ES2552535T3 - Sistemas de CRISPR-Cas y métodos para alterar la expresión de productos génicos - Google Patents

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Abstract

Un sistema vector asociado a CRISPR - Repeticiones Palindrómicas Cortas Agrupadas y Regularmente Interespaciadas (CRISPR) (Cas) (CRISPR-Cas) que no se encuentran en la naturaleza, de ingeniería, que comprende uno o más vectores que comprenden: a) un primer elemento regulador unido de manera operable a una o más secuencias de nucleótidos que codifican uno o más ARN guía del sistema CRISPR-Cas que se hibridan con secuencias objetivo en los sitios de los polinucleótidos en una célula eucariota, donde el ARN guía comprende una secuencia guía, una secuencia tracr y una secuencia de emparejamiento tracr, b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una secuencia de nucleótidos que codifica una proteína Cas9 de Tipo II, comprendiendo dicha proteína una secuencia de localización nuclear (NLS); en el que los componentes (a) y (b) están situados en los mismos vectores o diferentes vectores del sistema, en el que la secuencia tracr tiene una longitud de 30 o más nucleótidos, y según lo cual uno o más ARN guía fijan como objetivo los sitios de los polinucleótidos en una célula eucariota y la proteína Cas9 escinde los sitios de los polinucleótidos, según lo cual se modifica la secuencia de los sitios de los polinucleótidos; y en el que la proteína Cas9 y uno o más ARN guía no se encuentran juntos en la naturaleza.

Description

imagen1
DESCRIPCIÓN
Sistemas de CRISPR-Cas y métodos para alterar la expresión de productos génicos
Campo de la invención
La presente invención se refiere en general a sistemas, métodos y composiciones usados para el control de la
5 expresión de genes que implica fijar como objetivo una secuencia, tal como perturbación del genoma o edición de genes, que pueden usar sistemas vector relacionados con Repeticiones Palindrómicas Cortas Agrupadas y Regularmente Interespaciadas (CRISPR, por sus siglas en inglés) y componentes de los mismos.
Informe en cuanto a investigación patrocinada federalmente
Esta invención se realizó con soporte del gobierno otorgado por el Pioneer Award del NIH, Institutos Nacionales de 10 Salud, DP1MH100706. El gobierno tiene ciertos derechos en la invención.
Antecedentes de la invención
Los recientes avances en las técnicas de secuenciación del genoma y métodos de análisis han acelerado significativamente la capacidad para catalogar y cartografiar factores genéticos asociados a un diverso intervalo de funciones biológicas y enfermedades. Se requieren tecnologías precisas para fijar como objetivo genoma para 15 permitir la ingeniería inversa sistemática de variaciones genéticas causales permitiendo la perturbación selectiva de elementos genéticos individuales, así como avanzar las aplicaciones de la biología sintética, biotecnológicas y médicas. Aunque están disponibles técnicas de edición de genoma tales como dedos de cinc diseñadores, efectores del tipo activador de la transcripción (los TALE, por sus siglas en inglés) o meganucleasas de migración para producir perturbaciones del genoma fijado como objetivo, sigue existiendo la necesidad de nuevas tecnologías de
20 ingeniería del genoma que tengan un precio asequible, fáciles de montar, escalables y susceptibles de fijar como objetivo múltiples posiciones dentro del genoma eucariota.
Sumario de la invención
Existe una necesidad apremiante de sistemas y técnicas alternativos y robustos para fijar como objetivo secuencias con una amplia serie de aplicaciones. Esta invención estudia esta necesidad y proporciona ventajas relacionadas. El 25 CRISPR/Cas o el sistema CRISPR-Cas (ambos términos se usan de manera intercambiable por toda esta solicitud) no requiere la generación de proteínas personalizadas para secuencias específicas fijadas como objetivo sino más bien se puede programar una enzima Cas única mediante una molécula de ARN corta para reconocer un objetivo de ADN específico, en otras palabras la enzima Cas se puede reclutar para un objetivo de ADN específico usando dicha molécula de ARN corta. Añadir el sistema CRISPR-Cas al repertorio de técnicas de secuenciación del genoma
30 y métodos de análisis puede simplificar de manera significativa la metodología y acelerar la capacidad para catalogar y cartografiar factores genéticos asociados a un diverso intervalo de funciones biológicas y enfermedades. Para utilizar el sistema CRISPR-Cas de manera eficaz para editar genoma sin efectos perjudiciales, es crítico comprender aspectos de ingeniería y optimización de estas herramientas de ingeniería del genoma, que son aspectos de la presente descripción.
35 De acuerdo con la presente invención, se proporciona un sistema vector de CRISPR-Cas de ingeniería que no se encuentra en la naturaleza de acuerdo con la reivindicación 1. En la invención se describen aspectos adicionales en las reivindicaciones dependientes. La invención también proporciona los usos del sistema de acuerdo con las reivindicaciones 13 a 15.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para alterar o modificar la expresión de uno o más productos
40 génicos que puede comprender introducir en una célula que contiene y expresa moléculas de ADN que codifican uno o más de los productos génicos, un sistema CRISPR-Cas de ingeniería que no se encuentra en la naturaleza, que puede comprender una proteína Cas y uno o más ARN guía que tienen como objetivo moléculas de ADN, donde uno o más ARN guía tienen como objetivo los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos y la proteína Cas escinde los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más
45 productos génicos, de esta manera la expresión de uno o más productos génicos se altera o modifica; y donde la proteína Cas y el ARN guía no se encuentran juntos en la naturaleza. La descripción abarca que la expresión de dos
o más productos génicos se puede alterar o modificar. La descripción además abarca que el ARN guía comprende una secuencia guía fusionada a una secuencia tracr. En una realización preferida, la célula es una célula eucariota, en una realización más preferida, la célula es una célula de mamífero y en una realización aún más preferida, la 50 célula de mamífero es una célula humana. La descripción también abarca que la proteína Cas puede comprender una o más señales de localización nuclear (NLS, por sus siglas en inglés). En algunas realizaciones, la proteína Cas es una enzima del sistema CRISPR de tipo II. El algunas realizaciones, la proteína Cas es una proteína Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas es una Cas9 de S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 mutadas derivadas de estos organismos. La proteína puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En
55 algunas realizaciones, la proteína Cas es codón-optimizada para su expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la proteína Cas dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la secuencia objetivo. En un aspecto adicional de la descripción, la expresión del producto génico disminuye y el producto génico es una proteína. La descripción abarca que la introducción en la célula se realiza mediante un sistema de suministro que puede comprender partículas víricas, liposomas, electroporación, microinyección o conjugación.
imagen2
En otro aspecto, la descripción proporciona un método para alterar o modificar la expresión de uno o más productos génicos que comprende introducir en una célula que contiene y expresa moléculas de ADN que codifican uno o más 5 productos génicos un sistema vector de ingeniería que no está presente en la naturaleza que puede comprender uno
o más vectores que comprenden: a) un primer elemento regulador unido de manera operable a uno o más ARN guía del sistema CRISPR-Cas que se hibridan con secuencias objetivo en los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos, b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una proteína Cas, donde los componentes (a) y (b) se localizan en los mismos vectores del sistema o diferentes, en el 10 que los ARN guía tienen como objetivo los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos y la proteína Cas escinde los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos, y de esta manera se altera o modifica la expresión de uno o más productos génicos; y, donde la proteína Cas y los ARN guía no se encuentran juntos en la naturaleza. La descripción abarca que la expresión de dos o más productos génicos se puede alterar o modificar. La descripción además abarca que el ARN guía 15 comprende una secuencia guía fusionada a una secuencia tracr. En una realización preferida, la célula es una célula eucariota, en una realización más preferida, la célula es una célula de mamífero y en una realización aún más preferida, la célula de mamífero es una célula humana. La descripción también abarca que los vectores del sistema pueden comprender además una o más NLS. En algunas realizaciones, la proteína Cas es una enzima del sistema CRISPR de tipo II. En algunas realizaciones, la proteína Cas es una proteína Cas9. En algunas realizaciones la 20 proteína Cas9 es Cas9 de S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 mutadas derivadas de esos organismos. La proteína puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas es codón-optimizada para la expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones la proteína Cas dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la secuencia diana. En un aspecto adicional de la descripción, la expresión del producto génico disminuye y el producto génico es una proteína. La descripción abarca que la
25 introducción en la célula se realiza mediante un sistema de suministro que puede comprender partículas víricas, liposomas, electroporación, microinyección o conjugación.
La invención proporciona un sistema vector de ingeniería que no está presente la naturaleza de acuerdo con la reivindicación 1 que puede comprender uno o más vectores que comprenden: a) un primer elemento regulador unido de manera operable a uno o más ARN guía del sistema CRISPR-Cas que se hibridan con secuencias objetivo en los 30 sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos, b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una proteína Cas, donde los componentes (a) y (b) se localizan en los mismos vectores del sistema o diferentes, en el que los ARN guía tienen como objetivo los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos en una célula y la proteína Cas escinde los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos, y de esta manera se altera o 35 modifica la expresión de uno o más productos génicos; y, donde la proteína Cas y los ARN guía no se encuentran juntos en la naturaleza. La invención abarca que la expresión de dos o más productos génicos se puede alterar o modificar. La invención además abarca que el ARN guía comprende una secuencia guía fusionada a una secuencia tracr. En una realización preferida, la célula es una célula eucariota, en una realización más preferida, la célula es una célula de mamífero y en una realización aún más preferida, la célula de mamífero es una célula humana. La 40 invención también abarca que los vectores del sistema pueden comprender además una o más NLS. La proteína Cas es una proteína Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas9 es Cas9 de S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 mutadas derivadas de esos organismos. La proteína puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas es codón-optimizada para la expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones la proteína Cas dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la
45 secuencia diana. En un aspecto adicional de la descripción, la expresión del producto génico disminuye y el producto génico es una proteína. La invención abarca que la introducción en la célula se realiza mediante un sistema de suministro que puede comprender partículas víricas, liposomas, electroporación, microinyección o conjugación.
En otro aspecto más, la descripción proporciona un sistema de CRISPR-Cas de ingeniería, programable que no está presente en la naturaleza que puede comprender una proteína Cas y uno o más ARN guía que tienen como objetivo 50 los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos en una célula y la proteína Cas escinde los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos, de manera que se altera o modifica la expresión de uno o más productos génicos; y donde la proteína Cas y los ARN guía no se encuentran juntos en la naturaleza. La descripción abarca que la expresión de dos o más productos génicos se puede alterar o modificar. La descripción además abarca que el ARN guía comprende una secuencia 55 guía fusionada a una secuencia tracr. En una realización preferida, la célula es una célula eucariota, en una realización más preferida, la célula es una célula de mamífero y en una realización aún más preferida, la célula de
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mamífero es una célula humana. La invención también abarca que el sistema CRISPR-Cas puede comprender además una o más NLS. En algunas realizaciones, la proteína Cas es una enzima del sistema CRISPR de tipo II. En algunas realizaciones, la proteína Cas es una proteína Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas9 es Cas9 de
S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 mutadas derivadas de esos organismos. La
5 proteína puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas es codón-optimizada para la expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la proteína Cas dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la secuencia diana. En un aspecto adicional de la descripción, la expresión del producto génico disminuye y el producto génico es una proteína. La invención abarca que la introducción en la célula se realiza mediante un sistema de suministro que puede comprender partículas víricas, liposomas, electroporación, microinyección o conjugación.
En un aspecto, la descripción proporciona un sistema vector que comprende uno o más vectores. En algunas realizaciones, el sistema comprende: (a) un primer elemento regulador ligado de manera operable a una secuencia de emparejado tracr y uno o más sitios de inserción para insertar una o más secuencias guía aguas arriba de la secuencia de emparejado tracr, en la que cuando se expresa, la secuencia guía se dirige a unión específica de 15 secuencias de un complejo CRISPR a una secuencia fijada como objetivo en una célula eucariota, en la que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con (1) la secuencia guía que se hibrida a la secuencia fijada como objetivo y (2) la secuencia de emparejado tracr que se hibrida a la secuencia tracr y (b) un segundo elemento regulador ligado de manera operable a una secuencia codificadora de enzimas que codifica dicha enzima CRISPR que comprende una secuencia de localización nuclear; en el que los componentes (a) y (b) están situados en los mismos vectores o diferentes del sistema. En algunas realizaciones, el componente (a) comprende además la secuencia tracr aguas abajo de la secuencia de emparejamiento tracr bajo el control del primer elemento regulador. En algunas realizaciones, el componente (a) comprende además dos o más secuencias guía ligadas de manera operable al primer elemento regulador, en el que cuando se expresan, cada una de las dos o más secuencias guía dirige unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia objetivo diferente 25 en una célula eucariota. En algunas realizaciones, el sistema comprende la secuencia tracr bajo el control de un tercer elemento regulador, tal como un activador de polimerasa III. En algunas realizaciones, la secuencia tracr presenta al menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% o 99% de complementariedad de secuencias a lo largo de la longitud de la secuencia de emparejado tracr cuando se alinean de manera óptima. La determinación de la alineación óptima está comprendida en las competencias del experto en la técnica. Por ejemplo, existen algoritmos de alineación y programas comercializados y públicos tales como, sin carácter limitante, Clustal W, Smith-Waterman en matlab, Bowtie, Geneious, Biopython y SeqMan. En algunas realizaciones, el complejo CRISPR comprende una
o más secuencias de localización nuclear de suficiente fortaleza para conducir la acumulación de dicho complejo CRISPR en una cantidad detectable en el núcleo de una célula eucariota. Sin desear estar ligados por la teoría, se cree que una secuencia de localización nuclear no es necesariamente para actividad del complejo CRISPR en 35 eucariotas, sino que incluyendo tales secuencias se mejora la actividad del sistema, especialmente en cuanto a moléculas de ácido nucleico fijadas como objetivo en el núcleo. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es una enzima del sistema CRISPR de tipo II. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es una enzima Cas9. En algunas realizaciones, la enzima Cas9 es Cas9 S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 mutada derivada de estos organismos. La enzima puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es codón-optimizada para expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la secuencia objetivo. En algunas realizaciones, el primer elemento regulador es un activador de la polimerasa III. En algunas realizaciones, el segundo elemento regulador es un activador de la polimerasa II. En algunas realizaciones, la secuencia guía tiene al menos 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25 nucleótidos o entre 10-30 o entre 15-25 o entre 15-20 nucleótidos de longitud. En 45 general y por toda esta memoria descriptiva, el término "vector" se refiere a una molécula de ácido nucleico capaz de transportar otro ácido nucleico al que se ha unido. Los vectores incluyen, pero no se limitan a, moléculas de ácido nucleico que son monocatenarias, bicatenarias o parcialmente bicatenarias; moléculas de ácido nucleico que comprenden uno o más extremos libres, ningún extremo libre (por ejemplo, circular); moléculas de ácido nucleico que comprenden ADN, ARN o ambos y otras variedades de polinucleótidos conocidos en la técnica. Un tipo de vector es un "plásmido", que se refiere a un bucle de ADN de doble cadena circular en que se pueden insertar segmentos de ADN adicionales, tal como por técnicas de clonación molecular clásicas. Otro tipo de vector es un vector vírico, en el que están presentes secuencias de ADN o ARN derivadas víricamente en el vector para empaquetamiento en un virus (por ejemplo, retrovirus, retrovirus de replicación defectuosa, adenovirus, adenovirus de replicación defectuosa y virus adenoasociados). Los vectores víricos también incluyen polinucleótidos soportados
55 por un virus para transinfección a una célula huésped. Algunos vectores son capaces de replicación autónoma en una célula huésped en que se introducen (por ejemplo, vectores bacterianos con un origen bacteriano de replicación y vectores de mamífero episomales). Otros vectores (por ejemplo, vectores de mamíferos no episomales) se integran en el genoma de una célula huésped en la introducción en la célula huésped y se replican de ese modo junto con el genoma huésped. Por otra parte, algunos vectores son capaces de dirigir la expresión de los genes a los que están unidos de manera operativa. Dichos vectores se refieren en la presente memoria como "vectores de expresión". Los vectores de expresión comunes de utilidad en técnicas de ADN recombinante están con frecuencia en la forma de plásmidos.
Los vectores de expresión recombinantes pueden comprender un ácido nucleico de la descripción en una forma adecuada para expresión del ácido nucleico en una célula huésped, que significa que los vectores de expresión recombinantes incluyen uno o más elementos reguladores, que se pueden seleccionar sobre la base de las células huésped que se tienen que usar para expresión, que están unidos de manera operativa a la secuencia de ácidos nucleicos que se tiene que expresar. En un vector de expresión recombinante, "unido de manera operable" significa que la secuencia de nucleótidos de interés está unida al elemento o a los elementos reguladores de una manera que
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5 permite la expresión de la secuencia de nucleótidos (por ejemplo, en un sistema de transcripción/traducción in vitro o en una célula huésped cuando el vector se introduce en la célula huésped).
Se pretende que el término "elemento regulador" incluya activadores, potenciadores, sitios de entrada de ribosomas internos (IRES, por sus siglas en inglés) y otros elementos de control de la expresión (por ejemplo, señales de terminación de la transcripción, tales como señales de poliadenilación y secuencias poli-U). Tales elementos 10 reguladores se describen, por ejemplo, en Goeddel, GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1.990). Los elementos reguladores incluyen aquellos que dirigen la expresión constitutiva de una secuencia de nucleótidos en muchos tipos de célula huésped y aquellos que dirigen la expresión de la secuencia de nucleótidos sólo en ciertas células huésped (por ejemplo, secuencias reguladoras específicas del tejido). Un activador específico del tejido puede dirigir la expresión principalmente en un 15 tejido deseado de interés, tal como músculo, neurona, hueso, piel, sangre, órganos específicos (por ejemplo, hígado, páncreas) o tipos de células particulares (por ej., linfocitos). Los elementos reguladores también pueden dirigir la expresión de una manera dependiente temporal, tal como de una manera dependiente del ciclo celular o dependiente de la fase de desarrollo, que puede ser o no también específica del tejido o del tipo de célula. En algunas realizaciones, un vector comprende uno o más activadores de pol III (por ej., 1, 2, 3, 4, 5 o más activadores 20 de pol III), uno o más activadores de pol II (por ej., 1, 2, 3, 4, 5 o más activadores de pol II), uno o más activadores de pol I (por ej., 1, 2, 3, 4, 5 o más activadores de pol I) o combinaciones de los mismos. Ejemplos de activadores de pol III incluyen, pero no se limitan a, activadores U6 y H1. Ejemplos de activadores de pol II incluyen, pero no se limitan a, el activador LTR del virus del sarcoma de Rous (RSV, por sus siglas en inglés) retrovírico (opcionalmente con el potenciador de RSV), el activador de citomegalovirus (CMV) (opcionalmente con el estimulador de CMV) 25 [véase, por ej., Boshart et al, Cell, 41: 521-530 (1.985)], el activador de SV40, el activador de dihidrofolato reductasa, el activador de β-actina, el activador de fosfoglicerol kinasa (PGK, por sus siglas en inglés) y el activador de EF1α. También están incluidos en el término "elemento regulador" los elementos estimuladores, tales como WPRE; estimuladores de CMV; el segmento R-U5' en LTR de HTLV-1 (Mol. Cell. Biol., Vol. 8 (1), pág. 466-472, 1.988); estimulador de SV40 y la secuencia del intrón entre los exones 2 y 3 de β-globina de conejo (Proc. Natl. Acad. Sci. 30 USA., Vol. 78 (3), pág. 1.527-31, 1.981). Se apreciará por los expertos en la materia que el diseño del vector de expresión puede depender de factores tales como la elección de la célula huésped que se tiene que transformar, el nivel de expresión deseado, etc. Se puede introducir un vector en células huésped para producir de ese modo transcritos, proteínas o péptidos, incluyendo proteínas o péptidos de fusión, codificados por ácidos nucleicos como se describe en la presente memoria (por ejemplo, transcritos de repeticiones palindrómicas cortas agrupadas y
35 regularmente interespaciadas (CRISPR), proteínas, enzimas, formas mutantes de los mismos, proteínas de fusión de los mismos, etc.).
Vectores ventajosos incluyen lentivirus y virus adenoasociados y también se pueden seleccionar tipos de tales vectores para fijar como objetivo tipos particulares de células.
En un aspecto, la descripción proporciona una célula eucariota huésped que comprende: (a) un primer elemento
40 regulador unido de manera operable a una secuencia de emparejamiento tracr y uno o más sitios de inserción para insertar una o más secuencias guía aguas arriba de la secuencia de emparejamiento tracr, en la que cuando se expresa, la secuencia guía dirige la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia objetivo en una célula eucariota, en la que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con (1) la secuencia guía que se hibrida a la secuencia objetivo y (2) la secuencia de emparejamiento tracr que se hibrida a
45 la secuencia tracr y/o (b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una secuencia codificadora de enzima que codifica a dicha enzima CRISPR que comprende una secuencia de localización nuclear. En algunas realizaciones, la célula huésped comprende los componentes (a) y (b). En algunas realizaciones, el componente (a), el componente (b) o los componentes (a) y (b) están integrados de manera estable en un genoma de la célula eucariota huésped. En algunas realizaciones, el componente (a) comprende además la secuencia tracr aguas abajo
50 de la secuencia de emparejamiento tracr bajo el control del primer elemento regulador. En algunas realizaciones, el componente (a) comprende además dos o más secuencias guía unidas de manera operable al primer elemento regulador, en el que cuando se expresan, cada una de las dos o más secuencias guía dirige la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia objetivo diferente en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la célula huésped eucariota comprende además un tercer elemento regulador, tal como un activador
55 de la polimerasa III, unido de manera operable a una dicha secuencia tracr. En algunas realizaciones, la secuencia tracr presenta al menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% o 99% de complementariedad de secuencias a lo largo de la longitud de la secuencia de emparejamiento tracr cuando se alinean de manera óptima. La enzima puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es codón-optimizada para expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR dirige la escisión de una o dos hebras en la
60 posición de la secuencia objetivo. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR carece de actividad de escisión de la hebra de ADN. En algunas realizaciones, el primer elemento regulador es un activador de la polimerasa III. En algunas realizaciones, el segundo elemento regulador es un activador de la polimerasa II. En algunas realizaciones, la secuencia guía es al menos 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25 nucleótidos o entre 10-30 o entre 15-25 o entre 15-20 nucleótidos de longitud. En un aspecto, la descripción proporciona un organismo eucariota no humano; preferiblemente un organismo eucariota multicelular, que comprende una célula eucariota huésped según cualquiera de las realizaciones descritas. En otros aspectos, la descripción proporciona un organismo eucariota; preferiblemente un organismo eucariota multicelular, que comprende una célula eucariota huésped según cualquiera
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5 de las realizaciones descritas. El organismo en algunas realizaciones de estos aspectos puede ser un animal; por ejemplo un mamífero. También, el organismo puede ser un artrópodo tal como un insecto. El organismo puede también ser una planta. Además, el organismo puede ser un hongo.
En un aspecto, la descripción proporciona un estuche que comprende uno o más de los componentes descritos en la presente memoria. En algunas realizaciones, el estuche comprende un sistema vector e instrucciones para usar el 10 estuche. En algunas realizaciones, el sistema vector comprende: (a) un primer elemento regulador unido de manera operable a una secuencia de emparejamiento tracr y uno o más sitios de inserción para insertar una o más secuencias guía aguas arriba de la secuencia de emparejamiento tracr, en el que cuando se expresan, la secuencia guía dirige la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia fijada como objetivo en una célula eucariota, en la que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con (1) la secuencia 15 guía que se hibrida a la secuencia objetivo y (2) la secuencia de emparejamiento tracr que se hibrida a la secuencia tracr y/o (b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una secuencia codificadora de enzima que codifica dicha enzima CRISPR que comprende una secuencia de localización nuclear. En algunas realizaciones, el estuche comprende los componentes (a) y (b) situados en los mismos vectores del sistema o diferentes. En algunas realizaciones, el componente (a) comprende además la secuencia tracr aguas abajo de la secuencia de 20 emparejamiento tracr bajo el control del primer elemento regulador. En algunas realizaciones, el componente (a) comprende además dos o más secuencias guía unidas de manera operable al primer elemento regulador, en el que cuando se expresan, cada una de las dos o más secuencias guía dirige la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia objetivo diferente en una célula eucariota. En algunas realizaciones, el sistema comprende además un tercer elemento regulador, tal como un activador de la polimerasa III, unido de manera 25 operable a dicha secuencia tracr. En algunas realizaciones, la secuencia tracr presenta al menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% o 99% de complementariedad de secuencias a lo largo de la longitud de la secuencia de emparejamiento tracr cuando se alinea de manera óptima. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR comprende una o más secuencias de localización nuclear de suficiente fortaleza para conducir la acumulación de dicha enzima CRISPR en una cantidad detectable en el núcleo de una célula eucariota. En algunas realizaciones, la enzima 30 CRISPR es una enzima del sistema CRISPR de tipo II. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es una enzima Cas9. En algunas realizaciones, la enzima Cas9 es Cas9 de S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 mutada procedente de estos organismos. La enzima puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es codón-optimizada para expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la secuencia objetivo. En
35 algunas realizaciones, la enzima CRISPR carece de actividad de escisión de la hebra de ADN. En algunas realizaciones, el primer elemento regulador es un activador de la polimerasa III. En algunas realizaciones, el segundo elemento regulador es un activador de la polimerasa II. En algunas realizaciones, la secuencia guía es al menos 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25 nucleótidos o entre 10-30 o entre 15-25 o entre 15-20 nucleótidos de longitud.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para modificar un polinucleótido objetivo en una célula
40 eucariota. En algunas realizaciones, el método comprende permitir que se una un complejo CRISPR al polinucleótido objetivo para efectuar la escisión de dicho polinucleótido objetivo modificando de ese modo el polinucleótido objetivo, en el que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con una secuencia guía se transcribe a una secuencia fijada como objetivo dentro de dicho polinucleótido objetivo, en el que dicha secuencia guía está ligada a una secuencia de emparejamiento tracr que a su vez se transcribe a una
45 secuencia tracr. En algunas realizaciones, dicha escisión comprende escindir una o dos hebras en la posición de la secuencia objetivo mediante dicha enzima CRISPR. En algunas realizaciones, dicha escisión da como resultado la transcripción disminuida de un gen objetivo. En algunas realizaciones, el método comprende además reparar dicho polinucleótido objetivo escindido por recombinación homóloga con un polinucleótido exógeno de plantilla, en el que dicha reparación da como resultado una mutación que comprende una inserción, supresión o sustitución de uno o
50 más nucleótidos de dicho polinucleótido objetivo. En algunas realizaciones, dicha mutación da como resultado uno o más cambios de aminoácido en una proteína expresada de un gen que comprende la secuencia objetivo. En algunas realizaciones, el método comprende además suministrar uno o más vectores a dicha célula eucariota, en el que uno o más vectores conducen la expresión de uno o más de: la enzima CRISPR, la secuencia guía ligada a la secuencia de emparejamiento tracr y la secuencia tracr. En algunas realizaciones, dichos vectores se suministran a
55 la célula eucariota en un individuo. En algunas realizaciones, dicha modificación tiene lugar en dicha célula eucariota en un cultivo celular. En algunas realizaciones, el método comprende además aislar dicha célula eucariota de un individuo antes de dicha modificación. En algunas realizaciones, el método comprende además devolver dicha célula y/o células eucariotas procedentes de ahí a dicho individuo.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para modificar la expresión de un polinucleótido en una célula
60 eucariota. En algunas realizaciones, el método comprende permitir que un complejo CRISPR se una al polinucleótido de manera que dicha unión dé como resultado la expresión aumentada o disminuida de dicho polinucleótido; en el que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con una secuencia guía se transcribe a una secuencia fijada como objetivo dentro de dicho polinucleótido, en el que dicha secuencia guía
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está ligada a una secuencia de emparejamiento tracr que a su vez se transcribe a una secuencia tracr. En algunas realizaciones, el método comprende además suministrar uno o más vectores a dichas células eucariotas, en el que uno o más vectores conducen la expresión de una o más de: la enzima CRISPR, la secuencia guía ligada a la secuencia de emparejamiento tracr y la secuencia tracr.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para generar una célula eucariota modelo que comprende un gen mutado de la enfermedad. En algunas realizaciones, un gen de la enfermedad es cualquier gen asociado a un aumento del riesgo de tener o desarrollar una enfermedad. En algunas realizaciones, el método comprende (a) introducir uno o más vectores en una célula eucariota, en la que uno o más vectores conducen la expresión de uno o más de: una enzima CRISPR, una secuencia guía ligada a una secuencia de emparejamiento tracr y una secuencia tracr y (b) permitir que un complejo CRISPR se una a un polinucleótido objetivo para efectuar la escisión del polinucleótido objetivo dentro de dicho gen de la enfermedad, en el que el complejo CRISPR comprende la enzima CRISPR complejada con (1) la secuencia guía que se hibrida a la secuencia objetivo dentro del polinucleótido objetivo y (2) la secuencia de emparejamiento tracr que se hibrida a la secuencia tracr, generando de ese modo una célula eucariota modelo que comprende un gen mutado de la enfermedad. En algunas realizaciones, dicha escisión comprende escindir una o dos hebras en la posición de la secuencia objetivo mediante dicha enzima CRISPR. En algunas realizaciones, dicha escisión da como resultado la transcripción disminuida de un gen objetivo. En algunas realizaciones, el método comprende además reparar dicho polinucleótido objetivo escindido por recombinación homóloga con un polinucleótido exógeno de plantilla, en el que dicha reparación da como resultado una mutación que comprende una inserción, supresión o sustitución de uno o más nucleótidos de dicho polinucleótido objetivo. En algunas realizaciones, dicha mutación da como resultado uno o más cambios de aminoácido en una expresión de proteína de un gen que comprende la secuencia objetivo.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para desarrollar un agente biológicamente activo que module un caso de señalización celular asociado a un gen de la enfermedad. En algunas realizaciones, un gen de la enfermedad es cualquier gen asociado a un aumento del riesgo de tener o desarrollar una enfermedad. En algunas realizaciones, el método comprende (a) poner en contacto un compuesto de ensayo con una célula modelo de una cualquiera de las realizaciones descritas y (b) detectar un cambio en una lectura que sea indicativo de una reducción
o un aumento del caso de señalización celular asociado a dicha mutación en dicho gen de la enfermedad, desarrollando de ese modo dicho agente biológicamente activo que module dicho caso de señalización celular asociado a dicho gen de la enfermedad.
En un aspecto, la descripción proporciona un polinucleótido recombinante que comprende una secuencia guía aguas arriba de una secuencia de emparejamiento tracr, en el que la secuencia guía cuando se expresa dirige la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una correspondiente secuencia objetivo presente en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la secuencia objetivo es una secuencia vírica presente en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la secuencia objetivo es un proto-oncogén o un oncogén.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para seleccionar una o más células por introducción de una o más mutaciones en un gen en una o más células, comprendiendo el método: introducir uno o más vectores en la célula o las células, en las que uno o más vectores conducen la expresión de uno o más de: una enzima CRISPR, una secuencia guía ligada a una secuencia de emparejamiento tracr, una secuencia tracr y una plantilla de edición; en la que la plantilla de edición comprende una o más mutaciones que anula la escisión de la enzima CRISPR; permitir la recombinación homóloga de la plantilla de edición con el polinucleótido objetivo en la célula o las células que se tienen que seleccionar; permitir que un complejo CRISPR se una a un polinucleótido objetivo para efectuar la escisión del polinucleótido objetivo dentro de dicho gen, en el que el complejo CRISPR comprende la enzima CRISPR complejada con (1) la secuencia guía que se hibrida a la secuencia objetivo dentro del polinucleótido objetivo y (2) la secuencia de emparejamiento tracr que se hibrida a la secuencia tracr, en la que la unión del complejo CRISPR al polinucleótido objetivo induce la muerte celular, permitiendo de ese modo que se seleccione una o más células en que se han introducido una o más mutaciones. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es una enzima del sistema CRISPR de tipo II. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es una proteína Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas9 es Cas9 de S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 derivadas de esos organismos. La enzima puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la enzima es codón-optimizada para la expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la enzima dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la secuencia diana. En una realización preferida, la enzima CRISPR es Cas9. En otra realización preferida de la descripción, la célula que se tiene que seleccionar puede ser una célula eucariota. Los aspectos de la descripción permiten la selección de células específicas sin que se requiera un marcador de selección o un procedimiento de dos etapas que pueda incluir un sistema de contraselección.
Los aspectos de la invención abarcan la inactivación génica específica del sitio en el genoma endógeno: la presente invención presenta ventajas respecto a la utilización de las tecnologías de nucleasas específicas del sitio basadas en dedos de zinc y los efectores TAL ya que no requiere un diseño elaborado y se puede utilizar para inactivar simultáneamente múltiples genes dentro del mismo genoma. En un aspecto adicional, la invención abarca la edición genómica específica del sitio. La presente invención presenta ventajas respecto a la utilización de nucleasas o recombinasas específicas del sitio naturales o artificiales ya que puede ser capaz de introducir dobles roturas de cadena específicas del sitio para facilitar la recombinación homóloga en los sitios genómicos objetivo. En otro 7 5
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aspecto, la invención abarca la interferencia de ADN específica de la secuencia. La invención se puede utilizar para inactivar el genoma de organismos dañinos basados en ADN, tales como microbios, virus o incluso células cancerosas, introduciendo directamente roturas en sitios específicos en el genoma de estos organismos. La invención proporciona métodos y composiciones para la ingeniería genómica multiplexada ya que el sistema CRISPR-Cas de la invención se puede dirigir fácilmente a múltiples sitios en el genoma mediante la utilización de múltiples secuencias guía o elementos espaciadores CRISPR específicos de la secuencia.
Breve descripción de los dibujos
Se tendrá un mejor entendimiento de las características y ventajas de la presente invención por referencia a la siguiente descripción detallada que explica realizaciones ilustrativas, en que se utilizan los principios de la invención, y los dibujos adjuntos de los que:
La Figura 1 muestra un modelo esquemático del sistema CRISPR. La nucleasa Cas9 de Streptococcus pyogenes (amarillo) se fija como objetivo para ADN genómico por un ARN guía sintético (ARNsg) que consiste en una secuencia guía de 20-nt (azul) y un andamio (rojo). Los pares de bases de la secuencia guía con el ADN objetivo (azul), directamente aguas arriba de una unidad adyacente protoespaciadora (PAM, por sus siglas en inglés; magenta) 5'-NGG requisito y Cas9 media una doble rotura de cadena (DSB, por sus siglas en inglés) ~3 pb aguas arriba de la PAM (triángulo rojo).
La Figura 2A-F muestra un sistema CRISPR ejemplar, un posible mecanismo de acción, una adaptación de ejemplo para la expresión en células eucariotas y los resultados de los ensayos que evalúan la localización nuclear y la actividad de CRISPR. La Figura 2C describe las SEQ ID NOS 23-24, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 2E describe las SEQ ID NOS 25-27, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 2F describe las SEQ ID NOS 28-32, respectivamente, en orden de aparición.
La Figura 3A-D muestra los resultados de una evaluación de la especificidad de SpCas9 por un objetivo de ejemplo. La Figura 3A describe las SEQ ID NOS 33, 26 y 34-44, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 3C describe la SEQ ID NO: 33.
La Figura 4A-G muestra un sistema vector ejemplar y los resultados de su uso para dirigir la recombinación homóloga en células eucariotas. La Figura 4E describe la SEQ ID NO: 45. La Figura 4F describe las SEQ ID NOS 46-47, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 4G describe las SEQ ID NOS 48-52, respectivamente, en orden de aparición.
La Figura 5 proporciona una tabla de secuencias protoespaciadoras (SEQ ID NOS 16, 15, 14, 53-58,18, 17 y 59-63, respectivamente, en orden de aparición) y resume los resultados de la eficacia de la modificación para protoespaciadores objetivo diseñados basándose en sistemas CRISPR ejemplares de S. pyogenes y S. thermophilus con las PAM correspondientes frente a sitios en genomas humanos y de ratón. Se transfectaron unas células con Cas9 y pre-ARNcr/ARNtracr o ARN quimérico y se analizaron 72 horas después de la transfección. Se calcularon los porcentajes de inserciones o supresiones basándose en los resultados de un ensayo Surveyor a partir de las líneas celulares indicadas (n=3 para todos los protoespaciadores objetivos, los errores son E.E.M., N.D. indica no detectable utilizando el ensayo Surveyor y N.T. indica no estudiado en este estudio).
La Figura 6A-C muestra una comparación de diferentes transcritos de ARNtracr para fijar como objetivo genes mediados por Cas9. La Figura 6A describe las SEQ ID NOS 64-65, respectivamente, en orden de aparición.
La Figura 7 muestra un ensayo de nucleasa surveyor de manera esquemática para la detección de microinserciones y supresiones inducidas por dobles roturas de cadena.
La Figura 8A-B muestra vectores de expresión bicistrónicos ejemplares para la expresión de elementos del sistema CRISPR en células eucariotas. La Figura 8A describe las SEQ ID NOS 66-68, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 8B describe las SEQ ID NOS 69-71, respectivamente, en orden de aparición.
La Figura 9A-C muestra histogramas de distancias entre la PAM del sitio 1 de S. pyogenes SF370 (NGG) (Figura 9A) y la PAM del sitio 2 de LMD9 de S. thermophilus (NNAGAAW) (Figura 9B) adyacentes en el genoma humano; y las distancias para cada PAM según el cromosoma (Chr) (Figura 9C).
La Figura 10A-D muestra un sistema CRISPR ejemplar, una adaptación ejemplar para la expresión de células eucariotas y los resultados de las pruebas que evalúan la actividad CRISPR. La Figura 10B describe las SEQ ID NOS 72-73, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 10C describe la SEQ ID NO:74.
La Figura 11A-C muestra manipulaciones ejemplares de un sistema CRISPR para fijar como objetivo los sitios 8
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genómicos en células de mamífero. La Figura 11A describe la SEQ ID NO:75. La Figura 11B describe las SEQ ID NOS 76-78, respectivamente, en orden de aparición.
La Figura 12A-B muestra los resultados de un análisis por el método de Northern del tratamiento de ARNcr en células de mamífero. La Figura 12A describe la SEQ ID NO:79.
La Figura 13A-B muestra una selección ejemplar de protoespaciadores en los sitios de PVALB humano y Th de ratón. La Figura 13A describe la SEQ ID NO:80. La Figura 13B describe la SEQ ID NO: 81.
La Figura 14 muestra un protoespaciador ejemplar y las secuencias objetivo PAM correspondientes del sistema CRISPR de S. thermophilus en el sitio de EMX1 humano. La Figura 14 describe la SEQ ID NO:74.
La Figura 15 proporciona una tabla de secuencias (SEQ ID NOS 82-93, respectivamente, en orden de aparición, para cebadores y sondas utilizados para los ensayos Surveyor, RFLP, de secuenciación genómica y de análisis de Northern.
La Figura 16A-C muestra la manipulación ejemplar de un sistema CRISPR con ARN quiméricos y los resultados de los ensayos SURVEYOR para determinar la actividad del sistema en células eucariotas. La Figura 16A describe la SEQ ID NO:94.
La Figura 17A-B muestra una representación gráfica de los resultados de los ensayos SURVEYOR para determinar la actividad del sistema CRISPR en células eucariotas.
La Figura 18 muestra una visualización ejemplar de algunos sitios objetivo de Cas9 de S. pyogenes en el genoma humano utilizando el explorador genómico de UCSC. La Figura 18 describe las SEQ ID NOS 95-173, respectivamente, en orden de aparición.
La Figura 19A-D muestra una representación circular del análisis filogenético que revela cinco familias de Cas9, incluidos tres grupos de Cas9 grandes (~1400 aminoácidos) y dos de Cas9 pequeños (~1100 aminoácidos).
La Figura 20A-F muestra la representación lineal del análisis filogenético que revela cinco familias de Cas9, incluidos tres grupos de Cas9 grandes (~1400 aminoácidos) y dos de Cas9 pequeños (~1100 aminoácidos).
La Figura 21A-D muestra la edición genómica mediante la recombinación homóloga. (a) Esquema de la nickasa de SpCas9, con la mutación D10A en el dominio catalítico RuvC I. (b) Esquema que representa la recombinación homóloga (RH) en el sitio de EMX1 humano utilizando oligonucleótidos monocatenarios sentido o antisentido como plantillas de reparación. La flecha roja superior indica el sitio de escisión del ARNsg; los cebadores de la PCR para el genotipado (Tablas J y K) se indican como flechas en el panel de la derecha. La Figura 21C describe las SEQ ID NOS 174-176, 174,177 y 176, respectivamente, en orden de aparición. (c) Secuencia de la región modificada por RH. d, ensayo SURVEYOR para determinar las inserciones o supresiones mediadas por SpCas9 natural (wt, por sus siglas en inglés) y nickasa (D10A) en el sitio 1 del objetivo EMX1 (n=3). Las flechas indican las posiciones de los tamaños de los fragmentos esperados.
La Figura 22A-B muestra diseños de vectores únicos para SpCas9. La Figura 22A describe las SEQ ID NOS 178180, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 22B describe la SEQ ID NO: 181.
Las figuras en la presente memoria son solo para fines ilustrativos y no están necesariamente dibujadas a escala.
Descripción detallada de la invención
Los términos "polinucleótido", "nucleótido", "secuencia de nucleótidos", "ácido nucleico" y "oligonucleótido" se usan de forma intercambiable. Se refieren a una forma polimérica de nucleótidos de cualquier longitud, desoxirribonucleótidos o ribonucleótidos o análogos de los mismos. Los polinucleótidos pueden tener cualquier estructura tridimensional y pueden realizar cualquier función, conocida o desconocida. Los siguientes no son ejemplos limitantes de los polinucleótidos: regiones codificadoras o no codificadoras de un gen o fragmento de gen, sitios (sitio) definidos a partir de análisis de unión, exones, intrones, ARN mensajero (ARNm), ARN de transferencia, ARN ribosómico, ARN de interferencia corta (ARNsi), ARN de horquilla corta (ARNsh), micro-ARN (ARNmi), ribozimas, y ADNc, polinucleótidos recombinantes, polinucleótidos ramificados, plásmidos, vectores, ADN aislado de cualquier secuencia, ARN aislado de cualquier secuencia, sondas de ácidos nucleicos y cebadores. Un polinucleótido puede comprender uno o más nucleótidos modificados, tales como nucleótidos metilados y análogos de nucleótidos. Si hay, se pueden impartir modificaciones a la estructura del nucleótido antes o después del ensamblado del polímero. La secuencia de nucleótidos puede ser interrumpida por componentes no nucleótidos. Un polinucleótido puede ser modificado además después de polimerización, tal como por conjugación con un componente etiquetado.
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En aspectos de la invención, los términos "ARN quimérico", "ARN guía quimérico", "ARN guía", "ARN guía único" y "ARN guía sintético" se usan de forma intercambiable y se refieren a la secuencia de polinucleótidos que comprende
5 la secuencia guía, la secuencia tracr y la secuencia de emparejamiento tracr. El término "secuencia guía" se refiere a la secuencia de aproximadamente 20 pb dentro del ARN guía que especifica el sitio objetivo y se puede usar de manera intercambiable con los términos "guía" o "espaciador". El término "secuencia de emparejamiento tracr" también se puede usar de forma intercambiable con el término "repetición o repeticiones directas". Un sistema ejemplar CRISPR-Cas se muestra en la Figura 1.
10 Como se usa en la presente memoria el término "de tipo natural" es un término de la técnica entendido por los expertos y significa la forma típica de un organismo, cepa, gen o característica como se encuentra en la naturaleza como se distingue de formas mutantes o variantes.
Como se usa en la presente memoria el término "variante" se debería considerar que significa la exhibición de cualidades que presentan un patrón que se desvía de lo que ocurre en la naturaleza.
15 Los términos "que no se encuentra en la naturaleza " o "de ingeniería " se usan de forma intercambiable e indican la implicación de la mano del hombre. Los términos, cuando se refieren a moléculas de ácido nucleico o polipéptidos significan que la molécula de ácido nucleico o el polipéptido está al menos sustancialmente exento de al menos otro componente con el que se asocian de manera natural en la naturaleza y como se encuentran en la naturaleza.
"Complementariedad" se refiere a la capacidad de un ácido nucleico para formar el enlace o enlaces de hidrógeno
20 con otra secuencia de ácidos nucleicos por emparejamiento de Watson-Crick tradicional u otros tipos no tradicionales. Un porcentaje de complementariedad indica el porcentaje de restos en una molécula de ácido nucleico que puede formar enlaces de hidrógeno (por ej., emparejamiento de bases de Watson-Crick) con una segunda secuencia de ácidos nucleicos (por ej., 5, 6, 7, 8, 9, 10 de un total de 10 siendo la complementariedad del 50%, 60%, 70%, 80%, 90% y 100%). "Perfectamente complementario" significa que todos los restos contiguos de una
25 secuencia de ácidos nucleicos formarán un enlace de hidrógeno con el mismo número de restos contiguos en una segunda secuencia de ácidos nucleicos. " Sustancialmente complementario" como se usa en la presente memoria se refiere a un grado de complementariedad que es al menos 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99% o 100% por una región de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, 45, 50 o más nucleótidos o se refiere a dos ácidos nucleicos que se hibridan en condiciones rigurosas.
30 Como se usa en la presente memoria, "condiciones rigurosas" para hibridación se refiere a las condiciones en las cuales un ácido nucleico que tiene complementariedad a una secuencia objetivo se hibrida predominantemente con la secuencia objetivo y sustancialmente no se hibrida a las secuencias no objetivo. Las condiciones rigurosas son en general dependientes de la secuencia, y varían dependiendo de una serie de factores. En general, cuanto más larga la secuencia, mayor la temperatura a la que se hibrida de manera específica la secuencia a su secuencia objetivo.
35 Se describen con detalle ejemplos no limitantes de condiciones rigurosas en Tijssen (1.993), Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology-Hybridization With Nucleic Acid Probes Part I, Segundo Capítulo "Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid probe assay", Elsevier, N.Y.
"Hibridación" se refiere a una reacción en que uno o más polinucleótidos reaccionan para formar un complejo que se estabiliza vía enlace de hidrógeno entre las bases de los restos de nucleótido. El enlace de hidrógeno puede tener 40 lugar por apareamiento de bases de Watson Crick, unión de Hoogstein o de cualquier otra manera específica de la secuencia. El complejo puede comprender dos hebras que forman una estructura dúplex, tres o más hebras que forman un complejo multicatenario, una sola hebra que se autohibrida o cualquier combinación de éstas. Una reacción de hibridación puede constituir una etapa en un procedimiento más extenso, tal como la iniciación de PCR
o la escisión de un polinucleótido mediante una enzima. Una secuencia capaz de hibridación con una secuencia 45 determinada se refiere como el “complemento” de la secuencia determinada.
Como se usa en la presente memoria, "expresión" se refiere al procedimiento por el que un polinucleótido se transcribe de una plantilla de ADN (tal como en ARNm u otro transcrito de ARN) y/o el procedimiento por el que se traduce con posterioridad un ARNm transcrito en péptidos, polipéptidos o proteínas. Los transcritos y polipéptidos codificados se pueden referir de manera colectiva como “producto génico”. Si el polinucleótido procede de ADN
50 genómico, la expresión puede incluir proceso de corte y empalme del ARNm en una célula eucariota.
Los términos "polipéptido", "péptido" y "proteína" se usan de forma intercambiable en la presente memoria para referirse a polímeros de aminoácidos de cualquier longitud. El polímero puede ser lineal o ramificado y puede comprender aminoácidos modificados y puede ser interrumpido por no aminoácidos. Los términos también incluyen un polímero de aminoácidos que ha sido modificado; por ejemplo, formación de enlace disulfuro, glucosilación,
55 lipidación, acetilación, fosforilación o cualquier otra manipulación, tal como conjugación con un componente etiquetado. Como se usa en la presente memoria el término “aminoácido” incluye aminoácidos naturales y/o no naturales o sintéticos, incluyendo glicina y los dos isómeros ópticos D o L y análogos de aminoácido y peptidomiméticos.
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Los términos " individuo," "individual" y "paciente" se usan de forma intercambiable en la presente memoria para referirse a un vertebrado, preferiblemente un mamífero, más preferiblemente un ser humano. Los mamíferos incluyen, pero no están limitados a, murinos, simios, seres humanos, animales de granja, animales deportivos y mascotas. Los tejidos, las células y su progenie de una entidad biológica obtenida in vivo o cultivada in vitro también se incluyen.
Los términos "agente terapéutico", "agente terapéutico capaz" o "agente de tratamiento" se usan de forma intercambiable y se refieren a una molécula o compuesto que confiere algún efecto beneficioso en la administración a un individuo. El efecto beneficioso incluye permitir determinaciones de diagnóstico; alivio de una enfermedad, síntoma, trastorno o afección patológica; reducir o prevenir el comienzo de una enfermedad, síntoma, trastorno o afección y en general contrarrestar una enfermedad, síntoma, trastorno o afección patológica.
Como se usa en la presente memoria, "tratamiento" o " tratar," o "paliar" o "aliviar" se usan de forma intercambiable. Estos términos se refieren a una propuesta para obtener resultados beneficiosos o deseados incluyendo pero no limitándose a un beneficio terapéutico y/o un beneficio profiláctico. Por beneficio terapéutico se quiere decir cualquier mejora terapéuticamente relevante en, o efecto sobre, una o más enfermedades, afecciones o síntomas bajo tratamiento. Para beneficio profiláctico, las composiciones se pueden administrar a un individuo con riesgo de desarrollar una enfermedad particular, afección o síntoma o a un individuo que indica uno o más de los síntomas fisiológicos de una enfermedad, incluso aunque la enfermedad, afección o síntoma pueda no haberse manifestado aún.
El término "cantidad eficaz" o "cantidad terapéuticamente eficaz" se refiere a la cantidad de un agente que es suficiente para efectuar resultados beneficiosos o deseados. La cantidad terapéuticamente eficaz puede variar dependiendo de uno o más de: el individuo y la enfermedad que se está tratando, el peso y la edad del individuo, la gravedad de la enfermedad, la manera de administración y similares, que se puede determinar fácilmente por un experto en la materia. El término también se aplica a una dosis que proporcionará una imagen para detección por uno cualquiera de los métodos de formación de imagen descritos en la presente memoria. La dosis específica puede variar dependiendo de uno o más de: el agente particular elegido, el régimen de dosificación que se tenga que seguir, si se administra en asociación con otros compuestos, la sincronización de la administración, el tejido que se tiene que someter a formación de imagen y el sistema de suministro físico en el cual esté soportado.
La práctica de la presente invención emplea, a menos que se indique de otro modo, técnicas convencionales de inmunología, bioquímica, química, biología molecular, microbiología, biología celular, ADN genómico y recombinante, que están dentro de la destreza de la técnica. Véase Sambrook, Fritsch y Maniatis, MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, 2ª edición (1.989); CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY (F.
M. Ausubel, et al. eds., (1.987)); las series METHODS IN ENZYMOLOGY (Academic Press, Inc.): PCR 2: A PRACTICAL APPROACH (M. J. MacPherson, B. D. Hames y G. R. Taylor eds. (1.995)), Harlow and Lane, eds.
(1.988) ANTIBODIES, A LABORATORY MANUAL AND ANIMAL CELL CULTURE (R. I. Freshney, ed. (1.987)).
Varios aspectos de la descripción se refieren a sistemas vector que comprenden uno o más vectores o vectores como tales. Se pueden diseñar vectores para expresión de transcritos CRISPR (por ejemplo, transcritos de ácidos nucleicos, proteínas o enzimas) en células procariotas o eucariotas. Por ejemplo, se pueden expresar transcritos de CRISPR en células bacterianas tales como Escherichia coli, células de insecto (usando vectores de expresión de baculovirus), células de levaduras o células de mamíferos. Las células huésped adecuadas se discuten además en Goeddel, GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego; Calif. (1.990). Como alternativa, el vector de expresión recombinante se puede transcribir y traducir in vitro, por ejemplo usando secuencias reguladoras de activador T7 y polimerasa T7.
Se pueden introducir vectores y propagar en una procariota. En algunas realizaciones, se usó una procariota para multiplicar copias de un vector que se tiene que introducir en una célula eucariota o como un vector intermedio en la producción de un vector que se tiene que introducir en una célula eucariota (por ej., multiplicando un plásmido como parte de un sistema de empaquetamiento de vector vírico). En algunas realizaciones, se usa una procariota para multiplicar copias de un vector y expresar uno o más ácidos nucleicos, tal como para proporcionar una fuente de una
o más proteínas para suministro a una célula huésped u organismo huésped. La expresión de proteínas en procariotas se lleva a cabo lo más frecuentemente en Escherichia coli con vectores que contienen activadores constitutivos o inducibles que dirigen la expresión de proteínas de fusión o de no fusión. Los vectores de fusión añaden una serie de aminoácidos a una proteína codificada allí, tal como al término amino de la proteína recombinante. Dichos vectores de fusión pueden servir para uno o más fines, tales como: (i) para aumentar la expresión de proteína recombinante; (ii) para aumentar la solubilidad de la proteína recombinante y (iii) para ayudar en la purificación de la proteína recombinante actuando como un ligando de purificación de afinidad. Con frecuencia, en vectores de expresión de fusión, se introduce un sitio de escisión proteolítico en la unión del resto de fusión y la proteína recombinante para permitir la separación de la proteína recombinante del resto de fusión posterior a la purificación de la proteína de fusión. Tales enzimas, y sus secuencias de reconocimiento o de origen similar, incluyen Factor Xa, trombina y enterocinasa. Vectores de expresión de fusión de ejemplo incluyen pGEX (Pharmacia Biotech Inc; Smith and Johnson, 1.988. Gene 67: 31-40), pMAL (New England Biolabs, Beverly, Mass.) y pRIT5 (Pharmacia, Piscataway, N. J.) que condensan glutatión S-transferasa (GST), proteína de unión maltosa E o proteína A, respectivamente, a la proteína recombinante objetivo.
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Ejemplos de vectores de expresión E. coli no de fusión, inducibles, adecuados, incluyen pTrc (Amrann et al., (1.988) Gene 69: 301-315) y pET 11d (Studier et al., GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1.990) 60-89).
En algunas realizaciones, un vector es un vector de expresión de levadura. Ejemplos de vectores para expresión en levadura Saccharomyces cerivisae incluyen pYepSec1 (Baldari, et al., 1.987. EMBO J. 6: 229-234), pMFa (Kuijan and Herskowitz, 1.982. Cell 30: 933-943), pJRY88 (Schultz et al., 1.987. Gene 54: 113-123), pYES2 (Invitrogen Corporation, San Diego, Calif.) y picZ (InVitrogen Corp, San Diego, Calif.).
En algunas realizaciones, un vector conduce la expresión de proteínas en células de insecto usando vectores de expresión de baculovirus. Los vectores baculovirus disponibles para expresión de proteínas en células de insecto cultivadas (por ej., células SF9) incluyen la serie pAc (Smith, et al., 1.983. Mol. Cell. Biol. 3: 2.156-2.165) y la serie pVL (Lucklow and Summers, 1.989. Virology 170: 31-39).
En algunas realizaciones, un vector es capaz de conducir la expresión de una o más secuencias en células de mamífero usando un vector de expresión de mamífero. Ejemplos de vectores de expresión de mamífero incluyen pCDM8 (Seed, 1.987. Nature 329: 840) y pMT2PC (Kaufman, et al., 1.987. EMBO J. 6: 187-195). Cuando se usa en células de mamífero, las funciones de control del vector de expresión se proporcionan típicamente por uno o más elementos reguladores. Por ejemplo, los activadores usados comúnmente proceden de polioma, adenovirus 2, citomegalovirus, virus 40 de simio y otros descritos en la presente memoria y conocidos en la técnica. Para otros sistemas de expresión adecuados para ambas células procariotas y eucariotas véanse, por ejemplo, los Capítulos 16 y 17 de Sambrook, et al., MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL. 2ª ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N. Y., 1.989.
En algunas realizaciones, el vector de expresión de mamíferos recombinante es capaz de dirigir la expresión del ácido nucleico preferentemente en un tipo de célula particular (por ejemplo, se usan elementos reguladores específicos del tejido para expresar el ácido nucleico). Los elementos reguladores específicos del tejido son conocidos en la técnica. Ejemplos no limitantes de activadores específicos del tejido adecuados incluyen el activador de albúmina (específico del hígado; Pinkert, et al., 1.987. Genes Dev. 1: 268-277), activadores específicos linfoides (Calame and Eaton, 1.988. Adv. Immunol. 43: 235-275), en particular activadores de receptores de las células T (Winoto and Baltimore, 1.989. EMBO J. 8: 729-733) e inmunoglobulinas (Baneiji, et al., 1.983. Cell 33: 729-740; Queen and Baltimore, 1.983. Cell 33: 741-748), activadores específicos de las neuronas (por ej., el activador de neurofilamentos; Byrne and Ruddle, 1.989. Proc. Natl. Acad Sci. USA 86: 5.473-5.477), activadores específicos del páncreas (Edlund, et al., 1.985. Science 230: 912-916) y activadores específicos de las glándulas mamarias (por ej., activador de suero de leche; Patente de EE.UU. Nº 4. 873. 316 y Publicación de la Solicitud de Patente Europea Nº 264.166). También se incluyen activadores regulados por el desarrollo, por ej., los activadores de hox de murina (Kessel and Gruss, 1.990. Science 249: 374-379) y el activador de α-fetoproteína (Campes and Tilghman, 1.989. Genes Dev. 3: 537-546).
En algunas realizaciones, un elemento regulador se une de manera operable a uno o más elementos de un sistema CRISPR a fin de conducir la expresión de uno o más elementos del sistema CRISPR. En general, las CRISPR (Repeticiones Palindrómicas Cortas Agrupadas y Regularmente Interespaciadas), también conocidas como las SPIDR (Repeticiones Directas Intercaladas Separadas, por sus siglas en inglés), constituyen una familia de sitios de ADN que son normalmente específicos para una especie bacteriana particular. El sitio de CRISPR comprende una clase distinta de repeticiones de secuencias cortas intercaladas (las SSR) que se reconocieron en E. coli (Ishino et al., J. Bacteriol., 169: 5.429-5.433 [1.987] y Nakata et al., J. Bacteriol., 171: 3.553-3.556 [1.989]) y genes asociados. Las SSR intercaladas similares han sido identificadas en Haloferax mediterranei, Streptococcus pyogenes, Anabaena y Mycobacterium tuberculosis (Véase, Groenen et al., Mol. Microbiol., 10: 1.057-1.065 [1.993]; Hoe et al., Emerg. Infect. Dis., 5: 254-263 [1.999]; Masepohl et al., Biochim. Biophys. Acta 1.307: 26-30 [1.996] y Mojica et al., Mol. Microbiol., 17: 85-93 [1.995]). El sitio de CRISPR difiere típicamente de las otras SSR por la estructura de las repeticiones, que se han denominado repeticiones espaciadas regularmente cortas (las SRSR) (Janssen et al. OMICS J. Integ. Biol., 6: 23-33 [2.002] y Mojica et al., Mol. Microbiol., 36: 244-246 [2.000]). En general, las repeticiones son elementos cortos que tienen lugar en agrupaciones que están regularmente espaciadas por secuencias de intervención únicas con una longitud sustancialmente constante (Mojica et al., [2.000], supra). Aunque las secuencias de repeticiones se conservan mucho entre cepas, el número de repeticiones intercaladas y las secuencias de las regiones espaciadoras difiere típicamente de cepa a cepa (van Embden et al., J. Bacteriol., 182: 2.393-2.401 [2.000]). Se ha identificado el sitio de CRISPR en más de 40 procariotas (Véase por ej., Jansen et al., Mol. Microbiol., 43: 1.565-1.575 [2.002] y Mojica et al., [2.005]) incluyendo, pero no limitado a Aeropyrum, Pyrobaculum, Sulfolobus, Archaeoglobus. Halocarcula, Methanobacterium, Methanococcus, Methanosarcina, Methanopyrus, Pyrococcus, Picrophilus, Thermoplasma, Corynebacterium, Mycobacterium, Streptomyces, Aquifex, Porphyromonas, Chlorobium, Thermus, Bacillus, Listeria, Staphylococcus, Clostridium, Thermoanaerobacter, Mycoplasma, Fusobacterium, Azarcus, Chromobacterium, Neisseria, Nitrosomonas, Desulfovibrio, Geobacter, Myxococcus, Campylobacter, Wolinella. Acinetobacter, Erwinia, Escherichia, Legionella, Methylococcus, Pastaurella, Photobacterium, Salmonella, Xanthomonas, Yersinia, Treponema y Thermotoga.
En general, "sistema CRISPR" se refiere colectivamente a transcritos y otros elementos implicados en la expresión de o dirigidos a la actividad de genes asociados a CRISPR ("Cas"), incluyendo secuencias que codifican un gen
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Cas, una secuencia tracr (CRISPR trans-activante) (por ej., ARNtracr o un ARNtracr parcial activo), una secuencia de emparejamiento tracr (incluyendo una "repetición dirigida" y una repetición directa parcial tratada por ARNtracr en el contexto de un sistema CRISPR endógeno), una secuencia guía (también referida como un "espaciador" en el contexto de un sistema CRISPR endógeno) u otras secuencias y transcritos de un sitio CRISPR. En algunas 5 realizaciones, uno o más elementos de un sistema CRISPR procede de un sistema CRISPR tipo I, tipo II o tipo III. En algunas realizaciones, uno o más elementos de un sistema CRISPR procede de un organismo particular que comprende un sistema CRISPR endógeno, tal como Streptococcus pyogenes. En general, un sistema CRISPR se caracteriza por elementos que activan la formación de un complejo CRISPR en el sitio de una secuencia objetivo (también referido como un protoespaciador en el contexto de un sistema CRISPR endógeno). En el contexto de formación de un complejo CRISPR, "secuencia objetivo" se refiere a una secuencia para la que se diseña que una secuencia guía presente complementariedad, donde la hibridación entre una secuencia objetivo y una secuencia guía active la formación de un complejo CRISPR. No se requiere necesariamente complementariedad completa, siempre que haya suficiente complementariedad para producir hibridación y activar la formación de un complejo CRISPR. Una secuencia objetivo puede comprender cualquier polinucleótido, tal como polinucleótido de ADN o
15 ARN. En algunas realizaciones, se sitúa una secuencia objetivo en el núcleo o citoplasma de una célula. En algunas realizaciones, la secuencia objetivo puede estar dentro de un organelo de una célula eucariota, por ejemplo, mitocondria o cloroplasto. Una secuencia o plantilla que se puede usar para recombinación en el sitio fijado como objetivo que comprende las secuencias objetivo se refiere como “ plantilla de edición” o “polinucleótido de edición” o “secuencia de edición”. En aspectos de la invención, un polinucleótido de plantilla exógeno se puede referir como una plantilla de edición. En un aspecto de la invención la recombinación es recombinación homóloga.
Típicamente, en el contexto de un sistema CRISPR endógeno, la formación de un complejo CRISPR (que comprende una secuencia guía hibridada a una secuencia objetivo y complejada con una o más proteínas Cas) da como resultado la escisión de una o más hebras en o cerca de (por ej., dentro de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 50 o más pares de bases de) la secuencia objetivo. Sin desear estar limitados por la teoría, la secuencia tracr, que puede 25 comprender o constar de toda o una porción de una secuencia tracr de tipo natural (por ej., aproximadamente o más de aproximadamente 20, 26, 32, 45, 48, 54, 63, 67, 85 o más nucleótidos de una secuencia tracr de tipo natural), también puede formar parte de un complejo CRISPR, tal como por hibridación a lo largo de al menos una porción de la secuencia tracr a toda o una porción de una secuencia de emparejamiento tracr que esté ligada de manera operable a la secuencia guía. En algunas realizaciones, la secuencia tracr presenta suficiente complementariedad a una secuencia de emparejamiento tracr para hibridar y participar en la formación de un complejo CRISPR. Como con la secuencia objetivo, se cree que no es necesaria la complementariedad completa, siempre que haya suficiente para que sea funcional. En algunas realizaciones, la secuencia tracr presenta al menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% o 99% de complementariedad de secuencias a lo largo de la longitud de la secuencia de emparejamiento tracr cuando se alinea de manera óptima. En algunas realizaciones, uno o más vectores que conducen la expresión de 35 uno o más elementos de un sistema CRISPR se introducen en una célula huésped de manera que la expresión de los elementos del sistema CRISPR dirija la formación de un complejo CRISPR en uno o más sitios objetivo. Por ejemplo, una enzima Cas, una secuencia guía ligada a una secuencia de emparejamiento tracr y una secuencia tracr podían estar unidas cada una de manera operable a elementos reguladores separados en vectores separados. Como alternativa, dos o más de los elementos expresados de los mismos o diferentes elementos reguladores, se pueden combinar en un vector único, proporcionando uno o más vectores adicionales cualquier componente del sistema CRISPR no incluido en el primer vector. Los elementos del sistema CRISPR que se combinan en un único vector se pueden disponer en cualquier orientación adecuada, tal como un elemento situado en 5' con respecto a ("aguas arriba" de) o 3' con respecto a ("aguas abajo" de) un segundo elemento. La secuencia codificadora de un elemento puede estar situada en la misma hebra u opuesta de la secuencia codificadora de un segundo elemento y
45 orientada en la misma dirección u opuesta. En algunas realizaciones, un activador único conduce la expresión de una transcripción que codifica una enzima CRISPR y una o más de la secuencia guía, la secuencia de emparejamiento tracr (opcionalmente unida de manera operable a la secuencia guía) y una secuencia tracr embebida dentro de una o más secuencias intrón (por ej., cada una en un intrón diferente, dos o más en al menos un intrón o todas en un solo intrón). En algunas realizaciones, la enzima CRISPR, secuencia guía, secuencia de emparejamiento tracr y secuencia tracr se unen de manera operable a y se expresan a partir del mismo activador. En la Figura 22 se ilustran constructos de vectores únicos para SpCas9.
En algunas realizaciones, un vector comprende uno o más sitios de inserción, tal como una secuencia de reconocimiento de endonucleasa de restricción (también referido como un “sitio de clonación”). En algunas realizaciones, uno o más sitios de inserción (por ej., aproximadamente o más de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 55 8, 9, 10 o más sitios de inserción) están situados aguas arriba y/o aguas abajo de uno o más elementos de secuencia de uno o más vectores. En algunas realizaciones, un vector comprende un sitio de inserción aguas arriba de una secuencia de emparejamiento tracr y opcionalmente aguas abajo de un elemento regulador unido de manera operable a la secuencia de emparejamiento tracr, de manera que después de la inserción de una secuencia guía en el sitio de inserción y en la expresión de la secuencia guía dirija la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia objetivo en una célula eucariota. En algunas realizaciones, un vector comprende dos o más sitios de inserción, estando situado cada sitio de inserción entre dos secuencias de emparejamiento tracr de manera que se permita la inserción de una secuencia guía en cada sitio. En dicha disposición, dos o más secuencias guía pueden comprender dos o más copias de una secuencia guía única, dos o más secuencias guía diferentes o combinaciones de éstas. Cuando se usan múltiples secuencias guía diferentes, se puede usar una
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construcción de expresión única para fijar como objetivo la actividad de CRISPR a múltiples secuencias objetivo correspondientes, diferentes, dentro de una célula. Por ejemplo, un solo vector puede comprender aproximadamente
o más de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20 o más secuencias guía. En algunas realizaciones, se pueden proporcionar aproximadamente o más de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más de tales vectores que contienen secuencia guía y se suministran opcionalmente a una célula.
En algunas realizaciones, un vector comprende un elemento regulador unido de manera operable a una secuencia codificadora de enzima que codifica una enzima CRISPR, tal como una proteína Cas. Ejemplos no limitantes de proteínas Cas incluyen Cas1, Cas1B, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9 (también conocidas como Csn1 y Csx12), Cas10, Csy1, Csy2, Csy3, Cse1, Cse2, Csc1, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmr1, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csb1, Csb2, Csb3, Csx17, Csx14, Csx10, Csx16, CsaX, Csx3, Csx1, Csx15, Csf1, Csf2, Csf3, Csf4, homólogos de las mismas o versiones modificadas de las mismas. Estas enzimas son conocidas; por ejemplo, la secuencia de aminoácidos de proteína Cas9 de S. pyogenes se puede encontrar en la base de datos SwissProt con el número de acceso Q99ZW2. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR no modificada presenta actividad de escisión de ADN, tal como Cas9. En algunas realizaciones la enzima CRISPR es Cas9 y puede ser Cas9 de S. pyogenes o S. pneumoniae. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR dirige la escisión de una o ambas hebras en la posición de una secuencia objetivo, tal como dentro de la secuencia objetivo y/o dentro del complemento de la secuencia objetivo. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR dirige la escisión de una o ambas hebras dentro de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 50, 100, 200, 500 o más pares de bases del primer o el último nucleótido de una secuencia objetivo. En algunas realizaciones, un vector codifica una enzima CRISPR que muta con respecto a una enzima de tipo natural correspondiente de manera que la enzima CRISPR mutada carece de la capacidad para escindir una o ambas hebras de un polinucleótido objetivo que contiene una secuencia objetivo. Por ejemplo, una sustitución de aspartato a alanina (D10A) en el dominio catalítico RuvC I de Cas9 de S. pyogenes convierte Cas9 de una nucleasa que escinde ambas hebras a una nickasa (escinde una única hebra). Otros ejemplos de mutaciones que hacen Cas9 una nickasa incluyen, sin limitación, H840A, N854A y N863A. En los aspectos de la invención, se puede utilizar nickasas para la edición genómica mediante la recombinación homóloga. Por ejemplo, la Figura 21 muestra la edición genómica mediante la recombinación homóloga. La figura 21 (a) muestra un esquema de la nickasa de SpCas9 con una mutación D10A en el dominio catalítico RuvC I. (b) Esquema que representa la recombinación homóloga (RH) en el sitio de EMX1 humano utilizando oligonucleótidos monocatenarios sentido o antisentido como plantillas de reparación. (c) Secuencia de la región modificada por RH. d, Ensayo SURVEYOR para determinar las inserciones o supresiones mediadas por SpCas9 natural (wt) y nickasa (D10A) en el sitio 1 del objetivo EMX1 (n=3). Las flechas indican las posiciones de los tamaños de los fragmentos esperados.
En algunas realizaciones, se puede usar una nickasa de Cas9 junto con secuencia o secuencias guía, por ejemplo, dos secuencias guía, que fijan como objetivo hebras transcrita y complementaria respectivamente del objetivo de ADN. Esta combinación permite que ambas hebras sean nickeadas y usadas para inducir NHEJ. Los solicitantes han demostrado (datos no mostrados) la eficacia de dos objetivos de nickasa (es decir, los ARNsg fijados como objetivo en la misma posición pero para diferentes hebras de ADN) en la inducción de NHEJ mutagénico. Una única nickasa (Cas9-D10A con un único ARNsg) es incapaz de inducir NHEJ y crear inserciones o supresiones pero los Solicitantes han demostrado en la nickasa doble (Cas9-D10A y dos ARNsg fijados como objetivo a diferentes hebras en la misma posición) lo puede hacer en células madre embrionarias humanas (las hESC). La eficacia es aproximadamente 50% de nucleasa (es decir, Cas9 regular sin mutación D10) en las hESC.
Como un ejemplo más, dos o más dominios catalíticos de Cas9 (RuvC I, RuvC II y RuvC III) pueden mutar para producir un Cas9 mutado que carece sustancialmente de toda actividad de escisión de ADN. En algunas realizaciones, una mutación de D10A se combina con una o más de las mutaciones H840A, N854A o N863A para producir una enzima Cas9 que carece sustancialmente de toda actividad de escisión de ADN. En algunas realizaciones, se considera que una enzima CRISPR carece sustancialmente de toda actividad de escisión de ADN cuando la actividad de escisión de ADN de la enzima mutada es menor que aproximadamente 25%, 10%, 5%, 1%, 0,1%, 0,01% o menor con respecto a su forma no mutada. Pueden ser útiles otras mutaciones; en el caso de que la Cas9 u otra enzima CRISPR sea de una especie distinta de S. pyogenes, se pueden realizar mutaciones en los correspondientes aminoácidos para conseguir efectos similares.
En algunas realizaciones, una secuencia codificadora de enzimas que codifica una enzima CRISPR es codón optimizada para expresión en células particulares, tales como células eucariotas. Las células eucariotas pueden ser aquéllas de, o procedentes de, un organismo particular, tal como un mamífero, incluyendo pero no limitado a, ser humano, ratón, rata, conejo, perro o primate no ser humano. En general, optimización de codón se refiere a un procedimiento para modificar una secuencia de ácidos nucleicos para mejorar la expresión en las células huésped de interés reemplazando al menos un codón (por ej., aproximadamente o más de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 50 o más codones) de la secuencia natural con codones que se usan más frecuentemente o lo más frecuentemente en los genes de esa célula huésped al tiempo que se mantiene la secuencia de aminoácidos natural. Diversas especies presentan sesgo particular para ciertos codones de un aminoácido particular. El sesgo de codones (diferencias en el uso de codones entre organismos) con frecuencia se correlaciona con la eficacia de traducción de ARN mensajero (ARNm), que se cree a su vez que depende de, entre otras cosas, las propiedades de los codones que se están traduciendo y la disponibilidad de moléculas de ARN de transferencia (ARNt) particulares.
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La predominancia de los ARNt seleccionados en una célula es en general una reflexión de los codones usados lo más frecuentemente en síntesis de péptidos. De acuerdo con esto, se pueden adaptar los genes para expresión óptima de los genes en un organismo determinado basándose en optimización de codones. Las tablas de utilización de codones están fácilmente disponibles, por ejemplo, en la “Base de Datos de Uso de Codones”, y estas tablas se
5 pueden adaptar de una serie de maneras. Véase Nakamura Y., et al. "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases: status for the year 2000" Nucl. Acids Res. 28: 292 (2.000). También están disponibles algoritmos de ordenador para codones optimizando una secuencia particular para expresión en una célula huésped particular, tales como Gene Forge (Aptagen; Jacobus, PA). En algunas realizaciones, uno o más codones (por ej., 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 50 o más o todos los codones) en una secuencia codificando una enzima CRISPR corresponden al codón usado lo más frecuentemente para un aminoácido particular.
En general, una secuencia guía es cualquier secuencia de polinucleótidos que tiene suficiente complementariedad con una secuencia de polinucleótidos objetivo para hibridación con la secuencia objetivo y dirigir la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a la secuencia objetivo. En algunas realizaciones, el grado de complementariedad entre una secuencia guía y su correspondiente secuencia objetivo, cuando se alinean de 15 manera óptima usando un algoritmo de alineación adecuado, es aproximadamente o más de aproximadamente 50%, 60%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97,5%, 99% o más. La alineación óptima se puede determinar con el uso de cualquier algoritmo adecuado para alinear secuencias, ejemplo no limitante de lo cual incluye el algoritmo Smith-Waterman, el algoritmo Needleman-Wunsch, los algoritmos basados en la transformación de Burrows-Wheeler (por ej., el Alineador de Burrows Wheeler), ClustalW, Clustal X, BLAT, Novoalign (Novocraft Technologies, ELAND (Illumina, San Diego, CA), SOAP (disponible en soap.genomics.org.cn) y Maq (disponible en maq.sourceforge.net). En algunas realizaciones, una secuencia guía es aproximadamente o más de aproximadamente 5, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 75 o más nucleótidos de longitud. En algunas realizaciones, una secuencia guía es menor que aproximadamente 75, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12 o menos nucleótidos de longitud. La capacidad de una secuencia guía para dirigir la unión específica de la secuencia 25 de un complejo CRISPR a una secuencia objetivo se puede evaluar por cualquier ensayo adecuado. Por ejemplo, los componentes de un sistema CRISPR suficientes para formar un complejo CRISPR, incluyendo la secuencia guía que se tiene que ensayar, se puede proporcionar a una célula huésped que tenga la correspondiente secuencia objetivo, tal como por transinfección con vectores que codifiquen los componentes de la secuencia CRISPR, seguido por una evaluación de la escisión preferente dentro de la secuencia objetivo, tal como mediante ensayo Surveyor como se describe en la presente memoria. De manera similar, la escisión de una secuencia de polinucleótido objetivo se puede evaluar en un tubo de ensayo proporcionando la secuencia objetivo, los componentes de un complejo CRISPR, incluyendo la secuencia guía que se tiene que ensayar y una secuencia guía de control diferente de la secuencia guía de ensayo y comparando la unión o velocidad de escisión en la secuencia objetivo entre las reacciones de la secuencia guía de ensayo y de control. Son posibles otros ensayos, y tendrán lugar para los
35 expertos en la materia.
Se puede seleccionar una secuencia guía para fijar como objetivo cualquier secuencia objetivo. En algunas realizaciones, la secuencia objetivo es una secuencia dentro de un genoma de una célula. Las secuencias objetivo ejemplares incluyen aquéllas que son únicas en el genoma objetivo. Por ejemplo, para la Cas9 de S. pyogenes, una secuencia objetivo única en un genoma puede incluir un sitio objetivo de Cas9 de la forma MMMMMMMMNNNNNNNNNNNNXGG donde NNNNNNNNNNNNXGG (N es A, G, T o C y X puede ser cualquiera) presenta un solo caso en el genoma. Una única secuencia objetivo en un genoma puede incluir un sitio objetivo de Cas9 de S. pyogenes de la forma MMMMMMMMMNNNNNNNNNNNXGG donde NNNNNNNNNNNXGG (N es A, G, T o C y X puede ser cualquiera) presenta un solo caso en el genoma. Para la Cas9 de CRISPR1 de S. thermophilus, una única secuencia objetivo en un genoma puede incluir un sitio objetivo de Cas9 de la forma 45 MMMMMMMMNNNNNNNNNNNNXXAGAAW (SEQ ID NO: 1) donde NNNNNNNNNNNNXXAGAAW (SEQ ID NO: 2) (N es A, G, T o C; X puede ser cualquiera y W es A o T) presenta un solo caso en el genoma. Una única secuencia objetivo en un genoma puede incluir un sitio objetivo de Cas9 de CRISPR1 de S. thermophilus de la forma MMMMMMMMMNNNNNNNNNNNXXAGAAW (SEQ ID NO: 3) donde NNNNNNNNNNNXXAGAAW (SEQ ID NO: 4) (N es A, G, T o C; X puede ser cualquiera y W es A o T) presenta un solo caso en el genoma. Para la Cas9 de S. pyogenes, una sola secuencia objetivo en un genoma puede incluir un sitio objetivo de Cas9 de la forma MMMMMMMMNNNNNNNNNNNNXGGXG donde NNNNNNNNNNNNXGGXG (N es A, G, T o C y X puede ser cualquiera) presenta un solo caso en el genoma. Una única secuencia objetivo en un genoma puede incluir un sitio objetivo de Cas9 de S. pyogenes de la forma MMMMMMMMNMNNNNNNNNNNXGGXG donde NNNNNNNNNNNXGGXG (N es A, G, T o C y X puede ser cualquiera) presenta un único caso en el genoma. En
55 cada una de estas secuencias "M" puede ser A, G, T o C y requiere que no se considere en la identificación de una secuencia como única.
En algunas realizaciones, una secuencia guía se selecciona para reducir el grado de estructura secundaria dentro de la secuencia guía. La estructura secundaria se puede determinar por cualquier algoritmo de plegamiento de polinucleótidos adecuado. Algunos programas se basan en calcular la energía libre mínima de Gibbs. Un ejemplo de uno de tales algoritmos es mFold, como se describe por Zuker y Stiegler (Nucleic Acid Res. 9 (1.981), 133-148). Otro algoritmo de plegamiento de ejemplo es el RNAfold webserver online, desarrollado en el Instituto para Química Teórica de la Universidad de Viena, usando el algoritmo de predicción de estructura centroide (véase por ej., A. R. Gruber et al., 2.008, Cell 106 (1): 23-24 y PA Carr y GM Church, 2.009, Nature Biotechnology 27 (12): 1.151-62).
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En general, una secuencia de emparejamiento tracr incluye cualquier secuencia que presente suficiente complementariedad con una secuencia tracr para activar uno o más de: (1) escisión de una secuencia guía flanqueada por secuencias de emparejamiento tracr en una célula que contiene la correspondiente secuencia tracr y
(2) formación de un complejo CRISPR en una secuencia objetivo, en la que el complejo CRISPR comprende la
5 secuencia de emparejamiento tracr hibridada a la secuencia tracr. En general, el grado de complementariedad es con referencia al alineamiento óptimo de la secuencia de emparejamiento tracr y la secuencia tracr, junto con la longitud del acortador de las dos secuencias. El alineamiento óptimo se puede determinar por cualquier algoritmo de alineamiento adecuado y puede justificar además estructuras secundarias, tal como autocomplementareidad dentro de cualquiera la secuencia tracr o la secuencia de emparejamiento tracr. En algunas realizaciones, el grado de complementariedad entre la secuencia tracr y la secuencia de emparejamiento tracr junto con la longitud del acortador de las dos cuando se alinean de manera óptima es aproximadamente o más de aproximadamente 25%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 97,5%, 99% o mayor. Las ilustraciones de ejemplo de alineación óptima entre una secuencia tracr y una secuencia de emparejamiento tracr se proporcionan en las Figuras 10B y 11B. En algunas realizaciones, la secuencia tracr es aproximadamente o más de aproximadamente 5, 6, 7, 8, 9, 10,
15 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 40, 50 o más nucleótidos de longitud. En algunas realizaciones, la secuencia tracr y secuencia de emparejamiento tracr están contenidas dentro de una transcripción única, de manera que la hibridación entre las dos produce un transcripto con una estructura secundaria, tal como una horquilla. Las secuencias formadoras de lazo preferidas para uso en estructuras de horquilla tienen cuatro nucleótidos de longitud y lo más preferiblemente tienen la secuencia GAAA. Sin embargo, se pueden usar secuencias de lazo más largas o más cortas, como se pueden usar secuencias alternativas. Las secuencias incluyen preferiblemente un triplete nucleótido (por ejemplo, AAA) y un nucleótido adicional (por ejemplo C o G). Ejemplos de secuencias formadoras de lazo incluyen CAAA y AAAG. En una realización de la descripción, el transcripto o secuencia de polinucleótidos transcrita presenta al menos dos o más horquillas. En realizaciones preferidas, el transcripto presenta dos, tres, cuatro o cinco horquillas. En una realización más de la descripción, el transcripto presenta a lo sumo cinco
25 horquillas. En algunas realizaciones, el transcripto único incluye además una secuencia de terminación de la transcripción; preferiblemente esta es una secuencia poliT, por ejemplo seis nucleótidos T. Una ilustración de ejemplo de dicha estructura de horquilla se proporciona en la porción inferior de la Figura 11B, donde la porción de la secuencia 5' del "N" final y aguas arriba del lazo corresponde a la secuencia de emparejamiento tracr y la porción de la secuencia 3' del lazo corresponde a la secuencia tracr. Ejemplos no limitantes adicionales de polinucleótidos únicos que comprenden una secuencia guía, una secuencia de emparejamiento tracr y una secuencia tracr son como sigue (enumerados 5' a 3'), donde "N" representa una base de una secuencia guía, el primer bloque de letras minúsculas representan la secuencia de emparejamiento tracr y el segundo bloque de letras minúsculas secuencia representa la secuencia tracr y la secuencia poli-T final representa el terminador de la transcripción: (1) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNgtttttgtactctcaagatttaGAAAtaaatcttgcagaagctacaaagataaggctt
35 catgccgaaatcaacaccctgtcattttatggcagggtgttttcgttatttaaTTTTTT (SEQ ID NO: 5); (2) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNgtttttgtactctcaGAAAtgcagaagctacaaagataaggcttcatgccgaaatca acaccctgtcattttatggcagggtgttttcgttatttaaTTTTTT (SEQ ID NO: 6); (3) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNgtttttgtactctcaGAAAtgcagaagctacaaagataaggcttcatgccgaaatca acaccctgtcattttatggcagggtgtTTTTTT (SEQ ID NO: 7); (4) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNgttttagagctaGAAAtagcaagttaaaataaggctagtccgttatcaacttgaaaa agtggcaccgagtcggtgcTTTTTT (SEQ ID NO: 8); (5) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNgttttagagctaGAAATAGcaagttaaaataaggctagtccgttatcaacttgaa aaagtgTTTTTTT (SEQ ID NO: 9); y (6) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNgttttagagctagAAATAGcaagttaaaataaggctagtccgttatcaTTTTT TTT (SEQ ID NO: 10). En algunas realizaciones, las secuencias (1) a (3) se usan junto con Cas9 de CRISPR1 S.
45 thermophilus. En algunas realizaciones, las secuencias (4) a (6) se usan junto con Cas9 de S. pyogenes. En algunas realizaciones, la secuencia tracr es un transcrito separado de una transcripción que comprende la secuencia de emparejamiento tracr (tal como se ilustra en la porción superior de la Figura 11B).
En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es parte de una proteína de fusión que comprende uno o más dominios de proteína heteróloga (por ej., aproximadamente o más de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más dominios además de la enzima CRISPR). Una proteína de fusión de enzima CRISPR puede comprender cualquier secuencia de proteínas adicional y opcionalmente una secuencia ligadora entre dos dominios cualesquiera. Ejemplos de dominios de proteínas que se pueden condensar a una enzima CRISPR incluyen, sin limitación, etiquetas de epítopos, secuencias de genes informadores y dominios de proteínas con una o más de las siguientes actividades: actividad de metilasa, actividad de desmetilasa, actividad de activación de la transcripción, 55 actividad de represión de la transcripción, actividad del factor de liberación de la transcripción, actividad de modificación de histona, actividad de escisión de ARN y actividad de unión de ácidos nucleicos. Ejemplos no limitantes de etiquetas de epítopos incluyen etiquetas de histidina (His), etiquetas V5, etiquetas FLAG, etiquetas de hemaglutinina de la influenza (HA), etiquetas Myc, etiquetas VSV-G y etiquetas de tioredoxina (Trx). Los ejemplos de genes informadores incluyen, pero no se limitan a, glutatión-S-transferasa (GST), peroxidasa de rábano (HRP, por sus siglas en inglés), cloramfenicol acetiltransferasa (CAT, por sus siglas en inglés) beta-galactosidasa, betaglucuronidasa, luciferasa, proteína fluorescente verde (PFV), HcRed, DsRed, proteína fluorescente cian (PFC) proteína fluorescente amarilla (PFAm) y proteínas autofluorescentes incluyendo proteína fluorescente azul (PFA). Una enzima CRISPR se puede condensar a una secuencia de genes que codifique una proteína o un fragmento de una proteína que una moléculas de ADN u otras moléculas celulares, incluyendo pero no limitándose a (por sus 65 siglas en inglés), proteína de unión de maltosa (MBP), etiqueta S, fusiones de dominios de unión de ADN Lex A
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(DBD), fusiones de dominios de unión de ADN GAL4 y fusiones de proteínas BP16 de virus del herpes simple (HSV). Los dominios adicionales que pueden formar parte de una proteína de fusión que comprende una enzima CRISPR se describen en la patente de EE.UU. 20110059502. En algunas realizaciones, se usa una enzima CRISPR etiquetada para identificar la posición de una secuencia objetivo.
En un aspecto de la descripción, un gen informador que incluye, sin limitación, glutatión-S-transferasa (GST), peroxidasa de rábano (HRP), cloramfenicol acetiltransferasa (CAT) beta-galactosidasa, beta-glucuronidasa, luciferasa, proteína fluorescente verde (PFV), HcRed, DsRed, proteína fluorescente cian (PFC), proteína fluorescente amarilla (PFAm) y proteínas autofluorescentes que incluyen la proteína fluorescente azul (PFA), se puede introducir en una célula para codificar un producto génico que actúe como un marcador mediante el cual medir la alteración o modificación de la expresión del producto génico. En una realización adicional de la descripción, la molécula de ADN que codifica el producto génico se puede introducir en la célula mediante un vector. En una realización preferida de la descripción, el producto génico es luciferasa. En una realización adicional de la descripción, la expresión del producto génico disminuye.
En algunos aspectos, la descripción proporciona métodos que comprenden suministrar uno o más polinucleótidos, tales como o uno o más vectores como se describe en la presente memoria, uno o más transcritos de los mismos y/o una o proteínas transcritas de allí, a una célula huésped. La descripción sirve como una plataforma básica que hace posible modificaciones objetivo de genomas basados en ADN. Puede actuar de interfaz con muchos sistemas de suministro que incluyen, sin limitación, el vírico, con liposomas, electroporación, microinyección y conjugación. En algunos aspectos, la descripción proporciona además células producidas por tales métodos y organismos (tales como animales, plantas u hongos) que comprenden o son producidos de tales células. En algunas realizaciones, se suministra una enzima CRISPR junto con (y opcionalmente complejada con) una secuencia guía a una célula. Se pueden usar métodos de transferencia de genes con base vírica y no vírica convencionales para introducir ácidos nucleicos en células de mamífero o tejidos objetivo. Se pueden usar dichos métodos para administrar componentes que codifican ácidos nucleicos de un sistema CRISPR a células en cultivo o en un organismo huésped. Los sistemas de suministro de vectores no víricos incluyen plásmidos de ADN, ARN (por ej., un transcrito de un vector descrito en la presente memoria), ácido nucleico desnudo y ácido nucleico complejado con un vehículo de suministro, tal como un liposoma. Los sistemas de suministro de vectores víricos incluyen virus de ADN y ARN, que tienen genomas episomales o integrados después de suministro a la célula. Para una revisión de procedimientos de tratamiento de genes, véase Anderson, Science 256: 808-813 (1.992); Nabel & Felgner, TIBTECH 11: 211-217 (1.993); Mitani & Caskey, TIBTECH 11: 162-166 (1.993); Dillon, TIBTECH 11: 167-175 (1.993); Miller, Nature 357: 455-460 (1.992); Van Brunt, Biotechnology 6 (10): 1.149-1.154 (1.988); Vigne, Restorative Neurology and Neuroscience 8: 35-36 (1.995); Kremer & Perricaudet, British Medical Bulletin 51 (1): 31-44 (1.995); Haddada et al., en Current Topics in Microbiology and Immunology Doerfler and Böhm (eds) (1.995) y Yu et al., Gene Therapy 1: 13-26 (1.994).
Los métodos de suministro no vírico de ácidos nucleicos incluyen lipofección, nucleofección, microinyección, biolística, virosomas, liposomas, inmunoliposomas, conjugados de policatión o lípido:ácido nucleico, ADN desnudo, viriones artificiales y absorción de ADN aumentada por agente. La lipofeción se describe en por ej., Las Patentes de EE.UU. Nº 5.049.386, 4.946.787 y 4.897.355) y se venden comercialmente los reactivos de lipofeción (por ej., Transfectam™ y Lipofectin™). Los lípidos catiónicos y neutros que son adecuados para lipofeción de reconocimiento de receptores eficaz de polinucleótidos incluyen aquéllos de Felgner, Patente Internacional WO 91/17424; Patente Internacional WO 91/16024. El suministro puede ser a células (por ej., administración in vitro o ex vivo) o tejidos objetivo (por ej., administración in vivo).
La preparación de complejos de lípido:ácido nucleico, incluyendo liposomas fijados como objetivo tales como complejos de inmunolípidos, es conocida para un experto en la materia (véase, por ej., Crystal, Science 270: 404410 (1.995); Blaese et al., Cancer Gene Ther. 2: 291-297 (1.995); Behr et al., Bioconjugate Chem. 5: 382-389 (1.994); Remy et al., Bioconjugate Chem. 5: 647-654 (1.994); Gao et al., Gene Therapy 2: 710-722 (1.995); Ahmad et al., Cancer Res. 52: 4.817-4.820 (1.992); Patentes de EE.UU. Nº 4.186.183; 4.217.344; 4.235.871; 4.261.975; 4.485.054; 4.501.728; 4.774.085; 4.837.028 y 4.946.787).
El uso de sistemas de base vírica de ARN o ADN para el suministro de ácidos nucleicos toma ventaja de los procedimientos altamente desarrollados para fijar como objetivo un virus a células específicas en el cuerpo y traficar la carga útil vírica al núcleo. Se pueden administrar vectores víricos directamente a pacientes (in vivo) o se pueden usar para tratar células in vitro y las células modificadas se pueden administrar opcionalmente a los pacientes (ex vivo). Los sistemas con base vírica convencionales podían incluir vectores retrovirales, de lentivirus, adenovirales, adenoasociados y del virus del herpes simple para transferencia de genes. La integración en el genoma huésped es posible con los métodos de transferencia de genes de retrovirus, lentivirus y virus adenoasociados, dando como resultado con frecuencia expresión a largo plazo del transgen insertado. Adicionalmente, se han observado altas eficacias de transducción en muchos tipos celulares diferentes y tejidos fijados como objetivo.
El tropismo de un retrovirus se puede modificar por incorporación de proteínas de sobre extrañas, expandiendo la población objetivo potencial de células objetivo. Los vectores lentivirales son vectores retrovirales que son capaces de transducir o infectar células no de división y típicamente producen títulos víricos altos. La selección de un sistema de transferencia de genes retrovirales dependería por lo tanto del tejido objetivo. Los vectores retrovirales están constituidos por repeticiones terminales largas que actúan en cis con capacidad de empaquetamiento para hasta 6
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10 kb de secuencia extraña. Las mínimas LTR que actúan en cis son suficientes para la replicación y empaquetamiento de los vectores, que se usan después para integrar el gen terapéutico en la célula objetivo para proporcionar expresión de transgenes permanente. Los vectores retrovirales ampliamente usados incluyen los basados en virus de la leucemia murina (MuLV), virus de la leucemia del mono gibón (GaLV), virus de la 5 inmunodeficiencia simia (VIS), virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) y combinaciones de los mismos (véase, por ej., Buchscher et al., J. Virol. 66: 2.731-2.739 (1.992); Johann et al., J. Virol. 66: 1.635-1.640 (1.992); Sommnerfelt et al., Virol. 176: 58-59 (1.990); Wilson et al., J. Virol. 63: 2.374-2.378 (1.989); Miller et al., J. Virol. 65: 2.220-2.224 (1991); Patente de EE.UU. PCT/US94/05700). En aplicaciones donde se prefiere la expresión transitoria, se pueden usar sistemas a base de adenovirus. Los vectores a base de adenovirus son capaces de una eficacia de transducción muy alta en muchos tipos de células y no requieren división celular. Con tales vectores, se han obtenido altos títulos y niveles de expresión. Este vector se puede producir en grandes cantidades en un sistema relativamente simple. También se pueden usar vectores de virus adenoasociados (“AAV”, por sus siglas en inglés) para transducir células con ácidos nucleicos objetivo, por ejemplo, en la producción in vitro de ácidos nucleicos y péptidos y para procedimientos de tratamiento con genes in vivo y ex vivo (véase, por ej., West et al.,
15 Virology 160: 38-47 (1.987); la Patente de EE.UU. Nº 4.797.368; la patente internacional WO 93/24641; Kotin, Human Gene Therapy 5: 793-801 (1.994); Muzyczka, J. Clin. Invest. 94: 1.351 (1.994). Se describe la construcción de vectores AAV recombinantes en una serie de publicaciones, incluyendo la Patente de EE.UU. Nº 5.173.414; Tratschin et al., Mol. Cell. Biol. 5: 3.251-3.260 (1.985); Tratschin, et al., Mol. Cell Biol. 4: 2.072-2.081 (1.984); Hermonat & Muzyczka, PNAS 81: 6.466-6.470 (1.984) y Samulski et al., J. Virol. 63: 03822-3828 (1.989).
Típicamente se usan células de empaquetamiento para formar partículas de virus que sean capaces de infectar una célula huésped. Tales células incluyen células 293, que empaquetan adenovirus, y células ψ2 o células PA317, que empaquetan retrovirus. Los vectores víricos usados en terapia génica se generan habitualmente produciendo una estirpe celular que empaqueta un vector de ácidos nucleicos en una partícula vírica. Los vectores contienen típicamente las mínimas secuencias víricas requeridas para empaquetamiento y posterior integración en un 25 huésped, siendo reemplazadas otras secuencias víricas por una casete de expresión para el polinucleótido o los polinucleótidos que se tienen que expresar. Las funciones víricas que faltan se suministran típicamente en trans por la estirpe celular de empaquetamiento. Por ejemplo, los vectores AAV usados en terapia génica típicamente poseen sólo secuencias ITR del genoma AAV que se requieren para empaquetamiento e integración en el genoma huésped. El ADN vírico se empaqueta en una estirpe celular, que contiene un plásmido auxiliar que codifica los otros genes AAV, es decir rep y cap, pero carecen de secuencias ITR. La estirpe celular también puede infectarse con adenovirus como auxiliar. El virus auxiliar activa la replicación del vector AAV y la expresión de genes AAV del plásmido auxiliar. El plásmido auxiliar no se empaqueta en cantidades significativas debido a ausencia de secuencias ITR. La contaminación con adenovirus se puede reducir por, por ejemplo, tratamiento térmico al cual es más sensible el adenovirus que AAV. Los métodos adicionales para el suministro de ácidos nucleicos a células son
35 conocidos para los expertos en la materia. Véase, por ejemplo, la Patente de EE.UU. 20030087817.
En algunas realizaciones, una célula huésped se transfecta de manera transitoria o de manera no transitoria con uno
o más vectores descritos en la presente memoria. En algunas realizaciones, una célula se transfecta como tiene lugar de manera natural en un individuo. En algunas realizaciones, una célula que se transfecta es tomada de un individuo. En algunas realizaciones, la célula procede de células tomadas de un individuo, tales como una estirpe celular. Una amplia variedad de estirpes celulares de cultivos de tejido se conocen en la técnica. Ejemplos de estirpes celulares incluyen, pero no se limitan a, C8161, CCRF-CEM, MOLT, mIMCD-3, NHDF, HeLa-S3, Huh1, Huh4, Huh7, HUVEC, HASMC, HEKn, HEKa, MiaPaCell, Panc1, PC-3, TF1, CTLL-2, C1R, Rat6, CV1, RPTE, A10, T24, J82, A375, ARH-77, Calu1, SW480, SW620, SKOV3, SK-UT, CaCo2, P388D1, SEM-K2, WEHI-231, HB56, TIB55, Jurkat, J45.01, LRMB, Bcl-1, BC-3, IC21, DLD2, Raw264.7, NRK, NRK-52E, MRC5, MEF, Hep G2, HeLa B, 45 HeLa T4, COS, COS-1, COS-6, COS-M6A, epitelial de riñón de mono BS-C-1, fibroblasto de embrión de ratón BALB/ 3T3, 3T3 Swiss, 3T3-L1, fibroblastos fetales humanos 132-d5; fibroblastos de ratón 10.1, 293-T, 3T3, 721, 9L, A2780, A2780ADR, A2780cis, A172, A20, A253, A431, A-549, ALC, B16, B35, células BCP-1, BEAS-2B, bEnd.3, BHK-21, BR 293, BxPC3, C3H-10T1/2, C6/36, Cal-27, CHO, CHO-7, CHO-IR, CHO-K1, CHO-K2, CHO-T, CHO Dhfr -/-, COR-L23, COR-L23/CPR, COR-L23/5010, COR-L23/R23, COS-7, COV-434, CML T1, CMT, CT26, D17, DH82, DU145, DuCaP, EL4, EM2, EM3, EMT6/AR1, EMT6/AR10.0, FM3, H1299, H69, HB54, HB55, HCA2, HEK-293, HeLa, Hepa1c1c7, HL-60, HMEC, HT-29, Jurkat, células JY, células K562, Ku812, KCL22, KG1, KYO1, LNCap, Ma-Mel 1-48, MC-38, MCF-7, MCF-10A, MDA-MB-231, MDA-MB-468, MDA-MB-435, MDCK II, MDCK II, MOR/0.2R, MONO-MAC 6, MTD-1A, MyEnd, NCI-H69/CPR, NCI-H69/LX10, NCI-H69/LX20, NCI-H69/LX4, NIH-3T3, NALM-1, NW-145 estirpes celulares OPCN / OPCT, Peer, PNT-1A / PNT 2, RenCa, RIN-5F, RMA/RMAS, células Saos-2, Sf
55 9, SkBr3, T2, T-47D, T84, estirpe celular THP1, U373, U87, U937, VCaP, células Vero, WM39, WT-49, X63 YAC-1, YAR y variedades transgénicas de los mismos. Las estirpes celulares están disponibles de una variedad de fuentes conocidas por los expertos en la materia (véase, por ej., La Colección de Cultivos de Tipo Americano (ATCC, por sus siglas en inglés) (Manassus, Va.)). En algunas realizaciones, una célula transfectada con uno o más vectores descritos en la presente memoria se usa para establecer una nueva estirpe celular que comprende una o más secuencias procedentes de vector. En algunas realizaciones, una célula transfectada de manera transitoria con los componentes de un sistema CRISPR como se describe en la presente memoria (tal como por transinfección transitoria de uno o más vectores o transinfección con ARN) y modificada por la actividad de un complejo CRISPR, se usa para establecer una nueva estirpe celular que comprende células que contienen la modificación pero carecen de otra secuencia exógena. En algunas realizaciones, las células transfectadas de manera transitoria o de manera
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no transitoria con uno o más vectores descritos en la presente memoria o estirpes celulares procedentes de dichas células se usan en la valoración de uno o más compuestos de ensayo.
Algunos aspectos de la descripción se refieren a la generación de líneas isogénicas de células de mamífero para el estudio de variaciones genéticas en una enfermedad. Un aspecto adicional de la descripción se refiere a la generación de modelos de animales modificados genéticamente, ya sea con un suministro mediado por virus o transgénico. La descripción también abarca modificaciones del genoma de microbios, células, plantas, animales u organismos sintéticos para la generación de productos útiles desde un punto de vista biomédico, agrícola e industrial. En otro aspecto más, la descripción abarca la terapia génica. La descripción se puede utilizar como una herramienta de investigación biológica, para entender el genoma, por ejemplo, estudios de inactivación génica. La descripción se refiere a muchos otros métodos y composiciones que dependen de la habilidad básica de editar y reescribir el contenido de ADN de los genomas, así como también a una inactivación objetivo de organismos basados en ADN. La descripción también puede utilizarse como herramienta terapeútica para fijar como objetivo cepas específicas de infecciones bacterianas, infecciones víricas, etc.
En algunas realizaciones, uno o más vectores descritos en la presente memoria se usan para producir un animal transgénico no humano o planta transgénica. En algunas realizaciones, el animal transgénico es un mamífero, tal como un ratón, rata o conejo. En algunas realizaciones, el organismo o individuo es una planta. En algunas realizaciones, el organismo o individuo o planta es un alga. Los métodos para producir plantas y animales transgénicos son conocidos en la técnica y generalmente empiezan con un método de transinfección de células, tal como se describe en la presente memoria. También se proporcionan animales transgénicos como son plantas transgénicas, especialmente cultivos y algas. El animal o la planta transgénicos pueden ser útiles en aplicaciones fuera de proporcionar un modelo de enfermedad. Éstas pueden incluir producción de alimentos o de alimentación por expresión de, por ejemplo, mayores niveles de proteína, carbohidrato, nutriente o vitaminas que lo que se observaría normalmente en el tipo natural. Con respecto a esto, se prefieren las plantas transgénicas, especialmente legumbres y tubérculos y animales, especialmente los mamíferos tales como ganado (vacas, ovejas, cabras y cerdos), pero también aves de corral e insectos comestibles.
Las algas transgénicas u otras plantas tales como colza pueden ser útiles en particular en la producción de aceites vegetales o biocombustibles tales como alcoholes (especialmente metanol y etanol), por ejemplo. Estos se pueden conseguir por ingeniería para expresar o sobreexpresar altos niveles de aceite o alcoholes para uso en las industrias de aceites o biocombustibles.
En un aspecto, la descripción proporciona métodos para modificar un polinucleótido objetivo en una célula eucariota, que podrá ser in vivo, ex vivo o in vitro. En algunas realizaciones, el método comprende obtener muestras de una célula o población de células procedentes de un animal humano o no humano o una planta (incluidas las microalgas) y modificar la célula o las células. El cultivo puede tener lugar en cualquier etapa ex vivo. La célula o las células podrán incluso reintroducirse en el animal no humano o planta (incluidas las micro algas).
En un aspecto, la descripción proporciona métodos para modificar un polinucleótido objetivo en una célula eucariota. En algunas realizaciones, el método comprende permitir que un complejo CRISPR se una al polinucleótido objetivo para efectuar la escisión de dicho polinucleótido objetivo modificando de ese modo el polinucleótido objetivo, en la que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con una secuencia guía hibridada a una secuencia fijada como objetivo dentro de dicho polinucleótido objetivo, en el que dicha secuencia guía está ligada a una secuencia de emparejamiento tracr que a su vez híbrida a una secuencia tracr.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para modificar la expresión de un polinucleótido en una célula eucariota. En algunas realizaciones, el método comprende permitir que un complejo CRISPR se una al polinucleótido de manera que dicha unión dé como resultado expresión aumentada o disminuida de dicho polinucleótido; en el que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con una secuencia guía hibridada a una secuencia fijada como objetivo dentro de dicho polinucleótido, en el que dicha secuencia guía está ligada a una secuencia de emparejamiento tracr que a su vez hibrida a una secuencia tracr.
Con los recientes avances en la genómica de cultivos, la capacidad para usar sistemas CRISPR-Cas para realizar edición de genes y manipulación eficaz y de coste eficaz permitirá la rápida selección y la comparación de manipulaciones genéticas únicas y multiplexadas para transformar dichos genomas para producción mejorada y cebos mejorados. Con respecto a esto se hace referencia a las Patentes y publicaciones de EE.UU.: Patente de EE.UU. Nº 6.603.061 -Agrobacterium-Mediated Plant Transformation Method; la Patente de EE.UU. Nº 7.868.149 -Plant Genome Sequences and Uses Thereof y la Patente de EE.UU. 2009/0100536 -Transgenic Plants with Enhanced Agronomic Traits. En la práctica de la descripción, también se hace referencia a los contenidos y descripción de Morrell et al "Crop genomics: advances and applications" Nat Rev Genet. 29 de diciembre de 2.011; 13 (2): 85-96.
En las plantas, los patógenos son con frecuencia específicos del huésped. Por ejemplo, Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici produce marchitamiento del tomate pero ataca sólo al tomate y F. oxysporum f. dianthii Puccinia graminis f sp. tritici ataca sólo al trigo. Las plantas tienen defensas existentes e inducidas para resistir a la mayoría de los patógenos. Las mutaciones y casos de recombinación a lo largo de las generaciones de plantas conducen a
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variabilidad genética que da lugar a susceptibilidad, especialmente cuando se reproducen los patógenos con más frecuencia que las plantas. En las plantas puede haber resistencia al no huésped, por ejemplo, el huésped y el patógeno son incompatibles. También puede ser Resistencia Horizontal, por ejemplo, resistencia parcial contra todas las razas de un patógeno, controlado típicamente por muchos genes y Resistencia Vertical, por ejemplo, resistencia completa a algunas razas de un patógeno pero no a las demás razas, típicamente controlado por algunos genes. En un nivel gen por gen, las plantas y los patógenos evolucionan juntos y los cambios genéticos en uno equilibran los cambios en otro. De acuerdo con esto, usando Variabilidad Natural, los criadores combinan la mayoría de los genes útiles para Rendimiento, Calidad, Uniformidad, Dureza, Resistencia. Las fuentes de genes de la resistencia incluyen Variedades naturales o extrañas, Variedades Heirloom, Mutaciones Relativas a las Plantas Silvestres e Inducidas, por ej., tratando material vegetal con agentes mutagénicos. Usando la presente descripción, se proporciona a los criadores de plantas una nueva herramienta para inducir mutaciones. De acuerdo con esto, un experto en la materia puede analizar el genoma de fuentes de genes de resistencia y en Variedades con características o rasgos deseados emplea la presente invención para inducir el aumento de genes de resistencia, con más precisión que los agentes mutagénicos previos y por lo tanto acelera y mejora los programas de cultivo.
En un aspecto, la descripción proporciona estuches que contienen uno o más cualesquiera de los elementos descritos en los métodos y composiciones anteriores. En algunas realizaciones, el estuche comprende un sistema vector e instrucciones para usar el estuche. En algunas realizaciones, el sistema vector comprende (a) un primer elemento regulador unido de manera operable a una secuencia de emparejamiento tracr y uno o más sitios de inserción para insertar una secuencia guía aguas arriba de la secuencia de emparejamiento tracr, en el que cuando se expresa, la secuencia guía dirige la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia fijada como objetivo en una célula eucariota, en la que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con (1) la secuencia guía que se hibrida a la secuencia objetivo y (2) la secuencia de emparejamiento tracr que se hibrida a la secuencia tracr y/o (b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una secuencia codificadora de enzima que codifica dicha enzima CRISPR que comprende una secuencia de localización nuclear. Los elementos se pueden proporcionar de manera individual o en combinaciones y se pueden proporcionar en cualquier envase adecuado, tal como un vial, un frasco o un tubo. En algunas realizaciones, el estuche incluye instrucciones en uno o más idiomas, por ejemplo en más de un idioma.
En algunas realizaciones, un estuche comprende uno o más reactivos para uso en un procedimiento utilizando uno o más de los elementos descritos en la presente memoria. Los reactivos se pueden proporcionar en cualquier envase adecuado. Por ejemplo, un estuche puede proporcionar uno o más tampones de reacción o de almacenamiento. Los reactivos se pueden proporcionar en una forma que sea utilizable en un ensayo particular o en una forma que requiera la adición de otro u otros componentes más antes de uso (por ejemplo, en forma concentrada o liofilizada). Un tampón puede ser cualquier tampón, incluyendo pero no limitándose a tampón de carbonato de sodio, un tampón de bicarbonato de sodio, un tampón de borato, un tampón de Tris, un tampón de MOPS, un tampón de HEPES y combinaciones de los mismos. En algunas realizaciones, el tampón es alcalino. En algunas realizaciones, el tampón presenta un pH de aproximadamente 7 a aproximadamente 10. En algunas realizaciones, el estuche comprende uno
o más oligonucleótidos correspondientes a una secuencia guía para inserción en un vector de manera que se una de manera operable a la secuencia guía y un elemento regulador. En algunas realizaciones, el estuche comprende un polinucleótido de plantilla de recombinación homólogo.
En un aspecto, la descripción proporciona métodos para usar uno o más elementos de un sistema CRISPR. El complejo CRISPR de la descripción proporciona un medio eficaz para modificar un polinucleótido objetivo. El complejo CRISPR de la descripción presenta una amplia variedad de utilidad incluyendo modificación (por ej., supresión, inserción, traslocación, inactivación, activación) de un polinucleótido objetivo en una multiplicidad de tipos de células. Como tal el complejo CRISPR de la descripción presenta un amplio espectro de aplicaciones en, por ej., tratamiento génico, investigación de fármacos, diagnóstico de enfermedades y prognosis. Un complejo CRISPR ejemplar comprende una enzima CRISPR complejada con una secuencia guía hibridada a una secuencia fijada como objetivo dentro del polinucleótido objetivo. La secuencia guía está ligada a una secuencia de emparejamiento tracr, que a su vez híbrida a una secuencia tracr.
El polinucleótido objetivo de un complejo CRISPR puede ser cualquier polinucleótido endógeno o exógeno a la célula eucariota. Por ejemplo, el polinucleótido objetivo puede ser un polinucleótido que resida en el núcleo de la célula eucariota. El polinucleótido objetivo puede ser una secuencia que codifique un producto génico (por ej., una proteína) o una secuencia no codificadora (por ej., un polinucleótido regulador o un ADN basura). Sin desear estar limitados por la teoría, se cree que la secuencia objetivo debería estar asociada a un PAM (unidad adyacente protoespaciadora); esto es, una secuencia corta reconocida por el complejo CRISPR. Los requerimientos de secuencia y longitud precisos para el PAM difieren dependiendo de la enzima CRISPR usada, pero los PAM son típicamente secuencias de 2-5 pares de bases adyacentes al protoespaciador (esto es, la secuencia objetivo) Ejemplos de secuencias PAM se proporcionan en la sección de ejemplos a continuación y el experto podrá identificar secuencias PAM adicionales para uso con una enzima CRISPR determinada.
El polinucleótido objetivo de un complejo CRISPR puede incluir una serie de genes y polinucleótidos asociados a enfermedades así como genes y polinucleótidos asociados a ruta bioquímica de señalización.
Ejemplos de polinucleótidos objetivo incluyen una secuencia asociada a una ruta bioquímica de señalización, por ej.,
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un gen o polinucleótido asociado a una ruta bioquímica de señalización. Ejemplos de polinucleótidos objetivo incluyen un gen o polinucleótido asociado a una enfermedad. Un gen o polinucleótido "asociado a una enfermedad" se refiere a cualquier gen o polinucleótido que esté proporcionando productos de transcripción o traducción en un nivel anormal o en una forma anormal en las células procedentes de tejidos afectados por una enfermedad 5 comparado con tejidos o células de un control no de enfermedad. Puede ser un gen que llegue a expresarse a un nivel anormalmente alto; puede ser un gen que llegue a expresarse a un nivel anormalmente bajo, donde la expresión modificada se correlaciona con la aparición y/o progresión de la enfermedad. Un gen asociado a la enfermedad también se refiere a un gen que posee mutación o mutaciones o variación genética que es directamente responsable o está ligada a desequilibrio con un gen, o genes, que es responsable de la etiología de una
10 enfermedad. Los productos transcritos o traducidos pueden ser conocidos o desconocidos y puede ser a un nivel normal o anormal.
Ejemplos de genes y polinucleótidos asociados a una enfermedad están disponibles en Instituto McKusick-Nathans de Medicina Genética, Universidad de Johns Hopkins (Baltimore, Md.) y Centro Nacional para Información de Biotecnología, Biblioteca Nacional de Medicina (Betesda, Md.), disponible en la Red Informática Mundial.
15 Ejemplos de genes y polinucleótidos asociados a una enfermedad se enumeran en las Tablas A y B. La información específica de la enfermedad está disponible en el Instituto McKusick-Nathans de Medicina Genética, Universidad de Johns Hopkins (Baltimore, Md.) y Centro Nacional para Información de Biotecnología, Biblioteca Nacional de Medicina (Betesda, Md.), disponible en la Red Informática Mundial. Ejemplos de genes y polinucleótidos asociados a una ruta bioquímica de señalización se enumeran en la Tabla C.
20 Las mutaciones en estos genes y rutas pueden dar como resultado la producción de proteínas inapropiadas o proteínas en cantidades inapropiadas que afecten a la función. Tales genes, proteínas y rutas pueden ser el polinucleótido objetivo de un complejo CRISPR.
Tabla A
ENFERMEDAD/TRASTORNOS
GEN (ES)
Neoplasia
PTEN; ATM; ATR; EGFR; ERBB2; ERBB3; ERBB4;
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Notch1; Notch2; Notch3; Notch4; AKT; AKT2; AKT3; HIF;
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HIF1a; HIF3a; Met; HRG; Bcl2; PPAR alfa; PPAR
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gamma; WT1 (Tumor Wilms ); Familia Receptor FGF
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miembros (5 miembros: 1, 2, 3, 4, 5); CDKN2a; APC; RB
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(retinoblastoma); MEN1; VHL; BRCA1; BRCA2; AR
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(Receptor Andrógenos ); TSG101; IGF; Receptor IGF; Igf1 (4
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variantes); Igf2 (3 variantes); Receptor Igf 1; Receptor Igf 2;
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Bax; Bcl2; familia caspases (9 miembros:
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1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 12); Kras; Apc
Degeneración
Abcr; Cc12; Cc2; cp (ceruloplasmina); Timp3; catepsina D;
Macular relacionada con la edad
Vldlr; Ccr2
Esquizofrenia
Neuregulina1 (Nrg1); Erb4 (receptor para Neuregulina);
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Complexina1 (Cplx1); Tph1 Triptófano hidroxilasa; Tph2
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Triptófano hidroxilasa 2; Neurexina 1; GSK3; GSK3a;
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GSK3b
Trastornos
5-HTT (Slc6a4); COMT; DRD (Drd1a); SLC6A3; DAOA;
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DTNBP1; Dao (Dao1)
Repetición del trinucleótido
HTT (Huntington's Dx); SBMA/SMAX1/AR (Kennedy's
Trastornos
Dx); FXN/X25 (Friedrich's Ataxia); ATX3 (Machado
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Joseph's Dx); ATXN1 y ATXN2 (ataxia
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espinocerebelar); DMPK (distrofia miotónica); Atrophin-1 y Atn1
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(DRPLA Dx); CBP (Creb-BP -inestabilidad global); VLDLR
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Tabla B
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y trastornos
linfoproliferativo autoinmunitario (TNFRSF6, APT1, FAS, CD95, ALPS1A);
inmunorelacionados
immunodeficiencia combinada, (IL2RG, SCIDX1, SCIDX, IMD4); HIV-1 (CCL5, SCYA5, D17S136E, TCP228), susceptibilidad o infección por VIH (IL10, CSIF, CMKBR2, CCR2, CMKBR5, CCCKR5 (CCR5)); Inmunodeficiencias (CD3E, CD3G, AICDA, AID, HIGM2, TNFRSF5, CD40, UNG, DGU, HIGM4, TNFSF5, CD40LG, HIGM1, IGM, FOXP3, IPEX, AIID, XPID, PIDX, TNFRSF14B, TACI); Inflamación (IL10, IL-1 (IL-1a, IL-1b), IL-13, IL-17 (IL-17a (CTLA8), IL-17b, IL-17c, IL-17d, IL-17f), II23, Cx3cr1, ptpn22, TNFa, NOD2/CARD15 for IBD, IL-6, IL-12 (IL-12a, IL-12b), CTLA4, Cx3cl1); inmunodeficiencias combinadas severas (SCIDs)(JAK3, JAKL, DCLRE1C, ARTEMIS, SCIDA, RAG1, RAG2, ADA, PTPRC, CD45, LCA, IL7R, CD3D, T3D, IL2RG, SCIDX1, SCIDX, IMD4).
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Enfermedades y trastornos
Neuropatía amiloide (TTR, PALB); Amiloidosis (APOA1, APP, AAA, CVAP, AD1,
metabólicos, hepáticos,
GSN, FGA, LYZ, TTR, PALB); Cirrosis (KRT18, KRT8, C1RH1A, NAIC, TEX292,
renales y proteínicos
K1AA1988); fibrosis quística (CFTR, ABCC7, CF, MRP7); enfermedades de almacenamiento de glucógeno (SLC2A2, GLUT2, G6PC, G6PT, G6PT1, GAA, LAMP2, LAMPB, AGL, GDE, GBE1, GYS2, PYGL, PFKM); adenoma hepático, 142330 (TCF1, HNF1A, MODY3), fallo hepático, comienzo temprano y trastorno neurológico (SCOD1, SCO1), deficiencia de lipasa hepática(LIPC), Hepatoblastoma, cáncer y carcinomas (CTNNB1, PDGFRL, PDGRL, PRLTS, AXIN1, AXIN, CTNNB1, TP53, P53, LFS1, IGF2R, MPRI, MET, CASP8, MCH5; enfermedad del riñón quístico medular (UMOD, HNFJ, FJHN, MCKD2, ADMCKD2); Fenilcetonuria (PAH, PKU1, QDPR, DHPR, PTS); enfermedad renal y hepática poliquística (FCYT, PKHD1, ARPKD, PKD 1, PKD2, PKD4, PKDTS, PRKCSH, G19P1, PCLD, SEC63).
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enfermedades y trastornos
Distrofia muscular de Becker (DMD, BMD, MYF6), Distrofia muscular de Duchenne
musculares / del esqueleto
(DMD, BMD); Distrofia muscular de Emery-Dreifuss (LMNA, LMN1, EMD2, FPLD, CMD1A, HGPS, LGMD1B, LMNA, LMN1, EMD2, FPLD, CMD1A); Distrofia muscular de Facioscapulohumeral (FSHMD1A, FSHD1A); Distrofia muscular (FKRP, MDC1C, LGMD2I, LAMA2, LAMM, LARGE, KIAA0609, MDC1D, FCMD, TTID, MYOT, CAPN3, CANP3, DYSF, LGMD2B, SGCG, LGMD2C, DMDA1, SCG3, SGCA, ADL, DAG2, LGMD2D, DMDA2, SGCB, LGMD2E, SGCD, SGD, LGMD2F, CMD1L, TCAP, LGMD2G, CMD1N, TRIM32, HT2A, LGMD2H, FKRP, MDC1C, LGMD21, TTN, CMD1G, TMD, LGMD2J, POMT1, CAV3, LGMD1C, SEPN1, SELN, RSMD1, PLEC1, PLTN, EBS1); Osteopetrosis (LRP5, BMND1, LRP7, LR3, OPPG, VBCH2, CLCN7, CLC7, OPTA2, OSTM1, GL, TCIRG1, TIRC7, OC116, OPTB1); Atrofia muscular (VAPB, VAPC, ALS8, SMN1, SMA1, SMA2, SMA3, SMA4, BSCL2, SPG17, GARS, SMAD1, CMT2D, HEXB, IGHMBP2, SMUBP2, CATF1, SMARD1).
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enfermedades y trastornos
ALS (SOD1, ALS2, STEX, FUS, TARDBP, VEGF (VEGF-a, VEGF-b, VEGF-c);
neurológicos y neuronales
enfermedad de Alzheimer (APP, AAA, CVAP, AD1, APOE, AD2, PSEN2, AD4, STM2, APBB2, FE65L1, NOS3, PLAU, URK, ACE, DCP1, ACE1, MPO, PACIP1, PAXIP1L, PTIP, A2M, BLMH, BMH, PSEN1, AD3); Autismo (Mecp2, BZRAP1, MDGA2, Sema5A, Neurexina 1, GLO1, MECP2, RTT, PPMX, MRX16, MRX79, NLGN3, NLGN4, KIAA1260, AUTSX2); Síndrome frágil X (FMR2, FXR1, FXR2, mGLUR5); enfermedad de Huntington y trastornos tipo enfermedad (HD, IT15, PRNP, PRIP, JPH3, JP3, HDL2, TBP, SCA17); enfermedad de Parkinson (NR4A2, NURR1, NOT, TINUR, SNCAIP, TBP, SCA17, SNCA, NACP, PARK1, PARK4, DJ1, PARK7, LRRK2, PARK8, PINK1, PARK6, UCHL1, PARK5, SNCA, NACP, PARK1, PARK4, PRKN, PARK2, PDJ, DBH, NDUFV2); síndrome de Rett (MECP2, RTT, PPMX, MRX16, MRX79, CDKL5, STK9, MECP2, RTT, PPMX, MRX16, MRX79, x-Synuclein, DJ-1); Esquizofrenia (Neuregulin1 (Nrg1), Erb4 (receptor de Neuregulin), Complexin1 (Cplx1), Tph1 Triptófano hidroxilasa, Tph2, Triptófano hidroxilasa 2, Neurexina 1, GSK3, GSK3a, GSK3b, 5-HTT (Slc6a4), COMT, DRD (Drd1a), SLC6A3, DAOA, DTNBP1, Dao (Dao1)); Trastornos Relacionados con la secretasa (APH-1 (alfa y beta), Presenilin (Psen1), nicastrin, (Ncstn), PEN-2, Nos1, Parp1, Nat1, Nat2); Trastornos Repetición del trinucleótido (HTT (Huntington's Dx), SBMA/SMAX1/AR (Kennedy's Dx), FXN/X25 (Ataxia de Friedrich), ATX3 (Machado-Joseph's Dx), ATXN1 y ATXN2 (ataxias espinocerebelares), DMPK (distrofia miotónica), Atrofina-1 y Atn1 (DRPLA Dx), CBP (Creb-BP -inestabilidad global), VLDLR (Alzheimer's), Atxn7, Atxn10).
imagen37
imagen38
enfermedades y trastornos oculares
degeneración macular relacionada con la edad (Abcr, Ccl2, Cc2, cp (ceruloplasmina), Timp3, catepsinaD, Vldlr, Ccr2); Catarata (CRYAA, CRYA1, CRYBB2, CRYB2,
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PITX3, BFSP2, CP49, CP47, CRYAA, CRYA1, PAX6, AN2, MGDA, CRYBA1, CRYB1, CRYGC, CRYG3, CCL, LIM2, MP19, CRYGD, CRYG4, BFSP2, CP49, CP47, HSF4, CTM, HSF4, CTM, MIP, AQP0, CRYAB, CRYA2, CTPP2, CRYBB1, CRYGD, CRYG4, CRYBB2, CRYB2, CRYGC, CRYG3, CCL, CRYAA, CRYA1, GJA8, CX50, CAE1, GJA3, CX46, CZP3, CAE3, CCM1, CAM, KRIT1); distrofia y turbidez de la córnea (APOA1, TGFBI, CSD2, CDGG1, CSD, BIGH3, CDG2, TACSTD2, TROP2, M1S1, VSX1, RINX, PPCD, PPD, KTCN, COL8A2, FECD, PPCD2, PIP5K3, CFD); Cornea plana congénita (KERA, CNA2); Glaucoma (MYOC, TIGR, GLC1A, JOAG, GPOA, OPTN, GLC1E, FIP2, HYPL, NRP, CYP1B1, GLC3A, OPA1, NTG, NPG, CYP1B1, GLC3A); amaurosis congénita de Leber (CRB1, RP12, CRX, CORD2, CRD, RPGRIP1, LCA6, CORD9, RPE65, RP20, AIPL1, LCA4, GUCY2D, GUC2D, LCA1, CORD6, RDH12, LCA3); distrofia macular (ELOVL4, ADMD, STGD2, STGD3, RDS, RP7, PRPH2, PRPH, AVMD, AOFMD, VMD2).
Epilepsia, mioclónica, tipo Lafora, 254780
EPM2A, MELF, EPM2
Epilepsia, mioclónica, tipo Lafora, 254780
NHLRC1, EPM2A, EPM2B
imagen41
imagen42
Distrofia muscular de Duchenne, 310200 (3)
DMD, BMD
imagen43
imagen44
SIDA, progresión retrasada/rápida a (3)
KIR3DL1, NKAT3, NKB1, AMB11,
imagen45
KIR3DS1
SIDA, progresión rápida a, 609423 (3)
IFNG
SIDA, resistencia a (3)
CXCL12, SDF1
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imagen47
Deficiencia de alfa 1antitripsina
SERPINA 1 [inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 1]; SERPINA2 [inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 2]; SERPINA3 [inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 3]; SERPINA5 [inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 5]; SERPINA6 [inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 6]; SERPINA7 [inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 7]; y SERPINA6 (inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 6)
Tabla C
FUNCIÓN CELULAR
GENES
Señalización PI3K/AKT
PRKCE; ITGAM; ITGA5; IRAK1; PRKAA2; EIF2AK2;
imagen48
PTEN; EIF4E; PRKCZ; GRK6; MAPK1; TSC1; PLK1;
imagen49
AKT2; IKBKB; PIK3CA; CDK8; CDKN1B; NFKB2; BCL2;
imagen50
PIK3CB; PPP2R1A; MAPK8; BCL2L1; MAPK3; TSC2;
imagen51
ITGA1; KRAS; EIF4EBP1; RELA; PRKCD; NOS3;
imagen52
PRKAA1; MAPK9; CDK2; PPP2CA; PIM1; ITGB7;
imagen53
YWHAZ; ILK; TP53; RAF1; IKBKG; RELB; DYRK1A;
imagen54
CDKN1A; ITGB1; MAP2K2; JAK1; AKT1; JAK2; PIK3R1;
imagen55
CHUK; PDPK1; PPP2R5C; CTNNB1; MAP2K1; NFKB1;
imagen56
PAK3; ITGB3; CCND1; GSK3A; FRAP1; SFN; ITGA2;
imagen57
TTK; CSNK1A1; BRAF; GSK3B; AKT3; FOXO1; SGK;
imagen58
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen59
HSP90AA1; RPS6KB1
Señalización ERK/MAPK
PRKCE; ITGAM; ITGA5; HSPB1; IRAK1; PRKAA2;
imagen60
EIF2AK2; RAC1; RAP1A; TLN1; EIF4E; ELK1; GRK6;
imagen61
MAPK1; RAC2; PLK1; AKT2; PIK3CA; CDK8; CREB1;
imagen62
PRKCI; PTK2; FOS; RPS6KA4; PIK3CB; PPP2R1A;
imagen63
PIK3C3; MAPK8; MAPK3; ITGA1; ETS1; KRAS; MYCN;
imagen64
EIF4EBP1; PPARG; PRKCD; PRKCA1; MAPK9; SRC;
imagen65
CDK2; PPP2CA; PIM1; PIK3C2A; ITGB7; YWHAZ;
imagen66
PPP1CC; KSR1; PXN; RAF1; FYN; DYRK1A; ITGB1;
imagen67
MAP2K2; PAK4; PIK3R1; STAT3; PPP2R5C; MAP2K1;
imagen68
PAK3; ITGB3; ESR1; ITGA2; MYC; TTK; CSNK1A1;
imagen69
CRKL; BRAF; ATF4; PRKCA; SRF; STAT1; SGK
Señalización
RAC1; TAF4B; EP300; SMAD2; TRAF6; PCAF; ELK1;
Receptor Glucocorticoide
MAPK1; SMAD3; AKT2; IKBKB; NCOR2; UBE2I;
imagen70
PIK3CA; CREB1; FOS; HSPA5; NFKB2; BCL2;
imagen71
MAP3K14; STAT5B; PIK3CB; PIK3C3; MAPKB; BCL2L1;
imagen72
MAPK3; TSC22D3; MAPK10; NRIP1; KRAS; MAPK13;
imagen73
RELA; STAT5A; MAPK9; NOS2A; PBX1; NR3C1;
imagen74
PIK3C2A; CDKN1C; TRAF2; SERPINE1; NCOA3;
imagen75
MAPK14; TNF; RAF1; IKBKG; MAP3K7; CREBBP;
imagen76
CDKN1A; MAP2K2; JAK1; IL8; NCOA2; AKT1; JAK2;
imagen77
PIK3R1; CHUK; STAT3; MAP2K1; NFKB1; TGFBR1;
imagen78
ESR1; SMAD4; CEBPB; JUN; AR; AKT3; CCL2; MMP1; STAT1; IL6; HSP90AA1
Señalización Guía Axonal
PRKCE; ITGAM; ROCK1; ITGA5; CXCR4; ADAM12;
imagen79
IGF1; RAC1; RAP1A; EIF4E; PRKCZ; NRP1; NTRK2;
imagen80
ARHGEF7; SMO; ROCK2; MAPK1; PGF; RAC2;
imagen81
PTPN11; GNAS; AKT2; PIK3CA; ERBB2; PRKCI; PTK2;
imagen82
CFL1; GNAQ; PIK3CB; CXCL 12; PIK3C3; WNT11;
imagen83
PRKD1; GNB2L1; ABL1; MAPK3; ITGA1; KRAS; RHOA;
imagen84
PRKCD; PIK3C2A; ITGB7; GLI2; PXN; VASP; RAF1;
imagen85
FYN; ITGB1; MAP2K2; PAK4; ADAM17; AKT1; PIK3R1;
imagen86
GLI1; WNT5A; ADAM10; MAP2K1; PAK3; ITGB3;
imagen87
CDC42; VEGFA; ITGA2; EPHA8; CRKL; RND1; GSK3B;
imagen88
AKT3; PRKCA
Señalización Receptor Ephrin
PRKCE; ITGAM; ROCK1; ITGA5; CXCR4; IRAK1;
imagen89
PRKAA2; EIF2AK2; RAC I; RAP1A; GRK6; ROCK2;
imagen90
MAPK1; PGF; RAC2; PTPN11; GNAS; PLK1; AKT2;
imagen91
DOK1; CDK8; CREB1; PTK2; CFL1; GNAQ; MAP3K14;
imagen92
CXCL12; MAPK8; GNB2L1; ABL1; MAPK3; ITGA1;
imagen93
KRAS; RHOA; PRKCD; PRKAA1; MAPK9; SRC; CDK2;
imagen94
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen95
PIM1; ITGB7; PXN; RAF1; FYN; DYRK1A; ITGB1;
imagen96
MAP2K2; PAK4; AKT1; JAK2; STAT3; ADAM10;
imagen97
MAP2K1; PAK3; ITGB3; CDC42; VEGFA; ITGA2;
imagen98
EPHA8; TTK; CSNK1A1; CRKL; BRAF; PTPN13; ATF4;
imagen99
AKT3; SGK
Señalización
ACTN4; PRKCE; ITGAM; ROCK1; ITGA5; IRAK1;
cictoesqueleto de actina
PRKAA2; EIF2AK2; RAC1; INS; ARHGEF7; GRK6;
imagen100
ROCK2; MAPK1; RAC2; PLK1; AKT2; PIK3CA; CDK8;
imagen101
PTK2; CFL1; PIK3CB; MYH9; DIAPH1; PIK3C3; MAPK8;
imagen102
F2R; MAPK3; SLC9A1; ITGA1; KRAS; RHOA; PRKCD;
imagen103
PRKAA1; MAPK9; CDK2; PIM1; PIK3C2A; ITGB7;
imagen104
PPP1CC; PXN; VIL2; RAF1; GSN; DYRK1A; ITGB1;
imagen105
MAP2K2; PAK4; PIP5K1A; PIK3R1; MAP2K1; PAK3;
imagen106
ITGB3; CDC42; APC; ITGA2; TTK; CSNK1A1; CRKL;
imagen107
BRAF; VAV3; SGK
Señalización
PRKCE; IGF1; EP300; RCOR1; PRKCZ; HDAC4; TGM2;
enfermedad de Huntington
MAPK1; CAPNS1; AKT2; EGFR; NCOR2; SP1; CAPN2;
imagen108
PIK3CA; HDAC5; CREB1; PRKCI; HSPA5; REST;
imagen109
GNAQ; PIK3CB; PIK3C3; MAPKB; IGF1R; PRKD1;
imagen110
GNB2L1; BCL2L1; CAPN1; MAPK3; CASP8; HDAC2;
imagen111
HDAC7A; PRKCD; HDAC11; MAPK9; HDAC9; PIK3C2A;
imagen112
HDAC3; TP53; CASP9; CREBBP; AKT1; PIK3R1;
imagen113
PDPK1; CASP1; APAF1; FRAP1; CASP2; JUN; BAX;
imagen114
ATF4; AKT3; PRKCA; CLTC; SGK; HDAC6; CASP3
Señalización de muerte celular programada
PRKCE; ROCK1; BID; IRAK1; PRKAA2; EIF2AK2; BAK1;
imagen115
BIRC4; GRK6; MAPK1; CAPNS1; PLK1; AKT2; IKBKB;
imagen116
CAPN2; CDK8; FAS; NFKB2; BCL2; MAP3K14; MAPK8;
imagen117
BCL2L1; CAPN1; MAPK3; CASP8; KRAS; RELA;
imagen118
PRKCD; PRKAA1; MAPK9; CDK2; PIM1; TP53; TNF;
imagen119
RAF1; IKBKG; RELB; CASP9; DYRK1A; MAP2K2;
imagen120
CHUK; APAF1; MAP2K1; NFKB1; PAK3; LMNA; CASP2;
imagen121
BIRC2; TTK; CSNK1A1; BRAF; BAX; PRKCA; SGK;
imagen122
CASP3; BIRC3; PARP1
Señalización de Receptor de células B
RAC1; PTEN; LYN; ELK1; MAPK1; RAC2; PTPN11;
imagen123
AKT2; IKBKB; PIK3CA; CREB1; SYK; NFKB2; CAMK2A;
imagen124
MAP3K14; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; BCL2L1; ABL1;
imagen125
MAPK3; ETS1; KRAS; MAPK13; RELA; PTPN6; MAPK9;
imagen126
EGRI; PIK3C2A; BTK; MAPK14; RAF1; IKBKG; RELB;
imagen127
MAP3K7; MAP2K2; AKT1; PIK3R1; CHUK; MAP2K1;
imagen128
NFKB1; CDC42; GSK3A; FRAP1; BCL6; BCL10; JUN;
imagen129
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen130
GSK3B; ATF4; AKT3; VAV3; RPS6KB1
Señalización de diapédesis
ACTN4; CD44; PRKCE; ITGAM; ROCK1; CXCR4; CYBA;
imagen131
RAC1; RAP1A; PRKCZ; ROCK2; RAC2; PTPN11;
imagen132
MMP14; PIK3CA; PRKCI; PTK2; PIK3CB; CXCL12;
imagen133
PIK3C3; MAPK8; PRKD1; ABL1; MAPK10; CYBB;
imagen134
MAPK13; RHOA; PRKCD; MAPK9; SRC; PIK3C2A; BTK;
imagen135
MAPK14; NOX1; PXN; VIL2; VASP; TTGB1; MAP2K2;
imagen136
CTNND1; PIK3R1; CTNNB1; CLDN1; CDC42; F11R; ITK;
imagen137
CRKL; VAV3; CTTN; PRKCA; MMP1; MMP9
Señalización de Integrina
ACTN4; ITGAM; ROCK1; ITGA5; RAC1; PTEN; RAP1A;
imagen138
TLN1; ARHGEF7; MAPK1; RAC2; CAPNS1; AKT2;
imagen139
CAPN2; PIK3CA; PTK2; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8;
imagen140
CAV1; CAPN1; ABL1; MAPK3; ITGA1; KRAS; RHOA;
imagen141
SRC; PIK3C2A; ITGB7; PPP1CC; ILK; PXN; VASP;
imagen142
RAF1; FYN; ITGB1; MAP2K2; PAK4; AKT1; PIK3R1;
imagen143
TNK2; MAP2K1; PAK3; ITGB3; CDC42; RND3; ITGA2;
imagen144
CRKL; BRAF; GSK3B; AKT3
Señalización
IRAK1; SOD2; MYD88; TRAF6; ELK1; MAPK1; PTPN11;
de Respuesta de fase aguda
AKT2; IKBKB; PIK3CA; FOS; NFKB2; MAP3K14;
imagen145
PIK3CB; MAPK8; RIPK1; MAPK3; IL6ST; KRAS;
imagen146
MAPK13; IL6R; RELA; SOCS1; MAPK9; FTL; NR3C1;
imagen147
TRAF2; SERPINE1; MAPK14; TNF; RAF1; PDK1;
imagen148
IKBKG; RELB; MAP3K7; MAP2K2; AKT1; JAK2; PIK3R1;
imagen149
CHUK; STAT3; MAP2K1; NFKB1; FRAP1; CEBPB; JUN;
imagen150
AKT3; IL1R1; IL6
Señalización de PTEN
ITGAM; ITGA5; RAC1; PTEN; PRKCZ; BCL2L 11;
imagen151
MAPK1; RAC2; AKT2; EGFR; IKBKB; CBL; PIK3CA;
imagen152
CDKN1B; PTK2; NFKB2; BCL2; PIK3CB; BCL2L1;
imagen153
MAPK3; ITGA1; KRAS; ITGB7; ILK; PDGFRB; INSR;
imagen154
RAF1; IKBKG; CASP9; CDKN1A; ITGB1; MAP2K2;
imagen155
AKT1; PIK3R1; CHUK; PDGFRA; PDPK1; MAP2K1;
imagen156
NFKB1; ITGB3; CDC42; CCND1; GSK3A; ITGA2;
imagen157
GSK3B; AKT3; FOXO1; CASP3; RPS6KB1
Señalización de p53
PTEN; EP300; BBC3; PCAF; FASN; BRCA1; GADD45A;
imagen158
BIRC5; AKT2; PIK3CA; CHEK1; TP53INP1; BCL2;
imagen159
PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; THBS1; ATR; BCL2L1; E2F1;
imagen160
PMAIP1; CHEK2; TNFRSF10B; TP73; RB1; HDAC9;
imagen161
CDK2; PIK3C2A; MAPK14; TP53; LRDD; CDKN1A;
imagen162
HIPK2; AKT1; PIK3R1; RRM2B; APAF1; CTNNB1;
imagen163
SIRT1; CCND1; PRKDC; ATM; SFN; CDKN2A; JUN;
imagen164
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen165
SNAI2; GSK3B; BAX; AKT3
Señalización
HSPB1; EP300; FASN; TGM2; RXRA; MAPK1; NQO1;
de Receptor Arilhidrocarbonado
NCOR2; SP1; ARNT; CDKN1B; FOS; CHEK1;
imagen166
SMARCA4; NFKB2; MAPK8; ALDH1A1; ATR; E2F1;
imagen167
MAPK3; NRIP1; CHEK2; RELA; TP73; GSTP1; RB1;
imagen168
SRC; CDK2; AHR; NFE2L2; NCOA3; TP53; TNF;
imagen169
CDKN I A; NCOA2; APAF1; NFKB1; CCND1; ATM; ESR1;
imagen170
CDKN2A; MYC; JUN; ESR2; BAX; IL6; CYP1B1;
imagen171
HSP90AA1
Señalización de
PRKCE; EP300; PRKCZ; RXRA; MAPK1; NQO1;
Metabolismo Xenobiótico
NCOR2; PIK3CA; ARNT; PRKCI; NFKB2; CAMK2A;
imagen172
PIK3CB; PPP2R1A; PIK3C3; MAPK8; PRKD1;
imagen173
ALDH1A1; MAPK3; NRIP1; KRAS; MAPK13; PRKCD;
imagen174
GSTP1; MAPK9; NOS2A; ABCB1; AHR; PPP2CA; FTL;
imagen175
NFE2L2; PIK3C2A; PPARGC1A; MAPK14; TNF; RAF1;
imagen176
CREBBP; MAP2K2; PIK3R1; PPP2R5C; MAP2K1;
imagen177
NFKB1; KEAP1; PRKCA; EIF2AK3; IL6; CYP1B1;
imagen178
HSP90AA1
Señalización de SAPK/JNK
PRKCE; IRAK1; PRKAA2; EIF2AK2; RAC I ; ELK1;
imagen179
GRK6; MAPK1; GADD45A; RAC2; PLK1; AKT2; PIK3CA;
imagen180
FADD; CDK8; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; R1PK1;
imagen181
GNB2L1; IRS1; MAPK3; MAPK10; DAXX; KRAS;
imagen182
PRKCD; PRKAA1; MAPK9; CDK2; PIM1; PIK3C2A;
imagen183
TRAF2; TP53; LCK; MAP3K7; DYRK1A; MAP2K2;
imagen184
PIK3R1; MAP2K1; PAK3; CDC42; JUN; TTK; CSNK1A1;
imagen185
CRKL; BRAF; SGK
Señalización de PPAr/RXR
PRKAA2; EP300; INS; SMAD2; TRAF6; PPARA; FASN;
imagen186
RXRA; MAPK1; SMAD3; GNAS; IKBKB; NCOR2;
imagen187
ABCA1; GNAQ; NFKB2; MAP3K14; STAT5B; MAPK8;
imagen188
IRS1; MAPK3; KRAS; RELA; PRKAA1; PPARGC1A;
imagen189
NCOA3; MAPK14; INSR; RAF1; IKBKG; RELB; MAP3K7;
imagen190
CREBBP; MAP2K2; JAK2; CHUK; MAP2K1; NFKB 1;
imagen191
TGFBR1; SMAD4; JUN; IL1R1; PRKCA; IL6; HSP90AA1; ADIPOQ
Señalización de NF-KB
IRAK1; EIF2AK2; EP300; INS; MYD88; PRKCZ; TRAF6;
imagen192
TBK1; AKT2; EGFR; IKBKB; PIK3CA; BTRC; NFKB2;
imagen193
MAP3K14; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; RIPK1; HDAC2;
imagen194
KRAS; RELA; PIK3C2A; TRAF2; TLR4; PDGFRB; TNF;
imagen195
INSR; LCK; IKBKG; RELB; MAP3K7; CREBBP; AKT1;
imagen196
PIK3R1; CHUK; PDGFRA; NFKB1; TLR2; BCL10;
imagen197
GSK3B; AKT3; TNFAIP3; IL1R1
imagen198
FUNCIÓN CELULAR
GENES
Señalización de Neuregulina
ERBB4; PRKCE; ITGAM; ITGA5; PTEN; PRKCZ; ELK1;
imagen199
MAPK1; PTPN11; AKT2; EGFR; ERBB2; PRKCI;
imagen200
CDKN1B; STAT5B; PRKD1; MAPK3; ITGA1; KRAS;
imagen201
PRKCD; STAT5A; SRC; ITGB7; RAF1; ITGB1; MAP2K2;
imagen202
ADAM17; AKT1; PIK3R1; PDPK1; MAP2K1; ITGB3;
imagen203
EREG; FRAP1; PSEN1; ITGA2; MYC; NRG1; CRKL;
imagen204
AKT3; PRKCA; HSP90AA1; RPS6KB1
Señalización de
CD44; EP300; LRP6; DVL3; CSNK1E; GJA1; SMO;
catenina Wnt y Beta
AKT2; PIN1; CDH1; BTRC; GNAQ; MARK2; PPP2R1A;
imagen205
WNT11; SRC; DKK1; PPP2CA; SOX6; SFRP2; ILK;
imagen206
LEF1; SOX9; TP53; MAP3K7; CREBBP; TCF7L2; AKT1;
imagen207
PPP2R5C; WNT5A; LRP5; CTNNB1; TGFBR1; CCND1;
imagen208
GSK3A; DVL1; APC; CDKN2A; MYC; CSNK1A1; GSK3B;
imagen209
AKT3; SOX2
Señalización de Receptor de Insulina
PTEN; INS; EIF4E; PTPN1; PRKCZ; MAPK1; TSC1;
imagen210
PTPN11; AKT2; CBL; PIK3CA; PRKCI; PIK3CB; PIK3C3;
imagen211
MAPK8; IRS1; MAPK3; TSC2; KRAS; EIF4EBP1;
imagen212
SLC2A4; PIK3C2A; PPP1CC; INSR; RAF1; FYN;
imagen213
MAP2K2; JAK1; AKT1; JAK2; PIK3R1; PDPK1; MAP2K1;
imagen214
GSK3A; FRAP1; CRKL; GSK3B; AKT3; FOXO1; SGK;
imagen215
RPS6KB1
Señalización de IL-6
HSPB1; TRAF6; MAPKAPK2; ELK1; MAPK1; PTPN11;
imagen216
IKBKB; FOS; NFKB2; MAP3K14; MAPK8; MAPK3;
imagen217
MAPK10; IL6ST; KRAS; MAPK13; IL6R; RELA; SOCS1;
imagen218
MAPK9; ABCB1; TRAF2; MAPK14; TNF; RAF1; IKBKG;
imagen219
RELB; MAP3K7; MAP2K2; IL8; JAK2; CHUK; STAT3;
imagen220
MAP2K1; NFKB1; CEBPB; JUN; IL1R1; SRF; IL6
Colestasis Hepática
PRKCE; IRAK1; INS; MYD88; PRKCZ; TRAF6; PPARA;
imagen221
RXRA; IKBKB; PRKCI; NFKB2; MAP3K14; MAPK8;
imagen222
PRKD1; MAPK10; RELA; PRKCD; MAPK9; ABCB1;
imagen223
TRAF2; TLR4; TNF; INSR; IKBKG; RELB; MAP3K7; IL8;
imagen224
CHUK; NR1H2; TJP2; NFKB1; ESR1; SREBF1; FGFR4;
imagen225
JUN; IL1R1; PRKCA; IL6
Señalización de IGF-1
IGF 1; PRKCZ; ELK1; MAPK1; PTPN11; NEDD4; AKT2;
imagen226
PIK3CA; PRKCI; PTK2; FOS; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8;
imagen227
IGF1R; IRS1; MAPK3; IGFBP7; KRAS; PIK3C2A;
imagen228
YWHAZ; PXN; RAF1; CASP9; MAP2K2; AKT1; PIK3R1;
imagen229
PDPK1; MAP2K1; IGFBP2; SFN; JUN; CYR61; AKT3;
imagen230
FOXO1; SRF; CTGF; RPS6KB1
Respuesta de Estrés
PRKCE; EP300; SOD2; PRKCZ; MAPK1; SQSTM1;
imagen231
FUNCIÓN CELULAR
GENES
Oxidativo mediado por NRF2
NQO1; PIK3CA; PRKCI; FOS; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8;
imagen232
PRKD1; MAPK3; KRAS; PRKCD; GSTP1; MAPK9; FTL;
imagen233
NFE2L2; PIK3C2A; MAPK14; RAF1; MAP3K7; CREBBP;
imagen234
MAP2K2; AKT1; PIK3R1; MAP2K1; PPIB; JUN; KEAP1;
imagen235
GSK3B; ATF4; PRKCA; EIF2AK3; HSP90AA1
Fibrosis Hepática /
EDN1; 1GF1; KDR; FLT1; SMAD2; FGFR1; MET; PGF;
Activación de células estelares hepáticas
SMAD3; EGFR; FAS; CSF1; NFKB2; BCL2; MYH9;
imagen236
IGF1R; IL6R; RELA; TLR4; PDGFRB; TNF; RELB; IL8;
imagen237
PDGFRA; NFKB1; TGFBR1; SMAD4; VEGFA; BAX;
imagen238
IL1R1; CCL2; HGF; MMP1; STAT1; IL6; CTGF; MMP9
Señalización de PPAR
EP300; INS; TRAF6; PPARA; RXRA; MAPK1; IKBKB;
imagen239
NCOR2; FOS; NFKB2; MAP3K14; STAT5B; MAPK3;
imagen240
NRIP1; KRAS; PPARG; RELA; STAT5A; TRAF2;
imagen241
PPARGC1A; PDGFRB; TNF; INSR; RAF1; IKBKG;
imagen242
RELB; MAP3K7; CREBBP; MAP2K2; CHUK; PDGFRA;
imagen243
MAP2K1; NFKB1; JUN; IL1R1; HSP90AA1
Señalización de Fc Epsilon RI
PRKCE; RAC1; PRKCZ; LYN; MAPK1; RAC2; PTPN11;
imagen244
AKT2; PIK3CA; SYK; PRKCI; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8;
imagen245
PRKD1; MAPK3; MAPK10; KRAS; MAPK13; PRKCD;
imagen246
MAPK9; PIK3C2A; BTK; MAPK14; TNF; RAF1; FYN;
imagen247
MAP2K2; AKT1; PIK3R1; PDPK1; MAP2K1; AKT3;
imagen248
VAV3; PRKCA
Señalización de Receptor
PRKCE; RAP1A; RGS16; MAPK1; GNAS; AKT2; IKBKB;
Acoplado a proteína G
PIK3CA; CREB1; GNAQ; NFKB2; CAMK2A; PIK3CB;
imagen249
PIK3C3; MAPK3; KRAS; RELA; SRC; PIK3C2A; RAF1;
imagen250
IKBKG; RELB; FYN; MAP2K2; AKT1; PIK3R1; CHUK;
imagen251
PDPK1; STAT3; MAP2K1; NFKB1; BRAF; ATF4; AKT3;
imagen252
PRKCA
Metabolismo de
PRKCE; IRAK1; PRKAA2; EIF2AK2; PTEN; GRK6;
Inositol fosfato
MAPK1; PLK1; AKT2; PIK3CA; CDK8; PIK3CB; PIK3C3;
imagen253
MAPK8; MAPK3; PRKCD; PRKAA1; MAPK9; CDK2;
imagen254
PIM1; PIK3C2A; DYRK1A; MAP2K2; PIP5K1A; PIK3R1;
imagen255
MAP2K1; PAK3; ATM; TTK; CSNK1A1; BRAF; SGK
Señalización de PDGF
EIF2AK2; ELK1; ABL2; MAPK1; PIK3CA; FOS; PIK3CB;
imagen256
PIK3C3; MAPK8; CAV1; ABL1; MAPK3; KRAS; SRC;
imagen257
PIK3C2A; PDGFRB; RAF1; MAP2K2; JAK1; JAK2;
imagen258
PIK3R1; PDGFRA; STAT3; SPHK1; MAP2K1; MYC;
imagen259
JUN; CRKL; PRKCA; SRF; STAT1; SPHK2
Señalización de VEGF
ACTN4; ROCK1; KDR; FLT1; ROCK2; MAPK1; PGF;
imagen260
AKT2; PIK3CA; ARNT; PTK2; BCL2; PIK3CB; PIK3C3;
imagen261
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen262
BCL2L1; MAPK3; KRAS; HIF1A; NOS3; PIK3C2A; PXN;
imagen263
RAF1; MAP2K2; ELAVL1; AKT1; PIK3R1; MAP2K1; SFN;
imagen264
VEGFA; AKT3; FOXO1; PRKCA
Señalización de células
PRKCE; RAC1; PRKCZ; MAPK1; RAC2; PTPN11;
aniquilantes naturales
KIR2DL3; AKT2; PIK3CA; SYK; PRKCI; PIK3CB;
imagen265
PIK3C3; PRKD1; MAPK3; KRAS; PRKCD; PTPN6;
imagen266
PIK3C2A; LCK; RAF1; FYN; MAP2K2; PAK4; AKT1;
imagen267
PIK3R1; MAP2K1; PAK3; AKT3; VAV3; PRKCA
Ciclo celular: G1/S
HDAC4; SMAD3; SUV39H1; HDAC5; CDKN1B; BTRC;
Regulación de control
ATR; ABL1; E2F1; HDAC2; HDAC7A; RB1; HDAC11;
imagen268
HDAC9; CDK2; E2F2; HDAC3; TP53; CDKN1A; CCND1;
imagen269
E2F4; ATM; RBL2; SMAD4; CDKN2A; MYC; NRG1;
imagen270
GSK3B; RBL1; HDAC6
Señalización de Receptor de células T
RAC1; ELK1; MAPK1; IKBKB; CBL; PIK3CA; FOS;
imagen271
NFKB2; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; MAPK3; KRAS;
imagen272
RELA; PIK3C2A; BTK; LCK; RAF1; IKBKG; RELB; FYN;
imagen273
MAP2K2; PIK3R1; CHUK; MAP2K1; NFKB1; ITK; BCL10;
imagen274
JUN; VAV3
Señalización de Receptor de la muerte
CRADD; HSPB1; BID; BIRC4; TBK1; IKBKB; FADD;
imagen275
FAS; NFKB2; BCL2; MAP3K14; MAPK8; RIPK1; CASP8;
imagen276
DAXX; TNFRSF10B; RELA; TRAF2; TNF; IKBKG; RELB;
imagen277
CASP9; CHUK; APAF1; NFKB1; CASP2; BIRC2; CASP3;
imagen278
BIRC3
Señalización de FGF
RAC1; FGFR1; MET; MAPKAPK2; MAPK1; PTPN11;
imagen279
AKT2; PIK3CA; CREB1; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8;
imagen280
MAPK3; MAPK13; PTPN6; PIK3C2A; MAPK14; RAF1;
imagen281
AKT1; PIK3R1; STAT3; MAP2K1; FGFR4; CRKL; ATF4;
imagen282
AKT3; PRKCA; HGF
Señalización de GM-CSF
LYN; ELK1; MAPK1; PTPN11; AKT2; PIK3CA; CAMK2A;
imagen283
STAT5B; PIK3CB; PIK3C3; GNB2L1; BCL2L1; MAPK3;
imagen284
ETS1; KRAS; RUNX1; PIM1; PIK3C2A; RAF1; MAP2K2;
imagen285
AKT1; JAK2; PIK3R1; STAT3; MAP2K1; CCND1; AKT3;
imagen286
STAT1
Señalización de esclerosis
BID; IGF1; RAC1; BIRC4; PGF; CAPNS1; CAPN2;
lateral amiotrófica
PIK3CA; BCL2; PIK3CB; PIK3C3; BCL2L1; CAPN1;
imagen287
PIK3C2A; TP53; CASP9; PIK3R1; RAB5A; CASP1;
imagen288
APAF1; VEGFA; BIRC2; BAX; AKT3; CASP3; BIRC3
Señalización de JAK/Stat
PTPN1; MAPK1; PTPN11; AKT2; PIK3CA; STAT5B;
imagen289
PIK3CB; PIK3C3; MAPK3; KRAS; SOCS1; STAT5A;
imagen290
PTPN6; PIK3C2A; RAF1; CDKN1A; MAP2K2; JAK1;
imagen291
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen292
AKT1; JAK2; PIK3R1; STAT3; MAP2K1; FRAP1; AKT3;
imagen293
STAT1
Metabolismo de
PRKCE; IRAK1; PRKAA2; EIF2AK2; GRK6; MAPK1;
Nicotinato y
imagen294
Nicotinamida
PLK1; AKT2; CDK8; MAPK8; MAPK3; PRKCD; PRKAA1;
imagen295
PBEF1; MAPK9; CDK2; PIM1; DYRK1A; MAP2K2;
imagen296
MAP2K1; PAK3; NT5E; TTK; CSNK1A1; BRAF; SGK
Señalización de quimiocinas
CXCR4; ROCK2; MAPK1; PTK2; FOS; CFL1; GNAQ;
imagen297
CAMK2A; CXCL12; MAPK8; MAPK3; KRAS; MAPK13;
imagen298
RHOA; CCR3; SRC; PPP1CC; MAPK14; NOX1; RAF1;
imagen299
MAP2K2; MAP2K1; FLAN; CCL2; PRKCA
Señalización de IL-2
ELK1; MAPK1; PTPN11; AKT2; PIK3CA; SYK; FOS;
imagen300
STAT5B; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; MAPK3; KRAS;
imagen301
SOCS1; STAT5A; PIK3C2A; LCK; RAF1; MAP2K2;
imagen302
JAK1; AKT1; PIK3R1; MAP2K1; JUN; AKT3
Depresión sináptica
PRKCE; IGF1; PRKCZ; PRDX6; LYN; MAPK1; GNAS;
a largo lazo
PRKCI; GNAQ; PPP2R1A; IGF1R; PRKD1; MAPK3;
imagen303
KRAS; GRN; PRKCD; NOS3; NOS2A; PPP2CA;
imagen304
YWHAZ; RAF1; MAP2K2; PPP2R5C; MAP2K1; PRKCA
Señalización de
TAF4B; EP300; CARM1; PCAF; MAPK1; NCOR2;
Receptor de Estrógenos
SMARCA4; MAPK3; NRIP1; KRAS; SRC; NR3C1;
imagen305
HDAC3; PPARGC1A; RBM9; NCOA3; RAF1; CREBBP;
imagen306
MAP2K2; NCOA2; MAP2K1; PRKDC; ESR1; ESR2
Ruta de
TRAF6; SMURF1; BIRC4; BRCA1; UCHL1; NEDD4;
Ubiquitinación de proteínas
CBL; UBE2I; BTRC; HSPA5; USP7; USP10; FBXW7;
imagen307
USP9X; STUB1; USP22; B2M; BIRC2; PARK2; USP8;
imagen308
USP1; VHL; HSP90AA1; BIRC3
Señalización de IL-10
TRAF6; CCR1; ELK1; IKBKB; SP1; FOS; NFKB2;
imagen309
MAP3K14; MAPK8; MAPK13; RELA; MAPK14; TNF;
imagen310
IKBKG; RELB; MAP3K7; JAK1; CHUK; STAT3; NFKB1;
imagen311
JUN; IL1R1; IL6
Activación de VDR/RXR
PRKCE; EP300; PRKCZ; RXRA; GADD45A; HES1;
imagen312
NCOR2; SP1; PRKCI; CDKN1B; PRKD1; PRKCD;
imagen313
RUNX2; KLF4; YY1; NCOA3; CDKN1A; NCOA2; SPP1;
imagen314
LRP5; CEBPB; FOXO1; PRKCA
Señalización de TGF-beta
EP300; SMAD2; SMURF1; MAPK1; SMAD3; SMAD1;
imagen315
FOS; MAPK8; MAPK3; KRAS; MAPK9; RUNX2;
imagen316
SERPINE1; RAF1; MAP3K7; CREBBP; MAP2K2;
imagen317
MAP2K1; TGFBR1; SMAD4; JUN; SMAD5
Señalización de Receptor tipo Toll
IRAK1; EIF2AK2; MYD88; TRAF6; PPARA; ELK1;
imagen318
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen319
IKBKB; FOS; NFKB2; MAP3K14; MAPK8; MAPK13;
imagen320
RELA; TLR4; MAPK14; IKBKG; RELB; MAP3K7; CHUK;
imagen321
NFKB1; TLR2; JUN
Señalización de p38 MAPK
HSPB1; IRAK1; TRAF6; MAPKAPK2; ELK1; FADD; FAS;
imagen322
CREB1; DDIT3; RPS6KA4; DAXX; MAPK13; TRAF2;
imagen323
MAPK14; TNF; MAP3K7; TGFBR1; MYC; ATF4; IL1R1;
imagen324
SRF; STAT1
Señalización de Neurotrofina/TRK
NTRK2; MAPK1; PTPN11; PIK3CA; CREB1; FOS;
imagen325
PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; MAPK3; KRAS; PIK3C2A;
imagen326
RAF1; MAP2K2; AKT1; PIK3R1; PDPK1; MAP2K1;
imagen327
CDC42; JUN; ATF4
Activación de FXR/RXR
INS; PPARA; FASN; RXRA; AKT2; SDC1; MAPK8;
imagen328
APOB; MAPK10; PPARG; MTTP; MAPK9; PPARGC1A;
imagen329
TNF; CREBBP; AKT1; SREBF1; FGFR4; AKT3; FOXO1
Potenciación sináptica
PRKCE; RAP1A; EP300; PRKCZ; MAPK1; CREB1;
a largo plazo
PRKCI; GNAQ; CAMK2A; PRKD1; MAPK3; KRAS;
imagen330
PRKCD; PPP1CC; RAF1; CREBBP; MAP2K2; MAP2K1;
imagen331
ATF4; PRKCA
Señalización de calcio
RAP1A; EP300; HDAC4; MAPK1; HDAC5; CREB1;
imagen332
CAMK2A; MYH9; MAPK3; HDAC2; HDAC7A; HDAC11;
imagen333
HDAC9; HDAC3; CREBBP; CALR; CAMKK2; ATF4;
imagen334
HDAC6
Señalización de EGF
ELK1; MAPK1; EGFR; PIK3CA; FOS; PIK3CB; PIK3C3;
imagen335
MAPK8; MAPK3; PIK3C2A; RAF1; JAK1; PIK3R1;
imagen336
STAT3; MAP2K1; JUN; PRKCA; SRF; STAT1
Señalización de Hipoxia en el
EDN1; PTEN; EP300; NQO1; UBE2I; CREB1; ARNT;
Sistema Cardiovascular
HIF1A; SLC2A4; NOS3; TP53; LDHA; AKT1; ATM;
imagen337
VEGFA; JUN; ATF4; VHL; HSP90AA1
Inhibición mediada por LPS/IL-1
IRAK1; MYD88; TRAF6; PPARA; RXRA; ABCA1;
de función RXR
MAPK8; ALDH1A1; GSTP1; MAPK9; ABCB1; TRAF2;
imagen338
TLR4; TNF; MAP3K7; NR1H2; SREBF1; JUN; IL1R1
Activación de LXR/RXR
FASN; RXRA; NCOR2; ABCA1; NFKB2; IRF3; RELA;
imagen339
NOS2A; TLR4; TNF; RELB; LDLR; NR1H2; NFKB1;
imagen340
SREBF1; IL1R1; CCL2; IL6; MMP9
Proceso amiloide
PRKCE; CSNK1E; MAPK1; CAPNS 1; AKT2; CAPN2;
imagen341
CAPN1; MAPK3; MAPK13; MAPT; MAPK14; AKT1;
imagen342
PSEN1; CSNK1A1; GSK3B; AKT3; APP
Señalización de IL-4
AKT2; PIK3CA; PIK3CB; PIK3C3; IRS1; KRAS; SOCKS1;
imagen343
PTPN6; NR3C1; PIK3C2A; JAK1; AKT1; JAK2; PIK3R1;
imagen344
FRAP1; AKT3; RPS6KB1
FUNCIÓN CELULAR
GENES
Regulación
EP300; PCAF; BRCA1; GADD45A; PLK1; BTRC;
Control de daño
CHEK1; ATR; CHEK2; YWHAZ; TP53; CDKN1A;
Ciclo celular: ADN G2/M
PRKDC; ATM; SFN; CDKN2A
Señalización de óxido nítrico en el
KDR; FLT1; PGF; AKT2; PIK3CA; PIK3CB; PIK3C3;
Sistema Cardiovascular
CAV1; PRKCD; NOS3; PIK3C2A; AKT1; PIK3R1;
imagen345
VEGFA; AKT3; HSP90AA1
Metabolismo de Purina
NME2; SMARCA4; MYH9; RRM2; ADAR; EIF2AK4;
imagen346
PKM2; ENTPD1; RAD51; RRM2B; TJP2; RAD51C;
imagen347
NT5E; POLD1; NME1
Señalización mediada por cAMP
RAP1A; MAPK1; GNAS; CREB1; CAMK2A; MAPK3 ;
imagen348
SRC; RAF1; MAP2K2; STAT3; MAP2K1; BRAF; ATF4
Disfunción mitocondrial
SOD2; MAPK8; CASP8; MAPK10; MAPK9; CASP9;
imagen349
PARK7; PSEN1; PARK2; APP; CASP3
Señalización de Notch
HES1; JAG1; NUMB; NOTCH4; ADAM 17; NOTCH2;
imagen350
PSEN1; NOTCH3; NOTCH1; DLL4
Ruta del estrés del
HSPA5; MAPK8; XBP1; TRAF2; ATF6; CASP9; ATF4;
Retículo endoplasmático
EIF2AK3; CASP3
Metabolismo de pirimidina
NME2; AICDA; RRM2; EIF2AK4; ENTPD1; RRM2B;
imagen351
NT5E; POLD1; NME1
Señalización de Parkinson
UCHL1; MAPK8; MAPK13; MAPK14; CASP9; PARK7;
imagen352
PARK2; CASP3
Señalización
GNAS; GNAQ; PPP2R1A; GNB2L1; PPP2CA; PPP1CC;
Cardíaca y beta adrenérgica
PPP2R5C
Glucolisis/Gluconeogénesis
HK2; GCK; GPI; ALDH1A1; PKM2; LDHA; HK1
Señalización de interferón
IRF1; SOCS1; JAK1; JAK2; IFITM1; STAT1; IFIT3
Señalización Sonic Hedgehog
ARRB2; SMO; GLI2; DYRK1A; GLI1; GSK3B; DYRK1B
Metabolismo
PLD1; GRN; GPAM; YWHAZ; SPHK1; SPHK2
Glicerofosfolípidos
imagen353
Degradación de fosfolípidos
PRDX6; PLD1; GRN; YWHAZ; SPHK1; SPHK2
Metabolismo de triptofano
SIAH2; PRMT5; NEDD4; ALDH1A1; CYP1B1; SIAH1
Degradación de lisina
SUV39H1; EHMT2; NSD1; SETD7; PPP2R5C
Ruta
ERCC5; ERCC4; XPA; XPC; ERCC1
Reparación escisión de nucleótidos
imagen354
Metabolismo de
UCHL1; HK2; GCK; GPI; HK1
Almidón y sacarosa
imagen355
Metabolismo de aminoazúcares
NQO1; HK2; GCK; HK1
Metabolismo de
PRDX6; GRN; YWHAZ; CYP1B1
Ácido araquidónico
imagen356
Señalización de ritmo circadiano
CSNK1E; CREB1; ATF4; NR1D1
Sistema de coagulación
BDKRB1; F2R; SERPINE1; F3
imagen357
FUNCIÓN CELULAR
GENES
Receptor de Dopamina
PPP2R1A; PPP2CA; PPP1CC; PPP2R5C
Señalización
imagen358
Metabolismo de glutatión
IDH2; GSTP1; ANPEP; IDH1
Metabolismo de glicerolípidos
ALDH1A1; GPAM; SPHK1; SPHK2
Metabolismo de ácido linoleico
PRDX6; GRN; YWHAZ; CYP1B1
Metabolismo de Metionina
DNMT1; DNMT3B; AHCY; DNMT3A
Metabolismo de piruvato
GLO1; ALDH1A1; PKM2; LDHA
Metabolismo de
ALDH1A1; NOS3; NOS2A
Arginina y Prolina
imagen359
Señalización Eicosanoide
PRDX6; GRN; YWHAZ
metabolismo de
HK2; GCK; HK I
Fructosa y Manosa
imagen360
Metabolismo de Galactosa
HK2; GCK; HK1
Biosíntesis de estilbeno,
PRDX6; PRDX1; TYR
cumarina y lignina
imagen361
Ruta de
CALR; B2M
Presentación de antígenos
imagen362
Biosíntesis de esteroides
NQO1; DHCR7
Metabolismo de Butanoato
ALDH1A1; NLGN1
Ciclo del Citrato
IDH2; IDH1
Metabolismo de ácidos grasos
ALDH1A1; CYP1B1
Metabolismo de
PRDX6; CHKA
Glicerofosfolípidos
imagen363
Metabolismo de Histidina
PRMT5; ALDH1A1
Metabolismo de Inositol
ERO1L; APEX1
Metabolismo de xenobióticos
GSTP1; CYP1B1
por citocromo p450
imagen364
Metabolismo de metano
PRDX6; PRDX1
Metabolismo de fenilalanina
PRDX6; PRDX1
Metabolismo de Propanoato
ALDH1A1; LDHA
Metabolismo de
PRMT5; AHCY
Selenoaminoácido
imagen365
Metabolismo de esfingolípidos
SPHK1; SPHK2
Aminofosfonato
PRMT5
Metabolismo
imagen366
Andrógenos y estrógenos
PRMT5
Metabolismo de
imagen367
Ascorbato y Aldarato
ALDH1A1
Metabolismo de
imagen368
Biosínteis de ácidos biliares
ALDH1A1
imagen369
FUNCIÓN CELULAR
GENES
Metabolismo de cisteína
LDHA
Biosínteis de ácidos grasos
FASN
Receptor de Glutamato
GNB2L1
Señalización de
imagen370
Respuesta de estrés
PRDX1
Oxidativa mediada por NRF2
imagen371
Ruta de
GPI
Pentosa fosfato
imagen372
Interconversiones de
UCHL1
Pentosa y Glucuronato
imagen373
Metabolismo de Retinol
ALDH1A1
Metabolismo de Riboflavina
TYR
Metabolismo de tirosina
PRMT5, TYR
Biosíntesis de Ubiquinona
PRMT5
Degradación de Valina, Leucina e
ALDH1A1
Isoleucina
imagen374
Metabolismo de Glicina, Serina y
CHKA
Treonina
imagen375
Degradación de lisina
ALDH1A1
dolor/sabor
TRPM5; TRPA1
dolor
TRPM7; TRPC5; TRPC6; TRPC1; Cnr1; cnr2; Grk2;
imagen376
Trpa1; Pomc; Cgrp; Crf; Pka; Era; Nr2b; TRPM5; Prkaca;
imagen377
Prkacb; Prkar1a; Prkar2a
Función mitocondrial
AIF; CytC; SMAC (Diablo); Aifm-1; Aifm-2
Neurología de desarrollo
BMP-4; Chordin (Chrd); Noggin (Nog); WNT (Wnt2;
imagen378
Wnt2b; Wnt3a; Wnt4; Wnt5a; Wnt6; Wnt7b; Wnt8b;
imagen379
Wnt9a; Wnt9b; Wnt10a; Wnt10b; Wnt16); beta-catenin;
imagen380
Dkk-1; proteínas relacionadas con Frizzled; Otx-2; Gbx2; FGF-8;
imagen381
Reelin; Dab1; unc-86 (Pou4f1 or Brn3a); Numb; Reln
Las realizaciones de la descripción también se refieren a métodos y composiciones relacionadas con eliminación de genes, la multiplicación de genes y reparación de mutaciones particulares asociadas a la inestabilidad de repeticiones de ADN y trastornos neurológicos (Robert D. Wells, Tetsuo Ashizawa, Genetic Instabilities and
5 Neurological Diseases, Segunda Edición, Academic Press 13 de octubre de 2.011-Medical). Aspectos específicos de secuencias de repetición en tándem se han encontrado responsable de más de veinte enfermedades humanas (Nuevos conocimientos en la inestabilidad de la repetición: función de híbridos de ARN·ADN. McIvor EI, Polak U, Napierala M. RNA Biol. Sep-Oct 2.010; 7 (5): 551-8). El sistema CRISPR-Cas puede ser aprovechado para corregir estos defectos de inestabilidad genómica.
10 Un aspecto más de la descripción se refiere a la utilización del sistema CRISPR-Cas para corregir defectos en los genes EMP2A y EMP2B que se ha identificado que están asociados a la enfermedad Lafora. La enfermedad de Lafora es un trastorno autosómico recesivo que se caracteriza por epilepsia mioclónica progresiva que puede empezar como ataques epilépticos en la adolescencia. Algunos casos de la enfermedad pueden estar causados por mutaciones en genes que se tienen que identificar sin embargo. La enfermedad produce ataques, espasmos
15 musculares, dificultad para caminar, demencia y eventualmente la muerte. En la actualidad no hay tratamiento que se haya demostrado eficaz contra el progreso de la enfermedad. Otras anormalidades genéticas asociadas a la epilepsia también pueden ser fijadas como objetivo mediante el sistema CRISPR-Cas y la genética subyacente se describe además en Genetics of Epilepsy and Genetic Epilepsies, editado por Giuliano Avanzini, Jeffrey L. Noebels, Mariani Foundation Paediatric Neurology: 20; 2.009).
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En otro aspecto más de la descripción, el sistema CRISPR-Cas puede ser usado para corregir defectos oculares que surgen de mutaciones genéticas diversas descritas además en Genetic Diseases of the Eye, Segunda Edición, 5 editado por Elias I. Traboulsi, Oxford University Press, 2.012.
Diversos aspectos adicionales de la descripción se refieren a corregir defectos asociados a un amplio intervalo de enfermedades genéticas que se describen además en la página web del Instituto Nacional para la Salud bajo la subsección tópica Trastornos Genéticos (sitio web: health.nih.gov/topic/GeneticDisorders). Las enfermedades cerebrales genéticas pueden incluir pero no se limitan a, Adrenoleucodistrofia, Angenesia del Cuerpo Calloso, 10 Síndrome de Aicardi, Enfermedad de Alper, Enfermedad de Alzheimer, Síndrome de Barth, Enfermedad de Batten, CADASIL, Degeneración Cerebelar, Enfermedad de Fabry, Enfermedad de Gerstmann-Straussler-Scheinker, Enfermedad de Huntington y otros Trastornos de Triple Repetición, Enfermedad de Leigh, Síndrome de Lesch-Nyhan, Enfermedad de Menkes, Miopatías Mitocondriales y Colpocefalia de NINDS (por sus siglas en inglés). Estas enfermedades se describen además en la página web del Instituto Nacional de la Salud bajo la subsección
15 Trastornos Cerebrales Genéticos.
En algunas realizaciones, la afección puede ser neoplasia. En algunas realizaciones, donde la afección es neoplasia, los genes que se tienen que fijar como objetivo son cualquiera de los enumerados en la Tabla A (en este caso PTEN etc). En algunas realizaciones, la afección puede ser Degeneración Macular Relacionada con la Edad. En algunas realizaciones, la afección puede ser un Trastorno Esquizofrénico. En algunas realizaciones, la afección 20 puede ser un trastorno de Repetición del Trinucleótido. En algunas realizaciones, la afección puede ser Síndrome de Frágil X. En algunas realizaciones, la afección puede ser un Trastorno Relacionado con la Secretasa. En algunas realizaciones, la afección puede ser un trastorno relacionado con el Prión. En algunas realizaciones, la afección puede ser ALS (por sus siglas en inglés). En algunas realizaciones, la afección puede ser una drogadicción. En algunas realizaciones, la afección puede ser Autismo. En algunas realizaciones, la afección puede ser Enfermedad
25 de Alzheimer. En algunas realizaciones, la afección puede ser inflamación. En algunas realizaciones, la afección puede ser Enfermedad de Parkinson.
Ejemplos de proteínas asociadas a la enfermedad de Parkinson incluyen pero no se limitan a α-sinucleína, DJ-1, LRRK2, PINK1, Parkin, UCHL1, Synphilin-1 y NURR1.
Ejemplos de proteínas relacionadas con la adicción pueden incluir ABAT por ejemplo.
30 Ejemplos de proteínas relacionadas con la inflamación pueden incluir la proteína quimioatrayente de monocitos -1 (MCP1) codificada por el gen Ccr2, el receptor de quimiocina C-C tipo 5 (CCR5) codificada por el gen Ccr5, el receptor IIB de IgG (FCGR2b, también denominado CD32) codificada por el gen Fcgr2b o la proteína de R1g Fc épsilon (FCER1g) codificada por el gen Fcer1g, por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a enfermedades cardiovasculares pueden incluir IL1B (interleucina 1, beta), XDH
35 (xantina deshidrogenasa), TP53 (proteína tumoral p53), PTGIS (prostaglandina I2 (prostaciclina) sintasa), MB (mioglobina), IL4 (interleucina 4), ANGPT1 (angiopoyetina 1), ABCG8 (casete de unión a ATP, sub-familia G (WHITE), miembro 8) o CTSK (catepsina K), por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a la enfermedad de Alzheimer pueden incluir la proteína receptora de lipoproteína de densidad muy baja (VLDLR, por sus siglas en inglés) codificada por el gen VLDLR, la enzima activadora de
40 modificador de tipo ubiquitina 1 (UBA1) codificada por el gen UBA1 o la proteína de subunidad catalítica de enzima E1 activadora de NEDD8 (UBE1C) codificada por el gen UBA3, por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a Trastorno por Espectro Autista pueden incluir la proteína 1 asociada a receptor de benzodiazapina (periférica) (BZRAP1) codificada por el gen BZRAP1, la proteína del miembro 2 de la familia AF4/FMR2 (AFF2) codificada por el gen AFF2 (también denominado MFR2), la proteína de homólogo 1 autosómico
45 de retraso mental frágil X (FXR1) codificada por el gen FXR1 o la proteína de homólogo 2 autosómico del retraso mental frágil X (FXR2) codificada por el gen FXR2, por ejemplo.
Los ejemplos de proteínas asociadas a Degeneración Macular pueden incluir la casete de unión de ATP, proteína del miembro 4 (ABCA4) de la sub-familia A (ABC 1) codificada por el gen ABCR, la proteína apolipoproteína E (APOE) codificada por el gen APOE o la proteína de Ligando 2 (CCL2) de quimiocina (unidad C-C) codificada por el
50 gen CCL2, por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a Esquizofrenia pueden incluir NRG1, ErbB4, CPLX1, TPH1, TPH2, NRXN1, GSK3A, BDNF, DISC1, GSK3B y combinaciones de las mismas.
Ejemplos de proteínas implicadas en la supresión de tumores pueden incluir ATM (ataxia telangiectasia mutada), ATR (ataxia telangiectasia y relacionada con Rad3), EGFR (receptor de factor de crecimiento epidérmico), ERBB2 55 (homólogo 2 de oncogén vírico de leucemia eritroblástica v-erb-b2), ERBB3 (homólogo 3 de oncogén vírico de leucemia eritroblástica v-erb-b2), ERBB4 (homólogo 4 de oncogén vírico de leucemia eritroblástica v-erb-b2), Notch
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1, Notch2, Notch 3 o Notch 4, por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a trastorno de la secretas pueden incluir PSENEN (homólogo de estimulador 2 de presenilina (C. elegans)), CTSB (catepsina B), PSEN1 (presenilina 1), APP (proteína precursora de amiloide beta (A4)), APH1B (homólogo B defectuoso 1 anterior de la faringe (C. elegans)), PSEN2 (presenilina 2 (enfermedad de
5 Alzheimer 4)) o BACE1 (enzima 1 de escisión de APP de sitio beta), por ejemplo.
Los ejemplos de proteínas asociadas a Esclerosis Lateral Amiotrófica pueden incluir SOD1 (superóxido dismutasa 1), ALS2 (esclerosis lateral amiotrófica 2), FUS (fusionado en sarcoma), TARDBP (proteína de unión de ADN TAR), VAGFA (factor A de crecimiento endotelial vascular), VAGFB (factor B de crecimiento endotelial vascular) y VAGFC (factor C de crecimiento endotelial vascular) y cualquier combinación de los mismos.
10 Ejemplos de proteínas asociadas a enfermedades por priones pueden incluir SOD1 (superóxido dismutasa 1), ALS2 (esclerosis lateral amiotrófica 2), FUS (fusionado en sarcoma), TARDBP (proteína de unión de ADN TAR), VAGFA (factor A de crecimiento endotelial vascular), VAGFB (factor B de crecimiento endotelial vascular) y VAGFC (factor C de crecimiento endotelial vascular) y cualquier combinación de los mismos.
Los ejemplos de proteínas relacionadas con enfermedades neurodegenerativas en trastornos por priones pueden
15 incluir A2M (Alfa-2-Macroglobulina), AATF (Factor de transcripción de antagonización de muerte celular programada), ACPP (fosfatasa ácida prostática), ACTA2 (Actina alfa 2 de músculo liso aorta), ADAM22 (dominio de la metalopeptidasa ADAM), ADORA3 (Receptor de adenosina A3) o ADRA1D (Receptor adrenérgico Alfa-1D para adrenoreceptor Alfa-1D), por ejemplo.
Los ejemplos de proteínas asociadas a Inmunodeficiencia pueden incluir A2M [alfa-2-macroglobulina]; AANAT
20 [arilalquilamina N-acetiltransferasa]; ABCA1 [casete de unión a ATP, sub-familia A (ABC1), miembro 1]; ABCA2 [casete de unión a ATP, sub-familia A (ABC1), miembro 2] o ABCA3 [casete de unión a ATP, sub-familia A (ABC1), miembro 3]; por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a Trastornos de Repetición del Trinucleótido incluyen AR (receptor de andrógeno), FMR1 (retraso mental 1 frágil X), HTT (huntingtina) o DMPK (distrofia miotónica-proteína cinasa), FXN (frataxina),
25 ATXN2 (ataxina 2), por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a Trastornos de Neurotransmisión incluyen SST (somatostatina), NOS1 (óxido nítrico sintasa 1 (neuronal)), ADRA2A (receptor alfa-2A-adrenérgico), ADRA2C (receptor alfa-2C-adrenérgico), TACR1 (receptor de taquicinina 1) o HTR2c (receptor 2C de 5-hidroxitriptamina (serotonina)), por ejemplo.
Ejemplos de secuencias asociadas al neurodesarrollo incluyen A2BP1 [proteína 1 de unión de ataxina 2], AADAT
30 [aminoadipato aminotransferasa], AANAT [arilalquilamina N-acetiltransferasa], ABAT [4-aminobutirato aminotransferasa], ABCA1 [casete de unión a ATP, sub-familia A (ABC1), miembro 1] o ABCA13 [casete de unión a ATP, sub-familia A (ABC1), miembro 13], por ejemplo.
Más ejemplos de trastornos preferidos tratables con el presente sistema se pueden seleccionar de: Síndrome de Aicardi-Goutières; Enfermedad de Alexander; Síndrome de Allan-Herndon-Dudley; Trastornos Relacionados con 35 POLG; Alfa-Manosidosis (Tipo II y III); Síndrome de Alström; Angelman; Síndrome; Ataxia-Telangiectasia; Lipofuscinosis Ceroide Neuronal; Beta-Talasemia; Atrofia Óptica Bilateral y Atrofia Óptica (Infantil) Tipo 1; Retinoblastoma (bilateral); Enfermedad de Canavan; Síndrome 1 Cerebroculofacioesquelético [COFS1]; Xantomatosis Cerebrotendinosa; Síndrome de Cornelia de Lange; Trastornos Relacionados con MAPT; Enfermedades Genéticas por Priones; Síndrome de Dravet; Enfermedad de Alzheimer Familiar de Comienzo 40 Temprano; Ataxia de Friedreich [FRDA]; Síndrome de Fryns; Fucosidosis; Distrofia Muscular Congénita de Fukuyama; Galactosialidosis; Enfermedad de Gaucher; Acidemias Orgánicas; Linfohistiocitosis Hemofagocítica; Síndrome de Progeria de Hutchinson-Gilford; Mucolipidosis II; Enfermedad de Almacenamiento de Ácido Siálico Libre Infantil; Neurodegeneración Asociada a PLA2G6; Síndrome de Jervell y Lange-Nielsen; Epidermolisis Bullosa sobre las Articulaciones; Enfermedad de Huntington; Enfermedad de Krabbe (Infantil); Síndrome de Leigh Asociado 45 al ADN Mitocondrial y NARP; Síndrome de Lesch-Nyhan; Lisencefalia Asociada a LIS1; Síndrome de Lowe; Enfermedad Urinaria de Jarabe de Maple; Síndrome de Duplicación de MECP2; Trastornos de Transporte de Cobre Relacionado con ATP7A; Distrofia Muscular Relacionada con LAMA2; Deficiencia de Arilsulfatasa A; Mucopolisacaridosis Tipos I, II o III; Trastornos de la Biogénesis del Peroxisoma, Espectro del Síndrome de Zellweger; Neurodegeneración con Trastornos de Acumulación de Hierro en el Cerebro; Deficiencia de 50 Esfingomielinasa Ácida; Enfermedad de Niemann-Pick Tipo C; Encefalopatía por Glicina; Trastornos Relacionados con ARX; Trastornos del Ciclo de la Urea; Osteogénesis Imperfecta Relacionada con COL1A1/2; Síndrome de Supresión de ADN Mitocondrial; Trastornos Relacionados con PLP1; Síndrome de Perry; Síndrome de Phelan-McDermid; Enfermedad de Almacenamiento de Glucógeno Tipo II (Enfermedad de Pompe) (Infantil); Trastornos Relacionados con MAPT; Trastornos Relacionados con MECP2; Condrodisplasia Punctata Rizomélica Tipo 1; 55 Síndrome de Roberts; Enfermedad de Sandhoff; Enfermedad de Schindler -Tipo 1; Deficiencia de Adenosina Deaminasa; Síndrome de Smith-Lemli-Opitz; Atrofia Muscular Espinal; Ataxia Espinocerebelar de Comienzo Infantil; Deficiencia de Hexosaminidasa A; Displasia Tanatofórica de Tipo 1; Trastornos Relacionados con el Colágeno Tipo VI; Síndrome de Usher Tipo I; Distrofia Muscular Congénita; Síndrome de Wolf-Hirschhorn; Deficiencia de Lipasa
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Ácida Lisosomal y Xerodermia Pigmentosa.
Como será evidente, se prevé que el presente sistema se pueda usar para fijar como objetivo cualquier secuencia de polinucleótidos de interés. Algunos ejemplos de afecciones o enfermedades que se podían tratar positivamente usando el presente sistema se incluyen en las Tablas anteriores y también se proporcionan allí ejemplos de genes asociados en la actualidad a esas enfermedades. Sin embargo, los genes ejemplificados no son exhaustivos.
Ejemplos
Los siguientes ejemplos se proporcionan con fines ilustrativos de diversas realizaciones de la invención y no están destinados a limitar la presente invención de ningún modo. Los presentes ejemplos, junto con los métodos descritos en la presente memoria son representativos en el momento presente de realizaciones preferidas, son ejemplares, y no se destinan a limitar el alcance de la invención.
Ejemplo 1: Actividad del complejo CRISPR en el núcleo de una célula eucariota.
Un sistema CRISPR de ejemplo de tipo II es el sitio CRISPR de tipo II de Streptococcus pyogenes SF370, que contiene una agrupación de cuatro genes Cas9, Cas1, Cas2 y Csn1, así como dos elementos de ARN no codificante, ARNtracr y una serie característica de secuencias repetitivas (repeticiones directas) inter espaciadas por tramos cortos de secuencias no repetitivas (espaciadores, aproximadamente 30 pb cada uno). En este sistema, se genera rotura de doble cadena (RDC) de ADN fijado como objetivo en cuatro etapas secuenciales (Figura 2A). Primero, dos ARN no codificantes, la serie pre-ARNcr y ARNtracr, se transcriben del sitio CRISPR. Segundo, ARNtracr se hibrida a las repeticiones directas de pre-ARNcr, que se tratan después en ARNcr maduros que contienen secuencias espaciadoras individuales. Tercero, el complejo ARNcr:ARNtracr maduro dirige Cas9 al ADN objetivo que consiste en el protoespaciador y la correspondiente PAM vía la formación de heterodúplex entre la región espaciadora del ARNcr y el ADN protoespaciador. Finalmente, Cas9 media la escisión de ADN objetivo aguas arriba de PAM para crear una RDC dentro del protoespaciador (Figura 2A). Este ejemplo describe un procedimiento de ejemplo para adaptar este sistema de nucleasa programable de ARN para dirigir la actividad del complejo CRISPR en el núcleo de las células eucariotas.
Cultivo celular y transfección
Se mantuvo la estirpe celular HEK 293FT de riñón embrionario humano (HEK, por sus siglas en inglés) (Life Technologies) en Medio Eagle modificado por Dulbecco (DMEM) enriquecido con suero fetal bovino al 10% (HyClone), GlutaMAX 2 mM (Life Technologies), 100 U/ml de penicilina y 100 µg/ml de estreptomicina a 37°C con incubación en CO2 al 5%. Se mantuvo la línea celular neuro2A de ratón (N2A) (ATCC) con DMEM enriquecido con suero bovino fetal al 5% (HyClone), GlutaMAX 2 mM (Life Technologies), 100 U/ml de penicilina y 100 µg/ml de estreptomicina a 37 ºC con incubación en CO2 al 5%.
Se sembraron células HEK 293FT o N2A en placas de 24 pozos (Corning) un día antes de la transfección con una densidad de 200.000 células por pozo. Se transfectaron las células usando Lipofectamine 2000 (Life Technologies) siguiendo el protocolo recomendado por el fabricante. Para cada pozo de una placa de 24 pozos, se usó un total de 800 ng de plásmido.
Ensayo Surveyor y análisis de la secuenciación para modificación de genomas
Se transfectaron células 293FT o N2A con ADN de plásmido como se describió anteriormente. Después de la transfección, se incubaron las células a 37°C durante 72 horas antes de la extracción de ADN genómico. Se extrajo ADN genómico usando el kit de extracción de ADN QuickExtract (Epicentre) siguiendo el protocolo del fabricante. En resumen, se volvieron a suspender las células en solución QuickExtract y se incubaron a 65 °C durante 15 minutos y 98 °C durante 10 minutos. El ADN genómico extraído se proceso inmediatamente o se almacenó a -20 °C.
La región genómica que flanquea el sitio objetivo de CRISPR para cada gen se amplificó por PCR y se purificaron los productos usando una columna de QiaQuick Spin (Qiagen) siguiendo el protocolo del fabricante. Se mezclaron 400 ng totales de los productos de PCR purificados con 2 µl de tampón de PCR 10X ADN Taq Polimerasa (Enzymatics) y agua ultra pura hasta un volumen final de 20 µl y se sometieron a un procedimiento de rehibridación para permitir la formación de heteroduplex: 95°C durante 10 min, de 95°C a 85°C descendiendo a -2°C/s, de 85°C a 25°C a – 0,25°C/s y 25°C mantenidos durante 1 minuto. Después de la rehibridación, se trataron los productos con nucleasa Surveyor y estimulador S Surveyor (Transgenomics) siguiendo el protocolo recomendado por el fabricante y se analizaron sobre geles de poliacrilamida Novex TBE al 4-20% (Life Technologies). Se tiñeron los geles con tinción de ADN SYBR Gold (Life Technologies) durante 30 minutos y se formaron imágenes con un sistema de formación de imágenes de gel Gel Doc (Bio-rad). La cuantificación estuvo basada en intensidades de banda relativas, como una medida de la fracción de ADN escindido. La Figura 7 proporciona una ilustración esquemática de este ensayo Surveyor.
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Ensayo de polimorfismo de la longitud del fragmento de restricción para la detección de la recombinación homóloga.
Se transfectaron las células HEK293FT y N2A con ADN de plásmido y se incubaron a 37 °C durante 72 horas antes de la extracción de ADN genómico como se ha descrito anteriormente. La región genómica objetivo se amplificó por
5 PCR utilizando cebadores fuera de los brazos de homología de la plantilla de recombinación homóloga (HR). Se separaron los productos de la PCR sobre un gel de agarosa al 1% y se extrajeron con el kit MinElute GelExtraction (Qiagen). Los productos purificados se digirieron con HindIII (Fermentas) y se analizaron sobre un gel de poliacrilamida Novex TBE al 6% (Life Technologies).
Predicción y análisis de la estructura secundaria del ARN
10 Se realizó una predicción de la estructura secundaria del ARN utilizando el RNAfold webserver online, desarrollado en el Instituto para Química Teórica de la Universidad de Viena, usando el algoritmo de predicción de estructura centroide (véase, por ejemplo, A. R. Gruber et al., 2.008, Cell 106 (1): 23-24 y PA Carr y GM Church, 2.009, Nature Biotechnology 27 (12): 1.151-62).
Purificación de ARN
15 Se mantuvieron las células HEK 293FT y se transfectaron tal como se ha indicado anteriormente. Se recolectaron las células por tripsinización seguida por lavado en solución salina tamponada con fosfato (PBS). Se extrajo el ARN celular total con el reactivo TRI (Sigma) siguiendo el protocolo del fabricante. Se cuantificó el ARN total extraído utilizando Naonodrop (Thermo Scientific) y se normalizó respecto a la misma concentración.
Análisis de Northern de la expresión de ARNcr y ARNtracr en células de mamífero
20 Se mezclaron los ARN con volúmenes idénticos de tampón de carga 2X (Ambion), se calentaron hasta 95 °C durante 5 min, se enfriaron en hielo durante 1min y después se añadieron a un gel de poliacrilamida desnaturalizado al 8% (SequaGel, National Diagnostics) después de haber pretratado el gel durante al menos 30 minutos. Las muestras se sometieron a electroforesis durante 1.5 horas con un límite de 40 W. Posteriormente, se transfirió el ARN a la membrana Hybond N+ (GE Healthcare) a 300 mA en un aparato de transferencia semiseco (Bio-rad) a
25 temperatura ambiente durante 1.5 horas. Se retículo el ARN a la membrana utilizando el botón de autorreticulación en Stratagene UV Crosslinker Stratalinker (Stratagene). La membrana se sometió a una hibridación previa en el tampón de hibridación ULTRAhyb-Oligo (Ambion) durante 30 min con rotación a 42 °C y a continuación se añadieron las sondas y se hibridó durante toda la noche. Se encargaron las sondas a IDT y se marcaron con [gamma-32P] ATP (Perkin Elmer) con la polinucleótido cinasa T4 (New England Biolabs). Se lavó la membrana una vez con 2xSSC
30 precalentado (42 °C), SDS al 0.5% durante 1 min seguido por dos lavados de 30 minutos a 42 °C. La membrana se expuso a una pantalla de luminiscencia durante una hora o toda la noche a temperatura ambiente y a continuación se realizó un barrido con un lector de luminiscencia fotoestimulada (Typhoon).
Construcción y evaluación del sistema CRISPR bacteriano
Se amplificaron mediante PCR los elementos del sitio de CRISPR incluidos el ARNtracr, Cas9 y el líder a partir del
35 ADN genómico de Streptococcus pyogenes SF370 con brazos de homología flanqueantes para el ensamblaje de Gibson. Se introdujeron dos sitios BsaI de tipo IIS entre dos repeticiones directas para facilitar la inserción sencilla de espaciadores (Figura 8). Se clonaron los productos de la PCR en pACYC184 digerido con EcoRV aguas abajo del promotor tet utilizando la Mezcla Maestra (Master Mix) para el ensamblaje de Gibson (NEB). Se omitieron otros elementos endógenos del sistema CRISPR, con la excepción de los últimos 50 pb de Csn2. Se clonaron los oligos
40 (Integrated DNA Technology) que codificaban espaciadores con regiones protuberantes complementarias en el vector pDC000 digerido con BsaI (NEB) y se ligaron a continuación con la ligasa T7 (Enzymatics) para generar los plásmidos pCRISPR. Los plásmidos de exposición que contienen espaciadores con expresión de PAM en células de mamífero (construcciones de expresión ilustradas en la Figura 6A, con funcionalidad cuando se determina por los resultados del ensayo de Surveyor mostrado en la Figura 6B). Los sitios de comienzo de la transcripción se señalan
45 como +1 y el terminador de la transcripción y la secuencia probada por el ensayo de northern se indican también. La expresión de ARNtracr tratado también se confirmó por ensayo de Northern. La Figura 6C muestra los resultados de un ensayo de Northern de ARN total extraído de células 293FT transfectadas con construcciones de expresión U6 que soportan ARNtracr largo o corto, así como SpCas9 y DR-EMX1(1)-DR. Los paneles izquierdo y derecho son de células 293FT transfectadas sin o con SpRNasa III, respectivamente. U6 indica control de carga representado
50 gráficamente con una sonda que fija como objetivo ARNsn U6 humano. La transinfección de la construcción de expresión de ARNtracr corto conduce a niveles abundantes de la forma tratada de ARNtracr (~75 pb). Se detectan
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cantidades muy bajas de ARNtracr largo en el análisis de Northern.
Para activar la iniciación precisa transcripcional, se seleccionó el activador de U6 basado en ARN polimerasa III para conducir la expresión de ARNtracr (Figura 2C). De manera similar, se desarrolló una construcción a base de activador U6 para expresar una serie pre-ARNcr que consiste en un único espaciador flanqueado por dos repeticiones directas (las RD, también incluida por el término "secuencias de emparejamiento tracr"; Figura 2C). Se diseñó el espaciador inicial para fijar como objetivo un sitio objetivo de 33 pares de bases (pb) (protoespaciador de 30 pb más una secuencia de unidad (PAM) CRISPR de 3 pb que satisface la unidad de reconocimiento NGG de Cas9) en el sitio EMX1 humano (Figura 2C), un gen clave en el desarrollo de la corteza cerebral.
Para ensayar si la expresión heteróloga del sistema CRISPR (SpCas9, SpRNasa III, ARNtracr y pre-ARNcr) en células de mamífero puede conseguir la escisión fijada como objetivo de cromosomas de mamífero, se transfectaron células HEK 293FT con combinaciones de componentes CRISPR. Puesto que las RDC en núcleos de mamífero se reparan parcialmente por la ruta de unión de extremos no homólogos (NHEJ, por sus siglas en inglés), que conduce a la formación de inserciones o supresiones, se usó el ensayo Surveyor para detectar potencial actividad de escisión en el sitio EMX1 objetivo (Figura 7) (véase por ej., Guschin et al., 2.010, Methods Mol Biol 649: 247). La transinfección conjunta de los cuatro componentes CRISPR pudo inducir una escisión hasta del 5,0% en el protoespaciador (véase la Figura 2D). La transinfección conjunta de todos los componentes CRISPR menos SpRNasa III también indujo hasta 4,7% de inserción o supresión en el protoespaciador, que sugiere que puede haber Rnasas de mamífero endógenas que son capaces de ayudar a la maduración de ARNcr, tal como por ejemplo las enzimas Dicer y Drosha relacionadas. Retirar cualquiera de los tres componentes restantes anula la actividad de escisión del genoma del sistema CRISPR (Figura 2D). La secuenciación Sanger de amplicones que contiene el sitio fijado como objetivo verificó la actividad de escisión: en 43 clones secuenciados, se encontraron 5 alelos mutados (11,6%). Experimentos similares usando una variedad de secuencias guía produjeron porcentajes de inserción o supresión tan altos como 29% (véanse las Figuras 3-6, 10 y 11). Estos resultados definen un sistema de tres componentes para modificación de genomas mediada por CRISPR eficaz en células de mamífero. Para optimizar la eficacia de escisión, los solicitantes también ensayaron si diferentes isoformas de ARNtracr afectaban a la eficacia de la escisión y encontraron que, en este sistema de ejemplo, sólo la forma transcrita corta (89 pb) era capaz de mediar la escisión del sitio genómico EMX1 humano (Figura 6B).
La Figura 12 proporciona un análisis de Northern adicional de tratamiento de ARNcr en células de mamífero. La Figura 12A ilustra un esquema que muestra el vector de expresión para un único espaciador flanqueado por dos repeticiones directas (RD-EMX1(1)-RD). El espaciador de 30 pb que fija como objetivo el protoespaciador 1 del sitio EMX1 humano (veáse la Figura 6) y las secuencias de repetición directa se muestran en la secuencia debajo de la Figura 12A. La línea indica la región cuya secuencia de complemento inverso se usó para generar sondas de Northern para detección de ARNcr de EMX1(1). La Figura 12B muestra un análisis Northern de ARN total extraído de células 293FT transfectadas con construcciones de expresión U6 que soportan RD-EMX1(1)-RD. Los paneles izquierdo y derecho son de células 293FT transfectadas sin o con SpRNasa III respectivamente. Se trató RDEMX1(1)-RD en ARNcr maduros sólo en presencia de SpCas9 y ARNtracr corto y no fue dependiente de la presencia de SpRNasa III. El ARNcr maduro detectado de ARN total de 293FT transfectado es ~33 pb y es más corto que el ARNcr maduro de 39-42 pb de S. pyogenes. Estos resultados demuestran que un sistema CRISPR se puede trasplantar en células eucariotas y reprogramar para facilitar la escisión de polinucleótidos objetivo de mamíferos endógenos.
La Figura 2 ilustra el sistema CRISPR bacteriano descrito en este ejemplo. La Figura 2A ilustra un esquema que muestra el sitio 1 de CRISPR de Streptococcus pyogenes SF370 y un mecanismo propuesto de escisión de ADN mediada por CRISPR por este sistema. El ARNcr maduro tratado de la serie repetición directa – espaciador dirige Cas9 a objetivos genómicos que constan de protoespaciadores complementario y una unidad adyacente al protoespaciador (PAM). En el emparejamiento de base objetivo-espaciador, Cas9 media una rotura de doble cadena en el ADN objetivo. La Figura 2B ilustra el logro de Cas9 de S. pyogenes (SpCas9) y RNasa III (SpRNasa III) con señales de localización nuclear (las NLS) para permitir la importación al núcleo del mamífero. La Figura 2C ilustra la expresión de mamífero de SpCas9 y SpRNasa III conducida por el activador EF1a constitutivo y ARNtracr y la serie pre-ARNcr (RD-Espaciador-RD) conducidos por el activador U6 de ARN Pol3 para activar iniciación y terminación de transcripción precisa. Un protoespaciador del sitio EMX1 humano con una secuencia PAM satisfactoria se usa como el espaciador en la serie pre-ARNcr. La Figura 2D ilustra ensayo de la nucleasa surveyor para inserciones y supresiones minoritarias mediadas por SpCas9. SpCas9 se expresó con y sin SpRNasa III, ARNtracr y una serie pre-ARNcr que soporta el espaciador objetivo EMX1. La Figura 2E ilustra una representación esquemática de emparejamiento de bases entre el sitio objetivo y ARNcr que fija como objetivo EMX1, así como un cromatograma de ejemplo que muestra una microsupresión adyacente al sitio de escisión de SpCas9. La Figura 2F ilustra alelos mutados identificados de análisis de secuenciación de 43 amplicones clonales que muestran una variedad de microinserciones y supresiones. Las líneas discontinuas indican bases suprimidas y bases no alineadas o emparejadas erróneamente indican inserciones o mutaciones. Barra de escala = 10 µm.
Para simplificar además el sistema de tres componentes, se adaptó un diseño híbrido de ARNcr-ARNtracr quimérico, donde un ARNcr maduro (que comprende una secuencia guía) se puede fusionar a un ARNtracr parcial vía un tallolazo para imitar el dúplex ARNcr:ARNtracr natural. Para incrementar la eficacia de cosuministro, se creó un vector de expresión bicistrónico para impulsar la coexpresión de un ARN quimérico y SpCas9 en células transfectadas. En
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paralelo, se utilizaron vectores bicistrónicos para expresar un pre-ARNcr (RD-secuencia guía-RD) con SpCas9 para inducir el procesamiento en ARNcr con un ARNtracr expresado por separado (compare la parte superior e inferior de la Figura 11B). La Figura 8 proporciona ilustraciones esquemáticas de vectores de expresión bicistrónicos para una serie de pre-ARNcr (Figura 8A) o ARNcr quimérico (representado por la línea corta aguas abajo del sitio de inserción 5 de la secuencia guía y aguas arriba del promotor EF1α en la Figura 8B) con hSpCas9, que muestra la ubicación de varios elementos y el punto de inserción de la secuencia guía. La secuencia expandida alrededor de la ubicación del sitio de inserción de la secuencia guía en la Figura 8B también muestra una secuencia RD parcial (GTTTTAGAGCTA) (SEQ ID NO: 11) y una secuencia de ARNtracr parcial (TAGCAAGTTAAAATAAGGCTAGTCCGTTTTT) (SEQ ID NO: 12). Las secuencias guía se pueden insertar entre los sitios BbsI utilizando oligonucleótidos hibridados. El diseño de la secuencia para los oligonucleótidos se muestra debajo de las ilustraciones esquemáticas de la Figura 8, indicándose los adaptadores de ligación apropiados. WPRE representa el elemento regulador postranscripcional del virus de la hepatitis de Woodchuck. La eficacia de la escisión mediada por el ARN quimérico se estudió fijando como objetivo el mismo sitio de EMX1 descrito anteriormente. Utilizando tanto el ensayo Surveyor como la secuenciación de Sanger de los amplicones, los
15 solicitantes confirmaron que el diseño de ARN quimérico facilita la escisión del sitio de EMX1 humano con aproximadamente un 4.7% de tasa de modificación (Figura 3).
La posibilidad de generalizar la escisión mediada por CRISPR en células eucariotas se estudió fijando como objetivo sitios genómicos adicionales tanto en células de ratón como humanas diseñando ARN quimérico que tenía como objetivo múltiples sitios en  y PVALB humano, así como en los sitios Th de ratón. La Figura 13 ilustra la selección de algunos protoespaciadores fijados como objetivo en el PVLAB humano (Figura 13A) y sitios Th de ratón (Figura 13B). Se proporcionan los esquemas de los sitios génicos y la ubicación de tres protoespaciadores comprendidos en el último exón. Las secuencias subrayadas incluyen 30 pb de la secuenica protoespaciadora y 3 pb del extremo 3’ correspondientes a las secuencias PAM. Los protoespaciadores en las hebras transcrita y complementaria se indican por encima y por debajo de las secuencias de ADN, respectivamente. Se consiguió una
25 tasa de modificación de 6,3% y 0,75% para los sitios PVALB humano y Th de ratón, respectivamente, que demuestra la amplia aplicabilidad del sistema CRISPR en la modificación de diferentes sitios a través de múltiples organismos (Figura 5). Aunque la escisión sólo se detectó con uno de tres espaciadores para cada sitio usando las construcciones quiméricas, todas las secuencias objetivo se escindieron con eficacia de producción de inserción o supresión que alcanzó el 27% cuando se usó la disposición de pre-ARNcr expresada conjuntamente (Figuras 6 y 13).
La Figura 11 proporciona una ilustración más de que SpCas9 puede ser reprogramado para fijar como objetivo múltiples sitios genómicos en células de mamífero. La Figura 11A proporciona un esquema del sitio EMX1 humano que muestra la posición de cinco protoespaciadores, indicado por las secuencias subrayadas. La Figura 11B proporciona un esquema del complejo pre-ARNcr/ARNtrcr que muestra la hibridación entre la región de repetición
35 directa del pre-ARNcr y ARNtracr (parte superior) y un esquema de un diseño de ARN quimérico que comprende una secuencia guía de 20 pb y secuencias de emparejamiento tracr y tracr que consisten en secuencias de repetición directa parcial y ARNtracr hibridadas según la estructura de horquilla (fondo). Los resultados de un ensayo Surveyor comparando la eficacia de escisión mediada por Cas9 en cinco protoespaciadores en el sitio EMX1 humano se ilustra en la Figura 11C. Cada protoespaciador se fija como objetivo usando complejo preARNcr/ARNtracr tratado (ARNcr) o ARN quimérico (ARNqui).
Puesto que la estructura secundaria de ARN puede ser crucial para interacciones intermoleculares, se usó un conjunto de algoritmo de predicción de estructuras basado en energía libre mínima y estructura pesada de Boltzmann para comparar la estructura secundaria putativa de todas las secuencias guía usadas en el experimento de fijación como objetivo de genoma (véase por ej., Gruber et al., 2.008, Nucleic Acids Research, 36: W70). El
45 análisis reveló que en la mayoría de los casos, las secuencias guía eficaces en el contexto de ARNcr quimérico estaban sustancialmente exentas de unidades de estructura secundaria, mientras las secuencias guía ineficaces era más probable que formaran estructuras secundarias internas que podían evitar el emparejamiento de bases con el ADN de protoespaciador objetivo. Así es posible que la variabilidad en la estructura secundaria del espaciador puede impactar en la eficacia de la interferencia mediada por CRISPR cuando se usa un ARNcr quimérico.
Más diseños de vectores para SpCas9 se presentan en la Figura 22, que ilustra vectores únicos de expresión que incorporan un activador U6 ligado a un sitio de inserción para un oligo guía y un activador Cbh ligado a secuencia de codificación SpCas9. El vector que se muestra en la Figura 22b incluye una secuencia codificante ARNtracr unida a un promotor H1.
En el ensayo de bacterias, todos los espaciadores facilitaron interferencia de CRISPR eficaz (Figura 3C). Estos
55 resultados sugieren que puede haber factores adicionales que afecten a la eficacia de la actividad de CRISPR en células de mamífero.
Para investigar la especificidad de la escisión mediada por CRISPR, se analizó el efecto de mutaciones de único nucleótido en la secuencia guía sobre la escisión del protoespaciador en el genoma de mamífero usando una serie de ARNcr quiméricos que fijan como objetivo EMX1 con mutación de puntos únicos (Figura 3A). La Figura 3B ilustra los resultados de un ensayo de nucleasa Surveyor comparando la eficacia de la escisión de Cas9 cuando se empareja con diferentes ARN quiméricos mutantes. El emparejamiento erróneo de bases únicas hasta 12 pb 5' de la PAM sustancialmente anuló la escisión genómica por SpCas9, mientras los espaciadores con mutaciones en posiciones aguas arriba más lejos retuvieron la actividad frente al objetivo del protoespaciador original (Figura 3B). Además de la PAM, SpCas9 presenta especificidad de base única dentro de los últimos 12 pb del espaciador. Además, CRISPR es capaz de mediar la escisión genómica tan eficazmente como un par de nucleasas TALE
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5 (TALEN) fijando como objetivo el mismo protoespaciador EMX1. La Figura 3C proporciona un esquema que muestra el diseño de las TALEN que fijan como objetivo EMX1 y la Figura 3D muestra un gel Surveyor comparando la eficacia de TALEN y Cas9 (n=3).
Teniendo establecida una serie de componentes para conseguir edición de genes mediada por CRISPR en células de mamífero a través del mecanismo NHEJ con predisposición a errores, se ensayó la capacidad de CRISPR para 10 estimular la recombinación homóloga (RH), una ruta de reparación de genes de alta fidelidad para preparar mediciones precisas en el genoma. SpCas9 de tipo natural es capaz de mediar las RDC específicas del sitio, que se pueden reparar a través de tanto NHEJ como RH. Además, se logró una sustitución de aspartato a alanina (D10A) en el dominio catalítico RuvC I de SpCas9 para convertir la nucleasa en una nickasa (SpCas9n; ilustrado en la Figura 4A) (véase por ej., Sapranausaks et al., 2.011, Nucleic Acids Research, 39: 9.275; Gasiunas et al., 2.012, 15 Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 109: E2579), de manera que el ADN genómico nickeado experimenta la reparación dirigida por homología de alta fidelidad (HDR, por sus siglas en inglés). El ensayo Surveyor confirmó que SpCas9n no generaba inserciones o supresiones en el objetivo del protoespaciador EMX1. Como se ilustra en la Figura 4B, la expresión conjunta de ARNcr quimérico que fija como objetivo EMX1 con SpCas9 produjo inserciones o supresiones en el sitio fijado como objetivo, mientras la expresión conjunta con SpCas9n no lo hizo (n=3). Por otra parte, la 20 secuenciación de 327 amplicones no detectó ninguna inserción o supresión inducida por SpCas9n. Se seleccionó el mismo sitio para ensayar RH mediada por CRISPR por transinfección conjunta de células HEK 293FT con el ARN quimérico que fija como objetivo EMX1, hSpCas9 o hSpCas9n, así como una plantilla de RH para introducir un par de sitios de restricción (HindIII y NheI) cerca del protoespaciador. La Figura 4C proporciona una ilustración en esquema de la estrategia de la RH, con posiciones relativas de puntos de recombinación y secuencias de 25 hibridación de cebadores (flechas). SpCas9 y SpCas9n por supuesto catalizaron la integración de la plantilla de RH en el sitio EMX1. La multiplicación por PCR de la región fijada como objetivo seguida por digestión de restricción con HindIII reveló productos de escisión correspondiendo a tamaños de fragmentos esperados (flechas en análisis de gel de polimorfismo de longitud del fragmento de restricción mostrado en la Figura 4D), mediando SpCas9 y SpCas9n niveles similares de eficacias de la RH. Los solicitantes verificaron además RH usando secuenciación de Sanger de
30 amplicones genómicos (La Figura 4E). Estos resultados demuestran la utilidad de CRISPR para facilitar la inserción de genes fijados como objetivo en el genoma del mamífero. Dada la especificidad objetivo de 14 pb (12 pb del espaciador y 2 pb de la PAM) de SpCas9 de tipo natural, la disponibilidad de una nickasa puede reducir significativamente la probabilidad de modificaciones fuera de lo proyectado, puesto que las roturas de hebra única no son sustratos para la ruta NHEJ con predisposición a errores.
35 Las construcciones de expresión que imitan la arquitectura natural de sitios CRISPR con espaciadores formados (Figura 2A) se construyeron para ensayar la posibilidad de fijar como objetivo secuencias multiplexadas. Usando una única serie CRISPR codificando un par de espaciadores que fijan como objetivo EMX1 y PVALB, se detectó la escisión eficaz en ambos sitios (Figura 4F, que muestra tanto un diseño esquemático de la serie ARNcr como un análisis Surveyor mostrando la mediación eficaz de la escisión). La supresión fijada como objetivo de regiones
40 genómicas mayores a través de las RDC usando espaciadores frente a dos objetivos dentro de EMX1 espaciado por 119 pb también se ensayó y se detectó una eficacia de la supresión del 1,6% (3 de un total de 182 amplicones; Figura 4G). Esto demuestra que el sistema CRISPR puede mediar la edición multiplexada dentro de un único genoma.
Ejemplo 2: Modificaciones y alternativas del sistema CRISPR.
45 La capacidad para usar ARN para programar escisión de ADN específica de la secuencia define una nueva clase de herramientas de ingeniería del genoma para una variedad de aplicaciones de investigación e industriales. Diversos aspectos del sistema CRISPR se pueden mejorar además para aumentar la eficacia y la versatilidad de la fijación como objetivo de CRISPR. La actividad óptima de Cas9 puede depender de la disponibilidad de Mg2+ libre en niveles mayores que los presentes en el núcleo de los mamíferos (véase por ej., Jinek et al., 2.012, Science, 337: 816) y la
50 preferencia para una unidad de NGG inmediatamente aguas abajo del protoespaciador restringe la capacidad para fijar como objetivo de promedio cada 12 pb en el genoma humano (Figura 9, que evalúa tanto la hebra positiva como la negativa de las secuencias cromosómicas humanas). Algunas de estas restricciones se pueden superar explorando la diversidad de los sitios CRISPR a través del metagenoma microbiano (véase por ej., Makarova et al., 2.011, Nat Rev Microbiol, 9: 467). Otros sitios CRISPR pueden ser trasplantados en el medio celular de los
55 mamíferos mediante un procedimiento similar al descrito en el Ejemplo 1. Por ejemplo, la Figura 10 ilustra la adaptación del sistema CRISPR de tipo II de CRISPR 1 de LMD-9 de Streptococcus thermophilus para la expresión heteróloga en células de mamífero para lograr la edición genómica mediada por CRISPR. La Figura 10A proporciona una ilustración esquemática de CRISPR1 de LMD-9 de S. thermophilus. La Figura 10B ilustra el diseño de un sistema de expresión para el sistema CRISPR de S. thermophilus. La hStCas9 codón-optimizada humana se
60 expresa utilizando un promotor EF1α constitutivo. Las versiones maduras de ARNtracr y ARNcr se expresan utilizando el promotor U6 para impulsar una iniciación de la transcripción precisa. Se ilustran las secuencias procedentes de ARNcr y ARNtracr maduros. Se utiliza una única base indicada por la “a” minúscula en la secuencia
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de ARNcr para eliminar la secuencia de poliU que actúa como un terminador transcripcional de la ARN pol III. La Figura 10C proporciona un esquema que muestra secuencias guía que tienen como objetivo el sitio de EMX1 humano. La Figura 10D muestra los resultados de la escisión mediada por hStCas9 en el sitio objetivo utilizando el ensayo Surveyor. Los espaciadores 1 y 2 del ARN guía indujeron un 14% y 6.4% respectivamente. El análisis 5 estadístico de la actividad de escisión a lo largo de réplicas biológicas en estos dos sitios protoespaciadores también se proporciona en la Figura 5. La Figura 14 proporciona un esquema de un protoespaciador adicional y la secuencia PAM correspondiente que son objetivos del sistema CRISPR de S. thermophilus en el sitio de EMX1 humano. Se resaltan dos secuencias protoespaciadoras y se indican sus secuencias PAM correspondientes que satisfacen el motivo NNAGAAW mediante el subrayado en 3’ respecto a la secuencia resaltada correspondiente. Ambos
10 protoespaciadores tienen como objetivo la secuencia antisentido.
Ejemplo 3: Algoritmo de selección de secuencias objetivo de muestra.
Se diseña un programa informático para identificar secuencias objetivo de CRISPR candidato en ambas cadenas de una secuencia de ADN de entrada basada en longitud deseada de secuencias guía y una secuencia de unidad CRISPR (PAM) para una enzima CRISPR especificada. Por ejemplo, los sitios objetivo para Cas9 de S. pyogenes, 15 con secuencias NGG de PAM, se pueden identificar por investigación para 5'-Nx-NGG-3' ambas en la secuencia de entrada y en el complemento inverso de la entrada. Asimismo los sitios objetivo para Cas9 de CRISPR1 de S. thermophilus, con secuencia NNAGAAW de PAM, se pueden identificar por investigación para 5'-Nx-NNAGAAW-3' ambos en la secuencia de entrada y en el complemento inverso de la entrada. Asimismo, los sitios objetivo para Cas9 de CRISPR3 de S. thermophilus, con secuencia NGGNG de PAM, se pueden identificar por investigación para
20 5'-Nx-NGGNG-3' ambos en la secuencia de entrada y en el complemento inverso de la entrada. El valor "x" en Nx puede ser fijado por el programa o especificado por el usuario, tal como 20.
Puesto que múltiples apariciones en el genoma del sitio objetivo de ADN pueden conducir a edición de genoma no especifica, después de identificar todos los sitios potenciales, el programa filtra secuencias basadas en el número de veces que aparecen en el genoma de referencia relevante. Para esas enzimas CRISPR para las cuales se 25 determina la especificidad de secuencia mediante una secuencia "simiente", tal como la 5’ de 11-12 pb de la secuencia PAM, incluyendo la propia secuencia PAM, la etapa de filtración puede estar basada en la secuencia simiente. Así, para evitar la edición en sitios genómicos adicionales, los resultados se filtran basándose en el número de apariciones de la secuencia simiente:PAM en el genoma relevante. Se puede permitir que el usuario elija la longitud de la secuencia simiente. También se puede permitir que el usuario especifique el número de apariciones 30 de la secuencia simiente:PAM en un genoma para fines de pase del filtro. El defecto es investigar secuencias únicas. El nivel de filtración se modifica cambiando tanto la longitud de la secuencia simiente como el número de apariciones de la secuencia en el genoma. El programa puede proporcionar además o como alternativa la secuencia de una secuencia guía complementaria a la secuencia o secuencias objetivo indicadas proporcionando el complemento inverso de la secuencia o secuencias objetivo identificadas. En la Figura 18 se proporciona una
35 visualización de ejemplo de algunos sitios objetivo en el genoma humano.
Ejemplo 4: Evaluación de híbridos ARNcr-ARNtracr quiméricos múltiples.
Este ejemplo describe los resultados obtenidos para los ARN quiméricos (los ARNqui; que comprenden una secuencia guía, una secuencia de emparejamiento tracr y una secuencia tracr en un transcrito único) que tienen secuencias tracr que incorporan diferentes longitudes de secuencia ARNtracr de tipo natural. La Figura 16a ilustra 40 un esquema de un vector bicistrónico de expresión para ARN quimérico y Cas9. Cas9 es conducido por el activador CBh y el ARN quimérico es conducido por un activador U6. El ARN guía quimérico consta de una secuencia guía de 20 pb (Ns) unida a la secuencia tracr (barriendo desde la primera "U" de la hebra menor al extremo del transcrito), que se trunca en diversas posiciones como se indica. Las secuencias guía y tracr se separan mediante la secuencia de emparejamiento tracr GUUUUAGAGCUA (SEQ ID NO: 13) seguido por la secuencia lazo GAAA. Los resultados 45 de los ensayos SURVEYOR para inserciones o supresiones mediadas por Cas9 en los sitios EMX1 y PVALB humanos se ilustran en la Figura 16b y 16c, respectivamente. Las flechas indican los fragmentos SURVEYOR esperados. Los ARNqui se indican por su designación "+n" y ARNcr se refiere a un ARN híbrido donde las secuencias guía y tracr se expresan como transcritos separados. La cuantificación de estos resultados, realizados por triplicado, se ilustran por histograma en las Figuras 17a y 17b, que corresponden a las Figuras 16b y 16c,
50 respectivamente ("N. D." indica no inserciones o supresiones detectadas). Los ID del protoespaciador y su correspondiente objetivo genómico, secuencia del protoespaciador, secuencia PAM y posición de la cadena se proporcionan en la Tabla D. Las secuencias guía se diseñan para que sean complementarias a la secuencia completa del protoespaciador en el caso de transcritos separados en el sistema híbrido o sólo a la porción subrayada en el caso de ARN quiméricos.
55 Tabla D:
ID del protoespaciador
objetivo genómico secuencia del protoespaciador (5' a 3') PAM SEQ ID NO: Hebra
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Inicialmente, se fijaron como objetivo tres sitios dentro del sitio de EMX1 en células HEK 293FT humanas. Se evaluó la eficacia de la modificación del genoma de cada ARNqui usando el ensayo de la nucleasa SURVEYOR, que detecta mutaciones que resultan de las roturas de la doble cadena de ADN (las RDC) y su posterior reparación por 5 la ruta de reparación de daños de ADN de unión del extremo no homólogo (NHEJ). Las construcciones designadas ARNqui(+n) indican que hasta el nucleótido +n de ARNtracr de tipo natural se incluye en la construcción de ARN quimérico, con valores de 48, 54, 67 y 85 usados para n. Los ARN quiméricos que contienen fragmentos mayores de ARNtracr de tipo natural (ARNqui (+67) y ARNqui (+85)) mediaron la escisión de ADN en los tres sitios objetivo de EMX1, demostrando ARNqui (+85) en particular niveles significativamente mayores de escisión de ADN que los
10 correspondientes híbridos ARNcr/ARNtracr que expresaron secuencias guía y tracr en transcritos separados (Figuras 16b y 17a). También se fijaron como objetivo dos sitios en el sitio PVALB que no proporcionaron escisión detectable usando el sistema híbrido (secuencia guía y secuencia tracr expresadas como transcritos separados) usando ARNquis. ARNqui(+67) y ARNqui(+85) fueron capaces de mediar escisión significativa en los dos protoespaciadores PVALB (Figuras 16c y 17b).
15 Para los cinco objetivos en los EMX1 y PVALB, se observó un incremento consistente en la eficacia de modificación del genoma con longitud creciente de la secuencia tracr. Sin desear estar limitados por ninguna teoría, la estructura secundaria formada por el extremo 3' de la ARNtracr puede desempeñar una función en la activación de la tasa de formación de complejo CRISPR.
Ejemplo 5: Diversidad de Cas9
20 El sistema CRISPR-Cas es un mecanismo inmunitario adaptativo contra ADN exógeno invasor empleado por varias especies de bacterias y arqueas. El sistema CRISPR-Cas9 de tipo II está constituido por un conjunto de genes que codifican proteínas causantes de la "adquisición" de ADN foráneo en el sitio de CRISPR, así como también por un conjunto de genes que codifican la "ejecución" del mecanismo de escisión del ADN; estos incluyen la ADN nucleasa (Cas9), un ARNcr transactivante no codificante (ARNtracr) y una serie de espaciadores derivados del ADN foráneo
25 flanqueados por repeticiones directas (ARNcr). Tras la maduración mediante Cas9, la estructura dúplex ARNtracr y ARNcr guía a la nucleasa Cas9 a una secuencia de ADN objetivo especificada por las secuencias guía espaciadoras y media en la doble rotura de cadena en el ADN cerca de un motivo con una secuencia corta en el ADN diana que se requiere para la escisión y que es específica de cada sistema CRISPR-Cas. Los sistemas de CRISPR-Cas de tipo II se hallan repartidos por todo el reino bacteriano y son sumamente diversos en la secuencia y tamaño de la
30 proteína Cas9, secuencia de repeticiones directas de ARNcr y ARNtracr, organización genómica de estos elementos y requisitos del motivo de la escisión diana. Otras especies podrán tener múltiples sistemas CRISPR-Cas diferentes.
Los solicitantes evaluaron 207 Cas9s putativas procedentes de especies bacterianas identificadas en función de la homología secuencial con Cas9s conocidas y estructuras ortólogas a subdominios conocidos, incluidos el dominio de la endonucleasa HNH y los dominios de la endonucleasa RuvC [información procedente de Eugene Koonin y Kira
35 Makarova]. Los análisis filogenéticos en función de la conservación de la secuencia proteica de este conjunto reveló cinco familias de Cas9s, incluidos tres grupos de Cas9s grandes (~1400 aminoácidos) y dos de Cas9s pequeñas (~1100 aminoácidos) (remítase a las Figuras 19 y 20A-F).
Ejemplo 6: Ortólogos de Cas9
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[00630] Los solicitantes analizaron ortólogos de Cas9 para identificar las secuencias PAM relevantes y el ARN guía quimérico correspondiente. Tener un conjunto expandido de PAM proporciona la posibilidad de tener más objetivos a lo largo del genoma y también incrementa significativamente el número de sitios objetivo únicos y proporciona la posibilidad de identificar Cas9s novedosas con mayores niveles de especificidad en el genoma.
La especificidad de los ortólogos de Cas9 se puede evaluar estudiando la capacidad de cada Cas9 de tolerar emparejamientos erróneos entre el ARN guía y su ADN objetivo. Por ejemplo, se ha caracterizado la especificidad de SpCas9 estudiando el efecto de mutaciones del ARN guía en la eficacia de escisión. Se obtuvieron colecciones de ARN guía con emparejamientos erróneos únicos o múltiples entre la secuencia guía y el ADN objetivo. En función de estas observaciones, se pueden seleccionar los sitios objetivo de SpCas9 en función de las siguientes directrices:
Para maximizar la especificidad de SpCas9 para editar un gen particular, se debería escoger un sitio objetivo dentro del sitio de interés de modo que las secuencias genómicas "fuera del objetivo" potenciales cumplieran los siguientes cuatro requisitos: En primer lugar, y sobre todo, no deben estar seguidas por una PAM con secuencias 5’-NGG o NAG. En segundo lugar, su similaridad secuencial global respecto a la secuencia diana deberá minimizarse. En tercer lugar, un número máximo de emparejamientos erróneos debería situarse dentro de la región próxima a PAM del sitio fuera del objetivo. Finalmente, un número máximo de emparejamientos erróneos deberán ser consecutivos
o estar separados por menos de cuatro bases.
Se pueden utilizar métodos similares para evaluar la especificidad de otros ortólogos de Cas9 y para establecer el criterio para la selección de sitios diana específicos dentro de los genomas de especies objetivo. Como se ha mencionado anteriormente, los análisis filogenéticos en función de la conservación de la secuencia proteica de este conjunto reveló cinco familias de Cas9s, incluidos tres grupos de Cas9s grandes (~1400 aminoácidos) y dos de Cas9s pequeñas (~1100 aminoácidos) (remítase a las Figs. 19 y 20A-F).
Ejemplo 7: Ingeniería de plantas (microalgas) utilizando Cas9 para tener como objetivo genes de plantas y manipularlos
Métodos de suministro de Cas9
Método 1: Los solicitantes suministran Cas9 y un ARN guía utilizando un vector que exprese Cas9 controlado por un promotor constitutivo tal como Hsp70A-Rbc S2 o Beta2-tubulina.
Método 2: Los solicitantes suministran Cas9 y una polimerasa T7 utilizando vectores que expresen Cas9 y la polimerasa T7 controlados por un promotor constitutivo tal como Hsp70A-Rbc S2 o Beta2-tubulina. Los ARN guía se suministrarán utilizando un vector que contenga el promotor T7 que impulsa el ARN guía.
Método 3: Los solicitantes suministran ARNm de Cas9 y ARN guía transcrito in vitro a células de algas. El ARN se puede transcribir in vitro. El ARNm de Cas9 estará constituido por la región codificante de Cas9 así como también la UTR 3' de Cop1 para garantizar la estabilización del ARNm de Cas9.
Para la recombinación homóloga, los solicitantes proporcionan una plantilla de reparación dirigida por homología adicional.
Secuencia para un casete que impulse la expresión de Cas9 controlada por el promotor de la beta-2 tubulina, seguido por la UTR 3' de Cop1.
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Secuencia para un casete que impulse la expresión de la polimerasa T7 controlada por el promotor de la beta-2 tubulina, seguido por la UTR 3' de Cop1:
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Secuencia de ARN guía impulsada por el promotor T7 (promotor T7, Ns que representa la secuencia de direccionamiento):
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Suministro de genes:
Se utilizarán para la electroporación las cepas CC-124 y CC-125 de Chlamydomonas reinhardtii del Centro de Recursos de Chlamydomonas. El protocolo de electroporación sigue el protocolo estándar recomendado por el kit 5 de ingeniería de Chlamydomonas de GeneArt.
Asimismo, los solicitantes generan una línea de Chlamydomonas reinhardtii que expresa Cas9 constitutivamente. Esto se puede realizar utilizando pChlamy1 (linealizada utilizando PvuI) y seleccionando las colonias resistentes a higromicina. A continuación se muestra la secuencia de pChlamy1 que contiene Cas9. De esta manera, para lograr genes inactivados únicamente se necesita suministrar el ARN para el ARNguía. Para la recombinación homóloga los
10 solicitantes suministran ARNguía así como también una plantilla de recombinación homóloga linealizada.
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Para todas las células de Chlamydomonas reinhardtii modificadas, los solicitantes utilizan PCR, el ensayo con nucleasa SURVEYOR y la secuenciación de ADN para verificar el éxito en la modificación.
Aunque se han presentado realizaciones preferidas de la presente invención y se han descrito en la presente
5 memoria, será evidente para los expertos en la materia que tales realizaciones se proporcionan como ejemplo solamente. Ahora tendrán lugar numerosas variaciones, cambios y sustituciones para los expertos en la materia sin apartarse de la invención. Se debería entender que se pueden emplear diversas alternativas a las realizaciones de la invención descritas en la presente memoria en la práctica de la invención.
10 REFERENCIAS
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1. Urnov, F.D., Rebar, E.J., Holmes, M.C., Zhang, H.S. & Gregory, P.D. Genome editing with engineered zinc finger nucleases. Nat. Rev. Genet. 11, 636-646 (2010).
2.
Bogdanove, A.J. & Voytas, D.F. TAL effectors: customizable proteins for DNA targeting. Science 333, 1843-1846 5 (2011).
3.
Stoddard, B.L. Homing endonuclease structure and function. Q. Rev. Biophys. 38, 49-95 (2005).
4.
Bae, T. & Schneewind, O. Allelic replacement in Staphylococcus aureus with inducible counter-selection. Plasmid 55, 58-63 (2006).
5.
Sung, C.K., Li, H., Claverys, J.P. & Morrison, D.A. An rpsL cassette, janus, for gene replacement through negative 10 selection in Streptococcus pneumoniae. Appl. Environ. Microbiol. 67, 5190-5196 (2001).
6.
Sharan, S.K., Thomason, L.C., Kuznetsov, S.G. & Court, D.L. Recombineering: a homologous recombinationbased method of genetic engineering. Nat. Protoc. 4, 206-223 (2009).
7.
Jinek, M. et al. A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity. Science 337, 816-821 (2012).
15 8. Deveau, H., Garneau, J.E. & Moineau, S. CRISPR/Cas system and its role in phage-bacteria interactions. Annu. Rev. Microbiol. 64, 475-493 (2010).
9.
Horvath, P. & Barrangou, R. CRISPR/Cas, the immune system of bacteria and archaea. Science 327, 167-170 (2010).
10.
Terns, M.P. & Terns, R.M. CRISPR-based adaptive immune systems. Curr. Opin. Microbiol. 14, 321-327 (2011).
20 11. van der Oost, J., Jore, M.M., Westra, E.R., Lundgren, M. & Brouns, S.J. CRISPR-based adaptive and heritable immunity in prokaryotes. Trends. Biochem. Sci. 34, 401-407 (2009).
12.
Brouns, S.J. et al. Small CRISPR RNAs guide antiviral defense in prokaryotes. Science 321, 960-964 (2008).
13.
Carte, J., Wang, R., Li, H., Terns, R.M. & Terns, M.P. Cas6 is an endoribonuclease that generates guide RNAs for invader defense in prokaryotes. Genes Dev. 22, 3489-3496 (2008).
25 14. Deltcheva, E. et al. CRISPR RNA maturation by trans-encoded small RNA and host factor RNase III. Nature 471, 602-607 (2011).
15. Hatoum-Aslan, A., Maniv, I. & Marraffini, L.A. Mature clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats RNA (crRNA) length is measured by a ruler mechanism anchored at the precursor processing site. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108, 21218-21222 (2011).
30 16. Haurwitz, R.E., Jinek, M., Wiedenheft, B., Zhou, K. & Doudna, J.A. Sequence-and structure-specific RNA processing by a CRISPR endonuclease. Science 329, 1355-1358 (2010).
17. Deveau, H. et al. Phage response to CRISPR-encoded resistance in Streptococcus thermophilus. J. Bacteriol. 190, 1390-1400 (2008).
18.
Gasiunas, G., Barrangou, R., Horvath, P. & Siksnys, V. Cas9-crRNA ribonucleoprotein complex mediates specific 35 DNA cleavage for adaptive immunity in bacteria. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2012).
19.
Makarova, K.S., Aravind, L., Wolf, Y.I. & Koonin, E.V. Unification of Cas protein families and a simple scenario for the origin and evolution of CRISPR-Cas systems. Biol. Direct. 6, 38 (2011).
20.
Barrangou, R. RNA-mediated programmable DNA cleavage. Nat. Biotechnol. 30, 836-838 (2012).
21.
Brouns, S.J. Molecular biology. A Swiss army knife of immunity. Science 337, 808-809 (2012). 40 22. Carroll, D. A CRISPR Approach to Gene Targeting. Mol. Ther. 20, 1658-1660 (2012).
23.
Bikard, D., Hatoum-Aslan, A., Mucida, D. & Marraffini, L.A. CRISPR interference can prevent natural transformation and virulence acquisition during in vivo bacterial infection. Cell Host Microbe 12, 177-186 (2012).
24.
Sapranauskas, R. et al. The Streptococcus thermophilus CRISPR/Cas system provides immunity in Escherichia coli. Nucleic Acids Res. (2011).
45 25. Semenova, E. et al. Interference by clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) RNA is governed by a seed sequence. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2011).
imagen402
26. Wiedenheft, B. et al. RNA-guided complex from a bacterial immune system enhances target recognition through seed sequence interactions. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2011).
27. Zahner, D. & Hakenbeck, R. The Streptococcus pneumoniae beta-galactosidase is a surface protein. J. Bacteriol. 5 182, 5919-5921 (2000).
28.
Marraffini, L.A., Dedent, A.C. & Schneewind, O. Sortases and the art of anchoring proteins to the envelopes of gram-positive bacteria. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 70, 192-221 (2006).
29.
Motamedi, M.R., Szigety, S.K. & Rosenberg, S.M. Double-strand-break repair recombination in Escherichia coli: physical evidence for a DNA replication mechanism in vivo. Genes Dev. 13, 2889-2903 (1999).
10 30. Hosaka, T. et al. The novel mutation K87E in ribosomal protein S12 enhances protein synthesis activity during the late growth phase in Escherichia coli. Mol. Genet. Genomics 271, 317-324 (2004).
31. Costantino, N. & Court, D.L. Enhanced levels of lambda Red-mediated recombinants in mismatch repair mutants. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100, 15748-15753 (2003).
32. Edgar, R. & Qimron, U. The Escherichia coli CRISPR system protects from lambda lysogenization, lysogens, and 15 prophage induction. J. Bacteriol. 192, 6291-6294 (2010).
33.
Marraffini, L.A. & Sontheimer, E.J. Self versus non-self discrimination during CRISPR RNA-directed immunity. Nature 463, 568-571 (2010).
34.
Fischer, S. et al. An archaeal immune system can detect multiple Protospacer Adjacent Motifs (PAMs) to target invader DNA. J. Biol. Chem. 287, 33351-33363 (2012).
20 35. Gudbergsdottir, S. et al. Dynamic properties of the Sulfolobus CRISPR/Cas and CRISPR/Cmr systems when challenged with vector-borne viral and plasmid genes and protospacers. Mol. Microbiol. 79, 35-49 (2011).
36.
Wang, H.H. et al. Genome-scale promoter engineering by coselection MAGE. Nat Methods 9, 591-593 (2012).
37.
Cong, L. et al. Multiplex Genome Engineering Using CRISPR/Cas Systems. Science In press (2013).
38.
Mali, P. et al. RNA-Guided Human Genome Engineering via Cas9. Science In press (2013).
25 39. Hoskins, J. et al. Genome of the bacterium Streptococcus pneumoniae strain R6. J. Bacteriol. 183, 5709-5717 (2001).
40. Havarstein, L.S., Coomaraswamy, G. & Morrison, D.A. An unmodified heptadecapeptide pheromone induces competence for genetic transformation in Streptococcus pneumoniae. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 11140-11144 (1995).
30 41. Horinouchi, S. & Weisblum, B. Nucleotide sequence and functional map of pC194, a plasmid that specifies inducible chloramphenicol resistance. J. Bacteriol. 150, 815-825 (1982).
42. Horton, R.M. In Vitro Recombination and Mutagenesis of DNA : SOEing Together Tailor-Made Genes. Methods Mol. Biol. 15, 251-261 (1993).
43. Podbielski, A., Spellerberg, B., Woischnik, M., Pohl, B. & Lutticken, R. Novel series of plasmid vectors for gene 35 inactivation and expression analysis in group A streptococci (GAS). Gene 177, 137-147 (1996).
44.
Husmann, L.K., Scott, J.R., Lindahl, G. & Stenberg, L. Expression of the Arp protein, a member of the M protein family, is not sufficient to inhibit phagocytosis of Streptococcus pyogenes. Infection and immunity 63, 345-348 (1995).
45.
Gibson, D.G. et al. Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases. Nat Methods 6, 343345 (2009).
40 46. Garneau J. E. et al. The CRISPR/Cas bacterial immune system cleaves bacteriophage and plasmid DNA. Nature 468,67-71 (04 November 2010)
47. Barrangou R. et al. CRISPR provides acquired resistance against viruses in prokaryotes. Science. 2007 Mar 23;315(5819):1709-12.
48. Ishino Y. et al. Nucleotide sequence of the iap gene, responsible for alkaline phosphatase isozyme conversion in 45 Escherichia coli, and identification of the gene product. J Bacteriol. 1987 Dec;169(12):5429-33.
49.
Mojica F. J. M et al. Biological significance of a family of regularly spaced repeats in the genomes of Archaea,
Bacteria and mitochondria. Molecular Microbiology (2000) 36(1), 244-246.
50.
Jansen R. et al. Identification of genes that are associated with DNA repeats in prokaryotes. Molecular Microbiology (2002) 43(6), 1565-1575.
imagen403

Claims (11)

  1. imagen1
    REIVINDICACIONES
    1. Un sistema vector asociado a CRISPR -Repeticiones Palindrómicas Cortas Agrupadas y Regularmente Interespaciadas (CRISPR) (Cas) (CRISPR-Cas) que no se encuentran en la naturaleza, de ingeniería, que comprende uno o más vectores que comprenden:
    5 a) un primer elemento regulador unido de manera operable a una o más secuencias de nucleótidos que codifican uno o más ARN guía del sistema CRISPR-Cas que se hibridan con secuencias objetivo en los sitios de los polinucleótidos en una célula eucariota, donde el ARN guía comprende una secuencia guía, una secuencia tracr y una secuencia de emparejamiento tracr,
    b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una secuencia de nucleótidos que codifica una 10 proteína Cas9 de Tipo II, comprendiendo dicha proteína una secuencia de localización nuclear (NLS);
    en el que los componentes (a) y (b) están situados en los mismos vectores o diferentes vectores del sistema,
    en el que la secuencia tracr tiene una longitud de 30 o más nucleótidos, y
    según lo cual uno o más ARN guía fijan como objetivo los sitios de los polinucleótidos en una célula eucariota y la proteína Cas9 escinde los sitios de los polinucleótidos, según lo cual se modifica la secuencia de los sitios de los 15 polinucleótidos; y en el que la proteína Cas9 y uno o más ARN guía no se encuentran juntos en la naturaleza.
  2. 2. Un sistema vector CRISPR-Cas de Tipo II, que no se encuentra en la naturaleza, de ingeniería, según la reivindicación 1,
    en el que la proteína Cas9 comprende una o más mutaciones en un dominio catalítico, de modo que la proteína Cas9 mutada carece de la capacidad para escindir una hebra de los sitios del polinucleótido y es una nickasa.
    20 3. El sistema de la reivindicación 1 o 2, en el que los vectores son vectores víricos.
  3. 4.
    El sistema de la reivindicación 3, en el que los vectores víricos son vectores víricos retrovíricos, lentivíricos, adenovíricos, adenoasociados o de herpes simple.
  4. 5.
    El sistema de cualquiera de las reivindicaciones 2-4, en el que la proteína Cas9 comprende una o más mutaciones en los dominios catalíticos RuvC I, RuvC II o RuvC III.
    25 6. El sistema de cualquiera de las reivindicaciones 2-4, en el que la proteína Cas9 comprende una mutación seleccionada del grupo que consiste en D10A, H840A, N854A y N863A con referencia a la numeración de la posición de una proteína Cas9 de Streptococcus pyogenes (SpCas9).
  5. 7. El sistema de cualquier reivindicación precedente, en el que el ARN guía es un ARN quimérico que comprende la secuencia guía, la secuencia tracr y una secuencia de emparejamiento tracr.
    30 8. El sistema de la reivindicación 7, en el que la hibridación entre la secuencia tracr y la secuencia de emparejamiento tracr produce un transcrito que tiene una estructura secundaria.
  6. 9.
    El sistema de la reivindicación 8, en el que la estructura secundaria es una horquilla.
  7. 10.
    El sistema de cualquier reivindicación precedente, en el que la célula eucariota es una célula de mamífero o una célula humana.
    35 11. El sistema de cualquier reivindicación precedente, en el que la proteína Cas9 es codón-optimizada para la expresión en una célula eucariota.
  8. 12. El sistema de cualquier reivindicación precedente, en el que se inserta una plantilla de reparación en los sitios del polinucleótido escindidos.
  9. 13. El uso del sistema de cualquiera de las reivindicaciones 1-12: 40 a) para una inactivación génica específica del sitio;
    60
    imagen2
    b) para una edición genómica específica del sitio;
    c) para una interferencia específica de la secuencia de ADN; o
    d) para una ingeniería del genoma multiplexada;
    siempre que el uso no comprenda un proceso para modificar la identidad genética de la línea germinal de seres 5 humanos; y
    en el que el uso i) es in vitro o ex vivo; o ii) no es un método para el tratamiento del cuerpo humano o animal mediante terapia.
  10. 14. El uso de la reivindicación 13 en el que el uso comprende además reparar dicho polinucleótido fijado como objetivo escindido mediante recombinación homóloga con un polinucleótido de plantilla exógeno, en el que dicha
    10 reparación da como resultado una mutación que comprende una inserción, supresión o sustitución de uno o más nucleótidos de dicho polinucleótido objetivo.
  11. 15. El uso del sistema de cualquiera de las reivindicaciones 1-12 en la producción de un animal no humano transgénico o una planta transgénica, siempre que el uso no sea un método para el tratamiento del cuerpo animal mediante terapia.
    15
    61
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Families Citing this family (1525)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US11859168B2 (en) * 2007-05-29 2024-01-02 Christopher B. REID Electroporation, developmentally-activated cells, pluripotent-like cells, cell reprogramming and regenerative medicine
EP2449112A1 (en) 2009-07-01 2012-05-09 Transposagen Biopharmaceuticals, Inc. Genetically modified rat models for severe combined immunodeficiency (scid)
US9719068B2 (en) 2010-05-06 2017-08-01 Children's Hospital Medical Center Methods and systems for converting precursor cells into intestinal tissues through directed differentiation
CA2800534C (en) 2010-06-11 2019-01-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Production of fertile xy female animals from xy es cells
US11844720B2 (en) 2011-02-04 2023-12-19 Seed Health, Inc. Method and system to reduce the likelihood of dental caries and halitosis
US11951140B2 (en) 2011-02-04 2024-04-09 Seed Health, Inc. Modulation of an individual's gut microbiome to address osteoporosis and bone disease
US10314865B2 (en) 2011-02-04 2019-06-11 Katherine Rose Kovarik Method and system for treating cancer and other age-related diseases by extending the healthspan of a human
US11998479B2 (en) 2011-02-04 2024-06-04 Seed Health, Inc. Method and system for addressing adverse effects on the oral microbiome and restoring gingival health caused by sodium lauryl sulphate exposure
US12257272B2 (en) 2015-12-24 2025-03-25 Seed Health, Inc. Method and system for reducing the likelihood of developing depression in an individual
US9730967B2 (en) 2011-02-04 2017-08-15 Katherine Rose Kovarik Method and system for treating cancer cachexia
US11419903B2 (en) 2015-11-30 2022-08-23 Seed Health, Inc. Method and system for reducing the likelihood of osteoporosis
US12279989B2 (en) 2011-02-04 2025-04-22 Seed Health, Inc. Method and system for increasing beneficial bacteria and decreasing pathogenic bacteria in the oral cavity
US12533312B2 (en) 2011-02-04 2026-01-27 Seed Health, Inc. Method and system for preventing sore throat in humans
US11951139B2 (en) 2015-11-30 2024-04-09 Seed Health, Inc. Method and system for reducing the likelihood of osteoporosis
US11273187B2 (en) 2015-11-30 2022-03-15 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of developing depression in an individual
US10583033B2 (en) 2011-02-04 2020-03-10 Katherine Rose Kovarik Method and system for reducing the likelihood of a porphyromonas gingivalis infection in a human being
US10512661B2 (en) 2011-02-04 2019-12-24 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of developing liver cancer in an individual diagnosed with non-alcoholic fatty liver disease
US11191665B2 (en) 2011-02-04 2021-12-07 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of a porphyromonas gingivalis infection in a human being
US10842834B2 (en) 2016-01-06 2020-11-24 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of developing liver cancer in an individual diagnosed with non-alcoholic fatty liver disease
US9528124B2 (en) 2013-08-27 2016-12-27 Recombinetics, Inc. Efficient non-meiotic allele introgression
US10920242B2 (en) 2011-02-25 2021-02-16 Recombinetics, Inc. Non-meiotic allele introgression
BR112013024337A2 (pt) 2011-03-23 2017-09-26 Du Pont locus de traço transgênico complexo em uma planta, planta ou semente, método para produzir em uma planta um locus de traço transgênico complexo e construto de expressão
EP2734621B1 (en) 2011-07-22 2019-09-04 President and Fellows of Harvard College Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity
EP3604555B1 (en) 2011-10-14 2024-12-25 President and Fellows of Harvard College Sequencing by structure assembly
RU2656156C2 (ru) 2011-10-17 2018-05-31 Массачусетс Инститьют Оф Текнолоджи Внутриклеточная доставка
IN2014MN00974A (es) 2011-12-16 2015-04-24 Targetgene Biotechnologies Ltd
WO2014163886A1 (en) 2013-03-12 2014-10-09 President And Fellows Of Harvard College Method of generating a three-dimensional nucleic acid containing matrix
ES2991004T3 (es) 2011-12-22 2024-12-02 Harvard College Métodos para la detección de analitos
GB201122458D0 (en) 2011-12-30 2012-02-08 Univ Wageningen Modified cascade ribonucleoproteins and uses thereof
EP2825663B1 (en) 2012-03-13 2019-08-07 Board of Trustees of the University of Arkansas Separatome-based protein expression and purification platform
US9637739B2 (en) 2012-03-20 2017-05-02 Vilnius University RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex
CN104364380B (zh) 2012-04-25 2018-10-09 瑞泽恩制药公司 核酸酶介导的使用大靶向载体的靶向
EP3597741A1 (en) 2012-04-27 2020-01-22 Duke University Genetic correction of mutated genes
PL4289948T3 (pl) 2012-05-25 2025-06-02 The Regents Of The University Of California Sposoby i kompozycje do modyfikacji kierowanego na rna docelowego dna i do nakierowanej na rna modulacji transkrypcji
EP2861737B1 (en) 2012-06-19 2019-04-17 Regents Of The University Of Minnesota Gene targeting in plants using dna viruses
US10648001B2 (en) 2012-07-11 2020-05-12 Sangamo Therapeutics, Inc. Method of treating mucopolysaccharidosis type I or II
HUE051612T2 (hu) 2012-07-11 2021-03-01 Sangamo Therapeutics Inc Eljárások és készítmények lizoszomális tárolási betegségek kezelésére
KR20230065381A (ko) * 2012-07-25 2023-05-11 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 유도 ｄｎａ 결합 단백질 및 게놈 교란 도구 및 이의 적용
EP2912175B1 (en) 2012-10-23 2018-08-22 Toolgen Incorporated Composition for cleaving a target dna comprising a guide rna specific for the target dna and cas protein-encoding nucleic acid or cas protein, and use thereof
WO2014066830A1 (en) * 2012-10-25 2014-05-01 Department Of Veterans Affairs Composition and methods for the prevention and treatment of diet-induced obesity
CN105142669B (zh) 2012-12-06 2018-07-03 西格马-奥尔德里奇有限责任公司 基于crispr的基因组修饰和调控
US8697359B1 (en) 2012-12-12 2014-04-15 The Broad Institute, Inc. CRISPR-Cas systems and methods for altering expression of gene products
PL2784162T3 (pl) 2012-12-12 2016-01-29 Broad Inst Inc Opracowanie systemów, metod oraz zoptymalizowanych kompozycji przewodnikowych do manipulacji sekwencyjnej
WO2014093701A1 (en) 2012-12-12 2014-06-19 The Broad Institute, Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions, methods, knock out libraries and applications thereof
CN105121648B (zh) * 2012-12-12 2021-05-07 布罗德研究所有限公司 用于序列操纵的系统、方法和优化的指导组合物的工程化
EP3434776A1 (en) 2012-12-12 2019-01-30 The Broad Institute, Inc. Methods, models, systems, and apparatus for identifying target sequences for cas enzymes or crispr-cas systems for target sequences and conveying results thereof
PT2898075E (pt) 2012-12-12 2016-06-16 Harvard College Manipulação e otimização de sistemas, métodos e composições de enzima melhorados para manipulação de sequências
WO2014093655A2 (en) 2012-12-12 2014-06-19 The Broad Institute, Inc. Engineering and optimization of systems, methods and compositions for sequence manipulation with functional domains
CN105658796B (zh) 2012-12-12 2021-10-26 布罗德研究所有限公司 用于序列操纵的crispr-cas组分系统、方法以及组合物
WO2014093622A2 (en) 2012-12-12 2014-06-19 The Broad Institute, Inc. Delivery, engineering and optimization of systems, methods and compositions for sequence manipulation and therapeutic applications
EP4282970A3 (en) 2012-12-17 2024-01-17 President and Fellows of Harvard College Rna-guided human genome engineering
AU2014207618A1 (en) 2013-01-16 2015-08-06 Emory University Cas9-nucleic acid complexes and uses related thereto
EP2963113B1 (en) * 2013-02-14 2019-11-06 Osaka University Method for isolating specific genomic region using molecule binding specifically to endogenous dna sequence
AU2014218931C1 (en) 2013-02-20 2020-05-14 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Genetic modification of rats
US20160138027A1 (en) * 2013-03-14 2016-05-19 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Treatment of diseases and conditions associated with dysregulation of mammalian target of rapamycin complex 1 (mtorc1)
KR20170108172A (ko) 2013-03-14 2017-09-26 카리부 바이오사이언시스 인코포레이티드 핵산-표적화 핵산의 조성물 및 방법
IL289396B2 (en) 2013-03-15 2023-12-01 The General Hospital Coporation Using truncated guide rnas (tru-grnas) to increase specificity for rna-guided genome editing
US20140273230A1 (en) * 2013-03-15 2014-09-18 Sigma-Aldrich Co., Llc Crispr-based genome modification and regulation
EP2970997A1 (en) * 2013-03-15 2016-01-20 Regents of the University of Minnesota Engineering plant genomes using crispr/cas systems
US9234213B2 (en) 2013-03-15 2016-01-12 System Biosciences, Llc Compositions and methods directed to CRISPR/Cas genomic engineering systems
US9957515B2 (en) 2013-03-15 2018-05-01 Cibus Us Llc Methods and compositions for targeted gene modification
US10760064B2 (en) 2013-03-15 2020-09-01 The General Hospital Corporation RNA-guided targeting of genetic and epigenomic regulatory proteins to specific genomic loci
US9828582B2 (en) 2013-03-19 2017-11-28 Duke University Compositions and methods for the induction and tuning of gene expression
JP2016522679A (ja) 2013-04-04 2016-08-04 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を用いたゲノム編集の治療的使用
CA2908697C (en) 2013-04-16 2023-12-12 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Targeted modification of rat genome
US20160186208A1 (en) * 2013-04-16 2016-06-30 Whitehead Institute For Biomedical Research Methods of Mutating, Modifying or Modulating Nucleic Acid in a Cell or Nonhuman Mammal
CN116083487A (zh) 2013-05-15 2023-05-09 桑格摩生物治疗股份有限公司 用于治疗遗传病状的方法和组合物
WO2014186686A2 (en) * 2013-05-17 2014-11-20 Two Blades Foundation Targeted mutagenesis and genome engineering in plants using rna-guided cas nucleases
US20140349405A1 (en) 2013-05-22 2014-11-27 Wisconsin Alumni Research Foundation Rna-directed dna cleavage and gene editing by cas9 enzyme from neisseria meningitidis
WO2014194190A1 (en) 2013-05-30 2014-12-04 The Penn State Research Foundation Gene targeting and genetic modification of plants via rna-guided genome editing
MY197877A (en) * 2013-06-04 2023-07-22 Harvard College Rna-guided transcriptional regulation
US20140356956A1 (en) 2013-06-04 2014-12-04 President And Fellows Of Harvard College RNA-Guided Transcriptional Regulation
KR102307280B1 (ko) * 2013-06-05 2021-10-01 듀크 유니버시티 Rna-가이드 유전자 편집 및 유전자 조절
US9982277B2 (en) 2013-06-11 2018-05-29 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for target DNA modification
EP3597755A1 (en) * 2013-06-17 2020-01-22 The Broad Institute, Inc. Delivery, use and therapeutic applications of the crispr-cas systems and compositions for targeting disorders and diseases using viral components
CA2915837A1 (en) 2013-06-17 2014-12-24 The Broad Institute, Inc. Optimized crispr-cas double nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation
EP3011033B1 (en) 2013-06-17 2020-02-19 The Broad Institute, Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions methods, screens and applications thereof
KR20240172759A (ko) 2013-06-17 2024-12-10 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 간의 표적화 및 치료를 위한 ＣＲＩＳＰＲ­Ｃａｓ 시스템, 벡터 및 조성물의 전달 및 용도
EP3674411A1 (en) 2013-06-17 2020-07-01 The Broad Institute, Inc. Delivery, engineering and optimization of tandem guide systems, methods and compositions for sequence manipulation
US10011850B2 (en) 2013-06-21 2018-07-03 The General Hospital Corporation Using RNA-guided FokI Nucleases (RFNs) to increase specificity for RNA-Guided Genome Editing
EP3019595A4 (en) 2013-07-09 2016-11-30 THERAPEUTIC USES OF A GENERIC CHANGE WITH CRISPR / CAS SYSTEMS
AU2014287397B2 (en) 2013-07-10 2019-10-10 President And Fellows Of Harvard College Orthogonal Cas9 proteins for RNA-guided gene regulation and editing
US9663782B2 (en) 2013-07-19 2017-05-30 Larix Bioscience Llc Methods and compositions for producing double allele knock outs
US11060083B2 (en) 2013-07-19 2021-07-13 Larix Bioscience Llc Methods and compositions for producing double allele knock outs
US11306328B2 (en) 2013-07-26 2022-04-19 President And Fellows Of Harvard College Genome engineering
US9163284B2 (en) 2013-08-09 2015-10-20 President And Fellows Of Harvard College Methods for identifying a target site of a Cas9 nuclease
KR102304167B1 (ko) 2013-08-16 2021-09-24 메사추세츠 인스티튜트 오브 테크놀로지 세포로의 선택적 물질 전달
US9359599B2 (en) 2013-08-22 2016-06-07 President And Fellows Of Harvard College Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof
MX363842B (es) 2013-08-22 2019-04-05 Du Pont Métodos para producir modificaciones genéticas en un genoma vegetal sin incorporar un marcador transgénico seleccionable, y composiciones de éstas.
CA2920899C (en) 2013-08-28 2023-02-28 Sangamo Biosciences, Inc. Compositions for linking dna-binding domains and cleavage domains
WO2015033343A1 (en) 2013-09-03 2015-03-12 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Ltd. Compositions and methods for expressing recombinant polypeptides
US9340800B2 (en) 2013-09-06 2016-05-17 President And Fellows Of Harvard College Extended DNA-sensing GRNAS
US9526784B2 (en) 2013-09-06 2016-12-27 President And Fellows Of Harvard College Delivery system for functional nucleases
US9322037B2 (en) 2013-09-06 2016-04-26 President And Fellows Of Harvard College Cas9-FokI fusion proteins and uses thereof
CA2924650C (en) 2013-09-17 2019-10-22 Board Of Trustees Of The University Of Arkansas E. coli separatome-based protein expression and purification platform
EP3418379B1 (en) 2013-09-18 2020-12-09 Kymab Limited Methods, cells & organisms
US10822606B2 (en) * 2013-09-27 2020-11-03 The Regents Of The University Of California Optimized small guide RNAs and methods of use
CA2926078C (en) 2013-10-17 2021-11-16 Sangamo Biosciences, Inc. Delivery methods and compositions for nuclease-mediated genome engineering in hematopoietic stem cells
CN105899665B (zh) 2013-10-17 2019-10-22 桑格摩生物科学股份有限公司 用于核酸酶介导的基因组工程改造的递送方法和组合物
US10767156B2 (en) 2013-10-24 2020-09-08 Yeda Research And Development Co., Ltd. Polynucleotides encoding BREX system polypeptides and methods of using same
WO2015065964A1 (en) 2013-10-28 2015-05-07 The Broad Institute Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions, methods, screens and applications thereof
US10584358B2 (en) * 2013-10-30 2020-03-10 North Carolina State University Compositions and methods related to a type-II CRISPR-Cas system in Lactobacillus buchneri
JP2016536021A (ja) 2013-11-07 2016-11-24 エディタス・メディシン，インコーポレイテッド ＣＲＩＳＰＲ関連方法および支配ｇＲＮＡのある組成物
WO2015070062A1 (en) * 2013-11-07 2015-05-14 Massachusetts Institute Of Technology Cell-based genomic recorded accumulative memory
US10787684B2 (en) 2013-11-19 2020-09-29 President And Fellows Of Harvard College Large gene excision and insertion
US9074199B1 (en) 2013-11-19 2015-07-07 President And Fellows Of Harvard College Mutant Cas9 proteins
SG10201700961TA (en) 2013-12-11 2017-04-27 Regeneron Pharma Methods and compositions for the targeted modification of a genome
US20150165054A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 President And Fellows Of Harvard College Methods for correcting caspase-9 point mutations
US9994831B2 (en) * 2013-12-12 2018-06-12 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for modifying a single stranded target nucleic acid
WO2015089354A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 The Broad Institute Inc. Compositions and methods of use of crispr-cas systems in nucleotide repeat disorders
EP3653229A1 (en) 2013-12-12 2020-05-20 The Broad Institute, Inc. Delivery, use and therapeutic applications of the crispr-cas systems and compositions for genome editing
CN105899658B (zh) 2013-12-12 2020-02-18 布罗德研究所有限公司 针对hbv和病毒性疾病以及障碍的crispr-cas系统和组合物的递送、用途和治疗应用
EP3080271B1 (en) 2013-12-12 2020-02-12 The Broad Institute, Inc. Systems, methods and compositions for sequence manipulation with optimized functional crispr-cas systems
WO2015089364A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 The Broad Institute Inc. Crystal structure of a crispr-cas system, and uses thereof
EP3080260B1 (en) 2013-12-12 2019-03-06 The Broad Institute, Inc. Crispr-cas systems and methods for altering expression of gene products, structural information and inducible modular cas enzymes
EP3080259B1 (en) 2013-12-12 2023-02-01 The Broad Institute, Inc. Engineering of systems, methods and optimized guide compositions with new architectures for sequence manipulation
JP2017501149A (ja) 2013-12-12 2017-01-12 ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド 粒子送達構成成分を用いた障害及び疾患の標的化のためのｃｒｉｓｐｒ−ｃａｓ系及び組成物の送達、使用及び治療適用
JP2017505756A (ja) 2013-12-13 2017-02-23 ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション 可溶性高分子量（ｈｍｗ）タウ種およびその用途
CA2931684C (en) 2013-12-19 2024-02-20 Novartis Ag Human mesothelin chimeric antigen receptors and uses thereof
US11833177B2 (en) 2013-12-20 2023-12-05 Seed Health, Inc. Probiotic to enhance an individual's skin microbiome
US12005085B2 (en) 2013-12-20 2024-06-11 Seed Health, Inc. Probiotic method and composition for maintaining a healthy vaginal microbiome
US11980643B2 (en) 2013-12-20 2024-05-14 Seed Health, Inc. Method and system to modify an individual's gut-brain axis to provide neurocognitive protection
US12329783B2 (en) 2013-12-20 2025-06-17 Seed Health, Inc. Method and system to improve the health of a person's skin microbiome
US12246043B2 (en) 2013-12-20 2025-03-11 Seed Health, Inc. Topical application to treat acne vulgaris
US11826388B2 (en) 2013-12-20 2023-11-28 Seed Health, Inc. Topical application of Lactobacillus crispatus to ameliorate barrier damage and inflammation
SG11201605046YA (en) 2013-12-20 2016-07-28 Hutchinson Fred Cancer Res Tagged chimeric effector molecules and receptors thereof
US11969445B2 (en) 2013-12-20 2024-04-30 Seed Health, Inc. Probiotic composition and method for controlling excess weight, obesity, NAFLD and NASH
US11839632B2 (en) 2013-12-20 2023-12-12 Seed Health, Inc. Topical application of CRISPR-modified bacteria to treat acne vulgaris
US12318377B2 (en) 2013-12-20 2025-06-03 Seed Health, Inc. Method and system for reducing the likelihood of a porphyromonas gingivalis infection in a human being
US11998574B2 (en) 2013-12-20 2024-06-04 Seed Health, Inc. Method and system for modulating an individual's skin microbiome
US10188650B2 (en) 2014-01-03 2019-01-29 The Regents Of The University Of Michigan Treatment of neurological disorders
WO2015116686A1 (en) * 2014-01-29 2015-08-06 Agilent Technologies, Inc. Cas9-based isothermal method of detection of specific dna sequence
GB201401707D0 (en) * 2014-01-31 2014-03-19 Sec Dep For Health The Adeno-associated viral vectors
US20180142307A1 (en) * 2014-02-11 2018-05-24 California Institute Of Technology Recording and mapping lineage information and molecular events in individual cells
DE212015000061U1 (de) 2014-02-11 2017-09-03 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate CRISPR-ermöglichtes Multiplex Genom Engineering
US10287590B2 (en) * 2014-02-12 2019-05-14 Dna2.0, Inc. Methods for generating libraries with co-varying regions of polynuleotides for genome modification
KR20160130392A (ko) 2014-02-18 2016-11-11 듀크 유니버시티 바이러스 복제의 불활성화를 위한 조성물 및 그의 제조 및 사용 방법
WO2015131101A1 (en) 2014-02-27 2015-09-03 Monsanto Technology Llc Compositions and methods for site directed genomic modification
EP3110971B1 (en) 2014-02-27 2019-05-08 The Broad Institute Inc. T cell balance gene expression and methods of use thereof
SG11201609211VA (en) * 2014-03-05 2016-12-29 Nat Univ Corp Univ Kobe Genomic sequence modification method for specifically converting nucleic acid bases of targeted dna sequence, and molecular complex for use in same
EP3957735A1 (en) 2014-03-05 2022-02-23 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating usher syndrome and retinitis pigmentosa
US11339437B2 (en) 2014-03-10 2022-05-24 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating CEP290-associated disease
ES2745769T3 (es) 2014-03-10 2020-03-03 Editas Medicine Inc Procedimientos y composiciones relacionados con CRISPR/CAS para tratar la amaurosis congénita de Leber 10 (LCA10)
US11141493B2 (en) 2014-03-10 2021-10-12 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating CEP290-associated disease
AU2015229299A1 (en) * 2014-03-12 2016-09-22 Precision Biosciences, Inc. Dystrophin gene exon deletion using engineered nucleases
AU2015229095B2 (en) 2014-03-14 2022-01-27 Cibus Europe B.V. Methods and compositions for increasing efficiency of targeted gene modification using oligonucleotide-mediated gene repair
JP2017513818A (ja) 2014-03-15 2017-06-01 ノバルティス アーゲー キメラ抗原受容体を使用する癌の処置
US10323073B2 (en) 2014-03-20 2019-06-18 UNIVERSITé LAVAL CRISPR-based methods and products for increasing frataxin levels and uses thereof
WO2015148863A2 (en) * 2014-03-26 2015-10-01 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating sickle cell disease
US12460231B2 (en) 2014-04-02 2025-11-04 Editas Medicine, Inc. Crispr/CAS-related methods and compositions for treating primary open angle glaucoma
SI3888674T1 (sl) 2014-04-07 2024-08-30 Novartis Ag Zdravljenje raka z uporabo antigenskega himernega receptorja proti-CD19
WO2015155686A2 (en) 2014-04-08 2015-10-15 North Carolina State University Methods and compositions for rna-directed repression of transcription using crispr-associated genes
US20170175128A1 (en) * 2014-04-18 2017-06-22 Editas Medicine, Inc. Crispr-cas-related methods, compositions and components for cancer immunotherapy
JP2017521044A (ja) * 2014-04-22 2017-08-03 キュー−ステート バイオサイエンシーズ， インコーポレイテッドＱ−Ｓｔａｔｅ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｉｎｃ． 疼痛及び感覚障害のための化合物の分析
BR122023023211A2 (pt) 2014-04-28 2024-01-23 Recombinetics, Inc. Método de fazer edições de genes multiplex em uma célula de vertebrado ou de embrião primário não-humano
WO2015168404A1 (en) * 2014-04-30 2015-11-05 Massachusetts Institute Of Technology Toehold-gated guide rna for programmable cas9 circuitry with rna input
GB201407852D0 (en) 2014-05-02 2014-06-18 Iontas Ltd Preparation of libraries od protein variants expressed in eukaryotic cells and use for selecting binding molecules
AU2015259191B2 (en) 2014-05-13 2019-03-21 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for prevention or treatment of a disease
SG10201801654RA (en) 2014-05-28 2018-04-27 Childrens Hospital Med Ct Methods and systems for converting precursor cells into gastric tissues through directed differentiation
BR112016028023A2 (pt) 2014-05-30 2017-08-22 Univ Leland Stanford Junior Composições e métodos de administração de tratamentos para infecções virais latentes
EP3152319A4 (en) 2014-06-05 2017-12-27 Sangamo BioSciences, Inc. Methods and compositions for nuclease design
HUE049776T2 (hu) 2014-06-06 2020-10-28 Regeneron Pharma Módszerek és készítmények egy célzott lókusz módosítására
CA2951707A1 (en) 2014-06-10 2015-12-17 Massachusetts Institute Of Technology Method for gene editing
JP6779866B2 (ja) 2014-06-13 2020-11-04 チルドレンズ メディカル センター コーポレイション ミトコンドリアを単離するための製品および方法
EP3155101B1 (en) 2014-06-16 2020-01-29 The Johns Hopkins University Compositions and methods for the expression of crispr guide rnas using the h1 promoter
KR102425438B1 (ko) 2014-06-23 2022-07-27 더 제너럴 하스피탈 코포레이션 서열결정에 의해 평가된 DSB의 게놈 전체에 걸친 비편향된 확인 (GUIDE-Seq)
MX384887B (es) 2014-06-23 2025-03-14 Regeneron Pharma Ensamblaje de adn mediado por nucleasa.
EP3161128B1 (en) * 2014-06-26 2018-09-26 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for targeted genetic modifications and methods of use
WO2016004010A1 (en) * 2014-07-01 2016-01-07 Board Of Regents, The University Of Texas System Regulated gene expression from viral vectors
WO2016005985A2 (en) 2014-07-09 2016-01-14 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Ltd. Method for reprogramming cells
WO2016007347A1 (en) 2014-07-11 2016-01-14 E. I. Du Pont De Nemours And Company Compositions and methods for producing plants resistant to glyphosate herbicide
WO2016007839A1 (en) 2014-07-11 2016-01-14 President And Fellows Of Harvard College Methods for high-throughput labelling and detection of biological features in situ using microscopy
CA2954791C (en) * 2014-07-14 2025-11-18 The Regents Of The University Of California CRISPR/CAS TRANSCRIPTIONAL MODULATION
CN106572974B (zh) 2014-07-15 2021-04-23 生命技术公司 用于将分子有效递送到细胞的具有脂质聚集体的组合物和方法
US10174095B2 (en) 2014-07-21 2019-01-08 Novartis Ag Nucleic acid encoding a humanized anti-BCMA chimeric antigen receptor
SG10201913765YA (en) 2014-07-21 2020-03-30 Novartis Ag Treatment of cancer using a cd33 chimeric antigen receptor
EP3193915A1 (en) 2014-07-21 2017-07-26 Novartis AG Combinations of low, immune enhancing. doses of mtor inhibitors and cars
WO2016014553A1 (en) 2014-07-21 2016-01-28 Novartis Ag Sortase synthesized chimeric antigen receptors
US9757420B2 (en) 2014-07-25 2017-09-12 Sangamo Therapeutics, Inc. Gene editing for HIV gene therapy
US9816074B2 (en) 2014-07-25 2017-11-14 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for modulating nuclease-mediated genome engineering in hematopoietic stem cells
CA2956224A1 (en) 2014-07-30 2016-02-11 President And Fellows Of Harvard College Cas9 proteins including ligand-dependent inteins
WO2016019144A2 (en) 2014-07-30 2016-02-04 Sangamo Biosciences, Inc. Gene correction of scid-related genes in hematopoietic stem and progenitor cells
EP4205749A1 (en) 2014-07-31 2023-07-05 Novartis AG Subset-optimized chimeric antigen receptor-containing cells
WO2016022866A1 (en) * 2014-08-07 2016-02-11 Agilent Technologies, Inc. Cis-blocked guide rna
US11299732B2 (en) * 2014-08-07 2022-04-12 The Rockefeller University Compositions and methods for transcription-based CRISPR-Cas DNA editing
US10513711B2 (en) 2014-08-13 2019-12-24 Dupont Us Holding, Llc Genetic targeting in non-conventional yeast using an RNA-guided endonuclease
CN107429241B (zh) 2014-08-14 2025-10-24 百奥赛图(北京)医药科技股份有限公司 Dna敲入系统
AU2015301460B2 (en) 2014-08-14 2021-04-08 Novartis Ag Treatment of cancer using GFR alpha-4 chimeric antigen receptor
EP3686279B1 (en) 2014-08-17 2023-01-04 The Broad Institute, Inc. Genome editing using cas9 nickases
JP6806668B2 (ja) 2014-08-19 2021-01-06 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ 核酸をプロービングおよびマッピングするためのｒｎａ誘導型システム
US10435685B2 (en) 2014-08-19 2019-10-08 Pacific Biosciences Of California, Inc. Compositions and methods for enrichment of nucleic acids
RU2020117196A (ru) 2014-08-19 2020-10-15 Новартис Аг Химерный антигенный рецептор (car) против cd123 для использования в лечении злокачественных опухолей
AU2015308910B2 (en) 2014-08-27 2017-12-07 Caribou Biosciences, Inc. Methods for increasing Cas9-mediated engineering efficiency
US10450584B2 (en) 2014-08-28 2019-10-22 North Carolina State University Cas9 proteins and guiding features for DNA targeting and genome editing
US10570418B2 (en) 2014-09-02 2020-02-25 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for RNA-directed target DNA modification
CA2956487A1 (en) 2014-09-12 2016-03-17 E. I. Du Pont De Nemours And Company Generation of site-specific-integration sites for complex trait loci in corn and soybean, and methods of use
EP3191578B1 (en) 2014-09-12 2020-11-04 Whitehead Institute for Biomedical Research Cells expressing apolipoprotein e and uses thereof
IL234638A0 (en) 2014-09-14 2014-12-02 Yeda Res & Dev NMDA receptor antagonists for the treatment of Gaucher disease
CN113699113A (zh) 2014-09-16 2021-11-26 桑格摩治疗股份有限公司 用于造血干细胞中核酸酶介导的基因组工程化和校正的方法和组合物
JP6839074B2 (ja) 2014-09-17 2021-03-03 ノバルティス アーゲー 養子免疫療法のためのキメラ受容体での細胞毒性細胞のターゲティング
WO2016049163A2 (en) 2014-09-24 2016-03-31 The Broad Institute Inc. Use and production of chd8+/- transgenic animals with behavioral phenotypes characteristic of autism spectrum disorder
WO2016049251A1 (en) 2014-09-24 2016-03-31 The Broad Institute Inc. Delivery, use and therapeutic applications of the crispr-cas systems and compositions for modeling mutations in leukocytes
WO2016049024A2 (en) 2014-09-24 2016-03-31 The Broad Institute Inc. Delivery, use and therapeutic applications of the crispr-cas systems and compositions for modeling competition of multiple cancer mutations in vivo
US10040048B1 (en) 2014-09-25 2018-08-07 Synthego Corporation Automated modular system and method for production of biopolymers
WO2016049258A2 (en) 2014-09-25 2016-03-31 The Broad Institute Inc. Functional screening with optimized functional crispr-cas systems
EP3197269A1 (en) 2014-09-26 2017-08-02 Purecircle Usa Inc. Single nucleotide polymorphism (snp) markers for stevia
AU2015323973A1 (en) 2014-09-29 2017-04-20 The Jackson Laboratory High efficiency, high throughput generation of genetically modified mammals by electroporation
KR102455807B1 (ko) 2014-10-01 2022-10-18 더 제너럴 하스피탈 코포레이션 뉴클레아제-유도 상동성-지정 복구의 효율 증가 방법
EP3204496A1 (en) 2014-10-10 2017-08-16 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for promoting homology directed repair
DK3207124T3 (da) 2014-10-15 2019-08-12 Regeneron Pharma Fremgangsmåder og sammensætninger til generering eller bevaring af pluripotente celler
US11174506B2 (en) 2014-10-17 2021-11-16 Howard Hughes Medical Institute Genomic probes
US10612042B2 (en) 2014-10-24 2020-04-07 Avectas Limited Delivery across cell plasma membranes
GB201418965D0 (es) 2014-10-24 2014-12-10 Ospedale San Raffaele And Fond Telethon
EP3212788A2 (en) 2014-10-27 2017-09-06 The Broad Institute, Inc. Compositions, methods and use of synthetic lethal screening
AU2015339743C1 (en) * 2014-10-31 2021-04-22 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Altering gene expression in modified T cells and uses thereof
RU2739794C2 (ru) 2014-10-31 2020-12-28 Массачусетс Инститьют Оф Текнолоджи Доставка биомолекул в клетки иммунной системы
DK3212789T3 (da) * 2014-10-31 2020-07-27 Massachusetts Inst Technology Massiv parallel kombinatorisk genetik til crispr
US12180263B2 (en) 2014-11-06 2024-12-31 President And Fellows Of Harvard College Cells lacking B2M surface expression and methods for allogeneic administration of such cells
WO2016073433A1 (en) 2014-11-06 2016-05-12 E. I. Du Pont De Nemours And Company Peptide-mediated delivery of rna-guided endonuclease into cells
US11680268B2 (en) 2014-11-07 2023-06-20 Editas Medicine, Inc. Methods for improving CRISPR/Cas-mediated genome-editing
EP3218497A1 (en) 2014-11-12 2017-09-20 NMC Inc. Transgenic plants with engineered redox sensitive modulation of photosynthetic antenna complex pigments and methods for making the same
US11470826B2 (en) 2014-11-17 2022-10-18 National University Corporation Tokyo Medical And Dental University Method of conveniently producing genetically modified non-human mammal with high efficiency
EP3221457B1 (en) 2014-11-21 2019-03-20 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for targeted genetic modification using paired guide rnas
KR101833433B1 (ko) 2014-11-25 2018-02-28 한국생명공학연구원 돼지 t 세포 및 b 세포 면역결핍 세포주 생산 및 그의 제조 방법
WO2016086197A1 (en) 2014-11-25 2016-06-02 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Method of identifying and treating a person having a predisposition to or afflicted with a cardiometabolic disease
US20180057839A1 (en) 2014-11-26 2018-03-01 The Regents Of The University Of California Therapeutic compositions comprising transcription factors and methods of making and using the same
GB201421096D0 (en) 2014-11-27 2015-01-14 Imp Innovations Ltd Genome editing methods
US10900034B2 (en) 2014-12-03 2021-01-26 Agilent Technologies, Inc. Guide RNA with chemical modifications
CN113699116A (zh) 2014-12-10 2021-11-26 明尼苏达大学董事会 用于治疗疾病的遗传修饰的细胞、组织和器官
WO2016094874A1 (en) 2014-12-12 2016-06-16 The Broad Institute Inc. Escorted and functionalized guides for crispr-cas systems
WO2016094880A1 (en) 2014-12-12 2016-06-16 The Broad Institute Inc. Delivery, use and therapeutic applications of crispr systems and compositions for genome editing as to hematopoietic stem cells (hscs)
EP3230452B1 (en) 2014-12-12 2025-06-11 The Broad Institute, Inc. Dead guides for crispr transcription factors
EP3889260A1 (en) 2014-12-12 2021-10-06 The Broad Institute, Inc. Protected guide rnas (pgrnas)
US10889834B2 (en) 2014-12-15 2021-01-12 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for enhancing targeted transgene integration
US20170327834A1 (en) 2014-12-15 2017-11-16 Syngenta Participations Ag Pesticidal microrna carriers and use thereof
WO2016100389A1 (en) 2014-12-16 2016-06-23 Synthetic Genomics, Inc. Compositions of and methods for in vitro viral genome engineering
DK3234150T3 (da) * 2014-12-16 2025-11-03 Danisco Us Inc Systemer til svampegenommodificering og fremgangsmåder til anvendelse deraf
DK3234160T3 (da) 2014-12-16 2019-12-02 Danisco Us Inc Sammensætninger og fremgangsmåder til hjælper-stamme-medieret svampegenommodifikation
EP3786296A1 (en) * 2014-12-18 2021-03-03 Integrated Dna Technologies, Inc. Crispr-based compositions and methods of use
US10196613B2 (en) 2014-12-19 2019-02-05 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Stem cells for modeling type 2 diabetes
US20190054117A1 (en) 2014-12-19 2019-02-21 Novartis Ag Dimerization switches and uses thereof
WO2016100974A1 (en) 2014-12-19 2016-06-23 The Broad Institute Inc. Unbiased identification of double-strand breaks and genomic rearrangement by genome-wide insert capture sequencing
JP6840077B2 (ja) 2014-12-19 2021-03-10 リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッドＲｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｉｎｃ． 単一ステップの複数標的化を通じた標的化された遺伝子修飾のための方法及び組成物
WO2016106236A1 (en) 2014-12-23 2016-06-30 The Broad Institute Inc. Rna-targeting system
CN107109427B (zh) 2014-12-23 2021-06-18 先正达参股股份有限公司 用于鉴定和富集包含位点特异性基因组修饰的细胞的方法和组合物
CA2970370A1 (en) 2014-12-24 2016-06-30 Massachusetts Institute Of Technology Crispr having or associated with destabilization domains
WO2016108926A1 (en) 2014-12-30 2016-07-07 The Broad Institute Inc. Crispr mediated in vivo modeling and genetic screening of tumor growth and metastasis
SG11201704272YA (en) * 2014-12-31 2017-06-29 Synthetic Genomics Inc Compositions and methods for high efficiency in vivo genome editing
WO2016114972A1 (en) 2015-01-12 2016-07-21 The Regents Of The University Of California Heterodimeric cas9 and methods of use thereof
US11125739B2 (en) * 2015-01-12 2021-09-21 Massachusetts Institute Of Technology Gene editing through microfluidic delivery
WO2016112963A1 (en) 2015-01-13 2016-07-21 Riboxx Gmbh Delivery of biomolecules into cells
KR102085189B1 (ko) * 2015-01-19 2020-04-28 인스티튜트 오브 제네틱스 앤드 디벨롭멘털 바이오롤지, 차이니즈 아카데미 오브 사이언시스 일시적인 유전자 발현을 통한 정교한 식물 변형 방법
EP3247366A4 (en) 2015-01-21 2018-10-31 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for identification of highly specific nucleases
CN105821073B (zh) 2015-01-27 2021-08-10 中国科学院遗传与发育生物学研究所 一种通过基因瞬时表达对整株植物定点改造的方法
EP3250689B1 (en) 2015-01-28 2020-11-04 The Regents of The University of California Methods and compositions for labeling a single-stranded target nucleic acid
LT3250691T (lt) 2015-01-28 2023-09-11 Caribou Biosciences, Inc. Crispr hibridiniai dnr/rnr polinukleotidai ir naudojimo būdai
EP3250688B1 (fr) 2015-01-29 2021-07-28 Meiogenix Procede pour induire des recombinaisons meiotiques ciblees
WO2016124920A1 (en) 2015-02-03 2016-08-11 The Institute Of Genetics And Developmental Biology Rice plants with altered seed phenotype and quality
US10793868B2 (en) 2015-02-03 2020-10-06 Institute Of Genetics And Developmental Biology Chinese Academy Of Sciences Plants with increased seed size
CN113713091A (zh) 2015-02-06 2021-11-30 新加坡国立大学 工程免疫细胞及其用途和生产方法
JP6929791B2 (ja) 2015-02-09 2021-09-01 デューク ユニバーシティ エピゲノム編集のための組成物および方法
EP3262193A2 (en) 2015-02-26 2018-01-03 The Broad Institute Inc. T cell balance gene expression, compositions of matters and methods of use thereof
TW201702380A (zh) * 2015-02-27 2017-01-16 再生元醫藥公司 宿主細胞蛋白質修飾
CA2977271A1 (en) 2015-03-02 2016-09-09 Synthetic Genomics, Inc. Regulatory elements from labyrinthulomycetes microorganisms
WO2016138574A1 (en) 2015-03-02 2016-09-09 Sinai Health System Homologous recombination factors
WO2016141224A1 (en) 2015-03-03 2016-09-09 The General Hospital Corporation Engineered crispr-cas9 nucleases with altered pam specificity
WO2016142427A1 (en) 2015-03-10 2016-09-15 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Method ank kit for reprogramming somatic cells
US10410118B2 (en) 2015-03-13 2019-09-10 Deep Genomics Incorporated System and method for training neural networks
KR102194612B1 (ko) 2015-03-16 2020-12-23 인스티튜트 오브 제네틱스 앤드 디벨롭멘털 바이오롤지, 차이니즈 아카데미 오브 사이언시스 비-유전성 물질을 이용한 식물 게놈의 부위-특이적인 변형 방법
EP3929291A1 (en) 2015-03-17 2021-12-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. Detection of genome editing
EP4218771A1 (en) 2015-03-27 2023-08-02 Yeda Research and Development Co. Ltd Methods of treating motor neuron diseases
US10450576B2 (en) 2015-03-27 2019-10-22 E I Du Pont De Nemours And Company Soybean U6 small nuclear RNA gene promoters and their use in constitutive expression of small RNA genes in plants
US20180080051A1 (en) 2015-03-31 2018-03-22 Exeligen Scientific, Inc. Cas 9 retroviral integrase and cas 9 recombinase systems for targeted incorporation of a dna sequence into a genome of a cell or organism
KR102888521B1 (ko) 2015-04-06 2025-11-19 더 보드 어브 트러스티스 어브 더 리랜드 스탠포드 주니어 유니버시티 Crispr/cas-매개 유전자 조절을 위한 화학적으로 변형된 가이드 rna
WO2016164797A1 (en) 2015-04-08 2016-10-13 University Of Pittsburgh - Of The Commonwealth System Of Higher Education Activatable crispr/cas9 for spatial and temporal control of genome editing
GB201506509D0 (en) 2015-04-16 2015-06-03 Univ Wageningen Nuclease-mediated genome editing
EP3286211A1 (en) 2015-04-23 2018-02-28 Novartis AG Treatment of cancer using chimeric antigen receptor and protein kinase a blocker
EP4019975A1 (en) 2015-04-24 2022-06-29 Editas Medicine, Inc. Evaluation of cas9 molecule/guide rna molecule complexes
WO2016176652A2 (en) 2015-04-29 2016-11-03 Fred Hutchinson Cancer Research Center Modified stem cells and uses thereof
US20160346359A1 (en) * 2015-05-01 2016-12-01 Spark Therapeutics, Inc. Adeno-associated Virus-Mediated CRISPR-Cas9 Treatment of Ocular Disease
PL3291679T3 (pl) 2015-05-06 2022-04-25 Snipr Technologies Limited Zmiana populacji drobnoustrojowych i modyfikowanie mikrobioty
US10179918B2 (en) 2015-05-07 2019-01-15 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for increasing transgene activity
WO2016182893A1 (en) 2015-05-08 2016-11-17 Teh Broad Institute Inc. Functional genomics using crispr-cas systems for saturating mutagenesis of non-coding elements, compositions, methods, libraries and applications thereof
CN107921148A (zh) 2015-05-08 2018-04-17 哈佛学院校长同事会 通用供体干细胞和相关方法
CA2986310A1 (en) 2015-05-11 2016-11-17 Editas Medicine, Inc. Optimized crispr/cas9 systems and methods for gene editing in stem cells
AU2016263198C1 (en) 2015-05-15 2023-10-05 The General Hospital Corporation Antagonistic anti-tumor necrosis factor receptor superfamily antibodies
WO2016186772A2 (en) 2015-05-16 2016-11-24 Genzyme Corporation Gene editing of deep intronic mutations
MX2017014822A (es) 2015-05-18 2018-04-30 Tcr2 Therapeutics Inc Composiciones y métodos para la reprogramación del tcr con proteínas de fusión.
DE102015014252A1 (de) 2015-11-05 2017-05-11 Kws Saat Se Verfahren und Konstrukte zur gezielten Nukleinsäure Editierung in Pflanzen
DE102015006335A1 (de) 2015-05-19 2016-11-24 Kws Saat Se Verfahren und Konstrukte zur gezielten Nukleinsäure Editierung in Pflanzen
EP3095870A1 (en) 2015-05-19 2016-11-23 Kws Saat Se Methods for the in planta transformation of plants and manufacturing processes and products based and obtainable therefrom
WO2016191315A1 (en) 2015-05-22 2016-12-01 Stcube & Co., Inc. Screening methods for targets for cancer therapy
US10117911B2 (en) 2015-05-29 2018-11-06 Agenovir Corporation Compositions and methods to treat herpes simplex virus infections
RU2725737C2 (ru) 2015-05-29 2020-07-03 Регенерон Фармасьютикалс, Инк. Животные, отличные от человека, с нарушением в локусе c9orf72
MX2017015582A (es) 2015-06-01 2018-09-06 Univ Temple Metodos y composiciones para tratamiento guiado por arn de infeccion por vih.
CN108368502B (zh) 2015-06-03 2022-03-18 内布拉斯加大学董事委员会 使用单链dna的dna编辑
WO2016196655A1 (en) 2015-06-03 2016-12-08 The Regents Of The University Of California Cas9 variants and methods of use thereof
EP3302525A2 (en) 2015-06-05 2018-04-11 Novartis AG Methods and compositions for diagnosing, treating, and monitoring treatment of shank3 deficiency associated disorders
WO2016201047A1 (en) 2015-06-09 2016-12-15 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for improving transplantation
US10185803B2 (en) 2015-06-15 2019-01-22 Deep Genomics Incorporated Systems and methods for classifying, prioritizing and interpreting genetic variants and therapies using a deep neural network
IL316159A (en) 2015-06-15 2024-12-01 Mpeg La Llc Defined Oligonucleotide Multimers and Methods for Manufacture Thereof
JP2018518182A (ja) 2015-06-17 2018-07-12 ザ ユーエービー リサーチ ファンデーション ゲノム編集のためのｃｒｉｓｐｒ／ｃａｓ９複合体
WO2016205728A1 (en) 2015-06-17 2016-12-22 Massachusetts Institute Of Technology Crispr mediated recording of cellular events
AU2016278959A1 (en) 2015-06-17 2018-01-18 The Uab Research Foundation CRISPR/Cas9 complex for introducing a functional polypeptide into cells of blood cell lineage
MX392008B (es) 2015-06-18 2025-03-21 Broad Inst Inc Mutaciones de la enzima crispr que reducen los efectos fuera del blanco
WO2016205749A1 (en) 2015-06-18 2016-12-22 The Broad Institute Inc. Novel crispr enzymes and systems
EP4159856A1 (en) 2015-06-18 2023-04-05 The Broad Institute, Inc. Novel crispr enzymes and systems
US9790490B2 (en) * 2015-06-18 2017-10-17 The Broad Institute Inc. CRISPR enzymes and systems
US10648020B2 (en) 2015-06-18 2020-05-12 The Broad Institute, Inc. CRISPR enzymes and systems
WO2016205759A1 (en) 2015-06-18 2016-12-22 The Broad Institute Inc. Engineering and optimization of systems, methods, enzymes and guide scaffolds of cas9 orthologs and variants for sequence manipulation
US9957501B2 (en) 2015-06-18 2018-05-01 Sangamo Therapeutics, Inc. Nuclease-mediated regulation of gene expression
WO2016205745A2 (en) 2015-06-18 2016-12-22 The Broad Institute Inc. Cell sorting
WO2016210292A1 (en) 2015-06-25 2016-12-29 Children's Medical Center Corporation Methods and compositions relating to hematopoietic stem cell expansion, enrichment, and maintenance
US11414657B2 (en) 2015-06-29 2022-08-16 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modified CRISPR RNA and modified single CRISPR RNA and uses thereof
JP6925984B2 (ja) 2015-07-09 2021-08-25 マサチューセッツ インスティテュート オブ テクノロジー 無核細胞への物質の送達
AU2016291778B2 (en) 2015-07-13 2021-05-06 Sangamo Therapeutics, Inc. Delivery methods and compositions for nuclease-mediated genome engineering
EP3957731A1 (en) 2015-07-15 2022-02-23 Rutgers, The State University of New Jersey Nuclease-independent targeted gene editing platform and uses thereof
CN107921087A (zh) 2015-07-16 2018-04-17 百欧肯治疗有限公司 治疗癌症的组合物及方法
WO2017015101A1 (en) * 2015-07-17 2017-01-26 University Of Washington Methods for maximizing the efficiency of targeted gene correction
US10988775B2 (en) 2015-07-17 2021-04-27 Institute Of Genetics And Developmental Biology Chinese Academy Of Sciences Wheat plants resistant to powdery mildew
US20180208945A1 (en) 2015-07-28 2018-07-26 Danisco Us Inc. Genome editing systems and methods of use
IL295616A (en) 2015-07-31 2022-10-01 Us Health Adapted cells and treatment methods
CA2994969A1 (en) 2015-08-06 2017-02-09 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Targeted protein degradation to attenuate adoptive t-cell therapy associated adverse inflammatory responses
WO2017024317A2 (en) 2015-08-06 2017-02-09 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods to induce targeted protein degradation through bifunctional molecules
US9580727B1 (en) 2015-08-07 2017-02-28 Caribou Biosciences, Inc. Compositions and methods of engineered CRISPR-Cas9 systems using split-nexus Cas9-associated polynucleotides
US11667691B2 (en) 2015-08-07 2023-06-06 Novartis Ag Treatment of cancer using chimeric CD3 receptor proteins
CA3033617A1 (en) 2015-08-11 2017-02-16 Anie Philip Peptidic tgf-beta antagonists
WO2017027810A2 (en) 2015-08-12 2017-02-16 The General Hospital Corporation Compositions and methods that promote hypoxia or the hypoxia response for treatment and prevention of mitochondrial dysfunction and oxidative stress disorders
EP3334832A4 (en) 2015-08-14 2019-06-26 Institute Of Genetics And Developmental Biology, Chinese Academy Of Sciences PROCESS FOR THE PREPARATION OF GLYPHOSATE-RESISTANT RICE BY TARGETED NUCLEOTIDE SUBSTITUTION
WO2017027910A1 (en) 2015-08-14 2017-02-23 The University Of Sydney Connexin 45 inhibition for therapy
AU2016308339A1 (en) 2015-08-18 2018-04-12 Baylor College Of Medicine Methods and compositions for altering function and structure of chromatin loops and/or domains
US10898522B2 (en) 2015-08-19 2021-01-26 Children's Research Institute, Children's National Medical Center Compositions and methods for treating graft versus host disease
CN108351350B (zh) 2015-08-25 2022-02-18 杜克大学 使用rna指导型内切核酸酶改善基因组工程特异性的组合物和方法
WO2017040348A1 (en) 2015-08-28 2017-03-09 The General Hospital Corporation Engineered crispr-cas9 nucleases
US9926546B2 (en) 2015-08-28 2018-03-27 The General Hospital Corporation Engineered CRISPR-Cas9 nucleases
US9512446B1 (en) 2015-08-28 2016-12-06 The General Hospital Corporation Engineered CRISPR-Cas9 nucleases
US11613759B2 (en) 2015-09-04 2023-03-28 Sqz Biotechnologies Company Intracellular delivery of biomolecules to cells comprising a cell wall
EP3348638B1 (en) 2015-09-09 2022-12-14 National University Corporation Kobe University Method for converting genome sequence of gram-positive bacterium by specifically converting nucleic acid base of targeted dna sequence, and molecular complex used in same
IL241462A0 (en) 2015-09-10 2015-11-30 Yeda Res & Dev Heterologous engineering of betalain pigments in plants
WO2017044843A1 (en) 2015-09-11 2017-03-16 The General Hospital Corporation Full interrogation of nuclease dsbs and sequencing (find-seq)
CN105132427B (zh) * 2015-09-21 2019-01-08 新疆畜牧科学院生物技术研究所 一种以RNA介导的特异性敲除双基因获得基因编辑绵羊的方法及其专用sgRNA
EP3786294A1 (en) 2015-09-24 2021-03-03 Editas Medicine, Inc. Use of exonucleases to improve crispr/cas-mediated genome editing
US9850484B2 (en) 2015-09-30 2017-12-26 The General Hospital Corporation Comprehensive in vitro reporting of cleavage events by sequencing (Circle-seq)
EP3356520B1 (en) 2015-10-02 2022-03-23 The U.S.A. as represented by the Secretary, Department of Health and Human Services Lentiviral protein delivery system for rna-guided genome editing
DK3359660T3 (en) 2015-10-05 2020-02-17 Prec Biosciences Inc Engineered meganucleases with recognition sequences found in the human t cell receptor alpha constant region gene
DK3359184T3 (da) 2015-10-05 2020-06-15 Prec Biosciences Inc Genetisk modificerede celler, der omfatter et modificeret gen fra konstant alfaregion i human t-cellereceptor
WO2017069958A2 (en) 2015-10-09 2017-04-27 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Modulation of novel immune checkpoint targets
EP4144844B1 (en) 2015-10-12 2025-09-10 DuPont US Holding, LLC Protected dna templates for gene modification and increased homologous recombination in cells and methods of use
US11970710B2 (en) 2015-10-13 2024-04-30 Duke University Genome engineering with Type I CRISPR systems in eukaryotic cells
CN108367081A (zh) * 2015-10-14 2018-08-03 生命技术公司 核糖核蛋白转染剂
EP3362074B1 (en) 2015-10-16 2023-08-09 President and Fellows of Harvard College Regulatory t cell pd-1 modulation for regulating t cell effector immune responses
MX2018004546A (es) 2015-10-16 2019-04-15 Univ Columbia Composiciones y métodos para la inhibicion de antígenos específicos de linaje.
CN108368522A (zh) * 2015-10-20 2018-08-03 10X 基因组学有限公司 用于高通量单细胞遗传操作的方法和系统
WO2017070605A1 (en) 2015-10-22 2017-04-27 The Broad Institute Inc. Type vi-b crispr enzymes and systems
EP3365461B1 (en) * 2015-10-22 2020-10-14 Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM) Endonuclease-barcoding
EP3159407A1 (en) 2015-10-23 2017-04-26 Silence Therapeutics (London) Ltd Guide rnas, methods and uses
EP4434589A3 (en) 2015-10-23 2025-05-14 President and Fellows of Harvard College Evolved cas9 proteins for gene editing
WO2017070598A1 (en) 2015-10-23 2017-04-27 Caribou Biosciences, Inc. Engineered crispr class 2 cross-type nucleic-acid targeting nucleic acids
WO2017074788A1 (en) 2015-10-27 2017-05-04 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for targeting cancer-specific sequence variations
WO2017075451A1 (en) 2015-10-28 2017-05-04 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for evaluating and modulating immune responses by detecting and targeting pou2af1
WO2017075265A1 (en) 2015-10-28 2017-05-04 The Broad Institute, Inc. Multiplex analysis of single cell constituents
WO2017075465A1 (en) 2015-10-28 2017-05-04 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for evaluating and modulating immune responses by detecting and targeting gata3
WO2017075478A2 (en) 2015-10-28 2017-05-04 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for evaluating and modulating immune responses by use of immune cell gene signatures
WO2017075294A1 (en) 2015-10-28 2017-05-04 The Board Institute Inc. Assays for massively combinatorial perturbation profiling and cellular circuit reconstruction
WO2017075329A2 (en) 2015-10-29 2017-05-04 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods for identification, assessment, prevention, and treatment of metabolic disorders using pm20d1 and n-lipidated amino acids
EP3371329B1 (en) 2015-11-03 2026-03-25 President and Fellows of Harvard College Method and apparatus for volumetric imaging of a three-dimensional nucleic acid containing matrix
EP4036228A1 (en) 2015-11-13 2022-08-03 Avellino Lab USA, Inc. Methods for the treatment of corneal dystrophies
US10669320B2 (en) 2015-11-18 2020-06-02 The Regents Of The University Of Michigan Mps1 and KNL1 phosphorylation system
UA125929C2 (uk) 2015-11-18 2022-07-13 Сінгента Партісіпейшнс Аг Спосіб індукування утворення гаплоїдних зародків при схрещуванні між двома рослинами
WO2017087885A1 (en) 2015-11-19 2017-05-26 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods of identifying compounds that interfere with erg-driven misguidance of baf complexes in tmprss2-erg driven prostate cancers
WO2017087708A1 (en) 2015-11-19 2017-05-26 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Lymphocyte antigen cd5-like (cd5l)-interleukin 12b (p40) heterodimers in immunity
EP4163374A1 (en) * 2015-11-23 2023-04-12 The Regents of the University of California Tracking and manipulating cellular rna via nuclear delivery of crispr/cas9
JP6976249B2 (ja) 2015-11-23 2021-12-08 サンガモ セラピューティクス， インコーポレイテッド 免疫を工学操作するための方法および組成物
WO2017090761A1 (ja) 2015-11-27 2017-06-01 国立大学法人神戸大学 標的化したｄｎａ配列の核酸塩基を特異的に変換する、単子葉植物のゲノム配列の変換方法、及びそれに用いる分子複合体
WO2017095946A1 (en) 2015-11-30 2017-06-08 Flagship Pioneering, Inc. Methods and compositions relating to chondrisomes
CN105296518A (zh) * 2015-12-01 2016-02-03 中国农业大学 一种用于CRISPR/Cas9技术的同源臂载体构建方法
RU2018117360A (ru) 2015-12-04 2020-01-09 Карибо Биосайенсиз, Инк. Сконструированные нуклеиновые кислоты, нацеленные на нуклеиновую кислоту
US9988624B2 (en) 2015-12-07 2018-06-05 Zymergen Inc. Microbial strain improvement by a HTP genomic engineering platform
US11208649B2 (en) 2015-12-07 2021-12-28 Zymergen Inc. HTP genomic engineering platform
KR20180084756A (ko) 2015-12-07 2018-07-25 지머젠 인코포레이티드 코리네박테리움 글루타미컴으로부터의 프로모터
US11345931B2 (en) 2015-12-14 2022-05-31 President And Fellows Of Harvard College Cas discrimination using tuned guide RNA
MX2018007519A (es) 2015-12-18 2019-09-04 Sangamo Therapeutics Inc Alteracion dirigida del receptor celular del complejo mayor de histocompatibilidad (mhc).
US11118194B2 (en) 2015-12-18 2021-09-14 The Regents Of The University Of California Modified site-directed modifying polypeptides and methods of use thereof
US12110490B2 (en) 2015-12-18 2024-10-08 The Broad Institute, Inc. CRISPR enzymes and systems
WO2017106528A2 (en) 2015-12-18 2017-06-22 Sangamo Biosciences, Inc. Targeted disruption of the t cell receptor
WO2017112620A1 (en) 2015-12-22 2017-06-29 North Carolina State University Methods and compositions for delivery of crispr based antimicrobials
US11026969B2 (en) 2015-12-23 2021-06-08 Fred Hutchinson Cancer Research Center High affinity T cell receptors and uses thereof
SG11201805217XA (en) * 2015-12-28 2018-07-30 Novartis Ag Compositions and methods for the treatment of hemoglobinopathies
CN109072195A (zh) 2015-12-30 2018-12-21 诺华股份有限公司 具有增强功效的免疫效应细胞疗法
EP3397760A2 (en) * 2015-12-30 2018-11-07 Avectas Limited Vector-free delivery of gene editing proteins and compositions to cells and tissues
EP3842520A1 (en) 2016-01-04 2021-06-30 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Gene therapy for recessive dystrophic epidermolysis bullosa using genetically corrected autologous keratinocytes
JP2019505511A (ja) 2016-01-06 2019-02-28 イェダ リサーチ アンド ディベロップメント カンパニー リミテッドＹｅｄａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ｃｏ．Ｌｔｄ． 悪性疾患、自己免疫疾患および炎症性疾患を処置するための組成物および方法
JP7012645B2 (ja) 2016-01-11 2022-01-28 ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー キメラタンパク質および免疫治療の方法
MX2018008344A (es) 2016-01-11 2018-12-06 Univ Leland Stanford Junior Proteinas quimericas y metodos para regular la expresion genica.
AU2017208086A1 (en) 2016-01-15 2018-08-09 The Jackson Laboratory Genetically modified non-human mammals by multi-cycle electroporation of Cas9 protein
FI4272834T3 (fi) 2016-01-15 2025-12-05 Childrens Medical Ct Corp Mitokondrioiden ja yhdistettyjen mitokondriaalisten aineiden terapeuttinen käyttö
EP3405024B1 (en) 2016-01-21 2022-12-28 The State of Israel - Ministry of Agriculture & Rural Development, Agricultural Research Organization (ARO) (Volcani Center) Parthenocarpic plants and methods of producing same
WO2017130205A1 (en) 2016-01-31 2017-08-03 Hadasit Medical Research Services And Development Ltd. Autosomal-identical pluripotent stem cell populations having non-identical sex chromosomal composition and uses thereof
JP7012650B2 (ja) 2016-02-02 2022-01-28 サンガモ セラピューティクス， インコーポレイテッド Ｄｎａ結合ドメインと切断ドメインとを連結するための組成物
BR112018016278A2 (pt) 2016-02-09 2019-01-02 Cibus Europe Bv métodos e composições para aumentar a eficiência da modificação do gene direcionada usando reparação de gene mediada por oligonucleotídeo
US10876129B2 (en) 2016-02-12 2020-12-29 Ceres, Inc. Methods and materials for high throughput testing of mutagenized allele combinations
US20190046497A1 (en) 2016-02-14 2019-02-14 Yeda Research And Development Co., Ltd. Methods of modulating protein exocytosis and uses of same in therapy
CN116763942A (zh) 2016-02-18 2023-09-19 宾州研究基金会 脑内生成gaba能神经元
US20190249172A1 (en) 2016-02-18 2019-08-15 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for gene editing in stem cells
EP3420102B1 (en) 2016-02-22 2024-04-03 Massachusetts Institute of Technology Methods for identifying and modulating immune phenotypes
WO2017147278A1 (en) 2016-02-25 2017-08-31 The Children's Medical Center Corporation Customized class switch of immunoglobulin genes in lymphoma and hybridoma by crispr/cas9 technology
EP3420089B1 (en) 2016-02-26 2021-12-29 LanzaTech NZ, Inc. Crispr/cas systems for c-1 fixing bacteria
EP3423083A4 (en) 2016-03-04 2019-10-02 Indoor Biotechnologies Inc. FEL-D-1 KNOCKOUTS AND ASSOCIATED COMPOSITIONS AND METHODS BASED ON CRISPR-CAS9 GENERALIZATION
WO2017153982A1 (en) 2016-03-06 2017-09-14 Yeda Research And Development Co. Ltd. Method for modulating myelination
WO2017161001A1 (en) 2016-03-15 2017-09-21 Children's Medical Center Corporation Methods and compositions relating to hematopoietic stem cell expansion
EP3430035A4 (en) 2016-03-16 2020-02-19 Conagen Inc. PRODUCTION OF PROTEINS IN LABYRINE THULOMYCETES
JP2019515654A (ja) 2016-03-16 2019-06-13 ザ ジェイ． デヴィッド グラッドストーン インスティテューツ 肥満及び／又は糖尿病を処置するための方法及び組成物、並びに候補処置薬剤を識別するための方法及び組成物
EP3219799A1 (en) 2016-03-17 2017-09-20 IMBA-Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH Conditional crispr sgrna expression
WO2017161325A1 (en) 2016-03-17 2017-09-21 Massachusetts Institute Of Technology Methods for identifying and modulating co-occurant cellular phenotypes
WO2017165412A2 (en) 2016-03-21 2017-09-28 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. T-cell exhaustion state-specific gene expression regulators and uses thereof
US11597924B2 (en) 2016-03-25 2023-03-07 Editas Medicine, Inc. Genome editing systems comprising repair-modulating enzyme molecules and methods of their use
WO2017165862A1 (en) 2016-03-25 2017-09-28 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for treating alpha 1-antitrypsin (a1at) deficiency
WO2017180694A1 (en) 2016-04-13 2017-10-19 Editas Medicine, Inc. Cas9 fusion molecules gene editing systems, and methods of use thereof
US20190127713A1 (en) 2016-04-13 2019-05-02 Duke University Crispr/cas9-based repressors for silencing gene targets in vivo and methods of use
SG11201808831TA (en) 2016-04-15 2018-11-29 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Transgenic t cell and chimeric antigen receptor t cell compositions and related methods
CN109715808A (zh) 2016-04-15 2019-05-03 诺华股份有限公司 用于选择性蛋白质表达的组合物和方法
KR20260004568A (ko) 2016-04-19 2026-01-08 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 신규한 crispr 효소 및 시스템
EP3445853A1 (en) 2016-04-19 2019-02-27 The Broad Institute, Inc. Cpf1 complexes with reduced indel activity
KR101929239B1 (ko) * 2016-04-22 2018-12-17 한양대학교 산학협력단 Ｒｇｅｎ ｒｎｐ를 이용한 미세조류의 교정 방법
CA3210120C (en) 2016-04-25 2024-04-09 President And Fellows Of Harvard College Hybridization chain reaction methods for in situ molecular detection
CN109072233A (zh) 2016-04-26 2018-12-21 麻省理工学院 可扩展的重组酶级联
US11730826B2 (en) 2016-05-02 2023-08-22 Massachusetts Institute Of Technology Amphiphilic nanoparticles for delivery of CRISPR based therapy
US20200325483A1 (en) * 2016-05-12 2020-10-15 Brian P. Hanley Safe delivery of crispr and other gene therapies to large fractions of somatic cells in humans and animals
CN109475109B (zh) 2016-05-20 2021-10-29 瑞泽恩制药公司 用于使用多个引导rna来破坏免疫耐受性的方法
JP2019516774A (ja) 2016-05-24 2019-06-20 インディアナ ユニバーシティー リサーチ アンド テクノロジー コーポレーションＩｎｄｉａｎａ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ Ｋｕ阻害剤およびその使用
IL305882B2 (en) 2016-05-25 2025-11-01 Inst Nat Sante Rech Med Methods for producing a population of inactivated pluripotent cells
KR102811233B1 (ko) 2016-06-02 2025-05-29 시그마-알드리치 컴퍼니., 엘엘씨 프로그램가능한 dna 결합 단백질을 사용한, 표적화된 게놈 변형의 개선
GB201609811D0 (en) 2016-06-05 2016-07-20 Snipr Technologies Ltd Methods, cells, systems, arrays, RNA and kits
US10767175B2 (en) 2016-06-08 2020-09-08 Agilent Technologies, Inc. High specificity genome editing using chemically modified guide RNAs
JP2020511931A (ja) * 2016-06-16 2020-04-23 オスロ ウニヴェルスィテーツスィーケフース ハーエフＯｓｌｏ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｅｔｓｓｙｋｅｈｕｓ Ｈｆ 改良された遺伝子編集
KR20190019168A (ko) 2016-06-17 2019-02-26 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 제vi형 crispr 오솔로그 및 시스템
US11293021B1 (en) 2016-06-23 2022-04-05 Inscripta, Inc. Automated cell processing methods, modules, instruments, and systems
CN109688820B (zh) 2016-06-24 2023-01-10 科罗拉多州立大学董事会（法人团体） 用于生成条形码化组合文库的方法
EP3474849B1 (en) 2016-06-27 2025-05-21 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for detecting and treating diabetes
KR102345899B1 (ko) 2016-06-30 2021-12-31 지머젠 인코포레이티드 박테리아 헤모글로빈 라이브러리를 생성하는 방법 및 이의 용도
JP2019519241A (ja) 2016-06-30 2019-07-11 ザイマージェン インコーポレイテッド グルコース透過酵素ライブラリーを生成するための方法およびその使用
WO2018013720A1 (en) * 2016-07-12 2018-01-18 Washington University Incorporation of internal polya-encoded poly-lysine sequence tags and their variations for the tunable control of protein synthesis in bacterial and eukaryotic cells
AU2017295720B2 (en) 2016-07-13 2021-07-22 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Methods, compositions and kits for increasing genome editing efficiency
US20190336504A1 (en) 2016-07-15 2019-11-07 Novartis Ag Treatment and prevention of cytokine release syndrome using a chimeric antigen receptor in combination with a kinase inhibitor
CN106191061B (zh) * 2016-07-18 2019-06-18 暨南大学 一种特异靶向人ABCG2基因的sgRNA导向序列及其应用
JP7004651B2 (ja) * 2016-07-19 2022-02-04 株式会社バイオダイナミクス研究所 長鎖一本鎖ｄｎａを調製する方法
EP4275747A3 (en) 2016-07-19 2024-01-24 Duke University Therapeutic applications of cpf1-based genome editing
RU2721125C1 (ru) 2016-07-29 2020-05-18 Регенерон Фармасьютикалз, Инк. Мыши, содержащие мутации, вследствие которых экспрессируется укороченный на с-конце фибриллин-1
CA3032498A1 (en) 2016-08-02 2018-02-08 TCR2 Therapeutics Inc. Compositions and methods for tcr reprogramming using fusion proteins
CA3032822A1 (en) 2016-08-02 2018-02-08 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating cep290 associated disease
JP7231935B2 (ja) 2016-08-03 2023-03-08 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ アデノシン核酸塩基編集因子およびそれらの使用
US11078481B1 (en) 2016-08-03 2021-08-03 KSQ Therapeutics, Inc. Methods for screening for cancer targets
US11661590B2 (en) 2016-08-09 2023-05-30 President And Fellows Of Harvard College Programmable CAS9-recombinase fusion proteins and uses thereof
KR101710026B1 (ko) 2016-08-10 2017-02-27 주식회사 무진메디 Cas9 단백질 및 가이드 RNA의 혼성체를 함유하는 나노 리포좀 전달체 조성물
JP6799066B2 (ja) 2016-08-10 2020-12-09 株式会社ＧｅｎＡｈｅａｄ Ｂｉｏ 真核細胞のゲノムの標的部位を改変する方法及び標的部位における検出対象核酸配列の存在又は非存在を検出する方法
US20190284581A1 (en) 2016-08-12 2019-09-19 Nexuspiral Inc. Genome editing method
CN110312799A (zh) 2016-08-17 2019-10-08 博德研究所 新型crispr酶和系统
WO2018035364A1 (en) 2016-08-17 2018-02-22 The Broad Institute Inc. Product and methods useful for modulating and evaluating immune responses
US12431216B2 (en) 2016-08-17 2025-09-30 Broad Institute, Inc. Methods for identifying class 2 crispr-cas systems
WO2018035388A1 (en) 2016-08-17 2018-02-22 The Broad Institute, Inc. Novel crispr enzymes and systems
IL247368A0 (en) 2016-08-18 2016-11-30 Yeda Res & Dev Diagnostic and therapeutic uses of exosomes
WO2018034554A1 (ko) * 2016-08-19 2018-02-22 주식회사 툴젠 인위적으로 조작된 신생혈관형성 조절 시스템
CN109963945A (zh) * 2016-08-20 2019-07-02 阿维利诺美国实验室股份有限公司 单一向导rna、crispr/cas9系统及其使用方法
WO2020225754A1 (en) 2019-05-06 2020-11-12 Mcmullen Tara Crispr gene editing for autosomal dominant diseases
WO2018039438A1 (en) 2016-08-24 2018-03-01 President And Fellows Of Harvard College Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing
SG11201901364VA (en) 2016-08-24 2019-03-28 Sangamo Therapeutics Inc Engineered target specific nucleases
GB2569252A (en) 2016-08-31 2019-06-12 Harvard College Methods of combining the detection of biomolecules into a single assay using fluorescent in situ sequencing
US11078483B1 (en) 2016-09-02 2021-08-03 KSQ Therapeutics, Inc. Methods for measuring and improving CRISPR reagent function
JP7215994B2 (ja) 2016-09-06 2023-01-31 ザ チルドレンズ メディカル センター コーポレーション 人工多能性幹細胞由来の免疫細胞
WO2018049025A2 (en) 2016-09-07 2018-03-15 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for evaluating and modulating immune responses
WO2018049009A2 (en) 2016-09-07 2018-03-15 Sangamo Therapeutics, Inc. Modulation of liver genes
EP3510407A1 (en) 2016-09-08 2019-07-17 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for diagnosing and treating nephrotic syndrome
IL247752A0 (en) 2016-09-11 2016-11-30 Yeda Res & Dev Compositions and methods for modulating gene expression for site-directed mutagenesis
JP6861803B2 (ja) 2016-09-15 2021-04-21 ラブサイト インコーポレイテッド ソノポレーションを使用した生物学的細胞の高効率トランスフェクション
EP3515559B1 (en) 2016-09-20 2025-05-21 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Compositions and methods for identification, assessment, prevention, and treatment of aml using usp10 biomarkers and modulators
US20190225974A1 (en) 2016-09-23 2019-07-25 BASF Agricultural Solutions Seed US LLC Targeted genome optimization in plants
EP3516044B1 (en) 2016-09-23 2025-04-16 Fred Hutchinson Cancer Center Tcrs specific for minor histocompatibility (h) antigen ha-1 and uses thereof
US20190203230A1 (en) 2016-09-28 2019-07-04 Novartis Ag Porous membrane-based macromolecule delivery system
WO2018064208A1 (en) 2016-09-28 2018-04-05 The Broad Institute, Inc. Systematic screening and mapping of regulatory elements in non-coding genomic regions, methods, compositions, and applications thereof
KR20190049887A (ko) 2016-09-29 2019-05-09 난트케이웨스트, 인크. 감소된 면역원성을 갖는 hla 클래스 i-결핍 nk-92 세포
JP2019532644A (ja) 2016-09-30 2019-11-14 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア Ｒｎａ誘導型核酸修飾酵素及びその使用方法
CA3038548A1 (en) * 2016-09-30 2018-04-05 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Non-human animals having a hexanucleotide repeat expansion in a c9orf72 locus
ES2811500T3 (es) 2016-10-04 2021-03-12 Prec Biosciences Inc Dominios coestimuladores para su uso en células genéticamente modificadas
US10669539B2 (en) 2016-10-06 2020-06-02 Pioneer Biolabs, Llc Methods and compositions for generating CRISPR guide RNA libraries
MX2019003899A (es) 2016-10-07 2019-08-14 Tcr2 Therapeutics Inc Composiciones y metodos para reprogramacion de receptores de linfocitos t mediante el uso de proteinas de fusion.
US11242542B2 (en) 2016-10-07 2022-02-08 Integrated Dna Technologies, Inc. S. pyogenes Cas9 mutant genes and polypeptides encoded by same
CN110462034A (zh) 2016-10-07 2019-11-15 综合Dna技术公司 化脓链球菌cas9突变基因和由其编码的多肽
WO2018067991A1 (en) 2016-10-07 2018-04-12 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Modulation of novel immune checkpoint targets
WO2018069232A1 (en) 2016-10-10 2018-04-19 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for predicting the risk of having cardiac hypertrophy
AU2017342543B2 (en) 2016-10-14 2024-06-27 President And Fellows Of Harvard College AAV delivery of nucleobase editors
CN110290813A (zh) 2016-10-14 2019-09-27 通用医疗公司 表观遗传学调控的位点特异性核酸酶
GB201617559D0 (en) 2016-10-17 2016-11-30 University Court Of The University Of Edinburgh The Swine comprising modified cd163 and associated methods
EP4338799A3 (en) 2016-10-18 2024-06-05 Regents of the University of Minnesota Tumor infiltrating lymphocytes and methods of therapy
JP7042263B2 (ja) 2016-10-20 2022-03-25 サンガモ セラピューティクス， インコーポレイテッド ファブリー病の治療のための方法および組成物
WO2018081531A2 (en) 2016-10-28 2018-05-03 Ariad Pharmaceuticals, Inc. Methods for human t-cell activation
CN106637421B (zh) * 2016-10-28 2019-12-27 博雅缉因（北京）生物科技有限公司 双sgRNA文库的构建及其应用于高通量功能性筛选研究的方法
WO2018076335A1 (en) 2016-10-31 2018-05-03 Institute Of Genetics And Developmental Biology, Chinese Academy Of Sciences Compositions and methods for enhancing abiotic stress tolerance
EP3532106A4 (en) 2016-10-31 2020-06-24 Sangamo Therapeutics, Inc. GENERAL CORRECTION OF SCID-ASSOCIATED GENES IN HEMOTOPOIETIC STEM CELLS AND PROCUREMENT CELLS
WO2018083606A1 (en) 2016-11-01 2018-05-11 Novartis Ag Methods and compositions for enhancing gene editing
US10633454B2 (en) 2016-11-01 2020-04-28 Conagen Inc. Expression of modified glycoproteins and glycopeptides
EP3534976A4 (en) 2016-11-04 2020-09-16 Children's Hospital Medical Center PATHOLOGICAL MODELS OF HEPATIC ORGANOIDS AND ASSOCIATED METHODS OF MANUFACTURE AND USE
CA3042259A1 (en) 2016-11-04 2018-05-11 Flagship Pioneering Innovations V. Inc. Novel plant cells, plants, and seeds
WO2018144097A1 (en) 2016-11-04 2018-08-09 Akeagen Llc Genetically modified non-human animals and methods for producing heavy chain-only antibodies
US12227578B2 (en) 2016-11-11 2025-02-18 The Broad Institute, Inc. Modulation of intestinal epithelial cell differentiation, maintenance and/or function through T cell action
EP3538140A1 (en) 2016-11-14 2019-09-18 Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM) Methods and pharmaceutical compositions for modulating stem cells proliferation or differentiation
WO2018093797A1 (en) 2016-11-15 2018-05-24 The Schepens Eye Research Institute, Inc. Compositions and methods for the treatment of aberrant angiogenesis
CN118581046A (zh) 2016-11-22 2024-09-03 新加坡国立大学 用于t细胞恶性肿瘤免疫疗法的cd7表达阻滞剂和嵌合抗原受体
EP3544996A2 (en) 2016-11-22 2019-10-02 TCR2 Therapeutics Inc. Compositions and methods for tcr reprogramming using fusion proteins
JP2019535287A (ja) 2016-11-22 2019-12-12 インテグレイテツド・デイー・エヌ・エイ・テクノロジーズ・インコーポレイテツド Ｃｒｉｓｐｒ／ｃｐｆ１システム及び方法
WO2018096547A1 (en) 2016-11-28 2018-05-31 Yeda Research And Development Co. Ltd. Isolated polynucleotides and polypeptides and methods of using same for expressing an expression product of interest
WO2018100190A1 (en) 2016-12-02 2018-06-07 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for diagnosing renal cell carcinoma
US9816093B1 (en) 2016-12-06 2017-11-14 Caribou Biosciences, Inc. Engineered nucleic acid-targeting nucleic acids
CN110249051A (zh) 2016-12-08 2019-09-17 凯斯西储大学 增强功能性髓鞘产生的方法和组合物
WO2018107103A1 (en) 2016-12-09 2018-06-14 The Broad Institute, Inc. Crispr-systems for modifying a trait of interest in a plant
WO2018111947A1 (en) 2016-12-12 2018-06-21 Integrated Dna Technologies, Inc. Genome editing enhancement
CA3045134A1 (en) 2016-12-14 2018-06-21 Ligandal, Inc. Compositions and methods for nucleic acid and/or protein payload delivery
WO2018119010A1 (en) 2016-12-19 2018-06-28 Editas Medicine, Inc. Assessing nuclease cleavage
AU2017382902A1 (en) 2016-12-21 2019-07-18 TCR2 Therapeutics Inc. Engineered T cells for the treatment of cancer
US12241074B2 (en) 2016-12-22 2025-03-04 Monsanto Technology Llc Genome editing-based crop engineering and production of brachytic plants
EP3559204B1 (en) 2016-12-22 2022-05-04 Avectas Limited Vector-free intracellular delivery by reversible permeabilisation
WO2018119359A1 (en) 2016-12-23 2018-06-28 President And Fellows Of Harvard College Editing of ccr5 receptor gene to protect against hiv infection
EP3562515A4 (en) 2016-12-29 2020-11-18 Applied StemCell, Inc. GENE EDITING PROCESS USING A VIRUS
WO2018122771A1 (en) 2016-12-29 2018-07-05 Ukko Inc. Methods for identifying and de-epitoping allergenic polypeptides
US11859219B1 (en) 2016-12-30 2024-01-02 Flagship Pioneering Innovations V, Inc. Methods of altering a target nucleotide sequence with an RNA-guided nuclease and a single guide RNA
CN110520163A (zh) 2017-01-05 2019-11-29 新泽西鲁特格斯州立大学 独立于dna双链断裂的靶向基因编辑平台及其用途
EP3565889B1 (en) 2017-01-06 2025-03-26 ImmunityBio, Inc. Genetically modified nk-92 cells with decreased cd96/tigit expression
WO2018127585A1 (en) 2017-01-06 2018-07-12 Txcell Monospecific regulatory t cell population with cytotoxicity for b cells
EP3346001A1 (en) 2017-01-06 2018-07-11 TXCell Monospecific regulatory t cell population with cytotoxicity for b cells
WO2018129368A2 (en) 2017-01-06 2018-07-12 Editas Medicine, Inc. Methods of assessing nuclease cleavage
CN106636204B (zh) * 2017-01-09 2019-08-23 华中农业大学 一种能够稳定遗传的白化大鳞副泥鳅育种方法
WO2018129440A1 (en) 2017-01-09 2018-07-12 University Of Massachusetts Complexes for gene deletion and editing
FI3565891T3 (fi) 2017-01-09 2023-07-04 Whitehead Inst Biomedical Res Menetelmiä geeniekspression muuttamiseksi häiritsemällä säätelysilmukoita muodostavia transkriptiotekijämultimeerejä
GB201700380D0 (en) 2017-01-10 2017-02-22 Plant Bioscience Ltd Methods of increasing seed yield
JP7215716B2 (ja) 2017-01-13 2023-01-31 学校法人自治医科大学 肝臓ゲノム上の凝固関連因子遺伝子を破壊するためのａａｖベクター
WO2018136758A1 (en) 2017-01-23 2018-07-26 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Hsd17b13 variants and uses thereof
EP3574005B1 (en) 2017-01-26 2021-12-15 Novartis AG Cd28 compositions and methods for chimeric antigen receptor therapy
EP3573448A4 (en) 2017-01-28 2020-09-02 Inari Agriculture, Inc. NEW PLANT CELLS, PLANTS AND SEEDS
EP3577134A1 (en) 2017-01-31 2019-12-11 Novartis AG Treatment of cancer using chimeric t cell receptor proteins having multiple specificities
IL250479A0 (en) 2017-02-06 2017-03-30 Sorek Rotem Genetically engineered cells expressing a disarm system that confers resistance to phages and methods for their production
TW201839136A (zh) 2017-02-06 2018-11-01 瑞士商諾華公司 治療血色素異常症之組合物及方法
US20190345501A1 (en) 2017-02-07 2019-11-14 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for rna-guided genetic circuits
EP3580212A4 (en) 2017-02-08 2021-03-17 Dana Farber Cancer Institute, Inc. REGULATION OF CHEMERIC ANTIGEN RECEPTORS
US20190367937A1 (en) 2017-02-09 2019-12-05 Fujian Agriculture And Forestry University Expression of a phosphate transporter for improving plant yield
EP3579872A1 (en) 2017-02-10 2019-12-18 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for the treatment of cancers associated with activation of the mapk pathway
CN110312797A (zh) 2017-02-10 2019-10-08 齐默尔根公司 组装和编辑用于多个宿主的多个dna构建体的模块化通用质粒设计策略
EP3583118B1 (en) 2017-02-17 2025-06-11 Denali Therapeutics Inc. Transferrin receptor transgenic models
US20200040061A1 (en) * 2017-02-22 2020-02-06 Crispr Therapeutics Ag Materials and methods for treatment of early onset parkinson's disease (park1) and other synuclein, alpha (snca) gene related conditions or disorders
US20200048359A1 (en) 2017-02-28 2020-02-13 Novartis Ag Shp inhibitor compositions and uses for chimeric antigen receptor therapy
CN110662556A (zh) 2017-03-09 2020-01-07 哈佛大学的校长及成员们 癌症疫苗
US11898179B2 (en) 2017-03-09 2024-02-13 President And Fellows Of Harvard College Suppression of pain by gene editing
JP2020510439A (ja) 2017-03-10 2020-04-09 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ シトシンからグアニンへの塩基編集因子
WO2018170184A1 (en) 2017-03-14 2018-09-20 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for the treatment of hemoglobinopathies
CN120330163A (zh) 2017-03-15 2025-07-18 博德研究所 新型cas13b直向同源物crispr酶和系统
JP7037577B2 (ja) 2017-03-15 2022-03-16 フレッド ハッチンソン キャンサー リサーチ センター 高親和性ｍａｇｅ－ａ１特異的ｔｃｒ及びその使用
EP3595645A1 (en) 2017-03-15 2020-01-22 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Pharmaceutical compositions for the treatment of thrombosis in patients suffering from a myeloproliferative neoplasm
WO2018170515A1 (en) 2017-03-17 2018-09-20 The Broad Institute, Inc. Methods for identifying and modulating co-occurant cellular phenotypes
US11771703B2 (en) 2017-03-17 2023-10-03 The Johns Hopkins University Targeted epigenetic therapy against distal regulatory element of TGFβ2 expression
WO2018176009A1 (en) 2017-03-23 2018-09-27 President And Fellows Of Harvard College Nucleobase editors comprising nucleic acid programmable dna binding proteins
WO2018172785A1 (en) 2017-03-24 2018-09-27 Institute Of Genetics And Developmental Biology, Chinese Academy Of Sciences Methods for increasing grain yield
US12161694B2 (en) 2017-03-24 2024-12-10 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for regulating innate lymphoid cell inflammatory responses
EP3600427A1 (en) 2017-03-24 2020-02-05 INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and compositions for treating melanoma
US10980779B2 (en) 2017-03-24 2021-04-20 Inserm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) GFI1 inhibitors for the treatment of hyperglycemia
EP3600353A4 (en) * 2017-03-29 2020-12-23 The Broad Institute, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR THE TREATMENT OF GAMMA RECEPTOR ACTIVATED BY PEROXYSOME PROLIFERATORS (PPARG)
US11990205B2 (en) 2017-03-30 2024-05-21 Monsanto Technology Llc Systems and methods for use in identifying multiple genome edits and predicting the aggregate effects of the identified genome edits
WO2018178237A1 (en) 2017-03-30 2018-10-04 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for the treatment of mitochondrial genetic diseases
US11963966B2 (en) 2017-03-31 2024-04-23 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Compositions and methods for treating ovarian tumors
US11913075B2 (en) 2017-04-01 2024-02-27 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for detecting and modulating an immunotherapy resistance gene signature in cancer
US20200032252A1 (en) * 2017-04-06 2020-01-30 Dsm Ip Assets B.V. Self-guiding integration construct (sgic)
WO2018191520A1 (en) 2017-04-12 2018-10-18 The Broad Institute, Inc. Respiratory and sweat gland ionocytes
WO2018191553A1 (en) 2017-04-12 2018-10-18 Massachusetts Eye And Ear Infirmary Tumor signature for metastasis, compositions of matter methods of use thereof
TW201841916A (zh) 2017-04-12 2018-12-01 美商麥珍塔治療學股份有限公司 芳香烴受體拮抗劑及其用途
CA3059757A1 (en) 2017-04-12 2018-10-18 Massachusetts Institute Of Technology Novel type vi crispr orthologs and systems
WO2018191673A1 (en) 2017-04-14 2018-10-18 Children's Hospital Medical Center Multi donor stem cell compositions and methods of making same
WO2018191750A2 (en) 2017-04-14 2018-10-18 The Broad Institute Inc. Novel delivery of large payloads
US11913015B2 (en) 2017-04-17 2024-02-27 University Of Maryland, College Park Embryonic cell cultures and methods of using the same
MX2019012398A (es) 2017-04-18 2020-09-25 Broad Inst Inc Composiciones para detectar secreciones y metodos de uso.
US11834670B2 (en) * 2017-04-19 2023-12-05 Global Life Sciences Solutions Usa Llc Site-specific DNA modification using a donor DNA repair template having tandem repeat sequences
US12058986B2 (en) 2017-04-20 2024-08-13 Egenesis, Inc. Method for generating a genetically modified pig with inactivated porcine endogenous retrovirus (PERV) elements
US11458118B2 (en) 2017-04-21 2022-10-04 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for the treatment of diseases associated with reduced CFTR function
BR112019021719A2 (pt) 2017-04-21 2020-06-16 The General Hospital Corporation Variantes de cpf1 (cas12a) com especificidade para pam alterada
WO2018195486A1 (en) 2017-04-21 2018-10-25 The Broad Institute, Inc. Targeted delivery to beta cells
WO2018200943A1 (en) 2017-04-28 2018-11-01 Acuitas Therapeutics, Inc. Novel carbonyl lipids and lipid nanoparticle formulations for delivery of nucleic acids
EP3615672A1 (en) 2017-04-28 2020-03-04 Editas Medicine, Inc. Methods and systems for analyzing guide rna molecules
WO2018201056A1 (en) 2017-04-28 2018-11-01 Novartis Ag Cells expressing a bcma-targeting chimeric antigen receptor, and combination therapy with a gamma secretase inhibitor
US20200179511A1 (en) 2017-04-28 2020-06-11 Novartis Ag Bcma-targeting agent, and combination therapy with a gamma secretase inhibitor
CA3059793A1 (en) 2017-05-03 2018-11-08 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for modification of a cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (cftr) gene
US11591601B2 (en) 2017-05-05 2023-02-28 The Broad Institute, Inc. Methods for identification and modification of lncRNA associated with target genotypes and phenotypes
IL252151A0 (en) 2017-05-07 2017-07-31 Fainzilber Michael Treatment of stress disorders
WO2018208837A1 (en) 2017-05-08 2018-11-15 Precision Biosciences, Inc. Nucleic acid molecules encoding an engineered antigen receptor and an inhibitory nucleic acid molecule and methods of use thereof
WO2018209158A2 (en) 2017-05-10 2018-11-15 Editas Medicine, Inc. Crispr/rna-guided nuclease systems and methods
EP3622062A4 (en) 2017-05-10 2020-10-14 The Regents of the University of California DIRECTED EDITING OF CELLULAR RNA BY NUCLEAR ADMINISTRATION OF CRISPR / CAS9
US12226479B2 (en) 2017-05-11 2025-02-18 The General Hospital Corporation Methods and compositions of use of CD8+ tumor infiltrating lymphocyte subtypes and gene signatures thereof
US11560566B2 (en) 2017-05-12 2023-01-24 President And Fellows Of Harvard College Aptazyme-embedded guide RNAs for use with CRISPR-Cas9 in genome editing and transcriptional activation
CA3062981A1 (en) 2017-05-17 2018-11-22 Inserm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) Flt3 inhibitors for improving pain treatments by opioids
WO2018213726A1 (en) 2017-05-18 2018-11-22 The Broad Institute, Inc. Systems, methods, and compositions for targeted nucleic acid editing
JP7364472B2 (ja) 2017-05-18 2023-10-18 ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド 標的化された核酸編集のための系、方法、及び組成物
CA3064000A1 (en) 2017-05-24 2018-11-29 Effector Therapeutics, Inc. Methods and compositions for cellular immunotherapy
EP3630970A4 (en) 2017-05-25 2020-12-30 The General Hospital Corporation BASIC EDITORS WITH IMPROVED PRECISION AND SPECIFICITY
CA3064817A1 (en) 2017-05-25 2018-11-29 Institute Of Genetics And Developmental Biology Chinese Academy Of Sciences Methods for increasing grain productivity
JP6628385B6 (ja) 2017-05-31 2020-03-04 国立大学法人 東京大学 改変されたＣａｓ９タンパク質及びその用途
EP3409104A1 (en) 2017-05-31 2018-12-05 Vilmorin et Cie Tomato plant resistant to tomato yellow leaf curl virus, powdery mildew, and nematodes
WO2020249996A1 (en) 2019-06-14 2020-12-17 Vilmorin & Cie Resistance in plants of solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus
EP3409106A1 (en) 2017-06-01 2018-12-05 Vilmorin et Cie Tolerance in plants of solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus (tbrfv)
US11603544B2 (en) 2017-06-05 2023-03-14 Fred Hutchinson Cancer Center Genomic safe harbors for genetic therapies in human stem cells and engineered nanoparticles to provide targeted genetic therapies
US11879128B2 (en) 2017-06-05 2024-01-23 Consejo Superior De Investigaciones Científicas (Csic)—Delegación Andalucía Targeting of gluten by genome editing
EP3634496A4 (en) 2017-06-06 2021-09-08 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. METHODS FOR SENSITIZING CANCER CELLS TO T-LYMPHOCYTES-MEDIA DESTRUCTION BY MODULATION OF MOLECULAR PATHWAYS
WO2018226900A2 (en) 2017-06-06 2018-12-13 Zymergen Inc. A htp genomic engineering platform for improving fungal strains
EP3878961A1 (en) 2017-06-06 2021-09-15 Zymergen, Inc. A htp genomic engineering platform for improving escherichia coli
US20210079100A1 (en) 2017-06-08 2021-03-18 Inserm (Institute National De La Sante Et De La Recherche Medicale) Methods and compositions for treating hyperpigmentation disorders
WO2018226972A2 (en) 2017-06-09 2018-12-13 Vilmorin & Cie Compositions and methods for genome editing
EP3635104A1 (en) 2017-06-09 2020-04-15 Editas Medicine, Inc. Engineered cas9 nucleases
AU2018285860A1 (en) 2017-06-13 2020-01-02 Flagship Pioneering Innovations V, Inc. Compositions comprising curons and uses thereof
FI3638776T3 (fi) 2017-06-14 2025-12-09 Univ Dresden Tech Menetelmiä ja välineitä genomien geneettiseen muokkaamiseen hyödyntäen suunnittelu-DNA:ta rekombinoivia entsyymejä
WO2018232195A1 (en) 2017-06-14 2018-12-20 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods targeting complement component 3 for inhibiting tumor growth
MX2019015188A (es) 2017-06-15 2020-08-03 Univ California Inserciones de adn no virales orientadas.
US11512287B2 (en) 2017-06-16 2022-11-29 Sangamo Therapeutics, Inc. Targeted disruption of T cell and/or HLA receptors
AU2018287042A1 (en) 2017-06-20 2020-02-06 Centre National De La Recherche Scientifique - Cnrs - Immune cells defective for Suv39h1
KR20250026894A (ko) 2017-06-21 2025-02-25 티모시 에이. 버트람 신장 질환의 치료를 위한 면역특권화 생체활성 신장 세포
KR102321388B1 (ko) 2017-06-23 2021-11-03 인스크립타 인코포레이티드 핵산 가이드 뉴클레아제
US10011849B1 (en) 2017-06-23 2018-07-03 Inscripta, Inc. Nucleic acid-guided nucleases
US9982279B1 (en) 2017-06-23 2018-05-29 Inscripta, Inc. Nucleic acid-guided nucleases
AU2018290843B2 (en) 2017-06-26 2025-04-24 Massachusetts Institute Of Technology CRISPR/Cas-adenine deaminase based compositions, systems, and methods for targeted nucleic acid editing
EP3645021A4 (en) 2017-06-30 2021-04-21 Intima Bioscience, Inc. ADENO-ASSOCIATED VIRAL VECTORS FOR GENE THERAPY
EP3645721A1 (en) 2017-06-30 2020-05-06 Novartis AG Methods for the treatment of disease with gene editing systems
AU2018291041B2 (en) 2017-06-30 2021-08-05 Inscripta, Inc. Automated cell processing methods, modules, instruments, and systems
CA3068465A1 (en) 2017-06-30 2019-01-03 Precision Biosciences, Inc. Genetically-modified t cells comprising a modified intron in the t cell receptor alpha gene
BR112020000719A2 (pt) 2017-07-11 2020-07-14 Compass Therapeutics Llc anticorpos agonistas que ligam o cd137 humano e seus usos
WO2019014664A1 (en) * 2017-07-14 2019-01-17 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. MODULATION OF BIOMARKERS TO INCREASE ANTITUMOR IMMUNITY AND IMPROVE THE EFFECTIVENESS OF ANTICANCER IMMUNOTHERAPY
WO2019014581A1 (en) 2017-07-14 2019-01-17 The Broad Institute, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR MODULATING THE ACTIVITY OF A CYTOTOXIC LYMPHOCYTE
WO2019014564A1 (en) 2017-07-14 2019-01-17 Editas Medicine, Inc. SYSTEMS AND METHODS OF TARGETED INTEGRATION AND GENOME EDITING AND DETECTION THEREOF WITH INTEGRATED PRIMING SITES
CN111278980A (zh) 2017-07-14 2020-06-12 苏州克睿基因生物科技有限公司 一种基因编辑系统及基因编辑的方法
EP3654993A4 (en) 2017-07-17 2021-08-25 The Broad Institute, Inc. CELL ATLAS OF HEALTHY HUMAN COLUMN AND HUMAN COLUMN WITH COLITIS ULCEROSA
WO2019018551A2 (en) 2017-07-18 2019-01-24 Lee Tzumin METHODS AND COMPOSITIONS FOR GENETICALLY GENETIC HANDLING OF GENES AND CELLS
WO2019018694A1 (en) 2017-07-19 2019-01-24 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. DIAGNOSIS AND TREATMENT OF CANCER
WO2019016310A1 (en) 2017-07-20 2019-01-24 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) METHODS AND COMPOSITIONS FOR TREATING CANCERS
IL253642A0 (en) 2017-07-24 2017-09-28 Seger Rony Combined treatment for cancer
US11926664B2 (en) 2017-07-25 2024-03-12 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for modulating monocytopoiesis
WO2019023291A2 (en) 2017-07-25 2019-01-31 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR PRODUCTION AND DECODING OF GUIDE RNA LIBRARIES AND USES THEREOF
US11732274B2 (en) 2017-07-28 2023-08-22 President And Fellows Of Harvard College Methods and compositions for evolving base editors using phage-assisted continuous evolution (PACE)
TWI820034B (zh) 2017-07-31 2023-11-01 香港商映像生物有限公司 眼部疾病之細胞模式及用於眼部疾病的療法
AU2018309714A1 (en) 2017-07-31 2020-01-30 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Assessment of CRISPR/Cas-induced recombination with an exogenous donor nucleic acid in vivo
SG11201912235PA (en) 2017-07-31 2020-01-30 Regeneron Pharma Cas-transgenic mouse embryonic stem cells and mice and uses thereof
EP3585160A2 (en) 2017-07-31 2020-01-01 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr reporter non-human animals and uses thereof
EP3663310A4 (en) 2017-08-04 2021-08-11 Peking University TALE RVD SPECIFICALLY RECOGNIZING A DNA BASE MODIFIED BY METHYLATION AND CORRESPONDING APPLICATION
WO2019032675A1 (en) 2017-08-08 2019-02-14 Sangamo Therapeutics, Inc. CELL TARGETING MEDIATED BY A CHIMERIC ANTIGEN RECEPTOR
US11624077B2 (en) 2017-08-08 2023-04-11 Peking University Gene knockout method
JP2020533962A (ja) 2017-08-11 2020-11-26 フレッド ハッチンソン キャンサー リサーチ センター Ｂｒａｆ特異的ｔｃｒおよびその使用
EP3673054A4 (en) * 2017-08-22 2021-06-02 Napigen, Inc. ORGANEL GENOME MODIFICATION USING POLYNUCLEOTIDE-GUIDED ENDONUCLEASE
US11692166B2 (en) 2017-08-23 2023-07-04 Technion Research & Development Foundation Limited Compositions and methods for improving alcohol tolerance in yeast
EP3672612A4 (en) 2017-08-23 2021-09-29 The General Hospital Corporation GENETICALLY MODIFIED CRISPR-CAS9 NUCLEASES WITH MODIFIED PAM SPECIFICITY
WO2019040744A1 (en) 2017-08-24 2019-02-28 Board Of Regents Of University Of Nebraska METHODS AND COMPOSITIONS FOR IN SITU GERMINAL GENOMIC GENE ENGINEERING
WO2019038417A1 (en) 2017-08-25 2019-02-28 Institute Of Genetics And Developmental Biology, Chinese Academy Of Sciences METHODS FOR INCREASING GRAIN YIELD
US10738327B2 (en) 2017-08-28 2020-08-11 Inscripta, Inc. Electroporation cuvettes for automation
WO2019139645A2 (en) 2017-08-30 2019-07-18 President And Fellows Of Harvard College High efficiency base editors comprising gam
WO2019046791A1 (en) 2017-09-01 2019-03-07 The Johns Hopkins University TARGETED EPIGENETIC THERAPY FOR AERIAL CONDITION OF AERTICAL HERITATION
CN107446859B (zh) * 2017-09-02 2020-12-18 河南省农业科学院畜牧兽医研究所 一株鸡毒支原体及其应用
US12404505B2 (en) 2017-09-05 2025-09-02 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Delivery of a gene-editing system with a single retroviral particle and methods of generation and use
WO2019049913A1 (ja) 2017-09-05 2019-03-14 国立大学法人 東京大学 改変されたＣａｓ９タンパク質及びその用途
CA3071661A1 (en) 2017-09-06 2019-03-14 Fred Hutchinson Cancer Research Center Strep-tag specific chimeric receptors and uses thereof
EP3678690A1 (en) 2017-09-06 2020-07-15 Fred Hutchinson Cancer Research Center Methods for improving adoptive cell therapy
CN111315885A (zh) 2017-09-11 2020-06-19 因赛德奥特生物公司 增强肿瘤免疫原性的方法和组合物
US20190076814A1 (en) 2017-09-11 2019-03-14 Synthego Corporation Biopolymer synthesis system and method
WO2019055862A1 (en) 2017-09-14 2019-03-21 Fred Hutchinson Cancer Research Center HIGH AFFINITY T CELL RECEPTORS AND USES THEREOF
WO2019053725A1 (en) 2017-09-18 2019-03-21 Futuragene Israel Ltd. TISSUE-SPECIFIC EXPRESSION CONTROL OF DELLA POLYPEPTIDES
CN111194350A (zh) 2017-09-18 2020-05-22 博雅辑因（北京）生物科技有限公司 一种基因编辑t细胞及其用途
WO2019056099A1 (en) 2017-09-19 2019-03-28 The University Of British Columbia ANTI-HLA-A2 ANTIBODIES AND METHODS OF USE
WO2019057649A1 (en) 2017-09-19 2019-03-28 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) METHODS AND PHARMACEUTICAL COMPOSITIONS FOR THE TREATMENT OF ACUTE MYELOID LEUKEMIA
EA202090585A1 (ru) 2017-09-19 2020-07-08 Дзе Стэйт Оф Исраэль, Министри Оф Эгрикалчур Энд Рурал Девелопмент, Эгрикалчурал Ресерч Организэйшн (Аро) (Волкани Сентер) Птицы с отредактированным геномом
JP7330174B2 (ja) 2017-09-20 2023-08-21 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル オートファジーをモジュレーションするための方法及び医薬組成物
WO2019056106A1 (en) 2017-09-20 2019-03-28 The University Of British Columbia NOVEL ANTI-HLA-A2 ANTIBODIES AND USES THEREOF
KR20200066616A (ko) 2017-09-21 2020-06-10 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 표적화된 핵산 편집을 위한 시스템, 방법 및 조성물
EP3684389A4 (en) 2017-09-21 2021-06-16 Dana Farber Cancer Institute, Inc. Isolation, preservation, compositions and uses of extracts from justicia plants
KR101896847B1 (ko) 2017-09-22 2018-09-07 한국생명공학연구원 DNA 절단 활성이 불활성화된 Cpf1을 포함하는 유전자 발현 억제용 조성물 및 그 용도
EP3688168A4 (en) 2017-09-25 2021-07-14 Agrospheres, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR THE SCALABLE PRODUCTION AND RELEASE OF BIOLOGICS
ES2962277T3 (es) 2017-09-29 2024-03-18 Regeneron Pharma Roedores que comprenden un locus Ttr humanizado y métodos de uso
US11603536B2 (en) * 2017-09-29 2023-03-14 Inari Agriculture Technology, Inc. Methods for efficient maize genome editing
US10435713B2 (en) 2017-09-30 2019-10-08 Inscripta, Inc. Flow through electroporation instrumentation
US12043870B2 (en) 2017-10-02 2024-07-23 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for detecting and modulating an immunotherapy resistance gene signature in cancer
CN111148432B (zh) 2017-10-02 2021-11-23 先正达参股股份有限公司 工程化的杀有害生物蛋白和控制植物有害生物的方法
US20200239544A1 (en) 2017-10-03 2020-07-30 Precision Biosciences, Inc. Modified epidermal growth factor receptor peptides for use in genetically-modified cells
WO2019071054A1 (en) 2017-10-04 2019-04-11 The Broad Institute, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR MODIFYING THE FUNCTION AND STRUCTURE OF BUCKLES AND / OR CHROMATIN DOMAINS
CN118421665A (zh) * 2017-10-06 2024-08-02 俄勒冈健康与科学大学 用于编辑rna的组合物和方法
JP2020536529A (ja) 2017-10-10 2020-12-17 チルドレンズ ホスピタル メディカル センター 食道組織および／または臓器組成物およびそれを作製する方法
US11725228B2 (en) 2017-10-11 2023-08-15 The General Hospital Corporation Methods for detecting site-specific and spurious genomic deamination induced by base editing technologies
US10709085B2 (en) 2017-10-13 2020-07-14 Bejo Zaden Bv Lettuce variety ‘80020-0911-007’
US11680296B2 (en) 2017-10-16 2023-06-20 Massachusetts Institute Of Technology Mycobacterium tuberculosis host-pathogen interaction
KR20200121782A (ko) 2017-10-16 2020-10-26 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 아데노신 염기 편집제의 용도
US20210069241A1 (en) 2017-10-20 2021-03-11 Fred Hutchinson Cancer Research Center Compositions and methods of immunotherapy targeting tigit and/or cd112r or comprising cd226 overexpression
CA3079681A1 (en) 2017-10-20 2019-04-25 Fred Hutchinson Cancer Research Center Systems and methods to produce b cells genetically modified to express selected antibodies
US12227742B2 (en) 2017-10-23 2025-02-18 The Broad Institute, Inc. Nucleic acid modifiers
US11690856B2 (en) 2017-10-23 2023-07-04 Inserm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) Compounds for treating CMV related diseases
CN111565731B (zh) 2017-10-24 2024-03-08 达莉亚·伊兰妮 治疗缺血性疾病的方法
CN109722414A (zh) 2017-10-27 2019-05-07 博雅辑因（北京）生物科技有限公司 一种高效制备成熟红细胞的方法以及用于制备成熟红细胞的培养基
JP7101419B2 (ja) 2017-10-27 2022-07-15 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア 内因性ｔ細胞受容体の標的置換
US11547614B2 (en) 2017-10-31 2023-01-10 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for studying cell evolution
US11718679B2 (en) 2017-10-31 2023-08-08 Compass Therapeutics Llc CD137 antibodies and PD-1 antagonists and uses thereof
WO2019089826A1 (en) 2017-10-31 2019-05-09 Magenta Therapeutics Inc. Compositions and methods for the expansion of hematopoietic stem and progenitor cells
CN111683669A (zh) 2017-10-31 2020-09-18 美真达治疗公司 用于造血干细胞和祖细胞移植疗法的组合物和方法
US20210179709A1 (en) 2017-10-31 2021-06-17 Novartis Ag Anti-car compositions and methods
WO2019089913A1 (en) 2017-11-01 2019-05-09 Precision Biosciences, Inc. Engineered nucleases that target human and canine factor viii genes as a treatment for hemophilia a
US20210180053A1 (en) 2017-11-01 2021-06-17 Novartis Ag Synthetic rnas and methods of use
WO2019084958A1 (en) 2017-11-06 2019-05-09 Shenzhen Cell Inspire Biotechnology Co., Ltd. Novel human induced pluripotent stem cell lines for modeling alzheimer's disease and usage thereof
JP2021502085A (ja) 2017-11-09 2021-01-28 サンガモ セラピューティクス， インコーポレイテッド サイトカイン誘導性ｓｈ２含有タンパク質（ｃｉｓｈ）遺伝子の遺伝子改変
US12171783B2 (en) 2017-11-13 2024-12-24 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for targeting developmental and oncogenic programs in H3K27M gliomas
EP3710039A4 (en) 2017-11-13 2021-08-04 The Broad Institute, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR TREATMENT OF CANCER BY TARGETING THE CLEC2D-KLRB1 PATH
WO2019094984A1 (en) 2017-11-13 2019-05-16 The Broad Institute, Inc. Methods for determining spatial and temporal gene expression dynamics during adult neurogenesis in single cells
IL255664A0 (en) 2017-11-14 2017-12-31 Shachar Idit Hematopoietic stem cells with enhanced properties
EP3710008A4 (en) 2017-11-14 2021-08-25 The Schepens Eye Research Institute, Inc. RUNX1 INHIBITION FOR THE TREATMENT OF PROLIFERATIVE VITREORETINOPATHY AND DISEASES ASSOCIATED WITH EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION
CN111601883B (zh) 2017-11-17 2024-06-21 艾欧凡斯生物治疗公司 由细针抽吸物和小活检物扩增til
WO2019099823A1 (en) * 2017-11-17 2019-05-23 Stc.Unm Therapy for myotonic dystrophy type 1 via genome editing of the dmpk gene
WO2019100052A2 (en) 2017-11-20 2019-05-23 Compass Therapeutics Llc Cd137 antibodies and tumor antigen-targeting antibodies and uses thereof
JP2021503885A (ja) 2017-11-22 2021-02-15 アイオバンス バイオセラピューティクス，インコーポレイテッド 末梢血からの末梢血リンパ球（ｐｂｌ）の拡大培養
CA3083158A1 (en) 2017-11-24 2019-05-31 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) Methods and compositions for treating cancers
WO2019101995A1 (en) 2017-11-27 2019-05-31 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for cardiac regeneration
CA3083601A1 (en) 2017-11-28 2019-06-06 Mirimus, Inc. Methods of genetic mediated engineering of rnai models
WO2019109047A1 (en) 2017-12-01 2019-06-06 Fred Hutchinson Cancer Research Center Binding proteins specific for 5t4 and uses thereof
WO2019113375A2 (en) 2017-12-06 2019-06-13 Magenta Therapeutics, Inc. Dosing regimens for the mobilization of hematopoietic stem and progenitor cells
GB201720351D0 (en) 2017-12-06 2018-01-17 Iontas Ltd Selecting for developability in drug discovery
US11332736B2 (en) 2017-12-07 2022-05-17 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for multiplexing single cell and single nuclei sequencing
CA3082956A1 (en) 2017-12-08 2019-06-13 Synthetic Genomics, Inc. Improving algal lipid productivity via genetic modification of a tpr domain containing protein
US11766455B2 (en) 2017-12-14 2023-09-26 Ezy Biotech Llc Subject-specific tumor inhibiting cells and the use thereof
EP3707253A1 (en) 2017-12-15 2020-09-16 Danisco US Inc. Cas9 variants and methods of use
US12406749B2 (en) 2017-12-15 2025-09-02 The Broad Institute, Inc. Systems and methods for predicting repair outcomes in genetic engineering
WO2019126626A1 (en) 2017-12-21 2019-06-27 Children's Hospital Medical Center Digitalized human organoids and methods of using same
US20230193242A1 (en) 2017-12-22 2023-06-22 The Broad Institute, Inc. Cas12b systems, methods, and compositions for targeted dna base editing
CN107868123B (zh) 2017-12-25 2020-05-12 中国农业科学院作物科学研究所 一种同时提高植物产量和抗性的基因及其应用
WO2019133881A1 (en) 2017-12-29 2019-07-04 Rubius Therapeutics, Inc. Gene editing and targeted transcriptional modulation for enginerering erythroid cells
WO2019136159A1 (en) 2018-01-03 2019-07-11 Magenta Therapeutics Inc. Compositions and methods for the expansion of hematopoietic stem and progenitor cells and treatment of inherited metabolic disorders
US11994512B2 (en) 2018-01-04 2024-05-28 Massachusetts Institute Of Technology Single-cell genomic methods to generate ex vivo cell systems that recapitulate in vivo biology with improved fidelity
WO2019134946A1 (en) 2018-01-04 2019-07-11 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating melanoma resistant
WO2019140009A1 (en) 2018-01-09 2019-07-18 Cibus Us Llc Shatterproof genes and mutations
WO2019140278A1 (en) 2018-01-11 2019-07-18 Fred Hutchinson Cancer Research Center Immunotherapy targeting core binding factor antigens
US20200362366A1 (en) 2018-01-12 2020-11-19 Basf Se Gene underlying the number of spikelets per spike qtl in wheat on chromosome 7a
ES2940786T3 (es) 2018-01-17 2023-05-11 Vertex Pharma Compuestos de quinoxalinona, composiciones, métodos y kits para aumentar la eficiencia de edición del genoma
EA202091709A1 (ru) 2018-01-17 2020-11-10 Вертекс Фармасьютикалз Инкорпорейтед Ингибиторы днк-пк
BR112020014315A2 (pt) 2018-01-17 2020-12-08 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Inibidores de dna-pk
WO2019145413A1 (en) 2018-01-25 2019-08-01 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Antagonists of il-33 for use in methods for preventing ischemia reperfusion injury in an organ
WO2019147743A1 (en) 2018-01-26 2019-08-01 Massachusetts Institute Of Technology Structure-guided chemical modification of guide rna and its applications
US11802288B1 (en) * 2018-01-29 2023-10-31 Inari Agriculture Technology, Inc. Methods for efficient soybean genome editing
US11926835B1 (en) * 2018-01-29 2024-03-12 Inari Agriculture Technology, Inc. Methods for efficient tomato genome editing
IL257225A (en) 2018-01-29 2018-04-09 Yeda Res & Dev Treatment of sarcoma
US11220694B1 (en) 2018-01-29 2022-01-11 Inari Agriculture, Inc. Rice cells and rice plants
CN112153984A (zh) 2018-01-30 2020-12-29 福宏治疗公司 化合物及其用途
CN112041659A (zh) * 2018-02-06 2020-12-04 瓦罗贝克两合公司 微流体装置、系统、基础设施、其用途以及使用其用于基因工程改造的方法
EP3749764A1 (en) 2018-02-08 2020-12-16 Zymergen, Inc. Genome editing using crispr in corynebacterium
BR112020014242A2 (pt) 2018-02-14 2020-12-15 Institute Of Genetics And Developmental Biology, Chinese Academy Of Sciences Métodos de aumento da eficiência de uso de nutriente
JP7384811B2 (ja) 2018-02-16 2023-11-21 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル 白斑を処置するための方法及び組成物
WO2019165168A1 (en) 2018-02-23 2019-08-29 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Novel cas9 orthologs
WO2019165116A1 (en) 2018-02-26 2019-08-29 Fred Hutchinson Cancer Research Center Compositions and methods for cellular immunotherapy
EP3765614A1 (en) 2018-03-14 2021-01-20 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for the treatment of hemoglobinopathies
AU2019236204B2 (en) 2018-03-15 2026-02-26 KSQ Therapeutics, Inc. Gene-regulating compositions and methods for improved immunotherapy
KR20240038811A (ko) 2018-03-19 2024-03-25 리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드 CRISPR/Cas 시스템을 사용한 동물에서의 전사 조절
US10760075B2 (en) 2018-04-30 2020-09-01 Snipr Biome Aps Treating and preventing microbial infections
US10435662B1 (en) 2018-03-29 2019-10-08 Inscripta, Inc. Automated control of cell growth rates for induction and transformation
WO2019193375A1 (en) 2018-04-04 2019-10-10 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of fzd7 inhibitors for the treatment of retinal neovascularization
AU2019247403B2 (en) 2018-04-04 2025-04-10 Cibus Europe, B.V. FAD2 genes and mutations
IT201800004253A1 (it) 2018-04-05 2019-10-05 Composizioni e metodi per il trattamento della tachicardia ventricolare polimorfa catecolaminergica dominante ereditaria.
EP3773658A4 (en) 2018-04-06 2022-04-27 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. KIR3DL3 AS HLA2 RECEPTOR, ANTI-HHLA2 ANTIBODY AND ITS USES
US20210155959A1 (en) 2018-04-06 2021-05-27 Children's Medical Center Corporation Compositions and methods for somatic cell reprogramming and modulating imprinting
US11786554B2 (en) 2018-04-12 2023-10-17 Precision Biosciences, Inc. Optimized engineered nucleases having specificity for the human T cell receptor alpha constant region gene
WO2019200004A1 (en) 2018-04-13 2019-10-17 Inscripta, Inc. Automated cell processing instruments comprising reagent cartridges
JP7447014B2 (ja) 2018-04-13 2024-03-11 サンガモ セラピューティクス フランス インターロイキン２３受容体に特異的なキメラ抗原受容体
WO2019204378A1 (en) 2018-04-17 2019-10-24 The General Hospital Corporation Sensitive in vitro assays for substrate preferences and sites of nucleic acid binding, modifying, and cleaving agents
CN112334577B (zh) 2018-04-19 2023-10-17 加利福尼亚大学董事会 用于基因编辑的组合物和方法
US12338486B2 (en) 2018-04-19 2025-06-24 Massachusetts Institute Of Technology Single-stranded break detection in double-stranded DNA
US10858761B2 (en) 2018-04-24 2020-12-08 Inscripta, Inc. Nucleic acid-guided editing of exogenous polynucleotides in heterologous cells
EP3560330B1 (en) 2018-04-24 2022-06-15 KWS SAAT SE & Co. KGaA Plants with improved digestibility and marker haplotypes
US10501738B2 (en) 2018-04-24 2019-12-10 Inscripta, Inc. Automated instrumentation for production of peptide libraries
US10557216B2 (en) 2018-04-24 2020-02-11 Inscripta, Inc. Automated instrumentation for production of T-cell receptor peptide libraries
US20190330643A1 (en) * 2018-04-25 2019-10-31 The Catholic University Of America Engineering of bacteriophages by genome editing using the crispr-cas9 system
CN108707621B (zh) 2018-04-26 2021-02-12 中国农业科学院作物科学研究所 一种CRISPR/Cpf1系统介导的以RNA转录本为修复模板的同源重组方法
US11957695B2 (en) 2018-04-26 2024-04-16 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions targeting glucocorticoid signaling for modulating immune responses
JP7568511B2 (ja) 2018-04-27 2024-10-16 ジーンエディット インコーポレイテッド カチオン性ポリマーおよびその生体分子送達のための使用
US12281301B2 (en) 2018-04-27 2025-04-22 The Broad Institute, Inc. Sequencing-based proteomics
WO2019210153A1 (en) 2018-04-27 2019-10-31 Novartis Ag Car t cell therapies with enhanced efficacy
EP3784029A4 (en) * 2018-04-27 2022-04-20 Seattle Children's Hospital d/b/a Seattle Children's Research Institute TALEN-BASED AND CRISPR/CAS-BASED GENE EDITING FOR BRUTON'S TYROSINE KINASE
MA52533A (fr) 2018-04-27 2021-03-03 Iovance Biotherapeutics Inc Procédé en circuit fermé pour l'amplification et l'edition de gènes de lymphocytes d'infiltration des tumeurs et leurs utilisations en immunothérapie
CN110184301B (zh) * 2018-04-28 2023-02-24 辉大(上海)生物科技有限公司 通过Tild-CRISPR实现高效精确的靶向整合
WO2019213660A2 (en) 2018-05-04 2019-11-07 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for modulating cgrp signaling to regulate innate lymphoid cell inflammatory responses
JP7055469B2 (ja) 2018-05-08 2022-04-18 国立大学法人大阪大学 ホモ接合型細胞の作製方法
EP4252759B1 (en) 2018-05-11 2025-08-06 Memorial Sloan Kettering Cancer Center T cell receptors targeting pik3ca mutations and uses thereof
CN112654710A (zh) 2018-05-16 2021-04-13 辛瑟高公司 用于指导rna设计和使用的方法和系统
US11690921B2 (en) 2018-05-18 2023-07-04 Sangamo Therapeutics, Inc. Delivery of target specific nucleases
GB201808424D0 (en) 2018-05-23 2018-07-11 Lucite Int Uk Ltd Methods for producing BMA and MMA using genetically modified microorganisms
SG11202010996QA (en) 2018-05-23 2020-12-30 Nat Univ Singapore Blockade of cd2 surface expression and expression of chimeric antigen receptors for immunotherapy of t-cell malignancies
US12157760B2 (en) 2018-05-23 2024-12-03 The Broad Institute, Inc. Base editors and uses thereof
US12398360B2 (en) 2018-06-01 2025-08-26 Avectas Limited Cell engineering platform
WO2019232542A2 (en) 2018-06-01 2019-12-05 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for detecting and modulating microenvironment gene signatures from the csf of metastasis patients
US11866719B1 (en) 2018-06-04 2024-01-09 Inari Agriculture Technology, Inc. Heterologous integration of regulatory elements to alter gene expression in wheat cells and wheat plants
CN112585261A (zh) 2018-06-07 2021-03-30 布里格姆妇女医院 产生造血干细胞的方法
US20220403001A1 (en) 2018-06-12 2022-12-22 Obsidian Therapeutics, Inc. Pde5 derived regulatory constructs and methods of use in immunotherapy
JP7438988B2 (ja) 2018-06-13 2024-02-27 ノバルティス アーゲー Ｂｃｍａキメラ抗原受容体及びその使用
US12036240B2 (en) 2018-06-14 2024-07-16 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods targeting complement component 3 for inhibiting tumor growth
WO2019237386A1 (zh) * 2018-06-16 2019-12-19 深圳市博奥康生物科技有限公司 一种敲除人ct1.1基因的方法
US20210269866A1 (en) 2018-06-26 2021-09-02 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based amplification methods, systems, and diagnostics
CA3101066A1 (en) 2018-06-26 2020-01-02 The Broad Institute, Inc. Crispr/cas and transposase based amplification compositions, systems and methods
US11629179B2 (en) 2018-06-29 2023-04-18 Stichting Het Nederlands Kanker Instituut—Antoni van Leeuwenhoek Ziekenhuis TWEAK-receptor agonists for use in combination with immunotherapy of a cancer
AU2019291918B2 (en) 2018-06-29 2025-06-12 Editas Medicine, Inc. Synthetic guide molecules, compositions and methods relating thereto
WO2020005341A1 (en) 2018-06-29 2020-01-02 Icahn School Of Medicine At Mount Sinai Anc80 encoding sphingolipid-metabolizing proteins
WO2020005383A1 (en) 2018-06-30 2020-01-02 Inscripta, Inc. Instruments, modules, and methods for improved detection of edited sequences in live cells
EP3818075A1 (en) 2018-07-04 2021-05-12 Ukko Inc. Methods of de-epitoping wheat proteins and use of same for the treatment of celiac disease
WO2020014235A1 (en) 2018-07-09 2020-01-16 The Regents Of The University Of California Gene targets for t-cell-based immunotherapy
US12522807B2 (en) 2018-07-09 2026-01-13 The Broad Institute, Inc. RNA programmable epigenetic RNA modifiers and uses thereof
BR112021000408A2 (pt) * 2018-07-10 2021-06-29 Alia Therapeutics S.R.L. vesículas para dispensação sem traço de moléculas de rna guia e/ou complexo(s) de nuclease guiada por rna/molécula de rna guia e método de produção das mesmas
CA3105658A1 (en) 2018-07-13 2020-01-16 The Regents Of The University Of California Retrotransposon-based delivery vehicle and methods of use thereof
US12553045B2 (en) * 2018-07-16 2026-02-17 Arbor Biotechnologies, Inc. Crispr DNA targeting enzymes and systems
WO2020018964A1 (en) 2018-07-20 2020-01-23 Fred Hutchinson Cancer Research Center Compositions and methods for controlled expression of antigen-specific receptors
EP3826652B1 (en) 2018-07-26 2026-02-25 Children's Hospital Medical Center Hepato-biliary-pancreatic tissues and methods of making same
WO2020028555A2 (en) 2018-07-31 2020-02-06 The Broad Institute, Inc. Novel crispr enzymes and systems
WO2020028686A1 (en) * 2018-08-01 2020-02-06 New York University Targeting piezo1 for treatment of cancer and infectious diseases
CN112703011A (zh) 2018-08-06 2021-04-23 国家医疗保健研究所 用于治疗癌症的方法和组合物
EP3833761A1 (en) 2018-08-07 2021-06-16 The Broad Institute, Inc. Novel cas12b enzymes and systems
EP3607819A1 (en) 2018-08-10 2020-02-12 Vilmorin et Cie Resistance to xanthomonas campestris pv. campestris (xcc) in cauliflower
AU2019318135A1 (en) 2018-08-10 2021-03-04 Sangamo Therapeutics France New car constructs comprising TNFR2 domains
US11142740B2 (en) 2018-08-14 2021-10-12 Inscripta, Inc. Detection of nuclease edited sequences in automated modules and instruments
US10532324B1 (en) 2018-08-14 2020-01-14 Inscripta, Inc. Instruments, modules, and methods for improved detection of edited sequences in live cells
US10752874B2 (en) 2018-08-14 2020-08-25 Inscripta, Inc. Instruments, modules, and methods for improved detection of edited sequences in live cells
JP2021533773A (ja) 2018-08-15 2021-12-09 ザイマージェン インコーポレイテッド ハイスループット代謝操作におけるＣＲＩＳＰＲｉの適用
US20210324357A1 (en) 2018-08-20 2021-10-21 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Degradation domain modifications for spatio-temporal control of rna-guided nucleases
US12460244B2 (en) 2018-08-20 2025-11-04 The Broad Institute, Inc. Inhibitors of RNA-guided nuclease activity and uses thereof
WO2020041380A1 (en) 2018-08-20 2020-02-27 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for optochemical control of crispr-cas9
MX2021001938A (es) 2018-08-22 2021-04-19 Fred Hutchinson Cancer Center Inmunoterapia dirigida a antigenos kras o her2.
WO2020041456A1 (en) 2018-08-22 2020-02-27 The Regents Of The University Of California Variant type v crispr/cas effector polypeptides and methods of use thereof
KR102712986B1 (ko) 2018-08-23 2024-10-07 상가모 테라퓨틱스, 인코포레이티드 조작된 표적 특이적 염기 편집기
EP3844266A1 (en) 2018-08-28 2021-07-07 Fred Hutchinson Cancer Research Center Methods and compositions for adoptive t cell therapy incorporating induced notch signaling
US11389485B2 (en) 2018-08-28 2022-07-19 Vor Biopharma Inc. Genetically engineered hematopoietic stem cells and uses thereof
CN112955540A (zh) 2018-08-30 2021-06-11 因思科瑞普特公司 在自动化模块和仪器中对经核酸酶经编辑的序列的改进的检测
US12534743B2 (en) 2018-08-31 2026-01-27 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
US11479762B1 (en) 2018-08-31 2022-10-25 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
US12545910B2 (en) 2018-08-31 2026-02-10 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
WO2020048942A1 (en) 2018-09-04 2020-03-12 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for enhancing cytotoxic t lymphocyte-dependent immune responses
WO2020051207A2 (en) 2018-09-04 2020-03-12 Magenta Therapeutics Inc. Aryl hydrocarbon receptor antagonists and methods of use
JP7444858B2 (ja) 2018-09-05 2024-03-06 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル 喘息及びアレルギー性疾患を処置するための方法及び組成物
WO2020051283A1 (en) * 2018-09-05 2020-03-12 The Regents Of The University Of California Generation of heritably gene-edited plants without tissue culture
WO2020051507A1 (en) 2018-09-06 2020-03-12 The Broad Institute, Inc. Nucleic acid assemblies for use in targeted delivery
EP3846837A4 (en) * 2018-09-07 2022-09-14 The J. David Gladstone Institutes, A Testamentary Trust Established under The Will of J. David Gladstone HIV OR HCV DETECTION WITH CRISPR-CAS13A
WO2020053125A1 (en) 2018-09-10 2020-03-19 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for the treatment of neurofibromatosis
EP3849565A4 (en) 2018-09-12 2022-12-28 Fred Hutchinson Cancer Research Center REDUCTION OF CD33 EXPRESSION TO SELECTIVELY PROTECT THERAPEUTIC CELLS
EP3849568A4 (en) 2018-09-12 2022-06-15 Children's Hospital Medical Center Organoid compositions for the production of hematopoietic stem cells and derivatives thereof
JP7344300B2 (ja) 2018-09-18 2023-09-13 ブイエヌブイ ニューコ インク． Ａｒｃベースのカプシドおよびその使用
AU2019344927A1 (en) 2018-09-18 2021-04-01 Sangamo Therapeutics, Inc. Programmed cell death 1 (PD1) specific nucleases
WO2020061391A1 (en) * 2018-09-20 2020-03-26 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Methods for inhibiting tumor cells using inhibitors of foxo3a antagonists
AU2019342197B2 (en) 2018-09-21 2025-10-16 President And Fellows Of Harvard College Methods and compositions for treating diabetes, and methods for enriching mRNA coding for secreted proteins
EP4613367A1 (en) 2018-09-21 2025-09-10 Acuitas Therapeutics, Inc. Systems and methods for manufacturing lipid nanoparticles and liposomes
WO2020068702A1 (en) 2018-09-24 2020-04-02 Fred Hutchinson Cancer Research Center Chimeric receptor proteins and uses thereof
WO2020064702A1 (en) 2018-09-25 2020-04-02 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of antagonists of th17 cytokines for the treatment of bronchial remodeling in patients suffering from allergic asthma
GB201815672D0 (en) 2018-09-26 2018-11-07 Innes John Centre Methods for altering starch granule size profile
CA3114405A1 (en) * 2018-09-28 2020-04-02 Board Of Trustees Of Southern Illinois University Anti-crispr nucleic acid inhibitors of crispr-cas effector enzymes
US12264313B2 (en) 2018-10-01 2025-04-01 North Carolina State University Recombinant type I CRISPR-Cas system and uses thereof for genome modification and alteration of expression
WO2020072248A1 (en) 2018-10-01 2020-04-09 North Carolina State University Recombinant type i crispr-cas system
WO2020070062A1 (en) 2018-10-01 2020-04-09 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of tim-3 inhibitors for the treatment of exacerbations in patients suffering from severe asthma
US12264330B2 (en) 2018-10-01 2025-04-01 North Carolina State University Recombinant type I CRISPR-Cas system and uses thereof for killing target cells
WO2020072253A1 (en) 2018-10-01 2020-04-09 North Carolina State University Recombinant type i crispr-cas system and uses thereof for screening for variant cells
CN112867794B (zh) 2018-10-04 2025-02-18 株式会社钟化 用于植物的基因组编辑的dna构建物
JP2022512648A (ja) 2018-10-09 2022-02-07 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル 心筋線維化の処置のためのαＶ－インテグリン（ＣＤ５１）阻害剤の使用
WO2020076976A1 (en) 2018-10-10 2020-04-16 Readcoor, Inc. Three-dimensional spatial molecular indexing
WO2020077236A1 (en) 2018-10-12 2020-04-16 The Broad Institute, Inc. Method for extracting nuclei or whole cells from formalin-fixed paraffin-embedded tissues
US11851663B2 (en) 2018-10-14 2023-12-26 Snipr Biome Aps Single-vector type I vectors
WO2020081730A2 (en) 2018-10-16 2020-04-23 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for modulating microenvironment
WO2020081588A1 (en) 2018-10-17 2020-04-23 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Swi/snf family chromatin remodeling complexes and uses thereof
WO2020079162A1 (en) 2018-10-18 2020-04-23 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for inducing full ablation of hematopoiesis
MX2021004278A (es) * 2018-10-18 2021-09-08 Intellia Therapeutics Inc Composiciones y metodos para la expresion de transgenes a partir de un locus de albumina.
EP3867380A2 (en) 2018-10-18 2021-08-25 Intellia Therapeutics, Inc. Compositions and methods for expressing factor ix
EP3870697A4 (en) 2018-10-22 2022-11-09 Inscripta, Inc. GMO ENZYMES
US11214781B2 (en) 2018-10-22 2022-01-04 Inscripta, Inc. Engineered enzyme
EP3870600A1 (en) 2018-10-24 2021-09-01 Obsidian Therapeutics, Inc. Er tunable protein regulation
US12116458B2 (en) 2018-10-24 2024-10-15 Genedit Inc. Cationic polymer with alkyl side chains and use for biomolecule delivery
US11407995B1 (en) 2018-10-26 2022-08-09 Inari Agriculture Technology, Inc. RNA-guided nucleases and DNA binding proteins
IL262658A (en) 2018-10-28 2020-04-30 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Prevention of age related clonal hematopoiesis and diseases associated therewith
WO2020092453A1 (en) 2018-10-29 2020-05-07 The Broad Institute, Inc. Nucleobase editors comprising geocas9 and uses thereof
JP2022513408A (ja) 2018-10-31 2022-02-07 ザイマージェン インコーポレイテッド Ｄｎａライブラリーの多重化決定論的アセンブリー
US11970733B2 (en) * 2018-11-01 2024-04-30 Synthego Corporation Methods for analyzing nucleic acid sequences
US11434477B1 (en) 2018-11-02 2022-09-06 Inari Agriculture Technology, Inc. RNA-guided nucleases and DNA binding proteins
US20210403519A1 (en) 2018-11-02 2021-12-30 Insideoutbio, Inc. Methods and compositions to induce or suppress immune responses through the use of membrane bound complement split products
CA3118453A1 (en) 2018-11-02 2020-05-07 The Regents Of The University Of California Compositions and methods for treating brain injury
CA3118493A1 (en) 2018-11-05 2020-05-14 Iovance Biotherapeutics, Inc. Expansion of tils utilizing akt pathway inhibitors
US20230039976A1 (en) 2018-11-05 2023-02-09 Iovance Biotherapeutics, Inc. Selection of improved tumor reactive t-cells
JP7688575B2 (ja) 2018-11-05 2025-06-04 アイオバンス バイオセラピューティクス，インコーポレイテッド 抗ｐｄ－１抗体に対して不応性のｎｓｃｌｃ患者の治療
KR20210091213A (ko) 2018-11-05 2021-07-21 이오반스 바이오테라퓨틱스, 인크. 종양 침윤 림프구의 생성 방법 및 면역치료법에서 이의 용도
EP3877552B1 (en) 2018-11-08 2023-02-22 Sutro Biopharma, Inc. E coli strains having an oxidative cytoplasm
EP3877404A2 (en) 2018-11-09 2021-09-15 Fred Hutchinson Cancer Research Center T cell receptors specific for mesothelin and their use in immunotherapy
US12165743B2 (en) 2018-11-09 2024-12-10 The Broad Institute, Inc. Compressed sensing for screening and tissue imaging
AU2019374883A1 (en) 2018-11-09 2021-05-20 Inari Agriculture Technology, Inc. RNA-guided nucleases and DNA binding proteins
US12402610B2 (en) 2018-11-09 2025-09-02 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for modulating innate lymphoid cell pathogenic effectors
BR112021008795A2 (pt) 2018-11-13 2021-08-31 Compass Therapeutics Llc Construtos de ligação multiespecíficos contra moléculas de ponto de verificação e seus usos
EP3653708A1 (en) 2018-11-14 2020-05-20 Evonik Operations GmbH Isomaltulose production
WO2020102659A1 (en) 2018-11-15 2020-05-22 The Broad Institute, Inc. G-to-t base editors and uses thereof
US12227548B2 (en) 2018-11-19 2025-02-18 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Use of IRE1α-XBP1 signaling pathway biomarkers for modulating immune responses
RU2712492C1 (ru) * 2018-11-26 2020-01-29 Автономная некоммерческая образовательная организация высшего образования Сколковский институт науки и технологий Средство разрезания днк на основе cas9 белка из defluviimonas sp.
RU2712497C1 (ru) * 2018-11-26 2020-01-29 Автономная некоммерческая образовательная организация высшего образования Сколковский институт науки и технологий Средство разрезания ДНК на основе Cas9 белка из биотехнологически значимой бактерии Clostridium cellulolyticum
SG11202105413QA (en) 2018-11-26 2021-06-29 Asociacion Centro De Investig Cooperativa En Biociencias Cic Biogune Methods for diagnosing and/or treating acute or chronic liver, kidney or lung disease
US11166996B2 (en) 2018-12-12 2021-11-09 Flagship Pioneering Innovations V, Inc. Anellovirus compositions and methods of use
JP7553100B2 (ja) 2018-12-12 2024-09-18 国立大学法人九州大学 ゲノム編集された細胞の製造方法
EP3893898B1 (en) 2018-12-13 2024-04-03 Versiti Blood Research Institute Foundation, Inc. Method of treating autoimmune and inflammatory diseases using b cells
US12365888B2 (en) 2018-12-14 2025-07-22 Pioneer Hi-Bred International, Inc. CRISPR-Cas systems for genome editing
US12264323B2 (en) 2018-12-17 2025-04-01 The Broad Institute, Inc. CRISPR CPF1 direct repeat variants
CN113544266A (zh) 2018-12-17 2021-10-22 博德研究所 Crispr相关转座酶系统和其使用方法
WO2020131586A2 (en) 2018-12-17 2020-06-25 The Broad Institute, Inc. Methods for identifying neoantigens
US20220193131A1 (en) 2018-12-19 2022-06-23 Iovance Biotherapeutics, Inc. Methods of Expanding Tumor Infiltrating Lymphocytes Using Engineered Cytokine Receptor Pairs and Uses Thereof
JP2022515211A (ja) 2018-12-20 2022-02-17 アールネイティブズ・インコーポレイテッド 合成マイクロｒｎａミミック
US11690362B2 (en) 2018-12-20 2023-07-04 Regeneran Pharmaceuticals, Inc. Nuclease-mediated repeat expansion
EP3898661A1 (en) 2018-12-21 2021-10-27 Precision BioSciences, Inc. Genetic modification of the hydroxyacid oxidase 1 gene for treatment of primary hyperoxaluria
WO2020136216A1 (en) 2018-12-27 2020-07-02 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods of identifying subjects having or at risk of having a coagulation related disorder
EP3906415A1 (en) 2019-01-03 2021-11-10 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for enhancing cd8+ t cell-dependent immune responses in subjects suffering from cancer
US11739156B2 (en) 2019-01-06 2023-08-29 The Broad Institute, Inc. Massachusetts Institute of Technology Methods and compositions for overcoming immunosuppression
CA3125485A1 (en) 2019-01-11 2020-07-16 Acuitas Therapeutics, Inc. Lipids for lipid nanoparticle delivery of active agents
CA3126761C (en) 2019-01-15 2023-01-10 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Green bean plants with improved disease resistance
EP3911669A1 (en) 2019-01-16 2021-11-24 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Variants of erythroferrone and their use
WO2020150633A1 (en) * 2019-01-18 2020-07-23 Orthobio Therapeutics, Inc. Gene editing to improve joint function
WO2020154500A1 (en) 2019-01-23 2020-07-30 The Broad Institute, Inc. Supernegatively charged proteins and uses thereof
US12188081B2 (en) 2019-01-24 2025-01-07 The Translational Genomics Research Institute Bioinformatics methods of in silico validation and selection of circRNAs
WO2020160100A1 (en) 2019-01-29 2020-08-06 Foghorn Therapeutics Inc. Compounds and uses thereof
US12384776B2 (en) 2019-01-29 2025-08-12 Foghorn Therapeutics Inc. Compounds and uses thereof
WO2020163396A1 (en) 2019-02-04 2020-08-13 The General Hospital Corporation Adenine dna base editor variants with reduced off-target rna editing
EP3921031A1 (en) 2019-02-04 2021-12-15 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Methods and compositions for modulating blood-brain barrier
US20220098621A1 (en) * 2019-02-05 2022-03-31 Emendobio Inc. Crispr compositions and methods for promoting gene editing of ribosomal protein s19 (rps19) gene
EP3826664A4 (en) 2019-02-06 2022-10-26 Sangamo Therapeutics, Inc. Method for the treatment of mucopolysaccharidosis type i
US12460230B2 (en) 2019-02-10 2025-11-04 The J. David Gladstone Institutes Modified mitochondrion and methods of use thereof
BR112021014582A2 (pt) 2019-02-15 2021-10-05 Just-Evotec Biologics, Inc. Sistemas, instalações e processos de biomanufatura automatizados
WO2020169472A2 (en) 2019-02-18 2020-08-27 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods of inducing phenotypic changes in macrophages
CN114026116A (zh) 2019-02-20 2022-02-08 弗雷德哈钦森癌症研究中心 Ras新抗原特异性结合蛋白及其用途
US12215382B2 (en) 2019-03-01 2025-02-04 The General Hospital Corporation Liver protective MARC variants and uses thereof
US20220133795A1 (en) 2019-03-01 2022-05-05 Iovance Biotherapeutics, Inc. Expansion of Tumor Infiltrating Lymphocytes From Liquid Tumors and Therapeutic Uses Thereof
US12565664B2 (en) 2019-03-05 2026-03-03 The State Of Israel, Ministry Of Agriculture & Rural Development, Agricultural Research Organization (Aro) (Volcani Center) Genome-edited birds
EP3935156A4 (en) 2019-03-07 2022-12-28 The Regents of The University of California CRISPR-CAS EFFECTIVE POLYPEPTIDES AND METHODS OF USE THEREOF
SG11202109550TA (en) 2019-03-07 2021-09-29 Univ Columbia Rna-guided dna integration using tn7-like transposons
WO2020185590A1 (en) 2019-03-08 2020-09-17 Zymergen Inc. Iterative genome editing in microbes
MX2021010840A (es) 2019-03-08 2022-01-19 Obsidian Therapeutics Inc Composiciones de anhidrasa carbónica 2 (ca2) humana y métodos de regulación ajustable.
US11053515B2 (en) 2019-03-08 2021-07-06 Zymergen Inc. Pooled genome editing in microbes
CN113825834A (zh) 2019-03-11 2021-12-21 索伦托药业有限公司 使用rna引导的核酸内切酶进行dna构建体整合的改进工艺
BR112021017703A8 (pt) 2019-03-11 2023-04-18 Hutchinson Fred Cancer Res Receptores de células t wt1 de alta avidez e usos dos mesmos
US12534714B2 (en) 2019-03-18 2026-01-27 The Broad Institute, Inc. Type VII CRISPR proteins and systems
SG11202108090XA (en) 2019-03-18 2021-08-30 Regeneron Pharma Crispr/cas dropout screening platform to reveal genetic vulnerabilities associated with tau aggregation
WO2020190932A1 (en) 2019-03-18 2020-09-24 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr/cas screening platform to identify genetic modifiers of tau seeding or aggregation
MX2021011426A (es) 2019-03-19 2022-03-11 Broad Inst Inc Metodos y composiciones para editar secuencias de nucleótidos.
US11001831B2 (en) 2019-03-25 2021-05-11 Inscripta, Inc. Simultaneous multiplex genome editing in yeast
AU2020247900A1 (en) 2019-03-25 2021-11-04 Inscripta, Inc. Simultaneous multiplex genome editing in yeast
WO2020193740A1 (en) 2019-03-28 2020-10-01 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) New strategy for treating pancreatic cancer
EP3946330A1 (en) 2019-03-29 2022-02-09 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Methods for the treatment of keloid, hypertrophic scars and/or hyperpigmentation disorders
WO2020206046A1 (en) 2019-04-01 2020-10-08 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for cell therapy
US20220162649A1 (en) 2019-04-01 2022-05-26 The Broad Institute, Inc. Novel nucleic acid modifiers
WO2020201362A2 (en) 2019-04-02 2020-10-08 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods of predicting and preventing cancer in patients having premalignant lesions
WO2020205838A1 (en) 2019-04-02 2020-10-08 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods for the treatment of beta-thalassemia
KR20240122580A (ko) 2019-04-03 2024-08-12 프리시젼 바이오사이언시스 인코포레이티드 마이크로RNA-적응 shRNA(shRNAmiR)를 포함하는 유전자-변형 면역 세포
AU2020256225B9 (en) 2019-04-03 2025-04-10 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for insertion of antibody coding sequences into a safe harbor locus
US11111504B2 (en) 2019-04-04 2021-09-07 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods for scarless introduction of targeted modifications into targeting vectors
WO2020206139A1 (en) 2019-04-04 2020-10-08 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Non-human animals comprising a humanized coagulation factor 12 locus
CA3136114A1 (en) 2019-04-05 2020-10-08 Danisco Us Inc. Methods for integrating a donor dna sequence into the genome of bacillus using linear recombinant dna constructs and compositions thereof
SG11202110956RA (en) 2019-04-05 2021-10-28 Rootpath Genomics Inc Compositions and methods for t-cell receptor gene assembly
EP3947656A1 (en) 2019-04-05 2022-02-09 Danisco US Inc. Methods for polynucleotide integration into the genome of bacillus using dual circular recombinant dna constructs and compositions thereof
US20220204994A1 (en) 2019-04-05 2022-06-30 Precision Biosciences, Inc. Methods of preparing populations of genetically-modified immune cells
WO2020208082A1 (en) 2019-04-09 2020-10-15 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Method for treating cmv related diseases
WO2020214842A1 (en) 2019-04-17 2020-10-22 The Broad Institute, Inc. Adenine base editors with reduced off-target effects
US20220340711A1 (en) 2019-04-23 2022-10-27 GenEdit, Inc. Cationic polymer with alkyl side chains
EP3959320A1 (en) 2019-04-24 2022-03-02 Novartis AG Compositions and methods for selective protein degradation
CN113785059A (zh) 2019-04-30 2021-12-10 博雅辑因（北京）生物科技有限公司 一种血红蛋白病治疗有效性预测方法
WO2020221796A1 (en) 2019-04-30 2020-11-05 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating melanoma
US11162079B2 (en) 2019-05-10 2021-11-02 The Regents Of The University Of California Blood type O Rh-hypo-immunogenic pluripotent cells
WO2020232029A1 (en) 2019-05-13 2020-11-19 Iovance Biotherapeutics, Inc. Methods and compositions for selecting tumor infiltrating lymphocytes and uses of the same in immunotherapy
UA128175C2 (uk) 2019-05-13 2024-04-24 Квс Саат Се Енд Ко. Кгаа Посухостійкість у кукурудзи
EP3969466A4 (en) 2019-05-14 2023-01-18 Yield10 Bioscience, Inc. MODIFIED PLANTS WITH A POLYNUCLEOTIDE WITH AN UNRELATED PROMOTER OPERATIONALLY LINKED TO AN CODING SEQUENCE THAT ENCODES A TRANSCRIPTION FACTOR
US20220220169A1 (en) 2019-05-15 2022-07-14 Insideoutbio, Inc. Modular Therapeutics for the Treatment of Inflammatory Diseases and Cancer
WO2020236645A1 (en) * 2019-05-17 2020-11-26 Beth Israel Deaconess Medical Center, Inc. Compositions and methods for homology directed repair
WO2020236967A1 (en) 2019-05-20 2020-11-26 The Broad Institute, Inc. Random crispr-cas deletion mutant
WO2020236972A2 (en) 2019-05-20 2020-11-26 The Broad Institute, Inc. Non-class i multi-component nucleic acid targeting systems
CA3141159A1 (en) 2019-05-21 2020-11-26 Sangamo Therapeutics, Inc. Controlled transgene expression in regulatory t cells
WO2020234426A1 (en) 2019-05-23 2020-11-26 Nanjing Agricultural University Methods for improving rice grain yield
WO2020239623A1 (en) 2019-05-24 2020-12-03 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of ngal inhibitors for the treating chronic wound
AR118995A1 (es) 2019-05-25 2021-11-17 Kws Saat Se & Co Kgaa Mejorador de la inducción de haploides
CA3142035A1 (en) 2019-05-28 2020-12-03 Genedit Inc. Polymer comprising multiple functionalized sidechains for biomolecule delivery
CN120718905A (zh) 2019-05-29 2025-09-30 孟山都技术公司 使用基因组编辑产生显性等位基因的方法和组合物
EP3976066A4 (en) 2019-05-31 2023-06-28 Children's Hospital Medical Center Methods of generating and expanding hematopoietic stem cells
US20220243178A1 (en) 2019-05-31 2022-08-04 The Broad Institute, Inc. Methods for treating metabolic disorders by targeting adcy5
AU2020283048A1 (en) 2019-05-31 2021-12-23 Children's Hospital Medical Center Shaped organoid compositions and methods of making same
US20220307021A1 (en) 2019-06-04 2022-09-29 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) A neuropilin antagonist in combination with a p38alpha-kinase inhibitor for the treatment of cancer
US12523663B2 (en) 2019-06-04 2026-01-13 Inserm (Institut National De La Santé Et De La Rescherche Médicale) Use of CD9 as a biomarker and as a biotarget in glomerulonephritis or glomerulosclerosis
EP3801011A1 (en) 2019-06-04 2021-04-14 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Non-human animals comprising a humanized ttr locus with a beta-slip mutation and methods of use
WO2020244759A1 (en) 2019-06-05 2020-12-10 Klemm & Sohn Gmbh & Co. Kg New plants having a white foliage phenotype
WO2020247587A1 (en) 2019-06-06 2020-12-10 Inscripta, Inc. Curing for recursive nucleic acid-guided cell editing
AU2020289581B2 (en) 2019-06-07 2024-11-21 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Non-human animals comprising a humanized albumin locus
RU2722933C1 (ru) * 2019-06-11 2020-06-05 Автономная некоммерческая образовательная организация высшего образования Сколковский институт науки и технологий Средство разрезания днк на основе cas9 белка из бактерии demequina sediminicola
CN114258398A (zh) 2019-06-13 2022-03-29 总医院公司 工程化的人内源性病毒样颗粒及使用其递送至细胞的方法
WO2020249769A1 (en) 2019-06-14 2020-12-17 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating ocular diseases related to mitochondrial dna maintenance
CA3137765A1 (en) 2019-06-14 2020-12-17 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Models of tauopathy
US10907125B2 (en) 2019-06-20 2021-02-02 Inscripta, Inc. Flow through electroporation modules and instrumentation
CN114245745A (zh) 2019-06-20 2022-03-25 纪念斯隆-凯特琳癌症中心 靶向pik3ca突变的t细胞受体及其用途
EP3986909A4 (en) 2019-06-21 2023-08-02 Inscripta, Inc. Genome-wide rationally-designed mutations leading to enhanced lysine production in e. coli
WO2020254850A1 (en) 2019-06-21 2020-12-24 Vilmorin & Cie Improvement of quality and permanence of green color of peppers at maturity and over-maturity
JP7650829B2 (ja) 2019-06-24 2025-03-25 プロメガ コーポレイション 細胞中に生体分子を送達するための修飾ポリアミンポリマー
US10927385B2 (en) 2019-06-25 2021-02-23 Inscripta, Inc. Increased nucleic-acid guided cell editing in yeast
MX2021014861A (es) 2019-06-25 2022-06-22 Inari Agriculture Tech Inc Edicion genomica de reparacion dependiente de homologia mejorada.
SG11202111943UA (en) 2019-07-02 2021-11-29 Hutchinson Fred Cancer Res Recombinant ad35 vectors and related gene therapy improvements
WO2021001431A1 (en) 2019-07-02 2021-01-07 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of pi3ka-selective inhibitors for treating metastatic disease in patients suffering from pancreatic cancer
WO2021001427A1 (en) 2019-07-02 2021-01-07 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for the prophylactic treatment of cancer in patients suffering from pancreatitis
CA3145972A1 (en) 2019-07-04 2021-01-07 Ukko Inc. De-epitoped alpha gliadin and use of same for the management of celiac disease and gluten sensitivity
US10801042B1 (en) 2019-07-15 2020-10-13 Vigene Biosciences, Inc. Use of ion concentrations to increase the packaging efficiency of recombinant adeno-associated virus
US10653731B1 (en) 2019-07-15 2020-05-19 Vigene Biosciences Inc. Recombinantly-modified adeno-associated virus (rAAV) having improved packaging efficiency
US10557149B1 (en) 2019-07-15 2020-02-11 Vigene Biosciences, Inc. Recombinantly-modified adeno-associated virus helper vectors and their use to improve the packaging efficiency of recombinantly-modified adeno-associated virus
IL268111A (en) 2019-07-16 2021-01-31 Fainzilber Michael Methods of treating pain
WO2021009299A1 (en) 2019-07-17 2021-01-21 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Bcl-xl:fkbp12 fusion proteins suitable for screening agents capable of slowing down the aging process
US11746354B2 (en) 2019-07-19 2023-09-05 Inari Agriculture Technology, Inc. Homology dependent repair genome editing
US20220251572A1 (en) 2019-07-23 2022-08-11 Mnemo Therapeutics Immune cells defective for suv39h1
EP4003325A1 (en) 2019-07-24 2022-06-01 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Inhibitors of the sting pathway for the treatment of hidradenitis suppurativa
WO2021016608A1 (en) 2019-07-25 2021-01-28 Precision Biosciences, Inc. Compositions and methods for sequential stacking of nucleic acid sequences into a genomic locus
WO2021019272A1 (en) 2019-07-31 2021-02-04 Vilmorin & Cie Tolerance to tolcndv in cucumber
US20220275105A1 (en) 2019-08-02 2022-09-01 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Neutralizing granzyme b for providing cardioprotection in a subject who experienced a myocardial infarction
CN114245803A (zh) 2019-08-06 2022-03-25 儿童医疗中心有限公司 用于重构小神经胶质细胞的方法和组合物
EP3772542A1 (en) 2019-08-07 2021-02-10 KWS SAAT SE & Co. KGaA Modifying genetic variation in crops by modulating the pachytene checkpoint protein 2
WO2021028359A1 (en) 2019-08-09 2021-02-18 Sangamo Therapeutics France Controlled expression of chimeric antigen receptors in t cells
CA3148179A1 (en) 2019-08-20 2021-02-25 Bruce J. Mccreedy Jr. Lymphodepletion dosing regimens for cellular immunotherapies
US20220409661A1 (en) 2019-08-20 2022-12-29 Fred Hutchinson Cancer Research Center T-cell immunotherapy specific for wt-1
WO2021035170A1 (en) 2019-08-21 2021-02-25 Precision Biosciences, Inc. Compositions and methods for tcr reprogramming using fusion proteins
US20220298501A1 (en) 2019-08-30 2022-09-22 The Broad Institute, Inc. Crispr-associated mu transposase systems
KR20220053671A (ko) 2019-09-04 2022-04-29 에디진 인크. 오프 타겟 평가 기반의 유전자 편집 치료의 평가 방법
MX2022002722A (es) 2019-09-05 2022-06-09 Inst Genetics & Developmental Biology Cas Metodos para mejorar el tama?o y la calidad de las semillas.
EP4025712A1 (en) 2019-09-05 2022-07-13 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Method of treatment and pronostic of acute myeloid leukemia
WO2021046451A1 (en) 2019-09-06 2021-03-11 Obsidian Therapeutics, Inc. Compositions and methods for dhfr tunable protein regulation
GB201913060D0 (en) 2019-09-10 2019-10-23 Innes John Centre Methods of increasing biotic stress resistance in plants
WO2021047775A1 (en) 2019-09-12 2021-03-18 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of inhibitors of tgfb/activinb signaling pathway for the treatment of patients suffering from medulloblastoma group 3
CA3153980A1 (en) 2019-09-13 2021-03-18 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Transcription modulation in animals using crispr/cas systems delivered by lipid nanoparticles
EP4031660A1 (en) 2019-09-20 2022-07-27 The Broad Institute, Inc. Novel type vi crispr enzymes and systems
EP4048807A1 (en) 2019-09-23 2022-08-31 Omega Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating apolipoprotein b (apob) gene expression
CA3147643A1 (en) 2019-09-23 2021-04-01 Omega Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating hepatocyte nuclear factor 4-alpha (hnf4.alpha.) gene expression
SG10202008262UA (en) 2019-09-26 2021-04-29 Seminis Vegetable Seeds Inc Lettuce plants having resistance to nasonovia ribisnigri biotype nr:1
WO2021063968A1 (en) 2019-09-30 2021-04-08 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Method and composition for diagnosing chronic obstructive pulmonary disease
GB201914137D0 (en) 2019-10-01 2019-11-13 Univ Leeds Innovations Ltd Modified Plants
CA3153197A1 (en) 2019-10-03 2021-04-08 Ryan T. Gill Crispr systems with engineered dual guide nucleic acids
US11981922B2 (en) 2019-10-03 2024-05-14 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods and compositions for the modulation of cell interactions and signaling in the tumor microenvironment
US20220354811A1 (en) 2019-10-03 2022-11-10 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for modulating macrophages polarization
US12435330B2 (en) 2019-10-10 2025-10-07 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for prime editing RNA
US20240092935A1 (en) 2019-10-11 2024-03-21 Beth Israel Deaconess Medical Center, Inc. Anti-tn antibodies and uses thereof
WO2021072031A1 (en) 2019-10-11 2021-04-15 Insideoutbio, Inc. Methods and compositions for the manufacture and use of circular dna encoded therapeutics for genetic disorders and other diseases
EP3808766A1 (en) 2019-10-15 2021-04-21 Sangamo Therapeutics France Chimeric antigen receptor specific for interleukin-23 receptor
AU2020368539A1 (en) 2019-10-16 2022-04-28 Massachusetts Institute Of Technology Engineered muscle targeting compositions
US20230357788A1 (en) 2019-10-17 2023-11-09 KWS SAAT SE & Co. KGaA Enhanced disease resistance of crops by downregulation of repressor genes
WO2021078359A1 (en) 2019-10-21 2021-04-29 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of inhibitors of cubilin for the treatment of chronic kidney diseases
WO2021081468A1 (en) * 2019-10-25 2021-04-29 The Johns Hokins University A crispr-cas9 platform with an intrinsic off-switch and enhanced specificity
EP4048295A1 (en) 2019-10-25 2022-08-31 Iovance Biotherapeutics, Inc. Gene editing of tumor infiltrating lymphocytes and uses of same in immunotherapy
WO2021083959A1 (en) 2019-10-29 2021-05-06 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating uveal melanoma
US20220411479A1 (en) 2019-10-30 2022-12-29 Precision Biosciences, Inc. Cd20 chimeric antigen receptors and methods of use for immunotherapy
IL270306A (en) 2019-10-30 2021-05-31 Yeda Res & Dev Prevention and treatment of pre-myeloid and myeloid malignancies
US20220401481A1 (en) 2019-11-01 2022-12-22 Magenta Therapeutics, Inc. Dosing regimens for the mobilization of hematopoietic stem and progenitor cells
GB201916020D0 (en) 2019-11-04 2019-12-18 Univ Of Essex Enterprise Limited Crispr-mediated identification of biotinylated proteins and chromatin regions
AU2020379046B2 (en) 2019-11-08 2025-03-13 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. CRISPR and AAV strategies for X-linked juvenile retinoschisis therapy
TW202132560A (zh) * 2019-11-13 2021-09-01 瑞士商Ｃｒｉｓｐｒ治療公司 製備car-t細胞之方法
IL292329A (en) * 2019-11-13 2022-06-01 Crispr Therapeutics Ag Manufacturing process for making t cells expressing chimeric antigen receptors
WO2021094805A1 (en) 2019-11-14 2021-05-20 Vilmorin & Cie Resistance to acidovorax valerianellae in corn salad
US11203762B2 (en) 2019-11-19 2021-12-21 Inscripta, Inc. Methods for increasing observed editing in bacteria
WO2021099600A1 (en) 2019-11-22 2021-05-27 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Inhibitors of adrenomedullin for the treatment of acute myeloid leukemia by eradicating leukemic stem cells
US20240016735A1 (en) 2019-11-22 2024-01-18 President And Fellows Of Harvard College Ionic liquids for drug delivery
WO2021108363A1 (en) 2019-11-25 2021-06-03 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr/cas-mediated upregulation of humanized ttr allele
US12241839B2 (en) 2019-11-27 2025-03-04 Promega Corporation Multipartite luciferase peptides and polypeptides
JP7705856B2 (ja) 2019-11-27 2025-07-10 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル 子宮内膜症の処置のためのニューロピリンアンタゴニストの使用
JP7684298B2 (ja) 2019-11-27 2025-05-27 クリスパー・セラピューティクス・アクチェンゲゼルシャフト Ｒｎａ分子を合成する方法
EP4065701A4 (en) 2019-11-27 2023-11-29 Danmarks Tekniske Universitet CONSTRUCTS, COMPOSITIONS AND METHODS THEREOF WITH IMPROVED GENOMEDITING EFFICIENCY AND SPECIFICITY
US20230036065A1 (en) 2019-12-06 2023-02-02 Precision Biosciences, Inc. Methods for cancer immunotherapy
CN114787347B (zh) 2019-12-10 2024-07-12 因思科瑞普特公司 新颖的mad核酸酶
JP7677646B2 (ja) 2019-12-10 2025-05-15 ザ・トラスティーズ・オブ・インディアナ・ユニバーシティー 複製タンパク質ａ（ｒｐａ）－ｄｎａ相互作用阻害剤
JP7749561B2 (ja) 2019-12-11 2025-10-06 アイオバンス バイオセラピューティクス，インコーポレイテッド 腫瘍浸潤リンパ球（ｔｉｌ）の産生のためのプロセス及びそれを使用する方法
WO2021118927A1 (en) 2019-12-13 2021-06-17 Insideoutbio, Inc. Methods and compositions for targeted delivery of nucleic acid therapeutics
CN114787362A (zh) 2019-12-13 2022-07-22 中外制药株式会社 检测细胞外嘌呤受体配体的系统和导入该系统的非人动物
US10704033B1 (en) 2019-12-13 2020-07-07 Inscripta, Inc. Nucleic acid-guided nucleases
CA3157127A1 (en) 2019-12-18 2021-06-24 Aamir MIR Cascade/dcas3 complementation assays for in vivo detection of nucleic acid-guided nuclease edited cells
EP4706689A2 (en) 2019-12-19 2026-03-11 Entrada Therapeutics, Inc. Compositions for delivery of antisense compounds
GB201918902D0 (en) 2019-12-19 2020-02-05 Genome Res Ltd Cell differentiation
IL271656A (en) 2019-12-22 2021-06-30 Yeda Res & Dev System and methods for identifying cells that have undergone genome editing
US11060141B1 (en) 2019-12-23 2021-07-13 Stilla Technologies Multiplex drop-off digital polymerase chain reaction methods
US20230026352A1 (en) 2019-12-26 2023-01-26 Figene, Llc Suppression of interleukin-17 production and inhibition of th17 cell generation by fibroblasts and products thereof
CN114901813A (zh) 2019-12-30 2022-08-12 博雅缉因（北京）生物科技有限公司 一种靶向t细胞淋巴瘤细胞的通用型car-t及其制备方法和应用
WO2021136415A1 (zh) 2019-12-30 2021-07-08 博雅辑因（北京）生物科技有限公司 一种纯化ucart细胞的方法与应用
US20230203463A1 (en) * 2019-12-30 2023-06-29 LifeEDIT Therapeutics, Inc. Rna-guided nucleases and active fragments and variants thereof and methods of use
WO2021138560A2 (en) 2020-01-02 2021-07-08 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Programmable and portable crispr-cas transcriptional activation in bacteria
US10689669B1 (en) 2020-01-11 2020-06-23 Inscripta, Inc. Automated multi-module cell processing methods, instruments, and systems
CN116234906A (zh) 2020-01-13 2023-06-06 萨那生物技术股份有限公司 血型抗原的修饰
WO2021144426A1 (en) 2020-01-17 2021-07-22 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating melanoma
WO2021148447A1 (en) 2020-01-21 2021-07-29 Limagrain Europe Wheat haploid inducer plant and uses
CN115397974A (zh) 2020-01-23 2022-11-25 儿童医疗中心有限公司 由人类多能干细胞进行无基质t细胞分化
WO2021151085A2 (en) 2020-01-24 2021-07-29 The General Hospital Corporation Crispr-cas enzymes with enhanced on-target activity
US12312613B2 (en) 2020-01-24 2025-05-27 The General Hospital Corporation Unconstrained genome targeting with near-PAMless engineered CRISPR-Cas9 variants
US11225674B2 (en) 2020-01-27 2022-01-18 Inscripta, Inc. Electroporation modules and instrumentation
JP7561195B2 (ja) 2020-01-29 2024-10-03 フォグホーン セラピューティクス インコーポレイテッド 化合物及びその使用
WO2021155063A1 (en) 2020-01-29 2021-08-05 Readcoor, Llc Compositions and methods for analyte detection
EP4096647A1 (en) 2020-01-30 2022-12-07 Yeda Research and Development Co. Ltd Treating acute liver disease with tlr-mik inhibitors
WO2021156505A1 (en) 2020-02-07 2021-08-12 Institute Of Genetics And Developmental Biology Chinese Academy Of Sciences Methods of controlling grain size and weight
WO2021165508A1 (en) 2020-02-21 2021-08-26 Biogemma Prime editing technology for plant genome engineering
WO2021173612A1 (en) 2020-02-26 2021-09-02 Sorrento Therapeutics, Inc. Activatable antigen binding proteins with universal masking moieties
EP3872190A1 (en) 2020-02-26 2021-09-01 Antibodies-Online GmbH A method of using cut&run or cut&tag to validate crispr-cas targeting
JP2023515671A (ja) 2020-03-04 2023-04-13 リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド 免疫療法に対する腫瘍細胞の感作のための方法及び組成物
EP4118207A1 (en) 2020-03-11 2023-01-18 Omega Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating forkhead box p3 (foxp3) gene expression
KR20230004510A (ko) 2020-03-20 2023-01-06 인썸(인스티튜트 내셔날 드 라 싼테 에 드 라 리셰르셰메디칼르) 인간 cd45rc에 특이적인 키메라 항원 수용체 및 이의 용도
WO2021191678A1 (en) 2020-03-23 2021-09-30 Avectas Limited Engineering of dendritic cells for generation of vaccines against sars-cov-2
WO2021195079A1 (en) 2020-03-23 2021-09-30 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Non-human animals comprising a humanized ttr locus comprising a v30m mutation and methods of use
EP4129050A4 (en) 2020-03-26 2024-05-08 National Agriculture And Food Research Organization METHOD FOR PRODUCING A TEMPERATURE SENSITIVE MALE STERILE PLANT
US20230263121A1 (en) 2020-03-31 2023-08-24 Elo Life Systems Modulation of endogenous mogroside pathway genes in watermelon and other cucurbits
WO2021202938A1 (en) 2020-04-03 2021-10-07 Creyon Bio, Inc. Oligonucleotide-based machine learning
KR20220164748A (ko) 2020-04-06 2022-12-13 가부시키가이샤 로고믹스 게놈 개변 방법 및 게놈 개변 키트
EP4133069A2 (en) 2020-04-08 2023-02-15 Astrazeneca AB Compositions and methods for improved site-specific modification
WO2021204878A1 (en) 2020-04-08 2021-10-14 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of cdon inhibitors for the treatment of endothelial dysfunction
NL2025344B1 (en) 2020-04-14 2021-10-26 Academisch Ziekenhuis Leiden Methods for induction of endogenous tandem duplication events
BR112022020859A2 (pt) 2020-04-14 2023-04-11 Academisch Ziekenhuis Leiden Métodos para indução de eventos de duplicação em tandem endógenos
US20230165909A1 (en) 2020-04-21 2023-06-01 Aspen Neuroscience, Inc. Gene editing of lrrk2 in stem cells and method of use of cells differentiated therefrom
WO2021216622A1 (en) 2020-04-21 2021-10-28 Aspen Neuroscience, Inc. Gene editing of gba1 in stem cells and method of use of cells differentiated therefrom
WO2021217082A1 (en) 2020-04-23 2021-10-28 Genedit Inc. Polymer with cationic and hydrophobic side chains
US20230167191A1 (en) 2020-04-24 2023-06-01 Sorrento Therapeutics, Inc. Memory Dimeric Antigen Receptors (mDARs)
US20210332388A1 (en) 2020-04-24 2021-10-28 Inscripta, Inc. Compositions, methods, modules and instruments for automated nucleic acid-guided nuclease editing in mammalian cells
AU2021263754A1 (en) 2020-04-27 2022-12-01 Ensoma, Inc. Methods and compositions for transducing hematopoietic stem and progenitor cells in vivo
US12351850B2 (en) 2020-04-30 2025-07-08 Sutro Biopharma, Inc. Methods of producing full-length antibodies using E. coli
GB202006463D0 (en) 2020-05-01 2020-06-17 Innes John Centre Metabolic engineering of plants enriched in L-DOPA
CA3176826A1 (en) 2020-05-04 2021-11-11 Iovance Biotherapeutics, Inc. Processes for production of tumor infiltrating lymphocytes and uses of the same in immunotherapy
WO2021224633A1 (en) 2020-05-06 2021-11-11 Orchard Therapeutics (Europe) Limited Treatment for neurodegenerative diseases
WO2021224401A1 (en) 2020-05-07 2021-11-11 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for determining a reference range of β-galactose exposure platelet
WO2021226558A1 (en) 2020-05-08 2021-11-11 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for simultaneous editing of both strands of a target double-stranded nucleotide sequence
US20230183664A1 (en) 2020-05-11 2023-06-15 Precision Biosciences, Inc. Self-limiting viral vectors encoding nucleases
US11787841B2 (en) 2020-05-19 2023-10-17 Inscripta, Inc. Rationally-designed mutations to the thrA gene for enhanced lysine production in E. coli
US12383555B2 (en) 2020-05-20 2025-08-12 Foghorn Therapeutics Inc. Methods of treating cancers
JP2023526670A (ja) 2020-05-22 2023-06-22 インシトロ インコーポレイテッド 機械学習モデルを使用した疾患の転帰の予測
GB202007943D0 (en) 2020-05-27 2020-07-08 Snipr Biome Aps Products & methods
JP2023527446A (ja) 2020-05-29 2023-06-28 カー・ヴェー・エス ザート エス・エー ウント コー． カー・ゲー・アー・アー 植物単数体の誘導
WO2021245435A1 (en) 2020-06-03 2021-12-09 Vilmorin & Cie Melon plants resistant to scab disease, aphids and powdery mildew
CA3179130A1 (en) * 2020-06-04 2021-12-09 Lior IZHAR Novel omni-59, 61, 67, 76, 79, 80, 81, and 82 crispr nucleases
EP4161552A1 (en) 2020-06-05 2023-04-12 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for treating neoplasia
EP4161252A1 (en) 2020-06-05 2023-04-12 Vilmorin & Cie Resistance in plants of solanum lycopersicum to the tobrfv
JP2023527578A (ja) 2020-06-05 2023-06-29 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル 眼疾患を処置するための方法及び医薬組成物
EP4162075A4 (en) 2020-06-08 2024-06-26 The Broad Institute, Inc. Single cell combinatorial indexing from amplified nucleic acids
KR20230024967A (ko) 2020-06-11 2023-02-21 노파르티스 아게 Zbtb32 억제제 및 이의 용도
WO2021255204A1 (en) 2020-06-18 2021-12-23 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) New strategy for treating pancreatic cancer
WO2022008597A1 (en) 2020-07-08 2022-01-13 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical composition for the treatment of infectious diseases
AU2021204717A1 (en) 2020-07-15 2022-02-03 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Green Bean Plants with Improved Disease Resistance
DK4182297T3 (da) 2020-07-16 2025-12-01 Acuitas Therapeutics Inc Kationiske lipider til brug i lipid-nanopartikler
BR112023001272A2 (pt) 2020-07-24 2023-04-04 Massachusetts Gen Hospital Partículas semelhantes a vírus aprimoradas e métodos de uso das mesmas para entrega às células
EP4188395A1 (en) 2020-07-30 2023-06-07 Institut Curie Immune cells defective for socs1
WO2022029080A1 (en) 2020-08-03 2022-02-10 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Population of treg cells functionally committed to exert a regulatory activity and their use for adoptive therapy
US20240011030A1 (en) 2020-08-10 2024-01-11 Novartis Ag Treatments for retinal degenerative diseases
US20260028412A1 (en) 2020-08-10 2026-01-29 Precision Biosciences, Inc. Antibodies and fragments specific for b-cell maturation antigen and uses thereof
WO2022034374A2 (en) 2020-08-11 2022-02-17 University Of Oslo Improved gene editing
US20220049303A1 (en) 2020-08-17 2022-02-17 Readcoor, Llc Methods and systems for spatial mapping of genetic variants
WO2022040444A1 (en) 2020-08-20 2022-02-24 A2 Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods for treating egfr positive cancers
EP4100028A4 (en) 2020-08-20 2023-07-26 A2 Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods for treating mesothelin positive cancers
EP4097486A4 (en) 2020-08-20 2023-09-06 A2 Biotherapeutics, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS OF TREATMENT OF POSITIVE CANCERS AT CEACAM
US12152251B2 (en) 2020-08-25 2024-11-26 Kite Pharma, Inc. T cells with improved functionality
JP7719172B2 (ja) 2020-09-11 2025-08-05 ライフ エディット セラピューティクス，インコーポレイティド Ｄｎａ修飾酵素並びにその活性断片及びバリアント並びにその使用方法
EP4214314A4 (en) 2020-09-15 2024-10-16 Inscripta, Inc. Crispr editing to embed nucleic acid landing pads into genomes of live cells
JP2023543351A (ja) 2020-09-18 2023-10-13 アーティザン ディヴェロップメント ラブス インコーポレイテッド 効率的かつ特異的なゲノム編集のためのコンストラクト及びその使用
JP2023542528A (ja) 2020-09-24 2023-10-10 フレッド ハッチンソン キャンサー センター Ｓｏｘ２抗原を標的とする免疫療法
WO2022066973A1 (en) 2020-09-24 2022-03-31 Fred Hutchinson Cancer Research Center Immunotherapy targeting pbk or oip5 antigens
JP7830442B2 (ja) 2020-10-02 2026-03-16 ビルモラン エ コンパニー 貯蔵寿命が延長されたメロン
WO2022069756A1 (en) 2020-10-02 2022-04-07 Limagrain Europe Crispr-mediated directed codon re-write
EP4225902A1 (en) 2020-10-05 2023-08-16 Protalix Ltd. Dicer-like knock-out plant cells
EP4226160A1 (en) 2020-10-05 2023-08-16 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Gdf3 as biomarker and biotarget in post-ischemic cardiac remodeling
US20230372397A1 (en) 2020-10-06 2023-11-23 Iovance Biotherapeutics, Inc. Treatment of nsclc patients with tumor infiltrating lymphocyte therapies
WO2022076606A1 (en) 2020-10-06 2022-04-14 Iovance Biotherapeutics, Inc. Treatment of nsclc patients with tumor infiltrating lymphocyte therapies
TW202222841A (zh) 2020-10-06 2022-06-16 福瑞德哈金森腫瘤研究中心 用於治療表現mage-a1之疾病的組成物及方法
WO2022076547A1 (en) 2020-10-07 2022-04-14 Precision Biosciences, Inc. Lipid nanoparticle compositions
WO2022079719A1 (en) 2020-10-15 2022-04-21 Yeda Research And Development Co. Ltd. Method of treating myeloid malignancies
WO2022087380A1 (en) 2020-10-23 2022-04-28 Rootpath Genomics, Inc. Compositions and methods for t-cell receptor identification
WO2022084531A1 (en) 2020-10-23 2022-04-28 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating glioma
US20240060079A1 (en) 2020-10-23 2024-02-22 Elo Life Systems Methods for producing vanilla plants with improved flavor and agronomic production
RU2762831C1 (ru) * 2020-10-26 2021-12-23 Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии" (ФГБНУ ВНИИСБ) Молекула рнк-проводника для геномного редактирования протомоторной области гена vrn-a1 однодольных зерновых с применением системы crispr/cas9
US11332744B1 (en) 2020-10-26 2022-05-17 Arsenal Biosciences, Inc. Safe harbor loci
RU2749307C1 (ru) * 2020-10-30 2021-06-08 Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии" (ФГБНУ ВНИИСБ) Новая компактная нуклеаза CAS9 II типа из Anoxybacillus flavithermus
US11512297B2 (en) 2020-11-09 2022-11-29 Inscripta, Inc. Affinity tag for recombination protein recruitment
MX2023005609A (es) 2020-11-13 2023-05-29 Novartis Ag Terapias de combinacion con celulas que expresan receptores quimericos para el antigeno (car).
WO2022101481A1 (en) 2020-11-16 2022-05-19 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for predicting and treating uveal melanoma
EP4001429A1 (en) 2020-11-16 2022-05-25 Antibodies-Online GmbH Analysis of crispr-cas binding and cleavage sites followed by high-throughput sequencing (abc-seq)
AU2021387979A1 (en) 2020-11-26 2023-03-30 Ukko Inc. Modified high molecular weight glutenin subunit and uses thereof
WO2022120022A1 (en) 2020-12-02 2022-06-09 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr sam biosensor cell lines and methods of use thereof
WO2022117884A1 (en) 2020-12-03 2022-06-09 Vilmorin & Cie Tomato plants resistant to tobrfv, tmv, tomv and tommv and corresponding resistance genes
US20250032540A1 (en) 2020-12-14 2025-01-30 Fred Hutchinson Cancer Center Compositions and methods for cellular immunotherapy
WO2022133140A1 (en) 2020-12-17 2022-06-23 Iovance Biotherapeutics, Inc. Treatment with tumor infiltrating lymphocyte therapies in combination with ctla-4 and pd-1 inhibitors
WO2022133149A1 (en) 2020-12-17 2022-06-23 Iovance Biotherapeutics, Inc. Treatment of cancers with tumor infiltrating lymphocytes
IL279559A (en) 2020-12-17 2022-07-01 Yeda Res & Dev Controlling ubiquitination of mlkl for treatment of disease
WO2022130388A2 (en) 2020-12-18 2022-06-23 Yeda Research And Development Co. Ltd. Compositions for use in the treatment of chd2 haploinsufficiency and methods of identifying same
CA3202599A1 (en) 2020-12-18 2022-06-23 Johnathan Andrew Napier Increasing the accumulation of epa and dha in recombinant camelina
CA3206361A1 (en) 2020-12-23 2022-06-30 Flagship Pioneering Innovations V, Inc. In vitro assembly of anellovirus capsids enclosing rna
WO2022136658A1 (en) 2020-12-23 2022-06-30 Institute Of Genetics And Developmental Biology Chinese Academy Of Sciences Methods of controlling grain size
EP4269580B1 (en) 2020-12-25 2026-03-11 Logomix, Inc. Method for causing large-scale deletions in genomic dna and method for analyzing genomic dna
WO2022146497A1 (en) 2021-01-04 2022-07-07 Inscripta, Inc. Mad nucleases
US20240376451A1 (en) 2021-01-07 2024-11-14 Inscripta, Inc. Mad nucleases
WO2022165111A1 (en) 2021-01-28 2022-08-04 Precision Biosciences, Inc. Modulation of tgf beta signaling in genetically-modified eukaryotic cells
EP4284834A1 (en) 2021-01-29 2023-12-06 Merck Sharp & Dohme LLC Compositions of programmed death receptor 1 (pd-1) antibodies and methods of obtaining the compositions thereof
TW202241508A (zh) 2021-01-29 2022-11-01 美商艾歐凡斯生物治療公司 細胞介素相關之腫瘤浸潤性淋巴球組合物及方法
US20240110144A1 (en) 2021-02-01 2024-04-04 Avectas Limited Delivery platform
AU2022221606A1 (en) 2021-02-16 2023-08-24 A2 Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods for treating her2 positive cancers
US11884924B2 (en) 2021-02-16 2024-01-30 Inscripta, Inc. Dual strand nucleic acid-guided nickase editing
EP4298212A1 (en) 2021-02-25 2024-01-03 Artisan Development Labs, Inc. Compositions and methods for targeting, editing, or modifying genes
US20250277256A1 (en) * 2021-03-01 2025-09-04 The Johns Hopkins University Nucleic acid detection and analysis systems
JP6944226B1 (ja) 2021-03-03 2021-10-06 株式会社Ｌｏｇｏｍｉｘ ゲノムｄｎａを改変する方法および改変を検出する方法
KR20230152124A (ko) 2021-03-05 2023-11-02 더 보드 어브 트러스티스 어브 더 리랜드 스탠포드 주니어 유니버시티 생체내 dna 조립 및 분석
CA3211564A1 (en) * 2021-03-11 2022-09-15 Rafi EMMANUEL Strategies for knock-ins at c3 safe harbor sites
EP4308694A1 (en) 2021-03-16 2024-01-24 Magenta Therapeutics, Inc. Dosing regimens for hematopoietic stem cell mobilization for stem cell transplants in multiple myeloma patients
US20240165094A1 (en) 2021-03-17 2024-05-23 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and compositions for treating melanoma
US20240191191A1 (en) 2021-03-19 2024-06-13 Iovance Biotherapeutics, Inc. Methods for infiltrating lymphocyte (til) expansion related to cd39/cd69 selection and gene knockout in tils
CA3173950A1 (en) 2021-03-22 2022-09-22 Tyson D. BOWEN Dna modifyng enzymes and active fragments and variants thereof and methods of use
KR20240032711A (ko) 2021-03-25 2024-03-12 이오반스 바이오테라퓨틱스, 인크. T-세포 공배양 효능 검정 및 세포 치료제와 함께 사용하기 위한 방법 및 조성물
IL307298A (en) 2021-03-31 2023-11-01 Entrada Therapeutics Inc Cell-penetrating circular peptides
WO2022208489A1 (en) 2021-04-02 2022-10-06 Vilmorin & Cie Semi-determinate or determinate growth habit trait in cucurbita
WO2022214522A2 (en) 2021-04-07 2022-10-13 Astrazeneca Ab Compositions and methods for site-specific modification
WO2022214681A1 (en) 2021-04-09 2022-10-13 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for the treatment of anaplastic large cell lymphoma
EP4323501A1 (en) 2021-04-16 2024-02-21 Beam Therapeutics Inc. Genetic modification of hepatocytes
JP2024515189A (ja) 2021-04-19 2024-04-05 アイオバンス バイオセラピューティクス，インコーポレイテッド 細胞免疫療法におけるキメラ共刺激受容体、ケモカイン受容体、及びそれらの使用
WO2022225978A1 (en) 2021-04-21 2022-10-27 The Regents Of The University Of California Use of a split dcas fusion protein system for epigenetic editing
US20240141311A1 (en) 2021-04-22 2024-05-02 North Carolina State University Compositions and methods for generating male sterile plants
WO2022223791A1 (en) 2021-04-23 2022-10-27 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating cell senescence accumulation related disease
WO2022235929A1 (en) 2021-05-05 2022-11-10 Radius Pharmaceuticals, Inc. Animal model having homologous recombination of mouse pth1 receptor
US20220356264A1 (en) * 2021-05-06 2022-11-10 New York University Inhibition of atf7ip and setdb1 for cancer treatment
AU2022272489A1 (en) 2021-05-10 2023-11-30 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Ltd. Pharmaceutical compositions for treating neurological conditions
EP4337263A1 (en) 2021-05-10 2024-03-20 Entrada Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating interferon regulatory factor-5 (irf-5) activity
JP2024518476A (ja) 2021-05-10 2024-05-01 エントラーダ セラピューティクス，インコーポレイティド ｍＲＮＡスプライシングを調節するための組成物及び方法
AU2022271873A1 (en) 2021-05-10 2024-01-04 Entrada Therapeutics, Inc. Compositions and methods for intracellular therapeutics
US20220372486A1 (en) * 2021-05-11 2022-11-24 Yekaterina Galat Methods of cancer treatment by inhibition of vasculogenesis and gli1
IL308337A (en) 2021-05-13 2024-01-01 Us Health Preparations and methods for the treatment of sickle cell disease
WO2022245754A1 (en) 2021-05-17 2022-11-24 Iovance Biotherapeutics, Inc. Pd-1 gene-edited tumor infiltrating lymphocytes and uses of same in immunotherapy
EP4419672A2 (en) 2021-06-01 2024-08-28 Artisan Development Labs, Inc. Compositions and methods for targeting, editing, or modifying genes
US20240285781A1 (en) 2021-06-11 2024-08-29 GenEdit, Inc. Biodegradable polymer comprising side chains with polyamine and polyalkylene oxide groups
CN117836402A (zh) 2021-06-13 2024-04-05 耶路撒冷希伯来大学伊森姆研究发展有限公司 重编程人细胞的方法
WO2022266287A1 (en) * 2021-06-16 2022-12-22 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods to transfect, test, and treat skin cells
EP4370676A2 (en) 2021-06-18 2024-05-22 Artisan Development Labs, Inc. Compositions and methods for targeting, editing or modifying human genes
WO2022271818A1 (en) 2021-06-23 2022-12-29 Entrada Therapeutics, Inc. Antisense compounds and methods for targeting cug repeats
FR3124522B1 (fr) 2021-06-25 2025-02-28 Cherbonneau Francois Composition et méthode permettant l’édition génomique
WO2023283359A2 (en) 2021-07-07 2023-01-12 Omega Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating secreted frizzled receptor protein 1 (sfrp1) gene expression
TW202317602A (zh) 2021-07-15 2023-05-01 福瑞德哈金森腫瘤中心 嵌合多肽
EP4370647A1 (en) 2021-07-15 2024-05-22 Just-Evotec Biologics, Inc. Bidirectional tangential flow filtration (tff) perfusion system
CA3226111A1 (en) 2021-07-22 2023-01-26 Iovance Biotherapeutics, Inc. Method for cryopreservation of solid tumor fragments
EP4377446A1 (en) 2021-07-28 2024-06-05 Iovance Biotherapeutics, Inc. Treatment of cancer patients with tumor infiltrating lymphocyte therapies in combination with kras inhibitors
AU2022318664A1 (en) 2021-07-30 2024-02-29 Tune Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating expression of methyl-cpg binding protein 2 (mecp2)
WO2023010133A2 (en) 2021-07-30 2023-02-02 Tune Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating expression of frataxin (fxn)
CA3221517A1 (en) 2021-07-30 2023-02-02 Monika KLOIBER-MAITZ Plants with improved digestibility and marker haplotypes
WO2023012584A2 (en) 2021-08-03 2023-02-09 Genicity Limited Engineered tcr complex and methods of using same
EP4130028A1 (en) 2021-08-03 2023-02-08 Rhazes Therapeutics Ltd Engineered tcr complex and methods of using same
WO2023012342A1 (en) 2021-08-06 2023-02-09 Kws Vegetables B.V. Durable downy mildew resistance in spinach
IL310564A (en) 2021-08-06 2024-03-01 Vilmorin & Cie Resistance to Leveillula Taurica in pepper plant
US20240368619A1 (en) 2021-09-02 2024-11-07 SESVanderHave NV Methods and compositions for ppo herbicide tolerance
JP7125727B1 (ja) 2021-09-07 2022-08-25 国立大学法人千葉大学 核酸配列改変用組成物および核酸配列の標的部位を改変する方法
WO2023039586A1 (en) 2021-09-10 2023-03-16 Agilent Technologies, Inc. Guide rnas with chemical modification for prime editing
GB202113075D0 (en) 2021-09-14 2021-10-27 Innes John Centre Methods of improving vitamin d levels in plants
CN118284701A (zh) 2021-09-27 2024-07-02 孟山都技术公司 用于转化从单子叶植物种子切除的胚外植体的组合物和方法
EP4596697A3 (en) 2021-09-28 2025-08-27 Acrigen Biosciences Compositions and methods for nucleic acid modifications
GB202113933D0 (en) 2021-09-29 2021-11-10 Genome Res Ltd Methods for gene editing
WO2023052508A2 (en) 2021-09-30 2023-04-06 Astrazeneca Ab Use of inhibitors to increase efficiency of crispr/cas insertions
WO2023060186A1 (en) 2021-10-07 2023-04-13 Hepatx Corporation Methods of tracking donor cells in a recipient
JP2024538700A (ja) 2021-10-08 2024-10-23 プレジデント・アンド・フェロウズ・オブ・ハーバード・カレッジ 薬物送達のためのイオン液体
US20240407364A1 (en) 2021-10-14 2024-12-12 Weedout Ltd. Methods of weed control
WO2023064872A1 (en) 2021-10-14 2023-04-20 Precision Biosciences, Inc. Combinations of anti-bcma car t cells and gamma secretase inhibitors
KR20240099259A (ko) 2021-10-14 2024-06-28 아스널 바이오사이언시스, 인크. 공동 발현된 shrna 및 논리 게이트 시스템을 갖는 면역 세포
US20240408235A1 (en) 2021-10-19 2024-12-12 Precision Biosciences, Inc. Gene editing methods for treating alpha-1 antitrypsin (aat) deficiency
AR127482A1 (es) 2021-10-27 2024-01-31 Iovance Biotherapeutics Inc Sistemas y métodos para coordinar la fabricación de células para inmunoterapia específica de paciente
EP4423271A2 (en) 2021-10-28 2024-09-04 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for knocking out c5
WO2023077148A1 (en) 2021-11-01 2023-05-04 Tome Biosciences, Inc. Single construct platform for simultaneous delivery of gene editing machinery and nucleic acid cargo
US20240426823A1 (en) 2021-11-03 2024-12-26 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and compositions for treating triple negative breast cancer (tnbc)
CA3237482A1 (en) 2021-11-03 2023-05-11 The J. David Gladstone Institutes, A Testamentary Trust Established Under The Will Of J. David Gladstone Precise genome editing using retrons
CA3237410A1 (en) 2021-11-10 2023-05-19 Friedrich Graf Finck VON FINCKENSTEIN Methods of expansion treatment utilizing cd8 tumor infiltrating lymphocytes
EP4430206A1 (en) 2021-11-10 2024-09-18 Encodia, Inc. Methods for barcoding macromolecules in individual cells
US20250009800A1 (en) 2021-11-16 2025-01-09 Precision Biosciences, Inc. Methods for cancer immunotherapy
WO2023093862A1 (en) 2021-11-26 2023-06-01 Epigenic Therapeutics Inc. Method of modulating pcsk9 and uses thereof
KR20240117571A (ko) 2021-12-08 2024-08-01 리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드 돌연변이 마이오실린 질환 모델 및 이의 용도
US12402582B2 (en) 2021-12-09 2025-09-02 Bejo Zaden B.V. Shallot plant named ‘Innovator’
US20230193310A1 (en) 2021-12-10 2023-06-22 Seminis Vegetabe Seeds, Inc. Lettuce plants having resistance to downy mildew
GB202118058D0 (en) 2021-12-14 2022-01-26 Univ Warwick Methods to increase yields in crops
US20230279442A1 (en) 2021-12-15 2023-09-07 Versitech Limited Engineered cas9-nucleases and method of use thereof
WO2023114943A2 (en) 2021-12-16 2023-06-22 Acuitas Therapeutics, Inc. Lipids for use in lipid nanoparticle formulations
WO2023111173A1 (en) 2021-12-16 2023-06-22 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) An ezh2 degrader or inhibitor for use in the treatment of resistant acute myeloid leukemia
WO2023115041A1 (en) 2021-12-17 2023-06-22 Sana Biotechnology, Inc. Modified paramyxoviridae attachment glycoproteins
EP4448549A2 (en) 2021-12-17 2024-10-23 Sana Biotechnology, Inc. Modified paramyxoviridae fusion glycoproteins
BE1030047B1 (nl) 2021-12-17 2023-07-17 Anheuser Busch Inbev Sa Werkwijzen voor het voorkomen van remming van de smaakproductie in gist
CN114107253B (zh) * 2021-12-17 2024-03-15 复旦大学附属华山医院 一种利用工程细胞进行基因编辑的系统及方法
WO2023122805A1 (en) 2021-12-20 2023-06-29 Vestaron Corporation Sorbitol driven selection pressure method
US20250041261A1 (en) 2021-12-21 2025-02-06 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and compositions for treating melanoma
AU2022420615A1 (en) 2021-12-22 2024-07-04 Tome Biosciences, Inc. Co-delivery of a gene editor construct and a donor template
AU2022417615A1 (en) 2021-12-23 2024-06-27 University Of Massachusetts Therapeutic treatment for fragile x-associated disorder
EP4456910A1 (en) 2021-12-28 2024-11-06 Mnemo Therapeutics Immune cells with inactivated suv39h1 and modified tcr
EP4463135A2 (en) 2022-01-10 2024-11-20 Sana Biotechnology, Inc. Methods of ex vivo dosing and administration of lipid particles or viral vectors and related systems and uses
CA3247927A1 (en) 2022-01-14 2023-07-20 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems and methods for programming T-lymphocyte phenotypes by targeted gene repression
WO2023137471A1 (en) 2022-01-14 2023-07-20 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for programming t cell phenotypes through targeted gene activation
WO2023141602A2 (en) 2022-01-21 2023-07-27 Renagade Therapeutics Management Inc. Engineered retrons and methods of use
WO2023144235A1 (en) 2022-01-27 2023-08-03 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for monitoring and treating warburg effect in patients with pi3k-related disorders
US20250099588A1 (en) 2022-01-28 2025-03-27 Iovance Biotherapeutics, Inc. Cytokine associated tumor infiltrating lymphocytes compositions and methods
WO2023150518A1 (en) 2022-02-01 2023-08-10 Sana Biotechnology, Inc. Cd3-targeted lentiviral vectors and uses thereof
JP2025508677A (ja) 2022-02-02 2025-04-10 リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド ポンペ病の処置のための抗ＴｆＲ：ＧＡＡ及び抗ＣＤ６３：ＧＡＡの挿入
EP4473097A1 (en) 2022-02-02 2024-12-11 Sana Biotechnology, Inc. Methods of repeat dosing and administration of lipid particles or viral vectors and related systems and uses
US20250137008A1 (en) 2022-02-08 2025-05-01 University Of Glasgow Modified ion channels
CN118742647A (zh) 2022-02-15 2024-10-01 富优基尼以色列股份有限公司 对植物保护有用的苏云金芽孢杆菌杀虫蛋白(Bt PP)组合
EP4479080A1 (en) 2022-02-16 2024-12-25 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods for decreasing pathologic alpha-synuclein using agents that modulate fndc5 or biologically active fragments thereof
EP4479143A1 (en) 2022-02-18 2024-12-25 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Use of tcr-deficient car-tregs in combination with anti-tcr complex monoclonal antibodies for inducing durable tolerance
US20250388896A1 (en) 2022-03-01 2025-12-25 Celyntra Therapeutics Sa Composition and methods for transgene insertion
US20250205335A1 (en) 2022-03-17 2025-06-26 Hangzhou Chengyuan Biotechnology Co., Ltd. Synthetic tumor-infiltrating lymphocytes (tils)
CA3246967A1 (en) 2022-04-01 2025-07-08 LogoMix, Inc. Cell suitable for cell modification, cell modification, cell medicine and related manufacturing methods
EP4256950A1 (en) 2022-04-06 2023-10-11 Vilmorin et Cie Tolerance to cgmmv in cucumber
CA3247638A1 (en) 2022-04-06 2023-10-12 Maria Fardis TREATMENT OF PATIENTS WITH NON-SMALL CELL LUNG CARCINOMA (NSCLC) WITH TUMOR-INFILTRATING LYMPHOCYTE THERAPIES
CA3248034A1 (en) 2022-04-15 2023-10-19 Iovance Biotherapeutics, Inc. METHODS FOR EXPANSION OF TIL CELLS BY MEANS OF SPECIFIC CYTOKINE COMBINATIONS AND/OR AKT INHIBITOR TREATMENT
WO2023205744A1 (en) 2022-04-20 2023-10-26 Tome Biosciences, Inc. Programmable gene insertion compositions
EP4514981A2 (en) 2022-04-29 2025-03-05 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Identification of tissue-specific extragenic safe harbors for gene therapy approaches
WO2023215725A1 (en) 2022-05-02 2023-11-09 Fred Hutchinson Cancer Center Compositions and methods for cellular immunotherapy
WO2023215831A1 (en) 2022-05-04 2023-11-09 Tome Biosciences, Inc. Guide rna compositions for programmable gene insertion
WO2023215498A2 (en) 2022-05-05 2023-11-09 Modernatx, Inc. Compositions and methods for cd28 antagonism
WO2023220043A1 (en) 2022-05-09 2023-11-16 Synteny Therapeutics, Inc. Erythroparvovirus with a modified genome for gene therapy
WO2023220603A1 (en) 2022-05-09 2023-11-16 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Vectors and methods for in vivo antibody production
WO2023219933A1 (en) 2022-05-09 2023-11-16 Entrada Therapeutics, Inc. Compositions and methods for delivery of nucleic acid therapeutics
EP4522201A1 (en) 2022-05-09 2025-03-19 Synteny Therapeutics, Inc. Erythroparvovirus compositions and methods for gene therapy
WO2023220040A1 (en) 2022-05-09 2023-11-16 Synteny Therapeutics, Inc. Erythroparvovirus with a modified capsid for gene therapy
CA3251533A1 (en) 2022-05-10 2023-11-16 Iovance Biotherapeutics, Inc. TREATMENT OF CANCER PATIENTS WITH TUMOR-INFILTRATING LYMPHOCYTE THERAPIES IN COMBINATION WITH AN IL-15R AGONIST
WO2023225670A2 (en) 2022-05-20 2023-11-23 Tome Biosciences, Inc. Ex vivo programmable gene insertion
EP4279085A1 (en) 2022-05-20 2023-11-22 Mnemo Therapeutics Compositions and methods for treating a refractory or relapsed cancer or a chronic infectious disease
EP4526884A2 (en) 2022-05-20 2025-03-26 Artisan Development Labs, Inc. Systems and methods for assessing risk of genome editing events
EP4532765A2 (en) 2022-05-25 2025-04-09 Flagship Pioneering Innovations VII, LLC Compositions and methods for modulation of immune responses
EP4533088A2 (en) 2022-05-25 2025-04-09 Flagship Pioneering Innovations VII, LLC Compositions and methods for modulating genetic drivers
CA3254044A1 (en) 2022-05-25 2023-11-30 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc COMPOSITIONS AND MODULATION METHODS OF TUMOR SUPPRESSANTS AND ONCOGENS
US20250319115A1 (en) 2022-05-25 2025-10-16 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Compositions and Methods for Modulating Cytokines
US20250320254A1 (en) 2022-05-25 2025-10-16 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Compositions and Methods for Modulating Circulating Factors
WO2023235725A2 (en) 2022-05-31 2023-12-07 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr-based therapeutics for c9orf72 repeat expansion disease
EP4532720A2 (en) 2022-05-31 2025-04-09 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr interference therapeutics for c9orf72 repeat expansion disease
CA3259061A1 (en) 2022-06-10 2023-12-14 Umoja Biopharma, Inc. MODIFIED STEM CELLS AND THEIR USES
WO2023250288A2 (en) 2022-06-21 2023-12-28 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Novel qtls conferring resistance to cucumber mosaic virus
EP4544051A2 (en) 2022-06-24 2025-04-30 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for reducing low-density lipoprotein through targeted gene repression
GB202209518D0 (en) 2022-06-29 2022-08-10 Snipr Biome Aps Treating & preventing E coli infections
EP4299733A1 (en) 2022-06-30 2024-01-03 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
EP4299739A1 (en) 2022-06-30 2024-01-03 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
WO2024005864A1 (en) 2022-06-30 2024-01-04 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
WO2024005863A1 (en) 2022-06-30 2024-01-04 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
GB2621813A (en) 2022-06-30 2024-02-28 Univ Newcastle Preventing disease recurrence in Mitochondrial replacement therapy
JP7152094B1 (ja) 2022-06-30 2022-10-12 リージョナルフィッシュ株式会社 ｔｒａｃｒＲＮＡユニット、及びゲノム編集方法
EP4551594A1 (en) 2022-07-05 2025-05-14 John Innes Centre Methods to increase iron content in plants
WO2024008799A1 (en) 2022-07-06 2024-01-11 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods for the treatment of proliferative glomerulonephritis
CA3261865A1 (en) 2022-07-12 2024-01-18 Tune Therapeutics, Inc. TARGETED TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION COMPOSITIONS, SYSTEMS AND METHODS
AU2023311964A1 (en) 2022-07-18 2025-01-30 Renagade Therapeutics Management Inc. Gene editing components, systems, and methods of use
WO2024020587A2 (en) 2022-07-22 2024-01-25 Tome Biosciences, Inc. Pleiopluripotent stem cell programmable gene insertion
US20260042807A1 (en) 2022-07-29 2026-02-12 Vestaron Corporation Next generation actx peptides
AU2023314808A1 (en) 2022-07-29 2025-03-20 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for transferrin receptor (tfr)-mediated delivery to the brain and muscle
LU502613B1 (en) 2022-08-01 2024-02-01 Plant Bioscience Ltd Methods of altering the starch granule profile in plants
US20260060969A1 (en) 2022-08-04 2026-03-05 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods for the treatment of lymphoproliferative disorders
EP4573200A2 (en) 2022-08-19 2025-06-25 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for regulation of hepatitis b virus through targeted gene repression
EP4573114A2 (en) 2022-08-19 2025-06-25 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center T cell receptors targeting ras mutations and uses thereof
WO2024040222A1 (en) 2022-08-19 2024-02-22 Generation Bio Co. Cleavable closed-ended dna (cedna) and methods of use thereof
US20260055146A1 (en) 2022-08-24 2026-02-26 Sana Biotechnology, Inc. Delivery of heterologous proteins
CN120322549A (zh) 2022-08-25 2025-07-15 生命编辑治疗股份有限公司 利用锁核酸对向导rna化学修饰以用于rna引导的核酸酶介导的基因编辑
WO2024044723A1 (en) 2022-08-25 2024-02-29 Renagade Therapeutics Management Inc. Engineered retrons and methods of use
US20250386788A1 (en) 2022-08-26 2025-12-25 KWS SAAT SE & Co. KGaA Use of paired genes in hybrid breeding
JP2025528459A (ja) 2022-08-31 2025-08-28 アンスティテュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル（インセルム） より効率的なｃａｒ－ｔ細胞を生成する方法
WO2024050544A2 (en) 2022-09-01 2024-03-07 J.R. Simplot Company Enhanced targeted knock-in frequency in host genomes through crispr exonuclease processing
CA3265262A1 (en) 2022-09-01 2024-03-07 SESVanderHave NV PROCESSES AND COMPOSITIONS FOR HERBICIDE TOLERANCE PPO
EP4583905A1 (en) 2022-09-06 2025-07-16 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Novel dual split car-t cells for the treatment of cd38-positive hematological malignancies
CA3266599A1 (en) 2022-09-07 2024-11-07 Quantitative Biosciences, Inc. UNIQUE VARIABLE DOMAIN ANTIBODIES SPECIFIC TO FENTANYL AND USE IN A CONTINUOUS AGGLUTINATION TEST
TW202417626A (zh) 2022-09-13 2024-05-01 美商亞森諾生物科學公司 具有共表現的ｔｇｆｂｒ ｓｈｒｎａ之免疫細胞
WO2024056659A1 (en) 2022-09-13 2024-03-21 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Method for treating prostate cancer and other epithelial cancers
AU2023342734A1 (en) 2022-09-16 2025-03-27 King's College London Compositions and methods for treating neurological diseases
WO2024059824A2 (en) 2022-09-16 2024-03-21 Arsenal Biosciences, Inc. Immune cells with combination gene perturbations
CN120239746A (zh) 2022-09-19 2025-07-01 图恩疗法股份有限公司 用于调节t细胞功能的组合物、系统和方法
WO2024064838A1 (en) 2022-09-21 2024-03-28 Sana Biotechnology, Inc. Lipid particles comprising variant paramyxovirus attachment glycoproteins and uses thereof
WO2024062138A1 (en) 2022-09-23 2024-03-28 Mnemo Therapeutics Immune cells comprising a modified suv39h1 gene
WO2024073606A1 (en) 2022-09-28 2024-04-04 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Antibody resistant modified receptors to enhance cell-based therapies
GB202214410D0 (en) 2022-09-30 2022-11-16 Ivy Farm Tech Limited genetically modified cells
EP4602174A1 (en) 2022-10-13 2025-08-20 Sana Biotechnology, Inc. Viral particles targeting hematopoietic stem cells
JP7353602B1 (ja) 2022-10-14 2023-10-02 株式会社インプランタイノベーションズ ゲノム編集方法およびゲノム編集用組成物
WO2024084034A1 (en) 2022-10-21 2024-04-25 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and pharmaceutical compositions for the treatment of osteoarthritis
WO2024097639A1 (en) 2022-10-31 2024-05-10 Modernatx, Inc. Hsa-binding antibodies and binding proteins and uses thereof
WO2024098024A1 (en) 2022-11-04 2024-05-10 Iovance Biotherapeutics, Inc. Expansion of tumor infiltrating lymphocytes from liquid tumors and therapeutic uses thereof
EP4612284A2 (en) 2022-11-04 2025-09-10 Life Edit Therapeutics, Inc. Evolved adenine deaminases and rna-guided nuclease fusion proteins with internal insertion sites and methods of use
JP2025537155A (ja) 2022-11-04 2025-11-14 アイオバンス バイオセラピューティクス，インコーポレイテッド Ｃｄ３９／ｃｄ１０３選択に関連した腫瘍浸潤リンパ球（ｔｉｌ）拡張のための方法
EP4612184A1 (en) 2022-11-04 2025-09-10 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Calcium voltage-gated channel auxiliary subunit gamma 1 (cacng1) binding proteins and cacng1-mediated delivery to skeletal muscle
WO2024102434A1 (en) 2022-11-10 2024-05-16 Senda Biosciences, Inc. Rna compositions comprising lipid nanoparticles or lipid reconstructed natural messenger packs
WO2024107765A2 (en) 2022-11-14 2024-05-23 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for fibroblast growth factor receptor 3-mediated delivery to astrocytes
CN120112547A (zh) 2022-11-16 2025-06-06 瑞泽恩制药公司 包含膜结合il-12和蛋白酶可裂解接头的嵌合蛋白
KR20250126156A (ko) 2022-11-18 2025-08-22 교토후고리츠다이가쿠호진 미토파지 유도를 위한 조성물 및 그의 용도
KR20250122544A (ko) 2022-11-21 2025-08-13 이오반스 바이오테라퓨틱스, 인크. 종양 침윤 림프구의 확장을 위한 2차원 공정 및 이를 통한 요법
WO2024118836A1 (en) 2022-11-30 2024-06-06 Iovance Biotherapeutics, Inc. Processes for production of tumor infiltrating lymphocytes with shortened rep step
US12152238B2 (en) * 2022-11-30 2024-11-26 Eberhard-Karls-Universität Tübingen Universitätsklinikum Gene editing system for editing the arylsulfatase A (ARSA) gene
WO2024118881A1 (en) 2022-12-01 2024-06-06 Genencor International Bv Iterative muliplex genome engineering in microbial cells using a bidirectional selection marker system
WO2024118866A1 (en) 2022-12-01 2024-06-06 Modernatx, Inc. Gpc3-specific antibodies, binding domains, and related proteins and uses thereof
EP4627076A1 (en) 2022-12-01 2025-10-08 Danisco Us Inc Iterative multiplex genome engineering in microbial cells using a recombinant self-excisable selection marker system
WO2024118882A1 (en) 2022-12-01 2024-06-06 Genencor International Bv Iterative multiplex genome engineering in microbial cells using a selection marker swapping system
WO2024119157A1 (en) 2022-12-02 2024-06-06 Sana Biotechnology, Inc. Lipid particles with cofusogens and methods of producing and using the same
WO2024126696A1 (en) 2022-12-14 2024-06-20 King's College London Compositions and methods for treating neurological diseases
EP4634384A1 (en) 2022-12-16 2025-10-22 Life Edit Therapeutics, Inc. Guide rnas that target trac gene and methods of use
EP4634383A1 (en) 2022-12-16 2025-10-22 Life Edit Therapeutics, Inc. Guide rnas that target foxp3 gene and methods of use
WO2024138194A1 (en) 2022-12-22 2024-06-27 Tome Biosciences, Inc. Platforms, compositions, and methods for in vivo programmable gene insertion
WO2024133723A1 (en) 2022-12-22 2024-06-27 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods for decreasing therapeutic acquired resistance to chemotherapy and/or radiotherapy
GB202219829D0 (en) 2022-12-29 2023-02-15 Ivy Farm Tech Limited Genetically manipulated cells
EP4642225A1 (en) 2022-12-29 2025-11-05 Vilmorin & Cie Tomato plants resistant to resistance-breaking tswv strains and corresponding resistance genes
EP4646484A1 (en) 2023-01-06 2025-11-12 Bristol-Myers Squibb Company Methods and systems for engineering cells and for target validation
WO2024151633A2 (en) * 2023-01-10 2024-07-18 Robigo, Inc. Plant microbes and uses thereof
EP4649093A2 (en) 2023-01-12 2025-11-19 National University of Singapore Blockade of cd8 expression and chimeric antigen receptors for immunotherapy of t-cell and nk-cell malignancies
WO2024163678A2 (en) 2023-02-01 2024-08-08 Tune Therapeutics, Inc. Fusion proteins and systems for targeted activation of frataxin (fxn) and related methods
EP4658061A1 (en) 2023-02-01 2025-12-10 United Beet Seeds Beet yellows virus resistance
WO2024163683A2 (en) 2023-02-01 2024-08-08 Tune Therapeutics, Inc. Systems, compositions, and methods for modulating expression of methyl-cpg binding protein 2 (mecp2) and x-inactive specific transcript (xist)
WO2024161022A2 (en) 2023-02-03 2024-08-08 King's College London Compositions and methods for treating neurological diseases
WO2024168265A1 (en) 2023-02-10 2024-08-15 Possible Medicines Llc Aav delivery of rna guided recombination system
WO2024168253A1 (en) 2023-02-10 2024-08-15 Possible Medicines Llc Delivery of an rna guided recombination system
EP4673458A1 (en) 2023-02-27 2026-01-07 John Innes Centre Methods of enhancing production of metabolites in bacteria
JP2026507228A (ja) 2023-03-03 2026-02-27 アーセナル バイオサイエンシズ インコーポレイテッド Ｐｓｍａ及びｃａ９を標的とするシステム
TW202436346A (zh) 2023-03-13 2024-09-16 美商亞森諾生物科學公司 合成路徑活化劑
WO2024189098A1 (en) 2023-03-13 2024-09-19 Iomx Therapeutics Ag Platform technology for the identification of modulators of immune effector cell function
WO2024197242A1 (en) 2023-03-23 2024-09-26 Carbon Biosciences, Inc. Protoparvovirus compositions comprising a protoparvovirus variant vp1 capsid polypeptide and related methods
US12239091B2 (en) 2023-03-27 2025-03-04 Redsea Science And Technology Inc. Tomato plant designated ‘MX20-06’
WO2024201368A1 (en) 2023-03-29 2024-10-03 Astrazeneca Ab Use of inhibitors to increase efficiency of crispr/cas insertions
CN121013904A (zh) 2023-03-30 2025-11-25 儿童医院医学中心 临床级类器官
WO2024211287A1 (en) 2023-04-03 2024-10-10 Seagen Inc. Production cell lines with targeted integration sites
WO2024211306A1 (en) 2023-04-03 2024-10-10 Sutro Biopharma, Inc. Rf1 ko e. coli strains
AU2024252658A1 (en) 2023-04-03 2025-10-16 Plant Bioscience Limited Methods for altering starch granule size profile
EP4689101A1 (en) * 2023-04-07 2026-02-11 Genentech, Inc. Modified guide rnas
US20240344079A1 (en) 2023-04-14 2024-10-17 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Methods and compositions for peronospora resistance in spinach
CN121311497A (zh) 2023-04-14 2026-01-09 精密生物科学公司 肌肉特异性表达盒
WO2024216116A1 (en) 2023-04-14 2024-10-17 Precision Biosciences, Inc. Muscle-specific expression cassettes
EP4698665A1 (en) 2023-04-18 2026-02-25 Sana Biotechnology, Inc. Engineered protein g fusogens and related lipid particles and methods thereof
WO2024220598A2 (en) 2023-04-18 2024-10-24 Sana Biotechnology, Inc. Lentiviral vectors with two or more genomes
EP4698666A1 (en) 2023-04-18 2026-02-25 Sana Biotechnology, Inc. Universal protein g fusogens and adapter systems thereof and related lipid particles and uses
US20240352485A1 (en) 2023-04-19 2024-10-24 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Compositions and methods for the production of libraries
WO2024218295A1 (en) 2023-04-21 2024-10-24 Vib Vzw Allelic combinations in crops for yield increase
WO2024226499A1 (en) 2023-04-24 2024-10-31 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for modifying fertility
WO2024226827A2 (en) 2023-04-25 2024-10-31 Arsenal Biosciences, Inc. Novel receptors for transcription regulation
WO2024226822A2 (en) * 2023-04-26 2024-10-31 Spotlight Therapeutics Cd11a tage compositions and uses thereof
EP4701406A1 (en) 2023-04-28 2026-03-04 Vilmorin & Cie Genetic determinants conferring improved tobrfv resistance
WO2024234006A1 (en) 2023-05-11 2024-11-14 Tome Biosciences, Inc. Systems, compositions, and methods for targeting liver sinusodial endothelial cells (lsecs)
EP4713003A1 (en) 2023-05-17 2026-03-25 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Lipc variant in the treatment of hypercholesterolemia and atherosclerotic cardiovascular disease
EP4713433A2 (en) 2023-05-18 2026-03-25 Children's Hospital Medical Center Liver organoids with intrahepatic sympathetic nerves, and methods of use thereof
WO2024236547A1 (en) 2023-05-18 2024-11-21 Inceptor Bio, Llc Modified phagocytic cells expressing chimeric antigen receptors comprising a herpes virus entry mediator (hvem) co-stimulatory domain and uses thereof
WO2024243340A1 (en) 2023-05-23 2024-11-28 Sana Biotechnology, Inc. Tandem fusogens and related lipid particles
WO2024243438A2 (en) 2023-05-23 2024-11-28 Omega Therapeutics, Inc. Compositions and methods for reducing cxcl9, cxcl10, and cxcl11 gene expression
WO2024245951A1 (en) 2023-05-26 2024-12-05 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Combination of slc8a1 inhibitor and mitochondria-targeted antioxidant for treating melanoma
WO2024246162A1 (en) 2023-05-30 2024-12-05 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Method and pharmaceutical composition for use in the treatment of focal cortical dysplasia
WO2024174016A2 (pt) 2023-05-30 2024-08-29 Hapiseeds Pesquisa E Desenvolvimento Ltda. Plantas com características agronômicas aprimoradas mediante supressâo de genes da rede regulatória aip10/abap1
US12484501B2 (en) 2023-06-05 2025-12-02 Bejo Zaden B.V. Garlic variety ‘BGS 352’
MX2025014893A (es) 2023-06-14 2026-02-03 Arsenal Biosciences Inc Ingenieria de celulas no virales
WO2024256635A1 (en) 2023-06-15 2024-12-19 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Dpm1 inhibitor for treating cancer
WO2024261302A1 (en) 2023-06-22 2024-12-26 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Nlrp3 inhibitors, pak1/2 inhibitors and/or caspase 1 inhibitors for use in the treatment of rac2 monogenic disorders
WO2024263961A2 (en) 2023-06-23 2024-12-26 Children's Hospital Medical Center Methods of matrix-free suspension culture
TW202509220A (zh) 2023-06-26 2025-03-01 美商旗艦先鋒創新有限責任（Ｖｉｉ）公司 經工程化之瘧原蟲及相關方法
WO2025003305A1 (en) 2023-06-28 2025-01-02 Vilmorin & Cie Pepper resistance to meloidogyne enterolobii
AU2024309884A1 (en) 2023-06-30 2025-12-18 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for increasing homology-directed repair
CN117044681B (zh) * 2023-07-11 2026-01-09 吉林大学 一种cop1基因不表达的异种移植供体猪及其制备方法
WO2025017156A1 (en) 2023-07-18 2025-01-23 University Of Glasgow Ion channels with improved properties
WO2025021702A1 (en) 2023-07-21 2025-01-30 Alia Therapeutics S.R.L. Cas9 orthologue nuclease and uses thereof
CN121548346A (zh) 2023-07-24 2026-02-17 维尔莫林公司 甜瓜对cysdv的抗性
AU2024299627A1 (en) 2023-07-25 2026-01-22 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Cas endonucleases and related methods
WO2025021839A1 (en) 2023-07-25 2025-01-30 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Method to treat metabolic disorders
AR133384A1 (es) 2023-07-28 2025-09-24 Regeneron Pharma Anti-tfr:esfingomielinasa ácida para el tratamiento de la deficiencia de esfingomielinasa ácida
AU2024317483A1 (en) 2023-07-28 2026-01-29 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Anti-tfr:gaa and anti-cd63:gaa insertion for treatment of pompe disease
AU2024315073A1 (en) 2023-07-28 2026-01-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Use of bgh-sv40l tandem polya to enhance transgene expression during unidirectional gene insertion
WO2025029840A1 (en) 2023-07-31 2025-02-06 Tune Therapeutics, Inc. Compositions and methods for multiplexed activation and repression of t cell gene expression
WO2025029835A1 (en) 2023-07-31 2025-02-06 Tune Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating il-2 gene expression
WO2025030048A2 (en) 2023-08-03 2025-02-06 J.R. Simplot Company Fusarium wilt resistance genes
WO2025032112A1 (en) 2023-08-08 2025-02-13 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods for the treatment of type 2-mediated diseases
WO2025038494A1 (en) 2023-08-11 2025-02-20 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for lymphoid cell differentiation using targeted gene activation
WO2025049524A1 (en) 2023-08-28 2025-03-06 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Cxcr4 antibody-resistant modified receptors
WO2025046513A1 (en) 2023-08-29 2025-03-06 Inceptor Bio, Llc Methods of manufacturing myeloid-derived cells from hematopoietic stem cells and compositions and uses thereof
WO2025049959A2 (en) 2023-09-01 2025-03-06 Renagade Therapeutics Management Inc. Gene editing systems, compositions, and methods for treatment of vexas syndrome
WO2025050069A1 (en) 2023-09-01 2025-03-06 Tome Biosciences, Inc. Programmable gene insertion using engineered integration enzymes
WO2025054202A1 (en) 2023-09-05 2025-03-13 Sana Biotechnology, Inc. Method of screening a sample comprising a transgene with a unique barcode
EP4520334A1 (en) 2023-09-07 2025-03-12 Mnemo Therapeutics Methods and compositions for improving immune response
WO2025052001A1 (en) 2023-09-07 2025-03-13 Mnemo Therapeutics Methods and compositions for improving immune response
WO2025054540A1 (en) 2023-09-08 2025-03-13 Iovance Biotherapeutics, Inc. Methods of gene-editing using programmable nucleases
WO2025059073A1 (en) 2023-09-11 2025-03-20 Tune Therapeutics, Inc. Epigenetic editing methods and systems for differentiating stem cells
WO2025059533A1 (en) 2023-09-13 2025-03-20 The Broad Institute, Inc. Crispr enzymes and systems
CN119614679A (zh) * 2023-09-14 2025-03-14 厦门大学 一款通用型核酸检测平台
WO2025064408A1 (en) 2023-09-18 2025-03-27 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for treating cardiovascular disease
GB202314578D0 (en) 2023-09-22 2023-11-08 Univ Manchester Methods of producing homoplasmic modified plants or parts thereof
WO2025072331A1 (en) 2023-09-26 2025-04-03 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Cas nucleases and related methods
WO2025072803A1 (en) 2023-09-29 2025-04-03 Children's Hospital Medical Center Ntrk2 signaling-mediated alveolar capillary injury and repair
WO2025076141A1 (en) 2023-10-03 2025-04-10 Inari Agriculture Technology, Inc. Viral delivery of grna to the scion
WO2025078978A1 (en) 2023-10-09 2025-04-17 Avectas Limited Transfection of cells via reversible permeabilization
WO2025078851A1 (en) 2023-10-11 2025-04-17 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) Methods of treating cognitive deficit
WO2025078632A1 (en) 2023-10-12 2025-04-17 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods of prognosis and treatment of patients suffering from cancer
WO2025081123A1 (en) 2023-10-12 2025-04-17 Fred Hutchinson Cancer Center Methods and compositions for improving t cell immunotherapy
WO2025081042A1 (en) 2023-10-12 2025-04-17 Renagade Therapeutics Management Inc. Nickase-retron template-based precision editing system and methods of use
WO2025091009A2 (en) 2023-10-27 2025-05-01 Sutro Biopharma, Inc. Overexpression of lysozyme in t7 rna polymerase-expressing host cells
WO2025096638A2 (en) 2023-10-30 2025-05-08 Turnstone Biologics Corp. Genetically modified tumor infilitrating lymphocytes and methods of producing and using the same
WO2025101484A1 (en) 2023-11-06 2025-05-15 Iovance Biotherapeutics, Inc. Treatment of endometrial cancers with tumor infiltrating lymphocyte therapies
WO2025101820A1 (en) 2023-11-08 2025-05-15 Fred Hutchinson Cancer Center Compositions and methods for cellular immunotherapy
WO2025111526A1 (en) 2023-11-22 2025-05-30 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Methods and compositions for treating non-alcoholic fatty liver disease
WO2025117877A2 (en) 2023-12-01 2025-06-05 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Cas nucleases and related methods
WO2025128343A1 (en) 2023-12-11 2025-06-19 Just-Evotec Biologics, Inc. Protein expression using trans-splicing and split selectable markers
WO2025129084A1 (en) 2023-12-13 2025-06-19 Umoja Biopharma, Inc. Engineered induced stem cell derived myeloid cells and methods of differentiating and using same
WO2025128981A1 (en) 2023-12-14 2025-06-19 Sohm, Inc. Compositions and methods for genome editing
WO2025126153A2 (en) 2023-12-14 2025-06-19 Aviadobio Ltd. Compositions and methods for treating sod1-mediated neurological diseases
WO2025132479A1 (en) 2023-12-18 2025-06-26 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Flt3 inhibitor for modulating macrophages polarization
WO2025149983A2 (en) 2024-01-12 2025-07-17 Avectas Limited Delivery platform with integrated non-viral transfection and cell processing
WO2025149984A2 (en) 2024-01-12 2025-07-17 Avectas Limited Delivery platform with flow-through system (fts)
WO2025151838A1 (en) 2024-01-12 2025-07-17 Sana Biotechnology, Inc. Safety switches to control in vitro and in vivo proliferation of cell therapy products
WO2025155753A2 (en) 2024-01-17 2025-07-24 Renagade Therapeutics Management Inc. Improved gene editing system, guides, and methods
WO2025153608A1 (en) 2024-01-18 2025-07-24 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Wip1 inhibitor for the treatment of glomerular disease
WO2025162980A1 (en) 2024-01-30 2025-08-07 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods for the treatment of breast cancer using a jnk-1 inhibitor
WO2025163107A1 (en) 2024-02-01 2025-08-07 Institut Gustave Roussy Immune cells defective for znf217 and uses thereof
WO2025168705A1 (en) 2024-02-08 2025-08-14 Vib Vzw Means and methods for the production of saponins with endosomal escape-enhancing properties
WO2025174765A1 (en) 2024-02-12 2025-08-21 Renagade Therapeutics Management Inc. Lipid nanoparticles comprising coding rna molecules for use in gene editing and as vaccines and therapeutic agents
WO2025184529A1 (en) 2024-03-01 2025-09-04 Sana Biotechnology, Inc. Viral particles with fusogen display and related compositions and methods
US20250276092A1 (en) 2024-03-01 2025-09-04 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for re-dosing aav using anti-cd40 antagonistic antibody to suppress host anti-aav antibody response
WO2025186284A1 (en) 2024-03-05 2025-09-12 Vilmorin & Cie Increased yield in cucumber
WO2025191018A1 (en) 2024-03-13 2025-09-18 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Mrgpre binding agent for use in the treatment of inflammatory and pain disorders
WO2025194019A1 (en) 2024-03-14 2025-09-18 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Methods for treating liver fibrosis and non-alcoholic fatty liver disease
WO2025199346A1 (en) 2024-03-20 2025-09-25 Arsenal Biosciences, Inc. Antigen binding proteins that bind tmprss4 and methods of use thereof
TW202544044A (zh) 2024-03-20 2025-11-16 美商亞森諾生物科學公司 靶向ｓｌｃ３４ａ２及ｔｍｐｒｓｓ４之系統及其使用方法
WO2025212920A1 (en) 2024-04-03 2025-10-09 Children's Hospital Medical Center Multi-zonal liver organoids
WO2025210123A1 (en) 2024-04-03 2025-10-09 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and pharmaceutical composition for treating cancers
WO2025215354A1 (en) 2024-04-08 2025-10-16 Ivy Farm Technologies Limited Method of culturing an animal cell
WO2025217202A1 (en) 2024-04-08 2025-10-16 Children's Hospital Medical Center Bile duct organoid
WO2025217462A1 (en) 2024-04-10 2025-10-16 Garuda Therapeutics, Inc. Immune compatible cells for allogeneic cell therapies to cover global, ethnic, or disease- specific populations
WO2025224107A1 (en) 2024-04-22 2025-10-30 Basecamp Research Ltd Method and compositions for detecting off-target editing
WO2025224182A2 (en) 2024-04-23 2025-10-30 Basecamp Research Ltd Single construct platform for simultaneous delivery of gene editing machinery and nucleic acid cargo
WO2025224297A1 (en) 2024-04-26 2025-10-30 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Antibodies having specificity to tgfbi and uses thereof
EP4643858A1 (en) 2024-04-29 2025-11-05 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and pharmaceutical composition for the treatment of uterine disease
WO2025228998A1 (en) 2024-04-30 2025-11-06 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Use of hdac4 inhibitors for the treatment of melanoma
WO2025235388A1 (en) 2024-05-06 2025-11-13 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Transgene genomic identification by nuclease-mediated long read sequencing
WO2025240947A1 (en) 2024-05-17 2025-11-20 University Of Massachusetts Therapeutic treatment for fragile x-associated disorder
WO2025245188A2 (en) 2024-05-21 2025-11-27 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Methods of treating liver steatosis and non-alcoholic fatty liver disease
WO2025245169A1 (en) 2024-05-21 2025-11-27 Fred Hutchinson Cancer Center Immunotherapy cells equipped with a collagen-targeting payload
WO2025247829A1 (en) 2024-05-27 2025-12-04 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and pharmaceutical composition for treating prostate cancer
WO2025247951A1 (en) 2024-05-28 2025-12-04 Institut Gustave Roussy Fyn kinase inhibitors, combinations and uses thereof
WO2025248102A1 (en) 2024-05-31 2025-12-04 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Tbk1 inhibitor for use in the treatment of vitiligo
WO2025257151A1 (en) 2024-06-10 2025-12-18 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and pharmaceutical composition for treating ciliopathies
US20250382627A1 (en) 2024-06-13 2025-12-18 J.R. Simplot Company Engineering remontant flowering in rosaceae
WO2025260068A1 (en) 2024-06-14 2025-12-18 Tune Therapeutics, Inc. Lipid nanoparticle formulation for delivery of nucleic acids to cells
US20250388890A1 (en) 2024-06-20 2025-12-25 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. ASS1 Gene Insertion For The Treatment Of Citrullinemia Type I
WO2026002934A1 (en) 2024-06-25 2026-01-02 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Combination of a slc16a1 inhibitor and a smad3 inhibitor for treating cancer
WO2026003754A1 (en) 2024-06-25 2026-01-02 Life Edit Therapeutics, Inc. Novel reverse transcriptases and uses thereof
WO2026006542A2 (en) 2024-06-26 2026-01-02 Yale University Compositions and methods for crispr/cas9 based reactivation of human angelman syndrome
WO2026009227A1 (en) 2024-07-04 2026-01-08 Yeda Research And Development Co. Ltd. Compositions for downregulating zeb2 in macrophages and uses thereof
WO2026012976A1 (en) 2024-07-08 2026-01-15 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Use of inhibitor of gasdermind for treatment of rac2 monogenic disorders
WO2026013071A1 (en) 2024-07-09 2026-01-15 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Setdb1 inhibitor for use in the treatment of uveal melanoma
WO2026015647A1 (en) 2024-07-09 2026-01-15 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for cell differentiation using targeted gene activation of dll4 and/or vcam1
WO2026017833A1 (en) 2024-07-17 2026-01-22 Vilmorin & Cie Tswv-resistant pepper
WO2026020120A1 (en) 2024-07-19 2026-01-22 University Of Massachusetts Increasing cas9 genome editing fidelity through attenuation of guide rna watson-crick base pairing potential
GB202411278D0 (en) 2024-07-31 2024-09-11 Uea Enterprises Ltd Methods of altering plant stress response
US20260043035A1 (en) 2024-08-08 2026-02-12 Invaio Sciences, Inc. Nature-derived lipid particles for use in agriculture
WO2026038057A1 (en) 2024-08-16 2026-02-19 Genome Research Limited Improved methods for gene editing
WO2026047626A1 (en) 2024-08-30 2026-03-05 Inceptor Bio, Llc Compositions and methods involving immune cells engineered for binding bispecific antibodies for use in cell therapy
EP4711442A1 (en) 2024-09-15 2026-03-18 Quantitative Biosciences, Inc. Microfluidic chip for the parallel culture of microbial biosensor strains
CN121483365A (zh) * 2026-01-09 2026-02-06 之江实验室 基于局部几何结构与机器学习的Cas蛋白酶PAM分析方法

Family Cites Families (57)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4217344A (en) 1976-06-23 1980-08-12 L'oreal Compositions containing aqueous dispersions of lipid spheres
US4235871A (en) 1978-02-24 1980-11-25 Papahadjopoulos Demetrios P Method of encapsulating biologically active materials in lipid vesicles
US4186183A (en) 1978-03-29 1980-01-29 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Army Liposome carriers in chemotherapy of leishmaniasis
US4261975A (en) 1979-09-19 1981-04-14 Merck & Co., Inc. Viral liposome particle
US4485054A (en) 1982-10-04 1984-11-27 Lipoderm Pharmaceuticals Limited Method of encapsulating biologically active materials in multilamellar lipid vesicles (MLV)
US4501728A (en) 1983-01-06 1985-02-26 Technology Unlimited, Inc. Masking of liposomes from RES recognition
US5049386A (en) 1985-01-07 1991-09-17 Syntex (U.S.A.) Inc. N-ω,(ω-1)-dialkyloxy)- and N-(ω,(ω-1)-dialkenyloxy)Alk-1-YL-N,N,N-tetrasubstituted ammonium lipids and uses therefor
US4946787A (en) 1985-01-07 1990-08-07 Syntex (U.S.A.) Inc. N-(ω,(ω-1)-dialkyloxy)- and N-(ω,(ω-1)-dialkenyloxy)-alk-1-yl-N,N,N-tetrasubstituted ammonium lipids and uses therefor
US4897355A (en) 1985-01-07 1990-01-30 Syntex (U.S.A.) Inc. N[ω,(ω-1)-dialkyloxy]- and N-[ω,(ω-1)-dialkenyloxy]-alk-1-yl-N,N,N-tetrasubstituted ammonium lipids and uses therefor
US4797368A (en) 1985-03-15 1989-01-10 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Adeno-associated virus as eukaryotic expression vector
US4774085A (en) 1985-07-09 1988-09-27 501 Board of Regents, Univ. of Texas Pharmaceutical administration systems containing a mixture of immunomodulators
DE122007000007I1 (de) 1986-04-09 2007-05-16 Genzyme Corp Genetisch transformierte Tiere, die ein gewünschtes Protein in Milch absondern
US4837028A (en) 1986-12-24 1989-06-06 Liposome Technology, Inc. Liposomes with enhanced circulation time
US4873316A (en) 1987-06-23 1989-10-10 Biogen, Inc. Isolation of exogenous recombinant proteins from the milk of transgenic mammals
US5264618A (en) 1990-04-19 1993-11-23 Vical, Inc. Cationic lipids for intracellular delivery of biologically active molecules
AU7979491A (en) 1990-05-03 1991-11-27 Vical, Inc. Intracellular delivery of biologically active substances by means of self-assembling lipid complexes
US5173414A (en) 1990-10-30 1992-12-22 Applied Immune Sciences, Inc. Production of recombinant adeno-associated virus vectors
US5587308A (en) 1992-06-02 1996-12-24 The United States Of America As Represented By The Department Of Health & Human Services Modified adeno-associated virus vector capable of expression from a novel promoter
US6534261B1 (en) 1999-01-12 2003-03-18 Sangamo Biosciences, Inc. Regulation of endogenous gene expression in cells using zinc finger proteins
US7868149B2 (en) 1999-07-20 2011-01-11 Monsanto Technology Llc Plant genome sequence and uses thereof
US6479808B1 (en) 1999-07-07 2002-11-12 The United States Of America As Represented By The Administrator Of The National Aeronautics And Space Administration Method and systems for collecting data from multiple fields of view
US6603061B1 (en) 1999-07-29 2003-08-05 Monsanto Company Agrobacterium-mediated plant transformation method
US7033744B2 (en) * 2001-03-16 2006-04-25 Naoya Kobayashi Method for proliferating a liver cell, a liver cell obtained thereby, and use thereof
US20090100536A1 (en) 2001-12-04 2009-04-16 Monsanto Company Transgenic plants with enhanced agronomic traits
US20050220796A1 (en) 2004-03-31 2005-10-06 Dynan William S Compositions and methods for modulating DNA repair
EP1913149A4 (en) * 2005-07-26 2009-08-05 Sangamo Biosciences Inc TARGETED INTEGRATION AND EXPRESSION OF EXOGENOUS NUCLEIC ACID SEQUENCES
ES2719789T3 (es) * 2007-03-02 2019-07-16 Dupont Nutrition Biosci Aps Cultivos con resistencia mejorada a fagos
WO2010011961A2 (en) 2008-07-25 2010-01-28 University Of Georgia Research Foundation, Inc. Prokaryotic rnai-like system and methods of use
US20100076057A1 (en) 2008-09-23 2010-03-25 Northwestern University TARGET DNA INTERFERENCE WITH crRNA
US9404098B2 (en) 2008-11-06 2016-08-02 University Of Georgia Research Foundation, Inc. Method for cleaving a target RNA using a Cas6 polypeptide
JP5681114B2 (ja) * 2008-12-04 2015-03-04 サンガモ バイオサイエンシーズ， インコーポレイテッド 亜鉛フィンガーヌクレアーゼを使用したラットのゲノム編集
US8889394B2 (en) 2009-09-07 2014-11-18 Empire Technology Development Llc Multiple domain proteins
US10087431B2 (en) 2010-03-10 2018-10-02 The Regents Of The University Of California Methods of generating nucleic acid fragments
BR112012028805A2 (pt) 2010-05-10 2019-09-24 The Regents Of The Univ Of California E Nereus Pharmaceuticals Inc composições de endorribonuclease e métodos de uso das mesmas.
JP6208580B2 (ja) 2010-05-17 2017-10-04 サンガモ セラピューティクス， インコーポレイテッド 新規のｄｎａ結合タンパク質及びその使用
US9405700B2 (en) 2010-11-04 2016-08-02 Sonics, Inc. Methods and apparatus for virtualization in an integrated circuit
US9057148B2 (en) 2011-05-30 2015-06-16 Toyota Jidosha Kabushiki Kaisha High-strength polypropylene fiber and method for producing the same
WO2012164565A1 (en) 2011-06-01 2012-12-06 Yeda Research And Development Co. Ltd. Compositions and methods for downregulating prokaryotic genes
GB201122458D0 (en) 2011-12-30 2012-02-08 Univ Wageningen Modified cascade ribonucleoproteins and uses thereof
US9637739B2 (en) * 2012-03-20 2017-05-02 Vilnius University RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex
WO2013141680A1 (en) 2012-03-20 2013-09-26 Vilnius University RNA-DIRECTED DNA CLEAVAGE BY THE Cas9-crRNA COMPLEX
PL4289948T3 (pl) 2012-05-25 2025-06-02 The Regents Of The University Of California Sposoby i kompozycje do modyfikacji kierowanego na rna docelowego dna i do nakierowanej na rna modulacji transkrypcji
EP2912175B1 (en) * 2012-10-23 2018-08-22 Toolgen Incorporated Composition for cleaving a target dna comprising a guide rna specific for the target dna and cas protein-encoding nucleic acid or cas protein, and use thereof
CN105142669B (zh) * 2012-12-06 2018-07-03 西格马-奥尔德里奇有限责任公司 基于crispr的基因组修饰和调控
WO2014093479A1 (en) 2012-12-11 2014-06-19 Montana State University Crispr (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) rna-guided control of gene regulation
CN105658796B (zh) 2012-12-12 2021-10-26 布罗德研究所有限公司 用于序列操纵的crispr-cas组分系统、方法以及组合物
PT2898075E (pt) 2012-12-12 2016-06-16 Harvard College Manipulação e otimização de sistemas, métodos e composições de enzima melhorados para manipulação de sequências
WO2014093694A1 (en) 2012-12-12 2014-06-19 The Broad Institute, Inc. Crispr-cas nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation in eukaryotes
WO2014093622A2 (en) 2012-12-12 2014-06-19 The Broad Institute, Inc. Delivery, engineering and optimization of systems, methods and compositions for sequence manipulation and therapeutic applications
WO2014093701A1 (en) 2012-12-12 2014-06-19 The Broad Institute, Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions, methods, knock out libraries and applications thereof
CN105121648B (zh) 2012-12-12 2021-05-07 布罗德研究所有限公司 用于序列操纵的系统、方法和优化的指导组合物的工程化
US8697359B1 (en) 2012-12-12 2014-04-15 The Broad Institute, Inc. CRISPR-Cas systems and methods for altering expression of gene products
EP3434776A1 (en) 2012-12-12 2019-01-30 The Broad Institute, Inc. Methods, models, systems, and apparatus for identifying target sequences for cas enzymes or crispr-cas systems for target sequences and conveying results thereof
WO2014093655A2 (en) 2012-12-12 2014-06-19 The Broad Institute, Inc. Engineering and optimization of systems, methods and compositions for sequence manipulation with functional domains
PL2784162T3 (pl) 2012-12-12 2016-01-29 Broad Inst Inc Opracowanie systemów, metod oraz zoptymalizowanych kompozycji przewodnikowych do manipulacji sekwencyjnej
EP4282970A3 (en) 2012-12-17 2024-01-17 President and Fellows of Harvard College Rna-guided human genome engineering
JP6244391B2 (ja) * 2016-03-17 2017-12-06 本田技研工業株式会社 車両

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