴＭＰＲＳＳ２細胞を、黒色９６ウェルプレートに２０，０００細胞／ウェルで播種した。モノクローナル抗体の連続１：４希釈物を、ＢＳＬ－３施設において、２００ｐｆｕのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（分離株ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、継代３、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞中で継代させた）とともに３０分間、３７℃でインキュベートした。細胞上清を除去し、ウイルス－抗体混合物を細胞に添加した。感染の２４時間後、細胞を４％パラホルムアルデヒドで３０分間固定し、続いて、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）洗浄を２回行い、ＰＢＳ中の０．２５％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００での３０分間の透過処理を行った。５％粉乳／ＰＢＳ中で３０分間、ブロッキングした後、細胞を、１時間、１：２０００希釈のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質を標的とする一次抗体（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、カタログ番号４０１４３－Ｒ００１）とともにインキュベートした。洗浄、および１ｕｇ／ｍｌのＨｏｅｃｈｓｔ３３３４２と混合した二次Ａｌｅｘａ６４７標識抗体との１時間のインキュベーション後、プレートを自動細胞イメージングリーダー（Ｃｙｔａｔｉｏｎ ５、Ｂｉｏｔｅｋ）で撮像し、製造業者の供給ソフトウェアを使用してヌクレオカプシド陽性細胞を計数した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃ中和
野生型ウイルスに匹敵する成長キネティクスを明らかに示す、ウイルスＯＲＦ７の代わりにナノルシフェラーゼをコードするＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性クローン（２０１９－ｎＣｏＶ／ＵＳＡ＿ＷＡ１／２０２０株に基づく）である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃ（Ｘｉｅ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ Ｃｏｍｍ， ２０２０， ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４１４６７－０２０－１９０５５－７）を使用して、中和を決定した。細胞を黒い壁面の透明底９６ウェルプレートに２０，０００細胞／ウェルで播種し（２９３Ｔ細胞をポリ－Ｌ－リシンをコーティングしたウェルに３５，０００細胞／ウェルで播種し）、一晩、３７℃で培養した。翌日、抗体の９点４倍連続希釈物を感染培地（ＤＭＥＭ＋１０％ＦＢＳ）中で調製した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃを示したＭＯＩで感染培地中に希釈し、抗体希釈物に添加し、３０分間、３７℃でインキュベートした。培地を細胞から除去し、ｍＡｂ－ウイルス複合体を添加し、細胞を３７℃で２４時間インキュベートした。培地を細胞から除去し、Ｎａｎｏ－Ｇｌｏルシフェラーゼ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ）を製造業者の推奨に従って添加し、１０分間、ＲＴでインキュベートし、ルシフェラーゼシグナルをＶＩＣＴＯＲ Ｎｉｖｏプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）で定量した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ＶＳＶ産生および中和
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化水疱性口内炎ウイルスを生成するために、Ｌｅｎｔｉ－Ｘ ２９３Ｔ細胞（タカラバイオ株式会社）を１０ｃｍディッシュに翌日の集密度が８０％になるように播種した。翌日、ＴｒａｎｓＩＴ－Ｌｅｎｔｉ（Ｍｉｒｕｓ Ｂｉｏ）を製造業者の指示に従って使用して、Ｃ末端１９ａａ短縮を保有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ－糖タンパク質（ＹＰ＿００９７２４３９０．１）をコードするプラスミドを細胞にトランスフェクトした。トランスフェクションの１日後、細胞をＶＳＶ（Ｇ＊ΔＧ－ルシフェラーゼ）（Ｋｅｒａｆａｓｔ）に３感染単位／細胞のＭＯＩで感染させた。ウイルス接種材料を１時間後に洗浄除去し、細胞をさらに１日、３７℃でインキュベートした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ＶＳＶを含有する細胞上清を感染の２日後に収集し、５分間、１０００×ｇで遠心分離して、細胞デブリを除去し、小分けし、－８０℃で凍結させた。
ウイルス中和のために、細胞を黒い壁面の透明底９６ウェルプレートに２０，０００細胞／ウェルで播種し（２９３Ｔ細胞をポリ－Ｌ－リシンをコーティングしたウェルに３５，０００細胞／ウェルで播種し）、一晩、３７℃で培養した。翌日、抗体の９点４倍連続希釈物を培地中で調製した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ＶＳＶを、１００ｎｇ／ｍＬの抗ＶＳＶ－Ｇ抗体（クローン８Ｇ５Ｆ１１、Ａｂｓｏｌｕｔｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ）の存在下、培地中で１：３０希釈し、１：１を各抗体希釈物に添加した。ウイルス：抗体混合物を１時間、３７℃でインキュベートした。培地を細胞から除去し、５０μＬのウイルス：抗体混合物を細胞に添加した。感染の１時間後、１００μＬの培地を全てのウェルに添加し、１７～２０時間、３７℃でインキュベートした。培地を除去し、５０μＬのＢｉｏ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）を各ウェルに添加した。プレート振盪機を用いて３００ＲＰＭで、室温で、１５分間、プレートを振盪し、ＥｎＳｉｇｈｔプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ－Ｅｌｍｅｒ）を用いてＲＬＵを読み取った。
トランスフェクションに基づく結合受容体スクリーニング
Ｌｅｎｔｉ－Ｘ ２９３Ｔ細胞（タカラバイオ株式会社）に、次の受容体候補をコードするプラスミド（全てＧｅｎｅｃｏｐｏｅｉａから購入）をトランスフェクトした：ＡＣＥ２（ＮＭ＿０２１８０４）、ＤＣ－ＳＩＧＮ（ＮＭ＿０２１１５５）、Ｌ－ＳＩＧＮ（ＢＣ１１０６１４）、ＬＧＡＬＳ３（ＮＭ＿００２３０６）、ＳＩＧＬＥＣ１（ＮＭ＿０２３０６８）、ＳＩＧＬＥＣ３（ＸＭ＿０５７６０２）、ＳＩＧＬＥＣ９（ＢＣ０３５３６５）、ＳＩＧＬＥＣ１０（ＮＭ＿０３３１３０）、ＭＧＬ（ＮＭ＿１８２９０６）、ＭＩＮＣＬＥ（ＮＭ＿０１４３５８）、ＣＤ１４７（ＮＭ＿１９８５８９）、ＡＳＧＲ１（ＮＭ＿００１６７１．４）、ＡＳＧＲ２（ＮＭ＿０８０９１３）、ＮＲＰ１（ＮＭ＿００３８７３）。トランスフェクションの１日後、１００ｎｇ／ｍＬの抗ＶＳＶ－Ｇ抗体（クローン８Ｇ５Ｆ１１、Ａｂｓｏｌｕｔｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ）の存在下、３７℃で、１：２０希釈のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ＶＳＶで、細胞を感染させた。感染の１時間後、１００μＬの培地を全てのウェルに添加し、１７～２０時間、３７℃でインキュベートした。培地を除去し、５０μＬのＢｉｏ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）を各ウェルに添加した。プレート振盪機を用いて３００ＲＰＭで、室温で、１５分間、プレートを振盪し、ＥｎＳｉｇｈｔプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ－Ｅｌｍｅｒ）を用いてＲＬＵを読み取った。
トランス感染
親ＨｅＬａ細胞、またはＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮもしくはＳＩＧＬＥＣ１を安定的に発現するＨｅＬａ細胞を、黒い壁面の透明底９６ウェルプレートに１ウェルあたり５，０００細胞で播種した。１日後、細胞は、約５０％の集密度に達し、これらの細胞に、１００ｎｇ／ｍＬの抗ＶＳＶ－Ｇ抗体（クローン８Ｇ５Ｆ１１、Ａｂｓｏｌｕｔｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ）の存在下、３７℃で２時間、１：１０希釈のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ＶＳＶを接種した。トランス感染の抗体媒介性阻害のために、細胞を１０ｕｇ／ｍＬの抗ＳＩＧＬＥＣ１抗体（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、クローン７－２３９）とともに３０分間、プレインキュベートした。２時間の接種後、細胞を完全培地で４回洗浄し、１ウェルあたり１０，０００のＶｅｒｏＥ６－ＴＭＰＲＳＳ２細胞を添加し、トランス感染のために１７～２０時間、３７℃でインキュベートした。培地を除去し、５０μＬのＢｉｏ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）を各ウェルに添加した。プレート振盪機を用いて３００ＲＰＭで、室温で、１５分間、プレートを振盪し、ＥｎＳｉｇｈｔプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ－Ｅｌｍｅｒ）を用いてＲＬＵを読み取った。
ＣＨＯ－Ｓ細胞の細胞－細胞融合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質を安定的に発現するＣＨＯ細胞を、顕微鏡観察用の９６ウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に１２’５００細胞／ウェルで播種し、翌日、異なる濃度のｍＡｂおよび核マーカーＨｏｅｃｈｓｔ（最終希釈１：１０００）を細胞に添加し、さらに２４時間インキュベートした。Ｃｙｔａｔｉｏｎ ５ Ｉｍａｇｅｒ（ＢｉｏＴｅｋ）を使用して融合度を確立し、物体検出プロトコールを使用して物体として核を検出し、それらのサイズを測定した。融合細胞（すなわち、シンシチウム）の核がシンシチウムの中心に凝集した状態で見出され、そのサイズに従ってゲートされる独特の大きい物体として認識される。融合細胞内の物体の面積を全ての物体の総面積で割って１００をかけることにより、融合細胞のパーセンテージが得られる。
免疫蛍光分析
ＨＥＫ ２９３Ｔ細胞をポリ－Ｄ－リシンをコーティングした９６ウェルプレート（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）に播種し、播種の２４時間後に４％パラホルムアルデヒドで３０分間固定し、続いて、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）洗浄を２回行い、ＰＢＳ中の０．２５％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で３０分間の透過処理を行った。３％粉乳／ＰＢＳで希釈した、一次抗体である抗ＤＣ－ＳＩＧＮ／Ｌ－ＳＩＧＮ（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、カタログ番号８４５００２、１：５００希釈）、抗ＤＣ－ＳＩＧＮ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、カタログ番号１３１９３Ｓ、１：５００希釈）、抗ＳＩＧＬＥＣ１（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、カタログ番号３４６００２、１：５００希釈）または抗ＡＣＥ２（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号ＡＦ９３３、１：２００希釈）とともに、細胞を２時間、室温でインキュベートした。洗浄、および１ｕｇ／ｍｌ Ｈｏｅｃｈｓｔ３３３４２と混合した二次Ａｌｅｘａ６４７標識抗体との１時間のインキュベーション後、倒立蛍光顕微鏡（Ｅｃｈｏ Ｒｅｖｏｌｖｅ）でプレートを撮像した。
ＡＣＥ２／ＴＭＰＲＳＳ２ ＲＴ－ｑＰＣＲ
ＮｕｃｌｅｏＳｐｉｎ ＲＮＡ Ｐｌｕｓキット（Ｍａｃｈｅｒｅｙ－Ｎａｇｅｌ）を製造業者のプロトコールに従って使用して、細胞からＲＮＡを抽出した。Ｈｉｇｈ Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎキット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を製造業者の指示に従って使用して、ＲＮＡを逆転写した。Ｌｕｎａ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ｑＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）を製造業者のプロトコールに従って使用して、ＡＣＥ２（フォワードプライマー：ＣＡＡＧＡＧＣＡＡＡＣＧＧＴＴＧＡＡＣＡＣ（配列番号４６１）、リバースプライマー：ＣＣＡＧＡＧＣＣＴＣＴＣＡＴＴＧＴＡＧＴＣＴ（配列番号４６２））、ＨＰＲＴ（フォワードプライマー：ＣＣＴＧＧＣＧＴＣＧＴＧＡＴＴＡＧＴＧ（配列番号４６３）、リバースプライマー：ＡＣＡＣＣＣＴＴＴＣＣＡＡＡＴＣＣＴＣＡＧ（配列番号４６４））、およびＴＭＰＲＳＳ２（フォワードプライマー：ＣＡＡＧＴＧＣＴＣＣＲＡＣＴＣＴＧＧＧＡＴ（配列番号４６５）、リバースプライマー：ＡＡＣＡＣＡＣＣＧＲＴＴＣＴＣＧＴＣＣＴＣ（配列番号４６６））の細胞内レベルを定量した。ＡＣＥ２およびＴＭＰＲＳＳ２のレベルをＨＰＲＴに正規化した。Ｈｅｌａ細胞を参照試料として使用した。全てのｑＰＣＲを、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ３ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）で実行した。
ＳＡＲＳ２ Ｄ６１４Ｇスパイク生成およびビオチン化
Ｃ末端ＴＥＶ切断部位と、Ｔ４バクテリオファージフィブリチンフォールドンと、８×Ｈｉｓ－、Ａｖｉ－およびＥＰＥＡ－タグとを有する、プレフュージョン安定化ＳＡＲＳ２ Ｄ６１４Ｇスパイク（アミノ酸配列Ｑ１４～Ｋ１２１１を含む）を、２９３フェクチンをトランスフェクション試薬として使用してＨＥＫ２９３ Ｆｒｅｅｓｔｙｌｅ細胞にトランスフェクトした。細胞を３日間、３７℃で放置して、タンパク質を産生させた。その後、細胞を３０分間、５００×ｇで遠心分離し、続いて３０分間、４０００×ｇでさらに回転させることにより、上清を回収した。細胞培養上清を０．２ｕｍフィルターに通して濾過し、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８および２００ｍＭ ＮａＣｌで事前に平衡化した５ｍＬ Ｃタグ親和性マトリックスカラムにロードした。１０カラム体積の１００ｍＭ Ｔｒｉｓ、２００ｍＭ ＮａＣｌおよび３．８ｍＭ ＳＥＰＥＡペプチドを使用して、ＳＡＲＳ２ Ｄ６１４Ｇスパイクを溶出した。溶出ピークを濃縮し、泳動緩衝液として５０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８および２００ｍＭ ＮａＣｌを使用してＳｕｐｅｒｏｓｅ ６ ｉｎｃｒｅａｓｅ １０／３００ ＧＬゲル濾過カラムに注入した。単分散ＳＡＲＳ２ Ｄ６１４Ｇスパイクに対応するＳＥＣ画分を収集し、－８０℃での保管のために液体窒素で急速凍結させた。精製されたＳＡＲＳ２ Ｄ６１４Ｇスパイクタンパク質を、ＡｖｉｄｉｔｙからのＢｉｒＡ５００ビオチン化キットを使用してビオチン化した。５０ｕｇのスパイクタンパク質に、５ｕｇのＢｉｒＡ、ならびに１１ｕＬのＢｉｏｍｉｘＡおよびＢｉｏｍｉｘＢを添加した。ビオチン化反応中の最終スパイクタンパク質濃度は、約１ｕＭであった。反応を１６時間、４℃で放置して進行させた。その後、１×ＰＢＳ ｐＨ７．４で事前に平衡した２本のＺｅｂａスピンカラムを使用してタンパク質を脱塩した。
ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１およびＡＣＥ－２についてのフローサイトメトリー解析
ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を発現するＨＥＫ ２９３Ｔ細胞を４×１０６細胞／ｍＬで再懸濁させ、ウェルあたり１００μＬをＶ底９６ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ、３８９４）に播種した。プレートを２，０００ｒｐｍで５分間、遠心分離し、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）で洗浄した。Ｇｈｏｓｔ ｖｉｏｌｅｔ ５１０細胞生死判定用色素（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、カタログ番号１３－０８７０－Ｔ１００、１：１，０００希釈）を含有する２００μＬのＰＢＳに細胞を再懸濁させ、１５分間、氷上でインキュベートし、その後、洗浄した。１：１００希釈の一次抗体：マウス抗ＤＣ／Ｌ－ＳＩＧＮ（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、カタログ番号８４５００２）、ウサギ抗ＤＣ－ＳＩＧＮ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、カタログ番号１３１９３）、マウス抗ＳＩＧＬＥＣ１（Ｂｉｏｌｏｇｅｎｄ、カタログ番号３４６００２）またはヤギ抗ＡＣＥ２（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号ＡＦ９３３）、を含有するＰＢＳ中の０．５％ＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）を用いて調製した１００μＬのＦＡＣＳ緩衝液に、細胞を再懸濁させた。氷上での１時間のインキュベーション後、細胞を２回洗浄し、１：２００希釈のＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ－４８８標識二次抗体：ヤギ抗マウス（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ カタログ番号Ａ１１００１）、ヤギ抗ウサギ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ カタログ番号Ａ１１００８）またはロバ抗ヤギ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ カタログ番号Ａ１１０５５）、を含有するＦＡＣＳ緩衝液に再懸濁させた。氷上での４５分間のインキュベーション後、細胞を２００μＬのＦＡＣＳ緩衝液で３回洗浄し、２００μＬの４％ＰＦＡ（Ａｌｆａ Ａｅｓａｒ）で１５分間、室温で固定した。細胞を３回洗浄し、２００μＬのＦＡＣＳ緩衝液に再懸濁させ、ＣｙｔｏＦＬＥＸフローサイトメーター（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用してフローサイトメトリーにより解析した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクおよびＲＢＤの細胞への結合のフローサイトメトリー
ビオチン化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＤ６１４Ｇタンパク質（Ｓｐｉｋｅｂｉｏｔｉｎ、自社で生成）またはビオチン化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤｂｉｏｔｉｎ、Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、４０５９２－Ｖ０８Ｂ）を、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６４７ストレプトアビジン（ＡＦ６４７－ｓｔｒｅｐ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｓ２１３７４）とともに、体積比１：２０で２０分間、室温でインキュベートした。その後、標識タンパク質をさらなる使用まで４℃で保管した。細胞をＴｒｐＬＥ Ｅｘｐｒｅｓｓ（Ｇｉｂｃｏ、１２６０５－０１０）で解離させ、１０５細胞を９６ウェルＶ底プレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ、３８９４）の各ウェルに移した。細胞をフローサイトメトリー緩衝液（ＰＢＳ中の２％ＦＢＳ（Ｃａ／Ｍｇ不含））で２回洗浄し、２０μｇ／ｍｌの最終濃度のＳｐｉｋｅｂｉｏｔｉｎ－ＡＦ６４７－ｓｔｒｅｐ、または７．５μｇ／ｍｌの最終濃度のＲＢＤｂｉｏｔｉｎ－ＡＦ６４７－ｓｔｒｅｐで、１時間、氷上で染色した。染色された細胞をフローサイトメトリー緩衝液で２回洗浄し、１％ＰＦＡ（Ｅｌｅｃｔｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、１５７１４－Ｓ）に再懸濁させ、Ｃｙｔｏｆｌｅｘ ＬＸ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）で解析した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２特異的ｍＡｂの組換え発現。
ヒトｍＡｂを、前に記載したようにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２免疫ドナーの形質細胞またはメモリーＢ細胞から単離した。組換え抗体をＥｘｐｉＣＨＯ細胞において３７℃および８％ＣＯ２で発現させた。ＥｘｐｉＦｅｃｔａｍｉｎｅを使用して、細胞にトランスフェクトした。トランスフェクションの１日後に、トランスフェクト細胞にＥｘｐｉＣＨＯ ＦｅｅｄおよびＥｘｐｉＦｅｃｔａｍｉｎｅ ＣＨＯ Ｅｎｈａｎｃｅｒを補充した。トランスフェクションの８日後に細胞培養上清を収集し、０．２μｍフィルターに通して濾過した。５ｍＬ ＨｉＴｒａｐ（商標）ＭａｂＳｅｌｅｃｔ（商標）ＰｒｉｓｍＡカラムを使用してAＫＴＡｘｐｒｅｓｓ ＦＰＬＣデバイスで組換え抗体を親和性精製し、続いてＨｉＰｒｅｐ ２６／１０脱塩カラムを使用してヒスチジン緩衝液（２０ｍＭヒスチジン、８％スクロース、ｐＨ６）への緩衝液交換を行った。
ハムスターにおけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染モデル
ウイルス調製
本研究で使用したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株、ＢｅｔａＣｏｖ／Ｂｅｌｇｉｕｍ／ＧＨＢ－０３０２１／２０２０（ＥＰＩ ＩＳＬ １０９ ４０７９７６｜２０２０－０２－０３）は、２０２０年２月に中国の武漢から帰国した、ＲＴ－ｑＰＣＲで確認された無症候の患者から採取した、鼻咽頭スワブから回収した。原型的なＷｕｈａｎ－Ｈｕ－１ ２０１９－ｎＣｏＶ（ＧｅｎＢａｎｋ受託１１２番号ＭＮ９０８９４７．３）株との近縁を系統発生解析により確認した。感染性ウイルスをＨｕＨ７およびＶｅｒｏ Ｅ６細胞での連続継代により単離し、継代６のウイルスをここで記載する研究に使用した。ウイルスストックの力価を、ＲｅｅｄおよびＭｕｅｎｃｈの方法によるＶｅｒｏ Ｅ６細胞での終点希釈により決定した。
細胞
Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞（アフリカミドリザル腎臓、ＡＴＣＣ ＣＲＬ－１５８６）を、１０％ウシ胎児血清（Ｉｎｔｅｇｒｏ）と１％Ｌ－グルタミン（Ｇｉｂｃｏ）と１％重炭酸塩（Ｇｉｂｃｏ）とを補充した最小必須培地（Ｇｉｂｃｏ）で培養した。１０％ではなく２％ウシ胎児血清を含有する培地で、終点力価測定を行った。
ハムスターにおけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染モデル
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のハムスター感染モデルは、前に記載した。特定の研究設計を下に概略的に示す。手短に言えば、野生型シリアンゴールデンハムスター（Ｍｅｓｏｃｒｉｃｅｔｕｓ ａｕｒａｔｕｓ）をＪａｎｖｉｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓから購入し、飼料および水を自由に摂取でき、ケージエンリッチメント（木製ブロック）が施されている、換気式アイソレーターケージ（ＩｓｏＣａｇｅ Ｎ Ｂｉｏｃｏｎｔａｉｎｍｅｎｔ Ｓｙｓｔｅｍ、Ｔｅｃｎｉｐｌａｓｔ）に２匹ずつ収容した。研究開始前に４日間、動物を慣れさせた。収容条件および実験手順は、ＫＵ Ｌｅｕｖｅｎの動物実験倫理委員会により承認された（ライセンスＰ０６５－２０２０）。雌６～８週齢ハムスターをケタミン／キシラジン／アトロピンで麻酔し、２×１０６のＴＣＩＤ５０のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含有する５０μＬを鼻腔内接種した（０日目）。
処置レジメン
動物に予防的処置を施した４８時間後に、腹腔内投与（ｉ．ｐ．）により動物を感染させ、外観、行動および体重についてモニターした。感染後（ｐ．ｉ．）４日目に、ハムスターを５００μＬのＤｏｌｅｔｈａｌ（２００ｍｇ／ｍＬのペントバルビタールナトリウム、Ｖｅｔｏｑｕｉｎｏｌ ＳＡ）のｉ．ｐ．注射により安楽死させた。肺を採取し、ウイルスＲＮＡおよび感染性ウイルスを、それぞれ、ＲＴ－ｑＰＣＲおよび終点ウイルス力価測定により定量した。血液試料をＰＫ解析のために感染前に採取した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＴ－ｑＰＣＲ
採取した肺組織を、３５０μＬのＲＬＴ緩衝液（ＲＮｅａｓｙＭｉｎｉｋｉｔ、Ｑｉａｇｅｎ）中でビーズ破壊（Ｐｒｅｃｅｌｌｙｓ）を使用して均質化し、遠心分離（１０．０００ｒｐｍ、５分）して細胞デブリをペレット化した。ＲＮＡを製造業者の指示に従って抽出した。５０μＬの溶出液のうち、４μＬをＲＴ－ｑＰＣＲ反応において鋳型として使用した。ヌクレオカプシドを標的とするＮ２プライマーおよびプローブとを備えているｉＴａｑ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｐｒｏｂｅｓ Ｏｎｅ－Ｓｔｅｐ ＲＴ－ｑＰＣＲキット（ＢｉｏＲａｄ）を使用してＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ９６プラットフォーム（Ｒｏｃｈｅ）でＲＴ－ｑＰＣＲを行った。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｃＤＮＡ（ＩＤＴ）の標準物質を使用して、組織のｍｇあたりまたは血清のｍＬあたりのウイルスゲノムコピー数で表した。
終点ウイルス力価測定
肺組織を、３５０μＬの最小必須培地中でビーズ破壊（Ｐｒｅｃｅｌｌｙｓ）を使用して均質化し、遠心分離（１０，０００ｒｐｍ、５分、４℃）して細胞デブリをペレット化した。感染性ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２粒子を定量するために、９６ウェルプレート内の集密Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞で終点力価測定を行った。Ｌｉｎｄｅｎｂａｃｈ計算機を使用してＲｅｅｄおよびＭｕｅｎｃｈの方法によりウイルス力価を算出し、組織のｍｇあたりの５０％組織培養感染量（ＴＣＩＤ５０）として表した。
組織診断
組織学的検査のために、肺を一晩、４％ホルムアルデヒドで固定し、パラフィンに包埋した。ヘマトキシリンおよびエオシンでの染色後に組織切片（５μｍ）を分析し、専門の病理学者が盲検的に肺損傷についてのスコアを付けた。１～３の累積スコアの要因となるスコア付けされるパラメーターは、次のものであった：うっ血、肺胞内出血性のもの、気管支壁のアポトーシス小体、壊死性細気管支炎、血管周囲の浮腫、気管支肺炎、血管周囲炎、気管支周囲炎、および血管炎。
ハムスター単球への免疫複合体の結合
正確なモル比（それぞれ、４：８：１）を使用してＳ３０９ ｍＡｂ（ｗｔまたはＮ２９７Ａのどちらかの、ハムスターＩｇＧ）とビオチン化抗イディオタイプｆａｂ断片およびＡｌｅｘａ－４８８－ストレプトアビジンとを複合体化することにより、免疫複合体（ＩＣ）を生成した。事前に生成した蛍光ＩＣを段階希釈し、無感作動物から得た再生したてのハムスター脾細胞と４℃で３時間、インキュベートした。その後、死細胞の排除および単球集団に対する物理的ゲーティングによる、サイトメトリーによって、細胞の結合を評価した。結果を、全単球集団のＡｌｅｘａ－４８８平均蛍光強度として表す。
バイオインフォマティック解析
Ｐｒｏｃｅｓｓｅｄ Ｈｕｍａｎ Ｌｕｎｇ Ｃｅｌｌ Ａｔｌａｓ（ＨＬＣＡ）データおよび細胞型アノテーションをＧｉｔｈｕｂ（ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｋｒａｓｎｏｗｌａｂ／ＨＬＣＡ）からダウンロードした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染個体からの肺上皮および免疫細胞についての処理された単一細胞トランスクリプトームデータおよびアノテーションを、ＮＣＢＩ ＧＥＯデータベース（ＩＤ：ＧＳＥ１５８０５５）およびＧｉｔｈｕｂ（ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｚｈａｎｇｚｌａｂ／ｃｏｖｉｄ＿ｂａｌｆ）からダウンロードした。Ｌｉａｏらによる第２の単一細胞トランスクリプトームの研究からの入手可能な配列データを、ウイルスＲＮＡに対応する読み取りデータの点検のためにＮＣＢＩ ＳＲＡ（ＩＤ：ＰＲＪＮＡ６０８７４２）からダウンロードした。ゲノムＲＮＡに対するｓｇＲＮＡの割合を、リーダー－ＴＲＳ接合部を裏付けるＴＲＳ含有読み取りデータを計数することにより推定した。リーダー－ＴＲＳ接合部読み取りデータの検出のための基準および方法は、Ａｌｅｘａｎｄｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ． Ｔｈｅ ｖｉｒａｌ ｇｅｎｏｍｅ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ａｎｄ ＴＲＳ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｗａｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１ ＮＣ＿０４５５１２．２／ＭＮ９０８９４７から抜粋した。重症ＣＯＶＩＤ－１９を有する個体からの２つの試料にのみ、検出可能なリーダー－ＴＲＳ接合部読み取りデータがあった（ＳＲＲ１１１８１９５８、ＳＲＲ１１１８１９５９）。
上記の様々な実施形態を組み合わせて、さらなる実施形態を得ることができる。２０２０年４月１４日に出願された米国特許出願第６３／０１０，０２５号、２０２０年４月２４日に出願された米国特許出願第６３／０１５，３９９号、２０２０年５月４日に出願された米国特許出願第６３／０１９，９２６号、２０２０年５月６日に出願された米国特許出願第６３／０２１，０６３号、２０２０年５月１２日に出願された米国特許出願第６３／０２３，８０８号、２０２０年５月２６日に出願された米国特許出願第６３／０３０，２５４号、２０２０年６月９日に出願された米国特許出願第６３／０３６，６３１号、２０２０年６月３０日に出願された米国特許出願第６３／０４６，４５２号、２０２０年７月２８日に出願された米国特許出願第６３／０５７，５５７号、２０２０年１０月１４日に出願された米国特許出願第６３／０９１，８４１号、２０２１年３月２６日に出願された米国特許出願第６３／１６６，８７９号、２０２１年４月２日に出願された米国特許出願第６３／１７０，３６０号、および２０２１年４月７日に出願された米国特許出願第６３／１７１，８９２号を含む、本明細書で言及するおよび／または本出願データシートに列挙する米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願および非特許公表文献の全ては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる。様々な特許、出願および公表文献の概念を利用するために必要に応じて実施形態の態様を変更して、またさらなる実施形態を得ることができる。
上記の詳細な説明に照らして、これらおよび他の変更を実施形態に加えることができる。一般に、下記の特許請求の範囲において使用する用語は、本特許請求の範囲を、本明細書および本特許請求の範囲で開示する特定の実施形態に限定するように解釈すべきでなく、当該特許請求の範囲に権利がある均等物の全範囲とともに全ての可能な実施形態を含むように解釈すべきである。したがって、本特許請求の範囲は、本開示によって限定されない。

Claims (120)

  1. 抗体またはその抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、
    （ｉ）前記ＣＤＲＨ１が、配列番号４０９、２３、３３、３８、４６、５３、５５、６３、７０、７２、８３、９３、１０３、１１３、１２３、１３７、１４７、１６０、１６６、１８１、１９１、２０１、２１１、２２１、２３３、２４３、２６８、３０５、３１５、３２５、３３０、３３５、３４９、３５９、３６９、３７９、３８９、３９９、４１９、または４４９のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、前記置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
    （ｉｉ）前記ＣＤＲＨ２が、配列番号４１０、２４、３１、３６、３９、４８、５１、５６、６５、６７、７３、８３、９３、１０３、１１３、１２３、１３７、１４７、１６１、１６７、１８２、１９２、２０２、２１２、２２２、２３４、２４４、２６３、２６９、２８５、２８７、２８９、２９３、２９９、３０１、３０６、３１６、３２６、３３１、３３６、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４２０、４４７、４５７のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、前記置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
    （ｉｉｉ）前記ＣＤＲＨ３が、配列番号４１１、２５、４０、５７、７４、８４、９４、１０４、１１４、１２４、１３８、１４８、１５６、１６２、１６８、１８３、１９３、２０３、２１３、２２３、２３５、２４５、２５４、２５７、２５９、２６１、２６５、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２９０、２９４、２９６、３０７、３１７、３２４、３２７、３３２、３３７、３５１、３６１、３７１、３８１、３９１、４０１、４２１、または４３５のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、前記置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
    （ｉｖ）前記ＣＤＲＬ１が、配列番号４１３、２７、４２、５９、７６、８６、９６、１０６、１１６、１２６、１４０、１５０、１６３、１６９、１８５、１９５、２０５、２１５、２２５、２３７、２４７、３０９、３１９、３２８、３３３、３３８、３５３、３６３、３７３、３８３、３９３、４０３、または４２３のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、前記置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
    （ｖ）前記ＣＤＲＬ２が、配列番号４１４、２８、４３、６０、７７、８７、９７、１０７、１１７、１２７、１４１、１５１、１６４、１７０、１８６、１９６、２０６、２１６、２２６、２３８、２４８、３１０、３２０、３２９、３３４、３３９、３５４、３６４、３７４、３８４、３９４、４０４、４２４、または４４０のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、前記置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；かつ／あるいは
    （ｖｉ）前記ＣＤＲＬ３が、配列番号４１５、２９、４４、６１、７８、８８、９８、１０８、１１８、１２８、１４２、１５２、１６５、１７１、１８７、１９７、２０７、２１７、２２７、２３９、２４９、２８３、３０３、３１１、３２１、３５５、３６５、３７５、３８５、３９５、４０５、または４２５のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、前記置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり、
    前記抗体または抗原結合断片が、宿主細胞の細胞表面上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質（Ｓ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質（Ｓ）、またはその両方に結合できる、
    抗体またはその抗原結合断片。
  2. 感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、必要に応じて、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染が、配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含む、請求項１に記載の抗体または抗原結合断片。
  3. （ｉ）宿主細胞の細胞表面上、サルベコウイルスビリオン上、または両方に発現される２つまたはそれより多くの（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの）サルベコウイルスの表面糖タンパク質に結合できる；および／または
    （ｉｉ）感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスによる感染を中和できる、請求項１または２に記載の抗体または抗原結合断片。
  4. （ｉ）それぞれ、配列番号４０９～４１１および４１３～４１５；
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号２３または１６０、３１、２５または１６２、および２７～２９または１６３～１６５；
    （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３３、２４または１６１、２５または１６２、および２７～２９または１６３～１６５；
    （ｉｖ）それぞれ、配列番号３３、３１、２５または１６２、および２７～２９または１６３～１６５；
    （ｖ）それぞれ、配列番号３３、３６、２５または１６２、および２７～２９または１６３～１６５；
    （ｖｉ）それぞれ、配列番号３８～４０および４２～４４；
    （ｖｉｉ）それぞれ、配列番号４６、３９または１６７、４０または１６８、および４２～４４または１６９～１７１；
    （ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号３８または１６６、４８、４０または１６８および４２～４４または１６９～１７１；
    （ｉｘ）それぞれ、配列番号４６、４８、４０または１６８および４２～４４または１６９～１７１；
    （ｘ）それぞれ、配列番号４６、５１、４０または１６８、および４２～４４または１６９～１７１；
    （ｘｉ）それぞれ、配列番号５３、４８、４０または１６８、および４２～４４または１６９～１７１；
    （ｘｉｉ）それぞれ、配列番号５５～５７および５９～６１；
    （ｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号６３、５６、５７および５９～６１；
    （ｘｉｖ）それぞれ、配列番号５５、６５、５７および５９～６１；
    （ｘｖ）それぞれ、配列番号６３、６７、５７、および５９～６１；
    （ｘｖｉ）それぞれ、配列番号６３、６５、５７および５９～６１；
    （ｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号７０、６５、５７、および５９～６１；
    （ｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号７２～７４および７６～７８；
    （ｘｉｘ）それぞれ、配列番号８２～８４および８６～８８；
    （ｘｘ）それぞれ、配列番号９２～９４および９６～９８；
    （ｘｘｉ）それぞれ、配列番号１０２～１０４、および１０６～１０８；
    （ｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号１１２～１１４および１１６～１１８；
    （ｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号１２２～１２４および１２６～１２８；
    （ｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号１３６～１３８および１４０～１４２；
    （ｘｘｖ）それぞれ、配列番号１４６～１４８および１５０～１５２；
    （ｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号１１２、１１３、１５６および１１６～１１８
    （ｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号１８１～１８３および１８５～１８７；
    （ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号１９１～１９３および１９５～１９７；
    （ｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号２０１～２０３および２０５～２０７；
    （ｘｘｘ）それぞれ、配列番号２１１～２１３および２１５～２１７；
    （ｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号２２１～２２３および２２５～２２７；
    （ｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号２３３～２３５および２３７～２３９；
    （ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号２４３～２４５および２４７～２４９；
    （ｘｘｘｉｖ）配列番号２１１、２１２、２５４、２５７、２５９、２６１、または３２４のいずれか１つおよび２１５～２１７；
    （ｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号２２１、２６８、または３２５のいずれか１つ、２２２、２６３、２６９、または３２６のいずれか１つ、２２３、２６５、２７１、２７３、または３２７のいずれか１つおよび２２５、２２６または３２８、および２２７または３２９；
    （ｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号２３３または３３０、２３４または３３１、２３５、２７５、２７７、２７９、２８１、または３３２のいずれか１つ、および２３７、２８２または３３３のいずれか１つ、２３８または２３４、および２３９；
    （ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号２４３または３３５、２４４、２８５、２８７、２８９、２９３、２９９、３０１、または３３６のいずれか１つ、２４５、２９０、２９４、２９６、または３３７のいずれか１つ、および２４７または３３８、２４８または３３９、および２４９または３０３；
    （ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号３０５～３０７および３０９～３１１；
    （ｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号３１５～３１７および３１９～３２１；
    （ｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号３４９～３５１および３５３～３５５；
    （ｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号３５９～３６１および３６３～３６５；
    （ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３６９～３７１および３７３～３７５；
    （ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号３７９～３８１および３８３～３８５；
    （ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号３８９～３９１および３９３～３９５；
    （ｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４０１または４３５、および４０３、４０４または４４０、および４０５；
    （ｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号２３～２５および２７～２９；
    （ｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号４１９～４２１および４２３～４２５；
    （ｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４４７、４１１、および４１３～４１５；
    （ｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号４４９、４１０、４１１、および４１３～４１５；
    （ｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号４４９、４４７、４１１、および４１３～４１５；
    （ｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号４０９、４５７、４１１、および４１３～４１５；
    （ｘｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号４４９、４５７、４１１、および４１３～４１５
    に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  5. ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２および前記ＣＤＲＬ３が、
    （ｉ）それぞれ、配列番号４０９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５；
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５；
    （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５；
    （ｉｖ）それぞれ、配列番号４４９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５；
    （ｖ）それぞれ、配列番号４４９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５；または
    （ｖｉ）それぞれ、配列番号４４９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５
    に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  6. 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４０９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、請求項１～５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  7. 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４０９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、請求項１～５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  8. 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４０９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、請求項１～５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  9. 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４４９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、請求項１～５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  10. 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４４９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、請求項１～５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  11. 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４４９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、請求項１～５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  12. ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２および前記ＣＤＲＬ３が、
    （ｉ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４０４、および４０５；
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４０４、および４０５；
    （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４４０、および４０５；または
    （ｉｖ）それぞれ、配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４４０、および４０５
    に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  13. 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４０４、および４０５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、請求項１～４および１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  14. 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４０４、および４０５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、請求項１～４および１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  15. 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４４０、および４０５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、請求項１～４および１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  16. 前記ＣＤＲＨ１、前記ＣＤＲＨ２、前記ＣＤＲＨ３、前記ＣＤＲＬ１、前記ＣＤＲＬ２、および前記ＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４４０、および４０５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、請求項１～４および１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  17. （ｉ）前記ＶＨが、配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、６９、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３５、１４５、１５５、１５８、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３２、２４２、２５２、２５３、２５５、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６７、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８４、２８６、２８８、２９１、２９２、２９５、２９７、２９８、３００、３０４、３１４、３４８、３５８、３６８、３７８、３８８、３９８、４０８、４１８、４２８、４３２、４３４、４３７、４４６、４４８、４４８、４５９、および４６０のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、変化が、必要に応じて１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、かつ／または前記変化が、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含み；かつ／あるいは
    （ｉｉ）前記ＶＬが、配列番号２６、４１、５８、７５、８５、９５、１０５、１１５、１２５、１３９、１４９、１８４、１９４、２０４、２１４、２２４、２３０、２３６、２４６、２８２、３０２、３０８、３１９、３５２、３６２、３７２、３８２、３９２、４０２、４１２、４２２、４３９、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、変化が、必要に応じて１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、かつ／または前記変化が、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含む、
    請求項１～１６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  18. 前記ＶＨが、表３に記載される任意のＶＨアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、表３に記載される任意のＶＬアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、必要に応じて、前記ＶＨおよび前記ＶＬが、
    （ｉ）それぞれ、配列番号４０８、４４６、４４８、４５８、４５９、および４６０のいずれか１つおよび４１２、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つに記載の、必要に応じて、（ａ）それぞれ、配列番号４０８および４１２；（ｂ）それぞれ、配列番号４０８および４４２；（ｃ）それぞれ、配列番号４０８および４４３；（ｄ）それぞれ、配列番号４０８および４４４；（ｅ）それぞれ、配列番号４０８および４４５；（ｆ）それぞれ、配列番号４２８および４１２；（ｇ）それぞれ、配列番号４２８および４４２；（ｈ）それぞれ、配列番号４２８および４４３；（ｉ）それぞれ、配列番号４２８および４４４；（ｊ）それぞれ、配列番号４２８および４４５；（ｋ）それぞれ、配列番号４４６および４１２；（ｌ）それぞれ、配列番号４４６および４４２；（ｍ）それぞれ、配列番号４４６および４４３；（ｎ）それぞれ、配列番号４４６および４４４；（ｏ）それぞれ、配列番号４４６および４４５；（ｐ）それぞれ、配列番号４４８および４１２；（ｑ）それぞれ、配列番号４４８および４４２；（ｒ）それぞれ、配列番号４４８および４４３；（ｓ）それぞれ、配列番号４４８および４４４；（ｔ）それぞれ、配列番号４４８および４４５；（ｕ）それぞれ、配列番号４５８および４１２；（ｖ）それぞれ、配列番号４５８および４４２；（ｗ）それぞれ、配列番号４５８および４４３；（ｘ）それぞれ、配列番号４５８および４４４；（ｙ）それぞれ、配列番号４５８および４４５；（ｚ）それぞれ、配列番号４５９および４１２；（ａａ）それぞれ、配列番号４５９および４４２；（ｂｂ）それぞれ、配列番号４５９および４４３；（ｃｃ）それぞれ、配列番号４５９および４４４；（ｄｄ）それぞれ、配列番号４５９および４４５；（ｅｅ）それぞれ、配列番号４６０および４１２；（ｆｆ）それぞれ、配列番号４６０および４４２；（ｇｇ）それぞれ、配列番号４６０および４４３；（ｈｈ）それぞれ、配列番号４６０および４４４；または（ｉｉ）それぞれ、配列番号４６０および４４５；
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号３０および２６；
    （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３２および２６；
    （ｉｖ）それぞれ、配列番号３４および２６；
    （ｖ）それぞれ、配列番号３５および２６；
    （ｖｉ）それぞれ、配列番号３７および４１；
    （ｖｉｉ）それぞれ、配列番号４５および４１；
    （ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４７および４１；
    （ｉｘ）それぞれ、配列番号４９および４１；
    （ｘ）それぞれ、配列番号５０および４１；
    （ｘｉ）それぞれ、配列番号５２および４１；
    （ｘｉｉ）それぞれ、配列番号５４および５８；
    （ｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号６２および５８；
    （ｘｉｖ）それぞれ、配列番号６４および５８；
    （ｘｖ）それぞれ、配列番号６６および５８；
    （ｘｖｉ）それぞれ、配列番号６８および５８；
    （ｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号６９および５８；
    （ｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号７１および７５；
    （ｘｉｘ）それぞれ、配列番号８１および８５；
    （ｘｘ）それぞれ、配列番号９１および９５；
    （ｘｘｉ）それぞれ、配列番号１０１または１５８および１０５；
    （ｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号１１１または１５５および１１５；
    （ｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号１２１および１２５；
    （ｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号１３５および１３９；
    （ｘｘｖ）それぞれ、配列番号１４５および１４９；
    （ｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号１８０および１８４；
    （ｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号１９０および１９４；
    （ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号２００および２０４；
    （ｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号２１０および２１４；
    （ｘｘｘ）それぞれ、配列番号２２０および２２４；
    （ｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号２２０および２３０；
    （ｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号２３２および２３６；
    （ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号２４２および２４６；
    （ｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号２５２、２５３、２５５、２５６、２５８、または２６０のいずれか１つおよび２１４；
    （ｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号２６２、２６４、２６６、２６７、２７０、または２７２のいずれか１つおよび２２４；
    （ｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号２７４、２７６、２７８、または２８０のいずれか１つおよび２３６または２８２
    （ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号２８４、２８６、２８８、２９１、２９２、２９５、２９７、または３００のいずれか１つおよび２４６または３０２；
    （ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号３０４および３０８；
    （ｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号３１４および３１８；
    （ｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号３４８および３５２；
    （ｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号３５８および３６２；
    （ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３６８および３７２；
    （ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号３７８および３８２；
    （ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号３８８および３９２；
    （ｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号３９８または４３２または４３４または４３７および４０２または４３９、必要に応じて（ａ）それぞれ、配列番号３９８および４０２、（ｂ）それぞれ、配列番号３９８および４３９、（ｃ）それぞれ、配列番号４３２および４０２、（ｄ）それぞれ、配列番号４３２および４３９、（ｅ）それぞれ、配列番号４３４および４０２、（ｆ）それぞれ、配列番号４３４および４３９、（ｇ）それぞれ、配列番号４３７および４０２、または（ｈ）それぞれ、配列番号４３７および４３９；
    （ｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号４０８または４２８および４１２；
    （ｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号４１８および４２２；
    （ｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４０８、４４６、４４８、４５８、４５９、および４６０のいずれか１つおよび４１２、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つ；あるいは
    （ｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号２２および２６
    に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、請求項１～１７のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  19. 前記ＶＨおよび前記ＶＬが、
    （ａ）それぞれ、配列番号４５８および４４５；
    （ｂ）それぞれ、配列番号４０８および４４２；
    （ｃ）それぞれ、配列番号４０８および４４３；
    （ｄ）それぞれ、配列番号４０８および４４４；
    （ｅ）それぞれ、配列番号４０８および４４５；
    （ｆ）それぞれ、配列番号４２８および４１２；
    （ｇ）それぞれ、配列番号４２８および４４２；
    （ｈ）それぞれ、配列番号４２８および４４３；
    （ｉ）それぞれ、配列番号４２８および４４４；
    （ｊ）それぞれ、配列番号４２８および４４５；
    （ｋ）それぞれ、配列番号４４６および４１２；
    （ｌ）それぞれ、配列番号４４６および４４２；
    （ｍ）それぞれ、配列番号４４６および４４３；
    （ｎ）それぞれ、配列番号４４６および４４４；
    （ｏ）それぞれ、配列番号４４６および４４５；
    （ｐ）それぞれ、配列番号４４８および４１２；
    （ｑ）それぞれ、配列番号４４８および４４２；
    （ｒ）それぞれ、配列番号４４８および４４３；
    （ｓ）それぞれ、配列番号４４８および４４４；
    （ｔ）それぞれ、配列番号４４８および４４５；
    （ｕ）それぞれ、配列番号４５８および４１２；
    （ｖ）それぞれ、配列番号４５８および４４２；
    （ｗ）それぞれ、配列番号４５８および４４３；
    （ｘ）それぞれ、配列番号４５８および４４４；
    （ｙ）それぞれ、配列番号４０８および４１２；
    （ｚ）それぞれ、配列番号４５９および４１２；
    （ａａ）それぞれ、配列番号４５９および４４２；
    （ｂｂ）それぞれ、配列番号４５９および４４３；
    （ｃｃ）それぞれ、配列番号４５９および４４４；
    （ｄｄ）それぞれ、配列番号４５９および４４５；
    （ｅｅ）それぞれ、配列番号４６０および４１２；
    （ｆｆ）それぞれ、配列番号４６０および４４２；
    （ｇｇ）それぞれ、配列番号４６０および４４３；
    （ｈｈ）それぞれ、配列番号４６０および４４４；または
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号４６０および４４５
    に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％の同一性を有するか、またはこれを含むか、またはこれからなる、請求項１～１８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  20. 配列番号４５８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、配列番号４４５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  21. 配列番号４０８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、配列番号４１２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  22. 配列番号４６０に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、配列番号４４５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  23. 配列番号４５９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、配列番号４４５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  24. 前記ＶＨおよび前記ＶＬが、
    （ｉ）それぞれ、配列番号３９８および４０２；
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号３９８および４３９；
    （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３２および４０２；
    （ｉｖ）それぞれ、配列番号４３２および４３９；
    （ｖ）それぞれ、配列番号４３４および４０２；
    （ｖｉ）それぞれ、配列番号４３４および４３９；
    （ｖｉｉ）それぞれ、配列番号４３７および４０２；または
    （ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３７および４３９
    に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％の同一性を有するか、またはこれを含むか、またはこれらからなる、請求項１～１８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  25. 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＶＨおよび前記ＶＬが、
    （ｉ）それぞれ、配列番号３９８および４０２；
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号３９８および４３９；
    （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３２および４０２；
    （ｉｖ）それぞれ、配列番号４３２および４３９；
    （ｖ）それぞれ、配列番号４３４および４０２；
    （ｖｉ）それぞれ、配列番号４３４および４３９；
    （ｖｉｉ）それぞれ、配列番号４３７および４０２；または
    （ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３７および４３９
    に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  26. 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＶＨが、配列番号２２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＶＬが、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  27. ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号２３～２５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号２７～２９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  28. 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＶＨが、配列番号３７に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＶＬが、配列番号４１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  29. ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号３８～４０に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４２～４４に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  30. 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＶＨが、配列番号５４に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＶＬが、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  31. ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号５５～５７に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号５９～６１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。
  32. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に特異的に結合できる、請求項１～３１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  33. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２受容体結合モチーフ（ＲＢＭ、配列番号５）中のエピトープを認識するか；
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＭ（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ）およびＡＣＥ２の間の相互作用を遮断できるか；
    （ｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＳタンパク質に対するよりも高いアビディティでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合できるか；
    （ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２ ＲＢＤ中、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶのＡＣＥ２ ＲＢＤ中で保存されているエピトープを認識するか；
    （ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳ－ＣｏＶコロナウイルスに対して交差反応性であるか；
    （ｖｉｉ）ＡＣＥ２ ＲＢＭ中のものではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質中のエピトープを認識するか；または
    （ｖｉｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の任意の組み合わせ
    である、請求項１～３２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  34. （ｉ）２つまたはそれより多くのサルベコウイルスのＳタンパク質中のエピトープを認識するか；
    （ｉｉ）１つ、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスのＳタンパク質と細胞表面受容体との間の相互作用を遮断できるか；
    （ｉｉｉ）２つまたはそれより多くのサルベコウイルスのスパイクタンパク質中に保存されているエピトープを認識するか；
    （ｉｖ）２つまたはそれより多くのサルベコウイルスに対して交差反応性であるか；または
    （ｖ）（ｉ）～（ｉｖ）の任意の組合せである、
    請求項１～３３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  35. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ならびにＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１のいずれか１つまたは複数の間の相互作用を阻害できる、請求項１～３４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  36. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、およびＤＣ－ＳＩＧＮ；Ｌ－ＳＩＧＮ；ＳＩＧＬＥＣ－１；ＣＤ２２；ＣＤ３３；ＣＬＥＣ４Ｍ、ＳＩＧＬＥＣ－１６；ＳＩＧＬＥＣ－１５；ＳＩＧＬＥＣ－１４；ＳＩＧＬＥＣ－１２；ＳＩＧＬＥＣ－１１；ＳＩＧＬＥＣ－１０；ＳＩＧＬＥＣ－９；ＳＩＧＬＥＣ－８；ＳＩＧＬＥＣ－７；ＳＩＧＬＥＣ－６；ＳＩＧＬＥＣ－５；またはこれらの任意の組み合わせのいずれか１つまたは複数の間の相互作用を阻害できる、請求項１～３５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  37. （ｉ）～（ｖｉｉｉ）：
    （ｉ）クレード１ａの１つまたは複数のサルベコウイルスであって、必要に応じて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、Ｒｓ３３６７、Ｒｓ４０８４、ＬＹＲａ３、Ｒｓ４２３１、Ｒｓ４８７４、ＷＩＶ１、またはこれらの任意の組合せを含む１つまたは複数のサルベコウイルス；
    （ｉｉ）クレード１ｂの１つまたは複数のサルベコウイルスであって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と、必要に応じて、ＲａｔＧ１３、ＰａｎｇＧＤおよびＰａｎｇＧＸのうちの１つもしくは複数とを含む１つまたは複数のサルベコウイルス；
    （ｉｉｉ）クレード２の１つまたは複数のサルベコウイルスであって、Ｒｍ１／２００４、Ａｓ６５２６、ＨＫＵ３－１２、Ｒｐ／Ｓｈａａｎｘｉ２０１１、Ｃｐ／Ｙｕｎｎａｎ２０１１、Ｒｆ４０９２、Ｒｓ４２５５、ＺＸＣ２１、ＺＣ４５、ＹＮ２０１３、ＲＭＹＮ０２、ＳＣ２０１８、Ａｎｌｏｎｇ１１２、ＹＮ２０１３、ＳＣ２０１１、ＺＣ４５、もしくはこれらの任意の組合せを含む１つまたは複数のサルベコウイルス；
    （ｉｖ）クレード３の１つまたは複数のサルベコウイルスであって、必要に応じて、ＢｔＫＹ７２、ＢＧＲ２００８、または両方を含む１つまたは複数のサルベコウイルス；
    （ｉｖ）配列番号３のバリアントであって、
    （ｉｖ）（ａ）Ｎ５０１Ｙ変異、
    （ｉｖ）（ｂ）Ｙ４５３Ｆ変異、
    （ｉｖ）（ｃ）Ｎ４３９Ｋ変異、
    （ｉｖ）（ｄ）Ｋ４１７Ｖ変異、ならびに／または
    （ｉｖ）（ｅ）Ｎ５０１Ｙ変異、Ｋ４１７Ｎ変異、およびＥ４８４Ｋ変異
    を含むバリアント；
    （ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ．１．３５１バリアント；
    （ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ．１．４２９バリアント；
    （ｖｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｐ．１バリアント；
    （ｖｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ．１．１．２２２バリアント
    のうちのいずれか１つまたは複数の表面糖タンパク質に結合できる、請求項１～３６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  38. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１（配列番号３）；
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ．１．１．７；
    （ｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ．１．３５１；
    （ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントＰ．１；
    （ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントＢ．１．４２９；
    （ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ；
    （ｖｉｉ）ＷＩＶ１；
    （ｖｉｉｉ）ＰＡＮＧ／ＧＤ；
    （ｉｘ）ＰＡＮＧ／ＧＸ；
    （ｘ）ＲａｔＧ１３；
    （ｘｉ）ＺＸＣ２１；
    （ｘｉｉ）ＺＣ４５；
    （ｘｉｉｉ）ＲｍＹＮ０２；
    （ｘｉｖ）ＢＧＲ２００８；
    （ｘｖ）ＢｔｋＹ７２；または
    （ｘｖｉ）（ｉ）～（ｘｖ）の任意の組合せ
    の、表面糖タンパク質に結合できる、請求項１～３７のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  39. 前記抗体または抗原結合断片のＦａｂが、必要に応じて、表面プラズモン共鳴を使用して、さらに必要に応じて、捕捉されたＳタンパク質三量体の１１、３３、１００および３００ｎＭでの前記Ｆａｂへの結合をシングルサイクルキネティクス形式で測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質三量体に０．１ｎＭ未満のＫｄで結合できる、請求項１～３８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  40. 前記抗体または抗原結合断片のＦａｂが、必要に応じて、表面プラズモン共鳴を使用して、さらに必要に応じて、捕捉されたＲＢＤの１１、３３、１００および３００ｎＭでの前記Ｆａｂへの結合をシングルサイクルキネティクス形式で測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに０．１ｎＭ、必要に応じて、０．０８ｎＭ未満のＫｄで結合できる、請求項１～３９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  41. 前記抗体または抗原結合断片のＦａｂが、
    （ｉ）９～１１ｎＭの間の、必要に応じて１０ｎＭのＫｄで、センザンコウ－ＧＸ ＲＢＤに、
    （ｉｉ）１．５ｎＭ～１．７ｎＭの間の、必要に応じて１．６ｎＭのＫｄで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤに、
    （ｉｉｉ）１．０ｎＭ～１．２ｎＭの間の、必要に応じて１．１ｎＭのＫｄで、ＲａＴＧ１３ ＲＢＤに、
    （ｉｖ）０．１ｎＭ～０．３ｎＭの間の、必要に応じて０．２ｎＭの、Ｋｄでセンザンコウ－ＧＤ ＲＢＤに、
    （ｖ）１．３ｎＭ～１．５ｎＭの間の、必要に応じて１．４ｎＭｌのＫｄで、ＷＩＶ１ ＲＢＤに、
    （ｖｉ）６３ｎＭ～６５ｎＭの間の、必要に応じて６４ｎＭのＫｄで、ＳＣ２０１８ ＲＢＤに、
    （ｖｉｉ）３ｎＭ～５ｎＭの間の、必要に応じて４ｎＭのＫｄで、ＺＣ４５ ＲＢＤに、
    （ｖｉｉｉ）０．３ｎＭ～０．５ｎＭの間の、必要に応じて０．４ｎＭのＫｄで、ＢＴＫＹ７２ ＲＢＤに、および／または
    （ｉｘ）３．５ｎＭ～３．７ｎＭの間の、必要に応じて３．６ｎＭのＫｄで、ＢＧＲ／２００８ ＲＢＤに
    結合でき、
    結合が、必要に応じて、表面プラズモン共鳴を使用して、さらに必要に応じて、捕捉されたＲＢＤの１１、３３、１００および３００ｎＭでの前記Ｆａｂへの結合をシングルサイクルキネティクス形式で測定して、測定される、
    請求項１～４０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  42. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染および、必要に応じて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ではない１つまたは複数のサルベコウイルスによる感染を中和できる、請求項１～４１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  43. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによるｉｎ ｖｉｔｒｏ感染、必要に応じて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルスによるｉｎ ｖｉｔｒｏ感染を、約３１．６ｎｇ／ｍＬのＩＣ５０、約５８．７ｎｇ／ｍＬのＩＣ８０、および／または約８７ｎｇ／ｍＬのＩＣ９０で中和できる、請求項１～４２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  44. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによるｉｎ ｖｉｔｒｏ感染、必要に応じて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルスによるｉｎ ｖｉｔｒｏ感染を８５ｎｇ／ｍＬ～９５ｎｇ／ｍＬの間の、必要に応じて、９１ｎｇ／ｍＬ～９３ｎｇ／ｍＬの間、もしくは８５ｎｇ／ｍＬ～８８ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０、約１８４．５ｎｇ／ｍＬのＩＣ８０、および／または約２７４ｎｇ／ｍＬのＩＣ９０で中和できる、請求項１～４３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  45. 生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を、必要に応じて、１４０ｎｇ／ｍＬ～１５０ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０、さらに必要に応じて、１４２ｎｇ／ｍＬ～１４６ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で中和できる、請求項１～４４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  46. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化された水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）による感染を、必要に応じて２１０ｎｇ／ｍＬ～２１５ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて２１２ｎｇ／ｍＬ～２１４ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；
    （ｉｉ）Ｂ．１．１．７ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、２００～２１０ｎｇ／ｍＬの間の、必要に応じて２０３ｎｇ／ｍＬ～２０７ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；
    （ｉｉｉ）Ｂ．１．３５１ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて１１０ｎｇ／ｍＬ～１２０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて１１２ｎｇ／ｍＬ～１１６ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；
    （ｉｖ）Ｂ．１．４２９ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて３５０ｎｇ／ｍＬ～３６０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて３５５ｎｇ／ｍＬ～３５９ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；
    （ｖ）Ｐ．１ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて４５０ｎｇ／ｍＬ～４７０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて４５５ｎｇ／ｍＬ～４６５ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；
    （ｖｉ）Ｎ４３９Ｋ変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて２７０ｎｇ／ｍＬ～２９０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて２７５ｎｇ／ｍＬ～２８５ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；
    （ｖｉｉ）Ｙ４５３Ｆ変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて２１０ｎｇ／ｍＬ～２３０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて２１５ｎｇ／ｍＬ～２２５ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；
    （ｖｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて８０ｎｇ／ｍＬ～１００ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて８５ｎｇ／ｍＬ～９０ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；
    （ｉｘ）ＲｓＳＨＣ０１４ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて５ｎｇ／ｍＬ～１０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて６ｎｇ／ｍＬ～８ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；
    （ｘ）ＷＩＶ１ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて５７０ｎｇ／ｍＬ～５９０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて５７５ｎｇ／ｍＬ～５８５ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；
    （ｘｉ）ＷＩＶ１６ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて１９０ｎｇ／ｍＬ～２００ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて１９３ｎｇ／ｍＬ～１９９ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；
    （ｘｉｉ）ＲａＴＧ－１３ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて３０ｎｇ／ｍＬ～４５ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて３５ｎｇ／ｍＬ～４２ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；
    （ｘｉｉｉ）センザンコウ－ＧＸ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて４８００ｎｇ／ｍＬ～４９００ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて４８４０ｎｇ／ｍＬ～４８７０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて４８５０ｎｇ／ｍＬ～４８６０ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で；および／または
    （ｘｉｖ）センザンコウ－ＧＤ Ｓタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染を、必要に応じて１００ｎｇ／ｍＬ～１１０ｎｇ／ｍＬの間の、さらに必要に応じて１０３ｎｇ／ｍＬ～１０９ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で
    中和できる、請求項１～４５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  47. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質ＲＢＤのヒトＡＣＥ２への結合を、必要に応じて、ＥＬＩＳＡにより測定されたとき、さらに必要に応じて、２２ｎｇ／ｍＬ～２８ｎｇ／ｍＬの間の、必要に応じてなおさらに必要に応じて、２２ｎｇ／ｍＬ～２３ｎｇ／ｍＬの間、または２７ｎｇ／ｍＬ～２８ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で、阻害できる、請求項１～４６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  48. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質ＲＢＤのヒトＡＣＥ２への結合を、必要に応じて、ＥＬＩＳＡにより測定されたとき、さらに必要に応じて、９ｎｇ／ｍＬ～１１ｎｇ／ｍＬの間のＩＣ５０で阻害できる、請求項１～４７のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  49. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した細胞に由来するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質Ｓ１サブユニットの排出を阻害できる、請求項１～４８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  50. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を発現する細胞間の細胞－細胞融合を防止できる、請求項１～４９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  51. ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、またはＩｇＤアイソタイプである、請求項１～５０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  52. ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４から選択されるＩｇＧアイソタイプである、請求項１～５１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  53. ヒトのもの、ヒト化されたもの、またはキメラである、請求項１～５２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  54. 前記抗体または前記抗原結合断片が、ヒト抗体、モノクローナル抗体、精製された抗体、一本鎖抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、またはｓｃＦａｂを含む、請求項１～５３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  55. 前記抗体または抗原結合断片が、１つより多いＶＨドメインおよび１つより多いＶＬドメインを含むｓｃＦｖを含む、請求項５４に記載の抗体または抗原結合断片。
  56. 前記抗体または抗原結合断片が、多特異性抗体または抗原結合断片である、請求項１～５５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  57. 前記抗体または抗原結合断片が、二特異性抗体または抗原結合断片である、請求項５６に記載の抗体または抗原結合断片。
  58. （ｉ）第１のＶＨおよび第１のＶＬ；ならびに
    （ｉｉ）第２のＶＨおよび第２のＶＬ
    を含み、
    前記第１のＶＨおよび前記第２のＶＨが、異なり、それぞれ独立して、配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、６９、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３５、１４５、１５５、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３３、２４３、２５２、２５３、２５５、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６７、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８４、２８６、２８８、２９１、２９２、２９５、２９７、２９８、３００、３０４、３１４、３４８、３５８、３６８、３７８、３８８、３９８、４０８、４１８、４２８、４３２、４３４、４３７、４４６、４４８、４５８、４５９、および４６０のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    前記第１のＶＬおよび前記第２のＶＬが、異なり、それぞれ独立して、配列番号２６、４１、５８、７５、８５、９５、１０５、１１５、１２５、１３９、１４９、１８４、１９４、２０４、２１４、２２４、２３０、２３６、２４６、２８２、３０２、３０８、３１９、３５２、３６２、３７２、３８２、３９２、４０２、４１２、４２２、４３９、４４２、４４３、４４４、および４４５のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    前記第１のＶＨおよび前記第１のＶＬが、第１の抗原結合部位を一緒に形成し、前記第２のＶＨおよび前記第２のＶＬが、第２の抗原結合部位を一緒に形成する、
    請求項５６または５７に記載の抗体または抗原結合断片。
  59. Ｆｃポリペプチドまたはその断片をさらに含む、請求項１～５８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  60. 前記Ｆｃポリペプチドまたはその断片が：
    （ｉ）変異であって、前記変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃＲｎへの結合を増強する変異；および／または
    （ｉｉ）変異であって、前記変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃγＲへの結合を増強する変異
    を含む、請求項５９に記載の抗体または抗原結合断片。
  61. ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が：Ｍ４２８Ｌ；Ｎ４３４Ｓ；Ｎ４３４Ｈ；Ｎ４３４Ａ；Ｎ４３４Ｓ；Ｍ２５２Ｙ；Ｓ２５４Ｔ；Ｔ２５６Ｅ；Ｔ２５０Ｑ；Ｐ２５７Ｉ；Ｑ３１１Ｉ；Ｄ３７６Ｖ；Ｔ３０７Ａ；Ｅ３８０Ａ；またはこれらの任意の組み合わせを含む、請求項６０に記載の抗体または抗原結合断片。
  62. ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が：
    （ｉ）Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ；
    （ｉｉ）Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ；
    （ｉｉｉ）Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌ； （ｉｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１Ｉ；
    （ｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｎ４３４Ｈ；
    （ｖｉ）Ｄ３７６Ｖ／Ｎ４３４Ｈ；
    （ｖｉｉ）Ｔ３０７Ａ／Ｅ３８０Ａ／Ｎ４３４Ａ；または
    （ｖｉｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の任意の組み合わせ
    を含む、請求項６０または６１に記載の抗体または抗原結合断片。
  63. ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓを含む、請求項６０～６２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  64. ＦｃγＲへの結合を増強する前記変異が、Ｓ２３９Ｄ；Ｉ３３２Ｅ；Ａ３３０Ｌ；Ｇ２３６Ａ；またはこれらの任意の組み合わせを含む、請求項６０～６３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  65. ＦｃγＲへの結合を増強する前記変異が、
    （ｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；
    （ｉｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；
    （ｉｉｉ）Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；または
    （ｉｖ）Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ
    を含む、請求項６０～６４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  66. グリコシル化を変化させる変異を含み、グリコシル化を変化させる前記変異が、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、もしくはＮ２９７Ｇを含み、ならびに／またはアグリコシル化および／もしくはアフコシル化されている、請求項１～６５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  67. 標的細胞の表面に発現されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質に結合したときに、ヒトＦｃγＲＩＩａ、ヒトＦｃγＲＩＩＩａ、または両方を活性化でき、必要に応じて、
    （ｉ）前記標的細胞が、ＥｐｉＣＨＯ細胞を含み；
    （ｉｉ）前記ヒトＦｃγＲＩＩａが、Ｈ１３１対立遺伝子を含み；
    （ｉｉｉ）前記ヒトＦｃγＲＩＩＩａが、Ｖ１５８対立遺伝子を含み；および／または
    （ｉｖ）前記ヒトＦｃγＲＩＩＩａおよび／または前記ヒトＦｃγＲＩＩａが、宿主細胞、例えば、ジャーカット細胞またはナチュラルキラー細胞により発現され、活性化が、前記宿主細胞におけるＮＦＡＴ駆動ルシフェラーゼシグナルを使用して決定される、
    請求項１～６６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  68. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した標的細胞に対して、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）および／または抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）を誘導できる、請求項１～６７のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  69. 前記Ｆｃポリペプチドが、Ｌ２３４Ａ変異およびＬ２３５Ａ変異を含む、請求項５９～６８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  70. バイオレイヤー干渉法を使用して決定されたとき、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質に結合できる、請求項１～６９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  71. 約１６～約２０μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、請求項１～７０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  72. 約３～約４μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、請求項１～７１に記載の抗体または抗原結合断片。
  73. 約０．８～約０．９μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、請求項１～７２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  74. 約０．５～約０．６μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、請求項１～７３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  75. 約０．１～約０．２μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、請求項１～７４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  76. 請求項１～７５のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合断片をコードするか、または前記抗体もしくは前記抗原結合断片のＶＨ、重鎖、ＶＬ、および／もしくは軽鎖をコードする、単離されたポリヌクレオチド。
  77. デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）を含み、前記ＲＮＡが、必要に応じて、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を含む、請求項７６に記載のポリヌクレオチド。
  78. 宿主細胞での発現のためにコドン最適化されている、請求項７６または７７に記載のポリヌクレオチド。
  79. 配列番号７９、８０、８９、９０、９９、１００、１０９、１１０、１１９、１２０、１２９～１３４、１４３、１４４、１５３、１５４、１５７、１５９、１８８、１８９、１９８、１９９、２０８、２０９、２１８、２１９、２２８、２２９、２３１、２４０、２４１、２５０、２５１、３１２、３１３、３２２、３２３、３５６、３５７、３６６、３６７、３７６、３７７、３８６、３８７、３９６、３９７、４０６、４０７、４１６、４１７、４２６、４２７、４２９、４３０、４３１、４３３、４３６、４３８および４４１のいずれか１つまたは複数に記載のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも５０％の同一性を有するポリヌクレオチドを含み、ならびに／あるいは（ｉ）配列番号４０６に記載のポリヌクレオチドおよび配列番号４０７に記載のポリヌクレオチド、または（ｉｉ）配列番号４１６、４２９、４３０、４３２、４３３、４３６、４３７もしくは４４１のいずれか１つに記載のポリヌクレオチドおよび配列番号４１７もしくは４３１に記載のポリヌクレオチドを含む（ｃｏｍｐｒｉｓｏｉｎｇ）、請求項７６～７８のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  80. 請求項７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む、組換えベクター。
  81. 請求項７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドおよび／または請求項８０に記載のベクターを含む、宿主細胞であって、前記ポリヌクレオチドが前記宿主細胞に対して異種である、宿主細胞。
  82. 請求項７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むヒトＢ細胞であって、ポリヌクレオチドが前記ヒトＢ細胞に対して異種である、および／または前記ヒトＢ細胞が不死化されている、ヒトＢ細胞。
  83. （ｉ）請求項１～７５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片、
    （ｉｉ）請求項７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、
    （ｉｉｉ）請求項８０に記載の組換えベクター、
    （ｉｖ）請求項８１に記載の宿主細胞、および／または
    （ｖ）請求項８２に記載のヒトＢ細胞；ならびに
    薬学的に許容される賦形剤、キャリアー、または希釈剤
    を含む、組成物。
  84. ２つまたはそれより多くの異なる抗体または抗原結合断片であって、前記２つまたはそれより多くの異なる抗体または抗原結合断片の各々が異なり、独立して、請求項１～７５のいずれか一項に記載される抗体または抗原結合断片を含む、請求項８３に記載の組成物。
  85. 配列番号１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、および１７９にそれぞれ記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号１７２のＶＨアミノ酸配列および配列番号１７６のＶＬアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片をさらに含む、請求項８３または８４に記載の組成物。
  86. 配列番号３４１、３４２、３４３、３４５、３４６、および３４７にそれぞれ記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号３４０のＶＨアミノ酸配列および配列番号３４４のＶＬアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片をさらに含む、請求項８３または８４に記載の組成物。
  87. 請求項５～１１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片を含む、請求項８３～８６のいずれか一項に記載の組成物。
  88. 請求項１９～２３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片を含む、請求項８３～８７のいずれか一項に記載の組成物。
  89. 請求項１２～１８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片を含む、請求項８３～８８のいずれか一項に記載の組成物。
  90. 請求項２４または２５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片を含む、請求項８３～８９のいずれか一項に記載の組成物。
  91. （ｉ）配列番号１７２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１７６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
    （ｉｉ）配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、または６９のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号２６、４１、または５８のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第２の抗体または抗原結合断片
    を含む、請求項８３～９０のいずれか一項に記載の組成物。
  92. （ｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１７３～１７５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１７７～１７９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに
    （ｉｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、（ｉ）それぞれ配列番号２３～２５、（ｉｉ）それぞれ配列番号１６０～１６２、（ｉｉｉ）それぞれ配列番号３８～４０、または（ｉｖ）それぞれ配列番号１６６～１６８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、（ｉ）それぞれ配列番号２７～２９、（ｉｉ）それぞれ配列番号１６３～１６５、（ｉｉｉ）それぞれ配列番号４２～４４、または（ｉｖ）それぞれ配列番号１６９～１７１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、第２の抗体または抗原結合断片
    を含む、請求項８３～９１のいずれか一項に記載の組成物。
  93. （ｉ）配列番号１７２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１７６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む第１の抗体または抗原結合断片；および
    （ｉｉ）配列番号２００に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号２０４に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む第２の抗体または抗原結合断片
    を含む、請求項８３～９２のいずれか一項に記載の組成物。
  94. （ｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む第１の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１７３～１７５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、かつ、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１７７～１７９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに
    （ｉｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む第２の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号２０１～２０３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、かつ、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号２０５～２０７に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片
    を含む、請求項８３～９３のいずれか一項に記載の組成物。
  95. キャリアー分子に被包された請求項７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む組成物であって、前記キャリアー分子が、必要に応じて、脂質、脂質由来の送達ビヒクル、例えば、リポソーム、固体脂質ナノ粒子、油性懸濁液、サブミクロン脂質乳剤、脂質マイクロバブル、逆脂質ミセル、渦巻型リポソーム、脂質マイクロチューブル、脂質マイクロシリンダー、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）、またはナノスケールプラットフォームを含む、組成物。
  96. 被験体におけるサルベコウイルス感染を処置する方法であって、有効量の：
    （ｉ）請求項１～７５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片；
    （ｉｉ）請求項７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド；
    （ｉｉｉ）請求項８０に記載の組換えベクター；
    （ｉｖ）請求項８１に記載の宿主細胞；
    （ｖ）請求項８２に記載のヒトＢ細胞；および／あるいは
    （ｖｉ）請求項８３～９５のいずれか一項に記載の組成物
    を前記被験体に投与することを含む、方法。
  97. 被験体におけるサルベコウイルス感染を処置する方法における使用のための、請求項１～７５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片、請求項７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項８０に記載の組換えベクター、請求項８１に記載の宿主細胞；請求項８２に記載のヒトＢ細胞、および／あるいは請求項８３～９５のいずれか一項に記載の組成物。
  98. 被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の処置のための医薬の調製における使用のための、請求項１～７５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片、請求項７６～７９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項８０に記載の組換えベクター、請求項８１に記載の宿主細胞、請求項８２に記載のヒトＢ細胞、および／あるいは請求項８３～９５のいずれか一項に記載の組成物。
  99. 前記抗体または抗原結合断片が、請求項５～１１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片である、請求項９６に記載の方法、または請求項９７もしくは９８に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
  100. 前記抗体または抗原結合断片が、請求項１９～２３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片である、請求項９６もしくは９９に記載の方法、または請求項９７～９９のいずれか一項に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
  101. 前記抗体または抗原結合断片が、請求項１２～１８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片である、請求項９６に記載の方法、または請求項９７もしくは９８に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞、および／もしくは組成物。
  102. 前記抗体または抗原結合断片が、請求項２４または２５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片である、請求項９６もしくは９９に記載の方法、または請求項９７～９９のいずれか一項に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
  103. 前記方法が、配列番号１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、および１７９にそれぞれ記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号１７２のＶＨアミノ酸配列および配列番号１７６のＶＬアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片を投与することをさらに含み、ならびに／あるいは前記被験体が、前記抗体または抗原結合断片を受けている、請求項９６～１０２のいずれか一項に記載の方法、または請求項９７～１０２のいずれか一項に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
  104. 前記方法が、配列番号３４１、３４２、３４３、３４５、３４６、および３４７にそれぞれ記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号３４０のＶＨアミノ酸配列および配列番号３４４のＶＬアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片を投与することをさらに含み、ならびに／あるいは前記被験体が、前記抗体または抗原結合断片を受けている、請求項９６～１０３のいずれか一項に記載の方法、または請求項９７～１０３のいずれか一項に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
  105. 前記サルベコウイルスが、クレード１ａのサルベコウイルス、クレード１ｂのサルベコウイルス、クレード２のサルベコウイルス、および／またはクレード３のサルベコウイルスを含む、請求項９６～１０４のいずれか一項に記載の方法、または請求項９７～１０４のいずれか一項に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
  106. 前記サルベコウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含む、請求項９６～１０５のいずれか一項に記載の方法、または請求項９７～１０５のいずれか一項に記載の使用のための抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、組換えベクター、宿主細胞、ヒトＢ細胞および／もしくは組成物。
  107. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染のｉｎ ｖｉｔｒｏ診断のための方法であって、
    （ｉ）被験体由来の試料を請求項１～７５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片と接触させること；ならびに
    （ｉｉ）抗原および前記抗体を含むか、または抗原および前記抗原結合断片を含む複合体を検出すること
    を含む、方法。
  108. 前記試料が、前記被験体から単離された血液を含む、請求項１０７に記載の方法。
  109. 被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
    （ａ）それぞれ、配列番号１７２および１７６に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列、または
    （ｂ）それぞれ、配列番号１７３～１７５および１７７～１７９に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
    を含む、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに
    （ａ）配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、もしくは６９のいずれか１つに記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号２６、４１、もしくは５８のいずれか１つに記載のＶＬアミノ酸配列、または
    （ｂ）（ｉ）それぞれ、配列番号２３～２５、（ｉｉ）それぞれ、配列番号１６０～１６２、（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３８～４０、もしくは（ｉｖ）それぞれ、配列番号１６６～１６８に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸、および（ｉ）それぞれ、配列番号２７～２９、（ｉｉ）それぞれ、配列番号１６３～１６５、（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４２～４４、もしくは（ｉｖ）それぞれ、配列番号１６９～１７１に記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
    を含む、第２の抗体または抗原結合断片
    を受けた被験体に投与することを含む、方法。
  110. 被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
    （ａ）配列番号２２、３０、３２、３４、３５、３７、４５、４７、４９、５０、５２、５４、６２、６４、６６、６８、もしくは６９のいずれか１つに記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号２６、４１、もしくは５８のいずれか１つに記載のＶＬアミノ酸配列、または
    （ｂ）（ｉ）それぞれ、配列番号２３～２５、（ｉｉ）それぞれ、配列番号１６０～１６２、（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３８～４０、もしくは（ｉｖ）それぞれ、配列番号１６６～１６８に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸、および（ｉ）それぞれ、配列番号２７～２９、（ｉｉ）それぞれ、配列番号１６３～１６５、（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４２～４４、もしくは（ｉｖ）それぞれ、配列番号１６９～１７１に記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
    を含む、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに
    （ａ）それぞれ、配列番号１７２および１７６に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列、または
    （ｂ）それぞれ、配列番号１７３～１７５および１７７～１７９に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
    を含む、第２の抗体または抗原結合断片
    を受けた被験体に投与することを含む、方法。
  111. 被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
    （ａ）それぞれ、配列番号１７２および１７６に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列、または
    （ｂ）それぞれ、配列番号１７３～１７５および１７７～１７９に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
    を含む、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに
    （ａ）配列番号２００に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号２０４に記載のＶＬアミノ酸配列、または
    （ｂ）それぞれ、配列番号２０１～２０３に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３アミノ酸、ならびにそれぞれ、配列番号２０５～２０７に記載のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
    を含む、第２の抗体または抗原結合断片
    を受けた被験体に投与することを含む、方法。
  112. 被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
    （ａ）配列番号２００に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号２０４に記載のＶＬアミノ酸配列、または
    （ｂ）それぞれ、配列番号２０１～２０３に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３アミノ酸、ならびにそれぞれ、配列番号２０５～２０７に記載のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
    を含む、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに
    （ａ）それぞれ、配列番号１７２および１７６に記載のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列、または
    （ｂ）それぞれ、配列番号１７３～１７５および１７７～１７９に記載のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
    を含む、第２の抗体または抗原結合断片
    を受けた被験体に投与することを含む、方法。
  113. 被験体におけるサルベコウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
    （ｉ）それぞれ、配列番号４０９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５；
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５；
    （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５；
    （ｉｖ）それぞれ、配列番号４４９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５；
    （ｖ）それぞれ、配列番号４４９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５；または
    （ｖｉ）それぞれ、配列番号４４９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５
    に記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、抗体または抗原結合断片の有効量を前記被験体に投与することを含み、
    前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、方法。
  114. 被験体におけるサルベコウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
    （ｉ）それぞれ、配列番号４０９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５；
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５；
    （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４０９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５；
    （ｉｖ）それぞれ、配列番号４４９、４１０、４１１、４１３、４１４、および４１５；
    （ｖ）それぞれ、配列番号４４９、４４７、４１１、４１３、４１４、および４１５；または
    （ｖｉ）それぞれ、配列番号４４９、４５７、４１１、４１３、４１４、および４１５
    に記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、抗体または抗原結合断片の有効量を前記被験体に投与することを含み、
    前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、方法。
  115. 前記抗体または抗原結合断片が、
    （ａ）それぞれ、配列番号４０８および４１２；
    （ｂ）それぞれ、配列番号４０８および４４２；
    （ｃ）それぞれ、配列番号４０８および４４３；
    （ｄ）それぞれ、配列番号４０８および４４４；
    （ｅ）それぞれ、配列番号４０８および４４５；
    （ｆ）それぞれ、配列番号４２８および４１２；
    （ｇ）それぞれ、配列番号４２８および４４２；
    （ｈ）それぞれ、配列番号４２８および４４３；
    （ｉ）それぞれ、配列番号４２８および４４４；
    （ｊ）それぞれ、配列番号４２８および４４５；
    （ｋ）それぞれ、配列番号４４６および４１２；
    （ｌ）それぞれ、配列番号４４６および４４２；
    （ｍ）それぞれ、配列番号４４６および４４３；
    （ｎ）それぞれ、配列番号４４６および４４４；
    （ｏ）それぞれ、配列番号４４６および４４５；
    （ｐ）それぞれ、配列番号４４８および４１２；
    （ｑ）それぞれ、配列番号４４８および４４２；
    （ｒ）それぞれ、配列番号４４８および４４３；
    （ｓ）それぞれ、配列番号４４８および４４４；
    （ｔ）それぞれ、配列番号４４８および４４５；
    （ｕ）それぞれ、配列番号４５８および４１２；
    （ｖ）それぞれ、配列番号４５８および４４２；
    （ｗ）それぞれ、配列番号４５８および４４３；
    （ｘ）それぞれ、配列番号４５８および４４４；
    （ｙ）それぞれ、配列番号４５８および４４５；
    （ｚ）それぞれ、配列番号４５９および４１２；
    （ａａ）それぞれ、配列番号４５９および４４２；
    （ｂｂ）それぞれ、配列番号４５９および４４３；
    （ｃｃ）それぞれ、配列番号４５９および４４４；
    （ｄｄ）それぞれ、配列番号４５９および４４５；
    （ｅｅ）それぞれ、配列番号４６０および４１２；
    （ｆｆ）それぞれ、配列番号４６０および４４２；
    （ｇｇ）それぞれ、配列番号４６０および４４３；
    （ｈｈ）それぞれ、配列番号４６０および４４４；または
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号４６０および４４５
    に記載されるＶＨおよびＶＬアミノ酸配列を含む、請求項１１４に記載の方法。
  116. 被験体におけるサルベコウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
    （ｉ）それぞれ、配列番号配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４０４、および４０５；
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４０４、および４０５；
    （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号配列番号３９９、４００、４０１、４０３、４４０、および４０５；または
    （ｉｖ）それぞれ、配列番号配列番号３９９、４００、４３５、４０３、４４０、および４０５
    に記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、抗体または抗原結合断片の有効量を前記被験体に投与することを含み、
    前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、方法。
  117. 前記抗体または抗原結合断片が、
    （ｉ）それぞれ、配列番号３９８および４０２；
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号３９８および４３９；
    （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３２および４０２；
    （ｉｖ）それぞれ、配列番号４３２および４３９；
    （ｖ）それぞれ、配列番号４３４および４０２；
    （ｖｉ）それぞれ、配列番号４３４および４３９；
    （ｖｉｉ）それぞれ、配列番号４３７および４０２；または
    （ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３７および４３９
    に記載されるＶＨおよびＶＬアミノ酸配列を含み、
    前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質（Ｓ）に結合できる、請求項１１６に記載の方法。
  118. 前記サルベコウイルスが、クレード１ａのサルベコウイルス、クレード１ｂのサルベコウイルス、クレード２のサルベコウイルス、および／またはクレード３のサルベコウイルスを含み、必要に応じて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含む、請求項１１３～１１７のいずれか一項に記載の方法。
  119. 配列番号３４１、３４２、３４３、３４５、３４６、および３４７にそれぞれ記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号３４０のＶＨアミノ酸配列および配列番号３４４のＶＬアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片を投与することをさらに含み、および／または前記被験体が、前記抗体または抗原結合断片を受けている、請求項１１３～１１８のいずれか一項に記載の方法。
  120. 配列番号１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、および１７９にそれぞれ記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号１７２のＶＨアミノ酸配列および配列番号１７６のＶＬアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片を投与することをさらに含み、および／または前記被験体が、前記抗体または抗原結合断片を受けている、請求項１１３～１１９のいずれか一項に記載の方法。
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