TW202235107A - 結合至多種乙型冠狀病毒的抗體 - Google Patents
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Abstract
本揭露內容提供抗體及其抗原結合片段,其可結合至多種乙型冠狀病毒之S蛋白且在某些實施例中能夠中和多種乙型冠狀病毒之感染。
Description
關於序列表之陳述
以文字格式代替紙張複本提供與本申請案相關之序列表,且特此以引用之方式併入本說明書中。含有序列表之文字檔案之名稱為930585_420WO_SEQUENCE_LISTING.txt。文字檔案係206 KB,在2021年11月22日創建,且經由EFS-Web以電子方式提交。
本發明係有關於結合至多種乙型冠狀病毒的抗體。
發明背景
2019年末一種新穎乙型冠狀病毒出現於中國武漢。截至2021年5月8日,已經確認全球有約1.57億感染此病毒(被稱為SARS-CoV-2等其他名稱)之案例,且已導致約327.5萬例死亡。其他乙型冠狀病毒,諸如SARS-CoV、MERS、OC43及HKU1,亦對人類及其他物種構成健康風險。需要用於預防或治療乙型冠狀病毒感染之療法及用於診斷乙型冠狀病毒感染之診斷試劑。
依據本發明之一實施例,係特地提出一種抗體或其抗原結合片段,其包含有:包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3之一重鏈可變區域(VH)及包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3之一輕鏈可變區域(VL),其中:
(i) 該CDRH1包含根據SEQ ID NO: 27、37、48、67或80之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個酸取代之一功能變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸的一取代;
(ii) 該CDRH2包含根據SEQ ID NO: 28、38、49、68或81之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之一功能變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸的一取代;
(iii) 該CDRH3包含根據SEQ ID NO: 29、39或50之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之一功能變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸的一取代;
(iv) 該CDRL1包含根據SEQ ID NO: 31、41、52、70、76、78或83之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之一功能變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸的一取代;
(v) 該CDRL2包含根據SEQ ID NO: 32、42或53之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之一功能變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸的一取代;及/或
(vi) 該CDRL3包含根據SEQ ID NO: 33、43或54之胺基酸序列或其包含具有一個、二個或三個胺基酸取代之一功能變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸的一取代,
其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一乙型冠狀病毒之一表面醣蛋白。
較佳實施例之詳細說明
本文提供能夠結合至乙型冠狀病毒(例如SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43或HKU之如本文所述之表面醣蛋白)的抗體及抗原結合片段。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段能夠結合至二種或更多種(例如二種、三種、四種、五種或更多種)乙型冠狀病毒的表面醣蛋白。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒病毒粒子之表面醣蛋白及/或表現於經乙型冠狀病毒感染之細胞之表面上的表面醣蛋白。在某些實施例中,本發明所揭露之抗體及抗原結合片段可中和活體外感染模型及/或人類個體中之二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之感染。在某些其他實施例中,抗體或抗原結合片段能夠結合至甲型冠狀病毒表面醣蛋白。亦提供編碼抗體及抗原結合片段的多核苷酸、載體、宿主細胞及相關組成物,以及使用該等抗體、核酸、載體、宿主細胞及相關組成物治療(例如減少、延遲、消除或預防)個體中之任何二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒感染及/或製造用於治療個體中之任何二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒感染的藥劑的方法。
在更詳細地闡述本揭露內容之前,提供要被用於本文中之某些術語之定義可有助於理解本揭露內容。額外定義闡述於整個本揭露內容中。
如本文所用,「SARS-CoV-2」,在本文中亦稱為「武漢海鮮市場肺炎病毒」或「武漢冠狀病毒」或「武漢CoV」或「新穎CoV」或「nCoV」或「2019 nCoV」或「武漢nCoV」,為一種咸信屬於譜系B (薩貝冠狀病毒)之乙型冠狀病毒。2019年末,在中國湖北省武漢市首次識別到SARS-CoV-2,且到2020年年初,在中國境內及世界其他地區傳播。SARS-CoV-2感染之症狀包括發熱、乾咳及呼吸困難。
SARS-CoV-2分離株Wuhan-Hu-1之基因體序列提供於SEQ ID NO:1 (
亦參見GenBank MN908947.3,2020年1月23日)中,且基因體之胺基酸轉譯提供於SEQ ID NO:2 (
亦參見GenBank QHD43416.1,2020年1月23日)中。如同其他冠狀病毒(例如,SARS-CoV-1),SARS-CoV-2包含含有受體結合區域(RBD)之「刺突」或表面(「S」) I型跨膜醣蛋白。咸信RBD藉由結合至細胞表面受體血管收縮素轉化酶2 (ACE2)介導譜系B SARS冠狀病毒進入呼吸上皮細胞。特定言之,咸信病毒RBD中之受體結合模體(RBM)與ACE2相互作用。
Wuhan-Hu-1表面醣蛋白之胺基酸序列提供於SEQ ID NO:3中。Wuhan-Hu-1 RBD之胺基酸序列提供於SEQ ID NO:4中。Wuhan-Hu-1 S蛋白與SARS-CoV S蛋白具有約73%胺基酸序列一致性。Wuhan-Hu-1 RBM之胺基酸序列提供於SEQ ID NO:5中。Wuhan-Hu-1 RBD與SARS-CoV RBD具有約75%至77%胺基酸序列相似性,且SARS-CoV-2 RBM與SARS-CoV RBM具有約50%胺基酸序列相似性。除非本文中另外規定,否則Wuhan-Hu-1係指任擇地具有SEQ ID NO:1中所闡述之基因體序列的包含SEQ ID NO: 2、3、4及5中之任一或多者中所闡述之胺基酸序列的病毒。
已出現多種新興SARS-CoV-2變體。一些SARS-CoV-2變體含有N439K突變,該突變增強與人類ACE2受體之結合親和力(Thomson, E.C.等人,
The circulating SARS -CoV -2 spike variant N439K maintains fitness while evading antibody -mediated immunity .bioRxiv, 2020)。一些SARS-CoV-2變體含有N501Y突變,該突變與增加之可傳播性相關聯,包括譜系B.1.1.7 (亦稱為20I/501Y.V1及VOC 202012/01;(del69-70、del144、N501Y、A570D、D614G、P681H、T716I、S982A及D1118H突變))及B.1.351 (亦稱為20H/501Y.V2;L18F、D80A、D215G、R246I、K417N、E484K、N501Y、D614G及A701V突變),其分別發現於英國及南非(Tegally, H.等人,
Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome -related coronavirus 2 (SARS -CoV -2 ) lineage with multiple spike mutations in South Africa .medRxiv, 2020: p. 2020.12.21.20248640;Leung, K.等人,
Early empirical assessment of the N501Y mutant strains of SARS -CoV -2 in the United Kingdom , October to November 2020 .medRxiv, 2020: p. 2020.12.20.20248581)。B.1.351亦包括在SARS-CoV2刺突蛋白之RBD區域中的二個其他突變K417N及E484K (Tegally, H.等人,
Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome -related coronavirus 2 (SARS -CoV -2 ) lineage with multiple spike mutations in South Africa .medRxiv, 2020: p. 2020.12.21.20248640)。其他SARS-CoV-2變體包括譜系B.1.1.28,其在巴西首次報導;變體P.1(亦稱為20J/501Y.V3),其在日本首次報導;變體L452R,其在美國加利福尼亞首次報導(Pan American Health Organization,
Epidemiological update : Occurrence of variants of SARS -CoV -2 in the Americas, 2021年1月20日,可在reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/2021-jan-20-phe-epi-update-SARS-CoV-2.pdf獲得)。其他SARS-CoV-2變體包括分枝系19A之SARS CoV-2;分枝系19B之SARS CoV-2;分枝系20A之SARS CoV-2;分枝系20B之SARS CoV-2;分枝系20C之SARS CoV-2;分枝系20D之SARS CoV-2;分枝系20E (EU1)之SARS CoV-2;分枝系20F之SARS CoV-2;分枝系20G之SARS CoV-2;及SARS CoV-2 B1.1.207;及Rambaut, A.等人,
A dynamic nomenclature proposal for SARS -CoV -2 lineages to assist genomic epidemiology .Nat Microbiol 5, 1403-1407 (2020)中所述之其他SARS CoV-2譜系。包括D614G突變之變體包括A23.1、B.1.429、B.1.258、B.1.1.318、R.2、B.1.528、B.1.526及B.1.617。前述SARS-CoV-2變體及其胺基酸及核苷酸序列以引用的方式併入本文中。因此,應理解SARS-CoV-2包括Wuhan Hu-1及其變體,包括本發明所揭露之變體。
SARS-CoV為在受感染個體中引起呼吸道症狀之另一乙型冠狀病毒。SARS-CoV Urbani病毒株之基因體序列具有GenBank寄存編號AAP13441.1。SARS-CoV表面醣蛋白(「S蛋白」)之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 22中。
人類冠狀病毒OC43亦為乙型冠狀病毒。OC43表面醣蛋白(「S蛋白」)之胺基酸序列提供於SEQ ID NO:23中(
亦參見GenBank AY585229.1)。
MERS-CoV為又另一乙型冠狀病毒。MERS-CoV病毒株London 1/2012表面醣蛋白(「S蛋白」)之胺基酸序列提供於SEQ ID NO:24中(
亦參見GenBank KC164505)。
人類冠狀病毒HKU1為另一乙型冠狀病毒。HKU1表面醣蛋白(「S蛋白」)之胺基酸序列提供於SEQ ID NO:25中(亦參見GenBank YP_173238)。儘管SARS-CoV及SARS-CoV-2結合ACE2,但咸信其他乙型冠狀病毒藉由結合至其他受體而進入細胞。舉例而言,咸信MERS-CoV結合二肽基肽酶-4 (DPP4),且咸信OC43及HKU1結合9-O-乙醯化唾液酸(9-O-Ac-Sia)受體。
在本說明書中,除非另外指明,否則任何濃度範圍、百分比範圍、比率範圍或整數範圍應理解為包括在所列舉範圍內之任何整數值及(在適當時)其分數(諸如整數之十分之一及百分之一)。此外,除非另外指示,否則本文所敍述之與諸如聚合物次單元、尺寸或厚度之任何物理特點相關之任何數值範圍應理解為包括所敍述範圍內之任何整數。除非另外指示,否則如本文所使用之術語「約」意謂所指示範圍、值或結構之± 20%。應理解,如本文所使用之術語「一(a/an)」係指所列舉之組分之「一或多者」。應瞭解替代物(例如「或」)之使用意謂替代物之一者、二者或其任何組合。如本文所用,術語「包括」、「具有」及「包含」同義地使用,該等術語及其變化形式意欲被理解為非限制性的。
「任擇的」或「任擇地」意謂隨後描述之元件、組分、事件或情況可能發生或可能不發生,且該描述包括元件、組分、事件或情況發生之情況及其不發生之情況。
另外,應理解,來源於本文所述之結構及次單位之各種組合的個別構築體或構築體之群體係由本申請案揭露,其程度如同各構築體或構築體之群體單獨地闡述一般。因此,特定結構或特定次單位之選擇在本揭露內容之範疇內。
術語「基本上由……組成」不等效於「包含」,且係指技術方案之指定材料或步驟,或不顯著地影響所主張之主題之基礎特徵的材料或步驟。舉例而言,當蛋白質區域、區、模組或蛋白質之胺基酸序列包括延伸、缺失、突變或其組合(例如,在胺基或羧基末端處或在區域之間的胺基酸)時,區域、區或模組(例如結合區域)或蛋白質「基本上由特定胺基酸序列組成」,其組合地佔區域、區、模組或蛋白質之長度的至多20% (例如,至多15%、10%、8%、6%、5%、4%、3%、2%或1%)且不實質上影響(亦即,活性降低不超過50%,諸如不超過40%、30%、25%、20%、15%、10%、5%或1%)區域、區、模組或蛋白質之活性(例如,結合蛋白之目標結合親和力)。
如本文所用,「胺基酸」係指天然存在及合成之胺基酸,以及以類似於天然存在之胺基酸的方式起作用的胺基酸類似物及胺基酸模擬物。天然存在之胺基酸為藉由遺傳密碼編碼之胺基酸,以及隨後經修飾之胺基酸,例如,羥基脯胺酸、γ-羧基麩胺酸及O-磷絲胺酸。胺基酸類似物係指具有與天然存在之胺基酸相同之基礎化學結構,亦即與氫、羧基、胺基及R基結合之α-碳的化合物,例如高絲胺酸、正白胺酸、甲硫胺酸亞碸、甲硫胺酸甲基硫鎓。此等類似物具有經修飾之R基(例如正白胺酸)或經修飾之肽主鏈,然而保留與天然存在之胺基酸相同之基本化學結構。胺基酸模擬物係指具有與胺基酸之一般化學結構不同之結構,然而以與天然存在之胺基酸類似之方式起作用的化合物。
如本文所用,「突變」係指核酸分子或多肽分子之序列分別與參考或野生型核酸分子或多肽分子相比的變化。突變可引起若干不同類型之序列的變化,包括核苷酸或胺基酸之取代、插入或缺失。
「守恆取代」係指不顯著影響或改變特定蛋白質之結合特徵的胺基酸取代。「守恆取代」係指不顯著影響或改變特定蛋白質之結合特徵的胺基酸取代。一般而言,守恆取代為其中經取代之胺基酸殘基經具有類似側鏈之胺基酸殘基置換的取代。守恆取代包括在以下群組中之一者中存在之取代:第1組;丙胺酸(Ala或A)、甘胺酸(Gly或G)、絲胺酸(Ser或S)、蘇胺酸(Thr或T);第2組:天冬胺酸(Asp或D)、麩胺酸(Glu或Z);第3組:天冬醯胺酸(Asn或N)、麩醯胺酸(Gln或Q);第4組:精胺酸(Arg或R)、離胺酸(Lys或K)、組胺酸(His或H);第5組:異白胺酸(Ile或I)、白胺酸(Leu或L)、甲硫胺酸(Met或M)、纈胺酸(Val或V);及第6組:苯丙胺酸(Phe或F)、酪胺酸(Tyr或Y)、色胺酸(Trp或W)。另外或可替代地,胺基酸可根據類似功能、化學結構或組成(例如酸性、鹼性、脂族、芳族或含硫)經分組至守恆取代組中。舉例而言,脂族分組可包括出於取代之目的的Gly、Ala、Val、Leu及Ile。其他守恆取代組包括:含硫:Met及半胱胺酸(Cys或C);酸性:Asp、Glu、Asn及Gln;小脂族、非極性或略微極性殘基:Ala、Ser、Thr、Pro及Gly;極性、帶負電殘基及其醯胺:Asp、Asn、Glu及Gln;極性、帶正電殘基:His、Arg及Lys;大脂族、非極性殘基:Met、Leu、Ile、Val及Cys;及大芳族殘基:Phe、Tyr及Trp。額外資訊可見於Creighton (1984) Proteins, W.H. Freeman and Company中。
如本文所用,「蛋白質」或「多肽」係指胺基酸殘基之聚合物。蛋白質適用於天然存在之胺基酸聚合物,以及適用於其中一或多個胺基酸殘基為相應天然存在之胺基酸的人工化學模擬物的胺基酸聚合物,及非天然存在之胺基酸聚合物。亦考慮本揭露內容之蛋白質、肽及多肽之變體。在某些實施例中,變體蛋白質、肽及多肽包含與本文所述之經定義或參考胺基酸序列的胺基酸序列至少70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或99.9%一致的胺基酸序列或由其組成。
「核酸分子」或「多核苷酸」或「聚核酸」係指包括可由天然次單元(例如,嘌呤或嘧啶鹼基)或非天然次單元(例如,𠰌啉環)構成之經共價連接的核苷酸的聚合化合物。嘌呤鹼基包括腺嘌呤、鳥嘌呤、次黃嘌呤及黃嘌呤,且嘧啶鹼基包括尿嘧啶、胸腺嘧啶及胞嘧啶。核酸分子包括聚核糖核酸(RNA),其包括mRNA、微小RNA、siRNA、病毒基因體RNA及合成RNA;及聚脫氧核糖核苷酸(DNA),其包括cDNA、基因體DNA及合成DNA;其中之任一者可為單股或雙股。若為單股,則核酸分子可為編碼股或非編碼(反義)股。編碼胺基酸序列之核酸分子包括所有編碼相同胺基酸序列之核苷酸序列。核苷酸序列之一些型式亦可包括內含子,其達到經由共轉錄或轉錄後機制移除內含子的程度。換言之,由於遺傳密碼之冗餘或簡併或藉由剪接,不同核苷酸序列可編碼相同胺基酸序列。
在一些實施例中,多核苷酸包含經修飾之核苷、cap-1結構、cap-2結構或其任何組合。在某些實施例中,多核苷酸包含假尿苷、N6-甲基腺苷、5-甲基胞苷、2-硫代尿苷或其任何組合。在一些實施例中,假尿苷包含N1-甲基假尿苷。此等特徵在此項技術中已知且論述於例如Zhang等人
. Front. Immunol.,DOI=10.3389/fimmu.2019.00594 (2019);Eyler等人
. PNAS 116(46): 23068-23071; DOI: 10.1073/pnas.1821754116 (2019);Nance及Meier,
ACS Cent. Sci.2021, 7, 5, 748-756; doi.org/10.1021/acscentsci.1c00197 (2021)以及van Hoecke及Roose,
J. Translational Med17:54 (2019); https://doi.org/10.1186/s12967-019-1804-8,其經修飾之核苷及mRNA特徵以引用之方式併入本文中。
亦考慮本揭露內容之核酸分子之變體。變體核酸分子為與如本文所述之經定義或參考多核苷酸的核酸分子至少70%、75%、80%、85%、90%,且較佳95%、96%、97%、98%、99%或99.9%一致,或在約65-68℃下在0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉或在約42℃下在0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉及50%甲醯胺的嚴格雜交條件下與多核苷酸雜交。核酸分子變體保留編碼具有本文所述之官能性之其結合區域,諸如結合目標分子的能力。
「序列一致性百分比」係指如藉由對序列進行比較來確定之二個或更多個序列之間的關係。確定序列一致性之較佳方法經設計以給出在所比較序列之間的最大匹配。舉例而言,出於最佳比較目的來比對序列(例如,可在第一及第二胺基酸或核酸序列中的一者或二者中引入間隔以用於最佳比對)。此外,出於比較目的可忽略非同源序列。除非另外指示,否則根據參考序列之長度計算本文所提及之序列一致性百分比。用以確定序列一致性及相似性之方法可見於公開可用的電腦程式中。序列比對及一致性百分比計算可使用BLAST程式(例如BLAST 2.0、BLASTP、BLASTN或BLASTX)來執行。用於BLAST程式中之數學算法可見於Altschul等人,
Nucleic Acids Res.
25:3389-3402, 1997。在本揭露內容之上下文內,將理解,當序列分析軟體用於分析時,分析結果係基於所參考之程式的「預設值」。「預設值」意謂最初在首次初始化時用軟體加載之任一組值或參數。
術語「經分離」意謂自物質之初始環境(例如若物質為天然存在的,則為天然環境)中移出物質。舉例而言,存在於活動物中之天然存在之核酸或多肽為未經分離的,但與天然系統中之一些或所有共存物質分離之相同核酸或多肽為經分離的。該核酸可為載體之一部分及/或此類核酸或多肽可為組成物(例如細胞裂解物)之一部分,且仍為經分離的,此係因為此類載體或組成物不為核酸或多肽之天然環境的一部分。在一些實施例中,「經分離」亦可描述抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞或在人體外部之組成物。
術語「基因」意謂參與產生多肽鏈之DNA或RNA之區段;在某些情況下,其包括在編碼區之前及之後的區域(例如5'非轉譯區(UTR)及3' UTR)以及個別編碼區段(外顯子)之間的介入序列(內含子)。
「功能變體」係指在結構上類似或在結構上實質上類似於本揭露內容之親代或參考化合物、但在組成(例如,一個鹼基、原子或官能基不同、經添加或移除)方面略微不同的多肽或多核苷酸,使得該多肽或經編碼多肽能夠以親代多肽之活性位準之至少50%效率,較佳地至少55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%或100%效率執行親代多肽之至少一個功能。換言之,當功能變體與親代或參考多肽相比在所選分析中,諸如用於量測結合親和力之分析(例如,量測締合(Ka)或解離(K
D)常數之Biacore®或四聚體染色),展現出效能減小不超過50%時,本揭露內容之多肽或經編碼多肽的功能變體具有「類似結合」、「類似親和力」或「類似活性」。
如本文所用,「功能部分」或「功能片段」係指包含僅親代或參考化合物之區域、部分或片段的多肽或多核苷酸,且多肽或經編碼多肽保留與親代或參考化合物之區域、部分或片段相關之至少50%活性,較佳地為至少親代多肽之活性的55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%或100%位準,或提供生物效益(例如,效應功能)。當本揭露內容之多肽或經編碼多肽之功能部分或片段與親代或參考多肽相比在所選分析中展現出不超過50%之效能減少時(關於親和力,與親代或參考相比,較佳地不超過20%或10%或不超過對數差異),該「功能部分」或「功能片段」具有「類似結合」或「類似活性」。
如本文所用,術語「經工程改造」、「重組」或「非天然」係指包括至少一個基因改變或已藉由引入外源性或異源性核酸分子而經修飾之生物體、微生物、細胞、核酸分子或載體,其中此類改變或修飾藉由基因工程改造(亦即,人工干預)來引入。基因改變包括例如引入編碼功能性RNA、蛋白質、融合蛋白質或酶類之可表現的核酸分子的修飾,或其他核酸分子添加、缺失、取代或細胞之基因物質的其他功能性破壞。額外修飾包括例如非編碼調節區,其中修飾改變多核苷酸、基因或操縱子之表現。
如本文所用,「異源性」或「非內源性」或「外源性」係指對於宿主細胞或個體而言非天然之任何基因、蛋白質、化合物、核酸分子或活性、或已經更改之對於宿主細胞或個體而言天然之任何基因、蛋白質、化合物、核酸分子或活性。異源性、非內源性或外源性包括已經突變或以其他方式經更改以使得結構、活性或二者在天然與經更改之基因、蛋白質、化合物或核酸分子之間不同的基因、蛋白質、化合物或核酸分子。在某些實施例中,異源性、非內源性或外源性基因、蛋白質或核酸分子(例如,受體、配體等)可能不對宿主細胞或個體為內源性的,但實際上,編碼此類基因、蛋白質或核酸分子之核酸可藉由共軛、轉型、轉染、電穿孔或其類似方式添加至宿主細胞,其中經添加之核酸分子可整合至宿主細胞基因體中或可以染色體外基因物質之形式存在(例如,作為質體或其他自我複製載體)。術語「同源性」或「同源物」係指見於或衍生自宿主細胞、物種或病毒株之基因、蛋白質、化合物、核酸分子或活性。舉例而言,編碼多肽之異源性或外源性多核苷酸或基因可與天然多核苷酸或基因同源且編碼同源性多肽或活性,但多核苷酸或多肽可具有經更改之結構、序列、表現位準或其任何組合。非內源性多核苷酸或基因以及經編碼多肽或活性可來自相同物種、不同物種或其組合。
在某些實施例中,若其已改變或突變,則宿主細胞原生之核酸分子或其部分將視為對宿主細胞為異源的,或若其已經異源表現控制序列改變或已經通常不與宿主細胞原生之核酸分子相關的內源性表現控制序列改變,則宿主細胞原生之核酸分子可視為異源的。另外,術語「異源性」可指與宿主細胞不同、改變或不為內源性的生物活性。如本文所述,超過一個異源核酸分子可作為單獨核酸分子、作為多個單獨受控基因、作為多順反子核酸分子、作為編碼融合蛋白之單核酸分子或其任何組合引入至宿主細胞中。
如本文所用,術語「內源性」或「天然」係指通常存在於宿主細胞或個體中之多核苷酸、基因、蛋白質、化合物、分子或活性。
如本文所用之術語「表現」係指基於核酸分子,諸如基因之編碼序列產生多肽之方法。方法可包括轉錄、轉錄後控制、轉錄後修飾、轉譯、轉譯後控制、轉譯後修飾,或其任何組合。經表現之核酸分子通常可操作地連接至表現控制序列(例如啟動子)。
術語「可操作地連接」係指單一核酸片段上之二個或更多個核酸分子結合,使得一者之功能受另一者影響。舉例而言,當啟動子能夠影響編碼序列之表現時(亦即編碼序列處於啟動子之轉錄控制下),啟動子與彼編碼序列可操作地連接。「不連接」意謂相關基因元件彼此不緊密相關,且一者之功能不影響另一者。
如本文所描述,超過一個異源核酸分子可作為獨立核酸分子、作為多個個別地受控基因、作為多順反子核酸分子、作為編碼蛋白質(例如抗體重鏈)之單核酸分子或其任何組合經引入至宿主細胞中。當二個或更多個異源核酸分子經引入至宿主細胞中時,應理解,二個或更多個異源核酸分子可作為於獨立載體上之單核酸分子(例如於單一載體上)經引入,在單個位點或多個位點處經整合至宿主染色體中,或其任何組合。所提及之異源核酸分子或蛋白質活性之數目係指編碼核酸分子之數目或蛋白質活性之數目,而非經引入宿主細胞中之獨立核酸分子之數目。
術語「構築體」係指含有重組核酸分子之任何多核苷酸。(多核苷酸)構築體可存在於載體(例如,細菌載體、病毒載體)中,或可整合至基因體中。「載體」為能夠輸送另一核酸分子之核酸分子。載體可為例如質體、黏質體、病毒、RNA載體或線性或環狀DNA或RNA分子,其可包括染色體、非染色體、半合成或合成核酸分子。本揭露內容之載體亦包括轉位子系統(例如,Sleeping Beauty,參見例如
Geurts等人
, Mol. Ther. 8:108, 2003: Mátés等人
, Nat. Genet. 41:753, 2009)。例示性載體為能夠自主複製(附加型載體)、能夠將多核苷酸遞送至細胞基因體(例如,病毒載體)或能夠表現其所連接之核酸分子(表現載體)的載體。
如本文所用,「表現載體」或「載體」係指含有可操作地連接至適合之控制序列的核酸分子的DNA構築體,該控制序列能夠實現適合之宿主中核酸分子之表現。此類控制序列包括實現轉錄之啟動子、控制此類轉錄之任擇的操縱序列、編碼適合之mRNA核糖體結合位點之序列及控制轉錄及轉譯終止之序列。載體可為質體、噬菌體粒子、病毒或僅為潛在基因體插入片段。一旦轉型至適合之宿主中,載體可獨立於宿主基因體複製及起作用,或可在某些情況下整合至基因體自身中,或將載體中所含之多核苷酸遞送至不具有載體序列之基因體中。在本說明書中,「質體」、「表現質體」、「病毒」及「載體」通常可互換地使用。
在將核酸分子插入至細胞中之上下文中,術語「引入」意謂「轉染」、「轉型」或「轉導」,且包括提及到將核酸分子併入至真核或原核細胞中,其中該核酸分子可併入至細胞之基因體(例如,染色體、質體、色素體或粒線體DNA)中,轉化成自主複製子或暫時表現(例如,經傳染mRNA)。
在某些實施例中,本揭露內容之多核苷酸可操作地連接至載體之某些元件。舉例而言,實現與其接合之編碼序列之表現及加工所需的多核苷酸序列可操作地連接。表現控制序列可包括適當轉錄起始、終止、啟動子及強化子序列;有效RNA加工信號,諸如剪接及聚腺苷酸化信號;使細胞質mRNA穩定之序列;增強轉譯效率之序列(亦即克紮克共有序列(Kozak consensus sequence));增強蛋白質穩定性之序列;及增強蛋白質分泌之可能的序列。若表現控制序列與感興趣之基因及以反式或在一定距離下作用以控制感興趣之基因的表現控制序列相連,則表現控制序列可操作地連接。
在某些實施例中,載體包含質體載體或病毒載體(例如慢病毒載體或γ-反轉錄病毒載體)。病毒載體包括反轉錄病毒;腺病毒;微小病毒(例如腺相關病毒);冠狀病毒;負股RNA病毒,諸如正黏病毒(例如流感病毒)、棒狀病毒(例如狂犬病及水泡性口炎病毒)、副黏病毒(例如麻疹及仙台);正股RNA病毒,諸如小核糖核酸病毒及α病毒;及雙股DNA病毒,包括腺病毒、疱疹病毒(例如1型及2型單純疱疹病毒、艾司坦-巴爾病毒(Epstein-Barr virus)、巨細胞病毒)及痘病毒(例如牛痘、禽痘及金絲雀痘)。其他病毒包括例如諾沃克病毒(Norwalk virus)、披衣病毒、黃病毒、呼腸孤病毒(reoviruses)、乳多泡病毒、嗜肝DNA病毒及肝炎病毒。反轉錄病毒之實例包括:鳥類白血病性肉瘤性病毒、哺乳動物C型病毒、B型病毒、D型病毒、HTLV-BLV群、慢病毒、泡沫病毒(Coffin, J. M., Retroviridae: The viruses and their replication, In Fundamental Virology, 第三版, B. N. Fields等人編, Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, 1996)。
「反轉錄病毒」為具有RNA基因體之病毒,該RNA基因體係使用反轉錄酶反轉錄至DNA中,接著經反轉錄之DNA經併入至宿主細胞基因體中。「γ反轉錄病毒」係指反轉錄病毒科之一屬。γ反轉錄病毒之實例包括小鼠幹細胞病毒、鼠類白血病病毒、貓白血病病毒、貓肉瘤病毒及禽類網狀內皮細胞增生病毒。
「慢病毒載體」包括用於基因遞送之以HIV為主之慢病毒載體,該等慢病毒載體可為整合或非整合的,具有相對較大之封裝容量,且可轉導一系列不同細胞類型。慢病毒載體通常在將三個(封裝、包膜及轉移)或更多個質體短暫轉染至生產細胞中之後產生。與HIV相同,慢病毒載體經由病毒表面醣蛋白與細胞表面上之受體的相互作用而進入目標細胞。在進入後,病毒RNA進行反轉錄,此係由病毒反轉錄酶複合物所介導。反轉錄產物為雙股線性病毒DNA,該病毒DNA為整合至經感染細胞之DNA中之病毒受質。
在某些實施例中,病毒載體可為γ反轉錄病毒,例如莫洛尼鼠類白血病病毒(Moloney murine leukemia virus,MLV)衍生之載體。在其他實施例中,病毒載體可為更複雜反轉錄病毒衍生之載體,例如慢病毒衍生之載體。HIV-1衍生之載體屬於此類別。其他實例包括衍生自HIV-2、FIV、馬類感染性貧血病毒、SIV及梅迪-威司奈病病毒(Maedi-Visna virus) (綿羊慢病毒)之慢病毒載體。使用反轉錄病毒及慢病毒病毒載體及封裝細胞以便用含有轉殖基因之病毒粒子轉導哺乳動物宿主細胞的方法為此項技術中已知的且先前已描述於例如以下中:美國專利8,119,772;Walchli等人,
PLoS One 6:327930, 2011;Zhao等人,
J. Immunol. 174:4415, 2005;Engels等人,
Hum. Gene Ther. 14:1155, 2003;Frecha等人,
Mol. Ther.
18:1748, 2010;及Verhoeyen等人,
Methods Mol. Biol. 506:97, 2009。反轉錄病毒及慢病毒載體構築體及表現系統亦為市售的。其他病毒載體亦可用於包括DNA病毒載體之多核苷酸遞送,該等DNA病毒載體包括例如腺病毒類載體及腺相關病毒(AAV)類載體;衍生自單純疱疹病毒(HSV)之載體,包括擴增子載體、複製缺陷型HSV及毒性減弱HSV (Krisky等人,
Gene Ther. 5:1517, 1998)。
可用於本揭露內容之組成物及方法的其他載體包括衍生自桿狀病毒及α-病毒之載體(Jolly, D J. 1999. Emerging Viral Vectors.第209-40頁於Friedmann T.編. The Development of Human Gene Therapy. New York: Cold Spring Harbor Lab中),或質體載體(諸如睡美人或其他轉位子載體)。
當病毒載體基因體包含待在宿主細胞中表現之多個多核苷酸作為獨立轉錄物時,病毒載體亦可包含二個(或更多個)轉錄物之間的額外序列,從而允許雙順反子或多順反子表現。用於病毒載體之此類序列的實例包括內部核糖體入口位點(IRES)、弗林裂解位點、病毒2A肽或其任何組合。
本文進一步描述用於直接投予至個體之質體載體,該等質體載體包括編碼以DNA為主之抗體或抗原結合片段的質體載體。
如本文所用,術語「宿主」係指靶向用異源核酸分子基因修飾以產生感興趣的多肽(例如,本揭露內容之抗體)的細胞或微生物。
宿主細胞可包括可接受載體或併入核酸或表現蛋白質之任何單獨的細胞或細胞培養物。該術語亦涵蓋宿主細胞之後代,不論基因或表現型上相同或不同。適合之宿主細胞可取決於載體,且可包括哺乳動物細胞、動物細胞、人類細胞、猿猴細胞、昆蟲細胞、酵母細胞及細菌細胞。此等細胞可藉由使用病毒載體、經由磷酸鈣沈澱之轉型作用、DEAE-聚葡萄糖、電穿孔、顯微注射或其他方法來誘導以併入載體或其他物質。參見例如Sambrook等人,
Molecular Cloning: A Laboratory Manual第2版. (Cold Spring Harbor Laboratory, 1989)。
在乙型冠狀病毒感染之情形下,「宿主」係指感染乙型冠狀病毒之細胞或個體。
如本文所用,「抗原」或「Ag」係指引起免疫反應之免疫原性分子。此免疫反應可涉及抗體產生、特異性免疫感受態細胞之活化、補體活化、抗體依賴性細胞毒性或其任何組合。抗原(免疫原性分子)可為例如肽、醣肽、多肽、醣多肽、多核苷酸、多醣、脂質或其類似物。容易地顯而易見,抗原可由生物樣品合成、以重組方式產生或自其衍生。可含有一或多個抗原之例示性生物樣品包括組織樣品、糞便樣品、細胞、生物流體或其組合。抗原可藉由已經修飾或遺傳工程改造以表現抗原之細胞產生。抗原亦可存在於乙型冠狀病毒(例如表面醣蛋白或其部分)中,諸如存在於病毒粒子中,或表現或呈遞於經乙型冠狀病毒感染之細胞的表面上。
術語「表位」或「抗原表位」包括由諸如免疫球蛋白之同源結合分子或其他結合分子、區域或蛋白質識別且特異性結合的任何分子、結構、胺基酸序列或蛋白質決定子。表位決定子通常含有分子,諸如胺基酸或糖側鏈之化學活性表面群組,且可具有特定三維結構特徵以及荷質比特徵。當抗原為或包含肽或蛋白質時,表位可包含連續胺基酸(例如,線性表位),或可包含來自蛋白質之不同部分或區的因蛋白質摺疊而接近之胺基酸(例如,非連續或構象表位),或與蛋白質摺疊無關的緊密相鄰的非鄰接胺基酸。
抗體、抗原結合片段及組成物
在一個態樣中,本揭露內容提供一種經分離之抗體或其抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),且能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。在一些實施例中,抗體或其抗原結合片段能夠結合至二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。在一些實施例中,抗體或其抗原結合片段能夠結合至任何二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。在一些實施例中,抗體或其抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV、OC43及HKU之表面醣蛋白。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段與乙型冠狀病毒表面醣蛋白表位或包含該表位之抗原結合或聯合,但不與樣品中之任何其他分子或組分顯著結合或聯合。在一些實施例中,表位包含於刺突(S)蛋白之S2次單元中。在其他實施例中,表位不包含於S蛋白之S1次單元或受體結合區域(RBD)中。在一些實施例中,表位為構形表位或線性表位。在一些實施例中,表位以S蛋白之融合後構形、S蛋白之融合前構形或二者存在。在一些實施例中,表位包含於安置於S蛋白之HR2區與中央螺旋(CH)區之間的連接區域或連接子區域中。在某些實施例中,表位包含於S蛋白胺基酸序列FX
1X
2ELX
3X
4X
5FKNX
6X
7X
8X
9X
10X
11X
12X
13X
14(SEQ ID NO:46)中,或包含其之S蛋白胺基酸中之一或多者,其中:X
1為K、E或Q;X
2為E、S或D;X
3為D或S;X
4為K、Q、H或E;X
5為Y、W或F;X
6為H、Q或V;X
7為T或S;X
8為S、L或T;X
9為P、V、L或S;X
10為D、A、P或I;X
11為V或P;X
12為D或N;X
13為L或F;且X
14為G、S或T。在特定實施例中,SEQ ID NO:46之位置11處的N經醣基化。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段與第一乙型冠狀病毒表面醣蛋白表位結合或聯合(例如,結合),且亦可與來自存在於樣品中之另一乙型冠狀病毒的表位結合或聯合,但不與樣品中之任何其他分子或組分顯著結合或聯合。換言之,在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段針對二種、三種、四種或更多種乙型冠狀病毒具有交叉反應性且對其具有特異性。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段不結合至甲型冠狀病毒,如藉由ELISA所量測(例如在1 μg/mL抗原下)。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段特異性結合至乙型冠狀病毒表面醣蛋白。如本文所用,「特異性結合」係指抗體或抗原結合片段與抗原以等於或大於10
5M
-1之親和力或K
a(亦即,特定結合相互作用之平衡締合常數,單位為1/M) (其等於此締合反應之締合速率[K
on]與解離速率[K
off]的比率)之締合或聯合,但不與樣品中之任何其他分子或組分顯著締合或聯合。可替代地,親和力可經定義為以M為單位之特定結合相互作用之平衡解離常數(K
d) (例如10
-5M至10
-13M)。抗體可分類為「高親和力」抗體或「低親和力」抗體。「高親和力」抗體係指K
a為至少10
7M
-1、至少10
8M
-1、至少10
9M
-1、至少10
10M
-1、至少10
11M
-1、至少10
12M
-1或至少10
13M
-1的彼等抗體。「低親和力」抗體係指K
a為至多10
7M
-1、至多10
6M
-1、至多10
5M
-1的彼等抗體。可替代地,親和力可經定義為以M為單位之特定結合相互作用之平衡解離常數(K
d) (例如10
-5M至10
-13M)。
已知多種用於鑑別結合特定目標之本揭露內容之抗體以及測定結合區域或結合蛋白親和力之分析,諸如西方墨點法、ELISA(例如直接、間接或夾心)、分析型超速離心、光譜法、生物層干涉法及表面電漿子共振(Biacore®)分析(參加例如Scatchard等人,
Ann. N.Y. Acad. Sci. 51:660, 1949;Wilson,
Science 295:2103, 2002;Wolff等人,
Cancer Res. 53:2560, 1993;及美國專利第5,283,173號、第5,468,614號或同等物)。用於評定親和力或表觀親和力或相對親和力之分析亦為已知的。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段以約7至約75 μg/mL範圍內之EC50結合至來自MERS、HKU1、OC43、SARS-CoV及SARS-CoV-2中之每一者的刺突(S)蛋白。在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段以約5至約9 μg/mL範圍內、或約6至約8.5 μg/mL範圍內、或約7、7.5、8或8.5 μg/mL之EC50結合至MERS、OC43、SARS-CoV及SARS-CoV-2中之每一者,如藉由ELISA(例如使用融合前穩定之刺突蛋白及以1 μg/mL刺突蛋白塗佈之孔)所測定。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段以約72 μg/mL之EC50結合至HKU1之S蛋白,如藉由ELISA所測定。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段以約200至約4300 μg/mL範圍內之EC50結合至MERS、HKU1及OC43中之每一者。在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段以約200至約800 μg/mL範圍內、或約230至約730 μg/mL範圍內、或約230或約730 μg/mL之EC50結合至MERS及OC432中之每一者,如藉由ELISA(例如使用融合前穩定之刺突蛋白及以1 μg/mL刺突蛋白塗佈之孔)所測定。
在某些實例中,結合可藉由在宿主細胞中以重組方式表現乙型冠狀病毒抗原(例如,藉由轉染)及用抗體對(例如,固定的,或固定的及預滲透的)宿主細胞免疫染色,及藉由流式細胞測量術(例如,使用ZE5細胞分析儀(BioRad®)及FlowJo軟體(TreeStar)分析結合來確定。在一些實施例中,陽性結合可由表現乙型冠狀病毒之細胞相對於對照(例如,模擬)細胞之抗體的不同染色來定義。
在一些實施例中,如藉由流式細胞測量術所測定,本揭露內容之抗體或抗原結合片段結合至表現於宿主細胞(例如Expi-CHO細胞)表面上之乙型冠狀病毒刺突蛋白(亦即,來自SARS-CoV-2、SARS-CoV、OC43及MERS中之二種、三種、四種或所有五種)。
在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段結合至乙型冠狀病毒S蛋白,如使用生物層干涉法所量測。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體能夠中和乙型冠狀病毒之感染。在某些實施例中,本揭露內容之抗體能夠中和二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之感染。如本文所用,「中和抗體」為可中和,亦即防止、抑制、減少、阻礙或干擾病原體在宿主中引發及/或維持感染之能力的抗體。術語「中和抗體」及「中和……之抗體(an antibody that neutralizes/antibodies that neutralize)」在本文中可互換使用。在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段在活體外感染模型中及/或活體內動物感染模型中及/或人類中能夠阻止及/或中和任何二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之感染。
在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段能夠以約3,300 μg/mL至約3,900 μg/mL範圍內、或約3,400 μg/mL至約3,800 μg/mL範圍內、或約3,500 μg/mL至約3,700 μg/mL範圍內、或約3,600 μg/mL、約3,650 μg/mL、或約3,700 μg/mL之IC50來中和活SARS-CoV-2之感染。在一些實施例中,使用SARS-CoV-2/螢光素酶在VeroE6細胞上以0.01之感染倍率(MOI)持續24h測定感染之中和。
在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段能夠以約4 μg/mL至約7 μg/mL範圍內或約4.5 μg/mL至約6.5 μg/mL範圍內的IC50中和MERS-CoV假病毒(例如MLV-pp)及SARS-CoV-2假病毒(例如MLV-pp)的感染。在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段能夠以約6.3 μg/mL的IC50中和MERS-CoV假病毒(例如MLV-pp)之感染,且/或能夠以約4.7 μg/mL的IC50中和SARS-CoV-2假病毒(例如MLV-pp)之感染。在一些實施例中,感染之中和使用MERS-CoV在Huh7細胞上測定。在一些實施例中,感染之中和使用SARS-CoV-2在Vero E6細胞上測定。
在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段能夠以約1至約10 μg/ml範圍內之IC50中和乙型冠狀病毒感染(例如藉由一種、二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒)或乙型冠狀病毒假型病毒。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段能夠以約3至約6 μg/ml範圍內之IC50中和乙型冠狀病毒感染或乙型冠狀病毒假型病毒。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段(i)識別二種、三種、四種、五種或更多種乙型冠狀病毒之刺突蛋白中之表位;(ii)能夠阻斷一或多種乙型冠狀病毒之刺突蛋白與細胞表面受體之間的相互作用;(iii)識別二種、三種、四種、五種或更多種乙型冠狀病毒之刺突蛋白中守恆的表位;(iv)針對二種、三種、四種、五種或更多種乙型冠狀病毒具有交叉反應性;或(v)(i)-(iv)之任何組合。
除非本文中明確地不同定義,否則熟習此項抗體技術者理解之術語各自賦予此項技術中獲得之含義。舉例而言,術語「抗體」係指包含藉由二硫鍵互連之至少二個重(H)鏈及二個輕(L)鏈的完整抗體,以及具有或保持結合至由完整抗體所識別之抗原目標分子之能力的完整抗體之任何抗原結合部分或片段,諸如scFv、Fab或Fab'2片段。因此,本文中術語「抗體」係在最廣泛的意義上使用且包括多株及單株抗體,包括完整抗體及其功能性(抗原結合)抗體片段,包括抗原結合片段(Fab)片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、重組IgG (rIgG)片段、單鏈抗體片段,包括單鏈可變片段(scFv),及單區域抗體(例如sdAb、sdFv、奈米抗體)片段。該術語涵蓋免疫球蛋白之經基因工程改造及/或以其他方式修飾之形式,諸如胞內抗體、肽體、嵌合抗體、完全人類抗體、人源化抗體,及異結合抗體、多特異性(例如雙特異性)抗體、雙功能抗體、三功能抗體、四功能抗體、串聯二scFv及串聯三scFv。除非另有陳述,否則術語「抗體」應理解為涵蓋其功能性抗體片段。該術語亦涵蓋完整或全長抗體,包括任何種類或亞類的抗體,包括IgG及其子類(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgM、IgE、IgA及IgD。
術語「V
L」或「VL」及「V
H」或「VH」係指分別來自抗體輕鏈及抗體重鏈之可變結合區。在某些實施例中,VL為卡帕(κ)類(本文中亦為「VK」)。在某些實施例中,VL為拉姆達(λ)類。可變結合區包含稱為「互補決定區」(CDR)及「骨架區」(FR)之分散的定義明確的子區。術語「互補決定區」及「CDR」與「高變區」或「HVR」同義,且係指抗體可變區內之胺基酸序列,其一般而言一同賦予抗原特定性及/或該抗體之結合親和力,其中連續CDR (亦即,CDR1及CDR2,CDR2及CDR3)在一級結構中藉由骨架區彼此分離。在各可變區中存在三個CDR (HCDR1、HCDR2、HCDR3;LCDR1、LCDR2、LCDR3;分別亦稱為CDRH及CDRL)。在某些實施例中,抗體VH包含如下四個FR及三個CDR:FR1-HCDR1-FR2-HCDR2-FR3-HCDR3-FR4;且抗體VL包含如下四個FR及三個CDR:FR1-LCDR1-FR2-LCDR2-FR3-LCDR3-FR4。一般而言,VH及VL經由其對應的CDR共同形成抗原結合位點。
如本文所用,CDR之「變體」係指具有至多1-3個胺基酸取代(例如,守恆或非守恆取代)、缺失或其組合之CDR序列的功能變體。
可根據任何已知方法或方案,諸如Kabat、Chothia、EU、IMGT、Contact、North、Martin及AHo編號方案對CDR及骨架區進行編號(參見例如Kabat等人, 「Sequences of Proteins of Immunological Interest」, US Dept. Health and Human Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991, 第5版;Chothia及Lesk,
J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987));Lefranc等人,
Dev. Comp. Immunol. 27:55, 2003;Honegger及Plückthun,
J. Mol. Bio. 309:657-670 (2001);North等人.
J Mol Biol. (2011)
406:228-56; doi:10.1016/j.jmb.2010.10.030;Abhinandan及Martin,
Mol Immunol.(2008) 45:3832-9. 10.1016/j.molimm.2008.05.022)。等效殘基位置可使用抗原受體編號及受體分類(ANARCI)軟體工具(2016,Bioinformatics 15:298-300)標註且比較不同分子。因此,根據一個編號方案鑑別如本文所提供之例示性可變區域(VH或VL)序列的CDR不包括包含使用不同編號方案確定的相同可變區域之CDR的抗體。在某些實施例中,提供包含根據SEQ ID NO: 26、36、47、66、71、72、73或79中之任一者之VH序列之CDR及根據SEQ ID NO: 30、40、51、69、75、77或82中之任一者之VL序列之CDR的抗體或抗原結合片段,如使用任何已知CDR編號方法所測定,包括Kabat、Chothia、EU、IMGT、Martin(增強Chothia)、Contact、North及AHo編號方法。在某些實施例中,CDR係根據IMGT編號方法。在某些實施例中,CDR係根據由化學計算組(CCG)研發之抗體編號方法;例如使用分子操作環境(MOE)軟體(www.chemcomp.com)。
在某些實施例中,提供一種抗體或抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中:(i)CDRH1包含根據SEQ ID NO: 27、37、48、67或80中之任一者之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個酸取代之序列變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)CDRH2包含根據SEQ ID NO: 28、38、49、68或81中之任一者之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之序列變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii) CDRH3包含根據SEQ ID NO: 29、39、50或74中之任一者之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之序列變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)CDRL1包含根據SEQ ID NO: 31、41、52、70、76、78或83中之任一者的胺基酸序列或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之序列變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)CDRL2包含根據SEQ ID NO: 32、42或53中之任一者的胺基酸序列或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之序列變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)CDRL3包含根據SEQ ID NO: 33、43或54中之任一者的胺基酸序列或其包含具有一個、二個或三個胺基酸取代之序列變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中抗體或抗原結合片段能夠結合至表現於宿主細胞之表面上及/或病毒粒子上的一或多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
在某些實施例中,抗體或其抗原結合片段在活體外感染模型中及/或活體內動物感染模型中及/或人類中能夠中和乙型冠狀病毒之感染。在某些實施例中,抗體或其抗原結合片段在活體外感染模型中及/或活體內動物感染模型中及/或人類中能夠中和一種、二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之感染。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段包含根據以下之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列:SEQ ID NO: (i)分別為27-29及31-33;(ii)分別為37-39及41-43;(iii)分別為48-50及52-54,(iv)分別為67、68及29以及70、32及33,(v)分別為26、27及74以及31-33,(vi)分別為27-29以及76、32及33,(vii)分別為27-29以及78、32及33,(viii)分別為80、81及50以及83、53及54。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中各CDR獨立地選自如表1中所提供之抗體420_1_1(亦稱為抗體S2P6)、抗體420_1_2(亦稱為抗體S2S8)或抗體S2S43或其變體抗體之對應CDR。亦即,考慮表1中所提供之來自乙型冠狀病毒抗體及其變體序列之CDR的所有組合。
在一些實施例中,本揭露內容之抗體或其抗原結合片段包含有包含SEQ ID NO: 26、36、47、66、71、72、73或79之胺基酸序列的重鏈及包含SEQ ID NO: 30、40、51、69、75、77或82之胺基酸序列的輕鏈。
在一些實施例中,本揭露內容之抗體或其抗原結合片段包含二個重鏈,其皆包含胺基酸序列SEQ ID NO: 26、36、47、66、71、72、73或79;及二個輕鏈,其皆包含胺基酸序列SEQ ID NO: 30、40、51、69、75、77或82。
術語「CL」係指「免疫球蛋白輕鏈恆定區」或「輕鏈恆定區」,亦即來自抗體輕鏈之恆定區。術語「CH」係指「免疫球蛋白重鏈恆定區」或「重鏈恆定區」,根據抗體同型可進一步分為CH1、CH2及CH3 (IgA、IgD、IgG)或CH1、CH2、CH3及CH4區域(IgE,IgM)。抗體重鏈之Fc區進一步描述於本文中。在本發明所揭露之實施例中之任一者中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含CL、CH1、CH2及CH3中之任一或多者。在某些實施例中,CL包含與胺基酸序列SEQ ID NO:8或SEQ ID NO: 9具有90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的胺基酸序列。在某些實施例中,CH1-CH2-CH3包含與胺基酸序列SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7具有90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的胺基酸序列。
應理解,例如在哺乳動物細胞株中產生可移除抗體重鏈之一或多個C端離胺酸(參見例如Liu等人. mAbs 6(5):1145-1154 (2014))。因此,本揭露內容之抗體或抗原結合片段可包含重鏈、CH1-CH3、CH3或Fc多肽,其中存在或不存在C端離胺酸殘基;換言之,涵蓋其中重鏈、CH1-CH3或Fc多肽之C端殘基不為離胺酸的實施例,及其中離胺酸為C端殘基的實施例。在某些實施例中,組成物包含本揭露內容之多個抗體及/或抗原結合片段,其中一或多個抗體或抗原結合片段不包含在重鏈、CH1-CH3或Fc多肽之C端末端處的離胺酸殘基,且其中一或多個抗體或抗原結合片段包含在重鏈、CH1-CH3或Fc多肽之C端末端處的離胺酸殘基。
「Fab」(抗原結合片段)為結合至抗原之抗體之一部分,且包括可變區及經由鏈間雙硫鍵連接至輕鏈之重鏈的CH1。各Fab片段關於抗原結合為單價的,亦即其具有單一抗原結合位點。用胃蛋白酶處理抗體產生單一大型F(ab')2片段,其大致對應於具有二價抗原結合活性之二個二硫鍵連接的Fab片段且仍能夠交聯抗原。Fab及F(ab')2二者為「抗原結合片段」的實例。Fab'片段與Fab片段之不同之處在於在包括一或多個來自抗體鉸鏈區之半胱胺酸之CH1區域之羧基端處具有額外極少殘基。Fab'-SH在本文中為其中恆定區域之半胱胺酸殘基攜有游離硫醇基的Fab'名稱。F(ab')2抗體片段最初以其間具有鉸鏈半胱胺酸之Fab'片段對形式產生。亦已知抗體片段之其他化學偶聯。
Fab片段可例如藉由肽連接子連接以形成單鏈Fab,該單鏈Fab在本文中亦稱為「scFab」。在此等實施例中,可能不會存在存在於原生Fab中之鏈間二硫鍵,且連接子完全或部分用以連接(link)或連接(connect)單一多肽鏈中之Fab片段。重鏈衍生之Fab片段(例如包含以下、由以下組成或基本上由以下組成:VH + CH1或「Fd」)及輕鏈衍生之Fab片段(例如包含以下、由以下組成或基本上由以下組成:VL + CL)可以任何排列形式連接以形成scFab。舉例而言,scFab可根據(重鏈Fab片段-連接子-輕鏈Fab片段)或(輕鏈Fab片段-連接子-重鏈Fab片段)自N端至C端方向排列。用於scFab中之肽連接子及例示性連接子序列在本文中進一步詳細地論述。
「Fv」為含有完整抗原識別及抗原結合位點之小抗體片段。此片段一般由具有緊密、非共價締合之一個重鏈可變區區域及一個輕鏈可變區區域之二聚體組成。然而,即使單一可變區域(或僅包含對抗原具有特異性之三個CDR之Fv的一半)能夠識別且結合抗原,但通常親和力比整個結合位點低。
「單鏈Fv」亦縮寫為「sFv」或「scFv」,為包含連接至單一多肽鏈中之VH及VL抗體區域的抗體片段。在一些實施例中,scFv多肽包含安置於V
H區域與V
L區域之間且連接V
H區域與V
L區域之多肽連接子,從而使得scFv能夠保留或形成抗原結合所需之結構。可使用在此項技術中熟知之標準技術將此類肽連接子併入至融合多肽中。關於scFv之評述,參見Pluckthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, 第113卷, Rosenburg及Moore編, Springer-Verlag, New York, 第269-315頁(1994);Borrebaeck 1995, 見下文。在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含scFv,該scFv包含VH區域、VL區域及將VH區域連接至VL區域之肽連接子。在特定實施例中,scFv包含藉由肽連接子連接至VL區域之VH區域,該肽連接子可呈VH-連接子-VL取向或呈VL-連接子-VH取向。本揭露內容之任何scFv可經工程改造以使得VL區域之C端末端藉由短肽序列連接至VH區域之N端末端,或反之亦然(亦即,(N)VL(C)-連接子-(N)VH(C)或(N)VH(C)-連接子-(N)VL(C)。可替代地,在一些實施例中,連接子可連接至VH區域、VL區域或二者之N端部分或N端末端。
肽連接子序列可例如基於以下進行選擇:(1)其能呈現可撓性延伸構形;(2)其不能或缺乏呈現可與第一及第二多肽上之及/或目標分子上之功能性表位相互作用的二級結構的能力;及/或(3)缺乏或相對缺乏可能與多肽及/或目標分子反應之疏水性或帶電殘基。關於連接子設計(例如,長度)之其他考慮因素可包括其中VH及VL可形成功能性抗原結合位點之構形或構形範圍。在某些實施例中,肽連接子序列含有例如Gly、Asn及Ser殘基。諸如Thr及Ala之其他幾乎中性之胺基酸亦可包括於連接子序列中。可適用作連接子之其他胺基酸序列包括以下中所揭露之序列:Maratea等人, Gene 40:39 46 (1985);Murphy等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:8258 8262 (1986);美國專利第4,935,233號及美國專利第4,751,180號。連接子之其他例示性及非限制性實例可包括例如Glu-Gly-Lys-Ser-Ser-Gly-Ser-Gly-Ser-Glu-Ser-Lys-Val-Asp (SEQ ID NO: 19) (Chaudhary等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1066-1070 (1990))及Lys-Glu-Ser-Gly-Ser-Val-Ser-Ser-Glu-Gln-Leu-Ala-Gln-Phe-Arg-Ser-Leu-Asp (SEQ ID NO: 20) (Bird等人, Science 242:423-426 (1988))及五聚體Gly-Gly-Gly-Gly-Ser (SEQ ID NO: 21),當存在於單一迭代中或重複1至5次或更多次時,或更高;參見例如SEQ ID NO: 17。可使用任何合適之連接子,且一般可為約3、4、5、6、7、 8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、15 23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100個胺基酸長,或小於約200個胺基酸長,且將較佳包含可撓性結構(可為由連接子連接之二個區、區域、模體、片段或模組之間的構形移動提供靈活性及空間),且將較佳具有生物惰性及/或具有人類中之低免疫原性風險。例示性連接子包括包含以下或由以下組成之連接子:SEQ ID NO: 10-21中之任一或多者中所闡述的胺基酸序列。在某些實施例中,連接子包含與SEQ ID NO: 10-21中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少75% (亦即至少約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高)一致性的胺基酸序列或由其組成。
scFv可使用本文所揭露之VH及VL序列之任何組合或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3序列之任何組合來構築。
在一些實施例中,不需要連接子序列;例如當第一及第二多肽具有可用於分離功能區域且防止空間干擾之非必需N端胺基酸區時。
在抗體發展期間,生殖系可變(v)、連接(J)及多樣性(D)基因座中之DNA可重新佈置且編碼序列中之核苷酸插入及/或缺失可出現。體細胞突變可由所得序列編碼,且可參照相對應的已知生殖系序列來鑑別。在一些情況下,對於抗體之所需特性(例如,結合至SARS-CoV-2抗原)而言並不重要,或對抗體賦予非所需特性(例如,投予抗體之個體的增加之免疫原性風險)或二者之體細胞突變可經相對應的經生殖系編碼之胺基酸或藉由不同胺基酸置換,使得改進或維持抗體之所需特性且降低或消除抗體之非所需特性。因此,在一些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段包含與親體抗體或抗原結合片段相比在可變區中之至少一個更多經生殖系編碼之胺基酸,其限制條件為親體抗體或抗原結合片段包含一或多個體細胞突變。本揭露內容之例示性抗乙型冠狀病毒抗體之可變區及CDR胺基酸序列提供於本文表1中。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含胺基酸修飾(例如,取代突變)以消除氧化、去醯胺及/或異構化之不良風險。
本文亦提供與本發明所揭露之(「親本」)抗體相比包含在可變區(例如,VH、VL、構架或CDR)中之一或多個胺基酸改變的變體抗體,其中該變體抗體能夠結合至SARS-CoV-2抗原。
在某些實施例中,VH包含與如SEQ ID NO: 26、36、47、66、71、72、73及79中任一者之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)一致性的胺基酸序列或由其組成,其中變化任擇地限於一或多個骨架區及/或變化包含一或多個對經生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(ii) VL包含與如SEQ ID NO: 30、40、51、69、75、77及82中任一者之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)一致性的胺基酸序列或由其組成,其中變化任擇地限於一或多個骨架區及/或變化包含一或多個對經生殖系編碼之胺基酸的取代。
在某些實施例中,該VH包含表1中所闡述之任何VH胺基酸序列或由其組成,且該VL包含表1中所闡述之任何VL胺基酸序列或由其組成。在特定實施例中,VH及VL包含根據以下之胺基酸序列或由其組成:SEQ ID NO: (i)分別為26及30;(ii)分別為26及69,(iii)分別為26及75,(iv)分別為26及77,(v)分別為66及69,(vi)分別為66及30,(vii)分別為66及75,(viii)分別為66及77,(ix)分別為71及30,(x)分別為71及69,(xi)分別為71及75,(xii)分別為71及77,(xiii)分別為72及30,(xiv)分別為72及69,(xv)分別為72及75,(xvi)分別為72及77,(xvii)分別為73及30,(xviii)分別為73及69,(xix)分別為73及75,(xx)分別為73及77,(xxi)分別為36及40;(xxii)分別為47及51;(xxiii)分別為47及82,(xiv)分別為79及82或(xv)分別為79及51。
在特定實施例中,VH及VL包含與以下具有至少80%、至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%一致性之胺基酸序列或由其組成,SEQ ID NO: (i)分別為26及30;(ii)分別為26及69,(iii)分別為26及75,(iv)分別為26及77,(v)分別為66及69,(vi)分別為66及30,(vii)分別為66及75,(viii)分別為66及77,(ix)分別為71及30,(x)分別為71及69,(xi)分別為71及75,(xii)分別為71及77,(xiii)分別為72及30,(xiv)分別為72及69,(xv)分別為72及75,(xvi)分別為72及77,(xvii)分別為73及30,(xviii)分別為73及69,(xix)分別為73及75,(xx)分別為73及77,(xxi)分別為36及40;(xxii)分別為47及51;(xxiii)分別為47及82,(xiv)分別為79及82或(xv)分別為79及51。
在一些實施例中,提供包含以下之抗體或抗原結合片段:(1) VH,其包含CDRH1、CDRH2及CDRH3;及(2) VL,其包含CDRL1、CDRL2及CDRL3,其中CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3係根據以下中所闡述之VH及VL胺基酸序列:SEQ ID NO: (i)分別為26及30;(ii)分別為36及40;(iii)分別為47及50;(iv)分別為66及69;(v)分別為71及30;(vii)分別為72及30;(viii)分別為73及30;(ix)分別為26及69;(x)分別為71及69,;(xi)分別為72及69;(xii)分別為73及69;(xiii)分別為26及75;(xiv)分別為26及77;(xv)分別為66及75;(xvi)分別為66及77;(xvii)分別為73及75;(xviii)分別為73及77;(xix)分別為72及75;(xx)分別為72及77;(xxi)分別為36及40;(xxii)分別為47及51;(xxiii)分別為47及82;(xxiv)分別為47及82;(xxv)分別為79及51;或(xxvi)分別為79及82。
在一些實施例中,CDR根據IMGT編號系統。在一些實施例中,CDR根據Kabat編號系統。在一些實施例中,CDR根據Chothia編號系統。在一些實施例中,CDR根據AHo編號系統。在一些實施例中,CDR根據North編號系統。在一些實施例中,CDR根據Martin編號系統。
在一些實施例中,抗體或抗原結合片段為IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段為人類、人源化或嵌合的。
在一些實施例中,抗體或抗原結合片段包含人類抗體、單株抗體、純化抗體、單鏈抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv或scFab。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段為單特異性的(例如,結合至單一表位)或為多特異性的(例如,結合至多個表位及/或目標分子)。抗體及抗原結合片段可以多種形式構築。例示性抗體形式揭露於Spiess等人, Mol. Immunol. 67(2):95 (2015)中,且揭露於Brinkmann及Kontermann, mAbs 9(2):182-212 (2017)中,其形式及其製備方法以引用的方式併入本文中且包括例如雙特異性T細胞銜接器(BiTE)、DART、杵-入-臼(KIH)組件、scFv-CH3-KIH組件、KIH共同輕鏈抗體、TandAb、三體(Triple Bodies)、TriBi迷你抗體、Fab-scFv、scFv-CH-CL-scFv、F(ab')2-scFv2、四價HCab、胞內抗體、CrossMab、雙功能Fab (DAF) (二合一或四合一)、DutaMab、DT-IgG、電荷對、Fab臂交換、SEED體、Triomab、LUZ-Y組件、Fcab、κλ-體、正交Fab、DVD-Ig (例如,美國專利案第8,258,268號,其形式以全文引用之方式併入本文中)、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L,H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Ig、Zy體及DVI-IgG (四合一)、以及所謂的FIT-Ig (例如,PCT公開案第WO 2015/103072號,其形式以全文引用之方式併入本文中)、所謂的Wuxi體形式(例如,PCT公開案第WO 2019/057122號,其形式以全文引用之方式併入本文中)及所謂的In-Elbow-Insert Ig形式(IEI-Ig,例如PCT公開案第WO 2019/024979及WO 2019/025391號,其形式以全文引用之方式併入本文中)。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含VH區域、二個或更多個VL區域或二者(亦即,二個或更多個VH區域及二個或更多個VL區域)中之二者或更多者。在特定實施例中,抗原結合片段包含形式(N端至C端方向) VH-連接子-VL-連接子-VH-連接子-VL,其中該等二個VH序列可能相同或不同,且二個VL序列可能相同或不同。此類連接之scFv可包括佈置成結合至給定目標之VH及VL區域的任何組合,且呈包含二個或更多個VH及/或二個或更多個VL之形式,可結合一個、二個或更多個不同表位或抗原。應瞭解,併入多個抗原結合區域之形式可包括以任何組合或定向之VH及/或VL序列。舉例而言,抗原結合片段可包含形式VL-連接子-VH-連接子-VL-連接子-VH、VH-連接子-VL-連接子-VL-連接子-VH或VL-連接子-VH-連接子-VH-連接子-VL。
本揭露內容之構築的單特異性或多特異性抗體或抗原結合片段包含本文中所揭露之VH及VL序列之任何組合及/或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3序列之任何組合。在一些實施例中,雙特異性或多特異性抗體或抗原結合片段可包含本揭露內容之一個、二個或更多個抗原結合區域(例如,VH及VL)。可存在結合至相同或不同乙型冠狀病毒表位之二個或更多個結合區域,且如本文所提供之雙特異性或多特異性抗體或抗原結合片段可在一些實施例中包含另一SARS-CoV-2結合區域,及/或可包含完全結合至不同抗原或病原體之結合區域。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段可為多特異性的;例如雙特異性、三特異性或其類似性質。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)第一VH及第一VL;及(ii)第二VH及第二VL,其中第一VH及第二VH不同且各自獨立地包含與SEQ ID NO: 26、36、47、66、71、72、73及79中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)一致性的胺基酸序列,且其中第一VL及第二VL不同且各自獨立地包含與SEQ ID NO: 30、40、51、69、75、77及82中之任一者中所闡述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)一致性的胺基酸序列,且其中第一VH及第一VL一起形成第一抗原結合位點,且其中第二VH及第二VL一起形成第二抗原結合位點。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含Fc多肽或其片段。Fc多肽、Fc二聚體或Fc之片段亦可稱為Fc部分。「Fc」片段或Fc多肽包含藉由二硫鍵固持在一起的二個抗體H鏈的羧基端部分(亦即,IgG之CH2及CH3區域)。抗體「效應功能」係指可歸因於抗體之Fc區(原生序列Fc區或胺基酸序列變體Fc區)的彼等生物活性,且隨抗體同型而變化。抗體效應功能之實例包括:C1q結合及補體依賴性細胞毒性;Fc受體結合;抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC);吞噬作用;細胞表面受體(例如B細胞受體)之下調;及B細胞活化。如本文所論述,可對Fc區域進行修飾(例如,胺基酸取代),以便改變(例如,改進、降低或消除)含Fc之多肽(例如,本揭露內容之抗體)的一或多種功能性。此類功能包括例如Fc受體(FcR)結合、抗體半衰期調節(例如藉由結合至FcRn)、ADCC功能、蛋白A結合、蛋白G結合及補體結合。改變(例如,改進、降低或消除)Fc功能性之胺基酸修飾包括例如T250Q/M428L、M252Y/S254T/T256E、H433K/N434F、M428L/N434S、E233P/L234V/L235A/G236 + A327G/A330S/P331S、E333A、S239D/A330L/I332E、P257I/Q311、K326W/E333S、S239D/I332E/G236A、N297Q、K322A、S228P、L235E + E318A/K320A/K322A、L234A/L235A (在本文中亦稱為「LALA」)及L234A/L235A/P329G突變,該等突變概述且標註於由InvivoGen (2011)所公開且在invivogen.com/PDF/review/review-Engineered-Fc-Regions-invivogen.pdf?utm_source=review&utm_medium=pdf&utm_ campaign=review&utm_content=Engineered-Fc-Regions下線上可用之「工程改造Fc區」中,且以引用之方式併入本文中。
舉例而言,為了活化補體級聯,當免疫球蛋白分子附接至抗原目標時,C1q蛋白質複合物可結合至IgG1之至少二個分子或IgM之一個分子(Ward, E. S.及Ghetie, V.,
Ther. Immunol.2 (1995) 77-94)。Burton, D. R., (
Mol. Immunol.22 (1985) 161-206)描述包含胺基酸殘基318至337之重鏈區參與補體結合。使用定點突變誘發之Duncan, A. R.及Winter, G. (
Nature332 (1988) 738-740)報導Glu318、Lys320及Lys322形成與C1q之結合位點。Glu318、Lys320及Lys 322殘基在C1q結合中之作用係藉由含有此等殘基之短合成肽抑制補體介導之裂解的能力來確認。
舉例而言,FcR結合可由(抗體之) Fc部分與Fc受體(FcR)之相互作用介導,該等FcR為包括造血細胞之細胞上之特殊化細胞表面受體。Fc受體屬於免疫球蛋白超家族,且展示介導藉由免疫複合物之吞噬作用進行之經抗體塗佈之病原體的移除及塗佈有對應抗體之紅血球及各種其他細胞目標(例如腫瘤細胞)的裂解,以上係經由抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC;Van de Winkel, J. G.及Anderson, C. L.,
J. Leukoc. Biol.49 (1991) 511-524)進行。FcR係根據其對免疫球蛋白種類之特異性界定;針對IgG抗體之Fc受體稱為FcγR,針對IgE抗體之Fc受體稱為FcεR,針對IgA抗體之Fc受體稱為FcαR,諸如此類,且新生兒Fc受體稱為FcRn。Fc受體結合描述於例如Ravetch, J. V.及Kinet, J. P.,
Annu. Rev. Immunol.9 (1991) 457-492;Capel, P. J.等人,
Immunomethods4 (1994) 25-34;de Haas, M.等人,
J Lab. Clin. Med.126 (1995) 330-341;及Gessner, J. E.等人,
Ann. Hematol.76 (1998) 231-248中。
受體對原生IgG抗體之Fc區域(FcγR)的交聯觸發多種效應功能,包括吞噬作用、抗體依賴性細胞毒性,及炎性介體釋放,以及免疫複合物清除及對抗體產生的調控。本文考慮提供受體(例如FcγR)之交聯之Fc部分。在人類中,迄今為止已表徵三類FcγR,其為:(i) FcγRI (CD64),其以高親和力結合單體IgG且在巨噬細胞、單核球、嗜中性白血球及嗜酸性白血球上經表現;(ii) FcγRII (CD32),其以中等至低親和力結合複合IgG,尤其在白血球上經廣泛表現,咸信其為抗體介導之免疫之中樞參與者,且其可分成FcγRIIA、FcγRIIB及FcγRIIC,其在免疫系統中執行不同功能,但以類似低親和力結合至IgG-Fc,且此等受體之胞外區域為高度同源的;及(iii) FcγRIII (CD16),其以中等至低親和力結合IgG且已發現呈二種形式:FcγRIIIA,其已經發現於NK細胞、巨噬細胞、嗜酸性白血球及一些單核球及T細胞上且咸信其介導ADCC;及FcγRIIIB,其高度表現於嗜中性白血球上。
在許多涉及殺死作用之細胞(例如巨噬細胞、單核球、嗜中性球)上發現FcγRIIA,且其似乎能夠活化殺死過程。FcγRIIB似乎在抑制過程中起一定作用,且在B細胞、巨噬細胞上及肥大細胞及嗜酸性白血球上發現FcγRIIB。重要的是,已展示75%之所有FcγRIIb發現於肝臟中(Ganesan, L. P.等人, 2012: 「FcγRIIb on liver sinusoidal endothelium clears small immune complexes」 Journal of Immunology 189: 4981-4988)。FcγRIIB在稱為LSEC之肝竇內皮上經充分表現,且在肝及LSEC中之庫弗細胞(Kupffer cell)中為小免疫複合物清除之主要位點(Ganesan, L. P.等人, 2012: FcγRIIb on liver sinusoidal endothelium clears small immune complexes. Journal of Immunology 189: 4981-4988)。
在一些實施例中,本文中所揭露之抗體及其抗原結合片段包含用於結合至FcγRIIb,尤其Fc區之Fc多肽或其片段,諸如例如IgG型抗體。此外,有可能藉由引入突變S267E及L328F對Fc部分工程改造以增強FcγRIIB結合,如由Chu, S. Y.等人, 2008: Inhibition of B cell receptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-engineered antibodies. Molecular Immunology 45, 3926-3933所描述。藉此,可增強免疫複合物之清除(Chu, S.等人, 2014: Accelerated Clearance of IgE In Chimpanzees Is Mediated By Xmab7195, An Fc-Engineered Antibody With Enhanced Affinity For Inhibitory Receptor FcγRIIb. Am J Respir Crit, American Thoracic Society International Conference Abstracts)。在一些實施例中,本揭露內容之抗體或其抗原結合片段包含具有突變S267E及L328F之經工程改造Fc部分,尤其如以下所述:Chu, S. Y.等人, 2008: Inhibition of B cell receptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-engineered antibodies. Molecular Immunology 45, 3926-3933。
在B細胞上,FcγRIIb可用以抑制免疫球蛋白進一步產生及同型轉換為例如IgE類。在巨噬細胞上,認為FcγRIIb抑制如經由FcγRIIA介導之吞噬作用。在嗜酸性白血球及肥胖細胞上,B形式可有助於經由IgE結合至其獨立受體而抑制此等細胞之活化。
關於FcγRI結合,E233-G236、P238、D265、N297、A327及P329中之至少一者的原生IgG中之修飾減少結合至FcγRI。經取代至對應位置IgG1及IgG4中之位置233-236處之IgG2殘基使IgG1及IgG4與FcγRI之結合減少10
3倍,且消除人類單核球對抗體致敏型紅血球之反應(Armour, K. L等人.
Eur. J. Immunol.29 (1999) 2613-2624)。
關於FcγRII結合,發現針對FcγRIIA之結合降低,例如針對E233-G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、R292及K414中之至少一者的IgG突變。
人類FcγRIIA之二個對偶基因形式為「H131」變體,其以較高親和力結合至IgG1 Fc;及「R131」變體,其以較低親和力結合至IgG1 Fc。參見例如Bruhns等人,
Blood 113:3716-3725 (2009)。
關於FcγRIII結合,發現與FcγRIIIA之結合減少,例如對於E233-G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、S239、E269、E293、Y296、V303、A327、K338及D376中之至少一者的突變而言如此。人類IgG1上用於Fc受體之結合位點定位、上文所提及之突變位點及用於量測與FcγRI及FcγRIIA之結合之方法描述於Shields, R. L.等人,
J. Biol. Chem.276 (2001) 6591-6604中。
人類FcγRIIIA之二個對偶基因形式為「F158」變體,其以較低親和力結合至IgG1 Fc;及「V158」變體,其以較高親和力結合至IgG1 Fc。參見例如Bruhns等人,
Blood 113:3716-3725 (2009)。
關於與FcγRII之結合,天然IgG Fc之二個區似乎參與FcγRII與IgG之間的相互作用,亦即(i) IgG Fc之下部鉸鏈位點,詳言之胺基酸殘基L、L、G、G (234-237,EU編號),及(ii) IgG Fc之CH2區域之相鄰區,詳言之鄰近於下部鉸鏈區之上部CH2區域,例如P331區中之環及股(Wines, B.D.等人, J. Immunol. 2000; 164: 5313 - 5318)。此外,FcγRI似乎結合至IgG Fc上之相同位點,而FcRn及蛋白A結合至IgG Fc上之不同位點,該不同位點似乎在CH2-CH3界面處(Wines, B.D.等人, J. Immunol. 2000;164: 5313-5318)。
亦涵蓋增加本揭露內容之Fc多肽或其片段與(亦即,一或多個) Fcγ受體之結合親和力的突變(例如,與參考Fc多肽或其片段或含有不包含一或多個突變之多肽或其片段相比)。參見例如,Delillo及Ravetch, Cell 161(5):1035-1045 (2015)及Ahmed等人, J. Struc. Biol. 194(1):78 (2016),Fc突變及其技術以引用之方式併入本文中。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段可包含Fc多肽或其片段,其包含選自G236A;S239D;A330L及I332E之突變;或包含該等突變中之任何二者或更多者的組合;例如S239D/I332E;S239D/A330L/I332E;G236A/S239D/I332E;G236A/A330L/I332E (在本文中亦稱為「GAALIE」);或G236A/S239D/A330L/I332E。在一些實施例中,Fc多肽或其片段不包含S239D。
在某些實施例中,Fc多肽或其片段可包含以下或由以下組成:參與結合至FcRn結合之Fc多肽或其片段的至少一部分。在某些實施例中,Fc多肽或其片段包含改進針對(例如,促進結合至) FcRn之結合親和力(例如,在pH為約6.0下),且在一些實施例中,藉此延長包含Fc多肽或其片段之分子之活體內半衰期(例如,與參考Fc多肽或其片段或在其他方面相同但不包含該(該等)修飾之抗體相比)的一或多個胺基酸修飾。在某些實施例中,Fc多肽或其片段包含或衍生自IgG Fc,且半衰期延長之突變包含以下中之任一或多者:M428L;N434S;N434H;N434A;N434S;M252Y;S254T;T256E;T250Q;P257I;Q311I;D376V;T307A;E380A (EU編號)。在某些實施例中,延長半衰期之突變包含M428L/N434S (在本文中亦稱為「MLNS」)。在某些實施例中,延長半衰期之突變包含M252Y/S254T/T256E。在某些實施例中,延長半衰期之突變包含T250Q/M428L。在某些實施例中,延長半衰期之突變包含P257I/Q311I。在某些實施例中,延長半衰期之突變包含P257I/N434H。在某些實施例中,延長半衰期之突變包含D376V/N434H。在某些實施例中,延長半衰期之突變包含T307A/E380A/N434A。
在一些實施例中,抗體或抗原結合片段包括包含取代型突變M428L/N434S之Fc部分。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段包括包含取代型突變G236A/A330L/I332E之Fc多肽或其片段。在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包括(例如,IgG) Fc部分,其包含G236A突變、A330L突變及I332E突變(GAALIE),且不包含S239D突變(例如,包含位置239處之原生S)。在特定實施例中,抗體或抗原結合片段包括Fc多肽或其片段,其包含取代型突變:M428L/N434S及G236A/A330L/I332E,且任擇地不包含S239D。在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包括Fc多肽或其片段,其包含取代型突變:M428L/N434S及G236A/S239D/A330L/I332E。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含改變醣基化之突變,其中改變醣基化之突變包含N297A、N297Q或N297G,及/或抗體或抗原結合片段經部分或完全去醣基化及/或部分或完全去岩藻醣基化。宿主細胞株及部分或完全去醣基化或部分或完全去岩藻醣基化抗體及抗原結合片段之製備方法為已知的(參見例如,PCT公開案第WO 2016/181357號;Suzuki等人.
Clin. Cancer Res. 13(6):1875-82 (2007);Huang等人.
MAbs 6:1-12 (2018))。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段即使當在個體中未發現可偵測位準之抗體或抗原結合片段時(亦即,當抗體或抗原結合片段在投予之後已自個體中清除時),亦能夠在個體中引發活體內持續保護。此類保護在本文中稱為疫苗作用。在不希望受理論束縛的情況下,咸信樹突狀細胞可內化抗體與抗原之複合物,且其後誘導或促成針對抗原之內源性免疫反應。在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含一或多個修飾,諸如例如Fc中之突變,包含G236A、A330L及I332E,該等修飾能夠活化可誘導例如對抗原之T細胞免疫性的樹突狀細胞。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段包含Fc多肽或其片段,其包括CH2 (或其片段)、CH3 (或其片段)或CH2及CH3,其中該CH2、CH3或二者可具有任何同型且可含有胺基酸取代或分別與對應野生型CH2或CH3相比之其他修飾。在某些實施例中,本揭露內容之Fc多肽包含締合以形成二聚體之二個CH2-CH3多肽。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,抗體或抗原結合片段可為單株的。如本文所用,術語「單株抗體」(mAb)係指獲自基本上同種之抗體群體(亦即構成該群體之個別抗體為相同的,除了在一些情況下可少量存在的可能天然存在之突變外)的抗體。單株抗體為高度特異性的,其針對單一抗原位點。此外,與包括針對不同表位之不同抗體的多株抗體製劑相反,各單株抗體針對抗原之單一表位。除其特異性以外,單株抗體亦為有利的,在於其可由其他抗體未經污染地合成。術語「單株」不應解釋為需要藉由任何特定方法來產生抗體。舉例而言,適用於本發明之單株抗體可藉由首先由Kohler等人,
Nature 256:495 (1975)描述之融合瘤方法製備,或可在細菌、真核動物或植物細胞中使用重組DNA方法製得(參見例如美國專利案第4,816,567號)。亦可使用例如Clackson等人,
Nature, 352:624-628 (1991)及Marks等人,
J. Mol. Biol., 222:581-597 (1991)中描述之技術自噬菌體抗體庫中分離單株抗體。單株抗體亦可使用揭露於PCT公開案第WO 2004/076677A2號中之方法獲得。
本揭露內容之抗體及抗原結合片段包括「嵌合抗體」,其中重鏈及/或輕鏈之一部分與衍生自特定物種或屬於特定抗體類別或子類別之抗體中的對應序列相同或同源,而該(等)鏈之其餘部分與衍生自另一物種或屬於另一抗體類別或子類別之抗體,以及此類抗體之片段(只要其展現出所需生物活性)中的對應序列相同或同源(參見美國專利第4,816,567號;第5,530,101號及第7,498,415號;及Morrison等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA,
81:6851-6855 (1984))。舉例而言,嵌合抗體可包含人類及非人類殘基。此外,嵌合抗體可包含在接受者抗體或供體抗體中未發現之殘基。進行此等修飾以進一步改進抗體效能。關於其他細節,參見Jones等人,
Nature321:522-525 (1986);Riechmann等人,
Nature332:323-329 (1988);及Presta,
Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)。嵌合抗體亦包括靈長類化及人源化抗體。
「人源化抗體」通常被視為具有自非人類來源引入其中之一或多個胺基酸殘基的人類抗體。此等非人類胺基酸殘基通常獲自可變區域。人源化可遵循Winter及同事之方法(Jones等人,
Nature, 321:522-525 (1986);Reichmann等人,
Nature, 332:323-327 (1988);Verhoeyen等人,
Science, 239:1534-1536 (1988)),藉由用非人類可變序列取代人類抗體之對應序列進行。相應地,此類「人源化」抗體為嵌合抗體(美國專利第4,816,567號;第5,530,101號及第7,498,415號),其中實質上小於完整人類可變區域已經來自非人類物種的對應序列取代。在一些情況下,「人源化」抗體為一種藉由非人類細胞或動物產生且包含人類序列,例如H
C區域之抗體。
「人類抗體」為一種僅含有存在於由人類產生之抗體中之序列的抗體。然而,如本文所用,人類抗體可包含未在天然存在之人類抗體(例如,自人類中分離之抗體)中發現的殘基或修飾,包括本文所述之彼等修飾及變體序列。此等通常為了進一步改進或增強抗體效能而進行。在某些情況下,人類抗體藉由轉殖基因動物產生。例如參見美國專利第5,770,429號、第6,596,541號及第7,049,426號。
在某些實施例中,本揭露內容之抗體或抗原結合片段為嵌合、人源化或人類的。
多核苷酸、載體及宿主細胞
在另一態樣中,本揭露內容提供經分離多核苷酸,其編碼本發明所揭露之抗體或其抗原結合片段或其部分(例如,CDR、VH、VL、重鏈或輕鏈)中之任一者。
在某些實施例中,多核苷酸包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA),其中該RNA任擇地包含信使RNA (mRNA)。
在一些實施例中,多核苷酸包含經修飾之核苷、cap-1結構、cap-2結構或其任何組合。在某些實施例中,多核苷酸包含假尿苷、N6-甲基腺苷、5-甲基胞苷、2-硫代尿苷或其任何組合。在一些實施例中,假尿苷包含N1-甲基假尿苷。
在某些實施例中,多核苷酸經密碼子最佳化以表現於宿主細胞中。當已知或鑑別到編碼序列時,密碼子最佳化可使用已知技術及工具,例如使用GenScript® OptimiumGene
TM工具進行;亦參見Scholten等人,
Clin. Immunol. 119:135, 2006)。密碼子最佳化序列包括經部分密碼子最佳化(亦即,一或多個密碼子經最佳化以在宿主細胞中表現)之序列及經完全密碼子最佳化之序列。
亦應瞭解,本揭露內容之編碼抗體及抗原結合片段的多核苷酸可能具有不同核苷酸序列,但因例如遺傳密碼之簡併、剪接及其類似物仍編碼相同抗體或抗原結合片段。
在某些實施例中,多核苷酸包含與根據SEQ ID NO:34、35、44、45、55及56中之任一或多者的多核苷酸序列具有至少50% (亦即50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)一致性的多核苷酸。
在一些實施例中,編碼抗體重鏈之多核苷酸包含SEQ ID NO: 34、44或55之多核苷酸序列。
在一些實施例中,編碼抗體輕鏈之多核苷酸包含SEQ ID NO: 35、45或56之多核苷酸序列。
在一些實施例中,編碼抗體重鏈之多核苷酸包含SEQ ID NO: 34、44或55之多核苷酸序列,且編碼抗體輕鏈之多核苷酸包含SEQ ID NO: 34、44或55之多核苷酸序列或由其組成。
在本發明所揭露之實施例中之任一者中,多核苷酸可包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)。在一些實施例中,RNA包含信使RNA (mRNA)。
亦提供載體,其中載體包含或含有如本文所揭示之多核苷酸(例如編碼結合至任何二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之抗體或抗原結合片段的多核苷酸)。載體可包含本文中所揭露之載體中之任一或多者。在特定實施例中,提供一種載體,其包含編碼抗體或抗原結合片段或其部分之DNA質體構築體(例如,所謂的「DMAb」;參見例如Muthumani等人,
J Infect Dis. 214(3):369-378 (2016);Muthumani等人,
Hum Vaccin Immunother 9:2253-2262 (2013));Flingai等人,
Sci Rep. 5:12616 (2015);及Elliott等人,
NPJ Vaccines18 (2017),其抗體編碼DNA構築體及相關使用方法,包括投予抗體編碼DNA構築體,以引用的方式併入本文中)。在某些實施例中,DNA質體構築體包含編碼抗體或抗原結合片段之重鏈及輕鏈(或VH及VL)的單一開放閱讀框架,其中編碼重鏈之序列及編碼輕鏈之序列任擇地藉由編碼蛋白酶裂解位點之多核苷酸及/或藉由編碼自裂解肽之多核苷酸分隔開。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段之取代性組分由包含於單一質體中之多核苷酸編碼。在其他實施例中,抗體或抗原結合片段之取代性組分由包含於二個或更多個質體(例如,第一質體包含編碼重鏈、VH或VH+CH之多核苷酸,且第二質體包含編碼同源輕鏈、VL或VL+CL之多核苷酸)中之多核苷酸編碼。在某些實施例中,單一質體包含編碼來自本揭露內容之二個或更多個抗體或抗原結合片段之重鏈及/或輕鏈的多核苷酸。例示性表現載體為pVax1,可購自Invitrogen®。本揭露內容之DNA質體可藉由例如電穿孔(例如,肌肉內電穿孔)或藉由適當的調配物(例如,玻尿酸酶)遞送至個體。
在一些實施例中,提供一種方法,其包含向個體投予編碼抗體重鏈、VH或Fd (VH + CH1)之第一多核苷酸(例如mRNA),及向個體投予編碼同源抗體輕鏈、VL或VL+CL之第二多核苷酸(例如mRNA)。
在一些實施例中,提供編碼抗體或其抗原結合片段之重鏈及輕鏈的多核苷酸(例如mRNA)。在一些實施例中,提供編碼抗體或其抗原結合片段之二個重鏈及二個輕鏈的多核苷酸(例如mRNA)。參見例如Li, JQ., Zhang, ZR., Zhang, HQ等人. Intranasal delivery of replicating mRNA encoding neutralizing antibody against SARS-CoV-2 infection in mice. Sig Transduct Target Ther 6, 369 (2021). https://doi.org/10.1038/s41392-021-00783-1,編碼抗體之mRNA構築體、載體及其相關技術以引用之方式併入本文中。在一些實施例中,多核苷酸經由甲型病毒複製子粒子(VRP)遞送系統遞送至個體。在一些實施例中,複製子包含經修飾之包含二個亞基因體啟動子之VEEV複製子。在一些實施例中,多核苷酸或複製子可同時轉譯抗體或其抗原結合片段之重鏈(或VH或VH+1)及輕鏈(或VL或VL+CL)。在一些實施例中,提供一種方法,其包含向個體遞送此類多核苷酸或複製子。
在另一態樣中,本揭露內容亦提供一種宿主細胞,其表現根據本揭露內容之抗體或抗原結合片段;或包含或含有根據本揭露內容之載體或多核苷酸。
此類細胞之實例包括但不限於真核細胞,例如酵母細胞、動物細胞、昆蟲細胞、植物細胞;及原核細胞,包括大腸桿菌。在一些實施例中,細胞為哺乳動物細胞。在某些此類實施例中,細胞為哺乳動物細胞株,諸如CHO細胞(例如,DHFR-CHO細胞(Urlaub等人,
PNAS 77:4216 (1980))、人類胚胎腎細胞(例如,HEK293T細胞)、PER.C6細胞、Y0細胞、Sp2/0細胞、NS0細胞、例如Hepa RG細胞之人類肝細胞、骨髓瘤細胞或融合瘤細胞。哺乳動物宿主細胞株之其他實例包括小鼠塞特利氏細胞(例如TM4細胞);由SV40轉型之猴腎CV1株(COS-7);幼倉鼠腎細胞(BHK);非洲綠猴腎細胞(VERO-76);猴腎細胞(CV1);人類子宮頸癌細胞(HELA);人類肺細胞(W138);人類肝細胞(Hep G2);犬腎細胞(MDCK;水牛鼠肝細胞(BRL 3A);小鼠乳房腫瘤(MMT 060562);TRI細胞;
MRC5細胞;及FS4細胞。適用於抗體生產之哺乳動物宿主細胞株亦包括例如Yazaki及Wu,
Methods in Molecular Biology, 第248卷(B. K. C. Lo編, Humana Press, Totowa, N.J.), 第255-268頁(2003)中所描述之哺乳動物宿主細胞株。
在某些實施例中,宿主細胞為諸如大腸桿菌之原核細胞。充分建立諸如大腸桿菌之原核細胞中之肽的表現(參見例如Pluckthun, A.
Bio/Technology 9:545-551 (1991)。舉例而言,抗體可於細菌中產生,在不需要醣基化及Fc效應功能時尤其如此。關於抗體片段及多肽在細菌中之表現,參見例如美國專利第5,648,237號、第5,789,199號及第5,840,523號。
在特定實施例中,細胞可經根據本說明書之載體及表現載體轉染。術語「轉染」係指將諸如DNA或RNA (例如mRNA)分子之核酸分子引入細胞中,諸如引入真核細胞中。在本說明書之情形下,術語「轉染」涵蓋熟習此項技術者已知用於將核酸分子引入至細胞中,諸如引入至真核細胞中,包括引入至哺乳動物細胞中的任何方法。此類方法涵蓋例如電穿孔、例如基於陽離子脂質及/或脂質體之脂質體轉染、磷酸鈣沈澱、基於奈米粒子之轉染、基於病毒之轉染或基於陽離子聚合物(諸如DEAE-聚葡萄糖或聚乙烯亞胺等)之轉染。在某些實施例中,引入為非病毒。
此外,本揭露內容之宿主細胞可經根據本揭露內容之載體穩定地或暫時地轉染,例如用於表現根據本揭露內容之抗體或其抗原結合片段。在此類實施例中,細胞可經如本文所述之載體穩定地轉染。或者,細胞可經編碼如本文中所揭露之抗體或抗原結合片段之根據本揭露內容的載體暫時地轉染。在本發明所揭露之實施例中之任一者中,多核苷酸對於宿主細胞而言可為異源的。
因此,本揭露內容亦提供異源性地表現本揭露內容之抗體或抗原結合片段的重組宿主細胞。舉例而言,細胞可屬於與完全或部分產生抗體之物種(例如表現人類抗體或經工程改造人類抗體之CHO細胞)不同的物種。在一些實施例中,宿主細胞之細胞類型在本質上不表現抗體或抗原結合片段。此外,宿主細胞可在不存在於抗體或抗原結合片段之原生狀態中(或在抗體或抗原結合片段經工程改造或自其衍生之親代抗體的原生狀態中)之抗體或抗原結合片段上賦予轉譯後修飾(PTM;例如醣基化或岩藻醣基化)。此類PTM可產生功能差異(例如,降低之免疫原性)。因此,由如本文所揭露之宿主細胞產生之本揭露內容的抗體或抗原結合片段可包括不同於在原生狀態中之該抗體(或親代抗體)的一或多個轉譯後修飾(例如,由CHO細胞產生之人類抗體可包含當與人類分離及/或由原生人類B細胞或漿細胞產生時不同於該抗體之多個轉譯後修飾)。
適用於表現本揭露內容之結合蛋白之昆蟲細胞為此項技術中已知的且包括例如草地貪夜蛾(
Spodoptera frugipera) Sf9細胞、粉紋夜蛾(Trichoplusia ni) BTI-TN5B1-4細胞及草地貪夜蛾SfSWT01「Mimic
TM」細胞。參見例如Palmberger等人,
J. Biotechnol. 153(3-4):160-166 (2011)。已鑑別出眾多可與昆蟲細胞聯合使用,尤其用於轉染草地黏蟲(
Spodoptera frugiperda)細胞之桿狀病毒株。
諸如絲狀真菌或酵母菌之真核微生物亦為適用於選殖或表現編碼蛋白質之載體的宿主,且包括具有「人源化」醣基化路徑之真菌及酵母菌株,從而引起產生具有部分或完全人類醣基化模式之抗體。參見Gerngross,
Nat. Biotech.22:1409-1414 (2004);Li等人,
Nat. Biotech.24:210-215 (2006)。
植物細胞亦可用作用於表現本揭露內容之結合蛋白之宿主。舉例而言,PLANTIBODIES™技術(描述於例如美國專利第5,959,177號;第6,040,498號;第6,420,548號;第7,125,978號;及第6,417,429號中)採用基因轉殖植物以產生抗體。
在某些實施例中,宿主細胞包含哺乳動物細胞。在特定實施例中,宿主細胞為CHO細胞、HEK293細胞、PER.C6細胞、Y0細胞、Sp2/0細胞、NS0細胞、人類肝臟細胞、骨髓瘤細胞或融合瘤細胞。
在相關態樣中,本揭露內容提供用於產生抗體或抗原結合片段之方法,其中該等方法包含在足以產生抗體或抗原結合片段之條件及時間下培養本揭露內容之宿主細胞。舉例而言,適用於分離及純化以重組方式產生之抗體的方法可包括獲得來自適合宿主細胞/載體系統(分泌重組抗體至培養基中)的上清液,且接著使用可商購的過濾器濃縮培養基。在濃縮之後,可將濃縮物施加至單一適合之純化基質或施加至一系列適合之基質,諸如親和基質或離子交換樹脂。一或多個逆相HPLC步驟可用以進一步純化重組多肽。當免疫原與其自然環境分離時,亦可使用此等純化方法。大規模生產本文所述之經分離/重組抗體中之一或多者的方法包括分批細胞培養,其經監測及控制以維持適當培養條件。可溶性抗體之純化可根據本文所述及此項技術中已知之方法進行,且與國內及外來管控機構之法律及指導原則一致。
組成物
本文亦提供包含單獨或以任何組合形式之本發明所揭露之抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體或宿主細胞中之任一或多者,且可進一步包含醫藥學上可接受之載體、賦形劑或稀釋劑的組成物。本文進一步詳細論述載劑、賦形劑及稀釋劑。
在某些實施例中,組成物包含根據本揭露內容之二個或更多個不同抗體或抗原結合片段。在某些實施例中,待以組合形式使用之抗體或抗原結合片段各自獨立地具有以下特徵中之一或多者:中和一個、二個、三個、四個、五個或更多個天然存在之乙型冠狀病毒變體;不與彼此競爭刺突蛋白結合;結合不同乙型冠狀病毒刺突蛋白表位;對乙型冠狀病毒之抗性的形成減少;當以組合形式時,對乙型冠狀病毒之抗性的形成減少;強力中和一個、二個、三個、四個、五個或更多個活乙型冠狀病毒;當組合使用時對中和一個、二個、三個、四個、五個或更多個活乙型冠狀病毒表現累加或協同效應;表現效應功能;在相關動物感染模型中具有保護性;能夠以充足數量產生以用於大規模生產。
在某些實施例中,組成物包含根據本揭露內容之二個或更多個不同抗體或抗原結合片段。在某些實施例中,組成物包含第一抗體或抗原結合片段,其包含:VH,該VH包含如SEQ ID NO: 26、66、71、72或73中所闡述之胺基酸序列或由其組成,及VL,該VL包含如SEQ ID NO: 30、69、75或77中所闡述之胺基酸序列或由其組成;及第二抗體或抗原結合片段,其包含:VH,該VH包含如SEQ ID NO: 36中所闡述之胺基酸序列或由其組成,及VL,該VL包含如SEQ ID NO: 40中所闡述之胺基酸序列或由其組成。
在某些實施例中,組成物包含第一抗體或抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含以下中闡述之胺基酸序列或由其組成:SEQ ID NO: (i)分別為27-29,(ii)分別為67、68及29或(iii)分別為27、27及74,以及該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含以下中闡述之胺基酸序列或由其組成:SEQ ID NO: (i)分別為31-33,(ii) 70、32及33,(iii)分別為76、32及33,(iv)分別為78、32及33;且包含第二抗體或抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含分別SEQ ID NO: 37-39中闡述之胺基酸序列或由其組成,以及該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含分別SEQ ID NO: 41-43中闡述之胺基酸序列或由其組成。
在某些實施例中,組成物包含根據本揭露內容之二個或更多個不同抗體或抗原結合片段。在某些實施例中,組成物包含第一抗體或抗原結合片段,其包含有包含如SEQ ID NO: 26、66、71、72或73中所闡述之胺基酸序列或由其組成的VH,及包含如SEQ ID NO: 30、69、75或77中所闡述之胺基酸序列或由其組成的VL;及第二抗體或抗原結合片段,其包含有包含如SEQ ID NO: 47或79中所闡述之胺基酸序列或由其組成的VH,及包含如SEQ ID NO: 51或82中所闡述之胺基酸序列或由其組成的VL。
在某些實施例中,組成物包含第一抗體或抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含以下中闡述之胺基酸序列或由其組成:SEQ ID NO: (i)分別為27-29,(ii)分別為67、68及29或(iii)分別為27、27及74,以及該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含以下中闡述之胺基酸序列或由其組成:SEQ ID NO: (i)分別為31-33,(ii) 70、32及33,(iii)分別為76、32及33,(iv)分別為78、32及33;且包含第二抗體或抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含分別SEQ ID NO: 48-50或分別80、81及50中闡述之胺基酸序列或由其組成,以及該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含分別SEQ ID NO: 52-54或分別83、83及54中闡述之胺基酸序列或由其組成。
在某些實施例中,組成物包含根據本揭露內容之二個或更多個不同抗體或抗原結合片段。在某些實施例中,組成物包含第一抗體或抗原結合片段,其包含有包含如SEQ ID NO: 26、66、71、72或73中所闡述之胺基酸序列或由其組成的VH,及包含如SEQ ID NO: 30、69、75或77中所闡述之胺基酸序列或由其組成的VL;及第二抗體或抗原結合片段,其包含有包含如SEQ ID NO: 47或79中所闡述之胺基酸序列或由其組成的VH,及包含如SEQ ID NO: 51或82中所闡述之胺基酸序列或由其組成的VL。
在某些實施例中,組成物包含第一抗體或抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含以下中闡述之胺基酸序列或由其組成:SEQ ID NO: (i)分別為27-29,(ii)分別為67、68及29或(iii)分別為27、27及74,以及該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含以下中闡述之胺基酸序列或由其組成:SEQ ID NO: (i)分別為31-33,(ii)70、32及33,(iii)分別為76、32及33,(iv)分別為78、32及33;且包含第二抗體或抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中該CDRH1、CDRH2及CDRH3包含分別SEQ ID NO: 48-50或分別80、81及50中闡述之胺基酸序列或由其組成,以及該CDRL1、CDRL2及CDRL3包含分別SEQ ID NO: 52-54或分別83、83及54中闡述之胺基酸序列或由其組成。
在某些實施例中,組成物包含有包含第一質體之第一載體及包含第二質體之第二載體,其中該第一質體包含編碼抗體或其抗原結合片段之重鏈、VH或VH+CH之多核苷酸,且第二質體包含編碼該抗體或其抗原結合片段之同源輕鏈、VL或VL+CL之多核苷酸。在某些實施例中,組成物包含偶合至合適遞送媒劑或載劑之多核苷酸(例如mRNA)。用於向人類個體投予之例示性媒劑或載劑包括脂質或脂質衍生之遞送媒劑,諸如脂質體、固體脂質奈米粒子、油性懸浮液、次微米級脂質乳液、脂質微泡、逆脂質微胞、耳蝸脂質體、脂質微管、脂質微柱或脂質奈米粒子(LNP)或奈米尺度平台(參見例如Li等人
. Wilery Interdiscip Rev . Nanomed Nanobiotechnol . 11(2):e1530 (2019))。用於設計適當mRNA及調配mRNA-LNP以及遞送其之原理、試劑及技術描述於例如Pardi等人(
J Control Release 217345-351 (2015));Thess等人(
Mol Ther 23: 1456-1464 (2015));Thran等人(
EMBO Mol Med 9(10):1434-1448 (2017);Kose等人(
Sci . Immunol . 4eaaw6647 (2019);及Sabnis等人(
Mol . Ther . 26:1509-1519 (2018))中,該等技術包括加帽、密碼子最佳化、核苷修飾、mRNA純化、將mRNA併入穩定脂質奈米粒子(例如可離子化陽離子脂質/磷脂醯膽鹼/膽固醇/PEG-脂質;可離子化脂質:二硬脂醯基PC:膽固醇:聚乙二醇脂質)中及其皮下、肌內、皮內、靜脈內、腹膜內及氣管內投予,該等技術係以引用之方式併入本文中。
方法及用途
本文亦提供使用揭露內容之抗體或抗原結合片段、核酸、載體、細胞或組成物診斷(例如人類個體中或獲自人類個體之樣品中)乙型冠狀病毒感染的方法。
診斷方法(例如,活體外、離體)可包括使抗體、抗體片段(例如,抗原結合片段)與樣品接觸。此類樣品可自個體分離,例如獲自例如鼻道、鼻竇腔、唾液腺、肺、肝、胰臟、腎、耳、眼、胎盤、消化道、心臟、卵巢、垂體、腎上腺、甲狀腺、腦、皮膚或血液之經分離組織樣品。診斷之方法亦可包括偵測抗原/抗體複合物,尤其在使抗體或抗體片段與樣品接觸之後。此類偵測步驟可在實驗台上進行,亦即不與人類或動物身體有任何接觸。偵測方法之實例為熟習此項技術者所熟知,且包括例如酶聯結免疫吸附分析(ELISA),包括直接、間接及夾層ELISA。
本文亦提供使用本揭露內容之抗體或抗原結合片段或包含其之組成物治療個體的方法,其中該個體具有、咸信具有或處於患有乙型冠狀病毒感染之風險下。「治療(treat)」、「治療(treatment)」或「改善」係指個體(例如,人類或非人類哺乳動物,諸如靈長類動物、馬、貓、犬、山羊、小鼠或大鼠)之病症、疾病或病狀的醫學管理。一般而言,包含本揭露內容之抗體或組成物的適當劑量或治療方案係以足以引發治療效益或預防效益的量投予。治療性或預防性/預防性效益包括改進的臨床結果;減輕或緩解與疾病相關之症狀;減少症狀的發生;改進的生活品質;更長的無疾病狀態;疾病嚴重程度減輕;疾病病況之穩定;延緩或預防疾病進展;緩解;存活期;延長的存活期;或其任何組合。在某些實施例中,治療性或預防性/預防性效益包括減小或預防因治療乙型冠狀病毒感染而住院(亦即,以統計學上顯著之方式)。在某些實施例中,治療性或預防性/預防性效益包括減少因治療乙型冠狀病毒感染而住院的持續時間(亦即,以統計學上顯著之方式)。在某些實施例中,治療性或預防性/預防性效益包括減少或消除對呼吸干預,諸如插管及/或使用呼吸器裝置之需求。在某些實施例中,治療性或預防性/預防性效益包括逆轉晚期疾病病理學及/或減少之死亡率。
本揭露內容之抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞或組成物的「治療有效量」或「有效量」係指足以產生治療作用之該組成物或分子的量,該治療作用包括以統計學上顯著之方式改進的臨床結果;減輕或緩解與疾病相關之症狀;減少症狀的發生;改進的生活品質;更長的無疾病狀態;疾病嚴重程度減輕;疾病病況之穩定;延緩疾病進展;緩解;存活期;或延長的存活期。當提及單獨投予之個別活性成分時,治療有效量係指彼成分或單獨表現彼成分之細胞的效果。當提及組合時,治療有效量係指不論連續、依次或同時投予,產生治療作用之活性成分或組合的輔助活性成分與表現活性成分之細胞的組合量。組合可包含例如二種特異性結合乙型冠狀病毒抗原的不同抗體,該等乙型冠狀病毒抗原在某些實施例中可為相同或不同的乙型冠狀病毒抗原,且/或可包含相同或不同的表位。
因此,在某些實施例中,提供用於治療個體之乙型冠狀病毒感染的方法,其中該等方法包含向該個體投予有效量之如本文所揭示之抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞或組成物。
一般而言,可藉由本揭露內容治療之個體為人類及其他靈長類動物個體,諸如用於獸醫學目的之猴及猿。諸如小鼠及大鼠之其他模型生物亦可根據本揭露內容治療。在前述實施例中之任一者中,個體可為人類個體。個體可為雄性或雌性且可為任何適齡個體,包括嬰兒、幼年、青年、成年及老年個體。
咸信多個準則引起與乙型冠狀病毒感染相關之重度症狀或死亡的較高風險。此等包括但不限於年齡、職業、一般健康、預先存在之健康狀況及生活方式習慣。在一些實施例中,根據本揭露內容治療之個體包含一或多種風險因子。
在某些實施例中,根據本揭露內容治療之人類個體為嬰兒、兒童、青少年、中年或老年個體。在某些實施例中,根據本揭露內容治療之人類個體低於1歲、或為1至5歲、或在5與125歲之間(例如,5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115或125歲,包括其中或其間之任何及所有年齡)。在某些實施例中,根據本揭露內容治療之人類個體為0-19歲、20-44歲、45-54歲、55-64歲、65-74歲、75-84歲或85歲,或更大年齡。咸信,中年個體,及尤其老年個體具有特定風險。在特定實施例中,人類個體為45-54歲、55-64歲、65-74歲、75-84歲或85歲,或更大年齡。在一些實施例中,人類個體為男性。在一些實施例中,人類個體為女性。
在某些實施例中,根據本揭露內容治療之人類個體為護理之家或長期照護設施的居住者;為臨終關懷照護工作者;為健康照護提供者或健康照護工作者;為第一線救護人員;為經診斷具有或疑似具有乙型冠狀病毒感染之個體的家族成員或其他密切接觸者;為超重或臨床上肥胖;為或曾經為吸菸者;具有或曾具有慢性阻塞性肺病(COPD);為氣喘(例如,具有中度至重度氣喘);具有自體免疫疾病或病狀(例如,糖尿病);及/或具有受損或耗乏的免疫系統(例如,歸因於AIDS/HIV感染,癌症諸如血液癌症,淋巴細胞耗竭(lymphodepleting)療法諸如化療,骨髓或器官移植,或基因免疫病狀);具有慢性肝病;具有心血管疾病;具有肺病或心臟病;與他人一起工作或以其他方式近距離接觸,諸如在工廠、運輸中心、醫院環境或其類似環境中。
在某些實施例中,根據本揭露內容治療之個體已接受針對乙型冠狀病毒之疫苗,且該疫苗藉由臨床診斷或科學或法規準則,例如藉由該個體之疫苗後感染或症狀確定為無效的。
在某些實施例中,治療係作為暴露期間預防投予。在某些實施例中,向具有輕度至中度疾病之個體,其可在門診環境中,投予治療。在某些實施例中,向具有中度至重度疾病,諸如需要住院之個體投予治療。
投予本發明所揭露之組成物之典型途徑因此包括但不限於經口、局部、經皮、吸入、非經腸、舌下、經頰、經直腸、經陰道及鼻內。如本文所用,術語「非經腸」包括皮下注射、靜脈內、肌肉內、胸骨內注射或輸注技術。在某些實施例中,投予包含藉由選自以下之途徑投予:經口、靜脈內、非經腸、胃內、胸膜內、肺內、直腸內、皮內、腹膜內、瘤內、皮下、局部、經皮、腦池內、鞘內、鼻內及肌肉內。在特定實施例中,方法包含向個體經口投予該抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞或組成物。
調配根據本發明之某些實施例之醫藥組成物以使得含於其中之活性成分在向患者投予該組成物後為生物可用的。將投予至個體或患者之組成物可呈一或多個劑量單位之形式,其中例如錠劑可為單一劑量單位,且本文所述之呈氣霧劑形式之抗體或抗原結合的容器可容納多個劑量單位。製備此類劑型之實際方法對熟習此項技術者為已知的或將為顯而易見的;舉例而言,參見Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 第20版(Philadelphia College of Pharmacy and Science, 2000)。待投予之組成物將在任何情況下含有有效量之本揭露內容之抗體或抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞或組成物,以根據本文中之教示治療感興趣的疾病或病狀。
組成物可呈固體或液體形式。在一些實施例中,一或多種載劑為微粒,以使得組成物例如呈錠劑或散劑形式。一或多種載劑可為液體,且組成物為例如口服油、可注射液體或適用於例如吸入投予之氣霧劑。當意欲經口投予時,醫藥組成物較佳呈固體或液體形式,其中半固體、半液體、懸浮液及凝膠形式包括在本文視為固體或液體之形式內。
作為用於經口投予之固體組成物,醫藥組成物可調配成散劑、顆粒、壓縮錠劑、丸劑、膠囊、口嚼錠、粉片或其類似物。此類固體組成物將通常含有一或多種惰性稀釋劑或可食載劑。另外,可存在以下中之一或多者:黏合劑,諸如羧甲基纖維素、乙基纖維素、微晶纖維素、黃蓍膠或明膠;賦形劑,諸如澱粉、乳糖或糊精;崩解劑,諸如海藻酸、海藻酸鈉、澱粉羥基乙酸鈉(Primogel)、玉米澱粉及其類似物;潤滑劑,諸如硬脂酸鎂或氫化植物油(Sterotex);助滑劑,諸如膠態二氧化矽;甜味劑,諸如蔗糖或糖精;調味劑,諸如胡椒薄荷、水楊酸甲酯或柑橘調味劑;及著色劑。當組成物呈例如明膠膠囊之膠囊形式時,除以上類型之材料之外,其亦可含有諸如聚乙二醇或油之液體載劑。
組成物可呈例如酏劑、糖漿、溶液、乳液或懸浮液之液體形式。舉二個例子而言,液體可用於經口投予或用於藉由注射遞送。當意欲用於經口投予時,除本發明化合物之外,較佳組成物亦含有甜味劑、防腐劑、染料/著色劑及增香劑中之一或多者。在意欲藉由注射投予之組成物中,可包括界面活性劑、防腐劑、濕潤劑、分散劑、懸浮劑、緩衝劑、穩定劑及等張劑中之一或多者。
液體醫藥組成物,無論其為溶液、懸浮液或其他類似形式,均可包括以下佐劑中之一或多者:無菌稀釋劑,諸如注射用水、鹽水溶液(較佳生理鹽水)、林格氏溶液(Ringer's solution)、等張氯化鈉、非揮發性油,諸如可充當溶劑或懸浮介質之合成單甘油酯或二甘油酯;聚乙二醇、甘油、丙二醇或其他溶劑;抗菌劑,諸如苯甲醇或對羥基苯甲酸甲酯;抗氧化劑,諸如抗壞血酸或亞硫酸氫鈉;螯合劑,諸如乙二胺四乙酸;緩衝劑,諸如乙酸酯、檸檬酸酯或磷酸酯;及張力調節劑,諸如氯化鈉或右旋糖。非經腸製劑可封裝於由玻璃或塑膠製成之安瓿、拋棄式注射器或多劑量小瓶中。生理鹽水係較佳佐劑。可注射醫藥組成物較佳地為無菌的。
意欲用於非經腸或經口投予之液體組成物應含有一定量之如本文所揭露之抗體或抗原結合片段以使得將獲得合適劑量。通常,此量為組成物中至少0.01%抗體或抗原結合片段。當意欲用於經口投予時,此量可變化為介於組成物重量的0.1%與約70%之間。某些口服醫藥組成物含有在約4%與約75%之間的抗體或抗原結合片段。在某些實施例中,製備根據本發明之醫藥組成物及製劑以使得非經腸劑量單位在稀釋之前含有在0.01重量%至10重量%之間的抗體或抗原結合片段。
組成物可意欲用於局部投予,在該情況下,載劑可適當地包含溶液、乳液、軟膏或凝膠基質。舉例而言,基質可包含以下中之一或多者:石蠟脂、羊毛蠟、聚乙二醇、蜂蠟、礦物油、諸如水及醇之稀釋劑及乳化劑以及穩定劑。增稠劑可存在於組成物中以用於局部投予。若意欲用於經皮投予,則組成物可包括經皮貼片或離子電滲療法(iontophoresis)裝置。醫藥組成物可意欲用於以例如栓劑形式經直腸投予,該栓劑將在直腸中熔融且釋放藥物。用於經直腸投予之組成物可含有油性基質作為適合之無刺激性賦形劑。此類基質包括但不限於羊毛蠟、可可脂及聚乙二醇。
組成物可包括各種材料,該等材料修改固體或液體劑量單位之物理形式。舉例而言,組成物可包括圍繞活性成分形成包覆殼層之材料。形成包覆殼層之材料通常為惰性的,且可選自例如糖、蟲膠及其他腸溶包覆劑。或者,活性成分可裝入明膠膠囊中。呈固體或液體形式之組成物可包括結合至本揭露內容之抗體或抗原結合片段且藉此幫助遞送化合物之藥劑。可起此能力作用之適合藥劑包括單株或多株抗體、一或多種蛋白質或脂質體。組成物可基本上由可以氣霧劑形式投予之劑量單位組成。術語氣霧劑用於表示介於膠態性質之彼等系統至由加壓封裝組成之系統範圍內的多種系統。遞送可藉由液化或壓縮氣體或藉由分配活性成分的適合之泵系統。氣霧劑可以單相、雙相或三相系統形式遞送以便遞送活性成分。氣霧劑之遞送包括必需容器、活化劑、閥門、次容器及其類似物,其在一起可形成套組。一般熟習此項技術者在不進行不當實驗之情況下可確定較佳氣霧劑。
應理解,本揭露內容之組成物亦涵蓋用於如本文所描述之多核苷酸的載劑分子(例如脂質奈米粒子、奈米尺度遞送平台及其類似物)。
醫藥組成物可藉由醫藥技術中熟知之方法製備。舉例而言,意欲藉由注射投予之組成物可藉由將包含如本文所述之抗體、其抗原結合片段或抗體結合物及任擇地,鹽、緩衝液及/或穩定劑中之一或多者的組成物與無菌蒸餾水組合以形成溶液來製備。可添加界面活性劑以促進形成均勻溶液或懸浮液。界面活性劑為與肽組成物非共價相互作用,以促進抗體或其抗原結合片段在水性遞送系統中之溶解或均勻懸浮的化合物。
一般而言,適當劑量及治療方案提供呈足以提供治療及/或預防效益(諸如本文所述,包括改進的臨床結果(例如,腹瀉或相關脫水或發炎之頻率、持續時間或嚴重程度降低,或更長的無疾病期及/或總存活期,或症狀嚴重程度減輕)之量的組成物。對於預防用途,劑量應足以預防與疾病或病症相關之疾病、延遲其發作或減輕其嚴重程度。根據本文所述之方法投予之組成物的預防效益可藉由進行臨床前(包括活體外及活體內動物研究)及臨床研究,且藉由適當的統計、生物學及臨床方法及技術分析自其得到的資料確定,其皆可藉由熟習此項技術者容易地實踐。
組成物以有效量投予(例如以治療乙型冠狀病毒感染),該有效量將視多種因素而變化,該等多種因素包括所採用之特定化合物之活性;化合物之代謝穩定性及作用時長;個體之年齡、體重、一般健康狀況、性別及飲食;投予模式及時間;排泄速率;藥物組合;特定病症或病狀之嚴重程度;及經受療法之個體。在某些實施例中,在根據本揭露內容之調配物及方法投予療法之後,與經安慰劑治療之個體或其他合適對照個體相比,測試個體將展現出與所治療之疾病或病症相關之一或多種症狀之約10%至約99%減少。
一般而言,抗體或抗原結合片段之治療有效日劑量為(對於70 kg哺乳動物)約0.001 mg/kg (亦即0.07 mg)至約100 mg/kg (亦即7.0 g);較佳地,治療有效劑量為(對於70 kg哺乳動物)約0.01 mg/kg (亦即0.7 mg)至約50 mg/kg (亦即3.5 g);更佳地,治療有效劑量為(對於70 kg哺乳動物)約1 mg/kg (亦即70 mg)至約25 mg/kg (亦即1.75 g)。本揭露內容之多核苷酸、載體、宿主細胞及相關組成物之治療有效劑量可不同於抗體或抗原結合片段之治療有效劑量。
在某些實施例中,一種方法包含向個體投予抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞或組成物2、3、4、5、6、7、8、9、10次或更多次。
在某些實施例中,一種方法包含向個體投予抗體、抗原結合片段或組成物多次,其中第二次或連續投予係各別地在第一次或先前投予之後約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約24、約48、約74、約96小時或更長時間進行。
在某些實施例中,一種方法包含在個體經乙型冠狀病毒感染之前至少一次投予抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞或組成物。
包含本揭露內容之抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞或組成物的組成物亦可與一或多種其他治療劑投予同時、在其之前或在其之後投予。此類組合療法可包括投予含有本發明化合物及一或多種額外活性劑之單一醫藥劑型,以及投予包含本揭露內容之抗體或抗原結合片段及呈自身獨立劑型之各活性劑的組成物。舉例而言,如本文所描述之抗體或其抗原結合片段及其他活性劑可以諸如錠劑或膠囊之單一口服劑量組成物形式一同向患者投予,或各藥劑係以獨立口服劑量調配物形式投予。類似地,如本文所描述之抗體或抗原結合片段及其他活性劑可以諸如鹽水溶液或其他生理學上可接受之溶液之單一非經腸劑量組成物形式一同向個體投予,或各藥劑係以獨立非經腸劑量調配物形式投予。在使用獨立劑量調配物之情況下,包含抗體或抗原結合片段及一或多種額外活性劑之組成物可基本上同時,亦即並行地投予,或在單獨地交錯時間,亦即依序及按任何次序投予;組合療法應理解為包括所有此等方案。
在某些實施例中,提供一種組合療法,其包含一或多種本揭露內容之抗乙型冠狀病毒抗體(或一或多種核酸、宿主細胞、載體或組成物)及一或多種抗炎劑及/或一或多種抗病毒劑。在特定實施例中,該一或多種抗炎劑包含皮質類固醇,諸如例如地塞米松、普賴松或其類似物。在一些實施例中,一或多種抗炎劑包含細胞介素拮抗劑,諸如例如結合至IL6 (諸如司妥昔單抗(siltuximab)),或結合至IL-6R (諸如托珠單抗(tocilizumab)),或結合至IL-1β、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、FGF、G-CSF、GM-CSF、IFN-γ、IP-10、MCP-1、MIP-1A、MIP1-B、PDGR、TNF-α或VEGF之抗體。在一些實施例中,使用抗炎劑,諸如勒隆利單抗(leronlimab)、盧利替尼(ruxolitinib)及/或阿那白滯素(anakinra)。在一些實施例中,一或多種抗病毒劑包含核苷酸類似物或核苷酸類似物前藥,諸如例如瑞德西韋(remdesivir)、索非布韋(sofosbuvir)、無環鳥苷(acyclovir)及齊多夫定(zidovudine)。在特定實施例中,抗病毒劑包含咯匹那韋(lopinavir)、利托那韋(ritonavir)、法維拉韋(favipiravir)或其任何組合。用於本揭露內容之組合療法的其他抗炎劑包括非類固醇抗炎藥(NSAIDS)。應瞭解,在此類組合療法中,一或多個抗體(或一或多種核酸、宿主細胞、載體或組成物)及一或多種抗炎劑及/或一或多種抗病毒劑可以任何次序及任何順序或一起投予。
在一些實施例中,向先前已接受一或多種抗炎劑及/或一或多種抗病毒劑之個體投予抗體(或一或多種核酸、宿主細胞、載體或組成物)。在一些實施例中,向先前已接受抗體(或一或多種核酸、宿主細胞、載體或組成物)之個體投予一或多種抗炎劑及/或一或多種抗病毒劑。
在某些實施例中,提供一種組合療法,其包含二種或更多種本揭露內容之抗乙型冠狀病毒抗體。一種方法可包含向已接受第二抗體之個體投予第一抗體,或可包含一起投予二個或更多個抗體。舉例而言,在特定實施例中,提供一種方法,其包含向個體投予(a)第一抗體或抗原結合片段,當該個體已接受第二抗體或抗原結合片段時;(b)第二抗體或抗原結合片段,當該個體已接受第一抗體或抗原結合片段時;或(c)第一抗體或抗原結合片段,及第二抗體或抗原結合片段。
在一相關態樣中,提供本發明所揭露之抗體、抗原結合片段、載體、宿主細胞及組成物之用途。
在某些實施例中,提供一種抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞或組成物,其用於治療個體之乙型冠狀病毒感染的方法中。
在某些實施例中,提供一種抗體、抗原結合片段或組成物,其用於製造或製備供治療個體之乙型冠狀病毒感染用之藥劑的方法中。
除非另外規定,否則任何給定變體抗體(諸如S2P6 Q32Y)之VH、CDRH1、CDRH2、CDRH3、Vl、CDRL1、CDRL2或CDRL3與命名抗體(諸如S2P6)相同,除非表1中另外指明。
表1.序列
序列描述 | SEQ ID NO. | 序列 |
SARS-CoV-2 BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019分離株;基因體序列(GenBank: MN908947.3;2020年1月23日) | 1 | attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct gttctctaaa cgaactttaa aatctgtgtg gctgtcactc ggctgcatgc ttagtgcact cacgcagtat aattaataac taattactgt cgttgacagg acacgagtaa ctcgtctatc ttctgcaggc tgcttacggt ttcgtccgtg ttgcagccga tcatcagcac atctaggttt cgtccgggtg tgaccgaaag gtaagatgga gagccttgtc cctggtttca acgagaaaac acacgtccaa ctcagtttgc ctgttttaca ggttcgcgac gtgctcgtac gtggctttgg agactccgtg gaggaggtct tatcagaggc cgtcaacat cttaaagatg gcacttgtgg cttagtagaa gttgaaaaag gcgttttgcc tcaacttgaa cagccctatg tgttcatcaa acgttcggat gctcgaactg cacctcatgg tcatgttatg gttgagctgg tagcagaact cgaaggcatt cagtacggtc gtagtggtga gacacttggt gtccttgtcc ctcatgtggg cgaaatacca gtggcttacc gcaaggttct tcttcgtaag aacggtaata aaggagctgg tggccatagt tacggcgccg atctaaagtc atttgactta ggcgacgagc ttggcactga tccttatgaa gattttcaag aaaactggaa cactaaacat agcagtggtg ttacccgtga actcatgcgt gagcttaacg gaggggcata cactcgctat gtcgataaca 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SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1分離株基因體序列(GenBank: MN908947.3;2020年1月23日) -胺基酸轉譯 | 2 | MESLVPGFNEKTHVQLSLPVLQVRDVLVRGFGDSVEEVLSEARQHLKDGTCGLVEVEKGVLPQLEQPYVFIKRSDARTAPHGHVMVELVAELEGIQYGRSGETLGVLVPHVGEIPVAYRKVLLRKNGNKGAGGHSYGADLKSFDLGDELGTDPYEDFQEN WNTKHSSGVTRELMRELNGGAYTRYVDNNFCGPDGYPLECIKDLLARAGKASCTLSEQLDFIDTKRGVYCCREHEHEIAWYTERSEKSYELQTPFEIKLAKKFDTFNGECPNFVFPLNSIIKTIQPRVEKKKLDGFMGRIRSVYPVASPNECNQMCLSTLMKCDHCGETSWQTGDFVKATCEFCGTENLTKEGATTCGYLPQNAVVKIYCPACHNSEVGPEHSLAEYHNESGLKTILRKGGRTIAFGGCVFSYVGCHNKCAYWVPRASANIGCNHTGVVGEGSEGLNDNL LEILQKEKVNINIVGDFKLNEEIAIILASFSASTSAFVETVKGLDYKAFKQIVESCGNFKVTKGKAKKGAWNIGEQKSILSPLYAFASEAARVVRSIFSRTLETAQNSVRVLQKAAITILDGISQYSLRLIDAMMFTSDLATNNLVVMAYITGGVVQLTSQWLTNIFGTVYEKLKPVLDWLEEKFKEGVEFLRDGWEIVKFISTCACEIVGGQIVTCAKEIKESVQTFFKLVNKFLALCADSIIIGGAKLKALNLGETFVTHSKGLYRKCVKSREETGLLMPLKAPKEIIFLEGETLPTEVLTEEVVLKTGDLQPLEQPTSEAVEAPLVGTPVCINGLMLLEIKDTEKYCALAPNMMVTNNTFTLKGGAPTKVTFGDDTVIEVQGYKSVNITFELDERIDKVLNEKCSAYTVELGTEVNEFACVVADAVIKTLQPVSELLTPLGIDLDEWSMATYYLFDESGEFKLASHMYCSFYPPDEDEEEGDCEEEEFEPSTQYEYGTEDDYQGKPLEFGATSAALQPEEEQEEDWLDDDSQQTVGQQDGSEDNQTTTIQTIVEVQPQLEMELTPVVQTIEVNSFSGYLKLTDNVYIKNADIVEEAKKVKPTVVVNAANVYLKHGGGVAGALNKATNNAMQVESDDYIATNGPLKVGGSCVLSGHNLAKHCLHVVGPNVNKGEDIQLLKSAYENFNQHEVLLAPLLSAGIFGADPIHSLRVCVDTVRTNVYLAVFDKNLYDKLVSSFLEMKSEKQVEQKIAEIPKEEVKPFITESKPSVEQRKQDDKKIKACVEEVTTTLEETKFLTENLLLYIDINGNLHPDSATLVSDIDITFLKKDAPYIVGDVVQEGVLTAVVIPTKKAGGTTEMLAKALRKVPTDNYITTYPGQGLNGYTVEEAKTVLKKCKSAFYILPSIISNEKQEILGTVSWNLREMLAHAEETRKLMPVCVETKAIVSTIQRKYKGIKIQEGVVDYGARFYFYTSKTTVASLINTLNDLNETLVTMPLGYVTHGLNLEEAARYMRSLKVPATVSVSSPDAVTAYNGYLTSSSKTPEEHFIETISLAGSYKDWSYSGQSTQLGIEFLKRGDKSVYYTSNPTTFHLDGEVITFDNLKTLLSLREVRTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTFYVLPNDDTLRVEAFEYYHTTDPSFLGRYMSALNHTKKWKYPQVNGLTSIKWADNNCYLATALLTLQQIELKFNPPALQDAYYRARAGEAANFCALILAYCNKTVGELGDVRETMSYLFQHANLDSCKRVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQFKKGVQIPCTCGKQATKYLVQQESPFVMMSAPPAQYELKHGTFTCASEYTGNYQCGHYKHITSKETLYCIDGALLTKSSEYKGPITDVFYKENSYTTTIKPVTYKLDGVVCTEIDPKLDNYYKKDNSYFTEQPIDLVPNQPYPNASFDNFKFVCDNIKFADDLNQLTGYKKPASRELKVTFFPDLNGDVVAIDYKHYTPSFKKGAKLLHKPIVWHVNNATNKATYKPNTWCIRCLWSTKPVETSNSFDVLKSEDAQGMDNLACEDLKPVSEEVVENPTIQKDVLECNVKTTEVVGDIILKPANNSLKITEEVGHTDLMAAYVDNSSLTIKKPNELSRVLGLKTLATHGLAAVNSVPWDTIANYAKPFLNKVVSTTTNIVTRCLNRVCTNYMPYFFTLLLQLCTFTRSTNSRIKASMPTTIAKNTVKSVGKFCLEASFNYLKSPNFSKLINIIIWFLLLSVCLGSLIYSTAALGVLMSNLGMPSYCTGYREGYLNSTNVTIATYCTGSIPCSVCLSGLDSLDTYPSLETIQITISSFKWDLTAFGLVAEWFLAYILFTRFFYVLGLAAIMQLFFSYFAVHFISNSWLMWLIINLVQMAPISAMVRMYIFFASFYYVWKSYVHVVDGCNSSTCMMCYKRNRATRVECTTIVNGVRRSFYVYANGGKGFCKLHNWNCVNCDTFCAGSTFISDEVARDLSLQFKRPINPTDQSSYIVDSVTVKNGSIHLYFDKAGQKTYERHSLSHFVNLDNLRANNTKGSLPINVIVFDGKSKCEESSAKSASVYYSQLMCQPILLLDQALVSDVGDSAEVAVKMFDAYVNTFSSTFNVPMEKLKTLVATAEAELAKNVSLDNVLSTFISAARQGFVDSDVETKDVVECLKLSHQSDIEVTGDSCNNYMLTYNKVENMTPRDLGACIDCSARHINAQVAKSHNIALIWNVKDFMSLSEQLRKQIRSAAKKNNLPFKLTCATTRQVVNVVTTKIALKGGKIVNNWLKQLIKVTLVFLFVAAIFYLITPVHVMSKHTDFSSEIIGYKAIDGGVTRDIASTDTCFANKHADFDTWFSQRGGSYTNDKACPLIAAVITREVGFVVPGLPGTILRTTNGDFLHFLPRVFSAVGNICYTPSKLIEYTDFATSACVLAAECTIFKDASGKPVPYCYDTNVLEGSVAYESLRPDTRYVLMDGSIIQFPNTYLEGSVRVVTTFDSEYCRHGTCERSEAGVCVSTSGRWVLNNDYYRSLPGVFCGVDAVNLLTNMFTPLIQPIGALDISASIVAGGIVAIVVTCLAYYFMRFRRAFGEYSHVVAFNTLLFLMSFTVLCLTPVYSFLPGVYSVIYLYLTFYLTNDVSFLAHIQWMVMFTPLVPFWITIAYIICISTKHFYWFFSNYLKRRVVFNGVSFSTFEEAALCTFLLNKEMYLKLRSDVLLPLTQYNRYLALYNKYKYFSGAMDTTSYREAACCHLAKALNDFSNSGSDVLYQPPQTSITSAVLQSGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIRKSNHNFLVQAGNVQLRVIGHSMQNCVLKLKVDTANPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNGSPSGVYQCAMRPNFTIKGSFLNGSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGNFYGPFVDRQTAQAAGTDTTITVNVLAWLYAAVINGDRWFLNRFTTTLNDFNLVAMKYNYEPLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCASLKELLQNGMNGRTILGSALLEDEFTPFDVVRQCSGVTFQSAVKRTIKGTHHWLLLTILTSLLVLVQSTQWSLFFFLYENAFLPFAMGIIAMSAFAMMFVKHKHAFLCLFLLPSLATVAYFNMVYMPASWVMRIMTWLDMVDTSLSGFKLKDCVMYASAVVLLILMTARTVYDDGARRVWTLMNVLTLVYKVYYGNALDQAISMWALIISVTSNYSGVVTTVMFLARGIVFMCVEYCPIFFITGNTLQCIMLVYCFLGYFCTCYFGLFCLLNRYFRLTLGVYDYLVSTQEFRYMNSQGLLPPKNSIDAFKLNIKLLGVGGKPCIKVATVQSKMSDVKCTSVVLLSVLQQLRVESSSKLWAQCVQLHNDILLAKDTTEAFEKMVSLLSVLLSMQGAVDINKLCEEMLDNRATLQAIASEFSSLPSYAAFATAQEAYEQAVANGDSEVVLKKLKKSLNVAKSEFDRDAAMQRKLEKMADQAMTQMYKQARSEDKRAKVTSAMQTMLFTMLRKLDNDALNNIINNARDGCVPLNIIPLTTAAKLMVVIPDYNTYKNTCDGTTFTYASALWEIQQVVDADSKIVQLSEISMDNSPNLAWPLIVTALRANSAVKLQNNELSPVALRQMSCAAGTTQTACTDDNALAYYNTTKGGRFVLALLSDLQDLKWARFPKSDGTGTIYTELEPPCRFVTDTPKGPKVKYLYFIKGLNNLNRGMVLGSLAATVRLQAGNATEVPANSTVLSFCAFAVDAAKAYKDYLASGGQPITNCVKMLCTHTGTGQAITVTPEANMDQESFGGASCCLYCRCHIDHPNPKGFCDLKGKYVQIPTTCANDPVGFTLKNTVCTVCGMWKGYGCSCDQLREPMLQSADAQSFLNRVCGVSAARLTPCGTGTSTDVVYRAFDIYNDKVAGFAKFLKTNCCRFQEKDEDDNLIDSYFVVKRHTFSNYQHEETIYNLLKDCPAVAKHDFFKFRIDGDMVPHISRQRLTKYTMADLVYALRHFDEGNCDTLKEILVTYNCCDDDYFNKKDWYDFVENPDILRVYANLGERVRQALLKTVQFCDAMRNAGIVGVLTLDNQDLNGNWYDFGDFIQTTPGSGVPVV DSYYSLLMPILTLTRALTAESHVDTDLTKPYIKWDLLKYDFTEERLKLFDRYFKYWDQTYHPNCVNCLDDRCILHCANFNVLFSTVFPPTSFGPLVRKIFVDGVPFVVSTGYHFRELGVVHNQDVNLHSSRLSFKELLVYAADPAMHAASGNLLLDKRTTCFSVAALTNNVAFQTVKPGNFNKDFYDFAVSKGFFKEGSSVELKHFFFAQDGNAAISDYDYYRYNLPTMCDIRQLLFVVEVVDKYFDCYDGGCINANQVIVNNLDKSAGFPFNKWGKARLYYDSMSYEDQDALFAYTKRNVIPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSICSTMTNRQFHQKLLKSIAATRGATVVIGTSKFYGGWHNMLKTVYSDVENPHLMGWDYPKCDRAMPNMLRIMASLVLARKHTTCCSLSHRFYRLANECAQVLSEMVMCGGSLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNICQAVTANVNALLSTDGNKIADKYVRNLQHRLYECLYRNRDVDTDFVNEFYAYLRKHFSMMILSDDAVVCFNSTYASQGLVASIKNFKSVLYYQNNVFMSEAKCWTETDLTKGPHEFCSQHTMLVKQGDDYVYLPYPDPSRILGAGCFVDDIVKTDGTLMIERFVSLAIDAYPLTKHPNQEYADVFHLYLQYIRKLHDELTGHMLDMYSVMLTNDNTSRYWEPEFYEAMYTPHTVLQAVGACVLCNSQTSLRCGACIRRPFLCCKCCYDHVISTSHKLVLSVNPYVCNAPGCDVTDVTQLYLGGMSYYCKSHKPPISFPLCANGQVFGLYKNTCVGSDNVTDFNAIATCDWTNAGDYILANTCTERLKLFAAETLKATEETFKLSYGIATVREVLSDRELHLSWEVGKPRPPLNRNYVFTGYRVTKNSKVQIGEYTFEKGDYGDAVVYRGTTTYKLNVGDYFVLTSHTVMPLSAPTLVPQEHYVRITGLYPTLNISDEFSSNVANYQKVGMQKYSTLQGPPGTGKSHFAIGLALYYPSARIVYTACSHAAVDALCEKALKYLPIDKCSRIIPARARVECFDKFKVNSTLEQYVFCTVNALPETTADIVVFDEISMATNYDLSVVNARLRAKHYVYIGDPAQLPAPRTLLTKGTLEPEYFNSVCRLMKTIGPDMFLGTCRRCPAEIVDTVSALVYDNKLKAHKDKSAQCFKMFYKGVITHDVSSAINRPQIGVVREFLTRNPAWRKAVFISPYNSQNAVASKILGLPTQTVDSSQGSEYDYVIFTQTTETAHSCNVNRFNVAITRAKVGILCIMSDRDLYDKLQFTSLEIPRRNVATLQAENVTGLFKDCSKVITGLHPTQAPTHLSVDTKFKTEGLCVDIPGIPKDMTYRRLISMMGFKMNYQVNGYPNMFITREEAIRHVRAWIGFDVEGCHATREAVGTNLPLQLGFSTGVNLVAVPTGYVDTPNNTDFSRVSAKPPPGDQFKHLIPLMYKGLPWNVVRIKIVQMLSDTLKNLSDRVVFVLWAHGFELTSMKYFVKIGPERTCCLCDRRATCFSTASDTYACWHHSIGFDYVYNPFMIDVQQWGFTGNLQSNHDLYCQVHGNAHVASCDAIMTRCLAVHECFVKRVDWTIEYPIIGDELKINAACRKVQHMVVKAALLADKFPVLHDIGNPKAIKCVPQADVEWKFYDAQPCSDKAYKIEELFYSYATHSDKFTDGVCLFWNCNVDRYPANSIVCRFDTRVLSNLNLPGCDGGSLYVNKHAFHTPAFDKSAFVNLKQLPFFYYSDSPCESHGKQVVSDIDYVPLKSATCITRCNLGGAVCRHHANEYRLYLDAYNMMISAGFSLWVYKQFDTYNLWNTFTRLQSLENVAFNVVNKGHFDGQQGEVPVSIINNTVYTKVDGVDVELFENKTTLPVNVAFELWAKRNIKPVPEVKILNNLGVDIAANTVIWDYKRDAPAHISTIGVCSMTDIAKKPTETICAPLTVFFDGRVDGQVDLFRNARNGVLITEGSVKGLQPSVGPKQASLNGVTLIGEAVKTQFNYYKKVDGVVQQLPETYFTQSRNLQEFKPRSQMEIDFLELAMDEFIERYKLEGYAFEHIVYGDFSHSQLGGLHLLIGLAKRFKESPFELEDFIPMDSTVKNYFITDAQTGSSKCVCSVIDLLLDDFVEIIKSQDLSVVSKVVKVTIDYTEISFMLWCKDGHVETFYPKLQSSQAWQPGVAMPNLYKMQRMLLEKCDLQNYGDSATLPKGIMMNVAKYTQLCQYLNTLTLAVPYNMRVIHFGAGSDKGVAPGTAVLRQWLPTGTLLVDSDLNDFVSDADSTLIGDCATVHTANKWDLIISDMYDPKTKNVTKENDSKEGFFTYICGFIQQKLALGGSVAIKITEHSWNADLYKLMGHFAWWTAFVTNVNASSSEAFLIGCNYLGKPREQIDGYVMHANYIFWRNTNPIQLSSYSLFDMSKFPLKLRGTAVMSLKEGQINDMILSLLSKGRLIIRENNRVVISSDVLVNN |
SARS-CoV-2 Wuhan Hu-1表面醣蛋白;GenBank: QHD43416.1;2020年1月23日 | 3 | MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPTESIVRFP NITNLCPFGE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN SASFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGKIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF PLQSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQDVNCTEV PVAIHADQLT PTWRVYSTGS NVFQTRAGCL IGAEHVNNSY ECDIPIGAGI CASYQTQTNS PRRARSVASQ SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALTGI AVEQDKNTQE VFAQVKQIYK TPPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GAALQIPFAM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KLIANQFNSA IGKIQDSLSS TASALGKLQD VVNQNAQALN TLVKQLSSNF GAISSVLNDI LSRLDKVEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVSGNCDVVI GIVNNTVYDP LQPELDSFKE ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASVVNIQ KEIDRLNEVA KNLNESLIDL QELGKYEQYI KWPWYIWLGF IAGLIAIVMV TIMLCCMTSC CSCLKGCCSC GSCCKFDEDD SEPVLKGVKL HYT |
SARS-CoV-2 Wuhan Hu-1表面醣蛋白RBD;GenBank: QHD43416.1;2020年1月23日 | 4 | NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTG |
SARS-CoV-2 Wuhan Hu-1表面醣蛋白RBD中之受體結合模體(RBM);GenBank: QHD43416.1;2020年1月23日 | 5 | NSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPY |
SARS-CoV-2 CH1-CH3 LS G1m17 IgHG1*01 (aa) | 6 | ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPGK |
SARS-CoV-2 CH1-CH3 LS,ALE G1m17 IgHG1*01 (aa) | 7 | ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLAGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPLPEEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPGK |
SARS-CoV-2 CL IgLC*01 (aa) | 8 | GQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS |
SARS-CoV-2 CL (CK) k1m3 IgKC*01 (aa) | 9 | RTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC |
連接子(aa) | 10 | GSTSGSGKPGSGEGSTKG |
連接子(aa) | 11 | GSGKPGSGEG |
連接子(aa) | 12 | GKPGSGEG |
連接子(aa) | 13 | SGKPGSGE |
連接子(aa) | 14 | BPXXXZ,其中各X獨立地為甘胺酸(G)或絲胺酸(S),B為帶正電胺基酸且Z為甘胺酸(G)或帶負電胺基酸 |
連接子(aa) | 15 | (GxS)y,其中x為1-10且y為1-10 |
連接子(aa) | 16 | GGGGSGGGGSGGGGS |
連接子(aa) | 17 | GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS |
連接子(aa) | 18 | GSTSGGGSGGGSGGGGSS |
連接子(aa) | 19 | EGKSSGSGSESKVD |
連接子(aa) | 20 | KESGSVSSEQLAQFRSLD |
連接子(aa) | 21 | GGGGS |
SARS-CoV;Urbani病毒株;表面醣蛋白;GenBank:AAP13441.1 | 22 | MFIFLLFLTL TSGSDLDRCT TFDDVQAPNY TQHTSSMRGV YYPDEIFRSD TLYLTQDLFL PFYSNVTGFH TINHTFGNPV IPFKDGIYFA ATEKSNVVRG WVFGSTMNNK SQSVIIINNS TNVVIRACNF ELCDNPFFAV SKPMGTQTHT MIFDNAFNCT FEYISDAFSL DVSEKSGNFK HLREFVFKNK DGFLYVYKGY QPIDVVRDLP SGFNTLKPIF KLPLGINITN FRAILTAFSP AQDIWGTSAA AYFVGYLKPT TFMLKYDENG TITDAVDCSQ NPLAELKCSV KSFEIDKGIY QTSNFRVVPS GDVVRFPNIT NLCPFGEVFN ATKFPSVYAW ERKKISNCVA DYSVLYNSTF FSTFKCYGVS ATKLNDLCFS NVYADSFVVK GDDVRQIAPG QTGVIADYNY KLPDDFMGCV LAWNTRNIDA TSTGNYNYKY RYLRHGKLRP FERDISNVPF SPDGKPCTPP ALNCYWPLND YGFYTTTGIG YQPYRVVVLS FELLNAPATV CGPKLSTDLI KNQCVNFNFN GLTGTGVLTP SSKRFQPFQQ FGRDVSDFTD SVRDPKTSEI LDISPCSFGG VSVITPGTNA SSEVAVLYQD VNCTDVSTAI HADQLTPAWR IYSTGNNVFQ TQAGCLIGAE HVDTSYECDI PIGAGICASY HTVSLLRSTS QKSIVAYTMS LGADSSIAYS NNTIAIPTNF SISITTEVMP VSMAKTSVDC NMYICGDSTE CANLLLQYGS FCTQLNRALS GIAAEQDRNT REVFAQVKQM YKTPTLKYFG GFNFSQILPD PLKPTKRSFI EDLLFNKVTL ADAGFMKQYG ECLGDINARD LICAQKFNGL TVLPPLLTDD MIAAYTAALV SGTATAGWTF GAGAALQIPF AMQMAYRFNG IGVTQNVLYE NQKQIANQFN KAISQIQESL TTTSTALGKL QDVVNQNAQA LNTLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDKVE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RVDFCGKGYH LMSFPQAAPH GVVFLHVTYV PSQERNFTTA PAICHEGKAY FPREGVFVFN GTSWFITQRN FFSPQIITTD NTFVSGNCDV VIGIINNTVY DPLQPELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQELGKYEQ YIKWPWYVWL GFIAGLIAIV MVTILLCCMT SCCSCLKGAC SCGSCCKFDE DDSEPVLKGV KLHYT |
OC43表面醣蛋白;GenBank: AAT84362.1 | 23 | MFLILLISLPTAFAVIGDLKCTSDNINDKDTGPPPISTDTVDVTNGLGTYYVLDRVYLNTTLFLNGYYPTSGSTYRNMALKGSVLLSRLWFKPPFLSDFINGIFAKVKNTKVIKDRVMYSEFPAITIGSTFVNTSYSVVVQPRTINSTQDGDNKLQGLLEVSVCQYNMCEYPQTICHPNLGNHRKELWHLDTGVVSCLYKRNFTYDVNADYLYFHFYQEGGTFYAYFTDTGVVTKFLFNVYLGMALSHYYVMPLTCNSKLTLEYWVTPLTSRQYLLAFNQDGIIFNAVDCMSDFMSEIKCKTQSIAPPTGVYELNGYTVQPIADVYRRKPNLPNCNIEAWLNDKSVPSPLNWERKTFSNCNFNMSSLMSFIQADSFTCNNIDAAKIYGMCFSSITIDKFAIPNGRKVDLQLGNLGYLQSFNYRIDTTATSCQLYYNLPAANVSVSRFNPSTWNKRFGFIEDSVFKPRPAGVLTNHDVVYAQHCFKAPKNFCPCKLNGSCVGSGPGKNNGIGTCPAGTNYLTCDNLCTPDPITFTGTYKCPQTKSLVGIGEHCSGLAVKSDYCGGNSCTCRPQAFLGWSADSCLQGDKCNIFANFILHDVNSGLTCSTDLQKANTDIILGVCVNYDLYGILGQGIFVEVNATYYNSWQNLLYDSNGNLYGFRDYITNRTFMIRSCYSGRVSAAFHANSSEPALLFRNIKCNYVFNNSLTRQLQPINYFDSYLGCVVNAYNSTAISVQTCDLTVGSGYCVDYSKNRRSRGAITTGYRFTNFEPFTVNSVNDSLEPVGGLYEIQIPSEFTIGNMVEFIQTSSPKVTIDCAAFVCGDYAACKSQLVEYGSFCDNINAILTEVNELLDTTQLQVANSLMNGVTLSTKLKDGVNFNVDDINFSPVLGCLGSECSKASSRSAIEDLLFDKVKLSDVGFVEAYNNCTGGAEIRDLICVQSYKGIKVLPPLLSENQFSGYTLAATSASLFPPWTAAAGVPFYLNVQYRINGLGVTMDVLSQNQKLIANAFNNALYAIQEGFDATNSALVKIQAVVNANAEALNNLLQQLSNRFGAISASLQEILSRLDALEAEAQIDRLINGRLTALNAYVSQQLSDSTLVKFSAAQAMEKVNECVKSQSSRINFCGNGNHIISLVQNAPYGLYFIHFSYVPTKYVTARVSPGLCIAGDRGIAPKSGYFVNVNNTWMYTGSGYYYPEPITENNVVVMSTCAVNYTKAPYVMLNTSIPNLPDFKEELDQWFKNQTSVAPDLSLDYINVTFLDLQVEMNRLQEAIKVLNQSYINLKDIGTYEYYVKWPWYVWLLICLAGVAMLVLLFFICCCTGCGTSCFKKCGGCCDDYTGYQELVIKTSHDD |
MERS-CoV;London1/2012病毒株表面醣蛋白;GenBank: KC164505 | 24 | MIHSVFLLMFLLTPTESYVDVGPDSVKSACIEVDIQQTFFDKTWPRPIDVSKADGIIYPQGRTYSNITITYQGLFPYQGDHGDMYVYSAGHATGTTPQKLFVANYSQDVKQFANGFVVRIGAAANSTGTVIISPSTSATIRKIYPAFMLGSSVGNFSDGKMGRFFNHTLVLLPDGCGTLLRAFYCILEPRSGNHCPAGNSYTSFATYHTPATDCSDGNYNRNASLNSFKEYFNLRNCTFMYTYNITEDEILEWFGITQTAQGVHLFSSRYVDLYGGNMFQFATLPVYDTIKYYSIIPHSIRSIQSDRKAWAAFYVYKLQPLTFLLDFSVDGYIRRAIDCGFNDLSQLHCSYESFDVESGVYSVSSFEAKPSGSVVEQAEGVECDFSPLLSGTPPQVYNFKRLVFTNCNYNLTKLLSLFSVNDFTCSQISPAAIASNCYSSLILDYFSYPLSMKSDLSVSSAGPISQFNYKQSFSNPTCLILATVPHNLTTITKPLKYSYINKCSRFLSDDRTEVPQLVNANQYSPCVSIVPSTVWEDGDYYRKQLSPLEGGGWLVASGSTVAMTEQLQMGFGITVQYGTDTNSVCPKLEFANDTKIASQLGNCVEYSLYGVSGRGVFQNCTAVGVRQQRFVYDAYQNLVGYYSDDGNYYCLRACVSVPVSVIYDKETKTHATLFGSVACEHISSTMSQYSRSTRSMLKRRDSTYGPLQTPVGCVLGLVNSSLFVEDCKLPLGQSLCALPDTPSTLTPRSVRSVPGEMRLASIAFNHPIQVDQLNSSYFKLSIPTNFSFGVTQEYIQTTIQKVTVDCKQYVCNGFQKCEQLLREYGQFCSKINQALHGANLRQDDSVRNLFASVKSSQSSPIIPGFGGDFNLTLLEPVSISTGSRSARSAIEDLLFDKVTIADPGYMQGYDDCMQQGPASARDLICAQYVAGYKVLPPLMDVNMEAAYTSSLLGSIAGVGWTAGLSSFAAIPFAQSIFYRLNGVGITQQVLSENQKLIANKFNQALGAMQTGFTTTNEAFHKVQDAVNNNAQALSKLASELSNTFGAISASIGDIIQRLDVLEQDAQIDRLINGRLTTLNAFVAQQLVRSESAALSAQLAKDKVNECVKAQSKRSGFCGQGTHIVSFVVNAPNGLYFMHVGYYPSNHIEVVSAYGLCDAANPTNCIAPVNGYFIKTNNTRIVDEWSYTGSSFYAPEPITSLNTKYVAPQVTYQNISTNLPPPLLGNSTGIDFQDELDEFFKNVSTSIPNFGSLTQINTTLLDLTYEMLSLQQVVKALNESYIDLKELGNYTYYNKWPWYIWLGFIAGLVALALCVFFILCC TGCGTNCMGKLKCNRCCDRYEEYDLEPHKVHVH |
HKU1表面醣蛋白;GenBank: YP173238.1 | 25 | MLLIIFILPTTLAVIGDFNCTNFAINDLNTTVPRISEYVVDVSYGLGTYYILDRVYLNTTILFTGYFPKSGANFRDLSLKGTTYLSTLWYQKPFLSDFNNGIFSRVKNTKLYVNKTLYSEFSTIVIGSVFINNSYTIVVQPHNGVLEITACQYTMCEYPHTICKSKGSSRNESWHFDKSEPLCLFKKNFTYNVSTDWLYFHFYQERGTFYAYYADSGMPTTFLFSLYLGTLLSHYYVLPLTCNAISSNTDNETLQYWVTPLSKRQYLLKFDNRGVITNAVDCSSSFFSEIQCKTKSLLPNTGVYDLSGFTVKPVATVHRRIPDLPDCDIDKWLNNFNVPSPLNWERKIFSNCNFNLSTLLRLVHTDSFSCNNFDESKIYGSCFKSIVLDKFAIPNSRRSDLQLGSSGFLQSSNYKIDTTSSSCQLYYSLPAINVTINNYNPSSWNRRYGFNNFNLSSHSVVYSRYCFSVNNTFCPCAKPSFASSCKSHKPPSASCPIGTNYRSCESTTVLDHTDWCRCSCLPDPITAYDPRSCSQKKSLVGVGEHCAGFGVDEEKCGVLDGSYNVSCLCSTDAFLGWSYDTCVSNNRCNIFSNFILNGINSGTTCSNDLLQPNTEVFTDVCVDYDLYGITGQGIFKEVSAVYYNSWQNLLYDSNGNIIGFKDFVTNKTYNIFPCYAGRVSAAFHQNASSLALLYRNLKCSYVLNNISLTTQPYFDSYLGCVFNADNLTDYSVSSCALRMGSGFCVDYNSPSSSSSRRKRRSISASYRFVTFEPFNVSFVNDSIESVGGLYEIKIPTNFTIVGQEEFIQTNSPKVTIDCSLFVCSNYAACHDLLSEYGTFCDNINSILDEVNGLLDTTQLHVADTLMQGVTLSSNLNTNLHFDVDNINFKSLVGCLGPHCGSSSRSFFEDLLFDKVKLSDVGFVEAYNNCTGGSEIRDLLCVQSFNGIKVLPPILSESQISGYTTAATVAAMFPPWSAAAGIPFSLNVQYRINGLGVTMDVLNKNQKLIATAFNNALLSIQNGFSATNSALAKIQSVVNSNAQALNSLLQQLFNKFGAISSSLQEILSRLDALEAQVQIDRLINGRLTALNAYVSQQLSDISLVKFGAALAMEKVNECVKSQSPRINFCGNGNHILSLVQNAPYGLLFMHFSYKPISFKTVLVSPGLCISGDVGIAPKQGYFIKHNDHWMFTGSSYYYPEPISDKNVVFMNTCSVNFTKAPLVYLNHSVPKLSDFESELSHWFKNQTSIAPNLTLNLHTINATFLDLYYEMNLIQESIKSLNNSYINLKDIGTYEMYVKWPWYVWLLISFSFIIFLVLLFFICCCTGCGSACFSKCHNCCDEYGGHHDFVIKTSHDD |
抗體420_1_1 (稱為S2P6) VH (aa) | 26 | EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAS GYTFTSQYMHWVRQAPGQGLEWIGI INPSGVHTSYAQKFQGRVTLTRDTSTSTLYMELSSLRSEDTAVYYC ARGSPKGAFDYWGQGTLVTVSS |
抗體420_1_1 (稱為S2P6) CDRH1 (aa) | 27 | GYTFTSQY |
抗體420_1_1 (稱為S2P6) CDRH2 (aa) | 28 | INPSGVHT |
抗體420_1_1 (稱為S2P6) CDRH3 (aa) | 29 | ARGSPKGAFDY |
抗體420_1_1 (稱為S2P6) VL(VK) (aa) | 30 | EIVMMQSPGTLSLSPGERATLSCRAS QSVRSNYLAWYQQKPGQAPRLLIY GASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYC QQYGSSPPRFTFGPGTKVEIK |
抗體420_1_1 (稱為S2P6) CDRL1 (aa) | 31 | QSVRSNY |
抗體420_1_1 (稱為S2P6) CDRL2 (aa) | 32 | GAS |
抗體420_1_1 (稱為S2P6) CDRL3 (aa) | 33 | QQYGSSPPRFT |
抗體420_1_1 (稱為S2P6) VH (nt) | 34 | GAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTTTCCTGCAAGGCATCTGGATACACCTTCACCAGCCAATATATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATAGGAATAATCAACCCTAGTGGTGTTCACACAAGTTACGCACAGAAATTCCAGGGCAGAGTCACCCTGACCAGGGACACGTCCACGAGCACACTATACATGGAACTGAGCAGCCTGAGATCTGAAGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGGGTCTCCCAAAGGGGCCTTTGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAG |
抗體420_1_1 (稱為S2P6) VL(VK) (nt) | 35 | GAAATAGTGATGATGCAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGGAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGAGTGTTAGAAGCAACTACTTAGCCTGGTACCAGCAGAAACCTGGCCAGGCTCCCAGACTCCTCATCTATGGTGCATCCAGCAGGGCCACTGGCATCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCACCATCAGCAGACTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTGTATTACTGTCAGCAGTATGGTAGTTCACCCCCCAGATTCACTTTCGGCCCTGGGACCAAAGTGGAAATCAAAC |
抗體420_1_2 (稱為S2S8) VH (aa) | 36 | EVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAAS GFTFSDYGMHWVRQAPGKGLEWVAV ISFEGRNEYFADSVKGRFAISRDNSKNTVSLHMNSLRVEDTAVYYC ARDAGYDLIRFFLDSWGQGTRVTVSS |
抗體420_1_2 (稱為S2S8) CDRH1 (aa) | 37 | GFTFSDYG |
抗體420_1_2 (稱為S2S8) CDRH2 (aa) | 38 | ISFEGRNE |
抗體420_1_2 (稱為S2S8) CDRH3 (aa) | 39 | ARDAGYDLIRFFLDS |
抗體420_1_2 (稱為S2S8) VL(VK) (aa) | 40 | EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRAS QRIGSTSLAWYQQKPGQAPRLLIY AASTRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYC QQYHSSPLLTFGGGTKVDIK |
抗體420_1_2 (稱為S2S8) CDRL1 (aa) | 41 | QRIGSTS |
抗體420_1_2 (稱為S2S8) CDRL2 (aa) | 42 | AAS |
抗體420_1_2 (稱為S2S8) CDRL3 (aa) | 43 | QQYHSSPLLT |
抗體420_1_2 (稱為S2S8) VH (nt) | 44 | GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCGTGGTCCAGCCTGGGAGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCGTCTGGATTCACCTTCAGTGACTACGGCATGCACTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGCAAGGGGCTGGAGTGGGTGGCAGTTATATCATTTGAAGGAAGAAATGAATATTTTGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCGCCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGGTGTCTCTGCACATGAACAGCCTGAGAGTTGAGGATACGGCTGTGTATTACTGTGCGAGAGATGCTGGCTACGATTTGATCCGGTTCTTCCTTGACTCCTGGGGCCAGGGAACGCGGGTCACCGTCTCCTCAG |
抗體420_1_2 (稱為S2S8) VL(VK) (nt) | 45 | GAAATTGTGTTGACACAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGGAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGAGAATTGGCAGCACCTCCTTAGCCTGGTACCAGCAGAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGCTGCATCCACCAGGGCCACTGGCATCCCAGACAGATTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCACCATCAGCAGACTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTCTATTACTGTCAGCAGTATCATTCTTCACCCCTGCTCACTTTCGGCGGAGGGACCAAGGTGGATATCAAAC |
乙型冠狀病毒部分S蛋白序列(aa) | 46 | FX 1X 2ELX 3X 4X 5FKNX 6X 7X 8X 9X 10X 11X 12X 13X 14,其中:X 1為K、E或Q;X 2為E、S或D;X 3為D或S;X 4為K、Q、H或E;X 5為Y、W或F;X 6為H、Q或V;X 7為T或S;X 8為S、L或T;X 9為P、V、L或S;X 10為D、A、P或I;X 11為V或P;X 12為D或N;X 13為L或F;且X 14為G、S或T |
抗體S2S43 VH (aa) | 47 | QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAS GYTFTNYYMHWVRQAPGQGLEWMGI INRSGGSTIYAQRFQGRVTMTRDTSTSIVYMELSSLRSDDTAVYYC ARGGSHGMDVWGQGTTVTVSS |
抗體S2S43 CDRH1 (aa) | 48 | GYTFTNYY |
抗體S2S43 CDRH2 (aa) | 49 | INRSGGST |
抗體S2S43 CDRH3 (aa) | 50 | ARGGSHGMDV |
抗體S2S43 VL (aa) | 51 | QSVLTQPPSVSAAPGQKVTISCSGS TSNIGNNYVSWYQQLPGTAPRLLIF ENNKRPSGIPDRISGSKSGTSATLGITGLQTGDEADYYC GTWDSSLSACVFGTGTKVTVL |
抗體S2S43 CDRL1 (aa) | 52 | TSNIGNNY |
抗體S2S43 CDRL2 (aa) | 53 | ENN |
抗體S2S43 CDRL3 (aa) | 54 | GTWDSSLSACV |
抗體S2S43 VH (nt) | 55 | CAGGTCCAGCTGGTGCAGTCTGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTATCCTGCAAGGCATCT GGATACACCTTCACCAATTATTATATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGAATA ATCAACCGTAGTGGTGGTAGCACAATCTACGCACAGAGGTTCCAGGGCAGAGTCACCATGACCAGGGACACGTCCACGAGCATAGTCTACATGGAGCTGAGCAGCCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGT GCGAGAGGTGGATCCCACGGTATGGACGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA |
抗體S2S43 VL (nt) | 56 | CAGTCTGTGCTGACGCAGCCGCCCTCAGTGTCTGCGGCCCCAGGACAGAAGGTCACCATCTCCTGCTCTGGAAGC ACCTCCAACATTGGGAATAATTATGTATCCTGGTACCAGCAGCTCCCAGGAACAGCCCCCAGACTCCTCATCTTT GAAAATAATAAGCGACCCTCAGGGATTCCTGACCGTATCTCTGGCTCCAAGTCTGGCACGTCAGCCACCCTGGGCATCACCGGACTCCAGACTGGGGACGAGGCCGATTATTACTGC GGAACATGGGATAGCAGCCTGAGTGCCTGTGTCTTCGGAACTGGGACCAAGGTCACCGTCCTAG |
SARS-CoV-2 S蛋白及SARS-CoV S蛋白肽 | 57 | FK EELDK YF |
MERS-CoV S蛋白肽 | 58 | GID FQ DELDE FFK |
HCoV-OC43 S蛋白肽 | 59 | DF KEELDQ WFK |
SARS-CoV-2 S蛋白及SARS-CoV S蛋白肽 | 60 | K RSFIEDLLFN |
MERS-CoV S蛋白肽 | 61 | A RSAIEDLLFD |
HCoV-OC43 S蛋白肽 | 62 | S RSAIEDLLFD |
HCoV-HKU1 S蛋白肽 | 63 | RSFFEDLLF |
HCoV-NL63 S蛋白肽 | 64 | RSALEDLLFSK |
HCoV-229E S蛋白肽 | 65 | G RSAIEDILFS |
抗體S2P6 UCA VH (aa) | 66 | QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAS GYTFTSYYMHWVRQAPGQGLEWMGI INPSGGSTSYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYC ARGSPKGAFDYWGQGTLVTVSS |
抗體S2P6 UCA CDRH1 (aa) | 67 | GYTFTSYY |
抗體S2P6 UCA CDRH2 (aa) | 68 | INPSGGST |
抗體S2P6 UCA VL(VK) (aa) | 69 | EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRAS QSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIY GASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYC QQYGSSPPRFTFGPGTKVDIK |
抗體S2P6 UCA CDRL1 (aa) | 70 | QSVSSSY |
抗體S2P6 Q32Y VH (aa) | 71 | EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAS GYTFTSYYMHWVRQAPGQGLEWIGI INPSGVHTSYAQKFQGRVTLTRDTSTSTLYMELSSLRSEDTAVYYC ARGSPKGAFDYWGQGTLVTVSS |
抗體S2P6 V56G H57S VH (aa) | 72 | EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAS GYTFTSQYMHWVRQAPGQGLEWIGI INPSGGSTSYAQKFQGRVTLTRDTSTSTLYMELSSLRSEDTAVYYC ARGSPKGAFDYWGQGTLVTVSS |
抗體S2P6 G103V VH (aa) | 73 | EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAS GYTFTSQYMHWVRQAPGQGLEWIGI INPSGVHTSYAQKFQGRVTLTRDTSTSTLYMELSSLRSEDTAVYYC ARGSPKVAFDYWGQGTLVTVSS |
抗體S2P6 G103V CDRH3 (aa) | 74 | ARGSPKVAFDY |
抗體S2P6 R30S VL(VK) (aa) | 75 | EIVMMQSPGTLSLSPGERATLSCRAS QSVSSNYLAWYQQKPGQAPRLLIY GASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYC QQYGSSPPRFTFGPGTKVEIK |
抗體S2P6 R30S CDRL1 (aa) | 76 | QSVSSNY |
抗體S2P6 N32S VL(VK) (aa) | 77 | EIVMMQSPGTLSLSPGERATLSCRAS QSVRSSYLAWYQQKPGQAPRLLIY GASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYC QQYGSSPPRFTFGPGTKVEIK |
抗體S2P6 N32S CDRL1 (aa) | 78 | QSVRSSY |
抗體S2S43 UCA VH (aa) | 79 | QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAS GYTFTSYYMHWVRQAPGQGLEWMGI INPSGGSTSYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYC ARGGSHGMDVWGQGTTVTVSS |
抗體S2S43 UCA CDRH1 (aa) | 80 | GYTFTSYY |
抗體S2S43 UCA CDRH2 (aa) | 81 | INPSGGST |
抗體S2S43 UCA VL (aa) | 82 | QSVLTQPPSVSAAPGQKVTISCSGS SSNIGNNYVSWYQQLPGTAPKLLIY ENNKRPSGIPDRFSGSKSGTSATLGITGLQTGDEADYYC GTWDSSLSACVFGTGTKVTVL |
抗體S2S43 UCA CDRL1 (aa) | 83 | SSNIGNNY |
乙型冠狀病毒莖螺旋肽模體 | 84 | X 1X 2FX 3X 4ELDX 5YF,其中 X 1為任何胺基酸,且較佳不為A、I、Y、N、K、H、E或C,且最佳為D; X 2為任何胺基酸,且較佳不為A、V、L、I、F、Y、W、N、K、R、H、E、C或P,且較佳為S; X 3為K、D、R或S,且較佳為K; X 4為E、D、Q、N、S或M,且較佳為E;且 X 5為除P外的任何胺基酸,且較佳為K |
SARS-CoV-2 S309 mAb VH (aa) | 85 | QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAS GYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGW ISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYC ARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS |
SARS-CoV-2 S309 mAb CDRH1 (aa) | 86 | GYPFTSYG |
SARS-CoV-2 S309 mAb CDRH2 (aa) | 87 | ISTYNGNT |
SARS-CoV-2 S309 mAb CDRH3 (aa) | 88 | ARDYTRGAWFGESLIGGFDN |
SARS-CoV-2 S309 mAb VL (aa) | 89 | EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRAS QTVSSTSLAWYQQKPGQAPRLLIY GASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYC QQHDTSLTFGGGTKVEIK |
SARS-CoV-2 S309 mAb CDRL1 (aa) | 90 | QTVSSTS |
SARS-CoV-2 S309 mAb CDRL2 (aa) | 91 | GAS |
SARS-CoV-2 S309 mAb CDRL3 (aa) | 92 | QQHDTSLT |
SARS-CoV-2 S309 N55Q mAb VH (aa) | 93 | QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAS GYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGW ISTYQGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYC ARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS |
SARS-CoV-2 S309 N55Q CDRH2 (aa) | 94 | ISTYQGNT |
乙型冠狀病毒莖螺旋肽模體 | 95 | DSFKEELDKYFKNH |
乙型冠狀病毒莖螺旋肽模體 | 96 | QPELDSFKEELDKYFKNHTSP |
根據特定實施例,本揭露內容亦提供以下經編號實施例,其在其他實施例中可由數字提及:
1. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中:
(i) 該CDRH1包含根據SEQ ID NO: 27、37、48、67或80之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個酸取代之功能變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代;
(ii) 該CDRH2包含根據SEQ ID NO: 28、38、49、68或81之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之功能變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代;
(iii) 該CDRH3包含根據SEQ ID NO: 29、39或50之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之功能變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代;
(iv) 該CDRL1包含根據SEQ ID NO: 31、41、52、70、76、78或83之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之功能變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代;
(v) 該CDRL2包含根據SEQ ID NO: 32、42或53之胺基酸序列或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之功能變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或
(vi) 該CDRL3包含根據SEQ ID NO: 33、43或54之胺基酸序列或其包含具有一個、二個或三個胺基酸取代之功能變體或由其組成,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,
其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
2. 如1之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
3. 如2之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
4. 如1至3中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV、OC43及HKU1。
5. 如1至4中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至表現於宿主細胞之表面上及/或病毒粒子上的一或多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
6. 如1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其在活體外感染模型中及/或活體內動物感染模型中及/或人類中能夠中和乙型冠狀病毒之感染。
7. 如1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其在活體外感染模型中及/或活體內動物感染模型中及/或人類中能夠中和一種、二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之感染。
8. 如請求項1至7中任一項之抗體或抗原結合片段,其在活體外感染模型中及/或活體內動物感染模型中及/或人類中能夠中和任何一種、二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之感染。
9. 如1至8中任一項之抗體或抗原結合片段,其包含以下中闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列:(i)分別為SEQ ID No: 27、28、29、31、32、33;(ii) 分別為SEQ ID NO: 27、28、29、70、32、33;(iii)分別為SEQ ID NO: 27、28、74、31、32、33;(iv)分別為SEQ ID NO: 27、28、74、70、32、33;(v) 分別為SEQ ID NO: 27、28、29、76、32、33;(vi)分別為SEQ ID NO: 27、28、29、78、32、33;(vii)分別為SEQ ID NO: 27、28、74、76、32、33;(viii)分別為SEQ ID NO: 27、28、74、78、32、33;(ix)分別為SEQ ID NO: 27、68、29、31、32、33;(x)分別為SEQ ID NO: 27、68、29、70、32、33;(xi)分別為SEQ ID NO: 27、68、74、31、32、33;(xii)分別為SEQ ID NO: 27、68、74、70、32、33;(xiii) 分別為SEQ ID NO: 27、68、29、76、32、33;(xiv)分別為SEQ ID NO: 27、68、29、78、32、33;(xv)分別為SEQ ID NO: 27、68、74、76、32、33;(xvi)分別為SEQ ID NO: 27、68、74、78、32、33;(xvii)分別為SEQ ID NO: 67、28、29、31、32、33;(xviii)分別為SEQ ID NO: 67、28、74、31、32、33;(xix)分別為SEQ ID NO: 67、28、74、70、32、33;(xx)分別為SEQ ID NO: 67、28、29、76、32、33;(xxi)分別為SEQ ID NO: 67、28、29、78、32、33;(xxii)分別為SEQ ID NO: 67、28、74、76、32、33;(xxiii)分別為SEQ ID NO: 67、28、74、78、32、33;(xxiv)分別為SEQ ID NO: 67、68、29、31、32、33;(xxv)分別為SEQ ID NO: 67、68、29、70、32、33;(xxvi)分別為SEQ ID NO: 67、68、74、31、32、33;(xxvii)分別為SEQ ID NO: 67、68、74、70、32、33;(xxviii)分別為SEQ ID NO: 67、68、29、76、32、33;(xxix)分別為SEQ ID NO: 67、68、29、78、32、33;(xxx)分別為SEQ ID NO: 67、68、74、76、32、33;(xxxi)分別為SEQ ID NO: 48、49、50、52、53、54;(xxxii)分別為SEQ ID NO: 48、49、50、83、53、54;(xxxiii)分別為SEQ ID NO: 48、81、50、52、53、54;(xxxiv)分別為SEQ ID NO: 48、81、50、83、53、54;(xxxv)分別為SEQ ID NO: 80、49、50、52、53、54;(xxxvi)分別為SEQ ID NO: 80、49、50、83、53、54;(xxxvii)分別為SEQ ID NO: 80、81、50、52、53、54;(xxxviiii)分別為SEQ ID NO: 80、81、50、83、53、54;或(xxxix)分別為SEQ ID NO: 37、38、39、41、42、43。
10. 如1至9中任一項之抗體或抗原結合片段,其包含:(i) SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:67中闡述之CDRH1胺基酸序列;(ii) SEQ ID NO:28或SEQ ID NO:68中闡述之CDRH2胺基酸序列;(iii) SEQ ID NO:29中闡述之CDRH3胺基酸序列;(iv) SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:76或SEQ ID NO:78中闡述之CDRL1胺基酸序列;(v) SEQ ID NO:32中闡述之CDRL2胺基酸序列;及(vi) SEQ ID NO:33中之CDRL3胺基酸序列。
11. 如1至8中任一項或10之抗體或抗原結合片段,其包含以下中闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列:(i)分別為SEQ ID NO:27、28、29、70、32及33;(ii)分別為SEQ ID NO:27、28、29、76、32及33;(iii)分別為SEQ ID NO:27、28、29、78、32及33;(iv)分別為SEQ ID NO:27、68、29、31、32及33;(v)分別為SEQ ID NO:27、68、29、70、32及33;(vi)分別為SEQ ID NO:27、68、29、76、32及33;(vii)分別為SEQ ID NO:27、68、29、78、32及33;(viii)分別為SEQ ID NO:67、28、29、30、32及33;(ix)分別為SEQ ID NO:67、28、29、70、32及33;(x)分別為SEQ ID NO:67、28、29、76、32及33;(xi)分別為SEQ ID NO:67、28、29、78、32及33;(xii)分別為SEQ ID NO:67、68、29、31、32及33;(xiii)分別為SEQ ID NO:67、68、29、70、32及33;(xiv)分別為SEQ ID NO:67、68、29、76、32及33;或(vii)分別為SEQ ID NO:67、68、29、78、32及33。
12. 如1至11之抗體或抗原結合片段,其包含:(i) SEQ ID NO:48或SEQ ID NO:80中闡述之CDRH1胺基酸序列;(ii) SEQ ID NO:49或SEQ ID NO:81中闡述之CDRH2胺基酸序列;(iii) SEQ ID NO:50中闡述之CDRH3胺基酸序列;(iv) SEQ ID NO:52或SEQ ID NO:83中闡述之CDRL1胺基酸序列;(v) SEQ ID NO:53中闡述之CDRL2胺基酸序列;及(vi) SEQ ID NO:54中之CDRL3胺基酸序列。
13. 如12之抗體或抗原結合片段,其包含以下中闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列:(i)分別為SEQ ID NO:48、49、50、52、53及54;(ii)分別為SEQ ID NO:48、49、50、83、53及54;(iii)分別為SEQ ID NO:48、81、50、52、53及54;或(iv)分別為SEQ ID NO:48、81、50、83、53及54。
14. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:26、66、71、72及73中之任一者中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:30中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據IMGT,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
15. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:26、66、71、72及73中之任一者中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:30中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據Kabat,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
16. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:26、66、71、72及73中之任一者中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:69中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據IMGT,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
17. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:26、66、71、72及73中之任一者中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:69中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據Kabat,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
18. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:26、66、71、72及73中之任一者中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:75中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據IMGT,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
19. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:26、66、71、72及73中之任一者中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:75中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據Kabat,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
20. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:
(i) SEQ ID NO:26、66、71、72及73中之任一者中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及
(ii) SEQ ID NO:75中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,
其中CDR係根據IMGT,
且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
21. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:
(i) SEQ ID NO:26、66、71、72及73中之任一者中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及
(ii) SEQ ID NO:75中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,
其中CDR係根據Kabat,
且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
22. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:26、66、71、72及73中之任一者中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:77中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據IMGT,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
23. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:26、66、71、72及73中之任一者中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:77中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據Kabat,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
24. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:36中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:40中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據IMGT,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
25. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:36中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2及CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:40中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據Kabat,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
26. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:47或79中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2、CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:51中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據IMGT,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
27. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:47或79中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2、CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:51中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據Kabat,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
28. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:47或79中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2、CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:82中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據IMGT,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
29. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含:(i)SEQ ID NO:47或79中闡述之VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2、CDRH3;及(ii) SEQ ID NO:82中闡述之VL胺基酸序列的CDRL1、CDLR2或其包含一個、二個或三個胺基酸取代之變體及CDRL3,該等取代中之一或多者任擇地為守恆取代及/或為對經生殖系編碼之胺基酸的取代,其中CDR係根據Kabat,且其中抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,其中任擇地,乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任一種、二種、三種、四種或五種。
30. 如1-29中任一項之抗體或抗原結合片段,其中:(i)VH包含與根據SEQ ID NO: 26、36、47、66、71、72或81之胺基酸序列具有至少85%一致性之胺基酸序列或由其組成,其中變化任擇地限於一或多個骨架區及/或變化包含對經生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代;及/或(ii)VL包含與根據SEQ ID NO: 30、40、51、69、75、77或84之胺基酸序列具有至少85%一致性之胺基酸序列或由其組成,其中變化任擇地限於一或多個骨架區及/或變化包含對經生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代。
31. 如請求項1至30中任一項之抗體或抗原結合片段,其中VH及VL包含根據以下之胺基酸序列或由其組成:SEQ ID NO: (i)分別為26及30;(ii)分別為26及69,(iii)分別為26及75,(iv)分別為26及77,(v)分別為66及69,(vi)分別為66及30,(vii)分別為66及75,(viii)分別為66及77,(ix)分別為71及30,(x)分別為71及69,(xi)分別為71及75,(xii)分別為71及77,(xiii)分別為72及30,(xiv)分別為72及69,(xv)分別為72及75,(xvi)分別為72及77,(xvii)分別為73及30,(xviii)分別為73及69,(xix)分別為73及75,(xx)分別為73及77,(xxi)分別為36及40;(xxii)分別為47及51;(xxiii)分別為47及82,(xxiv)分別為79及82或(xxv)分別為79及51。
32. 如請求項1至31中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該VH及該VL具有至少85%、至少90%、至少95%、至少97%、至少99%以下中闡述之胺基酸序列或包含以下中闡述之胺基酸序列或由其組成:SEQ ID NO: (i)分別為26及30;(ii)分別為26及69,(iii)分別為26及75,(iv)分別為26及77,(v)分別為66及69,(vi)分別為66及30,(vii)分別為66及75,(viii)分別為66及77,(ix)分別為71及30,(x)分別為71及69,(xi)分別為71及75,(xii)分別為71及77,(xiii)分別為72及30,(xiv)分別為72及69,(xv)分別為72及75,(xvi)分別為72及77,(xvii)分別為73及30,(xviii)分別為73及69,(xix)分別為73及75,(xx)分別為73及77,(xxi)分別為36及40;(xxii)分別為47及51;(xxiii)分別為47及82,(xxiv)分別為79及82或(xxv)分別為79及51。
33. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變區域(VH)及輕鏈可變區域(VL),其中該VH包含如SEQ ID NO: 26中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NO: 30中所闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
34. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變區域(VH)及輕鏈可變區域(VL),其中該VH包含如SEQ ID NO: 26中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NO: 77中所闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
35. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變區域(VH)及輕鏈可變區域(VL),其中該VH包含如SEQ ID NO: 72中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NO: 30中所闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
36. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變區域(VH)及輕鏈可變區域(VL),其中該VH包含如SEQ ID NO: 26中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NO: 75中所闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
37. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中CDRH1、CDRH2及CDRH3包含分別SEQ ID NO: 27-29中闡述之胺基酸序列或由其組成,且CDRL1、CDRL2及CDRL3包含分別SEQ ID NO: 31-33中闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
38. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中CDRH1、CDRH2及CDRH3包含分別SEQ ID NO: 27-29中闡述之胺基酸序列或由其組成,且CDRL1、CDRL2及CDRL3包含分別SEQ ID NO: 78、32及33中闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
39. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中CDRH1、CDRH2及CDRH3包含分別SEQ ID NO: 27、68及29中闡述之胺基酸序列或由其組成,且CDRL1、CDRL2及CDRL3包含分別SEQ ID NO: 31-33中闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
40. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中CDRH1、CDRH2及CDRH3包含分別SEQ ID NO: 27-29中闡述之胺基酸序列或由其組成,且CDRL1、CDRL2及CDRL3包含分別SEQ ID NO: 76、32及33中闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
41. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變區域(VH)及輕鏈可變區域(VL),其中VH包含如SEQ ID NO: 36中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且VL包含如SEQ ID NO: 40中所闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,且/或能夠結合至甲型冠狀病毒、任擇地NL63-CoV及/或229E-CoV之表面醣蛋白。
42. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中CDRH1、CDRH2及CDRH3包含分別SEQ ID NO: 37-39中闡述之胺基酸序列或由其組成,且CDRL1、CDRL2及CDRL3包含分別SEQ ID NO: 41-43中所闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白,且/或能夠結合至甲型冠狀病毒、任擇地NL63-CoV及/或229E-CoV之表面醣蛋白。
43. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變區域(VH)及輕鏈可變區域(VL),其中該VH包含如SEQ ID NO: 47中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NO: 51中所闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
44. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含重鏈可變區域(VH)及輕鏈可變區域(VL),其中該VH包含如SEQ ID NO: 79中所闡述之胺基酸序列或由其組成,且該VL包含如SEQ ID NO: 82中所闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
45. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中CDRH1、CDRH2及CDRH3包含分別SEQ ID NO: 48-50中闡述之胺基酸序列或由其組成,且CDRL1、CDRL2及CDRL3包含分別SEQ ID NO: 52-54中闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
46. 一種抗體或其抗原結合片段,其包含有包含CDRH1、CDRH2及CDRH3之重鏈可變區域(VH)及包含CDRL1、CDRL2及CDRL3之輕鏈可變區域(VL),其中CDRH1、CDRH2及CDRH3包含分別SEQ ID NO: 80、81及50中闡述之胺基酸序列或由其組成,且CDRL1、CDRL2及CDRL3包含分別SEQ ID NO: 83及53-54中闡述之胺基酸序列或由其組成,其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至乙型冠狀病毒、任擇地二種或更多種乙型冠狀病毒之表面醣蛋白。
47. 如1至46中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該VH及該VL具有至少85%、至少90%、至少95%、至少97%、至少99%以下中闡述之胺基酸序列或包含以下中闡述之胺基酸序列或由其組成:SEQ ID NO:(i)分別為26及30;(ii)分別為26及69;(iii)分別為26及75;(iv) 分別為26及77;(v)分別為66及30;(vi)分別為66及69;(vii) 分別為66及75;(viii)分別為66及77;(ix)分別為71及30;(x)分別為71及69;(xi)分別為71及75;(xii)分別為71及77;(xiii)分別為72及30;(xiv)分別為72及69;(xv)分別為72及75;(xvi)分別為72及77;(xvii)分別為73及30;(xviii)分別為73及69;(xix)分別為73及75;(xx)分別為73及77;(xxi)分別為36及40;(xxii)分別為47及51;(xxiii)分別為47及82;(xxiv)分別為79及51;或(xxv)分別為79及82。
48. 如1-47中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠以融合前構形結合至人類乙型冠狀病毒表面醣蛋白,其KD:(i)小於1.0E-12 M,其中該表面醣蛋白來自SARS-CoV-2;(ii)小於1.0E-12 M,其中該表面醣蛋白來自SARS-CoV;(iii)為約3.72E-10 M,其中該表面醣蛋白來自OC43;(iv)為約2.44E-09 M,其中該表面醣蛋白來自HKU-1;及/或(v)為約1.14E-09 M,其中該表面醣蛋白來自MERS,其中任擇地,KD係使用生物層干涉法(BLI)測定。
49. 一種抗體或其抗原結合片段,其能夠結合至乙型冠狀病毒表面醣蛋白胺基酸序列或肽,該乙型冠狀病毒表面醣蛋白胺基酸序列或肽包含(i)-(iii)中之任一者:(i) FKEELDKYF [SEQ ID NO:57];(ii) GIDFQDELDEFFK [SEQ ID NO:58];及/或(iii) DFKEELDQWFK [SEQ ID NO:59]。
50. 一種抗體或其抗原結合片段,其能夠結合至乙型冠狀病毒表面醣蛋白胺基酸序列或肽,該乙型冠狀病毒表面醣蛋白胺基酸序列或肽包含(i)-(vi)中之任一者:(i) KRSFIEDLLFN [SEQ ID NO:60];(ii) ARSAIEDLLFD [SEQ ID NO:61];(iii) SRSAIEDLLFD [SEQ ID NO:62];(iv) RSFFEDLLF [SEQ ID NO:63];(v) RSALEDLLFSK [SEQ ID NO:64];及/或(vi) GRSAIEDILFS [SEQ ID NO:65]。
51. 一種抗體或其抗原結合片段,其識別乙型冠狀病毒表面醣蛋白之莖螺旋中的表位,其中該表位在二種、三種、四種、五種或更多種乙型冠狀病毒中守恆。
52. 如51之抗體或抗原結合片段,其中二種、三種、四種、五種或更多種乙型冠狀病毒包含SARS-CoV-2、SARS-CoV、OC43、MERS-CoV、HKU1或其任何組合。
53. 如1至52中任一項之抗體或抗原結合片段,其在VH中包含由V1-46*01編碼之胺基酸序列及/或由D5-12*01編碼之胺基酸序列。
54. 如53之抗體或抗原結合片段,其進一步包含以下中之任一或多者:(i)在VH中,由J4*03或J*602編碼之胺基酸序列;(ii)在VL中,由KV3-20*01編碼之胺基酸序列及/或由K3*01編碼之胺基酸序列;(iii)在VL中,由LV1-51*02編碼之胺基酸序列及/或由J1*01編碼之胺基酸序列。
55. 如1至54中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至分枝系1a之薩貝冠狀病毒、分枝系1b之薩貝冠狀病毒、分枝系2之薩貝冠狀病毒及分枝系3之薩貝冠狀病毒的表面醣蛋白。
56. 如1至55中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至包含胺基酸序列X
1X
2FX
3X
4ELDX
5YF (SEQ ID NO:84)之肽。
57. 一種抗體或抗原結合片段,其能夠結合至包含胺基酸序列X
1X
2FX
3X
4ELDX
5YF (SEQ ID NO:84)之肽。
58. 如1至57中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至SARS-CoV-2,其中SARS-CoV-2包含D614G突變或選自A23.1、B.1.429、B.1.258、B.1.1.318、R.2、B.1.528、B.1.526及B.1.617。
59. 如1至58中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠中和SARS-CoV-2 B.1.1.7、B.1.351、B.1.1.28、B.1.1.207及/或P.1之感染。
60. 如1至59中任一項之抗體或抗原結合片段,其:(i)識別二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之刺突蛋白中之表位;(ii)能夠阻斷二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之刺突蛋白與其各別細胞表面受體之間的相互作用;(iii)識別在二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之刺突蛋白中守恆的表位;(iv) 針對二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒具有交叉反應性;(v)針對SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任何三者具有交叉反應性;(vi)針對SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任何四者具有交叉反應性;(vii)針對SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV、OC43及HKU1具有交叉反應性;(viii)在活體外感染模型中及/或活體內動物感染模型中及/或人類中能夠中和一種、二種、三種、四種、五種或更多種不同人類乙型冠狀病毒之感染;(ix) 當該抗體或抗原結合片段結合至該乙型冠狀病毒及/或甲型冠狀病毒表面醣蛋白時,能夠活化人類FcγRIIa (任擇地V131)、人類FcγRIIIa (任擇地V158)或二者;(x)當結合至乙型冠狀病毒之該表面醣蛋白時,不抑制該表面醣蛋白與人類ACE2之間的結合;(xi) 能夠抑制經SARS-CoV-2 S醣蛋白感染或轉染之第一細胞與第二細胞之間的細胞-細胞融合;(xii)能夠針對經乙型冠狀病毒感染之目標細胞介導ADCC、ADCP、CDC或其任何組合;(xiii)能夠預防哺乳動物中之乙型冠狀病毒感染或預防其之嚴重程度之進展;或(xiv) (i)-(xii)之任何組合。
61. 如1-60中任一項之抗體或抗原結合片段,其中:(i)抗體或抗原結合片段之Fab能夠以約7.3 nM之Kd結合至固定融合前SARS-CoV S蛋白三聚體,以約16 nM之Kd結合至固定融合前OC43 S蛋白三聚體,以約12 nM之Kd結合至固定融合前MER S蛋白三聚體,及/或以約120 nM之Kd結合至固定融合前HKU1 S蛋白三聚體,如使用表面電漿子共振測定;及/或(ii)抗體或抗原結合片段之Fab能夠以約6.8 nM之KD及pH 7.4及/或以約44 nM之KD在pH 5.4下結合至固定融合前SARS-CoV-2 S蛋白胞外區域三聚體,如使用表面電漿子共振測定;及/或(iii)抗體為IgG1同型且能夠以約0.4 nM之KD及pH 7.4及/或以約2.3 nM之KD在pH 5.4下結合至固定融合前SARS-CoV-2 S蛋白胞外區域三聚體,如使用表面電漿子共振測定。
62. 如1至61中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至包含胺基酸序列DSFKEELDKYFKNH (SEQ ID NO:95)或由其組成之肽。
63. 如1至62中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白中之表位,該表面醣蛋白包含胺基酸序列DSFKEELDKYFKNH (SEQ ID NO:95)或由其組成。
64. 如1至63中任一項之抗體或抗原結合片段,其中SEQ ID NO:95包含於胺基酸序列QPELDSFKEELDKYFKNHTSP (SEQ ID NO:96)內。
65. 如64中任一項之抗體或抗原結合片段,其為IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
66. 如1至65中任一項之抗體或抗原結合片段,其為選自IgG1、IgG2、IgG3及IgG4之IgG同型。
67. 如1至66中任一項之抗體或抗原結合片段,其為人類、人源化或嵌合的。
68. 如1-67中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段包含人類抗體、單株抗體、純化抗體、單鏈抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv或scFab。
69. 如68之抗體或抗原結合片段,其中該scFv包含超過一個VH區域及超過一個VL區域。
70. 如1至69中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段為多特異性抗體或抗原結合片段。
71. 如70之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段為雙特異性抗體或抗原結合片段。
72. 如70或71之抗體或抗原結合片段,其包含:(i)第一VH及第一VL;及(ii)第二VH及第二VL,其中第一VH及第二VH不同且各自獨立地包含與SEQ ID NO: 26、36、47、66、71、72或79中闡述之胺基酸序列具有至少85%一致性的胺基酸序列;且其中第一VL及第二VL不同且各自獨立地包含與SEQ ID NO: 30、40、51、69、75、77或82中闡述之胺基酸序列具有至少85%一致性的胺基酸序列;且其中第一VH及第一VL一起形成第一抗原結合位點,且其中第二VH及第二VL一起形成第二抗原結合位點。
73. 如1至72中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段進一步包含Fc多肽或其片段。
74. 如73之抗體或抗原結合片段,其中該Fc多肽或其片段包含:(i)一突變,與不包含該突變之參考Fc多肽相比,其增強與FcRn之結合;及/或(ii)一突變,與不包含該突變之參考Fc多肽相比,其增強與FcγR之結合。
75. 如74之抗體或抗原結合片段,其中增強與FcRn之結合之該突變包含:M428L、N434S、N434H、N434A、N434S、M252Y、S254T、T256E、T250Q、P257I、Q311I、D376V、T307A、E380A或其任何組合。
76. 如74之抗體或抗原結合片段,其中增強與FcRn之結合之該突變包含:(i) M428L/N434S;(ii) M252Y/S254T/T256E;(iii) T250Q/M428L;(iv) P257I/Q311I;(v) P257I/N434H;(vi) D376V/N434H;(vii) T307A/E380A/N434A;或(viii) (i)-(vii)之任何組合。
77. 如74之抗體或抗原結合片段,其中增強與FcRn之結合之該突變包含M428L/N434S。
78. 如74之抗體或抗原結合片段,其中增強與FcγR之結合之該突變包含S239D、I332E、A330L、G236A或其任何組合。
79. 如74之抗體或抗原結合片段,其中增強與FcγR之結合之該突變包含:(i) S239D/I332E;(ii) S239D/A330L/I332E;(iii) G236A/S239D/I332E;或(iv) G236A/A330L/I332E。
80. 如1至79中任一項之抗體或抗原結合片段,其包含改變醣基化之突變,其中改變醣基化之突變包含N297A、N297Q或N297G,及/或其經去醣基化及/或去岩藻醣基化。
81. 如1至80中任一項之抗體或抗原結合片段,其中Fc多肽包含L234A突變及L235A突變。
82. 如1至81中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段結合至二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒S蛋白質,如使用生物層干涉法所量測。
83. 如1至82之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠以約1至約10 μg/ml之IC50中和乙型冠狀病毒感染及/或中和目標細胞之感染。
84. 如1至83中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段能夠針對經乙型冠狀病毒感染之目標細胞誘導抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)及/或抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)。
85. 一種抗體或其抗原結合片段,其與如1至84中任一項之抗體或抗原結合片段競爭結合至乙型冠狀病毒表面醣蛋白。
86. 如1至85中任一項之抗體,其中該抗體包含在等同位置處經來自對應UCA之胺基酸取代的野生型序列之至少一個胺基酸。
87. 一種經分離多核苷酸,其編碼如1至86中任一項之抗體或抗原結合片段,或編碼該抗體或該抗原結合片段之VH、重鏈、VL及/或輕鏈。
88. 如87之多核苷酸,其中該多核苷酸包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA),其中該RNA任擇地包含信使RNA (mRNA)。
89. 如87或88之多核苷酸,其包含經修飾之核苷、cap-1結構、cap-2結構或其任何組合。
90. 如89之多核苷酸,其中該多核苷酸包含假尿苷、N6-甲基腺苷、5-甲基胞苷、2-硫代尿苷或其任何組合。
91. 如90之多核苷酸,其中假尿苷包含N1-甲基假尿苷。
92. 如87至91中任一項之多核苷酸,其經密碼子最佳化以表現於宿主細胞中。
93. 如87至92中任一項之多核苷酸,其包含與根據SEQ ID NO: 34、35、44或45之多核苷酸序列具有至少50%一致性的多核苷酸。
94. 如87至93中任一項之多核苷酸,其包含編碼抗體之多核苷酸,該抗體在VH中及/或在VL中包含在等同位置處經來自對應UCA之胺基酸取代的野生型序列之至少一個胺基酸。
95. 一種重組載體,其包含如87至94中任一項之多核苷酸。
96. 一種宿主細胞,其包含如87至94中任一項之多核苷酸及/或如95之載體,其中該多核苷酸對於該宿主細胞為異源的。
97. 一種人類B細胞,其包含如87至94中任一項之多核苷酸,其中多核苷酸對於該人類B細胞為異源的及/或其中該人類B細胞為永生化的。
98. 一種組成物,其包含:(i)如1至86中任一項之抗體或抗原結合片段;(ii)如87至94中任一項之多核苷酸;(iii)如95之重組載體;(iv)如96之宿主細胞;及/或(v)如97之人類B細胞及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑或稀釋劑。
99. 如98之組成物,其包含二種或更多種如1至86中任一項之抗體或抗原結合片段。
100.一種組成物,其包含第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段,其中:(i) 該第一抗體或抗原結合片段係1至86中之任一項;且(ii)該第二抗體或抗原結合片段包含:(ii)(a) CDRH1胺基酸序列GYPFTSYG (SEQ ID NO: 86)、CDRH2胺基酸序列ISTYQGNT (SEQ ID NO: 94)或ISTYNGNT (SEQ ID NO: 87)、CDRH3胺基酸序列ARDYTRGAWFGESLIGGFDN (SEQ ID NO: 88)、CDRL1胺基酸序列QTVSSTS (SEQ ID NO: 90)、CDRL2胺基酸序列GAS (SEQ ID NO: 91)及CDRL3胺基酸序列QQHDTSLT (SEQ ID NO: 92);任擇地(ii)(a)(1) VH胺基酸序列QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAS
GYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGW
ISTYQGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYC
ARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 93)
或
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAS
GYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGW
ISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYC
ARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 85)
及(ii)(a)(2) VL胺基酸序列
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRAS
QTVSSTSLAWYQQKPGQAPRLLIY
GASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYC
QQHDTSLTFGGGTKVEIK (SEQ ID NO: 89)。
101.如100之組成物,其中該第一抗體或抗原結合片段及/或該第二抗體或抗原結合片段包含Fc多肽,該Fc多肽包含:(i) M428L及N434S突變;(ii) G236A、A330L及I332E突變;或(iii) M428L、N434S、G236A、A330L及I332E突變。
102.一種組合,其包含:(i)如1至86中任一項之抗體或抗原結合片段;及(ii)抗體或抗原結合片段,其能夠結合至在莖螺旋外部,且任擇地包含於受體結合區域(RBD)中之乙型冠狀病毒表面醣蛋白表位。
103.如102之組合,其中(ii)之抗體或抗原結合片段在結合至其表位時抑制乙型冠狀病毒表面醣蛋白與選自ACE2、DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1、二肽基肽酶-4 (DPP4)及9-O-乙醯化唾液酸(9-O-Ac-Sia)受體之細胞表面受體之間的相互作用。
104.一種組成物,其包含囊封於載劑分子中之如87至94中任一項之多核苷酸,其中該載劑分子任擇地包含脂質、脂質衍生之遞送媒劑,諸如脂質體、固體脂質奈米粒子、油性懸浮液、次微米級脂質乳液、脂質微泡、逆脂質微胞、耳蝸脂質體、脂質微管、脂質微柱、脂質奈米粒子(LNP)或奈米尺度平台。
105. 一種治療個體之乙型冠狀病毒感染的方法,該方法包含向該個體投予有效量之(i)如1至86中任一項之抗體或抗原結合片段;(ii)如87至94中任一項之多核苷酸;(iii)如95之重組載體;(iv)如96之宿主細胞;(v)如97之人類B細胞;(vi)如98至101中任一項或104之組成物;及/或(vii)如102或103之組合。
106.如105之方法,其包含投予有效量之如102或103之組合,其中投予有效量之該組合包含投予有效量之(i)之該抗體或抗原結合片段及任擇地並行地或以順序投予有效量之(ii)之多核苷酸。
107.如105之方法,其包含投予有效量之102或103之組合,其中投予有效量之該組合包含投予有效量之(i)之抗體或抗原結合片段且隨後投予有效量之(ii)之多核苷酸。
108.如105之方法,其包含投予有效量之102或103之組合,其中投予有效量之該組合包含投予有效量之(ii)之多核苷酸且隨後投予有效量之(i)之抗體或抗原結合片段。
109.如1至86中任一項之抗體或抗原結合片段、如87至94中任一項之多核苷酸、如95之重組載體、如96之宿主細胞、如97之人類B細胞、如98至101中任一項或104之組成物及/或如102或103之組合,其用於治療個體之乙型冠狀病毒感染的方法中。
110 如1至86中任一項之抗體或抗原結合片段、如87至94中任一項之多核苷酸、如95之重組載體、如96之宿主細胞、如97之人類B細胞、如98至101中任一項或104之組成物及/或如102或103之組合,其用於製備供治療個體之乙型冠狀病毒感染用的藥劑中。
111.如109或110之供使用的抗體、抗原結合片段、多核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞、組成物及/或組合,其中該乙型冠狀病毒包含:(i) SARS-CoV;(ii) SARS-CoV-2;(iii) MERS-CoV;(iv) OC43;(v) HKU1;或(vi) (i)-(iii)之任何組合。
112.如109或110之供使用的抗體、抗原結合片段、多核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞、組成物及/或組合,其中治療乙型冠狀病毒之方法包含投予有效量之該抗體或抗原結合片段及任擇地同時或以順序投予有效量之多核苷酸。
113.如112之供使用的抗體、抗原結合片段、多核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞、組成物及/或組合,其中投予有效量之該組合包含投予有效量之該抗體或抗原結合片段且隨後投予有效量之多核苷酸。
114.如112之供使用的抗體、抗原結合片段、多核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞、組成物及/或組合,其中投予有效量之該組合包含投予有效量之該多核苷酸且隨後投予有效量之該抗體或抗原結合片段。
115.如109或110之供使用的抗體、抗原結合片段、多核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞、組成物及/或組合,其中該用途包含在治療個體中之乙型冠狀病毒感染之方法中同時或以順序使用該抗體或抗原結合片段之第一用途及使用該多核苷酸之第二用途。
116.如115之供使用的抗體、抗原結合片段、多核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞、組成物及/或組合,其中該用途包含在治療個體中之乙型冠狀病毒感染之方法中以順序使用該抗體或抗原結合片段之第一用途及使用該多核苷酸之第二用途。
117.如115之供使用的抗體、抗原結合片段、多核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞、組成物及/或組合,其中該用途包含在治療個體中之乙型冠狀病毒感染之方法中以順序使用該多核苷酸之第一用途及使用該抗體或抗原結合片段之第二用途。
118.一種用於活體外診斷乙型冠狀病毒感染之方法,該方法包含:(i)使來自個體之樣品與如1至86中任一項之抗體或抗原結合片段接觸;及(ii)偵測包含抗原及該抗體,或包含抗原及該抗原結合片段之複合物。
119.如118之方法,其中該樣品包含自該個體分離之血液。
120.如118或119之方法,其中乙型冠狀病毒包含:(i) SARS-CoV;(ii) SARS-CoV-2;(iii) MERS-CoV;(iv) OC43;(v) HKU1;或(vi) (i)-(iii)之任何組合。
實例 實例1 針對多個乙型冠狀病毒測試抗體
人類單株抗體抗體420_1_2 (圖1A)及抗體420_1_1 (圖1B)與不同人類乙型冠狀病毒之刺突蛋白的結合藉由酶聯免疫吸附分析(ELISA)量測。抗體420_1_2,在本文中亦稱為S2S8,包含有包含SEQ ID NO:36中提供之序列的VH及包含SEQ ID NO:40中提供之序列的VL。抗體420_1_1,在本文中亦稱為S2P6,包含有包含SEQ ID NO:26中提供之序列的VH及包含SEQ ID NO:30中提供之序列的VL。以1 µg/ml塗佈來自SARS-CoV (Urbani病毒株,GenBank: AAP13441;ncbi.nlm.nih.gov/protein/30027620)、SEQ ID NO:22、SARS-CoV-2 (BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019,GenBank: MN908947)、SEQ ID NO:3、MERS (Lundon1/2012;GenBank: KC164505)、SEQ ID NO:24、OC43 (GenBank AAT84362.1)、SEQ ID NO:23及HKU1 (GenBank YP_173238.1)、SEQ ID NO:25之融合前穩定刺突蛋白,且僅PBS用作陰性對照。測定半最大有效濃度(EC50)且以ng/ml報告。亦藉由ELISA量測此等抗體與甲型冠狀病毒之結合;未觀測到結合(資料未示出)。其他ELISA研究展示抗體S2S8結合至甲型冠狀病毒NL63-CoV及229E-CoV之刺突蛋白。
測試單株抗體S2S40、S2S41、S2S42、S2S43及S2X529之與不同人類乙型冠狀病毒之刺突蛋白的結合及與SARS-CoV-2之刺突蛋白次單元S2之結合,如上文所描述。結果展示於表2中。
表2.
抗體 | SARS-CoV-2 刺突蛋白 | SARS-CoV-2 S2 | SARS 刺突蛋白 | MERS 刺突蛋白 | OC43 刺突蛋白 | HKU-1 刺突蛋白 |
S2S40 | + | + | + | - | + | - |
S2S41 | + | + | + | + | + | - |
S2S42 | + | - | - | - | + | + |
S2S43 | + | + | + | + | + | - |
S2X529 | + | 未測試 | + | + | + | - |
藉由流式細胞測量術量測單株抗體抗體420_1_2 (亦稱為S2S8)及抗體420_1_1 (亦稱為S2P6) (二種抗體均表現為攜有M428L/N434S Fc突變之重組IgG1;「MLNS」)與表現於哺乳動物細胞表面上之不同人類乙型冠狀病毒之刺突蛋白的結合。簡言之,Expi-CHO細胞經編碼來自人類乙型冠狀病毒之全長刺突蛋白的phCMV1表現質體短暫地轉染。量測與來自SARS-CoV-2 (BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019;圖2A)、SARS-CoV (Urbani病毒株,AAP13441;圖2B)、OC43 (圖2C)及MERS-CoV (London1/2012;圖2D)之刺突蛋白的結合。
另外,藉由ELISA量測抗體420_1_1 (亦稱為S2P6) (圖3A)及抗體420_1_2 (亦稱為S2S8) (圖3B)與來自SARS-CoV-2 (BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019) S蛋白之S1、S2及受體結合區域(RBD)的結合。以1 µg/ml塗佈蛋白質。此等資料指示抗體420_1_1及420_1_2在S2中結合。
使用螢光素酶報導體分析評估抗體420_1_1針對SARS-CoV-2病毒感染之中和活性。以0.01之感染倍率(MOI),用SARS-CoV-2-螢光素酶報導體病毒感染VeroE6細胞24小時。圖4中展示一曲線,其展示增加之抗體濃度下的中和百分比以及所計算之IC50值(ng/ml)。亦測試藉由比較抗體「S309」之中和(參見Pinto等人,
Cross-neutralizaiton of SARS-CoV-2 by a human monoclonal SARS-CoV antibody, Nature 583:290-295 (2020年7月))。
藉由螢光素酶報導體分析評估藉由抗體420_1_1及抗體420_1_2之對假型化病毒的中和。檢驗對Huh7細胞中MERS-CoV(圖5A)及Vero E6細胞中SARS-CoV-2(圖5B)的抗體420_1_1中和。亦評估藉由抗體420_1_2對Huh7細胞中MERS-CoV感染(圖6A)及Vero E6細胞中SARS-CoV-2(圖6B)之中和。展示示出在增加之抗體濃度(ng/ml)下中和百分比的曲線,且IC50值以µg/ml報告。亦量測藉由比較抗體LCA60 (抗MERS;Corti等人,
PNAS 122(33):10473-10478 (2015))及S309之中和。
分離另一人類抗體S2S43。S2S43包含SEQ ID NO:47中所闡述之VH胺基酸序列(CDRH1-H3分別為SEQ ID NO:48-50)及SEQ ID NO:51中所闡述之VL胺基酸序列(CDRL1-L3分別為SEQ ID NO:52-54)。
評估S2P6及S2S43 V區之生殖系序列。產生包含S2P6及S2S43中之每一者的未突變共同祖先(UCA) V區序列的抗體。亦產生S2P6抗體,其中一或多個CDR (IMGT)胺基酸殘基恢復成生殖系胺基酸。參見圖76及圖78。
利用圖34-75及77中所示之資料進行其他研究。本發明所揭露之抗體可結合至且中和不同人類乙型冠狀病毒。S2S8而非S2P6針對甲型冠狀病毒具有交叉反應性(圖37)。S2P6可活化人類FcγRIIa (H131對偶基因)及FcγRIIIa (V158對偶基因) (圖42A、42B及62),引發效應功能(圖63),且防止敍利亞倉鼠模型中之SARS-CoV-2感染(圖45、64及65)。S2P6結合不阻斷SARS-CoV-2 RBD結合至人類ACE2 (圖60)。S2P6使用經SARS-CoV-2 S轉染之Vero-E6細胞抑制細胞-細胞融合(圖61)。
進行肽定位研究以鑑別表位區。參見圖43、圖44、圖53及圖54。根據此等研究,S2P6結合β-冠狀病毒莖螺旋區中之守恆表位(圖54;位於S2次單元內之莖螺旋中的SARS-CoV-2模體F
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1156,其在人類乙型冠狀病毒中高度守恆)。
展示S2P6結合至所有所測試之全長SARS-CoV-2 S變體及代表在ExpiCHO細胞之表面上短暫表現之所有薩貝冠狀病毒分枝系之24種S醣蛋白(圖50、圖67A-67C及圖68)。S2P6可同等地與感染人類之五種乙型冠狀病毒(儘管對於HKU1具有較快的解離速率)以及MERS-CoV相關蝙蝠病毒(HKU4及HKU5)及鼠類肝炎病毒(MHV)之莖螺旋肽結合(資料未示出)。S2P6亦展現與融合後SARS-CoV-2刺突蛋白之結合,即使其表位似乎埋在靶向原聚體與刺突蛋白之棒狀三聚體之其他二種原聚體之界面處,且因此,可能不預期為完全可及的(資料未示出)。
發現攜有生殖系化CDR胺基酸之大部分S2P6抗體亦有效地結合至少一種乙型冠狀病毒。在CDRH3中之殘基103處包含纈胺酸代替甘胺酸之變體缺乏與測試病毒之結合(圖59及圖76-77)。
其他論述
S2P6活體外活化免疫細胞依賴性效應功能且保護用SARS-CoV-2 Wuhan-1及B.1.351病毒株攻擊之倉鼠。
自恢復期SARS -CoV -2 暴露個體分離廣泛中和 β - 冠狀病毒mAb
為鑑別靶向S醣蛋白之高度守恆區的mAb,查詢來自COVID-19恢復期供體之人類IgG
+記憶B細胞。鑑定mAb,其結合至屬於所有三種感染人類之β-冠狀病毒亞屬之病毒(亦即薩貝冠狀病毒(SARS-CoV及SARS-CoV-2)、莫貝冠狀病毒(MERS-CoV)及埃貝冠狀病毒(OC43及HKU1))的融合前穩定之S胞外區域三聚體,但不結合至人類a-冠狀病毒(229E及NL63)。S2P6及S2S43 mAb衍生自二個供體且使用VH1-46*01及D5-12*01基因。總體而言,可變區中之此等mAb中體細胞突變之位準有限。mAb以相當的表觀親合力結合至融合前及融合後SARS-CoV-2 S,指示其同源表位可在S醣蛋白之二個構形狀態下獲得。
選擇S2P6用於進一步表徵且展示S2P6結合至所有所測試之全長SARS-CoV-2 S變體、結合至代表在ExpiCHO細胞之表面上短暫表現之所有薩貝冠狀病毒分枝系之24種S醣蛋白。使用表面電漿子共振(SPR),發現S2P6 Fab片段對於SARS-CoV-2 S及SARS-CoV S具有最高親和力,隨後為MERS-CoV S及OC43 S,其平衡解離常數(K
D)分別為7、7、12及16 nM。S2P6亦結合至HKU1 S,儘管親和力降低(K
D為約120 nM)。此mAb對融合前SARS-CoV-2 S之識別為pH依賴性的,在IgG及Fab形式二者中,在pH 7下,相對於pH 5,結合親和力更高。此等資料展現S2P6對於所有感染人類之β-冠狀病毒之獨特及有效交叉反應性。
為評估S2P6之中和效能及廣度,研究其在S活化蛋白酶TMPRSS2存在或不存在下抑制真SARS-CoV-2進入Vero-E6細胞之能力。S2P6完全中和TMPRSS2陽性Vero-E6細胞之感染,但在中和Vero-E6細胞之感染方面不太有效。先前研究確定SARS-CoV-2進入經培養之肺細胞的主要途徑經由與細胞質膜之TMPRSS2活化融合發生(Hoffmann, Mösbauer等人. 2020;Hoffmann, Kleine-Weber等人. 2020;Hoffmann, Kleine-Weber及Pöhlmann 2020)。相對於缺乏此蛋白酶之細胞,更有效S2P6介導之對SARS-CoV-2進入表現TMPRSS2之Vero-E6細胞的中和與在核內體pH值下之抑制結合一致,且表明S2P6對與肺細胞感染相關之病毒進入路徑最大限度地有效。評估S2P6介導之對用SARS-CoV-2 S及若干受關注之變體(VOC)(包括B.1.1.7、B.1.351及P.1)假型化的水皰性口炎病毒(VSV)之中和(Kaname等人. 2010)。觀測到針對親代SARS-CoV-2 D614G S發現的效能類似。此外,S2P6以0.02至17 μg/ml範圍內之IC50值抑制SARS-CoV S、廣東穿山甲2019 (P-GD) S、MERS-CoV S及OC43 S VSV假型。S2P6因此特徵為前所未有的廣泛β-冠狀病毒中和活性,包括SARS-CoV-2及循環VOC。
為界定由鑑定之mAb識別之表位,使用15聚體線性重疊肽進行肽定位實驗。發現所有mAb結合至含有SARS-CoV-2模體F
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1156之肽,該模體位於S2次單元內之莖螺旋中。此區在β-冠狀病毒中高度守恆。S2P6以類似量值結合至感染人類之五種β-冠狀病毒(儘管對於HKU1具有較快的解離速率)以及MERS-CoV相關蝙蝠病毒(HKU4及HKU5)及鼠類肝炎病毒(MHV)之莖螺旋肽。S2S43展現與S2P6之類似整體結合,其中對HKU1、HKU4及HKU5肽之反應性明顯較弱。
在S2P6存在下,使用複製勝任型VSV-SARS-CoV-2 S嵌合病毒活體外進行病毒逃逸突變選擇(Case等人. 2020)。二次繼代之後,藉由S2P6進行的病毒中和完全消除且深度定序分析揭示五個不同抗性突變之出現:L1152F、D1153N/G/A及F1156L。此等突變與取代掃描分析中藉由S2P6之結合降低一致。此等突變之累積頻率在第二次繼代之後大於90%且其作為準物種出現(亦即,其在同一定序讀段內不可見)。在關鍵界面殘基處進行中和逃脫突變體之分離強調針對S2P6 mAb結合所鑑別之相互作用的關鍵作用。然而,已在循環SARS-CoV-2分離株中以極低流行率偵測到此等突變(0.01%,截至2021年4月30日偵測到1,217,814個序列中之146個)。
為驗證S2P6介導之廣泛冠狀病毒中和之所推斷機制,首先展示使用ELISA,S2P6結合未藉由ACE2阻斷SARS-CoV-2 S之參與。然而,S2P6阻斷經全長SARS-CoV-2 S轉染之Vero-E6細胞之間的細胞-細胞融合,其如將SARS-CoV-2 S鎖定在閉合態的S2M11 mAb同樣有效(M. A. Tortorici等人. 2020)。已描述靶向RBD抗原位點Ia (例如S2E12)及IIa (例如S2X259或S2X35)之mAb,其可模擬受體附著且過早地觸發促融S構形變化(A. C. Walls等人. 2019;Lempp等人. 2021;Piccoli等人. 2020)。因此,S2P6消除由S2E12在低至1 ng/ml之濃度下介導之融合細胞的形成。總體而言,此等結果表明S2P6中和之主要機制為經由由阻礙S促融重排導致的對膜融合的抑制來防止病毒進入。
針對SARS -CoV -2 攻擊之S2P6 介導之保護藉由倉鼠中之Fc 介導之效應功能增強
Fc介導之效應功能可藉由促進病毒清除及抗病毒免疫反應而有助於活體內保護(Schäfer等人. 2021;Bournazos, Wang及Ravetch 2016;Bournazos等人. 2020;Winkler等人. 2020)。分析S2P6觸發FcγRIIa及FcγRIIIa之活化以及活體外發揮Fc效應功能之潛力。S2P6使用螢光素酶報導體分析促進中等劑量依賴性FcγRIIa及FcγRIIIa介導之信號傳導。在表現SARS-CoV-2 S之ExpiCHO目標細胞(CHO-S)與人類NK細胞一起培育之後,S2P6促進Ab依賴性細胞毒性(ADCC)之穩固活化,達到與S309 mAb下觀測到之位準相當的位準(Pinto等人. 2020)。使用Cell-Trace-Violet標記之周邊血液單核細胞(PBMC)作為吞噬細胞及CHO-S細胞,S2P6亦展示Ab依賴性細胞吞噬作用(ADCP)活性。最後,S2P6不促進補體依賴性細胞毒性(CDC),指示S2P6 Fc介導之效應功能,而非補體活化,可能參與活體內病毒控制。
評估敍利亞倉鼠模型中S2P6(含有完全人類IgG1或倉鼠IgG2a恆定區)針對原型(Wuhan-1相關) SARS-CoV-2之攻擊的預防性活性(Boudewijns等人. 2020)。先前發現展示,人類IgG1 mAb不能識別倉鼠FcgR (Lempp等人. 2021);因此亦在倉鼠IgG2型式中產生S2P6以提供與倉鼠FcgR之最佳相互作用。在鼻內SARS-CoV-2攻擊之前24h投予二種不同劑量之人類IgG1 (Hu-S2P6)或倉鼠IgG2 (Hm-S2P6),且在感染後4天評估動物之肺的病毒RNA負荷及複製病毒。相對於對照(不相關) mAb,以20 mg/kg投予之Hm-S2P6使倉鼠之肺中的病毒RNA複本及複製病毒效價降低二個數量級。此外,20 mg/kg之Hm-S2P6使肺中偵測到之病毒RNA複本降低至顯著地低於在Hu-S2P6下觀測到之位準的位準,表明活體內S2P6效應功能之有益作用。基於活體外觀測到之針對SARS-CoV-2 VOC之相當S2P6中和效能,評估用SARS-CoV-2 B.1.351攻擊之倉鼠中S2P6之保護功效。相對於對照組,以20 mg/kg預防性投予Hu-S2P6使肺中之複製病毒效價(而非RNA複本數)降低約1.5個數量級,符合迄今為止鑑別之所有VOC中的莖螺旋表位之嚴格守恆性。
總體而言,此等發現指示靶向S融合機構中高度守恆表位之Ab可活體外觸發Fc介導之ADCC及ADCP且經由活體內中和及效應功能二者保護免受SARS-CoV-2攻擊。
天然感染或疫苗接種主要引發具有窄特異性之莖螺旋導引 Ab
為瞭解引發莖螺旋特異性Ab之頻繁程度,使用來自大流行前、恢復期及經疫苗接種之個體的血漿樣品進行血清學分析。測定血漿IgG與SARS-CoV-2/SARS-CoV (SARS-CoV/-2)、OC43、MERS-CoV、HKU1、HKU4及HKU5之莖螺旋肽之結合的效價。總體而言,血漿Ab與莖螺旋肽之結合在大流行前樣品中未發現,但HKU1除外,可能反映此群組中之先前經此病毒之感染。相反地,在先前感染SARS-CoV-2或接受二次劑量之mRNA疫苗的個體中發現呈低頻率的莖螺旋特異性Ab。總體而言,此等資料展示,對莖螺旋之血漿Ab反應在SARS-CoV-2感染或疫苗接種後誘發,但其相對罕見。
使用基於活體外多株刺激之純系分析(此處稱為抗原特異性B細胞記憶譜系分析(AMBRA)),研究21個恢復期及17個經疫苗接種之個體之記憶B細胞譜系中的莖螺旋特異性Ab之頻率(Pinna等人. 2009)。在二個群組中,觀測到介於0.1-2.5%範圍內之莖螺旋特異性IgG頻率,不同之處在於一個個體(經感染及經單次劑量之mRNA疫苗接種),對此個體,量測到97%頻率之SARS-CoV/-2特異性Ab。發現大多數SARS-CoV-2莖螺旋特異性Ab可與OC43交叉反應,與此二種病毒之莖螺旋之較高序列一致性一致。在一些個體中發現對HKU1 S莖螺旋具有特異性之Ab,但其不與其他b-冠狀病毒交叉反應。此分析揭露對所有測試之莖螺旋b-冠狀病毒肽具有交叉反應性的單一實例。
此等發現表明,莖螺旋Ab很少在SARS-CoV-2感染或疫苗接種後誘導且似乎在b-冠狀病毒中具有有限的交叉反應性。
廣泛反應性 b - 冠狀病毒 Ab 經由體細胞突變獲得親和力及廣度
為界定S2P6之個體發生,產生一組生殖系變體。相對於生殖系經突變之7種S2P6重鏈殘基中之二個促成表位識別(Q32及H57),而5種輕鏈突變殘基中無一者參與S結合。為應對VH及VK體細胞突變之作用,產生一組S2P6生殖系變體的重鏈或輕鏈或二個可變區(VH及VK)。完全生殖系S2P6 (UCA)結合至OC43及MERS-CoV莖螺旋肽(相較於突變mAb具有高於約1數量級的EC50)但不結合至SARS-CoV/-2或HKU1肽。VH中之體細胞突變對於高親合力結合至SARSCoV/-2足夠,而VH與VK突變為最佳結合至HKU1所需。發現CDRH3中殘基G103之存在對於結合至所有b-冠狀病毒而言為必需的。總體而言,此等發現指示S2P6 mAb可能回應於OC43感染而產生,且其特異性針對SARS-CoV-2及HKU1在天然感染此等β-冠狀病毒中之一者或二者後經由選擇的體細胞突變擴大。
冠狀病毒S
2次單元(所謂的融合機構)含有若干重要抗原位點,包括融合肽及七肽重複2區,且比S
1次單元更守恆(Daniel等人. 1993;Zhang等人. 2004;Poh等人. 2020;Elshabrawy等人. 2012;Zheng等人. 2020)。因此,其為用於廣泛冠狀病毒偵測及中和之引人注目之目標(A. C. Walls等人. 2016)。最近鑑別靶向莖螺旋之3種交叉反應性mAb揭示此先前未知的S2次單元表位,其在β-冠狀病毒S醣蛋白中守恆(Sauer等人. 2020;C. Wang等人. 2021;Song等人. 2020),儘管其中無一者抑制所有三種β-冠狀病毒亞屬(譜系)的成員。此處,鑑別出靶向S莖螺旋中之重疊表位且與人類及動物b-冠狀病毒交叉反應的mAb。S2P6經由抑制膜融合廣泛地中和所評估之所有薩貝冠狀病毒、莫貝冠狀病毒及埃貝冠狀病毒,且提供證據證明S2次單元引導mAb保護倉鼠免於SARS-CoV-2攻擊,包括經SARS-CoV-2 B.1.351 VOC之攻擊,具有Fc介導之效應功能之有益作用。此等資料擴展描述效應功能參與SARS-CoV-2 RBD特異性mAb (Schäfer等人. 2021;Winkler等人. 2020)以及A型流感紅血球凝集素莖特異性廣泛中和mAb (Corti等人. 2011;DiLillo等人. 2014)之活體內功效的先前研究。此觀察結果暗示針對mAb之在流感紅血球凝集素之莖上之高度守恆表位的類似發現,且指示交叉反應性加效應功能之組合可為針對此等感染之抗體提供特定效能(參考文獻)。
S2P6之格外廣泛交叉反應性及中和廣度可藉由b-冠狀病毒中之莖螺旋之守恆性質解釋。在SARS-CoV-2內,已報告少於0.01%序列在GISAID (日期)中保藏之超過1.3百萬基因體中S殘基1146與1159之間突變且無SARS-CoV-2 VOC在此區內具有殘基取代。
認為莖螺旋在融合前SARS-CoV-2 S中形成3螺旋束,且可能需要動態構形變化以暴露原本埋的疏水性表位,該疏水性表位由守恆聚醣包圍,可能進一步屏蔽此守恆位點。此處所示之結果提供證據證明,莖螺旋靶向之Ab在藉由地方流行性(OC43或HKU1)或大流行性(SARS-CoV-2)冠狀病毒天然感染後以及藉由COVID-19 mRNA疫苗引發。然而,可能由於表位暴露有限,因此莖螺旋特異性Ab以較低效價存在於恢復期或經疫苗接種之個體的血漿樣品中且以低頻率存在於其記憶B細胞譜系中。
靶向莖螺旋之Ab主要具有窄特異性且其中僅少數經由體細胞突變積聚介導廣泛β-冠狀病毒中和及保護。
實施例2 人類乙型冠狀病毒刺突蛋白之分析
來自人類乙型冠狀病毒刺突蛋白的部分S2區段展示於圖7中。確定融合前胞外區域之C端部分中之區(圖8A)具有一定守恆性。圖8B中提供一模型,該模型展示融合前胞外區域尾部處之暴露表面連接子區的螺旋結構。圖8C展示暴露表面連接子區之近視圖且指示某些胺基酸殘基。結構分析提供以下:
表3.乙型冠狀病毒連接子螺旋構件中胺基酸之結構特徵(胺基酸編號如同融合前構形)
殘基 | 觀測結果 |
F1148 | 未暴露 |
K1149 | 部分暴露(側鏈) |
E1150 | 完全暴露(HKU1中之S及MERS-CoV中之D) |
E1151 | 完全暴露且完全守恆 |
L1152 | 未暴露 |
D1153 | 完全暴露(HKU1中之S) |
K1154 | 極暴露(OC43中之Q,HKU1中之H及MERS-COV中之E) |
Y1155 | 部分暴露(OC43及HKU1中之W,及MERS-COV中之F) |
F1156 | 未暴露 |
K1157 | 完全暴露且完全守恆 |
N1158 | 完全暴露且完全守恆(在所有薩貝冠狀病毒中守恆之醣基化位點) |
亦檢驗融合後刺突蛋白之結構(圖9A)。連接子區之詳細視圖(圖9B及圖9C(展示為9C之底部的融合前構形以用於比較))展示部分重排及暴露殘基1148-1158。融合後圖9A-9C中殘基之編號不考慮信號肽,此添加額外18個殘基位置。
實例3 材料及方法
對於圖1-46中所呈現之資料,使用以下材料及方法:
產生穩定的過度表現細胞株
藉由用編碼DC-SIGN (CD209)、L-SIGN (CLEC4M)、SIGLEC1、TMPRSS2或ACE2 (所有自Genecopoeia獲得)之慢病毒表現質體及對應的慢病毒輔助質體共轉染Lenti-X 293T細胞(Takara)來產生慢病毒。轉染後四十八小時,收穫上清液中之慢病毒且藉由在20,000 rpm下超速離心2 h濃縮。在6 ug/mL凝聚胺(Millipore)存在下使Lenti-X 293T (Takara)、Vero E6 (ATCC)、MRC5 (Sigma-Aldrich)、A549 (ATCC)轉導24 h。隨後轉導過度表現二個轉殖基因之細胞株。在轉導之後二天開始用嘌呤黴素及/或殺稻瘟菌素(Gibco)之選擇且使選擇試劑保持在生長介質中以用於所有後續培養。單一細胞純系衍生自A549-ACE2-TMPRSS2細胞株,所有其他細胞株表示細胞池。
SARS-CoV-2 中和
使在補充有10% FBS (VWR)及1x青黴素/鏈黴素(Thermo Fisher Scientific)之DMEM中培養之Vero E6或Vero E6-TMPRSS2細胞以20,000個細胞/孔接種於黑色96孔盤中。在37℃下在BSL-3設施中使單株抗體之連續1:4稀釋液與200 pfu之SARS-CoV-2 (分離株USA-WA1/2020,第3代,在Vero E6細胞中繼代)一起培育30 min。移除細胞上清液且將病毒-抗體混合物添加至細胞中。感染後24 h,用4%多聚甲醛固定細胞30 min,接著進行二次PBS (pH 7.4)洗滌,且用含0.25% Triton X-100之PBS滲透30 min。在5%奶粉/PBS中阻斷30 min之後,將細胞與靶向SARS-CoV-2核衣殼蛋白(Sino Biological,目錄號40143-R001)之一級抗體在1:2000稀釋度下一起培育1h。在洗滌且與與1 μg/ml Hoechst33342混合之二級經Alexa647標記之抗體一起培育1小時之後,使盤在自動細胞成像讀取器(Cytation 5,Biotek)上成像,且使用製造商提供的軟體對核衣殼-陽性細胞進行計數。
SARS-CoV-2-Nluc 中和
使用SARS-CoV-2-Nluc,一種編碼奈米螢光素酶之SARS-CoV-2之感染性純系(基於病毒株2019-nCoV/USA_WA1/2020),代替病毒ORF7來確定中和,該病毒ORF7展現與野生型病毒相當的生長動力學(Xie等人, Nat Comm, 2020, https://doi.org/10.1038/s41467-020-19055-7)。使細胞以20,000個細胞/孔接種至黑色外壁、透明底的96孔盤中(293T細胞以35,000個細胞/孔接種至經聚-L-離胺酸塗佈之孔中)且在37℃下培養隔夜。次日,在感染培養基(DMEM + 10% FBS)中製備抗體之9點4倍連續稀釋液。將SARS-CoV-2-Nluc以指定MOI稀釋於感染培養基中,添加至抗體稀釋液且在37℃下培育30 min。自細胞中移除培養基,添加mAb-病毒複合物,且在37℃下培育細胞24 h。自細胞中移除培養基,根據製造商的建議添加奈米-Glo螢光素酶受質(Promega),在室溫下培育10 min,且在VICTOR Nivo盤讀取器(Perkin Elmer)上定量螢光素酶信號。
SARS-CoV-2 假型化 VSV 產生及中和
為了產生SARS-CoV-2假型化水泡性口炎病毒,使Lenti-X 293T細胞(Takara)接種於10-cm培養皿中,直至80%次日匯合。次日,根據製造商說明書使用TransIT-Lenti (Mirus Bio)使細胞經編碼含有C端19 aa截斷之SARS-CoV-2 S-醣蛋白(YP_009724390.1)的質體轉染。轉染後一天,使細胞以3個感染性單位/細胞之MOI經VSV (G*ΔG-螢光素酶) (Kerafast)感染。在一小時之後洗去病毒接種物且在37℃下再培育細胞一天。在轉染後第2天收集含有SARS-CoV-2假型化VSV之細胞上清液,在1000 x g下離心5分鐘,以移除細胞碎片,等分且在-80℃下冷凍。
對於病毒中和,使細胞以20,000個細胞/孔接種至黑色外壁、透明底的96孔盤中(293T細胞以35,000個細胞/孔接種至經聚-L-離胺酸塗佈之孔中)且在37℃下培養隔夜。次日,在培養基中製備抗體之9點4倍連續稀釋液。SARS-CoV-2假型化VSV在100 ng/mL抗VSV-G抗體(純系8G5F11,絕對抗體)存在下在培養基中以1:30稀釋,且1:1添加至各抗體稀釋液中。病毒:抗體混合物在37℃下培育1小時。自細胞中移除培養基且將50 μL病毒:抗體混合物添加至細胞中。感染後一小時,將100 μL培養基添加至所有孔中且在37℃下培育17-20小時。移除培養基且將50 μL Bio-Glo試劑(Promega)添加至各孔中。在室溫下使盤在盤振盪器上在300 RPM下振盪15分鐘,且在EnSight盤讀取器(Perkin-Elmer)上讀取RLU。
基於轉染之黏附受體篩選
Lenti-X 293T細胞(Takara)經編碼以下受體候選物之質體(所有購自Genecopoeia)轉染:ACE2 (NM_021804)、DC-SIGN (NM_021155)、L-SIGN (BC110614)、LGALS3 (NM_002306)、SIGLEC1 (NM_023068)、SIGLEC3 (XM_057602)、SIGLEC9 (BC035365)、SIGLEC10 (NM_033130)、MGL (NM_182906)、MINCLE (NM_014358)、CD147 (NM_198589)、ASGR1 (NM_001671.4)、ASGR2 (NM_080913)、NRP1 (NM_003873)。轉染後一天,在37℃下使細胞在100 ng/ml抗VSV-G抗體(純系8G5F11,絕對抗體)存在下經SARS-CoV-2假型化VSV以1:20稀釋度感染。感染後一小時,將100 μL培養基添加至所有孔中且在37℃下培育17-20小時。移除培養基且將50 μL Bio-Glo試劑(Promega)添加至各孔中。在室溫下使盤在盤振盪器上在300 RPM下振盪15分鐘,且在EnSight盤讀取器(Perkin-Elmer)上讀取RLU。
轉染
使穩定地表現DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC1之親代HeLa細胞或HeLa細胞以5,000個細胞/孔接種於黑色外壁、透明底的96孔盤中。一天後,細胞達成約50%匯合且在37℃下在100 ng/mL抗VSV-G抗體(純系8G5F11,絕對抗體)存在下經SARS-CoV-2假型化VSV以1:10稀釋度接種2 h。對於抗體介導之轉染的抑制,使細胞與10 ug/mL抗SIGLEC1抗體(Biolegend,純系7-239)一起預培育30 min。2 h接種之後,將細胞用完全培養基洗滌四次且添加10,000個VeroE6-TMPRSS2細胞/孔,且在37℃下培育17-20 h以用於轉染。移除培養基且將50 μL Bio-Glo試劑(Promega)添加至各孔中。在室溫下使盤在盤振盪器上在300 RPM下振盪15分鐘,且在EnSight盤讀取器(Perkin-Elmer)上讀取RLU。
CHO-S 細胞之細胞 - 細胞融合
使穩定地表現SARS-CoV-2 S醣蛋白之CHO細胞以12'500個細胞/孔接種於96孔盤中以用於顯微法(Thermo Fisher Scientific),且在第二天,將不同濃度之mAb及細胞核標記物Hoechst (最終稀釋度1:1000)添加至細胞且再培育24小時。使用Cytation 5 Imager (BioTek)確立融合程度,且使用對象偵測方案將細胞核偵測作為對象且量測其大小。發現稠合細胞(亦即,融合細胞)之細胞核在融合細胞之中心處聚集,且識別為獨特的較大對象,根據其大小來門控。稠合細胞中之對象的面積除以所有對象之總面積乘以100得到稠合細胞之百分比。
免疫螢光分析
在用4%多聚甲醛接種30 min之後,將HEK 293T細胞接種到經聚-D-離胺酸塗佈之96孔盤(Sigma-Aldrich)上且固定24 h,接著進行二次PBS (pH 7.4)洗滌且用含0.25% Triton X-100之PBS滲透30 min。使細胞與在室溫下稀釋於3%奶粉/PBS中之一級抗體抗DC-SIGN/L-SIGN (Biolegend,目錄號845002,1:500稀釋度)、抗DC-SIGN (Cell Signaling,目錄號13193S,1:500稀釋度)、抗SIGLEC1 (Biolegend,目錄號346002,1:500稀釋度)或抗ACE2 (R&D Systems,目錄號AF933,1:200稀釋度)一起培育2 h。在洗滌且與與1 ug/mL Hoechst33342混合之二級經Alexa647標記之抗體一起培育1小時之後,將盤在反向螢光顯微鏡(Echo Revolve)上成像。
ACE2/TMPRSS2 RT-qPCR
使用NucleoSpin RNA Plus套組(Macherey-Nagel)根據製造商的方案自細胞中提取RNA。RNA根據製造商說明書使用高容量cDNA反轉錄套組(Applied Biosystems)進行反轉錄。根據製造商的方案使用Luna Universal qPCR主混合物(新英格蘭生物實驗室)來定量ACE2 (正向引子:CAAGAGCAAACGGTTGAACAC (SEQ ID NO: 99)、反向引子:CCAGAGCCTCTCATTGTAGTCT (SEQ ID NO: 100))、HPRT (正向引子:CCTGGCGTCGTGATTAGTG (SEQ ID NO: 102)、反向引子:ACACCCTTTCCAAATCCTCAG (SEQ ID NO:103))及TMPRSS2 (正向引子:CAAGTGCTCCRACTCTGGGAT (SEQ ID NO: 104)、反向引子:AACACACCGRTTCTCGTCCTC (SEQ ID NO: 105))之胞內位準。使ACE2及TMPRSS2之位準正規化至HPRT。HeLa細胞用作參考樣品。所有qPCR在QuantStudio 3即時PCR系統(Applied Biosystems)上運行。
SARS2 D614G 刺突蛋白產生及生物素標記
使用293fectin作為轉染劑,將具有C端TEV裂解位點、T4噬菌體纖維蛋白摺疊子、8x His-、Avi-及EPEA-標籤之融合前穩定的SARS2 D614G刺突蛋白(包含胺基酸序列Q14至K1211)轉染至HEK293自由式細胞中。使細胞在37℃下靜置三天以產生蛋白質。隨後,藉由在500 xg下使細胞離心30分鐘,之後在4000 xg下再自旋30分鐘來收穫上清液。細胞培養物上清液經由0.2 μM過濾器過濾,且負載到5 mL C-標籤親和基質管柱上,用50 mM Tris pH 8及200 mM NaCl預平衡。使用10管柱體積之100 mM Tris、200 mM NaCl及3.8 mM SEPEA肽使SARS2 D614G刺突蛋白溶離。濃縮溶離峰且使用50 mM Tris pH 8及200 mM NaCl作為操作緩衝液,在Superose 6增加10/300 GL凝膠過濾管柱上注射。收集對應於單分散SARS2 D614G刺突蛋白之SEC溶離份且在液氮中急驟冷凍以儲存在-80℃下。使用來自Avidity之BirA500生物素標記套組對純化的SARS2 D614G刺突蛋白生物素標記。向50 μg刺突蛋白中添加5 ug BirA及11 uL BiomixA及BiomixB。在生物素標記反應期間之最終刺突蛋白濃度為約1 μM。使反應在4℃下進行16小時。隨後,使用用1×PBS pH 7.4預平衡之二個Zeba自旋管柱使蛋白質去鹽化。
針對 DC-SIGN 、 L-SIGN 、 SIGLEC1 及 ACE-2 之流式細胞測量術分析
使表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2之HEK 293T細胞在4x10
6個細胞/mL下再懸浮且將100 μL/孔接種到V形底96孔盤(Corning,3894)上。使盤在2,000 rpm下離心5分鐘且用PBS (pH 7.4)洗滌。使細胞再懸浮於含有Ghost violet 510成活力染料(Cell Signaling,目錄號13-0870-T100,1:1,000稀釋度)之200 μL PBS中,在冰上培育15分鐘且接著洗滌。使細胞再懸浮於在含有以1:100稀釋度之一級抗體(小鼠抗DC/L-SIGN (Biolegend,目錄號845002)、兔抗-DC-SIGN (Cell Signaling,目錄號13193)、小鼠抗SIGLEC1 (Biologend,目錄號346002)或山羊抗ACE2 (R&D Systems,目錄號AF933))的PBS中用0.5% BSA (Sigma-Aldrich)製備之100 μL FACS緩衝液中。在冰上培育1 h之後,將細胞洗滌二次且再懸浮於含有在1:200稀釋度下之Alexa Fluor-488標記的二級抗體(山羊抗小鼠(Invitrogen目錄號A11001)、山羊抗兔(Invitrogen目錄號A11008)或驢抗山羊(Invitrogen目錄號A11055))之FACS緩衝液中。在冰上培育45 min之後,將細胞用200 μL FACS緩衝液洗滌三次且在室溫下用200 μL 4% PFA (Alfa Aesar)固定15 min。洗滌細胞三次,再懸浮於200 μL FACS緩衝液中且藉由流式細胞測量術使用CytoFLEX流式細胞儀(Beckman Coulter)分析。
結合至細胞之 SARS-CoV-2 刺突蛋白及 RBD 的流式細胞測量術
在室溫下使生物素標記之SARS-CoV-2刺突蛋白D614G蛋白質(Spikebiotin,內部產生)或生物素標記之SARS-CoV-2刺突蛋白受體結合區域(RBDbiotin,Sino Biological,40592-V08B)與Alexa Fluor® 647鏈黴抗生物素蛋白(AF647-鏈黴素,Invitrogen,S21374)以1:20體積比一起培育20 min。接著將標記之蛋白質儲存於4℃下直至進一步使用。將細胞用TrpLE Express (Gibco,12605-010)解離且使10
5個細胞轉移至96孔V底盤(Corning,3894)之各孔中。在流式細胞測量術緩衝液(2% FBS於PBS中(不含Ca/Mg))中洗滌細胞二次,且在冰上在20 µg/ml之最終濃度下用Spikebiotin-AF647-鏈黴素染色或在7.5 µg/ml之最終濃度下用RBDbiotin-AF647-鏈黴素染色1h。將染色細胞用流式細胞測量術緩衝液洗滌二次,再懸浮於1% PFA (Electron Microscopy Sciences,15714-S)中且用Cytoflex LX (Beckman Coulter)分析。
SARS - CoV - 2 特異性 mAb 之重組表現
如先前所描述,自SARS-CoV-2免疫供體之漿細胞或記憶B細胞中分離人類mAb。重組抗體在37℃及8% CO
2下表現於ExpiCHO細胞中。使用ExpiFectamine轉染細胞。在用ExpiCHO進料及ExpiFectamine CHO增強劑轉染之後1天,補充經轉染的細胞。在轉染之後八天收集細胞培養物上清液,且經由0.2 µm過濾器過濾。重組抗體使用5 mL HiTrap™ MabSelect™ PrismA管柱在ÄKTA xpress FPLC裝置上進行親和力純化,之後使用HiPrep 26/10去鹽化管柱與組胺酸緩衝液(20 mM組胺酸,8%蔗糖,pH 6)進行緩衝液交換。
倉鼠中之 SARS-CoV-2 感染模型 病毒製劑
自獲自2020年2月自中國武漢返回的經RT-qPCR確認之無症狀性患者的鼻咽拭子中回收用於此研究中之SARS-CoV-2病毒株BetaCov/Belgium/GHB-03021/2020 (EPI ISL 109 407976|2020-02-03)。藉由譜系學分析確認與原型Wuhan-Hu-1 2019-nCoV (GenBank寄存112編號MN908947.3)病毒株之密切關係。藉由在HuH7及Vero E6細胞上連續繼代來分離感染性病毒;第6代病毒用於本文所述之研究中。病毒原液之效價藉由用Reed及Muench方法在Vero E6細胞上進行端點稀釋來確定。
細胞
在補充有10%胎牛血清(Integro)、1% L-麩醯胺酸(Gibco)及1%碳酸氫鹽(Gibco)之最小基本培養基(Gibco)中培養Vero E6細胞(非洲綠猴腎臟,ATCC CRL-1586)。用含有2%胎牛血清而非10%之培養基進行端點滴定。
倉鼠中之 SARS-CoV-2 感染模型
先前已描述SARS-CoV-2之倉鼠感染模型。特定研究設計展示於以下示意圖中。簡言之,野生型敍利亞黃金倉鼠(金倉鼠(
Mesocricetus auratus))係購自Janvier實驗室,且每二隻圈養在通氣的隔離籠(IsoCage N Biocontainment System,Tecniplast)中,可隨意獲取食物及水且具有籠豐富化(cage enrichment) (木塊)。在研究開始之前使動物適應4天。飼養條件及實驗程序經魯汶大學動物實驗倫理委員會批准(許可證P065-2020)。雌性6-8週齡倉鼠用氯胺酮/甲苯噻嗪/阿托品麻醉且鼻內接種50 μL含有2×10
6TCID50 SARS-CoV-2 (第0天)。
治療方案
在藉由腹膜內投予(i.p.)感染之前48h預防性處理動物,且監測外觀、行為及體重。在感染後(p.i.)第4天,藉由腹膜內注射500 μL Dolethal (200 mg/mL戊巴比妥鈉,Vétoquinol SA)使倉鼠安樂死。收集肺且分別藉由RT-qPCR及端點病毒滴定來定量病毒RNA及感染性病毒。在感染之前收集血液樣品用於PK分析。
SARS-CoV-2 RT-qPCR
使用珠粒破壞(Precellys)使所收集之肺組織在350 μL RLT緩衝液(RNeasyMinikit,Qiagen)中均質化,且離心(10.000 rpm,5 min)以集結細胞碎片。根據製造商說明書提取RNA。在50 μL溶離液中,4 μL用作RT-qPCR反應中之模板。使用具有靶向核衣殼之N2引子及探針的iTaq通用探針一步驟RT-qPCR套組(BioRad)在LightCycler96平台(Roche)上進行RT-qPCR。SARS-CoV-2 cDNA (IDT)之標準物用於表現每mg組織或每mL血清之病毒基因體複本。
端點病毒滴定
使用珠粒破壞(Precellys)使肺組織在350 μL最小基本培養基中均質化,且離心(10.000 rpm,5 min,4℃)以集結細胞碎片。為了定量感染性SARS-CoV-2粒子,在96孔盤中在匯合的Vero E6細胞上進行終點滴定。藉由Reed及Muench方法使用Lindenbach計算器計算病毒效價,且表示為每mg組織50%組織培養物感染劑量(TCID50)。
組織學
對於組織學檢查,將肺在4%甲醛中固定隔夜且包埋於石臘中。在用蘇木精及曙紅染色之後分析組織切片(5 μm),且藉由專門病理學家對肺損害無分別地進行評分。累積評分為1至3之評分參數如下:充血、肺泡內出血、支氣管壁中之凋亡體、壞死性細支氣管炎、血管周水腫、支氣管性肺炎、血管周發炎、支氣管周發炎及血管炎。
免疫複合物與倉鼠單核球之結合
免疫複合物(IC)藉由使用精確莫耳比(分別為4:8:1)使S309 mAb (倉鼠IgG,wt或N297A)與經生物素標記之抗個體基因型Fab片段及Alexa-488-鏈黴抗生物素蛋白複合來產生。在4℃下用自未處理動物中獲得之新鮮成活的倉鼠脾細胞連續稀釋培育預先產生之螢光IC持續3小時。接著在排除死亡細胞及在單核球群體上物理門控時藉由細胞測量術評估細胞結合。結果表示為整個單核球群體之Alexa-488平均螢光強度。
生物資訊分析
自Github (github.com/krasnowlab/HLCA)下載所處理之人類肺細胞圖譜(HLCA)資料及細胞類型標註。自NCBI GEO資料庫(ID:GSE158055)及Github (github.com/zhangzlab/covid_balf)下載所處理之單細胞轉錄組資料及來自SARS-CoV-2感染個體之肺上皮及免疫細胞的標註。自NCBI SRA (ID:PRJNA608742)下載來自藉由Liao等人之第二單細胞轉錄組學研究之可用的序列資料,以用於檢驗對應於病毒RNA之讀數。藉由對支持前導-TRS接合點之含TRS之讀數進行計數估計sgRNA相對於基因體RNA之比例。自Alexandersen等人中改編用於偵測前導-TRS接合點讀數的準則及方法。病毒基因體參考及TRS標註係基於Wuhan-Hu-1 NC_045512.2/MN908947
49。僅來自具有重度COVID-19之個體的2個樣品具有可偵測之前導-TRS接合點讀數(SRR11181958,SRR11181959)。
對於圖47-79中所呈現之資料,使用以下材料及方法:
細胞株
用於此研究中之細胞株獲自ATCC (HEK293T及Vero-E6)或ThermoFisher Scientific (Expi CHO細胞、FreeStyle™ 293-F細胞及Expi293F™細胞)。
樣品供體
在由當地機構審查委員會(瑞士提契諾州倫理委員會(Canton Ticino Ethics Committee, Switzerland),意大利米蘭路易吉-薩科醫院倫理委員會(the Ethical committee of Luigi Sacco Hospital, Milan, Italy)及北美WCG (WCG North America) (美國新澤西州普林斯頓(Princeton, NJ, US)))批准之研究方案下,樣品獲自2019年6月前募集之個體(大流行前)、SARS-CoV-2感染個體或經Moderna或Pfizer/BioNTech BNT162b2疫苗免疫接種之經疫苗接種個體的群組。所有供體提供書面知情同意書用於使用血液及血液組分(諸如PBMC、血清或血漿)且在醫院或作為門診募集。藉由Ficoll密度梯度離心自血液分離PBMC且新鮮使用或儲存於液氮中以便後續使用。自使用含有凝血活化劑之管收集的血液獲得血清,之後離心且儲存在-80℃下。
IgG 抗體之 AMBRA ( 抗原特異性記憶 B 細胞譜系分析 )
將PBMC之一式多份培養物接種於96 U底盤(Corning)中且在37℃、5% CO2下用2.5 μg/ml R848 (3 M)及1000 U/ml人類重組IL-2刺激10天。收集細胞培養物上清液用於進一步分析。
抗體發現及表現
自恢復期個體之總PBMC分離及選殖抗原特異性IgG+記憶B細胞。藉由反轉錄PCR (RT-PCR)獲得抗體VH及VL序列,且mAb表現為重組人類IgG1,在Fc區或Fab片段中攜有半衰期延長M428L/N434S (LS)突變。如先前所描述用重鏈及輕鏈表現載體短暫轉染ExpiCHO細胞(Pinto等人. 2020)。對於敍利亞倉鼠中之活體內實驗,用敍利亞倉鼠IgG2 Fc產生S2P6。使用IMGT/V-QUEST構築UCA序列且重組產生具有體細胞突變之VH及VL。使用PBS作為移動相,使用針對全長人類及倉鼠mAb之HiTrap蛋白A管柱(Cytiva)及針對Fab片段之CaptureSelect CH1-XL MiniChrom管柱(ThermoFisher Scientific),在由UNICORN軟體版本5.11 (Build 407)操作之ÄKTA Xpress FPLC (Cytiva)上進行MAb親和純化。用HiTrap快速去鹽化管柱(Cytiva)進行對適當調配緩衝液之緩衝液交換。最終產物藉由經由0.22 µm過濾器過濾來滅菌且儲存在4℃下。
表現刺突蛋白之ExpiCHO -S 細胞上抗體之流式細胞測量術
對於Expi-CHO細胞短暫轉染,S質體(Pinto等人. 2020;M. Alejandra Tortorici等人. 2021)在冷OptiPRO SFM中稀釋,與ExpiFectamine CHO試劑(Life Technologies,A29130)混合且於50 ml生物反應器中添加至5 ml體積的以6×10
6個細胞/毫升接種之細胞中。將經轉染細胞在37℃、8% CO2下以209 rpm之軌道震盪速度(25 mm之軌道直徑)培育42小時。為了測試mAb結合,收集經轉染之ExpiCHO細胞,在洗滌緩衝液(含牛血清白蛋白(BSA;Sigma)之PBS的1% w/v溶液,2 mM EDTA)中洗滌二次,且以60,000個細胞/孔分佈至96 U底盤(Corning)中。將來自10 µg/ml之mAb連續稀釋液在冰上添加至細胞上持續30分鐘,且在二次洗滌之後,使用經Alexa Fluot647標記之山羊抗人類IgG二次Ab (Jackson Immunoresearch,109-606-098)進行偵測。在冰上培育15分鐘之後,洗滌細胞二次且使用ZE5細胞分析儀(Biorard)藉由流式細胞測量術分析mAb結合。
酶聯免疫吸附分析(ELISA)
在4℃下用重組穩定的融合前刺突蛋白三聚體或S2次單元以1 µg/ml或冠狀病毒莖螺旋肽以8 µg/ml (全部均在磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)中稀釋)塗佈具有高蛋白質結合處理之Spectraplate-384 (Perkin Elmer)或96孔盤(Corning)隔夜。將盤用含牛血清白蛋白(BSA;Sigma)之PBS的1% w/v溶液阻斷,或對於使用血漿之ELISA,用補充有0.05%吐溫(Tween) 20之PBS(Thermo Fisher Scientific)中之阻斷劑酪蛋白(1% w/v)阻斷。在室溫下添加mAb或血漿之連續稀釋液持續1小時。在進一步洗滌之後,使用與培育1小時之鹼性磷酸酶(Jackson Immunoresearch)偶聯之抗人類IgG揭露mAb結合。使用受質(p-NPP,Sigma)進行顯色且藉由微量盤讀取器(Biotek)在405 nm下讀取盤。資料已用Graph Prism軟體繪製。
SARS - CoV - 2 刺突蛋白至 ACE2 之阻斷
將SARS-CoV-2 S融合前(最終濃度300 ng/ml)在37℃下與1 µg/ml S309小鼠Fc標記之mAb (S309-mFc)一起培育30分鐘,之後添加連續稀釋之S2P6 (自20 µg/ml)且在37℃下再培育30分鐘。接著將複合刺突蛋白:S309:S2P6添加至預塗佈hACE2 (2 µg/ml於PBS中) 96孔盤MaxiSorp (Nunc)中且在室溫下培育1小時。隨後,洗滌盤且添加二級Ab山羊抗小鼠IgG (Southern Biotech)以偵測SARS-CoV-2刺突蛋白:S309-mFc結合。在進一步洗滌之後,添加受質(p-NPP,Sigma),且使用微量盤讀取器(Biotek)在405 nm下讀取盤。如下計算抑制百分比:(1-((OD樣品-OD陰性對照)/(OD陽性對照-OD陰性對照))*100。
表位鑑別及取代掃描
進行PEPperMAP表位定位(PEPperPRINT有限公司,德國海德堡(Heidelberg, Germany))以經由覆蓋所有乙型冠狀病毒之刺突蛋白的泛冠狀病毒刺突蛋白微陣列測定mAb表位。簡言之,將含有15聚體肽(重疊13聚體)之微陣列與10 µg/ml mAb一起在4℃下在140 rpm下振盪培育16小時,之後在室溫下用二級及對照Ab染色45分鐘。以7/7(紅色/綠色)之掃描強度用LI-COR Odyssey成像系統進行微陣列讀出。基於所有胺基酸位置上之逐步單一胺基酸交換對所鑑別之表位進行表位取代掃描。結合至所產生微陣列之mAb如上進行。
SPR 結合量測
使用Biacore T200儀器,使用共價固定於CM5晶片上以捕捉S ECD之抗AviTag pAb進行SPR結合量測,不同之處在於使用Cytiva生物素捕捉套組以捕捉經生物素標記之OC43 S ECD。分別針對中性或酸性pH實驗,操作緩衝液為Cytiva HBS-EP+ (pH 7.4)或20 mM磷酸鹽pH 5.4、150 mM NaCl、0.05% P-20。所有量測在25℃下進行。S2P6 Fab或IgG濃度為11、33、100及300 nM,作為單循環動力學操作。使用Biacore評估軟體將減去雙參考之資料擬合至結合模型。SARS-CoV-2 S、SARS-CoV S及OC43 S之所有資料擬合至1:1結合模型。將MERS S之資料擬合至異質配體結合模型,因為動力學相具有極緩慢解離被假定為假影;由擬合得到之二個KD之較低親和力報告為S2P6:MERS S相互作用之KD且指示為近似值(與較高親和力動力學相相關之Rmax與高於基線之最終信號的量值成比例)。HKU1 S之資料擬合至穩態結合模型,因為信號低及在各締合階段內快速接近於平衡;所報告之KD指示為近似的。IgG結合資料得到由於親合力所致之「表觀KD」。
中和真SARS -CoV -2 病毒
對於SARS-CoV-2中和實驗,在補充有10% FBS (VWR 97068-085批次號345K19)及100 U/ml青黴素-鏈黴素(Gibco 15140-122)之DMEM (Gibco 11995-040)中培養細胞。將細胞以20,000個細胞/孔之密度接種在黑色、96孔玻璃底盤(Cellvis P96-1.5H-N)中。在BSL3設施中,在37℃下,將mAb之連續稀釋液(1:4)與200 PFU(空斑形成單位,對應於0.01之感染倍率)之真SARS-CoV-2(分離株USA-WA1/2020,第3代,在Vero-E6細胞中繼代)一起培育30分鐘。在移除細胞培養物上清液之後,細胞經病毒:抗體混合物感染且在37℃下培育20小時。將細胞接著用PBS (Gibco 10010-031)中之4%多聚甲醛(Electron Microscopy Sciences,15714-S)固定30分鐘,用0.1% Triton X-100 (Sigma,X100-500ML)滲透30分鐘,且用人類SARS冠狀病毒核蛋白/NP抗體、兔Mab(Sino Biological,40143-R001)以1:2000稀釋度之稀釋液於2%牛奶(RPI,M17200-500.0)中染色1小時。隨後,將細胞用呈1:1000之稀釋度的山羊抗兔IgG (H+L) AF647 (Invitrogen,目錄號A21245批次223 2862)及2 ug/mL Hoechst 33342於2%牛奶中染色持續1小時。用自動化顯微鏡(Cytation5,Biotek)使盤成像,且使用所提供之Gen5軟體定量對於SARS-CoV-2核蛋白呈陽性之細胞核及細胞。
中和SARS-CoV-2 Nluc 病毒
將細胞在補充有10% FBS (VWR 97068-085批次號345K19)及100 U/ml青黴素-鏈黴素(Gibco 15140-122)之DMEM (Gibco 11995-040)中培養。對於中和實驗,以20,000個細胞/孔將細胞接種在黑色、96孔玻璃底盤(Corning,3904)中且轉移至BSL3設施。將連續1:4稀釋系列之mAb與200 PFU之SARS-CoV-2 Nluc (SARS-CoV-2之感染性純系(病毒株2019-nCoV/USA_WA1/2020))一起培育,其中病毒ORF7基因經奈米螢光素酶報導體置換(Xie等人. 2020)。在37℃下培育30分鐘之後,使用病毒:抗體混合物感染目標細胞,感染倍率為0.01。在感染後20小時,使細胞平衡至室溫且抽吸細胞培養物上清液。將Nano-Glo®活細胞分析系統(Promega N2012)試劑及DPBS (具有Ca/Mg) (Gibco 14040-133)之1: 1混合物添加至細胞中。在室溫下培育10分鐘之後,用發光盤式讀取器(PerkinElmer VICTOR Nivo™)讀出螢光素酶信號。
VSV 假型病毒產生及中和
合成C端缺失19個胺基酸(D19)的薩貝冠狀病毒刺突蛋白卡匣且選殖至哺乳動物表現構築體(pcDNA3.1(+)或pTwist-CMV)中用於以下薩貝冠狀病毒:SARS-CoV-2 (寄存QOU99296.1)、SARS-CoV-1 (寄存AAP13441.1)、hCoV-19/穿山甲/廣東/1/2019 (GD19,寄存QLR06867.1)及中東呼吸道症候群相關冠狀病毒(MERS,寄存YP_009047204)。為產生假型化VSV,在15 cm培養皿中接種293T Lenti-X封裝細胞(Takara,632180),使得第二天細胞80%匯合。接著根據製造商說明書使用TransIT-Lenti轉染劑(Mirus,6600)將培養物經各種刺突蛋白表現質體轉染。轉染之後24小時,將封裝細胞經VSV-G*ΔG-螢光素酶(Kerafast,EH1020-PM)感染。感染之後48小時,收集含有薩貝冠狀病毒假型化VSV-luc之上清液,在1000×g下離心5 min,加以等分且在-80℃下冷凍。為進行假病毒中和分析,採用以下支持穩定假病毒之細胞:對於VSV-SARS-CoV-2、VSV-SARS-CoV-1及VSV-GD19使用VeroE6-TMPRSS2細胞及對於VSV-MERS使用Huh7細胞。將細胞以20,000個細胞/孔接種至透明底部白壁96孔盤中。第二天,一式三份地在基礎DMEM中製備Ab之1:3連續稀釋液。假型化VSV在基礎DMEM中稀釋且添加至各Ab稀釋物中,使得假病毒之最終稀釋度為1:20。假病毒:抗體混合物在37℃下培育1小時。自先前天接種之細胞移除培養基,且用50 μl假病毒:Ab混合物置換且在37℃下培育。感染後一小時,將50 μl完整培養基添加至各孔中且在37℃下培育細胞隔夜。接著自感染細胞移除培養基且將100 μl 1:1稀釋之PBS:Bio-Glo (Promega,G7940)螢光素酶受質添加至各孔中。在室溫下以300 rpm震盪盤10 min且接著在EnSight微量盤讀取器(Perkin Elmer)上讀取相對光單位(RLU)。藉由自所有資料點減去各盤6個孔之平均背景(單獨具有螢光素酶受質之未感染細胞)值來測定中和百分比。相對於針對各盤未接受抗體之對照孔計算各抗體濃度之中和百分比。使用Prism (GraphPad,v9.0.1)分析中和百分比資料。藉由使用可變斜率4參數非線性回歸模型擬合曲線來計算絕對EC50值且自y=50處之曲線內插值。
VSV -SARS -CoV -2 mAb 逃逸突變體之選擇 抗性病毒選擇:
將細胞在補充有10% FBS (VWR 97068-085批次號345K19)及100 U/ml青黴素-鏈黴素(Gibco 15140-122)之DMEM (Gibco 11995-040)中培養。感染前一天,將250,000個VeroE6-TMPRSS2細胞在補充有10% FBS (VWR 97068-085批次號345K19)及100 U/ml青黴素-鏈黴素(Gibco 15140-122)之2 ml DMEM (Gibco 11995-040)中接種於12孔盤中,且在37℃下培育隔夜。次日,在感染培養基(DMEM(補充有2% FBS及20mM HEPES(Gibco,15630-080))中以80 ug/ml開始將S2P6以1:4連續稀釋且在37℃下以MOI 2與複製勝任型VSV-SARS-CoV-2 (Case等人. 2020)一起培育1小時。不包括Ab對照以考慮在病毒複製期間可發生之任何組織培養物調適及準物種可變性。在37℃下,將mAb-病毒複合物吸附於細胞上1小時,同時每15分鐘手動搖動。在吸附之後,將細胞用PBS洗滌且用含有如用於初始感染之等量S2P6的感染培養基覆疊。感染後第1天及第3天,針對細胞之GFP表現及細胞病變效應(CPE),藉由顯微鏡目測感染。感染後第3天,當無mAb對照孔達到>50% CPE時,選擇展示>20% CPE之具有最高Ab濃度之孔(在此情況下80 ug/ml孔)進行繼代。細胞上清液經離心以移除細胞碎片,在感染培養基中1:10稀釋且添加至具有如對於初始繼代相同S2P6濃度範圍及處理之新鮮VeroE6-TMPRRS2細胞中。在二次繼代之後,在所測試之最高濃度下未觀測到病毒中和之後,停止選擇。
S 基因之定序 :
根據製造商說明書,使用QIAamp病毒RNA小型套組(Qiagen,52904)自病毒繼代之上清液提取病毒RNA而無需添加載體RNA。根據製造商說明書,使用NEB ProtoScript II第一股cDNA合成套組(NEB,E6560S)用6 μl經純化RNA及隨機引子進行反轉錄反應。使用具有引子5'- CGAGAAAAAGGCATCTGGAG -3' (SEQ ID NO: 106)及5'- CATTGAACTCGTCGGTCTC -3' (SEQ ID NO: 107)之KapaBio系統聚合酶(KAPA HiFi HotStart Ready PCR Kit KK2601),將所得cDNA用作刺突蛋白基因之PCR擴增的模板。擴增條件包括95℃下之初始3分鐘,繼之為28個循環,其中98℃下20秒、59℃及72℃下15秒持續2分鐘,72℃下最後4分鐘。使用AMPure XP珠粒(Beckman Coulter,A63881)遵循製造商說明書純化PCR產物。藉由使用Agilent D5000 ScreenTape系統(Agilent D5000 ScreenTap,5067-5588,Agilent D5000,試劑5067-5589)分析2 μl PCR產物來確認擴增子之尺寸。藉由用Quant-iT dsDNA高敏感性分析套組(Thermo Fisher,Q331120)分析2 μl來定量產物。使用NEBNext Ultra II FS DNA庫製備套組(NEB,E6177S)遵循製造商說明書,將二十ng純化PCR產物用作庫構築之輸入。進行DNA片段化13分鐘。使用Illumina雙索引引子組1之NEBNext多重寡核苷酸(NEB,E7600S)用於庫構築,總共具有6個PCR循環。使用Agilent D1000 ScreenTape系統(Agilent D1000 ScreenTape,5067-5582,Agilent D5000試劑,5067-5583)測定庫大小且用Quant-iT dsDNA高敏感性分析套組定量。將等量之各庫匯集在一起用於多重化且使用Illumina庫製備指導之『方案A:標準歸一化方法』來製備具有1% PhiX尖峰之8 pM最終多重庫用於定序。Illumina MiSeq試劑套組v3 (600-循環) (Illumina,MS-102-300)用於對Illumina MiSeq平台上之庫進行定序,其中用於讀數1之300個循環,用於讀數2之300個循環,用於索引1之8個循環及用於索引2之8個循環。
生物資訊分析:
在運行Illumina之Bcl2fastq命令之後的平均讀數長度平均每樣品在149至188bp範圍內。對於整個樣品之一致性,最初將成對末端讀數修整成2×150 bp且使用Trimmomatic (Bolger、Lohse及Usadel 2014)進一步清理以移除Illumina之銜接子及低品質鹼基。使用定製參考序列用Burrows- Wheeler比對器(BWA (Li 2013))進行讀取比對。使用1%之頻率臨限值,在插入缺失再比對及鹼基品質再校準時用LoFreq識別變體(Wilm等人. 2012)。進行二個連續輪之比對及變體識別,其中在第一輪期間以>50%之對偶基因頻率識別之變體以針對第二輪之參考整合以便比對比率及變體識別準確度。用SnpEff (Cingolani等人. 2012)標註變體。參考序列座標映射回至SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1序列(NCBI: NC_045512.2)以便匹配參考序列命名法。使用FastQC、samtools、picard、mosdepth(Pedersen及Quinlan 2018)、bcftools (Danecek等人. 2021)、MultiQC (Ewels等人. 2016)及內部指令碼,在讀數、比對及變體位準方面進行廣泛QC,尤其以移除在讀數中之靜態位置(諸如攜帶其的讀數之起點或末端,而非隨機分佈在整個彼等讀數中)一致識別的變體。使用NextFlow (Di Tommaso等人. 2017)自動化端對端工作流。所有程式均可經由Bioconda Initiative獲得(Grüning等人. 2018)(bioconda.github.io)。
人類Fc γRIIIa 及Fc γRIIa 之MAb 依賴性活化
人類FcγRIIIa及FcγRIIa之mAb依賴性活化的測定係使用穩定表現全長野生型SARS-CoV-2刺突蛋白(S)之ExpiCHO細胞(目標細胞)進行。將細胞與不同量之mAb一起培育10分鐘,之後與以針對FcγRIIIa之6:1之效應:目標比率及針對FcγRIIa之5:1之比率穩定地表現FcγRIIIa受體(V158變體)或FcγRIIa受體(H131變體)及NFAT驅動之螢光素酶基因(效應細胞)的Jurkat細胞一起培育。人類FcyR之活化藉由根據NFAT路徑活化所產生之螢光素酶信號來定量。根據製造商說明書,使用Bio-Glo-TM螢光素酶分析試劑(Promega,目錄編號:G7018及G9995),在用光度計在5% CO2在37℃下培育21小時之後量測發光。
抗體依賴性細胞毒性 ( ADCC )
使用SARS-CoV2 CHO-K1細胞(經基因工程改造以穩定地表現HaloTag-HiBit標籤)作為目標細胞及PBMC作為效應細胞以33:1之E:T比率進行ADCC分析。將HiBit細胞以3,000個細胞/孔接種且在37℃下培育16小時,而將自新鮮血液分離之PBMC (VV供體)在培育箱中在37℃下在5 ng/ml之IL-2存在下培養隔夜。一天後,移除培養基且添加滴定濃度之mAb,隨後以100,000個細胞/孔添加PBMC。作為100%特異性裂解,使用100 μg/ml之毛地黃皂苷。在37℃下培育4小時之後,用Nano-Glo HiBiT細胞外偵測系統(Promega;目錄編號:N2421)使用光度計(積分時間00:30)量測ADCC。
抗體依賴性細胞吞噬作用 ( ADCP )
使用經PKH67螢光細胞連接子套組(Sigma Aldrich;目錄編號:MINI67)螢光標記之穩定表現全長野生型SARS-CoV-2 S醣蛋白之CHO細胞(目標細胞)進行ADCP。將目標細胞與滴定濃度之mAb一起培育10分鐘,之後在5 ng/ml IL-2(重組人類介白素-2;ImmunoTools有限公司;目錄編號:11340027)中培育隔夜之後與用Cell Trace Violet(Invitrogen,目錄號C34557)螢光標記之PBMC一起培育。使用20:1之效應:目標比。在37℃下隔夜培育之後,將細胞用抗人類CD14-APC抗體(BD Pharmingen,目錄號561708,純系M5E2)染色,以染色單核球。藉由流式細胞量測術,對cell trace violet及PKH67呈雙陽性之CD14+細胞上門控,測定ADCP。
補體依賴性細胞毒性 (CDC )
對穩定表現SARS-CoV-2 S醣蛋白之CHO細胞(目標細胞)進行CDC,該醣蛋白與mAb之連續稀釋液一起培育10分鐘,隨後以1:12之最終稀釋度與經預吸附之Low-Tox M兔補體(Cederlane Laboratories Limited;目錄編號:CL3051)一起培育。在37℃、5% CO2下培育3小時之後使用CytoTox-Glo細胞毒性分析(Promega;目錄編號:G9291)根據製造商說明書用光度計量測CDC。
對於不同合成冠狀病毒S 莖肽之S2P6 結合及S2P6 /B6 競爭實驗
所有經生物素標記之冠狀病毒S莖螺旋肽結合實驗在Octet Red儀器(Fortebio)上在30℃下及1,000 rpm震盪下在補充有0.005%吐溫20之PBS (PBST)中進行。對於S2P6結合至不同莖螺旋肽,將1 µg/ml經生物素標記之莖肽(來自Genscript之15殘基或16殘基長莖肽-PEG6-Lys-生物素合成)負載於SA生物感測器上至0.5 nm之臨限值。接著,在將感測器分別浸沒於0.1 µM S2P6 mAb中持續300秒之前,系統在PBST中平衡300秒,隨後在緩衝液中解離300秒。對於S2P6-B6競爭,1 µg /ml經生物素標記成SARS CoV-2肽負載於SA生物感測器上至0.5 nm之臨限值。系統在PBST中平衡180秒且監測各後續步驟900秒。將第一樣品生物感測器浸沒於0.1 µM mAb S2P6中,隨後將樣品生物感測器分別浸沒於0.1 µM mAb S2P6及B6的溶液中。將第二樣品生物感測器浸沒於PBST中且隨後浸沒於0.1 µM mAb B6中。為監測非特異性結合,執行相同實驗而不將莖肽負載至生物感測器。
融合抑制分析
為了測試對刺突蛋白介導之細胞-細胞融合之抑制,將VeroE6細胞在70 μl具有高葡萄糖及2.4% FBS (Hyclone)之DMEM中以20,000個細胞/孔接種於96孔盤中。16小時之後,用SARS-CoV-2-S-D19_pcDNA3.1如下轉染細胞:對於10孔,將0.57 µg質體SARS-CoV-2- S-D19_pcDNA3.1與1.68 µl X-tremeGENE HP於30 µl OPTIMEM中混合。培育15分鐘後,將混合物在DMEM培養基中1:10稀釋且每孔添加30 μl。製備4倍連續稀釋mAb且將其添加至細胞中,起始濃度為20 μg/ml。第二天,每孔添加30 μl含5倍濃縮DRAQ5之DMEM且在37℃下培育2小時。藉由Cytation 5設備獲取各孔之九個影像以用於分析。
使用敍利亞倉鼠模型進行之活體內 mAb 測試
KU LEUVEN R&D已研發且驗證SARS-CoV-2敍利亞金倉鼠感染模型(Boudewijns等人. 2020)。
SARS - CoV - 2 病毒產生
自獲自2020年2月自中國武漢返回的經RT-qPCR確認之無症狀性患者的鼻咽拭子中回收用於此研究中之野生型SARS-CoV-2病毒株BetaCov/Belgium/GHB-03021/2020 (EPI ISL 109 407976|2020-02-03)。藉由譜系學分析確認與原型Wuhan-Hu-1 2019-nCoV (GenBank寄存112編號MN908947.3)病毒株之密切關係。藉由在HuH7及VeroE6細胞上連續繼代來分離感染性病毒(Boudewijns等人. 2020);第6代病毒用於本文所述之研究中。病毒原液之效價藉由用Reed及Muench方法在Vero-E6細胞上進行端點稀釋來確定(Reed及Muench 1938)。變體病毒株B.1.351 (hCoV-19/Belgium/rega-1920/2021;EPI_ISL_896474,2021-01-11)自獲自返回至比利時且罹患呼吸道症狀之行進者之鼻咽拭子分離。患者之鼻咽拭子直接在MinION平台(Oxford Nanopore)上進行定序(Abdelnabi等人https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.26.433062v1)。
根據機構指南,在許可AMV 30112018 SBB 219 2018 0892及AMV 23102017 SBB 219 20170589下,在魯汶大學雷加研究所(KU Leuven Rega Institute)之高容器A3及BSL3+設施中進行活病毒相關工作(3CAPS)。
倉鼠中之SARS-CoV-2 感染模型
野生型敍利亞倉鼠(金倉鼠)係購自Janvier實驗室,且每二隻圈養在通氣的隔離籠(IsoCage N Biocontainment System,Tecniplast)中,可隨意獲取食物及水且具有籠豐富化(木塊)。飼養條件及實驗程序經魯汶大學動物實驗倫理委員會批准(許可P065-2020)。將6-10週齡之雌性倉鼠用氯胺酮/甲苯噻嗪/阿托品麻醉且鼻內接種50 μl之分別對於野生型或B.1.351變體含有2×106或1×104 TCID50。在藉由腹膜內注射感染之前24小時或48小時開始單株抗體(人類或倉鼠S2P6 (2-20 mg/kg))處理。監測倉鼠之外觀、行為及體重。在感染後第4天,藉由腹膜內注射500 μL Dolethal (200 mg/mL戊巴比妥鈉,Vétoquinol SA)使倉鼠安樂死。收集肺且分別藉由RT-qPCR及端點病毒滴定來定量病毒RNA及感染性病毒。在感染之前收集血液樣品用於藥物動力學分析。
SARS-CoV-2 RT-qPCR:
在處死之後收集倉鼠組織,且使用珠粒破壞(Precellys)在350 μll RLT緩衝液(RNeasy Mini套組,Qiagen)中均質化,且離心(10,000 rpm,5分鐘)以集結細胞碎片。根據製造商說明書提取RNA。為自血清提取RNA,使用NucleoSpin套組(Macherey-Nagel)。50 μL溶離液中之4 μL用作RT-qPCR反應中之模板。使用具有靶向核衣殼之N2引子及探針的iTaq通用探針一步驟RTqPCR套組(BioRad)在LightCycler96平台(Roche)上進行RT-qPCR (Boudewijns等人. 2020)。SARS-CoV-2 cDNA (IDT)之標準物用於表現每mg組織或每ml血清之病毒基因體複本。
端點病毒滴定
使用珠粒破壞(Precellys)使肺組織在350 μL最小基本培養基中均質化,且離心(10.000 rpm,5分鐘,4℃)以集結細胞碎片。為了定量感染性SARS-CoV-2粒子,在96孔盤中在匯合的Vero-E6細胞上進行終點滴定。藉由Reed及Muench方法(Reed及Muench 1938)使用Lindenbach計算器計算病毒效價,且表示為每mg組織50%組織培養物感染劑量(TCID50)。
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可組合上述各種實施例以提供其他實施例。本說明書中所提及及/或本申請資料清單中所列之所有美國專利、美國專利申請公開案、美國專利申請案、外國專利、外國專利申請案及非專利公開案均以全文引用的方式併入本文中,包括在2020年11月25日申請之美國臨時申請案第63/118,474號;在2021年4月2日申請之美國臨時申請案第63/170,342號;在2021年4月21日申請之美國臨時申請案第63/177,724號及在2021年5月10日申請之美國臨時申請案第63/186,779號。必要時,可以修改實施例之態樣以採用多個專利、申請案及公開案之構思以提供又另外的實施例。
可鑒於以上實施方式對實施例進行此等及其他改變。一般而言,在以下申請專利範圍中,所用術語不應解釋為將申請專利範圍限制於本說明書及申請專利範圍中所揭露之特定實施例,而應解釋為包括所有可能之實施例以及該申請專利範圍有權要求的等效物之全部範疇。因此,申請專利範圍不受本揭露內容限制。
無
專利或申請案文件含有至少一個彩製圖式。在申請且支付必要費用後,專利局將提供附有彩圖之此專利或專利申請公開案之複本。
圖1A 及1B展示單株抗體抗體420_1_2(在本文中亦稱為抗體S2S8)(圖1A)及抗體420_1_1(在本文中亦稱為抗體S2P6)(圖1B)與不同人類乙型冠狀病毒之刺突(S)蛋白之結合,如藉由酶聯免疫吸附分析(ELISA)所量測,該抗體420_1_2包含SEQ ID NO:36之VH (CDRH1、CDRH2及CDRH3分別為SEQ ID NO:37-39)及SEQ ID NO:40之VL (CDRL1、CDRL2及CDRL3分別為SEQ ID NO:41-43),該抗體420_1_1包含SEQ ID NO:26之VH (CDRH1、CDRH2及CDRH3分別為SEQ ID NO:27-29)及SEQ ID NO:30之VL (CDRL1、CDRL2及CDRL3分別為SEQ ID NO:31-33)。以1 µg/ml塗佈來自SARS-CoV (Urbani病毒株,AAP13441)、SARS-CoV-2 (BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019)、MERS (London1/2012)、OC43及HKU1之融合前穩定S蛋白。僅PBS用作陰性對照。以ng/ml報告半最大有效濃度(EC50)。除非另外陳述,否則在本發明實例中所測試之所有抗體均以重組方式表現為人類IgG1。
圖2A -2D展示單株抗體抗體420_1_2及抗體420_1_1與表現於Expi-CHO細胞中之不同人類乙型冠狀病毒之S蛋白的結合。抗體表現為帶有M428L/N434S Fc突變(「MLNS」)之重組IgG1。藉由流式細胞測量術量測與來自SARS-CoV-2 (BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019;圖2A)、SARS-CoV (Urbani病毒株,AAP13441;圖2B)、OC43 (圖2C)及MERS-CoV (London1/2012;圖2D)之S蛋白的結合。
圖3A 及3B展示單株抗體抗體420_1_1 (圖3A)及抗體420_1_2 (圖3B)與來自SARS-CoV-2 (BetaCoV/ Wuhan -Hu-1/2019) S之S1次單元、S2次單元及受體結合區域(RBD)的結合,如ELISA所量測。以1 µg/ml塗佈蛋白質。
圖4展示抗體420_1_1針對活SARS-CoV-2之中和活性,在VeroE6細胞中使用SARS-CoV-2螢光素酶報導體病毒分析報告為以ng/ml為單位之IC50。亦測試藉由抗體「S309」之中和(參見Pinto等人,
Cross -neutralizaiton of SARS -CoV -2 by a human monoclonal SARS -CoV antibody, Nature 583:290-295 (2020年7月))。資料來自一式三份孔。
圖5A 及5B展示藉由抗體420_1_1對Huh7細胞中MERS-CoV假型化病毒感染(圖5A)及Vero E6細胞中SARS-CoV-2假型化病毒(圖5B)的活體外中和(報告為µg/ml)。亦測試藉由比較抗體LCA60(抗MERS;Corti等人,
PNAS 122(33):10473-10478 (2015))及S309之中和。
圖6A 及6B展示藉由抗體420_1_2對Huh7細胞中MERS-CoV假型化病毒感染(圖6A)及Vero E6細胞中SARS-CoV-2假型化病毒(圖6B)的活體外中和。亦測試藉由比較抗體LCA60及S309之中和。
圖7展示來自人類乙型冠狀病毒刺突蛋白之部分S2區段的比對。融合前胞外區域之C端部分中之連接子區用紅色方塊指示。
圖8A -8C說明人類乙型冠狀病毒刺突蛋白之融合前胞外區域之C端部分中的部分守恆連接子區。圖8A展示來自不同人類乙型冠狀病毒之部分刺突蛋白胺基酸序列的比對。圖8B展示SARS-CoV-2刺突蛋白且鑑別連接子區(方塊內部之區,含有N1158聚醣)。圖8C展示圖8B中所示之連接子區之詳細視圖,且指示某些胺基酸殘基(編號係根據融合前構形)。
圖9A -9C展示SARS-CoV-2 S蛋白之結構(圖9A)以及守恆連接子區及某些胺基酸殘基及N1158聚醣之詳細視圖(圖9B)。在圖9C中,展示呈融合前(底部)及融合後(頂部)構形的殘基。融合後影像中殘基之編號不考慮信號肽。
圖10展示經轉染以過度表現ACE2或一組所選凝集素及受體候選物中之一者的HEK293T細胞藉由VSV-SARS-CoV-2假病毒之感染。
圖11展示過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2之穩定的HEK293T細胞株的顯微照片,該等細胞株經真SARS-CoV-2 (MOI為0.1)感染,接著加以固定且針對SARS-CoV-2核蛋白(紅色)進行免疫染色24小時。
圖12展示過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2之穩定的HEK293T細胞株中之螢光素酶位準之定量,如在用SARS-CoV-2-Nluc感染之後24小時所量測。
圖13展示在與不同濃度之抗SIGLEC1單株抗體(純系7-239)一起培育且用SARS-CoV-2-Nluc感染之後,過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2之穩定的HEK293T細胞株中之螢光素酶位準之定量。
圖14展示經短暫轉導以過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2之細胞藉由VSV-SARS-CoV-2假病毒之感染。展示HEK293T細胞(左側圖)、HeLa細胞(中間圖)及MRC5細胞(右側圖)之結果。
圖15展示在用ACE2 siRNA處理,之後用VSV-SARS-CoV-2假病毒感染後過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2之穩定的HEK293T細胞株之感染。
圖16展示在用不同濃度之抗ACE2抗體(多株血清)處理,之後用VSV-SARS-CoV-2假病毒感染後過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2之穩定的HEK293T細胞株之感染。
圖17A展示人類肺細胞圖譜中之ACE2、DC-SIGN (CD209)、L-SIGN (CLEC4M)及SIGLEC1之分佈及表現。
圖17B展示在重度COVID-19患者之支氣管肺泡灌洗液或痰液中對具有可偵測SARS-CoV-2基因體之主要細胞類型的分析。單一細胞基因表現譜繪示為t-SNE (t-分佈隨機鄰域嵌入)曲線,其根據細胞類型著色且根據病毒負荷設定大小。
圖18展示在重度COVID-19患者之支氣管肺泡灌洗液或痰液中對具有可偵測SARS-CoV-2基因體之主要細胞類型的分析。展示所指示細胞類型中之每一者之細胞累積分數(y軸),其中所偵測之病毒RNA/細胞達至相對應的logCPM (log(計數/百萬);x軸)。
圖19展示具有針對x軸上所示之受體基因及y軸上所示之SARS-CoV-2+細胞類型的所偵測之轉錄物之細胞計數的熱圖矩陣。來自八名個體之總n=3,085個細胞。參見Ren, X.等人. COVID-19 immune features revealed by a large-scale single cell transcriptome atlas. Cell, doi:10.1016/j.cell.2021.01.053 (2021)。
圖20展示在巨噬細胞中及在分泌細胞中受體轉錄物計數(各曲線之y軸)與SARS-CoV-2 RNA計數(各曲線之x軸)的相關性。相關性係基於來自Ren等人之對數轉換前的計數。
圖21展示經VSV-SARS-CoV-2之轉染的結果。轉染過程之示意圖展示於左側圖中。使經DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC1轉導之HeLa細胞與VSV-SARS-CoV-2一起培育,充分洗滌且與Vero-E6-TMPRSS2敏感性目標細胞共培養。在存在或不存在目標細胞下之結果展示於右側圖中。
圖22展示轉染之結果,其中在存在或不存在抗SIGLEC1阻斷抗體下進行VSV-SARS-CoV-2病毒吸收。
圖23展示如藉由流式細胞測量術所量測,純化的螢光標記之SARS-CoV-2刺突蛋白或RBD與所指示之細胞株的結合的定量。「A」指示過度表現ACE2之細胞株;「T」指示過度表現TMPRSS2之細胞株。
圖24展示如藉由RT-qPCR所量測,所指示之細胞株中細胞ACE2及TMPRSS2轉錄物的定量。「A」指示過度表現ACE2之細胞株;「T」指示過度表現TMPRSS2之細胞株。
圖25展示藉由15 µg/ml所指示之抗體抑制CHO-S細胞之抗體S2E12誘導之細胞-細胞融合。
圖26展示在不存在ACE2之情況下S陽性CHO-S細胞與經螢光標記之S陰性CHO細胞的抗體S2E12誘導之單向融合(亦稱為反融合)。細胞核用Hoechst染料染色;細胞質用CellTracker綠色染色。
圖27展示如藉由流式細胞測量術所量測,在穩定地過度表現對應的黏附受體之HEK293T細胞上靶向DC/L-SIGN、DC-SIGN、SIGLEC1或ACE2之抗體之結合的分析。
圖28展示如藉由免疫螢光所量測,在穩定地過度表現對應的黏附受體之HEK293T細胞上靶向DC/L-SIGN、DC-SIGN、SIGLEC1或ACE2之抗體之結合的分析。
圖29展示穩定地過度表現所指示之黏附受體的HEK293T細胞藉由經野生型刺突蛋白(灰色條)假型化之VSV-SARS-CoV-2或經攜帶B1.1.7譜系之突變的刺突蛋白(紅色條)假型化之VSV-SARS-CoV-2的感染。感染後一天分析發光。
圖30展示如藉由流式細胞測量術所量測,純化的螢光標記之SARS-CoV-2刺突蛋白(左側圖)或RBD (右側圖)與所指示之細胞株的結合的定量。
圖31展示如藉由流式細胞測量術所量測,純化的螢光標記之SARS-CoV-2刺突蛋白(左側圖)或RBD (右側圖)與所指示之細胞株的結合的定量。
圖32展示免疫複合物與倉鼠脾細胞之結合。滴定Alexa-488螢光免疫複合物(IC) (0-200 nM範圍)且與總未處理倉鼠脾細胞一起培育。在排除死亡/凋亡細胞且對真正單核球群體實體門控時用細胞計數器揭露結合。左側圖展示與用倉鼠或人類Fc抗體皮內製得之倉鼠細胞相關的螢光強度(人類S309展示為綠色;GH-S309展示為深灰色;GH-S309-N297A展示為藍色)。展示二個之單次重複。右側圖展示在整個單核球群體上量測之複本的相對Alexa-488平均螢光強度。
圖33展示在SARS-CoV-2攻擊中宿主效應功能之作用的分析。對敍利亞倉鼠以指定量(mg/kg)之倉鼠IgG2a S309,wt或Fc沉默(S309-N297A),注射。上圖展示感染後4天肺中病毒RNA之定量。中間圖展示感染後4天肺中複製病毒之定量。下部圖展示感染後4天肺中之組織病理學評分。向對照動物(白色符號)注射4 mg/kg不相關對照同型抗體。使用曼-惠特尼檢定,相對於對照動物之* p< 0.05、** p< 0.01、*** p< 0.001、**** p< 0.0001。
圖34展示抗體S2S43與來自乙型冠狀病毒SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、OC43及HKU1之刺突蛋白的結合。所計算的EC50值展示於圖式之右側。抗體S2S43包含SEQ ID NO:47之VH (CDRH1、CDRH2及CDRH3分別為SEQ ID NO:48-50)及SEQ ID NO:51之VL (CDRL1、CDRL2及CDRL3分別為SEQ ID NO:52-54)。
圖35展示抗體S2S43及S2P6對經SARS-CoV-2刺突蛋白假型化之MLV的感染之中和。所計算的IC50值展示於圖式之右側。
圖36A 及36B展示抗體S2P6 (圖36A)及S2S8 (圖36B)與乙型冠狀病毒MERS、HKU1、OC43、SARS-CoV及SARS-CoV-2之融合前刺突蛋白的結合。所計算的EC50值展示於各圖式之右側。
圖37展示抗體S2S8及S2P6與甲型冠狀病毒NL63-CoV (左側圖)及ss9E-CoV (右側圖)之刺突蛋白的結合。展示S2S8結合之所計算的EC50值。
圖38A -38E展示抗體S2P6與乙型冠狀病毒SARS-CoV-2 (圖37A)、SARS (圖37B)、OC43 (圖37C)、HKU1 (圖37D)及MERS (圖37E)之融合前刺突蛋白的結合,如藉由BLI所量測。S2P6以<1.0E-12 M之KD、4.53E+05 1/Ms之Kon及<1.0E-07 1/s之Kdis結合SARS-CoV-2刺突蛋白。S2P6以<1.0E-12 M之KD、2.32E+05 1/Ms之Kon及<1.0E-07 1/s之Kdis結合SARS-CoV刺突蛋白。S2P6以3.72E-10 M之KD、以1.08E+05 1/Ms之Kon及6.70E-05 1/s之Kdis結合OC43刺突蛋白。S2P6以2.44E-09 M之KD、2.32E+05 1/Ms之Kon及5.66E-04 1/s之Kdis結合HKU1刺突蛋白。S2P6以1.14E-09 M之KD、3.06E+05 1/Ms之Kon及3.48E-04 1/s之Kdis結合MERS刺突蛋白。使用BLI未觀測到抗體S2S8結合此等乙型冠狀病毒之融合前刺突蛋白(資料未示出)。
圖39A -39D展示使用抗體S2P6對四種不同乙型冠狀病毒之感染的中和。圖39A展示對Vero E6細胞之SARS-CoV-2假病毒感染的中和。包括抗體S309作為參考。S309包含SEQ ID NO: 85中所闡述之VH胺基酸序列及SEQ ID NO: 89中所闡述之VL胺基酸序列(CDRH1-H3及L1-L3分別如SEQ ID NO:86-88及90-92中所闡述),且為自SARS-CoV-1感染康復之患者分離的抗體。圖39B展示對Vero E6細胞之SARS-CoV假病毒感染的中和。圖39C展示對Huh 7細胞之MERS假病毒感染的中和。包括抗體LCA60作為參考。圖39D展示對Vero E6細胞之PangGD19假病毒感染的中和。所計算之IC50值展示在圖39A、39C及39D之曲線圖右側。
圖40展示使用抗體S2S8中和MERS假病毒(左側圖)及SARS-CoV-2假病毒(右側圖)之感染。展示比較抗體LCA60對MERS假病毒之中和且展示比較抗體S309對SARS-CoV-2之中和。
圖41A 及41B展示使用抗體S2P6及比較抗體S309對真SARS-CoV-2病毒之感染的中和。圖41A展示在24小時時對藉由SARS-CoV-2-luc以0.01之MOI感染VeroE6細胞的中和。展示來自一式三份孔的結果。針對S2P6計算之EC50為3.4 µg/ml。圖41B展示在24小時時藉由SARS-CoV-2以0.01之MOI感染VeroE6-TMPRSS2細胞的中和。針對S2P6計算之EC50為1.9 µg/ml。
圖42A 及42B展示抗體S2P6及S2S8以及比較抗體S309對FcγRIIa (H131對偶基因) (圖42A)及FcγRIIIa (V158對偶基因) (圖42B)之活化。
圖43展示肽掃描之結果,該肽掃描使用PEPperCHIP
®泛冠狀病毒刺突蛋白微陣列鑑別七個冠狀病毒刺突蛋白中之每一者內的由抗體S2P6(表現為具有M428L及N434S Fc突變之重組IgG1)結合之冠狀病毒刺突蛋白模體。微陣列包括SARS-CoV-2 (UniProt ID P0DTC2)、SARS-CoV (UniProt ID P59594)、MERS-CoV (UniProt ID A0A140AYZ5)、HCoV-OC43 (UniProt ID P36334)、HCoV-HKU1 (UniProt ID U3NAI2)、HCoV-NL63 (UniProt ID Q6Q1S2)及HCoV-229E (UniProt ID P15423)之刺突蛋白。各刺突蛋白序列轉化為具有13個胺基酸之肽-肽重疊的15胺基酸肽。陣列含有一式二份列印之4,564種不同肽。表現為具有M428L及N434S (「MLNS」) Fc突變之重組IgG1的抗體S2P6與濃度為10 µg/ml之陣列一起培育。觀測到具有共同模體
FK
EELDK
YF(發現於SARS-CoV-2及SARS-CoV中;SEQ ID NO:57)且具有類似模體GID
FQ
DELDE
FFK (發現於MERS-CoV中;SEQ ID NO:58)及DF
KEELDQ
WFK (發現於HCoV-OC43中;SEQ ID NO:59)之鄰近肽的反應。此等模體在融合前胞外區域之尾部處位於表面暴露之連接子區中。
圖44展示肽掃描之結果,該肽掃描使用上文所述之PEPperCHIP
®泛冠狀病毒刺突蛋白微陣列鑑別針對七個冠狀病毒刺突蛋白中之每一者的與抗體S2S8(表現為具有MLNS Fc突變之重組IgG1)結合之冠狀病毒刺突蛋白模體。觀測到具有共同模體K
RSFIEDLLFN (SEQ ID NO: 60) (發現於SARS-CoV-2及SARS-CoV中)、A
RSAIEDLLFD (SEQ ID NO: 61) (發現於MERS-CoV中)、S
RSAIEDLLFD (SEQ ID NO: 62) (發現於HCoV-OC43中)、
RSFFEDLLF(SEQ ID NO: 63) (發現於HCoV-HKU1中)、
RSALEDLLFSK (SEQ ID NO: 64) (發現於HCoV-NL63中)及G
RSAIEDILFS (SEQ ID NO: 65) (發現於HCoV-229E中)之鄰近肽的反應。此等模體位於S2'裂解位點中,其為融合所需的且在甲型冠狀病毒及乙型冠狀病毒中高度守恆。
圖45展示在用SARS-CoV-2 Wuhan Hu-1鼻內攻擊之前向敍利亞倉鼠預防性投予抗體S2P6(表現為倉鼠IgG2a)的結果。量測感染之後的肺中之病毒RNA(左側圖)及病毒效價(右側圖)。
圖46展示抗體S2X529與來自SARS-CoV-2、SARS-CoV、HKU1、OC43及MERS之刺突蛋白的結合。
圖47展示如藉由ELISA所測定,抗體S2P6及抗體S2S43對於融合前SARS-CoV-2刺突蛋白之結合親合力(EC50)。
圖48展示資料概述於
圖 47中之分析中的代表性抗體S2P6結合。
圖49展示經由最大似然分析推斷之代表性α-冠狀病毒及β-冠狀病毒S醣蛋白胺基酸序列之分歧圖。β-冠狀病毒以紅色突出顯示。
圖50展示抗體S2P6結合(10至0.22 µg/ml)至一組代表所有薩貝冠狀病毒(sarbecovirus)分枝系之26個S醣蛋白(左側)及8個SARS-CoV-2變體(右側)之流式細胞測量術分析之結果,顯示為對數幾何-MFI (幾何平均螢光強度)之熱度圖。
圖51展示使用對於S活化蛋白酶TMPRSS2 (VeroE6-TMPRSS2)呈陽性或對於TMPRSS2 (Vero E6)呈陰性之VeroE6細胞測定的S2P6對真SARS-CoV-2的中和。包括結合RBD位點IV之單株抗體S309 (Pinto等人. 2020)以用於比較。展示來自一個實驗之一式四份的平均值± s.d.。展示3個中之一個代表性實驗。針對VeroE6-TMPRSS2之抗體S2P6的IC50為1.87 μg/ml。針對VeroE6-TMPRSS2之抗體S309之IC50為0.09 μg/ml。針對VeroE6之抗體S2P6的IC50為3.68 μg/ml。針對VeroE6之抗體S309的IC50為0.02 μg/ml。
圖52展示上圖中之對SARS-CoV-2 B.1.1.7 S、B.1.351 S及P.1 S水泡性口炎病毒(VSV)假型及野生型(D614G) S VSV假型之抗體S2P6介導的中和。下圖展示表示為相對於野生型(D614G) S VSV假型之IC50倍數變化的對B1.1.7、B. 1.351及P.1假型之中和。紅色上線表示用於降低之效能之截止值。
圖53展示抗體S2P6與跨越SARS-CoV/SARS-CoV-2 S、OC43 S及MERS-CoV S序列之線性肽(由13個殘基重疊之15聚體肽)的結合。
圖54展示多種β-冠狀病毒之β-冠狀病毒莖螺旋區與加框之抗體S2P6表位區的比對。根據SARS-CoV-2 S展示殘基編號。N連接之醣基化序列子以藍色突出顯示。
圖55展示1:10稀釋之大流行前(P,n=88)、COVID-19恢復期(C,n=72)、疫苗接種者免疫(VI,n=9)及疫苗接種者未經治療(VN,n=37)血漿與各種β-冠狀病毒莖螺旋肽之結合,如ELISA所分析。基於大流行前樣品之信號及與未經塗佈之ELISA盤之結合確定0.7之截止值。
圖56展示對來自21名COVID-19恢復期個體之記憶B細胞結合至β-冠狀病毒莖螺旋肽的分析。各點表示含有寡純系B細胞之個別培養物,在ELISA中針對莖螺旋肽篩選(左側圖)。截止值(0.4)由虛線指示。展示SARS-CoV/-2及OC43(中間圖)以及SARS-CoV/-2及HKU1(右側圖)之成對反應性比較。
圖57展示對來自16名疫苗接種者之記憶B細胞結合至β-冠狀病毒莖螺旋肽的分析。各點表示含有寡純系B細胞之個別培養物,在ELISA中針對莖螺旋肽篩選(左側圖)。截止值(0.4)由虛線指示。展示SARS-CoV/-2及OC43(中間圖)以及SARS-CoV/-2及HKU1(右側圖)之成對反應性比較。
圖58展示對疫苗接種者之血漿抗體結合至β-冠狀病毒莖螺旋肽的縱向分析。
圖59展示
圖 76中所示之S2P6抗體與莖螺旋肽之莖螺旋肽結合。(突變之SH/SK)、完全生殖系恢復(UCA/UCA)、與成熟輕鏈配對之生殖系恢復重鏈(UCA/SK)、與生殖系恢復輕鏈配對之成熟重鏈(SH/UCA)。
圖60展示如藉由ELISA所分析,在抗體S2P6存在下,與ACE2之SARS-CoV-2 S結合。包括S2E12 (Tortorici等人,
Science370(6519):950-957 (2020))作為陽性對照。
圖61展示使用經SARS-CoV-2 S轉染之Vero-E6細胞,抗體S2P6對細胞-細胞融合之抑制。包括S2M11 (Tortorici等人,
Science370(6519):950-957 (2020))作為陽性對照。抑制融合值相對於無mAb之融合百分比(100%)及未經轉染之細胞之融合百分比(0%)歸一化。
圖62展示在抗體S2P6結合至ExpiCHO目標細胞表面表現之全長野生型SARS-CoV-2 S後,在穩定表現FcγRIIIa (V158,左側)或FcγRIIa (V131,右側)之Jurkat細胞中誘導的NFAT驅動之螢光素酶信號。包括S309作為陽性對照。RLU表示相對發光單位。
圖63展示細胞效應功能之抗體S2P6活化。使用SARS-CoV-2 CHO-K1細胞(經基因工程改造以穩定地表現HaloTag-HiBit標籤)作為目標細胞及PBMC作為效應細胞之抗體介導之ADCC(抗體依賴性細胞毒性)分析的分析結果呈現於左圖中。NK細胞介導之殺死之量值表示為特異性裂解之百分比。使用Cell-Trace-Violet標記之PBMC作為吞噬細胞(單核球)源及表現PKH67螢光標記之S的CHO細胞作為目標細胞之抗體介導之ADCP(抗體依賴性細胞吞噬作用)分析的分析結果呈現於中間圖中。y軸指示抗CD14(單核球)標記及PKH67之單核球雙陽性百分比。在補體存在下藉由mAb使SARS-CoV-2 S穩定轉染之CHO細胞裂解的分析結果(CDC分析)呈現於右圖中。抗體曲線圖如同圖62中。
圖64展示在用原型SARS-CoV-2 (Wuhan-1相關)鼻內攻擊之前投予指定量之含有倉鼠(Hm)或人類(Hu)恆定區之抗體S2P6的敍利亞倉鼠中之測試結果。病毒RNA負荷展示於左圖中且複製病毒效價展示於右圖中。* P<0.05,曼-惠特尼檢定。
圖65展示預防性投予20 mg/kg人類抗體S2P6之後的敍利亞倉鼠中之結果。在抗體投予之後用SARS-CoV-2 B.1.351 VOC攻擊倉鼠。病毒RNA負荷展示於左圖中且複製病毒效價展示於右圖中。
圖66展示藉由ELISA量測之抗體S2P6(左圖)及抗體S2S43(右圖)與融合前β-冠狀病毒S胞外區域三聚體之結合。
圖67A -67C展示如在流式細胞測量術中量測之抗體S2P6與一組代表所有薩貝冠狀病毒分枝系之26種S醣蛋白及8種SARS-CoV-2變體結合的幾何平均螢光強度。
圖68展示如經由對刺突蛋白胺基酸序列之最大似然分析推斷之薩貝冠狀病毒之系統發生樹。
圖69展示對抗體S2P6 Fab與固定融合前β-冠狀病毒S三聚體之SPR(表面電漿子共振)之結合的分析。
圖70展示對抗體S2P6 Fab及IgG與固定融合前SARS-CoV-2 S胞外區域三聚體在pH 7.4及pH 5.4下之結合的SPR分析。
圖71展示抗體S2P6與在指定莖螺旋肽胺基酸位置處含有各可能胺基酸取代(沿熱度圖之左側)之莖螺旋肽(熱度圖底部處之胺基酸序列)的結合(螢光強度)熱度圖。右側處呈標度之梯度指示與展示為交叉方塊之原生殘基(界定白色)相比之結合損失程度。綠色/虛線正方形指示與原生殘基相比之取代增強結合。星號突出顯示在抗體S2P6病毒逃逸中發現之取代。
圖72展示如自GISAID擷取之具有人類及動物宿主之β-冠狀病毒序列之間的表位守恆。SARS-CoV-2之共有序列以x軸報告且主要取代藉由粗體字母指示。
圖73A -73F展示針對所測試之各個體與來自恢復期個體之IgG記憶B細胞之β-冠狀病毒莖螺旋肽的結合。截止值(OD=0.4)係由虛線指示,且報告針對各抗原之評分陽性培養物之頻率。
圖74A -74D展示針對各所測試之個體與來自疫苗接種者之IgG記憶B細胞之β-冠狀病毒莖螺旋肽的結合。截止值(OD=0.4)係由虛線指示,且報告針對各抗原之評分陽性培養物之頻率。
圖75展示在第一疫苗劑量展示對SARS-CoV2之高反應之後與來自免疫個體(左上圖)及二個大流行前個體(右頂圖及下圖)之IgG記憶B細胞之β-冠狀病毒莖螺旋肽的結合。
圖76展示抗體S2P6未突變共同祖先(UCA) (頂部)、S2P6野生型及S2P6完全生殖系恢復變體之可變區胺基酸序列的比對。CDR區以灰色突出顯示。
圖77展示
圖 76之S2P6抗體與各種β-冠狀病毒之莖螺旋肽的結合。
圖78展示抗體S2S43 UCA及野生型S2S43的VH及VL胺基酸序列的比對。
圖79提供展示抗體S2P6及S2S43之基因使用及其他特性的表。
<![CDATA[<110> 美商維爾生物科技股份有限公司(VIR BIOTECHNOLOGY, INC.)]]> 瑞士商休曼生物醫藥股份公司(HUMABS BIOMED SA) <![CDATA[<120> 結合至多種乙型冠狀病毒的抗體]]> <![CDATA[<140> TW 110143607]]> <![CDATA[<141> 2021-11-23]]> <![CDATA[<150> US 63/186,779]]> <![CDATA[<151> 2021-05-10]]> <![CDATA[<150> US 63/177,724]]> <![CDATA[<151> 2021-04-21]]> <![CDATA[<150> US 63/170,342]]> <![CDATA[<151> 2021-04-02]]> <![CDATA[<150> US 63/118,474]]> <![CDATA[<151> 2020-11-25]]> <![CDATA[<160> 104]]> <![CDATA[<170> PatentIn版本3.5]]> <![CDATA[<210> 1]]> <![CDATA[<211> 29902]]> <![CDATA[<212> DNA]]> <![CDATA[<213> 乙型冠狀病毒SARS冠狀病毒2]]> <![CDATA[<400> 1]]> attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct 60 gttctctaaa cgaactttaa aatctgtgtg gctgtcactc ggctgcatgc ttagtgcact 120 cacgcagtat aattaataac taattactgt cgttgacagg acacgagtaa ctcgtctatc 180 ttctgcaggc tgcttacggt ttcgtccgtg ttgcagccga tcatcagcac atctaggttt 240 cgtccgggtg tgaccgaaag gtaagatgga gagccttgtc cctggtttca acgagaaaac 300 acacgtccaa ctcagtttgc ctgttttaca ggttcgcgac 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Val Ser Ser 115 120 125 <![CDATA[<210> 94]]> <![CDATA[<211> 8]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成序列SARS-CoV-2 S309 N55Q CDRH2 ]]> <![CDATA[<400> 94]]> Ile Ser Thr Tyr Gln Gly Asn Thr 1 5 <![CDATA[<210> 95]]> <![CDATA[<211> 14]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 乙型冠狀病毒]]> <![CDATA[<400> 95]]> Asp Ser Phe Lys Glu Glu Leu Asp Lys Tyr Phe Lys Asn His 1 5 10 <![CDATA[<210> 96]]> <![CDATA[<211> 21]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 乙型冠狀病毒]]> <![CDATA[<400> 96]]> Gln Pro Glu Leu Asp Ser Phe Lys Glu Glu Leu Asp Lys Tyr Phe Lys 1 5 10 15 Asn His Thr Ser Pro 20 <![CDATA[<210> 97]]> <![CDATA[<211> 21]]> <![CDATA[<212> DNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 正向引子]]> <![CDATA[<400> 97]]> caagagcaaa cggttgaaca c 21 <![CDATA[<210> 98]]> <![CDATA[<211> 22]]> <![CDATA[<212> DNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 反向引子]]> <![CDATA[<400> 98]]> ccagagcctc tcattgtagt ct 22 <![CDATA[<210> 99]]> 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<![CDATA[<400> 104]]> cattgaactc gtcggtctc 19
Claims (42)
- 一種抗體或其抗原結合片段,其包含有包含一重鏈可變區域(VH)及一輕鏈可變區域(VL),該重鏈可變區域(VH)包含一CDRH1、一CDRH2及一CDRH3,該輕鏈可變區域(VL)包含一CDRL1、一CDRL2及一CDRL3,其中: (i) 該CDRH1包含下述或由下述組成:根據SEQ ID NO: 27、37、48、67或80之胺基酸序列或其一功能變體,該功能變體包含一個、二個或三個酸取代之一功能變體,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸的一取代; (ii) 該CDRH2包含下述或由下述組成:根據SEQ ID NO: 28、38、49、68或81之胺基酸序列或其一功能變體,該功能變體包含一個、二個或三個胺基酸取代,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸的一取代; (iii) 該CDRH3包含下述或由下述組成:根據SEQ ID NO: 29、39或50之胺基酸序列或其一功能變體,該功能變體包含一個、二個或三個胺基酸取代,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸的一取代; (iv) 該CDRL1包含下述或由下述組成:根據SEQ ID NO: 31、41、52、70、76、78或83之胺基酸序列或其一功能變體,該功能變體包含一個、二個或三個胺基酸取代,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸的一取代; (v) 該CDRL2包含下述或由下述組成:根據SEQ ID NO: 32、42或53之胺基酸序列或其一功能變體,該功能變體包含一個、二個或三個胺基酸取代,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸的一取代;及/或 (vi) 該CDRL3包含下述或由下述組成:根據SEQ ID NO: 33、43或54之胺基酸序列或其一功能變體,該功能變體包含一個、二個或三個胺基酸取代,該等取代中之一或多者任擇地為一守恆取代及/或為對一經生殖系編碼之胺基酸的一取代, 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合至一乙型冠狀病毒之一表面醣蛋白。
- 如請求項1之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至二種或更多種乙型冠狀病毒之一表面醣蛋白。
- 如請求項2之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之一表面醣蛋白。
- 如請求項1至3中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至一SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV、OC43及HKU1。
- 如請求項1至4中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠結合至表現於一宿主細胞之一表面上及/或一病毒粒子上的一或多種乙型冠狀病毒之該表面醣蛋白。
- 如請求項1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠在一活體外感染模型中及/或一活體內動物感染模型中及/或一人類中中和一乙型冠狀病毒之感染。
- 如請求項1至5中任一項之抗體或抗原結合片段,其能夠在一活體外感染模型中及/或一活體內動物感染模型中及/或一人類中中和一種、二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之感染。
- 如請求項1至7中任一項之抗體或抗原結合片段,其在一活體外感染模型中及/或一活體內動物感染模型中及/或一人類中能夠中和任何一種、二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之感染。
- 如請求項1至8中任一項之抗體或抗原結合片段,其包含以下中闡述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3胺基酸序列: (i) 分別為SEQ ID Nos: 27、28、29、31、32、33; (ii) 分別為SEQ ID NOs: 27、28、29、70、32、33; (iii) 分別為SEQ ID NOs: 27、28、74、31、32、33; (iv) 分別為SEQ ID NOs: 27、28、74、70、32、33; (v) 分別為SEQ ID NOs: 27、28、29、76、32、33; (vi) 分別為SEQ ID NOs: 27、28、29、78、32、33; (vii) 分別為SEQ ID NOs: 27、28、74、76、32、33; (viii) 分別為SEQ ID NOs: 27、28、74、78、32、33; (ix) 分別為SEQ ID NOs: 27、68、29、31、32、33; (x) 分別為SEQ ID NOs: 27、68、29、70、32、33; (xi) 分別為SEQ ID NOs: 27、68、74、31、32、33; (xii) 分別為SEQ ID NOs: 27、68、74、70、32、33; (xiii) 分別為SEQ ID NOs: 27、68、29、76、32、33; (xiv) 分別為SEQ ID NOs: 27、68、29、78、32、33; (xv) 分別為SEQ ID NOs: 27、68、74、76、32、33; (xvi) 分別為SEQ ID NOs: 27、68、74、78、32、33; (xvii) 分別為SEQ ID NOs: 67、28、29、31、32、33; (xviii) 分別為SEQ ID NOs: 67、28、74、31、32、33; (xix) 分別為SEQ ID NOs: 67、28、74、70、32、33; (xx) 分別為SEQ ID NOs: 67、28、29、76、32、33; (xxi) 分別為SEQ ID NOs: 67、28、29、78、32、33; (xxii) 分別為SEQ ID NOs: 67、28、74、76、32、33; (xxiii) 分別為SEQ ID NOs: 67、28、74、78、32、33; (xxiv) 分別為SEQ ID NOs: 67、68、29、31、32、33; (xxv) 分別為SEQ ID NOs: 67、68、29、70、32、33; (xxvi) 分別為SEQ ID NOs: 67、68、74、31、32、33; (xxvii) 分別為SEQ ID NOs: 67、68、74、70、32、33; (xxviii) 分別為SEQ ID NOs: 67、68、29、76、32、33; (xxix) 分別為SEQ ID NOs: 67、68、29、78、32、33; (xxx) 分別為SEQ ID NOs: 67、68、74、76、32、33; (xxxi) 分別為SEQ ID NOs: 48、49、50、52、53、54; (xxxii) 分別為SEQ ID NOs: 48、49、50、83、53、54; (xxxiii) 分別為SEQ ID NOs: 48、81、50、52、53、54; (xxxiv) 分別為SEQ ID NOs: 48、81、50、83、53、54; (xxxv) 分別為SEQ ID NOs: 80、49、50、52、53、54; (xxxvi) 分別為SEQ ID NOs: 80、49、50、83、53、54; (xxxvii) 分別為SEQ ID NOs: 80、81、50、52、53、54; (xxxviiii) 分別為SEQ ID NOs: 80、81、50、83、53、54;或 (xxxix) 分別為SEQ ID NOs: 37、38、39、41、42、43。
- 如請求項1至9中任一項之抗體或抗原結合片段,其中: (i) 該VH包含一胺基酸序列或由其組成,該胺基酸序列與根據SEQ ID NO: 26、36、47、66、71、72或79之胺基酸序列具有至少85%一致性,其中變化任擇地限於一或多個骨架區及/或該變化包含一或多個對一經生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或 (ii) 該VL包含一胺基酸序列或由其組成,該胺基酸序列與根據SEQ ID NO: 30、40、51、69、75、77或82之胺基酸序列具有至少85%一致性,其中該變化任擇地限於一或多個骨架區及/或該變化包含一或多個對一經生殖系編碼之胺基酸的取代。
- 如請求項1至10中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該VH及該VL包含根據以下SEQ ID NOs之胺基酸序列或由所述胺基酸序列組成:(i)分別為26及30;(ii)分別為26及69;(iii)分別為26及75;(iv)分別為26及77;(v)分別為66及69;(vi)分別為66及30;(vii)分別為66及75;(viii)分別為66及77;(ix)分別為71及30;(x)分別為71及69;(xi)分別為71及75;(xii)分別為71及77;(xiii)分別為72及30;(xiv)分別為72及69;(xv)分別為72及75;(xvi)分別為72及77;(xvii)分別為73及30;(xviii)分別為73及69;(xix)分別為73及75;(xx)分別為73及77;(xxi)分別為36及40;(xxii)分別為47及51;(xxiii)分別為47及82;(xxiv)分別為79及82;或(xxv)分別為79及51。
- 如請求項1至10中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該VH及該VL具有至少85%、至少90%、至少95%、至少97%、至少99%下述SEQ ID NOs中闡述之胺基酸序列,或者包含或由下述SEQ ID NOs中闡述之胺基酸序列組成:(i)分別為26及30;(ii)分別為26及69;(iii)分別為26及75;(iv)分別為26及77;(v)分別為66及69;(vi)分別為66及30;(vii)分別為66及75;(viii)分別為66及77;(ix)分別為71及30;(x)分別為71及69;(xi)分別為71及75;(xii)分別為71及77;(xiii)分別為72及30;(xiv)分別為72及69;(xv)分別為72及75;(xvi)分別為72及77;(xvii)分別為73及30;(xviii)分別為73及69;(xix)分別為73及75;(xx)分別為73及77;(xxi)分別為36及40;(xxii)分別為47及51;(xxiii)分別為47及82;(xxiv)分別為79及82;或(xxv)分別為79及51。
- 一種抗體或其抗原結合片段,其能夠結合至一乙型冠狀病毒表面醣蛋白胺基酸序列或肽,該乙型冠狀病毒表面醣蛋白胺基酸序列或肽包含(i)-(iii)中之任一者: (i) FKEELDKYF [SEQ ID NO:57]; (ii) GIDFQDELDEFFK [SEQ ID NO:58];及/或 (iii) DFKEELDQWFK [SEQ ID NO:59]。
- 一種抗體或其抗原結合片段,其能夠結合至一乙型冠狀病毒表面醣蛋白胺基酸序列或肽,該乙型冠狀病毒表面醣蛋白胺基酸序列或肽包含(i)-(vi)中之任一者: (i) KRSFIEDLLFN [SEQ ID NO:60]; (ii) ARSAIEDLLFD [SEQ ID NO:61]; (iii) SRSAIEDLLFD [SEQ ID NO:62]; (iv) RSFFEDLLF [SEQ ID NO:63]; (v) RSALEDLLFSK [SEQ ID NO:64];及/或 (vi) GRSAIEDILFS [SEQ ID NO:65]。
- 一種抗體或其抗原結合片段,其識別一乙型冠狀病毒表面醣蛋白之一莖螺旋中的一表位,其中該表位在二種、三種、四種、五種或更多種乙型冠狀病毒中為守恆的。
- 一種抗體或抗原結合片段,其能夠結合至包含胺基酸序列X 1X 2FX 3X 4ELDX 5YF (SEQ ID NO:84)之一肽。
- 如請求項1至16中任一項之抗體或抗原結合片段,其: (i) 識別二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之刺突蛋白中之一表位; (ii) 能夠阻斷二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之該刺突蛋白與其各別細胞表面受體之間的一相互作用; (iii) 識別在二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒之該刺突蛋白中為守恆的一表位; (iv) 針對二種、三種、四種或五種乙型冠狀病毒具有交叉反應性; (v) 針對SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任三者具有交叉反應性; (vi) 針對SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV、OC43及HKU1中之任四者具有交叉反應性; (vii) 針對SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV、OC43及HKU1具有交叉反應性; (viii) 能夠在一活體外感染模型中及/或一活體內動物感染模型中及/或一人類中來中和一種、二種、三種、四種、五種或更多種不同人類乙型冠狀病毒之感染; (ix) 當該抗體或抗原結合片段結合至該乙型冠狀病毒及/或甲型冠狀病毒表面醣蛋白時,能夠活化一人類FcγRIIa (任擇地V131)、一人類FcγRIIIa (任擇地V158)或二者; (x) 當結合至一乙型冠狀病毒之該表面醣蛋白時,不抑制該表面醣蛋白與一人類ACE2之間的結合; (xi) 能夠抑制一第一細胞與一第二細胞之間的細胞-細胞融合,該第一細胞經SARS-CoV-2 S醣蛋白感染或轉染; (xii) 能夠介導ADCC、ADCP、CDC或其任何組合來對抗經一乙型冠狀病毒感染之一目標細胞; (xiii) 能夠預防一哺乳動物中之一乙型冠狀病毒感染,或預防一哺乳動物中之一乙型冠狀病毒感染之嚴重程度之一進展;或 (xiv) (i)-(xii)之任何組合。
- 如請求項1至16中任一項之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段為一多特異性抗體或抗原結合片段。
- 如請求項17之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段為一雙特異性抗體或抗原結合片段。
- 如請求項1至18中任一項之抗體或抗原結合片段,其中Fc多肽或其片段包含: (i) 一突變,當與不包含該突變之一參考Fc多肽相比,其增強與一FcRn之結合;及/或 (ii) 一突變,當與不包含該突變之一參考Fc多肽相比,其增強與一FcγR之結合。
- 如請求項19之抗體或抗原結合片段,其中增強與一FcRn之結合之該突變包含:M428L、N434S、N434H、N434A、N434S、M252Y、S254T、T256E、T250Q、P257I、Q311I、D376V、T307A、E380A或其等之任何組合;M428L/N434S、S239D、I332E、A330L、G236A或其等任何組合;或者S239D/I332E、S239D/A330L/I332E、G236A/S239D/I332E或G236A/A330L/I332E。
- 一種抗體或其一抗原結合片段,其與如請求項1至20中任一項之抗體或抗原結合片段競爭結合至一乙型冠狀病毒表面醣蛋白。
- 如請求項1至21中任一項之抗體,其中該抗體包含在等同位置處經來自一對應UCA之一胺基酸予以取代的一野生型序列之至少一個胺基酸。
- 一種經分離的多核苷酸,其編碼如請求項1至22中任一項之抗體或抗原結合片段,或編碼該抗體或該抗原結合片段之一VH、一重鏈、一VL及/或一輕鏈。
- 如請求項23之多核苷酸,其中該多核苷酸包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA),其中該RNA任擇地包含信使RNA (mRNA)。
- 如請求項23或24之多核苷酸,其經密碼子最佳化以於一宿主細胞中表現。
- 如請求項23至25中任一項之多核苷酸,其包含與根據SEQ ID NO: 34、35、44或45之多核苷酸序列具有至少50%一致性之一多核苷酸。
- 一種重組載體,其包含如請求項23至26中任一項之多核苷酸。
- 一種宿主細胞,其包含如請求項23至26中任一項之多核苷酸及/或如請求項27之載體,其中該多核苷酸對於該宿主細胞為異源的。
- 一種人類B細胞,其包含如請求項23至26中任一項之多核苷酸,其中多核苷酸對於該人類B細胞為異源的及/或其中該人類B細胞為永生化的。
- 一種組成物,其包含: (i) 如請求項1至22中任一項之抗體或抗原結合片段; (ii) 如請求項23至26中任一項之多核苷酸; (iii) 如請求項27之重組載體; (iv) 如請求項28之宿主細胞;及/或 (v) 如請求項29之人類B細胞, 及一醫藥學上可接受之賦形劑、載劑或稀釋劑。
- 如請求項30之組成物,其包含二種或更多種如請求項1至22中任一項之抗體或抗原結合片段。
- 一種組合,其包含: (i) 如請求項1至22中任一項之抗體或抗原結合片段;及 (ii) 一抗體或抗原結合片段,其能夠結合至一乙型冠狀病毒表面醣蛋白表位,該乙型冠狀病毒表面醣蛋白表位在莖螺旋外部,且任擇地包含於一受體結合區域(RBD)中。
- 一種組成物,其包含囊封於一載劑分子中之如請求項23至26中任一項之多核苷酸,其中該載劑分子任擇地包含一脂質、一脂質衍生之遞送媒劑,諸如一脂質體、一固體脂質奈米粒子、一油性懸浮液、一次微米級脂質乳液、一脂質微泡、一逆脂質微胞、一耳蝸脂質體、一脂質微管、一脂質微柱、脂質奈米粒子(LNP)或一奈米尺度平台。
- 一種治療一個體之一乙型冠狀病毒感染的方法,該方法包含向該個體投予一有效量之 (i) 如請求項1至22中任一項之抗體或抗原結合片段; (ii) 如請求項23至26中任一項之多核苷酸; (iii) 如請求項27之重組載體; (iv) 如請求項28之宿主細胞; (v) 如請求項29之人類B細胞; (vi) 如請求項30至21中任一項或請求項33之組成物;及/或 (vii) 如請求項32之組合。
- 如請求項34之方法,其包含投予一有效量之如請求項32之組合,其中投予一有效量之該組合包含投予一有效量之(i)之該抗體或抗原結合片段及任擇地同時或以一順序投予一有效量之(ii)之該多核苷酸。
- 如請求項1至22中任一項之抗體或抗原結合片段、如請求項23至26中任一項之多核苷酸、如請求項276之重組載體、如請求項28之宿主細胞、如請求項29之人類B細胞、如請求項30至31中任一項或請求項33之組成物及/或如請求項32之組合,其使於治療一個體之一乙型冠狀病毒感染的一方法中。
- 如請求項1至22中任一項之抗體或抗原結合片段、如請求項23至26中任一項之多核苷酸、如請求項276之重組載體、如請求項28之宿主細胞、如請求項29之人類B細胞、如請求項30至31中任一項或請求項33之組成物及/或如請求項32之組合,其使用於製備供治療一個體之一乙型冠狀病毒感染用的一藥劑中。
- 如請求項36或37之供使用的抗體、抗原結合片段、多核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞、組成物及/或組合,其中該乙型冠狀病毒包含: (i) SARS-CoV; (ii) SARS-CoV-2; (iii) MERS-CoV; (iv) OC43; (v) HKU1;或 (vi) (i)-(iii)之任何組合。
- 如請求項36或37之供使用的抗體、抗原結合片段、多核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞、組成物及/或組合,其中治療該乙型冠狀病毒之該方法包含投予一有效量之該抗體或抗原結合片段及任擇地同時或以一順序投予一有效量之該多核苷酸。
- 如請求項36或37之供使用的抗體、抗原結合片段、多核苷酸、重組載體、宿主細胞、人類B細胞、組成物及/或組合,其中所述使用包含在治療一個體中之一乙型冠狀病毒感染之一方法中之該抗體或抗原結合片段之一第一使用及該多核苷酸之一第二使用,該第一使用和第二使用係同時或按順序地進行。
- 一種用於活體外診斷一乙型冠狀病毒感染之方法,該方法包含: (i) 使來自一個體之一樣品與如請求項1至22中任一項之一抗體或抗原結合片段接觸;及 (ii) 偵測一複合物,其包含一抗原及該抗體,或包含一抗原及該抗原結合片段。
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