JP2012065669A - サンプル内の検体を検出または定量化するためのアッセイを実施するためのシステムおよび方法 - Google Patents

Abstract

【課題】同時に複数の核酸アッセイを実施するための自動分析器を提供すること。
【解決手段】複数の診断アッセイを同時に実行する自動分析器は、サンプル槽内に含有される流体サンプルに対して当該アッセイの個別の側面が実行される、複数のステーションを含む。当該分析器は、サンプルを自動的に調製し、サンプルをインキュベートし、検体単離手順をあらかじめ形成し、対象検体の存在を確認し、対象検体の量を分析するためのステーションを含む。自動容器移送システムは、サンプル槽を１つのステーションから次のステーションへ移動させるものである。自動診断アッセイを実行するための方法は、対象検体を単離および増幅するための自動プロセスを含み、一実施形態においては、増幅プロセスのリアルタイムモニタリングのための方法を含む。
【選択図】なし

Description

（優先権主張）
本願は、米国仮出願第６０／６５９，８７４号（２００５年３月１０日出願）の利益を主張し、当該出願の内容は、本明細書において参考により援用される。

（発明の分野）
本発明は、一般的に、同時に複数の核酸アッセイを実施するための自動分析器に関し、より具体的には、リアルタイムおよびエンドポイント増幅アッセイ双方を含む、複数の核酸増幅アッセイを実施するためのシステムと方法に関する。本発明は、リアルタイム増幅手順に続き、複数の反応容器の内容物を継続的に処理するための機器と方法にも関する。本発明はさらに、核酸増幅反応を実施する前に、反応容器中の増幅阻害物質の存在を減少させる方法にも関する。

核酸アッセイは、臨床、工業、環境、食品などさまざまな供給源から、核酸検体を高度に特異的かつ高感度に検出することを可能にする。これらのアッセイを利用して、宿主生物あるいはサンプル中に存在する寄生虫、菌類、細菌、およびウイルスを含む、生物抗原（プリオンなど）、細胞異常、疾病状態、および疾患に関連する病原体の存在と数を判断することができる。核酸アッセイは、定性的でも定量的でもよく、定量アッセイは、感染または疾病の程度を判定、あるいは長期的に病状を判断するために有用な情報を実施者に提供する。定量アッセイは、例えば治療的処置プログラムの有効性を評価するために、あるいは、特定の生物またはウイルスによる感染または雑菌混入の程度を判断するために使用することもできる。

全ての核酸アッセイフォーマットは、サンプル中の１つまたは複数の対象核酸の特定、検出、あるいは定量化に至るまでに多数の処理ステップを伴う。必要に応じ、特異的に対象とされる核酸アッセイの核酸配置は、特定可能な生物グループ（ここで使用される「生物」という用語は、ウイルスを含む）に特有であってよい。このグループはグループの全メンバーに共通であり、またグループ特異的な少なくとも１つの共通核酸配置により定義される。（生物「グループ」は、通常、生物の株、種、あるいは属など、生物の系統発生学的分類である。）通常、対象とされる核酸配置あるいは複数の配置の独自性は、分析されるサンプルの特定の種類のみに限定される必要がある（例えば、ヒトサンプル対工業または環境サンプル）。個々のあるいはグループの生物を検出する核酸ベースの方法および手段は、Ｋｏｈｎｅによる、特許文献１の「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ， Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｏｎ−Ｖｉｒａｌ Ｏｒｇａｎｉｓｍｓ」、およびＨｏｇａｎらによる、特許文献２の「Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｏｂｅｓ ｆｏｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ／ｏｒ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｏｎ−Ｖｉｒａｌ Ｏｒｇａｎｉｓｍｓ」に開示される。

アッセイの対象とされる生物を判断すると、最初のステップは、グループを定義する生物に属する核酸配置の特異性を示すプローブを選択あるいは設計することである。核酸アッセイは、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、あるいはメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を含む、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）あるいはリボ核酸（ＲＮＡ）のどちらを検出するようにも設計できる。原核および真核生物に対し、ｒＲＮＡあるいはコード化ＤＮＡ（ｒＤＮＡ）は、通常、好ましい検出対象である。リボソームＲＮＡ配置は、細胞におけるその相対存在量により、またｒＲＮＡが、近縁生物同士であっても区別可能なプローブを設計するために利用することができる配置変化範囲を含むため、非増幅の核酸アッセイの特に好ましい対象である。リボソーム核酸を含まないウイルス、および細胞変化は、多くの場合ＤＮＡ、ＲＮＡ、あるいはメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）配置を対象とすることにより、最もよく検出される。例として、ＭｃＤｏｎｏｕｇｈらによる、米国特許第６，６４９，７４９号の「Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ Ｖｉｒｕｓ Ｔｙｐｅ １」、およびＦｒａｄｅｔらによる、米国特許出願広報第ＵＳ ２００５−０２８２１７０ Ａ１号の「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｔｏ Ｄｅｔｅｃｔ Ｐｒｏｓｔａｔｅ Ｃａｎｃｅｒ ｉｎ ａ Ｓａｍｐｌｅ」を参照されたい。かかるウイルスは、ＲＮＡゲノムがｍＲＮＡであるプラス鎖ＲＮＡウイルス（Ｃ型肝炎ウイルスなど）、マイナス鎖ＲＮＡウイルス（インフルエンザウイルスなど）、レトロウイルス（ヒト免疫不全ウイルスなど）、１本鎖ＤＮＡウイルス（パルボウイルスなど）、および２本鎖の対象領域を増幅あるいは検出十分な１本鎖にする溶解ステップを必要とする、２本鎖ＤＮＡウイルス（アデノウイルスなど）を含んでよい。核酸アッセイの焦点が遺伝的異常の検出である場合、プローブは普通、特定可能な遺伝子コードの変化を検出するよう設計される。この例としては、慢性骨髄性白血病に関連するフィラデルフィア染色体異常がある。例として、Ｓｔｅｐｈｅｎｓｏｎらによる、米国特許第４，６８１，８４０号の「Ｄｅｏｘｙｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ Ｕｓｅｆｕｌ ａｓ Ｐｒｏｂｅｓ ｆｏｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ Ｏｎｃｏｇｅｎｅｓ Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ Ｉｎｔｏ Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ ＤＮＡ」を参照されたい。

核酸アッセイをおこなう場合、資料中に存在する可能性がある対象核酸を放出し、安定化させるために、サンプルの調製が必要である。サンプルの調製は、ヌクレアーゼ活性を排除し、対象核酸の核酸増幅（後述）あるいは検出に対する潜在的阻害物質を除外または不活性にする役割も果たす。溶解赤血球により放出される第二鉄イオンとの複合化が可能な錯化剤の使用を含む、増幅のための核酸の調製方法を開示する、Ｒｙｄｅｒらによる、米国特許第５，６３９，５９９号の「Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｆｒｏｍ Ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ Ｃｅｌｌｓ Ｕｓｉｎｇ Ｉｒｏｎ Ｃｏｍｐｌｅｘｉｎｇ ａｎｄ Ｏｔｈｅｒ Ａｇｅｎｔｓ」を参照されたい。このサンプル調製方法はさまざまであり、処理されるサンプルの性質（血液、尿、便、膿、または痰など）にある程度左右される。対象核酸が、希釈されたあるいは希釈されていない全血サンプル中に存在する白血球群から抽出される場合、通常は分別溶解法に従う。Ｒｙｄｅｒらによる、欧州特許出願第０ ５４７ ２６７ Ａ２号の「Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｆｒｏｍ Ｂｌｏｏｄ」を参照されたい。分別溶解法は、当技術分野で周知であり、白血球から核酸を特異的に単離し、同時に、核酸の増幅あるいは検出を妨げる可能性があるヘムなどの赤血球産物の存在または活性を、制限あるいは排除するよう設計されている。その他の溶解方法は、例えば、Ｃｕｍｍｉｎｓらによる、米国特許第５，２３１，０１５号の「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ Ｅｘｔｒａｃｔｉｎｇ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ ａｎｄ ＰＣＲ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｗｉｔｈｏｕｔ Ｕｓｉｎｇ ａ Ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ Ｅｎｚｙｍｅ」、Ｃｌａｒｋらによる、米国特許第５，８３７，４５２号の「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｅｘｔｒａｃｔｉｎｇ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｆｒｏｍ ａ Ｗｉｄｅ Ｒａｎｇｅ ｏｆ Ｏｒｇａｎｉｓｍｓ ｂｙ Ｎｏｎｌｙｔｉｃ Ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ」、およびＣｕｎｎｉｎｇｈａｍらによる、米国特許出願広報第ＵＳ ２００２−００５５１１６ Ａ１号の「Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ， Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｋｉｔｓ ｆｏｒ Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｔｈｅ Ｐｒｅｓｅｎｃｅ ｏｆ Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ Ｏｒｇａｎｉｓｍｓ ｉｎ ａ Ｔｅｓｔ Ｓａｍｐｌｅ」に開示されている。

サンプルを精製し、増幅あるいは検出を妨げることができるヌクレアーゼおよびその他の物質を除去するために、対象とされる核酸は、対象核酸を拘束する「捕獲プローブ」を使用して、対象捕獲手段により単離することができ、磁性あるいはシリカ粒子などの固体基板に直接あるいは間接的に結合される、または結合されるようになる。Ｒａｎｋｉらによる、米国特許第４，４８６，５３９号の「Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ ｂｙ ａ Ｏｎｅ−Ｓｔｅｐ Ｓａｎｄｗｉｃｈ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ｔｅｓｔ」、Ｓｔａｂｉｎｓｋｙによる、米国特許第４，７５１，１７７号の「Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｋｉｔｓ ｆｏｒ Ｐｅｒｆｏｒｍｉｎｇ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ａｓｓａｙｓ」、Ｂｏｏｍらによる、米国特許第５，２３４，８０９号の「Ｐｒｏｃｅｓｓ ｆｏｒ Ｉｓｏｌａｔｉｎｇ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ」、Ｅｎｇｌｅｈａｒｄｔらによる、米国特許第５，２８８，６０９号の「Ｃａｐｔｕｒｅ Ｓａｎｄｗｉｃｈ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ｍｅｔｈｏｄ ａｎｄ Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ」、Ｃｏｌｌｉｎｓによる、米国特許第５，７８０，２２４号の「Ｔａｒｇｅｔ ａｎｄ Ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ Ｃａｐｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐａｒａｔｕｓ ｆｏｒ Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ａｓｓａｙｓ」、およびＷｅｉｓｂｕｒｇらによる、米国特許第６，５３４，２７３号の「Ｔｗｏ−Ｓｔｅｐ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃａｐｔｕｒｅ ｏｆ ａ Ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ」を参照されたい。固体支持体が磁性粒子である場合、反応容器の近接に磁石を使用して、磁性粒子を容器の側面に引き寄せて把持し、それにより反応容器内の結合したあらゆる核酸を単離する。反応容器内の結合した核酸を単離するその他の方法としては、遠心単離および捕獲プローブの反応容器への固定がある。例として、Ｂｏｏｍら、ｓｕｐｒａ、およびＵｒｄｅａによる、米国特許第５，２００，３１４号の「Ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｃａｐｔｕｒｅ Ａｓｓａｙ Ｅｍｐｌｏｙｉｎｇ
ｉｎ Ｖｉｔｒｏ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ」を参照されたい。結合した核酸が上述のように単離されると、反応容器の流体内容物を吸引し、また任意で洗浄溶液による１つ以上の洗浄ステップをおこなうことにより、結合した核酸を結合していない核酸、およびその他の細胞物質とサンプル物質から分離することができる。

多くの場合、標的配列を増幅することが好ましい。核酸増幅は、増幅される核酸配置に相補的あるいは相同性の鋳型配置を含む核酸増幅産物（コピー）を酵素的に合成するための、核酸ポリメラーゼの使用を伴う。増幅産物は、伸長産物あるいは転写に基づく増幅法で生成される転写産物であってよい。当技術分野で実施される核酸増幅法の例としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、ループ媒介等温増幅（ＬＡＭＰ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、免疫増幅、および転写介在増幅（ＴＭＡ）、核酸配置に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ）、自己配置複製（３ＳＲ）を含む転写に基づく各種増幅法がある。例として、Ｍｕｌｌｉｓによる、米国特許第４，６８３，１９５号の「Ｐｒｏｃｅｓｓ ｆｏｒ Ａｍｐｌｉｆｙｉｎｇ， Ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ， ａｎｄ／ｏｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」、Ｗａｌｋｅｒによる、米国特許第５，４５５，１６６号の「Ｓｔｒａｎｄ Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ」、Ｎｏｔｏｍｉらによる、米国特許第６，４１０，２７８号の「Ｐｒｏｃｅｓｓ ｆｏｒ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｉｎｇ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ」、Ｂｉｒｋｅｎｍｅｙｅｒによる、米国特許第５，４２７，９３０号の「Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｔａｒｇｅｔ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｕｓｉｎｇ Ｇａｐ Ｆｉｌｌｉｎｇ Ｌｉｇａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ」、Ｃａｓｈｍａｎによる、米国特許第５，８４９，４７８号の「Ｂｌｏｃｋｅｄ−Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ Ｍｅｔｈｏｄ ａｎｄ Ｋｉｔ」、Ｋａｃｉａｎらによる、米国特許第５，３９９，４９１号の「Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ
Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ」、Ｍａｌｅｋらによる、米国特許第５，１３０，２３８号の「Ｅｎｈａｎｃｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｐｒｏｃｅｓｓ」、およびＬｉｚａｒｄｉらによる、６：１１９７（１９８８）の「ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ」を参照されたい。核酸増幅は、資料中に存在する標的配列の量が非常に少ない場合に特に有益である。標的配列を増幅し、合成された増幅産物を検出することにより、対象とされる核酸配置を確実に検出するために、アッセイの開始時に必要とされる標的配列がより少なくなるため、アッセイの感度を大幅に向上することができる。

対象核酸の検出には、対象核酸内に含まれる標的配列に結合するヌクレオチド塩基配置、あるいは標的配列またはその補体を含む増幅産物を有するプローブの使用が必要となる。核酸の供給源を区別するために有用なプローブは、選択されたアッセイ条件において、サンプルに存在する可能性がある非対象生物の核酸に検出可能に結合しないよう選択あるいは設計される。プローブは非ヌクレオチド成分を含んでよいが、プローブの対象結合部は、標的配列あるいはその補体へのハイブリダイゼーションを達成するために、ＤＮＡ、ＲＮＡ、および／またはそれらの類似体を含む。例として、Ｂｅｃｋｅｒらによる、米国特許出願第ＵＳ ２００３−００３６０５８ Ａ１号の「Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｆｏｒ Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｔｈｅ Ｐｒｅｓｅｎｃｅ
ｏｆ ａ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ａｎａｌｙｔｅ ｉｎ ａ Ｓａｍｐｌｅ」（２’−Ｏ−メチル修飾プローブの使用を開示）、およびＮｉｅｌｓｅｎらによる、米国特許第５，５３９，０８２号の「Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ」（カルボキシメチルリンカーを用いて、核酸塩基サブユニットを中央第二級アミンと結合させる、２−アミノエチルグリシンバックボーンを有するプローブの使用を開示）を参照されたい。検出の目的で、プローブは、放射性標識、蛍光色素、ビオチン、酵素、あるいは化学発光化合物など、検出可能な標識を含んでよく、標識は、プローブへのハイブリダイゼーションの前、最中、あるいは後のいずれかに、標的配列あるいは補体に提供されてよい。例として、Ｈｉｇｕｃｈｉによる、米国特許第５，９９４，０５６号の「Ｈｏｍｏｇｅｎｏｕｓ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ａｎｄ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ」（エチジウムブロマイドなどの挿入剤の使用を開示）、およびＵｒｄｅａらによる、米国特許第５，６３５，３５２号の「Ｓｏｌｕｔｉｏｎ Ｐｈａｓｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓａｎｄｗｉｃｈ Ａｓｓａｙｓ Ｈａｖｉｎｇ Ｒｅｄｕｃｅｄ Ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ Ｎｏｉｓｅ」（対象核酸を含む十字構造に結合するための標識プローブの使用を開示）を参照されたい。

核酸アッセイは、均質あるいは非均質フォーマットに基づいてよい。非均質アッセイの１つの形式では、ガラス、鉱物、またはポリマー材料などの固体支持体に、対象錯体であるプローブを優先的に結合させ、検出前にあらゆる非結合プローブを除去する。代替となる方法では、固体支持体と関連するのは結合していないプローブであり、この間、標的配列と複合するプローブは溶液中で遊離状態を維持し、検出のための分離が可能である。均質アッセイは通常、固相分離ステップを伴わずに実施され、溶液中で遊離しているプローブとプローブ錯体である対象の一部を形成しているプローブとの化学的相違を広く利用する。均質アッセイの例には、詳細がＡｒｎｏｌｄらによる、米国特許第５，６３９，６０４号の「Ｈｏｍｏｇｅｎｏｕｓ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ Ａｓｓａｙ」に開示される、ハイブリダイゼーション保護アッセイ（ＨＰＡ）がある。ＨＰＡにおける検出は、特異的加水分解に基づき、標的配列あるいはその補体にハイブリダイズされたアクリジニウムエステル標識プローブの特異的検出を可能とする。例としては、Ａｒｎｏｌｄらによる、米国特許第４，９５０，６１３号の「Ｐｒｏｔｅｃｔｅｄ Ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｌａｂｅｌｓ」、Ｃａｍｐｂｅｌｌらによる、米国特許第４，９４６，９５８号の「Ｃｈｅｍｉｌｕｎｅｓｃｅｎｔ Ａｃｒｉｄｉｕｍ Ｌａｂｅｌｌｉｎｇ Ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ」、Ａｒｎｏｌｄらによる、米国特許第５，１８５，４３９号の「Ａｃｒｉｄｉｎｉｕｍ Ｅｓｔｅｒ Ｌａｂｅｌｌｉｎｇ ａｎｄ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｒｏｂｅｓ」、およびＡｒｎｏｌｄらによる、米国特許第５，５８５，４８１の「Ｌｉｎｋｉｎｇ Ｒｅａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｒｏｂｅｓ」を参照されたい。この検出フォーマットは、ハイブリダイゼーションステップおよび選択ステップを含む。ハイブリダイゼーションステップでは、過剰なアクリジニウムエステル標識プローブは反応容器に加えられ、標的配列あるいはその補体へのアニールが可能となる。ハイブリダイゼーションステップに続き、ハイブリダイズされていないプローブと関連する標識は、選択ステップでアルカリ性試薬を加えることにより、非化学発光とされる。アルカリ性試薬は、ハイブリダイズされていないプローブと関連するアクリジニウムエステル標識のみを特異的に加水分解し、対象ハイブリッドであるプローブのアクリジニウムエステルは損なわずに検出可能なままとする。ハイブリダイズされたプローブのアクリジニウムエステルからの化学発光は、照度計を使用して測定可能となり、関連の光装置あるいはＲＬＵにおいて信号が示される。

その他の均質アッセイには、以下により開示されるものが含まれる。Ｇｅｌｆａｎｄらによる、米国特許第５，８０４，３７５号の「Ｒｅａｃｔｉｏｎ Ｍｉｘｔｕｒｅｓ ｆｏｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｔａｒｇｅｔ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ」、Ｎａｄｅａｕらによる、米国特許第５，９５８，７００号の「Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ ｂｙ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ Ｑｕｅｎｃｈｉｎｇ」、Ｔｙａｇｉらによる、米国特許第５，９２５，５１７号の「Ｄｅｔｅｃｔａｂｌｙ Ｌａｂｅｌｅｄ Ｄｕａｌ Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｒｏｂｅｓ， Ａｓｓａｙｓ ａｎｄ Ｋｉｔｓ」、Ｍｏｒｒｉｓｏｎによる、米国特許第５，９２８，８６２号の「Ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ Ｈｏｍｏｇｅｎｏｕｓ Ａｓｓａｙ」、およびＢｅｃｋｅｒらによる、米国特許第６，８４９，４１２号の「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｏｒｃｈｅｓ」。これら特許には、増幅手順においてリアルタイムで対象核酸の量を判断するために使用してよい、単分子または二分子のプローブについてそれぞれ記述されている。この場合、標的錯体であるプローブの形成に関連する信号の変化は、増幅中に検出され、サンプル中に存在する対象核酸の推定量を計算するために使用される。増幅手順の最中に収集される信号情報に基づく、サンプル中にもともと存在する対象核酸の数を計算するためのアルゴリズムには、Ｗｉｔｔｗｅｒらによる、米国特許第６，２３２，０７９号の「ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｕｔｉｌｉｚｉｎｇ Ｓｅｃｏｎｄ ｏｒ Ｔｈｉｒｄ Ｏｒｄｅｒ Ｒａｔｅ Ｃｏｎｓｔａｎｔｓ」、Ｓａｇｎｅｒらによる、米国特許第６，６９１，０４１号の「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙ−Ｃｏｒｒｅｃｔｅｄ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ」、ＭｃＭｉｌｌａｎらによる、米国特許第６，９１１，３２７号の「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ」、およびＣｈｉｓｍａｒらによる、共同所有権を享受する、米国仮出願第６０／６９３，４５５号の「Ｍｅｔｈｏｄ ａｎｄ Ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｆｏｒ Ｑｕａｎｔｉｆｙｉｎｇ Ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」により開示されるものが含まれる。

核酸アッセイが開始されたあと、また続く増幅反応で起こりうる雑菌混入を回避するために、反応混合物は、反応容器内の核酸と関連増幅産物を破壊する失活試薬で処理することができる。かかる試薬には、核酸の本来の化学構造を修飾する、酸化剤、還元剤、および反応性化学物質が含まれる。これらの試薬は、核酸がＲＮＡまたはＤＮＡである増幅反応に対して、核酸を不活性にすることにより作用する。かかる化学物質の例には、次亜塩素酸ナトリウム溶液（漂白剤）、過マンガン酸カリウム溶液、ギ酸、ヒドラジン、硫化ジメチル、および類似化合物が含まれる。失活プロトコルのさらなる詳細は、Ｄａｔｔａｇｕｐｔａらによる、米国特許第５，６１２，２００号の「Ｍｅｔｈｏｄ ａｎｄ Ｋｉｔ
ｆｏｒ Ｄｅｓｔｒｏｙｉｎｇ ｔｈｅ Ａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ ｔｏ Ｂｅ Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ」、およびＮｅｌｓｏｎらによる、米国特許出願広報第ＵＳ ２００５−０２０２４９１ Ａ１号の「Ｒｅａｇｅｎｔｓ， Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｋｉｔｓ ｆｏｒ Ｕｓｅ ｉｎ Ｄｅａｃｔｉｖａｔｉｎｇ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ」に記載される。
核酸増幅アッセイに関連する多数の複雑なステップ、また各種の増幅アッセイに必要とされるさまざまな処理と機器を考慮すると、さまざまな増幅アッセイプロトコルによる、複数の反応容器の内容物を処置できる自動システムが必要であり、また特に、同一のプラットフォームでのおよび／または内蔵型ハウジング内でのリアルタイムとエンドポイント両方の増幅アッセイを実行することが最も必要とされる。リアルタイム増幅アッセイでは、増幅反応が起きると、対象とされる増幅産物の量を定期的に判断し、それにより、サンプル中に存在する対象核酸についての定量的情報の提供が容易となる。一方、エンドポイント増幅は、増幅反応が起きたあとに対象とされる増幅産物の量を判断し、それにより、対象核酸についての定性的情報を提供するためにはより有用となる。フローを改善することにより、大量のサンプルの処理に要する時間を削減するため、処理用の新しいバッチの反応容器を手動あるいは自動で装填するためにシステムを中断することなく、複数の反応容器の内容物を、リアルタイム増幅プロトコルに従って継続的に処理できるシステムも必要とされる。従って、定性的あるいは定量的判断に影響を及ぼす可能性がある、反応容器中の増幅阻害物質の量を減少させる試薬および方法が必要である。

米国特許第４，８５１，３３０号明細書 米国特許第５，５４１，３０８号明細書

上述の必要性は、本発明の側面に従って構成および操作される自動分析器により対応される。一般的に、自動分析器は、反応容器に含まれる複数の反応混合物に対する１つ以上アッセイ実施に伴う、さまざまな自動ステーションあるいはモジュールの動作を統合、協調させる。分析器は、内蔵型のスタンドアロンユニットであることが好ましい。アッセイサンプル材料および反応容器、さらにさまざまな溶液、試薬、およびアッセイ実施に使用されるその他の材料はアッセイ実施の際に生成される廃棄物と同様に、分析器内に保存されることが好ましい。分析器は、サンプル処理から増幅およびマルチフォーマット検出に至る全てのアッセイステップを完全に自動化する統合核酸試験システムである。好ましい実施例では、機器は、リアルタイムとエンドポイント増幅アッセイの両方を実行することができる。日常の設定が完了すると、操作者は、エンドポイント増幅アッセイ、リアルタイム増幅アッセイ、あるいはその両方の実行を選択してよい。リアルタイム増幅アッセイの場合、本発明の分析器は、バッチモードとは対照的に、複数の反応容器の物を連続的に処理し、それにより結果を算出および報告することができる速度を大きく向上させる。動作中、反応容器からサンプル材料および／または試薬を除去する単離および浄化ステップの前または最中に、反応容器の内面を覆うために使用される表面処理剤を提供することにより、分析器を使用してもよい。

分析器は、分析器のステーションの動作、および分析器全体における各反応容器の動きを協調させるための分析器制御およびアッセイスケジューリング・ソフトウェアを実行するコンピュータ制御装置を含む。

反応容器は、分析器のステーション間で反応容器を自動的に移送する移送機構による回収のために、各容器を順次的に収集位置に提示する投入準備室に装填することができる。

サンプル容器は、第一のリングアセンブリに運搬され、使い捨てピペットチップは、第二のリングアセンブリに運搬される。固体支持材料の懸濁液を含む対象捕獲試薬の容器は、選択的に容器を撹拌するよう、あるいは自動ロボットピペットシステムのプローブが到達できるように容器を提示するよう構成および配置された、内部の回転可能なアセンブリに運搬される。流体サンプル材料および対象捕獲試を含む反応混合物は、各反応容器内のピペットシステムにより調製される。

分析器は、設置される容器の内容物を混合するための、容器撹拌器をさらに含む。撹拌器は、流体容器と流体連通であってよく、１つ以上流体を容器に滴下するためのディスペンサを含んでよい。１つ以上インキュベータは、温度制御室に複数の容器を運搬し、個々の容器が、自動的に室内に設置あるいは室外に除去れるのを可能とする。磁性分離ステーションは、ステーションに設置された容器の内容物に対し、自動的に磁性分離および洗浄手順を実行する。

好ましい操作方法では、アッセイの結果は、適当な調製ステップの終結時に、容器から放出される光の量により確認されてよい。そのため、分析器は、反応容器の内容物により放出される光の量を検出および／または定量化するための照度計（信号検出装置の一種）を含む。失活準備室は、アッセイの終結時に、設置される反応容器の内容物を失活させるために提供されてよい。

反応容器は、移送機構によってステーション間を個々に移送され、ステーションを並行して操作することで、異なる反応容器に同時に異なるアッセイ手順を実行することができ、それにより効率的でスループットの高い分析器の操作を容易にする。さらに、本発明は、核酸アッセイに関連するさまざまなステーションを、含まれる単一のプラットフォームに配置し、それにより効率的な空間利用を実現する。
操作方法および構造の要素の機能と相互関係を含む、本発明のその他の目的、特長、および特徴は、添付の図面を参照しながら、以下の説明および添付の請求項を検討することによりさらに明らかとなるが、これら全ては本開示の一部を成し、同様の参照番号は、さまざまな図における対応する部分を指定する。
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
複数の反応容器のそれぞれに存在する対象核酸の量を定量的に決定するために、前記反応容器の内容物を処理するための方法であって、該方法は、
ａ）加熱器に複数の反応容器を連続的に提供する自動ステップであって、各反応容器には、対象核酸内に含有される標的配列またはその補体の存在を、前記加熱器の温度条件下で増幅および検出するのに十分な試薬が提供されているステップと、
ｂ）ステップａ）に従って前記加熱器に提供された反応容器のそれぞれの中で、前記標的配列およびその補体を含有する、増幅産物の存在と関連付けられた信号の量を周期的に測定する自動ステップと、
ｃ）ステップｂ）において得られた前記測定結果に基づいて、それぞれの反応容器中に存在する前記対象核酸の量を定量化する自動ステップと、
を包含し、
前記反応容器の少なくとも一部は、前記反応容器の少なくとも一部の内容物がステップｂ）〜ステップｃ）に従って処理される際に、ステップａ）に従って前記加熱器に連続的に提供される、
方法。
（項目２）
前記反応容器は、自動反応容器移送システムを使用して前記加熱器に提供される、項目１に記載の方法。
（項目３）
ステップａ）〜ステップｃ）に従って処理された内容物を有する反応容器は、ステップａ）〜ステップｃ）に従って処理するための内容物を有する反応容器が前記加熱器に連続的に提供される際に、前記自動反応容器移送システムを使用して、前記加熱器から連続的に除去される、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記自動反応容器移送システムは、前記反応容器を前記加熱器に提供するための第１の回転可能な移送機構を含む、項目２から３までのいずれか一項に記載の方法。
（項目５）
前記自動反応容器移送システムは、前記反応容器を前記加熱器から除去するための第２の回転可能な移送機構を含む、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記加熱器は、回転軸の周囲を回転可能な反応容器運搬装置を含む、項目１から５までのいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記加熱器は、密閉型インキュベータであって、該密閉型インキュベータは、前記反応容器を収納したり、前記インキュベータから除去したりするための１つ以上のドアを有する、項目１から６までのいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記インキュベータは、前記インキュベータ内で反応容器を収納および移動させるための、固定ハウジング内に含有された回転可能な反応容器運搬装置を含む、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記増幅および検出試薬は、前記反応容器が前記加熱器に提供された後に、前記反応容器に提供される、項目１から８までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記増幅試薬は、プライマーまたはプロモータープライマー、ヌクレオシド三リン酸、および、前記加熱器の温度条件下で前記対象核酸にハイブリダイズされた前記プライマーまたはプロモータープライマーの３´端を延長することができる核酸ポリメラーゼを含む、項目１から９までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記温度条件は等温である、項目１から１０までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記検出試薬は、前記加熱器の温度条件下で前記標的配列またはその補体に結合し、それによって前記信号を放出することができる、自己ハイブリタイズする、検出可能なように標識されたプローブを含む、項目１から１１までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記プローブは分子ビーコンまたは分子トーチであり、かつ相互に作用するラベル対を含む、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記ラベル対は、蛍光プローブと消光剤とを含む、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
複数の前記反応容器のそれぞれからの前記信号を同時に測定するステップをさらに包含する、項目１から１３までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記信号は、前記加熱器と動作可能なように関連付けられた、複数の相隔たる蛍光信号検出装置で測定される、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
複数の前記反応容器それぞれの中の異なる信号を同時に測定するステップをさらに包含する、項目１から１６までのいずれか一項に記載の方法であって、前記異なる信号のそれぞれは異なる増幅産物と関連付けられる、方法。
（項目１８）
前記異なる信号は、前記加熱器と動作可能なように関連付けられ、かつそれと相対的に移動可能な、複数の相隔たる蛍光信号検出装置で測定される、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
ステップａ）の前に、前記反応容器から増幅阻害物質を除去するのに十分な試薬および条件に、前記反応容器のぞれぞれの中に存在するサンプル物質を曝露する自動ステップをさらに包含する、項目１から１８までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記曝露するステップは、
各反応容器に固体支持材料を提供するステップであって、前記固体支持材料は前記対象核酸を結合することができる、提供するステップと、
各反応容器内の前記固体支持材料を単離するステップと、
各反応容器から前記サンプル物質の少なくとも一部を除去するステップと、
前記固体支持材料を洗浄液で洗浄するステップと、
を含む、
項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記固体支持材料は磁気反応性粒子であり、前記単離するステップは前記反応容器に隣接して置かれた磁石によって実行される、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記曝露するステップの後に、自動反応容器移送システムを使用して前記反応容器を前記加熱器に移送するステップをさらに包含する、項目１９から２１までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記自動反応容器移送システムは、回転可能な移送機構を備える、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
各反応容器は、一体的に形成された複数の反応容器の１つである、項目１から２３までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
本方法のステップは、内蔵型分析器ユニットのハウジング内ですべて実行される、項目１から２４までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２６）
複数の反応容器のそれぞれに存在する対象核酸の量を定量的に決定するために、前記反応容器の内容物を処理するためのシステムであって、
（Ａ）温度調節されたインキュベータであって、
（１）その中にインキュベーションチャンバを画定するハウジングであって、反応容器到達開口部を介して前記インキュベーションチャンバへの、またはそこからの反応容器の移動を可能にするための、１つ以上の前記反応容器到達開口部を有するハウジングと、
（２）前記インキュベーションチャンバと熱連通する熱源と、
（３）前記インキュベーションチャンバ内に配置され複数の反応容器ステーションを含む反応容器運搬装置であって、前記反応容器ステーションのそれぞれは少なくとも１つの反応容器を運搬するように構成および配置され、前記反応容器運搬装置は、任意の前記複数の反応容器ステーションを、前記反応容器到達開口部に対する反応容器伝送位置に提示するように構成および配置される、反応容器運搬装置と、
を備えるインキュベータと、
（Ｂ）前記反応容器到達開口部を介して、前記反応容器運搬装置へ、またはそこから、反応容器を移送するように構成および配置される、少なくとも１つの移送機構を含む、反応容器移送システムと、
（Ｃ）信号測定装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出された信号の量を測定するように構成および配置される前記信号測定装置であって、前記信号測定装置は、前記反応容器運搬装置が前記インキュベーションチャンバ内の反応容器を移動させる際に、前記反応容器運搬装置で運搬される該反応容器が前記信号測定装置に近接して動作可能なように連続的に移動されるように、前記反応容器運搬装置に対して置かれ、
前記反応容器運搬装置は、前記インキュベーションチャンバ内の反応容器を移動して、それによって運搬される反応容器を、前記信号測定装置に近接して動作可能なように連続的および周期的に置くように制御され、前記信号測定装置は、前記信号測定装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出される信号の量の周期的な測定結果を作成するように制御される、
信号測定装置と、
（Ｄ）前記信号測定装置によって作成される周期的な測定結果に基づいて、該反応容器内の該対象核酸の量を定量化するように適合されるマイクロプロセッサと、
を備えるシステム。
（項目２７）
前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させるように構成および配置された、信号測定装置移送機構をさらに備える、項目２６に記載のシステムであって、
前記反応容器運搬装置の各反応容器ステーションは、１つを超える反応容器を運搬するように構成および配置され、前記反応容器運搬装置は、前記反応容器ステーションを前記信号測定装置に対する信号測定位置に連続的に提示するように制御され、前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させて、該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された該反応容器のそれぞれに近接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように制御される、
システム。
（項目２８）
前記ハウジングは信号測定開口部を含み、前記信号測定装置は、前記インキュベーションチャンバの外側において、前記信号測定開口部を介して、前記インキュベーションチャンバ内の反応容器の内容物によって放出される信号の量を測定するための位置に置かれる、項目２６から２７までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目２９）
１つを超える信号測定装置を備える、項目２６からまで２８のいずれか一項に記載のシステムであって、
各信号測定装置は、反応容器の内容物によって放出される異なる信号を測定するように構成および配置される、
システム。
（項目３０）
前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させるように構成および配置された信号測定装置移送機構をさらに備える、項目２９に記載のシステムであって、
前記反応容器運搬装置の各反応容器ステーションは、１つを超える反応容器を運搬するように構成および配置され、前記反応容器運搬装置は、反応容器ステーションを前記信号測定装置に対する信号測定位置に連続的に提示するように構成および配置され、前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置のそれぞれを前記反応容器運搬装置に対して移動させて、該信号測定装置に対応する該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された該反応容器のそれぞれに近接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように構成および配置される、
システム。
（項目３１）
各信号測定装置は、反応容器の内容物からの蛍光放出を測定するように構成および配置された蛍光光度計を備え、各蛍光光度計は異なる波長を有する蛍光放出を測定する、項目２９から３０までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目３２）
各蛍光光度計は、
該反応容器に励起エネルギーを向けるように構成および配置される励起構成要素であって、各蛍光光度計の該励起構成要素は該反応容器に異なる波長の励起エネルギーを向ける、励起構成要素と、
該反応容器の内容物からの放出エネルギーの量を検出するように構成および配置される検出構成要素であって、各蛍光光度計の該検出構成要素は異なる波長の放出エネルギーを検出する、検出構成要素と、
を備える、
項目３１に記載のシステム。
（項目３３）
反応容器運搬装置は、回転軸の周囲を回転可能となるように、前記インキュベーションチャンバ内に取り付けられた略円形の回転台を備え、前記反応容器ステーションは、該回転台の周辺部の周囲に置かれる、項目２６から３２までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目３４）
前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させるように構成および配置された信号測定装置移送機構をさらに備える、項目３３に記載のシステムであって、
前記反応容器運搬装置の各反応容器ステーションは、前記回転台の該回転軸に対して半径方向に配置された１つを超える反応容器を運搬するように構成および配置され、前記反応容器運搬装置は、前記反応容器ステーションを前記信号測定装置に対する信号測定位置に連続的に提示するように構成および配置され、前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置を前記回転台の該回転軸に対して略半径方向に移動させて、該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された該反応容器のそれぞれに近接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように構成および配置される、
システム。
（項目３５）
各反応容器ステーションは、前記回転台内に形成された、半径方向に配向された端部開放スロットを備える、項目３４に記載のシステム。
（項目３６）
前記信号測定装置は、反応容器の内容物からの蛍光放出を測定するように構成および配置された蛍光光度計を備える、項目２６から２８までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目３７）
前記蛍光光度計は、
該反応容器に励起エネルギーを向けるように構成および配置された励起構成要素と、
該反応容器の内容物からの放出エネルギーの量を検出するように構成および配置された検出構成要素と、
を備える、
項目３６に記載のシステム。
（項目３８）
前記励起構成要素は励起光ハウジングと励起レンズハウジングとを含み、前記検出構成要素は検出レンズハウジングを含み、前記励起光ハウジングおよび前記検出レンズハウジングは相隔たる相対位置にあり、前記励起レンズハウジングは前記励起光ハウジングと前記検出レンズハウジングとの間に延びる、項目３２または３７のいずれか一項に記載のシステム。
（項目３９）
前記蛍光光度計は、
励起光を放出するように適合された光放出部と、
第１の光路、第２の光路、および第３の光路を画定する光学素子と、
ビームスプリッタと、
光検出部とを備え、
前記光放出部は、前記第１の光路に対して動作可能なように置かれ、該光路は前記光放出部によって放出される該励起光の少なくとも一部を送るように構成および配置され、
前記ビームスプリッタは、前記第１の光路および前記第２の光路に対して動作可能なように置かれ、かつ、前記第１の光路によって送られた該励起光を受光し、望ましい励起スペクトル成分を有する該受光した励起光の少なくとも一部を前記第２の光路へ向けるように構成および配置され、
前記第２の光路は、前記第２の光路が望ましい励起スペクトル成分を有する該光を反応容器に向けるように、該蛍光光度計に近接して動作可能なように該反応容器に対して置かれ、前記第２の光路は、該反応容器の内容物によって放出される任意の蛍光光の少なくとも一部を受光して、該受光した部分を前記ビームスプリッタに向け、
前記ビームスプリッタは、前記第３の光路に対して動作可能なように置かれ、かつ、前記第２の光路によって送られた該蛍光光を受光し、望ましい励起スペクトル成分を有する該受光した光の少なくとも一部を前記第３の光路に向けるように構成および配置され、
前記光検出部は、前記第３の光路に対して動作可能なように置かれ、該光路は望ましい放出スペクトル成分を有する該光の少なくとも一部を前記光検出部に向けて送るように構成および配置される、
項目３１から３８までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目４０）
前記第１の光路の該光学素子は、該光放出部から送られる光のあらゆる望ましくないスペクトル成分を実質的に除去するようにさらに構成および配置される、項目３９に記載のシステム。
（項目４１）
前記第１の光路の該光学素子は、前記ビームスプリッタによって前記第１の光路から受光した光が、前記第１の光路の光軸に対して実質的に規定の励起角度範囲内にあるように、前記光放出部から送られた該光を調整するようにさらに構成および配置される、項目３９から４０までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目４２）
前記第１の光路の該光学素子は、
前記光放出部によって放出された該励起光の少なくとも一部を受光し、受光端から受光した前記励起光を光パイプの反対端に送るために、前記光放出部に対して動作可能なように置かれた、前記受光端を有する前記光パイプと、
前記光パイプの該反対端によって放出された光の方向を変えるように配置および配向された鏡と、
前記鏡によって方向を変えられた光を受光するように置かれ、受光した該光を実質的に規定の励起角度範囲内にコリメートするように構成および配置された、１つ以上のレンズと、
前記１つ以上のレンズによってコリメートされた光を受光するように置かれ、該規定の励起角度範囲内にない実質的にすべての光をブロックするように構成および配置された励起バッフルと、
前記バッフルを通過する光を受光するように置かれ、前記光放出部から送られた該励起光の該望ましくないスペクトル成分を実質的に除去するように構成および配置された励起フィルタと、
を備える、
項目３９から４１までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目４３）
前記第３の光路の該光学素子は、該光検出部に向けて送られた光の任意の望ましくないスペクトル成分の少なくとも一部を排除するように構成および配置される、項目３９から４２までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目４４）
前記第３の光路の該光学素子は、前記光検出部によって前記第３の光路から受光した該光が、前記第３の光路の光軸に対して実質的に規定の検出角度範囲内にあるように、前記ビームスプリッタから送られた該光を調整するようにさらに構成および配置される、項目３９から４３までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目４５）
前記第３の光路の該光学素子は、
前記ビームスプリッタから送られた光を受光するように置かれ、該規定の検出角度範囲内にない実質的にすべての光をブロックするように構成および配置された放出バッフルと、
前記放出バッフルを通過する光を受光するように置かれ、前記光検出部に向けて送られた該光の該望ましくないスペクトル成分を実質的に除去するように構成および配置された放出フィルタと、
前記放出フィルタを通過する光の焦点を、前記光検出部に向けて合わせるように構成および配置された少なくとも１つのレンズと、
を備える、
項目３９から４４までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目４６）
前記光放出部および前記光検出部は回路基板に接続される、項目３９から４５までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目４７）
前記ビームスプリッタはダイクロイックビームスプリッタを備える、項目３９から４６までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目４８）
前記第１、第２、および第３の光路は、それぞれ第１、第２、および第３の光軸を含み、かつ（ａ）前記光軸は前記第２の光軸に対して略垂直であり、（ｂ）前記第２および第３の光軸は略同軸であり、（ｃ）前記ダイクロイックビームスプリッタは前記第１、第２、および第３の光軸に対して約４５度の角度で配向される、項目４７に記載のシステム。
（項目４９）
信号検出装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出された信号を検出するように構成および配置される信号検出装置をさらに備える、項目２６から４８までのいずれか一項に記載のシステムであって、
前記信号検出装置は前記インキュベーションチャンバの外に置かれ、
前記反応容器移送システムは、前記インキュベータ内の反応容器のインキュベーションに続いて、該反応容器を前記信号検出装置へ連続的に移送するようにさらに構成および配置される、システム。
（項目５０）
前記信号検出装置は、反応容器の内容物からの化学発光放出を検出するように構成および配置された照度計を備える、項目４９に記載のシステム。
（項目５１）
前記反応容器運搬装置は、それぞれ該反応容器ステーションの１つに隣接して配置された磁性仕切りをさらに備え、前記磁性仕切りはそれぞれ、該隣接する反応容器ステーションに運搬された反応容器を磁場に曝露するための１つ以上の磁性素子を含む、項目２６から５０までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目５２）
１つ以上の反応容器に存在する対象核酸の量を決定するために、または、１つ以上の該反応容器内における対象核酸の有無を確認するために、複数の反応容器の内容物を処理するためのシステムであって、
（Ａ）その中に反応容器を収納し、該反応容器をインキュベーションチャンバ内で制御された温度条件に曝露するための前記インキュベーションチャンバを含む、少なくとも１つの温度調節されたインキュベータと、
（Ｂ）核酸定量システムであって、
（１）各反応容器の内容物によって放出された信号の量を周期的に測定することと、
（２）該周期的測定結果に基づいて、それぞれの反応容器内に存在する対象核酸の量を定量化することと、
によって、該反応容器内の該対象核酸の量を決定するように構成され配置された核酸定量システムと、
（Ｃ）核酸検出システムであって、
（１）各反応容器の内容物によって放出された信号を検出することと、
（２）閾値レベルを超える信号が検出されるか否かに基づいて、該反応容器内の該対象核酸の有無を確認することと、
によって、該反応容器内の該対象核酸の存在を確認するように構成および配置された核酸検出システムと、
を備えるシステム。
（項目５３）
反応容器を前記核酸定量システムへ、またはそこから自動的に移送し、かつ反応容器を前記核酸検出システムへ自動的に移送するように構成および配置された、自動移送システムをさらに備える、項目５２に記載のシステム。
（項目５４）
前記移送システムは、回転軸の周囲を回転可能な移送機構を備える、項目５３に記載のシステム。
（項目５５）
前記核酸定量システムは、前記インキュベーションチャンバ内に配置され前記信号測定装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の、内容物によって放出される信号の量を測定するように構成および配置された、信号測定装置を備え、
前記核酸検出システムは、前記インキュベーションチャンバとは異なる検出チャンバ内に配置され前記信号検出装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の、内容物によって放出される信号を検出するように構成および配置された、信号検出装置を備える、
項目５２から５４までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目５６）
前記信号測定装置を、前記インキュベーションチャンバ内に配置された反応容器に対して近接して動作可能に移動させるように構成および配置された、信号測定装置移送機構をさらに備える、項目５５に記載のシステム。
（項目５７）
前記信号測定装置は、反応容器の内容物からの蛍光放出を測定するように構成および配置された蛍光光度計を備える、項目５６に記載のシステム。
（項目５８）
前記信号検出装置は、反応容器の内容物からの化学発光放出を検出するように構成および配置された照度計を備える、項目５５から５７までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目５９）
前記核酸定量システムおよび前記核酸検出システムは、ハウジング内に含有される、項目５５から５８までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目６０）
前記信号測定装置および前記信号検出装置は、前記ハウジング内の処理デスク上にある、項目５５から５９までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目６１）
前記ハウジングは、内蔵型スタンドアロン分析器ユニットを画定する、項目６０に記載のシステム。
（項目６２）
該分析器ユニットは移動可能である、項目６１に記載のシステム。
（項目６３）
前記温度調節されたインキュベータは、前記インキュベーションチャンバ内に配置され複数の反応容器ステーションを含む反応容器運搬装置を含み、前記反応容器ステーションのそれぞれは、少なくとも１つの反応容器を運搬するように構成および配置され、
前記核酸定量システムは、前記信号測定装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出される信号の量を測定するように構成および配置された信号測定装置を備え、前記信号測定装置は、前記反応容器運搬装置が前記インキュベーションチャンバ内の反応容器を移動させる際に、前記反応容器運搬装置に運搬された該反応容器が前記信号測定装置に近接して動作可能なように連続的に移動されるように、前記反応容器運搬装置に対して置かれ、
前記反応容器運搬装置は、前記インキュベーションチャンバ内の反応容器を移動して、それによって運搬される反応容器を前記信号測定装置に近接して動作可能なように連続的および周期的に置くように制御され、前記信号測定装置は、前記信号測定装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出さる信号の量の周期的な測定結果を作るように制御される、
項目５２に記載のシステム。
（項目６４）
前記核酸定量システムは、前記信号測定装置によって作られた周期的な測定結果に基づいて、該反応容器内の該対象核酸の量を定量化するように適合されたマイクロプロセッサをさらに備える、項目６３に記載のシステム。
（項目６５）
前記核酸定量システムは、
前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させるように構成および配置された信号測定装置移送機構をさらに備え、
前記反応容器運搬装置の各反応容器ステーションは１つを超える反応容器を運搬するように構成および配置され、前記反応容器運搬装置は、前記反応容器ステーションを前記信号測定装置に対する信号測定位置に連続的に提示するように制御され、前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させて、該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された該反応容器のそれぞれに近接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように制御される、
項目６３または６４に記載のシステム。
（項目６６）
前記核酸定量システムは、１つを超える信号測定装置を備え、各信号測定装置は、反応容器の内容物によって放出される異なる信号を測定するように構成および配置される、項目６３または６４に記載のシステム。
（項目６７）
前記核酸定量システムは、
前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させるように構成および配置された信号測定装置移送機構をさらに備え、
前記反応容器運搬装置の各反応容器ステーションは、１つを超える反応容器を運搬するように構成および配置され、前記反応容器運搬装置は、前記反応容器ステーションを前記信号測定装置に対する信号測定位置に連続的に提示するように構成および配置され、前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置のそれぞれを前記反応容器運搬装置に対して移動させて、該信号測定装置に対応する該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された該反応容器のそれぞれに近接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように構成および配置される、
項目６６に記載のシステム。
（項目６８）
前記反応容器運搬装置は、回転軸の周囲を回転可能となるように、前記インキュベーションチャンバ内に取り付けられた略円形の回転台を備え、前記反応容器ステーションは、該回転台の周辺部の周囲に置かれる、項目６３から６７までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目６９）
前記核酸定量システムは、
前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させるように構成および配置された信号測定装置移送機構をさらに備え、
前記反応容器運搬装置の各反応容器ステーションは、前記回転台の該回転軸に対して半径方向に配列された１つを超える反応容器を運搬するように構成および配置され、前記反応容器運搬装置は、前記反応容器ステーションを前記信号測定装置に対する信号測定位置に連続的に提示するように構成および配置され、前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置を前記回転台の該回転軸に対して略半径方向に移動させて、該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された該反応容器のそれぞれに近接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように構成および配置される、
項目６８に記載のシステム。
（項目７０）
前記信号測定装置は、反応容器の内容物からの蛍光放出を測定するように構成および配置された蛍光光度計を備える、項目６３から６９までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目７１）
前記蛍光光度計は、
励起光を放出するように適合された光放出部と、
第１の光路、第２の光路、および第３の光路を画定する光学素子と、
ビームスプリッタと、
光検出部と、
を備え、
前記光放出部は、前記第１の光路に対して動作可能なように置かれ、該光路は前記光放出部によって放出された該励起光の少なくとも一部を送るように構成および配置され、
前記ビームスプリッタは、前記第１の光路および前記第２の光路に対して動作可能なように置かれ、かつ、前記第１の光路によって送られた該励起光を受光し、望ましい励起スペクトル成分を有する該受光した励起光の少なくとも一部を前記第２の光路へ向けるように構成および配置され、
前記第２の光路は、前記第２の光路が望ましい励起スペクトル成分を有する該光を前記反応容器に向けるように、該蛍光光度計に近接して動作可能なように反応容器に対して置かれ、前記第２の光路は、該反応容器の内容物によって放出された任意の蛍光光の少なくとも一部を受光して、該受光した部分を前記ビームスプリッタに向け、
前記ビームスプリッタは、前記第３の光路に対して動作可能なように置かれ、かつ、前記第２の光路によって送られた該蛍光光を受光し、望ましい放出スペクトル成分を有する該受光した光の少なくとも一部を前記第３の光路に向けるように構成および配置され、
前記光検出部は、前記第３の光路に対して動作可能なように置かれ、該光路は望ましい放出スペクトル成分を有する該光の少なくとも一部を前記光検出部に向けて送るように構成および配置される、
項目７０に記載のシステム。
（項目７２）
前記第１の光路の該光学素子は、該光放出部から送られた光の任意の望ましくないスペクトル成分を実質的に除去するようにさらに構成および配置される、項目７１に記載のシステム。
（項目７３）
前記第１の光路の該光学素子は、前記ビームスプリッタによって前記第１の光路から受光した光が、前記第１の光路の光軸に対して実質的に規定の励起角度範囲内にあるように、前記光放出部から送られた該光を調整するようにさらに構成および配置される、項目７２に記載のシステム。
（項目７４）
前記第１の光路の該光学素子は、
前記光放出部によって放出された該励起光の少なくとも一部を受光し、受光端から受光した前記励起光を光パイプの反対端に送るように、前記光放出部に対して動作可能なように置かれた前記受光端を有する、前記光パイプと、
前記光パイプの該反対端によって放出された光の方向を変えるように配置および配向された鏡と、
前記鏡によって方向を変えられた光を受光するように置かれ、受光した該光を実質的に規定の励起角度範囲内にコリメートするように構成および配置された１つ以上のレンズと、
前記１つ以上のレンズによってコリメートされた光を受光するように置かれ、該規定の励起角度範囲内にない実質的にすべての光をブロックするように構成および配置された励起バッフルと、
前記バッフルを通過する光を受光するように置かれ、前記光放出部から送られた該励起光の該望ましくないスペクトル成分を実質的に除去するように構成および配置された励起フィルタと、
を備える、
項目７３に記載のシステム。
（項目７５）
前記第３の光路の該光学素子は、該光検出部に向けて送られた光の任意の望ましくないスペクトル成分の少なくとも一部を排除するように構成および配置される、項目７１から７４までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目７６）
前記第３の光路の該光学素子は、前記光検出部によって前記第３の光路から受光した該光が、前記第３の光路の光軸に対して実質的に規定の検出角度範囲内にあるように、前記ビームスプリッタから送られた該光を調整するようにさらに構成および配置される、項目７５に記載のシステム。
（項目７７）
前記第３の光路の該光学素子は、
前記ビームスプリッタから送られた光を受光するように置かれ、該規定の検出角度範囲内にない実質的にすべての光をブロックするように構成および配置された放出バッフルと、
前記放出バッフルを通過する光を受光するように置かれ、前記光検出部に向けて送られた該光の該望ましくないスペクトル成分を実質的に除去するように構成および配置された放出フィルタと、
前記放出フィルタを通過する光の焦点を、前記光検出部に向けて合わせるように構成および配置された少なくとも１つのレンズと、
を備える、
項目７６に記載のシステム。
（項目７８）
前記光放出部および前記光検出部は回路基板に接続される、項目７１から７７までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目７９）
前記ビームスプリッタはダイクロイックビームスプリッタを備える、項目７１から７８までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目８０）
前記第１、第２、および第３の光路は、それぞれ第１、第２、および第３の光軸を含み、（ａ）前記第１の光軸は前記第２の光軸に対して略垂直であり、（ｂ）前記第２および第３の光軸は略同軸であり、（ｃ）前記ダイクロイックビームスプリッタは前記第１、第２、および第３の光軸に対して約４５度の角度で配向される、項目７９に記載のシステム。
（項目８１）
前記蛍光光度計は、
励起エネルギーを該反応容器に向けるように構成および配置された励起構成要素と、
該反応容器の内容物からのエネルギー放出の量を検出するように構成および配置された検出構成要素と、
を備える、
項目７０から８０までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目８２）
前記核酸検出システムは、
信号検出装置であって、前記信号検出装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出された信号を検出するように構成および配置され、前記インキュベーションチャンバの外側に置かれた信号検出装置を、
備える、
項目５２から５４までの、または項目６３から８１までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目８３）
前記信号検出装置は、反応容器の内容物からの化学発光放出を検出するように構成および配置された照度計を備える、項目８２に記載のシステム。
（項目８４）
前記インキュベータ内に設けられた前記反応容器到達開口部を介して、反応容器を前記反応容器運搬装置へ、またはそこから移送するように、および、前記インキュベータ内の反応容器のインキュベーションに続いて、該反応容器を前記信号検出装置へ連続的に移送するように構成および配置された少なくとも１つの移送機構を含む、反応容器移送システムをさらに備える、
項目７０から８３までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目８５）
前記反応容器運搬装置は、それぞれ該反応容器ステーションの１つに隣接して配置された磁性仕切りをさらに備え、前記磁性仕切りはそれぞれ、該隣接する反応容器ステーションに運搬された反応容器を磁場に曝露するための１つ以上の磁性素子を含む、項目６３から８４までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目８６）
前記信号検出装置は、
隣接して配置された複数の反応容器が該装置によって移動される移送経路を画定する構造と、
前記移送経路に沿って配置され、感光装置に対して動作可能なように置かれた反応容器の内容物から放出された光を検出するように構成および配置された前記感光装置と、
前記移送経路に隣接して置かれ、（１）隣接して配置された反応容器を前記移送経路に沿って移動できるようにする第１の位置と、（２）前記移送経路上に配置され、前記感光装置に対して動作可能なように置かれた前記反応容器の１つと動作可能なように係合する第２の位置と、の間で旋回するように構成および配置された反応容器単離装置であって、前記反応容器単離装置は、前記反応容器単離装置によって係合された、前記動作可能に置かれた反応容器以外のソースからの光が前記感光装置によって検出されるのを実質的に防止するように構成および配置され、前記反応容器単離装置は、前記第１の位置と第２の位置の間を旋回回転するように構成および配置され、前記容器槽単離装置が前記第２の位置にあるときには、前記反応容器単離装置によって係合された反応容器を少なくとも部分的に包囲する構造を含む、反応容器単離装置と、
を備える、
項目８２から８５までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目８７）
前記信号検出装置は、該動作可能なように置かれた反応容器の内容物から放出された光の量を前記感光装置が検出するのに十分な時間の間、該隣接して配置された反応容器のそれぞれを前記感光装置に対して動作可能なように置くような方法で、該隣接して配置された複数の反応容器を前記移送経路に沿って移動させるように構成および配置された移送機構をさらに備える、項目８６に記載のシステム。
（項目８８）
前記信号検出装置は、前記移送経路に隣接して配置された、そこに形成された開口を有する開口パネルをさらに備え、
前記感光装置は、
光電子増倍管であって、前記光電子増倍管の一端の光取り入れ開口部の前に置かれた物体から放出された光を検出するように、および、前記光電子増倍管によって検出された光を示す電子信号を生成するように適合され、前記開口の前の前記移送経路上に配置された反応容器の内容物から放出された光を受光するために、前記開口に対して置かれたその前記光取り入れ開口部を持つ前記移送経路と反対側の前記開口パネルの側の上に置かれた光電子増倍管と、
シャッターアセンブリであって、前記開口パネル上に取り付けられ、光が前記開口を通過するのを可能にする開位置と光が前記開口を通過するのを防止する閉位置との間における前記シャッターアセンブリの移動によって、光を前記開口パネルに形成された前記開口を介して前記光電子増倍管へ選択的に取り入れるように構成および配置されたシャッターアセンブリと、
を備え、
前記シャッターアセンブリは、
それぞれ前記シャッターアセンブリの開位置と閉位置とに対応する開位置と閉位置との間における回転移動のために構成および配置されたシャッターであって、前記シャッターが前記閉位置にあるときには前記開口をブロックし、前記シャッターが前記開位置にあるときには前記開口をブロックしないシャッターと、
前記開位置と閉位置との間の前記シャッターの動力回転をもたらすための、前記シャッターと動作可能なように連結されたモーターと、
を備える、
項目８６または８７に記載のシステム。
（項目８９）
反応容器内に存在する対象核酸を結合するための固体支持材料を単離するように構成および配置された分離装置をさらに備える、項目５２から８８までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目９０）
前記分離装置は、該反応容器から流体物質を吸引するように構成および配置された流体吸引機構を含む、項目８９に記載のシステム。
（項目９１）
前記分離装置は、
該反応容器から該流体サンプルを除去した後に、該反応容器に洗浄液を提供するように構成および配置された流体分注機構と、
該流体分注機構によって該洗浄液が提供された後に、該固体支持材料を再懸濁するために該反応容器を攪拌するように構成および配置された混合装置と、
をさらに備える、
項目９０に記載のシステム。
（項目９２）
該分離装置は、流体物質を磁場に置くための磁性素子を備える、項目８９から９までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目９３）
各反応容器は、一体的に形成された複数の反応容器の１つである、項目５２から９２までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目９４）
複数の反応容器のそれぞれの内容物によって放出された信号を測定するためのシステムであって、該システムは、
複数の反応容器ステーションを含む可動反応容器運搬装置であって、前記反応容器ステーションのそれぞれは２つ以上の反応容器を運搬する、可動反応容器運搬装置と、
信号測定装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出された信号の量を測定するように構成および配置された前記信号測定装置であって、前記反応容器運搬装置が反応容器を移動させる際に、前記反応容器運搬装置に運搬された該反応容器が前記信号測定装置に近接して動作可能なように連続的に移動されるように、前記信号測定装置が前記反応容器運搬装置に対して置かれる、信号測定装置と、
前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させるように構成および配置された信号測定装置移送機構と、
を備え、
前記反応容器運搬装置は、各反応容器ステーションを信号測定位置に連続的に提示して、該信号測定位置において該反応容器ステーションに運搬された該反応容器の１つが前記信号測定装置に近接して動作可能であるように制御され、前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させて、該信号測定位置に移動された該反応容器ステーションに運搬された該反応容器のそれぞれに近接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように制御される、
システム。
（項目９５）
前記信号測定装置は、前記反応容器運搬装置の下に置かれる、項目９４に記載のシステム。
（項目９６）
１つを超える信号測定装置を備える、項目９４から９５までのいずれか一項に記載のシステムであって、
各信号測定装置は、反応容器の内容物によって放出された異なる信号を測定するように構成および配置され、
前記反応容器運搬装置は、前記信号測定装置に対する信号測定位置に前記反応容器ステーションを連続的に提示するように構成および配置され、前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置のそれぞれを前記反応容器運搬装置に対して移動させて、該信号測定装置に対応する該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された該反応容器のそれぞれに近接して動作可能なように前記信号測定装置を連続的に置くように構成および配置される、
システム。
（項目９７）
４つの信号測定装置を備える、項目９６に記載のシステム。
（項目９８）
前記信号測定装置は、反応容器の内容物からの蛍光放出を測定するように構成および配置された蛍光光度計を備える、項目９４から９７までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目９９）
前記蛍光光度計は、
該反応容器に励起エネルギーを向けるように構成および配置された励起構成要素と、
該反応容器の内容物からのエネルギー放出の量を検出するように構成および配置された検出構成要素と、
を備える、
項目９８に記載のシステム。
（項目１００）
項目９４から９９までのいずれか一項に記載のシステムであって、
（ａ）前記反応容器運搬装置は、回転台の周辺部の周囲に置かれた前記反応容器ステーションと共に回転軸の周囲を回転可能となるように取り付けられた、略円形の回転台を備え、各反応容器ステーションは、前記回転台の該回転軸に対して半径方向に配置された２つ以上の反応容器を備え、
（ｂ）前記回転台の回転は、前記各反応容器ステーションを信号測定位置に連続的に提示し、該信号測定位置において、前記反応容器ステーションに運搬された放射状に配置された反応容器の１つが、前記信号測定装置に近接して動作可能であり、
（ｃ）前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置を前記回転台に対して略半径方向に移動させて、該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された放射状に配置された反応容器のそれぞれに隣接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように構成および配置される、
システム。
（項目１０１）
前記信号測定装置移送機構は、
前記回転台の該回転軸に対して略垂直に配向された固定プレートと、
前記信号測定装置と動作可能に関連付けられ、前記回転台の該回転軸に対して略半径方向に前記固定プレートに取り付けられたトラックを含む平行移動アセンブリであって、前記信号測定装置は前記平行移動アセンブリに取り付けられ、前記トラックに沿って移動可能である、平行移動アセンブリと、
を備える、
項目１００に記載のシステム。
（項目１０２）
前記信号測定装置を前記平行移動アセンブリに取り付けるための取り付けブラケットをさらに備える、項目１０１に記載のシステムであって、
前記平行移動アセンブリは前記取り付けブラケットが付着される軸受要素をさらに含み、前記軸受要素は前記トラックに沿って平行移動するように構成および配置される、
システム。
（項目１０３）
前記トラックに沿った所定位置に位置し、前記トラックに沿った前記所定位置において前記信号測定装置の存在を検出するように構成および配置されるセンサーをさらに備える、項目１０１から１０２までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目１０４）
前記信号測定装置移送機構は、
前記固定プレートに隣接して回転可能に取り付けられたカムディスクであって、前記平行移動アセンブリの前記トラックは前記カムディスクの回転軸に対して略放射状に配置され、前記カムディスクはカムスロットを含み、前記カムスロットは、該カムスロットと該カムディスクの回転軸との間の半径方向の距離が前記カムスロットの一端から前記カムスロットの反対端までで変動するように前記カムディスク上に配置された、カムディスクと、
前記カムディスクの動力回転をもたらすために、前記カムディスクと動作可能なように連結されたモーターと、
係合ピンであって、前記信号測定装置と関連付けられ、かつ前記カムディスクの動力回転が前記係合ピンを前記カムスロットに沿って横断させるように、前記カムスロットと係合され、それによって、前記カムディスクの該回転軸と前記係合ピンが係合された該カムスロットの部分との間の半径方向の距離の変化に従って、前記信号測定装置の半径方向の位置を変化させる、係合ピンと、
をさらに備える、
項目１０１から１０３までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目１０５）
前記カムスロットは前記スロットに沿った位置決め点を含み、前記位置決め点は前記スロットの各端部および前記スロットの曲率が変化する前記スロットに沿った１つ以上の点によって画定され、前記係合ピンが位置決め点において前記スロットに係合されているときには、前記信号測定装置は該反応容器ステーションに運搬された該反応容器の１つに近接して動作可能なように置かれる、項目１０４に記載のシステム。
（項目１０６）
１つを超える信号測定装置を備える、項目１００から１０５までのいずれか一項に記載のシステムであって、
各信号測定装置は、反応容器の内容物によって放出された異なる信号を測定するように構成および配置され、
前記反応容器運搬装置は、前記信号測定装置に対する信号測定位置に前記反応容器ステーションを連続的に提示するように構成および配置され、前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置のそれぞれを前記反応容器運搬装置に対して移動させて、該信号測定装置に対応する該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された該反応容器のそれぞれに近接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように構成および配置される、
システム。
（項目１０７）
各信号測定装置は、反応容器の内容物からの蛍光放出を測定するように構成および配置された蛍光光度計を備え、各蛍光光度計は、異なる波長を有する蛍光放出を測定する、項目１０６に記載のシステム。
（項目１０８）
各蛍光光度計は、
該反応容器に励起エネルギーを向けるように構成および配置された励起構成要素であって、各蛍光光度計の該励起構成要素は該反応容器に異なる波長の励起エネルギーを向ける、励起構成要素と、 該反応容器の内容物からの放出エネルギーの量を検出するように構成および配置された検出構成要素であって、各蛍光光度計の該検出構成要素は異なる波長の放出エネルギーを検出する、検出構成要素と、
を備える、
項目１０７に記載のシステム。
（項目１０９）
項目１０６から１０８までのいずれか一項に記載のシステムであって、
（ａ）前記反応容器運搬装置は、回転台の周辺部の周囲に置かれた前記反応容器ステーションと共に回転軸の周囲を回転可能となるように取り付けられた、略円形の回転台を備え、各反応容器ステーションは、前記回転台の該回転軸に対して半径方向に配置された２つ以上の反応容器を備え、
（ｂ）前記回転台の回転は、前記各反応容器ステーションを該信号測定位置に連続的に提示し、該信号測定位置において、前記反応容器ステーションに運搬された放射状に配置された反応容器の１つが、当該信号測定位置に対応する前記信号測定装置に近接して動作可能であり、
（ｃ）前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置を前記回転台の該回転軸に対して略半径方向に移動させて、該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された放射状に配置された反応容器のそれぞれに隣接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように構成および配置される、
システム。
（項目１１０）
前記信号測定装置移送機構は、
前記回転台の該回転軸に対して略垂直に配向された固定プレートと、
各信号測定装置と動作可能に関連付けられた平行移動アセンブリであって、各平行移動アセンブリは前記回転台の該回転軸に対して略半径方向に前記固定プレートに取り付けられたトラックを含み、各信号測定装置は前記関連付けられた平行移動アセンブリに取り付けられ前記トラックに沿って移動可能である、平行移動アセンブリと、
を備える、
項目１０９に記載のシステム。
（項目１１１）
各信号測定装置を前記平行移動アセンブリに取り付けるための取り付けブラケットをさらに備える、項目１１０に記載のシステムであって、
各平行移動アセンブリは前記取り付けブラケットが付着される軸受要素をさらに含み、前記軸受要素は前記平行移動アセンブリの前記トラックに沿って平行移動するように構成および配置される、
システム。
（項目１１２）
各トラックに沿った所定位置に位置し、前記トラックに沿った前記所定位置において前記信号測定装置の存在を検出するように構成および配置されるセンサーをさらに備える、項目１１０から１１１までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目１１３）
前記信号測定装置移送機構は、
前記固定プレートに隣接して回転可能に取り付けられたカムディスクであって、前記平行移動アセンブリの各トラックは前記カムディスクの回転軸に対して略放射状に配置され、前記カムディスクは各平行移動アセンブリと関連付けられたカムスロットを含み、各カムスロットは、該カムスロットと該カムディスクの該回転軸との間の半径方向の距離が前記カムスロットの一端から前記カムスロットの反対端までで変動するように前記カムディスク上に配置された、カムディスクと、
前記カムディスクの動力回転をもたらすために、前記カムディスクと動作可能なように連結されたモーターと、
係合ピンであって、各信号測定装置と動作可能なように関連付けられ、前記カムディスクの動力回転が前記係合ピンを前記カムスロットに沿って横断させるように、関連付けられたカムスロットと係合され、それによって、前記カムディスクの該回転軸と前記係合ピンが係合された該関連付けられたカムスロットの部分との間の半径方向の距離の変化に従って、前記関連付けられた信号測定装置の半径方向の位置を変化させる、係合ピンと、
をさらに備える、
項目１１０から１１２までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目１１４）
各カムスロットは前記スロットに沿った位置決め点を含み、前記位置決め点は前記スロットの各端部によって、および前記スロットの曲率が変化する前記スロットに沿った１つ以上の点によって画定され、前記係合ピンが位置決め点において前記スロットに係合されているときには、前記信号測定装置は該反応容器ステーションに運搬された該反応容器の１つに近接して動作可能なように置かれる、項目１１３に記載のシステム。
（項目１１５）
４つの信号測定装置と、４つの平行移動アセンブリと、４つのカムスロットとを備える、項目１１３から１１４までのいずれか一項に記載のシステム。
（項目１１６）
反応容器の第１の部分に存在する第１の対象核酸の量を定量的に決定するため、および、該反応容器の第２の部分に存在する第２の対象核酸の有無を定性的に決定するために、複数の該反応容器の内容物を処理するための方法であって、
ａ）第１の加熱器に複数の反応容器を連続的に提供する自動ステップであって、各反応容器には、対応する第１または第２の対象核酸内に含有される第１または第２の標的配列を、前記第１の加熱器の温度条件下で増幅するのに十分な増幅および酵素試薬が提供される、ステップと、
ｂ）前記第１の標的配列またはその補体を含有する第１の増幅産物を検出するのに十分な検出試薬が提供された前記反応容器の第１の部分の反応容器を、信号測定装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出された信号の量を測定するように構成および配置された前記信号測定装置に近接して動作可能なように、連続的および周期的に移動させる自動ステップ、および前記信号測定装置に近接して動作可能なように移動された反応容器の前記第１の部分の各反応容器内における前記第１の増幅産物の存在と関連付けられた信号の量を測定する自動ステップと、
ｃ）ステップｂ）において得られた該測定結果に基づいて、反応容器の前記第１の部分の各反応容器内に存在する前記第１の対象核酸の量を定量化するためにマイクロプロセッサを使用する自動ステップと、
ｄ）前記第２の標的配列またはその補体を含有する第２の増幅産物を検出するのに十分な検出試薬が提供された前記反応容器の第２の部分の反応容器を、信号検出装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出された信号の存在を検出するように構成および配置された前記信号検出装置に近接して動作可能なように、連続的に移動させる自動ステップ、および前記信号検出装置に近接して動作可能なように移動された反応容器の前記第２の部分の各反応容器内における前記第２の増幅産物の存在と関連付けられた信号を検出する自動ステップと、
ｆ）ステップｄ）において得られた該測定結果に基づいて、反応容器の前記第２の部分の各反応容器内における前記第２の対象核酸の有無を決定するためにマイクロプロセッサを使用する自動ステップと、
を包含する、方法。
（項目１１７）
前記反応容器は、自動反応容器移送システムを使用して前記第１の加熱器に提供される、項目１１６に記載の方法。
（項目１１８）
前記移送システムは、反応容器を前記第１の加熱器に提供するための、第１の回転可能な移送機構を含む、項目１１６から１１７までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１１９）
前記移送システムは、前記第１の加熱器から反応容器を除去するための、第２の回転可能な移送機構を含む、項目１１８に記載の方法。
（項目１２０）
前記移送システムは、ステップｄ）において、前記信号検出装置に近接して動作可能なように、反応容器の前記第２の部分の反応容器を前記第１の加熱器から移動させる、項目１１７から１１９までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１２１）
反応容器の前記第２の部分の反応容器を前記第１の加熱器から第２の加熱器へ移動させる自動ステップをさらに包含する、項目１２０に記載の方法であって、
前記検出試薬は、前記検出試薬中に存在するプローブを前記第２の標的配列またはその補体と検出可能なようにハイブリダイズさせることができる温度条件下で、反応容器の前記第２の部分の反応容器に提供される、
方法。
（項目１２２）
前記第２の加熱器は密閉型インキュベータであり、該インキュベータは反応容器を収納したり、前記インキュベータから除去したりするための１つ以上のドアを有する、項目１２１に記載の方法。
（項目１２３）
前記インキュベータは、前記インキュベータ内で反応容器を収納および移動させるための回転可能な反応容器運搬装置を含む、項目１２２に記載の方法。
（項目１２４）
反応容器の前記第２の部分の反応容器を、前記第２の加熱器から前記信号検出装置に近接して動作可能なように移動させる自動ステップをさらに包含する、項目１２１から１２３までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１２５）
前記信号検出装置は蛍光光度計であり、前記プローブは化学発光ラベルで標識されている、項目１２１から１２４までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１２６）
前記第１の加熱器は密閉型インキュベータであり、該インキュベータは前記反応容器を収納したり、前記インキュベータから除去したりするための１つ以上のドアを有する、項目１１６から１２５までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１２７）
前記インキュベータは、前記インキュベータ内で反応容器を収納および移動させるための回転可能な反応容器運搬装置を含む、を含む、項目１２６に記載の方法。
（項目１２８）
前記増幅および酵素試薬は、前記反応容器が前記第１の加熱器に提供された後に前記反応容器に提供される、項目１１６から１２７までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１２９）
前記検出試薬は、反応容器の前記第１の部分の反応容器が前記第１の加熱器に提供された後に、反応容器の前記第１の部分の反応容器に提供され、反応容器の前記第１の部分の反応容器は、前記第１の加熱器から除去される前に、ステップｂ）において、前記信号測定装置に近接して動作可能なように移動される、項目１２８に記載の方法。
（項目１３０）
反応容器の前記第２の部分の反応容器は、ステップｄ）において前記信号検出装置に近接して動作可能なように移動される前に前記第１の加熱器から除去され、前記検出試薬は、前記第１の加熱器から除去された後に、反応容器の前記第２の部分の反応容器に提供される、項目１２９に記載の方法。
（項目１３１）
ステップａ）において反応容器の前記第１の部分の反応容器に提供される前記増幅および酵素試薬は、プライマーまたはプロモータープライマー、ヌクレオシド三リン酸、および、前記第１の加熱器の温度条件下で前記第１の対象核酸にハイブリダイズされた前記プライマーまたはプロモータープライマーの３´端を延長することができる核酸ポリメラーゼを含み、ステップａ）において反応容器の前記第２の部分の反応容器に提供される前記増幅および酵素試薬は、プライマーまたはプロモータープライマー、ヌクレオシド三リン酸、および、前記第１の加熱器の温度条件下で前記第２の対象核酸にハイブリダイズされた前記プライマーまたはプロモータープライマーの３´端を延長することができる核酸ポリメラーゼを含む、項目１１６から１３０までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１３２）
前記温度条件は等温である、項目１３１に記載の方法。
（項目１３３）
前記第１の増幅産物を検出するための前記検出試薬は、前記第１の加熱器の温度条件下で前記第１の標的配列またはその補体と検出可能なようにハイブリダイズする、自己ハイブリダイズプローブを含む、項目１１６から１３２までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１３４）
前記プローブは分子ビーコンまたは分子トーチであり、相互に作用するラベル対を含む、項目１３３に記載の方法。
（項目１３５）
前記ラベル対は、蛍光プローブと消光剤とを含む、項目１３４に記載の方法。
（項目１３６）
反応容器の前記第１の部分の複数の反応容器のそれぞれからの前記信号を、同時に測定するステップをさらに包含する、項目１１６から１３５までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１３７）
ステップｂ）において、反応容器の前記第１の部分の反応容器は、相隔たる複数の信号測定装置に近接して動作可能なように連続的および周期的に移動され、各信号測定装置は前記加熱器と動作可能なように関連付けられた蛍光信号検出装置である、項目１３６に記載の方法。
（項目１３８）
前記蛍光信号検出装置は、前記加熱器に対して移動可能である、項目１３７に記載の方法。
（項目１３９）
反応容器の前記第１の部分の反応容器の中の複数の信号を同時に測定するステップをさらに包含する、項目１１６から１３８までのいずれか一項に記載の方法であって、前記複数の信号のそれぞれは異なる増幅産物と関連付けられる、方法。
（項目１４０）
ステップａ）の前に、前記反応容器から増幅阻害物質を除去するのに十分な試薬および条件に、前記反応容器のぞれぞれの中に存在するサンプル物質を曝露する自動ステップをさらに包含する、項目１１６から１３９までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１４１）
前記曝露するステップは、
前記各反応容器に固体支持材料を提供するステップであって、前記固体支持材料は前記第１および第２の対象核酸を結合することができる、ステップと、
前記各反応容器内の前記固体支持材料を単離するステップと、
前記各反応容器から前記サンプル物質の少なくとも一部を除去するステップと、
前記固体支持材料を洗浄液で洗浄するステップと、
をさらに包含する、
項目１４０に記載の方法。
（項目１４２）
前記固体支持材料は磁気反応性粒子であり、前記単離するステップは前記各反応容器に隣接して置かれた１つ以上の磁石によって実行される、項目１４１に記載の方法。
（項目１４３）
前記曝露するステップの後に、自動反応容器移送システムを使用して前記反応容器を前記第１の加熱器に移送するステップをさらに包含する、項目１４０から１４２までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１４４）
前記移送システムは回転可能な移送機構を備える、項目１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記各反応容器は、一体的に形成された複数の反応容器の１つである、項目１１６から１４４までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１４６）
本方法のステップはすべて、内蔵型分析器ユニットのハウジング内で実行される、項目１１６から１４５までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１４７）
サンプル中の問題の検体の量を決定する方法であって、
（ａ）該サンプルによって放出された信号のレベルの周期的測定結果を備えるデータを収集するステップであって、該信号の該レベルは該サンプル中の問題の該検体の存在と関連付けられる、ステップと、
（ｂ）問題の該検体の存在以外のソースと関連付けられる、該測定されたレベルへのバックグラウンド影響率を除去するために、ステップ（ａ）において収集された該データを調整するステップと、
（ｃ）該調整されたデータを、測定されバックグラウンド影響率を除去するように調整された最大レベルで割ることによって、ステップ（ｂ）において調整された該データを正規化するステップと、
（ｄ）所定の下限値と所定の上限値との間の該調整され正規化されたデータの一部によって、曲線を近似するステップと、
（ｅ）ステップ（ｄ）において近似された該曲線が所定の閾値データレベルと交差する出現時を決定するステップと、
（ｆ）ステップ（ｅ）において決定された該出現時を、問題の該検体の既知の量に対して決定されている閾値時と比較することによって、問題の該検体の量を決定するステップと、
を包含する、方法。
（項目１４８）
該近似するステップは、該所定の下限値と該所定の上限値との間の該調整され正規化されたデータ点に対して、曲線当てはめ手順を適用するステップを包含する、項目１４７に記載の方法。
（項目１４９）
該曲線当てはめ手順は、線形最小二乗法による当てはめである、項目１４８に記載の方法。
（項目１５０）
該収集されたデータは、少なくとも３０秒ごとに１回取得された該放出された信号のレベルの測定結果を備える、項目１４７から１４９までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１５１）
該所定の下限値は約０．０４であり、該所定の上限値は約０．３６である、項目１４７から１５０までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１５２）
該正規化された所定の閾値データレベルは約０．１１である、項目１４７から１５１までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１５３）
前記調整するステップは、バックグラウンド影響率のレベルを決定するステップ、および、次いでステップ（ａ）において収集された該データから該決定されたバックグラウンド影響率のレベルを減じるステップを包含する、項目１４７から１５２までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１５４）
バックグラウンド影響率の該レベルを決定するステップは、バックグラウンド影響率の量を決定するためのステップを包含する、項目１５７に記載の方法。
（項目１５５）
反応槽内における核酸増幅阻害物質の存在を減らすための方法であって、該方法は、
（ａ）反応槽に表面処理剤および核酸含有材料を提供するステップと、
（ｂ）前記反応槽の内容物を混合するために、前記反応槽を攪拌するステップと、
（ｃ）前記核酸含有材料中に存在する場合には、前記反応槽の内容物を、前記反応槽内の対象核酸を単離するのに十分な試薬および条件に曝露するステップと、
（ｄ）ステップ（ｃ）の間に、前記反応槽の内容物の少なくとも一部を除去するステップと、
（ｅ）前記反応槽に洗浄液を提供するステップと、
（ｆ）前記核酸含有材料中に存在する場合には、前記反応槽の内容物を、前記反応槽内の前記対象核酸を単離するのに十分な試薬および条件に曝露するステップと、
（ｇ）ステップ（ｆ）の間に、前記反応槽の内容物の少なくとも一部を除去するステップと、
（ｈ）前記対象核酸中に存在する標的配列を増幅するのに十分な試薬および条件に、前記反応槽の内容物を曝露するステップと、を包含し、
前記表面処理剤は、ステップ（ｄ）およびステップ（ｇ）の間に核酸増幅阻害物質の存在を減らすのに十分な量で前記反応槽に提供され、
前記表面処理剤は核酸増幅反応の阻害物質でない、
方法。
（項目１５６）
前記表面処理剤は、前記核酸含有材料が前記反応槽に提供される前に、前記反応槽に提供される、項目１５５に記載の方法。
（項目１５７）
前記表面処理剤は、前記核酸含有材料が前記反応槽に提供された後に、前記反応槽に提供される、項目１５５に記載の方法。
（項目１５８）
前記対象核酸を固定化するために固体支持材料を前記反応槽に提供するステップをさらに包含する、項目１５５に記載の方法。
（項目１５９）
前記固体支持材料は、磁気反応性粒子を備える、項目１５８に記載の方法。
（項目１６０）
前記反応槽の内容物は、ステップ（ｃ）およびステップ（ｆ）の間に磁場に曝露される、項目１５９に記載の方法。
（項目１６１）
前記表面処理剤は、前記固体支持材料が前記反応槽に提供された後に、前記反応槽に提供される、項目１５８に記載の方法。
（項目１６２）
前記表面処理剤は、前記固体支持材料が前記反応槽に提供される前に、前記反応槽に提供される、項目１５８に記載の方法。
（項目１６３）
反応槽内における核酸増幅阻害物質の存在を減らすための方法であって、該方法は、
（ａ）反応槽から核酸含有材料の少なくとも一部を除去するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）の後に、前記反応槽に洗浄液および表面処理剤を提供するステップと、
（ｃ）前記反応槽の内容物を混合するために、前記反応槽を攪拌するステップと、
（ｄ）前記核酸含有材料中に存在する場合には、前記反応槽の内容物を、前記反応槽内の対象核酸を単離するのに十分な試薬および条件に曝露するステップと、
（ｅ）ステップ（ｄ）の間に、前記反応槽の内容物の少なくとも一部を除去するステップと、
（ｆ）前記対象核酸中に存在する標的配列を増幅するのに十分な試薬および条件に、前記反応槽の内容物を曝露するステップと、
を包含し、
前記表面処理剤は、ステップ（ｅ）の間に核酸増幅阻害物質の存在を減らすのに十分な量で前記反応槽に提供され、
前記表面処理剤は、核酸増幅反応の阻害物質でない、
方法。
（項目１６４）
前記洗浄液および前記表面処理剤は、前記反応槽に同時に提供される、項目１６３に記載の方法。
（項目１６５）
前記洗浄液および前記表面処理剤は、前記反応槽に別々に提供される、項目１６３に記載の方法。
（項目１６６）
ステップ（ａ）の前に、前記対象核酸を固定化するための固体支持材料を前記反応槽に提供するステップをさらに包含する、項目１６３に記載の方法。
（項目１６７）
前記固体支持材料は、磁気反応性粒子を含む、項目１６６に記載の方法。
（項目１６８）
前記反応槽の内容物は、ステップ（ｄ）の間に磁場に曝露される、項目１６７に記載の方法。
（項目１６９）
前記表面処理剤は、前記阻害物質が前記反応槽の内面に接着することを防止する、項目１５５から１６８までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１７０）
前記表面処理剤は、洗剤を含まない、項目１５５から１６９までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１７１）
前記表面処理剤は、シリコンオイルを備える、項目１５５から１７０までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１７２）
前記反応槽は、疎水性材料を備える、項目１５５から１７１までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１７３）
前記反応槽は、ポリプロピレンを備える、項目１７２に記載の方法。
（項目１７４）
前記阻害物質は、前記核酸含有材料によって提供される、項目１５５から１７３までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１７５）
前記阻害物質は、ヘモグロビンである、項目１７４に記載の方法。
（項目１７６）
前記阻害物質は、前記洗浄液によって提供される、項目１５５から１７３までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１７７）
前記阻害物質は、アニオン洗剤である、項目１７６に記載の方法。
（項目１７８）
前記標的配列を増幅するための前記試薬は、プライマーまたはプロモータープライマー、ヌクレオシド三リン酸、および、前記対象核酸にハイブリダイズされた前記プライマーの３´端を延長することができる核酸ポリメラーゼを含む、項目１５５から１７７までのいずれか一項に記載の方法。

図１は、本発明による核酸ベースの自動診断用分析器の透視図である。 図２は、本発明による分析器の構造フレームの透視図である。 図３は、本発明による分析器におけるアッセイ処理デッキの一部平面図である。 図４は、アッセイ処理デッキの分解透視図である。 図５は、本発明による分析器におけるアッセイ処理デスクのサンプルリングおよびピペットチップホイールの平面図である。 図６は、サンプルリングおよびピペットチップホイールを示す透視図である。 図６Ａは、図５におけるライン６Ａ−６Ａに沿った部分断面図である。 図７は、本発明による分析器における処理デスクの多軸撹拌器の透視図である。 図８は、多軸撹拌器の平面図である。 図９は、多軸撹拌器の側面図である。 図１０は、容器ホルダーおよび回転盤カバーを外した状態の多軸撹拌器の平面図である。 図１１は、図１０の方向１１−１１に切断した、多軸撹拌器の断面図である。 図１２は、多軸撹拌器の駆動アセンブリの透視図である。 図１３は、本発明による分析器における処理デスクの移送機構の透視図である。 図１４は、反応容器と係合し、収縮位置にある操作フック部材を備える、移送機構の操作フック取り付けプレートおよび操作フック作動機構の透視図である。 図１５は、操作フック部材が伸展位置にあること以外、図１４と同様である。 図１６は、移送機構の分解透視図である。 図１７は、本発明による分析器における温度勾配ステーションの側面図である。 図１８は、温度勾配ステーションの正面図である。 図１９は、本発明による分析器における処理デスクの回転式インキュベータの透視図である。 図２０は、回転式インキュベータの第一の実施例による、ハウジングおよび到達開口部閉鎖機構の一部の分解図である。 図２１は、本発明による分析器の好ましい動作モードで使用される反応容器と係合した状態で示される、回転式インキュベータの傾斜ディスク直線撹拌器の部分図である。 図２２は、回転式インキュベータの第一の実施例の分解透視図である。 図２３は、回転式インキュベータの第二の実施例による、回転式インキュベータの透視図である。 図２３Ａは、回転式インキュベータの第二の実施例の分解透視図である。 図２３Ｂは、回転式インキュベータの第二の実施による、到達開口部閉鎖機構の部分分解透視図である。 図２３Ｃは、回転式インキュベータの第二の実施による、容器運搬回転台の分解図である。 図２４は、本発明による処理デスクのパーティクルのサイドプレートを取り外した状態の透視図である。 図２５は、パーティクルの部分横断面図である。 図２５Ａは、パーティクルの、先端に雑菌混入防止チップ先端を運搬する吸引管のチップの部分横断面図である。 図２６は、容器運搬装置、回転撹拌器アセンブリ、およびパーティクルの仕切りプレートの分解透視図である。 図２７は、パーティクルの、洗浄溶液ディスペンサノズル、先端と係合する雑菌混入防止チップ先端を有する吸引管、および容器運搬装置の部分断面図であり、容器運搬装置に運搬される分析器および多管ユニットの反応管に挿入される吸引管と雑菌混入防止チップ先端の好ましい動作モードで使用される、多管ユニット反応容器を示す。 図２８は、パーティクルの、洗浄溶液ディスペンサノズル、吸引管、および容器運搬装置の部分断面図であり、容器運搬装置に運搬される多管ユニット、および多管ユニットの雑菌混入防止要素把持構造に保持される雑菌混入防止チップ先端を係合する吸引管を示す。 図２９Ａ〜２９Ｄは、パーティクルのチップ先端除去プレートにおけるチップ先端除去穴の第一の実施例、およびチップ先端除去穴を使用したチップ先端除去操作の部分断面図を示す。 図３０Ａ〜３０Ｄは、チップ先端除去穴の第二の実施例、およびチップ先端除去穴を使用したチップ先端除去操作の部分断面図を示す。 図３１Ａは、パーティクルのチップ先端除去プレートにおけるチップ先端除去穴の第三の実施例の平面図である。図３１Ｂ〜３１Ｃは、チップ先端除去穴の第三の実施例、およびチップ先端を使用したチップ先端除去操作の部分断面図を示す。 図３２は、フロントプレートを取り外した状態の、回転撹拌器の透視図である。 図３３は、本発明による分析器における、処理デスクの回転撹拌器の分解図である。 図３４は、回転撹拌器の上部平面図である。 図３５は、本発明による分析器の試薬冷却ベイの透視図である。 図３６は、容器トレイを取り外した状態の、試薬冷却ベイの透視図である。 図３７は、試薬冷却ベイの底部平面図である。 図３８は、試薬冷却ベイの分解図である。 図３９は、試薬冷却ベイのモジュラー容器トレイの透視図である。 図４０は、本発明による分析器の処理デスクにおける、照度計の第一の実施例の透視図である。 図４１は、第一の実施例における照度計の部分分解透視図である。 図４２Ａは、照度計の第一の実施例における容器移送機構の部分透視図である。図４２Ｂは、照度計の第一の実施例における容器移送機構の端面図である。図４２Ｃは、照度計の第一の実施例における容器移送機構の上面図である。 図４３は、本発明による照度計の第二の実施例の分離透視図である。 図４４は、第二の実施例における照度計の多管ユニットドアアセンブリの分解透視図である。 図４５は、第二の実施例における照度計の光センサー開口のためのシャッターアセンブリの分解透視図である。 図４５Ａは、第二の実施例における照度計のシャッターアセンブリの開口プレートの透視図である。 図４６は、反応管ポジショナフレーム内に配置される反応管ポジショナを含む、第二の実施例における照度計の反応管ポジショナアセンブリの透視図である。 図４７は、反応管ポジショナの透視図である。 図４８は、反応管ポジショナアセンブリの側面図である。 図４９は、分析器の好ましい動作モードで使用される多管ユニットを、動作可能に係合する反応管ポジショナアセンブリの反応管ポジショナを示す透視図である。 図５０は、第二の実施例における照度計の多管ユニット移送機構の透視図である。 図５１は、照度計の多管ユニットにおける、多管ユニット移送および打込みねじを示す部分透視図である。 図５２は、本発明による分析器の下方シャーシの透視図である。 図５３は、下方シャーシの右側引出しの透視図である。 図５４は、下方シャーシの左側引出しの透視図である。 図５５は、本発明による分析器の好ましい動作モードで使用されるサンプル管トレイの透視図である。 図５６は、サンプル管トレイの平面図である。 図５７は、図５５におけるライン「５７−５７」に沿ったサンプル管トレイの部分断面図である。 図５８は、本発明による分析器の好ましい動作モードで使用される多管ユニットの透視図である。 図５９は、本発明による分析器の好ましい動作モードで使用され、図５８に示される多管ユニットに運搬される、接触防止ピペットチップ先端の側面図である。 図６０は、図５８の矢印「６０」の方向で示した、多管ユニットの一部の拡大底面図である。 図６１は、光検出モジュール、およびリアルタイム蛍光光度計と多管ユニットの一部を示す断面の側面図である。 図６２は、光検出モジュールのハウジングの分解透視図である。 図６３は、光検出モジュールの分解透視図である。 図６４は、光検出モジュールの好ましい位置を示す、リアルタイム蛍光光度計の平面図である。 図６５は、光検出モジュールの好ましい位置を示す、リアルタイム蛍光光度計の概略図である。 図６６は、好ましい増幅検出色素の励起スペクトルを示すグラフである。 図６７は、好ましい増幅検出色素の発光スペクトルを示すグラフである。 図６８Ａ〜６８Ｆは、光検出モジュールの回路図である。 図６８Ａ〜６８Ｆは、光検出モジュールの回路図である。 図６８Ａ〜６８Ｆは、光検出モジュールの回路図である。 図６８Ａ〜６８Ｆは、光検出モジュールの回路図である。 図６８Ａ〜６８Ｆは、光検出モジュールの回路図である。 図６８Ａ〜６８Ｆは、光検出モジュールの回路図である。 図６９は、スキャン・リアルタイム蛍光光度計の光検出器スキャンアセンブリを示す透視図である。 図７０は、検出器スキャンアセンブリの側面図である。 図７１は、検出器スキャンアセンブリの上部平面図である。 図７２は、検出器スキャンアセンブリの底部平面図である。 図７３は、リアルタイム蛍光光度計の回転台の透視図である。 図７４は、リアルタイム蛍光光度計の回転台および磁性仕切りを示す分解透視図である。 図７５は、リアルタイム蛍光光度計の回転台の底部平面図であり、取り付けられた１枚の磁性仕切りを示す。 図７５Ａは、図７５のラインＡ−Ａで切断した部分断面図である。 図７６Ａは、好ましいリアルタイム増幅アッセイプロトコル、および好ましいエンドポイント増幅アッセイプロトコルの一部（増幅条件への曝露後で中断）を示すフローチャートであり、両アッセイは本発明に従っている。 図７６Ｂは、図７６Ａ好ましいエンドポイント増幅アッセイプロトコルの残りの部分（増幅条件への曝露後）を示すフローチャートである。 図７７は、検体定量化過程を示すフローチャートである。 図７８は、リアルタイム蛍光光度計データの時間プロットである。 図７９は、曲線をリアルタイム蛍光光度計データに当てはめ、その当てはめを利用して閾値時間を判断する方法を示すプロットである。

本発明は、さまざまな形式で実施してよく、以下の説明および添付の図面は、本発明の具体例としてのいくつかの形式を開示することを意図するに過ぎない。従って、本発明は記載および図解される形式あるいは実施例に限定されるものではない。本発明の全範囲は、添付の請求項に記載される。

（分析器の概説）
本発明による自動診断用分析器は、図１および２における参照番号５０により広く指示される。内部フレーム構造６２を覆って設けられるハウジング６０を含む分析器５０は、スチールで作られることが好ましい。分析器５０は、分析器を移動可能とするようフレーム構造６２に構造的に取り付けられたキャスタ輪６４上に支持されることが好ましい。

自動アッセイの実施に関与するさまざまなステーションおよびアッセイサンプルは、ハウジング６０内に収納される。さらに、アッセイを実施する際に使用されるさまざまな溶液、試薬、および材料は、分析器５０内でアッセイが実施されるときに生成される廃棄物と同様に、ハウジング６０内に保管されることが好ましい。

ハウジング６０は、図１ではハウジング６０の前方に向いたパネルに配置されるよう示されるが、ハウジング６０の別のパネルに位置することも可能な試験容器投入開口部６８を含む。観察窓７２を備えるピペットドア７０、および観察窓７６を備える回転台ドア７４は、略水平作業表面６６の上方に配置される。前方向突き出し弓状パネル７８は、後述のサンプル回転台を収容する。跳ね上げ式弓状サンプルドア８０は、アーチ状パネル７８に対して上下に枢動するよう、ハウジングに枢動可能に取り付けられ、パネル７８裏側のサンプル回転台の前方部へのアクセスを提供する。分析器操作の最中に、ドアが閉まっている場合、またサンプルドア８０、回転台ドア７４およびピペットドア７０が施錠されている場合、センサーが指摘する。各ドアの施錠機構は、スプリングリターンを備える（連続稼働を見積もった）ＤＣ回転式ソレノイドに取り付けられたフックから構成されることが好ましい。好ましい回転式ソレノイドは、Ｌｕｃａｓ Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｓｙｓｔｅｍｓ（オハイオ州バンダリア）から、型番Ｌ−２６７０−０３４およびＬ−１０９４−０３４として市販されている。

透明あるいは半透明材料から作られることが好ましい伸張部分１０２は、ハウジング６０上部の上方に延び、構成要素をハウジング６０内で移動するための上下の隙間を提供する。

アッセイは、主に処理デスク２００で実施されるが、これは後述の分析器５０のさまざまなアッセイステーションの全般的な所在地である。図の簡略化のため、図２では、処理デスク２００は、アッセイステーションが取り付けられていない状態で示される。処理デスク２００は、さまざまなステーションが直接あるいは間接的に取り付けられる基準プレート８を備える。基準プレート８２は、切削アルミニウム板を備えることが好ましい。処理デスク２００は、化学デスクとしても知られ、ハウジング内部を、基準プレート８２上方の化学エリアあるいは上方シャーシと、基準プレート８２下方に位置する保存エリアあるいは下方シャーシ１１００とを分離する。

ある数のファンとルーバーは、ハウジング６０の上方シャーシ部に備えられ、上方シャーシの過剰な温度上昇を防ぐために、上方シャーシを通しての空気循環を作り出すことが好ましい。

本発明の分析器５０はコンピュータ制御されるため、分析器５０は、図２にボックス１０００として概略的に表されるコンピュータ制御装置を含むが、これは「アッセイ・マネージャー・プログラム」として知られる高レベルの分析器制御ソフトウェアを実行する。アッセイ・マネージャー・プログラムは、化学デスク２００を通しての試験サンプルの動きを監視および制御するスケジューラルーチンを含む。

分析器５０を制御するコンピュータ制御装置１０００は、ＣＰＵ、キーボード、モニタを含み、また任意で印刷装置を含んでよいスタンドアロン・コンピュータシステムを含んでよい。さまざまなコンピュータ構成要素を保存、支持するための移動可能なカートを備えてもよい。あるいは、分析器５０のハウジング６０内に、分析器制御ソフトウェアを実行するためのコンピュータハードウェアを一体的に収納してよい。

分析器５０を通して使用される電気モーターおよびヒータの制御、バルク流体および廃流体容器内の流体レベルの監視など、低レベルの分析器制御は、好ましくはＭｏｔｏｒｏｌａ６８３３２マイクロプロセッサを備える組み込みコントローラにより実施される。分析器を通して使用されるステッピングモーターも、Ｅ−Ｍ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（ペンシルベニア州バラ・シンウィッド）から市販されている前もってプログラムされた、既製のマイクロプロセッサチップにより制御されることが好ましい。

処理デスク２００は、図３および４に概略的に示される。図３は、処理デスク２００の一部分の概略平面図を表し、図４は、処理デスクの概略透視図を表す。基準プレート８２は、全てのステーションが直接あるいは間接的に取り付けられる処理デスク２００の基盤を形成する。

処理デスク２００は、ハウジング６０前部の開口部６８から延びる反応容器投入準備室１５０を含む。複数の反応容器は、投入準備室１５０に積み重なった状態で搭載される。投入準備室の目的は、所定の数の反応容器を把持し、移送機構（後述）により回収されるよう、それらを収集位置に順次的に供給することである。収集位置にある反射式センサーは、その位置に容器が存在することを確認する。投入準備室は、あらゆる規定の時間に、そこに存在する容器の数を数える装置も含む。

準備室内の反応容器シャトルアセンブリ（図示せず）は、容器を容器前進経路に沿って収集位置へと移動させる。光センサーは、シャトルアセンブリがそのホームポジションおよび完全伸展位置にあるときに指摘する。準備室は、その中に容器を搭載するために引出される引出しを含む。ただし、開けられる前に、引出しは開錠され、シャトルは容器前進経路から離脱しなければならない。再び閉められるとき、引出しは施錠され、シャトルは容器を係合して収集位置へと移動させる。光センサーは、引出しが閉められている場合、およびシャトルが容器を係合している場合に指摘する。各容器が移送機構によって収集位置から取り除かれると、容器シャトルは、次の容器が収集位置に定められるよう、容器を一容器幅分前進させる。

分析器５０は、単一の反応容器から構成される反応容器、あるいは任意の数の異なる形状、サイズ、および構成を有する複数の反応容器を含む一体的に形成されるユニットにより使用に適合させてよいが、本発明の反応容器は、多管ユニットまたはＭＴＵとして知られる反応管の線形配置を一体的に形成することが好ましい。これらの好ましい反応容器は、さらに詳しく後述する。

好ましい実施例ではサンプルリング２５０を備える第一のリングアセンブリは、基準プレート８２上方に距離を置いて、枢動治具プレート１３０に取り付けられる。サンプルリング２５０は略円形で、その環状の流体容器運搬部に９枚までのサンプルトレイ３００を把持することが好ましく、また各サンプルトレイは、２０個のサンプル含有容器または試験管３２０を把持することが好ましい。サンプルリング２５０は、第一の略垂直回転軸を中心に回転可能に構成および配置され、サンプル管３２０を、自動ロボットピペットシステムであることが好ましいサンプルピペットアセンブリ４５０に供給する。サンプルリング２５０の前方部は、ハウジング６０に備えられる跳ね上げ式回転台ドア８０を通して到達可能であり、試験管３２０のトレイ３００は、容易にサンプルリング２５０に搭載することができ、またサンプルリングから取り外すことができる。サンプルリング２５０は、後述の詳細のとおり、モーターにより駆動される。

好ましい実施例ではピペットチップホイール３５０を備える第二のリングアセンブリは、サンプルリング２５０の内部に位置し、ピペットチップホイール３５０の外周の少なくとも一部分は、リング２５０の内周の半径方向内向きに配置される。ピペットチップホイール３５０は、複数の市販のピペットチップのパッケージを載せて運搬する。ピペットチップホイール３５０は、モーターにより駆動され、サンプルリング２５０の第一の回転軸に対し略平行である第二の回転軸を中心に、サンプルリング２５０を個別に回転させる。

複数の流体容器を運搬するよう構成および配置される内部の回転可能なアセンブリは、ピペットチップホイール３５０の内部に提供される。好ましい実施例では、内部の回転可能なアセンブリは、ピペットチップホイール３５０（第二のリングアセンブリ）およびサンプルリング２５０（第一のリングアセンブリ）の半径方向内部に位置する多軸撹拌器４００を備える。多軸撹拌器４００は、第一および第二の回転軸に対し略平行である第三の回転軸を中心に回転可能であり、四つの個別かつ偏心的に回転する容器ホルダー４０６が取り付けられる回転盤４１４を含む。各容器ホルダー４０６は、好ましくはプラスチックボトルの形状の、固定化ポリヌクレオチドおよびポリヌクレチオド捕獲プローブを有する磁性粒子の流体懸濁を含む容器を収容する。各容器ホルダー４０６は略円筒型であり、対称軸あるいは回転軸を含む。多軸撹拌器４００は、各容器をホルダー４０６の中心に対して偏心的に回転させ、同時に回転盤４１４をその中心の周囲を回転させることで、容器に実質的に一定の撹拌を提供し、流体中の磁性粒子を維持する。

サンプルピペットアセンブリまたはロボット４５０は、サンプルリング２５０およびピペットチップホイール３５０の上方位置で、フレーム構造６２（図２参照）に取り付けられる。サンプルピペットアセンブリ４５０は、Ｘ、Ｙ、Ｚ運動を提供するようガントリアセンブリに取り付けられる管状プローブ４５７を有するピペットユニット４５６を含む。具体的には、ピペットユニット４５６は、横方向レール４５４に形成されるトラック４５８に沿って、直線的にＹ方向に移動可能であり、横方向レール４５４は、縦方向トラック４５２に沿って、縦方向、Ｘ方向に移動可能である。ピペットユニット４５６は、プローブ４５７の垂直またはＺ軸運動を提供する。サンプルピペットアセンブリ４５０内の駆動機構は、ピペットユニット４５６を分析器５０内の正確なＸ、Ｙ、Ｚ座標に位置付け、流体をピペットで取り、ピペットユニット４５６のプローブ４５７を洗浄し、ピペットユニット４５６のプローブ４５７の先端から保護用チップを廃棄し、あるいは「ホーム」ポジションにあるときなどの不使用時にピペットユニット４５６を収容する。サンプルピペットアセンブリ４５０の各軸は、ステッピングモーターにより、既知の、従来の方法で駆動される。

ピペットアセンブリは、既製品であることが好ましい。現在好ましいものは、Ｃａｖｒｏ Ｉｎｃ．（カリフォルニア州サニーベール）から市販されている、型番ＲＳＰ９０００のＲｏｂｏｔｉｃ Ｓａｍｐｌｅ Ｐｒｏｃｅｓｓｏｒである。この型は、単一のガントリアームを備える。

サンプルピペットアセンブリ４５０は、シリンジポンプ（図示せず）（Ｃａｖｒｏ ＸＰ ３０００が使用されてきた）およびＤＣ駆動ダイヤフラム式流体洗浄ポンプ（図示せず）に連結されることが好ましい。サンプルピペットアセンブリ４５０のシリンジポンプは、分析器５０のハウジング６０内における内部フレーム構造６２の化学デスク２００左側の上方位置に取り付けられることが好ましく、また適切な管類（図示せず）あるいはその他の導管構造により、ピペットユニット４５６に接続される。

サンプル調製開口部２５２が治具プレート１３０に設置され、それによりサンプルピペットアセンブリ４５０は、治具プレート１３０下方に位置する投入準備室１５０にある反応容器１６０に到達できる。

分析器５０のサンプルピペットアセンブリ４５０は、持ち上げられたカバープレート１３８の開口部１４０および１４２を通して、サンプルリング２５０に運搬されるサンプル管３２０に係合し、またサンプルリング２５０およびピペットチップホイール３５０それぞれの後部付近の、ピペットチップホイール３５０に運搬されるピペットチップに係合する。その結果、分析器操作中に操作者は、ピペット操作手順を妨げることなく、回転台ドア開口部８０を通してサンプルリング２５０およびピペットチップホイール３５０の前方部に到達することができる。

チップ洗浄／廃棄ステーション３４０は、治具プレート１３０上のサンプルリング２５０近接に配置される。ステーション３４０は、チップ廃棄管３４２および洗浄ステーション水盤３４６を含む。サンプル調製中、サンプルピペットアセンブリ４５０のピペットユニット４５６は、プローブ４５７を通して、管状プローブ４５７をポンプによる蒸留水で洗浄することができる洗浄ステーション水盤３４６の上方位置に移動させられるが、洗浄ステーション３４６の水盤は、好ましくはフレキシブルホース（図示せず）により、下方シャーシ１１００の廃液容器に接続されている。

チップ廃棄管３４２は、直立管状部材を備える。サンプルをサンプル管３２０から反応容器１６０に移動する間、細長ピペットチップは、ピペットユニット４５６の管状プローブ４５７の先端上に摩擦により固定され、それによりサンプル材料は、サンプル管３２０から細長ピペットチップに取り出されるときに、ピペットユニット４５６の管状プローブ４５７と接触することがない。サンプルがサンプル管３２０から移動されたあとは、サンプルの移動に使用したピペットチップを、関連のない別のサンプルに再度使用しないことが重要である。従ってサンプル移動のあと、ピペットユニット４５６は、チップ廃棄管３４２の上方位置に移動し、使用済みの使い捨てピペットチップを、下方シャーシ１１００に運搬される固形廃棄物容器に接続するチップ廃棄管３４２内に排出する。

細長ピペットチップも、対象捕獲試薬を多軸撹拌器４００に運搬される容器から反応容器１６０に移動させるために、プローブ４５７に摩擦により固定されることが好ましい。試薬の移動後、ピペットチップは廃棄される。

上述のように、サンプルリング２５０、ピペットチップホイール３５０、および多軸撹拌器４００は、基準プレート８２上方に支持される、ヒンジ連結された治具プレート１３０（図５および６参照）に取り付けられることが好ましい。治具プレート１３０は、その後端１３２でヒンジ連結され（図６参照）、それによりプレート、およびそこに取り付けられるリング２５０、ホイール３５０、撹拌器４００は、上方に枢動することができ、治具プレート下方の化学デスクエリアへの到達を可能とする。

第一あるいは右側移送機構５００は、治具プレート１３０およびサンプルリング２５０下方の基準プレート８２に、投入準備室１５０と略同面上に取り付けられる。移送機構５００は、容器運搬アセンブリを画定する回転本体部分５０４、および本体５０４内に取り付けられ、動力フック部材駆動アセンブリにより、本体に対し延長可能かつ収縮可能な延長可能な操作フック５０６を含む。各反応容器１６０は、延長可能な操作フック５０６により係合されることが可能な操作構造を含むことが好ましい。それにより、反応容器１６０内でのアッセイ実施中に、反応容器があるステーションから別のステーションへと順次的に移動されるとき、移送機構５００が反応容器１６０を係合して操作し、処理デスク２００のある位置から別の位置に移動することができる。

第一の移送機構５００と実質的に同一の構成である第二あるいは左側移送機構５０２も、処理デスク２００上に備えられる。

複数の容器停止ステーション２１０も、治具プレート１３０下方に位置する。停止ステーション２１０は、その名称が示唆するとおり、分析器５０の処理デスク２００におけるアッセイを実施するステーションが反応容器を受け入れる状態となるまで、サンプル含有反応容器を把持するための構造である。必要に応じ、反応容器は、移送機構５００により、停止ステーション２１０から回収され、また停止ステーション２１０に挿入される。

右側回転撹拌器５５０は、基準プレート８２に取り付けられ、右側移送機構５００によりそこに挿入される反応容器１６０を収容する。回転撹拌器は、反応容器１６０の内容物を混合するために備えられる。混合が完了すると、右側移送機構５００は、反応容器を右側回転撹拌器５５０から取り除き、処理デスクの別の位置へと移動させる。

実質的に同一構成の複数のインキュベータ６００、６０２、６０４、および６０６が提供される。インキュベータ６００、６０２、６０４、および６０６は、回転式インキュベータであることが好ましい。実施される特定のアッセイおよび希望するスループットは、必要なインキュベータの希望数を判断するが、分析器５０に４つのインキュベータが備えられることが好ましい。

後述の詳細のとおり、各インキュベータ（６００，６０２，６０４，６０６）は、第一の容器到達開口部を備え、また第二の容器到達開口部も備えてよく、容器到達開口部を通して、移送機構５００または５０２は、反応容器１６０をインキュベータに挿入、あるいは反応容器１６０をインキュベータから回収することができる。各インキュベータ（６００、６０２、６０４、６０６）内にある回転する容器運搬回転台は、容器がインキュベートされている間、個々の容器ステーション内に複数の反応容器１６０を把持する。本発明の分析器５０で実施されることが好ましい核酸ベースの診断アッセイでは、第一の回転式インキュベータＴＣは、ＴＣインキュベータ（「ＴＣインキュベータ」としても知られる）であり、第二の回転式インキュベータ６０２は、活性温度事前読み取り冷却インキュベータ（「ＡＴインキュベータ」としても知られる）であり、第三の回転式インキュベータ６０４は、増幅インキュベータ（「ＡＭＰインキュベータ」としても知られる）であり、第四の回転式インキュベータ６０６は、ハイブリダイゼーション・インキュベータ（「ＨＹＢインキュベータ」としても知られる）である。（インキュベータに指定された名称は、１つの好ましいエンドポイント増幅アッセイにおけるこれらの使用法を示すための便宜上の名称に過ぎず、これらインキュベータの他の可能な使用法を制限するものと見なされない。）全般的なアッセイの実施におけるインキュベータの構成、機能、および役割については、さらに詳細を後述する。

処理デスク２００は、複数の温度勾配ステーション７００も含むことが好ましい。２つのかかるステーション７００は、図３において、基準プレート８２のインキュベータ６０２と６０４との間に取り付けられた状態で示される。さらなる勾配ステーションは、処理デスク２００の他の位置に配置されてよく、これらは移送機構５００および５０２のうちの１つにより到達可能となる。

反応容器１６０は、移送機構５００あるいは５０２のうちどちらかにより、温度勾配ステーション７００に設置してよく、あるいは温度勾配ステーション７００から取り除いてもよい。各勾配ステーション７００は、容器がインキュベータあるいは他の温度感受性ステーションに設置される前に、反応容器およびその内容物の温度を希望の温度まで上昇あるいは低下させる。インキュベータ（６００、６０２、６０４、６０６）のうちの１つへの挿入前に、反応容器およびその内容物を希望の温度にすることにより、インキュベータ内での温度変動は最小限に抑えられる。

処理デスク２００は、磁性分離洗浄手順のための磁性分離ステーションを含む。各磁性分離ステーション８００は、一度に１つの反応容器１６０の洗浄手順に対応し、実施することができる。従って、希望のスループットを達成するために、５つの磁性分離ステーションが並行して機能することが好ましい。容器１６０は、左側移送機構５０２により磁性分離ステーションに挿入され、また磁性分離ステーションから取り除かれる。

試薬冷却ベイ９００は、基準プレート８２のインキュベータ６０４と６０６とのほぼ中間に取り付けられる。試薬冷却ベイ９００は、温度感受性試薬のボトルを把持する複数の容器受けを有する回転台構造を備える。回転台は、ピペット到達穴が形成された蓋を有する、却されたハウジング構造内に備えられる。

実質的に右側回転撹拌器５５０と同一である第二あるいは左側回転撹拌器５５２は、インキュベータ６０６と６０４との中間に配置される。左側回転撹拌器５５２は、ディスペンサノズル、および左側回転撹拌器５５２内に備えられる反応容器に流体を分注するためのラインを含む。

試薬ピペットアセンブリあるいはロボット４７０は、フレーム構造６２に取り付けられるダブルガントリ構造を含み（図２参照）、処理デスク２００左側のインキュベータ６０４および６０６の略上方に配置される。具体的には、試薬ピペットアセンブリ４７０は、ピペットユニット４８０および４８２を含む。ピペットユニット４８０は、管状プローブ４８１を含み、略Ｘ方向の、横方向レールのトラック４７４に沿っての直線運動のために取り付けられ、また管状プローブ４８３を含むピペットユニット４８２も、略Ｘ方向の、横方向レール４７８のトラック４８４に沿っての直線運動のために取り付けられる。横方向レール４７６および４７８は、略Ｙ方向に、縦方向トラック４７２に沿って、平行移動可能である。各ピペットユニット４８０および４８２は、それぞれのプローブ４８１および４８３の個別の垂直あるいはＺ軸動作を提供する。アセンブリ４７０内の駆動機構は、ピペットユニット４８０および４８２を分析器５０内の正確なＸ、Ｙ、Ｚ座標に位置付け、流体をピペットで取り、ピペットユニット４８０および４８２それぞれの管状プローブ４８１および４８３を洗浄し、あるいは「ホーム」ポジションにあるときなどの不使用時にピペットユニット４８０および４８２を収容する。ピペットアセンブリ４７０の各軸は、ステッピングモーターにより駆動される。

試薬ピペットアセンブリ４７０は、既製品であることが好ましい。現在好ましいユニットは、２本のガントリアームを備える、型番ＲＳＰ９０００のＣａｖｒｏ Ｒｏｂｏｔｉｃ Ｓａｍｐｌｅ Ｐｒｏｃｅｓｓｏｒである。

試薬ピペットアセンブリ４７０の各ピペットユニット４８０および４８２は、それぞれのシリンジポンプ（図示せず）（Ｃａｖｒｏ ＸＰ ３０００が使用されてきた）およびＤＣ駆動ダイヤフラム式流体洗浄ポンプに連結されることが好ましい。試薬ピペットアセンブリ４７０のシリンジポンプは、分析器５０のハウジング６０内における内部フレーム構造６２の化学デスク２００左側の上方位置に取り付けられることが好ましく、また適切な管類（図示せず）あるいはその他の導管構造により、それぞれのピペットユニット４８０および４８２に接続される。

各ピペットユニット４８０および４８２は、容量レベル検知能力を備えることが好ましい。医療機器の技術分野で広く知られる容量レベル検知は、コンデンサのプレートの１枚として、ピペットユニットにより形成され、また反対側のプレートとして、ピペットユニットに係合される容器を囲む構造およびハードウェアとして形成されるコンデンサの誘電体が、空気から流体に変化するときの容量変化を利用して、ピペットユニットのプローブが容器内の流体に侵入したときに検知する。ピペットユニットの垂直動作を駆動させるステッピングモーターを監視することにより認知されてよいピペットユニットのプローブの垂直位置を確認することにより、ピペットユニットにより係合される容器内の流体レベルを判断してよい。

ピペットユニット４８０は、試薬を試薬冷却ベイ９００から、ＨＹＢインキュベータ６０６または回転撹拌器５５２内に配置される反応容器内に移動させ、ピペットユニット４８２は、試薬材料を試薬冷却ベイ９００から、ＡＭＰインキュベータ６０４あるいは回転撹拌器５５２内に配置される反応容器内に移動させる。

ピペットユニット４８０および４８２は、容量レベル検知を用いて、容器内の流体レベルを確認し、ピペットユニットのプローブ先端のごく一部のみを浸水させ、容器からピペットで流体を取る。ピペットユニット４８０および４８２は、流体がそれぞれの管状プローブ４８１および４８３にピペットで注がれるときに傾斜して、プローブ先端を一定の深度に浸水させた状態を保つことが好ましい。試薬をピペットユニット４８０あるいは４８２の管状プローブに取り出したあと、ピペットユニットは、それぞれのプローブ４８１あるいは４８３の先端に１０μｌの最小移動空隙を作成し、ピペットユニットが化学デスク２００上方の別の位置に移動させられるときに、プローブ先端から水滴が落ちないことを確実にする。

本発明の分析器５０で実施されることが好ましいアッセイの結果は、適当な調製ステップの終結時に、反応管１６２から放出される化学発光あるいは光の量によって確認される。具体的には、アッセイの結果は、アッセイの終結時に、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドプローブに関連する標識により放出される光量から判断される。従って、処理デスク２００は、反応容器の内容物により放出される光量の検出および／または定量化を含む。端的に述べると、照度計９５０はハウジングを備え、それを通して、反応容器は、移送機構、光電子増倍管、および関連の電子機器の影響を受けて移動する。さまざまな照度計の実施例の詳細は後述する。

処理デスク２００は、失活準備室７５０を含むことも好ましい。分析器５０で実施されるアッセイは、少なくとも１つの関心生物あるいは細胞に属する核酸の単離および増幅を伴う。従って、通常は、アッセイの終結時に漂白剤系の試薬を反応容器１６０に滴下することにより、反応容器１６０の内容物を失活させることが好ましい。この失活は、失活準備室７５０内でおこなわれる。

失活のあと、失活された反応容器１６０の内容物は、下方シャーシ１１００の廃液容器のうち１つに保存され、使用済みの反応容器は、下方シャーシ１１００内の専用固形廃棄物容器内に廃棄される。反応容器は、再使用しないことが好ましい。

（分析器操作）
分析器５０の操作、また上述のステーション、構成要素、およびモジュールの構成、連携、および相互作用は、分析器５０によって実施されてよい１つのタイプのアッセイ実施における、単一の試験サンプルに対する分析器５０の操作を記述することにより、説明される。ここに記載されるステーション、構成要素、およびモジュールのうち１つ以上の使用を必要とするその他の診断アッセイも、分析器５０によって実施してよい。ここに記載される特定のアッセイ手順は、分析器５０のさまざまなステーション、構成要素、およびモジュールの操作および相互作用の例示を目的とするに過ぎず、限定するものではない。診断試験技術分野の専門家には、本発明の分析器５０によって、さまざまな化学的および生物学的アッセイが、自動化された手段により実施可能であることは明らかである。

分析器５０は、まずバルク流体を下方シャーシ１１００のバルク流体保管ベイに装填し、バルク流体容器を適当なホース（図示せず）に連結することにより、アッセイを実行するよう構成される。

分析器は、順次過程により電源を入れることが好ましい。まず過程の初期段階で必要となるステーションまたはモジュールの電源を入れ、続いて過程の後期まで必要とならないステーションの電源を入れる。これにより、エネルギーが節約され、また分析器全体に電源を入れることに伴い、回路遮断器を作動させる可能性もある大きな電力サージが回避される。分析器は、不使用時の「スリープ」モードも採用する。スリープモード中は、最低限の電力量が分析器に供給され、分析器に完全な停止状態から電源を入れるために必要な大きなサージが回避できる。

プラスチックの一体的に形成される多管ユニット（ＭＴＵ）（詳細は後述）形状であることが好ましい、ある数の反応容器１６０は、開口部６８を通して、投入準備室１５０内に装填される。今後反応容器１６０は、分析器５０を使用する好ましい方法と一貫するよう、ＭＴＵとする。

投入準備室１５０内の反応容器シャトルアセンブリ（図示せず）は、ＭＴＵ１６０を装填開口部６８から準備室１５０端部の収集位置へと移動させる。右側移送機構５００は、準備室１５０の端部からＭＴＵ１６０を取り上げ、バーコードリーダ（図示せず）へと移動し、ＭＴＵ上にあり、そのＭＴＵを識別する独自のバーコードラベルを読み取る。ＭＴＵは、バーコードリーダーから、開口部２５２下方の利用可能なサンプル移動ステーション２５５へと移動される。

（多管ユニット）
好ましいＭＴＵは、Ｈｏｍｅｒらによる、米国特許第６，０８６，８２７の「Ｒｅａｃｔｉｏｎ Ｒｅｃｅｐｔａｃｌｅ Ａｐｐａｒａｔｕｓ」により開示される多槽反応容器の実施例である。図５８に示すように、ＭＴＵ１６０は、好ましくは５本である複数の個別の反応管１６２を備える。上端が開口し、下端が閉鎖した円筒管の形状であることが好ましい反応管１６２は、ＭＴＵ１６０のいずれかの側にそって縦方向に延びる下向きの段部を画定する接続リブ構造１６４により、互いに接続される。１つの実施例では、ＭＴＵ１６０の各反応管１６２の寸法は１２×７５ｍｍであるが、分析器５０は、独立してまたは多槽反応容器の一部として提供される、異なる寸法の反応容器を収容するよう容易に適合することが可能である。

ＭＴＵ１６０は、射出成形されたポリプロピレンから形成されることが好ましい。最も好ましいポリプロピレンは、デラウェア州ウィルミントンのＭｏｎｔｅｌｌ Ｐｏｌｙｏｌｅｆｉｎｓにより販売される、製品番号ＰＤ７０１ＮＷのポリプロピレンである。Ｍｏｎｔｅｌｌの材料は、成形が容易で、分析器５０の好ましい動作モードと化学的に適合し、また化学発光の正確な検出または定量化を妨げる恐れがある静電放電事象の数が少ないことから、使用される。

弓状遮蔽構造１６９は、ＭＴＵ１６０の一端に提供される。移送機構５００および５０２のうち１つにより係合されるＭＴＵ操作構造１６６は、遮蔽構造１６９から延びる。ＭＴＵ操作構造１６６は、プレート１６８の反対端の垂直に延びる部品１６７を有する遮蔽構造１６９から延びる横方向に延びるプレートを備える。まち付き壁１６５は、側面プレート１６８から、遮蔽構造１６９と垂直部品１６７との間に下向きに延びる。

図６０に示されるように、遮蔽構造１６９および垂直部品１６７は、相互に向かい合う凸面を有する。ＭＴＵ１６０は、後述のように、係合部材を横方向に（「Ａ」方向に）、遮蔽構造１６９と垂直部品１６７との間のスペースに移動して、移送機構５００および５０２、およびその他の構成要素によって係合される。遮蔽構造１６９および垂直部品１６７の凸面は、スペースへの横方向の相対運動をおこなう係合部材のために、より広い入口を提供する。垂直部品１６７および遮蔽構造１６９の凸面は、それぞれ中心部に形成される隆起部１７１および１７２を含む。隆起部１７１および１７２の目的は、後述する。

平らなラベル貼付表面１７５を有するラベル貼付構造１７４は、ＭＴＵ１６０の一端の遮蔽構造１６９およびＭＴＵ操作構造１６６の反対側に備えられる。スキャン可能なバーコードなどのラベルは、表面１７５に設置され、ＭＴＵ１６０についての識別および操作情報を提供する。

ＭＴＵ１６０は、各反応管１６２それぞれの開口部近くに、チップ先端把持構造１７６を含むことが好ましい。各チップ先端把持構造１７６は、内部に接触防止チップ先端１７０を収納する円筒口を備える。チップ先端１７０の構成および機能は、後述する。各把持構造１７６は、ＭＴＵ１６０が反転したときに、チップ先端１７０が把持構造１７６から脱落するのを防ぎつつ、ピペットに係合されたときには、チップ先端１７０が把持構造１７６から取り除かれるように、チップ先端１７０を摩擦により収納するよう構成および配置される。

図５９に示すように、チップ先端１７０は、周縁フランジ１７７、およびチップ先端１７０の下部１７９より一般的に直径が大きい上部カラー１７８を有する略円筒型構造を備える。チップ先端１７０は、導電性ポリプロピレンから形成されることが好ましい。チップ先端１７０が、把持構造１７６の開口部に挿入されるとき、フランジ１７７は構造１７６の上部に接触し、カラー１７８は、チップ先端１７０と把持構造１７６との間に、ぴったりと合っているが解除可能な締まりばめを提供する。

軸方向に延びる貫通穴１８０は、チップ先端を通過する。穴１８０は、チップ先端１７０の上部に外向きに広がる先端１８１を含むが、これはピペット管状プローブ（図示せず）のチップ先端１７０への挿入を容易にする。２本の環状隆線１８３は、穴１８０の内壁に線を引く。隆線１８３は、チップ先端１７０とチップ先端１７０に挿入される管状プローブとの間に摩擦締まりばめを提供する。

チップ先端１７０の下端は、斜面部１８２を含むことが好ましい。チップ先端１７０が、ＭＴＵ１６０の反応管１６２などの反応容器底部まで挿入される吸引器の先端で使用される場合、斜面部１８２は、チップ先端１７０の端部と反応管底部との間に真空が形成されるのを回避する。

（下方シャーシ）
本発明による下方シャーシの実施例は、図５２〜５４に示される。下方シャーシ１１００は、黒のポリウレタン粉体塗装を施したスチールフレーム１１０１、シャーシ下方に配置される引出し式水滴トレイ１１０２、右側引出し１１０４、および左側引出し１１０６を含む。左側引出し１１０６は、下方シャーシ１１００内の事実上中央に配置される。下方シャーシ１１００の左側は、さまざまな電源システム構成要素、および例えば取り付けプラットフォーム１１５４に取り付けられる７つのシリンジポンプ１１５２、下方シャーシ１１００床面の振動絶縁装置（図示せず）上に取り付けられることが好ましい真空ポンプ１１６２、電源ユニット１１５６、パワーフィルタ１１５８、およびファン１１６０など、その他の分析器機構を収納する。

異なるシリンジポンプ１１５２が、５つの磁性分離ステーション８００それぞれに指定されるが、１つは左側回転撹拌器５５２に指定され、もう１つは失活準備室７５０に指定される。シリンジポンプが好ましいが、代替として蠕動ポンプを使用してもよい。

真空ポンプ１１６２は、各磁性分離ステーションおよび失活準備室７５０に従事する。真空ポンプの好ましい定格は、０″Ｈｇ時５．３〜６．５ｃｆｍ、５″Ｈｇ時４．２〜５．２ｃｆｍである。好ましい真空ポンプは、Ｔｈｏｍａｓ Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．（ウィスコンシン州シボイガン）から、型番２７５０ＣＧＨＩ６０として市販されている。コンデンサ１１７２は、ポンプ１１６２と併せて販売される。

電源ユニット１１５６は、ＡＳＴＥＣ Ａｍｅｒｉｃａ，Ｉｎｃ．（カリフォルニア州カールズバッド）から市販されている、ＡＳＴＥＣ型番ＶＳ１−Ｂ５−Ｂ７−０３が好ましい。電源ユニット１１５６は、５０〜６０Ｈｚの範囲で２２０ボルト、つまり通常の２２０ボルトの壁コンセントからの電力を受容する。パワーフィルタ１１５８は、Ｃｏｒｃｏｍ，Ｉｎｃ．（イリノイ州リバティービル）から市販されているＣｏｒｃｏｍ型番２０ＭＶ１のフィルタであること好ましい。ファン１１６０は、Ｃｏｍａｉｒ Ｒｏｔｒｏｎ（カリフォルニア州サンイシドロ）から市販されているＷｈｉｓｐｅｒ ＸＬＤＣファンであることが好ましい。各ファンは、２４ＶＤＣモーターを動力源とし、７５ｃｆｍの出力を有する。図５２に示すように、ファン１１６０は、下方シャーシ１１００の左側外壁の隣接に配置されることが好ましい。ファン１１６０は、右側から左側までの下方シャーシ全体の空気を吸い出し、それにより下方シャーシから過剰な熱を吸い出すよう、外側に向けられることが好ましい。

その他の電源システム構成要素は、下方シャーシ１１００の背面左側に収納される。これには、Ｅａｔｏｎ ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎのＣｕｔｌｅｒ−Ｈａｍｍｅｒ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ（オハイオ州クリーブランド）から市販されているＥａｔｏｎ回路遮断スイッチ・２極、ＪＡ／Ｓシリーズであることが好ましい電源スイッチ１１７４、および分析器５０を外部電源に接続する電源コード（図示せず）が接続される電力供給口モジュール１１７６が含まれる。分析器５０の電源システムは、端子台（図示せず）も含むが、これには複数の電気端子、Ｃａｌ Ｓｗｉｔｃｈ（カリフォルニア州カーソンシティー）から市販されているＣｒｙｄｏｍ Ｓｅｒｉｅｓ １型番Ｄ２４２５であることが好ましい、異なる回路間の切り替えをおこなう固体スイッチ（図示せず）、および分析器５０を外部コンピュータ制御装置１０００に接続する９ピンＲＳ２３２接続ポートを取り付けられる。

右側引出しおよび左側引出しのベイは、分析器の操作中に、アッセイ・マネージャー・プログラムによって施錠されることが好ましい、分析器正面の１枚あるいは２枚のドアの裏側で閉じられることが好ましい。ドアの閉状態を検証するマイクロスイッチが備えられることが好ましい。最も左寄りのベイは、フロントパネルに覆われる。下方シャーシの反対両端にはエンドパネルが備えられ、シャーシを取り囲む。

４本の水準足１１８０は、シャーシ１１００の四隅から延びる。水準足１１８０は、下端にパッドを有するねじ式シャフトを含む。分析器が希望の位置にあるとき、パッドが床にかみ合うまで足１１８０を下げて、分析器を水平にし、安定させることができる。足を上げて、キャスタで分析器を移動させることもできる。

通常下方シャーシ１１００の容器に含まれるバルク流体は、洗浄溶液（固定化された対象を洗浄するため）、蒸留水（固定されたピペットチップ）、診断試験試薬、シリコンオイル（試験試薬およびサンプル上に層を作る浮遊流体として使用される）、および漂白剤系試薬（サンプル失活に使用される）を含んでよい。

右側引出し１１０４は、図５３に詳細が示される。右側引出し１１０４は、正面引出しハンドル１１０５を有する箱状の引出し構造を含む。引出しハンドル１１０５は、従来の引張り式の引出しハンドルとして示されるが、分析器５０の好ましい実施例では、ハンドル１１０５は、Ｓｏｕｔｈｃｏ，Ｉｎｃ．（ペンシルベニア州コンコードビル）から市販されているものなどのＴハンドルラッチである。引出し１１０４は、下方シャーシのスライドブラケット（図示せず）に取り付けられ、それにより引出し１１０４を下方シャーシに引き入れたり、引き出したりすることができる。引出し１１０４が閉まっていることを検証するために、センサー（図示せず）を備えることが好ましい。引出しの前部は、専用ピペット洗浄廃液含有ボトルであるボトル１１２８（図５２に示す）、および対象捕獲手順である磁性洗浄による廃棄物を入れるための専用廃棄物ボトルであるボトル１１３０（図５２に示す）を把持するためのボトル容器１１２２を含む。ボトル１１３０は、空にされることが好ましい。

分析器５０は、下方シャーシ１１００に必要なボトルのいずれかが不足している場合、アッセイの処理を開始しない。ボトル容器１１２２は、各容器１１２２におけるボトルの存在を検証するボトル存在センサー（図示せず）を含むことが好ましい。ボトル存在センサーは、ＳＵＮＸ／Ｒａｍｃｏ Ｅｌｅｃｔｒｉｃ，Ｉｎｃ．（アイオワ州ウェストデモイン）から市販されている型番ＥＸ−１４Ａの拡散反射型光センサーであることが好ましい。

右側引出し１１０４は、使用済みのＭＴＵおよびサンプルチップを把持するための廃棄物箱１１０８をさらに含む。廃棄物箱１１０８は、廃棄物箱１１０８が満杯であるかどうかを検出するための、２４ＶＤＣ光拡散反射器スイッチであることが好ましい、センサーをその上部に取り付けるためのセンサー取り付け部１１１２を有する開放箱構造である。別の拡散反射器型光センサー（図示せず）が右側引出し１１０４内に設置され、廃棄物箱１１０８が正しい位置にあることを検証する。ＳＵＮＸ／Ｒａｍｃｏ Ｅｌｅｃｔｒｉｃ，Ｉｎｃ．（アイオワ州ウェストデモイン）から市販されている型番ＥＸ−１４Ａの拡散反射型光センサーがここでも好ましい。

偏向板１１１０は、廃棄物箱１１０８の側面から斜めに延びる。偏向板１１１０は、使用済みＭＴＵが廃棄物箱１１０８に落とされるときに通過するシュートの直下に配置され、落とされたＭＴＵを廃棄物箱１１０８の中央に向けて偏向させ、ＭＴＵが廃棄物箱１１０８の一角に集積するのを防ぐ。偏向板１１１０は、実質的に垂直位置まで上向きに枢動できるよう、枢動可能に取り付けられることが好ましく、それにより廃棄物箱１１０８の内部を覆い、偏向板１１１０を覆う廃棄物袋が廃棄物箱１１０８から取り除かれるとき、偏向板１１１０は、引き出される袋とともに上向きに枢動するので、袋を破ることがない。

プリント回路基板（図示せず）およびカバー１１１４は、廃棄物箱１１０８の前面に取り付けることができる。センサー取り付け部および１１１７も、廃棄物箱１１０８の前面に取り付けられる。センサー１１１８および１１１９は、センサー取り付け部１１１６に取り付けられ、センサー１１２０および１１２１は、センサー取り付け部１１１７に取り付けられる。センサー１１１８、１１１９、１１２０、および１１２１は、ＤＣ容量型近接センサーであることが好ましい。上方センサー１１１８および１１１９は、ボトル１１２８および１１３０が満杯になると指摘し、下方センサー１１２０および１１２１は、ボトルが空になると指摘する。センサー１１１８〜１１２１は、Ｓｔｅｄｈａｍ Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（ネバダ州リーノー）から市販されている、型番Ｃ２Ｄ４５ＡＮ１−Ｐのものが好ましい。この選定理由は、その比較的平坦な物理的形状により、下方シャーシ１１００の狭い範囲内での占有スペースが小さいことと、Ｓｔｅｄｈａｍセンサーが、好ましい３〜２０ｍｍの検知距離を提供することである。

分析器５０は、アッセイ・マネージャー・プログラムが、右側引出し１１０４の廃棄流体容器のいずれかが最初から空でないことを検出した場合、いかなるアッセイ実施も開始しないことが好ましい。

容量型近接センサー１１１８〜１１２１、および右側引出し１１０４のボトル存在、廃棄物箱存在、廃棄物箱満杯光センサーは、カバー１１１４裏側のプリント回路基板（図示せず）に接続され、プリント回路基板は分析器５０の組み込みコントローラに接続される。

右側引出し１１０４は下方シャーシ１１００から完全に引き出すことができないため、廃棄物袋ライナを設置あるいは除去するために廃棄物箱に到達できるよう、廃棄物箱１１０８を前方に引くことが可能である必要である。この目的で、ハンドル１１２６が廃棄物箱１１０８の前面に取り付けられ、テフロン（登録商標）片１１２４が右側引出し１１０４の底床面に配置され、ボトル１１２８および１１３０が取り除かれたとき、引出し１１０４内の廃棄物箱１１０８の前後への摺動を容易にする。

左側引出し１１０６の詳細は、図５４に示される。左側引出し１１０６は、正面取り付けハンドル１１０７を有する箱状構造を含み、下方シャーシ１１００のスライドブラケット（図示せず）に取り付けられる。ハンドル１１０７は、従来の引張り式の引出しハンドルとして示されるが、分析器５０の好ましい実施例では、ハンドル１１０７は、Ｓｏｕｔｈｃｏ，Ｉｎｃ．（ペンシルベニア州コンコードビル）から市販されているものなどのＴハンドルラッチである。センサーが備えられ、引出し１１０６が閉まっていることを検証する。

左側引出し１１０６は、チップ先端廃棄物箱満杯センサー（図示せず）を取り付けるための取り付け構造１１３５を有するチップ先端廃棄物箱１１３４を含む。チップ先端廃棄物箱１１３４が正しく設置されていることを検証するために、チップ先端廃棄物箱存在センサーが左側引出し１１０６に備えられることが好ましい。ＳＵＮＸ／Ｒａｍｃｏ Ｅｌｅｃｔｒｉｃ，Ｉｎｃ．（アイオワ州ウェストデモイン）から市販されている型番ＥＸ−１４Ａの拡散反射型光センサーは、チップ先端廃棄物箱満杯センサーおよびチップ先端廃棄物箱存在センサーの双方に好ましい。

把束構造１１３２は、下方シャーシ１１００内のさまざまな管類および／または配線（図示せず）を固定および把束するために提供される。使用が好ましい把束構造は、Ｉｇｕｓ， Ｉｎｃ．（ロードアイランド州イーストプロビデンス）により製造販売されるＥｎｅｒｇｙ Ｃｈａｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｓである。

プリント基板１１８２は、チップ先端廃棄物箱１１３４の後ろに位置するパネル１１８４の裏側に取り付けられる。ソレノイド弁取り付けパネル１１８６は、チップ先端 廃棄物箱１１３４の下方に位置する。

左側引出し１１０６は、サイズが均一な６本のボトルを把持するための、前方向容器把持構造を含む。容器構造は、仕切り壁１１５３、１１５５、１１５７、および１１５９、および湾曲したボトル一致前端を有する容器ブロック１１５１を含み、これらが共に６つの容器把持エリアを画定する。下方センサー１１４８および上方センサー１１５０（それぞれ６つ）は、仕切り壁１１５５、１１５７、および１１５９に取り付けられる。上方および下方センサー１１４８および１１５０は、ＤＣ容量型近接センサーであることが好ましい（平坦な形状および検知範囲から選定される、Ｓｔｅｄｈａｍ Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（ネバダ州リーノー）から市販されている、型番Ｃ２Ｄ４５ＡＮ１−Ｐのセンサー）。上方センサー１１５０は、容器構造に把持されるボトルが満杯になると指摘し、下方センサー１１４８は、ボトルが空になると指摘する。好ましい配置では、左側２本のボトル１１４６は検出剤（「検出Ｉ」）を含み、中央２本のボトル１１６８はシリコンオイルを含み、右側２本のボトル１１７０は別の検出剤（「検出ＩＩ」）を含むことが好ましい。

各容器把持エリアにおけるボトルの存在を検証するために、容器ブロック１１５１、および隔壁１１５３、１１５５、１１５７、および１１５９により画定される各容器把持エリアに、ボトル存在センサー（図示せず）が提供されることが好ましい。ボトル存在センサーは、ＳＵＮＸ／Ｒａｍｃｏ Ｅｌｅｃｔｒｉｃ，Ｉｎｃ．（アイオワ州ウェストデモイン）から市販されている型番ＥＸ−１４Ａの拡散反射型光センサーが好ましい。

中央に位置する大容器受け１１６４は、脱イオン水を含むことが好ましいボトル１１４０（図５２に示す）を把持する。容器受け１１６６（図５４では、１つのみが示される）は、洗浄溶液を含むことが好ましいボトル１１４２および１１４４（図５２に示す）を把持する。容器１１６４と１１６６との間の隔壁１１４３には、ボトル１１４０、１１４２、および１１４４の流体レベルを監視するためのセンサー１１４１などのセンサーが取り付けられる。センサー１１４１などのセンサーは、ＤＣ容量型近接センサーであることが好ましい（Ｓｔｅｄｈａｍ Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（ネバダ州リーノー）から市販されている、型番Ｃ２Ｄ４５ＡＮ１−Ｐのセンサー）。

容器受け１１６４および１１６６は、ボトルがそれぞれの容器に正しく設置されていることを検証するための、ボトル存在センサー（図示せず）を含むことが好ましい。ボトル存在センサーは、ＳＵＮＸ／Ｒａｍｃｏ Ｅｌｅｃｔｒｉｃ，Ｉｎｃ．（アイオワ州ウェストデモイン）から市販されている型番ＥＸ−１４Ａの拡散反射型光センサーが好ましい。

分析器５０は、アッセイ・マネージャー・プログラムが、左側引出し１１０６内のバルク流体容器のいずれかが最初から空であると判断した場合、いかなるアッセイ実施も開始しない。

容量型近接流体レベルセンサー、さまざまなボトル存在センサー、チップ先端廃棄箱満杯センサー、およびチップ先端廃棄箱存在センサーは、全てプリント基板１１８２に接続され、プリント基板１１８２は、分析器５０の組み込みコントローラに接続される。

４つのソレノイド弁（図示せず）は、ソレノイド弁取り付けパネル１１８下方に取り付けられる。ソレノイド弁は、流体が対のボトルに保存されるバルク流体ボトル、つまり洗浄溶液を含むボトル１１４０および１１４２、「検出Ｉ」剤を含む２本のボトル１１４６、オイルを含む２本のボトル１１６８、および「検出ＩＩ」剤を含む２本のボトル１１７０を接続する。ソレノイド弁は、それぞれの容量型近接センサーからの信号に反応して、同じ流体を含む２本のボトルのうち１本が空になると、流体が取り出されるボトルを交換する。さらに、ソレノイド弁は、指定数の試験の実施後に、ボトルを交換してもよい。好ましいソレノイド弁は、Ｂｅｃｏ Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ Ｃｏ．Ｉｎｃ．（カリフォルニア州ラグナヒルズ）から市販されている、型番Ｓ３１３Ｗ２ＤＦＲＴおよびＭ２２３Ｗ２ＤＦＲＬＴのテフロン（登録商標）ソレノイド弁である。これら２つの異なる型番は、２つの異なる大きさの管の使用に適応されるソレノイド弁に対応する。テフロン（登録商標）ソレノイド弁は、弁を通って流れる流体を汚染しにくく、また通過して流れる腐食性流体によって弁が損傷されないため好ましい。

ボトル１１３６（図５２参照）は、真空トラップブラケット１３７に把持される真空トラップであり、ボトル１１３８は、漂白剤含有試薬などの不活性剤を含む。ここでも、ボトル１１３６および１１３８の存在を検証するために、ボトル存在センサーが備えられることが好ましい。

手持ちバーコードスキャナ１１９０を下方シャーシ１１００に備え、スキャン可能な容器ラベル上に提供される情報をアッセイ・マネージャー・プログラムにスキャンしてよい。スキャナ１１９０は、左側引出し１１０６のプリント基板１１８２にコードによって接続され、隔壁１１４３に取り付けられるブラケット（図示せず）に収容されることが好ましい。Ｓｙｍｂｏｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．（ニューヨーク州ホルツビル）から市販されているＬＳ２１００シリーズのスキャナが好ましい。

（サンプルリングおよびサンプル管トレイ）
サンプル管３２０に含まれるサンプル、および管３２０は、分析器５０外の管トレイ３００に装填される。サンプル管３２０を運搬するトレイ３００は、跳ね上げ式回転台ドア８０を開けることにより提供される到達開口部を通して、サンプルリング２５０上に設置される。

図５および６を参照すると、第一のリングアセンブリあるいはサンプルリング２５０は、非硬化粉砕アルミニウムから形成され、溝２５１を通して延びる、複数の隆起した半径方向に延びる仕切り２５４を有するリング２５０の外周辺に環状溝２５１を画定する、隆起リング構造を含む。好ましくは、９つの仕切り２５４が溝２５１を９つの弓状サンプル管トレイ収納ウェル２５６に分割する。溝２５１およびウェル２５６は、後述のように、複数の容器を運搬するよう構成および配置される環状流体容器運搬部を画定する。

サンプルリング２５０は、図５、６、および６Ａに示されるように、リング２５０の内周上に形成される連続的Ｖ隆線２６２を係合する、１２０°の間隔をあけた３つのＶ溝ローラ２５７、２５８、および２６０により回転的に支持され、リング２５０が第一の中心回転軸を中心に回転可能となることが好ましい。ローラは、カリフォルニア州ピッツバーグのＢｉｓｈｏｐ−Ｗｉｓｅｃａｒｖｅｒ Ｃｏｒｐ．により製造される、型番Ｗ１ＳＳＸのものが好ましい。ローラ２５７および２６０は、固定シャフトに回転的に取り付けられ、ローラ２５８は、垂直軸を中心に枢動し、リング２５０の内周に対して、ローラ２５８を半径方向外向きに促すようにばね偏倚されるブラケットに取り付けられる。２つの固定されたローラと１つの半径方向に移動可能なローラを備えることで、３つのローラは、リング２５０の真円でない内周を収容することができる。

サンプルリング２５０は、ガイドローラ２６６および２６８上のリング２５０外周辺に延びる連続ベルト２７０（ＳＤＰ／ＳＩ（ニューヨーク州ニューハイドパーク）から市販されている型番Ａ６Ｒ３Ｍ４４４０８０のものが好ましい）を介して、ステッピングモーター２６４（オリエンタルモーター株式会社（日本、東京）から市販されている、型番ＰＫ２６６−０１ＡのＶＥＸＴＡステッピングモーターが好ましい）により駆動される。スロット付き光センサーであることが好ましいホームセンサーおよびセクターセンサー（図示せず）は、リング２５０隣接の、回転ホームポジションおよびサンプル管トレイ収納ウェル２５６のうち１つに対応する位置に提供される。リング２５０は、ホイール上のホームポジションに位置するホームフラッグ（図示せず）、および９つのサンプル管トレイ収納ウェル２５６それぞれの位置に対応する９つの等間隔セクターフラッグ（図示せず）を含む。ホームフラッグおよびセクターフラッグは、ホームセンサーおよびセクターセンサーと協調して、アッセイ・マネージャー・プログラムにリング位置情報を提供し、またリング２５０を制御して、ユーザによる再装填とピペットユニット４５０による到達のために規定された座標に対応する９つの離散位置で停止させる。ホームセンサーおよびセクターセンサーとして好ましいセンサーは、Ｏｐｔｅｋ（テキサス州カロルトン）から市販されている、型番ＯＰＢ８５７のＯｐｔｅｋのスロット付き光センサーが好ましい。

サンプルカバーは、環状流体容器運搬部または溝２５１の部分を覆って配置され、３本の取り付け柱１３６のホイール２５０に対して上昇位置に固定される弓状カバープレート１３８を備える。プレート１３８は、溝２５１の曲面に略一致する弓型を有する。第一の開口部１４２は、プレート１３８に形成され、第二の開口部１４０はプレート１３８の、リング２５０の回転軸からの半径距離が開口部１４２よりも大きく、開口部１４２から円周的に間隔のあいた位置に形成される。

図５５〜５７を参照すると、各サンプル管トレイ３００は、リング２５０の湾曲に一致するよう湾曲する試験官立構造を備える。各トレイ３００は、壁３０４のいずれかの端に配置される側面端壁３０３および３０５を有する中央壁構造３０４を備える。床３１２は、トレイ３００の底を横切って延びる。サンプル管トレイ３００の主目的は、サンプル管をサンプルピペットアセンブリ４５０が到達するためのサンプルリング２５０に把持し、また複数のサンプル管の分析器への装填および取り外しを容易にすることである。

複数のＹ字型仕切り３０２は、トレイ３００に向かい合う端部に沿って等距離に間隔があけられる。２枚の隣接する仕切り３０２はそれぞれ、試験管収納エリア３３０を画定する。端壁３０３は内向き屈曲フランジ３１６および３１８を含み、端壁３０５は内向き屈曲フランジ３２６および３２８を含む。端壁３０３および３０５それぞれの内向き屈曲フランジは、仕切り３０２の最端をともに、最端管収納エリア３３２を画定する。収納エリア３３０および３３２は、中央壁構造３０４の反対側で、２つの弓状列に沿って弓状に並ぶ。

図５７を参照すると、各管収納エリア３３０、３３２内で、板バネ要素３１０が中央壁３０４に取り付けられる。ステンレスばね鋼により形成されることが好ましい板バネ要素３１０は、試験官３２０が、管収納エリア３３０あるいは３３２に挿入されると弾性的に偏向させ、管３２０を仕切り３０２に対して外向きに促す。その結果、管３２０は直立方向に確保される。仕切り３０２の形状と、板バネ要素３１０の弾性は、トレイ３００が、管３２０と３２４のようなさまざまな形状とサイズのサンプル管を収容するのを可能とする。各トレイ３００は、それぞれの端部に沿って９つの仕切り３０２を含み、端壁３０３および３０５に沿って、中央壁構造３０４の各側に１０（合計で１つのトレイに２０）の管収納エリア３３０および３３２を形成することが好ましい。凸状の数表記など管収納エリア３３０および３３２を指定するためのしるしを、トレイの中央壁３０４などに備えてよい。

各トレイ３００は、実施例の図解では、最端仕切り３０２と一体的に形成された状態で示される、ボス構造３０８も含んでよい。縦型の逆Ｕ字型（図示せず）のハンドル（図示せず）は、トレイのボス構造３０８あるいはその他の適切な位置に取り付けてよい。縦型ハンドルは、弓状回転台ドア８０を通してトレイ３００を装填および取り外しする際のトレイ３００の操作を容易にするが、必ずしも好ましくはない。

隣接する仕切り３０２間には空隙が設けられ、それにより、管３２０上のバーコードラベル３３４、あるいはその他の読み取り可能なあるいはスキャン可能な情報は、管がトレイ３００に設置されたときに到達可能となる。ホイール２５０に運搬されるトレイ３００が、サンプルカバーのプレート１３８の下を通過するとき、湾曲した列の、壁構造３０４に対して半径方向内向き位置にある１本の管３２０は、第一の開口部１４２と並び、湾曲した列の、壁３０４に対して半径方向外向き位置にある別の管３２０は、第二の開口部１４０と並ぶ。リング２５０は、各管３２０を開口部１４０および１４２の下に順次的に移動して、管への到達を可能とするよう指示される。

再び図５を参照すると、バーコードスキャナ２７２および２７４は、リング２５０近接に配置される。Ｏｐｔｉｃｏｎ，Ｉｎｃ．（ニューヨーク州オレンジバーグ）から市販されている、型番ＬＨＡ２１２６ＲＲ１Ｓ−０３２のＯｐｔｉｃｏｎ，Ｉｎｃ．スキャナが好ましい。スキャナ２７２はリング２５０外部に位置し、スキャナ２７４はリング２５０内部に位置する。スキャナ２７２および２７４は、リング２５０がサンプル管３２０のトレイ３００を回転させ、スキャナ２７２および２７４を通過するとき、サンプル管トレイ３００に運搬される各サンプル管３２０のバーコードデータラベルをスキャンするよう位置付けられる。さらに、スキャナ２７２および２７４は、トレイ３００がサンプル調製エリアに至ると、各トレイ３００の端壁３０３の屈曲フランジ３１６および３１８外側部のバーコードラベル３３７（図５５参照）をスキャンする。サンプルおよびアッセイの特定など、さまざまな情報を管および／または各トレイ３００に備えることができ、この情報はスキャナ２７２および２７４によってスキャンして、中央処理装置に保存することができる。サンプル管が存在しない場合、トレイ３００は、スキャナ２７２および２７４により読み取られる特別コード３３５（図５５参照）を提示する。

好ましいサンプル管ホルダーは、Ｋｎｉｇｈｔらによる、米国仮出願第６０／６７２，６０９号の「Ｓａｍｐｌｅ Ｔｕｂｅ Ｈｏｌｄｅｒ」に開示されるが、これは共同所有権を享受する。Ｋｎｉｇｈｔは、サンプル管を固定された垂直方向に把持するための、並んだ一連のフィンガースプリングを備える複数のサンプル管区画を有するサンプル管ホルダーを開示している。サンプル管が貫通性の蓋で蓋をされる場合、サンプル管ホルダーは、サンプリング手順の間、サンプル管をサンプル管区内に維持するための固定器具を含む。例として、Ｋａｃｉａｎらによる、米国特許第６，８９３，６１２号の「Ｐｅｎｅｔｒａｂｌｅ Ｃａｐ」を参照されたい（汚染噴霧あるいは気泡の散布を制限するための、壊れやすいシールあるいはフィルタを有するキャップで蓋をされるサンプル管を開示する）。

（ピペットチップホイール）
主に図５および６に示されるように、好ましい実施例の第二のリングアセンブリは、ピペットチップホイール３５０であり、底部には円形リング３５２、円形内周および５つの円周的に間隔があいた半径方向に突出した区域３７０を画定する上パネル３７４、および上パネル３７４をリング３５２から隔て、また上パネル３７４およびリング３５２を通ってライザー３５４内に延びる機械的留め具３５６によって正しい位置に把持されることが好ましい、複数の略長方形ライザー３５４を備える。５つの長方形開口部３５８は、上パネル３７４の区域３７０それぞれの近接に形成され、長方形箱３７６は、パネル３７４の下に、各開口部３５８につき１つが配置される。上パネル３７４、リング３５２、およびライザー３５４は、切削アルミニウムから作られることが好ましく、箱３７６は、ステンレス鋼板素材から形成されることが好ましい。

開口部３５８および関連の箱３７６は、複数の使い捨てピペットチップを把持するトレイ３７２を収納するよう、構成および配置される。ピペットチップトレイ３７２は、ＴＥＣＡＮ（ノースカロライナ州リサーチ・トライアングル・パークのＴＥＣＡＮ Ｕ．Ｓ．Ｉｎｃ．）により製造販売される、商標名「Ｄｉｓｐｏｓａｂｌｅ Ｔｉｐｓ ｆｏｒ ＧＥＮＥＳＩＳ Ｓｅｒｉｅｓ」がのぞましい。各チップは、１０００μｌの容量を有し、導電性である。各トレイは、９６の細長使い捨てチップを把持する。

横方向スロット３７８および縦方向スロット３８０は、開口部３５８のそれぞれ横方向および縦方向端に沿って、上パネル３７４に形成される。スロット３７８および３８０は、トレイ３７２の横方向および縦方向端に沿って配置される下向きに延びるフランジ（図示せず）を収納する。スロット３７８および３８０、および関連のトレイ３７２のフランジは、トレイ３７２を開口部３５８に正確に合わせ、トレイ３７２をパネル３７４上の正しい位置に把持する役割を果たす。

ピペットチップホイール３５０は、図５、６、および６Ａに示すように、リング３５２の内周上に形成される連続的Ｖ隆線３６２を係合する、１２０°の間隔をあけた３つのＶ溝ローラ３５７、３６０、および３６１により回転的に支持され、ピペットチップホイール３５０が、サンプルリング２５０の第一の回転軸と略平行である第二の中心回転軸を中心に回転可能となることが好ましい。ローラは、Ｂｉｓｈｏｐ−Ｗｉｓｅｃａｒｖｅｒ Ｃｏｒｐ．（カリフォルニア州ピッツバーグ）により製造される、型番Ｗ１ＳＳＸのものが好ましい。ローラ３５７および３６０は、固定シャフトに回転的に取り付けられ、ローラ３６１は、垂直軸を中心に枢動し、リング３５２の内周に対して、ローラ３６１を半径方向外向きに促すようにばね偏倚されるブラケットに取り付けられる。２つの固定されたローラと１つの半径方向に移動可能なローラを備えることで、３つのローラは、リング３５２の真円でない内周を収容することができる。さらに、ホイール３５０は、枢動ローラ３６１を半径方向内向きに推進して、リング３５２を横方向に移動させ、連続Ｖ隆線３６２を固定Ｖ溝ローラ３５７および３６０から離脱するだけで、簡単に設置および取り外しができる。

ピペットチップホイール３５０は、リング３５２の外周上に形成される噛み合い歯車歯と噛み合う、シャフトに取り付けられた平歯車を有するモーター３６４により駆動される。モーター３６４は、７．２：１ギヤ減速を有する、オリエンタルモーター株式会社（日本、東京）から市販されている、型番ＰＫ２４３−Ａ１−ＳＧ７．２のＶＥＸＴＡギアヘッドステッピングモーターが好ましい。７．２：１ギヤ減速を有するギアヘッドステッピングモーターは、モーター３６４の平歯車が、直接リング３５２と係合し、ピペットチップホイールの滑らかな動作を提供するため好ましい。

スロット付き光センサーであることが好ましいホームセンサーおよびセクターセンサー（図示せず）は、ピペットチップホイール３５０隣接の、回転ホームポジションおよび箱３７６のうち１つの位置に提供される。ピペットチップホイール３５０は、ホイール上のホームポジションに位置するホームフラッグ（図示せず）、および５つの箱３７６それぞれの位置に対応する５つの等間隔セクターフラッグ（図示せず）を含む。ホームフラッグおよびセクターフラッグは、ホームセンサーおよびセクターセンサーと協調して、アッセイ・マネージャー・プログラムにホイール位置情報を提供し、またピペットチップホイール３５０を制御して、ユーザによる再装填とピペットユニット４５０による到達のために規定された座標に対応する５つの離散位置で停止させる。ホームセンサーおよびセクターセンサーとして好ましいセンサーは、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州カロルトン）から市販されている、型番ＯＰＢ９８０のＯｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．のスロット付き光センサーが好ましい。

（多軸撹拌器）
図７〜１２を参照すると、多軸撹拌器４００は、固定台４０２の外周辺に形成される開口４１９を通して延びる機械的留め具（図示せず）を用いて、治具プレート１３０に取り付けられる固定台４０２のセンターベアリング４３０に支持される、中心シャフト４２８に回転自在に取り付けられる、回転盤構造４１４（図１０参照）を含む。カバー部材４０４は、回転盤４１４に取り付けられ、共に回転する。

回転盤４１４は、回転盤４１４の中心から半径方向外向きに延びる、同じ長さの、３本の９０°の間隔をあけた長方形アーム４４４と、アーム４４５をアーム４４４よりもわずかに長くする伸張部４１７を有する第四のアーム４４５とを備える、直角十字形であることが好ましい。図１０〜１２に示すように、回転盤４１４の中心部は、ねじ４２９によって中心シャフト４２８に接続される。

４つの容器ホルダー４０６は、回転盤フレーム４１４のアーム４４４および４４５の先端に配置される。各容器ホルダー４０６は、容器ホルダーベアリング４１５に回転自在に支持される４本の垂直シャフト４２３のうち１本に取り付けられる。容器ホルダーベアリング４１５は、回転盤４１４のアーム４４４および４４５に押し込まれ、シャフト４２８から均一の半径距離に配置される。

カバー部材４０４は、上向きに回転させた周辺フランジ４０１を有する４つの円形開口部を含み、それを通してシャフト４２３が延びる。上向きフランジ４０１は、こぼれた液体が開口部に流入するのを有利に回避する。

容器ホルダー４０６は、プラスチックボトルであることが好ましい、対象捕獲試薬の容器４４０を収納および把持するための底部開口および上部開口を有する略円筒型部材を備える。

好ましいアッセイに使用される対象捕獲試薬は、固定化ポリヌクレオチド、ポリヌクレチオド捕獲プローブ、および対象核酸を含有する細胞を溶解するのに十分な試薬を有する磁気反応性粒子を含む。細胞溶解後、対象核酸は、各捕獲プローブがヌクレオチド塩基配置領域を有し、対象核酸のうち少なくとも１つに含まれるヌクレオチド塩基配置領域をハイブリダイズすることができる、１つ以上の捕獲プローブによる、第一の既定のハイブリダイゼーション条件群下でのハイブリダイゼーションに使用可能となる。第二の既定のハイブリダイゼーション条件群下では、固定化ポリヌクレオチドのホモポリマー末端（ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）など）は、捕獲プローブに含まれる相補的ホモポリマー末端（ｏｌｉｇｏ（ｄＡ）など）とハイブリダイズし、それにより対象核酸を固定化することが可能である。さまざまな対象捕獲方法および溶解手順は、当技術分野で周知であり、本発明の分析器５０による使用に容易に適合される。この好ましい、磁気反応性粒子における対象核酸の捕獲と固定化の２ステップ捕獲方法は、Ｗｅｉｓｂｕｒｇらにより、米国特許第６，５３４，２７３号に開示される。

容器固定器具ばね４０８は、各容器ホルダー４０６の壁に形成される横方向スロットに渡り、容器４４０をばね４０８と反対側のホルダー４０６の内周壁の一部に向けて促すことにより、容器４４０を容器ホルダー４０６内に把持する援助をする。

各容器ホルダー４０６は、シャフトブロック構造４３２により、関連の垂直シャフト４２３に固定される。シャフトブロック構造４３２は、円筒型容器ホルダー４０６内部に一致する湾曲した端部を含み、容器ホルダー４０６は、留め具４３４によりブロック４３２に固定される。略円形開口４４９は、シャフト４２３を収納する。スロット４３８は、開口４４９から、容器ホルダー４０６の内部に至るまでは延びないブロック４３２の先端まで延びる、第二のスロット４３６は、ブロック４３２の先端から、スロット４３８に略直角に延びて片持ちアーム４３５を画定する。小ねじ４３７は、ブロック４３２を通して横方向に形成される貫通孔４４１を通して、アーム４３５を通して横方向に形成されるねじ穴４４７内へと延びる。ねじ４３７が締められると、アーム４３５が偏向させ、それによりシャフト４２３周囲の開口４４９を締める。

各容器ホルダー４０６と関連するシャフトブロック構造４３２、シャフト４２３、および容器ホルダーベアリング４１５は、容器ホルダー４０６を回転盤４１４に取り付け、容器ホルダー４０６がシャフト４２３の回転軸４１２を中心に回転することを可能するよう構成および配置される、各容器ホルダー４０６と関連する好ましい容器ホルダー取り付け構造を画定する。

容器ホルダー遊星歯車４２２は、シャフト４２３の反対端に取り付けられる。遊星歯車４２２は、固定太陽歯車に動作可能に係合する。駆動プーリ４１８は、中心シャフト４２８に取り付けられ、駆動ベルト（図示せず）により、駆動モーター４２０に連結される。駆動モーター４２０は、台４０２下方の治具プレート１３０の開口部（図示せず）を通して延びるよう取り付けられることが好ましい。駆動モーター４２０は、ステッピングモーターであることが好ましく、オリエンタルモーター株式会社（日本、東京）から市販されている、型番ＰＫ２６４−０１ＡのＶＥＸＴＡステッピングモーターであることが最も好ましい。駆動モーター４２０は、駆動ベルトおよび駆動プーリ４１８を介して、中心シャフト４２８およびそこに取り付けられる回転盤４１４を回転させる。回転盤フレーム４１４が、中心シャフト４２８の中心線周囲を回転すると、太陽歯車４１６と係合する遊星歯車４２２は、シャフト４２３およびそこに取り付けられる容器ホルダー４０６を、回転盤フレーム４１４のアーム４４４先端で回転させる。各容器ホルダー４０６は、その回転軸４１０が、関連するシャフト４２３の回転軸４１２からずれるよう取り付けられることが好ましい。それにより、各容器ホルダー４０６は、関連するシャフト４２３の軸４１２を中心に偏心的に回転する。その結果、遊星歯車４２２および太陽歯車４１６は、回転盤４１４がシャフト４２８の回転軸を中心に回転すると、容器ホルダー４０６がシャフト４２３のそれぞれの回転軸中心に回転するよう構成および配置される、回転運動連結要素を構成する。

バーコードスキャナ装置４０５は、ブラケット４０３に取り付けられることが好ましく、各容器ホルダー４０６に形成されるスキャナスロット４０７を通して、容器４４０のバーコード情報を読み取る。好ましいスキャナは、Ｏｐｔｉｃｏｎ，Ｉｎｃ．（ニューヨーク州オレンジバーグ）から市販されている、型番ＮＦＴ１１２５／００２ＲＬのスキャナである。

多軸撹拌器４００は、普通、分析器５０の操作中に回転して容器４４０の流体内容物を撹拌し、それにより対象捕獲試薬を懸濁液に保ち、ピペットユニット４５６が、容器のうちの１つからある量の混合液を取り出すことができるよう、短時間のみ停止する。ピペットユニット４５６は、毎回、同じ位置にあるボトルの混合物を取り出す。そのため、毎回混合物が引き出されるボトルが特定できるよう、ボトルの位置を監視することが好ましい。

それぞれ光放出体および検出器を含む、４つのスロット付き光センサー４２６は、９０°の間隔をあけて、固定台４０２の周辺に配備される。Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州カロルトン）から市販されている、型番ＯＰＢ４９０Ｐ１１の光センサーが好ましい。センサータブ４２４は、回転盤４１４のアーム４４５先端の伸張部４１７から下方に延びる。センサータブ４２４がセンサー４２６を通過すると、放出体と検出器とのコミュニケーションが遮断され、従って「容器存在」信号が出される。タブ４２４は、第一の容器位置などの一箇所にのみ提供される。第一の容器の位置を知ることにより、第一の容器に対して固定される残りの容器の位置も知ることができる。

電源および制御信号は、電源およびデータコネクタを介して、多軸撹拌器４００に提供さられる。多軸撹拌器４００は、回転と偏心旋回による混合をおこなうが、振動や転回などの他の混合手法も使用してよい。

（サンプル調製手順）
サンプル調製を開始するために、ピペットユニット４５６は、磁気オリゴ試薬であることが好ましい対象捕獲試薬を移動するために、多軸撹拌器４００に運搬される容器４４０から、ＭＴＵ１６０の各反応管１６２内へと移動させる。対象捕獲試薬は、対象検体に結合し、固定することができる支持材料を含む。支持材料は、磁気反応性粒子を備えることが好ましい。サンプル調製手順の最初に、右側ピペットアセンブリ４５０のピペットユニット４５６は、プローブ４５７がトレイ３７２のうち１つ中のピペットチップ上に動作可能に位置付けられる位置まで、横方向および縦方向に移動する。

チップトレイ３７２は、ピペットユニット４５６のピペットチップと管状プローブ４５７との適切な整合を達成するための正確な位置に置かれるよう、ピペットチップホイール３５０に運搬される。ピペットユニット４５６は、下方に移動して、管状プローブ４５７の遊離端をピペットチップの開放端に挿入し、ピペットチップを摩擦により係合する。ピペットユニット４５６に使用するのが好ましいＣａｖｒｏプロセッサは、Ｃａｖｒｏプロセッサ特有のカラー（図示せず）を含む。このカラーは、ピペットチップが、管状プローブ４５７の先端に摩擦により係合するときに、やや上向きに移動し、変位したカラーは、ピペットユニット４５６の電気スイッチを作動させ、ピペットチップの存在を検証する。チップの収集がうまく行かない場合は（トレイ３７２にチップが不足している、あるいは照準ミスなどによる）、チップ不足信号が生成され、ピペットユニット４５６は、別のチップ位置に移動してチップ係合を再試行する。

アッセイ・マネージャー・プログラムは、多軸撹拌器４００の回転を短時間停止させ、それによりピペットユニット４５６は、静止容器４４０のうち１つの上に、ピペットユニット４５６の管状プローブ４５７と付属するピペットチップが並ぶ位置に移動することができる。ピペットユニット４５６は、管状プローブ４５７に付属するピペットチップを容器４４０内まで下げ、希望の量の対象捕獲試薬をピペットチップに取り出す。次にピペットユニット４５６は、プローブ４５７を容器４４０の外に移動させ、多軸撹拌器４００は回転を再開し、ピペットユニット４５６は、開口部２５２およびサンプル移動ステーション２５５の上方位置に移動する。次に、ピペットユニット４５６は、開口部２５２を通してピペットチップおよび管状プローブ４５７移動させながら下降し、必要な量の対象捕獲（通常１００〜５００μｌ）を、ＭＴＵ１６０の反応管１６２のうち１つ以上に滴下する。対象捕獲試薬は、ピペットチップのみに取り込まれ、プローブ４５７自体には取り込まれないことが好ましい。さらに、ピペットチップは、ＭＴＵ１６０の５本の反応管１６２全てに対して十分な試薬を把持するのに十分な容積を有することが好ましい。

対象捕獲試薬の移動後、ピペットユニット４５６は、チップ廃棄管３４２上方の「チップ廃棄」位置に移動し、使い捨てピペットチップは、ピペットユニット４５６の管状プローブ４５７先端から押し出され、または排出され、管３４２を通って固形廃棄物容器へと落下する。光センサー（図示せず）は、管３４２の近接に配置され、チップが廃棄される前に、サンプルピペットアセンブリ４５０が、ピペットユニット４５６をセンサーの検知位置に移動させる。センサーは、チップが管状プローブ４５７の先端と係合しているかどうかを検出して、ピペットユニット４５６の管状プローブ４５７にチップが把持された状態であることを検証し、それによりサンプル調製の間中、チップが管状プローブ４５７上にあることを確認する。好ましいセンサーは、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州カロルトン）から市販されている、型番ＯＰＢ９００Ｗのワイドギャップ・スロット付き光センサーである。

ピペットチップは、ピペットユニット４５６の管状プローブ４５７上のカラー（図示せず）により排出されることが好ましい。カラーは、管状プローブ４５７の上昇時に、ハードストップを係合するため、プローブ４５７が上昇を続ける際に、カラーがピペットチップの上端を固定および係合したままとなり、管状プローブ４５７から押し出す結果となる。

対象捕獲をピペットで取り、ピペットチップを廃棄したあと、ピペットユニット４５６のプローブ４５７は、チップ洗浄ステーション水盤３４６で管状プローブ４５７を通して、蒸留水の流水で洗浄することができる。チップ洗浄水は収集され、下方の廃液容器へと流出する。

試薬滴下手順に続き、右側ピペットアセンブリ４５０のピペットユニット４５６は、ピペットユニット４５６の管状プローブ４５７が、チップトレイ３７２のうち１つの新しいピペットチップ上に中心を置く位置まで、横方向および縦方向に移動する。チップ係合に成功したあと、ピペットユニット４５６は、移動してサンプルリング２５０上のサンプル調製開口部２５２近接に戻り、カバープレート１３８の開口部１４０および１４２のうち１つと並ぶサンプル管３２０から試験サンプル（約２５〜９００μｌ）を取り出す。両開口部１４０および１４２は、プレート１３８上にこぼれたあらゆる流体が、開口部１４０および１４２内に流入するのを防ぐよう、上向きに延びる周辺フランジを含むことに注意されたい。ピペットユニット４５６は、次にサンプル移動ステーション２５５のＭＴＵ１６０上を移動し、開口部２５２と通して下方に移動し、試験サンプルを対象捕獲試薬を含むＭＴＵ１６０の反応管１６２のうち１本に滴下する。ピペットユニット４５６は、次にチップ廃棄管３４２上方の「チップ廃棄」位置に移動し、使い捨てピペットチップが、管３４２内に排出される。ピペットユニット４５６は、次にピペットチップホイール３５０から新しい使い捨てピペットチップを収集し、サンプルリング２５０は、新しいサンプル管がピペットユニット４５６により到達可能となるよう指示し、ユニット４５６は、サンプル管に移動してサンプル流体を使い捨てピペットチップへと取り出し、ピペットユニット４５６は、次にサンプル移動ステーション２５５の上方位置に移動し、対象捕獲試薬を含む異なる反応管１６２にサンプル流体を滴下する。この過程は、５本の反応管１６２全てが流体サンプルおよび対象捕獲試薬の組み合わせを含むまで、繰り返されることが好ましい。

あるいは、アッセイプロトコルあるいは分析器５０により実行されるプロトコルにより、ピペットユニット４５６は、反応管１６２のうち２つ以上に、同じ試験サンプル材料を滴下してよく、分析器は、各部分サンプルに同様のあるいは異なるアッセイを実施することができる。

ピペットユニット４８０および４８２に関して上に述べたように、ピペットユニット４５６は、容量レベル検知能力も備える。管状プローブ４５７の先端で使用されるピペットチップは、導電性材料で作られていることが好ましく、それにより、チップが管状プローブ４５７先端に運搬されるときでも、ピペットユニット４５６による容量レベル検知が実施可能となる。ピペットユニットが試験サンプル滴下手順を完了すると、ピペットユニット４５６は、容量の変化により流体レベルの最高位が検出されるまで、管状プローブ４５７を下方に移動して反応管１６２へと戻す。反応管１６２に適切な量の流体材料が含まれるかどうかを判断するために、管状プローブ４５７の垂直位置に注意する。試験サンプルの凝固により、反応管１６２に十分な材料が含まれない場合があるが、これは管状プローブ４５７先端のチップを凝固させ、チップへの試験サンプル材料の適切な吸引を妨げ、および／またはチップからの試験サンプルの適切な滴下を妨げる可能性がある。

サンプルの移動後、ピペットチップは、上述のように、チップ廃棄管３４２内に廃棄される。再び、ユニットのピペットの管状プローブ４５７を、希望に応じて蒸留水で洗浄することができるが、操作の好ましい方法では、サンプル材料は使い捨てピペットチップとしか接触しないため、プローブの洗浄は通常必要ではない。

アッセイ・マネージャー・プログラムは、ピペットユニット４５６、４８０、および４８２の動作を制御するピペットユニット制御論理を含む。また、これは試験サンプルを取り出すために、ピペットユニット４５６が管状プローブ４５７をサンプル管３２０上に位置付けるとき、あるいはサンプル管３２０がサンプルカバーのプレート１３８の下方にあるとき以外、ピペットユニット４５６に、決してサンプルリング２５０のサンプル管３２０上を通過しないように移動させることが好ましい。この方法で、二次汚染を引き起こす可能性もある、ピペットユニット４５０の管状プローブ４５７からの別のサンプル管への流体の滴の混入を回避する。

サンプル調製に続き、ＭＴＵ１６０は、右側移送機構５００により、サンプル移動ステーションから右側回転撹拌器５５０へと移動され、サンプル／試薬混合物が混合される。回転撹拌器５５０および５５２については、さらに詳細を後述する。

ＭＴＵ１６０が、右側移送機構５００によりサンプル移動ステーションから取り出されたあと、投入準備室１５０内の反応容器シャトルアセンブリは、次のＭＴＵを右側移送機構５００による回収位置へと前進させ、右側移送機構５００は、次のＭＴＵをサンプル移動ステーションへと移動させる。この次のＭＴＵに対し、サンプル調製手順が繰り返される。

（移送機構）
ここで右側および左側移送機構５００および５０２の詳細を説明する。図１３〜１６を参照すると、右側移送機構５００（左側移送機構５０２と同様に）は、図解される実施例では、プレート５１２上のスロット５１０の半径方向におよび摺動自在に変位可能なフック取り付け構造５０８から延びる、延長可能な分配フック５０６を含む、操作フック部材を有する。プレート５１２最上部のハウジング５０４は、ＭＴＵ１６０の上部を収納するよう構成される開口部５０５を有する。プレート５１２に取り付けられるステッピングモーター５１４は、ねじ式シャフト５１６を回転させるが、これは親ねじ機構と連携して、好ましいフック部材駆動アセンブリのモーター５１４およびねじ式シャフト５１６構成要素である、分配フック５０６を図１３および１５に示す伸展位置から、図１４に示す収縮位置へと移動させる。ステッピングモーター５１４は、改造したＨＩＳシリーズ４６０００であることが好ましい。ＨＩＳステッピングモーターは、Ｈａｙｄｏｎ Ｓｗｉｔｃｈ
ａｎｄ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ，Ｉｎｃ．（コネチカット州ウォーターベリー）から市販されている。ＨＩＳモーターは、ねじ式シャフト５１６の一端からねじ山を切削して改造し、シャフト５１６がフック取り付け構造５０８を収納できるようにする。

ハウジング５０４、モーター５１４、およびプレート５１２は、一致シュラウド５０７に覆われることが好ましい。

図１６に示すように、ステッピングモーター５１８は、ベルト５１９を介して、プーリ５２０を回転させる。（オリエンタルモーター株式会社（日本、東京）から市販されている、型番ＰＫ２６４−０１ＡのＶＥＸＴＡステッピングモーター、およびＳＤＰ／ＳＩ（ニューヨーク州ニューハイドパーク）から市販されている、型番Ａ６Ｒ５１Ｍ２０００６０のＳＤＰタイミングベルトが好ましい。）プーリ５２０は、周囲に配置される１６２の軸方向溝を有する特注のプーリであることが好ましい。独特に成形された取り付けブロック５２３を用いて、プレート５１２に固定して取り付けられたメインシャフト５２２は、ベース５２４を通して下向きに延び、プーリ５２０に固定される。ベース５２４は、ベース５２４の外周辺に形成される開口５２５を通して延びる機械的留め具を用いて、基準プレート８２に取り付けられる。フレックス回路５２６は、フック取り付け構造５０８およびモーター５１４に電力と制御信号を提供し、同時にプレート５１２（およびプレートに運搬される構成要素）を十分に枢動させ、ベース５２４に対して３４０°回転させる。移送機構５００および５０２アセンブリは、ユニットの移動回転経路のいずれかの端にハードストップ（図示せず）を含むことが好ましい。

アーム位置エンコーダ５３１は、メインシャフト５２２の一端に取り付けられる。アーム位置エンコーダは、アブソリュートエンコーダであることが好ましい。ワシントン州シアトルのＵ．Ｓ．Ｄｉｇｉｔａｌによる、型番Ａ２−Ｓ−Ｋ−３１５−ＨのＡ２シリーズエンコーダが好ましい。

アッセイ・マネージャー・プログラムは、モーター５１８および５１４、およびフック取り付け構造５０８に制御信号を供給し、分配フック５０６に、ＭＴＵ１６０のＭＴＵ操作構造１６６を係合するよう命令を出す。フック５０６が係合された状態で、モーター５１４に電力を与えてシャフト５１６を回転させ、それによりフック５０６およびＭＴＵ１６０をハウジング５０４に引き戻すことができる。スロット５１０近接にプレート５１２の対向する端部５１１を有する、ＭＴＵ１６０の接続リブ構造１６４によるスライド係合により、ＭＴＵ１６０は移送機構５００および５０２にしっかりと把持される。プレート５１２は、それにより、回転軸を中心に回転可能で（シャフト５２２の軸など）、また反応容器（ＭＴＵ１６０など）を収納および運搬するよう構成および配置される、好ましい容器運搬アセンブリの要素を構成する。モーター５１８は、ベルト５１９を介してプーリ５２０およびシャフト５２２を回転させ、それにより、ベース５２４に対しプレート５１２およびハウジング５０４を回転させることができる。このように、ハウジング５０４の回転は、係合されるＭＴＵの方向性を変化させ、それによりそのＭＴＵを、処理デスクの異なるステーションと並べる。

センサー５２８および５３２は、ハウジング５０４の反対側に備えられ、ハウジング５０４での分配フック５０６の位置を指摘する。センサー５２８は移動終端センサーであり、センサー５３２はホームセンサーである。センサー５２８および５３２は、Ｏｐｔｅｋ
Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州カロルトン）から市販されている、型番ＯＰＢ９８０Ｔ１１のスロット付き光センサーであることが好ましい。ホームセンサー５３２に対しては、フック５０６が完全収縮位置にあるとき、センサービームが、フック取り付け構造５０８から延びるホームフラッグ５３６により遮断される。

ハウジング５０４の側面に取り付けられるＭＴＵ存在センサー５３０は、ハウジング５０４におけるＭＴＵ１６０の存在を検知する。センサー５３０は、ＳＵＮＸ／Ｒａｍｃｏ
Ｅｌｅｃｔｒｉｃ，Ｉｎｃ．（アイオワ州ウェストデモイン）から市販されている、ＳＵＮＸ赤外線センサーであることが好ましい。

（温度勾配ステーション）
１つ以上温度勾配ステーション７００は、治具プレート１３０およびサンプルリング２５０下方に配置されることが好ましい（図では、サンプルリング２５０下方に配置される温度勾配ステーションは示されない）。回転撹拌器５５０内のＭＴＵ１６０の内容物を混合したあと、右側移送機構５００は、アッセイプロトコルにより、ＭＴＵ１６０を右側回転撹拌器５５０から温度勾配ステーション７００に移動してよい。

各勾配ステーション７００の目的は、ＭＴＵ１６０およびその内容物の温度を、希望に応じ上下に調整することである。ＭＴＵおよびその内容物は、インキュベータでの大きな温度変動を避けるために、ＭＴＵをインキュベータに挿入する前に、インキュベータの温度に近い温度に調整してよい。

図１７〜１８に示すように、温度勾配ステーション７００は、ＭＴＵ１６０を挿入することができるハウジング７０２を含む。ハウジング７０２は、勾配ステーション７００を基準プレート８２に取り付けるための、取り付けフランジ７１２および７１４を含む。ヒートシンク構造７０６を熱接触する熱電モジュール７０４（ペルティエ素子としても知られる）は、ハウジング７０２の、好ましくは底部７１０に取り付けられる。好ましい熱電モジュールは、Ｍｅｌｃｏｒ，Ｉｎｃ．（ニュージャージー州トレントン）から市販されている、型番ＣＰ１．４−１２７−０６Ｌのものであることが好ましい。図１７には１つの熱電モジュール７０４が示されるが、勾配ステーション７００は、かかる熱電モジュールを２つ含むことが好ましい。あるいは、ハウジング７０２の外面は、勾配ステーションを加熱するために、マイラー膜抵抗加熱箔材料（図示せず）で覆うことができる。適切なマイラー膜加熱箔は、Ｍｉｎｃｏ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｉｎｃ．（ミネソタ州ミネアポリス）から、またＨｅａｔｒｏｎ，Ｉｎｃ．（カンザス州レブンワース）から市販されているエッチング処理を施した箔である。上昇ステーション（加熱器など）の場合、抵抗加熱要素が使用されることが好ましく、低下ステーション（冷却器など）の場合、熱電モジュール７０４が使用されることが好ましい。ハウジング７０２は、断熱用被覆構造（図示せず）により覆われることが好ましい。

熱電モジュール７０４と併せて使用されるヒートシンク構造は、伸展する放熱フィン７０８を有するアルミニウムブロックを備えることが好ましい。

２つの熱センサー（図示せず）（２５℃で定格１０ＫΩのサーミスタが好ましい）は、温度を監視するために、ハウジング７０２上あるいは内の位置に備えられることが好ましい。ＹＳＩ，Ｉｎｃ．（オハイオ州イエロースプリングス）から市販されているＹＳＩ４４０３６シリーズのサーミスタが好ましい。ＹＳＩサーミスタは、その高い精度とＹＳＩサーミスタにより提供されるサーミスタ同士での±０．１℃の互換性により好ましい。熱センサーのうちの１つは一次的温度制御をおこなうためのものであって、勾配ステーション内の温度を制御するための組み込みコントローラに信号を送信し、他方の熱センサーは、一次的温度制御熱センサーの補助的確認として、勾配ステーションの温度を監視するためのものである。組み込みコントローラは、熱センサーを監視し、勾配ステーションの加熱箔あるいは熱電モジュールを制御し、勾配ステーション７００内の希望温度を略均一に維持する。

ＭＴＵ１６０は、ハウジング内に挿入し、ＭＴＵ１６０の接続リブ構造１６４を係合するＭＴＵ支持フランジ７１８上に支持することができる。切欠き７２０は、ハウジング７０２の横パネル前端に形成される。切欠き７２０は、移送機構５００あるいは５０２の分配フック５０６が、温度勾配ステーション７００の奥まで挿入されたＭＴＵ１６０のＭＴＵ操作構造１６６を、それに対する横方向の動作により、係合あるいは離脱するのを可能とする。

（回転式インキュベータ）
勾配ステーション７００における十分な温度上昇に続き、アッセイ手順の概説を続けると、右側移送機構５００は、勾配ステーション７００からＭＴＵを回収し、ＭＴＵ１６０をＴＣインキュベータ６００内に設置する。分析器５０の好ましい動作モードでは、ＴＣインキュベータ６００は、約６０℃でＭＴＵ１６０の内容物をインキュベートする。一部の試験では、アニールインキュベーション温度が±０．５℃を超えて変動せず、増幅インキュベーション（後述）温度が±０．１℃を超えて変動しないことが重要である。そのため、インキュベータは一貫した均一温度を提供するよう設計される。

回転式インキュベータ６００、６０２、６０４、および６０６の２つの実施例の構造と操作についての詳細をここで説明する。図１９〜２３Ｃを参照すると、各インキュベータは、基準プレート８２の絶縁用被覆６１２および絶縁カバー６１１内に適切に取り付けられた、略円筒型部分６１０を備えるハウジングを有する。

円筒型部分６１０は、ニッケルメッキを施した鋳造アルミニウムにより構成されることが好ましく、カバー６１１の金属部は、切削アルミニウムであることが好ましい。円筒型部分６１０は、３つ以上の樹脂「足」６０９の上で基準プレート８２に取り付けられることが好ましい。足６０９は、Ｇｅｎｅｒａｌ Ｅｌｅｃｔｒｉｃ Ｐｌａｓｔｉｃｓにより供給されるＵｌｔｅｍ（Ｒ）−１０００により形成されることが好ましい。この材料は低熱伝導性なので、足６０９はインキュベータを基準プレートから分離するよう機能する。絶縁材６１２およびカバー６１１の絶縁材は、Ｂｏｙｄ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（カリフォルニア州プレザントン）により供給される１／２インチ厚のポリエチレンから成ることが好ましい。

容器到達開口部６１４および６１６は、円筒型部分６１０に形成され、協調する容器到達開口部６１８および６２０は、被覆６１２に形成される。インキュベータ６００および６０２については、到達開口部のうち１つは、右側移送機構５００により到達可能なように位置付けられ、他方の到達開口部は、左側移送機構５０２により到達可能なように位置付けられる。インキュベータ６０４および６０６は、左側移送機構５０２によってのみ到達可能である必要があり、そのため１つの容器到達開口部のみを備える。

旋回ドア６２２および６２４を備える閉鎖機構は、開口部６１４および６１６内に回転自在に位置付けられる。各旋回ドア６２２および６２４は、個体円筒体を通って延びるＭＴＵスロット６２６を有する。ＭＴＵスロット６２６は、ＭＴＵ１６０の外形に厳密に一致するよう構成され、上部が下部よりも幅広くなっている。ドアローラ６２８および６３０は、各ドア６２２および６２４それぞれの最上部に取り付けられる。旋回ドア６２２および６２４は、アッセイ・マネージャー・プログラムからの命令により制御されるソレノイド（図示せず）により作動され、適切なタイミングでドア６２２および６２４を開閉する。ドア６２２および６２４は、そのＭＴＵスロット６２６がそれぞれの容器到達開口部６１４および６１６と並ぶよう、ドア６２２および６２４を回転させることにより開けられ、また、そのＭＴＵスロット６２６が、到達開口部６１４および６１６まで横に伸びるよう、ドア６２２および６２４を回転させることにより閉められる。円筒型部分６１０、カバー６１１、ドア６２２および６２４、およびフロアパネル（図示せず）は、インキュベーションチャンバを画定する囲いを構成する。

ドア６２２および６２４は、インキュベータへのＭＴＵの挿入あるいは回収のために開かれ、それ以外は、到達開口部６１４および６１６を通してのインキュベータの熱損失を最小限に抑えるために常時閉まっている。

中心に位置付けられたラジアルファン６３２は、内部ファンモーター（図示せず）によって駆動される。ｅｂｍ／Ｐａｐｓｔ（コネチカット州ファーミントン）から市販されている、２４ＶＤＣモーターを備える、定格３２ｃｆｍの、Ｐａｐｓｔ型番ＲＥＲ １００−２５／１４の遠心ファンは、その形状がインキュベータ内での使用に最適であるため好ましい。

次に図２２を参照すると、ＭＴＵ回転台アセンブリ６７１は、インキュベータ内の、半径方向に向き、円周的に配置された複数のＭＴＵ１６０を運搬する好ましい容器運搬装置である。ＭＴＵ回転台アセンブリ６７１は、ハウジングの円筒型部分６１０に支持される上プレート６４２により運搬されるが、上プレート６４２の周辺端部で支持される、ステッピングモーターであることが好ましい回転モーター６４０により作動されることが好ましい。回転モーター６４０は、オリエンタルモーター株式会社（日本、東京）から市販されている、型番ＰＫ２４６−０１ＡのＶＥＸＴＡステッピングモーターであることが好ましい。

ＭＴＵ回転台６７１は、上プレート６４２下方に配置され、上プレート６４２を通って延びるシャフト６４９を介して、プーリ６４４に連結されるハブ６４６を含む。プーリ６４４は、その周囲に配置される１６２の軸方向溝を有する特注のプーリであることが好ましく、モーター６４０がハブ６４６を回転させられるよう、ベルト６４３を通してモーター６４０に連結される。ベルト６４３は、ＳＤＰ／ＳＩ（ニューヨーク州ニューハイドパーク）から市販されているＧＴ（Ｒ）シリーズのタイミングベルトであることが好ましい。ハブ６４６は、均等に相隔たる複数の内部通気スロット６４５を有するが、これは任意により、半径方向に向き、円周的に配置される仕切り壁６４７により分割される。図では、仕切り壁６４７は３つのみ示されるが、仕切り壁がハブ６４６の全周辺に提供されてよいことは明らかである。好ましい実施例では、仕切り壁６４７は省略されている。支持ディスク６７０は、ハブ６４６に取り付けられ、上プレート６４２の下方に、略平行関係に配置される。半径方向に延び、円周的に配列される複数のＭＴＵ把持部材６７２は、支持ディスク６７０の底部に取り付けられる（明確にするため、３つのみのＭＴＵ把持部材６７２を示す）。ＭＴＵ把持部材６７２は、その反対側に沿って延びる支持隆線６７４を有する。半径方向に向くＭＴＵは、円周的に近接のＭＴＵ把持部材６７２により画定されるステーション６７６内のＭＴＵ回転台アセンブリ６７１に運搬され、支持隆線６７４は、ＭＴＵ回転台アセンブリ６７１により運搬される各ＭＴＵ１６０の接続リブ構造１６４を支持する。

ＭＴＵ回転台アセンブリは、駆動プーリ（図解される実施例では６４４）が取り付けられる回転台駆動シャフト上で回転する。回転台位置エンコーダは、回転台駆動シャフトの外部先端に取り付けられることが好ましい。回転台位置エンコーダは、スロット付きホイールと光スロット交換との組み合わせ（図示せず）を備えることが好ましい。スロット付きホイールは、共に回転するよう回転台アセンブリ６７１と連結することができ、また光スロット交換は、ハウジングの円筒型部分６１０あるいは上プレート６４２に静止するよう固定することができる。スロット付きホイール／スロット交換の組み合わせは、回転台アセンブリ６７１の回転位置を指摘するために採用することができ、「ホーム」ポジションを指摘することができる（例えば、ＭＴＵステーション６７６が＃１ステーションを指定される位置が、到達開口部６１４の正面である）。ワシントン州シアトルのＵ．Ｓ．Ｄｉｇｉｔａｌによる、型番Ａ２−Ｓ−Ｋ−３１５−ＨのＡ２シリーズエンコーダが好ましい。

熱源は、円筒型部分６１０およびカバー６１１を備えるインキュベータのハウジング内に画定されるインキュベーションチャンバと熱連通するよう提供される。好ましい実施例では、マイラー膜に包まれた電気抵抗加熱箔６６０がハウジング６１０を取り囲むが、これはカバー６１１にも取り付けられてよい。好ましいマイラー膜加熱箔は、Ｍｉｎｃｏ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｉｎｃ．（ミネソタ州ミネアポリス）から、またＨｅａｔｒｏｎ，Ｉｎｃ．（カンザス州レブンワース）から市販されているエッチング処理を施した箔である。代替となる熱源には、内部に取り付けられる抵抗加熱要素、熱電加熱チップ（Ｐｅｌｔｉｅｒｓ）、あるいは導管などによりハウジングに熱的に連結される遠隔発熱機構などが含まれる。

図１９および２２に示されるように、ピペットスロット６６２は、インキュベータカバー６１１を通って延び、放射状に配置されたピペット穴６６３は、上プレート６４２を通って延び、ピペットスロット６６４は、各ＭＴＵステーション６７６上の支持ディスク６７０に形成されることで、試薬をピペットで取ってインキュベータ内に配置されるＭＴＵに滴下することが可能となる。好ましい動作モードのための分析器５０の好ましい実施例では、ＡＭＰインキュベータ６０４とハイブリダイゼーション保護アッセイ・インキュベータＨＹＢインキュベータの２つのみのインキュベータが、ピペット穴６６３およびピペットスロット６６２および６６４を含むが、これは好ましい動作モードでは、これら２つのインキュベータでのみ、インキュベータ内にある間に流体がＭＴＵ１６０に滴下されるからである。

サーミスタ（２５℃時１０ＫΩ）であることが好ましい２つの温度センサー６６６は、上プレート６４２に位置付けられる。ＹＳＩ，Ｉｎｃ．（オハイオ州イエロースプリングス）から市販されているＹＳＩ４４０３６シリーズが好ましい。ＹＳＩサーミスタは、その高い精度とＹＳＩサーミスタにより提供されるサーミスタ同士での±０．１℃の互換性により好ましい。センサー６６６のうち１つは、一次的温度制御をおこなうためのものであって、インキュベータ内の温度を制御するための組み込みコントローラに信号を送信し、他方のセンサーは、一次的温度制御センサーの補助的確認として、インキュベータの温度を監視するためのものである。組み込みコントローラは、センサー６６６を監視し、加熱箔６６０およびファン６３２を制御し、インキュベータハウジング６１０内の希望温度を均一に維持する。

移送機構５００および５０２が、ＭＴＵ１６０をインキュベータ６００、６０２、６０４、または６０６内に装填する準備ができると、モーター６４０は、ハブ６４６を回転させて、空のＭＴＵステーション６７６を容器到達開口部６１４（あるいは６１６）と並べる。これがおこなわれると、ドア作動ソレノイドは、対応して旋回ドア６２２（あるいは６２４）を４分の１回転させ、ドアのＭＴＵスロット６２６をＭＴＵステーション６７６に並べる。到達開口部６１４は、ＭＴＵ１６０の設置あるいは除去を可能とするよう曝露される。次に移送機構５００あるいは５０２は、分配フック５０６を収縮位置から伸展位置と前進させ、ＭＴＵ１６０をハウジング５０４から、到達開口部６１４と通って、インキュベータ内のＭＴＵステーション６７６内へと押し出す。分配フック５０６が取り出されると、モーター６４０はハブ６４６を回転させ、すでに挿入したＭＴＵ１６０を到達開口部６１４から移動させ、旋回ドア６２２は再び閉じられる。この配置は、回転式インキュベータに挿入される、続くＭＴＵに対し繰り返される。装填された各ＭＴＵのインキュベーションは、そのＭＴＵがインキュベータの周囲を出口スロット６１８に向かって（反時計回りに）前進している間、継続される。

各ＭＴＵステーション６７６のＭＴＵセンサー（赤外線光反射式センサーが好ましい）は、ステーション内のＭＴＵ１６０の存在を検出する。Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州カロルトン）から市販されている、型番ＯＰＢ７７０ＴのＯｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．センサーが好ましいが、これは、これらのセンサーが、インキュベータの高温環境耐える能力を有し、またこれらのセンサーが、ＭＴＵ１６０のラベル貼付構造１７４のラベル貼付表面１７５に固定されるバーコードデータを読み取る能力を有するためである。さらに、各ドアアセンブリ（旋回ドア６２２および６２４）は、ドアの開閉位置を指摘するためのスロット付き光センサー（図示せず）を含むことが好ましい。Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州カロルトン）から市販されている、型番ＯＰＢ９８０Ｔ１１のセンサーは、それにより提供される比較的高い解像度が、ドア位置の正確な監視を可能とするため好ましい。傾斜ディスク直線撹拌器（ウォブラープレートとしても知られる）６３４は、ハウジング６１０内のＭＴＵ回転台アセンブリ６７１近接に提供され、容器撹拌機構として動作する。撹拌器６３４は、開口部６３５を通ってハウジング６１０内に延びるモーター６３６のシャフトに、傾斜して取り付けられるディスクを備える。モーターは、ＭＴＵ回転台アセンブリ６７１に使用されることが好ましいモーターと同様の、オリエンタルモーター株式会社（日本、東京）から市販されている、型番ＰＫ２６４−０１ＡのＶＥＸＴＡステッピングモーターであることが好ましい。粘性ハーモニックダンパー６３８をモーター６３６に取り付け、モーターを失速させる可能性がある、モーターの調和回転数を減少させることが好ましい。好ましいハーモニックダンパーは、オリエンタルモーター株式会社から市販されている、ＶＥＸＴＡハーモニックダンパーである。傾斜ディスク直線撹拌器６３４の操作については、以下に述べる。

ＡＭＰインキュベータ６０４とＨＹＢインキュベータ６０６の２つのみのインキュベータが、傾斜ディスク直線撹拌器６３４を備えるが、これは好ましい動作モードでは、これら２つのインキュベータでのみ、インキュベータ内にある間に流体がＭＴＵ１６０に滴下されるからである。従って、傾斜ディスク直線撹拌器６３４によって、ＡＭＰインキュベータ６０４およびＨＹＢインキュベータ６０６で、ＭＴＵ１６０の直線撹拌を提供することのみが必要となる。

直線撹拌器６３４による、インキュベータのＭＴＵ１６０の直線撹拌を達成するために、ＭＴＵ回転台アセンブリ６７１は、傾斜ディスク直線撹拌器６３４と並ぶようＭＴＵ１６０を移動し、傾斜ディスク直線撹拌器６３４の傾斜ディスクは、ＭＴＵ１６０のＭＴＵ操作構造１６６を係合する。モーター６３６は、傾斜ディスク直線撹拌器６３４の傾斜ディスクを回転させ、傾斜ディスク構造のＭＴＵ１６０に係合した部分は、ハウジング６１０の壁に対して半径方向内外に動き、それによりＭＴＵ操作構造１６６および遮蔽構造１６９の垂直部品１６７と交互に係合する。その結果、傾斜ディスク直線撹拌器６３４に係合したＭＴＵ１６０は、好ましくは高回転数で、半径方向内外に動かされ、ＭＴＵ１６０の内容物の直線撹拌を提供する。ＡＭＰインキュベータ６０４内でおこなわれる、好ましい動作モードの増幅インキュベーションステップでは、１０Ｈｚの撹拌回転数が好ましい。ＨＹＢインキュベータ６０６内でおこなわれる、好ましい動作モードのプローブインキュベーションステップでは、１４Ｈｚの撹拌回転数が好ましい。最後に、ＨＹＢインキュベータ６０６でおこなわれる、好ましい動作モードの選択インキュベーションステップでは、１３Ｈｚの撹拌回転数が好ましい。

隆起した弓状部１７１および１７２は、ＭＴＵ１６０の垂直部品１６７および遮蔽構造１６９それぞれの凸面の中間に提供され（図６０参照）、ＭＴＵ１６０と傾斜ディスク直線撹拌器６３４との摩擦を最小限に抑えるために、傾斜ディスク直線撹拌器６３４とＭＴＵ１６０との間の表面接触を最小限に抑えてよい。

好ましい実施例では、傾斜ディスク直線撹拌器６３４にセンサーが備えられ、傾斜ディスク直線撹拌器６３４が図２１に示される「ホーム」ポジションで回転を停止することを確実にし、それにより、ＭＴＵ回転台アセンブリ６７１が回転すると、ＭＴＵ操作構造１６６は傾斜ディスク直線撹拌器６３４と係合および離脱することができる。好ましい「ホーム」センサーは、傾斜ディスク直線撹拌器構造およびから横方向に延びるピンと、ピンが光スイッチビームを遮断したとき、傾斜ディスク直線撹拌器アセンブリの方向性を検証するスロット付き光スイッチである。

代替となるＭＴＵ回転台アセンブリおよび回転台駆動機構は、図２３Ａおよび２３Ｃに示される。図２３Ａに示されるように、代替のインキュベータは、一般的に、ニッケルメッキを施した鋳造アルミニウムから構成される円筒型部分１６１０、切削アルミニウム殻形成されることが好ましいカバー１６７６、カバー１６７６のための絶縁材１６７８、および円筒型部分１６１０を囲む絶縁用被覆１６５１を備えるハウジングアセンブリ１６５０を含む。前述のインキュベータの実施例と同様に、インキュベータは、ハーモニックダンパー６３８を有する直線撹拌器モーター６３６を含む直線撹拌器機構を備えてよい。閉鎖機構１６００（後述）は、閉鎖するため、あるいは容器到達開口部１６１４を通しての到達を可能とするために動作する。前述の実施例と同様に、インキュベータは、インキュベータの配置あるいは分析器５０内におけるその機能により、１つあるいは２つの到達開口部１６１４を含んでよい。

遠心ファン６３２は、ハウジング１６５０の底部に取り付けられ、モーター（図示せず）によって駆動される。ファンカバー１６５２は、ファンを覆って取り付けられ、ファン６３２によって生成される気流を可能とする十分な開口部を含む。回転台支持シャフト１６５４は、支持ディスク１６９４により分割される、下方シャフト１６９２および上方シャフト１６９０を含む。支持シャフト１６５４は、ファンカバー１６５２内に下向きに延びる下方シャフト１６９２により支えられ、ファンカバー内でベアリング（図示せず）によって回転自在に支持、固定される。

ＭＴＵ回転台１６５６は、中心部１６９６を有する上方ディスク１６５８を含む。支持ディスク１６９４の上面は、回転台１６５６の重量が下から支えられるよう、上方ディスク１６５８の中心部１６９６の底面に係合して取り付けられる。図２３Ｃに示されるように、半径方向に延びる、円周的に間隔のあいた複数のステーション仕切り１６６０は、上方ディスク１６５８の下に取り付けられる。下方ディスク１６６２は、環状内部１６８８から広がる複数の放射状フランジ１６８２を含む。放射状フランジ１６８２は、回転台ステーション仕切り１６６０に数と間隔が対応し、下方ディスク１６６２は、各フランジ１６８２が関連する仕切り１６６０のうち１つに固定された状態で、回転台ステーション仕切り１６６０の底面に固定される。

放射状フランジ１６８２は、フランジ１６８２の隣り合う対の間に複数の放射状スロット１６８０を画定する。図２３Ｃから明らかなように、各フランジ１６８２の内端１６８６における円周方向幅は、フランジ１６８２の外端１６８４における円周方向幅より小さい。フランジ１６８２の先細形状は、スロット１６８０の対向する側面を確実に互いに略平行とする。

下方ディスク１６６２が回転台ステーション仕切り１６６０の下に取り付けられる場合、フランジのそれぞれの全長の少なくとも一部に沿っての幅は、それぞれの仕切り１６６０の幅よりも大きく、これもその外端から内端に向かって先細となってよい。フランジ１６８４は、仕切り１６６０の隣り合う対の側面に沿って側面棚を画定し、仕切り１６６０の隣り合う対の間に画定された各ＭＴＵステーション１６６３に挿入されるＭＴＵ１６０の接続リブ構造１６４を支持する。

プーリ１６６４は、上方ディスク１６５８の中心部１６９６上部に固定され、モーター１６７２は、ハウジング１６５０の直径に渡り、対向する先端がハウジングの円筒型部分１６１０に固定される取り付けブラケット１６７０に備えられる。モーターは、Ｖｅｘｔａ ＰＫ２６４−０１Ａステッピングモーターであることが好ましく、これは、Ｇａｔｅｓ Ｒｕｂｂｅｒ Ｃｏｍｐａｎｙにより供給されるものであることが好ましいベルト１６６６によってプーリ（モーターに対して９：１の比率を有する）に連結される。位置エンコーダ１６７４は、取り付けブラケット１６７２の中心上部に固定され、回転台支持シャフト１６５４の上方シャフト１６９０に連結される。エンコーダ１６７４（Ｕ．Ｓ．Ｄｉｇｉｔａｌ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（ワシントン州バンクーバー）による、Ａ２シリーズのアブソリュートエンコーダが好ましい）は、回転台１６５６の回転位置を指摘する。

インキュベータカバーは、切削アルミニウムから形成されることが好ましいインキュベータプレート１６７６と一致カバー絶縁要素１６７８とにより画定される。カバープレート１６７６および絶縁要素１６７８は、エンコーダ１６７４およびモーター１６７２を収容するのに適当な開口部を含み、また上記の実施例に関連して説明したように、インキュベータ内で運搬される流体を滴下するために形成される放射状スロットも含んでよい。

代替の好ましい閉鎖機構１６００は、図２３Ｂに示される。インキュベータハウジングの円筒型部分１６１０は、円筒型部分１６１０から到達開口部１６１４の対向する側面に沿って一体的に延びる外向きに突出した壁部１６１６および１６１８を有する、少なくとも１つの容器到達開口部１６１４を含む。

回転ドア１６２０は、ハウジングの円筒型部分１６１０の到達開口部１６１４上部に取り付けられたドア取り付けブラケット１６３６を用いて、到達開口部１６１４に対して動作可能に取り付けられる。ドア１６２０は、弓状閉鎖パネル１６２２、および弓状閉鎖パネル１６２２が突出壁部１６１６および１６１８と協調して到達開口部１６１４を閉鎖する第一の部分と、到達開口部１６１４を通しての容器の動作を可能とするために到達開口部１６１４に対して外向きに回転させられた第二の部分との間のドア取り付け到達開口部１６１４の取り付け柱（図示せず）を収納するための穴１６３４を有する横に延びるヒンジプレート部１６２８を含む。アーチ状パネル１６２２の内部弓状面は、ドア取り付けブラケット１６３６の弓状面１６３８および容器到達開口部１６１４下方に配置される弓状面１６１９に一致し、面１６３８および１６１９に対してアーチ状パネル１６２２の動作を可能にしながら、それぞれの面の間に最小の隙間を提供することにより、そこからの熱損失を最小限に抑える。

ドア１６２０は、ハウジングの円筒型部分１６１０の容器到達開口部１６１４下部に固定されるモーター取り付けブラケット１６４０を用いて、インキュベータハウジングに取り付けられたモーター１６４２によって作動される。モーターシャフト１６４４は、回転ドア１６２０の下方作動プレート１６２６に連結され、それによりシャフト１６４４の回転が伝達されて、回転ドア１６２０の回転となる。モーター１６４２は、Ｈａｙｄｏｎ Ｓｗｉｔｃｈ ａｎｄ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ，Ｉｎｃ．（コネチカット州ウォーターベリー）から市販されている、ＨＩＳ７．５°／ステップモーターであることが好ましい。このＨＩＳモーター選定の理由は、比較的低コストであり、閉鎖アセンブリ１６００が高トルクの頑強なモーターを必要としないためである。

ドア部センサー１６４６および１６４８（スロット付き光センサーであることが好ましい）は、ドア取り付けブラケット１６３６の対向する側面に動作可能に取り付けられる。センサー１６４６および１６４８は、ドア１６２０のヒンジプレート１６２８上のセンサータブ１６３２および１６３０と協調して、回転ドア１６２０の相対位置を指摘し、また例えばドアの開閉状態を指摘するよう構成することができる。

ドアカバー要素１６１２は、ドア取り付けブラケット１６３６および回転ドア１６２０の一部を覆うよう、ハウジングの円筒型部分１６１０外側に固定される。カバー要素１６１２は、インキュベータハウジングの到達開口部１６１４と並んだ到達開口部１６１３を含み、到達開口部１６１３の下端から横方向に延びる容器ブリッジ１６１５をさらに含む。容器ブリッジ１６１５は、インキュベータへの容器（ＭＴＵ１６０など）の挿入および取り出しを容易にする。

ＴＣインキュベータ６００内にある間、ＭＴＵ１６０および試験サンプルは、捕獲プローブと対象核酸とのハイブリダイゼーションを可能とするのに十分な時間、温度約６０℃±０．５℃で保持されることが望ましい。この条件下で、捕獲プローブは、磁性粒子に直接固定化ポリヌクレオチドとハイブリダイズしないことが好ましい。

ＴＣインキュベータ６００における対象捕獲インキュベーションに続き、ＭＴＵ１６０は、インキュベータ回転台により、右側あるいは第１分配ドアとしても知られる入口ドア６２２まで回転させられる。ＭＴＵ１６０は、ＴＣインキュベータ６００内のそのＭＴＵステーション６７６から回収され、右側移送機構５００により、サンプルリング２５０下方の温度低下ステーション（図示せず）に移動される。低下ステーションにおいて、ＭＴＵの温度は、次のインキュベータのレベルにまで下げられる。ＡＴインキュベータ６０２に先行する低下ステーションは、理論的には冷却器とは対照的な加熱器であるが、これはＭＴＵが下げられる温度である約４０℃は、まだ周囲分析器温度の約３０℃よりも高いからである。従って、低下ステーションは、熱電モジュールとは対照的な抵抗加熱要素を使用することが好ましい。

ＭＴＵ１６０は、右側移動機構５００により、低下ステーションから、ＡＴインキュベータ６０２へと移動される。ＡＴインキュベータ６０２の設計と動作は、ＡＴインキュベータ６０２が４０±１．０℃でインキュベートする点を除き、上述のＴＣインキュベータ６００と類似している。

ＡＴインキュベータ６０２では、ハイブリダイゼーション条件は、固定化ポリヌクレオチドのポリチミジン（「ｐｏｌｙ（ｄＴ）」）テールが、捕獲プローブのポリアデニン（「ｐｏｌｙ（ｄＡ）」）テールとハイブリダイズすることを可能とするものである。ＴＣインキュベータ６００で、対象核酸が捕獲プローブとハイブリダイズすると、ＡＴインキュベータ６０２では、捕獲プローブである固定化ポリヌクレオチドと対象核酸との間でハイブリダイゼーション複合体が形成され、それにより対象核酸を固定化する。

活性温度結合インキュベーション中、ＡＴインキュベータ６０２の回転台アセンブリ１６５６（または６７１）は、ＭＴＵを、第２あるいは左側分配ドアとしても知られる出口ドア６２４まで回転させるが、ここから左側移送機構５０２によってＭＴＵ１６０を取り除くことができる。左側移送機構５０２は、ＭＴＵ１６０をＡＴインキュベータ６０２から取り除き、利用可能な磁性分離ステーション８００に設置する。

温度勾配ステーション７００は、化学デスク２００を通して多数のＭＴＵを処理する際にボトルネックとなる可能性がある。温度感度があまり問題でないインキュベータのうち１つ以上において、十分に利用されていないＭＴＵステーション６７６を使用することが可能であってよい。例えば、ＡＴインキュベータ６０２内で、約４０℃でおこなわれる活性温度結合過程は、他のインキュベータほど温度感受性でなく、１５個までのインキュベータの３０個までのＭＴＵステーション６７６は、いかなる既定の時間にも、未使用であってよい。現在検討されるように、化学デスクは、約８つのみの上昇ステーションまたは加熱器を有する。従って、ＡＴインキュベータ６０２の未使用のスロット内では、上昇ステーション７００内と比較して、かなり多くのＭＴＵを予熱することができる。さらに、加熱器ではなく未使用のインキュベータスロットを使用することで、加熱器の一部あるいは全てを削除することが可能となり、化学デスク上の空間を開放することになる。

（磁性分離ステーション）
図２４〜２５を参照すると、各磁性分離ステーション８００は、上部８０１および下部８０３を有するモジュールハウジング８０２を含む。取り付けフランジ８０５および８０６は、適切な機械的留め具によって、磁性分離ステーションを基準プレート８２に取り付けるための下部８０３から延びる。ロケータピン８０７および８１１は、ハウジング８０２の下部８０３の底部から延びる。ピン８０７および８１１は、基準プレート８２に形成される開口（図示せず）と合い、ハウジング８０２が留め具により固定される前に、基準プレート８２上の磁性分離ステーションを位置付ける援助をする。

装填スロット８０４は、下部８０３の前壁を通って延び、移送機構（５０２など）が、磁性分離ステーション８００へのＭＴＵ１６０の設置およびＭＴＵ１６０の取り外しを可能とする。先細スロット伸張部８２１は、装填スロット８０４の一部を囲み、スロット８０４へのＭＴＵ挿入を容易にする。仕切り８０８は、上部８０１を下部８０３から分離させる。

枢動磁石動作構造８１０は、ポイント８１２を中心に枢動可能となるよう、下部８０３内部に取り付けられる。磁石動作構造８１０は、磁石動作構造８１０に形成されるＭＴＵスロット８１５のいずれかの側面に位置付けられる永久磁石８１４を運搬する。１つがＭＴＵ１６０のそれぞれ個々の反応管１６２に対応するよう、５つの磁石が、磁石動作構造８１０のいずれかの側面に整列配置で把持されることが好ましい。磁石は、最低グレード−３５であり、幅０．５インチ、高さ０．３インチ、奥行き０．３インチの好ましい寸法を有するネオジム鉄ホウ素（ＮｄＦｅＢ）から作られることが好ましい。８１６で大まかに表される電気式アクチュエータは、磁石動作構造８１０を上下に枢動し、それにより磁石８１４を動かす。図２５に示すように、アクチュエータ８１６は、磁石動作構造８１０に連結する打込みねじ機構を回転させ、磁石動作構造８１０を選択的に上昇、下降させる回転ステッピングモーター８１９を備えることが好ましい。モーター８１９は、Ｈａｙｄｏｎ Ｓｗｉｔｃｈ ａｎｄ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ，Ｉｎｃ．（コネチカット州ウォーターベリー）から市販されている、型番２６８４１−０５のＨＩＳリニアステッピングアクチュエータであることが好ましい。

光スロット付きセンサーであることが好ましいセンサー８１８は、ハウジングの下部８０３内部に位置付けられ、磁石動作構造８１０の下方または「ホーム」ポジションを指示する。センサー８１８は、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州カロルトン）から市販されている、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．型番ＯＰＢ９８０Ｔ１１であることが好ましい。同様にＯｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．型番ＯＰＢ９８０Ｔ１１の光スロット付きセンサーであることが好ましい別のセンサー８１７は、磁石動作構造８１０の上方または係合ポジションを指摘するために提供されることが望ましい。

ＭＴＵ運搬装置８２０は、磁性分離ステーション８００内に配置されるＭＴＵ１６０を動作可能に支持するよう、装填スロット８０４の近接の仕切り８０８の下方に配置される。図２６を参照すると、ＭＴＵ運搬装置８２０は、ＭＴＵ１６０の上端を収納するためのスロット８２２を有する。下方分岐プレート８２４は、運搬装置８２０の底部に付着し、ＭＴＵ１６０が運搬装置８２０内に摺動されたとき（図２７および２８参照）、その接続リブ構造１６４の底面を支持する。スプリングクリップ８２６は、運搬装置８２０に取り付けられるが、その対向する突起物８３１および８３３はスロット８２２内に延び、ＭＴＵを運搬装置８２０内に解放可能なように把持する。

回転撹拌器アセンブリ８２８は、ＭＴＵ運搬装置８２０に把持されるＭＴＵの内容物を回転的に混合するために運搬装置８２０に連結される。回転撹拌器アセンブリ８２８は、取り付けプレート８３２に取り付けられるステッピングモーター８３０、偏心ピン８３６を有する駆動プーリ８３４、偏心ピン８４０を有するアイドラプーリ８３８、および駆動プーリ８３４をアイドラプーリ８３８と接続させるベルト８３５を含む。ステッピングモーター８３０は、オリエンタルモーター株式会社（日本、東京）から市販されている、型番ＰＫ２４５−０２ＡのＶＥＸＴＡであることが好ましく、またベルト８３５は、ＳＤＰ／ＳＩ（ニューヨーク州ニューハイドパーク）から市販されている、型番Ａ ６Ｇ１６−１７００１２のタイミングベルトであることが好ましい。図２５および２６に示すように、偏心ピン８３６は、ＭＴＵ運搬装置８２０に縦方向に形成されるスロット８４２内に嵌着する。偏心ピン８４０は、ＭＴＵ運搬装置８２０の反対端に形成される円形開口８４４内に嵌着する。モーター８３０が駆動プーリ８３４を回転させると、ベルト８３５を介してアイドラプーリ８３８も回転し、ＭＴＵ運搬装置８２０は、運搬装置８２０に形成される開口８４２および８４４それぞれと係合する偏心ピン８３６および８４０によって、水平回転経路上を移動される。アイドラプーリ８３８の回転シャフト８３９は、上方に延び、またそれを通って形成される横スロット８４１を有することが好ましい。光スロット付きセンサー８４３は、スロット８４１と同じ階層に配置され、シャフト８３９の回転時に、断続的にスロット８４１を通して方向付けられるセンサービームを介して、アイドラプーリ８３８の回転数を計測する。センサー８４３は、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州カロルトン）から市販されている、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．型番ＯＰＢ９８０Ｔ１１のセンサーであることが好ましい。

駆動プーリ８３４は、ロケータプレート８４６も含む。ロケータプレート８４６は、モーター取り付けプレート８３２から延びるセンサー取り付けブラケット８４５に取り付けられるスロット付き光センサー８４７および８４８を通過する。光センサー８４７および８４８は、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州カロルトン）から市販されている、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．型番ＯＰＢ９８０Ｔ１１のセンサーであることが好ましい。ロケータプレート８４６には、円周的に間隔をあけた複数の軸方向開口部が形成され、これらはセンサー８４７および８４８のうち１つあるいは双方と合い、回転撹拌器アセンブリ８２８の位置しいてはＭＴＵ運搬装置８２０の位置を指摘する。

図２４を参照すると、洗浄溶液供給管８５４は、接続金具８５６に接続され、モジュールハウジング８０２の上面を通って延びる。洗浄溶液供給管８５４は、接続金具８５６を介し、仕切り８０８を通って延び、洗浄溶液供給網を形成する。

図２７および２８に示すように、接続金具８５６から延びる洗浄溶液ディスペンサノズル８５８は、仕切り８０８内に配置される。各ノズルは、ＭＴＵ１６０のそれぞれの反応管１６２上方に、反応管１６２に対して横方向に偏心位置に設置される。各ノズルは、洗浄溶液を偏心位置から各反応管に方向付けるための、横方向に向けられた下部８５９を含む。横方向構成要素を有する方向に、流体を反応管１６２に滴下することにより、流体がそれぞれの反応管１６２の側面を流れ落ちるときの跳ねを抑えることができる。さらに、横方向に向けられた流体により、それぞれの反応管１６２の側面に付いた材料を洗い流すことができる。

図２４および２５に示すように、吸引管８６０は、管８６０が固定的に取り付けられる管ホルダー８６２を通って延び、仕切り８０８の開口部８６１を通って延びる。管ガイドヨーク８０９（図２６参照）は、仕切り８０８の側面、開口部８６１下方に機械的留め具により付着される。吸引管８６０に接続される吸引器ホース８６４は、分析器５０内の真空ポンプ１１６２（図５２参照）に延び、吸引された流体は、下方シャーシ１１００に運搬される流体廃棄容器内に取り除かれる。各吸引管８６０は、好ましい長さである１２インチ、内径０．０４１インチを有する。

管ホルダー８６２は、打込みねじ８６６に付着され、リフトモーター８６８により作動される。リフトモーター８６８は、オリエンタルモーター株式会社（日本、東京）から市販されている、型番ＰＫ２４５−０２ＡのＶＥＸＴＡであることが好ましく、打込みねじ８６６は、Ｋｅｒｋ Ｍｏｔｉｏｎ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｉｎｃ．（ニューハンプシャー州ホリス）から市販されているＺＢＸシリーズねじ山付き緩み防止親ねじであることが好ましい。管ホルダー８６２は、打込みねじ８６６のねじ込みスリーブ８６３に付着される。ロッド８６５およびスライドレール８６７は、管ホルダー８６２のガイドとして機能する。Ｚ軸センサー８２９および８２７（スロット付き光センサー）は、ねじ込みスリーブ８６３から延びるタブと協調して、吸引管８６０の上下のストローク位置を指摘する。Ｚ軸センサーは、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州カロルトン）から市販されている、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．型番ＯＰＢ９８０Ｔ１１のセンサーであることが好ましい。

ケーブルは、コネクタ８７０を介して、磁性分離ステーション８００に電力と制御信号を供給する。

ＭＴＵ１６０が挿入開口部８０４を通って磁性分離ステーション、ＭＴＵ運搬装置８２０へと挿入されるとき、磁石動作構造８１０は最初、センサー８１８に検証される下方位置（図２５のファントムに示される）にある。磁石動作構造８１０が下方位置にあるとき、磁石８１４の磁場は、ＭＴＵ１６０に含まれる磁気反応性粒子に対し実質的に影響がない。本文脈では、「実質的に影響がない」とは、磁石８１４の磁場の引力によって、懸濁液から磁気反応性粒子が引き出されないことを意味する。回転撹拌器アセンブリ８２８は、運搬装置８２０およびＭＴＵ１６０を横方向に動かすよう、ＭＴＵ運搬装置８２０を全軌道の一部だけ動かし、それによりＭＴＵ１６のチップ先端把持構造１７６に運搬される各チップ先端１７０は、図２８に示すように、各吸引管８６０と並ぶ。ＭＴＵ運搬装置８２０の位置は、ロケータプレート８４６およびセンサー８４７と８４８のうち１つによって検証することができる。あるいは、ステッピングモーター８３０を既知の数のステップ分動かして、ＭＴＵ運搬装置８２０を希望の位置に設置し、センサー８４７および８４８のうち１つを省くことも可能である。

管ホルダー８６２および吸引管８６０は、リフトモーター８６８および打込みねじ８６６によって下げられ、各吸引管８６０が、ＭＴＵ１６０上の関連の運搬構造１７６に把持されるチップ先端１７０を摩擦により係合する。

図２５Ａに示すように、各吸引管８６０の下端は、管８６０が、管の全長の大部分に沿った第一の部分８５１、第一の部分８５１よりも直径が小さい第二の部分８５３、および第二の部分８５３よりも直径が小さい第三の部分８５５を有する、先細のステップ構成により特徴付けられる。第三の部分８５５の直径は、管８６０の先端をチップ先端１７０の貫通穴１８０の広口部１８１に挿入できるようにし、第三の部分８５５の外面とチップ先端１７０の穴１８０の内壁に線を引く２本の環状隆線１８３（図５９参照）との間に摩擦締まりばめを形成するものである。環状段部８５７は、第二の部分８５３と第三の部分８５５との移行部に画定される。段部８５７は、管８６０がチップ先端１７０に挿入される程度を限定し、それにより後述のように、チップ先端が使用後に除去される。

チップ先端１７０は、少なくとも部分的に導電性であるため、吸引管８６０上のチップ先端１７０の存在は、コンデンサの２分の１としての吸引管８６０、およびコンデンサの残りの２分の１としての磁性分離ステーションを囲むハードウェアを備えるコンデンサの容量によって検証することができる。容量は、チップ先端１７０が吸引管８６０の先端と係合したときに変化する。

さらに、５つの光スロット付きセンサー（図示せず）を仕切り８０８上方に戦略的に位置付け、各吸引管８６０上のチップ先端１７０の存在を検証することが可能である。好ましい「チップ先端存在」センサーは、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州カロルトン）から市販されている、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．型番ＯＰＢ９３０Ｗ５１のセンサーである。吸引管８６０の先端上のチップ先端１７０は、関連のセンサーのビームを遮断し、チップ先端１７０の存在を検証する。チップ先端収集動作のあと、チップ先端存在センサーにより、５つの吸引管８６０全てに対してチップ先端係合が検証されない場合、ＭＴＵ１６０は中止されなければならない。中止されたＭＴＵは、磁性分離ステーションから回収されて失活準備室７５０に送られ、最終的に廃棄される。

チップ先端係合に成功したあと、回転撹拌器アセンブリ８２８は、ＭＴＵ運搬装置８２０を動かして、ロケータプレート８４６およびセンサー８４７と８４８のうち１つあるいは両方により検証される流体移動位置（図２７に示される）へと戻す。

磁石動作構造８１０は、図２４に示される上方位置に上昇させられ、それにより磁石８１４は、ＭＴＵ１６０近接の対向する側面に配置される。ＭＴＵの内容物が磁石８１４の磁場にさらされることにより、対象核酸に間接的に結合される磁気反応性粒子は、磁石８１４近接の個々の反応管１６２の側面に引き寄せられる。反応管１６２内の残留材料は、実質的に影響を受けていないはずであり、それにより対象核酸が単離される。磁石動作構造８１０を、アッセイプロトコルにより定められ、またアッセイ・マネージャー・プログラムによって制御される適当な滞留時間、上昇位置に維持することで、それぞれの反応管１６２の側面に磁性粒子を付着させる。

次に吸引管は、ＭＴＵ１６０の反応管１６２内へと下げられ、個々の反応管１６２の流体内容物を吸引し、同時に磁性粒子は、磁石８１４近接の反応管１６２の側面に付着し、反応管１６２内に残留する。吸引管８６０先端のチップ先端１７０は、吸引手順の間、反応管１６２の内容物が吸引管８６０の側面に接触しないことを確実にする。チップ先端１７０は、磁性分離ステーション８００で次のＭＴＵが処理される前に廃棄されるため、吸引管８６０による二次汚染の可能性は最小限に抑えられる。

導電性チップ先端１７０は、ＭＴＵの反応管１６２内の流体容量レベル検知のための既知の方法で使用できる。吸引管８６０および導電性チップ先端１７０は、コンデンサの半分を備え、パーティクル内を取り囲む導電性構造はコンデンサの第二の半分を備え、またコンデンサのこれら２つの半分の間の流体媒体は誘電体を構成する。誘電体の性質の変化による容量変化が、検知可能である。

吸引管８６０の容量性回路構成は、５本全ての吸引管８６０が、単一グループの容量検知機構として動作することができるよう配置することができる。グループ容量検知機構として、回路構成は、反応管１６２のうちいずれかの流体レベルが高い場合のみ判断し、反応管のうち１本の流体レベルが低い場合には判断できない。つまり、吸引管８６０および関連のチップ先端１７０のいずれかが反応管内の流体材料に接触したとき、誘電体の変化により、システムの容量が変化する。容量変化が起きる吸引管８６０のＺ位置が高すぎる場合、少なくとも１本の反応管の高い流体レベルが指摘され、従って吸引の失敗を示唆する。一方、容量変化が起きる吸引管のＺ位置が正しい場合、回路構成吸引管同士を区別することができず、従って、流体レベルが低いために、他の管の１つ以上が流体の上部とまだ接触していない場合、低い流体レベル検知されなくなる。

あるいは、吸引管容量性回路構成は、５本の吸引管８６０それぞれが個々の容量検知機構として動作するよう配置することもができる。

５つの個々の容量検知機構により、容量レベル検知回路構成は、反応管１６２のうち１つ以上の流体レベルが高いとき、反応管のうち１つ以上における流体吸引の失敗を検知することができる。個々の容量検知回路構成は、反応管１６２のうち１つ以上の流体レベルが低いとき、反応管のうち１つ以上への流体滴下の失敗を検知することができる。さらに、容量レベル検知回路構成を体積検証に利用して、各反応管１６２における体積が既定の範囲内にあるかどうか判断することができる。体積検証は、例えば予想流体レベルの１１０％など、予想流体レベルより上の位置で吸引管８６０の降下を停止して、どの反応管もそのような高いレベルを有さないことを確認し、次に例えば予想流体レベルの９０％など、予想流体レベルより下の位置で吸引管８６０の降下を停止して、各反応管が少なくともその高さの流体レベルを有することを確認することにより実施することができる。

吸引に続き、吸引管８６０は上昇させられ、磁石動作構造８１０は下降させられ、洗浄溶液の規定の体積が、洗浄溶液ディスペンサノズル８５８を通して、ＭＴＵ１６０の各反応管１６２内に滴下される。洗浄溶液ディスペンサノズル８５８の懸滴を防ぐために、短時間の滴下後の空気吸引が好ましい。

回転撹拌器アセンブリ８２８は、次にＭＴＵ運搬装置８２０を水平回転経路上で高い回転数で動かして、ＭＴＵ１６０の内容物を混合する。ＭＴＵの流体内容物の跳ねを回避し、また噴霧の形成を回避するため、水平面でＭＴＵを動作により混合あるいは撹拌することが好ましい。混合に続き、回転撹拌器アセンブリ８２８は、ＭＴＵ運搬装置８２０を流体移動位置で停止させる。

対象核酸をさらに精製するために、磁石動作構造８１０は再び上昇させられ、規定の滞留期間、上昇位置に維持される。磁性滞留後、係合されたチップ先端１７０を備える吸引管８６０は、ＭＴＵ１６０の反応管１６２の底部まで下げられ、上述の手順と基本的に同様の吸引手順で、試験サンプル流体および洗浄溶液を吸引する。

それぞれ滴下、混合、磁性滞留、吸引処置を備える洗浄サイクルは、アッセイプロトコルによって定められるように、追加で１回以上実施されてよい。核酸ベースの診断試験の専門家は、希望の対象捕獲手順のための、適当な磁性滞留時間、洗浄サイクルの回数、洗浄溶液などを判断することが可能である。

希望のスループットにより、磁性分離ステーションは数がさまざまであってよいが、分析器５０は５つの磁性分離ステーション８００を含むことが好ましく、それにより５つの異なるＭＴＵで、並行して磁性分離洗浄手順を実施することができる。

最終洗浄ステップのあと、磁石動作構造８１０は下方位置に動かされ、ＭＴＵ１６０は、左側移送機構５０２により磁性分離ステーションから取り除かれて、左側回転撹拌器５５２に設置される。

ＭＴＵ１６０が洗浄ステーションから取り除かれたあと、チップ先端１７０は、ハウジング８０２の下部８０３の底部に位置する除去プレート８７２によって、吸引管８６０から除去される。

除去プレート８７２は、好ましい実施例では５つである吸引管８６０の数に対応する数の整列する除去穴８７１を有する。図２９Ａから２９Ｄに示すように、各除去穴８７１は、第一の部分８７３、第一の部分８７３より小さい第二の部分８７５、および部分８７３と８７５を囲む斜角８７７を含む。除去プレート８７２がハウジング８０２の底部に置かれているため、各除去穴８７１の小さい部分８７５は、図２９Ａに示すように、関連する吸引管８６０のそれぞれと略並ぶ。吸引管８６０は、各吸引管８６０先端のチップ先端１７０が除去穴８７１を係合するように下げられる。小さい部分８７５は、チップ先端１７０の直径を収容するには小さすぎるため、斜角８７７は、図２９Ｂに示すように、チップ先端１７０および吸引管８６０を大きい部分８７３に向けて方向付ける。吸引管８６０は、好ましくはステンレススチールである、弾性的に柔軟な材料から作られ、それにより、吸引管８６０が降下を続ける際に、斜面部８７７は各吸引管８６０を横方向に偏向させる。除去穴８７１の小さい部分８７５は、吸引管８６０の直径を収容することができ、それによりチップ先端１７０の周縁１７７が除去穴８７１の下部を通過したあと、各吸引管８６０はそれ自体の弾性により、図２９Ｃに示すように、除去穴８７１の小さい部分８７５内にはめ込まれる。次に吸引管８６０は上昇させられ、各チップ先端１７０の周縁１７７は、除去穴８７１の小さい部分８７５の底部周辺端部を係合する。吸引管８６０がさらに上昇すると、チップ先端１７０は除去穴８７１によって吸引管８６０から引き抜かれる（図２９Ｄ参照）。除去されたチップ先端１７０は、シュートにより、チップ先端廃棄物箱１１３４などの固形廃棄物容器内へと方向付けられる。

吸引管８６０の容量は、全てのチップ先端１７０が除去され、廃棄されたことを検証するために試験される。除去ステップは、必要に応じて繰り返すことができる。

代替となる除去プレート８８２は、図３１Ａから３１Ｃに示される。除去プレート８８２は、好ましい実施例では５つである、吸引管８６０の数に対応する数の除去穴８８１を含む。各除去穴８８１は斜角の皿穴８８７に囲まれる貫通孔８８３を含む。対の突起物８８５は、貫通孔８８３下方の直径的に対向する位置から横方向に延びる。突起物８８５は、バネ鋼から作られ、先端にＶ字切り欠きを含むことが好ましい。

先端に配置されるチップ先端１７０を備える吸引管８６０が除去穴８８１に向けて下げられるとき、斜角部分８８７は、位置合せを誤った全ての管を確実に貫通孔８８３内に方向付ける。対向する突起物８８５の先端間の間隔は、チップ先端１７０の直径より小さく、それにより吸引管８６０およびチップ先端１７０が下げられ、チップ先端は突起物８８５を係合して、チップ先端１７０が突起物８８５間に押し進められると、突起物を下向きに偏向させる。吸引管８６０が上昇しているとき、突起物８８５の切欠き８８６は、チップ先端１７０の比較的軟性の材料を掴み、それによりチップ先端１７０の突起物８８５に対する上向きの相対運動を防止する。管が上昇を続けると、突起物８８５はチップ先端１７０を管８６０から引き抜く。続いて吸引管８６０が下げられ、後続の一連のチップ先端を除去すると、前回の除去から突起物の間に把持されるチップ先端は、次のチップ先端により突起物間を押し通され、５つの磁性分離ステーション８００略下方の下方シャーシ１１００に位置付けられる廃棄物箱１１３４（図５２参照）に向けて方向付けられる。

また別の代替の、現時点で好ましい除去プレート１４００を図３０Ａ〜３０Ｄに示す。除去プレート１４００は、それぞれが截頭円錐形部分１４０４を含む５つの除去キャビティ１４０２を含む。円錐形部分１４０４は、拡大した直線部分１４０８に接続する頸部１４０６に向かって先細になる。直線部分１４０８は頸部１４０６の中心に対して補正されるため、直線部分１４０８の片側は頸部１４０６の側と同一平面となり、直線部分１４０８の反対側は頸部１４０６の側から補正されて当該側の下が切り取られ、それによってレッジ１４１４を形成する。直線部分１４０８に続いて、レッジ１４１４の反対側にある除去キャビティ１４０２の側に傾斜部１４１０が設けられている。傾斜部１４１０は、底部開口部１４１２に向かって内側へ先細になる。

その端部にチップ先端１７０を持つ吸引管８６０は除去キャビティ１４０２に向かって移動され、円錐形部分１４０４はチップ先端１７０および管８６０を頸部１４０６に向かって方向付ける。吸引管８６０は降下し続け、チップ先端１７０の縁１７７が円錐形部分１４０４の底部を越えて頸部１４０６を通過する際に、チップ先端１７０は直線部分１４０８に入る。

吸引管８６０および除去キャビティ１４０２が適切で好ましいアライメントになっている場合、チップ先端１７０の縁１７７の一部は、チップ先端１７０が頸部１４０６を通って直線部分１４０８へ移動した際に、除去キャビティ１４０２のレッジ１４１４の下に配置されることになる。縁１７７の一部が確実にレッジ１４１４の真下に配置されるように、吸引管８６０がさらに降下して吸引管がレッジ１４１４の下のチップ先端１７０を横方向に方向付けるように促しながら、チップ先端１７０が下方傾斜部１４１０を係合する。

吸引管８６０の底部に形成された環状段部８５７（図２５Ａ参照）により、管８６０が除去キャビティ１４０２内へ下りた際に管８６０がさらにチップ先端１７０の貫通穴１８０へ押し入れられることは確実になくなる。続いて吸引管８６０は上昇し、レッジ１４１４は縁１７７を係止し、管８６０からチップ先端１７０を取り除く。取り除かれたチップ先端１７０は、底部開口部１４１２を介して下方シャーシ１１００内のウエストビン１１３４内へ落下する（図５２参照）。

上述した除去プレートのそれぞれを用いる場合、チップ先端除去要素の位置はすべて同じではない。例えば、除去プレート１４００の除去キャビティ１４０２のレッジ１４１４は、すべてのキャビティにわたって同じ高さにあるわけではない。３つのチップ先端除去要素が１つの高さにあり、２つのチップ先端除去要素が他３つの要素より上または下のわずかに異なる高さにあるのが好ましい。チップ先端除去要素を補正した結果、吸引管８６０の端部にあるチップ先端１７０の静止摩擦を、５つの管８６０すべてについて同時に克服または遮断する必要がなくなる。吸引管８６０が上昇を開始すると、まず１のセット（２つまたは３つ）の吸引管８６０についてチップ先端１７０の静止摩擦が遮断され、続いて吸引管８６０が上昇を続けると、残りの管８６０についてチップ先端１７０の静止摩擦が遮断される。５つすべての吸引管８６０についてチップ先端１７０の静止摩擦を同時に遮断しないことによって、管ホルダー８６２、打込みねじ８６６、ねじ込みスリーブ８６３、およびリフトモーター８６８にかかる負荷は、低レベルに保たれる。

（回転撹拌器）
図３２〜３４に示すように、左回転攪拌器５２２（および右回転攪拌器５５０）は、上述した磁性分離ステーション８００の下方ハウジングステーション８０３および回転攪拌器アセンブリ８２８と同じように構成され、同じように動作する。具体的には、回転攪拌器５５０（５５２）は、正面プレート５５１と、裏面プレート５５９と、回転攪拌器５５０（５５２）を基準プレート８２に取り付けるための取り付けフランジ５５５、５５６とを含む、ハウジング５５４を含む。挿入開口部５５７は、ハウジング５５４のフロントエッジ内に形成される。ＭＴＵ運搬装置５５８は、その底部に付着された分岐プレート５６０と、ＭＴＵを収容する運搬装置５５８の内部キャビティ内へ延びるクリップ５６２の対向する突起物とともに運搬装置５５８の後部に付着されたＭＴＵ留めクリップ５６２とを有する。回転攪拌器アセンブリ５６４は、モーター取り付けプレート５６７に取り付けられた駆動モーター５６６と、偏心ピン５７０を有する駆動輪５６８と、偏心ピン５７３を有する遊動輪５７２と、ベルト５７４とを含む。駆動モーター５６６は、好ましくはステッピングモーターであり、最も好ましくは、Ｏｒｉｅｎｔａｌ Ｍｏｔｏｒｓ Ｌｔｄ．（日本、東京）から市販されている、型番ＰＫ２４５‐０２ＡのＶＥＸＴＡである。ベルト５７４は、好ましくは、ＳＤＰ／ＳＩ（ニューヨーク州、ニューハイドパーク）から市販されている、型番Ａ６Ｇ１６‐１７００１２のタイミングベルトである。回転攪拌器アセンブリ５６４は、回転経路においてＭＴＵ運搬装置５５８を移動させてＭＴＵの内容物を攪拌するために、偏心ピン５７０、５７３を介してＭＴＵ運搬装置５５８と連結される。駆動輪５６８は、センサー取り付けブラケット５７９に付着されたセンサー５７８と連動して、ＭＴＵ１６０を回転撹拌器５５２（５５０）へ挿入し、ＭＴＵ１６０を当該回転攪拌器から取り出すためのＭＴＵ運搬装置５５８の適切な位置決めを検証する、ロケータプレート５７６を含む。センサー５７８は、好ましくは、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州、カロルトン）から市販されている、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．型番ＯＰＢ９８０Ｔ１１のセンサーである。

上プレート５８０は、ハウジング５５４の上に付着されている。左回転攪拌器５５２の上プレート５８０は、分注ノズル５８３を介してバルク流体容器から当該攪拌器内に位置するＭＴＵ１６０へ流体を滴下するための類似数の柔軟性滴下管（図示せず）が連結された、複数、好ましくは５つの管接続金具５８２を含む。上プレート５８０は、単一のＭＴＵ１６０を備える個々の反応管１６２の数と対応する数になるよう、複数、好ましくは５つのピペット開口部５８１も含む。

左回転攪拌器５５２内に固定保持されているＭＴＵ１６０を用いて、左ピペットアセンブリ４７０のピペットユニット４８０は、規定量の増幅試薬を試薬冷却ベイ９００内の容器からピペット開口部５８１を介してＭＴＵ１６０の各反応管１６２へ移す。増幅試薬は、適切な緩衝液中に、プライマー、プロモータープライマー、および／またはプロモーターオリゴヌクレオチド等の少なくとも１つの増幅オリゴヌクレオチドと、ヌクレオシド三リン酸と、マグネシウムイオン等の共同因子とを含有する。しかしながら、増幅試薬の特定の構成要素は、実施される増幅手順によって決まることになる。例えば、Ｋａｃｉａｎら、米国特許第５，３９９，４９１号を参照されたい。当業者には核酸検査のその他の増幅手順が既知であり、そのうちのいくつかについては上記「発明の背景」の節において確認したが、本発明の分析器５０において使用するように適合され得る。

次に、ＭＴＵの内容物を回転撹拌器５５２の回転攪拌器アセンブリ５６４によって混合し、対象核酸の増幅試薬に対する適切な曝露を確実なものとする。いかなる特別な増幅手順についても、当業者であれば、増幅試薬の適切な構成要素および量、ならびに混合の頻度と継続時間を判断することができるであろう。

増幅試薬をＭＴＵ１６０にピペットで添加した後、ピペットユニット４８０を処理デスク２００上のすすぎ槽（後述）に移動させ、プローブ４８１を介して蒸留水を流すことにより、ピペットユニット４８０を洗浄する。下方シャーシ１１００内のボトル１１４０から蒸留水をポンプで汲み上げ、下方シャーシ１１００内の液状廃棄物容器１１２８にパージ水を収集する。

ＭＴＵ１６０の内容物を混合した後、分注ノズル５８３を介してシリコンオイルの層を各反応管１６２に分注する。下方シャーシ１１００内のボトル１１６８からポンプで汲み上げたオイルの層は、ＭＴＵ１６０およびその内容物の事後操作およびインキュベーション中における、ＭＴＵ１６０の流体内容物の蒸発および跳ねを防止するのに役立つ。

（試薬冷却ベイ）
ここで、試薬冷却ベイ９００について説明する。

図３５〜３９を参照すると、試薬冷却ベイ９００は、円筒型ハウジング９０４の周囲に嵌着された、好ましくはアルミニウム製の絶縁被覆９０２を含む。カバー９０６は、好ましくはデルリン製であり、カバー９０６の適切な配向を確実にするため、ハウジング９０４内のスロット９０７内に嵌着するカバー９０６の登録タブ９０５とともにハウジング９０４の上にある。タブ９０５がスロット９０７内に載置されていることを検証するために、スロット９０７の近傍またはその中に光センサーを設けてもよい。あるいは、カバー配置を検証するために、ハウジング９０４の上方縁のエッジに光センサーアセンブリ９０９を固定してもよい。光センサーアセンブリ９０９は、カバー９０６上のセンサー引き外し構造（図示せず）と連携して、カバーが適所にあることを検証する。光センサーアセンブリ９０９は、好ましくは、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州、カロルトン）から市販されている、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．型番ＯＰＢ９８０Ｔ１１のスロット付き光センサーを含む。カバー９０６は、ピペット開口部９０８も含み、ピペットユニット４８０、４８２は当該開口部を介して冷却ベイ９００内の試薬容器に到達することができる。

ハウジング９０４は、フロアプレート９１０に付着され、フロアプレート９１０は、フロアプレート９１０の周辺部の周囲に間隔をあけて取り付けフランジ９１１内に形成された開口部を通って延びる、適切な機械留め具を用いて基準プレート８２に付着されている。フロアプレート９１０には、冷却ユニット９１２が、好ましくは２つ、付着されている。各冷却ユニット９１２は、冷却側を上にしてフロアプレート９１０の底面に付着された熱電モジュール９１４を備える。Ｍｅｌｃｏｒ，Ｉｎｃ．（ニュージャージー州、トレントン）から市販されている、型番ＣＰ１．４‐１２７‐０６Ｌの熱電モジュールは、望ましい冷却能力を提供するものである。複数の熱消散フィン９１５を含むヒートシンク９１６は、フロアプレート９１０の底面の、熱電モジュール９１４の真下に付着されているか、または、それと一体になっていてもよい。ファンユニット９１８は、ヒートシンク９１６から熱を排出するための位置に付着される。ファンユニット９１８は、好ましくは、Ｏｒｉｅｎｔａｌ Ｍｏｔｏｒｓ Ｌｔｄ．（日本、東京）から市販されている、型番ＭＤ８２５Ｂ‐２４のＯｒｉｘファンである。また、冷却ユニット９１２は、ベイ９００内に格納されている温度感受性試薬（例えば、酵素）の便益のためにハウジング９０４の内部を規定の温度まで冷却する。

冷却ベイ９００ハウジング９０４内に、その内部温度を監視および制御するための２つの温度センサー（１つの温度センサー９２０のみを示す）が配置される。温度センサーは、好ましくは、サーミスタ（２５℃において１０ＫＯｈｍ）であり、ＹＳＩ，Ｉｎｃ．（オハイオ州、イエロースプリングス）から市販されているＹＳＩ４４０３６シリーズのサーミスタが最も好ましい。ＹＳＩサーミスタは、それらの高精度およびＹＳＩサーミスタが１つのサーミスタと別のサーミスタの間で提供する±０．１℃の互換性により、好ましい。当該センサーの１つは主要温度制御センサーであり、もう１つは温度監視センサーである。主要制御センサーからの温度表示を基に、組み込みコントローラが熱電モジュール９１４への動力および／またはファンユニット９１８への動力を調整して冷却ベイ温度を制御する。温度監視センサーは、主要温度制御センサーの検証確認を提供する。

図３８に示すように、容器トレイ９２２は、特定の試薬瓶９２５を収納および把持するためのサイズおよび形状にしたボトル把持キャビティ９２４を持つ一体型回転盤構造である。容器トレイ９２２用の駆動システムは、モーター９２６と、モーター９２６のシャフト上の小型滑車９３１と、ベルト９２８と、滑車９３０と、シャフト９３２とを含む（Ｏｒｉｅｎｔａｌ Ｍｏｔｏｒｓ Ｌｔｄ．（日本、東京）から市販されている、型番ＰＫ２６５‐０２ＡのＶＥＸＴＡステッピングモーター、および、ＳＤＰ／ＳＩ（ニューヨーク州、ニューハイドパーク）から市販されている、ＧＴ（Ｒ）シリーズのＳＤＰタイミングベルトが好ましい）。モーター９２６および冷却ユニット９１２は、基準プレート８２内に形成された開口部（図示せず）を通って延び、フロアプレート９１０の下に延びる。

容器トレイ９２２は、ハウジング９０４へのトレイ９２２の設置およびハウジング９０４からのトレイ９２２の除去のための、中心の直立ハンドル９２３を含んでよい。シャフト９３２の先端部９３３は、フロアプレート９１０を通って延び、トレイ９２２の底部に形成された接合開口（図示せず）によって受けられる。フロアプレート９１０を通ってハウジング９０４まで延びるセンサー９４０は、トレイ９２２がハウジング９０４内の適所にあることを検証する。センサー９４０は、好ましくは、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｏｎｔｒｏｌｓ，Ｉｎｃ．（フロリダ州、ブラデントン）から市販されている、型番ＦＣＰ２の容量型近接センサーである。

光センサー９３５と連動している位置エンコーダ９３４（好ましくはスロット付きディスク）を使用して容器トレイ９２２の位置を検出することができ、そのため、特定の試薬瓶９２５をカバー９０６内のピペット開口部９０８の下に配置することができる。

図３７に示すように、位置エンコーダ９３４および光センサー９３５の好ましい代替としては、容器トレイ９２２の底部から延びるフラグピン（図示せず）とともにハウジング９０４内に設けられたスロット付き光センサー９３７（図３６においては、２つのセンサーのみが可視である）が挙げられる。容器トレイ９２２の各四分円につき１つセンサーが設けられ、フラグは、容器トレイ９２２のどの四分円にピペット開口部９０８が配置されているかを示すために、４つのセンサーのうち１つを始動させる。センサー９３７は、好ましくは、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州、カロルトン）から市販されている、型番ＯＰＢ９８０Ｔ１１のＯｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， Ｉｎｃ．センサーである。

図３８に示す一体型容器トレイ９２２の好ましい代替は、図３５および３９に示すモジュラートレイ１９２２である。トレイ１９２２は、円形基板１９２６と、その中心部に付着された直立ハンドルポスト１９２３とを含む。ボトル把持キャビティ１９２４を有するモジュラー部品１９３０は、ピン１９２８およびねじ（図示せず）によって、互いに、および基板１９２６に接続され、円形トレイ１９２２を形成するのが好ましい。ピン１９２８およびねじの代替として、モジュラー部品１９３０を固定するその他の手段を用いてもよい。同図に示すモジュラー部品１９３０は１つの円の四分円であるため、当然ながら、該当する４つの部品１９３０はトレイ１９２２を完成させるものであることが求められる。四分円が好ましいが、モジュラー部品は、例えば１つの円の１／２、または１つの円の１／８等、様々なサイズのセンサーであってもよい。

トレイ１９２２内での試薬容器の位置を特定するために、基板１９２６上に英数字のボトル位置ラベル１９４０を設けることが好ましい。好ましいラベルスキームとして、先頭文字Ａ、Ｅ、Ｐ、またはＳに末尾数字１、２、３、または４を付けたものを含む、丸付き文字・数字の対が挙げられる。文字Ａ、Ｅ、Ｐ、およびＳは、分析器５０の好ましい使用のモードに対応して、それぞれ増幅試薬、酵素試薬、プローブ試薬、および選択試薬を指定するものであり、数字１〜４はトレイ１９２２の四分円を指定するものである。各モジュラー部品１９３０は、各ボトル把持キャビティ１９２４の底部に丸穴１９３４を含む。穴１９３４はボトル位置ラベル１９４０と並んでいるため、モジュラー部品１９３０が基板１９２６上の適所にある場合にはラベル１９４０が見える。

容器トレイ１９２２のモジュラー部品１９３０は、２５０回のアッセイを実行するのに十分な試薬分量、または５００回のアッセイを実行するのに十分な試薬分量に対応して、異なるサイズの試薬容器を収容するように構成される。４つの２５０回アッセイ用モジュラー四分円により、１０００回のアッセイのための試薬冷却ベイを備蓄することができ、４つの５００回アッセイ用モジュラー四分円により、２０００回のアッセイのための試薬冷却ベイを備蓄することができる。２５０回または５００回アッセイ試薬キット用のモジュラー四分円を混合し、単一のアッセイタイプを多数、または複数の異なるアッセイタイプを多数収容するための容器トレイを構成するように適合することができる。

容器トレイ９２２とフロアプレート９１０との間に、絶縁パッド９３８が配置される。コネクタ９３６、および、分析器５０の組み込みコントローラに繋がれているケーブル（図示せず）によって、動力、制御、温度、および位置信号が試薬冷却ベイ９００に／から提供される。

冷却ベイ９００の側壁に形成された開口部９４２正面のフロアプレート９１０に付着された直立スキャナ取り付けプレート９３９に、バーコードスキャナ９４１が取り付けられる。バーコードスキャナ９４１は、容器トレイ９２２に運搬された試薬容器のそれぞれからバーコード情報をスキャンすることができる。図３９に示すように、ボトル把持キャビティ１９２４に沿って縦スロット１９３２が形成されており、ボトル把持キャビティ１９２４内に把持された試薬容器の側面に配置されたバーコード情報は、バーコードスキャナ９４１がバーコード情報をスキャンできるように、スロット１９３２と並んでいてよい。好ましいバーコードスキャナは、型番ＦＴＳ‐０７１０‐０００１として、Ｍｉｃｒｏｓｃａｎ社（カリフォルニア州、ニューバリーパーク）から市販されている。

ハウジング９０４の側面に、ピペットすすぎ槽１９４２、１９４４が付着される。各すすぎ槽１９４２、１９４４は、筐体構造に、その上パネルにそれぞれ形成されたプローブ収納開口部１９４１、１９４５と、その底部にそれぞれ接続された廃液管１９４６、１９４８とを設けたものである。プローブ収納開口部１９４１、１９４５を介してピペットユニットのプローブをすすぎ槽１９４２、１９４４に挿入することができ、洗浄液および／またはすすぎ液はプローブを通して槽に入れることができる。すすぎ槽１９４２、１９４４中の流体は、それぞれの廃液管１９４６、１９４８によって、下方シャーシ１１００内の適切な廃液容器に導かれる。分析器５０の好ましい配置および動作モードにおいて、ピペットユニット４８０のプローブ４８１はすすぎ槽１９４２内ですすがれ、ピペットユニット４８２のプローブ４８３はすすぎ槽１９４４内ですすがれる。

左回転攪拌器５５２内のＭＴＵ１６０の反応管１６２に増幅試薬およびオイルを添加した後、左側移送機構５０２は、左回転攪拌器５５２からＭＴＵ１６０を取り出し、左側移送機構５０２に到達可能な、すなわち化学デスク２００の左側にある、利用可能な温度上昇ステーション７００にＭＴＵ１６０を移動させて、ＭＴＵ１６０およびその内容物の温度を約６０℃まで上げる。

上昇ステーション７００において十分な上昇時間を置いた後、左側移送機構５０２はＭＴＵ１６０をＴＣインキュベータ６００に移動させる。ＴＣインキュベータ６００の左側分配ドア６２４が開き、左側移送機構がＭＴＵをＴＣインキュベータに挿入することができるように、ＴＣインキュベータ６００内のＭＴＵ回転台アセンブリ６７１が空のＭＴＵステーション６７６を提示する。続いて、ＭＴＵ１６０およびその内容物を、約６０℃で規定のインキュベーション時間、インキュベートする。インキュベーション中、その他のＭＴＵ６００がＴＣインキュベータ６００から除去およびそこへ挿入される際、ＭＴＵ回転台アセンブリ６７１はＴＣインキュベータ６００内で連続的に回転してよい。

ＴＣインキュベータ６００内において６０℃でインキュベートすることにより、捕捉プローブ／対象核酸ハイブリダイゼーション複合体を、アッセイ溶液中に存在する固定化ポリヌクレオチドから解離することができる。この温度において、試薬冷却ベイ９００から導入された増幅オリゴヌクレオチド（例えば、プライマー、プロモータープライマー、またはプロモーターオリゴヌクレオチド）は、対象核酸とハイブリダイズし、その後の標的ヌクレオチド塩基配列の増幅を容易にすることができる。

インキュベーションに続いて、ＴＣインキュベータ６００内のＭＴＵ回転台アセンブリ６７１は、ＭＴＵ１６０を左側分配ドア６２４まで回転させ、左側分配ドア６２４が開き、左側移送機構５０２がＴＣインキュベータ６００のＭＴＵ回転台アセンブリ６７１からＭＴＵ１６０を取り出す。続いて、左側移送機構５０２は、左側移送機構５０２に到達可能な、利用可能な温度低下ステーション７００までＭＴＵ１６０を移動させ、そこへＭＴＵ１６０を挿入する。低下ステーションにおいて、ＭＴＵ１６０およびその内容物の温度を約４０℃まで下げる。続いて、左側移送機構５０２によって低下ステーションからＭＴＵ１６０を取り出し、ＡＴインキュベータ６０２に移動させる。ＡＴインキュベータ６０２の左側分配ドア６２４が開き、左側移送機構５０２がＭＴＵをＡＴインキュベータ６０２に挿入することができるように、ＡＴインキュベータ６０２内のＭＴＵ回転台アセンブリ６７１が空のＭＴＵステーション６７６を提示する。ＡＴインキュベータ６０２内において、ＭＴＵの温度を安定させるのに必要な時間、約４１℃でＭＴＵをインキュベートする。

ＭＴＵは、移送機構５０２によって、ＡＴインキュベータ６０２から、ＭＴＵの温度が４１．５℃で安定するＡＭＰインキュベータ６０４に移動される。ＡＭＰインキュベータ６０４内のＭＴＵ回転台アセンブリ６７１は、カバー６１１内に形成されたピペット開口部６６２の下のピペットステーションにＭＴＵを置くように回転する（例えば、図１９参照）。試薬冷却ベイ９００内の容器トレイ９２２は、酵素試薬容器をピペット開口部９０８の下に置くように回転し、ピペットアセンブリ４７０のピペットユニット４８２は、酵素合成に必要な１つ以上のポリメラーゼを含有する酵素試薬を、試薬冷却ベイ９００からＭＴＵ１６０の反応管１６２のそれぞれに移す。

上述したように、ピペットユニット４８０、４８２は、容量レベル検知を使用して容器内の液面を確認し、ピペットユニット４８０、４８２のプローブ４８１、４８３の端部のごく一部を容器のピペット溶液に浸す。ピペットユニット４８０、４８２は、プローブの端部を一定の深さに浸された状態に保つために、流体が各プローブ４８１、４８３に吸い込まれるのに伴って降下するのが好ましい。ピペットユニット４８０または４８２に試薬をピペットで添加した後、ピペットユニットは、プローブの端部から滴が確実に落ちないようにするために、各プローブ４８１または４８３の端部に１０μｌの最小移動空隙を作成する。

各反応管１６２に酵素試薬が添加された後、ＡＭＰインキュベータ６０４のＭＴＵ回転台アセンブリ６７１は、ＡＭＰインキュベータ６０４内の傾斜ディスク線形攪拌器６３４までＭＴＵ１６０を回転させ、添加された酵素試薬に対する対象核酸の曝露を容易にするために、ＭＴＵ１６０とその内容物を上述のように約１０Ｈｚで混合する。ピペットユニット４８２をすすぎ槽１９４２に移動させ、それに蒸留水を通すことによってプローブ４８３をすすぐ。

続いて、ＭＴＵ１６０を、約４１．５℃で規定のインキュベーション時間、ＡＭＰインキュベータ６０４内でインキュベートする。インキュベーション時間は、反応管１６２内に存在し得る１つ以上の対象核酸に含有される、少なくとも１つの標的ヌクレオチド塩基配列の十分な増幅を可能にするほど十分長くなくてはならない。好ましい実施形態は、ＴＭＡ手順に続いて増幅を容易にするように考案されているが、実務家であれば、分析器５０を使用するその他の増幅手順を実行するために必要なそれらの修正形態を十分に理解するであろう。また、好ましくは、増幅条件および試薬が増幅に適切であったことを確認するために、アッセイ開始時において内部対照配列を添加する。内部対照は当該技術分野において既知であり、本明細書においてさらに考察を行う必要はない。例えば、Ｗａｎｇら、米国特許第５，４７６，７７４号「Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ
Ａｃｉｄｓ Ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ」を参照されたい。

増幅インキュベーションに続いて、左側移送機構５０２によって、ＡＭＰインキュベータ６０４から、左側移送機構５０２に到達可能な利用可能な上昇ステーション７００にＭＴＵ１６０を移動させ、ＭＴＵ１６０およびその内容物の温度を約６０℃にする。続いて、左側移送機構５０２によってＭＴＵ１６０をＨＹＢインキュベータ６０６に移動させる。ＭＴＵ１６０をＨＹＢインキュベータ６０６内のピペットステーションまで回転させ、ピペットユニット４８０により、ＨＹＢインキュベータ６０６のカバー内にある開口部６６２を介して、試薬冷却ベイ９００からプローブ試薬を各反応管１６２にピペットで添加する。好ましい実施形態において、プローブ試薬は、化学発光検出プローブ、および、好ましくは、ハイブリダイゼーション保護アッセイ（Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ Ａｓｓａｙ；ＨＰＡ）において検出され得るアクリジニウムエステル（Ａｃｒｉｄｉｎｉｕｍ ｅｓｔｅｒ；ＡＥ）ラベルプローブを含む。アクリジニウムエステルラベルプローブおよびＨＰＡ法は、当該技術分野においては既知である。例えば、Ａｒｎｏｌｄら、米国特許第５，６３９，６０４号、第４，９５０，６１３号、第５，１８５，４３９号、および第５，５８５，４８１号、ならびに、Ｃａｍｐｂｅｌｌら、米国特許第４，９４６，９５８号を参照されたい。ＡＥラベルプローブおよびＨＰＡが好ましいが、分析器５０を、様々な検出方法および関連するプローブに適応するように適合してもよく、当該プローブは標識されていてもよいし、標識されていなくてもよい。検出プローブが反応管１６２に添加されたことの確認は、ＨＰＡ条件下において、ＨＹＢインキュベータ６０６内の反応管１６２内に現存している標的配列またはその補体に結合する検出プローブ以外の、プローブ試薬中のプローブとハイブリダイズすることが可能な内部対照（または、ハイブリダイズすることが可能な内部対照の補体）を使用して実現することができる。このプローブのラベルは、検出プローブのラベルと識別可能なものでなくてはならない。例えば、Ｎｅｌｓｏｎら、米国特許第５，８２７，６５６号「Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」を参照されたい。

ＭＴＵ１６０の反応管１６２のそれぞれにプローブ試薬を分注した後、ピペットユニット４８０をピペットすすぎ槽１９４４へ移動させ、当該ピペットユニットのプローブ４８１を蒸留水ですすぐ。

ＭＴＵ回転台アセンブリ６７１は、ＭＴＵ１６０を傾斜ディスク線形攪拌器６３４まで回転させ、添加された検出プローブに対する、標的配列またはその補体を含有する増幅産物の曝露を容易にするために、ＭＴＵ１６０とその内容物を上述したように約１４Ｈｚで混合する。続いて、標的配列またはその補体に対する検出プローブのハイブリダイゼーションを可能にするほど十分な時間、ＭＴＵ１６０をインキュベートする。

ハイブリダイゼーションインキュベーションの後、ＭＴＵ回転台アセンブリ６７１によって、ＨＹＢインキュベータ６０６内のＭＴＵ１６０をピペット開口部６６２の下のピペット位置まで再度回転させる。試薬冷却ベイ９００内の容器に格納された選択試薬を、ピペットユニット４８０によって各反応管１６２にピペットで添加する。選択試薬は、ＨＰＡアッセイで使用され、特に、その化学発光の能力を破壊または阻害する、ハイブリダイズされていないプローブと関連付けられたアクリジニウムエステルラベルを加水分解するアルカリ試薬を含み、一方、標的配列またはその補体を含有する増幅産物とハイブリダイズされたプローブと関連付けられたアクリジニウムエステルラベルは、加水分解されず、適切な検出条件下において、検出可能な様式で化学発光することができる。

ＭＴＵ１６０の各反応管１６２への選択試薬の添加に続き、ピペットすすぎ槽１９４４においてピペットユニット４８０のピペットプローブ４８１を蒸留水ですすぐ。ＨＹＢインキュベータ６０６内のＭＴＵ回転台アセンブリ６７１によって、ＭＴＵ１６０を傾斜ディスク線形攪拌器６３４まで回転させ、添加された選択試薬に対する増幅産物の曝露を容易にするため、上述したように約１３Ｈｚで混合する。続いて、選択プロセスを完了するのに十分な時間、ＨＹＢインキュベータ６０６内においてＭＴＵをインキュベートする。

選択インキュベーションが完了した後、左側移送機構５０２は、ＭＴＵ１６０を冷却するために、左側移送機構５０２に到達可能な、利用可能な低下ステーション７００へＭＴＵ１６０を移す。ＭＴＵ１６０を冷却した後、左側移送機構５０２によって低下ステーションから取り出し、ＭＴＵ１６０の温度を４０℃で安定させるために、移送機構５０２によってＡＴインキュベータ６０２内へ移動させる。

ＭＴＵ１６０の温度を安定させるのに十分な時間が経過すると、ＡＴインキュベータ６０２内のＭＴＵ回転台アセンブリ６７１が回転し、ＡＴインキュベータ６０２の右側分配ドアにおいてＭＴＵ１６０を提示する。右側分配ドア６２２が開き、右側移送機構５００によってＡＴインキュベータ６０２からＭＴＵ１６０を取り出す。

右側移送機構５００は、ＭＴＵ１６０のラベル貼付構造１７４のラベル貼付表面１７５に掲示されたＭＴＵバーコード情報をスキャンするバーコードスキャナー（図示せず）へＭＴＵを移動させる。バーコードスキャナは、好ましくは、照度計９５０のハウジングの外壁に付着されている。好ましいバーコードスキャナは、品番ＬＨＡ１１２７ＲＲ１Ｓ‐０３２として、Ｏｐｔｉｃｏｎ，Ｉｎｃ．（ニューヨーク州、オレンジバーグ）から市販されている。スキャナは、正確なアッセイ時間における正確なＭＴＵを制限することによって、照度計９５０に入る前にアッセイの総時間を検証する。右側移送機構５００は、バーコードリーダーから照度計９５０へＭＴＵ１６０を移動させる。

好ましい動作モードにおいては、右側移送機構５００がＭＴＵ１６０を照度計９５０へ移動させる前に、ＭＴＵ１６０の温度を２４±３℃まで下げるために、右側移送機構５００によってＭＴＵ１６０は利用可能なＭＴＵ低下ステーション、つまり冷蔵室に入れられる。ＭＴＵ内容物は、この低温において、より一貫した化学発光「光の放出」を示すことが判明している。

（照度計）
図４０〜４２Ｃを参照すると、照度計９５０の第１の実施形態は、ハウジング９５０内に電子ユニット（図示せず）を含む。電子ユニットに繋がれた光電子増倍管（ＰｈｏｔｏＭｕｌｔｉｐｌｉｅｒ Ｔｕｂｅ；ＰＭＴ）９５６は、ＰＭＴプレート９５５を通ってハウジング９５４内に延び、ＰＭＴ９５６の正面端部は開口９５３と並んでいる。好ましいＰＭＴは、型番ＨＣ１３５としてＨａｍａｍａｔｓｕ Ｃｏｒｐ．（ニュージャージー州、ブリッジウォーター）から市販されている。好ましいＰＭＴを使用した信号測定は、既知の光子計数システムに基づくものである。

開口９５３は、ＰＭＴプレート９５５の正面の開口箱９５８の中心にある。開口９５３および開口箱９５８は、フロアプレート９６４、上プレート９６６、ＰＭＴプレート９５５、ならびに裏面フレーム９６５および裏面プレート９６７によって画定されるハウジングによって完全に密閉されており、当該ハウジングは、開口９５３に迷光が入るのを防止し、基準プレート８２に付着されている。ＭＴＵ移送経路は、開口９５３の正面にあるハウジングを通り、当該開口の光軸に対して略横方向に延びる。ＭＴＵ１６０は、ＭＴＵ移送経路を介して照度計９５０を通過する。裏面レール９９１および正面レール９９５は、ＭＴＵ移送経路の反対側に配置され、照度計９５０内に配置されたＭＴＵ１６０の接続リブ構造１６４を支持する平行水平フランジを提供する。旋回ドア９６０は、ＭＴＵ移送経路の反対端に配置された関連するドアハウジング９６１内における回転を支持されており、ステッピングモーターまたはＤＣギヤモーターを含み得るドアモーター９６２によって回動される。

ドアハウジング９６１は、ＭＴＵ１６０がそれを通って照度計９５０に出入りする開口部を提供する。ＭＴＵ１６０は、ドアハウジング９６１の１つを介してＭＴＵ１６０を挿入する右側移送機構５００を用いて、照度計９５０に入る。ＭＴＵ１６０は、その様々な実施形態について以下で説明するが、ＭＴＵ移送経路を介してＭＴＵを移動させ、最終的にはその他のドアハウジング９６１を介して照度計から出すＭＴＵ移送アセンブリの影響を受けて、照度計を出る。

旋回ドア９６０は略円筒形であり、切り欠き部分９６３を含む。各旋回ドア９６０は、ＭＴＵ１６０が開口部を通過できるように切り欠き部分９６３が概して関連付けられたドアハウジング９６１の開口部と並んでいる開位置と、ＭＴＵ１６０も光も開口部を通過することができないように切り欠き部分９６３の反対側の旋回ドアの側面が関連付けられたドアハウジング９６１の開口部を越えて延びている閉位置との間で回転し得る。ＭＴＵ１６０が照度計９５０に出入りしているとき以外、旋回ドア９６０は、照度計に迷光が入るのを防止するためにそれぞれの閉位置にあるのが好ましい。試験結果はＰＭＴ９５６によって検出された光の量によって確認されるため、サンプリングされている容器１６０以外のソースからの迷光により、誤った結果が出る場合がある。

図４０〜４２Ｃに示すように、ＭＴＵ移送アセンブリは、タイミングベルト（図示せず）またはかさ歯車（図示せず）によって親ねじ９７４を駆動するＭＴＵ前進モーター９７２を含んでよい。親ねじ９７４に係合されたねじ継ぎ９７６は、親ねじ９７４から離れて延びるＭＴＵブラケット９７７に連結されてＭＴＵ１６０を係合する。ＭＴＵブラケット９７７は、その中に細長くわずかに弓状のガイド穴９７９が形成されたガイドフランジ９７８を有する。ガイド棒９８０は、親ねじ９７４に対して隣接し、且つ平行な照度計９５０を通って延びる。ガイド棒９８０は、ガイド穴９７９を通って延びる。

ＭＴＵブラケット９７７を（図４２Ｃの下から上へ）前進させるためには、図４２Ｂに示すように、親ねじ９７４を反時計回りに回動させる。システムの摩擦により、ねじ継ぎ９７６およびＭＴＵブラケット９７７も、ガイド棒９８０がガイド穴９７９の左側に接触するまで、親ねじ９７４とともに反時計回りに回動することになる。ガイド棒９８０がガイド穴９７９の側面に接触すると、ＭＴＵブラケット９７７およびねじ継ぎ９７６はそれ以上親ねじ９７４とともに回転することができず、親ねじ９７４がさらに回転すると、ＭＴＵブラケット９７７およびねじ継ぎ９７６は親ねじ９７４に沿って前進することになる。ＭＴＵブラケット９７７から延びるアーム９８１も、ＭＴＵ１６０を係合し、照度計９５０を介して前進させるために、親ねじ９７４が回転するとともに、限られた弧の上を反時計回りに回転することになる。

ＭＴＵ１６０がＰＭＴ９５６を通過した後、当該ＭＴＵは照度計９５０から押し出され、照度計９５０を介して次のＭＴＵを引き寄せることができる。ＭＴＵブラケット９７７は、親ねじ９７４の時計回り回転により、ＭＴＵ移送経路のＭＴＵ入り口端に向かって移動する。システムの摩擦により、ねじ継ぎ９７６およびＭＴＵブラケット９７７はガイド棒９８０がガイド開口部９７９の右側に接触するまで計回りに回転し、その後、親ねじ９７４の回転を継続することにより、ねじ継ぎ９７６およびＭＴＵブラケット９７７は親ねじ９７４に沿って後退することになる。このＭＴＵブラケット９７７の時計回りの移動によって、アーム９８１は限られた弧の上を時計回りに回動してＭＴＵから撤退することになり、したがって、ＭＴＵブラケット９７７はＭＴＵに接触せずに後退することができる。すなわち、ＭＴＵブラケット９７７が後退する際に、アーム９８１がＭＴＵの先端を通過することになる。

図４１に示すように、ブラインダーアクチュエータ９９３によって駆動されるブラインダー９８２は、開口９５３と一直線上で上下垂直に移動する。ブラインダー９８２は、開口箱９５８に対して摺動移動するために取り付けられ、その中に形成された略長方形の開口部（図示せず）を含み、当該開口部は開口９５３と並んでいる場合がある、正面パネル９８３を含む。正面パネル９８３の先端部は、パネル９８３内に形成された開口部が開口９５３と並んでいない場合に開口９５３をブロックし、したがって開口９５３用のシャッターとして動作するものである。ブラインダー９８２は、開口部の反対側に対して平行に配置され、正面パネル９８３に対して略垂直な２つの側壁９８７と、正面壁９８３と反対側の側壁９８７の後端部に及び、正面壁９８３に対して略平行な後壁９８８とを含む。側壁９８７および後壁９８８は、ブラインダー９８２がブラインダーアクチュエータ９９３によってＭＴＵ１６０の反応管１６２の１つの下まで上がってきた際に、ＭＴＵ１６０の１つの反応管１６２を収容するサイズの、部分的に長方形の筐体を画定する。ブラインダーアクチュエータ９９３は、ステッピングモーター９９２と親ねじ９９４とを含むリニアステッピングアクチュエータであってよい。Ｈａｙｄｏｎ Ｓｗｉｔｃｈ ａｎｄ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ，Ｉｎｃ．（コネチカット州、ウォーターベリー）から市販されているＨＩＳリニアステッピングアクチュエータを使用した。

右側移送機構５００によってＭＴＵ１６０が照度計９５０に入れられた後、モーター９７２は、開口９５３と一直線上にＭＴＵの第１の反応管を引くためのエネルギーを与えられる。ブラインダー９８２は、通常、ＭＴＵ移送経路の外に保管されており、ブラインダー９８２の側壁９８７および後壁９８８が反応管１６２を包囲し、ブラインダー９８２の正面パネル９８３に形成された開口部が開口９５３と並ぶまで、ブラインダーアクチュエータ９９３によって持ち上げられる。ブラインダー９８２は、開口９５３の正面にある反応管１６２以外のソースからの光が開口９５３に達するのを実質的に防止するため、ＰＭＴ９５６は、開口９５３のすぐ正面にある反応管からの光放出のみを検出する。

ＰＭＴシャッターが開くと、続いて下方シャーシ１１００の容器１１４６、１１７０から取り出された異なる検出試薬（ＤｅｔｅｃｔＩおよびＤｅｔｅｃｔＩＩ）が、照度計９５０の先端にある試薬ポート９８４へと延びる専用滴下線（図示せず）を介して、配置された反応管１６２に滴下される。ＤｅｔｅｃｔＩおよびＤｅｔｅｃｔＩＩ試薬は、それぞれ過酸化水素含有試薬および水酸化ナトリウム含有試薬であり、組み合わせることにより、加水分解されていないアクリジニウムエステルラベルの化学発光を増強する、塩基性過酸化水素水を形成する。塩基性過酸化水素は不安定であるため、ＤｅｔｅｃｔＩおよびＤｅｔｅｃｔＩＩ試薬は、照度計９５０において検出を行う直前に、反応管１６２内で組み合わせるのが好ましい。

ＤｅｔｅｃｔＩＩの添加後、ＰＭＴ９５６を使用して反応管１６２の内容物から放出された光が検出され、続いてＰＭＴシャッターが閉じる。ＰＭＴ９５６は、化学発光ラベルによって放出された光を電気信号に変換し、当該電気信号は、電子ユニットによって処理された後、コントローラ１０００、または、ケーブル（図示せず）を介してコネクタ９８６に繋がれたその他の周辺機器に送られる。

必要とされる感度が低い場合は、光電子増倍管の代わりに光センサーを使用することが可能となり得る。照度計９５０に使用できる、許容可能な光センサーの例として、ダイオードがある。ＭＴＵ１６０の材料が、半透明よりも比較的透明な外観の、好ましいポリプロピレン材料である場合には、光センサーも適切となり得る。ＭＴＵ１６０の材料を選択する際、いずれも擬陽性や定量化測定の妨げとなる可能性を高くし得る、自然発光する材料または静電気を蓄積する性質を持つ材料を回避するように注意を払うべきである。

上述したプロセスを、ＭＴＵ１６０の各反応管１６２について繰り返す。ＭＴＵ１６０の各反応管１６２からの化学発光信号を測定した後、モーター９７２が前進し、出口ドア９６１を通って照度計９５０を出てアンプリコン失活ステーション７５０内へとＭＴＵ１６０を移動させる。

現時点で好ましい代替の照度計は、概して、図４３中において参照番号１３６０によって指定されるものである。照度計１３６０は、底壁１３７０を有するハウジング１３７２と、ハウジング１３７２の端部分を画定する底壁１３７０の反対側のドアアセンブリ１２００と、ハウジング１３７０の正面壁を画定する光センサーシャッターアセンブリ１２５０と、ハウジング１３７０を完成させ、その中に筐体を画定する上壁（図示せず）および後壁（図示せず）とを含む。右側ドアアセンブリ１２００は容器入り口開口部１３７４を画定し、左側ドアアセンブリ１２００は、ＭＴＵ１６０がそこを通ってハウジング１３７０に出入りできる容器出口開口部１３７６を画定する。各ドアアセンブリ１２００は、それぞれの開口部１３７４または１３７６を経由するアクセスを制御し、端壁１２０２、カバープレート１２３２、および、端壁１２０２とカバープレート１２３２との間に回転可能に配置された回転ドア１２２０を備える。光センサー開口シャッターアセンブリ１２５０は、光センサー（図４３には示さず）、例えば光電子増倍管に入ってくる光を制御する。照度計１３６０は、光受信器取り付け壁１２５０と、その中に形成された開口１２９２を有するカバープレート１２９０とを有する。

照度計１３６０に入る前にＭＴＵをスキャンするために、ハウジング１３７２の正面部分にバーコードスキャナ１３６８を付着させる。

容器移送アセンブリ１３３２は、照度計１３６０を介して、入り口開口部１３７４から出口開口部１３７６へ容器（例えば、ＭＴＵ１６０）を移動させる。アセンブリ１３３２は、ベルト（図示せず）により親ねじ１３４０と連結されたモーター１３３６によって回転されるねじ山付き親ねじ１３４０に移動可能なように運搬される移送１３４２を含む。

分注ノズル１３６２は、上壁（図示せず）内に付着され、コンジット管１３６４および１３６６によって、ポンプおよび最終的には下方シャーシ１１００内のボトル１１４６および１１７０と接続されている。ノズル１３６２は、「ＤｅｔｅｃｔＩ」および「ＤｅｔｅｃｔＩＩ」試薬をハウジング１３７２内のＭＴＵ１６０の反応容器１６２に分注する。

反応管ポジショナアセンブリ１３００は、ハウジング１３７２内に配置され、ＭＴＵ１６０の各反応管１６２を開口１２９２の正面に保持し、保持された各反応管を任意で隣接する反応管から単離するように構成および配置されるため、１回につき１つの反応管からの光だけが開口１２９２に入る。ポジショナアセンブリ１３００は、ハウジング１３７２のフロア１３７０に固定されたポジショナフレーム１３０２内に回転可能なように取り付けられた容器ポジショナ１３０４を備える。

照度計１３６０のＭＴＵ入り口開口部１３７４および出口開口部１３７６用のドアアセンブリ１２００を、図４４に示す。ドアアセンブリ１２００は、照度計ハウジング１３７２の端壁を形成する照度計端壁１２０２を含む。端壁１２０２は、第１の陥凹エリア１２０６を含み、当該第１の陥凹エリア１２０６上には第２の円形陥凹エリア１２０８が重ねられている。円形陥凹エリア１２０８の周辺部の周囲には、円形溝１２０７が延びている。円形陥凹エリア１２０８内には、その中心の片側に向かってＭＴＵ１６０の縦方向プロファイルと略一致する形状を有するスロット１２０４が形成される。円形陥凹エリア１２０８の中心からは、短い中柱１２０９が延びている。

回転ドア１２２０は円形形状をしており、回転ドア１２２０の周辺部の周囲に延びる軸壁１２２２を含む。軸壁１２２２は、回転ドア１２２０の外周辺縁部から短い半径距離に配置されており、したがって、軸壁１２２２の外側の最外周辺縁部の周囲に環状段部１２３０を画定する。回転ドア１２２０の中心を外れた位置には、ＭＴＵ１６０の縦方向プロファイルと略一致する形状を有するスロット１２２６が形成される。

回転ドア１２２０は、端壁１２０２の円形陥凹エリア１２０８内に設置される。中心開口１２２４は端壁１２０２の中柱１２０９を受け、円形溝１２０７は軸壁１２２２を受ける。環状段部１２６０は、円形陥凹エリア１２０８を包囲する陥凹エリア１２０６の平らな表面上にある。

端壁１２０２は、モーター１２１３の駆動シャフトに付着された駆動ギヤ１２１２をその中に収納する駆動ギヤ陥凹１２１０を含む（右側ドアアセンブリ１２００用のモーター１２１３のみを示した図４３を参照）。モーター１２１３は、好ましくはＤＣギヤモーターである。好ましいＤＣギヤモーターは、型番１５２４ＴＯ２４ＳＲ１６／７ ６６：１としてＭｉｃｒｏ Ｍｏ Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ，Ｉｎｃ．（フロリダ州、クリアウォーター）から市販されている。回転ドア１２２０の軸壁１２２２の外周は、シャッターが円形陥凹１２０８内に設置されている場合に駆動ギヤ１２１２と噛み合う、その上に形成されたギヤ歯を有する。

カバープレート１２３２は略長方形形状をしており、端壁１２０２の陥凹エリア１２０６と略一致するサイズおよび形状を有する隆起エリア１２３４を含む。カバープレート１２３２は、ＭＴＵの縦方向プロファイルと略一致する形状を有する開口部１２３６をその中に形成しており、カバープレート１２３２が端壁１２０２に設置されている場合、長方形の隆起エリア１２３４は長方形の陥凹エリア１２０６内に収納され、開口部１２３６は概して開口部１２０４と一直線上にある。このように、回転ドア１２２０は、カバープレート１２３２と端壁１２０２との間に挟まれており、開口部１２３６および１２０４は、ともに入り口開口部１３７４および出口開口部１３７６を画定している。

モーター１２１３によって駆動ギヤ１２１２が回転されると、駆動ギヤ１２１２と噛み合わさっている回転ドア１２２０は、中柱１２０９の周囲を回転させられる。開口部１２２６が開口部１２０４および１２３６と並んでいる場合、ＭＴＵ１６０は、ドアアセンブリ１２００の開口部１３７４（１３７６）を通過することができる。円形陥凹エリア１２０８内に配置された回転ドア１２２０と、端壁１２０２の陥凹エリア１２０６内に配置されたカバープレート１２３２の隆起エリア１２３４とによって、実質的に光を漏らさない構造が実現され、その結果、開口部１２２６が開口部１２０４および１２３６と並んでいない場合、ドアを介して入ってくる光は、ごく少量である、または無い。

円形陥凹エリア１２０８の外縁において正反対の位置に配置されたスロット１２１４および１２１６内には、スロット付き光センサーが配置される。好ましいセンサーは、型番ＯＰＢ８５７として、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州、カロルトン）から市販されている。スロット１２１４および１２１６内に配置されたスロット付きセンサーは、軸壁１２２２内に形成されたノッチ１２２８の存在を検出し、ドア開状態およびドア閉状態を信号で伝える。

光センサー開口シャッターアセンブリ１２５０を図４５に示す。光電子増倍管９５６等の光受信器が、光受信器取り付け壁１２５２に形成された光受信器開口部１２５４と連結される。光受信器取り付け壁１２５２は、略長方形の段部１２５７を画定する、略長方形の二層構造の隆起エリア１２５６を含み、長方形の隆起エリア１２５６の上には円形陥凹エリア１２５８が重ねられている。円形陥凹エリア１２５８の周辺部の周囲には、円形溝１２６１が延びている。円形陥凹エリア１２５８の中心には、中柱１２５９が保持される。円形陥凹エリア１２５８内には、光受信器開口部１２５４が形成される。図示の実施形態では、中柱１２５９の下に光受信器開口部１２５４が配置されているが、光受信器開口部１２５４は円形陥凹エリア１２５８内のいずれの位置に保持されていてもよい。

開口シャッターアセンブリ１２５０は、その外周辺に形成されたギヤ歯を持つ軸壁１２７４を有する回転シャッター１２７０を含む。軸壁１２７４は、シャッター１２７０の外周辺上ではなくその付近に形成され、それによって環状段部１２７６を画定する。回転シャッター１２７０は、回転シャッター１２７０に形成された中心開口１２７２内に収納された中柱１２５９および円形溝１２６１内に収納された軸壁１２７４とともに、円形陥凹エリア１５２８内に設置される。ギヤ陥凹１２６０内に配置され、駆動モーター１２６３と連結された駆動ギヤ１２６２は、回転シャッター１２７０の軸壁１２７４に形成された外側ギヤ歯と噛み合って、中柱１２５９周囲で回転シャッター１２７０を回転させる。好ましい駆動モーター１２６３は、型番１５２４ＴＯ２４ＳＲ１６／７ ６６：１としてＭｉｃｒｏ Ｍｏ Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ，Ｉｎｃ．（フロリダ州、クリアウォーター）から市販されている、ＤＣギヤモーターである。Ｍｉｃｒｏ Ｍｏ製ギヤモーターは、高品質、低反発のモーターを提供するという理由から、好ましい。回転シャッター１２７０には開口部１２８０が形成され、当該開口部は、回転シャッター１２７０が回転される際に、光受信器開口部１２５４と一直線上に、および一直線上から外れて移動可能である。

円形陥凹エリア１２５８内に設置されたシャッター１２７０により、カバープレートまたはセンサー開口壁１２９０がセンサー取り付け部１２５２に設置される。図４５Ａに示すように、センサー開口壁１２９０は、略長方形の段部１２９７を画定し、センサー取り付け部１２５２の長方形の隆起エリア１２５６を中に収納するためのサイズおよび形状をした、略長方形の二層構造の陥凹エリア１２９６を含む。センサー開口１２９２は、開口壁１２９０によって形成され、概してセンサー取り付け部１２５２内に形成された光受信器開口部１２５４と並んでいる。センサー開口１２９２は、概して、ＭＴＵ１６０の個々の反応管１６２の幅に略対応する幅と、目的とする視野エリアの高さに対応する高さとを有する、細長い楕円形形状である。図示の実施形態においては、シャッター１２７０の開口部１２８０は円形であるとして示されているが、開口部１２８０は、反応管１６２の幅に対応する幅を持つ長方形、またはセンサー開口１２９２と同様の細長い楕円形等、その他の形状を有してもよい。開口部１２８０が光受信器開口部１２５４およびセンサー開口１２９２と並んでいる位置に回転シャッター１２７０が回転することにより、光がＰＭＴ９５６に達するのを可能にし、開口部１２８０が光受信器開口部１２５４およびセンサー開口１２９２と並んでいない位置に回転シャッター１２７０が回転することにより、光がＰＭＴ９５６に達するのを防止する。

スロット１２６４および１２６６内にはスロット付き光センサーが配置され、シャッター１２７０の軸壁１２７４内に形成されたノッチ１２７８を検出して、シャッター１２７０の開位置および閉位置を検出する。好ましいスロット付き光センサーは、型番ＯＰＢ８５７として、Ｏｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州、カロルトン）から市販されている。

開口壁１２９０は、その幅に沿って延びる上向き段部１２９４を含む。ＭＴＵ１６０の接続リブ構造１６４（図５８参照）によって画定される、ＭＴＵ１６０の下向き段部は、ＭＴＵ１６０が照度計を通って摺動する際、段部１２９４によって支持される。

反応管ポジショナアセンブリ１３００を図４６および４８〜４９に示す。反応管ポジショナ１３０４は、反応管ポジショナフレーム１３０２内に動作可能なように配置されている。反応管ポジショナ１３０４は、シャフト１３０８の周囲で回転するように、反応管ポジショナフレーム１３０２内に取り付けられる。シャフト１３０８は、図４６に示す退避位置と図４８に示す完全に延長した位置との間で反応管ポジショナ１３０４を選択的に回転させるために、回転ソレノイド、または、より好ましくはギヤモーター１３０６と動作可能なように連結される。好ましいギヤモーター駆動は、型番１７２４Ｔ０２４Ｓ＋１６／７ １３４：１＋Ｘ０５２０として、Ｍｉｃｒｏ Ｍｏ Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ，Ｉｎｃ．（フロリダ州、クリアウォーター）から市販されている。

図４７に示すように、反応管ポジショナ１３０４は、２つの平行壁１３１２を画定するＶブロック構造１３１０を含む。反応管ポジショナ１３０４は、その下方端部に、反応管ポジショナ１３０４の厚さの一部が除去されたエリアをさらに含み、それによって比較的薄い弓状フランジ１３１４を画定する。

ＭＴＵ１６０が照度計１３６０に挿入された際、反応管ポジショナ１３０４は図４６に示す退避位置にある。反応管１６２の内容物の化学発光のセンサー読み取りが行われるように、個々の反応管１６２がセンサー開口１２９２の正面に配置されている場合（図４５Ａ参照）、反応管ポジショナ１３０４は、図４９に示す係合位置まで前方向に回転する。図４９に示す係合位置において、Ｖブロック１３１０は反応管１６２を係合し、それにより、照度計の光受信器開口１２９２と一直線上の適切な位置に反応管を把持する。図４５に示すように、開口壁１２９０は、壁１２９０の裏面から照度計のＭＴＵ通路へ延びる突起１２９８を含む。突起１２９８は、反応管ポジショナ１３０４が反応管１６２を係合すると、反応管が横方向に押されてハードストップとしての突起１２９８に衝突するように開口１２９２と並んでいるため、反応管ポジショナ１３０４がＭＴＵ通路内の反応管１６２を大きく傾けるのを防止する。Ｖブロック１３１０の平行な側壁１３１２は、開口１２９２のすぐ正面に配置された反応管１６２の読み取りが行われている間、ＭＴＵ１６０の隣接する反応管１６２からの迷光が光受信器に達するのを防止する。

スロット付き光センサー１３１８は、センサー１３１８に対して動作可能なように保持された弓状フランジ１３１４とともに、フレーム１３０２の下方部に取り付けられる。好ましいスロット付き光センサーは、型番ＯＰＢ９３０Ｗ５１としてＯｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州、カロルトン）から市販されている。フランジ１３１４には、開口部１３１６が形成される。反応管ポジショナ１３０４が反応管１６２を係合し、反応管１６２と突起１２９８が反応管ポジショナ１３０４のさらなる回転を防止している場合、開口部１３１６はセンサー１３１８と適切に並んでいる。反応管１６２が反応管ポジショナ１３０４の正面に適切に保持されていない場合、反応管ポジショナ１３０４は図４８に示す位置まで前方向に回転し、その場合、開口部１３１６はセンサー１３１８と並ばず、誤り信号が生成されることになる。

反応管ポジショナ１３０４を回転させるためのギヤモーター１３０６を用いる場合、図４６に示すように、反応管ポジショナ１３０４が完全に退避している際にギヤモーターを止めるために、ポジショナ退避、すなわち「ホーム」信号を生成するための、第２のセンサー（図示せず）を設けることが必要である。好ましいセンサーは、型番ＯＰＢ９００ＷとしてＯｐｔｅｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（テキサス州、カロルトン）から市販されている。

ＭＴＵ移送アセンブリ１３３２を図５０に示す。ＭＴＵ移送アセンブリ１３３２は、照度計１３６０の中間壁１３３０（図４３には示さず）の上端部に隣接して動作可能なように保持される。中間壁１３３０は、照度計ハウジング１３７２を介してＭＴＵ移送経路の片側を画定するものであり、長方形開口部１３３４を含む。反応管ポジショナフレーム１３０２（例えば、図４８参照）は開口部１３３４近傍の中間壁１３３０に取り付けられ、反応管ポジショナ１３０４は開口部１３３４を介してＭＴＵ１６０と係合するまで回転する。

ＭＴＵ移送１３４２は、ねじ山付き親ねじ１３４０に運搬され、親ねじ１３４０のねじ山と噛み合うねじ山を有するねじ継ぎ１３４４と、ねじ継ぎ１３４４と一体的に形成されたＭＴＵヨーク１３４６とを含む。図５１に示すように、ＭＴＵヨーク１３４６は、縦方向に延びる部分１３５６と、横方向に延びる２つのアーム１３４８および１３５０とを含み、アーム１３５０からは縦方向の伸張１３５２が延びている。ステッピングモーター１３３６により、駆動ベルト１３３８を介して親ねじ１３４０が駆動される。好ましいステッピングモーターは、Ｏｒｉｅｎｔａｌ Ｍｏｔｏｒｓ Ｌｔｄ．（日本、東京）から市販されている、型番ＰＫ２６６‐０１ＡのＶＥＸＴＡステッピングモーターであり、好ましい駆動ベルトは、ＳＤＰ／ＳＩ（ニューヨーク州、ニューハイドパーク）から市販されている。

右側移送機構５００によってＭＴＵ１６０が照度計９５０のＭＴＵ移送経路に挿入されると、ＭＴＵ１６０の第１の反応管１６２が好ましくはセンサー開口１２９２のすぐ正面に配置され、したがって第１の読み取りのために適切に保持される。横方向アーム１３４８と１３５０との間のヨーク１３４６の幅は、単一のＭＴＵ１６０の長さに対応している。移送１３４２は、親ねじ１３４０の回転により、図５０のファントム内に示す第１の位置と、第２の位置との間で移動する。スロット付き光センサー１３４１および１３４３はそれぞれ、移送１３４２が第１の位置にあるか第２の位置にあるかを示す。親ねじ１３４０とねじ継ぎ１３４４との間の摩擦により、ＭＴＵ移送１３４２は親ねじ１３４０とともに回転する傾向を有することになる。しかしながら、親ねじ１３４０に伴うＭＴＵ移送１３４２の回転は、ヨーク１３４６の下方部の、中間壁１３３０の先端との係合、および、アッパーストップ１３５４の、照度計ハウジング１３７２の上カバー（図示せず）との係合によって、１２度までに制限されているのが好ましい。

照度計１３６０に挿入されたＭＴＵを係合するために、親ねじ１３４０は第１の方向に回転し、ねじ継ぎ１３４４と親ねじ１３４０とのねじ山内の摩擦によって、移送１３４２は、アッパーストップ１３５４が照度計１３６０の上カバー（図示せず）に衝突するまで、親ねじ１３４０とともに上方に回転する。そのとき、親ねじ１３４０の回転を継続すると、移送１３４２は、図５０のファントムに示す位置まで後方へ移動する。横方向アーム１３４８、１３５０は、移送１３４２が後方に移動する際に、ＭＴＵの先端を通り過ぎる。親ねじ１３４０を逆回転させると、まず移送１３４２が、ヨーク１３４６の底部が壁１３３０の上端部に衝突するまで親ねじ１３４０とともに下方へ回転し、ここで、ヨーク１３４６の横方向アーム１３４８および１３５０は、照度計１３６０内に配置されたＭＴＵ１６０を跨ぐ。

続いて、ＭＴＵ移送機構１３３２を使用してＭＴＵ１６０をさらに前方へ移動させ、光センサー開口１２９２の正面にあるＭＴＵ１６０の個々の反応管１６２のそれぞれを保持する。照度計内の光受信器によって最後の反応管１６２を測定した後、移送１３４２は出口ドアに隣接する位置までＭＴＵ１６０を移動させ、ここで親ねじ１３４０は方向を逆にし、それによって、上述したように、ＭＴＵ１６０の後ろにある初期位置まで移送１３４２を退避させる。親ねじ１３４０の回転を再度逆にして、上述したように移送１３４２を前進させる。出口ドアアセンブリ１２００が開き、ヨーク１３４６の縦方向の伸張１３５２がＭＴＵ１６０のＭＴＵ操作構造１６６を係合してＭＴＵ１６０を照度計出口ドアから押し出し、失活準備室７５０に入れる。

（失活ステーション）
アンプリコン失活ステーション７５０において、専用滴下線（図示せず）により、緩衝化漂白剤等の失活溶液をＭＴＵ１６０の反応管１６２に添加し、ＭＴＵ１６０の残留流体中の核酸を失活させる。核酸失活溶液の例は、例えば、Ｄａｔｔａｇｕｐｔａら、米国特許第５，６１２，２００号、および、Ｎｅｌｓｏｎら、米国特許出願第２００５‐０２０２４９１ Ａ１号公報に開示されている。反応管の流体内容物は、専用吸引線に接続された管状部材（図示せず）によって吸引され、下方シャーシ１１００内の専用液状廃棄物容器に収集される。管状部材は、好ましくは、４．７インチの長さと、０．０４１インチの内径とを有する。

ＭＴＵシャトル（図示せず）は、後続のＭＴＵ１６０をそれぞれ照度計９５０から失活ステーション７５０へ送出することにより、ＭＴＵ１６０をさらに（図３の右へ）移動させる。照度計９５０によってＭＴＵが失活ステーション７５０へ送出される前に、ＭＴＵシャトルは、戦略的に保持された光スロットスイッチによって検知されるように、ホームポジションへ退避しなくてはならない。照度計からＭＴＵ１６０を受けた後、当該シャトルは、専用注入器に接続された専用滴下線が、ＭＴＵ１６０の各反応管１６２に失活溶液を分注する失活ステーションへＭＴＵ１６０を移動させる。失活準備室内に前回のＭＴＵがあれば、ＭＴＵシャトルによって移動した距離だけ前方へ押す。失活ステーションのセンサーは、ＭＴＵおよびＭＴＵシャトル両方の存在を検証し、それにより、実在しないＭＴＵへの失活液注入または同じＭＴＵへの二重注入の発生を防止する。

吸引ステーション（図示せず）は機械的に連結された５つの吸引管を含み、それらは、吸引管ラック上で垂直移動するために取り付けられ、吸引管を持ち上げたり下ろしたりするためにアクチュエータと連結されている。吸引ステーションは、ＭＴＵが基準プレート８２中の穴を通して下がり、廃棄物入れ１１０８に入る前の、失活準備室沿いの最後の位置にある。吸引ステーション内にＭＴＵが存在してもしなくても、ＭＴＵが失活ステーション内へ移動するたびに、吸引管は上下に一度循環する。ＭＴＵが存在する場合、吸引管はＭＴＵから流体内容物を吸引する。ＭＴＵシャトルによって次のＭＴＵが失活ステーション内に移動すると、その前に吸引されたＭＴＵが失活準備室の端部から押し出され、廃棄物入れ１１０８内へ落下する。

分析器５０は、８時間で約５００回の好ましいアッセイ、または、１２時間で約１，０００回の好ましいアッセイを実行することができるのが理想的である。一度分析器５０を準備し初期設定すると、通常、操作者の支援または介入が必要となることは無い、または稀である。分析器は、異なるＭＴＵが同一に扱われることも扱われないこともあり得る複数のアッセイタイプを同時に実行することができるが、あるアッセイでは、各サンプルは同一に扱われる。結果として、手動ピペット操作、インキュベーション時間調節、温度制御、および、複数のアッセイを手動で実行することに関連するその他の制限が回避され、それによって、信頼性、効率性、およびスループットが増大する。また、操作者のサンプルへの曝露は一般にサンプルの投入に制限されるため、考えられる感染のリスクは大幅に削減される。

（リアルタイム増幅アッセイ）
リアルタイム増幅アッセイを使用して、例えば、病原体またはウイルス由来のサンプル内における対象核酸の存在および量を決定することができる。サンプル内の対象核酸の分量を決定することにより、実務家はサンプル内の有機体またはウイルスの量または投入量を概算することができる。一用途において、リアルタイム増幅アッセイは、Ｃ型肝炎ウイルス（Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ Ｖｉｒｕｓ；ＨＣＶ）およびヒト免疫不全ウイルス（Ｈｕｍａｎ Ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ Ｖｉｒｕｓ；ＨＩＶ）等、血液感染性の病原体のための輸血を目的とする血液もしくは血液製剤を選別するため、または、病原体もしくはウイルスに感染した患者における治療法の効能を監視するために使用してよい。リアルタイム増幅アッセイは、遺伝子発現判定だけでなく、診断目的のために使用してもよい。上述した本発明の好ましい用途において、所望の有機体またはウイルスの存在は、特定の使用条件下で、当該所望の有機体またはウイルス由来の対象核酸配列の（すなわち、有機体もしくはウイルスから得られた対象核酸、またはその増幅産物内に含有される）サンプル中における特異性を示すプローブを使用して決定される。特異性を示すために、プローブは、選択的アッセイ条件下において、プローブが、サンプル内に存在し得るいずれの非対象核酸でもなく標的配列またはその補体と検出可能なようにハイブリダイズするよう、標的またはその補体に対して実質的に相補的なヌクレオチド塩基配列を有していなくてはならない。

標的配列またはその補体を含有する増幅産物の量が増幅手順の終了時に照度計９５０等の検出ステーションにおいて決定される、上述の「終点」増幅アッセイに加えて、本発明は、標的配列またはその補体を含有する増幅産物の量が増幅手順中に決定される、「リアルタイム」増幅アッセイを実行することもできる。リアルタイム増幅アッセイにおいて、対象核酸の濃度は、標的配列またはその補体を含有するサンプル内における増幅産物の量を定期的に判定し、標的配列が増幅される速度を算出することによって決定することができる。当該計器は、終点もしくはリアルタイム検出モードにおいて選択的に、または、両方のモードにおいて同時に使用することができるのが好ましい。

リアルタイム増幅アッセイでは、プローブは、当該プローブが自己ハイブリダイズ状態にあるか、標的配列またはその補体とハイブリダイズしているかに応じて、異なる信号を放出するように相互に作用する、相互作用ラベル対を有する単分子の自己ハイブリダイズプローブであるのが好ましい。例えば、Ｄｉａｍｏｎｄら、米国特許第４，７６６，０６２号「Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ａｓｓａｙ Ｍｅｔｈｏｄ ａｎｄ Ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｒｅａｇｅｎｔ Ｔｈｅｒｅｆｏｒ」；Ｔｙａｇｉら、米国特許第５，９２５，５１７号「Ｄｅｔｅｃｔａｂｌｙ Ｌａｂｅｌｅｄ Ｄｕａｌ Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｒｏｂｅｓ，Ａｓｓａｙｓ ａｎｄ Ｋｉｔｓ」；Ｔｙａｇｉら、米国特許第６，１５０，０９７号「Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｐｒｏｂｅｓ Ｈａｖｉｎｇ Ｎｏｎ‐ＦＲＥＴ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ Ｑｕｅｎｃｈｉｎｇ
ａｎｄ Ｋｉｔｓ ａｎｄ Ａｓｓａｙｓ Ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ Ｓｕｃｈ Ｐｒｏｂｅｓ」；および、Ｂｅｃｋｅｒら、米国特許第６，３６１，９４５号「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｏｒｃｈｅｓ」を参照されたい。本発明においては、相補的な二分子のプローブ、挿入色素で標識されたプローブ、および、一本鎖核酸と二本鎖核酸とを区別するための挿入色素の使用を含む、その他のプローブの使用を検討してもよい。例えば、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ、米国特許第５，９２８，８６２号「Ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ Ｈｏｍｏｇｅｎｏｕｓ Ａｓｓａｙ」；Ｈｉｇｕｃｈｉ、米国特許第５，９９４，０５６号「Ｈｏｍｏｇｅｎｏｕｓ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ」：および、Ｙｏｋｏｙａｍａら、米国特許第６，５４１，２０５号「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ Ａｓｓａｙｉｎｇ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ」を参照されたい。相互作用ラベルの例としては、酵素／基質、酵素／共同因子、発光／消光剤、発光／付加化合物、色素二量体とＦｏｒｒｅｓｔｅｒエネルギー伝送の対が挙げられる。最適な信号弁別のために相互作用ラベルをプローブに繋ぎ合わせる方法および材料については、上記の参考文献に記載されている。

好ましいリアルタイム増幅アッセイにおいて、相互作用ラベルは、蛍光部分と、例えば４‐（４‐ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）等の消光剤部分とを含む。蛍光部分は、適切な励起波長の光エネルギーによって励起されると、特定の発光波長の光エネルギーを放出する（すなわち、蛍光を発する）。蛍光部分と消光剤部分とが近接近して把持されている場合、蛍光部分から放出された光エネルギーは、消光剤部分によって吸収される。しかしながら、プローブが、サンプル中に存在する核酸とハイブリダイズしている場合、蛍光部分および消光剤部分は互いに隔てられ、蛍光部分によって放出された光エネルギーを検出することができる。励起され、異なる識別可能な波長で放出する蛍光部分を、異なるプローブと組み合わせることができる。サンプルに異なるプローブを加えることができ、各プローブに関連付けられる対象核酸の存在および量は、サンプルを異なる励起波長の光エネルギーに対して交互に曝露し、異なる蛍光部分に対応する異なる波長のサンプルからの光放出を測定することによって決定することができる。

多重リアルタイム増幅アッセイの一例において、増幅反応を開始する前に、以下のものをサンプルに添加してもよい：消光剤部分と、その５´端および３´端に繋ぎ合わせられ、ＨＣＶ由来の核酸配列に対して特異性を有する第１の蛍光色素（励起波長λ_ｅｘ１と発光波長λ_ｅｍ１を有する）とを有する第１のプローブ；消光剤部分と、その５´端および３´端に繋ぎ合わせられ、ＨＩＶタイプ１（ＨＩＶ‐１）由来の核酸配列に対して特異性を有する第２の蛍光色素（励起波長λ_ｅｘ２と発光波長λ_ｅｍ２を有する）とを有する第２のプローブ；および、消光剤部分と、その５´端および３´端に繋ぎ合わせられ、ウエストナイルウイルス（ＷＮＶ）由来の核酸配列に対して特異性を有する第３の蛍光色素（励起波長λ_ｅｘ３と発光波長λ_ｅｍ３を有する）とを有する第３のプローブ。サンプル内のプローブを増幅試薬と組み合わせた後、波長λ_ｅｘ１、λ_ｅｘ２、およびλ_ｅｘ３の励起光に対してサンプルを周期的および交互に曝露し、波長λ_ｅｍ１、λ_ｅｍ２、およびλ_ｅｍ３における放出光を測定して、単一のサンプルにおける３つのウイルスすべての存在（または不在）および量を検出することができる。増幅試薬の構成要素は実行するアッセイによって異なるが、一般に、適切な緩衝液中に、プライマー、プロモータープライマー、および／またはプロモーターオリゴヌクレオチド等の少なくとも１つの増幅オリゴヌクレオチドと、ヌクレオシド三リン酸と、マグネシウムイオン等の共同因子とを含有する。

増幅手順を使用して、検出が発生し得る前に、サンプル中に存在する標的配列またはその補体の量を増加させる場合、増幅が行われたことを確認し、それによって偽陰性を回避するための「対照」を含むことが望ましい。そのような対照は、所望の配列と無関係な既知の核酸配列であってよい。対照配列に対する特異性を有し、独自の蛍光色素（すなわち、対照色素）を有するプローブ（すなわち、対照プローブ）と消光剤との組み合わせを、標的配列だけでなく対照配列を増幅するのに必要な１つ以上の増幅試薬とともにサンプルに添加する。サンプルを適切な増幅条件に曝露した後、異なる励起波長（対照色素の励起波長を含む）の光エネルギーに対してサンプルを交互に曝露し、放出光を検出する。対照色素に対応する波長の放出光を検出することにより、増幅が成功したこと（すなわち、対照配列が確かに増幅されたこと）が確認され、したがって、標的配列のプローブに対応する放出光の検出のいかなる失敗も、増幅失敗によるものではないと考えられる。逆に、対照色素からの放出光の検出の失敗は増幅失敗を示すと考えられ、したがって、当該アッセイの結果はいずれも疑わしいものとなる。

リアルタイム増幅アッセイは、リアルタイムインキュベータ（「ＲＴインキュベータ」）内で実行され、当該インキュベータは上述のＡＴインキュベータ６０２の修正版である。図６１および６４〜６５において参照番号６０８で指定されるＲＴインキュベータは、本質的に、インキュベータ６００、６０２、６０４、および６０６等の回転インキュベータである。ＲＴインキュベータは、ＭＴＵ１６０が各色素に対応する励起光で照射された際にＭＴＵ１６０の各反応管１６２内の色素によって放出された蛍光を測定することにより、ＲＴインキュベータ内に運搬されたＭＴＵ１６０の反応管１６２内で発生する増幅をリアルタイム様式で検出するための、それに付着された計器を含む。ＲＴインキュベータ６０８は、終点増幅アッセイ用のＡＴインキュベータ６０２として、またはリアルタイム増幅アッセイ用のＲＴインキュベータ６０８として機能できるようにＡＴインキュベータ６０２を修正することによって、自動診断分析器５０に統合されてよい。あるいは、ＲＴインキュベータ６０８は、ＡＴインキュベータ６０２をＲＴインキュベータ６０８から隔てておくことが望ましい場合、ハウジング６０に付随する構造体（図示せず）上に固定されていてもよい。この場合、分析器５０の処理デスク２００から、処理デスク２００に隣接する付随構造体に運搬されたＲＴインキュベータ６０８へＭＴＵ１６０を移送するために、移送機構５００、５０２等の付加的な機構が必要となることが十分に理解できる。

リアルタイム蛍光検出用のＲＴインキュベータ６０８に付着された計器は、ここで記載するように、光検出モジュール（信号測定装置の一種）として知られている。

概して参照番号１７００で指定される光検出モジュールを、図６１の側断面図に示す。また、図６１には、ＲＴインキュベータ６０８の床６１３の一部も示されており、床６１３に形成された開口部６１５を通って光検出モジュール１７００が延びている。図６１では、円筒壁６１０の一部は示されているが、説明図を明瞭にするため、絶縁被覆６１２は示されていない。また、ＲＴインキュベータ６０８が取り付けられ、光検出モジュール１７００のほとんどがその下に位置する基準プレート８２は、図６１に示されていない。ＭＴＵ１６０の一部は光検出モジュール１７００の上に保持されているように示され、当該光検出モジュール１７００はＭＴＵ１６０の第１の反応管１６２ａの下に保持されている。実質的に同一な光検出モジュール１７００は、好ましくは、ＲＴインキュベータ６０８の異なる位置にあるその他の反応管１６２ｂ、１６２ｃ、１６２ｄ、および１６２ｅのそれぞれに対して保持されている。

図６１〜６３に示すように、光検出モジュール１７００は、プリント基板１７９０に付着されたハウジング１７１０を含む。ハウジング１７１０は、４つのセクション：励起光ハウジング１７１４、励起レンズハウジング１７１２、アダプターパイプ１７１８、および放出レンズハウジング１７１６を含む。励起レンズハウジング１７１２、励起光ハウジング１７１４、および放出レンズハウジング１７１６は、それぞれ黒陽極酸化仕上げの機械加工６０６１‐Ｔ６アルミニウムから形成されるのが好ましい。アダプターパイプ１７１８は、Ｄｅｌｒｉｎ（Ｒ）樹脂から形成されるのが好ましい。図６１から分かるように、アダプターパイプ１７１８は、ＲＴインキュベータ６０８のインキュベータ床６１３に近接近している。したがって、光検出モジュール１７００の、ＲＴインキュベータ６０８からのあるレベルの熱的分離を提供するためには、アダプターパイプ１７１８は、Ｄｅｌｒｉｎ（Ｒ）樹脂等、低熱伝導率を有する材料から形成されるのが好ましい。アダプターパイプ１７１８は、ハウジング１７１０と回路基板１７９０との間にさらなる電気的分離も提供する。

励起光ハウジング１７１４は、励起光アセンブリ１７３０（以下でさらに詳細に説明する）を格納し、その下方端部においてプリント基板１７９０に、その上方端部において励起レンズハウジング１７１２の端部に付着されている。励起光ハウジング１７１４は、ねじ（図示せず）等の機械留め具を用いて励起レンズハウジング１７１２に付着されている。当該アセンブリは、各ハウジングの、その組み立て中の正確な相対位置決めを容易にするために、励起光ハウジング１７１４と励起レンズハウジング１７１２との間に延びるロケーションピン１７２１（図６２参照）も含んでよい。

励起レンズハウジング１７１２は、説明図中で水平に配向された第１の部分１７１３と、第１の部分１７１３から直角に延び、当該図中で垂直に配向された第２の部分１７１５とを含む。斜表面１７１７は、好ましくは、第１の部分１７１３と第２の部分１７１５の縦軸に対して４５°の角度を有する。

アダプターパイプ１７１８は、励起レンズハウジング１７１２の第２の部分１７１５の端部と光を漏らさない様式で接合するように適合されたベース部１７２０を含む。より具体的には、アダプターパイプ１７１８のベース部１７２０は、好ましくは円形形状の突出部１７２４（図６１参照）を含み、当該突出部は、励起レンズハウジング１７１２の第２の部分１７１５の上方端部内に形成された、接合するサイズおよび形状の陥凹部内へ延びる。アダプターパイプ１７１８の上方部分１７２２は、ベース部１７２０上に突出している。上方部分１７２２は、好ましくは、円形形状であり、床６１３に形成された開口部６１５を通って突出するように適合されている。上方部分１７２２は、好ましくは、ベース部分１７２０よりも小さい横方向寸法を有し、それによって上方部分１７２２とベース部１７２０との間に段部１７２６を形成し、当該段部１７２６は、光検出モジュール１７００がＲＴインキュベータ６０８に設置されている場合、床６１３の底部に対して凭れ掛かっている。

アダプターパイプ１７１８は、ねじ（図示せず）等の機械留め具を用いて励起レンズハウジング１７１２に固定されているのが好ましく、各部品の、その組み立て中の正確な相対位置決めを容易にするために、アダプターパイプ１７１８と励起レンズハウジング１７１２の第２の部分１７１５との間にロケータピン（図示せず）が延びていてよい。

放出レンズハウジング１７１６は、その下方端部において、励起光ハウジング１７１４と相隔たる位置のプリント基板１７９０に付着されている。放出レンズハウジング１７１６の下方端部は、好ましい４５°の角度を有し、励起レンズハウジング１７１２の斜表面１７１７と一致する斜表面１７１９の形態をしている。励起レンズハウジング１７１２と放出レンズハウジング１７１６は、ねじ（図示せず）等の機械留め具によって互いに接続されているのが好ましく、その組み立て中のハウジングの正確な位置決めを容易にするために、ハウジング間に延びるロケーションピン１７２３を含んでもよい。

ハウジング１７１０への光侵入を制限するために、各ハウジングのうちいずれかの間の接合面にガスケット材（図示せず）を置いてもよい。そのようなガスケット材は、例えば、発泡材料を含んでよい。

図６１および６３に示すように、光検出モジュール１７００の内部光学は、励起光アセンブリ１７３０と、励起レンズアセンブリ１７４０と、放出レンズアセンブリ１７７０とを含む。

励起光アセンブリ１７３０は、従来の様式でプリント基板１７９０に接続された発光ダイオード（Ｌｉｇｈｔ Ｅｍｉｔｔｉｎｇ Ｄｉｏｄｅ；ＬＥＤ）１７３２を含む。異なる蛍光色素は、異なる波長で励起される。本発明の１つの多重用途において、好ましい色素は、それぞれＤＡＢＣＹＬ消光剤と組み合わせた、ローダミン色素テトラメチル‐６‐ローダミン（「ＴＡＭＲＡ」）およびテトラプロパノ‐６‐カルボキシローダミン（「ＲＯＸ」）、ならびに、蛍光色素６‐カルボキシフルオレセイン（「ＦＡＭ」）および２´，７´‐ジメトキシ‐４´，５´‐ジクロロ‐６‐カルボキシローダミン（「ＪＯＥ」）を含む。好ましい色素の励起スペクトルを図６６に示す。好ましい色素は異なる波長で励起されるため、光検出モジュール１７００は、光検出モジュールが対象とする特定の色素にとって望ましい励起波長（すなわち、色）またはその付近で励起光を放出するように合わせてあるのが好ましい。したがって、光学系の構成要素選択は、多くの場合において、光検出モジュールが対象とする特定の色素によって支配されることになる。例えば、ＬＥＤ１７３２に対して、特定のＬＥＤ（メーカーおよび型番）の選択は、光検出モジュールが対象とする色素次第となる。ＦＡＭ色素については、好ましいＬＥＤは、型番Ｌ７１１３ＰＢＣＨとしてＫｉｎｇｂｒｉｇｈｔ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（カリフォルニア州、インダストリー市）から市販されており、ＴＡＭＲＡ色素については、好ましいＬＥＤは、型番Ｌ７１１３ＶＧＣ／ＨとしてＫｉｎｇｂｒｉｇｈｔ社から市販されており、ＲＯＸ色素については、好ましいＬＥＤは、型番ＨＬＭＰ‐ＥＬ１６‐ＶＹ０００としてＡｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．（カリフォルニア州、パロアルト）から市販されており、ＪＯＥ色素については、好ましいＬＥＤは、型番Ｌ７１１３ＶＧＣ／ＨとしてＫｉｎｇｂｒｉｇｈｔ社から市販されている。

光パイプ１７３３は、ＬＥＤ１７３２の上に保持され、ベース部１７３４と、ベース部１７３４から突出する細長い部分１７３５とを含む。混合棒としても知られる光パイプ１７３３は、好ましくは、鋳造または押出透明アクリルである。光パイプ１７３３は、ＬＥＤ１７３２から放出される光を捕らえ、ＬＥＤ１７３２から離れた上方にそれを送り、ＬＥＤ１７３２と反対側の光パイプ１７３３の細長い部分１７３５の端部に、空間的に均質な光分布を作る。光パイプは、光送信器として、および、励起光アセンブリ１７３０の高さを放出レンズアセンブリ１７７０の高さと一致させる物理的スペーサとして作用する。また、空間的に均質な励起光は、蛍光光度計読み取りを向上させ、放射再現性を容易にする。光パイプ１７３３は、励起光ハウジング１７１４の内部に形成された狭い開口部１７１１を通って延びている。

光パイプ１７３３からの光は、光パイプハウジング１７１４の上方端部に配置された鏡１７３６に向けて方向付けられる。好ましい鏡としては、品番Ｙ４３‐７９０（強化アルミニウム）および品番Ｙ４３‐７９１（保護金）としてＥｄｍｕｎｄ Ｏｐｔｉｃｓ Ｉｎｃ．（ニュージャージー州、バーリントン）から市販されている鏡が挙げられる。鏡１７３６は、好ましくは約４５°の角度に配向されている。カバー１７３８は、好ましくはＤｅｌｒｉｎ（Ｒ）樹脂またはその他の適切な材料でできており、鏡１７３６上の励起光ハウジング１７１４の上方端部に付着されている。光パイプハウジング１７１４の上方端部に形成されたカウンターボア付き開口部内に鏡１７３６を設置し、その後、カバー１７３８を用いてハウジングを閉じる。

励起レンズアセンブリ１７４０は、第１のレンズ１７４４と第２のレンズ１７４６とを含む。第１のレンズ１７４４に好ましいレンズとしては、品番Ｙ３２‐９１３としてＥｄｍｕｎｄ Ｏｐｔｉｃｓから市販されているレンズが挙げられ、第２のレンズ１７４６に適切なレンズとしては、品番Ｙ４５‐３４８としてＥｄｍｕｎｄ Ｏｐｔｉｃｓから市販されているレンズが挙げられる。レンズ１７４６および１７４４は、好ましくは黒陽極酸化仕上げの６０６１‐Ｔ６アルミニウムから形成されたスペーサ要素１７４３によって互いに隔てられている。鏡１７３６に反射した光は、好ましくは±１０°の許容誤差範囲内で反射光をコリメートするレンズ１７４４および１７４６によって方向付けられる。第２のレンズ１７４６を通過した光は、その後、バッフル開口１７５０を通過する。バッフル開口１７５０は、ハウジング１７１２の第１の部分１７１３の縦軸（すなわち、光軸）に対して３５°の角度の内面を持つリングであり、好ましくは、黒陽極酸化仕上げの機械加工６０６１‐Ｔ６アルミニウム製である。バッフル１７５０の目的は、±１０°の許容誤差範囲外の迷光をブロックアウトすることである。第２のレンズ１７４６は、好ましくは黒陽極酸化仕上げの６０６１‐Ｔ６アルミニウム製のスペーサ要素１７４８を用いて開口バッフル１７５０から隔てられている。

開口バッフル１７５０に続いて、光は励起フィルタ１７５２を通過し、励起光の望ましくないスペクトル成分を除去する。ここでも、使用される特定のフィルタは、光検出モジュール１７００が対象とする色素の励起スペクトル次第である。好ましいフィルタは、色素ＦＡＭ用は品番ＨＱ４８０／４３ｘとして、色素ＴＡＭＲＡ用は品番ＨＱ５２５／５０ｘとして、色素ＲＯＸ用は品番ＨＱ５９０／２０ｘとして、および、色素ＪＯＥ用は品番ＨＱ５１４／２２ｘとして、Ｃｈｒｏｍａ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｒｐ．（バーモント州、ロッキンガム）から市販されている。励起レンズアセンブリ１７５０の要素は、留めリング１７４２を用いて励起レンズハウジング１７１２内の適所に把持される。適切な留めリングは、品番ＳＭ１８ＲＲとしてＴｈｏｒｌａｂｓ，Ｉｎｃ．（ニュージャージー州、ニュートン）から市販されている。

励起フィルタ１７５２の次に、光はダイクロイックビームスプリッタ１７５４に突き当たる。ダイクロイックビームスプリッタ１７５４は、４５°で配向されており、アダプターパイプ１７１８内に配置されているレンズ１７５６に向けて９０°、励起フィルタ１７５２を通過する励起光の方向を変える（後述）。用いられる特定のビームスプリッタは、光検出モジュール１７００が対象とする色素によって変わる。好ましいビームスプリッタは、以下のようなものである：ＦＡＭ色素については、適切なビームスプリッタは品番５１１ＬＰとしてＣｈｒｏｍａ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社から市販されており、ＴＡＭＲＡ色素については、適切なビームスプリッタは品番５６０ＬＰとしてＣｈｒｏｍａ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社から市販されており、ＲＯＸ色素については、適切なビームスプリッタは品番６１５ＬＰとしてＣｈｒｏｍａ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社から市販されており、ＪＯＥ色素については、適切なビームスプリッタは品番５３５ＬＰとしてＣｈｒｏｍａ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社から市販されている。レンズ１７５６は、窓１７５８を介して光を方向付ける集束レンズであり、当該光は次にＭＴＵ１６０の反応管１６２に突き当たる。適切な集束レンズは、品番Ｙ３２‐９１３としてＥｄｍｕｎｄ Ｏｐｔｉｃｓ社から市販されている。

正しい帯域幅の光によって励起された場合、問題の特定の色素が存在すると仮定すると、反応管１６２の内容物は蛍光を発し、それによって光を放出する。反応管１６２の内容物から放出された光は、窓１７５８を通過してレンズ１７５６へ戻り、当該レンズは放出された光をできる限り収集および集束する。レンズ１７５６は、好ましくは±１０°の許容誤差範囲内となるよう、放出された光のコリメートも行う。レンズ１７５６を通過した光は、その後、ダイクロイックビームスプリッタ１７５４に突き当たり、励起光と異なる波長である場合、放出された光は通過し、ビームスプリッタ１７５４によって方向を変えられない。ダイクロイックビームスプリッタ１７５４を通過した後、光は放出レンズアセンブリ１７７０へ入り、そこでまず開口バッフル１７７２と衝突する。バッフル１７７２は、好ましくは黒陽極酸化仕上げの６０６１‐Ｔ６アルミニウムから形成され、その縦軸に対して３５°の角度の内部開口部を有する。開口バッフル１７７２は、±１０°の許容誤差範囲外の光をブロックする。

開口バッフル１７７２を通過した後、光は放出フィルタ１７７４と衝突し、当該フィルタは、放出光中に存在する望ましくないスペクトル成分を除去する。好ましい特定のフィルタは、光検出モジュールが対象とする特定の色素から放出される光の波長によって変わる。図６７は、本発明に従って使用される好ましい色素の放出スペクトルを示す。好ましい放出フィルタは、以下のとおりである：ＦＡＭ色素については、適切なフィルタは品番ＨＱ５３３／２４ｍとしてＣｈｒｏｍａＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社から市販されており；ＴＡＭＲＡ色素については、適切なフィルタは品番ＨＱ５８８／３５ｍとしてＣｈｒｏｍａ
Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社から市販されており；ＲＯＸ色素については、適切なフィルタは品番ＨＱ６４０／４０ｍとしてＣｈｒｏｍａ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社から市販されており；ＪＯＥ色素については、適切なフィルタは品番ＨＱ５６０／３０ｍとしてＣｈｒｏｍａ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社から市販されている。

光は、次に集束レンズ１７７８を通過する。適切なレンズは、品番Ｙ４５‐３４８としてＥｄｍｕｎｄ Ｏｐｔｉｃｓ社から市販されている。放出光は、レンズ１７７８によって、放出光の強度に比例して電流信号を生成するフォトダイオード１７８０に焦点を合わせられる。適切なフォトダイオードは、型番ＰＩＮ‐１０ＤＩとしてＵＤＴ Ｓｅｎｓｏｒｓ，Ｉｎｃ．（カリフォルニア州、ホーソーン）から市販されている。レンズ１７７８とフィルタ１７７４は、好ましくは黒陽極酸化仕上げの６０６１‐Ｔ６アルミニウムから形成されたスペーサ要素１７７６によって互いに隔てられている。フォトダイオード１７８０以外の放出レンズアセンブリ１７７０の要素は、留めリング１７７７を用いて放出レンズハウジング１７１６内の適所に把持される。適切な留めリングは、品番ＳＭ１８ＲＲとしてＴｈｏｒｌａｂｓ，Ｉｎｃ．（ニュージャージー州、ニュートン）から市販されている。フォトダイオード１７８０は、プリント基板１７９０に接続される。

図６８Ａ〜６８Ｆは、ＬＥＤ１７３２とフォトダイオード１７８０とを含む回路基板１７９０に適切な回路（フォトダイオード１７８０によって生成された電流に比例する電圧を生み出す増幅回路を含む）を図示している。

電子回路１７９０は、以下の構成要素およびサブ回路を含む：電源１８００およびコンデンサＣ６、Ｃ１０、Ｃ１７、抵抗器Ｒ１１、Ｒ２５によって形成された電源フィルタ（図６８Ｅ）、励振源（ＬＥＤ）１７３２（図６８Ｆ）、Ｕ１を含む励起駆動源回路および様々な構成要素（図６８Ｆ）、受信器（フォトダイオード）１７８０および様々な構成要素（図６８Ａ）、プリアンプ回路Ｕ６（ピン５〜７）、Ｕ７、および様々な構成要素（図６８Ａ）、オフセット補償回路Ｕ６（ピン１〜３）および様々な構成要素（図６８Ａ）、マイクロプロセッサ回路Ｕ５および様々な構成要素（図６８Ｂ）、アナログスイッチ回路ＳＷ１および様々な構成要素（図６８Ｂ）、ならびに、ローパスフィルタ微分回路Ｕ２、Ｕ３（図６８Ｃ）、Ｕ４（図６８Ｄ）および様々な構成要素。

背景定常光が変動するという効果を拒否するために、回路１７９０はマイクロプロセッサＵ５を組み込み、当該マイクロプロセッサはＬＥＤ１７３２（オン／オフ）を制御して、ＬＥＤ１７３２を変調し、アナログスイッチＳＷ１を制御するために使用されるクロック（ＦＡＭ／ＲＯＸでは２５０Ｈｚ、ＴＡＭでは３５０Ｈｚに設定）を作成する。ＬＥＤ１７３２（励起）を変調し、同じ周波数においてアナログスイッチＳＷ１の状態を変更する（後続の微分フィルタＵ２の利得を、正の利得から負の利得へ、またはその逆へ変更する）ことにより、調和する送信器／受信器の対が作成される。このクロックと同じ周波数で到着したそれらの光信号のみが増幅されることになり、すべての定常光および異なる周波数で変調された光信号は抑制される。

プリアンプ（トランスインピーダンス）回路―Ｕ６（ピン５〜７）およびＵ７を含む―は、フォトダイオード１７８０から電流を受け、それを増幅電圧に変換する。また、オフセット補償回路―Ｕ６（ピン１〜３）を含む―は、フォトダイオード１７８０に入射するあらゆる定常光（未変調）に応じてフォトダイオード１７８０から出た電流を補償するバイアス電流を提供する。これは、このプリアンプの利得（２０ｍＶ／ｎＡ）を前提として、容易かつ頻繁に実現されるプリアンプの出力を定常光（所望の変調された光よりも大きい桁数であってよい）が飽和させないことを目的としている。

高利得および小信号を測定することにより、プリアンプ回路は、ＥＭＩ／ＲＦＩ干渉の結果としての測定誤差ならびに温度および湿度の変化に対して高い感受性を持ち得る。これらの効果を最小化するために、回路トレース、ならびに、高インピーダンス回路、特にフォトダイオード１７８０および接続点を含む構成要素は、その他の回路から可能な限り遠くに位置している。また、プリント基板１７９０は、隣接する臨界高インピーダンス成分、特に構成要素Ｒ３３、Ｒ３６、およびＣ２１を収集し得る汚染物質の完全な除去を容易にするように構成されるのが好ましい。組み立て後に回路基板１７９０に残る汚染物質および残留磁束の量を最小化するために、まず、はんだ付けに使用されるはんだ／磁束に適切な鹸化剤で基板を洗浄し、その後脱イオン水ですすぐ。これらの準備ステップに続いて、フォトダイオード１７８０を「未洗浄磁束」コアはんだで回路基板１７９０にはんだ付けするのが好ましく、回路基板１７９０に残ったあらゆる残留磁束は保護バリアを提供し、したがって、好ましくは除去されない。これらのステップにより、温度および湿度の変化に関連する長期ドリフトおよび回路感度の効果が緩和されるはずである。また、回路基板１７９０のプリアンプ部分は、いかなるＥＭＩ／ＲＦＩ干渉も抑制するために、接地ハウジング（ファラデーケージ）内に完全に含有される。

図６８Ａを参照すると、増幅器Ｕ７およびＵ６（ピン５〜７）は、光信号の増幅における初めの２段階を形成するものである。構成要素Ｃ２０、Ｃ２２、Ｃ２４、Ｃ２６、Ｃ２７、Ｃ２８、Ｒ３５、およびＲ４５は、増幅器に電源バイパス／フィルタリングを提供する。Ｃ１８、Ｄ２、Ｒ３２、およびＲ３４は、フォトダイオード１７８０のアノードにバイアスをかけるフィルタ付き−２．５Ｖ電源を形成する。フィードバック抵抗器Ｒ３３およびＲ３６はフォトダイオード１７８０からの電流を電圧に変換し、一方、Ｃ２１は周波数３．６ＫＨｚ以上の信号にフィルタリングを提供する。Ｒ３７およびＲ３８によって形成された分圧器は次のプリアンプ段階において１０の電圧利得を提供し、一方、コンデンサＣ２３はさらなるローパスフィルタリングを提供する。

増幅器Ｕ６（ピン１〜３）は、背景定常光および回路におけるその他の固有ＤＣオフセットに起因するフォトダイオード１７８０からの電流をネゲートするＤＣバイアス電流を作る。当該回路は、（Ｕ７によって形成された）最初のプリアンプ回路の入力にフィードバックされる電流を生成する積分増幅器を形成する。この結果、Ｕ７およびＵ６において出力信号が生じ、ピン７はゼロの直流成分を有する、すなわち、信号の中心は０Ｖとなる。

マイクロプロセッサＵ５（図６８Ｂ）は、ＬＥＤ機能（例えば、ＬＥＤ１７３２をオフにする、または、ＬＥＤ１７３２を、対象とする動作周波数、つまりＦＡＭおよびＲＯＸでは２５０Ｈｚ、ＴＡＭでは３５０Ｈｚに変調する）および微分増幅器利得を制御する。その入力信号（ピン６および７）に応じて、マイクロプロセッサＵ５はＬＥＤ１７３２を「オフ」または「変調」状態に制御する。微分フィルタ回路Ｕ２、Ｕ３、Ｕ４の利得は、ＬＥＤ１７３２への制御信号とアナログスイッチＳＷ１との間の位相関係に応じて、プラスマイナス１２の範囲内で調整可能である。

図６８Ｆを参照すると、構成要素Ｃ１、Ｒ３、およびＶＲ１は基準電圧回路を形成し、これらの構成要素は、抵抗器Ｒ１８およびＲ２７とともに、（ＬＥＤ１７３２がオンになっている場合）ＬＥＤ電流を確立する。構成要素Ｒ１、Ｒ２、およびＱ１はＬＥＤ制御回路を形成し、当該回路では、ＦＥＴスイッチＱ１がオンになっている場合、増幅器Ｕ１の入力ピンの電圧が上昇し、増幅器の出力を低電圧にさせ、ＬＥＤ電流スイッチＱ２を効果的にオフにする。Ｑ１がオンになっていない場合、Ｕ１は、ＬＥＤ１７３２を通る電流が確立された設定点において制御されるように、ＦＥＴスイッチＱ２のゲートの電圧を制御する。ＬＥＤ変調周波数およびオフ／オン制御は、上述のマイクロプロセッサＵ５（図６８Ｂ）から「ＬＥＤ＿ＯＮ」と入力することによって制御される。

図６８Ｂを参照すると、アナログスイッチＳＷ１は、入力電圧を次の微分フィルタに「反転させる」ために使用される。信号が反転される周波数は、マイクロプロセッサＵ５によって設定および制御される。アナログスイッチＳＷ１の入力Ａ０およびＡ１の設定に応じて、１セットのスイッチ（アナログスイッチＳＷ１の内部）をオンにして、有線でデバイスに信号を通過させる（それぞれ出力Ｄ１およびＤ２と接続されている、スイッチＳ１ＡおよびＳ２Ａが「オン」であるか、スイッチＳ１ＢおよびＳ２Ｂが「オン」である）。この回路においては、ＬＥＤ１７３２がオンになっている場合、プリアンプＵ６（ピン５〜７）から出た信号が微分フィルタＵ２（ピン３）の正の入力に方向付けられ、一方、接地は微分フィルタＵ２（ピン５）の負の入力に適用されるように、アナログスイッチＳＷ１への入力は有線である。微分フィルタ（Ｕ４）の（フィルタリング後の）出力信号は、その振幅のおよそ１２倍である。ＬＥＤ１７３２が（変調しながら）オフにされた場合、プリアンプ回路の出力は負になり、振幅はＬＥＤ１７３２がオンになっていたときとほぼ同じである。微分フィルタへの入力は、ここでは有線であるが、プリアンプＵ６（ピン７）から出た負の信号が微分フィルタＵ２（ピン５）の負の入力に方向付けられ、一方、接地は正の入力Ｕ２（ピン３）に適用されるように、逆であってもよい。（フィルタリング後の）出力信号はやはり、ＬＥＤがオンでありアナログスイッチが他の位置にある場合とほぼ同じ振幅である。

微分増幅器／フィルタＵ２、Ｕ３、Ｕ４は、最小利得（１２ｘ）を提供し、区別をつけて信号を扱いながら、信号の多極ローパスフィルタリング（１０Ｈｚでカットオフ）を提供する。このフィルタは、ＬＥＤ／アナログスイッチの動作周波数の前後１０Ｈｚ範囲（ＦＡＭ／ＲＯＸでは２４０〜２６０Ｈｚ、ＴＡＭでは３４０〜３６０Ｈｚ）から外れたプリアンプからのありとあらゆる信号を減衰させるために使用される。フォトダイオード１７８０によって行われる電気信号の減衰は、周波数がこの範囲外に逸脱するのに伴って急速に増加する。

最終増幅回路（Ｕ４）は、ゼロ利得を持つ差動増幅器として機能する。その機能は、微分フィルタから出た２つの信号間の電圧差動を、回路接地を基準とする正の電圧に変換することである。

図６４および６５は、いずれもＲＴインキュベータ６０８の上面図を示し、ＲＴインキュベータ６０８の底部に取り付けられた光検出モジュール１７００の位置決めを説明している。図６４および６５に示す実施形態において、ＲＴインキュベータは１５の光検出モジュール１７００を含み、３つの異なる色素、つまりＦＡＭ、ＴＡＭＲＡ、およびＲＯＸのそれぞれにつき５つの光検出モジュール１７００（ＭＴＵ１６０の反応管１６２ａ〜１６２ｅのそれぞれにつき１つずつ）である。したがって、ＭＴＵ１６０の５つの反応管１６２ａ〜１６２ｅのそれぞれに対応する５つの半径のそれぞれには、色素のそれぞれについて１つずつ、３つの光検出モジュール１７００がある。光検出モジュール１７００は、ＲＴインキュベータの周囲２４°インクリメントして保持されている。１つの特定のモジュール１７００での検出中、同時に励起されている隣接する反応管からの迷光が、モジュール１７００において検出される放出に影響を及ぼすことが可能である。また、励起光は、反応管１６２で散乱し、隣接する反応管１６２を励起することができる。この状態は、クロストークとして知られている。光検出モジュールは、隣接する光検出モジュール１７００の検出窓間の距離を最大化し、それによって隣接する光検出モジュール１７００間のクロストークを最小化するように保持されているのが好ましい。ＭＴＵ１６０の隣接する反応管１６２の間に保持された同心円状壁の形態で光単離バッフル（図示せず）を提供することによって、クロストークを防止することもできる。

隣接する反応管の放出間のクロストークを減らし、例えば迷光による背景信号を減じるための別の方法は、位相同期検出技術を使用することによるものである。励起光は、多くの場合、ＬＥＤ１７３２に既知の周波数の信号を印加することによって変調される。ＴＡＭＲＡ色素については３５０Ｈｚの励起信号周波数が使用され、ＦＡＭおよびＲＯＸ色素については２５０Ｈｚの励起信号周波数が使用される。したがって、結果として生じる放出光は、励起光の周波数によって支配された周波数を表示することになり、励起光の周波数と矛盾する周波数を有するいかなる放出信号も、励起光から生じたものでないとして廃棄してよい。既知の位相検出回路を使用して、励起信号と放出信号との間の位相差に比例する電圧を出力することができる。

図６５に示すように、光検出モジュール１７００は、当該モジュールが対象とする色素によって分類されるのが好ましい。すなわち、モジュール１〜５はＦＡＭ色素を対象とし、モジュール６〜１０はＴＡＭＲＡ色素を対象とし、モジュール１１〜１５はＲＯＸ色素を対象としている。クロストークは、同じ波長の励起信号を持つ隣接する光検出モジュール間よりも、異なる波長の励起信号を持つ隣接する光検出モジュール間でのほうが実際に大きいことが分かっている。したがって、図６４に示すように、同様の波長の検出器を集めることによって、クロストークが減る。

また、迷光の送信および反射を最小化するために、ＲＴインキュベータ６０８の内部構成要素は黒色であるのが好ましい。

好ましい実施形態において、ＲＴインキュベータ６０８の底床６１３に取り付けられ、ほとんどの場合、処理デスク２００の基準プレート８２の下に配置された光検出モジュール１７００は、光検出モジュールに影響を及ぼし得る迷走電磁干渉をブロックするシールド（ファラデーシールドとして知られる、図示せず）によって包囲される。

図６４および６５は、１５の光検出モジュール１７００を持つＲＴインキュベータ６０８を示す。そのような配置により、ＭＴＵ１６０の５つの反応管１６２および３つの色素のリアルタイムスキャニングが可能になる。例えば上述したように、３つの異なるウイルスおよび内部対照に関連付けられた増幅産物を検出するために、４つの色素を手順に組み込むことが望ましくなる場合は、この実施形態において２０の光検出モジュールをＲＴインキュベータ６０８に組み込むことが必要となるが、図６２および６３から十分理解できるように、空間的制約および光検出モジュール１７００の図示の実施形態のサイズを考慮すると、ほぼ不可能であろう。

２０の光検出モジュール、すなわち４つの個々の色素それぞれにつき５つの光検出モジュールを必要とすることを回避するために、各色素に１つずつ、４つの光検出モジュールがＲＴインキュベータ６０８に対して移動可能なように取り付けられたスキャニングリアルタイム蛍光光度計を使用してよく、それによって各光検出モジュールはＭＴＵ１６０の５つの反応管１６０ａ〜１６２ｅのそれぞれの下に選択的に保持されることができる。（光検出モジュールの数は、検出される色素の数に基づいて、スキャニングリアルタイム蛍光光度計内で調整できる。）そのようなスキャニングリアルタイム蛍光光度計用のスキャニング蛍光光度計アセンブリは、図６９〜７２において、概して参照番号２０００で指定されている。図示されているスキャニング蛍光光度計アセンブリにおいては、４つの光検出モジュール１７００が、固定スキャニングディスク２００２に対して半径方向に移動可能なように取り付けられている。各光検出モジュール１７００は、スキャニングディスク２００２に対して光検出モジュール１７００の半径方向運動の効果を及ぼすために平行移動アセンブリ２００６に運搬された光検出モジュール取り付けブラケット２００４に取り付けられている。平行移動アセンブリ２００６は、取り付けブラケット２００４が付着された線形摺動軸受２００８と、スキャニングディスク２００２に取り付けられ、それに沿って軸受２００８が摺動自在に平行移動することができる、軸受トラック２０１０とを備える。スロット付き光センサー２０１４は、軸受トラック２０１０の半径方向外向き端部においてスキャニングディスク２００２に固定され、軸受２００８から延びる突出部２０１６は光検出モジュール１７００が半径方向の位置から最も遠くにあるときにセンサー２０１４内へ延び、それによって「ホーム」信号を提供する。スキャニングディスク２００２には、概して放射状スロット２０４０が形成される（図７２参照）。

図７２は、スキャニング蛍光光度計アセンブリ２０００の底面図を示す。カムディスク２０３０は、スキャニングディスク２００２と同軸上に且つ平行に配置され、シャフト２０２４の周囲を回転可能である（図７１参照）。カムディスク２０３０は、光検出モジュール１７００のそれぞれにつき１つずつ、その中に形成された４つの弓状カムスロット２０３２を有する。各平行移動アセンブリ２００６の軸受２００８から延びるピン２０５０は、放射状スロット２０４０を通してカムスロット２０３２の各１つへ延びる。

固定スキャニングディスク２００２の先端には、モーター２０２０が取り付けられる。当該モーターの出力シャフト２０２２は、（例えば、ベルトおよび滑車配置（図示せず）または噛み合いギヤ配置（図示せず）によって）カムディスク２０３０に連結される。好ましい実施形態では、６：１の比率で、０．２５秒で５０°（すなわち、２００°／秒）の速度を実現する滑車配置を用いる。カムディスク２０３０に連結された出力シャフト２０２２の回転により、カムディスク２０３０が回転する。カムディスク２０３０が回転すると、カムディスク２０３０内に形成されたカムスロット２０３２の各１つを持つ各ピン２０５０の係合により、そのそれぞれの軸受トラック２０１０に沿って、対応する１つの軸受２００８の半径方向の平行移動運動が生じ、それにより、対応するモジュール取り付けブラケット２００４および光検出モジュール１７００の半径方向の平行移動が生じる。モーター上のエンコーダ（図示せず）はモーターの回転を監視し、それによってカムディスク２０３０の位置を監視することができる。あるいは、光センサー等、その他の位置検知デバイスを使用して、カムディスク２０３０の位置を直接的に監視することもできる。

各カムスロット２０３２は、位置決め点２０３２ａ、２０３２ｂ、２０３２ｃ、２０３２ｄ、および２０３２ｅを含む。（クラッタを最小化するために、位置決め点２０３２ａ、２０３２ｂ、２０３２ｃ、２０３２ｄ、および２０３２ｅはカムスロット２０３２の１つのみについて標識されている。）位置決め点２０３２ａ〜ｅは、カムディスク２０３０の回転中に光検出モジュール１７００を位置付ける。特定の光検出モジュール１７００に関連付けられたピン２０５０が位置２０３２ａにある場合、当該光検出モジュール１７００は、ＭＴＵ１６０の反応管１６２ａから最も離れてスキャンを行うために、ディスク２００２の中心から最も遠い半径方向の位置にある。カムディスク２０３０が回転し、光検出モジュール１７００に関連付けられたピン２０５０が点２０３２ｂへ移動すると、対応する光検出モジュールは、ＭＴＵ１６０の次の反応管１６２ｂへの距離に対応する距離分だけ半径方向に内側へ移動することになる。そして、光検出モジュール１７００は、当該位置で反応管１６２ｂをスキャンすることができる。カムディスク２０３０がさらに回転すると、モジュール１７００に関連付けられたピン２０５０が位置２０３０ｃへ移動し、その結果、モジュール１７００は、ＭＴＵ１６０の反応管１６２ｃへの距離に対応する距離分だけ半径方向に内側へ移動する。そして、モジュール１７００は、当該位置で反応管１６２ｃをスキャンすることができる。カムディスク２０３０がさらに回転すると、モジュール１７００に関連付けられたピン２０５０が、反応管１６２ｄへの距離に対応する距離分だけ半径方向に内側へ平行移動する。そして、モジュール１７００は、当該位置で反応管１６２ｄをスキャンすることができる。カムディスク２０３０がさらに回転すると、モジュール１７００に関連付けられたピン２０５０が、反応管１６２ｅへの距離に対応する距離分だけ半径方向に内側へ平行移動する。そして、モジュール１７００は、当該位置で反応管１６２ｅをスキャンすることができる。したがって、単一の移動可能な光検出モジュール１７００は、各ＭＴＵ１６０の反応管１６２ａ〜ｅのそれぞれからの放出を検出することができる。

スキャニング蛍光光度計アセンブリ２０００の各光検出モジュール１７００は、ＲＴインキュベータ６０８のインキュベータハウジングまで延びる。検出器１７００は半径方向に移動するため、ＲＴインキュベータ６０８の床６１３には細長い放射状開口部（図示せず）が形成され、各光検出モジュールは当該開口部を介してＲＴインキュベータ内のＭＴＵ１６０をスキャンする。一実施形態において、各放射状開口部にはシャッター機構（図示せず）が保持される。シャッター機構は移動可能な開口部を有し、各光検出モジュール１７００のアダプターパイプ１７１８は当該開口部を通って延びる。光検出モジュール１７００が半径方向に平行移動すると、シャッター機構の開口部はそれとともに平行移動し、一方、放射状開口部の残りの部分は閉じたままであり、それによって、放射状開口部からの熱損失および迷光を制限する。

上述した光検出モジュールの代替として、光検出モジュールは、多波長蛍光光度計、例えば、フィルタチェンジャーを持つ蛍光顕微鏡、または、複数の帯域幅フィルタおよび複数の帯域幅ビームスプリッタを持つ蛍光顕微鏡であってよい。

本発明者らは、本発明の好ましい実施形態において標的補足のために使用される磁性粒子は、増幅産物のリアルタイム検出に影響を及ぼし得ると判断した。２つの特定の干渉効果が確認されている。まず、磁性粒子は、オリゴヌクレオチド（例えば、増幅オリゴヌクレオチドおよびプローブ）および酵素試薬（例えば、核酸ポリメラーゼ）の吸着によって増幅を阻害することができる。また、（固定した、または懸濁液中の）磁性粒子の存在は、結果として蛍光発光の散逸を引き起こし、それによって、検出色素に達する励起光の量およびＭＴＵ１６０の反応管１６２から放出される光の量をブロックする、または部分的にブロックすることができる。これは、暗雲効果として知られている。

この効果を最小化するために、ＲＴインキュベータ６０８の一実施形態において、図７３、７４、７５、および７５Ａに示すように、磁性仕切り１５００を設ける。本発明の好ましい実施形態において、ＲＴインキュベータ６０８は、回転台の周囲にそれぞれ２４°インクリメントの間隔をあけて、一度に１５のＭＴＵ１６０を把持する。回転台１６５６等、３０の位置の回転台を使用すると仮定した場合、これは、１つおきのＭＴＵステーション１６６３のみがＲＴインキュベータ６０８内にＭＴＵ１６０を把持することを意味する。したがって、図に示すように、磁性仕切り１５００は、回転台１６５６（上述）上にある１つおきのＭＴＵステーション１６６３に及ぶように保持され、それによって３０あるステーションうち１５のみをＭＴＵ１６０を収納可能なようにしておくことができる。代替の実施形態において、磁石ホルダーは、３０のステーションのそれぞれの間に嵌着するように、または、１つおきのステーションに隣接して保持されるように構成されてよく、それにより、ＲＴインキュベータ６０８内の１つおきのＭＴＵ１６０の内容物を、代替のアッセイ手順に従って処理することが可能になる。そのような磁石ホルダーは、磁石が接着する鉄板金から形成することができる。鉄板金材料は、磁石の反対側の磁場を大幅に減らすという利点も有するであろう。

簡単にするために単一の磁性仕切り１５００のみを示した図７４および７５Ａで主に示すように、磁性仕切りは、磁石ブロック１５０４とアタッチメントアーム１５１０とを備える磁石ホルダー１５０２を含む。長方形の陥凹エリア１５０６が磁石ブロック１５０４内に形成され、類似のサイズおよび形状の磁石１５２０を受けるために磁石ブロック１５０４内に開口部１５０８が形成される。図示の実施形態において、開口部１５０８は円形であり、磁石１５２０は円盤形である。現時点で好ましい磁石は、１／２インチ（直径）×１／８インチ（厚さ）の寸法があり、最大残留磁束密度１２，１００および最大エネルギー積ＭＧＯｅを有する、ニッケルメッキ被覆ネオジム鉄ボロンディスク（ＦｏｒｃｅＦｉｅｌｄ社（コロラド州、フォートコリンズ）；商品番号００２２）である。磁石１５２０は、関連付けられた開口部１５０８内に置かれ、留めプレート１５２２を用いてブロック１５０４内に把持され、当該プレートは、留めプレート１５２２および磁石ブロック１５０４内にそれぞれ形成された開口部１５２４および１５２６を通過する、ねじまたはボルト（図示せず）等の機械留め具を用いて、磁性ホルダー１５０２に固定されていてよい。

アタッチメントアーム１５１０は、磁石ブロック１５０４から延びており、回転台１６５６の下方プレート１６６２および仕切り１６６０内に形成された、対応する留め具穴１６６１と並ぶ留め具穴１５１２を含む。磁性仕切り１５００は、留め具穴１５１２および１６６１を通って延びるねじまたはボルト（図示せず）等、適切な機械留め具を用いて回転台１６５６に固定されていてよい。

磁性仕切り１５００は、内アーム１５２８（図７５参照）も含んでよい。内アーム１５２８は、磁性仕切り１５００を安定させ、回転台１６５６に磁性仕切り１５００を付着させるためのさらなる付着点を提供するものである。

図７５および７５Ａに示すように、ＭＴＵ１６０´が回転台１６５６のＭＴＵスロット内に置かれている場合、各反応管１６２´は、磁性仕切り１５００内に運搬された磁石１５２０の１つに隣接して保持されている。磁石１５２０は、磁性粒子の少なくとも一部を磁石１５２０に隣接する反応管１６２´の壁に向けて引き寄せ、それによって、反応管１６２´の内容物の残余内の懸濁液中の、または反応管１６２´の底部に固定された磁性粒子の濃度を、実質的に低下した状態のままにする。

上述したように、ＭＴＵ１６０の好ましい材料はポリプロピレンである。しかしながら、ポリプロピレンは、ある条件下において自己蛍光を発することが分かっている。したがって、アクリル、ポリスチレン、および環状オレフィン等、代替のＭＴＵ材料が検討される。また、図７５および７５ＡにおいてＭＴＵ１６０´の反応管１６２´で図示するように、ＭＴＵ１６０の個々の反応管１６２´の底部においてサンプルを濃縮する―それによって、サンプルからのより一貫した励起および放出を容易にし、より小さい試薬量の使用を可能にする―ために、例えば図７４に示すＭＴＵ１６０の反応管１６２の丸い端部の代わりに、円錐形状の端部を持つ反応管を有するＭＴＵを使用することが検討されている。

本発明に従って実行されるリアルタイムおよび終点増幅アッセイの処理ステップを、図７６に示すフローチャートで説明する（図７６Ａは、完全なリアルタイムＴＭＡ増幅アッセイのステップおよび増幅による終点ＴＭＡ増幅アッセイのステップを示し、図７６Ｂは、反応管１６２の内容物を増幅条件に曝露した後の、終点ＴＭＡ増幅アッセイのステップを示す。）上記のステップは、典型的なＴＭＡ手順を表しているにすぎない。当業者であれば、下記のステップを変更または省略し得ること、または、現在既知の、またはまだ開発されていないその他のリアルタイムおよび終点増幅アッセイ手順に従って、その他のステップを追加または代わりに用いてもよいことを認識するであろう。多くの増幅手順を実行するための試薬製剤が当該技術分野において既知であり、本発明において使用すること、または使用できるように容易に適合させることが可能である。例えば、Ｋａｃｉａｎら、米国特許第５，３９９，４９１号；Ｂｅｃｋｅｒら、米国特許出願第２００６‐００４６２６５ Ａ１号公報；Ｌｉｎｎｅｎら、米国特許出願第２００４‐０２５９１０８ Ａ１号公報「Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ Ｗｅｓｔ Ｎｉｌｅ Ｖｉｒｕｓ」；Ｗｅｉｓｂｕｒｇら、米国特許出願第２００４‐０２３５１３８ Ａ１号公報「Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｋｉｔｓ ｆｏｒ Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｔｈｅ Ｐｒｅｓｅｎｃｅ ｏｆ Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ Ｖａｇｉｎａｌｉｓ ｉｎ ａ Ｔｅｓｔ Ｓａｍｐｌｅ」；および、本明細書と共通した所有権のある、Ｌｉｎｎｅｎら、米国特許出願第１０／８２５，７５７号「Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｔｈｅ Ｐｒｅｓｅｎｃｅ ｏｆ ＳＡＲＳ Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ｉｎ ａ Ｓａｍｐｌｅ」を参照されたい。

典型的なリアルタイムおよび終点ＴＭＡ増幅アッセイの処理ステップは、ステップ１９０２から始まり、当該ステップにおいて、ＭＴＵ１６０は、治具プレート１３０内に設けられたサンプル調製開口部２５２の下にあるサンプル伝送ステーション２５０内のピペット位置に移動される。ステップ１９０４において、サンプルピペットアセンブリ４５０は、４００μＬの標的捕捉試薬（Ｔａｒｇｅｔ Ｃａｐｔｕｒｅ Ｒｅａｇｅｎｔ；「ＴＣＲ」）をＭＴＵ１６０の各反応管１６２に分注する。標的捕捉試薬は、捕捉プローブと、ラウリル硫酸リチウム等、細胞を溶解させてサンプル物質内に存在するリボヌクレアーゼの活性を阻害するための洗剤含有細胞溶解剤と、約４０μｇのＳｅｒａ‐Ｍａｇ（Ｒ）ＭＧ‐ＣＭ Ｃａｒｂｏｘｙｌａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｅｄ（Ｓｅｒａｄｙｎ，Ｉｎｃ．（インディアナ州、インディアナポリス）製品番号２４１５２１０５‐０５０２５０）、共有結合しているポリ（ｄＴ）_１４を有する１ミクロンの超常磁性粒子とを含む。捕捉プローブは、磁性粒子と結合されたポリ（ｄＴ）_１４に結合するためのポリ（ｄＡ）_３０テールを有する５´標的結合領域と３´領域とを含む。捕捉プローブの標的結合領域は、プライマーおよび検出プローブが標的とする領域とは異なる対象核酸の領域と結合するように設計される。

ステップ１９０６において、ピペットアセンブリ４５０は５００μＬのサンプルを反応管のそれぞれに分注する。ステップ１９０８において、右側移送機構５００は、ＭＴＵ１６０を右側回転撹拌器５５０に移動させ、好ましくは１０Ｈｚで３０秒間、サンプルおよびＴＣＲを混合する。図７６で定められた時間およびその説明は望ましい時間であり、実際の実時間はこの定められた望ましい時間とは異なる場合があることに留意されたい。

ステップ１９１０において、右側移送機構５００は、ＭＴＵ１６０を右側回転撹拌器５５０から治具プレート１３０の下に位置する温度勾配ステーション７００の１つに移動させる。ＭＴＵ１６０は、好ましくは、６５℃の温度で３１２秒間、温度勾配ステーション７００内にある。ステップ１９１２において、右側移送機構５００は、ＭＴＵ１６０を勾配ステーション７００からＴＣインキュベータ６００へ移動させ、サンプルから抽出され得た対象核酸に対する捕捉プローブのハイブリダイゼーションのために、６２℃で２０分間置く。（この温度では、固定化ポリ（ｄＴ）_１４オリゴヌクレオチドに対する捕捉プローブの、感知できるほどのハイブリダイゼーションは生じない。）ステップ１９１４において、左側移送機構５０２は、ＭＴＵ１６０をＴＣインキュベータから処理デスク２００の左側に位置する温度勾配ステーション７００の１つへ移動させ、室温で１７４秒間把持する。ステップ１９１６において、左側移送機構５０２は、ＭＴＵ１６０を勾配ステーション７００からＡＭＰインキュベータ６０４へ移動させ、磁性粒子と関連付けられた固定化オリゴヌクレオチドを捕捉プローブと結合させるために、ＭＴＵを４３℃で８３８秒間置く。

ステップ１９１８において、左側移送機構５０２は、ＭＴＵ１６０をＡＭＰインキュベータ６０４から左側回転撹拌器５５２へ移動させる。左側回転撹拌器５５２は、いくつかの物質の中で特にオイルをＭＴＵ１６０に分注するための分注器を含む。左側回転撹拌器５５２において、２００μＬのシリコンオイル、つまり表面処理剤を、ＭＴＵ１６０の各反応管１６２に添加し、ＭＴＵを１２Ｈｚで３０秒間混合する。ステップ１９２０において、左側移送機構５０２は、上述した磁性分離洗浄手順のために、ＭＴＵ１６０を左側回転撹拌器５５２から磁性分離ステーション８００の１つに移動させる。

ステップ１９１８においてサンプル液中にシリコンオイル等の表面処理剤を添加することの利点は、磁性分離洗浄手順のすすぎステップおよび吸引ステップ中に反応管１６２の内面に接着する材料の量を減らし、それによって、より効果的な磁性分離洗浄手順を容易にすることである。ＭＴＵ１６０は、好ましくはポリプロピレン等の疎水性材料で作られているが、洗浄液等の材料少量でも、磁性分離洗浄手順の吸引ステップ中に、ＭＴＵの反応管１６２の内面上に形成する場合がある。磁性分離洗浄手順中に反応管１６２から十分に除去されなかった場合、核酸増幅阻害物質を含有し得るこの残留物質は、アッセイの結果に影響を及ぼし得る。代替のアプローチにおいて、表面処理剤は、反応管１６２に添加し、ＴＣＲおよびサンプルを添加する前に除去してもよいし、表面処理剤は、ＴＣＲおよびサンプルが、場合によっては洗浄液とともに、反応管から吸引された後に反応管に添加し、増幅試薬および酵素試薬を反応管に添加する前に除去してもよい。目的は、反応管１６２の内面に表面処理剤の被覆を設けることである。増幅反応の阻害物質は、当該技術分野では既知であり、使用するサンプルソースおよび増幅手順によって異なる。考えられる増幅阻害物質としては、以下のものが挙げられる：血液サンプル中のヘモグロビン；尿サンプル中のヘモグロビン、硝酸塩、結晶および／またはβ‐ヒト絨毛性ゴナドトロピン；ヌクレアーゼ；プロテアーゼ；ドデシル硫酸ナトリウム（Ｓｏｄｉｕｍ Ｄｏｄｅｃｙｌ
Ｓｕｌｆａｔｅ；ＳＤＳ）およびラウリル硫酸リチウム（Ｌｉｔｈｉｕｍ Ｌａｕｒｙｌ Ｓｕｌｆａｔｅ；ＬＬＳ）等のアニオン洗剤；ならびに、上述のように核酸ベースの増幅反応において使用される共同因子であるマグネシウムのような二価カチオンを結合する、いくつかの標本の抗凝固剤および固定剤であるＥＤＴＡ。例えば、Ｍａｈｏｎｙら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．、３６（１１）：３１２２〜２１２６（１９９８年）；Ａｌ‐Ｓｏｕｄ、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．、３９（２）：４８５〜４９３（２００１年）；および、Ｋａｃｉａｎら、米国特許第５，８４６，７０１号「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ Ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｎｇ Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ‐Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ Ｂｙ Ｉｏｎｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔｓ Ｕｓｉｎｇ Ｈｉｇｈ Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｏｎ‐Ｉｏｎｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔ」を参照されたい。

ステップ１９２２において、左側移送機構５０２はＭＴＵ１６０を磁性分離ステーション８００から左側回転攪拌器５５２に戻し、事後操作中における流体内容物の蒸発および跳ねを防止するために、ＭＴＵ１６０の各反応管１６２に２００μＬのシリコンオイルを添加する。ステップ１９２４において、試薬ピペットアセンブリ４７０は、左側回転攪拌器５５２内に配置されたＭＴＵ１６０の各反応管１６２に７５μＬの増幅試薬を分注する。典型的なＴＭＡ反応の場合、増幅試薬は、ＲＮＡポリメラーゼによって認識された３´標的結合領域および５´プロモーター配列を有するアンチセンスプロモータープライマーと、プロモータープライマーによって形成された延長産物に結合するセンスプライマーと、ヌクレオシド三リン酸（すなわち、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ、ＧＴＰ、およびＵＴＰ）と、ＴＭＡ反応を実行するのに十分な共同因子とを含有する。リアルタイムＴＭＡ増幅アッセイの場合、増幅試薬は、鎖置換と、相互作用ラベル対（例えば、相互作用する蛍光部分および従来の手段によってその５´端および３´端に繋ぎ合わせられた消光剤部分）を有する分子トーチプローブと、増幅が発生している際には増幅産物に対して、好ましくは、反応管１６２内に存在し得るあらゆる非対象核酸以外に対して検出可能にハイブリダイズすることができる標的特異領域とも含有する。Ｋａｃｉａｎら、米国特許第５，３９９，４９１号；Ｂｅｃｋｅｒら、米国特許出願２００６‐００４６２６５ Ａ１号公報「Ｓｉｎｇｌｅ‐Ｐｒｉｍｅｒ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ」（副産物形成を最小化するために、３´端でブロックされたアンチセンスプライマーおよびセンスプロモーターオリゴヌクレオチドが用いられる、代替のＴＭＡベースの増幅アッセイを開示している）；および、Ｂｅｃｋｅｒら、米国特許第６，３６１，９４５号を参照されたい。続いて、ＭＴＵ１６０を１６Ｈｚで１５秒間混合する。

ステップ１９２６において、左側移送機構５０２は、ＭＴＵ１６０を左側回転攪拌器５５２から処理デスク２００の左側に位置する温度勾配ステーション７００の１つに移動させる。続いてＭＴＵ１６０を、６５℃で１３２秒間インキュベートする。ステップ１９２８において、左側移送機構５０２は、ＭＴＵ１６０を温度勾配ステーション７００からＴＣインキュベータ６００に移動させ、プロモータープライマーを対象核酸と結合させるために、６２℃で１０分間インキュベートする。この特定のＴＭＡ実施例における好ましいプロモータープライマーは、Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼによって認識されるプロモーター配列を有する。ステップ１９３０において、左側移送機構５０２は、ＭＴＵ１６０をＴＣインキュベータ６００からＡＭＰインキュベータ６０４に移動させ、ＭＴＵ１６０の内容物を４３℃で１０分間インキュベートして、当該ＭＴＵ内容物を安定させる。

ステップ１９３２において、試薬ピペットアセンブリ４７０は、２０℃に保たれた酵素試薬２５μＬを、試薬冷却ベイ９００からＡＭＰインキュベータ６０４内に位置するＭＴＵ１６０の各反応管１６２に添加する。（各反応管１６２の内容物の温度を増幅温度よりもわずかに高い温度に維持することにより、増幅を開始する前は熱感受性酵素を冷温に維持することができる。）本実施例の酵素試薬は、ＴＭＡ、つまり転写ベースの増幅手順を実行するための、逆転写酵素およびＴ７ＲＮＡポリメラーゼを含有する。ステップ１９３４において、ＡＭＰインキュベータ６０４内の線形攪拌器６３４は、酵素試薬を添加したＭＴＵ１６０を１０Ｈｚで１５秒間混合し、各反応管１６２の内容物の温度は約４２℃まで下がる。ステップ１９３６において、左側移送機構５０２は、ＭＴＵ１６０をＡＭＰインキュベータ６０４からＲＴインキュベータ６０８に移動させる。ＭＴＵ１６０をＲＴインキュベータ６０８内で６０分間４２℃に維持して標的配列の増幅を可能にし、リアルタイム増幅の場合は、増幅プロセス中の増幅産物に対するプローブのハイブリダイゼーションを検出するために、規定の頻度で読み取りが行われる。ＭＴＵ１６０は、計器５０によって連続的な様式で処理されている（一般的に、新しいＭＴＵがアッセイ処理を開始するのは１６５秒ごとである）ため、ＭＴＵは連続的（一般的に、１６５秒ごと）にＲＴインキュベータ６０８に添加、およびそこから除去されている。ステップ１９３８において、最後の読み取りが行われた後、右側移送機構５００はＭＴＵ１６０をＲＴインキュベータ６０８から照度計１３６０へ移動させる。ステップ１９４０において、ＭＴＵ１６０は照度計１３６０から失活準備室７５０へ渡る。失活準備室７５０に入ると、反応管内に存在する核酸を失活させる（すなわち、核酸を増幅不可能に変える）ために、反応管１６２のそれぞれに２ｍＬの漂白剤ベースの薬剤が提供される。例えば、Ｄａｔｔａｇｕｐｔａら、米国特許第５，６１２，２００号、および、Ｎｅｌｓｏｎら、米国特許出願第２００５‐０２０２４９１ Ａ１号公報を参照されたい。

ステップ１９３６に続いて、典型的な終点ＴＭＡ増幅アッセイに従って処理されている内容物を有するＭＴＵ１６０は、図７６Ｂに示すように進む。このプロセスのステップ１９４２において、左側移送機構５０２は、ＲＴインキュベータ６０８から処理デスク２００の左側にある温度勾配ステーション７００へＭＴＵ１６０を移し、６４℃で３６２秒間加熱する。あるいは、ＭＴＵ１６０は、ＲＴインキュベータ６０８から温度勾配のためのＨＹＢインキュベータ６０６の指定領域へ移動される。ステップ１９４４において、左側移送機構５０２は、温度勾配ステーション７００からＨＹＢインキュベータ６０６へＭＴＵ１６０を移動し、そこで各反応管１６２に１００μＬのプローブ試薬が添加される。プローブ試薬は、対象核酸の増幅産物に対して、および、好ましくは、反応管１６２内に存在し得るあらゆる非対象核酸以外に対して、検出可能なように結合するために十分な量のプローブを含有する。典型的な終点ＴＭＡ実施形態の場合、プローブは、当該プローブを化学発光アクリジニウムエステルで標識するために使用される非ヌクレオチドリンカーを含むように合成される。Ａｒｎｏｌｄら、米国特許第５，１８５，４３９号および第６，０３１，０９１号を参照されたい。ステップ１９４６において、ＭＴＵ１６０は、傾斜ディスク線形攪拌器６３４に隣接するＨＹＢインキュベータ６０６内に保持され、当該攪拌器は、当該ＭＴＵの内容物を１４Ｈｚで１５秒間混合するために用いられるものである。ステップ１９４８において、ＭＴＵ１６０の内容物を６４℃で１７６２秒間インキュベートする。

検出のためには、ステップ１９５０において、ＭＴＵ１６０の各反応管１６２の内容物に、まず２５０μＬの選択試薬を提供する。上述したように、ＨＰＡアッセイにおける選択試薬は、特にハイブリダイズされていないプローブと関連付けられたアクリジニウムエステルラベルを加水分解するアルカリ試薬を含有し、一方、ハイブリダイズされたプローブと関連付けられたアクリジニウムエステルラベルは、これらの条件下において加水分解されず、後述する条件下において検出可能な様式で化学発光することができ、その結果、使用者は、溶液中の結合プローブと遊離プローブとを区別することができる。Ａｒｎｏｌｄら、米国特許第５，６３９，６０４号を参照されたい。選択試薬を反応管１６２に添加した後、ＭＴＵ１６０は傾斜ディスク線形攪拌器６３４に隣接して保持され、反応管の内容物は１３Ｈｚで３０秒間混合される。ステップ１９５４において、選択プロセスを容易にするために、反応管１６２の内容物を６４℃で６０６秒間インキュベートする。

ステップ１９５６において、左側移送機構５０２は、ＭＴＵ１６０をＨＹＢインキュベータ６０６からＡＭＰインキュベータ６０４へ移し、反応管１６２の内容物を４３℃で１７２秒間冷却する。反応管１６２の内容物の温度を５０℃より下に下げると、概して選択試薬の活性を阻むことになり、したがって、様々な反応管からの最終信号値が同程度となるように、各ＭＴＵ１６０の反応管の内容物を実質的に同じ速度で冷却することが重要である。ステップ１９５８において、左側移送機構５０２は、ＭＴＵ１６０をＡＭＰインキュベータ６０４からＲＴインキュベータ６０８に移動させ、その後、右側移送機構５００がＭＴＵ１６０をＲＴインキュベータ６０８から処理デスク２００の右側にある停止ステーション２１０に移動させ、反応管１６２の内容物を室温で５６０秒間、さらに冷却する。ステップ１９６０において、ＭＴＵ１６０を処理デスク２００の右側にある温度勾配ステーション７００に移し、反応管１６２の内容物を２１℃で３６６秒間冷却する。複数の化学発光ラベルを伴うＨＰＡ多重アッセイにおいては、当該ラベルの光の放出の特性が識別可能となるように、反応管１６２の内容物の温度を２９℃より下に保つことが好ましい。例えば、Ｎｅｌｓｏｎら、米国特許第５，７５６，７０９号「Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」を参照されたい。

ステップ１９６２において、右側移送機構５００は、ＭＴＵ１６０を勾配ステーション７００から照度計１３６０に移動させ、そこで各反応管１６２は２００μＬのＤｅｔｅｃｔＩ試薬を、次に、約２秒遅れて、２００μＬのＤｅｔｅｃｔＩＩ試薬を受ける。ＤｅｔｅｃｔＩ試薬およびＤｅｔｅｃｔＩＩ試薬が反応管１６２へ注入される速度は、反応管の内容物を攪拌せずに混合するのに十分なほど強力なものとし、試薬の流れが気泡または空隙によって中断されないように、滴下線（図示せず）を用意する。ＤｅｔｅｃｔＩ試薬およびＤｅｔｅｃｔＩＩ試薬を反応管１６２に注入するための好ましい最高速度は、１０００μＬ／秒である。上述のように、選択プロセスにおいて加水分解されなかったそれらのアクリジニウムエステルラベルの化学発光を増強する、塩基性過酸化水素水を形成するために、ＤｅｔｅｃｔＩ試薬およびＤｅｔｅｃｔＩＩ試薬を組み合わせる。これらの試薬は、ＧＥＮ‐ＰＲＯＢＥ（Ｒ）Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｒｅａｇｅｎｔ Ｋｉｔ（Ｇｅｎ‐Ｐｒｏｂｅ社；製品番号１７９１）として販売されている。

ステップ１９６４において、ＭＴＵ１６０は照度計１３６０から失活準備室７５０へ渡る。失活準備室７５０において、反応管内に存在する核酸を失活させるために、反応管１６２のそれぞれに２ｍＬの漂白剤ベースの薬剤が提供される。例えば、Ｄａｔｔａｇｕｐｔａら、米国特許第５，６１２，２００号、および、Ｎｅｌｓｏｎら、米国特許出願第２００５‐０２０２４９１ Ａ１号公報を参照されたい。

蛍光測定は、好ましくは、３０秒ごとの反応管１６２につき、３つまたは４つのスペクトル帯域のそれぞれに対して（すなわち、各標的色素に対して）１回の測定という割合で行われ、したがって、回転台１６５６は３０秒に１回、回転しなくてはならない。好ましい実施形態においては、ＲＴインキュベータ６０８の回転台１６５６に運搬された１５のＭＴＵ１６０があり、それぞれ２４°間隔があけられている。回転中に１５のＭＴＵステーション１６６３のそれぞれにおいて読み取りを可能にするためには、各読み取りは２秒以下で完了しなくてはならない。読み取りは２秒未満で完了し、３０秒ごとの各色素につき１回の測定という望ましい読み取り速度を維持しながら、完了したＭＴＵをＲＴ６０８から除去する際に新たなＭＴＵ１６０をＲＴインキュベータ６０８内に置く時間を作るために、各回転は３０秒未満で完了するのが理想的である。

規定の時間のあいだ、規定の間隔で各反応管１６２からの蛍光放出を測定することによってデータを収集すると、当該データを処理してサンプル中の特定の検体（例えば、対象核酸）の濃度を決定する。測定されたデータ、すなわち測定信号は、相対蛍光ユニット（Ｒｅｌａｔｉｖｅ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ Ｕｎｉｔ；「ＲＦＵ」）と称され、フォトダイオード１７８０に集束された放出蛍光の量に基づいて、光検出ユニット１７００のプリント基板１７９０により生成された信号である。ある時間間隔で測定された各データポイントは、ＲＦＵ（ｔ）である。「成長曲線」として知られる、様々なデータセットを表すＲＦＵ（ｔ）のプロットを、図７８に示す。一般に、各ＲＦＵ（ｔ）プロットは概してＳ字形状であり、初期に最低レベルまたはその付近における平らな部分（「静的レベル」または「基準期」として知られる）があり、突然で比較的急傾斜の部分（「成長期」として知られる）が続き、最高レベルまたはその付近における略平らな部分（「分裂停止期」として知られる）で終わることを特徴とする。

本明細書において使用する場合、「成長曲線」とは、時間またはサイクル数の関数としての反応における、アンプリコン等、合成産物の出現の特徴的パターンをいう。成長曲線は、便宜上、時間（ｘ軸）対蛍光測定ＲＦＵ等の産物量の何らかの指標（ｙ軸）の二次元プロットとして表される。すべてではなく一部であるが、成長曲線はＳ字形状を有する。成長曲線の「基準期」とは、産物（アンプリコン等）の量が実質的に一定の速度で増加し、当該速度は成長曲線の（対数線形プロファイルを有し得る）成長期の増加特性の速度未満である、当該曲線の初期段階をいう。成長曲線の基準期は、一般に、頻繁にゼロに近似する極めて浅い傾斜を有する。成長曲線の「成長期」とは、当該曲線のうち、測定可能な産物が時間とともに実質的に増加する部分をいう。一般的な核酸増幅反応における基準期から成長期への遷移は、ある速度におけるアンプリコンの出現が時間とともに増加することを特徴とする。成長曲線の成長期から分裂停止期への遷移は、アンプリコン出現の速度が減少し始める変曲点において始まる。「分裂停止期」とは、当該曲線の最終段階をいう。分裂停止期において、測定可能な産物形成の速度は、対数線形成長期におけるアンプリコン産生の速度よりも実質的に低く、ゼロに近似する場合もある。

図７７のフローチャートを用いて、検体濃度を算出するためのプロセスを示す。光検出モジュール１７００からのデータＲＦＵ（ｔ）は、ボックス２１００に表されるように入力される。ステップ２１０２において、データＲＦＵ（ｔ）は、色分離手順を踏む。図６７から十分理解できるように、異なる色素、特にスペクトル的に隣接する色素の放出スペクトルにおいて、かなりの重複がある。したがって、特定の反応管１６２から得られたＲＦＵ（ｔ）データは、異なる標的に対応する１つ以上の異なる色素からの放出データだけでなく、所望の検体に対応する（すなわち、所望の検体と結合するプローブに繋ぎ合わせられた色素からの）放出データも含み得る。所望の検体によるものでないＲＦＵ（ｔ）信号の当該部分を分離するために、異なる色素固有の光検出モジュール１７００によって得られた異なる信号を逆畳み込みする等、標準的な数学的手法を用いることができる。逆畳み込みは、各光検出モジュールによって測定された信号を、サンプル中に存在する色素のそれぞれからの放出の数学関数として表すことができると仮定する、既知の手法である。例えば、測定結果は４つの光検出モジュールによるものであると仮定すると、
ＲＦＵ_１（ｔ）＝ｋ_１ＲＦＵ_Ａ（ｔ）＋ｋ_２ＲＦＵ_Ｂ（ｔ）＋ｋ_３ＲＦＵ_Ｃ（ｔ）＋ｋ_４ＲＦＵ_Ｄ（ｔ）
ＲＦＵ_２（ｔ）＝ｋ_５ＲＦＵ_Ａ（ｔ）＋ｋ_６ＲＦＵ_Ｂ（ｔ）＋ｋ_７ＲＦＵ_Ｃ（ｔ）＋ｋ_８ＲＦＵ_Ｄ（ｔ）
ＲＦＵ_３（ｔ）＝ｋ_９ＲＦＵ_Ａ（ｔ）＋ｋ_１０ＲＦＵ_Ｂ（ｔ）＋ｋ_１１ＲＦＵ_Ｃ（ｔ）＋ｋ_１２ＲＦＵ_Ｄ（ｔ）
ＲＦＵ_４（ｔ）＝ｋ_１３ＲＦＵ_Ａ（ｔ）＋ｋ_１４ＲＦＵ_Ｂ（ｔ）＋ｋ_１５ＲＦＵ_Ｃ（ｔ）＋ｋ_１６ＲＦＵ_Ｄ（ｔ）
ここで、
ＲＦＵ_１（ｔ）＝光検出モジュール＃１において測定された信号
ＲＦＵ_２（ｔ）＝光検出モジュール＃２において測定された信号
ＲＦＵ_３（ｔ）＝光検出モジュール＃３において測定された信号
ＲＦＵ_４（ｔ）＝光検出モジュール＃４において測定された信号
ＲＦＵ_Ａ（ｔ）、ＲＦＵ_Ｂ（ｔ）、ＲＦＵ_Ｃ（ｔ）、ＲＦＵ_Ｄ（ｔ）＝各色素Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄのそれぞれによる放出信号の部分
ｋ_１〜ｋ_１６＝定数
である。

すべての光検出モジュールの信号に対応する関数はマトリクスに置かれ、各色素について、光検出モジュールのそれぞれからの信号の関数として、当該色素による信号の数学的表現を導き出すために、マトリクス反転が実行される。
ＲＦＵ_Ａ（ｔ）＝ｆ_１（ＲＦＵ_１（ｔ），ＲＦＵ_２（ｔ），ＲＦＵ_３（ｔ），ＲＦＵ_４（ｔ））
ＲＦＵ_Ｂ（ｔ）＝ｆ_２（ＲＦＵ_１（ｔ），ＲＦＵ_２（ｔ），ＲＦＵ_３（ｔ），ＲＦＵ_４（ｔ））
ＲＦＵ_Ｃ（ｔ）＝ｆ_３（ＲＦＵ_１（ｔ），ＲＦＵ_２（ｔ），ＲＦＵ_３（ｔ），ＲＦＵ_４（ｔ））
ＲＦＵ_Ｄ（ｔ）＝ｆ_４（ＲＦＵ_１（ｔ），ＲＦＵ_２（ｔ），ＲＦＵ_３（ｔ），ＲＦＵ_４（ｔ））。

色分離２１０２から、データＲＦＵ（ｔ）は、２１０４から始まる閾値時間決定へ進む。閾値時間、つまりＴ時間（出現時としても知られている）とは、後述するように正規化されたデータＲＦＵ（ｔ）が所定の閾値に達する時間をいう。以下でさらに詳細に説明するように、較正曲線を使用して特定のサンプルについて決定されたＴ時間を検体濃度と相関させ、それによって当該サンプルの検体濃度を示すことができる。一般に、所望の検体の濃度が高いほど、Ｔ時間は早くなる。

Ｔ時間決定手順の第１のステップは、ボックス２１０６に表すように、バックグラウンド補正およびデータの正規化である。バックグラウンド補正は、信号データＲＦＵ（ｔ）のバックグラウンド「ノイズ」による部分を、例えば、計器５０のその他のモジュールからの迷走電磁信号から減じるために実行される。すなわち、バックグラウンドノイズは、所望の検体以外のソースによるＲＦＵ（ｔ）信号の当該部分を含む。バックグラウンド補正は、調整されたデータＲＦＵ^＊（ｔ）を得るために、データＲＦＵ（ｔ）からバックグラウンド値「ＢＧ」を減じることによって実行される。すなわち、ＲＦＵ^＊（ｔ）＝ＲＦＵ（ｔ）−ＢＧである。

バックグラウンドＢＧは、数多くのやり方で決定できる。

バックグラウンドノイズを決定するための一方法によると、第１のステップは、データ点間の時間間隔を決定することである。時間間隔は、サイクル時間（すなわち、連続するデータ測定間の時間）にデータ点（すなわち、第０データ点、第１データ点、第２データ点、…第ｎデータ点）を乗じ、６０秒で割ることによって決定される。例えば、サイクル時間を３０秒とすると、第１５データ点の時間間隔は、（１５×３０秒）／６０秒＝７．５である。

次のステップは、最小信号データ点と最大信号データ点とを足して２で割ることにより、信号データの中間点を求めることである。すなわち、（ＲＦＵ_ｍａｘ＋ＲＦＵ_ｍｉｎ）／２である。中間値に対応する時間から開始して逆向きに計算し、各データポイント対の傾斜を算出する：（ＲＦＵ（ｔ）−ＲＦＵ（ｔ−１））／Δｔ（ｔ→ｔ−１）。

次に、静的傾斜値未満の第１の傾斜値を求めることにより、ＲＦＵ（ｔ）の傾斜をどこで平らにするかを決定する（すなわち、ＲＦＵ（ｔ）曲線前の値が上方傾斜を開始する）。「デルタ値」としても知られる代表的な静的傾斜値として、０．０００１が挙げられる。この傾斜を求めた後、負でない、または負の傾斜が、例えば負のデルタ値（すなわち、−０．０００１）を超える次のサイクルを求め、この値をＨ_{ｉｎｄｅｘ}とする。次に、第１のデータ点から開始してＲＦＵ（ｔ）値の範囲全体の平均をとり、Ｈ_{ｉｎｄｅｘ}に対応するＲＦＵ値まで進む。このデータの平均は、０．１５の静的バックトリム値を使用する（すなわち、特定された範囲内のＲＦＵ値の下限から７．５％および特定された範囲内のＲＦＵ値の上限から７．５％を除く）このデータ範囲に、ＥｘｃｅｌのＴＲＩＭＭＥＡＮ関数を使用して演算することができる。この平均値を、バックグラウンド、ＢＧとする。

あるいは、バックグラウンドは、０．０００１以外のデルタ値を使用し、上述の手順に従って決定することもできる。

バックグラウンドを決定するためのさらなる代替方法では、デルタ値基準をなくし、代わりに、サイクル１から、５．５分前の第１のサイクル等、規定の終点までのＲＦＵデータの、ＴＲＩＭＭＥＡＮ平均をとる。この代替では、静的バックトリム値は、例えば０．４０に調整され得る（すなわち、特定された範囲内のＲＦＵ値の下限から２０％および特定された範囲内のＲＦＵ値の上限から２０％を、バックグラウンド算出から除く）。

バックグラウンドを決定するためのさらなる代替方法は、減じられるバックグラウンドである基礎値の概算を導き出すために、ＲＦＵデータのすべてまたは一部に対して、曲線当てはめを実行することである。ＲＦＵデータに曲線を当てはめるのに適したいかなる曲線当てはめ手法を使用してもよい。

典型的な曲線当てはめ手法は、Ｗｅｕｓｔｅｎらによって導き出された、核酸増幅に関連する一般的なＳ字曲線の曲線当てはめを表す方程式の一部を使用するものである。Ｗｅｕｓｔｅｎら、「Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ」３０（６ｅ２６）：１〜７（２００２年）を参照されたい。バックグラウンド減算法では、基準レベルを確認することが唯一必要である。したがって、基線を包含するＲＦＵデータの第１の部分に、通常は曲線の始点に向けて曲線を当てはめることも、最低限必要である。

曲線当てはめは、サイクル１から最大ＲＦＵの７５％の直前のサイクルまでのＲＦＵ（ｔ）データに対して実行することができる。上述したようにＷｅｕｓｔｅｎらによって導き出された方程式の一部である以下の多項式（３）は、ＲＦＵの最良当てはめモデルを生成するために使用される。
ＲＦＵ（ｔ）＝Ｙ０＋ａｌａ２［ｅ^{ａ２（ｔ−ａ３）}／（１＋ｅ^{ａ２（ｔ−ａ３）}）］ｌｎ（１＋ｅ^{ａ２（ｔ−ａ３）}） （３）
後述するような変数Ｙ０、ａ１、ａ２、およびａ３の初期概算は、曲線当てはめ方程式への入力であり、最終方程式ならびにＹ０、ａ１、ａ２、およびａ３の最終値を産出するために、例えばＭｉｃｒｏｓｏｆｔ ＥＸＣＥＬのＳＯＬＶＥＲ関数を使用して、方程式をＲＦＵデータに当てはめる反復解法が行われる。
Ｙ０＝基線；初期値はＲＦＵ（１）であってよい。
ａ１＝ＲＦＵ（ｔ）データの急傾斜の部分（成長期）に関する；０．０５がａ１の適切な初期概算となり得る。
ａ２＝ＲＦＵ（ｔ）データの急傾斜の部分（成長期）に関する；１．０がａ２の適切な初期概算となり得る。
ａ３＝基線と傾斜特徴との間の遷移に関する；ＲＦＵ_ｍａｘの２５％の直前にくる値に達する時間またはサイクルがａ３の適切な初期概算である。

Ｙ０、ａ１、ａ２、およびａ３の最終値が導き出されると、Ｙ０はバックグラウンドとして扱われ、曲線当てはめを実行したＲＦＵ（ｔ）データから減じられる。

上記以外の曲線当てはめ方程式を使用してもよい。例えば、典型的なリアルタイム核酸増幅曲線を説明した方程式を特定および選択するために、市販のＴＡＢＬＥＣＵＲＶＥソフトウェアパッケージ（ＳＹＳＴＡＴ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｉｎｃ．（カリフォルニア州、リッチモンド））を使用することができる。数学モデリングに使用される、結果として生じるそのような典型的な方程式は、方程式（４）によって与えられる。
ＲＦＵ（ｔ）＝Ｙ０＋ｂ（１−ｅｘｐ（−（ｔ−ｄ^＊ｌｎ（１−２＾^{（−１／ｅ）}）−ｃ）／ｄ））＾^ｅ （４）
結果として生じるさらに別の典型的な方程式は、方程式（５）によって与えられる。
ＲＦＵ（ｔ）＝Ｙ０＋ｂ／（１＋ｅｘｐ（−（ｔ−ｄ^＊ｌｎ（２＾^{（１／ｅ）}−１）−ｃ）／ｄ））＾^ｅ （５）
いずれの場合も、上述したように、最終方程式およびＹ０の最終値ならびにその他のパラメータを産出するために、例えばＭｉｃｒｏｓｏｆｔ ＥＸＣＥＬのＳＯＬＶＥＲ関数を使用して方程式を解くことができ、当該解は、ＲＦＵ（ｔ）データから減じられるバックグラウンドであるＹ０を産出する。

データを正規化するには、バックグラウンドを調整した各データ点を、同じくバックグラウンドを調整した最大データ点で割る、すなわち、

すなわち、ＲＦＵ_ｎ（ｔ）は、−１から１となる。

ステップ２１０８において、データの範囲はＲＦＵ_{ｎ（ｍａｘ）}からＲＦＵ_{ｎ（ｍｉｎ）}を減じることによって算出される。算出された範囲が、特定された最小範囲（例えば、０．０５）を満たさない、または超えない場合、当該データは疑わしく信頼性に問題があると考えられるため、Ｔ時間は算出されない。最小範囲は、経験的に決定され、１つの蛍光測定機器と次のものとで異なっていてもよい。最小から最大までのデータ値の変動がシステムのノイズを確実に超えるように、特定された最小範囲を選択するのが理想的である。ステップ２１１０において、正規化されたバックグラウンド調整済みデータに曲線当てはめ手順が適用される。既知の曲線当てはめ方法論のいずれを用いてもよいが、好ましい実施形態においては、線形最小二乗法（ｌｉｎｅａｒ ｌｅａｓｔ ｓｑｕａｒｅｓ；「ＬＬＳ」）による曲線当てはめが用いられる。曲線当てはめは、所定の下限値と上限値との間のデータの一部についてのみ実行される。データに当てはめる曲線を求めた後の最終目的は、曲線が所定の閾値と交差する点に対応する時間を求めることである。好ましい実施形態において、正規化データの閾値は０．１１である。上限値および下限値は、様々な対照データセットに曲線を当てはめる範囲が、ある閾値に関連付けられた時間において最小の変動を示すのに伴って、経験的に決定される。好ましい実施形態において、下限値は０．０４、上限値は０．３６である。当該曲線は、下限値を下回る第１のデータ点から上限値を越えた第１のデータ点まで拡張するデータに適している。

ステップ２１１０において、当てはめの傾斜が統計上重要か否かを判断する。例えば、一次係数のｐ値が０．０５未満の場合、当てはめは重要であると考えられ、処理が継続される。そうでない場合、処理は終了する。あるいは、Ｒ^２値によってデータの有効性を判断することができる。

線形曲線ｙ＝ｍｘ＋ｂの傾斜ｍおよび切片ｂは、当てはめられた曲線に合わせて決定される。その情報によれば、ステップ２１０４において以下のようにＴ時間を決定することができる。

当てはめられた曲線を使用してＴ時間を決定する手法について、図７９でグラフで図示している。

図７７を参照すると、ステップ２１１６において、内部対照／キャリブレータ調整が望ましいか否かが判断される。一般に、試験手順は、対照として少なくとも１つの反応槽を既知の濃度の核酸（所望の核酸以外）とともに含むと思われ、あるいは、各サンプルに対照核酸配列を添加してもよい。既知の濃度は、反応槽内で反応が行われたことを確認するために、単純に対照として使用してよい。すなわち、既知の濃度が予想通りに増幅した場合には反応が成功したことが確認され、対象検体についての芳しくない結果は、サンプル内における標的の不在によるものと結論付けられる。一方、予想通りに既知の濃度を増幅できないことは反応の失敗を示し、標的についてのいかなる結果も無視される。

既知の濃度を使用して、標的の濃度を較正することができる。内部対照および標的配列を含有する一連の標準に対応するＴ時間は、実質的に有効な数のデータセットについて決定される。このデータを使用して、後述のように試験サンプルの濃度が補間される較正プロットが構成される。

較正プロットを構成する一方法では、対象検体の既知の濃度をｘ軸に、対して、標的と対照とのＴ時間の差異をｙ軸に置く。続いて、試験サンプルの濃度を較正曲線当てはめにより補間する。較正プロットを構成する別の方法では、対象検体の既知の濃度をｘ軸に、対して、比［標的Ｔ時間／内部対照Ｔ時間］をｙ軸に置く。続いて、試験サンプルの濃度を較正曲線当てはめにより補間する。これについての例は、Ｈａａｌａｎｄら、米国特許第６，０６６，４５８号「Ｍｅｔｈｏｄｓ，Ａｐｐａｒａｔｕｓ ａｎｄ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｐｒｏｇｒａｍ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ ｆｏｒ Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ Ｑｕａｎｔｉｔｉｅｓ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎ Ｓａｍｐｌｅｓ Ｕｓｉｎｇ Ｓｔａｎｄａｒｄ Ｃｕｒｖｅｓ ａｎｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｒａｔｉｏ Ｅｓｔｉｍａｔｅｓ」において開示されている。較正プロットを構成するさらなる代替方法では、本明細書と共通した所有権のある、Ｃａｒｒｉｃｋら、米国仮出願第６０／７３７，３３４号「Ｐａｒａｍｅｔｒｉｃ Ｃａｌｉｂｒａｔｉｏｎ Ｍｅｔｈｏｄ」に記載されている方法等、パラメトリック較正方法を利用する。

データセットは時に、初期の静的基線の直後（すなわち、ＲＦＵ（ｔ）曲線の、初期の平らな部分、図７８参照）およびデータが上方傾斜を開始する直前に、ディップを示すこともある。そのようなデータを特定し訂正するために、当該データのＴ時間を決定する前に、以下のアルゴリズムを用いる。Ｈ_{ｉｎｄｅｘ}から開始して、バックグラウンド値ＢＧより小さいか否かを判断するために、各ＲＦＵ（ｔ）値をチェックする。小さい場合は、ＢＧからＲＦＵ（ｔ）を減じる（結果は正数となるはずである）。これがＣｏｒＶａｌｕｅ（反発係数値）となる。バックグラウンドを減じた値にＣｏｒＶａｌｕｅを加え、これによりＲＦＵ（ｔ）が基線となる。各ＲＦＵ（ｔ）値について前向きに計算し、最後のＣｏｒＶａｌｕｅが前ＣｏｒＶａｌｕｅより小さくなるまで、この分析を実行する。残りのバックグラウンドを減じたＲＦＵ（ｔ）値のそれぞれに、最も大きいＣｏｒＶａｌｕｅを加える。ここで、上述したように、訂正されたデータセットを正規化、および、Ｔ時間を決定することができる。

バックグラウンドレベルを導き出すために曲線当てはめ方法を使用する場合、上述のようにディップ補正を実行しなくてもよい場合がある。

残りのデータ点と比較して異常な値を示すデータ点を特定し、必要に応じて廃棄するために、データセットに対して異常値検出を実行することも望ましい。既知の異常値検出方法論のいずれを使用してもよい。

検体濃度決定の第２部は、定量手順２１２０である。既知の条件での既知の濃度の検体についてＴ時間を決定する。このデータを使用して、検体濃度（一般に、Ｌｏｇコピーと表現される）とＴ時間との間の関係を導き出すことができる。特定のサンプルについてＴ時間を決定した後、導き出された関係（Ｌｏｇコピー＝ｆ（Ｔ時間））を使用して、当該サンプルに対する検体濃度を決定することができる。

より具体的には、ステップ２１２２および２１２４において、既知の濃度の対照検体についての較正／対照データセットは、例えば、異常値分析および／またはその他任意の既知のデータ有効性検証方法論により、有効性を検証される。データが有効であることが分かれば較正は継続するが、そうでない場合、較正は終了する。

対照データセットについてＴ時間が決定され、特定の状態のすべてのサンプル（例えば、特定のバッチロットの試薬で処理されたサンプル）についてＴ時間対Ｌｏｇコピーがプロットされる。ステップ２１２６において、当該データに最適な線の傾斜ｍおよび切片ｂを求めるために、Ｔ時間対Ｌｏｇコピープロットの一部に対して線形最小二乗法による当てはめ等の曲線当てはめが実行される。利用可能なＴ時間対Ｌｏｇコピーデータ点（「キャリブレータ」として知られる）の数が少なくともキャリブレータの（ステップ２１２８で決定されたような）所定の最小数である場合、必要に応じ、最低のキャリブレータをステップ２１３０において以下のように除去する。

キャリブレータデータ点に最適な線を求めた後、二次および三次曲線当てはめについても同様に試験を行う。これらの当てはめが一次線形当てはめよりも著しく良好であれば、当該線形曲線当てはめから最も遠いキャリブレータデータ点を廃棄し、一次、二次、および三次当てはめを求めて、残りのキャリブレータと再度比較する。このプロセスは、―キャリブレータの数が少なくともキャリブレータの許容可能な最小数であると仮定すると―二次および三次当てはめが一次線形当てはめよりも著しく良好でなくなるまで繰り返される。

線形Ｔ時間対Ｌｏｇコピー方程式が導き出されると、ステップ２１３２において、サンプルのＴ時間を方程式に代入することにより、当該サンプルに対する所望の検体の濃度が（Ｌｏｇコピーとして）決定される。このようにして、アッセイ結果が得られる２１３４。

ＲＴインキュベータ６０８の考えられる強化として、自己チェック光検出モジュールが挙げられる。そのようなモジュールにおいては、既知の標準的な励起信号が、ＬＥＤ１７３２（または代替として、別個の専用ＬＥＤ）によって放出され、当該励起光は、励起信号、放出信号、および、プリント基板１７９０の信号出力がすべて正しいことを確実にするために、フォトダイオード１７８０（および／または別個の専用コンパレータフォトダイオード）へ方向付けられる。

本明細書において言及するすべての文献は、参照することにより本書に組み込まれる。しかしながら、いかなる文献も、請求項に記載された対象の先行技術であると認められるものではない。

現在最も実用的であると考えられているものおよび好ましい実施形態に関連して本発明を説明したが、本発明は開示されている実施形態に限定されるものではなく、添付の請求項の精神と範囲に含まれる様々な修正形態および均等物にも及ぶことを意図したものであると理解されたい。

さらに、米国特許法第１１２条第６項に基づいて許可される「特定の機能を実行するための手段」書式の文言を含まない添付の特許請求項の範囲のそれらは、米国特許法第１１２条第６項に基づいて、本明細書およびその均等物に記載された構造、材料、または作用に限定されるものとして解釈されることを意図するものではない。

Claims (43)

1. １つ以上の反応容器に存在する対象核酸の量を決定するために、または、１つ以上の該反応容器内における対象核酸の有無を確認するために、複数の反応容器の内容物を処理するためのシステムであって、
   （Ａ）その中に反応容器を収納し、該反応容器をインキュベーションチャンバ内で制御された温度条件に曝露するための前記インキュベーションチャンバを含む、少なくとも１つの温度調節されたインキュベータと、
   （Ｂ）核酸定量システムであって、
   （１）各反応容器の内容物によって放出された信号の量を周期的に測定することと、
   （２）該周期的測定結果に基づいて、それぞれの反応容器内に存在する対象核酸の量を定量化することと、
   によって、該反応容器内の該対象核酸の量を決定するように構成され配置された核酸定量システムと、
   （Ｃ）核酸検出システムであって、
   （１）各反応容器の内容物によって放出された信号を検出することと、
   （２）閾値レベルを超える信号が検出されるか否かに基づいて、該反応容器内の該対象核酸の有無を確認することと、
   によって、該反応容器内の該対象核酸の存在を確認するように構成および配置された核酸検出システムと、
   を備えるシステム。
2. 反応容器を前記核酸定量システムへ、またはそこから自動的に移送し、かつ反応容器を前記核酸検出システムへ自動的に移送するように構成および配置された、自動移送システムをさらに備える、請求項１に記載のシステム。
3. 前記移送システムは、回転軸の周囲を回転可能な移送機構を備える、請求項２に記載のシステム。
4. 前記核酸定量システムは、前記インキュベーションチャンバ内に配置され前記信号測定装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の、内容物によって放出される信号の量を測定するように構成および配置された、信号測定装置を備え、
   前記核酸検出システムは、前記インキュベーションチャンバとは異なる検出チャンバ内に配置され前記信号検出装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の、内容物によって放出される信号を検出するように構成および配置された、信号検出装置を備える、
   請求項１から３までのいずれか一項に記載のシステム。
5. 前記信号測定装置を、前記インキュベーションチャンバ内に配置された反応容器に対して近接して動作可能に移動させるように構成および配置された、信号測定装置移送機構をさらに備える、請求項４に記載のシステム。
6. 前記信号測定装置は、反応容器の内容物からの蛍光放出を測定するように構成および配置された蛍光光度計を備え、かつ／または、
   前記信号検出装置は、反応容器の内容物からの化学発光放出を検出するように構成および配置された照度計を備える、請求項４または５に記載のシステム。
7. 前記核酸定量システムおよび前記核酸検出システムは、ハウジング内に含有され、
   前記ハウジングは、移動可能な内蔵型スタンドアロン分析器ユニットを画定し、
   前記信号測定装置および前記信号検出装置は、前記ハウジング内の処理デスク上にある、
   請求項４から６のいずれか一項に記載のシステム。
8. 前記温度調節されたインキュベータは、前記インキュベーションチャンバ内に配置され複数の反応容器ステーションを含む反応容器運搬装置を含み、前記反応容器ステーションのそれぞれは、少なくとも１つの反応容器を運搬するように構成および配置され、
   前記核酸定量システムは、前記信号測定装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出される信号の量を測定するように構成および配置された信号測定装置を備え、前記信号測定装置は、前記反応容器運搬装置が前記インキュベーションチャンバ内の反応容器を移動させる際に、前記反応容器運搬装置に運搬された該反応容器が前記信号測定装置に近接して動作可能なように連続的に移動されるように、前記反応容器運搬装置に対して置かれ、
   前記反応容器運搬装置は、前記インキュベーションチャンバ内の反応容器を移動して、それによって運搬される反応容器を前記信号測定装置に近接して動作可能なように連続的および周期的に置くように制御され、前記信号測定装置は、前記信号測定装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出される信号の量の周期的な測定結果を作るように制御される、
   請求項７に記載のシステム。
9. 前記核酸定量システムは、
   前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させるように構成および配置された信号測定装置移送機構をさらに備え、
   前記反応容器運搬装置の各反応容器ステーションは１つを超える反応容器を運搬するように構成および配置され、前記反応容器運搬装置は、前記反応容器ステーションを前記信号測定装置に対する信号測定位置に連続的に提示するように制御され、前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させて、該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された該反応容器のそれぞれに近接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように制御される、
   請求項８に記載のシステム。
10. 前記核酸定量システムは、１つを超える信号測定装置であって、各信号測定装置は、反応容器の内容物によって放出される異なる信号を測定するように構成および配置される、信号測定装置と、
    前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させるように構成および配置された信号測定装置移送機構と
    を備え、
    前記反応容器運搬装置の各反応容器ステーションは、１つを超える反応容器を運搬するように構成および配置され、前記反応容器運搬装置は、前記反応容器ステーションを前記信号測定装置に対する信号測定位置に連続的に提示するように構成および配置され、前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置のそれぞれを前記反応容器運搬装置に対して移動させて、該信号測定装置に対応する該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された該反応容器のそれぞれに近接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように構成および配置される、
    請求項８に記載のシステム。
11. 前記反応容器運搬装置は、回転軸の周囲を回転可能となるように、前記インキュベーションチャンバ内に取り付けられた略円形の回転台を備え、前記反応容器ステーションは、該回転台の周辺部の周囲に置かれ、
    前記核酸定量システムは、
    前記信号測定装置を前記反応容器運搬装置に対して移動させるように構成および配置された信号測定装置移送機構をさらに備え、
    前記反応容器運搬装置の各反応容器ステーションは、前記回転台の該回転軸に対して半径方向に配列された１つを超える反応容器を運搬するように構成および配置され、前記反応容器運搬装置は、前記反応容器ステーションを前記信号測定装置に対する信号測定位置に連続的に提示するように構成および配置され、前記信号測定装置移送機構は、前記信号測定装置を前記回転台の該回転軸に対して略半径方向に移動させて、該信号測定位置に移動された前記反応容器ステーションに運搬された該反応容器のそれぞれに近接して動作可能なように、前記信号測定装置を連続的に置くように構成および配置される、
    請求項８から１０のいずれか一項に記載のシステム。
12. 前記信号測定装置は、反応容器の内容物からの蛍光放出を測定するように構成および配置された蛍光光度計を備え、
    前記蛍光光度計は、
    励起光を放出するように適合された光放出部と、
    第１の光路、第２の光路、および第３の光路を画定する光学素子と、
    ビームスプリッタと、
    光検出部と、
    を備え、
    前記光放出部は、前記第１の光路に対して動作可能なように置かれ、該光路は前記光放出部によって放出された該励起光の少なくとも一部を送るように構成および配置され、
    前記ビームスプリッタは、前記第１の光路および前記第２の光路に対して動作可能なように置かれ、かつ、前記第１の光路によって送られた該励起光を受光し、望ましい励起スペクトル成分を有する該受光した励起光の少なくとも一部を前記第２の光路へ向けるように構成および配置され、
    前記第２の光路は、前記第２の光路が望ましい励起スペクトル成分を有する該光を前記反応容器に向けるように、該蛍光光度計に近接して動作可能なように反応容器に対して置かれ、前記第２の光路は、該反応容器の内容物によって放出された任意の蛍光光の少なくとも一部を受光して、該受光した部分を前記ビームスプリッタに向け、
    前記ビームスプリッタは、前記第３の光路に対して動作可能なように置かれ、かつ、前記第２の光路によって送られた該蛍光光を受光し、望ましい放出スペクトル成分を有する該受光した光の少なくとも一部を前記第３の光路に向けるように構成および配置され、
    前記光検出部は、前記第３の光路に対して動作可能なように置かれ、該光路は望ましい放出スペクトル成分を有する該光の少なくとも一部を前記光検出部に向けて送るように構成および配置される、
    請求項８から１１のいずれか一項に記載のシステム。
13. 前記第１の光路の該光学素子は、
    該光放出部から送られた光の任意の望ましくないスペクトル成分を実質的に除去することと、
    前記第１の光路の該光学素子は、前記ビームスプリッタによって前記第１の光路から受光した光が、前記第１の光路の光軸に対して実質的に規定の励起角度範囲内にあるように、前記光放出部から送られた該光を調整することと
    を行うようにさらに構成および配置される、請求項１２に記載のシステム。
14. 前記第１の光路の該光学素子は、
    前記光放出部によって放出された該励起光の少なくとも一部を受光し、受光端から受光した前記励起光を光パイプの反対端に送るように、前記光放出部に対して動作可能なように置かれた前記受光端を有する、前記光パイプと、
    前記光パイプの該反対端によって放出された光の方向を変えるように配置および配向された鏡と、
    前記鏡によって方向を変えられた光を受光するように置かれ、受光した該光を実質的に規定の励起角度範囲内にコリメートするように構成および配置された１つ以上のレンズと、
    前記１つ以上のレンズによってコリメートされた光を受光するように置かれ、該規定の励起角度範囲内にない実質的にすべての光をブロックするように構成および配置された励起バッフルと、
    前記バッフルを通過する光を受光するように置かれ、前記光放出部から送られた該励起光の該望ましくないスペクトル成分を実質的に除去するように構成および配置された励起フィルタと、
    を備える、
    請求項１３に記載のシステム。
15. 前記第３の光路の該光学素子は、該光検出部に向けて送られた光の任意の望ましくないスペクトル成分の少なくとも一部を排除することと、
    前記第３の光路の該光学素子は、前記光検出部によって前記第３の光路から受光した該光が、前記第３の光路の光軸に対して実質的に規定の検出角度範囲内にあるように、前記ビームスプリッタから送られた該光を調整することと
    を行うようにさらに構成および配置される、請求項１２から１４のいずれか一項に記載のシステム。
16. 前記第３の光路の該光学素子は、
    前記ビームスプリッタから送られた光を受光するように置かれ、該規定の検出角度範囲内にない実質的にすべての光をブロックするように構成および配置された放出バッフルと、
    前記放出バッフルを通過する光を受光するように置かれ、前記光検出部に向けて送られた該光の該望ましくないスペクトル成分を実質的に除去するように構成および配置された放出フィルタと、
    前記放出フィルタを通過する光の焦点を、前記光検出部に向けて合わせるように構成および配置された少なくとも１つのレンズと、
    を備える、
    請求項１５に記載のシステム。
17. 前記第１、第２、および第３の光路は、それぞれ第１、第２、および第３の光軸を含み、（ａ）前記第１の光軸は前記第２の光軸に対して略垂直であり、（ｂ）前記第２および第３の光軸は略同軸であり、（ｃ）前記ビームスプリッタはダイクロイックビームスプリッタを備え、前記ダイクロイックビームスプリッタは前記第１、第２、および第３の光軸に対して約４５度の角度で配向される、請求項１２から１６のいずれか一項に記載のシステム。
18. 前記蛍光光度計は、
    励起エネルギーを該反応容器に向けるように構成および配置された励起構成要素と、
    該反応容器の内容物からのエネルギー放出の量を検出するように構成および配置された検出構成要素と、
    を備える、
    請求項１２から１７までのいずれか一項に記載のシステム。
19. 前記核酸検出システムは、
    信号検出装置であって、前記信号検出装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出された化学発光放出を検出するように構成および配置された照度計を含み、前記信号検出装置は、前記インキュベーションチャンバの外側に置かれている、信号検出装置
    を備える、
    請求項１から３までの、または請求項８から１８までのいずれか一項に記載のシステム。
20. 前記インキュベータ内に設けられた前記反応容器到達開口部を介して、反応容器を前記反応容器運搬装置へ、またはそこから移送するように、および、前記インキュベータ内の反応容器のインキュベーションに続いて、該反応容器を前記信号検出装置へ連続的に移送するように構成および配置された少なくとも１つの移送機構を含む、反応容器移送システムをさらに備える、
    請求項１２から１９までのいずれか一項に記載のシステム。
21. 前記反応容器運搬装置は、それぞれ該反応容器ステーションの１つに隣接して配置された磁性仕切りをさらに備え、前記磁性仕切りはそれぞれ、該隣接する反応容器ステーションに運搬された反応容器を磁場に曝露するための１つ以上の磁性素子を含む、請求項８から２０までのいずれか一項に記載のシステム。
22. 前記信号検出装置は、
    隣接して配置された複数の反応容器が該装置によって移動される移送経路を画定する構造と、
    前記移送経路に沿って配置され、感光装置に対して動作可能なように置かれた反応容器の内容物から放出された光を検出するように構成および配置された前記感光装置と、
    前記移送経路に隣接して置かれ、（１）隣接して配置された複数の反応容器を前記移送経路に沿って移動できるようにする第１の位置と、（２）前記移送経路上に配置され、前記感光装置に対して動作可能なように置かれた前記反応容器の１つと動作可能なように係合する第２の位置と、の間で旋回するように構成および配置された反応容器単離装置であって、前記反応容器単離装置は、前記反応容器単離装置によって係合された、前記動作可能に置かれた反応容器以外のソースからの光が前記感光装置によって検出されるのを実質的に防止するように構成および配置され、前記反応容器単離装置は、前記第１の位置と第２の位置の間を旋回回転するように構成および配置され、前記容器槽単離装置が前記第２の位置にあるときには、前記反応容器単離装置によって係合された反応容器を少なくとも部分的に包囲する構造を含む、反応容器単離装置と、
    を備える、
    請求項１９から２１までのいずれか一項に記載のシステム。
23. 前記信号検出装置は、該動作可能なように置かれた反応容器の内容物から放出された光の量を前記感光装置が検出するのに十分な時間の間、該隣接して配置された複数の反応容器のそれぞれを前記感光装置に対して動作可能なように置くような方法で、該隣接して配置された複数の反応容器を前記移送経路に沿って移動させるように構成および配置された移送機構をさらに備える、請求項２２に記載のシステム。
24. 前記信号検出装置は、前記移送経路に隣接して配置された、そこに形成された開口を有する開口パネルをさらに備え、
    前記感光装置は、
    光電子増倍管であって、前記光電子増倍管の一端の光取り入れ開口部の前に置かれた物体から放出された光を検出するように、および、前記光電子増倍管によって検出された光を示す電子信号を生成するように適合され、前記開口の前の前記移送経路上に配置された反応容器の内容物から放出された光を受光するために、前記開口に対して置かれたその前記光取り入れ開口部を持つ前記移送経路と反対側の前記開口パネルの側の上に置かれた光電子増倍管と、
    シャッターアセンブリであって、前記開口パネル上に取り付けられ、光が前記開口を通過するのを可能にする開位置と光が前記開口を通過するのを防止する閉位置との間における前記シャッターアセンブリの移動によって、光を前記開口パネルに形成された前記開口を介して前記光電子増倍管へ選択的に取り入れるように構成および配置されたシャッターアセンブリと、
    を備え、
    前記シャッターアセンブリは、
    それぞれ前記シャッターアセンブリの開位置と閉位置とに対応する開位置と閉位置との間における回転移動のために構成および配置されたシャッターであって、前記シャッターが前記閉位置にあるときには前記開口をブロックし、前記シャッターが前記開位置にあるときには前記開口をブロックしないシャッターと、
    前記開位置と閉位置との間の前記シャッターの動力回転をもたらすための、前記シャッターと動作可能なように連結されたモーターと、
    を備える、
    請求項２２または２３に記載のシステム。
25. 反応容器内に存在する対象核酸を結合するための固体支持材料を単離するように構成および配置された分離装置をさらに備える、請求項１から２４までのいずれか一項に記載のシステム。
26. 前記分離装置は、該反応容器から流体物質を吸引するように構成および配置された流体吸引機構と、
    該反応容器から該流体サンプルを除去した後に、該反応容器に洗浄液を提供するように構成および配置された流体分注機構と、
    該流体分注機構によって該洗浄液が提供された後に、該固体支持材料を再懸濁するために該反応容器を攪拌するように構成および配置された混合装置と、
    流体物質を磁場に置くための磁性素子と
    をさらに備える、
    請求項２５に記載のシステム。
27. 各反応容器は、一体的に形成された複数の反応容器の１つである、請求項１から２６までのいずれか一項に記載のシステム。
28. 反応容器の第１の部分に存在する第１の対象核酸の量を定量的に決定するため、および、該反応容器の第２の部分に存在する第２の対象核酸の有無を定性的に決定するために、複数の該反応容器の内容物を処理するための方法であって、
    ａ）第１の加熱器に複数の反応容器を連続的に提供する自動ステップであって、各反応容器には、対応する第１または第２の対象核酸内に含有される第１または第２の標的配列を、前記第１の加熱器の温度条件下で増幅するのに十分な増幅および酵素試薬が提供される、ステップと、
    ｂ）前記第１の標的配列またはその補体を含有する第１の増幅産物を検出するのに十分な検出試薬が提供された前記反応容器の第１の部分の反応容器を、信号測定装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出された信号の量を測定するように構成および配置された前記信号測定装置に近接して動作可能なように、連続的および周期的に移動させる自動ステップ、および前記信号測定装置に近接して動作可能なように移動された反応容器の前記第１の部分の各反応容器内における前記第１の増幅産物の存在と関連付けられた信号の量を測定する自動ステップと、
    ｃ）ステップｂ）において得られた該測定結果に基づいて、反応容器の前記第１の部分の各反応容器内に存在する前記第１の対象核酸の量を定量化するためにマイクロプロセッサを使用する自動ステップと、
    ｄ）前記第２の標的配列またはその補体を含有する第２の増幅産物を検出するのに十分な検出試薬が提供された前記反応容器の第２の部分の反応容器を、信号検出装置に近接して動作可能なように置かれた反応容器の内容物によって放出された信号の存在を検出するように構成および配置された前記信号検出装置に近接して動作可能なように、連続的に移動させる自動ステップ、および前記信号検出装置に近接して動作可能なように移動された反応容器の前記第２の部分の各反応容器内における前記第２の増幅産物の存在と関連付けられた信号を検出する自動ステップと、
    ｆ）ステップｄ）において得られた該測定結果に基づいて、反応容器の前記第２の部分の各反応容器内における前記第２の対象核酸の有無を決定するためにマイクロプロセッサを使用する自動ステップと、
    を包含する、方法。
29. 前記反応容器は、自動反応容器移送システムを使用して前記第１の加熱器に提供され、
    前記移送システムは、反応容器を前記第１の加熱器に提供するための、第１の回転可能な移送機構と、
    前記移送システムは、前記第１の加熱器から反応容器を除去するための、第２の回転可能な移送機構と
    を含む、請求項２８に記載の方法。
30. 前記移送システムは、ステップｄ）において、前記信号検出装置に近接して動作可能なように、反応容器の前記第２の部分の反応容器を前記第１の加熱器から移動させる、請求項２９に記載の方法。
31. 反応容器の前記第２の部分の反応容器を前記第１の加熱器から第２の加熱器へ移動させる自動ステップをさらに包含する、請求項３０に記載の方法であって、
    前記検出試薬は、前記検出試薬中に存在するプローブを前記第２の標的配列またはその補体と検出可能なようにハイブリダイズさせることができる温度条件下で、反応容器の前記第２の部分の反応容器に提供される、
    方法。
32. 反応容器の前記第２の部分の反応容器を、前記第２の加熱器から前記信号検出装置に近接して動作可能なように移動させる自動ステップをさらに包含し、
    前記信号検出装置は蛍光光度計であり、前記プローブは化学発光ラベルで標識されている、請求項３１に記載の方法。
33. 前記第１の加熱器は密閉型インキュベータであり、
    該インキュベータは、
    前記反応容器を収納したり、前記インキュベータから除去したりするための１つ以上のドアと、
    前記インキュベータ内で反応容器を収納および移動させるための回転可能な反応容器運搬装置と
    を含む、請求項２８から３２のいずれか一項に記載の方法。
34. 前記増幅および酵素試薬は、前記反応容器が前記第１の加熱器に提供された後に前記反応容器に提供される、請求項２８から３３までのいずれか一項に記載の方法。
35. 前記検出試薬は、反応容器の前記第１の部分の反応容器が前記第１の加熱器に提供された後に、反応容器の前記第１の部分の反応容器に提供され、反応容器の前記第１の部分の反応容器は、前記第１の加熱器から除去される前に、ステップｂ）において、前記信号測定装置に近接して動作可能なように移動され、
    反応容器の前記第２の部分の反応容器は、ステップｄ）において前記信号検出装置に近接して動作可能なように移動される前に前記第１の加熱器から除去され、前記検出試薬は、前記第１の加熱器から除去された後に、反応容器の前記第２の部分の反応容器に提供される、請求項３４に記載の方法。
36. ステップａ）において反応容器の前記第１の部分の反応容器に提供される前記増幅および酵素試薬は、プライマーまたはプロモータープライマー、ヌクレオシド三リン酸、および、前記第１の加熱器の温度条件下で前記第１の対象核酸にハイブリダイズされた前記プライマーまたはプロモータープライマーの３´端を延長することができる核酸ポリメラーゼを含み、ステップａ）において反応容器の前記第２の部分の反応容器に提供される前記増幅および酵素試薬は、プライマーまたはプロモータープライマー、ヌクレオシド三リン酸、および、前記第１の加熱器の温度条件下で前記第２の対象核酸にハイブリダイズされた前記プライマーまたはプロモータープライマーの３´端を延長することができる核酸ポリメラーゼを含み、
    前記温度条件は等温である、請求項２８から３５のいずれか一項に記載の方法。
37. 前記第１の増幅産物を検出するための前記検出試薬は、前記第１の加熱器の温度条件下で前記第１の標的配列またはその補体と検出可能なようにハイブリダイズする、自己ハイブリダイズプローブを含み、
    前記プローブは分子ビーコンまたは分子トーチであり、相互に作用するラベル対を含み、
    前記ラベル対は、蛍光プローブと消光剤とを含む、請求項２８から３６のいずれか一項に記載の方法。
38. 反応容器の前記第１の部分の複数の反応容器のそれぞれからの前記信号を、同時に測定するステップをさらに包含し、
    ステップｂ）において、反応容器の前記第１の部分の反応容器は、相隔たる複数の信号測定装置に近接して動作可能なように連続的および周期的に移動され、各信号測定装置は前記加熱器と動作可能なように関連付けられた蛍光信号検出装置であり、
    前記蛍光信号検出装置は、前記加熱器に対して移動可能である、請求項２８から３７のいずれか一項に記載の方法。
39. 反応容器の前記第１の部分の反応容器の中の複数の信号を同時に測定するステップをさらに包含する、請求項２８から３８までのいずれか一項に記載の方法であって、前記複数の信号のそれぞれは異なる増幅産物と関連付けられる、方法。
40. ステップａ）の前に、前記反応容器から増幅阻害物質を除去するのに十分な試薬および条件に、前記反応容器のぞれぞれの中に存在するサンプル物質を曝露する自動ステップをさらに包含し、
    前記曝露するステップは、
    前記各反応容器に固体支持材料を提供するステップであって、前記固体支持材料は前記第１および第２の対象核酸を結合することができる磁気反応性粒子である、ステップと、
    各反応容器に隣接して置かれた１つ以上の磁石を使用することにより、前記各反応容器内の前記固体支持材料を単離するステップと、
    前記各反応容器から前記サンプル物質の少なくとも一部を除去するステップと、
    前記固体支持材料を洗浄液で洗浄するステップと、
    をさらに包含する、
    請求項２８から３９のいずれか一項に記載の方法。
41. 前記曝露するステップの後に、自動反応容器移送システムを使用して前記反応容器を前記第１の加熱器に移送するステップをさらに包含し、
    前記移送システムは回転可能な移送機構を備える、請求項４０に記載の方法。
42. 前記各反応容器は、一体的に形成された複数の反応容器の１つである、請求項２８から４１までのいずれか一項に記載の方法。
43. 本方法のステップはすべて、内蔵型分析器ユニットのハウジング内で実行される、請求項２８から４２までのいずれか一項に記載の方法。

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