KR20240046926A

KR20240046926A - Sars-cov-2, 그 변이체 및 관련 코로나바이러스를 강력하고 광범위하게 중화하는 단일클론항체의 특성 분석 및 사용 방법

Info

Publication number: KR20240046926A
Application number: KR1020247006023A
Authority: KR
Inventors: 데이비드 디. 호; 야오싱 황; 리홍 리우; 마노즈 에스. 네어; 지엔 위; 쇼 이케타니
Original assignee: 더 트러스티스 오브 컬럼비아 유니버시티 인 더 시티 오브 뉴욕
Priority date: 2021-07-23
Filing date: 2022-07-22
Publication date: 2024-04-11
Also published as: WO2023004431A3; AU2022313322A1; CO2024001850A2; WO2023004431A2; EP4373523A2; CA3227150A1; IL310304A

Abstract

본원에 기술된 주제는 SARS-CoV-2 바이러스, 그 변이 또는 관련 코로나바이러스를 중화하는, 인간 환자에서 단리한 항체에서 유래된 조작된 단일클론항체에 관한 것이다.

Description

SARS-COV-2, 그 변이체 및 관련 코로나바이러스를 강력하고 광범위하게 중화하는 단일클론항체의 특성 분석 및 사용 방법

본 출원은 2021년 7월 23일 출원된 미국 가출원 제63/225,193호, 2021년 10월 25일 출원된 미국 가출원 제63/271,627호 및 2022년 4월 22일 출원된 미국 가출원 제63/334,007호의 이익 및 우선권을 주장하며, 각 내용은 그 전체가 참조로 본원에 포함된다.

본원에 인용된 모든 특허, 특허 출원 및 공보는 그 전체가 참조로 본원에 포함된다. 이들 공보의 개시내용은 그 전체가 본원에 참조로 포함된다.

COVID-19는 SARS-CoV-2 바이러스에 의해 유발된 전염병이다. COVID-19는 감염된 사람이 바이러스 입자가 포함된 비말을 내쉴 때 퍼지며, 이 비말은 다른 사람의 눈, 코, 입을 통해 흡수된다. COVID-19의 추가 확산을 막기 위해서는 효과적인 치료와 예방 방법이 필요하다.

중화 항체는 바이러스와 같은 질병을 일으키는 병원체로부터 세포를 보호하는 역할을 한다. 중화 항체는 면역 반응의 일부로서 신체에 의해 생성될 수 있다. 이들의 생성은 감염과 감염에 대한 예방접종에 의해 촉발되며 평생 면역을 가져올 수 있다.

중화 항체는 B 세포에 의해 생성되며 병원체 표면의 단백질에 결합하여 기능한다. 결합을 통해 병원체가 숙주 세포에 들어가는 것을 방지한다. 외피 바이러스에서, 중화 항체는 바이러스가 숙주 세포에 부착된 다음 숙주 세포 내로 들어가는 것을 차단한다. 비외피 바이러스에서, 중화 항체는 바이러스 내의 유전 정보를 둘러싸는 단백질 껍질인 캡시드 단백질에 결합할 수 있다. 일단 병원체가 중화 항체에 의해 중화되면, 이는 백혈구에 의해 분해되고 비장에 의해 여과된다.

특정 양태에서, 본원에 기술된 주제는 바이러스의 적어도 일부에 선택적으로 결합하고 중화하는 조작된 단일클론항체 또는 이의 기능적 단편을 제공하되, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 7과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 바이러스는 코로나바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV, MERS-CoV, 229E, NL63, OC43, BM-4831, BtKY72, Rf1, RmYN02, Rs4081, Yunnan2011, ZC45, As6526, Rs4237, Rs4081, 및 HKU1으로 이루어진 코로나바이러스에서 선택된다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 바이러스이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 야생형 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 SARS-CoV-2 D614G 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 WA1 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.1.7 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.351 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 P.1 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.526 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.429 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.617.1 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.1.1 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.617.2 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.526-E484K 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 V236P12 계통이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 MERS-CoV 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 NL63 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 GD-천산갑 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 GX-천산갑 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 RaTG13 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 WIV1 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SHC014 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 LYRa11 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 Rs7327 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 Rs4231 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 Rs4084 바이러스이다.

특정 양태에서, 본원에 기술된 주제는 바이러스 감염이 있는 대상을 치료하는 방법 또는 대상에서 바이러스 감염이 발생하는 것을 예방하는 방법을 제공하고, 해당 방법은 조작된 단일클론항체 또는 이의 기능적 단편을 포함하는 치료 유효량의 조성물을 대상에게 투여하는 단계를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체는 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 7과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1의 상보성 결정부위[complementarity-determining region, CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 바이러스는 코로나바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV, MERS-CoV, 229E, NL63, OC43, BM-4831, BtKY72, Rf1, RmYN02, Rs4081, Yunnan2011, ZC45, As6526, Rs4237, Rs4081, 및 HKU1로 이루어진 계통에서 선택된다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 바이러스이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 야생형 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 SARS-CoV-2 D614G 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 WA1 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.1.7 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.351 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 P.1 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.526 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.429 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.617.1 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.1.1 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.617.2 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.526-E484K 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 V236P12 계통이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 MERS-CoV 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 NL63 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 GD-천산갑 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 GX-천산갑 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 RaTG13 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 WIV1 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SHC014 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 LYRa11 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 Rs7327 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 Rs4231 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 Rs4084 바이러스이다.

일부 구현예에서, 조성물은 두 개 이상의 조작된 단일클론항체의 칵테일을 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 항바이러스제를 더 포함한다.

특정 양태에서, 본원에 기술된 주제는 조작된 단일클론항체를 생산하는 방법을 제공하되, 방법은 a) 바이러스에 감염된 대상에서 생물학적 샘플을 단리하는 단계, b) 생물학적 샘플이 바이러스에 대해 중화활성을 가지는지 여부를 결정하는 단계, c) 생물학적 샘플이 b) 단계에서 중화활성을 갖는 대상에서 말초혈액단핵세포[peripheral blood mononuclear cell. PMBC]를 단리하는 단계, d) c)의 PMBC에서 코로나바이러스 S 단백질 삼량체 특이적 기억 단일 B 세포를 단리하는 단계, e) 코로나바이러스 S 단백질 삼량체에 선택적인 하나 이상의 단일클론항체를 B 세포에서 복구하는 단계, f) 단일 B 세포에서 복구된 하나 이상의 단일클론항체를 암호화하는 서열을 결정하는 단계, g) 하나 이상의 단일클론항체를 암호화하는 서열을 하나 이상의 발현 벡터내로 클로닝하는 단계, h) 하나 이상의 조작된 단일클론항체를 시험관 내에서 발현시키는 단계, 및 i) 하나 이상의 조작된 단일클론항체를 정제하는 단계를 포함한다.

일부 구현예에서, 생물학적 샘플은 혈장이다. 일부 구현예에서, 대상은 바이러스에 대해 백신을 접종받지 않았다. 일부 구현예에서, 대상은 바이러스에 대해 백신을 접종받았다. 일부 구현예에서, f)에서의 결정 단계는 높은 처리량 시퀀싱을 포함한다.

특정 양태에서, 본원에 기술된 주제는 조작된 단일클론항체 또는 이의 기능적 단편을 제공하되, 해당 항체 또는 이의 단편은 바이러스의 적어도 일부에 선택적으로 결합한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함하되, 해당 서열은 서열번호 15와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하되, 해당 서열은 서열번호 16과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함하되, 해당 서열은 서열번호 17과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하되, 해당 서열은 서열번호 18과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 바이러스는 코로나바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 코로나바이러스 변이이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 코로나바이러스 관련 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 야생형 SARS-CoV-2 (D614G) 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.7 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.351 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 P.1 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.526 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.429 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.1v1 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.2 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.1 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 C.37 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 (B.1.1.529) 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.1 (B.1.1.529.1) 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.1.1 (B.1.1.529.1.1) 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.2 (B.1.1.529.2) 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.621 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 WA1 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 표 1의 임의의 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스이다.

일부 구현예에서, 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파크 단백질의 하위도메인 1[subdomain 1, SD1] 및 N-말단 도메인(N-Terminal Domain, NTD) 사이의 접합을 포함한다. 일부 구현예에서, 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 하위도메인 1[SD1]을 포함한다. 일부 구현예에서, 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 N-말단 도메인[NTD]을 포함한다.

특정 양태에서, 본원에 기술된 주제는 바이러스 감염이 있는 대상을 치료하는 방법 또는 대상에서 바이러스 감염이 발생하는 것을 예방하는 방법을 제공하고, 해당 방법은 조작된 단일클론항체 또는 이의 기능적 단편을 포함하는 치료 유효량의 조성물을 대상에게 투여하는 단계를 포함하되, 항체 또는 이의 단편은 바이러스의 적어도 일부에 선택적으로 결합한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15의 상보성 결정부위[complementarity-determining region, CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 바이러스는 코로나바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 코로나바이러스 변이이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 코로나바이러스 관련 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 야생형 SARS-CoV-2 (D614G) 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.7 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.351 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 P.1 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.526 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.429 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.1v1 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.2 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.1 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 D614G 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 C.37 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 (B.1.1.529) 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.1 (B.1.1.529.1) 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.1.1 (B.1.1.529.1.1) 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.2 (B.1.1.529.2) 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.621 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 WA1 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 표 1의 임의의 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스이다.

일부 구현예에서, 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파크 단백질의 하위도메인 1[subdomain 1, SD1] 및 N-말단 도메인[N-Terminal Domain, NTD] 사이의 접합을 포함한다. 일부 구현예에서, 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 하위도메인 1[SD1]을 포함한다. 일부 구현예에서, 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 N-말단 도메인[NTD]을 포함한다.

특정 양태에서, 본원에 기술된 주제는 조작된 단일클론항체 또는 이의 기능적 단편을 포함하는 약학적 조성물을 제공하되, 해당 항체 또는 이의 단편은 바이러스의 적어도 일부에 선택적으로 결합한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 단편은 아미노산 서열을 포함하되, 해당 서열은 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 7과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고,, 서열번호 15와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 16과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 17과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 18과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1의 상보성 결정부위[complementarity-determining region, CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파크 단백질의 하위도메인 1[SD1] 및 N-말단 도메인(NTD) 사이의 접합을 포함한다. 일부 구현예에서, 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 하위도메인 1[SD1]을 포함한다. 일부 구현예에서, 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 N-말단 도메인[NTD]을 포함한다.

특정 양태에서, 본원에 기술된 주제는 항체 또는 이의 단편을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 제공하되, 항체 또는 이의 단편은 서열번호 1 내지 18 중 어느 하나를 포함한다.

특정 양태에서, 본원에 기술된 주제는 항체 또는 이의 단편을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 벡터를 제공하되, 항체 또는 이의 단편은 서열번호 1 내지 18 중 어느 하나를 포함한다.

특허 또는 출원 파일은 적어도 하나의 유색 도면을 함유한다. PCT 특허 출원 요건을 준수하기 위해, 본원에 제시된 도면의 다수는 본래 유색으로 만들어진 이미지를 흑백으로 나타낸 것이다.
도 1a 내지 c는 SARS-CoV-2 스파이크 삼량체 특이적 항체 단리를 나타낸다. 도 1a는 SARS-CoV-2 S 삼량체 특이적 항체 단리 전략의 예시적인 표현을 나타낸다. 도 1b는 COVID-19 환자 및 건강한 공여자에서 다양한 세포 유형 분류를 나타낸다. 도 1c는 SARS-CoV-2 바이러스의 스파이크 삼량체를 사용한 측면 산란 영역[side scatter area, SSC-A] 유세포 분석을 나타낸다.
도 2a 내지 l은 야생형([wild-typed, WT] 및 우려 변이[variant of concern, VOC] 유사바이러스[pseudovirus, Pv]에 대해 하향 선택된 단일클론항체[monoclonal antibody, mAB]의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2a는 mAB REGN10933 및 REGN10987의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2b는 mAb 2-7의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2c는 mAb 2-36의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2d는 mAB LY-COV555 및 CB6의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2e는 mAb Brii-196 및 Brii-198의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2f는 mAb COV2-2196 및 COV2-2130의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2g는 조작된 단일클론항체 10-16의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2h는 조작된 단일클론항체 10-40의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2i는 조작된 단일클론항체 11-11의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2j는 조작된 단일클론항체 12-6의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2k는 조작된 단일클론항체 12-27의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2l은 조작된 단일클론항체 13-2의 중화 프로파일을 나타낸다.
도 3은 본원에 개시된 하향 선택된 조작된 단일클론항체와 함께, SARS-CoV-2 바이러스, 이의 변이체, 및 SARS-CoV 유사바이러스의 중화에서 반수최대억제농도[half maximal inhibitory concentration, IC₅₀]를 나타낸다.
도 4a 내지 j는 진정 SARS-CoV-2 바이러스 및 이의 변이 6종의 변이체의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 4a는 조작된 mAb 2-7의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 4b는 mAb S309의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 4c는 mAb 2-36의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 4d는 조작된 단일클론항체 10-16의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 4e는 조작된 단일클론항체 10-40의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 4f는 조작된 단일클론항체 11-11의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 4g는 조작된 단일클론항체 12-27의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 4h는 조작된 단일클론항체 12-6의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 4i는 조작된 단일클론항체 13-2의 중화를 나타낸다. 도 4j는 본원에 개시된 여러 단일클론항체의 IC₅₀과 함께 역가를 나타낸다.
도 5a 내지 h는 다른 mAB와 비교하여, 숙주 세포에 진입하기 위해 인간 안지오텐신전환효소 2[angiotensin-converting enzyme 2, ACE2] 수용체를 사용하는 SARS유사 코로나바이러스에 대해 조작된 mAB 10-28, 10-40 및 11-11의 폭 및 역가를 나타낸다. 도 5a는 단일클론항체 2-36의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 5b는 단일클론항체 S309의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 5c는 단일클론항체 COVA1-16의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 5d는 단일클론항체 CR3022의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 5e는 조작된 단일클론항체 10-28의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 5f는 조작된 단일클론항체 10-40의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 5g는 조작된 단일클론항체 11-11의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 5h는 본원에 개시된 여러 단일클론항체의 IC₅₀과 함께 역가를 나타낸다.
도 6a 내지 c는 광범위 중화 사베코바이러스(sarbecovirus)(SARS-CoV 및 SARS-CoV-2 바이러스를 함유하는 바이러스 아속) 특이적인 조작된 3종의 단일클론항체 - mAB 10-28, 10-40, 및 11-11의 확인을 나타낸다. 도 6a는 SARS-CoV-2 D614G, B.1.351 또는 SARS-CoV의 스파이크 삼량체뿐만 아니라, SARS-CoV-2 D614G의 수용체 결합 도메인[receptor binding domain, RBD]과의 조작된 항체를 ELISA로 시험하였음을 나타낸다. 데이터는 두 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 표시된다. 도 6b는 조작된 단일클론항체 10-28, 10-40, 및 11-11에 의한, SARS-CoV-2 D614G, B.1.351, 및 SARS-CoV 스파이크 삼량체에 대한 ACE2 결합의 억제를 나타낸다. 시험은 ELISA로 수행하였다. 데이터는 두 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 도 6c는 RBD 지향 광범위 중화 항체의 경쟁 ELISA에 의한 에피토프 매핑을 나타낸다. 비오티닐화된(biotinylated) 단일클론항체의 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 삼량체와의 결합 차단에 대해 선택 항체를 테스트하였다.
도 7a 내지 e는 조작된 단일클론항체 10-40, 10-28, 및 11-11의 폭 및 역가를 나타낸다. 도 7a는 SARS-CoV-2 D614G 및 여러 스파이크를 갖는 VSV 위형[pseudotype]에 대한 선택된 단일클론항체의 중화 역가(IC₅₀)를 나타낸다. 도 7b는 세포변성 효과 감소 검정[cytopathic effect reduction assay]에서 진정 SARS-CoV-2 및 SARS-CoV 계통에 대한 선택된 단일클론항체의 중화 역가(IC₅₀)를 나타낸다. 도 7c는 사베코바이러스 스파이크를 갖는 VSV 위형에 대한 선택된 단일클론항체의 중화 역가(IC₅₀)를 나타낸다. 도 7d는 ELISA로 측정한 바와 같이, 상이한 사베코바이러스 계통군 및 SARS-CoV-2 변이를 대표하는 정제된 RBD 단백질에 대한 선택된 단일클론항체의 결합 역가(EC₅₀)를 나타낸다. 도 7e는 세포 표면에 발현된 코로나바이러스 스파이크 단백질에 대한 항체 결합을 나타낸다. GX-천산갑, RaTG13, 및 GD-천산갑은 SARS-CoV-2 관련 바이러스이고, 나머지는 비인간 ACE2 의존성 바이러스이다.
도 8a 내지 f는 단리된 항체 10-40, 10-28 및 11-11의 구조적 및 생물정보학적 분석을 나타낸다. 도 8a는 B.1.351 스파이크 단백질에 결합한 단일클론항체 10-40, 10-28 및 11-11 Fabs에 대한 Cryo-EM 재구성 및 인식 발자국[recognition footprint]을 나타낸다. 스파이크는 연한 회색으로 나타내고, 수용체 결합 도메인[RBD]은 녹색으로, 글라이칸은 보라색으로 나타내며, 막은 아래쪽을 향한다. 10-40 Fab는 붉은색, 10-28 Fab는 노란색, 및 11-11 Fab는 짙은 녹색으로 나타낸다. Fab 중쇄는 더 짙은 색으로 표시되고, 경쇄는 더 옅은 색으로 표시된다. RBD의 내부 표면에 있는 각 항체의 발자국은 각 스파이크 옆에 보여진다. 도 8b는 USA-WA1/2020 SARS-CoV-2 RBD에 결합된 10-40 Fab의 결정형 구조를 나타낸다. 도 8c는 SARS-CoV-2 RBD상의 10-28, 10-40, DH1047, COVA-1-16, 및 S2X259 에피토프 발자국의 발자국 비교를 나타낸다. RBD는 52종의 사베코바이러스에 걸쳐 각 잔기의 서열 보존에 따라 색상이 지정된다. 도 8d는 각 복합체의 RBD를 중첩하여 생성한 10-40, COVA1-16 및 2-36 CDRH3의 비교를 나타낸다. 3종 항체의 CDRH3은 매우 유사한 방식으로 RBD에 결합한다. 도 8e는 IGHD3-22*01 유전자의 생식세포계열 서열과 정렬된 CDRH3을 갖는 항체 10-40, 2-36, C022, 및 COVA1-16의 중쇄 서열 정렬을 나타낸다. 파라토프 잔기는 밑줄로 표시되며, RBD와 수소결합을 형성하는 잔기는 붉은색으로 표시된다. 도 8f는 건강한 공여자 중 항체 레퍼토리에서 D 유전자의 사용을 빈도 순으로 나타낸다.
도 9a 내지 e는 조작된 단일클론항체 10-40에 의한 SARSCoV-2의 마우스 적응형 계통에 대한 예방적 보호를 나타낸다. 도 9a는 MA10 바이러스의 돌연변이가 10-40의 에피토프와 중첩되지 않음을 나타낸다. 10-40의 결합 에피토프는 보라색으로 표시되고 ACE2 결합 에피토프는 파란색으로 표시된다. 도 9b는 Vero E6 세포에서 항체 10-40에 의한 SARS-CoV-2의 마우스 적응형 계통(MA10)의 중화를 나타낸다. 도 9c는 SARS-CoV-2 Ma10에 대해 테스트되는 마우스에 대한 보호 시험의 실험 타임라인을 나타낸다. 도 9d는 각 집단에서 체중 변화를 나타낸다. 3일차에 나타난 개별 마우스의 체중 변화의 백분율 변화(N=8 마우스/집단). p 값으로 표시된 유의성을 결정하는 데 사용되는 윌콕슨(Wilcoxon) 일치 쌍을 사용한 양측 t 검정. 도 9e는 각 마우스의 폐 균질액을 5배 적정한 폐의 TCID50/gm을 나타낸다.
도 10a 내지 b는 항체 단리를 위해 선택된 COVID-19 환자의 회복기 혈청의 중화 프로파일(도 10a) 및 각 바이러스에 대한 ID₅₀ 적정의 요약(ID₅₀은 노출된 정상 성인의 50%를 감염시키는 데 필요한 추정 바이러스 입자 수)(도 10b)이다. SARS-CoV-2 변이의 스파이크 또는 SARS-CoV 스파이크를 갖는 위형 VSV에 대한 중화를 두 명의 COVID-19 환자의 혈청을 통해 테스트한다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다.
도 11a 내지 l은 경쟁 ELISA에 의해 측정된, 본원에 개시된 항체의 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 데이터는 두 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 도 11a는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 10-40 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11b는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 10-28 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11c는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 11-11 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11d는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 2-36 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11e는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 DH1047 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11f는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 S2X259 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11g는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 REGN10985 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11h는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 ADG-2 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11i는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 COVA1-16 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11j는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 CR3022 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11k는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 S2H97 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11l은 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 S309 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다.
도 12a 내지 c는 조작된 mAB 10-28, 10-40 및 11-11, 그리고 보고된 다른 광범위 항체에 대한 결합 동역학 및 친화도를 나타낸다. 비변이 SARS-CoV-2(도 12a) 및 SARS-CoV(도 12b) 스파이크 단백질에 대한 항체 결합은 표면 플라즈몬 공명[surface plasmon resonance, SPR]으로 측정하였다. 스파이크 단백질 결합 센서를 6가지 상이한 농도의 항체와 함께 배양하였다. 하나의 대표적 실험의 동역학 데이터를 1:1 결합 모델에 맞추었다. 도 12c는 SPR 동역학 및 친화도 측정의 요약을 나타낸다.
도 13a 내지 c는 조작된 mAB 10-40, 10-28 및 11-11의 유전적 분석을 나타낸다. 도 13a는 본원에 기술된, 광범위하게 중화하는 3종의 조작된 mAB인 10-28, 10-40, 및 11-11의 유전적 분석을 나타낸다. 도 13b는 그의 생식세포계열 유전자를 갖는 조작된 mAB 10-40의 서열 정렬, 그리고 IGHV4-39 및 IGLV6-57에 대한 유전자 특이적 치환 프로파일[gene specific substitution profile, GSSP]을 나타낸다. 점은 보존된 잔기를 나타낸다. 10-40 중쇄의 Y52T 치환은 붉은색으로 표시되어 희귀한 돌연변이를 나타낸다. 도 13c는 10-40-유사 재현성 항체 클래스의 특징을 나타낸다.
도 14a 내지 l은 SARS-CoV-2 변이에 대한 항체의 중화 프로파일을 나타낸다. 중화 곡선은 SARS-CoV-2 스파이크 단백질을 갖는 수포성 구내염 바이러스[vesicular stomatitis virus, VSV] 위형에 대한 본 개시의 항체를 나타낸다. 도 14a는 SARS-CoV-2 변이에 대한 조작된 mAb 10-40의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14b는 SARS-CoV-2 변이에 대한 조작된 mAb 10-28의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14c는 SARS-CoV-2 변이에 대한 조작된 mAb 11-11의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14d는 SARS-CoV-2 변이에 대한 mAb 2-36의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14e는 SARS-CoV-2 변이에 대한 항체 DH1047의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14f는 SARS-CoV-2 변이에 대한 항체 S2X259의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14g는 SARS-CoV-2 변이에 대한 항체 REGN10985의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14h는 SARS-CoV-2 변이에 대한 항체 ADG-2의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14i는 SARS-CoV-2 변이에 대한 항체 COVA1-16의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14j는 SARS-CoV-2 변이에 대한 항체 CR3022의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14k는 SARS-CoV-2 변이에 대한 항체 S2H97의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14l은 SARS-CoV-2 변이에 대한 항체 S309의 중화 곡선을 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다.
도 15a 내지 m은 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체의 중화 프로파일을 나타낸다. 세포변성 효과 감소 검정에서 진정 SARS-CoV-2 계통에 대한 항체의 중화 곡선. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SEM으로 나타낸다. 도 15a는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 조작된 mAb 10-40의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15b는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 조작된 mAb 10-28의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15c는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 조작된 mAb 11-11의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15d는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 mAb 2-36의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15e는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 DH1047의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15f는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 S2X259의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15g는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 REGN10985의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15h는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 ADG-2의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15i는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 CAVA1-16의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15j는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 CR3022의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15k는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 S2H97의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15l은 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 S309의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15m은 진정 SARS-CoV 변이 바이러스에 대한 항체 10-40, 117/40, DH1047, REGN10985, ADG2, S2X259, 및 2-36의 중화 프로파일을 나타낸다.
도 16a 내지 l은 사베코바이러스에 대한 항체의 중화 프로파일을 나타낸다. 사베코바이러스 스파이크 단백질을 갖는 VSV 위형에 대한 항체의 중화 곡선. 도 16a는 사베코바이러스에 대한 조작된 mAb 10-40의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16b는 사베코바이러스에 대한 조작된 mAb 10-28의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16c는 사베코바이러스에 대한 조작된 mAb 11-11의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16d는 사베코바이러스에 대한 항체 2-36의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16e는 사베코바이러스에 대한 항체 DH1047의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16f는 사베코바이러스에 대한 항체 S2X259의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16g는 사베코바이러스에 대한 항체 REGN10985의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16h는 사베코바이러스에 대한 항체 ADG-2의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16i는 사베코바이러스에 대한 항체 COVA1-16의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16j는 사베코바이러스에 대한 항체 Cr3022의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16k는 사베코바이러스에 대한 항체 S2H97의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16l은 사베코바이러스에 대한 항체 S309의 중화 프로파일을 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD으로 표시된다.
도 17a 내지 n은 RBD 기반 ELISA로 검사한 교차 반응성 항체의 폭을 나타낸다. 도 17a는 RBD 단백질 서열에 기반한 코로나바이러스의 계통수를 나타낸다. 계통발생학적으로 구별되는 4종의 사베코바이러스 집단이 서로 다른 색상으로 표시된다. 도 17b 내지 n은 ELISA로 시험한 바와 같이, 본원에 개시된 선택된 항체의 RBD 단백질 패널에 대한 결합을 나타낸다. 도 17b는 BM-4831 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17c는 BtKY72 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17d는 SHC014 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17e는 WIV1 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17f는 SARS-CoV RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17g는 GX-천산갑 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17h는 RaTG13 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17i는 ARS-CoV-2 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17j는 B.1.351 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17k는 Rf1 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17l은 RmYN02 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17m은 Rs4081 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17n은 Yunnan2011 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다.
도 18a 내지 b는 코로나바이러스 스파이크 발현 세포에 대한 항체 10-40의 결합을 나타낸다. 도 18a는 코로나바이러스 스파이크 단백질을 발현하기 위해 Expi293 세포에서 10-40-양성 세포의 정량화에 대한 구역화 전략을 나타낸다. 도 18b는 Expi293 세포 표면에 발현된 스파이크 삼량체에 대한 항체 10-40의 결합 프로파일을 나타낸다.
도 19는 스파이크 발현 세포에 결합된, 본원에 개시된 항체의 평균 형광 강도[fluorescent intensity, MFI]를 나타낸다. 나타낸 데이터는 세 가지 독립적인 실험 중 하나의 대표적인 데이터이다.
도 20a 내지 e는 SARS-CoV-2 B.1.351 스파이크 삼량체와 복합체를 이루는 조작된 mAb 10-40에 대한 Cryo-EM 데이터 처리를 나타낸다. 도 20a는 대표적인 현미경 사진, 전력 스펙트럼 및 대비 전달 함수[contrast transfer function, CTF] 적합성을 나타낸다. 도 20b는 스파이크 입자를 나타내는 대표적인 2D 클래스 평균을 나타낸다. 도 20c는 전체 컨센서스 정제[global consensus refinement] 푸리에 쉘 상관관계[Fourier Shell Correlation, FSC] 곡선(상부 패널) 및 입자 투영 시야각 분포(하부 패널)를 나타낸다. 도 20d는 전체 정제를 위해 표면 밀도에 매핑된 국소 분해능 추정을 나타낸다. 도 20e는 외부(왼쪽)와 내부(오른쪽)에서 본 극저온-EM 맵에 도킹된 10-40 Fab 강체에 대한 결정 구조 모델을 나타낸다.
도 21a 내지 e는 SARS-CoV-2 B.1.351 스파이크 삼량체와 복합체를 이루는 항체 10-28에 대한 Cryo-EM 데이터 처리를 나타낸다. 도 21a는 대표적인 현미경 사진, 전력 스펙트럼 및 대비 전달 함수[CTF] 적합성을 나타낸다. 도 21b는 스파이크 입자를 나타내는 대표적인 2D 클래스 평균을 나타낸다. 도 21c는 전체 컨센서스 정제 푸리에 쉘 상관관계[FSC] 곡선(상부 패널) 및 입자 투영 시야각 분포(하부 패널)를 나타낸다. 도 21d는 전체 정제를 위해 표면 밀도에 매핑된 국소 분해능 추정을 나타낸다. 도 21e는 외부(왼쪽)와 내부(오른쪽)에서 본 극저온-EM 맵에 도킹된 10-28 Fab 강체에 대한 결정 구조 모델을 나타낸다.
도 22a 내지 e는 SARS-CoV-2 B.1.351 스파이크 삼량체와 복합체를 이루는 항체 11-11에 대한 Cryo-EM 데이터 처리를 나타낸다. 도 22a는 대표적인 현미경 사진, 전력 스펙트럼 및 대비 전달 함수[CTF] 적합성을 나타낸다. 도 22b는 스파이크 입자를 나타내는 대표적인 2D 클래스 평균을 나타낸다. 도 22c는 전체 컨센서스 정제 푸리에 쉘 상관관계[FSC] 곡선(상부 패널) 및 입자 투영 시야각 분포(하부 패널)를 나타낸다. 도 22d는 전체 정제를 위해 표면 밀도에 매핑된 국소 분해능 추정을 나타낸다. 도 22e는 외부(왼쪽)와 내부(오른쪽)에서 본 극저온-EM 맵에 도킹된 11-11 Fab 강체에 대한 상동성 모델을 나타낸다.
도 23a 내지 b는 결정형 구조를 나타낸다. 도 23a는 비변이 SARS-CoV-2 RBD와 복합체를 이루는 항체 10-28의 결정형 구조를 나타낸다. RBD는 녹색으로 표시되며, 중쇄와 경쇄는 어둡고 옅은 노란색이다. C_L= 불변 경쇄[constant light chain]; C_H = 불변 중쇄[constant heavy chain]; V_L = 가변 경쇄[variable light chain]; V_H = 가변 중쇄[variable heavy chain]. 도 23b는 (A)에 색상으로 표시된 바와 같이, CDRL3에 의한 RBD 인식(상부 패널) 및 CDRH3에 의한 인식(하부 패널)과의 조작된 mAb 10-28 상호작용의 확대도를 나타낸다.
도 24a 내지 d는 조작된 mAB 10-40, 11-11, 및 10-28, 그리고 공개된 항체 사이의 발자국 비교를 나타낸다. 도 24a는 항체 10-40, COVA1-16 및 2-36이 유사한 접근 각도로 RBD 내면의 안쪽을 인식한다는 것을 나타낸다. 도 24b는 항체 11-11, S2X259, 및 DH1047이 유사한 접근 각도로 RBD 내면의 안쪽을 인식한다는 것을 나타낸다. 도 24c는 항체 10-28 및 CR3022가 RBD 내면의 중앙 아래쪽에 결합한다는 것을 나타낸다. ADG-2는 RBD 내면의 위쪽에 결합한다. ADG-2에는 원자 좌표를 사용할 수 없으므로, (ADG-2 인용)에 기술된 바와 같이, 6APC에 기반한 상동성 모델을 EMD-23160 맵에 도킹하여 모델링한다. 도 24d는 광범위하게 중화하는 나노바디(nanobody)가 도 24b의 항체와 유사하게, 외부로부터 RBD의 내부 표면 또한 인식한다는 것을 나타낸다.
도 25a 내지 c는 조작된 mAb 10-40이 RBD 내의 보존된 영역을 인식한다는 것을 나타낸다. 도 25a는 10-40의 에피토프 내 사베코바이러스의 서열 정렬을 나타낸다. 도 25b는 사베코바이러스에서 항체 10-40 에피토프의 서열 보존을 나타낸다. 도 25c는 최근 확인된 5종의 관련 바이러스와 비교하여, 항체 10-40(붉은색/밑줄)에 대한 에피토프 잔기를 나타낸다. 파란색은 인간 ACE2 의존성 바이러스(BANAL-52, BANAL-103 및 BANAL-236)를 나타내고, 노란색은 ACE2 비의존성 바이러스(BANAL-116 및 BANAL-247)를 나타낸다.
도 26은 조작된 mAb 10-40-유사 재현성 항체 클래스의 특징을 나타낸다.
도 27은 Cryo-EM 데이터 수집 및 처리를 나타낸다.
도 28은 X선 회절 데이터 수집 및 정제 통계를 나타낸다.
도 29a 내지 o는 야생형[WT] SARS-CoV-2 바이러스 및 우려 SARS-CoV-2 변이의 유사바이러스[VOC PV]에 대한, 본원에 개시된 하향 선택된 단일클론항체[mAb]의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29a는 mAB REGN10933 및 REGN10987의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29b는 mAb 2-7의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29c는 mAb 2-36의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29d는 mAB LY-COV555 및 CB6의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29e는 mAB Brii-196 및 Brii-198의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29f는 mAB COV2-2196 및 COV2-2130의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29g는 조작된 mAb 10-16의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29h는 조작된 mAb 10-28의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29i는 조작된 mAb 10-40의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29j는 조작된 mAb 11-11의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29k는 조작된 mAb 12-6의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29l은 조작된 mAb 12-16의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29m은 조작된 mAb 12-19의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29n은 조작된 mAb 12-27의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 29o는 조작된 mAb 13-2의 중화 프로파일을 나타낸다.
도 30은 본원에 개시된 하향 선택된 조작된 단일클론항체를 갖는 SARS-CoV-2 바이러스 및 SARS-CoV 유사바이러스의 중화로부터의 IC₅₀ 값을 나타낸다.
도 31a 내지 e는 조작된 중화 mAb 12-16 및 12-19의 시험관 내 및 생체 내의 역가 및 폭의 특성을 나타낸다. 도 31a는 SARS-CoV-2 변이 스파이크 또는 SARS-CoV 스파이크를 갖는 VSV 위형에 대한 항체 단리를 위해 선택된 회복기 혈청의 중화 역가(ID50)를 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 도 31b는 SARS-CoV-2 스파이크를 갖는 VSV 위형 및 진정 바이러스에 대해 선택된 mAb의 중화 역가(IC50)를 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 도 31c는 SARS-CoV-2 D614G 및 B.1.351의 스파이크 삼량체에 대한 결합에 대해 항체를 ELISA로 테스트하였음을 나타낸다. 데이터는 두 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 도 31d는 세포 표면에 발현된 SARS-CoV-2 D614G(노란색) 및 B.1.351(파란색) 스파이크 단백질에 대한 항체 결합을 나타낸다. 나타낸 데이터는 세 가지 독립적인 실험 중 하나의 대표적인 데이터이다. 도 31e는 오미크론 변이에 감염된 햄스터에서 선택된 mAb의 예방 효능을 나타낸다. 세 집단의 햄스터(집단당 n=6)는 105 PFU의 오미크론 변이를 비강 내 접종하기 하루 전에 복강내 주사를 통해 지시된 mAb 치료제 10mg/kg을 투여받았다. 바이러스 부하[log10(RNA 카피/106　β-액틴 카피)] 및 바이러스 역가[log10(g당 PFU)]는 오미크론 바이러스를 접종한 햄스터의 기관, 폐에서 4d.p.i로 측정되었다. 오차 막대는 평균 +SD를 나타낸다. 각 기호는 각 집단의 평균을 나타내는 선으로, 개별 햄스터를 나타낸다. P 값은 일원 분산 분석[one-way ANOVA]에 이어 Tukey의 다중 비교 테스트에 의해 결정되었다. .**P　<　0.01; .***P　<　0.001; ****P　<　0.0001. 점선은 검출 분석 한계를 표시한다.
도 32a 내지 g는 조작된 단일클론항체 12-16 및 12-19에 의한 표적화를 나타낸다. 도 32a는 항체 12-16의 CryoEM 구조를 나타내고, 패널은 평면도, 측면도 및 상보성 결정부위[CDR]의 위치를 나타낸다. 주황색과 녹색 표면은 각각 NTD와 SD1에서 12-16의 발자국을 나타낸다. 도 32b는 항체 12-19의 CryoEM 구조를 나타내고, 패널은 평면도, 측면도 및 CDR의 위치를 나타낸다. 주황색과 녹색 표면은 각각 NTD와 SD1에서 12-19의 발자국을 나타낸다. 도 32c는 NTD 및 SD1과 복합체를 이루는 항체 12-16 및 12-19를 나타낸다. 붉은색 구는 오미크론 변이의 돌연변이를 나타내고, NTD 항원 슈퍼사이트(supersite)는 청록색으로 표시된다. 도 32d는 항체 12-16과 SD1(왼쪽 패널) 및 NTD(오른쪽 패널)에 대한 인터페이스 잔기 및 상호작용을 나타낸다. 수소 결합은 노란색 점선으로 표시된다. 도 32e는 항체 2-19와 SD1(왼쪽 패널) 및 NTD(오른쪽 패널)에 대한 인터페이스 잔기 및 상호작용을 나타낸다. 수소 결합은 노란색 점선으로 표시된다. 도 32f는 스파이크 표면의 수용체 결합 모티프[receptor-binding motif, RBM], NTD 슈퍼사이트, 12-16 및 12-19 에피토프에 대한 발자국 및 잔기 엔트로피를 나타낸다. 도 32g는 RBM, NTD 슈퍼사이트, 12-16 및 12-19 에피토프 간의 잔기 엔트로피 비교를 나타낸다. 잔기는 점으로 표시되며, 4개 잔기 집단의 기하평균과 95% 신뢰구간[CI]은 각각 파란색, 청록색, 녹색, 보라색으로 나타난다. 콜모고로프-스미르노프(Kolmogorov-Smirnov) 검정을 사용하여 서로 다른 집단 간의 P 값을 계산하였다. 이중 별표 기호는 P<0.0001을 나타낸다.
도 33a 내지 g는 SARS-CoV-2에 대한 NTD 특이적 조작된 중화 mAb의 기전을 나타낸다. 도 33a는 hACE2 및 하나의 수용체 결합 도메인[RBD]의 업 스파이크와 복합체를 이루는 10종의 선택된 항체를 나타낸다. 도 33b는 Expi293 세포 표면에 발현된 SARS-CoV-2 스파이크 삼량체에 결합하기 위해 선택된 항체와 ACE2의 경쟁을 나타낸다. 도 33c는 지정된 항체에 의해 SARS-CoV-2 비리온의 S 삼량체에서 가용성 ACE2에 의해 유도된 S1 배출이 차단되는 것을 나타낸다. 도 33d는 (C)의 S1 및 S2 당단백질 밴드의 강도가 측정되었으며 S1/S2 비율이 표시되어 있음을 나타낸다. 도 33e는 Expi293 세포 표면에 발현된 SARS-CoV-2 스파이크 삼량체에 결합하기 위해 선택된 항체와 CB6의 경쟁을 나타낸다. 도 33f는 표시된 항체에 의해 SARS-CoV-2 비리온의 S 삼량체에서 S1의 가용성 CB6 유도 배출이 차단되는 것을 나타낸다. 나타낸 데이터는 세 가지 독립적인 실험 중 하나의 대표적인 데이터이다. 도 33g는 (F)의 S1 및 S2 당단백질 밴드의 강도가 측정되었으며 S1/S2 비율이 표시되어 있음을 나타낸다.
도 34a 내지 e는 조작된 단일클론항체 12-16, 12-19 및 NTD의 구조 기반 중화 기전을 나타낸다. 도 34a는 RBD 업 및 다운 기본단위체[protomer]의 중첩을 나타낸다. 도 34b는 a에 표시된 RBD 업 및 다운 기본단위체의 잔기당 Ca 거리를 나타낸다. 점선은 각 도메인의 경계를 나타낸다. 도 34c는 12-16 및 12-19 차단 RBD 위쪽의 구조적 설명을 나타낸다. 오른쪽 패널은 12-16 및 12-19의 SD1RDB 위쪽에서 발생한 충돌의 세부사항을 나타내며, 녹색 및 청록색 구는 각각 RBD 아래쪽 및 RBD 위쪽 기본단위체의 N331 글라이칸을 나타낸다. 도 34d는 F(ab’)2 형태와 비교하여 단일클론항체 12-16, 12-19 및 4-18의 중화 활성을 나타낸다. 도 34e는 중화 항체(12-16, 12-19 및 NTD 항원 부위 항체)와 결합된 스파이크 단백질의 구조 모델을 나타낸다.
도 35a 내지 b는 SARS-CoV-2 변이에 대한 조작된 mAb 12-16 및 12-19의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 35a는 SARS-CoV-2 스파이크를 갖는 VSV 위형에 대한 항체의 중화 곡선을 나타낸다. 도 35b는 진정 D614G 및 B.1.1.529 바이러스에 대한 항체의 중화 곡선을 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 표시된다.
도 36a 내지 d는 조작된 단일클론항체 12-16 및 12-19의 유전적 분석을 나타낸다. 도 36a는 항체 12-16 및 12-19에 대한 생식세포계열 유전자 지정을 나타낸다. 도 36b는 항체 12-16에 대한 유전자 특이적 치환 프로파일[GSSP]을 나타내며, 점은 생식세포계열 유전자와 비교하여 항체 서열의 보존된 잔기를 나타내고, CDR은 직사각형으로 강조되었다. 도 36c는 항체 12-19에 대한 유전자 특이적 치환 프로파일[GSSP]을 나타내며, 점은 생식세포계열 유전자와 비교하여 항체 서열의 보존된 잔기를 나타내고, CDR은 직사각형으로 강조되었다. 도 36d는 12-16 및 12-19에 대한 CDRH3 VDJ 접합부 분석을 나타낸다. 생식세포계열 뉴클레오타이드 및 아미노산 잔기는 검정색으로 표시되며 해당 접합은 연한 파란색으로 표시된다. 체세포 과돌연변이는 붉은색으로 표시된다. 엑소뉴클레이즈 트리밍에 의해 결실된 뉴클레오타이드는 취소선으로 표시된다. 파란색 뉴클레오타이드는 접합부에서 N 및 P 뉴클레오타이드의 부가를 보여준다.
도 37a 내지 g는 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 삼량체와 복합체를 이루는 조작된 mAb 12-16에 대한 Cryo-EM 데이터 처리를 나타낸다. 도 37a는 얼음에서 스파이크 입자 분포를 나타내는 대표적인 현미경 사진을 나타낸다. 도 37b는 대표적인 현미경 사진 전력 스펙트럼(왼쪽) 및 대비 전달 함수[CTF] 적합성(오른쪽)을 나타낸다. 도 37c는 초기 스파이크 입자 세트를 나타내는 선택된 2D 클래스 평균을 나타낸다. 도 37d는 전체 분해능을 보여주는 전체 정제 푸리에 쉘 상관관계[FSC] 곡선을 나타낸다. 도 37e는 측쇄 적합성을 보여주는 항체 CDRH3 루프에 대해 그물눈으로 표시된 맵 밀도를 나타낸다. 도 37f는 전체 정제 재구성에 매핑된 국소 분해능을 나타낸다. 도 37g는 상단과 하단에서 나타난 항체 12-16 인터페이스의 국소 분해능을 나타낸다.
도 38a 내지 g는 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 삼량체와 복합체를 이루는 항체 12-19에 대한 Cryo-EM 데이터 처리를 나타낸다. 도 38a는 얼음에서 스파이크 입자 분포를 나타내는 대표적인 현미경 사진을 나타낸다. 도 38b는 대표적인 현미경 사진 전력 스펙트럼(왼쪽) 및 대비 전달 함수[CTF] 적합성(오른쪽)을 나타낸다. 도 38c는 초기 스파이크 입자 세트를 나타내는 선택된 2D 클래스 평균을 나타낸다. 도 38d는 전체 분해능을 보여주는 전체 정제 푸리에 쉘 상관관계[FSC] 곡선을 나타낸다. 도 38e는 측쇄 적합성을 보여주는 항체 CDRH3 루프에 대해 그물눈으로 표시된 맵 밀도를 나타낸다. 도 38f는 전체 정제 재구성에 매핑된 국소 분해능을 나타낸다. 도 38g는 상단과 하단에서 나타난 항체 12-19 인터페이스의 국소 분해능을 나타낸다.
도 39a 내지 b는 항체 12-16 및 12-19와 복합체를 이루는 오미크론 BA.2 및 P.1 변이의 돌연변이 위치를 나타낸다. 도 39a는 NTD 및 SD1과 복합체를 이루는 항체 12-16 및 12-19를 나타낸다. 붉은색 구는 오미크론 BA.2 변이의 돌연변이를 나타내고, NTD 항원 슈퍼사이트는 청록색으로 표시된다. 도 39b는 NTD 및 SD1과 복합체를 이루는 항체 12-16 및 12-19를 나타낸다. 붉은색 구는 P.1 변이의 돌연변이를 보여준다.
도 40a 내지 c는 항체 중화 기전에 대한 구조적 증거를 나타낸다. 도 40a는 RBD 업 및 다운 기본단위체의 중첩을 나타낸다. 표면에는 RBD 다운 기본단위체가 나타나고 리본(ribbon)에는 RBD 업 기본단위체가 나타난다(PDB: 7krr). 도 40b는 NTD 슈퍼사이트 항체의 Fc 또는 Fab가 이량체 hACE2와 충돌함을 보여주는 구조 모델을 나타낸다. 전체 IgG 구조는 결정 IgG 구조(PDB:1IHZH)의 중쇄를 슈퍼사이트 항체(PDB: 7L2F)와 중첩하여 만든다. 도 40c는 항체 12-16 및 12-19와 NTD 항체 5-7 및 SD1 항체 S3H3의 비교를 나타낸다.
도 41a 내지 c는 선택된 IgG 및 F(ab')2에 의한 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 단백질로 위형화된 VSV의 중화를 나타낸다. 도 41a는 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 단백질이 포함된 VSV 위형에 대해 선택된 IgG 및 F(ab')2의 중화 곡선을 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 도 41b는 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 단백질에 대한 mAb 50% 억제 농도(IC₅₀)를 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 도 41c는 정제된 IgG(왼쪽 패널) 및 F(ab')2(오른쪽 패널)의 순도 측정에 대한 SDS-PAGE 결과를 나타낸다.
도 42a 내지 c는 가용성 ACE2 또는 CB6이 SARS-CoV-2 D614G S 당단백질로 위형화된 VSV 입자에서 S1의 제거를 유도했음을 나타낸다. 도 42a는 가용성 ACE2 인큐베이션을 나타낸다. 도 42b는 CB6 인큐베이션을 나타낸다. 도 42c는 (A)와 (B)의 S1 및 S2 당단백질 밴드의 강도를 측정한 것이고, sACE2 또는 CB6의 각 농도에 대한 S1/S2 비율을 나타낸다.
도 43a 내지 b는 선택된 항체의 결합 동역학 및 친화도를 나타낸다. 도 43a는 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 단백질에 대한 항체의 결합이 표면 플라스몬 공명[SPR]에 의해 측정되었음을 나타낸다. 도 43b는 SPR 동역학 및 친화도 측정의 요약을 나타낸다.
도 44는 CryoEM 데이터 수집 및 모델 개선을 나타낸다.
도 45a 내지 b는 본원에 개시된 서열 정렬 단일클론항체를 나타낸다. 도 45a는 본원에 개시된 항체의 경쇄 가변부위의 다중 서열 정렬을 나타낸다. 도 45b는 본원에 개시된 항체의 중쇄 가변부위의 다중 서열 정렬을 나타낸다.
도 46a 내지 b는 단일클론항체의 상보성 결정부위[CDR]의 확인을 나타낸다. 도 46a는 경쇄 가변 도메인에서 CDR의 서열 정렬을 나타낸다. 도 46b는 중쇄 가변 도메인에서 CDR의 서열 정렬을 나타낸다.
도 47은 항체 중쇄에서 CDR의 아미노산 서열을 나타낸다.
도 48은 항체 경쇄에서 CDR의 아미노산 서열을 나타낸다.

항체는 적어도 두 개의 중쇄와 두 개의 경쇄의 아미노산 서열을 포함하는 이종다량체 당단백질이다. IgM 항체와는 달리, 온전한 단일클론항체는 일반적으로 두 개의 동일한 경쇄(L)와 두 개의 동일한 중쇄(H)로 구성된 이종사량체 당단백질이다. 일반적으로 각 경쇄는 이황화 결합에 의해 중쇄에 연결된다. 각각의 중쇄와 경쇄에는 또한 쇄 내 이황화물 다리가 있다. 각 중쇄는 쇄의 한쪽 끝의 가변 도메인(VH)과 그 뒤를 잇는 다수의 불변 부위를 갖는다. 각 경쇄는 또한 쇄의 한쪽 끝의 가변 도메인(VL) 및 다른 쪽 끝의 불변 부위를 갖는다. 대부분 척추동물 종의 항체 경쇄는 카파(kappa)와 람다(lamda)라고 부르는 두 가지 유형 중 하나로 분류될 수 있다. 이러한 지정은 불변 부위의 아미노산 서열에 기반한다. 항체의 가변 도메인은 바이러스의 표면 단백질과 같은 특정 항원에 대한 항체에 결합 특이성을 부여한다. 가변 도메인의 특정 영역은 아미노산 서열의 고유한 가변성(초가변성)을 나타내며 항체의 상보성 결정부위[complementarity determining region, CDR]라고 불린다. 가변 부위 중 더 보존된 부분을 프레임워크 영역[framework region, FR]이라고 부른다. 항체의 온전한 중쇄 및 경쇄 가변 도메인은 각각 세 개의 CDR에 의해 연결된 네 개의 FR을 포함한다. 각 쇄의 CDR은 다른 쇄의 CDR과 함께 FR 영역에 의해 서로 밀접하게 결합되어 항체의 항원 결합 부위 형성에 기여한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 주제는 SARS-CoV-2 및 그 변종뿐만 아니라 관련 코로나바이러스에 대해 강력하고 광범위하게 중화하는 단일클론항체[monoclonal antibody, mAb]의 단리, 특성 분석 및 서열 분석에 관한 것이다. 일부 구현예에서, mAB는 환자 혈액 샘플에서 단리된다. 일부 구현예에서, mAB는 환자 혈청 샘플에서 단리된다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 (WA1) 바이러스로 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 E484K 돌연변이가 있는 SARS-CoV-2 변이에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 D614G 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.351 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.526 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.617.1 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.1.1 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.1.7 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 P.1 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.429 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.617.2 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.526-E484K 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 V23P12 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 COVID-19 백신 접종을 통해 SARS-CoV-2에 감염된 상태이다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 주제는 SARS-CoV-2 및 그 변종뿐만 아니라 관련 코로나바이러스에 대해 강력하고 광범위하게 중화하는 단일클론항체의 조작에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 말초혈액단핵세포[peripheral blood mononuclear cell, PBMC]는 COVID-19 환자로부터 단리된다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 (WA1) 바이러스로 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 E484K 돌연변이가 있는 SARS-CoV-2 변이에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 D614G 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.351 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.526 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.617.1 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.1.1 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.1.7 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 P.1 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.429 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.617.2 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 B.1.526-E484K 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV-2 V23P12 변이 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 SARS-CoV 바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 환자는 COVID-19 백신 접종을 통해 SARS-CoV-2에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 단리된 PBMC는 FACS 분석을 사용하여 분류된다. 일부 구현예에서, 단리된 PBMC는 당업계에 공지된 임의의 적합한 방법을 사용하여 분류된다. 일부 구현예에서, PBMC는 SARS-CoV-2 스파이크 (S) 단백질 특이적 기억 B 세포의 존재 여부에 따라 분류된다. 일부 구현예에서, 한 쌍의 항체 서열은 S-삼량체 특이적 기억 B 세포로부터 획득된다. 일부 구현예에서, 서열은 단일 세포 RNA 시퀀싱을 사용하여 획득된다. 일부 구현예에서, 항체 서열은 당업계에 공지된 임의의 적합한 방법을 사용하여 획득된다. 일부 구현예에서, mAb는 획득된 항체 서열로부터 시험관 내에서 조작된다. 일부 구현예에서, 조작된 mAb는 환자의 혈액 샘플에서 단리된 mAb의 면역글로불린 가변 부위를 발현한다. 일부 구현예에서, mAB는 서열이 변형되거나 최적화된 후 획득된 항체 서열로부터 시험관 내에서 조작된다. 일부 구현예에서, 조작된 항체는 당업계에 공지된 임의의 적합한 발현 또는 벡터 시스템을 사용하여 생성된다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 주제는 SAR-CoV-2, 그 변이 또는 관련 코로나바이러스에 특이적인 조작된 mAb의 특성 분석에 관한 것이다. 일부 구현예에서, mAb의 결합 프로파일은 SAR-CoV-2, 그 변이 또는 관련 코로나바이러스의 스파이크 단백질에 결합하는 것을 특징으로 한다. 일부 구현예에서, mAb의 중화 프로파일은 SAR-CoV-2, 그 변이 또는 관련 코로나바이러스의 중화를 특징으로 한다. 특성 분석 이후, 본원에 기술된 mAb는 본래의 SARS-CoV-2 바이러스, 다수의 우려 변이[variant of concern, VOC] 및 관심 변이[variant of interest, VOI]에 대해 탁월한 역가와 폭을 나타낸다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 항체는 SARS-CoV-1 및 기타 SARS유사 코로나바이러스에 대해 유의한 역가와 폭을 나타낸다.

일부 구현예에서, 본원에 기술된 주제는 SARS-CoV-2, 그 변이 또는 관련 코로나바이러스에 감염된 환자의 치료를 위한, 본원에 개시된 조작된 중화 mAb의 사용 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 주제는 향후 SARS유사 코로나바이러스 감염을 치료하기 위해 본원에 설명된 조작된 mAb를 사용하는 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAb는 코로나바이러스에 감염된 환자의 바이러스 양을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 항체는 코로나바이러스에 감염된 환자의 질병 중증도를 개선한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAb는 코로나바이러스에 감염된 환자의 임상 결과를 개선한다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 (WA1) 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 E484K 돌연변이를 갖는 SARS-CoV-2 변이이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 D614G 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.351 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.526 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.1 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.1 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.7 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 P.1 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.429 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.2 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.526-E484K 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 V23P12 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-유사 코로나바이러스이다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 주제는 인간이 코로나바이러스에 감염되는 것을 방지하기 위한 예방책으로 본원에 기술된 조작된 mAb를 사용하는 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 인간은 코로나바이러스에 감염될 위험이 높다. 일부 구현예에서, 인간은 코로나바이러스에 감염될 위험이 낮다. 일부 구현예에서, 인간은 일반적인 집단의 구성원이다. 일부 구현예에서, 인간은 의료인이다. 일부 구현예에서, 인간은 최초 반응자이다. 일부 구현예에서, 인간은 코로나바이러스 감염에 대해 이전에 백신 접종을 받은 적이 있다. 일부 구현예에서, 인간은 코로나바이러스 감염에 대해 백신 접종을 받은 적이 없다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 주제는 SARS-CoV-2, 그 변이 또는 관련 SARS 유사 코로나바이러스로 인한 향후 발병을 예방하기 위한 예방책으로서 본원에 기술된 조작된 mAb를 사용하는 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 (WA1) 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 E484K 돌연변이를 갖는 SARS-CoV-2 변이이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 D614G 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.351 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.526 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.1 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.1 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.7 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 P.1 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.429 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.2 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.526-E484K 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 V23P12 변이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS유사 코로나바이러스이다.

일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAb는 SARS-CoV-2, 그 변이 및 기타 SARS 유사 코로나바이러스에 대해 뛰어난 중화 역가와 폭을 나타낸다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAb는 향후 코로나바이러스 발병을 예방하고 치료하기 위한 범코로나바이러스 치료제이다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAb는 단회 치료 과정으로 대상에게 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAb는 하나 이상의 항바이러스 요법과 병행하여 대상에게 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAb는 둘 이상의 mAb의 칵테일로 대상에게 투여된다. 일부 구현예에서, 칵테일은 본원에 기술된 하나 이상의 조작된 항체 및 코로나바이러스에 대해 특이적인, 당업계에 공지된 하나 이상의 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAb는 당업계에 공지된 임의의 다른 적합한 의약과 병용하여 대상에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 대상은 인간이다. 일부 구현예에서, 대상은 인간 환자이다. 일부 구현예에서, 대상은 SARS-CoV-2 바이러스, SARS-CoV-2 변이 바이러스, 또는 SARS-관련 코로나바이러스에 감염된 상태이다. 일부 구현예에서, 대상은 SARS-CoV-2 바이러스, SARS-CoV-2 변이 바이러스, 또는 SARS-관련 코로나바이러스에 감염된 것으로 의심된다. 일부 구현예에서, 대상은 SARS-CoV-2 바이러스, SARS-CoV-2 변이 바이러스, 또는 SARS-관련 코로나바이러스에 감염되었을 위험이 있다. 일부 구현예에서, 대상은 SARS-CoV-2 바이러스, SARS-CoV-2 변이 바이러스, 또는 SARS-관련 코로나바이러스에 감염되었을 위험이 크다.

일부 구현예에서, 본원에 기술된 주제는 후술한 바와 같이 회복기 혈청에서 항체를 확인하는 것에 관한 것이다.

1. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스, SARS-CoV-2 변이 또는 관련 코로나바이러스에 감염된 (백신을 접종 받았거나 접종 받지 않은) 환자의 혈청 샘플을 단리하고, 이러한 혈청 샘플에 포함된 잠재적 항체가 SARS-CoV-2, 우려 변이 및/또는 관련 코로나바이러스를 중화하는 능력을 평가한다.

2. 일부 구현예에서, S 삼량체 특이적 기억 B 세포를 단리하기 위해 상기 1번에서 가장 강한 활성을 보인 환자로부터 말초혈액단핵세포[PMBC]를 단리한다. 일부 구현예에서, S 삼량체는 SARS-CoV-2 B.1.351 S 삼량체이다. 일부 구현예에서, 높은 처리량 시퀀싱을 통해 이러한 단일 B 세포로부터 항체 서열을 복구한다.

3. 일부 구현예에서, 이러한 mAb 서열을 암호화하는 단일 B 세포의 유전자를 합성하여 하나 이상의 발현 벡터에 클로닝한다. 일부 구현예에서, 이러한 조작된 mAb는 시험관 내에서 발현되고 후속 분석 및 특성 분석를 위해 정제한다.

4. 일부 구현예에서, 조작된 정제된 mAb는 SARS-CoV-2, 그 변종 및 관련 코로나바이러스를 (위형 바이러스 검정 및 살아있는 바이러스 검정 둘 다를 통해) 중화하는 능력에 대해 테스트한다.

5. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 항체는 SARS-CoV-2, 다수의 우려 변이[VOC] 및 관심 변이[VOI], 관련 코로나바이러스에 대해 우수한 항바이러스 활성을 갖는 분석에서 최고의 효과를 나타냈다.

일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAB의 높은 역가는 원하는 임상 효과를 달성하기 위해 더 적은 양이 대상에게 투여되는 것을 허용한다. 이는 더 낮은 복용량을 통해 잠재적인 부작용을 감소시키거나, 투약 빈도를 낮추거나, 항체 생산 비용을 낮출 수 있다. 이는 또한 질환으로부터 회복이 더 빠르고, 조작된 mAb의 효능이 전반적으로 더 크다는 것을 의미할 수 있다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 주제는 다수의 에피토프를 표적화하는, 본원에 기술된 mAB에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAb 중 둘 이상의 병용 칵테일은 훨씬 더 큰 효능을 제공하고 바이러스 저항 가능성을 낮춘다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 주제는 COVID-19 노출 진단을 위한, 본원에 기술된 조작된 mAb의 사용과 실험실 연구 및 개발 활동에서의 활용에 관한 것이다.

특정 양태에서, 본원에 기술된 주제는 바이러스의 적어도 일부에 선택적으로 결합하고 중화하는 조작된 단일클론항체 또는 이의 기능적 단편을 제공하되, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 7과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 또는 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체는 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 7과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 또는 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 바이러스는 코로나바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV, MERS-CoV, 229E, NL63, OC43, BM-4831, BtKY72, Rf1, RmYN02, Rs4081, Yunnan2011, ZC45, As6526, Rs4237, Rs4081, 및 HKU1으로 이루어진 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 바이러스이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 야생형 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 SARS-CoV-2 D614G 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 WA1 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.1.7 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.351 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 P.1 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.526 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.429 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.617.1 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.1.1 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.617.2 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.526-E484K 계통이다. 일부 구현예에서, SARS-CoV-2 바이러스는 V236P12 계통이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 MERS-CoV 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 NL63 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 GD-천산갑 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 GX-천산갑 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 RaTG13 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 WIV1 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 SHC014 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 LYRa11 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 Rs7327 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 Rs4231 바이러스이다. 일부 구현예에서, 코로나바이러스는 Rs4084 바이러스이다.

일부 구현예에서, 조성물은 둘 이상의 조작된 단일클론항체의 칵테일을 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 항바이러스제를 더 포함한다.

특정 양태에서, 본원에 기술된 주제는 조작된 단일클론항체를 생산하는 방법을 제공하되, 방법은 다음을 포함한다: a) 바이러스에 감염된 대상에서 생물학적 샘플을 단리하는 단계, b) 생물학적 샘플이 바이러스에 대해 중화활성을 가지는지 여부를 결정하는 단계, c) 생물학적 샘플이 b 단계에서 중화 활성을 갖는 대상에서 말초혈액단핵세포[PMBC]를 단리하는 단계, d) c)의 PMBC에서 코로나바이러스 S 단백질 삼량체 특이적 기억 단일 B 세포를 단리하는 단계, e) 코로나바이러스 S 단백질 삼량체에 선택적인 하나 이상의 단일클론항체를 B 세포에서 복구하는 단계, f) 단일 B 세포에서 복구된 하나 이상의 단일클론항체를 암호화하는 서열을 결정하는 단계, g) 하나 이상의 단일클론항체를 암호화하는 서열을 하나 이상의 발현 벡터내로 클로닝하는 단계, h) 하나 이상의 조작된 단일클론항체를 시험관 내에서 발현시키는 단계, 및 i) 하나 이상의 조작된 단일클론항체를 정제하는 단계.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 동일한 아미노산 서열을 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 단편은 아미노산 서열을 포함하되, 해당 서열은 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 7과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 15와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 16과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 서열번호 17과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하고, 또는 서열번호 18과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일하다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.

항체 서열

밑줄 및 기울임 표시된 아미노산은 각각 상보성 결정부위[CDR]를 나타낸다.

숙주 세포상에서 수용체 안지오텐신 전환 효소 2[ACE2]와 결합하는 코로나바이러스 스파이크(S) 단백질의 수용체 결합 도메인[receptor binding domain, RBD]과 결합하는 항체.

서열번호 1은 10-16번 항체 중쇄의 가변부위이다. QMQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKAS GFTFISSA MQWVRQARGQRLEWIGW IVVGSGNT NYAQKFQERVSITRDMSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYC AAPYCNSTNCYDAFNI WGQGTMVTVSS

서열번호 2는 10-16번 항체 경쇄의 가변부위이다. EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRAS QSVSSSY LAWYQQKPGQAPRLLIY GAS SRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYC QQYGRSPWT FGQGTKVDIK

서열번호 3은 10-40번 항체 중쇄의 가변부위이다. QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVS GGSISSSNFY WGWIRQPPGKGLEWIAS ITYSGRT FYNPSLKSRVAISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYC ARTFPSYYDRSGYHYLNYGMDV WGQGTTVTVSS

서열번호 4는 10-40번 항체 경쇄의 가변부위이다. NFMLTQPHSMSESPGKTVTISCTRS SGSIASNY VQWYQQRPGSSPTTVIY EDN QRPSGVPDRFSGSIDSSSNSASLTISGLKTEDEADYYC QSYDSSSWV FGGGTKLTVL

서열번호 5는 11-11번 항체 중쇄의 가변부위이다. QVQLQESGPGLVKPSQTLSLTCTVS GGSISSGGYY WSWIRQHPGKGLEWIGY IYYSGST YYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKVSSVTAADTAVYYC ASSNYYDGSGYNLLESYGMDV WGQGTSVTVSS

서열번호 6는 11-11번 항체 경쇄의 가변부위이다. QSVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGS SSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLIY GNS NRPSGVPDRFSGSRSGTSASLAITGLQAEDEADYYC QSYDSSLSGSWV FGGGTKVTVL

서열번호 7은 12-6번 항체 중쇄의 가변부위이다. QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKAS GGTFSNYA ISWVRQAPGQGLEWMGG FIRIFDTA IYAQKFQGRVTITADESTSTAYMDLSSLRSEDTAVYYC ARSPYYYDKSGYYYFDH WGQGTLVTVSS

서열번호 8은 12-6번 항체 경쇄의 가변부위이다. DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRAS QNISSY LNWYQQKPGKAPNLLIY AAS SLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC QQSYSPQWT FGQGTKVEIK

서열번호 9는 12-27번 항체 중쇄의 가변부위이다. EVQLVQSGAEVKKPGESLKMSCKGS GYNFTFYW IGWVRQMPGKGLEWMGS IYPGDSE TRYSPSFQGQVTISAATSISTAYLQWSSLKASDAAMYYC TARLSGVQTALEYFDF WGQGTLVTVSS

서열번호 10은 12-27번 항체 경쇄의 가변부위이다. DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQAS QDITNH LNWYQLRPGKAPKLLIY DAS NLDAGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPEDIATYYC QQYDNLLLT FGGGTKVEIK

서열번호 13은 10-28번 항체 중쇄의 가변부위이다. QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAAS GFTFSSYD MHWVRQAPGKGLEWVAV ISYDGSSK FYAESVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEETAVYYC VKDGEQLVPLFDY WGQGTLVTVSS

서열번호 14는 10-28번 항체 경쇄의 가변부위이다. DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRAS QSISSY LNWYQQKPGKAPKLLIY AAS SLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC QQSYSTPGVT FGPGTKVDIK

S 단백질의 N-말단 도메인[NTD]에 결합하는 항체

서열번호 11은 13-2번 항체 중쇄의 가변부위이다. QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAAS GFIFSDFG MHWVRQAPGKGLEWVAV ISYDGSN KYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYC KARDYYDISGFYHPPNFDY WGQGTLVTVSS

서열번호 12는 13-2번 항체 경쇄의 가변부위이다. SYELTQPPSVSVSPGQTARIPCSGH TLPKQY AYWYQQKPGQAPVLVIY KDS ERPSGIPERFSGSSSGTTVTLTISGVQAEDEANYYC QSADSSGTYWV FGGGTKLTVL

일부 구현예에서, 본원에 기술된 주제는 조작된 mAB에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 조작된 mAb는 SARS-CoV-2 바이러스에 감염된 인간 환자에서 단리된 mAb 2-16 또는 12-19의 면역글로불린 가변부위를 발현한다.

서열번호 15는 12-16번 항체 중쇄의 가변부위이다. QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAAS GFTFSNYG MHWVRQAPGKGLEWVAI ISFDGSNR YYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMDSLRAEDTAVYYC AKDLSFYYDISTGYYPQSYNSGTDV WGQGTTVTVSS

서열번호 16은 12-16번 항체 경쇄의 가변부위이다. SYELTQPPSVSVSPGQTASITCSGD KLGDKY ACWYQQKPGQSPVLVIY QDN KRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISGTQAMDEADYYC QGWDRSTGYYV FGTGTKVTVL

서열번호 17은 12-19번 항체 중쇄의 가변부위이다. QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCEAS GFTFNTYD MHWARQAPGKGLEWVAV IWYDGSNK FYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYC ARDRTPVYDILTGYYWPPPRVDGMDV WGQGTTVTVSS

서열번호 18은 12-19번 항체 경쇄의 가변부위이다. DNVMTQTPFSLSVTPGQPASISCKSS QSLLHSDGKTY LYWYLQKPGQSPQLLIY EVS NRFSGVPERFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYC MQSIQLPFT FGQGTKLEIK

항체 요법

일부 구현예에서, 항체 요법은 사전 결정된 항원을 인식하고 특이적으로 결합하는 단일클론항체를 활용한다. 일부 구현예에서, 대상에게 항체를 투여하면 대상의 면역 체계가 바이러스와 같은 항원을 인식하고 공격하도록 자극된다. 일부 구현예에서, 대상에게 치료용 항체를 투여하는 경로는 정맥내(IV) 주입을 통한다. 일부 구현예에서, 대상에게 치료용 항체를 투여하는 경로는 피하주사를 통한다. 일부 구현예에서, 대상에게 치료용 항체를 투여하는 경로는 근육주사를 통한다. 일부 구현예에서, 치료용 항체 또는 이의 칵테일의 투여는 세 가지 투여 경로 모두의 조합을 통해 이루어질 수 있다. 일부 구현예에서, 치료용 항체의 경구 투여 경로 또한 가능하다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 아미노산 서열은 당업계에 공지된 임의의 유용한 방법으로 대상에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAB 또는 이의 칵테일은 매일 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAB는 일일 2회, 3회, 4회, 5회, 또는 수 회 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAB는 총 1, 2, 3, 4, 5, 6일 또는 1주 또는 2주 동안 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAB는 2주보다 긴 기간 동안 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 mAB는 치료적으로 유효한 작용제[agent] 또는 당업계에 공지된 작용제의 조합과 병용하여 투여된다.

실시예

본 발명의 보다 완전한 이해를 돕기 위해 실시예가 하기에 제공된다. 다음의 실시예는 본 발명을 제조하고 실시하는 예시적인 방식를 설명한다. 그러나, 본 발명의 범위는 단지 예시의 목적인 이들 실시예에 개시된 특정 구현예로 제한되지 않는데, 이는 유사한 결과를 얻기 위해 대안적인 방법이 활용될 수 있기 때문이다.

실시예 1

도 1a 내지 c는 SARS-CoV-2 S 삼량체 특이적 항체 단리를 나타낸다. SARS-CoV-2 또는 이의 변이에 감염된, 백신을 접종했거나 접종하지 않은 환자의 생물학적 샘플을 단리한다. 일 구현예에서, 생물학적 샘플은 혈장이다. 이후 샘플에 포함된 잠재적 항체가 SARS-CoV-2 및 다수의 우려 변이를 중화하는 능력에 대해 샘플을 평가한다. 말초혈액단핵세포[PMBC]는 S 삼량체 특이적 기억 B 세포를 분리하기 위해 가장 강한 활성을 나타낸 환자로부터 단리된다. 항체를 암호화하는 서열은 이들 단일 B 세포로부터 복구된다. 일부 구현예에서, 복구는 높은 처리량 시퀀싱을 사용하여 수행할 수 있다. 이러한 mAb 서열을 암호화하는 단일 B 세포의 유전자를 조작하여 발현 벡터에 클로닝한다. mAb는 후속 분석 및 특성 분석을 위해 시험관 내에서 발현시키고 정제한다. 일부 구현예에서, 서열은 변형되거나 최적화된다. 그 후, 조작되고 시험관 내에서 생산 및 정제된 mAb에 대해, SARS-CoV-2, 그 변이(위형 바이러스 분석 및 살아있는 바이러스 분석을 통해) 및 관련 코로나바이러스를 중화하는 능력을 테스트한다. 이 방법론을 사용하여 조작된 단일클론항체는 SARS-CoV-2, 다수의 VOC 및 VOI, 그리고 관련 코로나바이러스에 대해 우수한 항바이러스 활성을 갖는 최고의 효과를 갖는 것으로 확인되었다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 단일클론항체는 기타 SARS 유사 코로나바이러스에 대해 강력한 항바이러스 활성과 역가를 갖는 것으로 확인되었다. 도 1a는 SARS-CoV-2 S 삼량체 특이적 항체 단리 전략의 예시적인 표현을 나타낸다. 도 1b는 환자와 건강한 공여자에서 세포 분류를 나타낸다. 도 1c는 SARS-CoV-2 바이러스의 S 삼량체를 사용한 SSC-A 유세포 분석을 나타낸다.

도 2a 내지 l은 야생형 코로나바이러스 및 우려 변이 PV에 대해 하향 선택된 조작된 단일클론항체의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2a 내지 f에서, 이전에 보고된 6종의 서로 다른 단일클론항체 또는 항체 조합을 검정에서 대조군으로 사용하였다. 도 2g 내지 l에서, 6종의 하향 선택된 조작된 단일클론항체를 형질감염된 상청액에서 정제하였고, D614G 돌연변이를 보유하는 SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 계통, 기타 8종의 우려 변이인 B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.526, B.1.429, B.1.617.1, B.1.617.2, 및 B.1.1.1, 그리고 SARS-CoV에 대한 중화 활성을 추가로 특성 분석하였다. 10ng/ml 내지 0.64ng/ml의 조작된 단일클론항체의 5배 연속 희석액을 코로나바이러스 스파이크 단백질이 포함된 유사바이러스와 함께 사전 배양하고 Vero E6 세포에 첨가하였다. 도 2a는 mAB REGN10933 및 REGN10987을 나타낸다. 도 2b는 mAb 2-7을 나타낸다. 도 2c는 mAb 2-36을 나타낸다. 도 2d는 mAB LY-COV555 및 CB6을 나타낸다. 도 2e는 mAb Brii-196 및 Brii-198을 나타낸다. 도 2f는 mAB COV2-2196 및 COV2-2130을 나타낸다. 도 2g는 조작된 단일클론항체 10-16의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2h는 조작된 단일클론항체 10-40의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2i는 조작된 단일클론항체 11-11의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2j는 조작된 단일클론항체 12-6의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2k는 조작된 단일클론항체 12-27의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 2l은 조작된 단일클론항체 13-2의 중화 프로파일을 나타낸다.

도 3은 하향 선택된 조작된 단일클론항체를 갖는 SARS-CoV-2 및 SARS-CoV 유사바이러스 중화의 IC₅₀(mg/ml)값을 나타낸다. 6종의 하향 선택된 항체 중 4종의 항체인 10-16, 11-11, 10-40, 및 12-27은 1ng/ml 내지 284ng/ml 범위의 IC₅₀ 값으로 다수의 SARS-CoV-2 스파이크 단백질 우려 변이에 대해 광범위하고 강력한 중화 활성을 나타냈다. 조작된 단일클론항체 12-6은 또한 B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.429, B.1.526, B.1.617.1, 및 B.1.1.1를 포함한 7종의 변이에 대해 1ng/ml 내지 5ng/ml 범위의 IC₅₀ 값으로 강력한 중화 활성을 나타냈다. 조작된 단일클론항체 13-2는 B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.526, B.1.617.1, 및 B.1.1.1을 포함하는 6종의 변이에 대해 5ng/ml 내지 539ng/ml 범위의 IC₅₀ 값으로 항바이러스 효능을 나타냈다. 특히, 2종의 조작된 단일클론항체인 10-40과 11-11은 SARS-CoV에 대해 각각 19ng/ml 내지 25ng/ml의 IC₅₀ 값으로 놀라운 교차 반응성을 나타낸다.

도 4a 내지 j는 진정 SARS-CoV-2 및 이의 변이인 6종의 중화를 나타낸다. 도 4a 내지 c에서, 3종의 서로 다른 단일클론항체를 검정에서 대조군으로 사용하였다. 도 4d 내지 l에서, 하향 선택된 조작된 단일클론항체를 형질감염 상청액에서 정제하였으며 USA-WA1/2020 계통 및 현재 5종의 우려 변이인 B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.526, 및 B.1.617.1, 그리고 V236P12(mAb 2-36 저항성 바이러스)에 대한 중화 활성을 더 특성 분석하였다. 10μg/ml 내지 0.64ng/ml의 조작된 단일클론항체의 5배 연속 희석액을 진정 코로나바이러스와 함께 사전 배양하고 Vero E6 세포에 첨가하였다. 도 4a는 mAb 2-7을 이용한 중화를 나타낸다. 도 4b는 mAb S309를 이용한 중화를 나타낸다. 도 4c는 mAb 2-36을 이용한 중화를 나타낸다. 도 4d는 조작된 mAb 10-16을 이용한 중화를 나타낸다. 도 4e는 조작된 mAb 10-40을 이용한 중화를 나타낸다. 도 4f는 조작된 mAb 11-11을 이용한 중화를 나타낸다. 도 4g는 조작된 mAb 12-27을 이용한 중화를 나타낸다. 도 4h는 조작된 mAb 12-6을 이용한 중화를 나타낸다. 도 4i는 조작된 mAb 13-2를 이용한 중화를 나타낸다. 도 4j는 여러 단일클론항체의 IC₅₀ 값 및 역가를 나타낸다. 6종의 하향 선택된 항체 중에서, 5종의 조작된 항체인 10-16, 11-11, 10-40, 12-6, 및 12-27은 5종의 우려 변이인 B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.526, B.1.167.1에 대하여, 1ng/ml 내지 550ng/ml 범위의 IC₅₀ 값으로 광범위하고 강력한 중화 활성을 나타냈다. 조작된 mAb 13-2는 P.1, B.1.526, 및 B.1.617.1을 포함한 3종의 변이에 대해, 5ng/ml 내지 38ng/ml 범위의 IC₅₀ 값으로 항바이러스 효능을 나타냈다. 특히 조작된 mAb 10-40은 15ng/ml의 IC₅₀ 값으로 V236P12(2-36 저항성 바이러스)를 억제한다.

도 5a 내지 h는 인간 ACE2 수용체를 활용하여 숙주 세포를 침범하는 SARS 유사 코로나바이러스에 대한 조작된 단일클론항체 10-28, 10-40 및 11-11의 폭과 역가를 다른 단일클론항체와 비교하여 나타낸다. 도 5a 내지 d에서, 이전에 보고된 4종의 서로 다른 단일클론항체를 검정에서 대조군으로 사용하였다. 도 5e 내지 g에서, 3종의 하향 선택된 조작된 단일클론항체인, 10-28, 10-40 및 11-11을 형질감염 상청액에서 정제하고 Wuhan-Hu-1 계통, B.1.351 변이, SARS-CoV 및 인간 ACE2-활용 사베코바이러스를 포함한 다양한 위형 바이러스에 대한 중화 활성을 추가로 특성 분석하였다. 10ng/ml 내지 0.64ng/ml로 조작된 단일클론항체의 5배 연속 희석액을 위형 바이러스와 함께 사전 배양하고 293T-hACE2 세포에 첨가하였다. 도 5a는 단일클론항체 2-36을 나타낸다. 도 5b는 단일클론항체 S309를 나타낸다. 도 5c는 단일클론항체 COVA1-16을 나타낸다. 도 5d는 단일클론항체 CR3022를 나타낸다. 도 5e는 조작된 단일클론항체 10-28을 나타낸다. 도 5f는 조작된 단일클론항체 10-40을 나타낸다. 도 5g는 조작된 단일클론항체 11-11을 나타낸다. 도 5h는 여러 조작된 단일클론항체의 역가를 나타낸다. 조작된 단일클론항체 10-28은 인간 ACE2를 활용하는 사베코바이러스, GD-천산갑, GX-천산갑, RaTG13, WIV1, SHC014, Rs7327, 및 Rs4084에 대해 16ng/ml 내지 521ng/ml 범위의 IC₅₀값으로 광범위하고 강력한 중화 활성을 나타냈다. 조작된 단일클론항체 10-11은 인간 ACE2를 활용하는, 테스트된 사베코바이러스 모두, GD-천산갑, GX-천산갑, RaTG13, WIV1, SHC014, LYRa11, Rs7327, Rs4231, 및 Rs4084에 대해 2ng/ml 내지 30ng/ml 범위의 IC₅₀값 및 27 ng/ml 내지 855 ng/ml 범위의 IC₉₀값으로 광범위하고 강력한 중화 활성을 나타냈다.

조작된 단일클론항체 11-11은 인간 ACE2를 활용하는 테스트된 사베코바이러스 모두, GD-천산갑, GX-천산갑, RaTG13, WIV1, SHC014, LYRa11, Rs7327, Rs4231, 및 Rs4084에 대해 3ng/ml 내지 396ng/ml 범위의 IC₅₀값으로 광범위하고 강력한 중화 활성을 나타냈다.

실시예 2 - 사베코바이러스를 광범위하게 중화하는 항체의 확인 및 비교 분석

일부 구현예에서, 본원에 개시된 주제는 사베코바이러스에 대해 광범위한 중화 활성을 갖는 3종의 조작된 단일클론항체인 10-28, 10-40 및 11-11에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 주제는 조작된 mAb 10-28, 10-40 및 11-11의 단리 및 특성 분석에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 주제는 3종의 조작된 단일클론항체인 10-28, 10-40 및 11-11과 기타 RBD 지향 광범위 중화 항체의 포괄적인 비교에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 조작된 단일클론항체 10-40은 본원에서 테스트된 모든 사베코바이러스를 중화하거나 이에 결합한다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 주제는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 RBD에서 일반적으로 우수하게 보존된 에피토프를 강조하는 구조 분석에 관한 것이고, 이는 광범위하게 중화하도록 조작된 항체에 의해 특이적으로 인식된다. 일부 구현예에서, 조작된 항체 10-40 및 기타 광범위 항체는 CDRH3 영역의 특정 모티프와 함께 공통 파라토프를 공유한다. 일부 구현예에서, 조작된 항체 10-40은 감염 마우스 모델에서 SARS-CoV-2에 대한 보호를 나타낸다.

본원에 기술된 주제의 일부 구현예에서, SARS-CoV-2에 감염되고 이후, 백신 접종을 받거나 E484K 돌연변이가 있는 SARS-CoV-2 변이에 감염된 환자의 혈액 샘플에서 항체를 단리하였다. 이들 샘플에서 항체 서열이 얻어지면, 본원에 개시된 단일클론항체를 시험관 내에서 조작하고 이어지는 특성 분석 실험에 사용하였다. 본원에서 확인된 상위 mAb는 본래의 SARS-CoV-2, 다수의 우려 변이[VOC] 및 관심 변이[VOI], 그리고 관련 코로나바이러스에 대해 탁월한 역가와 폭을 나타낸다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 조작된 항체는 SARS-CoV-1 및 기타 사베코바이러스에 대해 유의한 역가와 폭을 입증한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 조작된 중화 mAb는 SARS-CoV-2, 그 변이뿐만 아니라 향후 SARS-유사 코로나바이러스 감염에 감염된 환자의 치료에 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 조작된 단일클론항체는 환자의 코로나바이러스 바이러스 부하 및/또는 질병 중증도를 감소시킨다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 조작된 항체는 궁극적으로 환자의 임상 결과를 개선한다. 본원에 기술된 조작된 mAb는 고위험성인 개인이 SARS-CoV-2 변이에 감염되는 것을 막기 위한 예방책으로도 사용할 수 있다. 이러한 mAb는 일반 대중이 SARS-CoV-2 변이 또는 코로나바이러스와 같은 SARS로 인한 향후 발병에 대비하기 위한 예방법으로 잠재적으로 사용할 수도 있다.

도 6a 내지 c는 사베코바이러스를 광범위하게 중화하는 사베코바이러스 3종의 조작된 단일클론항체인 10-28, 10-40 및 11-11의 확인을 나타낸다. 도 6a는 SARS-CoV-2 D614G, B.1.351, SARS-CoV의 스파이크 삼량체뿐만 아니라, D614G의 RBD과의 결합에 대해 항체를 ELISA를 통해 테스트하였음을 나타낸다. 데이터는 두 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 표시된다. 도 6b는 조작된 항체인 10-28, 10-40, 및 11-11에 의한 SARS-CoV-2 D614G, B.1.351 및 SARS-CoV 스파이크 삼량체에 대한 ACE2 결합 억제를 나타낸다. 시험은 ELISA로 수행하였다. 데이터는 두 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 표시된다. 도 8c는 RBD 지향 광범위 중화 항체의 경쟁 ELISA에 의한 에피토프 매핑을 나타낸다. 비오티닐화된(biotinylated) 단일클론항체의 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 삼량체와의 결합 차단에 대해 선택 항체를 테스트하였다.

도 7a 내지 e는 조작된 단일클론항체 10-40, 10-28 및 11-11의 폭과 역가를 나타낸다. 도 7a는 SARS-CoV-2 D614G 및 변이 스파이크를 갖는 VSV 위형에 대해 선택된 단일클론항체의 중화 역가(IC₅₀)를 나타낸다. 도 7b는 세포변성 효과 감소 분석에서 진정 SARS-CoV-2 및 SARS-CoV 계통에 대해 선택된 단일클론항체의 중화 역가(IC₅₀)를 나타낸다. 도 7c는 사베코바이러스 스파이크를 갖는 VSV 위형에 대해 선택된 단일클론항체의 중화 역가(IC₅₀)를 나타낸다. 도 7d는 다양한 사베코바이러스 계통군을 대표하는 정제된 RBD 단백질 및 SARS-CoV-2 변이에 대해 선택된 단일클론항체의 결합 역가(EC₅₀)를 ELISA로 측정한 것을 나타낸다. 도 7e는 세포 표면에 발현된 코로나바이러스 스파이크 단백질에 대한 항체 결합을 나타낸다. GX-천산갑, RaTG13, 및 GD-천산갑은 SARS-CoV-2 관련 바이러스이고, 나머지는 비인간 ACE2 의존성 바이러스이다.

도 8a 내지 f는 단리된 항체의 구조적 및 생물정보학적 분석을 나타낸다. 도 8a는 B.1.351 스파이크 단백질에 결합한 단일클론항체 10-40, 10-28 및 11-11 Fabs에 대한 Cryo-EM 재구성 및 인식 발자국[recognition footprint]을 나타낸다. 스파이크는 연한 회색으로 나타내고, 수용체 결합 도메인[RBD]은, 글　라이칸은 보라색으로 나타내며, 막은 아래쪽을 향한다. 10-40 Fab는 붉은색, 10-28 Fab는 노란색, 및 11-11 Fab는 짙은 녹색으로 나타낸다. Fab 중쇄는 더 짙게 표시되고, 경쇄는 더 옅게 표시된다. RBD의 내부 표면에 있는 각 항체의 발자국은 각 스파이크 옆에 보여진다. 도 8b는 USA-WA1/2020 SARS-CoV-2 RBD에 결합한 10-40 Fab의 결정형 구조를 나타낸다. 도 8c는 SARS-CoV-2 RBD상의 10-28, 10-40, DH1047, COVA-1-16 및 S2X259 에피토프 발자국의 발자국 비교를 나타낸다. RBD는 52종의 사베코바이러스에 걸쳐 각 잔기의 서열 보존에 따라 색칠된다. 도 8d는 각 복합체의 RBD를 중첩하여 생성된 10-40, COVA1-16 및 2-36 CDRH3의 비교를 나타낸다. 3종 항체의 CDRH3은 매우 유사한 방식으로 RBD에 결합한다. 도 8e는 항체 10-40, 2-36, C022, 및 COVA1-16의 중쇄 서열 정렬을 나타내며, CDRH3은 IGHD3-22*01 유전자의 생식세포계열 서열과 정렬된다. 파라토프 잔기는 밑줄로 표시되며, RBD와 수소결합을 형성하는 잔기는 붉은색으로 표시된다. 도 8f는 건강한 공여자 중 항체 레퍼토리에서 D 유전자의 사용을 빈도 순으로 나타낸다.

도 9a 내지 e는 조작된 항체 10-40에 의한 SARSCoV-2의 마우스 적응형 계통에 대한 예방적 보호를 나타낸다. 도 9a는 MA10 바이러스의 돌연변이가 10-40의 에피토프와 중복되지 않음을 나타낸다. 10-40의 결합 에피토프는 보라색으로 표시되고 ACE2 결합 에피토프는 파란색으로 표시된다. 도 9b는 Vero E6 세포에서 항체 10-40에 의한 SARS-CoV-2(MA10)의 마우스 적응형 계통의 중화를 나타낸다. 도 9c는 SARS-CoV-2 MA10 공격을 받은 마우스를 대상으로 한 보호 시험의 실험 타임라인을 나타낸다. 도 9d는 각 집단에서의 신체 체중 변화를 나타낸다. 3일차에 나타난 개별 마우스의 체중 변화의 백분율 변화(N=8 마우스/집단) p 값으로 표시된 유의성을 결정하는 데 사용되는 윌콕슨(Wilcoxon) 일치 쌍을 사용한 양측 t 검정. 도 9e는 각 마우스의 폐 균질액을 5배 적정한 폐의 TCID50/gm을 나타낸다.

도 10a 내지 b는 항체 단리를 위해 선택된 회복기 혈청의 중화 프로파일(도 10a) 및 각 바이러스에 대한 ID50 역가의 요약(도 10b)을 나타낸다. SARS-CoV-2 변이 스파이크 또는 SARS-CoV 스파이크로 위형화된 VSV에 대한 중화 여부를 환자 두 명의 혈청을 통해 테스트한다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다.

도 11a 내지 l은 경쟁 ELISA에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 데이터는 두 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 도 11a는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 10-40 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11b는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 10-28 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11c는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 11-11 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11d는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 2-36 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11e는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 DH1047 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11f는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 S2X259 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11g는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 REGN10985 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11h는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 ADG-2 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11i는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 COVA1-16 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11j는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 CR3022 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11k는 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 S2H97 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다. 도 11l은 본원에 개시된 항체가 비오티닐화된 S309 항체와 경쟁하는 스파이크 삼량체에 대한 개별 결합 곡선을 나타낸다.

도 12a 내지 c는 조작된 단일클론항체 10-28, 10-40, 및 11-11 및 기타 보고된 광범위 항체의 결합 동역학 및 친화도를 나타낸다. 비변이 SARS-CoV-2(도 12a) 및 SARS-CoV(도 12b) 스파이크 단백질에 대한 항체의 결합은 표면 플라스몬 공명[surface plasmon resonance, SPR]으로 측정하였다. 스파이크 단백질 결합 센서를 6가지 상이한 농도의 항체와 함께 배양하였다. 하나의 대표적인 실험의 동역학 데이터를 1:1 결합 모델에 맞추었다. (도 12c)SPR 동역학 및 친화도 측정의 요약.

도 13a 내지 c는 조작된 단일클론항체 10-40, 10-28 및 11-11의 유전적 분석을 나타낸다. 도 13a는 본 시험의 광범위 중화 항체 3종인 10-28, 10-40 및 11-11에 대한 유전적 주석을 나타낸다. 도 13b는 생식세포계열 유전자와 항체 10-40의 서열 정렬, 그리고 IGHV4-39 및 IGLV6-57에 대한 유전자 특이적 치환 프로파일[gene specific substitution profile, GSSP]을 나타낸다. 점은 보존된 잔기를 나타낸다. 10-40 중쇄의 Y52T 치환은 붉은색으로 표시되어 희귀한 돌연변이를 나타낸다. 도 13C는 10-40-유사 재현성 항체 클래스의 특성을 나타낸다.

도 14a 내지 l은 SARS-CoV-2 변이에 대한 항체의 중화 프로파일을 나타낸다. SARS-CoV-2 스파이크를 갖는 VSV 위형에 대한 항체의 중화 곡선. 도 14a는 SARS-CoV-2 변이에 대한 조작된 mAb 10-40의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14b는 SARS-CoV-2 변이에 대한 조작된 mAb 10-28의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14c는 SARS-CoV-2 변이에 대한 조작된 mAb 11-11의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14d는 SARS-CoV-2 변이에 대한 mAb 2-36의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14e는 SARS-CoV-2 변이에 대한 DH1047의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14f는 SARS-CoV-2 변이에 대한 S2X259의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14g는 SARS-CoV-2 변이에 대한 REGN10985의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14h는 SARS-CoV-2 변이에 대한 ADG-2의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14i는 SARS-CoV-2 변이에 대한 COVA1-16의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14j는 SARS-CoV-2 변이에 대한 CR3022의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14k는 SARS-CoV-2 변이에 대한 S2H97의 중화 곡선을 나타낸다. 도 14l은 SARS-CoV-2 변이에 대한 S309의 중화 곡선을 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다.

도 15a 내지 m은 실제 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체의 중화 프로파일을 나타낸다. 세포변성 효과 감소 검정에서 실제 SARS-CoV-2 계통에 대한 항체의 중화 곡선. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SEM로 나타낸다. 도 15a는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 조작된 mAb 10-40의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15b는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 조작된 mAb 10-28의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15c는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 조작된 mAb 11-11의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15d는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 mAb 2-36의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15e는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 DH1047의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15f는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 S2X259의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15g는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 REGN10985의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15h는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 ADG-2의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15i는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 CAVA1-16의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15j는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 CR3022의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15k는 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 S2H97의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15l은 진정 SARS-CoV-2 변이 바이러스에 대한 항체 S309의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 15m은 진정 SARS-CoV에 대한 항체 10-40, 117/40, DH1047, REGN10985, ADG2, S2X259 및 2-36의 중화 프로파일을 나타낸다.

도 16a 내지 l은 사베코바이러스에 대한 항체의 중화 프로파일을 나타낸다. 사베코바이러스 스파이크 단백질을 갖는 VSV 위형에 대한 항체의 중화 곡선. 도 16a는 사베코바이러스에 대한 조작된 mAb 10-40의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16b는 사베코바이러스에 대한 조작된 mAb 10-28의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16c는 사베코바이러스에 대한 조작된 mAb 11-11의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16d는 베코바이러스에 대한 항체 2-36의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16e는 사베코바이러스에 대한 항체 DH1047의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16f는 사베코바이러스에 대한 항체 S2X259의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16g는 사베코바이러스에 대한 항체 REGN10985의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16h는 사베코바이러스에 대한 항체 ADG-2의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16i는 사베코바이러스에 대한 항체 COVA1-16의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16j는 사베코바이러스에 대한 항체 CR3022의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16k는 사베코바이러스에 대한 항체 S2H97의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 16l은 사베코바이러스에 대한 항체 S309의 중화 프로파일을 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다.

도 17a 내지 n은 RBD 기반 ELISA로 검사한 교차 반응성 항체의 폭을 나타낸다. 도 17a는 RBD 단백질 서열에 기반한 코로나바이러스의 계통수를 나타낸다. 계통발생학적으로 구별되는 4종의 사베코바이러스 집단이 서로 다른 색상으로 표시된다. 도 17b 내지 n은 ELISA로 테스트한 RBD 단백질 패널에 대한, 본원에 개시된 선택된 항체의 결합을 나타낸다. 도 17b는 BM-4831 RBD에 결합하는 항체를 나타낸다. 도 17c는 BtKY72 RBD에 결합하는 항체를 나타낸다. 도 17d는 SHC014 RBD에 결합하는 항체를 나타낸다. 도 17e는 WIV1 RBD에 결합하는 항체를 나타낸다. 도 17f는 SARS-CoV RBD에 결합하는 항체를 나타낸다. 도 17g는 GX-천산갑 RBD에 대한 항체 결합을 나타낸다. 도 17h는 RaTG13 RBD에 결합하는 항체를 나타낸다. 도 17i는 SARS-CoV-2 RBD에 결합하는 항체를 나타낸다. 도 17j는 B.1.351 RBD에 결합하는 항체를 나타낸다. 도 17k는 Rf1 RBD에 결합하는 항체를 나타낸다. 도 17l은 RmYN02 RBD에 결합하는 항체를 나타낸다. 도 17m은 Rs4081 RBD에 결합하는 항체를 나타낸다. 도 17n은 Yunnan2011 RBD에 결합하는 항체를 나타낸다.

도 18a 내지 b는 조작된 단일클론항체 10-40이 코로나바이러스 스파이크 발현 세포에 결합하는 것을 나타낸다. 도 18a는 코로나바이러스 스파이크 단백질을 발현하기 위해 일시적으로 감염된 Expi293 세포에서 10-40 양성 세포의 정량화를 위한 구역화 전략을 나타낸다. 도 18b는 Expi293 세포 표면에 발현된 스파이크 삼량체에 대한 조작된 단일클론항체 10-40의 결합 프로파일을 나타낸다.

도 19는 스파이크 발현 세포에 결합된 항체의 평균 형광 강도[mean fluorescent intensity, MFI]를 나타낸다. 나타낸 데이터는 세 가지 독립적인 실험 중 하나의 대표적인 데이터이다.

도 20a 내지 e는 SARS-CoV-2 B.1.351 스파이크 삼량체와 복합체를 이루는 조작된 단일클론항체 10-40에 대한 Cryo-EM 데이터 처리를 나타낸다. 도 20a는 대표적인 현미경 사진, 전력 스펙트럼 및 대비 전달 함수[CTF] 적합성을 나타낸다. 도 20b는 스파이크 입자를 나타내는 대표적인 2D 클래스 평균을 나타낸다. 도 20c는 전체 컨센서스 정제 푸리에 쉘 상관관계[FSC] 곡선(상부 패널) 및 입자 투영 시야각 분포(하부 패널)를 나타낸다. 도 20d는 전체 정제를 위해 표면 밀도에 매핑된 국소 분해능 추정을 나타낸다. 도 20e는 외부(왼쪽)와 내부(오른쪽)에서 본 극저온-EM 맵에 도킹된 10-40 Fab 강체에 대한 결정 구조 모델을 나타낸다.

도 21a 내지 e는 SARS-CoV-2 B.1.351 스파이크 삼량체와 복합체를 이루는 조작된 단일클론항체 10-28에 대한 Cryo-EM 데이터 처리를 나타낸다. 도 21a는 대표적인 현미경 사진, 전력 스펙트럼 및 대비 전달 함수[CTF] 적합성을 나타낸다. 도 21b는 스파이크 입자를 나타내는 대표적인 2D 클래스 평균을 나타낸다. 도 21c는 전체 컨센서스 정제 푸리에 쉘 상관관계[FSC] 곡선(상부 패널) 및 입자 투영 시야각 분포(하부 패널)를 나타낸다. 도 21d는 전체 정제를 위해 표면 밀도에 매핑된 국소 분해능 추정을 나타낸다. 도 21e는 외부(왼쪽)와 내부(오른쪽)에서 본 극저온-EM 맵에 도킹된 10-28 Fab 강체에 대한 결정 구조 모델을 나타낸다.

도 22a 내지 e는 SARS-CoV-2 B.1.351 스파이크 삼량체와 복합체를 이루는 조작된 단일클론항체 11-11에 대한 Cryo-EM 데이터 처리를 나타낸다. 도 22a는 대표적인 현미경 사진, 전력 스펙트럼 및 대비 전달 함수[CTF] 적합성을 나타낸다. 도 22b는 스파이크 입자를 나타내는 대표적인 2D 클래스 평균을 나타낸다. 도 22c는 전체 컨센서스 정제[global consensus refinement] 푸리에 쉘 상관관계[FSC] 곡선(상부 패널) 및 입자 투영 시야각 분포(하부 패널)를 나타낸다. 도 22d는 전체 정제를 위해 표면 밀도에 매핑된 국소 분해능 추정을 나타낸다. 도 22e는 외부(왼쪽)와 내부(오른쪽)에서 본 극저온-EM 맵에 도킹된 10-40 Fab 강체에 대한 상동성 모델을 나타낸다.

도 23a 내지 b는 결정형 구조를 나타낸다. 도 23a는 비변이 SARS-CoV-2 RBD와 복합된 조작된 단일클론항체 10-28의 결정 구조를 나타낸다. RBD는 녹색으로 표시되며, 중쇄와 경쇄는 어둡고 옅은 노란색이다. 도 23b는 CDRL3에 의한 RBD 인식(상부 패널) 및 CDRH3에 의한 인식(하부 패널)과의 10-28 상호작용의 확대된 보기를 보여주며, (A)와 같이 색칠된다.

도 24a 내지 d는 조작된 단일클론항체 10-40, 11-11 및 10-28 및 공개된 항체 간의 발자국 비교를 나타낸다. 도 24a는 항체 10-40, COVA1-16 및 2-36이 유사한 접근 각도로 RBD 내면의 안쪽을 인식한다는 것을 나타낸다. 도 24b는 항체 11-11, S2X259, 및 DH1047이 유사한 접근 각도로 RBD 내면의 안쪽을 인식한다는 것을 나타낸다. 도 24c는 항체 10-28 및 CR3022가 RBD 내면의 중앙 아래쪽에 결합한다는 것을 나타낸다. ADG-2는 RBD 내면의 위쪽에 결합한다. ADG-2에는 원자 좌표를 사용할 수 없으므로, (ADG-2 인용)에 기술된 바와 같이, 6APC에 기반한 상동성 모델을 EMD-23160 맵에 도킹하여 모델링한다. 도 24d는 패널 B의 항체와 유사하게 광범위하게 중화되는 나노바디가 외부에서 RBD의 내면도 인식함을 나타낸다.

도 25a 내지 c는 조작된 단일클론항체 10-40이 RBD 내의 보존된 영역을 인식한다는 것을 나타낸다. 도 25a는 10-40의 에피토프 내 사베코바이러스의 서열 정렬을 나타낸다. 도 25b는 사베코바이러스에서 항체 10-40 에피토프의 서열 보존을 나타낸다. 도 26c는 최근 확인된 5종의 관련 바이러스와 비교하여 항체 10-40에 대한 에피토프 잔기(붉은색)를 나타낸다. 파란색은 인간 ACE2 의존성 바이러스를 나타내고 노란색은 ACE2 비의존성 바이러스를 나타낸다.

도 26은 10-40 유사 재현성 항체 클래스의 특징을 나타낸다.

도 27은 Cryo-EM 데이터 수집 및 처리를 나타낸다.

도 28은 X선 회절 데이터 수집 및 정제 통계를 나타낸다.

실시예 3 - SARS-CoV-2 및 그 변이에 대한 단일클론항체를 조작하기 위한 시스템 및 방법

본원에 기술된 조작된 단일클론항체 12-16 및 12-19는 SARS-CoV-2 우려 변이 및 관심 변이에 대해 광범위한 중화 능력을 나타낸다. 조작된 단일클론항체 12-16 및 12-19는 또한 오미크론 변이에 대해 중화 활성을 나타낸다. 이러한 조작된 항체는 SAR-CoV-2 감염 환자의 혈청에서 단리하였다. 본원에 기술된 구조 분석에서는 12-16 및 12-19 조작된 단일클론항체가 모두 신규하고 보존된 4차 에피토프에서 SARS-CoV-2 스파이크 단백질을 인식한다는 사실이 강조되었다. 이 에피토프는 스파이크 단백질의 SD1 도메인과 NTD 도메인 사이의 접합에 존재한다. 조작된 단일클론항체 12-16 및 12-19는 스파이크 단백질의 RBD/SD1과 NTD 사이에 위치하여 스파이크 단백질의 RBD가 ‘업(up)’ 위치에 도달하는 것을 방지하는 '쐐기[wedge]'를 형성한다. 본원에 기술된 바와 같이, 이러한 NTD 표적화 항체에 의한 SARS-CoV-2 중화 기전은 세 가지이다.

야생형[WT] SARS-CoV-2 바이러스 및 SARS-CoV-2 우려 변이 유사바이러스[VOC PV]에 대한 하향 선택된 단일클론항체(mAb)의 중화 프로파일은 도 29a 내지 o에서 나타난다. 도 29a는 mAb REGN10933 및 REGN10987을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29b는 mAb 2-7을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29c는 mAb 2-36을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29d는 mAB LY-COV555 및 CB6을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29e는 mAB Brii-196 및 Brii-198을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29f는 mAB COV2-2196 및 COV2-2130을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29g는 조작된 mAb 10-16을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29h는 조작된 mAb 10-28을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29i는 조작된 mAb 10-40을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29j는 조작된 mAb 11-11을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29k는 조작된 mAb 12-6을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29l은 조작된 mAb 12-16을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29m은 조작된 mAb 12-19을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29n는 조작된 mAb 12-27을 사용한 중화를 나타낸다. 도 29o는 조작된 mAb 13-2을 사용한 중화를 나타낸다. 단일클론 중화 항체 12-16 및 12-19는 야생형 SARS-CoV-2 바이러스 및 B.1.1.7, B.1.351, B.1.526, B.1.429, B.1.617.1v1, B.1.617.2, 및 B.1.1.1를 포함한 그 변이에 대해 광범위한 활성을 나타낸다.

도 30은 하향 선택된 조작된 단일클론항체를 사용한 SARS-CoV-2 바이러스 및 SARS-CoV 유사바이러스 중화의 IC₅₀ 값을 나타낸다. 조작된 단일클론항체 12-16 및 12-19는 SARS-CoV-2 D614G, B.1.1.7, B.1.351, B.1.526, B.1.429, B.1.617.1, B.1.617.2, 및 C.37에 대해 0.01μg/mL 내지 0.1μg/mL 범위의 IC₅₀을 나타낸다.

중화 항체 12-16 및 12-19의 시험관 내 및 생체 내 역가 및 폭은 도 31a 내지 e에 나타난다. 도 31a는 항체 단리를 위해 선택된 환자 12의 회복기 혈청의 중화 역가(ID₅₀)를 나타낸다. SARS-CoV-2 변이의 스파이크 단백질을 갖는 VSV 위형 또는 SARS-CoV 스파이크 단백질을 중화한다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 도 31b는 SARS-CoV-2의 스파이크 단백질 또는 실제 바이러스를 갖는 VSV 위형에 대해 선택된 조작된 mAb 12-16 및 12-19의 중화 역가(IC₅₀)를 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 도 31c는 SARS-CoV-2 D614G 및 B.1.351 바이러스의 스파이크 단백질 삼량체에 대한 결합에 대해 조작된 항체 12-16 및 12-19를 ELISA로 테스트하였음을 나타낸다. 데이터는 두 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 항체에 대한 결합은 둘 다 관찰되지 않았다. 항체 S309는 스파이크(S) 당단백질의 수용체 결합 도메인[RBD]과 결합하여 SARS-CoV-2 및 SARS-CoV 유사바이러스뿐만 아니라 진정 SARS-CoV-2 바이러스를 강력하게 중화하는 양성 대조 항체이다. 도 31d는 세포 표면에 발현된 SARS-CoV-2 D614G(노란색) 및 B.1.351(파란색) 스파이크 단백질에 결합하는 항체를 나타낸다. 나타낸 데이터는 세 가지 독립적인 실험 중 하나의 대표적인 데이터이다. 도 31e는 오미크론 변이에 감염된 햄스터에서 선택된 mAb의 예방 효능을 나타낸다. 세 집단의 햄스터(집단당 n=6)는 105 PFU의 오미크론 변이를 비강 내 접종하기 하루 전에 복강내 주사를 통해 지시된 mAb 치료제 10mg/kg을 투여받았다. 바이러스 부하[log10(RNA 카피/106　β-액틴 카피)] 및 바이러스 역가[log10(g당 PFU)]는 오미크론 바이러스를 접종한 햄스터의 기관, 폐에서 4d.p.i로 측정되었다. 오류 막대는 평균 +SD를 나타낸다. 각 기호는 각 집단의 평균을 나타내는 선으로, 개별 햄스터를 나타낸다. P 값은 일원 분산 분석[one-way ANOVA]에 이어 Tukey의 다중 비교 테스트에 의해 결정되었다. .**P　<　0.01; .***P　<　0.001; ****P　<　0.0001. 점선은 검출 분석 한계를 표시한다.

조작된 단일클론항체 12-16 및 12-19는 도 32a 내지 g에 나타낸 바와 같이 코로나바이러스 스파이크 단백질의 하위도메인 1[SD1]과 N-말단 도메인[NTD] 사이의 4차 및 보존된 에피토프를 표적으로 한다. 도 32a는 스파이크 단백질과 접촉된 조작된 단일클론항체 12-16의 CryoEM 구조를 나타낸다. 패널은 평면도, 측면도 및 12-16의 상보성 결정부위[CDR]의 위치를 나타낸다. 주황색과 녹색 표면은 각각 스파이크 단백질의 NTD 및 SD1 도메인에서 12-16의 발자국을 나타낸다. 도 32b는 스파이크 단백질과 접촉하는 조작된 단일클론항체 12-19의 CryoEM 구조를 나타낸다. 패널은 평면도, 측면도 및 12-19의 CDR 위치를 나타낸다. 주황색과 녹색 표면은 각각 NTD와 SD1에서 12-19의 발자국을 나타낸다. 도 32c는 스파이크 단백질의 NTD 및 SD1과 복합체를 이루는 항체 12-16 및 12-19를 나타낸다. 붉은색 구는 스파이크 단백질의 오미크론 변이의 돌연변이를 나타내며, NTD 항원 슈퍼사이트는 청록색으로 표시된다. 도 32d는 항체 12-16과 SD1(왼쪽 패널) 및 NTD(오른쪽 패널)에 대한 인터페이스 잔기 및 상호작용을 나타낸다. 수소 결합은 노란색 점선으로 표시된다. 도 32e는 항체 2-19와 SD1(왼쪽 패널) 및 NTD(오른쪽 패널)에 대한 인터페이스 잔기 및 상호작용을 나타낸다. 수소 결합은 노란색 점선으로 표시된다. 도 32f는 스파이크 표면의 수용체 결합 모티프[receptor-binding motif, RBM], NTD 슈퍼사이트, 12-16 및 12-19 에피토프에 대한 발자국 및 잔류 엔트로피를 나타낸다. 도 32g는 RBM, NTD 슈퍼사이트, 12-16 및 12-19 에피토프 간의 잔기 엔트로피 비교를 나타낸다. 잔기는 점으로 표시되며, 4개 잔기 집단의 기하평균과 95% 신뢰구간(CI)은 각각 파란색, 청록색, 녹색, 보라색으로 나타난다. 콜모고로프-스미르노프(Kolmogorov-Smirnov) 검정을 사용하여 서로 다른 집단 간의 P 값을 계산하였다. 이중 별표 기호는 P<0.0001을 나타낸다.

도 33a 내지 g는 SARS-CoV-2에 대한 NTD 특이적 중화 mAb의 기전을 나타낸다. 도 33a는 ‘업(up)’ 형태의 hACE2 및 1개의 수용체 결합 도메인[RBD] 스파이크 단백질과 복합체를 이루는 10종의 선택된 항체를 나타낸다. 항체 4-33을 제외하고 9종은 중화 항체이다. 도 33b는 Expi293 세포 표면에 발현된 SARS-CoV-2 스파이크 삼량체에 결합하기 위해 경쟁하는 ACE2와 선택된 항체의 경쟁을 나타낸다. 스파이크 삼량체에 대한 ACE2의 결합은 세포를 비오티닐화 이량체 ACE2 용액에서 배양한 후 스트렙타비딘-APC로 세포를 염색하고, 세포를 세척하고, 유세포 분석으로 형광 집단을 측정하여 정량화하였다. 항-RBD 2-15 및 REGN mAb을 양성 대조군으로 포함하였다. 항-S2 S2P6 항체를 음성 대조군으로 사용하였다. 나타낸 데이터는 세 가지 독립적인 실험 중 하나의 대표적인 데이터이다. 도 33c는 단일클론항체에 의한 SARS-CoV-2 비리온의 S 삼량체에서 S1의 가용성 ACE2 유발 배출이 차단되는 것을 나타낸다. 변이 SARS-CoV-2 스파이크 당단백질로 위형화된 VSV 입자를 다양한 용량의 선택된 항체로 37°C에서 30분 동안 전처리한 다음, 표시된 농도의 가용성 ACE2(sACE2)와 함께 37°C에서 30분 동안 배양하였다. 펠릿화된 VSV 입자를 S1, S2에 대한 항체를 사용한 웨스턴 블롯으로 분석하였다. 나타낸 데이터는 세 가지 독립적인 실험 중 하나의 대표적인 데이터이다. 조작된 단일클론항체 12-16 및 12-19는 0μg/mL 내지 0.08μg/mL의 농도 범위에서 S1 배출 차단을 나타낸다. 도 33d는 (C)의 S1 및 S2 당단백질 밴드의 강도가 측정되었으며 S1/S2 비율이 표시되어 있음을 나타낸다. 도 33e는 Expi293 세포 표면에 발현된 SARS-CoV-2 스파이크 삼량체에 결합하기 위해 선택된 항체와 항체 CB6의 경쟁을 나타낸다. 스파이크 삼량체에 대한 CB6의 결합은 세포를 비오티닐화된 이량체 CB6의 용액에서 배양한 후, 세포를 APC 항-인간 IgG Fc 항체로 염색하고, 세포를 세척하고, 유동 세포측정법으로 형광 집단을 측정함으로써 정량화하였다. CB6을 양성 대조군으로 포함하였다. 항-S2 S2P6을 음성 대조군으로 사용하였다. 나타낸 데이터는 세 가지 독립적인 실험 중 하나의 대표적인 데이터이다. 도 33f는 표시된 항체에 의해 SARS-CoV-2 비리온의 S 삼량체에서 S1의 가용성 CB6 유도 배출이 차단되는 것을 나타낸다. 변이 SARS-CoV-2 S 당단백질로 위형화된 VSV 입자를 다양한 용량의 선택된 항체로 37°C에서 30분 동안 전처리한 다음, 표시된 농도의 CB6와 함께 37°C에서 30분 동안 배양하였다. 펠릿화된 VSV 입자를 S1, S2에 대한 항체를 사용한 웨스턴 블롯으로 분석하였다. 나타낸 데이터는 세 가지 독립적인 실험 중 하나의 대표적인 데이터이다. 도 33g는 (F)의 S1 및 S2 당단백질 밴드의 강도가 측정되었으며 S1/S2 비율이 표시되어 있음을 나타낸다.

도 34a 내지 e는 조작된 단일클론항체 12-16, 12-19 및 NTD의 구조 기반 중화 기전을 나타낸다. 도 34a는 RBD 업 및 다운 기본단위체의 중첩을 나타낸다. 표면에는 RBD 다운 기본단위체가 표시되고 리본(ribbon)에는 RBD 업 기본단위체(PDB: 7krr)가 표시된다. 도 34b는 a에 표시된 RBD 업 및 다운 기본단위체의 잔기당 Ca 거리를 나타낸다. 점선은 각 도메인의 경계를 나타낸다. 도 34c는 RBD 업 기본단위체를 갖는 12-16 및 12-19 차단의 구조적 설명을 나타낸다. 오른쪽 패널은 12-16 및 12-19의 SD1RDB-업에서 발생한 충돌의 세부정보를 나타내며, 녹색 및 청록색 구체는 각각 RBD-다운 및 RBD-업 기본단위체의 N331 글라이칸을 나타낸다. 도 34d는 F(ab’)2 형태와 비교하여 단일클론항체 12-16, 12-19 및 4-18의 중화 활성을 나타낸다. 도 34e는 중화 항체(12-16, 12-19 및 NTD 항원 부위 항체)와 결합된 스파이크 단백질의 구조 모델을 나타낸다.

도 35a 내지 b는 SARS-CoV-2 변이에 대한 조작된 단일클론 12-16 및 12-19의 중화 프로파일을 나타낸다. 도 35a는 SARS-CoV-2 스파이크를 갖는 VSV 유사형에 대한 항체의 중화 곡선을 나타낸다. 도 35b는 진정 D614G 및 B.1.1.529 바이러스에 대한 항체의 중화 곡선을 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다.

도 36a 내지 d는 조작된 단일클론항체 12-16 및 12-19의 유전적 분석을 나타낸다. 도 36a는 항체 12-16 및 12-19에 대한 생식세포계열 유전자 지정을 나타낸다. 도 36b는 항체 12-16에 대한 유전자 특이적 치환 프로파일[GSSP]을 나타내며, 점은 생식세포계열 유전자와 비교하여 항체 서열의 보존된 잔기를 나타내고, CDR은 직사각형으로 강조되었다. 도 36c는 항체 12-19에 대한 유전자 특이적 치환 프로파일[GSSP]을 나타내며, 점은 생식세포계열 유전자와 비교하여 항체 서열의 보존된 잔기를 나타내고, CDR은 직사각형으로 강조되었다. 도 36d는 12-16 및 12-19에 대한 CDRH3 VDJ 접합 분석을 나타낸다. 생식세포계열 뉴클레오타이드 및 아미노산 잔기는 검정색으로 표시되며 해당 접합은 연한 파란색으로 표시된다. 체세포 과돌연변이는 붉은색으로 표시된다. 엑소뉴클레이즈 트리밍에 의해 결실된 뉴클레오타이드는 취소선으로 표시된다. 파란색 뉴클레오타이드는 접합부에서 N 및 P 뉴클레오타이드의 부가를 보여준다.

도 37a 내지 g는 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 삼량체와 복합체를 이루는 조작된 단일클론항체 12-16에 대한 Cryo-EM 데이터 처리를 나타낸다. 도 37a는 얼음에서 스파이크 입자 분포를 나타내는 대표적인 현미경 사진을 나타낸다. 도 37b는 대표적인 현미경 사진 전력 스펙트럼(왼쪽) 및 대비 전달 함수[CTF] 적합성(오른쪽)을 나타낸다. 도 37c는 스파이크 입자 세트를 나타내는 선택된 2D 클래스 평균을 나타낸다. 도 37d는 전체 분해능을 보여주는 전체 정제 푸리에 쉘 상관관계[FSC] 곡선을 나타낸다. 도 37e는 측쇄 적합성을 보여주는 항체 CDRH3 루프에 대해 그물눈으로 표시된 맵 밀도를 나타낸다. 도 37f는 전체 정제 재구성에 매핑된 국소 분해능을 나타낸다. 도 37g는 상단과 하단에서 나타난 항체 12-16 인터페이스의 국소 분해능을 나타낸다.

도 38a 내지 g는 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 삼량체와 복합체를 이루는 조작된 항체 12-19에 대한 Cryo-EM 데이터 처리를 나타낸다. 도 38a는 얼음에서 스파이크 입자 분포를 나타내는 대표적인 현미경 사진을 나타낸다. 도 38b는 현미경 사진 전력 스펙트럼(왼쪽) 및 대비 전달 함수[CTF] 적합성(오른쪽)을 나타낸다. 도 38c는 초기 스파이크 입자 세트를 나타내는 선택된 2D 클래스 평균을 나타낸다. 도 38d는 전체 분해능을 보여주는 전체 정제 푸리에 쉘 상관관계[FSC] 곡선을 나타낸다. 도 38e는 측쇄 적합성을 보여주는 항체 CDRH3 루프에 대해 그물눈으로 표시된 맵 밀도를 나타낸다. 도 38f는 전체 정제 재구성에 매핑된 국소 분해능을 나타낸다. 도 38g는 상단과 하단에서 나타난 항체 12-19 인터페이스의 국소 분해능을 나타낸다.

도 39a 내지 b는 조작된 단일클론항체 12-16 및 12-19와 복합체를 이루는 오미크론 BA.2 및 P.1 변이의 돌연변이 위치를 나타낸다. 도 39a는 스파이크 단백질의 NTD 및 SD1과 복합체를 이루는 항체 12-16 및 12-19를 나타낸다. 붉은색 구는 오미크론 BA.2 변이의 돌연변이를 나타내고, NTD 항원 슈퍼사이트는 청록색으로 표시된다. 도 39b는 스파이크 단백질의 NTD 및 SD1과 복합체를 이루는 항체 12-16 및 12-19를 나타낸다. 붉은색 구는 P.1 변이의 돌연변이를 나타낸다.

도 40a 내지 c는 항체 중화 기전에 대한 구조적 증거를 나타낸다. 도 40a는 RBD 업 및 다운 기본단위체의 중첩을 나타낸다. 표면에는 RBD 다운 기본단위체가 나타나고 리본(ribbon)에는 RBD 업 기본단위체가 나타난다(PDB: 7krr). 도 40b는 NTD 슈퍼사이트 항체의 Fc 또는 Fab가 이량체 hACE2와 충돌함을 보여주는 구조 모델을 나타낸다. 전체 IgG 구조는 결정 IgG 구조(PDB:1IHZH)의 중쇄를 슈퍼사이트 항체(PDB: 7L2F)와 중첩하여 만든다. 도 40c는 항체 12-16 및 12-19와 NTD 항체 5-7 및 SD1 항체 S3H3의 비교를 나타낸다.

도 41a 내지 c는 선택된 IgG(WT) 또는 F(ab')2 형식에 의한 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 단백질로 위형화된 VSV의 중화를 나타낸다. 도 41a는 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 단백질이 포함된 VSV 위형에 대해 선택된 IgG 및 F(ab')2 형식의 중화 곡선을 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 도 41b는 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 단백질에 대한 mAb 50% 억제 농도(IC₅₀)를 나타낸다. 데이터는 세 번의 기술적 복제의 평균 ± SD로 나타낸다. 도 41c는 정제된 IgG(왼쪽 패널) 및 F(ab')2(오른쪽 패널)의 순도 측정에 대한 SDS-PAGE 결과를 나타낸다.

도 42a 내지 c는 가용성 ACE2 또는 CB6이 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 당단백질로 위형화된 VSV 입자로부터 S1의 제거를 유도했음을 나타낸다. 도 42a 및 b는 변이 SARS-CoV-2　D614G S 당단백질로 위형화된 VSV 입자가 표시된 농도의 가용성 ACE2(sACE2) 또는 CB6와 함께 37°C에서 각각 1시간 30분 동안 배양되었음을 나타낸다. 펠릿화된 VSV 입자를 S1, S2에 대한 항체를 사용한 웨스턴 블롯으로 분석하였다. 도 42c는 (A)와 (B)의 S1 및 S2 당단백질 밴드의 강도를 측정한 것이고, sACE2 또는 CB6의 각 농도에 대한 S1/S2 비율을 나타낸다.

도 43a 내지 b는 선택된 항체의 결합 동역학 및 친화도를 나타낸다. 도 43a는 SARS-CoV-2 D614G 스파이크 단백질에 대한 항체의 결합이 표면 플라스몬 공명[SPR]에 의해 측정되었음을 나타낸다. 스파이크 단백질 결합 센서를 6가지 서로 다른 농도의 항체와 함께 배양하였다. 하나의 대표적 실험의 동역학 데이터를 1:1 결합 모델에 맞추었다. 도 43b는 SPR 동역학 및 친화도 측정의 요약을 나타낸다.

도 44는 CryoEM 데이터 수집 및 모델 개선을 나타낸다.

도 45a 내지 b는 본원에 개시된 서열 정렬 단일클론항체를 나타낸다. 도 45a는 본원에 개시된 항체의 경쇄 가변 도메인의 다중 서열 정렬을 나타낸다. 도 45b는 본원에 개시된 항체의 중쇄 가변 도메인의 다중 서열 정렬을 나타낸다.

도 46a 내지 b는 단일클론항체의 상보성 결정부위[CDR]의 확인을 나타낸다. 도 46a는 경쇄 가변 도메인에서 CDR의 서열 정렬을 나타낸다. 도 46b는 중쇄 가변 도메인에서 CDR의 서열 정렬을 나타낸다.

도 47은 중쇄 내 CDR의 아미노산 서열을 나타낸다.

도 48은 경쇄 내 CDR의 아미노산 서열을 나타낸다.

Claims

조작된 단일클론항체 또는 이의 기능적 단편으로서, 바이러스의 적어도 일부에 선택적으로 결합 및 중화하되, 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 7과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 또는 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는, 단일클론항체 및 이의 기능적 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 이의 기능적 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 이의 기능적 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 이의 기능적 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 이의 기능적 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 이의 기능적 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 이의 기능적 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 이의 기능적 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1의 상보성 결정부위[complementarity-determining region, CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제1항에 있어서, 상기 바이러스는 코로나바이러스인, 항체 또는 단편.
제23항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV, MERS-CoV, 229E, NL63, OC43, BM-4831, BtKY72, Rf1, RmYN02, Rs4081, Yunnan2011, ZC45, As6526, Rs4237, Rs4081, 및 HKU1으로 이루어진 코로나바이러스에서 선택되는, 항체 또는 단편.
제24항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 바이러스인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 야생형 계통인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 SARS-CoV-2 D614G 계통인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 WA1 계통인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.1.7 계통인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.351 계통인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 P.1 계통인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.526 계통인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.429 계통인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.617.1 계통인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.1.1 계통인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.617.2 계통인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.526-E484K 계통인, 항체 또는 단편.
제25항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 V236P12 계통인, 항체 또는 단편.
제24항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스인, 항체 또는 단편.
제24항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 MERS-CoV 바이러스인, 항체 또는 단편.
제24항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 NL63 바이러스인, 항체 또는 단편.
제23항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 GD-천산갑 바이러스인, 항체 또는 단편.
제23항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 GX-천산갑 바이러스인, 항체 또는 단편.
제23항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 RaTG13 바이러스인, 항체 또는 단편.
제23항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 WIV1 바이러스인, 항체 또는 단편.
제23항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SHC014 바이러스인, 항체 또는 단편.
제23항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 LYRa11 바이러스인, 항체 또는 단편.
제23항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 Rs7327 바이러스인, 항체 또는 단편.
제23항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 Rs4231 바이러스인, 항체 또는 단편.
제23항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 Rs4084 바이러스인, 항체.
바이러스 감염이 있는 대상을 치료하거나 대상에서 바이러스 감염이 발생하는 것을 예방하는 방법으로서, 조작된 단일클론항체 또는 이의 기능적 단편을 포함하는 치료 유효량의 조성물을 상기 대상에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
제51항에 있어서, 상기 항체는 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 7과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 또는 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제52항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제51항에 있어서, 상기 바이러스는 코로나바이러스인, 방법.
제74항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV, MERS-CoV, 229E, NL63, OC43, BM-4831, BtKY72, Rf1, RmYN02, Rs4081, Yunnan2011, ZC45, As6526, Rs4237, Rs4081, 및 HKU1으로 이루어지는 계통에서 선택되는, 방법.
제75항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 바이러스인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 야생형 계통인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 SARS-CoV-2 D614G 계통인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 WA1 계통인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.1.7 계통인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.351 계통인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 P.1 계통인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.526 계통인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.429 계통인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.617.1 계통인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.1.1 계통인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.617.2 계통인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.526-E484K 계통인, 방법.
제76항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 V236P12 계통인, 방법.
제75항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스인, 방법.
제75항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 MERS-CoV 바이러스인, 방법.
제75항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 NL63 바이러스인, 방법.
제74항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 GD-천산갑 바이러스인, 방법.
제74항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 GX-천산갑 바이러스인, 방법
제74항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 RaTG13 바이러스인, 방법.
제74항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 WIV1 바이러스인, 방법.
제74항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SHC014 바이러스인, 방법.
제74항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 LYRa11 바이러스인, 방법.
제74항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 Rs7327 바이러스인, 방법.
제74항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 Rs4231 바이러스인, 방법.
제74항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 Rs4084 바이러스인, 방법.
제51항에 있어서, 상기 조성물은 둘 이상의 조작된 단일클론항체의 칵테일을 포함하는, 방법.
제51항에 있어서, 상기 조성물은 항바이러스제를 더 포함하는, 방법.
조작된 항체를 생산하는 방법으로서,
a) 바이러스에 감염된 대상에서 생물학적 샘플을 단리하는 단계,
b) 상기 생물학적 샘플이 바이러스에 대해 중화활성을 가지는지 여부를 결정하는 단계,
c) 상기 생물학적 샘플이 b) 단계에서 중화 활성을 갖는 상기 대상에서 말초혈액단핵세포[PMBC]를 단리하는 단계,
d) c)의 상기 PMBC에서 코로나바이러스 S 단백질 삼량체 특이적 기억 단일 B 세포를 단리하는 단계,
e) 코로나바이러스 S 단백질 삼량체에 선택적인 하나 이상의 단일클론항체를 상기 B 세포에서 복구하는 단계,
f) 상기 단일 B 세포에서 복구된 상기 하나 이상의 단일클론항체를 암호화하는 서열을 결정하는 단계,
g) 상기 하나 이상의 단일클론항체를 암호화하는 서열을 하나 이상의 발현 벡터내로 클로닝하는 단계,
h) 하나 이상의 조작된 단일클론항체를 시험관 내에서 발현시키는 단계, 및
i) 상기 하나 이상의 조작된 단일클론항체를 정제하는 단계를 포함하는, 방법.
제104항에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장인, 방법.
제104항에 있어서, 상기 대상은 상기 바이러스에 대해 백신을 접종 받지 않은, 방법.
제104항에 있어서, 상기 대상은 상기 바이러스에 대해 백신을 접종 받은, 방법.
제104항에 있어서, f)의 결정 단계는 높은 처리량 시퀀싱을 포함하는, 방법.
제104항에 있어서, 상기 바이러스는 코로나바이러스인, 방법.
제109항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV, MERS-CoV, 229E, NL63, OC43, BM-4831, BtKY72, Rf1, RmYN02, Rs4081, Yunnan2011, ZC45, As6526, Rs4237, Rs4081, 및 HKU1으로 이루어지는 계통에서 선택되는, 방법.
제110항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 바이러스인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 야생형 계통인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 SARS-CoV-2 D614G 계통인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 WA1 계통인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.1.7 계통인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.351 계통인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 P.1 계통인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.526 계통인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.429 계통인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.617.1 계통인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.1.1 계통인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.617.2 계통인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 B.1.526-E484K 계통인, 방법.
제111항에 있어서, 상기 SARS-CoV-2 바이러스는 V236P12 계통인, 방법.
제110항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스인, 방법.
제110항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 MERS-CoV 바이러스인, 방법.
제110항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 NL63 바이러스인, 방법.
제109항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 GD-천산갑 바이러스인, 방법.
제109항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 GX-천산갑 바이러스인, 방법.
제109항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 RaTG13 바이러스인, 방법.
제109항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 WIV1 바이러스인, 방법.
제109항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SHC014 바이러스인, 방법.
제109항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 LYRa11 바이러스인, 방법
제109항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 Rs7327 바이러스인, 방법.
제109항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 Rs4231 바이러스인, 방법.
제109항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 Rs4084 바이러스인, 방법.
바이러스의 적어도 일부에 선택적으로 결합하는, 조작된 단일클론항체 또는 이의 기능적 단편.
제137항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 아미노산 서열 15와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제137항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 아미노산 서열 16과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제137항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 아미노산 서열 17과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제137항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 아미노산 서열 18과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제137항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 이의 기능적 단편.
제137항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제137항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제137항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제137항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제137항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 항체 또는 단편.
제137항에 있어서, 상기 바이러스는 코로나바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 코로나바이러스 변이인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 코로나바이러스 관련 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 야생형 SARS-CoV-2(D614G) 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.7 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.351 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 P.1 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.526 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.429 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.1v1 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.2 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.1 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 C.37 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론(B.1.1.529) 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.1(B.1.1.529.1) 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.1.1(B.1.1.529.1.1) 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.2(B.1.1.529.2) 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.621 변이 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 WA1 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 표 1의 임의의 바이러스인, 항체 또는 단편.
제148항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스인, 항체 또는 단편.
제137항에 있어서, 상기 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질을 포함하는, 항체 또는 단편.
제137항에 있어서, 상기 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 하위도메인 1[subdomain 1, SD1] 및 N-말단 도메인[N-Terminal Domain, NTD] 사이의 접합을 포함하는, 항체 또는 단편
제137항에 있어서, 상기 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 하위도메인 1[SD1]을 포함하는, 항체 또는 단편.
제137항에 있어서, 상기 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 N-말단 도메인[NTD]을 포함하는, 항체 또는 단편.
바이러스 감염이 있는 대상을 치료하거나 대상에서 바이러스 감염이 발생하는 것을 예방하는 방법으로서, 조작된 단일클론항체 또는 이의 기능적 단편을 포함하는 치료 유효량의 조성물을 상기 대상에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 항체 또는 이의 단편은 상기 바이러스의 적어도 일부에 선택적으로 결합하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 16과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 18과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 바이러스는 코로나바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 코로나바이러스 변이인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 코로나바이러스 관련 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 야생형 SARS-CoV-2(D614G) 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.7 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.351 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 P.1 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.526 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.429 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.1v1 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.2 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.1 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 D614G 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 C.37 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론(B.1.1.529) 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.1(B.1.1.529.1) 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.1.1(B.1.1.529.1.1) 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.2(B.1.1.529.2) 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.621 변이 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 WA1 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 표 1의 임의의 바이러스인, 방법.
제184항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스인, 방법.
제173항에 있어서, 상기 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질을 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 하위도메인 1[SD1] 및 N-말단 도메인[NTD] 사이의 접합을 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 하위도메인 1[SD1]을 포함하는, 방법.
제173항에 있어서, 상기 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 N-말단 도메인[NTD]을 포함하는, 방법.
조작된 단일클론항체 또는 이의 단편을 포함하는 약학적 조성물로서, 상기 항체 또는 이의 단편은 바이러스의 적어도 일부에 선택적으로 결합하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 단편은 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 7과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 15와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 16과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 서열번호 17과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 또는 서열번호 18과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 적어도 60%, 62%, 65%, 67%, 70%, 72%, 75%, 77%, 80%, 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15와 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18과 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 1의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 2의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 3의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 4의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 5의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 6의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 7의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 8의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 9의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 10의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 11의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 12의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 13의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 14의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 15의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 16의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 기능적 단편은 서열번호 17의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 18의 상보성 결정부위[CDR]를 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 바이러스는 코로나바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 코로나바이러스 변이인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 코로나바이러스 관련 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 야생형 SARS-CoV-2(D614G) 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.7 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.351 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 P.1 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.526 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.429 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.1v1 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.617.2 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.1.1 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 D614G 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 C.37 변이 바이러스인, 약학적 조성물
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론(B.1.1.529) 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.1(B.1.1.529.1) 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.1.1(B.1.1.529.1.1) 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 오미크론 BA.2(B.1.1.529.2) 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 B.1.621 변이 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV-2 WA1 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 표 1의 임의의 바이러스인, 약학적 조성물.
제239항에 있어서, 상기 코로나바이러스는 SARS-CoV 바이러스인, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질을 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 하위도메인 1[SD1] 및 N-말단 도메인[NTD] 사이의 접합을 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 하위도메인 1[SD1]을 포함하는, 약학적 조성물.
제210항에 있어서, 상기 바이러스의 적어도 일부는 코로나바이러스 스파이크 단백질의 N-말단 도메인[NTD]을 포함하는, 약학적 조성물.
서열번호 1 내지 18 중 어느 하나, 또는 이들의 조합을 포함하는 항체 또는 이의 단편을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드.
제265항의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는, 벡터.