TW202146442A - 抗sars-cov-2抗體及使用其之方法 - Google Patents

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Abstract

本揭示提供了可結合到SARS-CoV-2抗原且在某些實施方式中能夠中和SARS-CoV-2感染的抗體及其抗原結合片段。亦提供了編碼抗體或抗原結合片段的聚核苷酸、包含聚核苷酸的載體和宿主細胞、藥學組成物以及使用本發明揭示的抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞和組成物治療或診斷SARS-CoV-2感染的方法。

Description

抗SARS-COV-2抗體及使用其之方法
關於序列表的聲明
與本申請案相關聯的序列表以文字格式代替紙質副本提供，茲此以參照方式合併至說明書中。含有序列表的文字檔案的名稱為930585_402TW _SEQUENCE_LISTING.txt。該文字檔案為327 KB，創建於2021年2月23日，並以電子方式提交。
本發明係有關於抗SARS-COV-2抗體及使用其之方法。
背景
一種新型的乙型冠狀病毒於2019年底在中國武漢出現。截至2021年2月19日，全世界已確認約有一億一千萬個病例被此病毒(在其他名稱中尤其命名為SARS-CoV-2，最初稱為武漢冠狀病毒)感染，並造成約245萬人死亡。需要用於預防或治療SARS-CoV-2感染的模式以及用於診斷SARS-CoV-2感染的診斷工具。
依據本發明之一實施例，係特地提出一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中：(i)該CDRH1包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:106、2、56、64、80、88、96、156、179、195或240中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代；(ii)該CDRH2包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:121、3、16至22、57、65、81、89、97、107、122至126、157、 180、197、199或241中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代；(ii)該CDRH3包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:108、4、25至26、58、66、82、90、98、104、127、128、158、 181、201、203或242中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代；(iv)該CDRL1包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:169、6、51至54、60、68、73、74、84、92、100、110、160、183、235或244中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代；(v)該CDRL2包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:170、7、61、69、85、93、101、111、161、184、236或245中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代；及/或(iv)該CDRL3包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:171、8、62、70、77、78、86、94、102、112、151至154、162、185、237或246中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代； 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或兩者上表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
詳細說明
本案提供了能夠結合到SARS-CoV-2 (譬如，如本案所述，在SARS-CoV-2病毒體中及/或在宿主細胞，例如受到SARS-CoV-2感染的細胞的表面上表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白及/或RBD)的抗體和抗原結合片段 。宿主細胞可為舉例來說肺細胞、CHO細胞(例如，舉例來說，轉染以表現表面醣蛋白的ExpiCHO細胞)等。在某些實施方式中，目前揭示的抗體和抗原結合片段可中和體外感染模型及/或人類個體中的SARS-CoV-2感染。亦提供了編碼抗體和抗原結合片段的聚核苷酸、載體、宿主細胞及相關組成物，以及使用抗體、核酸、載體、宿主細胞及相關組成物治療(譬如減少、延遲、消除或預防)一個體中的SARS-CoV-2感染的方法及/或製造用於治療一個體中的SARS-CoV-2感染的醫藥品。
在更詳細地闡述本揭示之前，提供本案使用的某些術語的定義可能有助於其理解。在本揭示通篇中列示了另外的定義。
如本案所用，"SARS-CoV-2"，在本案中亦稱作「武漢冠狀病毒」或「武漢海鮮市場肺炎病毒」或「武漢CoV」或「新型CoV」、或「nCoV」或「2019 nCoV」或「武漢nCoV」是一種被認為是B支系乙型冠狀病毒(沙貝病毒亞屬(sarbecovirus))。SARS-CoV-2於2019年底在中國湖北省武漢市首次被發現，並於2020年初在中國及世界其他地區蔓延。SARS-CoV-2的症狀包括發燒、乾咳和呼吸困難。
SARS-CoV-2分離株武漢-Hu-1的基因組序列提供在SEQ ID NO.:163 (亦參見GenBank MN908947.3，2020年1月23日)，該基因組的胺基酸轉譯提供在SEQ ID NO.:164 (亦參見GenBank QHD43416.1，2020年1月23日)。像是其他冠狀病毒(譬如SARS CoV)，SARS-CoV-2包含含有受體結合域(RBD)的「刺突」或表面("S")第I型跨膜醣蛋白。據信RBD藉由與細胞表面受體血管緊張素轉化酶2 (ACE2)結合而介導B支系SARS冠狀病毒進入呼吸道上皮細胞。特別地，據信病毒RBD中的受體結合模體(RBM)與ACE2相互作用。
SARS-CoV-2武漢-Hu-1表面醣蛋白(S)的胺基酸序列提供在SEQ ID NO.:165。本揭示的抗體和抗原結合片段能夠結合到SARS CoV-2的表面醣蛋白(S)，例如武漢-Hu-1的表面醣蛋白。例如，在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段結合到武漢-Hu-1的S蛋白RBD中的表位。
SARS-CoV-2武漢-Hu-1的RBD的胺基酸序列提供在SEQ ID NO.:166。SARS-CoV-2武漢-Hu-1的S蛋白與SARS-CoV的S蛋白具有大約73%的胺基酸序列同一性。SARS-CoV-2武漢-Hu-1的RBM的胺基酸序列提供在SEQ ID NO.:167。SARS-CoV-2的RBD與SARS冠狀病毒的RBD具有大約75%至77%的胺基酸序列相似性，SARS-CoV-2武漢Hu-1的RBM與SARS冠狀病毒的RBM具有大約50%的胺基酸序列相似性。
除本案另有說明外，SARS-CoV-2武漢 Hu-1是指包含SEQ ID NOs.:164、165和166中任一者或多者列示的胺基酸序列、任擇具有SEQ ID NO.:163列示的基因組序列的病毒。
已經出現了許多新興的SARS-CoV-2變異體。一些SARS-CoV-2變異體含有N439K突變，該突變具有對人類ACE2受體的經增強之結合親和力(Thomson, E.C., et al.,The circulating SARS-CoV-2 spike variant N439K maintains fitness while evading antibody-mediated immunity. bioRxiv, 2020)。一些SARS-CoV-2變異體含有N501Y突變，該突變與傳播能力增加有關，包括B.1.1.7支系(亦習知為20I/501Y.V1和VOC 202012/01；(del69-70、del144、N501Y、A570D、D614G、P681H、T716I、S982A和D1118H突變)和B.1.351支系(亦習知為20H/501Y.V2；L18F、D80A、D215G、R246I、K417N、E484K、N501Y、D614G和A701V突變) ，該等分別在英國和南非發現(Tegally, H., et al.,Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv, 2020: p. 2020.12.21.20248640; Leung, K., et al.,Early empirical assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. medRxiv, 2020: p. 2020.12.20.20248581)。B.1.351亦包含SARS-CoV2刺突蛋白的RBD域中的兩個其他突變，K417N和E484K (Tegally, H., et al.,Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv, 2020: p. 2020.12.21.20248640)。其他SARS-CoV-2變異體包括B.1.1.28支系，其最早在巴西被報導；變異體P.1，B.1.1.28支系(亦已知為20J/501Y.V3)，其最早在日本被報導；變異體L452R，其最早在美國加州被報導(Pan American Health Organization,Epidemiological update: Occurrence of variants of SARS-CoV-2 in the Americas , January 20, 2021，可查閱reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/2021-jan-20-phe-epi-update-SARS-CoV-2.pdf)。其他SARS-CoV-2變異體包括SARS CoV-2，分支19A；SARS CoV-2，分支19B；SARS CoV-2，分支20A；SARS CoV-2，分支20B；SARS CoV-2，分支 20C；SARS CoV-2，分支20D；SARS CoV-2，分支 20E (EU1)；SARS CoV-2 ，分支 20F；SARS CoV-2，分支 20G；以及SARS CoV-2 B1.1.207；以及在Rambaut, A.,et al .,A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nat Microbiol 5, 1403–1407 (2020)中所述的其他SARS CoV-2支系。前述SARS-CoV-2變異體及其胺基酸和核苷酸序列以參照方式併入本案。
在本說明中，任何濃度範圍、百分比範圍、比例範圍或整數範圍應當理解為包括所述範圍內的任何整數的值，以及在適當時包括其分數(例如整數的十分之一和百分之一)，除非另有指示。再者，本案所述的有關任何物理特徵，例如聚合物次單元、尺寸或厚度的任何數值範圍應當理解為包括所述範圍內的任何整數，除非另有指示。如本案所用，術語「約」意指所指示的範圍、值或結構的± 20%，除非另有指示。應當理解，本案所用的術語「一個(a, an)」是指所列舉的組分中的「一個或多個」。使用選擇方案(譬如「或」)應理解為意指若干選擇方案中的一個、兩者或其任意組合。如本案所用，術語「包括」、「具有」和「包含」係以同義方式使用，該等術語及其變化係意圖被解讀為非限制性的。
「任擇的」或「任擇地」意指隨後說明的元件、組分、事件或情況可能發生或可能不發生，並且意指該說明包括發生該元件、組分、事件或情況的例子以及不發生彼等的例子。
此外，應理解的是，本申請案揭示了衍生自本案所述的若干結構和次單元的各種組合的個別構築體或構築體群組，其程度與各個構築體或構築體群組係個別地列示的程度相同。因此，特定結構或特定次單元的選擇係落於本揭示的範圍內。
術語「基本上由…組成」並不等同於「包含」，是指申請專利範圍的指定材料或步驟，或是指不會重大地影響所主張標的之基本特性的材料或步驟。舉例來說，當一域、區域、模組或蛋白質的胺基酸序列包括合併佔一域、區域、模組或蛋白質長度的最多20% (譬如最多15%、10%、8%、6%、5%、4%、3%、2%或1%)且不實質影響(即不減少多於50%的活性，例如不多於40%、30%、25%、20%、15%、10%、5%或1%的活性)該域、區域、模組或蛋白質的活性(譬如結合蛋白質的標靶結合親和力)的延伸、缺失、突變或其組合(譬如胺基端或羧基端或若干域之間的胺基酸)時，則一蛋白質之域、區域或模組(譬如結合域)或一蛋白質「基本上由」特定胺基酸序列「組成」。
如本案所用，「胺基酸」是指天然存在的和合成的胺基酸，以及以類似於天然存在的胺基酸的方式發揮功能的胺基酸類似物和胺基酸模擬物。天然存在的胺基酸是由遺傳密碼編碼的胺基酸，還有後來被修飾的胺基酸，譬如羥基脯胺酸、γ-羧基麩胺酸和O-磷酸絲胺酸。胺基酸類似物是指具有與天然存在胺基酸相同的基本化學結構的化合物，即具有結合到氫、羧基、胺基和R基團的α-碳，譬如高絲胺酸、正白胺酸、甲硫胺酸亞碸、甲硫胺酸甲鋶。此類類似物具有經修飾的R基團(譬如正白胺酸)或經修飾的肽主鏈，但保留與天然存在胺基酸相同的基本化學結構。胺基酸模擬物是指具有與胺基酸的一般化學結構不同的結構但以與天然存在胺基酸相似的方式作用的化學化合物。
如本案所用，「突變」是指分別與參考或野生型核酸分子或多肽分子相比，核酸分子或多肽分子的序列變化。突變可導致幾種不同類型的序列變化，包括核苷酸或胺基酸的取代、插入或缺失。
「保守取代」是指不實質影響或改變特定蛋白質的結合特性的胺基酸取代。一般而言，保守取代是經取代的胺基酸殘基被具有相似側鏈的胺基酸殘基置換的取代。保守取代包括在以下多組之一者中發現的取代：第1組：丙胺酸(Ala或A)、甘胺酸(Gly或G)、絲胺酸(Ser或S)、蘇胺酸(Thr或T)；第2組：天冬胺酸(Asp或D)、麩胺酸(Glu或Z)；第3組：天門冬醯胺(Asn或N)、麩醯胺酸(Gln或Q)；第4組：精胺酸(Arg或R)、離胺酸(Lys或K)、組胺酸(His或H)；第5組：異白胺酸(Ile或I)、白胺酸(Leu或L)、甲硫胺酸(Met或M)、纈胺酸(Val或V)；和第6組：苯丙胺酸(Phe或F)、酪胺酸(Tyr或Y)、色胺酸(Trp或W)。另外或可替代地，可藉由相似的功能、化學結構或組成(譬如酸性、鹼性、脂族、芳族或含硫)將胺基酸分組為保守取代基。舉例來說，就取代的目的而言，脂族基團可包括Gly、Ala、Val、Leu和Ile。其他保守取代基包括：含硫：Met和半胱胺酸(Cys或C)；酸性：Asp、Glu、Asn和Gln；小型脂族、非極性或弱極性殘基：Ala、Ser、Thr、Pro和Gly；極性、帶負電荷殘基及其醯胺：Asp、Asn、Glu和Gln；極性、帶正電荷殘基：His、Arg和Lys；大型脂族、非極性殘基：Met、Leu、Ile、Val和Cys；和大型芳族殘基：Phe、Tyr和Trp。其他訊息可在Creighton (1984) Proteins, W.H. Freeman and Company中找到。
如本案所用，「蛋白質」或「多肽」是指胺基酸殘基的聚合物。蛋白質適用於天然存在胺基酸聚合物，還有當中的一個或多個胺基酸殘基是對應天然存在胺基酸的人工化學模擬物以及非天然存在胺基酸聚合物的胺基酸聚合物。亦設想到本揭示的蛋白質、肽和多肽的變異體。在某些實施方式中，變異體蛋白、肽和多肽包含以下或由以下組成：與本案所述的既定或參考胺基酸序列的胺基酸序列為至少70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或99.9%一致的胺基酸序列。
「核酸分子」或「聚核苷酸」或「聚核酸」是指包括共價連接的核苷酸的聚合化合物，其可由天然次單元組成(譬如嘌呤或嘧啶鹼基)或非天然次單元(譬如嗎啉環)製成。嘌呤鹼基包括腺嘌呤、鳥嘌呤、次黃嘌呤和黃嘌呤，以及嘧啶鹼基包括尿嘧啶、胸腺嘧啶和胞嘧啶。核酸分子包括聚核糖核酸(RNA)，其包括mRNA、微小RNA、siRNA、病毒基因組RNA和合成RNA，以及聚去氧核糖核酸(DNA)，其包括cDNA、基因組DNA和合成DNA，兩者都可為單股或雙股。假使是單股，則核酸分子可為編碼股或非編碼(反義)股。編碼胺基酸序列的核酸分子包括編碼相同胺基酸序列的所有核苷酸序列。核苷酸序列的一些形式也可以內含子將經由共轉錄機制或轉錄後機制被移除的程度來包括內含子。換句話說，由於遺傳密碼的冗餘或簡併或藉由剪接，不同的核苷酸序列可能編碼相同的胺基酸序列。
亦設想到本揭示的核酸分子的變異體。變異體核酸分子與本案所述的既定或參考聚核苷酸的胺基酸序列為至少70%、75%、80%、85%、90%且較佳95%、96%、97%、98%、99%或99.9%一致，或是在0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉在約65至68ºC或0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉和50%甲醯胺在約42ºC的嚴苛雜交條件下與聚核苷酸雜交者。核酸分子變異體保留了編碼具有本案所述功能性的結合域，例如結合標靶分子的能力。
「序列同一性百分比」是指藉由比對序列來判定兩個或更多個序列之間的關係。判定序列同一性的較佳方法被設計成在所比對的序列之間給出最佳匹配。舉例來說，就最佳化比對的目的而言，將若干序列排比(譬如可將缺口引進第一和第二胺基酸或核酸序列中的一或二者中以供最佳化排比)。此外，就比對的目的而言，可忽略非同源的序列。除另有指明外，本案所提到的序列同一性百分比是以參考序列的長度計算。判定序列同一性和相似性的方法可在公眾可取得的電腦程式中找到。序列排比和百分比同一性計算可使用BLAST程式(譬如BLAST 2.0、BLASTP、BLASTN或BLASTX)進行。BLAST程式中使用的數學演算法可在Altschulet al .,Nucleic Acids Res .25 :3389-3402, 1997找到。在本揭示的上下文中，將理解的是，在序列分析軟體用於分析的情況下，分析的結果是以所提及程式的「預設值」為基礎。「預設值」是指首次初始化時最初隨軟體加載的任何一組值或參數。
術語「分離」意指將材料從其原始環境中移出(譬如假使天然存在，則為自然環境)。舉例來說，存在於活體動物中的天然存在的核酸或多肽係未經分離，但從天然系統中的一些或全部共存材料分開的相同核酸或多肽係經分離。此類核酸可為載體的一部分及/或此類核酸或多肽可為組成物的一部分(譬如細胞裂解物)，而且仍須分離，在於此類載體或組成物並非核酸或多肽的天然環境的一部分。在一些實施方式中，「經分離的」亦可說明人體之外的抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物。
術語「基因」意指涉及製造多肽鏈的DNA或RNA的區段；在某些情況下，其包括編碼區之前和之後的區域(譬如5’非轉譯區(UTR)和3’UTR)，還有個別編碼區段(外顯子)之間的插入序列(內含子)。
「功能性變異體」是指與本揭示的親代或參考化合物在結構上相似或實質在結構上相似，但是組成略有不同(譬如一個鹼基、原子或官能基不同、經添加或移除)的多肽或聚核苷酸，俾使該多肽或經編碼多肽能夠以親代多肽的至少50%效率，較佳至少為親代多肽的55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%或100%的活性位準執行親代多肽的至少一功能。換句話說，當相較於親代或參考多肽，一功能性變異體在選定試驗中展現出不超過50%的性能降低時，則本揭示的多肽或經編碼多肽的該功能性變異體具有「相似結合」、「相似親和力」或「相似活性」，例如用於測定結合親和力的試驗(譬如Biacore®或四聚體染色法、用於測定締合(Ka)或解離(KD )常數)。
如本案所用，「功能性部分」或「功能性片段」是指僅包含親代或參考化合物的域、部分或片段的多肽或聚核苷酸，並且該多肽或經編碼多肽保留了與該親代或參考化合物的域、部分或片段關聯的至少50%活性，較佳為親代多肽的至少的55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99 %、99.9%或100%活性位準，或提供生物學益處(譬如效應子功能)。當相較於親代或參考多肽，一功能性變異體在選定試驗中展現出不超過50%的性能降低(就親和力而言，相較於親代或參考物，較佳不超過20%或10%或不超過對數差)時，則本揭示的多肽或經編碼多肽的該「功能性變異體」或「功能性片段」具有「相似結合」或「相似活性」。
如本案所用，術語「經改造」、「重組的」或「非天然的」是指包括至少一基因改變或已藉由引入外源或異源核酸分子而被修飾的生物、微生物、細胞、核酸分子或載體，其中此類改變或修飾是藉由基因工程引入(即人工干預)。基因改變包括，舉例來說，引進編碼功能性RNA、蛋白質、融合蛋白或酶的可表現核酸分子的修飾、或細胞遺傳物質的其他核酸分子添加、缺失、取代或其他功能性破壞。另外的修飾包括，舉例來說，非編碼調節區，其中該修飾改變聚核苷酸、基因或操縱子的表現。
如本案所用，「異源性」或「非內源性」或「外源性」是指不是宿主細胞或個體原生的任何基因、蛋白質、化合物、核酸分子或活性，或是已被改變的宿主細胞或個體原生的任何基因、蛋白質、化合物、核酸分子或活性。異源性、非內源性或外源性包括已被突變或以其他方式改變的基因、蛋白質、化合物或核酸分子，俾使結構、活性或兩者在原生的和改變後的基因、蛋白質、化合物或核酸分子之間是不同的。在某些實施方式中，異源性、非內源性或外源性基因，蛋白質或核酸分子(譬如受體、配體等)對宿主細胞或個體可能不是內源的，而是編碼此類基因、蛋白質或核酸分子的核酸可能已藉由接合、轉化、轉染、電穿孔等添加到宿主細胞，其中該添加的核酸分子可整合到宿主細胞基因組中或可作為染色體外遺傳物質(譬如作為質體或其他自我複制載體)存在。術語「同源性」或「同源」是指在宿主細胞、物種或菌株中發現或衍生自宿主細胞、物種或菌株的基因、蛋白質、化合物、核酸分子或活性。舉例來說，編碼多肽的異源性或外源性聚核苷酸或基因可與原生聚核苷酸或基因同源並編碼同源性多肽或活性，但該聚核苷酸或多肽可具有經改變的結構、序列、表現位準或其任何組合。非內源性聚核苷酸或基因以及編碼的多肽或活性可來自相同物種、不同物種或其組合。
在某些實施方式中，假使宿主細胞的原生核酸分子或其部分已被改變或突變，則將該宿主細胞的該原生核酸分子視為與該宿主細胞異源，或者假使宿主細胞的原生核酸分子或其部分已被異源表現控制序列改變或已被通常與宿主細胞的原生核酸分子不相關的內源表現控制序列改變，則將該宿主細胞的該原生核酸分子視為與該宿主細胞異源。此外，術語「異源性」可指與宿主細胞不同、經改變或非內源的生物活性。如本案所述，多於一個異源性核酸分子可作為經分離的核酸分子、作為複數個個別控制的基因、作為多順反子核酸分子、作為編碼抗體或抗原結合片段(或其他多肽)的單一核酸分子或其任何組合被引進宿主細胞。
如本案所用，術語「內源性」或「原生的」是指通常存在於宿主細胞或個體中的聚核苷酸、基因、蛋白質、化合物、分子或活性。
如本案所用，術語「表現」是指基於諸如基因的核酸分子的編碼序列製造多肽的方法。該方法可包括轉錄、轉錄後控制、轉錄後修飾、轉譯、轉譯後控制、轉譯後修飾或其任何組合。經表現的核酸分子通常可操作地連接至表現控制序列(譬如啟動子)。
術語「可操作地連接」是指單一核酸片段上二或更多個核酸分子的締合，使得一者的功能受到另一者的影響。舉例來說，當啟動子能夠影響一編碼序列的表現時，則該啟動子可操作地與該編碼序列連接(即該編碼序列在該啟動子的轉錄控制之下)。「未連接的」意指相關聯的基因元件彼此之間並不緊密關聯，而且當中一者的功能不影響另一者。
如本案所述，一個以上的異源核酸分子可作為單獨的核酸分子、作為複數個個別控制的基因、作為多順反子核酸分子、作為編碼蛋白質(譬如抗體的重鏈)或其任何組合而被引進宿主細胞中。當將二或更多個異源核酸分子引進一宿主細胞時，可理解的是，該二或更多個異源核酸分子可作為單一核酸分子(譬如在單一載體上)、在分開的載體上被引進而整合到該宿主染色體的單一位點或多位點或其任何組合。所提及的異源核酸分子或蛋白質活性的數目是指編碼核酸分子的數目或蛋白質活性的數目，而不是引進宿主細胞中的分開的核酸分子的數目。
術語「構築體」是指含有重組核酸分子(或，當上下文明確指示時，本揭示的融合蛋白)的任何聚核苷酸。(聚核苷酸)構築體可存在於載體中(譬如細菌載體、病毒載體)或可整合到基因組中。「載體」是能夠運送另一個核酸分子的核酸分子。載體可為，舉例來說，質體、黏接質體、病毒、RNA載體或直線型或環狀DNA或RNA分子，該等可包括染色體、非染色體、半合成或合成的核酸分子。本揭示的載體亦包括轉位子系統(譬如Sleeping Beauty，參閱譬如Geurts et al., Mol. Ther. 8 :108, 2003: Mátéset al., Nat. Genet. 41 :753, 2009)。例示性載體是那些能夠自主複製的載體(附加載體)、能夠將聚核苷酸遞送至細胞基因組的載體(譬如病毒載體)或能夠表現與其連接的核酸分子的載體(表現載體)。
如本案所用，「表現載體」或「載體」是指含有核酸分子的DNA構築體，該核酸分子可操作地連接至能夠致使核酸分子在適宜宿主中表現的適宜控制序列。此類控制序列包括致使轉錄的啟動子、控制此類轉錄的任擇操縱子序列、編碼適宜的mRNA核糖體結合位點的序列以及控制轉錄和轉譯終止的序列。載體可為質體、噬菌體顆粒、病毒或僅是潛在的基因組插入物。一旦轉形到適宜的宿主內，載體可獨立於宿主基因組複製並作用，或者在某些情況下可整合到基因組本身中或將載體中所含的聚核苷酸遞送到基因組中，而無載體序列。在本說明書中，「質體」、「表現質體」、「病毒」和「載體」經常互換使用。
在將核酸分子插入細胞中的上下文中的術語「引進(introduced)」是指「轉染」、「轉化」或「轉導」，並包括提及將核酸分子併入真核或原核細胞中，其中該核酸分子可整合到細胞的基因組中(譬如染色體、質體、色素體(plastid)或粒線體DNA)、轉換成自主複製子或瞬時表現(譬如轉染的mRNA)。
在某些實施方式中，本揭示的聚核苷酸可以可操作地連接至載體的某些元件。舉例來說，致效所接合的編碼序列的表現和處理所需的聚核苷酸序列可被可操作地連接。表現控制序列可包括適當的轉錄起始、終止、啟動子和增強子序列；有效的RNA處理訊號，例如剪接和聚腺苷酸化訊號；穩定細胞質mRNA的序列；增強轉譯效率的序列(即Kozak共通序列)；增強蛋白質穩定性的序列；以及有可能增強蛋白質分泌的序列。假使表現控制序列與感興趣基因和以反式作用或遠距控制感興趣基因的表現控制序列鄰接，則可將彼等可操作地連接。
在某些實施方式中，載體包含質體載體或病毒載體(譬如慢病毒載體或γ-反轉錄病毒載體)。病毒載體包含反轉錄病毒、腺病毒、微小病毒(譬如腺相關病毒)、冠狀病毒、負股RNA病毒，例如正黏液病毒(譬如流感病毒)、棒狀病毒(譬如狂犬病和水泡性口炎病毒)、副黏液病毒(譬如麻疹和仙台)、正股RNA病毒，例如微小核糖核酸病毒和阿爾法病毒(alphavirus)以及雙股DNA病毒，包括腺病毒、皰疹病毒(譬如第1型和第2型單純皰疹病毒、EB病毒(Epstein-Barr virus)、巨細胞病毒)和痘病毒(譬如牛痘、雞痘和金絲雀痘)。其他病毒包括，舉例來說，諾氏病毒(Norwalk virus)、披衣病毒、黃病毒、里奧病毒(reoviruses)、乳多泡病毒(papovavirus)、嗜肝去氧核糖核酸病毒(hepadnavirus)和肝炎病毒。反轉錄病毒的例子包括禽白血病-肉瘤、哺乳動物C型、B型病毒、D型病毒、HTLV-BLV組、慢病毒、泡沫病毒(spumavirus) (Coffin，JM，Retroviridae： The viruses and their replication, In Fundamental Virology, Third Edition, B. N. Fields et al., Eds., Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, 1996)。
「反轉錄病毒」是具有RNA基因組的病毒，該RNA基因組係使用反轉錄酶反轉錄成DNA，該反轉錄的DNA隨後併入宿主細胞基因組中。「伽瑪反轉錄病毒(Gammaretrovirus)」是指反轉錄病毒科的一屬。伽瑪反轉錄病毒的例子包括鼠幹細胞病毒、小鼠白血病病毒、貓白血病病毒、貓肉瘤病毒和禽網狀內皮病病毒。
「慢病毒載體」包括用於基因遞送的基於HIV的慢病毒載體，其可為整合型或非整合型、具有相對大的包裝能力，並可轉導一系列不同的細胞類型。慢病毒載體通常是在三個(包裝、包膜和轉移)或更多質體瞬時轉染到生產細胞後生成的。像HIV一樣，慢病毒載體經由病毒表面醣蛋白與細胞表面受體的相互作用進入標靶細胞。進入時，病毒RNA經歷反轉錄，該反轉錄由病毒反轉錄酶複合體所介導。反轉錄的產物是雙股線性病毒DNA，其為病毒整合到感染細胞DNA中的基質。
在某些實施方式中，病毒載體可為伽瑪反轉錄病毒，譬如莫洛尼鼠白血病病毒(MLV)衍生的載體。在其他實施方式中，病毒載體可為更複雜的反轉錄病毒衍生的載體，譬如慢病毒衍生的載體。HIV-1衍生的載體屬於這一類。其他例子包括衍生自HIV-2、FIV、馬傳染性貧血病毒、SIV和梅迪-威司奈病毒(Maedi-Visna virus) (綿羊慢病毒)的慢病毒載體。使用反轉錄病毒載體和慢病毒載體及包裝細胞以藉由含有轉基因的病毒顆粒轉導哺乳動物宿主細胞的方法是本領域習知的，先前已在以下中描述，舉例來說：U.S. Patent 8,119,772；Walchliet al .,PLoS One 6 :327930, 2011；Zhaoet al .,J. Immunol. 174 :4415, 2005；Engelset al .,Hum. Gene Ther. 14 :1155, 2003；Frechaet al .,Mol. Ther .18 :1748, 2010；和Verhoeyenet al .,Methods Mol. Biol. 506 :97, 2009。反轉錄病毒和慢病毒載體的構築體和表現系統亦可商購。其他病毒載體亦可用於聚核苷酸遞送，包括DNA病毒載體，包括，舉例來說，基於腺病毒的載體和基於腺伴隨病毒(AAV)的載體；單純皰疹病毒(HSV)衍生的載體，包括擴增子載體、複製缺陷型HSV和減毒的HSV (Kriskyet al .,Gene Ther. 5 :1517, 1998)。
可與本揭示的組成物和方法一起使用的其他載體包括衍生自桿狀病毒和α-病毒的那些。(Jolly, D J. 1999. Emerging Viral Vectors. pp 209-40 in Friedmann T. ed. The Development of Human Gene Therapy. New York: Cold Spring Harbor Lab)或質體載體(例如睡美人載體(sleeping beauty)或其他轉位子載體)。
當病毒載體基因組包含在宿主細胞中待表現為分開的轉錄物的複數個聚核苷酸時，該病毒載體亦可在二(或更多個)轉錄物之間包含允許雙順反子或多順反子表現的附加序列。在病毒載體中使用的此類序列的例子包含內部核糖體進入位點(IRES)、弗林蛋白酶切割位點，病毒2A肽或其任何組合。
本案進一步說明了質體載體，包括用於直接投予個體的基於DNA的抗體或編碼抗原結合片段的質體載體。
如本案所用，術語「宿主」是指被靶向以異源核酸分子基因修飾以製造感興趣多肽的細胞或微生物(譬如本揭示的抗體)。
宿主細胞可包括了可接受載體或併入核酸或表現蛋白質的任何個別細胞或細胞培養物。該術語亦涵蓋宿主細胞的後代，無論在遺傳上還是在表型上相同或不同。適宜的宿主細胞可取決於載體，並可包括哺乳動物細胞、動物細胞、人類細胞、猿猴細胞、昆蟲細胞、酵母細胞和細菌細胞。可藉由使用病毒載體、透過磷酸鈣沉澱、DEAE-葡聚糖、電穿孔、顯微注射或其他方法轉化來誘導該些細胞併入該載體或其他材料。參見，舉例來說，Sambrooket al .,Molecular Cloning:  A Laboratory Manual 2d ed. (Cold Spring Harbor Laboratory, 1989)。
在SARS-CoV-2感染的情況下，「宿主」是指細胞或個體(譬如人類)感染了SARS-CoV-2。
「抗原」或"Ag"用於本案是指引起免疫反應的免疫性分子。免疫反應可涉及抗體產生、特異性免疫學上機能健全的細胞的活化、補體的活化、抗體依賴性細胞毒性或其任何組合。抗原(免疫性分子)可為舉例來說肽、糖肽、多肽、糖多肽、聚核苷酸、多醣、脂質等。顯而易見，抗原可被合成、重組產生或衍生自生物樣品。可含有一個或多個抗原的例示性生物樣品包括組織樣品、糞便樣品、細胞、生物體液或其組合。抗原可藉由已經修飾或經基因改造以表現抗原的細胞產生。抗原亦可存在於SARS-CoV-2 (譬如表面醣蛋白或其部分)，例如存在於病毒體中，或在受SARS-CoV-2感染的細胞表面表現或呈現。
術語「表位」或「抗原表位」包含被諸如免疫球蛋白或其他結合分子、域或蛋白質的同族結合分子識別並特異性地結合的任何分子、結構、胺基酸序列或蛋白質決定位。抗原決定位一般含有分子的化學活性表面基團，例如胺基酸或糖側鏈，並且可具有特定的三維結構特性以及特定的電荷特性。假使抗原是或包含肽或蛋白質，則表位可包含連續的胺基酸(譬如線性表位)，或可包含來自蛋白質不同部分或區域的胺基酸，該等藉由蛋白質折疊而變得靠近(譬如不連續或構形表位)或與蛋白質折疊無關而非常接近的非鄰接胺基酸。抗體和抗原結合片段
在一態樣中，本揭示提供了一種經分離的抗體或其抗原結合片段，其包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，該經分離的抗體或其抗原結合片段能夠結合到SARS-CoV-2的表面醣蛋白(S)。在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面及/或SARS-CoV-2病毒體上表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
在某些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2表面醣蛋白表位或包含該表位的抗原締合或聯合，而與樣品中的任何其他分子或組分不顯著締合或聯合。
在某些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2表面醣蛋白表位締合或聯合(譬如結合)，亦可與存在於樣品中的另一冠狀病毒(譬如SARS CoV)的表位締合或聯合，但與樣品中的任何其他分子或組分不顯著締合或聯合。換句話說，在某些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段對SARS-CoV-2和一個或多個另外的冠狀病毒具有交叉反應性。
在某些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段特異性地結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白。如本案所用，「特異性地結合」是指抗體或抗原結合片段以等於或大於105 M-1 (等於此締合反應的啟動速率[Kon ]對關閉速率[Koff ]的比例)的親和力或Ka (即特定結合相互作用的平衡締合常數，單位為1/M)與抗原締合或結合，但與樣品中的任何其他分子或組分不顯著締合或聯合。或者，親和力可被定義為特定結合相互作用的平衡解離常數(Kd )，單位為M (譬如10-5 M至10-13 M)。抗體可分類為「高親和力」抗體或「低親和力」抗體。「高親和力」抗體是指具有Ka 為至少107 M-1 、至少108 M-1 、至少109 M-1 、至少1010 M-1 、至少1011 M-1 、至少1012 M-1 或至少1013 M-1 的那些抗體。「低親和力」抗體是指具有Ka 為至多107 M-1 、至多106 M-1 、至多105 M-1 的那些抗體。或者，親和力可被定義為特定結合相互作用的平衡解離常數(Kd )，單位為M (譬如10-5 M至10-13 M)。
在某些情況下，抗體和抗原結合片段可參照對抗原的親和力及/或結合性來說明。除另有說明外，結合性是指抗體或其抗原結合片段對於抗原的總結合強度，並反映抗體或抗原結合片段的結合親和力、價數(譬如該抗體或抗原結合片段是否包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個或更多個結合位點)，以及，舉例來說，是否存在可能影響該結合的另一劑(譬如該抗體或抗原結合片段的非競爭性抑制劑)。
已知各式各樣試驗可用於識別結合特定標靶的本揭示的抗體，還有測定結合域或結合蛋白親和力，例如西方墨點法、ELISA(譬如直接、間接或三明治)、分析超速離心、光譜學和表面電漿子共振(Biacore®)分析(參見譬如Scatchardet al .,Ann.N.Y. Acad. Sci. 51 :660, 1949；Wilson,Science 295 :2103, 2002；Wolffet al .,Cancer Res. 53 :2560, 1993；美國專利號5,283,173、5,468,614或等效者)。亦已知用於評估親和力或表觀親和力或相對親和力的試驗。
在某些例子中，可藉由在宿主細胞中重組表現(譬如藉由轉染) SARS-CoV-2抗原來測定結合並以抗體將宿主細胞免疫染色(譬如固定或者固定且滲透化)，並藉由流式細胞術(譬如使用ZE5細胞分析儀(BioRad®)和FlowJo軟體(TreeStar)分析。在一些實施方式中，陽性結合可藉由表現SARS-CoV-2的細胞的抗體相對於對照組(譬如模擬)細胞的差異染色來定義。
在一些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段結合到SARS-CoV-2的S蛋白，其係使用生物層干涉術所測量。在某些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段以KD 為小於約4.5x10-9 M、小於約5x10-9 M、小於約1x10-10 M、小於約5x10-10 M、小於約1x10-11 M、小於約5x10-11 M、小於約1x10-12 M或小於約5x10-12 M結合到SARS-CoV-2的S蛋白。在一些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段以KD 為小於約4.5x10-9 M、小於約5x10-9 M、小於約1x10-10 M、小於約5x10-10 M、小於約1x10-11 M、小於約5x10-11 M、小於約1x10-12 M或小於約5x10-12 M結合到SARS-CoV-2的S蛋白。在某些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段以如本案表8、表9或表10所示的KD 、ka 及/或kd 結合到SARS-CoV-2的S蛋白(譬如醣基化或去醣基化S蛋白RBD)。
在特定的實施方式中，抗體或抗原結合片段能夠以KD 為約0.35 nM、約0.36 nM、約0.37 nM、約0.38 nM、約0.39 nM、約0.40 nM、約0.41 nM、約0.42 nM、約0.43 nM、約0.44 nM、約0.45 nM、約0.46 nM、約0.47 nM、約0.48 nM、約0.49 nM、約0.50 nM、約0.51 nM或約1.7 nM結合到醣基化S蛋白RBD，其任擇地以表面電漿子共振測量，及/或以ka 為約8.5e4 1/Ms、約8.6e4 1/Ms、約8.7e4 1/Ms、約8.8e4 1/Ms、約8.9e4 1/Ms、約9.0e4 1/Ms、約9.1e4 1/Ms、約9.2e4 1/Ms、約9.3e4 1/Ms、約9.4e4 1/Ms、約9.5e4 1/Ms、約9.6e4 1/Ms、約9.7e4 1/Ms、約9.8e4 1/Ms、約9.9e4 1/Ms或約1.0e5 1/Ms結合到醣基化S蛋白RBD，其任擇地以表面電漿子共振測量，及/或以kd 為約1.6e-4 1/S、約3.3e-5 1/S、約3.4e-5 1/S、約3.5e-5 1/S、約3.6e-5 1/S、約3.7e-5 1/S、約3.8e-5 1/S、約3.9e-5 1/S、約4.0e-5 1/S、約4.1e-5 1/S、約4.2e-5 1/S、約4.3e-5 1/S、約4.4e-5 1/S、約4.5e-5 1/S、約4.6e-5 1/S、約4.7e-5 1/S、約4.8e-5 1/S、約4.9e-5 1/S、約5.0e-5 1/S、約5.1e-5 1/S、約5.2e-5 1/S、約5.3e-5 1/S、約5.4e-5 1/S、約5.5e-5 1/S、約5.6e-5 1/S、約5.7e-5 1/S、約5.8e-5 1/S、約5.9e-5 1/S、約6.0e-5 1/S、約6.1e-5 1/S、約6.2e-5 1/S、約6.3e-5 1/S、約6.4e-5 1/S或約6.5e-5 1/S結合到醣基化S蛋白RBD，其任擇地以表面電漿子共振測量。
在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段能夠以KD 為約0.95 nM、約0.96 nM、約0.97 nM、約0.98 nM、約0.99 nM、約1.0 nM、約1.1 nM、約1.2 nM、約1.3 nM、約1.4 nM、約1.5 nM或約1.6nM結合到去醣基化S蛋白RBD，其任擇地以表面電漿子共振測量，及/或以ka 約(1/S)為約2.5e5、約2.6e5、約2.7e5、約2.8e5、約2.9e5、約3.0e5、約3.1e5結合到去醣基化S蛋白RBD，其任擇地以表面電漿子共振測量，及/或以kd (1/S)為約2.8e-4、約2.9e-4、約3.0e-4、約3.1e-4、約3.2e-4、約3.3e-4、約3.4e-4、約3.5e-4、約3.6e-4、約3.7e-4、約3.8e-4、約3.9e-4、約4.0e-4、約4.1e-4、約4.2e-4、約4.3e-4、約4.4e-4、約4.5e-4、約4.6e-4、約4.7e-4、約4.8e-4、約4.9e-4或約5.0e-4結合到去醣基化S蛋白RBD，其任擇地以表面電漿子共振測量。
在用於測定與RBD的結合的一些實施方式中，表面電漿子共振包含使用帶有共價固定的抗人類Fc的感測器晶片(譬如來自GE)進行。緩衝液可為10 mM HEPES pH 7.4、150 mM NaCl、3mM EDTA和0.05% P20清潔劑。SPR可在25°C下進行。抗體可從上清液稀釋到大約2 μg/ml。RBD濃度可為0.8 nM、3.1 nM、12.5 nM、50 nM及/或200 nM。
在一些實施方式中，當RBD經醣基化及/或當RBD經去醣基化時，一抗體或抗原結合片段能夠結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白的受體結合域(RBD)，其中該結合是使用表面電漿子共振(SPR)測定，其中，任擇地：(1)該SPR是使用Biacore T200儀器及使用單循環動力學方式進行，另任擇地，注射期間為3分鐘，解離期間為20分鐘；(2)該抗體或抗原結合片段被捕獲在一表面上；(3)該RBD以0.8 nM、3.1 nM、12.5 nM、50 nM或200 nM的一濃度存在；(4)該抗體或抗原結合片以約2.0 nM，約1.9 nM、約1.8 nM、約1.7 nM、約1.6 nM、約1.5 nM、約1.4 nM、約1.3 nM、約1.2 nM、約1.1 nM、約1.0 nM、約0.9 nM、約0.8 nM、約0.7 nM、約0.6 nM、約0.5 nM或約0.4 nM的KD，或以0.4 nM ± 0.05 nM的KD，或以0.45 nM±0.05 nM的KD，或以0.5 nM ± 0.05 nM的KD，或以0.6 nM ± 0.05 nM的KD，或以0.7 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.7 nM ± 0.05 nM的KD結合到該醣基化RBD；及/或(5)該抗體或抗原結合片段以約37.0 nM、約8.0 nM、約2.0 nM、約1.9 nM、約1.8 nM、約1.7 nM、約1.6 nM、約1.5 nM的KD、約1.4 nM、約1.3 nM、約1.2 nM、約1.1 nM、約1.0 nM或約0.9 nM，或以37.0 nM ± 0.05 nM的KD，或以8.0 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.0 nM ± 0.05 nM的KD，或以0.9 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.3 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.8 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.7 nM ± 0.05 nM的KD結合到該去醣基化RBD。
在某些實施方式中，本揭示的抗體能夠中和SARS-CoV-2的感染。如本案所用，「中和抗體」是可中和，即預防、抑制、減少、阻止或干擾病原體在宿主中啟始及/或持久感染的能力的抗體。中和作用可藉由，舉例來說，評估一(譬如肺)樣品中的SARS-CoV-2 RNA位準、評估一(譬如肺)樣品中的SARS-CoV-2病毒負載量、評估一(譬如肺)樣品的組織病理學等來量化。術語「中和抗體」和「進行中和的一抗體」或「進行中和的若干抗體」在本案可互換使用。在任何當前揭示的實施方式中，抗體或抗原結合片段能夠預防及/或中和在體外感染模型及/或在體內感染動物模型(譬如使用鼻內SARS-CoV-2的敘利亞倉鼠模型)及/或人類SARS-CoV-2感染。在一些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段能夠以IC 90為約9μg/ ml中和SARS-CoV-2感染。在一些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段能夠以IC 50為約16至約20μg/ ml中和SARS-CoV-2感染。在一些實施方式中，抗體或抗原結合片段能夠以IC 50為約0.3至約0.4μg/ ml中和SARS-CoV-2感染或以SARS-CoV-2假型化的病毒。在一些實施方案中，本揭示的抗體或抗原結合片段或包含二或更多個抗體或抗原結合片段的組成物能夠以IC50為約0.07至約0.08 μg/ml中和SARS-CoV-2感染或以SARS-CoV-2假型化的病毒。
在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段(i)識別SARS-CoV-2的ACE2受體結合模體(RBM，SEQ ID NO.:167)中的一表位；(ii)能夠阻斷SARS-CoV-2和ACE2之間的相互作用；(ii)能夠以比SARS冠狀病毒S蛋白更大的結合性結合到SARS-CoV-2的S蛋白；(iv)當該抗體或抗原結合片段以10 µg/ml存在時，能夠將在約100µL中包含約50,000個標靶細胞的樣品中表現SARS-CoV-2表面醣蛋白的約30%、約35%、約40%、約50%、約55%、約56%、約57%、約58%、約59%、約60%或更多個標靶細胞(譬如ExpiCHO細胞)染色(譬如藉由流式細胞術ELISA測定的染色)；(v)識別在SARS-CoV-2的ACE2 RBM和SARS冠狀病毒的ACE2 RBM中保守的一表位；(vi)對SARS-CoV-2和SARS冠狀病毒有交叉反應；(vii)識別SARS-CoV-2表面醣蛋白中不在ACE2 RBM中的一表位；或者(viii)   (i)至(vii)的任何組合。
在一些實施方式中，抗體或其抗原結合片段能夠抑制以下之間的相互作用：(i) SARS-CoV-2和 人類DC-SIGN；(ii) SARS-CoV-2和人類L-SIGN；(iii) SARS-CoV-2和人類SIGLEC-1；(iv) (i)至(iii)的任何組合。如本案所揭示的，DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1可參與SARS-CoV-2感染，其角色包含附著受體。在某些情況下，抑制SARS-CoV-2與DC-SIGN、L-SIGN及/或SIGLEC-1之間的相互作用可中和SARS-CoV-2的感染。
在一些實施方式中，抗體或其抗原結合片段能夠結合以下的表面醣蛋白：(i) SARS-CoV-2武漢-Hu-1 (SEQ ID No.:165)；(ii) SARS-CoV-2 B.1.1.7；(iii) SARS-CoV-2 B.1.351；(iv) SARS-CoV-2，其包含相對於SEQ ID NO.:165的以下取代突變中的任何一者或多者：  N501Y；S477N；N439K；L452R；E484K；Y453F；A520S；K417N；K417V；S494P；N501T；S477R；V367F；P384L；A522S；A522V；V382L；P330S；T478I；S477I；P479S；(v) (i)至(iv)的任何組合。
抗體技術領域的技術人員所理解的術語均具有本領域所獲得的含義，除非本案中有不同的明確定義。例如，術語「抗體」是指包含藉由雙硫鍵相互連結的至少兩條重(H)鏈和兩條輕(L)鏈的完整抗體，還有完整抗體的任何抗原結合部分或片段，其具有或保留結合到完整抗體所識別的抗原標靶分子的能力，例如scFv、Fab或Fab'2片段。於是，本案的術語「抗體」是以最廣義使用且包括多株和單株抗體、包括完整抗體及其功能性(抗原結合)抗體片段、包括片段抗原結合(Fab)片段、F(ab')2片段、Fab’片段、Fv片段，重組IgG (rIgG)片段、單鏈抗體片段，包括單鏈可變片段(scFv)和單域抗體(譬如sdAb、sdFv、奈米體)片段。該術語涵蓋了基因改造及/或其他的免疫球蛋白修飾形式，例如內抗體、肽抗體、嵌合抗體、完全人類抗體、人源化抗體和雜接合抗體、多重特異性抗體，譬如雙特異性抗體、雙抗體、三抗體、四抗體、串聯二-scFv和串聯三-scFv。除另有說明外，術語「抗體」應理解為包含其功能性抗體片段。該術語亦涵蓋完整或全長抗體，包括任何類別或次類的抗體，包括IgG及其次類(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgM、IgE、IgA和IgD。
術語"VL "或"VL"和"VH "或"VH"分別指來自抗體輕鏈和抗體重鏈的可變結合區。在某些實施方式中，VL是卡帕(κ)類(在本案中也稱作"VK")。在某些實施方式中，VL是拉目達(λ)類。可變結合區包含離散的、定義明確的子區，習知為「互補決定區」(CDR)和「框架區」(FR)。術語「互補決定區」和"CDR"與「高度變異區」或"HVR"同義，是指抗體可變區內的胺基酸的序列，其一般而言係共同賦予抗體的抗原特異性及/或結合親和力，其中連續的CDR (即CDR1和CDR2、CDR2和CDR3)在一級結構中是由框架區彼此隔開。各個可變區中有三個CDR (HCDR1、HCDR2、HCDR3；LCDR1、LCDR2、LCDR3；分別亦稱作CDRH和CDRL)。在某些實施方式中，抗體VH包含四個FR和三個CDR，如下：FR1-HCDR1-FR2-HCDR2-FR3-HCDR3-FR4；且抗體VL包含四個FR和三個CDR，如下；FR1-LCDR1-FR2-LCDR2-FR3-LCDR3-FR4。一般而言，VH和VL經由其個別CDR共同形成抗原結合位點。
如本案所用，CDR的「變異體」是指具有至多1至3個胺基酸取代的CDR序列的功能性變異體(譬如保守或非保守取代)、缺失或其組合。
CDR和框架區的編號可根據任何已知的方法或方案，例如Kabat、Chothia、EU、IMGT和AHo編號方案(參見譬如Kabatet al ., "Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept. Health and Human Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991, 5th ed.；Chothia and Lesk,J. Mol. Biol. 196 :901-917 (1987))；Lefrancet al .,Dev. Comp. Immunol. 27 :55, 2003；Honegger and Plückthun,J. Mol. Bio. 309 :657-670 (2001))。等效殘基位置可使用抗原受體編號及受體分類(Antigen receptor Numbering And Receptor Classification，ANARCI)軟體工具(2016, Bioinformatics 15:298-300)註記並用於欲比對的不同分子。據此，根據一編號方案，本案提供的例示性可變域(VH或VL)序列的CDR的識別並不排除包含使用不同編號方案決定的包含相同可變域的CDR的抗體。在某些實施方式中，提供了抗體或抗原結合片段，其包含來自根據SEQ ID Nos.:113, 1、9至15、23、24、27、28至46、55、63、79、87、95、103、105、114至120、129至146、155、172、176至178、194、196、198、200、202、239和267中任一者的VH序列的CDR，以及來自根據SEQ ID NOs.:168、5、47至50、59、67、71至72、75、76、83、91、99、109、147至150、159、182、190、234和243中任一者的VL序列的CDR，該等係使用任何已知CDR編號方法測定，包括Kabat、Chothia、EU、IMGT、Martin (增強型Chothia)、Contact和AHo編號方法。在某些實施方式中，CDR是根據IMGT編號方法。在某些實施方式中，CDR是根據Chemical Computing Group (CCG)開發的抗體編號方法；譬如使用分子操作環境(MOE)軟體(www.chemcomp.com)。
在某些實施方式中，提供了抗體或抗原結合片段，其包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中：(i)該CDRH1包含以下或由以下組成：根據SEQ ID NO.:106、2、56、64、80、88、96、156、179、195或240中任一者的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代；(ii)該CDRH2包含以下或由以下組成：根據SEQ ID NO.:121、3、16至22、57、65、81、89、97、107、122至126、157、 180、197、199或241中任一者的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代；(iii)該CDRH3包含以下或由以下組成：根據SEQ ID NO.:108、4、25、26、58、66、82、90、98、104、127、128、158、 181、201、203或242中任一者的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代；(iv)該CDRL1包含以下或由以下組成：根據SEQ ID NO.:169、6、51至54、60、68、73、74、84、92、100、110、 160、183、235或244中任一者的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代；(v)該CDRL2包含以下或由以下組成：根據SEQ ID NO.:170、7、61、69、85、93、101、111、161、184、236或245中任一者的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代；及/或(vi)該CDRL3包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:171、8、62、70、77、78、86、94、102、112、151、152、153、154、 162、185、237或246中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代；其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在病毒體上或兩者上表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白。
在一些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含由以下編碼的VH和VL胺基酸序列： (i)分別為VH1-18基因和VK3-20基因，或分別與VH1-18和VK3-20具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的聚核苷酸； (ii)分別為VH3-7等位基因和VL3-25等位基因，或分別與VH3-7和VL3-25具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的聚核苷酸； (iii)分別為VH3-23等位基因和VK1-5等位基因，或分別與VH3-23和VK1-5具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的聚核苷酸； (iv)分別為VH3-13等位基因和VK1-39等位基因，或分別與VH3-13和VK1-39具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的聚核苷酸； (v)分別為VH1-18等位基因和VK3-11等位基因，或分別與VH1-18和VK3-11具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的聚核苷酸；或 (vi)分別為VH1-69等位基因和VL2-23等位基因，或分別與VH1-69和VL2-23具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的聚核苷酸。
在任何當前揭示的實施方式中，預防及/或其能夠中和在一體外感染模型中及/或在一體內感染動物模型中及/或在一人類中的SARS-CoV-2感染。
在任何當前揭示的實施方式中，抗體或抗原結合片段包含根據以下SEQ ID NOs.的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列：(i)分別為2至4和6至8或235至237；(ii)分別為2、16至22中任一者、4和6至8或235至237；(iii)分別為2、3、25至26中任一者和6至8或235至237；(iv)分別為2至4、51、7和8；(v)分別為2至4、52、7或236和8或237；(vi)分別為2至4、53、7或236和8或237；(vii)分別為2至5、54、7或236和8或237；(viii)分別為56至58和60至62; (ix)分別為64至66和68至70；(x)分別為64至66、73或74、69和70；(xi)分別為64至66、68至69和77或78；(xii)分別為80至82和84至86; (xiii)分別為88至90和92至94；(xiv)分別為96至98和101至102；(xv)分別為96、97、104和100至102；(xvi)分別為106至108和110至112或169至171；(xvii)分別為106、121至126中任一者、108和110至112；(xviii)分別為106、107、127或128和110至112；(xix)分別為106至108、110或111和151；(xx)分別為106至108、110、111和152；(xxi)分別為106至108、110、111和153；(xxii)分別為106至108、110、111和154；(xxiii)分別為106、107或121至126中任一者、108或127或128和169至171；(xxiv)分別為156至158和160至162；(xxv)分別為106、123、127和169至171；(xxvi)分別為2、17、25、6或235或51至54中任一者、7或236和8或237；(xxvii)分別為2、20、25、6或235或51至54中任一者、7或236和8或237；(xxviii)分別為179至181和183至185，(xxix)分別為195、180、181和183至185；(xxx)分別為195、197、181和183至185；(xxxi)分別為195、199、181和183至185；(xxxii)分別為195、197、201和183至185；(xxxiii)分別為195、197、203和183至185；(xxxiv)分別為195、199、201和183至185；(xxxv)分別為195、199、203和183至185；(xxxvi)分別為179、180、181和183至185；(xxxvii)分別為179、197、181和183至185；(xxxviii)分別為179、199、181和183至185；(xxxix)分別為179、197、201和183至185；(xxxx)分別為179、197、203和183至185；(xxxxi)分別為179、199、201和183至185；(xxxxii)分別為179、199、203和183至185；(xxxxiii)分別為179、180、201和183至185；(xxxxiv)分別為179、180、203和183至185；以及(xxxxv)分別為240至242和244至246。
在某些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NOs: 80至82和84至86分別列示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列。在另外的實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段以KD 為小於約4.5x10-9 M、小於約5x10-9 M、小於約1x10-10 M、小於約5x10-10 M、小於約1x10-11 M、小於約5x10-11 M、小於約1x10-12 M或小於約5x10-12 M結合到SARS-CoV-2的S蛋白。在又另外的實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段能夠以IC50為約16至約20 μg/ml中和SARS-CoV-2感染及/或中和標靶細胞受到以SARS-CoV-2假型化的病毒感染。
在某些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NOs: 106至108和169至171或106、121、108和169至171分別列示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列。在另外的實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段以KD 為小於約4.5x10-9 M、小於約5x10-9 M、小於約1x10-10 M、小於約5x10-10 M、小於約1x10-11 M、小於約5x10-11 M、小於約1x10-12 M或小於約5x10-12 M結合到SARS-CoV-2的S蛋白。在又另外的實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段能夠以IC50為約0.3至約0.4 μg/ml中和SARS-CoV-2感染及/或中和標靶細胞受到以SARS-CoV-2假型化的病毒感染。
在某些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段包含CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中各個CDR獨立地選自於以下的對應CDR：SARS-CoV-2 S300 mAb、SARS-CoV-2 S300-v1 mAb、 SARS-CoV-2 S300-v1.1 mAb、SARS-CoV-2 S300-v1.2 mAb、SARS-CoV-2 S300-v1.3 mAb、SARS-CoV-2 S300-v1.4 mAb、SARS-CoV-2 S300-v1.5 mAb、SARS-CoV-2 S300-v1.6 mAb、SARS-CoV-2 S300-v1.7 mAb或SARS-CoV-2 S300-v1.8 mAb、SARS-CoV-2 S300-v1.9 mAb、SARS-CoV-2 S300-v2 mAb、SARS-CoV-2 S300-v2.1 mAb、SARS-CoV-2 S300-v2.2 mAb、SARS-CoV-2 S300-v2.3 mAb、SARS-CoV-2 S300-v2.4 mAb、SARS-CoV-2 S300-v2.5 mAb、SARS-CoV-2 S300-v2.6 mAb、SARS-CoV-2 S300-v2.7 mAb、SARS-CoV-2 S300-v2.8 mAb、SARS-CoV-2 S300-v2.9 mAb、SARS-CoV-2 S300-v2.10、SARS-CoV-2 S300-v2.11、SARS-CoV-2 S300-v3 mAb 、SARS-CoV-2 S300-v3.1 mAb、SARS-CoV-2 S300-v3.2 mAb、SARS-CoV-2 S300-v3.3 mAb、SARS-CoV-2 S300-v3.4 mAb、SARS-CoV-2 S300-v3.5 mAb、SARS-CoV-2 S300-v3.6 mAb、SARS-CoV-2 S300-v3.7 mAb、SARS-CoV-2 S300-v3.8 mAb、SARS-CoV-2 S300-v3.9 mAb、SARS-CoV-2 S300-v10 mAb、SARS-CoV-2 S300-v11 mAb、SARS-CoV-2 S300-v12 mAb、SARS-CoV-2 S300-v13 mAb、SARS-S300-v14 mAb、SARS-CoV-2 S302 mAb、SARS-CoV-2 S303 mAb、SARS-CoV-2 S303-v1 mAb、SARS-CoV-2 S303-v2 mAb、SARS-CoV-2 S303-v3 mAb、SARS-CoV-2 S303-v4 mAb、SARS-CoV-2 S303-v5 mAb、SARS-CoV-2 S304 mAb、SARS-CoV-2 S306 mAb、SARS-CoV-2 S307 mAb、SARS-CoV-2 S308 mAb、SARS-CoV-2 S308-v1 mAb、SARS-CoV-2 S308-v2 mAb、SARS-CoV-2 S309 mAb、SARS-CoV-2 S309-v1 mAb、SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb、SARS-CoV-2 S309-v1.2 mAb、SARS-CoV-2 S309-v1.3 mAb、SARS-CoV-2 S309-v1.4 mAb、SARS-CoV-2 S309-v1.5 mAb、SARS-CoV-2 S309-v1.6 mAb、SARS-CoV-2 S309-v1.7 mAb、SARS-CoV-2 S309-v1.8 mAb、SARS-CoV-2 S309-v2 mAb、SARS-CoV-2 S309-v2.1 mAb、SARS-CoV-2 S309-v2.2 mAb、SARS-CoV-2 S309-v2.3 mAb、SARS-CoV-2 S309-v2.4 mAb、SARS-CoV-2 S309-v2.5 mAb、SARS-CoV-2 S309-v2.6 mAb、SARS-CoV-2 S309-v2.7 mAb、SARS-CoV-2 S309-v2.8 mAb、SARS-CoV-2 309-v2.9 mAb、SARS-CoV-2 S309-v3 mAb、SARS-CoV-2 S309-v3.1 mAb、SARS-CoV-2 S309-v3.2 mAb、SARS-CoV-2 S309-v3.3 mAb、SARS-CoV-2 S309-v3.4 mAb、SARS-CoV-2 S309-v3.5 mAb、SARS-CoV-2 S309-v3.6 mAb、SARS-CoV-2 S309-v3.7 mAb、SARS-CoV-2 S309-v3.8 mAb、SARS-CoV-2 S309-v9 mAb、SARS-CoV-2 S309-v10 mAb、SARS-CoV-2 S309-v11 mAb、SARS-CoV-2 S309-v12 mAb、SARS-CoV-2 S309-v13 mAb、SARS-CoV-2 S310 mAb、SARS-CoV-2 S311 mAb、SARS-CoV-2 S312 mAb、SARS-CoV-2 S315-v1 mAb、SARS-CoV-2 S315-v2 mAb、SARS-CoV-2 S315-v3 mAb、SARS-CoV-2 S315-v4 mAb、SARS-CoV-2 S315-v5 mAb、SARS-CoV-2 S315-v6 mAb或SARS-CoV-2 S315-v7 mAb，其係提供於表2。亦即，設想到表2所提供的來自SARS-CoV-2 mAb的CDR及其變異體序列的所有組合。
本揭示的例示性抗體包括抗體S309及其改造變異體。在特定實施方式中，抗體或抗原結合片段包含(分別)選自表1所提供的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列中任一者的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3。
在一些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含：SEQ ID Nos.:105、113、114、115、116、117、118、119、120、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、172和267中任一者列示的VH胺基酸序列的CDRH1、CDRH2和CDRH3；以及SEQ ID NO.:168列示的CDRL1、CDRL2和CDRL3 (即根據本領域已知的任何CDR編號或測定方法，例如IMGT、Kabat、Chothia、AHo、North、Contact、CCG、EU或Martin (增強型Chothia))。
在另外的實施方式中，抗體或抗原結合片段包含與表1所提供的VH胺基酸序列具有至少85%同一性(即85%, 86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)同一性的VH及/或與表1所提供的VL胺基酸序列具有至少85%同一性(即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)同一性的VL。在又另外的實施方式中，抗體或抗原結合片段包含與表1所提供的VH胺基酸序列具有至少90%同一性的VH及/或與表1所提供的VL胺基酸序列具有至少90%同一性的VL。在又另外的實施方式中，抗體或抗原結合片段包含與表1所提供的VH胺基酸序列具有至少95%同一性的VH及/或與表1所提供的VL胺基酸序列具有至少95%同一性的VL。在又另外的實施方式中，抗體或抗原結合片段包含與表1所提供的VH胺基酸序列具有至少99%同一性的VH及/或與表1所提供的VL胺基酸序列具有至少99%同一性的VL。在一些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含選自表1所提供的VH胺基酸序列的VH胺基酸序列及選自表1所提供的VL胺基酸序列的VL胺基酸序列。表1. 某些S309 抗體的CDR (IMGT) 和可變區胺基酸序列
CDRH1 GYPFTSYG (SEQ ID NO.:106)
CDRH2 ISTYNGNT (SEQ ID NO.:107); ISTYQGNT (SEQ ID NO.: 121); ISTYNSNT (SEQ ID NO.:122); ISTYNANT (SEQ ID NO.:123); ISTYNQNT (SEQ ID NO.:124); ISTYLGNT (SEQ ID NO.:125); ISTYTGNT (SEQ ID NO.:126)
CDRH3 ARDYTRGAWFGESLIGGFDN (SEQ ID NO.:108); ARDYTRGAFFGESLIGGFDN (SEQ ID NO.:127); ARDYTRGAYFGESLIGGFDN (SEQ ID NO.:128)
VH QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:105)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:113)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNSNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:114)  QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNANT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:115)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNQNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:116)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYLGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:117)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYTGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:118)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:119)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAYFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:120)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:129)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:130)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNSNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:131)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNANT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:132)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNQNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:133)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYLGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:134)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYTGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:135)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:136)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAYFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:137)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS   (SEQ ID NO.:138)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:139)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNSNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS  (SEQ ID NO.:140)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNANT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:141)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNQNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:142)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYLGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:143)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYTGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS  (SEQ ID NO.:144)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS  (SEQ ID NO.:145)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAYFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:146)   QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNANT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO.:172) QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGX1 ISTYX2 X3 NT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAX4 FGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS 其中X1 = W、F或Y；X2 = N、Q、L或T；X3 = G、S、A或Q；X4 = W、F或Y (SEQ ID NO.:267)
CDRL1 QTVSSTS (SEQ ID NO.:169)
CDRL2 GAS (SEQ ID NO.:170)
CDRL3 QQHDTSLT (SEQ ID NO.:171)
VL EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK (SEQ ID NO.:168)
在特定實施方式中，抗體或抗原結合片段分別包含分別根據SEQ ID NOs.:106、107或121或122或123或124或125或126和108或127或128的CDRH1、CDRH2和CDRH3，以及分別根據SEQ ID NOs.:169至171和CDRL1、CDRL2和CDRL3。在一些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含以下列示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列：(a)分別為SEQ ID NOs.:106、121、108、169、170和171；(b)分別為SEQ ID NOs.: 106、121、127、169、170和171；(c)分別為SEQ ID NOs.: 106、121、128、169、170和171；(d)分別為SEQ ID Nos.: 106、107、108、169、170和171；(e)分別為SEQ ID NOs.: 106、107、127、169、170和171；(f)分別為SEQ ID NOs.: 106、107、128、169、170和171；(g)分別為SEQ ID NOs.: 106、122、108、169、170和171；(h)分別為SEQ ID NOs.: 106、122、127、169、170和171；(i)分別為SEQ ID NOs.: 106、122、128、169、170和171；(j)分別為SEQ ID NOs.: 106、123、108、169、170和171；(k)分別為SEQ ID NOs.: 106、123、127、169、170和171；(l)分別為SEQ ID NOs.: 106、123、128、169、170和171；(m)分別為SEQ ID NOs.: 106、124、108、169、170和171；(n)分別為SEQ ID NOs.: 106、124、127、169、170和171；(o)分別為SEQ ID NOs.: 106、124、128、169、170和171；(p)分別為SEQ ID NOs.: 106、125、108、169、170和171；(q)分別為SEQ ID NOs.: 106、125、127、169、170和171；(r)分別為SEQ ID NOs.: 106、125、128、169、170和171；(s)分別為SEQ ID NOs.: 106、126、108、169、170和171；(t)分別為SEQ ID NOs.: 106、126、127、169、170和171；或者(u)分別為SEQ ID NOs.: 106、126、128、169、170和171。
在另外的實施方式中，VH包含以下列示的胺基酸序列或由以下列示的胺基酸序列組成：SEQ ID NOs.:105、113、114、115、116、117、118、119、120、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、172和267中任一者，以及VL包含SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
術語"CL"是指「免疫球蛋白輕鏈恆定區」或「輕鏈恆定區」，即來自抗體輕鏈的恆定區。術語"CH"是指「免疫球蛋白重鏈恆定區」或「重鏈恆定區」，其取決於抗體同型可進一步劃分為CH1、CH2和CH3域 (IgA、IgD、IgG)或CH1、CH2、CH3和CH4域(IgE、IgM)。抗體重鏈的Fc區在本案中進一步說明。在任何當前揭示的實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段包含CL、CH1、CH2和CH3中任一者或多者。在某些實施方式中，CL包含與SEQ ID NO.:174或SEQ ID NO.:193的胺基酸序列具有90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的胺基酸序列。在某些實施方式中，CH1-CH2-CH3包含與SEQ ID NO.:173或SEQ ID NO.:175或SEQ ID NO.:265或SEQ ID NO.:266的胺基酸序列具有90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的胺基酸序列。應當理解，舉例來說，在哺乳動物細胞系中的生產可移除抗體重鏈的一個或多個C端離胺酸Liuet al. mAbs 6 (5):1145-1154 (2014))。據此，本揭示的抗體或抗原結合片段可包含重鏈、CH1-CH3、CH3或Fc多肽，其中存在或不存在C端離胺酸殘基；換句話說，所涵蓋的是重鏈、CH1-CH3或Fc多肽的C端殘基不是離胺酸的實施方式以及離胺酸是C端殘基的實施方式。在某些實施方式中，組成物包含複數個本揭示的抗體及/或抗原結合片段，其中一個或多個抗體或抗原結合片段在重鏈、CH1-CH3、或Fc多肽的C端不包含離胺酸殘基，且其中一個或多個抗體或抗原結合片段在重鏈、CH1-CH3、或Fc多肽的C端包含離胺酸殘基。
"Fab"(片段抗原結合)是結合到抗原的抗體的部分，並包括透過鏈間雙硫鍵連接到輕鏈的重鏈的可變區和CH1。各個Fab片段在抗原結合皆是單價的，即其具有單一抗原結合位點。抗體以胃蛋白酶處理生成單個大的F(ab')2片段，其大致對應於兩個具有二價抗原結合活性且仍能夠交聯抗原的雙硫鍵連接的Fab片段。Fab和F(ab’)2皆是「抗原結合片段」的例子。Fab’片段與Fab片段的差異在於其在CH1域的羧基末端具有額外的幾個殘基，包括來自抗體鉸合區的一個或多個半胱胺酸。Fab'-SH是本案中Fab’ 的名稱，其中恆定域的半胱胺酸殘基帶有游離硫醇基。F(ab')2抗體片段最初是成對的Fab'片段，彼等之間具有鉸合半胱胺酸。抗體片段的其他化學偶聯也是已知的。
Fab片段可譬如藉由肽連接子連結形成單鏈Fab，在本案亦稱作"scFab"。在該些實施方式中，存在於原生Fab中的鏈間雙硫鍵可能不存在，並且連接子全部或部分用於連接或連結單條多肽鏈中的Fab片段。重鏈衍生的Fab片段(譬如包含VH + CH1、由VH + CH1組成或基本上由VH + CH1組成，或"Fd")和輕鏈衍生的Fab片段(譬如包含VL + CL、由VL + CL組成或基本上由VL + CL組成)可以任何排列連接形成scFab。舉例來說，scFab可根據(重鏈Fab片段 – 連接子 – 輕鏈Fab片段)或(輕鏈Fab片段 – 連接子 – 重鏈Fab片段)以N-端至C-端方向排列。本案進一步詳細討論了用於scFab中的肽連接子和例示性連接子序列。
scFab可包含本案揭示的VH和VL序列的任何組合或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3序列的任何組合。在某些實施方式中，scFab包含SEQ ID NO: 105或SEQ ID NO: 113提供的VH序列和SEQ ID NO: 168提供的VL序列。在某些實施方式中，scFab抗原結合片段包含SEQ ID NO: 106提供的CDRH1序列、SEQ ID NO: 107或121提供的CDRH2序列、SEQ ID NO: 108提供的CDRH3序列、SEQ ID NO: 169提供的CDRL1序列、SEQ ID NO: 170提供的CDRL2序列和SEQ ID NO: 171提供的CDRL3序列。在某些實施方式中，scFab包含與SEQ ID NOs.: 218至219或226至227中任一者提供的胺基酸序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的胺基酸序列。
"Fv"是含有完整的抗原識別和抗原結合位點的小抗體片段。此片段一般由緊密且非共價締合的一個重鏈和一個輕鏈可變區域的二聚體組成。然而，即使單個可變域(或僅包含三個對抗原具有特異性的CDR的Fv的一半)也具有識別和結合抗原的能力，儘管通常親和力低於整個結合位點。
「單鏈Fv」亦縮寫為"sFv"或"scFv"，是包含連結到單個多肽鏈中的VH 和VL 抗體域的抗體片段。在一些實施方式中，scFv多肽包含位於VH 與VL 域之間並連接VH 與VL 域的多肽連接子，其能使該scFv保留或形成用於抗原結合的所欲結構。此類肽連接子可使用本領域眾所周知的標準技術併入融合多肽中。另外地或可替代地，Fv可具有形成在VH和VL之間並使該VH和VL穩定的雙硫鍵。有關scFv的綜述，參見The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., Springer-Verlag, New York, pp. 269-315 (1994)；Borrebaeck 1995，下文。在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含scFv，其包含VH域、VL域和將VH域連接到VL域的肽連接子。在特定實施方式中，scFv包含藉由肽連接子聯結到VL域的VH域，其可為VH-連接子-VL取向或為VL-連接子-VH取向。本揭示的任何scFv皆可被改造，使得VL域的C端藉由短肽序列連接到VH域的N端，或反之亦然(即(N)VL(C)-連接子-(N)VH(C)或(N)VH(C)-連接子-(N)VL(C)。或者，在一些實施方式中，連接子可連接到VH域、VL域或兩者的N-端部分或端部。
舉例來說，可基於以下選擇肽連接子序列：(1)該等採用靈活擴展構形的能力；(2)該等不能或缺乏採取可與第一和第二多肽及/或標靶分子上的功能性表位相互作用的二級結構的能力；及/或(3)缺乏或相對缺乏可能與多肽及/或標靶分子反應的疏水性或帶電荷殘基。有關連接子設計的其他考量(譬如長度)可包括當中的VH和VL可形成功能性抗原結合位點的構形或一系列構形。在某些實施方式中，肽連接子序列含有，舉例來說，Gly、Asn和Ser殘基。其他近乎中性的胺基酸，例如Thr和Ala亦可包括在連接子序列中。可有利地運用作為連接子的其他胺基酸序列包括Maratea et al., Gene 40:39 46 (1985)；Murphy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:8258 8262 (1986)；美國專利號4,935,233和美國專利號4,751,180中所述者。連接子的其他例示性和非限制例可包括，舉例來說，Glu-Gly-Lys-Ser-Ser-Gly-Ser-Gly-Ser-Glu-Ser-Lys-Val-Asp (SEQ ID NO: 215) (Chaudhary et al.,  Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1066-1070 (1990)) 和Lys-Glu-Ser-Gly-Ser-Val-Ser-Ser-Glu-Gln-Leu-Ala-Gln-Phe-Arg-Ser-Leu-Asp (SEQ ID NO: 216) (Bird et al., Science 242:423-426 (1988))和五聚體Gly-Gly-Gly-Gly-Ser (SEQ ID NO: 217)，其以單次迭代出現或重複1至5次或更多次或更多；參見譬如SEQ ID NO: 213。可使用任何適宜的連接子，長度一般可為約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100個胺基酸，或長度小於約200個胺基酸，將較佳地包含可撓結構(對於藉由連接子連接的兩個區域、域、模體、片段或模組之間的構形移動可提供可撓性和空間)，而且將較佳地在生物學上是惰性的及/或在人類具有低的免疫原性風險。例示性的連接子包括那些包含SEQ ID NOs: 206至217列示的胺基酸序列中任一者或多者或由SEQ ID NOs: 206至217列示的胺基酸序列中任一者或多者組成的連接子。在某些實施方式中，連接子包含以下或由以下組成：與SEQ ID NOs: 206至217列示的胺基酸序列中任一者或多者具有至少75% (即至少約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多)同一性的胺基酸序列。
scFv可使用本案揭示的VH和VL序列的任何組合或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3序列的任何組合來構建。在某些實施方式中，scFv包含SEQ ID NO: 105或SEQ ID NO: 113提供的VH序列和SEQ ID NO: 168提供的VL序列。在某些實施方式中，scFab抗原結合片段包含SEQ ID NO: 106提供的CDRH1序列、SEQ ID NO: 107或121提供的CDRH2序列、SEQ ID NO: 108提供的CDRH3序列、SEQ ID NO: 169提供的CDRL1序列、SEQ ID NO: 170提供的CDRL2序列和SEQ ID NO: 171提供的CDRL3序列。在某些實施方式中，scFv可包含SEQ ID NO: 220至221或SEQ ID NO: 228至229提供的胺基酸序列。
在一些實施方式中，不需要連接子序列；舉例來說，當第一和第二多肽具有可用於分隔功能域並防止空間干擾的非必需的N端胺基酸區域時。
在抗體開發期間，生殖細胞系變異體(V)、接合(J)和多樣性(D)基因位點中的DNA可能會重新排列，而且編碼序列中可能發生核苷酸的插入及/或缺失。體細胞突變可藉由所得序列編碼，並可參考對應的已知生殖細胞系序列識別。在某些情況下，對於抗體的所欲特性(譬如與SARS-CoV-2抗原結合)不是至關重要或賦予抗體不良性質(譬如在投予抗體的個體中增加了免疫原性風險)或兩者的體細胞突變都可被對應的生殖細胞系編碼的胺基酸或被不同的胺基酸置換，使得改善或維持了抗體的理想特性，並減少或消除抗體的不良特性。於是，在一些實施方式中，相較於親代抗體或抗原結合片段，本揭示的抗體或抗原結合片段在可變區中包含至少一個另外的生殖細胞系編碼胺基酸，前提是該親代抗體或抗原結合片段包含一個或多個體細胞突變。本案的表2提供了本揭示的例示性抗SARS-CoV-2抗體的可變區和CDR胺基酸序列。
在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含胺基酸修飾(譬如取代突變)，以移除不希望的氧化、脫醯胺及/或異構化的風險。
本案亦提供在可變區(譬如VH、VL、框架、CDR)包含一個或多個胺基酸改變的變異體抗體，其係相較於目前揭示的(「親代」)抗體，其中該變異體抗體能夠結合到SARS-CoV-2抗原。
在某些實施方式中，VH包含以下或由以下組成：與根據SEQ ID NOs.: 1、9至15、23、24、27、28至46、55、63、79、87、95、103、105、113至120、129至146、155、172、176至178、194、196、198、200、202和239中任一者的胺基酸序列具有至少85% (即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)同一性的胺基酸序列，其中變化任擇地限於一個或多個框架區及/或該變化包含對生殖細胞系編碼胺基酸的一個或多個取代；及/或(ii) VL包含以下或由以下組成：與根據SEQ ID NOs.: 5、47至50、59、67、71至72、75、76、83、91、99、109、147至150、159、168、182、190、234和243中任一者的胺基酸序列具有至少85% (即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%)同一性的胺基酸序列，其中該變化任擇地限於一個或多個框架區及/或該變化包含對生殖細胞系編碼胺基酸的一個或多個取代。
在一些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含由以下編碼的VH和VL胺基酸序列或與以下編碼的VH和VL胺基酸序列相同的VH和VL胺基酸序列： (i)分別為VH1-18基因和VK3-20基因，或分別與VH1-18和VK3-20具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的聚核苷酸； (ii)分別為VH3-7等位基因和VL3-25等位基因，或分別與VH3-7和VL3-25具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的聚核苷酸； (iii)分別為VH3-23等位基因和VK1-5等位基因，或分別與VH3-23和VK1-5具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的聚核苷酸； (iv)分別為VH3-13等位基因和VK1-39等位基因，或分別與VH3-13和VK1-39具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的聚核苷酸； (v)分別為VH1-18等位基因和VK3-11等位基因，或分別與VH1-18和VK3-11具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的聚核苷酸；或 (vi)分別為VH1-69等位基因和VL2-23等位基因，或分別與VH1-69和VL2-23具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的聚核苷酸。
在某些實施方式中，VH包含表2中列示的任何VH胺基酸序列或由表2中列示的任何VH胺基酸序列組成，且VL包含表2中列示的任何VL胺基酸序列或由表2中列示的任何VL胺基酸序列組成。在特定實施方式中，VH和VL包含根據以下SEQ ID NO.的胺基酸序列或由根據以下SEQ ID NO.的胺基酸序列組成：(i)分別為1以及5或234；(ii)分別為9至15中任一者以及5或234；(iii)分別為23或24以及5或234；(iv)分別為27以及5或234；(v)分別為28至46中任一者以及5或234；(vi)分別為1以及47至50中任一者；(vii)分別為9至15中任一者以及47至50中任一者；(viii)分別為23或24以及47至50中任一者；(ix)分別為27以及47至50中任一者；(x)分別為28至46中任一者以及47至50中任一者；(xi)分別為55以及59；(xii)分別為63以及67；(xiii)分別為63以及71或72；(xiv)分別為63以及75或76；(xv)分別為79以及83；(xvi)分別為87以及91；(xvii)分別為95以及99；(xviii)分別為103以及99；(xiv)分別為105以及109或168；(xx)分別為113至120中任一者以及109或168；(xxi)分別為129以及109或168；(xxii)分別為130至146中任一者以及109或168；(xxiii)分別為105以及147至150中任一者；(xxiv)分別為113至120中任一者以及147至150中任一者；(xxv)分別為130至146中任一者以及147至150中任一者；(xxvi)分別為155以及159；(xxvii)分別為172以及168；(xxviii)分別為176或177以及5或47至50中任一者；(xxix)分別為178以及182或190(即分別為178以及182，或分別為178以及190)；(xxx)分別為194以及182；(xxxi)分別為196以及182；(xxxii)分別為198以及182；(xxxiii)分別為200以及182；(xxxiv)分別為202以及182；(xxxv)分別為239以及243。
在某些實施方式中，本揭示的抗原或抗原結合片段包含VH和VL，該VH包含根據SEQ ID NO.:79的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:79的胺基酸序列組成，該VL包含根據SEQ ID NO.:83的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:83的胺基酸序列組成。在另外的實施方式中，本揭示的抗原或抗原結合片段包含VH和VL，該VH包含根據SEQ ID NO.:79的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:79的胺基酸序列組成，該VL包含根據SEQ ID NO.:83的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:83的胺基酸序列組成，並以小於約4.5x10-9 M、小於約5x10-9 M、小於約1x10-10 M、小於約5x10-10 M、小於約1x10-11 M、小於約5x10-11 M、小於約1x10-12 M或小於約5x10-12 M的KD 結合到SARS-CoV-2 S蛋白。在又另外的實施方式中，本揭示的抗原或抗原結合片段包含VH和VL，該VH包含根據SEQ ID NO: 79的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO: 79的胺基酸序列組成，該VL包含根據SEQ ID NO: 83的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO: 83的胺基酸序列組成，並能夠中和SARS-CoV-2感染或以SARS-CoV-2假型化的病毒，IC50為約16至約20 μg/ml。
在某些實施方式中，本揭示的抗原或抗原結合片段包含VH和VL，該VH包含根據SEQ ID NO.:105的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:105的胺基酸序列組成，該VL包含根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列組成。在另外的實施方式中，本揭示的抗原或抗原結合片段包含VH和VL，該VH包含根據SEQ ID NO.:105的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:105的胺基酸序列組成，該VL包含根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列組成，並以小於約4.5x10-9 M、小於約5x10-9 M、小於約1x10-10 M、小於約5x10-10 M、小於約1x10-11 M、小於約5x10-11 M、小於約1x10-12 M或小於約5x10-12 M的KD 結合到SARS-CoV-2 S蛋白。在又另外的實施方式中，本揭示的抗原或抗原結合片段包含VH和VL，該VH包含根據SEQ ID NO.:105的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:105的胺基酸序列組成，該VL包含根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列組成，並能夠中和SARS-CoV-2感染或以SARS-CoV-2假型化的病毒，IC50為約0.3至約0.4 μg/ml。
在某些實施方式中，本揭示的抗原或抗原結合片段包含VH和VL，該VH包含根據SEQ ID NO.:105的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:105的胺基酸序列組成，該VL包含根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列組成，並以約11至約25 ng/ml的EC50結合到SARS-CoV-2的S蛋白RBD。在某些實施方式中，本揭示的抗原或抗原結合片段包含VH和VL，該VH包含根據SEQ ID NO.:113的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:113的胺基酸序列組成，該VL包含根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列組成，並以約9至約23 ng/ml的EC50結合到SARS-CoV-2的S蛋白RBD。在某些實施方式中，本揭示的抗原或抗原結合片段包含VH和VL，該VH包含根據SEQ ID NO.:129的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:129的胺基酸序列組成，該VL包含根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列組成，並以約8至約22 ng/ml的EC50結合到SARS-CoV-2的S蛋白RBD。在某些實施方式中，本揭示的抗原或抗原結合片段包含VH和VL，該VH包含根據SEQ ID NO.:119的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:119的胺基酸序列組成，該VL包含根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列組成，並以約8至約22 ng/ml的EC50結合到SARS-CoV-2的S蛋白RBD。在某些實施方式中，本揭示的抗原或抗原結合片段包含VH和VL，該VH包含根據SEQ ID NO.:172的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:172的胺基酸序列組成，該VL包含根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列或由根據SEQ ID NO.:168的胺基酸序列組成，並以約7至約19 ng/ml的EC50結合到SARS-CoV-2的S蛋白RBD。
在某些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段是單特異性(譬如結合到單一表位)或是多特異性(譬如結合到多個表位及/或標靶分子)。抗體和抗原結合片段可以各種格式構建。例示性抗體格式揭示於Spiesset al .,Mol. Immunol. 67 (2):95 (2015)及於Brinkmann and Kontermann,mAbs 9 (2):182-212 (2017)，該等格式及其方法以參照方式併入本案並包括，舉例來說，Bispecific T cell Engagers (BiTEs)、DARTs、Knobs-Into-Holes (KIH)組裝體、scFv-CH3-KIH組裝體、KIH Common Light-Chain抗體 、TandAbs、三重體(Triple Bodies)、TriBi Minibodies、Fab-scFv、scFv-CH-CL-scFv、F(ab')2-scFv2、四價HCabs、Intrabodies、CrossMabs、Dual Action Fabs (DAFs) (二合一或四合一)、DutaMabs、DT-IgG、Charge Pairs、Fab-arm Exchange、SEEDbodies、Triomabs、LUZ-Y組裝體、Fcabs、κλ-體、正交Fabs、DVD-Igs (譬如美國專利號8,258,268，該等格式以參照方式整體併入本案)、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L,H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Ig、Zybody和DVI-IgG (四合一)，還有所謂的FIT-Ig (譬如PCT公開號WO 2015/103072，該等格式以參照方式整體併入本案)，所謂的WuxiBody格式(譬如PCT公開號WO 2019/057122，該等格式以參照方式整體併入本案)以及所謂的In-Elbow-Insert Ig格式(IEI-Ig；譬如PCT公開號WO 2019/024979與WO 2019/025391，該等格式以參照方式整體併入本案)。
在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含兩個或多個VH域、兩個或多個VL域或兩者(即兩個或多個VH域和兩個或多個VL域)。在特定實施方式中，抗原結合片段包含VH-連接子-VL-連接子-VH-連接子-VL格式(N端至C端方向)，其中該兩個VH序列可相同或不同且該兩個VL序列可相同或不同。此類連接的scFv可包括佈置成結合到給定標靶的VH和VL域的任何組合，並且以包含二或更多個VH及/或二或更多個VL的格式，可結合一個、兩個或更多個不同的表位或抗原。將理解的是，併入多個抗原結合域的格式可包括任何組合或取向的VH及/或VL序列。舉例來說，抗原結合片段可包含VL-連接子-VH-連接子-VL-連接子-VH、VH-連接子-VL-連接子-VL-連接子-VH或VL-連接子-VH-連接子-VH -連接子-VL的格式。
本揭示的單特異性或多特異性抗體或抗原結合片段可包含本案揭示的VH和VL序列的任何組合及/或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3序列的任何組合。在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NO.:105或SEQ ID NO.:113提供的VH序列和SEQ ID NO: 168提供的VL序列。在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NO.:106提供的CDRH1序列、SEQ ID NO.:107或121提供的CDRH2序列、SEQ ID NO.:108提供的CDRH3序列、SEQ ID NO.:169提供的CDRL1序列、SEQ ID NO.:170提供的CDRL2序列和SEQ ID NO.:171提供的CDRL3序列。在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含SEQ ID NOs.: 222至225或230至233中任一項提供的胺基酸序列。在一些實施方式中，雙特異性或多重特異性抗體或抗原結合片段可包含本揭示的一個、兩個或多個抗原結合域(譬如VH和VL)。可存在與相同或不同的SARS-CoV-2表位結合的二或更多個結合域，在一些實施方式中，本案提供的雙特異性或多重特異性抗體或抗原結合片段可包含另外的SARS-CoV-2結合域及/或可包含共同結合到不同抗原或病原體的結合域。
在任何當前揭示的實施方式中，抗體或抗原結合片段可為多重特異性；譬如雙特異性、三特異性等。
在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含：(i)一第一VH和一第一VL；以及(ii)一第二VH和一第二VL，其中該第一VH和該第二VH不同，且各自獨立地包含與SEQ ID NOs.: 1、9至15、23、 24、27至46、55、63、79、87、95、103、105、113至120、129至146、155、172、176至178、194、196、198、200、202和239中任一者列示的胺基酸序列具有至少85% (即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)同一性的胺基酸序列，以及其中該第一VL和該第二VL不同，且各自獨立地包含與SEQ ID NOs.: 5、47至50、59、 67、71、72、75、76、83、91、99、109、147至150、159、168、182、190、234和243中任一者列示的胺基酸序列具有至少85% (即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)同一性的胺基酸序列，且其中該第一VH和該第一VL一起形成一第一抗原結合位點，且其中該第二VH和該第二VL一起形成一第二抗原結合位點。
在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含Fc多肽或其片段。"Fc"包含由雙硫鍵固持在一起的兩條抗體H鏈的羧基末端部分(即IgG的CH2和CH3域)。抗體「效應子功能」是指歸因於抗體的Fc區(原生序列Fc區或胺基酸序列變異體Fc區)的那些生物學活性且隨著抗體同型而變化。抗體效應子功能的例子包含：C1q結合和補體依賴性細胞毒性；Fc受體結合；抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)；吞噬作用；細胞表面受體的向下調控(譬如B細胞受體)；和B細胞活化。如本案所述，可對Fc域進行修飾(譬如胺基酸取代)以修飾(譬如改善、減少或消除)含Fc多肽(譬如本揭示的抗體)的一個或多個官能性。此類功能包括，舉例來說，Fc受體(FcR)結合、抗體半衰期調節(譬如藉由結合到FcRn)、ADCC功能、蛋白A結合、蛋白G結合和補體結合。修飾(譬如改善、減少或消除) Fc官能性的胺基酸修飾包括，舉例來說，T250Q/M428L、M252Y/S254T/T256E、H433K/N434F、M428L/N434S、E233P/L234V/L235A/G236 + A327G/A330S/P331S、E333A、S239D/A330L/I332E、P257I/Q311、K326W/E333S、S239D/I332E/G236A、N297Q、K322A、S228P、L235E + E318A/K320A/K322A、L234A/L235A (本案亦稱作"LALA")和L234A/L235A/P329G突變，該等突變係整理與註解在InvivoGen (2011)出版的"Engineered Fc Regions"中且可在網上查詢invivogen.com/PDF/review/review-Engineered-Fc-Regions-invivogen.pdf?utm_source=review&utm_medium=pdf&utm_ campaign=review&utm_content=Engineered-Fc-Regions，並以參照方式併入本案。除上下文另有指示外，本案係根據歐盟編號系統對Fc胺基酸殘基編號。
舉例來說，為了活化補體級聯反應，當免疫球蛋白分子附著於抗原標靶上時，C1q蛋白複合物可結合到至少兩個IgG1分子或一個IgM分子(Ward, E. S., and Ghetie, V.,Ther. Immunol. 2 (1995) 77-94)。Burton, D. R.描述(Mol. Immunol. 22 (1985) 161-206)包含胺基酸殘基318至337的重鏈區係涉及補體固定作用。Duncan, A. R., and Winter, G. (Nature 332 (1988) 738-740)使用位點定向誘變，報導了Glu318、Lys320和Lys322形成結合到C1q的結合位點。藉由含有該些殘基的短合成肽以抑制補體介導裂解的能力，證實了Glu318、Lys320和Lys 322殘基在結合C1q時的角色。
舉例來說，FcR結合可藉由(抗體的) Fc部分與Fc受體(FcR)的相互作用來介導，該Fc受體是在包括造血細胞的細胞上的特化細胞表面受體。Fc受體屬於免疫球蛋白超家族，顯示出藉由免疫複合物的吞噬作用介導移除被抗體包覆的病原體，以及透過抗體依賴性抗體介導的細胞毒性裂解包覆有對應抗體的紅血球和各種其他細胞標靶(譬如腫瘤細胞) (ADCC; Van de Winkel, J. G., and Anderson, C. L.,J. Leukoc. Biol. 49 (1991) 511-524)。FcR藉由其對免疫球蛋白類別的特異性來定義；IgG抗體的Fc受體稱作FcγR，IgE的Fc受體稱作FcεR，IgA的Fc受體稱作FcαR，依此類推，新生兒Fc受體稱作FcRn。Fc受體結合係描述於，舉例來說：Ravetch, J. V., and Kinet, J. P.,Annu. Rev. Immunol. 9 (1991) 457-492; Capel, P. J., et al.,Immunomethods 4 (1994) 25-34；de Haas, M., et al.,J Lab. Clin. Med. 126 (1995) 330-341；和Gessner, J. E., et al.,Ann. Hematol. 76 (1998) 231-248。
受體藉由原生IgG抗體(FcγR)的Fc域交聯觸發了各式各樣的效應子功能，包括吞噬作用、抗體依賴性細胞毒性、發炎症介質的釋放以及免疫複合物清除和抗體產生的調節。本案設想到提供受體(譬如FcγR)的交聯的Fc部分。在人類中，迄今為止已定性三類FcγR，該等為：(i) FcγRI (CD64)，其以高親和力結合單體IgG，並在巨噬細胞、單核球、嗜中性球和嗜酸性球上表現；(ii) FcγRII (CD32)，其以中等或低親和力結合複合型IgG，特別是在白血球上廣泛表現，據信是抗體介導的免疫的中心參與者，可分為FcγRIIA、FcγRIIB和FcγRIIC，該等在免疫系統中發揮不同的功能，但以類似的低親和力結合到IgG-Fc，該些受體的胞外域係高度同源；以及(iii) FcγRIII (CD16)，其以中等至低親和力結合IgG，已發現有兩種形式：FcγRIII，其已在NK細胞、巨噬細胞、嗜酸性球以及一些單核球和T細胞上發現，據信介導ADCC；以及FcγRIIIB，其在嗜中性球上高度表現。
FcγRIIA是在參與殺傷的許多細胞(譬如巨噬細胞、單核球、嗜中性球)上發現，並且似乎能夠活化殺傷過程。FcγRIIB似乎在抑制過程中發揮作用，並在B細胞、巨噬細胞上及在肥大細胞和嗜酸性球上發現。重要的是，已經顯示在肝臟中發現了所有FcγRIIB的75% (Ganesan, L. P. et al., 2012: "FcγRIIb on liver sinusoidal endothelium clears small immune complexes," Journal of Immunology 189: 4981–4988)。FcγRIIB在稱作LSEC的肝臟竇狀內皮細胞上以及在肝臟的柯弗氏細胞(Kupffer cell)中大量表現，LSEC是小型免疫複合物清除的主要部位(Ganesan, L. P. et al., 2012: FcγRIIb on liver sinusoidal endothelium clears small immune complexes. Journal of Immunology 189: 4981–4988)。
在一些實施方式中，本案揭示的抗體及其抗原結合片段包含用於結合到FcγRIIb，特別是Fc區域的Fc多肽或其片段，舉例來說，IgG型抗體。而且，有可能藉由Chu, S. Y. et al., 2008: Inhibition of B cell receptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-engineered antibodies. Molecular Immunology 45, 3926–3933所述引進突變S267E和L328F來改造Fc部分以增強FcγRIIB結合。藉此，可增強免疫複合物的清除(Chu, S., et al., 2014: Accelerated Clearance of IgE In Chimpanzees Is Mediated By Xmab7195, An Fc-Engineered Antibody With Enhanced Affinity For Inhibitory Receptor FcγRIIb. Am J Respir Crit, American Thoracic Society International Conference Abstracts)。在一些實施方式中，本揭示的抗體或其抗原結合片段包含帶有突變S267E和L328F的經改造Fc部分，特別是Chu, S. Y. et al., 2008: Inhibition of B cell receptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-engineered antibodies. Molecular Immunology 45, 3926–3933所述者。
在B細胞上，FcγRIIB可能作用為抑止進一步的免疫球蛋白生成並將同型切換為，舉例來說，IgE類。在巨噬細胞上，FcγRIIB被認為抑制經由FcγRIIA介導的吞噬作用。在嗜酸性球和肥大細胞上，該B型可能經由IgE與其獨立受體結合而有助於抑止該些細胞的活化。
關於FcγRI結合，在原生IgG中於E233至G236、P238、D265、N297、A327和P329中至少一者的修飾減少了與FcγRI的結合。經取代成對應的IgG1和IgG4位置的233至236號位置的IgG2殘基使IgG1和IgG4與FcγRI的結合降低了103 倍，並消除了人類單核球對抗體致敏的紅血球的反應(Armour, K. L., et al.Eur. J. Immunol. 29 (1999) 2613-2624)。
關於FcγRII結合，發現到譬如E233至G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、R292和K414中的至少一者的IgG突變減少了與FcγRIIA的結合。
人類FcγRIIA的兩個等位基因形式是"H131"變異體，其以高親和力結合到IgG1 Fc，和"R131" 變異體，其以低親和力結合到IgG1 Fc。參閱譬如Bruhnset al. ,Blood 113 :3716-3725 (2009)。
關於FcγRIII結合，發現到譬如E233至G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、S239、E269、E293、Y296、V303、A327、K338和D376中的至少一者的突變減少了與FcγRIIIA的結合。人類IgG1上與Fc受體的結合位點的定位、上述突變位點以及測量與FcγRI和FcγRIIA結合的方法係描述於Shields, R. L., et al.,J. Biol. Chem. 276 (2001) 6591-6604。
人類FcγRIIIA的兩個等位基因形式是"F158"變異體，其以低親和力結合到IgG1 Fc，和"V158" 變異體，其以高親和力結合到IgG1 Fc。參閱譬如Bruhnset al. ,Blood 113 :3716-3725 (2009)。
有關結合到FcγRII，原生IgG Fc的兩個區域似乎參與了FcγRII和IgG之間的相互作用，即(i) IgG Fc的下方鉸合位點，特別是胺基酸殘基L、L、G、G (234至237，EU編號)，以及(ii) IgG Fc的CH2域的毗鄰區域，特別是在上方CH2域中毗鄰下方鉸合區域，譬如在P331區域中的環圈和股(Wines, B.D., et al., J. Immunol. 2000; 164: 5313 – 5318)。而且，FcγRI似乎結合到IgG Fc上的相同位點，而FcRn和蛋白A則結合到IgG Fc上的不同位點，其似乎位於CH2-CH3界面處(Wines, B.D., et al., J. Immunol. 2000; 164: 5313 – 5318)。
亦預期到的是增加本揭示的Fc多肽或其片段對一(即一個或多個) Fcγ受體的結合親和力的若干突變(譬如相較於參考Fc多肽或其片段或含有不包含該突變的Fc多肽或其片段；譬如野生型Fc多肽或其片段(譬如與該Fc多肽或其片段為相同的同型，其包含該突變或多個突變)，或是以其他方式與包含該突變或多個突變的該Fc多肽或其片段一致或實質上一致的Fc多肽或其片段)。參閱譬如Delillo and Ravetch, Cell 161(5):1035-1045 (2015)與Ahmed et al., J. Struc. Biol. 194(1):78 (2016)，其Fc突變及技術以參照方式併入本案。
在本案揭示的任何實施方式中，抗體或抗原結合片段可包含Fc多肽或其片段，其包含選自以下的突變：G236A；S239D；A330L和I332E；或包含其之任兩個或多個的組合；譬如S239D/I332E；S239D/A330L/I332E；G236A/S239D/I332E；G236A/A330L/I332E(在本案中亦稱作"GAALIE")；或G236A/S239D/A330L/I332E。在一些實施方式中，Fc多肽或其片段不包含S239D。在一些實施方式中，Fc多肽或其片段在239位置包含S。
在某些實施方式中，Fc多肽或其片段可包含參與結合到FcRn結合的Fc多肽或其片段的至少一部分或由參與結合到FcRn結合的Fc多肽或其片段的至少一部分組成。在某些實施方式中，Fc多肽或其片段包含一個或多個胺基酸修飾，其改善對FcRn (譬如增強結合到)FcRn的結合親和力(譬如在約6.0的pH)且，在一些實施方式中，藉此延長包含Fc多肽或其片段的分子的體內半衰期(譬如相較於在其他方面相同但不包含該(等)修飾的參考(譬如野生型) Fc多肽或其片段或抗體)。在某些實施方式中，Fc多肽或其片段包含或衍生自IgG Fc，延長半衰期的突變包含以下任何一個或多個：M428L；N434S；N434H；N434A； N434S；M252Y；S254T；T256E；T250Q；P257I Q311I； D376V；T307A；E380A (EU編號)。在某些實施方式中，延長半衰期的突變包含M428L/N434S (在本案中亦稱作"MLNS"或"LS")。在某些實施方式中，延長半衰期的突變包含M252Y/S254T/T256E。在某些實施方式中，延長半衰期的突變包含T250Q/M428L。在某些實施方式中，延長半衰期的突變包含P257I/Q311I。在某些實施方式中，延長半衰期的突變包含P257I/N434H。在某些實施方式中，延長半衰期的突變包含D376V/N434H。在某些實施方式中，延長半衰期的突變包含T307A/E380A/N434A。
在一些實施方式中，抗體或抗原結合片段包括Fc部分，其包含取代突變M428L/N434S。在一些實施方式中，抗體或抗原結合片段包括Fc多肽或其片段，其包含取代突變G236A/A330L/I332E。在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段包括(譬如IgG) Fc部分，其包含G236A突變、A330L突變和I332E突變(GAALIE)，並且不包含S239D突變(譬如包含239位置的原始S)。在特定實施方式中，抗體或抗原結合片段包括包含取代突變的Fc多肽或其片段：M428L/N434S和G236A/A330L/I332E，任擇地不包含S239D。在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段包括包含取代突變的Fc多肽或其片段：M428L/N434S和G236A/S239D/A330L/I332E。
在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含改變醣基化的突變，其中改變醣基化的突變包含N297A、N297Q或N297G，及/或該抗體或抗原結合片段被部分或完全地脫醣基化及/或被部分或完全地脫岩藻醣基化。宿主細胞系和製備部分或完全脫醣基化或部分或完全脫岩藻醣基化的抗體和抗原結合片段的方法是已知的(參閱譬如PCT公開案號WO 2016/181357；Suzukiet al. Clin. Cancer Res. 13 (6):1875-82 (2007)；Huanget al. MAbs 6 :1-12 (2018))。
在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段能夠在個體中引起持續的體內保護，甚至一旦在該個體中找不到可偵測位準的抗體或抗原結合片段(即當在投藥後已從該個體清除抗體或抗原結合片段時)。此類保護在本案中稱為疫苗效應。不希望受限於理論，據信樹突細胞可使抗體和抗原的複合物內化，然後誘導或促成針對抗原的內源性免疫反應。在某些實施方式中，抗體或抗原結合片段包含一個或多個修飾，例如，舉例來說，在Fc中包含G236A、A330L和I332E的突變，其能夠活化可能誘導譬如T細胞對抗原的免疫力的樹突細胞。
在任何當前揭示的實施方式中，抗體或抗原結合片段包含Fc多肽或其片段，其包括CH2 (或其片段、CH3 (或其片段)或CH2和CH3，其中相較於對應的野生型CH2或CH3，該CH2、該CH3或兩者分別可為任何同型並可含有胺基酸取代或其他修飾。在某些實施方式中，本揭示的Fc多肽包含締合以形成二聚體的兩個CH2-CH3多肽。
在任何當前揭示的實施方式中，抗體或抗原結合片段可為單株的。如本案所用，術語「單株抗體」(mAb)是指從實質上均質的抗體群體中獲得的抗體，即包含該群體的個別抗體是相同的，除了可能存在的可能天然發生的突變以外，其在一些情況下為少量的。單株抗體針對導向單一抗原位點具有高度特異性。再者，與包括指向不同表位的不同抗體的多株抗體製劑相反，各個單株抗體係指向抗原的單一表位。除了該等的特異性以外，單株抗體的有利之處在於彼等可被合成而不受其他抗體的污染。術語「單株」不應解讀為要求藉由任何特定方法產生抗體。舉例來說，可用於本發明的單株抗體可藉由首先由Kohleret al .,Nature 256 :495 (1975)描述的雜交瘤方法來製備，或者可使用重組DNA方法在真核動物細菌或植物細胞中製得(參閱譬如美國專利4,816,567)。單株抗體也可使用，舉例來說，Clacksonet al .,Nature ,352 :624-628 (1991) and Markset al .,J. Mol. Biol .,222 :581-597 (1991)描述的技術從噬菌體抗體庫分離。單株抗體也可使用PCT公開號WO 2004/076677A2中揭示的方法獲得。
本揭示的抗體和抗原結合片段包括「嵌合抗體」，其中重鏈及/或輕鏈的一部分與衍生自特定物種或屬於特定抗體類別或次類的抗體中的對應序列一致或同源，而該(等)鏈的其餘部分則與衍生自另一物種或屬於另一抗體類別或次類的抗體中的對應序列一致或同源，以及此類抗體的片段，只要彼等展現所欲的生物活性即可(參見美國專利號4,816,567；5,530,101和7,498,415；及Morrisonet al. , Proc. Natl. Acad. Sci. USA,81 :6851-6855 (1984))。舉例來說，嵌合抗體可包含人類和非人類殘基。此外，嵌合抗體可包含在受體抗體或供體抗體中未發現的殘基。進行該些修飾以進一步改良抗體性能。更多詳細信息，參閱Joneset al. ,Nature 321:522-525 (1986); Riechmannet al. ,Nature 332:323-329 (1988); and Presta,Curr. Op. Struct. Biol. 2 :593-596 (1992)。嵌合抗體亦包含靈長類和人源化抗體。
一般認為「人源化抗體」是具有從非人類的來源引進一個或多個胺基酸殘基的人類抗體。該些非人類胺基酸殘基通常取自可變域。人源化可依照Winter和同事的方法(Joneset al. ,Nature , 321:522-525 (1986); Reichmannet al. ,Nature , 332:323-327 (1988); Verhoeyenet al .,Science , 239:1534-1536 (1988))進行，藉由以非人類可變序列取代人類抗體的對應序列。據此，此類「人源化」抗體是嵌合抗體(美國專利號4,816,567；5,530,101和7,498,415)，其中實質上少於完整的人類可變域已被來自非人類物種的相應序列取代。在某些情況下，「人源化」抗體是由非人類細胞或動物製造的抗體並包含人類序列， 譬如HC 域。
「人類抗體」是僅含由人類製造的抗體中存在的序列的抗體。然而，如本案所用，人類抗體可包含自然存在的人類抗體(譬如從人類分離的抗體)中未發現的殘基或修飾，包括本案所述的那些修飾和變異體序列。通常進行該些以進一步改良或增強抗體性能。在某些情況下，人類抗體是由轉殖基因動物所製造。舉例來說，參閱美國專利號5,770,429；6,596,541和7,049,426。
在某些實施方式中，本揭示的抗體或抗原結合片段是嵌合的、人源化的或人類的。聚核苷酸、載體和宿主細胞
在另一態樣中，本揭示內容提供了經分離的聚核苷酸，其編碼任何當前揭示的抗體或其抗原結合片段或其部分(譬如CDR、VH、VL、重鏈或輕鏈)。在某些實施方式中，聚核苷酸係經密碼子最佳化以在宿主細胞中表現。一旦得知或識別編碼序列，就可使用已知技術和工具執行密碼子最佳化，譬如使用GenScript® OptimiumGeneTM 工具或GeneArt®的Gene Synthesis (ThermoFisher)；亦參見Scholtenet al .,Clin. Immunol. 119 :135, 2006)。密碼子最佳化的序列包括部分密碼子最佳化的序列(即一個或複數個密碼子被最佳化以在宿主細胞中表現)和完全被密碼子最佳化的那些序列。
亦理解的是，由於例如遺傳密碼的簡併性、剪接等，本揭示的編碼抗體和抗原結合片段的聚核苷酸可擁有不同的核苷酸序列，同時仍編碼相同的抗體或抗原結合片段。
在某些實施方式中，該聚核苷酸包含與根據SEQ ID Nos.:186至189、191至192、238、247、248至250; 254至255和257至262中任一者或多者的聚核苷酸序列具有至少50% (即50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)同一性的聚核苷酸。
將理解到的是，在某些實施方式中，編碼抗體或抗原結合片段的聚核苷酸被包含在聚核苷酸中，該聚核苷酸包括用於譬如在宿主細胞中表現該抗體或抗原結合片段的其他序列及/或特徵。例示性特徵包括啟動子序列、聚腺苷酸化序列、編碼訊息肽的序列(譬如位於表現的抗體重鏈或輕鏈的N端)等。據此，在一些實施方式中，聚核苷酸更包含與包含SEQ ID NOs.:251至253和263中任一者列示的聚核苷酸序列或由SEQ ID NOs.:251至253和263中任一者列示的聚核苷酸序列組成的聚核苷酸序列具有至少50%同一性的聚核苷酸序列。在一些實施方式中，聚核苷酸包含編碼訊息肽的序列(也稱為前導序列），該序列具有包含SEQ ID NO.: 256或SEQ ID NO.: 264列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 256或SEQ ID NO.: 264組成的胺基酸序列的至少90%。
在任何當前揭示的實施方式中，聚核苷酸可包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)。在一些實施方式中，RNA包含傳訊RNA (mRNA)。
亦提供了載體，其中載體包含或含有本案揭示的聚核苷酸(譬如編碼結合到SARS-CoV-2的抗體或抗原結合片段的聚核苷酸)。載體可包含本案揭示的任何一個或多個載體。在特定實施方式中，提供了包含編碼抗體或抗原結合片段或其部分的DNA質體構築體的載體(譬如所謂的"DMAb"；參見譬如Muthumaniet al. ,J Infect Dis. 214 (3):369-378 (2016)；Muthumaniet al .,Hum Vaccin Immunother 9 :2253-2262 (2013))；Flingaiet al. ,Sci Rep. 5 :12616 (2015)和Elliottet al. ,NPJ Vaccines 18 (2017)，其編碼抗體的DNA構築體及其相關使用方法，包括其投予係以參照方式併入本案)。在某些實施方式中，DNA質體構築體包含編碼抗體或抗原結合片段的重鏈和輕鏈(或VH和VL)的單一開放閱讀框，其中編碼重鏈的序列和編碼輕鏈的序列係任擇地被編碼蛋白酶切割位點的聚核苷酸及/或被編碼自切割肽的聚核苷酸分開。在一些實施方式中，抗體或抗原結合片段的取代基組分係藉由單一質體中所包含的聚核苷酸編碼。在其他實施方式中，抗體或抗原結合片段的取代基組分係藉由二或多個質體(譬如第一個質體包含編碼重鏈VH或VH+CH的聚核苷酸，第二個質體包含編碼同族輕鏈VL或VL+CL的聚核苷酸)所包含的聚核苷酸編碼。在某些實施方式中，單一質體包含編碼來自本揭示的二或更多個抗體或抗原結合片段的重鏈及/或輕鏈的聚核苷酸。例示性表現載體是pVax1，可得自Invitrogen®。本揭示的DNA質體可藉由，舉例來說，電穿孔(譬如肌內電穿孔)或適當的調配物(譬如透明質酸酶)來遞送至個體。在一些實施方式中，本揭示的載體包含編碼訊息肽的核苷酸序列。成熟的抗體或抗原結合片段上可存在或可不存在訊息肽(譬如可以酶解方式自其切割)。在某些實施方式中，訊息肽係藉由SEQ ID NO.: 252或SEQ ID NO.: 263列示的核苷酸序列編碼，及/或訊息肽包含SEQID NO.:256或SEQ ID NO.: 264列示的胺基酸序列或由SEQID NO.:256或SEQ ID NO.: 264列示的胺基酸序列組成。在一些實施方式中，本揭示的載體包含聚腺苷酸化訊息序列。在某些實施方式中，聚腺苷酸化訊息序列包含SEQ ID NO.: 253列示的核苷酸序列或由SEQ ID NO.: 253列示的核苷酸序列組成。
在一些實施方式中，本揭示的載體包含CMV啟動子。在某些實施方式中，啟動子包含SEQ ID NO.: 251列示的核苷酸序列或由SEQ ID NO.: 251列示的核苷酸序列組成。
在另一態樣中，本揭示亦提供表現根據本揭示的抗體或抗原結合片段的宿主細胞；或包含或含有根據本揭示的載體或聚核苷酸。
此類細胞的例子包括但不限於真核細胞，譬如酵母細胞、動物細胞、昆蟲細胞、植物細胞；和原核細胞，包括大腸桿菌。在一些實施方式中，細胞是哺乳動物細胞。在某些此類實施方式中，細胞是哺乳動物細胞系，例如CHO細胞(譬如DHFR-CHO細胞(Urlaubet al., PNAS 77 :4216 (1980))、人類胚胎腎細胞(譬如HEK293T細胞)、PER.C6細胞、Y0細胞、Sp2/0細胞。NS0細胞、人肝細胞，譬如Hepa RG細胞、骨髓瘤細胞或雜交瘤細胞。哺乳動物宿主細胞系的其他例子包括小鼠的塞特利氏細胞(sertoli cell) (譬如TM4細胞)；藉由SV40 (COS-7)轉化的猴腎CV1系；幼齡倉鼠腎細胞(BHK)；非洲綠猴腎細胞(VERO-76)；猴腎細胞(CV1)；人類子宮頸癌細胞(HELA)；人肺細胞(W138)；人肝細胞(Hep G2)；犬腎細胞(MDCK)；水牛鼠肝細胞(BRL 3A)；小鼠乳腺腫瘤(MMT 060562)；TRI細胞；MRC 5細胞和FS4細胞。適用於抗體製造的哺乳動物宿主細胞系亦包括說明於，舉例來說，Yazaki and Wu,Methods in Molecular Biology , Vol. 248 (B. K. C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, N.J.), pp. 255-268 (2003)者。
在某些實施方式中，宿主細胞是原核細胞，例如大腸桿菌。肽在諸如大腸桿菌整原核細胞中的表現是公認的(參閱譬如Pluckthun, A.Bio/Technology 9: 545-551 (1991)。舉例來說，可在細菌中製造抗體，特別是在不需要醣基化和Fc效應子功能時。為了在細菌中表現抗體片段和多肽，參閱譬如美國專利號5,648,237；5,789,199；和5,840,523。
在特定實施方式中，細胞可藉由表現載體來根據本說明以載體轉染。術語「轉染」是指將核酸分子，例如DNA或RNA(譬如mRNA)分子引進細胞，例如引進真核細胞。在本說明的上下文中，術語「轉染」涵蓋熟習此藝者已知用於將核酸分子引進細胞，例如引進真核細胞，包括引進哺乳動物細胞中的任何方法。此類方法涵蓋，舉例來說，電穿孔、脂質轉染，譬如基於陽離子脂質及/或脂質體、磷酸鈣沉澱、基於奈米顆粒的轉染、基於病毒的轉染或基於陽離子聚合物，例如DEAE-葡聚糖或聚乙烯亞胺的轉染等。在某些實施方式中，該引進是非病毒性的。
而且，本揭示的宿主細胞可藉由根據本揭示的載體穩定或瞬時轉染，譬如以用於根據本揭示表現抗體或其抗原結合片段。在此類實施方式中，細胞可藉由本案所述的載體穩定轉染。或者，如本案所揭示，細胞可藉由編碼抗體或抗原結合片段的根據本揭示的載體瞬時轉染。在任何當前揭示的實施方式中，聚核苷酸對於宿主細胞可為異源的。
據此，本揭示亦提供異源表現本揭示的抗體或抗原結合片段的重組宿主細胞。舉例來說，該細胞可為與完全或部分獲得抗體的物種不同的物種(譬如表現人類抗體或改造人類抗體的CHO細胞)。在一些實施方式中，宿主細胞的細胞類型本質上不表現抗體或抗原結合片段。而且，宿主細胞可賦予抗體或抗原結合片段上的轉譯後修飾(PTM；譬如醣基化(glysocylation)、岩藻醣基化(fucosylation))，其不存在於抗體或抗原結合片段的天然狀態(或抗體或抗原結合片段所改造自或衍生自之親代抗體的天然狀態)。此類PTM可能會導致功能上的差異(譬如降低免疫原性)。據此，藉由本揭示的宿主細胞製造的本揭示抗體或抗原結合片段可包括一個或多個與其原生狀態下的抗體(或親代抗體)不同的轉譯後修飾(譬如由CHO細胞製造的人類抗體可包含更多的轉譯後修飾，其與分離自人類及/或由原生人類B細胞或血漿細胞製造的抗體不同)。
可用於表現本揭示的結合蛋白的昆蟲細胞是本領域已知的，並包括，舉例來說，草地貪夜蛾Sf9細胞、毛滴蟲BTI-TN5B1-4細胞和草地貪夜蛾SfSWT01"MimicTM "細胞。參閱譬如Palmbergeret al .,J. Biotechnol. 153 (3-4):160-166 (2011)。已經識別出許多桿狀病毒株，該等可連同昆蟲細胞使用，特別是用於轉染 草地貪夜蛾細胞。
真核微生物，例如絲狀真菌或酵母亦是選殖或表現編碼蛋白質的載體的適宜宿主，並包括帶有「人源化」醣基化途徑的真菌和酵母菌株，進而製造帶有部分或完全人類醣基化模式的抗體。參閱Gerngross,Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004); Liet al .,Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)。
植物細胞也可利用作為表現本揭示的結合蛋白的宿主。舉例來說，PLANTIBODIES™技術(舉例來說，描述於美國專利號5,959,177；6,040,498；6,420,548；7,125,978和6,417,429)採用轉基因植物來製造抗體。
在某些實施方式中，宿主細胞包含哺乳動物細胞。在特定實施方式中，宿主細胞是CHO細胞、HEK293細胞、PER.C6細胞、Y0細胞、Sp2/0細胞、NS0細胞、人肝細胞、骨髓瘤細胞或雜交瘤細胞。
在相關態樣中，本揭示提供了製造抗體或抗原結合片段的方法，其中該方法包含在足以製造抗體或抗原結合片段的條件和時間下培養本揭示的宿主細胞。舉例來說，用於分離和純化以重組方式製造的抗體的方法可包括從適宜的宿主細胞/載體系統獲得上清液，該宿主細胞/載體系統將重組抗體分泌到培養基中，然後使用可商購的過濾器濃縮培養基。濃縮後，可將濃縮物施用於單一適宜的純化基質或一系列適宜的基質，例如親和力基質或離子交換樹脂。可採用一個或多個逆相HPLC步驟來進一步純化重組多肽。當從其天然環境中分離免疫原時，也可採用該些純化方法。大規模製造本案所述的一個或多個分離/重組抗體的方法包括批次細胞培養，其被監測和控制以維持適當的培養條件。可溶性抗體的純化可根據本案所述和本領域已知的方法進行，並與國內外監管機構的法律和準則相符。組成物
本案亦提供組成物，其單獨或以任何組合包含任一個或多個當前揭示的抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體或宿主細胞，且可更包含藥學上可接受的載體、賦形劑或稀釋劑。載體、賦形劑和稀釋劑在本案中進一步詳細討論。
在某些實施方式中，組成物包含複數個本揭示的抗體及/或抗原結合片段，其中一個或多個抗體或抗原結合片段在重鏈、CH1-CH3、或Fc多肽的C端不包含離胺酸殘基，且其中一個或多個抗體或抗原結合片段在重鏈、CH1-CH3、或Fc多肽的C端包含離胺酸殘基。在一些實施方式中，組成物包含抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含SEQ ID NO.:173、SEQ ID NO.:175、SEQ ID NO.:265或SEQ ID NO.:266列示的胺基酸序列。
在某些實施方式中，組成物包含根據本揭示的二或更多個不同抗體或抗原結合片段。在某些實施方式中，組合使用的抗體或抗原結合片段各自獨立地具有以下一個或多個特性：中和天然存在的SARS-CoV-2變異體；不相互競爭結合至刺突蛋白；結合不同的刺突蛋白表位；減少了對SARS-CoV-2的抗性形成；當組合使用時，對SARS-CoV-2的抗藥性降低；強效地中和活的SARS-CoV-2病毒；當組合使用時，對中和活的SARS-CoV-2病毒展現加成效應或協同效應；展現效應子功能；在相關的感染動物模型中具有保護作用；能夠足量產生以供大規模製造。
在某些實施方式中，一組成物包含一第一抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.: 79列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 79列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.: 83列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 83列示的胺基酸序列組成；以及一第二抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.: 105列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 105列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列組成。在某些實施方式中，一組成物包含一第一抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.: 80至82列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.: 80至82列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 84至86列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.: 84至86列示的胺基酸序列組成，以及一第二抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.: 106至108列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.: 106至108列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 169至171列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.: 169至171列示的胺基酸序列組成。在另外的實施方式中，一組成物能夠中和SARS-CoV-2感染或以SARS-CoV-2假型化的病毒，IC50為約0.07至約0.08 μg/ml。在某些實施方式中，一組成物包含一第一抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO: 178列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO: 178列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.: 182或SEQ ID NO.: 190列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 182或SEQ ID NO.: 190列示的胺基酸序列組成；以及一第二抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.: 105列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 105列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列組成。在某些實施方式中，一組成物包含一第一抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.: 179至181列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.: 179至181列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 183至185列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.: 183至185列示的胺基酸序列組成，以及一第二抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.: 106至108列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.: 106至108列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 169至171列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.: 169至171列示的胺基酸序列組成。
在某些實施方式中，一組成物包含了包含一第一質體的一第一載體和包含一第二質體的一第二載體，其中該第一質體包含編碼重鏈、VH或VH+CH的聚核苷酸，該第二質體包含編碼抗體或其抗原結合片段的同族輕鏈、VL或VL+CL。在某些實施方式中，一組成物包含一聚核苷酸(譬如mRNA)偶聯至適宜的遞送載體或載劑。用於投予一人類個體的例示性載體或載劑包括脂質或脂質衍生的遞送載體，例如脂質體、固體脂質奈米顆粒、油性懸浮液、亞微米脂質乳劑、脂質微泡、逆相脂質微胞、耳蝸脂質體、脂質微管、脂質微圓柱體或脂質奈米顆粒(LNP)或奈米級平台(參閱譬如Liet al. Wilery Interdiscip Rev. Nanomed Nanobiotechnol. 11 (2):e1530 (2019))。用於設計適當的mRNA和調配mRNA-LNP並遞送該mRNA-LNP的原理、試劑和技術係說明於，舉例來說：Pardiet al. (J Control Release 217 345-351 (2015))；Thesset al . (Mol Ther 23 : 1456-1464 (2015))；Thranet al. (EMBO Mol Med 9 (10):1434-1448 (2017)；Koseet al. (Sci. Immunol. 4 eaaw6647 (2019)與Sabniset al. (Mol. Ther. 26 :1509-1519 (2018))，該等技術包括加帽、密碼子最佳化、核苷修飾、mRNA純化、將mRNA併入穩定的脂質奈米顆粒(譬如可離子化的陽離子脂質/磷脂醯膽鹼/膽固醇/ PEG-脂質；可離子化的脂質：二硬脂醯PC：膽固醇：聚乙二醇脂質)及其皮下、肌內、皮內、靜脈內、腹膜內和氣管內投藥，並以參照方式併入本案。方法和用途
本案亦提供了將本揭示的抗體或抗原結合片段、核酸、載體、細胞或組成物用於診斷SARS-CoV-2(譬如在人類個體中或從人類個體獲得的樣品中)。
診斷方法(譬如體外、離體)可包括使抗體、抗體片段(譬如抗原結合片段)與樣品接觸。此類樣品可從個體分離，舉例來說，獲取自下列的分離組織樣品，舉例來說：鼻道、鼻腔、唾液腺、肺、肝、胰、腎、耳朵、眼睛、胎盤、消化道、心、卵巢、腦下垂體、腎上腺、甲狀腺、腦、皮膚或血液。診斷方法亦可包括偵測抗原/抗體複合物，特別是在抗體或抗體片段與樣品接觸之後。此類偵測步驟可在工作台上進行，即不會與人體或動物的身體接觸。偵測方法的例子是本領域技術人員眾所周知的，包括譬如ELISA(酶聯免疫吸附試驗)，包括直接、間接和三明治式ELISA。
本案亦提供使用本揭示的抗體或抗原結合片段或包含其之組成物治療個體的方法，其中該個體患有SARS-CoV-2、被認為患有SARS-CoV-2或處於具有SARS-CoV-2感染之風險。「治療(Treat, treatment)」或「改善(ameliorate)」是指對個體(譬如人類或非人類哺乳動物，例如靈長類、馬、貓、狗、山羊、小鼠或大鼠)的疾病、病症或病況的醫療管理  一般而言，包含本揭示的抗體或組成物的適當劑量或治療方案係以足以引起治療或預防益處的量投予。治療或預防/預防性(prophylactic/preventive)益處包含改善臨床預後；減少或減輕與疾病有關的症狀；減少症狀的發生；改善生活品質；更長的無病狀態；疾病程度的減少、疾病狀態的穩定；延遲或預防疾病進展；緩解；存活；延長存活期；或其任何組合。在某些實施方式中，治療或預防/預防性益處包括減少或預防用於治療SARS-CoV-2感染的住院(即以統計學上顯著的方式)。在某些實施方式中，治療或預防/預防性益處包括減少的用於治療SARS-CoV-2感染的住院時間(即以統計學上顯著的方式)。在某些實施方式中，治療或預防/預防性益處包括對呼吸干預，例如插管及/或使用呼吸器裝置的減少或廢止的需求。在某些實施方式中，治療或預防/預防性益處包括逆轉晚期疾病病理及/或降低死亡率。
本揭示的抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物的「治療有效量」或「有效量」是指足以產生治療效果的組成物或分子的量，包括改善臨床結果；減少或減輕與疾病有關的症狀；減少症狀的發生；改善生活質量；更長的無病狀態；疾病程度的消減、疾病狀態的穩定；疾病進展延遲；緩解；生存或以統計學上顯著的方式延長生存期。當提到單獨投予的個別活性成分時，治療有效量是指該成分或僅表現該成分的細胞的效果。當提到組合時，治療有效量是指活性成分合併量或合併輔助活性成分與表現產生治療效果的細胞，無論是連續、依序或同時投予。一組合可包含，舉例來說，特異性地結合SARS-CoV-2抗原的兩種不同抗體，其在某些實施方式中可為相同或不同的武漢冠狀病毒抗原，及/或可包含相同或不同的表位。
據此，在某些實施方式中，提供了用於在一個體中治療SARS-CoV-2感染的方法，其中該方法包含將一有效量的如本案揭示的抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物投予該個體。
可藉由本揭示內容治療的對象通常是人類和其他靈長類對象，例如用於獸醫學目的之猴子和猿類。根據本揭示，也可治療其他模型生物，例如小鼠和大鼠。在任何前述實施方式中，個體可為人類個體。個體可為男性或女性，並且可為任何適宜的年齡，包括嬰兒、少年、青少年、成人和老年個體。
據信許多準則導致與SARS CoV-2感染有關的嚴重症狀或死亡的高風險。該些包括但不限於年齡、職業、總體健康、既往健康狀況和生活方式。在一些實施方式中，根據本揭示治療的個體包含一個或多個危險因子。
在某些實施方式中，根據本揭示治療的人類個體是嬰兒、兒童、年輕成年人、中年成年人或老年人。在某些實施方式中，根據本揭示治療的人類個體為小於1歲、或為1至5歲、或介於5至125歲(譬如5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115或125歲，包括其中或其間的任何及所有年齡)。在某些實施方式中，根據本揭示治療的人類個體為0至19歲、20至44歲、45至54歲、55至64歲、65至74歲、75至84歲或85歲或更大。據信中年人，尤其是高齡者特別危險。在特定實施方式中，人類個體是45至54歲、55至64歲、65至74歲、75至84歲或85歲或更大。在一些實施方式中，人類個體是男性。在一些實施方式中，人類個體是女性。
在某些實施方式中，根據本揭示治療的人類個體是療養院或長期護理機構的居民、是臨終關懷工作者、是醫療保健提供者或醫療保健工作者、是第一現場應急人員(first responder)、是經確診或懷疑患有SARS-CoV-2感染的個體的家庭成員或有其他密切接觸、超重或臨床上肥胖、是吸煙者或曾經吸煙、患有或曾經患有慢性阻塞性肺疾病(COPD)、患有氣喘(譬如患有中度至重度氣喘)、患有自體免疫疾病或病況(譬如糖尿病)及/或患有免疫系統受損或衰竭(譬如由於AIDS/HIV感染、癌症(譬如血液癌症)、淋巴清除療法，例如化學療法、骨髓或器官移植或遺傳免疫疾況)、患有慢性肝病、患有心血管疾病、患有肺部或心臟缺陷、工作或者長時間與他人緊密接觸，例如在工廠、運輸中心、醫院環境等。
在某些實施方式中，根據本發明治療的個體已接受SARS-CoV-2疫苗，並且該疫苗經判定是無效的，譬如藉由疫苗接種後的感染或個體中的症狀、藉由臨床診斷或科學或監管標準。
在某些實施方式中，將治療作為周圍暴露期預防來投予。在某些實施方式中，治療係投予患有輕度至中度疾病的個體，該疾病可能處於門診環境中。在某些實施方式中，治療係投予於患有中度至重度疾病，例如需要住院的患者。
投予本揭示的組成物的典型途徑包括但不限於口服、局部、穿皮、吸入、腸胃外、舌下、頰、直腸、陰道和鼻內。本案所用的術語「腸胃外」包括皮下注射、靜脈內、肌內、胸骨內注射或輸注技術。在某些實施方式中，投予包含藉由選自以下的途徑投予：口服、靜脈內、腸胃外、胃內、胸膜內、肺內、直腸內、皮內、腹膜內、腫瘤內 、皮下、局部、穿皮、腦池內、鞘內、鼻內和肌內。在特定實施方式中，一種方法包含將抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物以口服方式投予個體。
根據本發明某些實施方式的藥學組成物係經調配，以使其所含活性成分在該組成物投予一患者時可被生物利用。待投予個體或患者的組成物可採取一個或多個劑量單位的形式，其中，舉例來說，錠劑可為單一劑量單位，呈現氣霧劑形式的本案所述抗體或抗原結合的容器可容納複數個劑量單位。製備此類劑型的實際方法對於本領域技術人員是習知的或將是顯而易見的，例如，參閱Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20th Edition (Philadelphia College of Pharmacy and Science, 2000)。待投予的組成物將在任何情況下含有一有效量的本揭示的抗體或抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物，以用於治療根據本案教示之感興趣的疾病或病況。
組成物可呈固體或液體的形式。在一些實施方式中，(多個)載劑為微粒狀，使得該組成物係呈例如錠劑或粉末形式。(多個)載劑可為液體，而且該組成物例如是口服油、可注射液體或氣霧劑，其可用於例如吸入式投藥。當意圖用於口服投予時，該藥學組成物較佳呈固體或液體形式，其中半固體、半液體、懸浮液和凝膠形式被包括在本案認為是固體或液體的形式中。
作為用於口服投予的固體組成物，該藥學組成物可被調配成粉劑、粒劑、壓錠、丸劑、膠囊、咀嚼錠、片劑等。此類固體組成物通常會含有一個或多個惰性稀釋劑或可食用載劑。此外，可能存在以下一者或多者：   黏合劑，例如羧甲基纖維素、乙基纖維素、微晶纖維素、黃蓍膠或明膠；賦形劑，例如澱粉、乳糖或糊精，崩解劑，例如藻酸、藻酸鈉、披莫膠(Primogel)、玉米澱粉等；潤滑劑，例如硬脂酸鎂或斯特洛(Sterotex)；助滑劑，例如膠體二氧化矽；甜味劑，例如蔗糖或糖精；調味劑，例如薄荷、水楊酸甲酯或柑橘調味劑；和著色劑(coloring agent)。當該組成物係呈膠囊的形式，例如明膠膠囊時，則除了上述類型的材料外，其亦可含有液體載劑，例如聚乙二醇或油。
該組成物可呈液體的形式，舉例來說，酏劑、糖漿、溶液、乳劑或懸浮液。作為兩個例子，該液體可用於口服投予或藉由注射遞送。當意圖用於口服投予時，較佳的組成物除了本案的化合物外還含有一個或多個甜味劑、防腐劑、染料/色料(colorant)和增味劑。在意圖欲藉由注射投予的組成物中，可包括表面活性劑、防腐劑、濕潤劑、分散劑、懸浮劑、緩衝液、安定劑和等張劑中的一者或多者。
無論是溶液、懸浮液或其他類似形式，液體藥學組成物皆可包括以下佐劑中的一者或多者：無菌稀釋劑，例如注射用水、鹽溶液，較佳為生理鹽水、林格氏溶液、等張氯化鈉、固定油，例如可用作溶劑或懸浮介質的合成甘油單酯或甘油二酯、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其他溶劑；抗菌劑，例如苯甲醇或對羥基苯甲酸甲酯；抗氧化劑，例如抗壞血酸或亞硫酸氫鈉；螯合劑，例如乙二胺四乙酸；緩衝液，例如乙酸鹽、檸檬酸鹽或磷酸鹽，以及用於調節張力的劑，例如氯化鈉或葡萄糖。腸胃外製劑可封入玻璃或塑料製成的安瓿、拋棄式注射器或多劑量小瓶中。生理鹽水是較佳的佐劑。可注射的藥學組成物較佳是無菌的。
意圖用於腸胃外或口服投藥的液體組成物應含有一定量的本案揭示的抗體或抗原結合片段，俾使獲得適宜的劑量。通常，此量為該組成物中的抗體或抗原結合片段的至少0.01%。當意圖用於口服投予時，此量可在該組成物重量的介於0.1與約70%之間變化。某些口服藥學組成物含有介於約4%與約75%之間的抗體或抗原結合片段。在某些實施方式中，製備根據本發明的藥學組成物和製劑，使得在稀釋之前，腸胃外劑量單位含有介於0.01至10重量%之間的抗體或抗原結合片段。
該組成物可意圖用於局部投予，在該情況下，載劑可適當地包含溶液、乳劑、軟膏或凝膠基底。舉例來說，該基底可包含以下的一者或多者：凡士林、羊毛脂、聚乙二醇、蜂蠟、礦物油、稀釋劑，例如水和乙醇，以及乳化劑和安定劑。增稠劑可存在於用於局部投藥的組成物中。假使意圖用於穿皮投藥，則該組成物可包括穿皮貼劑或離子電滲裝置。該藥學組成物可舉例來說以栓劑的形式來意圖用於直腸投藥，該栓劑將在直腸中融化並釋放藥物。用於直腸投藥的組成物可含有油性基底作為適宜的非刺激性賦形劑。此類鹼包括但不限於羊毛脂、可可脂和聚乙二醇。
組成物可包括變更固體或液體劑量單位的物理形式的各種材料。舉例來說，該組成物可包括在活性成分周圍形成包衣外殼的材料。形成包衣外殼的材料通常是惰性的，並可選自舉例來說糖、蟲膠和其他腸溶衣劑。或者，可將活性成分裝在明膠膠囊中。呈固體或液體形式的組成物可包括結合到本揭示的抗體或抗原結合片段之劑，藉此有助於遞送化合物。可以此能力作用的適宜劑包括單株或多株抗體、一個或多個蛋白質或脂質體。該組成物可基本上由能以氣霧劑投予的劑量單位所組成。術語「氣霧劑」用於表示各生殖細胞系統，範圍從具膠體本質的系統到由加壓包裝組成的系統。可藉由液化或壓縮氣體或藉由分配活性成分的適宜泵系統來遞送。氣霧劑可以單相、兩相或三相系統遞送，以遞送(多個)活性成分。氣霧劑的遞送包括必要的容器、活化劑、閥、子容器等，彼等可共同形成套組。本領域中具通常知識者無須過度實驗即可決定較佳的氣霧劑。
應理解的是，如本案所述，本揭示的組成物亦涵蓋用於聚核苷酸的載劑分子(譬如脂質奈米顆粒、奈米級遞送平台等)。
該等藥學組成物可藉由藥學領域眾所周知的方法來製備。舉例來說，可藉由合併包含本案所述抗體、其抗原結合片段或抗體接合物以及任擇地鹽、緩衝液及/或穩定劑中一者或多者的組成物和無菌蒸餾水來製備欲藉由注射投予的組成物，以形成溶液。可添加表面活性劑以促進均質溶液或懸浮液的形成。表面活性劑是與肽組成物非共價相互作用以促進抗體或其抗原結合片段在水性遞送系統中的溶解或均質懸浮的化合物。
一般而言，適宜的劑量和治療方案係以足以提供治療及/或預防益處的量提供組成物(例如本案所述，包括改善的臨床結果(譬如減少腹瀉或相關脫水的頻率、持續時間或嚴重性、或發炎或更長的無病及/或總生存期或降低症狀嚴重性)。為了預防性使用，劑量應足以預防與疾病或病症相關的疾病、延遲與疾病或病症相關的疾病的發作或減輕與疾病或病症相關的疾病的嚴重性。根據本案所述方法投予的組成物的預防益處可藉由進行臨床前(包括體外和體內動物研究)和臨床研究以及分析藉由適當的統計、生物學和臨床方法和技術從中獲得的數據來測定，本領域技術人員可容易地實踐所有這些。
組成物係以有效量(譬如以治療SARS-CoV-2感染)投予，其將取決於眾多因素而改變，包括所採用特定化合物的活性；化合物的代謝穩定性和作用時間長度；個體的年齡、體重、總體健康狀況、性別和飲食；投予模式和時間；排泄率；藥物組合；特定病症或病況的嚴重性；以及正在接受治療的個體。在某些實施方式中，在根據本揭示的調配物和方法投予療法之後，相較於以安慰劑治療或其他適宜的對照組個體，測試個體將展現出與所治療的疾病或病症有關的一個或多個症狀減少約10%到至多約99%。
通常，抗體或抗原結合片段的治療有效日劑量(對於70 kg哺乳動物)為約0.001 mg/kg (即0.07 mg)至約100 mg/kg (即7.0 g)；較佳地，治療有效劑量(對於70 kg哺乳動物)為約0.01 mg/kg (即0.7 mg)至約50 mg/kg (即3.5 g)；更佳地，治療有效劑量(對於70 kg哺乳動物)為約1 mg/kg (即70 mg)至約25 mg/kg (即1.75 g)。對於本揭示的聚核苷酸、載體、宿主細胞和相關組成物來說，治療有效劑量就抗體或抗原結合片段而言可能是不同的。
在某些實施方式中，一種方法包含將抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物投予個體2、3、4、5、6、7、8、9、10次或更多次。
在某些實施方式中，一種方法包含將抗體、抗原結合片段或組成物投予個體複數次，其中第二次或連續投予係分別在第一次或前次投予之後的約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約24、約48、約74、約96小時或更長時間。
在某些實施方式中，一種方法包含將抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物在個體受到SARS-CoV-2感染之前以至少一次投予該個體。
包含本揭示的抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物的組成物也可與投予一個或多個其他治療劑同時、之前或之後投予。此類組合療法可包括投予含有本發明的化合物和一個或多個另外的活性劑的單一藥學劑量調配物，以及投予包含本揭示的抗體或抗原結合片段和各別活性劑以其自身分隔的劑量調配物的組成物。舉例來說，如本案所述的抗體或其抗原結合片段和另一活性劑可在單一口服劑量組成物，例如錠劑或膠囊劑中一起投予患者，或者以分隔的口服劑量調配物投予各劑。類似地，本案所述的抗體或抗原結合片段和其他活性劑可以單一的腸胃外劑量組成物，例如鹽水溶液或其他生理學上可接受的溶液一起投予個體，或以分隔的腸胃外劑量調配物投予各別試劑。當使用分隔的劑量調配物時，包含抗體或抗原結合片段和一個或多個另外的活性劑的組成物可在基本上相同的時間投予，即同時地或者分別地錯開時間，即依序和以任何順序；組合療法應理解為包括所有這些方案。
在某些實施方式中，提供了一種組合療法，其包含本揭示的一個或多個抗SARS-CoV-2抗體(或一個或多個核酸、宿主細胞、載體或組成物)和一個或多個抗發炎劑及/或一個或多個抗病毒劑。在特定實施方式中，該一個或多個抗發炎劑包含皮質類固醇，舉例來說，地塞米松(dexamethasone)、潑尼松(prednisone)等。在一些實施方式中，一個或多個抗發炎劑包含細胞因子拮抗劑，例如，舉例來說，結合到IL6 (例如西妥昔單抗(siltuximab))或結合到IL-6R (例如托珠單抗(tocilizumab))或結合到IL-1β、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、FGF、G-CSF、GM-CSF、IFN-γ、IP-10、MCP-1、MIP-1A、MIP1-B、PDGR、TNF-α或VEGF的抗體。在一些實施方式中，使用了諸如魯索替尼(ruxolitinib)及/或阿那那羅(anakinra)的抗發炎劑。在一些實施方式中，一個或多個抗病毒劑包含核苷酸類似物或核苷酸類似物前驅藥，例如，舉例來說，瑞非西韋(remdesivir)、索非布韋(sofosbuvir)、阿昔洛韋(acyclovir)和齊多夫定(zidovudine)。在特定實施方式中，抗病毒劑包含洛匹那韋(lopinavir)、利托那韋(ritonavir)、法維拉韋(favipiravir)或其任何組合。在一些實施方式中，一組合療法包含萊羅尼單抗(leronlimab)。用於本揭示的組合療法的抗炎劑亦包括非固醇類抗炎藥(NSAIDS)。將理解的是，在此類組合療法中，一個或多個抗體(或一個或多個核酸、宿主細胞、載體或組成物)和一個或多個抗炎劑及/或一個或多個抗病毒劑可以任何順序和任何次序或共同投予。
在一些實施方式中，將抗體(或一個或多個核酸、宿主細胞、載體或組成物)投予先前已接受一個或多個抗炎劑及/或一個或多個抗病毒劑的個體。在一些實施方式中，將一個或多個抗炎劑及/或一個或多個抗病毒劑投予先前已接受抗體(或一個或多個核酸、宿主細胞、載體或組成物)的個體。
在某些實施方式中，提供了包含二或更多個本揭示的抗SARS-CoV-2抗體的一組合療法。一種方法可包含將第一抗體投予已經接受第二抗體的個體，或者可包含一起投予二或更多個抗體。舉例來說，在特定的實施方式中，提供了一種方法，其包含投予個體(a)第一抗體或抗原結合片段，其係當該個體已經接受第二抗體或抗原結合片段時；(b)第二抗體或抗原結合片段，其係當該個體已經接受第一抗體或抗原結合片段時；(c)第一抗體或抗原結合片段以及第二抗體或抗原結合片段。
在相關態樣中，提供了當前揭示的抗體、抗原結合片段、載體、宿主細胞和組成物的用途。
在某些實施方式中，提供了抗體、抗原結合片段、聚核苷酸、載體、宿主細胞或組成物，以用於在個體中治療SARS-CoV-2感染的方法。
在某些實施方式中，提供了抗體、抗原結合片段或組成物用於製造或製備用於治療一個體的SARS-CoV-2感染的醫藥品的方法。
本揭示亦提供以下實施方式。
實施方式1.  一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中： (i)該CDRH1包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:106、2、56、64、80、88、96、156、179、195或240中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代； (ii)該CDRH2包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:121、3、16至22、57、65、81、89、97、107、122至126、157、 180、197、199或241中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代； (iii)該CDRH3包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:108、4、25至26、58、66、82、90、98、104、127、128、158、 181、201、203或242中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代； (iv)該CDRL1包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:169、6、51至54、60、68、73、74、84、92、100、110、160、183、235或244中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代； (v)該CDRL2包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:170、7、61、69、85、93、101、111、161、184、236或245中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代；及/或 (vi)該CDRL3包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:171、8、62、70、77、78、86、94、102、112、151至154、162、185、237或246中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或為生殖細胞系編碼胺基酸的取代； 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或兩者上表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施方式2.  如實施方式1的抗體或抗原結合片段，其能夠中和在一體外感染模型中及/或在一體內感染動物模型中及/或在一人類中的SARS-CoV-2感染。
實施方式3.  如實施方式1至2中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其包含以下SEQ ID NOs.列示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列： (i)分別為106、121、108、169、170和171； (ii)分別為2至4和6至8或235至237； (iii)分別為2、16至22中任一者、4和6至8或235至237； (iv)分別為2、3、25至26中任一者和6至8或235至237； (v)分別為2至4、51、7或236和8或237； (vi)分別為2至4、52、7或236和8或237； (vii)分別為2至4、53、7或236和8或237； (viii)分別為2至5、54、7或236和8或237； (ix)分別為56至58和60至62； (x)分別為64至66和68至70； (xi)分別為64至66、73或74、69和70； (xii)分別為64至66、68、69和77或78； (xiii)分別為80至82和84至86； (xiv)分別為88至90和92至94； (xv)分別為96至98和101至102； (xvi)分別為96、97、104和100至102； (xvii)分別為106至108和169至171； (xviii)分別為106、121至126中任一者、108和169至171； (xix)分別為106、107、127或128和169至171； (xx)分別為106、107或121至126中任一者、108和169至171； (xxi)分別為156至158和160至162； (xxii)分別為106、123、127和169至171； (xxiii)分別為2、17、25、6或235或51至54中任一者、7或236和8或237； (xxiv)分別為2、20、25、6或235或51至54中任一者、7或236和8或237； (xxv)分別為179至181和183至185， (xxvi)分別為195、180、181和183至185； (xxvii)分別為195、197、181和183至185； (xxviii)分別為195、199、181和183至185； (xxiv)分別為195、197、201和183至185； (xxx)分別為195、197、203和183至185； (xxxi)分別為195、199、201和183至185； (xxxii)分別為195、199、203和183至185； (xxxiii)分別為179、180、181和183至185； (xxxiv)分別為179、197、181和183至185； (xxxv)分別為179、199、181和183至185； (xxxvi)分別為179、197、201和183至185； (xxxvii)分別為179、197、203和183至185； (xxxviii)分別為179、199、201和183至185； (xxxix)分別為179、199、203和183至185； (xxxx)分別為179、180、201和183至185； (xxxxi)分別為179、180、203和183至185；或者 (xxxxii)分別為240至242和244至246。
實施方式4.  如實施方式1至3中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其包含： (i) SEQ ID NO.:106列示的CDRH1胺基酸序列； (ii) SEQ ID NO.:121、SEQ ID NO.:107、SEQ ID NO.:122、SEQ ID NO.:123、SEQ ID NO.:124、SEQ ID NO.:125或SEQ ID NO.:126列示的CDRH2胺基酸序列； (iii) SEQ ID NO.:108、SEQ ID NO.:127或SEQ ID NO.:128列示的CDRH3胺基酸序列； (iv) SEQ ID NO.:169列示的CDRL1胺基酸序列； (v) SEQ ID NO.:170列示的CDRL2胺基酸序列；以及 (vi) SEQ ID NO.:171列示的CDRL3胺基酸序列； 其中，任擇地，該抗體或抗原結合片段包含以下列示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列： (a)分別為SEQ ID NOs.:106、121、108、169、170和171； (b)分別為SEQ ID Nos.: 106、121、127、169、170和171； (c)分別為SEQ ID Nos.: 106、121、128、169、170和171； (d)分別為SEQ ID NOs.:106、107、108、169、170和171； (e)分別為SEQ ID NOs.:106、107、127、169、170和171； (f)分別為SEQ ID NOs.:106、107、128、169、170和171； (g)分別為SEQ ID NOs.:106、122、108、169、170和171； (h)分別為SEQ ID NOs.:106、122、127、169、170和171； (i)分別為SEQ ID NOs.:106、122、128、169、170和171； (j)分別為SEQ ID NOs.:106、123、108、169、170和171； (k)分別為SEQ ID NOs.:106、123、127、169、170和171； (l)分別為SEQ ID NOs.:106、123、128、169、170和171； (m)分別為SEQ ID NOs.:106、124、108、169、170和171； (n)分別為SEQ ID NOs.:106、124、127、169、170和171； (o)分別為SEQ ID NOs.:106、124、128、169、170和171； (p)分別為SEQ ID NOs.:106、125、108、169、170和171； (q)分別為SEQ ID NOs.:106、125、127、169、170和171； (r)分別為SEQ ID NOs.:106、125、128、169、170和171； (s)分別為SEQ ID NOs.:106、126、108、169、170和171； (t)分別為SEQ ID NOs.:106、126、127、169、170和171；或者 (u)分別為SEQ ID NOs.:106、126、128、169、170和171。
實施方式5.  一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含SEQ ID NO.:106列示的CDRH1胺基酸序列、SEQ ID NO.:121列示的CDRH2胺基酸序列和SEQ ID NO.:108列示的CDRH3胺基酸序列，且該輕鏈可變域包含SEQ ID NO.:169列示的CDRL1胺基酸序列、SEQ ID NO.:170列示的CDRL2胺基酸序列和SEQ ID NO.:171列示的CDRL3胺基酸序列， 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在病毒體上或兩者上表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施方式6.  如實施方式5的抗體或抗原結合片段，其能夠中和在一體外感染模型中及/或在一體內感染動物模型中及/或在一人類中的SARS-CoV-2感染。
實施方式7.  如實施方式1至6中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其中： (i)該VH包含以下或由以下組成：與SEQ ID Nos.:113、1、9至15、23、24、27、28至46、55、63、79、87、95、103、105、114至120、129至146、155、172、176至178、194、196、198、200、202、239和267中任一者列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列，其中相較於參考VH胺基酸序列的變異，假使存在的話，係任擇地限於一個或多個框架區及/或該變異包含對生殖細胞系編碼胺基酸的一個或多個取代；及/或 (ii)該VL包含以下或由以下組成：與SEQ ID Nos.:168, 5、47至50、59、67、71至72、75、76、83、91、99、109、147至150、159、182、190、234和243中任一者列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列，其中相較於參考VH胺基酸序列的變異，假使存在的話，係任擇地限於一個或多個框架區及/或該變異包含對生殖細胞系編碼胺基酸的一個或多個取代。
實施方式8.  如實施方式1至7中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，該VH包含表2列示的任何VH胺基酸序列或由表2列示的任何VH胺基酸序列組成，且其中該VL包含表2列示的任何VL胺基酸序列或由表2列示的任何VL胺基酸序列組成，其中，任擇地，該VH和該VL包含以下SEQ ID NOs.列示的胺基酸序列或由以下SEQ ID NOs.列示的胺基酸序列組成： (i)分別為113和168； (ii)分別為1和5或234； (iii)分別為9至15中任一者和5或234； (iv)分別為23或24和5或234； (v)分別為27和5或234； (vi)分別為28至46中任一者和5或234； (vii)分別為1和47至50中任一者； (viii)分別為9至15中任一者和47至50中任一者； (ix)分別為23或24和47至50中任一者； (x)分別為27和47至50中任一者； (x)分別為28至46中任一者和47至50中任一者； (xii)分別為55和59； (xiii)分別為63和67； (xiv)分別為63和71或72； (xv)分別為63和75或76； (xvi)分別為79和83； (xvii)分別為87和91； (xviii)分別為95和99； (xix)分別為103和99； (xx)分別為105和168； (xxi)分別為114至120中任一者或267和168； (xxii)分別為129和168； (xxiii)分別為130至146中任一者和168； (xxiv)分別為105和147至150中任一者； (xxv)分別為113至120中任一者和147至150中任一者； (xxvi)分別為130至146中任一者和147至150中任一者； (xxvii)分別為155和159； (xxviii)分別為172和168； (xxix)分別為176或177和5或234或47至50中任一者； (xxx)分別為178和182或190； (xxxi)分別為194和182； (xxxii)分別為196和182； (xxxiii)分別為198和182； (xxxiv)分別為200和182； (xxxv)分別為202和182；或者 (xxxvi)分別為239和243。
實施方式9.  一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成且該VL包含由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
實施方式10.    一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含SEQ ID NOs.:105、114至120、129至146、172和267中任一者列示的胺基酸序列或由SEQ ID NOs.:105、114至120、129至146、172和267中任一者列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
實施方式11.    一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含由SEQ ID NO.:79列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:79列示的胺基酸序列組成且該VL包含由SEQ ID NO.:83列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:83列示的胺基酸序列組成。
實施方式12.    一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:80至82列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:80至82列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.:84至86列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:84至86列示的胺基酸序列組成， 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或兩者上表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施方式13.    一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含由SEQ ID NO.:105列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:79列示的胺基酸序列組成且該VL包含由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:83列示的胺基酸序列組成。
實施方式14.    一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:106至108列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:106至108列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 169至171列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.: 169至171列示的胺基酸序列組成， 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或兩者上表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施方式15.    一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含SEQ ID NO: 178列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO: 178列示的胺基酸序列組成且該VL包含SEQ ID NO.: 182或SEQ ID NO.:190列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 182或SEQ ID NO.:190列示的胺基酸序列組成。
實施方式16.    一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:179至181列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:179至181列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 183至185列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.: 183至185列示的胺基酸序列組成， 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或兩者上表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施方式17.    如實施方式1至16中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，該抗體或抗原結合片段： (i)識別SARS-CoV-2的ACE2受體結合模體(RBM，SEQ ID NO.:167)中的一表位； (ii)能夠阻斷SARS-CoV-2 (譬如SARS-CoV-2 RBM)和ACE2之間的相互作用； (ii)能夠以比SARS冠狀病毒S蛋白更大的結合性結合到SARS-CoV-2的S蛋白； (iii)識別在SARS-CoV-2的ACE2 RBM和SARS冠狀病毒的ACE2 RBM中保守的一表位； (vi)對SARS-CoV-2和SARS冠狀病毒有交叉反應； (vii)識別SARS-CoV-2表面醣蛋白中不在ACE2 RBM中的一表位； 或者 (viii)  (i)至(vii)的任何組合。
實施方式18.    如實施方式1至17中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制SARS-CoV-2與DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1中的任一者或多者之間的相互作用。
實施方式19.    如實施方式1至18中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制SARS-CoV-2與以下任一者或多者之間的相互作用：DC-SIGN；L-SIGN；SIGLEC-1；CD22；CD33；CLEC4M；SIGLEC-16；SIGLEC-15；SIGLEC-14；SIGLEC-12；SIGLEC-11；SIGLEC-10；SIGLEC-9；SIGLEC-8；SIGLEC-7；SIGLEC-6；SIGLEC-5；或其任何組合。
實施方式20.    如實施方式1至19中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其為一IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
實施方式21.    如實施方式1至20中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其為選自IgG1、IgG2、IgG3和IgG4的一IgG同型。
實施方式22.    如實施方式1至20中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其是人類的、人源化的或嵌合的。
實施方式23.    如實施方式1至22中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或該抗原結合片段包含人類抗體、單株抗體、純化抗體、單鏈抗體、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、scFv或scFab。
實施方式24.    如實施方式23的抗體或抗原結合片段，其中該scFab包含： (i) SEQ ID NOs: 218至219和226至227中任一者列示的胺基酸序列； (ii)一VL和一VH，該VL包含SEQ ID No.:168列示的胺基酸序列且該VH包含SEQ ID NO.: 105或SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列；或者(iii)包含SEQ ID NO.:106列示的胺基酸序列的CDRH1、包含SEQ ID NO.:107或121列示胺基酸序列的CDRH2、包含SEQ ID NO.:108列示的胺基酸序列的CDRH3、包含SEQ ID NO.:169列示的胺基酸序列的CDRL1、包含SEQ ID NO.:170列示的胺基酸序列的CDRL2和包含SEQ ID NO.:171列示的胺基酸序列的CDRL3。
實施方式25.    如實施方式23的抗體或抗原結合片段，其中該scFv包含： (i) SEQ ID NOs.:220至221或228至229中任一者列示的胺基酸序列； (ii)一VL和一VH，該VL包含SEQ ID No.:168列示的胺基酸序列且該VH包含SEQ ID NO.:105或SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列；或者 (iii)包含SEQ ID NO.:106列示的胺基酸序列的CDRH1、包含SEQ ID NO.:107或121列示胺基酸序列的CDRH2、包含SEQ ID NO.:108列示的胺基酸序列的CDRH3、包含SEQ ID NO.:169列示的胺基酸序列的CDRL1、包含SEQ ID NO.:170列示的胺基酸序列的CDRL2和包含SEQ ID NO.:171列示的胺基酸序列的CDRL3。
實施方式26.    如實施方式25的抗體或抗原結合片段，其中該scFv包含多於一個VH域和多於一個VL域。
實施方式27.    如實施方式26的抗體或抗原結合片段，其中該scFv包含： (i) SEQ ID NOs.:222至225或SEQ ID NOs.:230至233中任一者列示的胺基酸序列； (ii)兩個VL域，各自包含SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列，以及兩個VH域，各自包含SEQ ID NO.:105或SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列；或 (iii)兩個VL域，各自包含了包含SEQ ID NO.:169列示的胺基酸序列的CDRL1、包含SEQ ID NO.:170列示胺基酸序列的CDRL2和包含SEQ ID NO.:171列示的胺基酸序列的CDRL3，以及兩個VH域，各自包含了包含SEQ ID NO.:106列示的胺基酸序列的CDRH1、包含SEQ ID NO.:107或121列示的胺基酸序列的CDRH2和包含SEQ ID NO.:108列示的胺基酸序列的CDRH3。
實施方式28.    如實施方式1至27中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段是多重特異性抗體或抗原結合片段。
實施方式29.    如實施方式28的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段是雙特異性抗體或抗原結合片段。
實施方式30.    如實施方式28或29的抗體或抗原結合片段，其包含: (i)一第一VH和一第一VL；以及 (ii)一第二VH和一第二VL， 其中該第一VH和該第二VH不同，且各自獨立地包含與SEQ ID NOs.:113、1、9至15、23、 24、27至46、55、63、79、87、95、103、105、114至120、129至146、155、172、176至178、194、196、198、200、202、239和267中任一者列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列，以及 其中該第一VH和該第二VH不同，且各自獨立地包含與SEQ ID NOs.:168、5、47至50、59， 67、71、72、75、76、83、91、99、109、147至150、159、182、190、234和243中任一者列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列； 且其中該第一VH和該第一VL一起形成一第一抗原結合位點，且其中該第二VH和該第二VL一起形成一第二抗原結合位點。
實施方式31.    如實施方式1至30中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段更包含一Fc多肽或其片段。
實施方式32.    如實施方式31的抗體或抗原結合片段，其中該Fc多肽或其片段包含： (i)增強與一FcRn結合的一突變，其係相較於不包含該突變的一參考Fc多肽；及/或 (ii)增強與一FcγR結合的一突變，其係相較於不包含該突變的一參考Fc多肽。
實施方式33.    如實施方式32的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcRn結合的突變包含：M428L；N434S；N434H；N434A；N434S；M252Y；S254T；T256E；T250Q；P257I；Q311I；D376V；T307A；E380A；或其任何組合。
實施方式34.    如實施方式32或33的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcRn結合的突變包含： (i)   M428L/N434S； (ii)  M252Y/S254T/T256E； (iii) T250Q/M428L； (iv) P257I/Q311I； (v)  P257I/N434H； (vi) D376V/N434H； (vii)   T307A/E380A/N434A；或 (viii)  (i)至(vii)的任何組合。
實施方式35.    如實施方式32至34中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcRn結合的突變包含M428L/N434S。
實施方式36.    如實施方式32至35中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcγR結合的突變包含S239D；I332E；A330L；G236A；或其任何組合。
實施方式37.    如實施方式32至36中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcγR結合的突變包含： (i)   S239D/I332E； (ii)  S239D/A330L/I332E； (iii) G236A/S239D/I332E；或 (iv) G236A/A330L/I332E。
實施方式38.    如實施方式1至37中任一實施方式的抗體或抗原結合片段： 其包含改變醣基化的突變，其中改變醣基化的該突變包含N297A、N297Q或N297G；及/或 其經脫醣基化及/或脫岩藻醣基化。
實施方式39.    如實施方式31至38中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該Fc多肽包含L234A突變和L235A突變。
實施方式40.    如實施方式1至39中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段結合到SARS-CoV-2S蛋白，其係使用生物層干涉術所測量。
實施方式41.    如實施方式40的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段以小於約4.5x10-9 M，例如小於4.5x10-9 M的KD結合到該SARS-CoV-2 S蛋白。
實施方式42.    如實施方式40或41的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段以小於約1.0x10-10 M，例如小於1.0x10-10 M的KD結合到該SARS-CoV-2 S蛋白。
實施方式43.    如實施方式40至42中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段以小於約1.0x10-11 M，例如小於1.0x10-11 M的KD結合到該SARS-CoV-2 S蛋白。
實施方式44.    如實施方式40至43中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段以小於約1x10-12 M，例如小於1x10-12 M的KD結合到該SARS-CoV-2 S蛋白。
實施方式45.    如實施方式1至44中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠以約16至約20 μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染及/或能夠中和標靶細胞的感染。
實施方式46.    如實施方式1至45中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠以約0.3至約0.4 μg/ml或約3至約4 nM的IC50中和SARS-CoV-2感染及/或能夠中和標靶細胞的感染。
實施方式47.    如實施方式1至46中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠誘導抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)及/或抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)對抗受到SARS-CoV-2感染的標靶細胞。
實施方式48.    如實施方式40至47中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段的Fab能夠以2.0x10-9 或更小、1.9x10-9 或更小或1.8x10-9 或更小的KD結合到SARS-CoV-2 S蛋白。
實施方式49.    如實施方式1至48中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠中和SARS-CoV-2的感染，並且不和人類ACE2競爭結合至SARS-CoV-2 S蛋白。 其中，任擇地，該中和包含中和在體外感染模型中的感染。
實施方式50.    如實施方式1至49中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠以3.0 nM、3.1 nM、3.2 nM、3.3 nM、3.4 nM、3.5 nM、3.6 nM、3.7 nM、3.8 nM、3.9 nM或4.0 nM的IC50中和SARS-CoV-2的感染。
實施方式51.    如實施方式47至50中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該誘導ADCC包含活化包含V158 FcγRIIIa變異體的自然殺手細胞、包含F158 FcγRIIIa變異體的自然殺手細胞或兩者。
實施方式52.    如實施方式47至51中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該ADCP包含接合在諸如單核球、巨噬細胞或樹突細胞的吞噬細胞的表面上表現的FcγRIIa及/或FcγRIIIa。
實施方式53.    一種抗體或其抗原結合片段，其和如實施方式1至52中任一項的抗體或抗原結合片段競爭結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白，其中，任擇地，該抗體或抗原-結合片段能夠抑制SARS-CoV-2與DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1中任一者或多者之間的相互作用。
實施方式54.    一種抗體或其抗原結合片段，其和抗體S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168)及/或抗體S303 (VH SEQ ID NO.:63；VL SEQ ID NO.:67)競爭結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白，其中，任擇地，該抗體或抗原-結合片段能夠抑制SARS-CoV-2與DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1中任一者或多者之間的相互作用。
實施方式55.    一種抗體或其抗原結合片段，其和抗體S304 (VH SEQ ID NO.:79；VL SEQ ID NO.:81)及/或抗體S315 (VH SEQ ID NO.:178；VL SEQ ID NO.:182)競爭結合至SARS-CoV-2表面醣蛋白。
實施方式56.    如實施方式1至55中任一項的抗體或抗原結合片段，當一SARS-CoV-2表面醣蛋白包含在一融合前三聚體中時，該抗體或抗原結合片段能夠結合到該SARS-CoV-2表面醣蛋白。
實施方式57.    如請求項1至56中任一項的抗體或抗原結合片段，當RBD經醣基化及/或當RBD經去醣基化時，該抗體或抗原結合片段能夠結合到該SARS-CoV-2表面醣蛋白的受體結合域(RBD)，其中該結合是使用表面電漿子共振(SPR)測定，其中，任擇地： (1)該SPR是使用Biacore T200儀器及使用單循環動力學方式進行，另任擇地，注射期間為3分鐘，解離期間為20分鐘； (2)該抗體或抗原結合片段被捕獲在一表面上； (3)該RBD是以0.8 nM、3.1 nM、12.5 nM、50 nM或200 nM的濃度存在； (4)該抗體或抗原結合片以約2.0 nM，約1.9 nM、約1.8 nM、約1.7 nM、約1.6 nM、約1.5 nM、約1.4 nM、約1.3 nM、約1.2 nM、約1.1 nM、約1.0 nM、約0.9 nM、約0.8 nM、約0.7 nM、約0.6 nM、約0.5 nM、約0.4 nM或約0.3 nM的KD，或以0.4 nM ± 0.05 nM的KD，或以0.45 nM±0.05 nM的KD，或以0.5 nM ± 0.05 nM的KD，或以0.6 nM ± 0.05 nM的KD，或以0.7 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.7 nM ± 0.05 nM的KD結合到該醣基化RBD；及/或 (5)該抗體或抗原結合片段以約37.0 nM、約8.0 nM、約2.0 nM、約1.9 nM、約1.8 nM、約1.7 nM、約1.6 nM、約1.5 nM的KD、約1.4 nM、約1.3 nM、約1.2 nM、約1.1 nM、約1.0 nM或約0.9 nM，或以37.0 nM ± 0.05 nM的KD，或以8.0 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.0 nM ± 0.05 nM的KD，或以0.9 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.3 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.8 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.7 nM ± 0.05 nM的KD結合到該去醣基化RBD。
實施方式58.    如實施方式1至57中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠中和人肺細胞中的SARS-CoV-2感染，其中，任擇地，該人肺細胞包含Calu-3細胞，其中，另任擇地，該抗體或抗原結合片段具有約97 ng/mL的中和IC50。
實施方式59.    如實施方式1至58中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠結合到人類補體成分C1q，其中，任擇地，結合到該C1q是使用生物層干涉術(BLI)，例如使用Octet儀器測定。
實施方式60.    如實施方式1至59中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制SARS-CoV-2表面醣蛋白介導的細胞-細胞融合。
實施方式61.    如實施方式1至60中任一項的抗體或抗原結合片段，其在衍生自人類供體的周邊血液單核球(PBMC)或樹突細胞中不引起抗體介導的SARS-CoV-2複製的增強。
實施方式62.    如實施方式1至61中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其包含： (i)一CH1-CH3，其包含SEQ ID NO.:173或175列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:173或175列示的胺基酸序列組成；及/或 (ii)一CL，其包含SEQ ID NO.:174或SEQ ID NO.:193列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:174或SEQ ID NO.:193列示的胺基酸序列組成。
實施方式63.    一種經分離的抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含SEQ ID NO.:106列示的互補決定區(CDR)H1胺基酸序列、SEQ ID NO.:121列示的CDRH2胺基酸序列和SEQ ID NO.:108列示的CDRH3胺基酸序列，且該輕鏈可變域包含SEQ ID NO.:169列示的CDRL1胺基酸序列、SEQ ID NO.:170列示的CDRL2胺基酸序列和SEQ ID NO.:171列示的CDRL3胺基酸序列， 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或兩者上表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施方式64.    如實施方式1至63中任一實施方式的經分離的抗體或抗原結合片段，其能夠結合到以下的一表面醣蛋白(S)： (i) SARS-CoV-2武漢-Hu-1 (SEQ ID NO.:165)； (ii) SARS-CoV-2 B.1.1.7； (iii) SARS-CoV-2 B.1.351； (iv) SARS-CoV-2，包含相對於SEQ ID NO.:165的以下取代突變中的任一者或多者：N501Y；S477N；N439K；L452R；E484K；Y453F；A520S；K417N；K417V；S494P；N501T；S477R；V367F；P384L；A522S；A522V；V382L；P330S；T478I；S477I；P479S；或 (v) (i)至(iv)的任何組合。
實施方式65.    如實施方式63或64的經分離的抗體或抗原結合片段，其能夠中和以下的SARS-CoV-2感染： (i)在一體外感染模型中； (ii)在一體內感染動物模型中； (iii)在一人類中；或者 (iv) (i)至(iii)的任何組合。
實施方式66.    如實施方式63至65中任一實施方式的經分離的抗體或抗原結合片段，其中： (i)該VH包含與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列組成；及/或 (ii)該VL包含與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列組成。
實施方式67.    如實施方式63至66中任一實施方式的經分離的抗體或抗原結合片段，其中： (i)該VH包含與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少90%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少90%同一性的胺基酸序列組成；及/或 (ii)該VL包含與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少90%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少90%同一性的胺基酸序列組成。
實施方式68.    如實施方式63至67中任一實施方式的經分離的抗體或抗原結合片段，其中： (i)該VH包含與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少95%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少95%同一性的胺基酸序列組成；及/或 (ii)該VL包含與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少95%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少95%同一性的胺基酸序列組成。
實施方式69.    如實施方式63至68中任一實施方式的經分離的抗體或抗原結合片段，其中： (i)該VH包含與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少99%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少99%同一性的胺基酸序列組成；及/或 (ii)該VL包含與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少99%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少99%同一性的胺基酸序列組成。
實施方式70.    如實施方式63至69中任一實施方式的經分離的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制以下之間的相互作用： (i) SARS-CoV-2和人類DC-SIGN； (ii) SARS-CoV-2和人類L-SIGN； (iii) SARS-CoV-2和人類SIGLEC-1；或者 (iv) (i)至(iii)的任何組合。
實施方式71.    如實施方式63至70中任一實施方式的經分離的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段包含人類抗體、單株抗體、純化抗體、單鏈抗體、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、scFv或scFab。
實施方式72.    如實施方式63至71中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段更包含一Fc多肽或其片段。
實施方式73.    如實施方式63至72中任一實施方式的經分離的抗體或抗原結合片段，其為一IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
實施方式74.    如實施方式72或73的經分離的抗體或抗原結合片段，其中該Fc多肽或其片段包含： (i)增強與一FcRn結合的一突變，其係相較於不包含該突變的一參考Fc多肽；及/或 (ii)增強與一FcγR結合的一突變，其係相較於不包含該突變的一參考Fc多肽。
實施方式75.    如實施方式74的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與一FcRn結合的突變包含： (i)   M428L/N434S； (ii)  M252Y/S254T/T256E； (iii) T250Q/M428L； (iv) P257I/Q311I； (v)  P257I/N434H； (vi) D376V/N434H； (vii)   T307A/E380A/N434A；或 (viii)  (i)至(vii)的任何組合。
實施方式76.    如實施方式75的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcRn結合的突變包含M428L/N434S。
實施方式77.    如實施方式74至76中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcγR結合的突變包含S239D；I332E；A330L；G236A；或其任何組合。
實施方式78.    如實施方式77的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcγR結合的突變包含： (i)   S239D/I332E； (ii)  S239D/A330L/I332E； (iii) G236A/S239D/I332E；或 (iv) G236A/A330L/I332E。
實施方式79.    如實施方式63至78中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其更包含CH1-CH3，該CH1-CH3包含SEQ ID NO.:265或266列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:265或266列示的胺基酸序列組成。
實施方式80.    一種經分離的抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成且該VL包含由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
實施方式81.    如實施方式80的經分離的抗體或抗原結合片段，其能夠中和以下的SARS-CoV-2感染： (i)在一體外感染模型中； (ii)在一體內感染動物模型中； (iii)在一人類中；或者 (iv) (i)至(iii)的任何組合。
實施方式82.    如實施方式80或81的經分離的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制以下之間的相互作用： (i) SARS-CoV-2和人類DC-SIGN； (ii) SARS-CoV-2和人類L-SIGN； (iii) SARS-CoV-2和人類SIGLEC-1；或者 (iv) (i)至(iii)的任何組合。
實施方式83.    如實施方式80至82中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段更包含一Fc多肽或其片段。
實施方式84.    如實施方式80至83中任一實施方式的經分離的抗體或抗原結合片段，其為一IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
實施方式85.    如實施方式83或84中任一實施方式的經分離的抗體或抗原結合片段，其中該Fc多肽或其片段包含： (i)增強與一FcRn結合的一突變，其係相較於不包含該突變的一參考Fc多肽；及/或 (ii)增強與一FcγR結合的一突變，其係相較於不包含該突變的一參考Fc多肽。
實施方式86.    如實施方式85的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與一FcRn結合的突變包含： (i)   M428L/N434S； (ii)  M252Y/S254T/T256E； (iii) T250Q/M428L； (iv) P257I/Q311I； (v)  P257I/N434H； (vi) D376V/N434H； (vii)   T307A/E380A/N434A；或 (viii)  (i)至(vii)的任何組合。
實施方式87.    如實施方式86的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcRn結合的突變包含M428L/N434S。
實施方式88.    如實施方式85至87中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcγR結合的突變包含S239D；I332E；A330L；G236A；或其任何組合。
實施方式89.    如實施方式88的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcγR結合的突變包含： (i)   S239D/I332E； (ii)  S239D/A330L/I332E； (iii) G236A/S239D/I332E；或 (iv) G236A/A330L/I332E。
實施方式90.    如實施方式80至89中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其更包含CH1-CH3，該CH1-CH3包含SEQ ID NO.:265或266列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:265或266列示的胺基酸序列組成。
實施方式91.    一種經分離的抗體，其包含： (i)一重鏈，包含(i)(1)一VH，其包含SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成，和(i)(2)一CH1-CH3，其包含SEQ ID NO.:173列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:173列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一輕鏈，包含(ii)(1)一VL，其包含SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列組成，和(ii)(2)一CL，其包含SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列組成。
實施方式92.    一種經分離的抗體或其抗原結合片段，其能夠結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)並抑制SARS-CoV-2與人類DC-SIGN、人類L-SIGN、人類SIGLEC-1或其任何組合之間的相互作用。
實施方式93.    一種經分離的抗體，其包含： (i)一重鏈，包含(i)(1)一VH，其包含SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成，和(i)(2)一CH1-CH3，其包含SEQ ID NO.:175列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:175列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一輕鏈，包含(ii)(1)一VL，其包含SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列組成，和(ii)(2)一CL，其包含SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列組成。
實施方式94.    一種經分離的抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含SEQ ID NO.:106列示的互補決定區(CDR)H1胺基酸序列、SEQ ID NO.:121列示的CDRH2胺基酸序列和SEQ ID NO.:108列示的CDRH3胺基酸序列，且該輕鏈可變域包含SEQ ID NO.:169列示的CDRL1胺基酸序列、SEQ ID NO.:170列示的CDRL2胺基酸序列和SEQ ID NO.:171列示的CDRL3胺基酸序列， 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或兩者上表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
實施方式95.    如實施方式94的抗體或抗原結合片段，其能夠中和以下的SARS-CoV-2感染： (i)在一體外感染模型中； (ii)在一體內感染動物模型中； (iii)在一人類中；或者 (iv) (i)至(iii)的任何組合。
實施方式96.    如實施方式94或95的抗體或抗原結合片段，其中： (i)該VH包含與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列組成；及/或 (ii)該VL包含與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列組成。
實施方式97.    如實施方式94至96中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該VH包含SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
實施方式98.    如實施方式94至97中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，該抗體或抗原結合片段： (i)能夠以比SARS冠狀病毒S蛋白更大的結合性結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白； (ii)對SARS-CoV-2和SARS冠狀病毒有交叉反應； (iii)識別SARS-CoV-2表面醣蛋白中不在ACE2 RBM中的一表位；或者 (iv) (i)至(iii)的任何組合。
實施方式99.    如實施方式94至98中任一項的抗體或抗原結合片段，其為IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型，且較佳為選自IgG1、IgG2、IgG3和IgG4的一IgG同型。
實施方式100.  如實施方式94至99中任一實施方式的抗體或抗原結合片段： (i)其為人類的、人源化的或嵌合的； (ii)其中該抗體或抗原結合片段包含人類抗體、單株抗體、純化的抗體、單鏈抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv或scFab；及/或 (iii)其中該抗體或抗原結合片段是多重特異性抗體或抗原結合片段，其中，任擇地，該抗原結合片段是雙特異性抗體或抗原結合片段。
實施方式101.  如實施方式94至100中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段更包含一Fc多肽或其片段。
實施方式102.  如實施方式101的抗體或抗原結合片段，其中該Fc多肽或其片段包含： (1)增強與一FcRn結合的一突變，其係相較於不包含該突變的一參考Fc多肽，其中，任擇地，增強與一FcRn結合的該突變包括M428L、N434S、N434H、N434A、N434S、M252Y、S254T、T256E、T250Q、P257I、Q311I、D376V、T307A、E380A或其任何組合，其中，另任擇地，增強與一FcRn結合的該突變包含：(i) M428L/N434S；(ii) M252Y/S254T/T256E；(iii) T250Q/M428L；(iv) P257I/Q311I；(v) P257I/N434H；(vi) D376V/N434H；(vii) T307A/E380A/N434A或(viii) (i)至(vii)的任何組合；及/或 (2)增強與一FcγR結合的一突變，其係相較於不包含該突變的一參考Fc多肽，其中，任擇地，增強與一FcγR結合的該突變包含S239D、I332E、A330L、G236A或其任何組合，其中，另任擇地，增強與一FcγR結合的該突變包含：(i) S239D/I332E；(ii) S239D/A330L/I332E；(iii) G236A/S239D/I332E；或(iv) G236A/A330L/I332E。
實施方式103.  如實施方式102的抗體或抗原結合片段，其中增強與一FcRn的結合的該突變包含M428L/N434S及/或增強與一FcγR的結合的該突變包含G236A/A330L/I332E。
實施方式104.  如實施方式94至103中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其包含： (i)一CH1-CH3，與SEQ ID NO.:173或175具有90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性；及/或 (ii)一CL，包含與SEQ ID NO.:174的胺基酸序列具有90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的胺基酸序列。
實施方式105.  如實施方式94至104中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其包含改變該抗體或抗原結合片段的醣基化的突變，其中改變該抗體或抗原結合片段的醣基化的該突變包含N297A、N297Q或N297G，及/或其中該抗體或抗原結合片段經脫醣基化及/或脫岩藻醣基化。
實施方式106.  如實施方式94至4105中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段以小於約4.5x10-9 M、小於5x10-9 M、小於約1x10-10 M、小於約5x10-10 M、小於約1x10-11 M、小於約5x10-11 M或小於約1x10-12 M的KD結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白或其RBD上，其係藉由生物層干涉術測量，其中，任擇地，抗體或抗原結合片段以KD為小於1x10-12 M結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白，其係藉由生物層干涉術測量(譬如將抗體或抗原結合片段固定在感測器上，並將感測器浸入含有不同濃度的SARS-CoV-2或RBD的孔中，記錄締合階段期間抗體結合的動力學，然後將感測器浸入不含抗體的緩衝液中觀察解離相期間抗體從SARS-CoV-2或RBD脫離的動力學。在以動力學緩衝液(KB；0.01%無內毒素BSA，0.002^ Tween-20，0.005% NaN3，溶於PBS)進行水合步驟10分鐘之後，可使用Protein A生物感測器(Pall ForteBio)以2.7ug/ml固定重組抗體1分鐘。藉由將被抗體包覆的感測器與不同濃度的SARS-CoV-1 RBD (Sino Biological)或SARS-CoV-2 RBD (在Expi-CHO細胞中自行製造；來自乙型CoV/武漢-Hu-1/2019的刺突的331至550號殘基，登錄號MN908947)培育，可記錄締合曲線5分鐘。測試的SARS-CoV-2或RBD濃度可為10ug/ml，然後按1:2.5一系列地稀釋。可將感測器移至含有KB的孔中來記錄解離9分鐘。可使用整體擬合模型(Octet)計算以KD值表示的親和力。使用Octet Red96 (ForteBio)設備)。
實施方式107.  如實施方式94至106中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠誘導抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)及/或抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)對抗受到SARS-CoV-2感染的標靶細胞， 其中，任擇地，該誘導ADCC包含活化一包含一V158 FcγRIIIa變異體的自然殺手細胞、一包含一F158 FcγRIIIa變異體的自然殺手細胞或兩者，及/或該誘導ADCP包含接合在諸如單核球、巨噬細胞或樹突細胞的吞噬細胞的表面上表現的一FcγRIIa。
實施方式108.  如實施方式94至107中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段是一Fab，並且該Fab能夠以2.0x10-9 M或更小、1.9x10-9 M或更小或1.8x10-9 M或更小的KD結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白，其係藉由生物層干涉術測量。
實施方式109.  如請求項94至108中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠中和該SARS-CoV-2的感染並且不和人類ACE2競爭結合至該SARS-CoV-2表面醣蛋白。
實施方式110.  一種抗體或其抗原結合片段，其和如請求項94至109中任一項的抗體或抗原結合片段競爭結合至一SARS-CoV-2表面醣蛋白。
實施方式111.  如實施方式94至110中任一項的抗體或抗原結合片段，當一SARS-CoV-2表面醣蛋白包含在一融合前三聚體中時，該抗體或抗原結合片段能夠結合到該SARS-CoV-2表面醣蛋白。
實施方式112.  如請求項94至111中任一項的抗體或抗原結合片段，當RBD經醣基化及/或當RBD經去醣基化時，該抗體或抗原結合片段能夠結合到該SARS-CoV-2表面醣蛋白的受體結合域(RBD)，其中該結合是使用表面電漿子共振(SPR)測定，其中，任擇地： (1)該SPR是使用Biacore T200儀器及使用單循環動力學方式進行，另任擇地，注射期間為3分鐘，解離期間為20分鐘； (2)該抗體或抗原結合片段被捕獲在一表面上； (3)該RBD以0.8 nM、3.1 nM、12.5 nM、50 nM或200 nM的一濃度存在； (4)該抗體或抗原結合片段以約0.6 nM、約0.5 nM、約0.4 nM或約0.3 nM的KD或以0.3 nM ± 0.05 nM的KD、或以0.4 nM ± 0.05 nM的KD、或以0.45 nM ± 0.05 nM的KD、或以0.5 nM ± 0.05 nM的KD或以0.6 nM ± 0.05 nM的KD結合到該醣基化的RBD；及/或 (5)該抗體或抗原結合片段以約1.6 nM、約1.5 nM、約1.4 nM、約1.3 nM、約1.2 nM、約1.1 nM、約1.0的KD結合到該去醣基化的RBD。
實施方式113.  如實施方式94至112中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠中和人肺細胞中的SARS-CoV-2感染，其中，任擇地，該人肺細胞包含Calu-3細胞，其中，另任擇地，該抗體或抗原結合片段具有約97 ng/mL的中和IC50。
實施方式114.  如實施方式94至113中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠結合到人類補體成分C1q，其中，任擇地，結合到該C1q是使用生物層干涉術(BLI)，例如使用Octet儀器測定。
實施方式115.  如實施方式94至114中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制SARS-CoV-2表面醣蛋白介導的細胞-細胞融合。
實施方式116.  如實施方式94至115中任一項的抗體或抗原結合片段，其在衍生自人類供體的周邊血液單核球(PBMC)或樹突細胞中不引起抗體介導的SARS-CoV-2複製的增強。
實施方式117.  如實施方式94至116中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制以下之間的相互作用： (i) SARS-CoV-2和人類DC-SIGN； (ii) SARS-CoV-2和人類L-SIGN； (iii) SARS-CoV-2和人類SIGLEC-1；或者 (iv) (i)至(iii)的任何組合。
實施方式118.  如實施方式94至117中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠結合到以下的表面醣蛋白： (i) SARS-CoV-2武漢-Hu-1 (SEQ ID NO.:165)； (ii) SARS-CoV-2 B.1.1.7； (iii) SARS-CoV-2 B.1.351； (iv) SARS-CoV-2，包含相對於SEQ ID NO.:165的以下取代突變中的任一者或多者：N501Y；S477N；N439K；L452R；E484K；Y453F；A520S；K417N；K417V；S494P；N501T；S477R；V367F；P384L；A522S；A522V；V382L；P330S；T478I；S477I；P479S；或 (v) (i)至(iv)的任何組合。
實施方式119.  如實施方式94至118中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠以3.0 nM、3.1 nM、3.2 nM、3.3 nM、3.4 nM、3.5 nM、3.6 nM、3.7 nM、3.8 nM、3.9 nM或4.0 nM的IC50中和SARS-CoV-2的感染。
實施方式120.  如實施方式94至119中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其包含： (i)一重鏈，包含(i)(1)一VH，其包含SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成，和(i)(2)一CH1-CH3，其包含SEQ ID NO.:173列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:173列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一輕鏈，包含(ii)(1)一VL，其包含SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列組成，和(ii)(2)一CL，其包含SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列組成。
實施方式121.  如實施方式94至120中任一實施方式的抗體或抗原結合片段，其包含： (i)一重鏈，包含(i)(1)一VH，其包含SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成，和(i)(2)一CH1-CH3，其包含SEQ ID NO.:175列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:175列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一輕鏈，包含(ii)(1)一VL，其包含SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列組成，和(ii)(2)一CL，其包含SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列組成。
實施方式122.  如實施方式94至121中任一實施方式的經分離的抗體或抗原結合片段，其包含一CH1-CH3，該CH1-CH3包含SEQ ID NO.:265或266列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:265或266列示的胺基酸序列組成。
實施方式123.  一種經分離的聚核苷酸，其編碼實施方式1至122中任一實施方式的抗體或抗原結合片段或編碼該抗體或該抗原結合片段的一VH、一重鏈、一VL及/或一輕鏈。
實施方式124.  如實施方式123的經分離的聚核苷酸，其中該聚核苷酸包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)，其中該RNA任擇地包含傳訊RNA (mRNA)。
實施方式125.  如實施方式123或124的經分離的聚核苷酸，其經密碼子最佳化以在一宿主細胞中表現。
實施方式126.  如實施方式123至125中任一實施方式的經分離的聚核苷酸，其包含與根據SEQ ID NOs.:186至189、191至192、238、247、248至255和257至262中任一者或多者的聚核苷酸序列具有至少50%同一性的聚核苷酸。
實施方式127.  如實施方式123至126中任一實施方式的經分離的聚核苷酸，其包含SEQ ID NOs.:249、250和257至262中的任一者或多者列示的聚核苷酸序列。
實施方式128.  一種重組載體，包含如實施方式123至127中任一項的聚核苷酸。
實施方式129.  一種宿主細胞，包含如實施方式123至127中任一實施方式的聚核苷酸及/或如實施方式128的載體，其中該聚核苷酸與該宿主細胞是異源的。
實施方式130.  一種人類B細胞，包含如實施方式123至129中任一實施方式的聚核苷酸，其中該聚核苷酸與該人類B細胞是異源的及/或其中該人類B細胞是永生的。
實施方式131.  一種組成物，包含： (i)如實施方式1至122中任一實施方式的抗體或抗原結合片段； (ii)如實施方式123至127中任一實施方式的聚核苷酸； (iii)如實施方式128的重組載體； (iv)如實施方式129的宿主細胞；及/或 (v)如實施方式130的人類B細胞， 以及藥學上可接受的賦形劑、載劑或稀釋劑。
實施方式132.  如實施方式131的組成物，其包含二或更多個如實施方式1至122中任一實施方式的抗體或抗原結合片段。
實施方式133. 如實施方式132的組成物，其包含： (i)一第一抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.:79列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:79列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:83列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:83列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一第二抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.:105列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:105列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
實施方式134.  如實施方式132的組成物，其包含： (i)一第一抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:80至82列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:80至82列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.:84至86列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:84至86列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一第二抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:106至108列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:106至108列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.:169至171列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:169至171列示的胺基酸序列組成。
實施方式135.  如實施方式132的組成物，其包含： (i)一第一抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.:178列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:178列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:182或SEQ ID NO.:190列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:182或SEQ ID NO.:190列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一第二抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.:105列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:105列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
實施方式136.  如實施方式135的組成物，其包含： (i)一第一抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:179至181列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:179至181列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.:183至185列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:183至185列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一第二抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:106至108列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:106至108列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.:169至171列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:169至171列示的胺基酸序列組成。
實施方式137.  如實施方式132的組成物，其包含： (i)一第一抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.:178列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:178列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:182或SEQ ID NO.:190列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:182或SEQ ID NO.:190列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一第二抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.:63列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:63列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:67、SEQ ID NOs.:71至71中任一者或SEQ ID NOs:75至76中任一者列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:67、SEQ ID NOs.:71至71中任一者或SEQ ID NOs:75至76中任一者列示的胺基酸序列組成。
實施方式138.  如實施方式132的組成物，其包含： (i)一第一抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:179至181列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:179至181列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.:183至185列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:183至185列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一第二抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:64至66列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:64至66列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1包含SEQ ID NO.:68、SEQ ID NO.:73或SEQ ID NO.:74中任一者列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NO.:68、SEQ ID NO.:73或SEQ ID NO.:74中任一者列示的胺基酸序列組成，該CDRL2包含SEQ ID NO.:69列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NO.:69列示的胺基酸序列組成且該CDRL3包含SEQ ID NO.:70、SEQ ID NO.:77或SEQ ID NO.:78列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NO.:70、SEQ ID NO.:77或SEQ ID NO.:78列示的胺基酸序列組成。
實施方式139.  一種組成物，包含(i)如實施方式8或9的抗體或抗原結合片段和(ii)如實施方式10或11的抗體或抗原結合片段，其中該組成物能夠以約0.07至約0.08 μg/ml的IC50中和SARS-CoV-2感染。
實施方式140.  一種組成物，其包含包封在一載劑分子中的如實施方式123至127中任一項的聚核苷酸，其中該載劑分子任擇地包含脂質、脂質衍生的遞送載體，例如脂質體、固體脂質奈米顆粒、油性懸浮液、亞微米脂質乳劑、脂質微泡、逆相脂質微胞、耳蝸脂質體、脂質微管、脂質微圓柱體、脂質奈米顆粒(LNP)或奈米級平台。
實施方式141.  一種在一個體中治療SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含將以下的一有效量施予該個體： (i)如實施方式1至122中任一實施方式的抗體或抗原結合片段； (ii)如實施方式123至127中任一實施方式的聚核苷酸； (iii)如實施方式128的重組載體； (iv)如實施方式129的宿主細胞； (v)如實施方式130的人類B細胞；及/或 (vi)如實施方式131至140中任一項的組成物。
實施方式142.  一種在一個體中抑制SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含將以下的一有效量施予該個體： (i)如實施方式1至122中任一實施方式的抗體或抗原結合片段； (ii)如實施方式123至127中任一實施方式的聚核苷酸； (iii)如實施方式128的重組載體； (iv)如實施方式129的宿主細胞； (v)如實施方式130的人類B細胞；及/或 (vi)如實施方式131至140中任一項的組成物。
實施方式143.  如實施方式1至122中任一實施方式的抗體或抗原結合片段、如實施方式123至127中任一實施方式的聚核苷酸、如實施方式128的重組載體、如實施方式129的宿主細胞、如實施方式130的人類B細胞及/或如實施方式131至140中任一實施方式的組成物，其係用於治療一個體中的SARS-CoV-2感染的方法。
實施方式144.  如實施方式1至122中任一實施方式的抗體或抗原結合片段、如實施方式123至127中任一實施方式的聚核苷酸、如實施方式128的重組載體、如實施方式129的宿主細胞、如實施方式130的人類B細胞及/或如實施方式131至140中任一實施方式的組成物，其係用於治療一個體中的SARS-CoV-2感染的方法。
實施方式145.  如實施方式1至122中任一實施方式的抗體或抗原結合片段、如實施方式123至127中任一實施方式的聚核苷酸、如實施方式128的重組載體、如實施方式129的宿主細胞、如實施方式130的人類B細胞及/或如實施方式131至140中任一實施方式的組成物，其係用於製備用於治療一個體中的SARS-CoV-2感染的醫藥品。
實施方式146.  一種用於體外診斷SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含： (i)使來自一個體的一樣品與如實施方式1至122中任一實施方式的抗體或抗原結合片段接觸；以及 (ii)偵測包含一抗原和該抗體或包含一抗原和該抗原結合片段的一複合物。
實施方式147.  如實施方式146的方法，其中該樣品包含從該個體分離的血液。
實施方式148.  一種組合或組成物，包含： (i)抗體或抗原結合片段，其包含 (i)(a) CDRH1胺基酸序列GYPFTSYG、CDRH2胺基酸序列ISTYNGNT或ISTYQGNT、CDRH3胺基酸序列ARDYTRGAWFGESLIGGFDN；CDRL1胺基酸序列或QTVSSTS、CDRL2胺基酸序列GAS及CDRL3胺基酸序列QHDTSLT；或 (i)(b)VH胺基酸序列，其包含以下或由以下組成：QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS 或包含以下或由以下組成：QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS， 以及VL胺基酸序列，其包含以下或由以下組成：EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTSLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLTFGGGTKVEIK； 以及 (ii)抗體或抗原結合片段，其包含： (ii)(a)分別根據SEQ ID NOs.:79和83的VH和VL胺基酸序列； (ii)(b)分別根據SEQ ID NOS.:80-82和84-86的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列； (ii)(c)分別根據SEQ ID NOs.:178或194或196或198或200或202以及182或190的VH和VL胺基酸序列；或 (ii)(d)分別根據SEQ ID NOs.:179或195、180或197或199、181、201或203以及183-185的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列。
實施方式149. 一種預防或治療或中和在一個體中的一冠狀病毒感染的方法，該方法包含將如實施方式148的組合或組成物投予該個體，其中，任擇地，(i)的該抗體或抗原結合片段和(ii)的該抗體或抗原結合物片段係併行地、同時地或連續地投予。
實施方式150.  一種在一個體中預防或治療或中和一冠狀病毒感染的方法，該方法包含投予一個體，該個體已接受一第一抗體或抗原結合片段，包含： (a)分別根據SEQ ID NOs.:79和83的VH和VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOs.:80至82和84至86的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列； 以及一第二抗體或抗原結合片段，包含： (a)根據SEQ ID NO.:105或113的VH胺基酸序列和根據SEQ ID NO: 168的VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOs.: 106至108或分別根據SEQ ID NOs.:106、121和108的CDRH1、CDRH2和CDRH3胺基酸序列以及分別根據SEQ ID NOs.:169至171的CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列。
實施方式151.  一種在一個體中預防或治療或中和一冠狀病毒感染的方法，該方法包含投予一個體，該個體已接受一第一抗體或抗原結合片段，包含： (a)根據SEQ ID NOs.:105或113的VH胺基酸序列和根據SEQ ID NO.:168的VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOs.: 106至108或分別根據NOs.:106、121和108的CDRH1、CDRH2和CDRH3胺基酸序列以及分別根據SEQ ID NOS.:169至171的CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列； 一第二抗體或抗原結合片段，包含： (a)分別根據SEQ ID NOs.:79和83的VH和VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOS.:80至82和84至86的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列。
實施方式152.  一種在一個體中預防或治療或中和一冠狀病毒感染的方法，該方法包含投予一個體，該個體已接受一第一抗體或抗原結合片段，包含： (a)分別根據SEQ ID NOs.:178或194或196或198或200或202和182或190的VH和VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOS.:179或195、180或197或199、181 201或203和183至185的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列； 一第二抗體或抗原結合片段，包含： (a)根據SEQ ID NOs.:105或113的VH胺基酸序列和根據SEQ ID NO: 168的VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOs.: 106至108或分別根據SEQ ID NOs.: 106、121和108的CDRH1、CDRH2和CDRH3胺基酸序列以及分別根據SEQ ID NOS.:169至171的CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列。
實施方式153.  一種在一個體中預防或治療或中和一冠狀病毒感染的方法，該方法包含投予一個體，該個體已接受一第一抗體或抗原結合片段，包含： (a)根據SEQ ID NOs.:105或113的VH胺基酸序列和根據SEQ ID NO: 168的VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOs.: 106至108或分別根據SEQ ID NOs.:106、121和108的CDRH1、CDRH2和CDRH3胺基酸序列以及分別根據SEQ ID NOs.:169至171的CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列； 一第二抗體或抗原結合片段，包含： (a)分別根據SEQ ID NOs.:178或194或196或198或200或202和182或190的VH和VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOS.:179或195、180或197或199、181 201或203和183至185的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列。表2. 序列
序列說明 SEQ ID NO. 序列
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb VH (aa) 1 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb CDRH1 (aa) 2 GYTFTDYY
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb CDRH2 (aa) 3 VNGYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb CDRH3 (aa) 4 ARDRPSHEWAMYFFDN
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb VL (Vκ) (aa) 5 QIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVPSSC LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS GRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTIRRLEPEDFAVYYCQQYGSSPPLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb CDRL1 (aa) 6 QSVPSSC
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb CDRL2 (aa) 7 GAS
SARS-CoV-2 S300-v1 mAb CDRL3 (aa) 8 QQYGSSPPLT
SARS-CoV-2 S300-v1.1 mAb VH (aa) 9 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVQGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.2 mAb VH (aa) 10 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNAYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.3 mAb VH (aa) 11 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNSYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.4 mAb VH (aa) 12 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNPYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.5 mAb VH (aa) 13 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNQYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.6 mAb VH (aa) 14 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVLGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.7 mAb VH (aa) 15 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVTGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.1 mAb CDRH2 (aa) 16 VQGYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.2 mAb CDRH2 (aa) 17 VNAYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.3 mAb CDRH2 (aa) 18 VNSYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.4 mAb CDRH2 (aa) 19 VNPYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.5 mAb CDRH2 (aa) 20 VNQYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.6 mAb CDRH2 (aa) 21 VLGYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.7 mAb CDRH2 (aa) 22 VTGYSGAT
SARS-CoV-2 S300-v1.8 mAb VH (aa) 23 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEFAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.9 mAb VH (aa) 24 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGWVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEYAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v1.8 mAb CDRH3 (aa) 25 ARDRPSHEFAMYFFDN
SARS-CoV-2 S300-v1.9 mAb CDRH3 (aa) 26 ARDRPSHEYAMYFFDN
SARS-CoV-2 S300-v2 mAb VH (aa) 27 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.1 mAb VH (aa) 28 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVQGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.2 mAb VH (aa) 29 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNAYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.3 mAb VH (aa) 30 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNSYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.4 mAb VH (aa) 31 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNPYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.5 mAb VH (aa) 32 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNQYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.6 mAb VH (aa) 33 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVLGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.7 mAb VH (aa) 34 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVTGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.8 mAb VH (aa) 35 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEFAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.9 mAb VH (aa) 36 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEYAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3 mAb VH (aa) 37 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.1 mAb VH (aa) 38 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVQGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.2 mAb VH (aa) 39 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNAYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.3 mAb VH (aa) 40 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNSYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.4 mAb VH (aa) 41 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNPYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.5 mAb VH (aa) 42 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNQYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.6 mAb VH (aa) 43 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVLGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.7 mAb VH (aa) 44 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVTGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEWAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.8 mAb VH (aa) 45 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEFAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v3.9 mAb VH (aa) 46 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGYVNGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEYAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v10 mAb VL (Vκ) (aa) 47 QIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVPSSY LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS GRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTIRRLEPEDFAVYYCQQYGSSPPLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S300-v11 mAb VL (Vκ) (aa) 48 QIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVPSSS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS GRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTIRRLEPEDFAVYYCQQYGSSPPLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S300-v12 mAb VL (Vκ) (aa) 49 QIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVPSST LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS GRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTIRRLEPEDFAVYYCQQYGSSPPLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S300-v13 mAb VL (Vκ) (aa) 50 QIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVPSSA LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS GRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTIRRLEPEDFAVYYCQQYGSSPPLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S300-v10 mAb CDRL1 (aa) 51 QSVPSSY
SARS-CoV-2 S300-v11 mAb CDRL1 (aa) 51 QSVPSSS
SARS-CoV-2 S300-v12 mAb CDRL1 (aa) 53 QSVPSST
SARS-CoV-2 S300-v13 mAb CDRL1 (aa) 54 QSVPSSA
SARS-CoV-2 S302 mAb VH (aa) 55 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYG MHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNK YYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDISSGWDRVFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S302 mAb CDRH1 (aa) 56 GFTFSSYG
SARS-CoV-2 S302 mAb CDRH2 (aa) 57 ISYDGSNK
SARS-CoV-2 S302 mAb CDRH3 (aa) 58 AKDISSGWDRVFDY
SARS-CoV-2 S302 mAb VL (Vκ) (aa) 59 EILLTQSPGTLSLSPGERATLSCRTSQSVGSSY LAWYQQKPGQAPRLLIYAAS SRAIGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPWT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S302 mAb CDRL1 (aa) 60 QSVGSSY
SARS-CoV-2 S302 mAb CDRL2 (aa) 61 AAS
SARS-CoV-2 S302 mAb CDRL3 (aa) 62 QQYGSSPWT
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb VH (aa) 63 EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFLTYS MNWVRQTPGKRLQWVSAISGSGGAT YYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNTVTADDTAIYFCARERDDIFPMGLNAFDI WGQGAMVIVSS
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb CDRH1 (aa) 64 GFTFLTYS
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb CDRH2 (aa) 65 ISGSGGAT
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb CDRH3 (aa) 66 ARERDDIFPMGLNAFDI
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb VL (Vκ) (aa) 67 DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISNW LAWYQQKPGKAPKLLIYKAS SLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDSATYYCQQYDTYSWT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb CDRL1 (aa) 68 QSISNW
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb CDRL2 (aa) 69 KAS
SARS-CoV-2 S303-v1 mAb CDRL3 (aa) 70 QQYDTYSWT
SARS-CoV-2 S303-v2 mAb VL (Vκ) (aa) 71 DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISNF LAWYQQKPGKAPKLLIYKAS SLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDSATYYCQQYDTYSWT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S303-v3 mAb VL (Vκ) (aa) 72 DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISNY LAWYQQKPGKAPKLLIYKAS SLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDSATYYCQQYDTYSWT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S303-v2 mAb CDRL1 (aa) 73 QSISNF
SARS-CoV-2 S303-v3 mAb CDRL1 (aa) 74 QSISNY
SARS-CoV-2 S303-v4 mAb VL (Vκ) (aa) 75 DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISNW LAWYQQKPGKAPKLLIYKAS SLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDSATYYCQQYDTYSFT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S303-v5 mAb VL (Vκ) (aa) 76 DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISNW LAWYQQKPGKAPKLLIYKAS SLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDSATYYCQQYDTYSYT FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S303-v4 mAb CDRL3 (aa) 77 QQYDTYSFT
SARS-CoV-2 S303-v5 mAb CDRL3 (aa) 78 QQYDTYSYT
SARS-CoV-2 S304 mAb VH (aa) 79 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYD MHWVRQTTGKGLEWVSTIGTAGDT YYPDSVKGRFTISREDAKNSLYLQMNSLRAGDTAVYYCARGDSSGYYYYFDY WGQGTLLTVSS
SARS-CoV-2 S304 mAb CDRH1 (aa) 80 GFTFSSYD
SARS-CoV-2 S304 mAb CDRH2 (aa) 81 IGTAGDT
SARS-CoV-2 S304 mAb CDRH3 (aa) 82 ARGDSSGYYYYFDY
SARS-CoV-2 S304 mAb VL (Vκ) (aa) 83 DIQMTQSPSSLSAAVGDRVTITCRASQSIGSY LNWYQQKPGKAPKLLIYAAS SLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFAIYYCQQSYVSPTYT FGPGTKVDIK
SARS-CoV-2 S304 mAb CDRL1 (aa) 84 QSIGSY
SARS-CoV-2 S304 mAb CDRL2 (aa) 85 AAS
SARS-CoV-2 S304 mAb CDRL3 (aa) 86 QQSYVSPTYT
SARS-CoV-2 S306 mAb VH (aa) 87 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASTYTFTSFG ISWVRQAPGQGLEWMGWITTYSGDT NYAQKFQGRVTMTTDTSTNTAYMELRSLRSDDTAVYYCASDYFDSSGYYHSFDY WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S306 mAb CDRH1 (aa) 88 TYTFTSFG
SARS-CoV-2 S306 mAb CDRH2 (aa) 89 ITTYSGDT
SARS-CoV-2 S306 mAb CDRH3 (aa) 90 ASDYFDSSGYYHSFDY
SARS-CoV-2 S306 mAb VL (Vκ) (aa) 91 EIVLTQSPDTLSLSPGERATLSCRASQSVSSY LAWYQQRPGQAPRLLIYDAS KRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQRSNWPPGCS FGQGTKVEIK
SARS-CoV-2 S306 mAb CDRL1 (aa) 92 QSVSSY
SARS-CoV-2 S306 mAb CDRL2 (aa) 93 DAS
SARS-CoV-2 S306 mAb CDRL3 (aa) 94 QQRSNWPPGCS
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb VH (aa) 95 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASRFTFSSYG MHWVRQAPGKGLEWVAVIWHDGNNK HYGDSVKGRVTISRDNSKNTLYLQMTSLRAEDTAVYYCARAVTTFKGSGRARMRGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb CDRH1 (aa) 96 RFTFSSYG
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb CDRH2 (aa) 97 IWHDGNNK
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb CDRH3 (aa) 98 ARAVTTFKGSGRARMRGMDV
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb VL (Vκ) (aa) 99 DIQLTQSPSFLSASVGDRVTITCRASQGINTY LAWYQQKPGKAPKLLIYAAS TLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCQHLDTYPFT FGPGTKVDIK
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb CDRL1 (aa) 100 QGINTY
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb CDRL2 (aa) 101 AAS
SARS-CoV-2 S308-v1 mAb CDRL3 (aa) 102 QHLDTYPFT
SARS-CoV-2 S308-v2 mAb VH (aa) 103 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASRFTFSSYG MHWVRQAPGKGLEWVAVIWHDGNNK HYGDSVKGRVTISRDNSKNTLYLQMTSLRAEDTAVYYCARAVTTFKGSGRARLRGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S308-v2 mAb CDRH3 (aa) 104 ARAVTTFKGSGRARLRGMDV
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb VH (aa) 105 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb CDRH1 (aa) 106 GYPFTSYG
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb CDRH2 (aa) 107 ISTYNGNT
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb CDRH3 (aa) 108 ARDYTRGAWFGESLIGGFDN
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb VL (Vκ) (aa) (non-productive) 109 DIQMTQSPSSLSTSVGDRVTITCRASQGINNY VAWYQQKPGKVPKLLIYGAS TLQSGVPSRFRGSGSGTGFTLTISSLQPEDVASYYCRKYNSAPWT FGQGTRVEIK
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb CDRL1 (aa) (非生產性) 110 QGINNY
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb CDRL2 (aa) (非生產性) 111 GAS
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb CDRL3 (aa) (非生產性) 112 RKYNSAPWT
SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb VH (aa) 113 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1.2 mAb VH (aa) 114 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNSNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1.3 mAb VH (aa) 115 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNANT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1.4 mAb VH (aa) 116 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNQNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1.5 mAb VH (aa) 117 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYLGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1.6 mAb VH (aa) 118 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYTGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1.7 mAb VH (aa) 119 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1.8 mAb VH (aa) 120 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAYFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb CDRH2 (aa) 121 ISTYQGNT
SARS-CoV-2 S309-v1.2 mAb CDRH2 (aa) 122 ISTYNSNT
SARS-CoV-2 S309-v1.3 mAb CDRH2 (aa) 123 ISTYNANT
SARS-CoV-2 S309-v1.4 mAb CDRH2 (aa) 124 ISTYNQNT
SARS-CoV-2 S309-v1.5 mAb CDRH2 (aa) 125 ISTYLGNT
SARS-CoV-2 S309-v1.6 mAb CDRH2 (aa) 126 ISTYTGNT
SARS-CoV-2 S309-v1.7 mAb CDRH3 (aa) 127 ARDYTRGAFFGESLIGGFDN
SARS-CoV-2 S309-v1.8 mAb CDRH3 (aa) 128 ARDYTRGAYFGESLIGGFDN
SARS-CoV-2 S309-v2 mAb VH (aa) 129 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v2.1 mAb VH (aa) 130 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v2.2 mAb VH (aa) 131 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNSNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v2.3 mAb VH (aa) 132 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNANT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v2.4 mAb VH (aa) 133 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNQNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v2.5 mAb VH (aa) 134 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYLGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v2.6 mAb VH (aa) 135 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYTGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v2.7 mAb VH (aa) 136 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v2.8 mAb VH (aa) 137 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAYFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3 mAb VH (aa) 138 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.1 mAb VH (aa) 139 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.2 mAb VH (aa) 140 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNSNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.3 mAb VH (aa) 141 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNANT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.4 mAb VH (aa) 142 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNQNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.5 mAb VH (aa) 143 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYLGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.6 mAb VH (aa) 144 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYTGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.7 mAb VH (aa) 145 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v3.8 mAb VH (aa) 146 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAYFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-v9 mAb VL (Vκ) (aa) (非生產性) 147 DIQMTQSPSSLSTSVGDRVTITCRASQGINNY VAWYQQKPGKVPKLLIYGAS TLQSGVPSRFRGSGSGTGFTLTISSLQPEDVASYYCRKYNSAPGT FGQGTRVEIK
SARS-CoV-2 S309-v10 mAb VL (VK) (aa) (非生產性) 148 DIQMTQSPSSLSTSVGDRVTITCRASQGINNY VAWYQQKPGKVPKLLIYGAS TLQSGVPSRFRGSGSGTGFTLTISSLQPEDVASYYCRKYNSAPRT FGQGTRVEIK
SARS-CoV-2 S309-v11 mAb VL (Vκ) (aa) (非生產性) 149 DIQMTQSPSSLSTSVGDRVTITCRASQGINNY VAWYQQKPGKVPKLLIYGAS TLQSGVPSRFRGSGSGTGFTLTISSLQPEDVASYYCRKYNSAPFT FGQGTRVEIK
SARS-CoV-2 S309-v12 mAb VL (Vκ) (aa) (非生產性) 150 DIQMTQSPSSLSTSVGDRVTITCRASQGINNY VAWYQQKPGKVPKLLIYGAS TLQSGVPSRFRGSGSGTGFTLTISSLQPEDVASYYCRKYNSAPYT FGQGTRVEIK
SARS-CoV-2 S309-v9 mAb CDRL3 (aa) (非生產性) 151 RKYNSAPGT
SARS-CoV-2 S309-v10 mAb CDRL3 (aa) (非生產性) 152 RKYNSAPRT
SARS-CoV-2 S309-v11 mAb CDRL3 (aa) (非生產性) 153 RKYNSAPFT
SARS-CoV-2 S309-v12 mAb CDRL3 (aa) (非生產性) 154 RKYNSAPYT
SARS-CoV-2 S310 mAb VH (aa) 155 QVQLVQSGAELKKPGSSVKVSCKASGGTFNSYS FNWVRQAPGQGLEWLGGIIPVLGTS NYAQKFQGRVAVTADEFTTTAYMELSSLRSEDTAVYYCATRTYDSSGYRPYYYGLDV WGQGTPVTVSS
SARS-CoV-2 S310 mAb CDRH1 (aa) 156 GGTFNSYS
SARS-CoV-2 S310 mAb CDRH2 (aa) 157 IIPVLGTS
SARS-CoV-2 S310 mAb CDRH3 (aa) 158 ATRTYDSSGYRPYYYGLDV
SARS-CoV-2 S310 mAb VL (Vκ) (aa) 159 QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGSYNL VSWYQQRPGKAPELMIYEVT KRPSGLSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCCSYAGSDTVI FGGGTKVTVL
SARS-CoV-2 S310 mAb CDRL1 (aa) 160 SSDVGSYNL
SARS-CoV-2 S310 mAb CDRL2 (aa) 161 EVT
SARS-CoV-2 S310 mAb CDRL3 (aa) 162 CSYAGSDTVI
武漢海鮮市場肺炎病毒分離株武漢-Hu-1基因組序列(GenBank: MN908947.3;January 23, 2020) 163 1 attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct 61 gttctctaaa cgaactttaa aatctgtgtg gctgtcactc ggctgcatgc ttagtgcact 121 cacgcagtat aattaataac taattactgt cgttgacagg acacgagtaa ctcgtctatc 181 ttctgcaggc tgcttacggt ttcgtccgtg ttgcagccga tcatcagcac atctaggttt 241 cgtccgggtg tgaccgaaag gtaagatgga gagccttgtc cctggtttca acgagaaaac 301 acacgtccaa ctcagtttgc ctgttttaca ggttcgcgac gtgctcgtac gtggctttgg 361 agactccgtg gaggaggtct tatcagaggc cgtcaacat cttaaagatg gcacttgtgg 421 cttagtagaa gttgaaaaag gcgttttgcc tcaacttgaa cagccctatg tgttcatcaa 481 acgttcggat gctcgaactg cacctcatgg tcatgttatg gttgagctgg tagcagaact 541 cgaaggcatt cagtacggtc gtagtggtga gacacttggt gtccttgtcc ctcatgtggg 601 cgaaatacca gtggcttacc gcaaggttct tcttcgtaag  aacggtaata aaggagctgg 661 tggccatagt tacggcgccg atctaaagtc atttgactta ggcgacgagc ttggcactga 721 tccttatgaa gattttcaag aaaactggaa cactaaacat agcagtggtg ttacccgtga 781 actcatgcgt gagcttaacg gaggggcata cactcgctat gtcgataaca acttctgtgg 841 ccctgatggc taccctcttg agtgcattaa agaccttcta gcacgtgctg gtaaagcttc 901 atgcactttg tccgaacaac tggactttat tgacactaag aggggtgtat actgctgccg 961 tgaacatgag catgaaattg cttggtacac ggaacgttct  gaaaagagct atgaattgca 1021 gacacctttt gaaattaaat tggcaaagaa atttgacacc ttcaatgggg aatgtccaaa 1081 ttttgtattt cccttaaatt ccataatcaa gactattcaa ccaagggttg aaaagaaaaa 1141 gcttgatggc tttatgggta gaattcgatc tgtctatcca gttgcgtcac caaatgaatg 1201 caaccaaatg tgcctttcaa ctctcatgaa gtgtgatcat tgtggtgaaa cttcatggca 1261 gacgggcgat tttgttaaag ccacttgcga attttgtggc actgagaatt tgactaaaga 1321 aggtgccact acttgtggtt acttacccca aaatgctgtt gttaaaattt attgtccagc 1381 atgtcacaat tcagaagtag gacctgagca tagtcttgcc gaataccata atgaatctgg 1441 cttgaaaacc attcttcgta agggtggtcg cactattgcc tttggaggct gtgtgttctc 1501 ttatgttggt tgccataaca agtgtgccta ttgggttcca cgtgctagcg ctaacatagg 1561 ttgtaaccat acaggtgttg ttggagaagg ttccgaaggt cttaatgaca accttcttga 1621 aatactccaa aaagagaaag tcaacatcaa tattgttggt gactttaaac ttaatgaaga 1681 gatcgccatt attttggcat ctttttctgc ttccacaagt gcttttgtgg aaactgtgaa 1741 aggtttggat tataaagcat tcaaacaaat tgttgaatcc tgtggtaatt ttaaagttac1801 aaaaggaaaa gctaaaaaag gtgcctggaa tattggtgaa cagaaatcaa tactgagtcc 1861 tctttatgca tttgcatcag aggctgctcg tgttgtacga tcaattttct cccgcactct 1921 tgaaactgct caaaattctg tgcgtgtttt acagaaggcc gctataacaa tactagatgg 1981 aatttcacag tattcactga gactcattga tgctatgatg ttcacatctg atttggctac 2041 taacaatcta gttgtaatgg cctacattac aggtggtgtt gttcagttga cttcgcagtg 2101 gctaactaac atctttggca ctgtttatga aaaactcaaa cccgtccttg attggcttga 2161 agagaagttt aaggaaggtg tagagtttct tagagacggt tgggaaattg ttaaatttat 2221 ctcaacctgt gcttgtgaaa ttgtcggtgg acaaattgtc acctgtgcaa aggaaattaa 2281 ggagagtgtt cagacattct ttaagcttgt aaataaattt ttggctttgt gtgctgactc 2341 tatcattatt ggtggagcta aacttaaagc cttgaattta ggtgaaacat ttgtcacgca 2401 ctcaaaggga ttgtacagaa agtgtgttaa atccagagaa gaaactggcc tactcatgcc 2461 tctaaaagcc ccaaaagaaa ttatcttctt agagggagaa acacttccca cagaagtgtt 2521 aacagaggaa gttgtcttga aaactggtga tttacaacca  ttagaacaac ctactagtga 2581 agctgttgaa gctccattgg ttggtacacc agtttgtatt aacgggctta tgttgctcga 2641 aatcaaagac acagaaaagt actgtgccct tgcacctaat atgatggtaa caaacaatac 2701 cttcacactc aaaggcggtg caccaacaaa ggttactttt ggtgatgaca ctgtgataga 2761 agtgcaaggt tacaagagtg tgaatatcac ttttgaactt gatgaaagga ttgataaagt 2821 acttaatgag aagtgctctg cctatacagt tgaactcggt acagaagtaa atgagttcgc 2881 ctgtgttgtg gcagatgctg tcataaaaac tttgcaacca gtatctgaat tacttacacc 2941 actgggcatt gatttagatg agtggagtat ggctacatac tacttatttg atgagtctgg 3001 tgagtttaaa ttggcttcac atatgtattg ttctttctac cctccagatg aggatgaaga 3061 agaaggtgat tgtgaagaag aagagtttga gccatcaact caatatgagt atggtactga 3121 agatgattac caaggtaaac ctttggaatt tggtgccact tctgctgctc ttcaacctga 3181 agaagagcaa gaagaagatt ggttagatga tgatagtcaa caaactgttg gtcaacaaga 3241 cggcagtgag gacaatcaga caactactat tcaaacaatt gttgaggttc aacctcaatt 3301 agagatggaa cttacaccag ttgttcagac tattgaagtg aatagtttta gtggttattt 3361 aaaacttact gacaatgtat acattaaaaa tgcagacatt gtggaagaag ctaaaaaggt 3421 aaaaccaaca gtggttgtta atgcagccaa tgtttacctt aaacatggag gaggtgttgc 3481 aggagcctta aataaggcta ctaacaatgc catgcaagtt gaatctgatg attacatagc 3541 tactaatgga ccacttaaag tgggtggtag ttgtgtttta agcggacaca atcttgctaa 3601 acactgtctt catgttgtcg gcccaaatgt taacaaaggt gaagacattc aacttcttaa 3661 gagtgcttat gaaaatttta atcagcacga agttctactt gcaccattat tatcagctgg 3721 tatttttggt gctgacccta tacattcttt aagagtttgt gtagatactg ttcgcacaaa 3781 tgtctactta gctgtctttg ataaaaatct ctatgacaaa cttgtttcaa gctttttgga 3841 aatgaagagt gaaaagcaag ttgaacaaaa gatcgctgag attcctaaag aggaagttaa 3901 gccatttata actgaaagta aaccttcagt tgaacagaga aaacaagatg ataagaaaat 3961 caaagcttgt gttgaagaag ttacaacaac tctggaagaa actaagttcc tcacagaaaa 4021 cttgttactt tatattgaca ttaatggcaa tcttcatcca gattctgcca ctcttgttag 4081 tgacattgac atcactttct taaagaaaga tgctccatat atagtgggtg atgttgttca 4141 agagggtgtt ttaactgctg tggttatacc tactaaaaag gctggtggca ctactgaaat 4201 gctagcgaaa gctttgagaa aagtgccaac agacaattat ataaccactt acccgggtca 4261 gggtttaaat ggttacactg tagaggaggc aaagacagtg cttaaaaagt gtaaaagtgc 4321 cttttacatt ctaccatcta ttatctctaa tgagaagcaa gaaattcttg gaactgtttc 4381 ttggaatttg cgagaaatgc ttgcacatgc agaagaaaca cgcaaattaa tgcctgtctg 4441 tgtggaaact aaagccatag tttcaactat acagcgtaaa tataagggta ttaaaataca 4501 agagggtgtg gttgattatg gtgctagatt ttacttttac accagtaaaa caactgtagc 4561 gtcacttatc aacacactta acgatctaaa tgaaactctt gttacaatgc cacttggcta 4621 tgtaacacat ggcttaaatt tggaagaagc tgctcggtat atgagatctc tcaaagtgcc 4681 agctacagtt tctgtttctt cacctgatgc tgttacagcg tataatggtt atcttacttc 4741 ttcttctaaa acacctgaag aacattttat tgaaaccatc tcacttgctg gttcctataa 4801 agattggtcc tattctggac aatctacaca actaggtata gaatttctta agagaggtga 4861 taaaagtgta tattacacta gtaatcctac cacattccac ctagatggtg aagttatcac 4921 ctttgacaat cttaagacac ttctttcttt gagagaagtg aggactatta aggtgtttac 4981 aacagtagac aacattaacc tccacacgca agttgtggac atgtcaatga catatggaca 5041 acagtttggt ccaacttatt tggatggagc tgatgttact aaaataaaac ctcataattc 5101 acatgaaggt aaaacatttt atgttttacc taatgatgac actctacgtg ttgaggcttt 5161 tgagtactac cacacaactg atcctagttt tctgggtagg tacatgtcag cattaaatca 5221 cactaaaaag tggaaatacc cacaagttaa tggtttaact tctattaaat gggcagataa 5281 caactgttat cttgccactg cattgttaac actccaacaa atagagttga agtttaatcc 5341 acctgctcta caagatgctt attacagagc aagggctggt gaagctgcta acttttgtgc 5401 acttatctta gcctactgta ataagacagt aggtgagtta ggtgatgtta gagaaacaat 5461 gagttacttg tttcaacatg ccaatttaga ttcttgcaaa agagtcttga acgtggtgtg 5521 taaaacttgt ggacaacagc agacaaccct taagggtgta gaagctgtta tgtacatggg 5581 cacactttct tatgaacaat ttaagaaagg tgttcagata ccttgtacgt gtggtaaaca 5641 agctacaaaa tatctagtac aacaggagtc accttttgtt atgatgtcag caccacctgc 5701 tcagtatgaa cttaagcatg gtacatttac ttgtgctagt gagtacactg gtaattacca 5761 gtgtggtcac tataaacata taacttctaa agaaactttg tattgcatag acggtgcttt 5821 acttacaaag tcctcagaat acaaaggtcc tattacggat gttttctaca aagaaaacag 5881 ttacacaaca accataaaac cagttactta taaattggat ggtgttgttt gtacagaaat 5941 tgaccctaag ttggacaatt attataagaa agacaattct tatttcacag agcaaccaat 6001 tgatcttgta ccaaaccaac catatccaaa cgcaagcttc gataatttta agtttgtatg 6061 tgataatatc aaatttgctg atgatttaaa ccagttaact ggttataaga aacctgcttc 6121 aagagagctt aaagttacat ttttccctga cttaaatggt gatgtggtgg ctattgatta 6181 taaacactac acaccctctt ttaagaaagg agctaaattg ttacataaac ctattgtttg 6241 gcatgttaac aatgcaacta ataaagccac gtataaacca aatacctggt gtatacgttg 6301 tctttggagc acaaaaccag ttgaaacatc aaattcgttt gatgtactga agtcagagga 6361 cgcgcaggga atggataatc ttgcctgcga agatctaaaa ccagtctctg aagaagtagt 6421 ggaaaatcct accatacaga aagacgttct tgagtgtaat gtgaaaacta ccgaagttgt 6481 aggagacatt atacttaaac cagcaaataa tagtttaaaa attacagaag aggttggcca 6541 cacagatcta atggctgctt atgtagacaa ttctagtctt actattaaga aacctaatga 6601 attatctaga gtattaggtt tgaaaaccct tgctactcat ggtttagctg ctgttaatag 6661 tgtcccttgg gatactatag ctaattatgc taagcctttt cttaacaaag ttgttagtac 6721 aactactaac atagttacac ggtgtttaaa ccgtgtttgt actaattata tgccttattt 6781 ctttacttta ttgctacaat tgtgtacttt tactagaagt acaaattcta gaattaaagc 6841 atctatgccg actactatag caaagaatac tgttaagagt gtcggtaaat tttgtctaga 6901 ggcttcattt aattatttga agtcacctaa tttttctaaa ctgataaata ttataatttg 6961 gtttttacta ttaagtgttt gcctaggttc tttaatctac tcaaccgctg ctttaggtgt 7021 tttaatgtct aatttaggca tgccttctta ctgtactggt tacagagaag gctatttgaa 7081 ctctactaat gtcactattg caacctactg tactggttct ataccttgta gtgtttgtct 7141 tagtggttta gattctttag acacctatcc ttctttagaa actatacaaa ttaccatttc 7201 atcttttaaa tgggatttaa ctgcttttgg cttagttgca gagtggtttt tggcatatat 7261 tcttttcact aggtttttct atgtacttgg attggctgca atcatgcaat tgtttttcag 7321 ctattttgca gtacatttta ttagtaattc ttggcttatg tggttaataa ttaatcttgt 7381 acaaatggcc ccgatttcag ctatggttag aatgtacatc ttctttgcat cattttatta 7441 tgtatggaaa agttatgtgc atgttgtaga cggttgtaat tcatcaactt gtatgatgtg 7501 ttacaaacgt aatagagcaa 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tggggaccag gaactaatca gacaaggaac 29161 tgattacaaa cattggccgc aaattgcaca atttgccccc agcgcttcag cgttcttcgg 29221 aatgtcgcgc attggcatgg aagtcacacc ttcgggaacg tggttgacct acacaggtgc 29281 catcaaattg gatgacaaag atccaaattt caaagatcaa gtcattttgc tgaataagca 29341 tattgacgca tacaaaacat tcccaccaac agagcctaaa aaggacaaaa agaagaaggc 29401 tgatgaaact caagccttac cgcagagaca gaagaaacag caaactgtga ctcttcttcc 29461 tgctgcagat ttggatgatt tctccaaaca attgcaacaa tccatgagca gtgctgactc 29521 aactcaggcc taaactcatg cagaccacac aaggcagatg ggctatataa acgttttcgc 29581 ttttccgttt acgatatata gtctactctt gtgcagaatg aattctcgta actacatagc 29641 acaagtagat gtagttaact ttaatctcac atagcaatct ttaatcagtg tgtaacatta 29701 gggaggactt gaaagagcca ccacattttc accgaggcca cgcggagtac gatcgagtgt 29761 acagtgaaca atgctaggga gagctgccta tatggaagag ccctaatgtg taaaattaat 29821 tttagtagtg ctatccccat gtgattttaa tagcttctta ggagaatgac aaaaaaaaaa 29881 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa
武漢海鮮市場肺炎病毒分離株武漢-Hu-1基因組序列(GenBank: MN908947.3；2020年1月23日)–胺基酸轉譯 164 MESLVPGFNEKTHVQLSLPVLQVRDVLVRGFGDSVEEVLSEARQHLKDGTCGLVEVEKGVLPQLEQPYVFIKRSDARTAPHGHVMVELVAELEGIQYGRSGETLGVLVPHVGEIPVAYRKVLLRKNGNKGAGGHSYGADLKSFDLGDELGTDPYEDFQENWNTKHSSGVTRELMRELNGGAYTRYVDNNFCGPDGYPLECIKDLLARAGKASCTLSEQLDFIDTKRGVYCCREHEHEIAWYTERSEKSYELQTPFEIKLAKKFDTFNGECPNFVFPLNSIIKTIQPRVEKKKLDGFMGRIRSVYPVASPNECNQMCLSTLMKCDHCGETSWQTGDFVKATCEFCGTENLTKEGATTCGYLPQNAVVKIYCPACHNSEVGPEHSLAEYHNESGLKTILRKGGRTIAFGGCVFSYVGCHNKCAYWVPRASANIGCNHTGVVGEGSEGLNDNLLEILQKEKVNINIVGDFKLNEEIAIILASFSASTSAFVETVKGLDYKAFKQIVESCGNFKVTKGKAKKGAWNIGEQKSILSPLYAFASEAARVVRSIFSRTLETAQNSVRVLQKAAITILDGISQYSLRLIDAMMFTSDLATNNLVVMAYITGGVVQLTSQWLTNIFGTVYEKLKPVLDWLEEKFKEGVEFLRDGWEIVKFISTCACEIVGGQIVTCAKEIKESVQTFFKLVNKFLALCADSIIIGGAKLKALNLGETFVTHSKGLYRKCVKSREETGLLMPLKAPKEIIFLEGETLPTEVLTEEVVLKTGDLQPLEQPTSEAVEAPLVGTPVCINGLMLLEIKDTEKYCALAPNMMVTNNTFTLKGGAPTKVTFGDDTVIEVQGYKSVNITFELDERIDKVLNEKCSAYTVELGTEVNEFACVVADAVIKTLQPVSELLTPLGIDLDEWSMATYYLFDESGEFKLASHMYCSFYPPDEDEEEGDCEEEEFEPSTQYEYGTEDDYQGKPLEFGATSAALQPEEEQEEDWLDDDSQQTVGQQDGSEDNQTTTIQTIVEVQPQLEMELTPVVQTIEVNSFSGYLKLTDNVYIKNADIVEEAKKVKPTVVVNAANVYLKHGGGVAGALNKATNNAMQVESDDYIATNGPLKVGGSCVLSGHNLAKHCLHVVGPNVNKGEDIQLLKSAYENFNQHEVLLAPLLSAGIFGADPIHSLRVCVDTVRTNVYLAVFDKNLYDKLVSSFLEMKSEKQVEQKIAEIPKEEVKPFITESKPSVEQRKQDDKKIKACVEEVTTTLEETKFLTENLLLYIDINGNLHPDSATLVSDIDITFLKKDAPYIVGDVVQEGVLTAVVIPTKKAGGTTEMLAKALRKVPTDNYITTYPGQGLNGYTVEEAKTVLKKCKSAFYILPSIISNEKQEILGTVSWNLREMLAHAEETRKLMPVCVETKAIVSTIQRKYKGIKIQEGVVDYGARFYFYTSKTTVASLINTLNDLNETLVTMPLGYVTHGLNLEEAARYMRSLKVPATVSVSSPDAVTAYNGYLTSSSKTPEEHFIETISLAGSYKDWSYSGQSTQLGIEFLKRGDKSVYYTSNPTTFHLDGEVITFDNLKTLLSLREVRTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTFYVLPNDDTLRVEAFEYYHTTDPSFLGRYMSALNHTKKWKYPQVNGLTSIKWADNNCYLATALLTLQQIELKFNPPALQDAYYRARAGEAANFCALILAYCNKTVGELGDVRETMSYLFQHANLDSCKRVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQFKKGVQIPCTCGKQATKYLVQQESPFVMMSAPPAQYELKHGTFTCASEYTGNYQCGHYKHITSKETLYCIDGALLTKSSEYKGPITDVFYKENSYTTTIKPVTYKLDGVVCTEIDPKLDNYYKKDNSYFTEQPIDLVPNQPYPNASFDNFKFVCDNIKFADDLNQLTGYKKPASRELKVTFFPDLNGDVVAIDYKHYTPSFKKGAKLLHKPIVWHVNNATNKATYKPNTWCIRCLWSTKPVETSNSFDVLKSEDAQGMDNLACEDLKPVSEEVVENPTIQKDVLECNVKTTEVVGDIILKPANNSLKITEEVGHTDLMAAYVDNSSLTIKKPNELSRVLGLKTLATHGLAAVNSVPWDTIANYAKPFLNKVVSTTTNIVTRCLNRVCTNYMPYFFTLLLQLCTFTRSTNSRIKASMPTTIAKNTVKSVGKFCLEASFNYLKSPNFSKLINIIIWFLLLSVCLGSLIYSTAALGVLMSNLGMPSYCTGYREGYLNSTNVTIATYCTGSIPCSVCLSGLDSLDTYPSLETIQITISSFKWDLTAFGLVAEWFLAYILFTRFFYVLGLAAIMQLFFSYFAVHFISNSWLMWLIINLVQMAPISAMVRMYIFFASFYYVWKSYVHVVDGCNSSTCMMCYKRNRATRVECTTIVNGVRRSFYVYANGGKGFCKLHNWNCVNCDTFCAGSTFISDEVARDLSLQFKRPINPTDQSSYIVDSVTVKNGSIHLYFDKAGQKTYERHSLSHFVNLDNLRANNTKGSLPINVIVFDGKSKCEESSAKSASVYYSQLMCQPILLLDQALVSDVGDSAEVAVKMFDAYVNTFSSTFNVPMEKLKTLVATAEAELAKNVSLDNVLSTFISAARQGFVDSDVETKDVVECLKLSHQSDIEVTGDSCNNYMLTYNKVENMTPRDLGACIDCSARHINAQVAKSHNIALIWNVKDFMSLSEQLRKQIRSAAKKNNLPFKLTCATTRQVVNVVTTKIALKGGKIVNNWLKQLIKVTLVFLFVAAIFYLITPVHVMSKHTDFSSEIIGYKAIDGGVTRDIASTDTCFANKHADFDTWFSQRGGSYTNDKACPLIAAVITREVGFVVPGLPGTILRTTNGDFLHFLPRVFSAVGNICYTPSKLIEYTDFATSACVLAAECTIFKDASGKPVPYCYDTNVLEGSVAYESLRPDTRYVLMDGSIIQFPNTYLEGSVRVVTTFDSEYCRHGTCERSEAGVCVSTSGRWVLNNDYYRSLPGVFCGVDAVNLLTNMFTPLIQPIGALDISASIVAGGIVAIVVTCLAYYFMRFRRAFGEYSHVVAFNTLLFLMSFTVLCLTPVYSFLPGVYSVIYLYLTFYLTNDVSFLAHIQWMVMFTPLVPFWITIAYIICISTKHFYWFFSNYLKRRVVFNGVSFSTFEEAALCTFLLNKEMYLKLRSDVLLPLTQYNRYLALYNKYKYFSGAMDTTSYREAACCHLAKALNDFSNSGSDVLYQPPQTSITSAVLQSGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIRKSNHNFLVQAGNVQLRVIGHSMQNCVLKLKVDTANPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNGSPSGVYQCAMRPNFTIKGSFLNGSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGNFYGPFVDRQTAQAAGTDTTITVNVLAWLYAAVINGDRWFLNRFTTTLNDFNLVAMKYNYEPLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCASLKELLQNGMNGRTILGSALLEDEFTPFDVVRQCSGVTFQSAVKRTIKGTHHWLLLTILTSLLVLVQSTQWSLFFFLYENAFLPFAMGIIAMSAFAMMFVKHKHAFLCLFLLPSLATVAYFNMVYMPASWVMRIMTWLDMVDTSLSGFKLKDCVMYASAVVLLILMTARTVYDDGARRVWTLMNVLTLVYKVYYGNALDQAISMWALIISVTSNYSGVVTTVMFLARGIVFMCVEYCPIFFITGNTLQCIMLVYCFLGYFCTCYFGLFCLLNRYFRLTLGVYDYLVSTQEFRYMNSQGLLPPKNSIDAFKLNIKLLGVGGKPCIKVATVQSKMSDVKCTSVVLLSVLQQLRVESSSKLWAQCVQLHNDILLAKDTTEAFEKMVSLLSVLLSMQGAVDINKLCEEMLDNRATLQAIASEFSSLPSYAAFATAQEAYEQAVANGDSEVVLKKLKKSLNVAKSEFDRDAAMQRKLEKMADQAMTQMYKQARSEDKRAKVTSAMQTMLFTMLRKLDNDALNNIINNARDGCVPLNIIPLTTAAKLMVVIPDYNTYKNTCDGTTFTYASALWEIQQVVDADSKIVQLSEISMDNSPNLAWPLIVTALRANSAVKLQNNELSPVALRQMSCAAGTTQTACTDDNALAYYNTTKGGRFVLALLSDLQDLKWARFPKSDGTGTIYTELEPPCRFVTDTPKGPKVKYLYFIKGLNNLNRGMVLGSLAATVRLQAGNATEVPANSTVLSFCAFAVDAAKAYKDYLASGGQPITNCVKMLCTHTGTGQAITVTPEANMDQESFGGASCCLYCRCHIDHPNPKGFCDLKGKYVQIPTTCANDPVGFTLKNTVCTVCGMWKGYGCSCDQLREPMLQSADAQSFLNRVCGVSAARLTPCGTGTSTDVVYRAFDIYNDKVAGFAKFLKTNCCRFQEKDEDDNLIDSYFVVKRHTFSNYQHEETIYNLLKDCPAVAKHDFFKFRIDGDMVPHISRQRLTKYTMADLVYALRHFDEGNCDTLKEILVTYNCCDDDYFNKKDWYDFVENPDILRVYANLGERVRQALLKTVQFCDAMRNAGIVGVLTLDNQDLNGNWYDFGDFIQTTPGSGVPVV DSYYSLLMPILTLTRALTAESHVDTDLTKPYIKWDLLKYDFTEERLKLFDRYFKYWDQTYHPNCVNCLDDRCILHCANFNVLFSTVFPPTSFGPLVRKIFVDGVPFVVSTGYHFRELGVVHNQDVNLHSSRLSFKELLVYAADPAMHAASGNLLLDKRTTCFSVAALTNNVAFQTVKPGNFNKDFYDFAVSKGFFKEGSSVELKHFFFAQDGNAAISDYDYYRYNLPTMCDIRQLLFVVEVVDKYFDCYDGGCINANQVIVNNLDKSAGFPFNKWGKARLYYDSMSYEDQDALFAYTKRNVIPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSICSTMTNRQFHQKLLKSIAATRGATVVIGTSKFYGGWHNMLKTVYSDVENPHLMGWDYPKCDRAMPNMLRIMASLVLARKHTTCCSLSHRFYRLANECAQVLSEMVMCGGSLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNICQAVTANVNALLSTDGNKIADKYVRNLQHRLYECLYRNRDVDTDFVNEFYAYLRKHFSMMILSDDAVVCFNSTYASQGLVASIKNFKSVLYYQNNVFMSEAKCWTETDLTKGPHEFCSQHTMLVKQGDDYVYLPYPDPSRILGAGCFVDDIVKTDGTLMIERFVSLAIDAYPLTKHPNQEYADVFHLYLQYIRKLHDELTGHMLDMYSVMLTNDNTSRYWEPEFYEAMYTPHTVLQAVGACVLCNSQTSLRCGACIRRPFLCCKCCYDHVISTSHKLVLSVNPYVCNAPGCDVTDVTQLYLGGMSYYCKSHKPPISFPLCANGQVFGLYKNTCVGSDNVTDFNAIATCDWTNAGDYILANTCTERLKLFAAETLKATEETFKLSYGIATVREVLSDRELHLSWEVGKPRPPLNRNYVFTGYRVTKNSKVQIGEYTFEKGDYGDAVVYRGTTTYKLNVGDYFVLTSHTVMPLSAPTLVPQEHYVRITGLYPTLNISDEFSSNVANYQKVGMQKYSTLQGPPGTGKSHFAIGLALYYPSARIVYTACSHAAVDALCEKALKYLPIDKCSRIIPARARVECFDKFKVNSTLEQYVFCTVNALPETTADIVVFDEISMATNYDLSVVNARLRAKHYVYIGDPAQLPAPRTLLTKGTLEPEYFNSVCRLMKTIGPDMFLGTCRRCPAEIVDTVSALVYDNKLKAHKDKSAQCFKMFYKGVITHDVSSAINRPQIGVVREFLTRNPAWRKAVFISPYNSQNAVASKILGLPTQTVDSSQGSEYDYVIFTQTTETAHSCNVNRFNVAITRAKVGILCIMSDRDLYDKLQFTSLEIPRRNVATLQAENVTGLFKDCSKVITGLHPTQAPTHLSVDTKFKTEGLCVDIPGIPKDMTYRRLISMMGFKMNYQVNGYPNMFITREEAIRHVRAWIGFDVEGCHATREAVGTNLPLQLGFSTGVNLVAVPTGYVDTPNNTDFSRVSAKPPPGDQFKHLIPLMYKGLPWNVVRIKIVQMLSDTLKNLSDRVVFVLWAHGFELTSMKYFVKIGPERTCCLCDRRATCFSTASDTYACWHHSIGFDYVYNPFMIDVQQWGFTGNLQSNHDLYCQVHGNAHVASCDAIMTRCLAVHECFVKRVDWTIEYPIIGDELKINAACRKVQHMVVKAALLADKFPVLHDIGNPKAIKCVPQADVEWKFYDAQPCSDKAYKIEELFYSYATHSDKFTDGVCLFWNCNVDRYPANSIVCRFDTRVLSNLNLPGCDGGSLYVNKHAFHTPAFDKSAFVNLKQLPFFYYSDSPCESHGKQVVSDIDYVPLKSATCITRCNLGGAVCRHHANEYRLYLDAYNMMISAGFSLWVYKQFDTYNLWNTFTRLQSLENVAFNVVNKGHFDGQQGEVPVSIINNTVYTKVDGVDVELFENKTTLPVNVAFELWAKRNIKPVPEVKILNNLGVDIAANTVIWDYKRDAPAHISTIGVCSMTDIAKKPTETICAPLTVFFDGRVDGQVDLFRNARNGVLITEGSVKGLQPSVGPKQASLNGVTLIGEAVKTQFNYYKKVDGVVQQLPETYFTQSRNLQEFKPRSQMEIDFLELAMDEFIERYKLEGYAFEHIVYGDFSHSQLGGLHLLIGLAKRFKESPFELEDFIPMDSTVKNYFITDAQTGSSKCVCSVIDLLLDDFVEIIKSQDLSVVSKVVKVTIDYTEISFMLWCKDGHVETFYPKLQSSQAWQPGVAMPNLYKMQRMLLEKCDLQNYGDSATLPKGIMMNVAKYTQLCQYLNTLTLAVPYNMRVIHFGAGSDKGVAPGTAVLRQWLPTGTLLVDSDLNDFVSDADSTLIGDCATVHTANKWDLIISDMYDPKTKNVTKENDSKEGFFTYICGFIQQKLALGGSVAIKITEHSWNADLYKLMGHFAWWTAFVTNVNASSSEAFLIGCNYLGKPREQIDGYVMHANYIFWRNTNPIQLSSYSLFDMSKFPLKLRGTAVMSLKEGQINDMILSLLSKGRLIIRENNRVVISSDVLVNN
表面醣蛋白[武漢海鮮市場肺炎病毒]；GenBank: QHD43416.1；2020年1月23日 165 mfvflvllpl vssqcvnltt rtqlppaytn sftrgvyypd kvfrssvlhs tqdlflpffs 61 nvtwfhaihv sgtngtkrfd npvlpfndgv yfasteksni irgwifgttl dsktqslliv 121 nnatnvvikv cefqfcndpf lgvyyhknnk swmesefrvy ssannctfey vsqpflmdle181 gkqgnfknlr efvfknidgy fkiyskhtpi nlvrdlpqgf saleplvdlp iginitrfqt 241 llalhrsylt pgdsssgwta gaaayyvgyl qprtfllkyn engtitdavd caldplsetk 301 ctlksftvek giyqtsnfrv qptesivrfp nitnlcpfge vfnatrfasv yawnrkrisn 361 cvadysvlyn sasfstfkcy gvsptklndl cftnvyadsf virgdevrqi apgqtgkiad 421 ynyklpddft gcviawnsnn ldskvggnyn ylyrlfrksn lkpferdist eiyqagstpc 481 ngvegfncyf plqsygfqpt ngvgyqpyrv vvlsfellha patvcgpkks tnlvknkcvn 541 fnfngltgtg vltesnkkfl pfqqfgrdia dttdavrdpq tleilditpc sfggvsvitp 601 gtntsnqvav lyqdvnctev pvaihadqlt ptwrvystgs nvfqtragcl igaehvnnsy 661 ecdipigagi casyqtqtns prrarsvasq siiaytmslg aensvaysnn siaiptnfti 721 svtteilpvs mtktsvdctm yicgdstecs nlllqygsfc tqlnraltgi aveqdkntqe 781 vfaqvkqiyk tppikdfggf nfsqilpdps kpskrsfied llfnkvtlad agfikqygdc 841 lgdiaardli caqkfngltv lpplltdemi aqytsallag titsgwtfga gaalqipfam 901 qmayrfngig vtqnvlyenq klianqfnsa igkiqdslss tasalgklqd vvnqnaqaln 961 tlvkqlssnf gaissvlndi lsrldkveae vqidrlitgr lqslqtyvtq qliraaeira 1021 sanlaatkms ecvlgqskrv dfcgkgyhlm sfpqsaphgv vflhvtyvpa qeknfttapa 1081 ichdgkahfp regvfvsngt hwfvtqrnfy epqiittdnt fvsgncdvvi givnntvydp 1141 lqpeldsfke eldkyfknht spdvdlgdis ginasvvniq keidrlneva knlneslidl 1201 qelgkyeqyi kwpwyiwlgf iagliaivmv timlccmtsc csclkgccsc gscckfdedd 1261 sepvlkgvkl hyt
表面醣蛋白RBD [武漢海鮮市場肺炎病毒]；GenBank: QHD43416.1； 2020年1月23日 166 nitnlcpfgevfnatrfasvyawnrkrisncvadysvlynsasfstfkcygvsptklndlcftnvyadsfvirgdevrqiapgqtgkiadynyklpddftgcviawnsnnldskvggnynylyrlfrksnlkpferdisteiyqagstpcngvegfncyfplqsygfqptngvgyqpyrvvvlsfellhapatvcgpkkstnlvknkcvnfnfngltgtg
表面醣蛋白RBD [武漢海鮮市場肺炎病毒]中的受體結合模體(RBM)；GenBank: QHD43416.1；2020年1月23日 167 Nsnnldskvggnynylyrlfrksnlkpferdisteiyqagstpcngvegfncyfplqsygfqptngvgyqpy
SARS-CoV-2 S309-v13 mAb VL (Vκ) (aa) 168 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-v13 mAb CDRL1 (aa) 169 QTVSSTS
SARS-CoV-2 S309-v13 mAb CDRL2 (aa) 170 GAS
SARS-CoV-2 S309-v13 mAb CDRL3 (aa) 171 QQHDTSLT
SARS-CoV-2 S309-v2.9 mAb VH (aa) 172 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNANT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 CH1-CH3 G1m17；IgG1*01 LS (aa) 173 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPGK
SARS-CoV-2 mAb CL (Ck) IgKC*01 k1m3 (aa) 174 RTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
SARS-CoV-2 CH1-CH3 G1m17；IgG1*01 LS GAALIE (aa) 175 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLAGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPLPEEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPGK
SARS-CoV-2 S300-v2.10 mAb VH (aa) 176 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVNAYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEFAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v2.11 mAb VH (aa) 177 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYY IHWVRQAPGQGPEWLGFVQGYSGAT RYAQKYQGRVTMTRDTSISTAYMQLSRLRPDDTAVYYCARDRPSHEFAMYFFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb VH (aa) 178 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYW MTWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLWWNDQAHYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb CDRH1 (aa) 179 GFTFSNYW
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb CDRH2 (aa) 180 IKQDGSEK
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb CDRH3 (aa) 181 ARDLWWNDQAHYYGMDV
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb VL (aa) 182 SYELTQPPSVSVSPGQTARITCSGDAF PN QY AYWYQQKPGQAPVML IYKDS ERPSGIPERFF GSSSGTTVTLTIR GVQAEDEADYYCQSADSSGTV FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb CDRL1 (aa) 183 AFPNQY
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb CDRL2 (aa) 184 KDS
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb CDRL3 (aa) 185 QSADSSGTV
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb VH (nt – wt) 186 gaggtgcagctggtggagtctgggggaggcttggtccagcctggggggtccctgagactctcctgtgcagcctctggattcacctttagtaattattgg atgacctgggtccgccaggctccagggaaggggctggagtgggtggccaacataaagcaagatggaagtgagaaa tactatgtggactctgtgaagggccgattcaccatctccagagacaacgccaagaactcactgtatctgcaaatgaacagcctgagagccgaggacacggctgtgtattactgtgcgagagatctttggtggaacgaccaggctcactactacggtatggacgtc tggggccaagggaccacggtcaccgtctcctcag
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb VL (nt – wt) 187 tcctatgagctgacacagccaccctcggtgtcagtgtccccaggacagacggccaggatcacctgctctggagatgcattcccaaaccaatat gcttattggtaccagcagaagccaggccaggcccctgtgatgctgatctataaagacagt gagaggccctcagggatccctgagcgattctttggctccagctcagggacaacagtcacgttgaccatcagaggagtccaggcagaagacgaggctgactattactgtcaatcagcagacagcagtggtaccgtg ttcggcggagggaccaagctgaccgtcctag
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb VH (nt – 密碼子最佳化) 188 GAAGTGCAGCTTGTCGAGAGCGGCGGAGGCCTCGTTCAGCCAGGTGGGAGTCTCCGTCTTTCATGCGCCGCTTCAGGATTTACGTTCTCCAACTACTGG ATGACATGGGTGAGGCAGGCACCTGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTGGCTAACATCAAGCAGGACGGATCTGAAAAA TATTATGTAGATTCTGTGAAGGGGCGGTTTACCATCTCAAGGGATAATGCCAAAAACTCTTTGTATTTACAGATGAACTCTCTTCGAGCCGAGGACACCGCCGTTTACTACTGTGCCCGAGATCTATGGTGGAATGACCAGGCTCACTATTATGGAATGGACGTG TGGGGCCAGGGTACTACCGTTACCGTCTCCTCA
SARS-CoV-2 S315-v1 mAb VL (nt- 密碼子最佳化) 189 TCTTACGAGCTCACCCAGCCACCCTCAGTGTCAGTGAGCCCTGGCCAAACAGCTCGCATCACCTGTTCAGGTGACGCCTTTCCAAATCAGTAC GCCTACTGGTATCAGCAGAAACCCGGCCAGGCACCCGTTATGCTCATCTACAAAGATTCT GAGCGGCCATCCGGTATCCCCGAACGCTTTTTCGGAAGCTCCAGTGGGACTACAGTTACACTTACTATCCGGGGAGTGCAAGCTGAAGATGAGGCCGACTATTATTGCCAGAGCGCAGACTCCTCAGGCACAGTG TTTGGGGGCGGGACTAAACTAACTGTGCTG
SARS-CoV-2 S315-v2 mAb VL (aa) 190 SYELTQPPSVSVSPGQTARITCSGDAFPNQY AYWYQQKPGQAPVMLIYKDS ERPSGIPERFFGSSSGTTVTLTISGVQAEDEADYYCQSADSSGTV FGGGTKLTVL
SARS-CoV-2 S315-v2 mAb VL (nt-wt) 191 tcctatgagctgacacagccaccctcggtgtcagtgtccccaggacagacggccaggatcacctgctctggagatgcattcccaaaccaatat gcttattggtaccagcagaagccaggccaggcccctgtgatgctgatctataaagacagt gagaggccctcagggatccctgagcgattctttggctccagctcagggacaacagtcacgttgaccatcagtggagtccaggcagaagacgaggctgactattactgtcaatcagcagacagcagtggtaccgtgttc ggcggagggaccaagctgaccgtcctag
SARS-CoV-2 S315-v2 mAb VL (nt – 密碼子最佳化) 192 TCCTACGAGCTCACCCAGCCCCCCTCAGTCTCTGTGTCTCCTGGACAGACAGCCAGAATCACCTGCTCGGGAGATGCTTTTCCCAACCAATAC GCCTACTGGTACCAACAGAAACCAGGTCAGGCGCCTGTCATGCTGATTTATAAAGACTCA GAGCGGCCTTCAGGAATTCCCGAAAGATTCTTCGGGAGTTCAAGCGGAACTACCGTGACCTTAACCATAAGCGGGGTGCAGGCCGAAGATGAAGCAGACTATTATTGCCAGAGTGCCGATAGTAGTGGCACAGTC TTTGGGGGGGGGACAAAGCTGACAGTACTC
SARS-CoV-2 mAb CL IgLC*01 193 GQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS
SARS-CoV-2 S315-v3 mAb VH (aa) 194 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSN YF MT WVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLWWNDQAHYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v3 mAb CDRH1 (aa) 195 GFTFSNYF
SARS-CoV-2 S315-v4 mAb VH (aa) 196 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSN YW MT WVRQAPGKGLEWVANIKQDASEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLWWNDQAHYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v4 mAb CDRH2 (aa) 197 IKQDASEK
SARS-CoV-2 S315-v5 mAb VH (aa) 198 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSN YW MT WVRQAPGKGLEWVANIKQEGSEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLWWNDQAHYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v5 mAb CDRH2 (aa) 199 IKQEGSEK
SARS-CoV-2 S315-v6 mAb VH (aa) 200 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYW MTWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLFWNDQAHYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v6 mAb CDRH3 (aa) 201 ARDLFWNDQAHYYGMDV
SARS-CoV-2 S315-v7 mAb VH (aa) 202 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYW MTWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEK YYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLWFNDQAHYYGMDV WGQGTTVTVSS
SARS-CoV-2 S315-v7 mAb CDRH3 (aa) 203 ARDLWFNDQAHYYGMDV
SARS-CoV-2 重鏈IgHG1*01 Fd (aa) 204 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC
SARS-CoV-2 輕鏈IgKC*01 (aa) 205 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
連接子(aa) 206 GSTSGSGKPGSGEGSTKG
連接子(aa) 207 GSGKPGSGEG
連接子(aa) 208 GKPGSGEG
連接子(aa) 209 SGKPGSGE
連接子(aa)   210 BPXXXZ，其中各個X獨立地為甘胺酸(G)或絲胺酸(S)，B為帶正電荷的胺基酸以及Z為甘胺酸(G)或帶負電荷的胺基酸
連接子(aa) 211 (GxS)y，其中x為1至10，y為1至10
連接子(aa) 212 GGGGSGGGGSGGGGS
連接子(aa) 213 GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
連接子(aa) 214 GSTSGGGSGGGSGGGGSS
連接子(aa) 215 EGKSSGSGSESKVD
連接子(aa) 216 KESGSVSSEQLAQFRSLD
連接子(aa) 217 GGGGS
SARS-CoV-2 S309-scFab (H-L) (aa) 218 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
SARS-CoV-2 S309-scFab (L-H) (aa) 219 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC
SARS-CoV-2 S309-scFv (VH-VL) (aa) 220 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-scFv (VL-VH) (aa) 221 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-scFv (VH-VL)-(VH-VL) (aa) 222 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VH-VL)-(VL-VH) (aa) 223 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VL-VH)-(VH-VL) (aa) 224 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VL-VH)-(VL-VH) (aa) 225 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-scFab-(H-L) v1.1 (aa) 226 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
SARS-CoV-2 S309-scFab-(L-H) v1.1 (aa) 227 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VH-VL) v1.1 (aa) 228 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VL-VH) v1.1 (aa) 229 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VH-VL)-(VH-VL) v1.1 (aa) 230 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VH-VL)-(VL-VH) v1.1 (aa) 231 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VL-VH)-(VH-VL) v1.1 (aa) 232 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIK
SARS-CoV-2 S309-scFv-(VL-VH)-(VL-VH) v1.1 (aa) 233 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTS LAWYQQKPGQAPRLLIYGAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLT FGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS
SARS-CoV-2 S300-v14 mAb VL (VK) (aa) 234 DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNY LAWYQQKPGQPPKLLISWAS TRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSAPGIT FGQGTRLEIK
SARS-CoV-2 S300-v14 mAb CDRL1 (aa) 235 QSVLYSSNNKNY
SARS-CoV-2 S300-v14 mAb CDRL2 (aa) 236 WAS
SARS-CoV-2 S300-v14 mAb CDRL3 (aa) 237 QQYYSAPGIT
SARS-CoV2 S300-v14 mAb VL (VK) (nt) 238 GACATCGTGATGACCCAGTCTCCAGACTCACTGGCTGTGTCTCTGGGCGAGAGGGCCACCATCAACTGTAAGTCCAGCCAGAGTGTTTTATACAGCTCCAACAATAAGAACTAC TTAGCTTGGTACCAGCAGAAACCAGGACAGCCTCCTAAGCTGCTCATTTCCTGGGCTTCT ACCCGGGAATCCGGGGTCCCTGACCGATTCAGTGGCAGCGGGTCTGGGACAGATTTCACTCTCACCATCAGCAGCCTGCAGGCTGAAGATGTGGCAGTTTATTACTGTCAACAATATTATAGTGCTCCCGGGATCACC TTCGGCCAGGGGACACGACTGGAGATTAAAC  
SARS-CoV2 S307 mAb VH (aa) 239 QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSVTSGSYY WSWIRQPPGKGLEWIGYMYYSGST NYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARAGCTGITCLRYDYYYGLDV WGQGTTVTVSS  
SARS-CoV2 S307 mAb CDRH1 (aa) 240 GGSVTSGSYY
SARS-CoV2 S307 mAb CDRH2 (aa) 241 MYYSGST
SARS-CoV2 S307 mAb CDRH3 (aa) 242 ARAGCTGITCLRYDYYYGLDV
SARS-CoV2 S307 mAb VL(Vκ) (aa) 243 EIVLTQSPGTLSLSPGKRATLSCRASQSVSSSY LAWYQQRPGQAPRLLIYGAS SRAAGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSSWT FGQGTKVEIK  
SARS-CoV2 S307 mAb CDRL1 (aa) 244 QSVSSSY
SARS-CoV2 S307 mAb CDRL2 (aa) 245 GAS
SARS-CoV2 S307 mAb CDRL3 (aa) 246 QQYGSSSWT
SARS-CoV2 S307 mAb VH (nt) 247 CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGAGACCCTGTCCCTCACCTGCACTGTCTCTGGTGGCTCCGTCACCAGTGGTAGTTACTAC TGGAGCTGGATCCGGCAGCCCCCAGGGAAGGGACTGGAGTGGATTGGGTATATGTATTACAGTGGGAGCACC AATTACAACCCCTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACACGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGAGCTCTGTGACCGCTGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGGGCAGGTTGTACTGGTATCACCTGCTTACGTTACGACTACTACTACGGTCTGGACGTC TGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA  
SARS-CoV2 S307 mAb VL(Vκ) (nt) 248 GAAATTGTGTTGACGCAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGAAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGAGTGTTAGCAGCAGCTAC TTAGCCTGGTACCAGCAGAGACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGGTGCATCC AGCAGGGCCGCTGGCATCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCACCATCAGCAGACTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTGTATTACTGTCAGCAGTATGGTAGCTCATCGTGGACG TTCGGCCAAGGGACCAAGGTGGAAATCAAAC  
SARS-CoV-2 S309-v1 mAb VH (nt) 249 CAGGTTCAGCTGGTGCAGTCTGGAGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGTTACCCCTTTACCAGTTATGGT ATCAGCTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAGCACTTACAATGGTAACACA AATTATGCACAGAAGTTCCAGGGCAGAGTCACCATGACCACAGACACATCCACGACCACAGGCTACATGGAGCTGAGGAGGCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGATTATACTCGTGGTGCTTGGTTCGGGGAGTCATTGATAGGGGGCTTTGACAAC TGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA  
SARS-CoV-2 S309-v13 mAb VL(VK) (nt) 250 GAAATTGTGTTGACGCAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGGAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGACTGTTAGCAGCACCTCCTTAGCCTGGTACCAGCAGAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGGTGCATCCAGCAGGGCCACTGGCATCCCAGACAGGTTCAGCGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCACCATCAGCAGACTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTGTATTACTGTCAGCAGCATGATACCTCACTCACTTTCGGCGGAGGGACCAAGGTGGAGATCAAAC  
CMV啟動子(nt) 251 GACATTGATTATTGACTAGTTATTAATAGTAATCAATTACGGGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGAGTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATGGTGATGCGGTTTTGGCAGTACATCAATGGGCGTGGATAGCGGTTTGACTCACGGGGATTTCCAAGTCTCCACCCCATTGACGTCAATGGGAGTTTGTTTTGGCACCAAAATCAACGGGACTTTCCAAAATGTCGTAACAACTCCGCCCCATTGACGCAAATGGGCGGTAGGCGTGTACGGTGGGAGGTCTATATAAGCAGAGCTCGTTTAGTGAACCGTCAGATCGCCTGGAGACGCCATCCACGCTGTTTTGACCTCCATAGAAGACACCGGGACCGATCCAGCCTCCGCGGCCGGGAACGGTGCATTGGAACGCGGATTCCCCGTGCCAAGAGTGACGTAAGTACCGCCTATAGAGTCTATAGGCCCACCCCCTTGGCTTCGTTAG  
訊息肽(nt) 252 ATGGGATGGTCATGTATCATCCTTTTTCTAGTAGCAACTGCAACCGGTGT  
多腺苷酸化訊息序列(nt) 253 AACTTGTTTATTGCAGCTTATAATGGTTACAAATAAAGCAATAGCATCACAAATTTCACAAATAAAGCATTTTTTTCACTGCATTCTAGTTGTGGTTTGTCCAAACTCATCAATGTATCTTATCATGTCTGGATC  
SARS-CoV-2 輕鏈IgKC*01 (nt) 254 GTACGGTGGCTGCACCATCTGTCTTCATCTTCCCGCCATCTGATGAGCAGTTGAAATCTGGAACTGCCTCTGTTGTGTGCCTGCTGAATAACTTCTATCCCAGAGAGGCCAAAGTACAGTGGAAGGTGGATAACGCCCTCCAATCGGGTAACTCCCAGGAGAGTGTCACAGAGCAGGACAGCAAGGACAGCACCTACAGCCTCAGCAGCACCCTGACGCTGAGCAAAGCAGACTACGAGAAACACAAAGTCTACGCCTGCGAAGTCACCCATCAGGGCCTGAGCTCGCCCGTCACAAAGAGCTTCAACAGGGGAGAGTGTTAG  
SARS-CoV-2 CH1-CH3 G1m17；IgG1*01 (nt) 255 GCGTCGACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCTGTGACGGTCTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGACCGTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAACCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTATCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTATAGCAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGAGCCTCTCCCTGTCCCCGGGTAAATGA  
訊息肽(aa) 256 MGWSCIILFLVATATG
SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb CH1-CH3 G1m17；IgGHG1*01 LS；GAALIE；訊息肽(nt-CO) 257 atgggctggtcctgtatcatcctgttcctggtcgccacagccaccggagtgcacagc caagtgcagctggtccagagcggcgccgaggtgaagaagcccggcgctagcgtgaaggtgtcctgtaaagccagcggatatccttttaccagctacggcatctcctgggtgcggcaggcccctggccagggcctggaatggatgggctggatcagcacctaccagggaaataccaactacgcccagaagttccagggaagagtgacaatgaccacagatacatctacaaccaccggctacatggaactgaggcggctgagaagcgacgacaccgccgtgtactactgcgccagagattacaccagaggcgcttggttcggcgagagcctgatcggcggcttcgacaactggggccagggaaccctggtgacagtgtctagcgcttctaccaaaggcccttctgtctttcctctggccccttctagcaagtctacaagcggaggcaccgccgccctgggctgcctggtgaaggactacttccccgagcccgtgaccgtgagctggaatagcggcgccctgacaagcggcgtgcacaccttcccagctgtgctgcagagcagcggcctgtatagcctgagcagcgtggtcaccgtgcccagcagcagcctgggaacacagacctacatctgcaacgtgaaccacaagccttctaataccaaggtggataagaaggtggaacctaagagctgcgacaaaacacacacatgccctccatgtcctgctccagagctgctggccggccccagcgtttttctgttcccccccaaacctaaagacaccctgatgatcagcagaacccctgaggtgacctgtgtggtggtggacgtgtcccacgaagatcctgaggtgaagttcaactggtacgtggatggagtggaagtgcacaacgccaagaccaaacctagagaagagcagtacaacagcacatatagagtcgtgtccgtgcttacagtgctgcaccaggactggctgaatggaaaggaatacaagtgcaaggtgtccaacaaggccctgcctctgcctgaggagaagacaatctctaaagccaagggccaacctcgggaacctcaggtgtacacactgccccccagccgggacgagctgaccaagaaccaggtgtccctgacctgcctggtcaagggcttctacccctctgatatcgccgtggaatgggagagcaacggccaacctgagaacaactacaagaccacccctccagtgctggacagcgacggcagcttcttcctgtacagcaagctgaccgttgacaagtccagatggcagcagggcaacgtgttcagctgtagcgtcctgcacgaggccctgcattctcactacacccagaagagcctgtccctcagccctggcaagtga  
SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb CH1-CH3 G1m17；IgGHG1*01 LS; GAALIE; (nt-CO) 258 caagtgcagctggtccagagcggcgccgaggtgaagaagcccggcgctagcgtgaaggtgtcctgtaaagccagcggatatccttttaccagctacggcatctcctgggtgcggcaggcccctggccagggcctggaatggatgggctggatcagcacctaccagggaaataccaactacgcccagaagttccagggaagagtgacaatgaccacagatacatctacaaccaccggctacatggaactgaggcggctgagaagcgacgacaccgccgtgtactactgcgccagagattacaccagaggcgcttggttcggcgagagcctgatcggcggcttcgacaactggggccagggaaccctggtgacagtgtctagcgcttctaccaaaggcccttctgtctttcctctggccccttctagcaagtctacaagcggaggcaccgccgccctgggctgcctggtgaaggactacttccccgagcccgtgaccgtgagctggaatagcggcgccctgacaagcggcgtgcacaccttcccagctgtgctgcagagcagcggcctgtatagcctgagcagcgtggtcaccgtgcccagcagcagcctgggaacacagacctacatctgcaacgtgaaccacaagccttctaataccaaggtggataagaaggtggaacctaagagctgcgacaaaacacacacatgccctccatgtcctgctccagagctgctggccggccccagcgtttttctgttcccccccaaacctaaagacaccctgatgatcagcagaacccctgaggtgacctgtgtggtggtggacgtgtcccacgaagatcctgaggtgaagttcaactggtacgtggatggagtggaagtgcacaacgccaagaccaaacctagagaagagcagtacaacagcacatatagagtcgtgtccgtgcttacagtgctgcaccaggactggctgaatggaaaggaatacaagtgcaaggtgtccaacaaggccctgcctctgcctgaggagaagacaatctctaaagccaagggccaacctcgggaacctcaggtgtacacactgccccccagccgggacgagctgaccaagaaccaggtgtccctgacctgcctggtcaagggcttctacccctctgatatcgccgtggaatgggagagcaacggccaacctgagaacaactacaagaccacccctccagtgctggacagcgacggcagcttcttcctgtacagcaagctgaccgttgacaagtccagatggcagcagggcaacgtgttcagctgtagcgtcctgcacgaggccctgcattctcactacacccagaagagcctgtccctcagccctggcaagtga  
ARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb CH1-CH3 G1m17；IgGHG1*01 LS；訊息肽(nt-CO) 259 atgggctggtcctgtatcatcctgttcctggtcgccacagccaccggagtgcacagc caagtgcagctggtccagagcggcgccgaggtgaagaagcccggcgctagcgtgaaggtgtcctgtaaagccagcggatatccttttaccagctacggcatctcctgggtgcggcaggcccctggccagggcctggaatggatgggctggatcagcacctaccagggaaataccaactacgcccagaagttccagggaagagtgacaatgaccacagatacatctacaaccaccggctacatggaactgaggcggctgagaagcgacgacaccgccgtgtactactgcgccagagattacaccagaggcgcttggttcggcgagagcctgatcggcggcttcgacaactggggccagggaaccctggtgacagtgtctagcgcttctaccaaaggcccttctgtctttcctctggccccttctagcaagtctacaagcggaggcaccgccgccctgggctgcctggtgaaggactacttccccgagcccgtgaccgtgagctggaatagcggcgccctgacaagcggcgtgcacaccttcccagctgtgctgcagagcagcggcctgtatagcctgagcagcgtggtcaccgtgcccagcagcagcctgggaacacagacctacatctgcaacgtgaaccacaagccttctaataccaaggtggataagaaggtggaacctaagagctgcgacaaaacacacacatgccctccatgtcctgctccagagctgctgggcggccccagcgtttttctgttcccccccaaacctaaagacaccctgatgatcagcagaacccctgaggtgacctgtgtggtggtggacgtgtcccacgaagatcctgaggtgaagttcaactggtacgtggatggagtggaagtgcacaacgccaagaccaaacctagagaagagcagtacaacagcacatatagagtcgtgtccgtgcttacagtgctgcaccaggactggctgaatggaaaggaatacaagtgcaaggtgtccaacaaggccctgcctgcccctatcgagaagacaatctctaaagccaagggccaacctcgggaacctcaggtgtacacactgccccccagccgggacgagctgaccaagaaccaggtgtccctgacctgcctggtcaagggcttctacccctctgatatcgccgtggaatgggagagcaacggccaacctgagaacaactacaagaccacccctccagtgctggacagcgacggcagcttcttcctgtacagcaagctgaccgttgacaagtccagatggcagcagggcaacgtgttcagctgtagcgtcctgcacgaggccctgcattctcactacacccagaagagcctgtccctcagccctggcaagtga  
SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb CH1-CH3 G1m17；IgGHG1*01 LS (nt-CO) 260 caagtgcagctggtccagagcggcgccgaggtgaagaagcccggcgctagcgtgaaggtgtcctgtaaagccagcggatatccttttaccagctacggcatctcctgggtgcggcaggcccctggccagggcctggaatggatgggctggatcagcacctaccagggaaataccaactacgcccagaagttccagggaagagtgacaatgaccacagatacatctacaaccaccggctacatggaactgaggcggctgagaagcgacgacaccgccgtgtactactgcgccagagattacaccagaggcgcttggttcggcgagagcctgatcggcggcttcgacaactggggccagggaaccctggtgacagtgtctagcgcttctaccaaaggcccttctgtctttcctctggccccttctagcaagtctacaagcggaggcaccgccgccctgggctgcctggtgaaggactacttccccgagcccgtgaccgtgagctggaatagcggcgccctgacaagcggcgtgcacaccttcccagctgtgctgcagagcagcggcctgtatagcctgagcagcgtggtcaccgtgcccagcagcagcctgggaacacagacctacatctgcaacgtgaaccacaagccttctaataccaaggtggataagaaggtggaacctaagagctgcgacaaaacacacacatgccctccatgtcctgctccagagctgctgggcggccccagcgtttttctgttcccccccaaacctaaagacaccctgatgatcagcagaacccctgaggtgacctgtgtggtggtggacgtgtcccacgaagatcctgaggtgaagttcaactggtacgtggatggagtggaagtgcacaacgccaagaccaaacctagagaagagcagtacaacagcacatatagagtcgtgtccgtgcttacagtgctgcaccaggactggctgaatggaaaggaatacaagtgcaaggtgtccaacaaggccctgcctgcccctatcgagaagacaatctctaaagccaagggccaacctcgggaacctcaggtgtacacactgccccccagccgggacgagctgaccaagaaccaggtgtccctgacctgcctggtcaagggcttctacccctctgatatcgccgtggaatgggagagcaacggccaacctgagaacaactacaagaccacccctccagtgctggacagcgacggcagcttcttcctgtacagcaagctgaccgttgacaagtccagatggcagcagggcaacgtgttcagctgtagcgtcctgcacgaggccctgcattctcactacacccagaagagcctgtccctcagccctggcaagtga
S309-v13輕鏈k1m3；IgKC*01；訊息肽(nt-CO) 261 tgggctggtcctgcatcatcctgttcctggtggccacagccaccggcgtgcacagc gagatcgtcctgacacagagccccggcacactgagcctctccccaggcgagcgggctacactgtcttgtagagcttctcagaccgtgtccagcaccagcctggcctggtatcagcagaaacctggccaggcccctagactgctgatctacggcgccagcagcagagccaccggcatccctgatagattcagcggcagcggatctggaaccgacttcaccctgaccatcagccggctggaacccgaggactttgccgtgtactactgccagcaacacgacaccagcctgaccttcggcggcggaacaaaggtggaaatcaagagaaccgtggccgcccctagcgtgttcatcttcccccccagcgacgagcagctgaagagcggtacagcttctgtggtgtgcctgctgaacaacttctacccgcgggaagccaaggtgcagtggaaggtggacaacgccctgcagagcggcaacagccaggagagcgtgacagagcaggacagcaaggacagcacctacagcctgagcagcaccctgaccctgagcaaggccgactacgagaagcacaaggtgtacgcctgtgaagtgacccaccagggcctgtctagccctgtgaccaagtcttttaacagaggcgagtgctga  
S309-v13輕鏈k1m3；IgKC*01；(nt-CO) 262 Gagatcgtcctgacacagagccccggcacactgagcctctccccaggcgagcgggctacactgtcttgtagagcttctcagaccgtgtccagcaccagcctggcctggtatcagcagaaacctggccaggcccctagactgctgatctacggcgccagcagcagagccaccggcatccctgatagattcagcggcagcggatctggaaccgacttcaccctgaccatcagccggctggaacccgaggactttgccgtgtactactgccagcaacacgacaccagcctgaccttcggcggcggaacaaaggtggaaatcaagagaaccgtggccgcccctagcgtgttcatcttcccccccagcgacgagcagctgaagagcggtacagcttctgtggtgtgcctgctgaacaacttctacccgcgggaagccaaggtgcagtggaaggtggacaacgccctgcagagcggcaacagccaggagagcgtgacagagcaggacagcaaggacagcacctacagcctgagcagcaccctgaccctgagcaaggccgactacgagaagcacaaggtgtacgcctgtgaagtgacccaccagggcctgtctagccctgtgaccaagtcttttaacagaggcgagtgctga
訊息肽(nt-CO) 263 Atgggctggtcctgcatcatcctgttcctggtggccacagccaccggcgtgcacagc
訊息肽(aa) 264 MGWSCIILFLVATATGVHS
SARS-CoV-2 CH1-CH3 G1m17；IgG1*01 LS無C-端Lys (aa) 265 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPG
SARS-CoV-2 CH1-CH3 G1m17；IgG1*01 LS GAALIE無C-端Lys (aa) 266 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLAGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPLPEEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPG
SARS-CoV-2 S309 VH共通序列 267 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYG ISWVRQAPGQGLEWMGX1 ISTYX2 X3 NT NYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAX4 FGESLIGGFDN WGQGTLVTVSS 其中X1 = W、F或Y；X2 = N、Q、L或T；X3 = G、S、A或Q；X4 = W、F或Y
實施例 實施例1 結合的人類單株抗體SARS-CoV-2 的刺突蛋白
將來自先前患有SARS-CoV感染的供體的B細胞分選並用EBV永生化，並在384孔盤中篩選(歐洲專利EP1597280B1中描述的方法，該方法藉由參照方式併入本案)。
永生化後兩週，使用基於流式細胞術的方法測試了永生化B細胞的上清液與SARS-CoV-2刺突("S")蛋白的抗體結合。簡而言之，以SARS-CoV-2的S蛋白(乙型CoV/武漢-Hu-1/2019株)或以空的質體作為陰性對照組轉染ExpiCHO細胞。識別了十四個結合SARS-CoV-2 S的單株抗體，分別稱作SARS-CoV-2 S300至SARS-CoV-2 S312和SARS-CoV-2 S315。SARS-CoV-2 S300到SARS-CoV-2 S310的結合數據顯示在圖4A和4B (在該些圖中，抗體分別以為"S300"至"S310"識別)。顯示正結合的圖表用方框表示。
該些抗體中的某些抗體的重鏈互補決定區(CDR)3和輕鏈(L)CDR3胺基酸序列，連同可變區基因序列與生殖細胞系(IMGT；imgt.org)的同一性百分比提供在表3。表3
mAb 血液樣品日期 VH ( 同一性 %) HCDR3 長度 HCDR3 序列 VL ( 同一性 %) LCDR3 序列 SARS-CoV SARS-CoV-2 特異性
S309 2013 VH1-18 (97.22) 20 ARDYTRGAWFGESLIGGFDN (SEQ ID NO.:108) VK3-20 (97.52) QQHDTSLT (SEQ ID NO.:171) + + RBD
S315 2013 VH3-7 (97.92) 17 ARDLWWNDQAHYYGMDV (SEQ ID NO.:181) VL3-25 (97.57) QSADSSGTV (SEQ ID NO.:185) + + RBD
S303 2013 VH3-23 (90.28) 17 ARERDDIFPMGLNAFDI (SEQ ID NO.:66) VK1-5 (97.49) QQYDTYSWT (SEQ ID NO.:70) + + RBD
S304 2013 VH3-13 (97.89) 14 ARGDSSGYYYYFDY (SEQ ID NO.:82) VK1-39 (93.55) QQSYVSPTYT (SEQ ID NO.:86) + + RBD
S306 2013 VH1-18 (95.49) 16 ASDYDFSSGYYHSFDY (SEQ ID NO.:90) VK3-11 (98.92) QQRSNWPPGCS (SEQ ID NO.:94) + + 非RBD
S310 2013 VH1-69 (92.71) 19 ATRTYDSSGYRPYYYGLDV (SEQ ID NO.:158) VL2-23 (97.57) CSYAGSDTVI (SEQ ID NO.:162) + + 非RBD
實施例2 使用Octet 讓抗體結合到SARS-CoV-2 的RBD
在以動力學緩衝液(KB；0.01%無內毒素BSA，0.002^ Tween-20，0.005% NaN3，溶於PBS)進行水合步驟10分鐘之後，可使用鏈黴親和素生物感測器(Pall ForteBio)以3ug/ml固定抗-Strep Tag II抗體(選殖體5A9F9，生物素，LabForce AG，Muttenz CH)。然後將帶有Strep Tag II的SARS-CoV-2 RBD (自行製造)以4 µg/ml的KB濃度加載6分鐘。使來自B細胞上清液的抗體締合1620秒(27分鐘)。為了觀察解離，將感測器從抗體溶液移至KB中，並監測抗體解離。
"S303" mAb包含表2中提供的S303-v1 VH和VL胺基酸序列(分別為SEQ ID NOs.:63和67)。"S309" mAb包含表2中提供S309-v1 VH和S309-v13 VL胺基酸序列(分別為SEQ ID NOs.: 105和168)。來自S309 B細胞的編碼SEQ ID NOs.:109和147至150的等位基因被判定是非生產性的；SEQ ID NO.:168是生產性等位基因。
S303和S309 mAb與SARS-CoV-2 RBD的結合曲線的比對(圖1A和1B)指出，與S309相比，S303具有較快的啟動速率和較快的關閉速率，表明S309可以更高的親和力結合到SARS-CoV-2 RBD。實施例3 評估使用Octet 讓抗體結合到SARS-CoV-2 和SARS-CoV-1 的RBD
除上下文中另有明確指示以外(譬如抗體存在於B細胞上清液中，或使用了抗體Fab片段)，在本實施例和後續實施例中所說明的本揭示抗體為重組表現的人類IgG1，在某些情況下在Fc中具有胺基酸突變，如本案所述者。
藉由生物層干涉術(BLI)使用Octet測試了三個SARS-CoV/SARS-CoV-2交叉反應的重組抗體(S303 rIgG1、S304 rIgG1、S309 rIgG1)和兩個SARS-CoV-1特異性抗體(S109 rIgG1、S230 rIgG1)的結合親和力。藉由將抗體固定在感測器上並將感測器浸入含有不同RBD濃度的孔中來測量親和力。
在締合階段期間記錄抗體結合到RBD的動力學，此後將感測器浸入不含抗體的緩衝液中，以觀察解離階段期間抗體從RBD脫離的動力學。簡而言之，在以動力學緩衝液(KB；0.01%無內毒素BSA，0.002^ Tween-20，0.005% NaN3，溶於PBS)進行水合步驟10分鐘之後，使用蛋白質A生物感測器(Pall ForteBio)以2.7ug/ml固定重組抗體1分鐘。藉由將被抗體包覆的感測器與不同濃度的SARS-CoV-1 RBD (Sino Biological)或SARS-CoV-2 RBD (在Expi-CHO細胞中自行製造；來自乙型CoV/武漢-Hu-1/2019的刺突的331至550號殘基，登錄號MN908947)培育，記錄締合曲線5分鐘。測試的最高RBD濃度為10ug/ml，然後按1:2.5一系列地稀釋。將感測器移至含有KB的孔中來記錄解離9分鐘。可使用整體擬合模型(Octet)計算以KD值表示的親和力。使用Octet Red96 (ForteBio)設備)。
圖6A至6E顯示了使用測試的最高RBD濃度(10μg/ml)的抗體的締合和解離曲線。從RBD溶液到緩衝液的切換以垂直虛線表示。測試了三個交叉反應抗體(S303 rIgG1、S304 rIgG1 (VH為SEQ ID NO.:79、VL為SEQ ID NO.:73)、S309 rIgG1 (VH為SEQ ID NO.:105、VL為SEQ ID NO.:168)和兩個SARS-CoV-1特異性抗體(S230和S109)。所有抗體均顯示出與SARS-CoV-1 RBD的強結合。S230和S109不與SARS-CoV-2 RBD結合。S303 rIgG1、S304 rIgG1和S309 rIGg1與SARS-CoV-2 RBD的結合在奈米莫耳到亞微微莫耳範圍內，其中S309 rIgG1顯示出最高的親和力。KD值在圖6A至6E的圖表下方指示。假使抗體結合非常強而解離緩慢，則KD值是估算值(KD=＜1.0x10-12 M)。由於解離太慢，因此無法藉由此試驗測量S309 rIgG1的確切KD。實施例4 中和SARS-CoV-2 感染
使用先前描述的方法(Temperton NJ,et al . (2005) Longitudinally profiling neutralizing antibody response to SARS coronavirus with pseudotypes.Emerg Infect Dis 11 (3):411–416)製造了以SARS-CoV-2的S基因(乙型CoV/武漢-Hu-1/2019分離株；登錄號MN908947)假型化的無複製能力的病毒。簡而言之，將HEK293T/17細胞與表現SARS-CoV-2 S的質體(phCMV1，Genlantis)和互補的病毒基因組報導基因載體pNL4-3. Luc+.E-R+共同轉染。如先前所述，使用單循環感染力試驗測量以SARS-CoV-2的S蛋白假型化的螢光素酶編碼病毒體的中和作用(Temperton NJ,et al . (2007) A sensitive retroviral pseudotype assay for influenza H5N1-neutralizing antibodies.Influenza Other Respi Viruses 1 (3):105–112)。簡而言之，將含有病毒體的培養物上清液的適當稀釋液與各種濃度的抗體在37°C下預培育1小時，然後將病毒-mAb混合物添加到感染前一天接種的Vero E6細胞。然後以Steady-Glo試劑(Promega，E2520)將細胞裂解，並在光度計微盤讀取器(Synergy H1 Hybrid Multi-Mode Reader；Biotek)上測定細胞裂解物中的相對發光單位(RLU)。藉由比對存在和不存在抗體的情況下的RLU來測定感染力的降低，並以中和的百分比表示。
抗體S300-v1 (VH: SEQ ID NO.:1；VL: SEQ ID NO.:5)、S301、S302、S303-v1 (VH SEQ ID NO.:63；VL SEQ ID NO.:67)、S304 (VH SEQ ID NO.:79；VL SEQ ID NO.:83)、S306 (VH SEQ ID NO.:87；VL SEQ ID NO.:91)、S307 (VH SEQ ID NO.:239；VL SEQ ID NO.:243)、S308-v1、S309 (包含SEQ ID NO: 105列示的S309-v1 VH序列和SEQ ID NO: 168列示的S309-v13 VL序列)，測試了S310的中和功能(表4，圖2A)。抗體SARS-CoV-2 S300-v1和SARS-CoV-2 S309中和了SARS-CoV-2感染(圖2A和2B)。表4. 抗體中和感染的百分比( 滴定系列)
稀釋 S300 S301 S302 S303 S304 S306 S307 S308 S309 S310
2 93 -31 -47 6 -21 -19 36 -46 65 -4
6 94 10 6 5 25 15 5 19 11 -15
18 75 21 -16 2 -22 -9 2 32 -29 -15
54 -41 7 -60 12 7 6 32 16 14 -6
使用來自SARS CoV-1倖存者的血漿和抗體SARS-CoV-2 S309、S311、S312、S303-v1 (rIgG1)、S304 (rIgG1)、S306 (rIgG1)、S310 (rIgG1)和S315進行了另外的中和試驗(圖3A至3I)。圖3A顯示SARS-CoV供體血漿的中和活性。圖3B-3D和3I分別顯示來自製造S309、S311、S312和S315的B細胞的上清液的中和活性。圖3E-3H顯示各種濃度的重組抗體的中和活性。使用此試驗，含有抗體S309、S311、S312或S315的上清液係中和SARS-CoV-2感染。
另外的中和試驗係使用抗體S303、S304、S306、S309 (VH SEQ ID NO.:105; VL SEQ ID NO.:168)、S310和S315進行。圖13顯示該些抗體在不同濃度下針對SARS-CoV-2假型MLV的中和活性。以ACE2穩定轉染的DBT細胞(DBT-ACE2)係用作標靶細胞。圖34顯示該些抗體在各種濃度下對SARS-CoV-1假型MLV的中和活性。S304、S309、S304 + S309、S315和S315 + S309的另外的中和數據顯示於圖36和37。實施例5 中和SARS-CoV-2 感染
評估了兩種SARS-CoV-1和SARS-CoV-2交叉中和抗體S304 rIgG1和S309 (VH: SEQ ID NO.:105；VL: SEQ ID NO.:168) rIgG1針對SARS-CoV-2假型病毒(SARS-CoV-2pp)的中和活性。
使用以SARS-CoV-2刺突蛋白(SARS-CoV-2pp)假造的小鼠白血病病毒(MLV)。以ACE2穩定轉染的DBT細胞(DBT-ACE2)係用作標靶細胞。以10μg/ ml胰蛋白酶TPCK活化SARS-CoV-2pp。將活化的SARS-CoV-2pp添加到一系列稀釋的抗體(從每種抗體的最終濃度50μg/ml開始，稀釋3倍)。抗體以濃度為50μg/ml至0.02μg/ml受測。對於S304 rIgG1和S309 rIgG1的組合，每種抗體的起始濃度為50μg/ml，即總起始抗體濃度為100μg/ml。將DBT-ACE2細胞添加到抗體-病毒混合物中，並培育48小時。將細胞培養上清液吸出並添加穩定GLO受質(Promega)，然後測量發光。
在此試驗中，S309 rIgG1展現IC50為0.37μg/ml的中和感染，S304 rIgG1展現IC50大約為17μg/ml。該兩種抗體的組合展現IC50為0.077μg/ml。參見圖7和表5。表5. 抗體的IC50 (μg/ml)
  S309 S304 S304 + S309
IC50 0.3707 ~16.95 0.07704
對於重組單株抗體S309和S315，使用相同的流程單獨或組合進行進一步的中和試驗。在此測定中，S309展現IC50為1.091 μg/ml，S315展現IC50為25.1 μg/ml。該兩種抗體的組合展現IC50為0.3047 μg/ml。參見圖23和表6。表6. 抗體和抗體組合的IC50 (μg/ml)
  S309 + S315 S309 S315
IC50 0.3047 1.091 25.10
實施例6 人類單株抗體針對SARS-CoV 和SARS-CoV-2 的反應性
藉由酶聯免疫吸附試驗(ELISA)評估了另外的人類單株抗體"S311"和"S312"對刺突S1次單元蛋白以及SARS-CoV和SARS-CoV-2蛋白的RBD的反應性。
96孔盤塗覆有重組SARS-CoV-2刺突S1次單元蛋白(Sino Biological)、SARS-CoV-2 RBD (Sino Biological或自行製造；來自乙型CoV/武漢-Hu-1/2019的刺突的331至550號殘基，登錄號MN908947)、重組SARS-CoV刺突S1次單元蛋白(Sino Biological)或SARS-CoV RBD (Sino Biological)。
洗滌該等孔並在室溫下以PBS+1%BSA阻斷1小時，然後在室溫下與一系列稀釋的mAb培育1小時。在室溫下使經接合鹼性磷酸酶的山羊抗人類IgG (Southern Biotechnology: 2040-04)培育1小時，並在室溫下以溶於0.1 M甘胺酸緩衝液(pH 10.4)的1 mg/ml對硝基苯基磷酸酯受質顯影30分鐘來偵測結合的mAb。在ELISA讀取器(Powerwave 340/96分光光度計，BioTek)中在405 nm的波長下測量光密度(OD)值。
結果顯示在圖5A (SARS-CoV-2 S311)和圖5B (SARS-CoV-2 S312)。
使用本實施例的上述相同流程，進行進一步試驗以調查從S300、S305或S307改造的抗體變異體對SARS-CoV-2和SARS-CoV-1的RBD的反應性。結果顯示在圖38A至38D。如圖38C所示的抗體"S300 V4-rIgG1"包含了包含SEQ ID NO.:1的胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO.:234的胺基酸序列的VL (Vκ)。如圖38D所示的抗體"S307 V3-rIgG1"包含了包含SEQ ID NO.: 239的胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO.:243的胺基酸序列的VL(Vκ)。實施例7 藉由S309 和S315 中和SARS-CoV-2 感染
測定重組抗體S309 (VH: SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168) rIgG1-MLNS和S315 rIgG1-MLNS針對SARS-CoV-2假型病毒(SARS-CoV-2pp)的中和活性。該些重組抗體在Fc域中包含M428L和N434S突變(參見譬如Zalevskyet al. ,Nat. Biotechnol. 28 (2):157-159 (2010)；Fc突變的此組合在本揭示，包括在圖式中亦稱作"MLNS"或"LS")。
使用以SARS-CoV-2刺突蛋白(SARS-CoV-2pp)假造的小鼠白血病病毒(MLV)。以ACE2穩定轉染的DBT細胞(DBT-ACE2)係用作標靶細胞。以10μg/ ml胰蛋白酶TPCK活化SARS-CoV-2pp。將活化的SARS-CoV-2pp添加到受測抗體的一系列稀釋中。將DBT-ACE2細胞添加到抗體-病毒混合物中，並培育48小時。將細胞培養上清液吸出並添加穩定GLO受質(Promega)，然後測量發光。受感染細胞的螢光素酶訊號係用於計算相對於無抗體對照組的中和百分比。
S309 rIgG1 MLNS (圖9中的"S309-rIgG1-LS")展現大約3.9 nM的感染IC50中和作用，S315 rIgG1 MLNS (圖9中的"S315-rIgG1-LSv1")展現約111.7 mM的IC50。參見圖9。
將S309-rFab的中和活性與全長S309 rIgG1 MLNS 的中和活性(圖10的"S309-rIgG1-LS")比對。全長S309 rIgG-LS的IC50為3.821 nM，而S309-rFab的IC50為3.532 nM。參見圖10。實施例8 針對SARS-CoV-1 的RBD 、SARS-CoV-2 的RBD 和各種冠狀病毒胞外域的抗體的反應性
藉由酶聯免疫吸附試驗(ELISA)研究了針對SARS-CoV-1和SARS-CoV-2的RBD以及SARS-CoV-1、SARS-CoV-2、OC43冠狀病毒和MERS冠狀病毒的刺突蛋白的單株抗體的反應性。384孔淺ELISA盤係塗覆有1 μg/ml的SARS-CoV-1、SARS-CoV-2、OC43或MERS的穩定化預融合刺突蛋白三聚體、或塗覆有10 μg/ml的SARS-CoV-2 RBD (自行製造；來自乙型CoV/武漢-Hu-1/2019的刺突蛋白的331-550號殘基，登錄號MN908947)或1 μg/ml的SARS-CoV-1 RBD (Sino Biological)。
洗滌該等孔並在室溫下以PBS+1% BSA阻斷1小時，然後在室溫下與一系列稀釋的抗體培育1至2小時。以5至0.00028 μg/ml的濃度範圍測試抗體。將盤洗滌並在室溫下使經接合鹼性磷酸酶的山羊抗人類IgG (Southern Biotechnology: 2040-04)培育1小時，接著以溶於0.1 M甘胺酸緩衝液(pH 10.4)的1 mg/ml對硝基苯基磷酸酯受質(Sigma-Aldrich 71768)顯色30分鐘來偵測結合的抗體。在ELISA讀取器(Powerwave 340/96分光光度計，BioTek)中在405 nm的波長下測量光密度(OD)值。
ELISA試驗結果顯示於圖8A至8K和18A至18J。一些帶有MLNS Fc突變的重組抗體以rIgG1指示。實施例9 抗體結合到SARS-CoV-1 和SARS-CoV-2 的刺突蛋白
使用Expifectamine CHO強化子以phCMV1-SARS-CoV-2-S、SARS-刺突_pcDNA.3 (SARS株)或空白phCMV1轉染ExpiCHO細胞。轉染兩天後，收集細胞以用於抗體免疫染色。使用經Alexa647標記的二級抗體抗人類IgG Fc偵測。使用ZE5細胞分析儀(Biorard)和FlowJo軟體(TreeStar)藉由流式細胞術分析單株抗體與轉染細胞的結合。陽性結合是藉由CoV-S轉染體與模擬轉染體的差異染色來定義。藉由流式細胞術以10 µg/ml測試抗體S309 (VH為SEQ ID NO.:105；VL為SEQ ID NO.:168)對表現SARS-CoV-1或SARS-CoV-2的S蛋白的ExpiCHO細胞染色的能力。流式細胞術圖的堆積直方圖顯示S309結合到SARS-CoV-1或SARS-CoV-2的S蛋白的抗體劑量依賴性結合。結果顯示於圖11。
藉由流式細胞術測量單株抗體S303、S304、S306、S309、S310、S315、S110、S124、S230和S109 (均表示為rIgG1)與SARS-CoV-1 S蛋白和SARS-CoV-2 S蛋白的結合。結果顯示在圖12A、12B、40A和40B。八個受測抗體展現了以下EC50值，就SARS-CoV-2 S蛋白結合而言，介於1.4 ng/ml至6,100 ng/ml之間，就SARS-CoV-1 S蛋白結合而言，介於0.8 ng/ml至254 ng/ml之間。
對S309和在VH中攜帶不同突變(N55Q、W50F、W105F或W50F + G56A + W105F)的S309的四個改造變異體，使用相同的流程進行了進一步的結合試驗。結果顯示於圖27。該些試驗中所測試的各個抗體的EC50值顯示於表7；表7中的「抗體」列的括號內的數字與圖27的圖例相對應。表7.
抗體 VH SEQ ID NO. VL SEQ ID NO. EC50 (ng/ml) – Exp. 1 EC50 (ng/ml)  – Exp.2
S309 WT ("11") 105 168 23.1 11.5
S309 N55Q ("12") 113 168 22.3 9.6
S309 W50F ("13") 129 168 21.8 8.9
S309 W105F ("14") 119 168 21.4 8.4
S309 W50F-G56A-W105F ("15") 172 168 18.8 7.8
使用抗體S303、S304、S306、S309、S310、S315和比較抗體S109、S110、S124和S230，使用相同的流程進行另外的結合試驗。結果顯示在圖33A和42A (結合到SARS-CoV-2S蛋白)和圖33B和42B (結合到SARS-CoV-1S蛋白)。MFI：藉由流式細胞術測量的平均螢光強度。
使用重組抗體S300和S307執行相同的試驗。抗體S300-rIgG1的結果顯示在圖39A，該抗體包含一VH和一VL (Vκ)，該VH包含SEQ ID NO.:1的胺基酸序列且該VL (Vκ)包含SEQ ID NO.:234的胺基酸序列。抗體S307-rIgG1的結果顯示在圖39B，該抗體包含一VH和一VL (Vκ)，該VH包含SEQ ID NO.:239的胺基酸序列且該VL (Vκ)包含SEQ ID NO.:24的胺基酸序列。實施例10 抗體S309 、S303 、S304 和S315 結合到SARS-CoV-2 和SARS-CoV-1 的RBD
使用生物層干涉術(BLI；Octet)測試了重組抗體S309、S303、S304和S315對CoV-1和CoV-2的RBD的親和力。簡而言之，以在動力學緩衝液(KB)中的3μg/ml將SARS-CoV-1或SARS-CoV-2的帶有His標籤的RBD加載15分鐘到抗-HIS (HIS2)生物感測器(Molecular Devices，ForteBio)上。全長抗體的締合以15 μg/ml的KB進行5分鐘。Fab片段的締合以5 μg/mL的KB進行5分鐘。測量KB的解離10分鐘。可使用整體擬合模型(Octet)計算以KD值表示的親和力。使用Octet Red96 (ForteBio)設備)。
圖14A至14D分別顯示S309、S303、S304和S315的締合和解離曲線。該些抗體中的各者以奈米莫耳至亞微微莫耳的親和力結合到SARS-CoV-2和SARS-CoV-1 RBD。圖20A和20B分別顯示了S309 IgG和S309 Fab的締合和解離曲線。在該些圖式中，從抗體(或Fab)溶液到緩衝液的切換以垂直虛線表示。實施例11 S309 IgG 和S309 Fab 結合到SARS-CoV-2 S 蛋白胞外域三聚體和RBD
IgG1和Fab片段的親和力和結合性測定：將SARS-CoV-2的生物素化RBD (自行製造；來自乙型CoV/武漢-Hu-1/2019的刺突蛋白的331-550號胺基酸殘基，登錄號MN908947，以來自ThermoFisher的EZ-Link NHS-PEG4-生物素進行生物素化)和帶有avi標籤的生物素化SARS-CoV-2 2P S以溶於動力學緩衝液(KB；0.01%無內毒素BSA，0.002% Tween-20，0.005% NaN3，溶於PBS)中的7.5 µg/ml加載到鏈黴親和素生物感測器(Molecular Devices, ForteBio)上8分鐘。IgG1和Fab與標靶的締合以100、33、11、3.6、1.2 nM的KB進行5分鐘。測量KB的解離10分鐘。使用1:1整體擬合模型(Octet)計算KD值。
結果顯示在圖41A和41B。在此試驗中，S309 IgG分別以亞微微莫耳和微微莫耳的結合性結合到SARS-CoV-2 RBD及結合到S胞外域三聚體。S309 Fab以奈米莫耳至次奈米莫耳的親和力結合到SARS-CoV-2 RBD和S胞外域三聚體。實施例12 抗體與SARS-CoV-1 或SARS-CoV-2 的RBD 的競爭結合
測量單株抗體對與SARS-CoV-1 RBD或SARS-CoV-2 RBD的競爭結合，以識別抗體的個別結合位點。
在以動力學緩衝液(KB；0.01%無內毒素BSA，0.002^ Tween-20，0.005% NaN3，溶於PBS)進行水合步驟10分鐘之後，可使用鏈黴親和素生物感測器(Pall ForteBio)以3ug/ml固定抗-Strep Tag II抗體(選殖體5A9F9，生物素，LabForce AG，Muttenz CH)。然後將SARS-CoV-1或帶有Strep Tag II的SARS-CoV-2 RBD (自行製造)以4 µg/ml的KB濃度加載6分鐘。使第一抗體締合一段時間，然後使第二抗體締合7分鐘(420秒)。圖15A顯示了抗體對與SARS-CoV-1的RBD結合的競爭。圖15B顯示了抗體對與SARS-CoV-2的RBD結合的競爭。圖15A和15B的垂直虛線指示從矩陣左側指示的第一抗體到矩陣頂部指示的第二抗體的切換。使用該些和其他數據，識別了四個抗原區域或位點(圖15A和15B中的I至IV)。實施例13 RBD ：人類ACE2 結合的干擾
測量了抗體干擾RBD結合到人類ACE2的能力。將ACE2-His (Bio-Techne AG)以溶於動力學緩衝液中的5 μg/ml加載到抗-HIS (HIS2)生物感測器(molecular Devices-ForteBio)上30分鐘，在以有或無30 μg/ml抗體預培育30分鐘之後，使1 μg/ml的SARS-CoV-1 RBD-兔Fc或SARS-CoV-2 RBD-鼠Fc (Sino Biological Europe GmbH)締合15分鐘。監測解離5分鐘。圖16顯示了使用抗體S309或S230獲得的數據。圖19A和19B顯示使用抗體S304、S303或S230 (圖19A)或RBD和抗體S315 (圖19B)獲得的數據。圖16、19A和19B各者中的垂直虛線指出有或沒有抗體的RBD加載的開始。實施例14 抗體的效應子功能
自然殺手(NK)介導的抗體依賴性細胞的細胞毒性(ADCC)可藉由殺死在其表面顯示病毒蛋白的受感染細胞來促進病毒控制。為了調查抗體利用此功能的能力，使用人類NK細胞作為效應子細胞及SARS-CoV-2 S轉染的ExpiCHO細胞作為標靶細胞在體外探詢ADCC (使用MACSxpress NK分離套組(Miltenyi Biotec，Cat. Nr.: 130-098-185)從健康供體的新鮮血液中分離)。將標靶細胞與不同量的抗體培育，並在10分鐘後與作為效應子細胞的原代人類NK細胞以9：1的標靶：效應子比例培育。在37°C培育4小時後，使用LDH釋放試驗(細胞毒性偵測試劑盒(LDH) (Roche；Cat. Nr.: 11644793001))測量抗體依賴性細胞的殺死。
巨噬細胞或樹突細胞介導的抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)也可藉由清除感染的細胞並潛在地刺激病毒抗原呈現的T細胞反應來促進病毒控制。使用外周血單核球作為吞噬細胞並用經PKH67螢光細胞連接子套組(Sigma Aldrich，Cat. Nr.: MINI67)螢光標記的被SARS-CoV-2 S轉染的ExpiCHO作為標靶細胞來測試ADCP。將標靶細胞與不同量的抗體培育10分鐘，接著與分離自健康供體的人類PBMC培育，該人類PBMC係經Cell Trace Violet (Invitrogen，Cat. Nr.: C34557)螢光標記，效應子：標靶比例為20：1。在37°C下培育過夜後，將細胞用抗人類CD14-APC抗體(BD Pharmingen，Cat. Nr.: 561708，選殖體M5E2)染色以將吞噬細胞染色。藉由流式細胞術測定抗體介導的吞噬作用，測量PKH67螢光陽性的單核球%。
測試了抗體S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168)、S304、S306、S315、S230以及S309和S304的組合。
圖17A顯示使用初始NK效應細胞和表現SARS-CoV-2 S的ExpiCHO作為標靶細胞的抗體的ADCC功能。符號顯示重複測量的平均值±SD。圖17B顯示使用PBMC作為吞噬細胞及經標記PKF67的表現SARS-CoV-2 S的ExpiCHO作為標靶細胞的抗體的ADCP功能。符號顯示重複測量的平均值±SD。
測試了S309的Fc變異體的ADCC。S309-LS包括M428L和N434S Fc突變。S309-GRLR包括G236R/L328R Fc突變，其極少結合到FcγRs。S309-LS-GAALIE包括MLNS和GAALIE (G236A/A330L/I332E) Fc突變。結果顯示於圖45。
測定了抗體S303、S304、S306、S309、S315以及S309和S315的組合的ADCC和ADCP功能。圖24A顯示使用初始NK效應細胞和表現SARS-CoV或SARS-CoV-2 S的ExpiCHO作為標靶細胞的抗體的ADCC。圖24A的圖表顯示就對於高親和力FcγRIIIa純合的一種代表性供體測定的殺死% (符號顯示平均值±SD)。圖24B顯示了相較於來自對於158V (FV)雜合或對於低親和力變異體158F (FF)純合的供體的細胞，來自對於高親和力FcγRIIIa變異體158V (VV)純合的供體的細胞反應的曲線下面積(AUC)(平均值±SD)。圖25A顯示就一位代表供體而言，用PBMC作為吞噬細胞及經標記PKH67的表現SARS-CoV-2 S的ExpiCHO作為標靶細胞的ADCP。% ADCP表示PKH67陽性的單核球百分比。圖25B顯示來自多個供體反應的曲線下面積(AUC)。實施例15 抗體對受SARS-CoV-2 感染細胞的細胞裂解物的反應性
測量了抗體S304、S306、S309和S310針對受SARS-CoV-2感染的VeroE6細胞的細胞裂解物的反應性。圖21A顯示抗體的反應性，其係以間接ELISA S對被SARS-CoV-2感染的VeroE6細胞的以TX100提取的裂解物所測得。圖21B顯示抗體的反應性，其係以間接ELISA S對被SARS-CoV-2感染的VeroE6細胞的以SDS提取的裂解物所測得。圖21C顯示人類SARS-CoV-1恢復期血清的反應性，其係以間接ELISA S對被SARS-CoV-2感染的VeroE6細胞的以TX100提取或以SDS提取的裂解物所測得。實施例16 藉由單獨或組合的抗體S304 和S309 中和SARS-CoV-2 感染
單株抗體S304和S309對SARS-CoV-2感染的中和作用係使用SARS-CoV-2活病毒分析來評估。活病毒中和試驗藉由以NP特異性多株兔血清染色病毒核蛋白(NP)來定量被感染細胞的數量。抑制作用係藉由在感染後24和45小時測量NP表現來評估。酶免疫試驗(EIA)係用於量化各受測抗體稀釋液的感染位準。
數據顯示於圖22A至22D。使用96孔盤中的單層Vero E6細胞，在指定的抗體濃度下於室溫下進行中和一小時。若干盤被感染100 TCID50的病毒。24或45小時後，將若干單層固定並染色以抑制NP表現。當合併時，S304和S309顯示出中和作用的協同增強。實施例17 S309 rIgG 變異體抗體的製造
使用抗體S309的VH和VL序列製造重組的IgG1抗體。在此實施例中，抗體分別稱為"S309-11"、"S309-12"、"S309-13"、"S309-14"和"S309-15"。
"S309-11"包含S309的野生型VH序列(SEQ ID NO: 105)和野生型VL序列(SEQ ID NO: 168)。"S309-12"包含在CDRH2中的N55Q突變，提供了S309的VH變異體序列(SEQ ID NO: 113)和野生型VL序列(SEQ ID NO: 168)。"S309-13"包含S309在VH的W50F突變(SEQ ID NO: 129)和野生型VL序列(SEQ ID NO: 168)。"S309-14"包含S309的W105F VH變異體序列(SEQ ID NO: 119)和野生型VL序列(SEQ ID NO: 168)。"S309-15"包含S309的W50F/G56A/W105F VH變異體(SEQ ID NO: 172)和野生型VL序列(SEQ ID NO: 168)。S309重組抗體(S309至11)和四個變異體S309-12至S309-15中各者係藉由在HD 293F細胞(GenScript)中瞬時轉染並表現編碼該重組抗體的質體載體來製造。編碼S309抗體的質體載體亦編碼SEQ ID NO.:252列示的訊息肽。相較於所測試的其他訊息肽，此訊息肽提供了優越的抗體製造。數據未顯示。在第4天收穫細胞，並藉由西方墨點法和蛋白A效價分析來驗證IgG表現。實施例18 S309 rIgG 及變異體結合到SARS-CoV-2 RBD
使用表面電漿子共振(SPR)測量重組單株抗體S309和實施例17所述的四個S309變異體(S309-12至S309-15)與RBD的結合。使用單循環動力學方式以Biacore T200儀器進行SPR實驗。以IgG表現的抗體被捕獲在表面上，並注射濃度不斷增加的經純化的醣基化或去醣基化形式的SARS-CoV-2 RBD。使用帶有抗人類Fc共價固定(GE)的感測器晶片進行SPR。使用的緩衝液為10 mM HEPES pH 7.4、150 mM NaCl、3mM EDTA和0.05% P20清潔劑。試驗在25°C下進行。將重組抗體從上清液稀釋到大約2 μg/ml。RBD濃度為0.8 nM、3.1 nM、12.5 nM、50 nM和200 nM。藉由在HEK293細胞中表現來獲得醣基化RBD，並使用一步驟Ni親和力純化來純化。去醣基化RBD可藉由在基福尼辛(kifunensine)的存在下生長的Expi293細胞中內部表現、使用一步驟Ni親和力純化來純化及以糖苷內切酶H處理來獲得。以3分鐘注射和20分鐘解離期進行單循環動力學試驗。監測締合和解離動力學，並使其擬合至結合模型以測定親和力。結果顯示於圖30A-30F和表8。表8.
mAb上清液 醣基化RBD 去醣基化RBD
S309 WT或變異體 KD Ka (1/Ms) Kd (1/s) KD Ka (1/Ms) Kd (1/s)
S309-11 (WT) 0.50 nM 10.0e4 5.0e-5 0.91 nM 3.0e5 2.8e-4
S309-11 (WT)複製 0.68 nM 9.5e4 6.5e-5 0.98 nM 2.9e5 2.9e-4
S309-12 (N55Q) 0.46 nM 9.2e4 4.2e-5 1.3 nM 2.7e5 3.6e-4
S309-13 (W50F) 0.51 nM 9.9e4 5.0e-5 1.8 nM 3.0e5 5.3e-4
S309-14 (W105F) 0.38 nM 1.0e5 3.9e-5 7.9 nM 9.8e5 7.7e-3
S309-15 (W50F/G56A/W105F) 1.7 nM 9.9e4 1.6e-4 ＞10 nM 以穩定態擬合估計Kd
在兩個不同的SPR試驗中使用不同的參數測量了與去醣基化RBD的結合。實驗1使用10分鐘注射和從100 nM的4倍稀釋的一系列濃度。如上所述，實驗2使用了3分鐘注射和從200 nM的4倍稀釋的一系列濃度。結果顯示於表9。S309-15的實驗1的結果也顯示在圖30F的上方二圖。表9.
mAb上清液 實驗1 實驗2
S309 WT或變異體 KD Ka (1/Ms) Kd (1/s) KD Ka (1/Ms) Kd (1/s)
S309-11 (WT) 0.83 nM 3.0e5 2.5e-4 0.91 nM 3.0e5 2.8e-4
S309-11 (WT)複製 0.91 nM 3.0e5 2.7e-4 0.98 nM 2.9e5 2.9e-4
S309-12 (N55Q) 1.2 nM 2.7e5 3.2e-4 1.3 nM 2.7e5 3.6e-4
S309-13 (W50F) 1.7 nM 2.8e5 4.6e-4 1.8 nM 3.0e5 5.3e-4
S309-14 (W105F) 14 nM 擬合至穩定態 7.9 nM 9.8e5 7.7e-3
S309-15 (W50F/G56A/W105F) 37 nM 擬合至穩定態 不可能擬合至穩定態
除了使用純化的重組抗體而不是細胞培養上清液以外，使用上述的相同流程藉由表面電漿子共振(SPR)來測量重組抗體S309和四個改造變異體與RBD的結合。結果顯示於表10。表10.
  醣基化RBD 去醣基化RBD
S309 WT或變異體VH KD Ka (1/Ms) Kd (1/s) KD Ka (1/Ms) Kd (1/s)
S309-11 (WT) 0.26 nM 9.3e4 2.4e-5 0.67 nM 3.4e5 2.3e-4
S309-12 (N55Q) 0.39 nM 8.5e4 3.3e-5 1.1 nM 3.1e5 3.2e-4
S309-13 (W50F) 0.39 nM 9.2e4 3.6e-5 1.4 nM 3.5e5 4.9e-4
S309-14 (W105F) 0.35 nM 9.6e5 3.4e-5 5.1 nM 1.5e6 7.9e-3
S309-15 (W50F/G56A/W105F) 1.6 nM 9.4e4 1.5e-4 ＞10 nM 以穩定態擬合估計Kd
S309 G56A 0.54 nM 9.3e4 5.1e-5 0.70 nM 3.4e5 2.4e-4
實施例19 藉由S309 抗體中和SARS-CoV-2 感染
使用基於VSV的螢光素酶報導基因假型系統(Kerafast)測定了實施例17和18 ("S309-12"至"S309-15")中說明的S309和四個改造S309變異體的中和活性 。將VSV假顆粒和抗體在DMEM中混合，並使其在37⸰ C培育30分鐘。然後將感染的混合物與Vero E6細胞在37⸰ C培育1小時，接著添加帶有Pen-Strep和10% FBS的DMEM (未移除感染混合物)。使細胞在37⸰ C培育18-24小時。添加Bio-Glo試劑(Promega)後，使用Ensight盤讀取器(Perkin Elmer)測量螢光素酶。結果顯示於圖28。在圖28中，變異體11 – 15分別對應於S309-11 – S309-15。基於此實驗計算的EC50值顯示於表11。表11.
抗體 EC50 (ng/ml)
S309-11 (WT VH) 109
S309-12 (N55Q VH) 103
S309-13 (W50F VH) 97
S309-14 (W105F VH) 65
S309-15 (W50F/G56A/W105F VH) 53
實施例20 人類 FcγRIIIa 或 FcγRIIa 的抗體依賴性活化
檢驗了人類FcγRIIIa或FcγRIIa的抗體依賴性活化。以SARS-CoV-2 S (乙型CoV/武漢-Hu-1/2019)瞬時轉染ExpiCHO細胞，並與滴定濃度的抗體培育10分鐘。然後將ExpiCHO細胞連同在其表面表現FcγRIIIa或FcγRIIa並經NFAT驅動的螢光素酶基因(Promega，Cat. Nr.: G9798與G7018)穩定轉染的Jurkat細胞培育，效應子對標靶的比例就FcγRIIIa而言為6:1，就FcγRIIa而言為5:1。在此生物試驗中，人類FcγR的活化致使NFAT介導的螢光素酶報導基因的表現。根據製造商的說明，使用Bio-Glo-TM螢光素酶試驗試劑，在37°C以5% CO2 培育21小時後測量發光。試驗了抗體S303、S304、S306、S309、S315以及S309和S315的組合，連同比較抗體S230。結果顯示於圖31和32。實施例21 SARS-CoV-2 S 醣蛋白序列分析
對2,229個SARS-CoV-2分離株的S醣蛋白序列的分析指出，在SARS-CoV-2 S胞外域上發生了數個頻率可變的突變。圖35A顯示了以n＞1的頻率出現的刺突蛋白變異體，其如同映射到完整的三聚體刺突胞外域的閉合和開放形式的球體。如所示般，顯示了RBD和其他刺突蛋白域。顯示(在總共2229個中的) 40個突變。由於缺少PDB結構的細節，因此RBD中僅突顯367號殘基(n=8)，而未突顯476號殘基(n=7)和483號殘基(n=17)。圖35B藉由胺基酸顯示了刺突醣蛋白中的變異體普遍性。各點是不同的變異體。顯示了域A和RBD的位置。所指的是通過0.1%的頻率閾值的變異體。
使用11,839個SARS-CoV-2分離株對S醣蛋白序列進行了進一步分析。圖43顯示由至少兩個序列(普遍性大於0.01%)支持的變異體係如映射到完整的三聚體刺突胞外域的閉合(左)和開放(右)形式的球體所指。各點是不同的變異體。圖43顯示由至少兩個序列支持的刺突蛋白變異體係如映射到完整的三聚體刺突胞外域的閉合(左)和開放(右)形式的球體所指。如顏色所示，顯示了RBD和其他刺突蛋白域。顯示(在已分析的總共11,839個刺突蛋白序列中的) 171個變異體。假使變異體的普遍性大於1% (僅D614G)或假使該等位於RBD內，則標記為變異體。亦指出保守的N343的位置。實施例22 抗體S309 與從SARS-CoV-2 患者中分離出的抗體的競爭
測試從SARS-CoV-2感染中恢復的患者分離的人類單株抗體與抗體S309 (VH：SEQ ID NO:105；VL：SEQ ID NO.:113)重疊的RBD結合位點。使用Octet (儀器：Octet Red96，ForteBio)進行競爭試驗。抗His感測器(BIOSENSOR ANTI-PENTA-HIS (HIS1K)1*1ST)係用於固定在自行製造的SARS-CoV-2的帶有His標籤的RBD (來自乙型CoV/武漢-Hu-1/2019的刺突蛋白的331至550號殘基，登錄號MN908947)，濃度為3 µg/ml。抗體以15 µg/ml締合6 min。將所有蛋白質在動力學緩衝液(KB)中稀釋。然後將競爭抗體以相同濃度再締合6 min。已顯示兩種抗體與S309競爭結合至RBD，但與S309不同，它們並未中和SARS-CoV-2。數據未顯示。實施例23 SARS-CoV-2 針對單株抗體S309-12-MLNS 的抗性選擇
為了檢查抗性選擇，使SARS CoV-2在Vero E6細胞和固定濃度的抗體S309 N55Q MLNS GAALIE (VH為SEQ ID NO.:113，VL為SEQ ID NO.:168，Fc有G236A、A330L、I332E、M428L和N434S突變)繼代超過一個月。實驗方案顯示於圖44A。感染和連續病毒培養的細節匯整在圖44B。藉由目測盤來評估細胞病變效應(CPE)。即使沒有觀察到CPE，也可藉由病灶形成試驗並以甲基纖維素覆蓋來評估病毒效價。結果顯示於圖44C。即使在受測的最低抗體濃度下，也無觀察到經抗體處理的孔中的病毒突破的證據。數據代表一式三次重複的孔。實施例24 藉由抗體S309 中和Calu-3 人肺細胞的SARS-CoV-2 感染
使用奈米螢光素酶試驗測試了抗體S309 N55Q MLNS (VH為SEQ ID NO.:113和VL為SEQ ID NO.:168，在Fc中具有M428L和N434S突變)中和Calu-3人肺細胞(對跨膜蛋白酶TMPRSS2呈陽性)和VeroE6細胞的活SARS-CoV-2感染的能力。包括所計算的IC50值的結果顯示於圖46。實施例25 藉由抗體S309 中和SARS-CoV-2 感染
使用奈米螢光素酶試驗和IFA試驗測試了抗體S309中和活SARS-CoV-2病毒感染的能力。簡而言之，將Vero E6細胞以活SARS-CoV-2螢光素酶病毒感染六個小時。使用三種不同的抗體濃度1、0.1和0.01 MOI收集數據 。奈米螢光素酶試驗的結果顯示於圖47。IFA試驗的結果顯示在圖48A (IFA中計數的代表性孔)和48B (使用Cytation 5的定量數據)。圖47和48B中的圖形下方的框中顯示了每個MOI的計算出的IC50值。值得注意的是，沒有發現此種感染格式的感染(或病灶)的群集。實施例26 藉由抗體S309 N55Q MLNS 和S309 N55Q MLNS 中和活的SARS-CoV-2 感染
試驗了抗體S309 N55Q MLNS (在本案亦稱作S309 N55Q LS，包含M428L/N434S Fc突變)和S309 N55Q MLNS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q LS GAALIE，包含G236A、A330L、I332E、M428L和N434S Fc突變)中和活SARS-CoV-2病毒感染的能力。S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE各自包含具有SEQ ID NO.:113列示的序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示的序列的VL。結果顯示於圖49。S309 N55Q MLNS的EC50計算值為100.1 ng/ml。S309 N55Q MLNS GAALIE的EC50計算值為78.3 ng/ml。實施例27 抗體S309 N55Q MLNS 和S309 N55Q MLNS 對SARS-CoV-2 假型病毒的中和作用
測試了抗體S309 N55Q MLNS (在本案中亦稱作S309 N55Q LS)和S309 N55Q MLNS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS GAALIE)對SARS-CoV-2假型病毒的中和作用。S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE各自包含具有SEQ ID NO.:113列示的序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示的序列的VL。假型病毒是以SARS-CoV-2刺突蛋白假造的VSV。結果顯示於圖50A (S309 N55Q MLNS)和圖50B (S309 N55Q MLNS GAALIE)。就S309 N55Q MLNS計算的EC50值為24.06 ng/ml。就S309 N55Q MLNS GAALIE計算的EC50值為22.09 ng/ml。實施例28 抗體S309 N55Q MLNS 和S309 N55Q MLNS GAALIE 結合到SARS-CoV-2 RBD
藉由表面電漿子共振(SPR)來測量抗體S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE與SARS-CoV-2 RBD的結合。S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE各自包含具有SEQ ID NO.:113列示的序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示的序列的VL。結果顯示於圖51A (S309 N55Q MLNS)和圖51B (S309 N55Q MLNS GAALIE)。實施例29 抗體S309 N55Q MLNS 和S309 N55Q MLNS GAALIE 與SARS-CoV-2 刺突蛋白的結合
藉由流式細胞術測量抗體S309 N55Q MLNS (在本案中亦稱作S309 N55Q LS)和S309 N55Q MLNS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q LS GAALIE)與SARS-CoV-2到SARS-CoV-2刺突蛋白的結合。S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE各自包含具有SEQ ID NO.:113列示的序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示的序列的VL。結果顯示於圖52A (S309 N55Q MLNS)和圖52B (S309 N55Q MLNS GAALIE)。數據表示為鑑定為抗體結合陽性的細胞百分比。實施例30 抗體S309 N55Q MLNS 和S309 N55Q MLNS GAALIE 與人類Fcγ 受體的結合
使用SPR試驗了抗體S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE與人類Fcγ受體的結合。測量與FcγRIIa (低親和力R131和高親和力H131等位基因兩者)、FcγRIIIa (低親和力F158和高親和力V158等位基因兩者)和FCγRIIb的結合。S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE各自包含具有SEQ ID NO.:113列示的序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示的序列的VL。
將生物素CAPture試劑(經修飾的鏈黴親和素)注射到停靠在Biacore T200 (Cytiva)中的CAP感測器晶片的所有流動細胞。將1 µg/mL的生物素化Fc受體以10 µL/min注射到單個流動細胞達60秒(每個流動細胞一個受體)，並保留一個流動細胞作為參考表面。以30 µL/min的流速將100 µg/mL的抗體(稀釋於HBS-EP+)注射到所有流動細胞達200秒，並監測締合。注射後再監測解離200秒。數據於10 Hz收集。每次結合測量後，注射CAP再生試劑以準備新循環的表面。實驗在25°C進行，注射前將樣品以15°C保持在儀器中。結果顯示於圖53 (其中MLNS突變在圖例中以"LS"表示)。實施例31 抗體S309 MLNS 、S309 N55Q MLNS 和S S309 N55Q MLNS GAALIE 結合到補體成分C1q
在Octet儀器上藉由生物層干涉術(BLI)測量抗體S309 MLNS (在本案中亦稱作S309 LS)、S309 N55Q MLNS (在本案中亦稱作S309 N55Q LS)和S309 N55Q MLNS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q LS GAALIE)與補體成分C1q的結合 。S309 MLNS包含具有SEQ ID NO.:105列示序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示序列的VL。S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE各自包含具有SEQ ID NO.:113列示的序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示的序列的VL。
使用抗人類Fab (CH1-特異性)感測器以10 µg/ml捕獲抗體達10分鐘。然後將載有IgG的感測器暴露於含有3 µg/ml純化人類C1q的動力學緩衝液中達4分鐘，接著在相同緩衝液中再解離4分鐘。以干涉圖形的變化即時測量締合和解離概況。結果顯示於圖54。實施例32 抗體S309 MLNS 、S309 N55Q MLNS 和S309 N55Q MLNS GAALIE 體外活化人類Fc 伽瑪受體
在體外試驗了抗體S309 MLNS、S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE引發人類Fcγ受體的抗體依賴性活化的能力。S309 MLNS包含具有SEQ ID NO.:105列示序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示序列的VL。S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE各自包含具有SEQ ID NO.:113列示的序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示的序列的VL。
將S309 MLNS (在本案中亦稱作S309 LS)、S309 N55Q MLNS (在本案中亦稱作S309 N55Q LS)、S309 N55Q MLNS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q LS GAALIE)和對照組抗體S309-GRLR中的各個在試驗緩衝液中從10,000 ng/ml一系列地稀釋6倍至0.006 ng/ml。將九點一系列稀釋的抗體與白色平盤的每96孔中的12,500個(對於FcγRIIIa和FcγRIIb)或10,000個(對於FcγRIIa) CHO-CoV-2-刺突細胞一起在室溫下培育15分鐘。將表現指定的FcγR並被NFAT驅動的螢光素酶基因穩定轉染的Jurkat效應子細胞解凍，在試驗緩衝液中稀釋，並以效應子對標靶細胞的比例就FcRγIIIa和FcγRIIb而言為6:1或對FcγRIIa而言為5:1添加到該盤。對照組孔被包括在內，以測量不依賴抗體的活化(含有標靶細胞和效應子細胞，但不包含抗體)和該盤的背景發光(僅含有試驗緩衝液的孔)。將盤在37°C以5% CO2 培育18小時。在此生物試驗中，人類FcγR的活化致使NFAT介導的螢光素酶報導基因的表現。加入Bio-GloTM 螢光素酶試驗試劑後，根據製造商的指示以發光計測量發光。結果顯示於圖55。實施例33 抗體S309 MLNS 、S309 N55Q MLNS 和S309 N55Q MLNS GAALIE 的效應子功能
試驗了抗體S309 MLNS (在本案中亦稱作S309 LS)、S309 N55Q MLNS (在本案中亦稱作S309 N55Q LS)和S309 N55Q MLNS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q LS GAALIE)促進NK細胞介導的抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)和單核球介導的抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)對抗表現CoV-2-刺突蛋白的細胞的能力。
S309 MLNS包含具有SEQ ID NO.:105列示序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示序列的VL。S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE各自包含具有SEQ ID NO.:113列示的序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示的序列的VL。
ADCC係藉由以下在體外測量：將來自表現純合的低親和力(F/F158)或高親和力(V/V158) FcγRIIIa的兩個基因型供體的新鮮分離的人類NK細胞暴露於與CHO-CoV-2-刺突細胞預先培育的抗體中，並在37°C培育4小時後，根據製造商的指示(細胞毒性偵測套組(LDH)，Roche)以讀數測量LDH的釋放。簡而言之，該盤以400 x g離心4分鐘，並將35 µl上清液轉移至平坦的384孔盤。製備LDH試劑，將35 µl加至各孔中。使用動力學流程，每2分鐘測量一次490 nm和650 nm的吸光度，持續8分鐘，並使用動力學曲線的斜率作為結果。藉由應用下式測定比裂解的百分比：(特定釋放 – 自發釋放)/(最大釋放 – 自發釋放) x 100。結果顯示於圖56。
藉由將新鮮分離的人類PBMC (標記有細胞痕量紫羅蘭色(trace violet))暴露於與表現CHO-CoV-2-刺突的細胞(標記有PKH67螢光細胞連接子套組(Sigma Aldrich))預先培育的抗體中，體外測量抗體S309 MLNS、S309 N55Q MLNS、S309 N55Q MLNS GAALIE和對照組抗體S309-GRLR藉由初級CD14+單核球促進ADCP的能力。將mAb的一系列稀釋液(在補充有10% Hyclone FBS + 2x抗-抗(抗生素-抗真菌劑)的RPMI-1640 + L-麩醯胺酸中，從5,000 ng/ml一系列稀釋5倍至0.32 ng/ml)與在96孔聚丙烯盤的每個孔中的10’000個CHO-CoV-2刺突細胞一起培育，持續10分鐘。根據製造商的指示，將初級PBMC用Cell Trace Violet進行螢光標記。然後將標靶細胞和抗體混合物與經標記的PBMC以效應子對標靶比例為16:1培育。過夜培育後，藉由標記單核球群體中的CD14並藉由流式細胞術測量CD14+ 單核球中的細胞痕量紫羅蘭色+ PKH67+ 細胞的百分比來測量ADCP活性。結果顯示於圖57。實施例34 S309 抗體對SARS-CoV-2 刺突蛋白介導的細胞融合的效應
使用經改造以在細胞表面上過度表現刺突蛋白的細胞測試抗體S309 (VH: SEQ ID NO.:105；VL: SEQ ID NO.:168)對SARS-CoV-2刺突蛋白介導的融合的效應。將S309添加到該些細胞培養物中抑制了細胞-細胞融合。結果顯示於圖58A(顯微照片)和58B(量化數據)。實施例35 抗體S309 N55Q MLNS 和S309 N55Q MLNS GAALIE 對SARS-CoV-2 複製的效應
在VeroE6細胞、PBMC和樹突細胞測試了抗體S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE對SARS-CoV-2複製的效應。S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE各自包含具有SEQ ID NO.:113列示的序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示的序列的VL。
將SARS-CoV-2病毒與S309 N55Q MLNS或S309 N55Q MLNS GAALIE培育一個小時。然後將病毒/抗體混合物添加到塗覆的VeroE6、PBMC或單核球衍生的樹突(MoDC)細胞。將細胞與病毒/抗體混合物在37 °C培育一個小時後，洗滌細胞並在新鮮培養基中再培育72小時。然後分析培養細胞的上清液中的病灶形成單位(FFU)。將上清液以1:5稀釋並添加到VeroE6細胞中。在37 °C一個小時後，VeroE6細胞被甲基纖維素覆蓋。再培育24小時後，將VeroE6細胞培養物中的SARS-CoV-2核蛋白染色。結果顯示於圖59。抗體S309 N55Q MLNS的數據顯示在上面。抗體S309 N55Q MLNS GAALIE的數據顯示在下面。該些72小時的複製數據代表在24和48小時的發現。實施例36 材料和方法 基於流式細胞術篩選結合到哺乳動物細胞上表現的CoV S 蛋白
以SARS-CoV-2、SARS-CoV和MERS-CoV的S蛋白或以空的質體作為陰性對照轉染ExpiCHO細胞。然後藉由流式細胞術測試了10 µg/ml的單株抗體將表現2019-nCoV、SARS-CoV、MERS-CoV或Mock細胞轉染體的S蛋白的ExpiCHO細胞染色的能力。重組SARS-CoV-2 蛋白的瞬時表現
SARS-CoV-2株(2019-nCoV-S)分離株乙型CoV/武漢-Hu-1/2019 (登錄號MN908947)的全長S基因係經密碼子最佳化，以用於表現人類細胞並將其選殖到phCMV1表現載體(Genlantis)。使用Expifectamine CHO 增強子以phCMV1-SARS-CoV-2-S、phCMV1-MERS-CoV-S (倫敦1/2012)、SARS-刺突_pcDNA.3 (SARS株)或空的phCMV1 (模擬)瞬時轉染Expi-CHO細胞。轉染兩天後、收集、固定或是固定且用皂素通透化細胞，以針對與SARS-CoV受體結合域(RBD)有反應性的一組單株抗體進行免疫染色。使用經Alexa647標記的二級抗體抗人類IgG Fc偵測。使用ZE5細胞分析儀(Biorard)和FlowJo軟體(TreeStar)藉由流式細胞術分析抗體與經轉染細胞的結合。陽性結合是藉由CoV-S-轉染體與模擬-轉染體的差異染色來定義。使用Octet 的競爭實驗(BLI ，生物層干涉術)
除本案另有指示外，抗His感測器(BIOSENSOR ANTI-PENTA-HIS (HIS1K))係用於固定SARS-CoV的S1次單元蛋白(Sino Biological Europe GmbH)。以動力學緩衝液(KB；0.01%無內毒素BSA，0.002^ Tween-20，0.005% NaN3，溶於PBS)將感測器水合10分鐘。然後將SARS-CoV S1次單元蛋白以溶於KB的10 µg/ml濃度加載8分鐘。對於全長mAb nCoV-10和nCov-6 mAb，抗體以15 µg/ml締合6分鐘，對於Fab nCoV-4，抗體以5 µg/ml締合，在隨後的實驗中，包含nCoV-1的抗體皆於10 µg/ml。然後將競爭抗體以相同濃度再締合6 min。使用Octet 的競爭實驗(BLI ，生物層干涉術)
對於ACE2競爭實驗，將ACE2-His (Bio-Techne AG)以KB中的5 µg/ml加載到抗-HIS (HIS2)生物感測器(Molecular Devices-ForteBio)上，歷時30分鐘。在以有或無抗體預培育(30 µg/ml，30分鐘)後，使1 µg/ml的SARS-CoV-1 RBD-兔Fc或SARS-CoV-2 RBD-鼠Fc (Sino Biological Europe GmbH)締合15分鐘。監測解離5分鐘。使用Octet 的親和力測定(BLI ，生物層干涉術)
為了測定全長抗體的KD ，在以動力學緩衝液的水合步驟10分鐘後，使用蛋白A生物感測器(Pall ForteBio)固定2.7μg/ ml的重組抗體，歷時1分鐘。藉由將被抗體包覆的感測器與不同濃度的SARS-CoV-1 RBD (Sino Biological)或SARS-CoV-2 RBD (自行製造；來自乙型CoV/武漢-Hu-1/2019的刺突的331至550號殘基，登錄號MN908947)培育，記錄締合曲線5分鐘。測試的最高RBD濃度為10ug/ml，然後按1:2.5一系列地稀釋。將感測器移至含有KB的孔中來記錄解離9分鐘。使用整體擬合模型(Octet)計算KD 值。使用Octet Red96 (ForteBio)設備)。
為了測定相較於Fab片段的全長抗體的KD ，將SARS-CoV-1或SARS-CoV-2的標記有His的RBD以KB中的3 µg/ml加載到抗-HIS (HIS2)生物感測器(Molecular Devices, ForteBio)上，歷時15分鐘。全長抗體和Fab的締合以KB中的15 ug/ml和5 ug/ml進行5分鐘。測量KB的解離10分鐘。ELISA 結合
藉由酶聯免疫吸附試驗(ELISA)測定mAb與SARS-CoV刺突S1次單元蛋白(WH20株)的反應性。簡而言之，在96孔盤上塗覆3 µg/ml的重組SARS-CoV刺突S1次單元蛋白(Sino. Biological)。洗滌該等孔並在室溫下以PBS+1%BSA阻斷1小時然後在室溫下與一系列稀釋的mAb培育1小時。在室溫下使經接合鹼性磷酸酶的山羊抗人類IgG (Southern Biotechnology: 2040-04)培育1小時，並在室溫下以溶於0.1 M甘胺酸緩衝液(pH 10.4)的1 mg/ml對硝基苯基磷酸酯受質顯影30分鐘來偵測結合的mAb。在ELISA讀取器(Powerwave 340/96分光光度計，BioTek)中在405 nm的波長下測量光密度(OD)值。中和試驗
除另有指示外，使用以SARS-CoV-2刺突蛋白(SARS-CoV-2pp)或SARS-CoV-1刺突蛋白(SARS-CoV-1pp)假造的小鼠白血病病毒(MLV)。以ACE2穩定轉染的DBT細胞(DBT-ACE2)係用作標靶細胞。以10ug/ml胰蛋白酶TPCK將SARS-CoV-2pp或SARS-CoV-1pp活化。將活化的SARS-CoV-2pp或SARS-CoV-1pp添加到一系列稀釋的抗體(從每種抗體的最終濃度50ug/ml開始，稀釋3倍)。將DBT-ACE2細胞加入抗體-病毒混合物中，並培育48小時。將細胞培養上清液吸出並添加穩定GLO受質(Promega)，然後測量發光。
除另有指示外，假粒子中和試驗係使用基於VSV的螢光素酶報導基因假型系統(Kerafast)。將VSV假顆粒和抗體在DMEM中混合，並使其在37C培育30分鐘。然後將感染的混合物與Vero E6細胞在37C培育1小時，接著添加帶有Pen-Strep和10% FBS的DMEM (未移除感染混合物)。使細胞在37C培育18至24小時。添加Bio-Glo試劑(Promega)後，使用Ensight盤讀取器(Perkin Elmer)測量螢光素酶。SPR 單循環動力學
使用單循環動力學方式以Biacore T200儀器進行SPR實驗。S309 IgG被捕獲在表面上，並注射濃度逐漸增加的經純化的醣基化或去醣基化的SARS-CoV-2 RBD。監測締合和解離動力學，並使其擬合至結合模型以測定親和力。重組抗體的表現
如前所述，重組抗體在以表現重鏈和輕鏈的質體瞬時共同轉染的ExpiCHO細胞中表現。(Stettleret al. (2016)  Specificity, cross-reactivity, and function of antibodies elicited by Zika virus infection. Science, 353(6301), 823–826)。單株抗體S303、S304、S306、S309、S310和S315係表現為rIgG-MLNS抗體。MLNS突變在具有更長的體內半衰期。(Zalevskyet al. (2010) Enhanced antibody half-life improves in vivo activity. Nature Biotechnology, 28(2), 157–159)序列比對
使用「完整(＞ 29,000 bp)」和「低覆蓋率排除」過濾器，從GISAID於2020年3月29日下載了SARS-CoV-2基因組序列。將蝙蝠和穿山甲序列去掉，以生成僅有人類的序列。以GeneWise2進行參考蛋白(YP_009724390.1)-基因組排比，可將刺突ORF定位。不完全匹配和含indel的ORF被救回並包括在下游分析中。使用seqkit以電腦模擬轉譯核苷酸序列。將具有超過10%不確定胺基酸(由於N個鹼基判定(basecalls))的序列去掉。使用MAFFT進行多重序列比對。藉由使用R/Bioconductor包裝Biostrings比對排比序列(n=2,229)與參考序列來判定變異體。使用類似的策略從ViPR來源的SARS-CoV基因組中提取和轉譯刺突蛋白序列(搜索標準：SARS相關冠狀病毒，全長基因組，人類宿主，於2019年12月前寄存，以排除SARS-CoV-2，n = 53)。來源的SARS-CoV基因組序列包含所有主要的公開株，例如尤其是Urbani、Tor2、TW1、P2、Frankfurt1。Tsan-Yuk Lamet al 展示的穿山甲序列係源自GISAID。來自Luet al (Lancet 2020)展示的三個分支的沙貝病毒的蝙蝠序列係源自Genbank。麝貓類和貉屬序列係類似地源自Genbank。實施例37 藉由S309 抗體中和SARS-CoV2 的ACE2- 獨立機制
在以下實驗中，將S309抗體(VH為SEQ ID NO.:105，VL為SEQ ID NO.:168)表現為帶有M428L和N434S Fc突變的重組IgG1。調查了ACE2過度表現對感染的S309抗體中和的效應。在S309 (10 µg/ml)存在下，以MOI 0.01的SARS-CoV-2 (USA-WA1/2020分離株)感染Vero E6或Vero E6-TMPRSS2細胞。感染後24小時將細胞固定，將病毒核鞘蛋白免疫染色並定量。在經過抗體處理的細胞中，核鞘染色實際上是不存在的。S309在Vero E6細胞中具有IC50 (ng/mL)為65，在Vero E6-TMPRSS2中為91(數據未顯示)。
在S309的存在下以SARS-CoV-2-Nluc或經SARS-CoV-2刺突蛋白假型化的VSV感染一組7個細胞系(HeLa、293T (wt)、Vero E6、Huh7、293T ACE2、MRC 5-ACE2-TMPRSS2、A549-ACE2-TMPRSS2選殖體5、A549-ACE2-TMPRSS2選殖體10)。感染後24小時將螢光素酶訊號定量。S309最大中和值係如表12所示。表12.  S309 的最大中和值
 細胞類型 病毒 / 假型
SARS-CoV-2-Nluc VSV 假型
Vero E6 ＞99% ＞99%
Vero E6-TMPRSS2 ＞99% 96%
Huh7 98% 78%
293T ACE2 26% 34%
MRC5-ACE2-TMPRSS2 87% 45%
A549-ACE2-TMPRSS2選殖體5 89% 65%
A549-ACE2-TMPRSS2選殖體10 81% 42%
藉由流式細胞術將純化的、經螢光標記的SARS-CoV-2刺突蛋白與該些細胞系的結合定量。HeLa和239T WT細胞具有最低的MFI，其次是Huh7和VeroE6細胞。293T ACE2細胞(最高)、MRC 5-ACE2-TMPRSS2 (第三高)、A549-ACE2-TMPRSS2選殖體5(第四高)和A549-ACE2-TMPRSS2選殖體10(第二高)具有更高的MFI。測定了S309的刺突結合最大中和潛力之間的相關性分析；對於兩個病毒模型，S309 Spearman相關值為：r = -0.94。p ＝ 0.017。
為了進一步定性SARS-CoV-2-易感細胞系，將上述七個細胞與純化的經螢光標記的SARS-CoV-2刺突蛋白或RBD蛋白一起培育，並藉由流式細胞術將蛋白質結合定量。按照MFI的降序排列，細胞系為：  A549-ACE2-TMPRSS2選殖體10；293T ACE2；MRC 5-ACE2-TMPRSS2；A549-ACE2-TMPRSS2選殖體5；Vero E6；Huh7；293T (wt)和HeLa。
使用以SARS-CoV-2 VSV假病毒感染的HEK293T細胞篩選所選擇的凝集素和已公開的受體候選物。ACE2、DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1提供了最高的訊號。ACE2提供了大約105 的相對發光單位(RLU)的訊號，而DC-SIGN、SIGLEC-1和L-SIGN具有大約104 RLU的訊號。受測的所有其他凝集素/候選物提供了大約102 至103 RLU的訊號。
瞬時轉導HEK 293T、HeLa和MRC5細胞以過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC1或ACE2，並感染SARS-CoV-2 VSV假病毒。未感染的細胞和未轉導的細胞被包括作為對照組。在HEK293T細胞中，ACE2、DC-SIGN、SIGLEC-1和L-SIGN皆實質增加了感染。在HeLa和MRC5細胞中，只有ACE2會增加感染。
以真實的SARS-CoV-2 (MOI 0.1)感染過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2的穩定HEK293T細胞系，固定並在24小時內將SARS-CoV-2核蛋白免疫染色。野生型細胞(感染的和未感染的)係用作對照組。在過度表現DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC-1的細胞中觀察到染色增加，在過度表現ACE2的細胞中染色顯著增加。
以SARS-CoV-2-Nluc感染穩定的細胞系，並在24小時定量螢光素酶位準。按照RLU的升序：未感染(大約102 -103 RLUs)；親代293T (大約104 RLUs)；DC-SIGN (大約105 RLUs)；L-SIGN (大約105 RLUs)；SIGLEC-1 (大約105 -106 RLUs)；ACE2 (＞107 RLUs)。
將穩定的細胞與不同濃度的抗-SIGLEC1 mAb (選殖體7-239)一起培育，並感染SARS-CoV-2-Nluc。在表現DC-SIGN、L-SIGN或ACE2的293T細胞中，感染佔未經處理的細胞的百分比仍接近100%以上，但在表現SIGLEC-1的293T細胞中，降至50%以下(0.2 μg/mL抗-SIGLEC)到接近0 (1 μg/mL或5 μg/mL抗-SIGLEC)。
在衍生自人肺細胞圖譜(nature.com/articles/s41586-020-2922-4)的不同肺細胞類型中，測定所選擇的潛在SARS-CoV-2 (共同)受體候選者的單細胞表現位準。DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1在肺中的多種細胞類型中的表現位準與ACE2相似甚至更高。
藉由流式細胞術和免疫螢光分析來分析靶向DC-/L-SIGN、DC-SIGN、SIGLEC1或ACE2的抗體在在穩定地過度表現個別附著受體的HEK293T細胞上的結合。過度表現個別附著受體的HEK 293T細胞被以SARS-COV-2野生型刺突或帶有B1.1.7支系突變的刺突假型化的VSV感染。在感染後一天分析發光。表現附著受體的細胞中的感染增加了。對於每個測試組，用任一刺突假造的VSV感染均類似。表現ACE2的細胞提供了最高的發光訊號。
Vero E6細胞、體外分化的moDC或PBMC被SARS-CoV-2以MOI 0.01感染。感染後24小時，將細胞固定，將病毒核鞘蛋白免疫染色，並定量被感染的細胞。僅VeroE6細胞顯示出感染(約7%的細胞)。在24、48和72小時取出被感染細胞的上清液，並藉由FFU試驗在Vero E6細胞上定量感染性病毒效價。
評估了重度COVID-19患者的支氣管肺泡灌洗液(BALF)和痰中可偵測到的SARS-CoV-2基因組的主要細胞類型。生成了t-SNE圖，並測定了各個SARS-CoV-2+細胞類型的計數(在Ren et al. Cell 2021中，來自8位個體的總計n=3,085個細胞）。細胞類型為T、NK、血漿、嗜中性球、巨噬細胞、纖毛型、鱗狀和分泌型。對於各個細胞類型，評估了ACE2、DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1的表現及其組合。
ACE2、DC-SIGN (CD209)、L-SIGN (CLEC4M)、SIGLEC1轉錄物計數與巨噬細胞中及分泌細胞中的SARS-CoV-2 RNA計數相關。相關性是基於來自Ren et al. Cell 2021 (在對數轉換之前)的計數。
顯示受體在穩定的HEK293T細胞系中表現的代表性數據係顯示於圖60。藉由以編碼轉基因的慢病毒轉導HEK293T細胞來生成細胞系，以過度表現DC-SIGN、L-SIGN或ACE2，並進行免疫螢光試驗以評估轉基因表現。
圖61顯示了代表性數據，該數據顯示了表現帶有螢光素酶報導基因的SARS-CoV-2 S蛋白的VSV假病毒感染HEK293T細胞的能力(使用發光試驗)；相較於WT HEK293T細胞的感染，DC-SIGN或L-SIGN的表現使假病毒感染位準增加了10倍以上，相較於WT HEK293T細胞的感染，ACE2的表現使假病毒感染位準增加了100倍以上。
在改造的HEK293T細胞中評估了例示性mAb S309針對VSV假病毒的中和活性。數據顯示於圖62；S309透過DC-SIGN和L-SIGN完全中和了感染以及藉由ACE2到較小程度。
使用發光試驗檢查了帶有螢光素酶報導基因的活SARS-CoV-2感染HEK293T細胞的能力。數據顯示於圖63；相較於WT HEK293T細胞的感染，DC-SIGN或L-SIGN的表現使活病毒感染位準增加了3倍以上，相較於WT HEK293T細胞的感染，ACE2的表現使活病毒感染位準增加了100倍以上。
在改造的HEK293T細胞中評估了mAb S309針對VSV假病毒的中和活性。數據顯示於圖64；S309透過DC-SIGN和L-SIGN完全中和了感染以及透過ACE2中和感染到較小的程度。
進行實驗以調查S309抗體是否可中和SARS-CoV-2透過SIGLEC-1的進入。簡而言之，如上所述生成穩定的細胞HEK293T系，以過度表現DC-SIGN/L-SIGN、DC-SIGN、SIGLEC-1或ACE2。表現數據顯示於圖65。如圖66所示，相較於WT HEK293T細胞的感染，DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC的表現使活病毒感染位準增加了10倍以上，相較於WT HEK293T細胞的感染，ACE2的表現使假病毒感染位準增加了100倍以上。如圖67所示，S309透過DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1完全中和了感染。
在各種細胞類型上測定DC-SIGN (CD209)和其他細胞表面受體蛋白，包括SIGLEC-1和其他SIGLEC的表現。數據匯整在圖68A和68B。
進行了進一步的實驗以調查究DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1在SARS-CoV-2感染中的功能。在一組實驗中，穩定表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2的HEK293T細胞以三種不同的感染重複度(MOI)：0.01、0.1和1)被活SARS-CoV-2 Nluc感染。使用相對發光單位測定感染並與HEK293T細胞(親代)中的感染比較。數據顯示於圖69。於受測的最低MOI，觀察到表現DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC的細胞中感染的增加。於受測的最高MOI，比起親代，藉由DC-SIGN、L-SIGN或SIGLEC的表現，感染沒有進一步增加。該些數據指明，親代293T細胞易受SARS-CoV-2感染，而且L-SIGN、DC-SIGN和SIGLEC-1增強了感染位準，但並非作用為感染的主要受體。
在另一組實驗中，轉導後三天，以編碼DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2的慢病毒瞬時轉導293T細胞、HeLa細胞和MRC5細胞，並以VSV假病毒感染。數據顯示於圖70。儘管293T細胞顯示較低的易感性(相較於未感染的與未轉導的)，但HeLa和MRC5細胞係完全抗病毒。可藉由表現L-SIGN、DC-SIGN或SIGLEC-1來增加293T細胞中的低位準感染，其與該些蛋白質作為附著因子的角色是一致的。即使在表現L-SIGN、DC-SIGN或SIGLEC-1之後，HeLa和MRC5細胞仍然抗感染，並且僅在表現ACE2之後才變得易感。該些數據指出L-SIGN、DC-SIGN和SIGLEC-1不是SARS-CoV-2的主要受體。實施例38 S309 抗體的體內功效
在敘利亞倉鼠中調查S309的功效。該動物模型代表了迄今為止最相關的SARS-CoV-2感染模型，其不需要ACE2的體內過度表現，以支持生產性感染和疾病。預防性投予S309誘導了倉鼠中針對SARS-CoV-2感染的劑量依賴性保護和組織損傷，其藉由病毒RNA位準、病毒載量以及肺中的組織病理學評分證實的(圖73A至73C)。該些數據指出當使用過度表現ACE2的細胞時，S309對體外進入的中和作用差且不完全，其不會損害非RBM mAb的體內效力。
由於與Fcγ受體的接合減弱，因此攜帶N297A突變的S309觸發效應子功能的能力降低了。S309至N297A變異體與脾臟中倉鼠單核球的結合減少，進一步證實了這一點。以N297A mAb測得的體內效力與wt S309相似或略遜一籌，其表明在該些條件下，mAb的中和能力主要取決於其效應子功能能力。使肺中病毒RNA降低90%所需的S309血清濃度為9 µg/ml，圖73D。實施例39 針對SARS-CoV-2 變異體的抗體活性
出現了許多SARS-CoV-2變異體，據報導，到2020年底，變異體的感染數量越來越多。受體結合模體(RBM)似乎對突變特別可變。在蘇格蘭、英國、南非、加州、哥倫比亞和在丹麥的水貂中觀察到了顯著的新興變異體，並且據報導有些突變逃避了抗體或血清中和作用。進行了實驗以評估S309抗體中和變異體的能力。測試了S309 N55Q MLNS (VH: SEQ ID NO.:113；VL: SEQ ID NO.:168；M428L和N434S Fc突變)針對攜帶一組20個最常見SARS-CoV-2 RBD變異體突變的SARS-CoV-2，該突變係藉由序列讀數所判定。將抗體REGN10933和REGN10987 (Hansenet al. ,Science 369 (6506):1010-1014; eabd0827-0810 (2020)和PDB 6XDG (rcsb.org/structure/6XDG))包括在內以供比對。結果匯整在表13。 Y = 活病毒或假病毒的中和減少不到三倍； N = 活病毒或假病毒的中和降低三倍以上； P = 由於變異體胺基酸位於表位之外，因此預測抗體會中和；？ =未知。 表13.  藉由抗體中和SARS CoV-2變異體的匯整
變異體突變 S309 N55Q MLNS REGN10933 REGN10987
N501Y(英國、南非和巴西的突變異體) Y Y Y
S477N Y Y Y
N439K(蘇格蘭突變異體) Y Y N
L452R(加州突變異體) Y P P
E484K(南非和巴西的突變異體) Y N Y
Y453F(水貂突變異體) Y N N                (4x減少)
A520S Y Y Y
K417N(南非突變異體) Y                        (K417N/V) N Y (K417N/E/V)
S494P Y N P
S477R P ? P
V367F Y Y Y
P384L Y P P
A522S Y P P
A522V Y P P
V382L Y P P
N501T Y P P
P330S Y P P
T478I Y ? P
S477I Y ? P
P479S Y P P
Y = 活病毒或假病毒的中和減少不到三倍 N = 活病毒或假病毒的中和降低三倍以上 P = 由於變異體胺基酸位於表位之外，因此預測抗體會中和 ? =未知。
已知能逃避抗體的SARS-CoV-2定序突變異體的總數(截至2021年1月29日)為：  S309 N55Q MLNS = 29；REGN10987 = 10,425；REGN10933 = 3,621。
S309抗體與SARS-CoV-2變異體RBD的結合係藉由BLI評估。評估了具有野生型Fc的S309 (VH: SEQ ID NO.:105；VL: SEQ ID NO.:168)和帶有MLNS或MLNS + GAALIE Fc突變的S309 N55Q (VH: SEQ ID NO.:113；VL: SEQ ID NO.:168)。REGN10987和REGN10933被包括作為比較。簡而言之，將抗體在動力學緩衝液中以3 ug/ml稀釋，並在Protein-A感測器上加載75秒。在動力學緩衝液中短暫平衡步驟後，將加載的感測器移入含有以5 ug/ml溶於動力學緩衝液中的RBD變異體的孔中，並在3分鐘期間記錄締合。在動力學緩衝液中進行複合物的解離3分鐘。數據顯示在圖71A至71B；"WT" =帶有D614G的武漢-Hu-1；下排的「三重突變("Triple Mutant")」 =帶有D614G的武漢-Hu-1，並添加了南非變異體B.1.351 RBD突變K417N、E484K和N501Y。存在於南非變異體B.1.351中的其他突變未出現在受測"SA" RBD。
使用MLV假病毒和表現TMPRSS2的Vero-E6標靶細胞評估了針對SARS-CoV-2變異體的S309抗體的中和作用。評估了具有野生型Fc的S309 (VH: SEQ ID NO.:105；VL: SEQ ID NO.:168)和帶有MLNS或MLNS + GAALIE Fc突變的S309 N55Q (VH: SEQ ID NO.:113；VL: SEQ ID NO.:168)。亦評估了REGN10987、REGN10933和REGN10987 + REGN10933的組合。數據顯示於圖72。"WT" = 武漢-Hu-1；"UK" = SARS-CoV-2變異體B.1.1.7；及"SA" =變異體B.1.351。
可將上述各種實施方式組合以提供其他實施方式。本說明書中提到及/或在應用數據表中列示的所有美國專利、美國專利申請案公開案、美國專利申請案、外國專利、外國專利申請案及和非專利出版物，包括2020年2月26日提申的美國專利申請案第62/981,984號、2020年2月27日提申的美國專利申請案第62/982,661號、2020年3月9日提申的美國專利申請案第62/987,298號，2020年3月13日提申的美國專利申請案第62/989,522號、2020年3月16日提申的美國專利申請案第62/990,369號，2020年3月19日提申的美國專利申請案第62/992,082號、2020年3月24日提申的美國專利申請案第62/994,235號、 2020年3月27日提申的美國專利申請案第63/001,204號、2020年3月31日提申的美國專利申請案第63/003,214號、2020年4月3日提申的美國專利申請案第63/005,206號、2020年4月15日提申的美國專利申請案第63/010,589號、2020年4月17日提申的美國專利申請案第63/011,971號、2020年4月22日提申的美國專利申請案第63/014,024號、2020年5月12日提申的美國專利申請案第63/023,788號、2020年5月14日提申的美國專利申請案第63/025,133號、2020年6月16日提申的美國專利申請案第63/039,813號、2020年6月24日提申的美國專利申請案第63/043,653號、2020年7月10日提申的美國專利申請案第63/050,331號和2020年7月16日提申的美國專利申請案第63/052,810號的全部內容係以其整體藉由參照方式併入本案。若有必要，可修改實施方式的態樣以採用各種專利、申請案和出版物的概念來提供又另外的實施方式。
可依據以上詳細說明對實施方式進行該些和其他改變。一般而言，在以下申請專利範圍中，所使用的術語不應解讀為將申請專利範圍限制於說明書中揭示的特定實施方式，而是申請專利範圍應被解讀為包括所有可能的實施方式以及此申請專利範圍所享有的全部等效範圍。據此，申請專利範圍不受限於揭示內容。
無
圖1A 和1B 顯示如實施例2所述，本揭示的抗體(1A) S303 (VH SEQ ID NO.:63；VL SEQ ID No.:67)和(1B) S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168)與結合重組SARS-CoV-2 RBD的結合。
圖2A 和2B 顯示如實施例4所述，SARS-CoV-2被本揭示的某些抗體中和感染。
圖3A 至3I 顯示如實施例4所述，SARS-CoV-2之中和感染。圖3A顯示來自SARS-CoV-1倖存者的供體血漿的中和作用。圖3B至3D和3I顯示來自表現本揭示某些抗體的B細胞的上清液的中和作用。圖3E至3H顯示某些重組IgG1抗體的中和作用。
圖4A 和4B 顯示如實施例1所述，含抗體的B細胞上清液與在ExpiCHO細胞上表現的SARS-CoV-2 S蛋白的結合。以方框指出顯示抗體S300至S310的結合概況的圖。
圖5A 和5B 顯示如實施例6所述，培養的B細胞的上清液中的抗體S311和S312與SARS-CoV-1和SARS-CoV-2的結合。抗體濃度是估計值。SARS S1 Sino：來自Sino Biological的蛋白質。RBD2：自行製造的SARS-CoV-2的RBD。
圖6A 至6E 顯示藉由Octet測量本揭示的某些抗體對SARS-CoV-1 (SARS1) RBD和SARS-CoV-2 (SARS2) RBD的(頂部)結合曲線，以及(底部) KD值。具有強結合力和緩慢解離的抗體的KD值(譬如＜1.0x10-12 M)是估計值。該些數據和實驗在實施例3中進一步說明。
圖7 顯示如實施例5所述，單獨或組合的S304 (VH SEQ ID NO.:79; VL SEQ ID NO.:83)和S309 (VH SEQ ID NO.:105; VL SEQ ID NO.:168)抗體針對SARS-CoV-2假型病毒的感染中和作用。
圖8A 至8K 顯示藉由ELISA測量的某些抗體對SARS-CoV-1的RBD、SARS-CoV-2的RBD以及各種冠狀病毒的胞外域的結合曲線。參見實施例8。
圖9 顯示如實施例7所述，S309 rIgG1 (VH SEQ ID NO.:105; VL SEQ ID NO.:168)和S315 rIgG1 (VH SEQ ID NO.:178; VL SEQ ID NO.:182)針對SARS-CoV-2假型病毒的感染中和作用。
圖10 顯示如實施例7所述，S309全長rIgG1和S309 rFab (兩者均包含SEQ ID NO.:105的VH和SEQ ID NO.:168的VL)針對SARS-CoV-2假型病毒的感染中和作用。
圖11 顯示如實施例9所述，抗體S309 (VH SEQ ID NO.:105; VL SEQ ID NO.:168)結合到表現在ExpiCHO細胞上的SARS-CoV-1和SARS-CoV-2刺突蛋白。流式細胞分析技術圖的堆積直方圖顯示S309與SARS-CoV和SARS-CoV-2的抗體劑量依賴性結合。
圖12A 和12B 顯示如實施例9所述，藉由流式細胞分析技術為某些抗體測得的濃度依賴性結合。圖12A顯示了與SARS-CoV-2的結合。圖12B顯示了與SARS-CoV-1的結合。
圖13 顯示如實施例4所述，抗體S303 (VH SEQ ID NO.:63; VL SEQ ID NO:67)、S304 (VH SEQ ID NO.:79; VL SEQ ID NO.:83)、S306 (VH SEQ ID NO.:87; VL SEQ ID NO.:91)、S309 (VH SEQ ID NO.:105; VL SEQ ID NO.:168)、S310 (VH SEQ ID NO.:155; VL SEQ ID NO.:159)和S315 (VH SEQ ID NO.:178; VL SEQ ID NO.:182)針對SARS-CoV-2假型病毒的感染中和作用。
圖14A 至14D 顯示如實施例10所述，抗體S309 (VH SEQ ID NO.:105; VL SEQ ID NO.:168)、S303 (VH SEQ ID NO.:63; VL SEQ ID NO:67)、S304 (VH SEQ ID NO.:79; VL SEQ ID NO.:83)和S315 (VH SEQ ID NO.:178; VL SEQ ID NO.:182)結合到SARS-CoV-1 (右圖)和SARS-CoV-2 (左圖)的RBD的結合親和力/結合性。
圖15A 和15B 顯示如實施例12所述，本揭示的抗體對在結合到SARS-CoV-1 (圖15A)和SARS-CoV-2 (圖15B)的RBD的競爭。就各圖而言，x軸顯示時間(0至1000秒)，y軸顯示藉由BLI (0到3 nm)測量的與RBD的結合。第一抗體顯示在矩陣的左邊，第二抗體顯示在矩陣的頂部。圖15B的垂直虛線顯示從第一抗體到第二抗體的切換。右側(圖15A的"I"至"IV"，圖15B的"II"和"IV")是藉由結構訊息、逃脫突變異體分析和基於BLI的表位分格化(epitope binning)判定的抗原位點。
圖16 顯示如實施例13所述，S309干擾SARS-CoV-1 (左)或SARS-CoV-2 (右)結合到人類ACE2 (hACE2)的RBD的能力。將hACE2加載至BLI感測器上，接著將感測器與單獨的RBD或與抗體組合的RBD一起培育。垂直虛線指出有或沒有抗體的RBD締合的開始。在以前的研究中，左圖中的抗體S230係用作抑制SARS-CoV-1 RBD結合到ACE2的陽性對照組(參見Wallset al .,Cell 176(5):1023-1039.e15 (2019))。
圖17A 和17B 顯示如實施例14所述，本揭示的某些抗體針對模型感染的細胞的抗體依賴性效應。圖17A顯示使用初始NK效應細胞和表現SARS-CoV-2的ExpiCHO細胞作為標靶細胞的抗體依賴性細胞毒性。右邊的條形圖顯示指定抗體的ADCC，其以曲線下面積(AUC)計算。圖17B顯示使用PBMC作為吞噬細胞及表現PKF67標記的SARS-CoV-2的ExpiCHO作為標靶細胞的抗體依賴性細胞吞噬作用。直線圖顯示與標靶細胞和抗體一起培育後的PBMC的平均螢光強度(MFI)，其係以具有高親和力FcγRIIIa的一個代表性供體所測定(符號顯示複本的平均值± SD)。
圖18A 至18J 顯示藉由ELISA測量的某些重組抗體對SARS-CoV-1的RBD、SARS-CoV-2的RBD以及各種冠狀病毒株的胞外域的結合曲線。參見實施例8。藉由ELISA以5至0.00028mg/ml的濃度範圍測試重組mAb。RBD2：SARS-CoV-2的受體結合域。RBD1：SARS-CoV的受體結合域(在本案中亦稱作SARS-CoV-1)。刺突：指定冠狀病毒的穩定化融合前三聚體。一些抗體係重組表現為IgG1 (rIgG1)，一些抗體係重組表現為Fc (rIgG1-LS)中帶有MLNS突變(M428L和N434S (EU編號))的IgG1。
圖19A 和19B 顯示如實施例13所述，某些抗體干擾RBD結合到人類ACE2的能力。將人類ACE2 (hACE2)加載至BLI感測器上，接著將感測器與單獨的RBD或與重組抗體組合的RBD一起培育。垂直虛線指出有或沒有抗體的RBD加載的開始。RBD：  受體結合域。圖19A顯示了SARS-CoV-1 RBD結合到ACE2。圖19B顯示了SARS-CoV-2 RBD結合到ACE2。
圖20A 和20B 顯示如實施例10所述，抗體S309 IgG (圖20A)對比S309 Fab (圖20B)與SARS-CoV-1 RBD (各圖底部)和SARS-CoV-2 RBD (各圖頂部)的結合親和力和結合性。對於IgG和Fab兩者：VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168。將RBD加載至BLI引腳，並測量不同濃度的S309-IgG-MLNS或S309 Fab的締合作用。垂直虛線表示當BLI引腳切換至緩衝液時解離階段的開始。
圖21A 至21C 顯示如實施例15所述，S304 (VH SEQ ID NO.:79; VL SEQ ID NO.:83)、S306 (VH SEQ ID NO.:87; VL SEQ ID NO:91)、S309 (VH SEQ ID NO.:105; VL SEQ ID NO.:168)和S310 (VH SEQ ID NO.:155; VL SEQ ID NO.:159)抗體針對SARS-CoV-2的反應性。圖21A顯示S304、S306、S309和S310抗體對受SARS-CoV-2感染的Vero E6細胞的TX100提取裂解物的反應性。圖21B顯示相同抗體對受SARS-CoV-2感染的Vero E6細胞的SDS提取裂解物的反應性。圖21C顯示人類SARS-CoV-1恢復期血清對受SARS-CoV-2感染的Vero E6細胞的TX100提取或SDS提取的裂解物的反應性。圖21A和21B亦顯示比較抗體LCA57的數據，該抗體係專對MERS-CoV的刺突蛋白 (Cortiet al. PNAS 112 (33):10473-10478 (2015)。
圖22A 至22D 顯示藉由在感染後24和45小時對核蛋白(NP)表現的抑制所評估的抗體對SARS-CoV-2感染的中和作用。參見實施例16。圖22A顯示藉由S304 S304 (VH SEQ ID NO.:79; VL SEQ ID NO.:83)中和SARS-CoV-2感染。圖22B顯示藉由S309 (VH SEQ ID NO.:105; VL SEQ ID NO.:168中和SARS-CoV-2感染。圖22C顯示了藉由S304和S309的組合中和SARS-CoV-2感染。圖22D顯示比較抗體LCA57對SARS-CoV-2感染的控制中和作用，該抗體係專對MERS-CoV的刺突蛋白(Cortiet al. PNAS 112 (33):10473-10478 (2015))。
圖23 顯示如實施例5所述，單獨或組合的抗體S309 (VH SEQ ID NO.:105; VL SEQ ID NO.:168)和S315 (VH SEQ ID NO.:178; VL SEQ ID No.:182)針對SARS-CoV-2假型病毒感染的中和作用 。
圖24A 和24B 顯示如實施例14所述，本揭示的某些抗體針對模型感染的細胞的抗體依賴性效應。圖24A顯示使用初始NK效應細胞和表現SARS-CoV-2的ExpiCHO細胞作為標靶細胞的抗體依賴性細胞媒介細胞毒性(ADCC)。該圖顯示與圖例中所示的抗體或抗體組合培育後標靶細胞的殺死%。圖24B顯示以曲線下面積(AUC)計算的指定抗體的ADCC。左圖：  使用帶有VV FcγRIIIa基因型的細胞測定的AUC；右圖：  以帶有FF或FV FcγRIIIa基因型的細胞測定的AUC。
圖25A 和25B 顯示如實施例14所述，本揭示的某些抗體的另外的抗體依賴性效應。圖25A顯示使用PBMC作為吞噬細胞及表現PKF67標記的SARS-CoV-2的ExpiCHO細胞作為標靶細胞的抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)。該圖顯示與標靶細胞和抗體一起培育後的PBMC的平均螢光強度(MFI)，其係以具有高親和力FcγRIIIa的一個代表性供體所測定(符號顯示複本的平均值± SD)。圖25B顯示以曲線下面積(AUC)計算的指定抗體的ADCP。
圖26 顯示藉由流式細胞術測量的抗體結合。抗體S309與Expi-CHO細胞中表現的SARS-CoV-2刺突蛋白的結合係以螢光標記的二級抗體偵測。
圖27 顯示藉由流式細胞術測量的抗體S309 (圖例中標記為"11")和S309的四個改造變異體(分別標記為"12"至"15")與S蛋白的結合。參見實施例9。四個改造變異體抗體如下：S309 N55Q包含在CDRH2中的N55Q突變，得到S309的變異體VH序列(SEQ ID NO:.113)和野生型VL序列(SEQ ID NO.:168)；S309 W50F包含S309的W50F變異體VH序列(SEQ ID NO: 129)和野生型VL序列(SEQ ID NO.:168)；S309 W105F包含S309的W105F變異體VH序列(SEQ ID NO: 119)和野生型VL序列(SEQ ID NO.:168)；S309 W50F/G56A/W105F包含S309的W50F/G56A/W105F變異體VH序列(SEQ ID NO.:172)和野生型VL序列。在圖27中，S309 N55Q標記為"12"，S309 W50F標記為"13"，S309 W105F標記為"14"，S309 W50F-G56A-W105F標記為"15"。抗體與Expi-CHO細胞上表現的SARS-CoV-2刺突蛋白的結合係以螢光標記的二級抗體偵測。顯示了來自兩個實驗的數據。
圖28 顯示如實施例19所述，抗體S309(在圖中稱為「變異體-11 (wt)」)和四種S309變異體抗體中和SARS-CoV-2假型病毒的感染。在圖28中，S309 N55Q標記為「變異體-12」，S309 W50F標記為「變異體-13」，S309 W105F標記為「變異體-14」，S309 W50F-G56A-W105F標記為「變異體-15」。假型病毒是以SARS-CoV-2刺突蛋白假造的VSV。
圖29 顯示抗體S309 ("S309-WT")和S309的四個改造變異體("N55Q"；"W50F"；"W105F"；"W50F/G56A/W105F")的結合和假病毒中和試驗的結果匯整。水平虛線顯示改造變異體對比於S309-WT基線的功能變化。不同的陰影線條顯示了藉由SPR測量的與醣基化RBD的結合、藉由SPR測量的與去醣基化RBD的結合、藉由FACS測量的與抗原表現細胞的結合以及使用SARS-CoV-2假病毒測量的中和作用。
圖30A 至30F 顯示了藉由SPR測量的例示性抗體與SARS-CoV-2醣基化或去醣基化RBD的結合動力學。參見實施例18。測試了抗體S309 (具有S309野生型VH (SEQ ID NO.:105)與VL (SEQ ID NO.: 168)胺基酸序列)、S309 N55Q、S309 W50F、S309 W105F和S309 W50F/G56A/W105F。圖30A顯示S309野生型抗體的結合動力學(2個重複實驗)。圖30B顯示相較於S309野生型抗體(上)，S309 N55Q的結合動力學(下)。圖30C顯示相較於S309野生型抗體(上)，S309 W50F的結合動力學(下)。圖30D顯示相較於S309野生型抗體(上)，S309 W105F的結合動力學(下)。圖30E顯示相較於S309野生型抗體(上)，S309 W50F/G56A/W105F的結合動力學(下)。圖30F顯示使用10分鐘注射期(上圖)或3分鐘注射期(下圖)的S309 W50F/G56A/W105F的結合。
圖31 顯示藉由抗體S303 (VH SEQ ID NO.:63；VL SEQ ID NO:67)、S304(VH SEQ ID NO.:79；VL SEQ ID NO.:83)、S306 (VH SEQ ID NO.:87；VL SEQ ID NO.:91)、S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168)以及S309和S315的組合連同比較抗體S230的高親和力(158V) FcγRIIIa (左圖)或低親和力(158F) FcγRIIIa (右圖)的活化。參見實施例20。使用表現SARS-CoV-2 S的ExpiCHO細胞作為標靶細胞，並以NFAT驅動的螢光素酶報導基因穩定轉染的Jurkat報導細胞來測量活化。FcγRIIIa的活化致使NFAT介導的螢光素酶報導基因的表現。結果係來自一個實驗，每個mAb進行一次或兩次測量。
圖32 顯示藉由例示性抗體S303 (VH SEQ ID NO.:63；VL SEQ ID NO.:67)、S304 (VH SEQ ID NO.:79；VL SEQ ID NO.:83)、S306 (VH SEQ ID NO.:87；VL SEQ ID NO.:91)、S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168)以及S309和S315的組合連同比較單株抗體S230的FcγRIIa的活化。參見實施例20。使用表現SARS-CoV-2 S的ExpiCHO細胞作為標靶細胞，並以NFAT驅動的螢光素酶報導基因穩定轉染的Jurkat報導細胞來測量活化。FcγRIIa的活化致使NFAT介導的螢光素酶報導基因的表現。
圖33A 和33B 顯示抗體S303 (VH SEQ ID NO.:63；VL SEQ ID NO:67)、S304 (VH SEQ ID NO.:79；VL SEQ ID NO.:83)、S306 (VH SEQ ID NO.:87；VL SEQ ID NO.:91)、S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168)、310 (VH SEQ ID NO.:155；VL SEQ ID NO.:159)與S315 (VH SEQ ID NO.:178；VL SEQ ID NO.:182)連同比較抗體S110、S230和S109與細胞表面上表現的S蛋白的結合。參見實施例9。圖33A顯示了結合到轉染有SARS-CoV-2 S蛋白的ExpiCHO細胞。圖33B顯示了結合到轉染有SARS-CoV-1 S蛋白的ExpiCHO細胞。藉由流式細胞術測量各個抗體的平均螢光強度。在x軸上指示受測的抗體濃度。
圖34 顯示了藉由例示性抗體S303 (VH SEQ ID NO.:63；VL SEQ ID NO:67)、S304 (VH SEQ ID NO.:79；VL SEQ ID NO.:83)、S306 (VH SEQ ID NO.:87；VL SEQ ID NO.:91)、S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168)、S310 (VH SEQ ID NO.:155；VL SEQ ID NO.:159)與S315 (VH SEQ ID NO.:178；VL SEQ ID NO.:182)對抗SARS-CoV-1假型病毒感染的中和作用。參見實施例4。
圖35A 和35B 顯示如實施例21所述，刺突蛋白殘基的保守性。圖35A顯示了以n＞1的頻率出現的刺突蛋白變異體，其如同映射到完整的三聚體刺突胞外域的閉合(左)和開放(右)形式的球體。如所示般，顯示了RBD和其他刺突蛋白域。顯示(在總共2229個中的) 40個突變。RBD中僅突顯367號殘基(n = 8)，而476號殘基(n = 7)和483號殘基(n = 17)則無。圖35B藉由胺基酸顯示了刺突醣蛋白中的變異體普遍性。各點是不同的變異體。顯示了域A和RBD的位置。所指的是通過0.1%的頻率閾值的變異體。
圖36 顯示藉由抗體S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168)與等莫耳量的抗體S304 (VH SEQ ID NO.:79；VL SEQ ID NO.:83)組合來中和SARS-CoV-2-MLV。對於抗體混合物，在x軸上顯示的濃度是個別抗體的濃度。參見實施例4。
圖37 顯示藉由S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168)與等莫耳量的S315 (VH SEQ ID NO.:178；VL SEQ ID NO.:182)抗體組合中和SARS-CoV2-MLV。對於抗體混合物，在x軸上顯示的濃度是個別抗體的濃度。參見實施例4。
圖38A 至38D 顯示如實施例6所述，某些抗體與SARS-CoV-2和SARS-CoV-1的RBD的結合。抗體係重組地表現，並使用ELISA檢測結合。以10 μg/ml的SARS-CoV-2 RBD (自行製造；來自乙型CoV/武漢-Hu-1/2019的刺突蛋白的331-550號殘基，登錄號MN908947)和1 μg/ml的SARS-CoV-1 RBD (Sino Biological, 40150-V08B1)塗覆96孔ELISA盤。以溶於PBS的1% BSA阻斷後，將抗體加到該盤，並於室溫培育一小時。洗滌該盤並加入二級抗體山羊抗人類IgG-AP (Southern Biotechnology, 2040-04)。將介質對硝基苯基磷酸鹽(pNPP, Sigma-Aldrich, 337 71768)用於顯色。在ELx808IU讀盤儀(Biotek)上分析OD405。各圖的左邊顯示與SARS-CoV-2 RBD的結合，右邊顯示與SARS-CoV-1 RBD的結合。
圖39A 和39B 顯示如實施例9所述，某些抗體與SARS-CoV-2和SARS-CoV-1的刺突蛋白結合。使用Expifectamine CHO強化子以phCMV1-SARS-CoV-2-S、SARS-刺突-pcDNA.3 (SARS株)或空白phCMV1瞬時轉染Expi-CHO細胞。轉染兩天後，收集細胞以用於抗體免疫染色。使用經Alexa647標記的二級抗體抗人類IgG Fc偵測。使用ZE5細胞分析儀(BioRad)藉由流式細胞術分析抗體與轉染細胞的結合。圖39A顯示重組抗體S300 (VH: SEQ ID NO.:1；VL: SEQ ID NO.:5)的結合。圖39B顯示重組抗體S307的結合。符號顯示單次測量的值。各圖的左邊顯示以%陽性細胞表示的數據，右邊顯示以平均螢光強度(MFI)表示的數據。
圖40A 和40B 顯示如實施例9所述，例示性抗體與在ExpiCHO細胞表面上表現的SARS-CoV-2 (圖40A)或SARS-CoV-1 (圖40B)的S醣蛋白的結合。符號是一項實驗的重複實驗的平均。
圖41A 和41B 顯示S309 IgG (圖41A)和S309 Fab (圖41B)對SARS-CoV-2 RBD (上面)或SARS-CoV-2刺突蛋白(下面)的結合親和力和結合性。對於IgG和Fab兩者：VH SEQ ID NO.:105和VL SEQ ID NO.:168。參見實施例11。將SARS-CoV-2的生物素化RBD或生物素化SARS-CoV-2預融合S胞外域三聚體加載到卵白素生物感測器上，並測量不同濃度的S309-IgG-MLNS (包含M428L和N434S Fc突變(EU編號))或S309 Fab的關聯。垂直虛線表示當生物感測器切換至緩衝液時解離階段的開始。
圖42A 和42B 顯示抗體S303、S304、S306、S309、S310和S315連同比較抗體S110、S124、S230和S109與細胞表面上表現的S蛋白的結合。參見實施例9。圖42A顯示了結合到轉染有SARS-CoV-2 S蛋白的ExpiCHO細胞。圖42B顯示了結合到轉染有SARS-CoV-1 S蛋白的ExpiCHO細胞。藉由流式細胞術測量各個抗體的平均螢光強度。x軸指的是受測的抗體濃度。
圖43 顯示如實施例21所述，刺突蛋白殘基的保守性。由至少兩個序列支持的刺突蛋白變異體係如映射到完整的三聚體刺突胞外域的閉合(左)和開放(右)形式的球體所指。如所示般，顯示了RBD和其他刺突蛋白域。顯示(在已分析的總共11,839個刺突蛋白序列中的) 171個變異體。
圖44A 至44C 顯示如實施例23所述，SARS-CoV-2的抗性選擇。圖44A是顯示用於抗性選擇的方法的流程圖。圖44B是時間線，顯示了用於抗性選擇過程的各個片段的程序。圖44C顯示選擇對抗體S309 N55Q MLNS GAALIE具有抗性的SARS-CoV-2的結果，該抗體包含根據SEQ ID NO.:113的VH和根據SEQ ID NO.:168的VL以及Fc中的G236A、A330L、I332E、M428L和N434S突變(EU編號)。
圖45 顯示使用初級NK細胞作為效應子細胞和表現SARS-CoV-2的ExpiCHO細胞作為標靶細胞，本揭示的某些抗體的抗體依賴性細胞毒性。參見實施例14。該圖顯示以抗體S309 LS (在在本案中亦稱作S309 MLNS)、S309 GRLR (G236R/L328R；非FcR結合變異體)或S309 LS GAALIE (在在本案中亦稱作S309 MLNS GAALIE，包含G236A、A330L、I332E、M428L和N434S Fc突變(EU編號))培育後的標靶細胞的殺死%。
圖46 顯示如實施例24所述，在Calu-3人肺細胞和VeroE6細胞中藉由抗體S309 N55Q MLNS中和SARS-CoV-2感染。
圖47 顯示藉由奈米螢光素酶試驗所偵測到的抗體S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168)對SARS-CoV-2感染的中和作用。參見實施例25。x軸顯示抗體濃度。這三條曲線代表使用以MOI (感染重複度)單位計的三種不同病毒濃度的試驗，如右邊圖例所示。在感染SARS-CoV-2病毒六小時後收集數據。圖形下方的框中顯示了每個MOI的計算出的IC50值。
圖48A 和48B 顯示藉由IFA (免疫螢光抗體試驗)檢驗抗體S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168)對SARS-CoV-2感染的中和作用。參見實施例25。在感染SARS-CoV-2病毒六小時後收集數據。圖48A顯示了代表孔的照片，其中細胞核被染成藍色，SARS-CoV-2核鞘被染成紅色，其在照片中顯得更加明亮。各個影像中的各個紅斑代表個別的感染細胞。隨著S309濃度的增加，可觀察到抗體S309對感染的中和作用即亮點數量的減少，其指示受感染細胞。上面顯示抗體濃度，左側顯示以MOI (感染重複度)單位計的病毒濃度。圖48B顯示了來自IFA試驗的量化數據。圖形下方的框中顯示了每個MOI的計算出的IC50值。
圖49 顯示抗體S309 N55Q LS (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS，包含M428L/N434S Fc突變(EU編號))和S309 N55Q LS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS GAALIE，包含G236A、A330L、I332E、M428L和N434S Fc突變(EU編號))對SARS-CoV-2感染的中和作用。參見實施例26。S309 N55Q LS和S309 N55Q LS GAALIE各自包含具有SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列的VH和具有SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列的VL。數據代表四個重複的平均、+/-標準偏差。顯示的圖代表三個獨立的實驗。
圖50A 和50B 顯示抗體S309 N55Q LS (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS，包含M428L/N434S Fc突變(EU編號)) (圖50A)和S309 N55Q LS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS GAALIE，包含G236A、A330L、I332E、M428L和N434S Fc突變(EU編號)) (圖50B)對SARS-CoV-2假型病毒感染的中和作用。參見實施例27。假型病毒是以SARS-CoV-2刺突蛋白假造的VSV。數據代表若干重複的平均、+/-標準偏差。顯示的每個圖代表四個獨立的實驗。
圖51A 和51B 顯示藉由表面電漿子共振(SPR)測量的抗體S309 N55Q MLNS (圖51A)和S309 N55Q MLNS GAALIE (圖51B)與SARS-CoV-2 RBD的結合。參見實施例28。數值來自兩個獨立的實驗。
圖52A 和52B 顯示藉由流式細胞術測量抗體S309 N55Q LS (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS，包含M428L/N434S Fc突變(EU編號)) (圖52A)和S309 N55Q LS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS GAALIE，包含G236A、A330L、I332E、M428L和N434S Fc突變(EU編號)) (圖52B)與細胞表面表現的SARS-CoV-2刺突蛋白的結合。參見實施例29。數據表示為鑑定為抗體結合陽性的細胞百分比。顯示的結果來自一項實驗並代表所進行的三個獨立的個別實驗。
圖53 顯示使用SPR的抗體S309 N55Q MLNS和S309 N55Q MLNS GAALIE與人類FcγRIIa (低親和力R131等位基因和高親和力H131等位基因)、FcγRIIIa (低親和力F158等位基因和高親和力V158等位基因)和FCγRIIb的結合。參見實施例30。在注射抗體之前，使生物素化的純化FcγRs捕獲在感測器晶片表面。以SPR訊號的變化即時測量締合和解離概況(由圖上的垂直虛線分隔)。
圖54 顯示藉由BLI在Octet儀器上測量的抗體S309 (VH: SEQ ID NO.:105；VL: SEQ ID NO.:168) LS (在本案中亦稱作S309 MLNS，包含M428L/N434S Fc突變)、S309 N55Q (VH: SEQ ID NO.:113；VL: SEQ ID NO.:168) LS (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS，包含M428L/N434S Fc突變(EU編號))和S309 N55Q LS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS GAALIE，包含G236A、A330L、I332E、M428L和N434S Fc突變(EU編號))與補體成分C1q的結合。參見實施例31。以干涉圖形的變化即時測量締合和解離概況(由圖上的垂直虛線分隔)。
圖55A 至55D 顯示人類FcγRs的體外活化，其係藉由抗體S309 (VH: SEQ ID NO.:105；VL: SEQ ID NO.:168) LS (在本案中亦稱作S309 MLNS，包含M428L/N434S Fc突變)、S309 N55Q (VH: SEQ ID NO.:113；VL: SEQ ID NO.:168) LS (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS，包含M428L/N434S Fc突變) (EU編號)以及S309 N55Q LS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS GAALIE，包含G236A、A330L、I332E、M428L和N434S Fc突變(EU編號))連同陰性對照組抗體S309 GRLR。參見實施例32。以SARS-CoV-2刺突蛋白穩定轉染的CHO細胞係作為抗體標靶。將抗體的一系列稀釋液在室溫下與標靶細胞培育15分鐘。將表現所指FcγR並以NFAT介導的螢光素酶報導基因改造的Jurkat效應子細胞再次懸浮於試驗緩衝液中，然後加至試驗盤。在37°C培育18小時後，加入Bio-GloTM 螢光素酶試驗試劑(Promega)，並使用亮度計(Bio-Tek)將發光定量。圖表顯示了人類FcγRIIa (左上)、FcγRIIb (右上)、FcγRIIIa低親和力F158等位基因(左下)和FCγRIIb高親和力V158等位基因(右下)的活化。顯示的數據是若干重複的平均+/-標準偏差。
圖56A 和56B 顯示在抗體S309 (VH: SEQ ID NO.:105；VL: SEQ ID NO.:168) LS (在本案中亦稱作S309 MLNS，包含M428L/N434S Fc突變)、S309 N55Q (VH: SEQ ID NO.:105；VL: SEQ ID NO.:168) LS (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS，包含M428L/N434S Fc突變(EU編號))或S309 N55Q LS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS GAALIE，包含G236A、A330L、I332E、M428L和N434S Fc突變(EU編號))或對照組抗體S309 GRLR的存在下，表現SARS-CoV-2刺突蛋白的細胞的體外NK細胞介導殺死(ADCC)。參見實施例33。將抗體的一系列稀釋液(在40,000 ng/ml至0.075 ng/ml的AIM-V培養基中一系列地稀釋10倍)與CHO-CoV-2 刺突細胞培育10分鐘，然後與NK細胞混合4小時。NK細胞是從先前對低親和力(F/F158；圖56A)或高親和力(V/V158；圖56B)純合表現進行基因分型的兩個供體中新鮮分離。使用LDH釋放試驗測量ADCC。顯示的數據是四次重複的平均+/-標準偏差。
圖57 顯示抗體S309 (VH: SEQ ID NO.:105；VL: SEQ ID NO.:168) LS (在本案中亦稱作S309 MLNS，包含M428L/N434S Fc突變)、S309 N55Q (VH: SEQ ID NO.:113；VL: SEQ ID NO.:168) LS (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS，包含M428L與N434S Fc突變(EU編號))或S309 N55Q LS GAALIE (在本案中亦稱作S309 N55Q MLNS GAALIE，包含G236A、A330L、I332E、M428L和N434S Fc突變(EU編號))或對照組抗體S309 GRLR的存在下，表現SARS-CoV-2刺突蛋白的細胞的體外單核球介導的吞噬作用(ADCP)。參見實施例33。將抗體與經PKH67標記的CHO-CoV-2-刺突細胞培育10分鐘，然後與新鮮分離的細胞痕量紫羅蘭(cell trace violet)標記的PBMC混合。在過夜培育後藉由流式細胞術測量ADCP活性，其為PKH67和細胞痕量紫羅蘭雙陽性的CD14+單核球的百分比。顯示的數據是若干重複的平均+/-標準偏差。
圖58A 和58B 顯示抗體S309 (VH: SEQ ID NO.:105; VL: SEQ ID NO.:168)抑制SARS-CoV-2刺突蛋白介導的細胞-細胞融合。參見實施例34。圖58A顯示在存在(下面)或不存在(上面) S309的情況下經改造以過度表現SARS-CoV-2刺突蛋白的細胞的顯微照片。圖58B顯示了在各種濃度的抗體下來自融合抑制試驗的量化數據。
圖59 提供來自病灶形成單位(FFU)試驗的數據，顯示S309 N55Q變異體抗體不會在人類供體衍生的PBMC或樹突細胞中引起抗體介導的SARS-CoV-2複製增強。參見實施例35。
圖60 顯示DC-SIGN/L-SIGN、DC-SIGN和ACE2轉基因在經過改造以過度表現所指蛋白質的HEK293T細胞中的表現(免疫螢光)。參見實施例37。
圖61 顯示在野生型HEK293T細胞中及經過改造以過度表現DC-SIGN、L-SIGN或ACE2的HEK293T細胞中的VSV假病毒感染位準。該假病毒表現帶有螢光素酶報導子的重組SARS-CoV-2刺突蛋白。參見實施例37。
圖62 顯示在經改造以過度表現DC-SIGN、L-SIGN或ACE2的HEK293T細胞中藉由單株抗體S309 (SEQ ID NO.:105的VH、SEQ ID NO.:168的VL)中和VSV假病毒感染。在本實施例中，抗體S309包括M428L和N434S Fc突變(EU編號)。參見實施例37。
圖63 顯示在野生型HEK293T細胞中及經過改造以過度表現DC-SIGN、L-SIGN或ACE2的HEK293T細胞中的活的SARS-CoV-2感染位準。使用帶有螢光素酶報導子的重組S蛋白確定感染。參見實施例37。
圖64 顯示在經改造以過度表現DC-SIGN、L-SIGN或ACE2的HEK293T細胞中藉由例示性單株抗體S309 (SEQ ID NO.:105的VH、SEQ ID NO.:168的VL)中和活的SARS-CoV-2感染。在本實施例中，抗體S309包括M428L和N434S Fc突變(EU編號)。參見實施例37。
圖65 顯示L-SIGN、DC-SIGN、SIGLEC1和ACE2轉基因在經過改造以過度表現所指蛋白質的HEK293T細胞中的表現(免疫螢光)。參見實施例37。
圖66 顯示在野生型HEK293T細胞中及經過改造以過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2的HEK293T細胞中的活的SARS-CoV-2感染位準。使用帶有螢光素酶報導子的重組S蛋白確定感染。參見實施例37。
圖67 顯示在經改造以過度表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2的HEK293T細胞中藉由例示性單株抗體S309 (SEQ ID NO.:105的VH、SEQ ID NO.:168的VL)中和活的SARS-CoV-2感染。在本實施例中，抗體S309包括M428L和N434S Fc突變(EU編號)。參見實施例37。
圖68A 和68B 顯示在數種細胞類型中包括CD209 (DC-SIGN)和SIGLEC蛋白的受體蛋白的表現分析。點的大小與指定類型的表現蛋白質的細胞百分比相關，點陰影的強度與蛋白質的表現位準相關。參見實施例37。
圖69 顯示在穩定表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2的HEK293T細胞(「親代」)或HEK293T細胞中受到表現N-螢光素酶的活的SARS-CoV-2感染。數據代表在三個感染重複度(MOI)下測試SARS-CoV-2的實驗。參見實施例37。
圖70 顯示在慢病毒瞬時轉導以表現DC-SIGN、L-SIGN、SIGLEC-1或ACE2的HEK293T細胞、HeLa細胞和MRC5細胞中受到SARS-CoV-2假型VSV的感染。未感染的細胞顯示為陰性對照組。參見實施例37。
圖71A 和71B 顯示S309、S309 N55Q MLNS、S309 N55Q MLNS GAALIE (圖71A)和比較抗體REGN10933和REGN10987 (圖71B)與WT和RBD的突變變異體的結合(藉由生物層干涉術測量)。參見實施例39。
圖72 顯示如實施例39所述，在Vero-E6細胞藉由S309抗體中和SARS-CoV-2 ("WT" = 武漢-Hu-1；"UK" = SARS-CoV-2變異體B.1.1.7及"SA" = 變異體B.1.351) MLV假病毒。亦評估比較抗體REGN10987、REGN10933和REGN10987 + REGN10933的組合。
圖73A 至73D 顯示S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168) 提供了對抗SARS-CoV-2挑戰的強大體內保護 。在以SARS-CoV-2鼻內挑戰之前48小時，敘利亞倉鼠被注射指定量的mAb。(A)感染後4天肺中病毒RNA的定量。(B)使用TCID50試驗定量感染後4天收穫的肺勻漿中的複製病毒。(C)在感染後4天評估肺組織的組織學評分。(D)在感染前(第0天)血清中測得的mAb濃度與感染後4天肺中病毒RNA負荷係負相關。參見實施例38。
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Claims (153)

  1. 一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中： (i)該CDRH1包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:106、2、56、64、80、88、96、156、179、195或240中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該等取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或對一生殖細胞系編碼之胺基酸的取代； (ii)該CDRH2包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:121、3、16至22、57、65、81、89、97、107、122至126、157、 180、197、199或241中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該等取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或對一生殖細胞系編碼之胺基酸的取代； (iii)該CDRH3包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:108、4、25、26、58、66、82、90、98、104、127、128、158、 181、201、203或242中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該等取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或對一生殖細胞系編碼之胺基酸的取代； (iv)該CDRL1包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:169、6、51至54、60、68、73、74、84、92、100、110、160、183、235或244中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該等取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或對一生殖細胞系編碼之胺基酸的取代； (v)該CDRL2包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:170、7、61、69、85、93、101、111、161、184、236或245中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該等取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或對一生殖細胞系編碼之胺基酸的取代；及/或 (iv)該CDRL3包含以下或由以下組成：SEQ ID NO.:171、8、62、70、77、78、86、94、102、112、151至154、162、185、237或246中任一者列示的胺基酸序列或其包含一個、兩個或三個胺基酸取代的序列變異體，該等取代中的一者或多者係任擇地為保守取代及/或對一生殖細胞系編碼之胺基酸的取代； 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或這兩者上所表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  2. 如請求項1的抗體或抗原結合片段，其能夠中和在一體外感染模型中及/或在一體內感染動物模型中及/或在一人類中的一SARS-CoV-2感染。
  3. 如請求項1至2中任一項的抗體或抗原結合片段，其包含以下SEQ ID NOs.列示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列： (i)分別為106、121、108、169、170和171； (ii)分別為2至4，和6至8或235至237； (iii)分別為2、16至22中任一者、4，和6至8或235至237； (iv)分別為2、3、25至26中任一者，和6至8或235至237； (v)分別為2至4、51、7或236，和8或237； (vi)分別為2至4、52、7或236，和8或237； (vii)分別為2至4、53、7或236，和8或237； (viii)分別為2至5、54、7或236，和8或237； (ix)分別為56至58和60至62； (x)分別為64至66和68至70； (xi)分別為64至66、73或74、69和70； (xii)分別為64至66、68、69，和77或78； (xiii)分別為80至82和84至86； (xiv)分別為88至90和92至94； (xv)分別為96至98和101至102； (xvi)分別為96、97、104和100至102； (xvii)分別為106至108和169至171； (xviii)分別為106、121至126中任一者、108，和169至171； (xix)分別為106、107、127或128，和169至171； (xx)分別為106、107或121至126中任一者、108，和169至171； (xxi)分別為156至158和160至162； (xxii)分別為106、123、127和169至171； (xxiii)分別為2、17、25、6或235或51至54中任一者、7或236，和8或237； (xxiv)分別為2、20、25、6或235或51至54中任一者、7或236，和8或237； (xxv)分別為179至181和183至185， (xxvi)分別為195、180、181，和183至185； (xxvii)分別為195、197、181和183至185； (xxviii)分別為195、199、181和183至185； (xxiv)分別為195、197、201和183至185； (xxx)分別為195、197、203和183至185； (xxxi)分別為195、199、201和183至185； (xxxii)分別為195、199、203和183至185； (xxxiii)分別為179、180、181和183至185； (xxxiv)分別為179、197、181和183至185； (xxxv)分別為179、199、181和183至185； (xxxvi)分別為179、197、201和183至185； (xxxvii)分別為179、197、203和183至185； (xxxviii)分別為179、199、201和183至185； (xxxix)分別為179、199、203和183至185； (xxxx)分別為179、180、201和183至185； (xxxxi)分別為179、180、203和183至185；或者 (xxxxii)分別為240至242和244至246。
  4. 如請求項1至3中任一項的抗體或抗原結合片段，其包含： (i) SEQ ID NO.:106列示的CDRH1胺基酸序列； (ii) SEQ ID NO.:121、SEQ ID NO.:107、SEQ ID NO.:122、SEQ ID NO.:123、SEQ ID NO.:124、SEQ ID NO.:125或SEQ ID NO.:126列示的CDRH2胺基酸序列； (iii) SEQ ID NO.:108、SEQ ID NO.:127或SEQ ID NO.:128列示的CDRH3胺基酸序列； (iv) SEQ ID NO.:169列示的CDRL1胺基酸序列； (v) SEQ ID NO.:170列示的CDRL2胺基酸序列；以及 (vi) SEQ ID NO.:171列示的CDRL3胺基酸序列； 其中，任擇地，該抗體或抗原結合片段包含以下列示的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列： (a)分別為SEQ ID Nos.: 106、121、108、169、170和171； (b)分別為SEQ ID Nos.: 106、121、127、169、170和171； (c)分別為SEQ ID Nos.: 106、121、128、169、170和171； (d)分別為SEQ ID NOs.:106、107、108、169、170和171； (e)分別為SEQ ID NOs.:106、107、127、169、170和171； (f)分別為SEQ ID NOs.:106、107、128、169、170和171； (g)分別為SEQ ID NOs.:106、122、108、169、170和171； (h)分別為SEQ ID NOs.:106、122、127、169、170和171； (i)分別為SEQ ID NOs.:106、122、128、169、170和171； (j)分別為SEQ ID NOs.:106、123、108、169、170和171； (k)分別為SEQ ID NOs.:106、123、127、169、170和171； (l)分別為SEQ ID NOs.:106、123、128、169、170和171； (m)分別為SEQ ID NOs.:106、124、108、169、170和171； (n)分別為SEQ ID NOs.:106、124、127、169、170和171； (o)分別為SEQ ID NOs.:106、124、128、169、170和171； (p)分別為SEQ ID NOs.:106、125、108、169、170和171； (q)分別為SEQ ID NOs.:106、125、127、169、170和171； (r)分別為SEQ ID NOs.:106、125、128、169、170和171； (s)分別為SEQ ID NOs.:106、126、108、169、170和171； (t)分別為SEQ ID NOs.:106、126、127、169、170和171；或者 (u)分別為SEQ ID NOs.:106、126、128、169、170和171。
  5. 一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含SEQ ID NO.:106列示的CDRH1胺基酸序列、SEQ ID NO.:121列示的CDRH2胺基酸序列和SEQ ID NO.:108列示的CDRH3胺基酸序列，且該輕鏈可變域包含SEQ ID NO.:169列示的CDRL1胺基酸序列、SEQ ID NO.:170列示的CDRL2胺基酸序列和SEQ ID NO.:171列示的CDRL3胺基酸序列， 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在病毒體上或這兩者上所表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  6. 如請求項5的抗體或抗原結合片段，其能夠中和在一體外感染模型中及/或在一體內感染動物模型中及/或在一人類中的一SARS-CoV-2感染。
  7. 如請求項1至6中任一項的抗體或抗原結合片段，其中： (i)該VH包含以下或由以下組成：與SEQ ID Nos.:113、1、9至15、23、24、27、28至46、55、63、79、87、95、103、105、114至120、129至146、155、172、176至178、194、196、198、200、202、239和267中任一者列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列，其中相較於參考VH胺基酸序列，該變異，假使存在的話，係任擇地限於一個或多個框架區及/或該變異包含對一生殖細胞系編碼之胺基酸的一個或多個取代；及/或 (ii)該VL包含以下或由以下組成：與SEQ ID NOs.:168、5、47至50、59， 67、71至72、75、76、83、91、99、109、147至150、159、182、190、234和243中任一者列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列；其中相較於參考VH胺基酸序列，該變異，假使存在的話，係任擇地限於一個或多個框架區及/或該變異包含對一生殖細胞系編碼之胺基酸的一個或多個取代。
  8. 如請求項1至7中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該VH包含表2列示的任何VH胺基酸序列或由表2列示的任何VH胺基酸序列組成，且其中該VL包含表2列示的任何VL胺基酸序列或由表2列示的任何VL胺基酸序列組成，其中，任擇地，該VH和該VL包含以下SEQ ID NOs.列示的胺基酸序列或由以下SEQ ID NOs.列示的胺基酸序列組成： (i)分別為113和168； (ii)分別為1，和5或234； (iii)分別為9至15中任一者，和5或234； (iv)分別為23或24，和5或234； (v)分別為27，和5或234； (vi)分別為28至46中任一者，和5或234； (vii)分別為1，和47至50中任一者； (viii)分別為9至15中任一者，和47至50中任一者； (ix)分別為23或24，和47至50中任一者； (x)分別為27，和47至50中任一者； (x)分別為28至46中任一者，和47至50中任一者； (xii)分別為55和59； (xiii)分別為63和67； (xiv)分別為63，和71或72； (xv)分別為63，和75或76； (xvi)分別為79和83； (xvii)分別為87和91； (xviii)分別為95和99； (xix)分別為103和99； (xx)分別為105和168； (xxi)分別為114至120中任一者或267，和168； (xxii)分別為129和168； (xxiii)分別為130至146中任一者，和168； (xxiv)分別為105，和147至150中任一者； (xxv)分別為113至120中任一者，和147至150中任一者； (xxvi)分別為130至146中任一者，和147至150中任一者； (xxvii)分別為155和159； (xxviii)分別為172和168； (xxix)分別為176或177，和5或234或47至50中任一者； (xxx)分別為178，和182或190； (xxxi)分別為194和182； (xxxii)分別為196和182； (xxxiii)分別為198和182； (xxxiv)分別為200和182； (xxxv)分別為202和182；或者 (xxxvi)分別為239和243。
  9. 一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成且該VL包含SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
  10. 一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含SEQ ID NOs.:105、114至120、129至146、172和267中任一者列示的胺基酸序列或由SEQ ID NOs.:105、114至120、129至146、172和267中任一者列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
  11. 一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含由SEQ ID NO.:79列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:79列示的胺基酸序列組成且該VL包含由SEQ ID NO.:83列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:83列示的胺基酸序列組成。
  12. 一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:80至82列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:80至82列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.:84至86列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:84至86列示的胺基酸序列組成， 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或這兩者上所表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  13. 一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含SEQ ID NO.:105列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:105列示的胺基酸序列組成且該VL包含由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
  14. 一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:106至108列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:106至108列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 169至171列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.: 169至171列示的胺基酸序列組成， 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或這兩者上所表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  15. 一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含SEQ ID NO: 178列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO: 178列示的胺基酸序列組成且該VL包含SEQ ID NO.: 182或SEQ ID NO.:190列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 182或SEQ ID NO.:190列示的胺基酸序列組成。
  16. 一種抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:179至181列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:179至181列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.: 183至185列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.: 183至185列示的胺基酸序列組成， 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或這兩者上所表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  17. 如請求項1至16中任一項的抗體或抗原結合片段，其中： (i)識別SARS-CoV-2的ACE2受體結合模體(RBM，SEQ ID NO.:167)中的一表位； (ii)能夠阻斷SARS-CoV-2 (譬如SARS-CoV-2 RBM)和ACE2之間的相互作用； (ii)能夠以比SARS冠狀病毒S蛋白更大的結合性結合到SARS-CoV-2的S蛋白； (iii)識別在SARS-CoV-2的ACE2 RBM和SARS冠狀病毒的ACE2 RBM中保守的一表位； (vi)對SARS-CoV-2和SARS冠狀病毒有交叉反應； (vii)識別SARS-CoV-2表面醣蛋白中不在ACE2 RBM中的一表位； 或者 (viii)  (i)至(vii)的任何組合。
  18. 如請求項1至17中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制SARS-CoV-2與DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1中的任一者或多者之間的相互作用。
  19. 如請求項1至18中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制SARS-CoV-2與以下任一者或多者之間的相互作用：DC-SIGN；L-SIGN；SIGLEC-1；CD22；CD33；CLEC4M；SIGLEC-16；SIGLEC-15；SIGLEC-14；SIGLEC-12；SIGLEC-11；SIGLEC-10；SIGLEC-9；SIGLEC-8；SIGLEC-7；SIGLEC-6；SIGLEC-5；或其等之任何組合。
  20. 如請求項1至19中任一項的抗體或抗原結合片段，其為一IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
  21. 如請求項1至20中任一項的抗體或抗原結合片段，其為選自IgG1、IgG2、IgG3和IgG4的一IgG同型。
  22. 如請求項1至20中任一項的抗體或抗原結合片段，其是人類的、人源化的或嵌合的。
  23. 如請求項1至22中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或該抗原結合片段包含人類抗體、單株抗體、純化抗體、單鏈抗體、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、scFv或scFab。
  24. 如請求項23的抗體或抗原結合片段，其中該scFab包含： (i) SEQ ID NOs: 218至219和226至227中任一者列示的胺基酸序列； (ii)一VL和一VH，該VL包含SEQ ID No.:168列示的胺基酸序列且該VH包含SEQ ID NO.: 105或SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列；或者 (iii)包含SEQ ID NO.:106列示的胺基酸序列的CDRH1、包含SEQ ID NO.:107或121列示胺基酸序列的CDRH2、包含SEQ ID NO.:108列示的胺基酸序列的CDRH3、包含SEQ ID NO.:169列示的胺基酸序列的CDRL1、包含SEQ ID NO.:170列示的胺基酸序列的CDRL2和包含SEQ ID NO.:171列示的胺基酸序列的CDRL3。
  25. 如請求項23的抗體或抗原結合片段，其中該scFv包含： (i) SEQ ID NOs.:220至221或228至229中任一者列示的胺基酸序列； (ii)一VL和一VH，該VL包含SEQ ID No.:168列示的胺基酸序列且該VH包含SEQ ID NO.:105或SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列；或者 (iii)包含SEQ ID NO.:106列示的胺基酸序列的CDRH1、包含SEQ ID NO.:107或121列示胺基酸序列的CDRH2、包含SEQ ID NO.:108列示的胺基酸序列的CDRH3、包含SEQ ID NO.:169列示的胺基酸序列的CDRL1、包含SEQ ID NO.:170列示的胺基酸序列的CDRL2和包含SEQ ID NO.:171列示的胺基酸序列的CDRL3。
  26. 如請求項25的抗體或抗原結合片段，其中該scFv包含多於一個VH域和多於一個VL域。
  27. 如請求項26的抗體或抗原結合片段，其中該scFv包含： (i) SEQ ID NOs.:222至225或SEQ ID NOs.:230至233中任一者列示的胺基酸序列； (ii)兩個VL域，各自包含SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列，以及兩個VH域，各自包含SEQ ID NO.:105或SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列；或 (iii)兩個VL域，各自包含了包含SEQ ID NO.:169列示的胺基酸序列的CDRL1、包含SEQ ID NO.:170列示胺基酸序列的CDRL2和包含SEQ ID NO.:171列示的胺基酸序列的CDRL3，以及兩個VH域，各自包含了包含SEQ ID NO.:106列示的胺基酸序列的CDRH1、包含SEQ ID NO.:107或121列示的胺基酸序列的CDRH2和包含SEQ ID NO.:108列示的胺基酸序列的CDRH3。
  28. 如請求項1至27中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段是多重特異性抗體或抗原結合片段。
  29. 如請求項28的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段是雙特異性抗體或抗原結合片段。
  30. 如請求項28或29的抗體或抗原結合片段，其包含: (i)一第一VH和一第一VL；以及 (ii)一第二VH和一第二VL， 其中該第一VH和該第二VH不同，且各自獨立地包含與SEQ ID NOs.:113、1、9至15、23、 24、27至46、55、63、79、87、95、103、105、114至120、129至146、155、172、176至178、194、196、198、200、202和239中任一者列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列，以及 其中該第一VL和該第二VL不同，且各自獨立地包含與SEQ ID NOs.:168、5、47至50、59， 67、71、72、75、76、83、91、99、109、147至150、159、182、190、234和243中任一者列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列； 以及其中該第一VH和該第一VL一起形成一第一抗原結合位點，且其中該第二VH和該第二VL一起形成一第二抗原結合位點。
  31. 如請求項1至30中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段更包含一Fc多肽或其片段。
  32. 如請求項31的抗體或抗原結合片段，其中該Fc多肽或其片段包含： (i)增強與一FcRn結合的一突變，當相較於不包含該突變的一參考Fc多肽；及/或 (ii)增強與一FcγR結合的一突變，當相較於不包含該突變的一參考Fc多肽。
  33. 如請求項32的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcRn結合的該突變包含：M428L；N434S；N434H；N434A；N434S；M252Y；S254T；T256E；T250Q；P257I；Q311I；D376V；T307A；E380A；或其等之任何組合。
  34. 如請求項32或33的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcRn結合的該突變包含： (i)   M428L/N434S； (ii)  M252Y/S254T/T256E； (iii) T250Q/M428L； (iv) P257I/Q311I； (v)  P257I/N434H； (vi) D376V/N434H； (vii)   T307A/E380A/N434A；或 (viii)  (i)至(vii)中的任何組合。
  35. 如請求項32至34中任一項的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcRn結合的該突變包含M428L/N434S。
  36. 如請求項32至35中任一項的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcγR結合的該突變包含S239D；I332E；A330L；G236A；或其等之任何組合。
  37. 如請求項32至36中任一項的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcγR結合的該突變包含： (i)   S239D/I332E； (ii)  S239D/A330L/I332E； (iii) G236A/S239D/I332E；或 (iv) G236A/A330L/I332E。
  38. 如請求項1至37中任一項的抗體或抗原結合片段： 其包含改變醣基化的一突變，其中改變醣基化的該突變包含N297A、N297Q或N297G；及/或 其係經脫醣基化及/或脫岩藻醣基化。
  39. 如請求項31至38中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該Fc多肽包含L234A突變和L235A突變。
  40. 如請求項1至39中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段結合到SARS-CoV-2S蛋白，當使用生物層干涉術來測量。
  41. 如請求項40的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段以小於約4.5x10-9 M，例如小於4.5x10-9 M的KD結合到該SARS-CoV-2 S蛋白。
  42. 如請求項40或41的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段以小於約1.0x10-10 M，例如小於1.0x10-10 M的KD結合到該SARS-CoV-2 S蛋白。
  43. 如請求項40至42中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段以小於約1.0x10-11 M，例如小於1.0x10-11 M的KD結合到該SARS-CoV-2 S蛋白。
  44. 如請求項40至43中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段以小於約1x10-12 M，例如小於1x10-12 M的KD結合到該SARS-CoV-2 S蛋白。
  45. 如請求項1至44中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠以約16至約20 μg/ml的IC50來中和SARS-CoV-2感染及/或中和標靶細胞的感染。
  46. 如請求項1至31或51至54中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠以約0.3至約0.4 μg/ml或約3至約4 nM的IC50來中和SARS-CoV-2感染及/或中和標靶細胞的感染。
  47. 如請求項1至46中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠誘導抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)及/或抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)對抗受到SARS-CoV-2感染的標靶細胞。
  48. 如請求項40至47中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段的Fab能夠以2.0x10-9 或更小、1.9x10-9 或更小或1.8x10-9 或更小的KD結合到SARS-CoV-2 S蛋白。
  49. 如請求項1至48中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠中和SARS-CoV-2的感染，並且不和人類ACE2競爭結合至SARS-CoV-2 S蛋白， 其中，任擇地，該中和包含中和在體外感染模型中的感染。
  50. 如請求項1至49中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠以3.0 nM、3.1 nM、3.2 nM、3.3 nM、3.4 nM、3.5 nM、3.6 nM、3.7 nM、3.8 nM、3.9 nM或4.0 nM的IC50來中和SARS-CoV-2的感染。
  51. 如請求項47至50中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該誘導ADCC包含活化一包含V158 FcγRIIIa變異體的自然殺手細胞、一包含F158 FcγRIIIa變異體的自然殺手細胞或這兩者。
  52. 如請求項47至51中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該ADCP包含接合在一諸如單核球、巨噬細胞或樹突細胞的吞噬細胞的表面上所表現的FcγRIIa及/或FcγRIIIa。
  53. 一種抗體或其抗原結合片段，其和如請求項1至52中任一項的抗體或抗原結合片段競爭結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白，其中，任擇地，該抗體或抗原-結合片段能夠抑制SARS-CoV-2與DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1中任一者或多者之間的相互作用。
  54. 一種抗體或其抗原結合片段，其和抗體S309 (VH SEQ ID NO.:105；VL SEQ ID NO.:168)及/或抗體S303 (VH SEQ ID NO.:63；VL SEQ ID NO.:67)競爭結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白，其中，任擇地，該抗體或抗原-結合片段能夠抑制SARS-CoV-2與DC-SIGN、L-SIGN和SIGLEC-1中任一者或多者之間的相互作用。
  55. 一種抗體或其抗原結合片段，其和抗體S304 (VH SEQ ID NO.:79；VL SEQ ID NO.:81)及/或抗體S315 (VH SEQ ID NO.:178；VL SEQ ID NO.:182)競爭結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白的。
  56. 如請求項1至55中任一項的抗體或抗原結合片段，當一SARS-CoV-2表面醣蛋白被包含在一融合前三聚體中時，該抗體或抗原結合片段能夠結合到該SARS-CoV-2表面醣蛋白。
  57. 如請求項1至56中任一項的抗體或抗原結合片段，當RBD經醣基化及/或當RBD經去醣基化時，該抗體或抗原結合片段能夠結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白的受體結合域(RBD)，其中該結合是使用表面電漿子共振(SPR)測定，其中，任擇地： (1)該SPR是使用Biacore T200儀器及使用單循環動力學方式進行，另任擇地，注射期間為3分鐘，解離期間為20分鐘； (2)該抗體或抗原結合片段被捕獲在一表面上； (3)該RBD是以0.8 nM、3.1 nM、12.5 nM、50 nM或200 nM的濃度存在； (4)該抗體或抗原結合片以約2.0 nM，約1.9 nM、約1.8 nM、約1.7 nM、約1.6 nM、約1.5 nM、約1.4 nM、約1.3 nM、約1.2 nM、約1.1 nM、約1.0 nM、約0.9 nM、約0.8 nM、約0.7 nM、約0.6 nM、約0.5 nM、約0.4 nM或約0.3 nM的KD，或以0.4 nM ± 0.05 nM的KD，或以0.45 nM±0.05 nM的KD，或以0.5 nM ± 0.05 nM的KD，或以0.6 nM ± 0.05 nM的KD，或以0.7 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.7 nM ± 0.05 nM的KD結合到該醣基化RBD；及/或 (5)該抗體或抗原結合片段以約37.0 nM、約8.0 nM、約2.0 nM、約1.9 nM、約1.8 nM、約1.7 nM、約1.6 nM、約1.5 nM、約1.4 nM、約1.3 nM、約1.2 nM、約1.1 nM、約1.0 nM或約0.9 nM的KD，或以37.0 nM ± 0.05 nM的KD，或以8.0 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.0 nM ± 0.05 nM的KD，或以0.9 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.3 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.8 nM ± 0.05 nM的KD，或以1.7 nM ± 0.05 nM的KD結合到該去醣基化RBD。
  58. 如請求項1至57中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠中和人類肺細胞中的SARS-CoV-2感染，其中，任擇地，該人類肺細胞包含Calu-3細胞，其中，另任擇地，該抗體或抗原結合片段具有約97 ng/mL的中和IC50。
  59. 如請求項1至58中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠結合到人類補體成分C1q，其中，任擇地，結合到該C1q是使用生物層干涉術(BLI)，例如使用Octet儀器測定。
  60. 如請求項1至59中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制SARS-CoV-2表面醣蛋白介導的細胞-細胞融合。
  61. 如請求項1至60中任一項的抗體或抗原結合片段，其在人類供體衍生的周邊血液單核球(PBMC)或樹突細胞中不引起抗體介導的SARS-CoV-2複製的增強。
  62. 如請求項1至61中任一項的抗體或抗原結合片段，其包含： (i)一CH1-CH3，其包含SEQ ID NO.:173或175列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:173或175列示的胺基酸序列組成；及/或 (ii)一CL，其包含SEQ ID NO.:174或SEQ ID NO.:193列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:174或SEQ ID NO.:193列示的胺基酸序列組成。
  63. 一種經分離的抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含SEQ ID NO.:106列示的互補決定區(CDR)H1胺基酸序列、SEQ ID NO.:121列示的CDRH2胺基酸序列和SEQ ID NO.:108列示的CDRH3胺基酸序列，且該輕鏈可變域包含SEQ ID NO.:169列示的CDRL1胺基酸序列、SEQ ID NO.:170列示的CDRL2胺基酸序列和SEQ ID NO.:171列示的CDRL3胺基酸序列， 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或這兩者上所表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  64. 如請求項1至63中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其能夠結合到以下的一表面醣蛋白(S)： (i) SARS-CoV-2武漢-Hu-1 (SEQ ID NO.:165)； (ii) SARS-CoV-2 B.1.1.7； (iii) SARS-CoV-2 B.1.351； (iv) SARS-CoV-2，包含相對於SEQ ID NO.:165的以下取代突變中的任一者或多者：N501Y；S477N；N439K；L452R；E484K；Y453F；A520S；K417N；K417V；S494P；N501T；S477R；V367F；P384L；A522S；A522V；V382L；P330S；T478I；S477I；P479S；或 (v) (i)至(iv)中的任何組合。
  65. 如請求項63或64的經分離的抗體或抗原結合片段，其能夠中和以下的SARS-CoV-2感染： (i)在一體外感染模型中； (ii)在一體內感染動物模型中； (iii)在一人類中；或者 (iv) (i)至(iii)中的任何組合。
  66. 如請求項63至65中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其中： (i)該VH包含與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列組成；及/或 (ii)該VL包含與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列組成。
  67. 如請求項63至66中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其中： (i)該VH包含與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少90%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少90%同一性的胺基酸序列組成；及/或 (ii)該VL包含與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少90%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少90%同一性的胺基酸序列組成。
  68. 如請求項63至67中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其中： (i)該VH包含與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少95%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少95%同一性的胺基酸序列組成；及/或 (ii)該VL包含與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少95%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少95%同一性的胺基酸序列組成。
  69. 如請求項63至68中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其中： (i)該VH包含與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少99%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少99%同一性的胺基酸序列組成；及/或 (ii)該VL包含與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少99%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少99%同一性的胺基酸序列組成。
  70. 如請求項63至69中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制以下之間的相互作用： (i) SARS-CoV-2和人類DC-SIGN； (ii) SARS-CoV-2和人類L-SIGN； (iii) SARS-CoV-2和人類SIGLEC-1；或者 (iv) (i)至(iii)中的任何組合。
  71. 如請求項63至70中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段包含人類抗體、單株抗體、純化抗體、單鏈抗體、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、scFv或scFab。
  72. 如請求項63至71中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段更包含一Fc多肽或其片段。
  73. 如請求項63至72中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其為一IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
  74. 如請求項72或73的經分離的抗體或抗原結合片段，其中該Fc多肽或其片段包含： (i)增強與一FcRn結合的一突變，當相較於不包含該突變的一參考Fc多肽；及/或 (ii)增強與一FcγR結合的一突變，當相較於不包含該突變的一參考Fc多肽。
  75. 如請求項74的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與一FcRn結合的該突變包含： (i)   M428L/N434S； (ii)  M252Y/S254T/T256E； (iii) T250Q/M428L； (iv) P257I/Q311I； (v)  P257I/N434H； (vi) D376V/N434H； (vii)   T307A/E380A/N434A；或 (viii)  (i)至(vii)中的任何組合。
  76. 如請求項75的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcRn結合的該突變包含M428L/N434S。
  77. 如請求項74至76中任一項的分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與一FcγR結合的該突變包含S239D、I332E、A330L、G236A或其等之任何組合。
  78. 如請求項77的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與一FcγR結合的該突變包含： (i)   S239D/I332E； (ii)  S239D/A330L/I332E； (iii) G236A/S239D/I332E；或 (iv) G236A/A330L/I332E。
  79. 如請求項63至78中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其更包含CH1-CH3，該CH1-CH3包含SEQ ID NO.:265或266列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:265或266列示的胺基酸序列組成。
  80. 一種經分離的抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，其中該VH包含由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成且該VL包含由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
  81. 如請求項80的經分離的抗體或抗原結合片段，其能夠中和以下的SARS-CoV-2感染： (i)在一體外感染模型中； (ii)在一體內感染動物模型中； (iii)在一人類中；或者 (iv) (i)至(iii)中的任何組合。
  82. 如請求項80或81的經分離的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制以下之間的相互作用： (i) SARS-CoV-2和人類DC-SIGN； (ii) SARS-CoV-2和人類L-SIGN； (iii) SARS-CoV-2和人類SIGLEC-1；或者 (iv) (i)至(iii)中的任何組合。
  83. 如請求項80至82中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段更包含一Fc多肽或其片段。
  84. 如請求項80至83中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其為一IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型。
  85. 如請求項83或84中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其中該Fc多肽或其片段包含： (i)增強與一FcRn結合的一突變，當相較於不包含該突變的一參考Fc多肽；及/或 (ii)增強與一FcγR結合的一突變，當相較於不包含該突變的一參考Fc多肽。
  86. 如請求項85的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與一FcRn結合的該突變包含： (i)   M428L/N434S； (ii)  M252Y/S254T/T256E； (iii) T250Q/M428L； (iv) P257I/Q311I； (v)  P257I/N434H； (vi) D376V/N434H； (vii)   T307A/E380A/N434A；或 (viii)  (i)至(vii)中的任何組合。
  87. 如請求項86的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與FcRn結合的該突變包含M428L/N434S。
  88. 如請求項85至87中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與一FcγR結合的該突變包含S239D、I332E、A330L、G236A或其等之任何組合。
  89. 如請求項88的經分離的抗體或抗原結合片段，其中增強與一FcγR結合的該突變包含： (i)   S239D/I332E； (ii)  S239D/A330L/I332E； (iii) G236A/S239D/I332E；或 (iv) G236A/A330L/I332E。
  90. 如請求項80至89中任一項的經分離的抗體或抗原結合片段，其更包含一CH1-CH3，該CH1-CH3包含SEQ ID NO.:265或266列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:265或266列示的胺基酸序列組成。
  91. 一種經分離的抗體，其包含： (i)一重鏈，包含(i)(1)一VH，其包含SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成，及(i)(2)一CH1-CH3，其包含SEQ ID NO.:173列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:173列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一輕鏈，包含(ii)(1)一VL，其包含SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列組成，及(ii)(2)一CL，其包含SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列組成。
  92. 一種經分離的抗體或其抗原結合片段，其能夠結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)並抑制SARS-CoV-2與人類DC-SIGN、人類L-SIGN、人類SIGLEC-1或其等之任何組合之間的相互作用。
  93. 一種經分離的抗體，其包含： (i)一重鏈，包含(i)(1)一VH，其包含SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成，及(i)(2)一CH1-CH3，其包含SEQ ID NO.:175列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:175列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一輕鏈，包含(ii)(1)一VL，其包含SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列組成，及(ii)(2)一CL，其包含SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列組成。
  94. 一種經分離的抗體或其抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含SEQ ID NO.:106列示的互補決定區(CDR)H1胺基酸序列、SEQ ID NO.:121列示的CDRH2胺基酸序列和SEQ ID NO.:108列示的CDRH3胺基酸序列，且該輕鏈可變域包含SEQ ID NO.:169列示的CDRL1胺基酸序列、SEQ ID NO.:170列示的CDRL2胺基酸序列和SEQ ID NO.:171列示的CDRL3胺基酸序列， 其中該抗體或抗原結合片段能夠結合到在宿主細胞的細胞表面上、在SARS-CoV-2病毒體上或這兩者上所表現的SARS-CoV-2表面醣蛋白(S)。
  95. 如請求項94的抗體或抗原結合片段，其能夠中和以下的SARS-CoV-2感染： (i)在一體外感染模型中； (ii)在一體內感染動物模型中； (iii)在一人類中；或者 (iv) (i)至(iii)中的任何組合。
  96. 如請求項94或95的抗體或抗原結合片段，其中： (i)該VH包含與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列組成；及/或 (ii)該VL包含與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列或由與SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列具有至少85%同一性的胺基酸序列組成。
  97. 如請求項94至96中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該VH包含SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
  98. 如請求項94至97中任一項的抗體或抗原結合片段，其中： (i)能夠以比SARS冠狀病毒S蛋白更大的結合性結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白； (ii)對SARS-CoV-2和SARS冠狀病毒有交叉反應； (iii)識別SARS-CoV-2表面醣蛋白中不在ACE2 RBM中的一表位；或者 (iv) (i)至(iii)中的任何組合。
  99. 如請求項94至98中任一項的抗體或抗原結合片段，其為IgG、IgA、IgM、IgE或IgD同型，且較佳為選自IgG1、IgG2、IgG3和IgG4的一IgG同型。
  100. 如請求項94至99中任一項的抗體或抗原結合片段： (i)其為人類的、人源化的或嵌合的； (ii)其中該抗體或抗原結合片段包含人類抗體、單株抗體、純化的抗體、單鏈抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv或scFab；及/或 (iii)其中該抗體或抗原結合片段是多重特異性抗體或抗原結合片段，其中，任擇地，該抗原結合片段是雙特異性抗體或抗原結合片段。
  101. 如請求項94至100中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段更包含一Fc多肽或其片段。
  102. 如請求項101的抗體或抗原結合片段，其中該Fc多肽或其片段包含： (1)增強與一FcRn結合的一突變，當相較於不包含該突變的一參考Fc多肽，其中，任擇地，增強與一FcRn結合的該突變包括M428L、N434S、N434H、N434A、N434S、M252Y、S254T、T256E、T250Q、P257I、Q311I、D376V、T307A、E380A或其等之任何組合，其中，另任擇地，增強與一FcRn結合的該突變包含：(i) M428L/N434S；(ii) M252Y/S254T/T256E；(iii) T250Q/M428L；(iv) P257I/Q311I；(v) P257I/N434H；(vi) D376V/N434H；(vii) T307A/E380A/N434A或(viii) (i)至(vii)中的任何組合；及/或 (2)增強與一FcγR結合的一突變，當相較於不包含該突變的一參考Fc多肽，其中，任擇地，增強與一FcγR結合的該突變包含S239D、I332E、A330L、G236A或其任何組合，其中，另任擇地，增強與一FcγR結合的該突變包含：(i) S239D/I332E；(ii) S239D/A330L/I332E；(iii) G236A/S239D/I332E；或(iv) G236A/A330L/I332E。
  103. 如請求項102的抗體或抗原結合片段，其中增強與一FcRn的結合的該突變包含M428L/N434S及/或增強與一FcγR的結合的該突變包含G236A/A330L/I332E。
  104. 如請求項94至103中任一項的抗體或抗原結合片段，其包含： (i)一CH1-CH3，與SEQ ID NO.:173或175具有90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性；及/或 (ii)一CL，包含與SEQ ID NO.:174的胺基酸序列具有90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的胺基酸序列。
  105. 如請求項94至104中任一項的抗體或抗原結合片段，其包含改變該抗體或抗原結合片段的醣基化的一突變，其中改變該抗體或抗原結合片段的醣基化的該突變包含N297A、N297Q或N297G，及/或其中該抗體或抗原結合片段經脫醣基化及/或脫岩藻醣基化。
  106. 如請求項94至105中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段以小於約4.5x10-9 M、小於5x10-9 M、小於約1x10-10 M、小於約5x10-10 M、小於約1x10-11 M、小於約5x10-11 M或小於約1x10-12 M的KD結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白上，當藉由生物層干涉術測量，其中，任擇地，該抗體或抗原結合片段以小於1x10-12 M的KD結合到該SARS-CoV-2表面醣蛋白，當藉由生物層干涉術測量。
  107. 如請求項94至106中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠誘導抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)及/或抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)對抗受到SARS-CoV-2感染的標靶細胞， 其中，任擇地，該誘導ADCC包含活化一包含一V158 FcγRIIIa變異體的自然殺手細胞、一包含一F158 FcγRIIIa變異體的自然殺手細胞或這兩者，及/或該誘導ADCP包含接合在一諸如單核球、巨噬細胞或樹突細胞的吞噬細胞的表面上所表現的一FcγRIIa。
  108. 如請求項94至107中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段是一Fab，並且該Fab能夠以2.0x10-9 M或更小、1.9x10-9 M或更小或1.8x10-9 M或更小的KD結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白，當藉由生物層干涉術測量。
  109. 如請求項94至108中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠中和該SARS-CoV-2的感染並且不與人類ACE2競爭結合該SARS- CoV-2表面醣蛋白。
  110. 一種抗體或其抗原結合片段，其與如請求項94至109中任一項的抗體或抗原結合片段競爭結合到一SARS-CoV-2表面醣蛋白。
  111. 如請求項94至110中任一項的抗體或抗原結合片段，當一SARS-CoV-2表面醣蛋白被包含在一融合前三聚體中時，該抗體或抗原結合片段能夠結合到該SARS-CoV-2表面醣蛋白。
  112. 如請求項94至111中任一項的抗體或抗原結合片段，當RBD經醣基化及/或當RBD經去醣基化時，該抗體或抗原結合片段能夠結合到SARS-CoV-2表面醣蛋白的受體結合域(RBD)，其中該結合是使用表面電漿子共振(SPR)測定，其中，任擇地： (1)該SPR是使用Biacore T200儀器及使用單循環動力學方式進行，另任擇地，注射期間為3分鐘，解離期間為20分鐘； (2)該抗體或抗原結合片段被捕獲在一表面上； (3)該RBD以0.8 nM、3.1 nM、12.5 nM、50 nM或200 nM的一濃度存在； (4)該抗體或抗原結合片段以約0.6 nM、約0.5 nM、約0.4 nM或約0.3 nM的KD、或以0.3 nM ± 0.05 nM的KD、或以0.4 nM ± 0.05 nM的KD、或以0.45 nM ± 0.05 nM的KD、或以0.5 nM ± 0.05 nM的KD或以0.6 nM ± 0.05 nM的KD結合到該醣基化的RBD；及/或 (5)該抗體或抗原結合片段以約1.6 nM、約1.5 nM、約1.4 nM、約1.3 nM、約1.2 nM、約1.1 nM、約1.0的KD結合到該去醣基化的RBD。
  113. 如請求項94至112中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠中和人類肺細胞中的SARS-CoV-2感染，其中，任擇地，該人類肺細胞包含Calu-3細胞，其中，另任擇地，該抗體或抗原結合片段具有約97 ng/mL的中和IC50。
  114. 如請求項94至113中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠結合到人類補體成分C1q，其中，任擇地，結合到該C1q是使用生物層干涉術(BLI)，例如使用Octet儀器測定。
  115. 如請求項94至114中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠抑制SARS-CoV-2表面醣蛋白介導的細胞-細胞融合。
  116. 如請求項94至115中任一項的抗體或抗原結合片段，其在人類供體衍生的周邊血液單核球(PBMC)或樹突細胞中不引起抗體介導的SARS-CoV-2複製的增強。
  117. 如請求項94至116中任一項之抗體或抗原結合片段，其能夠抑制以下之間的相互作用： (i) SARS-CoV-2和人類DC-SIGN； (ii) SARS-CoV-2和人類L-SIGN； (iii) SARS-CoV-2和人類SIGLEC-1；或者 (iv) (i)至(iii)中的任何組合。
  118. 如請求項94至117中任一項的抗體或抗原結合片段，其能夠結合到以下的表面醣蛋白： (i) SARS-CoV-2武漢-Hu-1 (SEQ ID NO.:165)； (ii) SARS-CoV-2 B.1.1.7； (iii) SARS-CoV-2 B.1.351； (iv) SARS-CoV-2，包含相對於SEQ ID NO.:165的以下取代突變中的任一者或多者：N501Y；S477N；N439K；L452R；E484K；Y453F；A520S；K417N；K417V；S494P；N501T；S477R；V367F；P384L；A522S；A522V；V382L；P330S；T478I；S477I；P479S；或 (v) (i)至(iv)中的任何組合。
  119. 如請求項94至118中任一項的抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段能夠以3.0 nM、3.1 nM、3.2 nM、3.3 nM、3.4 nM、3.5 nM、3.6 nM、3.7 nM、3.8 nM、3.9 nM或4.0 nM的IC50來中和SARS-CoV-2的感染。
  120. 如請求項94至119中任一項的抗體或抗原結合片段，其包含： (i)一重鏈，包含(i)(1)一VH，其包含SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成，及(i)(2)一CH1-CH3，其包含SEQ ID NO.:173列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:173列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一輕鏈，包含(ii)(1)一VL，其包含SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列組成，及(ii)(2)一CL，其包含SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列組成。
  121. 如請求項94至120中任一項的抗體或抗原結合片段，其包含： (i)一重鏈，包含(i)(1)一VH，其包含SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:113列示的胺基酸序列組成，及(i)(2)一CH1-CH3，其包含SEQ ID NO.:175列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:175列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一輕鏈，包含(ii)(1)一VL，其包含SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.: 168列示的胺基酸序列組成，及(ii)(2)一CL，其包含SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:174列示的胺基酸序列組成。
  122. 如請求項94至121中任一項的抗體或抗原結合片段，其包含一CH1-CH3，該CH1-CH3包含SEQ ID NO.:265或266列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:265或266列示的胺基酸序列組成。
  123. 一種經分離的聚核苷酸，其編碼如請求項1至122中任一項的抗體或抗原結合片段，或編碼該抗體或該抗原結合片段的一VH、一重鏈、一VL及/或一輕鏈。
  124. 如請求項123的經分離的聚核苷酸，其中該聚核苷酸包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)，其中該RNA任擇地包含傳訊RNA (mRNA)。
  125. 如請求項123或124的經分離的聚核苷酸，其經密碼子最佳化以供在一宿主細胞中表現。
  126. 如請求項123至125中任一項的經分離的聚核苷酸，其包含與根據SEQ ID NOs.:186至189、191至192、238、247、248至255和257至262中任一者或多者的聚核苷酸序列具有至少50%同一性的聚核苷酸。
  127. 如請求項123至126中任一項的分離的聚核苷酸，其包含SEQ ID NOs.:249、250和257至262中的任一者或多者列示的聚核苷酸序列。
  128. 一種重組載體，包含如請求項123至127中任一項的聚核苷酸。
  129. 一種宿主細胞，包含如請求項123至127中任一項的聚核苷酸及/或如請求項128的載體，其中該聚核苷酸與該宿主細胞是異源的。
  130. 一種人類B細胞，包含如請求項123至129中任一項的聚核苷酸，其中該聚核苷酸與該人類B細胞是異源的及/或其中該人類B細胞是永生的。
  131. 一種組成物，包含： (i)如請求項1至122中任一項的抗體或抗原結合片段； (ii)如請求項123至127中任一項的聚核苷酸； (iii)如請求項128的重組載體； (iv)如請求項129的宿主細胞；及/或 (v)如請求項130的人類B細胞， 以及一藥學上可接受的賦形劑、載劑或稀釋劑。
  132. 如請求項131的組成物，其包含二或更多個如請求項1至122中任一項的抗體或抗原結合片段。
  133. 如請求項132的組成物，其包含： (i)一第一抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.:79列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:79列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:83列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:83列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一第二抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.:105列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:105列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
  134. 如請求項132的組成物，其包含： (i)一第一抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:80至82列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:80至82列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.:84至86列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:84至86列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一第二抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:106至108列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:106至108列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.:169至171列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:169至171列示的胺基酸序列組成。
  135. 如請求項132的組成物，其包含： (i)一第一抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.:178列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:178列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:182或SEQ ID NO.:190列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:182或SEQ ID NO.:190列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一第二抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.:105列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:105列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:168列示的胺基酸序列組成。
  136. 如請求項135的組成物，其包含： (i)一第一抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:179至181列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:179至181列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.:183至185列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:183至185列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一第二抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:106至108列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:106至108列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.:169至171列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:169至171列示的胺基酸序列組成。
  137. 如請求項132的組成物，其包含： (i)一第一抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.:178列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:178列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:182或SEQ ID NO.:190列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:182或SEQ ID NO.:190列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一第二抗體或抗原結合片段，其包含一VH和一VL，該VH包含SEQ ID NO.:63列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:63列示的胺基酸序列組成，且該VL包含SEQ ID NO.:67、SEQ ID NOs.:71至71中任一者或SEQ ID NOs:75至76中任一者列示的胺基酸序列或由SEQ ID NO.:67、SEQ ID NOs.:71至71中任一者或SEQ ID NOs:75至76中任一者列示的胺基酸序列組成。
  138. 如請求項132的組成物，其包含： (i)一第一抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:179至181列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:179至181列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1、CDRL2和CDRL3分別包含SEQ ID NOs.:183至185列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:183至185列示的胺基酸序列組成；以及 (ii)一第二抗體或抗原結合片段，包含一重鏈可變域(VH)和一輕鏈可變域(VL)，該重鏈可變域包含CDRH1、CDRH2和CDRH3，且該輕鏈可變域包含CDRL1、CDRL2和CDRL3，其中該CDRH1、CDRH2和CDRH3分別包含SEQ ID NOs.:64至66列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NOs.:64至66列示的胺基酸序列組成，且該CDRL1包含SEQ ID NO.:68、SEQ ID NO.:73或SEQ ID NO.:74中任一者列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NO.:68、SEQ ID NO.:73或SEQ ID NO.:74中任一者列示的胺基酸序列組成，該CDRL2包含SEQ ID NO.:69列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NO.:69列示的胺基酸序列組成且該CDRL3包含SEQ ID NO.:70、SEQ ID NO.:77或SEQ ID NO.:78列示的胺基酸序列或分別由SEQ ID NO.:70、SEQ ID NO.:77或SEQ ID NO.:78列示的胺基酸序列組成。
  139. 一種組成物，包含(i)如請求項8或9的抗體或抗原結合片段和(ii)如請求項10或11的抗體或抗原結合片段，其中該組成物能夠以約0.07至約0.08 μg/ml的IC50來中和SARS-CoV-2感染。
  140. 一種組成物，其包含包封在一載劑分子中的如請求項123至127中任一項的聚核苷酸，其中該載劑分子任擇地包含一脂質、一脂質衍生的遞送載體，例如一脂質體、一固體脂質奈米顆粒、一油性懸浮液、一亞微米脂質乳劑、一脂質微泡、一逆相脂質微胞、一耳蝸脂質體、一脂質微管、一脂質微圓柱體、一脂質奈米顆粒(LNP)或一奈米級平台。
  141. 一種在一個體中治療SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含將以下的一有效量施予該個體： (i)如請求項1至122中任一項的抗體或抗原結合片段； (ii)如請求項123至127中任一項的聚核苷酸； (iii)如請求項128的重組載體； (iv)如請求項129的宿主細胞； (v)如請求項130的人類B細胞；及/或 (vi)如請求項131至140中任一項的組成物。
  142. 一種在一個體中抑制SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含將以下的一有效量施予該個體： (i)如請求項1至122中任一項的抗體或抗原結合片段； (ii)如請求項123至127中任一項的聚核苷酸； (iii)如請求項128的重組載體； (iv)如請求項129的宿主細胞； (v)如請求項130的人類B細胞；及/或 (vi)如請求項131至140中任一項的組成物。
  143. 如請求項1至122中任一項的抗體或抗原結合片段、如請求項123至127中任一項的聚核苷酸、如請求項128的重組載體、如請求項129的宿主細胞、如請求項130的人類B細胞及/或如請求項131至140中任一項的組成物，其係用於治療一個體中的SARS-CoV-2感染的方法中。
  144. 如請求項1至122中任一項的抗體或抗原結合片段、如請求項123至127中任一項的聚核苷酸、如請求項128的重組載體、如請求項129的宿主細胞、如請求項130的人類B細胞及/或如請求項131至140中任一項的組成物，其係用於抑制一個體中的SARS-CoV-2感染的方法中。
  145. 如請求項1至122中任一項的抗體或抗原結合片段、如請求項123至127中任一項的聚核苷酸、如請求項128的重組載體、如請求項129的宿主細胞、如請求項130的人類B細胞及/或如請求項131至140中任一項的組成物，其係用於製備用於治療一個體中的SARS-CoV-2感染的醫藥品。
  146. 一種用於體外診斷SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含： (i)令來自一個體的一樣品與如請求項1至122中任一項的抗體或抗原結合片段接觸；以及 (ii)偵測包含一抗原和該抗體或包含一抗原和該抗原結合片段的一複合物。
  147. 如請求項146的方法，其中該樣品包含從該個體分離的血液。
  148. 一種組合或組成物，包含： (i)一抗體或抗原結合片段，其包含 (i)(a) 一CDRH1胺基酸序列GYPFTSYG、一CDRH2胺基酸序列ISTYNGNT或ISTYQGNT、一CDRH3胺基酸序列ARDYTRGAWFGESLIGGFDN；一CDRL1胺基酸序列或QTVSSTS、一CDRL2胺基酸序列GAS及一CDRL3胺基酸序列QHDTSLT；或 (i)(b) 一VH胺基酸序列，其包含以下或由以下組成：QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS 或包含以下或由以下組成：QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS， 以及一VL胺基酸序列，其包含以下或由以下組成：EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTSLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLTFGGGTKVEIK； 以及 (ii)一抗體或抗原結合片段，其包含： (ii)(a)分別根據SEQ ID NOs.:79和83的VH和VL胺基酸序列； (ii)(b)分別根據SEQ ID NOS.:80至82和84至86的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列； (ii)(c)分別根據SEQ ID NOs.:178或194或196或198或200或202，以及182或190的VH和VL胺基酸序列；或 (ii)(d)分別根據SEQ ID NOs.:179或195、180或197或199、181、201或203，以及183至185的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列。
  149. 一種預防或治療或中和在一個體中的一冠狀病毒感染的方法，該方法包含將如請求項148的組合或組成物投予該個體，其中，任擇地，(i)的該抗體或抗原結合片段和(ii)的該抗體或抗原結合物片段係併行地、同時地或連續地投予。
  150. 一種在一個體中預防或治療或中和一冠狀病毒感染的方法，該方法包含投予一個體，該個體已接受一第一抗體或抗原結合片段以及一第二抗體或抗原結合片段，該第一抗體或抗原結合片段包含： (a)分別根據SEQ ID NOs.:79和83的VH和VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOs.:80至82和84至86的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列； 該第二抗體或抗原結合片段，包含： (a)根據SEQ ID NO.:105或113的一VH胺基酸序列和根據SEQ ID NO: 168的一VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOs.: 106至108或分別根據SEQ ID NOs.:106、121和108的CDRH1、CDRH2和CDRH3胺基酸序列以及分別根據SEQ ID NOs.:169至171的CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列。
  151. 一種在一個體中預防或治療或中和一冠狀病毒感染的方法，該方法包含投予一個體，該個體已接受一第一抗體或抗原結合片段以及一第二抗體或抗原結合片段，該第一抗體或抗原結合片段包含： (a)根據SEQ ID NOs.:105或113的一VH胺基酸序列和根據SEQ ID NO.:168的一VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOs.: 106至108或分別根據NOs.:106、121和108的CDRH1、CDRH2和CDRH3胺基酸序列以及分別根據SEQ ID NOS.:169至171的CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列； 該第二抗體或抗原結合片段，包含： (a)分別根據SEQ ID NOs.:79和83的VH和VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOS.:80至82和84至86的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列。
  152. 一種在一個體中預防或治療或中和一冠狀病毒感染的方法，該方法包含投予一個體，該個體已接受一第一抗體或抗原結合片段以及一第二抗體或抗原結合片段，該第一抗體或抗原結合片段包含： (a)分別根據SEQ ID NOs.:178或194或196或198或200或202和182或190的VH和VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOS.:179或195、180或197或199、181 201或203，和183至185的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列； 該第二抗體或抗原結合片段，包含： (a)根據SEQ ID NOs.:105或113的一VH胺基酸序列和根據SEQ ID NO: 168的一VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOs.: 106至108或分別根據SEQ ID NOs.: 106、121和108的CDRH1、CDRH2和CDRH3胺基酸序列以及分別根據SEQ ID NOS.:169至171的CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列。
  153. 一種在一個體中預防或治療或中和一冠狀病毒感染的方法，該方法包含投予一個體，該個體已接受一第一抗體或抗原結合片段以及一第二抗體或抗原結合片段，該第一抗體或抗原結合片段包含： (a)根據SEQ ID NOs.:105或113的一VH胺基酸序列和根據SEQ ID NO: 168的一VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOs.: 106至108或分別根據SEQ ID NOs.:106、121和108的CDRH1、CDRH2和CDRH3胺基酸序列以及分別根據SEQ ID NOs.:169至171的CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列； 該第二抗體或抗原結合片段，包含： (a)分別根據SEQ ID NOs.:178或194或196或198或200或202和182或190的VH和VL胺基酸序列；或 (b)分別根據SEQ ID NOS.:179或195、180或197或199、181 201或203，和183至185的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2和CDRL3胺基酸序列。
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