JP2024038003A - 抗ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２－スパイク糖タンパク質抗体および抗原結合断片 - Google Patents

抗ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２－スパイク糖タンパク質抗体および抗原結合断片 Download PDF

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Abstract

【課題】コロナウイルススパイクタンパク質に特異的に結合する抗体およびその抗原結合断片、ならびにウイルス感染を治療または予防するためにそのような抗体および断片を使用する方法を提供する。【解決手段】本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓに特異的に結合する中和ヒト抗原結合タンパク質、例えば、抗体またはその抗原結合断片を提供する。【選択図】なし

Description

配列表
配列表の公式コピーは、明細書と同時にＥＦＳ－Ｗｅｂを介して、ファイル名が「１０７５３ＷＯ０１－Ｓｅｑｕｅｎｃｅ．ｔｘｔ」、作成日が２０２０年６月２５日、サイズが約９２２，４６２バイトを有するＡＳＣＩＩ形式の配列表として電子的に提出される。このＡＳＣＩＩ形式の文書に含まれている配列表は明細書の一部であり、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本発明は、コロナウイルススパイクタンパク質に特異的に結合する抗体および抗原結合断片、ならびに当該抗体および断片によりコロナウイルス感染を治療または予防するための方法に関する。
コロナウイルスなどの新たに同定されたウイルスは、十分に特徴付けられていないため、治療が難しい場合がある。これらの新たに同定されたウイルスの出現は、新しい抗ウイルス戦略の開発の必要性を浮き彫りにしている。重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）は、重症急性呼吸器疾患ＣＯＶＩＤ－１９を引き起こす新たに出現したコロナウイルスである。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、中国の武漢での発生から最初に同定され、２０２０年３月２０日の時点で、世界保健機関は１６８の国、地域、または地方で２０９，８３９件の確定症例を報告し、８，７７８人が死亡した。ＣＯＶＩＤ－１９の臨床的特徴には、発熱、乾いた咳、および倦怠感が含まれ、この疾患は呼吸不全を引き起こして死に至る可能性がある。
これまでのところ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防または治療するためのワクチンまたは治療薬はなかった。人間の健康に対する継続的な脅威を考慮して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２制御のための予防的および治療的抗ウイルス療法の緊急の必要性がある。このウイルスは、細胞受容体ＡＣＥ２との相互作用のためにそのスパイク糖タンパク質を使用し、標的細胞への侵入にセリンプロテアーゼＴＭＰＲＳＳ２を使用するため、このスパイクタンパク質は、抗体療法の魅力的な標的となる。特に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ）に高い親和性で特異的に結合し、ウイルス感染性を阻害する完全ヒト抗体は、ＣＯＶＩＤ－１９の予防および治療に重要である可能性がある。
治療用抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ）抗体を中和し、ウイルス感染を治療または予防するためにそれらを使用する必要がある。本開示は、部分的に、表１のものなどのヒト抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体、および例えば、他の治療薬（例えば、抗炎症剤、抗マラリア剤、抗ウイルス剤、または他の抗体もしくは抗原結合断片）との組み合わせを含むそれらの組み合わせ、ならびにウイルス感染を治療するためのそれらの使用方法を提供することによって、この必要性に対処する。
本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓに特異的に結合する中和ヒト抗原結合タンパク質、例えば、抗体またはその抗原結合断片を提供する。
一態様において、本開示は、コロナウイルススパイクタンパク質（ＣｏＶ－Ｓ）に特異的に結合する単離された組換え抗体またはその抗原結合断片であって、抗体が、以下の特徴：（ａ）約１０-9Ｍ未満のＥＣ50でＣｏＶ－Ｓに結合すること、（ｂ）コロナウイルス
感染動物への投与後の当該コロナウイルス感染動物において、当該投与なしの同等のコロナウイルス感染動物と比較して、生存の増加を示すこと、および／または（ｃ）表１のＨＣＶＲと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）内に含まれる３つの重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３）と、表１のＬＣＶＲと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）内に含まれる３つの軽鎖ＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３）と、を含むこと、のうちの１つ以上を有する、単離された組換え抗体またはその抗原結合断片を提供する。
いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合断片は、（ａ）表１の抗体のＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３を含む免疫グロブリン重鎖可変領域、および／または（ｂ）表１の抗体のＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域を含む。
いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合断片は、（ａ）表１のＨＣＶＲ配列に対して少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン可変領域、および／または（ｂ）表１のＬＣＶＲ配列に対して少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン可変領域を含む。
いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合断片は、表１の単一の抗体のＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ３、ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３を含む。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合断片は、表１の単一の抗体のＨＣＶＲおよびＬＣＶＲを含む免疫グロブリンを含む。
一態様において、本開示は、ＣｏＶ－Ｓへの結合について上記または本明細書で論じられる抗体または抗原結合断片のうちのいずれか１つと競合する抗原結合タンパク質を提供する。
一態様において、本開示は、上記または本明細書で論じられる抗体または抗原結合断片のうちのいずれか１つと同じＣｏＶ－Ｓ上のエピトープ、または重複するＣｏＶ－Ｓ上のエピトープに結合する抗原結合タンパク質を提供する。
様々な実施形態のうちのいずれにおいても、抗体または抗原結合断片は、多重特異性であり得る。
様々な実施形態のうちのいずれにおいても、抗体または抗原結合断片は、以下の特性：ａ）コロナウイルスの増殖を阻害すること、ｂ）コロナウイルスの表面に結合すること、ｃ）インビトロでの細胞のコロナウイルス感染の拡大を制限すること、ならびにｄ）コロナウイルス感染によって引き起こされる死および／または体重減少からヒトＡＣＥ２またはＴＭＰＲＳＳ２タンパク質を発現するように操作されたマウスを保護すること、のうちの１つ以上を含み得る。
様々な実施形態のうちのいずれにおいても、ＣｏＶ－Ｓは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓである。
一態様において、本開示は、上記または本明細書で論じられるＣｏＶ－Ｓポリペプチドに結合した抗体または抗原結合断片を含む複合体を提供する。いくつかの実施形態において、ＣｏＶ－Ｓは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓである。
一態様において、本開示は、上記または本明細書で論じられる抗体または抗原結合断片
を作製するための方法であって、（ａ）当該抗体または抗原結合断片をコードする１つ以上のポリヌクレオチドを宿主細胞に導入することと、（ｂ）１つ以上のポリヌクレオチドの発現に有利な条件下で宿主細胞を培養することと、（ｃ）任意選択的に、抗体または抗原結合断片を宿主細胞および／または宿主細胞が増殖する培地から単離することと、を含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣細胞である。
一態様において、本開示は、上記で論じられる方法の生成物である抗体または抗原結合断片を提供する。
一態様において、本開示は、（ａ）表１に記載のＨＣＶＲアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片のＨＣＶＲドメインのＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３、または（ｂ）表１に記載のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む免疫グロブリン鎖のＬＣＶＲドメインのＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３を含む、ポリペプチドを提供する。
一態様において、本開示は、上記に論じられるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。
一態様において、本開示は、上記に論じられるポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
一態様において、本開示は、上記または本明細書で論じられる抗体または抗原結合断片またはポリペプチドまたはポリヌクレオチドまたはベクターを含む宿主細胞を提供する。
一態様において、本開示は、さらなる治療薬と関連して、上記または本明細書で論じられる抗体または抗原結合断片を含む組成物またはキットを提供する。
一態様において、本開示は、上記または本明細書で論じられる抗原結合タンパク質、抗体または抗原結合断片、ならびに薬学的に許容される担体、および任意選択的にさらなる治療薬を含む医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態において、さらなる治療薬は、抗ウイルス薬またはワクチンである。いくつかの実施形態において、さらなる治療薬は、抗炎症剤、抗マラリア剤、ＴＭＰＲＳＳ２に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片、およびＣｏＶ－Ｓに特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択される。場合によっては、抗マラリア剤は、クロロキンまたはヒドロキシクロロキンである。場合によっては、抗炎症剤は、サリルマブ、トシリズマブ、またはギムシルマブなどの抗体である。いくつかの実施形態において、さらなる治療薬は、表１のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３配列を含む二次抗体または抗原結合断片である。
一態様において、本開示は、上記もしくは本明細書で論じられる抗原結合タンパク質、抗体もしくは抗原結合断片、または組成物を含む容器または注射器具を提供する。
一態様において、本開示は、コロナウイルスへの感染の治療または予防を、それを必要とする対象において行うための方法であって、上記または本明細書で論じられる治療有効量の抗原結合タンパク質、抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、コロナウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群から選択される。
コロナウイルスによる感染を治療または予防するための方法のいくつかの実施形態にお
いて、対象は、１つ以上のさらなる治療薬を投与される。場合によっては、１つ以上のさらなる治療薬は、抗ウイルス薬またはワクチンである。場合によっては、１つ以上のさらなる治療薬は、抗炎症剤、抗マラリア剤、ＴＭＰＲＳＳ２に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片、およびＣｏＶ－Ｓに特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択される。場合によっては、抗マラリア剤は、クロロキンまたはヒドロキシクロロキンである。場合によっては、抗炎症剤は、例えば、サリルマブ、トシリズマブ、またはギムシルマブなどの抗体である。いくつかの実施形態において、さらなる治療薬は、表１のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３配列を含む二次抗体または抗原結合断片である。単独で、または互いに組み合わせて、または本開示の方法の文脈で使用するために本明細書に開示される抗体のうちの１つ以上と組み合わせて使用することができる他の抗体には、例えば、ＬＹ－ＣｏＶ５５５（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、４７Ｄ１１（Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ Ａｒｔｉｃｌｅ Ｎｏ．２２５１）、Ｂ３８、Ｈ４、Ｂ５、および／またはＨ２（Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａｂｃ２２４１（２０２０）、ＳＴＩ－１４９９（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＶＩＲ－７８３１、およびＶＩＲ－７８３２（Ｖｉｒ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）が含まれる。
一態様において、本開示は、抗体または抗原結合断片を対象の体内に注射することを含む、上記または本明細書で論じられる抗体または抗原結合断片を対象の体内に投与するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合断片は、対象の体内に、皮下、静脈内、または筋肉内注射される。
上記または本明細書で論じられる様々な実施形態のうちのいずれかにおいて、抗体または抗原結合断片は、ＶＨ３－６６またはＶｋ１－３３可変ドメイン配列を含む。
一態様において、本開示は、配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する単離された抗体またはその抗原結合断片であって、当該単離された抗体または抗原結合断片が、配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）内に含まれる３つの重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）と、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）内に含まれる３つの軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）と、を含む、単離された抗体またはその抗原結合断片を提供する。
いくつかの実施形態において、ＨＣＤＲ１は、配列番号２０４に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ２は、配列番号２０６に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ３は、配列番号２０８に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ１は、配列番号２１２に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ２は、配列番号５５に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ３は、配列番号２１４に記載のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、単離された抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲを含む。いくつかの実施形態において、単離された抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲを含む。いくつかの実施形態において、単離された抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む。
一態様において、本開示は、配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する単離された抗体であって、当該単離された抗体が、免疫グロブリン定常領域と、配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）内に含まれる３つの重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ
２、およびＨＣＤＲ３）と、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）内に含まれる３つの軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）と、を含む、単離された抗体を提供する。
いくつかの実施形態において、ＨＣＤＲ１は、配列番号２０４に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ２は、配列番号２０６に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ３は、配列番号２０８に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ１は、配列番号２１２に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ２は、配列番号５５に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ３は、配列番号２１４に記載のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、単離された抗体は、配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む。いくつかの実施形態において、単離された抗体は、配列番号２１６に記載のアミノ酸配列を含む重鎖と、配列番号２１８に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖と、を含む。場合によっては、免疫グロブリン定常領域は、ＩｇＧ１定常領域である。場合によっては、単離された抗体は、組換え抗体である。場合によっては、単離された抗体は、多重特異性である。
一態様において、本開示は、上記または本明細書で論じられる単離された抗体および薬学的に許容される担体または希釈剤を含む、医薬組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、医薬組成物は、第２の治療薬をさらに含む。場合によっては、第２の治療薬は、配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する二次抗体またはその抗原結合断片、抗炎症剤、抗マラリア剤、およびＴＭＰＲＳＳ２に結合する抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択される。
いくつかの実施形態において、第２の治療薬は、配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する二次抗体またはその抗原結合断片である。場合によっては、二次抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲ内に含まれる３つの重鎖ＣＤＲ（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）と、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲ内に含まれる３つの軽鎖ＣＤＲ（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）と、を含む。場合によっては、二次抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６４２に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号４９９に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、配列番号６４４に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、配列番号６４８に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号６５０に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、配列番号６５２に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。場合によっては、二次抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む。場合によっては、二次抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６５４に記載のアミノ酸配列を含む重鎖と、配列番号６５６に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖と、を含む。
一態様において、本開示は、配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する単離された抗体またはその抗原結合断片であって、当該単離された抗体または抗原結合断片が、配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）内に含まれる３つの重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）と、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）内に含まれる３つの軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）と、を含む、単離された抗体またはその抗原結合断片を提供する。
いくつかの実施形態において、ＨＣＤＲ１は、配列番号６４２に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ２は、配列番号４９９に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ３は、配列番号６４４に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ１は、配列番号６４８に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ２は、配列番号６５０に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ３は、配列番号６５２に記載のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、単離された抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲを含む。いくつかの実施形態において、単離された抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲを含む。いくつかの実施形態において、単離された抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む。
一態様において、本開示は、配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する単離された抗体であって、当該単離された抗体が、免疫グロブリン定常領域と、配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）内に含まれる３つの重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）と、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）内に含まれる３つの軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）と、を含む、単離された抗体を提供する。
いくつかの実施形態において、ＨＣＤＲ１は、配列番号６４２に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ２は、配列番号４９９に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ３は、配列番号６４４に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ１は、配列番号６４８に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ２は、配列番号６５０に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ３は、配列番号６５２に記載のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、単離された抗体は、配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む。いくつかの実施形態において、単離された抗体は、配列番号６５４に記載のアミノ酸配列を含む重鎖と、配列番号６５６に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖と、を含む。場合によっては、免疫グロブリン定常領域は、ＩｇＧ１定常領域である。場合によっては、単離された抗体は、組換え抗体である。場合によっては、単離された抗体は、多重特異性である。
一態様において、本開示は、上記または本明細書で論じられる単離された抗体および薬学的に許容される担体または希釈剤を含む、医薬組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、第２の治療薬をさらに含む、医薬組成物。場合によっては、第２の治療薬は、配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する二次抗体またはその抗原結合断片、抗炎症剤、抗マラリア剤、およびＴＭＰＲＳＳ２に結合する抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択される。
いくつかの実施形態において、第２の治療薬は、配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する二次抗体またはその抗原結合断片である。場合によっては、二次抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲ内に含まれる３つの重鎖ＣＤＲ（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）と、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲ内に含まれる３つの軽鎖ＣＤＲ（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）と、を含む。場合によっては、二次抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２０４に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号２０６に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、配列番号２０８に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、配列番号２１２に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号５５に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、配列番号２１４
に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。場合によっては、二次抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む。場合によっては、二次抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２１６に記載のアミノ酸配列を含む重鎖と、配列番号２１８に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖と、を含む。
様々な実施形態において、上記または本明細書で論じられる実施形態の特徴または構成要素のいずれかを組み合わせることができ、そのような組み合わせは、本開示の範囲内に包含される。上記または本明細書で論じられるいずれの特定の値も、上記または本明細書で論じられる別の関連値と組み合わせられて、それらの値が範囲の上限および下限を表す範囲を列挙することができ、かかる範囲は本開示の範囲内に包含される。
スパイクタンパク質がその受容体ＡＣＥ２に結合するのを防ぐ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対する選択される抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体のＥＬＩＳＡ遮断データを示す。 スパイクタンパク質がその受容体ＡＣＥ２に結合するのを防ぐ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対する選択される抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体のＥＬＩＳＡ遮断データを示す。 スパイクタンパク質がその受容体ＡＣＥ２に結合するのを防ぐ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対する選択される抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体のＥＬＩＳＡ遮断データを示す。 スパイクタンパク質がその受容体ＡＣＥ２に結合するのを防ぐ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対する選択される抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体のＥＬＩＳＡ遮断データを示す。 スパイクタンパク質がその受容体ＡＣＥ２に結合するのを防ぐ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対する選択される抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体のＥＬＩＳＡ遮断データを示す。 スパイクタンパク質がその受容体ＡＣＥ２に結合するのを防ぐ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対する選択される抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体のＥＬＩＳＡ遮断データを示す。 スパイクタンパク質がその受容体ＡＣＥ２に結合するのを防ぐ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対する選択される抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体のＥＬＩＳＡ遮断データを示す。 スパイクタンパク質がその受容体ＡＣＥ２に結合するのを防ぐ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対する選択される抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体のＥＬＩＳＡ遮断データを示す。 ＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（登録商標）マウス（図９Ａ、Ｎ＝１８５）および回復期のヒトドナー（図９Ｂ、Ｎ＝６８）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する単離された中和抗体の重鎖（Ｘ軸）および軽鎖（Ｙ軸）のペアのＶ遺伝子頻度を表示する。円の色合いおよびサイズは、単離された中和抗体のレパートリーに存在する重鎖および軽鎖のペアの数に対応している。中和は、ＶＳＶシュード粒子（ＶＳＶ ｐｓｅｕｄｏｐａｒｔｉｃｌｅ）中和アッセイで抗体を１：４に希釈して（約２μｇ／ｍｌ）、＞７０％と定義される。 ＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（登録商標）マウス（図９Ａ、Ｎ＝１８５）および回復期のヒトドナー（図９Ｂ、Ｎ＝６８）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する単離された中和抗体の重鎖（Ｘ軸）および軽鎖（Ｙ軸）のペアのＶ遺伝子頻度を表示する。円の色合いおよびサイズは、単離された中和抗体のレパートリーに存在する重鎖および軽鎖のペアの数に対応している。中和は、ＶＳＶシュード粒子（ＶＳＶ ｐｓｅｕｄｏｐａｒｔｉｃｌｅ）中和アッセイで抗体を１：４に希釈して（約２μｇ／ｍｌ）、＞７０％と定義される。 中和効力を表示する。図１０Ａは、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクｍＡｂの中和効力を表示する。抗スパイクｍＡｂ、ＩｇＧ１アイソタイプ対照、および組換え二量体ＡＣＥ２（ｈＡＣＥ２．ｈＦｃ）の段階希釈液を、ｐＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ－ｍＮｅｏｎと共にＶｅｒｏ細胞に添加し、感染後２４時間でｍＮｅｏｎ発現をウイルス感染性の読み出しとして測定した。データは、ウイルスのみの感染対照に対する中和率としてグラフ化されている。 中和効力を表示する。図１０Ｂは、ＶｅｒｏＥ６細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓウイルスに対する個々の抗スパイクｍＡｂおよびｍＡｂの組み合わせの中和効力を表示する。 様々な抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｍＡｂのプレミックス結合アッセイのマトリックスからのエピトープビン分析を表示する。エピトープビニングは、記載されているように、９つの抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｍＡｂに対して実行された。各グラフには３つのフェーズ（Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ）があった。フェーズＩでは、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｍＡｂ（２０ｕｇ／ｍｌ）が、抗ヒトＦｃプローブに充填された。フェーズＩＩでは、ヒトＩｇＧ１遮断ｍＡｂ溶液（１００ｕｇ／ｍｌ）。フェーズＩＩＩでは、各６００ｎＭの抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｍＡｂ結合部位の１００ｎＭのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－ＭＭＨプレミックス複合体の溶液が、ｍＡｂ捕捉プローブ上を流れた。 スパイクタンパク質ＲＢＤドメインの構造の３Ｄ表面モデルを表示し、ＡＣＥ２インターフェースおよびＨＤＸ－ＭＳエピトープマッピングの結果を示す。抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２－スパイク抗体によって保護されたＲＢＤ残基は、ＨＤＸ－ＭＳ実験によって決定された保護の程度を表す陰影で示される。ＲＢＤ構造は、ＰＤＢ６Ｍ１７から再現されている。 ｍＡｂ１０９３３およびｍＡｂ１０９８７のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤとの複合体を表示する。図１３Ａは、図１３Ｂの精緻化されたモデルの鎖に従って陰影が付けられている、ｍＡｂ１０９３３＋ＲＢＤ＋ｍＡｂ１０９８７複合体の３．９ÅｃｒｙｏＥＭマップを表示している。ＲＢＤ、ｍＡｂ１０９３３の重鎖および軽鎖、ならびにｍＡｂ１０９８７の重鎖および軽鎖が同定される。 ｍＡｂ１０９３３およびｍＡｂ１０９８７のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤとの複合体を表示する。図１３Ａは、図１３Ｂの精緻化されたモデルの鎖に従って陰影が付けられている、ｍＡｂ１０９３３＋ＲＢＤ＋ｍＡｂ１０９８７複合体の３．９ÅｃｒｙｏＥＭマップを表示している。ＲＢＤ、ｍＡｂ１０９３３の重鎖および軽鎖、ならびにｍＡｂ１０９８７の重鎖および軽鎖が同定される。 ｃｒｙｏＥＭデータ統計を表示する。図１３Ａおよび図１３Ｂに示すｍＡｂ１０９８７＋ｍＡｂ１０９３３＋ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ複合体構造のデータ収集および詳細化統計が報告されている。
本発明の方法を説明する前に、本発明は、特定の方法および説明される実験条件が変わり得るので、このような方法および条件に限定されないことが理解されるべきである。本明細書で使用される用語が、特定の実施形態のみを説明するためのものであり、本発明の範囲が添付の特許請求の範囲によってのみ限定されるため、限定するようには意図されていないことも理解されたい。
別段定義されない限り、本明細書で使用される技術用語および科学用語はすべて、本発明が属する当業者によって一般に理解される意味と同じ意味を有する。本明細書に説明されるものと類似のまたは等価の何らかの方法および材料を本発明の実施または試験に使用することができるが、好ましい方法および材料をこれより説明する。本明細書で言及されるすべての出版物は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
「コロナウイルス」または「ＣｏＶ」という用語は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶを含むがこれらに限定されないコロナウイルスファミリーの任意のウイルスを指す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、中国の武漢で発生した深刻な発生の原因として同定され、世界中の他の地域に急速に広がっている、新たに出現したコロナウイルスを指す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、２０１９－ｎＣｏＶおよび武漢コロナウイルスとしても知られている。ウイルススパイクタンパク質を介して、ヒト宿主細胞受容体アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）に結合する。スパイクタンパク質はまた、ウイルスの膜融合のためにスパイクタンパク質を活性化するＴＭＰＲＳＳ２に結合し、それによって切断される。
「Ｓ」または「Ｓタンパク質」とも呼ばれる「ＣｏＶ－Ｓ」という用語は、コロナウイルスのスパイクタンパク質を指し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ Ｓ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ Ｓなどの特異的Ｓタンパク質を指し得る。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質は、１２７３アミノ酸のＩ型膜糖タンパク質であり、包まれたコロナウイルス粒子の表面でスパイクまたはペプロマーを構成する三量体に集合する。このタンパク質には、宿主受容体結合および膜融合という２つの重要な機能があり、これらは、Ｓタンパク質のＮ末端（Ｓ１）およびＣ末端（Ｓ２）の半分に起因する。ＣｏＶ－Ｓは、Ｓ１サブユニットに存在する受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を介してその同族の受容体に結合する。全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号８３２に提供されるアミノ酸配列によって例示される。「ＣｏＶ－Ｓ」という用語には、異なるＣｏＶ分離株から単離されたＣｏＶスパイクタンパク質のタンパク質変異体、ならびに組換えＣｏＶスパイクタンパク質またはその断片が含まれる。この用語はまた、例えば、ヒスチジンタグ、マウスまたはヒトＦｃ、またはＲＯＲ１などのシグナル配列に連結されたＣｏＶスパイクタンパク質またはその断片を包含する。
本明細書で使用される「コロナウイルス感染」または「ＣｏＶ感染」という用語は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶなどのコロナウイルスによる感染を指す。この用語には、コロナウイルス気道感染症が含まれ、多くの場合、下気道に感染する。症状には、高熱、乾いた咳、息切れ、肺炎、下痢などの胃腸症状、臓器不全（腎不全および腎機能障害）、敗血症性ショック、および重症の場合の死亡が含まれ得る。
ウイルス
本発明は、対象におけるウイルス感染を治療または予防するための方法を含む。「ウイルス」という用語は、対象の体内での感染が、抗ＣｏＶ－Ｓ抗体またはその抗原結合断片の投与によって治療可能または予防可能である任意のウイルス（例えば、ウイルスの感染力が少なくとも部分的にＣｏＶ－Ｓに依存するウイルス）を含む。本発明の一実施形態において、「ウイルス」は、スパイクタンパク質（例えば、ＣｏＶ－Ｓ）を発現する任意のウイルスである。「ウイルス」という用語はまた、対象の呼吸器組織（例えば、上気道および／または下気道、気管、気管支、肺）に感染し、抗ＣｏＶ－Ｓ抗体またはその抗原結合断片の投与によって治療可能または予防可能であるウイルスである、ＣｏＶ－Ｓ依存性呼吸器ウイルスを含む。例えば、本発明の一実施形態において、ウイルスには、コロナウイルス、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（重度急性呼吸器症候群コロナウイルス２）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ（重度急性呼吸器症候群コロナウイルス）、およびＭＥＲＳ－ＣｏＶ（中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）コロナウイルス）が含まれる。コロナウイルスには、アルファコロナウイルス、ベータコロナウイルス、ガンマコロナウイルス、およびデルタコロナウイルスの属が含まれ得る。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される抗体または抗原結合断片は、アルファコロナウイルス、ベータコロナウイルス、ガンマコロナウイルス、および／またはデルタコロナウイルスに結合および／またはこれらを中和することができる。特定の実施形態において、この結合および／または中和は、コロナウイルスの特定の
属または属の特定のサブグループに特異的であり得る。「ウイルス感染」とは、対象の体内にウイルスが侵入し増殖することを指す。
コロナウイルスビリオンは球形で、直径は約１２５ｎｍである。コロナウイルスの最も顕著な特徴は、ビリオンの表面から発するクラブ形状のスパイク突起である。これらのスパイクは、ビリオンを特徴付けるものであり、太陽コロナの外観を与え、コロナウイルスという名前を促す。ビリオンのエンベロープ内には、ヌクレオカプシドがある。コロナウイルスはらせん状に対称なヌクレオカプシドを有しており、これはポジティブセンスＲＮＡウイルスでは一般的ではないが、ネガティブセンスＲＮＡウイルスでははるかに一般的である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶは、コロナウイルスファミリーに属している。ビリオンの宿主細胞への最初の付着は、Ｓタンパク質とその受容体との間の相互作用によって開始される。コロナウイルスＳタンパク質のＳ１領域内の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）の部位はウイルスによって異なり、Ｓ１のＣ末端にＲＢＤを有しているものもある。Ｓタンパク質／受容体の相互作用は、コロナウイルスが宿主種に感染するための主要な決定因子であり、ウイルスの組織向性も支配する。多くのコロナウイルスは、細胞受容体としてペプチダーゼを利用している。受容体結合に続いて、ウイルスは、次に宿主細胞の細胞質ゾルにアクセスしなければならない。これは一般に、カテプシン、ＴＭＰＲＲＳ２、または別のプロテアーゼによるＳタンパク質の酸依存性タンパク質分解切断と、それに続くウイルス膜と細胞膜との融合によって達成される。
抗ＣｏＶ－Ｓ抗体および抗原結合断片
本発明は、ＣｏＶスパイクタンパク質またはその抗原性断片に特異的に結合する抗体およびその抗原結合断片などの抗原結合タンパク質を提供する。
本明細書で使用される「抗体」という用語は、ジスルフィド結合によって相互接続された４つのポリペプチド鎖、２つの重鎖（ＨＣ）および２つの軽鎖（ＬＣ）を含む免疫グロブリン分子（すなわち、「完全な抗体分子」）、ならびにそれらの多量体（例えば、ＩｇＭ）を指す。例示的な抗体には、例えば、表１に列挙されたものが含まれる。各重鎖は、重鎖可変領域（「ＨＣＶＲ」または「ＶH」）および重鎖定常領域（ＣH１ドメイン、ＣH
２ドメイン、およびＣH３ドメインからなる）を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（「ＬＣ
ＶＲまたは「ＶL」）および軽鎖定常領域（ＣL）からなる。ＶH領域およびＶL領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる、より保存された領域が点在する相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変領域へとさらに細分することができる。各ＶHおよびＶLは、ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４の順でアミノ末端からカルボキシ末端へと配置された３つのＣＤＲおよび４つのＦＲを含む。重鎖ＣＤＲは、ＨＣＤＲまたはＣＤＲ－Ｈと呼ばれることもあり、上記のように番号が付けられる（例えば、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３またはＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３）。同様に、軽鎖ＣＤＲは、ＬＣＤＲまたはＣＤＲ－Ｌと呼ばれ、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３、またはＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３の番号が付けられる。本発明の特定の実施形態において、抗体（またはその抗原結合断片）のＦＲは、ヒト生殖系列配列と同一であるか、または天然にもしくは人工的に修飾される。例示的なヒト生殖系列配列には、ＶＨ３－６６およびＶｋ１－３３が含まれるが、これらに限定されない。したがって、本開示は、ＶＨ３－６６またはＶｋ１－３３可変重鎖または軽鎖領域内に表１のＨＣＤＲおよびＬＣＤＲ配列を含む、抗ＣｏＶ－Ｓ抗体またはその抗原結合断片（例えば、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体またはその抗原結合断片）を提供する。本開示はさらに、ＩｇＫＶ４－１、ＩｇＫＶ１－５、ＩｇＫＶ１－９、ＩｇＫＶ１－１２、ＩｇＫＶ３－１５、ＩｇＫＶ１－１６、ＩｇＫＶ１－１７、ＩｇＫＶ３－２０、ＩｇＬＶ３－２１、ＩｇＫＶ２－２４、ＩｇＫＶ１－３３、ＩｇＫＶ１－３９、ＩｇＬＶ１－４０、ＩｇＬＶ１－４４、ＩｇＬＶ１－５１、ＩｇＬＶ３－１、ＩｇＫＶ１－６、ＩｇＬＶ２－８、ＩｇＫＶ３－１１、ＩｇＬＶ２－１１、ＩｇＬＶ２－１４、
ＩｇＬＶ２－２３、またはＩｇＬＶ６－５７から選択される軽鎖と、ＩｇＨＶ１－６９、ＩｇＨＶ３－６４、ＩｇＨＶ４－５９、ＩｇＨＶ３－５３、ＩｇＨＶ３－４８、ＩｇＨＶ４－３４、ＩｇＨＶ３－３３、ＩｇＨＶ３－３０、ＩｇＨＶ３－２３、ＩｇＨＶ３－２０、ＩｇＨＶ１－１８、ＩｇＨＶ３－１５、ＩｇＨＶ３－１１、ＩｇＨＶ３－９、ＩｇＨＶ１－８、ＩｇＨＶ３－７、ＩｇＨＶ２－５、ＩｇＨＶ１－２、ＩｇＨＶ２－７０、ＩｇＨＶ３－６６、ＩｇＨＶ５－５１、ＩｇＨＶ１－４６、ＩｇＨＶ４－３９、ＩｇＨＶ４－３１、ＩｇＨＶ３－３０－３、ＩｇＨＶ２－２６、またはＩｇＨＶ７－４－１から選択される重鎖との組み合わせ内に、表１のＨＣＤＲおよびＬＣＤＲ配列を含む、抗ＣｏＶ－Ｓ抗体またはその抗原結合断片（例えば、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体またはその抗原結合断片）を提供する。本開示はさらに、ＩｇＫＶ４－１、ＩｇＫＶ１－５、ＩｇＫＶ１－９、ＩｇＫＶ１－１２、ＩｇＫＶ３－１５、ＩｇＫＶ１－１６、ＩｇＫＶ１－１７、ＩｇＫＶ３－２０、ＩｇＬＶ３－２１、ＩｇＫＶ２－２４、ＩｇＫＶ１－３３、ＩｇＫＶ１－３９、ＩｇＬＶ１－４０、ＩｇＬＶ１－４４、ＩｇＬＶ１－５１、ＩｇＬＶ３－１、ＩｇＫＶ１－６、ＩｇＬＶ２－８、ＩｇＫＶ３－１１、ＩｇＬＶ２－１１、ＩｇＬＶ２－１４、ＩｇＬＶ２－２３、またはＩｇＬＶ６－５７から選択される軽鎖と、ＩｇＨＶ１－６９、ＩｇＨＶ３－６４、ＩｇＨＶ４－５９、ＩｇＨＶ３－５３、ＩｇＨＶ３－４８、ＩｇＨＶ４－３４、ＩｇＨＶ３－３３、ＩｇＨＶ３－３０、ＩｇＨＶ３－２３、ＩｇＨＶ３－２０、ＩｇＨＶ１－１８、ＩｇＨＶ３－１５、ＩｇＨＶ３－１１、ＩｇＨＶ３－９、ＩｇＨＶ１－８、ＩｇＨＶ３－７、ＩｇＨＶ２－５、ＩｇＨＶ１－２、ＩｇＨＶ２－７０、ＩｇＨＶ３－６６、ＩｇＨＶ５－５１、ＩｇＨＶ１－４６、ＩｇＨＶ４－３９、ＩｇＨＶ４－３１、ＩｇＨＶ３－３０－３、ＩｇＨＶ２－２６、またはＩｇＨＶ７－４－１から選択される重鎖との組み合わせ内の表１のＨＣＶＲおよびＬＣＶＲ配列を含む、抗ＣｏＶ－Ｓ抗体またはその抗原結合断片（例えば、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体またはその抗原結合断片）を提供する。
典型的には、免疫グロブリン重鎖および軽鎖の両方の可変ドメインは、比較的保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）内に位置する、相補性決定領域（ＣＤＲ）とも呼ばれる３つの超可変領域を含む。一般に、Ｎ末端からＣ末端に、軽鎖および重鎖の両方の可変ドメインは、ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、およびＦＲ４を含む。本発明の実施形態において、各ドメインへのアミノ酸の割り当ては、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｋａｂａｔ，ｅｔ ａｌ．；Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．；５th ｅｄ．；ＮＩＨ Ｐｕｂｌ．Ｎｏ．９１－３２４２（１９９１）；Ｋａｂａｔ（１９７８）Ａｄｖ．Ｐｒｏｔ．Ｃｈｅｍ．３２：１－７５、Ｋａｂａｔ，ｅｔ ａｌ．，（１９７７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５２：６６０９－６６１６、Ｃｈｏｔｈｉａ，ｅｔ ａｌ．，（１９８７）Ｊ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７、またはＣｈｏｔｈｉａ，ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３４２：８７８－８８３の定義に従う。
本発明は、モノクローナル抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体およびその抗原結合断片、ならびに複数の単離されたモノクローナル抗原結合タンパク質を含むモノクローナル組成物を含む。本明細書で使用される場合、「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団を指す、すなわち、集団を構成する抗体分子は、少量で存在し得る可能な自然発生の変異を除いて、アミノ酸配列が同一である。組成物中の「複数」のこのようなモノクローナル抗体および断片は、自然界で、例えば、マウスまたはヒトなどの宿主生物の血液において通常発生するよりも高い、同一の（すなわち、上記に論じられるように、アミノ酸配列において少量で存在し得る可能な自然発生の変異を除いて）抗体および断片の濃度を指す。
本発明の実施形態において、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体または抗
原結合断片は、例えば、ＩｇＡ型（例えば、ＩｇＡ１またはＩｇＡ２）、ＩｇＤ型、ＩｇＥ型、ＩｇＧ型（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４）、またはＩｇＭ型の重鎖定常ドメインを含む。本発明の実施形態において、抗原結合タンパク質、例えば、抗体または抗原結合断片は、例えば、カッパ型またはラムダ型の軽鎖定常ドメインを含む。
本明細書で使用される場合、抗体などの「ヒト」抗原結合タンパク質という用語は、ヒト細胞において、または非ヒト細胞、例えば、マウス細胞内に移植されるかにかかわらず、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域および定常領域を有する抗体を含む。例えば、ＵＳ８５０２０１８、ＵＳ６５９６５４１、またはＵＳ５７８９２１５を参照されたい。本発明のヒトｍＡｂは、例えば、ＣＤＲ、特にＣＤＲ３における、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列（例えば、インビトロでのランダムもしくは部位特異的変異誘発によって、またはインビボでの体細胞突変異によって導入された変異）によってコードされないアミノ酸残基を含み得る。しかしながら、本明細書で使用される場合、「ヒト抗体」という用語は、別の哺乳動物種（例えば、マウス）の生殖系列に由来するＣＤＲ配列がヒトＦＲ配列上に移植されたｍＡｂを含むことを意図するものではない。本用語は、非ヒト哺乳動物において、または非ヒト哺乳動物の細胞において組換え生成された抗体を含む。この用語は、ヒト対象から単離された、またはヒト対象において生成された抗体を含むよう意図されるものではない。以下を参照されたい。
本発明は、抗ＣｏＶ－Ｓキメラ抗原結合タンパク質、例えば、抗体およびその抗原結合断片、ならびにそれらの使用方法を含む。本明細書で使用される場合、「キメラ抗体」は、一次抗体からの可変ドメインおよび二次抗体からの定常ドメインを有する抗体であり、一次抗体および二次抗体は異なる種に由来する。（ＵＳ４８１６５６７、およびＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ
８１：６８５１－６８５５）。
本発明は、抗ＣｏＶ－Ｓハイブリッド抗原結合タンパク質、例えば、抗体およびその抗原結合断片、ならびにそれらの使用方法を含む。本明細書で使用される場合、「ハイブリッド抗体」は、一次抗体からの可変ドメインおよび二次抗体からの定常ドメインを有する抗体であり、一次抗体および二次抗体は異なる動物に由来するか、または可変ドメイン（定常領域ではない）は、第１の動物に由来する。例えば、可変ドメインは、ヒトから単離された抗体から取得され、その抗体から単離されていない固定定常領域で発現され得る。例示的なハイブリッド抗体は、実施例１に記載されており、これらは、それぞれ、重鎖定常領域および軽鎖定常領域を含む発現ベクターにクローン化された抗体重鎖可変領域および軽鎖可変領域由来のＰＣＲ生成物を指す。ハイブリッド抗体は、それらに含まれる可変領域および定常領域が単一の天然源から分離されていないため、合成であり、天然には存在しない。
抗体またはその抗原結合断片などの「組換え」抗原結合タンパク質という用語は、例えば、ＤＮＡスプライシングおよびトランスジェニック発現を含む組換えＤＮＡ技術として当該技術分野で既知の技術または方法によって作成、発現、単離、または得られたこのような分子を指す。本用語は、非ヒト哺乳動物（トランスジェニック非ヒト哺乳動物、例えば、トランスジェニックマウスを含む）、もしくは細胞（例えば、ＣＨＯ細胞）発現系、もしくは非ヒト細胞発現系において発現された抗体、または組換えコンビナトリアルヒト抗体ライブラリーから単離された抗体を含む。いくつかの実施形態において、組換え抗体は、生物（例えば、マウスまたはヒト）から単離された抗体と配列を共有するが、組換えＤＮＡ技術を介して発現されてきた。そのような抗体は、生物から単離された抗体とは異なる翻訳後修飾（例えば、グリコシル化）を有し得る。
本明細書に開示される組換え抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体および抗原結合断片は、Ｅ．ｃｏｌｉ／Ｔ７発現系においても生成され得る。この実施形態において、本発明の抗ＣｏＶ－Ｓ抗体免疫グロブリン分子をコードする核酸（例えば、表１に見出される）は、ｐＥＴベースのプラスミドに挿入され、Ｅ．ｃｏｌｉ／Ｔ７系において発現され得る。例えば、本発明は、宿主細胞（例えば、ＢＬ２１またはＢＬ２１ＤＥ３などのＥ．ｃｏｌｉなどの細菌宿主細胞）において、抗体またはその抗原結合断片もしくはその免疫グロブリン鎖を発現させるための方法を含み、これには、Ｔ７プロモーターに作動可能に連結される免疫グロブリン鎖をコードするポリヌクレオチドも含む細胞において、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼを発現させることを含む。例えば、本発明の実施形態において、Ｅ．ｃｏｌｉなどの細菌宿主細胞は、ｌａｃプロモーターに作動可能に連結されたＴ７
ＲＮＡポリメラーゼ遺伝子をコードするポリヌクレオチドを含み、ポリメラーゼおよび鎖の発現は、ＩＰＴＧ（イソプロピル－ベータ－Ｄ－チオガラクトピラノシド）と宿主細胞をインキュベーすることによって誘導される。ＵＳ４９５２４９６およびＵＳ５６９３４８９、またはＳｔｕｄｉｅｒ ＆ Ｍｏｆｆａｔｔ，Ｕｓｅ ｏｆ ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ Ｔ７ ＲＮＡ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ ｔｏ ｄｉｒｅｃｔ ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ｈｉｇｈ－ｌｅｖｅｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｃｌｏｎｅｄ ｇｅｎｅｓ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９８６ Ｍａｙ ５；１８９（１）：１１３－３０を参照されたい。
当該技術分野で既知の組換え抗体を生成するための方法がいくつかある。抗体の組換え生成のための方法の一例は、ＵＳ４８１６５６７に開示されている。
形質転換は、ポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ、ｍＲＮＡを含む）を宿主細胞に導入するための任意の既知の方法によるものであり得る。哺乳動物細胞に異種ポリヌクレオチドを導入するための方法は、当該技術分野で周知であり、デキストラン媒介トランスフェクション、リン酸カルシウム沈殿、ポリブレン媒介トランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、リポソームへのポリヌクレオチド（複数可）の封入、脂質ナノ粒子技術、微粒子銃注射、および核へのＤＮＡの直接マイクロインジェクションが含まれる。加えて、核酸分子は、レンチウイルスまたはアデノ随伴ウイルスなどのウイルスベクターによって哺乳動物細胞に導入され得る。細胞を形質転換する方法は、当技術分野で周知である。例えば、米国特許第４，３９９，２１６号、同第４，９１２，０４０号、同第４，７４０，４６１号、および同第４，９５９，４５５号を参照されたい。いくつかの実施形態において、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、対象自身の細胞が抗体を生成するように、核酸形態（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ、ｍＲＮＡを含む）で対象に導入され得る。本開示はさらに、ＣｏＶスパイクタンパク質に対する抗体発現の増加、抗体安定性の増加、核酸（例えば、ｍＲＮＡ）安定性の増加、または抗体の親和性もしくは特異性の改善をもたらす、本明細書に記載の抗ＣｏＶ－Ｓ抗体をコードするヌクレオチド配列への修飾を提供する。
したがって、本発明は、本発明の抗体またはその抗原結合断片、またはその免疫グロブリン鎖などの抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質を作製するための組換え方法であって、（ｉ）抗原結合タンパク質、例えば、表１の免疫グロブリンの軽鎖および／または重鎖、またはＣＤＲをコードする１つ以上のポリヌクレオチド（例えば、表２の配列のうちのいずれか１つ以上のヌクレオチド配列を含む）を導入することと（ポリヌクレオチドがベクター中にあり、かつ／または宿主細胞染色体に組み込まれ、かつ／またはプロモーターに作動可能に連結されている）、（ｉｉ）ポリヌクレオチドの発現に好ましい条件下で宿主細胞（例えば、ＣＨＯまたはＰｉｃｈｉａまたはＰｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）を培養することと、（ｉｉｉ）任意選択的に、抗原結合タンパク質（例えば、抗体または断片）または鎖を、宿主細胞および／または宿主細胞が増殖する培地から単離することと、を含む、組換え方法を含む。例えば、ポリヌクレオチドは、例えば、遺伝子編集システム（例
えば、ＣＲＩＳＰＲ（例えば、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９）、ＴＡＬＥＮ、ｍｅｇａＴＡＬ、ジンクフィンガー、またはＡｒｇｏｎａｕｔｅ）を使用して染色体を切断した後、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）などのベクターを標的として挿入することにより、宿主細胞染色体に組み込むことができる。標的挿入は、例えば、アルブミンまたは免疫グロブリンゲノム遺伝子座などの宿主細胞遺伝子座で起こり得る。あるいは、挿入は、例えばレンチウイルスなどのベクターを使用して、ランダムな遺伝子座に行うことができる。１つ超の免疫グロブリン鎖を含む抗原結合タンパク質（例えば、抗体または抗原結合断片）、例えば、２つの免疫グロブリン重鎖および２つの免疫グロブリン軽鎖を含む抗体を作製する場合、単一の宿主細胞において鎖を共発現することにより、例えば、抗原結合タンパク質（例えば、抗体または抗原結合断片）を形成するように、このような鎖が分泌される場合、細胞内または細胞表面上または細胞外において鎖の会合がもたらされる。本方法は、免疫グロブリン重鎖のみまたは免疫グロブリン軽鎖のみ（例えば、成熟断片および／またはその可変ドメインを含む本明細書で論じられたもののうちのいずれか）が発現されるものを含む。そのような鎖は、例えば、そのような鎖を含む抗体または抗原結合断片の発現における中間体として有用である。例えば、本発明はまた、表２に記載のヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされる重鎖免疫グロブリン（またはその可変ドメインまたはそのＣＤＲを含む）と、表２に記載のヌクレオチド配列によってコードされる軽鎖免疫グロブリン（またはその可変ドメインまたはそのＣＤＲを含む）（そのような生産方法の生成物である）と、を含む、抗体およびその抗原結合断片などの抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、および任意選択的に、本明細書に記載の精製方法を含む。例えば、いくつかの実施形態において、この方法の生成物は、表１に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、表１に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む抗体または断片である抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質であり、ＨＣＶＲおよびＬＣＶＲ配列は、表１に列挙されている単一の抗体から選択される。いくつかの実施形態において、この方法の生成物は、表１に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３と、表１に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３と、を含む抗体または断片である抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質であり、６つのＣＤＲ配列は、表１に列挙されている単一の抗体から選択される。いくつかの実施形態において、この方法の生成物は、表１に記載のＨＣアミノ酸配列を含む重鎖と、表１に記載のＬＣアミノ酸配列を含む軽鎖と、を含む抗体または断片である抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質である。
哺乳動物細胞を含む真核生物および原核生物の宿主細胞は、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質の発現のための宿主として使用され得る。このような宿主細胞は当該技術分野で周知であり、多くはＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）から入手することができる。これらの宿主細胞には、とりわけ、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＮＳ０、ＳＰ２細胞、ＨｅＬａ細胞、ベビーハムスター腎臓（ＢＨＫ）細胞、サル腎臓細胞（ＣＯＳ）、ヒト肝細胞癌細胞（例えば、Ｈｅｐ Ｇ２）、Ａ５４９細胞、３Ｔ３細胞、ＨＥＫ－２９３細胞、および他のいくつかの細胞株が含まれる。哺乳動物の宿主細胞には、ヒト、マウス、ラット、イヌ、サル、ブタ、ヤギ、ウシ、ウマ、およびハムスターの細胞が含まれる。使用することができる他の細胞株は、昆虫細胞株（例えば、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａまたはＴｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ ｎｉ）、両生類細胞、細菌細胞、植物細胞、および真菌細胞である。真菌細胞には、例えば、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｐｉｃｈｉａ ｆｉｎｌａｎｄｉｃａ、Ｐｉｃｈｉａ ｔｒｅｈａｌｏｐｈｉｌａ、Ｐｉｃｈｉａ ｋｏｃｌａｍａｅ、Ｐｉｃｈｉａ ｍｅｍｂｒａｎａｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｐｉｃｈｉａ ｍｉｎｕｔａ （Ｏｇａｔａｅａ ｍｉｎｕｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｌｉｎｄｎｅｒｉ）、Ｐｉｃｈｉａ ｏｐｕｎｔｉａｅ、Ｐｉｃｈｉａ ｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｓ、Ｐｉｃｈｉａ ｓａｌｉｃｔａｒｉａ、Ｐｉｃｈｉａ ｇｕｅｒｃｕｕｍ、Ｐｉｃｈｉａ ｐｉｊｐｅｒｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｔｉｐｔｉｓ、Ｐｉｃｈｉａ ｍｅｔｈａｎｏｌｉｃａ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅ
ｓ ｓｐ．、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ
ｓｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ ｌｕｃｋｎｏｗｅｎｓｅ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｖｅｎｅｎａｔｕｍ、Ｐｈｙｓｃｏｍｉｔｒｅｌｌａ ｐａｔｅｎｓ、およびＮｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａを含む、酵母および糸状真菌細胞が含まれる。本発明は、表１のものなどの抗原結合タンパク質を含む単離された宿主細胞（例えば、ＣＨＯ細胞）、またはそのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。
「特異的に結合する」という用語は、リアルタイム無標識バイオレイヤー干渉法アッセイ、例えば、２５°Ｃまたは３７°Ｃで、例えば、Ｏｃｔｅｔ（登録商標）ＨＴＸバイオセンサーによって、または表面プラズモン共鳴、例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）によって、または溶解親和性ＥＬＩＳＡによって測定されるとき、ＫDとして表されるＣｏＶ－
Ｓタンパク質（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ）などの抗原に対する結合親和性が少なくとも約１０-8Ｍであるそれらの抗原結合タンパク質（例えば、ｍＡｂ）を指す。本発明は、ＣｏＶ－Ｓタンパク質に特異的に結合する抗原結合タンパク質を含む。
本明細書で使用される場合、抗体の「抗原結合部分」もしくは「抗原結合断片」、または抗原結合タンパク質という用語、およびこれらに類するものは、任意の自然発生の、酵素的に入手可能な、合成の、または遺伝子操作された、抗原に特異的に結合して複合体を形成するポリペプチドもしくは糖タンパク質を含む。抗体結合断片の非限定例としては、（ｉ）Ｆａｂ断片、（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）2断片、（ｉｉｉ）Ｆｄ断片、（ｉｖ）Ｆｖ断
片、（ｖ）一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）分子、（ｖｉ）ｄＡｂ断片、および（ｖｉｉ）抗体の超可変領域（例えば、ＣＤＲ３ペプチドなどの単離された相補性決定領域（ＣＤＲ））を模倣するアミノ酸残基、または拘束ＦＲ３－ＣＤＲ３－ＦＲ４ペプチドからなる最小認識単位が挙げられる。ドメイン特異的抗体、単一ドメイン抗体、ドメイン欠失抗体、キメラ抗体、ＣＤＲ移植抗体、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ミニボディ、ナノボディ（例えば、ＷＯ０８／０２００７９またはＷＯ０９／１３８５１９に定義されるような）（例えば、一価ナノボディ、二価ナノボディなど）、小モジュラー免疫薬（ＳＭＩＰ）、およびサメ可変ＩｇＮＡＲドメインなどの他の操作された分子もまた、本明細書で使用する「抗原結合断片」の表現内に包含される。本発明の一実施形態において、抗原結合断片は、表１の抗体の３つ以上のＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３、またはＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３）を含む。
抗体の抗原結合断片は、本発明の実施形態において、少なくとも１つの可変ドメインを含む。可変ドメインは、任意のサイズまたはアミノ酸組成物であり得、概して、１つ以上のフレームワーク配列に隣接しているかまたは１つ以上のフレームワーク配列と共にインフレームである少なくとも１つのＣＤＲを含む。ＶLドメインと結合したＶHドメインを有する抗原結合断片において、ＶHドメインおよびＶLドメインは、何らかの好適な配置で互いに対して配置され得る。例えば、可変領域は二量体であり、ＶH－ＶH、ＶH－ＶLまたはＶL－ＶL二量体を含み得る。あるいは、抗体の抗原結合断片は、単量体ＶHまたはＶLドメインを含み得る。
特定の実施形態において、抗体の抗原結合断片は、少なくとも１つの定常ドメインに共有結合された少なくとも１つの可変ドメインを含み得る。本発明の抗体の抗原結合断片内に見られ得る可変ドメインおよび定常ドメインの非限定的な例示的な立体配置には、（ｉ）ＶH－ＣH１、（ｉｉ）ＶH－ＣH２、（ｉｉｉ）ＶH－ＣH３、（ｉｖ）ＶH－ＣH１－ＣH
２、（ｖ）ＶH－ＣH１－ＣH２－ＣH３、（ｖｉ）ＶH－ＣH２－ＣH３、（ｖｉｉ）ＶH－Ｃ
L、（ｖｉｉｉ）ＶL－ＣH１、（ｉｘ）ＶL－ＣH２、（ｘ）ＶL－ＣH３、（ｘｉ）ＶL－ＣH１－ＣH２、（ｘｉｉ）ＶL－ＣH１－ＣH２－ＣH３、（ｘｉｉｉ）ＶL－ＣH２－ＣH３、
および（ｘｉｖ）ＶL－ＣLが挙げられる。先に列挙した例示的な立体配置のいずれかを含む、可変ドメインおよび定常ドメインの任意の立体配置において、可変ドメインおよび定常ドメインは、互いに直接連結されていてもよく、または完全もしくは部分的ヒンジ領域もしくはリンカー領域によって連結されていてもよい。ヒンジ領域は、単一のポリペプチド分子において隣接する可変ドメインおよび／または定常ドメイン間の可撓性または半可撓性の結合をもたらす少なくとも２つの（例えば、５、１０、１５、２０、４０、６０またはそれより多数の）アミノ酸からなり得る。さらに、本発明の抗体の抗原結合断片は、互いとのおよび／または１つ以上の単量体ＶHもしくはＶLドメインとの（例えば、ジスルフィド結合（複数可）による）非共有結合において、上に列記される可変ドメイン立体配置および定常ドメイン立体配置のうちのいずれかのホモ二量体またはヘテロ二量体（または他の多量体）を含み得る。
抗原結合タンパク質（例えば、抗体および抗原結合断片）は、単一特異性または多重特異性（例えば、二重特異性）であり得る。多重特異性抗原結合タンパク質は、本明細書でさらに論じられる。
特定の実施形態において、本発明の抗体または抗体断片は、リガンドなどの部分、または抗ウイルス薬、第２の抗インフルエンザ抗体、または例えばインフルエンザウイルス感染などのウイルス感染の治療に有用である任意の他の治療部分などの治療部分（「免疫結合体」）にコンジュゲートすることができる。以下を参照されたい。
本発明はまた、抗ＣｏＶ－Ｓポリペプチドもしくはその抗原性断片および／または抗ＣｏＶ－Ｓ抗体もしくは断片に特異的に結合する二次抗体もしくはその抗原結合断片（例えば、検出可能に標識された二次抗体）と複合体化した、本明細書で論じられる抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体または抗原結合断片を含む複合体も提供する。本発明の実施形態において、抗体または断片は、インビトロである（例えば、固体基質に固定化されている）か、または対象の体内にある。本発明の実施形態において、ＣｏＶ－Ｓは、インビトロである（例えば、固体基質に固定化されている）か、ウイルスの表面にあるか、または対象の体内にある。不溶性マトリックス材料（例えば、ガラスまたはアガロースもしくはセファロースなどの多糖類、例えば、ビーズまたはその他の粒子）に共有結合されている固定化された抗ＣｏＶ－Ｓ抗体およびその抗原結合断片も、本発明の一部であり、任意選択的に、固定化された抗体は、ＣｏＶ－Ｓもしくはその抗原性断片、または二次抗体もしくはその断片と複合体化する。
「単離された」抗原結合タンパク質、抗体またはその抗原結合断片、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、およびベクターは、それらが生成される細胞または細胞培養物からの他の生物学的分子を少なくとも部分的に含まない。このような生物学的分子には、核酸、タンパク質、他の抗体もしくは抗原結合断片、脂質、炭水化物、または細胞破片および増殖培地などの他の材料が含まれる。単離された抗体または抗原結合断片はさらに、宿主細胞からの生物学的分子などの発現系構成成分またはその増殖培地を少なくとも部分的に含まない場合がある。一般に、「単離された」という用語は、このような生物学的分子の完全な欠如、または水、バッファー、もしくは塩の欠如、または抗体または断片）を含む医薬製剤の構成成分を指すことを意図するものではない。
「エピトープ」という用語は、抗原結合タンパク質の特異的抗原結合部位、例えば、パラトープとして既知である抗体分子の可変領域と相互作用する抗原決定基（例えば、ＣｏＶ－Ｓポリペプチド）を指す。単一の抗原は、１つ超のエピトープを有し得る。したがって、異なる抗体は、抗原上の異なる領域へ結合し得、異なる生物学的効果を有し得る。「
エピトープ」という用語は、Ｂ細胞および／またはＴ細胞が応答する抗原上の部位も指す。この用語は、抗体が結合する抗原の領域も指す。エピトープは、構造的または機能的と定義され得る。機能的エピトープは概して、構造エピトープのサブセットであり、相互作用の親和性に直接寄与する残基を有する。エピトープは、線状または立体構造であってもよい、すなわち、非線状アミノ酸から構成され得る。特定の実施形態において、エピトープは、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリル基、またはスルホニル基などの分子の化学的に活性のある表面群である決定基を含み得、特定の実施形態において、特異的三次元構造特徴および／または比電荷特徴を有し得る。
抗原結合タンパク質、例えば、抗体または断片またはポリペプチドのエピトープを決定するための方法には、アラニン走査変異分析、ペプチドブロット分析（Ｒｅｉｎｅｋｅ（２００４）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２４８：４４３－６３）、ペプチド切断分析、結晶学的研究、およびＮＭＲ分析が含まれる。加えて、エピトープ切除、エピトープ抽出、および抗原の化学修飾などの方法を利用することができる（Ｔｏｍｅｒ（２０００）Ｐｒｏｔ．Ｓｃｉ．９：４８７－４９６）。抗原結合タンパク質（例えば、抗体または断片またはポリペプチド）が相互作用するポリペプチド内のアミノ酸を同定するために使用され得る別の方法（例えば、ｃｏｖｅｒｓｉｎ）は、質量分析によって検出される水素／重水素交換である。一般的にいえば、水素／重水素交換法は、関心対象のタンパク質を重水素標識した後、抗原結合タンパク質、例えば、抗体または断片またはポリペプチドを重水素標識タンパク質へ結合させることを含む。次に、ＣｏＶ－Ｓタンパク質／抗原結合タンパク質複合体を水に移し、抗体複合体によって保護されたアミノ酸の内部にある交換可能なプロトンは、界面の一部ではないアミノ酸の内部にある交換可能なプロトンよりも低速で重水素から水素への逆交換を受ける。結果として、タンパク質／抗原結合タンパク質界面の一部を形成するアミノ酸は、重水素を保持することができ、それゆえ、界面に含まれないアミノ酸と比較して相対的に大きな質量を呈する。抗原結合タンパク質（例えば、抗体または断片またはポリペプチド）の解離後、標的タンパク質をプロテアーゼ切断および質量分析へ供し、それにより、抗原結合タンパク質が相互作用する特異的アミノ酸に対応する重水素標識残基を明らかにする。例えば、Ｅｈｒｉｎｇ（１９９９）Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２６７：２５２－２５９；Ｅｎｇｅｎ ａｎｄ Ｓｍｉｔｈ（２００１）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．７３：２５６Ａ－２６５Ａを参照されたい。
本明細書で使用される場合、「競合する」という用語は、抗原（例えば、ＣｏＶ－Ｓ）に結合し、別の抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）の抗原への結合を阻害または遮断する抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）を指す。本用語は、両方の配向における２つの抗原結合タンパク質、例えば、抗体間の競合、すなわち、結合し、二次抗体の結合を遮断する一次抗体も含み、その逆も同様である。特定の実施形態において、第１の抗原結合タンパク質（例えば、抗体）および第２の抗原結合タンパク質（例えば、抗体）は、同じエピトープに結合し得る。あるいは、第１および第２の抗原結合タンパク質（例えば、抗体）は、異なるが、例えば、重複しているエピトープに結合し得、一方の結合が、例えば、立体障害を介して二次抗体の結合を阻害または遮断する。抗原結合タンパク質（例えば、抗体）間の競合は、当該技術分野で既知の方法によって、例えば、リアルタイム無標識バイオレイヤー干渉法アッセイによって測定され得る。エピトープマッピング（例えば、アラニンスキャニングまたは水素－重水素交換（ＨＤＸ）を介して）を使用して、２つ以上の抗体が（例えば、スパイクタンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）単量体上で）競合していないか、同じエピトープに対して競合しているか、または競合するが、多様なマイクロエピトープ（例えば、ＨＤＸを介して同定される）と競合しているかを決定することができる。本発明の実施形態において、第１および第２の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質（例えば、抗体）間の競合は、第２の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質（例えば、抗体）と複合体化した可溶性ＣｏＶ－Ｓタンパ
ク質に結合する固定化された第１の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質（例えば、抗体）（最初はＣｏＶ－Ｓタンパク質と複合体化しない）の能力を測定することによって決定される。複合体化していないＣｏＶ－Ｓタンパク質と比較して、複合体化したＣｏＶ－Ｓタンパク質に結合する第１の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質（例えば、抗体）の能力の低下は、第１および第２の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質（例えば、抗体）が競合することを示す。競合の程度は、結合の低下の割合として表すことができる。このような競合は、例えば、Ｏｃｔｅｔ ＲＥＤ３８４バイオセンサー（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｃｏｒｐ．）、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着アッセイ）、またはＳＰＲ（表面プラズモン共鳴）で、リアルタイム無標識バイオレイヤー干渉法アッセイを使用して測定することができる。
抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質（例えば、モノクローナル抗体（ｍＡｂ））間の結合競合は、Ｏｃｔｅｔ ＲＥＤ３８４バイオセンサー（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｃｏｒｐ．）でのリアルタイム無標識バイオレイヤー干渉法アッセイを使用して決定することができる。例えば、２つの抗ＣｏＶ－Ｓモノクローナル抗体間の競合を決定するために、最初に、抗ＣｏＶ－Ｓ ｍＡｂを、チップを抗ＣｏＶ－Ｓ ｍＡｂ（以降「ｍＡｂ１」と呼ばれる）の溶液に浸すことによって抗ｈＦｃ抗体でコーティングしたＯｃｔｅｔバイオセンサーチップ（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｃｏｒｐ．，＃１８－５０６０）上に捕捉することができる。次いで、遮断の正の対照として、抗体を捕捉したバイオセンサーチップを、ｍＡｂを遮断する溶液に浸漬することによって、既知の遮断アイソタイプ対照ｍＡｂ（以降、「遮断ｍＡｂ」と呼ばれる）で飽和させることができる。ｍＡｂ２がｍＡｂ１と競合するかどうかを決定するために、次いで、バイオセンサーチップを、一定時間プレインキュベートしたＣｏＶ－Ｓポリペプチドおよび第２の抗ＣｏＶ－Ｓ ｍＡｂ（以降「ｍＡｂ２」と呼ばれる）との共複合溶液に続いて浸漬し、ｍＡｂ１のＣｏＶ－Ｓポリペプチドへの結合を決定することができる。バイオセンサーチップは、実験の各ステップ間にバッファーで洗浄され得る。リアルタイム結合応答が実験の過程の間監視され得、各ステップの終了時の結合応答が記録され得る。
例えば、本発明の実施形態において、競合アッセイを、例えば、バッファー、塩、界面活性剤、および非特異的タンパク質（例えば、ウシ血清アルブミン）の存在下で、２５℃および約７、例えば、７．４のｐＨで行った。
典型的には、何らかの方法で修飾される本発明の抗体または抗原結合断片は、ＣｏＶ－Ｓに特異的に結合する能力を保持し、例えば、その活性がモルベースで表される場合、そのＣｏＶ－Ｓ結合活性の少なくとも１０％（親抗体と比較した場合）を保持する。好ましくは、本発明の抗体または抗原結合断片は、親抗体としてのＣｏＶ－Ｓ結合親和性の少なくとも２０％、５０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または１００％以上を保持する。本発明の抗体または抗原結合断片は、その生物学的活性を実質的に変化させない保存的または非保存的アミノ酸置換（抗体の「保存的変異体」または「機能保存的変異体」と呼ばれる）を含み得ることも意図される。
免疫グロブリン鎖などのポリペプチドの「変異体」（例えば、ｍＡｂ８０２１ ＶH、
ＶL、ＨＣ、またはＬＣ、ｍＡｂ８０２８ ＶH、ＶL、ＨＣ、またはＬＣ、またはｍＡｂ
８０２９ ＶH、ＶL、ＨＣ、またはＬＣ）は、比較がＢＬＡＳＴアルゴリズムによって行われる場合、本明細書に記載の参照アミノ酸配列（例えば、配列番号２、１０、１８、２０、２２、３０、３８，４０、４２、５０、５８、または６０）と少なくとも約７０～９９．９％（例えば、７０、７２、７４、７５、７６、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、９９．５、９９．９％）同一または類似のアミノ酸配列を含むポリペプチドを指し、アルゴリズムのパラメーターは、それぞれの参照配列の全長にわたってそれぞ
れの配列間で最大の一致が得られるように選択される（例えば、期待しきい値：１０、ワードサイズ：３、クエリー範囲における最大一致：０、ＢＬＯＳＵＭ ６２マトリックス、ギャップコスト：存在１１、拡張１、条件付き組成スコアマトリックス調整）。
ポリヌクレオチドの「変異体」は、比較がＢＬＡＳＴアルゴリズムによって行われる場合、本明細書に記載の参照ヌクレオチド配列（例えば、配列番号１、９、１７、１９、２１、２９、３７、３９、４１、４９、５７、または５９）と少なくとも約７０～９９．９％（例えば、７０、７２、７４、７５、７６、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、９９．５、９９．９％）同一のヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを指し、アルゴリズムのパラメーターは、それぞれの参照配列の全長にわたってそれぞれの配列間で最大の一致が得られるように選択される（例えば、期待しきい値：１０、ワードサイズ：２８、クエリー範囲における最大一致：０、一致／不一致スコア：１、－２、ギャップコスト：線形）。
本発明の実施形態における、本発明の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体およびその抗原結合断片は、表１に記載のＨＣＶＲアミノ酸配列と少なくとも７０％（例えば、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）のアミノ酸配列同一性を有する重鎖免疫グロブリン可変領域、および／または表１に記載のＬＣＶＲアミノ酸配列と少なくとも７０％（例えば、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）のアミノ酸配列同一性を有する軽鎖免疫グロブリン可変領域を含む。
加えて、変異体抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質は、例えば、ミスセンス変異（例えば、保存的置換）、ナンセンス変異、欠失、または挿入などの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）の変異を除いて、本明細書に記載されているアミノ酸配列を含むポリペプチドを含み得る。例えば、本発明は、表１に記載のＬＣＶＲアミノ酸配列を含むが、１つ以上のそのような変異を有する免疫グロブリン軽鎖変異体、および／または表１に記載のＨＣＶＲアミノ酸配列を含むが、１つ以上のそのような変異を有する免疫グロブリン重鎖変異体を含む抗原結合タンパク質を含む。本発明の実施形態において、変異体抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質は、ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３を含む免疫グロブリン軽鎖変異体（このようなＣＤＲのうちの１つ以上（例えば、１または２または３）は、このような変異（例えば、保存的置換）のうちの１つ以上を有する）、ならびに／またはＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３を含む免疫グロブリン重鎖変異体（このようなＣＤＲのうちの１つ以上（例えば、１または２または３）は、このような変異（例えば、保存的置換）のうちの１つ以上を有する）を含む。置換は、ＣＤＲ、フレームワーク、または定数領域に含めることができる。
本発明はさらに、例えば、表１の重鎖および軽鎖ＣＤＲと、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．９％の配列同一性または類似性を有する、本明細書に記載されている１つ以上の変異体ＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、および／またはＣＤＲ－Ｈ３のうちのいずれか１つ以上）を含む、変異体抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体またはその抗原結合断片を提供する。
本発明の実施形態はまた、本明細書に具体的に記載される対応するＶH、ＶL、ＨＣ、またはＬＣのアミノ酸配列と７０％以上（例えば、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の全
体的なアミノ酸配列同一性または類似性を有するアミノ酸配列を含む、免疫グロブリンＶHおよびＶL、またはＨＣおよびＬＣを含む、変異体抗原結合タンパク質、例えば、抗ＣｏＶ－Ｓ抗体およびその抗原結合断片も含むが、このような免疫グロブリンのＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３は、変異体ではなく、表１に記載のＣＤＲアミノ酸配列を含む。したがって、このような実施形態において、変異体抗原結合タンパク質内のＣＤＲは、それ自体、変異体ではない。
保存的に修飾された変異体抗ＣｏＶ－Ｓ抗体およびその抗原結合断片もまた、本発明の一部である。「保存的に修飾された変異体」または「保存的置換」は、類似の特徴（例えば、電荷、側鎖サイズ、疎水性／親水性、骨格構造、および剛性など）を有する他のアミノ酸によるポリペプチド中のアミノ酸の１つ以上の置換がある変異体を指す。このような変化は、抗体または断片の生物学的活性を著しく破壊することなく頻繁に行うことができる。当業者は、一般に、ポリペプチドの非必須領域における単一のアミノ酸置換が生物学的活性を実質的に変化させないことを認識する（例えば、Ｗａｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｇｅｎｅ，Ｔｈｅ Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ Ｐｕｂ．Ｃｏ．，ｐ．２２４（４th ＥＤ．を参照されたい）。加えて、構造的または機能的に類似したアミノ酸の置換は、生物学的活性を著しく破壊する可能性が低い。
類似の化学的特性を備えた側鎖を有するアミノ酸基の例としては、１）脂肪族側鎖：グリシン、アラニン、バリン、ロイシンおよびイソロイシン、２）脂肪族－ヒドロキシル側鎖：セリンおよびトレオニン、３）アミド含有側鎖：アスパラギンおよびグルタミン、４）芳香族側鎖：フェニルアラニン、チロシン、およびトリプトファン、５）塩基性側鎖：リジン、アルギニン、およびヒスチジン、６）酸性側鎖：アスパラギン酸およびグルタミン酸、ならびに７）含硫側鎖：システインおよびメチオニンが挙げられる。好ましい保存的アミノ酸置換基は、バリン－ロイシン－イソロイシン、フェニルアラニン－チロシン、リジン－アルギニン、アラニン－バリン、グルタミン酸－アスパラギン酸、およびアスパラギン－グルタミンである。あるいは、保存的置換とは、Ｇｏｎｎｅｔ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５６：１４４３ ４５に開示されるＰＡＭ２５０対数尤度マトリックスにおいて正値を有する任意の変化である。
抗ＣｏＶ－Ｓ抗体の機能保存的変異体およびその抗原結合断片もまた、本発明の一部である。抗ＣｏＶ－Ｓ抗体の変異体およびその抗原結合断片（本明細書で論じられる）のいずれも、「機能保存的変異体」であり得る。このような機能保存的な変異体は、場合によっては、保存的に修飾された変異体として特徴付けられることもある。本明細書で使用される「機能保存的変異体」は、抗体または断片の１つ以上の機能的特性を著しく変化させることなく１つ以上のアミノ酸残基が変更された抗ＣｏＶ－Ｓ抗体またはその抗原結合断片の変異体を指す。本発明の実施形態において、本発明の機能保存的変異体抗ＣｏＶ－Ｓ抗体またはその抗原結合断片は、変異体アミノ酸配列を含み、以下の機能的特性のうちの１つ以上を示す。
・ＡＣＥ２および／またはＴＭＰＲＳＳ２発現細胞（例、Ｃａｌｕ－３細胞）におけるコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、および／またはＭＥＲＳ－ＣｏＶ）の増殖を阻害すること、
・ＡＣＥ２および／またはＴＭＰＲＳＳ２を発現しないＭＤＣＫ／Ｔｅｔ－ｏｎ細胞に有意に結合しないこと、
・インビトロでの細胞、例えば、Ｃａｌｕ－３のコロナウイルス感染（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、および／またはＭＥＲＳ－ＣｏＶによる）の拡大を制限すること、ならびに／または
・ヒトＴＭＰＲＳＳ２および／またはＡＣＥ２タンパク質を発現するように操作されたマウスを、コロナウイルス感染（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、もし
くはＭＥＲＳ－ＣｏＶ）によって引き起こされる死亡から保護すること（例えば、任意選択的に第２の治療薬と組み合わせた場合、マウスはそうでなければ致死量のウイルスで感染される）。
・ヒトＴＭＰＲＳＳ２および／またはＡＣＥ２タンパク質を発現するように操作されたマウスを、コロナウイルス感染（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、もしくはＭＥＲＳ－ＣｏＶ）によって引き起こされる体重減少から保護すること（例えば、任意選択的に第２の治療薬と組み合わせた場合、マウスはそうでなければ体重減少を引き起こすウイルスの用量で感染される）。
「中和」または「アンタゴニスト」抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体または抗原結合断片は、ＣｏＶ－Ｓの活性を任意の検出可能な程度に阻害する、例えば、ＴＭＰＲＳＳ２などのプロテアーゼによって切断される、または宿主細胞へのウイルス侵入または宿主細胞でのウイルス複製を仲介する、ＡＣＥ２などの受容体に結合するＣｏＶ－Ｓの能力を阻害する分子を指す。
表１は、以下に記載されるような重鎖もしくはＶH（もしくはその変異体）および軽鎖
もしくはＶL（もしくはその変異体）を含むか、またはそれらのＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｈ１（
またはその変異体）、ＣＤＲ－Ｈ２（またはその変異体）、およびＣＤＲ－Ｈ３（またはその変異体））を含むＶH、ならびにそれらのＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｌ１（またはその変異体
）、ＣＤＲ－Ｌ２（またはその変異体）、およびＣＤＲ－Ｌ３（またはその変異体））を含むＶLを含む、抗体およびその抗原結合断片などの抗原結合タンパク質を指し、例えば
、免疫グロブリン鎖、可変領域、および／またはＣＤＲは、以下に説明する特定のアミノ酸配列を含む。
本明細書に記載の抗体はまた、ＶHが野生型ＩｇＧ４（例えば、残基１０８がＳである
）またはＩｇＧ４変異体（例えば、残基１０８がＰである）に融合される実施形態を含む。
本発明の抗体および抗原結合断片は、本明細書に記載のアミノ酸配列を含む免疫グロブリン鎖、ならびに抗体に対する細胞およびインビトロ翻訳後修飾を含む。例えば、本発明は、本明細書に記載の重鎖および／または軽鎖アミノ酸配列（例えば、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ３、ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、および／またはＣＤＲ－Ｌ３）を含むＣｏＶ－Ｓに特異的に結合する抗体およびその抗原結合断片、ならびに１つ以上のアミノ酸残基がグリコシル化されている抗体および断片、１つ以上のＡｓｎ残基が脱アミド化されている抗体および断片、１つ以上の残基（例えば、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、および／またはＨｉｓ）が酸化されている抗体および断片、Ｎ末端Ｇｌｎがピログルタメート（ｐｙｒｏＥ）である抗体および断片、ならびに／またはＣ末端リジンが欠けている抗体および断片を含む。
例示的な抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ）抗体のアミノ酸およびヌクレオチド配列は、以下の例示的な配列の表に示されている。
抗体の投与
本発明は、本発明の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、表１のものを投与するための方法であって、抗原結合タンパク質を対象（例えば、ヒト）の体内に導入することを含む、方法を提供する。例えば、本方法は、シリンジの針で対象の身体を刺し、抗原結合タンパク質を対象の体内、例えば、対象の静脈、動脈、腫瘍、筋肉組織、または皮下組織に注射することを含む。
本発明は、本発明の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、表１のものを含む容器（例えば、キャップまたはクロマトグラフィーカラム、中空ボア針、または注射器シリンダーを有するプラスチックまたはガラスバイアル）を提供する。
本発明はまた、ＣｏＶ－Ｓ、例えば、表１のものに特異的に結合する１つ以上の抗原結合タンパク質（例えば、抗体または抗原結合断片）、またはその医薬組成物を含む注射器具を提供する。注射器具は、キットにパッケージされてもよい。注射器具は、非経口経路、例えば、筋肉内、皮下、または静脈内を介して対象の体内に物質を導入する器具である。例えば、注射器具は、例えば、注射される流体（例えば、抗体もしくは断片またはその医薬組成物を含む）を保持するためのシリンダーまたはバレル、流体を注射するための皮膚および／または血管を縫い合わせるための針、ならびに流体をシリンダーから押し出して針の穴に通すためのプランジャーを含むシリンジ（例えば、自動注射器などの医薬組成物で予め充填されている）であり得る。本発明の一実施形態において、本発明の組み合わせからの抗原結合タンパク質、例えば、抗体またはその抗原結合断片を含む注射器具、またはその医薬組成物は、静脈内（ＩＶ）注射器具である。そのような器具は、カニューレまたはトロカール／針を通して対象の体内に導入された流体（例えば、生理食塩水）を保持するためのバッグまたはリザーバーに取り付けられ得るチューブに取り付けられ得るカニューレまたはトロカール／針内の抗原結合タンパク質またはその医薬組成物を含み得る。本発明の一実施形態において、抗体またはその断片またはその医薬組成物は、トロカールおよびカニューレが対象の静脈に挿入され、トロカールが挿入されたカニューレから除去されると、器具内に導入され得る。ＩＶ器具は、例えば、末梢静脈（例えば、手または腕）、上大静脈もしくは下大静脈、または心臓の右心房内（例えば、中心ＩＶ）、または鎖骨下静脈、内頸静脈、または大腿静脈に挿入することができ、例えば、上大静脈または右心房（中心静脈ラインなど）に到達するまで心臓に向かって前進させる。本発明の一実施形態において、注射器具は、自動注射器、ジェットインジェクター、または外部注入ポンプである。ジェットインジェクターは、表皮を貫通する高圧の狭い液体ジェットを使用
して、抗体または断片またはその医薬組成物を対象の身体に導入する。外部注入ポンプは、抗体または断片またはそれらの医薬組成物を制御された量で対象の体内に送達する医療機器である。外部輸液ポンプは、電気的または機械的に電力を供給することができる。様々なポンプが様々な方法で動作し、例えば、シリンジポンプはシリンジのリザーバーに流体を保持し、可動ピストンは流体の供給を制御し、エラストマーポンプは伸縮性のあるバルーンリザーバーに流体を保持し、バルーンの弾性壁からの圧力は流体の供給を促進する。蠕動ポンプでは、ローラーのセットが柔軟なチューブの長さをつまんで、液体を前方に押し出す。マルチチャネルポンプでは、流体を複数のリザーバーから複数の速度で供給することができる。
ヒト抗体の調製
トランスジェニックマウスにおいてヒト抗体を生成するための方法は、当該技術分野で知られている。任意のこのような既知の方法は、ＣｏＶ－Ｓに特異的に結合するヒト抗体を作製するために、本発明の文脈において使用され得る。ＣｏＶ－Ｓに対する抗体を生成するために、以下のうちのいずれか１つを含む免疫原を使用することができる。本発明の特定の実施形態において、本発明の抗体は、完全長の天然ＣｏＶ－Ｓで、または弱毒化生もしくは不活性化ウイルスで、またはタンパク質もしくはその断片をコードするＤＮＡで免疫化したマウスから得られる。あるいは、ＣｏＶ－Ｓタンパク質またはその断片は、標準的な生化学的技術を使用して生成され、修飾され、免疫原として使用され得る。本発明の一実施形態において、免疫原は、組換え生成されたＣｏＶ－Ｓタンパク質またはその断片である。本発明の特定の実施形態において、免疫原は、ＣｏＶ－Ｓポリペプチドワクチンであり得る。特定の実施形態において、１回以上の追加免疫注射が投与され得る。特定の実施形態において、免疫原は、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて、またはチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞などの任意の他の真核細胞もしくは哺乳動物細胞において発現された組換えＣｏＶ－Ｓポリペプチドであり得る。
モノクローナル抗体を生成するためにＶＥＬＯＣＩＭＭＵＮＥ（登録商標）技術（例えば、ＵＳ６，５９６，５４１，Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，ＶＥＬＯＣＩＭＭＵＮＥ（登録商標）を参照されたい）または任意の他の既知の方法を使用して、ヒト可変領域およびマウス定常領域を有するＣｏＶ－Ｓに対する高親和性キメラ抗体がまず単離され得る。ＶＥＬＯＣＩＭＭＵＮＥ（登録商標）技術は、マウスが抗原刺激に対する応答においてヒト可変領域と、マウス定常領域と、を含む、抗体を生成するように、ヒト重鎖可変領域と、ヒト軽鎖可変領域と、を含む、ゲノムが内在性マウス定常領域座に動作可能に連結されたトランスジェニックマウスの生成を包含する。抗体の重鎖および軽鎖の可変領域をコードするＤＮＡを単離し、ヒト重鎖定常領域およびヒト軽鎖定常領域をコードするＤＮＡに動作可能に連結する。次に、完全ヒト抗体を発現することができる細胞においてＤＮＡを発現させる。
概して、ＶＥＬＯＣＩＭＭＵＮＥ（登録商標）マウスに関心対象の抗原を負荷し、抗体を発現するマウスからリンパ細胞（Ｂ細胞など）を回収する。リンパ細胞を骨髄腫細胞株と融合させて不死化ハイブリドーマ細胞株を調製し得、関心対象の抗原に特異的な抗体を生成するハイブリドーマ細胞株を同定するためにこのようなハイブリドーマ細胞株をスクリーニングおよび選択する。重鎖および軽鎖の可変領域をコードするＤＮＡを単離し得、重鎖および軽鎖の望ましいアイソタイプ定常領域へ連結することができる。このような抗体タンパク質は、ＣＨＯ細胞などの細胞において生成され得る。代替的に、抗原特異的キメラ抗体または軽鎖および重鎖の可変ドメインをコードするＤＮＡを抗原特異的リンパ球から直接単離することができる。
まず、ヒト可変領域とマウス定常領域とを有する高親和性キメラ抗体を単離する。以下の実験セクションと同様に、抗体は、親和性、選択性、エピトープなどを含む所望の特徴
について特徴付けられ、かつ選択される。マウス定常領域は、本発明の完全ヒト抗体、例えば、野生型または修飾ＩｇＧ１もしくはＩｇＧ４を生成するために所望のヒト定常領域と置換される。選択される定常領域は特異的用途に応じて変化し得るが、高親和性抗原結合特徴および標的特異性特徴は、可変領域に存在する。
Ｆｃ変異体を含む抗コロナウイルススパイクタンパク質抗体
本発明の特定の実施形態によると、例えば、中性ｐＨと比較して酸性ｐＨで、例えば、ＦｃＲｎ受容体への抗体結合を増強または減少させる１つ以上の変異を含むＦｃドメインを含む、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体または抗原結合断片が提供される。例えば、本発明は、ＦｃドメインのＣH２またはＣH３領域での変異を含む抗ＣｏＶ－Ｓ抗体を含み、変異（複数可）は、酸性環境において（例えば、ｐＨが約５．５～約６．０の範囲のエンドソームにおいて）ＦｃＲｎに対するＦｃドメインの親和性を増加させる。そのような変異は、動物に投与したときに抗体の血清半減期の増加をもたらし得る。そのようなＦｃ修飾の非限定的な例には、例えば、２５０位（例えば、ＥまたはＱ）、２５０位および４２８位（例えば、ＬまたはＦ）、２５２位（例えば、Ｌ／Ｙ／Ｆ／ＷまたはＴ）、２５４位（例えば、ＳまたはＴ）、および２５６位（例えば、Ｓ／Ｒ／Ｑ／Ｅ／ＤまたはＴ）での修飾、または４２８位および／もしくは４３３位（例えば、Ｈ／Ｌ／Ｒ／Ｓ／Ｐ／ＱまたはＫ）および／もしくは４３４位（例えば、Ａ、Ｗ、Ｈ、Ｆ、またはＹ［Ｎ４３４Ａ、Ｎ４３４Ｗ、Ｎ４３４Ｈ、Ｎ４３４Ｆ、またはＮ４３４Ｙ］）での修飾、または２５０位および／もしくは４２８位での修飾、または３０７位もしくは３０８位（例えば、３０８Ｆ、Ｖ３０８Ｆ）、および４３４位での修飾が含まれる。一実施形態において、修飾は４２８Ｌ（例えばＭ４２８Ｌ）および４３４Ｓ（例えばＮ４３４Ｓ）の修飾、４２８Ｌ、２５９Ｉ（例えば、Ｖ２５９Ｉ）、および３０８Ｆ（例えば、Ｖ３０８Ｆ）の修飾、４３３Ｋ（例えば、Ｈ４３３Ｋ）および４３４（例えば、４３４Ｙ）の修飾、２５２、２５４、および２５６（例えば、２５２Ｙ、２５４Ｔ、および２５６Ｅ）の修飾、２５０Ｑおよび４２８Ｌの修飾（例えば、Ｔ２５０ＱおよびＭ４２８Ｌ）、３０７および／または３０８の修飾（例えば、３０８Ｆまたは３０８Ｐ）を含む。さらに別の実施形態において、修飾は、２６５Ａ（例えば、Ｄ２６５Ａ）および／または２９７Ａ（例えば、Ｎ２９７Ａ）修飾を含む。
例えば、本発明は、２５０Ｑおよび２４８Ｌ（例えば、Ｔ２５０ＱおよびＭ２４８Ｌ）、２５２Ｙ、２５４Ｔ、および２５６Ｅ（例えば、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、およびＴ２５６Ｅ）、４２８Ｌおよび４３４Ｓ（例えば、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ）、２５７Ｉおよび３１１Ｉ（例えば、Ｐ２５７ＩおよびＱ３１１Ｉ）、２５７Ｉおよび４３４Ｈ（例えば、Ｐ２５７ＩおよびＮ４３４Ｈ）、３７６Ｖおよび４３４Ｈ（例えば、Ｄ３７６ＶおよびＮ４３４Ｈ）、３０７Ａ、３８０Ａ、および４３４Ａ（例えば、Ｔ３０７Ａ、Ｅ３８０Ａ、およびＮ４３４Ａ）、ならびに４３３Ｋおよび４３４Ｆ（例えば、Ｈ４３３ＫおよびＮ４３４Ｆ）からなる群から選択される変異のうちの１つ以上の対または群を含む、Ｆｃドメインを含む抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体または抗原結合断片を含む。
前述のＦｃドメイン変異の任意の可能な組み合わせを含む、本明細書に記載されるＶH
および／またはＶLを含む、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体およびその
抗原結合断片は、本発明の範囲内に企図される。
本発明はまた、本明細書に記載のＶHと、キメラ重鎖定常（ＣH）領域と、を含む、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、抗体、または抗原結合断片を含み、キメラＣH領域は、１
つ超の免疫グロブリンアイソタイプのＣH領域に由来するセグメントを含む。例えば、本
発明の抗体は、ヒトＩｇＧ１分子、ヒトＩｇＧ２分子、またはヒトＩｇＧ４分子に由来するＣH３ドメインの一部または全部と組み合わされた、ヒトＩｇＧ１分子、ヒトＩｇＧ２
分子、またはヒトＩｇＧ４分子に由来するＣH２ドメインの一部または全部を含む、キメ
ラＣH領域を含み得る。特定の実施形態によると、本発明の抗体は、キメラヒンジ領域を
有するキメラＣH領域を含む。例えば、キメラヒンジは、ヒトＩｇＧ１ヒンジ領域、ヒト
ＩｇＧ２ヒンジ領域、またはヒトＩｇＧ４ヒンジ領域に由来する「下部ヒンジ」配列（ＥＵ番号付けによる位置２２８～２３６のアミノ酸残基）と組み合わされた、ヒトＩｇＧ１ヒンジ領域、ヒトＩｇＧ２ヒンジ領域、またはヒトＩｇＧ４ヒンジ領域に由来する「上部ヒンジ」アミノ酸配列（ＥＵ番号付けによる位置２１６～２２７のアミノ酸残基）を含み得る。特定の実施形態によると、キメラヒンジ領域は、ヒトＩｇＧ１またはヒトＩｇＧ４上部ヒンジに由来するアミノ酸残基と、ヒトＩｇＧ２下部ヒンジに由来するアミノ酸残基と、を含む。本明細書に記載されるようなキメラＣH領域を含む抗体は、特定の実施形態
において、抗体の治療特性または薬物動態学的特性に悪影響を与えることなく、修飾Ｆｃエフェクター機能を呈し得る。（例えば、ＷＯ２０１４／０２２５４０を参照されたい）。
免疫結合体
本発明は、トキソイドなどの別の部分、例えば治療部分（「免疫結合体」）、またはインフルエンザウイルス感染を治療するための抗ウイルス薬にコンジュゲートされた抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体もしくは抗原結合断片を包含する。本発明の実施形態において、抗ＣｏＶ－Ｓ抗体または断片は、本明細書に記載のさらなる治療薬のうちのいずれかにコンジュゲートされる。本明細書で使用される場合、「免疫結合体」という用語は、放射性物質、サイトカイン、インターフェロン、標的部分もしくはレポーター部分、酵素、ペプチドもしくはタンパク質、または治療薬に化学的または生物学的に連結した抗原結合タンパク質、例えば、抗体または抗原結合断片を指す。抗原結合タンパク質は、その標的（ＣｏＶ－Ｓ）に結合することができる限り、分子に沿った任意の位置で、放射性物質、サイトカイン、インターフェロン、標的部分もしくはレポーター部分、酵素、ペプチドまたは治療薬に連結され得る。免疫結合体の例としては、抗体薬剤結合体および抗体－毒素融合タンパク質が挙げられる。本発明の一実施形態において、薬剤は、ＣｏＶ－Ｓに特異的に結合する第２の異なる抗体であり得る。抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質（例えば、抗体または断片）にコンジュゲートされ得る治療部分のタイプは、治療されるべき状態および達成されるべき所望の治療効果を考慮したものであろう。例えば、Ａｒｎｏｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｏｆ Ｄｒｕｇｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ”，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｒｅｉｓｆｅｌｄ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．２４３－５６（Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．１９８５）、Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，“Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ”，Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｄｒｕｇ
Ｄｅｌｉｖｅｒｙ（２nd ＥＤ．），Ｒｏｂｉｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．６２３－５３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．１９８７）、Ｔｈｏｒｐｅ，“Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｃａｒｒｉｅｒｓ Ｏｆ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ａｇｅｎｔｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ：Ａ Ｒｅｖｉｅｗ”，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ １９８４：Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｐｉｎｃｈｅｒａ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．４７５－５０６（１９８５）、“Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｒｅｓｕｌｔｓ，Ａｎｄ Ｆｕｔｕｒｅ Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ Ｏｆ Ｔｈｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｕｓｅ Ｏｆ Ｒａｄｉｏｌａｂｅｌｅｄ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ”，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｂａｌｄｗｉｎ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．３０３－１６（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ １９８５）、およびＴｈｏｒｐｅ ｅｔ ａｌ．，“Ｔｈｅ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ Ａｎｄ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ Ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｙ－Ｔｏｘｉｎ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ”，Ｉｍｍｕｎ
ｏｌＲｅｖ．，６２：１１９－５８（１９８２）を参照されたい。
多重特異性抗体
本発明は、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体およびその抗原結合断片、ならびにその使用方法およびこのような抗原結合タンパク質を作製する方法を含む。「抗ＣｏＶ－Ｓ」抗原結合タンパク質、例えば、抗体または抗原結合断片という用語は、ＣｏＶ－Ｓ（例えば、表１の抗体からの抗原結合ドメイン）に特異的に結合する少なくとも１つの第１の抗原結合ドメイン、および異なる抗原または第１の抗原結合ドメインのものとは異なるＣｏＶ－Ｓのエピトープに結合する少なくとも１つの第２の抗原結合ドメインを含む、多重特異性（例えば、二重特異性または二重パラトピック）分子を含む。いくつかの実施形態において、第１の抗原結合ドメインおよび第２の抗原結合ドメインは、両方とも、表１の抗原結合ドメインから選択される。本発明の実施形態において、第１および第２のエピトープは重複する。本発明の別の実施形態において、第１および第２のエピトープは重複しない。例えば、本発明の実施形態において、多重特異性抗体は、表１の抗体の重鎖および軽免疫グロブリン鎖を含むＣｏＶ－Ｓに特異的に結合する第１の抗原結合ドメイン、およびＣｏＶ－Ｓの異なるエピトープに特異的に結合する第２の抗原結合ドメインを含む、二重特異性ＩｇＧ抗体（例えば、ＩｇＧ１またはＩｇＧ４）である。いくつかの実施形態において、二重特異性ＩｇＧ抗体（例えば、ＩｇＧ１またはＩｇＧ４）は、ＣｏＶ－Ｓに特異的に結合する第１の抗原結合ドメインおよび宿主細胞タンパク質、例えば、ＡＣＥ２またはＴＭＰＲＳＳ２に結合する第２の結合ドメインを含む。
表１の抗体は、それらの抗体のそれぞれ、ＣＤＲ－ＨおよびＣＤＲ－Ｌ、ＶH、および
ＶL、またはＨＣおよびＬＣを含む（本明細書に記載のそれらの変異体を含む）、多重特
異性分子、例えば、抗体または抗原結合断片を含む。
本発明の実施形態において、多重特異性分子に含まれ得る、ＣｏＶ－Ｓに特異的に結合する抗原結合ドメインは、
（１）
（ｉ）表１に記載のＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３アミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン配列、および
（ｉｉ）表１に記載のＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３アミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン配列、
あるいは
（２）
（ｉ）表１に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン配列、および
（ｉｉ）表１に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン配列、
あるいは
（３）
（ｉ）表１に記載のアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン配列、および
（ｉｉ）表１に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン配列を含む。
本発明の実施形態において、多重特異性抗体または断片は、２つ超の異なる結合特異性（例えば、三重特異性分子）、例えば、第１および／または第２の抗原結合ドメインと同じまたは異なる１つ以上の追加の抗原結合ドメインを含む。
本発明の一実施形態において、二重特異性抗原結合断片は、第１のエピトープ（例えば、ＣｏＶ－Ｓ）に対する結合特異性を有する第１のｓｃＦｖ（例えば、表１のＶHおよび
ＶL配列を含む）および第２の異なるエピトープに対する結合特異性を有する第２のｓｃ
Ｆｖを含む。例えば、本発明の実施形態において、第１および第２のｓｃＦｖは、リンカー、例えば、ペプチドリンカー（例えば、（ＧＧＧＧＳ）n（配列番号８３４）などのＧ
Ｓリンカー）で繋がれており、配列中、ｎは、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０である。他の二重特異性抗原結合断片には、表１の重鎖および軽鎖ＣＤＲを含む二重特異性ＩｇＧ抗体のＦ（ａｂ）2と、異なるエピトープに結合する別の抗体
のＦ（ａｂ）2が含まれる。
治療方法
本発明は、ウイルス感染（例えば、コロナウイル感染）を治療または予防するための方法であって、治療有効量の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体または抗原結合断片（例えば、表１の）をそのような治療または予防を必要としている対象（例えば、ヒト）に投与することによる方法を提供する。
コロナウイルス感染は、本発明の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質を対象に投与することにより、対象において治療または予防することができる。
ウイルス感染を治療または予防するための抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体または抗原結合断片（例えば、表１の）の有効量または治療有効量は、治療対象における感染の１つ以上の兆候および／または症状を、このような兆候および／もしくは症状の後退または排除を誘導することによるか、あるいはこのような兆候および／もしくは症状の進行を阻害することによるかにかかわらず、軽減するのに十分な抗体または断片の量を指す。投与の量は、投与される対象の年齢およびサイズ、標的疾患、状態、投与経路などによって変動し得る。本発明の実施形態において、例えば、成人の対象におけるウイルス感染を治療または予防するための、本発明の抗体またはその抗原結合断片の有効量または治療有効量は、約０．０１～約２００ｍｇ／ｋｇ、例えば、最大１５０ｍｇ／ｋｇである。本発明の一実施形態において、投与量は、最大約１０．８または１１グラム（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１グラム）である。感染の重症度に応じて、治療の頻度および期間を調整することができる。特定の実施形態において、本発明の抗原結合タンパク質は、初期用量で投与され得、その後、１回以上の二次用量が続く。特定の実施形態において、初期用量に続いて、初期用量とほぼ同じか、またはそれ未満であり得る量で、抗体またはその抗原結合断片の２回目または複数の後続用量の投与が行われ得、後続用量は、少なくとも１日～３日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１２週間、または少なくとも１４週間離れている。
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、例えば、ウイルス感染または癌などの疾患または障害の予防および／または治療を必要とする哺乳動物（例えば、ラット、マウス、ネコ、イヌ、ウシ、ヒツジ、ウマ、ヤギ、ウサギ）、好ましくは、ヒトを指す。対象は、ウイルス感染症、例えば、インフルエンザ感染症を患っているか、または感染症を発症する素因がある可能性がある。感染症を発症する素因がある対象、または感染症（例えば、コロナウイルスまたはインフルエンザウイルスの）にかかるリスクが高い可能性がある対象には、自己免疫疾患のために免疫系が低下している対象、免疫抑制療法を受けている対象（例えば、臓器移植後）、ヒト免疫不全症候群（ＨＩＶ）もしくは後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）に苦しむ対象、白血球を枯渇もしくは破壊する貧血の形態の対象、放射線もしくは化学療法を受けている対象、または炎症性障害に苦しむ対象を含む。さらに、非常に若い（例えば、５歳以下）または老齢（例えば、６５歳以上）の対象は、リスクが高い。さらに、対象は、疾患の発生に近接しているためにウイルス感染にかかるリスクがある可能性があり、例えば、対象は人口密度の高い都市に住んでいるか、あるいはウイルスの感染が確認もしくは疑われる対象、または雇用の選択、例えば、病院勤務者、製薬研究者、感染地域への旅行者、または頻繁な訪問者に非常に近接して住んでいる。
「治療する」または「治療すること」とは、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、本発明の抗体または抗原結合断片（例えば、表１の）を、（本明細書で論じられるように）有効または治療的に有効な量または用量で対象に投与されたときに抗原結合タンパク質が有効である、疾患または感染症、例えばウイルス感染症の１つ以上の兆候または症状を有する対象を指す。
本発明はまた、ウイルス感染のリスクがある対象に、そのような感染を予防するために、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、本発明の抗体またはその抗原結合断片（例えば、表１の）を予防的に投与することを包含する。受動的抗体ベースの免疫予防は、対象がウイルス感染するのを予防するための効果的な戦略であることが証明されている。例えば、Ｂｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．，Ｐａｓｓｉｖｅ ｂｒｏａｄ－ｓｐｅｃｔｒｕｍ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ ｉｍｍｕｎｏｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ．Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｒｅｓ
Ｔｒｅａｔ．２０１４；２０１４：２６７５９４．Ｅｐｕｂ ２０１４ Ｓｅｐ ２２、およびＪｉａｎｑｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｐａｓｓｉｖｅ ｉｍｍｕｎｅ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ａｎｄ
ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ａ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ，Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．２０１２ Ｆｅｂｒｕａｒｙ；４（２）：１７５－１８６、Ｐｒａｂｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｖｉｒ Ｔｈｅｒ．２００９；１４（７）：９１１－２１，Ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ ａｎｄ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｅｆｆｉｃａｃｙ ｏｆ ａ ｃｈｉｍｅｒｉｃ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｆｏｒ Ｈ５ ｈｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎ ａｇａｉｎｓｔ ｌｅｔｈａｌ Ｈ５Ｎ１ ｉｎｆｌｕｅｎｚａを参照されたい。「予防する」または「予防すること」とは、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、本発明の抗体または抗原結合断片（例えば、表１の）を対象に投与して、対象の体内の疾患または感染（例えば、ウイルス感染）の兆候を阻害することを意味し、そのために有効または治療上有効な量または用量で対象に投与された場合に、抗原結合タンパク質は有効である（本明細書で論じられるように）。
本発明の一実施形態において、対象におけるウイルス感染の徴候または症状は、例えば、ウイルス力価アッセイ（例えば、発育鶏卵またはコロナウイルススパイクタンパク質アッセイにおけるコロナウイルス増殖）によって決定されるような、対象の体内におけるウイルスの生存または増殖である。ウイルス感染の他の徴候および症状は、本明細書で論じられている。
上記のように、いくつかの実施形態において、対象は非ヒト動物であり得、本明細書で論じられる抗原結合タンパク質（例えば、抗体および抗原結合断片）は、動物の状況において、ヒト以外の動物（例えば、ネコ、イヌ、ブタ、ウシ、ウマ、ヤギ、ウサギ、ヒツジなど）における疾患を治療および／または予防するために使用され得る。
本発明は、治療有効量の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質（例えば、表１の）を対象に投与することによって、例えば、対象の体内へのタンパク質の注射によって、ウイルス感染（例えば、コロナウイルス感染）の治療もしくは予防、または以下のようなウイルス感染の少なくとも１つの徴候もしくは症状（徴候または症状はウイルス感染に続発する）の退行もしくは排除の誘導または進行の阻害を、
・発熱または発熱感／悪寒感、
・咳、
・喉の痛み、
・鼻水または鼻づまり、
・くしゃみ、
・筋肉または体の痛み、
・頭痛、
・倦怠感（疲れ）、
・嘔吐、
・下痢、
・気道感染症、
・胸の不快感、
・呼吸困難、
・気管支炎、および／または
・肺炎、
それを必要とする対象（例えば、ヒト）において行うための方法を提供する。
組み合わせおよび医薬組成物
抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体およびその抗原結合断片（例えば、表１の）の医薬組成物を調製するために、抗原結合タンパク質を、薬学的に許容される担体または賦形剤と混合する。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ａｎｄ Ｕ．Ｓ．Ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｉａ：Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｆｏｒｍｕｌａｒｙ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．（１９８４）、Ｈａｒｄｍａｎ，ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｇｏｏｄｍａｎ
ａｎｄ Ｇｉｌｍａｎ’ｓ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，ＭｃＧｒａｗ－Ｈｉｌｌ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．、Ｇｅｎｎａｒｏ（２０００）Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ
Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．、Ａｖｉｓ，ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．）（１９９３）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ Ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ，ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．）（１９９０）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｔａｂｌｅｔｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ，ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．）（１９９０）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｄｉｓｐｅｒｓｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ、Ｗｅｉｎｅｒ ａｎｄ Ｋｏｔｋｏｓｋｉｅ（２０００）Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔ Ｔｏｘｉｃｉｔｙ ａｎｄ Ｓａｆｅｔｙ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．Ｉｎ ａｎ ｅｍｂｏｄｉｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｉｎｖｅｎｔｉｏｎ，ｔｈｅ ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｉｓ ｓｔｅｒｉｌｅを参照されたい。このような組成物は、本発明の一部である。
本発明の範囲は、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体またはその抗原結合断片（例えば、表１の）を含む、乾燥された、例えば、凍結乾燥された組成物、またはその医薬組成物（薬学的に許容される担体を含むが、実質的に水を欠いている）を含む。
本発明のさらなる実施形態において、本明細書に開示される抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体またはその抗原結合断片（例えば、表１の）に関連する、対象に投与されるさらなる治療薬は、Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ’Ｄｅｓｋ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ２００３（Ｔｈｏｍｓｏｎ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ；５７th ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｎｏｖ．１，２００２））に従って対象に投与される。
投与方法は様々であり得る。投与経路には、経口、直腸、経粘膜、腸、非経口、筋肉内、皮下、皮内、髄内、髄腔内、直接脳室内、静脈内、腹腔内、鼻腔内、眼内、吸入、吹送、局所、皮膚、経皮、または動脈内が含まれる。
本発明は、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体またはその抗原結合断片（
例えば、表１の）を投与するための方法を提供し、これは、タンパク質を対象の体内に導入することを含む。例えば、本方法は、シリンジの針で対象の身体を刺し、抗原結合タンパク質を対象の体内、例えば、対象の静脈、動脈、腫瘍、筋肉組織、または皮下組織に注射することを含む。
本発明は、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、抗体またはその抗原結合断片（例えば、表１の）、ポリペプチド（例えば、表１のＨＣ、ＬＣ、ＶH、またはＶL）、またはポリヌクレオチド（例えば、表２の）、または本明細書に記載のベクター、または薬学的に許容される担体を含むその医薬組成物のうちのいずれかを含む容器（例えば、キャップまたはクロマトグラフィーカラム、中空ボア針、または注射器シリンダーを有するプラスチックまたはガラスバイアル）を提供する。
本開示の一実施形態において、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、本発明の抗体またはその抗原結合断片（例えば、表１の）は、１つ以上のさらなる治療薬と関連して投与される。さらなる治療薬には、抗炎症剤、抗マラリア剤、ＴＭＰＲＳＳ２に特異的に結合する二次抗体またはその抗原結合断片、およびＣｏＶ－Ｓに特異的に結合する二次抗体またはその抗原結合断片が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、抗マラリア剤は、クロロキンまたはヒドロキシクロロキンである。いくつかの実施形態において、抗炎症剤は、サリルマブ、トシリズマブ、またはギムシルマブなどの抗体である。いくつかの実施形態において、さらなる治療薬は、本明細書に開示される、例えば、表１の二次抗体または抗原結合断片である。特定の実施形態において、表１の１つ、２つ、３つ、４つ、またはそれ以上の抗体、またはそれらの抗原結合断片は、組み合わせて（例えば、同時にまたは連続して）投与することができる。表１の抗体の特定の組み合わせは、以下の例示的な抗体の組み合わせの表に記載されている（例えば、特定の組み合わせを表す各番号は、ｍＡｂ１０９８９およびｍＡｂ１０９８７が組み合わせ１、ｍＡｂ１０９８９およびｍＡｂ１０９３４が組み合わせ２などである）。いくつかの実施形態において、抗体の組み合わせは、異なるエピトープクラスターに結合するものの中から選択され得る。例えば、本明細書に記載の特定の抗体は、以下のようなエピトープクラスターに属する：クラスター１、ｍＡｂ１０９８７、ｍＡｂ１０９２２、ｍＡｂ１０９３６、およびｍＡｂ１０９３４、クラスター２、ｍＡｂ１０９８９、ｍＡｂ１０９７７、およびｍＡｂ１０９３３、クラスター３、ｍＡｂ１０９２０、クラスター４、ｍＡｂ１０９５４、ｍＡｂ１０９８６、およびｍＡｂ１０９６４、およびクラスター５、ｍＡｂ１０９８４。したがって、２つの抗体の組み合わせは、例えば、クラスター１とクラスター２、クラスター１とクラスター３、クラスター１とクラスター４、クラスター１とクラスター５、クラスター２とクラスター３、クラスター２とクラスター４、クラスター２とクラスター５、クラスター３とクラスター４、クラスター３とクラスター５、およびクラスター４とクラスター５から選択され得る。いくつかの実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ２に特異的に結合する抗体は、国際特許公開第ＷＯ／２０１９／１４７８３１号に記載されているように、Ｈ１Ｈ７０１７Ｎである。
いくつかの実施形態において、異なるヒトドナーからの抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質（例えば、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体またはその抗原結合断片）を組み合わせることができる。本発明は、ヒト対象からの可変ドメインを含む２つ（またはそれ以上）の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体または抗原結合断片を含む組成物を含み、２つ（またはそれ以上）の抗体または抗原結合断片は、異なる対象（例えば、２つの異なるヒト対象）に由来する。ヒトＢ細胞に由来する抗体可変領域は、例えば、実施例１および２（表３）において論じられ、そのようなＢ細胞からクローン化された可変ドメインは、それらのＢ細胞からではない定常領域と組み合わされて、ハイブリッド抗体を生成する。そのような抗体可変領域の供給源（ドナー）は、以下の例示的なヒト由来抗体可変領域の表に示されている。いくつかの実施形態において、組成物は、ドナー１に由来する可変ドメインを有する抗体またはその抗原結合断片と、ドナー２に由来する可変ドメインを有する抗体またはその抗原結合断片との組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態において、組成物は、ドナー１に由来する可変ドメインを有する抗体またはその抗原結合断片と、ドナー３に由来する可変ドメインを有する抗体またはその抗原結合断片との組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態において、組成物は、ドナー２に由来する可変ドメインを有する抗体またはその抗原結合断片と、ドナー３に由来する可変ドメインを有する抗体またはその抗原結合断片との組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態において、組成物は、ドナー１からのｍＡｂ１０９８７（例えば、ＣＤＲ、可変領域、または表１に示される重鎖および軽鎖配列を含む抗体）と、ドナー３からのｍＡｂ１０９８９（例えば、表１に示されているＣＤＲ、可変領域、または重鎖および軽鎖配列を含む抗体）との組み合わせを含み得る。
いくつかの実施形態において、さらなる治療薬は、抗ウイルス薬および／またはワクチンである。本明細書で使用される場合、「抗ウイルス薬」という用語は、対象におけるウイルス感染症を治療、予防、または改善するために使用される任意の抗感染薬物または療法を指す。「抗ウイルス薬」という用語には、カチオン性ステロイド抗菌剤、ロイペプチン、アプロチニン、リバビリン、またはインターフェロンアルファ２ｂが含まれるが、これらに限定されない。さらなる治療薬と併せて表１の抗体または抗原結合断片を投与することにより、ウイルス（例えば、コロナウイルス）感染の治療または予防を当該治療または予防を必要とする対象において行うための方法は、本発明の一部である。
例えば、本発明の一実施形態において、さらなる治療薬は、ワクチン、例えば、コロナウイルスワクチンである。本発明の一実施形態において、ワクチンは、不活化／死滅ウイルスワクチン、弱毒生ウイルスワクチン、またはウイルスサブユニットワクチンである。
例えば、本発明の一実施形態において、さらなる治療薬は：
Ｓｈｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ １４２：１－１０（２０１７）を参照されたい。
本発明の一実施形態において、抗ウイルス薬は、コロナウイルス、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、またはＭＥＲＳ－ＣｏＶに特異的に結合する抗体または抗原結合断片である。例示的な抗ＣｏＶ－Ｓ抗体には、国際特許出願公開番号ＷＯ／２０１５／１７９５３５号に記載されているように、Ｈ４ｓＨ１５１８８Ｐ、Ｈ１Ｈ１５１８８Ｐ、Ｈ１Ｈ１５２１１Ｐ、Ｈ１Ｈ１５１７７Ｐ、Ｈ４ｓＨ１５２１１Ｐ、Ｈ１Ｈ１５２６０Ｐ２、Ｈ１Ｈ１５２５９Ｐ２、Ｈ１Ｈ１５２０３Ｐ、Ｈ４ｓＨ１５２６０Ｐ２、Ｈ４ｓＨ１５２３１Ｐ２、Ｈ１Ｈ１５２３７Ｐ２、Ｈ１Ｈ１５２０８Ｐ、Ｈ１Ｈ１５２２８Ｐ２、Ｈ１Ｈ１５２３３Ｐ２、Ｈ１Ｈ１５２６４Ｐ２、Ｈ１Ｈ１５２３１Ｐ２、Ｈ１Ｈ１５２５３Ｐ２、Ｈ１Ｈ１５２１５Ｐ、およびＨ１Ｈ１５２４９Ｐ２、またはその抗原結合断片が含まれるが、これらに限定されず、例えば、抗体または断片は、前述の抗ＣｏＶ－Ｓ抗体のうちのいずれかのＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３を含む軽鎖免疫グロブリン（例えば、ＶLまたはその軽鎖）、およびＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、お
よびＣＤＲ－Ｈ３を含む重鎖（例えば、ＶHまたはその重鎖）を含む。
本発明の特定の実施形態において、さらなる治療薬は、アプロチニン、ロイペプチン、カチオン性ステロイド抗菌剤、インフルエンザワクチン（例えば、死滅、生、弱毒化全ウイルスまたはサブユニットワクチン）、またはインフルエンザウイルスに対する抗体（例えば、抗血球凝集素抗体）ではない。
「と関連して」という用語は、構成成分、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、
本発明の抗体またはその抗原結合断片が、別の薬剤と共に、例えば、同時送達のために単一の組成物に製剤化され得るか、または別個に２つ以上の組成物に製剤化され得る（例えば、キット）ことを示す。各構成成分は、他の構成成分が投与されるときとは異なる時に対象に投与することができ、例えば、各投与は、所与の期間にわたって間隔を置いて（例えば、別個にまたは連続的に）非同時に与えられてもよい。さらに、別個の構成成分は、同じ経路または異なる経路（例えば、抗ＣｏＶ－Ｓ抗体またはその抗体結合断片によって対象に投与され得る。
キット
本明細書で論じられるような、さらなる治療薬を含むがこれらに限定されない、１つ以上の追加の構成成分と関連して、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、本明細書で論じられるような抗体または抗原結合断片（例えば、表１）を含むがこれらに限定されない１つ以上の構成成分を含むキットがさらに提供される。抗原結合タンパク質および／またはさらなる治療薬は、単一の組成物として、または別々に２つ以上の組成物に、例えば、薬学的に許容される担体と共に、医薬組成物中に処方することができる。
本発明の一実施形態において、キットは、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、本発明の抗体またはその抗原結合断片（例えば、表１の）、またはその医薬組成物を１つの容器（例えば、滅菌ガラスまたはプラスチックバイアル中）に、さらなる治療薬を別の容器（例えば、滅菌ガラスまたはプラスチックバイアル中）に含む。
別の実施形態において、キットは、単一の共通の容器内で、任意選択的に、医薬組成物中に一緒に処方された１つ以上のさらなる治療薬と組み合わせて、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、本発明の抗体またはその抗原結合断片（例えば、表１の）、またはその医薬組成物を含む。
キットが対象への非経口投与のための医薬組成物を含む場合、キットは、そのような投与を実施するための器具（例えば、注射器具）を含むことができる。例えば、キットは、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、本発明の抗体またはその抗原結合断片（例えば、表１の）を含む、上記の１つ以上の皮下注射針または他の注射器具を含むことができる。
キットは、キット内の医薬組成物および剤形に関する情報を含む添付文書を含むことができる。一般に、そのような情報は、患者および医師が同封の医薬組成物および剤形を効果的かつ安全に使用するのに役立つ。例えば、本発明の組み合わせに関する以下の情報は、挿入物で提供され得る：薬物動態学、薬力学、臨床研究、有効性パラメーター、適応症および使用法、禁忌、警告、予防措置、副作用、過剰投与量、適切な投与量および投与、方法提供された、適切な保管条件、参照、製造業者／販売業者情報、および特許情報。
抗体の診断的使用
抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば、本発明の抗体またはその抗原結合断片（例えば、表１の）は、サンプル中のＣｏＶ－Ｓを検出および／または測定するために使用され得る。ＣｏＶ－Ｓの例示的なアッセイは、例えば、サンプルを本発明の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質と接触させることを含み得、ここで、抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質は、検出可能な標識またはレポーター分子で標識されるか、またはサンプルからＣｏＶ－Ｓを選択的に単離するためのキャプチャーリガンドとして使用される。ＣｏＶ－Ｓと複合体を形成した抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質の存在は、サンプル中にＣｏＶ－Ｓが存在することを示している。あるいは、標識されていない抗ＣｏＶ－Ｓ抗体は、それ自体が検出可能に標識された二次抗体と組み合わせて使用することができる。検出可能な標識もしくはレポーター分子は、3Ｈ、14Ｃ、32Ｐ、35Ｓ、もしくは125Ｉなどの放射性同位体、フ
ルオレセインイソチオシアナートもしくはローダミンなどの蛍光部分もしくは化学発光部分、またはアルカリホスファターゼ、β－ガラクトシダーゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、もしくはルシフェラーゼなどの酵素であり得る。サンプル中のＣｏＶ－Ｓを検出または測定するために使用することのできる具体的な例示的アッセイには、中和アッセイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、および蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）が含まれる。したがって、本発明は、サンプルを抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質と接触させること、およびＣｏＶ－Ｓ／抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質の存在を検出することを含む、サンプル中のスパイクタンパク質ポリペプチドの存在を検出するための方法を含み、複合体の存在は、ＣｏＶ－Ｓの存在を示す。
本発明の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質（例えば、表１の）は、サンプル中のＣｏＶ－Ｓまたはその断片の存在を検出するためのウエスタンブロットまたは免疫タンパク質ブロット手順において使用され得る。そのような手順は、本発明の一部を形成し、例えば、以下のステップを含む。
（１）ＣｏＶ－Ｓの存在について試験されるサンプルを含む膜または他の固体基質を提供すること、例えば、任意選択的に、ＣｏＶ－Ｓの存在について試験されるサンプルから（例えば、サンプル中のタンパク質のＰＡＧＥまたはＳＤＳ－ＰＡＧＥ電気泳動分離から）当該技術分野で知られている方法（例えば、セミドライブロッティングまたはタンクブロッティング）を使用して、膜または他の固体基質にタンパク質を移すステップ、およびＣｏＶ－Ｓまたはその断片の存在について試験される膜または他の固体基質を、本発明の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質と接触させるステップを含む。
このような膜は、例えば、ニトロセルロースまたはビニルベース（例えば、ポリフッ化ポリニリデン（ＰＶＤＦ））膜の形態をとることができ、これに対して、非変性ＰＡＧＥ（ポリアクリルアミドゲル電気泳動）ゲルまたはＳＤＳ－ＰＡＧＥ（ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動）ゲルにおいてＣｏＶ－Ｓの存在について試験されるタンパク質が転写されている（例えば、ゲル内での電気泳動分離後）。膜を抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質と接触させる前に、膜は、膜上の非特異的タンパク質結合部位に結合するように、例えば、脱脂粉乳などで任意選択的に遮断される。
（２）膜を１回以上洗浄して、結合していない抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質および他の結合していない物質を除去すること、ならびに
（３）結合した抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質を検出すること。
結合した抗原結合タンパク質の検出は、ＣｏＶ－Ｓタンパク質が膜または基質上およびサンプル中に存在することを示している。結合した抗原結合タンパク質の検出は、抗原結合タンパク質を、検出可能に標識された二次抗体（抗免疫グロブリン抗体）と結合させ、次に、二次抗体標識の存在を検出することによるものであり得る。
本明細書に開示される抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質（例えば、抗体および抗原結合断片（例えば、表１の））はまた、免疫組織化学のために使用され得る。そのような方法は、本発明の一部を形成し、例えば、以下を含む。
（１）ＣｏＶ－Ｓタンパク質の存在について試験される組織を本発明の抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質と接触させること、および
（２）組織上または組織内の抗原結合タンパク質を検出すること。
抗原結合タンパク質自体が検出可能に標識されている場合は、直接検出できる。あるいは、抗原結合タンパク質は、検出可能に標識された二次抗体によって結合され得、その後、標識が検出される。
以下の実施例は、本発明の方法および組成物をどのように作製および使用するかに関する完全な開示および説明を当業者に提供するために提示されており、本発明者らが本発明とみなすことの範囲を限定することを意図するものではない。使用される数値（例えば、量、温度など）に関して正確性を確保するための努力はしてきたが、いくつかの実験上の誤差および偏差が考慮されるべきである。別段に示されない限り、部は重量部であり、分子量は平均分子量であり、温度は摂氏度であり、室温は約２５℃であり、圧力は大気圧またはそれに近い圧力である。
実施例１：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ）に対するヒト抗体の生成
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ）に対するヒト抗体は、ヒト免疫グロブリン重鎖およびカッパ軽鎖可変領域またはヒト免疫グロブリン重鎖およびλ軽鎖可変領域をコードするＤＮＡを含むＶＥＬＯＣＩＭＭＵＮＥ（登録商標）マウスで生成された。各マウスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を発現するベクター（ＮＣＢＩ受託番号（ＭＮ９０８９４７．３）のアミノ酸１－１２７３、配列番号８３２）で免疫され、その後、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－ＳベクターまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓタンパク質と続いた。抗体免疫応答を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ特異的イムノアッセイによってモニターした。所望の免疫応答が達成されたとき、脾細胞を採取し、マウス骨髄腫細胞と融合させて、それらの生存率を維持し、ハイブリドーマ細胞株を形成した。ハイブリドーマ細胞株をスクリーニングおよび選択して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ特異的抗体を生成する細胞株を同定した。米国特許第７５８２２９８号（参照によりその全体が本明細書に具体的に組み込まれる）に記載されているように、骨髄腫細胞に融合することなく、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体を抗原陽性マウスＢ細胞から直接単離した。この方法を使用して、完全にヒトの抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体（すなわち、ヒト可変ドメインおよびヒト定常ドメインを有する抗体）が得られた。
抗体可変領域もヒト血液サンプルから分離された。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２および症候性ＣＯＶＩＤ－１９疾患の検査室で確認されたＰＣＲ陽性検査の３～４週間後に、患者から全血を採取した。塩化アンモニウムベースの溶解バッファー（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して赤血球を溶解し、ネガティブセレクションによりＢ細胞を濃縮した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合した単一のＢ細胞は、蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）によって単離された。単離されたＢ細胞をシングルウェルプレーティングし、抗体の軽および重可変領域特異的ＰＣＲプライマーと混合した。各単一Ｂ細胞のｃＤＮＡは、逆転写酵素（ＲＴ）反応を介して合成された。次に、得られた各ＲＴ生成物を分割し、２つの対応するウェルに移して、後続の抗体重鎖および軽鎖ＰＣＲを行った。得られたＲＴ生成物の１セットを、抗体重可変領域リーダー配列に特異的な５’縮重プライマーまたは抗体軽鎖可変領域リーダー配列に特異的な５’縮重プライマーおよび抗体定数領域に特異的な３’プライマーを使用したＰＣＲによって最初に増幅して、アンプリコンを形成した。次に、アンプリコンを、抗体重可変領域フレームワーク１に特異的な５’縮重プライマーまたは抗体軽鎖可変領域フレームワーク１に特異的な５’縮重プライマーおよび抗体定常領域に特異的な３’プライマーを使用してＰＣＲによって再度増幅し、クローニング用のアンプリコンを生成した。抗体の重鎖および軽鎖由来のＰＣＲ生成物を、それぞれ重定常領域および軽定常領域を含む発現ベクターにクローン化し、それによってハイブリッド抗体の発現ベクターを作製した。全長の重鎖と軽鎖のペアを発現する発現ベクターをＣＨＯ細胞にトランスフェクトして、試験用の抗体タンパク質を作製した。
この実施例の方法に従って生成された例示的な抗体の生物学的特性を、以下に記載の実施例において詳細に記載する。
実施例２：重鎖可変領域および軽鎖可変領域のアミノ酸およびヌクレオチド配列
表１は、例示的な抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体の重鎖および軽鎖可変領域およびＣＤＲのアミノ酸配列識別子、ならびに重鎖および軽鎖配列を示している。対応する核酸配列識別子を表２に記載する。
本明細書に開示される抗体は、完全にヒトの可変領域を有するが、マウス定常領域（例えば、マウスＩｇＧ１ ＦｃまたはマウスＩｇＧ２ Ｆｃ（ａまたはｂアイソタイプ））またはヒト定常領域（例えば、ヒトＩｇＧ１ ＦｃまたはヒトＩｇＧ４ Ｆｃ）を有することができる。当業者によって認識されるように、特定のＦｃアイソタイプを有する抗体は、異なるＦｃアイソタイプを有する抗体に変換することができる（例えば、マウスＩｇＧ１ Ｆｃを有する抗体は、ヒトＩｇＧ４などを有する抗体に変換することができる）が、任意の事象において、表１および２に示す数値識別子によって示される可変ドメイン（ＣＤＲを含む）は同じままであり、抗原に対する結合特性は、定常ドメインの性質にかかわらず、同一であるか、または実質的に類似していると予想される。
ＶＥＬＯＣＩＭＭＵＮＥ（登録商標）マウスおよびヒトサンプル由来の抗体の可変領域は、次世代シーケンシングにより配列決定し、重鎖および軽鎖ペアのレパートリーは、（図１０Ａおよび図１０Ｂ）を同定した。ＶＩ抗体の主な系統は、ＶＫ１－９、ＶＫ１－３３、またはＶＫ１－３９とペアになったＶＨ３－５３を利用し、ヒト由来抗体は、ＶＫ１－３３とペアになったＶＨ３－６６またはＶＫ１－３９とペアになったＶＨ２－７０を利用した。オーバーレイされた配列のさらなる分析は、ＶＩとヒト由来の抗体との間の単離されたカッパ鎖のレパートリーにおける強い重複を示した。ラムダチェーンのレパートリーはうまく重複していなかったが、それはこの試験に含まれているラムダマウスが２匹だけであることが原因である可能性がある。重鎖の平均ＣＤＲ長は、ＶＩとヒト由来抗体の間で類似しており、平均長はそれぞれ１３アミノ酸と１４．５アミノ酸であった。平均カッパＣＤＲの長さは、ＶＩとヒト由来の抗体で９アミノ酸で同じであり、平均長がそれぞれ１１．１アミノ酸と１０．６アミノ酸のラムダ鎖で近かった。ヒト化マウスおよびヒト由来の抗体が利用できるようになったため、Ｖ遺伝子の多様性が高まり、競合しない抗体を後で同定できるようになった。
上記のように、抗体は、ＶＥＬＯＣＩＭＭＵＮＥ（登録商標）マウスから生成されたハイブリドーマから、抗原陽性ＶＥＬＯＣＩＭＭＵＮＥ（登録商標）マウスＢ細胞から直接単離することによって、または抗原陽性ヒトＢ細胞からクローン化された可変領域に由来して得られた。これらの供給源の要約を表３に示す。
実施例３：結合ＥＬＩＳＡによるハイブリドーマ上清の特徴付け
ＥＬＩＳＡ結合アッセイを実施して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に結合した抗体上清を同定した。６ＸヒスチジンタグおよびＣ末端に２つのｍｙｃエピトープタグ（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ－ＲＢＤ－ｍｍＨ、ＮＣＢＩ受託番号ＭＮ９０８９４７．３参照）で発現したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤ（アミノ酸３１９－５４１）で構成されるタンパク質を、ＰＢＳバッファー中の９６ウェルプレートに１μｇ／ｍｌで４℃で一晩コーティングした。その後、非特異的結合部位を、ＰＢＳ中のＢＳＡの０．５（重量／体積）％溶液を使用して遮断した。抗体上清または培地のみをＰＳＡ＋０．５％のＢＳＡ遮断バッファーで１：４０または１：５０に希釈し、洗浄したマイクロタイタープレートに移した。室温で１時間インキュベートした後、ウェルを洗浄し、プレートに結合した上清を、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）と結合したヤギ抗ヒトＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）、または西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）に結合した抗マウスＩｇＧ抗体のいずれかで検出した。次に、メーカーの推奨に従ってＴＭＢ基質溶液（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用してプレートを現像し、ＶｉｃｔｏｒＸ５プレートリーダーで４５０ｎｍの吸光度を測定した。
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓの受容体結合ドメイン（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ－ＲＢＤ）に結合する能力は、上記のように、マイクロプレートにコーティングされたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ－ＲＢＤ－ｍｍＨタンパク質との結合ＥＬＩＳＡを使用して評価された。９６ウェルマイクロタイタープレートにコーティングされたＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ－ＲＢＤ－ｍｍＨに結合するシングルポイント抗体上清が、ＨＲＰ結合抗ｈＦｃまたは抗ｍＦｃ抗体で検出された。
３つの試験の結合結果を表４に要約する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２結合シグナル（吸光度４５０ｎｍ）が示され、実験ごとに負の参照として培地のみのバックグラウンドが提供される。ＩＣ（不確定）とマークされたサンプルは、プレートに実験的な異常があったため、値なしで報告される。培地のみの対照と比較して示されるように、試験された上清は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ－ＲＢＤへの実質的な結合を示した。
実施例４：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓを発現するウイルス様粒子に結合する抗体
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体のパネルがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質に結合する能力を調査するために、エレクトロケミルミネッセンスベースの検出プラットフォーム（ＭＳＤ）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を発現するウイルス様粒子（ＶＬＰ）を利用したインビトロ結合アッセイが開発された。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＮＣＢＩ受託番号ＭＮ９０８９４７．３、アミノ酸１６－１２１１、配列番号８３３）を一時的に発現させるために、糖タンパク質Ｇ（ＶＳＶデルタＧ）を欠く水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ）でシュードタイピングし、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞で生成した。負の結合対照として、ＶＳＶデルタＧはＶＳＶ Ｇタンパク質（ＶＳＶ－Ｇ）でシュードタイピングされた。
以下の手順で実験を行った。上記の２種類のＶＬＰをＰＢＳで希釈し、９６ウェルカーボン電極プレート（ＭＵＬＴＩ－ＡＲＲＡＹハイバインドプレート、ＭＳＤ）に播種し、４℃で一晩インキュベートしてＶＬＰを接着させた。非特異的結合部位を、ＰＢＳ中の２（重量／体積）％のＢＳＡによって１時間室温で遮断した。ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２免疫マウスまたは感染したヒト血清から生成された抗体を含む上清を、１×ＰＢＳ＋０．５％のＢＳＡバッファーで１：１０または１：２０に希釈した培地のみの対照と共に、プレート結合粒子に添加した。次に、プレートを振とうしながら室温で１時間インキュベートした後、プレートを１×ＰＢＳで洗浄し、ＡｑｕａＭａｘ２０００プレートウォッシャー（ＭＤＳ Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して未結合の抗体を除去した。プレート結合抗体は、ＳＵＬＦＯ－ＴＡＧＴＭ結合抗ヒトＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）またはＳＵＬＦＯ－ＴＡＧＴＭ結合抗マウスＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）を使用して室温で１時間検出された。洗浄後、プレートを製造業者の推奨手順に従ってリードバッファー（ＭＳＤ）で顕色させ、発光シグナルをＳＥＣＴＯＲ Ｉｍａｇｅｒ ６００（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）機器で記録した。（ＲＬＵでの）直接結合シグナルを捕捉し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓを発現するＶＬＰと無関係なＶＬＰの比率を計算した。
無関係のＶＳＶ発現ＶＬＰへの結合と比較したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ発現ＶＬＰに結合する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体の能力を、上記のように免疫結合アッセイを使用して評価した。９６ウェルＨｉｇｈ Ｂｉｎｄプレート（ＭＳＤ）に固定化されたＶＬＰへのシングルポイント結合は、１：１０または１：２０の抗体上清希釈
で実行され、１時間結合され、ＳＵＬＦＯ－ＴＡＧＴＭ結合抗ヒトＩｇＧまたは抗マウスＩｇＧ抗体を使用して検出された。エレクトロケミルミネッセンスからの結合シグナルは、セクターイメージャー６００（ＭＳＤ）で記録された。ＶＬＰに結合する抗体のＲＬＵ値を決定した。比率は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓを発現するＶＬＰ結合シグナルを対照ＶＬＰと比較して計算された。
３つの実験からの結合結果を表５に要約する。ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓを発現するＶＬＰから観察されたシグナルは結合を示し、負のＶＬＰとの比較は相対的なバックグラウンドを提供する。培地のみのサンプルは、上清のないサンプルに結合する二次抗体のベースラインシグナルを提供する。４６の抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓを発現するＶＬＰの培地のみのサンプル（２０～３５ＲＬＵ）よりも４倍以上高く特異的に結合し、８５～１３，６００ＲＬＵの範囲の結合シグナルを示した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓを発現するＶＳＶ：ＶＳＶ－ＶＬＰ（負の対照）の比率は１．１～２２．７の範囲であり、多くはＶＳＶ－ＶＬＰのバックグラウンドが高かった。ｍＡｂ１１００２の比率が０．９であるのは、上清サンプル中のモノクローナル抗体の濃度が低いためである可能性がある。
実施例５：ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓシュードウイルス感染性の抗体中和
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体のパネルがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を中和する能力を調査するために、ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓシュードウイルスを利用したインビトロ中和アッセイが開発された。
上記のように、ＶＳＶシュードタイプウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードするプラスミドで２９３Ｔ細胞を一過性にトランスフェクトすることによって生成された。細胞は、１２５μＬのリポフェクタミンＬＴＸ、３０μＬのＰＬＵＳ試薬、および最大３ｍＬのＯｐｔｉ－Ｍｅｍを使用した、１５μｇ／プレートのスパイクタンパク質ＤＮＡとのトランスフェクションの１日前に、ＤＭＥＭ完全培地にプレートあたり１．２×１０7個の細胞で１５ｃｍのプレートに播種された。トランスフェクションの
２４時間後、細胞を１０ｍＬのＰＢＳで洗浄し、１０ｍＬのＯｐｔｉ－Ｍｅｍ中の０．１ＶＳＶΔG:mNeonウイルスのＭＯＩに感染させた。ウイルスを細胞上で１時間インキュベ
ートし、１０分ごとに穏やかに揺り動かした。次いで、細胞を２４時間３７℃、５％のＣＯ2でインキュベートする前に、２０ｍＬの感染培地を重層し、１０ｍＬのＰＢＳで３回
洗浄した。上清を氷上で２５０ｍＬの遠心分離管に集め、３０００ｒｐｍで５分間遠心分離して任意の細胞破片をペレット化し、氷上で分注し、－８０℃で凍結した。中和アッセイで使用する前に、Ｖｅｒｏ細胞で感染力を試験した。この材料はＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓと呼ばれる。
ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓによる中和アッセイ
１日目に、ベロ細胞をＴ２２５フラスコに８０％の集密度で播種した。細胞を播種するために、培地を細胞から除去し、細胞を２０ｍＬのＰＢＳ（Ｇｉｂｃｏ：２００１２－０４３）で洗浄し、５ｍＬのＴｒｙｐＬＥを添加し、細胞が外れるまで３７℃で約５分間インキュベートした。５ｍＬの完全ＤＭＥＭを添加してトリプシンを不活化し、ピペットで上下に動かして細胞を分散させた。再懸濁した細胞をカウントするために、２０，０００個のＶｅｒｏ細胞を９６ウェルブラックポリスチレンマイクロプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ：３９０４）のウェルあたり１００μＬの予熱した完全ＤＭＥＭに播種した。
２日目に、ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓを氷上で解凍し、感染培地で１：１に希釈した。
Ｖ底９６ウェルプレートでは、各上清の希釈液が６０ｕｌの感染培地で生成された。培
地（負の）対照の場合、６０μｌの希釈した馴化培地をウェルに加えた。６０μＬの希釈したＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓを、培地対照ウェルを除くすべてのウェルに加えた。それらのウェルに、６０μＬの感染培地を加えた。次に、シュードウイルスを上澄み希釈液と共に室温で３０分間インキュベートした。培地は、Ｖｅｒｏ細胞プレートから除去し、上清／シュードウイルス混合物の１００μＬを細胞に移し、プレートを３７℃でインキュベートし、５％のＣＯ2で２４時間インキュベートした。１：４および１：２０の
最終上清希釈液、および一部のサンプルでは１：１００を使用して、ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓシュードウイルスの中和を評価した。
３日目に、２４時間のインキュベーション後、上清を細胞ウェルから除去し、１００μＬのＰＢＳと交換した。次に、プレートを、ＭｉｎｉＭａｘイメージングサイトメーターを備えたＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉ３で読み取った。
ＶＳＶベースのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ発現シュードタイプウイルスを中和する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体の能力は、中和蛍光フォーカスアッセイを使用して評価された。３つのアッセイの結合結果を以下に要約する。各希釈での抗体の中和効力は、模擬上清対照と比較したパーセンテージとして表される。すべての抗体は中和能力を示し、特に１：１００と評価された抗体のセットでは、より高い中和を示す抗体は、より強力な中和能力を表す可能性がある。
実施例６：抗体依存性細胞媒介毒性代理アッセイにおける抗体の特徴付け
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質を標的とする抗体が、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を誘発するナチュラルキラー（ＮＫ）細胞で顕著に発現するＦｃ受容体であるＦｃγＲ３ａと相互作用する能力を、抗体に結合したレポーター細胞および標的細胞を使用した代理バイオアッセイで測定した。このアッセイは、高親和性ヒトＦｃγＲ３ａ 176Ｖａｌアロタイプ受容体（Ｊｕｒｋａｔ／ＮＦＡＴ－Ｌｕｃ／ｈＦｃγＲ３ａ 176Ｖａｌ）と共に、転写因子ＮＦＡＴ（ＮＦＡＴ－Ｌｕｃ）の制御下でレポーター遺伝子ルシフェラーゼを発現するように操作されたＪｕｒｋａｔ Ｔ細胞を使用した。標的細胞は、ヒトＣＤ２０（ＣＤ２０を標的とするヒトＩｇＧ１抗体の陽性対照として使用）およびドキシサイクリン誘導性プロモーターによって制御される完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を発現する操作されたＪｕｒｋａｔ Ｔ細胞であった。レポーター細胞を標的細胞とインキュベートし、標的細胞に結合したヒトＩｇＧ１抗体のＦｃドメインを介したＦｃγＲ３ａの関与により、レポーター細胞の転写因子ＮＦＡＴが活性化され、ルシフェラーゼの発現が促進され、次にこれを発光読み出しを介して測定した。
Ｊｕｒｋａｔ Ｔ細胞は、全長ヒトＣＤ２０（ＮＣＢＩ受託番号ＮＰ＿６９０６０５．１のアミノ酸Ｍ１－Ｐ２９７）、Ｔｅｔ３Ｇトランス活性化タンパク質（Ｔａｋａｒａ ｐＥＦ１α－Ｔｅｔ３Ｇベクター、カタログ番号６３１１６７を使用してクローニング）、ならびにドキシサイクリン－誘導性の完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＮＣＢＩ受託番号ＹＰ＿００９７２４３９０．１のアミノ酸Ｍ１－Ｔ１２７３）を構成的に発現するように操作された。操作されたＪｕｒｋａｔ／Ｔｅｔ３Ｇ／ｈＣＤ２０／ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２スパイクタンパク質発現細胞は、スパイクタンパク質の高発現のために選別され、その後、ＲＰＭＩ＋１０％のＴｅｔフリーＦＢＳ＋Ｐ／Ｓ／Ｇ＋５００μｇ／ｍｌのＧ４１８＋１μｇ／ｍｌのピューロマイシン＋２５０μｇ／ｍｌのハイグロマイシン増殖培地で維持された。
Ｊｕｒｋａｔ Ｔ細胞は、高親和性ヒトＦｃγＲ３ａ176Ｖａｌアロタイプ受容体と共
に核因子活性化Ｔ細胞（ＮＦＡＴ）のルシフェラーゼレポーター構築物を安定して発現するように操作された（ＮＣＢＩ受託番号Ｐ０８６３７ ＶＡＲ＿００３９６０のアミノ酸Ｍ１－Ｋ２５４）。操作されたレポーター細胞は、ＲＰＭＩ１６４０＋１０％のＦＢＳ＋Ｐ／Ｓ／Ｇ＋０．５μｇ／ｍｌのピューロマイシン＋５００μｇ／ｍｌのＧ４１８増殖培地で維持された。
代理ＡＤＣＣアッセイの開始まで３６時間、５×１０5個の標的細胞／ｍｌを１μｇ／
ｍｌのドキシサイクリン（Ｓｉｇｍａ）を含むＲＰＭＩ＋１０％のＴｅｔ－フリーＦＢＳ
＋Ｐ／Ｓ／Ｇ細胞培養培地中で誘導した。実験の前日に、レポーター細胞を、ＲＰＭＩ１６４０＋１０％のＦＢＳ＋Ｐ／Ｓ／Ｇ＋０．５μｇ／ｍｌのピューロマイシン＋５００μｇ／ｍｌのＧ４１８増殖培地中で７．５×１０5細胞／ｍｌの密度に分割した。
簡単に説明すると、実験当日に、標的細胞およびレポーター細胞をアッセイ培地（ＲＰＭＩ＋１０％のＴｅｔフリーＦＢＳ＋Ｐ／Ｓ／Ｇ）に移し、３：２の比率（３×１０4／
ウェル標的細胞および２×１０4／ウェルレポーター細胞）で３８４ウェル白色マイクロ
タイタープレートに加え、続いて様々な濃度の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体上清を添加した。抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体上清の検出されたＡＤＣＣ活性を正規化するために、陽性対照（ヒトＩｇＧ１を含むＣＤ２０抗体）サンプルおよび抗体を含まない陰性対照サンプルを各プレートに含めた。プレートを３７℃／５％のＣＯ2で５時間インキュ
ベートした後、等量のＯＮＥ－Ｇｌｏ（商標）（Ｐｒｏｍｅｇａ）試薬を添加して細胞を溶解し、ルシフェラーゼ活性を検出した。放出された光は、マルチラベルプレートリーダーＥｎｖｉｓｉｏｎ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）上の相対光単位（ＲＬＵ）で捕捉され、以下の方程式を使用してデータを分析および正規化した。
アクティベートＦｃγＲ３ａ受容体に対する抗ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ抗体の能力を、レポーター細胞としてＪｕｒｋａｔ／Ｎ ＦＡＴ－Ｌｕｃ／ＦｃγＲ３ａ176Ｖａｌ）
を使用して、標的細胞としてＪｕｒｋａｔ／ｈＣＤ２０／ＳＡＲＳ－ＣＯＶ２スパイクを使用して、代理ＡＤＣＣアッセイで評価した。試験した各抗体にはＩｇＧ１ドメインが含まれていた。
表７は結果を要約したもので、生のルシフェラーゼ活性および陽性対照の計算された％が示されている。抗体上清によるＦｃγＲ３ａの活性化を示す一定範囲の％ＡＤＣＣ活性が観察された。すべてのサンプルは、代理ＡＤＣＣ活性のある程度の測定値を示し、抗体上清の１０は、陽性対照で観察されたよりも優れた代理ＡＤＣＣ活性を示した。
実施例７：抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体結合特異性アッセイ
抗原のパネルへの抗ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ抗体の結合を決定するために、Ｌｕｍｉｎｅｘ結合アッセイを実施した。このアッセイでは、抗原をアミン結合するか、ストレプトアビジンによってＬｕｍｉｎｅｘミクロスフェアに次のように捕捉した：約１，０００
万個のＭａｇＰｌｅｘミクロスフェア（Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｃｏｒｐ．，ＭａｇＰｌｅｘ Ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅｓ，カタログ番号ＭＣ１００００およびＭＣ１２０００）を、５００μＬの０．１ＭのＮａＰＯ4、ｐＨ６．２（活性化バッファー）にボルテックスして
再懸濁し、遠心分離して上清を除去した。ミクロスフェアは光に敏感であるため、光から保護された。ミクロスフェアを１６０μＬの活性化バッファーに再懸濁し、２０μＬの５０ｍｇ／ｍＬのＮ－ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ，Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，カタログ番号２４５２５）に続いて、２０μＬの５０ｍｇ／ｍＬの１－エチル－３－［３－ジメチルアミノプロピル］カルボジイミド（ＥＤＣ、ＴｈｅｒｍｏＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，カタログ番号２２９８０）を２５℃で添加することによって、カルボン酸基（－ＣＯＯＨ）を活性化した。１０分後、６００μＬの５０ｍＭのＭＥＳ、ｐＨ５（カップリングバッファー）を添加して反応液のｐＨを５．０に下げ、ミクロスフェアをボルテックスし、遠心分離して上清を除去した。活性化されたミクロスフェアは、カップリングバッファー中の５００μＬの２５μｇ／ｍＬのタンパク質抗原またはストレプトアビジンと直ちに混合され、２５℃で２時間インキュベートされた。５０μＬの１ＭのＴｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ８．０を添加してカップリング反応を停止し、ミクロスフェアをボルテックスし、遠心分離し、８００μＬのＰＢＳ０．００５％（Ｔｗｅｅｎ２０ ０．０５％）で３回洗浄して、脱共役タンパク質および他の反応構成成分を除去した。ミクロスフェアを１ｍＬのＰＢＳ２％ ＢＳＡ０．０５％のアジ化ナトリウムに１，０００万ミクロスフェア／ｍＬで再懸濁した。ストレプトアビジンによる抗原の捕捉のために、ＰＢＳ中の１２．５μｇ／ｍＬのビオチン化タンパク質５００μＬをストレプトアビジン結合ミクロスフェアに添加し、２５℃で１時間インキュベートした。ミクロスフェアをボルテックスし、遠心分離し、８００μＬのＰＢＳで３回洗浄した後、０．１５ＭのＴｒｉｓ ｐＨ８．０中、５００μＬの３０ｍＭのビオチン（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ－Ｓｉｇｍａ，カタログ番号Ｂ４５０１）を使用して遮断した。ミクロスフェアを３０分間インキュベートした後、ボルテックスし、遠心分離し、８００μＬのＰＢＳで３回洗浄した。ミクロスフェアを１ｍＬのＰＢＳ２％ＢＳＡ０．０５％のアジ化ナトリウムに１，０００万ミクロスフェア／ｍＬで再懸濁した。
異なるタンパク質およびビオチン化タンパク質のミクロスフェアを、２７００ビーズ／ｍｌで混合し、ウェルあたり７５μＬのミクロスフェアを９６ウェルＰｒｏｃａｒｔａＰｌｅｘ平底プレート（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ，カタログ番号ＥＰＸ－４４４４４－０００）に播種し、抗体を含む２５μＬの個々の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２上清と混合した。サンプルおよびミクロスフェアを２５℃で２時間インキュベートした後、０．０５％のＴｗｅｅｎ２０を含む２００μＬのＤＰＢＳで２回洗浄した。個々のミクロスフェアへの結合抗体レベルを検出するために、遮断バッファー（マウスＦｃ領域を有する抗体用）中の１００μＬの２．５μｇ／ｍＬ－のＲ－フィコエリスリン結合ヤギＦ（ａｂ’）２抗ヒトカッパ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ、カタログ番号２０６３－０９）または遮断バッファー（ヒトＦｃ領域を有する抗体用）中の１００μＬの１．２５μｇ／ｍＬのＲ－フィコエリスリンアフィニピュアＦ（ａｂ’）2断片ヤギ抗マウスＩｇＧ、Ｆ（ａｂ’）2断片特異的（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ，カタログ番号１１５－１１６－０７２）を添加し、２５℃で３０分間インキュベートした。３０分後、サンプルを２００μｌの洗浄バッファーで２回洗浄し、１５０μＬの洗浄バッファーに再懸濁した。プレートは、Ｌｕｍｉｎｅｘ ＦｌｅｘＭａｐ ３Ｄ登録商標（Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｃｏｒｐ．）およびＬｕｍｉｎｅｘ ｘＰｏｎｅｎｔ登録商標ソフトウェアバージョン４．３（Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｃｏｒｐ．）で読み取られた。アッセイで使用したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質は次のとおりである。
ＲＢＤ＿（Ｒ３１９－Ｆ５４１）．ｍｍｈ：配列番号８２９
ＲＢＤ＿（Ｒ３１９－Ｆ５４１）．ｍＦｃ：配列番号８３０
ＲＢＤ＿（Ｒ３１９－Ｆ５４１）．ｈＦｃ）：配列番号８３１
Ｌｕｍｉｎｅｘ結合の結果は、蛍光強度の中央値（ＭＦＩ）信号強度として表８および表９に示されている。結果は、４６の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体上清がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ ＲＢＤタンパク質に特異的に結合したことを示している。これらの結果はまた、これらの抗体のうち５つがＳＡＲＳコロナウイルススパイクＲＢＤタンパク質と交差反応し、１０００ＭＦＩを超える結合シグナルを示すことも示している。
実施例８：抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体多様性アッセイ
結合アッセイを実施して、抗ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ抗体の結合プロファイルを決定した。このアッセイでは、上記のＬｕｍｉｎｅｘ結合アッセイで説明したように抗原をアミン結合させた。簡単に説明すると、１６の異なるビーズ領域に対する約９００万個のＭａｇＰｌｅｘミクロスフェア（Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｃｏｒｐ．，ＭａｇＰＬｅｘ Ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅｓ，カタログ番号ＭａｇＰＬｅｘ ＭＣ１００００およびＭＣ１２０００）を、５００μＬの０．１ＭのＮａＰＯ4、ｐＨ６．２にボルテックスして再懸濁し、遠
心分離して上清を除去した。ミクロスフェアを１６０μＬの活性化バッファーに再懸濁し
、２０μＬの５０ｍｇ／ｍＬのＮ－ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カタログ番号２４５２５）を添加し、続いて２０μＬの５０ｍｇ／ｍＬの１－エチル－３－［３－ジメチルアミノプロピル］カルボジイミド（ＥＤＣ、ＴｈｅｒｍｏＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カタログ番号２２９８０）を２５℃で添加することにより、カルボン酸基（－ＣＯＯＨ）を活性化した。１０分後、６００μＬの５０ｍＭのＭＥＳ、ｐＨ５（カップリングバッファー）を添加して反応液のｐＨを５．０に下げ、ミクロスフェアをボルテックスし、遠心分離して上清を除去した。活性化されたミクロスフェアは、カップリングバッファー中の５００μＬの２０μｇ／ｍＬのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＲＢＤ）（Ｒ３１９－Ｆ５４１）－ｍｍＨと直ちに混合され、２５℃で２時間インキュベートされた。５０μＬの１ＭのＴｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ８．０を添加することにより、カップリング反応液をクエンチし、ミクロスフェアをボルテックスし、遠心分離し、１００μＬのＰＢＳで３回洗浄した。ミクロスフェアを２５０μＬのＰＢＳに９００万ミクロスフェア／ｍＬで再懸濁した。
アミン結合タンパク質を含む１６個のミクロスフェア領域のうち１５個を、ビニングアッセイ用に次のように改変した：ミクロスフェアをＰＢＳ５％のＤＭＳＯで２回洗浄し、製造上の推奨事項に従って５００μｌの化学物質または酵素を溶解し、１０ｎＭで上記のアミン結合ミクロスフェアに添加した。続いてこれをボルテックスし、回転させながら室温で２時間インキュベートした。ミクロスフェアをＰＢＳ２％のＢＳＡで３回洗浄する。ミクロスフェアを１ｍＬのＰＢＳに９００万ミクロスフェア／ｍＬで再懸濁した。
タンパク質修飾およびタンパク質非修飾（無傷）ミクロスフェアを、２７００ビーズ／ｍｌで混合し、７５μＬのミクロスフェアを９６ウェルＰｒｏｃａｒｔａＰｌｅｘ９６ウェル平底プレート（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ，カタログ番号ＥＰＸ－４４４４４－０００）に播種し、２５μＬの個々の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ上清含有抗体と混合した。サンプルおよびミクロスフェアを２５℃で２時間インキュベートした後、０．０５％のＴｗｅｅｎ２０を含む２００μＬのＤＰＢＳで２回洗浄した。個々のミクロスフェアへの結合抗体レベルを検出するために、遮断バッファー（ｈＦｃを有する抗体用）中の１００μＬの２．５μｇ／ｍＬ－のＲ－フィコエリスリン結合ヤギＦ（ａｂ’）２抗ヒトカッパ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ、カタログ番号２０６３－０９）または遮断バッファー（ｍＦｃを有する抗体用）中の１００μＬの１．２５μｇ／ｍＬのＲ－フィコエリスリンアフィニピュアＦ（ａｂ’）2断片ヤギ抗マウスＩｇＧ、Ｆ（ａｂ’）2断片特異的（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ，カタログ番号１１５－１１６－０７２）、または遮断バッファー（ＡＣＥ－２対照、Ｒ＆Ｄ、カタログ番号９３３－ＺＮ）中の１００μＬの１．２５μｇ／ｍＬのＲ－フィコエリスリン抗－Ｈｉｓ（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ，カタログ番号３６２６０３）を添加し、２５℃で３０分間インキュベートした。３０分後、サンプルを２００μｌの洗浄バッファーで２回洗浄し、１５０μＬの洗浄バッファーに再懸濁した。プレートは、ＦｌｅｘＭａｐ ３Ｄ登録商標（Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｃｏｒｐ．）およびＬｕｍｉｎｅｘ ｘＰｏｎｅｎｔ登録商標ソフトウェアバージョン４．３（Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｃｏｒｐ．）で読み取られた。
Ｌｕｍｉｎｅｘのビニング結果の結果を、蛍光強度の中央値（ＭＦＩ）信号強度として表１０に示す。クラスターを決定するために、データをインタクトなタンパク質（未修飾のミクロスフェア）に正規化し、クラスター化した。４６の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体は２つ以上の抗体を持つ９つのクラスターに分類され、１１の抗体は単一ノードとして分類された。クラスターは、階層的クラスタリングおよび樹状図のこれらの結果に基づいて割り当てられた。これらの結果は、４６の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体上清が多様な結合特性およびプロファイルを持っていることを示しており、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の異なるエピトープに結合した抗体の集合を示唆している。
実施例９：抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体のＢｉａｃｏｒｅ結合速度
ＣＨＯｔ細胞またはハイブリドーマの一次上清からの異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体の平衡解離定数（ＫD）は、リアルタイム表面プラズモン共鳴ベースのＢｉａｃｏｒ
ｅ Ｔ２００／Ｂｉａｃｏｒｅ８Ｋバイオセンサーを使用して決定された。すべての結合研究は、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ、３ｍＭのＥＤＴＡ、および０．０５ｖ／ｖ％のＳｕｒｆａｃｔａｎｔ Ｔｗｅｅｎ－２０、ｐＨ７．４（ＨＢＳ－ＥＴ）ランニングバッファーで２５℃で実施した。Ｂｉａｃｏｒｅ ＣＭ５センサーチップ表面は、最初に、マウス抗ヒトＦｃ特異的ｍＡｂまたはウサギ抗マウスＦｃγモノクローナル抗体（ＧＥ、カタログ番号ＢＲ－１００８－３８）とのアミンカップリングによって誘導体化され、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を捕捉した。結合研究は、Ｃ末端ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジンタグ（ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ＭＭＨ）で発現されたヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ細胞外ドメイン、Ｃ－末端マウスＩｇＧ２ａ（ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ｍＦｃ）で発現されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ細胞外ドメイン、またはＣ末端ヒトＩｇＧ１（ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ｈＦｃ）で発現されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ細胞外ドメインで実施された。ＨＢＳ－ＥＴランニングバッファーで調製した、単一濃度のＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ＭＭＨ（１００ｎＭ）、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ｍＦｃ（５０ｎＭ）またはＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ｈＦｃ（５０ｎＭ）を、３０μＬ／分の流速で１．５分間注入し、抗体に結合した様々なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ試薬の解離を、ＨＢＳ－ＥＴランニングバッファーで２分間モニターした。各サイクルの終わりに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体捕捉表面は、マウス抗ヒトＦｃ特異的モノクローナル抗体表面用の２０ｍＭのリン酸の１０秒間の注入、またはウサギ抗マウスＦｃγ特異的ポリクローナル抗体用の１０ｍＭのグリシン、ＨＣｌ、ｐＨ１．５の４０秒間の注入のいずれかを使用して再生された。会合速度（Ｋa）および解離速度（Ｋd）は、ＢｉａＥｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアｖ３．１またはＢｉａｃｏｒｅ Ｉｎｓｉｇｈｔ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェア ｖ２．０または曲線あてはめソフトウェアを使用して、リアルタイム結合センサーグラムを、物質移動限界（ｍａｓｓ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎ）を有する１：１結合モデルにあてはめることにより決定された。結合解離平衡定数（ＫD）および解離半減期（ｔ１
／２）を、運動速度から以下のように計算した：
２５℃で本発明の異なる抗ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ試薬に結合する異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体の結合速度パラメーターを表１１および１２に示す。
実施例１０：ＥＬＩＳＡを遮断することによる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体の特徴付け
ＥＬＩＳＡベースの遮断アッセイは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のヒトアンジオテンシン変換酵素２（ｈＡＣＥ２）への結合を遮断する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２－Ｓ抗体の能力を決定するために開発された。
実験で使用したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質は、Ｃ－末端（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２
ＲＢＤ－ｈＦｃ、ＮＣＢＩ受託番号ＭＮ９０８９４７．３を参照）でヒトＩｇＧ１のＦｃ部分で発現された、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）部分（アミノ酸Ａｒｇ３１９～Ｐｈｅ５４１）で構成された。実験で使用したヒトＡＣＥ２タンパク質は、Ｒ＆Ｄシステムから購入され、Ｃ末端－１０Ｘヒスチジンタグ（ｈＡＣＥ２－Ｈｉｓ、ＮＣＢＩ受託番号Ｑ９ＢＹＦ１）を有するアミノ酸グルタミン１８～セリン７４０で構成されている。
以下の手順で実験を行った。モノクローナル抗Ｐｅｎｔａ－Ｈｉｓ抗体（Ｑｉａｇｅｎ）を、９６ウェルマイクロタイタープレート上でＰＢＳ中１μｇ／ｍｌで４℃で一晩コーティングした。ｈＡＣＥ２－Ｈｉｓ受容体をＰＢＳ中０．２μｇ／ｍｌで添加し、室温で２時間結合させた。その後、非特異的結合部位を、ＰＢＳ中のＢＳＡの０．５（重量／体積）％溶液を使用して遮断した。他のマイクロタイタープレートでは、一定量の１０ｐＭまたは１５ｐＭ（表１３に示す）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－ｈＦｃタンパク質を、ＰＢＳ＋０．５％のＢＳＡで１：１０または１：２０に希釈した抗体と結合させた。これらの抗体－タンパク質複合体は、１時間のインキュベーション後、ｈＡＣＥ２－Ｈｉｓでコーティングされたマイクロタイタープレートに移された。室温で１．５時間インキュベートした後、ウェルを洗浄し、プレートに結合したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－ｈＦｃタンパク質を、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）（Ｊａｃｋｓｏｎ）と結合したヤギ抗ヒトＩｇＧ抗体で検出した。次に、メーカーの推奨に従ってＴＭＢ基質溶液（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、カタログ番号５５５２１４）を使用してプレートを現像し、ＶｉｃｔｏｒＸ５プレートリーダーで４５０ｎｍの吸光度を測定した。
データ分析は、抗体の存在下と非存在下での固定ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ ＲＢＤ－ｈＦｃ濃度のシグナルの減少率を計算することによって実行された。計算では、各プレートの抗体が存在しない一定のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ ＲＢＤ－ｈＦｃのサンプルの結合シグナルは、１００％の結合または０％の遮断として参照され、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２
ＲＢＤ－ｈＦｃが存在しない場合のみの培地サンプルのベースラインシグナルは、０％の結合または１００％の遮断として参照された。
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ ＲＢＤのヒトＡＣＥ２への結合を遮断する能力は、遮断ＥＬＩＳＡフォーマットを使用して評価された。９６ウェルマイクロタイタープレートにコーティングされた抗Ｈｉｓ抗体に提示された、ｈＡＣＥ２－Ｈｉｓへの１０ｐＭまたは１５ｐＭのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２Ｓ ＲＢＤ－ｈＦｃ結合のシングルポイント試験抗体上清遮断が、ＨＲＰ結合抗ｈＦｃ抗体で検出された。
３つのアッセイの遮断結果を表１３に要約する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ結合シグナル（４５０ｎｍ）およびＧで計算された％遮断が示されている。試験サンプルでは、様々な遮断が観察されている。ＮＡが列６と７に示されているサンプルの場合、データはこれらのサンプルで発生する単一プレートスイッチと一致していたため、プレート補正値が列４と５に含まれている。４６個の抗体上清のうち４３個が、プレートコーティングされたヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ ＲＢＤ－ｈＦｃ結合の５０％以上を遮断し、そのうち１６個がシグナルの９０％以上を遮断した。
実施例１１：水素－重水素交換質量分析によるスパイク糖タンパク質に対する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体のエピトープマッピング
水素－重水素交換質量分析（ＨＤＸ－ＭＳ）を実行して、ｍＡｂ１０９８９、ｍＡｂ１０９８７、ｍＡｂ１０９３４、ｍＡｂ１０９３３、ｍＡｂ１０９２０、ｍＡｂ１０９２２、ｍＡｂ１０９３６、ｍＡｂ１０９５４、ｍＡｂ１０９６４、ｍＡｂ１０９７７、ｍＡｂ１０９８４、およびｍＡｂ１０９８６と相互作用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ（アミノ酸Ｒ３１９－Ｆ５４１））のアミノ酸残基を決定した。ＨＤＸ／ＭＳ法の一般的な説明は、Ｅｈｒｉｎｇ（１９９９）Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２６７（２）：２５２－２５９、およびＥｎｇｅｎ
ａｎｄ Ｓｍｉｔｈ（２０１）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．７３：２５６Ａ－２６５Ａに記載されている。
ＨＤＸ－ＭＳ実験は、統合型ＨＤＸ／ＭＳプラットフォーム上で行われ、これは重水素標識およびクエンチングのためのＬｅａｐｔｅｃ ＨＤＸ ＰＡＬシステム、サンプル消化および充填のためのＷａｔｅｒｓ Ａｃｑｕｉｔｙ Ｉ－Ｃｌａｓｓ（Ｂｉｎａｒｙ Ｓｏｌｖｅｎｔ Ｍａｎａｇｅｒ）、分析勾配のためのＷａｔｅｒｓ Ａｃｑｕｉｔｙ Ｉ－Ｃｌａｓｓ（ＢｉｎａｒｙＳｏｌｖｅｎｔ Ｍａｎａｇｅｒ）、およびペプチド質量測定のためのＴｈｅｒｍｏ Ｑ Ｅｘａｃｔｉｖｅ ＨＦ質量分析計からなる。
標識溶液は、ｐＤ７．０でＤ2Ｏ中のＰＢＳバッファーとして調製した（１０ｍＭのリ
ン酸バッファー、１４０ｍＭのＮａＣｌ、および３ｍＭのＫＣｌ、２５℃でｐＨ７．４と等価）。重水素標識では、上記の１２個の抗体のそれぞれと事前に混合した１０μＬのＲＢＤタンパク質またはＲＢＤタンパク質を、９０μＬのＤ2Ｏ標識溶液と共に２０℃で様
々な時点で２回インキュベートした。ｍＡｂ１０９８９、ｍＡｂ１０９８７、ｍＡｂ１０９３４、およびｍＡｂ１０９３３の場合、時点は０分（重水素化されていない対照）、５分、および１０分であった。ｍＡｂ１０９２０、ｍＡｂ１０９２２、ｍＡｂ１０９３６、ｍＡｂ１０９５４、ｍＡｂ１０９６４、ｍＡｂ１０９７７、ｍＡｂ１０９８４、およびｍＡｂ１０９８６の場合、時点は０分（重水素化されていない対照）および１０分であった。重水素化反応は、９０μＬの予冷したクエンチバッファー（０．５ＭのＴＣＥＰ－ＨＣｌ、４Ｍの尿素、０．５％のギ酸）を各サンプルに加え、２０℃で９０秒間インキュベートすることによりクエンチした。次に、クエンチしたサンプルをＬｅａｐｔｅｃ ＨＤＸ
ＰＡＬシステムに注入して、オンラインペプシン／プロテアーゼＸＩＩＩ消化を行った
。消化したペプチドをＣ１８カラム（２．１ｍｍ×５ｍｍ、Ｗａｔｅｒｓ）でトラップし、別のＣ１８カラム（２．１ｍｍ×５０ｍｍ、Ｗａｔｅｒｓ）で－５℃、２０分の勾配（ｍＡｂ１０９８９、ｍＡｂ１０９８７、ｍＡｂ１０９３４、およびｍＡｂ１０９３３の場合）、または０％～９０％の移動相Ｂ溶液（移動相Ａ溶液：０．５％のギ酸および４．５％のアセトニトリル水溶液、移動相Ｂ溶液：アセトニトリル中の０．５％のギ酸）からの１０分の勾配（ｍＡｂ１０９２０、ｍＡｂ１０９２２、ｍＡｂ１０９３６、ｍＡｂ１０９５４、ｍＡｂ１０９５６、ｍＡｂ１０９６４、ｍＡｂ１０９７７、およびｍＡｂ１０９８４の場合）で分離した。溶出したペプチドを、Ｔｈｅｒｍｏ Ｑ Ｅｘａｃｔｉｖｅ ＨＦ質量分析によってＬＣ－ＭＳ／ＭＳまたはＬＣ－ＭＳモードで分析した。
重水素化されていないＲＢＤタンパク質サンプルからのＬＣ－ＭＳ／ＭＳデータは、Ｂｙｏｎｉｃ検索エンジン（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｍｅｔｒｉｃｓ）を使用して、ＲＢＤタンパク質、ペプシン、プロテアーゼＸＩＩＩ、およびそれらの逆配列のアミノ酸配列を含むデータベースに対して検索された。検索パラメータは、非特異的酵素消化およびヒトグリコシル化を一般的な可変修飾として使用してデフォルトとして設定された。次に、同定されたペプチドのリストをＨＤＥｘａｍｉｎｅｒソフトウェア（バージョン３．１）にインポートして、すべての重水素化サンプルの重水素取り込み（Ｄ取り込み）および重水素取り込みパーセンテージの差（Δ％Ｄ）を計算した。重水素取り込みパーセンテージの差（Δ％Ｄ）は次のように計算された。
重水素取り込みの差（ΔＤ）＝Ｄ－取り込み（ＲＢＤ－ｍＡｂ）－Ｄ－取り込み（ＲＢＤのみ）
ＲＢＤからの合計１９０のペプチドが、ＲＢＤのみとｍＡｂ１０９８９サンプルと複合体を形成したＲＢＤの両方から同定され、ＲＢＤの８６．０６％の配列カバレッジを表している。ｍＡｂ結合時に重水素取り込みの５％以上の減少（すなわち、－６％、－１０％などの－５％未満のΔ％Ｄ値）を示したペプチドは、有意に保護されたとして定義された。ＲＢＤのアミノ酸４６７～５１３（ＤＩＳＴＥＩＹＱＡＧＳＴＰＣＮＧＶＥＧＦＮＣＹＦＰＬＱＳＹＧＦＱＰＴＮＧＶＧＹＱＰＹＲＶＶＶＬ）（配列番号８３５）に対応するペプチドは、ｍＡｂ１０９８９によって有意に保護された。
ＲＢＤからの合計１８７のペプチドが、ＲＢＤのみとｍＡｂ１０９８７サンプルと複合体を形成したＲＢＤの両方から同定され、ＲＢＤの８６．０６％の配列カバレッジを表している。ｍＡｂ結合時に重水素取り込みの５％以上の減少（すなわち、－６％、－１０％などの－５％未満のΔ％Ｄ値）を示したペプチドは、有意に保護されたとして定義された。ＲＢＤのアミノ酸４３２～４５２（ＣＶＩＡＷＮＳＮＮＬＤＳＫＶＧＧＮＹＮＹＬ）（配列番号８３６）に対応するペプチドは、ｍＡｂ１０９８７によって有意に保護された。
ＲＢＤからの合計１８８のペプチドが、ＲＢＤのみおよびｍＡｂ１０９３４サンプルと複合体を形成したＲＢＤの両方から同定され、ＲＢＤの８６．０６％の配列カバレッジを表している。ｍＡｂ結合時に重水素取り込みの５％以上の減少（すなわち、－６％、－１０％などの－５％未満のΔ％Ｄ値）を示したペプチドは、有意に保護されたとして定義された。ＲＢＤのアミノ酸４３２～４５２（ＣＶＩＡＷＮＳＮＮＬＤＳＫＶＧＧＮＹＮＹＬ）（配列番号８３６）、４６７～４７４（ＤＩＳＴＥＩＹＱ）（配列番号８３７）、および４８０～５１３（ＣＮＧＶＥＧＦＮＣＹＦＰＬＱＳＹＧＦＱＰＴＮＧＶＧＹＱＰＹＲＶＶＶＬ）（配列番号８３８）に対応するペプチドは、ｍＡｂ１０９３４によって有意に保護された。
ＲＢＤからの合計１８８個のペプチドが、ＲＢＤのみおよびｍＡｂ１０９３３サンプルと複合体を形成したＲＢＤの両方から同定され、ＲＢＤの８６．０６％の配列カバレッジを表している。ｍＡｂ結合時に重水素取り込みの５％以上の減少（すなわち、－６％、－１０％などの－５％未満のΔ％Ｄ値）を示したペプチドは、有意に保護されたとして定義された。ＲＢＤのアミノ酸４６７～５１０（ＤＩＳＴＥＩＹＱＡＧＳＴＰＣＮＧＶＥＧＦＮＣＹＦＰＬＱＳＹＧＦＱＰＴＮＧＶＧＹＱＰＹＲＶ）（配列番号８３９）に対応するペプチドは、ｍＡｂ１０９３３によって有意に保護された。
ＲＢＤからの合計７５個のペプチドが、ＲＢＤのみおよびｍＡｂ１０９２０サンプルと複合体を形成したＲＢＤの両方から同定され、ＲＢＤの８３．２７％の配列カバレッジを表している。ｍＡｂ結合時に重水素取り込みの５％以上の減少（すなわち、－６％、－１０％などの－５％未満のΔ％Ｄ値）を示したペプチドは、有意に保護されたとして定義された。ＲＢＤのアミノ酸４７１～４８６（ＥＩＹＱＡＧＳＴＰＣＮＧＶＥＧＦ）（配列番号８４０）および４９１～５１５（ＰＬＱＳＹＧＦＱＰＴＮＧＶＧＹＱＰＹＲＶＶＶＬＳＦ）（配列番号８４１）に対応するペプチドは、ｍＡｂ１０９２０によって有意に保護された。
ＲＢＤからの合計８６個のペプチドが、ＲＢＤのみおよびｍＡｂ１０９２２サンプルと複合体を形成したＲＢＤの両方から同定され、ＲＢＤの８７．２５％の配列カバレッジを表している。ｍＡｂ結合時に重水素取り込みの５％以上の減少（すなわち、－６％、－１０％などの－５％未満のΔ％Ｄ値）を示したペプチドは、有意に保護されたとして定義された。ＲＢＤのアミノ酸４３２～４５２（ＣＶＩＡＷＮＳＮＮＬＤＳＫＶＧＧＮＹＮＹＬ）（配列番号８３６）に対応するペプチドは、ｍＡｂ１０９２２によって有意に保護された。
ＲＢＤからの合計８１個のペプチドが、ＲＢＤのみおよびｍＡｂ１０９３６サンプルと複合体を形成したＲＢＤの両方から同定され、ＲＢＤの８２．０７％の配列カバレッジを表している。ｍＡｂ結合時に重水素取り込みの５％以上の減少（すなわち、－６％、－１０％などの－５％未満のΔ％Ｄ値）を示したペプチドは、有意に保護されたとして定義された。アミノ酸３５１～３６０（ＹＡＷＮＲＫＲＩＳＮ）（配列番号８４２）、４３２～４５２（ＣＶＩＡＷＮＳＮＮＬＤＳＫＶＧＧＮＹＮＹＬ）（配列番号８３６）、４６７～４８６（ＤＩＳＴＥＩＹＱＡＧＳＴＰＣＮＧＶＥＧＦ）（配列番号８４３）、および４９１～５１３（ＰＬＱＳＹＧＦＱＰＴＮＧＶＧＹＱＰＹＲＶＶＶＬ）（配列番号８４４）に対応するペプチドＲＢＤは、ｍＡｂ１０９３６によって有意に保護された。
ＲＢＤからの合計８４個のペプチドが、ＲＢＤのみおよびｍＡｂ１０９５４サンプルと複合体を形成したＲＢＤの両方から同定され、ＲＢＤの８７．２５％の配列カバレッジを表している。ｍＡｂ結合時に重水素取り込みの５％以上の減少（すなわち、－６％、－１０％などの－５％未満のΔ％Ｄ値）を示したペプチドは、有意に保護されたとして定義された。ＲＢＤのアミノ酸４００～４２２（ＦＶＩＲＧＤＥＶＲＱＩＡＰＧＱＴＧＫＩＡＤＹＮ）（配列番号８４５）、４５３～４８６（ＹＲＬＦＲＫＳＮＬＫＰＦＥＲＤＩＳＴＥＩＹＱＡＧＳＴＰＣＮＧＶＥＧＦ）（配列番号８４６）、および４９０～５１５（ＦＰＬＱＳＹＧＦＱＰＴＮＧＶＧＹＱＰＹＲＶＶＶＬＳＦ）（配列番号８４７）に対応するペプチドは、ｍＡｂ１０９５４によって有意に保護された。
ＲＢＤからの合計１０９個のペプチドが、ＲＢＤのみおよびｍＡｂ１０９６４サンプルと複合体を形成したＲＢＤの両方から同定され、ＲＢＤの８３．６７％の配列カバレッジを表している。ｍＡｂ結合時に重水素取り込みの５％以上の減少（すなわち、－６％、－１０％などの－５％未満のΔ％Ｄ値）を示したペプチドは、有意に保護されたとして定義
された。ＲＢＤのアミノ酸４０１～４２４（ＶＩＲＧＤＥＶＲＱＩＡＰＧＱＴＧＫＩＡＤＹＮＹＫ）（配列番号８４８）および４７１～５１３（ＥＩＹＱＡＧＳＴＰＣＮＧＶＥＧＦＮＣＹＦＰＬＱＳＹＧＦＱＰＴＮＧＶＧＹＱＰＹＲＶＶＶＬ）（配列番号８４９）に対応するペプチドは、ｍＡｂ１０９６４によって有意に保護された。
ＲＢＤからの合計７８個のペプチドが、ＲＢＤのみおよびｍＡｂ１０９７７サンプルと複合体を形成したＲＢＤの両方から同定され、ＲＢＤの８７．２５％の配列カバレッジを表している。ｍＡｂ結合時に重水素取り込みの５％以上の減少（すなわち、－６％、－１０％などの－５％未満のΔ％Ｄ値）を示したペプチドは、有意に保護されたとして定義された。ＲＢＤのアミノ酸３５１～３６４（ＹＡＷＮＲＫＲＩＳＮＣＶＡＤ）（配列番号８５０）および４７１～４８６（ＥＩＹＱＡＧＳＴＰＣＮＧＶＥＧＦ）（配列番号８４０）に対応するペプチドは、ｍＡｂ１０９７７によって有意に保護された。
ＲＢＤからの合計８８個のペプチドが、ＲＢＤのみおよびｍＡｂ１０９８４サンプルと複合体を形成したＲＢＤの両方から同定され、ＲＢＤの８７．２５％の配列カバレッジを表している。ｍＡｂ結合時に重水素取り込みの５％以上の減少（すなわち、－６％、－１０％などの－５％未満のΔ％Ｄ値）を示したペプチドは、有意に保護されたとして定義された。ＲＢＤのアミノ酸４００～４２２（ＦＶＩＲＧＤＥＶＲＱＩＡＰＧＱＴＧＫＩＡＤＹＮ）（配列番号８４５）および４５３～４８６（ＹＲＬＦＲＫＳＮＬＫＰＦＥＲＤＩＳＴＥＩＹＱＡＧＳＴＰＣＮＧＶＥＧＦ）（配列番号８４６）に対応するペプチドは、ｍＡｂ１０９８４によって有意に保護された。
ＲＢＤからの合計８４個のペプチドが、ＲＢＤのみおよびｍＡｂ１０９８６サンプルと複合体を形成したＲＢＤの両方から同定され、ＲＢＤの８７．２５％の配列カバレッジを表している。ｍＡｂ結合時に重水素取り込みの５％以上の減少（すなわち、－６％、－１０％などの－５％未満のΔ％Ｄ値）を示したペプチドは、有意に保護されたとして定義された。ＲＢＤのアミノ酸４００～４２２（ＦＶＩＲＧＤＥＶＲＱＩＡＰＧＱＴＧＫＩＡＤＹＮ）（配列番号８４５）、４５３～４８６（ＹＲＬＦＲＫＳＮＬＫＰＦＥＲＤＩＳＴＥＩＹＱＡＧＳＴＰＣＮＧＶＥＧＦ）（配列番号８４６）、および４９０～５１５（ＦＰＬＱＳＹＧＦＱＰＴＮＧＶＧＹＱＰＹＲＶＶＶＬＳＦ）（配列番号８４７）に対応するペプチドは、ｍＡｂ１０９８６によって有意に保護された。
要約すると、試験された中和抗体の大部分は、ＡＣＥ２インターフェースを構成するＲＢＤ残基と重複する方法でＲＢＤに接触する。さらに、図１５に示すように、抗体はＲＢＤ表面に接触するパターンに基づいてグループ化できる。上記のデータは、表１４～２５にも要約されている。
実施例１２：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型および変異型スパイクタンパク質の中和
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質抗体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２変異体を中和できるかどうかを試験するために、これらの抗体を、野生型および変異型スパイクタンパク質を発現するＶＳＶシュードタイプウイルスのパネルに対してスクリーニングした。ＶＳＶシュードタイプウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードするプラスミドまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質アミノ酸配列の既知の変異体をコードするヌクレオチド変異を含む同じプラスミドで２９３Ｔ細胞を一過性にトランスフェクトすることによって生成された。すべてのプラスミドはサンガーシーケンシングによって確認された。１２５μＬのリポフェクタミンＬＴＸ、３０μＬのＰＬＵＳ試薬、および最大３ｍＬのＯｐｔｉ－Ｍｅｍを使用して、１５μｇ／プレートのスパイクＤＮＡを用いたトランスフェクションの１日前に、ＤＭＥＭ完全培地（１０００ｍＬのＤＭＥＭ、Ｇｉｂｃｏ、１００ｍｌのＦＢＳ、Ｇｉｂｃｏ、１０ｍＬのＰＳＧ、Ｇｉｂｃｏ）中で細胞をプレートあたり１．２×１０7個の細胞で１５ｃｍのプレートに播種した。トランス
フェクションの２４時間後、細胞を１０ｍＬのＰＢＳで洗浄し、１０ｍＬのＯｐｔｉ－Ｍｅｍ中の０．１ＶＳＶΔG:mNeonウイルスのＭＯＩに感染させた。ウイルスを細胞上で１
時間インキュベートし、１０分ごとに穏やかに揺り動かした。細胞を１０ｍＬのＰＢＳで３回洗浄した後、２０ｍＬの感染培地（１０００ｍＬのＤＭＥＭ、Ｇｉｂｃｏ、１０ｍＬのピルビン酸ナトリウム、Ｇｉｂｃｏ、７ｍＬのＢＳＡ、Ｓｉｇｍａ、５ｍＬのゲンタマイシン、Ｇｉｂｃｏ）で覆った後、３７℃、５％のＣＯ2で２４時間インキュベートした
。シュードウイルスの上清を氷上で２５０ｍＬの遠心分離管に収集し、３０００ｒｐｍで５分間遠心分離して任意の細胞破片をペレット化し、氷上で分注し、－８０℃で凍結した。中和アッセイで使用する前に、Ｖｅｒｏ細胞で感染力を試験した。この材料は、ＶＳＶΔG:mNeon／スパイクシュードウイルス、またはＶＳＶΔG:mNeon／スパイク＿（変異体アミノ酸変異）（例えば、ＶＳＶΔG:mNeon／スパイク＿Ｈ４９Ｙ）と呼ばれる。
１日目に、Ｖｅｒｏ細胞をＴ２２５フラスコに８０％の集密度まで播種し、細胞をＰＢＳ（Ｇｉｂｃｏ：２００１２－０４３）で洗浄し、ＴｒｙｐＬＥを添加して細胞をフラスコから分離し、完全ＤＭＥＭを添加してトリプシンを不活化した。２０，０００個のＶｅｒｏ細胞を、９６ウェルブラックポリスチレンマイクロプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ：３９０４）のウェルあたり１００μＬの予熱した完全ＤＭＥＭに播種した。２日目に、ＶＳＶΔG:mNeon／スパイクシュードウイルスを氷上で解凍し、感染培地で希釈した。抗体をＵ
底９６ウェルプレートで希釈し、２１０μｌの感染培地で２倍のアッセイ濃度で各抗体の希釈液を生成した。１２０μＬの希釈抗体を新しいＵ底プレートに移し、培地とＩｇＧ１対照抗体を各プレートに加えた。１２０μｌの希釈したシュードウイルスを、培地対照ウェルを除くすべてのウェルに加えた。それらのウェルに、１２０μＬの感染培地を加えた。抗体を含むシュードウイルスを室温で３０分間インキュベートした後、培地をベロ細胞から除去した。抗体／シュードウイルスの混合物の１００μＬを細胞に添加し、次いで２４時間５％のＣＯ2、３７℃でインキュベートした。３日目に、上清を細胞ウェルから除
去し、１００μＬのＰＢＳと交換した。プレートを、ＭｉｎｉＭａｘイメージングサイトメーターを備えたＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉ３で読み取った。
非複製ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓウイルスによる中和能力の試験に加えて、抗体はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスでも試験された。モノクローナル抗体および抗体の組み合わせをＤＭＥＭ（Ｑｕａｌｉｔｙ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）で段階希釈し、１０％（ｖ／ｖ）熱不活化ウシ胎児血清（Ｓｉｇｍａ）、１％（ｖ／ｖ）ペニシリン／ストレプトマイシン（Ｇｅｍｉｎｉ Ｂｉｏ－ｐｒｏｄｕｃｔｓ）、および１％（ｖ／ｖ）Ｌ－グルタミン（２ｍＭの最終濃度、Ｇｉｂｃｏ）（ＶｅｒｏＥ６培地）を補充して、最終容量２５０μＬにした。次に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＷＡ－１）（１０００ＰＦＵ／ｍＬ）を含む２５０μＬのＶｅｒｏＥ６培地を、各血清希釈液および未処理の対照として２５０μＬの培地に添加した。ウイルス－抗体混合物を３７℃で６０分間インキュベートした。インキュベーション後、混合物のウイルス力価をプラークアッセイによって決定した。最後に、５０％のプラーク減少中和力価（ＰＲＮＴ５０）値（プラーク形成が未処理の対照と比較して５０％減少した血清希釈）を、中和パーセントデータ（ＧｒａｐｈＰａｄソフトウェア、カリフォルニア州ラホーヤ）に適合した４パラメーターロジスティック曲線を使用して計算した。
スパイクタンパク質（Ｓ－ｗｔ）の武漢－Ｈｕ－１（ＮＣＢＩ受託番号ＭＮ９０８９４７．３）配列をコードするＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（Ｓ）発現シュードウイルスに対する個々のモノクローナル抗体の最大阻害濃度（ＩＣ５０）の半分を、Ｖｅｒｏ細胞で測定した（表２６）。抗体の大部分は、ピコモル範囲（ｐＭ）で中和効力を示し、一部はナノモル（ｎＭ）範囲で中和効力を示した。
以前に報告されたように、組換えＡＣＥ２はＶＳＶスパイクシュード粒子の中和を仲介
することができたが、その効力はモノクローナル抗体の効力よりはるかに劣り、最良の中和ｍＡｂと比較して効力の１０００分の１以上の減少が見られた（図１０Ａ）。加えて、ｍＡｂ１０９８７、ｍＡｂ１０９８９、ｍＡｂ１０９３３、およびｍＡｂ１０９３４の強力な中和活性が、ＶｅｒｏＥ６細胞でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の中和を含む中和アッセイで確認された（図１０Ｂ）。すべての中和アッセイは、４つのｍＡｂ（ｍＡｂ１０９８７、ｍＡｂ１０９８９、ｍＡｂ１０９３３、およびｍＡｂ１０９３４）で同様の効力を生成し、相乗的な中和活性を示す組み合わせはなかった（図１０Ｂ）。
スパイク（Ｓ）タンパク質のアミノ酸変異体は、世界中で循環している分離株を表す７００以上の公的に入手可能なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２配列から同定され、ＶＳＶシュード粒子にクローン化された。モノクローナル抗体の中和効力に対する各変異体の影響を評価するために、変異体をコードするシュード粒子を用いた中和アッセイを実施した。表２７は、５μｇ／ｍｌの単一濃度でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク（Ｓ－ｗｔ）と比較した、シュード粒子をコードする変異体に対するモノクローナル抗体の相対的な中和効力を例示している。Ｓ－ｗｔに対する中和の割合は、個々の抗体および変異体ごとに取得された。ｍＡｂ１０９８５およびＲ４０８Ｉ変異体を除いて、５μｇ／ｍｌの濃度で中和効力の喪失を示した抗体はなかった。これらのデータは、世界的に循環しているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク変異体に対するモノクローナル抗体の幅広い機能的中和範囲を示している。
モノクローナル抗体の中和効力に対するＳタンパク質変異体の影響をさらに調査するために、完全中和曲線を実行して、Ｓタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内に局在する変異体のサブセットに対する最も強力な中和抗体のＩＣ５０値を決定した。表２８は、各変異体疑似粒子のＩＣ５０中和値を示している。最大３倍の内在的変動は、疑似粒子中和アッセイ間で観察でき、中和効力の変化を示すものではない。これらのデータは、抗体がＳタンパク質ＲＢＤ変異体の多様なパネルに対して中和効力を保持していることを示している。
実施例１３：精製された抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体のＢｉａｃｏｒｅ結合速度
精製されたＣＨＯｔ抗ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２モノクローナル抗体（ｍＡｂ）に結合する様々なＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ試薬の平衡解離定数（ＫD）は、リアルタイム表面
プラズモン共鳴ベースのＢｉａｃｏｒｅ Ｔ２００／Ｂｉａｃｏｒｅ ８Ｋバイオセンサーを使用して決定された。すべての結合研究は、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ、３ｍＭのＥＤＴＡ、および０．０５ｖ／ｖ％の界面活性剤Ｔｗｅｅｎ－２０、ｐＨ７．４（ＨＢＳ－ＥＴ）ランニングバッファーで２５℃および３７℃で実施した。Ｂｉａｃｏｒｅ ＣＭ５センサーチップ表面は、抗ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ｂｍＡｂを捕捉するために、マウス抗ヒトＦｃ特異的ｍＡｂ（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ、ｍＡｂ２５６７）とのアミンカップリングによって最初に誘導体化された。結合研究は、Ｃ末端ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジン（ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ＭＭＨ）で発現されたヒトＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ細胞外ドメインおよびＣ末端マウスＩｇＧ２ａ（ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ｍＦｃ）で発現されたＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ細胞外ドメインで実施された。これらの試薬を使用することで、それぞれ単量体および二量体のＲＢＤペプチドに結合する抗体の能力を試験することができた。
ＨＢＳ－ＥＴランニングバッファーで調製した異なる濃度のｈＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ＭＭＨ（９０ｎＭ－３．３３ｎＭ、３倍希釈）およびＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ｍＦｃ（３０ｎＭ－１．１１ｎＭの３倍希釈）を、５０μＬ／分の流速で３分間注入し、ｍＡｂに結合した様々なＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ試薬の解離をＨＢＳ－ＥＴランニングバッファーで６～１０分間モニターした。各サイクルの終わりに、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ捕捉表面は、マウス抗ヒトＦｃ特異的ｍＡｂ表面に２０ｍＭ
のリン酸を１２秒間注入することで再生された。会合速度（Ｋa）および解離速度（Ｋd）は、ＢｉａＥｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアｖ３．１またはＢｉａｃｏｒｅ Ｉｎｓｉｇｈｔ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェア ｖ２．０または曲線あてはめソフトウェアを使用して、リアルタイム結合センサーグラムを、物質移動限界（ｍａｓｓ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎ）を有する１：１結合モデルにあてはめることにより決定された。結合解離平衡定数（ＫD）および解離半減期（ｔ１／２）を、運動速度から以
下のように計算した：
２５℃および３７℃で本発明の異なる抗ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ試薬に結合する異なるＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ｍＡｂの結合速度パラメーターを、それぞれ表２９～３２に示す。
実施例１４：ＥＬＩＳＡによって決定されるように、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体は、ｈＡＣＥ２へのＲＢＤ結合を遮断する
ＥＬＩＳＡベースの遮断アッセイを使用して、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２スパイクタンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のその受容体であるヒトアンジオテンシン変換酵素２（ｈＡＣＥ２）への結合を遮断する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の能力を決定した。
このアッセイで使用したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質は、Ｃ－末端（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－ｈＦｃ）でヒトＩｇＧ１のＦｃ部分で発現された、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）部分（アミノ酸Ａｒｇ３１９～Ｐｈｅ５４１）で構成された。実験で使用したヒトＡＣＥ２タンパク質は、Ｒ＆Ｄシステムから購入され、Ｃ末端－１０Ｘヒスチジンタグ（ｈＡＣＥ２－Ｈｉｓ、ＮＣＢＩ受託番
号Ｑ９ＢＹＦ１）を有するアミノ酸Ｇｌｎ１８～Ｓｅｒ７４０で構成された。
以下の手順で実験を行った。モノクローナル抗Ｐｅｎｔａ－Ｈｉｓ抗体（Ｑｉａｇｅｎ）を、９６ウェルマイクロタイタープレート上のＰＢＳ中１μｇ／ｍｌで４℃で一晩コーティングした。ｈＡＣＥ２－Ｈｉｓ受容体をＰＢＳ中０．２ｕｇ／ｍｌで添加し、室温（ＲＴ）で２時間結合させた。その後、非特異的結合部位を、ＰＢＳ中のＢＳＡの０．５（重量／体積）％溶液を使用して遮断した。他のマイクロタイタープレートでは、一定量の１００ｐＭのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－ｈＦｃタンパク質が抗ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２抗体およびアイソタイプＩｇＧ１抗体対照とＰＢＳ＋０．５％のＢＳＡで０．０００８ｎＭ～５０ｎＭの希釈率で結合した。１時間のインキュベーション後、混合溶液をマイクロタイタープレートでコーティングされたｈＡＣＥ２－Ｈｉｓに移した。室温で１．５時間インキュベートした後、ウェルを洗浄し、プレートに結合したＳＡＲＳ－ＣＯＶ２を、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）（Ｊａｃｋｓｏｎ）と結合したヤギ抗ヒトＩｇＧ抗体で検出した。次に、メーカーの推奨に従ってＴＭＢ基質溶液（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、＃５５５２１４）を使用してプレートを現像し、ＶｉｃｔｏｒＸ５プレートリーダーで４５０ｎｍの吸光度を測定した。
結合データは、Ｐｒｉｓｍ（商標）ソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ）内のシグモイド用量反応モデルを使用して分析された。プレートコーティングされたｈＡＣＥ２－ＨｉｓへのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－ｈＦｃ結合の５０％を遮断するために必要な抗体の濃度として定義される計算されたＩＣ５０値は、遮断効力の指標として使用された。遮断率は、この式を使用して試験した最高の抗体濃度で観察され、試験したすべての抗体について報告されたバックグラウンド補正された結合シグナルに基づいて定義された。
試験した最高濃度で５０％以下の結合を遮断した抗体は、非遮断薬として分類され、ＩＣ５０値は、それらの抗体について報告されていない。
ヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ結合を遮断する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の能力は、遮断ＥＬＩＳＡを使用して評価された。このアッセイでは、１００ｐＭのＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ｈＦｃを広範囲の濃度の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体で滴定し、ｈＡＣＥ２－ＨｉｓへのＲＢＤ結合に対する抗体の存在の阻害は評価された。プレートに結合したＲＢＤ－ｈＦｃは、ＨＲＰ結合抗ｈＦｃ抗体で検出された。
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体の最高試験濃度での遮断ＩＣ５０および最大遮断を表３３に要約し、遮断曲線を図１～８に示す。試験した４６個の抗体のうち、４４個はｈＡＣＥ－２へのＲＢＤ．ｈＦｃ結合の抗体濃度依存性遮断を示した。ＩＣ５０値は、４１ｐＭ～４．５ｎＭの範囲であり、最大遮断は試験した最高の抗体濃度で５５％～約１００％の範囲であった。試験した４６個のうち２個の抗体は、アッセイ条件下で遮断活性を示さなかった。予想通り、無関係なアイソタイプ対照抗体は遮断活性を示さなかった。
実施例１５：ｍＡｂ１０９８７、ｍＡｂ１０９８９、ｍＡｂ１０９３３、およびｍＡｂ１０９３４間の相互競合
ｍＡｂ１０９８７、ｍＡｂ１０９８９、ｍＡｂ１０９３３、およびｍＡｂ１０９３４を交差競合結合アッセイで調べ（図１１）、組み合わせて抗体カクテルを形成する可能性の
あるピコモル中和能を持つ非競合ｍＡｂのいくつかのペアを同定した（例えば、ｍＡｂ１０９８７およびｍＡｂ０９３３）。
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ ｍＡｂのエピトープビニングは、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ、０．０５％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ－２０、ｐＨ７．４、１ｍｇ／ｍＬのＢＳＡのランニングバッファーを含む、ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ ＨＴＸバイオレイヤー干渉測定装置（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ ＦｏｒｔｅＢｉｏ
ＬＬＣ、カリフォルニア州フリーモント）を使用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－ＭＭＨタンパク質に結合するために、ペアワイズコンビナトリアル方式で互いに競合するｍＡｂを含むプレミックスサンドイッチ形式で実施された。アッセイは、１０００ｒｐｍで連続的に撹拌しながら３０℃で実施した。ランニングバッファーで初期ベースラインを取得した後、２０μｇ／ｍＬの抗ＣＯＶＩＤ１９ｍＡｂを抗ヒトＦｃ（ＡＨＣ）バイオセンサーチップに３００秒間捕捉した。ＡＨＣバイオセンサーチップ上の残りの遊離不飽和結合部位を遮断するために、すべてのセンサーを２４０秒間、１００μｇ／ｍＬの無関係なＩｇＧ１を含む遮断溶液にさらした。このプロセスに続いて、バイオセンサーを、１００ｎＭのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－ＭＭＨタンパク質のプレミックス溶液および２番目のｍＡｂの６００ｎＭの抗ＣＯＶＩＤ１９ｍＡｂ結合部位を含むウェルに３００秒間浸漬した。各ステップでの結合応答を記録し、データセットから自己遮断ｍＡｂ競合対照を差し引くことによって特定のシグナルを正規化した。データ分析は、Ｅｐｉｔｏｐｅ
Ｂｉｎｎｉｎｇを使用してＯｃｔｅｔ Ｄａｔａ Ａｎａｌｙｓｉｓ ＨＴ １０．０ソフトウェアで実行された。
クロスコンペティション結合アッセイを上記のＨＤＸ－ＭＳの結果と比較すると、競合しない抗体ペアが同時にＲＢＤに結合できるメカニズムについての構造的洞察が得られ、したがって治療用抗体カクテルの理想的なパートナーになり得る。ｍＡｂ１０９８７およびｍＡｂ１０９３３は、そのような抗体のペアを表す。ｍＡｂ１０９３３は、ＡＣＥ２インターフェースの一方のエッジにあるスパイク状のループ領域を対象としている。その領域内で、ｍＡｂ１０９３３による最も重要なＨＤＸ保護を示す残基は上向きであり、ｍＡｂ１０９３３のＦａｂ領域が上方向からＲＢＤに結合し、ｍＡｂ１０９３３がＡＣＥ２と重大な衝突を起こすことを示唆している。ｍＡｂ１０９３３との競合を回避するために、ｍＡｂ１０９８７は、正面または左下からＨＤＸで定義された保護領域にのみ結合する（図１２のｍＡｂ１０９８７の正面図）。これは、ｍＡｂ１０９８７がＡＣＥ２に干渉する可能性が高い位置に配向するため、上記の中和データと一致している。
実施例１６：抗体結合スパイクタンパク質の構造決定
スパイクタンパク質ＲＢＤへのｍＡｂ１０９３３およびｍＡｂ１０９８７の結合をよりよく理解するために、構造解析を低温電子顕微鏡（ｃｒｙｏＥＭ）を介して実行した。ｍＡｂ１０９３３およびｍＡｂ１０９８７のＦａｂ断片は、ＦａｂＡＬＡＣＴＩＣＡキット（Ｇｅｎｏｖｉｓ）を使用して分離した。６００μｇのｍＡｂ１０９３３ Ｆａｂおよび６００μｇのｍＡｂ１０９８７ Ｆａｂを３００μｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ ＲＢＤと混合し、氷上で約１時間インキュベートした後、５０ｍＭのＴｒｉｓ ｐＨ７．５、１５０ｍＭのＮａＣｌに平衡化したＳｕｐｅｒｄｅｘ２００増加ゲル濾過カラムに注入した。ｍＡｂ１０９３３ Ｆａｂ－ｍＡｂ１０９８７ Ｆａｂ－ＲＢＤ複合体を含むピーク画分を収集し、１０ｋＤａのＭＷＣＯ遠心フィルターを使用して濃縮した。ｃｒｙｏＥＭグリッドの調製では、タンパク質サンプルを１．５ｍｇ／ｍＬに希釈し、０．１５％のＰＭＡＬ－Ｃ８アンフィポールを添加した。３．５μＬのタンパク質を、プラズマで洗浄したばかりのＵｌｔｒＡｕｆｏｉｌグリッド（１．２／１．３、３００メッシュ）に沈着させた。濾紙を使用して過剰な溶液を吸い取り、Ｖｉｔｒｏｂｏｔ Ｍａｒｋ ＩＶを使用して液体エタンにプランジ凍結した。ｃｒｙｏＥＭグリッドは、Ｋ３検出器（Ｇａｔａｎ）を備えたＴｉｔａｎ Ｋｒｉｏｓ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）に移された。映画は
、ＥＰＵ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を使用して、０．８５Åのピクセルサイズに対応する１０５，０００倍の倍率で収集された。ピクセルあたり毎秒１５電子の線量率が使用され、各ムービーは２秒で、Å２あたり約４０電子の総線量に相当する。
すべてのｃｒｙｏＥＭデータ処理は、ｃｒｙｏＳＰＡＲＣ ｖ２．１４．２を使用して実行された。２，８２１本の映画は、パッチモーション補正およびパッチＣＴＦ推定を使用して調整された。推定された焦点ぼけ値およびＣＴＦ適合解像度に基づいて、さらに処理するために２，１９７枚の位置合わせされた顕微鏡写真が選択された。ブロブピッカーを使用してピッキングされた粒子の初期セットは、テンプレートピッキング用のテンプレートを生成するために２Ｄ分類に供された。テンプレートピッキングによってピッキングされた９８９，５５３個の粒子は、未結合のファブおよび不完全な複合体を含む粒子を除去するために、２Ｄ分類の複数のラウンドに供された。３つのクラスを使用したＡｂ ｉｎｉｔｉｏ再構築により、ｍＡｂ１０９３３ Ｆａｂ－ｍＡｂ１０９８７ Ｆａｂ－ＲＢＤ複合体に対応する６１，７０７個の粒子を含む単一のクラスが生成された。このクラスの粒子の不均一な精製とそれに続く不均一な精製により、モデル構築に使用された４８，１４０個の粒子を含む３，９Åの解像度（ＦＳＣ＝０．１４３）のマップが得られた。このマップに、ＲＢＤ（ＰＤＢコード６Ｍ１７から取得）および２つのＦａｂ（ＰＤＢコード５Ｕ１５から取得したｍＡｂ１０９８７のラムダ軽鎖を除く以前の抗体構造から取得）のモデルを手動で配置した。次に、これらのモデルはＣｏｏｔを使用して手動で再構築され、Ｐｈｅｎｉｘを使用してマップに対して実空間が調整された。
上記のデータを確認すると、ｍＡｂ１０９３３およびｍＡｂ１０９８７のＦａｂ断片に結合したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤの複合体の単一粒子ｃｒｙｏＥＭは、このカクテルの２つの抗体がＲＢＤの異なる領域に同時に結合できることを示している（図１３Ａ、図１３Ｂ、および図１４）。公称解像度３．９Åの複合体の３Ｄ再構築マップは、両方のＦａｂ断片がＲＢＤの異なるエピトープに結合することを示しており、それらが非競合抗体であることを確認している。ｍＡｂ１０９３３は、ＲＢＤの上部に結合し、ＡＣＥ２の結合部位と広範囲に重なる。一方、ｍＡｂ１０９８７のエピトープは、ＲＢＤの側にあり、ｍＡｂ１０９３３エピトープからかなり離れており、ＡＣＥ２結合部位とほとんどまたはまったく重複していない。
実施例１７：抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ ｍＡｂ間の相互競合
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－Ｓモノクローナル抗体（ｍＡｂ）間の結合競合は、Ｏｃｔｅｔ ＨＴＸバイオセンサープラットフォーム（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｃｏｒｐ．）でのリアルタイム無標識バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）アッセイを使用して決定された。実験全体は、２５℃で１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ、３ｍＭのＥＤＴＡ、および０．０５ｖ／ｖ％の界面活性剤Ｔｗｅｅｎ－２０、１ｍｇ／ｍＬのＢＳＡ、ｐＨ７．４（ＨＢＳ－ＥＢＴ）バッファーで、プレートを１０００ｒｐｍの速度で振とうしながら実施した。２つのｍＡｂが、Ｃ末端ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジン（ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ＭＭＨ）で発現したＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ ＲＢＤ細胞外ドメイン上のそれぞれのエピトープへの結合について互いに競合できるかどうかを評価するために、約０．５１ｎｍのＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ ＲＢＤ－ＭＭＨは、バイオセンサーチップをＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ ＲＢＤ－ＭＭＨの１０μｇ／ｍＬの溶液を含むウェルに１分間浸すことにより、抗ペンタ－Ｈｉｓ抗体でコーティングされたＯｃｔｅｔバイオセンサーチップ（Ｆｏｒｔｅｂｉｏ Ｉｎｃ、＃１８－５１２２）に最初に捕捉された。次に、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ ＲＢＤ－ＭＭＨを捕捉したバイオセンサーチップを、５０μｇ／ｍＬのｍＡｂ－１溶液を含むウェルに５分間浸浸漬することにより、第１の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体（以降、ｍＡｂ－１と呼ばれる）で飽和させた。次に、バイオセンサーチップを、５０μｇ／ｍＬの第２の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体（以降、ｍＡｂ－２と呼ばれる）溶液を含むウェルに５分間浸
漬した。バイオセンサーチップは、実験の各ステップ間にＨＢＳ－ＥＴＢバッファーで洗浄された。リアルタイム結合応答が実験の全過程の間監視され、各ステップの終了時の結合応答が記録された。ｍＡｂ－１と予め複合体化されたＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ＭＭＨに結合するｍＡｂ－２の応答を比較し、表３４に示すように、異なる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体の競合／非競合挙動を決定した。
実施例１８：３７℃で測定された単量体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ ＲＢＤ試薬に結合する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体のｐＨ感受性
ｐＨ７．４、ｐＨ６．０、およびｐＨ５．０バッファー中の様々な抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ モノクローナル抗体の解離速度定数（Ｋd）は、リアルタイム表面プラズモン
共鳴（ＳＰＲ）ベースのＢｉａｃｏｒｅ Ｔ２００バイオセンサーを使用して決定された。すべての結合研究は、３つのランニングバッファー（ｉ）ＰＢＳ、０．０５ｖ／ｖ％の界面活性剤Ｔｗｅｅｎ－２０、ｐＨ７．４（ＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ７．４）（ｉｉ）ＰＢＳ、０．０５ｖ／ｖ％の界面活性剤Ｔｗｅｅｎ－２０、ｐＨ６．０（ＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ６．０）、および（ｉｉｉ）ＰＢＳ、０．０５ｖ／ｖ％の界面活性剤Ｔｗｅｅｎ－２０、ｐＨ５．０（ＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ５．０）を使用して３７℃で実施した。Ｂｉａｃｏｒｅ ＣＭ５センサーチップ表面は、最初に、マウス抗ヒトＦｃ特異的ｍＡｂ（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）とのアミンカップリングによって誘導体化され、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体を捕捉した。結合研究は、Ｃ末端ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジン（ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ＭＭＨ）で発現されたヒトＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ ＲＢＤ細胞外ドメインで実施され、ＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ７．４バッファー中で調製された単一濃度のＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ ＲＢＤ－ＭＭＨ（９０ｎＭ）を、２５μＬ／分の流速で３分間注入した後、結合したＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ ＲＢＤ－ＭＭＨをＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ７．４、ＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ６．０、またはＰＢＳ－Ｔ ＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ５．０ランニングバッファー中で５分間解離させた。
Ｓｃｒｕｂｂｅｒ ２．０ｃカーブフィッティングソフトウェアを使用して、リアルタイム結合センサーグラムを１：１結合モデルにフィッティングすることにより、４つのｐＨランニングバッファーの解離速度定数（ｋd）を決定した。解離半減期（Ｔ１／２）と
してＫd値から計算した。
ＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ７．４およびＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ６．０中の３７℃での解離に続いて、ＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ７．４中で異なる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体に結合するＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ ＲＢＤ－ＭＭＨのＫdおよびｔ１／２値を表３５に示
す。ＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ７．４およびＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ５．０中の３７℃での解離に続いて、ＰＢＳ－Ｔ－ｐＨ７．４中で異なる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体に結合するＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ ＲＢＤ－ＭＭＨのＫdおよびｔ１／２値を表３６に
示す。ｐＨ７．４、ｐＨ６．０、およびｐＨ５．０のバッファーにおけるＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ－ＭＭＨの解離性半減期（ｔ１／２）の比較。
実施例１９：ウイルス様粒子に結合する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体のパネルがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質に結合する能力を調査するために、エレクトロケミルミネッセンスベースの検出プラットフォーム（ＭＳＤ）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイピングされた水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）を利用したインビトロ結合アッセイが開発された。
シュードタイプ水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）ウイルス様粒子（ＶＬＰ）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（受託番号ＭＮ９０８９４７．３、アミノ酸１６－１２１１）を一時的に発現するためにＨＥＫ２９３Ｔ細胞から生成された。ＶＳＶのみを発現するＶＬＰも陰性結合対照として生成された。
以下の手順で実験を行った。上記の２つのソースからのＶＬＰをＰＢＳで希釈し、９６ウェルカーボン電極プレート（ＭＵＬＴＩ－ＡＲＲＡＹハイバインドプレート、ＭＳＤ）に播種し、４℃で一晩インキュベートしてＶＬＰを接着させた。非特異的結合部位を、ＰＢＳ中の２（重量／体積）％のＢＳＡによって１時間室温で遮断した。プレートに結合した細胞に、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体および非結合ヒトＩｇＧ１対照を、０．０００８ｎＭ～５０ｎＭの濃度範囲でＰＢＳ＋０．５％のＢＳＡで希釈し、抗体を含まないバッファーを２回添加し、プレートを振とうしながら室温で１時間インキュベートした。次に、プレートを１×ＰＢＳで洗浄し、ＡｑｕａＭａｘ２０００プレートウォッシャー（ＭＤＳ
Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して未結合の抗体を除去した。プレート結合抗体は、ＳＵＬＦＯ－ＴＡＧＴＭ結合抗ヒトＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）を使用して室温で１時間検出された。洗浄後、プレートを製造業者の推奨手順に従ってリードバッファー（ＭＳＤ）で顕色させ、発光シグナルをＳＥＣＴＯＲ Ｉｍａｇｅｒ ６００（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）機器で記録した。（ＲＬＵでの）直接結合シグナルは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を発現するＶＬＰおよびＶＳＶのみのＶＬＰについて捕捉された。
無関係のＶＳＶ発現ＶＬＰへの結合と比較したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ発現ＶＬＰに結合する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体の能力を、免疫結合アッセイを使用して評価した。９６ウェルＨｉｇｈ Ｂｉｎｄプレート（ＭＳＤ）に固定化されたＶＬＰへの結合は、一連の抗体希釈で実行され、結合した抗体はＳＵＬＦＯ－ＴＡＧＴＭ結合抗ヒトＩｇＧを使用して検出された。エレクトロケミルミネッセンスからの結合シグナルは、セクターイメージャー６００（ＭＳＤ）で記録された。ＶＬＰに結合する抗体のＲＬＵ値を決定した。すべての抗体は濃度依存性の結合を示し、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓを発現するＶＬＰでのＶＳＶのみへの結合の比率を５．５ｎＭおよび０．２０ｎＭで分析した。
２つの濃度の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ ｍＡｂのＶＳＶ／スパイクおよびＶＳＶのみのＶＬＰへの結合結果を表３７に要約する。試験した４６の抗体のうち、４４の抗体がＶＳＶ／スパイクに特異的に結合し、ＶＳＶに対する比率はいずれかの濃度で３以上であった。０．２ｎＭ抗体では、ＶＳＶ／スパイクとＶＳＶの比率は３～５６の範囲であり、５ｎＭでは比率は３～３０３の範囲であった。２つの抗体（ｍＡｂ１０９９８およびｍＡｂ１１００２）はＶＳＶ／スパイクＶＬＰへの弱い結合を示し、ＶＳＶ ＶＬＰに対する比率は３未満であったが、５ｎＭでのシグナルはＶＳＶ／スパイクでＶＳＶよりも高かった。予想通り、無関係なＩｇＧ１アイソタイプ抗体は最小限の結合を示した。
実施例２０：スパイクタンパク質発現細胞に結合する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ抗体
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓモノクローナル抗体のパネルがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ発現細胞に結合する能力を調査するために、エレクトロケミルミネッセンスでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ発現細胞を利用するインビトロ結合アッセイベースの検出プラットフォーム（ＭＳＤ）が開発された。
Ｊｕｒｋａｔ／Ｔｅｔ３Ｇ／ｈＣＤ２０／Ｔｅｔ－３Ｇ誘導性細胞は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（受託番号ＭＮ９０８９４７．３、アミノ酸１６－１２１１、Ｊｕｒｋａｔ／Ｔｅｔ３Ｇ／ｈＣＤ２０／Ｔｅｔ－Ｏｎ ３Ｇ誘導性ＣＯＶＩＤ－１９スパイクタンパク質Ｈｉｇｈ Ｓｏｒｔｅｄ）、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質の高発現を選択するために分類されたフローサイトメトリーを過渡的に発現するように操作された。親のＪｕｒｋａｔ／Ｔｅｔ３Ｇ／ｈＣＤ２０／Ｔｅｔ－３Ｇも負の結合対照として実験に含まれた。
以下の手順で実験を行った。上記の２つの系統の細胞を１μｇ／ｍｌのドキシサイクリンで３７℃で３６時間誘導した後、採取し、スピンダウンし、ＰＢＳで洗浄し、ＰＢＳで希釈して、９６ウェルカーボン電極プレートに播種し（ＭＵＬＴＩ－ＡＲＲＡＹハイバインドプレート（ＭＳＤ）を使用し、４℃で一晩インキュベートして細胞を接着させる。非特異的結合部位を、ＰＢＳ中の２（重量／体積）％のＢＳＡによって１時間室温で遮断した。プレートに結合した細胞に、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体および非結合ヒトＩｇＧ１対照を、０．０００８ｎＭ～５０ｎＭの濃度範囲でＰＢＳ＋０．５％のＢＳＡで希釈し、抗体を含まないバッファーを２回添加し、プレートを振とうしながら室温で１時間インキュベートした。次に、プレートを１×ＰＢＳで洗浄し、ＡｑｕａＭａｘ２０００プレートウォッシャー（ＭＤＳ Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して
未結合の抗体を除去した。プレート結合抗体は、ＳＵＬＦＯ－ＴＡＧＴＭ結合抗ヒトＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）を使用して室温で１時間検出された。洗浄後、プレートを製造業者の推奨手順に従ってリードバッファー（ＭＳＤ）で顕色させ、発光シグナルをＳＥＣＴＯＲ Ｉｍａｇｅｒ ６００（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）機器で記録した。直接結合シグナル（ＲＬＵ）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ発現細胞および陰性対照細胞株で捕捉された。
親細胞への結合と比較した、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質発現細胞に結合する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体の能力を、免疫結合アッセイを使用して評価した。９６ウェル高結合プレート（ＭＳＤ）上の固定化細胞への結合は、一連の抗体希釈で実行され、結合した抗体はＳＵＬＦＯ－ＴＡＧＴＭ結合抗ヒトＩｇＧを使用して検出された。エレクトロケミルミネッセンスからの結合シグナルは、セクターイメージャー６００（ＭＳＤ）で記録された。すべての抗体は濃度依存性の結合を示し、親細胞に対するスパイク発現細胞の結合の比率を５．５ｎＭおよび０．２０ｎＭの濃度で分析した。
２つの濃度の抗ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－Ｓ ｍＡｂのスパイクタンパク質発現細胞および親Ｊｕｒｋａｔ細胞への結合結果を表３８に要約する。試験した４６の抗体のうち、４４の抗体がＪｕｒｋａｔ／スパイク細胞（Ｊｕｒｋａｔ／Ｔｅｔ３Ｇ／ｈＣＤ２０／Ｔｅｔ－Ｏｎ ３Ｇ誘導性ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質Ｈｉｇｈ Ｓｏｒｔｅｄ細胞）に特異的に結合し、どちらかの濃度で親細胞との比率は４以上であった。０．２ｎＭでは、Ｊｕｒｋａｔ／スパイク細胞および親細胞の結合シグナルの比率は、４～３６の範囲であり、５ｎＭでは比率は４～６３の範囲であった。２つの抗体（ｍＡｂ１０９９８およびｍＡｂ１１００２）は、Ｊｕｒｋａｔ／スパイク細胞への弱い結合を示し、親細胞への結合比は４未満であったが、５ｎＭでは、結合シグナルは親細胞よりもＪｕｒｋｅｔ／スパイクの方が高かった。予想通り、無関係なＩｇＧ１アイソタイプ抗体は最小限の結合を示した。
＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊
本明細書で引用されたすべての参考文献は、各個々の出版物、データベースエントリ（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ配列またはＧｅｎｅＩＤエントリ）、特許出願、または特許が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示されている場合と同じ程度に参照により組み込まれる。この参照による組み込みの記載は、申請者によって、このような引用が参照により組み込まれる特定の記載に直接隣接していない場合でも、個々のすべての出版物、データベースエントリ（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ配列またはＧｅｎｅＩＤエントリ）、特許出願、または特許に関連することが意図される。本明細書内に、存在する場合、参照により組み込まれる特定の記載を包含することにより、参照により組み込まれるこの一般的な記載が弱められるものでは決してない。本明細書における参考文献の引用は、その参考文献が関連する先行技術であることの承認として意図されるものでも、これらの出版物または文書の内容または日付に関するいずれの承認を構成するものでもない。

Claims (80)

  1. 配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する単離された抗体またはその抗原結合断片であって、前記単離された抗体または抗原結合断片が、配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）内に含まれる３つの重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）と、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）内に含まれる３つの軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）と、を含む、単離された抗体またはその抗原結合断片。
  2. ＨＣＤＲ１が、配列番号２０４に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ２が、配列番号２０６に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ３が、配列番号２０８に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ１が、配列番号２１２に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ２が、配列番号５５に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ３が、配列番号２１４に記載のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
  3. 配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲを含む、請求項２に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
  4. 配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲを含む、請求項２に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
  5. 配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む、請求項２に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
  6. 配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する単離された抗体であって、前記単離された抗体が、免疫グロブリン定常領域と、配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）内に含まれる３つの重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）と、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）内に含まれる３つの軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）と、を含む、単離された抗体。
  7. ＨＣＤＲ１が配列番号２０４に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ２が配列番号２０６に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ３が配列番号２０８に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ１が配列番号２１２に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ２が配列番号５５に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ３が配列番号２１４に記載のアミノ酸配列を含む、請求項６に記載の単離された抗体。
  8. 配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む、請求項６に記載の単離された抗体。
  9. 前記単離された抗体が、配列番号２１６に記載のアミノ酸配列を含む重鎖と、配列番号２１８に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖と、を含む、請求項６に記載の単離された抗体。
  10. 前記免疫グロブリン定常領域が、ＩｇＧ１定常領域である、請求項６に記載の単離された抗体。
  11. 組換え抗体である、請求項６に記載の単離された抗体。
  12. 多重特異性である、請求項６に記載の単離された抗体。
  13. 請求項６に記載の単離された抗体および薬学的に許容される担体または希釈剤を含む、医薬組成物。
  14. 第２の治療薬をさらに含む、請求項１３に記載の医薬組成物。
  15. 前記第２の治療薬が、配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する二次抗体またはその抗原結合断片、抗炎症剤、抗マラリア剤、およびＴＭＰＲＳＳ２に結合する抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択される、請求項１４に記載の医薬組成物。
  16. 前記第２の治療薬が、配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する二次抗体またはその抗原結合断片である、請求項１４に記載の医薬組成物。
  17. 前記二次抗体またはその抗原結合断片が、配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲ内に含まれる３つの重鎖ＣＤＲ（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）と、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲ内に含まれる３つの軽鎖ＣＤＲ（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）と、を含む、請求項１６に記載の医薬組成物。
  18. 前記二次抗体またはその抗原結合断片が、配列番号６４２に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号４９９に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、配列番号６４４に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、配列番号６４８に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号６５０に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、配列番号６５２に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、請求項１７に記載の医薬組成物。
  19. 前記二次抗体またはその抗原結合断片が、配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む、請求項１８に記載の医薬組成物。
  20. 前記二次抗体またはその抗原結合断片が、配列番号６５４に記載のアミノ酸配列を含む重鎖と、配列番号６５６に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖と、を含む、請求項１９に記載の医薬組成物。
  21. 配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する単離された抗体またはその抗原結合断片であって、前記単離された抗体または抗原結合断片が、配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）内に含まれる３つの重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）と、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）内に含まれる３つの軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）と、を含む、単離された抗体またはその抗原結合断片。
  22. ＨＣＤＲ１が、配列番号６４２に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ２が、配列番号４９９に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ３が、配列番号６４４に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ１が配列番号６４８に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ２が、配列番号６５０に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ３が、配列番号６５２に記載のアミノ酸配列を含む、請求項２１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
  23. 配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲを含む、請求項２１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
  24. 配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲを含む、請求項２１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
  25. 配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む、請求項２１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
  26. 配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する単離された抗体であって、前記単離された抗体が、免疫グロブリン定常領域と、配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）内に含まれる３つの重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）と、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）内に含まれる３つの軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）と、を含む、単離された抗体。
  27. ＨＣＤＲ１が、配列番号６４２に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ２が、配列番号４９９に記載のアミノ酸配列を含み、ＨＣＤＲ３が、配列番号６４４に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ１が、配列番号６４８に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ２が、配列番号６５０に記載のアミノ酸配列を含み、ＬＣＤＲ３が、配列番号６５２に記載のアミノ酸配列を含む、請求項２６に記載の単離された抗体。
  28. 配列番号６４０に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、配列番号６４６に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む、請求項２６に記載の単離された抗体。
  29. 前記単離された抗体が、配列番号６５４に記載のアミノ酸配列を含む重鎖と、配列番号６５６に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖と、を含む、請求項２６に記載の単離された抗体。
  30. 前記免疫グロブリン定常領域が、ＩｇＧ１定常領域である、請求項２６に記載の単離された抗体。
  31. 組換え抗体である、請求項２６に記載の単離された抗体。
  32. 多重特異性である、請求項２６に記載の単離された抗体。
  33. 請求項２６に記載の単離された抗体および薬学的に許容される担体または希釈剤を含む、医薬組成物。
  34. 第２の治療薬をさらに含む、請求項３３に記載の医薬組成物。
  35. 前記第２の治療薬が、配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する二次抗体またはその抗原結合断片、抗炎症剤、抗マラリア剤、およびＴＭＰＲＳＳ２に結合する抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択される、請求項３４に記載の医薬組成物。
  36. 前記第２の治療薬が、配列番号８３２に記載のアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－
    ２スパイクタンパク質に結合する二次抗体またはその抗原結合断片である、請求項３４に記載の医薬組成物。
  37. 前記二次抗体またはその抗原結合断片が、配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲ内に含まれる３つの重鎖ＣＤＲ（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）と、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲ内に含まれる３つの軽鎖ＣＤＲ（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）と、を含む、請求項３６に記載の医薬組成物。
  38. 前記二次抗体またはその抗原結合断片が、配列番号２０４に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号２０６に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、配列番号２０８に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、配列番号２１２に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号５５に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、配列番号２１４に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、請求項３７に記載の医薬組成物。
  39. 前記二次抗体またはその抗原結合断片が、配列番号２０２に記載のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲと、配列番号２１０に記載のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲと、を含む、請求項３８に記載の医薬組成物。
  40. 前記二次抗体またはその抗原結合断片が、配列番号２１６に記載のアミノ酸配列を含む重鎖と、配列番号２１８に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖と、を含む、請求項３９に記載の医薬組成物。
  41. コロナウイルススパイクタンパク質（ＣｏＶ－Ｓ）に特異的に結合する、単離された組換え抗体またはその抗原結合断片であって、前記抗体が、以下の特徴：
    （ａ）約１０-9Ｍ未満のＥＣ50でＣｏＶ－Ｓに結合すること、
    （ｂ）コロナウイルス感染動物への投与後の前記コロナウイルス感染動物において、前記投与なしの同等のコロナウイルス感染動物と比較して、生存の増加を示すこと、および／または
    （ｃ）表１のＨＣＶＲと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）内に含まれる３つの重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）（ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３）と、表１のＬＣＶＲと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）内に含まれる３つの軽鎖ＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３）と、を含むこと、のうちの１つ以上を有する、単離された組換え抗体またはその抗原結合断片。
  42. （ａ）表１の抗体のＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３を含む免疫グロブリン重鎖可変領域、および／または
    （ｂ）表１の抗体のＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域、を含む、請求項４１に記載の抗体または抗原結合断片。
  43. （ａ）表１のＨＣＶＲ配列に対して少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン可変領域、および／または
    （ｂ）表１のＬＣＶＲ配列に対して少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン可変領域、を含む、請求項４１または４２に記載の抗体または抗原結合断片。
  44. 前記抗体または抗原結合断片が、表１の単一抗体のＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ３、ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３を含む、請求項４１～４３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  45. 表１の単一抗体のＨＣＶＲおよびＬＣＶＲを含む免疫グロブリンを含む、請求項４１～４４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  46. ＣｏＶ－Ｓへの結合について請求項４１～４５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片と競合する、抗原結合タンパク質。
  47. 請求項４１～４６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片と同じＣｏＶ－Ｓ上のエピトープ、または重複するＣｏＶ－Ｓ上のエピトープに結合する、抗原結合タンパク質。
  48. 多重特異性である、請求項４１～４７のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  49. 以下の特性：
    （ａ）コロナウイルスの増殖を阻害すること、
    （ｂ）コロナウイルスの表面に結合すること、
    （ｃ）インビトロでの細胞のコロナウイルス感染の拡大を制限すること、ならびに
    （ｄ）コロナウイルス感染によって引き起こされる死および／または体重減少からヒトＡＣＥ２またはＴＭＰＲＳＳ２タンパク質を発現するように操作されたマウスを保護すること、のうちの１つ以上を含む、請求項４１～４８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  50. 前記ＣｏＶ－Ｓが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓである、請求項４１～４９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。
  51. ＣｏＶ－Ｓポリペプチドに結合した請求項４１～５０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片を含む、複合体。
  52. 前記ＣｏＶ－Ｓが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓである、請求項５１に記載の複合体。
  53. 請求項４１～５０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片を作製するための方法であって、
    （ａ）前記抗体または抗原結合断片をコードする１つ以上のポリヌクレオチドを宿主細胞に導入することと、
    （ｂ）前記１つ以上のポリヌクレオチドの発現に有利な条件下で前記宿主細胞を培養することと、
    （ｃ）任意選択的に、前記宿主細胞および／または前記宿主細胞が増殖する培地から前記抗体または抗体結合断片を単離することと、を含む、方法。
  54. 前記宿主細胞が、チャイニーズハムスター卵巣細胞である、請求項５３に記載の方法。
  55. 請求項５３または５４に記載の方法の生成物である、抗体または抗原結合断片。
  56. （ａ）表１に記載のＨＣＶＲアミノ酸配列を含む抗体または抗原結合断片のＨＣＶＲドメインのＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３、または
    （ｂ）表１に記載のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む免疫グロブリン鎖のＬＣＶＲドメインのＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３、を含む、ポリペプチド。
  57. 請求項５６に記載のポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド。
  58. 請求項５７に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
  59. 請求項４１～５０のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合断片、または請求項５５～５８のいずれか一項に記載のポリペプチドもしくはポリヌクレオチドもしくはベクターを含む、宿主細胞。
  60. さらなる治療薬と関連して、請求項４１～５０および５５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片を含む、組成物またはキット。
  61. 請求項４１～５０および５５のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質と、薬学的に許容される担体と、任意選択的に、さらなる治療薬と、を含む、医薬組成物。
  62. 抗ウイルス薬またはワクチンであるさらなる治療薬と関連する、請求項６０または６１に記載の組成物またはキット。
  63. 前記さらなる治療薬が、抗炎症剤、抗マラリア剤、ＴＭＰＲＳＳ２に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片、およびＣｏＶ－Ｓに特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択される、請求項６０～６２のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
  64. 前記抗マラリア剤が、クロロキンまたはヒドロキシクロロキンである、請求項６３に記載の組成物またはキット。
  65. 前記抗炎症剤が、抗体である、請求項６３に記載の組成物またはキット。
  66. 前記抗体が、サリルマブ、トシリズマブ、またはギムシルマブである、請求項６５に記載の組成物またはキット。
  67. 前記抗体または抗原結合断片が、表１の二次抗体のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３配列を含む、請求項６３に記載の組成物またはキット。
  68. 請求項４１～５１、５５、および６０～６３のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質または組成物を含む、容器または注射器具。
  69. コロナウイルスによる感染の治療または予防を、それを必要とする対象において行うための方法であって、請求項４１～５０および５５のいずれか一項に記載の治療有効量の抗原結合タンパク質を投与することを含む、方法。
  70. 前記コロナウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群から選択される、請求項６８に記載の方法。
  71. 前記対象が、１つ以上のさらなる治療薬を投与される、請求項６９または７０に記載の方法。
  72. 前記１つ以上のさらなる治療薬が、抗ウイルス薬またはワクチンである、請求項７１に記載の方法。
  73. 前記１つ以上のさらなる治療薬が、抗炎症剤、抗マラリア剤、ＴＭＰＲＳＳ２に特異的
    に結合する抗体またはその抗原結合断片、およびＣｏＶ－Ｓに特異的に結合する抗体または抗原結合断片からなる群から選択される、請求項７１に記載の方法。
  74. 前記抗マラリア剤が、クロロキンまたはヒドロキシクロロキンである、請求項７３に記載の方法。
  75. 前記抗炎症剤が、抗体である、請求項７３に記載の方法。
  76. 前記抗体が、サリルマブ、トシリズマブ、またはギムシルマブである、請求項７５に記載の方法。
  77. 前記抗体または抗原結合断片が、表１の二次抗体のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３配列を含む、請求項７３に記載の方法。
  78. 請求項４１～５０および５５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片を対象の体内に投与するための方法であって、前記抗体または抗原結合断片を前記対象の体内に注射することを含む、方法。
  79. 前記抗体または抗原結合断片が、前記対象の体内に、皮下、静脈内、または筋肉内注射される、請求項７８に記載の方法。
  80. 前記抗体または抗原結合断片が、ＶＨ３－６６またはＶｋ１－３３可変ドメイン配列を含む、請求項４１～７９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片、組成物、キット、複合体、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または方法。
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