BE1030468B1 - Système et méthode pour la production d’arn - Google Patents
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Abstract
Le courant invention porte sur un système pour produire de l’ARN, ledit système comprenant une unité de transcription in vitro (TIV) et une unité de traitement pour traitement en aval dudit composé, dans lequel l’unité de TIV comprend une pluralité de chambres, dans lequel chacune de la pluralité de chambres est configurée pour recevoir un ou plusieurs réactifs de TIV et pour exécuter une réaction de TIV sur la base d’une matrice d’ADN, en obtenant ainsi une pluralité de molécules d’ARN ; et dans lequel l’unité de traitement comprend un dispositif de purification pour réaliser au moins une étape de purification en aval de ladite pluralité de molécules d’ARN, ledit dispositif de purification comprenant un ou plusieurs porte-échantillon, lesdits porte-échantillon conviennent pour recevoir un conteneur renfermant un milieu liquide comprenant des molécules d’ARN et des particules magnétiques, et dans lequel un aimant est positionné au niveau de chaque échantillon, ladite unité d’aimant est configurée pour capturer ou pour introduire un mouvement desdites particules magnétiques et dans lequel les porte-échantillon sont configurés pour réaliser un mouvement mécanique, de telle manière que les particules magnétiques sont mélangées avec le liquide. L’invention également divulgue une méthode pour la production d’ARN, de manière davantage préférée d’ARNm.
Description
1 BE2022/5293
SYSTÈME ET MÉTHODE POUR LA PRODUCTION D’ARN
La présente invention porte sur un système et une méthode pour la production d’ARN, permettant une production efficace d'ARN à grande échelle pour une application supplémentaire en aval telle que la production de vaccins à ARN.
CONTEXTE
Les acides nucléiques thérapeutiques incluant des molécules d’ARN représentent une classe émergente de médicaments. Les produits thérapeutiques à base d’ARN incluent des molécules d'ARNm codant pour des antigènes pour une utilisation en tant que vaccins. De plus, il est envisagé d'utiliser des molécules d’ARN pour des — thérapies de remplacement, par ex. fournissant des protéines manquantes telles que des facteurs de croissance ou des enzymes à des patients. Par ailleurs, l’utilisation thérapeutique de molécules d’ARN pour l'édition du génome (par ex. ARN guides
CRISPR/Cas9) est considérée. En conséquence, les produits thérapeutiques à base d’ARN utilisés en immunothérapie, thérapie génique et vaccination appartiennent aux domaines thérapeutiques les plus prometteurs et se développant le plus rapidement dans la médecine moderne.
Les procédés de fabrication couramment établis pour les molécules d'ARN mettent en œuvre de nombreuses étapes de fabrication séparées. En particulier, les étapes de fabrication respectives sont réalisées par plusieurs dispositifs différents. De plus, la fabrication d’ARN requiert un degré important de manipulation manuelle dans un laboratoire régulé par les BPF exécutée par un personnel technique bien formé. En conséquence, les procédés de fabrication couramment établis sont chronophages, coûteux, et requièrent beaucoup d'espace de laboratoire et d'équipement de laboratoire.
La présente divulgation et les modes de réalisation de celle-ci servent à fournir une solution à un ou plusieurs des désavantages mentionnés ci-dessus. À cette fin, la présente divulgation fournit un système et une méthode automatisés pour la production d’ARN. Le système et la méthode permettent d'obtenir une production
2 BE2022/5293 rapide, efficace et automatisée d'ARN à grande échelle qui est conforme aux exigences de qualité pour une utilisation dans des produits thérapeutiques.
Conventionnellement, afin de gérer la production d’une grande quantité de produits thérapeutiques tels que ARN, un nombre considérable de grands instruments est nécessaire. La compacité de la conception et la quantité de ressources de support est toutefois devenue une question importante. La pandémie de COVID-19 et la pénurie de vaccins à ARN contre la COVID-19 qui s'en est suivie ont montré qu’il existe un besoin considérable en solutions mobiles, faciles à transporter et faciles à opérer pour la production d’ARN et de produits thérapeutiques à base d'ARN.
En combinant certaines étapes d’une manière efficace et ingénieuse, en utilisant ainsi de manière optimale l’espace disponible, l'encombrement du système courant est maintenu bas. En conséquence, le système peut facilement être transporté, même dans des endroits éloignés. De plus, en raison de la méthodologie hautement automatisée, le système est facile à opérer et ne requiert pas de personnel hautement formé ou hautement technique. La présente méthode et le présent système sont (presque) dépourvus de manipulation manuelle, ainsi réduisant également considérablement le risque de contamination et le risque de dégradation du produit final. En raison du procédé (semi) continu, de grandes quantités d’ARN peuvent être produites en une courte durée.
DESCRI PTION DES FI GURES
La Figure 1 montre une représentation d’un système selon des modes de réalisation — préférés de la divulgation.
La Figure 2 montre une représentation d’une unité de TIV selon des modes de réalisation préférés de la divulgation.
La Figure 3 montre des représentations de dispositifs de purification selon des modes de réalisation préférés de la divulgation.
La Figure 4 présente le principe de capture de billes magnétiques en utilisant unité magnétique. Sur la Fig. 4A les billes sont libres et sur la Fig. 4B les billes sont — capturées.
La Figure 5 montre une représentation d’un porte-échantillon selon un mode de réalisation de la divulgation.
3 BE2022/5293
La Figure 6 montre une représentation du porte-échantillon selon un autre mode de réalisation de la divulgation.
La Figure 7 présente une représentation schématique d’un mode de réalisation de l'unité de traitement en aval, présentant deux dispositifs de purification adjacents.
La Figure 8 présente une représentation schématique d’un mode de réalisation de unité de traitement en aval, présentant deux dispositifs emboîtés.
La Figure 9 présente schématiquement un bras robotique selon un mode de réalisation de l'invention.
La Figure 10 montre une représentation d’une station selon des modes de réalisation préférés de la divulgation.
L'US 2021/0261897 décrit un bioréacteur pour transcription in vitro. Toutefois, le système est seulement adapté pour exécuter une première étape de la chaîne de production d’ARN, et ne fournit pas un système entièrement intégré pour la production d’ARN. De plus, le bioréacteur décrit ici ne permet pas une production (semi-)continue d’ARN.
La présente divulgation vise à résoudre au moins certains des problèmes et désavantages mentionnés ci-dessus. En outre, la présente divulgation décrit un système et une méthode pour une production (semi-)continue d'ARN à grande échelle.
Définitions
Sauf définition contraire, tous les termes utilisés dans la divulgation de l'invention, y compris les termes techniques et scientifiques, ont la signification généralement admise par l'homme du métier auquel appartient cette invention. Des définitions des termes sont incluses à titre indicatif pour mieux apprécier l'enseignement de la présente invention.
Tels qu'utilisés ici, les termes suivants ont les significations suivantes :
4 BE2022/5293 «Un », « une », « le » et « la » tels qu'utilisés ici désignent à la fois le singulier et le pluriel, à moins que le contexte n'indique clairement le contraire. À titre d'exemple, « un compartiment » désigne un ou plusieurs compartiments. «Environ» tel qu'utilisé ici en référence à une valeur mesurable telle qu’un paramètre, une quantité, une durée temporelle et autres, est destiné à englober les variations de +/-20 % ou moins, de préférence de +/-10 % ou moins, de manière davantage préférée de +/-5 % ou moins, de manière encore davantage préférée de +/-1 % ou moins, et de manière encore davantage préférée de +/-0,1 % ou moins dela valeur spécifiée et par rapport à celle-ci, dans la mesure où de telles variations sont appropriées dans l'invention divulguée. Toutefois, il est entendu que la valeur à laquelle le modificateur « environ » fait référence est elle-même également spécifiquement divulguée. « Comprendre », « comprenant », et « comprend » et « composé de », tels qu'ils sont utilisés ici, sont synonymes de « inclure », « incluant », «inclut» ou « contenir », « contenant », « contient » et sont des termes inclusifs ou ouverts qui spécifient la présence de ce qui suit, par exemple un composant, et n'excluent ni n'empêchent la présence de composants, points caractéristiques, éléments, membres, étapes non cités additionnels, connus dans l’art ou divulgués ici.
Par ailleurs, les termes premier, deuxième, troisième et autres dans la description et dans les revendications, sont utilisés pour faire la distinction entre éléments similaires et pas nécessairement pour décrire un ordre séquentiel ou chronologique, sauf si cela est spécifié. Il est entendu que les termes ainsi utilisés sont interchangeables dans des circonstances appropriées et que les modes de réalisation de l'invention décrite ici peuvent fonctionner dans d’autres séquences que celles décrites ou illustrées ici.
La citation des plages numériques par les bornes inclut tous les nombres et fractions subsumés à l'intérieur de cette plage, ainsi que les bornes citées.
L'expression « % en poids » ou « pour cent en poids », ici et tout au long de la description, sauf définition contraire, fait référence au poids relatif du composant respectif sur la base du poids global de la formulation.
Tel qu'utilisé ici, le terme « particule magnétique » et les variations de celui-ci sont destinés à désigner une particule ayant un cœur magnétique, par ex., paramagnétique ou superparamagnétique, revêtu d’au moins un matériau ayant une surface sur laquelle un composé d'intérêt peut se lier de manière réversible. 5
Tandis que les termes « un ou plusieurs » ou « au moins un >, tels qu’un ou plusieurs ou au moins un membre(s) d’un groupe de membres, est clair per se, à titre d’exemplification supplémentaire, le terme englobe entre autres une référence à l’un quelconque desdits membres, ou à deux quelconques ou plus desdits membres, tels que, par ex., tout nombre > 3, > 4,2 5, > 6 ou > 7 etc. desdits membres, et jusqu’à la totalité desdits membres.
Sauf définition contraire, tous les termes utilisés dans la divulgation de l'invention, y compris les termes techniques et scientifiques, ont la signification généralement admise par l'homme du métier auquel appartient cette invention. Des définitions des termes utilisés dans la description sont incluses à titre indicatif pour mieux apprécier l’enseignement de la présente divulgation. Les termes ou définitions utilisés ici sont fournis uniquement pour faciliter la compréhension de l'invention.
La référence tout au long du présent mémoire descriptif à « un mode de réalisation » signifie qu’un point caractéristique, une structure ou une caractéristique particulier (particulière) décrit(e) en lien avec le mode de réalisation est inclus(e) dans au moins un mode de réalisation de la présente invention. Ainsi, apparition de l'expression « dans un mode de réalisation » à divers endroits tout au long du présent mémoire — descriptif ne fait pas nécessairement toujours référence au même mode de réalisation, mais le peut. De plus, les points caractéristiques, structures ou caractéristiques particuliers peuvent être combinés de toute manière adaptée, comme cela apparaîtrait évident à l'homme du métier d’après cette divulgation, dans un ou plusieurs modes de réalisation. De plus, alors que certains modes de réalisation décrits ici incluent certains mais pas d'autres points caractéristiques inclus dans d’autres modes de réalisation, les combinaisons de points caractéristiques de différents modes de réalisation sont destinées à être dans la portée de la divulgation courante, et à former différents modes de réalisation, comme le comprendrait l'homme du métier. Par exemple, dans les revendications suivantes, des — quelconques des modes de réalisation revendiqués peuvent être utilisés en toute combinaison.
6 BE2022/5293
Systèmes et composants dudit système
Dans un premier aspect, la divulgation courante aborde un système pour la production d’ARN. Le terme ARN ou molécules d’ARN englobe un ARN à chaîne longue, un ARN codant, un ARN non codant, un ARN non codant long, un ARN simple brin (ARNsb), un ARN double brin (ARNdb), un ARN linéaire (ARNIin), un ARN circulaire (ARNcirc), un ARN messager (ARNm), un ARNm auto-amplificateur (SAM), un ARNm à trans-amplification, des oligonucléotides d’ARN, des oligonucléotides antisens, un petit ARN interférent (petit ARNi), un petit ARN en épingle à cheveux (ARNsh), un ARN antisens (ARNas), des ARN guides CRISPR/Cas9, des riborégulateurs, un ARN immunostimulateur (ARNis), des ribozymes, des aptamères, un ARN ribosomique (ARNr), un ARN de transfert (ARNt), un ARN viral (ARNv), un
ARN rétroviral ou un ARN réplicon, un petit ARN nucléaire (petit ARNn), un petit ARN nucléolaire (petit ARNno), un microARN (miARN), et un ARN interagissant avec Piwi (ARNpi). Dans certains modes de réalisation, ledit ARN comprend des molécules d’ARN modifiées. Dans certains modes de réalisation, la modification de la molécule d’ARN comprend des modifications chimiques comprenant des modifications de squelette ainsi que des modifications de sucre ou des modifications de base. Dans ce contexte, une molécule d’ARN modifiée telle que définie ici comprend des analogues/modifications de nucléotide, par ex. des modifications de squelette, des modifications de sucre ou des modifications de base. Une modification de squelette en lien avec la présente divulgation est une modification dans laquelle des phosphates du squelette des nucléotides contenus dans une molécule d’ARN sont modifiés chimiquement. Une modification de sucre en lien avec la présente — divulgation est une modification chimique du sucre des nucléotides de la molécule d’ARN. Par ailleurs, une modification de base en lien avec la présente divulgation est une modification chimique du groupement de base des nucléotides de la molécule d’ARN. Dans ce contexte, les analogues ou modifications de nucléotides sont sélectionnés parmi les analogues de nucléotides, qui sont applicables à la — transcription et/ou à la traduction. Dans des modes de réalisation supplémentaires, l'ARN modifié comprend des modifications de nucléosides sélectionnées parmi la 6- aza-cytidine, la 2-thio-cytidine, l’a-thio-cytidine, la pseudo-iso-cytidine, la 5- aminoallyl-uridine, la 5-iodo-uridine, la N1-méthylI-pseudouridine, la 5,6- dihydrouridine, l’a-thio-uridine, la 4-thio-uridine, la 6-aza-uridine, la 5-hydroxy- uridine, la désoxy-thymidine, la 5-méthyl-uridine, la pyrrolo-cytidine, l’inosine, l’a- thio-guanosine, la 6-méthyl-guanosine, la 5-méthyl-cytidine, la 8-oxo-guanosine, la 7-déaza-guanosine, la N1-méthyl-adénosine, la 2-amino-6-chloro-purine, la N6-
7 BE2022/5293 méthyl-2-amino-purine, la pseudo-iso-cytidine, la 6-chloro-purine, la N6-méthyl- adénosine, l’a-thio-adénosine, la 8-azido-adénosine, la 7-déaza-adénosine.
Dans un mode de réalisation, un système pour produire de ARN est divulgué, ledit système comprenant une unité de transcription in vitro (TIV) et une unité de traitement pour traitement en aval desdites molécules d’ARN, dans lequel l’unité de
TIV comprend une pluralité de chambres, dans lequel chacune de la pluralité de chambres est configurée pour recevoir un ou plusieurs réactifs de TIV et pour exécuter une réaction de TIV sur la base d’une matrice d’ADN, en obtenant ainsi une pluralité de molécules d’ARN ; et dans lequel l’unité de traitement comprend un dispositif de purification pour réaliser au moins une étape de purification en aval de ladite pluralité de molécules d’ARN, ledit dispositif de purification comprenant un ou plusieurs porte-échantillon, lesdits porte-échantillon conviennent pour recevoir un conteneur renfermant un milieu liquide comprenant des molécules d’ARN et des particules magnétiques, et dans lequel un aimant est positionné au niveau de chaque échantillon, ladite unité d’aimant est configurée pour capturer ou pour introduire un mouvement desdites particules magnétiques et dans lequel les porte-échantillon sont configurés pour réaliser un mouvement mécanique, de telle manière que les particules magnétiques sont mélangées avec le liquide. De manière avantageuse, le système tel que divulgué ici permet l'automatisation de la TIV de la molécule d’ARN et la purification en aval desdites molécules d’ARN tout en exécutant les procédures de manière continue et avec une haute précision sans requérir d'intervention humaine. Les protocoles de production peuvent être mis en œuvre directement sur le système tel que divulgué ici sans aucune augmentation d'échelle du procédé étant donné que le dispositif imite les opérations manuelles à petite échelle exécutées dans un laboratoire.
L’unité de TIV doit être entendue comme la partie dudit système qui accueille une réaction de TIV commençant à partir d’une matrice d'ADN, au moyen d’une ARN — polymérase dépendante de l'ADN. Dans certains modes de réalisation, les ARN polymérases dépendantes de VADN comprennent au moins l’une d’une ARN polymérase T7, d’une ARN polymérase T3, d’une ARN polymérase SP6, d’une ARN polymérase I, d’une ARN polymérase II, d'une ARN polymérase III, d'une ARN polymérase IV, d’une ARN polymérase V, et d’une ARN polymérase à sous-unité unique. La matrice d'ADN pour la transcription d’ARN in vitro peut être obtenue par clonage d’un acide nucléique, en particulier d'ADNc correspondant à l’ARN respectif devant être transcrit in vitro, et introduction de celui-ci dans un vecteur approprié
8 BE2022/5293 pour la transcription d’ARN in vitro, par exemple dans de l'ADN plasmidique circulaire. L'ADNc peut être obtenu par transcription inverse d'ARNm ou synthèse chimique. De plus, la matrice d'ADN pour synthèse d’ARN in vitro peut également être obtenue par synthèse de gènes.
Dans certains modes de réalisation, la matrice d'ADN porte sur une molécule d'ADN comprenant une séquence d'acide nucléique codant pour la séquence d’ARN. L'ADN de matrice est utilisé en tant que matrice pour la transcription d’ARN in vitro afin de produire VARN codé par l'ADN de matrice. Par conséquent, l'ADN de matrice comprend tous les éléments nécessaires pour la transcription d’ARN in vitro, en particulier un élément promoteur pour la liaison d’une ARN polymérase dépendante de l'ADN comme par ex. les ARN polymérases T3, T7 et SP6 5’ de la séquence d'ADN codant pour la séquence d'ARN cible. La queue poly(A) peut être soit codée dans la matrice d'ADN soit ajoutée enzymatiquement à l’ARN dans une étape séparée après — transcription in vitro. Dans certains modes de réalisation, l'ADN de matrice comprend des sites de liaison d’amorce 5’ et/ou 3’ de la séquence d’ADN codant pour la séquence d’ARN cible pour déterminer l’identité de la séquence d’ADN codant pour la séquence d’ARN cible par ex. par PCR ou séquençage d’ADN. Dans certains modes de réalisation, la matrice d'ADN comprend un vecteur d’ADN, tel qu’un ADN plasmidique, qui comprend une séquence d'acide nucléique codant pour la séquence d’ARN. Dans certains modes de réalisation, la matrice d'ADN comprend une molécule d'ADN linéaire ou circulaire.
Dans certains modes de réalisation, les chambres de l'unité de TIV sont logées dans une cartouche. Dans un mode de réalisation supplémentaire, la cartouche comprend entre 2 et 48 chambres.
Dans certains modes de réalisation, la cartouche comprend au moins 2 chambres, 3 chambres, 4 chambres, 5 chambres, 6 chambres, 7 chambres, 8 chambres, 9 chambres, 10 chambres, 11 chambres, 12 chambres, 13 chambres, 14 chambres, 15 chambres, 16 chambres, 17 chambres, 18 chambres, 19 chambres, 20 chambres, 21 chambres, 22 chambres, 23 chambres, 24 chambres, 25 chambres, 26 chambres, 27 chambres, 28 chambres, 29 chambres, 30 chambres, 31 chambres, 32 chambres, 33 chambres, 34 chambres, 35 chambres, 36 chambres, 37 chambres, 38 chambres, 39 chambres, 40 chambres, 41 chambres, 42 chambres, 43 chambres, 44 chambres, chambres, 46 chambres, 47 chambres, 48 chambres, 49 chambres ou 50 chambres. Dans certains modes de réalisation, la cartouche comprend au moins
9 BE2022/5293 environ 60 chambres, environ 70 chambres, environ 80 chambres, environ 90 chambres, environ 100 chambres, environ 110 chambres, environ 120 chambres, environ 130 chambres, environ 140 chambres, environ 150 chambres, environ 160 chambres, environ 170 chambres, environ 180 chambres, environ 190 chambres ou environ 200 chambres.
Dans un mode de réalisation, l’unité de TIV comprend 1 cartouche, 2 cartouches, 3 cartouches, 4 cartouches, 5 cartouches, 6 cartouches, 7 cartouches, 8 cartouches, 9 cartouches ou 10 cartouches. Dans un autre mode de réalisation, ladite unité de TIV comprend entre 1 et 10 cartouches, entre 1 et 20 cartouches, entre 1 et 30 cartouches ou entre 1 et 40 cartouches, 1 et 50 cartouches, 1 et 60 cartouches, 1 et 70 cartouches, 1 et 80 cartouches, 1 et 90 cartouches, ou 1 et 100 cartouches.
Dans un mode de réalisation, la chambre de l’unité de TIV comprend au moins trois surfaces polygonales planes. Dans un autre mode de réalisation, la chambre comprend une, deux, trois, quatre, cinq, six, sept ou huit surfaces polygonales planes, de préférence six surfaces polygonales planes. De manière avantageuse, la conception de la chambre lui permet d’être équipée d’un capteur et/ou d’une sonde.
Dans un mode de réalisation, la section transversale de la chambre est polygonale, telle que trigonale, tétragonale, pentagonale ou hexagonale. Dans un mode de réalisation préféré, la section transversale de la chambre est hexagonale. Une pluralité de chambres hexagonales, par ex. combinées dans une cartouche, peut créer une structure en forme de nid d’abeilles. Sans vouloir être liés à la théorie, la forme hexagonale est connue en géométrie pour présenter le meilleur ajustement à un plan ayant des unités de taille égale sans laisser d'espace inutilisé. De plus, l'agencement hexagonal réduit également au maximum le périmètre pour une aire donnée en raison de ses angles à 120 degrés, et ainsi la forme hexagonale de la chambre assure une moindre utilisation de matières premières.
Dans un mode de réalisation, l'extrémité ouverte de la chambre est configurée pour recevoir un bouchon amovible pour fermer au moins partiellement ladite extrémité ouverte. Le bouchon empêche les composants indésirables d’entrer dans ladite chambre (par exemple, RNases, contamination microbienne ou autres composés ou organismes de dégradation) et protège le contenu de ladite chambre de l’environnement externe. Dans un mode de réalisation, ledit bouchon empêche également l’évaporation du contenu de ladite chambre. Dans certains modes de réalisation, la chambre comprend le bouchon pour limiter l’échange avec
10 BE2022/5293 l’environnement. Dans certains modes de réalisation, le bouchon de la chambre est amovible. Dans certains modes de réalisation, le bouchon de la chambre n’est pas amovible. En variante, la chambre n’est pas couverte.
Dans certains modes de réalisation, le bouchon peut empêcher l’évaporation excessive d’eau et la perte d’autres composants volatils critiques. Dans certains modes de réalisation, le bouchon peut empêcher l’oxydation des réactifs ou de tout autre composant. Dans certains modes de réalisation, le bouchon peut fournir une protection contre la lumière (si nécessaire). Dans certains modes de réalisation, le bouchon empêche la contamination de tout autre composé chimique potentiel.
Dans certains modes de réalisation, le bouchon comprend au moins une ouverture pour le remplissage, le drainage et l’échantillonnage. Dans certains modes de réalisation, lau moins une ouverture est positionnée au-dessus du bouchon.
Dans certains modes de réalisation, le fond de la chambre est arrondi. Dans d’autres modes de réalisation, le fond de la chambre est plat ou pointu.
Dans certains modes de réalisation, la chambre peut être retirée de la cartouche.
Dans certains modes de réalisation, la chambre ne peut pas être retirée de la cartouche.
Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel les chambres comprennent un volume d'environ 0,1 ml à 500 ml.
Dans certains modes de réalisation, la chambre comprend un volume d’au moins environ 0,1 mi, environ 0,3 ml, environ 0,5 ml, environ 1 ml, environ 1,5 ml, environ 2 ml, environ 2,5 mi, environ 3 ml, environ 4 ml, environ 5 ml, environ 6 ml, environ 7 ml, environ 8 ml, environ 9 ml, environ 10 ml, environ 12 ml, environ 15 ml, environ 17 mi, environ 20 ml, environ 25 ml, environ 30 ml, environ 35 ml, environ 40 ml, environ 45 ml, environ 50 ml, environ 55 mi, environ 60 ml, environ 65 ml, environ 70 mi, environ 75 ml, environ 80 ml, environ 85 ml, environ 90 ml, environ 95 ml ou environ 100 ml. Dans certains modes de réalisation, la chambre comprend un volume de pas plus d'environ 100 ml, pas plus d'environ 95 ml, pas plus d'environ 90 ml, pas plus d'environ 85 ml, pas plus d'environ 80 ml, pas plus d'environ 75 ml, pas plus d'environ 70 ml, pas plus d’environ 65 ml, pas plus d'environ 60 ml, pas plus d'environ 55 ml, pas plus d’environ 50 ml, pas plus d'environ 45 ml, pas plus
11 BE2022/5293 d'environ 40 ml, pas plus d'environ 35 ml, pas plus d'environ 30 ml, pas plus d'environ 25 ml, pas plus d'environ 20 ml, pas plus d'environ 15 ml, pas plus d’environ 10 ml, pas plus d’environ 9 ml, pas plus d'environ 8 ml, pas plus d'environ 7 ml, pas plus d'environ 6 ml, pas plus d’environ 5 ml, pas plus d'environ 4 ml, pas plus d’environ 3 ml, pas plus d'environ 2 ml, pas plus d'environ 1 ml, pas plus d'environ 0,5 ml, pas plus d'environ 0,3 ml ou pas plus d'environ 0,1 mi. Dans certains modes de réalisation, la chambre comprend un volume entre environ 1 ml à environ 100 ml, entre environ 10 ml à 90 ml, entre environ 15 ml à environ 80 ml, entre environ 20 ml à environ 70 ml, entre environ 25 ml à environ 60 ml ou entre environ 30 ml à environ 50 ml.
Dans certains modes de réalisation, la chambre comprend un volume d’au moins environ 150 ml, environ 200 ml, environ 250 ml, environ 300 ml, environ 350 ml, environ 400 ml, environ 450 ml, environ 500 ml, environ 550 ml, environ 600 ml, environ 650 ml, environ 700 ml, environ 750 ml, environ 800 ml, environ 850 ml, environ 900 ml, environ 950 ml, environ 1 000 ml, environ 2 000 ml, environ 3 000 ml, environ 4 000 ml, environ 5 000 ml, environ 6 000 ml, environ 7 000 ml, environ 8 000 ml, environ 9 000 ml, environ 10 000 ml, environ 15 000 ml, environ 000 ml, environ 25 000 ml, environ 30 000 ml, environ 35 000 ml, environ 20 40000 ml, environ 45 000 ml ou environ 50 000 mi. Dans certains modes de réalisation, la chambre comprend un volume de pas plus d'environ 50 000 ml, pas plus d'environ 45 000 ml, pas plus d'environ 40 000 ml, pas plus d'environ 35 000 ml, pas plus d'environ 30 000 ml, pas plus d'environ 25 000 ml, pas plus d’environ 20 000 ml, pas plus d'environ 15 000 mi, pas plus d'environ 10 000 ml, pas plus d'environ 9 000 ml, pas plus d'environ 8 000 ml, pas plus d'environ 7 000 ml, pas plus d'environ 6 000 ml, pas plus d'environ 5 000 ml, pas plus d'environ 4 000 ml, pas plus d'environ 3 000 ml, pas plus d'environ 2 000 ml, pas plus d’environ 1 000 ml, pas plus d'environ 950 ml, pas plus d'environ 900 ml, pas plus d’environ 850 ml, pas plus d'environ 800 ml, pas plus d'environ 750 ml, pas plus d’environ 700 ml, pas plus d'environ 650 ml, pas plus d'environ 600 ml, pas plus d’environ 550 ml, pas plus d'environ 500 ml, pas plus d'environ 450 ml, pas plus d’environ 400 ml, pas plus d'environ 350 ml, pas plus d'environ 300 ml, pas plus d'environ 250 ml, pas plus d'environ 200 ml, pas plus d’environ 150 ml. Dans certains modes de réalisation, la chambre comprend un volume entre environ 150 ml ä environ 50 000 ml, entre environ 200 ml à 45 000 ml, entre environ 250 ml à environ 40 000 ml, entre environ 300 ml à environ 35 000 ml, entre environ 350 ml à environ 30 000 ml, entre environ 400 ml à environ 25 000 ml, entre environ
12 BE2022/5293 450 ml à environ 20 000 ml, entre environ 500 ml à environ 15 000 ml, entre environ 550 ml à environ 10 000 ml, entre environ 600 ml à environ 9 000 ml, entre environ 650 ml à 8 000 ml, entre environ 700 ml à environ 7 000 ml, entre environ 750 ml à environ 6 000 ml, entre environ 800 ml à environ 5 000 ml, entre environ 850 ml à environ 4 000 ml, entre environ 900 ml à environ 3 000 ml, entre environ 950 ml à environ 2 000 ml ou entre environ 1 000 ml à environ 1 500 ml.
Dans certains modes de réalisation, l’unité de TIV comprend au moins un appareil de manipulation configuré pour distribuer et/ou éliminer un réactif, un mélange de réactifs, ou un liquide dans lesdites chambres. Sans être limitants, le liquide distribué et/ou éliminé peut être de l’eau déionisée, de l’eau purifiée, une solution tampon, une solution de nettoyage, un réactif, une enzyme, une matrice d’ADN, un tampon de transcription, une solution comprenant des nucléotide triphosphates (NTP), un inhibiteur de RNase, ou une ARN polymérase, ou une combinaison de ceux-ci, ou un produit résiduaire. Des exemples non limitants de tampons sont l’acétate de magnésium, l’'HEPES, le Tris, ou le Tris HCI. Dans un mode de réalisation préféré, le liquide distribué et/ou éliminé est un prémélange de TIV comprenant de l’eau, un tampon d’ARN polymérase, une matrice d’ADN linéarisée et des dNTP. Dans un mode de réalisation préféré supplémentaire, le prémélange de TIV comprend de l’eau, un tampon de polymérase T7, une matrice d’ADN linéarisée et des dNTP.
Les appareils de manipulation de l’unité de TIV peuvent être un injecteur ou un bras robotique doté d’un ou plusieurs buses, aiguilles et/ou embouts. Tous injecteurs et bras robotiques qui sont connus dans l’art et sont capables de distribuer et/ou = d'éliminer un composant ou un liquide peuvent être utilisés avec le système tel que divulgué ici. Les exemples non limitants d'appareils de manipulation sont les pompes seringues, les pompes à vide, les pompes péristaltiques, les pompes centrifuges, ou une combinaison de celles-ci. Dans certains modes de réalisation, les pipettes, micropipettes, aiguilles ou embouts sont amovibles et/ou à usage unique. Dans d'autres modes de réalisation, les pipettes, micropipettes, aiguilles ou embouts ne sont pas amovibles.
En variante, la distribution et/ou l'élimination de composants est effectuée par les appareils de manipulation directement par l'intermédiaire de la tubulure dont ils sont dotés.
13 BE2022/5293
Dans un mode de réalisation, l’unité de TIV telle que divulguée ici comprend un bras robotique. Dans un autre mode de réalisation, l’unité de TIV comprend un ou plusieurs injecteurs. Dans un autre mode de réalisation encore l’unité de TIV comprend une ou plusieurs pompes. Dans un autre mode de réalisation encore, l'unité de TIV comprend un bras robotique et un ou plusieurs injecteurs. Dans un autre mode de réalisation encore, l’unité de TIV comprend un bras robotique et une ou plusieurs pompes. Dans un mode de réalisation préféré, l'unité de TIV comprend un bras robotique, un ou plusieurs injecteurs, et une ou plusieurs pompes.
Les appareils de manipulation de l’unité de TIV sont configurés pour réaliser des mouvements. Dans certains modes de réalisation de l’unité de TIV, ledit mouvement est un mouvement vertical, horizontal, centrifuge ou en 3D. Dans un mode de réalisation, lesdits appareils de manipulation sont commandés par des unités motorisées, de préférence des moteurs électriques.
Dans certains modes de réalisation, l’unité de TIV comprend un système de commande agencé et adapté pour commander la distribution et/ou l'élimination d’un réactif, d’un mélange de réactifs ou d’un liquide par lesdits appareils de manipulation. Sur la base des informations entrées, telles que des données de capteur et des algorithmes prédéfinis, le système de commande régule la performance des appareils de manipulation.
Dans un mode de réalisation de l’unité de TIV, les appareils de manipulation sont adaptés pour distribuer une quantité d’un prémélange de TIV et/ou d’une ou plusieurs enzymes dans lesdites chambres.
Dans un mode de réalisation, le système comprend une unité de stockage pour stocker un ou plusieurs réactifs, ladite unité de stockage peut être refroidie à une température inférieure à 10 °C. Dans un mode de réalisation, un réactif, deux réactifs, trois réactifs, quatre réactifs, cinq réactifs, six réactifs, sept réactifs, huit — réactifs, neuf réactifs ou dix réactifs, de préférence quatre réactifs sont stockés dans ladite unité de stockage. Les réactifs peuvent être sélectionnés parmi l’eau, un tampon de réaction T7, une matrice d'ADN linéarisée et des NTP, mais ne sont pas limités à ceux-ci.
Dans certains modes de réalisation, l’unité de stockage peut être refroidie en dessous de 10 °C, 9 °C, 8 °C, 7 °C, 6 °C, 5 °C, 4 °C, 3 °C ou 1 °C, de préférence le stockage refroidi est à 4 °C.
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L’unité de stockage est en connexion fluidique avec un système de pompe, tel qu’une pompe péristaltique ou une pompe seringue. Dans des modes de réalisation additionnels, la pompe comprend une pompe à vide, une pompe péristaltique, une pompe centrifuge ou une combinaison de celles-ci.
Dans un mode de réalisation ladite connexion fluidique se fait par l'intermédiaire d’au moins une tubulure. Dans certains modes de réalisation la tubulure comprend un matériau, et est de préférence faite d'un matériau sélectionné dans le groupe constitué du polyéthylène (PE), du nylon, de l’uréthane, du cuivre, de l’acier inoxydable, de l'aluminium, du chlorure de polyvinyle (PVC), du polypropylène (PP), du polyuréthane (PU), du vinyle, du fluorure de polyvinylidène (PVDF), de la fibre de verre, du verre, du caoutchouc, et des combinaisons de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, la tubulure est résistante aux produits chimiques.
Dans un mode de réalisation, le système de pompe est configuré pour fournir une quantité souhaitée d’un ou plusieurs réactifs pour préparer un prémélange de TIV à un conteneur de prémélange de TIV.
Dans un mode de réalisation, le système tel que divulgué ici comprend des appareils de chauffage pour chauffer le conteneur de prémélange de TIV. Dans un mode de réalisation, le conteneur de prémélange de TIV est chauffé à une température entre 35 °C et 55 °C, de préférence entre 35 °C et 50 °C, 35 °C et 45 °C, 35 °C et 40 °C, ou 35 °C et 37 °C. En variante, le conteneur de prémélange de TIV est chauffé à une température entre 37 °C et 55 °C, de préférence entre 40 °C et, 45 °C et 55 °C ou 40 et 55 °C. Dans un mode de réalisation préféré, le conteneur de prémélange est chauffé à 37 °C.
Le système comprend dans certains modes de réalisation un réservoir intermédiaire pour regrouper le contenu d'une réaction de TIV finalisée à partir de la pluralité de chambres. Dans certains modes de réalisation, le réservoir de stockage intermédiaire est en communication fluidique avec les chambres. Dans d'autres modes de réalisation, le réservoir de stockage intermédiaire n’est pas en communication fluidique avec la chambre. Dans certains modes de réalisation, le réservoir de stockage intermédiaire est configuré pour stocker les molécules d'ARN produites par
TIV. Dans certains modes de réalisation, le réservoir de stockage intermédiaire est configuré pour détecter la contamination des molécules d’ARN. Dans certains modes de réalisation, le réservoir de stockage intermédiaire contient un moyen pour réaliser
15 BE2022/5293 un certain traitement chimique, physique ou mécanique des molécules d’ARN et/ou des résidus indésirables - par exemple, liaison du produit, élimination partielle de résidus, ou ajustement de la valeur de pH.
Dans un mode de réalisation, le dispositif de purification de l’unité de traitement divulguée ici comprend une plaque à échantillons, ladite plaque à échantillons comprend une portion de base, et des porte-échantillon sont fournis sur ladite portion de base. Le dispositif de purification permet d'obtenir une séparation et/ou une purification des molécules d’ARN qui résultent de la réaction de TIV, réalisant ainsi la purification en aval de molécules d’ARN d’une manière automatisée.
Dans un mode de réalisation, chaque porte-échantillon du dispositif de purification est configuré pour réaliser un mouvement mécanique indépendamment des porte- échantillon restants. Ceci permet d'obtenir l'exécution d'étapes distinctes du procédé de séparation et/ou de purification dans chaque porte-échantillon. Dans d’autres modes de réalisation, les porte-échantillon réalisent des mouvements simultanés.
Dans un mode de réalisation, la mise en mouvement mécanique des porte- échantillon est entraînée par une unité de moteur ou une unité électromagnétique.
Dans un mode de réalisation préféré, un moteur électrique est utilisé. Dans un autre mode de réalisation, une pluralité d’électro-aimants est alimentée en séquence pour générer le mouvement du porte-échantillon. Dans un autre mode de réalisation, la mise en mouvement mécanique des porte-échantillon est entraînée par une unité de secoueur. Le mouvement mécanique des porte-échantillon peut être une rotation autour d’un axe dudit porte-échantillon ou un mouvement de secouage ou de vibration. Le mouvement mécanique des porte-échantillon peut être activé et désactivé. L'objectif de la mise en mouvement mécanique inclut, mais sans s'y limiter, Vhomogénéisation du mélange formé par l'échantillon et les tampons pour la séparation et/ou la purification, et/ou la facilitation du contact entre les particules — magnétiques et l’échantillon.
Dans un mode de réalisation, les porte-échantillon peuvent être positionnés au- dessus de la plaque de base ou sont positionnés dans des poches ou des évidements de ladite plaque de base.
Dans un mode de réalisation, l’unité d’aimant de chaque porte-échantillon comprend un aimant permanent, un aimant temporaire ou un électro-aimant, de préférence un
16 BE2022/5293 aimant permanent. Lorsqu'un électro-aimant est utilisé, le champ magnétique peut être rapidement changé en commandant la quantité de courant électrique. Dans un autre mode de réalisation chaque unité d’aimant comprend un réseau d’aimants où chaque aimant peut être un aimant permanent, un aimant temporaire ou un électro- aimant.
Dans un mode de réalisation préféré, unité d’aimant est positionnée le long d’une portion latérale dudit porte-échantillon et s'étend au-dessus dudit porte-échantillon.
Dans un autre mode de réalisation, l’unité d’aimant est positionnée autour du porte- échantillon.
Dans un autre mode de réalisation, le porte-échantillon est équipé d’au moins deux, trois, quatre, cinq, six, sept, huit, neuf ou dix unités d'aimant. Dans un mode de réalisation, lesdites unités d’aimant sont positionnées le long de différentes portions — latérales dudit porte-échantillon. En variante, tous les aimants sont positionnés le long de la même portion latérale dudit porte-échantillon.
Dans un mode de réalisation, l’unité d’aimant présente la même longueur que le porte-échantillon, ou une longueur inférieure. Dans un mode de réalisation particulièrement préféré, unité d’aimant est en forme de tige et au moins 1/5e de la longueur de l’unité d’aimant s'étend au-dessus du porte-échantillon. Dans un autre mode de réalisation au moins 1/4, 1/3, 1/2, 2/5, 2/4, 2/3, 2/1, 3/5, 3/4, 3/2, 3/1, 4/5, 4/3, 4/2, 4/1, 5/4, 5/3, 5/2 ou 5/1 de la longueur de l’unité d'aimant s'étend au-dessus du porte-échantillon. Dans un mode de réalisation préféré, l'unité d'aimant présente une hauteur qui est proportionnelle à la hauteur du niveau du liquide dans le conteneur d’échantillon. Dans un mode de réalisation préféré, la hauteur et l’épaisseur de ladite unité d’aimant sont directement proportionnelles à la surface du conteneur d’échantillon, afin d'assurer un champ magnétique suffisamment important pour capturer les particules magnétiques. Dans un autre mode de réalisation, l'unité d’aimant s'étend au moins sur la longueur entière du conteneur d’échantillon, de préférence s'étendant sous le conteneur d’échantillon.
Dans un autre mode de réalisation encore l’aimant est en forme de barre, de fer à cheval, de disque, de sphère, de cylindre ou d’anneau.
Dans un mode de réalisation, l'unité d’aimant est agencée dans un logement, qui est de préférence ouvert au niveau du côté étant face au porte-échantillon. En variante,
17 BE2022/5293 le logement est positionné autour du porte-échantillon et contient de multiples aimants. Dans un autre mode de réalisation, l’unité d’aimant est en forme d’anneau et entoure entièrement le porte-échantillon.
Le logement peut être fabriqué à partir de tout matériau approprié connu dans l’art, tel que, mais sans s'y limiter, les polymères, les thermoplastiques, les métaux ou les alliages de métaux.
L'unité d’aimant peut être en position fixe ou amovible. Par exemple, l’unité d’aimant peut réaliser des mouvements verticaux ou latéraux. Ces mouvements peuvent influencer le fait que les particules magnétiques seront attirées ou non par l’aimant.
Si elle est positionnée trop loin, les particules magnétiques resteront dans le liquide.
Dans un mode de réalisation, un adaptateur est présent dans le porte-échantillon, pour adapter la taille dudit porte-échantillon. L'utilisation des adaptateurs permet d'utiliser le dispositif avec des conteneurs d’échantillon de diverses formes et tailles.
Les adaptateurs peuvent être faits de tout matériau approprié dans l’art tels que le
PC (polycarbonate), le PP (polypropylène), le PAI (polyamide-imide) (par ex. Torlon), le PI (polyimide) (par ex. Tecasint), le PPS (polyphénylsulfure) (par ex. Tecatron), la PPSU (polyphénylsulfone) (par ex. Tecason P), la PSU (Polysulfone) (par ex.
Tecason S), le PEI (polyétherimide) (par ex. Tecapei), le verre (par ex. verre borosilicaté), les céramiques techniques (par ex. FRIDURIT®), la
Polyaryléthercétone (par ex., Polyétheréthercétone (PEEK)), les thermoplastiques (par ex. DuraForm® Pa ou DuraForm® GF), un métal ou un alliage de métaux.
La plaque à échantillons du dispositif de purification divulgué ici est configurée pour tourner autour d’un axe, de préférence l'axe central de ladite portion de base. Dans un mode de réalisation préféré, la plaque à échantillons est configurée pour tourner dans le sens horaire et dans le sens anti-horaire. Dans un autre mode de réalisation, la plaque à échantillons est configurée pour effectuer un mouvement linéaire. La rotation de la plaque à échantillons est entraînée par une unité de moteur, de préférence un moteur électrique. La rotation de la plaque à échantillons permet l’apport du conteneur d’échantillon positionné dans le porte-échantillon, à différents distributeurs fixes, où un composant ou un liquide peut être ajouté au conteneur — d’échantillon ou éliminé du conteneur d’échantillon.
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La portion de base de ladite plaque à échantillons peut être rectangulaire, polygonale, circulaire, ellipsoïdale ou annulaire. Dans un mode de réalisation, la plaque à échantillons est circulaire et présente un diamètre entre 20 et 50 cm, de manière davantage préférée entre 20 et 40 cm, tel que de 35 cm ou de 30 cm. Dans un autre mode de réalisation, la plaque à échantillons est rectangulaire. La plaque à échantillons peut être fabriquée à partir de tout matériau approprié connu dans l’art tel que des polymères, un métal, des alliages de métaux, des résines, ou tout matériau non magnétique ou paramagnétique. Les polymères incluent, mais sans s’y limiter, le polystyrène, le PVC, le Perspex ou le Lucite.
Dans un mode de réalisation, la plaque à échantillons comprend une pluralité de porte-échantillon, et lesdits porte-échantillon sont positionnés à intervalles réguliers le long de la circonférence de ladite plaque de base. Dans un autre mode de réalisation, ladite pluralité de porte-échantillon sont positionnés à intervalles irréguliers le long de la circonférence de ladite plaque de base. En variante, les porte- échantillon sont positionnés le long des côtés de ladite plaque de base.
Dans un mode de réalisation, la plaque peut comprendre un porte-échantillon ou une pluralité de porte-échantillon. La plaque à échantillons peut comprendre entre 1 et 100, de manière davantage préférée entre 1 et 50 porte-échantillon, de manière davantage préférée entre 1 et 20 porte-échantillon, de manière davantage préférée entre 1 et 16 porte-échantillon, de manière davantage préférée 12 porte-échantillon.
Par exemple, une plaque à échantillons peut comprendre au moins 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 ou 100 porte-échantillon.
Dans un mode de réalisation, le porte-échantillon présente une forme qui est adaptée à la forme du conteneur d'échantillon. Dans un mode de réalisation préféré, la section transversale du porte-échantillon est hexagonale. Il serait évident, toutefois, pour l’homme du métier que la section transversale du porte-échantillon peut présenter toute forme, telle que décrite ci-dessus, qui peut être adaptée à la forme du conteneur d’échantillon.
Dans certains modes de réalisation, le porte-échantillon peut être retiré de la plaque — à échantillons. Dans certains modes de réalisation, le porte-échantillon est une partie fixe de la plaque à échantillons.
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Dans un mode de réalisation, les porte-échantillon peuvent comprendre des étiquettes d’identification (ID), pour identifier un conteneur d’échantillon lorsqu'il est présent dans ledit porte-échantillon. Les étiquettes ID peuvent comprendre une étiquette RFID, une étiquette intelligente, ou un lecteur pour lire une étiquette RFID ou une étiquette intelligente. Les étiquettes intelligentes incluent, mais sans s'y limiter, les codes QR et les codes à barres.
Dans certains modes de réalisation, l’unité de traitement du système comprend au moins un appareil de manipulation configuré pour distribuer et/ou éliminer un composant ou un liquide d’un conteneur d’échantillon présent dans un porte- échantillon dudit dispositif de purification. Ledit composant de particule peut être une particule magnétique et ledit liquide peut être de l’eau déionisée, de l’eau purifiée, une solution tamponnée, un tampon de lavage, un tampon d’élution, un réactif, ou une combinaison de ceux-ci, ou un produit résiduaire. Il devrait apparaître — évident que ledit liquide n’est pas limité à ceux-ci.
Les appareils de manipulation utilisés conjointement avec le dispositif de purification peuvent comprendre tout appareil approprié dans l’art, tel qu’un injecteur ou un bras robotique, par exemple doté d’un ou plusieurs buses, aiguilles et/ou embouts. En variante, la distribution par les appareils de manipulation est effectuée directement par l'intermédiaire de la tubulure des appareils de manipulation. Tout injecteur, pompe ou bras robotique qui est connu dans l’art et est capable de distribuer et/ou d'éliminer un composant ou un liquide peut être utilisé avec le système tel que divulgué ici. Les exemples non limitants d'appareils de manipulation sont les pompes — seringues, les pompes à vide, les pompes péristaltiques, les pompes centrifuges, ou une combinaison de celles-ci.
Dans un mode de réalisation, les injecteurs et les pompes sont des distributeurs fixes placés à proximité de ladite plaque à échantillons et le conteneur d’échantillon est — amené à eux par la rotation de la plaque à échantillons. Dans un mode de réalisation, le bras robotique peut se déplacer le long de trois axes séparés et est apte à accéder au conteneur d'échantillon indépendamment de la rotation de la plaque à échantillons. Dans un autre mode de réalisation, le bras robotique est positionné sur la plaque à échantillons ou au centre de ladite plaque à échantillons.
Dans un mode de réalisation, au moins un bras robotique est utilisé conjointement avec le dispositif de purification. Dans un autre mode de réalisation, un ou plusieurs
20 BE2022/5293 injecteurs sont utilisés conjointement avec le dispositif de purification. Dans un autre mode de réalisation encore une ou plusieurs pompes sont utilisées conjointement avec le dispositif de purification. Dans un autre mode de réalisation encore, un bras robotique et un ou plusieurs injecteurs sont utilisés conjointement avec le dispositif de purification. Dans un autre mode de réalisation encore, un bras robotique et une ou plusieurs pompes sont utilisés conjointement avec le dispositif de purification.
Dans un mode de réalisation préféré, un bras robotique, un ou plusieurs injecteurs, et une ou plusieurs pompes sont utilisés conjointement avec le dispositif de purification.
Les appareils de manipulation utilisés conjointement avec le dispositif de purification sont connectés à un ou plusieurs stockages de réactif, réservoirs de déchets, et/ou réservoirs de récolte. Tout stockage de réactif, réservoir de déchets et réservoir de récolte connu dans l’art peut être utilisé conjointement avec le système. Des exemples non limitants incluent des poches, des flacons, des tubes, des bouteilles, des bonbonnes ou des fûts.
Dans un mode de réalisation, les appareils de manipulation utilisés conjointement avec le dispositif de purification sont commandés par des unités motorisées, de préférence des moteurs électriques, et sont configurés pour réaliser des mouvements. Dans certains modes de réalisation, ledit mouvement est un mouvement vertical, horizontal, centrifuge ou en 3D. Dans un mode de réalisation préféré, les appareils de manipulation sont couplés de manière opérationnelle à au moins un processeur informatique pour commander lesdits appareils de manipulation.
Le système peut en outre comprendre un système de commande agencé et adapté pour commander la distribution et/ou l'élimination d’un composant ou d’un liquide par lesdits appareils de manipulation utilisés conjointement avec le dispositif de purification. Sur la base des informations entrées, telles que l’ID d’échantillon et les données de capteur, et des algorithmes prédéfinis, le système de commande régule la performance des appareils de manipulation.
Dans un mode de réalisation, le système pour la production de molécules d’ARN tel que divulgué ici comprend une pluralité de dispositifs de purification tels que décrits ci-dessus. Dans un autre mode de réalisation, le système comprend deux dispositifs de purification tels que décrits ci-dessus. Dans un mode de réalisation
21 BE2022/5293 supplémentaire lesdits dispositifs de purification sont positionnés adjacents les uns aux autres. En variante, lesdits dispositifs de purification sont dans une configuration emboîtée. Un système à dispositifs multiples permet la réalisation de multiples étapes de purification concomitantes de telle manière que différentes étapes de la — séparation et/ou de la purification peuvent être réalisées en même temps. De plus, un système à dispositifs multiples permet d'obtenir le fonctionnement continu dudit système et le traitement d’un grand nombre d'échantillons.
Le système peut comprendre au moins un réservoir de récolte, pour récolter un composé d'intérêt. Dans un mode de réalisation, le système peut comprendre de multiples réservoirs de récolte. Dans un autre mode de réalisation, le réservoir de récolte est positionné dans un orifice de la plaque à échantillons du dispositif. Dans un autre mode de réalisation encore, le réservoir de récolte est positionné dans le système à proximité du dispositif de purification. Dans un autre mode de réalisation encore tous les dispositifs de purification sont prévus avec au moins un réservoir de récolte. Dans un autre mode de réalisation encore un dispositif de purification est doté d’un réservoir de récolte alors que les autres dispositifs de purification ne présentent pas de réservoir de récolte.
Le système comprend un ou plusieurs conteneurs d’échantillon. Lesdits conteneurs d’échantillon sont positionnés dans les porte-échantillon du dispositif de purification.
Dans un mode de réalisation, les conteneurs d'échantillon sont jetables. Dans un autre mode de réalisation, lesdits conteneurs peuvent être réutilisés de multiples fois.
Dans certains modes de réalisation, un matériau du réservoir de récolte et/ou du conteneur d'échantillon du dispositif de purification comprend un matériau qui est résistant, par ex., aux procédures de nettoyage (résistant aux produits chimiques), aux températures extrêmes (par ex. dénaturation d'acides nucléiques), aux valeurs de pH extrêmes (désinfection du réacteur avec des bases et des acides, par ex. avec du NaOH), aux forces mécaniques (par ex. frottements causés par des particules magnétiques), et/ou à la corrosion. Dans des modes de réalisation additionnels, le matériau du réservoir de récolte et/ou du conteneur d’échantillon comprend un — matériau de perméation de la lumière correcte (transparent, translucide ou opaque) pour un objectif correspondant. Dans certains modes de réalisation, le matériau du réservoir de récolte et/ou du conteneur d’échantillon comprend un matériau de
22 BE2022/5293 perméation aux gaz correcte pour un objectif correspondant. Dans des modes de réalisation supplémentaires, les matériaux du réservoir de récolte et/ou du conteneur d’échantillon doivent être thermoconducteurs à des températures de service entre 37 °C et 65 °C (par ex. valeurs en W/(mK) d'au moins 10, de préférence d'au moins 15). Dans certains modes de réalisation, la surface interne du réservoir de récolte et/ou du conteneur d’échantillon comprend un matériau de surface qui ne libère pas de composés indésirables qui peuvent contaminer le produit final. Dans des modes de réalisation supplémentaires, les matériaux du réservoir de récolte et/ou du conteneur d'échantillon et/ou de la surface interne de ceux-ci sont du PC (polycarbonate), du PP (polypropylène), du PAI (polyamide-imide) (par ex.
Torlon), du PI (polyimide) (par ex. Tecasint), du PPS (polyphénylsulfure) (par ex.
Tecatron), de la PPSU (polyphénylsulfone) (par ex. Tecason P), de la PSU (Polysulfone) (par ex. Tecason S), du PEI (polyétherimide) (par ex. Tecapei), du verre (par ex. verre borosilicaté), des céramiques techniques (par ex. FRIDURIT®), de la Polyaryléthercétone (par ex., Polyétheréthercétone (PEEK)), des thermoplastiques (par ex. DuraForm® Pa ou DuraForm® GF), tous étant résistants aux produits chimiques, résistants au pH et thermorésistants. Dans des modes de réalisation additionnels, les matériaux du réservoir de récolte et/ou du conteneur d’échantillon comprennent un matériau pour un usage unique incluant, mais sans s'y limiter, le téréphtalate de polyéthylène et autres polyéthylènes, l’acétate de polyvinyle, le chlorure de polyvinyle. Dans certains modes de réalisation, les matériaux du réservoir de récolte et/ou du conteneur d’échantillon comprennent un matériau présentant une résistance au procédé de stérilisation incluant un traitement à la vapeur ou une exposition à l’oxyde d’éthylène (EtO)/irradiation gamma avant même d'ajouter un quelconque réactif lié à la réaction. Dans certains modes de réalisation, les matériaux du réservoir de récolte et/ou du conteneur d’échantillon fournissent une protection contre la lumière (si nécessaire) pour le milieu contenu dans le réservoir de récolte et/ou le conteneur d’échantillon. Dans certains modes de réalisation, le réservoir de récolte et/ou le conteneur d’échantillon sont faits de tout matériau non magnétique ou paramagnétique connu dans l’art.
Dans certains modes de réalisation, le réservoir de récolte et/ou le conteneur d’échantillon du dispositif de purification sont en forme de part de tarte, en forme de polygone régulier ou irrégulier, en forme de polygone concave, en forme de polygone convexe, en forme de trigone, en forme de polygone quadrilatéral, en forme de pentagone, en forme d'hexagone, en forme de polygone équilatéral, en forme de polygone équiangle, en forme d’heptagone, en forme d’octagone, en forme
23 BE2022/5293 de nonagone, en forme de décagone, en forme d’hendécagone, en forme de dodécagone, en forme de tridécagone, en forme de tétradécagone, en forme de pentadécagone, en forme d'hexadécagone, en forme d’heptadécagone, en forme d’octadécagone, en forme d’ennéadécagone, en forme d'icosagone, en forme de n- gone, ou de forme elliptique, de préférence de forme circulaire.
Dans certains modes de réalisation, le réservoir de récolte et/ou le conteneur d’échantillon du dispositif de purification comprennent un volume d’au moins environ 0,1 ml, environ 0,3 ml, environ 0,5 ml, environ 1 ml, environ 1,5 ml, environ 2 ml, environ 2,5 ml, environ 3 ml, environ 4 ml, environ 5 ml, environ 6 ml, environ 7 ml, environ 8 ml, environ 9 mi, environ 10 ml, environ 12 ml, environ 15 ml, environ 17 ml, environ 20 ml, environ 25 ml, environ 30 mi, environ 35 ml, environ 40 ml, environ 45 mi, environ 50 ml, environ 55 ml, environ 60 ml, environ 65 ml, environ 70 mi, environ 75 mi, environ 80 ml, environ 85 ml, environ 90 ml, environ 95 ml ou environ 100 ml. Dans certains modes de réalisation, le réservoir de récolte et/ou le conteneur d’échantillon comprennent un volume de pas plus d'environ 100 ml, pas plus d'environ 95 ml, pas plus d’environ 90 ml, pas plus d'environ 85 ml, pas plus d'environ 80 ml, pas plus d'environ 75 ml, pas plus d'environ 70 ml, pas plus d'environ 65 ml, pas plus d'environ 60 ml, pas plus d'environ 55 ml, pas plus — d'environ 50 ml, pas plus d'environ 45 ml, pas plus d'environ 40 ml, pas plus d'environ 35 ml, pas plus d'environ 30 ml, pas plus d'environ 25 ml, pas plus d'environ 20 ml, pas plus d'environ 15 ml, pas plus d'environ 10 ml, pas plus d'environ 9 mi, pas plus d'environ 8 ml, pas plus d'environ 7 ml, pas plus d'environ 6 ml, pas plus d'environ 5 ml, pas plus d’environ 4 ml, pas plus d'environ 3 ml, pas plus d'environ 2 ml, pas plus d'environ 1 ml, pas plus d'environ 0,5 ml, pas plus d'environ 0,3 ml ou pas plus d'environ 0,1 ml. Dans certains modes de réalisation, le réservoir de récolte et/ou le conteneur d’échantillon comprend un volume entre environ 1 ml à environ 100 ml, entre environ 10 ml à 90 ml, entre environ 15 ml à environ 80 ml, entre environ 20 ml à environ 70 ml, entre environ 25 ml à environ 60 ml ou entre environ 30 ml à environ 50 ml.
Dans certains modes de réalisation, le réservoir de récolte et/ou le conteneur d’échantillon du dispositif de purification comprend un volume d’au moins environ 150 mi, environ 200 ml, environ 250 ml, environ 300 ml, environ 350 ml, environ 400 mi, environ 450 ml, environ 500 ml, environ 550 ml, environ 600 ml, environ 650 ml, environ 700 ml, environ 750 ml, environ 800 ml, environ 850 ml, environ 900 ml, environ 950 mi, environ 1 000 ml, environ 2 000 ml, environ 3 000 ml,
24 BE2022/5293 environ 4 000 ml, environ 5 000 ml, environ 6 000 ml, environ 7 000 ml, environ 8 000 ml, environ 9 000 ml, environ 10 000 ml, environ 15 000 ml, environ 20 000 ml, environ 25 000 ml, environ 30 000 ml, environ 35 000 ml, environ 40 000 ml, environ 45 000 ml ou environ 50 000 ml. Dans certains modes de réalisation, le réservoir de récolte et/ou le conteneur d’échantillon comprend un volume de pas plus d'environ 50 000 ml, pas plus d'environ 45 000 ml, pas plus d'environ 40 000 ml, pas plus d'environ 35 000 mi, pas plus d'environ 30 000 ml, pas plus d'environ 25 000 ml, pas plus d'environ 20 000 ml, pas plus d'environ 15 000 ml, pas plus d'environ 10 000 ml, pas plus d'environ 9 000 mi, pas plus d’environ 8 000 ml, pas plus d'environ 7 000 ml, pas plus d'environ 6 000 ml, pas plus d'environ 5 000 ml, pas plus d'environ 4 000 ml, pas plus d’environ 3 000 ml, pas plus d'environ 2 000 ml, pas plus d’environ 1 000 ml, pas plus d'environ 950 ml, pas plus d'environ 900 ml, pas plus d’environ 850 ml, pas plus d'environ 800 ml, pas plus d’environ 750 ml, pas plus d'environ 700 ml, pas plus d'environ 650 ml, pas plus d’environ 600 ml, pas plus d'environ 550 ml, pas plus d'environ 500 ml, pas plus d’environ 450 ml, pas plus d'environ 400 ml, pas plus d'environ 350 ml, pas plus d’environ 300 ml, pas plus d'environ 250 ml, pas plus d'environ 200 ml, pas plus d'environ 150 ml. Dans certains modes de réalisation, le réservoir de récolte et/ou le conteneur d'échantillon comprennent un volume entre environ 150 ml à environ 50 000 ml, entre environ 200 ml à 45 000 ml, entre environ 250 ml à environ 40 000 ml, entre environ 300 ml à environ 35 000 ml, entre environ 350 ml à environ 30 000 ml, entre environ 400 ml à environ 25 000 ml, entre environ 450 ml à environ 20 000 ml, entre environ 500 ml à environ 15 000 ml, entre environ 550 ml à environ 10 000 ml, entre environ 600 ml à environ 9 000 ml, entre …— environ 650 ml à 8 000 ml, entre environ 700 ml à environ 7 000 ml, entre environ 750 ml à environ 6 000 ml, entre environ 800 ml à environ 5 000 ml, entre environ 850 ml à environ 4 000 ml, entre environ 900 ml à environ 3 000 ml, entre environ 950 ml à environ 2 000 ml ou entre environ 1 000 ml à environ 1 500 ml.
De préférence, les conteneurs d’échantillon du dispositif de purification sont configurés pour contenir un volume de 0,25 à 100 ml, de manière davantage préférée de 0,25 à 500 ml, de manière davantage préférée de 0,25 à 1 000 ml, et de manière davantage préférée de 0,25 à 1500 ml.
Dans certains modes de réalisation, le réservoir de récolte et/ou le conteneur d’échantillon comprennent un couvercle ou un bouchon, pour empêcher les composants indésirables d'entrer dans ledit réservoir de récolte et/ou conteneur
25 BE2022/5293 d’échantillon (par exemple, RNases, contamination microbienne ou autres composés ou organismes de dégradation) et pour protéger le contenu du réservoir de récolte et/ou du conteneur d’échantillon de l’environnement externe. Dans certains modes de réalisation, le réservoir de récolte et/ou le conteneur d’échantillon comprennent le bouchon pour limiter l'échange avec l’environnement. Dans certains modes de réalisation, le bouchon du réservoir de récolte et/ou du conteneur d’échantillon est amovible. Dans certains modes de réalisation, le bouchon du réservoir de récolte et/ou du conteneur d’échantillon n’est pas amovible. En variante, le réservoir de récolte et/ou le conteneur d’échantillon ne présentent pas de couvercle.
Dans certains modes de réalisation, le bouchon peut empêcher l’évaporation excessive d’eau et la perte d’autres composants volatils critiques. Dans certains modes de réalisation, le bouchon peut empêcher l’oxydation des réactifs ou de tout autre composant. Dans certains modes de réalisation, le bouchon peut fournir une protection contre la lumière (si nécessaire). Dans certains modes de réalisation, le bouchon empêche la contamination de tout autre composé chimique potentiel.
Dans certains modes de réalisation, le bouchon comprend au moins une ouverture pour le remplissage, le drainage et l’échantillonnage. Dans certains modes de réalisation, lau moins une ouverture est positionnée au-dessus du bouchon.
Dans un mode de réalisation les conteneurs d’échantillon du dispositif de purification comprennent un liquide renfermant ledit composé d'intérêt et des particules magnétiques.
Dans un mode de réalisation, ledit liquide résulte d'une réaction de TIV. Dans un autre mode de réalisation ou un mode de réalisation supplémentaire, ledit liquide contient de l’ADN, de l’ARN, de ARN modifié, des polypeptides, des protéines et/ou des protéines modifiées. Dans un autre mode de réalisation encore ledit liquide — contient au moins un réactif. Dans un autre mode de réalisation encore ledit liquide contient un ou plusieurs réactifs utilisés pour la TIV. Dans un autre mode de réalisation encore, ledit liquide comprend des impuretés. Dans un mode de réalisation supplémentaire lesdites impuretés sont des nucléotides, des enzymes, des protéines, des protéines, des matrices d'ADN, de l’ARNdb, ou tout autre sous- produit de TIV connu dans l'art.
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Les particules magnétiques peuvent présenter toute taille appropriée pour la liaison à un acide nucléique, y compris les tailles disponibles dans le commerce, telles qu’un diamètre se situant dans une plage d'environ 0,3 um à environ 10 um de diamètre, par ex., d'environ 0,3, 0,5, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 um de diamètre, incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci.
Dans un mode de réalisation, lesdites particules magnétiques sont des particules magnétiques à base de silice sont des particules paramagnétiques à revêtement carboxyle, des particules paramagnétiques à base de silice, ou des combinaisons de celles-ci. Les particules magnétiques à base de silice peuvent comprendre, dans certains modes de réalisation, un noyau paramagnétique revêtu d'oxyde de silice, fournissant ainsi une surface adsorbante d’oxyde de silice hydraté à laquelle un acide nucléique peut se lier (par ex., une surface comprenant des groupes silanol). Les particules magnétiques peuvent, dans des modes de réalisation additionnels, être modifiées en surface pour produire des surfaces fonctionnalisées, telles que des surfaces faiblement ou fortement chargées positivement, faiblement ou fortement chargées négativement, ou hydrophobes, pour n’en nommer que quelques-unes. En variante, les particules magnétiques peuvent être des particules de polystyrène divinylbenzène, des particules de polyméthacrylate, des particules d'agarose — réticulé, ou des particules d’allyl dextrane avec du N—N-bis acrylamide. II sera évident pour l'homme du métier que tout matériau qui est approprié pour la liaison aux acides nucléiques, protéines ou autres biomolécules, peut être utilisé avec le dispositif ou système tel que divulgué ici.
Les particules magnétiques du système peuvent être distribuées aux conteneurs d’échantillon par l’un desdits appareils de manipulation.
Le composé d'intérêt est apte à se lier auxdites particules magnétiques au moyen d’une liaison par affinité. Dans un mode de réalisation, le composé d'intérêt se lie à la particule magnétique en présence d’un tampon de liaison, de préférence un tampon de liaison contenant un agent chaotropique. En présence de l’agent chaotropique, le composé d'intérêt se lie de manière réversible à la particule magnétique.
Dans un autre mode de réalisation, la particule magnétique est revêtue d'un ligand qui interagit avec le composé d'intérêt.
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Le système tel que divulgué ici peut être agencé dans une station, de préférence avec une unité pour la génération d’un écoulement laminaire. Dans un mode de réalisation, l’unité de stockage pour stocker des ingrédients est positionnée à l'extérieur de ladite station.
Dans un mode de réalisation, la station est conçue pour permettre la fourniture d’un air filtré et stérile devant être mis en circulation à l’intérieur des unités. Le moyen de filtration de l’air peut inclure par exemple un système HVAC comportant des filtres
HEPA.
Le logement de la station peut être fait de tout matériau approprié dans l'art tel qu’un alliage de métaux, un métal ou un plastique. Dans un mode de réalisation, une station est fabriquée à partir d’un matériau comprenant de l'aluminium ou de acier inoxydable. Dans un mode de réalisation spécifiquement préféré, ladite station est faite d’un matériau comprenant de l'acier inoxydable.
De préférence, le système et la station sont conçus et opérés de telle manière qu’ils requièrent seulement une manipulation limitée de la part de l'opérateur. Ceci est destiné à éviter une contamination et une perturbation des conditions de procédé.
Si des irrégularités sont observées, l'opérateur peut manipuler le procédé par l'intermédiaire d’un ou plusieurs dispositifs de commande présents à l’intérieur ou à l'extérieur de la station. Ces dispositifs de commande commandent le procédé (ou des parties de celui-ci) ayant lieu dans la station. La station peut être couplée à un ou plusieurs dispositifs de commande qui sont configurés pour réaliser une analyse à plusieurs variables, commander automatiquement le fonctionnement des procédés, et optionnellement, communiquer avec des composants à distance (en utilisant, par exemple, des protocoles réseau) afin de commander le fonctionnement dans l’unité (les unités).
Chaque station est de préférence mobile et dotée d’un moyen de transport. Le moyen de transport peut inclure tout moyen approprié dans l’art, commandé à la fois manuellement et/ou électroniquement, et inclure, mais sans s’y limiter, des roues, des pistes ou des rouleaux.
Dans un mode de réalisation, le système tel que divulgué ici comprend au moins un processeur informatique couplé de manière opérationnelle à l’unité de TIV et/ou à l’unité de traitement. Dans un mode de réalisation, le système comprend au moins
28 BE2022/5293 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 processeurs informatiques. Dans un autre mode de réalisation, l’unité de TIV et l'unité de traitement sont couplées de manière opérationnelle au même processeur informatique. Dans un autre mode de réalisation, l’unité de TIV et l'unité de traitement sont couplées de manière opérationnelle à différents processeurs informatiques. Dans un autre mode de réalisation encore la pluralité de chambres et les appareils de manipulation de l’unité de TIV sont couplés de manière opérationnelle à différents processeurs informatiques. Dans un autre mode de réalisation encore la pluralité de chambres et les appareils de manipulation de l’unité de TIV sont couplés de manière opérationnelle aux mêmes processeurs informatiques. Dans un autre mode de réalisation encore le dispositif de purification et les appareils de manipulation dudit dispositif sont couplés de manière opérationnelle à différents processeurs informatiques. Dans un autre mode de réalisation encore le dispositif de purification et les appareils de manipulation dudit dispositif sont couplés de manière — opérationnelle aux mêmes processeurs informatiques. Dans un autre mode de réalisation encore tous les appareils de manipulation sont couplés au même processeur informatique.
Méthodes
La divulgation comprend également des méthodes pour la production d’ARN. Dans un mode de réalisation particulièrement préféré, ladite méthode est exécutée au moyen d’un système tel que décrit dans l'un des modes de réalisation ci-dessus.
Dans un mode de réalisation, la réaction de TIV est réalisée dans une pluralité de chambres et comprend une étape de transcription in vitro commençant à partir d’une matrice d'ADN. Les étapes de l'ICT peuvent être : (i) la fourniture d’un ou plusieurs reactifs de TIV dans une premiere chambre de la pluralité de chambres ; (ii) la répétition de l'étape (i) jusqu’à ce qu’au moins une portion de la pluralité de chambres soit dotée d’un ou plusieurs réactifs de TIV ; (ii) la réalisation de ladite réaction de TIV dans les chambres dotées d’un ou plusieurs réactifs de TIV ; et dans lequel la réaction de TIV résultante est ensuite soumise à au moins une étape de purification.
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Sans vouloir être liés par la théorie, les conditions de réaction qui doivent être satisfaites dans une réaction de TIV sont la fourniture d’ADN linéaire qui sert de matrice qui est copié sous forme d’ARN par une polymérase, des dNTP, une ARN polymérase qui incorpore les dNTP, un tampon contenant du magnésium qui catalyse la réaction et une température spécifique de la réaction, typiquement de 37 °C. II sera évident pour l'homme du métier que toute condition de réaction qui donne l'ARNm peut être utilisée avec la méthode telle que décrite ici.
Dans un mode de réalisation de la méthode divulguée ici, au moins une partie desdits réactifs de TIV sont combinés dans un prémélange de TIV. Dans un mode de réalisation supplémentaire ledit prémélange de TIV comprend au moins des dNTP, une ADN de matrice, et un ou plusieurs composants de tampon d’ARN polymérase.
Dans un mode de réalisation, les réactifs de TIV sont stockés dans une unité de stockage, dans lequel l’unité de stockage est en connexion fluidique avec un système de pompe et dans lequel ledit système de pompe est configuré pour fournir la quantité souhaitée d’un ou plusieurs réactifs de TIV pour préparer un prémélange de
TIV à un conteneur de prémélange de TIV. Ladite unité de stockage peut être refroidie à une température inférieure à 10 °C, de préférence de 4 °C, tel que décrit précédemment.
Le volume total du prémélange est supérieur ou égal à la somme des volumes des réactions individuelles de TIV dans lesdites chambres, dans un mode de réalisation.
Dans un mode de réalisation, le prémélange de TIV est chauffé à une température entre 35 °C à 55 °C avant qu’une portion dudit prémélange soit fournie à une chambre de ladite pluralité de chambres. Dans un mode de réalisation, ledit prémélange de TIV est chauffé à une température entre 35 °C et 55 °C, de préférence entre 35 °C et 50 °C, 35 °C et 45 °C, 35 °C et 40 °C, ou 35 °C et 37 °C, avant qu’une portion dudit prémélange soit fournie à une chambre de ladite pluralité de chambres. En variante ledit prémélange de TIV est chauffé à une température entre 37 °C et 55 °C, de préférence entre 40 °C et, 45 °C et 55 °C ou 40 et 55 °C avant qu’une portion dudit prémélange soit fournie à une chambre de ladite pluralité de chambres.
Dans un mode de réalisation, le conteneur de prémélange de TIV est chauffé à une température entre 35 °C et 55 °C, de préférence entre 35 °C et 50 °C, 35 °C et °C, 35 °C et 40 °C, ou 35 °C et 37 °C. En variante, le conteneur de prémélange
30 BE2022/5293 de TIV est chauffé à une température entre 37 °C et 55 °C, de préférence entre 40 °C et, 45 °C et 55 °C ou 40 et 55 °C. Dans un mode de réalisation préféré, le conteneur de prémélange est chauffé à 37 °C.
Dans un mode de réalisation de la méthode divulguée ici, une ARN polymérase est ajoutée à au moins une chambre de ladite pluralité de chambres. Dans d'autres modes de réalisation, une pluralité d'ARN polymérases est ajoutée à la chambre, de préférence 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 ARN polymérases. Dans un mode de réalisation supplémentaire, ladite ARN polymérase est ajoutée avant ou après que ladite chambre a reçu une portion dudit prémélange de TIV. La combinaison du prémélange de TIV avec l’ARN polymérase déclenche le début de la réaction. Dans certains modes de réalisation, il est souhaitable que le prémélange soit chauffé en l’absence de l’ARN polymérase et ainsi le début de la réaction est retardé jusqu’à ce que le prémélange et l'ARN polymérase soient combinés dans la pluralité de chambres. Dans d'autres modes de réalisation, ladite ARN polymérase fait partie dudit prémélange de TIV.
L'ARN polymérase utilisée est telle que décrite précédemment.
Dans certains modes de réalisation de la méthode, les réactifs de TIV comprennent un réactif de coiffage pour coiffage co-transcriptionnel. Les exemples non limitants de réactifs de coiffage co-transcriptionnel incluent CleanCap (TriLink) ou ARCA (CellScript). En variante, le coiffage a lieu après la transcription en utilisant toute structure analogue à une coiffe connue dans l’art.
De préférence, le système tel que divulgué ici est utilisé pour purifier une molécule d’ARNm à partir d’un procédé de TIV, ou pour une purification durant le pré- et/ou le post-coiffage. Dans un mode de réalisation, lorsque la molécule d'ARNm est coiffée de manière co-transcriptionnelle, ledit ARNm est purifié après le coiffage. Dans un autre mode de réalisation, lorsque VARNm est coiffé de manière post- transcriptionnelle, l’étape de purification est effectuée avant le coiffage. Dans encore un autre mode de réalisation ou un mode de réalisation supplémentaire, la — purification est effectuée après le coiffage. Dans un autre mode de réalisation encore, une étape de purification est effectuée avant le coiffage et une seconde étape de la purification est effectuée après le coiffage. Le produit résultant de la TIV contient en plus du produit d'ARNm souhaité, un réseau de sous-produits de réaction tels que des sels, des nucléotides, des enzymes, des protéines, des matrices d’ADN ou de VARNdb. Ceux-ci peuvent interférer avec le procédé de coiffage, et réduire l'efficacité de la transaction et la pureté globale du produit final. Le coiffage enzymatique immédiatement après la TIV, sans traitement intermédiaire du produit
31 BE2022/5293 réactionnel, produit des quantités réduites ou approchant 0 % de molécules d’'ARNm coiffées. Le système divulgué ici est concu pour réaliser une purification de l'ARNm avec une haute précision, d’une manière automatisée dans des conditions conformes aux BPF, et est adaptable pour réaliser la purification en amont et/ou en aval du — coiffage. Le système permet d'obtenir une production continue de petits volumes ou de volumes moyens du composé d'intérêt.
Dans certains modes de réalisation de la méthode, une réaction de TIV finalisée provenant d’une chambre de ladite pluralité de chambres est transférée vers un réservoir intermédiaire. Dans un mode de réalisation supplémentaire, les réactions de TIV de ladite pluralité de chambres sont regroupées dans ledit réservoir intermédiaire. Dans encore un mode de réalisation supplémentaire, le transfert et le regroupement de la réaction de TIV est effectué au moyen d’un bras robotique.
La réaction de TIV est terminée au moyen de l’ajout d’au moins une ADN-ase dans un mode de réalisation de la méthode. Dans un autre mode de réalisation, la réaction de TIV est terminée par l’ajout d'EDTA. Dans un autre mode de réalisation encore, une ADN-ase et/ou de EDTA sont tous deux ajoutés pour mettre un terme à la réaction de TIV. L’ADN-ase digère enzymatiquement la matrice d’ADN et ainsi met fin à la réaction de TIV alors que l’'EDTA est un agent chélatant qui appauvrit la réaction des ions Mg?*, ce qui amène également la réaction de TIV à prendre fin.
Dans un mode de réalisation, l'ADN-ase et/ou l’EDTA est ajouté dans la pluralité de chambres. Dans un autre mode de réalisation, ladite ADN-ase et/ou ledit EDTA est ajouté au réservoir intermédiaire. Dans un mode de réalisation supplémentaire, l'ADN-ase et/ou l’EDTA est ajouté au moyen d’une pompe, d’un injecteur ou d’un bras robotique.
Dans un mode de réalisation, au moins une étape de purification après la TIV utilise des particules magnétiques aptes à se lier auxdites molécules d'ARN. Dans un mode de réalisation supplémentaire, la réaction de TIV comprenant des molécules d'ARN ou une portion de ladite réaction de TIV est fournie à un ou plusieurs conteneurs d’échantillon positionnés dans un porte-échantillon. Dans un mode de réalisation supplémentaire lesdites particules magnétiques sont ajoutées audit conteneur d’échantillon. En variante, le conteneur d’échantillon comprend des particules — magnétiques et la réaction de TIV comprenant des molécules d’ARN ou une portion de ladite réaction de TIV est fournie audit conteneur.
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Dans certains modes de réalisation de la méthode, l'ARN se lie aux particules magnétiques et ensuite, les particules magnétiques sont capturées ou induites à se déplacer vers une unité d'aimant présente à proximité du porte-échantillon, causant ainsi une séparation des molécules d’ARN liées auxdites particules magnétiques et de tout liquide de TIV restant. Dans certains modes de réalisation, un tampon de liaison est utilisé pour médier la liaison réversible entre le composé d'intérêt et les particules magnétiques. Dans un mode de réalisation supplémentaire ledit tampon de liaison peut comprendre un agent chaotropique, un alcool, un PEG, un sel, ou un mélange de ceux-ci. Ledit agent chaotropique peut être choisi parmi les sels de guanidine, tel qu’un chlorhydrate (GuHCl) et un thiocyanate (GuSCN) de guanidium ; les sels de lithium, tels que l’acétate de lithium et le perchlorate de lithium ; ou les sels de sodium tels que le NaCl et les combinaisons de ceux-ci. Dans un mode de réalisation, lesdits tampons de liaison sont dépourvus d'agents chaotropiques. — L'alcool peut être choisi parmi isopropanol, l’éthanol, le méthanol, le butanol, et les combinaisons de ceux-ci. Dans un mode de réalisation, ledit alcool est présent à une concentration de 10 % à 50 %, de 10 % à 40 %, de 10 % à 30 %, de 10 % à 20, de 15 % à 20 % v/v, incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci.
Dans un mode de réalisation, ledit tampon de liaison peut comprendre un PEG, soit en variante à l'alcool soit en combinaison avec ledit alcool. La concentration de PEG dans le tampon de liaison peut se situer dans une plage de 10 % à 40 %, de 20 à 40 %, de 20 % à 35 %, de 20 % à 30 % ou de 25 % à 35 %, incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci. Dans un mode de réalisation, 30 % de PEG est utilisé. Dans un mode de réalisation, ledit PEG utilisé dans le tampon de liaison est choisi parmi le PEG 600, le PEG 1000, le PEG 2000, le PEG 3000, le PEG 4000, le
PEG 6000, le PEG 8000, le PEG 10 000, le PEG 20 000. Dans un mode de réalisation, le PEG utilisé est le PEG 8000.
L'au moins un sel peut être présent dans le tampon de liaison en une concentration se situant dans une plage de 0,1 M à 5 M, par exemple, de 0,1 à 4 M, de 0,1 M à 3 M, de 0,1 M à 2 M, de 0,1 M à 1 M, de 0,5 à 1 M, de 0,5 à 2 M, de 1 M à 2 M et de 2 M à 3 M et de 3 M à 5 M, incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci.
Selon divers modes de réalisation, l’au moins un sel peut être du chlorure de sodium (NaCl).
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Dans un mode de réalisation, le tampon de liaison comprend du Tris-HCI, du NaCl, de l’EDTA et de l’éthanol.
Dans des modes de réalisation, ledit tampon de liaison peut avoir un pH se situant dans une plage de 5 à 10, telle que de 5 à 9, de 5,5 à 8,5, de 6 à 8, ou de 6,4 à 7,5 et toutes les plages et sous-plages entre celles-ci. Dans des modes de réalisation, ledit tampon de liaison comprend au moins un premier alcool et/ou PEG, au moins un sel et au moins un agent chélatant optionnel tel que de l’EDTA.
La particule magnétique peut être présente dans le tampon de liaison en une concentration se situant dans une plage, par exemple, d'environ 0,1 ug/ul à environ 60 ug/yl, telle que de 0,5 ug à environ 60 ug/pl, d'environ 0,75 ug/ul à environ 55 ug/ul, d'environ 1 ug/ul à environ 50 ug/ul, d'environ 2 ug/ul à environ 45 pg/ul, d'environ 3 ug/yl à environ 40 ug/yl, d'environ 4 ug/ul à environ 35 ug/yl, d'environ 5 ug/yul à environ 30 ug/yl, d'environ 6 ug/ul à environ 25 ug/l, d'environ 7 ug/yl à environ 20 ug/ul, d'environ 8 ug/ul à environ 15 ug/ul, ou d'environ 9 pg/yl à environ 10 ug/yl, incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci. À titre de mode de réalisation non limitant, lau moins une particule magnétique peut être choisie parmi les Qbeads et peut être présente dans le tampon de liaison B1 en une concentration se situant dans une plage d'environ 0,5 ug/ul à environ 5 ug/ul. Dans des variantes de modes de réalisation, au moins une particule magnétique peut être choisie parmi les billes Grace et peut être présente dans le tampon de liaison
Bi en une concentration se situant dans une plage d'environ 2 ug/jul à environ 60 ug/ul.
Dans des modes de réalisation des méthodes telles qu'enseignées ici, un rapport volumétrique entre l’échantillon et le tampon de liaison peut se situer dans une plage, par exemple, de 1:1 à 1:3, telle que de 1:1 à 1:1,5, ou de 1:1,5 à environ 1:2,5, incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci. La durée d’incubation pour la solution mixte comprenant un échantillon comprenant au moins un acide nucléique d'intérêt, un tampon de liaison et des particules magnétiques à base de silice peut se situer dans une plage de 0,1 minute à 30 minutes, de 0,1 minute à 25 minutes, de 0,1 minute à 20 min, de 0,1 à 10 minutes, ou de 0,1 à 5 minutes, de 0,1 à 2 minutes incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci.
Dans un mode de réalisation supplémentaire, le liquide de TIV restant est éliminé après la séparation des molécules d’ARN du liquide de TIV restant.
34 BE2022/5293
Dans encore un mode de réalisation supplémentaire, après élimination du liquide restant, un liquide supplémentaire est ajouté audit ARN lié aux billes magnétiques et l'étape de séparation est répétée.
Le porte-échantillon est soumis dans certains modes de réalisation de la méthode à un mouvement mécanique, permettant ainsi le mélange de ladite réaction de TIV ou du liquide supplémentaire avec lesdites particules magnétiques.
Dans certains modes de réalisation de la méthode, le porte-échantillon avec un conteneur d’échantillon tourne entre ou après une étape de capture jusqu'à au moins une position subséquente. Les porte-échantillon avec des conteneurs sont positionnés sur une portion de base d’une plaque à échantillons et ladite plaque à échantillons est apte à tourner. La rotation de la plaque à échantillons permet l’apport du conteneur d’échantillon à différents distributeurs tels que des injecteurs, bras robotiques ou pompes, où un composant ou un liquide peut être ajouté au conteneur d’échantillon ou éliminé du conteneur d’échantillon.
Dans d’autres modes de réalisation de la méthode, la plaque à échantillons tourne entre ou après une étape de méthode de capture, déplaçant ainsi le porte-échantillon avec un conteneur d’échantillon jusqu'à une position subséquente.
Dans certains modes de réalisation de la méthode, les particules magnétiques sont ajoutées au conteneur d’échantillon au moyen d'un injecteur ou d’un bras robotique doté d’un ou plusieurs buses, aiguilles et/ou embouts, tel que décrit précédemment.
Dans des modes de réalisation supplémentaires, l’ajout et/ou l'élimination d’un liquide a lieu au moyen d’un ou plusieurs injecteurs, ou bras robotiques dotés d’un ou plusieurs buses, aiguilles et/ou embouts, tel que décrit précédemment.
Dans un mode de réalisation, le mouvement mécanique du porte-échantillon qui permet à l’ARN de se mélanger aux particules magnétiques est un secouage ou une agitation. Le secouage ou l'agitation du porte-échantillon provoque le mouvement des particules magnétiques qui sont mises en suspension dans le milieu liquide et viennent en contact avec le composé d'intérêt.
L'unité d’aimant comprend un aimant permanent dans un mode de réalisation de la méthode divulguée ici. Le mouvement mécanique empêche la capture ou l'introduction d’un mouvement des particules magnétiques vers ladite unité d'aimant.
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Dans un mode de réalisation particulièrement préféré, les particules magnétiques utilisées dans la méthode divulguée ici sont des particules magnétiques à base de silice, tel que décrit précédemment. Dans un mode de réalisation de la méthode, un tampon de liaison tel que décrit ci-dessus est utilisé pour médier la liaison de l'ARN auxdites particules magnétiques.
Lors de la liaison de l’acide nucléique aux particules magnétiques et après séparation des particules magnétiques modifiées en utilisant un aimant, les particules magnétiques peuvent être dans certains modes de réalisation, combinées, rincées ou lavées avec un ou plusieurs tampons de lavage. Un tampon de lavage peut comprendre, par exemple, au moins un alcool et optionnellement au moins un sel.
Les particules magnétiques modifiées peuvent être rincées une fois ou plusieurs fois avec le tampon de lavage, et tout lavage additionnel peut employer des compositions, concentrations et/ou quantités volumétriques identiques ou différentes. Selon divers modes de réalisation, lau moins un alcool peut être choisi parmi isopropanol, le méthanol, l’éthanol, le butanol, et les combinaisons de ceux- ci. Selon divers modes de réalisation, lau moins un sel peut être choisi parmi le sulfate d'ammonium ((NH4)2S04), l’acétate d’ammonium (NH4Ac), l’acétate de lithium (LiAc), l’acétate de potassium (KAc), l’acétate de sodium (NaAc), le chlorure de sodium (NaCl), et les combinaisons de ceux-ci.
Dans des modes de réalisation des méthodes telles qu’enseignées ici, ledit tampon de lavage comprend au moins un second alcool en une concentration se situant dans une plage de 50 % à 100 % en volume/volume (v/v), de 55 % à 95 %, de 60 % à 85 %, ou de 60 % à 80 % en v/v, incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci. Dans des modes de réalisation, le second alcool peut être choisi parmi isopropanol, le méthanol, l’éthanol, le butanol, et les combinaisons de ceux-ci. Le second alcool dans le tampon de lavage peut être identique au premier alcool ou différent du premier alcool dans le tampon de liaison. Dans certains modes de réalisation, le second alcool peut être de l’éthanol. Dans des modes de réalisation non limitants, le tampon de lavage comporte optionnellement au moins un sel. Le sel optionnel, le cas échéant, dans le tampon de liaison, est en une concentration se situant dans une plage de 0,1 M à 5 M, par exemple, de 0,3 M à 4 M, de 0,1 M à 3 M, de 0,1 M à 2 M, de 0,1 M à 1 M, et de 1 M à 2 M, incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci. Selon divers modes de réalisation, le sel dans le tampon de lavage peut être du chlorure de sodium (NaCl). Dans certains modes de — réalisation, les particules magnétiques modifiées peuvent être lavées une ou plusieurs fois avec au moins l’un desdits tampons de lavage. Par exemple, lesdites
36 BE2022/5293 particules magnétiques modifiées peuvent être lavées une fois, deux fois, ou davantage avec le tampon de lavage avec des intervalles de séparation des particules magnétiques modifiées en utilisant un aimant entre les lavages.
Dans certains modes de réalisation, les particules magnétiques modifiées sont rincées une fois ou plusieurs fois avec ledit tampon de lavage, et des étapes de lavage additionnelles peuvent être employées avec par exemple des compositions, concentrations et/ou quantités volumétriques identiques ou différentes.
Après l'ajout et l’élimination du tampon de lavage, les particules magnétiques modifiées avec le composé d'intérêt lié de manière réversible à la surface sont sensiblement exemptes de contaminants tels que des sels, protéines, enzymes, etc.
Selon divers modes de réalisation, les particules magnétiques modifiées ainsi produites peuvent alors être incubées avec un ou plusieurs tampons d'élution pour libérer le composé d'intérêt lié et le séparer des particules magnétiques.
Selon divers modes de réalisation, le tampon d'élution est une solution à faible conductivité dans lequel la conductivité du tampon se situe dans une plage de 0,001 à 40 mS/cm, de manière davantage préférée de 0,01 à 40 mS/cm, de 0,1 à 40 mS/cm, de 0,5 à 40 mS/cm, de manière davantage préférée de 0,5 à 30 mS/cm, de 0,5 à 20 mS/cm, de 0,5 à 10 MS/cm, incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci.
Dans un autre mode de réalisation ou un mode de réalisation supplémentaire, ledit tampon d'élution comprend une concentration de sel entre 0,01 et 50 mM, de manière davantage préférée entre 0,1 à 40 mM, de manière davantage préférée entre 0,1 et 30 mM, de manière davantage préférée entre 0,1 et 20 MM. Les sels possibles incluent le citrate de sodium, le chlorure de sodium, le phosphate de sodium, le chlorure de potassium, le phosphate de potassium et les combinaisons de ceux-ci.
Le pH du tampon d'élution peut se situer dans une plage, par exemple, de 5 à environ 10, telle que de 5,5 à environ 9, de 6 à 8, ou de 6,4 à environ 7,5, incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci.
Par exemple, dans certains cas, le tampon d'élution peut comprendre de l’eau ; dans d'autres de l’eau et de VEDTA, ou seulement du Tris, ou du Tris et de VEDTA, ou du
37 BE2022/5293 citrate de sodium, ou un tampon de phosphate, ou une solution saline tamponnée au phosphate (PBS). La concentration du citrate de sodium, s’il est utilisé en tant que tampon d'élution, peut se situer dans une plage de 0,5 mM à 10 MM, par exemple de 0,6 MM à 5 mM, de 1 mM à 2 MM, incluant toutes les plages et sous- plages entre celles-ci. Le pH du citrate de sodium, s’il est utilisé en tant que tampon d’élution, peut se situer dans une plage de pH 5,4 à 7,5, de pH 6 à pH 7, de pH 6 à pH 6,5, incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci. Selon des modes de réalisation non limitants, le tampon d'élution peut comprendre de l’eau ou du Tris-
HCI 10 MM, de VEDTA 1 mM, pH 7,4, ou du Tris-HCI 10 MM, pH 7,4, ou du citrate
Na 1 MM, pH 6,4.
Dans des modes de réalisation, ledit tampon d'élution est dépourvu d'agents chaotropiques toxiques tels que les sels de guanidine (thiocyanate de guanidinium ou thiocyanate de guanidinium), l’iodure, le perchlorate et le trichloroacétate, de préférence les sels de guanidine.
Dans des modes de réalisation, au moins une particule modifiée incubée avec le tampon d'élution pendant une période de temps se situant dans une plage de 30 secondes à 30 minutes, de 1minute à 20 minutes, de 1 minute à 10 minutes incluant toutes les plages et sous-plages entre celles-ci.
Dans un mode de réalisation, lors de l’ajout dudit tampon d'élution, le porte- échantillon est soumis à une mise en mouvement mécanique, permettant ainsi le mélange desdites particules magnétiques avec le tampon d'élution. Une fois que la mise en mouvement s'arrête, les particules magnétiques se déplacent vers ladite unité d'aimant, causant ainsi une séparation du tampon d’élution comprenant le composé d'intérêt et des particules magnétiques. Dans un mode de réalisation supplémentaire, le tampon d'élution comprenant l’ARN est éliminé dudit conteneur d’échantillon et stocké dans un réservoir de récolte.
L'étape de purification inclut ou précède une étape de coiffage post-transcriptionnel dans certains modes de réalisation de la méthode divulguée ici. Dans un mode de réalisation, l'étape de purification fait partie d’une étape de pré-coiffage et est suivie d’une étape de coiffage post-transcriptionnel.
Dans certains modes de réalisation, après le coiffage, une seconde étape de purification est réalisée. Dans un mode de réalisation supplémentaire, ladite seconde
38 BE2022/5293 étape de purification utilise des particules magnétiques aptes à se lier auxdites molécules d'ARN coiffées. La seconde étape de purification est exécutée tel que décrit précédemment pour la première étape de purification.
Ladite seconde étape de purification peut être réalisée en utilisant le même dispositif de purification. Dans d’autres modes de réalisation, la seconde étape de purification est réalisée dans un second dispositif de purification. Les deux dispositifs de purification peuvent être placés adjacents l’un à l’autre ou dans une configuration emboîtée.
Dans un mode de réalisation, le système tel que divulgué ici est utilisé conjointement avec une filtration d'extrémité. La filtration d'extrémité de l’'ARNm peut être réalisée après la réaction de TIV et avant le chargement sur le dispositif de purification. Dans un autre mode de réalisation, la filtration d'extrémité est réalisée après que l’'ARNm est purifié avec le dispositif de purification divulgué ici.
La méthode telle que divulguée ici est exécutée au moyen d’un dispositif ou d’un système selon des modes de réalisation décrits précédemment. Dans un mode de réalisation, la méthode est semi- ou entièrement automatisée. La méthode est rapide et efficace tout en reproduisant des procédures manuelles répétitives à petite échelle. Ladite méthode est conforme aux conditions de BPF, n’est pas encline à erreur humaine, et apporte un produit de haute pureté.
La présente divulgation va à présent être davantage illustrée en référence aux …— exemples suivants. La présente divulgation n’est d'aucune manière limitée aux exemples donnés ou aux modes de réalisation présentés sur les figures.
La présente divulgation n’est d'aucune manière limitée aux modes de réalisation décrits dans les exemples et/ou montrés sur les figures. Au contraire, les méthodes selon la présente divulgation peuvent être réalisées de nombreuses manières différentes sans s'éloigner de la portée de la divulgation.
La Fig. 1. montre un mode de réalisation d’un système pour produire de ARN (11) comprenant une unité de TIV (34) et une unité de traitement en aval (33) et des appareils de manipulation : bras robotiques (7, 7”), injecteurs (20, 21, 22, 27), et
39 BE2022/5293 pompes (19). Les bras robotiques (7, 7”) utilisent des aiguilles et/ou des embouts (18). Dans un mode de réalisation, le composé d'intérêt obtenu en utilisant la méthode divulguée ici est en outre traité en aval dans un conteneur (26).
L'unité de TIV (34) est représentée sur la Fig. 2. Dans un mode de réalisation, une quantité souhaitée de réactifs pour préparer un prémélange de TIV est apportée à un conteneur de prémélange de TIV (24). L'unité de TIV (34) comprend une unité de chauffage (25) pour chauffer le conteneur de prémélange de TIV (24) à 37 °C.
Le prémélange contient dans certains modes de réalisation des dNTP, de l'ADN de matrice, et un ou plusieurs un composants de tampon d’ARN polymérase. Dans un mode de réalisation, le chauffage est effectué avant l'ajout de l'ARN polymérase.
Dans un autre mode de réalisation, l'ARN polymérase est également ajoutée au conteneur de prémélange de TIV (24) et est chauffée.
Dans un mode de réalisation préféré, le prémélange de TIV à 37 °C est transféré vers une pluralité de chambres (23) où la réaction de TIV est exécutée en présence d’ARN polymérase, une pluralité de molécules d’ARN étant obtenue.
L'unité de TIV (34) comprend des appareils de manipulation, tels qu’un bras robotique (7), des injecteurs (20, 21, 22, 27) et/ou des pompes (19), configurés pour distribuer et/ou éliminer un réactif, un mélange de réactifs ou un liquide dans le conteneur de prémélange (24) et la pluralité de chambres (23) agencées dans des cartouches (35). Dans l'exemple de la Fig. 2, l’unité de TIV (34) présente 4 cartouches (35).
Les molécules d'ARN sont en outre purifiées dans l’unité de traitement en aval (33) qui contient un dispositif de purification (1).
Un dispositif de purification (1) pour séparer et/ou purifier une molécule d'ARN obtenue par TIV selon un mode de réalisation du mémoire descriptif courant est illustré sur la Fig. 3 dans lequel le dispositif de purification est sous la forme d’un carrousel. Selon le mode de réalisation particulier illustré sur la Fig. 3, le dispositif (1) comprend une plaque à échantillons (2) équipée de porte-échantillon (3) disposés sur la portion de base (4) de la plaque à échantillons (2). Dans le mode de réalisation de la Fig. 3 la plaque à échantillons (2) comprend huit porte-échantillon (3). Il apparaîtra toutefois évident à l'homme du métier que ce nombre est flexible.
En conséquence, d'autres modes de réalisation sont envisagés dans lesquels un nombre différent de porte-échantillon (3) sont fournis. Des conteneurs d’échantillon
40 BE2022/5293 (8) comprenant le composé d'intérêt dans un milieu liquide sont positionnés à l’intérieur des porte-échantillon (3).
Une unité d’aimant (5) est positionnée au niveau de chaque porte-échantillon (3).
L'unité d’aimant (5) telle que montrée dans le mode de réalisation de la Fig. 3 est agencée dans un logement (6) qui est ouvert au niveau du côté étant face au porte- échantillon (3). Dans certains modes de réalisation, unité d’aimant (5) comprend un aimant permanent, dans d’autres modes de réalisation comprend un aimant temporaire ou un électro-aimant.
Les porte-échantillon (3) peuvent réaliser des mouvements mécaniques qui dans certains modes de réalisation sont des rotations autour de leur axe et dans d'autres modes de réalisation sont des mouvements de secouage. Les porte-échantillon (3) peuvent se déplacer indépendamment les uns des autres ou peuvent synchroniser leurs mouvements. Dans l'exemple montré sur la Fig. 3 le mouvement est entraîné par une unité de moteur ou une unité de secoueur. La plaque à échantillons (2) est configurée pour tourner autour d’un axe dans le sens horaire et dans le sens anti- horaire.
Dans le mode de réalisation montré sur la Fig. 3A, un bras robotique (7) est positionné au centre de la plaque à échantillons (2). Dans le mode de réalisation de la Fig. 3B, le bras robotique (7) est positionné à l'extérieur de la plaque à échantillons (2) ou du dispositif (1). Le bras robotique (7), équipé d’un outil à buse (13), d’un outil de pipetage (17), d'aiguilles et/ou d’embouts, est configuré pour distribuer et/ou éliminer des composants et/ou des liquides des conteneurs d’échantillon (8).
Dans un mode de réalisation, l'ARN devant être purifié est produit par une réaction de TIV. Un échantillon contenant ledit ARN en suspension dans un milieu réactionnel est distribué dans un conteneur d’échantillon (8) par un bras robotique (7). Des — particules magnétiques (9) sont également distribuées dans le conteneur d’échantillon (8) par le bras robotique (7).
La capture des particules magnétiques (9) est montrée sur la Fig. 4. L'unité d’aimant (5) est configurée pour attirer et capturer lesdites particules (9) résidant dans le — conteneur d’échantillon (8). Le mouvement du porte-échantillon (3) détermine le statut capturé ou libre des billes de silice (9). Lorsque le porte-échantillon (3) est en mouvement, les particules magnétiques (9) sont libres de se déplacer dans le liquide
41 BE2022/5293 et d'interagir avec les molécules d’ARN (Fig. 4A). Les molécules d’ARN se lient de manière réversible auxdites billes de silice (9). Lorsque le porte-échantillon (3) arrête son mouvement, les billes de silice (9) deviennent capturées (Fig. 4B). Dans un mode de réalisation où un électro-aimant est utilisé, le statut capturé ou libre des particules magnétiques est commandé par activation et désactivation du courant électrique.
Alors que les particules magnétiques (9) sont capturées à l’intérieur du conteneur d’échantillon (8), le contenu liquide dudit conteneur peut être éliminé ou remplacé sans perdre les particules magnétiques (9) ou l’ARN lié à celles-ci. La distribution et l'élimination de liquides dans le conteneur d’échantillon est réalisée par des appareils de manipulation tels que des bras robotiques (7), des injecteurs (20, 21, 22, 27) ou des pompes (19). Le bras robotique (7) peut se déplacer au niveau de tout emplacement aléatoire et peut accéder à tout conteneur d’échantillon (8). Les injecteurs (20, 21, 22, 27) ou les pompes (19) sont situés au niveau de positions fixes et les conteneurs d’échantillon (8) sont apportés à ceux-ci par la rotation de la plaque à échantillons (2). Le bras robotique (8) et les autres appareils de manipulation sont connectés à un ou plusieurs stockages de réactif (29), réservoirs de déchets, et réservoirs de récolte (28).
Dans un mode de réalisation, le dispositif de purification (1) est conçu pour exécuter une ou plusieurs étapes de purification d’ARN : liaison de l'ARN à des particules magnétiques en présence d'un agent chaotropique, lavage de l'ARN lié à des billes de silice, élution de l’ARN, et collecte de l’ARN purifié dans un réservoir de récolte.
Ceci permet d'obtenir la réalisation de multiples étapes de lavage automatisé et précis, sans perdre l’ARN. Le dispositif est configuré pour permettre une séparation et/ou une purification répétitive de ARN et peut être opéré de manière continue.
Dans un mode de réalisation préféré, les particules magnétiques sont des billes magnétiques à base de silice.
Sur la Fig. 5 un mode de réalisation du porte-échantillon (3) avec un conteneur d’échantillon (8) ayant une capacité de 50 ml, est montré. Ledit conteneur d’échantillon (8) est installé directement dans le porte-échantillon (3). Il apparaîtra évident que d’autres conteneurs d’échantillon peuvent également être utilisés dans le contexte de la divulgation courante.
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La Fig. 6 montre un mode de réalisation d’un porte-échantillon (3) avec un conteneur d’échantillon (8") ayant une capacité de 2 ml. Ledit conteneur d’échantillon (8’) est installé dans un adaptateur (10) qui adapte le porte-échantillon (3) à la taille du conteneur d'échantillon (8). Dans d’autres modes de réalisation, des conteneurs d’échantillon (8’) d'autres tailles et volumes sont utilisés.
Un mode de réalisation particulier de l'unité de traitement en aval (33) est montré sur la Fig. 7, dans lequel ladite unité de traitement en aval (33) comprend deux dispositifs de purification (1 et 1”) et deux bras robotiques (7 et 7’) sont fournis.
Dans ce mode de réalisation, lesdits dispositifs de purification sont positionnés adjacents les uns aux autres. Cette configuration permet d'obtenir une capacité de production supérieure tout en maintenant l’encombrement des dispositifs de purification à un minimum. En variante, cette configuration peut être utilisée pour différents procédés de purification. Par exemple, un premier dispositif de purification (1) peut être utilisé pour une purification pré-coiffage, tandis qu’un second dispositif de purification (1%) peut être utilisé dans un procédé post-coiffage. La réaction de coiffage peut avoir lieu dans la position finale du premier dispositif de purification (1), ou dans un réservoir intermédiaire positionné en aval du premier dispositif de purification (1) et en amont du second dispositif de purification (1”).
Une variante de mode de réalisation est fournie sur la Fig. 8, dans lequel deux dispositifs de purification (1 et 1’) sont dans une configuration emboîtée et un seul bras robotique (7) est fourni.
Un système de dispositif multi-purification tel que représenté sur la Fig. 7 et la Fig. 8, permet d'obtenir la réalisation de multiples étapes concomitantes de telle manière que différentes étapes de la séparation et/ou de la purification peuvent être réalisées en même temps.
Le bras robotique (7) pour la manipulation de milieux liquides et de conteneurs d’échantillon à partir de/vers un récipient selon un mode de réalisation de l'invention est illustré sur la Fig. 9. Des bras robotiques (7) sont utilisés pour les étapes de manipulation qui ont lieu à la fois dans l’unité de TIV (34) et dans l’unité de traitement en aval (33). Un ou plusieurs bras robotiques (7, 7’) peuvent être utilisés avec le système (11).
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Le bras robotique montré sur la Fig. 9 comprend une base (12), un outil de pipetage (17), et un outil à buse (13) configuré pour manipuler un ou plusieurs milieux liquides. L'outil à buse (13) est positionné au niveau d’une extrémité distale du bras robotique (7).
Dans ce qui suit, le bras robotique (7) est décrit comme étant monté sur une surface horizontale. D'autres modes d'installation sont bien entendu possibles, et adaptation de ce qui suit à de tels autres modes d'installation, tombe dans la portée des compétences de l'homme du métier, et est considérée comme faisant partie de la portée de l'invention. Par exemple, le bras robotique (7) peut être monté sur une surface verticale, résultant en une rotation de 90° pour toutes les orientations subséquentes.
Le bras robotique (7) est un bras robotique (7) articulé comprenant des articulations (14) et dans lequel le bras robotique 1 est fabriqué en connectant de manière séquentielle ces articulations (14) par de multiples liaisons (15). Le bras robotique (7) tel que montré sur la Fig. 7 comprend six articulations (14), permettant un mouvement dans six degrés de liberté. Plus spécifiquement, dans une première articulation (14a), une base et une portion d'extrémité proximale d’une première liaison (15a) sont connectées de manière à pouvoir tourner autour d'un axe s'étendant dans la direction verticale. La première articulation (14a) est une articulation de torsion.
Dans une deuxième articulation (14b), une portion d'extrémité distale de la première liaison (15a) et une portion d’extrémité proximale d’une deuxième liaison (15b) sont connectées de manière à pouvoir tourner autour d’un axe s'étendant dans la direction horizontale. La deuxième articulation (14b) est une articulation de révolution.
Dans une troisième articulation (14c), une portion d'extrémité distale de la deuxième — liaison (15b) et une portion d'extrémité proximale d’une troisième liaison (15c) sont connectées de manière à pouvoir tourner autour d’un axe s'étendant dans la direction horizontale, dans ce cas, parallèle à l’axe pour la deuxième liaison (15b).
Il convient de noter que les écarts par rapport à l’horizontalité de ce troisième axe sont possibles, mais que le troisième axe présentera toujours au moins une composante horizontale, son entière horizontalité étant la version la plus efficace.
La troisième articulation (14c) est dans ce cas une articulation de révolution.
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Dans une quatrième articulation (14d), une portion d'extrémité distale de la troisième liaison (15c) et une portion d'extrémité proximale d’une quatrième liaison (15d) sont connectées de manière à pouvoir tourner autour d’un axe dans la direction longitudinale de la quatrième liaison (15d). La quatrième articulation (14d) est une articulation de torsion.
Dans une cinquième articulation (14e), une portion d'extrémité distale de la quatrième liaison (15d) et une portion d'extrémité proximale d’un connecteur (16) sont connectées de manière à pouvoir tourner autour d'un axe orthogonal au quatrième axe. La cinquième articulation (14e) est une articulation de révolution mais il convient de noter que cette articulation peut être facilement adaptée à une articulation de torsion ou à une articulation de rotation.
Dans une sixième articulation (14f), une portion d'extrémité distale du connecteur (16) et une extrémité proximale de l’outil à buse (13) sont connectées de manière à pouvoir tourner dans un plan orthogonal à la direction longitudinale du connecteur (16).
Chacune des articulations (14) est dotée d’un moteur d'entraînement à titre d'exemple d’un actionneur pour la rotation relative des deux pièces connectées par l'articulation (14). Le moteur d'entraînement est, par exemple, un servomoteur qui est servo-commandé par l’intermédiaire d’un servo amplificateur par un signal de commande transmis à partir du dispositif de commande. De plus, chacune des articulations est dotée d'un capteur d’angle de rotation pour détecter l’angle de rotation du moteur d'entraînement et d’un capteur de courant pour détecter le courant du moteur d'entraînement.
Dans un mode de réalisation, le système (11) est agencé dans une station (32), de préférence avec une unité pour la génération d’un écoulement laminaire, tel que représenté sur la Fig. 10. La station (32) inclut une unité de stockage réactive (29) qui dans certains modes de réalisation est refroidie jusqu'à 4 °C, une unité pour — stocker le composé d'intérêt après traitement (30), et une unité de filtre (31). L'unité de filtre (31) permet la fourniture d’un air filtré et stérile devant être mis en circulation à l’intérieur de la station (32). Le moyen de filtration de l'air peut inclure, dans certains modes de réalisation, un système HVAC comportant des filtres HEPA. — Numéros sur les figures 1, 1' : dispositif de purification
45 BE2022/5293 2: plaque à échantillons 3: porte-échantillon 4: portion de base de la plaque à échantillons 5: unité d'aimant 6: logement
7, 7' : bras robotique 8, 8' : conteneur d’échantillon 9 : particules magnétiques : adaptateur
10 11: système 12: base du bras robotique 13: outil à buse 14a-f :articulations 15a-e : liaisons
16: connecteur 17: outil de pipetage 18: aiguilles ou embouts 19: pompes seringues 20, 21, 22, 27 : injecteurs
23: pluralité de chambres 24 : conteneur de prémélange de TIV : unité de chauffage 26: conteneur pour traitement en aval 28: réservoir de récolte
25 29: unité de stockage de réactif : unité de stockage de composé 31: unité de filtre 32: station 33: unité de traitement en aval
30 34: unité de TIV 35: cartouche
Claims (96)
1. Système pour produire de ARN, ledit système comprenant une unité de transcription in vitro (TIV) et une unité de traitement pour traitement en aval dudit composé, dans lequel l’unité de TIV comprend une pluralité de chambres, dans lequel chacune de la pluralité de chambres est configurée pour recevoir un ou plusieurs réactifs de TIV et pour exécuter une réaction de TIV sur la base d’une matrice d'ADN, en obtenant ainsi une pluralité de molécules d'ARN ; et dans lequel l’unité de traitement comprend un dispositif de purification pour réaliser au moins une étape de purification en aval de ladite pluralité de molécules d'ARN, ledit dispositif de purification comprenant un ou plusieurs porte-échantillon, lesdits porte-échantillon conviennent pour recevoir un conteneur renfermant un milieu liquide comprenant des molécules d’ARN et des particules magnétiques, et dans lequel un aimant est positionné au niveau de chaque échantillon, ladite unité d’aimant est configurée pour capturer ou pour introduire un mouvement desdites particules magnétiques et dans lequel les porte-échantillon sont configurés pour réaliser un mouvement mécanique, de telle manière que les particules magnétiques sont mélangées avec le liquide.
2. Système selon la revendication 1, dans lequel les chambres de l’unité de TIV sont logées dans une cartouche.
3. Système selon la revendication 2, dans lequel la cartouche comprend entre 2 et 48 chambres.
4. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel les chambres comprennent un volume d'environ 0,1 ml à 500 ml.
5. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel l'unité de TIV comprend au moins un appareil de manipulation configuré pour distribuer et/ou éliminer un réactif, un mélange de réactifs ou un liquide dans lesdites chambres.
6. Système selon la revendication 5, dans lequel lesdits appareils de manipulation sont choisis parmi un injecteur, ou un bras robotique doté d’un ou plusieurs buses, aiguilles et/ou embouts.
7. Système selon l’une quelconque des revendications 5 ou 6, dans lequel lesdits appareils de manipulation sont configurés pour réaliser un mouvement.
8. Système selon l’une quelconque des revendications 5 à 7, comprenant un système de commande agencé et adapté pour commander la distribution et/ou l'élimination d’un réactif, d’un mélange de réactifs ou d’un liquide par lesdits appareils de manipulation.
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9. Système selon l’une quelconque des revendications 5 à 8, dans lequel lesdits appareils de manipulation sont adaptés pour distribuer une quantité d’un prémélange de TIV et/ou d’une ou plusieurs enzymes dans lesdites chambres.
10. Système selon la revendication 1, dans lequel le système comprend une unité de stockage pour stocker un ou plusieurs réactifs, ladite unité de stockage peut être refroidie à une température inférieure à 10 °C.
11.Système selon la revendication 10, dans lequel l’unité de stockage est en connexion fluidique avec un système de pompe, tel qu’une pompe péristaltique ou une pompe seringue.
12.Système selon l’une quelconque des revendications 10 ou 11 dans lequel le système de pompe est configuré pour fournir une quantité souhaitée d’un ou plusieurs réactifs pour préparer un prémélange de TIV à un conteneur de prémélange de TIV.
13. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes dans lequel le système comprend un moyen de chauffage pour chauffer le conteneur de prémélange de TIV.
14. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes dans lequel le système comprend un réservoir intermédiaire pour regrouper le contenu d’une réaction de TIV finalisée à partir de la pluralité de chambres.
15. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel ledit dispositif de purification de ladite unité de traitement comprend une plaque à échantillons, ladite plaque à échantillons comprend une portion de base et dans lequel lesdits porte-échantillon sont fournis sur ladite portion de base.
16. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel chaque porte-échantillon dudit dispositif de purification est configuré pour réaliser le mouvement mécanique indépendamment des porte-échantillon restants.
17. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel la mise en mouvement mécanique des porte-échantillon est entraînée par une unité de moteur ou une unité électromagnétique.
18. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel la mise en mouvement mécanique des porte-échantillon est entraînée par une unité de secoueur.
19. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le mouvement mécanique peut être activé et désactivé.
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20.Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel ledit mouvement mécanique est une rotation autour d’un axe dudit porte- échantillon ou un mouvement de secouage.
21. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel les porte-échantillon sont positionnés au-dessus de la plaque de base ou sont positionnés dans des poches ou des évidements de ladite plaque de base.
22.Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel ladite plaque à échantillons est configurée pour tourner autour d’un axe, de préférence l'axe central de ladite portion de base ou est configurée pour effectuer un mouvement linéaire.
23. Système selon la revendication 22, dans lequel ladite plaque à échantillons est configurée pour tourner dans le sens horaire et dans le sens anti-horaire.
24. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel l'unité d’aimant comprend un aimant permanent, un aimant temporaire ou un électro-aimant, de préférence un aimant permanent.
25.Système selon la revendication 24, dans lequel ladite unité d’aimant est positionnée le long d’une portion latérale dudit porte-échantillon et s'étend au- dessus dudit porte-échantillon.
26. Système selon l’une quelconque des revendications 24 ou 25 dans lequel l’unité d’aimant est en forme de tige et dans lequel l’unité d’aimant s'étend au moins sur la longueur entière du conteneur d’échantillon, de préférence s'étendant sous le conteneur d’échantillon.
27. Système selon l’une quelconque des revendications 24 à 26, dans lequel l’unité d’aimant est agencée dans un logement.
28. Système selon la revendication 27, dans lequel le logement est ouvert au niveau du côté étant face au porte-échantillon.
29. Système selon l’une quelconque des revendications 24 à 28, dans lequel unité d’aimant est en position fixe ou mobile.
30. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel un adaptateur est présent dans ledit porte-échantillon, pour adapter la taille dudit porte-échantillon.
31. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes dans lequel la portion de base de ladite plaque à échantillons est rectangulaire, polygonale, circulaire, ellipsoïdale ou annulaire. — 32.Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel la plaque à échantillons comprend une pluralité de porte-échantillon, lesdits porte-
49 BE2022/5293 échantillon sont positionnés à intervalles réguliers ou irréguliers le long de la circonférence de ladite plaque de base.
33. Système selon la revendication 32, dans lequel ladite plaque à échantillons comprend entre 1 et 20 porte-échantillon, de manière davantage préférée entre 1 et 16 porte-échantillon, de manière davantage préférée 12 porte-échantillon.
34. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel les porte-échantillon comprennent des étiquettes d'identification, pour identifier un conteneur d’échantillon lorsqu'il est présent dans ledit porte-échantillon.
35. Système selon la revendication 34, dans lequel les étiquettes d'identification peuvent comprendre une étiquette RFID, une étiquette intelligente ou un lecteur pour lire une étiquette RFID ou une étiquette intelligente.
36. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel l'unité de traitement comprend au moins un appareil de manipulation configuré pour distribuer et/ou éliminer un composant ou un liquide d’un conteneur d’échantillon présent dans un porte-échantillon dudit dispositif de purification.
37. Système selon la revendication 36, dans lequel lesdits appareils de manipulation sont choisis parmi un injecteur, ou un bras robotique doté d’un ou plusieurs buses, aiguilles et/ou embouts.
38. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel lesdits appareils de manipulation sont connectés à un ou plusieurs stockages de réactif, réservoirs de déchets et/ou réservoirs de récolte.
39, Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel lesdits appareils de manipulation sont configurés pour réaliser un mouvement.
40. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, comprenant un système de commande agencé et adapté pour commander la distribution et/ou l'élimination d’un composant ou d'un liquide par lesdits appareils de manipulation.
41.Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, comprenant une pluralité de dispositifs selon les revendications 15 à 35.
42. Système selon la revendication 41, dans lequel ledit système comprend au moins deux dispositifs de purification.
43. Système selon l’une quelconque des revendications 41 à 42, dans lequel lesdits dispositifs sont positionnés adjacents les uns aux autres.
44. Système selon l’une quelconque des revendications 41 à 43, dans lequel lesdits dispositifs sont dans une configuration emboîtée.
45. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, comprenant au moins un réservoir de récolte, pour récolter le produit final.
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46. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, ledit système comprenant un ou plusieurs conteneurs d’échantillon.
47.Système selon la revendication 46, dans lequel lesdits conteneurs d’échantillon sont jetables.
48. Système selon la revendication 46, dans lequel lesdits conteneurs d’échantillon sont configurés pour contenir un volume de 0,25 à 100 ml, de manière davantage préférée de 0,25 à 500 ml, de manière davantage préférée de 0,25 à 1 250 ml.
49. Système selon la revendication 46, dans lequel lesdits conteneurs d’échantillon comprennent un liquide renfermant ledit composé d'intérêt et des particules magnétiques.
50. Système selon la revendication 49, dans lequel lesdites particules magnétiques sont distribuées dans lesdits conteneurs d’échantillon par l’un desdits appareils de manipulation.
51. Système selon la revendication 50, dans lequel lesdites particules magnétiques sont des particules magnétiques à base de silice.
52. Système selon l’une quelconque des revendications 50 à 51, dans lequel ledit ARN est apte à se lier auxdites particules magnétiques.
53. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel ledit système est agencé dans une station, de préférence avec une unité pour la génération d’un écoulement laminaire.
54. Système selon la revendication 53, dans lequel l'unité de stockage pour stocker des ingrédients est positionnée à l'extérieur de ladite station.
55. Système selon l’une quelconque des revendications précédentes, comprenant au moins un processeur informatique couplé de manière opérationnelle à l’unité de TIV et/ou à l’unité de traitement.
56. Méthode pour la production d’ARN, ladite méthode comprend une étape de transcription in vitro commençant à partir d’une matrice d'ADN, dans lequel la réaction de TIV est réalisée dans une pluralité de chambres, ladite étape de transcription in vitro comprenant : (1) la fourniture d’un ou plusieurs réactifs de TIV dans une première chambre de la pluralité de chambres ; (ii) la répétition de l’étape (i) jusqu'à ce qu'au moins une portion de la pluralité de chambres soit dotée d’un ou plusieurs réactifs de TIV ; (iii)la réalisation de ladite réaction de TIV dans les chambres dotées d’un ou plusieurs réactifs de TIV ; et dans lequel la réaction de TIV résultante est ensuite soumise à au moins une étape de purification.
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57. Méthode selon la revendication 56, dans laquelle au moins une partie desdits réactifs de TIV sont combinés dans un prémélange de TIV.
58. Méthode selon la revendication 57, dans laquelle ledit prémélange de TIV comprend au moins des dNTP, une ADN de matrice, et un ou plusieurs composants de tampon d’ARN polymérase.
59. Méthode selon la revendication 57, dans laquelle les réactifs de TIV sont stockés dans une unité de stockage, dans laquelle l’unité de stockage est en connexion fluidique avec un système de pompe et dans laquelle ledit système de pompe est configuré pour fournir une quantité souhaitée d’un ou plusieurs réactifs de TIV pour préparer un prémélange de TIV à un conteneur de prémélange de TIV.
60. Méthode selon la revendication 59, dans laquelle ledit prémélange de TIV est chauffé à une température entre 35 °C à 55 °C avant qu’une portion dudit prémélange soit fournie à une chambre de ladite pluralité de chambres.
61. Méthode selon l’une quelconque des revendications 57 à 60, dans laquelle le volume total du prémélange est supérieur ou égal à la somme des volumes des réactions individuelles de TIV dans lesdites chambres.
62. Méthode selon la revendication 61, dans laquelle une ARN polymérase est ajoutée à au moins une chambre de ladite pluralité de chambres.
63. Méthode selon la revendication 62, dans laquelle ladite ARN polymérase est ajoutée avant ou après que ladite chambre a reçu une portion dudit prémélange de TIV.
64. Méthode selon l’une quelconque des revendications 57 à 63, dans laquelle ladite ARN polymérase fait partie dudit prémélange de TIV.
65. Méthode selon l’une quelconque des revendications 57 à 64, dans laquelle lesdits réactifs de TIV comprennent un réactif de coiffage pour coiffage co- transcriptionnel.
66. Méthode selon la revendication 65, dans laquelle le coiffage a lieu après la transcription.
67. Méthode selon l’une quelconque des revendications 56 à 66, dans laquelle une réaction de TIV finalisée provenant d’une chambre de ladite pluralité de chambres est transférée vers un réservoir intermédiaire.
68. Méthode selon la revendication 67, dans laquelle les réactions de TIV de ladite pluralité de chambres sont regroupées dans ledit réservoir intermédiaire.
69. Méthode selon l’une quelconque des revendications 56 à 68, dans laquelle la réaction de TIV est terminée au moyen de l’ajout d'au moins une ADN-ase et/ou de VEDTA.
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70. Méthode selon l’une quelconque des revendications 56 à 69, dans laquelle l’au moins une étape de purification après la TIV utilise des particules magnétiques aptes à se lier auxdites molécules d’ARN.
71.Méthode selon la revendication 70, dans laquelle ladite réaction de TIV comprenant des molécules d'ARN ou une portion de ladite réaction de TIV est fournie à un ou plusieurs conteneurs d’échantillon, dans laquelle ledit conteneur d’échantillon est positionné dans un porte-échantillon et dans laquelle lesdites particules magnétiques sont ajoutées audit conteneur d’échantillon.
72.Méthode selon la revendication 71, dans laquelle ladite réaction de TIV comprenant des molécules d’ARN ou une portion de ladite réaction de TIV est fournie à un ou plusieurs conteneurs d’échantillon, dans laquelle ledit conteneur d’échantillon est positionné dans un porte-échantillon et dans laquelle ledit conteneur d’échantillon comprend des particules magnétiques.
73. Méthode selon l’une quelconque des revendications 70 à 72, permettant audit ARN de se lier auxdites particules magnétiques et ensuite capturant ou introduisant un mouvement des particules magnétiques vers une unité d’aimant présente à proximité dudit porte-échantillon, causant ainsi une séparation des molécules d’ARN liées auxdites particules magnétiques et de tout liquide de TIV restant.
—74.Méthode selon la revendication 73, dans laquelle le liquide de TIV restant est éliminé.
75. Méthode selon la revendication 74, dans laquelle après élimination du liquide restant, un liquide supplémentaire est ajouté audit ARN lié aux billes magnétiques et l'étape de séparation est répétée.
76. Méthode selon l’une quelconque des revendications 71 ou 72, dans laquelle ledit porte-échantillon est soumis à un mouvement mécanique, permettant ainsi le mélange de ladite réaction de TIV ou du liquide supplémentaire avec lesdites particules magnétiques.
77. Méthode selon la revendication 76, dans laquelle les porte-échantillon avec des conteneurs sont positionnés sur une portion de base d’une plaque à échantillons, et dans laquelle ladite plaque à échantillons est apte à tourner.
78. Méthode selon la revendication 77, dans laquelle la plaque à échantillons tourne entre ou après une étape de capture, déplaçant ainsi le porte-échantillon avec un conteneur jusqu'à une position subséquente.
79. Méthode selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle les particules magnétiques sont ajoutées au conteneur d’échantillon au moyen
53 BE2022/5293 d’un injecteur, ou d’un bras robotique doté d’un ou plusieurs buses, aiguilles et/ou embouts.
80. Méthode selon la revendication 79, dans laquelle l'ajout et/ou l'élimination d’un liquide a lieu au moyen d’un ou plusieurs injecteurs, pompes ou bras robotiques dotés d’un ou plusieurs buses, aiguilles et/ou embouts.
81. Méthode selon la revendication 76, dans laquelle le mouvement mécanique est un secouage ou une agitation.
82. Méthode selon la revendication 73 dans laquelle unité d’aimant comprend un aimant permanent.
83.Méthode selon la revendication 76, dans laquelle le mouvement mécanique empêche la capture ou l'introduction d'un mouvement des particules magnétiques vers ladite unité d’aimant.
84. Méthode selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle lesdites particules magnétiques sont des particules magnétiques à base de silice.
85. Méthode selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle dans une étape finale l'ARN est élué à partir desdites particules magnétiques au moyen de l’ajout d’un tampon d'élution audit conteneur d’échantillon.
86. Méthode selon la revendication 85, dans laquelle lors de l’ajout dudit tampon d’élution, le porte-échantillon est soumis à une mise en mouvement mécanique, permettant ainsi le mélange desdites particules magnétiques avec le tampon d’élution et dans laquelle une fois que la mise en mouvement s'arrête, les particules magnétiques se déplacent vers ladite unité d'aimant, causant ainsi une séparation du tampon d'élution comprenant les molécules d’ARN et des particules magnétiques.
87.Méthode selon l’une quelconque des revendications 85 ou 86, dans laquelle le tampon d'élution comprenant les molécules d’ARN est éliminé dudit conteneur d’échantillon.
88. Méthode selon la revendication 87 dans laquelle lesdites molécules d'ARN sont transférées vers un réservoir de récolte ou vers un réservoir intermédiaire.
89. Méthode selon l’une quelconque des revendications 85 à 87 dans laquelle ledit tampon d'élution a une conductivité entre 0,001 et 40 mS/cm ou dans laquelle la concentration totale en sel est de 0 à 50 mM.
90. Méthode selon l’une quelconque des revendications 70 à 89, dans laquelle l'étape de purification inclut ou précède une étape de coiffage post-transcriptionnel.
91. Méthode selon l’une quelconque des revendications 70 à 89, dans laquelle l'étape de purification fait partie d’une étape de pré-coiffage et est suivie d’une étape de coiffage post-transcriptionnel.
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92. Méthode selon l’une quelconque des revendications 90 ou 91, dans laquelle après le coiffage, une seconde étape de purification est réalisée.
93. Méthode selon la revendication 92, dans laquelle ladite seconde étape de purification utilise des particules magnétiques aptes à se lier auxdites molécules d’ARN coiffées.
94. Méthode selon l’une quelconque des revendications 92 à 93, dans laquelle ladite seconde étape de purification est telle que décrite dans l’une quelconque des revendications 70 à 91.
95. Méthode selon l’une quelconque des revendications 56 à 94, dans laquelle ladite méthode est exécutée au moyen d’un système selon l’une quelconque des revendications précédentes.
96. Utilisation d’un système selon l’une quelconque des revendications précédentes pour la production d’ARN, de préférence d’ARNm, de préférence d’ARNm coiffé.
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