CN116194476A - 针对sars-cov-2的抗体和其使用方法 - Google Patents
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Abstract
本公开提供了抗体和其抗原结合片段，所述抗体和其抗原结合片段可以与SARS‑CoV‑2抗原结合，并且在某些实施方式中，能够中和SARS‑CoV‑2感染。在某些实施方式中，本发明所公开的抗体能够与多种沙贝病毒(sarbecovirus)的S蛋白结合和/或中和由多种沙贝病毒引起的感染。还提供了编码抗体或抗原结合片段的多核苷酸、包括多核苷酸的载体和宿主细胞、药物组合物以及使用本发明所公开的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、载体、宿主细胞和组合物来治疗或诊断沙贝病毒感染(例如SARS‑CoV‑2感染)的方法。
Description
关于序列表的声明
与本申请相关的序列表以文本格式提供以代替纸质副本，并且特此通过引用并入本说明书中。包括序列表的文本文件名称为是930585_407WO_SEQUENCE_LISTING.txt。所述文本文件为346KB，创建于2021年4月14日，并通过EFS-Web以电子方式提交。
背景技术
截至2021年4月7日，全球已经确认大约1.32亿例感染新型冠状病毒(除了其它名称之外，称为SARS-CoV-2)的病例，并且已经导致大约287万人死亡。需要用于预防或治疗SARS-CoV-2感染的模态，以及用于诊断SARS-CoV-2感染的诊断工具。
附图简要说明
图1A-1C示出了使用针对SARS-CoV-2假型化病毒的抗体进行的感染中和测定的结果。将分离自COVID-19或SARS感染康复患者的人单克隆抗体重组表达，并且在针对用SARS-CoV-2刺突蛋白假型化的鼠白血病病毒(MLV)的中和测定中进行测试。图1A示出了分离自COVID-19康复患者的六种抗体的结果。图1B示出了分离自COVID-19康复患者的六种另外的抗体和分离自SARS康复患者的两种抗体(S307和S309(S309具有SEQ ID NO:172的VH(SEQID NO:173-175的HCDR)和SEQ ID NO:176的VL(SEQ ID NO:177-179的LCDR)的结果，并且描述于Pinto等人,《自然(Nature)》583:290-295(2020))中。图1C示出了图1B所示的分离自COVID-19康复患者的六种抗体中的四种抗体的结果。以x轴中所指示的浓度对抗体进行测试。符号示出重复值的平均值。
图2A-2D示出了某些抗体与SARS-CoV-2刺突蛋白RBD和SARS-CoV刺突蛋白RBD的结合。将人单克隆抗体重组表达并通过ELISA进行测试。图2A示出了八种抗体与SARS-CoV-2刺突蛋白RBD(左图)和SARS-CoV刺突蛋白RBD(右图)的结合。图2B示出了两种另外的抗体与SARS-CoV-2刺突蛋白RBD(左图)和SARS-CoV刺突蛋白RBD(右图)的结合。图2C示出了三种另外的抗体与SARS-CoV-2刺突蛋白RBD(左图)和SARS-CoV刺突蛋白RBD(右图)的结合。图2D示出了一种另外的抗体与SARS-CoV-2刺突蛋白RBD(左图)和SARS-CoV刺突蛋白RBD(右图)的结合。
图3A-3C示出了如通过ELISA测量的抗体与SARS-CoV-2RBD、SARS-CoV-1RBD和SARS-CoV-2S1结构域的结合。图3A示出了重组单克隆抗体S2H7的结合。图3B示出了重组单克隆抗体S2R7的结合。图3C示出了重组单克隆抗体S2R5的结合。符号是重复值的平均值。
图4A和4B示出了某些抗体与SARS-CoV-2刺突蛋白胞外结构域的结合。通过ELISA测量与稳定的融合前刺突三聚体的结合。在x轴所指示的浓度范围内以1:3稀释重组抗体。右上方的框中给出了以ng/ml为单位的EC50值。图4A示出了重组单克隆抗体S2A15-v1和S2A15-v2的结合。图4B示出了重组单克隆抗体S2B2-v1和S2B2-v2的结合。
图5A-5C示出了某些抗体竞争与SARS-CoV-2RBD的结合。将HIS标签化的SARS-CoV-2RBD(来自βCoV/Wuhan-Hu-1/2019的刺突蛋白的残基331-550，登录号MN908947)装载到Octet针上，随后用第一抗体进行温育，随后用第二抗体进行温育。图5A示出了某些抗体与第一抗体S2A5的竞争。图5B示出了某些抗体与第一抗体S2A10的竞争。图5C示出了某些抗体与第一抗体S309(VH SEQ ID NO:172；VL SEQ ID NO:176；Pinto等人,《自然》583:290-295(2020))的竞争。
图6A和6B示出了某些抗体和人ACE2竞争与RBD的结合。将人ACE2装载到Octet针上，随后与RBD以及抗体一起缔合或与RBD单独缔合。竖直虚线指示RBD或RBD加抗体缔合的开始。图6A示出了四种纯化的重组抗体和两种以ExpiCHO培养物上清液(SN)形式使用的抗体的结果。图6B示出了四种纯化的重组抗体(左图)和两种以ExpiCHO培养物上清液形式使用的抗体(右图)的单独的图。
图7示出了来自使用针对SARS-CoV-2假型化病毒的某些抗体进行的感染中和测定的结果。将分离自COVID-19或SARS感染康复患者的人单克隆抗体重组表达，并且在针对用SARS-CoV-2刺突蛋白假型化的水疱性口炎病毒(VSV)的中和测定中进行测试。示出了分离自COVID-19康复患者的四种抗体(S2N3、S2N6、S2X2和S2X3)和分离自SARS康复患者的一种抗体(S309(VH SEQ ID NO:172；VL SEQ ID NO:176；Pinto等人,《自然》583:290-295(2020))的结果。所有抗体都表达为具有M428L和N434S(“LS”)Fc突变的变体。以x轴上所指示的浓度对抗体进行测试。符号示出重复值的平均值。
图8示出了来自使用分离自COVID-19康复患者的单克隆抗体(S2X2)、分离自SARS康复患者的单克隆抗体(S309(VH SEQ ID NO:172；VL SEQ ID NO:176；Pinto等人,《自然》583:290-295(2020))以及S2X2和S309的组合的感染中和测定的结果。将抗体重组表达(作为LS Fc变体)，并且在针对用SARS-CoV-2刺突蛋白假型化的鼠白血病病毒(MLV)的中和测定中进行测试。各个抗体的起始浓度为5μg/ml。抗体组合的起始浓度为10μg/ml总抗体。x轴示出了抗体的总浓度。符号示出重复值的平均值±SD。
图9示出了某些抗体与SARS-CoV-2的RBD的结合。使用分离自COVID-19(S2N3、S2N6、S2X2、S2X3)或SARS-CoV(S309(VH SEQ ID NO:172；VL SEQ ID NO:176；Pinto等人,《自然》583:290-295(2020))感染康复患者的产生人单克隆抗体的转染的ExpiCHO细胞的培养物上清液。在测试之前，通过ELISA确定培养物上清液中的抗体浓度。蛋白质A传感器(生物源公司(Bioforte))在经1.5分钟装载含3μg/ml抗体的动力学缓冲液之前水合。将5μg/ml的SARS-CoV-2的RBD(来自βCoV/Wuhan-Hu-1/2019的刺突蛋白的残基331-550，登录号MN908947；内部生产)缔合5分钟。允许RBD解离10分钟。解离阶段的开始通过竖直虚线指示。
图10示出了人单克隆抗体S2X2和人ACE2竞争与SARS-CoV-2RBD的结合。将人ACE2-His(义翘神州生物公司(Sino Biological))装载到抗HIS(HIS1K)生物传感器(分子装置-富迪生物公司(ForteBio))上，随后与RBD以及抗体一起缔合或与RBD单独缔合。在测量RBD与ACE2-His的10分钟缔合之前，将RBD用或不用15μg/ml抗体预温育30分钟。记录解离5分钟。竖直虚线指示解离阶段的开始。抗体以来自转染的ExpiCHO细胞的细胞培养物上清液的形式存在。
图11A-11C示出了来自使用分离自COVID-19康复患者的单克隆抗体和分离自SARS康复患者的比较单克隆抗体(S309(VH SEQ ID NO:172；VL SEQ ID NO:176；Pinto等人,《自然》583:290-295(2020))的感染中和测定的结果。图11A示出了单克隆抗体S2D60、S2D22、S2D52和S309的结果。图11B示出了单克隆抗体S2D32、S2D8、S2D38和S309的结果。图11C示出了单克隆抗体S2D25、S2D19、S2D34和S309的结果。在中和测定中对针对用SARS-CoV-2刺突蛋白假型化的鼠白血病病毒(MLV)的抗体进行测试。x轴示出了抗体的总浓度。
图12A-12F示出了分离自COVID-19康复患者的单克隆抗体与人ACE2竞争与SARS-CoV-2RBD的结合。将ELISA板用重组人ACE2涂覆。在PBS中用2ug/ml的ACE2进行涂覆。将板在4℃下温育过夜并且在室温下用阻断剂酪蛋白(来自赛默飞世尔公司(Thermofisher)的1％酪蛋白)阻断1小时。将单克隆抗体的连续稀释液与20ng/ml的SARS-CoV-2RBD(与来自义翘神州生物公司的小鼠Fc融合的RBD)在37℃下温育30分钟，并且然后转移到涂覆有ACE2的板上在室温下进行额外的温育。将板洗涤并且使用多克隆山羊抗小鼠Fc-AP抗体(南方生物技术公司(Southern Biotech))检测RBD与ACE2的结合。在进行额外的洗涤之后，添加AP底物pNPP(西格玛公司)并且在用分光光度计(Powerwave340伯腾公司(Biotek))测量405nm处的吸附之前将板在室温下温育20分钟。图12A示出了单克隆抗体S2D4、S2D5、S2D8、S2D10和S2A4的结果。图12B示出了单克隆抗体S2D11、S2D15、S2D19、S2D22和S2A4的结果。图12C示出了单克隆抗体S2D25、S2D27、S2D31、S2D32和S2A4的结果。图12D示出了单克隆抗体S2D34、S2D38、S2D39、S2D41和S2A4的结果。图12E示出了单克隆抗体S2D43、S2D47、S2D51、S2D52和S2A4的结果。图12F示出了单克隆抗体S2D53、S2D60和S2A4的结果。
图13A-13C示出了来自使用分离自COVID-19康复患者的单克隆抗体的RBD结合测定的结果。图13A示出了单克隆抗体S2D4、S2D5、S2D8、S2D10、S2D11、S2D13、S2D15、S2D19、S2D22、S2D24和S2D25的结果。图13B示出了单克隆抗体S2D27、S2D31、S2D32、S2D34、S2D38、S2D39、S2D41、S2D43、S2D47、S2D51和S2D52的结果。图13C示出了单克隆抗体S2D53、S2D57和S2D60的结果。在这些实验中，将抗体表达为具有M428L和N434(“LS”)Fc突变的重组IgG1。图中粗体所示的抗体对SARS-CoV RBD具有交叉反应性。
图14A-14E示出了本公开的五种单克隆抗体(S2D8、S2D25、S2D32、S2D60和S2D22)成对竞争与SARS-CoV-2的RBD的结合。图14A-14E中的每一个都示出了左侧所示出的单克隆抗体与每一种其它抗体(沿图的顶部所示出的)竞争的结果。图14A示出了单克隆抗体S2D8的结果。图14B示出了单克隆抗体S2D25的结果。图14C示出了单克隆抗体S2D32的结果。图14D示出了单克隆抗体S2D60的结果。图14E示出了单克隆抗体S2D22的结果。每个图中的竖直虚线示出了从图的左侧所示出的第一抗体到图的顶部所指示的第二抗体的切换。
图15示出了如通过Octet测量的本公开的五种单克隆抗体对SARS-CoV-2RBD的结合亲和力和亲合力。将RBD装载到BLI针上，并测量所指示抗体的缔合。竖直虚线指示当BLI针切换到缓冲液时解离阶段的开始。
图16示出了来自使用针对真实SARS-CoV-2病毒的抗体的感染中和测定的数据。图16中标记为“S309-v2”(在本文中也称为S309 N55Q)的比较抗体包括SEQ ID NO:340中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:341-343的HCDR)和SEQ ID NO:344中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:345-347的LCDR)。将在补充有10％FBS(VWR)和1x青霉素/链霉素(赛默飞世尔科技公司)的DMEM中培养的Vero E6细胞以20,000个细胞/孔接种在白色96孔板中并且附着过夜。将单克隆抗体的1:4连续稀释液与200pfu的SARS-CoV-2(分离株USA-WA1/2020，传代3，在Vero E6细胞中传代)在37℃下在BSL-3设施中温育30分钟。将细胞上清液去除并且将病毒-抗体混合物添加到细胞中。感染后24小时，将细胞用4％多聚甲醛固定30分钟，然后进行两次PBS(pH 7.4)洗涤并且用0.25％Triton X-100在PBS中透化30分钟。在5％奶粉/PBS中阻断30分钟之后，将细胞用靶向SARS-CoV-2核衣壳蛋白(义翘神州生物公司，目录号40143-R001)的一级抗体以1:2000稀释度温育1小时。在洗涤并且用与1μg/mlHoechst33342混合的二级Alexa647标记的抗体温育1小时之后，将板在自动细胞成像读数器(Cytation 5，伯腾公司)上进行成像并且使用制造商供应的软件对核衣壳阳性的细胞进行计数。使用Prism软件(GraphPad Prism8.0)处理数据。
图17A和17B示出了来自使用单克隆抗体的感染中和测定的结果。图17A示出了单克隆抗体S2X127和S2X129的结果。图17B示出了单克隆抗体S2X132和S2X190的结果。在中和测定中对针对用SARS-CoV-2刺突蛋白假型化的鼠白血病病毒(MLV)的抗体进行测试。x轴示出了抗体的总浓度。所计算的IC50、IC80和IC90值在每个图的右侧的框中示出。
图18A和18B示出了来自使用某些单克隆抗体的感染中和测定的结果。将人单克隆抗体重组表达，并且在针对用SARS-CoV-2刺突蛋白假型化的水疱性口炎病毒(VSV)的中和测定中进行测试。图18A示出了单克隆抗体S2X127、S2X129和S2X132的结果。图18B示出了单克隆抗体S2X190以及比较单克隆抗体S2X193和S2X195的结果。以x轴上所指示的浓度对抗体进行测试。所计算的IC50和IC90值在每个图的底部示出。
图19示出了某些抗SARS-CoV-2单克隆抗体抑制SARS-CoV-2RBD与人ACE2结合的能力。在PBS中将ELISA板用2μg/ml的重组人ACE2涂覆。将单克隆抗体的连续稀释液与20ng/ml的SARS-CoV-2RBD(与来自义翘神州生物公司的小鼠Fc融合的RBD)在37℃下温育30分钟，并且然后转移到涂覆有ACE2的板上在室温下进行另外20分钟的温育。使用了十一份连续稀释液，以10μg/ml开始并以1:3稀释。使用与碱性磷酸酶缀合的二级抗体山羊F(ab')2抗小鼠IgG(H+L)抗体(南方生物科技公司)检测RBD与ACE2的结合，随后在碳酸氢盐缓冲液中添加pNPP(西格玛奥德里奇公司(Sigma Aldrich)N2765-100TAB)，并在405nm处读取吸光度。示出了单克隆抗体S2X127、S2X129、S2X132和S2X190以及比较抗体S2X193和S2X195的结果。所计算的IC50值在图的右侧示出。
图20A-20D示出了如通过Octet测量的本公开的四种单克隆抗体对SARS-CoV-2RBD的结合亲和力和亲合力。将抗体(如图的右下方所指示的)以2.7μg/ml装载到蛋白A针上。将SARS-CoV-2RBD以6μg/ml、1.5μg/ml或0.4μg/ml装载5分钟。测量解离7分钟。每个图中的竖直虚线指示解离阶段的开始。
图21示出了如通过Octet测量的单克隆抗体S2X127、S2X129、S2X132和S2X190以及七种比较抗体对SARS-CoVRBD的结合亲和力和亲合力。将抗体以2.7μg/ml装载在蛋白质A针上。将SARS-CoV RBD以6μg/ml装载5分钟。测量解离7分钟。每个图中的竖直虚线指示解离阶段的开始。图中曲线以从上到下的次序与图的右侧抗体名称以从上到下的次序相对应；即抗体S2X127与图中的顶部曲线相对应，并且抗体S2X278与图中的底部曲线相对应。
图22A-22C示出了来自使用某些单克隆抗体的感染中和测定的结果。图22A示出了单克隆抗体S2X227(SEQ ID NO:398中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:399-401中所示的HCDR)；SEQ ID NO:402中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:403-405中所示的LCDR)的结果。图22B示出了单克隆抗体S2X200和S2X259的结果。S2X259包括SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)和SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ IDNO:413-415的LCDR)。图22C示出了单克隆抗体S2X288的结果。在中和测定中对针对用SARS-CoV-2刺突蛋白假型化的鼠白血病病毒(MLV)的抗体进行测试。x轴示出了抗体的总浓度。所计算的IC50、IC80和IC90值在每个图的右侧的框中示出(框的左侧列；例如，图22A中的S2X227的内插IC90为86.995ng/mL)。
图23A和23B示出了人单克隆抗体S2X227(在本文中也鉴定为“S2X227-v1”；SEQ IDNO:398中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:399-401中所示的HCDR)；SEQ ID NO:402中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:403-405中所示的LCDR))和S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQID NO:413-415的LCDR))与SARS-CoV刺突蛋白、SARS-CoV刺突蛋白RBD和SARS-CoV-2刺突蛋白RBD的结合。将人单克隆抗体重组表达并通过ELISA对结合进行测试。图23A示出了抗体与SARS-CoV刺突蛋白RBD(上图)和SARS-CoV刺突蛋白(下图)的结合。图23B示出了抗体与SARS-CoV-2刺突蛋白RBD(上图)和未涂覆的对照板(下图)的结合。图的右侧的框示出了所计算的EC50值。
图24A和24B示出了如通过ELISA测量的单克隆抗体抑制SARS-CoV-2RBD与人ACE2结合的能力。图24A示出了单克隆抗体S2X200以及比较抗体S2X179的结果。图24B示出了单克隆抗体S2X227(SEQ ID NO:398中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:399-401中所示的HCDR)；SEQ ID NO:402中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:403-405中所示的LCDR))和S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))的结果。所计算的IC50值在每个图的右侧的框中示出。
图25A和25B示出了人单克隆抗体S2X200和比较抗体S2X179与SARS-CoV刺突蛋白、SARS-CoV刺突蛋白RBD和SARS-CoV-2刺突蛋白RBD的结合。将人单克隆抗体重组表达并通过ELISA对结合进行测试。图25A示出了抗体与SARS-CoV刺突蛋白RBD(上图)和SARS-CoV刺突蛋白(下图)的结合。图25B示出了抗体与SARS-CoV-2刺突蛋白RBD(上图)和未涂覆的对照板(下图)的结合。图25B中的顶图右侧的框示出了所计算的用于结合SARS-CoV-2RBD的EC50值。
图26概括了如通过结合竞争、冷冻EM和晶体学数据确定的使用单克隆抗体S309和其它抗刺突抗体的定量表位特异性血清学研究的结果。加下划线的抗体对SARS-CoV具有交叉反应性。
图27A-27C示出了某些单克隆抗体对SARS-CoV-2感染的中和。图27A示出了抗体S2X193以及包括S309 N55Q LS的五种比较抗体的结果。S309 N55Q LS包括如SEQ ID NO:340中所示的VH序列(SEQ ID NO:341-343的HCDR)和如SEQ ID NO:344中所示的VL序列(SEQID NO:345-347的LCDR)，并且包括Fc区的MLNS(M428L/N434S；图中缩写为“LS”)突变。图27B示出了抗体S2X195、S2X219和S2X246以及三种比较抗体的结果。图27C示出了五种抗体以及比较抗体S309 N55Q LS的结果。
图28示出了如通过ELISA测量的RBD与抗体S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411中的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ IDNO:413-415中的LCDR))和407_10_1_v2(S2X259的工程化变体，具有SEQ ID NO:428中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)和SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))的结合。
图29示出了使用VSV假病毒的某些抗体对SARS-CoV-2感染的中和。数据来自VSV-luc(刺突D19)假病毒的一式三份孔的一个单个实验。“LS”＝Fc突变M428L+N434S。“S2X227-v1”包括SEQ ID NO:398中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:399-401中所示的HCDR)和SEQID NO:402中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:403-405中所示的LCDR)。“S309wt”包括SEQID NO:172中所示的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:176中所示的VL氨基酸序列。
图30示出了使用VSV假病毒的某些抗体对活SARS-CoV-2感染的中和。数据来自于一式三份孔SARS-CoV-2-luc，MOI 0.1，感染6小时。“S2X227-v1”包括SEQ ID NO:398中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:399-401中所示的HCDR)和SEQ ID NO:402中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:403-405中所示的LCDR)。“S309wt”包括SEQ ID NO:172中所示的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:176中所示的VL氨基酸序列。
图31A和31B示出了某些抗体对FcγRIIIa(V158等位基因)(图31A)和FcγRIIa(H131等位基因)(图31B)的激活。数据示出了使用表达SARS CoV2 S蛋白的CHO靶细胞的实验。“S2X227-v1”包括SEQ ID NO:398中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:399-401中所示的HCDR)和SEQ ID NO:402中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:403-405中所示的LCDR)。“S309”包括SEQ ID NO:172中所示的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:176中所示的VL氨基酸序列。
图32示出了通过对从GISAID和GenBank检索的氨基酸序列的最大似然分析构建的沙贝病毒(sarbecovirus)RBD的系统发育树。示出了S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ IDNO:413-415的LCDR))、S2E12(参见Tortorici等人,超强效人抗体通过多种机制保护免受SARS-CoV-2激发(Ultrapotent human antibodies protect against SARS-CoV-2challenge via multiple mechanisms).《科学(Science)》370,950-957(2020))、S309(SEQ ID NO:172中所示的VH氨基酸序列；SEQ ID NO:176中所示的VL氨基酸序列；参见Pinto等人,人单克隆SARS-CoV抗体对SARS-CoV-2的交叉中和(Cross-neutralization ofSARS-CoV-2by a human monoclonal SARS-CoV antibody).《自然》583,290-295(2020))和ADG-2(参见Rappazzo等人,通过工程化人单克隆抗体对SARS样病毒具有广泛且强效的活性(Broad and potent activity against SARS-like viruses by an engineered humanmonoclonal antibody).《科学》371,823-829(2021))在沙贝病毒亚属内的交叉反应性。
图33示出了S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))与表示沙贝病毒进化枝1a、1b、2和3以及SARS-CoV-2相关变体(VOC)的一组30S糖蛋白的交叉反应性的流式细胞术分析。示出了至少两个独立实验中的一个。
图34示出了如通过ELISA测量的S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))与表示不同沙贝病毒进化枝和SARS-CoV-2变体的结合。示出了至少两个独立实验中的一个。误差条指示两个重复实验或三个重复实验的标准偏差。
图35示出了S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))介导的SARS-CoV-2-Nluc真实病毒和SARS-CoV-2S MLV假型化病毒的中和。示出了至少两个独立实验中的一个。误差条指示两个重复实验或三个重复实验的标准偏差。
图36示出了S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))介导的携带SARS-CoV-2S的VSV假型的中和，SARS-CoV-2S来自表示B.1.1.7、B.1.351、P.1和B.1.429VOC(上图)的分离株以及单个RBD突变体(下图)。示出了至少两个独立实验中的一个。误差条指示两个重复实验或三个重复实验的标准偏差。
图37示出了S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))介导的携带SARS-CoV相关(进化枝1a，上图)或SARS-CoV-2相关(进化枝1b，下图)S糖蛋白的VSV假型的中和。示出了至少两个独立实验中的一个。误差条指示两个重复实验或三个重复实验的标准偏差。
图38A-38C示出了通过表面等离子体共振分析的S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQID NO:413-415的LCDR))Fab与重组沙贝病毒RBD、融合前SARS-CoV-2S胞外结构域三聚体和RBD变体的结合。在传感器芯片表面上捕获S或RBD抗原，并以单循环动力学形式依次测量在11nM、33nM、100nM和300nM下与S2X259 Fab的结合。所有数据均拟合到1:1结合模型，并报告了平衡解离常数(KD)。对于S-结合数据，报告了表观KD(KD，app)，因为动力学并入开放与封闭RBD状态之间的构象动力学。
图39示出了截至2021年3月，在循环SARS-CoV-2分离株中被鉴定为不影响、影响S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))结合或中和或对其具有未知影响的突变的频率；截至2021年4月，在232,598个在S2X259表位中具有天然存在的突变的病毒分离株的0.001％中发现了降低S2X259的中和的G504D突变；所述232,598个病毒分离株占目前可获得的所有序列的大约27.4％。
图40示出了S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))对基于VSV的SARS-COV-2S突变的体外中和活性。对于每个突变体，报告了针对SARS-CoV-2S WT(Wuhan-Hu-1)的中和的倍数变化。*与其它突变体相比，Q506K突变体显示病毒进入减少了10倍。
图41示出了代表性沙贝病毒RBD的蛋白质序列比对，其中匹配残基示出为点并且保守性指示为条形图。位置基于SARS-CoV-2RBD。表示了确定为对S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))结合重要的残基以及延伸的表位。在比对中指示了位置D405和G504处的取代。所示的沙贝病毒RBD包括进化枝1a(SARS-CoV、WIV1、RsSHC014、LYRa3、CS24、A021、Rs3367、HKU3、PC4-127、Rs4231和Rs4084)、进化枝1b(SARS-CoV-2、RaTG13、PG-GD-2019和PG-GX-2017)、进化枝2(SX2011、YN2013、Anlong112、Rs4255、YN2011、SC2018、ZC45、ZXC21、RmYN02、Rm1/2004、Rf1-2004、Rf4092和As6526)和进化枝3(BtkY72和BGR/2008)的代表。
图42示出了对RBD与ACE2结合的抑制。将S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))的连续稀释液与SARS-CoV-2RBD(灰色)或SARS-CoV RBD(黑色)预温育可防止在ELISA中与固定的人ACE2(hACE2)胞外结构域结合。
图43示出了如通过流式细胞术确定的从细胞表面表达的SARS-CoV-2S中脱落的mAb介导的S1亚基。检查了S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))；包括了S2E12作为阳性对照；包括了S2M11作为阴性对照。将稳定表达野生型SARS-CoV-2S的CHO细胞重悬于洗涤缓冲液(PBS 1％BSA，2mM EDTA)中，并在37℃下用10μg/mL TPCK-胰蛋白酶(沃辛顿生物化学公司(Worthington Biochem))处理30分钟。然后将细胞洗涤并将其分配到圆底96孔板中(90,000个细胞/孔)。在37℃下以15μg/mL的最终浓度将S2X259添加到细胞中，持续180分钟。在不同的时间点(5、30、60、120和180)将细胞收集，在4℃下用洗涤缓冲液洗涤，并在冰上与1.5μg/mL二级山羊抗人IgG、Fc特异性片段(杰克逊免疫研究公司(Jackson ImmunoResearch))一起温育20分钟。将细胞洗涤并重悬于洗涤缓冲液中，并用ZE5 FACS(伯乐公司(Bio-rad))分析。
图44示出了在以1mg/kg(n＝6)、4mg/kg(n＝6)和与S309(1+1mg/kg，n＝6)组合预防性施用S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))之后，用B.1.351SARS-CoV-2VOC鼻内激发4天后，叙利亚仓鼠肺中病毒RNA载量(左图)和复制病毒滴度(TCID50)(右图)的定量。曼-惠特尼检验(Mann-Whitney test)用于显著性的统计学分析。*p<0.05，**p<0.01。呈现了来自一个独立实验的数据。简而言之，SARS-CoV-2Wuhan(βCov/Belgium/GHB-03021/2020-EPI ISL 109407976|2020-02-03)和B.1.351(hCoV10519/Belgium/rega-1920/2021；EPI_ISL_896474,2021-01-11)分离株分别地从采集自经RT-qPCR确认的无症状患者和患有呼吸道症状的患者的鼻咽拭子中回收。通过测序和系统发育分析确认了与原型Wuhan-Hu-12019 SARS-CoV-2和B.1.351谱系的密切相关性。通过在Vero E6细胞上连续传代来分离感染性病毒，并且使用SARS-CoV-2Wuhan的传代6和B.1.351病毒的传代2进行研究。病毒原液的滴度通过Reed和Muench方法对Vero E6细胞进行终点稀释来确定。从詹维尔实验室购买叙利亚仓鼠(黄金仓鼠)，并且将所述仓鼠两两圈养在通风的隔离笼(IsoCage N生物防护系统，泰尼百斯公司)中，所述仓鼠随意获取食物和水以及笼富集物(木块)。圈养条件和实验程序经鲁汶大学(KU Leuven)动物实验伦理委员会的批准(许可证P065-2020)。6-10周龄雌性仓鼠在以50μl的接种物鼻内感染1.89x 106TCID50前48小时以1mg/kg和4mg/kg腹膜内注射施用S2X259 mAb。对仓鼠的外观、行为和体重进行监测。在感染后第4天，通过腹膜内注射500μl Dolethal(200mg/mL戊巴比妥钠(sodiumpentobarbital)，威隆股份公司(Vetoquinol SA))对仓鼠实施安乐死。将肺收集，在350μl RLT缓冲液(RNeasy迷你试剂盒，凯杰公司(Qiagen))中使用珠破碎(Precellys)使其均质化，并离心(10,000rpm，5分钟，4℃)以使细胞碎片沉淀。根据制造商的说明，使用NucleoSpin试剂盒(马切雷-内格尔公司(Macherey-Nagel))提取RNA。RT-qPCR使用具有N2引物和靶向核衣壳的探针的iTaq通用探针一步RTqPCR试剂盒(伯乐公司)在LightCycler96平台(罗氏公司(Roche))上进行。SARS-CoV-2cDNA(IDT)的标准物用于表达每毫克组织或每毫升血清的病毒基因组拷贝。为了对感染性SARS-CoV-2颗粒进行定量，对在96孔板中汇合的Vero E6细胞进行终点滴定。病毒滴度通过Reed和Muench方法计算并且表达为每毫克组织50％的组织培养物感染剂量(TCID50)。
图45示出了叙利亚仓鼠在用原型SARS-CoV-2鼻内感染4天后的肺中病毒RNA载量(左图)和复制病毒滴度(右图)。示出了一个独立实验的结果。不相关的mAb n＝3；S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))4mg/kg n＝4。
图46示出了来自如通过生物层干涉测量法测量的S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411中的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415中的LCDR))与位点I靶向S2E12(上图)和位点IV靶向S309(SEQ ID NO:172中所示的VH氨基酸序列，SEQ ID NO:176中所示的VL氨基酸序列)(下图)mAb对SARS-CoV-2RBD的竞争结合测定的数据。示出了两个独立实验中的一个。
图47示出了在感染前血清中测量的单克隆抗体的浓度(第0天；x轴)与感染后四天肺中感染性病毒(TCID50)的浓度(y轴)之间的相关性。在预防性施用抗体S2X259(SEQ IDNO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411中的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415中的LCDR))或抗体S2X259和S309(SEQ ID NO:172中所示的VH氨基酸序列，SEQ ID NO:176中所示的VL氨基酸序列)的组合后，用B.1.351SARS-CoV-2鼻内激发叙利亚仓鼠(还参见图44)。圆圈所指示的是：S2X259，1mg/kg；S2X259，4mg/kg；和S309+S2X259，1+1mg/kg。呈现了来自一个独立实验的数据。
图48示出了在预防性施用S2X259抗体(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))后，将用原型(Wuhan-1相关)SARS-CoV-2鼻内感染四天后的叙利亚仓鼠的肺中的病毒RNA载量(RNA基因组拷贝/mg肺)的定量绘制为感染前(第0天)血清单克隆抗体浓度的函数。以4mg/kg施用S2X259抗体；n＝4。
图49示出了在预防性施用S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ IDNO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))抗体后，将用原型(Wuhan-1相关)SARS-CoV-2鼻内感染四天后的叙利亚仓鼠的肺中的复制病毒滴度(TCID50)的定量绘制为感染前(第0天)血清单克隆抗体浓度的函数。以4mg/kg施用S2X259抗体；n＝4。
图50示出了S2X259(SEQ ID NO:408中所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412中所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))针对在229个临床分离株中发现的频率更高的携带S2X259接触残基S突变的VSV假病毒的体外中和活性。对于每个突变体，报告了针对SARS-CoV-2S WT的中和的倍数变化。*与其它突变体相比，Q506K突变体显示病毒进入减少了10倍。报告了来自两个独立实验的结果。
图51示出了VSV-SARS-CoV-2假病毒对经转染以过表达ACE2或一组选定的凝集素和受体候选物之一的HEK293T细胞的感染。
图52示出了用真实SARS-CoV-2(MOI为0.1)感染过表达DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2的稳定HEK293T细胞系的显微照片，然后对SARS-CoV-2核蛋白进行24小时的固定和免疫染色。
图53示出了如在用SARS-CoV-2-Nluc感染之后24小时测量的过表达DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2的稳定HEK293T细胞系中荧光素酶水平的定量。
图54示出了在用不同浓度的抗SIGLEC1单克隆抗体(克隆7-239)温育并用SARS-CoV-2-Nluc感染之后，过表达DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2的稳定HEK293T细胞系中荧光素酶水平的定量。
图55示出了VSV-SARS-CoV-2假病毒对瞬时转导以过表达DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2的细胞的感染。示出了HEK293T细胞(左图)、HeLa细胞(中间图)和MRC5细胞(右图)的结果。
图56示出了在用ACE2 siRNA处理之后，随后用VSV-SARS-CoV-2假病毒感染的过表达DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2的稳定HEK293T细胞系的感染。
图57示出了在用不同浓度的抗ACE2抗体(多克隆血清)处理之后，随后用VSV-SARS-CoV-2假病毒感染的过表达DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2的稳定HEK293T细胞系的感染。
图58示出了ACE2、DC-SIGN(CD209)、L-SIGN(CLEC4M)和SIGLEC1在人肺细胞图谱中的分布和表达。
图59示出了在重度COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液或痰中的具有可检测SARS-CoV-2基因组的主要细胞类型的分析。单细胞基因表达谱示出为t-SNE(t-分布式随机邻域嵌入)图，其通过细胞类型鉴定并通过病毒载量确定大小。
图60示出了在重度COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液或痰中的具有可检测SARS-CoV-2基因组的主要细胞类型的分析。针对所指示的细胞类型中的每种细胞类型示出了每个细胞的检测到的病毒RNA达到对应logCPM(log(每百万计数)；x轴)的细胞累积分数(y轴)。
图61示出了在x轴上示出的具有受体基因的可检测到的转录物的细胞计数和在y轴上的SARS-CoV-2+细胞类型的热图矩阵。来自八名受试者的总共n＝3,085个细胞。参见Ren,X.等人,通过大规模单细胞转录组图谱揭示的COVID-19免疫特征(COVID-19immunefeatures revealed by a large-scale single cell transcriptome atlas).《细胞(Cell)》,doi:10.1016/j.cell.2021.01.053(2021)。
图62示出了巨噬细胞和分泌细胞中受体转录物计数(每个图的y轴)与SARS-CoV-2RNA计数(每个图的x轴)的相关性。相关性基于Ren等人的对数转换前的计数。
图63示出了用VSV-SARS-CoV-2进行反式感染的结果。左图示出了反式感染过程的示意图。将用DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC1转导的HeLa细胞与VSV-SARS-CoV-2一起温育，彻底洗涤，并与Vero-E6-TMPRSS2易感靶细胞共培养。右图示出了在存在或不存在靶细胞的情况下的结果。
图64示出了反式感染的结果，其中在存在或不存在抗SIGLEC1阻断抗体的情况下进行VSV-SARS-CoV-2病毒吸附。
图65示出了如通过流式细胞术测量的纯化的荧光标记的SARS-CoV-2刺突蛋白或RBD与所指示的细胞系结合的定量。“A”指示过表达ACE2的细胞系；“T”指示过表达TMPRSS2的细胞系。
图66示出了如通过RT-qPCR测量的所指示的细胞系中细胞ACE2和TMPRSS2转录物的定量。“A”指示过表达ACE2的细胞系；“T”指示过表达TMPRSS2的细胞系。
图67示出了由不同刺突特异性抗体介导的CHO-S细胞间融合。使用Cytation 5成像仪(伯腾公司)和对象检测方案来对融合进行定量，所述方案检测作为对象的细胞核并测量其大小。融合的细胞中对象的面积除以所有对象的总面积乘以100得到融合的细胞的百分比。
图68示出了15μg/ml所指示的抗体对S2E12诱导的CHO-S细胞的细胞间融合的抑制。
图69示出了在不存在ACE2的情况下，S阳性CHO-S细胞与荧光标记的S阴性CHO细胞的S2E12诱导的单向融合(还称为反式融合)。用赫斯特染料对细胞核进行染色；用CellTracker绿对细胞质进行染色。
图70示出了如通过流式细胞术测量的靶向DC/L-SIGN、DC-SIGN、SIGLEC1或ACE2的抗体对HEK293T细胞的结合的分析，所述HEK293T细胞稳定过表达相应附着受体。
图71示出了如通过免疫荧光测量的靶向DC/L-SIGN、DC-SIGN、SIGLEC1或ACE2的抗体对HEK293T细胞的结合的分析，所述HEK293T细胞稳定过表达相应附着受体。
图72示出了通过用野生型刺突蛋白假型化的VSV-SARS-CoV-2(深灰色条)或用携带B1.1.7谱系突变的刺突蛋白假型化的VSV-SARS-CoV-2(浅灰色条)对HEK293T细胞的感染，所述HEK293T细胞稳定过表达所指示的附着受体。在感染后一天分析发光。
图73示出了如通过流式细胞术测量的纯化的荧光标记的SARS-CoV-2刺突蛋白(左图)或RBD(右图)与所指示的细胞系结合的定量。
图74示出了如通过流式细胞术测量的纯化的荧光标记的SARS-CoV-2刺突蛋白(左图)或RBD(右图)与所指示的细胞系结合的定量。
图75示出了免疫复合物与仓鼠脾细胞的结合。对Alexa-488荧光免疫复合物(IC)进行滴定(0-200nM范围)，并与总原初仓鼠脾细胞一起温育。在排除死亡/凋亡细胞并对真正的单核细胞群进行物理门控后，用细胞仪显示结合。左图示出了与用仓鼠或人Fc抗体制备的IC的仓鼠细胞相关的荧光强度(人S309示出为绿色；GH-S309示出为深灰色；GH-S309-N297A示出为蓝色)。示出了两个复制品中的单个复制品。右图示出了在整个单核细胞群上测量的复制品的相对Alexa-488平均荧光强度。
图76示出了宿主效应子功能在SARS-CoV-2激发中的作用的分析。向叙利亚仓鼠注射指示量(mg/kg)的仓鼠IgG2a S309，或者wt或者Fc沉默(S309-N297A)。上图示出了感染后4天肺中的病毒RNA的定量。中间图示出了感染后4天肺中的复制病毒的定量。下图示出了感染后4天肺中的组织病理学评分。向对照动物(白色符号)注射4mg/kg不相关对照同型抗体。*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001，****p<0.0001与对照动物，使用曼-惠特尼检验(Mann-Whitney test)。
具体实施方式
本文提供了能够与SARS-CoV-2冠状病毒(例如，如本文所描述的在SARS-CoV-2病毒体中和/或在被SARS-CoV-2冠状病毒感染的宿主细胞如细胞的表面上表达的SARS-CoV-2表面糖蛋白和/或RBD)结合的抗体和抗原结合片段。宿主细胞可以是例如肺细胞、CHO细胞(如例如，经转染以表达表面糖蛋白的ExpiCHO细胞)等。在某些实施方式中，本发明所公开的抗体和抗原结合片段可以在体外感染模型和/或人受试者体内中和SARS-CoV-2感染。
在某些实施方式中，本发明所公开的抗体和抗原结合片段能够与两种、三种或更多种沙贝病毒和/或SARS-CoV-2病毒结合和/或中和所述病毒，如例如进化枝1a的沙贝病毒、进化枝1b的沙贝病毒、进化枝2的沙贝病毒、进化枝3的沙贝病毒和/或SARS-CoV-2的变体。
还提供了编码抗体和抗原结合片段、载体、宿主细胞和相关组合物的多核苷酸，以及使用抗体、核酸、载体、宿主细胞和相关组合物来治疗(例如，减少、延迟、消除或预防)受试者的SARS-CoV-2感染和/或制造用于治疗受试者的SARS-CoV-2感染的药物的方法。
本文进一步提供了能够与多种沙贝病毒(例如，如本文所描述的一种或多种(例如，一种、两种、三种、四种、五种、六种或更多种)不同沙贝病毒病毒体和/或在被两种或更多种沙贝病毒感染的细胞表面上表达的表面糖蛋白)结合的抗体和抗原结合片段。在某些实施方式中，本发明所公开的抗体和抗原结合片段可以在体外感染模型和/或人受试者体内中和由两种或更多种沙贝病毒引起的感染。还提供了编码抗体和抗原结合片段、载体、宿主细胞和相关组合物的多核苷酸，以及使用抗体、核酸、载体、宿主细胞和相关组合物来治疗(例如，减少、延迟、消除或预防)受试者的两种或更多种沙贝病毒感染和/或制造用于治疗受试者的两种或更多种沙贝病毒感染的药物的方法。
在更加详细地阐述本公开之前，提供本文要使用的某些术语的定义可能有助于理解本公开。贯穿本公开阐述了另外的定义。
如本文所使用的，“沙贝病毒”指谱系B内的任何β冠状病毒，并且包括进化枝1a、进化枝1b、进化枝2和进化枝3中的谱系B病毒。进化枝1a沙贝病毒的实例是SARS-CoV和蝙蝠SARS样冠状病毒WIV1(WIV1)。进化枝1b沙贝病毒的实例是SARS-CoV-2、RatG13、穿山甲-Guanxi-2017(Pangolin-Guanxi-2017，PANG/GX)和穿山甲-Guangdon-2019(Pangolin-Guangdon-2019，PANG/GD)。进化枝2沙贝病毒的实例是Bat ZC45(ZC45)、Bat ZXC21(ZXC21)、YN2013和RmYN02。进化枝3沙贝病毒的实例是BtkY72和BGR2008。
在一些实施方式中，抗体或其抗原结合片段能够与以下结合：进化枝1a的沙贝病毒(例如，SARS-CoV、WIV1或两者)；进化枝1b的沙贝病毒(例如，SARS-CoV-2、RatG13、穿山甲-Guanxi-2017(PANG/GX)、穿山甲-Guangdon-209(Pangolin-Guangdon-209)或其任何组合)；进化枝2的沙贝病毒；或者进化枝3的沙贝病毒。
在某些另外的实施方式中，抗体或其抗原结合片段能够与SARS-CoV-2变体结合；例如，N501Y变体；Y453F变体；N439K变体；K417V变体；N501Y-K417N-E484K变体；E484K变体；加利福尼亚变体；巴西变体；瑞士变体；或者其任何组合。
在一些实施方式中，抗体或其抗原结合片段能够以约12ng/mL、约12.5ng/mL或约13ng/mL的IC50抑制人ACE2与沙贝病毒(例如，SARS-CoV-2)受体结合结构域(RBD)之间的结合相互作用。
如本文所使用的，“SARS-CoV-2”，在本文中也被称为“新型CoV(novel CoV)”，或“nCoV”，或“2019nCoV”是被认为是谱系B的β冠状病毒(沙贝病毒)。SARS-CoV-2感染的症状包括发烧、干咳和呼吸困难。
SARS-CoV-2分离株Wuhan-Hu-1的基因组序列如SEQ ID NO:1中所示(还参见GenBankMN908947.3，2020年1月23日)，并且基因组的氨基酸翻译如SEQ ID NO:2中所示(还参见GenBank QHD43416.1，2020年1月23日)。像其它冠状病毒(例如，SARS-CoV-1)一样，SARS-CoV-2包括包含受体结合结构域(RBD)的“刺突”或表面(“S”)I型跨膜糖蛋白。据信RBD通过与细胞表面受体血管紧张素转换酶2(ACE2)结合来介导谱系B SARS冠状病毒进入呼吸道上皮细胞。具体地，据信病毒RBD中的受体结合基序(RBM)与ACE2相互作用。
SARS-CoV-2Wuhan-Hu-1表面糖蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO:3中所示。本公开的抗体和抗原结合片段能够与SARS CoV-2表面糖蛋白(S)结合，如Wuhan-Hu-1的表面糖蛋白。例如，在某些实施方式中，抗体或抗原结合片段与Wuhan-Hu-1 S蛋白RBD中的表位结合。
SARS-CoV-2Wuhan-Hu-1 RBD的氨基酸序列如SEQ ID NO:4中所示。SARS-CoV-2S蛋白与SARS-CoV S蛋白具有大约73％氨基酸序列同一性。SARS-CoV-2RBM的氨基酸序列如SEQID NO:5中所示。SARS-CoV-2RBD与SARS–CoV-1RBD具有大约75％至77％氨基酸序列相似性，并且SARS-CoV-2RBM与SARS-CoVRBM具有大约50％氨基酸序列相似性。
除非本文另外指示，否则SARS-CoV-2Wuhan-Hu-1是指包括SEQ ID NO:2、3和4中任一者或多者所示的氨基酸序列，任选地具有SEQ ID NO:1中所示的基因组序列。
已经存在许多新出现的SARS-CoV-2变体。一些SARS-CoV-2变体包括N439K突变，其增强了对人ACE2受体的结合亲和力(Thomson,E.C.等人,循环的SARS-CoV-2刺突变体N439K在避开抗体介导的免疫的同时维持健壮(The circulating SARS-CoV-2spike variantN439K maintains fitness while evading antibody-mediated immunity).《bioRxiv》,2020)。一些SARS-CoV-2变体包括N501Y突变，其与增加的传播性相关，包括谱系B.1.1.7(也被称为20I/501Y.V1和VOC 202012/01；(del69-70、del144、N501Y、A570D、D614G、P681H、T716I、S982A和D1118H突变))和B.1.351(也被称为20H/501Y.V2；L18F、D80A、D215G、R246I、K417N、E484K、N501Y、D614G和A701V突变)，分别在英国和南非发现(Tegally,H.等人,具有多个刺突突变的新的重度急性呼吸综合征相关冠状病毒2(SARS-CoV-2)谱系在南非的出现和快速传播(Emergence and rapid spread ofa new severe acute respiratorysyndrome-related coronavirus 2(SARS-CoV-2)lineage with multiple spikemutations in South Africa).《medRxiv》,2020:p.2020.12.21.20248640；Leung,K.等人,2020年10月至11月英国对SARS-CoV-2的N501Y突变体菌株的早期经验评估(Earlyempirical assessment of the N501Ymutant strains ofSARS-CoV-2in theUnitedKingdom,October to November 2020).《medRxiv》,2020:p.2020.12.20.20248581)。B.1.351还包括SARS-CoV2刺突蛋白的RBD结构域中的两个其它突变K417N和E484K(Tegally,H.等人,具有多个刺突突变的新的重度急性呼吸综合征相关冠状病毒2(SARS-CoV-2)谱系在南非的出现和快速传播(Emergence and rapid spreadofa new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2(SARS-CoV-2)lineage with multiple spike mutations in South Africa).《medRxiv》,2020:p.2020.12.21.20248640)。其它SARS-CoV-2变体包括谱系B.1.1.28，其在巴西首次报道；变体P.1，谱系B.1.1.28(也被称为20J/501Y.V3)，其在日本首次报道；变体L452R，其在美国加利福尼亚州首次报道(泛美卫生组织(PanAmerican Health Organization),流行病学更新：SARS-CoV-2变体在美洲的出现(Epidemiological update:Occurrence of variantsof SARS-CoV-2in theAmericas),2021年1月20日,可在reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/2021-jan-20-phe-epi-update-SARS-CoV-2.pdf中获得)。其它SARS-CoV-2变体包括SARS CoV-2进化枝19A；SARS CoV-2进化枝19B；SARS CoV-2进化枝20A；SARS CoV-2进化枝20B；SARS CoV-2进化枝20C；SARS CoV-2进化枝20D；SARSCoV-2进化枝20E(EU1)；SARS CoV-2进化枝20F；SARS CoV-2进化枝20G；以及SARS CoV-2B1.1.207；以及其它SARS CoV-2谱系，其在Rambaut,A.等人,用于辅助基因组流行病学的SARS-CoV-2谱系的动态命名建议(A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2lineages to assist genomic epidemiology).《自然微生物学(Nat Microbiol)》5,1403–1407(2020)中描述。前述SARS-CoV-2变体以及其氨基酸和核苷酸序列通过引用并入本文。
SARS-CoV是在受感染的个体中引起呼吸道症状的谱系B的另一种β冠状病毒(沙贝病毒)。SARS-CoV Urbani株的基因组序列具有GenBank登录号AAP13441.1。SARS-CoV表面糖蛋白(“S蛋白”)的氨基酸序列如SEQ ID NO:450中所示。
在本说明书中，除非另外指示，否则任何浓度范围、百分比范围、比率范围或整数范围应被理解为包括所列举的范围内的任何整数值并且适当时包括其分数(如整数的十分之一和百分之一)。而且，除非另外指示，否则本文所列举的关于如聚合物亚基、大小或厚度等任何物理特征的任何数字范围应被理解为包括所列举的范围内的任何整数。除非另外指示，否则如本文所使用的，术语“约(about)”意指所指示的范围、数值或结构的±20％。应当理解，如本文所使用的术语“一个(a)”和“一个(an)”是指所列举的组分中的“一个或多个(one or more)”。替代方案的使用(例如，“或(or)”)应被理解为意指替代方案中的一个、两个或其任何组合。如本文所使用的，术语“包括/包含(include)”、“具有(have)”和“包括/包含(comprise)”是同义使用的，这些术语和其变体旨在被解释为非限制性的。
“任选的”或“任选地”意指随后所描述的要素、组分、事件或情形可以发生或可以不发生，且所述描述包括其中所述要素、组分、事件或情形发生的情况以及其中所述要素、组分、事件或情形不发生的情况。
另外，应当理解，衍生自本文所描述的结构和亚基的各种组合的单独构建体或构建体组由本申请公开，其公开程度与每个构建体或构建体组被单独阐述的程度相同。因此，特定结构或特定亚基的选择在本公开的范围内。
术语“基本上由……组成(consisting essentially of)”不等效于“包括/包含(comprising)”，并且是指权利要求的指定材料或步骤，或指那些不实质上影响所请求保护的主题的基本特性的材料或步骤。例如，当结构域、区、模块或蛋白质的氨基酸序列包括延伸、缺失、突变或其组合(例如，在氨基末端或羧基末端或结构域之间的氨基酸)时，蛋白质结构域、区或模块(例如，结合结构域)或蛋白质“基本上由特定氨基酸序列组成”，所述延伸、缺失、突变或其组合结合贡献结构域、区、模块或蛋白质长度的至多20％(例如，至多15％、10％、8％、6％、5％、4％、3％、2％或1％))，并且不会显著影响(即，不使活性降低超过50％，如不超过40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％或1％)结构域、区、模块或蛋白质的活性(例如，结合蛋白的靶结合亲和力)。
如本文所使用的，“氨基酸(amino acid)”是指天然存在的或合成的氨基酸，以及以与天然存在的氨基酸类似的方式起作用的氨基酸类似物和氨基酸模拟物。天然存在的氨基酸是由遗传密码编码的氨基酸、以及后来被修饰的氨基酸，例如，羟基脯氨酸、γ-羧基谷氨酸以及O-磷酸丝氨酸。氨基酸类似物是指与天然存在的氨基酸具有相同基本化学结构的化合物，即与氢、羧基、氨基和R基结合的α碳，例如高丝氨酸、正亮氨酸、甲硫氨酸亚砜、甲硫氨酸甲基锍。此类类似物具有经修饰的R基(例如，正亮氨酸)或经修饰的肽骨架，但是保留了与天然存在的氨基酸相同的基本化学结构。氨基酸模拟物是指具有与氨基酸的通式化学结构不同的结构，但是以与天然存在的氨基酸类似的方式起作用的化学化合物。
如本文所使用的，“突变(mutation)”是指核酸分子或多肽分子序列分别与参考或野生型核酸分子或多肽分子相比的改变。突变可以引起序列的若干不同类型变化，包括核苷酸或氨基酸的取代、插入或缺失。
“保守取代”是指不显著影响或改变特定蛋白质的结合特性的氨基酸取代。通常，保守取代是其中取代的氨基酸残基被具有类似侧链的氨基酸残基替代的取代。保守取代包括在以下组之一中发现的取代：组1：丙氨酸(Ala或A)、甘氨酸(Gly或G)、丝氨酸(Ser或S)、苏氨酸(Thr或T)；组2：天冬氨酸(Asp或D)、谷氨酸(Glu或Z)；组3：天冬酰胺(Asn或N)、谷氨酰胺(Gln或Q)；组4：精氨酸(Arg或R)、赖氨酸(Lys或K)、组氨酸(His或H)；组5：异亮氨酸(Ile或I)、亮氨酸(Leu或L)、甲硫氨酸(Met或M)、缬氨酸(Val或V)；以及组6：苯丙氨酸(Phe或F)、酪氨酸(Tyr或Y)、色氨酸(Trp或W)。另外地或可替代地，氨基酸可以根据类似功能、化学结构或组成(例如，酸性、碱性、脂肪族、芳香族或含硫)分成保守取代组。例如，出于取代的目的，脂肪族分组可以包括Gly、Ala、Val、Leu和Ile。其它保守取代基团包括：含硫：Met和半胱氨酸(Cys或C)；酸性的：Asp、Glu、Asn和Gln；小脂肪族、非极性或略有极性的残基：Ala、Ser、Thr、Pro和Gly；极性带负电荷的残基和其酰胺：Asp、Asn、Glu和Gln；极性带正电荷的残基：His、Arg和Lys；大脂肪族、非极性残基：Met、Leu、Ile、Val和Cys；以及大芳香族残基：Phe、Tyr和Trp。另外的信息可以在Creighton(1984)《蛋白质(Proteins)》,W.H.弗里曼公司(W.H.Freeman and Company)中找到。
如本文所使用的，“蛋白质(protein)”或“多肽(polypeptide)”是指氨基酸残基的聚合物。蛋白质适用于天然存在的氨基酸聚合物，以及其中一个或多个氨基酸残基是对应的天然存在的氨基酸的人工化学模拟物的氨基酸聚合物，和非天然存在的氨基酸聚合物。还考虑了本公开的蛋白质、肽和多肽的变体。在某些实施方式中，变体蛋白质、肽和多肽包括与如本文所描述的定义或参考氨基酸序列的氨基酸序列至少70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.9％相同的氨基酸序列或由其组成。
“核酸分子(Nucleic acid molecule)”或“多核苷酸(polynucleotide)”或“多核酸(polynucleic acid)”是指包括共价连接的核苷酸的聚合化合物，其可以由天然亚基(例如，嘌呤或嘧啶碱基)或非天然亚基(例如，吗啉环)组成。嘌呤碱基包括腺嘌呤、鸟嘌呤、次黄嘌呤和黄嘌呤，并且嘧啶碱基包括尿嘧啶、胸腺嘧啶和胞嘧啶。核酸分子包括聚核糖核酸(RNA)，其包括mRNA、微小RNA、siRNA、病毒基因组RNA和合成RNA，以及聚脱氧核糖核酸(DNA)，其包括cDNA、基因组DNA和合成DNA，其中的任一者可以是单链或双链的。如果是单链的，则核酸分子可以是编码链或非编码(反义)链。编码氨基酸序列的核酸分子包括编码相同氨基酸序列的所有核苷酸序列。核苷酸序列的一些版本还可以包括内含子，其程度使得内含子将通过共转录或转录后机制被去除。换句话说，由于遗传密码的冗余或简并，或通过剪接，不同的核苷酸序列可以编码相同的氨基酸序列。
还考虑了本公开的核酸分子的变体。变体核酸分子与如本文所描述的定义或参考多核苷酸的核酸分子至少70％、75％、80％、85％、90％，优选地95％、96％、97％、98％、99％或99.9％相同，或者在约65℃-68℃下的0.015M氯化钠、0.0015M柠檬酸钠或约42℃下的0.015M氯化钠、0.0015M柠檬酸钠和50％甲酰胺的严格杂交条件下与多核苷酸杂交。核酸分子变体保留编码其结合结构域的能力，所述结合结构域具有本文所描述的功能，如结合靶分子。
“序列同一性百分比(Percent sequence identity)”是指如通过比较序列所确定的两个或更多个序列之间的关系。将确定序列同一性的优选方法设计成给出所比较序列之间的最佳匹配。例如，出于最佳比较目的，将序列进行比对(例如，可以在第一氨基酸或核酸序列和第二氨基酸或核酸序列中的一个或两个中引入空位以进行最优比对)。进一步地，出于比较目的，可以忽略非同源序列。除非另外指示，否则本文所引用的序列同一性百分比在参考序列的长度上计算。用于确定序列同一性和相似性的方法可以在公开可用的计算机程序中找到。序列比对和同一性百分比计算可以使用BLAST程序(例如，BLAST 2.0、BLASTP、BLASTN或BLASTX)进行。BLAST程序中使用的数学算法可以在Altschul等人,《核酸研究(NucleicAcids Res.)》25:3389-3402,1997中找到。在本公开的上下文中，应当理解，在使用序列分析软件进行分析的情况下，分析的结果基于所引用的程序的“默认值”。“默认值”意指软件首次初始化时最初加载的值或参数的任何集合。
术语“分离的(isolated)”意指将材料从其原始环境(例如，如果其天然存在的话，天然环境)中去除。例如，活动物中存在的天然存在的核酸或多肽不是分离的，但与天然系统中的一些或全部共存材料分离的相同核酸或多肽是分离的。此类核酸可以是载体的一部分和/或此类核酸或多肽可以是组合物(例如，细胞裂解物)的一部分，并且仍然是分离的，因为此类载体或组合物不是所述核酸或多肽的天然环境的一部分。
术语“基因”意指参与产生多肽链的DNA或RNA片段；在某些情况下，所述基因包括编码区之前和之后的区(例如，5'非翻译区(UTR)和3'UTR)以及单独编码片段(外显子)之间的插入序列(内含子)。
“功能变体(functional variant)”是指与本公开的亲本或参考化合物在结构上类似或基本上结构上类似但在组成上略有不同(例如，一个碱基、原子或官能团不同、被添加或被去除)的多肽或多核苷酸，使得多肽或经编码的多肽能够以至少50％的效率，优选地至少55％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％或100％的亲本多肽活性水平执行亲本多肽的至少一种功能。换句话说，当本公开的多肽或经编码的多肽的功能变体在所选的测定中与亲本或参考多肽相比显示出不超过50％的性能降低时，如用于测量结合亲和力的测定(例如，测量缔合(Ka)或解离(KD)常数的
或四聚体染色)，所述功能变体具有“类似结合”、“类似亲和力”或“类似活性”。
如本文所使用的，“功能部分”或“功能片段”是指仅包括亲本或参考化合物的结构域、部分或片段的多肽或多核苷酸，并且多肽或经编码的多肽保留与亲本或参考化合物的结构域、部分或片段相关的至少50％的活性，优选地至少55％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％或100％的亲本多肽活性水平，或提供生物学益处(例如，效应子功能)。当本公开的多肽或经编码多肽的“功能部分”或“功能片段”在所选的测定中与亲本或参考多肽相比显示出不超过50％的性能降低(优选地不超过20％或10％，或在亲和力方面与亲本或参考相比不超过对数差异)时，所述功能部分或片段具有“类似结合”或“类似活性”。
如本文所使用的，术语“工程化(engineered)”、“重组(recombinant)”或“非天然(non-natural)”是指包括至少一种遗传改变或已经通过引入外源或异源核酸分子进行修饰的生物体、微生物、细胞、核酸分子或载体，其中此类改变或修饰通过基因工程(即，人为干预)引入。遗传改变包括例如引入编码功能RNA、蛋白质、融合蛋白或酶的可表达的核酸分子的修饰，或其它核酸分子添加、缺失、取代或细胞的遗传物质的其它功能破坏。额外的修饰包括例如非编码调节区，其中修饰改变多核苷酸、基因或操纵子的表达。
如本文所使用的，“异源(heterologous)”或“非内源(non-endogenous)”或“外源(exogenous)”是指对宿主细胞或受试者而言不是天然的任何基因、蛋白质、化合物、核酸分子或活性，或对宿主细胞或受试者而言是天然的已改变的任何基因、蛋白质、化合物、核酸分子或活性。异源、非内源或外源包括已突变或以其它方式改变使得结构、活性或两者在天然与改变的基因、蛋白质、化合物或核酸分子之间不同的基因、蛋白质、化合物或核酸分子。在某些实施方式中，异源、非内源或外源基因、蛋白质或核酸分子(例如，受体、配体等)对于宿主细胞或受试者可能不是内源的，而是通过缀合、转化、转染、电穿孔等将编码此类基因、蛋白质或核酸分子的核酸添加到宿主细胞中，其中添加的核酸分子可以整合到宿主细胞基因组中或者可以作为染色体外遗传物质(例如，作为质粒或其它自我复制载体)存在。术语“同源(homologous)”或“同源物(homolog)”是指发现于或衍生自宿主细胞、物种或菌株的基因、蛋白质、化合物、核酸分子或活性。例如，编码多肽的异源或外源多核苷酸或基因可以与天然多核苷酸或基因同源并且编码同源多肽或活性，但所述多核苷酸或多肽可以具有改变的结构、序列、表达水平或其任何组合。非内源多核苷酸或基因以及经编码的多肽或活性可以来自相同物种、不同物种或其组合。
在某些实施方式中，如果对宿主细胞而言是天然的核酸分子或其部分已经改变或突变，则其将被视为对宿主细胞来说是异源的，或者如果对宿主细胞而言是天然的核酸分子已经用异源表达控制序列改变或已经用通常不与对宿主细胞而言是天然的核酸分子相关的内源表达控制序列改变，则其可以被视为是异源的。另外，术语“异源(heterologous)”可以指对于宿主细胞来说不同、改变或并非内源的生物活性。如本文所描述的，多于一种异源核酸分子可以作为独立的核酸分子、作为多个单独控制的基因、作为多顺反子核酸分子、作为编码融合蛋白的单个核酸分子或其任何组合引入到宿主细胞中。
如本文所使用的，术语“内源(endogenous)”或“天然(native)”是指通常存在于宿主细胞或受试者中的多核苷酸、基因、蛋白质、化合物、分子或活性。
如本文所使用的，术语“表达(expression)”是指基于如基因等核酸分子的编码序列产生多肽的过程。过程可以包括转录、转录后控制、转录后修饰、翻译、翻译后控制、翻译后修饰或其任何组合。表达的核酸分子通常可操作地连接到表达控制序列(例如，启动子)。
术语“可操作地连接(operably linked)”是指单个核酸片段上两个或更多个核酸分子的缔合，使得一者的功能受另一者影响。例如，当启动子能够影响编码序列的表达(即，编码序列在启动子的转录控制之下)时，所述启动子与所述编码序列可操作地连接。“未连接(Unlinked)”意指相关遗传元件彼此不紧密相关并且一者的功能不影响另一者。
如本文所描述的，多于一种异源核酸分子可以作为独立的核酸分子、作为多个单独控制的基因、作为多顺反子核酸分子、作为编码蛋白质(例如，抗体的重链)的单个核酸分子或其任何组合引入到宿主细胞中。当两种或更多种异源核酸分子引入到宿主细胞中时，应当理解，所述两种或更多种异源核酸分子可以作为单个核酸分子(例如，在单个载体上)引入、在独立的载体上引入、在单个位点或多个位点整合于宿主染色体中或其任何组合。所引用的异源核酸分子或蛋白质活性的数量是指编码核酸分子的数量或蛋白质活性的数量，而非引入宿主细胞的独立的核酸分子的数量。
术语“构建体(construct)”是指包括重组核酸分子(或者当上下文清楚地指示时，本公开的融合蛋白)的任何多核苷酸。(多核苷酸)构建体可以存在于载体(例如，细菌载体、病毒载体)中或者可以整合于基因组中。“载体(vector)”是能够运输另一种核酸分子的核酸分子。载体可以是例如质粒、粘粒、病毒、RNA载体或可以包括染色体、非染色体、半合成或合成核酸分子的线性或环状DNA或RNA分子。本公开的载体还包括转座子系统(例如，睡美人(Sleeping Beauty)，参见例如Geurts等人,《分子疗法(Mol.Ther.)》8:108,2003:Mátés等人,《自然遗传学(Nat.Genet.)》41:753,2009)。示例性载体是能够自主复制的载体(游离型载体)、能够将多核苷酸递送到细胞基因组的载体(例如，病毒载体)或能够表达其所连接的核酸分子的载体(表达载体)。
如本文所使用的，“表达载体(expression vector)”或“载体(vector)”是指包括核酸分子的DNA构建体，所述核酸分子可操作地连接到能够实现核酸分子在合适宿主中表达的合适控制序列。此类控制序列包括实现转录的启动子、控制此类转录的任选的操纵子序列、编码合适的mRNA核糖体结合位点的序列和控制转录与翻译终止的序列。载体可以是质粒、噬菌体颗粒、病毒或仅仅是潜在基因组插入物。一旦转化到合适的宿主中，载体就可以独立于宿主基因组复制并起作用，或者在一些情况下，可以整合到基因组自身中或将载体中所含的多核苷酸在没有载体序列的情况下递送到基因组中。在本说明书中，“质粒”、“表达质粒”、“病毒”和“载体”经常可互换使用。
在向细胞插入核酸分子的上下文中，术语“引入(introduced)”意指“转染(transfection)”、“转化(transformation)”或“转导(transduction)”并且包括提及向真核或原核细胞并入核酸分子，其中核酸分子可以并入到细胞的基因组(例如，染色体、质粒、质体或线粒体DNA)中，转化成自主复制子，或瞬时表达(例如，经转染的mRNA)。
在某些实施方式中，本公开的多核苷酸可以可操作地连接到载体的某些元件。例如，实现多核苷酸序列所连接的编码序列的表达和加工所需的所述多核苷酸序列可以可操作地连接。表达控制序列可以包括：适当的转录起始、终止、启动子和增强子序列；高效的RNA加工信号，如剪接和聚腺苷酸化信号；使胞质mRNA稳定的序列；增强翻译效率的序列(即，Kozak共有序列)；增强蛋白稳定性的序列；以及可能增强蛋白质分泌的序列。如果表达控制序列与所关注基因相邻，以及以反式或在远处起作用以控制所关注基因，则表达控制序列可以与所关注基因可操作地连接。
在某些实施方式中，载体包括质粒载体或病毒载体(例如，慢病毒载体或γ-逆转录病毒载体)。病毒载体包括逆转录病毒；腺病毒；细小病毒(例如，腺相关病毒)；冠状病毒；负链RNA病毒，如正粘病毒(例如，流感病毒)、弹状病毒(例如，狂犬病和水疱性口炎病毒)、副粘病毒(例如，麻疹和仙台病毒(Sendai))；正链RNA病毒，如小核糖核酸病毒和α病毒；以及双链DNA病毒，包括腺病毒、疱疹病毒(例如，单纯疱疹病毒1和2型、埃-巴二氏病毒(Epstein-Barr virus)、巨细胞病毒)和痘病毒(例如，牛痘、鸡痘和金丝雀痘)。其它病毒包括例如诺瓦克病毒(Norwalk virus)、披膜病毒、黄病毒、呼肠孤病毒、乳多空病毒、嗜肝dna病毒和肝炎病毒。逆转录病毒的实例包括禽白血病-肉瘤、哺乳动物C型病毒、B型病毒、D型病毒、HTLV-BLV群、慢病毒、泡沫病毒(Coffin,J.M.,逆转录病毒科：病毒和其复制(Retroviridae:The viruses and their replication),在《基础病毒学(FundamentalVirology)》中,第三版,B.N.Fields等人编辑,费城利平科特-雷文出版社(Lippincott-Raven Publishers,Philadelphia),1996)。
“逆转录病毒(Retrovirus)”是具有RNA基因组的病毒，所述RNA基因组使用逆转录酶逆转录成DNA，随后逆转录的DNA并入宿主细胞基因组中。“γ逆转录病毒”是指逆转录病毒科的一个属。γ逆转录病毒的实例包括小鼠干细胞病毒、鼠白血病病毒、猫白血病病毒、猫肉瘤病毒和禽网状内皮组织增生病毒。
“慢病毒载体”包括用于基因递送的基于HIV的慢病毒载体，其可以为整合或非整合的，具有相对大的包装容量，并且可以转导一系列不同细胞类型。慢病毒载体通常在将三种(包装、包膜和转移)或更多种质粒瞬时转染到生产细胞中之后产生。类似于HIV，慢病毒载体通过病毒表面糖蛋白与细胞表面上受体的相互作用进入靶细胞。在进入时，病毒RNA经历逆转录，其由病毒逆转录酶复合物介导。逆转录的产物是双链线性病毒DNA，其是病毒整合到受感染细胞DNA中的底物。
在某些实施方式中，病毒载体可以是γ逆转录病毒，例如，莫洛尼鼠白血病病毒(Moloney murine leukemia virus，MLV)衍生载体。在其它实施方式中，病毒载体可以是更复杂的逆转录病毒衍生载体，例如，慢病毒衍生载体。HIV-1衍生载体属于此类别。其它实例包括衍生自HIV-2、FIV、马传染性贫血病毒、SIV和梅迪-维斯纳病毒(Maedi-Visna virus)(绵羊慢病毒)的慢病毒载体。使用逆转录病毒和慢病毒病毒载体以及包装细胞来用包括转基因的病毒颗粒转导哺乳动物宿主细胞的方法是本领域已知的并且已经在例如以下文献中描述：美国专利8,119,772；Walchli等人,《公共科学图书馆·综合(PLoS One)》6:327930,2011；Zhao等人,《免疫学杂志(J.Immunol.)》174:4415,2005；Engels等人,《人类基因疗法(Hum.Gene Ther.)》14:1155,2003；Frecha等人,《分子疗法》18:1748,2010；以及Verhoeyen等人,《分子生物学方法(Methods Mol.Biol.)》506:97,2009。逆转录病毒和慢病毒载体构建体和表达系统也是可商购的。其它病毒载体也可以用于多核苷酸递送，包括DNA病毒载体，包括例如基于腺病毒的载体和基于腺相关病毒(AAV)的载体；衍生自单纯疱疹病毒(HSV)的载体，包括扩增子载体、复制缺陷型HSV和减毒HSV(Krisky等人,《基因疗法(GeneTher.)》5:1517,1998)。
可以与本公开的组合物和方法一起使用的其它载体包括衍生自杆状病毒和α-病毒的载体。(Jolly,D J.1999.新兴病毒载体(Emerging Viral Vectors).第209-40页,Friedmann T.编辑,《人类基因疗法的发展(The Development ofHuman Gene Therapy)》.纽约：冷泉港实验室(NewYork:Cold Spring Harbor Lab)，或质粒载体(如睡美人或其它转座子载体)。
当病毒载体基因组包括要在宿主细胞中作为独立的转录物表达的多种多核苷酸时，病毒载体还可以包括两种(或更多种)转录物之间的额外的序列，从而允许双顺反子或多顺反子表达。用于病毒载体的此类序列的实例包括内部核糖体进入位点(IRES)、弗林蛋白酶切割位点、病毒2A肽或其任何组合。
本文进一步描述质粒载体，包括用于直接向受试者施用的基于DNA的抗体或抗原结合片段编码质粒载体。
如本文所使用的，术语“宿主”是指用异源核酸分子进行遗传修饰以产生所关注多肽(例如，本公开的抗体)的靶标的细胞或微生物。
宿主细胞可以包括可以接受载体或核酸并入或表达蛋白质的任何单独细胞或细胞培养物。术语还涵盖宿主细胞的后代，无论在遗传或表型上相同还是不同。合适的宿主细胞可以取决于载体并且可以包括哺乳动物细胞、动物细胞、人细胞、猴细胞、昆虫细胞、酵母细胞和细菌细胞。这些细胞可以通过使用病毒载体、通过磷酸钙沉淀转化、DEAE-葡聚糖、电穿孔、显微注射或其它方法诱导以并入载体或其它材料。参见例如Sambrook等人,《分子克隆：实验室手册(Molecular Cloning:A Laboratory Manual)》第2版(冷泉港实验室,1989)。
在SARS-CoV-2感染(或由另一种沙贝病毒引起的感染)的背景下，“宿主”是指受SARS-CoV-2冠状病毒(或其它沙贝病毒)感染的细胞或受试者。
如本文所使用的，“抗原”或“Ag”是指引起免疫应答的免疫原性分子。这种免疫应答可能涉及抗体产生、特定免疫活性细胞的激活、补体的激活、抗体依赖性细胞毒性或其任何组合。抗原(免疫原性分子)可以是例如肽、糖肽、多肽、糖聚肽、多核苷酸、多糖、脂质等。显而易见，抗原可以合成、重组产生或衍生自生物样品。可以包括一种或多种抗原的示例性生物样品包括组织样品、粪便样品、细胞、生物流体或其组合。抗原可以由已经修饰或基因工程化以表达抗原的细胞产生。抗原还可以存在于沙贝病毒，例如SARS-CoV-2冠状病毒(例如，表面糖蛋白或其部分)中，如存在于病毒体中，或在受SARS-CoV-2感染的细胞表面上表达或呈递。
术语“表位”或“抗原表位”包括由同源结合分子，如免疫球蛋白或其它结合分子、结构域或蛋白质识别且特异性结合的任何分子、结构、氨基酸序列或蛋白质决定簇。表位决定簇一般包括分子的化学活性表面基团(如氨基酸或糖侧链)，并且可以具有特定的三维结构特性以及特定的电荷特性。在抗原是或包括肽或蛋白质的情况下，表位可以包括连续氨基酸(例如，线性表位)，或者可以包括来自通过蛋白质折叠而接近的蛋白质的不同部分或区的氨基酸(例如，不连续或构象表位)，或者与蛋白质折叠无关的紧密接近的不连续氨基酸。
抗体、抗原结合片段和组合物
在一个方面，本公开提供了一种分离的抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，并且其能够与SARS-CoV-2的表面糖蛋白结合。在某些实施方式中，所述抗体或抗原结合片段能够与在宿主细胞的细胞表面和/或SARS-CoV-2病毒体上表达的SARS-CoV-2的表面糖蛋白结合。
在某些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段与SARS-CoV-2表面糖蛋白表位或包括所述表位的抗原缔合或联合，而不与样品中的任何其它分子或组分显著缔合或联合。
在某些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段与SARS-CoV-2表面糖蛋白表位缔合或联合(例如，结合)，并且还可以与样品中存在的来自另一种冠状病毒(例如，SARSCoV)的表位缔合或联合，但不与样品中的任何其它分子或组分显著缔合或联合。换句话说，在某些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段对SARS-CoV-2和一种或多种额外的冠状病毒具有交叉反应性。
在某些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段能够与两种或更多种沙贝病毒的表面糖蛋白结合。在一些实施方式中，所述两种或更多种沙贝病毒选自：进化枝1a沙贝病毒和/或进化枝1b沙贝病毒；进化枝2沙贝病毒；进化枝3沙贝病毒；或其天然存在的变体和其任何组合。在某些实施方式中，所述抗体或抗原结合片段能够与两种或更多种沙贝病毒的表面糖蛋白结合；例如，当沙贝病毒在宿主细胞的细胞表面和/或沙贝病毒病毒体上表达时能够与其结合。在某些实施方式中，所述两种或更多种沙贝病毒选自：SARS-CoV、WIV1、SARS-CoV2、PANG/GD、PANG/GX、RatG13、ZXC21、ZC45、RmYN02、BGR2008、BtkY72和其天然存在的变体。在一些实施方式中，所述两种或更多种沙贝病毒包括SARS-CoV-2变体P.1、B.1.1.7、B.1.429和B.1.351中的一种或多种。在一些实施方式中，所述两种或更多种沙贝病毒包括一种或多种具有S蛋白突变N501Y、Y453F、N439K、K417V、E484K或其任何组合的SARS-CoV-2变体。
在某些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段与沙贝病毒表面糖蛋白表位或包括所述表位的抗原缔合或联合，而不与样品中的任何其它分子或组分显著缔合或联合。在一些实施方式中，所述表位包括在刺突(S)蛋白的S1亚基中。在另外的实施方式中，所述表位包括在S蛋白的受体结合结构域(RBD)中。在一些实施方式中，所述表位是构象表位或线性表位。
在某些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段与第一沙贝病毒表面糖蛋白表位缔合或联合(例如，结合)，并且还可以与样品中存在的来自另一种沙贝病毒的表位缔合或联合，但不与样品中的任何其它分子或组分显著缔合或联合。换句话说，在某些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段针对两种或更多种沙贝病毒具有交叉反应性并且与其特异性结合。
在某些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段与沙贝病毒表面糖蛋白，如SARS-CoV-2表面糖蛋白特异性结合。如本文所使用的，“特异性结合”是指抗体或抗原结合片段与抗原缔合或联合，其中亲和力或Ka(即，特定结合相互作用的平衡缔合常数，单位为1/M)等于或大于105M-1(其等于此缔合反应的缔合速率[Kon]与解离速率[Koff]的比率)，而不与样品中的其它分子或组分显著缔合或联合。可替代地，亲和力可以被定义为特定结合相互作用的平衡解离常数(Kd)，单位为M(例如，10-5M到10-13M)。抗体可以分类为“高亲和力(high-affinity)”抗体或“低亲和力(low-affinity)”抗体。“高亲和力”抗体是指Ka为至少107M-1、至少108M-1、至少109M-1、至少1010M-1、至少1011M-1、至少1012M-1或至少1013M-1的抗体。“低亲和力”抗体是指Ka为至多107M-1、至多106M-1、至多105M-1的抗体。可替代地，亲和力可以被定义为特定结合相互作用的平衡解离常数(Kd)，单位为M(例如，10-5M到10-13M)。
在一些上下文中，抗体和抗原结合片段可以参考对抗原的亲和力和/或亲合力来描述。除非另外指示，否则亲合力是指抗体或其抗原结合片段与抗原的总结合强度，并反映结合亲和力、抗体或抗原结合片段的化合价(例如，抗体或抗原结合片段是否包括一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个结合位点)，以及例如是否存在可能影响结合的另一种试剂(例如，抗体或抗原结合片段的非竞争性抑制剂)。
已知本公开的多种测定用于鉴定与特定靶标结合的抗体，以及确定结合结构域或结合蛋白亲和力，如蛋白质印迹、ELISA(例如，直接、间接或夹心)、分析超速离心、光谱法和表面等离子体共振
分析(参见例如Scatchard等人,《美国纽约科学院年报(Ann.N.Y.Acad.Sci.)》51:660,1949；Wilson,《科学》295:2103,2002；Wolff等人,《癌症研究(CancerRes.)》53:2560,1993；以及美国专利第5,283,173号、第5,468,614号或等效物)。还已知用于评估亲和力或表观亲和力或相对亲和力的测定。
在某些实例中，可以通过在宿主细胞中重组表达如SARS-CoV-2抗原等沙贝病毒抗原(例如，通过转染)并用抗体对(例如，固定的或固定的且透化的)宿主细胞进行免疫染色并通过流式细胞术(例如，使用ZE5细胞分析仪
和FlowJo软件(TreeStar))分析结合来确定结合。在一些实施方式中，阳性结合可以通过表达SARS-CoV-2的细胞与对照(例如，模拟)细胞的抗体的差异性染色来定义。
在一些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段与宿主细胞(例如，Expi-CHO细胞)表面上表达的沙贝病毒刺突蛋白(即，来自两种或更多种沙贝病毒)结合，如通过流式细胞术确定的。
在一些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段与沙贝病毒S蛋白，如SARS-CoV-2S蛋白结合，如通过生物层干涉测量法测量的。在某些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段以小于约4.5x 10-9M、小于约5x 10-9M、小于约1x 10-10M、小于约5x 10-10M、小于约1x 10-11M、小于约5x 10-11M、小于约1x 10-12M或小于约5x 10-12M的KD与SARS-CoV-2S蛋白结合。在一些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段以小于约4.5x 10-9M、小于约5x10-9M、小于约1x 10-10M、小于约5x 10-10M、小于约1x 10-11M、小于约5x 10-11M、小于约1x 10-12M或小于约5x 10-12M的KD与SARS-CoV-2S蛋白RBD结合。
在某些实施方式中，本公开的抗体能够中和由SARS-CoV-2引起的感染。在某些实施方式中，本公开的抗体能够中和由两种或更多种沙贝病毒引起的感染。如本文所使用的，“中和抗体(neutralizing antibody)”是可以中和，即预防、抑制、减少、阻碍或干扰病原体在宿主中引发和/或永存感染的能力的抗体。术语“中和抗体(neutralizing antibody)”和“中和的抗体(an antibody that neutralizes或antibodies that neutralize)”在本文中可互换使用。在本发明所公开的任何实施方式中，所述抗体或抗原结合片段能够在体外感染模型和/或体内动物感染模型和/或人体内预防和/或中和SARS-CoV-2感染(或由另一种沙贝病毒引起的感染)。在一些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段能够以约16μg/ml至约20μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染(或由另一种沙贝病毒引起的感染)或假型化的病毒。在一些实施方式中，抗体或抗原结合片段能够以约3μg/ml至约4μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染(或由另一种沙贝病毒引起的感染)或用SARS-CoV-2假型化的病毒。在本发明所公开的任何实施方式中，抗体或抗原结合片段能够以如表4中所示的IC50、IC80、IC90和/或IC95中和SARS-CoV-2感染(或由另一种沙贝病毒引起的感染)或用SARS-CoV-2假型化的病毒。
在一些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段、或包括两种或更多种抗体或抗原结合片段的组合物能够以约0.8μg/ml至约0.9μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染或用SARS-CoV-2假型化的病毒。在一些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段、或包括两种或更多种抗体或抗原结合片段的组合物能够以约0.5μg/ml至约0.6μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染或用SARS-CoV-2假型化的病毒。在一些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段、或包括两种或更多种抗体或抗原结合片段的组合物能够以约0.1μg/ml至约0.2μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染或用SARS-CoV-2假型化的病毒。
在某些实施方式中，抗体或抗原结合片段(i)识别SARS-CoV-2的ACE2受体结合基序(RBM，SEQ ID NO:5)中的表位；(ii)能够阻断SARS-CoV-2与ACE2之间的相互作用；(ii)能够以比与SARS-CoV S蛋白结合的亲合力更大的亲合力与SARS-CoV-2S蛋白结合；(iv)识别在SARS-CoV-2的ACE2 RBM和SARS-CoV的ACE2 RBM中保守的表位；(v)针对SARS-CoV-2和SARS-CoV具有交叉反应性；(vi)识别SARS-CoV-2表面糖蛋白中不存在于ACE2 RBM中的表位；或(vii)(i)-(vi)的任何组合。
在某些实施方式中，抗体或抗原结合片段(i)识别两种或更多种沙贝病毒的刺突蛋白中的表位；(ii)能够阻断一种或多种沙贝病毒的刺突蛋白与细胞表面受体之间的相互作用；(iii)识别在两种或更多种沙贝病毒的刺突蛋白中保守的表位；(iv)针对两种或更多种沙贝病毒具有交叉反应性；或(v)(i)-(iv)的任何组合。
在一些实施方式中，抗体或其抗原结合片段能够能够抑制以下之间的相互作用：(i)SARS-CoV-2与人DC-SIGN；(ii)SARS-CoV-2与人L-SIGN；(iii)SARS-CoV-2与人SIGLEC-1；或(iv)(i)-(iii)的任何组合。如本文所公开的，DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1可以参与SARS-CoV-2感染，其作用包括附着受体的作用。在一些上下文中，抑制SARS-CoV-2与DC-SIGN、L-SIGN和/或SIGLEC-1之间的相互作用可以中和由SARS-CoV-2引起的感染。
在一些实施方式中，抗体或其抗原结合片段能够与以下的表面糖蛋白结合：(i)SARS-CoV-2Wuhan-Hu-1(SEQ ID NO:3)；(ii)SARS-CoV-2B.1.1.7；和/或(iii)SARS-CoV-2B.1.351。
除非在本文中明确地以不同方式定义，否则抗体技术领域的技术人员所理解的术语各自被赋予本领域中获取的含义。例如，术语“抗体”是指包括通过二硫键相互连接的至少两条重(H)链和两条轻(L)链的完整抗体，以及完整抗体的任何抗原结合部分或片段，所述抗原结合部分或片段具有或保留与由完整抗体识别的抗原靶分子结合的能力，如scFv、Fab或Fab'2片段。因此，术语“抗体”在本文中以最广泛的意义使用并且包括多克隆和单克隆抗体，包括完整抗体和其功能(抗原结合)抗体片段，包括片段抗原结合(Fab)片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、重组IgG(rIgG)片段、单链抗体片段，包括单链可变片段(scFv)和单结构域抗体(例如，sdAb、sdFv、纳米抗体)片段。所述术语涵盖基因工程化和/或其它方式修饰的免疫球蛋白形式，如胞内抗体、肽体、嵌合抗体、完全人抗体、人源化抗体和异源缀合抗体、多特异性(例如，双特异性)抗体、双抗体、三抗体、四抗体、串联双价scFv和串联三价scFv。除非另有说明，否则术语“抗体”应被理解为涵盖其功能抗体片段。所述术语还涵盖完整或全长抗体，包括任何类别或亚类的抗体，包括IgG和其亚类(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgM、IgE、IgA和IgD。
术语“VL”或“VL”和“VH”或“VH”是指分别来自抗体轻链和抗体重链的可变结合区。在某些实施方式中，VL为κ(κ)类(在本文中也被称为“VK”)。在某些实施方式中，VL为λ(λ)类。可变结合区包括被称为“互补决定区”(CDR)和“框架区”(FR)的离散、明确定义的子区。术语“互补决定区”和“CDR”与“高变区”或“HVR”同义，并且是指抗体可变区内的氨基酸序列，通常，其共同将抗原特异性和/或结合亲和力赋予抗体，其中连续CDR(即，CDR1和CDR2、CDR2和CDR3)在一级结构中由框架区彼此分隔。每个可变区有三个CDR(HCDR1、HCDR2、HCDR3；LCDR1、LCDR2、LCDR3；也分别被称为CDRH和CDRL)。在某些实施方式中，抗体VH包括如下四个FR和三个CDR：FR1-HCDR1-FR2-HCDR2-FR3-HCDR3-FR4；并且抗体VL包括如下四个FR和三个CDR：FR1-LCDR1-FR2-LCDR2-FR3-LCDR3-FR4。通常，VH和VL通过其相应CDR共同形成抗原结合位点。
如本文所使用的，CDR的“变体”是指具有至多1-3个氨基酸取代(例如，保守或非保守取代)、缺失或其组合的CDR序列的功能变体。
CDR和框架区的编号可以根据任何已知的方法或方案，如Kabat、Chothia、EU、IMGT和AHo编号方案(参见例如Kabat等人,“免疫学所关注的蛋白质序列(SequencesofProteins ofImmunological Interest)”,美国健康与人类服务部(US Dept.HealthandHuman Services),美国国立卫生研究院公共卫生服务(Public Health ServiceNational Institutes ofHealth),1991,第5版；Chothia和Lesk,《分子生物学杂志(J.Mol.Biol.)》196:901-917(1987))；Lefranc等人,《发育与比较免疫学(Dev.Comp.Immunol.)》27:55,2003；Honegger和Plückthun,《分子生物学杂志》309:657-670(2001))。可以使用抗原受体编号和受体分类(Antigen receptorNumberingAndReceptor Classification，ANARCI)软件工具(2016,《生物信息学(Bioinformatics)》15:298-300)标注等效残基位置并且用于比较不同分子。因此，根据一种编号方案鉴别如本文所所示的示例性可变结构域(VH或VL)序列的CDR不排除包括如使用不同编号方案确定的相同可变结构域的CDR的抗体。在某些实施方式中，提供了一种抗体或抗原结合片段，其包括VH序列和VL序列的CDR，所述VH序列如以下任一者所示：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、158、180、190、200、210、220、232、242、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、458、459和460，所述VL序列如以下任一者所示：SEQ ID NO:26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444和445，根据任何已知的CDR编号方法，如例如，Kabat、Chothia、EU、IMGT、Martin(增强型Chothia)、Contact或AHo编号方法。在某些实施方式中，CDR根据由化学计算组(CCG)开发的抗体编号方法；例如，使用分子操作环境(MOE)软件(www.chemcomp.com)。
在某些实施方式中，提供了一种抗体或抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中：(i)所述CDRH1包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:23、33、38、46、53、55、63、70、72、83、93、103、113、123、137、147、160、166、181、191、201、211、221、233、243、268、305、315、325、330、335、349、359、369、379、389、399、409、419或449，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；(ii)所述CDRH2包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:24、31、36、39、48、51、56、65、67、73、83、93、103、113、123、137、147、161、167、182、192、202、212、222、234、244、263、269、285、287、289、293、299、301、306、316、326、331、336、350、360、370、380、390、400、410、420、447或457，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；(iii)所述CDRH3包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:25、40、57、74、84、94、104、114、124、138、148、156、162、168、183、193、203、213、223、235、245、254、257、259、261、265、271、273、275、277、279、281、290、294、296、307、317、324、327、332、337、351、361、371、381、391、401、411、421或435，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；(iv)所述CDRL1包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQID NO:27、42、59、76、86、96、106、116、126、140、150、163、169、185、195、205、215、225、237、247、309、319、328、333、338、353、363、373、383、393、403、413或423，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；(v)所述CDRL2包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:28、43、60、77、87、97、107、117、127、141、151、164、170、186、106、206、216、226、238、248、310、320、329、334、339、354、364、374、384、394、404、414、424或440，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；和/或(vi)所述CDRL3包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:29、44、61、78、88、98、108、118、128、142、152、165、171、187、197、207、217、227、239、249、283、303、311、321、355、365、375、385、395、405、415或425，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述变体包括具有一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代，其中所述抗体或抗原结合片段能够与宿主细胞的细胞表面上表达的SARS-CoV-2的表面糖蛋白结合。
在本发明所公开的任何实施方式中，所述抗体或抗原结合片段能够在体外感染模型和/或体内动物感染模型和/或人体内预防和/或中和SARS-CoV-2感染。
在本发明所公开的任何实施方式中，所述抗体或抗原结合片段包括如以下SEQ IDNO所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3的氨基酸序列：(i)分别地，23-25和27-29；(ii)分别地，23或160、31、25或162，和27-29或163-165；(iii)分别地，33、24或161，25或162，和27-29或163-165；(iv)分别地，33、31、25或162，和27-29或163-165；(v)分别地，33、36、25或162，和27-29或163-165；(vi)分别地，38-40和42-44；(vii)分别地，46、39或167、40或168，和42-44或169-171；(viii)分别地，38或166、48、40或168，和42-44或169-171；(ix)分别地，46、48、40或168，和42-44或169-171；(x)分别地，46、51、40或168，和42-44或169-171；(xi)分别地，53、48、40或168，和42-44或169-171；(xii)分别地，55-57和59-61；(xiii)分别地，63、56、57和59-61；(xiv)分别地，55、65、57和59-61；(xv)分别地，63、67、57，和59-61；(xvi)分别地，63、65、57和59-61；(xvii)分别地，70、65、57，和59-61；(xviii)分别地，72-74和76-78；(xix)分别地，82-84和86-88；(xx)分别地，92-94和96-98；(xxi)分别地，102-104和106-108；(xxii)分别地，112-114和116-118；(xxiii)分别地，122-124和126-128；(xxiv)分别地，136-138和140-142；(xxv)分别地，146-148和150-152；(xxvi)分别地，112、113、156和116-118；(xxvii)分别地，181-183和185-187；(xxviii)分别地，191-193和195-197；(xxix)分别地，201-203和205-207；(xxx)分别地，211-213和215-217；(xxxi)分别地，221-223和225-227；(xxxii)分别地，233-235和237-239；(xxxiii)分别地，243-245和247-249；(xxxiv)分别地，211，212，在254、257、259、261或324中的任一者和215-217；(xxxv)分别地，在221、268或325中的任一者，在222、263、269或326中的任一者，在223、265、271、273或327中的任一者，和225，226或328，和227或329；(xxxvi)分别地，233或330，234或331，在235、275、277、279、281或332中的任一者，和在237、282或333中的任一者，238或334，和239；(xxxvii)分别地，243或335，在244、285、287、289、293、299、301或336中的任一者，在245、290、294、296或337中的任一者，和247或338，248或339，和249或303；(xxxviii)分别地，305-307和309-311；(xxxix)分别地，315-317和319-321；(xxxx)分别地，349-351和353-355；(xxxxi)分别地，359-361和363-365；(xxxxii)分别地，369-371和373-375；(xxxxiii)分别地，379-381和383-385；(xxxxiv)分别地，389-391和393-395；(xxxxv)分别地，399、400、401或435，和403、404或440，和405；(xxxxvi)分别地，409-411和413-415；(xxxxvii)分别地，419-421和423-425；(xxxxviii)分别地，409、447、411，和413-415；(xxxxix)分别地，449、410、411，和413-415；或(xxxxx)分别地，449、447、411，和413-415。
在某些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段包括CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3；其中每个CDR独立地选自SARS-CoV-2S2H7-v1 mAb、SARS-CoV-2S2H7-v2 mAb、SARS-CoV-2S2H7-v3 mAb、SARS-CoV-2S2H7-v4 mAb、SARS-CoV-2S2H7-v5 mAb、SARS-CoV-2S2H13-v1 mAb、SARS-CoV-2S2H13-v2 mAb、SARS-CoV-2S2H13-v3 mAb、SARS-CoV-2S2H13-v4 mAb、或SARS-CoV-2S2H13-v5 mAb SARS-CoV-2S2H13-v6 mAb、SARS-CoV-2S2H14-v1 mAb、SARS-CoV-2S2H14-v2 mAb、SARS-CoV-2S2H14-v3 mAb、SARS-CoV-2S2H14-v4 mAb、SARS-CoV-2S2H14-v5 mAb、SARS-CoV-2S2-H14-v6 mAb、SARS-CoV-2S2A4-v1 mAb、SARS-CoV-2S2A5-v1mAb、SARS-CoV-2S2A10-v1 mAb、SARS-CoV-2S2A15-v1 mAb、SARS-CoV-2S2A15-v2 mAb、SARS-CoV-2S2-B2v1、SARS-CoV-2S2B2-v2 mAb、SARS-CoV-2S2F1-v1、SARS-CoV-2S2H7-v1 mAb、SARS-CoV-2S2R5-v1 mAb、SARS-CoV-2S2R7-v1 mAb、SARS-CoV-2S2N3-v1 mAb、SARS-CoV-2S2N6-v1 mAb、SARS-CoV-2S2X2-v1 mAb、SARS-CoV-2S2D8-v1 mAb、SARS-CoV-2S2D25-v1 mAb、SARS-CoV-2S2D25-v2 mAb、SARS-CoV-2S2D32-v1 mAb、SARS-CoV-2S2D60-v1 mAb、SARS-CoV-2S2X127-v1 mAb、SARS-CoV-2S2X129-v1 mAb、SARS-CoV-2S2X132-v1 mAb、SARS-CoV-2S2X190-v1 mAb、SARS-CoV-2S2X200 mAb、SARS-CoV-2S2X227mAb、SARS-CoV-2S2X259 mAb、SARS-CoV-2S2X259-v3 mAb、SARS-CoV-2S2X259-v4 mAb、SARS-CoV-2S2X259-v5 mAb、SARS-CoV-2S2X259-v6 mAb、SARS-CoV-2S2X259-v7 mAb、SARS-CoV-2S2X259-v8 mAb、SARS-CoV-2S2X288 mAb、抗体407_10_1_v2、抗体407_10_2_v2、抗体407_10_2_v3、抗体407_10_2_v4或抗体407_10_2_v5的对应CDR，如表3中所示。也就是说，来自SARS-CoV-2mAb的CDR的所有组合和表3中所示的其变体序列都在考虑范围之内。
本公开的示例性抗体包括抗体S2X259和其工程化变体。在特定实施方式中，抗体或抗原结合片段包括选自表1中所示的(分别地)CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列中的任何一个的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3。在一些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括：以下任一者中所示的VH氨基酸序列的CDRH1、CDRH2和CDRH3：SEQ ID NO:408、428、446、448、458、459和460；以及以下任一者中所示的VL氨基酸序列的CDRL1、CDRL2和CDRL3：SEQ ID NO:412、442、443、444和445(即，根据本领域已知的任何CDR编号或确定方法，如IMGT、Kabat、Chothia、AHo、North、Contact、CCG、EU或Martin(增强型Chothia))。在另外的实施方式中，抗体或抗原结合片段包括与表1中所示的VH氨基酸序列具有至少85％同一性(即，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)同一性的VH和/或与表1中所示的VL氨基酸序列具有至少85％同一性(即，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)同一性的VL。在更进一步的实施方式中，抗体或抗原结合片段包括与表1中所示的VH氨基酸序列具有至少90％同一性的VH和/或与表1中所示的VL氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在更进一步的实施方式中，抗体或抗原结合片段包括与表1中所示的VH氨基酸序列具有至少95％同一性的VH和/或与表1中所示的VL氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在更进一步的实施方式中，抗体或抗原结合片段包括与表1中所示的VH氨基酸序列具有至少99％同一性的VH和/或与表1中所示的VL氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在一些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括选自表1中所示的VH氨基酸序列的VH氨基酸序列和选自表1中所示的VL氨基酸序列的VL氨基酸序列。
表1：某些S2X259抗体的CDR和可变区氨基酸序列。
在特定实施方式中，抗体或抗原结合片段包括以下中所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:409或449、410、447或457，和411，以及以下中所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：SEQ ID NO:413、414和415。在一些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：(a)分别地，SEQ ID NO:409、410、411、413、414和415；(b)分别地，SEQ ID NO:409、447、411、413、414和415；(c)分别地，SEQ ID NO:409、457、411、413、414和415；(d)分别地，SEQ IDNO:449、410、411、413、414和415；(e)分别地，SEQ ID NO:449、447、411、413、414和415；或(f)分别地，SEQ ID NO:449、457、411、413、414和415。
在另外的实施方式中，VH和VL与以下SEQ ID NO中所示的氨基酸序列具有至少85％的同一性、至少90％的同一性、至少95％的同一性、至少97％的同一性、至少99％的同一性，或者包括其或由其组成：(i)分别地，408和412；(ii)分别地，408和442；(iii)分别地，408和443；(iv)分别地，408和444；(v)分别地，408和445；(vi)分别地，428和412；(vii)分别地，428和442；(viii)分别地，428和443；(ix)分别地，428和444；(x)分别地，428和445；(xi)分别地，446和412；(xii)分别地，446和442；(xiii)分别地，446和443；(xiv)分别地，446和444；(xv)分别地，446和445；(xvi)分别地，448和412；(xvii)分别地，448和442；(xviii)分别地，448和443；(xix)分别地，448和444；(xx)分别地，448和445；(xxi)分别地，458和412；(xxii)分别地，458和442；(xxiii)分别地，458和443；(xxiv)分别地，458和444；(xxv)分别地，458和445；(xxvi)分别地，459和412；(xxvii)分别地，459和442；(xxviii)分别地，459和443；(xxix)分别地，459和444；(xxx)分别地，459和445；(xxxi)分别地，460和412；(xxxii)分别地，460和442；(xxxiii)分别地，460和443；(xxxiv)分别地，460和444；或(xxxv)分别地，460和445。
本公开的示例性抗体还包括抗体S2X227和其工程化变体。在特定实施方式中，抗体或抗原结合片段包括选自表2中所示的(分别地)CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列中的任何一个的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3。
在一些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括：以下任一者中所示的VH氨基酸序列的CDRH1、CDRH2和CDRH3：SEQ ID NO:398、432、434和437；以及以下任一者中所示的VL氨基酸序列的CDRL1、CDRL2和CDRL3：SEQ ID NO:402和439(即，根据本领域已知的任何CDR编号或确定方法，如IMGT、Kabat、Chothia、AHo、North、Contact、CCG、EU或Martin(增强型Chothia))。
在另外的实施方式中，抗体或抗原结合片段包括与表2中所示的VH氨基酸序列具有至少85％同一性(即，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)同一性的VH和/或与表2中所示的VL氨基酸序列具有至少85％同一性(即，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)同一性的VL。在更进一步的实施方式中，抗体或抗原结合片段包括与表2中所示的VH氨基酸序列具有至少90％同一性的VH和/或与表2中所示的VL氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在更进一步的实施方式中，抗体或抗原结合片段包括与表2中所示的VH氨基酸序列具有至少95％同一性的VH和/或与表2中所示的VL氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在更进一步的实施方式中，抗体或抗原结合片段包括与表2中所示的VH氨基酸序列具有至少99％同一性的VH和/或与表2中所示的VL氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在一些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括选自表2中所示的VH氨基酸序列的VH氨基酸序列和选自表2中所示的VL氨基酸序列的VL氨基酸序列。
表2：某些S2X227抗体的CDR和可变区氨基酸序列
在特定实施方式中，抗体或抗原结合片段包括以下中所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:399、400和401或435，以及以下中所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:403、404或440和405。在一些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：(a)分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、404和405；(b)分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、404和405；(c)分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、440和405；或(d)分别地，SEQ IDNO:399、400、435、403、440和405。
在另外的实施方式中，VH和VL与以下SEQ ID NO中所示的氨基酸序列具有至少85％的同一性、至少90％的同一性、至少95％的同一性、至少97％的同一性、至少99％的同一性，或者包括其或由其组成：(i)分别地，398和402；(ii)分别地，398和439；(iii)分别地，432和402；(iv)分别地，432和439；(v)分别地，434和402；(vi)分别地，434和439；(vii)分别地，437和402；或(viii)分别地，437和439。
术语“CL”是指“免疫球蛋白轻链恒定区(immunoglobulin light chain constantregion)”或“轻链恒定区(light chain constant region)”，即来自抗体轻链的恒定区。术语“CH”是指“免疫球蛋白重链恒定区(immunoglobulin heavy chain constant region)”或“重链恒定区(heavy chain constant region)”，取决于抗体同型，其可以进一步分为CH1、CH2和CH3(IgA、IgD、IgG)或CH1、CH2、CH3和CH4结构域(IgE、IgM)。本文进一步描述抗体重链的Fc区。在本发明所公开的任何实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段包括CL、CH1、CH2和CH3中的任一者或多者。在某些实施方式中，CL包括与以下的氨基酸序列具有90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、975、98％、99％或100％同一性的氨基酸序列：SEQID NO:6或SEQ ID NO:7。在某些实施方式中，CH1-CH2-CH3包括与以下的氨基酸序列具有90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、975、98％、99％或100％同一性的氨基酸序列：SEQID NO:6或SEQ ID NO:7。可以理解的是，例如，在哺乳动物细胞系中产生可以去除抗体重链的一个或多个C端赖氨酸(参见例如Liu等人,《单克隆抗体(mAbs)》6(5):1145-1154(2014))。因此，本公开的抗体或抗原结合片段可以包括重链、CH1-CH3、CH3或Fc多肽，其中存在或不存在C端赖氨酸残基；换句话说，涵盖重链、CH1-CH3或Fc多肽的C端残基不是赖氨酸的实施方式，以及赖氨酸是C端残基的实施方式。在某些实施方式中，组合物包括多个本公开的抗体和/或抗原结合片段，其中一个或多个抗体或抗原结合片段不包括重链、CH1-CH3或Fc多肽的C端处的赖氨酸残基，并且其中一个或多个抗体或抗原结合片段包括重链、CH1-CH3或Fc多肽的C端处的赖氨酸残基。
“Fab”(片段抗原结合)是抗体与抗原结合的部分并且包括通过链间二硫键与轻链连接的重链的可变区和CH1。每个Fab片段相对于抗原结合是单价的，即，其具有单个抗原结合位点。抗体的胃蛋白酶处理产生单个大F(ab')2片段，其大致对应于具有二价抗原结合活性的两个二硫键连接的Fab片段，并且仍然能够交联抗原。Fab和F(ab')2两者均为“抗原结合片段”的实例。Fab'片段与Fab片段的不同之处在于在CH1结构域的羧基末端处具有额外的少量残基，包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab'-SH是本文对于Fab'的命名，其中恒定结构域的半胱氨酸残基携带游离硫醇基。F(ab')2抗体片段最初是作为其之间具有铰链半胱氨酸的成对的Fab'片段产生的。还已知抗体片段的其它化学偶联。
Fab片段可以例如通过肽接头连接以形成单链Fab，在本文中也称为“scFab”。在这些实施方式中，天然Fab中存在的链间二硫键可能不存在，并且接头全部或部分用于链接或连接单个多肽链中的Fab片段。重链衍生的Fab片段(例如，包括VH+CH1或“Fd”、由其组成或基本上由其组成)和轻链衍生的Fab片段(例如，包括VL+CL、由其组成或基本上由其组成)可以以任何排列连接以形成scFab。例如，可以按照(重链Fab片段-接头-轻链Fab片段)或(轻链Fab片段-接头-重链Fab片段)以N端到C端的方向排列scFab。本文进一步详细讨论了用于scFab的肽接头和示例性接头序列。
“Fv”是包括完整抗原识别和抗原结合位点的小抗体片段。此片段通常由紧密地非共价缔合的一个重链可变区结构域和一个轻链可变区结构域的二聚体组成。然而，即使单个可变结构域(或包括仅三个对抗原具有特异性的CDR的Fv的一半)也具有识别并结合抗原的能力，但通常亲和力低于完整结合位点。
“单链Fv”也缩写为“sFv”或“scFv”，是包括连接成单个多肽链的VH抗体结构域和VL抗体结构域的抗体片段。在一些实施方式中，scFv多肽包括安置于VH结构域与VL结构域之间并连接所述VH结构域与VL结构域的多肽接头，所述多肽接头使scFv能够保留或形成抗原结合的期望的结构。此类肽接头可以使用本领域众所周知的标准技术并入到融合多肽中。关于scFv的综述，参见Pluckthun,《单克隆抗体药理学(The Pharmacology of MonoclonalAntibodies)》,第113卷,Rosenburg和Moore编辑,纽约斯普林格出版社(Springer-Verlag,NewYork),第269-315页(1994)；Borrebaeck 1995,参见下文。在某些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括包含VH结构域、VL结构域和将VH结构域与VL结构域连接的肽接头的scFv。在特定实施方式中，scFv包括通过肽接头与VL结构域连接的VH结构域，所述肽接头可以是VH-接头-VL取向或VL-接头-VH取向。本公开的任何scFv可以被工程化，使得VL结构域的C端通过短肽序列与VH结构域的N端连接，或反之亦然(即，(N)VL(C)-接头-(N)VH(C)或(N)VH(C)-接头-(N)VL(C))。可替代地，在一些实施方式中，接头可以与N端部分或VH结构域、VL结构域或两者的末端连接。
可以例如基于以下来选择肽接头序列：(1)其能够采用灵活的扩展构象；(2)其不能或缺乏采用可以与第一多肽和第二多肽和/或靶分子上的功能性表位相互作用的次级结构的能力；和/或(3)缺乏或相对缺乏可以与多肽和/或靶分子反应的疏水性残基或带电荷残基。关于接头设计的其它考虑(例如，长度)可以包括VH和VL可以形成功能性抗原结合位点的构象或构象范围。在某些实施方式中，肽接头序列包括例如Gly、Asn和Ser残基。还可以在接头序列中包括其它近中性氨基酸，如Thr和Ala。可以有效地用作接头的其它氨基酸序列包括以下中公开的那些：Maratea等人,《基因(Gene)》40:3946,(1985)；Murphy等人,《美国国家科学院院刊(Proc.Natl.Acad.Sci.USA)》83:82588262(1986)；美国专利第4,935,233号和美国专利第4,751,180号。接头的其它说明性和非限制性实例可以包括例如Glu-Gly-Lys-Ser-Ser-Gly-Ser-Gly-Ser-Glu-Ser-Lys-Val-Asp(SEQ ID NO:19)(Chaudhary等人,《美国国家科学院院刊)》87:1066-1070(1990))和Lys-Glu-Ser-Gly-Ser-Val-Ser-Ser-Glu-Gln-Leu-Ala-Gln-Phe-Arg-Ser-Leu-Asp(SEQ ID NO:20)(Bird等人,《科学》242:423-426,(1988))和以单次迭代出现的五聚体Gly-Gly-Gly-Gly-Ser(SEQ ID NO:21)或者重复1到5次或更多次或更多的五聚体Gly-Gly-Gly-Gly-Ser(参见例如SEQ ID NO:17)。可以使用任何合适的接头，并且长度通常可以为约3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、15个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个氨基酸，或者长度小于约200个氨基酸，并且将优选地包括柔性结构(可以为通过接头连接的两个区域、结构域、基序、片段或模块之间的构象移动提供柔性和空间)，并且将优选地具有生物惰性和/或在人体中具有低免疫原性风险。示例性接头包括包含以下任一者或多者所示的氨基酸序列或由其组成的接头：SEQ ID NO:10-21。在某些实施方式中，接头包括与以下任一者中所示的氨基酸序列具有至少75％(即，至少约75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更多)同一性的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:10-21。
可以使用本文公开的VH和VL序列的任何组合或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3序列的任何组合来构建scFv。
在一些实施方式中，不需要接头序列；例如，当第一多肽和第二多肽具有可以用于将功能性结构域分开并防止空间干扰的非必需N端氨基酸区时。
在抗体开发期间，种系可变(V)、接合(J)和多样性(D)基因座中的DNA可以重排并且可以发生编码序列中核苷酸的插入和/或缺失。体细胞突变可以由所得序列编码，并且可以通过参考对应的已知种系序列鉴别。在一些情况下，对抗体所期望的性质(例如，与SARS-CoV-2抗原结合)不重要的体细胞突变或将非期望的性质赋予抗体(例如，施用抗体的受试者中免疫原性的风险提高)的体细胞突变，或两者可以由对应的经种系编码的氨基酸或不同氨基酸替代，使得抗体所期望的性质得到改良或维持并且抗体的非期望的性质被减少或消除。因此，在一些实施方式中，与亲本抗体或抗原结合片段相比，本公开的抗体或抗原结合片段在可变区中包括至少一个以上经种系编码的氨基酸，前提是亲本抗体或抗原结合片段包括一个或多个体细胞突变。本文的表1、2和3中提供了本公开的示例性抗SARS-CoV-2抗体的可变区和CDR氨基酸序列。
在某些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括氨基酸修饰(例如，取代突变)以去除非期望的氧化、去酰胺化和/或异构化风险。
本文还提供了与本发明所公开的抗体相比在可变区(例如，VH、VL、框架或CDR)中包括一个或多个氨基酸改变的变体抗体，其中变体抗体能够与SARS-CoV-2抗原结合。
在某些实施方式中，VH包括与如以下任一者所示的氨基酸序列具有至少85％(即，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)同一性的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、158、180、190、200、210、220、232、242、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、458、459和460，其中变异任选地限于一个或多个框架区和/或变异包括种系编码的氨基酸的一个或多个取代；和/或(ii)VL包括与如以下任一者所示的氨基酸序列具有至少85％(即，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)同一性的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444和445，其中变异任选地限于一个或多个框架区和/或变异包括种系编码的氨基酸的一个或多个取代。
在某些实施方式中，VH包括表1、2或3中所示的任何VH氨基酸序列或由其组成，并且VL包括表1、2或3中所示的任何VL氨基酸序列或由其组成。在特定实施方式中，VH和VL包括如以下SEQ ID NO所示的氨基酸序列或由其组成：(i)分别地，22和26；(ii)分别地，30和26；(iii)分别地，32和26；(iv)分别地，34和26；(v)分别地，35和26；(vi)分别地，37和41；(vii)分别地，45和41；(viii)分别地，47和41；(ix)分别地，49和41；(x)分别地，50和41；(xi)分别地，52和41；(xii)分别地，54和58；(xiii)分别地，62和58；(xiv)分别地，64和58；(xv)分别地，66和58；(xvi)分别地，68和58；(xvii)分别地，69和58；(xviii)分别地，71和75；(xix)分别地，81和85；(xx)分别地，91和95；(xxi)分别地，101或158和105；(xxii)分别地，111或155和115；(xxiii)分别地，121和125；(xxiv)分别地，135和139；(xxv)分别地，145和149；(xxvi)分别地，180和184；(xxvii)分别地，190和194；(xxviii)分别地，200和204；(xxix)分别地，210和214；(xxx)分别地，220和224；(xxxi)分别地，220和230；(xxxii)分别地，232和236；(xxxiii)分别地，242和246；(xxxiv)分别地，在252、253、255、256、258或260中的任一者和214；(xxxv)分别地，在262、264、266、267、270或272中的任一者和224；(xxxvi)分别地，在274、276、278或280中的任一者和236或282；(xxxvii)分别地，在284、286、288、291、292、295、297、298或300中的任一者和246或302；(xxxviii)分别地，304和308；(xxxix)分别地，314和318；(xxxx)分别地，348和352；(xxxxi)分别地，358和362；(xxxxii)分别地，368和372；(xxxxiii)分别地，378和382；(xxxxiv)分别地，388和392；(xxxxv)分别地，398或432或434或437和402或439；(xxxxvi)分别地，408或428和412；(xxxxvii)分别地，418和422；(xxxxviii)分别地，在408、446和448中的任一者和在412、442、443、444和445中的任一者；或(xxxxix)分别地，在408、446和448中的任一者和在412、442、443、444和445中的任一者，任选地如以下所示(a)分别地，SEQ ID NO:408和412，(b)分别地，SEQ ID NO:408和442，(c)分别地，SEQ ID NO:408和443，(d)分别地，SEQ ID NO:408和444，(e)分别地，SEQ ID NO:408和445，(e)分别地，SEQ ID NO:446和412，(f)分别地，SEQID NO:446和442，(g)分别地，SEQ ID NO:446和443，(h)分别地，SEQ ID NO:446和444，(i)分别地，SEQ ID NO:446和448，(j)分别地，SEQ ID NO:448和412，(k)分别地，SEQ ID NO:448和442，(l)分别地，SEQ ID NO:448和443，(m)分别地，SEQ ID NO:448和444，或(n)分别地，SEQ ID NO:448和445。
在某些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段是单特异性的(例如，与单个表位结合)或多特异性的(例如，与多个表位和/或靶分子结合)。抗体和抗原结合片段可以各种形式构建。示例性抗体形式公开于Spiess等人,《分子免疫学(Mol.Immunol.)》67(2):95(2015)和Brinkmann和Kontermann,《单克隆抗体》9(2):182-212(2017)中公开了双特异性抗体的形式，这些形式和其制备方法通过引用并入本文并且包括例如双特异性T细胞衔接子(BiTE)、DART、杵臼(Knobs-Into-Holes，KIH)组装体、scFv-CH3-KIH组装体、KIH普通轻链抗体、TandAb、三链抗体(Triple Body)、TriBi微抗体、Fab-scFv、scFv-CH-CL-scFv、F(ab')2-scFv2、四价HCab、胞内抗体、CrossMab、双重作用Fab(DAF)(二合一或四合一)、DutaMab、DT-IgG、电荷对(Charge Pair)、Fab臂交换(Fab-arm Exchange)、SEEDbody、Triomab、LUZ-Y组装体、Fcab、κλ-body、正交Fab、DVD-Ig(例如，美国专利第8,258,268号，所述形式通过引用整体并入本文)、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L,H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Ig、Zybody和DVI-IgG(四合一)、以及所谓的FIT-Ig(例如，PCT公开第WO 2015/103072号，所述形式通过引用整体并入本文)、所谓的WuxiBody形式(例如，PCT公开第WO 2019/057122号，所述形式通过引用整体并入本文)、以及所谓的In-Elbow-Insert Ig形式(IEI-Ig；例如，PCT公开第WO 2019/024979号和第WO 2019/025391号，所述形式通过引用整体并入本文)。
在某些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括VH结构域中的两个或更多个、两个或更多个VL结构域或两者(即，两个或更多个VH结构域和两个或更多个VL结构域)。在特定实施方式中，抗原结合片段包括以下形式：(N端到C端方向)VH-接头-VL-接头-VH-接头-VL，其中两个VH序列可以相同或不同，并且两个VL序列可以相同或不同。这种连接的scFv可以包括排列成与给定靶标结合的VH结构域和VL结构域的任何组合，并且在包括两个或更多个VH和/或两个或更多个VL的形式中，可以结合一种、两种或多种不同的表位或抗原。应当理解，并入多个抗原结合结构域的形式可以包括任何组合或取向的VH和/或VL序列。例如，抗原结合片段可以包括以下形式：VL-接头-VH-接头-VL-接头-VH、VH-接头-VL-接头-VL-接头-VH或VL-接头-VH-接头-VH-接头-VL。
所构建的本公开的单特异性或多特异性抗体或抗原结合片段包括本文所公开的VH和VL序列的任何组合和/或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3序列的任何组合。在一些实施方式中，双特异性或多特异性抗体或抗原结合片段可以包括本公开的一个、两个或更多个抗原结合结构域(例如，VH和VL)。可以存在两个或更多个与相同或不同SARS-CoV-2表位结合的结合结构域，并且如本文所所示的双特异性或多特异性抗体或抗原结合片段在一些实施方式中可以包括另外的SARS-CoV-2结合结构域，和/或可以包括与不同抗原或病原体完全地结合的结合结构域。
在本发明所公开的任何实施方式中，所述抗体或抗原结合片段可以是多特异性的；例如双特异性、三特异性等。
在某些实施方式中，所述抗体或抗原结合片段包括：(i)第一VH和第一VL；以及(ii)第二VH和第二VL，其中所述第一VH和所述第二VH不同并且各自独立地包括与以下任一者中所示的氨基酸序列具有至少85％(即，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、158、180、190、200、210、220、232、242、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、458、459和460，并且其中所述第一VL和所述第二VL不同并且各自独立地包括与以下任一者中所示的氨基酸序列具有至少85％(即，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444和445，并且其中所述第一VH和所述第一VL共同形成第一抗原结合位点，并且其中所述第二VH和所述第二VL共同形成第二抗原结合位点。
在某些实施方式中，所述抗体或抗原结合片段包括Fc多肽或其片段。“Fc”片段或Fc多肽包括通过二硫键保持在一起的两个抗体H链的羧基末端部分(即，IgG的CH2结构域和CH3结构域)。抗体“效应子功能(effector function)”是指可归因于抗体的Fc区(天然序列Fc区或氨基酸序列变体Fc区)的那些生物活性，并随抗体同型而变化。抗体效应子功能的实例包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体(例如，B细胞受体)的下调和B细胞激活。如本文所讨论的，可以对Fc结构域进行修饰(例如，氨基酸取代)以便修饰(例如，改良、减少或消除)含Fc的多肽(例如，本公开的抗体)的一种或多种功能。此类功能包括例如Fc受体(FcR)结合、抗体半衰期调节(例如，通过与FcRn结合)、ADCC功能、蛋白A结合、蛋白G结合和补体结合。修饰(例如，改良、减少或消除)Fc功能的氨基酸修饰包括例如T250Q/M428L、M252Y/S254T/T256E、H433K/N434F、M428L/N434S、E233P/L234V/L235A/G236+A327G/A330S/P331S、E333A、S239D/A330L/I332E、P257I/Q311、K326W/E333S、S239D/I332E/G236A、N297Q、K322A、S228P、L235E+E318A/K320A/K322A、L234A/L235A(在本文中也被称为“LALA”)和L234A/L235A/P329G突变，这些突变在InvivoGen公司(2011)出版的“工程化Fc区(Engineered Fc Regions)”中进行了总结和注释并且可以在invivogen.com/PDF/review/review-Engineered-Fc-Regions-invivogen.pdf？utm_source＝review&utm_medium＝pdf&utm_campaign＝review&utm_content＝Engineered-Fc-Regions在线获取，并通过引用并入本文。
例如，为了激活补体级联，当免疫球蛋白分子附着于抗原靶标时，C1q蛋白复合物可以与至少两个IgG1分子或一个IgM分子结合(Ward,E.S.和Ghetie,V.,《治疗免疫学(Ther.Immunol.)》2(1995)77-94)。Burton,D.R.,(《分子免疫学》22(1985)161-206)描述了包括氨基酸残基318至337的重链区参与补体固定。Duncan,A.R.和Winter,G.(《自然》332(1988)738-740)使用定点诱变报道，Glu318、Lys320和Lys322形成与C1q的结合位点。Glu318、Lys320和Lys 322残基在C1q结合中的作用通过包括这些残基的短合成肽抑制补体介导的裂解的能力得到证实。
例如，FcR结合可以通过(抗体的)Fc部分与Fc受体(FcR)的相互作用介导，FcR是包括造血细胞的细胞上的特化细胞表面受体。Fc受体属于免疫球蛋白超家族，并且示出介导通过免疫复合物的吞噬作用去除抗体涂覆的病原体以及通过抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC；Van de Winkel,J.G.和Anderson,C.L.,《白细胞生物学杂志(J.Leukoc.Biol.)》49(1991)511-524)使涂覆有对应抗体的红细胞和各种其它细胞靶标(例如，肿瘤细胞)裂解两者。FcR由其对免疫球蛋白类别的特异性定义；IgG抗体的Fc受体被称为FcγR，IgE抗体的Fc受体被称为FcεR，IgA抗体的Fc受体被称为FcαR等，并且新生儿Fc受体被称为FcRn。例如，在Ravetch,J.V.和Kinet,J.P.,《免疫学年度评论(Annu.Rev.Immunol.)》9(1991)457-492；Capel,P.J.等人,《免疫方法(Immunomethods)》4(1994)25-34；de Haas,M.等人,《实验与临床医学杂志(JLab.Clin.Med.)》126(1995)330-341；以及Gessner,J.E.等人,《血液学年鉴(Ann.Hematol.)》76(1998)231-248中描述了Fc受体结合。
天然IgG抗体(FcγR)的Fc结构域与受体的交联触发了多种效应子功能，包括吞噬作用、抗体依赖性细胞毒性和炎性介体释放，以及免疫复合物清除和抗体产生调节。本文设想了提供受体(例如，FcγR)交联的Fc部分。在人类中，迄今为止已对以下三类FcγR进行表征：(i)FcγRI(CD64)，其以高亲和力与单体IgG结合并在巨噬细胞、单核细胞、嗜中性粒细胞和嗜酸性粒细胞上表达；(ii)FcγRII(CD32)，其以中到低亲和力与复合IgG结合，广泛表达，尤其在白细胞上表达，被认为是抗体介导的免疫中的核心角色，并且可以被分为FcγRIIA、FcγRIIB和FcγRIIC，其在免疫系统中执行不同的功能，但是以类似的低亲和力与IgG-Fc结合，并且这些受体的胞外结构域高度同源；以及(iii)FcγRIII(CD16)，其以中到低亲和力与IgG结合并且已经发现有两种形式：FcγRIIIA，其已经在NK细胞、巨噬细胞、嗜酸性粒细胞以及一些单核细胞和T细胞上发现，并被认为介导ADCC；以及FcγRIIIB，其在嗜中性粒细胞上高度表达。
FcγRIIA在许多参与杀伤的细胞(例如，巨噬细胞、单核细胞、嗜中性粒细胞)上发现并且似乎能够激活杀伤过程。FcγRIIB似乎在抑制过程中发挥作用并在B细胞、巨噬细胞以及肥大细胞和嗜酸性粒细胞上发现。重要的是，已经表明所有FcγRIIB的75％在肝脏中发现(Ganesan,L.P.等人,2012:“肝窦内皮上的FcγRIIb清除小免疫复合物(FcγRIIb onliver sinusoidal endothelium clears small immune complexes)”,《免疫学杂志》189:4981–4988)。FcγRIIB在被称为LSEC的肝窦内皮上和肝脏中的Kupffer细胞中大量表达，并且LSEC是清除小免疫复合物的主要位点(Ganesan,L.P.等人,2012:肝窦内皮上的FcγRIIb清除小免疫复合物.《免疫学杂志》189:4981–4988)。
在一些实施方式中，本文所公开的抗体和其抗原结合片段包括用于与FcγRIIb，特别是Fc区，例如IgG型抗体结合的Fc多肽或其片段。此外，可以通过引入突变S267E和L328F来工程化Fc部分以增强FcγRIIB结合，如Chu,S.Y.等人,2008:通过CD19和FcγRIIb与Fc工程化抗体的共结合抑制B细胞受体介导的原代人B细胞活化(Inhibition of B cellreceptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19and FcgammaRIIb with Fc-engineered antibodies).《分子免疫学》45,3926–3933所描述的。由此可以增强免疫复合物的清除(Chu,S.等人,2014:黑猩猩中IgE的加速清除由Xmab7195(一种Fc工程化抗体)介导，对抑制性受体FcγRIIb具有增强的亲和力(Accelerated Clearance of IgE In Chimpanzees Is Mediated By Xmab7195,An Fc-Engineered Antibody With EnhancedAffinity For Inhibitory Receptor FcγRIIb).《美国呼吸和危重病医学杂志(Am J Respir Crit)》,美国胸科学会国际会议摘要(American Thoracic Society International ConferenceAbstracts))。在一些实施方式中，本公开的抗体或其抗原结合片段包括具有突变S267E和L328F的工程化Fc部分，特别是如Chu,S.Y.等人,2008:通过CD19和FcγRIIb与Fc工程化抗体的共结合抑制B细胞受体介导的原代人B细胞活化(Inhibition ofB cell receptor-mediated activation ofprimaryhuman B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-engineeredantibodies).《分子免疫学》45,3926–3933所描述的。
在B细胞上，FcγRIIB可能起到抑制免疫球蛋白进一步产生和同型转换为例如IgE类的作用。在巨噬细胞上，FcγRIIB被认为抑制通过FcγRIIA介导的吞噬作用。在嗜酸性粒细胞和肥大细胞上，B形式可以通过IgE与其独立的受体结合帮助抑止这些细胞的激活。
关于FcγRI结合，E233-G236、P238、D265、N297、A327和P329中的至少一种的天然IgG中的修饰降低了与FcγRI的结合。被取代为对应位置IgG1和IgG4的位置233-236处的IgG2残基将IgG1和IgG4与FcγRI的结合减少103倍并消除人单核细胞对抗体致敏红细胞的应答(Armour,K.L.等人,《欧洲免疫学杂志(Eur.J.Immunol.)》29(1999)2613-2624)。
关于FcγRII结合，发现对FcγRIIA的结合降低，例如，对于E233-G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、R292和K414中的至少一种的IgG突变。
人FcγRIIA的两种等位基因形式是以高亲和力与IgG1 Fc结合的“H131”变体以及以低亲和力与IgG1 Fc结合的“R131”变体。参见例如Bruhns等人,《血液(Blood)》113:3716-3725(2009)。
关于FcγRIII结合，发现与FcγRIIIA的结合降低，例如，对于E233-G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、S239、E269、E293、Y296、V303、A327、K338和D376中的至少一种的突变。人IgG1上Fc受体结合位点的作图、上述突变位点以及用于测量与FcγRI和FcγRIIA结合的方法描述于Shields,R.L.等人,《生物化学杂志(J.Biol Chem.)》276(2001)6591-6604中。
人FcγRIIIA的两种等位基因形式是以低亲和力与IgG1 Fc结合的“F158”变体以及以高亲和力与IgG1 Fc结合的“V158”变体。参见例如Bruhns等人,《血液(Blood)》113:3716-3725(2009)。
关于与FcγRII的结合，天然IgG Fc的两个区似乎参与了FcγRII与IgG之间的相互作用，即(i)IgG Fc的下铰链位点，特别是氨基酸残基L,L,G,G(234–237，EU编号)，和(ii)IgG Fc的CH2结构域的相邻区，特别是与下铰链区相邻的上CH2结构域中的环和链，例如在P331的区中(Wines,B.D.等人,《免疫学杂志》2000；164:5313-5318)。此外，FcγRI似乎与IgG Fc上的相同位点结合，而FcRn和蛋白A与IgG Fc上的不同位点结合，所述位点似乎位于CH2-CH3界面(Wines,B.D.等人,《免疫学杂志》2000；164:5313-5318)。
还考虑了增加本公开的Fc多肽或其片段与(即，一种或多种)Fcγ受体的结合亲和力的突变(例如，与参比Fc多肽或其片段或包括不包括突变的参比Fc多肽或其片段相比)。参见例如Delillo和Ravetch,《细胞(Cell)》161(5):1035-1045(2015)和Ahmed等人,《结构生物学杂志(J.Struc.Biol.)》194(1):78(2016)，其Fc突变和技术通过引用并入本文。
在本文公开的任何实施方式中，抗体或抗原结合片段可以包括包含选自以下的突变的Fc多肽或其片段：G236A；S239D；A330L；和I332E；或包括其任何两个或更多个的组合；例如S239D/I332E；S239D/A330L/I332E；G236A/S239D/I332E；G236A/A330L/I332E(本文也称为“GAALIE”)；或G236A/S239D/A330L/I332E。在一些实施方式中，所述Fc多肽或其片段不包括S239D。在一些实施方式中，所述Fc多肽或片段在位置239处包括S。
在某些实施方式中，所述Fc多肽或其片段可以包括参与结合FcRn结合的Fc多肽或其片段的至少一部分或由其组成。在某些实施方式中，所述Fc多肽或其片段包括一种或多种氨基酸修饰，其改良对FcRn的结合亲和力(例如，增强与FcRn的结合)(例如，在约6.0的pH下)，并且在一些实施方式中，由此延长包括所述Fc多肽或其片段的分子的体内半衰期(例如，与在其它方面相同但不包括修饰的参比Fc多肽或其片段或抗体相比)。在某些实施方式中，所述Fc多肽或其片段包括或衍生自IgG Fc并且半衰期延长突变包括以下中的任一者或多者：M428L；N434S；N434H；N434A；N434S；M252Y；S254T；T256E；T250Q；P257I；Q311I；D376V；T307A；E380A(EU编号)。在某些实施方式中，半衰期延长突变包括M428L/N434S(在本文中也被称为“MLNS”和“LS”)。在某些实施方式中，半衰期延长突变包括M252Y/S254T/T256E。在某些实施方式中，半衰期延长突变包括T250Q/M428L。在某些实施方式中，半衰期延长突变包括P257I/Q311I。在某些实施方式中，半衰期延长突变包括P257I/N434H。在某些实施方式中，半衰期延长突变包括D376V/N434H。在某些实施方式中，半衰期延长突变包括T307A/E380A/N434A。
在一些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括Fc部分，所述Fc部分包括取代突变M428L/N434S。在一些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括Fc多肽或其片段，所述Fc多肽或其片段包括取代突变G236A/A330L/I332E。在某些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括(例如，IgG)Fc部分，所述Fc部分包括G236A突变、A330L突变和I332E突变(GAALIE)，并且不包括S239D突变(例如，包括位置239处的天然S)。在特定实施方式中，抗体或抗原结合片段包括Fc多肽或其片段，所述Fc多肽或其片段包括取代突变：M428L/N434S和G236A/A330L/I332E，并且任选地不包括S239D。在某些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括Fc多肽或其片段，所述Fc多肽或其片段包括取代突变：M428L/N434S和G236A/S239D/A330L/I332E。
在某些实施方式中，所述抗体或抗原结合片段包括改变糖基化的突变，其中改变糖基化的突变包括N297A、N297Q或N297G，和/或所述抗体或抗原结合片段是部分或完全去糖基化的和/或部分或完全去岩藻糖基化的。制备部分或完全去糖基化的或部分或完全去岩藻糖基化的抗体和抗原结合片段的宿主细胞系和方法是已知的(参见例如PCT公开第WO2016/181357号；Suzuki等人,《临床癌症研究(Clin.CancerRes.)》13(6):1875-82(2007)；Huang等人,《单克隆抗体》6:1-12(2018))。
在某些实施方式中，所述抗体或抗原结合片段能够在受试者体内引发持续保护，即使是在受试者中无法发现可检测水平的抗体或抗原结合片段后(即，当所述抗体或抗原结合片段在施用之后已经从受试者中清除时)。此类保护在本文中被称为疫苗效应。在不希望受理论束缚的情况下，据信树突状细胞可以内化抗体与抗原的复合物并且其后诱导或促成针对抗原的内源免疫应答。在某些实施方式中，抗体或抗原结合片段包括一种或多种修饰，例如包括G236A、A330L和I332E的Fc中的突变，所述突变能够激活可以诱导例如对抗原的T细胞免疫的树突状细胞。
在本发明所公开的任何实施方式中，抗体或抗原结合片段包含Fc多肽或其片段，包括CH2(或其片段)、CH3(一种其片段)或CH2和CH3，其中CH2、CH3或两者可以为任何同型并且与相应野生型CH2或CH3相比，可以分别包括氨基酸取代或其它修饰。在某些实施方式中，本公开的Fc多肽包括缔合以形成二聚体的两个CH2-CH3多肽。
在本发明所公开的任何实施方式中，所述抗体或抗原结合片段可以是单克隆的。如本文所使用的，术语“单克隆抗体(mAb)”是指从基本上均质的抗体群体中获得的抗体，即包括所述群体的单独抗体除了可以在一些情况下少量存在的可能天然存在的突变之外是相同的。单克隆抗体针对单个抗原位点是高度特异性的。此外，相较于包括针对不同表位的不同抗体的多克隆抗体制剂，每个单克隆抗体针对抗原的单个表位。除了特异性之外，单克隆抗体的有利之处还在于，可以合成这些抗体，而不受其它抗体污染。术语“单克隆(monoclonal)”不应被解释为需要通过任何特定方法产生抗体。例如，适用于本发明的单克隆抗体可以通过Kohler等人,《自然》256:495(1975)首次描述的杂交瘤方法制备，或者可以使用重组DNA方法在细菌、真核动物或植物细胞中制备(参见例如美国专利第4,816,567号)。例如，单克隆抗体也可以使用Clackson等人,《自然》352:624-628(1991)和Marks等人,《分子生物学杂志》222:581-597(1991)中描述的技术从噬菌体抗体库中分离。还可以使用PCT公开第WO 2004/076677A2号中公开的方法获得单克隆抗体。
本公开的抗体和抗原结合片段包括“嵌合抗体”，其中重链和/或轻链的一部分与衍生自特定物种或属于特定抗体类或亚类的抗体中的对应序列相同或同源，而链的其余部分与衍生自另一物种或属于另一抗体类或亚类的抗体连同此类抗体的片段中的对应序列相同或同源，只要它们表现出预期的生物活性即可(参见美国专利第4,816,567号；第5,530,101号和第7,498,415号；和Morrison等人,《美国国家科学院院刊》,81:6851-6855(1984))。例如，嵌合抗体可以包括人和非人残基。此外，嵌合抗体可以包括在受体抗体或供体抗体中未发现的残基。进行这些修饰以进一步优化抗体性能。另外的细节参见Jones等人,《自然》,321:522-525(1986)；Reichmann等人,《自然》,332:323-329(1988)；和Presta,《当代结构生物学评论(Curr.Op.Struct.Biol.)》2:593-596(1992)。嵌合抗体还包括灵长类化和人源化抗体。
“人源化抗体”一般被视为具有从非人源引入其中的一个或多个氨基酸残基的人抗体。这些非人氨基酸残基通常取自可变结构域。可以按照Winter和其同事的方法进行人源化(Jones等人,《自然》,321:522-525(1986)；Riechmann等人,《自然》,332:323-327(1988)；Verhoeyen等人,《科学》,239:1534-1536(1988))，通过用非人可变序列取代人抗体的对应序列。因此，此类“人源化”抗体是嵌合抗体(美国专利第4,816,567号；第5,530,101号和第7,498,415号)其中基本上少于完整的人可变结构域已经被来自非人物种的对应序列取代。在一些情况下，“人源化”抗体是由非人细胞或动物产生并且包括人序列(例如，HC结构域)的抗体。
“人抗体”是仅包括存在于由人产生的抗体中的序列的抗体。然而，如本文所使用的，人抗体可以包括在天然存在的人抗体(例如，从人分离的抗体)中未发现的残基或修饰，包括本文所描述的那些修饰和变体序列。这些通常用来进一步改进或增强抗体性能。在一些情况下，人抗体由转基因动物产生。参见例如美国专利第5,770,429号；第6,596,541号和第7,049,426号。
在某些实施方式中，本公开的抗体或抗原结合片段是嵌合、人源化或人的。
多核苷酸、载体和宿主细胞
在另一方面，本公开提供编码本发明所公开的抗体中的任一者或其抗原结合片段或其一部分(例如，CDR、VH、VL、重链或轻链)的分离的多核苷酸。在某些实施方式中，多核苷酸进行了密码子优化用于在宿主细胞中表达。一旦已知或鉴定了编码序列，可以使用已知的技术和工具进行密码子优化，例如使用
OptimiumGeneTM工具；还参见Scholten等人,《临床免疫学》119:135,2006)。密码子优化的序列包括部分密码子优化的序列(即，一个或多个密码子被优化用于在宿主细胞中表达)和完全密码子优化的序列。
还应该理解的是，编码本公开的抗体和抗原结合片段的多核苷酸可以具有不同核苷酸序列，同时归因于例如遗传密码的简并、剪接等而仍编码相同抗体或抗原结合片段。
在某些实施方式中，多核苷酸包括与如以下任一者或多者所示的多核苷酸序列具有至少50％(即，50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)同一性的多核苷酸：SEQ ID NO:79、80、89、90、99、100、109、110、119、120、129-134、143、144、153、154、157、159、188、189、198、199、208、209、218、219、228、229、231、240、241、250、251、312、313、322、323、356、357、366、367、376、377、386、387、396、397、406、407、416、417、426、427、429、430、431、433、436、438和441。
将理解，在某些实施方式中，编码抗体或抗原结合片段的多核苷酸包括在包括其它序列和/或特征的多核苷酸中，例如用于在宿主细胞中表达抗体或抗原结合片段。示例性特征包括启动子序列、聚腺苷酸化序列、编码信号肽的序列(例如，定位于表达的抗体重链或轻链的N端处)等。因此，在一些实施方式中，多核苷酸进一步包括与以下任一者所示的多核苷酸序列具有至少50％同一性的多核苷酸序列，包括其或由其组成：SEQ ID NO:451-453和455。在一些实施方式中，多核苷酸包括编码信号肽(也称为前导序列)的与以下中所示的氨基酸序列具有至少90％的序列，包括其或由其组成：SEQ ID NO:454或SEQ ID NO:456。
在本发明所公开的任何实施方式中，所述多核苷酸可以包括脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)。在一些实施方式中，所述RNA包括信使RNA(mRNA)。
还提供了载体，其中所述载体包括(comprise)或包括(contain)如本文所公开的多核苷酸(例如，编码与SARS-CoV-2结合的抗体或抗原结合片段的多核苷酸)。载体可以包括本文所公开的载体中的任一者或多者。在特定实施方式中，提供了包括编码抗体或抗原结合片段或其部分的DNA质粒构建体的载体(例如，所谓的“DMAb”；参见例如Muthumani等人,《传染病杂志(JInfectDis.)》214(3):369-378(2016)；Muthumani等人,《人类疫苗和免疫疗法(Hum Vaccin Immunother)》9:2253-2262(2013))；Flingai等人,《科学报告(SciRep.)》5:12616(2015)；以及Elliott等人,《NPJ疫苗(NPJ Vaccines)》18(2017)，所述抗体编码DNA构建体和相关的使用方法包括其施用通过引用并入本文)。在某些实施方式中，DNA质粒构建体包括编码抗体或抗原结合片段的重链和轻链(或VH和VL)的单个开放阅读框，其中编码重链的序列和编码轻链的序列任选地由编码蛋白酶切割位点的多核苷酸和/或编码自切割肽的多核苷酸分开。在一些实施方式中，所述抗体或抗原结合片段的取代组分由包括于单个质粒中的多核苷酸编码。在其它实施方式中，所述抗体或抗原结合片段的取代组分由包括在两个或更多个质粒中的多核苷酸(例如，第一质粒包括编码重链、VH或VH+CH的多核苷酸，并且第二质粒包括编码同源轻链、VL或VL+CL的多核苷酸)编码。在某些实施方式中，单个质粒包括编码来自本公开的两种或更多种抗体或抗原结合片段的重链和/或轻链的多核苷酸。示例性表达载体是可从
获得的pVax1。本公开的DNA质粒可以通过例如电穿孔(例如，肌内电穿孔)或用适当调配物(例如，透明质酸酶)递送到受试者。
示例性表达载体是可从
获得的pVax1。本公开的DNA质粒可以通过例如电穿孔(例如，肌内电穿孔)或用适当调配物(例如，透明质酸酶)递送到受试者。在一些实施方式中，本公开的载体包括编码信号肽的核苷酸序列。成熟抗体或抗原结合片段上可以存在或不存在(例如，可以从其上酶切割下来)信号肽。在某些实施方式中，所述信号肽由如SEQ ID NO:452或SEQ ID NO:455中所示的核苷酸序列编码，和/或信号肽包括SEQ ID NO:454或SEQ ID NO:456中所示的氨基酸序列或由其组成。在一些实施方式中，本公开的载体包括聚腺苷酸化信号序列。在某些实施方式中，所述聚腺苷酸化信号序列包括如SEQ IDNO:453中所示的核苷酸序列或由其组成。
在一些实施方式中，本公开的载体包括CMV启动子。在某些实施方式中，所述启动子包括如SEQ ID NO:451中所示的核苷酸序列或由其组成。
在另外的方面，本公开还提供了表达根据本公开的抗体或抗原结合片段的宿主细胞；或包括(comprising)或包括(containing)根据本公开的载体或多核苷酸。
此类细胞的实例包括但不限于真核细胞，例如酵母细胞、动物细胞、昆虫细胞、植物细胞；以及原核细胞，包括大肠杆菌(E.coli)。在一些实施方式中，细胞是哺乳动物细胞。在某些此类实施方式中，细胞是哺乳动物细胞系，如CHO细胞(例如，DHFR-CHO细胞(Urlaub等人,《美国国家科学院院刊(PNAS)》77:4216(1980))、人胚肾细胞(例如，HEK293T细胞)、PER.C6细胞、Y0细胞、Sp2/0细胞。NS0细胞、人肝细胞，例如，Hepa RG细胞、骨髓瘤细胞或杂交瘤细胞。哺乳动物宿主细胞系的其它实例包含小鼠支持细胞(例如，TM4细胞)；由SV40(COS-7)转化的猴肾CV1系；幼仓鼠肾细胞(BHK)；非洲绿猴肾细胞(VERO-76)；猴肾细胞(CV1)；人宫颈癌细胞(HELA)；人肺细胞(W138)；人肝细胞(Hep G2)；犬肾细胞(MDCK)；布法罗大鼠肝细胞(BRL 3A)；小鼠乳腺肿瘤(MMT 060562)；TRI细胞；MRC 5细胞；和FS4细胞。适用于抗体产生的哺乳动物宿主细胞系还包括在例如Yazaki和Wu,《分子生物学方法(Methods in Molecular Biology)》，第248卷(B.K.C.Lo编辑，新泽西州托托瓦胡玛纳出版社(Humana Press,Totowa,N.J.),第255-268页(2003)中描述的哺乳动物宿主细胞系。
在某些实施方式中，宿主细胞是原核细胞，如大肠杆菌。肽在如大肠杆菌等原核细胞中的表达是公认的(参见例如Pluckthun,A.《生物/技术(Bio/Technology)》9:545-551(1991))。例如，抗体可以在细菌中产生，确切地说，当不需要糖基化和Fc效应子功能时。对于抗体片段和多肽在细菌中的表达，参见例如美国专利第5,648,237号；第5,789,199号和第5,840,523号。
在特定实施方式中，可以用根据本说明书的载体与表达载体转染细胞。术语“转染”是指将核酸分子，如DNA或RNA(例如，mRNA)分子引入细胞，如真核细胞中。在本说明书的上下文中，术语“转染”涵盖技术人员已知的用于将核酸分子引入到细胞(如真核细胞，包括哺乳动物细胞)中的任何方法。此类方法涵盖例如电穿孔、脂转染(例如，基于阳离子脂质和/或脂质体)、磷酸钙沉淀、基于纳米颗粒的转染、基于病毒的转染或基于阳离子聚合物(如DEAE-葡聚糖或聚乙烯亚胺等)的转染。在某些实施方式中，引入是非病毒的。
此外，可以用根据本公开的载体稳定或瞬时转染本公开的宿主细胞，例如以表达根据本公开的抗体或其抗原结合片段。在此类实施方式中，可以用如本文所描述的载体稳定转染细胞。可替代地，可以用编码如本文所公开的抗体或抗原结合片段的根据本公开的载体瞬时转染细胞。在本发明所公开的任何实施方式中，多核苷酸对宿主细胞来说可以是异源的。
因此，本公开还提供异源表达本公开的抗体或抗原结合片段的重组宿主细胞。例如，细胞可以是与完全或部分获得抗体的物种不同的物种(例如，表达人抗体或工程化人抗体的CHO细胞)。在一些实施方式中，宿主细胞的细胞类型在自然界中不表达所述抗体或抗原结合片段。此外，宿主细胞可以对不存在于抗体或抗原结合片段的天然状态(或不存在于工程化或衍生抗体或抗原结合片段的亲本抗体的天然状态)的抗体或抗原结合片段赋予翻译后修饰(PTM；例如糖基化或岩藻糖基化)。此类PTM可以引起功能差异(例如，降低的免疫原性)。因此，由如本文所公开的宿主细胞产生的本公开的抗体或抗原结合片段可以包括不同于呈其天然状态的抗体(或亲本抗体)的一种或多种翻译后修饰(例如，由CHO细胞产生的人抗体可以包含不同于从人分离和/或由天然人B细胞或浆细胞产生的抗体的较多翻译后修饰)。
可以用于表达本公开的结合蛋白的昆虫细胞是本领域已知的并且包括例如草地贪夜蛾(Spodoptera frugipera)Sf9细胞、粉纹夜蛾(Trichoplusia ni)BTI-TN5B1-4细胞和草地贪夜蛾SfSWT01“MimicTM”细胞。参见例如Palmberger等人,《生物技术杂志(J.Biotechnol.)》153(3-4):160-166(2011)。已经鉴定了许多杆状病毒株，其可以与昆虫细胞结合使用，特别是用于草地贪夜蛾细胞的转染。
真核微生物(如丝状真菌或酵母)也是用于克隆或表达蛋白质编码载体的合适宿主，并且包括具有“人源化”糖基化通路的真菌和酵母菌株，从而产生具有部分或完全人糖基化型态的抗体。参见Gerngross,《自然生物技术(Nat.Biotech.)》22:1409-1414(2004)；Li等人,《自然生物技术》24:210-215(2006)。
植物细胞也可以用作用于表达本公开的结合蛋白的宿主。例如，PLANTIBODIESTM技术(在例如美国专利第5,959,177号；第6,040,498号；第6,420,548号；第7,125,978号和第6,417,429号中描述)采用转基因植物来产生抗体。
在某些实施方式中，宿主细胞包括哺乳动物细胞。在特定实施方式中，宿主细胞是CHO细胞、HEK293细胞、PER.C6细胞、Y0细胞、Sp2/0细胞、NS0细胞、人肝细胞、骨髓瘤细胞或杂交瘤细胞。
在相关方面，本公开提供用于产生抗体或抗原结合片段的方法，其中所述方法包括在足以产生抗体或抗原结合片段的条件下培养本公开的宿主细胞，并且持续足以产生抗体或抗原结合片段的时间。举例来说，适用于分离和纯化重组产生的抗体的方法可以包括从将重组抗体分泌到培养基中的合适宿主细胞/载体系统获得上清液，且随后使用市售过滤器浓缩培养基。在浓缩之后，可以将浓缩物施加到单个合适的纯化基质或一系列合适的基质，如亲和基质或离子交换树脂。可以采用一个或多个反相HPLC步骤来进一步纯化重组多肽。当将免疫原从其天然环境中分离时，也可以采用这些纯化方法。用于大规模产生本文所描述的一种或多种分离的/重组抗体的方法包括分批细胞培养，其被监测和控制以维持适当的培养条件。可溶性抗体的纯化可以根据本文所描述和本领域中已知，并且符合国内外管理机构的法律和指南的方法进行。
组合物
本文还提供组合物，其单独或以任何组合包含本发明所公开的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、载体或宿主细胞中的任一者或多者，并且可以进一步包含药学上可接受的载体、赋形剂或稀释剂。本文中进一步详细地讨论载体、赋形剂和稀释剂。
在某些实施方式中，组合物包括多个本公开的抗体和/或抗原结合片段，其中一个或多个抗体或抗原结合片段不包括重链、CH1-CH3或Fc多肽的C端处的赖氨酸残基，并且其中一个或多个抗体或抗原结合片段包括重链、CH1-CH3或Fc多肽的C端处的赖氨酸残基。
在某些实施方式中，组合物包含两种或更多种不同的根据本公开的抗体或抗原结合片段。在某些实施方式中，用于组合的抗体或抗原结合片段各自独立地具有以下特性中的一种或多种：中和天然存在的SARS-CoV-2变体；不与彼此竞争刺突蛋白结合；与不同刺突蛋白表位结合；形成的对SARS-CoV-2的抗性减少；当组合时，形成的对SARS-CoV-2的抗性减少；有效中和活SARS-CoV-2病毒；当组合使用时，对活SARS-CoV-2病毒的中和表现出累加或协同作用；表现出效应子功能；在相关的动物感染模型中具有保护性；能够以足够的数量进行大规模生产。
在某些实施方式中，组合使用的抗体或抗原结合片段各自独立地具有以下特性中的一种或多种：中和一种、两种、三种、四种、五种或更多种天然存在的沙贝病毒变体；不与彼此竞争刺突蛋白结合；与不同沙贝病毒刺突蛋白表位结合；形成的对沙贝病毒的抗性减少；当组合时，形成的对沙贝病毒的抗性减少；强效中和一种、两种、三种、四种、五种或更多种活的沙贝病毒；当组合使用时，表现出对一种、两种、三种、四种、五种或更多种活沙贝病毒的中和的累加或协同作用；表现出效应子功能；在相关的动物感染模型中具有保护性；能够以足够的数量进行大规模生产。
在某些实施方式中，组合物包含两种或更多种不同的根据本公开的抗体或抗原结合片段。在某些实施方式中，组合物包括：第一抗体或抗原结合片段，所述第一抗体或抗原结合片段包括VH和VL，所述VH包括如SEQ ID NO:172中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括如SEQ ID NO:176中所示的氨基酸序列或由其组成；以及第二抗体或抗原结合片段，所述第二抗体或抗原结合片段包括VH和VL，所述VH包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69，所述VL包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:26、41或58。在某些实施方式中，组合物包括：第一抗体或抗原结合片段，所述第一抗体或抗原结合片段包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:173-175，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:177-179；第二抗体或抗原结合片段，所述第二抗体或抗原结合片段包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：(i)分别地，SEQ ID NO:23-25；(ii)分别地，SEQ ID NO:160-162；(iii)分别地，SEQ ID NO:38-40；或(iv)分别地，SEQ ID NO:166-168；并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：(i)分别地，SEQ ID NO:27-29；(ii)分别地，SEQ ID NO:163-165；(iii)分别地，SEQ ID NO:42-44；或(iv)分别地，SEQ ID NO:169-171。
在某些实施方式中，组合物包括：第一抗体或抗原结合片段，所述第一抗体或抗原结合片段包括VH和VL，所述VH包括如SEQ ID NO:172中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括如SEQ ID NO:176中所示的氨基酸序列或由其组成；以及第二抗体或抗原结合片段，所述第二抗体或抗原结合片段包括VH和VL，所述VH包括如SEQ ID NO:200中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括如SEQ ID NO:204中所示的氨基酸序列或由其组成。在某些实施方式中，组合物包括：第一抗体或抗原结合片段，所述第一抗体或抗原结合片段包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:173-175，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:177-179；第二抗体或抗原结合片段，所述第二抗体或抗原结合片段包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:201-203，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:205-207。
在某些实施方式中，组合物包含包括第一质粒的第一载体和包括第二质粒的第二载体，其中第一质粒包括编码重链、VH或VH+CH的多核苷酸，并且第二质粒包括编码抗体或其抗原结合片段的同源轻链、VL或VL+CL的多核苷酸。在某些实施方式中，组合物包含与合适递送媒剂或载体偶联的多核苷酸(例如，mRNA)。用于向人受试者施用的示例性媒剂或载体包括脂质或脂质衍生的递送媒剂，如脂质体、固体脂质纳米颗粒、油性悬浮液、亚微米脂质乳剂、脂质微泡、反脂质胶束、耳蜗脂质体、脂质微管、脂质微圆柱体、或脂质纳米颗粒(LNP)或纳米级平台(参见例如Li等人,《威利跨学科评论：纳米医学与纳米生物技术(Wilery Interdiscip Rev.Nanomed Nanobiotechnol.)》11(2):e1530(2019))。用于设计适当的mRNA和调配mRNA-LNP并将其递送的原理、试剂和技术描述于例如Pardi等人,(《控制释放杂志(JControlRelease)》217345-351(2015))；Thess等人,(《分子疗法》23:1456-1464(2015))；Thran等人,(《EMBO分子医学(EMBO Mol Med)》9(10):1434-1448(2017)；Kose等人,(《科学免疫学(Sci.Immunol.)》4eaaw6647(2019)；以及Sabnis等人,(《分子疗法》26:1509-1519(2018))，这些技术包括封端、密码子优化、核苷修饰、mRNA纯化、将mRNA并入到稳定的脂质纳米颗粒中(例如，可电离的阳离子脂质/磷脂酰胆碱/胆固醇/PEG-脂质；可电离的脂质：二硬脂酰PC；胆固醇；聚乙二醇脂质)，和其皮下、肌内、皮内、静脉内、腹膜内和气管内施用，通过引用并入本文。
方法和用途
本文还提供了将本公开的抗体或抗原结合片段、核酸、载体、细胞或组合物用于诊断沙贝病毒感染(例如SARS-CoV-2感染)(例如，在人受试者中，或在从人受试者获得的样品中)的方法。
诊断(例如，体外、离体)的方法可以包括将抗体、抗体片段(例如，抗原结合片段)与样品接触。此类样品可以从受试者分离，例如从例如鼻道、窦腔、唾液腺、肺、肝、胰、肾、耳、眼、胎盘、消化道、心脏、卵巢、垂体、肾上腺、甲状腺、脑、皮肤或血液获取的分离组织样品。诊断方法还可以包括检测抗原/抗体复合物，尤其在将抗体或抗体片段与样品接触之后。这种检测步骤可以在工作台上进行，即不与人体或动物体有任何接触。检测方法的实例是本领域的技术人员众所周知并且包括例如ELISA(酶联免疫吸附测定)，包括直接、间接和夹心ELISA。
本文还提供了使用本公开的抗体或抗原结合片段或包括所述抗体或抗原结合片段的组合物治疗受试者的方法，其中受试者患有、被认为患有沙贝病毒(如SARS-CoV-2)感染或有患所述感染的风险。“治疗(treat)”、“治疗(treatment)”或“改善(ameliorate)”是指对受试者(例如，人或非人哺乳动物，如灵长类动物、马、猫、狗、山羊、小鼠或大鼠)的疾病、病症或病状的医学管理。通常，包括本公开的抗体或组合物的适当剂量或治疗方案以足以引发治疗或防治益处的量施用。治疗或防治/预防益处包含改善临床结果；减轻或缓和与疾病相关的症状；减少症状的发生；提高生活质量；更长的无病状态；减轻疾病程度，稳定疾病状态；延缓或预防疾病进展；缓解；存活；延长存活期；或其任何组合。在某些实施方式中，治疗或防治/预防益处包括减少或预防为治疗沙贝病毒感染(例如SARS-CoV-2感染)而住院(即，以统计显著方式)。在某些实施方式中，治疗或防治/预防益处包括缩短为治疗沙贝病毒感染(例如SARS-CoV-2感染)而住院的持续时间(即，以统计显著方式)。在某些实施方式中，治疗或防治/预防益处包括减少或消除对呼吸干预(如插管和/或使用呼吸器装置)的需要。在某些实施方式中，治疗或防治/预防益处包括逆转晚期疾病病理和/或降低死亡率。
本公开的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、载体、宿主细胞或组合物的“治疗有效量”或“有效量”是指足以产生治疗效果的组合物或分子的量，包含改善的临床结果；减轻或缓和与疾病相关的症状；减少症状的发生；提高生活质量；更长的无病状态；减轻疾病程度，稳定疾病状态；延缓疾病进展；缓解；存活；或以统计显著方式延长存活期。当提及独自施用的单独的活性成分时，治疗有效量是指所述成分或独自表达所述成分的细胞的效果。当提及组合时，治疗有效量是指活性成分或组合的辅助活性成分与表达产生治疗效果的活性成分的细胞的组合量，无论连续、依序还是同时施用。组合可以包括例如与SARS-CoV-2抗原特异性结合的两种不同的抗体，在某些实施方式中，所述抗原可以是相同或不同的SARS-CoV-2抗原，和/或可以包括相同或不同的表位。
因此，在某些实施方式中，提供了用于治疗受试者的沙贝病毒感染(例如SARS-CoV-2感染)的方法，其中所述方法包括向受试者施用有效量的如本文所公开的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、载体、宿主细胞、或组合物。
通常，可以通过本公开治疗的受试者是人和其它灵长类动物受试者，如用于兽医学目的猴和猿。其它模式生物，如小鼠和大鼠也可以根据本公开治疗。在前述的任何实施方式中，受试者可以是人受试者。受试者可以是男性或女性，并且可以处于任何合适的年龄，包括婴儿、少年、青少年、成人和老年受试者。
许多指标被认为促成与SARS CoV-2感染相关的严重症状或死亡的高风险。这些包括但不限于年龄、职业、一般健康状况、预先存在的健康状况和生活习惯。在一些实施方式中，根据本公开治疗的受试者包括一种或多种风险因素。
在某些实施方式中，根据本公开治疗的人受试者是婴儿、儿童、年轻成人、中年成人或老年人。在某些实施方式中，根据本公开治疗的人受试者小于1岁，或是1岁到5岁，或在5岁与125岁之间(例如5岁、10岁、15岁、20岁、25岁、30岁、35岁、40岁、45岁、50岁、55岁、60岁、65岁、70岁、75岁、80岁、85岁、90岁、95岁、100岁、105岁、110岁、115岁或125岁，包括其中或其间的任何和所有年龄)。在某些实施方式中，根据本公开治疗的人受试者是0-19岁、20-44岁、45-54岁、55-64岁、65-74岁、75-84岁或85岁或更年长。中年人和尤其老年人被认为处于特别风险下。在特定实施方式中，人受试者是45-54岁、55-64岁、65-74岁、75-84岁或85岁或更年长。在一些实施方式中，人受试者是男性。在一些实施方式中，人受试者是女性。
在某些实施方式中，根据本公开治疗的人受试者是护理院或长期护理机构的居住者、是临终关怀工作者、是医疗保健提供者或医疗保健工作者、是第一响应者、是被诊断为患有或疑似患有SARS-CoV-2感染的受试者的家庭成员或其它密切接触者、超重或临床肥胖、吸烟或曾经吸烟、患有或曾患有慢性阻塞性肺病(COPD)、哮喘(例如，患有中度至重度哮喘)、患有自身免疫疾病或病状(例如，糖尿病)和/或免疫系统受损或耗竭(例如，归因于AIDS/HIV感染、癌症如血癌、淋巴耗竭疗法如化疗、骨髓或器官移植或遗传免疫病状)、患有慢性肝病、患有心血管疾病、患有肺或心脏缺陷、工作或以其它方式长时间与其它人紧密接触，如在工厂、装运中心、医院机构中等。
在某些实施方式中，根据本公开治疗的受试者已经接受针对SARS-CoV-2的疫苗并且疫苗确定为无效，例如通过受试者的疫苗后感染或症状，通过临床诊断或科学或监管标准。
在某些实施方式中，治疗以暴露周围防治形式施用。在某些实施方式中，向可以处于门诊环境中的患有轻度至中度疾病的受试者施用治疗。在某些实施方式中，向患有中度至重度疾病，如需要住院的受试者施用治疗。
因此，施用本发明所公开的组合物的典型途径包括但不限于口服、局部、经皮、吸入、肠胃外、舌下、经颊、直肠、阴道以及鼻内。如本文所施用的术语“肠胃外”包括皮下注射、静脉内注射、肌内注射、胸骨内注射或输注技术。在某些实施方式中，施用包括通过选自以下的途径施用：口服、静脉内、肠胃外、胃内、胸膜内、肺内、直肠内、皮内、腹膜内、瘤内、皮下、局部、经皮、脑池内、鞘内、鼻内和肌内。在特定实施方式中，方法包括向受试者口服施用抗体、抗原结合片段、多核苷酸、载体、宿主细胞或组合物。
根据本发明的某些实施方式的药物组合物调配成允许其中所包括的活性成分在将组合物施用到患者时生物可用。将向受试者或患者施用的组合物可以采取一种或多种剂量单位形式，其中例如，片剂可以是单个剂量单位，并且气雾剂形式的本文所描述的抗体或抗原结合的容器可以保存多个剂量单位。制备此类剂型的实际方法对于本领域的技术人员来说是已知的、或者是显而易见的；例如，参见《雷明顿：药学科学与实践(Remington:TheScience and Practice ofPharmacy)》,第20版(费城医药与科学学院(PhiladelphiaCollege of Pharmacy and Science),2000)。在任何情况下，要施用的组合物将包括有效量的本公开的抗体或抗原结合片段、多核苷酸、载体、宿主细胞或组合物，以便根据本文中的教导治疗所关注的疾病或病状。
组合物可以呈固体或液体形式。在一些实施方式中，载体是颗粒状的，使得组合物例如呈片剂或散剂形式。载体可以是液体，同时组合物是例如口服油、可注射液体或适用于例如吸入施用的气雾剂。当用于口服施用时，药物组合物优选地呈固体或液体形式，其中半固体、半液体、悬浮液和凝胶形式包括在本文视为固体或液体的形式中。
作为用于口服施用的固体组合物，药物组合物可以调配成散剂、颗粒、压缩片剂、丸剂、胶囊、口嚼锭、粉片等。此类固体组合物通常包括一种或多种惰性稀释剂或可食用载体。另外，可以存在以下一者或多者：如羧甲基纤维素、乙基纤维素、微晶纤维素、黄蓍胶或明胶等粘合剂；如淀粉、乳糖或糊精等赋形剂，如海藻酸、海藻酸钠、羧甲基淀粉钠，玉米淀粉等崩解剂；如硬脂酸镁或氢化蓖麻油等润滑剂；如胶体二氧化硅等助流剂；如蔗糖或糖精等甜味剂；如薄荷、水杨酸甲酯或橙味调味品等调味剂；以及着色剂。当组合物呈胶囊(例如明胶胶囊)形式时，除了以上类型的材料之外，其可以包括如聚乙二醇或油等液体载体。
组合物可以呈液体形式，例如，酏剂、糖浆、溶液、乳液或悬浮液。作为两个实例，液体可以口服施用或通过注射递送。当用于口服施用时，除了本发明化合物之外，优选组合物包括甜味剂、防腐剂、染料/着色剂以及香味增强剂中的一种或多种。在用于通过注射施用的组合物中，可以包含表面活性剂、防腐剂、润湿剂、分散剂、悬浮剂、缓冲液、稳定剂和等渗剂中的一种或多种。
液体药物组合物，无论其是溶液、悬浮液还是其它类似形式，都可以包含一种或多种以下佐剂：无菌稀释剂如注射用水、盐水溶液、优选地生理盐水、林格氏溶液、等渗氯化钠、固定油如可以用作溶剂或悬浮媒体的合成单甘油酯或二甘油酯、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其它溶剂；抗菌剂如苯甲醇或对羟基苯甲酸甲酯；抗氧化剂如抗坏血酸或亚硫酸氢钠；螯合剂如乙二胺四乙酸；缓冲剂如醋酸盐、柠檬酸盐、或磷酸盐以及用于张度调节的药剂如氯化钠或右旋糖。肠胃外制剂可以包封在由玻璃或塑料制成的安瓿、一次性注射器或多剂量小瓶中。生理盐水是优选佐剂。可注射药物组合物优选地是无菌的。
旨在用于肠胃外或口服施用的液体组合物应包括一定量的如本文所公开的抗体或抗原结合片段，从而将获得合适剂量。通常，此量为组合物中抗体或抗原结合片段的至少0.01％。当旨在用于口服施用时，此量可以在组合物重量的0.1％与约70％之间变化。某些口服药物组合物包含介于约4％与约75％之间的抗体或抗原结合片段。在某些实施方式中，制备根据本发明的药物组合物和制剂，使得在稀释之前，肠胃外剂量单位包括0.01重量％到10重量％的抗体或抗原结合片段。
组合物可以旨在用于局部施用，在这种情况下，载体可以适合地包括溶液、乳液、软膏或凝胶基质。例如，基质可以包括以下中的一种或多种：矿脂、羊毛脂、聚乙二醇、蜂蜡、矿物油、如水和醇等稀释剂、以及乳化剂和稳定剂。增稠剂可以存在于用于局部施用的组合物中。如果旨在用于经皮施用，则组合物可以包括经皮贴片或离子电渗疗法装置。药物组合物可以旨在以例如栓剂形式用于直肠施用，栓剂将在直肠中融化并且释放药物。用于经直肠施用的组合物可以包括油性基质作为适合的无刺激性赋形剂。此类基质包括但不限于羊毛脂、可可脂和聚乙二醇。
组合物可以包含修改固体或液体剂量单位的物理形式的多种材料。例如，组合物可以包括围绕活性成分形成包衣壳的材料。形成包衣壳的材料通常是惰性的，并且可以选自例如糖、虫胶以及其它肠溶包衣剂。可替代地，活性成分可以包裹在明胶胶囊中。固体或液体形式的组合物可以包括与本公开的抗体或抗原结合片段结合并且由此帮助递送化合物的试剂。可以起这一作用的合适试剂包括单克隆或多克隆抗体、一种或多种蛋白质或脂质体。组合物可以基本上由可以气雾剂形式施用的剂量单位组成。术语气雾剂用于表示范围从胶体性质的系统到由加压包装组成的系统的各种系统。递送可以通过液化或压缩气体或通过分配活性成分的合适的泵系统进行。气雾剂可以单相、双相或三相系统递送，以便递送活性成分。气雾剂的递送包括必要的容器、活化剂、阀门、子容器等，其可以共同形成试剂盒。本领域的普通技术人员无需过多的实验就可以确定优选的气溶胶。
应当理解，本公开的组合物还涵盖如本文所描述的多核苷酸的载体分子(例如，脂质纳米颗粒、纳米级递送平台等)。
药物组合物可以通过制药领域熟知的方法制备。例如，可以通过将包括如本文所描述的抗体、其抗原结合片段或抗体缀合物和任选地盐、缓冲液和/或稳定剂中的一者或多者的组合物与无菌蒸馏水组合从而形成溶液，来制备用于通过注射施用的组合物。可以添加表面活性剂以促进形成均匀溶液或悬浮液。表面活性剂是与肽组合物非共价相互作用以便促进抗体或其抗原结合片段在水性递送系统中的溶解或均匀悬浮的化合物。
通常，适当剂量和治疗方案提供足以提供治疗和/或防治益处(如本文所描述的，包括改良临床结果(例如，腹泻或相关脱水或发炎的频率降低、持续时间缩短或严重程度降低，或无疾病存活期和/或总存活期更长，或症状严重程度减轻)的量的组合物。对于防治用途，剂量应足以预防与疾病或病症相关的疾病、延迟其发病或减轻其严重程度。根据本文所描述的方法施用的组合物的预防益处可以通过进行临床前(包含体外和体内动物研究)和临床研究并通过适当的统计学、生物学和临床方法和技术分析从中获得的数据来确定，所有这些都可以由本领域技术人员容易地实践。
组合物以有效量施用(例如，以治疗SARS-CoV-2感染)，所述有效量将根据多种因素而变化，包含所采用的特定化合物的活性；化合物的代谢稳定性和作用时间长度；受试者的年龄、体重、总体健康、性别和饮食；施用模式和时间；排泄率；药物组合；特定病症或病状的严重程度；以及经受疗法的受试者。在某些实施方式中，在施用根据本公开的调配物和方法的疗法后，与安慰剂治疗的或其它合适的对照受试者相比，测试受试者将表现出与所治疗的疾病或病症相关的一种或多种症状减少约10％直到约99％。
通常，抗体或抗原结合片段的治疗有效日剂量(对于70kg的哺乳动物)为约0.001mg/kg(即，0.07mg)至约100mg/kg(即，7.0g)；优选地，治疗有效剂量(对于70kg哺乳动物)为约0.01mg/kg(即，0.7mg)至约50mg/kg(即，3.5g)；更优选地，治疗有效剂量(对于70kg哺乳动物)为约1mg/kg(即，70mg)至约25mg/kg(即，1.75g)。对于本公开的多核苷酸、载体、宿主细胞和相关组合物，治疗有效剂量可以不同于抗体或抗原结合片段。
在某些实施方式中，方法包括向受试者施用2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次、10次或更多次抗体、抗原结合片段、多核苷酸、载体、宿主细胞或组合物。
在某些实施方式中，方法包括多次向受试者施用抗体、抗原结合片段或组合物，其中第二或连续施用分别在第一或前一施用之后约6小时、约7小时、约8小时、约9小时、约10小时、约11小时、约12小时、约24小时、约48小时、约74小时、约96小时或更长时间进行。
在某些实施方式中，方法包括在受试者受沙贝病毒，如SARS-CoV-2感染之前施用抗体、抗原结合片段、多核苷酸、载体、宿主细胞或组合物至少一次。
包括本公开的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、载体、宿主细胞或组合物的组合物也可以在施用一种或多种其它治疗剂的同时、之前或之后施用。此类组合疗法可以包括施用包括本发明化合物和一种或多种额外的活性剂的单个药物剂量调配物，以及施用包括呈自身独立剂量调配物的本公开的抗体或抗原结合片段和每种活性剂的组合物。例如，如本文所描述的抗体或其抗原结合片段和其它活性剂可以以单个口服剂量组合物形式(如片剂或胶囊)向患者一起施用，或每种药剂以独立口服剂量调配物形式施用。类似地，如本文所描述的抗体或抗原结合片段和其它活性剂可以以单个肠胃外剂量组合物(如在盐水溶液或其它生理学上可接受的溶液中)向受试者一起施用，或每种药剂以独立肠胃外剂量调配物形式施用。在使用独立剂量调配物的情况下，包括抗体或抗原结合片段和一种或多种额外的活性剂的组合物可以基本上在同一时间(即，同时)施用或在交错时间分别(即，依序和以任何次序)施用；组合治疗应理解为包括所有这些方案。
在某些实施方式中，提供了组合疗法，其包括本公开的一种或多种抗沙贝病毒抗体，如抗SARS-CoV-2抗体(或一种或多种核酸、宿主细胞、载体或组合物)和一种或多种抗炎剂和/或一种或多种抗病毒剂。在特定实施方式中，所述一种或多种抗炎剂包括皮质类固醇，例如地塞米松(dexamethasone)、泼尼松(prednisone)等。在一些实施方式中，所述一种或多种抗炎剂包括细胞因子拮抗剂，例如与IL6(如司妥昔单抗(siltuximab))或IL-6R(如托珠单抗(tocilizumab))，或IL-1β、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、FGF、G-CSF、GM-CSF、IFN-γ、IP-10、MCP-1、MIP-1A、MIP1-B、PDGR、TNF-α或VEGF结合的抗体。在一些实施方式中，使用抗炎剂，如乐昂立单抗(leronlimab)、鲁索替尼(ruxolitinib)和/或阿那白滞素(anakinra)。在一些实施方式中，所述一种或多种抗病毒剂包括核苷酸类似物或核苷酸类似物前药，例如瑞德西韦(remdesivir)、索非布韦(sofosbuvir)、阿昔洛韦(acyclovir)和齐多夫定(zidovudine)。在特定实施方式中，抗病毒剂包括洛匹那韦(lopinavir)、利托那韦(ritonavir)、法匹拉韦(favipiravir)或其任何组合。用于本公开的组合疗法的其它抗炎剂包括非甾体抗炎药(NSAIDS)。应当理解，在此类组合疗法中，所述一种或多种抗体(或一种或多种核酸、宿主细胞、载体或组合物)和所述一种或多种抗炎剂和/或所述一种或多种抗病毒剂可以以任何次序和任何顺序施用，或者一起施用。
在一些实施方式中，向先前已经接受一种或多种抗炎剂和/或一种或多种抗病毒剂的受试者施用抗体(或一种或多种核酸、宿主细胞、载体或组合物)。在一些实施方式中，向先前已经接受抗体(或一种或多种核酸、宿主细胞、载体或组合物)的受试者施用一种或多种抗炎剂和/或一种或多种抗病毒剂。
在某些实施方式中，提供了组合疗法，其包括本公开的两种或更多种抗沙贝病毒抗体，如两种或更多种抗SARS-CoV-2抗体。方法可以包括向已经接受第二抗体的受试者施用第一抗体，或者可以包括一起施用两种或更多种抗体。例如，在特定实施方式中，提供了一种方法，其包括(a)当受试者已经接受第二抗体或抗原结合片段时，向受试者施用第一抗体或抗原结合片段；(b)当受试者已经接受第一抗体或抗原结合片段时，向受试者施用第二抗体或抗原结合片段；或(c)向受试者施用第一抗体或抗原结合片段和第二抗体或抗原结合片段。
在相关方面，提供了本发明所公开的抗体、抗原结合片段、载体、宿主细胞和组合物的用途。
在某些实施方式中，提供了抗体、抗原结合片段、多核苷酸、载体、宿主细胞或组合物，用于治疗受试者的SARS-CoV-2感染的方法。
在某些实施方式中，提供了抗体、抗原结合片段或组合物，用于制造或制备用于治疗受试者的沙贝病毒感染(例如SARS-CoV-2感染)的药物的方法。
表3：序列
本公开还提供以下实施方式：
实施方式1.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中：(i)所述CDRH1包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:409、23、33、38、46、53、55、63、70、72、83、93、103、113、123、137、147、160、166、181、191、201、211、221、233、243、268、305、315、325、330、335、349、359、369、379、389、399、419或449，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；(ii)所述CDRH2包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:410、24、31、36、39、48、51、56、65、67、73、83、93、103、113、123、137、147、161、167、182、192、202、212、222、234、244、263、269、285、287、289、293、299、301、306、316、326、331、336、350、360、370、380、390、400、420、447、457，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；(iii)所述CDRH3包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:411、25、40、57、74、84、94、104、114、124、138、148、156、162、168、183、193、203、213、223、235、245、254、257、259、261、265、271、273、275、277、279、281、290、294、296、307、317、324、327、332、337、351、361、371、381、391、401、421或435，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；(iv)所述CDRL1包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:413、27、42、59、76、86、96、106、116、126、140、150、163、169、185、195、205、215、225、237、247、309、319、328、333、338、353、363、373、383、393、403或423，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；(v)所述CDRL2包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:414、28、43、60、77、87、97、107、117、127、141、151、164、170、186、196、206、216、226、238、248、310、320、329、334、339、354、364、374、384、394、404、424或440，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；和/或(vi)所述CDRL3包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:415、29、44、61、78、88、98、108、118、128、142、152、165、171、187、197、207、217、227、239、249、283、303、311、321、355、365、375、385、395、405或425，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括具有一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代，其中所述抗体或抗原结合片段能够与宿主细胞的细胞表面、SARS-CoV-2病毒体或所述两者上表达的SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式2.根据实施方式1所述的抗体或抗原结合片段，其能够在体外感染模型和/或体内动物感染模型和/或人体内中和SARS-CoV-2感染，其中任选地所述SARS-CoV-2感染包括包含如SEQ ID NO:3所示的氨基酸序列的SARS-CoV-2。
实施方式3.根据实施方式1或2所述的抗体或抗原结合片段，其(i)能够与宿主细胞的细胞表面、沙贝病毒病毒体或两者上表达的两种或更多种(例如，两种、三种、四种、五种或更多种)沙贝病毒的表面糖蛋白结合；和/或(ii)能够在体外感染模型和/或体内动物感染模型和/或人体内中和两种或更多种沙贝病毒的感染。
实施方式4.根据实施方式1至3中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其包括如以下SEQ ID NO所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：(i)分别地，409-411和413-415；(ii)分别地，23或160、31、25或162和27-29或163-165；(iii)分别地，33、24或161、25或162和27-29或163-165；(iv)分别地，33、31、25或162和27-29或163-165；(v)分别地，33、36、25或162和27-29或163-165；(vi)分别地，38-40和42-44；(vii)分别地，46、39或167、40或168，和42-44或169-171；(viii)分别地，38或166、48、40或168和42-44或169-171；(ix)分别地，46、48、40或168和42-44或169-171；(x)分别地，46、51、40或168，和42-44或169-171；(xi)分别地，53、48、40或168，和42-44或169-171；(xii)分别地，55-57和59-61；(xiii)分别地，63、56、57和59-61；(xiv)分别地，55、65、57和59-61；(xv)分别地，63、67、57，和59-61；(xvi)分别地，63、65、57和59-61；(xvii)分别地，70、65、57，和59-61；(xviii)分别地，72-74和76-78；(xix)分别地，82-84和86-88；(xx)分别地，92-94和96-98；(xxi)分别地，102-104和106-108；(xxii)分别地，112-114和116-118；(xxiii)分别地，122-124和126-128；(xxiv)分别地，136-138和140-142；(xxv)分别地，146-148和150-152；(xxvi)分别地，112、113、156和116-118；(xxvii)分别地，181-183和185-187；(xxviii)分别地，191-193和195-197；(xxix)分别地，201-203和205-207；(xxx)分别地，211-213和215-217；(xxxi)分别地，221-223和225-227；(xxxii)分别地，233-235和237-239；(xxxiii)分别地，243-245和247-249；(xxxiv)分别地，211，212，在254、257、259、261或324中的任一者和215-217；(xxxv)分别地，在221、268或325中的任一者，在222、263、269或326中的任一者，在223、265、271、273或327中的任一者，和225，226或328，和227或329；(xxxvi)分别地，233或330，234或331，在235、275、277、279、281或332中的任一者，和在237、282或333中的任一者，238或234，和239；(xxvii)分别地，243或335，在244、285、287、289、293、299、301或336中的任一者，在245、290、294、296或337中的任一者，和247或338，248或339，和249或303；(xxxviii)分别地，305-307和309-311；(xxxix)分别地，315-317和319-321；(xxxx)分别地，349-351和353-355；(xxxxi)分别地，359-361和363-365；(xxxxii)分别地，369-371和373-375；(xxxxiii)分别地，379-381和383-385；(xxxxiv)分别地，389-391和393-395；(xxxxv)分别地，399、400、401或435，和403、404或440，和405；(xxxxvi)分别地，23-25和27-29；(xxxxvii)分别地，419-421和423-425；(xxxxviii)分别地，409、447、411，和413-415；(xxxxix)分别地，449、410、411，和413-415；(xxxxx)分别地，449、447、411，和413-415；(xxxxxi)分别地，409、457、411，和413-415；(xxxxxii)分别地，449、457、411，和413-415。
实施方式5.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：(i)分别地，SEQ ID NO:409、410、411、413、414和415；(ii)分别地，SEQID NO:409、447、411、413、414和415；(iii)分别地，SEQ ID NO:409、457、411、413、414和415；(iv)分别地，SEQ ID NO:449、410、411、413、414和415；(v)分别地，SEQ ID NO:449、447、411、413、414和415；或(vi)分别地，SEQ ID NO:449、457、411、413、414和415，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式6.根据实施方式1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:409、410、411、413、414和415。
实施方式7.根据实施方式1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:409、447、411、413、414和415。
实施方式8.根据实施方式1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:409、457、411、413、414和415。
实施方式9.根据实施方式1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:449、410、411、413、414和415。
实施方式10.根据实施方式1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:449、447、411、413、414和415。
实施方式11.根据实施方式1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:449、457、411、413、414和415。
实施方式12.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：
(i)分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、404和405；
(ii)分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、404和405；
(iii)分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、440和405；或
(iv)分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、440和405，
并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式13.根据实施方式1至4和12中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、404和405。
实施方式14.根据实施方式1至4和12中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、404和405。
实施方式15.根据实施方式1至4和12中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、440和405。
实施方式16.根据实施方式1至4和12中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、440和405。
实施方式17.根据实施方式1至16中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中：(i)所述VH包括与如以下任一者所示的氨基酸序列具有至少85％同一性的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、158、180、190、200、210、220、232、242、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、448、459和460，其中变异任选地限于一个或多个框架区和/或变异包括种系编码的氨基酸的一个或多个取代；和/或(ii)所述VL包括与如以下任一者所示的氨基酸序列具有至少85％同一性的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444和445，其中变异任选地限于一个或多个框架区和/或变异包括种系编码的氨基酸的一个或多个取代。
实施方式18.根据实施方式1至17中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述VH包括表3中所示的任何VH氨基酸序列或由其组成，并且其中所述VL包括表3中所示的任何VL氨基酸序列或由其组成，其中任选地所述VH和所述VL包括如以下SEQ ID NO所示的氨基酸序列或由其组成：
(i)分别地，在408、446、448、458、459和460中的任一者，以及在412、442、443、444和445中的任一者，任选地如以下所示(a)分别地，408和412；(b)分别地，408和442；(c)分别地，408和443；(d)分别地，408和444；(e)分别地，408和445；(f)分别地，428和412；(g)分别地，428和442；(h)分别地，428和443；(i)分别地，428和444；(j)分别地，428和445；(k)分别地，446和412；(l)分别地，446和442；(m)分别地，446和443；(n)分别地，446和444；(o)分别地，446和445；(p)分别地，448和412；(q)分别地，448和442；(r)分别地，448和443；(s)分别地，448和444；(t)分别地，448和445；(u)分别地，458和412；(v)分别地，458和442；(w)分别地，458和443；(x)分别地，458和444；(y)分别地，458和445；(z)分别地，459和412；(aa)分别地，459和442；(bb)分别地，459和443；(cc)分别地，459和444；(dd)分别地，459和445；(ee)分别地，460和412；(ff)分别地，460和442；(gg)分别地，460和443；(hh)分别地，460和444；或(ii)分别地，460和445；(ii)分别地，30和26；(iii)分别地，32和26；(iv)分别地，34和26；(v)分别地，35和26；(vi)分别地，37和41；(vii)分别地，45和41；(viii)分别地，47和41；(ix)分别地，49和41；(x)分别地，50和41；(xi)分别地，52和41；(xii)分别地，54和58；(xiii)分别地，62和58；(xiv)分别地，64和58；(xv)分别地，66和58；(xvi)分别地，68和58；(xvii)分别地，69和58；(xviii)分别地，71和75；(xix)分别地，81和85；(xx)分别地，91和95；(xxi)分别地，101或158和105；(xxii)分别地，111或155和115；(xxiii)121和125；(xxiv)分别地，135和139；(xxv)分别地，145和149；(xxvi)分别地，180和184；(xxvii)分别地，190和194；(xxviii)分别地，200和204；(xxix)分别地，210和214；(xxx)分别地，220和224；(xxxi)分别地，220和230；(xxxii)分别地，232和236；(xxxiii)分别地，242和246；(xxxiv)分别地，在252、253、255、256、258或260中的任一者和214；(xxxv)分别地，在262、264、266、267、270或272中的任一者和224；(xxxvi)分别地，在274、276、278或280中的任一者和236或282，(xxxvii)分别地，在284、286、288、291、292、295、297或300中的任一者和246或302；(xxxviii)分别地，304和308；(xxxix)分别地，314和318；(xxxx)分别地，348和352；(xxxxi)分别地，358和362；(xxxxii)分别地，368和372；(xxxxiii)分别地，378和382；(xxxxiv)分别地，388和392；(xxxxv)分别地，398或432或434或437和402或439，任选地(a)分别地，398和402，(b)分别地，398和439，(c)分别地，432和402，(d)分别地，432和439，(e)分别地，434和402，(f)分别地，434和439，(g)分别地，437和402，或(h)分别地，437和439；(xxxxvi)分别地，408或428和412；(xxxxvii)分别地，418和422；(xxxxviii)分别地，在408、446、448、458、459和460中的任一者和在412、442、443、444和445中的任一者；或(xxxxix)分别地，22和26。
实施方式19.根据实施方式1至18中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH和所述VL与以下SEQ ID NO中所示的氨基酸序列具有至少85％的同一性，或包括所述氨基酸序列或由其组成：(a)分别地，408和412；(b)分别地，408和442；(c)分别地，408和443；(d)分别地，408和444；(e)分别地，408和445；(f)分别地，428和412；(g)分别地，428和442；(h)分别地，428和443；(i)分别地，428和444；(j)分别地，428和445；(k)分别地，446和412；(l)分别地，446和442；(m)分别地，446和443；(n)分别地，446和444；(o)分别地，446和445；(p)分别地，448和412；(q)分别地，448和442；(r)分别地，448和443；(s)分别地，448和444；(t)分别地，448和445；(u)分别地，458和412；(v)分别地，458和442；(w)分别地，458和443；(x)分别地，458和444；(y)分别地，458和445；(z)分别地，459和412；(aa)分别地，459和442；(bb)分别地，459和443；(cc)分别地，459和444；(dd)分别地，459和445；(ee)分别地，460和412；(ff)分别地，460和442；(gg)分别地，460和443；(hh)分别地，460和444；或(ii)分别地，460和445。
实施方式20.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括SEQ ID NO:458中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括SEQ ID NO:445中所示的氨基酸序列或由其组成，其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式21.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括SEQ ID NO:408中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括SEQ ID NO:412中所示的氨基酸序列或由其组成，其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式22.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括SEQ ID NO:460中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括SEQ ID NO:445中所示的氨基酸序列或由其组成，其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式23.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括SEQ ID NO:459中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括SEQ ID NO:445中所示的氨基酸序列或由其组成，其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式24.根据实施方式1至18中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述VH和所述VL与以下SEQ ID NO中所示的氨基酸序列具有至少85％的同一性：(i)分别地，398和402；(ii)分别地，398和439；(iii)分别地，432和402；(iv)分别地，432和439；(v)分别地，434和402；(vi)分别地，434和439；(vii)分别地，437和402；或(viii)分别地，437和439。
实施方式25.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，其中所述VH和所述VL包括以下SEQ ID NO中所示的氨基酸序列或由其组成：(i)分别地，398和402；(ii)分别地，398和439；(iii)分别地，432和402；(iv)分别地，432和439；(v)分别地，434和402；(vi)分别地，434和439；(vii)分别地，437和402；或(viii)分别地，437和439，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式26.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，其中所述VH包括如SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列或由其组成，并且所述VL包括如SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列或由其组成，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式27.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQID NO:23-25，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:27-29，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式28.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，其中所述VH包括如SEQ ID NO:37中所示的氨基酸序列或由其组成，并且所述VL包括如SEQ ID NO:41中所示的氨基酸序列或由其组成，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式29.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQID NO:38-40，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:42-44，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式30.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，其中所述VH包括如SEQ ID NO:54中所示的氨基酸序列或由其组成，并且所述VL包括如SEQ ID NO:58中所示的氨基酸序列或由其组成，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式31.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQID NO:55-57，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:59-61，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式32.根据实施方式1至31中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)特异性结合。
实施方式33.根据实施方式1至32中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其进行以下：(i)识别SARS-CoV-2的ACE2受体结合基序(RBM，SEQ ID NO:5)中的表位；(ii)能够阻断SARS-CoV-2RBD(例如，SARS-CoV-2RBM)与ACE2之间的相互作用；(iii)能够以比与SARS-CoVS蛋白结合的亲合力更大的亲合力与SARS-CoV-2S蛋白结合；(iv)识别在SARS-CoV-2的ACE2RBD和SARS-CoV的ACE2 RBD中保守的表位；(v)针对SARS-CoV-2和SARS-CoV冠状病毒具有交叉反应性；(vii)识别SARS-CoV-2表面糖蛋白中不存在于ACE2 RBM中的表位；或(viii)(i)-(vii)的任何组合。
实施方式34.根据实施方式1至33中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其进行以下：(i)识别两种或更多种沙贝病毒的S蛋白中的表位；(ii)能够阻断一种、两种或更多种沙贝病毒的S蛋白与细胞表面受体之间的相互作用；(iii)识别在两种或更多种沙贝病毒的刺突蛋白中保守的表位；(iv)针对两种或更多种沙贝病毒具有交叉反应性；或(v)(i)-(iv)的任何组合。
实施方式35.根据实施方式1至34中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够能够抑制SARS-CoV-2与DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1中的任一者或多者之间的相互作用。
实施方式36.根据实施方式1至35中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够抑制SARS-CoV-2与以下中的任一者或多者之间的相互作用：DC-SIGN；L-SIGN；SIGLEC-1；CD22；CD33；CLEC4M、SIGLEC-16；SIGLEC-15；SIGLEC-14；SIGLEC-12；SIGLEC-11；SIGLEC-10；SIGLEC-9；SIGLEC-8；SIGLEC-7；SIGLEC-6；SIGLEC-5；或其任何组合。
实施方式37.根据实施方式1至36中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够与(i)-(viii)中的任一者或多者的表面糖蛋白结合：(i)进化枝1a的一种或多种沙贝病毒，其中所述一种或多种沙贝病毒任选地包括SARS-CoV、Rs3367、Rs4084、LYRa3、Rs4231、Rs4874、WIV1或其任何组合；(ii)进化枝1b的一种或多种沙贝病毒，其中所述一种或多种沙贝病毒包括SARS-CoV-2，并且任选地包括RatG13、PangGD和PangGX中的一者或多者；(iii)进化枝2的一种或多种沙贝病毒，其中所述一种或多种沙贝病毒包括Rm1/2004、As6526、HKU3-12、Rp/Shaanxi2011、Cp/Yunnan2011、Rf4092、Rs4255、ZXC21、ZC45、YN2013、RMYN02、SC2018、Anlong112、YN2013、SC2011、ZC45或其任何组合；(iv)进化枝3的一种或多种沙贝病毒，其中所述一种或多种沙贝病毒任选地包括BtKY72、BGR2008或两者；(iv)SEQ ID NO:3的变体，其包括：(iv)(a)N501Y突变；(iv)(b)Y453F突变；(iv)(c)N439K突变；(iv)(d)K417V突变；和/或(iv)(e)N501Y突变、K417N突变和E484K突变；(v)SARS-CoV-2B.1.351变体；(vi)SARS-CoV-2B.1.429变体；(vii)SARS-CoV-2P.1变体；(viii)SARS-CoV-2B.1.1.222变体。
实施方式38.根据实施方式1至37中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够与以下的表面糖蛋白结合：(i)SARS-CoV-2Wuhan-Hu-1(SEQ ID NO:3)；(ii)SARS-CoV-2B.1.1.7；(iii)SARS-CoV-2B.1.351；(iv)SARS-CoV-2变体P.1；(v)SARS-CoV-2变体B.1.429；(vi)SARS-CoV；(vii)WIV1；(viii)PANG/GD；(ix)PANG/GX；(x)RatG13；(xi)ZXC21；(xii)ZC45；(xiii)RmYN02；(xiv)BGR2008；(xv)BtkY72；或(xvi)(i)-(xv)的任何组合。
实施方式39.根据实施方式1至38中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段的Fab能够以小于0.1nM的Kd与SARS-CoV-2S蛋白三聚体结合，任选地使用表面等离子体共振，进一步任选地测量所捕获的S蛋白三聚体以单循环动力学形式在11nM、33nM、100nM和300nM与所述Fab的结合。
实施方式40.根据实施方式1至39中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段的Fab能够以小于0.1nM，任选地0.08nM的Kd与SARS-CoV-2RBD结合，进一步任选地使用表面等离子体共振，进一步任选地测量所捕获的RBD以单循环动力学形式在11nM、33nM、100nM和300nM与所述Fab的结合。
实施方式41.根据实施方式1至40中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段的Fab能够进行以下：(i)以介于9nM与11nM之间，任选地10nM的Kd与穿山甲-GX RBD结合；(ii)以介于1.5nM与1.7nM之间，任选地1.6nM的Kd与SARS-CoV RBD结合；(iii)以介于1.0nM与1.2nM之间，任选地1.1nM的Kd与RaTG13 RBD结合；(iv)以介于0.1nM与0.3nM之间，任选地0.2nM的Kd与穿山甲-GD RBD结合；(v)以介于1.3nM与1.5nM之间，任选地1.4nM的Kd与WIV1 RBD结合；(vi)以介于63nM与65nM之间，任选地64nM的Kd与SC2018 RBD结合；(vii)以介于3nM与5nM之间，任选地4nM的Kd与ZC45 RBD结合；(viii)以介于0.3nM与0.5nM之间，任选地0.4nM的Kd与BTKY72 RBD结合；和/或(ix)以介于3.5nM与3.7nM之间，任选地3.6nM的Kd与BGR/2008RBD结合，其中任选地使用表面等离子体共振测量结合，进一步任选地测量所捕获的RBD以单循环动力学形式在11nM、33nM、100nM和300nM与所述Fab的结合。
实施方式42.根据实施方式1至41中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够中和由SARS-CoV-2和任选地一种或多种非SARS-CoV-2的沙贝病毒引起的感染。
实施方式43.根据实施方式1至42中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够在体外中和由SARS-CoV-2假病毒，任选地用SARS-CoV-2S蛋白假型化的鼠白血病病毒引起的感染，其中IC50为约31.6ng/mL，IC80为约58.7ng/mL，和/或IC90为约87ng/mL。
实施方式44.根据实施方式1至43中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够在体外中和由SARS-CoV-2假病毒，任选地用SARS-CoV-2S蛋白假型化的鼠白血病病毒引起的感染，其中IC50介于85ng/mL与95ng/mL之间，任选地介于91ng/mL与93ng/mL之间或介于85ng/mL与88ng/mL之间，IC80为约184.5ng/mL，和/或IC90为约274ng/mL。
实施方式45.根据实施方式1至44中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够中和由活SARS-CoV-2引起的感染，任选地其中IC50介于140ng/mL与150ng/mL之间，进一步任选地其中IC50介于142ng/mL与146ng/mL之间。
实施方式46.根据实施方式1至45中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够中和由以下引起的感染：(i)用SARS-CoV-2S蛋白假型化的水疱性口炎病毒(VSV)，任选地其中IC50介于210ng/mL与215ng/mL之间，进一步任选地介于212ng/mL与214ng/mL之间；(ii)用B.1.1.7S蛋白假型化的VSV，其中IC50介于200ng/mL与210ng/mL之间，任选地介于203ng/mL与207ng/mL之间；(iii)用B.1.351S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于110ng/mL与120ng/mL之间，进一步任选地介于112ng/mL与116ng/mL之间；(iv)用B.1.429S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于350ng/mL与360ng/mL之间，进一步任选地介于355ng/mL与359ng/mL之间；(v)用P.1S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于450ng/mL与470ng/mL之间，进一步任选地介于455ng/mL与465ng/mL之间；(vi)用包括N439K突变的SARS-CoV-2S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于270ng/mL与290ng/mL之间，进一步任选地介于275ng/mL与285ng/mL之间；(vii)用包括Y453F突变的SARS-CoV-2S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于210ng/mL与230ng/mL之间，进一步任选地介于215ng/mL与225ng/mL之间；(viii)用SARS-CoV S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于80ng/mL与100ng/mL之间，进一步任选地介于85ng/mL与90ng/mL之间；(ix)用RsSHC014 S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于5ng/mL与10ng/mL之间，进一步任选地介于6ng/mL与8ng/mL之间；(x)用WIV1 S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于570ng/mL与590ng/mL之间，进一步任选地介于575ng/mL与585ng/mL之间；(xi)用WIV16 S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于190ng/mL与200ng/mL之间，进一步任选地介于193ng/mL与199ng/mL之间；(xii)用RaTG-13S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于30ng/mL与45ng/mL之间，进一步任选地介于35ng/mL与42ng/mL之间；(xiii)用穿山甲-GX S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于4800ng/mL与4900ng/mL之间，进一步任选地介于4840ng/mL与4870ng/mL之间，进一步任选地介于4850ng/mL与4860ng/mL之间；和/或(xiv)用穿山甲-GD S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于100ng/mL与110ng/mL之间，进一步任选地介于103ng/mL与109ng/mL之间。
实施方式47.根据实施方式1至46中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够抑制SARS-CoV-2S蛋白RBD与人ACE2的结合，任选地如通过ELISA测量的，进一步任选地其中IC50介于22ng/mL与28ng/mL之间，更进一步任选地介于22ng/mL与23ng/mL之间或介于27ng/mL与28ng/mL之间。
实施方式48.根据实施方式1至47中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够抑制SARS-CoV-2S蛋白RBD与人ACE2的结合，任选地如通过ELISA测量的，进一步任选地其中IC50介于9ng/mL与11ng/mL之间。
实施方式49.根据实施方式1至48中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够抑制SARS-CoV-2S蛋白S1亚基从用SARS-CoV-2感染的细胞脱落。
实施方式50.根据实施方式1至49中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够阻止表达SARS-CoV-2S蛋白的细胞间的细胞-细胞融合。
实施方式51.根据实施方式1至50中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其是IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
实施方式52.根据实施方式1至51中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其是选自IgG1、IgG2、IgG3和IgG4的IgG同型。
实施方式53.根据实施方式1至52中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其是人的、人源化的或嵌合的。
实施方式54.根据实施方式1至53中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段包括人抗体、单克隆抗体、纯化的抗体、单链抗体、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv或scFab。
实施方式55.根据实施方式54所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段包括包含多于一个VH结构域和多于一个VL结构域的scFv。
实施方式56.根据实施方式1至55中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段是多特异性抗体或抗原结合片段。
实施方式57.根据实施方式56所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段是双特异性抗体或抗原结合片段。
实施方式58.根据实施方式56或57所述的抗体或抗原结合片段，其包括：
(i)第一VH和第一VL；和
(ii)第二VH和第二VL，
其中所述第一VH和所述第二VH不同并且各自独立地包括与以下任一者中所示的氨基酸序列具有至少85％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、180、190、200、210、220、233、243、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、458、459和460，并且
其中所述第一VL和所述第二VL不同并且各自独立地包括与以下任一者中所示的氨基酸序列具有至少85％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444和445；
并且其中所述第一VH和所述第一VL共同形成第一抗原结合位点，并且其中所述第二VH和所述第二VL共同形成第二抗原结合位点。
实施方式59.根据实施方式1至58中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段进一步包括Fc多肽或其片段。
实施方式60.根据实施方式59所述的抗体或抗原结合片段，其中
(i)与不包括突变的参考Fc多肽相比，所述Fc多肽或其片段包括增强与FcRn结合的所述突变；和/或
(ii)与不包括突变的参考Fc多肽相比，所述Fc多肽或其片段包括增强与FcγR结合的所述突变。
实施方式61.根据实施方式60所述的抗体或抗原结合片段，其中所述增强与FcRn结合的突变包括：M428L；N434S；N434H；N434A；N434S；M252Y；S254T；T256E；T250Q；P257I；Q311I；D376V；T307A；E380A；或其任何组合。
实施方式62.根据实施方式60或61所述的抗体或抗原结合片段，其中所述增强与FcRn结合的突变包括：
(i)M428L/N434S；(ii)M252Y/S254T/T256E；(iii)T250Q/M428L；(iv)P257I/Q311I；(v)P257I/N434H；(vi)D376V/N434H；(vii)T307A/E380A/N434A；或(viii)(i)-(vii)的任何组合。
实施方式63.根据实施方式60至62中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述增强与FcRn结合的突变包括M428L/N434S。
实施方式64.根据实施方式60至63中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述增强与FcγR结合的突变包括S239D；I332E；A330L；G236A；或其任何组合。
实施方式65.根据实施方式60至64中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述增强与FcγR结合的突变包括：
(i)S239D/I332E；(ii)S239D/A330L/I332E；(iii)G236A/S239D/I332E；或(iv)G236A/A330L/I332E。
实施方式66.根据实施方式1至65中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其包括改变糖基化的突变，和/或其是去糖基化的和/或去岩藻糖基化的，其中所述改变糖基化的突变包括N297A、N297Q或N297G。
实施方式67.根据实施方式1至66中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其在与靶细胞的表面上表达的SARS-CoV-2S蛋白结合时能够激活人FcγRIIa、人FcγRIIIa或两者，其中任选地：
(i)所述靶细胞包括EpiCHO细胞；
(ii)所述人FcγRIIa包括H131等位基因；
(iii)所述人FcγRIIIa包括V158等位基因；和/或
(iv)所述人FcγRIIIa和/或所述人FcγRIIa由宿主细胞表达，如Jurkat细胞或自然杀伤细胞，并且使用所述宿主细胞中的NFAT驱动的荧光素酶信号确定激活。
实施方式68.根据实施方式1至67中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够针对用SARS-CoV-2感染的靶细胞诱导抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)和/或抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)。
实施方式69.根据实施方式59至68中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述Fc多肽包括L234A突变和L235A突变。
实施方式70.根据实施方式1至69中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2S蛋白结合，如使用生物层干涉测量法确定的。
实施方式71.根据实施方式1至70所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够以约16μg/ml至约20μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染和/或中和靶细胞的感染。
实施方式72.根据实施方式1至71所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够以约3μg/ml至约4μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染和/或中和靶细胞的感染。
实施方式73.根据实施方式1至72中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够以约0.8μg/ml至约0.9μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染和/或中和靶细胞的感染。
实施方式74.根据实施方式1至73中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够以约0.5μg/ml至约0.6μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染和/或中和靶细胞的感染。
实施方式75.根据实施方式1至74中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够以约0.1μg/ml至约0.2μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染和/或中和靶细胞的感染。
实施方式76.一种分离的多核苷酸，其编码根据实施方式1至75中任一项所述的抗体或抗原结合片段，或编码所述抗体或所述抗原结合片段的VH、重链、VL和/或轻链。
实施方式77.根据实施方式76所述的多核苷酸，其中所述多核苷酸包括脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)，其中所述RNA任选地包括信使RNA(mRNA)。
实施方式78.根据实施方式76或77所述的多核苷酸，其进行了密码子优化用于在宿主细胞中表达。
实施方式79.根据实施方式76至78中任一项所述的多核苷酸，其包括与如以下任一者或多者所示的多核苷酸序列具有至少50％同一性的多核苷酸：SEQ ID NO:79、80、89、90、99、100、109、110、119、120、129、-134、143、144、153、154、157、159、188、189、198、199、208、209、218、219、228、229、231、240、241、250、251、312、313、322、323、356、357、366、367、376、377、386、387、396、397、406、407、416、417、426、427、429、430、431、433、436、438和441。
实施方式80.一种重组载体，其包括根据实施方式76至79中任一项所述的多核苷酸。
实施方式81.一种宿主细胞，其包括根据实施方式76至79中任一项所述的多核苷酸和/或根据实施方式80所述的载体，其中所述多核苷酸对所述宿主细胞是异源的。
实施方式82.一种人B细胞，其包括根据实施方式76至79中任一项所述的多核苷酸，其中多核苷酸对所述人B细胞是异源的和/或其中所述人B细胞是永生化的。
实施方式83.一种组合物，其包含：
(i)根据实施方式1至75中任一项所述的抗体或抗原结合片段；(ii)根据实施方式76至79中任一项所述的多核苷酸；(iii)根据实施方式80所述的重组载体；(iv)根据实施方式81所述的宿主细胞；和/或(v)根据实施方式82所述的人B细胞；以及药学上可接受的赋形剂、载体或稀释剂。
实施方式84.根据实施方式83所述的组合物，其包含两种或更多种不同抗体或抗原结合片段，其中所述两种或更多种不同抗体或抗原结合片段中的每一种不同并且独立地根据实施方式1至75中任一项。
实施方式85.根据实施方式83或84所述的组合物，其进一步包含抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:173、174、175、177、178和179，并且任选地包括SEQID NO:172的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:176的VL氨基酸序列。
实施方式86.根据实施方式83或84所述的组合物，其进一步包含抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:341、342、343、345、346和347，并且任选地包括SEQID NO:340的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:344的VL氨基酸序列。
实施方式87.根据实施方式83至86中任一项所述的组合物，其包含根据实施方式5至11中任一项所述的抗体或抗原结合片段。
实施方式88.根据实施方式83至87中任一项所述的组合物，其包含根据实施方式19-23中任一项所述的抗体或抗原结合片段。
实施方式89.根据实施方式83至88中任一项所述的组合物，其包含根据实施方式12-18中任一项所述的抗体或抗原结合片段。
实施方式90.根据实施方式83至89中任一项所述的组合物，其包含根据实施方式24或25中任一项所述的抗体或抗原结合片段。
实施方式91.根据实施方式83至90中任一项所述的组合物，其包含：(i)第一抗体或抗原结合片段，所述第一抗体或抗原结合片段包括VH和VL，所述VH包括如SEQ ID NO:172中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括如SEQ ID NO:176中所示的氨基酸序列或由其组成；并且(ii)第二抗体或抗原结合片段，所述第二抗体或抗原结合片段包括VH和VL，所述VH包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69，所述VL包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:26、41或58。
实施方式92.根据实施方式83至91中任一项所述的组合物，其包含：(i)第一抗体或抗原结合片段，所述第一抗体或抗原结合片段包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ IDNO:173-175，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:177-179；并且(ii)第二抗体或抗原结合片段，所述第二抗体或抗原结合片段包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：(i)分别地，SEQ ID NO:23-25；(ii)分别地，SEQ ID NO:160-162；(iii)分别地，SEQ ID NO:38-40；或(iv)分别地，SEQ ID NO:166-168；并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：(i)分别地，SEQID NO:27-29；(ii)分别地，SEQ ID NO:163-165；(iii)分别地，SEQ ID NO:42-44；或(iv)分别地，SEQ ID NO:169-171。
实施方式93.根据实施方式83至92中任一项所述的组合物，其包含：(i)第一抗体或抗原结合片段，所述第一抗体或抗原结合片段包括VH和VL，所述VH包括如SEQ ID NO:172中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括如SEQ ID NO:176中所示的氨基酸序列或由其组成；并且(ii)第二抗体或抗原结合片段，所述第二抗体或抗原结合片段包括VH和VL，所述VH包括如SEQ ID NO:200中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括如SEQ ID NO:204中所示的氨基酸序列或由其组成。
实施方式94.根据实施方式83至93中任一项所述的组合物，其包含：(i)第一抗体或抗原结合片段，所述第一抗体或抗原结合片段包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ IDNO:173-175，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:177-179；并且(ii)第二抗体或抗原结合片段，所述第二抗体或抗原结合片段包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:201-203，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:205-207。
实施方式95.一种组合物，其包含包封于载体分子中的根据实施方式76至79中任一项所述的多核苷酸，其中所述载体分子任选地包括脂质、脂质衍生的递送媒剂，如脂质体、固体脂质纳米颗粒、油性悬浮液、亚微米脂质乳液、脂质微泡、反脂质胶束、耳蜗脂质体、脂质微管、脂质微柱、脂质纳米颗粒(LNP)或纳米级平台。
实施方式96.一种治疗受试者的沙贝病毒感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的以下：(i)根据实施方式1至75中任一项所述的抗体或抗原结合片段；(ii)根据实施方式76至79中任一项所述的多核苷酸；(iii)根据实施方式80所述的重组载体；(iv)根据实施方式81所述的宿主细胞；(v)根据实施方式82所述的人B细胞；和/或(vi)根据实施方式83至95中任一项所述的组合物。
实施方式97.根据实施方式1至75中任一项所述的抗体或抗原结合片段、根据实施方式76至79中任一项所述的多核苷酸、根据实施方式80所述的重组载体、根据实施方式81所述的宿主细胞、根据实施方式82所述的人B细胞和/或根据实施方式83至95中任一项所述的组合物，用于治疗受试者的沙贝病毒感染的方法。
实施方式98.根据实施方式1至75中任一项所述的抗体或抗原结合片段、根据实施方式76至79中任一项所述的多核苷酸、根据实施方式80所述的重组载体、根据实施方式81所述的宿主细胞、根据实施方式82所述的人B细胞和/或根据实施方式83至95中任一项所述的组合物，用于制备用于治疗受试者的SARS-CoV-2感染的药物。
实施方式99.根据实施方式96所述的方法或用于根据实施方式97或98所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述抗体或抗原结合片段根据实施方式5至11中任一项。
实施方式100.根据实施方式96或99所述的方法或用于根据实施方式97至99中任一项所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述抗体或抗原结合片段根据实施方式19至23中任一项。
实施方式101.根据实施方式96所述的方法或用于根据实施方式97或98所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述抗体或抗原结合片段根据实施方式12至18中任一项。
实施方式102.根据实施方式96或99所述的方法或用于根据实施方式97-99中任一项所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述抗体或抗原结合片段根据实施方式24或25中任一项。
实施方式103.根据实施方式96至102中任一项所述的方法或用于根据实施方式97-102中任一项所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述方法进一步包括施用和/或其中所述受试者已接受抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:173、174、175、177、178和179，并且任选地包括SEQID NO:172的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:176的VL氨基酸序列。
实施方式104.根据实施方式96至103中任一项所述的方法或用于根据实施方式97至103中任一项所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述方法进一步包括施用和/或其中所述受试者已接受抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:341、342、343、345、346和347，并且任选地包括SEQID NO:340的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:344的VL氨基酸序列。
实施方式105.根据实施方式96至104中任一项所述的方法或用于根据实施方式97至104中任一项所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述沙贝病毒包括进化枝1a的沙贝病毒、进化枝1b的沙贝病毒、进化枝2的沙贝病毒和/或进化枝3的沙贝病毒。
实施方式106.根据实施方式96至105中任一项所述的方法或用于根据实施方式97至105中任一项所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述沙贝病毒包括SARS-CoV-2。
实施方式107.一种用于体外诊断SARS-CoV-2感染的方法，所述方法包括：(i)使来自受试者的样品与根据实施方式1至75中任一项所述的抗体或抗原结合片段接触；以及(ii)检测复合物，所述复合物包含抗原和所述抗体，或包含抗原和所述抗原结合片段。
实施方式108.根据实施方式107所述的方法，其中所述样品包括从所述受试者分离的血液。
实施方式109.一种预防或治疗或中和受试者的冠状病毒感染的方法，所述方法包括：对已接受第一抗体或抗原结合片段和第二抗体或抗原结合片段的受试者进行施用，所述第一抗体或抗原结合片段包括：(a)如以下所示的VH和VL氨基酸序列：分别地，SEQ IDNO:172和176；或(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:173-175和177-179；所述第二抗体或抗原结合片段包括：(a)如以下任一者所示的VH氨基酸序列：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69，以及如以下任一者所示的VL氨基酸序列：SEQ ID NO:26、41或58；或(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列：(i)分别地，SEQ ID NO:23-25；(ii)分别地，SEQID NO:160-162；(iii)分别地，SEQ ID NO:38-40；或(iv)分别地，SEQ ID NO:166-168；以及如以下所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：(i)分别地，SEQ ID NO:27-29；(ii)分别地，SEQ ID NO:163-165；(iii)分别地，SEQ ID NO:42-44；或(iv)分别地，SEQ ID NO:169-171。
实施方式110.一种预防或治疗或中和受试者的冠状病毒感染的方法，所述方法包括：对已接受第一抗体或抗原结合片段和第二抗体或抗原结合片段的受试者进行施用，所述第一抗体或抗原结合片段包括：(a)如以下任一者所示的VH氨基酸序列：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69，以及如以下任一者所示的VL氨基酸序列：SEQ ID NO:26、41或58；或(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列：(i)分别地，SEQ ID NO:23-25；(ii)分别地，SEQ ID NO:160-162；(iii)分别地，SEQ ID NO:38-40；或(iv)分别地，SEQ ID NO:166-168；以及如以下所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：(i)分别地，SEQ ID NO:27-29；(ii)分别地，SEQ ID NO:163-165；(iii)分别地，SEQ IDNO:42-44；或(iv)分别地，SEQ ID NO:169-171；所述第二抗体或抗原结合片段包括：(a)如以下所示的VH和VL氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:172和176；或(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:173-175和177-179。
实施方式111.一种预防或治疗或中和受试者的冠状病毒感染的方法，所述方法包括：对已接受第一抗体或抗原结合片段和第二抗体或抗原结合片段的受试者进行施用，所述第一抗体或抗原结合片段包括：(a)如以下所示的VH和VL氨基酸序列：分别地，SEQ IDNO:172和176；或(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:173-175和177-179；所述第二抗体或抗原结合片段包括：(a)如SEQ IDNO:200所示的VH氨基酸序列和如SEQ ID NO:204所示的VL氨基酸序列；或(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:201-203，以及如以下所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:205-207。
实施方式112.一种预防或治疗或中和受试者的冠状病毒感染的方法，所述方法包括：对已接受第一抗体或抗原结合片段和第二抗体或抗原结合片段的受试者进行施用，所述第一抗体或抗原结合片段包括：(a)如SEQ ID NO:200所示的VH氨基酸序列和如SEQ IDNO:204的所示VL氨基酸序列；或(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:201-203，以及如以下所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQID NO:205-207；所述第二抗体或抗原结合片段包括：(a)如以下所示的VH和VL氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:172和176；或(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:173-175和177-179。
实施方式113.一种预防或治疗或中和受试者的沙贝病毒感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：(i)分别地，SEQ ID NO:409、410、411、413、414和415；(ii)分别地，SEQ ID NO:409、447、411、413、414和415；(iii)分别地，SEQ ID NO:409、457、411、413、414和415；(iv)分别地，SEQ ID NO:449、410、411、413、414和415；(v)分别地，SEQ ID NO:449、447、411、413、414和415；或(vi)分别地，SEQ IDNO:449、457、411，413、414和415，其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式114.一种预防或治疗或中和受试者的沙贝病毒感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：(i)分别地，SEQ ID NO:409、410、411、413、414和415；(ii)分别地，SEQ ID NO:409、447、411、413、414和415；(iii)分别地，SEQ ID NO:409、457、411、413、414和415；(iv)分别地，SEQ ID NO:449、410、411、413、414和415；(v)分别地，SEQ ID NO:449、447、411、413、414和415；或(vi)分别地，SEQ IDNO:449、457、411，413、414和415，其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式115.根据实施方式114所述的方法，其中所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的VH和VL氨基酸序列：(a)分别地，408和412；(b)分别地，408和442；(c)分别地，408和443；(d)分别地，408和444；(e)分别地，408和445；(f)分别地，428和412；(g)分别地，428和442；(h)分别地，428和443；(i)分别地，428和444；(j)分别地，428和445；(k)分别地，446和412；(l)分别地，446和442；(m)分别地，446和443；(n)分别地，446和444；(o)分别地，446和445；(p)分别地，448和412；(q)分别地，448和442；(r)分别地，448和443；(s)分别地，448和444；(t)分别地，448和445；(u)分别地，458和412；(v)分别地，458和442；(w)分别地，458和443；(x)分别地，458和444；(y)分别地，458和445；(z)分别地，459和412；(aa)分别地，459和442；(bb)分别地，459和443；(cc)分别地，459和444；(dd)分别地，459和445；(ee)分别地，460和412；(ff)分别地，460和442；(gg)分别地，460和443；(hh)分别地，460和444；或(ii)分别地，460和445。
实施方式116.一种预防或治疗或中和受试者的沙贝病毒感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：(i)分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、404和405；(ii)分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、404和405；(iii)分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、440和405；或(iv)分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、440和405，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式117.根据实施方式116所述的方法，其中所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的VH和VL氨基酸序列：(i)分别地，398和402；(ii)分别地，398和439；(iii)分别地，432和402；(iv)分别地，432和439；(v)分别地，434和402；(vi)分别地，434和439；(vii)分别地，437和402；或(viii)分别地，437和439，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
实施方式118.根据实施方式113至117中任一项所述的方法，其中所述沙贝病毒包括进化枝1a的沙贝病毒、进化枝1b的沙贝病毒、进化枝2的沙贝病毒和/或进化枝3的沙贝病毒，并且任选地包括SARS-CoV-2。
实施方式119.根据实施方式113至118中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括施用和/或其中所述受试者已接受抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ IDNO:341、342、343、345、346和347，并且任选地包括SEQ ID NO:340的VH氨基酸序列和SEQ IDNO:344的VL氨基酸序列。
实施方式120.根据实施方式113至119中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括施用和/或其中所述受试者已接受抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ IDNO:173、174、175、177、178和179，并且任选地包括SEQ ID NO:172的VH氨基酸序列和SEQ IDNO:176的VL氨基酸序列。
实施例
实施例1
重组人单克隆抗体对SARS-COV-2的中和
重组表达分离自SARS-CoV-2感染康复患者的人单克隆抗体并且在针对SARS-CoV-2假型化病毒的中和测定中对其进行检测。
使用用SARS-CoV-2刺突蛋白(SARS-CoV-2pp)假型化的鼠白血病病毒(MLV)。VeroE6细胞用作靶细胞并且在添加病毒和抗体的前一天接种。用10ug/ml的胰蛋白酶TPCK激活SARS-CoV-2pp。将激活的SARS-CoV-2pp添加到抗体的稀释系列中并且温育48小时。抗体的起始浓度为5ug/ml/抗体，进行3倍稀释。在抽吸细胞培养物上清液并且添加Bio-Glo底物(普洛麦格公司(Promega))之后测量发光。
抗体S2A15-v1、S2A15-v2、S2B2-v1、S2B2-v2、S2A5和S2A10的结果在图1A中示出。抗体S2H13、S2H14、S2A4、S2H7、S2F1和S2R7的结果，以及分离自SARS-CoV感染康复患者的人单克隆抗体S307和S309(S309 VH SEQ ID NO:172；S309 VL SEQ ID NO:176)的结果在图1B中示出。以μg/ml为单位的IC50值在表4中示出。图1C示出了来自图1B的中和SARS-CoV-2pp的四种抗体的结果。
表4
| S2H13 | S2H14 | S2A4 | S2H7 | S309 | S2F1 | S307 | S2R7 | |
| IC50 | 0.5343 | 0.8468 | 3.453 | 0.1949 | 0.5142 | -- | 约16.18 | -- |
还测量了使用假型化MLV的抗体S2X2和S309对感染的中和。数据在图8中示出。测定了S2X2和S309中的每一个以及S2X2和S309的组合对SARS-CoV-2假型化MLV的中和。使用具有LS(M428L/N434S)Fc突变的重组S2X2和S309抗体。以ng/ml为单位的IC50值在表5中示出。
表5
| S309-rIgG1-LS | S2X2-rIgG1-LS | S309-rIgG1-LS+S2X2-rIgG1-LS | |
| IC50 | 899.2 | 401.6 | 177.3 |
使用类似方法测定了抗体S2D60、S2D22、S2D52、S2D32、S2D8、S2D38、S2D25、S2D19S2D34和S309对感染的中和。结果在图11A-11C中示出。以ng/ml为单位的中和IC值在表6中示出。
表6
| mAb | IC50 | IC80 | IC90 | IC95 |
| S2D60 | 12 | 40 | 84 | 164 |
| S2D8 | 30 | 58 | 87 | 125 |
| S2D25 | 40 | 91 | 146 | 228 |
| S2D32 | 36 | 81 | 129 | 200 |
| S2D38 | 73 | 117 | 154 | 200 |
| S2D52 | 108 | 510 | 1265 | 2919 |
| S2D19 | 150 | 405 | 723 | 1235 |
| S2D34 | 230 | 1014 | 2417 | 5378 |
| S2D22 | 865 | 3284 | 7164 | 14701 |
| S309 | 968 | 1699 | 2361 | 3197 |
使用类似方法测定了抗体S2X127、S2X129、S2X132和S2X190对感染的中和。结果在图17A和17B中示出。所计算的IC50、IC80和IC90值在每个图的右侧示出。
使用类似方法测定了抗体S2X200、S2X259、S2X227和S2X288对感染的中和。结果在图22A-22C中示出。所计算的IC50、IC80和IC90值在每个图的右侧的框中示出。
实施例2
人单克隆抗体与SARS-COV和SARS-COV-2RBD的结合
使用酶联免疫吸附测定(ELISA)研究分离自SARS-CoV-2感染康复患者的人单克隆抗体与SARS-CoV和SARS-CoV-2刺突蛋白的RBD的结合。
将96孔板用SARS-CoV-2RBD(内部产生；来自BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019的刺突的残基331-550，登录号MN908947)或SARS-CoVRBD(义翘神州生物公司)涂覆。
将孔洗涤并用PBS+1％BSA在室温下阻断1小时并且然后用连续稀释的重组单克隆抗体在室温下温育1小时。通过将碱性磷酸酶缀合的山羊抗人IgG(南部生物科技公司(Southern Biotechnology):2040-04)在室温下温育1小时来检测结合的抗体，并通过含1mg/ml对硝基苯磷酸底物的0.1M甘氨酸缓冲液(pH 10.4)在室温下显影30分钟。在ELISA读数器(Powerwave 340/96分光光度计，伯腾公司)中在405nm的波长下测量光密度(OD)值。
ELISA测定结果在图2A-2D中示出。在每个图中，与SARS-CoV-2的RBD的结合在左图中示出，并且与SARS CoV的RBD的结合在右图中示出。
实施例3
人单克隆抗体与SARS-COV的RBD和SARS-COV-2的RBD和S1结构域的结合
使用酶联免疫吸附测定(ELISA)研究分离自SARS-CoV-2感染康复患者的人单克隆抗体与SARS-CoV的RBD和SARS-CoV-2的RBD和S1结构域的结合。
将96孔ELISA板用1μg/ml的SARS-CoVRBD(义翘神州生物公司，40150-V08B1)、10μg/ml的SARS-CoV-2RBD(内部产生；来自BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019的刺突的残基331-550，登录号MN908947)或1μg/ml的SARS-CoV-2S1(义翘神州生物公司)涂覆。
将孔洗涤并用PBS+1％BSA在室温下阻断1小时并且然后用连续稀释的重组单克隆抗体在室温下温育1小时。将板洗涤并且通过将碱性磷酸酶缀合的山羊抗人IgG(南部生物科技公司):2040-04)在室温下温育1小时来检测结合的抗体，然后通过使用含1mg/ml对硝基苯磷酸底物(西格玛-奥德里奇公司(Sigma-Aldrich)33771768)的0.1M甘氨酸缓冲液(pH10.4)在室温下显色30分钟。在ELISA读数器(ELx808IU酶标仪，伯腾公司)中在405nm的波长下测量光密度(OD)值。
ELISA测定结果在图3A-3C中示出，并且针对抗体S2H7和S2R7的ELISA测定结果在表7和表8中示出。
表7S2H7结合IC50值
| SARS-2_S1 | SARS-2_RBD | SARS_RBD | |
| IC50 | 0.05371 | 0.05663 | 约0.8615 |
表8S2R7结合IC50值
| SARS2_S1 | SARS2_RBD | SARS1_RBD | |
| IC50 | 0.1046 | 0.05544 | 约1.268 |
使用类似方法确定了分离自SARS-CoV-2感染康复患者的单克隆人抗体S2D4、S2D5、S2D8、S2D10、S2D11、S2D13、S2D15、S2D19、S2D22、S2D24、S2D25、S2D27、S2D31、S2D32、S2D34、S2D38、S2D39、S2D41、S2D43、S2D47、S2D51、S2D52、S2D53、S2D57和S2D60与SARS-CoV-2的RBD的结合。结果在图13A-13C中示出。单克隆抗体S2D10、S2D22和S2D43也与SARS-CoV的RBD结合。单克隆抗体S2D60、S2D32、S2D25和S2D8未显示出与SARS-CoV的RBD的特异性结合(数据未示出)。
使用类似方法确定了人单克隆抗体S2X227和S2X259与SARS-CoV、SARS-CoV刺突蛋白RBD和SARS-CoV-2RBD的结合。结果在图23A和23B中示出。
实施例4
单克隆抗体与SARS-COV-2刺突蛋白的结合
使用酶联免疫吸附测定(ELISA)研究分离自SARS-CoV-2感染康复患者的人单克隆抗体S2A15-v1、S2A15-v2、S2B2-v1和S2B2-v2与SARS-CoV-2刺突蛋白的结合。
将96孔ELISA板用1μg/ml的SARS-CoV-2刺突蛋白的胞外结构域(稳定的融合前三聚体)涂覆。
将孔洗涤并用PBS+1％BSA在室温下阻断1小时并且然后用连续稀释的重组单克隆抗体在室温下温育1小时。将板洗涤并且通过将碱性磷酸酶缀合的山羊抗人IgG(南部生物科技公司):2040-04)在室温下温育1小时来检测结合的抗体，然后通过使用含1mg/ml对硝基苯磷酸底物(西格玛-奥德里奇公司(Sigma-Aldrich)33771768)的0.1M甘氨酸缓冲液(pH10.4)在室温下显色30分钟。在ELISA读数器(ELx808IU酶标仪，伯腾公司)中在405nm的波长下测量光密度(OD)值。
ELISA测定结果在图4A和4B中示出。EC50值在每个图右上方的框中给出。
实施例5
单克隆抗体与SARS-COV-2的RBD的结合
测量了分离自SARS-CoV-2感染康复患者的人单克隆抗体S2N3、S2N6、S2X2和S2X3和分离自SARS-CoV感染康复患者的人单克隆抗体S309与SARS-CoV-2刺突蛋白的RBD的结合。蛋白质A传感器(生物源公司)在经1.5分钟装载含3μg/ml抗体的动力学缓冲液之前水合。抗体来自转染的产生单克隆抗体的ExpiCHO细胞的培养物上清液。通过ELISA确定培养物上清液中的抗体浓度。SARS-CoV-2的RBD(来自BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019的刺突蛋白的331-550残基，登录号MN908947)以5μg/ml缔合5分钟，然后允许其解离10分钟。结果在图9中示出。解离阶段的开始在图9中用竖直虚线指示。
实施例6
人单克隆抗体与SARS-COV-2的RBD的竞争性结合
为了评估分离自SARS-CoV-2感染康复患者的重组人单克隆抗体S2A5和S2A10的结合位点与分离自SARS-CoV-2感染康复患者的重组人单克隆抗体S303、S304、S309和S315重叠的结合位点，使用Octet(仪器：Octet Red96，富迪生物公司)进行了竞争测定。使用抗His传感器(生物传感器抗PENTA-HIS(HIS1K)1*1ST)以3μg/ml的浓度固定内部产生的SARS-CoV-2的His标记的RBD(来自βCoV/Wuhan-Hu-1/2019的刺突蛋白的残基331-550，登录号MN908947)。抗体以15μg/ml缔合6分钟。所有蛋白质均在动力学缓冲液(KB)中稀释。然后将竞争性抗体以相同浓度缔合另外6分钟。结果在图5A-5C中示出。
实施例7
人单克隆抗体和人ACE2与RBD的竞争性结合
测量了重组人单克隆抗体和人ACE2与RBD的竞争性结合。在动力学缓冲液(KB)中将人ACE2-His(生物技术股份有限公司(Bio-Techne AG))以5μg/ml装载到抗HIS(HIS1K)生物传感器(分子装置-富迪生物公司)上，持续30分钟。在测量RBD与hACE2的缔合之前将1μg/ml SARS-CoV-2RBD-小鼠Fc(义翘神州生物公司欧洲有限责任公司(Sino-BiologicalEurope GmbH))用抗体或不用抗体(30μg/ml持续30分钟)预温育15分钟。图6A示出了单克隆抗体S309、S2H14、S2H13、S2H7、S2F1和S2R7以及ACE2与RBD的竞争性结合。图6B示出了抗体和ACE2与RBD的竞争性结合；将抗体作为纯化的重组抗体(左图)以及作为ExpiCHO培养物上清液(SN)(右图)进行测试。图6A和6B中的竖直虚线指示具有或没有抗体的RBD的装载的开始。
进行了另外的研究以测量重组人抗体S2X2和人ACE2与RBD的竞争性结合。在动力学缓冲液中将人ACE2-His(义翘神州生物公司)以2μg/ml装载到抗HIS(HIS1K)生物传感器(分子装置-富迪生物公司)上，持续30分钟。在测量RBD与hACE2的缔合之前，将SARS-CoV-2RBD(内部产生；来自βCoV/Wuhan-Hu-1/2019的刺突蛋白的残基331-550，登录号MN908947)以0.5μg/ml用或不用mAb S2X2(15μg/ml，30分钟)预温育10分钟。记录解离5分钟。抗体以来自转染的ExpiCHO细胞的细胞培养物上清液的形式存在。结果在图10中示出。解离阶段的开始在图10中用竖直虚线指示。
实施例8
重组人单克隆抗体对SARS-COV-2的中和
重组表达分离自SARS-CoV-2感染康复患者的人单克隆抗体并且在针对SARS-CoV-2假型化病毒(VSV)的中和测定中对其进行测试。
将重组单克隆抗体连续稀释并且与恒定量的用SARS-CoV-2(菌株βCoV/Wuhan-Hu-1/2019，登录号MN908947)假型化的VSV-deltaG-luc在37℃下温育1.5小时。然后将VeroE6细胞添加到完整的DMEM培养基中并且将板在37℃下温育24小时。为了测量经感染的细胞中表达的荧光素酶的量，抽吸培养基并且添加温热至室温的荧光素酶底物Bio-Glo荧光素酶测定系统(普洛麦格公司股份有限公司)。在振荡器上在黑暗中温育10分钟之后，使用1秒积分时间在光度计中测量信号。
重组单克隆抗体S2X2、S2X2，S2N3和S2N6的结果，以及分离自SARS-CoV感染康复患者的重组单克隆抗体S309的结果在图7中示出。IC50值(ng/ml)在表9中示出。所有抗体均作为LS Fc变体进行测试。
表9
使用类似方法测定了抗体S2X127、S2X129、S2X132和S2X190对感染的中和。结果在图18A和18B中示出。所计算的IC50和IC90值在每个图下方示出。
实施例9
重组人单克隆抗体对SARS-COV-2的中和
重组表达分离自SARS-CoV-2感染康复患者的人单克隆抗体并且在针对活SARS-CoV-2病毒的中和测定中对其进行测试。
将在补充有10％FBS(VWR)和1x青霉素/链霉素(赛默飞世尔科技公司)的DMEM中培养的Vero E6细胞以20,000个细胞/孔接种在白色96孔板中并且附着过夜。将单克隆抗体的1:4连续稀释液与200pfu的SARS-CoV-2(分离株USA-WA1/2020，传代3，在Vero E6细胞中传代)在37℃下在BSL-3设施中温育30分钟。将细胞上清液去除并且将病毒-抗体混合物添加到细胞中。感染后24小时，将细胞用4％多聚甲醛固定30分钟，然后进行两次PBS(pH 7.4)洗涤并且用0.25％Triton X-100在PBS中透化30分钟。在5％奶粉/PBS中阻断30分钟之后，将细胞用靶向SARS-CoV-2核衣壳蛋白(义翘神州生物公司，目录号40143-R001)的一级抗体以1:2000稀释度温育1小时。在洗涤并且用与1μg/ml Hoechst33342混合的二级Alexa647标记的抗体温育1小时之后，将板在自动细胞成像读数器(Cytation 5，伯腾公司)上进行成像并且使用制造商供应的软件对核衣壳阳性的细胞进行计数。使用Prism软件(GraphPad Prism8.0)处理数据。
结果在图16和表10中示出。所计算的IC50值在表11中示出(ng/ml)。所计算的IC50和IC90值在表12中示出(ng/ml)。图16中的比较抗体“S309-v2”包括SEQ ID NO:340所示的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:344所示的VL氨基酸序列，并且是分离自SARS-CoV感染康复患者的抗体的工程化变体。
表10
表11
| 抗体 | IC50(ng/mL) |
| S309-v2 | 244.6 |
| S2D60 | 6.395 |
| S2D32 | 4.956 |
| S2D8 | 6.494 |
| S2D43 | 48.19 |
| S2D25 | 约6.263 |
表12
使用类似方法对另外的单克隆抗体进行中和测定。结果在图27A-27C、29和30中示出。图27A示出了抗体S2X193以及包括S309 N55Q LS的五种比较抗体的结果。S309 N55QLS包括SEQ ID NO:340所示的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:344所示的VL氨基酸序列，并且包括Fc区域的MLNS修饰。所测试的抗体的IC50值测量为：S309 N55Q LS为268.4ng/ml，S2X127为17.18ng/ml，S2X129为5.379ng/ml，S2X132为16.50ng/ml，S2X190为24.18ng/ml，并且S2X193为26.69ng/ml。所测试的抗体的内插EC50和EC90值在表13中示出(ng/ml)。
表13
| 抗体 | EC50 | EC90 |
| S309N55QLS | 256 | 635 |
| S2X127 | 17 | 54 |
| S2X129 | 5 | 12 |
| S2X132 | 16 | 38 |
| S2X190 | 23 | 64 |
| S2X193 | 26 | 61 |
图27B示出了示例性抗体S2X195、S2X219和S2X246以及三种比较抗体的结果。所测试的抗体的IC50值测量为：S309 N55Q LS为205.4ng/ml，S2X129为4.104ng/ml，S2X132为9.265ng/ml，S2X195为17.85ng/ml，S2X219为20.63ng/ml，并且S2X246为7.894ng/ml。所测试的抗体的内插EC50和EC90值在表14中示出(ng/ml)。
表14
| 抗体 | EC50 | EC90 |
| S309N55QLS | 194 | 634 |
| S2X129 | 4 | 12 |
| S2X132 | 9 | 24 |
| S2X195 | 17 | 47 |
| S2X219 | 20 | 69 |
| S2X246 | 8 | 22 |
图27C示出了五种抗体和比较抗体S309 N55Q LS的结果。所测试的抗体的IC50值测量为：S309 N55Q LS为236.4ng/ml，S2M16为31.85ng/ml，S2M7为50.24ng/ml，S2M28为21.22ng/ml，S2L49为80.37ng/ml，并且S2M11为6.774ng/ml。所测试的抗体的内插EC50和EC90值在表15中示出(ng/ml)。
表15
| 抗体 | EC50 | EC90 |
| S309N55QLS | 233 | 670 |
| S2M16 | 30 | 62 |
| S2M7 | 50 | 131 |
| S2M28 | 21 | 85 |
| S2L49 | 79 | 200 |
| S2M11 | 7 | 12 |
图29和30示出了使用VSV假病毒的某些抗体对SARS-CoV-2感染的中和。
图29示出来自使用VSV-luc(刺突D19)假病毒的一式三份孔的一个单个实验的数据。“LS”＝Fc突变M428L+N434S。所测试的抗体的IC50值测量为：具有野生型Fc的S309为25.69ng/ml，S2E12-LS为1.401ng/mL，S2M11-LS为0.9143ng/mL，S2D106-LS为3.376ng/mL，409_11_3_v1-LS为4.085ng/mL，S2X227-v1-LS为4.446ng/mL，并且409_11_2-LS为2.327。所测试的抗体的内插EC50和EC90值在表16中示出(ng/ml)。所有抗体均表达为重组IgG1。
表16
| 抗体 | EC50 | EC90 |
| S309wt | 25.8 | 121 |
| S2E12-LS | 1.4 | 11.9 |
| S2M11-LS | 1.1 | 14.4 |
| S2D106-LS | 3.6 | 15.4 |
| 409_11_2-LS | 5.3 | 40.9 |
| S2X227-LS | 5.3 | 27.5 |
| 409_11_2-LS | 2.4 | 9.3 |
图30示出了使用VSV假病毒的某些抗体对活SARS-CoV-2感染的中和。数据来自于一式三份孔SARS-CoV-2-luc，MOI 0.1，感染6小时。“LS”＝Fc突变M428L+N434S。所测试的抗体的IC50值测量为：S2E12-LS为4.844ng/mL，S2M11-LS为3.214ng/mL，S2D106-LS为4.485ng/mL，409_11_3-LS为8.233ng/mL，S2X227-LS为7.061ng/mL，并且S309为84.30ng/mL。所测试的抗体的内插EC50和EC90值在表17中示出(ng/ml)。
表17
| 抗体 | EC50 | EC90 |
| S2E12-LS | 5 | 30 |
| S2M11-LS | 4 | 11 |
| S2D106-LS | 6 | 22 |
| 409_11_3-LS | 10 | 39 |
| S2X227-LS | 10 | 44 |
| 409_11_2-LS | 5 | 20 |
| S309 | 79 | 289 |
实施例10
人单克隆抗体和RBD与人ACE2的竞争性结合
通过单克隆抗体S2D4、S2D5、S2D8、S2D10、S2A4、S2D11、S2D15、S2D19、S2D22、S2D25、S2D27、S2D31、S2D32、S2D34、S2D38、S2D39、S2D41、S2D43、S2D47、S2D51、S2D52、S2D53、S2D60的竞争ELISA测量了重组人单克隆抗体和人ACE2与RBD的竞争性结合。
用重组人ACE2(内部产生)涂覆ELISA板。在PBS中用2ug/ml的ACE2进行涂覆。将板在4℃下温育过夜并且在室温下用阻断剂酪蛋白(来自赛默飞世尔公司的1％酪蛋白)阻断1小时。
将单克隆抗体的连续稀释液与20ng/ml的SARS-CoV-2RBD(与来自义翘神州生物公司的小鼠Fc融合的RBD)在37℃下温育30分钟，并且然后转移到涂覆有ACE2的板上在室温下进行额外的温育。将板洗涤并且使用多克隆山羊抗小鼠Fc-AP抗体(南方生物技术公司)检测RBD与ACE2的结合。在进行额外的洗涤之后，添加AP底物pNPP(西格玛公司)并且在用分光光度计(Powerwave340伯腾公司)测量405nm处的吸附之前将板在室温下温育20分钟。结果在图12A-12F中示出。
使用类似方法对单克隆抗体S2X127、S2X129、S2X132和S2X190进行另外的测定。结果在图19中示出。所计算的IC50值在图的右侧示出。
使用类似方法确定了单克隆抗体S2X200、S2X227、S2X259和比较抗体S2X179以及人ACE2与RBD的竞争性结合。结果在图24A-24B中示出。所计算的IC50值在每个图的右侧示出。
实施例11
人单克隆抗体与SARS-COV-2的RBD的竞争性结合
测量了成对的单克隆抗体与SARS-CoV-2RBD的竞争性结合以区分抗体的结合位点。
在用动力学缓冲液进行水合步骤10分钟之后(KB；0.01％不含内毒素的BSA，0.002^Tween-20，含0.005％NaN3的PBS)，链霉亲和素生物传感器(颇尔富迪生物公司(PallForteBio))用于以3ug/ml固定抗Strep标签II抗体(克隆5A9F9，生物素，瑞士穆滕茨的LabForce股份有限公司(LabForce AG，Muttenz CH))。然后将具有Strep标签II(内部产生)的SARS-CoV-2RBD在KB中以4μg/ml的浓度装载6分钟。允许第一抗体缔合一段时间，然后允许第二抗体缔合一段时间。结果在图14A-14E中示出。每个图中的竖直虚线指示从左侧所指示的第一抗体到顶部所指示的第二抗体的转换。
实施例12
使用OCTET的人单克隆抗体与RBD的结合
使用Octet测试单克隆抗体S2D8、S2D25、S2D32、S2D60和S2D22对SARS-CoV-2RBD的结合亲和力。将SARS-CoV-2的His标记的RBD在动力学缓冲液(KB)中以3μg/ml装载到抗HIS(HIS2)生物传感器(分子装置，富迪生物公司)上，持续15分钟。在KB中以15μg/ml进行5分钟的单克隆抗体的缔合。测量KB中的解离10分钟。使用Octet Red96(富迪生物公司)设备。
通过Octet测量单克隆抗体S2X127、S2X129、S2X132和S2X190对SARS-CoV-2RBD的结合亲和力和亲合力。将抗体以2.7μg/ml装载在蛋白质A针上。将SARS-CoV-2RBD以6μg/ml、1.5μg/ml或0.4μg/ml装载5分钟。测量解离7分钟。每个图中的竖直虚线指示解离阶段的开始。结果在图20A-20D中示出。
还通过Octet测量了单克隆抗体S2X127、S2X129、S2X132和S2X190以及七种比较抗体与SARS-CoVRBD的结合亲和力和亲合力。将抗体以2.7μg/ml装载在蛋白质A针上。将SARS-CoVRBD以6μg/ml装载5分钟。测量解离7分钟。每个图中的竖直虚线指示解离阶段的开始。所述结果以及七种比较抗体的结果在图21中示出。
实施例13
SARS-COV-2刺突蛋白的定量表位特异性血清学
通过抗体竞争测定、冷冻EM数据和晶体学数据分析SARS-CoV-2刺突蛋白抗体结合。根据此分析，鉴定了刺突RBD抗原位点Ia、Ib、Ic、Id、II和IV。图26示出了显示出这些位点和每个位点内结合的代表性抗体的图。
实施例14
S2D5、S2D25、S2D32和S2D60 RIGG变体的开发
使用单克隆抗体S2D5、S2D25、S2D32和S2D60的VH和VL序列开发重组IgG1抗体。产生的组合如表18所指示。每个变体抗体都是通过在HD 293F细胞(金斯瑞公司(GenScript))中进行瞬时转染和表达编码重组抗体的质粒载体而产生的。在第4天采集细胞并且通过蛋白质印迹和蛋白质A滴度分析验证IgG表达。
表18
实施例15
针对多种沙贝病毒的抗体的测试
测试了单克隆抗体S2X259和S2D22针对多种沙贝病毒的特性。
通过酵母表面展示测定研究了抗体S2X259(SEQ ID NO:408所示的VH氨基酸序列(SEQ ID NO:409-411的HCDR)；SEQ ID NO:412所示的VL氨基酸序列(SEQ ID NO:413-415的LCDR))与来自进化枝1a、进化枝1b、进化枝2(非ACE2利用的Adian沙贝病毒)和进化枝3(非洲和欧洲沙贝病毒)的沙贝病毒的刺突蛋白RBD的结合。所测试的进化枝1a病毒是12SARS-CoV菌株、LYRa11、WIV1、Rs7327、Rs4231、RsSHC014和Rs4084。所测试的进化枝1b病毒是SARS-CoV-2、RaTG13、GD-穿山甲(GD-Pangolin)和GX-穿山甲(GX-Pangolin)。所测试的进化枝2病毒是Rf4092、RbYN02、YN2013、ZC45、ZXC21、Rf1、JL2012、273-2005、HeB2013、HuB2013、Rs4247、Longquan-140、HKU3-1、GX2013、Shaanxi2011、279-2005、As6526、Yunnan2011、Rs4237、Rs4081和Rp3。所测试的进化枝3病毒是BM48-31和BtKY72。发现S2X259与所有所测试的进化枝1a、进化枝1b和进化枝3沙贝病毒的刺突蛋白RBD结合，而显示出与进化枝2沙贝病毒的结合弱或与其无结合。
通过流式细胞术(FACS)测量了抗体S2X259和S2D22与来自不同沙贝病毒的刺突蛋白的结合，并且通过酶联免疫吸附测定(ELISA)测量了所述抗体与来自不同沙贝病毒的刺突蛋白RBD的结合。结果在表19中示出(“POS”＝结合阳性；“NEG”＝结合阴性)。
表19
还发现抗体S2X259以以下范围内的EC50值(ng/ml)与额外的进化枝2病毒的刺突RBD结合：Anlong112：100-1000，YN2013：1-50，SC2018：1-50，SX2011：1-50。发现抗体S2D22以以下范围内的EC50值(ng/ml)与额外的进化枝2病毒的刺突RBD结合：Anlong112：1-50，YN2013：100-1000。S2D22未与进化枝2病毒SC2018或SX2011的RBD结合。
通过BLI测量了抗体S2X259和S2D22针对来自各种进化枝的沙贝病毒的刺突蛋白RBD的亲和力。结果在表20中示出，列出了以M为单位的测得的KD。
表20
测量了抗体S2X259和S2D22针对用SARS-CoV刺突蛋白假型化的VSV、用SARS-CoV-2刺突蛋白假型化的MLV、用PANG/GD19刺突蛋白假型化的VSV和用PANG-GX17刺突蛋白假型化的VSV的中和活性。IC50值在表21中示出(μg/ml)。
表21
进行了额外的研究以研究抗体S2X259和S2D22阻断ACE2与SARS-CoV和SARS-CoV-2的刺突蛋白RBD结合以及诱导FcγR激活的能力。通过ELISA测量了RBD与固定化人重组ACE2胞外结构域结合的抗体阻断。用生物发光报告基因测定对人FcγR进行抗体依赖性激活。ExpiCHO细胞瞬时表达全长野生型SARS-CoV-2S(靶细胞)或全长融合前稳定的SARS-CoV-2S，其携带2P突变和与不同量的mAb温育的S1/S2弗林蛋白酶切割位点突变(RRARS至SGAG)。在15分钟的温育之后，以针对FcγRIIIa的6:1的效应子与靶标比率和针对FcγRIIa的5:1的效应子与靶标比率添加稳定表达FcγRIIIa受体(V158变体)或FcγRIIa受体(H131变体)的Jurkat细胞和NFAT驱动的荧光素酶基因(效应细胞)。通过由NFAT通路激活产生的荧光素酶信号对信号传导进行定量。根据制造商的说明，在5％CO2的情况下在37℃下温育20小时之后，使用Bio-Glo TM荧光素酶测定试剂用光度计测量发光(普洛麦格公司)。结果在表22中示出。
表22
实施例16
额外的变体抗体的设计和测试
生成S2X259变体抗体并使用BLI测试其针对沙贝病毒RBD的结合。还测试了亲本S2X259(SEQ ID NO:408的VH，SEQ ID NO:412的VL)。数据概括于表23中。
表23
还通过ELISA测试了这些S2X259抗体与进化枝1a(SARS-CoV，WIV1)、进化枝1b(SARS-CoV-2，RatG13、PangGD、PangGX)、进化枝2(Anlong112、YN2013、SC2018、SX2011、ZC45)、进化枝3(BtKY72、BGR2008、N501Y)和SARS-CoV-2突变体(N501Y、Y453F、N439K、K417V、N501Y-K417N-E484K)RBD的结合。除了具有SEQ ID NO:448的VH和SEQ ID NO:412的VL的S2X259变体(未检测到与SARS-CoV、WIV1、RatG13、PanGX、Anlong112、YN2013、SC2018、SX2011、ZC45、BtKY472和BGR2008结合)以外，所有S2X259抗体均与所有所测试的RBD结合，其中EC50介于1ng/mL与1,000ng/mL之间，其中大多数EC50值介于1ng/mL与100ng/mL之间。
还评估了S2X259抗体通过用SARS-CoV2 S蛋白假型化的MLV中和感染的能力。IC50值如表24所示。
表24
另外，具有SEQ ID NO:408的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:412的VL氨基酸序列的变体抗体表达为Fc中具有M428L/N434S突变的rIgG1，所述变体抗体的IC50为184.2ng/mL。为了比较，测试了同样表达为Fc中具有M428L/N434S突变的rIgG1的以下抗体，从而提供了以下IC50值：S2K15＝570.3ng/mL；S2H90＝115.1ng/mL；S2H94＝1671ng/mL；S2H97＝2761ng/mL。
还评估了S2X259抗体通过用SARS-CoV假型化的VSV中和感染的能力。还对抗体S309(VH SEQ ID NO:172；VL SEQ ID NO:176)和S2H94进行了测试。IC50值如表25所示。
表25
还评估了S2X259抗体通过用SARS-CoV、GD19、GX17、WIV-1或SARS-CoV-2假型化的VSV中和感染的能力。还对抗体S309(VH SEQ ID NO:172；VL SEQ ID NO:176)和S2H94进行了测试。所有S2X259抗体中除具有SEQ ID NO:448的VH和SEQ ID NO:412的VL的变体外均能以小于450ng/mL，并且大多数情况下小于300或小于200ng/mL的IC50值中和所有假型化VSV病毒。在此测定中，S2H94没有中和WIV-1、SARS-CoV-2或GX17。在此测定中，S309没有中和WIV-1。两个S2X259变体(VH＝SEQ ID NO:408，VL＝SEQ ID NO:443；VH＝SEQ ID NO:408，VL＝SEQ ID NO:445)以小于100ng/mL的IC50中和了所有假型化VSV病毒。
生成了三种额外的S2X259变体抗体并且测试了结合广度(ELISA)、针对Vero E6细胞和Vero-TMPRSS2细胞中的VSV假病毒的中和、针对Vero E6细胞中的MLV假病毒的中和、(通过BLI)与SARS-CoV-1RBD和SARS-CoV-2RBD的结合以及细胞系产率和洗脱曲线。这三种额外的S2X259变体抗体的VH和VL氨基酸序列如下：
●VH＝SEQ ID NO:458，VL＝SEQ ID NO:445
●VH＝SEQ ID NO:459，VL＝SEQ ID NO:445
●VH＝SEQ ID NO:460，VL＝SEQ ID NO:445
在ELISA结合研究中，使用了以下病毒：进化枝1a(SARS-CoV，WIV1)；进化枝2(SARS-CoV-2、RatG13、PangGD、PangGX)；进化枝2(Anlong112、YN2013、SC2018、SX2011、ZC45)；进化枝3(BtkY72、BGR2008)；SARS-CoV-2突变体(N501Y、Y453F、N439K、K417V、E484K、B.1.351、B.1.429、P.1、B.1.1222)。两种其它S2X259变体抗体以及抗体S2H9和S2K146用作对照。三种额外的S2X259变体的结合概括于表26中。这些结果与其它S2X259抗体的结果相当或更好，所述抗体包括具有SEQ ID NO:408的VH和SEQ ID NO:445的VL的抗体。
表26
使用VSV假病毒(VeroE6细胞和Vero-TMPRSS2细胞中)和MSV假病毒(Vero E6细胞中)的抗体的中和IC50值如表27所示。另一种S2X259变体抗体(SEQ ID NO:408的VH；SEQ IDNO:445的VL)包括在分析中。
使用BLI对抗体针对SARS-CoV-1RBD和SARS-CoV-2RBD的亲和力测量如表28和表29所示。另一种S2X259变体抗体(SEQ ID NO:408的VH；SEQ ID NO:445的VL)包括在分析中。
表28
表29
S2X259变体抗体在Epi-CHO细胞中表达，并且评估了产率和洗脱曲线。结果概括于表30中。
表30
实施例17
材料和方法
针对在哺乳动物细胞上表达的CoVS蛋白的结合的基于流式细胞术的筛选
用SARS-CoV-2、SARS-CoV和MERS-CoV的S蛋白，或用作为阴性对照的空质粒转染ExpiCHO细胞。然后通过流式细胞术以10μg/ml测试单克隆抗体对表达2019-nCoV、SARS-CoV、MERS-CoV或模拟细胞转染子的S蛋白的ExpiCHO细胞的染色能力。
重组SARS-CoV-2蛋白的瞬时表达
将SARS-CoV-2菌株(2019-nCoV-S)分离株βCoV/Wuhan-Hu-1/2019(登录号MN908947)的全长S基因进行密码子优化以用于人细胞表达并克隆到phCMV1表达载体(Genlantis公司)中。使用Expifectamine CHO增强子，用phCMV1-SARS-CoV-2-S、phCMV1-MERS-CoV-S(London1/2012)、SARS-刺突_pcDNA.3(菌株SARS)或空phCMV1(模拟)瞬时转染Expi-CHO细胞。转染之后两天，将细胞收集、固定或用皂苷固定和透化，以用一组对SARS-CoV受体结合结构域(RBD)具有反应性的单克隆抗体进行免疫染色。使用Alexa647标记的二级抗体抗人IgG Fc进行检测。使用ZE5细胞分析仪(伯乐公司(Biorard))和FlowJo软件(TreeStar)通过流式细胞术分析抗体与转染细胞的结合。阳性结合通过CoV-S转染子与模拟转染子的差异性染色来定义。
使用Octet(BLI，生物层干涉测量法)的竞争实验
除非本文另外指示，否则使用抗His传感器(生物传感器抗PENTA-HIS(HIS1K))来固定SARS-CoV的S1亚基蛋白(义翘神州欧洲有限责任公司)。将传感器与动力学缓冲液(KB；0.01％不含内毒素BSA、0.002^Tween-20、含0.005％NaN3的PBS)水合10分钟。然后将SARS-CoV S1亚基蛋白以10μg/ml的浓度装载到KB中持续8分钟。对于全长mAb nCoV-10和nCov-6mAb，抗体以15μg/ml缔合6分钟，或者对于Fab nCoV-4，抗体以5μg/ml缔合6分钟，并且在随后的实验中，包含nCoV-1的抗体都以10μg/ml缔合。然后将竞争性抗体以相同浓度缔合额外的6分钟。
使用Octet(BLI，生物层干涉测量法)的竞争实验
对于ACE2竞争实验，在KB中将ACE2-His(生物技术股份有限公司)以5μg/ml装载到抗HIS(HIS2)生物传感器(分子装置-富迪生物公司)上，持续30分钟。在用或不用抗体预温育(30μg/ml，30分钟)之后，将SARS CoV RBD-兔Fc或SARS-CoV-2RBD-小鼠Fc(义翘神州生物公司欧洲有限责任公司)以1μg/ml缔合15分钟。监测解离5分钟。
使用Octet(BLI，生物层干涉测量法)的亲和力确定
对于全长抗体的KD确定，在用动力学缓冲液进行水合步骤10分钟之后，蛋白A生物传感器(颇尔富迪生物公司)用于以2.7μg/ml固定重组抗体1分钟。通过将涂覆有抗体的传感器用不同浓度的SARS-CoVRBD(义翘神州生物公司)或SARS-CoV-2RBD(室内产生；βCoV/Wuhan-Hu-1/2019中的残基331-550，登录号MN908947)温育，记录5分钟的缔合曲线。所测试的最高RBD浓度为10ug/ml，然后进行1:2.5连续稀释。通过将传感器移动到包括KB的孔中，记录9分钟的解离。使用全局拟合模型(Octet)计算KD值。使用Octet Red96(富迪生物公司)设备。
对于相较于Fab片段的全长抗体的KD确定，在KB中将SARS-CoV或SARS-CoV-2的His标记的RBD以3μg/ml装载到抗HIS(HIS2)生物传感器(分子装置，富迪生物公司)上15分钟。分别以15ug/ml和5ug/ml在KB中进行5分钟的全长抗体和Fab的缔合。测量KB中的解离10分钟。
ELISA结合
通过酶联免疫吸附测定(ELISA)确定mAb与SARS-CoV刺突S1亚基蛋白(菌株WH20)蛋白质的反应性。简而言之，将96孔板用3μg/ml的重组SARS-CoV刺突S1亚基蛋白(义翘神州生物公司)涂覆。将孔洗涤并用PBS+1％BSA在室温下阻断1小时，并且然后用连续稀释的mAb在室温下温育1小时。通过将碱性磷酸酶缀合的山羊抗人IgG(南部生物科技公司：2040-04)在室温下温育1小时来检测结合的mAb，并通过含1mg/ml对硝基苯磷酸底物的0.1M甘氨酸缓冲液(pH 10.4)在室温下显影30分钟。在ELISA读数器(Powerwave 340/96分光光度计，伯腾公司)中在405nm的波长下测量光密度(OD)值。
中和测定
除非另有指示，否则使用用SARS-CoV-2刺突蛋白(SARS-CoV-2pp)或SARS CoV刺突蛋白(SARS-CoVpp)假型化的鼠白血病病毒(MLV)。用ACE2稳定转染的DBT细胞(DBT-ACE2)用作靶细胞。以10ug/ml的胰蛋白酶TPCK激活SARS-CoV-2pp或SARS-CoVpp。将激活的SARS-CoV-2pp或SARS-CoVpp添加到抗体的稀释系列中(最终起始浓度50ug/ml/抗体，进行3倍稀释)。将DBT-ACE2细胞添加到抗体-病毒混合物中并且温育48小时。在抽吸细胞培养物上清液并添加稳定的GLO底物(普洛麦格公司)之后测量发光。
除非另有指示，否则假颗粒中和测定使用基于VSV的荧光素酶报告子假型化系统(卡拉法斯特公司(Kerafast))。将VSV假颗粒和抗体在DMEM中混合并且允许其在37℃下温育30分钟。然后允许感染混合物与Vero E6细胞在37℃下温育1小时，然后添加具有Pen-Strep和10％FBS的DMEM(感染混合物未去除)。将细胞在37℃下温育18-24小时。在添加Bio-Glo试剂(普洛麦格公司)之后，使用Ensight酶标仪(珀金埃尔默公司(Perkin Elmer))测量荧光素酶。
SPR单循环动力学
使用单循环动力学方法用Biacore T200仪器进行SPR实验。将S309 IgG捕获在表面上，并且注射浓度增加的糖基化或去糖基化的纯化的SARS-CoV-2RBD。监测缔合和解离动力学并且将其拟合到结合模型以确定亲和力。
重组抗体的表达
如先前所描述的，重组抗体在与表达重链和轻链的质粒瞬时共转染的ExpiCHO细胞中表达。(Stettler等人,(2016)由寨卡病毒感染引起的抗体的特异性、交叉反应性和功能(Specificity,cross-reactivity,and function ofantibodies elicitedby Zikavirus infection).《科学》,353(6301),823-826)单克隆抗体S303、S304、S306、S309、S310和S315表达为rIgG-LS抗体。LS突变体使体内半衰期延长。(Zalevsky等人,(2010)增强的抗体半衰期提高体内活性(Enhanced antibody half-life improves in vivo activity).《自然生物技术(Nature Biotechnology)》,28(2),157-159)
序列比对
SARS-CoV-2基因组序列于2020年3月29日从GISAID下载，使用“完整(>29,000bp)”和“低覆盖排除”过滤器。去除蝙蝠和穿山甲序列以得到仅人序列。通过与GeneWise2进行参考蛋白质(YP_009724390.1)-基因组比对来定位刺突ORF。不完全匹配和包括插入缺失的ORF被挽救并且包括在下游分析中。使用seqkit计算机翻译核苷酸序列。将具有多于10％未确定氨基酸的序列(由于N个碱基调用)去除。使用MAFFT进行多序列比对。使用R/Bioconductor包Biostrings，通过对比对的序列(n＝2,229)与参考序列的比较来确定变体。类似策略用于从来自来源于ViPR的SARS-CoV基因组中提取和翻译刺突蛋白序列(搜索标准：SARS相关冠状病毒、全长基因组、人宿主、在2019年12月之前沉积的以排除SARS-CoV-2，n＝53)。来源的SARS-CoV基因组序列包括所有主要公开的菌株，如Urbani、Tor2、TW1、P2、Frankfurt1等。如Tsan-Yuk Lam等人所示的穿山甲序列来源于GISAID。如Lu等人(《柳叶刀(Lancet)》2020)所示的来自沙贝病毒的三个进化枝的蝙蝠序列来源于Genbank。麝猫和貉序列类似地来源于Genbank。
稳定过表达细胞系的产生
通过具有编码DC-SIGN(CD209)、L-SIGN(CLEC4M)、SIGLEC1、TMPRSS2或ACE2(全部从Genecopoeia公司获得)的慢病毒表达质粒和相应慢病毒辅助质粒的Lenti-X 293T细胞(宝生物公司(Takara))的共转染产生慢病毒。在转染后四十八小时，采集上清液中的慢病毒并且通过以20,000rpm超速离心2小时进行浓缩。将Lenti-X 293T(宝生物公司)、Vero E6(ATCC)、MRC5(西格玛-奥德里奇公司)、A549(ATCC)在存在6ug/mL聚凝胺(密理博公司(Millipore))的情况下转导24小时。随后转导过表达两种转基因的细胞系。在转导之后两天开始用嘌呤霉素和/或杀稻瘟菌素(吉博科公司(Gibco))进行选择并且将选择试剂保存在生长培养基中以用于所有随后的培养。单细胞克隆衍生自A549-ACE2-TMPRSS2细胞系，所有其它细胞系表示细胞池。
SARS-CoV-2中和
将在补充有10％FBS(VWR)和1x青霉素/链霉素(赛默飞世尔科技公司)的DMEM中培养的Vero E6或Vero E6-TMPRSS2细胞以20,000个细胞/孔接种在黑色96孔板中。将单克隆抗体的1:4连续稀释液与200pfu的SARS-CoV-2(分离株USA-WA1/2020，传代3，在Vero E6细胞中传代)在37℃下在BSL-3设施中温育30分钟。将细胞上清液去除并且将病毒-抗体混合物添加到细胞中。感染后24小时，将细胞用4％多聚甲醛固定30分钟，然后进行两次PBS(pH7.4)洗涤并且用0.25％Triton X-100在PBS中透化30分钟。在5％奶粉/PBS中阻断30分钟之后，将细胞用靶向SARS-CoV-2核衣壳蛋白(义翘神州生物公司，目录号40143-R001)的一级抗体以1:2000稀释度温育1小时。在洗涤并且用与1ug/ml Hoechst33342混合的二级Alexa647标记的抗体温育1小时之后，将板在自动细胞成像读数器(Cytation 5，伯腾公司)上进行成像并且使用制造商供应的软件对核衣壳阳性的细胞进行计数。
SARS-CoV-2-Nluc中和
使用SARS-CoV-2-Nluc，即替代病毒ORF7的编码纳米荧光素酶的SARS-CoV-2的感染性克隆(基于菌株2019-nCoV/USA_WA1/2020)确定中和，其显示出与野生型病毒相当的生长动力学(Xie等人,《自然通讯(Nat Comm)》,2020,https://doi.org/10.1038/s41467-020-19055-7)。将细胞以20,000个细胞/孔接种到黑壁透明底96孔板中(将293T细胞以35,000个细胞/孔接种到涂覆有聚-L-赖氨酸的孔中)并且在37℃下培养过夜。第二天，在感染培养基(DMEM+10％FBS)中制备9点4倍的抗体的连续稀释液。将SARS-CoV-2-Nluc在感染培养基中以所指示的MOI进行稀释，添加到抗体稀释液中并且在37℃下温育30分钟。将培养基从细胞中去除，添加mAb-病毒复合物，并且将细胞在37℃下温育24小时。将培养基从细胞中去除，根据制造商的建议添加Nano-Glo-荧光素酶底物(普洛麦格公司)，在室温下温育10分钟并且在VICTORNivo酶标仪(珀金埃尔默公司)上对荧光素酶信号进行定量。
SARS-CoV-2假型化VSV产生和中和
为了产生SARS-CoV-2假型化水疱性口炎病毒，将Lenti-X 293T细胞(宝生物公司)接种在10cm的培养皿中以用于第二天80％融合。第二天，根据制造商的说明，使用TransIT-Lenti(Mirus Bio公司)用具有编码SARS-CoV-2S-糖蛋白(YP_009724390.1)的携带C端19aa截短的质粒转染细胞。转染后一天，将细胞以3个感染单位/细胞的MOI感染VSV(G*ΔG-荧光素酶)(卡拉法斯特公司)。在一小时之后洗掉病毒接种物并且将细胞在37℃下温育另外一天。在转染后第2天收集包括SARS-CoV-2假型化VSV的细胞上清液，以1000x g离心5分钟以去除细胞碎片，分装，并且在-80℃下冷冻。
对于病毒中和，将细胞以20,000个细胞/孔接种到黑壁透明底96孔板中(将293T细胞以35,000个细胞/孔接种到涂覆有聚-L-赖氨酸的孔中)并且在37℃下培养过夜。第二天，在培养基中制备9点4倍的抗体的连续稀释液。将SARS-CoV-2假型化VSV在存在100ng/mL抗VSV-G抗体(克隆8G5F11，绝对抗体)的情况下在培养基中以1:30稀释并且以1:1添加到每个抗体稀释液中。将病毒:抗体混合物在37℃下温育1小时。将培养基从细胞中去除并且向细胞中添加50μL的病毒:抗体混合物。感染后一小时，将100μL的培养基添加到所有孔中并且在37℃下温育17-20小时。将培养基去除并且向每个孔中添加50μL的Bio-Glo试剂(普洛麦格公司)。将板在室温下以300RPM在板振荡器上摇动15分钟并且在EnSight酶标仪(珀金埃尔默公司)上读取RLU。
基于转染的附着受体筛选
用编码以下受体候选物(所有均从Genecopoeia公司购买)的质粒转染Lenti-X293T细胞(宝生物公司)：ACE2(NM_021804)、DC-SIGN(NM_021155)、L-SIGN(BC110614)、LGALS3(NM_002306)、SIGLEC1(NM_023068)、SIGLEC3(XM_057602)、SIGLEC9(BC035365)、SIGLEC10(NM_033130)、MGL(NM_182906)、MINCLE(NM_014358)、CD147(NM_198589)、ASGR1(NM_001671.4)、ASGR2(NM_080913)、NRP1(NM_003873)。转染后一天，将细胞在37℃下在存在100ng/mL抗VSV-G抗体(克隆8G5F11，绝对抗体)的情况下以1:20稀释度感染SARS-CoV-2假型化VSV。感染后一小时，将100μL的培养基添加到所有孔中并且在37℃下温育17-20小时。将培养基去除并且向每个孔中添加50μL的Bio-Glo试剂(普洛麦格公司)。将板在室温下以300RPM在板振荡器上摇动15分钟并且在EnSight酶标仪(珀金埃尔默公司)上读取RLU。
反式感染
将亲本HeLa细胞或稳定表达DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC1的HeLa细胞以5,000个细胞/孔接种于黑壁透明底96孔板中。一天后，细胞达到约50％融合并且在37℃下在存在100ng/mL抗VSV-G抗体(克隆8G5F11，绝对抗体)的情况下以1:10稀释度用SARS-CoV-2假型化VSV接种2小时。对于抗体介导的反式感染抑制，将细胞用10ug/mL抗SIGLEC1抗体(百进生物公司(Biolegend)，克隆7-239)预温育30分钟。在接种2小时之后，将细胞用完全培养基洗涤四次并且添加10,000个VeroE6-TMPRSS2细胞/孔并且在37℃下温育17-20小时以进行反式感染。将培养基去除并且向每个孔中添加50μL的Bio-Glo试剂(普洛麦格公司)。将板在室温下以300RPM在板振荡器上摇动15分钟并且在EnSight酶标仪(珀金埃尔默公司)上读取RLU。
CHO-S细胞的细胞-细胞融合
将稳定表达SARS-CoV-2S-糖蛋白的CHO细胞以12'500个细胞/孔接种在96孔板中以用于显微术检查(赛默飞世尔科技公司)并且第二天，向细胞中添加不同浓度的mAb和核标志物Hoechst(最终稀释度1:1000)并且温育额外的24小时。使用Cytation 5成像器(伯腾公司)确定融合度并且对象检测方案用于检测作为对象的细胞核并测量其大小。发现融合的细胞(即，合胞体)的细胞核聚集在合胞体的中心处并且被认为是一个根据其大小被门控的独特的大的对象。融合的细胞中对象的面积除以所有对象的总面积乘以100得到融合的细胞的百分比。
免疫荧光分析
将HEK 293T细胞接种到涂覆有聚-D-赖氨酸的96孔板(西格玛-奥德里奇公司)上并且在用4％多聚甲醛接种30分钟之后将其固定24小时，然后进行两次PBS(pH 7.4)洗涤并且在PBS中用0.25％Triton X-100透化30分钟。将细胞用在3％奶粉/PBS中稀释的一级抗体抗DC-SIGN/L-SIGN(百进生物公司，目录号845002，1:500稀释度)、抗DC-SIGN(细胞信号传导公司(Cell Signaling)，目录号13193S，1:500稀释度)、抗SIGLEC1(百进生物公司，目录号346002，1:500稀释度)或抗ACE2(R&D系统公司(R&D Systems)，目录号AF933，1:200稀释度)在室温下温育2小时。在洗涤并用与1ug/ml Hoechst33342混合的二级Alexa647标记的抗体温育1小时之后，在倒置荧光显微镜(Echo Revolve公司)上对板进行成像。
ACE2/TMPRSS2RT-qPCR
根据制造商的方案，使用NucleoSpin RNAPlus试剂盒(马切雷-内格尔公司)从细胞中提取RNA。根据制造商的说明，使用高容量cDNA逆转录试剂盒(应用生物系统公司(Applied Biosystems))对RNA进行逆转录。根据制造商的方案，使用Luna通用qPCR主混合物(新英格兰生物实验室(New England Biolabs))对ACE2(正向引物：CAAGAGCAAACGGTTGAACAC(SEQ ID NO:461)，反向引物：CCAGAGCCTCTCATTGTAGTCT(SEQ IDNO:462))，HPRT(正向引物：CCTGGCGTCGTGATTAGTG(SEQ ID NO:463)，反向引物：ACACCCTTTCCAAATCCTCAG(SEQ ID NO:464))，以及TMPRSS2(正向引物：CAAGTGCTCCRACTCTGGGAT(SEQ ID NO:465)，反向引物：AACACACCGRTTCTCGTCCTC(SEQ IDNO:466))的胞内水平进行了定量。ACE2和TMPRSS2水平相对于HPRT归一化。Hela细胞用作参考样品。所有qPCR均在QuantStudio3实时PCR系统上运行(应用生物系统公司)。
SARS2D614G刺突产生和生物素化
使用293fectin作为转染试剂，将具有C端TEV切割位点、T4噬菌体纤维蛋白折叠子、8x His-标签、Avi-标签和EPEA标签的融合前稳定的SARS2 D614G刺突(包括氨基酸序列Q14至K1211)转染到HEK293 Freestyle细胞中。将细胞在37℃下放置三天以产生蛋白质。之后，通过以500xg离心细胞30分钟采集上清液，然后再以4000xg旋转30分钟。将细胞培养物上清液通过0.2um过滤器过滤并且装载到5mL C-标签亲和力矩阵柱上，用50mM Tris pH 8和200mM NaCl预平衡。使用10柱体积的100mM Tris、200mM NaCl和3.8mM SEPEA肽洗脱SARS2 D614G刺突。使用50mM Tris pH 8和200mM NaCl作为运行缓冲液，将洗脱峰浓缩并注射在Superose 6增加10/300GL凝胶过滤柱上。收集与单分散SARS2 D614G刺突相对应的SEC级分并且在液氮中快速冷冻以用于在-80℃下储存。使用来自亲合力公司(Avidity)的BirA500生物素化试剂盒对纯化的SARS2 D614G刺突蛋白进行生物素化。向50ug的刺突蛋白中添加5ug的BirA和11uL的BiomixA和BiomixB。生物素化反应期间的最终刺突蛋白浓度为约1uM。将反应在4℃下进行16小时。然后，使用两个与1x PBS pH 7.4预平衡的Zeba旋转柱将蛋白质脱盐。
DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1和ACE-2的流式细胞术分析
将表达DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2的HEK 293T细胞以4x 106个细胞/mL再悬浮并且将100μL/孔接种到V底96孔板上(康宁公司(Corning)，3894)。将板以2,000rpm离心5分钟并用PBS(pH 7.4)洗涤。将细胞再悬浮在包括Ghost violet 510活力染料(细胞信号传导公司，目录号13-0870-T100，1:1,000稀释度)的200μL的PBS中，在冰上温育15分钟并且然后洗涤。将细胞再悬浮于100μL的由含有0.5％BSA(西格玛-奥德里奇公司)的PBS制备的FACS缓冲液中，所述FACS缓冲液包括呈1:100稀释度的以下的一级抗体：小鼠抗DC/L-SIGN(百进生物公司，目录号845002)、兔抗DC-SIGN(细胞信号传导公司，目录号13193)、小鼠抗SIGLEC1(百进生物公司，目录号346002)或山羊抗ACE2(R&D系统公司，目录号AF933)。在冰上温育1小时之后，将细胞洗涤两次并且将其再悬浮于FACS缓冲液中，所述FACS缓冲液包括呈1:200稀释度的Alexa Fluor-488标记的以下的二级抗体：山羊抗小鼠(英杰公司，目录号A11001)，山羊抗兔(英杰公司，目录号A11008)或驴抗山羊(英杰公司，目录号A11055)。在冰上温育45分钟之后，将细胞用200μL的FACS缓冲液洗涤三次并且在室温下用200μL的4％PFA(阿法埃莎公司(AlfaAesar))将其固定15分钟。将细胞洗涤三次，再悬浮在200μL的FACS缓冲液中并且使用CytoFLEX流式细胞仪(贝克曼库尔特公司(Beckman Coulter))进行流式细胞术分析。
SARS-CoV-2刺突和RBD与细胞结合的流式细胞术
将生物素化的SARS-CoV-2刺突D614G蛋白(刺突生物素，内部产生)或生物素化的SARS-CoV-2刺突受体结合结构域(RBD生物素，义翘神州生物公司，40592-V08B)与
647链霉亲和素(AF647-strep，英杰公司，S21374)以1:20体积比在室温下温育20分钟。然后将标记的蛋白质储存在4℃下直至进一步使用。用TrpLE Express(吉博科公司，12605-010)解离细胞并且将105个细胞转移到96孔V底板的每个孔(康宁公司，3894)。将细胞在流式细胞术缓冲液(含2％FBS(w/o Ca/Mg)的PBS)中洗涤两次并且用最终浓度为20μg/ml的刺突生物素-AF647-strep或最终浓度为7.5μg/ml的RBD生物素-AF647-strep在冰上染色1小时。将染色的细胞用流式细胞术缓冲液洗涤两次，再悬浮在1％PFA(电子显微术科学公司(Electron Microscopy Sciences)，15714-S)中并且用Cytoflex LX进行分析(贝克曼库尔特公司)。
SARS-CoV-2特异性mAb的重组表达。
如先前所描述的，从SARS-CoV-2免疫供体的浆细胞或记忆B细胞中分离人mAb。将重组抗体在37℃下和在8％CO2的情况下在ExpiCHO细胞中表达。使用ExpiFectamine转染细胞。转染后1天用ExpiCHO进料和ExpiFectamine CHO增强子补充转染细胞。转染后八天收集细胞培养物上清液并且通过0.2μm过滤器过滤。使用5mLHiTrapTMMabSelectTMPrismA柱在
xpress FPLC装置上对重组抗体进行亲和纯化，然后使用HiPrep 26/10脱盐柱将缓冲液交换到组氨酸缓冲液(20mM组氨酸、8％蔗糖、pH 6)。
仓鼠SARS-CoV-2感染模型
病毒准备
这项研究中使用的SARS-CoV-2菌株βCoV/Belgium/GHB-03021/2020(EPI ISL109407976|2020-02-03)从采集自从2020年2月从中国武汉返回的一名经RT-qPCR确认的无症状患者的鼻咽拭子中回收。系统发育分析证实，其与原型Wuhan-Hu-12019-nCoV(GenBank登录号112编号MN908947.3)菌株关系密切。通过在HuH7和Vero E6细胞上连续传代分离感染性病毒；传代6病毒用于此处所描述的研究。病毒原液的滴度通过Reed和Muench方法对Vero E6细胞进行终点稀释来确定。
细胞
将Vero E6细胞(非洲绿猴肾，ATCC CRL-1586)在补充有10％胎牛血清(Integro公司)、1％L-谷氨酰胺(吉博科公司)和1％碳酸氢盐(吉博科公司)的最小必需培养基(吉博科公司)中培养。用包括2％胎牛血清而非10％胎牛血清的培养基进行终点滴定。
SARS-CoV-2仓鼠感染模型
之前已经描述过SARS-CoV-2的仓鼠感染模型。具体研究设计如下图所示。简而言之，从詹维尔实验室购买野生型叙利亚金仓鼠(黄金仓鼠)，并且将所述仓鼠两两圈养在通风的隔离笼(IsoCage N生物防护系统，泰尼百斯公司)中，所述仓鼠可随意获取食物和水以及笼富集物(木块)。在研究开始之前，动物适应了4天。圈养条件和实验程序经鲁汶大学(KULeuven)动物实验伦理委员会的批准(许可证P065-2020)。将6-8周龄雌性仓鼠用氯胺酮/甲苯噻嗪/阿托品(atropine)麻醉并且鼻内接种50μL包括2x 106TCID50SARS-CoV-2(第0天)。
治疗方案
在感染之前48小时通过腹膜内施用(i.p.)对动物进行预防性治疗并且监测其外观、行为和体重。感染(p.i.)后第4天，通过i.p.注射500μL Dolethal(200mg/mL戊巴比妥钠，威隆股份公司)对仓鼠实施安乐死。将肺收集并且分别通过RT-qPCR和终点病毒滴定对病毒RNA和感染性病毒进行定量。在感染前采集血液样品以进行PK分析。
SARS-CoV-2RT-qPCR
在350μL RLT缓冲液(RNeasy迷你试剂盒，凯杰公司)中使用珠破碎(Precellys)使所收集的肺组织均质化并且进行离心(10.000rpm，5分钟)以使细胞碎片沉淀。根据制造商的说明提取RNA。在50μL洗脱液中，4μL用作RT-qPCR反应的模板。RT-qPCR使用具有N2引物和靶向核衣壳的探针的iTaq通用探针一步RT-qPCR试剂盒(伯乐公司)在LightCycler96平台(罗氏公司)上进行。SARS-CoV-2cDNA(IDT)的标准物用于表达每毫克组织或每毫升血清的病毒基因组拷贝。
终点病毒滴定
在350μL最小必需培养基中使用珠破碎(Precellys)使肺组织均质化并且进行离心(10,000rpm，5分钟，4℃)以使细胞碎片沉淀。为了对感染性SARS-CoV-2颗粒进行定量，对在96孔板中汇合的Vero E6细胞进行终点滴定。病毒滴度通过Reed和Muench方法使用Lindenbach计算器计算并且表达为每毫克组织50％的组织培养物感染剂量(TCID50)。
组织学
为了进行组织学检查，将肺固定在4％甲醛中过夜并且嵌入在石蜡中。在用苏木精和曙红染色之后分析组织切片(5μm)，并且由专业的病理学家对肺损伤进行盲评分。1分至3分的累积评分所归因于的评分参数如下：充血、肺泡内出血、支气管壁凋亡小体、坏死性细支气管炎、血管周水肿、支气管肺炎、血管周炎症、支气管周炎症和血管炎。
免疫复合物与仓鼠单核细胞的结合
免疫复合物(IC)是通过使用精确的摩尔比(分别为4:8:1)将S309 mAb(仓鼠IgG，wt或N297A)与生物素化的抗独特型fab片段和Alexa-488-链霉亲和素复合而生成的。将预生成的荧光IC与从原初动物获得的新鲜复活的仓鼠脾细胞在4℃下连续稀释温育3小时。然后，在排除死亡细胞和单核细胞群物理门控后，通过细胞术评估细胞结合。结果表达为整个单核细胞群的Alexa-488平均荧光强度。
生物信息学分析
从Github(Github.com/krasnowlab/HLCA)下载经处理的人肺细胞图谱(HLCA)数据和细胞类型注释。来自SARS-CoV-2感染个体的经处理的单细胞转录组数据和肺上皮细胞和免疫细胞的注释从NCBI GEO数据库(ID：GSE158055)和Github(github.com/zhangzlab/covid_balf)下载。Liao等人的第二单细胞转录组学研究的可用序列数据从NCBI SRA(ID：PRJNA608742)下载，以用于检查与病毒RNA相对应的读段。sgRNA相对于基因组RNA的比例通过计数支持前导-TRS连接的包括TRS的读段来估计。用于检测前导-TRS连接读段的标准和方法改编自Alexandersen等人。病毒基因组参考和TRS注释基于Wuhan-Hu-1 NC_045512.2/MN908947。只有2份来自患有重度COVID-19个体的样品具有可检测到的前导-TRS连接读段(SRR11181958、SRR11181959)。
可以将上述各个实施方式进行组合以提供另外的实施方式。本说明书中提及的和/或申请数据表中列出的所有美国专利、美国专利申请公开、美国专利申请、外国专利、外国专利申请和非专利公开，包括于2020年4月14日提交的美国专利申请第63/010,025号、于2020年4月24日提交的美国专利申请第63/015,399号、于2020年5月4日提交的美国专利申请第63/019,926号、于2020年5月6日提交的美国专利申请第63/021,063号、于2020年5月12日提交的美国专利申请第63/023,808号、于2020年5月26日提交的美国专利申请第63/030,254号、于2020年6月9日提交的美国专利申请第63/036,631号、于2020年6月30日提交的美国专利申请第63/046,452号、于2020年7月28日提交的美国专利申请第63/057,557号、于2020年10月14日提交的美国专利申请第63/091,841号、于2021年3月26日提交的美国专利申请第63/166,879号、于2021年4月2日提交的美国专利申请第63/170,360号以及于2021年4月7日提交的美国专利申请第63/171,892号通过引用整体并入本文。如果需要可以修改实施方式的各方面，以采用各种专利、申请和公开的概念来提供又另外的实施方式。
鉴于以上详细描述，可以对实施方式做出这些和其它改变。通常，在以下权利要求书中，所用术语不应被解释为将权利要求书限于本说明书和权利要求书中所公开的特定实施方式，而应被解释为包括所有可能的实施方式以及这些权利要求书所有权获得的等效物的全部范围。相应地，权利要求书并不受到本公开的限制。
序列表
<110> 维尔生物科技有限公司 (Vir Biotechnology, Inc.)
胡默波斯生物医学公司 (Humabs BioMed SA)
<120> 针对SARS-COV-2的抗体和其使用方法
<130> 930585.407WO
<140> PCT
<141> 2021-04-14
<150> US 63/171892
<151> 2021-04-07
<150> US 63/170360
<151> 2021-04-02
<150> US 63/166879
<151> 2021-03-26
<150> US 63/091841
<151> 2020-10-14
<150> US 63/057557
<151> 2020-07-28
<150> US 63/046452
<151> 2020-06-30
<150> US 63/036631
<151> 2020-06-09
<150> US 63/030254
<151> 2020-05-26
<150> US 63/023808
<151> 2020-05-12
<150> US 63/021063
<151> 2020-05-06
<150> US 63/019926
<151> 2020-05-04
<150> US 63/015399
<151> 2020-04-24
<150> US 63/010025
<151> 2020-04-14
<160> 466
<170> FastSEQ for Windows Version 4.0
<210> 1
<211> 29902
<212> DNA
<213> β冠状病毒SARS冠状病毒2 (betacoronavirus SARS coronavirus 2)
<400> 1
attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct 60
gttctctaaa cgaactttaa aatctgtgtg gctgtcactc ggctgcatgc ttagtgcact 120
cacgcagtat aattaataac taattactgt cgttgacagg acacgagtaa ctcgtctatc 180
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cgtccgggtg tgaccgaaag gtaagatgga gagccttgtc cctggtttca acgagaaaac 300
acacgtccaa ctcagtttgc ctgttttaca ggttcgcgac gtgctcgtac gtggctttgg 360
agactccgtg gaggaggtct tatcagaggc cgtcaacatc ttaaagatgg cacttgtggc 420
ttagtagaag ttgaaaaagg cgttttgcct caacttgaac agccctatgt gttcatcaaa 480
cgttcggatg ctcgaactgc acctcatggt catgttatgg ttgagctggt agcagaactc 540
gaaggcattc agtacggtcg tagtggtgag acacttggtg tccttgtccc tcatgtgggc 600
gaaataccag tggcttaccg caaggttctt cttcgtaaga acggtaataa aggagctggt 660
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ccttatgaag attttcaaga aaactggaac actaaacata gcagtggtgt tacccgtgaa 780
ctcatgcgtg agcttaacgg aggggcatac actcgctatg tcgataacaa cttctgtggc 840
cctgatggct accctcttga gtgcattaaa gaccttctag cacgtgctgg taaagcttca 900
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acaccttttg aaattaaatt ggcaaagaaa tttgacacct tcaatgggga atgtccaaat 1080
tttgtatttc ccttaaattc cataatcaag actattcaac caagggttga aaagaaaaag 1140
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ttgaaaacca ttcttcgtaa gggtggtcgc actattgcct ttggaggctg tgtgttctct 1500
tatgttggtt gccataacaa gtgtgcctat tgggttccac gtgctagcgc taacataggt 1560
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ctttatgcat ttgcatcaga ggctgctcgt gttgtacgat caattttctc ccgcactctt 1920
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aaagcttgtg ttgaagaagt tacaacaact ctggaagaaa ctaagttcct cacagaaaac 4020
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acagatctaa tggctgctta tgtagacaat tctagtctta ctattaagaa acctaatgaa 6600
ttatctagag tattaggttt gaaaaccctt gctactcatg gtttagctgc tgttaatagt 6660
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gcttcattta attatttgaa gtcacctaat ttttctaaac tgataaatat tataatttgg 6960
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tctactaatg tcactattgc aacctactgt actggttcta taccttgtag tgtttgtctt 7140
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gatcaggcat tagtgtctga tgttggtgat agtgcggaag ttgcagttaa aatgtttgat 8040
gcttacgtta atacgttttc atcaactttt aacgtaccaa tggaaaaact caaaacacta 8100
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tgtgttttgg ctgctgaatg tacaattttt aaagatgctt ctggtaagcc agtaccatat 9060
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cgttatgtgc tcatggatgg ctctattatt caatttccta acacctacct tgaaggttct 9180
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gaagctggtg tttgtgtatc tactagtggt agatgggtac ttaacaatga ttattacaga 9300
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ccagaagctg gacttcccta tggtgctaac aaagacggca tcatatgggt tgcaactgag 28680
ggagccttga atacaccaaa agatcacatt ggcacccgca atcctgctaa caatgctgca 28740
atcgtgctac aacttcctca aggaacaaca ttgccaaaag gcttctacgc agaagggagc 28800
agaggcggca gtcaagcctc ttctcgttcc tcatcacgta gtcgcaacag ttcaagaaat 28860
tcaactccag gcagcagtag gggaacttct cctgctagaa tggctggcaa tggcggtgat 28920
gctgctcttg ctttgctgct gcttgacaga ttgaaccagc ttgagagcaa aatgtctggt 28980
aaaggccaac aacaacaagg ccaaactgtc actaagaaat ctgctgctga ggcttctaag 29040
aagcctcggc aaaaacgtac tgccactaaa gcatacaatg taacacaagc tttcggcaga 29100
cgtggtccag aacaaaccca aggaaatttt ggggaccagg aactaatcag acaaggaact 29160
gattacaaac attggccgca aattgcacaa tttgccccca gcgcttcagc gttcttcgga 29220
atgtcgcgca ttggcatgga agtcacacct tcgggaacgt ggttgaccta cacaggtgcc 29280
atcaaattgg atgacaaaga tccaaatttc aaagatcaag tcattttgct gaataagcat 29340
attgacgcat acaaaacatt cccaccaaca gagcctaaaa aggacaaaaa gaagaaggct 29400
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cagtgaacaa tgctagggag agctgcctat atggaagagc cctaatgtgt aaaattaatt 29820
ttagtagtgc tatccccatg tgattttaat agcttcttag gagaatgaca aaaaaaaaaa 29880
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aa 29902
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<211> 7096
<212> PRT
<213> β冠状病毒SARS冠状病毒2 (betacoronavirus SARS coronavirus 2)
<400> 2
Met Glu Ser Leu Val Pro Gly Phe Asn Glu Lys Thr His Val Gln Leu
1 5 10 15
Ser Leu Pro Val Leu Gln Val Arg Asp Val Leu Val Arg Gly Phe Gly
20 25 30
Asp Ser Val Glu Glu Val Leu Ser Glu Ala Arg Gln His Leu Lys Asp
35 40 45
Gly Thr Cys Gly Leu Val Glu Val Glu Lys Gly Val Leu Pro Gln Leu
50 55 60
Glu Gln Pro Tyr Val Phe Ile Lys Arg Ser Asp Ala Arg Thr Ala Pro
65 70 75 80
His Gly His Val Met Val Glu Leu Val Ala Glu Leu Glu Gly Ile Gln
85 90 95
Tyr Gly Arg Ser Gly Glu Thr Leu Gly Val Leu Val Pro His Val Gly
100 105 110
Glu Ile Pro Val Ala Tyr Arg Lys Val Leu Leu Arg Lys Asn Gly Asn
115 120 125
Lys Gly Ala Gly Gly His Ser Tyr Gly Ala Asp Leu Lys Ser Phe Asp
130 135 140
Leu Gly Asp Glu Leu Gly Thr Asp Pro Tyr Glu Asp Phe Gln Glu Asn
145 150 155 160
Trp Asn Thr Lys His Ser Ser Gly Val Thr Arg Glu Leu Met Arg Glu
165 170 175
Leu Asn Gly Gly Ala Tyr Thr Arg Tyr Val Asp Asn Asn Phe Cys Gly
180 185 190
Pro Asp Gly Tyr Pro Leu Glu Cys Ile Lys Asp Leu Leu Ala Arg Ala
195 200 205
Gly Lys Ala Ser Cys Thr Leu Ser Glu Gln Leu Asp Phe Ile Asp Thr
210 215 220
Lys Arg Gly Val Tyr Cys Cys Arg Glu His Glu His Glu Ile Ala Trp
225 230 235 240
Tyr Thr Glu Arg Ser Glu Lys Ser Tyr Glu Leu Gln Thr Pro Phe Glu
245 250 255
Ile Lys Leu Ala Lys Lys Phe Asp Thr Phe Asn Gly Glu Cys Pro Asn
260 265 270
Phe Val Phe Pro Leu Asn Ser Ile Ile Lys Thr Ile Gln Pro Arg Val
275 280 285
Glu Lys Lys Lys Leu Asp Gly Phe Met Gly Arg Ile Arg Ser Val Tyr
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Met Lys Cys Asp His Cys Gly Glu Thr Ser Trp Gln Thr Gly Asp Phe
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Val Lys Ala Thr Cys Glu Phe Cys Gly Thr Glu Asn Leu Thr Lys Glu
340 345 350
Gly Ala Thr Thr Cys Gly Tyr Leu Pro Gln Asn Ala Val Val Lys Ile
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370 375 380
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385 390 395 400
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435 440 445
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450 455 460
Gly Asp Phe Lys Leu Asn Glu Glu Ile Ala Ile Ile Leu Ala Ser Phe
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Ser Ala Ser Thr Ser Ala Phe Val Glu Thr Val Lys Gly Leu Asp Tyr
485 490 495
Lys Ala Phe Lys Gln Ile Val Glu Ser Cys Gly Asn Phe Lys Val Thr
500 505 510
Lys Gly Lys Ala Lys Lys Gly Ala Trp Asn Ile Gly Glu Gln Lys Ser
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545 550 555 560
Val Leu Gln Lys Ala Ala Ile Thr Ile Leu Asp Gly Ile Ser Gln Tyr
565 570 575
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Leu Leu Ala Pro Leu Leu Ser Ala Gly Ile Phe Gly Ala Asp Pro
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Ile His Ser Leu Arg Val Cys Val Asp Thr Val Arg Thr Asn Val
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His Pro Asp Ser Ala Thr Leu Val Ser Asp Ile Asp Ile Thr Phe
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Thr Ile Ser Leu Ala Gly Ser Tyr Lys Asp Trp Ser Tyr Ser Gly
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Tyr Tyr Arg Ala Arg Ala Gly Glu Ala Ala Asn Phe Cys Ala Leu
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Cys Lys Arg Val Leu Asn Val Val Cys Lys Thr Cys Gly Gln Gln
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Gln Thr Thr Leu Lys Gly Val Glu Ala Val Met Tyr Met Gly Thr
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Leu Ser Tyr Glu Gln Phe Lys Lys Gly Val Gln Ile Pro Cys Thr
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Asp Asp Leu Asn Gln Leu Thr Gly Tyr Lys Lys Pro Ala Ser Arg
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Glu Leu Lys Val Thr Phe Phe Pro Asp Leu Asn Gly Asp Val Val
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Leu Cys Thr Phe Thr Arg Ser Thr Asn Ser Arg Ile Lys Ala Ser
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Ala Ala Ile Met Gln Leu Phe Phe Ser Tyr Phe Ala Val His Phe
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Met Ala Pro Ile Ser Ala Met Val Arg Met Tyr Ile Phe Phe Ala
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Ser Phe Tyr Tyr Val Trp Lys Ser Tyr Val His Val Val Asp Gly
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Phe Tyr Val Tyr Ala Asn Gly Gly Lys Gly Phe Cys Lys Leu His
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Asn Trp Asn Cys Val Asn Cys Asp Thr Phe Cys Ala Gly Ser Thr
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Asn Val Ile Val Phe Asp Gly Lys Ser Lys Cys Glu Glu Ser Ser
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2660 2665 2670
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Met Ser Leu Ser Glu Gln Leu Arg Lys Gln Ile Arg Ser Ala Ala
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2750 2755 2760
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3320 3325 3330
Gly Asn Val Gln Leu Arg Val Ile Gly His Ser Met Gln Asn Cys
3335 3340 3345
Val Leu Lys Leu Lys Val Asp Thr Ala Asn Pro Lys Thr Pro Lys
3350 3355 3360
Tyr Lys Phe Val Arg Ile Gln Pro Gly Gln Thr Phe Ser Val Leu
3365 3370 3375
Ala Cys Tyr Asn Gly Ser Pro Ser Gly Val Tyr Gln Cys Ala Met
3380 3385 3390
Arg Pro Asn Phe Thr Ile Lys Gly Ser Phe Leu Asn Gly Ser Cys
3395 3400 3405
Gly Ser Val Gly Phe Asn Ile Asp Tyr Asp Cys Val Ser Phe Cys
3410 3415 3420
Tyr Met His His Met Glu Leu Pro Thr Gly Val His Ala Gly Thr
3425 3430 3435
Asp Leu Glu Gly Asn Phe Tyr Gly Pro Phe Val Asp Arg Gln Thr
3440 3445 3450
Ala Gln Ala Ala Gly Thr Asp Thr Thr Ile Thr Val Asn Val Leu
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Ala Trp Leu Tyr Ala Ala Val Ile Asn Gly Asp Arg Trp Phe Leu
3470 3475 3480
Asn Arg Phe Thr Thr Thr Leu Asn Asp Phe Asn Leu Val Ala Met
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Lys Tyr Asn Tyr Glu Pro Leu Thr Gln Asp His Val Asp Ile Leu
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Gly Pro Leu Ser Ala Gln Thr Gly Ile Ala Val Leu Asp Met Cys
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Ala Ser Leu Lys Glu Leu Leu Gln Asn Gly Met Asn Gly Arg Thr
3530 3535 3540
Ile Leu Gly Ser Ala Leu Leu Glu Asp Glu Phe Thr Pro Phe Asp
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Val Val Arg Gln Cys Ser Gly Val Thr Phe Gln Ser Ala Val Lys
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Arg Thr Ile Lys Gly Thr His His Trp Leu Leu Leu Thr Ile Leu
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Thr Ser Leu Leu Val Leu Val Gln Ser Thr Gln Trp Ser Leu Phe
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Phe Phe Leu Tyr Glu Asn Ala Phe Leu Pro Phe Ala Met Gly Ile
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Ile Ala Met Ser Ala Phe Ala Met Met Phe Val Lys His Lys His
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Ala Phe Leu Cys Leu Phe Leu Leu Pro Ser Leu Ala Thr Val Ala
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Met Thr Trp Leu Asp Met Val Asp Thr Ser Leu Ser Gly Phe Lys
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Leu Lys Asp Cys Val Met Tyr Ala Ser Ala Val Val Leu Leu Ile
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Leu Met Thr Ala Arg Thr Val Tyr Asp Asp Gly Ala Arg Arg Val
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Ser Val Thr Ser Asn Tyr Ser Gly Val Val Thr Thr Val Met Phe
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Leu Ala Arg Gly Ile Val Phe Met Cys Val Glu Tyr Cys Pro Ile
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Met Leu Asp Asn Arg Ala Thr Leu Gln Ala Ile Ala Ser Glu Phe
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Ser Ser Leu Pro Ser Tyr Ala Ala Phe Ala Thr Ala Gln Glu Ala
3950 3955 3960
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Lys Leu Lys Lys Ser Leu Asn Val Ala Lys Ser Glu Phe Asp Arg
3980 3985 3990
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4010 4015 4020
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5495 5500 5505
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5540 5545 5550
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His Phe Ala Ile Gly Leu Ala Leu Tyr Tyr Pro Ser Ala Arg Ile
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Asp Ala Asp Ser Thr Leu Ile Gly Asp Cys Ala Thr Val His Thr
6905 6910 6915
Ala Asn Lys Trp Asp Leu Ile Ile Ser Asp Met Tyr Asp Pro Lys
6920 6925 6930
Thr Lys Asn Val Thr Lys Glu Asn Asp Ser Lys Glu Gly Phe Phe
6935 6940 6945
Thr Tyr Ile Cys Gly Phe Ile Gln Gln Lys Leu Ala Leu Gly Gly
6950 6955 6960
Ser Val Ala Ile Lys Ile Thr Glu His Ser Trp Asn Ala Asp Leu
6965 6970 6975
Tyr Lys Leu Met Gly His Phe Ala Trp Trp Thr Ala Phe Val Thr
6980 6985 6990
Asn Val Asn Ala Ser Ser Ser Glu Ala Phe Leu Ile Gly Cys Asn
6995 7000 7005
Tyr Leu Gly Lys Pro Arg Glu Gln Ile Asp Gly Tyr Val Met His
7010 7015 7020
Ala Asn Tyr Ile Phe Trp Arg Asn Thr Asn Pro Ile Gln Leu Ser
7025 7030 7035
Ser Tyr Ser Leu Phe Asp Met Ser Lys Phe Pro Leu Lys Leu Arg
7040 7045 7050
Gly Thr Ala Val Met Ser Leu Lys Glu Gly Gln Ile Asn Asp Met
7055 7060 7065
Ile Leu Ser Leu Leu Ser Lys Gly Arg Leu Ile Ile Arg Glu Asn
7070 7075 7080
Asn Arg Val Val Ile Ser Ser Asp Val Leu Val Asn Asn
7085 7090 7095
<210> 3
<211> 1273
<212> PRT
<213> β冠状病毒SARS冠状病毒2 (betacoronavirus SARS coronavirus 2)
<400> 3
Met Phe Val Phe Leu Val Leu Leu Pro Leu Val Ser Ser Gln Cys Val
1 5 10 15
Asn Leu Thr Thr Arg Thr Gln Leu Pro Pro Ala Tyr Thr Asn Ser Phe
20 25 30
Thr Arg Gly Val Tyr Tyr Pro Asp Lys Val Phe Arg Ser Ser Val Leu
35 40 45
His Ser Thr Gln Asp Leu Phe Leu Pro Phe Phe Ser Asn Val Thr Trp
50 55 60
Phe His Ala Ile His Val Ser Gly Thr Asn Gly Thr Lys Arg Phe Asp
65 70 75 80
Asn Pro Val Leu Pro Phe Asn Asp Gly Val Tyr Phe Ala Ser Thr Glu
85 90 95
Lys Ser Asn Ile Ile Arg Gly Trp Ile Phe Gly Thr Thr Leu Asp Ser
100 105 110
Lys Thr Gln Ser Leu Leu Ile Val Asn Asn Ala Thr Asn Val Val Ile
115 120 125
Lys Val Cys Glu Phe Gln Phe Cys Asn Asp Pro Phe Leu Gly Val Tyr
130 135 140
Tyr His Lys Asn Asn Lys Ser Trp Met Glu Ser Glu Phe Arg Val Tyr
145 150 155 160
Ser Ser Ala Asn Asn Cys Thr Phe Glu Tyr Val Ser Gln Pro Phe Leu
165 170 175
Met Asp Leu Glu Gly Lys Gln Gly Asn Phe Lys Asn Leu Arg Glu Phe
180 185 190
Val Phe Lys Asn Ile Asp Gly Tyr Phe Lys Ile Tyr Ser Lys His Thr
195 200 205
Pro Ile Asn Leu Val Arg Asp Leu Pro Gln Gly Phe Ser Ala Leu Glu
210 215 220
Pro Leu Val Asp Leu Pro Ile Gly Ile Asn Ile Thr Arg Phe Gln Thr
225 230 235 240
Leu Leu Ala Leu His Arg Ser Tyr Leu Thr Pro Gly Asp Ser Ser Ser
245 250 255
Gly Trp Thr Ala Gly Ala Ala Ala Tyr Tyr Val Gly Tyr Leu Gln Pro
260 265 270
Arg Thr Phe Leu Leu Lys Tyr Asn Glu Asn Gly Thr Ile Thr Asp Ala
275 280 285
Val Asp Cys Ala Leu Asp Pro Leu Ser Glu Thr Lys Cys Thr Leu Lys
290 295 300
Ser Phe Thr Val Glu Lys Gly Ile Tyr Gln Thr Ser Asn Phe Arg Val
305 310 315 320
Gln Pro Thr Glu Ser Ile Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr Asn Leu Cys
325 330 335
Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Arg Phe Ala Ser Val Tyr Ala
340 345 350
Trp Asn Arg Lys Arg Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr Ser Val Leu
355 360 365
Tyr Asn Ser Ala Ser Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val Ser Pro
370 375 380
Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Thr Asn Val Tyr Ala Asp Ser Phe
385 390 395 400
Val Ile Arg Gly Asp Glu Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln Thr Gly
405 410 415
Lys Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Thr Gly Cys
420 425 430
Val Ile Ala Trp Asn Ser Asn Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly Gly Asn
435 440 445
Tyr Asn Tyr Leu Tyr Arg Leu Phe Arg Lys Ser Asn Leu Lys Pro Phe
450 455 460
Glu Arg Asp Ile Ser Thr Glu Ile Tyr Gln Ala Gly Ser Thr Pro Cys
465 470 475 480
Asn Gly Val Glu Gly Phe Asn Cys Tyr Phe Pro Leu Gln Ser Tyr Gly
485 490 495
Phe Gln Pro Thr Asn Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val Val
500 505 510
Leu Ser Phe Glu Leu Leu His Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly Pro Lys
515 520 525
Lys Ser Thr Asn Leu Val Lys Asn Lys Cys Val Asn Phe Asn Phe Asn
530 535 540
Gly Leu Thr Gly Thr Gly Val Leu Thr Glu Ser Asn Lys Lys Phe Leu
545 550 555 560
Pro Phe Gln Gln Phe Gly Arg Asp Ile Ala Asp Thr Thr Asp Ala Val
565 570 575
Arg Asp Pro Gln Thr Leu Glu Ile Leu Asp Ile Thr Pro Cys Ser Phe
580 585 590
Gly Gly Val Ser Val Ile Thr Pro Gly Thr Asn Thr Ser Asn Gln Val
595 600 605
Ala Val Leu Tyr Gln Asp Val Asn Cys Thr Glu Val Pro Val Ala Ile
610 615 620
His Ala Asp Gln Leu Thr Pro Thr Trp Arg Val Tyr Ser Thr Gly Ser
625 630 635 640
Asn Val Phe Gln Thr Arg Ala Gly Cys Leu Ile Gly Ala Glu His Val
645 650 655
Asn Asn Ser Tyr Glu Cys Asp Ile Pro Ile Gly Ala Gly Ile Cys Ala
660 665 670
Ser Tyr Gln Thr Gln Thr Asn Ser Pro Arg Arg Ala Arg Ser Val Ala
675 680 685
Ser Gln Ser Ile Ile Ala Tyr Thr Met Ser Leu Gly Ala Glu Asn Ser
690 695 700
Val Ala Tyr Ser Asn Asn Ser Ile Ala Ile Pro Thr Asn Phe Thr Ile
705 710 715 720
Ser Val Thr Thr Glu Ile Leu Pro Val Ser Met Thr Lys Thr Ser Val
725 730 735
Asp Cys Thr Met Tyr Ile Cys Gly Asp Ser Thr Glu Cys Ser Asn Leu
740 745 750
Leu Leu Gln Tyr Gly Ser Phe Cys Thr Gln Leu Asn Arg Ala Leu Thr
755 760 765
Gly Ile Ala Val Glu Gln Asp Lys Asn Thr Gln Glu Val Phe Ala Gln
770 775 780
Val Lys Gln Ile Tyr Lys Thr Pro Pro Ile Lys Asp Phe Gly Gly Phe
785 790 795 800
Asn Phe Ser Gln Ile Leu Pro Asp Pro Ser Lys Pro Ser Lys Arg Ser
805 810 815
Phe Ile Glu Asp Leu Leu Phe Asn Lys Val Thr Leu Ala Asp Ala Gly
820 825 830
Phe Ile Lys Gln Tyr Gly Asp Cys Leu Gly Asp Ile Ala Ala Arg Asp
835 840 845
Leu Ile Cys Ala Gln Lys Phe Asn Gly Leu Thr Val Leu Pro Pro Leu
850 855 860
Leu Thr Asp Glu Met Ile Ala Gln Tyr Thr Ser Ala Leu Leu Ala Gly
865 870 875 880
Thr Ile Thr Ser Gly Trp Thr Phe Gly Ala Gly Ala Ala Leu Gln Ile
885 890 895
Pro Phe Ala Met Gln Met Ala Tyr Arg Phe Asn Gly Ile Gly Val Thr
900 905 910
Gln Asn Val Leu Tyr Glu Asn Gln Lys Leu Ile Ala Asn Gln Phe Asn
915 920 925
Ser Ala Ile Gly Lys Ile Gln Asp Ser Leu Ser Ser Thr Ala Ser Ala
930 935 940
Leu Gly Lys Leu Gln Asp Val Val Asn Gln Asn Ala Gln Ala Leu Asn
945 950 955 960
Thr Leu Val Lys Gln Leu Ser Ser Asn Phe Gly Ala Ile Ser Ser Val
965 970 975
Leu Asn Asp Ile Leu Ser Arg Leu Asp Lys Val Glu Ala Glu Val Gln
980 985 990
Ile Asp Arg Leu Ile Thr Gly Arg Leu Gln Ser Leu Gln Thr Tyr Val
995 1000 1005
Thr Gln Gln Leu Ile Arg Ala Ala Glu Ile Arg Ala Ser Ala Asn Leu
1010 1015 1020
Ala Ala Thr Lys Met Ser Glu Cys Val Leu Gly Gln Ser Lys Arg Val
1025 1030 1035 1040
Asp Phe Cys Gly Lys Gly Tyr His Leu Met Ser Phe Pro Gln Ser Ala
1045 1050 1055
Pro His Gly Val Val Phe Leu His Val Thr Tyr Val Pro Ala Gln Glu
1060 1065 1070
Lys Asn Phe Thr Thr Ala Pro Ala Ile Cys His Asp Gly Lys Ala His
1075 1080 1085
Phe Pro Arg Glu Gly Val Phe Val Ser Asn Gly Thr His Trp Phe Val
1090 1095 1100
Thr Gln Arg Asn Phe Tyr Glu Pro Gln Ile Ile Thr Thr Asp Asn Thr
1105 1110 1115 1120
Phe Val Ser Gly Asn Cys Asp Val Val Ile Gly Ile Val Asn Asn Thr
1125 1130 1135
Val Tyr Asp Pro Leu Gln Pro Glu Leu Asp Ser Phe Lys Glu Glu Leu
1140 1145 1150
Asp Lys Tyr Phe Lys Asn His Thr Ser Pro Asp Val Asp Leu Gly Asp
1155 1160 1165
Ile Ser Gly Ile Asn Ala Ser Val Val Asn Ile Gln Lys Glu Ile Asp
1170 1175 1180
Arg Leu Asn Glu Val Ala Lys Asn Leu Asn Glu Ser Leu Ile Asp Leu
1185 1190 1195 1200
Gln Glu Leu Gly Lys Tyr Glu Gln Tyr Ile Lys Trp Pro Trp Tyr Ile
1205 1210 1215
Trp Leu Gly Phe Ile Ala Gly Leu Ile Ala Ile Val Met Val Thr Ile
1220 1225 1230
Met Leu Cys Cys Met Thr Ser Cys Cys Ser Cys Leu Lys Gly Cys Cys
1235 1240 1245
Ser Cys Gly Ser Cys Cys Lys Phe Asp Glu Asp Asp Ser Glu Pro Val
1250 1255 1260
Leu Lys Gly Val Lys Leu His Tyr Thr
1265 1270
<210> 4
<211> 220
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列表面糖蛋白RBD[SARS-CoV-2];
GenBank: QHD43416.1; January 23, 2020
<400> 4
Asn Ile Thr Asn Leu Cys Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Arg
1 5 10 15
Phe Ala Ser Val Tyr Ala Trp Asn Arg Lys Arg Ile Ser Asn Cys Val
20 25 30
Ala Asp Tyr Ser Val Leu Tyr Asn Ser Ala Ser Phe Ser Thr Phe Lys
35 40 45
Cys Tyr Gly Val Ser Pro Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Thr Asn
50 55 60
Val Tyr Ala Asp Ser Phe Val Ile Arg Gly Asp Glu Val Arg Gln Ile
65 70 75 80
Ala Pro Gly Gln Thr Gly Lys Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro
85 90 95
Asp Asp Phe Thr Gly Cys Val Ile Ala Trp Asn Ser Asn Asn Leu Asp
100 105 110
Ser Lys Val Gly Gly Asn Tyr Asn Tyr Leu Tyr Arg Leu Phe Arg Lys
115 120 125
Ser Asn Leu Lys Pro Phe Glu Arg Asp Ile Ser Thr Glu Ile Tyr Gln
130 135 140
Ala Gly Ser Thr Pro Cys Asn Gly Val Glu Gly Phe Asn Cys Tyr Phe
145 150 155 160
Pro Leu Gln Ser Tyr Gly Phe Gln Pro Thr Asn Gly Val Gly Tyr Gln
165 170 175
Pro Tyr Arg Val Val Val Leu Ser Phe Glu Leu Leu His Ala Pro Ala
180 185 190
Thr Val Cys Gly Pro Lys Lys Ser Thr Asn Leu Val Lys Asn Lys Cys
195 200 205
Val Asn Phe Asn Phe Asn Gly Leu Thr Gly Thr Gly
210 215 220
<210> 5
<211> 72
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 表面糖蛋白RBM[SARS-CoV-2]中的受体结合
基序(RBM); GenBank: QHD43416.1; 2020年1月23日
<400> 5
Asn Ser Asn Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly Gly Asn Tyr Asn Tyr Leu
1 5 10 15
Tyr Arg Leu Phe Arg Lys Ser Asn Leu Lys Pro Phe Glu Arg Asp Ile
20 25 30
Ser Thr Glu Ile Tyr Gln Ala Gly Ser Thr Pro Cys Asn Gly Val Glu
35 40 45
Gly Phe Asn Cys Tyr Phe Pro Leu Gln Ser Tyr Gly Phe Gln Pro Thr
50 55 60
Asn Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr
65 70
<210> 6
<211> 330
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 CH1-CH3 LS G1m17 IgHG1*01
<400> 6
Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys
1 5 10 15
Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr
20 25 30
Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser
35 40 45
Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser
50 55 60
Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr
65 70 75 80
Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys
85 90 95
Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys
100 105 110
Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro
115 120 125
Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys
130 135 140
Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp
145 150 155 160
Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu
165 170 175
Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu
180 185 190
His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn
195 200 205
Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly
210 215 220
Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu
225 230 235 240
Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr
245 250 255
Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn
260 265 270
Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe
275 280 285
Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn
290 295 300
Val Phe Ser Cys Ser Val Leu His Glu Ala Leu His Ser His Tyr Thr
305 310 315 320
Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
325 330
<210> 7
<211> 330
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 CH1-CH3 LS, ALE G1m17 IgHG1*01
<400> 7
Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys
1 5 10 15
Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr
20 25 30
Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser
35 40 45
Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser
50 55 60
Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr
65 70 75 80
Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys
85 90 95
Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys
100 105 110
Pro Ala Pro Glu Leu Leu Ala Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro
115 120 125
Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys
130 135 140
Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp
145 150 155 160
Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu
165 170 175
Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu
180 185 190
His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn
195 200 205
Lys Ala Leu Pro Leu Pro Glu Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly
210 215 220
Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu
225 230 235 240
Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr
245 250 255
Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn
260 265 270
Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe
275 280 285
Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn
290 295 300
Val Phe Ser Cys Ser Val Leu His Glu Ala Leu His Ser His Tyr Thr
305 310 315 320
Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
325 330
<210> 8
<211> 106
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 CL IgLC*01
<400> 8
Gly Gln Pro Lys Ala Ala Pro Ser Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser
1 5 10 15
Glu Glu Leu Gln Ala Asn Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Ile Ser Asp
20 25 30
Phe Tyr Pro Gly Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Ser Ser Pro
35 40 45
Val Lys Ala Gly Val Glu Thr Thr Thr Pro Ser Lys Gln Ser Asn Asn
50 55 60
Lys Tyr Ala Ala Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys
65 70 75 80
Ser His Arg Ser Tyr Ser Cys Gln Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val
85 90 95
Glu Lys Thr Val Ala Pro Thr Glu Cys Ser
100 105
<210> 9
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 CL (CK) k1m3 IgKC*01
<400> 9
Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu
1 5 10 15
Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe
20 25 30
Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln
35 40 45
Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser
50 55 60
Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu
65 70 75 80
Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser
85 90 95
Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
100 105
<210> 10
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成接头序列
<400> 10
Gly Ser Thr Ser Gly Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly Ser Thr
1 5 10 15
Lys Gly
<210> 11
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成接头序列
<400> 11
Gly Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly
1 5 10
<210> 12
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成接头序列
<400> 12
Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly
1 5
<210> 13
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成接头序列
<400> 13
Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu
1 5
<210> 14
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成接头序列
<220>
<221> VARIANT
<222> 1
<223> Xaa = 带正电荷的氨基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> (3)...(5)
<223> Xaa = 甘氨酸 (G) 或丝氨酸 (S)
<220>
<221> VARIANT
<222> 6
<223> Xaa = 甘氨酸 (G) 或带负电荷的氨基酸
<400> 14
Xaa Pro Xaa Xaa Xaa Xaa
1 5
<210> 15
<211> 110
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成接头序列
<220>
<221> VARIANT
<222> (2)...(10)
<223> 氨基酸2-10中的任一者或全部可以存在或不存在
<220>
<221> VARIANT
<222> (12)...(110)
<223> 氨基酸12-110中的任一者或全部可以存在或不存在
<400> 15
Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly
1 5 10 15
Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly
20 25 30
Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
35 40 45
Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly
50 55 60
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
65 70 75 80
Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly
85 90 95
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser
100 105 110
<210> 16
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成接头序列
<400> 16
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
1 5 10 15
<210> 17
<211> 50
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成接头序列
<400> 17
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
20 25 30
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
35 40 45
Gly Ser
50
<210> 18
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成接头序列
<400> 18
Gly Ser Thr Ser Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
1 5 10 15
Ser Ser
<210> 19
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成接头序列
<400> 19
Glu Gly Lys Ser Ser Gly Ser Gly Ser Glu Ser Lys Val Asp
1 5 10
<210> 20
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成接头序列
<400> 20
Lys Glu Ser Gly Ser Val Ser Ser Glu Gln Leu Ala Gln Phe Arg Ser
1 5 10 15
Leu Asp
<210> 21
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成接头序列
<400> 21
Gly Gly Gly Gly Ser
1 5
<210> 22
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb VH
<400> 22
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Ile Val Ser Ser Asn
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ser Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Asp Arg Gln Tyr Ser Gly Ser Pro Ser Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 23
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb CDRH1
<400> 23
Gly Phe Ile Val Ser Ser Asn Tyr
1 5
<210> 24
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb CDRH2
<400> 24
Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr
1 5
<210> 25
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb CDRH3
<400> 25
Ala Arg Asp Arg Gln Tyr Ser Gly Ser Pro Ser Phe Asp Tyr
1 5 10
<210> 26
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb VL(VK)
<400> 26
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Thr Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Tyr Ser Thr Pro Gly
85 90 95
Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105
<210> 27
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb CDRL1
<400> 27
Gln Ser Ile Ser Ser Tyr
1 5
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<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb CDRL2
<400> 28
Thr Ala Ser
1
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<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb CDRL3
<400> 29
Gln Gln Ser Tyr Ser Thr Pro Gly Leu Thr
1 5 10
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<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v2 mAb VH
<400> 30
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Ile Val Ser Ser Asn
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Glu Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ser Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Asp Arg Gln Tyr Ser Gly Ser Pro Ser Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v2 mAb CDRH2
<400> 31
Val Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Glu Ser Val Lys Gly
1 5 10 15
<210> 32
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v3 mAb VH
<400> 32
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Ile Val Ser Ser Asn
20 25 30
Tyr Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ser Val Tyr Tyr Cys Ala
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Arg Asp Arg Gln Tyr Ser Gly Ser Pro Ser Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
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<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
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<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v4 mAb VH
<400> 34
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Ile Val Ser Ser Asn
20 25 30
Tyr Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Glu Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ser Val Tyr Tyr Cys Ala
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Arg Asp Arg Gln Tyr Ser Gly Ser Pro Ser Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 35
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v5 mAb VH
<400> 35
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Ile Val Ser Ser Asn
20 25 30
Tyr Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ala Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ser Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Asp Arg Gln Tyr Ser Gly Ser Pro Ser Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
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<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v5 mAb CDRH2
<400> 36
Val Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ala Val Lys Gly
1 5 10 15
<210> 37
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb VH
<400> 37
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Asp Ser Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ala Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Trp Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Asn Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val
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65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
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<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb CDRH1
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Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Trp
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<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb CDRH2
<400> 39
Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys
1 5
<210> 40
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb CDRH3
<400> 40
Ala Leu Ser Ser Gly Tyr Ser Gly Tyr Ala Gly Asn Tyr
1 5 10
<210> 41
<211> 110
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb VL
<400> 41
Gln Ala Val Val Thr Gln Glu Pro Ser Leu Thr Val Ser Pro Gly Gly
1 5 10 15
Thr Val Thr Leu Thr Cys Gly Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Ser Gly
20 25 30
His Tyr Pro Tyr Trp Phe Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Thr
35 40 45
Leu Ile Tyr Asp Thr Ser Asn Lys His Ser Trp Thr Pro Ala Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Leu Leu Gly Gly Lys Ala Ala Leu Thr Leu Ser Gly Ala
65 70 75 80
Arg Pro Glu Asp Glu Ala Glu Tyr Tyr Cys Leu Leu Ser Tyr Ser Gly
85 90 95
Ala Arg Gly Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu
100 105 110
<210> 42
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb CDRL1
<400> 42
Thr Gly Ala Val Thr Ser Gly His Tyr
1 5
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<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb CDRL2
<400> 43
Asp Thr Ser
1
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<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb CDRL3
<400> 44
Leu Leu Ser Tyr Ser Gly Ala Arg Gly Val
1 5 10
<210> 45
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v2 mAb VH
<400> 45
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Asp Ser Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ala Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Phe Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Asn Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val
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100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 46
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v2 mAb CDRH1
<400> 46
Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Phe Met Asn
1 5 10
<210> 47
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v3 mAb VH
<400> 47
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Asp Ser Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ala Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
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Trp Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
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<210> 48
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v3 mAb CDRH2
<400> 48
Asn Ile Lys Gln Glu Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
<210> 49
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v4 mAb VH
<400> 49
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Asp Ser Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ala Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Phe Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Ala Asn Ile Lys Gln Glu Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val
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Ala Leu Ser Ser Gly Tyr Ser Gly Tyr Ala Gly Asn Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 50
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v5 mAb VH
<400> 50
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Asp Ser Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ala Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Phe Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Asn Ile Lys Gln Asp Ala Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr
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Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Leu Ser Ser Gly Tyr Ser Gly Tyr Ala Gly Asn Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 51
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v5 mAb CDRH2
<400> 51
Asn Ile Lys Gln Asp Ala Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
<210> 52
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v6 mAb VH
<400> 52
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Asp Ser Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ala Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Tyr Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Asn Ile Lys Gln Glu Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Leu Ser Ser Gly Tyr Ser Gly Tyr Ala Gly Asn Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 53
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v6 mAb CDRH1
<400> 53
Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Tyr Met Asn
1 5 10
<210> 54
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb VH
<400> 54
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Arg Ile Lys Ser Lys Thr Asp Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala
50 55 60
Pro Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Thr
65 70 75 80
Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
85 90 95
Tyr Cys Thr Thr Gly Ser Glu Thr Tyr Tyr Tyr Asp Ser Ser Gly Pro
100 105 110
Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 55
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb CDRH1
<400> 55
Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala Trp Met Ser
1 5 10
<210> 56
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb CDRH2
<400> 56
Arg Ile Lys Ser Lys Thr Asp Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala Pro
1 5 10 15
Val Lys Gly
<210> 57
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb CDRH3
<400> 57
Gly Ser Glu Thr Tyr Tyr Tyr Asp Ser Ser Gly Pro Phe Asp Tyr
1 5 10 15
<210> 58
<211> 110
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb VL
<400> 58
Asn Phe Met Leu Thr Gln Pro His Ser Val Ser Glu Ser Pro Gly Lys
1 5 10 15
Thr Val Thr Ile Ser Cys Thr Arg Ser Ser Gly Ser Ile Ala Ser Asn
20 25 30
Tyr Val Gln Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Ser Ser Pro Thr Thr Val
35 40 45
Ile Tyr Glu Asp Asn Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Ile Asp Ser Ser Ser Asn Ser Ala Ser Leu Thr Ile Ser Gly
65 70 75 80
Leu Lys Thr Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser
85 90 95
Ser Asn Gln Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu
100 105 110
<210> 59
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb CDRL1
<400> 59
Thr Arg Ser Ser Gly Ser Ile Ala Ser Asn Tyr Val Gln
1 5 10
<210> 60
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb CDRL2
<400> 60
Glu Asp Asn Gln Arg Pro Ser
1 5
<210> 61
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v1 mAb CDRL3
<400> 61
Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Asn Gln Val
1 5
<210> 62
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v2 mAb VH
<400> 62
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Phe Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Arg Ile Lys Ser Lys Thr Asp Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala
50 55 60
Pro Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Thr
65 70 75 80
Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
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115 120 125
<210> 63
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v2 mAb CDRH1
<400> 63
Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala Phe Met Ser
1 5 10
<210> 64
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v3 mAb VH
<400> 64
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Arg Ile Lys Ser Lys Thr Glu Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala
50 55 60
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65 70 75 80
Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
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100 105 110
Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 65
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v3 mAb CDRH2
<400> 65
Arg Ile Lys Ser Lys Thr Glu Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala Pro
1 5 10 15
Val Lys Gly
<210> 66
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v4 mAb VH
<400> 66
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Phe Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Arg Ile Lys Ser Lys Thr Asp Ala Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala
50 55 60
Pro Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Thr
65 70 75 80
Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
85 90 95
Tyr Cys Thr Thr Gly Ser Glu Thr Tyr Tyr Tyr Asp Ser Ser Gly Pro
100 105 110
Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 67
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v4 mAb CDRH2
<400> 67
Arg Ile Lys Ser Lys Thr Asp Ala Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala Pro
1 5 10 15
Val Lys Gly
<210> 68
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v5 mAb VH
<400> 68
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Phe Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Gly Arg Ile Lys Ser Lys Thr Glu Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala
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65 70 75 80
Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
85 90 95
Tyr Cys Thr Thr Gly Ser Glu Thr Tyr Tyr Tyr Asp Ser Ser Gly Pro
100 105 110
Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
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<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v6 mAb VH
<400> 69
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Ala
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Arg Ile Lys Ser Lys Thr Glu Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala
50 55 60
Pro Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Thr
65 70 75 80
Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
85 90 95
Tyr Cys Thr Thr Gly Ser Glu Thr Tyr Tyr Tyr Asp Ser Ser Gly Pro
100 105 110
Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
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<211> 10
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<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H14-v6 mAb CDRH1
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<211> 119
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb VH
<400> 71
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Trp Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Asn Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Phe
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Val Trp Trp Leu Arg Gly Ser Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
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<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb CDRH1
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Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Trp
1 5
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<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb CDRH2
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb CDRH3
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Ala Arg Val Trp Trp Leu Arg Gly Ser Phe Asp Tyr
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb VL
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Asn Phe Met Leu Thr Gln Pro His Ser Val Ser Glu Ser Pro Gly Lys
1 5 10 15
Thr Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Gly Ser Ile Ala Ser Asn
20 25 30
Tyr Val Gln Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Ser Ala Pro Thr Thr Val
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Ile Tyr Glu Asp Asn Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Ile Asp Ser Ser Ser Asn Ser Ala Ser Leu Thr Ile Ser Gly
65 70 75 80
Leu Lys Thr Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser
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<211> 8
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Ser Gly Ser Ile Ala Ser Asn Tyr
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb CDRL3
<400> 78
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<211> 358
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb VH
<400> 79
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtccagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cacctttagt agctattgga tgaactgggt ccgccaggct 120
ccagggaagg ggctggagtg ggtggccaac ataaagcaag atggaagtga gaaatactat 180
gtggactctg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca acgccaagaa ctcactgttt 240
ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagagtctgg 300
tggctacgag gttcctttga ctactggggc cagggaaccc tggtcaccgt ctcctcag 358
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<211> 334
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A4-v1 mAb VL
<400> 80
aattttatgc tgactcagcc ccactctgtg tcggagtctc cggggaagac ggtaaccatc 60
tcctgcaccg gcagcagtgg cagcattgcc agcaactatg tgcagtggta ccagcagcgc 120
ccgggcagtg cccccaccac tgtgatctat gaggataacc aaagaccctc tggggtccct 180
gatcggttct ctggctccat cgacagctcc tccaactctg cctccctcac catctctgga 240
ctgaagactg aggacgaggc tgactactac tgtcagtctt atgatagcag caatcatgtg 300
gtattcggcg gagggaccaa gctgaccgtc ctag 334
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<211> 128
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb VH
<400> 81
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asp Asp Tyr
20 25 30
Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Arg Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Trp Asn Ser Gly Ser Ile Gly Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Leu Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Glu Val Gly Lys Asn Tyr Tyr Asp Ser Ser Gly Tyr Glu Arg
100 105 110
Asp Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
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<211> 8
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<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb CDRH1
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Gly Phe Thr Phe Asp Asp Tyr Ala
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<211> 8
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<213> 人工序列
<220>
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb CDRH3
<400> 84
Ala Lys Glu Val Gly Lys Asn Tyr Tyr Asp Ser Ser Gly Tyr Glu Arg
1 5 10 15
Asp Tyr Phe Asp Tyr
20
<210> 85
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb VL
<400> 85
Ser Tyr Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ala Pro Gly Lys
1 5 10 15
Thr Ala Arg Ile Thr Cys Gly Gly Asn Asn Ile Gly Ser Lys Ser Val
20 25 30
His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Val Leu Val Ile Tyr
35 40 45
Tyr Asp Ser Asp Arg Pro Ser Gly Ile Pro Glu Arg Phe Ser Gly Ser
50 55 60
Asn Ser Gly Asn Thr Ala Thr Leu Thr Ile Ser Arg Val Glu Ala Gly
65 70 75 80
Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Val Trp Asp Ser Ser Ser Asp His
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Tyr Val Phe Gly Thr Gly Thr Lys Val Thr Val Leu
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<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb CDRL1
<400> 86
Asn Ile Gly Ser Lys Ser
1 5
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<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb CDRL2
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Tyr Asp Ser
1
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<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb CDRL3
<400> 88
Gln Val Trp Asp Ser Ser Ser Asp His Tyr Val
1 5 10
<210> 89
<211> 385
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb VH
<400> 89
gaagtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtacagc ctggcaggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cacctttgat gattatgcca tgcactgggt ccggcaagct 120
ccagggaagg gcctgcggtg ggtctcaggt attagttgga atagtggtag cataggctat 180
gcggactctg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca acgccaagaa ctccctgtat 240
ctgcaaatga acagtctgag agctgaggac acggccttgt attactgtgc aaaagaggtg 300
ggaaagaatt actatgatag tagtggttat gaaagggact actttgacta ctggggccag 360
ggaaccctgg tcaccgtctc ctcag 385
<210> 90
<211> 325
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A5-v1 mAb VL
<400> 90
tcctatgtgc tgactcagcc accctcagtg tcagtggccc caggaaagac ggccaggatt 60
acctgtgggg gaaacaacat tggaagtaaa agtgtgcact ggtaccagca gaagccaggc 120
caggcccctg tgctggtcat ctattatgat agcgaccggc cctcagggat ccctgagcga 180
ttctctggct ccaactctgg gaacacggcc accctgacca tcagcagggt cgaagccggg 240
gatgaggccg actattactg tcaggtgtgg gatagtagta gtgatcatta tgtcttcgga 300
actgggacca aggtcaccgt cctag 325
<210> 91
<211> 127
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb VH
<400> 91
Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Gln
1 5 10 15
Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Gly Gly Ser Ile Ser Ser Gly
20 25 30
Asp Tyr Tyr Trp Ser Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu
35 40 45
Trp Ile Gly Tyr Ile Tyr Tyr Ser Gly Ser Thr Tyr Tyr Asn Pro Ser
50 55 60
Leu Lys Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Ser Ser Lys Asn Gln Phe
65 70 75 80
Ser Leu Arg Leu Ser Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Tyr
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Cys Ala Arg Gly Ile Lys Asp Ala Tyr Cys Gly Gly Asp Cys Tyr His
100 105 110
Ala Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 92
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb CDRH1
<400> 92
Gly Gly Ser Ile Ser Ser Gly Asp Tyr Tyr
1 5 10
<210> 93
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb CDRH2
<400> 93
Ile Tyr Tyr Ser Gly Ser Thr
1 5
<210> 94
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb CDRH3
<400> 94
Ala Arg Gly Ile Lys Asp Ala Tyr Cys Gly Gly Asp Cys Tyr His Ala
1 5 10 15
Phe Asp Ile
<210> 95
<211> 109
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb VL(VK)
<400> 95
Ser Tyr Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ala Pro Gly Gln
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Thr Ala Arg Ile Thr Cys Gly Gly Asn Asn Ile Gly Ser Lys Ser Val
20 25 30
His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Val Leu Val Val Tyr
35 40 45
Asp Asp Ser Asp Arg Pro Ser Gly Ile Pro Glu Arg Phe Ser Gly Ser
50 55 60
Asn Ser Gly Asn Thr Ala Thr Leu Thr Ile Ser Arg Val Glu Ala Gly
65 70 75 80
Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Val Trp Asp Ser Thr Ser Asp His
85 90 95
Pro Asn Val Phe Gly Thr Gly Thr Lys Val Thr Val Leu
100 105
<210> 96
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb CDRL1
<400> 96
Asn Ile Gly Ser Lys Ser
1 5
<210> 97
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb CDRL2
<400> 97
Asp Asp Ser
1
<210> 98
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb CDRL3
<400> 98
Gln Val Trp Asp Ser Thr Ser Asp His Pro Asn Val
1 5 10
<210> 99
<211> 382
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb VH
<400> 99
caggtgcagc tgcaggagtc gggcccagga ctggtgaagc cttcacagac cctgtccctc 60
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<210> 100
<211> 328
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A10-v1 mAb VL(VK)
<400> 100
tcctatgtgc tgactcagcc accctcggtg tcagtggccc caggacagac ggccaggatt 60
acctgtgggg gaaacaacat tggaagtaaa agtgtgcact ggtaccagca gaagccaggc 120
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<210> 101
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb VH
<400> 101
Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Gly
1 5 10 15
Thr Leu Ser Leu Thr Cys Ala Val Ser Gly Gly Ser Ile Ser Ser Ser
20 25 30
Asn Trp Trp Ser Trp Val Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp
35 40 45
Ile Gly Glu Ile Tyr His Ser Gly Asn Thr Asn Tyr Asn Pro Ser Leu
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Lys Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Lys Ser Lys Asn Gln Phe Ser
65 70 75 80
Leu Lys Leu Thr Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Ser Arg Tyr Cys Ser Ser Thr Ser Cys Pro Asn Trp Phe Asp Pro
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Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
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<210> 102
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb CDRH1
<400> 102
Gly Gly Ser Ile Ser Ser Ser Asn Trp
1 5
<210> 103
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb CDRH2
<400> 103
Ile Tyr His Ser Gly Asn Thr
1 5
<210> 104
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb CDRH3
<400> 104
Ala Ser Arg Tyr Cys Ser Ser Thr Ser Cys Pro Asn Trp Phe Asp Pro
1 5 10 15
<210> 105
<211> 110
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb VL
<400> 105
Gln Ser Ala Leu Thr Gln Pro Ala Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln
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Ser Ile Thr Ile Ser Cys Thr Gly Thr Ser Ser Asp Val Gly Ser Tyr
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Asn Leu Val Ser Trp Tyr Gln Gln His Pro Gly Lys Ala Pro Lys Phe
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Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Cys Ser Tyr Ala Gly Ser
85 90 95
Ser Thr Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu
100 105 110
<210> 106
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb CDRL1
<400> 106
Ser Ser Asp Val Gly Ser Tyr Asn Leu
1 5
<210> 107
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb CDRL2
<400> 107
Glu Gly Ser
1
<210> 108
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb CDRL3
<400> 108
Cys Ser Tyr Ala Gly Ser Ser Thr Trp Val
1 5 10
<210> 109
<211> 370
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb VH
<400> 109
caggtgcagc tgcaggagtc gggcccagga ctggtgaagc cttcggggac cctgtccctc 60
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A15-v1 mAb VL
<400> 110
cagtctgccc tgactcagcc tgcctccgtg tctgggtctc ctggacagtc gatcaccatc 60
tcctgcactg gaaccagcag tgatgttggg agttataacc ttgtctcctg gtaccaacag 120
cacccaggca aagcccccaa attcatgatt tatgagggca gtaagcggcc ctcaggggtt 180
tctaatcgct tctctggctc caagtctggc aacacggcct ccctgacaat ctctgggctc 240
caggctgagg acgaggctga ttattactgc tgctcatatg caggtagtag cacttgggtg 300
ttcggcggag ggaccaagct gaccgtccta g 331
<210> 111
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb VH
<400> 111
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Phe
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Asn Asn Lys Phe Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
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65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb CDRH1
<400> 112
Gly Phe Thr Phe Ser Asn Phe Gly
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<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb CDRH2
<400> 113
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<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb CDRH3
<400> 114
Ala Lys Pro Thr Val Ser Phe Gly Val Val Ile Asp Ala Phe Asp Ile
1 5 10 15
<210> 115
<211> 112
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb VL(VK)
<400> 115
Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Ser Ile Asn Cys Lys Ser Ser Gln Ser Val Leu Tyr Ser
20 25 30
Ser Asn Asn Lys Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln
35 40 45
Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val
50 55 60
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr
65 70 75 80
Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln
85 90 95
Tyr Tyr Arg Ile Ile Thr Phe Gly Gln Gly Thr Arg Leu Glu Ile Lys
100 105 110
<210> 116
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb CDRL1
<400> 116
Gln Ser Val Leu Tyr Ser Ser Asn Asn Lys Asn Tyr
1 5 10
<210> 117
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb CDRL2
<400> 117
Trp Ala Ser
1
<210> 118
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb CDRL3
<400> 118
Gln Gln Tyr Tyr Arg Ile Ile Thr
1 5
<210> 119
<211> 370
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb VH
<400> 119
caggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc gtggtccagc ctgggaggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cacgttcagt aactttggca tgcactgggt ccgccaggct 120
ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaaataa taaattctat 180
gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240
ctgcaaatga acagcctgag agctgaggac acggctgtgt attactgtgc gaaacccacc 300
gtatcttttg gagtggttat tgatgctttt gatatctggg gccaagggac aatggtcacc 360
gtctcttcag 370
<210> 120
<211> 337
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v1 mAb VL(VK)
<400> 120
gacatcgtga tgacccagtc tccagactcc ctggctgtgt ctctgggcga gagggccagc 60
atcaactgca agtccagcca gagtgtttta tacagctcca acaataagaa ctacttagct 120
tggtaccagc agaaaccagg acagcctcct aagctgctca tttactgggc atctacccgg 180
gaatccgggg tccctgaccg attcagtggc agcgggtctg ggacagattt cactctcacc 240
atcagcagcc tgcaggctga agatgtggca gtttattact gtcagcaata ttatagaatt 300
atcaccttcg gccaagggac acgactggag attaaac 337
<210> 121
<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb VH
<400> 121
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Gly Ser Gly Phe Ser Val Ser Asn His
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Gly Gly Ser Asp Ser Thr Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Ala Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Asp Asp Thr Ala Ile Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Asn Tyr Thr Ser Thr Trp Phe Pro Phe Asp Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Gln Val Ile Val Ser Ser
115 120
<210> 122
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb CDRH1
<400> 122
Gly Phe Ser Val Ser Asn His Ala
1 5
<210> 123
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb CDRH2
<400> 123
Ile Gly Gly Ser Asp Ser Thr Thr
1 5
<210> 124
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb CDRH3
<400> 124
Ala Lys Asp Asn Tyr Thr Ser Thr Trp Phe Pro Phe Asp Tyr
1 5 10
<210> 125
<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb VL
<400> 125
Asp Val Val Met Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Leu Gly
1 5 10 15
Gln Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser His Ser Leu Val His Gly
20 25 30
Asp Gly Asn Thr Tyr Leu Asn Trp Phe Gln Gln Arg Pro Gly Gln Ser
35 40 45
Pro Arg Arg Leu Ile His Lys Val Ser Asn Arg Asp Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile
65 70 75 80
Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Met Gln Gly
85 90 95
Ser Tyr Trp Pro Pro Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile
100 105 110
Asn
<210> 126
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb CDRL1
<400> 126
His Ser Leu Val His Gly Asp Gly Asn Thr Tyr
1 5 10
<210> 127
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb CDRL2
<400> 127
Lys Val Ser
1
<210> 128
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb CDRL3
<400> 128
Met Gln Gly Ser Tyr Trp Pro Pro Trp Thr
1 5 10
<210> 129
<211> 364
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb VH
<400> 129
gaggtgcaac tgttggagtc tgggggaggc ttggtacagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgcgcag gctctggatt cagtgttagc aaccatgcca tgagctgggt ccgccaggct 120
ccagggaagg ggctggagtg ggtctcagca attggtggaa gtgacagtac tacatactac 180
gcagactctg tgaagggccg gttcgccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240
ctgcaaatga acagcctgag agccgacgac acggccatat attactgtgc caaagacaac 300
tataccagta cctggttccc ctttgactac tggggccagg gaacccaggt catcgtctcc 360
tcag 364
<210> 130
<211> 340
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2F1-v1 mAb VL(VK)
<400> 130
gatgttgtga tgactcagtc tccactctct ctgcccgtca cccttgggca gccggcctcc 60
atctcctgca ggtctagtca cagtctcgta cacggtgatg gaaacaccta cttgaattgg 120
tttcagcaga ggcctggcca atctccaagg cgcctgattc ataaggtttc taaccgggac 180
tctggggtcc ctgacagatt cagcggcagt gggtcaggca ctgatttcac actgaagatc 240
agcagggtgg aggctgagga tgttggggtt tattactgca tgcaaggttc atattggccc 300
ccgtggacgt tcggccaagg gaccaaggtg gaaatcaatc 340
<210> 131
<211> 361
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb VH
<400> 131
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtccagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt catcgtcagt agtaattaca tgagctgggt ccgccaggct 120
ccagggaagg ggctggagtg ggtctcagtt atttatagtg gtggtagcac atactacgca 180
gactccgtga agggcagatt caccatctcc agagacaatt ccaagaacac gctgtatctt 240
caaatgaaca gcctgagagc cgaggacacg tctgtgtatt actgtgcgag agatcggcag 300
tatagtggga gccccagctt tgactactgg ggccagggaa ccctggtcac cgtctcctca 360
g 361
<210> 132
<211> 325
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1 mAb VL(VK)
<400> 132
gacatccaga tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgcc gggcaagtca gagcattagc agctatttaa attggtatca gcagaaacca 120
gggaaagccc ctaagctcct gatctatact gcatccagtt tgcaaagtgg ggtcccatca 180
aggttcagtg gcagtggatc tgggacagat ttcactctca ccatcagcag tctgcaacct 240
gaagattttg caacttacta ctgtcaacag agttacagta cccctgggct cactttcggc 300
ggagggacca aggtggagat caaac 325
<210> 133
<211> 361
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb VH
<400> 133
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggagac tcggtccagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag ccgctggatt cacctttagt agctattgga tgaactgggt ccgccaggca 120
ccagggaagg ggctggagtg ggtggccaac ataaagcaag atggaagtga gaaatactat 180
gtggactctg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca acgccaagaa ctcactgtat 240
ctacaaatga acagcctgag agccgaggac acggccgtgt attactgtgc gctatcatca 300
ggatatagtg gctacgcagg taactactgg ggccagggaa ccctggtcac cgtctcctca 360
g 361
<210> 134
<211> 331
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1 mAb VL
<400> 134
caggctgtgg tgactcagga gccctcactg actgtgtccc caggagggac agtcactctc 60
acctgtggct ccagcactgg agctgtcacc agtggtcatt atccctactg gttccagcag 120
aagcctggcc aagcccccag gacactgatt tatgatacaa gcaacaaaca ctcctggacc 180
cctgcccgat tctcaggctc cctccttggg ggcaaagctg ccctgaccct ttcgggtgcg 240
cggcctgagg atgaggctga gtattactgc ttgctctcct atagtggtgc tcggggggtg 300
ttcggcggag ggaccaagct gaccgtccta g 331
<210> 135
<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb VH
<400> 135
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Val Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Gly Val Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Asp Trp Val
35 40 45
Ala Tyr Ile Gln Tyr Asp Gly Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Phe Lys Asn Thr Leu His
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys
85 90 95
Ala Lys Leu Ser Val Ala Gly Ser Phe Gly Pro Phe Asp Ile Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 136
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb CDRH1
<400> 136
Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr Gly
1 5
<210> 137
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb CDRH2
<400> 137
Ile Gln Tyr Asp Gly Ser Asn Lys
1 5
<210> 138
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb CDRH3
<400> 138
Ala Lys Leu Ser Val Ala Gly Ser Phe Gly Pro Phe Asp Ile
1 5 10
<210> 139
<211> 111
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb VL
<400> 139
Gln Ser Ala Leu Thr Gln Pro Ala Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln
1 5 10 15
Ser Ile Thr Ile Ser Cys Thr Gly Thr Ser Asn Asp Val Gly Gly Phe
20 25 30
Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln His Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu
35 40 45
Leu Ile Tyr Glu Val Ser Ser Arg Pro Ser Gly Val Ser Thr Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Ala Asn Thr Ala Ser Leu Thr Val Ser Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gly Ser Tyr Ser Ser Thr
85 90 95
Asn Thr Leu Val Val Phe Gly Ser Gly Thr Lys Val Thr Val Leu
100 105 110
<210> 140
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb CDRL1
<400> 140
Ser Asn Asp Val Gly Gly Phe Asn Tyr
1 5
<210> 141
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb CDRL2
<400> 141
Glu Val Ser
1
<210> 142
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb CDRL3
<400> 142
Gly Ser Tyr Ser Ser Thr Asn Thr Leu Val Val
1 5 10
<210> 143
<211> 364
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb VH
<400> 143
caggtgcagt tggtggagtc tgggggaggc gtggtccagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgtag cgtccgggtt caccttcagt gactatggag ttaactgggt ccgccaggct 120
ccaggcaagg ggctggactg ggtggcatat atacaatatg atggaagtaa taaatactat 180
gcggactccg tgaagggccg attcaccatc tcccgagaca atttcaagaa cacgctgcat 240
cttcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt atttctgtgc gaagctttca 300
gtggctggtt ctttcggtcc ttttgatatc tggggccaag ggacattggt caccgtctct 360
tcag 364
<210> 144
<211> 334
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R5-v1 mAb VL
<400> 144
cagtctgccc tgactcagcc tgcctccgtg tctgggtctc ctggacagtc gatcaccatc 60
tcctgcactg gaaccagcaa tgacgttggt ggttttaact atgtctcctg gtaccaacaa 120
cacccaggca aagcccccaa actcctgatt tatgaggtca gtagtcggcc ctcaggggtc 180
tctactcgct tctctggctc caagtctgcc aacacggcct ccctgaccgt ctctgggctc 240
caggctgagg acgaggctga ttattactgc ggctcatatt caagcaccaa cactctcgtt 300
gtcttcggaa gtgggaccaa ggtcaccgtc ctag 334
<210> 145
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb VH
<400> 145
Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Arg Pro Ser Glu
1 5 10 15
Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Ser Ala Ser Ile Pro Thr Gly
20 25 30
Thr His Tyr Trp Gly Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Gln Gly Leu Glu
35 40 45
Trp Ile Gly Ser Ile Ser Asn Ile Gly Tyr Ser Phe Tyr Asn Pro Ser
50 55 60
Leu Lys Ser Arg Val Ser Ile Ser Ile Asp Thr Ser Lys Lys Gln Phe
65 70 75 80
Ser Leu Lys Val Arg Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Tyr
85 90 95
Cys Val Arg Pro Thr Asn Glu Tyr Gly Gly Phe Trp Phe Asp Arg Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 146
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb CDRH1
<400> 146
Ser Ala Ser Ile Pro Thr Gly Thr His Tyr
1 5 10
<210> 147
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb CDRH2
<400> 147
Ile Ser Asn Ile Gly Tyr Ser
1 5
<210> 148
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb CDRH3
<400> 148
Val Arg Pro Thr Asn Glu Tyr Gly Gly Phe Trp Phe Asp Arg
1 5 10
<210> 149
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb VL
<400> 149
Ser Tyr Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ala Pro Gly Lys
1 5 10 15
Thr Ala Arg Phe Thr Cys Gly Gly Asp Asn Ile Gly Ser Lys Arg Val
20 25 30
His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Val Leu Val Ile Tyr
35 40 45
Tyr Asp Ala Asp Arg Pro Ser Gly Ile Pro Glu Arg Phe Ser Gly Ser
50 55 60
Lys Ser Gly Ser Thr Ala Thr Leu Thr Ile Ser Arg Val Glu Ala Gly
65 70 75 80
Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Val Trp Glu Ser Thr Arg Asp His
85 90 95
Val Ile Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu
100 105
<210> 150
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb CDRL1
<400> 150
Asn Ile Gly Ser Lys Arg
1 5
<210> 151
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb CDRL2
<400> 151
Tyr Asp Ala
1
<210> 152
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb CDRL3
<400> 152
Gln Val Trp Glu Ser Thr Arg Asp His Val Ile
1 5 10
<210> 153
<211> 367
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb VH
<400> 153
caggtgcaac tgcaggagtc gggcccagga ctggtgaggc cttcggagac cctgtcgctc 60
acctgcactg tctctagtgc ctccatcccc actggtactc actattgggg ctggatccgc 120
cagcccccag ggcagggact ggagtggatt gggagtatct ctaatattgg gtacagcttc 180
tacaacccgt ccctcaagag tcgagtcagc atatccattg acacgtccaa gaagcagttc 240
tccctgaaag tgaggtctgt gaccgccgcg gacacggctg tctactactg tgtgagacct 300
acgaacgaat acggtggttt ctggttcgac cgctggggcc agggaaccct ggtcacggtc 360
tcctcag 367
<210> 154
<211> 325
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2R7-v1 mAb VL
<400> 154
tcctatgtgc tgactcagcc accctcagtg tcagtggccc ctggaaagac ggccagattt 60
acctgtgggg gagacaacat tggaagtaaa agagtgcact ggtaccagca gaagccaggc 120
caggcccctg ttctggtcat ctattatgat gccgaccggc cctcagggat ccctgagcga 180
ttctctggct ccaagtctgg gagcacggcc accctgacca tcagcagggt cgaagccggg 240
gatgaggccg actattactg tcaggtgtgg gaaagtactc gtgatcatgt gattttcggc 300
ggagggacca agctgaccgt cctag 325
<210> 155
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v2 mAb VH
<400> 155
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Phe
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Asn Asn Lys Phe Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ser Lys Pro Thr Val Ser Phe Gly Val Val Ile Asp Ala Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 156
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v2 mAb CDRH3
<400> 156
Ser Lys Pro Thr Val Ser Phe Gly Val Val Ile Asp Ala Phe Asp Ile
1 5 10 15
<210> 157
<211> 370
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2B2-v2 mAb VH
<400> 157
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc gtggtccagc ctgggaggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cacgttcagt aactttggca tgcactgggt ccgccaggct 120
ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaaataa taaattctat 180
gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240
ctgcaaatga acagcctgag agctgaggac acggctgtgt attactgttc gaaacccacc 300
gtatcttttg gagtggttat tgatgctttt gatatctggg gccaagggac aatggtcacc 360
gtctcttcag 370
<210> 158
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A15-v2 mAb VH
<400> 158
Gln Ile Thr Leu Lys Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Gly
1 5 10 15
Thr Leu Ser Leu Thr Cys Ala Val Ser Gly Gly Ser Ile Ser Ser Ser
20 25 30
Asn Trp Trp Ser Trp Val Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp
35 40 45
Ile Gly Glu Ile Tyr His Ser Gly Asn Thr Asn Tyr Asn Pro Ser Leu
50 55 60
Lys Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Lys Ser Lys Asn Gln Phe Ser
65 70 75 80
Leu Lys Leu Thr Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ser Arg Tyr Cys Ser Ser Thr Ser Cys Pro Asn Trp Phe Asp Pro
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 159
<211> 370
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2A15-v2 mAb VH
<400> 159
cagatcacct tgaaggagtc gggcccagga ctggtgaagc cttcggggac cctgtccctc 60
acctgcgctg tctctggtgg ctccatcagc agtagtaact ggtggagttg ggtccgccag 120
cccccaggga aggggctgga gtggattggg gaaatctatc atagtgggaa caccaactac 180
aacccgtccc tcaagagtcg agtcaccata tcagtagaca agtccaagaa ccagttctcc 240
ctgaagctga cctctgtgac cgccgcggac acggccgtgt attactgtgc gagccgatat 300
tgtagtagta ccagttgccc caactggttc gacccctggg gccagggaac cctggtcacc 360
gtctcctcag 370
<210> 160
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1.1 mAb CDRH1
<400> 160
Gly Phe Ile Val Ser Ser Asn Tyr Met Ser
1 5 10
<210> 161
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1.1 mAb CDRH2
<400> 161
Val Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly
1 5 10 15
<210> 162
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1.1 mAb CDRH3
<400> 162
Asp Arg Gln Tyr Ser Gly Ser Pro Ser Phe Asp Tyr
1 5 10
<210> 163
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1.1 mAb CDRL1
<400> 163
Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Ser Tyr Leu Asn
1 5 10
<210> 164
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1.1 mAb CDRL2
<400> 164
Thr Ala Ser Ser Leu Gln Ser
1 5
<210> 165
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H7-v1.1 mAb CDRL3
<400> 165
Gln Gln Ser Tyr Ser Thr Pro Gly Leu Thr
1 5 10
<210> 166
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1.1 mAb CDRH1
<400> 166
Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Trp Met Asn
1 5 10
<210> 167
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1.1 mAb CDRH2
<400> 167
Asn Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
<210> 168
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1.1 mAb CDRH3
<400> 168
Ser Ser Gly Tyr Ser Gly Tyr Ala Gly Asn Tyr
1 5 10
<210> 169
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1.1 mAb CDRL1
<400> 169
Gly Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Ser Gly His Tyr Pro Tyr
1 5 10
<210> 170
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1.1 mAb CDRL2
<400> 170
Asp Thr Ser Asn Lys His Ser
1 5
<210> 171
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2H13-v1.1 mAb CDRL3
<400> 171
Asp Thr Ser Asn Lys His Ser
1 5
<210> 172
<211> 127
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309 mAb VH
<400> 172
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly
100 105 110
Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 173
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309 mAb CDRH1
<400> 173
Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr Gly
1 5
<210> 174
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309 mAb CDRH2
<400> 174
Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr
1 5
<210> 175
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309 mAb CDRH3
<400> 175
Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly
1 5 10 15
Gly Phe Asp Asn
20
<210> 176
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309 mAb VL(VK)
<400> 176
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr
20 25 30
Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu
35 40 45
Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu
65 70 75 80
Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105
<210> 177
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309 mAb CDRL1
<400> 177
Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser
1 5
<210> 178
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309 mAb CDRL2
<400> 178
Gly Ala Ser
1
<210> 179
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309 mAb CDRL3
<400> 179
Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr
1 5
<210> 180
<211> 127
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb VH
<400> 180
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Gly Val Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Gly Ile Ile Pro Leu Phe Val Thr Pro Thr Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Glu Ser Thr Thr Thr Ala Ser
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Thr Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Arg Ser Gly Tyr Ser Gly Ser Trp Pro Val Pro Asn Phe
100 105 110
Ala Phe His Ile Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 181
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb CDRH1
<400> 181
Gly Gly Val Phe Ser Ser Tyr Ala
1 5
<210> 182
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb CDRH2
<400> 182
Ile Ile Pro Leu Phe Val Thr Pro
1 5
<210> 183
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb CDRH3
<400> 183
Ala Arg Asp Arg Ser Gly Tyr Ser Gly Ser Trp Pro Val Pro Asn Phe
1 5 10 15
Ala Phe His Ile
20
<210> 184
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb VL(VK)
<400> 184
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Arg
20 25 30
Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu
35 40 45
Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu
65 70 75 80
Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Thr Ser Pro
85 90 95
Arg Ser Phe Gly Pro Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys
100 105
<210> 185
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb CDRL1
<400> 185
Gln Ser Val Ser Ser Arg Ser
1 5
<210> 186
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb CDRL2
<400> 186
Gly Ala Ser
1
<210> 187
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb CDRL3
<400> 187
Gln Gln Tyr Gly Thr Ser Pro Arg Ser
1 5
<210> 188
<211> 382
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb VH
<400> 188
gaggtgcagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctgggtcctc ggtgaaggtc 60
tcctgcaagg cttctggagg cgtcttcagc agctatgcta tcagctgggt gcgacaggcc 120
cctggacaag ggcttgagtg gatggggggg atcatccctc tctttgttac accaacttat 180
gcacagaagt tccagggcag agtcacgatt accgcggacg aatccacgac cacagcctcc 240
atggagctga gcagcctgac atctgacgac acggccgtct attactgtgc gcgagatcgt 300
tccggatata gcggcagctg gccagtcccg aactttgctt ttcatatctg gggccaaggg 360
acactggtca ccgtctcttc ag 382
<210> 189
<211> 325
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N3-v1 mAb VL(VK)
<400> 189
gaaattgtgt tgacgcagtc tccaggcacc ctgtctttgt ctccagggga aagagccacc 60
ctctcctgca gggccagtca gagtgttagc agcaggtcct tagcctggta ccagcagaaa 120
cctggccagg ctcccaggct cctcatctat ggtgcatcca gcagggccac tggcatcccg 180
gacaggttca gtggcagtgg gtctgggaca gacttcactc tcaccatcag cagactggag 240
cctgaagatt ttgcagtgta ttactgtcag cagtatggta cctcacctcg gtctttcggc 300
cctgggacca aagtggatat caaac 325
<210> 190
<211> 127
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb VH
<400> 190
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Arg Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Gly Val Phe Ser Ser Phe
20 25 30
Ala Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Gly Ile Ile Pro Leu Phe Val Lys Pro Asp Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Gln Asp Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Glu Ser Thr Thr Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Arg Ser Leu Lys Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp His Ser Gly Tyr Ser Gly Ser Trp Pro Val Pro Asn Tyr
100 105 110
Pro Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 191
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb CDRH1
<400> 191
Gly Gly Val Phe Ser Ser Phe Ala
1 5
<210> 192
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb CDRH2
<400> 192
Ile Ile Pro Leu Phe Val Lys Pro
1 5
<210> 193
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb CDRH3
<400> 193
Ala Arg Asp His Ser Gly Tyr Ser Gly Ser Trp Pro Val Pro Asn Tyr
1 5 10 15
Pro Phe Asp Ile
20
<210> 194
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb VL(VK)
<400> 194
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Ile Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Asn
20 25 30
Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Ile Pro Gly Gln Pro Pro Arg Leu Leu
35 40 45
Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Ser Ile Ser Arg Leu Glu
65 70 75 80
Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Gly Ser Thr
85 90 95
Arg Ser Phe Gly Pro Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys
100 105
<210> 195
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb CDRL1
<400> 195
Gln Ser Val Ser Ser Asn Ser
1 5
<210> 196
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb CDRL2
<400> 196
Gly Ala Ser
1
<210> 197
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb CDRL3
<400> 197
Gln Gln Tyr Gly Gly Ser Thr Arg Ser
1 5
<210> 198
<211> 382
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb VH
<400> 198
caggtgcagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaggc ctgggtcctc cgtgaaggtc 60
tcctgcaagg cctctggagg cgtcttcagc agctttgcta tcagctgggt gcgacaggcc 120
cctggacaag ggcttgagtg gatgggaggg atcatccctt tgtttgttaa accagactac 180
gcacagaaat tccaggacag agtcacgatt accgcggacg aatcaacgac cacagcctac 240
atggagctgc gcagccttaa atctgacgac acggccgttt attactgtgc gagagatcat 300
tccggctata gtggcagctg gccggtgccg aactatcctt ttgatatctg gggccaaggg 360
acaatggtca ccgtctcttc ag 382
<210> 199
<211> 325
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2N6-v1 mAb VL(VK)
<400> 199
gaaattgtgt tgacgcagtc tccaggcacc ctgtctttgt ctcctgggga aagagccatc 60
ctctcctgca gggccagtca gagtgttagc agcaactcct tagcctggta ccagcagatt 120
cctggccagc ctcccaggct cctcatctac ggtgcatcca gcagggccac tggcatccca 180
gacaggttca gtggcagtgg gtctgggaca gacttcactc tcagtatcag cagactggag 240
cctgaagatt ttgcagtata ttactgtcag cagtatggtg gctcaactcg gtctttcggc 300
cctgggacca aagtggatat caaac 325
<210> 200
<211> 130
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb VH
<400> 200
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Gly Val Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Ile Ser Ala Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Asn Leu
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Arg Ser Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Ala Val Ile Thr Ile Phe Gly Val Val Ile Gly Lys Ser
100 105 110
Gly Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val
115 120 125
Ser Ser
130
<210> 201
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb CDRH1
<400> 201
Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr Gly
1 5
<210> 202
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb CDRH2
<400> 202
Ile Ser Ala Tyr Asn Gly Asn Thr
1 5
<210> 203
<211> 23
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb CDRH3
<400> 203
Ala Arg Asp Ala Val Ile Thr Ile Phe Gly Val Val Ile Gly Lys Ser
1 5 10 15
Gly Tyr Tyr Gly Met Asp Val
20
<210> 204
<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb VL(VK)
<400> 204
Asp Val Val Met Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Leu Gly
1 5 10 15
Gln Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Gln Ser Leu Val Tyr Ser
20 25 30
Asp Gly Asn Thr Tyr Leu Asn Trp Phe Gln Gln Arg Pro Gly Gln Ser
35 40 45
Pro Arg Arg Leu Ile Tyr Lys Val Ser Asn Arg Asp Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Glu Ile
65 70 75 80
Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Met Gln Gly
85 90 95
Thr His Trp Pro Ala Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile
100 105 110
Lys
<210> 205
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb CDRL1
<400> 205
Gln Ser Leu Val Tyr Ser Asp Gly Asn Thr Tyr
1 5 10
<210> 206
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb CDRL2
<400> 206
Lys Val Ser
1
<210> 207
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb CDRL3
<400> 207
Met Gln Gly Thr His Trp Pro Ala Trp Thr
1 5 10
<210> 208
<211> 390
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb VH
<400> 208
caggtgcagc tggtgcagtc tggagctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtc 60
tcctgcaagg cttctggtta cacctttacc agctatggtg tcagctgggt gcgacaggcc 120
cctggacaag ggcttgagtg gatgggatgg atcagcgctt acaatggtaa cacaaactat 180
gcacagaacc tccagggcag agtcaccatg accacagaca catccacgag cacagcctac 240
atggagctga ggagcctgag atctgacgac acggccgtgt attactgtgc gagagatgcc 300
gtgattacga tttttggagt ggttattggg aaatcgggct attacggtat ggacgtctgg 360
ggccaaggga ccacggtcac cgtctcctca 390
<210> 209
<211> 340
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X2-v1 mAb VL(VK)
<400> 209
gatgttgtga tgactcagtc tccactctcc ctgcccgtca cccttggaca gccggcctcc 60
atctcctgca ggtctagtca aagcctcgta tacagtgatg gaaacaccta cttgaattgg 120
tttcagcaga ggccaggcca atctccaagg cgcctaattt ataaggtttc taaccgggac 180
tctggggtcc cagacagatt cagcggcagt gggtcaggca ctgatttcac actggaaatc 240
agcagggtgg aggctgagga tgttggggtt tattactgca tgcaaggtac acactggcct 300
gcgtggacgt tcggccaagg gaccaaggtg gagatcaaac 340
<210> 210
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb VH
<400> 210
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Thr Thr Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Asn Thr Tyr His Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Ser Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Trp Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Glu Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 211
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb CDRH1
<400> 211
Gly Phe Thr Phe Thr Thr Tyr Ala
1 5
<210> 212
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb CDRH2
<400> 212
Ile Ser Gly Ser Gly Gly Asn Thr
1 5
<210> 213
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb CDRH3
<400> 213
Ala Lys Asp Leu Trp Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val
1 5 10 15
<210> 214
<211> 110
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb VL
<400> 214
Gln Ser Ala Leu Thr Gln Pro Ala Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln
1 5 10 15
Ser Ile Thr Ile Ser Cys Thr Gly Thr Ser Ser Asp Ile Gly Gly Tyr
20 25 30
Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln His His Pro Gly Lys Ala Pro Lys Ile
35 40 45
Met Ile Tyr Glu Val Thr Asn Arg Pro Ser Gly Val Ser Asn Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Asn Thr Ala Ser Leu Thr Ile Ser Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser Ser Tyr Thr Ser Ser
85 90 95
Asn Thr Tyr Val Phe Gly Thr Gly Thr Lys Val Thr Val Leu
100 105 110
<210> 215
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb CDRL1
<400> 215
Ser Ser Asp Ile Gly Gly Tyr Asn Tyr
1 5
<210> 216
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb CDRL2
<400> 216
Glu Val Thr
1
<210> 217
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb CDRL3
<400> 217
Ser Ser Tyr Thr Ser Ser Asn Thr Tyr Val
1 5 10
<210> 218
<211> 367
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb VH
<400> 218
gaggtgcagc tgttggagtc tgggggaggc ttggtgcagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcttgtgcag cctctggatt cacctttacc acctatgcca tgagttgggt ccgccaggct 120
ccagggaagg ggctggagtg ggtctcaggt attagtggta gtggtggtaa cacataccac 180
gcagactccg tgaagggccg gttcaccatc tccagagaca attccaagag cacgctgtat 240
ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggccgtgt attactgtgc gaaagacctc 300
tggttcaggg agatactcca cggtatggat gtctggggcg aagggaccac ggtcaccgtc 360
tcctcag 367
<210> 219
<211> 331
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v1 mAb VL
<400> 219
cagtctgccc tgactcagcc tgcctccgtg tctgggtctc ctggacagtc gatcaccatc 60
tcctgcactg gaaccagcag tgacattggt ggttataact atgtctcctg gtaccaacac 120
cacccaggca aagcccccaa aataatgatt tatgaggtca ctaatcggcc ctcaggggtt 180
tctaatcgct tctctggctc caagtctggc aacacggcct ccctgaccat ctctgggctc 240
caggctgagg acgaggctga ttattactgc agctcatata caagcagcaa cacttatgtc 300
ttcggaactg ggaccaaggt caccgtccta g 331
<210> 220
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb VH
<400> 220
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Pro Phe Asn Ile Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Ala Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Glu Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Trp Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Lys Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 221
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb CDRH1
<400> 221
Gly Phe Pro Phe Asn Ile Tyr Ala
1 5
<210> 222
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb CDRH2
<400> 222
Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr
1 5
<210> 223
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb CDRH3
<400> 223
Ala Lys Asp Leu Trp Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val
1 5 10 15
<210> 224
<211> 110
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb VL
<400> 224
Gln Ser Ala Leu Thr Gln Pro Ala Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln
1 5 10 15
Ser Ile Thr Ile Ser Cys Thr Gly Thr Ser Ser Asp Val Gly Gly Tyr
20 25 30
Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln His His Pro Gly Arg Ala Pro Lys Leu
35 40 45
Met Ile Tyr Glu Val Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Ser Asn Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Asn Thr Ala Ser Leu Ser Ile Ser Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser Ser Tyr Thr Ser Ser
85 90 95
Ser Thr Tyr Val Phe Gly Ala Gly Thr Lys Val Thr Val Leu
100 105 110
<210> 225
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb CDRL1
<400> 225
Ser Ser Asp Val Gly Gly Tyr Asn Tyr
1 5
<210> 226
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb CDRL2
<400> 226
Glu Val Ser
1
<210> 227
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb CDRL3
<400> 227
Ser Ser Tyr Thr Ser Ser Ser Thr Tyr Val
1 5 10
<210> 228
<211> 367
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb VH
<400> 228
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtacagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cccatttaac atctatgcca tgagctgggt ccgccaggct 120
ccagggaagg ggctggagtg ggtctcaggt attagtggaa gtggtggtag cacatactac 180
gcagactccg tgaggggccg gttcgccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240
ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggccgaat attactgtgc gaaagacctc 300
tggttcaggg agatactcca cggtatggac gtctggggca aagggaccac ggtcaccgtc 360
tcctcag 367
<210> 229
<211> 331
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1 mAb VL
<400> 229
cagtctgacc tgactcagcc tgcctccgtg tctgggtctc ctggacagtc gatcaccatc 60
tcctgcactg gaaccagcag tgacgttggt ggttataact atgtctcctg gtaccaacac 120
cacccaggca gagcccccaa actcatgatt tatgaggtca gtaatcggcc ctcaggggtt 180
tctaatcgct tctctggctc caagtctggc aacacggcct ccctgagcat ctctgggctc 240
caggctgagg acgaggctga ttattactgc agctcatata caagcagcag cacttatgtc 300
ttcggagctg ggaccaaggt caccgtccta g 331
<210> 230
<211> 110
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v2 mAb VL
<400> 230
Gln Ser Asp Leu Thr Gln Pro Ala Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln
1 5 10 15
Ser Ile Thr Ile Ser Cys Thr Gly Thr Ser Ser Asp Val Gly Gly Tyr
20 25 30
Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln His His Pro Gly Arg Ala Pro Lys Leu
35 40 45
Met Ile Tyr Glu Val Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Ser Asn Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Asn Thr Ala Ser Leu Ser Ile Ser Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser Ser Tyr Thr Ser Ser
85 90 95
Ser Thr Tyr Val Phe Gly Ala Gly Thr Lys Val Thr Val Leu
100 105 110
<210> 231
<211> 331
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v2 mAb VL
<400> 231
cagtctgccc tgactcagcc tgcctccgtg tctgggtctc ctggacagtc gatcaccatc 60
tcctgcactg gaaccagcag tgacgttggt ggttataact atgtctcctg gtaccaacac 120
cacccaggca gagcccccaa actcatgatt tatgaggtca gtaatcggcc ctcaggggtt 180
tctaatcgct tctctggctc caagtctggc aacacggcct ccctgagcat ctctgggctc 240
caggctgagg acgaggctga ttattactgc agctcatata caagcagcag cacttatgtc 300
ttcggagctg ggaccaaggt caccgtccta g 331
<210> 232
<211> 128
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb VH
<400> 232
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Thr Ser Ser Gly Phe Thr Phe Gly Asp Tyr
20 25 30
Pro Met Ser Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Phe Ile Arg Ser Lys Ala Tyr Gly Gly Thr Thr Gln Tyr Ala Ala
50 55 60
Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Ile
65 70 75 80
Ala Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
85 90 95
Tyr Cys Thr Arg Glu Met Trp Asp Cys Ser Gly Gly Arg Cys Tyr Ser
100 105 110
Pro Phe Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 233
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb CDRH1
<400> 233
Gly Phe Thr Phe Gly Asp Tyr Pro
1 5
<210> 234
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb CDRH2
<400> 234
Ile Arg Ser Lys Ala Tyr Gly Gly Thr Thr
1 5 10
<210> 235
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb CDRH3
<400> 235
Thr Arg Glu Met Trp Asp Cys Ser Gly Gly Arg Cys Tyr Ser Pro Phe
1 5 10 15
Phe Asp Tyr
<210> 236
<211> 106
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb VL (VK)
<400> 236
Glu Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Val Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Asn
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Gly Ala Ser Thr Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Ser
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asn Asn Trp Arg Thr
85 90 95
Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
100 105
<210> 237
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb CDRL1
<400> 237
Gln Thr Val Ser Ser Asn
1 5
<210> 238
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb CDRL2
<400> 238
Gly Ala Ser
1
<210> 239
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb CDRL3
<400> 239
Gln Gln Tyr Asn Asn Trp Arg Thr
1 5
<210> 240
<211> 385
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb VH
<400> 240
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtacagc cagggcggtc cctgagactc 60
tcctgtacat cttctggatt cacctttggt gattatccta tgagctggtt ccgccaggct 120
ccagggaagg ggctggagtg ggtaggtttc attagaagca aagcttatgg tgggacaaca 180
caatacgccg cgtctgtgaa aggcagattc accatctcaa gagatgactc caaaaacatc 240
gcctatctgc aaatgaacag cctgaaaacc gaggacacag ccgtgtatta ctgtactaga 300
gaaatgtggg attgtagtgg tggtaggtgc tactcccctt ttttcgacta ctggggccag 360
ggaaccctgg tcaccgtctc ctcag 385
<210> 241
<211> 319
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1 mAb VL(VK)
<400> 241
gaaatagtga tgacgcagtc tccagccacc ctgtctgtgt ctccagggga aagagccacc 60
ctctcctgca gggccagtca gactgttagc agcaacttag cctggtacca gcagaaacct 120
ggccaggctc ccaggctcct catctatggt gcatccacca gggccactgg tatcccagcc 180
aggttcagtg gcagtgggtc tgggacagag ttcactctca ccatcagcag cctgcagtct 240
gaagattttg cagtttatta ctgtcagcag tataataact ggcggacttt tggccagggg 300
accaagctgg agatcaaac 319
<210> 242
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb VH
<400> 242
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Lys Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Thr Phe Met Ser Ser
20 25 30
Ala Val Gln Trp Val Arg Gln Ala Arg Gly Gln Arg Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Trp Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Asn Tyr Thr Gln Lys Phe
50 55 60
Arg Glu Arg Val Thr Ile Thr Arg Asp Met Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ala Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Asp Gly Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 243
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb CDRH1
<400> 243
Gly Phe Thr Phe Met Ser Ser Ala
1 5
<210> 244
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb CDRH2
<400> 244
Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr
1 5
<210> 245
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb CDRH3
<400> 245
Ala Ala Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Asp Gly Phe Asp Ile
1 5 10 15
<210> 246
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb VL (VK)
<400> 246
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Ser
20 25 30
Tyr Leu Gly Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu
35 40 45
Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu
65 70 75 80
Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Arg Ser Pro
85 90 95
Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105
<210> 247
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb CDRL1
<400> 247
Gln Ser Val Ser Ser Ser Tyr
1 5
<210> 248
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb CDRL2
<400> 248
Gly Ala Ser
1
<210> 249
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb CDRL3
<400> 249
Gln Gln Tyr Gly Arg Ser Pro Trp Thr
1 5
<210> 250
<211> 370
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb VH
<400> 250
gaggtgcagc tggtgcagtc tgggcctgag gtgaagaagc ctgggacctc agtgaaggtc 60
tcctgcaagg cttctggatt cacctttatg agctctgctg tgcagtgggt gcgacaggct 120
cgtggacaac gccttgagtg gataggatgg atcgtcgttg gcagtggtaa cacaaactac 180
acacagaagt tccgggaaag agtcaccatc accagggaca tgtccacaag tacagcctac 240
atggagctga gcagcctgag atccgaggac acggccgtgt attattgtgc ggctcctcgt 300
tgtagtggtg gtagctgcca tgatggtttt gatatctggg gccaagggac aatggtcacc 360
gtctcttcag 370
<210> 251
<211> 325
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1 mAb VL(VK)
<400> 251
gaaattgtgt tgacgcagtc tccaggcacc ctgtctttgt ctccagggga aagagccacc 60
ctctcctgca gggccagtca gagtgttagc agcagctact taggctggta ccagcagaaa 120
cctggccagg ctcccaggct cctcatctat ggtgcatcca gcagggccac tggcatccca 180
gacaggttca gtggcagtgg gtctgggaca gacttcactc tcaccatcag cagactggag 240
cctgaagatt ttgcagtgta ttactgtcag cagtatggta ggtcaccgtg gacgttcggc 300
caagggacca aggtggagat caaac 325
<210> 252
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v2 mAb VH
<400> 252
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Thr Thr Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Asn Thr Tyr His Ala Glu Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Ser Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Trp Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Glu Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 253
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v3 mAb VH
<400> 253
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Thr Thr Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Asn Thr Tyr His Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Ser Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Phe Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Glu Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 254
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v3 mAb CDRH3
<400> 254
Asp Leu Phe Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val
1 5 10
<210> 255
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v4 mAb VH
<400> 255
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Thr Thr Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Asn Thr Tyr His Ala Glu Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Ser Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Phe Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Glu Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
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<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v5 mAb VH
<400> 256
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Thr Thr Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Asn Thr Tyr His Ala Asp Ala Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Ser Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Trp Phe Arg Glu Ala Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Glu Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
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<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v5 mAb CDRH3
<400> 257
Asp Leu Trp Phe Arg Glu Ala Leu His Gly Met Asp Val
1 5 10
<210> 258
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v6 mAb VH
<400> 258
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Thr Thr Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Asn Thr Tyr His Ala Asp Ala Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Ser Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Phe Phe Arg Glu Ala Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Glu Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
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<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v6 mAb CDRH3
<400> 259
Asp Leu Phe Phe Arg Glu Ala Leu His Gly Met Asp Val
1 5 10
<210> 260
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v7 mAb VH
<400> 260
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Thr Thr Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Asn Thr Tyr His Ala Asp Ala Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Ser Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Tyr Phe Arg Glu Ala Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Glu Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 261
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v7 mAb CDRH3
<400> 261
Asp Leu Tyr Phe Arg Glu Ala Leu His Gly Met Asp Val
1 5 10
<210> 262
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v3 mAb VH
<400> 262
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Pro Phe Asn Ile Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Glu Ser Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Ala Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Glu Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Trp Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Lys Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 263
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v3 mAb CDRH2
<400> 263
Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Glu Ser Val Arg
1 5 10 15
Gly
<210> 264
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v4 mAb VH
<400> 264
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Pro Phe Asn Ile Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Ala Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Glu Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Phe Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Lys Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 265
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v4 mAb CDRH3
<400> 265
Asp Leu Phe Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val
1 5 10
<210> 266
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v5 mAb VH
<400> 266
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Pro Phe Asn Ile Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Glu Ser Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Ala Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Glu Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Phe Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Lys Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 267
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v6 mAb VH
<400> 267
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Pro Phe Asn Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ala Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Ala Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Glu Tyr Tyr Cys
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Ala Lys Asp Leu Phe Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Lys Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
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<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v6 mAb CDRH1
<400> 268
Gly Phe Pro Phe Asn Ser Tyr Ala Met Ser
1 5 10
<210> 269
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v6 mAb CDRH2
<400> 269
Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ala Val Arg
1 5 10 15
Gly
<210> 270
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v7 mAb VH
<400> 270
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Pro Phe Asn Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ala Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Ala Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Glu Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Trp Phe Arg Glu Ala Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Lys Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 271
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v7 mAb CDRH3
<400> 271
Asp Leu Trp Phe Arg Glu Ala Leu His Gly Met Asp Val
1 5 10
<210> 272
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v8 mAb VH
<400> 272
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Pro Phe Asn Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ala Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Ala Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Glu Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Leu Tyr Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Lys Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 273
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v8 mAb CDRH3
<400> 273
Asp Leu Tyr Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val
1 5 10
<210> 274
<211> 128
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v2 mAb VH
<400> 274
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Thr Ser Ser Gly Phe Thr Phe Gly Asp Tyr
20 25 30
Pro Met Ser Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Phe Ile Arg Ser Lys Ala Tyr Gly Gly Thr Thr Gln Tyr Ala Ala
50 55 60
Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Ile
65 70 75 80
Ala Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
85 90 95
Tyr Cys Thr Arg Glu Met Phe Asp Cys Ser Gly Gly Arg Cys Tyr Ser
100 105 110
Pro Phe Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 275
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v2 mAb CDRH3
<400> 275
Glu Met Phe Asp Cys Ser Gly Gly Arg Cys Tyr Ser Pro Phe Phe Asp
1 5 10 15
Tyr
<210> 276
<211> 128
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v3 mAb VH
<400> 276
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Thr Ser Ser Gly Phe Thr Phe Gly Asp Tyr
20 25 30
Pro Met Ser Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Phe Ile Arg Ser Lys Ala Tyr Gly Gly Thr Thr Gln Tyr Ala Ala
50 55 60
Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Ile
65 70 75 80
Ala Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
85 90 95
Tyr Cys Thr Arg Glu Met Trp Asp Ser Ser Gly Gly Arg Ser Tyr Ser
100 105 110
Pro Phe Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 277
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v3 mAb CDRH3
<400> 277
Glu Met Trp Asp Ser Ser Gly Gly Arg Ser Tyr Ser Pro Phe Phe Asp
1 5 10 15
Tyr
<210> 278
<211> 128
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v4 mAb VH
<400> 278
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Thr Ser Ser Gly Phe Thr Phe Gly Asp Tyr
20 25 30
Pro Met Ser Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Phe Ile Arg Ser Lys Ala Tyr Gly Gly Thr Thr Gln Tyr Ala Ala
50 55 60
Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Ile
65 70 75 80
Ala Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
85 90 95
Tyr Cys Thr Arg Glu Met Trp Asp Pro Ser Gly Gly Arg Pro Tyr Ser
100 105 110
Pro Phe Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 279
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v4 mAb CDRH3
<400> 279
Glu Met Trp Asp Pro Ser Gly Gly Arg Pro Tyr Ser Pro Phe Phe Asp
1 5 10 15
Tyr
<210> 280
<211> 128
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v5 mAb VH
<400> 280
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Thr Ser Ser Gly Phe Thr Phe Gly Asp Tyr
20 25 30
Pro Met Ser Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Phe Ile Arg Ser Lys Ala Tyr Gly Gly Thr Thr Gln Tyr Ala Ala
50 55 60
Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Ile
65 70 75 80
Ala Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
85 90 95
Tyr Cys Thr Arg Glu Met Trp Asp Ala Ser Gly Gly Arg Ala Tyr Ser
100 105 110
Pro Phe Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 281
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v5 mAb CDRH3
<400> 281
Glu Met Trp Asp Ala Ser Gly Gly Arg Ala Tyr Ser Pro Phe Phe Asp
1 5 10 15
Tyr
<210> 282
<211> 106
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v6 mAb VL(VK)
<400> 282
Glu Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Val Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Asn
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Gly Ala Ser Thr Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Ser
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asn Asn Phe Arg Thr
85 90 95
Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
100 105
<210> 283
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v6 mAb CDRL3
<400> 283
Gln Gln Tyr Asn Asn Phe Arg Thr
1 5
<210> 284
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v2 mAb VH
<400> 284
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Lys Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Thr Phe Met Ser Ser
20 25 30
Ala Val Gln Trp Val Arg Gln Ala Arg Gly Gln Arg Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Phe Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Arg Glu Arg Val Thr Ile Thr Arg Asp Met Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ala Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Asp Gly Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 285
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v2 mAb CDRH2
<400> 285
Phe Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe Arg
1 5 10 15
Glu
<210> 286
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v3 mAb VH
<400> 286
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Lys Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Thr Phe Met Ser Ser
20 25 30
Ala Val Gln Trp Val Arg Gln Ala Arg Gly Gln Arg Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Phe Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Gln Tyr Thr Gln Lys Phe
50 55 60
Arg Glu Arg Val Thr Ile Thr Arg Asp Met Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ala Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Asp Gly Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 287
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v3 mAb CDRH2
<400> 287
Phe Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Gln Tyr Thr Gln Lys Phe Arg
1 5 10 15
Glu
<210> 288
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v4 mAb VH
<400> 288
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Lys Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Thr Phe Met Ser Ser
20 25 30
Ala Val Gln Trp Val Arg Gln Ala Arg Gly Gln Arg Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Trp Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Arg Glu Arg Val Thr Ile Thr Arg Asp Met Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ala Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Asp Ala Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 289
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v4 mAb CDRH2
<400> 289
Trp Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe Arg
1 5 10 15
Glu
<210> 290
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v4 mAb CDRH3
<400> 290
Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Asp Ala Phe Asp Ile
1 5 10
<210> 291
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v5 mAb VH
<400> 291
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Lys Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Thr Phe Met Ser Ser
20 25 30
Ala Val Gln Trp Val Arg Gln Ala Arg Gly Gln Arg Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Phe Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Arg Glu Arg Val Thr Ile Thr Arg Asp Met Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ala Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Asp Ala Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 292
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v6 mAb VH
<400> 292
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Lys Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Thr Phe Met Ser Ser
20 25 30
Ala Val Gln Trp Val Arg Gln Ala Arg Gly Gln Arg Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Tyr Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Gln Tyr Thr Gln Lys Phe
50 55 60
Arg Glu Arg Val Thr Ile Thr Arg Asp Met Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ala Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Glu Gly Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 293
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v6 mAb CDRH2
<400> 293
Tyr Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Gln Tyr Thr Gln Lys Phe Arg
1 5 10 15
Glu
<210> 294
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v6 mAb CDRH3
<400> 294
Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Glu Gly Phe Asp Ile
1 5 10
<210> 295
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v7 mAb VH
<400> 295
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Lys Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Thr Phe Met Ser Ser
20 25 30
Ala Val Gln Trp Val Arg Gln Ala Arg Gly Gln Arg Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Trp Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Arg Glu Arg Val Thr Ile Thr Arg Asp Met Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ala Pro Arg Ser Ser Gly Gly Ser Ser His Asp Gly Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 296
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v7 mAb CDRH3
<400> 296
Pro Arg Ser Ser Gly Gly Ser Ser His Asp Gly Phe Asp Ile
1 5 10
<210> 297
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v8 mAb VH
<400> 297
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Lys Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Thr Phe Met Ser Ser
20 25 30
Ala Val Gln Trp Val Arg Gln Ala Arg Gly Gln Arg Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Trp Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Arg Glu Arg Val Thr Ile Thr Arg Asp Met Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ala Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Asp Gly Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 298
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v9 mAb VH
<400> 298
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Lys Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Thr Phe Met Ser Ser
20 25 30
Ala Val Gln Trp Val Arg Gln Ala Arg Gly Gln Arg Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Trp Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Gln Tyr Thr Gln Lys Phe
50 55 60
Arg Glu Arg Val Thr Ile Thr Arg Asp Met Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ala Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Asp Gly Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 299
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v9 mAb CDRH2
<400> 299
Trp Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Gln Tyr Thr Gln Lys Phe Arg
1 5 10 15
Glu
<210> 300
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v10 mAb VH
<400> 300
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Lys Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Thr Phe Met Ser Ser
20 25 30
Ala Val Gln Trp Val Arg Gln Ala Arg Gly Gln Arg Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Trp Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Asp Tyr Thr Gln Lys Phe
50 55 60
Arg Glu Arg Val Thr Ile Thr Arg Asp Met Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ala Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Asp Gly Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 301
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v10 mAb CDRH2
<400> 301
Trp Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Asp Tyr Thr Gln Lys Phe Arg
1 5 10 15
Glu
<210> 302
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v11 mAb VL(VK)
<400> 302
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Ser
20 25 30
Tyr Leu Gly Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu
35 40 45
Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu
65 70 75 80
Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Arg Ser Pro
85 90 95
Phe Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105
<210> 303
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v11 mAb CDRL3
<400> 303
Gln Gln Tyr Gly Arg Ser Pro Phe Thr
1 5
<210> 304
<211> 129
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb VH
<400> 304
Glu Val His Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Gly Ser
20 25 30
Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Ser Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Arg Ile Arg Thr Lys Ala Asn Thr Tyr Ala Thr Ala Tyr Ala Ala
50 55 60
Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Thr
65 70 75 80
Ala Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
85 90 95
Tyr Cys Thr Arg Pro Ala Pro Tyr Asp Phe Leu Ser Asp Tyr Tyr Thr
100 105 110
Gly Glu Gln Leu Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
115 120 125
Ser
<210> 305
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb CDRH1
<400> 305
Gly Phe Thr Phe Ser Gly Ser Ala
1 5
<210> 306
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb CDRH2
<400> 306
Ile Arg Thr Lys Ala Asn Thr Tyr Ala Thr
1 5 10
<210> 307
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb CDRH3
<400> 307
Thr Arg Pro Ala Pro Tyr Asp Phe Leu Ser Asp Tyr Tyr Thr Gly Glu
1 5 10 15
Gln Leu Asp Tyr
20
<210> 308
<211> 112
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb VL
<400> 308
Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Gly Ala Pro Gly Gln
1 5 10 15
Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly
20 25 30
Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Ala Ala Pro Lys Leu
35 40 45
Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Thr Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser
85 90 95
Leu Ser Gly Pro Glu Val Phe Gly Thr Gly Thr Lys Val Thr Val Leu
100 105 110
<210> 309
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb CDRL1
<400> 309
Ser Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp
1 5
<210> 310
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb CDRL2
<400> 310
Gly Asn Ser
1
<210> 311
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb CDRL3
<400> 311
Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Gly Pro Glu Val
1 5 10
<210> 312
<211> 388
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb VH
<400> 312
gaggtgcatc tggtggagtc cgggggaggc ttggtccagc ctggggggtc cctgaaactc 60
tcctgtgcag cctctgggtt caccttcagt ggctctgcta tgcactgggt ccgccaggct 120
tccgggaaag ggctggagtg ggttggccgt ataagaacca aagctaatac ttacgcgaca 180
gcatatgctg cgtcggtgaa aggcaggttc accatctcca gagatgattc aaagaacacg 240
gcttatctgc aaatgaacag cctgaaaacc gaggacacgg ccgtgtatta ctgtactaga 300
cccgccccct acgatttttt gagtgattat tataccggtg aacaacttga ctactggggc 360
cagggaaccc tggtcaccgt ctcctcag 388
<210> 313
<211> 337
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D22-v1 mAb VL
<400> 313
cagtctgtgc tgacgcagcc gccctcagtg tctggggccc cagggcagag ggtcaccatc 60
tcctgcactg ggagcagctc caacatcggg gcaggttatg atgtacactg gtaccagcaa 120
cttccaggag cagcccccaa actcctcatc tatggtaaca gcaatcggcc ctcaggggtc 180
cctgaccgat tctctggctc caagtctggc acctcagcct ccctggccat cactgggctc 240
caggctgagg atgaggctga ttattactgc cagtcctatg acagcagcct gagtggtccg 300
gaggtcttcg gaactgggac caaggtcacc gtcctgg 337
<210> 314
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb VH
<400> 314
Gln Val Thr Leu Lys Glu Ser Gly Pro Thr Leu Val Lys Pro Thr Gln
1 5 10 15
Thr Leu Thr Leu Thr Cys Thr Phe Ser Gly Phe Ser Leu Ser Thr Ser
20 25 30
Gly Val Gly Val Gly Trp Leu Arg Gln Pro Pro Gly Lys Ala Leu Glu
35 40 45
Trp Leu Ala Leu Ile Tyr Trp Asp Asp Asp Lys Arg Tyr Ser Pro Ser
50 55 60
Leu Lys Asn Arg Leu Thr Val Thr Lys Asp Thr Ser Lys Asn Gln Val
65 70 75 80
Val Leu Thr Met Thr Asn Leu Asp Pro Val Asp Thr Ala Thr Tyr Tyr
85 90 95
Cys Ala His Asp Asn Thr Leu Gly Gly Ser Ser Thr Trp Gln Ser Thr
100 105 110
Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 315
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb CDRH1
<400> 315
Gly Phe Ser Leu Ser Thr Ser Gly Val Gly
1 5 10
<210> 316
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb CDRH2
<400> 316
Ile Tyr Trp Asp Asp Asp Lys
1 5
<210> 317
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb CDRH3
<400> 317
Ala His Asp Asn Thr Leu Gly Gly Ser Ser Thr Trp Gln Ser Thr Phe
1 5 10 15
Asp Tyr
<210> 318
<211> 110
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb VL
<400> 318
Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Glu Ala Pro Arg Gln
1 5 10 15
Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Asn Ser Asn Ile Gly Asn Asn
20 25 30
Ala Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu
35 40 45
Ile Tyr Tyr Asp Asp Leu Leu Pro Ser Gly Val Ser Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Gln
65 70 75 80
Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Arg Met
85 90 95
Asn Gly Pro Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu
100 105 110
<210> 319
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb CDRL1
<400> 319
Asn Ser Asn Ile Gly Asn Asn Ala
1 5
<210> 320
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb CDRL2
<400> 320
Tyr Asp Asp
1
<210> 321
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb CDRL3
<400> 321
Ala Ala Trp Asp Asp Arg Met Asn Gly Pro Val
1 5 10
<210> 322
<211> 379
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb VH
<400> 322
caggtcacct tgaaggagtc tggtcctacg ctggtgaaac ccacacagac cctcacgctg 60
acctgcacct tctctgggtt ctcactcagc actagtggag tgggtgtggg ctggctccgt 120
cagcccccag gaaaggccct ggagtggctt gcactcattt attgggatga tgataagcgc 180
tacagtccat ctctgaagaa taggctcacc gtcaccaagg acacctccaa aaaccaggtg 240
gtcctcacaa tgaccaattt ggaccctgtg gacacagcca catattactg tgcacacgac 300
aacaccttgg gaggtagcag cacctggcaa tcaacctttg actactgggg ccagggaacc 360
ctggtcaccg tctcctcag 379
<210> 323
<211> 331
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D43-v1 mAb VL
<400> 323
cagtctgtgc tgactcagcc accctcggtg tctgaagccc ccaggcagag ggtcaccatc 60
tcctgttctg gaagcaactc caacatcgga aataatgctg tacactggta ccagcagctc 120
ccaggaaagg ctcccaaact cctcatctat tatgatgatc tgctgccctc aggggtctct 180
gaccgattct ctggctccaa gtctggcacc tcagcctccc tggccatcag tgggctccag 240
tctgaggatg aggctgatta ttactgtgca gcatgggatg acaggatgaa tggtccggta 300
ttcggcggag ggaccaagct gaccgtccta g 331
<210> 324
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D8-v1.1 mAb CDRH3
<400> 324
Asp Leu Trp Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val
1 5 10
<210> 325
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1.1 mAb CDRH1
<400> 325
Gly Phe Pro Phe Asn Ile Tyr Ala Met Ser
1 5 10
<210> 326
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1.2 mAb CDRH2
<400> 326
Gly Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Arg
1 5 10 15
Gly
<210> 327
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1.3 mAb CDRH3
<400> 327
Asp Leu Trp Phe Arg Glu Ile Leu His Gly Met Asp Val
1 5 10
<210> 328
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1.4 mAb CDRL1
<400> 328
Thr Gly Thr Ser Ser Asp Val Gly Gly Tyr Asn Tyr Val Ser
1 5 10
<210> 329
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D25-v1.5 mAb CDRL2
<400> 329
Glu Val Ser Asn Arg Pro Ser
1 5
<210> 330
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1.1 mAb CDRH1
<400> 330
Gly Phe Thr Phe Gly Asp Tyr Pro Met Ser
1 5 10
<210> 331
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1.2 mAb CDRH2
<400> 331
Phe Ile Arg Ser Lys Ala Tyr Gly Gly Thr Thr Gln Tyr Ala Ala Ser
1 5 10 15
Val Lys Gly
<210> 332
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1.3 mAb CDRH3
<400> 332
Glu Met Trp Asp Cys Ser Gly Gly Arg Cys Tyr Ser Pro Phe Phe Asp
1 5 10 15
Tyr
<210> 333
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1.4 mAb CDRL1
<400> 333
Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Asn Leu Ala
1 5 10
<210> 334
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D32-v1.5 mAb CDRL2
<400> 334
Gly Ala Ser Thr Arg Ala Thr
1 5
<210> 335
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1.1 mAb CDRH1
<400> 335
Gly Phe Thr Phe Met Ser Ser Ala Val Gln
1 5 10
<210> 336
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1.2 mAb CDRH2
<400> 336
Trp Ile Val Val Gly Ser Gly Asn Thr Asn Tyr Thr Gln Lys Phe Arg
1 5 10 15
Glu
<210> 337
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1.3 mAb CDRH3
<400> 337
Pro Arg Cys Ser Gly Gly Ser Cys His Asp Gly Phe Asp Ile
1 5 10
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<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1.4 mAb CDRL1
<400> 338
Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Ser Tyr Leu Gly
1 5 10
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<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2D60-v1.5 mAb CDRL2
<400> 339
Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr
1 5
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<211> 127
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309-v2 mAb VH
<400> 340
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Gln Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly
100 105 110
Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
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<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309-v2 mAb CDRH1
<400> 341
Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr Gly
1 5
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<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309-v2 mAb CDRH2
<400> 342
Ile Ser Thr Tyr Gln Gly Asn Thr
1 5
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<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309-v2 mAb CDRH3
<400> 343
Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly
1 5 10 15
Gly Phe Asp Asn
20
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<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309-v2 mAb VL(VK)
<400> 344
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr
20 25 30
Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu
35 40 45
Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu
65 70 75 80
Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105
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<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309-v2 mAb CDRL1
<400> 345
Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser
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<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309-v2 mAb CDRL2
<400> 346
Gly Ala Ser
1
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<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S309-v2 mAb CDRL3
<400> 347
Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr
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<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb VH
<400> 348
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Ile Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Leu Thr Val Arg Ser Asn
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Met Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Phe Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Ser Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Gly Asp Ile Ala Asp Asp Tyr His Tyr Gly Leu Asp Val Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 349
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb CDRH1
<400> 349
Gly Leu Thr Val Arg Ser Asn Tyr
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<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb CDRH2
<400> 350
Met Tyr Ser Gly Gly Ser Thr
1 5
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<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb CDRH3
<400> 351
Ala Arg Gly Asp Ile Ala Asp Asp Tyr His Tyr Gly Leu Asp Val
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<210> 352
<211> 110
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb VL
<400> 352
Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Gly Ala Pro Gly Gln
1 5 10 15
Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Thr Ser Asn Ile Gly Ala Gly
20 25 30
Tyr Asn Val His Trp Tyr Gln His Phe Pro Gly Thr Ser Pro Lys Leu
35 40 45
Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Thr Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Ala Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Asn
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Leu Ser Gly Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu
100 105 110
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb CDRL1
<400> 353
Thr Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asn
1 5
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<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb CDRL2
<400> 354
Gly Asn Ser
1
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb CDRL3
<400> 355
Gln Ser Tyr Asp Ser Asn Leu Ser Gly Val
1 5 10
<210> 356
<211> 363
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb VH
<400> 356
gaggtgcagc tggtggagtc tggaggaggc ttgatccagc cgggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctgggct caccgtcagg agcaactata tgagctgggt ccgccaggct 120
ccagggaagg ggctggagtg ggtctcagtt atgtatagcg gtggtagtac attctacgca 180
gactccgtga agggccgatc caccatctcc agagacaatt ccaagaacac gctgtatctt 240
caaatgaaca gcctgagagc cgaggacacg gccgtgtatt actgtgcgag aggtgatata 300
gcagatgact accactacgg tttggacgtc tggggccaag ggaccacggt caccgtctcc 360
tcg 363
<210> 357
<211> 331
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X127-v1 mAb VL
<400> 357
cagtctgtgt tgacgcagcc gccctcagtg tctggggccc cagggcagag ggtcaccatc 60
tcctgcactg ggagcacctc caacatcggg gcaggttata atgtacactg gtaccagcac 120
tttccaggaa catcccccaa actcctcatc tatggtaaca gcaatcggcc ctcaggggtc 180
cctgaccgat tttctggctc caagtctggc acctcagcct ccctggccat cactgggctc 240
caggctgagg atgaggctgc ttattactgc cagtcctatg acagcaacct gagtggagtg 300
ttcggcggag ggaccaagct gaccgtccta g 331
<210> 358
<211> 124
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb VH
<400> 358
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr
20 25 30
Phe Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Ile Ser Pro Asn Ser Gly Gly Thr Asn Tyr Ala Gln Arg Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Thr Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Gln Ala Tyr Ile Val Leu Ala Gln Gly Ser Gly Met Asp
100 105 110
Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 359
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb CDRH1
<400> 359
Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Phe
1 5
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<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb CDRH2
<400> 360
Ile Ser Pro Asn Ser Gly Gly Thr
1 5
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<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb CDRH3
<400> 361
Ala Arg Asp Gln Ala Tyr Ile Val Leu Ala Gln Gly Ser Gly Met Asp
1 5 10 15
Val
<210> 362
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb VL(VK)
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Asp Ile Val Met Thr Gln Thr Pro Ser Ser Val Ser Ala Ser Val Gly
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Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Ser Ser Trp
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Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
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Ser Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
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Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Thr Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ala Asn Ser Phe Pro Leu
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Ala Phe Gly Pro Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys
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<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb CDRL1
<400> 363
Gln Gly Ile Ser Ser Trp
1 5
<210> 364
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb CDRL2
<400> 364
Ala Ala Ser
1
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb CDRL3
<400> 365
Gln Gln Ala Asn Ser Phe Pro Leu Ala
1 5
<210> 366
<211> 372
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb VH
<400> 366
gaggtgcagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc cgtgaaggtc 60
tcctgcaagg cttctggata caccttcacc gactacttta tgcactgggt gcgacaggcc 120
cctggacaag ggcttgagtg gatgggatgg atcagcccta acagtggtgg cacaaactat 180
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<210> 367
<211> 322
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X129-v1 mAb VL(VK)
<400> 367
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aggttcagcg gcagtggatc tgggacagat ttcactctca ccatcagcac cctgcagcct 240
gaagattttg caacttacta ttgtcaacag gctaacagtt tccccctcgc tttcggccct 300
gggaccaaag tggatatcaa ac 322
<210> 368
<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb VH
<400> 368
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Val Ser Ser Asn
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Tyr Ser Gly Gly Asn Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Ile Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Asp Arg Arg Leu Pro Ser Ile Ile Phe Gly Leu Asp Val Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
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<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb CDRH1
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb CDRH2
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Ile Tyr Ser Gly Gly Asn Thr
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb CDRH3
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Ala Arg Asp Arg Arg Leu Pro Ser Ile Ile Phe Gly Leu Asp Val
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb VL
<400> 372
Gln Ser Ala Leu Thr Gln Pro Ala Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln
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Ser Gly Ser Lys Ser Gly Asn Thr Ala Ser Leu Thr Ile Ser Gly Leu
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb CDRL1
<400> 373
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb CDRL2
<400> 374
Glu Val Ser
1
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb CDRL3
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Ser Ser Phe Thr Thr Tyr Thr Thr Asp Val Val
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<220>
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gaggtgcagc tggtggagtc tggaggaggc ttggtccagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccgtcagt agcaactaca tgagctgggt ccgccaggct 120
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caaatgatca gcctgagagc cgaggacacg gccgtgtatt actgtgcgag agataggagg 300
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tca 363
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<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X132-v1 mAb VL
<400> 377
cagtctgccc tgactcagcc tgcctccgtg tctgggtctc ctggacagtc gatcaccatc 60
tcctgcactg gaaccagcag tgacgttggt ggtaataacc atgtctcctg gtaccgacag 120
cacccaggca aagcccccaa actcatgatt tatgaggtca gtaatcggcc ctcaggggtt 180
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caggctgggg acgaggctga ttattactgc agctcattta caacctacac cacggatgtg 300
gtattcggcg gagggaccaa gcttaccgtc ctag 334
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
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<213> 人工序列
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Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
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100 105
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<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb CDRL1
<400> 383
Gln Gly Ile Ser Ser Gly
1 5
<210> 384
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb CDRL2
<400> 384
Asp Ala Ser
1
<210> 385
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb CDRL3
<400> 385
Gln Gln Phe Tyr Ser Tyr Pro Leu Thr
1 5
<210> 386
<211> 367
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb VH
<400> 386
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc gtggtccagc ctggcaggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cgtctggatt ccccttcagt acctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120
ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatggtatg atggaagtac taaatactat 180
gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cactctctat 240
ctgcaaatga acagcctcag agccgaggac acggctttgt attactgtgc gagagtccat 300
agcagtggcc cgggggatga atacttccag cactggggcc agggcaccct gctcaccgtc 360
tcctcag 367
<210> 387
<211> 322
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X190-v1 mAb VL(VK)
<400> 387
gacatcgtga tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgcc gggcaagtca gggcatcagc agtggtttag cctggtatca acagaaacca 120
gggaaaggtc ctaaggtcct gatctatgat gcctccagtt tggaaagtgg agtcccatca 180
aggttcagcg gcagtgcatc tgggacagat ttcactctca ccatcagcag cctgcagcct 240
gaagattttg caacttattt ctgtcaacag ttttatagtt accctctcac tttcggcgga 300
gggaccaagg tggagatcaa gc 322
<210> 388
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb VH
<400> 388
Glu Val His Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Ile Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Ile Thr Val Ser Ser Asn
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Phe Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Val Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Asp Leu Val Thr Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 389
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb CDRH1
<400> 389
Gly Ile Thr Val Ser Ser Asn Tyr
1 5
<210> 390
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb CDRH2
<400> 390
Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr
1 5
<210> 391
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb CDRH3
<400> 391
Ala Arg Asp Leu Val Thr Tyr Gly Met Asp Val
1 5 10
<210> 392
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb VL(VK)
<400> 392
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ser Phe Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ala Ala Ser Thr Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Leu Asn Gly Asp Pro Pro
85 90 95
Ile Phe Gly His Gly Thr Arg Leu Glu Ile Lys
100 105
<210> 393
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb CDRL1
<400> 393
Gln Gly Ile Ser Ser Tyr
1 5
<210> 394
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb CDRL2
<400> 394
Ala Ala Ser
1
<210> 395
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb CDRL3
<400> 395
Gln Gln Leu Asn Gly Asp Pro Pro Ile
1 5
<210> 396
<211> 351
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb VH
<400> 396
gaggtgcatc tggtggagtc tggaggaggc ttgatccagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctgggat caccgtcagt agcaactata tgagctgggt ccgccaggct 120
ccagggaagg ggctggagtg ggtctcagtt atttatagcg gtggtagcac attctatgca 180
gactccgtga agggccgatt caccatctcc agagacaatt ccaagaacac ggtgtatctt 240
caaatgaaca gcctgagagc cgaggacacg gccgtgtatt actgtgcgag agatctggta 300
acctacggta tggacgtctg gggccaaggg accacggtca ccgtctcctc a 351
<210> 397
<211> 322
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X200-v1 mAb VL(VK)
<400> 397
gaaattgtgt tgacacagtc tccatccttc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgcc gggccagtca gggcattagc agttatttag cctggtatca gcaaaaacca 120
gggaaagccc ctaagctcct gatctatgct gcatccactt tgcaaagtgg ggtcccatca 180
aggttcagcg gcagtggatc tgggacagaa ttcactctca caatcagcag cctgcagcct 240
gaagattttg caacttatta ctgtcaacag cttaatggtg accctcctat cttcggccat 300
gggacacgac tggagattaa ac 322
<210> 398
<211> 124
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb VH
<400> 398
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Tyr Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Ile Ile Asn Pro Gly Gly Val Ser Thr Thr Tyr Ala His Tyr Ala
50 55 60
Gln Lys Phe Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Thr Ser
65 70 75 80
Thr Val Tyr Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val
85 90 95
Tyr Tyr Cys Ala Arg Ser Ile Ala Val Phe Trp Gly Asp Ala Phe Asp
100 105 110
Ile Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 399
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb CDRH1
<400> 399
Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr Tyr
1 5
<210> 400
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb CDRH2
<400> 400
Ile Asn Pro Gly Gly Val Ser Thr
1 5
<210> 401
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb CDRH3
<400> 401
Ala Arg Ser Ile Ala Val Phe Trp Gly Asp Ala Phe Asp Ile
1 5 10
<210> 402
<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb VL(VK)
<400> 402
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Ile Asn Cys Lys Ser Ser Gln Ser Val Leu Tyr Ser
20 25 30
Ser Asn Asn Lys Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln
35 40 45
Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val
50 55 60
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr
65 70 75 80
Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln
85 90 95
Tyr Ser Ser Ser Pro Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile
100 105 110
Lys
<210> 403
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb CDRL1
<400> 403
Gln Ser Val Leu Tyr Ser Ser Asn Asn Lys Asn Tyr
1 5 10
<210> 404
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb CDRL2
<400> 404
Trp Ala Ser
1
<210> 405
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb CDRL3
<400> 405
Gln Gln Tyr Ser Ser Ser Pro Leu Thr
1 5
<210> 406
<211> 373
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb VH
<400> 406
gaggtgcagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtt 60
tcctgcaagg catctggata caccttcacc agctactata tgcactgggt gcgacaggcc 120
cctggacaag ggcttgagtg gatgggaata atcaaccctg gtggtgttag cacaacgtac 180
gcacattacg cacagaagtt ccagggcaga gtcaccatga ccagggacac gtccacgagc 240
acagtctaca tggagctgag cagcctgaga tctgaggaca cggccgtgta ttactgtgcg 300
agatctatag cagtgttttg gggagatgct tttgatatct ggggccaagg gacaatggtc 360
accgtctctt cag 373
<210> 407
<211> 340
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb VL(VK)
<400> 407
gacatccaga tgacccagtc tccagactcc ctggctgtgt ctctgggcga gagggccacc 60
atcaactgca agtccagcca gagtgtttta tacagctcca acaataagaa ctacttagct 120
tggtaccagc agaaaccagg acagcctcct aagctgctca tttactgggc gtctacccgg 180
gaatccgggg tccctgaccg attcagtggc agcgggtctg ggacagattt cactctcacc 240
atcagcagcc tgcaggctga agatgtggca gtttattact gtcagcaata ttctagttct 300
cccctcactt tcggcggagg gaccaaggtg gagatcaaac 340
<210> 408
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb VH
<400> 408
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Gly Ile Phe Asn Thr Tyr
20 25 30
Thr Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Arg Ile Ile Leu Met Ser Gly Met Ala Asn Tyr Ala Gln Lys Ile
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Thr Ser Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Phe Asn Gly Asn Tyr Tyr Gly Trp Gly Asp Asp Asp Ala
100 105 110
Phe Asp Ile Ser Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Tyr Ser
115 120 125
<210> 409
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb CDRH1
<400> 409
Gly Gly Ile Phe Asn Thr Tyr Thr
1 5
<210> 410
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb CDRH2
<400> 410
Ile Ile Leu Met Ser Gly Met Ala
1 5
<210> 411
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb CDRH3
<400> 411
Ala Arg Gly Phe Asn Gly Asn Tyr Tyr Gly Trp Gly Asp Asp Asp Ala
1 5 10 15
Phe Asp Ile
<210> 412
<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb VL
<400> 412
Gln Thr Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Gly Ala Pro Gly Gln
1 5 10 15
Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Asn Ser Asn Ile Gly Ala Gly
20 25 30
Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu
35 40 45
Leu Ile Cys Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Thr Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser
85 90 95
Leu Ser Gly Pro Asn Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val
100 105 110
Leu
<210> 413
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb CDRL1
<400> 413
Asn Ser Asn Ile Gly Ala Gly Tyr Asp
1 5
<210> 414
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb CDRL2
<400> 414
Gly Asn Ser
1
<210> 415
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb CDRL3
<400> 415
Gln Ser Tyr Asp Ser Ser Leu Ser Gly Pro Asn Trp Val
1 5 10
<210> 416
<211> 379
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb VH
<400> 416
caggtacagc tggtgcaatc tggggctgag gtgaagaagc ctgggtcctc ggtgaaggtc 60
tcctgcaagg cttctggggg catcttcaac acctatacta tcagctgggt gcgacaggcc 120
cctgggcaag ggcttgagtg gatgggaagg atcatcctta tgtctggtat ggcaaactac 180
gcacagaaga tccagggcag agtcacgata accgcggaca aatcgacgag cacagcctac 240
atggagctga ccagcctgag atctgacgac acggccgtct attactgtgc gagaggcttc 300
aacgggaact attatggttg gggggacgat gatgcttttg atatctcggg ccaagggaca 360
ctggtcaccg tctattcag 379
<210> 417
<211> 340
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X259-v1 mAb VL
<400> 417
cagactgtgt tgacgcagcc gccctcagtg tctggggccc cagggcagag ggtcaccatc 60
tcctgcactg ggagcaactc caacatcggg gctggttatg atgtacactg gtaccagcag 120
cttccaggaa cagcccccaa actcctcatc tgtggtaaca gcaatcggcc ctcaggggtc 180
cctgaccgat tctctggctc caagtctggc acctcagcct ccctggccat cactgggctc 240
caggctgagg atgaggctga ttattactgc cagtcctatg acagcagcct gagtggcccg 300
aattgggtgt tcggcggagg gaccaagctg accgtcctac 340
<210> 418
<211> 124
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb VH
<400> 418
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Ile Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Val Ser Ser Asn
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Tyr Phe Gly Gly Thr Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Thr Ser Glu Asn Thr Leu Phe Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Val Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Asp Gln Gly Ile Ala Val Ala Gly Leu Asp Phe Gly Ala Tyr Asp
100 105 110
Ile Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 419
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb CDRH1
<400> 419
Gly Phe Thr Val Ser Ser Asn Tyr
1 5
<210> 420
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb CDRH2
<400> 420
Ile Tyr Phe Gly Gly Thr Thr
1 5
<210> 421
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb CDRH3
<400> 421
Ala Arg Asp Gln Gly Ile Ala Val Ala Gly Leu Asp Phe Gly Ala Tyr
1 5 10 15
Asp Ile
<210> 422
<211> 114
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb VL(VK)
<400> 422
Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Ile Asn Cys Lys Ser Ser Gln Ser Val Leu Tyr Ser
20 25 30
Ser Asn Asn Lys Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln
35 40 45
Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val
50 55 60
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr
65 70 75 80
Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln
85 90 95
Tyr Tyr Arg Thr Pro Thr Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu
100 105 110
Ile Lys
<210> 423
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb CDRL1
<400> 423
Gln Ser Val Leu Tyr Ser Ser Asn Asn Lys Asn Tyr
1 5 10
<210> 424
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb CDRL2
<400> 424
Trp Ala Ser
1
<210> 425
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb CDRL3
<400> 425
Gln Gln Tyr Tyr Arg Thr Pro Thr Trp Thr
1 5 10
<210> 426
<211> 373
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb VH
<400> 426
gaggtgcagc tggtggagtc tggaggaggc ttgatccagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctgggtt caccgtcagt agcaactaca tgagctgggt ccgccaggct 120
ccagggaagg ggctggagtg ggtctcagtt atttatttcg gtggtaccac atactacgca 180
gactccgtga agggccgatt caccatctcc agagacactt ccgagaacac gctgtttctt 240
cagatgaaca gcctgagagt cgaggacacg gccgtgtatt actgtgccag agatcagggt 300
atagcagtgg ctggtctcga ttttggcgct tatgatatct ggggccaagg gacaatggtc 360
accgtctctt cag 373
<210> 427
<211> 343
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X288-v1 mAb VL(VK)
<400> 427
gacatcgtga tgacccagtc tccagactcc ctggctgtgt ctctgggcga gagggccacc 60
atcaactgca agtccagcca gagtgtttta tatagctcca acaataagaa ctacttagct 120
tggtaccagc agaagccagg acagcctcct aagctgctca tttactgggc atctacccgg 180
gaatccgggg tccctgaccg attcagtggc agcgggtctg ggacagattt cactctcacc 240
atcagcagcc tgcaggctga agatgtggca gtttattact gtcagcaata ttataggact 300
cccacgtgga cgttcggcca agggaccaag gtggaaatca aac 343
<210> 428
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 407_10_1_v2 (VH)
<400> 428
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Gly Ile Phe Asn Thr Tyr
20 25 30
Thr Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Arg Ile Ile Leu Met Ser Gly Met Ala Asn Tyr Ala Gln Lys Ile
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Thr Ser Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Phe Asn Gly Asn Tyr Tyr Gly Trp Gly Asp Asp Asp Ala
100 105 110
Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Tyr Ser
115 120 125
<210> 429
<211> 378
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 407_10_1_v2 (VH)
<400> 429
caggtgcagc tggtccagag cggcgcagag gtcaaaaagc ccggcagtag tgtcaaggtg 60
tcttgtaaag catcaggggg tatcttcaac acctacacaa tcagctgggt gagacaggct 120
ccaggacagg gactggagtg gatgggccgc atcatcctga tgtctggcat ggccaattac 180
gctcagaaga tccagggcag ggtgaccatc acagccgaca agtccaccag cacagcttat 240
atggagctga cctctctgag gtccgacgat acagccgtgt actattgcgc tcggggcttc 300
aacggcaatt actatggctg gggagatgat gatgcttttg acatttgggg gcagggcact 360
ctggtgacag tctacagt 378
<210> 430
<211> 372
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X227-v1 (WT)
<400> 430
gaagtgcaac tagtgcaaag tggtgcagaa gtcaagaagc ccggcgcttc tgttaaagtg 60
tcctgcaagg cctctggcta cacctttaca tcctactaca tgcactgggt gcggcaggct 120
cctggccagg gcctggagtg gatgggcatc atcaaccctg gaggagtgag caccacctac 180
gctcactacg cccagaagtt ccagggcaga gtgacaatga cccgggacac ctccacctct 240
accgtgtaca tggaactgtc ctctctgaga tctgaggata ccgctgtgta ctattgtgcc 300
agatccatcg ccgtgttctg gggcgacgcc ttcgacatct ggggccaagg caccatggtg 360
accgtgtcca gc 372
<210> 431
<211> 339
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV-2 S2X227-v1 mAb VL(VK)
<400> 431
gatatccaaa tgactcaaag tccagatagt ctcgctgtgt ccctgggcga gcgggctacc 60
atcaactgca agtccagcca gtccgtgctg tactcctcca ataacaagaa ctacctggcc 120
tggtatcaac agaagcctgg ccagcctcca aagctgctga tctactgggc ctctaccaga 180
gagtccggcg tccccgatag attctccgga tctggctctg gcaccgactt caccctgacc 240
atctcctctc tgcaggccga ggacgtggcc gtgtactact gtcagcagta cagctcttct 300
cctctgacct ttggcggcgg aacaaaagtg gaaatcaag 339
<210> 432
<211> 124
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 407_10_2_v2 VH
<400> 432
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Ile Ile Asn Pro Gly Gly Val Ser Thr Thr Tyr Ala His Tyr Ala
50 55 60
Gln Lys Phe Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Thr Ser
65 70 75 80
Thr Val Tyr Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val
85 90 95
Tyr Tyr Cys Ala Arg Ser Ile Ala Val Phe Trp Gly Asp Ala Phe Asp
100 105 110
Ile Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 433
<211> 372
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 407_10_2_v2 VH
<400> 433
gaagtgcaac tagtgcaaag tggtgcagaa gtcaagaagc ccggagcttc tgtgaaagtg 60
tcctgcaagg cctctggcta cacctttacc tcctactaca tccactgggt gcggcaggct 120
cctggacaag gcctggagtg gatgggcatc atcaaccctg gcggcgtgtc caccacctac 180
gctcactacg cccagaagtt ccagggcaga gtgacaatga ccagagatac cagcacatct 240
accgtgtaca tggaactgtc ctctctgcgg tccgaggaca ccgctgtgta ctattgtgcc 300
agatccatcg ccgtgttctg gggcgacgcc ttcgacatct ggggccaggg caccatggtt 360
accgtgtcta gc 372
<210> 434
<211> 124
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 407_10_2_v3 VH
<400> 434
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Tyr Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Ile Ile Asn Pro Gly Gly Val Ser Thr Thr Tyr Ala His Tyr Ala
50 55 60
Gln Lys Phe Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Thr Ser
65 70 75 80
Thr Val Tyr Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val
85 90 95
Tyr Tyr Cys Ala Arg Ser Ile Ala Val Phe Phe Gly Asp Ala Phe Asp
100 105 110
Ile Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 435
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 407_10_2_v3 CDRH3
<400> 435
Ala Arg Ser Ile Ala Val Phe Phe Gly Asp Ala Phe Asp Ile
1 5 10
<210> 436
<211> 372
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 407_10_2_v3 VH
<400> 436
gaagtgcaac tagtgcaaag tggtgcagaa gtcaagaagc ccggagcttc tgtgaaagtg 60
tcctgcaagg cctctggcta cacctttacc tcctactaca tgcactgggt ccggcaggct 120
cctggacaag gcctggagtg gatgggcatc atcaaccctg gcggcgtgtc taccacctac 180
gctcactacg cccagaagtt ccagggcaga gtgacaatga ccagagatac cagcacctct 240
acagtgtaca tggaactgtc ctctctgcgg tccgaggaca ccgctgtgta ctattgtgcc 300
agatccatcg ccgtgttctt cggcgacgcc ttcgacatct ggggccaggg caccatggtg 360
accgtgtcca gc 372
<210> 437
<211> 372
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 407_10_2_v4 VH
<400> 437
gaagtgcaac tagtgcaaag tggtgcagaa gtgaagaagc ctggcgcttc tgttaaagtg 60
tcctgcaagg cctctggcta cacctttacc tcctactaca tccactgggt gcggcaggct 120
cctggacaag gcctggagtg gatgggcatc atcaaccccg gcggcgtgtc taccacctac 180
gctcactacg cccagaagtt ccagggaaga gtgaccatga ccagagatac cagcacatct 240
acagtgtaca tggaactgtc ctctctgcgg tccgaggaca ccgctgtgta ctattgtgcc 300
agatccatcg ccgtgttctt cggcgacgcc ttcgacatct ggggccaggg caccatggtc 360
accgtgtcca gc 372
<210> 438
<211> 372
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 407_10_2_v4 VH
<400> 438
gaagtgcaac tagtgcaaag tggtgcagaa gtgaagaagc ctggcgcttc tgttaaagtg 60
tcctgcaagg cctctggcta cacctttacc tcctactaca tccactgggt gcggcaggct 120
cctggacaag gcctggagtg gatgggcatc atcaaccccg gcggcgtgtc taccacctac 180
gctcactacg cccagaagtt ccagggaaga gtgaccatga ccagagatac cagcacatct 240
acagtgtaca tggaactgtc ctctctgcgg tccgaggaca ccgctgtgta ctattgtgcc 300
agatccatcg ccgtgttctt cggcgacgcc ttcgacatct ggggccaggg caccatggtc 360
accgtgtcca gc 372
<210> 439
<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 407_10_2_v5 VL
<400> 439
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Ile Asn Cys Lys Ser Ser Gln Ser Val Leu Tyr Ser
20 25 30
Ser Asn Asn Lys Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln
35 40 45
Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Phe Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val
50 55 60
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr
65 70 75 80
Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln
85 90 95
Tyr Ser Ser Ser Pro Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile
100 105 110
Lys
<210> 440
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 407_10_2_v5 CDRL2
<400> 440
Phe Ala Ser
1
<210> 441
<211> 339
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 407_10_2_v5 VL
<400> 441
gatatccaaa tgactcaaag tccagatagt ctcgctgtgt ccctgggcga gagagctaca 60
atcaactgca agtccagcca gtccgtgctg tactcctcca ataacaagaa ctacctggcc 120
tggtaccagc agaaaccagg ccagcctcct aagctgctga tctacttcgc ctccaccaga 180
gagtccggcg tccccgatcg gttttctggc tctggatctg gcaccgactt caccctgacc 240
atctcctctc tgcaggccga ggacgtggcc gtgtactact gtcagcaata ttctagctct 300
cctctgacct tcggcggcgg aaccaaggtg gaaatcaag 339
<210> 442
<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 S2X259-v3 VL
<400> 442
Gln Thr Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Gly Ala Pro Gly Gln
1 5 10 15
Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Asn Ser Asn Ile Gly Ala Gly
20 25 30
Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu
35 40 45
Leu Ile Ser Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Thr Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser
85 90 95
Leu Ser Gly Pro Asn Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val
100 105 110
Leu
<210> 443
<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 S2X259-v4 VL
<400> 443
Gln Thr Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Gly Ala Pro Gly Gln
1 5 10 15
Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Asn Ser Asn Ile Gly Ala Gly
20 25 30
Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu
35 40 45
Leu Ile Ala Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Thr Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser
85 90 95
Leu Ser Gly Pro Asn Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val
100 105 110
Leu
<210> 444
<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 S2X259-v5 VL
<400> 444
Gln Thr Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Gly Ala Pro Gly Gln
1 5 10 15
Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Asn Ser Asn Ile Gly Ala Gly
20 25 30
Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu
35 40 45
Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Thr Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser
85 90 95
Leu Ser Gly Pro Asn Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val
100 105 110
Leu
<210> 445
<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 S2X259-v6 VL
<400> 445
Gln Thr Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Gly Ala Pro Gly Gln
1 5 10 15
Arg Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Asn Ser Asn Ile Gly Ala Gly
20 25 30
Tyr Asp Val His Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu
35 40 45
Leu Ile Val Gly Asn Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Thr Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Tyr Asp Ser Ser
85 90 95
Leu Ser Gly Pro Asn Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val
100 105 110
Leu
<210> 446
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 S2X259-v7 VH
<400> 446
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Gly Ile Phe Asn Thr Tyr
20 25 30
Thr Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Arg Ile Ile Leu Ile Ser Gly Ile Ala Asn Tyr Ala Gln Lys Ile
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Thr Ser Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Phe Asn Gly Asn Tyr Tyr Gly Trp Gly Asp Asp Asp Ala
100 105 110
Phe Asp Ile Ser Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Tyr Ser
115 120 125
<210> 447
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 S2X259-v7 CDRH2
<400> 447
Ile Ile Leu Ile Ser Gly Ile Ala
1 5
<210> 448
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 S2X259-v8 VH
<400> 448
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Gly Ile Phe Ser Thr Tyr
20 25 30
Thr Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Arg Ile Ile Leu Met Ser Gly Met Ala Asn Tyr Ala Gln Lys Ile
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Thr Ser Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Phe Asn Gly Asn Tyr Tyr Gly Trp Gly Asp Asp Asp Ala
100 105 110
Phe Asp Ile Ser Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Tyr Ser
115 120 125
<210> 449
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列抗体 S2X259-v8 CDRH1
<400> 449
Gly Gly Ile Phe Ser Thr Tyr Thr
1 5
<210> 450
<211> 1255
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 SARS-CoV; Urbani 株; 表面
<400> 450
Met Phe Ile Phe Leu Leu Phe Leu Thr Leu Thr Ser Gly Ser Asp Leu
1 5 10 15
Asp Arg Cys Thr Thr Phe Asp Asp Val Gln Ala Pro Asn Tyr Thr Gln
20 25 30
His Thr Ser Ser Met Arg Gly Val Tyr Tyr Pro Asp Glu Ile Phe Arg
35 40 45
Ser Asp Thr Leu Tyr Leu Thr Gln Asp Leu Phe Leu Pro Phe Tyr Ser
50 55 60
Asn Val Thr Gly Phe His Thr Ile Asn His Thr Phe Gly Asn Pro Val
65 70 75 80
Ile Pro Phe Lys Asp Gly Ile Tyr Phe Ala Ala Thr Glu Lys Ser Asn
85 90 95
Val Val Arg Gly Trp Val Phe Gly Ser Thr Met Asn Asn Lys Ser Gln
100 105 110
Ser Val Ile Ile Ile Asn Asn Ser Thr Asn Val Val Ile Arg Ala Cys
115 120 125
Asn Phe Glu Leu Cys Asp Asn Pro Phe Phe Ala Val Ser Lys Pro Met
130 135 140
Gly Thr Gln Thr His Thr Met Ile Phe Asp Asn Ala Phe Asn Cys Thr
145 150 155 160
Phe Glu Tyr Ile Ser Asp Ala Phe Ser Leu Asp Val Ser Glu Lys Ser
165 170 175
Gly Asn Phe Lys His Leu Arg Glu Phe Val Phe Lys Asn Lys Asp Gly
180 185 190
Phe Leu Tyr Val Tyr Lys Gly Tyr Gln Pro Ile Asp Val Val Arg Asp
195 200 205
Leu Pro Ser Gly Phe Asn Thr Leu Lys Pro Ile Phe Lys Leu Pro Leu
210 215 220
Gly Ile Asn Ile Thr Asn Phe Arg Ala Ile Leu Thr Ala Phe Ser Pro
225 230 235 240
Ala Gln Asp Ile Trp Gly Thr Ser Ala Ala Ala Tyr Phe Val Gly Tyr
245 250 255
Leu Lys Pro Thr Thr Phe Met Leu Lys Tyr Asp Glu Asn Gly Thr Ile
260 265 270
Thr Asp Ala Val Asp Cys Ser Gln Asn Pro Leu Ala Glu Leu Lys Cys
275 280 285
Ser Val Lys Ser Phe Glu Ile Asp Lys Gly Ile Tyr Gln Thr Ser Asn
290 295 300
Phe Arg Val Val Pro Ser Gly Asp Val Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr
305 310 315 320
Asn Leu Cys Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Lys Phe Pro Ser
325 330 335
Val Tyr Ala Trp Glu Arg Lys Lys Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr
340 345 350
Ser Val Leu Tyr Asn Ser Thr Phe Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly
355 360 365
Val Ser Ala Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Ser Asn Val Tyr Ala
370 375 380
Asp Ser Phe Val Val Lys Gly Asp Asp Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly
385 390 395 400
Gln Thr Gly Val Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe
405 410 415
Met Gly Cys Val Leu Ala Trp Asn Thr Arg Asn Ile Asp Ala Thr Ser
420 425 430
Thr Gly Asn Tyr Asn Tyr Lys Tyr Arg Tyr Leu Arg His Gly Lys Leu
435 440 445
Arg Pro Phe Glu Arg Asp Ile Ser Asn Val Pro Phe Ser Pro Asp Gly
450 455 460
Lys Pro Cys Thr Pro Pro Ala Leu Asn Cys Tyr Trp Pro Leu Asn Asp
465 470 475 480
Tyr Gly Phe Tyr Thr Thr Thr Gly Ile Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val
485 490 495
Val Val Leu Ser Phe Glu Leu Leu Asn Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly
500 505 510
Pro Lys Leu Ser Thr Asp Leu Ile Lys Asn Gln Cys Val Asn Phe Asn
515 520 525
Phe Asn Gly Leu Thr Gly Thr Gly Val Leu Thr Pro Ser Ser Lys Arg
530 535 540
Phe Gln Pro Phe Gln Gln Phe Gly Arg Asp Val Ser Asp Phe Thr Asp
545 550 555 560
Ser Val Arg Asp Pro Lys Thr Ser Glu Ile Leu Asp Ile Ser Pro Cys
565 570 575
Ser Phe Gly Gly Val Ser Val Ile Thr Pro Gly Thr Asn Ala Ser Ser
580 585 590
Glu Val Ala Val Leu Tyr Gln Asp Val Asn Cys Thr Asp Val Ser Thr
595 600 605
Ala Ile His Ala Asp Gln Leu Thr Pro Ala Trp Arg Ile Tyr Ser Thr
610 615 620
Gly Asn Asn Val Phe Gln Thr Gln Ala Gly Cys Leu Ile Gly Ala Glu
625 630 635 640
His Val Asp Thr Ser Tyr Glu Cys Asp Ile Pro Ile Gly Ala Gly Ile
645 650 655
Cys Ala Ser Tyr His Thr Val Ser Leu Leu Arg Ser Thr Ser Gln Lys
660 665 670
Ser Ile Val Ala Tyr Thr Met Ser Leu Gly Ala Asp Ser Ser Ile Ala
675 680 685
Tyr Ser Asn Asn Thr Ile Ala Ile Pro Thr Asn Phe Ser Ile Ser Ile
690 695 700
Thr Thr Glu Val Met Pro Val Ser Met Ala Lys Thr Ser Val Asp Cys
705 710 715 720
Asn Met Tyr Ile Cys Gly Asp Ser Thr Glu Cys Ala Asn Leu Leu Leu
725 730 735
Gln Tyr Gly Ser Phe Cys Thr Gln Leu Asn Arg Ala Leu Ser Gly Ile
740 745 750
Ala Ala Glu Gln Asp Arg Asn Thr Arg Glu Val Phe Ala Gln Val Lys
755 760 765
Gln Met Tyr Lys Thr Pro Thr Leu Lys Tyr Phe Gly Gly Phe Asn Phe
770 775 780
Ser Gln Ile Leu Pro Asp Pro Leu Lys Pro Thr Lys Arg Ser Phe Ile
785 790 795 800
Glu Asp Leu Leu Phe Asn Lys Val Thr Leu Ala Asp Ala Gly Phe Met
805 810 815
Lys Gln Tyr Gly Glu Cys Leu Gly Asp Ile Asn Ala Arg Asp Leu Ile
820 825 830
Cys Ala Gln Lys Phe Asn Gly Leu Thr Val Leu Pro Pro Leu Leu Thr
835 840 845
Asp Asp Met Ile Ala Ala Tyr Thr Ala Ala Leu Val Ser Gly Thr Ala
850 855 860
Thr Ala Gly Trp Thr Phe Gly Ala Gly Ala Ala Leu Gln Ile Pro Phe
865 870 875 880
Ala Met Gln Met Ala Tyr Arg Phe Asn Gly Ile Gly Val Thr Gln Asn
885 890 895
Val Leu Tyr Glu Asn Gln Lys Gln Ile Ala Asn Gln Phe Asn Lys Ala
900 905 910
Ile Ser Gln Ile Gln Glu Ser Leu Thr Thr Thr Ser Thr Ala Leu Gly
915 920 925
Lys Leu Gln Asp Val Val Asn Gln Asn Ala Gln Ala Leu Asn Thr Leu
930 935 940
Val Lys Gln Leu Ser Ser Asn Phe Gly Ala Ile Ser Ser Val Leu Asn
945 950 955 960
Asp Ile Leu Ser Arg Leu Asp Lys Val Glu Ala Glu Val Gln Ile Asp
965 970 975
Arg Leu Ile Thr Gly Arg Leu Gln Ser Leu Gln Thr Tyr Val Thr Gln
980 985 990
Gln Leu Ile Arg Ala Ala Glu Ile Arg Ala Ser Ala Asn Leu Ala Ala
995 1000 1005
Thr Lys Met Ser Glu Cys Val Leu Gly Gln Ser Lys Arg Val Asp Phe
1010 1015 1020
Cys Gly Lys Gly Tyr His Leu Met Ser Phe Pro Gln Ala Ala Pro His
1025 1030 1035 1040
Gly Val Val Phe Leu His Val Thr Tyr Val Pro Ser Gln Glu Arg Asn
1045 1050 1055
Phe Thr Thr Ala Pro Ala Ile Cys His Glu Gly Lys Ala Tyr Phe Pro
1060 1065 1070
Arg Glu Gly Val Phe Val Phe Asn Gly Thr Ser Trp Phe Ile Thr Gln
1075 1080 1085
Arg Asn Phe Phe Ser Pro Gln Ile Ile Thr Thr Asp Asn Thr Phe Val
1090 1095 1100
Ser Gly Asn Cys Asp Val Val Ile Gly Ile Ile Asn Asn Thr Val Tyr
1105 1110 1115 1120
Asp Pro Leu Gln Pro Glu Leu Asp Ser Phe Lys Glu Glu Leu Asp Lys
1125 1130 1135
Tyr Phe Lys Asn His Thr Ser Pro Asp Val Asp Leu Gly Asp Ile Ser
1140 1145 1150
Gly Ile Asn Ala Ser Val Val Asn Ile Gln Lys Glu Ile Asp Arg Leu
1155 1160 1165
Asn Glu Val Ala Lys Asn Leu Asn Glu Ser Leu Ile Asp Leu Gln Glu
1170 1175 1180
Leu Gly Lys Tyr Glu Gln Tyr Ile Lys Trp Pro Trp Tyr Val Trp Leu
1185 1190 1195 1200
Gly Phe Ile Ala Gly Leu Ile Ala Ile Val Met Val Thr Ile Leu Leu
1205 1210 1215
Cys Cys Met Thr Ser Cys Cys Ser Cys Leu Lys Gly Ala Cys Ser Cys
1220 1225 1230
Gly Ser Cys Cys Lys Phe Asp Glu Asp Asp Ser Glu Pro Val Leu Lys
1235 1240 1245
Gly Val Lys Leu His Tyr Thr
1250 1255
<210> 451
<211> 767
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 CMV 启动子
<400> 451
gacattgatt attgactagt tattaatagt aatcaattac ggggtcatta gttcatagcc 60
catatatgga gttccgcgtt acataactta cggtaaatgg cccgcctggc tgaccgccca 120
acgacccccg cccatgacgt caataatgac gtatgttccc atagtaacgc caatagggac 180
tttccattga cgtcaatggg tggagtattt acggtaaact gcccacttgg cagtacatca 240
agtgtatcat atgccaagta cgccccctat tgacgtcaat gacggtaaat ggcccgcctg 300
gcattatgcc cagtacatga ccttatggga ctttcctact tggcagtaca tctacgtatt 360
agtcatcgct attaccatgg tgatgcggtt ttggcagtac atcaatgggc gtggatagcg 420
gtttgactca cggggatttc caagtctcca ccccattgac gtcaatggga gtttgttttg 480
gcaccaaaat caacgggact ttccaaaatg tcgtaacaac tccgccccat tgacgcaaat 540
gggcggtagg cgtgtacggt gggaggtcta tataagcaga gctcgtttag tgaaccgtca 600
gatcgcctgg agacgccatc cacgctgttt tgacctccat agaagacacc gggaccgatc 660
cagcctccgc ggccgggaac ggtgcattgg aacgcggatt ccccgtgcca agagtgacgt 720
aagtaccgcc tatagagtct ataggcccac ccccttggct tcgttag 767
<210> 452
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 信号肽
<400> 452
atgggatggt catgtatcat cctttttcta gtagcaactg caaccggtgt 50
<210> 453
<211> 135
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列聚腺苷酸化信号序列
<400> 453
aacttgttta ttgcagctta taatggttac aaataaagca atagcatcac aaatttcaca 60
aataaagcat ttttttcact gcattctagt tgtggtttgt ccaaactcat caatgtatct 120
tatcatgtct ggatc 135
<210> 454
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 信号肽
<400> 454
Met Gly Trp Ser Cys Ile Ile Leu Phe Leu Val Ala Thr Ala Thr Gly
1 5 10 15
<210> 455
<211> 57
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 信号肽
<400> 455
atgggctggt cctgcatcat cctgttcctg gtggccacag ccaccggcgt gcacagc 57
<210> 456
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 信号肽
<400> 456
Met Gly Trp Ser Cys Ile Ile Leu Phe Leu Val Ala Thr Ala Thr Gly
1 5 10 15
Val His Ser
<210> 457
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 S2X259 变体 CDRH2
<400> 457
Ile Ile Leu Met Ser Gly Lys Ala
1 5
<210> 458
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 S2X259 变体 VH W118_S127
<400> 458
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Gly Ile Phe Asn Thr Tyr
20 25 30
Thr Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Arg Ile Ile Leu Met Ser Gly Met Ala Asn Tyr Ala Gln Lys Ile
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Thr Ser Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Phe Asn Gly Asn Tyr Tyr Gly Trp Gly Asp Asp Asp Ala
100 105 110
Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 459
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 S2X259 变体 VH M64K_W118_S127
<400> 459
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Gly Ile Phe Asn Thr Tyr
20 25 30
Thr Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Arg Ile Ile Leu Met Ser Gly Lys Ala Asn Tyr Ala Gln Lys Ile
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Thr Ser Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Phe Asn Gly Asn Tyr Tyr Gly Trp Gly Asp Asp Asp Ala
100 105 110
Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 460
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列 S2X259 变体 VH M59I_M64I_W118_S127
<400> 460
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Gly Ile Phe Asn Thr Tyr
20 25 30
Thr Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Arg Ile Ile Leu Ile Ser Gly Ile Ala Asn Tyr Ala Gln Lys Ile
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Thr Ser Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Phe Asn Gly Asn Tyr Tyr Gly Trp Gly Asp Asp Asp Ala
100 105 110
Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 461
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> ACE2 正向引物
<400> 461
caagagcaaa cggttgaaca c 21
<210> 462
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> ACE2 反向引物
<400> 462
ccagagcctc tcattgtagt ct 22
<210> 463
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> HPRT 正向引物
<400> 463
cctggcgtcg tgattagtg 19
<210> 464
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> HPRT 反向引物
<400> 464
acaccctttc caaatcctca g 21
<210> 465
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TMPRSS2 正向引物
<400> 465
caagtgctcc ractctggga t 21
<210> 466
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TMPRSS2 反向引物
<400> 466
aacacaccgr ttctcgtcct c 21
Claims (120)
1.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中：
(i)所述CDRH1包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:409、23、33、38、46、53、55、63、70、72、83、93、103、113、123、137、147、160、166、181、191、201、211、221、233、243、268、305、315、325、330、335、349、359、369、379、389、399、419或449，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；
(ii)所述CDRH2包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:410、24、31、36、39、48、51、56、65、67、73、83、93、103、113、123、137、147、161、167、182、192、202、212、222、234、244、263、269、285、287、289、293、299、301、306、316、326、331、336、350、360、370、380、390、400、420、447、457，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；
(iii)所述CDRH3包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:411、25、40、57、74、84、94、104、114、124、138、148、156、162、168、183、193、203、213、223、235、245、254、257、259、261、265、271、273、275、277、279、281、290、294、296、307、317、324、327、332、337、351、361、371、381、391、401、421或435，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；
(iv)所述CDRL1包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:413、27、42、59、76、86、96、106、116、126、140、150、163、169、185、195、205、215、225、237、247、309、319、328、333、338、353、363、373、383、393、403或423，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；
(v)所述CDRL2包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:414、28、43、60、77、87、97、107、117、127、141、151、164、170、186、196、206、216、226、238、248、310、320、329、334、339、354、364、374、384、394、404、424或440，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代；和/或
(vi)所述CDRL3包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:415、29、44、61、78、88、98、108、118、128、142、152、165、171、187、197、207、217、227、239、249、283、303、311、321、355、365、375、385、395、405或425，或者包括所述序列的序列变体或由其组成，所述序列变体包括一个、两个或三个氨基酸取代，其中一个或多个取代任选地是保守取代和/或种系编码的氨基酸的取代，
其中所述抗体或抗原结合片段能够与宿主细胞的细胞表面、SARS-CoV-2病毒体或所述两者上表达的SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
2.根据权利要求1所述的抗体或抗原结合片段，其能够在体外感染模型和/或体内感染动物模型和/或人体内中和SARS-CoV-2感染，其中任选地所述SARS-CoV-2感染包括包含如SEQ ID NO:3所示的氨基酸序列的SARS-CoV-2。
3.根据权利要求1或2所述的抗体或抗原结合片段，其进行以下：
(i)能够与宿主细胞的细胞表面、沙贝病毒病毒体或两者上表达的两种或更多种(例如，两种、三种、四种、五种或更多种)沙贝病毒的表面糖蛋白结合；和/或
(ii)能够在体外感染模型和/或体内动物感染模型和/或人体内中和由两种或更多种沙贝病毒引起的感染。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其包括如以下SEQ ID NO所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：
(i)分别地，409-411和413-415；
(ii)分别地，23或160、31、25或162和27-29或163-165；
(iii)分别地，33、24或161、25或162和27-29或163-165；(iv)分别地，33、31、25或162和27-29或163-165；
(v)分别地，33、36、25或162和27-29或163-165；
(vi)分别地，38-40和42-44；
(vii)分别地，46、39或167、40或168和42-44或169-171；(viii)分别地，38或166、48、40或168和42-44或169-171；(ix)分别地，46、48、40或168和42-44或169-171；
(x)分别地，46、51、40或168和42-44或169-171；
(xi)分别地，53、48、40或168和42-44或169-171；
(xii)分别地，55-57和59-61；
(xiii)分别地，63、56、57和59-61；
(xiv)分别地，55、65、57和59-61；
(xv)分别地，63、67、57和59-61；
(xvi)分别地，63、65、57和59-61；
(xvii)分别地，70、65、57和59-61；
(xviii)分别地，72-74和76-78；
(xix)分别地，82-84和86-88；
(xx)分别地，92-94和96-98；
(xxi)分别地，102-104和106-108；
(xxii)分别地，112-114和116-118；
(xxiii)分别地，122-124和126-128；
(xxiv)分别地，136-138和140-142；
(xxv)分别地，146-148和150-152；
(xxvi)分别地，112、113、156和116-118；
(xxvii)分别地，181-183和185-187；
(xxviii)分别地，191-193和195-197；
(xxix)分别地，201-203和205-207；
(xxx)分别地，211-213和215-217；
(xxxi)分别地，221-223和225-227；
(xxvii)分别地，233-235和237-239；
(xxxiii)分别地，243-245和247-249；
(xxxiv)分别地，211，212，在254、257、259、261或324中的任一者和215-217；(xxxv)分别地，在221、268或325中的任一者，在222、263、269或326中的任一者，在223、265、271、273或327中的任一者，和225，226或328，和227或329；
(xxxvi)分别地，233或330，234或331，在235、275、277、279、281或332中的任一者，和在237、282或333中的任一者，238或234，和239；
(xxvii)分别地，243或335，在244、285、287、289、293、299、301或336中的任一者，在245、290、294、296或337中的任一者，和247或338，248或339，和249或303；
(xxxviii)分别地，305-307和309-311；
(xxxix)分别地，315-317和319-321；
(xxxx)分别地，349-351和353-355；
(xxxxi)分别地，359-361和363-365；
(xxxxii)分别地，369-371和373-375；
(xxxxiii)分别地，379-381和383-385；
(xxxxiv)分别地，389-391和393-395；
(xxxxv)分别地，399、400、401或435和403、404或440和405；
(xxxxvi)分别地，23-25和27-29；
(xxxxvii)分别地，419-421和423-425；
(xxxxviii)分别地，409、447、411和413-415；
(xxxxix)分别地，449、410、411和413-415；
(xxxxx)分别地，449、447、411和413-415；
(xxxxxi)分别地，409、457、411和413-415；
(xxxxxii)分别地，449、457、411和413-415。
5.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：
(i)分别地，SEQ ID NO:409、410、411、413、414和415；
(ii)分别地，SEQ ID NO:409、447、411、413、414和415；
(iii)分别地，SEQ ID NO:409、457、411、413、414和415；
(iv)分别地，SEQ ID NO:449、410、411、413、414和415；
(v)分别地，SEQ ID NO:449、447、411、413、414和415；或
(vi)分别地，SEQ ID NO:449、457、411、413、414和415，
并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:409、410、411、413、414和415。
7.根据权利要求1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:409、447、411、413、414和415。
8.根据权利要求1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:409、457、411、413、414和415。
9.根据权利要求1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:449、410、411、413、414和415。
10.根据权利要求1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:449、447、411、413、414和415。
11.根据权利要求1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:449、457、411、413、414和415。
12.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：
(i)分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、404和405；
(ii)分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、404和405；
(iii)分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、440和405；或
(iv)分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、440和405，
并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
13.根据权利要求1至4和12中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、404和405。
14.根据权利要求1至4和12中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、404和405。
15.根据权利要求1至4和12中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、440和405。
16.根据权利要求1至4和12中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述CDRH1、所述CDRH2、所述CDRH3、所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、440和405。
17.根据权利要求1至16中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中：
(i)所述VH包括与如以下任一者所示的氨基酸序列具有至少85％同一性的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、158、180、190、200、210、220、232、242、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、448、459和460，其中变异任选地限于一个或多个框架区和/或变异包括种系编码的氨基酸的一个或多个取代；和/或
(ii)所述VL包括与如以下任一者所示的氨基酸序列具有至少85％同一性的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444和445，其中变异任选地限于一个或多个框架区和/或变异包括种系编码的氨基酸的一个或多个取代。
18.根据权利要求1至17中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述VH包括表3中所示的任何VH氨基酸序列或由其组成，并且其中所述VL包括表3中所示的任何VL氨基酸序列或由其组成，其中任选地所述VH和所述VL包括如以下SEQ ID NO所示的氨基酸序列或由其组成：
(i)分别地，在408、446、448、458、459和460中的任一者，以及在412、442、443、444和445中的任一者，任选地如以下所示(a)分别地，408和412；(b)分别地，408和442；(c)分别地，408和443；(d)分别地，408和444；(e)分别地，408和445；(f)分别地，428和412；(g)分别地，428和442；(h)分别地，428和443；(i)分别地，428和444；(j)分别地，428和445；(k)分别地，446和412；(l)分别地，446和442；(m)分别地，446和443；(n)分别地，446和444；(o)分别地，446和445；(p)分别地，448和412；(q)分别地，448和442；(r)分别地，448和443；(s)分别地，448和444；(t)分别地，448和445；(u)分别地，458和412；(v)分别地，458和442；(w)分别地，458和443；(x)分别地，458和444；(y)分别地，458和445；(z)分别地，459和412；(aa)分别地，459和442；(bb)分别地，459和443；(cc)分别地，459和444；(dd)分别地，459和445；(ee)分别地，460和412；(ff)分别地，460和442；(gg)分别地，460和443；(hh)分别地，460和444；或(ii)分别地，460和445；
(ii)分别地，30和26；
(iii)分别地，32和26；
(iv)分别地，34和26；
(v)分别地，35和26；
(vi)分别地，37和41；
(vii)分别地，45和41；
(viii)分别地，47和41；
(ix)分别地，49和41；
(x)分别地，50和41；
(xi)分别地，52和41；
(xii)分别地，54和58；
(xiii)分别地，62和58；
(xiv)分别地，64和58；
(xv)分别地，66和58；
(xvi)分别地，68和58；
(xvii)分别地，69和58；
(xviii)分别地，71和75；
(xix)分别地，81和85；
(xx)分别地，91和95；
(xxi)分别地，101或158和105；
(xxii)分别地，111或155和115；
(xxiii)分别地，121和125；
(xxiv)分别地，135和139；
(xxv)分别地，145和149；
(xxvi)分别地，180和184；
(xxvii)分别地，190和194；
(xxviii)分别地，200和204；
(xxix)分别地，210和214；
(xxx)分别地，220和224；
(xxxi)分别地，220和230；
(xxxii)分别地，232和236；
(xxxiii)分别地，242和246；
(xxxiv)分别地，在252、253、255、256、258或260中的任一者和214；
(xxxv)分别地，在262、264、266、267、270或272中的任一者和224；
(xxxvi)分别地，在274、276、278或280中的任一者和236或282；
(xxxvii)分别地，在284、286、288、291、292、295、297或300中的任一者和246或302；
(xxxviii)分别地，304和308；
(xxxix)分别地，314和318；
(xxxx)分别地，348和352；
(xxxxi)分别地，358和362；
(xxxxii)分别地，368和372；
(xxxxiii)分别地，378和382；
(xxxxiv)分别地，388和392；
(xxxxv)分别地，398或432或434或437和402或439，任选地(a)分别地，398和402，(b)分别地，398和439，(c)分别地，432和402，(d)分别地，432和439，(e)分别地，434和402，(f)分别地，434和439，(g)分别地，437和402或(h)分别地，437和439；
(xxxxvi)分别地，408或428和412；
(xxxxvii)分别地，418和422；
(xxxxviii)分别地，在408、446、448、458、459和460中的任一者和在412、442、443、444和445中的任一者；或
(xxxxix)分别地，22和26。
19.根据权利要求1至18中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH和所述VL与以下SEQ ID NO中所示的氨基酸序列具有至少85％的同一性，或包括所述氨基酸序列或由其组成：
(a)分别地，458和445；
(b)分别地，408和442；
(c)分别地，408和443；
(d)分别地，408和444；
(e)分别地，408和445；
(f)分别地，428和412；
(g)分别地，428和442；
(h)分别地，428和443；
(i)分别地，428和444；
(j)分别地，428和445；
(k)分别地，446和412；
(l)分别地，446和442；
(m)分别地，446和443；
(n)分别地，446和444；
(o)分别地，446和445；
(p)分别地，448和412；
(q)分别地，448和442；
(r)分别地，448和443；
(s)分别地，448和444；
(t)分别地，448和445；
(u)分别地，458和412；
(v)分别地，458和442；
(w)分别地，458和443；
(x)分别地，458和444；
(y)分别地，408和412；
(z)分别地，459和412；
(aa)分别地，459和442；
(bb)分别地，459和443；
(cc)分别地，459和444；
(dd)分别地，459和445；
(ee)分别地，460和412；
(ff)分别地，460和442；
(gg)分别地，460和443；
(hh)分别地，460和444；或
(ii)分别地，460和445。
20.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括SEQ ID NO:458中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括SEQ ID NO:445中所示的氨基酸序列或由其组成，
其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
21.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括SEQ ID NO:408中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括SEQ ID NO:412中所示的氨基酸序列或由其组成，
其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
22.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括SEQ ID NO:460中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括SEQ ID NO:445中所示的氨基酸序列或由其组成，
其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
23.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括SEQ ID NO:459中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括SEQ ID NO:445中所示的氨基酸序列或由其组成，
其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
24.根据权利要求1至18中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述VH和所述VL与以下SEQ ID NO中所示的氨基酸序列具有至少85％的同一性，或包括所述氨基酸序列或由其组成：
(i)分别地，398和402；
(ii)分别地，398和439；
(iii)分别地，432和402；
(iv)分别地，432和439；
(v)分别地，434和402；
(vi)分别地，434和439；
(vii)分别地，437和402；或
(viii)分别地，437和439。
25.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，其中所述VH和所述VL包括以下SEQ ID NO中所示的氨基酸序列或由其组成：
(i)分别地，398和402；
(ii)分别地，398和439；
(iii)分别地，432和402；
(iv)分别地，432和439；
(v)分别地，434和402；
(vi)分别地，434和439；
(vii)分别地，437和402；或
(viii)分别地，437和439，
并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
26.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，其中所述VH包括如SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列或由其组成，并且所述VL包括如SEQID NO:26中所示的氨基酸序列或由其组成，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
27.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:23-25，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:27-29，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
28.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，其中所述VH包括如SEQ ID NO:37中所示的氨基酸序列或由其组成，并且所述VL包括如SEQID NO:41中所示的氨基酸序列或由其组成，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
29.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:38-40，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:42-44，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
30.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，其中所述VH包括如SEQ ID NO:54中所示的氨基酸序列或由其组成，并且所述VL包括如SEQID NO:58中所示的氨基酸序列或由其组成，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
31.一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:55-57，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:59-61，并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
32.根据权利要求1至31中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)特异性结合。
33.根据权利要求1至32中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其进行以下：
(i)识别SARS-CoV-2的ACE2受体结合基序(RBM，SEQ ID NO:5)中的表位；
(ii)能够阻断SARS-CoV-2RBD(例如，SARS-CoV-2RBM)与ACE2之间的相互作用；
(iii)能够以比与SARS-CoV S蛋白结合的亲合力更大的亲合力与SARS-CoV-2S蛋白结合；
(iv)识别在SARS-CoV-2的ACE2 RBD和SARS-CoV的ACE2 RBD中保守的表位；
(v)针对SARS-CoV-2和SARS-CoV冠状病毒具有交叉反应性；
(vii)识别SARS-CoV-2表面糖蛋白中不存在于ACE2 RBM中的表位；或
(viii)(i)-(vii)的任何组合。
34.根据权利要求1至33中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其进行以下：
(i)识别两种或更多种沙贝病毒的S蛋白中的表位；
(ii)能够阻断一种、两种或更多种沙贝病毒的S蛋白与细胞表面受体之间的相互作用；
(iii)识别在两种或更多种沙贝病毒的刺突蛋白中保守的表位；
(iv)针对两种或更多种沙贝病毒具有交叉反应性；或
(v)(i)-(iv)的任何组合。
35.根据权利要求1至34中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够能够抑制SARS-CoV-2与DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1中的任一者或多者之间的相互作用。
36.根据权利要求1至35中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够抑制SARS-CoV-2与以下中的任一者或多者之间的相互作用：DC-SIGN；L-SIGN；SIGLEC-1；CD22；CD33；CLEC4M、SIGLEC-16；SIGLEC-15；SIGLEC-14；SIGLEC-12；SIGLEC-11；SIGLEC-10；SIGLEC-9；SIGLEC-8；SIGLEC-7；SIGLEC-6；SIGLEC-5；或其任何组合。
37.根据权利要求1至36中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够与(i)-(viii)中的任一者或多者的表面糖蛋白结合：
(i)进化枝1a的一种或多种沙贝病毒，其中所述一种或多种沙贝病毒任选地包括SARS-CoV、Rs3367、Rs4084、LYRa3、Rs4231、Rs4874、WIV1或其任何组合；
(ii)进化枝1b的一种或多种沙贝病毒，其中所述一种或多种沙贝病毒包括SARS-CoV-2，并且任选地包括RatG13、PangGD和PangGX中的一者或多者；
(iii)进化枝2的一种或多种沙贝病毒，其中所述一种或多种沙贝病毒包括Rm1/2004、As6526、HKU3-12、Rp/Shaanxi2011、Cp/Yunnan2011、Rf4092、Rs4255、ZXC21、ZC45、YN2013、RMYN02、SC2018、Anlong112、YN2013、SC2011、ZC45或其任何组合；
(iv)进化枝3的一种或多种沙贝病毒，其中所述一种或多种沙贝病毒任选地包括BtKY72、BGR2008或两者；
(iv)SEQ ID NO:3的变体，其包括：
(iv)(a)N501Y突变；
(iv)(b)Y453F突变；
(iv)(c)N439K突变；
(iv)(d)K417V突变；和/或
(iv)(e)N501Y突变、K417N突变和E484K突变；
(v)SARS-CoV-2B.1.351变体；
(vi)SARS-CoV-2B.1.429变体；
(vii)SARS-CoV-2P.1变体；
(viii)SARS-CoV-2B.1.1.222变体。
38.根据权利要求1至37中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够与以下的表面糖蛋白结合：
(i)SARS-CoV-2Wuhan-Hu-1(SEQ ID NO:3)；
(ii)SARS-CoV-2B.1.1.7；
(iii)SARS-CoV-2B.1.351；
(iv)SARS-CoV-2变体P.1；
(v)SARS-CoV-2变体B.1.429；
(vi)SARS-CoV；
(vii)WIV1；
(viii)PANG/GD；
(ix)PANG/GX；
(x)RatG13；
(xi)ZXC21；
(xii)ZC45；
(xiii)RmYN02；
(xiv)BGR2008；
(xv)BtkY72；或
(xvi)(i)-(xv)的任何组合。
39.根据权利要求1至38中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段的Fab能够以小于0.1nM的Kd与SARS-CoV-2S蛋白三聚体结合，任选地使用表面等离子体共振，进一步任选地测量所捕获的S蛋白三聚体以单循环动力学形式在11nM、33nM、100nM和300nM与所述Fab的结合。
40.根据权利要求1至39中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段的Fab能够以小于0.1nM，任选地0.08nM的Kd与SARS-CoV-2RBD结合，进一步任选地使用表面等离子体共振，进一步任选地测量所捕获的RBD以单循环动力学形式在11nM、33nM、100nM和300nM与所述Fab的结合。
41.根据权利要求1至40中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段的Fab能够进行以下：
(i)以介于9nM与11nM之间，任选地10nM的Kd与Pangolin-GX RBD结合；
(ii)以介于1.5nM与1.7nM之间，任选地1.6nM的Kd与SARS-CoV RBD结合；
(iii)以介于1.0nM与1.2nM之间，任选地1.1nM的Kd与RaTG13 RBD结合；
(iv)以介于0.1nM与0.3nM之间，任选地0.2nM的Kd与Pangolin-GD RBD结合；
(v)以介于1.3nM与1.5nM之间，任选地1.4nM的Kd与WIV1 RBD结合；
(vi)以介于63nM与65nM之间，任选地64nM的Kd与SC2018 RBD结合；
(vii)以介于3nM与5nM之间，任选地4nM的Kd与ZC45 RBD结合；
(viii)以介于0.3nM与0.5nM之间，任选地0.4nM的Kd与BTKY72 RBD结合；和/或
(ix)以介于3.5nM与3.7nM之间，任选地3.6nM的Kd与BGR/2008RBD结合；
其中任选地使用表面等离子体共振测量结合，进一步任选地测量所捕获的RBD以单循环动力学形式在11nM、33nM、100nM和300nM与所述Fab的结合。
42.根据权利要求1至41中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够中和由SARS-CoV-2和任选地一种或多种非SARS-CoV-2的沙贝病毒引起的感染。
43.根据权利要求1至42中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够在体外中和由SARS-CoV-2假病毒，任选地用SARS-CoV-2S蛋白假型化的鼠白血病病毒引起的感染，其中IC50为约31.6ng/mL，IC80为约58.7ng/mL，和/或IC90为约87ng/mL。
44.根据权利要求1至43中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够在体外中和由SARS-CoV-2假病毒，任选地用SARS-CoV-2S蛋白假型化的鼠白血病病毒引起的感染，其中IC50介于85ng/mL与95ng/mL之间，任选地介于91ng/mL与93ng/mL之间或介于85ng/mL与88ng/mL之间，IC80为约184.5ng/mL，和/或IC90为约274ng/mL。
45.根据权利要求1至44中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够中和由活SARS-CoV-2引起的感染，任选地其中IC50介于140ng/mL与150ng/mL之间，进一步任选地其中IC50介于142ng/mL与146ng/mL之间。
46.根据权利要求1至45中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够中和由以下引起的感染：
(i)用SARS-CoV-2S蛋白假型化的水疱性口炎病毒(VSV)，任选地其中IC50介于210ng/mL与215ng/mL之间，进一步任选地介于212ng/mL与214ng/mL之间；
(ii)用B.1.1.7S蛋白假型化的VSV，其中IC50介于200ng/mL与210ng/mL之间，任选地介于203ng/mL与207ng/mL之间；
(iii)用B.1.351S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于110ng/mL与120ng/mL之间，进一步任选地介于112ng/mL与116ng/mL之间；
(iv)用B.1.429S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于350ng/mL与360ng/mL之间，进一步任选地介于355ng/mL与359ng/mL之间；
(v)用P.1S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于450ng/mL与470ng/mL之间，进一步任选地介于455ng/mL与465ng/mL之间；
(vi)用包括N439K突变的SARS-CoV-2S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于270ng/mL与290ng/mL之间，进一步任选地介于275ng/mL与285ng/mL之间；
(vii)用包括Y453F突变的SARS-CoV-2S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于210ng/mL与230ng/mL之间，进一步任选地介于215ng/mL与225ng/mL之间；
(viii)用SARS-CoV S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于80ng/mL与100ng/mL之间，进一步任选地介于85ng/mL与90ng/mL之间；
(ix)用RsSHC014 S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于5ng/mL与10ng/mL之间，进一步任选地介于6ng/mL与8ng/mL之间；
(x)用WIV1 S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于570ng/mL与590ng/mL之间，进一步任选地介于575ng/mL与585ng/mL之间；
(xi)用WIV16 S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于190ng/mL与200ng/mL之间，进一步任选地介于193ng/mL与199ng/mL之间；
(xii)用RaTG-13S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于30ng/mL与45ng/mL之间，进一步任选地介于35ng/mL与42ng/mL之间；
(xiii)用Pangolin-GX S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于4800ng/mL与4900ng/mL之间，进一步任选地介于4840ng/mL与4870ng/mL之间，进一步任选地介于4850ng/mL与4860ng/mL之间；和/或
(xiv)用Pangolin-GD S蛋白假型化的VSV，任选地其中IC50介于100ng/mL与110ng/mL之间，进一步任选地介于103ng/mL与109ng/mL之间。
47.根据权利要求1至46中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够抑制SARS-CoV-2S蛋白RBD与人ACE2的结合，任选地如通过ELISA测量的，进一步任选地其中IC50介于22ng/mL与28ng/mL之间，更进一步任选地介于22ng/mL与23ng/mL之间或介于27ng/mL与28ng/mL之间。
48.根据权利要求1至47中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够抑制SARS-CoV-2S蛋白RBD与人ACE2的结合，任选地如通过ELISA测量的，进一步任选地其中IC50介于9ng/mL与11ng/mL之间。
49.根据权利要求1至48中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够抑制SARS-CoV-2S蛋白S1亚基从用SARS-CoV-2感染的细胞脱落。
50.根据权利要求1至49中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其能够阻止表达SARS-CoV-2S蛋白的细胞间的细胞-细胞融合。
51.根据权利要求1至50中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其是IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
52.根据权利要求1至51中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其是选自IgG1、IgG2、IgG3和IgG4的IgG同型。
53.根据权利要求1至52中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其是人的、人源化的或嵌合的。
54.根据权利要求1至53中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段包括人抗体、单克隆抗体、纯化的抗体、单链抗体、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv或scFab。
55.根据权利要求54所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段包括包含多于一个VH结构域和多于一个VL结构域的scFv。
56.根据权利要求1至55中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段是多特异性抗体或抗原结合片段。
57.根据权利要求56所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段是双特异性抗体或抗原结合片段。
58.根据权利要求56或57所述的抗体或抗原结合片段，其包括：
(i)第一VH和第一VL；和
(ii)第二VH和第二VL，
其中所述第一VH和所述第二VH不同并且各自独立地包括与以下任一者中所示的氨基酸序列具有至少85％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68、69、71、81、91、101、111、121、135、145、155、180、190、200、210、220、233、243、252、253、255、256、258、260、262、264、266、267、270、272、274、276、278、280、284、286、288、291、292、295、297、298、300、304、314、348、358、368、378、388、398、408、418、428、432、434、437、446、448、458、459和460，并且
其中所述第一VL和所述第二VL不同并且各自独立地包括与以下任一者中所示的氨基酸序列具有至少85％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:26、41、58、75、85、95、105、115、125、139、149、184、194、204、214、224、230、236、246、282、302、308、319、352、362、372、382、392、402、412、422、439、442、443、444和445；
并且其中所述第一VH和所述第一VL共同形成第一抗原结合位点，并且其中所述第二VH和所述第二VL共同形成第二抗原结合位点。
59.根据权利要求1至58中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段进一步包括Fc多肽或其片段。
60.根据权利要求59所述的抗体或抗原结合片段，其中
(i)与不包括突变的参考Fc多肽相比，所述Fc多肽或其片段包括增强与FcRn结合的所述突变；和/或
(ii)与不包括突变的参考Fc多肽相比，所述Fc多肽或其片段包括增强与FcγR结合的所述突变。
61.根据权利要求60所述的抗体或抗原结合片段，其中所述增强与FcRn结合的突变包括：M428L；N434S；N434H；N434A；N434S；M252Y；S254T；T256E；T250Q；P257I；Q311I；D376V；T307A；E380A；或其任何组合。
62.根据权利要求60或61所述的抗体或抗原结合片段，其中所述增强与FcRn结合的突变包括：
(i)M428L/N434S；
(ii)M252Y/S254T/T256E；
(iii)T250Q/M428L；
(iv)P257I/Q311I；
(v)P257I/N434H；
(vi)D376V/N434H；
(vii)T307A/E380A/N434A；或
(viii)(i)-(vii)的任何组合。
63.根据权利要求60至62中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述增强与FcRn结合的突变包括M428L/N434S。
64.根据权利要求60至63中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述增强与FcγR结合的突变包括S239D；I332E；A330L；G236A；或其任何组合。
65.根据权利要求60至64中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述增强与FcγR结合的突变包括：
(i)S239D/I332E；
(ii)S239D/A330L/I332E；
(iii)G236A/S239D/I332E；或
(iv)G236A/A330L/I332E。
66.根据权利要求1至65中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其包括改变糖基化的突变，和/或其是去糖基化的和/或去岩藻糖基化的，其中所述改变糖基化的突变包括N297A、N297Q或N297G。
67.根据权利要求1至66中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其在与靶细胞的表面上表达的SARS-CoV-2S蛋白结合时能够激活人FcγRIIa、人FcγRIIIa或两者，其中任选地：
(i)所述靶细胞包括EpiCHO细胞；
(ii)所述人FcγRIIa包括H131等位基因；
(iii)所述人FcγRIIIa包括V158等位基因；和/或
(iv)所述人FcγRIIIa和/或所述人FcγRIIa由宿主细胞表达，如Jurkat细胞或自然杀伤细胞，并且使用所述宿主细胞中的NFAT驱动的荧光素酶信号确定激活。
68.根据权利要求1至67中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够针对用SARS-CoV-2感染的靶细胞诱导抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)和/或抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)。
69.根据权利要求59至68中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述Fc多肽包括L234A突变和L235A突变。
70.根据权利要求1至69中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2S蛋白结合，如使用生物层干涉测量法确定的。
71.根据权利要求1至70所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够以约16μg/ml至约20μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染和/或中和靶细胞的感染。
72.根据权利要求1至71所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够以约3μg/ml至约4μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染和/或中和靶细胞的感染。
73.根据权利要求1至72中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够以约0.8μg/ml至约0.9μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染和/或中和靶细胞的感染。
74.根据权利要求1至73中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够以约0.5μg/ml至约0.6μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染和/或中和靶细胞的感染。
75.根据权利要求1至74中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段能够以约0.1μg/ml至约0.2μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染和/或中和靶细胞的感染。
76.一种分离的多核苷酸，其编码根据权利要求1至75中任一项所述的抗体或抗原结合片段，或编码所述抗体或所述抗原结合片段的VH、重链、VL和/或轻链。
77.根据权利要求76所述的多核苷酸，其中所述多核苷酸包括脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)，其中所述RNA任选地包括信使RNA(mRNA)。
78.根据权利要求76或77所述的多核苷酸，其进行了密码子优化用于在宿主细胞中表达。
79.根据权利要求76至78中任一项所述的多核苷酸，其包括与如以下任一者或多者所示的多核苷酸序列具有至少50％同一性的多核苷酸：SEQ ID NO:79、80、89、90、99、100、109、110、119、120、129-134、143、144、153、154、157、159、188、189、198、199、208、209、218、219、228、229、231、240、241、250、251、312、313、322、323、356、357、366、367、376、377、386、387、396、397、406、407、416、417、426、427、429、430、431、433、436、438和441，和/或包括(i)如SEQ ID NO:406所示的多核苷酸和如SEQ ID NO:407所示的多核苷酸，或(ii)如以下任一者所示的多核苷酸：SEQ IDNO:416、429、430、432、433、436、437或441，和如SEQ ID NO:417或431所示的多核苷酸。
80.一种重组载体，其包括根据权利要求76至79中任一项所述的多核苷酸。
81.一种宿主细胞，其包括根据权利要求76至79中任一项所述的多核苷酸和/或根据权利要求80所述的载体，其中所述多核苷酸对所述宿主细胞是异源的。
82.一种人B细胞，其包括根据权利要求76至79中任一项所述的多核苷酸，其中多核苷酸对所述人B细胞是异源的和/或其中所述人B细胞是永生化的。
83.一种组合物，其包含：
(i)根据权利要求1至75中任一项所述的抗体或抗原结合片段；
(ii)根据权利要求76至79中任一项所述的多核苷酸；
(iii)根据权利要求80所述的重组载体；
(iv)根据权利要求81所述的宿主细胞；和/或
(v)根据权利要求82所述的人B细胞；以及
药学上可接受的赋形剂、载体或稀释剂。
84.根据权利要求83所述的组合物，其包含两种或更多种不同抗体或抗原结合片段，其中所述两种或更多种不同抗体或抗原结合片段中的每一种不同并且独立地根据权利要求1至75中任一项。
85.根据权利要求83或84所述的组合物，其进一步包含抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:173、174、175、177、178和179，并且任选地包括SEQ ID NO:172的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:176的VL氨基酸序列。
86.根据权利要求83或84所述的组合物，其进一步包含抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:341、342、343、345、346和347，并且任选地包括SEQ ID NO:340的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:344的VL氨基酸序列。
87.根据权利要求83至86中任一项所述的组合物，其包含根据权利要求5至11中任一项所述的抗体或抗原结合片段。
88.根据权利要求83至87中任一项所述的组合物，其包含根据权利要求19至23中任一项所述的抗体或抗原结合片段。
89.根据权利要求83至88中任一项所述的组合物，其包含根据权利要求12至18中任一项所述的抗体或抗原结合片段。
90.根据权利要求83至89中任一项所述的组合物，其包含根据权利要求24或25中任一项所述的抗体或抗原结合片段。
91.根据权利要求83至90中任一项所述的组合物，其包含：
(i)第一抗体或抗原结合片段，所述第一抗体或抗原结合片段包括VH和VL，所述VH包括如SEQ ID NO:172中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括如SEQ ID NO:176中所示的氨基酸序列或由其组成；以及
(ii)第二抗体或抗原结合片段，所述第二抗体或抗原结合片段包括VH和VL，所述VH包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69，所述VL包括如以下任一者所示的氨基酸序列或由其组成：SEQ ID NO:26、41或58。
92.根据权利要求83至91中任一项所述的组合物，其包含：
(i)第一抗体或抗原结合片段，所述第一抗体或抗原结合片段包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:173-175，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:177-179；以及
(ii)第二抗体或抗原结合片段，所述第二抗体或抗原结合片段包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：(i)分别地，SEQ ID NO:23-25；(ii)分别地，SEQ ID NO:160-162；(iii)分别地，SEQ ID NO:38-40；或(iv)分别地，SEQID NO:166-168；并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：(i)分别地，SEQ ID NO:27-29；(ii)分别地，SEQ IDNO:163-165；(iii)分别地，SEQ ID NO:42-44；或(iv)分别地，SEQ ID NO:169-171。
93.根据权利要求83至92中任一项所述的组合物，其包含：
(i)第一抗体或抗原结合片段，所述第一抗体或抗原结合片段包括VH和VL，所述VH包括如SEQ ID NO:172中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括如SEQ ID NO:176中所示的氨基酸序列或由其组成；以及
(ii)第二抗体或抗原结合片段，所述第二抗体或抗原结合片段包括VH和VL，所述VH包括如SEQ ID NO:200中所示的氨基酸序列或由其组成，所述VL包括如SEQ ID NO:204中所示的氨基酸序列或由其组成。
94.根据权利要求83至93中任一项所述的组合物，其包含：
(i)第一抗体或抗原结合片段，所述第一抗体或抗原结合片段包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:173-175，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:177-179；以及
(ii)第二抗体或抗原结合片段，所述第二抗体或抗原结合片段包括重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，所述VH包括CDRH1、CDRH2和CDRH3，所述VL包括CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中所述CDRH1、所述CDRH2和所述CDRH3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:201-203，并且所述CDRL1、所述CDRL2和所述CDRL3包括以下中所示的氨基酸序列或由其组成：分别地，SEQ ID NO:205-207。
95.一种组合物，其包含包封于载体分子中的根据权利要求76到79中任一项所述的多核苷酸，其中所述载体分子任选地包括脂质、脂质衍生的递送媒剂，如脂质体、固体脂质纳米颗粒、油性悬浮液、亚微米脂质乳液、脂质微泡、反脂质胶束、耳蜗脂质体、脂质微管、脂质微柱、脂质纳米颗粒(LNP)或纳米级平台。
96.一种治疗受试者的沙贝病毒感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的以下：
(i)根据权利要求1至75中任一项所述的抗体或抗原结合片段；
(ii)根据权利要求76至79中任一项所述的多核苷酸；
(iii)根据权利要求80所述的重组载体；
(iv)根据权利要求81所述的宿主细胞；
(v)根据权利要求82所述的人B细胞；和/或
(vi)根据权利要求83至95中任一项所述的组合物。
97.根据权利要求1至75中任一项所述的抗体或抗原结合片段、根据权利要求76至79中任一项所述的多核苷酸、根据权利要求80所述的重组载体、根据权利要求81所述的宿主细胞、根据权利要求82所述的人B细胞和/或根据权利要求83至95中任一项所述的组合物，用于治疗受试者的沙贝病毒感染的方法。
98.根据权利要求1至75中任一项所述的抗体或抗原结合片段、根据权利要求76至79中任一项所述的多核苷酸、根据权利要求80所述的重组载体、根据权利要求81所述的宿主细胞、根据权利要求82所述的人B细胞和/或根据权利要求83至95中任一项所述的组合物，用于制备用于治疗受试者的SARS-CoV-2感染的药物。
99.根据权利要求96所述的方法或用于根据权利要求97或98所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述抗体或抗原结合片段根据权利要求5至11中任一项。
100.根据权利要求96或99所述的方法或用于根据权利要求97至99中任一项所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述抗体或抗原结合片段根据权利要求19至23中任一项。
101.根据权利要求96所述的方法或用于根据权利要求97或98所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述抗体或抗原结合片段根据权利要求12至18中任一项。
102.根据权利要求96或99所述的方法或用于根据权利要求97至99中任一项所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述抗体或抗原结合片段根据权利要求24或25中任一项。
103.根据权利要求96至102中任一项所述的方法或用于根据权利要求97至102中任一项所述的用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述方法进一步包括施用和/或其中所述受试者已接受抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:173、174、175、177、178和179，并且任选地包括SEQ ID NO:172的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:176的VL氨基酸序列。
104.根据权利要求96至103中任一项所述的方法或用于根据权利要求97至103中任一项所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述方法进一步包括施用和/或其中所述受试者已接受抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:341、342、343、345、346和347，并且任选地包括SEQ ID NO:340的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:344的VL氨基酸序列。
105.根据权利要求96至104中任一项所述的方法或用于根据权利要求97至104中任一项所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述沙贝病毒包括进化枝1a的沙贝病毒、进化枝1b的沙贝病毒、进化枝2的沙贝病毒和/或进化枝3的沙贝病毒。
106.根据权利要求96至105中任一项所述的方法或用于根据权利要求97至105中任一项所述用途的抗体、抗原结合片段、多核苷酸、重组载体、宿主细胞、人B细胞和/或组合物，其中所述沙贝病毒包括SARS-CoV-2。
107.一种用于体外诊断SARS-CoV-2感染的方法，所述方法包括：
(i)使来自受试者的样品与根据权利要求1至75中任一项所述的抗体或抗原结合片段接触；以及
(ii)检测复合物，所述复合物包括抗原和所述抗体，或包括抗原和所述抗原结合片段。
108.根据权利要求107所述的方法，其中所述样品包括从所述受试者分离的血液。
109.一种预防或治疗或中和受试者的冠状病毒感染的方法，所述方法包括：
对已接受第一抗体或抗原结合片段和第二抗体或抗原结合片段的受试者进行施用，所述第一抗体或抗原结合片段包括：
(a)如以下所示的VH和VL氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:172和176；或
(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQID NO:173-175和177-179；
所述第二抗体或抗原结合片段包括：
(a)如以下任一者所示的VH氨基酸序列：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69，以及如以下任一者所示的VL氨基酸序列：SEQ ID NO:26、41或58；或
(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列：(i)分别地，SEQ IDNO:23-25；(ii)分别地，SEQ ID NO:160-162；(iii)分别地，SEQ ID NO:38-40；或(iv)分别地，SEQ ID NO:166-168；以及如以下所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：(i)分别地，SEQ ID NO:27-29；(ii)分别地，SEQ ID NO:163-165；(iii)分别地，SEQ ID NO:42-44；或(iv)分别地，SEQID NO:169-171。
110.一种预防或治疗或中和受试者的冠状病毒感染的方法，所述方法包括：
对已接受第一抗体或抗原结合片段和第二抗体或抗原结合片段的受试者进行施用，所述第一抗体或抗原结合片段包括：
(a)如以下任一者所示的VH氨基酸序列：SEQ ID NO:22、30、32、34、35、37、45、47、49、50、52、54、62、64、66、68或69，以及如以下任一者所示的VL氨基酸序列：SEQ ID NO:26、41或58；或
(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列：(i)分别地，SEQ IDNO:23-25；(ii)分别地，SEQ ID NO:160-162；(iii)分别地，SEQ ID NO:38-40；或(iv)分别地，SEQ ID NO:166-168；以及如以下所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：(i)分别地，SEQ ID NO:27-29；(ii)分别地，SEQ ID NO:163-165；(iii)分别地，SEQ ID NO:42-44；或(iv)分别地，SEQID NO:169-171；
所述第二抗体或抗原结合片段包括：
(a)如以下所示的VH和VL氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:172和176；或
(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQID NO:173-175和177-179。
111.一种预防或治疗或中和受试者的冠状病毒感染的方法，所述方法包括：
对已接受第一抗体或抗原结合片段和第二抗体或抗原结合片段的受试者进行施用，所述第一抗体或抗原结合片段包括：
(a)如以下所示的VH和VL氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:172和176；或
(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQID NO:173-175和177-179；
所述第二抗体或抗原结合片段包括：
(a)如SEQ ID NO:200所示的VH氨基酸序列和如SEQ ID NO:204所示的VL氨基酸序列；或者
(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:201-203，以及如以下所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQID NO:205-207。
112.一种预防或治疗或中和受试者的冠状病毒感染的方法，所述方法包括：
对已接受第一抗体或抗原结合片段和第二抗体或抗原结合片段的受试者进行施用，所述第一抗体或抗原结合片段包括：
(a)如SEQ ID NO:200所示的VH氨基酸序列和如SEQ ID NO:204所示的VL氨基酸序列；或者
(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2和CDRH3氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:201-203，以及如以下所示的CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQID NO:205-207；
所述第二抗体或抗原结合片段包括：
(a)如以下所示的VH和VL氨基酸序列：分别地，SEQ ID NO:172和176；或
(b)如以下所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQID NO:173-175和177-179。
113.一种预防或治疗或中和受试者的沙贝病毒感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：
(i)分别地，SEQ ID NO:409、410、411、413、414和415；
(ii)分别地，SEQ ID NO:409、447、411、413、414和415；
(iii)分别地，SEQ ID NO:409、457、411、413、414和415；
(iv)分别地，SEQ ID NO:449、410、411、413、414和415；
(v)分别地，SEQ ID NO:449、447、411、413、414和415；或
(vi)分别地，SEQ ID NO:449、457、411、413、414和415，
其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
114.一种预防或治疗或中和受试者的沙贝病毒感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：
(i)分别地，SEQ ID NO:409、410、411、413、414和415；
(ii)分别地，SEQ ID NO:409、447、411、413、414和415；
(iii)分别地，SEQ ID NO:409、457、411、413、414和415；
(iv)分别地，SEQ ID NO:449、410、411、413、414和415；
(v)分别地，SEQ ID NO:449、447、411、413、414和415；或
(vi)分别地，SEQ ID NO:449、457、411、413、414和415，
其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
115.根据权利要求114所述的方法，其中所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的VH和VL氨基酸序列：
(a)分别地，408和412；
(b)分别地，408和442；
(c)分别地，408和443；
(d)分别地，408和444；
(e)分别地，408和445；
(f)分别地，428和412；
(g)分别地，428和442；
(h)分别地，428和443；(i)分别地，428和444；(j)分别地，428和445；(k)分别地，446和412；
(l)分别地，446和442；
(m)分别地，446和443；
(n)分别地，446和444；
(o)分别地，446和445；
(p)分别地，448和412；
(q)分别地，448和442；
(r)分别地，448和443；
(s)分别地，448和444；
(t)分别地，448和445；
(u)分别地，458和412；
(v)分别地，458和442；
(w)分别地，458和443；
(x)分别地，458和444；
(y)分别地，458和445；
(z)分别地，459和412；
(aa)分别地，459和442；
(bb)分别地，459和443；
(cc)分别地，459和444；
(dd)分别地，459和445；
(ee)分别地，460和412；
(ff)分别地，460和442；
(gg)分别地，460和443；
(hh)分别地，460和444；或
(ii)分别地，460和445。
116.一种预防或治疗或中和受试者的沙贝病毒感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：
(i)分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、404和405；
(ii)分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、404和405；
(iii)分别地，SEQ ID NO:399、400、401、403、440和405；或
(iv)分别地，SEQ ID NO:399、400、435、403、440和405，
并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
117.根据权利要求116所述的方法，其中所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的VH和VL氨基酸序列：
(i)分别地，398和402；
(ii)分别地，398和439；
(iii)分别地，432和402；
(iv)分别地，432和439；
(v)分别地，434和402；
(vi)分别地，434和439；
(vii)分别地，437和402；或
(viii)分别地，437和439，
并且其中所述抗体或抗原结合片段能够与SARS-CoV-2表面糖蛋白(S)结合。
118.根据权利要求113至117中任一项所述的方法，其中所述沙贝病毒包括进化枝1a的沙贝病毒、进化枝1b的沙贝病毒、进化枝2的沙贝病毒和/或进化枝3的沙贝病毒，并且任选地包括SARS-CoV-2。
119.根据权利要求113至118中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括施用和/或其中所述受试者已接受抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ IDNO:341、342、343、345、346和347，并且任选地包括SEQ ID NO:340的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:344的VL氨基酸序列。
120.根据权利要求113至119中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括施用和/或其中所述受试者已接受抗体或抗原结合片段，所述抗体或抗原结合片段包括如以下中所示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3氨基酸序列：分别地，SEQ IDNO:173、174、175、177、178和179，并且任选地包括SEQ ID NO:172的VH氨基酸序列和SEQ ID NO:176的VL氨基酸序列。
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