TW202342510A

TW202342510A - 抗體

Info

Publication number: TW202342510A
Application number: TW112105633A
Authority: TW
Inventors: 蓋文斯奎頓; 朱薩錫蒙科薩帕亞
Original assignee: 英商Ｒｑ生物科技有限公司; 英商牛津大學科技創新有限公司
Priority date: 2022-02-18
Filing date: 2023-02-16
Publication date: 2023-11-01
Also published as: WO2023156636A1; US20230265170A1; EP4230650A1

Abstract

本發明關於可用於預防、治療和/或診斷冠狀病毒感染以及與冠狀病毒感染相關的疾病和/或併發症的抗體，該等疾病和/或併發症包括COVID-19。具體地，本發明關於能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白結合的抗體及其用途。

Description

抗體

本發明關於可用於預防、治療和/或診斷冠狀病毒感染以及與冠狀病毒感染相關的疾病和/或併發症（包括COVID-19）的抗體。

2019年12月，中國武漢首次報導了一例名為COVID-19的嚴重病毒性急性呼吸道症候群。該病毒在全球範圍內迅速傳播，導致大流行，在12個月內確診感染人數超過2億，死亡人數超過440萬。病原體SARS-CoV-2係一種β冠狀病毒，與SARS-CoV-1和MERS冠狀病毒有關，它們都會引起嚴重的呼吸道症候群。

自從將SARS-CoV-2確定為COVID-19的病原體以後的幾個月裡，我們對該疾病和病毒的瞭解取得了巨大進展。現在有許多經過驗證的治療方法，包括地塞米松和托珠單抗（Tocilizumab）以及單株抗體（mAb），它們已被證明在用於預防和治療環境中時係有效的（Baum等人, 2020, Science [科學] 369, 1014-1018）。儘管取得了該等進展，但大流行仍遠未得到控制，導致接連不斷的感染浪潮。

冠狀病毒有以下四種結構蛋白：核衣殼、包膜、膜和刺突（S）蛋白。刺突蛋白係最重要的表面蛋白。它具有細長的三聚體結構並且負責接合靶細胞並觸發病毒與宿主膜的融合。來自SARS-CoV-2和SARS-CoV-1的刺突蛋白都使用血管張力素轉換酶2（ACE2）作為細胞表面受體。ACE2在許多組織中表現，包括上呼吸道和下呼吸道的上皮細胞。

S蛋白由兩個亞基組成，即介導受體結合的S1以及負責病毒和宿主細胞膜融合的S2。它係一種動態結構，能夠在受體結合或胰蛋白酶處理後藉由S1與S2之間的切割轉變為融合後狀態。在一些SARS-CoV-2序列中，在S1與S2亞基之間插入弗林蛋白酶切割位點，並且切割位點的突變在動物模型中會減弱疾病。S1片段佔據S的膜遠側頂端並且可以細分為N末端結構域（NTD）和受體結合結構域（RBD）。雖然兩個區域都具有免疫原性，但RBD含有用於ACE2結合的相互作用表面。儘管RBD通常靠著S2的頂部往下擠，但它可以向上擺動以接合ACE2。單株抗體（mAb）識別「向上」和「向下」構象中的一種或兩種。

S蛋白在SARS-CoV-2與SARS-CoV-1之間相對保守（76%），但RBD和NTD的保守程度（分別為74%和50%）低於S2結構域（90%）。針對MERS-CoV和季節性人類冠狀病毒的保守程度要低得多（19-21%）。總的來說，SARS-CoV-2抗體顯示出有限的交叉反應性，甚至與SARS-CoV-1也是如此。

S經由細胞表面表現的ACE2與S受體結合模體（也被稱為ACE-2足跡）（刺突蛋白的S1片段中位於受體結合結構域（RBD）的頂端處的25個胺基酸補丁）的相互作用參與病毒對靶細胞的附著。附著後，S的切割釋放S1，從而允許S2中的主要構象變化暴露疏水性融合環，以執行病毒和宿主細胞膜的融合，從而將病毒基因組釋放到宿主細胞細胞質中以活化病毒複製。對從SARS-CoV-2感染的個體產生的大量mAb的分析表明mAb與S1和S2上的多個表位結合。大多數針對SARS-CoV-2的原始毒株產生的mAb雖然能夠以高親和力結合S，但顯示出很少的中和活性或沒有中和活性。對SARS-CoV-2進行基因組監測已經鑒定出結構和非結構蛋白的數千個突變。然而，在2020年底，病毒變體被描述為迅速成為當地的主導毒株，並導致全球蔓延，並且被指定為關注變體（VoC）。

Alpha（B.1.1.7）首次在英國鑒定，傳播率增加。B.1.1.7在刺突中有9個胺基酸變化，包括ACE2相互作用表面中的N501Y。Beta（501Y.V2，也被稱為B.1.351）首次在南非報導。Gamma（P.1、501Y.V2）首次在巴西報導，它們在刺突蛋白中分別具有10個和12個胺基酸變化。Delta首次在印度報導，現在已全球蔓延，在多個國家引起爆發。Omicron BA.1於2021年11月下旬首次在非洲南部報導並蔓延至世界各地，成為許多國家的主導變體，幾乎完全取代了Delta。

已經出現Omicron的一系列亞譜系，包括BA.1.1、BA.2、BA.2.12.1、BA.2.75和BA.4/5，它們勝過之前的毒株，成為了地區性或全球主導。在Omicron S蛋白中發現30多個突變，包括RBD中的15個取代，導致傳播性增加（Suzuki等人, 2022 「Attenuated fusogenicity and pathogenicity of SARS-CoV-2 Omicron variant [SARS-CoV-2 Omicron變體的融合性和致病性減弱].」 Nature[自然] 603, 700-705）以及中和抗體滴定度廣泛大幅降低（Dejnirattisai等人, 2022 「SARS-CoV-2 Omicron-B.1.1.529 leads to widespread escape from neutralizing antibody responses [SARS-CoV-2 Omicron-B.1.1.529導致從中和抗體反應廣泛逃逸].」 Cell[細胞] 185, 467-484 e415）。

Omicron BA.2幾乎與BA.1在同一時間報導。由BA.2引起的Omicron感染的比例在多個國家一直在增加，並成為丹麥和印度的主導亞譜系。

BA.1.1（在RBD中含有額外的R346K突變）一度占全球Omicron序列的約40%，在英國和美國占約35%-60%（Iketani等人, 2022 「Antibody evasion properties of SARS-CoV-2 Omicron sublineages [SARS-CoV-2 Omicron亞譜系的抗體逃避特性].」 Nature[自然] 604, 553-556），但很快被BA.2趕超。截至2022年8月，BA.2（在S中含有8個獨特取代，包括RBD內的6個，並且缺乏在BA.1中發現的13個突變（Nutalai等人, 2022））已成為全球主導毒株。最近，BA.2.12.1已在多個國家被鑒定，並在北美引起大範圍的區域性暴發（截至2022年5月25日，占序列的58%）（Del Rio和Malani, 2022, 「COVID-19 in 2022-The Beginning of the End or the End of the Beginning? [2022年的COVID-19 - 係結束的開始還是開始的結束？]」 JAMA[美國醫學會雜誌] 327, 2389-2390）。

現在越來越清楚的是，BA.2相對於BA.1具有小的傳播優勢，儘管沒有證據表明疾病嚴重程度增加。2022年4月上旬，南非豪登省報導了兩個新的Omicron譜系，命名為BA.4和BA.5。BA.4和BA.5（具有相同的S序列）成為豪登省的主導Omicron毒株，在南非引發了新一波感染。

自2022年6月起，BA.4/5（具有較高的受體結合親和力和明顯增強的從抗體反應逃逸（Tuekprakhon等人, 2022 「Antibody escape of SARS-CoV-2 Omicron BA.4 and BA.5 from vaccine and BA.1 serum [SARS-CoV-2 Omicron BA.4和BA.5從疫苗和BA.1血清的抗體逃逸].」 Cell[細胞] 185, 2422-2433 e2413））從南非迅速蔓延至全球，現已成為全球新的主導毒株，BA.5在許多地區處於優勢地位。該等變體（特別是BA.5）現在在許多國家占定序病例的大部分。

2022年5月上旬，印度出現了一個新的Omicron亞譜系，命名為BA.2.75。這種毒株後來傳播到許多國家，包括英國、美國、澳大利亞、德國和加拿大。然而，BA.2.75的真正流行率難以確定，因為許多國家的定序係零散的，而且已經大大縮減。

所有該等變體都含有S的多個突變，並且包括RBD、NTD的變化，在一些情況下包括S1與S2之間的弗林切割位點。在Alpha（N501Y）、Beta（K417N、E484K、N501Y）、Gamma（K417T、E484K、N501Y）和Delta（L452R、T478K）中發現的RBD突變位於ACE2相互作用表面中或緊鄰該表面，在那裡，它們有可能調節ACE2的相互作用並破壞中性抗體的結合。ACE2相互作用的親和力增加主要針對Alpha、Beta、Gamma和Delta（分別為7、19、19、2倍），並且可能在增加病毒傳播性方面起作用。Omicron含有空前多數量的突變，集中在刺突（S）基因中，該基因攜帶30個取代，外加6個殘基的缺失和3個殘基的插入。Omicron BA.1（RBD突變為G339D、S371L、S373P、S375F、K417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484A、Q493R、G496S、Q498R、N501Y、Y505H）含有獨特突變S371L、G446S和G496S，並且在一些分離株中含有R346K（BA.1.1），而BA.2攜帶S371F、T376A、D405N和R408S。BA.3相對於BA.1和BA.2不含有獨特突變並且似乎係兩者的融合，在N末端係BA.1樣，在C末端由突變G496S轉為BA.2樣。

與BA.2相比，BA.2.75在S蛋白中含有多個突變，包括NTD中的四個取代（W152R、F157L、I210V和G257S）和RBD中的四個取代：D339H、G446S、N460K和R493Q。

還在多個國家檢測到與BA.2相關的三個新變體，即BA.2.11、BA.2.12.1和BA.2.13。與BA.2刺突蛋白受體結合結構域（RBD）相比，該等新變體分別含有單個突變L452R、L452Q和L452M（圖29）。其中，首次在紐約鑒定的BA.2.12.1在美國佔據主導地位，截至2022年5月25日，占SARS-CoV-2分離株的約58%。雖然在Delta和Kappa變體中發現L452R，在於Lambda變體中發現L452Q，但L452M係新的。

考慮到殘基452的側鏈的物理化學特性，預計BA.2.13將是相對適度的變化；L變為M將增加側鏈的大小，但仍然是疏水性的。BA.2.12.1中的L變為Q會引入一些極性特徵，而BA.2.11係最激進的，其中L變為R會引入較大的鹼性胺基酸。

另外的變體（即具有相同的S序列的BA.4和BA.5）似乎從BA.2進化而來。BA.4和BA.5的序列與BA.2的序列高度相關，但含有額外的突變。具體地，NTD的殘基69和70已被缺失（也在Alpha、BA.1和BA.3中發現）並且它們在RBD中含有兩個額外的取代：L452R（也在Delta中發現）和F486V。最後，BA.4和BA.5缺乏在BA.1和BA.2中可見的Q493R的變化，從而恢復為如Victoria/Wuhan毒株中的Q493。當查看RBD時，BA.4和BA.5在VoC Alpha（N501Y）、Beta（K417N、E484K、N501Y）、Gamma（K417T、E484K、N501Y）、Delta（L452、T478K）中的所有先前描述的位置處具有裝配的突變，唯一的區別係BA.4和BA.5中的E484A而不是E484K Beta和Gamma。

截至2022年9月，一種與BA.4/5有關的新變體（命名為BA.4.6）已經在BA.5占主導地位的美國出現並擴張（截至2022年9月10日，流行率為87.5%，從2022年7月上旬的不到2%的序列增加到2022年8月中旬的超過6%）。與BA.4/5相比，BA.4.6在刺突蛋白（S）中含有兩個額外的突變，即RBD中的R346T和C末端結構域中的N658S。R346T突變引起了人們對增強BA.4/5抗體逃避的關注，因為BA.1.1中的R346K突變與BA.1相比降低了血清中和並削弱了許多單株抗體（mAb）的活性（Nutalai等人, 2022）。還開發了使用單株抗體的SARS-CoV-2檢測套組（kit）。實例包括藉由例如Innova（SARS-CoV-2抗原快速定性測試）和Quidel（Sofia 2 SARS抗原FIA）的側向流動測試。然而，據報導，該等測試非常不準確。

截至2023年1月，已經出現了更多的變體，諸如BQ.1和XBB，與BA.2相比，它們攜帶多達8個額外的RBD胺基酸取代。

從感染病例中分離的單株抗體（mAb）小組的結構功能圖譜使人們對S的抗原性以及中和的機制有了相當的瞭解。大多數強效的中和抗體在ACE2的足跡處或非常接近該足跡結合並且藉由阻斷ACE2相互作用而起作用，從而防止細胞附著和感染。強效mAb的第二相互作用位點接近位置N343處的N連接的聚糖，以S309為例，該等抗體不阻斷ACE2相互作用，但可起到破壞S三聚體的穩定性的作用。第三組強效mAb與S1中的N末端結構域結合，並且其作用方式目前尚不清楚。另一個可能感興趣的RBD表位位於ACE2足跡之外，雖然這裡結合的mAb不是強效的中和劑，但它們可以在體內有效保護（Huo等人, 2020；Sun等人, 2021；Yuan等人, 2020；Zhou等人, 2020）。

在BA.5之後，在Omicron的進化過程中觀察到幾個新趨勢：i) 出現「第二代」BA.2變體（包括BA.5的衍生物）- 具有長系統發育分支長度、多個抗原突變和缺乏遺傳中間體的變體，例如BA.2.75、BJ.1、BS.1、BA.2.10.4和BA.2.3.20（van der Straten等人, 2022. Immunity[免疫] 55, 1725-1731）；以及 ii) 加速抗原漂移，在BA.5（Tuekprakhon等人, 2022）中和該等第二代BA.2譜系中都可見，特別是BQ.1和BA.2.75中（https://nextstrain.org/nextclade/sars-cov-2/21L）。最後，該等第二代變體中的兩種（BJ.1和BM.1.1.1）之間的重組產生了XBB。許多該等變體在已知的抗原RBD殘基中顯示出很大程度的趨同進化，並且突變位於可能威脅到中和抗體結合的區域中，導致進一步從由疫苗或先前的SARS-CoV-2感染（包括先前的Omicron感染）提供的保護免受感染逃逸。

目前，BA.2和BA.5分支內的許多譜系正在快速增長。最引人注目的是很大程度的趨同進化，特別是在抗原RBD位置諸如346、444、446、452、460、486、490和494處。該等譜系包括來自BA.4/5分支（天然含有L452R、F486V和回復突變R493Q）的實例，諸如BA.4.6和BF.7（R346T）、BA.4.7（R346S）、BQ.1（K444T、N460K）和BQ.1.1（R346T、K444T、N460K）；來自BA.2.75分支（天然含有G446S、N460K和回復突變R493Q）的實例，BA.2.75.2（R346T和F486V）、BN.1（R346T、K356T、F490S）。還有幾種其他第二代BA.2變體系的實例，諸如BJ.1（又名BA.2.10.1.1；R346T、L368I、V445P、G446S、V483A和F490V）、BA.2.10.4（G446S、F486P、S494P和R493Q回復突變）、BS.1（BA.2.3.2.1；R346T、L452R、N460K、G476S）、BA.2.3.20（K444R、N450D、L452M、N460K、E484R和Q493R回復突變）和最後的BA.2.75 x BJ.1重組體XBB（其相對於BA.2含有R346T、L368I、V445P、G446S、N460K、F486S、F490S）。

該等第二代BA.2變體已成為全球主導，截至2022年12月27日，僅BQ.1就占50%的感染（https://cov-spectrum.org/explore/World/AllSamples/ Past6M），並且XBB.1.5（XBB.1 + F486P）在北美迅速擴張。

在RBD之外，趨同進化的程度較小，但仍然存在。許多第二代BA.2變體譜系在NTD中含有缺失或突變，通常與在VoC中可見的相似，例如BJ.1和BA.2.10.4中的Δ~144（先前在Alpha和BA.1中可見）以及BJ.1、BA.2.75和BA.2.10.4中的NSP12 G671S（先前在Delta中可見）。

目前批准的所有SARS-CoV-2疫苗都被設計成誘導抗體（和T細胞）對S的反應並且含有在原始武漢毒株中發現的S序列。因此，人們特別關注VoC中的S突變是否會引起免疫逃逸，從而導致疫苗失敗或先前感染的個體易重複感染。

Omicron S中廣泛的突變負擔破壞了大多數mAb與上述三個強效抗體結合位點（ACE-2足跡、N343聚糖周圍和NTD）結合的活性。這會導致血清中和能力因自然感染或疫苗接種而嚴重降低或完全喪失，從而導致Omicron的傳播性增強且爆炸性蔓延。

本發明之目的是鑒定可用於預防、治療和/或診斷冠狀病毒感染以及與冠狀病毒感染相關的疾病和/或併發症（包括COVID-19，尤其是Omicron關注變體（VoC）以及在SARS-CoV-2的刺突蛋白中的ACE-2足跡、RBD和/或NTD中具有另外的突變的尚未鑒定的變體）的另外的改進抗體。

諸位發明人鑒定了28種識別SARS-CoV-2的刺突蛋白的人單株抗體（mAb）（見表3）。該等抗體對SARS-CoV-2顯示出強效的中和活性。表3中的一些抗體表現出強效的中和作用，對hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019毒株以及來自不同譜系（諸如Victoria（Wuhan + S247R）、Alpha、Beta、Gamma、Delta、Omicron（包括Omicron BA.2.11、Omicron BA.2.12.1、Omicron BA.2.13、Omicron Omicron BA.2.3.20、Omicron BA.2.10.4、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2、Omicron BA.2.75、BA.2.75.2、Omicron BA.3、Omicron BA.4.6、Omicron BA.4/5、Omicron BJ.1、Omicron BS.1、Omicron BN.1、Omicron XBB和/或Omicron XBB.1毒株））的SARS-CoV-2毒株廣泛有效。

表3中的許多mAb使用公共V基因（大多數人共有的V基因）。諸位發明人先前已經表明，可以藉由調換表1、2和3中來源於相同公共V基因的抗體的輕鏈和重鏈來產生另外的抗體。來源於相同公共V基因的抗體提供了特別有用的混合鏈抗體。

具體地，諸位發明人發現抗體Omi02、Omi03、Omi12、Omi18、Omi28、Omi39和Omi42在交叉中和SARS-CoV-2毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron方面特別有效。

因此，本發明提供了一種能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白結合的抗體，其中該抗體包含表3中的28種抗體中的任一種的至少三個CDR。

本發明提供了一種能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白結合的抗體，其中該抗體包含抗體Omi12的或表3中的27種抗體中的任一種的至少三個CDR。

本發明還提供了一種抗體組合，該抗體組合包含根據本發明之兩種或更多種抗體。

本發明還提供了一種抗體組合，該抗體組合包含 (a) 本發明之抗體；以及 (b) 包含表1或表2中的抗體的至少三個CDR的抗體。例如，該抗體可包含 (i) 表1或表2中的抗體的至少四個、五個或全部六個CDR；(ii) 重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與表1或表2中的抗體的重鏈可變結構域具有至少80%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成；(iii) 輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與表1或表2中的抗體的輕鏈可變結構域具有至少80%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成；以及/或者 (iv) 重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和該輕鏈可變結構域包含與表1或表2中的抗體的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域分別具有至少80%同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

本發明還提供了一種或多種編碼本發明之抗體的多核苷酸、一種或多種包含所述多核苷酸的載體或者一種包含所述載體的宿主細胞。

本發明還提供了一種用於產生能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白結合的抗體之方法，該方法包括培養本發明之宿主細胞以及從所述培養物中分離抗體。

本發明還提供了一種藥物組成物，該藥物組成物包含：(a) 本發明之抗體或抗體組合，以及 (b) 至少一種藥學上可接受的稀釋劑或載劑。

本發明還提供了一種本發明之抗體、抗體組合或藥物組成物，用於在藉由療法來治療人或動物體之方法中使用。

本發明還提供了一種本發明之抗體、抗體組合或藥物組成物，用於在治療或預防冠狀病毒感染或者與冠狀病毒感染相關的疾病或併發症之方法中使用。

本發明還提供了一種治療或預防冠狀病毒感染或者與冠狀病毒感染相關的疾病或併發症之方法，該方法包括向所述受試者投與治療有效量的抗體、抗體組合或本發明之藥物組合。

本發明還提供了一種鑒定樣本中冠狀病毒或其蛋白片段的存在之方法，該方法包括 (i) 使樣本與本發明之抗體或抗體組合接觸，以及 (ii) 檢測抗體-抗原複合物的存在或不存在，其中抗體-抗原複合物的存在指示樣本中冠狀病毒或其片段的存在。

本發明還提供了一種治療或預防受試者的冠狀病毒感染或者與其相關的疾病或併發症之方法，該方法包括根據本發明之方法鑒定冠狀病毒的存在，以及用根據本發明之抗體或組合、抗病毒或抗炎劑治療受試者。

本發明還提供了本發明之抗體、抗體組合或藥物組成物用於預防、治療和/或診斷冠狀病毒感染或者與其相關的疾病或併發症之用途。

本發明還提供了本發明之抗體、抗體組合或藥物組成物用於製造用於治療或預防冠狀病毒感染或者與其相關的疾病或併發症的藥物之用途。

相關申請的交叉引用

本申請要求英國申請案號2202232.1（2022年2月18日提交）、英國申請案號2203423.5（2022年3月11日提交）、英國申請案號2206777.1（2022年5月9日提交）、英國申請案號2212470.5（2022年8月26日提交）、英國申請案號2214036.2（2022年9月26日提交）、英國申請案號2215418.1（2022年10月28日提交）和英國申請案號2301959.9（2023年2月10日提交）的優先權，該等英國申請中的每一項藉由援引以其全文併入本文。本發明之抗體

本發明之抗體與SAR-CoV-2的刺突蛋白特異性結合。具體地，它與刺突蛋白的S1亞基（諸如受體結合結構域（RBD）或N末端結構域（NTD））特異性結合。

本發明之抗體可包含表3中的抗體的至少三個CDR。該抗體可包含表3中的抗體的至少四個、五個或全部六個CDR。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與表3中的抗體的重鏈可變結構域具有至少80%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與表3中的抗體的輕鏈可變結構域具有至少80%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與表3中的抗體的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域分別具有至少80%同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可以是表3中的抗體中的任一種。

表3列出了從已康復的突破性Omicron SARS-CoV-2感染患者中鑒定出的28種單獨抗體，該等患者已經接受過兩個劑量的輝瑞公司疫苗。表1列出了先前從已康復的COVID-19患者中鑒定出的42種單獨抗體[Dejnirattisai, Wanwisa等人「The antigenic anatomy of SARS-CoV-2 receptor binding domain [SARS-CoV-2受體結合結構域的抗原解剖].」 Cell [細胞] 184(8) (2021): 2183-2200；Supasa, Piyada等人「Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B. 1.1.7 variant by convalescent and vaccine sera [恢復期血清和疫苗血清對SARS-CoV-2 B. 1.1.7變體的中和降低].」 Cell [細胞] 184(8) (2021): 2201-2211；Zhou, Daming等人「Evidence of escape of SARS-CoV-2 variant B.1.351 from natural and vaccine-induced sera [SARS-CoV-2變體B.1.351從天然血清和疫苗誘導的血清中逃逸的證據].」 Cell [細胞] 184(9) (2021): 2348-2361；Dejnirattisai, Wanwisa等人「Antibody evasion by the P.1 strain of SARS-CoV-2 [SARS-CoV-2的P.1毒株的抗體逃避].」 Cell [細胞] 184(11) (2021): 2939-2954；Liu, Chang等人「Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B. 1.617 by vaccine and convalescent serum [疫苗血清和恢復期血清對SARS-CoV-2 B. 1.617的中和降低].」 Cell [細胞] 184(16) (2021): 4220-4236]。表2列出了先前從已康復的Beta SARS-CoV-2感染患者中鑒定出的28種單獨抗體[Liu, C等人「The antibody response to SARS-CoV-2 Beta underscores the antigenic distance to other variants [對SARS-CoV-2 Beta的抗體反應強調了與其他變體的抗原距離]」. Cell host & microbe [細胞宿主與微生物] 30(1)(2021): 53-68]。表1中的抗體在本文中也用前綴「COVOX」來表示，例如COVOX-222。表2中的抗體也用前綴「β」來表示，例如「β50」。表3中的抗體也用前綴「O」來表示，例如「O02」。表1至3列出了每種抗體的重鏈可變區和輕鏈可變區核苷酸和胺基酸序列以及可變鏈的互補決定區（CDR）的SEQ ID NO。

表3中的抗體可選自由以下項組成之群組：Omi03、Omi12、Omi02、Omi39、Omi42、Omi16、Omi18、Omi20、Omi 23、Omi28、Omi08、Omi17、Omi29、Omi36和Omi38。令人驚訝的是，發現該等抗體對活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron保持很強的中和（例如，對所有測試的活毒株的IC50 ≤ 0.1 µg/ml）。

表3中的抗體可選自由以下項組成之群組：Omi03、Omi12、Omi02、Omi39、Omi42、Omi16、Omi18、Omi20、Omi 23、Omi28和Omi 08。令人驚訝的是，發現該等抗體對活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron保持很強的中和（例如，對所有測試的活毒株的IC50 ≤ 0.05 µg/ml）。

表3中的抗體可選自由以下項組成之群組：Omi03、Omi12、Omi02、Omi39和Omi42。令人驚訝的是，發現該等抗體對活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron保持很強的中和（例如，對所有測試的活毒株的IC50 ≤ 0.02 µg/ml）。

表3中的抗體可選自由以下項組成之群組：Omi03和Omi12。令人驚訝的是，發現該等抗體對活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron保持很強的中和（例如，對所有測試的活毒株的IC50 ≤ 0.01 µg/ml）。

表3中的抗體可選自由以下項組成之群組：Omi02、Omi03、Omi12、Omi18、Omi28、Omi39和Omi42。令人驚訝的是，發現該等抗體對活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron保持非常強的中和。

因此，在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi03。發現Omi03可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 695、696和697中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 698、699和700中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi03的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 692）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi03的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 694）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi03的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 692和694）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

Omi03的重鏈結構域來源於IGHV3-53 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi03的重鏈，而不是Omi03的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 695、696和697中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi03的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 692）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 692或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含Omi03的輕鏈，而不是Omi03的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 698、699和700中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi03的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 694）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 694或由其組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi12。發現Omi12可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 735、736和737中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 738、739和740中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi12的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 732）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi12的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 734）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi12的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 732和734）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

Omi12的重鏈結構域來源於IGHV1-58 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi12的重鏈，而不是Omi12的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 735、736和737中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi12的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 732）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 732或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含 Omi12的輕鏈，而不是Omi12的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 738、739和740中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi12的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 734）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 734或由其組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi02。發現Omi02可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 685、686和687中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 688、689和690中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi02的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 682）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi02的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 684）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi02的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 682和684）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

Omi02的重鏈結構域來源於IGHV1-69 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi02的重鏈，而不是Omi02的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 685、686和687中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi02的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 682）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 682或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含 Omi02的輕鏈，而不是Omi02的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 688、689和690中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi02的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 684）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 684或由其組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi08。發現Omi08可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 715、716和717中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 718、719和720中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi08的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 712）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi08的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 714）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi08的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 712和714）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%、100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi42。發現Omi42可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 955、956和957中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 958、959和960中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi42的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 952）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi42的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 954）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi42的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 952和954）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

Omi42的重鏈結構域來源於IGHV3-9 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi42的重鏈，而不是Omi42的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 955、956和957中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi42的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 952）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 952或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含Omi42的輕鏈，而不是Omi42的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 958、959和960中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi42的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 954）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 954或由其組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi16。發現Omi16可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 745、746和747中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 748、749和750中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi16的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 742）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi16的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 744）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi16的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 742和744）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

Omi16的重鏈結構域來源於IGHV3-66 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi16的重鏈，而不是Omi16的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 745、746和747中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi16的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 742）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 742或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含Omi16的輕鏈，而不是Omi16的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 748、749和750中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi16的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 744）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 744或由其組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi18。發現Omi18可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 765、766和767中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 768、769和770中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi18的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 762）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi18的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 764）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi18的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 762和764）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

Omi18的重鏈結構域來源於IGHV3-53 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi18的重鏈，而不是Omi18的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 765、766和767中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi18的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 762）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 762或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含Omi18的輕鏈，而不是Omi18的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 768、769和770中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi18的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 764）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 764或由其組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi20。發現Omi20可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 775、776和777中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 778、779和780中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi20的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 772）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi20的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 774）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi20的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 772和774）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

Omi20的重鏈結構域來源於IGHV3-66 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi20的重鏈，而不是Omi20的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 775、776和777中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi20的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 772）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 772或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含Omi20的輕鏈，而不是Omi20的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 778、779和780中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi20的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 774）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 774或由其組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi23。發現Omi23可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 785、786和787中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 788、789和790中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi23的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 782）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi23的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 784）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi23的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 782和784）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

Omi23的重鏈結構域來源於IGHV4-31 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi23的重鏈，而不是Omi23的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 785、786和787中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi23的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 782）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 782或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含Omi23的輕鏈，而不是Omi23的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 788、789和790中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi23的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 784）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 784或由其組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi28。發現Omi28可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 835、836和837中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 838、839和840中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi28的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 832）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi28的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 834）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi28的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 832和834）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。Omi28的重鏈結構域來源於IGHV3-66 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi28的重鏈，而不是Omi28的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 835、836和837中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi28的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 832）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 832或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含Omi28的輕鏈，而不是Omi28的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 838、839和840中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi28的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 834）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 834或由其組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi39。發現Omi39可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 935、936和937中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 938、939和940中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi39的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 932）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi39的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 934）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi39的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 932和934）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi17。發現Omi17可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 755、756和757中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 758、759和760中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi17的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 752）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi17的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 754）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi17的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 752和754）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

Omi17的重鏈結構域來源於IGHV3-66 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi17的重鏈，而不是Omi17的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 755、756和757中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi17的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 752）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 752或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含Omi17的輕鏈，而不是Omi17的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 758、759和760中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi17的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 754）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 754或由其組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi29。發現Omi29可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 845、846和847中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 848、849和850中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi29的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 842）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi29的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 844）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi29的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 842和844）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

Omi29的重鏈結構域來源於IGHV3-53 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi29的重鏈，而不是Omi29的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 845、846和847中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi29的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 842）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 842或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含Omi29的輕鏈，而不是Omi29的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 848、849和850中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi29的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 844）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 844或由其組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi36。發現Omi36可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 915、916和917中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 918、919和920中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi36的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 912）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi36的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 914）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi36的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 912和914）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。Omi36的重鏈結構域來源於IGHV3-66 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi36的重鏈，而不是Omi36的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 915、916和917中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi36的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 912）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 912或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含Omi36的輕鏈，而不是Omi36的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 918、919和920中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi36的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 914）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 914或由其組成。

在一個實施方式中，表3中的抗體可以是Omi38。發現Omi38可以中和活SARS-CoV-2變異毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron，以及Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的假病毒構建體（見表13和14，圖2）。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含：CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 925、926和927中規定的胺基酸序列；以及CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 928、929和930中規定的胺基酸序列。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi38的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 922）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Omi38的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 924）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施方式中，本發明之抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域包含與抗體Omi38的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域（即，分別為SEQ ID NO: 922和924）分別具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

Omi38的重鏈結構域來源於IGHV1-69 v-區域，並且諸位發明人先前已經證明，在來源於同一v-區域的抗體之間轉換重鏈和輕鏈可以產生特別適用於本發明之抗體（下文進一步解釋）。因此，本發明之抗體可包含Omi38的重鏈，而不是Omi38的輕鏈。例如，該抗體可包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，它們分別具有SEQ ID NO: 925、926和927中規定的胺基酸序列。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與抗體Omi38的重鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 922）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 922或由其組成。

替代性地，在本發明之一個實施方式中，該抗體可包含Omi38的輕鏈，而不是Omi38的重鏈。例如，該抗體可包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，它們分別具有SEQ ID NO: 928、929和930中規定的胺基酸序列。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與抗體Om38的輕鏈可變結構域（即，SEQ ID NO: 924）具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含SEQ ID NO: 924或由其組成。本發明之混合鏈抗體

本發明之抗體可包含輕鏈可變結構域和重鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含來自表1、2或3中的第一抗體的CDRL1、CDRL2和CDRL3，並且該重鏈可變結構域包含來自表1、2或3中的第二抗體的CDRH1、CDRH2和CDRH3，條件係第一抗體和第二抗體係不同的。此類抗體在本文中被稱為混合鏈抗體。

可用於本發明之混合鏈抗體的實例在表4至12中提供。表4示出了由表1至3中的抗體產生的來源於同一種系重鏈IGHV 3-53的混合鏈抗體的實例。表5示出了由表1至3中的抗體產生的來源於同一種系重鏈IGHV 3-53和IGHV3-66的混合鏈抗體的實例。表6示出了由表1至3中的抗體產生的來源於同一種系重鏈IGHV1-58的混合鏈抗體的實例。表7示出了由表2和3中的抗體產生的來源於同一種系重鏈IGHV1-69的混合鏈抗體的實例。表8示出了由表1至3中的抗體產生的來源於同一種系重鏈IGHV3-30的混合鏈抗體的實例。表9示出了由表2和3中的抗體產生的來源於同一種系重鏈IGHV3-33的混合鏈抗體的實例。表10示出了由表1至3中的抗體產生的來源於同一種系重鏈IGHV1-18的混合鏈抗體的實例。表11示出了由表1和3中的抗體產生的來源於同一種系重鏈IGHV3-9的混合鏈抗體的實例。表12示出了由表2和3中的抗體產生的來源於同一種系重鏈IGHV4-31的混合鏈抗體的實例。來源於同一種系重鏈IGHV1-69的混合鏈抗體的實例係Omi02H/Beta-49L和Omi38H/Omi24L。

因此，在一個實施方式中，本發明之抗體包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含來自表1、2或3中的第一抗體的CDRH1、CDRH2和CDRH3，並且該輕鏈可變結構域包含來自表1、2或3中的第二抗體的CDRL1、CDRL2和CDRL3，條件係第一抗體和第二抗體係不同的。該抗體可包含重鏈可變結構域胺基酸序列和輕鏈可變結構域胺基酸序列，該重鏈可變結構域胺基酸序列與來自表1、2或3中的第一抗體的重鏈可變結構域具有至少80%序列同一性，並且該輕鏈可變結構域胺基酸序列與來自表1、2或3中的第二抗體的輕鏈可變結構域具有至少80%序列同一性，條件係第一抗體和第二抗體係不同的。例如，該抗體可包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與表1、2或3中的抗體的重鏈可變結構域具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成，並且該輕鏈可變結構域包含與表1、2或3中的抗體的輕鏈可變結構域具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成，條件係第一抗體和第二抗體係不同的。

第一抗體可在表3中，並且第二抗體可在表3中。

第一抗體可在表3中，並且第二抗體可在表1中。第一抗體可在表3中，並且第二抗體可在表2中。第一抗體可在表1中，並且第二抗體可在表3中。第一抗體可在表2中，並且第二抗體可在表3中。第一抗體可在表1中，並且第二抗體可在表2中。第一抗體可在表2中，並且第二抗體可在表1中。第一抗體可在表2中，並且第二抗體可在表2中。第一抗體可在表1中，並且第二抗體可在表1中。

在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體中的至少有一個係來自表3的抗體。

在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體不都在表1中。在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體不都在表2中。在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體不都選自表1或2中的抗體。

在一個實施方式中，重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域中的至少一個來自表3。

表3中的抗體可選自由以下項組成之群組：Omi02、Omi03、Omi12、Omi18、Omi28、Omi39和Omi42。表3中的抗體可選自由以下項組成之群組：Omi03、Omi12、Omi02、Omi39、Omi42、Omi16、Omi18、Omi20、Omi 23、Omi28、Omi08、Omi17、Omi29、Omi36和Omi38。例如，表3中的抗體可選自由以下項組成之群組：Omi03、Omi12、Omi02、Omi39、Omi42、Omi16、Omi18、Omi20、Omi 23、Omi28和Omi08。表3中的抗體可選自由以下項組成之群組：Omi03、Omi12、Omi02、Omi39和Omi42。表3中的抗體可選自由以下項組成之群組：Omi03和Omi12。

在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體都選自由以下項組成之群組：Omi03、Omi18、Omi29、Beta-27、抗體150、抗體158、抗體175、抗體222和抗體269。該等抗體的重鏈可變結構域來源於IGHV3-53。所得的混合鏈抗體在表4中列出。因此，本發明之抗體可包含所有六個CDR（CDRH1-3和CDRL1-3），以及/或者重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，它們各自包含與如表4中列出的任一個混合鏈抗體的相應可變結構域具有至少80%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

來源於IGHV3-53的抗體可用於與來自IGHV3-66的抗體（例如，表1中的抗體40和398）產生混合鏈抗體（參見例如Dejnirattisai, Wanwisa等人「The antigenic anatomy of SARS-CoV-2 receptor binding domain [SARS-CoV-2受體結合結構域的抗原解剖].」Cell [細胞] 184(8) (2021): 2183-2200；Supasa, Piyada等人「Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant by convalescent and vaccine sera [恢復期血清和疫苗血清對SARS-CoV-2 B.1.1.7變體的中和降低].」Cell [細胞] 184(8) (2021): 2201-2211；Zhou, Daming等人「Evidence of escape of SARS-CoV-2 variant B.1.351 from natural and vaccine-induced sera [SARS-CoV-2變體B.1.351從天然血清和疫苗誘導的血清中逃逸的證據].」Cell [細胞] 184(9) (2021): 2348-2361；Dejnirattisai, Wanwisa等人「Antibody evasion by the P.1 strain of SARS-CoV-2 [SARS-CoV-2的P.1毒株的抗體逃避]."Cell [細胞] 184(11) (2021): 2939-2954；Liu, Chang等人「Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.617 by vaccine and convalescent serum [疫苗血清和恢復期血清對SARS-CoV-2 B.1.617的中和降低].」Cell [細胞] 184(16) (2021): 4220-4236）。因此，在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體都選自由以下項組成之群組：Omi03、Omi18、Omi29、Omi16、Omi17、Omi20、Omi27、Omi36、Beta-27、抗體150、抗體158、抗體175、抗體222、抗體269、抗體40和抗體398。該等抗體的重鏈可變結構域來源於IGHV3-53和IGVH3-66。所得的混合鏈抗體在表5中列出。因此，本發明之抗體可包含所有六個CDR（CDRH1-3和CDRL1-3），以及/或者重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，它們各自包含與如表5中列出的任一個混合鏈抗體的相應可變結構域具有至少80%（例如，≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%）序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體都選自由以下項組成之群組：Omi12、Beta-47、Beta-25、抗體55、抗體165、抗體253和抗體318。該等抗體的重鏈可變結構域來源於IGHV 1-58。所得的混合鏈抗體在表6中列出。因此，本發明之抗體可包含所有六個CDR（CDRH1-3和CDRL1-3），以及/或者重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，它們各自包含與如表6中列出的任一個混合鏈抗體的相應可變結構域具有至少80%（例如，≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%）序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體都選自由以下項組成之群組：Beta-49、Beta-50、Omi02、Omi24、Omi30、Omi31、Omi34和Omi38。該等抗體的重鏈可變結構域來源於IGHV 1-69。所得的混合鏈抗體在表7中列出。因此，本發明之抗體可包含所有六個CDR（CDRH1-3和CDRL1-3），以及/或者重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，它們各自包含與如表7中列出的任一個混合鏈抗體的相應可變結構域具有至少80%（例如，≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%）序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體都選自由以下項組成之群組：Beta-22、Beta-29、抗體159和Omi09。該等抗體的重鏈可變結構域來源於IGHV 3-30。所得的混合鏈抗體在表8中列出。因此，本發明之抗體可包含所有六個CDR（CDRH1-3和CDRL1-3），以及/或者重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，它們各自包含與如表8中列出的任一個混合鏈抗體的相應可變結構域具有至少80%（例如，≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%）序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體都選自由以下項組成之群組：Beta-20、Beta-43、Omi32和Omi33。該等抗體的重鏈可變結構域來源於IGHV 3-33。所得的混合鏈抗體在表9中列出。因此，本發明之抗體可包含所有六個CDR（CDRH1-3和CDRL1-3），以及/或者重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，它們各自包含與如表9中列出的任一個混合鏈抗體的相應可變結構域具有至少80%（例如，≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%）序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。Omi32和Omi33的CDRL1-3係相同的，這意味著它們實際上已經係本發明之示例性混合鏈抗體。

在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體都選自由以下項組成之群組：抗體278、Beta-44、Omi26和Omi41。該等抗體的重鏈可變結構域來源於IGHV 1-18。所得的混合鏈抗體在表10中列出。因此，本發明之抗體可包含所有六個CDR（CDRH1-3和CDRL1-3），以及/或者重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，它們各自包含與如表10中列出的任一個混合鏈抗體的相應可變結構域具有至少80%（例如，≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%）序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體都選自由以下項組成之群組：抗體58、Omi25、Omi35和Omi42。該等抗體的重鏈可變結構域來源於IGHV 3-9。所得的混合鏈抗體在表11中列出。因此，本發明之抗體可包含所有六個CDR（CDRH1-3和CDRL1-3），以及/或者重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，它們各自包含與如表11中列出的任一個混合鏈抗體的相應可變結構域具有至少80%（例如，≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%）序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

在一個實施方式中，第一抗體和第二抗體都選自由以下項組成之群組：Beta-56和Omi23。該等抗體的重鏈可變結構域來源於IGHV 4-31。所得的混合鏈抗體在表12中列出。因此，本發明之抗體可包含所有六個CDR（CDRH1-3和CDRL1-3），以及/或者重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，它們各自包含與如表12中列出的任一個混合鏈抗體的相應可變結構域具有至少80%（例如，≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%）序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。

可考慮抗體分子的擬定功能、特別是可能需要的效應子功能來選擇本發明之抗體分子的恒定區結構域（如果存在）。例如，恒定區結構域可以是人類的IgA、IgD、IgE、IgG或IgM結構域。通常，恒定區係人類起源的。具體地，可使用人IgG（即，IgG1、IgG2、IgG3或IgG4）恒定區結構域。通常，恒定區係人IgG1恒定區。本發明之某些抗體

本發明還提供了一種抗體，它係表3、4、5、6、7、8、9、10、11或12中的抗體中任一種的全長抗體。換句話說，本發明之抗體包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域分別由表3、4、5、6、7、8、9、10、11或12中的抗體中任一種的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域以及IgG（例如，IgG1）恒定區組成。

例如，本發明之抗體可以是全長Omi02、Omi03、Omi12、Omi18、Omi28、Omi39或Omi42抗體。本發明之抗體可以是全長Omi03、Omi12、Omi02、Omi39、Omi42、Omi16、Omi18、Omi20、Omi 23、Omi28、Omi08、Omi17、Omi29、Omi36或Omi38抗體。該等抗體皆為高效中和mAb，已被證明可以中和SARS-CoV-2的Omicron變體，IC50 ≤ 0.1 µg/ml。該等抗體還特別對SARS-CoV-2的至少Victoria、Alpha、Beta、Gamma和Delta毒株保持中和，IC50 ≤ 0.1 µg/ml。

該抗體可來源於種系重鏈IGHV1-58，並且在重鏈可變區中的位置53處包含脯胺酸（根據絕對編號）。例如，該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與Omi-12（SEQ ID NO: 731）、Beta-47（SEQ ID NO: 591）、Beta-25（SEQ ID NO: 461）、抗體55（SEQ ID NO: 62）、抗體165（SEQ ID NO: 182）、抗體253（SEQ ID NO: 262）或抗體318（SEQ ID NO: 332）的重鏈可變結構域具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成，條件係該重鏈可變區中的位置53處的胺基酸係脯胺酸（根據絕對編號）。例如，該抗體可包含Beta-47（分別為SEQ ID NO: 591和592）、Beta-25（分別為SEQ ID NO: 461和462）、抗體55（分別為SEQ ID NO: 62和61）、抗體165（分別為SEQ ID NO: 182和181）、抗體253（分別為SEQ ID NO: 262和261）或抗體318（分別為SEQ ID NO: 332和331）的重鏈可變區和輕鏈可變區，除了重鏈可變區中的V53P突變外。諸位發明人發現，此類抗體對Omicron毒株特別有效（例如見實例5）。

IGHV1-58來源的抗體Omi-12、Beta-47、Beta-25、抗體55、抗體165、抗體253和抗體318的重鏈可變區的位置53對應於根據IMGT編號的位置58。

因此，本發明還提供了一種來源於種系重鏈IGHV1-58的抗體，該抗體能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白結合，其中重鏈可變區中的根據IMGT編號的位置58處的胺基酸係脯胺酸或被脯胺酸取代。

該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與來源於種系重鏈IGHV1-58的抗體的重鏈可變結構域具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列，條件係根據IMGT編號的位置58處的胺基酸係脯胺酸或被脯胺酸取代。

來源於種系重鏈IGHV1-58的抗體可以是AZD8895、Omi-12、Beta-47、Beta-25、抗體55、抗體165、抗體253或抗體318。Omi-12、Beta-47、Beta-25、抗體55、抗體165、抗體253或抗體318的重鏈可變結構域的胺基酸序列在本文描述（例如，見表1至3）。抗體AZD8895的重鏈可變結構域的胺基酸序列在SEQ ID NO: 963中提供。

IGHV1-58種系V基因序列編碼以下胺基酸序列：MQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFTSSAVQWVRQARGQRLEWIGWIVVGS GNTNYAQKFQERVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAA（SEQ ID NO: 961）。因此，本發明還提供了一種能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白結合的抗體，該抗體包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與SEQ ID NO: 961具有 ≥ 60%、≥ 70%、≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列，條件係根據IMGT編號的位置58處的胺基酸係脯胺酸或被脯胺酸取代。

該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與SEQ ID NO: 731、591、461、62、182、262、332或963具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列，條件係根據IMGT編號的位置58處的胺基酸係脯胺酸或被脯胺酸取代。該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含具有SEQ ID NO: 591、461、62、182、262或332的胺基酸序列，其中根據IMGT編號的位置58處的纈胺酸被脯胺酸取代。

該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含具有SEQ ID NO: 963的胺基酸序列，其中根據IMGT編號的位置58處的異白胺酸被脯胺酸取代。

在一些實施方式中，來源於種系重鏈IGHV1-58的抗體包含來源於IGLV Kappa 3-20的輕鏈可變結構域。該抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與來源於種系IGLV Kappa 3-20的抗體的輕鏈可變結構域具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列。種系IGLV Kappa 3-20V序列可編碼以下胺基酸序列：EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRAT GIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSP（SEQ ID NO: 967）。因此，來源於種系重鏈IGHV1-58的抗體可包含輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與SEQ ID NO: 967具有 ≥ 60%、≥ 70%、≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列。

本發明還提供了一種能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白結合的抗體，該抗體包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含作為SEQ ID NO: 961的修飾型式的胺基酸序列，條件係根據IMGT編號的位置58處的胺基酸係脯胺酸或被脯胺酸取代。SEQ ID NO: 961的修飾型式可包含如本文所述之修飾，例如取代、缺失和/或添加。例如，該修飾可包括SEQ ID NO: 961的 ≤ 50、≤ 45、≤ 40、≤ 35、≤ 30、≤ 25、≤ 20、≤ 15、≤ 10、≤ 9、≤ 8、≤ 7、≤ 6、≤ 5、≤ 4、≤ 3、≤ 2個或1個胺基酸取代和/或缺失。該修飾可包括SEQ ID NO: 961的 ≤ 4、≤ 3、≤ 2個或1個胺基酸取代和/或缺失。

該抗體可包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含作為SEQ ID NO: 731、591、461、62、182、262、332或963的修飾型式的胺基酸序列，該修飾型式包括 ≤ 10、≤ 9、≤ 8、≤ 7、≤ 6、≤ 5、≤ 4、≤ 3、≤ 2個或1個修飾，條件係根據IMGT編號的位置58處的胺基酸係脯胺酸或被脯胺酸取代。SEQ ID NO: 731、591、461、62、182、262、332或963的修飾型式可包含如本文所述之修飾，例如取代、缺失和/或添加。

該抗體可包含IgG（例如，IgG1）恒定區。

本發明還提供了一種製備此類抗體之方法。例如，該方法可包括藉由用脯胺酸取代重鏈可變區中的位置58處（根據IMGT編號）的胺基酸來修飾來源於種系重鏈IGHV1-58的抗體，該抗體能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白接合。來源於種系重鏈IGHV1-58的抗體可以是AZD8895、Omi-12、Beta-47、Beta-25、抗體55、抗體165、抗體253或抗體318。每個該等抗體的重鏈可變結構域的胺基酸序列在本文描述（例如見表1至3和SEQ ID NO: 963）。本發明還提供了一種藉由該方法可獲得或獲得的抗體。本發明之抗體的特性

本發明之抗體可以是或可包含來自表1至12中的抗體的胺基酸序列的修飾，同時保持該抗體的活性和/或功能。該修飾可以是取代、缺失和/或添加。例如，該修飾可包括來自表1至12中的抗體的胺基酸序列的1、2、3、4、5、至多10、至多20、至多30個或更多個胺基酸取代和/或缺失。例如，該修飾可包括用具有類似特性的替代胺基酸取代的胺基酸。20種主要胺基酸的可以用於選擇合適的取代物的一些特性如下：

Ala	脂肪族、疏水性、中性	Met	疏水性、中性
Cys	極性、疏水性、中性	Asn	極性、親水性、中性
Asp	極性、親水性、帶電（-）	Pro	疏水性、中性
Glu	極性、親水性、帶電（-）	Gln	極性、親水性、中性
Phe	芳香族、疏水性、中性	Arg	極性、親水性、帶電（+）
Gly	脂肪族、中性	Ser	極性、親水性、中性
His	芳香族、極性、親水性、帶電（+）	Thr	極性、親水性、中性
Ile	脂肪族、疏水性、中性	Val	脂肪族、疏水性、中性
Lys	極性、親水性、帶電（+）	Trp	芳香族、疏水性、中性
Leu	脂肪族、疏水性、中性	Tyr	芳香族、極性、疏水性

該修飾可包括衍生化的胺基酸，例如標記的或非天然的胺基酸，條件係抗體的功能不會受到顯著的不利影響。

如上所述之本發明之抗體的修飾可在抗體的合成過程期間或藉由產生後修飾來製備，或者當抗體呈重組形式時，使用已知的定點誘變、隨機誘變或核酸的酶切和/或連接技術來製備。

本發明之抗體可被修飾（例如，如上所述）以提高所述抗體的效力或使所述抗體適應新的SARS-CoV-2變體。該等修飾可以是胺基酸取代以使抗體適應病毒變體中的取代。例如，抗體與刺突蛋白的已知結合模式（例如，藉由晶體結構測定或建模）可用於鑒定抗體的與病毒變體中的取代相互作用的胺基酸。然後，該等資訊可以用於鑒定抗體的將補償表位特徵的變化的可能取代。例如，將刺突蛋白中的疏水性胺基酸取代為帶負電的胺基酸可藉由將來自與刺突蛋白中的所述胺基酸相互作用的抗體的胺基酸取代為帶正電的胺基酸來補償。本揭露包括用於鑒定抗體的可被取代的殘基之方法，例如，藉由確定如本文所述之抗體-抗原複合物的結構。

本發明之抗體可含有一個或多個修飾以增加其跨譜系中和特性。例如，刺突蛋白的E484（係介導與ACE2相互作用的關鍵殘基）在一些SARS-CoV-2毒株中突變（例如，含有E484的Victoria毒株，但P.1和B.1.351毒株含有E484K），從而導致抗體的中和效果不同。因此，與E484結合的抗體可以被修飾以補償刺突蛋白的E484的變化。例如，當與原始毒株相比時，E484在B.1.351或P.1譜系的SAR-CoV-2毒株中從帶正電的胺基酸突變為帶負電的胺基酸。抗體的結合或靠近E484的胺基酸殘基可突變以補償電荷的變化。此類胺基酸殘基的實例可以是抗體88的SEQ ID NO: 102中的G104和/或K108或者抗體384的SEQ ID NO: 372中的R52。

本發明之抗體可以是分離的抗體。分離的抗體係基本上不含具有不同抗原特異性的其他抗體的抗體。

如本文所用的術語「抗體」可涉及完整抗體（即，包含藉由二硫鍵相互連接的兩個重鏈和兩個輕鏈的元件）以及其抗原結合片段。抗體通常包含免疫球蛋白（Ig）分子（即，含有特異性結合抗原（與之發生免疫反應）的抗原結合位點的分子）的免疫活性部分。所謂「特異性結合」或「與……發生免疫反應」意指抗體與期望抗原的一個或多個抗原決定簇反應並且不與其他多肽反應。每個重鏈由重鏈可變區（本文縮寫為HCVR或VH）和至少一個重鏈恒定區構成。每個輕鏈由輕鏈可變區（本文縮寫為LCVR或VL）和輕鏈恒定區構成。重鏈和輕鏈的可變區含有與抗原相互作用的結合結構域。VH和VL區可以進一步細分為被稱為互補決定區（CDR）的高變區，其間插入被稱為框架區（FR）的更保守的區域。

抗體可包括但不限於多株、單株、嵌合、dAb（結構域抗體）、單鏈、Fab、Fab'和F(ab')2片段、scFv和Fab表現庫。

本發明之抗體可以是單株抗體。本發明之單株抗體（mAb）可藉由各種技術產生，包括常規的單株抗體方法，例如在「Monoclonal Antibodies: a manual of techniques [單株抗體技術手冊]」（Zola H, 1987, CRC Press [Press出版社]）和「Monoclonal Hybridoma Antibodies: techniques and applications [單株雜交瘤抗體技術和應用]」（Hurrell JGR, 1982 CRC Press [Press出版社]）中揭露的那些方法。本發明之抗體可以是多特異性的，諸如雙特異性的。本發明之雙特異性抗體結合兩個不同的表位。該等表位可在同一蛋白質中（例如，SARS-CoV-2的刺突蛋白中的兩個表位）或不同蛋白質中（例如，SARS-CoV-2的刺突蛋白中的一個表位和另一個蛋白質（諸如外殼蛋白）中的一個表位）。

在一個實施方式中，本發明之雙特異性抗體可與SARS-CoV-2的刺突蛋白上的兩個單獨的表位結合。雙特異性抗體可與刺突蛋白的NTD和刺突蛋白的RBD結合。雙特異性抗體可與刺突蛋白的RBD中的兩個不同的表位結合。

本發明之一種或多種（例如，兩種）抗體可被偶聯以形成多特異性（例如，雙特異性）抗體。製備多特異性（例如，雙特異性）抗體之方法在本領域係眾所周知的。

抗體可選自由以下項組成之群組：單鏈抗體、單鏈可變片段（scFv）、可變片段（Fv）、片段抗原結合區（Fab）、重組抗體、單株抗體、包含天然抗體的抗原結合結構域或適配體的融合蛋白、單結構域抗體（sdAb）（也稱為VHH抗體）、奈米抗體（Camelid來源的單結構域抗體）、鯊魚IgNAR來源的單結構域抗體片段（稱為VNAR）、二抗體、三抗體、Anticalin、適配體（DNA或RNA）以及它們的活性組分或片段。

可考慮抗體分子的擬定功能、特別是可能需要的效應子功能來選擇本發明之抗體分子的恒定區結構域（如果存在）。例如，恒定區結構域可以是人類的IgA、IgD、IgE、IgG或IgM結構域。通常，恒定區係人類起源的。具體地，可使用人IgG（即，IgG1、IgG2、IgG3或IgG4）恒定區結構域。通常，恒定區係人IgG1恒定區。

輕鏈恒定區可以是λ或κ。

本發明之抗體可以是單特異性或多特異性的（例如，雙特異性的）。多特異性抗體包含至少兩個不同的可變結構域，其中每個可變結構域能夠與單獨的抗原或同一抗原上的不同表位結合。

本發明之抗體可以是嵌合抗體、CDR移植抗體、奈米抗體、人抗體或人源化抗體。通常，該抗體係人抗體。完全人抗體係其中重鏈和輕鏈的可變區和恒定區（在存在的情況下）皆為人類起源的或與人類起源的序列基本上相同但不一定來自同一抗體的那些抗體。

本發明之抗體可以是全長抗體。

本發明之抗體可以是抗原結合片段。本發明之抗原結合片段與親本抗體（即，抗原結合片段來源與其中的抗體）的相同表位結合。本發明之抗原結合片段通常保留親本抗體的與表位相互作用的部分。抗原結合片段通常包含與抗原相互作用的互補決定區（CDR），諸如一個、兩個、三個、四個、五個或六個CDR。在一些實施方式中，抗原結合片段還包含圍繞親本抗體的CDR的結構支架，諸如重鏈和/或輕鏈的可變區結構域。通常，抗原結合片段保留與親本抗體相同或相似的對抗原的結合親和力。

抗原結合片段不一定具有與親本抗體相同的序列。在一個實施方式中，抗原結合片段可與親本抗體的相應CDR具有 ≥ 70%、≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%、100%的序列同一性。在一個實施方式中，抗原結合片段可與親本抗體的相應可變區結構域具有 ≥ 70%、≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%、100%的序列同一性。通常，可變區的非相同胺基酸不在CDR中。

本發明之抗體的抗原結合片段保留選擇性地與抗原結合的能力。抗體的抗原結合片段包括單鏈抗體（即，全長重鏈和輕鏈）；Fab、修飾的Fab、Fab'、修飾的Fab'、F(ab')2、Fv、Fab-Fv、Fab-dsFv、單結構域抗體（例如，VH或VL或VHH）、scFv。

抗體的抗原結合功能可以藉由全長抗體的片段來實現。用於產生和製造該等抗體片段之方法在本領域係眾所周知的（見例如Verma R等人, 1998, J. Immunol. Methods [免疫學雜誌方法], 216, 165-181）。

用於篩選與本文所揭露的抗體中的一種不具有100%胺基酸序列同一性的、具有期望的特異性、親和力和功能活性的本發明之抗體之方法包括本文所述之方法，例如酶聯免疫吸附測定、biacore、病灶減少中和測定（FRNT）以及本領域內已知的其他技術。

關於功能，本發明之抗體可能能夠中和SAR-CoV-2的至少一種生物活性（中和抗體），特別是中和病毒傳染性。

中和也可以使用IC50或IC90值來確定。例如，該抗體可具有 ≤ 0.1 µg/ml、≤ 0.05 µg/ml、≤ 0.01 µg/ml、≤ 0.005 µg/ml或≤ 0.002 µg/ml的IC50值。在一些情況下，本發明之抗體可具有介於0.0001 µg/ml與0.1 µg/ml之間、有時介於0.0001 µg/ml與0.05 µg/ml之間或甚至介於0.0001 µg/ml與0.001 µg/ml之間的IC50值。

例如，表1至12的一些抗體的IC50值在表13至16中提供。

抗體中和病毒傳染性的能力可使用適當的測定來測量，特別是使用基於細胞的中和測定來測量，如實例中所示。例如，中和能力可在病灶減少中和測定（FRNT）中測量，其中將在存在抗體的情況下被病毒感染（例如，在37°C下感染2小時）的細胞（例如，人類細胞）的數量減少與沒有添加抗體的陰性對照進行比較。

本發明之抗體可阻斷SAR-CoV-2的刺突蛋白與靶細胞的細胞表面受體血管張力素轉換酶2（ACE2）之間的相互作用，例如藉由直接阻斷或藉由破壞刺突蛋白的融合前構象。

刺突蛋白與ACE2之間的相互作用的阻斷可以是全部的或部分的。例如，本發明之抗體可使刺突蛋白-ACE2形成減少 ≥ 50%、≥ 60%、≥ 70%、≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 99%或100%。對刺突蛋白-ACE2形成的阻斷可以藉由本領域已知的任何合適的手段來測量，例如，藉由ELISA。

大多數顯示出中和的抗體也顯示出阻斷刺突蛋白與ACE2之間的相互作用。此外，許多非中和抗體係良好的ACE2阻斷劑。

就結合動力學而言，本發明之抗體可具有 ≤ 5 nM、≤ 4 nM、≤ 3 nM、≤ 2 nM、≤ 1 nM、≤ 0.5 nM、≤ 0.4 nM、≤ 0.3 nM、≤ 0.2 nM或 ≤ 0.1 nM的對SARS-CoV-2的刺突蛋白的親和常數（KD）值。

KD值可以藉由本領域已知的任何合適的手段來測量，例如，在25°C下藉由ELISA或表面電漿共振（Biacore）。

結合親和力（KD）可藉由確定抗體及其靶標的解離常數（Kd）和締合常數（Ka）來量化。例如，該抗體可具有 ≥ 10000 M ^-1s ^-1、≥ 50000 M ^-1s ^-1、≥ 100000 M ^-1s ^-1、≥ 200000 M ^-1s ^-1或 ≥ 500000 M ^-1s ^-1的締合常數（Ka）以及/或者 ≤ 0.001 s ^-1、≤ 0.0005 s ^-1、≤ 0.004 s ^-1、≤ 0.003 s ^-1、≤ 0.002 s ^-1或 ≤ 0.0001 s ^-1的解離常數（Kd）。

本發明之抗體較佳的是能夠在冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）感染的動物中提供體內保護。例如，向冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）感染的動物投與本發明之抗體可使存活率 ≥ 30%、≥ 40%、≥ 50%、≥ 60%、≥ 70%、≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%或100%。存活率可使用常規方法來確定。

本發明之抗體可具有上述特性中的一種或多種的任意組合。

本發明之抗體可與本文所述之抗體中的任一種（即，特別是與具有上述重鏈和輕鏈可變區的抗體）結合到相同的表位，或與本文所述之抗體中的任一種競爭結合到SARS-CoV-2刺突蛋白。用於鑒定與相同表位結合或相互交叉競爭的抗體之方法在實例中使用並在下文進一步討論。 Fc區

本發明之抗體可或可不包含Fc結構域。

本發明之抗體可在Fc區中被修飾以便提高其穩定性。此類在本領域係已知的。修飾可提高抗體在儲存抗體期間的穩定性。抗體的體內半衰期可藉由對Fc區進行修飾來改善。例如，可以將半胱胺酸殘基引入Fc區中，從而允許在該區中形成鏈間二硫鍵。由此產生的同型二聚體抗體可以具有改進的內在化能力和/或增加的補體介導的細胞殺傷和抗體依賴性細胞毒性（ADCC）。（參見Caron等人, J. Exp Med. [實驗醫學雜誌], 176: 1191-1195 (1992)和Shopes, J. Immunol. [免疫學雜誌], 148: 2918-2922 (1992)）。

替代性地，可以工程化具有雙Fc區的抗體，由此可以增強補體裂解和ADCC能力。（參見Stevenson等人, Anti-Cancer Drug Design [抗癌藥物設計], 3: 219-230 (1989)）。

例如，本發明之抗體可被修飾以促進Fc結構域與FcRn的相互作用。Fc結構域可被修飾以藉由在低pH下（諸如在核內體中）影響Fc和FcRn相互作用來提高抗體的穩定性。M252Y/S254T/T256E（YTE）突變可用於改善IgG1抗體的半衰期。

抗體可被修飾以影響抗體與其他受體（諸如FcγRI、FcγRIIA、FcγRIIB、FcγRIII和FcαR）的相互作用。此類修飾可用於影響抗體的效應子功能。

在一個實施方式中，本發明之抗體包含如下文所述之改變的Fc結構域。在另一個較佳的實施方式中，本發明之抗體包含Fc結構域，但Fc結構域的序列已被改變以修飾一種或多種Fc效應子功能。

在一個實施方式中，本發明之抗體包含「緘默的」Fc區。例如，在一個實施方式中，本發明之抗體不展示效應子功能或與正常Fc區相關的功能。本發明之抗體的Fc區不與一種或多種Fc受體結合。

在一個實施方式中，本發明之抗體不包含CH2結構域。在一個實施方式中，本發明之抗體不包含CH3結構域。在一個實施方式中，本發明之抗體包含另外的CH2和/或CH3結構域。

在一個實施方式中，本發明之抗體不結合Fc受體。在一個實施方式中，本發明之抗體不結合補體。在一個替代實施方式中，本發明之抗體不結合FcγR，但確實結合補體。

在一個實施方式中，本發明之抗體一般可包含改變抗體的血清半衰期的修飾。因此，在另一個實施方式中，本發明之抗體具有改變抗體的半衰期的Fc區修飾。此類修飾可能與改變Fc功能的那些修飾一樣存在。在一個較佳的實施方式中，本發明之抗體具有改變抗體的血清半衰期的修飾。

在一個實施方式中，本發明之抗體可包含人類恒定區域，例如IgA、IgD、IgE、IgG或IgM結構域。具體地，當抗體分子旨在用於需要抗體效應子功能的治療用途時，可使用人IgG恒定區結構域，尤其是IgG1和IgG3同種型。替代性地，當抗體分子用於治療目的並且不需要抗體效應子功能時，可使用IgG2和IgG4同型。

在一個實施方式中，抗體重鏈包含CH1結構域，並且抗體輕鏈包含CL結構域（κ或λ）。在一個實施方式中，抗體重鏈包含CH1結構域、CH2結構域和CH3結構域，並且抗體輕鏈包含CL結構域（κ或λ）。

四種人IgG同種型以不同親和力結合活化性Fcγ受體（FcγRI、FcγRIIa、FcγRIIc、FcγRIIIa）、抑制性FcγRIIb受體和補體第一組分（C1q），從而產生非常不同的效應子功能（Bruhns P.等人, 2009. Specificity and affinity of human Fcγ receptors and their polymorphic variants for human IgG subclasses [人Fcγ受體及其多態變體對人IgG亞類的特異性和親和力]. Blood [血液]. 113(16):3716-25），另見Jeffrey B. Stavenhagen等人 Cancer Research[癌症研究] 2007年9月15日; 67(18):8882-90）。在一個實施方式中，本發明之抗體不與Fc受體結合。在本發明之另一個實施方式中，該抗體確實與一種或多種類型的Fc受體結合。

在一個實施方式中，所採用的Fc區係突變的，特別是本文所述之突變。在一個實施方式中，Fc突變選自包含以下項的組：去除或增強Fc區與Fc受體結合的突變、增加或去除效應子功能的突變、增加或減少抗體的半衰期的突變以及它們的組合。在一個實施方式中，當提到修飾的影響時，可藉由與缺乏該修改的等效抗體進行比較來證明。

在pH 6.0而不是pH 7.4下選擇性結合FcRn的一些抗體在各種動物模型中表現出較長的半衰期。位於CH2與CH3結構域之間介面處的若干突變（諸如T250Q/M428L（Hinton PR.等人, 2004. Engineered human IgG antibodies with longer serum half-lives in primates [在靈長類動物中具有更長血清半衰期的工程化人IgG抗體]. J Biol Chem [生物化學雜誌]. 279(8):6213-6）和M252Y/S254T/T256E + H433K/N434F（Vaccaro C.等人, 2005. Engineering the Fc region of immunoglobulin G to modulate in vivoantibody levels [工程化免疫球蛋白G的Fc區以調節體內抗體水平]. Nat Biotechnol [自然生物技術]. 23(10):1283-8））已被證明可以增加對FcRn的結合親和力和IgG1在體內的半衰期。因此，在M252/S254/T256 + H44/N434處可存在改變血清半衰期的修飾，特別是可存在M252Y/S254T/T256E + H433K/N434F。在一個實施方式中，希望增加半衰期。在另一個實施方式中，實際上可能希望減少抗體的血清半衰期，因此可存在減少血清半衰期的修飾。

已經在人IgG1的CH2結構域中進行了大量突變，並且在體外測試了它們對ADCC和CDC的影響（Idusogie EE.等人, 2001. Engineered antibodies with increased activity to recruit complement [具有增強的補體募集活性的工程化抗體]. J Immunol [免疫學雜誌]. 166(4):2571-5）。值得注意的是，據報導位置333處的丙胺酸取代可以增加ADCC和CDC。因此，在一個實施方式中，可在位置333處存在修飾，特別是改變募集補體的能力的修飾。Lazar等人描述了一種三重突變體（S239D/I332E/A330L），它對FcγRIIIa具有較高的親和力並且對FcγRIIb具有較低的親和力，從而增強了ADCC（Lazar GA.等人, 2006）。因此，可在S239/I332/A330處存在修飾，特別是改變對Fc受體的親和力的那些修飾，特別是S239D/I332E/A330L。具有增強的效應子功能的工程化抗體Fc變體。PNAS [美國國家科學院院刊] 103(11): 4005-4010）。使用相同突變來產生具有增加的ADCC的抗體（Ryan MC.等人, 2007. Antibody targeting of B-cell maturation antigen on malignant plasma cells [抗體靶向惡性漿細胞上的B細胞成熟抗原]. Mol. Cancer Ther [分子癌症治療], 6: 3009 - 3018）。Richards等人研究了一個稍有不同的三突變體（S239D/I332E/G236A），其FcγRIIIa親和力和FcγRIIa/FcγRIIb比例提高，可介導增強的巨噬細胞對靶細胞的吞噬作用（Richards JO等人, 2008. Optimization of antibody binding to Fcgamma RIIa enhances macrophage phagocytosis of tumor cells [抗體與Fcgamma RIIa結合的優化增強了巨噬細胞對腫瘤細胞的吞噬作用]. Mol Cancer Ther [分子癌症治療]. 7(8):2517-27）。在一個實施方式中，因此可存在S239D/I332E/G236A修飾。

在另一個實施方式中，本發明之抗體可具有修飾的鉸鏈區和/或CH1區。替代性地，可選擇所採用的同種型，因為它具有特定的鉸鏈區。主要公共V區

公共V區（在本文中也被描述為公共V基因）係在群體中發現的大部分對SARS-CoV-2的抗體反應中的種系重鏈和輕鏈區的V區。在本申請中，V區對Beta SARS-CoV-2變體具有特異性反應。也就是說，許多個體在對SARS-CoV-2變體產生免疫反應時會利用來自其種系v區庫中的相同v區。

如本文所用，「來源於」特定v區的抗體係指藉由使用該種系v區序列進行V(D)J重組產生的抗體。例如，種系IGHV3-53 v區序列可經歷體細胞重組和體細胞突變，以產生與SARS-CoV-2的刺突蛋白特異性結合的抗體。編碼該抗體的核苷酸序列不太可能包含與IGHV3-53種系序列相同的序列，儘管如此，該抗體仍然來源於該v區。當與種系序列相比時，本發明之抗體通常在v區中只包含非緘默突變，諸如不超過15、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個非緘默突變。當與種系序列相比時，本發明之抗體通常在v區中不包含2-20個非緘默突變，諸如5-15、6-13和7-12個非緘默突變。種系v區序列在本領域係眾所周知的，並且鑒定抗體的某一區域是否來源於特定的種系v區序列之方法在本領域也是眾所周知的。

在一個實施方式中，本發明之抗體來源於選自IGHV3-53、IGHV1-58、IGHV3-66、IGHV1-69、IGHV3-30、IGHV3-33、IGHV1-18、IGHV13-9或IGHV4-31的v區。諸位發明人發現，本文鑒定的強效中和抗體在該等v區的CDR中包含相對較少的突變。因此，在一個實施方式中，本發明之抗體由以下v區編碼：選自IGHV3-53、IGHV1-58、IGHV3-66、IGHV1-69、IGHV3-30、IGHV3-33、IGHV1-18、IGHV13-9或IGHV4-31，並且當與天然存在的種系序列相比時，具有2-20個非緘默核苷酸突變或5-15個非緘默突變，諸如15個或更少、14個或更少、13個或更少、12個或更少、11個或更少、10個或更少、9個或更少、8個或更少、7個或更少、6個或更少、5個或更少、4個或更少、3個或更少或2個非緘默突變。如本文定義的緘默突變係核苷酸序列的變化，而該核苷酸序列編碼的胺基酸序列沒有變化。因此，非緘默突變係導致核苷酸序列編碼的胺基酸序列發生變化的突變。

諸位發明人驚奇地發現，具有相同重鏈v區的兩個抗體的輕鏈可變區可交換，以產生包含第一抗體的重鏈可變區和第二抗體的輕鏈可變區的混合鏈抗體。例如，這兩種抗體可都包含來源於IGHV3-53的重鏈可變區。較佳的是，兩種抗體還包含來源於相同輕鏈v區的輕鏈可變區，儘管這不是必須的，因為例如抗體222的輕鏈可與來源於IGHV3-53的任何重鏈可變區匹配並產生強效的中和抗體。如上所述，這兩種抗體可包含來源於IGHV3-53和/或IGHV3-66的重鏈可變區。

在一個實施方式中，本發明之抗體包含來源於選自IGHV3-53、IGHV1-58、IGHV3-66、IGHV4-39、IGHV3-30、IGHV5-51、IGHV1-02或IGHV3-33的主要公共v區的抗體的重鏈可變結構域的CDR，諸如對於IGHV3-53為抗體Omi03、Omi18、Omi29、Beta-27、抗體150、抗體158、抗體175、抗體222和抗體269，對於IGHV3-66為抗體Omi16、Omi17、Omi20、Omi27、Omi36、抗體40和抗體398，對於IGHV1-58為抗體Omi12、Beta-47、Beta-25、抗體55、抗體165、抗體253，對於IGHV1-69為抗體Beta-49、Beta-50、Omi02、Omi24、Omi30、Omi31、Omi34和Omi38，對於IGHV3-30為抗體Beta-22、Beta-29、抗體159和Omi09，對於IGHV3-33為抗體Beta-20、Beta-43、Omi32和Omi 33，對於IGHV1-18為抗體278、Beta-44、Omi26和Omi41，對於IGHV3-9為抗體58、Omi25、Omi35和Omi42，對於IGHV4-31為抗體Beta-56和Omi23。與該等抗體中每一個的CDR相對應的SEQ ID NO在表1、2和3中示出。

在一個實施方式中，本發明之抗體包含來源於選自IGHV3-53、IGHV1-58、IGHV3-66、IGHV4-39、IGHV3-30、IGHV5-51、IGHV1-02或IGHV3-33的主要公共v區的抗體的重鏈可變結構域，諸如對於IGHV3-53為抗體Omi03、Omi18、Omi29、Beta-27、抗體150、抗體158、抗體175、抗體222和抗體269，對於IGHV3-66為抗體Omi16、Omi17、Omi20、Omi27、Omi36、抗體40和抗體398，對於IGHV1-58為抗體Omi12、Beta-47、Beta-25、抗體55、抗體165、抗體253，對於IGHV1-69為抗體Beta-49、Beta-50、Omi02、Omi24、Omi30、Omi31、Omi34和Omi38，對於IGHV3-30為抗體Beta-22、Beta-29、抗體159和Omi09，對於IGHV3-33為抗體Beta-20、Beta-43、Omi32和Omi 33，對於IGHV1-18為抗體278、Beta-44、Omi26和Omi41，對於IGHV3-9為抗體58、Omi25、Omi35和Omi42，對於IGHV4-31為抗體Beta-56和Omi23。與該等抗體中每一個的CDR相對應的SEQ ID NO在表1、2和3中示出。

在一個實施方式中，本發明提供了一種產生與SARS-CoV-2（例如，Alpha、Beta、Gamma、Delta和/或Omicron譜系的SARS-CoV-2毒株）的刺突蛋白特異性結合的抗體之方法，該方法包括鑒定兩種或更多種來源於相同輕鏈和/或重鏈v區的抗體，用第二抗體的輕鏈替換第一抗體的輕鏈，從而產生包含第一抗體的重鏈和第二抗體的輕鏈的混合鏈抗體。在一個實施方式中，該方法還包括確定混合鏈抗體對SARS-CoV-2的親和力和/或中和。該方法還可包括比較混合鏈抗體的親和力與第一和/或第二抗體的親和力。該方法還可包括選擇與第一和/或第二抗體具有相同親和力或比它們具有更大親和力的混合鏈抗體。在一些實施方式中，重鏈v區係IGHV 1- 58，並且/或者輕鏈v區係IGLV Kappa 3-20。

在另一個實施方式中，本發明提供了一種與SARS-CoV-2的Omicron變體特異性結合的抗體，其中該抗體具有來源於IGHV1-69的v區。人們驚奇地發現，對感染SARS-CoV-2的Omicron變體的抗體反應偏向於具有來源於IGHV1-69的重鏈可變區的抗體。在一個實施方式中，其中抗體重鏈來源於IGHV1-69，本發明之抗體包含來自Beta-49、Beta-50、Omi02、Omi24、Omi30、Omi31、Omi34和Omi38的CDRH1、CDRH2和CDRH3。抗體軛合物

本發明還關於免疫軛合物，該等免疫軛合物包含與細胞毒劑諸如毒素（例如，細菌、真菌、植物或動物來源的酶活性毒素，或者它們的片段）或放射性同位素（即，放射性軛合物）軛合的抗體。抗體和細胞毒劑的軛合物可使用本領域已知的各種雙功能蛋白偶聯劑來製成。

本發明之抗體可與調節或改變血清半衰期的分子軛合。本發明之抗體可與白蛋白結合，例如以便調節血清半衰期。在一個實施方式中，本發明之抗體還將包括對白蛋白特異的結合區。在另一個實施方式中，本發明之抗體可包括肽連接子（linker），它係白蛋白結合肽。白蛋白結合肽的實例包括在WO 2015/197772和WO 2007/106120中，這兩篇文獻的全部內容藉由援引併入。多核苷酸、載體和宿主細胞

本發明還提供了一種或多種編碼本發明之抗體的分離多核苷酸（例如，DNA）。在一個實施方式中，多核苷酸序列共同存在於多於一種多核苷酸上，但它們共同一起能夠編碼本發明之抗體。例如，多核苷酸可編碼本發明之抗體的重鏈和/或輕鏈可變區。多核苷酸可編碼本發明之抗體的完整重鏈和/或輕鏈。通常，一種多核苷酸將編碼重鏈和輕鏈中的每一者。

編碼本發明抗體的多核苷酸可以藉由熟悉該項技術者眾所周知之方法獲得。例如，編碼部分或全部抗體重鏈和輕鏈的DNA序列可根據需要從相應的胺基酸序列合成。可構建載體的一般方法、轉染方法和培養方法係熟悉該項技術者眾所周知的。在這方面，參考「Current Protocols in Molecular Biology [分子生物學實驗室指南]」, 1999, F. M. Ausubel（編輯）, Wiley Interscience, New York [紐約威利出版社期刊數據庫]以及由冷泉港出版社出版的Maniatis手冊。本發明之多核苷酸可以表現盒的形式提供，該表現盒包括與插入序列可操作連接的控制序列，從而允許本發明之抗體在體內表現。因此，本發明還提供了一種或多種編碼一種或多種多核苷酸的表現盒，該等多核苷酸編碼本發明之抗體。該等表現盒又通常在載體（例如，質體或重組病毒載體）內提供。因此，在一個實施方式中，本發明提供了一種編碼本發明之抗體的載體。在另一個實施方式中，本發明提供了共同編碼本發明之抗體的載體。該等載體可以是選殖載體或表現載體。合適的載體可以是能夠攜帶足夠量的遺傳資訊並允許表現本發明之多肽的任何載體。例如藉由轉染將本發明之多核苷酸、表現盒或載體引入宿主細胞中。因此，本發明還提供了一種包含本發明之一種或多種多核苷酸、表現盒或載體的宿主細胞。可將本發明之多核苷酸、表現盒或載體暫時或永久引入宿主細胞中，從而允許從一種或多種多核苷酸、表現盒或載體表現抗體。此類宿主細胞包括暫時的或較佳的是穩定的高等真核細胞系（諸如哺乳動物細胞或昆蟲細胞）、低等真核細胞（諸如酵母）或原核細胞（諸如細菌細胞）。細胞的具體實例包括哺乳動物HEK293（諸如HEK293F、HEK293T、HEK293S或HEK Expi293F）、CHO、HeLa、NS0和COS細胞或者本文所用的任何其他細胞系（諸如在實例中所用的細胞系）。較佳的是，所選擇的細胞系將是不僅穩定而且允許成熟糖基化的細胞系。

本發明還提供了一種用於產生本發明之抗體的過程，該過程包括在適合於從本發明之一種或多種多核苷酸表現抗體的條件下培養含有本發明之一種或多種載體的宿主細胞，以及從所述培養物中分離抗體。抗體組合

諸位發明人發現，某些表3抗體在組合使用時特別有效，並且表3、表2和表1抗體的某些組合（例如，最大限度地減少由於SARS-CoV-2變體導致的活性損失）最大限度地提高治療效果和/或增加診斷能力。有用的組合包括不相互交叉競爭和/或與非重疊表位結合的抗體。

因此，本發明提供了一種本發明之抗體組合，其中每種抗體都能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白結合，其中至少一種抗體包含表3中的28種抗體中的任一種的至少三個CDR。

本發明之抗體組合可用作治療混合物。因此，本發明還提供了一種包含本發明之抗體組合的藥物組成物，如下文進一步解釋。

本發明之抗體組合可用於診斷。因此，本發明還提供了一種包含本發明之抗體組合的診斷套組。本文還提供了診斷受試者的與冠狀病毒感染相關的疾病或併發症之方法，如下文進一步解釋。完全交叉中和抗體（例如，Omi03）可用作參考，以確認樣本中任何關注變體（VoC）SARS-CoV-2的存在和/或量。與有限數量的VoC結合的抗體可用於確認樣本中該VoC的存在和/或量。例如，如果Omi03表現出與樣本結合，但Omi24沒有表現出與SARS-CoV-2的樣本結合，那麼刺突蛋白可能是Delta VoC的刺突蛋白。這可藉由技術人員已知的任何方法確定，諸如經由免疫測定，例如ELISA或免疫層析測定。減少的結合可藉由與參考比較和/或歸一化為參考以及/或者藉由與陽性/陰性對照樣本或數據比較來確定。藥物組成物

本發明提供一種包含本發明之抗體的藥物組成物。該組成物可包含本發明之抗體的組合（諸如兩種、三種或四種）。該藥物組成物還可包含藥學上可接受的載劑。

本發明之組成物可包括一種或多種藥學上可接受的鹽。「藥學上可接受的鹽」係指保留親本化合物的期望生物活性並且不賦予任何不希望的毒理學作用的鹽。此類鹽的實例包括酸加成鹽和鹼加成鹽。

合適的藥學上可接受的載劑包括水性載劑或稀釋劑。合適的水性載劑的實例包括水、緩衝水和鹽水。

其他合適的藥學上可接受的載劑包括乙醇、多元醇（諸如甘油、丙二醇、聚乙二醇等）和它們的合適混合物、植物油（諸如橄欖油）以及可注射有機酯（諸如油酸乙酯）。在許多情況下，將希望在組成物中包括等滲劑（例如，糖）、多元醇（諸如甘露醇、山梨醇）或氯化鈉。

治療組成物通常必須是無菌的並且在製造和儲存條件下是穩定的。該組成物可以被配製成溶液、微乳液、脂質體或適合於高藥物濃度的其他有序結構。

本發明之藥物組成物可包含額外的治療劑，例如抗病毒劑。抗病毒劑可與冠狀病毒結合並抑制病毒活性。替代性地，抗病毒劑可不直接與冠狀病毒結合，但仍影響病毒活性/感染性。抗病毒劑可以是另外的抗冠狀病毒抗體，它結合在SARS-CoV-2上除刺突蛋白之外的某處。可用於本發明之抗病毒劑的實例包括瑞德西韋（Remdesivir）、洛匹那韋（Lopinavir）、利托那韋（ritonavir）、APN01和法匹拉韋（Favilavir）。

額外的治療劑可以是抗炎劑，諸如皮質類固醇（例如，地塞米松）或非甾體抗炎藥（例如，托珠單抗（Tocilizumab））。

額外的治療劑可以是抗冠狀病毒疫苗。該藥物組成物可皮下、靜脈內、皮內、肌肉、鼻內或口服投與。還在本發明之範圍內的是包含本發明之抗體或其他組成物以及使用說明的套組。該套組還可含有一種或多種額外的試劑，諸如如本文所討論的額外的治療或預防劑。本發明之方法和用途

本發明還關於本文所述之抗體、抗體組合和藥物組成物例如在藉由療法來治療人或動物體之方法中或者在診斷方法中之用途。該治療方法可以是治療性的或預防性的。

例如，本發明關於治療冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）感染、與其相關的疾病或併發症（例如，COVID-19）之方法。該方法可包括投與治療有效量的抗體、抗體組合或本發明之藥物組合。該方法還可包括鑒定來自受試者的樣本中冠狀病毒或其片段（例如，SARS-CoV-2）的存在。本發明還關於根據本發明之抗體、抗體組合或藥物組成物，用於在治療冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）感染、與其相關的疾病或併發症（例如，COVID-19）之方法中使用。

本發明還關於一種配製用於治療冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）感染、與其相關的疾病或併發症（例如，COVID-19）的組成物之方法，其中所述方法包括將根據本發明之抗體、抗體組合或藥物組成物與可接受的載劑混合以製備所述組成物。

本發明還關於根據本發明之抗體、抗體組合或藥物組成物用於治療冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）感染或者與其相關的疾病或併發症（例如，COVID-19）之用途。

本發明還關於根據本發明之抗體、抗體組合或藥物組成物用於製造用於治療或預防冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）感染或者與其相關的疾病或併發症（例如，COVID-19）的藥物之用途。

本發明還關於預防、治療或診斷由任何SARS-CoV-2毒株引起的冠狀病毒感染。冠狀病毒感染可由任何SARS-CoV-2毒株引起。

SARS-CoV-2毒株可能是最早鑒定的武漢毒株（(hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019（WIV04）；GISAID登錄號：EPI_ISL_402124）及其變體。例如，SARS-CoV-2毒株可以是譜系A、A.1、A.2、A.3、A.5、B、B.1、B.1.1、B.2、B.3、B.4、B.1.1.7（alpha）、B.1.351（beta）、P.1（gamma）、delta、kappa和/或lambda的成員。SARS-CoV-2毒株可以是譜系A.23.1、B.1.1.7（alpha）、B.1.351（beta）、B.1.258、B.1.526.2、B.1.616、B.1.617.1（kappa）、B.1.617.2（delta）、C36.3、C.37（lambda）、P.1（gamma）、B.1.1.529（omicron）、Omicron BA.1、Omicron BA.1 .1、Omicron BA.2和/或Omicron BA.3的成員。

相對於hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019（WIV04）（GISAID登錄號：EPI_ISL_402124），SARS-CoV-2毒株可例如在刺突蛋白中包含一個或多個突變。換句話說，SARS-CoV-2毒株可以是例如在刺突蛋白中包含一個或多個修飾的經修飾的hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019（WIV04）毒株。

該突變可以是在SARS-CoV-2的Omicron毒株中觀察到的突變（例如，取代）。抗體Omi02、Omi03、Omi12、Omi18、Omi28、Omi39和Omi42在中和Omicron SARS-Cov-2毒株方面特別有效。因此，本發明可關於該等抗體用於治療、預防或診斷由SARS-Cov-2毒株引起的冠狀病毒感染。

本發明之方法和用途可包括抑制疾病狀態（諸如COVID-19），例如阻止其發展；以及/或者緩解疾病狀態（諸如COVID-19），例如引起疾病狀態的消退，直到達到期望終點。

本發明之方法和用途可包括改善或減輕疾病狀態（諸如COVID-19）的症狀的嚴重程度、改善或減少其持續時間或頻率（例如，減輕疼痛或不適），並且這種改善可或可不直接影響疾病。症狀或併發症可以是發熱、頭痛、疲勞、食欲不振、肌痛、腹瀉、嘔吐、腹痛、脫水、呼吸道感染、細胞介素風暴、急性呼吸窘迫綜合症（ARDS）敗血症和/或器官衰竭（例如，心臟、腎臟、肝臟、GI、肺）。

本發明之方法和用途可導致冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）的病毒載量降低，例如與治療前相比，降低 ≥ 10%、≥ 20%、≥ 30%、≥ 40%、≥ 50%、≥ 60%、≥ 70%、≥ 80%、≥ 90%或100%。確定病毒載量之方法在本領域係眾所周知的，例如感染測定。

本發明之方法和用途可包括預防冠狀病毒感染在受試者（例如，人）中發生，特別是當該受試者易患與冠狀病毒感染相關的併發症時。

本發明還關於鑒定感染冠狀病毒（諸如SARS-CoV-2）的受試者。例如，本發明之方法和用途可能關於鑒定樣本中冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）或者其蛋白或片段的存在。該檢測可在體外或體內進行。在某些實施方式中，本發明關於到群體篩選。

本發明關於鑒定任何SARS-CoV-2毒株，如本文所述。本發明還可關於一種鑒定SARS-CoV-2的逃逸突變體之方法，該方法包括使樣本與本發明之抗體組合接觸以及鑒定每種抗體是否與病毒結合。術語「逃逸突變體」係指SARS-CoV-2的包含非緘默突變的變體，該等突變可能會影響現有SARS-CoV-2感染治療的功效。通常，非緘默突變在先前技術抗體和/或本文所述之與SARS-CoV-2的表位特異性結合的抗體所識別的表位上，例如在SARS-CoV-2的刺突蛋白上。如果該抗體不與靶標結合，則可能表明該靶標包含可能改變現有SARS-CoV-2治療的功效的突變。

本發明之方法和用途可包括使樣本與本發明之抗體或抗體組合接觸，以及檢測抗體-抗原複合物的存在或不存在，其中抗體-抗原複合物的存在指示受試者被SARS-CoV-2感染。

確定抗體-抗原複合物的存在之方法在本領域係已知的。例如，體外檢測技術包括酶聯免疫吸附測定（ELISA）、Western印跡、免疫沈澱和免疫螢光。體內技術包括向受試者體內引入標記的抗分析物蛋白抗體。例如，該抗體可以用放射性標記物標記，其在受試者體內的存在和位置可以藉由標準成像技術檢測。檢測技術可提供定性或定量讀數，這取決於所採用的測定。

通常，本發明關於用於有需要的人類受試者之方法和用途。然而，還設想了非人類動物，諸如大鼠、兔、綿羊、豬、牛、貓或狗。受試者可能有暴露於冠狀病毒感染的風險，諸如醫療工作者或與感染個體接觸過的人。受試者可能已經接取或計畫接取已知或疑似爆發冠狀病毒的國家。受試者也可能有更大的風險，諸如免疫功能低下的個體，例如接受免疫抑制療法的個體或者患有人類免疫缺陷綜合症（HIV）或獲得性免疫缺陷綜合症（AIDS）的個體。受試者可以是無症狀的或在出現症狀前。

受試者可以在疾病的早期、中期或後期。

受試者在首次發病時可能在醫院或社區，並且/或者後來在醫院。

受試者可以是男性或女性。

在某些實施方式中，受試者通常是男性。受試者可能沒有感染冠狀病毒，諸如SARS-CoV-2。受試者可能易患與冠狀病毒感染相關的更嚴重症狀或併發症。本發明之方法或用途可包括鑒定患者是否有發展與冠狀病毒相關的更嚴重症狀或併發症的風險的步驟。

在本發明關於預防或治療的實施方式中，受試者可能已被診斷或可能未被診斷感染冠狀病毒，諸如SARS-CoV-2。

本發明關於分析來自受試者的樣本。樣本可以是從受試者分離的組織、細胞和生物體液，以及存在於受試者體內的組織、細胞和體液。樣本可以是血液和血液的一部分或組分，包括血清、血漿或淋巴。通常，樣本來自咽拭子、鼻拭子或唾液。

抗體-抗原複合物檢測測定可在原位進行，在這種情況下，樣本係從受試者的活組織檢查或切除術中獲得的組織的組織切片（固定的和/或冷凍的）。

在本發明實施方式中，在施用抗體藥物組成物和組合的情況下，它們可皮下、靜脈內、皮內、口服、鼻內、肌內或顱內投與。通常，抗體藥物組成物和組合靜脈內或皮下投與。

抗體的劑量可取決於受試者的年齡和體型以及疾病、狀況和投與途徑而變化。抗體可以約0.1 mg/kg體重的劑量至約100 mg/kg體重的劑量（諸如以約5 mg/kg至約10 mg/kg的劑量）投與。抗體也可以約50 mg/kg、10 mg/kg或約5 mg/kg體重的劑量投與。

本發明之組合可例如以每種抗體約5 mg/kg至約10 mg/kg的劑量或者以每種抗體約10 mg/kg或約5 mg/kg的劑量投與。替代性地，組合可以總共約5 mg/kg的劑量（例如，在三種抗體組合中，每種抗體的劑量為1.67 mg/kg）投與。

本發明之抗體或抗體組合可以多劑量方案投與。例如，初始劑量之後可投與第二或多個後續劑量。第二和後續劑量可間隔適當的時間。

如上文所討論，本發明之抗體通常用於單一藥物組成物/組合（共同配製）。然而，本發明通常還包括本發明之抗體在單獨的製劑/組成物中的組合使用。本發明還包括如上所述之抗體與額外的治療劑的組合使用。

兩種或更多種藥劑和/或抗體的組合投與可以多種不同方式實現。在一個實施方式中，所有組分可在單一組成物中一起投與。在另一個實施方式中，每種組分都可作為組合療法的一部分單獨投與。

例如，本發明之抗體可在本發明之另一抗體或其結合片段之前、之後投與或與其同時投與。特別有用的組合例如在上文描述。

例如，本發明之抗體可在抗病毒劑或抗炎劑之前、之後投與或與其同時投與。

在本發明關於檢測樣本中冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）或者其蛋白或片段的存在的實施方式中，該抗體含有可檢測標籤。將標籤附著到抗體上之方法在本領域係已知的，例如藉由將可檢測物質偶聯（即，物理連接）到抗體上來直接標記抗體。替代性地，可間接標記該抗體，例如藉由與直接標記的另一種試劑反應。間接標記的實例包括使用螢光標記的二抗檢測一抗以及用生物素末端標記DNA探針，以便可以用螢光標記的鏈黴親和素對其進行檢測。

該檢測還可包括：(i) 已知可用於檢測冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）或者其蛋白或片段的藥劑，例如針對刺突蛋白的其他表位或冠狀病毒的其他蛋白的抗體，諸如抗核衣殼抗體；以及/或者 (ii) 已知不能檢測冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）或其片段的存在的藥劑，即提供陰性對照。

在某些實施方式中，該抗體被修飾為具有增加的穩定性。合適的修飾在上文解釋。

本發明還包括用於檢測樣本中冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）的存在的套組。例如，該套組可包括：標記的抗體或本發明之標記的抗體的組合；用於確定樣本中冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）的量的裝置；以及用於將樣本中冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）的量與標準品進行比較的裝置。標記的抗體或標記的抗體的組合可以被包裝在合適的容器中。該套組還可以包括使用該套組檢測樣本中的冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）的說明。該套組還可包括其他已知對檢測冠狀病毒的存在有用的藥劑，如上文所討論。

例如，本發明之抗體或抗體組合用於側向流動測試。通常，側向流動測試套組係一種帶有吸收墊的手持設備，它基於一系列毛細管床，諸如多孔紙片、微結構化聚合物或燒結聚合物。該測試沿著具有顯示視覺陽性或陰性結果的反應分子的墊表面運行液體樣本。該測試還可包括使用已知可用於檢測冠狀病毒（例如，SARS-CoV-2）或其片段的存在的其他藥劑，如上文所討論，諸如抗核衣殼抗體。其他

應當理解，所揭露的抗體組合或本發明之藥物組成物的不同應用可根據本領域的特定需要進行調整。還應當理解，本文所用的術語僅用於描述本發明之具體實施方式的目的，並不旨在限制。另外，如本說明書和所附請求項中所用，單數形式「一個」、「一種」和「該」包括複數指代，除非上下文另外明確規定。因此，例如，提到「一種抗體」包括兩種或更多種「抗體」。

此外，當本文提到「≥ x」時，這意味著等於或大於 x。當本文提到「≤ x」時，這意味著小於或等於 x。

出於本發明之目的，為了確定兩個序列（諸如兩個多核苷酸或兩個多肽序列）的同一性百分比，出於最佳比較目的而對該等序列進行比對（例如，可以在第一序列中引入空位以與第二序列進行最佳比對）。然後比較每個位置處的核苷酸或胺基酸殘基。當第一序列中的一個位置被與第二序列中的相應位置相同的核苷酸或胺基酸佔據時，那麼該位置處的核苷酸或胺基酸係相同的。兩個序列之間的同一性百分比係該等序列共有的相同位置的數量的函數（即，%同一性 = 相同位置的數量/參考序列中的總位置數量 × 100）。通常，序列比較在參考序列的長度上進行。例如，如果使用者希望確定給定（「測試」）序列是否與SEQ ID NO: 3 95%相同，則SEQ ID NO: 3將是參考序列。為了評估一個序列是否與SEQ ID NO: 3（參考序列的實例）至少95%相同，技術人員將對SEQ ID NO: 3的長度進行比對，並確定測試序列中有多少位置與SEQ ID NO: 3的位置相同。如果至少95%的位置相同，則試驗序列與SEQ ID NO: 3至少95%相同。如果該序列比SEQ ID NO: 3短，則空位或缺失位置應被視為非相同位置。技術人員知道可用於確定兩個序列之間的同源性或同一性的不同電腦程式。例如，序列的比較和兩個序列之間的百分比同一性的確定可以使用數學演算法來完成。在一個實施方式中，兩個胺基酸或核酸序列之間的百分比同一性使用Needleman和Wunsch（1970）演算法（已被結合到Accelrys GCG套裝軟體（可在http://www.accelrys.com/products/gcg/獲得）的GAP程式中）並使用Blosum 62矩陣或PAM250矩陣以及空位權重16、14、12、10、8、6或4和長度權重1、2、3、4、5或6來確定。

根據IMGT編號系統（http://www.imgt.org；Lefranc MP, 1997, J, Immunol. Today [今日免疫學雜誌], 18, 509），重鏈（CDRH）和輕鏈可變結構域（CDRL）的CDR位於每條鏈的殘基27-38（CDR1）、殘基56-65（CDR2）和殘基105-117（CDR3）處。在本說明書中使用該編號系統，除非另有說明。

本文引用的所有出版物、專利和專利申請（無論是上文還是下文）都藉由援引以其全文特此併入。

以下實例說明了本發明。實例實例 1. 針對早期大流行 SARS-CoV-2 和 Beta SARS-CoV-2 毒株的特異性抗體的產生

表1中的抗體與針對SARS-CoV-2的早期大流行毒株產生的一組mAb有關。表2中的抗體與針對SARS-CoV-2的Beta毒株產生的一組mAb有關。

該等抗體的更多細節可在國際申請案號PCT/GB 2022/050306和PCT/GB 2022/050307中找到。關於該等抗體的產生和特性的進一步資訊可在以下文章中找到：Dejnirattisai, Wanwisa等人「The antigenic anatomy of SARS-CoV-2 receptor binding domain [SARS-CoV-2受體結合結構域的抗原解剖].」 Cell[細胞] 184.8 (2021): 2183-2200。Supasa, Piyada等人「Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B. 1.1.7 variant by convalescent and vaccine sera [恢復期血清和疫苗血清對SARS-CoV-2 B. 1.1.7變體的中和降低].」 Cell[細胞] 184.8 (2021): 2201-2211。

Liu, Chang等人「The antibody response to SARS-CoV-2 Beta underscores the antigenic distance to other variants [對SARS-CoV-2 Beta的抗體反應強調了與其他變體的抗原距離].」 Cell host & microbe[細胞宿主與微生物] (2021)。

Zhou, Daming等人「Evidence of escape of SARS-CoV-2 variant B. 1.351 from natural and vaccine-induced sera [SARS-CoV-2變體B. 1.351從天然血清和疫苗誘導的血清中逃逸的證據].」 Cell[細胞] 184.9 (2021): 2348-2361。

Dejnirattisai, Wanwisa等人「Antibody evasion by the P. 1 strain of SARS-CoV-2 [SARS-CoV-2的P.1毒株的抗體逃避].」 Cell[細胞] 184.11 (2021): 2939-2954。

Liu, Chang等人「Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B. 1.617 by vaccine and convalescent serum [疫苗血清和恢復期血清對SARS-CoV-2 B. 1.617的中和降低].」 Cell[細胞] 184.16 (2021): 4220-4236。

Dejnirattisai, Wanwisa等人「SARS-CoV-2 Omicron-B. 1.1. 529 leads to widespread escape from neutralizing antibody responses [SARS-CoV-2 Omicron-B. 1.1.529導致從中和抗體反應廣泛逃逸].」 Cell[細胞] (2022)。實例 2. 針對 SARS-CoV-2 的 Omicron 毒株的特異性抗體的產生 Omicron BA.2 譜系

Omicron BA.2於2021年11月17日在南非首次報導，與報導Omicron BA.1報導時間相似。在許多國家諸如丹麥、印度和英國，BA.2相對於BA.1一直在增加，現在占丹麥Omicron感染的大部分，並且越來越多的證據表明BA.2比BA.1更具傳播性，但沒有證據表明疾病嚴重程度增加。

BA.2與BA.1相關，它們在整個S中共用21個胺基酸取代，但也存在許多差異。與BA.2相比，BA.1具有額外的6個胺基酸缺失、3個插入和9個取代，並且與BA.1相比，BA.2具有額外的3個缺失和7個取代。在RBD中，BA.1含有獨特突變S371L、G446S和G496S，並且在一些分離株中含有R346K（BA.1.1），而BA.2攜帶S371F、T376A、D405N和R408S。所有該等殘基都有可能對抗體結合產生不同的影響，並且可以調節中和，特別是BA.1 G446S、G496S、BA.2 D405N、R408S，它們位於ACE2結合足跡的邊緣，對於BA.1.1，R346K變化靠近N343聚糖並且可以調節強效抗體與該區域的結合。BA.3相對於BA.1和BA.2不含有獨特突變並且似乎係兩者的融合，在N末端係BA.1樣，在C末端由突變G496S轉為BA.2樣。 Omicron 譜系 BA.4 和 BA.5

2022年4月上旬，南非豪登省報導了兩個新的Omicron譜系，命名為BA.4和BA.5。BA.4和BA.5的S序列相同，並且與BA.2密切相關。Omicron S的序列多樣性在圖 9中示出。與BA.2相比，BA.4缺失殘基69和70，並且在RBD中含有2個額外的取代：L452R和F486V。最後，BA.4缺乏在BA.1和BA.2中可見的Q493R的變化，從而恢復為如Victoria/Wuhan毒株中的Q493。

RBD中的2個額外突變在抗體逃逸方面最受關注：L452R係一種化學激進變化並且是Delta RBD中的變化對中的一個（另一個係T478K，已經在Omicron譜系中發現）。在大流行早期從水貂分離的SARS-CoV-2的序列中發現了突變F486L，它也是幾種mAb的逃逸突變位點（Gobeil等人, 2021, 「Effect of natural mutations of SARS-CoV-2 on spike structure, conformation, and antigenicity [SARS-CoV-2的自然突變對刺突結構、構象和抗原性的影響]」. Science[科學] 373, 6555）。BA.4/5中的變化F486V也與F486L一樣減少了大部分疏水性側鏈，但更顯著。殘基452和486都靠近ACE2相互作用表面的邊緣（圖9B），並且這兩個殘基與回復突變到位於ACE2足跡內的祖先序列Q493一起有可能調節ACE2親和力，以及調節疫苗或天然獲得的血清的中和能力。L452R和F486V突變有可能導致更多的抗體逃逸，而493處的回復突變可減少從早期病毒反應逃逸。 Omicron 譜系 BA.2.75

2022年5月上旬，印度報導了一個新的Omicron BA.2亞譜系，命名為BA.2.75。它已經蔓延到多個國家，包括英國、美國、澳大利亞、德國和加拿大。與BA.2相比，BA.2.75在S蛋白中含有多個突變，包括NTD中的四個取代（W152R、F157L、I210V和G257S）和RBD中的四個取代：D339H、G446S、N460K和R493Q（圖16）。RBD突變影響中和抗體的主要表位，並且有可能調節ACE2結合。D339H代表在所有先前的Omicron變體中發現的G339D突變的進一步進化，已發現該突變會損害屬於IGHV1-69家族的某些「右翼」抗體（例如，Beta-49和-50）的結合；它還屬於某些3類抗體（諸如S309/索托維單抗（sotrovimab））的結合足跡（Dejnirattisai等人, 2022; 「SARS-CoV-2 Omicron-B.1.1.529 leads to widespread escape from neutralizing antibody responses [SARS-CoV-2 Omicron-B.1.1.529導致從中和抗體反應廣泛逃逸].」Cell [細胞] 185, 467-484 e415）。在BA.1、BA.1.1和BA.3中發現了G446S，但在BA.2和其他BA.2亞變體中未發現，並且還能夠損害結合右肩的某些3類抗體（諸如REGN10987/伊德維單抗（imdevimab））的結合（Dejnirattisai等人, 2022）。還在BA.4/5中發現了R493Q回復突變，它可使病毒對結合頸部/左肩的許多1類和2類抗體的中和更加敏感。這種回復突變也可增加對ACE2的親和力（見下文）。

N460K係一個在先前的VoC或Omicron亞譜系中未見的新突變，但它係在具有超高ACE2親和力（KD = 16-18 pM）的RBD-62的體外（酵母展示）進化後發現的（Dejnirattisai等人, 2022；Zahradnik等人, 2021 「SARS-CoV-2 variant prediction and antiviral drug design are enabled by RBD in vitro evolution [RBD體外進化使SARS-CoV-2變體預測和抗病毒藥物設計成為可能]」. Nat Microbiol[自然微生物學] 6, 1188-1198）。事實上，N460K導致對ACE2的親和力大幅增加，僅次於N501Y的效果（Zahradnik等人, 2021）。此外，電腦分析預測N460K可能會影響屬於IGHV3-53家族（例如，Omi-3）的已被證明能夠強效中和所有VoC的某些抗體的結合（Nutalai等人, 2022）。

使用中和測定，顯示單獨的Delta感染沒有針對BA.2.75提供保護（沒有中和）。與BA.2相比，BA.2.75的突變導致疫苗血清的中和滴定度降低。與完整的BA.2.75 S序列相比，單個BA.2.75突變可以導致中和滴定度降低更多，但該等突變被R393Q回復突變平衡，該突變已被選擇以增加對ACE2的親和力並增加BA.2.75的傳播性。將發生Omicron譜系的進一步進化似乎係不可避免的，並且抗體逃逸與ACE2親和力之間可能存在許多可能的權衡，可以並且將進行該等權衡，導致接連不斷的感染浪潮。 新出現的 BA.2 、 BA.4 和 BA.5 亞譜系

BA.2和BA.5分支內的許多譜系正在快速增長。最引人注目的是很大程度的趨同進化，特別是在抗原RBD位置諸如346、444、452、460、486、490、493和494處。該等譜系包括來自BA.4/5分支（含有L452R、F486V和回復突變R493Q）的實例，諸如BA.4.6和BF.7（R346T）、BA.4.7（R346S）、BQ.1（K444T、N460K）和BQ.1.1（R346T、K444T、N460K）；來自BA.2.75分支（含有G339H、G446S、N460K和回復突變R493Q）的實例，BA.2.75.2（R346T和F486S和BA.2.75突變）、BN.1（又名BA.2.75.5.1，具有R346T、K356T、F490S和BA.2.75突變）、BM.1.1.1（又名BA.2.75.3.1.1.1，具有R346T、F486S、F490S和BA.2.75突變）。還有幾種其他第二代BA.2變體系的實例，諸如BJ.1（又名BA.2.10.1.1；G339H、R346T、L368I、V445P、G446S、V483A和F490V）、BA.2.10.4（G446S、F486P、S494P和R493Q回復突變）、BS.1（又名BA.2.3.2.1；R346T、L452R、N460K、G476S和Q493R回復突變）、BA.2.3.20（K444R、N450D、L452M、N460K、E484R和Q493R回復突變）和最後的BJ.1 x BM.1.1.1（又名BA.2.75.3.1.1.1）重組體XBB（其相對於BA.2含有R346T、L368I、V445P、G446S、N460K、F486S、F490S和Q493R回復突變）。

在RBD之外，趨同進化的程度較小，但仍然存在。許多第二代BA.2變體譜系在NTD中含有缺失或突變，通常與在VoC中可見的那些相似，例如BJ.1、BS.1和BA.2.10.4中的Δ~144（先前在Alpha和BA.1中可見）以及BJ.1、XBB和BA.2.10.4中的NSP12 G671S（先前在Delta中可見）。在 Omicron 感染後分離的強效中和抗體

招募五名從序列確認的Omicron感染中康復的志願者，並且在症狀發生後10-14天對他們進行採樣；所有志願者在感染Omicron之前都已接受2個劑量的輝瑞生物新技術（Pfizer BioNtech）疫苗。首先，針對Omicron BA.1和Victoria（一種早期大流行SARS-CoV-2分離株，與目前所有疫苗中使用的武漢毒株的序列相比，僅在S NTD中含有單個胺基酸取代（S247R））進行中和測定。在所有情況下，Omicron的病灶減少中和50%滴定度（FRNT50）都高於100，但在該早期時間點，滴定度大大低於Victoria的滴定度（圖1A）。

將來自五個供體的B細胞用全長BA.1三聚體染色，並藉由FACS分選單細胞（圖1B）。在簡並RT-PCR反應後，使用Gibson反應將重鏈和輕鏈序列裝配到表現載體中，並將產物轉染到293T細胞中。篩選培養物上清液對全長BA.1或野生型S（WT Wuhan）以及BA.1 RBD和NTD的反應性。總共分選了1,122種單細胞並回收了545種mAb。

藉由ELISA發現，所有mAb在WT與BA.1 S之間都發生交叉反應，表明它們可能是由疫苗接種誘導的記憶B細胞產生的。與一組先前的從大流行早期感染的原初病例中產生的單株抗體（Dejnirattisai, Wanwisa等人「The antigenic anatomy of SARS-CoV-2 receptor binding domain [SARS-CoV-2受體結合結構域的抗原解剖].」 Cell[細胞] 184.8 (2021): 2183-2200）相比，發現與早期大流行mAb（21%，P ＜ 0.0001）相比有更高比例的omicron特異性mAb對RBD有反應（56%）（圖1C）。另外，545種分離的mAb中有129種結合BA.1 NTD。 對強效 Omicron mAb 的分離

對所有ELISA陽性mAb進行中和測定，並且選擇那些顯示出最高活性的mAb用於進一步研究。選擇最強效的28種mAb進行全面表徵，它們所有都顯示出BA.1 FRNT50滴定度＜ 100 ng/ml。藉由ELISA發現，28種中有27種結合RBD（一個即Omi-41結合NTD），沒有一個與SARS-CoV-1 S蛋白交叉反應。

對基因使用進行檢查（圖1D，表17）顯示，28種mAb種有9種屬於VH3-53和相關的VH3-66基因家族。VH3-53和VH3-66已在SARS-CoV-2感染中被反復分離，它們形成公共抗體反應並與RBD頸部上的位點結合並且起阻斷ACE2結合的作用。先前觀察到許多VH3-53和VH3-66 mAb對含有N501Y突變的VoC失去活性，儘管一些VH3-53抗體（mAb 222和Beta-27）對在Alpha、Beta和Gamma中發現的N501Y變化完全有抵抗力，但對Omicron BA.1或BA.2的活性被敲低。

在強效早期大流行抗體中觀察到的大約一半的基因家族（表1）也出現在Omicron組中（圖1C），也許最明顯的區別係VH1-69在早期抗體中沒有特徵，但在強效Omicron組中的28種中的6種（2、24、30、31、34和38）中發現，並且我們還在2種Beta抗體（Beta 49和50，它們與接近N343聚糖的位點結合）中發現它。對Omicron mAb的分析顯示CDR3序列長得多，表明結合模式與Beta 49、50不同。在mAb的Beta組中，發現公共反應的擴展係藉由VH 4-39（其結合501Y突變周圍的表位）來介導的（27種mAb中有6種），大多數對BA.1失去活性，並且值得注意的是，目前的Omicron mAb組中沒有一個由VH4-39編碼。

與早期大流行的一組抗體相比，我們發現與早期大流行的一組mAb Omicron相比，重鏈和輕鏈中的體細胞突變水平都更高（平均值分別為9.00、6.00，VH和VL的早期大流行為4.55、4.25）。該等結果與經由疫苗誘導的記憶B細胞的體細胞突變增加Omicron親和力的進化係一致的。 Omicron mAb 對 VoC 的廣泛中和

針對一組28種強效mAb，對Victoria和所有關注變體Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron BA.1進行中和測定（圖2A-C，表13至16和18）。來自疫苗誘導的記憶B細胞的所有該等抗體的可能來源係顯而易見的，因為在幾乎所有情況下，Victoria的FRNT50滴定度都處於針對每種mAb測試的所有VoC的高端（圖2A-C，表13至16和18）。其中五種mAb中和BA.1，FRNT50滴定度＜ 10 ng/ml，mAb Omi-3、8、12、18和24係最強效的，FRNT50滴定度分別為9、8、4、6、7 ng/ml，FRNT90滴定度為67、42、20、18、35 ng/ml。

表13、14和16中提供的數據包括使用假病毒構建體獲得的一些IC50數據。表18中的數據包括完全從真實病毒構建體獲得的IC50結果。

28種抗體中有17種對所有VoC都有交叉反應，其中所有病毒之間的FRNT50滴定度相差＜10倍。Omi-06、24、30、31、34和41顯示出對Delta的活性降低或缺失（其中6種中有3種屬於VH1-69家族），並且可具有影響L452R Delta突變的表位（Delta與BA.1共用T478K）。Omi-09和32抗體對Beta和Gamma表現不佳，並且可能對在Beta和Gamma中發現的E484K敏感，但可耐受Omicron中的E484A變化（Omicron與Beta共用N501Y和K417N，而Gamma係N501Y、K417T）。最後，儘管分離了129種抗NTD mAb，但其中只有一個即Omi-41顯示出FRNT50滴定度＜ 100 ng/ml，Omi-41顯示出對Victoria、Alpha、Beta和Gamma的中和活性，但對Delta沒有活性，可能是由於在在Delta中發現的NTD變化的獨特光譜。與 BA.1.1 、 BA.2 和 BA.3 相比 BA.1 的中和

構建基於慢病毒的報告子，並用Victoria、BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3的S基因序列假型化。對Omicron mAb的中和測定在圖2B、表14和表18中示出，大多數抗體在BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3的中和方面的差異不大。然而，也有一些明顯的例外；對於Omi-8、29和32，與BA.1相比，BA.2中和分別降低38、3和158倍，而對於Omi-6、24、34和35，與BA.1相比，BA.1.1中和分別降低40.9、10.8、7.8和6.6倍，對於Omi-39和40，該中和被敲除。Omi-mAb對BA.3的中和與BA.2的情況相似，除了Omi-06和Omi-36外，其中BA.3中和滴定度明顯低於BA.1或BA.2。由於某種原因，NTD結合mAb Omi-41在假病毒系統中沒有中和Victoria，但卻中和了活病毒，這在早期大流行mAb 159（其對活病毒顯示出強效活性，但對假病毒沒有活性）中也有發現。

從早期大流行病例中分離的mAb組以及從Beta病例中分離的mAb組的假病毒中和曲線在圖4A、B和表15中示出，在大多數情況下，對BA.1、BA.1.1和BA.2的中和滴定度相似，但存在一些差異，mAb 40、278和318對BA.2的中和大於BA.1，而222、Beta 22、29、54、55和56對BA.1的中和優於BA.2，同時與N343聚糖緊密結合的Beta-53顯示出對BA.1.1的中和降低。 被開發用於臨床用途的抗體的中和。

最後，使用正在開發用於臨床用途的mAb（其中發現許多差異）來測試Victoria、BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3毒株的中和（圖2C、表16和18）。有趣的是，已知抗體A（REGN 10987）的活性對BA.2部分恢復，但與Victoria相比仍降低了308倍，已知抗體D（AZD1061）的活性對BA.2幾乎完全恢復，而已知抗體D（AZD8895）對BA.2相對於BA.1降低了5.4倍，並且已知抗體D（AZD8895）和E的組合與Victoria相比僅降低了8倍。已知抗體K（S309）的活性對BA.2與BA.1相比降低了6.8倍，最後已知抗體G（ADG20）的活性對BA.2完全喪失。

總之，大多數Omicron單株抗體的中和不受BA.1、BA.1.1、BA.2或BA.3突變之間差異的影響。然而，一些單株抗體確實顯示出差異，特別是已知抗體A（REGN 10987）和已知抗體C（AZD1061）比BA.1更容易中和BA.2，以及已知抗體K（S309）顯示出對BA.2的中和降低，這可促使在使用前進行亞譜系分類。下面將討論BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3中和之間的差異的結構解釋。 免疫血清對 BA.1 、 BA.1.1 、 BA.2 和 BA3 的中和

為了確定BA.1與BA.2之間的傳播性差異是否可能是由於不同的中和作用，同時也為了確定BA.2是否有可能逃避BA.1抗體反應，使用來自各種來源的血清進行中和測定。首先，使用從接受牛津/阿斯利康AZD1222（n = 41）或輝瑞/生物新技術BNT162b2（n = 20）疫苗的疫苗接種者收集的血清對Victoria、BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3進行中和測定（圖3A、B）。

對於AZD1222，在第二和第三劑量的疫苗後4週採集樣本。在第三劑量的AZD1222後，假病毒中和的差異很小但顯著，對BA.2的滴定度相對於BA.1降低（1.17倍，p = 0.0019），並且對BA.1.1的滴定度相對於BA.1降低（1.29倍，p = 0.0086）。對於BNT162b2，在第二劑量的疫苗後4週和6個月、在第三劑量前且在第三劑量後4週採集樣本。在第三次疫苗劑量後，針對BA.1、BA.2和BA.1.1的滴定度相似，它們之間沒有顯著差異。接下來，確定從感染Omicron的病例中收集的血清的中和情況。早期樣本（n = 12）係在症狀發生後＜ 14天（中位數13天）採集的，後期樣本（n = 17）係在症狀發生後＞ 21天（中位數38天）採集的。所有病例都已接受至少2個劑量的疫苗，並且許多後期恢復期病例在Omicron感染後接受第三劑量的疫苗。使用活病毒中和測定測試對Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron的中和（圖3C）。在早期時間點，所有接種疫苗的病例都對Victoria具有很高的滴定度，幾何平均FRNT50接近1/3000，並且對VoC表現出廣泛的中和，除Omicron外，所有病毒的FRNT50 ＞ 1/1000（FRNT50 = 558）。在後期時間點，對Victoria的滴定度沒有變化，而對VoC和Omicron的滴定度卻有增加（3倍，p = 0.0123）。對取自同一個體的早期和後期樣本進行成對比較證實了Omicron感染後反應廣泛加強（圖5A）。

Victoria、BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3的中和藉由假病毒中和來測定。BA.1中和滴定度在後期時間點較高。然而，所有血清都從BA.1感染病例獲得，並且BA.2的中和滴定度相對於BA.1小幅但顯著降低（在＜ 14天和＞ 21天時分別為1.7倍和1.5倍，p = 0.0034和0.0067），BA.1.1的滴定度相對於BA.1沒有顯著降低，而在＞ 21天時，對BA.3的滴定度相對於BA.1降低了1.7倍（p = 0.0012）（圖3D、5B）。

總之，在三個劑量的疫苗、特別是BNT162b2後，誘導了抗體對Omicron BA.1 BA.1.1、BA.2和BA.3的良好中和滴定度，而對BA.1 BA.1.1、BA.2和BA.3的滴定度之間僅存在微小差異。這可能表明BA.2的傳播性增加不是由於疫苗逃逸增加。在突破Omicron感染後，在先前接種疫苗的個體中，對關注變體的廣泛抗體反應加強，並且對Omicron產生強烈反應。由於BA.1與BA.2之間的中和僅存在很小差異，至少在短期內，BA.1暴露和接種疫苗的病例不太可能發生BA.2重疊感染。與 BA.1 、 BA.1.1 、 BA.2 和 BA.3 相比 BA.4 的中和

還評估了與Omicron亞譜系BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.3和早期大流行Victoria毒株相比BA.4/5的中和。BA.4/5已被證明比BA.1和BA.2具有更極端的抗體逃逸表型，並且與BA.1和BA.2的中和相比，來自三聯疫苗接種供體的血清的中和滴定度降低了約2-3 倍。另外，與BA.1和BA.2相比，來自疫苗接種者中突破性BA.1感染的血清顯示出對BA.4/5的中和滴定度降低了約2-3倍。這表明目前批准的疫苗和mAb在預防BA.4/5傳播方面可能效果較差。因此，可能需要新的單株抗體和組合來填補空白，以保護極其脆弱的人群和無法做出充分疫苗反應的人群。 疫苗血清對 BA.4 的中和

構建一組從Omicron亞譜系BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.3和BA.4/5表現S基因的假型化慢病毒（Di Genova等人, 2020, 「Production, titration, neutralisation and storage of SARS-CoV-2 lentiviral pseudotypes [SARS-CoV-2慢病毒假型的產生、滴定、中和和儲存]」. Figshare preprint[Figshare預印本].），以及用作對照的早期大流行武漢相關毒株Victoria。

使用在第三劑量的牛津-阿斯利康疫苗ADZ1222（n = 41）（Flaxman等人, 2021, 「Reactogenicity and immunogenicity after a late second dose or a third dose of ChAdOx1 nCoV-19 in the UK: a substudy of two randomised controlled trials (COV001 and COV002) [在英國後期第二劑量或第三劑量的ChAdOx1 nCoV-19後的反應原性和免疫原性：兩項隨機對照試驗的子研究（COV001和COV002）]」. Lancet[柳葉刀] 398, 981-990）或輝瑞-生物新技術疫苗BNT162b2（Cele等人, 2021, 「Omicron extensively but incompletely escapes Pfizer BNT162b2 neutralization [Omicron廣泛但不完全逃避輝瑞BNT162b2中和]」. Nature[自然] 602, 654-666）（n = 20）後28天獲得的血清進行中和測定（圖7A、B）。對於AZD1222，BA.4的中和滴定度與BA.1相比降低了2.1倍（p = 0.0001），並且與BA.2相比降低了1.8倍（p = 0.0001）。對於BNT162b2，與BA.1和BA.2相比，中和滴定度分別降低了3.2倍（p = 0.0001）和3.1倍（p = 0.0001）。該等滴定度降低有可能降低疫苗有效性，特別是在較長時間點，因為抗體滴定度會自然減弱。 來自突破性 BA.1 感染的血清對 BA.4/5 的中和

在Omicron爆發開始時，招募遭受突破性Omicron感染的接種疫苗的志願者。樣本首先係在症狀發生後 ≤ 14天（中位數13天）採集的，而後期樣本係在症狀發生後 ≥ 21天（中位數38天）採集的（n = 16）。對代表關注變體和Omicron亞譜系的假病毒組進行假病毒中和測定（圖7C、D）。

疫苗接種後的BA.1感染會導致廣泛的中和反應，對所有VoC都有很高的滴定度，這在後期時間點加強（Nutalai等人, 2022, 「Potent cross-reactive antibodies following Omicron breakthrough in vaccines [Omicron在疫苗接種者中突破後產生強效的交叉反應抗體]」. Cell[細胞] (印刷中)）。對BA.4的中和滴定度顯著低於BA.1和BA.2，在早期時間點，與BA.1和BA.2相比，BA.4/5滴定度分別降低了1.9倍（P = 0.0001）和1.5倍（P = 0.0015）。在後期時間前，與BA.1和BA.2相比，BA.4/5滴定度分別降低了3.4倍（P = 0.0001）和2倍（P = 0.0017）。

因此，當與BA.1和BA.2相比時，BA.4/5顯示出一定程度的免疫逃避疫苗/BA.1反應。該等樣本皆為在相當接近感染時間的時候採集的，這意味著在中間幾個月中進一步減弱可能會使個體容易被BA.4/5再次感染。 BA.4/5 逃避單株抗體

對L452R的敏感性：先前已經報導，Omi-24、30、31、34和41顯示出對Delta的中和活性完全敲除，而Omi-06顯示出活性的嚴重敲低（Nutalai等人, 2022）。由於BA.1和BA.2只有2個Delta RBD突變中的一個（T478K），而BA.4/5也有L452R，因此預期所有這五個L452定向mAb以在BA.4/5上被敲除。這確實被觀察到（圖8A、表20）。Omi-41也無法中和，這歸因於NTD中的突變的差異（圖9A）。

為了證實觀察到的中和作用直接歸因於RBD相互作用的改變，還藉由表面電漿共振（SPR）對所選擇的抗體與BA.4/5和BA.2 RBD的結合進行了分析（圖10、15）。選擇Omi-31作為L452R敏感抗體組的代表，正如預期那樣，結合受到嚴重影響（圖10A）。

由於可獲得幾個Omicron反應性抗體與RBD的相互作用的詳細資訊，因此在與BA.1或Delta RBD複合的Omicron Fab的已知結構背景下對BA.4/5 RBD突變進行建模（Dejnirattisai等人, 2022, 「SARS-CoV-2 Omicron-B.1.1.529 leads to widespread escape from neutralizing antibody responses [SARS-CoV-2 Omicron-B.1.1.529導致從中和抗體反應廣泛逃逸]」. Cell[細胞] 185, 467-484 e415；Nutalai等人, 2022）（圖11）。Omi-31複合物在圖11A中示出，並且顯示L452被整齊地塞進疏水性口袋中，該疏水性口袋無法容納BA.4/5和Delta中較大的帶正電的精胺酸。

L452R增強結合：與BA.2相比，Omi-32對BA.4/5的中和增強77倍。Fab與RBD結合的動力學分析表明，這主要是藉由將結合速率增加5倍來實現的（圖10B、C）。這主要藉由452處的精胺酸與重鏈（HC）CDR3的殘基99形成鹽橋的有利相互作用來解釋（圖11B），也許藉由去除殘基493處稍微不利的電荷相互作用來輔助。該等靜電變化有可能藉由對進入的抗體進行靜電控制來提高結合速率。

對F486V的敏感性：擴展用於理解Delta敏感性的邏輯，其餘受BA.4/5 ＞ BA.2影響但對Delta保留活性的抗體可能對F486V變化敏感，即Omi-02、09、12、23、25、26和29。藉由對Omi-12進行SPR分析證實了結合敏感性（圖10D、E），顯示親和力幾乎降低了1,000倍。Omi-25複合物提供了敏感性結構基礎的實例（圖11C），顯示苯丙胺酸側鏈充當結合熱點，安置在疏水性空腔中，從而與HC CDR3的Y106進行有利的環形堆積作用。 商業抗體對 BA.4 和 BA.5 的活性

針對BA.4/5測試了一組已開發用於治療/預防用途的抗體（圖8B，表21）。該等抗體中有許多已經嚴重降低或敲除了對BA.1、BA.1.1或BA.2的活性。對於阿斯利康AZD1061，對BA.4/5的活性與BA.2相似（降低＜ 2倍），而對於AZD8895，對BA.2的殘留活性被敲除。與BA.2相比，AZD7442中兩種抗體的組合的活性（Dong等人, 2021, 「Genetic and structural basis for recognition of SARS-CoV-2 spike protein by a two-antibody cocktail [雙抗體混合物識別SARS-CoV-2刺突蛋白的遺傳和結構基礎]」. Nature Microbiol[自然微生物學]. 6, 1233-1244）降低了8.1倍。REG10987對BA.2的殘留活性（Weinreich等人, 2021, 「REGN-COV2, a Neutralizing Antibody Cocktail, in Outpatients with Covid-19 [REGN-COV2係一種中和抗體混合物，用於Covid-19門診患者]」. N Engl J Med[新英格蘭醫學雜誌] 384, 238-251）在BA.4/5上進一步降低，同樣，殘留BA.1中和活性在BA.4/5上針對ADG20被敲除（Yuan等人, 2022, 「A broad and potent neutralization epitope in SARS-related coronaviruses [SARS相關冠狀病毒中廣泛且高效的中和表位]」. bioRxiv[生物學預印本數據庫]. https://doi.org/10.1101/2022.03.13.484037）。對於S309（VIR-7831/7832）（Sun和Ho, 2020, 「Emerging antibody-based therapeutics against SARS-CoV-2 during the global pandemic [全球大流行期間新出現的針對SARS-CoV-2的基於抗體的治療劑]」. Antib Ther[抗體治療劑] 3, 246-256），與BA.2相比，對BA.4/5的活性降低了1.6倍。

該等影響可以藉由參考抗體與RBD的相互作用的方式來合理化，例如就AZD8895（一種IGHV1-58基因型mAb，圖11E）而言，F486形成疏水性相互作用熱點，該熱點將藉由突變為小得多的纈胺酸側鏈而被廢除。參與與F486相互作用的抗體殘基在這種基因型的mAb（包括Omi-12、253和Beta-47）中高度保守（Nutalai等人, 2022, 「Potent cross-reactive antibodies following Omicron breakthrough in vaccines [Omicron在疫苗接種者中突破後產生強效的交叉反應抗體]」. Cell[細胞] (印刷中)；Dejnirattisai等人, 2021, 「The antigenic anatomy of SARS-CoV-2 receptor binding domain [SARS-CoV-2受體結合結構域的抗原解剖]」. Cell[細胞] 184, 2183-2200 e2122；Liu等人, 2021, 「The Beta mAb response underscores the antigenic distance to other SARS-CoV-2 variants [Beta mAb反應強調了與其他SARS-CoV-2變體的抗原距離]」. Cell, Host and Microbe [細胞宿主與微生物] 30, 53-68），從而解釋了F486V突變對該等mAb的中和的嚴重影響（圖8A、13）。 疫苗血清對 BA.2.75 的中和

如上構建一組從Omicron亞譜系BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.2.12.1、BA.4/5、BA.2.75表現S基因的假型化慢病毒（Di Genova等人, 2020），以及用作對照的Victoria（一種早期大流行武漢相關毒株）。還包括D339H、G446S、N460K和R493Q作為BA.2背景下的單一突變。使用在第三劑量的牛津-阿斯利康疫苗AZD1222（n = 41）（Flaxman等人, 2021 「Reactogenicity and immunogenicity after a late second dose or a third dose of ChAdOx1 nCoV-19 in the UK: a substudy of two randomised controlled trials (COV001 and COV002) [在英國後期第二劑量或第三劑量的ChAdOx1 nCoV-19後的反應原性和免疫原性：兩項隨機對照試驗的子研究（COV001和COV002）]」. Lancet[柳葉刀] 398, 981-990）或輝瑞-生物新技術疫苗BNT162b2（n = 22）（Cele等人, 2021; 「Omicron extensively but incompletely escapes Pfizer BNT162b2 neutralization [Omicron廣泛但不完全逃避輝瑞BNT162b2中和]」. Nature[自然] 602, 654-666e）後28天獲得的血清進行中和測定（圖17）。對於AZD1222，BA.2.75的中和與BA.2相比降低了1.2倍（p = 0.0182），與BA.2.12.1相比降低了1.1倍（p = 0.0065），但與BA.4/5相比增加了1.5倍（p ＜ 0.0001）（圖17B）。總的來說，與BA.2相比，疫苗血清的BA.2.75中和滴定度有所降低，但沒有達到BA.4/5所見的水平。 來自疫苗突破 BA.1 或 BA.2 感染的血清對 BA.2.75 的中和

突破性BA.1血清樣本係從症狀發生後≥ 28天的接種疫苗的志願者採集的（中位數38天；n = 16）。對上述的假病毒小組進行假病毒中和測定（圖17C）。BA.2.75的中和滴定度與BA.2相似，分別比BA.2.12.1和BA.4/5高1.4倍（P = 0.0052）和2.0倍（P = 0.0001），表明BA.2.75在遭受BA.1突破性感染的個體中引起再次感染的可能性可能比BA.2.12.1或BA.4/5低。

突破性BA.2血清樣本係從症狀發生後 ≥ 12天的接種疫苗的志願者採集的（中位數29天；n = 23）。對假病毒小組Victoria、BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.2.12.1、BA.4/5和BA.2.75進行假病毒中和測定（圖17D）。這裡，對BA.2.75的中和滴定度與BA.2相比顯著降低（1.4倍；P = 0.0021），與BA.2.12.1相似，但仍高於BA.4/5（1.4倍；P = 0.0123）。綜上所述，BA.2.75顯示出一定程度的逃避由BA.2突破性感染而非BA.1感染誘導的體液反應。單個 BA.2.75 突變對中和具有不同影響

為了瞭解BA.2.75 RBD中單個突變的影響，將該等突變單獨引入假病毒BA.2背景中，並使用三聯疫苗接種的輝瑞BNT162b2血清測定它們的中和（圖17E）。BA.2的4種單突變變體中有3種對BA.2的中和滴定度降低，其中N460K降低最多（3.1倍，p ＜ 0.0001），其次係D339H（1.3倍，p = 0.0006），然後是G446S（1.2倍，p = 0.2312），然而R493Q回復突變使中和滴定度增加了1.5倍（p ＜ 0.0001）。Q493存在於所有疫苗中，從而解釋了疫苗血清對這種回復突變的活性增加。 BA.2.75 逃避單株抗體

為了剖析BA.2.75可能如何影響中和抗體活性，使用假病毒測定來測試最近報導的從Omicron突破性感染病例中產生的強效人類mAb小組（BA.1 IC50滴定度＜ 0.1 μg/ml）（Nutalai等人, 2022）（圖19A、表22）。在27種RBD特異性mAb中，屬於IGHV3-53/66家族的那些受影響最嚴重。三種（Omi-16、Omi-29和Omi-36）顯示出BA.2.75中和的完全敲除；另外四個（Omi-18、Omi-20、Omi-27和Omi-28）顯示出與BA.2相比降低了＞ 5倍，這與N460與RBD/IGHV-3/66複合物結構中CDR-H2的高度保守GGS/T模體相互作用的觀察結果一致（圖21B）（Dejnirattisai等人, 2021，Liu等人, 2021，Nutalai等人, 2022）。

與BA.2和BA.4/5一樣，BA.2.75不被抗NTD mAb Omi-41中和，它只與BA.1、BA.1.1和BA.3的NTD相互作用。

還針對上述BA.2 RBD中編碼單點突變的假病毒測試了Omi mAb（圖23、表24）。失去對BA.2.75的中和的VH3-53/66 mAb也受到N460K突變的影響，證實了該殘基對該公共基因家族的許多成員的結合至關重要的預測。有趣的是，單獨的BA.2+N460K突變顯示出比BA.2.75對幾種mAb的活性的影響更大：Omi-03（IGHV3-53）的中和滴定度對於BA.2+N460K降低了50倍，但對於BA.2.75僅降低了2倍；Omi-17（IGHV3-66）在BA.2+N460K上被完全敲除，但對於BA.2.75僅降低了4倍；並且Omi-33（IGHV3-33）對於BA.2+N460K減少了7倍，但對於BA.2.75沒有觀察到變化。因此，BA.2.75的其他突變可能減輕了N460K突變的影響，特別是R493Q突變。

有趣的是，BA.2.75比BA.2對Omi-32（IGHV-3-33）更敏感，中和滴定度增加了8倍。Omi-32增強活性可能是由於藉由G446S突變使抗體與RBD的相互作用更強（圖19A、表22）。

為了證實觀察到的中和活性的變化與RBD相互作用的改變相關，藉由表面電漿共振（SPR）對所選擇的抗體與BA.2.75和BA.2 RBD的結合進行了分析（圖24）。Omi-29（IGHV3-53）和Omi-36（IGHV3-66）與BA.2.75的結合受到嚴重損害，並且與BA.2相比，Omi-18和Omi-20顯示出降低了8倍。另一方面，與BA.2相比，觀察到Omi-32對BA.2.75的結合親和力增加了2倍，這與觀察到的中和滴定度增強一致。 逃避針對 BA.2.75 的商業單株抗體

評價了已針對BA.2.75的被開發為治療劑的一組mAb（圖19B、表23）的敏感性。BA.2.75與BA.2之間的中和情況總體上相似；然而，除了12種mAb中已經完全喪失對BA.2的中和活性的6種（REGN10933、ADG10、ADG20、ADG30、Ly-CoV555、Ly-CoV16）外，REG10987對BA.2的殘留活性（Weinreich等人, 2021, 「REGN-COV2, a Neutralizing Antibody Cocktail, in Outpatients with Covid-19 [REGN-COV2係一種中和抗體混合物，用於Covid-19門診患者].」 N Engl J Med[新英格蘭醫學雜誌] 384, 238-251）由於G446S突變而針對BA.2.75被進一步敲除（Dejnirattisai等人, 2022）。對於阿斯利康AZD1061，對BA.2.75的活性與對BA.2的活性相似（降低＜ 3倍）；而AZD8895滴定度從BA.2的1.333 μg/ml恢復到BA.2.75的0.008 μg/ml，活性增加了167倍。因此，AZD7442（AZD8895和AZD1061的組合）（Dong等人, 2021, 「Genetic and structural basis for recognition of SARS-CoV-2 spike protein by a two-antibody cocktail [雙抗體混合物識別SARS-CoV-2刺突蛋白的遺傳和結構基礎]」. Nature Microbiol[自然微生物學]. 6, 1233-1244）對BA.2.75和BA.2顯示出相似的活性（降低2倍）。該等結果可以藉由祖先SARS-CoV-2 RBD/AZD1061/AZD8895的三元複合物的結構來解釋（Dong等人, 2021）。G446與AZD1061的CDR-L2 Y55和W56有聯繫，G446S突變將引起空間衝突（圖21D、E）。雖然AZD8895的CDR-H2位於RBD的Q493上方並與其形成氫鍵，但493處的精胺酸將與mAb的CDR-H2發生嚴重衝突（圖21F、G）。與BA.2相比，BA.2.75的S309活性（Sun和Ho, 2020, 「Emerging antibody-based therapeutics against SARS-CoV-2 during the global pandemic [全球大流行期間新出現的針對SARS-CoV-2的基於抗體的治療劑].」 Antib Ther [抗體治療劑] 3, 246-256）增加了3倍，表明BA.2.75中的D339H突變降低了BA.2中先前的G339D突變對S309活性的影響。LY-CoV1404（貝特洛韋單抗（bebtelovimab））（Westendorf等人, 2022, 「 LY-CoV1404 (bebtelovimab) potently neutralizes SARS-CoV-2 variants [LY-CoV1404 （貝特洛韋單抗）強效中和 SARS-CoV-2 變體 ].」 Cell Rep [細胞報告] 39, 110812）係唯一對所有Omicron亞譜系完全保留中和作用的mAb。 BA.2 、 BA.4 和 BA.5 亞譜系逃避單株抗體

在新的BA.2、BA.4和BA.5亞譜系（包括BA.4.6、BA.2.75、BA.2.75.2、BA.2.3.20、BJ.1、BQ.1、BQ.1.1、XBB、XBB.1和XBB.1.5）中也觀察到mAb活性的減退（圖 34），其中XBB產生最極端的逃逸。所有9種IGHV3-53/66 mAb的活性都降低了＞ 100倍，其中5/9的活性被BA.2.75.2完全敲除。只有一種mAb即Omi-42不受所有變體的影響。Omi-42係不尋常的，因為它結合在RBD左肩的後部（Nutalai等人, 2022），這個區域還沒有被該組新出現的BA.2變體靶向以進行突變，也許係因為在這個區域結合的抗體相對罕見。

進一步的數據可以在以下文獻中找到：Nutalai等人 (2022) 「Potent cross-reactive antibodies following Omicron breakthrough in vaccinees [Omicron在疫苗接種者中突破後產生強效的交叉反應抗體]」, Cell [細胞] 185(12), 2116-2131；Huo等人 (2022) 「Humoral responses against SARS-CoV-2 Omicron BA.2.11, BA.2.12.1 and BA.2.13 from vaccine and BA.1 serum [疫苗和BA.1血清對SARS-CoV-2 Omicron BA.2.11、BA.2.12.1和BA.2.13的體液反應]」, Cell discovery [細胞發現] 8, 119；以及Huo等人 (2022) 「A delicate balance between antibody evasion and ACE2 affinity for Omicron BA.2.75 [抗體逃避與ACE2對Omicron BA.2.75的親和力之間的微妙平衡]」 Cell Reports [細胞報告], 42(1).2023。 疫苗血清對 BA.2 亞變體 BA.2.11 、 BA.2.12 和 BA.2.13 的中和

還評價了BA.2亞變體BA.2.11、BA.2.12和BA.2.13的受體結合能力。產生了BA.2.12.1 RBD的高解析度晶體結構，顯示了新的BA.2亞變體BA.2.11、BA.2.12和BA.2.13與BA.2相比對血清樣本和單株抗體（mAb）的不同敏感性。

考慮到殘基452的側鏈的物理化學特性，預計BA.2.13將是相對適度的變化；L變為M將增加側鏈的大小，但仍然是疏水性的。BA.2.12.1中的L變為Q會引入一些極性特徵，而BA.2.11係最激進的，其中L變為R會引入較大的鹼性胺基酸。 疫苗血清對 BA.2 亞變體 BA.2.11 、 BA.2.12 和 BA.2.13 的中和

為了評價BA.2亞變體對免疫血清中和作用的敏感性，使用一系列血清樣本對表現BA.2.11、BA.2.12和BA.2.13的刺突基因的假型化慢病毒進行中和測定。

首先，觀察在第三劑量的牛津-阿斯利康疫苗AZD1222（n = 41）或輝瑞-生物新技術疫苗BNT162b2（n = 18）後4週收集的血清的中和情況。與BA.2相比，未見中和滴定度有顯著損失。事實上，BA.2.13顯示出AZD1222疫苗接種者顯著增加（1.6倍，P ＜ 0.0001）（圖27a、b）。這與最近的報導（Cao, Y.等人, 「BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 escape antibodies elicited by Omicron infection [BA.2.12.1、BA.4和BA.5逃避Omicron感染引起的抗體]」.Nature [自然], 2022）形成對比，其中從三劑量疫苗接種者（第三劑量的滅活疫苗CoronaVac或兩個劑量的CoronaVac後的ZF2001加強劑量後4週）收集的血清顯示BA.2.12.1和BA.2.13的中和滴定度都顯著降低（未測試BA.2.11）。 來自疫苗突破 BA.1 或 BA.2 感染的血清對 BA.2 亞變體 BA.2.11 、 BA.2.12 和 BA.2.13 的中和

接下來，檢查從感染BA.1的疫苗接種者中收集的血清樣本的中和情況。樣本（n = 14）係在症狀發生後 ≥ 28天（中位數38天）採集的；所有恢復期個體都已接受至少2個劑量的疫苗，其中3人在感染Omicron後接受第三劑量的疫苗。與BA.2相比，所有三種變體的中和滴定度都有顯著降低，其中BA.2.11降低最多（1.6倍，P = 0.0067），其次係BA.2.12.1（1.4倍，P = 0.0085）和BA.2.13（1.2倍，P = 0.0085）（圖27c）。總之，該等觀察表明，與BA.2相比，其亞變體在接種三個劑量的AZD1222或BNT162b2疫苗的個體中未顯示出更強的體液免疫逃逸。然而，對於遭受BA.1突破性感染的疫苗接種者，無論他們已接受的疫苗類型如何，BA.2變體都更能夠逃避體液反應，儘管誘導了廣泛的中和抗體反應，對所有關注變體都有很高的滴定度（Nutalai, R.等人, 「Potent cross-reactive antibodies following Omicron breakthrough in vaccines [Omicron在疫苗接種者中突破後產生強效的交叉反應抗體]」. Cell [細胞], 2022. 185(12): 第2116-2131頁, e18）。這可能表明在突破性感染的高背景下BA.2及其亞變體的選擇壓力不同。由於抗體滴定度在較長時間點自然減弱，預計遭受BA.1突破性感染的人更容易再次感染BA.2亞變體。

為了進一步闡明BA.2及其亞變體之間的不同反應，對從BA.1突破性感染病例中產生的一組強效人類單株抗體（mAb）進行假病毒測定（Nutalai等人, 2022）（圖29）。與結構觀察和中和結果一致，觀察到BA.2.11的中和滴定度降低最多，其次係BA.2.12.1和BA.2.13，對於27種mAb中的5種（Omi-06、Omi-24、Omi-30、Omi-31和Omi-34），BA.2.11的中和被完全敲除。同一組mAb對BA.2.12.1的中和活性也有不同程度的降低，而對BA.2.13的情況基本沒有變化。其中，Omi-06屬於IGVH4-4家族，而其他四種mAb屬於IGVH1-69家族。事實上，先前的結構研究預測Omi-06和Omi-31對Delta中的L452R突變敏感（Nutalai等人, 2022）。為了證實觀察到的不同的中和作用直接歸因於RBD結合的變化，使用表面電漿共振（SPR）來比較BA.2和BA.2.12.1 RBD的結合行為，使用Omi-06和Omi-31作為實例。正如預期那樣，親和力降低，對於Omi-06，BA.2.12.1 RBD的結合比BA.2弱15倍，引人注目的是，BA.2.12.1 RBD與Omi-31的結合弱了約1300倍（圖30）。

BA.2.11、BA.2.12和BA.2.13變體中的刺突突變可能使其傳播性比BA.2略高。然而，與BA.2相比，它們在已接受三個劑量的牛津-阿斯利康或輝瑞-生物新技術BNT162b2疫苗的健康疫苗接種者中似乎沒有獲得更大的體液免疫逃逸。這一結果與已接受三劑量CoronaVac疫苗的疫苗接種者不同，該等疫苗接種者的中和滴定度顯著降低（Cao, Y.等人, BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 escape antibodies elicited by Omicron infection [BA.2.12.1、BA.4和BA.5逃避Omicron感染引起的抗體].Nature [自然], 2022）。然而，在經歷過BA.1突破性感染的疫苗接種者中，無論接受哪種類型的疫苗，都觀察到中和滴定度顯著降低，也許部分係由於屬於IGVH1-69家族的抗體的中和活性被部分或完全敲除，其中許多抗體對刺突RBD的白胺酸452處的突變敏感。這表明不斷進化的Omicron亞譜系能夠逃避由BA.1引起的體液免疫反應，從而暗示BA.1刺突病毒或RBD在開發下一代SARS-CoV-2疫苗方面可能不是比祖先武漢毒株更好的免疫原。 BA.2.12.1 晶體結構

BA.2.12.1 RBD的晶體結構在2.38 Å處被確定為與中和Fab和奈米抗體的三元複合物（圖27h-m），表明結構差異基本上限於殘基452的側鏈。 BA.1 感染後製成的 mAb 對 BA.2.75.2 的中和

探究了BA.1感染後製成的一組mAb對BA.2.75.2的中和（Nutalai等人, 2022）。觀察到對BA.2.75.2的mAb活性的減退（表32a）。所有9種IGVH3-53/66 mAb的活性都降低了＞ 100倍，其中4/9的活性被BA.2.75.2完全敲除。只有一種mAb即Omi-42不受所有變體的影響，顯示出對BA.4 + 14突變具有中和作用，IC50為11 ng/ml。Omi-42係不尋常的，因為它結合在RBD左肩的後部（Nutalai等人, 2022），這個區域還沒有被靶向以進行突變，也許係因為在這個區域結合的抗體相對罕見。

還測試了一組已開發用於臨床用途的mAb（Dong等人, 2021；Sun和Ho, 2020；Weinreich等人, 2021；Yuan等人, 2022）。其中許多mAb受到許多變體的嚴重影響。除S309外，所有mAb的活性都被一種或多種變體敲除，包括Ly-CoV1404（Westendorf等人, 2022）（見表32b）。 BA.2.75.2 和 BA.2.3.20 的輝瑞 BNT162b2 疫苗血清中和滴定度。

在方法中描述了對在第三劑量的輝瑞BNT162b2疫苗（Polack等人, 2020）後28天收集的血清進行中和以及在感染BA.1、BA.2或BA.4/5的病例中該等受試者的特徵。

使用在BNT162b後28天獲得的血清，BA.2.75.2的感染滴定度與BA.2和BA.4相比顯示出大幅降低，並且與祖先毒株Victoria相比係所有測試變體中最低的。與BA.2.75（與BA.2相比，只顯示出適度的降低）相比，BA.2.75.2的滴定度降低。BA.2.3.20的滴定度也有大幅降低。

使用在BA.1、BA.2和BA.4/5感染後獲得的血清，與BA.4/5相比，BA.2.75.2和BA.2.3.20的中和滴定度有相似的大幅降低。與BA.2和BA.4/5相比，上述BA.4 + 14 RBD突變的中和也減低，但不比BA.2.75.2多很多，表明BA.2.75.2中的突變具有顯性效應。 來自疫苗突破 BA.1 或 BA.2 感染的血清對 BA4.6 的中和

在此，我們使用以下項來研究BA.4.6的中和情況：輝瑞-生物新技術疫苗血清、BA.1、BA.2和BA.4/5疫苗突破性免疫血清以及多組單株抗體。值得注意的是，我們展示了BA.4.6的進一步抗體逃避，從而為疫苗設計和治療性單株藥物的使用提供了指導。

為了評價BA.4.6的抗體逃避能力，我們構建了一組從BA.4.6和其他SARS-CoV-2變體表現S基因的假型化慢病毒（Di Genova, C.等人, Production, titration, neutralisation and storage of SARS-CoV-2 lentiviral pseudotypes [SARS-CoV-2慢病毒假型的產生、滴定、中和和儲存]. figshare, 2020），以及用作對照的早期大流行武漢相關毒株Victoria。首先，檢查在第三劑量的輝瑞-生物新技術公司疫苗BNT162b2（n = 22）後4週收集的血清的中和情況。與BA.4/5相比，BNT162b2血清對BA.4.6的中和滴定度降低了2倍（p ＜ 0.0001）（圖28a）。

測定從感染BA.1的疫苗接種者中收集的血清樣本的中和情況。樣本（n = 16）係在症狀發生後 ≥ 28天採集的。BA.2或BA.4/5樣本（n = 23）係在症狀發生後 ≥ 12天採集的。樣本（n = 11；接種疫苗的全部，除一個外）係在症狀出現後＞ 23天採集的（圖28b-d）。與BA.4/5相比，突破性BA.1（1.5倍；P = 0.0006）和BA.2（1.2倍；P = 0.0384）血清樣本對BA.4.6的中和滴定度都顯著降低。值得注意的是，BA.4.6能夠有效地逃逸來自BA.1突破性感染的血清樣本的中和，與BA.1（4.4倍；P = 0.0001）、BA.2（3倍；P = 0.0009）和BA.4/5（1.5倍；P = 0.0006）相比，顯示出滴定度大幅降低。與BA.4/5相比，在BA.4/5突破佇列中觀察到對BA.4.6的中和滴定度有小幅非顯著增加。

為了進一步表徵BA.4.6的抗原逃逸特性，對從BA.1突破性恢復者中產生的一組強效人類mAb進行假病毒測定（Nutalai等人, 2022）（圖28e）。總的來說，BA.4.6的中和情況與BA.4/5相似。然而，Omi-35（IC50 = 1.687 µg/mL）的殘留活性針對BA.4.6被進一步敲除，並且Omi-32和Omi-33對BA.4/5的效力（分別為IC50 = 0.035和0.013 µg/mL）針對BA.4.6被完全削弱。Omi-32的活性損失可以藉由H1與R346之間的相互作用被破壞來解釋，正如先前的結構分析（Nutalai等人, 2022）所說明的。 臨床使用的 mAb 對 BA.4.6 的中和

最後，評價了許多臨床用途的mAb的中和活性（圖28f）。AZ1061/西加韋單抗（cilgavimab）對BA.4/5的效力針對BA.4.6被完全敲除，導致AZ7742/Evusheld（AZ1061/西加韋單抗和AZ8895/替沙格韋單抗（tixagevimab）的組合，對BA.4/5已經沒有活性）的活性完全喪失。與BA.2和BA.4/5相比，S309/索托維單抗（由於對BA.2無效，美國食品和藥物管理局FDA自2022年4月起不再授權用於COVID-19治療）的活性進一步降低。因此，這使得Ly-Cov1404/貝特洛韋單抗成為治療BA.4.6的唯一選擇。

總之，與BA.4/5相比，BA.4.6顯示出來自三劑量輝瑞疫苗接種者以及BA.1和BA.2疫苗突破性恢復者的血清的中和進一步降低。值得注意的是，與其他變體相比，BA.4.6似乎對來自BA.4/5突破性感染的血清的中和沒有更強的抵抗力。這總共表明，除非已三聯接種疫苗並從BA.4/5感染中康復，否則很有可能被BA.4.6感染或突破性感染，這似乎可對BA.4.6提供一些保護。

截至2022年9月，將祖先毒株與Omicron BA.1相結合的二價加強疫苗接種正在英國推出，並且最近已獲得FDA的授權。該等二價加強劑在預防BA.4.6感染方面的有效性還有待觀察。最後，BA.4.6進一步削弱了Evusheld的活性，而Evusheld對BA.4/5保持活性；因此，現在只有LY-CoV1404/貝特洛韋單抗對所有流行的SARS-CoV-2變體保持效力。 mAb 相互作用的系統主題

Omi-3（IGVH3-53基因家族的代表）和AZD8895（IGVH1-58）都與F486有聯繫。雖然F486V突變對Omi-3的影響不大（圖10F、G、11F），但它嚴重降低了AZD8895和其他IGVH1-58 mAb（例如，Omi-12）的中和（圖10D、E、11E）。值得注意的是，雖然屬於密切相關的IGVH3-53和IGVH3-66基因家族的許多Omi系列抗體（28種中有9種，圖8A、表21）幾乎完全適應BA.4/5的變化，但來自該等基因家族的針對早期變體產生的大部分抗體在BA.1和BA.2上被敲除（Nutalai等人, 2022），這與藉由突破性Omicron感染選擇對進一步的BA.4/5突變不敏感的抗體子集一致。

對具有廣泛相似表位的抗體的影響可能會有很大不同，這對於在其結合足跡中具有452或486中心的抗體來說同樣如此。因此，Omi-31（IGVH1-69）和Omi-32（IGVH3-33）都在右肩的前部結合，它們的CDR-H3的位置接近452，而Omi-31的活性被L452R廢除（如上所述），Omi-32明顯增強（圖8A、11A、B）。類似地，Omi-25和Omi-42都屬於IGVH3-9基因家族，它們的足跡都在486區域中（圖11C、D）。Omi-25接觸F486，因此BA.4/5的中和被廢除。相比之下，Omi-42不接觸任何一個突變位點，BA.4/5的中和被完全保留（圖10H、I、11D）。 使用競爭測量對 RBD 抗體結合進行精細繪製。

使用成對BLI測量矩陣來繪製強效RBD結合Omicron mAb和已知結合位置的幾種大流行前mAb。

該方法產生了一致的預測。該等mAb分離成一組有限的表位，該等表位似乎係針對早期大流行病毒觀察到的表位的子集，並且與針對Beta觀察到的病灶截然不同。基本上，抗體聚集在兩個區域，一個包括VH3-53和VH3-66型抗體，朝向頸部/左肩的後部，一直延伸到左肩的頂部，而另一個在頸部右肩區域的前部，朝向S309已知抗體結合位點蔓延。這一區域被VH1-69家族的抗體佔據，除了Omi-2外，它位於另一個集群內。mAb Omi-09（顯示出Beta和Gamma的中和降低）的位置靠近殘基484，該殘基在Beta/Gamma中由Glu突變為Lys，並且在Omicron中突變為Ala。VH1-69 mAb Omi-24、30、31和34（顯示出Delta的中和降低）靠近殘基452，該殘基在Delta中由Leu突變為Arg。抗 Omicron Fab/RBD 複合物的結構

對所選擇的強效Omicron mAb進行結構分析。測定Omicron BA.1 RBD與以下3種不同Fab的複合物的晶體結構：Omi-3、9和12。Omi-12的複合物的解析度很低（5.5 Å），因此在高解析度下測定單獨的Fab的結構，並且對其進行剛體擬合以獲得複合物結構。

Omi-3屬於VH3-53基因家族並且展示了該基因家族如何適於廣泛中和所有主要SARS-CoV-2變體（但是，像所有強效的Omicron抗體一樣，它不結合SARS-CoV-1 RBD）。該等抗體的一個基本問題係，大多數VoC有N501Y突變，該突變會引入與LC CDR1（L1）的空間衝突，能夠廢除大多數含有VH3-53的抗體的結合。然而，先前已經報導了兩種置換L1以避免這種衝突的機制（Dejnirattisai等人, 2021b；Liu等人, 2021b）。在從感染早期大流行毒株的個體中分離的mAb-222中，在殘基30處插入脯胺酸，它可以填塞Tyr-501而不發生衝突（Dejnirattisai等人, 2021b），從而使其有效中和Alpha、Beta和Gamma變體。Beta-27使用一種替代機制，將HC CDR3（H3）環從通常的9個殘基延長到11個殘基，置換L1以產生足夠的空間，允許501Y藉由主鏈相互作用得到穩定，從而賦予類似的交叉反應性（Liu等人, 2021b）。

Omi-3使用與Beta-27相同的機制來適應N501Y突變，儘管Omi-3 H3又長了一個殘基。其他VH3-53 Omicron抗體（Omi-18和Omi-29）具有與Beta-27非常相似的H3，並且可能使用相同的機制。這種L1組態也與Omicron中的Y505H突變相容。然而，222和Beta-27都不能有效中和Omicron，這可能是由於H3環的特定特徵與Q493R Omicron突變緊密聯繫。Omi-9係三種VH3-30 mAb中的一種並且與RBD的左肩結合。Omi-9對Beta和Gamma顯示出相對較弱的中和（圖2）。具有高度序列相似性的其他抗體類似地結合，其中H3接觸殘基484。儘管Omi-9/BA.1複合物的解析度較低（4.2 Å），但很明顯H3接觸殘基484，解釋了對Beta和Gamma中的E484K的敏感性，而Omicron中的E484A係可耐受的。

Omi-12屬於VH1-58基因家族（它係28種強效Omicron抗體中該家族的唯一成員）。與Omi-12一樣，該基因家族的幾個成員在重鏈CDR3的殘基102處具有糖基化位點，其作用尚不清楚。在早期大流行或β病毒感染期間產生的VH1-58抗體顯示出中和Omicron的能力下降，例如mAb 253、Beta-47和已知抗體D（AZD8895）分別顯示出Omicron BA.1相對於Victoria的活性降低。

相比之下，Omi-12已經適應並且可以有效中和Omicron和所有的VoC（圖2A、B）。VH1-58抗體結合左肩表位，H3接觸S477N，但Iota中該位置處的突變對使用假病毒測定的VH1-58 mAb中和沒有影響。另外，儘管有T478K突變，mAb 253仍能夠中和Delta。 BA.2 與早期大流行 mAb 150 （ VH3-53 ）。在BA.1、BA.1.1和BA.2中觀察到可檢測的殘留活性（未測試BA.3）。在不同的空間群中獲得兩個複合物結構，它們非常相似並且提供了複合物的3個獨立視圖。mAb 150以類似於先前觀察到的早期大流行病毒的姿勢結合，但它被翻譯並形成更鬆散的相互作用，這與幾乎完全喪失中和活性一致。這顯示了在Omi-3中發現的適應突變的巨大影響。

有趣的是，在BA.2中，在BA.1 RBD中突變的三個絲胺酸殘基即與脂質結合口袋相鄰的環中的S371L、S373P和S375F也在BA.2中突變，但371處的突變係Phe，這意味著這可能是早期大流行的單點突變，而BA.1中的S317L突變需要兩個突變。因此，BA.2可能具有與Omicron譜系的早期版本共同的特徵。此外，提供的這部分結構的各種視圖表明它採用一系列不同的構象。這可能是由於不同的晶體接觸並且反映了該環區域的靈活性。這可能具有生物功能，因為Ser突變需要雙密碼子改變並且可能會影響RBD的呈現。由於我們對早期大流行病毒、VoC、Omicron BA.1和BA.2中的該環有多種看法，我們可以看到在所有變體中都保持了靈活性。針對 BA.1 、 BA.1.1 和 BA.2 變化對所選擇的商業已知抗體、早期大流行和 Beta mAb 的影響進行建模

已知抗體 A （ REGN 10987 ）和 B （ 10933 ）：已知抗體B（REGN 10933）結合左肩的後部，並且REGN 10987結合右肩。兩者的活性都被Omicron譜系敲除，除了已知抗體A（REGN 10987）與BA.2外。已知抗體B（REGN 10933）H2接觸殘基493，並且由於Q493R存在於所有Omicron毒株中，對Omicron的中和活性普遍喪失。已知抗體A（REGN 10987）H2接觸殘基446。BA.2獨特地缺乏G446S突變，因此regn10987保留一些中和能力。

已知抗體 C （ AZD1061 ）和 D （ AZD8895 ）：已知抗體C（AZD1061）和D（AZD8895）分別結合左肩的後部和右肩的前部，均顯示出中和降低。已知抗體C（AZD1061）仍能夠中和BA.2和BA.3（降低約10倍），但與Victoria相比，BA.1的中和降低了＞ 100倍，並且與Victoria相比，BA.1.1的中和降低了＞ 1000倍。已知抗體C（AZD1061）由於與G446S（在BA.2和BA.3中不存在）和R346K（BA.1.1）突變（被L2和H3接觸）接觸而受到影響。已知抗體D（AZD8895）係一種VH1-58抗體，接觸殘基477（H3）和493（H2），並且受到Omicron譜系中普遍存在的S477N和Q493R突變的損害。已知抗體E（AZD7442）（C和D的組合）作為其組分的總和對Omicron毒株保持一定的中和活性。

已知抗體 F 、 G 和 H：所有已知抗體F、G和H都對Omicron的活性都受到相當大的損失。已知抗體F和H的活性完全喪失，而已知抗體G（ADG20）對Omicron的活性降低了276倍。 已知抗體 I 和 J：兩種抗體對整個Omicron譜系的活性都被敲除。已知抗體J（Ly-CoV16）（VH3-53）經由L1和L3與N501和Y505進行廣泛的相互作用，使其對該等殘基處的突變敏感。已知抗體I（Ly-CoV-555）容易受到delta中的E484K突變的影響，但可能耐受E484A，但它也接觸殘基493，因此普遍的Omicron Q493R突變將全面廢除結合。

已知抗體 K （ S309 ）：已知抗體K（S309）在整個Omicron譜系中保留合理的活性。S309在右翼與接觸G339和N343聚糖的H3接觸，該等聚糖靠近絲胺酸371、373和375突變。BA.2中的S371F突變（而不是S371L）可影響結合，導致對這種病毒的活性略微減弱。 BA.2 RBD 的結構和 ACE2 親和力

藉由SPR和BLI測量Omicron BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3 RBD對ACE2的親和力。BA.1的親和力與早期病毒的親和力相當，分別為8 nM和7 nM（Omicron RBD的結合親和力在表 14和 18中示出），這意味著S477N、Q498R和N501Y所賦予的增加的親和力被ACE2足跡中的其他突變抵消。與早期病毒相比，BA.2的親和力略有增加（分別為約1.5倍x和Y nM）。基於早期對單個突變對結合親和力的貢獻的測量，G496S以及三聯突變S371L、S373P和S375F分別使結合降低了2倍和2.2倍，而BA.2缺乏G496S並且具有S371F。這可能是部分差異的原因，但更可能的是BA.2中ACE2足跡的邊緣上的突變可能會增強結合。這一點藉由BA.2/ACE2的結構被證實。 BA.4/5 RBD 和 ACE2 親和力

BA.4/5 RBD對ACE2的親和力也藉由SPR測量（圖12A-D）。與祖先病毒（武漢）、BA.1和BA.2相比，BA.4/5 RBD的親和力增加（分別為大約3倍、3倍和2倍（BA.4/5/ACE2 KD = 2.4 nM））（Dejnirattisai等人, 2022；Nutalai等人, 2022），這主要是由於結合半衰期增加。對ACE2/RBD複合物進行建模表明，這種作用的大部分來自ACE2與由L452R突變引起的RBD之間的靜電互補（圖12E-G）。 BA.2.75 RBD 和 ACE2 親和力

表面電漿共振（SPR）也用於表徵ACE2與BA.2.75 RBD之間的相互作用。解離速率非常慢，導致亞納莫耳親和力（BA.2.75/ACE2 KD = 0.45 nM）（圖18A、B）。這代表與BA.2相比親和力明顯增加（9倍）（圖18C），甚至比BA.4/5更緊密（5倍）（圖18D），後者以比BA.2更高的親和力與ACE2結合（Tuekprakhon等人, 2022）。發現BA.2.75係所有SARS-CoV-2 VoC中最強的ACE2結合劑，包括Alpha（Alpha/ACE2 KD = 1.5 nM；圖18E），並且是第一個具有亞納莫耳親和力的SARS-CoV-2 VoC。

BA.2+N460K RBD不能被表現，但也測量了BA.2+R493Q RBD與ACE2的結合親和力（圖18F）（KD = 0.55 nM）。這證實了R493Q回復突變有助於BA.2.75 RBD的高親和力。 BA.2.75 中的突變的影響

與BA.2相比，BA.2.75中的突變群對中和具有相反的作用。回復突變R493Q使病毒更容易使用疫苗血清中和（疫苗含有Q493），而與在BA.2.75中觀察到的突變的組合相比，N460K在單獨表現時更大程度地降低了中和滴定度。N460K係一種新的取代，尚未出現在之前的SARS-CoV-2變體中。將該突變引入BA.2骨架中，並評價了其對BNT162b2血清中和作用的影響。引人注目的是，與BA.2相比，BA.2+N460K滴定度降低了3.1倍，大於在BA.2.75中觀察到的降低，並且在BA.4/5中觀察到的降低相當。

使用來源於遭受BA.1疫苗突破性感染的疫苗接種個體的一組強效mAb，顯示屬於IGHV3-53/66家族的許多mAb對BA.2.75的活性降低或被敲除。IGHV3-53/66係SARS-CoV-2中最常分離的mAb，並且結合「頸部」上的表位。因此，IGHV53/66形成主要的公共抗體反應，並且病毒已經進化到逃避這種反應也就不足為奇了。

儘管BA.2+N460K RBD不能被表現，但之前一項使用酵母展示的研究表明N460K可以增強RBD與ACE2的結合，這種效果類似於在Alpha中首次描述的N501Y突變（Zahradnik等人, 2021）。因此，N460K可以增強抗體逃逸，也可以增加受體結合親和力。

有趣的是，BA.2.75也獲得了R493Q回復突變（Q493R在BA.1中獲得並且存在於除BA.4/5之外的所有其他Omicron亞譜系中）。BA.2.75 RBD能夠以比BA.2高9倍的親和力結合ACE2，並且比BA.4/5更緊密（Dejnirattisai等人, 2022；Tuekprakhon等人, 2022）。這部分係由R493Q突變造成的。BA.2.75 RBD在迄今為止測量的所有SARS-CoV-2變體中具有最高的受體結合親和力。

該等數據表明，在抗體逃逸與ACE2受體親和力之間可能存在精細的平衡。與BA.2相比，BA.2.75的突變導致疫苗血清的中和滴定度降低。與完整的BA.2.75 S序列相比，單個BA.2.75突變可以導致中和滴定度降低更多，但該等突變被R393Q回復突變平衡，該突變已被選擇以增加對ACE2的親和力並增加BA.2.75的傳播性。 BA.2.11 、 BA.2.12 和 BA.2.13 RBD 和 ACE2 親和力

為了評價BA.2亞變體的傳播性的可能變化，進行SPR實驗以分析它們與ACE2的RBD結合（圖27d-g）。這三種RBD變體對ACE2的親和力為大約3 nM，略高於先前報導的BA.2 RBD（KD = 4 nM）（Nutalai等人, 2022）。對ACE2/RBD複合物進行建模表明，這種親和力的增加可能是由於白胺酸452處的突變使ACE2與RBD之間的互補性略有改善。因此，該等變體在傳播方面可能比BA.2具有微妙的優勢。 BA.3 和 BA.4/5 的抗原製圖

已使用上述中和數據將BA.3和BA.4/5置於抗原圖譜上。重複用於分析Delta和Omicron變體之方法（Liu等人, 2021, 「Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.617 by vaccine and convalescent serum [疫苗血清和恢復期血清對SARS-CoV-2 B.1.617的中和降低]」. Cell[細胞] 184, 4220-4236 e4213），其中獨立對單個病毒進行建模，允許對反應進行血清特異性縮放。測量和建模的反應在圖13A中示出（有1551個觀察結果和340個參數，殘留誤差為23%）。結果最好在三個維度上視覺化（見圖13B的2D投影）。這表明，正如預期那樣，Omicron亞譜系聚集在一起，但與早期大流行病毒和更早期的VoC完全分開。在Omicron集群中，BA.4/5距前Omicron病毒最遠。 BA.2.75 的抗原製圖

使用先前在大流行期間感染的個體的血清測試BA.2.75的中和。該等血清包括在大流行早期（Alpha出現之前）獲得的血清，以及在Alpha、Beta、Gamma、Delta、BA.1和BA.2感染後獲得的血清（圖25）。正如預期那樣，BA.2.75中和滴定度低於同源感染毒株（例如，Alpha病毒的Alpha血清）。然而，最引人注目的是使用Delta血清完全喪失BA.2.75中和作用（在1/20稀釋度下，零個樣本達到50%的中和）。然而，在Delta感染之前或之後已接種疫苗的病例中，對BA.2.75的滴定度要高得多。

使用先前在Tuekprakhon等人, 2022中報導之方法，使用該等數據將BA.2.75置於三維抗原圖譜上（圖22A、B）。最初包括所有VoC（圖22A）；這表明BA.2.75與其他Omicron病毒被分組在一起，後者被分離到3D圖的一個半球中。BA.2.75似乎與其他Omicron亞譜系完全分開，特別是與BA.4/5完全分開。同樣值得注意的是，BA.2.75和Delta在圖中正好相對，強調了這兩種病毒之間的抗原距離。由於數據係高維的，3D投影可能會扭曲真實距離，因此僅針對Omicron和早期大流行病毒進行計算（但保留了每種病毒的完整血清學資訊）。結果在圖22B中示出並且概括了完整圖的主要特徵，但允許Omicron亞譜系在3D空間中更廣泛地分佈。值得注意的是，如果將聚集的早期大流行和BA.2/BA.3對合併，那麼該等點分佈為三角雙錐體，使它們得分離最大化，這與抗原逃逸係它們進化的重要因素一致。實例 3. 可藉由調換來源於同一重鏈 V 基因的抗體之間的輕鏈而產生的抗體的實例

如上文詳細描述中所討論的，來源於同一重鏈V基因的抗體可調換輕鏈以產生包含第一抗體的重鏈可變區和第二抗體的輕鏈可變區的抗體，並且當與「親本」抗體相比時，此類新抗體可能具有改進的中和和/或其他特性。

表4至表12提供了可藉由調換來源於同一重鏈V基因的抗體之間的輕鏈而產生的此類抗體的實例。表17提供了關於28種Omicron特異性mAb所來源的重鏈和輕鏈V基因的資訊，以及它們對SARS-CoV-2的刺突蛋白的RBD或NTD的特異性。實例 4. 材料與方法 病毒原液

SARS-CoV-2/人/AUS/VIC01/2020（Caly等人, 2020）Alpha和Beta係由英國公共衛生部（Public Health England）提供的，Gamma係從來自巴西的咽拭子中培養的，Delta係由來自英國G2P基因型到表型聯盟的Wendy Barclay和Thushan de Silva贈予的，並且Omicron係從陽性咽拭子中培養的（IRAS項目ID：269573，倫理參考號：19/NW/0730）。簡而言之，在37°C下，在存在5% CO2的情況下將VeroE6/TMPRSS2細胞（NIBSC）維持在補充有1%胎牛血清、2 mM Glutamax、100 IU/ml青黴素-鏈黴素和2.5 ug/ml兩性黴素B的杜爾貝科改良伊格爾培養基（DMEM）高葡萄糖中，然後200 ul拭子液體接種。在37°C下進一步維持細胞，每天觀察細胞病變效應（CPE）。藉由在4°C下以3,000 r.p.m.離心在80% CPE時澄清含有病毒的上清液，然後以單次使用的等分試樣儲存在-80°C下。藉由在Vero CCL-81細胞（ATCC）上進行病灶形成測定來確定病毒滴定度。

Omicron分離株的定序顯示了預期的共有S基因變化（A67V、Δ69-70、T95I、G142D/Δ143-145、Δ211/L212I、ins214EPE、G339D、S371L、S373P、S375F、K417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484A、Q493R、G496S、Q498R、N501Y、Y505H、T547K、D614G、H655Y、N679K、P681H、N764K、D796Y、N856K、Q954H、N969K、L981F）、完整的弗林切割位點和單個額外的突變A701V。

使用0.0001的MOI，用SARS-CoV-2病毒感染細胞。

在80% CPE時收穫含有病毒的上清液，並在4°C下以3000 rpm旋轉，然後儲存在-80°C下。藉由對Vero細胞進行病灶形成測定來確定病毒滴定度。對Victoria通道5、Alpha通道2和Beta通道4原液Gamma通道1、Delta通道3和Omicron通道1進行定序，以驗證它們含有預期的刺突蛋白序列和弗林切割位點沒有變化。 細菌菌株和細胞培養

在37°C下在補充有10%胎牛血清（FBS）、2 mM GlutaMAX（吉畢科公司（Gibco），35050061）和100 U/ml青黴素-鏈黴素的杜爾貝科改良伊格爾培養基（DMEM）高葡萄糖（西格瑪奧德里奇公司（Sigma-Aldrich））中培養Vero（ATCC CCL-81）和VeroE6/TMPRSS2細胞。在37°C和5% CO2下在UltraDOMA PF無蛋白培養基（目錄號12-727F，龍沙公司（LONZA））中培養的HEK293T細胞中表現人類mAb。在37°C和5% CO2下在補充有10% FBS, 1% 100X Mem Neaa（吉畢科公司）和1% 100X L-麩醯胺酸（吉畢科公司）的DMEM高葡萄糖（西格瑪奧德里奇公司）中培養HEK293T（ATCC CRL-11268）細胞。為了表現RBD、RBD變體和ACE2，在37°C下在補充有2% FBS、1% 100X Mem Neaa和1% 100X L-麩醯胺酸的DMEM高葡萄糖（西格瑪公司（Sigma））中培養HEK293T細胞以用於轉染。還在37°C和5% CO2下在FreeStyle 293表現培養基（賽默飛世爾公司（ThermoFisher），12338018）中培養的HEK293T（ATCC CRL-11268）細胞中表現Omicron RBD和人類mAb。將大腸桿菌DH5α菌用於質體的轉化和大規模製備。挑取單個菌落並在LB肉湯中在37°C下以200 rpm在振盪器中培養過夜。 來自輝瑞公司疫苗接種者的血清

輝瑞公司疫苗血清從已經接受一個或兩個劑量的BNT162b2疫苗的志願者中獲得。疫苗接種者係牛津大學醫院NHS基金會的醫護人員，先前沒有感染過SARS-CoV-2，並且作為牛津轉化胃腸科GI生物庫研究16/YH/0247[約克郡和亨伯-謝菲爾德（Yorkshire & The Humber - Sheffield）的研究倫理委員會（REC）]的一部分參加OPTIC研究，該研究已於2020年6月8日為此進行了修訂。該研究係根據赫爾辛基宣言（Declaration of Helsinki）（2008）和國際協調會議（International Conference on Harmonization）（ICH）優質臨床規範（Good Clinical Practice）（GCP）指南的原則進行的。所有參加該研究的參與者都獲得了書面的知情同意書。參與者在接受兩個劑量的輝瑞/生物新技術BNT162b2 mRNA疫苗（30微克，稀釋後肌內注射（各0.3 mL））後進行研究，並且在接受兩個劑量的該疫苗後大約28天（範圍25-38天）、180天（範圍178-221天）和270天（範圍243-273天）進行採樣，然後在接受第三加強劑量的BNT162B2疫苗後間隔17-28天、然後大約28天（範圍25-56天）進行採樣。疫苗接種者的平均年齡為37歲（範圍為22-66歲），21名男性和35名女性。 來自早期大流行和 Alpha 病例的血漿

藉由三項研究招募來自英國第一波SARS-CoV2的參與者以及2020年12月和2021年2月經過序列確認為B.1.1.7譜系的參與者：敗血症免疫組學[牛津REC C，參考：19/SC/0296]、ISARIC/WHO嚴重新發感染的臨床表徵方案[牛津REC C，參考：13/SC/0149]和牛津胃腸疾病：COVID子研究[謝菲爾德REC，參考：16/YH/0247]。藉由報告與COVID-19一致的症狀以及使用逆轉錄酶聚合酶鏈反應（RT-PCR）從經認可的實驗室檢測的上呼吸道（鼻/喉）拭子檢測出SARS-CoV-2陽性來確認診斷。在症狀出現後至少14天在征得同意後採集血液樣本。在採樣時捕獲所有個體的臨床資訊，包括疾病的嚴重程度（根據世界衛生組織的建議，分為輕度、重度或重度感染）以及症狀出現與採樣之間的時間以及參與者的年齡。在對血漿/血清樣本進行熱滅活後，對它們進行等分，以便為數據生成進行不超過3個的凍融循環。來自 Beta 、 Gamma 和 Delta 以及 BA.1 感染病例的血清

來自英國感染病例的Beta和Delta樣本係根據上文討論並由牛津大學中央大學研究倫理委員會批准的牛津胃腸疾病：COVID子研究附屬的「醫護人員家庭和家庭成員對SARS-CoV-2的先天和適應性免疫」方案收集的。所有個體都有序列確認的Beta/Delta感染或PCR確認的有症狀的疾病，這發生在隔離期間和與Beta/Delta序列確認的病例直接接觸時。從南非獲得額外的Beta感染的血清（經序列確認）。在收集拭子時，患者簽署了知情同意書以同意收集數據和系列血液樣本。該研究得到了威特沃特斯蘭德大學人類研究倫理委員會的批准（參考編號200313）並且根據優質臨床規範指南進行。Gamma樣本由FIOCRUZ（WHO）的冠狀病毒國際參考實驗室提供，作為國家冠狀病毒監測的一部分，並且得到了FIOCRUZ倫理委員會的批准（CEP 4.128.241），以持續接收和分析COVID-19疑似病例的樣本進行病毒學監測。根據MTA IOC FIOCRUZ 21-02與英國牛津大學共用臨床樣本。來自 BA.1 感染病例、研究受試者的血清

在知情同意後，將攜帶omicron BA.1的個體共同納入ISARIC/WHO嚴重新發感染的臨床表徵方案[牛津REC C，參考：13/SC/0149]和由牛津大學中央大學研究倫理委員會進一步批准的牛津胃腸疾病：COVID子研究[謝菲爾德REC，參考：16/YH/0247]附屬的「醫護人員家庭和家庭成員對SARS-CoV-2的先天和適應性免疫」方案中。藉由報告與COVID-19一致的症狀或已知Omicron病例的陽性接觸以及使用逆轉錄酶聚合酶鏈反應（RT-PCR）從經認可的實驗室檢測的上呼吸道（鼻/喉）拭子檢測出SARS-CoV-2陽性和藉由國家參考實驗室確認的譜系序列來確認診斷。在PCR檢測確認後至少10天在征得同意後採集血液樣本。在採樣時捕獲所有個體的臨床資訊，包括疾病的嚴重程度（根據世界衛生組織的建議，分為輕度、重度或重度感染）以及症狀出現與採樣之間的時間以及參與者的年齡。 阿斯利康 - 牛津疫苗研究程序和樣本處理

先前已公佈ChAdOx1 nCoV-19（AZD1222）的隨機對照試驗的全部細節（PMID：33220855/PMID：32702298）。該等研究以ISRCTN（15281137和89951424）和ClinicalTrials.gov（NCT04324606和NCT04400838）註冊。方案的副本包括在先前的出版物中（Folegatti等人, 2020, Lancet [柳葉刀] 396, 467-478）。

接受兩次疫苗接種的接種疫苗的志願者的數據包括在實例中。疫苗劑量為5 × 10 ¹⁰個病毒顆粒（標準劑量；SD/SD佇列n = 21）或作為其第一劑量（低劑量）的半劑量以及作為其第二劑量的標準劑量（LD/SD佇列n = 4）。第一與第二劑量之間的間隔在8-14週的範圍內。在疫苗接種當天和疫苗接種後預先指定的天數（例如，加強後14天和28天）收集血液樣本並分離血清。 病灶減少中和測定（ FRNT ）

使用病灶減少中和測定（FRNT）來測量Ab的中和潛力，其中將感染病灶數量的減少與沒有抗體的陰性對照孔進行比較。簡而言之，將連續稀釋的Ab或血漿與SARS-CoV-2毒株混合，並在37°C下孵育1小時。然後將混合物一式二份地轉移到含有匯合Vero細胞單層的96孔經細胞培養處理的平底微孔板中，並再孵育2小時，然後向每個孔中添加1.5%的半固體羧甲基纖維素（CMC）覆蓋培養基以限制病毒擴散。然後藉由先後用人抗NP mAb（mAb206）、過氧化物酶軛合的山羊抗人IgG（A0170；西格瑪公司）對Vero細胞進行染色來進行病灶形成測定。最後，藉由添加TrueBlue過氧化物酶底物對在不存在抗體的情況下每孔大約100個病灶（感染細胞）進行視覺化。使用AID ELISpot軟體在經典的AID EliSpot讀取器上對病毒感染的細胞病灶進行計數。使用來自SPSS套裝軟體的probit程式計算病灶減少的百分比並確定IC50。 質體構建和假型化慢病毒顆粒產生

如前所述構建從祖先毒株（Victoria、S247R）、BA.1、BA.1.1和BA.2表現SARS-CoV-2 S蛋白的假型化慢病毒（Nie, Jianhui等人「Establishment and validation of a pseudovirus neutralization assay for SARS-CoV-2 [SARS-CoV-2假病毒中和測定的建立和驗證].」 Emerging microbes & infections[新興微生物與感染] 9.1 (2020): 680-686；Liu, Chang等人「Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B. 1.617 by vaccine and convalescent serum [疫苗血清和恢復期血清對SARS-CoV-2 B. 1.617的中和降低].」 Cell[細胞] 184.16 (2021): 4220-4236），並作了一些修改。簡而言之，由GeneArt（賽默飛世爾科技公司（Thermo Fisher Scientific）GENEART）定製合成了合成的密碼子優化的SARS-CoV-2 BA.1和BA.2。藉由使用Gibson裝配來選殖插入片段和pcDNA3.1載體。Victoria（S247R）構建體如先前在Liu, Chang等人「Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B. 1.617 by vaccine and convalescent serum [疫苗血清和恢復期血清對SARS-CoV-2 B. 1.617的中和降低].」 Cell[細胞] 184.16 (2021): 4220-4236中所述。為了構建BA.1.1，藉由使用BA.1構建體作為模板連同pcDNA3.1載體的兩個引物（pcDNA3.1_BamHI_F 5'-GGATCCATGTTCCTGCTGACCACCAAGAG-3'和pcDNA3.1_Tag_S_EcoRI_R 5'-GAATTCTCACTTCTCGAACTGAGGGTGGC-3'）一起對R346K的誘變引物（R346K_F 5'-GTGTTCAATGCCACCAAATTCGCCAGCGTGTAC-3'和R346K_R 5'-GTACACGCTGGCGAATTTGGTGGCATTGAACAC-3'）進行PCR擴增，使用QIAquick凝膠提取套組（凱傑公司（QIAGEN））進行純化，然後進行Gibson裝配。使用QIAGEN Miniprep套組（凱傑公司）分離質體後，藉由桑格定序（Sanger sequencing）驗證所有構建體。

針對BA.3和BA.4/5應用類似的策略，簡而言之，使用來自BA.1和BA.2的組合片段構建BA.3突變。由此產生的突變如下。由此產生的突變如下：A67V、Δ69-70、T95I、G142D、Δ143-145、Δ211/L212I、G339D、S371F、S373P、S375F、D405N、K417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484A、Q493R、Q498R、N501Y、Y505H、D614G、H655Y、N679K、P681H、N764K、D796Y、Q954H和N969K。儘管BA.4/5 S蛋白與BA.2共用一些胺基酸突變（Nutalai等人, 2022），但為了產生BA.4/5突變，添加Δ69-70即L452R、F486V和R498Q。由此產生的攜帶S基因的pcDNA3.1與慢病毒包裝載體和編碼螢光素酶報告子的轉移載體一起用於產生假病毒顆粒。對構建體的完整性進行序列確認。

也使用相同之方法來構建BA.2.12.1，並且藉由將更多突變添加到BA.2中來構建BA.2.75。為了產生BA.2.75，將K147E、W152R、F157L、I210V、G275S、G446S和N460K添加到BA.2骨架中。在BA.2 S中也將339D改變為339H，並且在BA.2中將493R回復突變為493Q，與祖先毒株一樣。為了測試單一突變的影響，將D339H、G446S、N460K和R493Q單獨引入BA.2骨架中。由此產生的攜帶S基因的pcDNA3.1質體與慢病毒包裝載體和編碼螢光素酶報告子的轉移載體一起用於產生假病毒顆粒。 假病毒中和測試

先前描述了假病毒中和測試的細節（Liu, Chang等人「Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B. 1.617 by vaccine and convalescent serum [疫苗血清和恢復期血清對SARS-CoV-2 B. 1.617的中和降低].」 Cell[細胞] 184.16 (2021): 4220-4236），並作了一些修改。簡而言之，測定從已從Omicron和Beta感染中康復的供體以及在英國早期大流行期間感染的供體產生的強效單株抗體（mAb）對Victoria、Omicron-BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.2.11、BA.2.12.1、BA.2.13、BA.3、BA.4.6、BA.4/5、BA.2.75和BA.2+N460K的中和活性。將每種mAb的四倍連續稀釋液與假病毒顆粒在37°C、5% CO2下孵育1小時。然後將表現人ACE2的穩定HEK293T/17細胞以1.5 x 104個細胞/孔添加到混合物中。在轉導後48小時，去除培養上清液，並將50 µL 1 : 2 Bright-GloTM螢光素酶測定系統（美國普洛麥格公司（Promega, USA））的1x PBS溶液添加到每個孔中。將反應在室溫下孵育5分鐘，並使用CLARIOstar®（德國奧爾滕貝格（Ortenberg, Germany）BMG Labtech公司）測量螢火蟲螢光素酶活性。相對於對照計算mAb中和百分比。使用Probit分析來估計抑制一半最大假型化慢病毒感染的稀釋值（PVNT50）。

為了確定恢復期血漿/血清樣本或疫苗血清的中和活性，將樣本的3倍連續稀釋液與假病毒顆粒孵育1小時，並採用與mAb相同的策略。 DNA 操作

藉由使用無限制之方法進行選殖（Peleg和Unger, 2014）。對誘變大引物進行PCR擴增（KAPA HiFi HotStart ReadyMix，瑞士羅氏公司（Roche, Switzerland），目錄號KK3605），藉由使用NucleoSpin®凝膠和PCR淨化套組（德國馬歇雷-納高公司（Nacherey-Nagel, Germany），REF 740609.50）進行純化，並將其選殖到pJYDC1（阿德基因公司（Adgene）ID：162458）中（Zahradnik等人, 2021a）。藉由DpnI處理（1 h，美國新英格蘭生物技術公司（NEB, USA），目錄號R0176）切割親本pJYDC1分子，並將反應混合物電穿孔到大腸桿菌Cloni® 10G細胞（美國Lucigen公司）中。藉由定序驗證誘變的正確性。 刺突蛋白和 RBD 的選殖

構建野生型和Omicron BA.1刺突蛋白以及編碼BA.1（EPI_ISL_6640917）和BA.2（EPI_ISL_6795834.2）的人類密碼優化序列的BA.1和BA.2的RBD的表現質體。野生型和BA.1刺突蛋白和RBD質體的構建體與先前描述的相同（Dejnirattisai, Wanwisa等人「The antigenic anatomy of SARS-CoV-2 receptor binding domain [SARS-CoV-2受體結合結構域的抗原解剖].」 Cell[細胞] 184.8 (2021): 2183-2200）。將BA.2的合成密碼子優化的RBD片段用作模板，並且藉由PCR擴增構建體並將其選殖到pNEO載體中，如先前所述（Dejnirattisai等人, 2021a；Supasa等人, 2021；Zhou等人, 2021）。藉由桑格定序驗證該構建體。

為了產生His標記的BA.4/5 RBD構建體，使用BA.2 RBD構建體作為模板進行定點PCR誘變（Nutalai等人, 2022），其中引入L452R、F486V和R493Q突變。用pNeoRBD333Omi|F（5'-GGTTGCGTAGCTGAAACCGGTC ATCACCATCACCATCACACCAATCTGTGCCCTTTCGAC-3'）和pNeoRBD333_ R（5'-GTGATGGTGGTGCTTGGTACCTTATTACTTCTTGCCGCACACGGTA GC-3'）擴增基因片段，並將其選殖到pNeo載體中（Supasa等人, 2021, 「Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant by convalescent and vaccine sera [恢復期血清和疫苗血清對SARS-CoV-2 B.1.1.7變體的中和降低]」. Cell [ 細胞 ]184, 2201-2211 e2207）。為了產生含有BAP-His標籤的BA.4/5 RBD構建體，用RBD333_F（5'-GCGTAGCTGAAACCGGCACCAATCTGTGC CCTTTCGAC-3'）和RBD333_BAP_R（5'-GTCATTCAGCAAGCTCTTCTTGCCGCACACGG TAGC-3'）擴增基因片段，並將其選殖到pOPINTTGneo-BAP載體中（Huo等人, 2020, 「Neutralizing nanobodies bind SARS-CoV-2 spike RBD and block interaction with ACE2 [中和奈米抗體結合SARS-CoV-2刺突蛋白RBD並阻斷與ACE2的相互作用]」. Nature structural & molecular biology [ 自然結構與分子生物學 ]27, 846-854）。使用ClonExpress II一步選殖套組（諾唯贊公司（Vazyme））進行選殖。使用QIAGEN Miniprep套組（凱傑公司）分離質體後，藉由桑格定序驗證構建體。

為了產生BA.2.75 RBD構建體，使用BA.2刺突蛋白構建體作為模板進行定點PCR誘變（Nutalai等人, 2022），其中使用圖26中所列的引物引入D339H、G446S、N460K和R493Q突變；用D339H_pNeoF和RBD333_BAP_R（圖26）擴增基因片段，並將其選殖到pOPINTTGneo-BAP載體中（Huo等人, 2020, 「Neutralizing nanobodies bind SARS-CoV-2 spike RBD and block interaction with ACE2 [中和奈米抗體結合SARS-CoV-2刺突蛋白RBD並阻斷與ACE2的相互作用].」 Nature structural & molecular biology[自然結構與分子生物學] 27, 846-854）。為了產生BA.2+R493Q RBD構建體，使用BA.2刺突蛋白構建體作為模板進行定點PCR誘變，其中使用圖26中所列的引物引入R493Q突變；用pNeoRBD333Omi_F和BD333_BAP_R擴增基因片段，並將其選殖到pNeo載體中（Supasa等人, 2021, 「Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant by convalescent and vaccine sera [恢復期血清和疫苗血清對SARS-CoV-2 B.1.1.7變體的中和降低].」 Cell [ 細胞 ]184, 2201-2211 e2207）。使用ClonExpress II一步選殖套組（諾唯贊公司（Vazyme））進行選殖。使用QIAGEN Miniprep套組（凱傑公司）分離質體後，藉由桑格定序驗證構建體。 RBD 的產生

藉由PEI將編碼RBD的質體轉染到Expi293F™細胞（賽默飛世爾公司）中，在FreeStyle™ 293表現培養基（賽默飛世爾公司）中在30°C和8% CO2下培養4天。為了表現生物素化的RBD，在存在0.8 mM D-生物素（西格瑪奧德里奇公司）的情況下，將RBD-BAP質體與pDisplay-BirA-ER（Addgene質體20856；編碼ER定位的生物素連接酶）共轉染。 BA.2.75 RBD 的產生

藉由PEI將編碼RBD的質體轉染到Expi293F™細胞（賽默飛世爾公司）中，在FreeStyle™ 293表現培養基（賽默飛世爾公司）中在37°C和8% CO2下培養1天，然後在30°C下培養3天。為了表現生物素化的RBD，在存在0.8 mM D-生物素（西格瑪奧德里奇公司）的情況下，將RBD-BAP質體與pDisplay-BirA-ER（Addgene質體20856；編碼ER定位的生物素連接酶）共轉染。將條件培養基按1 : 2稀釋到結合緩衝液（50 mM磷酸鈉、500 mM氯化鈉，pH 8.0）中。用5 mL HisTrap鎳柱（通用電氣醫療集團（GE Healthcare））藉由His標籤結合純化RBD，然後用Superdex 75 10/300 GL凝膠過濾柱（通用電氣醫療集團）在10 mM HEPES和150 mM氯化鈉中純化。 蛋白生產

蛋白質表現和純化如先前所述進行（Dejnirattisai等人, 2021a；Zhou等人, 2020）。簡而言之，編碼蛋白質的質體在HEK293T（ATCC CRL-11268）細胞中暫時表現。使用QuixStand臺式系統濃縮條件培養基。用5 mL HisTrap鎳柱（通用電氣醫療集團）純化His標記的Omicron RBD，並使用Superdex 75 HiLoad 16/60凝膠過濾柱（通用電氣醫療集團）進一步純化。用Strep-Tactin XT樹脂（IBA生命科學公司（IBA lifesciences））純化雙鏈球菌標記的Omicron刺突蛋白。將約4 mg ACE2與自製的His標記的3C蛋白酶和DTT（最終濃度1 mM）混合。在4°C下孵育一天後，使樣本流過5 mL HisTrap鎳柱（通用電氣醫療集團）。藉由鎳柱去除His標記的蛋白質，並且收穫和濃縮純化的ACE2。 IgG mAb 和 Fab 純化

為了純化全長IgG mAb，收集mAb表現的上清液，並且藉由真空過濾系統過濾並在4°C下載入到蛋白A/G珠上過夜。用PBS洗滌珠三次，並且使用0.1 M甘胺酸pH 2.7洗脫IgG。用Tris-HCl pH 8緩衝液中和洗脫液，使最終pH = 7。藉由分光光度法測定IgG濃度，並緩衝交換到PBS中。為了表現和純化Fab 158和EY6A，藉由PEI將Fab的重鏈和輕鏈表現質體共轉染到HEK293T細胞。將細胞在37°C和5% CO2下培養5天後，收穫培養上清液，並使用0.22 mm聚醚碸過濾器進行過濾。使用Strep-Tactin XT樹脂（IBA生命科學公司）純化Fab 158，並且用Ni-NTA柱（通用電氣醫療集團）和Superdex 75 HiLoad 16/60凝膠過濾柱（通用電氣醫療集團）純化Fab EY6A。AstraZeneca和Regeneron抗體由阿斯利康公司提供，並且Vir、Lilly和Adagio抗體由阿達吉奧公司（Adagio）提供。對於該等抗體，將指定抗體的重鏈和輕鏈暫時轉染到293Y細胞中，並在蛋白A上從上清液中純化抗體。使用Pierce Fab製備套組（賽默飛世爾公司），按照製造商的方案，用木瓜蛋白酶從純化的IgG中消化58和β-55的Fab片段。 表面電漿諧振

表面電漿共振實驗使用Biacore T200（通用電氣醫療集團）進行。所有測定都在25°C下用HBS-EP（思拓凡公司）的運行緩衝液進行。

為了確定SARS-CoV-2 RBD與ACE2/單株抗體（mAb）之間的結合動力學，使用蛋白A感測器晶片（思拓凡公司）。將ACE2-Fc或mAb固定到感測器晶片的樣本流通池上。參考流通池留空。使用單循環動力學程式，以30 μl min ⁻ ¹的流速，以藉由連續兩倍稀釋製備的一系列五種濃度將RBD注入兩個流通池中。還使用相同的程式注入運行緩衝液以減除背景。使用Biacore T200評價軟體3.1將所有數據擬合到1 : 1結合模型。

為了確定SARS-CoV-2刺突蛋白與ACE2之間的結合動力學，使用CM5感測器晶片。首先藉由在300 s內以20 uL/min注入等體積的EDC和NHS（思拓凡公司）混合物來活化感測器晶片，然後以10 uL/min將10 mM醋酸鈉pH 5.0中20 ug/mL的刺突蛋白樣本（思拓凡公司）注入到感測器晶片的樣本流通池上，最後在180 s內以20 uL/min注入1.0 M乙醇胺-HCl pH 8.5（思拓凡公司）。參考流通池留空。使用單循環動力學程式，以30 μl min ⁻ ¹的流速，以藉由連續兩倍稀釋製備的一系列五種濃度將ACE2注入兩個流通池中。還使用相同的程式注入運行緩衝液以減除背景。

使用Biacore T200評價軟體3.1將所有數據擬合到1 : 1結合模型。為了確定RBD與mAb Omi-32/Omi-42之間的結合動力學，使用生物素CAPture套組（思拓凡公司）。將生物素化的RBD固定到感測器晶片的樣本流通池上。參考流通池留空。使用單循環動力學程式，以30 μl min−1的流速，以藉由連續兩倍稀釋製備的一系列五種濃度將mAb Fab注入兩個流通池中。還使用相同的程式注入運行緩衝液以減除背景。使用Biacore T200評價軟體3.1將所有數據擬合到1 : 1結合模型。

為了確定BA.4/5 RBD和mAb Omi-12的結合親和力，使用蛋白A感測器晶片（思拓凡公司）。將Ig Omi-12固定到感測器晶片的樣本流通池上。參考流通池留空。以30 μl min−1的流速，以藉由連續兩倍稀釋製備的一系列七種濃度將RBD注入兩個流通池中。還使用相同的程式注入運行緩衝液以減除背景。使用Prism9（GraphPad）將所有數據擬合到1 : 1結合模型。

為了比較BA.2和BA.4/5 RBD對mAb Omi-06/Omi-25/Omi-26的結合情況，使用蛋白A感測器晶片（思拓凡公司）。將IgG形式的mAb固定到感測器晶片的樣本流通池上，達到相似的水平（約350 RU）。參考流通池留空。以30 μl min−1的流速，以200 nM在兩個流通池上進行單次RBD注射。還使用相同的程式注入運行緩衝液以減除背景。使用Prism9（GraphPad）繪製傳感圖。

為了比較BA.2和BA.4/5 RBD對mAb Omi-02/Omi-23/Omi-31的結合情況，使用生物素CAPture套組（思拓凡公司）。將生物素化的BA.2和BA.4/5 RBD固定到感測器晶片的樣本流通池上，達到相似的水平（約120 RU）。參考流通池留空。以30 μl min−1的流速，以200 nM在兩個流通池上進行單次mAb Fab注射。還使用相同的程式注入運行緩衝液以減除背景。使用Prism9（GraphPad）繪製傳感圖。

為了確定BA.2.75或BA.2+R493Q RBD與ACE2之間的結合動力學，使用蛋白A感測器晶片（思拓凡公司）。將ACE2-Fc固定到感測器晶片的樣本流通池上。參考流通池留空。使用單循環動力學程式，以30 μl min−1的流速，以藉由連續兩倍稀釋製備的一系列五種濃度將RBD注入兩個流通池中。還使用相同的程式注入運行緩衝液以減除背景。使用Biacore T200評價軟體3.1將所有數據擬合到1 : 1結合模型。

為了確認BA.2.75 RBD與ACE2之間的結合動力學，使用生物素CAPture套組（思拓凡公司）。將生物素化的ACE2（bio-ACE2）固定到感測器晶片的樣本流通池上。參考流通池留空。使用單循環動力學程式，以30 μl min ⁻ ¹的流速，以藉由連續兩倍稀釋製備的一系列五種濃度將BA.2.75 RBD注入兩個流通池中。還使用相同的程式注入運行緩衝液以減除背景。使用Biacore T200評價軟體3.1將所有數據擬合到1 : 1結合模型。

為了確定BA.2.75或BA.2 RBD與mAb之間的結合動力學，使用生物素CAPture套組（思拓凡公司）。將生物素化的RBD固定到感測器晶片的樣本流通池上。參考流通池留空。使用單循環動力學程式，以30 μl min ⁻ ¹的流速，以藉由連續兩倍稀釋製備的一系列五種濃度將Omi-18或Omi-32的Fab注入兩個流通池中。為了使Omi-20與bio-BA.2 RBD結合，使用單循環動力學程式，以30 μl min ⁻ ¹的流速，以藉由連續兩倍稀釋製備的一系列五種濃度將Omi-20的Fab注入兩個流通池中。為了使Omi-20與bio-BA.2.75 RBD結合，以30 μl min ⁻ ¹的流速，以藉由連續兩倍稀釋製備的一系列八種濃度將Omi-20的Fab注入兩個流通池中。還使用相同的程式注入運行緩衝液以減除背景。使用Biacore T200評價軟體3.1將所有數據擬合到1 : 1結合模型。

為了比較BA.2和BA.2.75 RBD對mAb Omi-29的結合情況，使用生物素CAPture套組（思拓凡公司）。將生物素化的BA.2和BA.2.75 RBD固定到感測器晶片的樣本流通池上，達到相似的水平（約110 RU）。參考流通池留空。以30 μl min ⁻ ¹的流速，以1 μM在兩個流通池上進行單次mAb Fab注射。還使用相同的程式注入運行緩衝液以減除背景。使用Prism9（GraphPad）繪製傳感圖。

為了比較BA.2和BA.2.75 RBD對mAb Omi-36的結合情況，使用感測器晶片蛋白A（思拓凡公司）。將IgG形式的mAb Omi-36固定到感測器晶片的樣本流通池上。參考流通池留空。以30 μl min ⁻ ¹的流速，以200 nM在兩個流通池上進行單次RBD注射。還使用相同的程式注入運行緩衝液以減除背景。使用Prism9（GraphPad）繪製傳感圖。 IgG mAb 和 Fab 產生

AstraZeneca和Regeneron抗體由阿斯利康公司提供，並且Vir、Lilly和Adagio抗體由阿達吉奧公司提供，LY-CoV1404由生命愛科公司（LifeArc）提供。對於內部抗體，將指定抗體的重鏈和輕鏈暫時轉染到293Y或293T細胞中，並如先前所述在蛋白A上從上清液中純化抗體（Nutalai等人, 2022）。使用Pierce Fab製備套組（賽默飛世爾公司），按照製造商的方案，用木瓜蛋白酶從純化的IgG中消化Fab。 量化和統計分析

統計分析在結果和圖例中報告。藉由FRNT測量中和作用。使用來自SPSS套裝軟體的probit程式計算病灶減少的百分比並確定IC50（FRNT50）。使用Wilcoxon配對符號秩檢驗進行分析，並根據幾何平均值計算雙尾P值。結晶

在將RBD蛋白用於結晶之前用內切糖苷酶F1對其進行去糖基化。將Omicron BA.1-RBD與Omi-12和beta-54 Fab分別以1 : 1 : 1的莫耳比混合，最終濃度為7 mg ml-1。分別將該等複合物在室溫下孵育30分鐘。使用納升坐滴蒸氣擴散法用笛卡爾機器人在Crystalquick 96孔X板（格雷納第一生物公司（Greiner Bio-One））中設置晶體的初步篩選，每滴中有100 nL蛋白質加100 nL貯液，如前所述（Walter等人, 2003, Journal of Applied Crystallography [應用結晶學雜誌] 36, 308-314）。

在含有0.1 M檸檬酸三鈉二水合物pH 5.0和18%（w/v）PEG 20000的Hampton Research PEGRx條件1-46下形成BA.1-RBD/Omi-12/beta-54的晶體。在含有2.4 M (NH4)2SO4和0.1 M檸檬酸 pH 5.0的Hampton Research硫酸銨篩選C2下篩選BA.1-RBD/Omi-12/beta-54的複合物，但在該條件下只形成單獨的Fab Omi-12的晶體。 BA.2.75 RBD 的結晶

將純化的BA.2.75 RBD用內切糖苷酶H1進行去糖基化糖，並與ACE2以1:1的莫耳比混合，最終濃度為13.0 mg ml ^-1。使用納升坐滴蒸氣擴散法用笛卡爾機器人在Crystalquick 96孔X板（格雷納第一生物公司（Greiner Bio-One））中設置晶體的初步篩選，每滴中有100 nL蛋白質加100 nL貯液，如前所述（Walter等人, 2003）。在含有0.1%（w/v）n-辛基-b-D-葡萄糖苷、0.1 M檸檬酸三鈉二水合物pH 5.5和22%（w/v）PEG 3350的Hampton Research PEGRx條件2-25下形成BA.2.75 RBD-ACE2複合物的晶體。使用允許無人值守的自動數據收集的自動佇列系統，在英國鑽石光源公司（Diamond Light Source, UK）的光束線I03處以100 K收集衍射數據（https://www.diamond.ac.uk/Instruments/ Mx/I03/I03-Manual/Unattended-Data-Collections.html）。 X 射線數據收集、結構測定和細化

在英國鑽石光源公司的光束線I03處以100 K收集衍射數據。作為允許無人值守的自動數據收集的自動佇列系統的一部分收集所有數據（https://www.diamond.ac.uk/Instruments/Mx/I03/I03-Manual/Unattended-Data-Collections.html）。藉由將晶體安裝在環中並在含有25%甘油和75%母液的低溫保護劑中浸泡一秒鐘來預冷凍晶體。在Eiger2 XE 16M探測器上記錄0.1°旋轉的衍射圖像（每個圖像的曝光時間為0.018 s，光束大小為80 × 20 μm，光束傳輸率為10%，波長為0.9762 Å）。利用自動化數據處理程式Xia2-dials（Winter, 2010, Journal of applied crystallography [應用結晶學雜誌] 43, 186-190；Winter等人, 2018, Acta Crystallogr D Struct Biol [晶體結構生物學學報] 74, 85-97）對數據進行索引、整合和縮放。針對每個數據集從單個晶體收集360°數據。

藉由用PHASER進行分子置換來確定結構（McCoy等人, 2007, J Appl Crystallogr [應用結晶學雜誌] 40, 658-674）。將與先前確定的SARS-CoV-2 RBD/Fab結構（Dejnirattisai等人, 2021, Cell [細胞] 184, 2183-2200 e2122；Dejnirattisai等人, 2021, Cell [細胞] 184, 2939-2954 e2939；Huo等人, 2020, Cell Host Microbe [細胞宿主與微生物] 28, 445-454；Liu等人, 2021, Cell [細胞] 184, 4220-4236 e4213；Supasa等人, 2021, Cell [細胞] 184, 2201-2211 e2207；Zhou等人, 2021,Cell [細胞] 184, 2348-2361 e2346；Zhou等人, 2020, Nature structural & molecular biology [自然結構與分子生物學] 27, 950-958）具有最大序列相似性的VhVl和ChCl結構域用作每個當前結構確定的搜索模型。

針對所有結構都使用COOT模型重建（Emsley等人, 2010, Biological Crystallography [生物晶體學] 66, 486- 501）和Phenix細化（Liebschner等人, 2019, Acta Crystallogr D Struct Biol [晶體結構與生物學報] 75, 861-877）。由於解析度較低，只對BA.1-RBD/O-12/Beta-54複合物的結構進行剛體和組B因子細化。

數據收集和結構細化統計在表19和25中給出。結構比較使用SHP（Stuart等人, 1979, J Mol Biol [分子生物學雜誌] 134, 109-142），用PISA（Krissinel和Henrick, 2007, J Mol Biol [分子生物學雜誌] 372, 774-797）鑒定形成RBD/Fab介面的殘基，並且用PyMOL（PyMOL分子圖形系統，版本1.2r3pre，薛定諤公司（Schrödinger, LLC））製作附圖。實例 5 抗體結構

BA.1 RBD/Fab Omi-12/Fab Beta-54三元複合物的結構被確定為5.5 Å解析度（表 19 ，圖 6A）。儘管BLI實驗顯示出兩個Fab之間沒有顯著的競爭結合，但觀察到它們之間有輕微的衝突。已將未複合的Omi-12 fab的高解析度結構（2.1 Å解析度，表 19）建模為複合物的電子密度（圖6B、6C）。將Fab 253疊加到Fab Omi-12上表明，Q493R會與Fab 253的H2環發生衝突，而在Omi-12中，H2採用略微扁平的結構。這種結構變化可歸因於經由Omi-12的重鏈可變區中的體細胞突變V53P而產生的抗體成熟，該突變與Y489形成堆疊相互作用（圖6D）。

Omi-12和抗體253都來源於種系重鏈IGHV1-58。有趣的是，與抗體253相似，本文所述之來源於種系重鏈IGHV1-58的其他抗體即Beta-47、Beta-25、抗體55、抗體165和抗體318也在重鏈可變區的位置53處具有纈胺酸（V），即在SEQ ID NO: 262（抗體253）、SEQ ID NO: 591（Beta-47）、SEQ ID NO: 461（Beta-25）、SEQ ID NO: 62（抗體55）、SEQ ID NO: 182（抗體165）和SEQ ID NO: 332（抗體318）中的位置53處具有纈胺酸（V）。該等序列中的位置53對應於根據IMGT編號的位置58。基於該等數據，藉由用脯胺酸取代位置53處的纈胺酸（即，絕對編號為V53P，或根據IMGT編號的V58P）來修飾任何該等抗體將產生對Omicron有效的抗體。

此外，抗體AZD8895（重鏈可變區胺基酸序列在SEQ ID NO: 963中提供，並且輕鏈可變區胺基酸序列在SEQ ID NO: 965中提供）也來源於種系重鏈IGHV1-58（例如，Dong等人, Nat Microbiol [自然微生物學] 6, 1233-1244 (2021)）。AZD8895在重鏈可變區中的位置53（對應於根據IMGT編號的位置58）處具有異白胺酸（I）。基於本文的數據，藉由用脯胺酸取代位置53處的異白胺酸（即，使用絕對編號為I53P，或使用IMGT編號為I58P）來修飾重鏈可變區AZD8895（SEQ ID NO: 963）將產生對Omicron有效的抗體。因此，數據表明，修飾VH1-58抗體使得在重鏈可變區中的位置53（根據IMGT編號，對應於位置58）處存在脯胺酸將使它們對Omicron特別有效。 ACE2/BA.2.75 RBD 結構

為了闡明高親和力的分子機制，藉由結晶學測定具有ACE2的BA.2.75 RBD的結構（根據實例4中描述之方法）。正如預期那樣，結合模式與之前觀察到的結合模式基本上沒有區別（圖20A），儘管在ACE2足跡之外有顯著的重排，其中靈活的RBD 371-375環重排並且部分C末端6xHis標籤變得有序。圖20B示出了與ACE2/BA.2 RBD複合物相比結合介面的特寫。在其他複合物中（RBD 493處具有R或Q），ACE2的K31往往係無序的，而在BA.2.75複合物中它係井然有序的，從而允許K31與麩醯胺酸側鏈形成潛在的氫鍵，這可能增加ACE2的親和力。表[表1] - 針對早期大流行毒株提出的抗體的SEQ ID NO

抗體編號	重鏈蛋白序列	重鏈核苷酸序列	輕鏈蛋白序列	輕鏈核苷酸序列	CDRH1	CDRH2	CDRH3	CDRL1	CDRL2	CDRL3
2	2	1	4	3	5	6	7	8	9	10
22	12	11	14	13	15	16	17	18	19	20
40	22	21	24	23	25	26	27	28	29	30
44	32	31	34	33	35	36	37	38	39	40
45	42	41	44	43	45	46	47	48	49	50
54	52	51	54	53	55	56	57	58	59	60
55	62	61	64	63	65	66	67	68	69	70
58	72	71	74	73	75	76	77	78	79	80
61	82	81	84	83	85	86	87	88	89	90
75	92	91	94	93	95	96	97	98	99	100
88	102	101	104	103	105	106	107	108	109	110
111	112	111	114	113	115	116	117	118	119	120
132	122	121	124	123	125	126	127	128	129	130
140	132	131	134	133	135	136	137	138	139	140
148	142	141	144	143	145	146	147	148	149	150
150	152	151	154	153	155	156	157	158	159	160
158	162	161	164	163	165	166	167	168	169	170
159	172	171	174	173	175	176	177	178	179	180
165	182	181	184	183	185	186	187	188	189	190
170	192	191	194	193	195	196	197	198	199	200
175	202	201	204	203	205	206	207	208	209	210
177	212	211	214	213	215	216	217	218	219	220
181	222	221	224	223	225	226	227	228	229	230
182	232	231	234	233	235	236	237	238	239	240
183	242	241	244	243	245	246	247	248	249	250
222	252	251	254	253	255	256	257	258	259	260
253	262	261	264	263	265	266	267	268	269	270
253H55L	262	261	64	63	265	266	267	68	69	70
253H165L	262	261	184	183	265	266	267	188	189	190
269	272	271	274	273	275	276	277	278	279	280
278	282	281	284	283	285	286	287	288	289	290
281	292	291	294	293	295	296	297	298	299	300
282	302	301	304	303	305	306	307	308	309	310
285	312	311	314	313	315	316	317	318	319	320
316	322	321	324	323	325	326	327	328	329	330
318	332	331	334	333	335	336	337	338	339	340
334	342	341	344	343	345	346	347	348	349	350
361	352	351	354	353	355	356	357	358	359	360
382	362	361	364	363	365	366	367	368	369	370
384	372	371	374	373	375	376	377	378	379	380
394	382	381	384	383	385	386	387	388	389	390
398	392	391	394	393	395	396	397	398	399	400

[表2] - 針對β毒株提出的抗體的SEQ ID NO

抗體編號	重鏈核苷酸序列	重鏈蛋白序列	輕鏈核苷酸序列	輕鏈蛋白序列	CDRH1	CDRH2	CDRH3	CDRL1	CDRL2	CDRL3
Beta-06	401	402	403	404	405	406	407	408	409	410
Beta-10	411	412	413	414	415	416	417	418	419	420
Beta-20	421	422	423	424	425	426	427	428	429	430
Beta-22	431	432	433	434	435	436	437	438	439	440
Beta-23	441	442	443	444	445	446	447	448	449	450
Beta-24	451	452	453	454	455	456	457	458	459	460
Beta-25	461	462	463	464	465	466	467	468	469	470
Beta-26	471	472	473	474	475	476	477	478	479	480
Beta-27	481	482	483	484	485	486	487	488	489	490
Beta-29	491	492	493	494	495	496	497	498	499	500
Beta-30	501	502	503	504	505	506	507	508	509	510
Beta-32	511	512	513	514	515	516	517	518	519	520
Beta-33	521	522	523	524	525	526	527	528	529	530
Beta-34	531	532	533	534	535	536	537	538	539	540
Beta-38	541	542	543	544	545	546	547	548	549	550
Beta-40	551	552	553	554	555	556	557	558	559	560
Beta-43	561	562	563	564	565	566	567	568	569	570
Beta-44	571	572	573	574	575	576	577	578	579	580
Beta-45	581	582	583	584	585	586	587	588	589	590
Beta-47	591	592	593	594	595	596	597	598	599	600
Beta-48	601	602	603	604	605	606	607	608	609	610
Beta-49	611	612	613	614	615	616	617	618	619	620
Beta-50	621	622	623	624	625	626	627	628	629	630
Beta-51	631	632	633	634	635	636	637	638	639	640
Beta-53	641	642	643	644	645	646	647	648	649	650
Beta-54	651	652	653	654	655	656	657	658	659	660
Beta-55	661	662	663	664	665	666	667	668	669	670
Beta-56	671	672	673	674	675	676	677	678	679	680

[表3] - 針對Omicron毒株提出的抗體的SEQ ID NO

抗體編號	重鏈核苷酸序列	重鏈蛋白序列	輕鏈核苷酸序列	輕鏈蛋白序列	CDRH1	CDRH2	CDRH3	CDRL1	CDRL2	CDRL3
Omi02	681	682	683	684	685	686	687	688	689	690
Omi03	691	692	693	694	695	696	697	698	699	700
Omi06	701	702	703	704	705	706	707	708	709	710
Omi08	711	712	713	714	715	716	717	718	719	720
Omi09	721	722	723	724	725	726	727	728	729	730
Omi12	731	732	733	734	735	736	737	738	739	740
Omi16	741	742	743	744	745	746	747	748	749	750
Omi17	751	752	753	754	755	756	757	758	759	760
Omi18	761	762	763	764	765	766	767	768	769	770
Omi20	771	772	773	774	775	776	777	778	779	780
Omi23	781	782	783	784	785	786	787	788	789	790
Omi24	791	792	793	794	795	796	797	798	799	800
Omi25	801	802	803	804	805	806	807	808	809	810
Omi26	811	812	813	814	815	816	817	818	819	820
Omi27	821	822	823	824	825	826	827	828	829	830
Omi28	831	832	833	834	835	836	837	838	839	840
Omi29	841	842	843	844	845	846	847	848	849	850
Omi30	851	852	853	854	855	856	857	858	859	860
Omi31	861	862	863	864	865	866	867	868	869	870
Omi32	871	872	873	874	875	876	877	878	879	880
Omi33	881	882	883	884	885	886	887	888	889	890
Omi34	891	892	893	894	895	896	897	898	899	900
Omi35	901	902	903	904	905	906	907	908	909	910
Omi36	911	912	913	914	915	916	917	918	919	920
Omi38	921	922	923	924	925	926	927	928	929	930
Omi39	931	932	933	934	935	936	937	938	939	940
Omi41	941	942	943	944	945	946	947	948	949	950
Omi42	951	952	953	954	955	956	957	958	959	960

[表4] - 從來源於同一種系重鏈IGHV3-53的抗體產生的混合鏈抗體的實例

抗體的重鏈（ H ） / 輕鏈（ L ）	Omi03H	Omi18H	Omi29H	Beta-27H	150H	158H	175H	222H	269H
Omi03L	-	Omi18H Omi03L	Omi29H Omi03L	Beta-27H Omi03L	150H Omi03L	158H Omi03L	175H Omi03L	222H Omi03L	269H Omi03L
Omi18L	Omi03H Omi18L	-	Omi29H Omi18L	Beta-27H Omi18L	150H Omi18L	158H Omi18L	175H Omi18L	222H Omi18L	269H Omi18L
Omi29L	Omi03H Omi29L	Omi18H Omi29L	-	Beta-27H Omi29L	150H Omi29L	158H Omi29L	175H Omi29L	222H Omi29L	269H Omi29L
Beta-27L	Omi03H Beta- 27L	Omi18H Beta- 27L	Omi29H Beta- 27L	-	150H Beta- 27L	158H Beta- 27L	175H Beta- 27L	222H Beta- 27L	269H Beta- 27L
150L	Omi03H 150L	Omi18H 150L	Omi29H 150L	Beta-27H 150L	-	158H 150L	175H 150L	222H 150L	269H 150L
158L	Omi03H 158L	Omi18H 158L	Omi29H 158L	Beta-27H 158L	150H 158L	-	175H 158L	222H 158L	269H 158L
175L	Omi03H 175L	Omi18H 175L	Omi29H 175L	Beta-27H 175L	150H 175L	158H 175L	-	222H 175L	269H 175L
222L	Omi03H 222L	Omi18H 222L	Omi29H 222L	Beta-27H 222L	150H 222L	158H 222L	175H 222L	-	269H 222L
269L	Omi03H 269L	Omi18H 269L	Omi29H 269L	Beta-27H 269L	150H 269L	158H 269L	175H 269L	222H 269L	-

[表5] - 從來源於同一種系重鏈IGHV3-53 + IGHV3-66的抗體產生的混合鏈抗體的實例

抗體的重鏈（ H ） / 輕鏈（ L ）	Omi03H	Omi18H	Omi29H	Omi16H	Omi17H	Omi20H	Omi27H	Omi28H	Omi36H	Beta-27H	150H
Omi03L	-	Omi18H Omi03L	Omi29H Omi03L	Omi16H Omi03L	Omi17H Omi03L	Omi20H Omi03L	Omi27H Omi03L	Omi28H Omi03L	Omi36H Omi03L	Beta-27H Omi03L	150H Omi03L
Omi18L	Omi03H Omi18L	-	Omi29H Omi18L	Omi16H Omi18L	Omi17H Omi18L	Omi20H Omi18L	Omi27H Omi18L	Omi28H Omi18L	Omi36H Omi18L	Beta-27H Omi18L	150H Omi18L
Omi29L	Omi03H Omi29L	Omi18H Omi29L	-	Omi16H Omi29L	Omi17H Omi29L	Omi20H Omi29L	Omi27H Omi29L	Omi28H Omi29L	Omi36H Omi29L	Beta-27H Omi29L	150H Omi29L
Omi16H	Omi03H Omi16L	Omi18H Omi16L	Omi29H Omi16L	-	Omi17H Omi16L	Omi20H Omi16L	Omi27H Omi16L	Omi28H Omi16L	Omi36H Omi16L	Beta-27H Omi16L	150H Omi16L
Omi17H	Omi03H Omi17L	Omi18H Omi17L	Omi29H Omi17L	Omi16H Omi17L	-	Omi20H Omi17L	Omi27H Omi17L	Omi28H Omi17L	Omi36H Omi17L	Beta-27H Omi17L	150H Omi17L
Omi20H	Omi03H Omi20L	Omi18H Omi20L	Omi29H Omi20L	Omi16H Omi20L	Omi17H Omi20L	-	Omi27H Omi20L	Omi28H Omi20L	Omi36H Omi20L	Beta-27H Omi20L	150H Omi20L
Omi27H	Omi03H Omi27L	Omi18H Omi27L	Omi29H Omi27L	Omi16H Omi27L	Omi17H Omi27L	Omi20H Omi27L	-	Omi28H Omi27L	Omi36H Omi27L	Beta-27H Omi27L	150H Omi27L
Omi28H	Omi03H Omi28L	Omi18H Omi28L	Omi29H Omi28L	Omi16H Omi28L	Omi17H Omi28L	Omi20H Omi28L	Omi27H Omi28L	-	Omi36H Omi28L	Beta-27H Omi28L	150H Omi28L
Omi36H	Omi03H Omi36L	Omi18H Omi36L	Omi29H Omi36L	Omi16H Omi36L	Omi17H Omi36L	Omi20H Omi36L	Omi27H Omi36L	Omi28H Omi36L	-	Beta-27H Omi36L	150H Omi36L
Beta-27L	Omi03H Beta-27L	Omi18H Beta-27L	Omi29H Beta-27L	Omi16H Beta-27L	Omi17H Beta-27L	Omi20H Beta-27L	Omi27H Beta-27L	Omi28H Beta-27L	Omi36H Beta-27L	-	150H Beta-27L
150L	Omi03H 150L	Omi18H 150L	Omi29H 150L	Omi16H 150L	Omi17H 150L	Omi20H 150L	Omi27H 150L	Omi28H 150L	Omi36H 150L	Beta-27H 150L	-
158L	Omi03H 158L	Omi18H 158L	Omi29H 158L	Omi16H 158L	Omi17H 158L	Omi20H 158L	Omi27H 158L	Omi28H 158L	Omi36H 158L	Beta-27H 158L	150H 158L
175L	Omi03H 175L	Omi18H 175L	Omi29H 175L	Omi16H 175L	Omi17H 175L	Omi20H 175L	Omi27H 175L	Omi28H 175L	Omi36H 175L	Beta-27H 175L	150H 175L
222L	Omi03H 222L	Omi18H 222L	Omi29H 222L	Omi16H 222L	Omi17H 222L	Omi20H 222L	Omi27H 222L	Omi28H 222L	Omi36H 222L	Beta-27H 222L	150H 222L
269L	Omi03H 269L	Omi18H 269L	Omi29H 269L	Omi16H 269L	Omi17H 269L	Omi20H 269L	Omi27H 269L	Omi28H 269L	Omi36H 269L	Beta-27H 269L	150H 269L
40L	Omi03H 40L	Omi18H 40L	Omi29H 40L	Omi16H 40L	Omi17H 40L	Omi20H 40L	Omi27H 40L	Omi28H 40L	Omi36H 40L	Beta-27H 40L	150H 40L
398L	Omi03H 398L	Omi18H 398L	Omi29H 398L	Omi16H 398L	Omi17H 398L	Omi20H 398L	Omi27H 398L	Omi28H 398L	Omi36H 398L	Beta-27H 398L	150H 398L

接上表……

抗體的重鏈（ H ） / 輕鏈（ L ）	158H	175H	222H	269H	40H	398H
Omi03L	158H Omi03L	175H Omi03L	222H Omi03L	269H Omi03L	40H Omi03L	398H Omi03L
Omi18L	158H Omi18L	175H Omi18L	222H Omi18L	269H Omi18L	40H Omi18L	398H Omi18L
Omi29L	158H Omi29L	175H Omi29L	222H Omi29L	269H Omi29L	40H Omi29L	398H Omi29L
Omi16H	158H Omi16L	175H Omi16L	222H Omi16L	269H Omi16L	40H Omi16L	398H Omi16L
Omi17H	158H Omi17L	175H Omi17L	222H Omi17L	269H Omi17L	40H Omi17L	398H Omi17L
Omi20H	158H Omi20L	175H Omi20L	222H Omi20L	269H Omi20L	40H Omi20L	398H Omi20L
Omi27H	158H Omi27L	175H Omi27L	222H Omi27L	269H Omi27L	40H Omi27L	398H Omi27L
Omi28H	158H Omi28L	175H Omi28L	222H Omi28L	269H Omi28L	40H Omi28L	398H Omi28L
Omi36H	158H Omi36L	175H Omi36L	222H Omi36L	269H Omi36L	40H Omi36L	398H Omi36L
Beta-27L	158H Beta-27L	175H Beta-27L	222H Beta-27L	269H Beta-27L	40H Beta- 27L	398H Beta-27L
150L	158H 150L	175H 150L	222H 150L	269H 150L	40H 150L	398H 150L
158L	-	175H 158L	222H 158L	269H 158L	40H 158L	398H 158L
175L	158H 175L	-	222H 175L	269H 175L	40H 175L	398H 175L
222L	158H 222L	175H 222L	-	269H 222L	40H 222L	398H 222L
269L	158H 269L	175H 269L	222H 269L	-	40H 269L	398H 269L
40L	158H 40L	175H 40L	222H 40L	269H 40L	-	398H 40L
398L	158H 398L	175H 398L	222H 398L	269H 398L	40H 398L	-

[表6] - 從來源於同一種系重鏈IGHV1-58的抗體產生的混合鏈抗體的實例

抗體的重鏈（ H ） / 輕鏈（ L ）	Omi12H	Beta-47H	Beta-25H	55H	165H	253H	318H
Omi12L	-	Beta-47H Omi12L	Beta-25H Omi12L	55H Omi12L	165H Omi12L	253H Omi12L	318H Omi12L
Beta-47L	Omi12H Beta-47L	-	Beta-25H Beta-47L	55H Beta- 47L	165H Beta- 47L	253H Beta- 47L	318H Beta- 47L
Beta-25L	Omi12H Beta-25L	Beta-47H Beta-25L	-	55H Beta 25L	165H Beta 25L	253H Beta 25L	318H Beta 25L
55L	Omi12H 55L	Beta-47H 55L	Beta-25H 55L	-	165H 55L	253H 55L	318H 55L
165L	Omi12H 165L	Beta-47H 165L	Beta-25H 165L	55H 165L	-	253H 165L	318H 165L
253L	Omi12H 253L	Beta-47H 253L	Beta-25H 253L	55H 253L	165H 253L	-	318H 253L
318L	Omi12H 318L	Beta-47H 318L	Beta-25H 318L	55H 318L	165H 318L	253H 318L	-

[表7] - 從來源於同一種系重鏈IGHV1-69的抗體產生的混合鏈抗體的實例

抗體的重鏈（ H ） / 輕鏈（ L ）	Beta-49H	Beta-50H	Omi02H	Omi24H	Omi30H	Omi31H	Omi34H	Omi38H
Beta-49L	-	Beta-50H Beta-49L	Omi02H Beta-49L	Omi24H Beta-49L	Omi30H Beta-49L	Omi31H Beta-49L	Omi34H Beta-49L	Omi38H Beta-49L
Beta-50L	Beta-49H Beta-50L	-	Omi02H Beta-50L	Omi24H Beta-50L	Omi30H Beta-50L	Omi31H Beta-50L	Omi34H Beta-50L	Omi38H Beta-50L
Omi02L	Beta-49H Omi02L	Beta-50H Omi02L	-	Omi24H Omi02L	Omi30H Omi02L	Omi31H Omi02L	Omi34H Omi02L	Omi38H Omi02L
Omi24L	Beta-49H Omi24L	Beta-50H Omi24L	Omi02H Omi24L	-	Omi30H Omi24L	Omi31H Omi24L	Omi34H Omi24L	Omi38H Omi24L
Omi30L	Beta-49H Omi30L	Beta-50H Omi30L	Omi02H Omi30L	Omi24H Omi30L	-	Omi31H Omi30L	Omi34H Omi30L	Omi38H Omi30L
Omi31L	Beta-49H Omi31L	Beta-50H Omi31L	Omi02H Omi31L	Omi24H Omi31L	Omi30H Omi31L	-	Omi34H Omi31L	Omi38H Omi31L
Omi34H	Beta-49H Omi34L	Beta-50H Omi34L	Omi02H Omi34L	Omi24H Omi34L	Omi30H Omi34L	Omi31H Omi34L	-	Omi38H Omi34L
Omi38H	Beta-49H Omi38L	Beta-50H Omi38L	Omi02H Omi38L	Omi24H Omi38L	Omi30H Omi38L	Omi31H Omi38L	Omi34H Omi38L	-

[表8] - 從來源於同一種系重鏈IGHV3-30的抗體產生的混合鏈抗體的實例

抗體的重鏈（ H ） / 輕鏈（ L ）	Beta-22H	Beta-29H	159H	Omi09H
Beta-22L	-	Beta-29H Beta-22L	159H Beta- 22L	Omi09H Beta-22L
Beta-29L	Beta-22H Beta 29L	-	159H Beta- 29L	Omi09H Beta 29L
159L	Beta-22H 159L	Beta-29H 159L	-	Omi09H 159L
Omi09L	Beta-22H Omi09L	Beta-29H Omi09L	159H Omi09L	-

[表9] - 從來源於同一種系重鏈IGHV3-33的抗體產生的混合鏈抗體的實例

抗體的重鏈（ H ） / 輕鏈（ L ）	Beta-20H	Beta-43H	Omi32H	Omi33H
Beta-20L	-	Beta-43H Beta-20L	Omi32H Beta- 20L	Omi33H Beta- 20L
Beta-43L	Beta-20H Beta-43L	-	Omi32H Beta- 43L	Omi33H Beta- 43L
Omi32L	Beta-20H Omi32L	Beta-43H Omi32L	-	Omi33H Omi32L
Omi33L	Beta-20H Omi33L	Beta-43H Omi33L	Omi32H Omi33L	-

[表10] - 從來源於同一種系重鏈IGHV1-18的抗體產生的混合鏈抗體的實例

抗體的重鏈（ H ） / 輕鏈（ L ）	278H	Beta-44H	Omi26H	Omi41H
278L	-	Beta-44H 278L	Omi26H 278L	Omi41H 278L
Beta-44L	278H Beta- 44L	-	Omi26H Beta-44L	Omi41H Beta-44L
Omi26L	278H Omi26L	Beta-44H Omi26L	-	Omi41H Omi26L
Omi41L	278H Omi41L	Beta-44H Omi41L	Omi26H Omi41L	-

[表11] - 從來源於同一種系重鏈IGHV3-9的抗體產生的混合鏈抗體的實例

抗體的重鏈（ H ） / 輕鏈（ L ）	58H	Omi25H	Omi35H	Omi42H
58L	-	Omi25H 58L	Omi35H 58L	Omi42H 58L
Omi25L	58H Omi25L	-	Omi35H Omi25L	Omi42H Omi25L
Omi35L	58H Omi35L	Omi25H Omi35L	-	Omi42H Omi35L
Omi42L	58H Omi42L	Omi25H Omi42L	Omi35H Omi42L	-

[表12] - 從來源於同一種系重鏈IGHV4-31的抗體產生的混合鏈抗體的實例

抗體的重鏈（ H ） / 輕鏈（ L ）	Beta-56H	Omi23H
Beta-56L	-	Omi23H Beta-56L
Omi23L	Beta-56H Omi23L	-

[表13] - 22種Omicron SARS-CoV-2特異性人類mAb對活病毒毒株Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron（BA.1）的IC50滴定度。

	真實病毒 - IC50 （ μg/ml ）
Victoria	Alpha	Beta	Gamma	Delta	Omicron （ BA.1 ）
Οmi-02	0.015 ± 0.001	0.014 ± 0.005	0.009 ± 0.000	0.004 ± 0.000	0.014 ± 0.003	0.013 ± 0.001
Οmi-03	0.007 ± 0.000	0.012 ± 0.007	0.009 ± 0.001	0.004 ± 0.000	0.004 ± 0.000	0.009 ± 0.002
Οmi-06	0.007 ± 0.001	0.011 ± 0.002	0.012 ± 0.000	0.010 ± 0.003	5.040 ± 0.747	0.054 ± 0.005
Οmi-08	0.014 ± 0.007	0.022 ± 0.002	0.007 ± 0.000	0.024 ± 0.007	0.048 ± 0.012	0.008 ± 0.004
Οmi-09	0.004 ± 0.001	0.002 ± 0.000	1.218 ± 0.324	2.373 ± 1.008	0.008 ± 0.002	0.011 ± 0.005
Οmi-12	0.005 ± 0.000	0.003 ± 0.001	0.006 ± 0.001	0.003 ± 0.000	0.003 ± 0.000	0.004 ± 0.001
Οmi-16	0.016 ± 0.002	0.022 ±0.009	0.018 ±0.004	0.022 ±0.007	0.016 ±0.002	0.019 ±0.003
Οmi-17	0.066 ± 0.015	0.098 ±0.027	0.021 ±0.007	0.021 ±0.007	0.074 ±0.019	0.028 ±0.005
Οmi-18	0.041 ± 0.005	0.038 ±0.008	0.018 ±0.006	0.016 ±0.004	0.025 ±0.000	0.006 ±0.003
Οmi-20	0.012 ± 0.002	0.023 ±0.004	0.019 ±0.009	0.019 ±0.006	0.008 ±0.001	0.043 ±0.012
Οmi-23	0.005 ± 0.002	0.009 ±0.004	0.020 ±0.005	0.018 ±0.006	0.006 ±0.002	0.044 ±0.013
Οmi-24	0.005 ± 0.001	0.008 ±0.003	0.006 ±0.001	0.010 ±0.005	＞ 10	0.007 ±0.001
Οmi-25	0.003 ± 0.001	0.007 ±0.001	0.059 ±0.007	0.257 ±0.079	0.006 ±0.002	0.046 ±0.015
Οmi-26	0.005 ± 0.000	0.010 ±0.003	0.055 ±0.020	0.214 ±0.046	0.005 ±0.001	0.034 ±0.000
Οmi-27	0.026 ± 0.001	0.032 ±0.012	0.019 ±0.006	0.017 ±0.006	0.010 ±0.001	0.091 ±0.050
Οmi-28	0.028 ± 0.004	0.028 ±0.001	0.019 ±0.010	0.033 ±0.008	0.018 ±0.002	0.032 ±0.009
Οmi-29	0.044 ± 0.002	0.066 ±0.034	0.048 ±0.020	0.040 ±0.007	0.029 ±0.004	0.036 ±0.003
Οmi-30	0.109 ± 0.035	0.043 ±0.016	0.028 ±0.009	0.038 ±0.004	＞ 10	0.058 ±0.008
Οmi-31	0.007 ± 0.001	0.020 ±0.003	0.011 ±0.005	0.017 ±0.006	＞ 10	0.010 ±0.002
Οmi-32	0.032 ± 0.016	0.102 ±0.041	0.460 ±0.092	0.430 ±0.012	0.012 ±0.002	0.024 ±0.011
Οmi-33	0.028 ± 0.005	0.057 ± 0.017	0.136 ± 0.002	0.132 ± 0.037	0.011 ± 0.001	0.026 ± 0.008
Οmi-34	0.003 ± 0.001	0.041 ±0.027	0.003 ±0.000	0.008 ±0.002	＞ 10	0.028 ±0.009
Οmi-35	0.057 ± 0.003	0.080 ±0.030	0.128 ±0.058	0.136 ±0.024	0.280 ±0.059	0.069 ±0.032
Οmi-36	0.056 ± 0.008	0.047 ± 0.009	0.018 ± 0.001	0.015 ± 0.000	0.026 ± 0.003	0.038 ± 0.006
Οmi-38	0.001 ± 0.000	0.009 ± 0.001	0.004 ± 0.000	0.002 ± 0.000	0.004 ± 0.001	0.054 ± 0.028
Οmi-39	0.015 ± 0.006	0.039 ± 0.007	0.009 ± 0.000	0.014 ± 0.001	0.012 ± 0.007	0.025 ± 0.004
Οmi-41	0.090 ± 0.013	2.262 ± 1.199	＞ 10	0.126 ± 0.059	＞ 10	0.081 ± 0.004
Οmi-42	0.016 ± 0.003	0.024 ± 0.001	0.011 ± 0.004	0.013 ± 0.003	0.019 ± 0.001	0.014 ± 0.002

[表14] - 22種Omicron SARS-CoV-2特異性人類mAb對假病毒毒株Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3的IC50滴定度。

	假病毒 - IC50 （ μg/ml ）
Victoria	Omicron BA.1	Omicron BA.1.1	Omicron BA.2	Omicron BA.3
Οmi-02	0.002 ± 0.001	0.004 ± 0.001	0.004 ± 0.001	0.003 ± 0.001	0.019 ± 0.007
Οmi-03	0.003 ± 0.000	0.005 ± 0.002	0.003 ± 0.001	0.008 ± 0.001	0.022 ± 0.003
Οmi-06	0.007 ± 0.000	0.017 ± 0.003	0.139 ± 0.033	0.039 ± 0.008	0.696 ± 0.106
Οmi-08	0.008 ± 0.004	0.003 ± 0.000	0.002 ± 0.000	0.114 ± 0.045	0.032 ± 0.001
Οmi-09	0.006 ± 0.002	0.005 ± 0.000	0.005 ± 0.002	0.008 ± 0.002	0.017 ± 0.002
Οmi-12	0.006 ± 0.002	0.002 ± 0.000	0.002 ± 0.001	0.003 ± 0.001	0.006 ± 0.001
Οmi-16	0.014 ± 0.003	0.012 ± 0.002	0.011 ± 0.003	0.034 ± 0.012	0.111 ± 0.008
Οmi-17	0.023 ± 0.011	0.018 ± 0.012	0.022 ± 0.009	0.060 ± 0.004	0.123 ± 0.002
Οmi-18	0.008 ± 0.003	0.002 ± 0.000	0.002 ± 0.000	0.005 ± 0.000	0.006 ± 0.002
Οmi-20	0.009 ± 0.002	0.006 ± 0.001	0.005 ± 0.001	0.015 ± 0.003	0.020 ± 0.004
Οmi-23	0.005 ± 0.002	0.029 ± 0.006	0.023 ± 0.12	0.019 ± 0.005	0.011 ± 0.000
Οmi-24	0.005 ±0.000	0.006 ± 0.002	0.054 ± 0.015	0.007 ± 0.001	0.009 ± 0.002
Οmi-25	0.005 ± 0.001	0.023 ± 0.005	0.027 ± 0.005	0.024 ± 0.004	0.050 ± 0.004
Οmi-26	0.002 ± 0.001	0.006 ± 0.002	0.005 ± 0.001	0.013 ± 0.001	0.018 ± 0.002
Οmi-27	0.008 ± 0.003	0.026 ± 0.006	0.034 ± 0.009	0.034 ± 0.005	0.026 ± 0.007
Οmi-28	0.022 ± 0.000	0.011 ± 0.004	0.009 ± 0.002	0.008 ± 0.000	0.019± 0.000
Οmi-29	0.014 ± 0.006	0.017 ± 0.003	0.016 ± 0.009	0.056 ± 0.014	0.064 ± 0.017
Οmi-30	0.012 ± 0.002	0.008 ± 0.003	0.008 ± 0.004	0.011 ± 0.002	0.015 ± 0.003
Οmi-31	0.376 ± 0.090	0.029 ± 0.002	0.031 ± 0.012	0.013 ± 0.002	0.013 ± 0.004
Οmi-32	0.010 ± 0.006	0.017 ± 0.000	＞ 10	2.682 ± 0.553	1.018 ± 0.139
Οmi-33	0.027 ± 0.011	0.014 ± 0.005	0.042 ± 0.018	0.068 ± 0.022	0.133 ± 0.021
Οmi-34	0.007 ± 0.004	0.008 ± 0.001	0.062 ± 0.004	0.009 ± 0.003	0.014 ± 0.000
Οmi-35	0.018 ± 0.004	0.058 ± 0.009	0.381 ± 0.086	0.093 ± 0.005	0.044 ± 0.018
Οmi-36	0.022 ± 0.004	0.009 ± 0.003	0.009 ± 0.003	0.030 ± 0.014	0.178 ± 0.048
Οmi-38	0.015 ± 0.004	0.024 ± 0.015	＞ 10	0.005 ± 0.000	0.008 ± 0.002
Οmi-39	0.014 ± 0.002	0.009 ± 0.004	＞ 10	0.026 ± 0.011	0.014 ± 0.001
Οmi-41	＞ 10	0.053 ± 0.028	0.037 ± 0.002	＞ 10	0.032 ± 0.007
Οmi-42	0.013 ± 0.004	0.007 ± 0.004	0.006 ± 0.002	0.021 ± 0.011	0.025 ± 0.012

[表15] - 早期大流行SARS-CoV-2特異性人類mAb和Beta SARS-CoV-2特異性人類mAb對假病毒毒株Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1和Omicron BA.2的IC50滴定度。

早期大流行 mAb	IC50 （ ug/ml ）
Victoria	Omicron BA.1	Omicron BA.1.1	Omicron BA.2
40	0.006 ± 0.002	1.705 ± 0.840	0.544 ± 0.007	0.100 ± 0.007
55	0.006 ± 0.002	＞ 10	＞ 10	＞ 10
58	0.019 ± 0.004	0.060 ± 0.041	0.876 ± 0.135	0.043 ± 0.007
88	0.005 ± 0.002	＞ 10	＞ 10	＞ 10
132	0.012 ± 0.004	＞ 10	＞ 10	＞ 10
150	0.008 ± 0.004	＞ 10	3.500 ± 0.712	＞ 10
158	0.021 ± 0.006	＞ 10	2.843 ± 0.733	4.249 ± 0.694
159	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10
165	0.007 ± 0.005	＞ 10	＞ 10	＞ 10
170	0.006 ± 0.001	＞ 10	＞ 10	＞ 10
175	0.012 ± 0.004	＞ 10	＞ 10	＞ 10
222	0.006 ± 0.000	0.021 ± 0.002	0.023 ± 0.001	0.249 ± 0.082
253	0.021 ± 0.009	0.875 ± 0.373	0.415 ± 0.161	1.100 ± 0.049
269	0.008 ± 0.004	＞ 10	＞ 10	＞ 10
278	0.001 ± 0.000	＞ 10	＞ 10	0.326 ± 0.011
281	0.001 ± 0.000	＞ 10	＞ 10	＞ 10
316	0.001 ± 0.000	＞ 10	＞ 10	＞ 10
318	0.012 ± 0.003	9.490 ± 4.540	＞ 10	0.303 ± 0.190
384	0.001 ± 0.000	＞ 10	＞ 10	＞ 10
398	0.072 ± 0.065	＞ 10	＞ 10	＞ 10
253+55	0.001 ± 0.000	0.638 ± 0.315	0.451 ± 0.014	＞ 10
253+165	0.001 ± 0.000	＞ 10	6.591 ± 0.799	＞ 10

Beta mAb	IC50 （ ug/ml ）
Beta	Omicron BA.1	Omicron BA.1.1	Omicron BA.2
β06	0.005 ± 0.001	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β10	0.021 ± 0.008	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β20	0.006 ± 0.002	5.679 ± 0.452	1.836 ± 0.780	＞ 10
β22	0.041 ± 0.014	0.479 ± 0.029	0.130 ± 0.005	＞ 10
β23	0.005 ± 0.001	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β24	0.002 ± 0.000	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β26	0.004 ± 0.001	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β27	0.003 ± 0.001	0.766 ± 0.043	0.274 ± 0.095	0.348 ± 0.030
β29	0.009 ± 0.000	0.095 ± 0.029	0.066 ± 0.002	4.029 ± 0.402
β30	0.002 ± 0.000	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β32	0.023 ± 0.001	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β33	0.020 ± 0.002	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β34	0.030 ± 0.004	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β38	0.004 ± 0.001	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β40	0.001 ± 0.000	0.005 ± 0.001	0.002 ± 0.000	0.008 ± 0.002
β43	0.014 ± 0.003	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β44	0.008 ± 0.001	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β45	0.010 ± 0.001	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β47	0.002 ± 0.000	0.018 ± 0.009	0.011 ± 0.002	0.044 ± 0.006
β48	0.003 ± 0.001	5.706 ± 0.676	0.752 ± 0.052	5.042 ± 0.650
β49	0.014 ± 0.004	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β50	0.008 ± 0.001	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β51	0.003 ± 0.000	＞ 10	＞ 10	＞ 10
β53	0.007 ± 0.001	0.141 ± 0.026	5.849 ± 0.036	0.170 ± 0.073
β54	0.002 ± 0.000	0.003 ± 0.001	0.001 ± 0.000	0.076 ± 0.029
β55	0.009 ± 0.002	0.033 ± 0.008	0.009 ± 0.001	0.69 0.008

[表16] - 商業mAb對假病毒毒株Victoria、Omicron BA.1、Omicron BA.1.1、Omicron BA.2和Omicron BA.3.的IC50滴定度。

商業 mAb	IC50 （ ug/ml ）
Victoria	Omicron BA.1	Omicron BA.1.1	Omicron BA.2	Omicron BA.3
已知抗體A（REGN 10987）	0.002 ± 0.001	＞ 10	＞ 10	0.616 ± 0.347	＞ 10
已知抗體B（REGN 10933）	0.001 ± 0.002	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10
已知抗體C（AZD1061）	0.002 ± 0.001	0.308 ± 0.058	＞ 10	0.008 ± 0.003	0.019
已知抗體D（AZD8895）	0.001 ± 0.000	0.246 ± 0.027	0.100 ± 0.053	1.333 ± 0.317	＞ 10
已知抗體E（AZD7442）	0.001 ± 0.000	0.232 ± 0.113	0.806 ± 0.093	0.008 ± 0.001	0.065 ± 0.011
已知抗體F（ADG10）	0.007 ± 0.002	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10
已知抗體G（ADG20）	0.003 ± 0.002	0.348 ± 0.169	0.253 ± 0.070	＞ 10	＞ 10
已知抗體H（ADG30）	0.014 ± 0.006	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10
已知抗體I（Ly-CoV-555）	0.002 ± 0.000	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10
已知抗體J（Ly-CoV16）	0.014 ± 0.010	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10
已知抗體K（S309）	0.587 ± 0.286	0.094 ± 0.008	0.138 ± 0.020	0.638 ± 0.107	0.228 ± 0.009

[表17] - Omicron抗體的特性

mAb	重鏈
V-GENE	J-GENE	D-GENE	胺基酸取代數量
Οmi-02	1-6901或1-69D01	2*01	2-21*02	7
Οmi-03	3-53*01	4*02	1-26*01	5
Οmi-06	4-4*07	3*02	3-16*02	4
Οmi-08	1-4601或1-4603	4*02	6-13*01	12
Οmi-09	3-30*01	3*02	4-17*01	6
Οmi-12	1-58*02	3*02	2-2*01	12
Οmi-16	3-66*02	4*02	2-15*01	9
Οmi-17	3-66*02	4*02	6-19*01	7
Οmi-18	3-53*01	6*02	4-11*01	11
Οmi-20	3-66*02	6*02	5-12*01	11
Οmi-23	4-31*03	4*02	3-22*01	6
Οmi-24	1-69*06	4*02	3-16*02	9
Οmi-25	3-9*01	6*02	3-16*01	6
Οmi-26	1-18*01	4*02	1-26*01	12
Οmi-27	3-6601或3-6604	6*02	6-19*01	8
Οmi-28	3-6601或3-6604	4*02	3-16*01	4
Οmi-29	3-53*04	6*02	2-15*01	11
Οmi-30	1-69*06	6*02	2-15*01	10
Οmi-31	1-69*06	6*02	3-16*01	11
Οmi-32	3-3301或3-3306	4*02	2-21*02	6
Οmi-33	3-3301或3-3306	4*02	2-21*02	10
Οmi-34	1-6906或1-6914	4*02	2-2*01	10
Οmi-35	3-9*01	6*02	2-2*02	5
Οmi-36	3-66*02	4*02	2-15*01	9
Οmi-38	1-69*09	3*01	1-26*01	16
Οmi-39	3-43*01	6*03	2-2*01	8
Οmi-41	1-18*04	4*02	3-9*01	11
Οmi-42	3-9*01	6*02	6-19*01	7

mAb	輕鏈
K/λ	V-GENE	J-GENE	胺基酸取代數量
Οmi-02	K	3-20*01	5*01	9
Οmi-03	K	3-20*01	2*01	10
Οmi-06	K	1-3901或 1D-3901	4*01	9
Οmi-08	λ	1-40*02	1*01	13
Οmi-09	λ	3-25*02	201或 301	14
Οmi-12	K	3-20*01	1*01	9
Οmi-16	K	3-20*01	2*01	10
Οmi-17	K	3-20*01	2*01	10
Οmi-18	λ	3-21*02	1*01	10
Οmi-20	K	1-9*01	4*02 ()	9
Οmi-23	K	1-NL1*01	1*01	10
Οmi-24	K	3-15*01	1*01	10
Οmi-25	K	1-3901或 1D-3901	2*01	9
Οmi-26	λ	1-36*01	3*02	11
Οmi-27	K	1-6*01	2*01	9
Οmi-28	K	3-20*01	1*01	9
Οmi-29	λ	2-1401或2- 1403	3*02	10
Οmi-30	λ	1-44*01	3*02	11
Οmi-31	λ	1-44*01	3*02	11
Οmi-32	K	3-20*01	4*01	10
Οmi-33	K	3-20*01	4*01	4
Οmi-34	λ	1-40*01	1*01	12
Οmi-35	λ	3-21*02	201或 301	11
Οmi-36	K	3-20*01	2*01	5
Οmi-38	K	1-5*01	5*01	6
Οmi-39	K	4-1*01	3*01	5
Οmi-41	K	4-1*01	2*02 ()	5
Οmi-42	λ	2-8*01	201或301或3*02	8

[表18] - 22種Omicron SARS-CoV-2特異性人類mAb或商業mAb對各種SARS-CoV-2毒株的IC50滴定度。

mAb	IC50 （ ug/ml ）
Victoria	Alpha	Beta	Gamma	Delta	BA.1	BA.1.1	BA.2
Omi-02	0.015 ± 0.001	0.014 ± 0.005	0.009 ± 0.000	0.004 ± 0.000	0.014 ± 0.003	0.013 ± 0.001	0.015 ± 0.001	0.040 ± 0.021
Οmi-03	0.007 ± 0.000	0.012 ± 0.007	0.009 ± 0.001	0.004 ± 0.000	0.004 ± 0.000	0.009 ± 0.002	0.015 ± 0.000	0.028 ± 0.002
Οmi-06	0.007 ± 0.001	0.011 ± 0.002	0.012 ± 0.000	0.010 ± 0.003	5.040 ± 0.747	0.054 ± 0.005	1.505 ± 0.341	0.238 ± 0.007
Οmi-08	0.014 ± 0.007	0.022 ± 0.002	0.007 ± 0.000	0.024 ± 0.007	0.048 ± 0.012	0.008 ± 0.004	0.007 ± 0.001	1.510 ± 0.683
Οmi-09	0.004 ± 0.001	0.002 ± 0.000	1.218 ± 0.324	2.373 ± 1.008	0.008 ± 0.002	0.011 ± 0.005	0.017 ± 0.003	0.034 ± 0.010
Οmi-12	0.005 ± 0.000	0.003 ± 0.001	0.006 ± 0.001	0.003 ± 0.000	0.003 ± 0.000	0.004 ± 0.001	0.009 ± 0.001	0.010 ± 0.001
Οmi-16	0.016 ± 0.002	0.022 ±0.009	0.018 ±0.004	0.022 ±0.007	0.016 ±0.002	0.019 ±0.003	0.027 ± 0.007	0.067 ± 0.021
Οmi-17	0.066 ± 0.015	0.098 ±0.027	0.021 ±0.007	0.021 ±0.007	0.074 ±0.019	0.028 ±0.005	0.026 ± 0.001	0.095 ± 0.008
Οmi-18	0.041 ± 0.005	0.038 ±0.008	0.018 ±0.006	0.016 ±0.004	0.025 ±0.000	0.006 ±0.003	0.006 ± 0.001	0.007 ± 0.001
Οmi-20	0.012 ± 0.002	0.023 ±0.004	0.019 ±0.009	0.019 ±0.006	0.008 ±0.001	0.043 ±0.012	0.032 ± 0.002	0.022 ± 0.005
Οmi-23	0.005 ± 0.002	0.009 ±0.004	0.020 ±0.005	0.018 ±0.006	0.006 ±0.002	0.044 ±0.013	0.03 ± 0.001	0.028 ± 0.001
Οmi-24	0.005 ± 0.001	0.008 ±0.003	0.006 ±0.001	0.010 ±0.005	＞ 10	0.007 ±0.001	0.035 ± 0.010	0.008 ± 0002
Οmi-25	0.003 ± 0.001	0.007 ±0.001	0.059 ±0.007	0.257 ±0.079	0.006 ±0.002	0.046 ±0.015	0.138 ± 0.046	0.056 ± 0.030
Οmi-26	0.005 ± 0.000	0.010 ±0.003	0.055 ±0.020	0.214 ±0.046	0.005 ±0.001	0.034 ±0.000	0.055 ± 0.030	0.03 ± 0.011
Οmi-27	0.026 ± 0.001	0.032 ±0.012	0.019 ±0.006	0.017 ±0.006	0.010 ±0.001	0.091 ±0.050	0.239 ± 0.052	0.039 ± 0.006
Οmi-28	0.028 ± 0.004	0.028 ±0.001	0.019 ±0.010	0.033 ±0.008	0.018 ±0.002	0.032 ±0.009	0.075 ± 0.032	0.047 ± 0.010
Οmi-29	0.044 ± 0.002	0.066 ±0.034	0.048 ±0.020	0.040 ±0.007	0.029 ±0.004	0.036 ±0.003	0.052 ± 0.004	0.192 ± 0.021
Οmi-30	0.109 ± 0.035	0.043 ±0.016	0.028 ±0.009	0.038 ±0.004	＞ 10	0.058 ±0.008	0.084 ± 0.021	0.045 ± 0.010
Οmi-31	0.007 ± 0.001	0.020 ±0.003	0.011 ±0.005	0.017 ±0.006	＞ 10	0.010 ±0.002	0.017 ± 0.009	0.083 ± 0.040
Οmi-32	0.032 ± 0.016	0.102 ±0.041	0.460 ±0.092	0.430 ±0.012	0.012 ±0.002	0.024 ±0.011	4.642 ± 0.283	1.899 ± 0.280
Οmi-33	0.028 ± 0.005	0.057 ± 0.017	0.136 ± 0.002	0.132 ± 0.037	0.011 ± 0.001	0.026 ± 0.008	0.113 ± 0.035	0.681 ± 0.0170
Οmi-34	0.003 ± 0.001	0.041 ±0.027	0.003 ±0.000	0.008 ±0.002	＞ 10	0.028 ±0.009	0.074 ± 0.016	0.014 ± 0.003
Οmi-35	0.057 ± 0.003	0.080 ±0.030	0.128 ±0.058	0.136 ±0.024	0.280 ±0.059	0.069 ±0.032	0.262 ± 0.086	0.082 ± 0.043
Οmi-36	0.056 ± 0.008	0.047 ± 0.009	0.018 ± 0.001	0.015 ± 0.000	0.026 ± 0.003	0.038 ± 0.006	0.053 ± 0.022	0.105 ± 0.023
Οmi-38	0.001 ± 0.000	0.009 ± 0.001	0.004 ± 0.000	0.002 ± 0.000	0.004 ± 0.001	0.054 ± 0.028	＞ 10	0.027 ± 0.001
Οmi-39	0.015 ± 0.006	0.039 ± 0.007	0.009 ± 0.000	0.014 ± 0.001	0.012 ± 0.007	0.025 ± 0.004	＞ 10	0.073 ± 0.014
Οmi-41	0.090 ± 0.013	2.262 ± 1.199	＞ 10	0.126 ± 0.059	＞ 10	0.081 ± 0.004	0.191 ± 0.014	＞ 10
Οmi-42	0.016 ± 0.003	0.024 ± 0.001	0.011 ± 0.004	0.013 ± 0.003	0.019 ± 0.001	0.014 ± 0.002	0.017 ± 0.004	0.031 ± 0.008
REGN1098 7	0.032 ± 0.007	0.028 ± 0.003	0.007 ± 0.001	0.013 ± 0.002	0.017 ± 0.009	＞ 10	＞ 10	1.847 ± 1.231
REGN1093 3	0.004 ± 0.002	0.014 ± 0.002	3.284 ± 2.014	6.177 ± 1.914	0.003 ± 0.001	＞ 10	＞ 10	＞ 10
AZD1061	0.013 ± 0.003	0.012 ± 0.002	0.014 ± 0.002	0.007 ± 0.002	0.038 ± 0.006	3.488 ± 2.085	＞ 10	0.028 ± 0.014
AZD8895	0.005 ± 0.001	0.011 ± 0.002	0.046 ± 0.031	0.046 ± 0.016	0.003 ± 0.000	1.152 ± 0.170	6.078 ± 1.558	7.702 ± 2.224
AZD7442	0.009 ± 0.000	0.007 ± 0.001	0.012 ± 0.001	0.006 ± 0.003	0.005 ± 0.000	0.273 ± 0.062	3.816 ± 0.138	0.052 ± 0.004
ADG10	0.006 ± 0.000	0.010 ± 0.001	0.011 ± 0.001	0.003 ± 0.000	0.026 ± 0.005	＞ 10	＞ 10	＞ 10
ADG20	0.004 ± 0.001	0.006 ± 0.000	0.01 ± 0.001	0.009 ± 0.000	0.006 ± 0.001	1.104 ± 0.509	1.269 ± 0.223	＞ 10
ADG30	0.007 ± 0.002	0.016 ± 0.001	0.029 ± 0.003	0.002 ± 0.001	0.033 ± 0.007	＞ 10	＞ 10	＞ 10
Ly-CoV- 555	0.006 ± 0.002	0.009 ± 0.000	＞ 10	＞ 10	8.311 ± 4.059	＞ 10	＞ 10	＞ 10
Ly-CoV16	0.034 ± 0.007	3.225 ± 1.030	＞ 10	＞ 10	0.012 ± 0.002	＞ 10	＞ 10	＞ 10
S309	0.040 ± 0.005	0.078 ± 0.069	0.082 ± 0.002	0.076 ± 0.014	0.113 ± 0.028	0.256 ± 0.034	1.119 ± 0.119	5.035 ± 0.244

[表19] - BA.1 RBD/Omi-12-Beta54和Omi-12 Fab的X射線數據收集和結構細化統計 ^aOmi12在重鏈的N102處被糖基化。 ^b括弧中的值針對最高解析度外殼。 ^c僅剛體和組B因子細化。 [表20] - 比較BA.4中和作用與BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3的中和作用的假病毒測定

	IC50 （ µg/mL ）
假病毒
Victoria	BA.1	BA.1.1	BA.2	BA.3	BA.4
Omi-02	0.002 ± 0.001	0.004 ± 0.001	0.004 ± 0.001	0.003 ± 0.001	0.019 ± 0.007	＞ 10
Οmi-03	0.003 ± 0.000	0.005 ± 0.002	0.003 ± 0.001	0.008 ± 0.001	0.022 ± 0.003	0.017 ± 0.005
Οmi-06	0.007 ± 0.000	0.017 ± 0.003	0.139 ± 0.033	0.039 ± 0.008	0.696 ± 0.106	＞ 10
Οmi-08	0.008 ± 0.004	0.003 ± 0.000	0.002 ± 0.000	0.114 ± 0.045	0.032 ± 0.001	0.086 ± 0.005
Οmi-09	0.006 ± 0.002	0.005 ± 0.000	0.005 ± 0.002	0.008 ± 0.002	0.017 ± 0.002	0.166 ± 0.007
Οmi-12	0.006 ± 0.002	0.002 ± 0.000	0.002 ± 0.001	0.003 ± 0.001	0.006 ± 0.001	0.429 ± 0.060
Οmi-16	0.014 ± 0.003	0.012 ± 0.002	0.011 ± 0.003	0.034 ± 0.012	0.111 ± 0.008	0.029 ± 0.007
Οmi-17	0.023 ± 0.011	0.018 ± 0.012	0.022 ± 0.009	0.060 ± 0.004	0.123 ± 0.002	0.028 ± 0.001
Οmi-18	0.008 ± 0.003	0.002 ± 0.000	0.002 ± 0.000	0.005 ± 0.000	0.006 ± 0.002	0.005 ± 0.001
Οmi-20	0.009 ± 0.002	0.006 ± 0.001	0.005 ± 0.001	0.015 ± 0.003	0.020 ± 0.004	0.014 ± 0.006
Οmi-23	0.005 ± 0.002	0.029 ± 0.006	0.023 ± 0.12	0.019 ± 0.005	0.011 ± 0.000	＞ 10
Οmi-24	0.005 ±0.000	0.006 ± 0.002	0.054 ± 0.015	0.007 ± 0.001	0.009 ± 0.002	＞ 10
Οmi-25	0.005 ± 0.001	0.023 ± 0.005	0.027 ± 0.005	0.024 ± 0.004	0.050 ± 0.004	＞ 10
Οmi-26	0.002 ± 0.001	0.006 ± 0.002	0.005 ± 0.001	0.013 ± 0.001	0.018 ± 0.002	＞ 10
Οmi-27	0.008 ± 0.003	0.026 ± 0.006	0.034 ± 0.009	0.034 ± 0.005	0.026 ± 0.007	0.069 ± 0.023
Οmi-28	0.022 ± 0.000	0.011 ± 0.004	0.009 ± 0.002	0.008 ± 0.000	0.019± 0.000	0.028 ± 0.009
Οmi-29	0.014 ± 0.006	0.017 ± 0.003	0.016 ± 0.009	0.056 ± 0.014	0.064 ± 0.017	0.396 ± 0.007
Οmi-30	0.053 ± 0.010	0.029 ± 0.002	0.031 ± 0.012	0.013 ± 0.002	0.015 ± 0.003	＞ 10
Οmi-31	0.012 ± 0.002	0.008 ± 0.003	0.008 ± 0.004	0.011 ± 0.002	0.013 ± 0.004	＞ 10
Οmi-32	0.010 ± 0.006	0.017 ± 0.000	＞ 10	2.682 ± 0.553	1.018 ± 0.139	0.035 ± 0.016
Οmi-33	0.027 ± 0.011	0.014 ± 0.005	0.042 ± 0.018	0.068 ± 0.022	0.133 ± 0.021	0.013 ± 0.004
Οmi-34	0.007 ± 0.004	0.008 ± 0.001	0.062 ± 0.004	0.009 ± 0.003	0.014 ± 0.000	＞ 10
Οmi-35	0.021 ± 0.003	0.058 ± 0.006	0.381 ± 0.061	0.094 ± 0.004	0.044 ± 0.018	1.687 ± 0.441
Οmi-36	0.022 ± 0.004	0.009 ± 0.003	0.009 ± 0.003	0.030 ± 0.014	0.178 ± 0.048	0.024 ± 0.006
Οmi-38	0.015 ± 0.004	0.024 ± 0.015	＞ 10	0.005 ± 0.000	0.008 ± 0.002	0.005 ± 0.001
Οmi-39	0.014 ± 0.002	0.009 ± 0.004	＞ 10	0.026 ± 0.011	0.014 ± 0.001	0.035 ± 0.003
Οmi-41	＞ 10	0.053 ± 0.028	0.037 ± 0.002	＞ 10	0.032 ± 0.007	＞ 10
Οmi-42	0.013 ± 0.004	0.007 ± 0.004	0.006 ± 0.002	0.021 ± 0.011	0.025 ± 0.012	0.013 ± 0.001

[表21] - 商業抗體對BA.4和BA.5的活性

	IC50 （ µg/mL ）
假病毒
Victoria	BA.1	BA.1.1	BA.2	BA.3	BA.4
REGN10987	0.002 ± 0.001	＞ 10	＞ 10	0.616 ± 0.347	＞ 10	＞ 10
REGN10933	0.001 ± 0.002	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10
AZD1061	0.002 ± 0.001	0.308 ± 0.058	＞ 10	0.008 ± 0.003	0.019 ± 0.007	0.015 ± 0.004
AZD8895	0.001 ± 0.000	0.246 ± 0.027	0.100 ± 0.053	1.333 ± 0.317	＞ 10	＞ 10
AZD7442	0.001 ± 0.000	0.232 ± 0.113	0.806 ± 0.093	0.008 ± 0.001	0.065 ± 0.011	0.065 ± 0.007
ADG10	0.007 ± 0.002	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10
ADG20	0.003 ± 0.002	0.348 ± 0.169	0.253 ± 0.070	＞ 10	＞ 10	＞ 10
ADG30	0.014 ± 0.006	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10
Ly-CoV-555	0.002 ± 0.000	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10
Ly-CoV16	0.014 ± 0.010	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10
S309	0.130 ± 0.030	0.094 ± 0.008	0.138 ± 0.020	0.638 ± 0.107	0.228 ± 0.009	1.041 ± 0.072

[表22] - BA.1 mAb對PV BA.2.75和BA.2+N460K的IC50 [表23] - 商業mAb對PV BA.2.75的IC50 [表24]

IC50 （ µg/ml ）
mAb	BA.2	BA.2+D339H	BA.2+R493Q	BA.2+G446S	BA.2.+ N460K	BA.2.75
Omi02	0.003 ± 0.000	0.007 ± 0.003	0.003 ± 0.000	0.007 ± 0.002	0.025 ± 0.003	0.009 ± 0.002
Omi03	0.008 ± 0.001	0.006 ± 0.000	0.002 ± 0.001	0.005 ± 0.001	0.401 ± 0.026	0.017 ± 0.000
Omi06	0.039 ± 0.008	0.012 ± 0.002	0.023 ± 0.010	0.087 ± 0.002	0.026 ± 0.002	0.063 ± 0.005
Omi08	0.114 ± 0.045	0.250 ± 0.009	0.194 ± 0.020	0.017 ± 0.001	0.552 ± 0.090	0.036 ± 0.002
Omi09	0.008 ± 0.002	0.005 ± 0.001	0.003 ± 0.000	0.006 ± 0.001	0.010 ± 0.002	0.003 ± 0.000
Omi12	0.003 ± 0.001	0.003 ± 0.001	0.001 ± 0.000	0.003 ± 0.001	0.011 ± 0.002	0.003 ± 0.001
Omi16	0.034 ± 0.012	0.014 ± 0.004	0.008 ± 0.003	0.018 ± 0.004	＞ 10	＞ 10
Omi17	0.060 ± 0.004	0.036 ± 0.015	0.013 ± 0.001	0.038 ± 0.002	＞ 10	0.255 ± 0.169
Omi18	0.005 ± 0.000	0.003 ± 0.000	0.004 ± 0.000	0.003 ± 0.000	0.014 ± 0.002	0.035 ± 0.007
Omi20	0.015 ± 0.003	0.007 ± 0.000	0.005 ± 0.001	0.005 ± 0.001	0.315 ± 0.142	0.178 ± 0.075
Omi23	0.019 ± 0.005	0.006 ± 0.000	0.007 ± 0.000	0.010 ± 0.002	0.022 ± 0.005	0.011 ± 0.006
Omi24	0.007 ± 0.001	0.005 ± 0.001	0.004 ± 0.000	0.005 ± 0.000	0.014 ± 0.000	0.008 ± 0.004
Omi25	0.024 ± 0.004	0.016 ± 0.003	0.007 ± 0.002	0.022 ± 0.000	0.050 ± 0.010	0.014 ± 0.005
Omi26	0.013 ± 0.001	0.007 ± 0.002	0.008 ± 0.001	0.008 ± 0.002	0.010 ± 0.000	0.010 ± 0.004
Omi27	0.034 ± 0.006	0.007 ± 0.001	0.007 ± 0.001	0.011 ± 0.001	＞ 10	6.672 ± 4.466
Omi28	0.008 ± 0.000	0.009 ± 0.001	0.010 ± 0.001	0.014 ± 0.000	0.103 ± 0.048	0.133 ± 0.082
Omi29	0.056 ± 0.014	0.018 ± 0.006	0.042 ± 0.012	0.024 ± 0.002	＞ 10	＞ 10
Omi30	0.013 ± 0.002	0.006 ± 0.001	0.002 ± 0.000	0.003 ± 0.000	0.018 ± 0.001	0.008 ± 0.002
Omi31	0.011 ± 0.002	0.005 ± 0.001	0.003 ± 0.000	0.005 ± 0.001	0.015 ± 0.001	0.014 ± 0.008
Omi32	2.614 ± 0.533	0.683 ± 0.179	0.312 ± 0.008	0.330 ± 0.010	2.341 ± 0.282	0.354 ± 0.064
Omi33	0.070 ± 0.024	0.177 ± 0.035	0.063 ± 0.008	0.043 ± 0.016	0.490 ± 0.156	0.053 ± 0.006
Omi34	0.009 ± 0.003	0.004 ± 0.000	0.002 ± 0.000	0.002 ± 0.000	0.020 ± 0.001	0.005 ± 0.000
Omi35	0.092 ± 0.004	0.012 ± 0.003	0.017 ± 0.011	0.014 ± 0.006	0.056 ± 0.012	0.020 ± 0.000
Omi36	0.030 ± 0.014	0.036 ± 0.002	0.013 ± 0.003	0.067 ± 0.015	＞ 10	＞ 10
Omi38	0.005 ± 0.000	0.011 ± 0.000	0.003 ± 0.001	0.010 ± 0.000	0.010 ± 0.001	0.011 ± 0.005
Omi39	0.026 ± 0.011	0.012 ± 0.002	0.021 ± 0.007	0.009 ± 0.002	0.045 ± 0.017	0.027 ± 0.009
Omi41	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10	＞ 10
Omi42	0.021 ± 0.011	0.011 ± 0.002	0.006 ± 0.001	0.016 ± 0.002	0.007 ± 0.002	0.003 ± 0.000

[表25]：BA.2.75 RBD/ACE2的X射線數據收集和結構細化統計

結構	BA.2.75 RBD/ACE2
數據收集
空間群	P4 ₁2 ₁2
晶胞大小
a 、 b 、 c （ Å ）	105.3、105.3、220.8
a 、 b 、 g （ ° ）	90、90、90
解析度（ Å ）	76-2.85（2.80-2.85） ^a
R _merge	0.443（---）
R _pim	0.086（1.401）
I/s （ I ）	7.6（0.4）
CC _1/2	0.971（0.279）
完整度（ % ）	99.8（96.9）
冗餘度	26.8（25.7）

細化
解析度（ Å ）	76-2.85
反射數量	2089/1439
R _work/R _free	0.217/0.265
原子數量
蛋白質	6464
配體 / 離子 / 水	167
B 因子（ Å ² ）
蛋白質	86
配體 / 離子 / 水	108
r.m.s. 偏差
鍵長（ Å ）	0.002
鍵角（ ° ）	0.4

^a括弧中的值針對最高解析度外殼。 [表26]. Omicron mAb的IC50值 [表27].用於產生假病毒的引物序列。與質體構建和假型化慢病毒顆粒產生有關。 [表28]. X射線數據收集和結構細化統計。a 括弧中的值針對最高解析度外殼。 [表29]. Omicron mAb和商業單株抗體的IC50值 a. b. [表30].用於產生假病毒的引物序列。與質體構建和假型化慢病毒顆粒產生有關。 [表31]. SARS-CoV-2譜系和基因組突變的表 [表32]. BA.1 mAb和商業mAb的IC50值 a b 序列表所選抗體的重鏈和輕鏈可變區的胺基酸序列所選抗體的重鏈和輕鏈可變區的核苷酸序列 CDR的胺基酸序列

Ab編號	重鏈CDR
CDR1-IMGT	SEQ ID NO.	CDR2-IMGT	SEQ ID NO.	CDR3-IMGT	SEQ ID NO.
2	GGTFSNYA	5	IIPIFGTA	6	AGGGRYCSGGRC HSAYSAY	7
22	GFTFSNYA	15	ISSSGDIT	16	VKDVTRTYYVVF DY	17
40	GFTVSRNY	25	IYSGGST	26	ARDLFHRSGYHD Y	27
44	GFTFSNYG	35	VWYDGSKK	36	ARDFAVGEEIADS	37
45	GFTFSTYA	45	LSYDGSNK	46	AKGGSYAYYYY MDV	47
54	GGSVSSGS YY	55	MYFSGST	56	ARGDYDFWSGPP GRVDV	57
55	GFTFTSSA	65	IVVGSGNT	66	AAPACGTSCSDAF DI	67
58	GFTFDDYA	75	VSWNSGTI	76	AREVGGTFGVLIS REGGLDY	77
61	GGSVSSGN FY	85	IYYTGSP	86	AREIYYYDRSGSY NSDAFDI	87
75	GFTFNNYP	95	ISQDGGNK	96	ARDVVVVVAAR NHYYNGMDV	97
88	GGSISSGSY N	105	IYNSGST	106	ARHCSGGTCYPK YYYGMDV	107
111	GGSISSNSY F	115	IYYTGST	116	ARHVRAYDYDAP FDI	117
132	GGSFSGYY	125	INHSGST	126	ARTDYYDSID	127
140	GFTFSTYD	135	IGTAGDT	136	ARGSGTYFYYFD Y	137
148	GGSISSSYY	145	VYYSGST	146	ARLMTTEDYYSG MDV	147
150	GVTVSSNY	155	IYSGGTT	156	ARDLMVYGIDV	157
158	GVTVSSNY	165	IYPGGST	166	ARDLGSGDMDV	167
159	GFTFSSYG	175	ISYDGGNR	176	AKDRDDGWDWY YFMDV	177
165	GFTFTSSA	185	IVVGSGNT	186	AAPHCIGGSCHD AFDI	187
170	GYSFTSYW	195	IYPGDSDT	196	ARLGNWLVDY	197
175	GLTVSRNY	205	IYSGGST	206	ARDLRGEV	207
177	GFTFSNYD	215	IGTAGDT	216	ARGQHTQIGHYY YYYMDV	217
181	GFTVSSNY	225	VYGGGTT	226	ATDNGYSYGFSF DY	227
182	GYTFTGYY	235	INPISGGT	236	ARGTYYYDSSGYI PFDY	237
183	GYTFSSYA	245	INTNTGNP	246	ARALGYCSSTSCY PAWAAFDI	247
222	GLTVSSNY	255	IYSGGST	256	ARGEGSPGNWFD P	257
253	GFTFTTSA	265	IVVGSGNT	266	AAPHCNSTSCYD AFDI	267
269	GLTVNRNY	275	IYSGGST	276	ARDFYEGSFDI	277
278	GYIFIRYG	285	ISANNGYT	286	ARDGGILTGYLD YFDH	287
281	GFPFSIYW	295	IKQDGSEK	296	ASRYYDFRPEAW FDY	297
282	GFTVSSNY	305	IYSGGST	306	ARDLEEAGGFDY	307
285	GDSVSNYY	315	IYTSGST	316	ARDHRASRYSSG WYEWWNCFDP	317
316	GYTFTGYY	325	INPNSGGT	326	ARDMAFSMVRGS FDY	327
318	GFTLTSSA	335	IVVGSGNT	336	AAGRGYNSDFDY	337
334	GYTFTSYY	345	INPSAGST	346	ARDSVLVPAANA FDI	347
361	GDTFTSYT	355	INAGNGYT	356	AKCTMIVDYFDY	357
382	GYTFTSYD	365	MNPHSDTT	366	AQGPIAVNYMDV	367
384	GFTFSDYY	375	IRSSGHTI	376	ARGGVLRFLEWP LNAFDI	377
394	GYTFTGYY	385	ISPNSGGT	386	ARGYYYEALDAF DI	387
398	GFTVSSNY	395	IYSGGST	396	ARDSTADYDFWS GYYVGAFHI	397

Ab編號	輕鏈CDR
CDR1-IMGT	SEQ ID NO.	CDR2- IMGT	SEQ ID NO.	CDR3-IMGT	SEQ ID NO.
2	QSVSSSY	8	GAS	9	QQYGSSLT	10
22	QSISSY	18	AAS	19	QQSYTTPYT	20
40	QDINNY	28	DAS	29	QQYDNLPA	30
44	ALPKKY	38	EDS	39	YSRDSSGDHWV	40
45	QDISNY	48	DAS	49	QQYDNLPLT	50
54	QSVSSSY	58	GAS	59	QHYGSSPVT	60
55	QSVSSSY	68	GAS	69	QQYGSSPWT	70
58	TIGSKS	78	DDS	79	QVWDSSSDRVV	80
61	QSVSSN	88	GAS	89	QQYNNWPPLT	90
75	QGISSW	98	AVS	99	QQAKSFPFT	100
88	SSNIGNNA	108	YDD	109	AAWDDSLNVVV	110
111	QGIRND	118	AAS	119	LQINSYPLT	120
132	TGAVTSGHY	128	DTR	129	LLSSSGARV	130
140	QSINNY	138	AAS	139	QQSYSAPPWT	140
148	QGISDY	148	AAS	149	QQYHSYPIT	150
150	QGISSY	158	AAS	159	QQLDSYPPGYT	160
158	QGISSY	168	AAS	169	QQLNSYRYT	170
159	QSISGNY	178	GAS	179	QQYGSSYT	180
165	QSVRSSY	188	GAS	189	QQYGSSPWT	190
170	QSLLHSDGKTY	198	EVS	199	MQSIQLPRGIT	200
175	QDISNF	208	DAS	209	HQYDNLPRT	210
177	QSISSY	218	AAS	219	QQSYSNPPEGS	220
181	SSDVGGYNL	228	EGS	229	CSYAGSSNWV	230
182	SSDVGSYNL	238	EGS	239	CSYAGSSTLV	240
183	NIGSKN	248	RDS	249	QVWDSSVV	250
222	QSVPSSY	258	GAS	259	QHYDTSPR	260
253	QSVSSSY	268	GAS	269	QQYGSSPYT	270
269	QGISSY	278	AAS	279	QQLNSYPAPV	280
278	QSIASY	288	AAS	289	QQSYSTLGIT	290
281	QSLVHRDGNTY	298	KIS	299	MQATQFPHGYT	300
282	QSVSSTY	308	GAS	309	QQYGSSLYT	310
285	QSISSY	318	AAS	319	QQSYSTPALT	320
316	SSDVGGYNY	328	EVS	329	SSYAGSNHWV	330
318	QSVSSSY	338	GTS	339	QQYGYSVYT	340
334	QSVSSY	348	DAS	349	QQRRNWLFT	350
361	QSISGW	358	DAS	359	QQYNSYPWT	360
382	NIGSKS	368	YDS	369	QVWDSSTDHVV	370
384	QGISNY	378	AAS	379	QKYNNALGT	380
394	SSDVGGYNF	388	EVS	389	NSYTSNSTRV	390
398	SSDVGGYNY	398	EVT	399	SSYAGSNNWV	400

所選抗體的重鏈和輕鏈可變區的胺基酸序列 所選抗體的重鏈和輕鏈可變區的核苷酸序列 CDR 的胺基酸序列

Ab編號	重鏈CDR
CDR1-IMGT	SEQ ID NO.	CDR2-IMGT	SEQ ID NO.	CDR3-IMGT	SEQ ID NO.
Beta 6	GGSISSSSH Y	405	IYYSESA	406	ARVTEPRWTSCY FDY	407
Beta 10	GGSISSSSY Y	415	IYYSGST	416	ARERSAPLAGNW FDP	417
Beta 20	GFPFSNYG	425	IWYDGSNK	426	AKDGYTAHYYY YYMDV	427
Beta 22	GFTFSNYG	435	ISYDGSHK	436	AKDSSAAIPYYYY GMDV	437
Beta 23	GGSISSSSY Y	445	VYYSGGT	446	ARIWFGEPAGGY FDY	447
Beta 24	DGSISSSDY Y	455	IYYTGST	456	ARLVVPSPKGSW FDP	457
Beta 25	GFTFTSSA	465	IVVGSGNT	466	AAVYCSGGSCND AFDI	467
Beta 26	GASISNYY	475	IYYTGST	476	ARAYCSGGSCFD TFDI	477
Beta 27	GLTVRSNY	485	IYSGGST	486	ARDLVVYGMDV	487
Beta 29	GFTFSNYG	495	ISYEESNR	496	AKDQGPATVMVT AIRGAMDV	497
Beta 30	GYTFTDYY	505	INSKDGGA	506	ARSASTVTEPPTN WFDP	507
Beta 32	GYTFTGYY	515	INPNSGGT	516	ARVGAHDYYDSS DNWFDP	517
Beta 33	GYPLTGYY	525	LNPNSGGT	526	ARDGGGIDDYVQ EDGMDV	527
Beta 34	GFTFSSYS	535	ISGINSAI	536	ARDKYLGIKDM	537
Beta 38	GYSFTNYW	545	IYPGDSGT	546	ARSRVGATGGYY DYYMDV	547
Beta 40	GGSISSSSY Y	555	IYYSGSA	556	ARHAAPSPGDNW FDP	557
Beta 43	GFTFSSYG	565	IWYDGSNN	566	ARSYCSGGFCFG YYYGLDV	567
Beta 44	GYTFTSYG	575	ISPYNGNT	576	ARDGELLGWFDP	577
Beta 45	GFTFSDYA	585	INSSGGIT	586	AKGPPRINTFYRH YYGMDV	587
Beta 47	GFTFITSA	595	IAVGSGNT	596	AAPHCNRTSCHD GFDI	597
Beta 48	GFTFSSYA	605	ISTGSYFI	606	ARGKEDTSAAFDI	607
Beta 49	GGTFSSSV	615	IIPLFGSA	616	AKVSQWALILF	617
Beta 50	RGTFNTYV	625	IIPFFGTA	626	SRLSQWDLLPM	627
Beta 51	GYTLTELS	635	FDPEDGET	636	AIDRKHWLVGLD Y	637
Beta 53	GHNSPSYW	645	IDPSDSYT	646	ARHVVALTHLYP DY	647
Beta 54	GGSITSSNH Y	655	MYYSGST	656	ARQIGPKRPSQVA DWFDP	657
Beta 55	GDSISSSRY Y	665	FYYSGIT	666	ARPRPPDYYDNS GALLFDI	667
Beta 56	GGSISSATH Y	675	IYYTGGT	676	ARVIAARPGSTYF DF	677

Ab編號	輕鏈CDR
CDR1-IMGT	SEQ ID NO.	CDR2- IMGT	SEQ ID NO.	CDR3-IMGT	SEQ ID NO.
Beta 6	QSVTSY	408	DAS	409	QLRSNWPPIT	410
Beta 10	QGISSY	418	AAS	419	QQLNTYPSIT	420
Beta 20	QSVSSSY	428	GAS	429	QQYGSSPGIT	430
Beta 22	QSILYNSNNKTY	438	WAS	439	QQYYSIPLI	440
Beta 23	KLGDKN	448	EYN	449	QAWDTGTHV	450
Beta 24	SIDVGNYNL	458	EGS	459	CSYVGSSTYV	460
Beta 25	QSVSSSY	468	GAS	469	QQYGSSPFT	470
Beta 26	NIGSKS	478	DDS	479	QVWDSASDSGV	480
Beta 27	QSVSSSS	488	GTS	489	QQYGSSPL	490
Beta 29	QSVLYSSNNKNY	498	WAS	499	QQYFGSPSIT	500
Beta 30	QGIRND	508	AAS	509	LQHNSYLRFT	510
Beta 32	QGISSW	518	AAS	519	QQANSFPWT	520
Beta 33	ALSKQH	528	KDS	529	QSADNSGSRYV	530
Beta 34	QSVSTY	538	DAS	539	QQRLNWPLT	540
Beta 38	SSNLGGNT	548	SNN	549	AAWDDSLNGPV	550
Beta 40	ALSTQN	558	KDS	559	QSADNRAHVV	560
Beta 43	NIGTKS	568	YNS	569	QVWDSGSDHYV	570
Beta 44	SSDVGSYNL	578	AGS	579	CSYAGSSTWV	580
Beta 45	QDIRNY	588	DAS	589	QQYDNLRAT	590
Beta 47	QSVSRNY	598	GAS	599	QQYGSSLFT	600
Beta 48	QSVSNN	608	GAS	609	QQYNNWPPWT	610
Beta 49	QSVSSSY	618	GAS	619	QQYGTSPSWT	620
Beta 50	QSFTSSY	628	GAS	629	QQYGTSPRMYT	630
Beta 51	QGIRNY	638	AAS	639	QQYNSYPLT	640
Beta 53	QSVSST	648	GAS	649	QQYNNWSTWT	650
Beta 54	QGISSY	658	AAS	659	QQLNSYPLT	660
Beta 55	QSISAW	668	KAS	669	QQYISSSPWT	670
Beta 56	SSDVSGYNY	678	DVT	679	SSDTNSIPR	680

所選抗體的重鏈和輕鏈可變區的胺基酸序列所選抗體的重鏈和輕鏈可變區的核苷酸序列 CDR 的胺基酸序列

抗體編號：	重鏈CDR
CDR1-IMGT	SEQ ID NO.	CDR2-IMGT	SEQ ID NO.	CDR3-IMGT	SEQ ID NO.
Omi02	GGTFSSYA	685	IIPIFRTP	686	ASPSCGGDCPQYL KSSKLDWYFDL	687
Omi03	EIIVSRNY	695	IYSGGST	696	ARDLDVVGGTDY	697
Omi06	GGSISRYS	705	MYSSGGT	706	AAASIDQVWGTYR DAFDI	707
Omi08	GYTFTNYF	715	INPSDGGA	716	ARGAFDVSGSWYV PFDY	717
Omi09	GFTFRTYA	725	ISYDGSNK	726	ASRGDTVTTGDAF DI	727
Omi12	GFSFSMSA	735	IVPGSGNA	736	AAPHCNKTNCYDA FDI	737
Omi16	GIIVSANY	745	IYPGGST	746	ARDLELAGFNDF	747
Omi17	GVTVSSNY	755	LYAGGST	756	ARDLAVAGFLDS	757
Omi18	GITVSSNY	765	LYAGGSA	766	ARDLQVYGMDV	767
Omi20	EITVSSNY	775	LFAGGTT	776	ARDLVAYGVDV	777
Omi23	GDSISRGG YY	785	IYYSGST	786	AREIGFLDY	787
Omi24	GGTFSSHG	795	IIPIFPTA	796	ARARGEHDSVWGS FHYYFDY	797
Omi25	GFTFDDYA	805	ISWNSGSI	806	AKSTALRHQYYYG MDV	807
Omi26	DYTFTRFG	815	INPYNGNT	816	ARSAGSPTGLDY	817
Omi27	GLTVSSNY	825	IYPGGTT	826	ARDLAVAGGMDV	827
Omi28	GVIVSSNY	835	IYSGGST	836	ARDLLEAGGTDY	837
Omi29	GLIVSRNY	845	IYAGGST	846	ARDLVHYGMDV	847
Omi30	GGTFSRYA	855	IIPIFDAT	856	ARERTYCSGGTCY GGYFYYGMDV	857
Omi31	GGTFSSYG	865	VIPILSAK	866	ARDILHHDDLWGR FYYDGMDV	867
Omi32	GFTFSNYG	875	YWYDGGN K	876	ARDTAPPDY	877
Omi33	GFKFSDYG	885	YWYDGGT K	886	ARDTAPPDY	887
Omi34	GGTFSSYG	895	IIPVFGAT	896	ARDALSASGWTGP FDS	897
Omi35	GFTFDDYA	905	STWNSGTI	906	AKDRFRKGCSSTG CYKENYGMDV	907
Omi36	GIIVSANY	915	IYPGGST	916	ARDLELAGFNDY	917
Omi38	GGNFNMY T	925	FIPIANKA	926	ARSGSYDAFDV	927
Omi39	GFSFDDYS	935	IYWDGVSK	936	AKDSEDCSSTSCY MDV	937
Omi41	GYSFMNY G	945	INTYNGNA	946	ARDPFTGYDDVWG GDY	947
Omi42	GFPFDDYA	955	ISWDSGSI	956	AKGAFPGYSSGWY YGLDV	957

抗體編號：	輕鏈CDR
CDR1-IMGT	SEQ ID NO.	CDR2- IMGT	SEQ ID NO.	CDR3-IMGT	SEQ ID NO.
Omi02	QSVSSTY	688	GAS	689	QHYGSSPLT	690
Omi03	QSVSSSY	698	GAS	699	QQYGSSPGYT	700
Omi06	QSISSF	708	DAS	709	QQSYENPLT	710
Omi08	SSNIGAGYD	718	GNT	719	QSYDITLSGSGYV	720
Omi09	ALPKQY	728	KDS	729	QSTDSSATYPGNVV	730
Omi12	QSVRSSY	738	GAS	739	QQFGSSPWT	740
Omi16	QSVSSNY	748	GAS	749	QQFGSSPRYT	750
Omi17	QGVSSIY	758	GAS	759	QQYGSSPRYT	760
Omi18	NDGAKS	768	DDS	769	QVWDSSRDHV	770
Omi20	QGISGD	778	AAS	779	QHLNSYPLT	780
Omi23	QAISNS	788	AAS	789	QQYYSTPPRT	790
Omi24	QSIGSN	798	GAA	799	QQYNDWPPRT	800
Omi25	QTISSY	808	DAS	809	QQSYNTPYA	810
Omi26	NSNIGNNA	818	YDD	819	AAWDDSLNALV	820
Omi27	QGIGND	828	AAS	829	LQDSNYPYT	830
Omi28	QFIGSSY	838	GAS	839	QQYGSAPGT	840
Omi29	SSDVGGYNY	848	DVS	849	SSYTSGSTWV	850
Omi30	SSNIGGDI	858	SNN	859	AAWDDSLNGQV	860
Omi31	SSDIGSNT	868	TNN	869	AAWDESLNGRV	870
Omi32	QSISSSF	878	GAS	879	QQYGTSPRLT	880
Omi33	QSISSNF	888	GAS	889	QQYGTSPRLT	890
Omi34	SSNIGADYD	898	GNN	899	QSYDSSQNAFYV	900
Omi35	NIGSKS	908	DDS	909	QVWDSSSDNVL	910
Omi36	QSVSSNY	918	GAS	919	QQFGSSPRYT	920
Omi38	QTINSW	928	DAS	929	QQYESYSPIT	930
Omi39	QNVLYSSNNKNY	938	WAS	939	HQYYSTPFT	940
Omi41	QSVLYSSNNKNY	948	WAS	949	HQYYSSPRT	950
Omi42	SSDVGGYNY	958	EVS	959	SSYAGNKGV	960

SEQ ID NO: 961 - 由IGHV1-58種系V基因序列MQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFTSSAVQWVRQARGQRLEWIGWIVVGS GNTNYAQKFQERVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAA編碼的胺基酸序列 SEQ ID NO: 962 - AZD8895（COV2-2196）重鏈可變區核苷酸序列 GenBank：MT763531.1 CAAATGCAGCTGGTGCAGTCTGGGCCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGACCTCAGT GAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGATTCACCTTTATGAGCTCTGCTGTGCAGTG GGTGCGACAGGCTCGTGGACAACGCCTTGAGTGGATAGGATGGATCGTCATTG GCAGTGGTAACACAAACTACGCACAGAAGTTCCAGGAAAGAGTCACCATTACC AGGGACATGTCCACAAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGCAGCCTGAGATCCG AGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGGCCCCATATTGTAGTAGTATCAGCTGC AATGATGGTTTTGATATCTGGGGCCAAGGGACAATGGTCACCGTCTCTTCA SEQ ID NO: 963 - AZD8895（COV2-2196）重鏈可變區胺基酸序列： GenBank：QLI33947.1 QMQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFMSSAVQWVRQARGQRLEWIGWIVIG SGNTNYAQKFQERVTITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAAPYCSSISCNDGF DIWGQGTMVTVSS SEQ ID NO: 964 - AZD8895（COV2-2196）輕鏈可變區核苷酸序列： GenBank：MT763532.1 GAAATTGTGTTGACGCAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGGAGAG AGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGAGTGTTAGCAGCAGCTACTTAGCCT GGTACCAGCAGAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGGTGCATCC AGCAGGGCCACTGGCATCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAG ACTTCACTCTCACCATCAGCAGACTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTGTATTACT GTCAGCACTATGGTAGCTCACGGGGTTGGACGTTCGGCCAAGGGACCAAGGTG GAAATCAAA SEQ ID NO: 965 - AZD8895（COV2-2196）輕鏈可變結構域胺基酸序列： GenBank：QLI33948.1 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRAT GIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQHYGSSRGWTFGQGTKVEIK SEQ ID NO: 966 - WIV04分離株Genbank Ref. QHR63260.2的刺突糖蛋白胺基酸序列 MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFL PFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSK TQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTF EYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALE PLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYN ENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPF GEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFT NVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGN YNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVG YQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKF LPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVN CTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICA SYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVS MTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQV KQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGD IAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFA MQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQ NAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQ LIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVT YVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFV SGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNI QKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLC CMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT SEQ ID NO: 967 - 由種系IGLV Kappa 3-20編碼的胺基酸序列 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRAT GIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSP

無

[ 圖 1] . Omicron 的 BA.2 亞譜系和一組 Omicron mAb 之產生。圖1僅涉及表13和14中揭露的前22種Omicron抗體（即Omi02至Omi35）。(A) 示出了針對來自用於產生Omicron mAb的供體的Victoria和Omicron BA.1之FRNT50滴定度。(B) FACS圖顯示了使用全長Omicron S對B細胞進行分選。(C) 與早期大流行mAb相比，在Omicron mAb中發現的RBD和NTD結合抗體之比例。(D) 重鏈和輕鏈可變基因使用。(E) 與早期大流行組相比，在強效Omicron mAb（FRNT50 ＜ 100 ng/ml）中發現的體細胞突變。

[ 圖 2] . 使用 Omicron mAb 之中和曲線。(A) Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron BA.1病毒。(B) Omicron mAb對Victoria、BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3假病毒之中和。(C) 正在開發用於商業用途的抗體對Victoria、BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3假病毒之中和。

[ 圖 3] . Victoria 、 BA.1 、 BA.1.1 、 BA.2 和 BA.3 假病毒之中和。在第二和第三劑量的(A) AZD1222（n = 41）、(B) BNT162b2（n = 20）後28天Victoria、BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3假病毒之中和。(C) 使用在症狀發生後＜ 14天和＞ 21天獲得的血清對Victoria、Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron病毒進行活病毒中和測定。(D) 早期和後期血清對Victoria、BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3假病毒之中和。幾何平均滴定度在每一列上方示出。使用Wilcoxon配對符號秩檢驗（A和B）和Mann-Whitney檢驗（C和D）進行分析，並計算雙尾P值。

[ 圖 4] . 假病毒中和曲線。BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3對早期大流行mAb（B）Beta mAb之假病毒中和曲線。

[ 圖 5]. 與圖 3 有關的指定病毒之中和滴定度。(A) 活病毒 (B) 假病毒。幾何平均滴定度在每一列上方示出。使用Wilcoxon配對符號秩檢驗進行分析，並計算雙尾P值。(C) 針對Victoria和Iota（S477N）所選擇的VH1-58 mAb和對照VH3-53 mAb 222之假病毒中和曲線。

[ 圖 6]. 具有 Omi-12 Fab 的 BA.1 RBD 之結構。(A) 藉由重疊RBD比較晶體不對稱單元中Omi-12和Beta-54 Fab與BA.1之兩個三元複合物（藉由將BA.1 RBD、Omi-12和Beta-54的高解析度結構擬合到較低解析度三元複合密度而產生）。一個複合物中的Fab係亮色（卡通描繪HC紅色、LC藍色），而另一個係淺色。(B) Omi-12之結合模式。(C) 具有Fab 253的Omi-12與早期大流行RBD（淺藍）和具有Beta RBD的Beta-47（淺青）之結合差異特寫。(D) 體細胞突變V53P有助於H3環之重新折疊，使得Q493R可以被容納在Omi-12中。

[ 圖 7]. 疫苗和 BA.1 免疫血清對 BA.4/5 之假病毒中和測定。使用在第三劑量的疫苗(A) 阿斯利康（AstraZeneca）AZD AZD1222（n = 41）後28天、(B) 第三劑量的輝瑞（Pfizer）BNT162b2後4週（n = 20）從疫苗接種者獲得的血清得到的指定病毒之IC50值。來自遭受突破性BA.1感染的志願者的血清係在 (C) 症狀發生早期 ≤ 1 14天（中位數13天）（n = 12）、(D) 症狀發生後期 ≥ 21天（中位數38天）（n = 16）採集的。與Victoria（早期大流行毒株）、BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3的中和滴定度進行比較。幾何平均滴定度在每一列上方示出。使用Wilcoxon配對符號秩檢驗進行分析，並計算雙尾P值。

[ 圖 8] . 針對 Omicron 和商業單株抗體之假病毒中和測定。從感染BA.1的疫苗接種者採集的樣本中製成的一組28種單株抗體的中和曲線。將BA.1的滴定曲線與BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3進行比較。指出了擬受L452R和F486L影響的mAb。

[ 圖 9] . 與 BA.4/5 相比之 Omicron 亞譜系。(A) Omicron BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.3和BA.4/5的S蛋白突變之比較，指出了NTD和RBD邊界。(B) RBD突變之位置（灰色表面，深綠色為ACE2足跡）。所有Omicron譜系共有的突變用白色顯示（在BA.4/5中回復突變的Q493R用十字顯示），BA.1和BA.1.1共有的突變用青色顯示，BA.1.1特有的突變用藍色顯示，並且BA.2特有的突變用洋紅色顯示。殘基371（黃色）在所有Omicron病毒中都發生突變，但在BA.1與BA.2之間有所不同。N343聚糖被顯示為具有透明表面的棒狀物。

[ 圖 10]. BA.2 或 BA.4/5 RBD 與所選 mAb 之間的相互作用的表面電漿共振（ SPR ）分析。(A) 與BA.2的結合相比，BA.4/5 RBD的結合嚴重降低，因此無法準確確定結合，如藉由在含有IgG Omi-31的樣本流通池上單次注射200 nM RBD所示。(B-C；E-I) 傳感圖（紅色：原始結合曲線；黑色：擬合曲線）顯示了BA.2或BA.4/5 RBD與所選mAb之間之相互作用，其中示出了動力學數據。(D) 使用1 : 1結合平衡分析確定BA.4/5 RBD對Omi-12之親和力。

[ 圖 11]. mAb 與 BA.4/5 突變位點之間之相互作用。(A) BA.1-RBD/Omi-31（PDB 7ZFB）、(B) BA.1-RBD/Omi-32（PDB 7ZFE）、(C) BA.1-RBD/Omi-25（PDB 7ZFD）、(D) BA.1-RBD/Omi-42（PDB7ZR7）、(E) Wuhan-RBD/AZD8895（PDB 7L7D）和 (F) BA.1-RBD/Omi-3（PDB 7ZF3）複合物的整體結構（左圖）和與BA.4/5突變位點之相互作用（≤ 4 Å）（右圖）。在左圖中，RBD被顯示為表面表示，其中BA.4/5突變位點以洋紅色突出顯示，並且BA.4/5在452和486處的另外兩個突變位點以青色顯示，Fab LC被顯示為藍色，HC被顯示為紅色條帶。在右圖中，RBD、Fab HC和LC的側鏈分別被繪製為灰色、紅色和藍色棒狀物。在 (B) 中，對L452R（綠色棒狀物）進行建模以顯示可能形成到CDR-H3的D99的鹽橋（黃色斷裂棒狀物）。(D) Beta-RBD/Omi-42複合物顯示Fab不接觸兩個BA.4/5突變位點中的任何一個。

[ 圖 12]. ACE2 RBD 親和力。(A)-(D) SPR傳感圖顯示了同與祖先（武漢）(B)、BA.1 (C)和BA.2 RBD (D)的結合相比，ACE2與BA.4/5 RBD (A)的結合。先前已經報導了武漢、BA.1和BA.2的數據（Nutalai等人, 2022）。(E)-(G) 靜電表面：(E) 從左到右分別是早期大流行、Delta和BA.1 RBD，(F) BA.2 RBD/ACE2複合物（PDB 7ZF7）的BA.2 RBD和ACE2的開本視圖，以及 (G) BA.4/5 RBD（基於BA.2 RBD的結構進行建模）。ACE2和RBD上的菱形顯示了相互作用區域。

[ 圖 13]. 抗原圖譜。(A) 中和數據和用於計算 (B) 中抗原圖譜之模型（對數滴定度值）。列表示從接種志願者或感染患者收集的血清。行係挑戰毒株：按順序係Victoria、Alpha、Delta、Beta、Gamma、BA.1、BA1.1、BA.2、BA.3和BA.4/5。根據與參考值的偏差對值進行著色；參考值基於血清類型被計算為給出最高值的行的中和滴定度的平均值。(B) 抗原圖譜之正交視圖，示出了在先前的VoC和BA.1、BA.1.1、BA.1和BA.2的位置（根據假病毒中和數據計算）的背景下的BA.4/5。兩個位置之間的距離與相應毒株中的一種受到被另一毒株感染所得到的血清挑戰時中和滴定度的降低成比例。圖6. ACE2/RBD親和力和抗原圖譜

[ 圖 14]. VH1-58 mAb 之中和曲線。早期大流行mAb 253（Dejnirattisai等人, 2021a）和Beta-47（Liu等人, 2021b）對Victoria和該組Omicron譜系構建體的假病毒中和曲線圖。

[ 圖 15]. BA.2 或 BA.4/5 RBD 與所選 mAb 之間的相互作用之表面電漿共振（ SPR ）分析。(A-F) 傳感圖（紅色：原始結合曲線；黑色：擬合曲線）顯示了BA.2或BA.4/5 RBD與所選mAb之間之相互作用，其中示出了動力學數據。(G-K) 與BA.2的結合相比，BA.4/5 RBD的結合嚴重降低，因此無法準確確定結合，如藉由在含有指定mAb的樣本流通池上單次注射200 nM RBD所示。

[ 圖 16] . 與其他 Omicron 亞譜系相比 BA.2.75 之序列變化。(A) BA.2.75與Omicron亞譜系Omicron BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.3和BA.4/5之序列比對。標記了NTD和RBD的邊界。(B) 與BA.2 RBD相比，BA.2.75 RBD中突變殘基的表面表示。示出了BA.2 RBD突變的位置（具有深綠色ACE2足跡的灰色表面），並且以橙色示出並標記BA.2.75中突變的殘基。

[ 圖 17] . 疫苗以及 BA.1 和 BA.2 免疫血清對 BA.2.75 之假病毒中和測定。使用在第三劑量的疫苗後28天從疫苗接種者獲得的血清得到的指定病毒之IC50值。(A) 輝瑞BNT162b2（n = 22）。(B) 阿斯利康AZD AZD1222（n = 41）。(C、D) 遭受疫苗突破性BA.1（n = 16）或BA.2（n = 23）感染的志願者之血清。(EC) 使用輝瑞BNT162b2血清的插入BA.2假病毒中的單一RBD點突變之IC50值（n = 22）。幾何平均滴定度在每一列上方示出。使用Wilcoxon配對符號秩檢驗進行分析，並計算雙尾P值。

[ 圖 18] . ACE2/RBD 親和力。SPR傳感圖顯示了同與BA.2 (C)、BA.4/5 (D)、Alpha (E)和BA.2+R493Q (F)的RBD的結合相比，使用ACE2-Fc (A) 或生物素化的ACE2作為配體 (B)時ACE2與BA.2.75 RBD的結合。先前已經分別在Nutalai等人, 2022、Tuekprakhon等人, 2022和Dejnirattisai等人, 2022中報導了BA.2、BA.4/5和Alpha的數據。

[ 圖 19] . 針對單株抗體的假病毒中和測定。(A) 從感染BA.1的疫苗接種者採集的樣本中製成的一組28種mAb之中和曲線。將BA.2.75的滴定曲線與Victoria、BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.4/5進行比較。IC50滴定度在表22中示出。(B) 開發用於人類用途的mAb之假病毒中和測定。IC50滴定度在表23中示出。Victoria、BA.1、BA.1.1和BA.2以及BA.4/5的數據用於比較並且取自Tuekprakhon等人, 2022

[ 圖 20] . BA.2.75 RBD/ACE2 複合物之結構。(A) BA.2.75 RBD/ACE2複合物之整體結構。ACE2被顯示為綠色條帶並且RBD被顯示為表面，其中BA.2共有的突變用洋紅色突出顯示並且不同的突變用橙色突出顯示。(B) 將BA.2.75 RBD（灰色）和ACE2（綠色）的介面與BA.2和ACE2（均為淺橙色）的介面進行比較。特寫顯示了Q496R和Q493（BA.2中的R493）與ACE2的相互作用。

[ 圖 21] mAb 與 BA.75 突變位點之間之相互作用。(A) Omi-3（PDB、7ZF3）和Omi-18（PDB、7ZFC）藉由重疊RBD與omicron BA.1 RBD複合的結合模式之前後視圖。RBD被顯示為灰色表面，其中BA.2和BA.2.75共有的突變用洋紅色著色，並且兩者之間不同的四個突變用青色著色。VH和VL被顯示為條帶，並且對於Omi-3分別用紅色和藍色著色，對於Omi-18分別用淺藍色和淺橙色著色。(B) RBD的N460與Fab的CDR-H2之間之相互作用。(C) RBD的R493與Fab的CDR-H3之間之接觸。在 (B) 和 (C) 中，與Omi-3相關的RBD為灰色，與Omi-18相關的RBD為青色，並且Fab的顏色與 (A) 中相同。(D) AZD1061與祖先SARS-CoV-2 RBD（PDB、7L7E）結合，以及 (E) RBD的G446與Fab的CDR-L2之間之接觸。(E) AZD8895與祖先SARS-CoV-2刺突蛋白RBD（PDB、7L7E）結合，以及 (F) RBD的Q493與Fab的CDR-H2之間之接觸。在 (D)-(F) 中，RBD的繪製和著色與 (A) 中相同，HC為紅色並且LC為藍色。

[ 圖 22] . 抗原圖譜。(A) 抗原圖譜之正交視圖，示出了在先前的VoC和BA.1、BA.1.1、BA.1和BA.2的位置（根據假病毒中和數據計算）的背景下的BA.2.75。兩個位置之間的距離與相應毒株中的一種受到被另一毒株感染所得到的血清挑戰時中和滴定度的降低成比例。沒有提供比例，因為附圖係三維分佈的投影，但是可以藉由進行以下比較來計算變化：(i) BA.1與BA.2，降低了2.93倍，以及 (ii) BA.2與BA.4/5，降低了3.03倍。(B) 與 (A) 相同，但只包括Omicron亞譜系和早期大流行病毒，以允許更準確地將該子集投影到三維空間中。注意，該等病毒對所有血清的反應都包括在計算中。

[ 圖 23] . 針對單株抗體之假病毒中和測定。(A) 從感染BA.1的疫苗接種者採集的樣本中製成的一組28種單株抗體之中和曲線。將BA.2.75在BA.2骨架中的單一突變的滴定曲線與BA.2和BA.2.75進行比較。IC50滴定度在表24中示出。

[ 圖 24] . BA.2 或 BA.2.75 RBD 與所選 mAb 之間的相互作用之表面電漿共振（ SPR ）分析。(A) 與BA.2的結合相比，Omi-29（IGHV3-53）與BA.2.75 RBD的結合嚴重降低，如藉由在含有生物素化的BA.2或BA.2.75 RBD的樣本流通池上單次注射1 μM Omi-29 Fab所示。(B) 與BA.2的結合相比，Omi-36（IGHV3-66）與BA.2.75 RBD的結合嚴重降低，如藉由在含有IgG形式的Omi-36的樣本流通池上單次注射0.2 μM BA.2或BA.2.75 RBD所示。(C-H) 傳感圖（紅色：原始結合曲線；黑色：擬合曲線）顯示了BA.2或BA.4/5 RBD與所選mAb之間的相互作用，其中示出了動力學數據。

[ 圖 25] . 從感染歷史變體收集的多組恢復期血清對 BA.2.75 之中和。指定血清對BA.2.75和指定假病毒之中和滴定度。除BA.2.75以外的數據取自Tuekprakhon等人, 2022。

[ 圖 26] . 用於 BA.2.75 RBD 的定點 PCR 誘變的引物。使用BA.2刺突構建體作為模板進行定點PCR誘變。使用所示的引物引入D339H、G446S、N460K和R493Q突變。

[ 圖 27] . 藉由假病毒中和測定、表面電漿共振和結構分析對 BA.2.11 、 BA.2.12.1 和 BA.2.13 進行表徵。(a)、(b) 使用在第三劑量的以下疫苗4週後獲得的血清得到的指定病毒之IC50值：(a) AstraZeneca AZD1222（n = 41），(b) Pfizer BNT162b2（n = 18）。(c) 取來自遭受突破性BA.1感染的接種疫苗的志願者的血清之中和滴定度。與先前在Tuekprakhon等人(2022)中報導的對Victoria、BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.4/5的中和滴定度進行比較。幾何平均滴定度在每一列上方示出。使用Wilcoxon配對符號秩檢驗進行分析，並計算雙尾p值。(d-g) SPR傳感圖（紅色：實驗結合曲線；黑色：擬合曲線）顯示了同與BA.2 RBD (h)的結合相比，ACE2與BA.2.11 (e)、BA.2.12.1 (f)、BA.2.13 (g)的RBD的結合，其中示出了動力學數據。在Nutalai等人(2022)中報導了BA.2 RBD的數據。(h-m) BA.2.12.1 RBD/Beta-27/NbC1複合物的晶體結構。(h) 整體結構被顯示為具有RBD（灰色）、Beta-27 HC（紅色）以及LC（藍色）和NbC1（黃色）的Cα跡線。殘基L452Q、F486和Q493R（BA.2中的L、F和R，BA.4/5中的R、V和Q）的Cα被顯示為球體。(i) 藉由重疊RBD形成的BA.2.12.1 RBD/Beta-27/NbC1（RBD為表面表示，HC為紅色，並且LC為藍色）、BA.4/5 RBD/Beta-27/NbC1（青色，PDB 7ZXU）和Beta RBD/Beta-27（綠色，PDB 7PS1）複合物中的Beta-27結合模式的比較。除了RBD的靈活N末端和C末端區域外，Fab HC的N末端和CDR-H1、RBD的α2螺旋、371-375環和G446環出現顯著差異。CDR-L3在BA.4/5 RBD複合物中具有雙重構象，而在其他兩種複合物 (i) 中具有單一構象。HC N末端和接觸RBD的殘基486的CDR-H1與Beta和BA.4/5 RBD複合物中的不同，後者含有F486V突變。該等差異可能是由對稱相關的C1奈米抗體的接觸引起的，在 (j) 中被顯示為灰色鍵。(k) BA.4/5 RBD中的G446環處的結構差異也是由晶體接觸引起的。(l) BA.2.12.1和BA.4/5 RBD中攜帶S371F、S373P和S375F突變的371-375環藉由與NbC1的CDR-H3相互作用而穩定。(m) BA.2.12.1（灰色）、BA.2（綠色，PDB 7ZF9）和BA.4/5（青色）RBD的疊加。(n) 452處的突變不會引入顯著的局部結構變化。BA.4/5中的R452具有雙重構象。

[ 圖 28] . 疫苗對 BA.4.6 之假病毒中和測定。BA.1、BA.2、BA.4.5免疫血清（a-d）和單株抗體（e-f）。使用在第三劑量的輝瑞BNT162b2疫苗後28天從疫苗接種者獲得的血清得到的指定病毒之IC50值（n = 22，a）。指定病毒對來自遭受疫苗突破性BA.1（n = 14，b）、BA.2（n = 23，c）和BA.4/5（n = 11，d）感染的志願者的血清之IC50值。幾何平均滴定度在每一列上方示出。使用Wilcoxon配對符號秩檢驗進行分析，並計算雙尾P值。從感染BA.1的疫苗接種者採集的樣本中製成的一組28種單株抗體 (e) 對BA.4.6的中和曲線與Victoria、BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.4/5和BA.2.75變體進行比較。一組14種商業單株抗體對相同變體的中和曲線 (e)。IC50值在表29A和29B中示出。

[ 圖 29] . 假病毒中和測定。針對與其中示出IC50滴定度的表26有關的Omicron單株抗體的假病毒中和測定。從感染BA.1的疫苗接種者採集的樣本中製成的一組27種單株抗體的中和曲線。將BA.2.11、BA.2.12.1和BA.2.13的滴定曲線與BA.2進行比較。

[ 圖 30] . BA.2.12.1 或 BA.2 RBD 與所選 mAb （ Omi-6 和 Omi-31 ）之間的相互作用之表面電漿共振（ SPR ）分析。(a) 使用1 : 1結合平衡分析確定BA.2.12.1 RBD對Omi-6的親和力。(b)、(c)、(d) 傳感圖（紅色：原始結合曲線；黑色：擬合曲線）示出了BA.2.12.1或BA.2 RBD與所選mAb之間的相互作用，其中示出了動力學數據。

[ 圖 31] . 中和測定。使用用指定BA.2亞譜系(A) Omi-mAb、(B) 商業mAb的S基因假型化的慢病毒得到的中和曲線。另見表32。「BA.4+all」變體係一種合成變體，係在對SARS-CoV-2 Omicron S基因中出現的不同突變進行評估後設計的。將該等突變組合，並結合到Omicron BA.4 S基因中以產生被稱為「BA.4+all」的人工S基因。該變體僅作為實驗工具而產生的，在自然界中不存在，也不對應於任何流行的SARs-Cov-2變體的S基因。

[ 圖 32] .用指定BA.2亞譜系的S基因假型化的慢病毒的 血清中和 IC50 滴定度（稀釋倍數）。(A) 在第三劑量的BNT162b2疫苗後或者在感染 (B) BA.1、(C) BA.2或 (D) BA.4/5後28天獲得的血清。幾何平均滴定度在每一列上方示出。使用Wilcoxon配對符號秩檢驗（C和D）和Mann-Whitney檢驗（E），並計算雙尾P值。

[ 圖 33] . 抗體結合之熱圖。熱圖顯示了接種疫苗和未接種疫苗的樣本中針對Victoria和Beta毒株的各種抗體的IC50（µg/ml）。

[ 圖 34] . 中和測定。使用用指定BA.2亞譜系的S基因假型化的慢病毒得到的中和曲線。

[ 圖 35] . 該組 BA.1 （ Omi ） mAb 的 IC50 中和滴定度之熱圖。指定mAb對一組表現變體S序列的假病毒的假病毒中和IC50滴定度。包括針對在大流行早期發現的變體的活病毒IC50值以供比較。Victoria、BA.2和BA.4/5的活病毒測定數據和假病毒數據先前在Tuekprakon等人(2022)中報導。

無

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Claims

一種能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白結合的抗體，其中該抗體包含抗體Omi12的或表3中的27種抗體中的任一種的至少三個CDR。
如請求項1所述之抗體，該抗體包含： (a) 表3中的抗體的至少四個、五個或全部六個CDR； (b) 重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與表3中的抗體的重鏈可變結構域具有至少80%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成； (c) 輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與表3中的抗體的輕鏈可變結構域具有至少80%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成；以及/或者 (d) 重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和該輕鏈可變結構域包含與表3中的抗體的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域分別具有至少80%同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。
如請求項1或請求項2所述之抗體，其中表3中的該抗體選自由以下項組成之群組： (a) Omi02、Omi03、Omi12、Omi18、Omi28、Omi39和Omi42； (b) Omi03和Omi12； (c) Omi03、Omi12、Omi02、Omi39和Omi42； (d) Omi03、Omi12、Omi02、Omi39、Omi42、Omi16、Omi18、Omi20、Omi 23、Omi28和Omi08；或者 (e) Omi03、Omi12、Omi02、Omi39、Omi42、Omi16、Omi18、Omi20、Omi 23、Omi28、Omi08、Omi17、Omi29、Omi36和Omi38。
如請求項1所述之抗體，該抗體包含來自表1至表3中任一個中的第一抗體的CDRH1、CDRH2和CDRH3，以及來自表1至表3中任一個中的第二抗體的CDRL1、CDRL2和CDRL3，條件係該第一抗體和該第二抗體係不同的。
如請求項4所述之抗體，該抗體包含重鏈可變結構域胺基酸序列和輕鏈可變結構域胺基酸序列，該重鏈可變結構域胺基酸序列與來自表1至表3中任一個中的第一抗體的重鏈可變結構域具有至少80%序列同一性，並且該輕鏈可變結構域胺基酸序列與來自表1至表3中任一個中的第二抗體的輕鏈可變結構域具有至少80%序列同一性。
如請求項4或請求項5所述之抗體，其中該第一抗體和該第二抗體來源於同一種系重鏈v-區域，視需要其中該重鏈v-區域係IGHV1-69、IGHV3-53、IGHV1-58、IGHV3-66、IGHV3-30、IGHV3-33、IGHV1-18、IGHV3-9或IGHV4-31。
如請求項4至6中任一項所述之抗體，其中該第一抗體和該第二抗體都選自由以下項組成之群組： (a) Omi03、Omi18、Omi29、Beta-27、抗體150、抗體158、抗體175、抗體222和抗體269；視需要其中該抗體包含如表4中列出的抗體中的一個的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域； (b) Omi03、Omi18、Omi29、Omi16、Omi17、Omi20、Omi27、Omi36、Beta-27、抗體150、抗體158、抗體175、抗體222、抗體269、抗體40和抗體398；視需要其中該抗體包含如表5中列出的抗體中的一個的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域； (c) Omi12、Beta-47、Beta-25、抗體55、抗體165、抗體253和抗體318；視需要其中該抗體包含如表6中列出的抗體中的一個的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域； (d) Beta-49、Beta-50、Omi02、Omi24、Omi30、Omi31、Omi34和Omi38；視需要其中該抗體包含如表7中列出的抗體中的一個的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域； (e) Beta-22、Beta-29、抗體159和Omi09；視需要其中該抗體包含如表8中列出的抗體中的一個的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域； (f) Beta-20、Beta-43、Omi32和Omi33；視需要其中該抗體包含如表9中列出的抗體中的一個的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域； (g) 抗體278、Beta-44、Omi26和Omi41；視需要其中該抗體包含如表10中列出的抗體中的一個的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域； (h) 抗體58、Omi25、Omi35和Omi42；視需要，其中該抗體包含如表11中列出的抗體中的一個的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域；或者 (i) Beta-56和Omi23；視需要其中該抗體包含如表12中列出的抗體中的一個的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域。
根據前述請求項中任一項所述之抗體，其中表3至表12中的抗體選自由以下項組成之群組： (a) Omi02、Omi03、Omi12、Omi18、Omi28、Omi39和Omi42； (b) Omi03和Omi12； (c) Omi03、Omi12、Omi02、Omi39和Omi42； (d) Omi03、Omi12、Omi02、Omi39、Omi42、Omi16、Omi18、Omi20、Omi 23、Omi28和Omi08；或者 (e) Omi03、Omi12、Omi02、Omi39、Omi42、Omi16、Omi18、Omi20、Omi 23、Omi28、Omi08、Omi17、Omi29、Omi36和Omi38。
根據前述請求項中任一項所述之抗體，該抗體係例如包含IgG1恒定區的全長抗體、或者包含包括至少一種修飾使得血清半衰期被延長的Fc區。
根據前述請求項中任一項所述之抗體，其中該抗體來源於種系重鏈IGHV1-58諸如Omi-12、Beta-47、Beta-25、抗體55、抗體165、抗體253和抗體318，並且在該重鏈可變區中的位置53處包含脯胺酸。
一種抗體組合，該組合包含兩種或更多種根據前述請求項中任一項所述之抗體。
一種抗體組合，該組合包含： (a) 如請求項1至10中任一項所述之抗體；以及 (b) 包含表1或表2中的抗體的至少三個CDR的抗體，例如，該抗體包含： (i) 表1或表2中的抗體的至少四個、五個或全部六個CDR； (ii) 重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與表1或表2中的抗體的重鏈可變結構域具有至少80%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成； (iii) 輕鏈可變結構域，該輕鏈可變結構域包含與表1或表2中的抗體的輕鏈可變結構域具有至少80%序列同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成；以及/或者 (iv) 重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，該重鏈可變結構域和該輕鏈可變結構域包含與表1或表2中的抗體的重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域分別具有至少80%同一性的胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。
如請求項11或請求項12所述之抗體組合，該組合包含兩種、三種或四種如請求項1至10中任一項所述之抗體。
一種或多種編碼如請求項1至10中任一項所述之抗體的多核苷酸、一種或多種包含所述多核苷酸的載體或者一種包含所述載體的宿主細胞。
一種用於產生能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白結合的抗體之方法，該方法包括培養如請求項14所述之宿主細胞以及從所述培養物中分離該抗體。
一種藥物組成物，該藥物組成物包含：(a) 如請求項1至12中任一項所述之抗體或如請求項11至13中任一項所述之抗體組合，以及 (b) 至少一種藥學上可接受的稀釋劑或載劑。
如請求項1至10中任一項所述之抗體、如請求項11至13中任一項所述之組合或如請求項16所述之藥物組成物，用於在藉由療法來治療人或動物體之方法中使用。
如請求項1至10中任一項所述之抗體、如請求項11至13中任一項所述之組合或如請求項16所述之藥物組成物，用於在治療或預防冠狀病毒感染或者與冠狀病毒感染相關的疾病或併發症之方法中使用。
一種治療或預防受試者的冠狀病毒感染或者與冠狀病毒感染相關的疾病或併發症之方法，該方法包括向所述受試者投與治療有效量的如請求項1至10中任一項所述之抗體、如請求項11至13中任一項所述之組合或如請求項16所述之藥物組成物。
如請求項19或20所述之方法，其中該方法用於治療SARS-CoV-2感染，或者與其相關的疾病或併發症，諸如COVID-19。
一種鑒定樣本中冠狀病毒或其蛋白片段的存在之方法，該方法包括： (i) 將該樣本與如請求項1至10中任一項所述之抗體或如請求項11至13中任一項所述之組合接觸，以及 (ii) 檢測抗體-抗原複合物的存在或不存在，其中該抗體-抗原複合物的存在指示該樣本中冠狀病毒或其片段的存在。
一種治療或預防受試者的冠狀病毒感染或者與其相關的疾病或併發症之方法，該方法包括如請求項21所述之方法鑒定樣本中冠狀病毒的存在，以及用如請求項1至13中任一項所述之抗體或組合、抗病毒藥物或抗炎劑治療該受試者。
如請求項1至10中任一項所述之抗體、如請求項11至13中任一項所述之組合或如請求項16所述之藥物組成物用於預防、治療和/或診斷冠狀病毒感染或者與其相關的疾病或併發症之用途。
如請求項1至10中任一項所述之抗體、如請求項11至13中任一項所述之組合或如請求項16所述之藥物組成物用於製造用於治療或預防冠狀病毒感染或者與其相關的疾病或併發症的藥物之用途。
如請求項17或18所述使用的抗體、如請求項19至22中任一項所述之方法和如請求項23或24所述之用途，其中該冠狀病毒感染由譜系alpha、beta、gamma、delta或omicron的SARS-CoV-2毒株引起，視需要其中該omicron毒株的譜系係omicron BA.1、omicron BA1.1、omicron BA.2或omicron BA.3。
一種來源於種系重鏈IGHV1-58的抗體，該抗體能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白結合，其中重鏈可變區中的根據IMGT編號的位置58處的胺基酸係脯胺酸或被脯胺酸取代。
如請求項26所述之抗體，其中該來源於種系重鏈IGHV1-58的抗體係AZD8895、Omi-12、Beta-47、Beta-25、抗體55、抗體165、抗體253或抗體318。
一種能夠與冠狀病毒SARS-CoV-2的刺突蛋白結合的抗體，該抗體包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與SEQ ID NO: 961具有 ≥ 60%、≥ 70%、≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列，條件係根據IMGT編號的位置58處的胺基酸係脯胺酸或被脯胺酸取代。
如請求項26至28中任一項所述之抗體，其中該抗體包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含與SEQ ID NO: 731、591、461、62、182、262、332或963具有 ≥ 80%、≥ 90%、≥ 95%、≥ 96%、≥ 97%、≥ 98%、≥ 99%或100%序列同一性的胺基酸序列，條件係根據IMGT編號的位置58處的胺基酸係脯胺酸或被脯胺酸取代。
如請求項26至29中任一項所述之抗體，其中該抗體包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含具有SEQ ID NO: 591、461、62、182、262或332的胺基酸序列，其中根據IMGT編號的位置58處的纈胺酸被脯胺酸取代。
如請求項26至29中任一項所述之抗體，其中該抗體包含重鏈可變結構域，該重鏈可變結構域包含具有SEQ ID NO: 961的胺基酸序列，其中根據IMGT編號的位置58處的異白胺酸被脯胺酸取代。