CZ302719B6 - Izolovaná molekula dvouretezcové RNA, zpusob její výroby a její použití - Google Patents

Izolovaná molekula dvouretezcové RNA, zpusob její výroby a její použití Download PDF

Info

Publication number
CZ302719B6
CZ302719B6 CZ20031839A CZ20031839A CZ302719B6 CZ 302719 B6 CZ302719 B6 CZ 302719B6 CZ 20031839 A CZ20031839 A CZ 20031839A CZ 20031839 A CZ20031839 A CZ 20031839A CZ 302719 B6 CZ302719 B6 CZ 302719B6
Authority
CZ
Czechia
Prior art keywords
rna
nucleotides
target
sirna
dsrna
Prior art date
Application number
CZ20031839A
Other languages
English (en)
Other versions
CZ20031839A3 (cs
Inventor
Tuschl@Thomas
Elbashir@Sayda
Lendeckel@Winfried
Matthias@Wilm
Lührmann@Reinhard
Original Assignee
MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V.
Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie (EMBL)
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=40529293&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=CZ302719(B6) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Priority claimed from PCT/US2001/010188 external-priority patent/WO2001075164A2/en
Application filed by MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V., Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie (EMBL) filed Critical MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V.
Publication of CZ20031839A3 publication Critical patent/CZ20031839A3/cs
Publication of CZ302719B6 publication Critical patent/CZ302719B6/cs

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/02—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/06—Immunosuppressants, e.g. drugs for graft rejection
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1079—Screening libraries by altering the phenotype or phenotypic trait of the host
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/111—General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K2217/00—Genetically modified animals
    • A01K2217/07—Animals genetically altered by homologous recombination
    • A01K2217/075—Animals genetically altered by homologous recombination inducing loss of function, i.e. knock out
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/0012—Galenical forms characterised by the site of application
    • A61K9/0019—Injectable compositions; Intramuscular, intravenous, arterial, subcutaneous administration; Compositions to be administered through the skin in an invasive manner
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering nucleic acids [NA]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/50—Physical structure
    • C12N2310/53—Physical structure partially self-complementary or closed
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2330/00—Production
    • C12N2330/30—Production chemically synthesised

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Transplantation (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)

Abstract

Podstatu rešení tvorí izolovaná molekula dvouretezcové RNA, kde každý retezec obsahuje 19 až 23 nukleotidu, pricemž alespon jeden retezec má na 3'-konci presah obsahující 1 až 3 nukleotidu a molekula RNA je schopna cílove specifické RNA interference. Soucástí rešení je rovnež zpusob prípravy dvouretezcové RNA, který zahrnuje: (a) syntézu dvou retezcu RNA, z nichž každý obsahuje 19 až 23 nukleotidu a alespon jeden z nich obsahuje na 3'-konci presah obsahující 1 až 3 nukleotidy, pricemž retezce RNA jsou schopné vytvorit molekulu dvouretezcové RNA, (b) syntetizované retezce RNA se kombinují za podmínek, kdy vzniklá molekula dvouretezcové RNA, která je schopna specificky cílové RNA interference. Produkt je možno využít pro prípravu léciva pro modulaci funkce genu pro použití napríklad v prípade virové infekce, nádoru nebo autoimunitního onemocnení.

Description

Izolovaná molekula dvouřetězcové RNA, způsob její výroby a její použití
Oblast techniky
Popisují se sekvence a strukturální rysy molekul dvouřetězcové RNA ((ds)RNA nutných pro zprostředkování cílově specifických úprav nukleové kyseliny, jako je interference RNA a/nebo metylace DNA.
Dosavadní stav techniky
Termín „interference RNA“ (RNAi) vznikl po objevu, kdy zavedení dsRNA do nematod C. elegans injekcí vede ke specifickému zhášení genů, jejichž sekvence vykazuje vysokou homologii se sekvencí zavedené dsRNA (popisuje se v publikaci Fire, A., Xu, S., Montgomery, Μ. K., Kostas, S. A., Driver, S. E., and Mello, C. C. (1998). Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabdítis elegans, Nátuře 391, 806-811). RNAi bylo možné následně pozorovat u hmyzu, žab (popisuje se v publikaci Oelgeschlager, M., Larrin, J., Geissert, D., and De Robertis, Ε. M. (2000). The evolutionarily conserved BMP-binding protein Twisted gastrulation promotes BMP signalling. Nátuře 405, 757-763) a jiných zvířat, která zahrnují myši (popisuje se v publikaci Svoboda, P., Stein, P., Hayashi H. and Schutz, R. M. (2000). Selective reduction of dormant matemal mRNAs in mouše oocytes by RNA interference. Development 127, 4147-4156, Wianny, F., and Zemicka-Goetz, M. (2000). Specific interference with gene function by double-stranded RNA in early mouše development. Nat. Cell Biol. 2, 70-75) a je pravděpodobné, že také existuje u člověka. RNAi je také úzce spojena s post-transkripčním mechanizmem geny přenášející (PTGS) ko-suprese v případě rostlin a hub (popisuje se v publikaci Catalanotto, C., Azzalin, G., Macino, and Cogoni, C. (2000). Gene silencing in worms and fungi. Nátuře 404, 245, Cogoni and Macino, G. (1999), Homology-dependent gene silencing in plants and fungi: a Number of variations on the same theme. Curr. Opin. Microbiol. 2, 657-662, Dalmay, T„ Hamilton, A., Rudd, S., Angell, S., and Baulcombe, D. C. (2000). An RNA-dependent RNA polymeraze gene in Arabidopsis is required for posttranscriptional gene silencing mediated by a transgene but not by a virus. Cell 101, 543-553, Ketting, R., and Plasterk, R. H. (2000). A genetic link between co-suppression and RNA interference in C. elegans. Nátuře 404, 296-298, Mourrain, P., Beclin, C., Elmayan, T., Feuerbach, F,, Godon, C., Morel, J. B., Joutte, D., Lacombe, A. M., Nokic, S., Picault, N., Remoue, K., Sanial, M., Vo, T. A., and Vaucheret, H. (2000). Arabidopsis SGS2 and SGS3 Genes are required for posttranscriptional gene silencing and natural virus resistance. Cell 101, 533-542, Smardon, A., Spoerke, J., Stacey, S., Klein, M., Mackin, N., and Maine, E. (2000). EGO-1 is related to RNA directed RNA polymerase and fuctions in germ-line development and RNA interference in C. elegans. Curr. Biol. 10, 169-178) a některé složky systému RNAi jsou také nezbytné při post-transkripčním zhášení ko-supresí (popisuje se v publikaci Catalanotto, C., Azzalin, G., Macino, and Cogoni, C. (2000). Gene silencing in worms and fungi. Nátuře 404, 245, Cogoni and Macino, G. (1999). Homologydependent gene silencing in plants and fungi: a Number of variations on the same theme. Curr. Opin. Microbiol. 2, 657-662, Demburg, A. F., Zalevsky, J„ Colaiacovo, Μ. P., and Vileneuve, A. M. (2000). Transgene-mediated cosuppression in the C. elegans germ line. Genes & Dev, 14, 1578-1583, Ketting, R., and Plasterk, R. H. (2000). A genetic link between co-suppression and RNA interference in C. elegans. Nátuře 404, 296-298). Předmětná věc se také popisuje v publikaci Bass, B. L. (2000). Double-stranded RNA as a template for gene silencing. Cell 101, 235-238, Bosher, J. M. and Labouesse, M. (2000). RNA interference: genetic wand and genetic watchdog. Nat. Cell.Biol. 2, E31-36, Fire, A. (1999). RNA-tiggered gene silencing. Trends Genet. 15, 358-363. Plasterk, R. H. and Ketting, R. F. (2000). The silence of the genes. Curr. Opin. Genet. Dev. 10, 562-567, Sharp, P. A. (1999). RNAi and double-strand RNA. Genes & Dev. 13. 139-141, Sijen, T„ and Kooter, J. M. (2000). Post-transcriptional genesilencing: RNAs on the attack oř on the defense? Bioessays 22, 520-531) a také v celém vydání Plant Molecular Biology, vol. 43, issue 2/3, (2000).
V rostlinách, vedle PTGS, zavedené geny mohou také vést k transkripčnímu zhášení genů prostřednictvím metylace DNA cytozinů řízené pomocí RNA (popisuje se v publikaci Wassenegger, M. (2000). RNAdirected DNA metylation. Plant. Mol. Biol. 43, 203-220). Genomové cíle obsahující 30 párů bází jsou v případě rostlin metylovány způsobem řízeným RNA (popisuje se v publikaci Pelissier, T., and Wassenegger, M. (2000). A DNA target of 30 bp is sufficient for RNA-directed methylation. RNA 6, 55-65). K metylaci DNA také dochází u zvířat.
Přirozenou funkcí RNAi a ko-suprese je ochrana genomu proti invazi mobilních genetických elementů, jako jsou retrotranspozóny a viry, které produkují v hostitelské buňce, v případě jejich aktivace, aberující RNA nebo dsRNA (popisuje se v publikaci Jensen, S., Gassama, M. F., and Heidmann, T. (1999). Taming of trans-posable elements by homology-dependent gene silencing. Nat. Genet. 21, 209-212, Ketting, R.F., Haverkamp, T. H., van Luenen, H. G., and Plasterk, R. H. (1999). Mut-7 of C, elegáns, required for transposon silencing and RNA interference, is a homolog of Werner syndrome helicase and RnaseD. Cell 99, 133-141, Ratcliff, F. G., MacFarlane, S. A., and Baulcombe, D. C. (1999). Gene silencing without DNA. RNA-mediated cross-protection between viruses. Plant Cell 11, 1207-1216, Tabara, H., Sarkissiean, M., Kelly, W. G.. Fleenor, J., Grishok, A., Timmons, L., Fire, A., and Mello, C. C. (1999). The erde-1 gene, RNA interference, and transposon silencing in C. elegans. Cell 99, 123-132). Specifická degradace mRNA brání replikaci transpozonu a viru, ačkoli některé viry jsou schopny obejít nebo zabránit uvedenému postupu expresí proteinů, které potlačují PTGS (popisuje se v publikaci Lucy, A. P., Guo, H. S., Li, W. X., and Ding, S. W. (2000). Suppression of post-transcriptional gene silencing by plant viral protein localized in the nucleus. EMBO J. 19, 1672-1680, Voinnet, O., Lederee. C„ and Baulcombe, D. C. (2000). A viral moment protein prevents spread of the gene silencing signál in Nicotiana ben thamiana. Cell 103, 157-167).
Dvouřetězcová RNA způsobuje specifickou degradaci homologních RNA pouze v oblasti shodné s dsRNA (popisuje se v publikaci Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33). Zpracováním dsRNA vznikají fragmenty RNA obsahující 21 až 23 nukleotidů a místa štěpení cílové RNA jsou obyčejně umístěná ve vzdálenosti 21 až 23 nukleotidů. To naznačuje, že fragmenty obsahující 21 až 23 nukleotidů (nt) jsou řídicí RNA pro rozeznávání cíle (popisuje se v publikaci Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33). Tyto krátké RNA se také detekovaly v extraktech připravených z buněk Schneider 2 organizmu D. melanogaster, které, dříve než se lyžovaly, se transfektovaly dsRNA (popisuje se v publikaci Hammond, S. M., Bernstein, E., Beach, D., and Hannon, G. J. (2000). An RNA-directed nuclease mediates post-transcriptional gene silencing in Drosophila cells. Nátuře 404, 293-296). Avšak frakce, které vykazují nukleázovou aktivitu specifickou pro sekvenci, také obsahovaly velkou část reziduální dsRNA. Úloha fragmentů obsahujících 21 až 23 nukleotidů při řízení štěpení mRNA je dále podpořena pozorováním, že tyto fragmenty izolované ze specifickou dsRNA jsou schopny v určitém rozsahu zprostředkovat specifickou degradaci mRNA (popisuje se v publikaci Hamilton, A. J., and Baulcombe, D. C. (1999). A species of smáli anti-sense RNA Ín posttranscriptional gene silencing in plants. Science 86, 950952).
Za účelem dalšího zkoumání mechanizmu RNAi se použil zavedený in vitro systém organizmu Drosophila (popisuje se v publikaci Tuschl, T„ Ng, Μ. M., Pieken, W., Benseler, F., and Eckstein, F. (1993). Importance of exocyciic base functional groups of centra! core guanosines form hammerhead ribozyme activity. Biochemistry 32, 11658-11668, Zámoře, P. P.. Tuschl, T„ Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. cell 101, 25-33). Ukázalo se, že krátké RNA vykazující 21 a 22 nukleotidů, když tvoří páry bází s předcházejícími 3’-konci, působí jako řídicí RNA při degradaci mRNA, kteráje sekvenčně specifická. Krátké dsRNA obsahující 30 párů bází nejsou schopny zprostředkovat RNAi v tomto systému, protože už nejsou zpracovány na RNA obsahující 21 a 22 nukleotidů. Dále se definovala místa štěpení cílové RNA pokud jde o krátké interferující RNA (siRNA) vykazující 21 a 22 nukleotidů a potvrdilo se, že směr zpracování dsRNA stanoví, zda produkovaný endonukleázový komplex siRNP 3’,5’řetězec RNA nebo 5’,3’řetězec RNA. siRNA může také být důležitým nástrojem transkri pěn ích úprav, jako je například zhasínání savčích genů mety lácí DNA.
Další experimenty v lidských buněčných kulturách (buňky Helia) vykazují, že molekuly dvouřetězcové RNA, které s výhodou obsahují 19 až 25 nukleotidů, vykazují aktivitu RNAi. Na rozdíl od výsledků získaných v případě organizmu Drosophila, jsou také molekuly dvouřetězcové RNA vykazující délku 24 a 25 nukleotidů v těchto buňkách účinné při RNAi.
Podstata vynálezu
Předmětnou věcí vynálezu jsou nová činidla schopná zprostředkovat cílově specifickou interferenci RNA nebo jiné cílově specifické úpravy nukleové kyseliny, jako je metylace DNA. Uvedená činidla vykazují ve srovnání s činidly předchozího stavu techniky zlepšenou účinnost a bezpečnost.
Podstatu vynálezu tvoří izolovaná molekula dvouřetězcové RNA, kde každý řetězec obsahuje 19 až 23 nukleotidů, přičemž alespoň jeden řetězec má na 3’-konci přesah obsahující 1 až 3 nukleotidů a molekula RNA je schopna cílově specifické RNA interference.
Je výhodné, aby alespoň jeden řetězec měl přesah na 3’-koncí tvořený 1 až 5 nukleotidy, výhodněji 1 až 3 nukleotidy a nejvýhodněji 2 nukleotidy. Ostatní řetězce mohou být zakončeny tupým koncem nebo mají na 3’-konci přesah tvořený až 6 nukleotidy. V případě, že oba řetězce dsRNA vykazují přesně 21 nebo 22 nukleotidů, je možné pozorovat interferenci RNA v případě, že oba konce jsou tupé (přesah obsahuje 0 nukleotidů). Molekulu RNA je s výhodou syntetická molekula RNA, která v podstatě neobsahuje žádné nečistoty, které se vyskytují v buněčných extraktech, jako jsou například extrakty vytvořené z embryi organizmu Drosophila. Molekula RNA s výhodou v podstatě neobsahuje žádné cílově nespecifické nečistoty, zvláště molekuly cílově nespecifické RNA, například nečistoty vyskytující se v buněčných extraktech.
Vynález dále popisuje použití izolovaných dvou řetěze o vých molekul RNA, kde každý řetězec RNA vykazuje délku 19 až 25 nukleotidů, při zprostředkování cílově specifických úprav nukleové kyseliny, zvláště RNAi v savčích buňkách, zvláště pak v lidských buňkách.
Překvapivě se zjistilo, že molekuly syntetické krátké dvouřetězcové RNA s přesahem na 3’-konci jsou sekvenčně specifickými mediátory RNAi a zprostředkovávají účinné štěpení cílové RNA, kde místo štěpení se nachází blízko centra oblasti pokryté řídicí krátkou RNA.
Je výhodné, aby každý řetězec molekuly RNA měl délku 20 až 22 nukleotidů (nebo v případě savčích buněk 20 až 25 nukleotidů), kde délka každého řetězce může být stejná nebo rozdílná. Je výhodné, aby délka přesahu na 3 ’-koncí byla I až 3 nukleotidy, kde délka přesahu může být v případě každého řetězce stejná nebo odlišná. Řetězce RNA s výhodou obsahují na 3’-konci hydroxylové skupiny. 5’-konec s výhodou obsahuje fosfátovou, difosfátovou, trifosfátovou nebo hydroxylovou skupinu. Nejúčinnější dsRNA se skládají ze dvou řetězců, které obsahují 21 nukleotidů, jenž se párují tak, že 1 až 3 nukleotidy, zvláště pak 2 nukleotidy přesahů na 3’-konci, jsou přítomny na obou koncích dsRNA.
Štěpící reakce cílové RNA řízená siRNA je vysoce sekvenčně specifická. Ne ve všech polohách siRNA přispívá stejně k rozeznání cíle. Nejvíce rozhodující je nesprávné párování v centru duplexu siRNA, které v podstatě eliminuje štěpení cílové RNA. Naopak nukleotid 3’-konce řetězce siRNA (například v poloze 21), který je komplementární ajednořetězcovou cílovou RNA, nepřispívá ke specifítě rozeznávání cíle. Dále sekvence nepárovaných dvou nukleotidů přesahu 3'- j CZ 302719 B6 konce řetězce siRNA se stejnou polaritou, jako vykazuje cílová RNA, není rozhodující pro štěpení cílové RNA, protože rozeznání cíle řídí pouze 5‘,3‘řetězec siRNA. Tak v případě nukleotidů jednořetězcového přesahu, je nutné, aby se pouze předposlední nukleotid 5’,3’-řetězce siRNA (například poloha 20) pároval s cílovým 3’,5’řetězcem mRNA.
Překvapivě molekuly dvouřetězcové RNA podle vynálezu vykazují vysokou stabilitu v séru nebo v růstovém médiu, které je vhodné pro kultivaci buněk. Za účelem dále zvýšit stabilitu, se mohou přesahy na 3'-konci stabilizovat proti degradaci. Mohou se například vybrat tak, aby obsahovaly purinové nukleotidy, zvláště adenosin nebo guanosin. V jiném provedení vynálezu se toleruje substituce pyrim idi nových nukleotidů upravenými analogy, například substituce 2 nukleotidů uridin v přesahu 3'-konce 2’-deoxytymidinem. a neovlivňuje účinnost interference RNA. Nepřítomnost 2’-hydroxyIu podstatně zesiluje rezistenci přesahu vůči nukleázám obsaženým v kultivačním médiu.
Ve zvláště výhodném provedení vynálezu molekula RNA může obsahovat alespoň jeden upravený nukleotídový analog. Nukleotidové analogy se mohou vyskytovat v polohách, kde cílově specifická aktivita, například aktivita zprostředkovaná RNA i, není podstatně ovlivněna, například v oblasti 5’-konce a/nebo 3’-konce molekuly dvouřetězcové RNA. Přesahy se mohou zvláště stabilizovat začleněním upravených nukleotidových analogů.
Výhodné nukleotidové analogy se vybraly z ribonukleotidů s upravenou cukernou složkou nebo kostrou. Je nutné poznamenat, že ribonukleotidy s upravenou jadernou bází, to jsou ribonukleotidy obsahující místo přirozeně se vyskytujících jaderných bází umělé báze, jako jsou uridiny nebo cytosiny upravené v poloze 5, například 5 (2-amino)propyluridin, 5-bromouridin, adenosiny a guanosiny upravený v poloze 8, například 8-bromoguanosin, deáza-nukleotidů, například 7deaza-adenosin. Vhodné jsou také O-alkylované nukleotidy a N-alkylované nukleotidy, například Nf-metyiadenosin. Ve výhodných ribonukleotidech s upravenou cukernou složkou je 2'hydroxyl nahrazen členem skupiny zahrnující vodík, OR, R, halogen, SH, SR, NH2 nebo CN, kde symbol R je alkyl obsahující jeden až šest uhlíků, alkenyl nebo alkynyl a halogenem je fluor, chlor, brom nebo fosfoesterová skupina spojující sousední ribonukleotidy nahrazena upravenou skupinou například fosfothioátovou skupinou. Je nutné poznamenat, že shora v textu uvedené úpravy je možné kombinovat.
Sekvence molekuly dvouřetězcové RNA podle vynálezu musí vykazovat dostatečnou shodu s cílovou molekulou nukleové kyseliny, aby zprostředkovala cílově specifickou RNA i a/nebo metylaci DNA. Sekvence s výhodou vykazuje shodu alespoň 50%, zvláště pak alespoň 70%, s požadovanou cílovou molekulou ve dvouřetězcové části molekuly RNA. Výhodnější je, když shoda je alespoň 85 % a nejvýhodnější je, když existuje 100% shoda s dvouřetězcovou částí molekuly RNA. Shoda molekuly dvouřetězcové RNA s předem určenou cílovou molekulou cílové mRNA, se může stanovit následujícím výpočtem:
-4 n
1= x 100
L kde symbol I je shoda vyjádřená v procentech, symbol n je počet shodných nukleotidů v části dvouřetězcové dsRNA a cílové nukleové kyselině a symbol L je délka sekvence přesahu dvouřetězcové části dsRNA a cílové nukleové kyseliny.
V jiném případě identita molekuly dvouřetězcové RNA s cílovou sekvencí se může také definovat zahrnutím přesahu 3’-konce, zvláště přesahu, který obsahuje 1 až 3 nukleotidy. V tomto případě shoda sekvence je s výhodou alespoň 50 %, výhodněji alespoň 70 % a nejvýhodněji alespoň % s cílovou sekvencí. Nukleotidy z přesahu 3’-konce a až dva nukleotidy z 5' - konce a/nebo
3*-konce dvojitého řetězce se mohou upravovat, aniž dojde k podstatné ztrátě aktivity.
Molekula dvouřetězcové RNA podle vynálezu se může připravit způsobem zahrnujícím:
(a) syntézu dvou řetězců RNA, kdy každý zahrnuje 19 až 25 nukleotidů, například 19 až 23 nukleotidů, kde uvedené řetězce RNA jsou schopny tvořit molekulu dvouřetězcové RNA, kde alespoň jeden řetězec má na 3’-konci přesah tvořený 1 až 5 nukleotidy, (b) kombinování syntetizovaných řetězců RNA za podmínek, kdy se tvoří molekula dvouřetězcové RNA, která je schopna zprostředkovat cílově specifické úpravy nukleové kyseliny, zvláště RNA interferenci a/nebo metylaci DNA.
Způsoby syntézy molekul RNA jsou dobře známy v oboru. Zvláště se uplatňují metody chemické io syntézy popsané v publikaci Verma, S., and Eckstein, F. (1999). Modified oligonucleotides:
Synthesis and stratégy or users. Annu. Rev. Biochem. 67, 99-134.
Jednořetězcová RNA se může také připravit enzymatickou transkripcí ze syntetických templátových DNA a z DNA plazmidů izolovaných z rekombinantních bakterií. V typickém případě se i? používají fágové RNA polymerázy, jako je RNA polymeráza T7, T3 nebo SP6 (popisuje se v publikaci Milligan, J. F., and Uhlenbeck, O. C. (1989). Synthesis of smáli RNAs using T7 RNA polymerase. Method Enzymol. 180, 51-62).
Další předmětná věc vynálezu popisuje způsob zprostředkování cílově specifických úprav
2o nukleové kyseliny, zvláště RNA interference a/nebo metylace DNA, v buňce nebo v organizmu. Uvedený způsob zahrnuje:
(a) kontakt buňky a organizmu molekulou dvouřetězcové RNA podle vynálezu za podmínek, kde se mohou objevit cílově specifické úpravy nukleové kyseliny a (b) zprostředkování cílově specifické úpravy cílové nukleové kyseliny, která má část sekvence \ podstatě odpovídající uvedené sekvenci RNA, ovlivněné dvouřetězcovou RNA.
Kontakt popsaný v odstavci (a) zahrnuje zavedení molekuly dvouřetězcové RNA do cílové buňky, například izolované cílové buňky, do buněčné kultury, do jednobuněčného mikroorganizmu nebo do cílové buňky nebo do velkého množství cílových buněk vícebuněěného organizmu, to Je výhodné, aby zaváděcí krok zahrnoval zavedení zprostředkované nosičem, například pomocí lipozomálních nosičů nebo injekcí.
Způsob podle vynálezu se může použít za účelem stanovení funkce genu v buňce nebo v organizmu, který je schopen zprostředkovat RNA interferenci. Buňka zahrnuje s výhodou eukaryontní buňku nebo buněčnou linii, jako například rostlinnou nebo zvířecí buňku, jako je savčí buňka, například zárodečná buňka. Dále se může použít například víceúčelová kmenová buňka, jako je například buňka teratokarcinomu, nebo buňka infikována virem. Organizmem je s výhodu eukaryontní organizmus, například rostlina nebo zvíře, jako je savec, zvláště pak člověk.
Cílový gen, vůči kterému je molekula RNA podle vynálezu řízena, může být spojován s patologickým stavem. Genem může být gen spojovaný s patogenem, například virový gen, gen spojovaný s nádorem nebo gen spojovaný s autoimunitním onemocněním. Cílovým genem může také být heterologní gen exprimovaný v rekombinantní buňce nebo geneticky pozměněný organizmus. Stanovením nebo úpravou, zvláště pak inhibici, funkce takového genu a je možné dosáhnout hod45 notné informace a terapeutických účinků v oblasti zemědělství nebo medicíny nebo veterinární medicíny.
Dvouřetězcová RNA se obvykle aplikovala jako farmaceutický prostředek. Aplikaci je možné provést známými způsoby, kdy se nukleová kyselina zavede do požadované cílové buňky in vitro nebo in vivo. Běžně používané metody transferu genu používají fosforečnan vápenatý, DEAEdextran, elektroporací a mikroinjekce a virové metody (popisuje se v publikaci Graham, F. L. and van der Eb, A. J. (1973) Virol. 52, 456. McCutchan, J. H. and Pagano, J. S. (1968), J. Nati.
Cancer Inst. 41, 351, Chu, G. et al., (1987), Nucl. Acids Res. 15, 1311, Fraley, R. et al. (1980),
J. Biol. Chem. 255, 10431, Capecchi, M. R. (1980), Cell 22, 479). Pro zavedení DNA do buněk se dále mohou použít kationické lipozomy (popisuje se v publikaci Felgner, P. L. et al. (1987), Proč. Nati. Acad. Sci. USA 84, 7413). Běžně dostupné přípravky kationických lipidů jsou například Tfx 50 (od firmy Promega) nebo Lipoféetamin2000 (od firmy Life Technologies).
Vynález dále popisuje farmaceutický prostředek obsahující jako aktivní Činidlo alespoň jednu molekulu dvouřetčzcové RNA, jak se popisuje shora v textu, a farmaceutický nosič. Prostředek je možné použít při diagnostických a terapeutických aplikacích v lidské nebo veterinární medicíně.
V případě diagnostické a terapeutické aplikace může být prostředek ve formě roztoku, například ío roztok, který se zavádí injekcí, ve formě krému, masti, tablet, suspenze a podobně. Prostředek je možné aplikovat libovolným vhodným způsobem, například injekcí, orálně, povrchově, nasálně, rektálně atd. Nosičem může být libovolný vhodný farmaceutický nosič. Je výhodné použít nosič, kterýje schopný zvýšit účinnost vstupu molekul RNA do cílových buněk. Vhodné příklady takových nosičů jsou liposomy, zvláště kationické liposomy. Zvláště výhodný způsob aplikace je is injekce.
Další výhodnou aplikací RNAi je funkční analýza eukaryontních buněk nebo eukaryontního organizmu, kterým není člověk, s výhodou savčích buněk nebo savců a nejvýhodněji lidských buněk, například buněčné linie, jako je HeLa nebo 293, nebo hlodavců, například krys a myší.
Specifický genotyp cílové buňky, například v buněčné kultuře nebo v cílovém organizmu, vzniklý na základě zhášení genů, je možné získat transfekci vhodných molekul dvou řetězcové RNA, které jsou homologní s předem stanoveným cílovým genem nebo s molekulovou DNA, která kóduje vhodnou molekulu dvou řetězcové RNA. Překvapivě se zjistilo, že přítomnost molekul krátké dvouřetězcové RNA nevede k interferonové odezvě ze strany hostitelské buňky nebo organizmu.
Předmětnou věcí podle vynálezu je eukaryontní buňka nebo eukaryontní organizmus, kterým není člověk, vykazující fenotyp vzniklý na základě zhasnutí cílového genu. Uvedený fenotyp zahrnuje alespoň částečně deficitní expresi alespoň jednoho endogenního cílového genu, kde ;>(i uvedená buňka nebo organizmus se transfekuje alespoň jednou molekulou dvouřetčzcové RNA schopnou inhibovat expresi alespoň jednoho endogenního cílového genu nebo je možná transfekce DNA kódující alespoň jednu molekulu dvouřetězcové RNA schopné inhibovat expresi alespoň jednoho endogenního cílového genu. Je nutné poznamenat, že vynález umožňuje cílově specifickou deaktivaci několika různých endogenních genů na základě specifity RNAi.
Fenotypy buněk nebo organizmu, kterým není člověk, zvláště pak lidských buněk nebo savců, kterým není člověk, způsobené deaktivací specifických genů, se mohou použít v analytických postupech, jako je například funkční a/nebo fenotypická analýza komplexních fyziologických postupů, jako je analýza profilů exprese genů a/nebo proteomů. Je možné například připravit tu fenotypy deaktivovaných lidských genů v buněčných kulturách, o nichž se předpokládá, že jsou pravděpodobně regulátory alternativních procesů sestřihu. Mezi tyto geny zvláště patří rodina faktoru sestřihu SR, jako například ASF/SF2, SC35, SRp20, SRp40 nebo SRp55. Může se zkoumat účinek proteinů SR na profily mRNA předem stanovených alternativně sestřižených genů, jako je CD44. Analýza se přednostně provádí metodou za použití čipů založených na oligo45 nukleotidech.
Použitím technologie založené na deaktivaci genů pomocí RNAi je možné inhibovat expresi endogenního cílového genu v cílové buňce nebo organizmu. Endogenní gen může být doplněn exogenní cílovou nukleovou kyselinou kódující cílový protein nebo jeho variantu nebo jeho mutovanou formu, například gen nebo cDNA, která může fúzovat s další sekvencí nukleové kyseliny kódující detekovatelný peptid nebo polypeptid, například afinitní značení, zvláště pak vícenásobné afinitní značení. Varianty nebo mutované formy cílového genu se liší od endogenního cílového genu tím, že kódují genový produkt, který se liší od produktu endogenního genu substitucí, inzercí a/nebo delecí jedné nebo více aminokyselin. Varianty nebo mutované formy mohou vykazovat stejnou biologickou aktivitu, která se liší od biologické aktivity endogenního
-6CZ 302719 B6 cílového genu, například částečně deletovanou aktivitu, zcela deletovanou aktivitu, zesílenou aktivitu atd.
Komplementace je možné dosáhnout společnou expresí polypeptidu kódovaného exogenní nukleovou kyselinou, například fúzní protein obsahující cílový protein a afinitní značení a molekulu dvou řetězcové RNA vhodnou pro deaktivaci endogenního genu v cílové buňce. Tato společná exprese se provede použitím vhodného expresívního vektoru, který exprimuje polypeptid kódovaný exogenní nukleovou kyselinou, například cílový protein upravený značkou a molekulu dvouřetězcové RNA. V jiném případě lze použít kombinování expresívních vektorů. Proteiny a proteinové komplexy, které se nově syntetizují v cílové buňce, budou obsahovat exogenní produkt genu, například upravený fúzní protein. Za účelem zabránit potlačení exprese exogenního produktu genu duplexovou molekulu RNAi, je možné změnit nukleotidovou sekvenci kódující exogenní nukleovou kyselinu na úrovni DNA (může dojít k mutacím na úrovni aminokyselin nebo k ní dojít nemusí) v té části, která je homologní s molekulou dvouřetězcové RNA. V jiném případě endogenní cílový gen se může doplnit odpovídající nukleotidovou sekvenci z jiných živočišných druhů, například z myši.
Výhodné aplikace pro buňku nebo organizmus podle vynálezu je analýza profilů exprese genů a/nebo proteomů. Ve zvláště výhodném provedení vynálezu se provádí analýza varianty nebo mutované formy jednoho nebo více cílových proteinů, kde uvedená varianta nebo mutovaná forma jsou znovu zavedeny do buňky nebo organizmu exogenní cílovou nukleovou kyselinou, jak se popisuje shora v textu. Kombinace deaktivace endogenního genu a částečné aktivace použitím mutovaného, například částečně deletovaného exogenního cíle, je výhodné ve srovnání s použitím buňky s deaktivovanými geny. Tato metoda je zvláště vhodná při identifikaci funkčních oblastí cílového proteinu. Ve výhodném provedení vynálezu se provádí porovnání například profilů exprese genů a/nebo proteomů a/nebo fenotvpické charakteristiky alespoň dvou buněk nebo organizmů. Tyto organizmy se vybraly ze skupiny zahrnující:
(i) kontrolní buňku nebo organizmus bez inhibice cílového genu, (ii) buňku nebo organizmus s inhibici cílového genu a (iíi) buňku nebo organizmus s inhibici cílového genu plus komplementací cílového genu pomocí exogenní cílové nukleové kyseliny.
Způsob a buňka podle vynálezu jsou také vhodné při identifikaci a/nebo charakterizaci farmakologických činidel, například při identifikaci nových farmakologických činidel ze skupiny testovaných látek, a/nebo mechanizmů charakterizujících působení a/nebo vedlejší účinky známých farmaceutických činidel.
Vynález dále popisuje systém vhodný pro stanovení a/nebo charakterizaci farmaceutických činidel, které působí na alespoň jeden cílový protein. Uvedený systém zahrnuje:
(a) eukaryontní buňku nebo organizmus, kterým není člověk, schopný exprimovat alespoň jeden endogenní cílový gen kódující uvedený cílový protein, (b) alespoň jednu molekulu dvouřetězcové RNA schopnou inhibovat expresi uvedeného alespoň jednoho endogenního cílového genu a (c) testovanou látku nebo skupinu testovaných látek, kde jsou identifikovány a/nebo charakterizovány farmakologické vlastnosti uvedené testované látky nebo skupiny testovaných látek.
Systém popsaný shora v textu s výhodou obsahuje:
(d) alespoň jednu exogenní cílovou nukleovou kyselinu kódující cílový protein nebo jeho variantu nebo jeho mutovanou formu, kde uvedená exogenní cílová nukleová kyselina se liší od endogenního cílového genu na úrovni nukleové kyseliny tak, že exprese exogenní cílové nukleové kyseliny je podstatně méně inhibována molekulou dvouřetězcové RNA než exprese endogenního cílového genu.
Způsob komplementace RNA s deaktivovanými geny je možné použít pro preparativní účely, například afinitní čištění proteinů nebo proteinových komplexů z eukaryontních buněk, zvláště savčích buněk a lidských buněk. V tomto provedení vynálezu exogenní cílová nukleová kyselina s výhodou kóduje cílový protein, který fúzuje s afinitním značením.
Preparativní metodu je možné použít při čištění proteinových komplexů s vysokou molekulovou hmotností, které s výhodou vykazují molekulovou hmotnost vyšší nebo rovnou 150 000 a výhodněji vyšší nebo rovnou 500 000 a které mohou obsahovat nukleové kyseliny, jako je RNA. Specifické příklady jsou heterotrimerické proteinové komplexy obsahující proteiny částic U4/06 io snRNP s molekulovou hmotností 20 000, 60 000 a 90 000, faktor sestřihu SR3b pocházející zl7SU2snRNP obsahující 5 proteinů o molekulové hmotnosti 14 000, 49 000, 120 000.
145 000 a 155 000 a částice 25S U4/U6/U5 tri-snRNP obsahující molekuly snRNA U4, U5 a U6 a přibližně 30 proteinů, které vykazují molekulovou hmotnost přibližně 1 700 000 000.
Tato metoda je vhodná pro funkční analýzu proteomu v savčích buňkách, zvláště v lidských buňkách.
Přehled obrázků na výkresech
Na obrázku č. I je zobrazena dvouřetězcová RNA obsahující 38 párů bází, která může zprostředkovat RNAi.
A) Grafické zobrazení dsRNA používané k cílení mRNA Pp-luc. Připravily se tři série dsRNA s týpými konci překrývající rozmezí 29 až 504 párů bází. Poloha prvního nukleotidu 3',5'
2? řetězce dsRNA se stanoví ve vztahu ke startovacímu kodonu mRNA PP-luc (pl).
B) Zobrazení testu RNA interference (popisuje se v publikaci Tuschl, T., Zámoře, P. D.,
Lehmann, R., Bartel, D. P. and Sharp, P. A. (1999). Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro. Genes & Dev. 13, 3191-3 197). Poměr aktivity cílového Ppluc ku aktivitě kontrolního Rr-luc se normalizoval vůči kontrolnímu pufru (plný sloupec).
Dvou řetězcové RNA (v koncentraci 5 nM) se předem inkubovaly v lyzátu organizmu
Drosophíla po dobu 15 minut při teplotě 25 °C a pak se přidaly mRNA Pp-luc s čepičkou 7metyl-guanosin a Rr-luc (v koncentraci přibližně 50 pM). Inkubace pokračovala další hodinu a pak proběhla analýza duálním luciferázovým testem (od firmy Promega). Data jsou průměrné hodnoty alespoň ze čtyř nezávislých experimentů ± standardní odchylka.
Na obrázku č. 2 zobrazuje dsRNA obsahující 29 párů bází, která se dále nezpracovává na fragmenty obsahující 21 až 23 nukleotidů a časový průběh tvorby 21 až 23-méru při zpracování dsRNA (v koncentraci 5 nM) vnitřně značených pomocí 32P. Uvádí se délka a zdroj dsRNA. Markér velikosti RNA (M) se nanesl do levé dráhy a označuje se velikost fragmentů. Dvojité pruhy v čase 0 jsou způsobeny neúplně denaturovanou dsRNA.
Na obrázku č. 3 je zobrazeno, že krátké dsRNA štěpí cílovou mRNA pouze jednou.
(A) Denaturační gelové elektroforézy stabilně štěpených produktů připravených inkubací po dobu I hodiny 3’,5'řetězce nebo 5’,3’řetězce RNA s čepičkou značenou 32P v koncentraci
10 nM s 10 nM dsRNA sérií p 133 lyzátu organizmu Drosophíla. Markéry délky se vytvořily částečným štěpením za použití nukleázy Tl a částečnou alkalickou hydrolýzou (OH) cílové RNA značené čepičkou. Oblasti cílené dsRNA jsou indikovány jako černé pruhy na obou stranách obrázku. Je také zobrazen mezemík obsahující 20 až 23 nukleotidů mezi převládajícími místy štěpení v případě dsRNA obsahující 1 1 1 párů bází. Horizontální šipka označuje
5(i nespecifické štěpení způsobené RNAi.
(B) Poloha míst štěpení na 3\5’řetězci a 5’,3’řetěze i cílové RNA. Sekvence 3’,5’ řetězce cílové RNA obsahující 177 nukleotidů s čepičkou a 5’,3’řetězce cílové RNA obsahující 180 nukleotidů s čepičkou jsou reprezentovány v antiparalelní orientaci tak, že komplementární sekvence stojí proti sobě. Oblast cílená různými dsRNA je označena barevnými sloupci
-8 CZ 302719 Β6 umístěnými mezi cílovou sekvencí 3’,5' a 5',3’řetězců. Místa Štěpení jsou označena kroužky. Velký kruh znamená silné štěpení, malý kroužek znamená slabé štěpení. Fosfátová skupina značená 32P je označena hvězdičkou.
Na obrázku č. 4 je zobrazena tvorba fragmentů RNA tvořených 21 a 22 nukleotidy mechanizmem podobným štěpení RNázou 111.
(A) Sekvence RNA obsahující 21 nukleotidů po zpracování dsRNA. Fragmenty RNA obsahující přibližně 21 nukleotidů vytvořené zpracováním dsRNA se přímo klonovaly a sekvenovaly. Oligoribonukleotidy pocházející z pozitivního řetězce dsRNA jsou značeny jako modré linky. Oliboribonukleotidy pocházející z negativního řetězce jsou značeny jako červené linky. Silné linky se používají, jestliže ve více klonech jsou přítomny stejné sekvence, přičemž čísla na pravé straně obrázku značí frekvenci výskytu. Místa štěpení cílové RNA zprostředkovaná pomocí dsRNA jsou značena jako oranžové kroužky. Velké kroužky značí místa pro slabá štěpení (zobrazeno na obrázku č. 3B). Kroužky nad 3’,5’řetězcem označovaly místa štěpení v 35'řetězce a kroužky na druhé straně dsRNA označují místa štěpení 5’,3’řetězcem. Až pět dalších nukleotidů se identifikovalo ve fragmentech obsahujících přibližně 21 nukleotidů získaných z 3’-konce dsRNA. Tyto nukleotidy jsou náhodnou kombinací převážně zbytků C, G, nebo A a přidaly se s velkou pravděpodobností během T7 transkripce řetězce, které se skládají z dsRNA.
(B) Na obrázku je zobrazena dvourozměrná analýza TLC složení nukleotidů RNA obsahujících přibližně 21 nukleotidů. mRNA obsahující 21 nukleotidů se vytvořila inkubací dsRNA Pp— luc o velikostí 504 párů bází značená radioaktivně v lyzátu organizmu Drosophila, dále se čistila na gelu a pak se štěpila na mononukleotidy nukleázou Pl (horní řádek) nebo ribonukleázou T2 (spodní řádek). Dvouřetězcová RNA se radioaktivně značila uvnitř transkripcí za přítomnosti jednoho z uvedených ct-32P nukleosidtrifosfátů. Radioaktivita se detekovala zobrazením na základě detekce fosforu. Nukleosid-5’-monofosfáty, nukleosid-3’-monoťosfáty, nukleosid-5’,3’-difosfáty a anorganický fosfát jsou značeny jako pN, Np, pNp a p,. Černé kruhy označují body, které absorbují LV záření z neradioaktivních nosičových nukleotidů. 3’,5’-bis-fosfáty (červený kruh) se identifikovaly společnou migrací s radioaktivně značenými standardy připravenými 5'-fosforylací nukleosid-3'-monofosfátů s polynukleotidovou kinázou T4 a γ-32Ρ-ΑΤΡ.
Na obrázku Č. 5 je znázorněno štěpení cílové RNA zprostředkované RNA obsahující 21 a 22 nukleotidy.
(A) Obrázek zobrazuje kontrolní dsRNA obsahující 52 párů bází a syntetickou dsRNA obsahující 21 a 22 nukleotidů. 3’,5'řetězec obsahující 21 a 22 nukleotidů interferující RNA (siRNA) je označen modře, 5’,3’řetězec je označen červeně. Sekvence siRNA se získaly klonováním fragmentů dsRNA o velikosti 52 a 111 párů bází (zobrazeno na obrázku č. 4A) s výjimkou 5',3'řetězce duplexu 5, který obsahuje 22 nukleotidů. siRNA v duplexu 6 a 7 vznikají pouze reakcí při zpracování dsRNA o velikosti 111 párů bází. Dva nukleotidy přesahu 3'-konce označené zeleně jsou přítomny v sekvenci syntetického 5’,3'řetězce duplexů 1 a 3. Oba řetězce kontrolní dsRNA obsahující 52 párů bází se připravily transkripcí in vitro a frakce transkriptů mohou obsahovat navíc nukleotidy na 3’-konci, které nejsou obsaženy v templátu. Místa štěpení cílové RNA řízená duplexy siRNA jsou značena jako oranžové kroužky (legenda k obrázku č. 4A) ajsou určeny v polohách zobrazených na obrázku č. 5.
(B) Poloha míst štěpení na pozitivní a negativní cílové RNA. Cílové sekvence RNA jsou ty popsané na obrázku ě. 3B. Kontrolní dsRNA obsahující 52 párů bází (10 nM) nebo duplexy RNA 1 až 7 obsahující 21 a 22 nukleotidů (v koncentraci 100 nM) se inkubovaly s cílovou RNA po dobu 2.5 hodiny při teplotě 25 °C· v íyzátu organizmu Drosophila. Stabilní produkty štěpené na 5’-konci se oddělily na gelu. Místa štěpení jsou uvedena na obrázku č. 5A. Oblast cílená dsRNA obsahující 52 párů bází nebo 3’,5' (s) nebo 5’,3’ (as) řetězce jsou označeny černými sloupci na jedné straně gelu. Místa štěpení jsou všechna umístěna
-9 CZ 302719 B6 v oblasti, která je shodná sdsRNA. Za účelem přesného stanovení míst štěpení 3',5'řetězce se použil méně koncentrovaný gel.
Obrázek č. 6: Dlouhé přesahy na 3'-konci krátké dsRNA inhibují RNAi.
(A) Obrázek zobrazuje konstrukce dsRNA obsahující 52 párů bází. Extenze 3’-konce 3',5' a 5',3'řetězce jsou označeny modře a červeně. Pozorovaná místa štěpení na cílové RNA jsou označena jako oranžové kroužky, podobně jako na obrázku č. 4A a byly stanoveny stejně, jak je zobrazeno na obrázku č. 6B.
(B) Obrázek zobrazuje polohu míst štěpení na 3',5' a 5’,3'řetězci cílové RNA. Cílové sekvence io RNA jsou stejné, jako se popisuje na obrázku č. 3B. Dvouřetězcová RNA (10 nM) se inkubovala s cílovou RNA po dobu 2,5 hodiny pri teplotě 25 °C v lyzátu organizmu Drosophila. Hlavní místa štěpení jsou označena horizontální šipkou a také jsou uvedeny na obrázku 6A. Oblast cílená dsRNA obsahující 532 párů bází je značena černými tlustými čarami na obou stranách gelu.
Í5
Obrázek č. 7 zobrazuje navržený model RNAi.
Předpokládá se, že RNAi začíná zpracováním dsRNA (3',5'řetězec je značen černě a 5',3'řetězec je značen červeně) na převládající krátké interferující RNA obsahující 21 a 22 nukleotidů (siRNA). Nukleotidy krátkého přesahu 3’-konce, jestliže jsou přítomny v dsRNA, mohou být výhodné pro zpracování krátkých dsRNA. Proteiny zpracovávající dsRNA, které je nutné charakterizovat, jsou znázorněny jako zelené a modré ovály ajsou uspořádány v dsRNA asymetricky. V našem modelu tuto skutečnost znázorňuje navázání hypotetického modrého proteinu nebo oblasti proteinu na řetězec siRNA ve směru od 3'konce k 5’-koncÍ, zatímco hypotetický zelený protein nebo oblast proteinu se vždy váže na opačný řetězec siRNA. Tyto proteiny nebo sada zůstává spojena s duplexem siRNA a chrání jeho orientaci, jak se stanoví směrem zpracování dsRNA. Pouze sekvence siRNA spojená s modrým proteinem je schopna řídit štěpení cílové RNA. Endonukleázový komplex se popisuje jako malý interferující ribonukleoproteinový komplex nebo siRNP. Předpokládá se, že endonukleázy, které štěpí dsRNA mohou také štěpit cílovou RNA, pravděpodobně dočasným nahrazením pasivního řetězce siRNA, kterého nelze použít při rozeznávání cíle. Cílová RNA se pak štěpí v centru oblasti rozeznávané siRNA komplementární s uvedenou sekvencí.
Na obrázku č. 8 jsou zobrazeny konstrukce reportéru a duplexy siRNA.
(A) Na obrázku jsou zobrazeny oblasti reportního genu luciferázy světlušek (Pp-luc) a Renilla reniformis (Rr-luc) z plazmidu pGL2-Control a pRL-TK (od firmy Promega). Označeny jsou regulační elementy SV40, promotor thymidinové kinázy HSV a dva introny (čáry). Sekvence luciferázy GL3 je s 95 % shodná s GL2, ale oblast RL je zcela odlišná. Exprese luciferázy zpGL2 je v transfekovaných savčích buňkách přibližně desetkrát menší než v případě luciťeráza z pGL3. Oblast cílená duplexy siRNA je značena jako černá linka pod kódující oblastí genů luciferázy.
(B) Na obrázku jsou zobrazeny (horní) sekvence 3',5' a 5',3'řetězce (spodní) duplexů siRNA cílené na GL2, GL3 a RL luciferázy. Duplexy siRNA GL2 a GL3 se liší substitucí pouze 3 jednotlivých nukleotidů (v šedivém rámečku). Jako nespecifická kontrola se syntetizoval duplex s obrácenou sekvencí GL2 (invGL2). Přesah 3’-konce obsahující 2 nukleotidy 2’45 deoxytymidin je označen jako TT. uGL2 je podobná GL2 siRNA, ale obsahuje ribo-uridinové přesahy 3’-konce.
Na obrázku č. 9 je zobrazena interference RNA pomocí duplexů siRNA. Poměry cílové kontrolní luciferázy se normalizovaly vůči kontrolnímu pufru (sloupce označené bu a černé sloupce). Šedé sloupce značí poměry (Pp-luc) GL2 organizmu Photinus pyralis nebo luciťeráza GL3 Renilla reniformis (Rr-luc) (levá osa). Bílé sloupce indikují poměr RL ku GL2 ku GL3 (pravá osa).
Panely a, c, e, g, a i popisují experimenty provedené v kombinaci plazmidu pGL2-Control a reportního plazmidu pRL-TK. Panely a, c, e, g, a i popisují experimenty provedené kombinací
- t() CZ 302719 B6 plazmidů pGL3-Control a reportního plazmidů pRL-TK. Buněčná linie používaná v případě experimentu interference je označena na vrcholu každého grafu. Poměry Pp-luc/Rc-luc v případě kontroly tvořené pufrem (bu) kolísá mezi 0,5 a 10 v případě pGL/pRL a mezi 0,03 a 1 v případě pGL/pRL před normalizací a mezi různými testovanými buněčnými liniemi. Vynesená data jsou průměrné hodnoty tří nezávislých experimentů ± standardní odchylka.
Na obrázku č. 10 jsou zobrazeny účinky siRNA obsahující 21 nukleotidů, dsRNA obsahující 50 a 500 párů bází na expresi luciferázy v buňkách HeLa.
Přesná délka dsRNA je uvedena pod sloupci. Panely a, c a e popisují experimenty uskutečněné s plazmidem pGL2-Control a reportním plazmidem pRL-TK. Panely b, d a f popisují experimenty uskutečněné s plazmidem pGL2-Control a reportním plazmidem pRL-TK. Data jsou průměrné hodnoty dvou nezávislých experimentů ± standardní odchylka. Grafy (a), (b) zobrazují absolutní expresi Pp-luc, vynesenou v libovolných jednotkách luminiscence. Graf (c), (d) znázorňuje expresi vynesenou v libovolných jednotkách luminiscence, graf (e), (f) znázorňuje poměr normalizovaného cíle ku kontrolní luciferáze. Poměry aktivity luciferázy v případě duplexů siRNA se normalizoval vůči kontrolnímu pufru (bu, černý sloupec). Poměry luminiscence v případě dsRNA obsahující 50 nebo 500 párů bází se normalizovaly vůči poměrům pozorovaným v případě dsRNA, která zahrnuje 50 a 500 bp, z humanizovaného GFP (hG, černé sloupce). Mělo by se poznamenat, že všechny rozdíly v sekvencích mezi dsRNA obsahující 49 a 484 párů bází cílící GL2 a GL3 nejsou dostatečné k propůjčení specifíty mezi cíli GL2 a GL3 (v segmentu obsahujícím 49 párů bází se shoduje 43 nukleotidů. 239 nukleopeptidů se shoduje v segmentu obsahujícím 484 párů bází).
Obrázek č. 11 znázorňuje různé přesahy 3’-konce duplexů siRNA obsahující 21 nukleotidů.
(A) Návrh strategie experimentu. Obrázek znázorňuje polyadenylovanou cílovou mRNA s čepičkou a relativní polohy v 3’,5’ a 5’,3'řetězci siRNA. připravilo se osm sérií duplexů podle osmi různých 5’,3’řetězců. Sekvence siRNA a počet přesahujících nukleotidů se měnil v krocích po jednom nukleotidu.
(B) Obrázek znázorňuje normalizovanou relativní luminiscenci cílové luciferázy (Photinus pyralis, Pp-luc) vůči kontrolní luciferáze (Renilla reniformis, Rr-luc) v lyzátu embryí organizmu D. melanogaster v přítomnosti 5 nM dsRNA s tupými konci. Poměry luminiscence stanovené v přítomnosti dsRNA se normalizovaly vůči poměru získanému pro kontrolní pufr (bu, černý sloupec). Normalizované poměry menší než l indikují specifickou interferenci. Obrázky (c) až (j) znázorňují poměry normalizované interference osmi sérií duplexů siRNA obsahujících 21 nukleotidů. Sekvence duplexů siRNA je znázorněna shora v textu ve sloupcových grafech. Každý panel ukazuje poměr interference v případě sady duplexů tvořených daným 5’,3'řetězcem siRNA a pěti různými 3’,5'řetězci siRNA. Počet přesahujících nukleotidů (přesahy na 3’-konci, pozitivní čísla, přesahy na 5’-konci, negativní čísla) jsou označeny na ose x. Vynesená data jsou průměrem alespoň 3 nezávislých experimentů. Chyby reprezentují standardní odchylky.
Obrázek č. 12 znázorňuje variace délky 3’,5’řetězce duplexů siRNA.
Obrázek (A) znázorňuje experiment. Tři 5’,3’řetězce obsahující 21 nukleotidů se párují s osmi 3’,5'řetězci siRNA. V případě siRNA se změnila délka jejich 3'-konce 5',3'řetězce siRNA tvoří 1 nukleotid (B), 2 nukleotidy (C) nebo 3 nukleotidy (D), zatímco přesah 3’,5’řetězce siRNA se mění v případě každé série. Jsou označeny sekvence duplexů siRNA a odpovídající poměry interference.
Obrázek č. 13 znázorňuje variace délky duplexů siRNA s chráněnými přesahy 3’-konce obsahující 2 nukleotidy.
Obrázek (A) znázorňuje experiment. Duplex siRNA obsahující 21 nukleotidů vykazuje shodnou sekvenci se sekvencí zobrazenou na obrázku č. 11 H nebo 12C. Duplexy siRNA se prodloužily na
3'-konci 3',5'řetězce siRNA (B) nebo na 5’-konci 3’,5’řetězce siRNA (C).
Obrázek č. 14 znázorňuje substituci 2' -hyd roxy lo vých skupin ribózovýeh zbytků siRNA.
2'-hydroxylové skupiny (OH) v řetězcích duplexů siRNA se nahradily 21-deoxyskupínou označenou (d) nebo 2*-O-metylovou skupinou označenou (Me). 2' -deoxysubstituce 2 a 4 nukleotidů na 3' koncích jsou označeny jako 2-nt d respektive 4-nt d. Zbytek uridín je nahrazen 2’—deoxytymidinem.
Obrázek č. 15 zobrazuje mapování štěpení 3'.5' a 5',3'řetčzců cílové RNA duplexy siRNA obsahující 21 nukleotidů s přesahy na 3' - konci obsahujícími 2 nukleotidy.
(A) Grafické znázornění 3\5’ a 5\3’řetězců RNA a duplexů siRNA s čepičkou značenou 12P (hvězdička). Poloha štěpení 3351 a 5’,3’řetězců cílové RNA je označena trojúhelníky nad a pod duplexy siRNA.
(B) Mapování míst štěpení cílové RNA. Po dvou hodinách inkubace 10 nM cílové nukleové kyseliny se 100nM duplexem siRNA v lyzátu embryí organizmu D. melanogaster se substrát značený na 5‘'-konci čepičkou a produkty štěpené na 5’-konci rozdělily v sekvenačních gelech. Markéry délky se vytvořily částečným štěpením za použití RNázy Tl (Tl) a Částečnou alkalickou hydrolýzou (OH-) cílové RNA. Tlusté čáry na levé straně znázorňují oblast krytou řetězci siRNA 1 a 5 se stejnou orientací jako je cíl.
Obrázek č. 16 znázorňuje 5*-konec řídicí siRNA, který definuje polohu štěpení cílové RNA.
Obrázky (A), (B) znázorňují strategii experimentu. 5’,3’řetězec siRNA byl stejný jako ve všech duplexech siRNA, ale počet nukleotidů v 3’,5'řetčzcí kolísal mezi 18 až 25 podle změn 3'-konce (A) nebo mezi 18 až 23 nukleotidy při změnách 5’-konce (B). Poloha štěpení na 3',5’ a 5\3'řetězcích cílové RNA je označena trojúhelníky nad a pod duplexy siRNA. Obrázek (C) a(D) zobrazuje analýzu štěpení cílové RNA za použití 3351 (horní panel) nebo 5',3’řetězce (spodní panel) cílové RNA značené čepičkou. Jsou zobrazeny pouze produkty štěpení na 5'-konci značené čepičkou. Jsou označeny sekvence duplexů a délka 3',5’řetězců siRNA je uvedena v horní části panelu. Kontrolní dráha značená čárkami v panelu (C) ukazuje cílovou RNA inkubovanou v nepřítomnosti siRNA. Použité markéry jsou ty popsané na obrázku č. 15. Šipky ve spodní Částí panelu D ukazují místa štěpení cílové RNA, které se liší o jeden nukleotid.
Obrázek č. 17 zobrazuje variace sekvence přesahu 3’—konce duplexů siRNA. Přesah na 3’-konci tvořený 2 nukleotidy (NN, v šedé barvě) se změnil sekvencí a uspořádáním, jak je uvedeno (T, 2’-deoxytymidÍn, dG, 2’-deoxyguanosin, hvězdička, duplex siRNA divokého typu). Normalizované poměry interferencí se stanovily způsobem popsaným na obrázku č. 11. Sekvence divokého typuje stejná, jako je znázorněno na obrázku č. 14.
Obrázek č. 18 znázorňuje sekvenční specifitu rozeznávání cíle. Sekvence nesprávně párovaných duplexů síRNA, upravených segmentů sekvence nebo jednotlivých nukleotidů jsou podtrženy šedou barvou, referenční duplex (ref) a duplexy síRNA 1 až 7 obsahují 2’-deoxytymidínové přesahy v délce 2 nukleotidů. Účinnost deaktivace referenčního duplexu upraveného tymidinem je srovnatelná se sekvencí divokého typu (obrázek ě. 17). Normalizované poměry interference jsou stejné jako ty uvedené na obrázku č. 11.
Obrázek č. 19 znázorňuje variace délky duplexů síRNA se zachovanými přesahy na 3’-konci obsahujícími 2 nukleotidy.
Duplexy siRNA se prodloužily ve směru 3’-konce 3’,5’-konce siRNA (A) nebo ve směru 5'- konce 3’,5’řetězce siRNA (B). Označeny jsou sekvence duplexu siRNA a poměry interference. V případě buněk HeLa SS6 se duplexy siRNA (v množství 0,84 pg) cílených na luciferázu GL2 transfekovaly spolu s plazmidy pGL2-Control a pRL-TK. Za účelem porovnání se označily aktivity RNAi in vitro duplexů siRNA testovaných v lyzátu organizmu D. melanogaster.
- 12 CZ 302719 B6
Příklady provedení vynálezu
Příklad 1: Interference RNA zprostředkovaná malými syntetickými RNA 1.1. Experimentální postupy
1.1.1 RNAi in vitro
RNAi in vitro a příprava lyzátů se provedly postupem popsaným dříve v textu (popisuje se v publikaci (Tuschl, T., Zámoře, P. D., Lehmann, R., Bartel, D. P. and Sharp, P. A. (1999). Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro. Genes & Dev. 13, 3191-3197, Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33). Důležité je použití Čerstvě rozpuštěné kreatinové kinázy (od firmy Roche) pro optimální regeneraci ATP. Testy translace RNAi (obrázek č. 1) se provedly s dsRNA v koncentraci 5 nM. Prodloužila se doba pre-inkubace na 15 minut, probíhá při teplotě 25 °C a pak se přidala in vitro transkríbovaná, polyadenylovaná mRNA Pp-lue s čepičkou a reportní mRNA Rr-luc. Inkubace pokračovala po dobu jedné hodiny a analyzovalo se relativní proteinu Pp-luc a Rr-luc za použití duálního luciferázového testu (od firmy Promega) a luminometru Monolight 3010C (PharMingen).
1.1.2 Syntéza RNA
Za účelem in vitro transkripce RNA z PCR templátů, které nesou promotorové sekvence T7 nebo SP6 (popisuje se v publikaci Tuschl. T., Sharp, P. A. and Bartel. D. P. (1998). Selection in vitro of novel ribozymes from a partially randomized U2 and U6 snRNA library. EMBO J. 17, 26372650) se použily standardní postupy. Syntetická RNA se připravila použitím fosforamidů expediční RNA (od firmy Proligo). Oligonukleotidový 3'adaptér se syntetizoval za použití dimetoxytrityl-l,4-benzendimetanolsukcÍnylaminopropyl-CPG. U oligoribonukleotidů se odstranila ochrana ve 3 ml 32% směsi amoniak/etanol (v poměru 3/1) po dobu 4 hodin při teplotě 55 °C {expediční RNA) nebo po dobu 16 hodin pri teplotě 55 °C (chimérické oligonukleotidy 3’ a 5’adaptorové DNA/RNA) a pak se odstranil silyl a provedla se izolace na gelu, jak se popisuje v publikaci Tuschl, T„ Ng, Μ. M., Pieken, W., Benseler, F., and Eckstein, F. (1993). Importance of exocyclic base functional groups of centra! core guanosines for hammerhead ribozyme activity. Biochemistry 32, 11658-11668. Transkripty RNA pro přípravu dsRNA zahrnující dlouhé přesahy 3’-konce se vytvořily z PCR templátu, který obsahoval promotor T7 ve směru 3’,5’ a promotor SP6 ve směru 5’,3’. Templáty transkripce pro 3’,5’ a 5’,3'řetězce cílové RNA se amplifikovaly za použití 5’-primeru GCGTAATACGACTCACTATAG AAC A ATTGC TTTT A CAG (podtržený promotor T7) a 3'-primeru ATTTAGGTGACACTATAGGCATAAAGAATTGAAGA (podtržený promotor SP6) a linearizovaný plazmid Pp-luc (sekvence pGEM-luc) se použil jako templát (popisuje se v publikaci Tuschl, T., Zámoře, P. D., Lehmann, R., Bartel, D. P. and Sharp, P. A. (1999), Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro. Genes & Dev. 13, 3191-3197). 3’,5’řetězec RNA přepsaný pomocí T7 obsahoval 177 nukleotidů se sekvencí Pp-luc mezi pozicemi 113 a 273 vztaženo ke startovacímu kodonu a pak následuje 17 nukleotidů doplňku sekvence promotoru SP6 na 3'-konci. Transkripty pro přípravu dsRNA s tupým koncem se připravily transkripci ze dvou různých produktů PCR, které obsahují pouze jedinou promotorovou sekvencí.
Teplotní hybridizace dsRNA se provedla za použití extrakce směsí fenol/chloroform. Ekv i molární koncentrace 3',5'řetězce a 5',3'řetězce RNA (50 nM až 10 μΜ v závislosti na délce a dostupném množství) v 0,3 M NaOAc (pH 6) se inkubovaly po dobu 30 sekund při teplotě 90 °C a pak se extrahovala při teplotě místnosti se stejným objemem směsi fenol/chloroform a pak následuje extrakce chloroformem, aby se odstranil zbytkový fenol. Výsledná RNA se srážela přidáním 2,5 až 3 objemy etanolu. Pelet se rozpustil v lyzačním pufru (100 mM KC1, 30 ml HEPES-KOH,
- 13CZ 302719 B6 pH 7,4, 2 mM Mg(OAe)3 a kvalita dsRNA se ověřila standardní elektroforézou na agarózovém gelu v lx koncentrovaném pufru TAE, Dvouřetězcová RNA obsahující 52 párii bází s přesahy 3'-konců, které obsahují 17 a 20 nukleotidů (obrázek č, 6) se teplotně hybridizovaty inkubací po dobu I minuty při teplotě 95 °C. Směs se pak rychle ochladila na teplotu 70 °C a nechala se pomalu chladnout na teplotu místnosti po dobu 3 hodin (50 μΐ reakci pro teplotní hybrídizaci, řetězec v koncentraci I μΜ, 300 mM NaCI, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5). Dvouřetězcová RNA se pak extrahovala ve směsi fenol/chloroform, srážela se etanolem a rozpustila se v lyzačním pufru.
Transkripce RNA, která je vnitřně radioaktivně značená pomocí 32P a používá se pro přípravu ío dsRNA (obrázky č. 2 a 4), se provedly za použití 1 mM ATP, CTP, GTP, 0,1 nebo 0,2 mM UTP a 0,2 až 0,3 μΜ 32P-UTP (3000 Ci/mmol) nebo příslušného poměru vhodného pro radioaktivně značený nukleosidtri fosfát jiný než UTP. Značení cílových RNA čepičkou se uskutečnilo způsobem popsaným shora v textu. Pak se cílová RNA čistila na gelu. i? 1.1.3 Mapování míst štěpení
Standardní reakce RNA se provedly pre-inkubací 10 nM dsRNA po dobu 15 minut. Pak následuje přidání 10 nM cílové RNA značené čepičkou. Reakce se zastavila po uplynutí dalších 2 hodin (obrázek č. 2A) nebo 2,5 hodin inkubace (obrázek č. 5B a 6B) s proteinázou K (popisuje se v publikaci Tuschl, T., Zámoře, P. D., Lehmann, R., Bartel, D. P, and Sharp, P. A. (1999). Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro. Genes&13, 3191-3197). Vzorky se pak analyzovaly na 8 nebo 10% sekvenačním gelu. Duplexy syntetické RNA obsahující 21 a 22 nukleotidů se použily v konečné koncentraci 100 nM (zobrazeno na obrázku č. 5B).
1.1.4 Klonování RNA obsahující přibližně 21 nukleotidů
RNA obsahující 21 nukleotidů se připravila inkubací radioaktivně značené dsRNA v lyzátu organizmu Drosophila v nepřítomnosti cílové RNA (objem reakční směsi je 200 μί, doba inkubace 1 hodina, 50 nM dsPl 11 nebo 100 nM dsP52 nebo dsP39). Reakční směs se následně ošetřila ío proteinázou K (popisuje se v publikaci Tuschl, T., Zámoře, P. D., Lehmann, R., Bartel, D. P. and
Sharp, P. A. (1999). Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro. Genes&
Dev. 13, 3191-3197) a produkty zpracování dsRNA se oddělily na denaturačním 15% polyakrylamidovém gelu. Vyřízl se pruh zahrnující rozmezí velikosti alespoň 18 až 24 nukleotidů, eluoval se do 0,3 M NaCI ve zkumavce potažené silikonem při teplotě 4 °C přes noc. RNA se získala srážením etanolem a defosforylovala se (objem reakční smčsi je 30 μΙ, doba inkubace je minut, teplota reakce je 50 °C a použilo se 10 jednotek alkalické fosfatázy od firmy Roche).
Reakce se zastavila extrakcí směsi fenol/chloroform a RNA se pak srážela etanolem. Oiigonukleotid 3'adaptoru (pUUUaaccgcatccttctcx: velká písmena, RNA; malá písmena, DNA; p, fosfát; x, 4-hydroxymetylbenzyl) se pak ligová! do defosfory lované RNA obsahující přibližně 21
4o nukleotidů (objem reakční směsi je 20 μ], trvání reakce je 30 minut, teplota reakce je 37 °C, použil se 3’adapter v koncentraci 5 μΜ, 50 mM Tris-HCl, pH 7,6, 10 mM MgCE, 0,2 mM ATP, 0,1 mg/ml acetylované BSA, 15 % DMSO, 25 jednotek RNA ligázy T4, (od firmy AmershamPharmacia) (popisuje se v publikaci Pan, T. and Uhlenbeck, O. C. (1992). In vitro selection of RNAs that undergo autolytic cleavage with Pb2+. Biochemistry 31, 3887-3895). Ligační reakce se zastavila přidáním stejného objemu směsi 8 M močoviny/50 mM EDTA a nanesla se přímo do 1 5 % gelu. Výtěžek ligace byl vyšší než 50 %. Produkt ligace se získal z gelu ajeho 5’-konec se fosfory loval (objem reakce je 20 μΙ, reakční doba je 30 minut, reakční teplota je 37 °C, použil se 2mM ATP, 5 jednotek T4 polynukleotidové kinázy, NEB). Fosforylační reakce se zastavila extrakcí směsi fenol/chloroform a RNA se získala srážením v etanolu. 5'adapter (tactaatacgact50 cactAAA: velká písmena RNA; malá písmena, DNA) se ligoval do fosforylovaného ligačního produktu, jak se popisuje shora v textu. Nový ligační produkt se Čistil na gelu a eluoval se z proužků gelu v přítomnosti primeru pro reverzní transkripci (GACTAGCTGGAATTCAAGGATGCGGTTAAA: zvýrazněné je místo rozeznávané restrikčním enzymem Eco RI) užívaného jako nosič. Po reverzní transkripci (objem reakční směsi je 15 μί, reakční doba je 30 minut.
- 14 CZ 302719 B6 reakční teplota je 42 °C, použilo se 150 jednotek reverzní transkriptázy Superscript II od firmy Life Technologies) následuje PCR používající jako primer sekvenci CAGCCAACGGAATTCATACGACTCACTAAA (zvýrazněné je místo rozeznávané restrikčním enzymem Eco RI) a 3’RT primer. Produkt PCR se čistil extrakcí směsi fenol/chloroform a pak se srážel etanolem.
Produkt PCR se pak štěpil restrikčním enzymem Eco RI (NEB), za použití T4 DNA li gázy vznikaly kankatamery (ve vysoké koncentraci, NEB). Kankatamery v rozmezí velikostí 299 až 800 párů bází se oddělily na agarózovém gelu s nízkou teplotou tání. Z gelu se získaly standardní metodou roztavení gelu a fenolovou extrakcí a srážely se etanolem. Nespárované konce se vyplnily inkubací s Taq polymerázou za standardních podmínek po dobu 15 minut pri teplotě 72 °C a io produkt DNA se přímo ligoval do vektoru pCR2.1-TOPO za použití klonovací sady TOPO TA (Invitrogen). Kolonie se hodnotily za použití PCR a M13-20 a MI3 reverzních sekvenačních primerů. Produkty PCR se přímo sekvenovaly (sekvenování se provedlo na zakázku v instituci Sequence Laboratories Gottingen GmbH, Německo). Jeden klon v průměru obsahoval 4 až 6 21memích sekvencí.
1.1.5 Analýza 2D-TLC
Štěpení nukleázou PÍ radioaktivně značené na gelu izolované siRNA a analýza 2D-TLC se provedla způsobem popsaným v publikaci Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P.
2o (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33. Štěpení nukleázou T2 se provedlo v reakčním objemu 10 μί při teplotě 50 °C po dobu 3 hodin v 10 mM acetátu sodném (hodnota pH je 4,5) za použití tRNA v koncentraci 2 pg/μΐ a 30 jednotek ribonukleázy T2 (od firmy Life Technologies). Migrace neradioaktivně značených standardů se stanovila stíněním LV záření. Identita nukleosid25 3’,5’-difosfátů se potvrdila společnou migrací produktů štěpených T2 se standardy připravenými 5’ -32P-fosforylací běžných nukleosid-3’-monofosfátů za použití γ-32Ρ-ΑΤΡ a polynukleotidové kinázy T4 (data nejsou uvedena).
1.2 Výsledky a diskuze
1.2.1 Požadavky délky při zpracování dsRNA na fragmenty RNA obsahující 21 a 22 nukleotidů
Lyzáty připravené ze syncitiálních embryí organizmu D. melanogaster umožňují RNAi in vitro a poskytují nový nástroj biochemické analýzy mechanizmu RNAi (popisuje se v publikaci Zamo35 re, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33 a Tuschl, T., Zámoře, P. D., Lehmann, R., Bartel, D. P. and Sharp, P. A. (1999). Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro. Genes&Dev. 13, 3191-3197). Analýza in vitro a in vivo požadavků na délku dsRNA pro RNAi ukázala, že krátké dsRNA (kratší než 150 párů bází) jsou méně účinné než delší dsRNA při degradaci cílové mRNA (popisuje se v publikaci Caplen, N. J., Fleenor, J., Fire, A., and Morgan, R. A. (2000). dsRNA-mediated gene silencing in cultured Drosophila cells: a tissue culture model for the analysis of RNA interference. Gene 252, 95-105, Hammond, S. M., Bemstein, E., Beach, D., and Hannon, G. J. (2000). An RNA-dírected nuclease mediates post-transcriptional gene silencing in Drosophila cells. Nature 404, 293-296,
Ngo, H„ Tschudi, C., Gull, K., and Uilu, E. (1998). Double-stranded RNA induces mRNA degradation in Trypanosoma brucei. Proč. Nati. Acad. Sci. USA 95, 14687-14692 a Tuschl, T„ Zámoře, P. D., Lehmann, R., Bartel, D. P. and Sharp, P. A. (1999). Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro. Genes & Dev. 13, 3191-3197). Důvody snížené účinnosti při redukci mRNA nejsou známy. Proto se testovaly přesné požadavky na délku dsRNA při degrada50 cí cílové RNA za optimalizovaných podmínek v lyzátu organizmu Drosophila (popisuje se v publikaci Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Doublestranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. cell 101, 25-33). Syntetizovalo se několik sérií dsRNA a směrují se proti reportní RNA luciferáze světlušek (Pp-luc). Specifické potlačení exprese cílové RNA se sledovalo duálním luciferázo55 vým testem (popisuje se v publikaci Tuschl, T., Zámoře, P. D„ Lehmann, R., Bartel, D. P. and
- 15 CZ 302719 B6
Sharp, P. A. (1999). Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro. Genes & Dev. 13, 3191-3197) (zobrazeno na obrázku č. IA a IB). Detekovala se specifická inhibice exprese cílové RNA v případě dsRNA, která obsahuje 38 párů bází. Dvouřetězcová RNA obsahující 29 až 36 párů bází není v tomto procesu účinná. Účinek nezávisí na cílové poloze a stupni inhibice exprese mRNA Pp-luc vztažené k délce dsRNA. To znamená, že dlouhá dsRNA je účinnější ve srovnání s krátkou dsRNA.
Naznačuje se, že fragmenty RNA obsahující 21 až 23 nukleotidů vytvořené zpracováním dsRNA jsou mediátory interference RNA a ko-suprese (popisuje se v publikaci Hamilton, A. J., and Baulcombe, D. C. (1999). A species of smáli anti-sense RNA in posttranscríptional gene silencing in plants. Science 86, 950-952, Hammond, S. M., Bernstein, E., Beach, D., and Hannon, G. J. (2000). An RNA-directed nuclease mediates post-transcriptional gene silencing in Drosophila cells. Nátuře 404, 293-296 a Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATPdependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101,25-33). Proto se analyzovala rychlost tvorby fragmentů obsahující 21 až 23 nukleotidů pro sadu dsRNA, které obsahují 501 až 29 párů bází. Tvorba fragmentů obsahujících 21 až 23 nukleotidů v lyzátu organizmu Drosophila (zobrazeno na obrázku č. 2) byla snadno detekovatelná v případě dsRNA obsahující 30 až 501 párů bází, ale byla podstatně prodloužena v případě dsRNA obsahující 29 párů bází. Toto pozorování odpovídá úloze fragmentů obsahujících 21 až 23 nukleotidů při řízení štěpení mRNA a poskytuje vysvětlení nedostatečné RNAi v případě dsRNA obsahující 30 párů bází. Závislost tvorby 21 až 23-méru na délce, pravděpodobně odráží biologicky relevantní řídicí mechanizmus prevence nežádoucí aktivace RNAi krátkými intramolekulámími strukturami založenými na párování bází normální buněčné RNA.
1.2.2 Dvouřetězcová RNA obsahující 39 párů bází zprostředkovává štěpení cílové RNA v jediném místě
Přidání dsRNA a cílové RNA, která obsahuje na svém 5’-konci čepičku, do lyzátu organizmu Drosophila vede ke sekvenčně specifické degradaci cílové RNA (popisuje se v publikaci Tuschl, T., Zámoře, P. D., Lehmann, R., Bartel, D. P. and Sharp, P. A. (1999). Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro. Genes & Dev. 13, 3191-3197. Cílová mRNA se štěpí pouze v oblasti identity s dsRNA. Řada cílových míst štěpení se oddělilo fragmenty obsahujícími 21 až 23 nukleotidů (popisuje se v publikaci Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33). Očekávalo se, že počet míst štěpení v případě dané dsRNA zhruba odpovídá délce dsRNA děleno 21. Mapovaly se cílová místa štěpení na pozitivní a negativní cílové RNA, kteráje radioaktivně značena na čepičce (popisuje se v publikaci Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101,25-33) (zobrazeno na obrázcích 3A a 3B). Stabilní produkty štěpení na 5’-konci se oddělily na sekvenačním gelu a polohy míst štěpení se určily porovnáním s žebříčkem vzniklým částečným štěpením RNázou Tl a alkalickou hydrolýzou cílové RNA.
V souladu s předchozím pozorováním (popisuje se v publikaci Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33) všechna místa štěpení cílové RNA se nacházejí v oblasti identity s dsRNA. 3’,5’ nebo 5\3’řetězec cílové nukleové kyseliny se štěpil pouze jednou pomocí dsRNA, která obsahuje 39 párů bází. Každé místo štěpení se nachází 10 nukleotidů od 5’-konee oblasti, kterou překrývá dsRNA (zobrazeno na obrázku č. 3B). Dvouřetězcová RNA obsahující 52 párů bází, která sdílí stejný 5’-konec s dsRNA obsahující 39 párů bází, produkuje vedle dvou míst slabšího štěpení, která leží 21 a 24 nukleotidů downstream od prvního místa, stejné místo štěpení na 3’,5'řetězci cíle lokalizované v poloze 10 nukleotidů vzdálené od 5’-konce oblasti shodné s dsRNA. Nesmyslný cíl se štěpil pouze jednou opět v místě vzdáleném 10 nukleotidů od 5’-konce oblasti pokryté dsRNA. Mapování míst štěpení v případě dsRNA obsahující 38 až 49 párů bází je zobrazeno na obrázku č. 1 a ukazuje, že
- 16CZ 302719 Β6 první a převládající místo štěpení se také nachází 7 až 10 nukleotidů downstream od oblasti pokryté dsRNA (data nejsou zobrazena). To naznačuje, že místo štěpení cílové RNA je stanoveno koncem dsRNA a je možné předpokládat, že zpracování 21 až 23-méru začíná od konců duplexu.
Místa štěpení 3*,5’ a 5’,3’řetězců cíle v případě dsRNA obsahující 111 párů bází jsou daleko častější než se očekávalo a většina z nich se vyskytuje v blocích oddělených 20 až 23 nukleotidy (zobrazeno na obrázku č. 3A a 3B). V případě kratší dsRNA první místo štěpení na 3’,5’řetěze i cíle je 10 nukleotidů od 5’-konce oblasti pokryté dsRNA a první místo štěpení na 5’,3'řetězci cíle se nachází 9 nukleotidů od 5‘ -konce oblasti pokryté dsRNA. Není jasné, co způsobuje toto nepravidelné štěpení. Jednou možností vysvětlení je, že delší dsRNA se zpracovává ne pouze od konce, ale také od prostředku, nebo existují některé determinanty spécifity zpracování dsRNA. které nejsou zcela známy. Dříve se také zmiňovaly některé nepravidelnosti obsahující 21 až 23 nukleotidů (popisuje se v publikaci Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P, (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33). Aby se lépe porozumělo molekulárním základům zpracování dsRNA a rozeznávání cílové RNA, analyzovaly se sekvence fragmentů obsahující 21 až 23 nukleotidů zpracováním dsRNA obsahující 39, 52 a lil párů bází v lyzátu organizmu Drosophila.
1.2.3 Dvouřetězcová RNA se zpracovává za vzniku RNA obsahující 21 a 22 nukleotidů mechanizmem podobným štěpení RNázou III
Za účelem charakterizovat fragmenty RNA obsahující 21 až 23 nukleotidů následovaná β-eliminací indikovala přítomnost terminálních 2’ a 3’-hydroxylových skupin. 21 až 23-mery také odpovídají na aplikaci alkalické fosfatázy, což indikuje přítomnost fosfátové skupiny na 5’-konci. Přítomnost fosfátu na 5’-konci a hydroxylu na 3’-konci naznačuje, že dsRNA by mohla být zpracovávána enzymatickou aktivitou podobnou RNáze III organizmu E. coli (popisuje se v publikaci Dunn, J. J. (1982). Ribonuclease III. In the enzymes, vol. 15, part Β, P. D. Boyer ed. (New York: Academie Press), pp. 485-499, Nicholson, A. W. (1999). Function, mechanism and regulation of bacterial ribonuclease. FEMS Microbiol. Rev. 23, 371-390, Robertson, H. D. (1990). Escherichia coli ribonuclease III. Methods Enzymol. 181, 189-202, Robertson, H. D. (1982). Escherichia coli ribonuclease III cleavage sites. Cell 30, 669-672)).
Řízené klonování fragmentů RNA obsahující 21 až 23 nukleotidů se provedlo ligaci nukleotidu 3’ a 5'adaptoru k izolovaným 21 až 23-mérům za použití T4 RNA li gázy. Ligační produkty se reverzně přepsaly, amplifikovaly se pomocí PCR, konkatamerizovaly se, klonovaly se a sekvenovaly se. Sekvenovalo se více jak 220 RNA, které se získaly zpracováním dsRNA obsahujících 39, 53 a 111 párů bází (zobrazeno na obrázku c. 4A). Zjistilo se, že rozložení délek je následující I % 18 nukleotidů, 5 % 19 nukleotidů, 12 % 20 nukleotidů, 45 % 21 nukleotidů, 28 % 22 nukleotidů, 6 % 23 nukleotidů a 2 % 24 nukleotidů. Analýza sekvence 5’-terminálních nukleotidů zpracovávaných fragmentů ukázala, že oligonukleotidy s 5’guanosinem jsou zastoupeny méně často. Tento trend s největší pravděpodobností způsobuje RNA li gáza T4, která potlačuje 5'fosfory lovaný guanosin, jako donorový oligonukleotid. Na 3’-konci se nepozoroval žádný podstatný trend, co se týká zastoupení sekvencí. Řada fragmentů obsahujících přibližně 21 nukleotidů získaných z 3’-konců pozitivního nebo negativního řetězce duplexů zahrnují 3'nukleotidy, které se získaly adicí nukleotidů během syntézy RNA za použití RNA polymerázy T7. Také se klonoval podstatný počet endogenních RNA organizmů Drosophila obsahující přibližně 21 nukleotidů, některé z nich pochází z retrotranspozonů LTR a z transpozonů, které nejsou z LTR (data nejsou zobrazena). To odpovídá možné úloze RNAi při deaktivaci tranzpozonů.
RNA obsahující 21 nukleotidů se objevují v klustrovaných skupinách (zobrazeno na obrázku
č. 4A), které překrývají celé sekvence dsRNA. Reakce zjevně štěpí dsRNA, přičemž zanechává uspořádané 3’-konce, cožje další charakteristika štěpení RNázou III. V případě dsRNA oveli- 17CZ 302719 B6 kosti 39 párů bází se našly dva bloky RNA obsahující přibližně 21 nukleotidů z každého řetězce skládajícího se z dsRNA zahrnující překrývající se 3'-konce. Jestliže fragmenty obsahující přibližně 21 nukleotidů byly přítomny jako jednořetězcové řídicí RNA v komplexu, který zprostředkovává degradaci mRNA, je možné předpokládat, že existují alespoň dvě cílena místa štěpení. Což není tento případ. To naznačuje, že RNA obsahující přibližně 21 nukleotidů může být přítomna ve formě dvouřetězcové RNA v endonukleázovém komplexu, ale pouze jeden z řetězců se může použít pro rozeznávání a štěpení cílové RNA. Použití pouze jednoho z řetězců obsahujícího 21 nukleotidů pro cílené štěpení může být jednoduše určeno orientací, ve které je duplex obsahující 21 nukleotidů vázán k nukleázovému komplexu. Tato orientace je definována směrem, ve kterém se zpracovává původní dsRNA.
Klustry obsahující 21-mery pro dsRNA obsahující 52 párů bází a 111 párů bází jsou méně dobře definované, když se porovnávají s dsRNA obsahujícími 39 párů bází. Klustry jsou rozprostřeny do oblasti obsahující 25 až 30 nukleotidů, které s největší pravděpodobností reprezentují několik odlišných sub popu lácí duplexů obsahujících přibližně 21 nukleotidů a proto řídí štěpení jsou stále odděleny intervaly 20 až 23 nukleotidů. Pravidla určující jak je možné zpracovat běžnou dsRNA na fragmenty obsahující 21 nukleotidů nejsou ještě známa, ale už se pozorovalo, že místa štěpení obsahující přibližně 21 až 23 nukleotidů je možné změnit za použití uridinů (popisuje se v publikaci Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33). Specifita štěpení dsRNA pomocí RNázy III organizmu E. coli se jeví být hlavně řízena antideterminanty. To znamená, že jsou vyloučeny některé specifické páry bází v daných polohách vztažených k místu štěpení (popisuje se v publikaci Zhang, K., and Nicholson, A. W. (1997). Regulation of ribonuclease III processing by double-helical sequence antideterminants. Proč. Nati. Acad. Sci. USA 94, 13437-13441).
Aby se testovalo, zda ve zpracovaných fragmentech RNA obsahujících přibližně 21 nukleotidů jsou přítomny úpravy cukerné složky, báze nebo čepičky, inkubovaly se radioaktivně značená dsRNA Pp-luc obsahující 505 párů bází v lyzátu po dobu jedné hodiny, izolovaly se produkty obsahující přibližně 21 nukleotidů a štěpily se nukleázou Pl nebo T2 na mononukleotidy. Směs nukleotidů se pak analyzovala chromatograflí 2D na tenké vrstvě (zobrazeno na obrázku č. 4B). jak se ukázalo, na základě Štěpení pomocí Pl nebo T2, nebyl upraven žádný ze čtyř přirozených ribonukleotidů. Dříve se analyzovala přeměna adenozinu na inozin ve fragmentech obsahujících přibližně 21 nukleotidů (po 2 hodinách inkubace) a detekoval se malý rozsah deaminace (menší než 0,7%) (popisuje se v publikaci Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33). Kratší inkubace v lyzátu (1 hodina) redukovala tuto inosinovou frakci na sotva detekovateinou hladinu. RNáza T2, která štěpí 3’-konec fosfodiesterové vazby, produkovala nukleosid-3’-fosfát a nukleosid-3’,5’-difosfát, čímž se indikuje přítomnost monofosfátu na 5’-konci. Detekovaly se všechny čtyři nukleosid-3,.5, difosfáty a naznačuje se, že internukleotidová vazba vyla štěpena s malou nebo žádnou sekvenční specífítou. Lze shrnout, že fragmenty obsahující přibližně 21 nukleotidů nejsou upraveny a vytvořily se z dsRNA tak, že 5'monofosfáty a 3'-hydroxyly byly přítomny na 5’-konci.
1.2.3 Štěpení cílové RNA zprostředkované syntetickými RNA, které obsahují 21 a 22 nukleotidů
Analýza produktů zpracování dsRNA ukazuje, že fragmenty obsahující přibližně 21 nukleotidů jsou vytvořeny reakcí se všemi charakteristikami štěpení RNázou III (popisuje se v publikaci Dunn, J. J. (1982). Ribonuclease III. In the enzymes, vol. 15, part Β, P. D. Boyered. (New York: Academie Press), pp. 485—199, Nicholson, A. W. (1999). Function, mechanism and regulation of bacterial ribonuclease. FEMS Microbiol. Rev, 23, 371-390, Robertson, H. D. (1990). Escherichia coli ribonuclease III. Methods Enzymol. 181, 189-202, Robertson, H. D. (1982). Escherichia coli ribonuclease III cleavage sites. Cell 30, 669-672). RNáza štěpí oba řetězce dsRNA, přičemž vznikají dva přesahy na 3'-koncích obsahující přibližně 2 nukleotidy. Chemicky se syntetizovaly RNA obsahující 21 a 22 nukleotidů, jejichž sekvence je shodná s některým z klonovaných frag- 18CZ 302719 B6 mentu obsahující přibližně 21 nukleotidů a testovala jejich schopnost zprostředkovat degradaci cílové RNA (zobrazeno na obrázcích č. 5A a 5B). Duplexy RNA obsahující 21 a 22 nukleotidů se ínkubovaly v koncentracích 100 nM v lyzátu v desetkrát vyšších koncentracích než kontrolní dsRNA obsahující 52 párů bází. Za uvedených podmínek štěpení cílové RNA je snadno detekovatelné. Snížení koncentrace duplexů obsahujících 21 a 22 nukleotidů ze 100 nM na 10 nM stále způsobuje štěpení cílové RNA. Zvýšením koncentrace duplexů ze 100 nM na 1000 nM však dále nezvyšuje štěpení cíle, což je pravděpodobně způsobeno omezením proteinového faktoru v lyzátu.
Na rozdíl od dsRNA obsahující 29 nebo 30 párů bází, které nezprostředkovávají RNAi, dsRNA obsahující 21 a 22 nukleotidů s přesahem na 3’-koncích, jenž obsahují 2 až 4 nukleotidy, zprostředkovávají účinnou degradaci cílové RNA (duplexy 1, 3, 4, 6, zobrazeno na obrázku č. 5A a 5B). U dvouřetězcové RNA obsahující 21 nebo 22 nukleotidů s tupými konci (duplexy 2, 5 a 7, zobrazeno r»a obrázcích 5A a 5B) se redukovala její schopnost degradovat cíl a ukazuje se, že přesahující 3' -konce jsou důležité při rekonstituci komplexu RNA-proteinová nukleáza. Jednořetězcové přesahy mohou být nutné k dosažení navázání s vysokou afinitou duplexu, který obsahuje přibližně 21 nukleotidů, na složky proteinu. Fosfát na 5’-konci, ačkoliv je přítomen po zpracování dsRNA, není nutný pro zprostředkování štěpení cílové RNA a krátké syntetické RNA ho neobsahují.
Syntetické duplexy obsahující 21 a 22 nukleotidů, které řídí štěpení pozitivního stejnějako negativního cíle v oblasti pokryté krátkým duplexem. To je důležitý výsledek zvažující, že dsRNA obsahující 39 párů bází, která tvoří dva páry klustrů fragmentů obsahující přibližně 21 nukleotidů (zobrazeno na obrázku č. 2) štěpí 3’,5’ nebo 5’,3’řetězec cíle pouze jednou nebo dvakrát. Tento výsledek se dá interpretovat tak, že pouze jeden ze dvou řetězců přítomný v duplexu obsahujícím 21 nukleotidů je schopen řídit štěpení cílové RNA a orientace duplexu obsahujícího přibližně 21 nukleotidů v nukleázovém komplexu se stanoví počátečním směrem zpracování dsRNA. Prezentace už správně zpracovaného duplexu obsahujícího přibližně 21 nukleotidů systému in vitro však neumožní tvorbu aktivního nukleázového komplexu specifického pro sekvenci se dvěma možnými orientacemi symetrického duplexu RNA. To vede ke štěpení 3’,5’řetězce stejnějako 5’,3řetězce cíle v oblasti identity s duplexem RNA obsahujícím 21 nukleotidů.
Místo štěpení cíle se nachází 11 nebo 12 nukleotidů downstream od prvního nukleotidu, kterýje komplementární s řídicí sekvencí obsahující 21 nebo 22 nukleotidů. To znamená, že místo štěpení je blízko středu oblasti pokryté RNA obsahující 21 nebo 22 nukleotidů (zobrazeno na obrázcích č. 4A a 4B). Nahrazení 3’,5’řetězce duplexu obsahujícího 22 nukleotidů dvěma nukleotidy (porovnání duplexů 1 a 3 na obrázku č. 5A) nahradilo místo štěpení pouze 5’,3'řetězce dvěma nukleotidy. Nahrazení 3’,5’ a 5’,3'řetězce dvěma nukleotidy posunulo obě místa štěpení o dva nukleotidy (porovnání duplexů 1 a 4). Předpokládá se, že bude možné navrhnout pár RNA obsahující 21 nebo 22 nukleotidů, aby štěpily cílovou RNA skoro v libovolné dané poloze.
Specifita Štěpení cílové RNA řízeného RNA, která obsahuje 21 a 22 nukleotidů, se jeví být vysoká, protože se neobjevilo žádné jiné místo štěpení (zobrazeno na obrázku č.5B). Mělo by se vsak poznamenat, že nukleotidy přítomné v přesahu 3’-konce duplexu RNA obsahujícím 21 a 22 nukleotidů mohou přispívat k rozeznávání substrátu méně než nukleotidy vyskytující se pozorování, že nukleotid blíže 3’-konce v přesahu na 3’-konci aktivních duplexů 1 nebo 3 (zobrazeno na obrázku č. 5A) není komplementární s cílem. Nyní je možné provést velmi snadno detailní analýzu specifity RNA za použití syntetických RNA obsahujících 21 a 22 nukleotidů.
Na základě důkazu, že syntetické RNA obsahující 21 a 22 nukleotidů s přesahujícími 3’-konci zprostředkovávají interferenci RNA, se navrhl název RNA, které obsahují přibližně 21 nukleotidů a to „krátké interferující RNA“ nebo „siRNA“ a pro komplex RNA-protein „krátká interferující ribonukleoproteinová částice“ nebo siRNP.
- 19 CZ 302719 Β6
1.2.5 Přesahy 3’-konce obsahující 20 nukleotidů v krátkých dsRNA inhibuje RNA i
Ukázalo se, že zpracování krátkých dsRNA s tupým koncem se začíná na koncích. Během naší studie závislosti dsRNA při RNAi na délce se také provedla analýza dsRNA s přesahy na 3 '-koncích, které obsahují 17 až 20 nukleotidů a zjistilo se, že jejich aktivita je nižší ve srovnání s dsRNA s tupými konci. Inhibiční účinek dlouhých 3' koncil se už popsal v případě dsRNA obsahujícím až 100 párů bází, aleje méně dramatický v případě delších dsRNA. Účinek není způsoben nesprávným uspořádáním dsRNA, což se zjistilo na základě gelové analýzy (data nejsou uvedena). Testovalo se, zda inhibiční účinek dlouhých přesahujících 3’-konců by se mohly použít, jako nástroj při přímém zpracování dsRNA na pouze jeden ze dvou konců krátkého RNA duplexu.
Syntetizovaly se čtyři kombinace modelu dsRNA obsahující 52 páru bází s tupými konci, prodloužení 3’-konce pouze pozitivního řetězce, prodloužení 3’-konce pouze negativního řetězce a prodloužení 3’-konce pouze obou řetězců, a po inkubaci v lyzátu se mapovala místa štěpení cílové RNA (zobrazeno na obrázku č. 6A a 6B). Když se prodloužil 3'-konce 5’,3’řetězce duplexu, z 3',5'řetězce cíle se ztratilo první a převládající místo štěpení 3’,5’řetězce cíle a naopak, když se prodloužil 3'-konec 3’,5'řetězce duplexu ztratilo se silné štěpící místo 5’,3’řetězce. Prodloužení 3’-konců obou řetězců vede k deaktivaci dsRNA obsahující 52 párů bází. Jedno vysvětlení deaktivace dsRNA prodloužením 3’-konce na přibližně 20 nukleotidů je existence proteinů, které se váží na jednořetězcovou RNA a které mohou interferovat s jedním z faktorů zpracování dsRNA na 3’-konci. Stejný výsledek se získal i v našem modelu, kde pouze jeden z řetězců duplexu siRNA v siRNP je schopen řídit štěpení cílových RNA. Orientace řetězce, který řídí štěpení RNA se definuje směrem reakce zpracování dsRNA. Je pravděpodobné, že přítomnost upravených 3’konců může umožnit uspořádání komplexu. Zablokování 3'-konce 3’,5'retězce umožní pouze zpracování dsRNA od protilehlého 3'-konce 5’,3’řetězce. To naopak tvoří komplexy siRNP. ve kterých pouze 5’,3'řetězec duplexu siRNA je schopen řídit štěpení 3',5'řetězce cílové RNA. Stejně to probíhá v opačné situaci.
Slabší inhibiční účinek dlouhého prodloužení 3’-konce v případě delších dsRNA (obsahují 500 párů bází nebo více, data nejsou uvedena) naznačuje, že dlouhá dsRNA může také obsahovat vnitřní signály zpracování dsRNA nebo se mohou zpracovat součinně na základě spojení více faktorů štěpení.
1.2.6 Model štěpení mRNA řízeného dsRNA
Na základě nových biochemických poznatků se vytvořil nový model znázorňující způsob cílení dsRNA na mRNA za účelem destrukce (zobrazeno na obrázku č. 7) Dvouřetězcová RNA se nejdříve zpracuje na krátké duplexy RNA s převládající délkou 21 a 22 nukleotidů a s upravenými 3’-konci. Tento způsob odpovídá reakci podobné působení RNázy III (popisuje se v publikaci Dunn, J. J. (1982). Ribonuciease III. In the enzymes, vol. 15, part Β, P. D. Boyer ed. (New York: Academie Press), pp. 485 -499. Nicholson, A. W. (1999). Function, mechanism and regulation of bacterial ribonuciease. FEMS Microbiol. Rev. 23, 371-390, Robertson, H. D. (1990). Escherichia coli ribonuciease III. Methods Enzymol. 181, 189-202, Robertson, H. D. (1982). Escherichia coli ribonuciease III cleavage sites. Cell 30, 669-672). Na základě délky fragmentů zpracované RNA, které obsahují 21 až 23 nukleotidů, se spekuluje, že aktivita podobná RNáze III se podílí na RNAi (popisuje se v publikaci Bass, B. L. (2000). Double-stranded RNA as a template for gene silencing. Cell 101, 235-238, Bosher, J. M. and Labouesse, M. (2000). Tuto hypotézu dále podporuje skutečnost, že přítomnost 5'fosfátů a 3-hydroxylů na koncích siRNA je možné také pozorovat u reakčních produktů RNázy III (popisuje se v publikaci Dunn, J. J. (1982). Ribonuciease III. In the enzymes, vol. 15, part Β, P. D. Boyer ed. (New York: Academie Press), pp. 485—499. Nicholson, A. W. (1999). Function, mechanism and regulation of bacterial ribonuciease. FEMS Microbiol. Rev. 23, 371-390, Robertson. H. D. (1990). Escherichia coli ribonuciease III. Methods Enzymol. 181, 189-202). Bakteriální RNáza III a její eukaryont-20CZ 302719 Β6 ní h Dunn, J. J. (1982). Ribonuclease IH. In the enzymes, vol. 15, part Β, P. D. Boyer ed. (New York: Academie Press), pp. 485—499, Nicholson, A. W. (1999). Function. mechanism and regulation of bacterial ribonuclease. FEMS Microbiol. Rev. 23, 371-390, Robertson, H. D. (1990). Escherichia coli ribonuclease III. Methods Enzymol. 181, 189-202). Ukázalo se, že bakteriální RNáza III a její eukaryontní homology Rntlp v organizmu S. cerevisiae a Paclp v organizmu S. pombe fungují při zpracování ribozomální RNA stejně dobře jako snRNA a snoRNA (popisuje se například v publikaci Chanfreau, G„ Buckle, M., and Jacquier, A, (2000). Recognition of a conserved class of RNA tetraloops by Saccharomyces cerevisiae RNase III. Proč. Nati. Acad. Sci. USA 97,3142-3147).
Pouze málo je známo o biochemii homologů RNázy III pocházející z rostlin, zvířat nebo člověka. Stanovily se dvě rodiny enzymů RNázy III převážně sekvenční analýzou za použití databáze nebo klonováním sDNA. První rodina RNáz III je reprezentována preoteinem drosha organizmu D. melanogaster, který obsahuje 1 327 aminokyselin (přístupové číslo AF1 16572). C-konec je tvořen ze dvou oblastí RNáz III a jedné oblasti vázající se na dsRNA, přičemž funkce N-konce není známa. Blízké homology je také možné najít u organizmu C. elegans (přístupové číslo AF160248) a u člověka (přístupové číslo AF189011) (popisuje se v publikaci Filippov, V., Solovyev, V., Filippova M., and Gill, S. S. (2000). A novel type of Rnase lil family proteins in eukaryotes. Gene 245, 213-221, Wu, H., Xu, H., Miraglia, L. J., and Crooke, S. T. (2000). Human Rnase III is a 160 kDa Protein Involved in Preribosomal RNA Processing. J. Biol. Chem. 17, 17). Lidská RNáza 111 podobná proteinu drosha se klonovala a charakterizovala (popisuje se v publikaci Wu, H., Xu, H., Miraglia, L. J., and Crooke, S. T. (2000). Human Rnase lil is a 160 kDa Protein Involved in Preribosomal RNA Processing. J. Biol. Chem. 17, 17). Gen se exprimuje v lidských tkáních a buněčných liniích a protein se nachází v jádru a jadérku buněk. Na základě výsledků získaných ve studii nesmyslné inhibice, je možné naznačit úlohu tohoto proteinu při zpracování rRNA. Druhá třída je reprezentována genem K12H4.8 organizmu C. elegans (přístupové číslo S44849) kódující protein obsahující 1 822 aminokyselin. Tento protein obsahuje motiv hetikázy N—konce RNA, po kterém následují 2 katalytické oblasti RNázy III a motiv vhodný pro navázání dsRNA, což odpovídá rodině RNázy III drosha. V organizmech, jako je S. pombe (přístupové číslo Q09884), A. thaliana (přístupové číslo AF187317), D. melanogaster (přístupové číslo AE003740) a člověka (AB028449) existují blízké homology (popisuje se v publikace Filippov, V., Solovyev, V., Filippova, M., and Gill, S. S. (2000). A novel type of Rnase III family proteins in eukaryotes. Gene 245, 213-221, Jacobsen, S. E., Runníng, Μ. P., and Μ., Μ. E. (1999). Disruption of an RNA helicase/Tnase III gene in Arabidopsis causes unregulated cell division in floral meristems. Development 126, 5231-5243, Matsuda, S., Ichigotani, Y., Okuda, T., Irimura, T., Nakatsugawa, S., and Hamaguchi, M. (2000). Molecular cloning and characterization of a novel human gene (HERNA) which eneodes a putative RNAhelicase. Biochim. Biophys. Acta 31, 1-2). Komplex K12H4.8 RNáza III/helikáza je pravděpodobný kandidát, který se podílí na RNAi.
Genetické testování organizmu C. elegans identifikovalo rde-1 a rde-4 jako podstatné při aktivaci RNAi, aniž dojde k účinku na mobilizaci nebo potlačení transpozonu (popisuje se v publikaci Dernburg, A. F., Zalevsky, J. Colaiacovo, Μ. P., and Vileneuve, A. M. (2000). Transgenemediated cosuppression in the C. elegans germ line. Genes & Dev. 14, 1578-1583, Ketting, R., and Plasterk, R. H. (2000). A genetic link between co-suppression and RNA interference in C. elegans. Nátuře 404, 296-298, Grishok, A., Tabara, H., and Mello, C. C. (2000). Genetic requirements for inheritance of RNAi in C. elegans. Science 287, 2494-497, Tabara. H., Sarkissiean, M., Kelly, W. G., Fleenor, J., Grishok, A., Timmons, L., Fire, A., and Mello, C. C. (1999). The erde-1 gene, RNA interference, and transposon silencing in C. elegans. Cell 99, 123-132). Tyto skutečnosti vedou k vyslovení hypotézy, že tyto geny jsou důležité pří zpracování dsRNA, ale nepodílejí se na degradaci cílové mRNA. Funkce obou genů není známa. Produkt genu rde—1 je členem rodiny proteinů podobných králičímu proteinu elF2C (popisuje se v publikaci Tabara, H., Sarkissiean, M., Kelly, W. G., Fleenor, J., Grishok, A., Timmons, L., Fire, A., and Mello, C. C. (1999). The erde-1 gene, RNA interference, and transposon silencing
- 21 CZ 302719 B6 in C. elegans. Cell 99, 123-132) a sekvence genu rde-4 není ještě popsána. Biochemická charakterizace těchto proteinů by měla odhalit jejich molekulární funkci.
Zpracování duplexů siRNA začíná od konců obou dsRNA s tupými konci nebo dsRNA s krátkými přesahy na 3’-konci (1 až 5 nukleotidů. Dlouhé upravené 3'-konce (obsahující 20 nukleotidů) krátkých dsRNA potlačují RNAi, pravděpodobně prostřednictvím interakce s proteiny, které se váží na jednořetězcovou RNA. Potlačení RNAi jednořetězcovou oblastí, která lemuje krátkou dsRNA, a nedostatečná tvorba siRNA z krátkých dsRNA obsahující 30 párů bází může vysvětlit, proč strukturované oblasti, které se často vyskytují v mRNA, nevedou k aktivaci RNAi.
Předpokládá se, že proteiny zpracovávající dsRNA nebo jejich sada zůstávají spojeny s duplexem siRNA i po zpracování. Orientace duplexu siRNA vůči uvedeným proteinům určuje, který z komplementárních řetězců funguje při řízení degradace cílové RNA. Chemicky syntetizované duplexy siRNA řídí štěpení 3',5’ stejně jako 5',3'řetězce cílové RNA, protože jsou schopny se spojit s komponenty proteinů, v jedné ze dvou možných orientací.
Zjištění, že syntetické duplexy siRNA obsahující 21 a 22 nukleotidů se mohou použít při účinné degradaci mRNA poskytuje nový nástroj pro sekvenčně specifickou regulaci exprese genu při studiu funkce genů a biochemických studiích. siRNA může být účinná v savčích systémech, kde se dlouhá dsRNA nemůže použít k aktivaci odezvy PKR (popisuje se v publikaci Clemens, M. J. (1997). PKR-a protein kinase regulated by double-stranded RNA. Int. J. Biochem. Cell Biol. 29, 945-949). Jako takové tyto duplexy siRNA reprezentují nová terapeutická činidla, která jsou alternativou k nesmyslným nebo ribozymovým terapeutickým činidlům.
Příklad 2: Interference RNA v lidských tkáňových kulturách
2.1 Způsoby
2.1.1 Příprava RNA
RNA obsahující 21 nukleotidů se chemicky syntetizovaly ze použití fosforamiditů expediční RNA a tymidlnového fosforamiditů (od firmy Proligo, Německo). Ze syntetických oligonukleotidů se odstranily ochranné skupiny a oligonukleotidy se čistily na gelu (popisuje se v příkladu 1), pak následuje čištění pomocí kazety Pack 08 (Waters, Milford, MA, USA) (popisuje se v publikaci Tuschl, T., Ng, Μ. M., Pieken, W., Benseler, F., and Eckstein, F. (1993). Importance of exocyclic base functional groups of centrál core guanosines for hammerhead ribozyme activity. Biochemistry 32, 11658-11668). Sekvence siRNA cílící luciferázu GL2 (přísutpové číslo X65324) a GL3 (přístupové číslo U47296) odpovídaly kódujícím oblastem 153 až 173 vztaženo k prvnímu nukleotidu startovacího kodonu siRNA cílící RL (přístupové číslo AF025846) odpovídá oblasti 1 19 až 129 po startovacím kodonu. Delší RNA se přepsaly RNA polymerázou T7 z produktů PCR, pak následuje čištění na gelu a Sep-Pak. Dvouřetězcové RNA GL2 nebo GL3 obsahující 40 a 484 párů bází odpovídalo poloze 113 až 161 a respektive 113 až 596, které se vztahují k počátku translace. Dvouřetězcová RNA RL obsahující 50 a 501 páru bází odpovídá poloze 118 až 167 a respektive 118 až 618. Templáty PCR vhodné pro syntézu dsRNA cílené na humanizovaný GFP (hG) se amplifikovaly z pAD3 (popisuje se v publikaci Kehlenbach, R. H., Dickmanns, A. & Gerace, L. (1998). Nucleocytoplasmic shuttling factors including Ran and CMR1 mediate nuclear export of NFAT In vitro. J. Cell Biol. 141, 863-874), kde dsRNA hG obsahující 50 a 501 párů bází odpovídá poloze 118 až 167 a respektive poloze 118 až 618 vztaženo ke startovacímu kodonu.
V případě teplotní hybridizace siRNA se jednotlivé řetězce v koncentraci 20 μΜ inkubovaly v hybrid izaěním pufru (100 mM acetát draselný, 30 mM HEPES-KOH při hodnotě pH 7,4, mM acetát draselný) po dobu jedné minuty při teplotě 90 °C, pak následuje inkubace po dobu i hodiny při teplotě 37 °C. V případě dsRNA obsahující 50 a 500 párů bází se inkubace při tep lote 37 °C prodloužila přes noc a koncentrace řetězce v hybridizační reakci byla 8,4 μΜ a 0,84 μΜ.
2,1.2 Buněčná kultura
Buňky S2 se pomnožily v Schneiderově kultivačním médiu vhodném pro kultivaci organizmu Drosophila (Life Technologies) doplněném 10% FBS, penicilinem v koncentraci lOOjednotek/ml a streptomycinem v koncentraci 100 pg/ml, při teplotě 25 °C. Buňky 293, NIH/3T3, HeLaS3, COS-7 se nechaly růst při teplotě 37 °C v Dulbecově upraveném Eagle kultivačním médiu doplněném 10 % FBS, penicilinem v koncentraci 100 jednotek v 1 mililitru a streptomycinem v koncentraci 100 pg/ml. Buňky se pravidelně pasážovaly, aby se udržely v exponenciální fázi růstu. 24 hodin před transfekcí se buňky z 80 % konfluentní ošetřily trypsinem a ředily se v poměru 1:5 čerstvým kultivačním médiem bez antibiotik (1 až 3 x 105 buněk/ml) a přenesly se na destičky obsahující 24 prohlubní (500 pl/ml). V případě buněk S2 se nepoužil trypsin. Transfekce se provedla činidlem Lipofectamin 2000 (od firmy Life Technologies) postupem podle výrobce vhodným pro adherentní buněčné linie. Do jedné prohlubně se přidal 1 pg pGL2 · Control (od firmy Promega) nebo pGL3-Control (od firmy Promega), 0,1 pg pRL-TK (od firmy Promega) a 0,28 pg duplexu siRNA nebo dsRNA, které tvoří lipozomy. Konečný objem směsi vjedné prohlubni je 600 pl. Buňky se po transfekcí ínkubovaly 20 hodin. Exprese luciferázy se následně sledovala duálním luciferázovým testem (Promega). Účinnost transfekce v případě savčí buněčné linie ko-transfekované 1,1 pg pAD3 kódující hGFP a 0,28 pg invGL2 inGL2 siRNA se stanovila fluorescenční mikroskopií a byla 70 až 90%. Reportní plazmidy se amplifikovaly v buňkách XL-1 Blue (Stratagene) a čistily se za použití Qiagen EndoFree Maxi Plasmid Kit.
2.2 Výsledky a diskuze
Za účelem testování, zda siRNA jsou také schopny zprostředkovat RNAi v tkáňových kulturách, se syntetizovaly duplexy siRNA obsahující 21 nukleotidů a symetrické přesahy na 3’-konci, které obsahují 2 nukleotidy. Duplexy jsou řízeny proti reportním genům pocházejícím τ. Renilla reniformis a dvěma sekvenčním variantám luciferázy světlušek (Photinus pyralis, GL2 a GL3) (zobrazeno na obrázku č. 8A, B), Duplexy siRNA se transfekovaly společně s kombinacemi reportních plazmidů pGL2/pRL nebo Pgl3/pRL do buněk Schneider S2 organizmu D. melanogaster nebo do savčích buněk za použití katio nic kých lipozomů. Aktivita luciferázy se stanovila 20 hodin po transfekcí. Ve všech testovaných buněčných liniích se pozorovala specifická redukce exprese reportních genů v přítomnosti příbuzných duplexů siRNA (zobrazeno na obrázku č. 9a až j). Absolutní síla exprese luciferázy zůstává překvapivě neměnná, což indikuje nepřítomnost nežádoucích vedlejších účinků způsobených duplexy RNA obsahujících 21 nukleotidů (zobrazeno na obrázku č. 10a až d v případě buněk HeLa). V případě buněk S2 organizmu D. melanogaster (zobrazeno na obrázku č. 9a, b) byla specifická inhibice luciferáz úplná. V savčích buňkách, kde exprese reportních genů byla 50 až lOOnásobně silnější, specifická suprese nebyla kompletní (zobrazeno na obrázku č. 9c až j). Exprese GL2 se redukovala 3 krát až 12 krát, exprese GL3 se redukovala 9 krát až 25 krát a exprese RL se redukovala 1 krát až 3 krát, jako odezva na příbuznou siRNA. V případě buněk 293 bylo cílení RL luciferázy pomocí siRNA RL neúčinné, ačkoli cíle GL2 a GL3 specificky odpovídaly (zobrazeno na obrázku ě. 9i, j). Skutečnost, že nedochází k redukci exprese RL v buňkách 293, může být způsobena jejich 5-ti až 20—ti násobně silnější expresi ve srovnání s libovolnou jinou testovanou buněčnou linií a/nebo limitovanou přístupností cílové sekvence způsobenou sekundární strukturou RNA nebo asociovanými proteiny. Specifické cílení luciferázy GL2 a GL3 příbuznými duplexy siRNA indikuje, že RNAi také funguje v buňkách 293.
Přesah na 3’-konci ve všech duplexech siRNA obsahující 2 nukleotidy s výjimkou uGL2, se skládal z 2’-deoxytymidinu. Substituce uridinu tymidinem v přesahu 3’-konce byla dobře tolerována v in vitro systému organizmu D. melanogaster a sekvence přesahu není pro rozeznávání
- 23 CZ 302719 B6 cíle rozhodující. Vybral se tymidinový přesah, protože se předpokládá, že zesiluje rezistenci siRNA proti nukleázám obsaženým v kultivačním médiu určeným pro tkáňové kultury a v transfekovaných buňkách. siRNA GL2 upravené tymidinem byly v testovaných buněčných liniích o trochu silnější ve srovnání s neupravenými siRNA uGL2 (zobrazeno na obrázku č. 9a. c, e, g, i). Další úpravy nukleotidů obsažených v přesahu na 3’-konci mohou být výhodné při zavedení a stabilitě duplexů siRNA.
V ko-transfekčních experimentech se použily duplexy siRNA v koncentraci 25 nM s ohledem na konečný objem kultivačního média vhodného pro tkáňové kultury (zobrazeno na obrázku č. 9, 10). Zvyšující se koncentrace siRNA až na hodnotu 100 nM nezesílila specifické účinky deaktivace, ale ovlivnila účinnost transfekce způsobenou kom peticí lipozomového pouzdře ní mezi plazmídovou DNA a siRNA (data nejsou uvedena). Snížení koncentrace siRNA na hodnotu 1,5 nM nesnížila specifický účinek zhasínání (data nejsou uvedena), dokonce ani v případě, kdy siRNA byla pouze 2 krát až 20 krát koncentrovaná ve srovnání s plazmídovou DNA. To ukazuje, že siRNA jsou velmi silná reakční činidla pro zprostředkování zhášení genu a že siRNA jsou účinné v koncentraci, které jsou o několik řádů nižší než jsou koncentrace aplikované u běžných experimentů, při kterých dochází k nesmyslnému cílení genů nebo cílení ribozymových genů.
Za účelem sledování účinku delších dsRNA na savčí buňky, se připravily dsRNA příbuzné reportích genů obsahující 50 a 500 párů bází. Jako nespecifické kontroly se použily dsRNA humanizovaného Gfp (hG) (popisuje se v publikaci Kehlenbach, R. H., Dickmanns, A. & Gerace, L. (1998). Nucleocytoplasmic shuttling factors including Ran and CMR1 mediate nuclear export of NFAT ln vitro. J. Cell Biol. 141, 863-874). V případě, že se dsRNA ko-transfekovaly ve shodném množství (nikoliv koncentracích) s duplexy siRNA, exprese reportního genu se silně a nespeificky snížila. Tento účinek se ilustroval jako příklad v buňkách HeLa (zobrazeno na obrázku 10a až d). Absolutní luciferázové aktivity se nespecificky snížily desetkrát pomocí dsRNA obsahující 50 párů bází a 20 až 200 krát ko-transfekcí dsRNA obsahující 500 párů bází. Podobné nespecifické účinky se pozorovaly v případě buněk COS-7 a NIH/3T3. V případě buněk 293 se pozorovala 10-ti násobná až 20-ti násobná redukce pouze v případě dsRNA obsahující 500 párů bází. Nespecifické snížení exprese reportního genu pomocí dsRNA obsahující více jak 30 párů bází se očekává jako část interferonové odezvy.
Navzdory silnému nespecifickému zvýšení exprese reportního genu, je možné opakovatelně detekovat další sekvenčně specifickou deaktivaci zprostředkovanou dsRNA. Specifické účinky deaktivace jsou zjevné pouze, když se relativní aktivity reportního genu normalizovaly s kontrolami dsRNA hG (zobrazeno na obrázku č. lOe až f). Ve třech dalších testovaných savčích buněčných liniích se pozorovalo dvojnásobné až šesti násobné snížení odezvy na příbuznou dsRNA (data nejsou uvedena). Specifické deaktivační účinky dsRNA (obsahující 356 až 1 662 párů bází) byly už zmiňovány v případě buněk CHO-K1, ale množství dsRNA nutné pro detekci dvojnásobné až čtyřnásobné redukce bylo přibližně dvacetkrát vyšší než v našich experimentech (popisuje se v publikace Ui-Tei, K., Zenno, S., Miyata, Y & Saígo, K. (2000). Sensitive assay of RNA interference in Drosophila and Chinese hamster cultured cells using firefly luciferase gene as target. FEBS Letter 479, 79-82). Také buňky CHO-K1 nevykazují silnou interferonovou odezvu. Vjiné publikaci se popisuje testování RNAi v buňkách 293, NIH/3T3 a BHK.-21 za použití reportních kombinací luciferáza/lac a dsRNA specifické pro lacZ obsahující 829 párů bází nebo dsRNA nespecifické pro GFP obsahující 717 párů bází (popisuje se v publikaci Caplen, N. J., Fleenor, J., Fire, A., and Morgan, R. A. (2000). dsRNA-mediated gene silencing in cultured Drosophila cells: a tissue culture model for the analysis of RNA interference. Gene 252, 95-105, Hammond, S. M„ Bemstein, E., Beach, D., and Hannon, G. J. (2000). Selhání detekce RNAi může být v tomto případě způsobeno méně citlivým testem luciferáza/lacZ a rozdílem délky cílové a kontrolní dsRNA. Uvedené výsledky ukazují, že účinek deaktivace není lehké detekovat, jestliže interferonový systém se aktivuje dsRNA, která obsahuje více jak 30 párů bází.
-24 CZ 302719 B6
Poprvé se prokázala deaktivace genu v savčích buňkách zprostředkovaná siRNA. Použití krátkých siRNA je velkým příslibem pro deaktivaci funkce genu v lidských tkáňových kulturách a pro vývoj genově specifických terapeutických činidel.
Příklad 3: Specifická inhibice genové exprese interferencí RNA 3.1. Materiál a metody io 3.1.1 Příprava RNA a test RNAi
Chemickou syntézu RNA, hybridizaci a testy RNAi založené na luciferáze je možné provést způsobem popsaným v příkladech 1 nebo 2 nebo v dříve zmiňovaných publikacích Tuschl, T., Zámoře, P. D., Lehmann, R., Bartel, D. P. and Sharp, P. A. (1999). Targeted mRNA degradation is by double-stranded RNA in vitro. Genes & Dev. 13, 3191-3197 a Zámoře, P. D., Tuschl, T.,
Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33). Všechny duplexy siRNA jsou směrovány proti luciferáze světlušek a sekvence mRNA luciferázy se získaly z pGEM—luc (GenBank, přístupové číslo X65316), jak se popisuje v publikaci Tuschl, T., Zámoře, P. D.,
2o Lehmann, R„ Bartel, D. P. and Sharp, P. A. (1999). Targeted mRNA degradation by doublestranded RNA in vitro. Genes & Dev. 13, 3191-3197. Duplexy siRNA se inkubovaly v reakční směsi pro RNAi D. melanogaster/translaci po dobu 15 minut a pak se přidala mRNA. Testy RNAi založené na translaci se provedly alespoň třikrát.
Za účelem mapování štěpení pozitivní cílové RNA se vytvořil tran skript obsahující 177 nukleotidů odpovídající sekvenci luciferázy světlušek mezi polohami 113 až 273 vztaženo k startovacímu kodonu, pak následuje doplněk obsahující 17 nukleotidů sekvence promotoru SP6. Za účelem mapování štěpení 5’,3'řetězce cílové RNA se vytvoří transkript obsahující 166 nukleotidů ztemplátu, který se amplifikoval podle sekvence plazmidu použitím PCR pomocí 5'primerů
TAATACGACTCACTATAGAGCCCATATCGTTTCATA (podtržen promotor T7) a 3’primer AGAGGATGGAACCGCTGG. Cílová sekvence odpovídá doplňku sekvence luciferázy světlušek mezi polohami 50 až 215 vztaženo vůči startovacímu kodonu. Guanyly transferázové značení se provedlo způsobem, který se popisuje v publikaci Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33). Za účelem mapování štěpení cílové RNA se duplex siRNA v koncentraci 100 nM inkuboval s cílovou RNA v koncentraci 5 až 10 nM v lyzátu embryí organizmu D. Melanogaster za standardních podmínek (popisuje se v publikaci Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Doublestranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals.
Cell 101, 25-33) po dobu 2 hodiny při teplotě 25 °C. Reakce se zastavila přidáním 8 objemů pufru proteinázy K (200 mM Tris-HCl pH 7,5, 25 mM EDTA, 300 mM NaCI, 2% (hmotnost/objem) dodecyslulfátu sodného). Přidala se proteináza K (rozpuštěná ve vodě, od firmy Ε. M. Merck) tak, aby její konečná koncentrace byla 0,6 mg/ml. Reakční směs se inkubovala po dobu 15 minut při teplotě 65 °C, extrahovala se směsí fenol/chloroform/isoamylalkohol (v poměru
25:24:1) a srážela se třemi objemy etanolu. Vzorky se nanesly na 6% sekvenační gely. Standardy délky se získaly částečným štěpením RNázou TI a částečnou bazickou hydrolýzou pozitivních nebo negativních RNA značených čepičkou.
3.2 Výsledky
3.2.1 Variace přesahu 3’-konce v duplexech siRNA obsahujících 21 nukleotidů
Jak se popisuje shora v textu 2 nebo 3 nepárované nukleotidy na 3’-konci duplexů siRNA jsou účinnější při degradaci cílové RNA ve srovnání s duplexy s tupými konci. Za účelem uskutečnění obsáhlejší analýzy funkce terminálních nukleotidů se syntetizovalo pět pozitivních siRNA obsa-25 CZ 302719 Β6 hujících 21 nukleotidů, každý je vyjádřen jedním nukleotidem vztaženým k cílové RNA, a 8 negativních siRNA obsahujících 21 nukleotidů, každý je vyjádřen jedním nukleotidem vztaženým keíli (zobrazeno na obrázku č. 1 1 A). Kombinováním 3’,5’ a 5’,3’řetězců siRNA se vytvořilo osm sérií duplexů siRNA se syntetickými přesahujícími konci, které pokrývají rozmezí 7 nukleotidů přesahu na 3-konci a 4 nukleotidy přesahu na 5' konci. Interference duplexů siRNA se měřila použitím duálního luciferázového testu (popisuje se v publikaci Tuschl, T., Zámoře, P. D., Lehmann, R., Bartel, D. P. and Sharp, P. A. (1999). Targeted mRNA degradation by doublestranded RNA in vitro. Genes & Dev. 13, 3 191-3 197, Zámoře, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33). Duplexy siRNA jsou určeny pro RNA íuciferázy světlušek a jako vnitřní kontrola se použila mRNA Renilla reniformis. Poměr luminiscence cílové a kontrolní luciferázové aktivity se stanovil na základě přítomnosti duplexu siRNA a normalizoval se vůči poměru pozorovanému za nepřítomnosti dsRNA. Za účelem srovnání jsou poměry interference dlouhých dsRNA (obsahují 39 až 504 párů bází) zobrazeny na obrázku č. 11 B. Interferenční poměry se stanovily v koncentracích 5 nM v případě dlouhých dsRNA (zobrazeno na obrázku č. 1 IA) a v koncentraci 100 nM v případě duplexů siRNA (popisuje se na obrázku č. 1 lc až j). Koncentrace siRNA 100 nM se vybrala, protože úplně zpracování dsRNA obsahující 504 párů bází v koncentraci 5 nM povede k vytvoření 120 nM duplexů siRNA.
Schopnost duplexů siRNA obsahujících 21 nukleotidů zprostředkovat RNAi závisí na počtu přesahujících nukleotidů nebo vytvořených párů bází. Duplexy se čtyřmi až šesti přesahujícími nukleotidy 3’-konce nejsou schopny zprostředkovat RNAi (zobrazeno na obrázku č. 1 lc až f) na rozdíl od duplexů se dvěma nebo více nukleotidy přesahu 5’-konce (zobrazeno na obrázku č. 1 lg až j). Duplexy s přesahy 3’-konce obsahující 2 nukleotidy byly při zprostředkování interference RNA nejúčinnější, ačkoliv účinnost zhášení genu je také závislá na sekvenci. V případě rozdílných duplexů siRNA s přesahy na 3'-konci obsahující 2 nukleotidy se pozoroval až 12-ti násobný rozdíl (porovnání je zobrazeno na obrázku č. 1 ld až h). Duplexy s tupými konci obsahující l nukleotid v přesahu 5’-konce nebo 1 až 3 nukleotidy v přesahu 3’koncc. byly v některých případech funkční. V případě duplexu siRNA se 7 nukleotidy v přesahu 2’-konce se pozoroval malý deaktivační účinek (zobrazeno na obrázku č. 1 lc), což může být způsobeno antisense účinkem dlouhého přesahu 3’-konce, spíše než RNAi. Porovnání účinnosti RNAi mezi dlouhou dsRNA (obrázek č. 11B) a nejúěinnějšími duplexy siRNA obsahujícími 21 nukleotidů (zobrazeno na obrázku č. Ile, g, h) indikuje, že jediný duplex siRNA v koncentraci 100 nM může být stejně účinný jako dsRNA obsahující 504 párů bází v koncentraci 5 nM.
3.2.2 Variace délky 3’,5’řetězce siRNA párovanou s invariantou 5’řetězce siRNA obsahující 21 nukleotidů
Za účelem zkoumat účinek délky siRNA na RNAi, se připravily 3 série duplexů siRNA kombinováním tří 5’,3’řetězců obsahující 21 nukleotidů sosmi 3’,5’řetězci obsahující 18 až 25 nukleotidů. Přesah 3’-konce 5',3’řetězce siRNA se fixoval na počtu 1, 2, nebo 3 nukleotidy v každé sérii duplexů siRNA, zatímco 3’,5’řetězec siRNA na jejím 3’-koncÍ se měnil (zobrazeno na obrázku č. 12A). Nezávisle na délce 3’,5’řetězce siRNA se zjistilo, že duplexy s2 nukleotidy v přesahu 3’-konce 5’,3’řetězce siRNA (zobrazeno na obrázku č. 12c) jsou více aktivní než duplexy obsahující 1 nebo 3 nukleotidy v přesahu 3’-konce (zobrazeno na obrázku č. 12b, d). V prvních sériích, které obsahují 1 nukleotid v přesahu 3'-konce 5’,3’řetězce siRNA, duplexy s 3’,5’řetězcem siRNA obsahující 21 a 22 nukleotidů nesoucí 1 a 2 nukleotidy v přesahu 3’-konce 3’,5’řetězce siRNA, byly nejvíce aktivní. Duplexy s 3’,5’řetězcem siRNA obsahující 19 až 25 nukleotidů jsou také schopny zprostředkovat RNAi, ale v menším rozsahu. Podobně ve druhých sériích se dvěma nukleotidy v přesahu 5’,3’řetězce siRNA duplex siRNA obsahující 21 nukleotidů s přesahem 3’-konce obsahujícím 2 nukleotidy byl nejvíce aktivní a libovolná jiná kombinace pozitivní siRNA obsahující 21 nukleotidů s přesahem 3’-konce obsahujícím 2 nukleotidy byl nejvíce aktivní a libovolná jiná kombinace pozitivní siRNA obsahující 18 až 25 nukleotidů byla dostatečně aktivní. V posledních sériích se 3 nukleotidy v přesahu 3’-konce 5',3’řetězce siRNA byl pouze duplex 3’,5’řetězce siRNA obsahující 20 nukleotidů a 2 nukleotidy
- 26CZ 302719 B6 v přesahu 3’-konce schopen zeslabit expresi cílové RNA. Výsledky ukazují, že délky siRNA stejně jako délka přesahu 3’-konce jsou důležité a že duplexy siRNA obsahující 21 nukleotidů s 2 nukleotidy v přesahu 3’-konce jsou optimální pro RNAi
3.2.3 Variace dílky duplexů siRNA s konstantním přesahem 3‘-konce obsahující 2 nukleotidy
Testoval se účinek současných změn délky obou řetězců siRNA udržováním symetrických přesahů 3’-konce obsahující 2 nukleotidy (zobrazeno na obrázku č. 13A). Připravily se dvě série duplexů siRNA, které zahrnují duplex siRNA obsahující 21 nukleotidů zobrazených na obrázku č. 1 IH. Délka duplexů kolísá mezi 20 až 25 páry bází. Segment párů bází se prodlužuje na svém 3’-konci 3’,5’řetězce siRNA (zobrazeno na obrázku č. 13B) nebo na 3’-konci 5’,3’řetězce siRNA (zobrazeno na obrázku č. 13c). Duplexy obsahující 20 až 23 párů bází způsobily specifickou represí cílové iuciferázové aktivity, ale duplex siRNA obsahující 21 nukleotidů byla alespoň 8 krát účinnější než libovolný jiný duplex. Duplexy siRNA obsahující 24 a 25 nukleotidů nezpůsobují žádnou interferenci. Sekvenčně specifické účinky byly mizivé, protože variace obou konců duplexu vykazovaly podobné účinky.
3.2.4 Duplexy siRNA upravené 2’-deoxyskupinou a 2’-O-metylovou skupinou
Za účelem hodnocení důležitosti zbytků ribózy siRNA pri RNAi se testovaly duplexy s siRNA obsahující 21 nukleotidů a 2 nukleotidy v přesahu 3’-konce s řetězci upravenými 2’-deoxyskupinou nebo 2’-O-metylovou skupinou (zobrazeno na obrázku č. 14). Substituce 2 nukleotidů přesahů 3’-konce 2’-deoxynukleotidy neměla žádný účinek a dokonce nahrazením dvou dalších ribonukleotidů, které sousedí s přesahy v párované oblasti vznikly podstatně aktivní siRNA. Osm ze 42 nukleotidů duplexu siRNA se nahradilo zbytky DNA, aniž došlo ke ztrátě aktivity. Úplná substituce jednoho nebo obou řetězců siRNA zbytků s 2’-deoxvskupinou eliminovala RNAi stejně jako substituce zbytky s 2’-0-metylovou skupinou.
3.2.5 Definice míst štěpení cílové RNA
Polohy štěpení cílové RNA v případě duplexů siRNA obsahující 22 nukleotidů a 21 nukleotidů/22 nukleotidů byly už dříve stanoveny. Zjistilo se, že poloha štěpení cílové RNA se nachází ve středu oblasti pokryté duplexem siRNA, cožje 11 nebo 12 nukleotidů downstream od prvního nukleotidu, který je komplementární s řídicí sekvencí siRNA obsahující 21 nebo 22 nukleotidů. Pět rozdílných duplexů siRNA obsahující 21 nukleotidů s přesahem na 3’-konci obsahujícím 2 nukleotidy (zobrazeno na obrázku č. 15A) se inkubovalo s 3’,5’ nebo 5’,3’řetězcem cílové RNA značenou na 5’-konci čepičkou v lyzátu organizmu D. melanogaster (popisuje se v publikaci Tuschl, T., Zámoře, P. D„ Lehmann, R., Bartel, D. P. and Sharp, P. A. (1999). Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro. Genes & Dev. 13, 3191-3197; Zámoře, P. D., Tuschl, T„ Sharp, P. A. and Bartel, D. P. (2000). RNAi: Double-stranded RNA directs the ATPdependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. Cell 101, 25-33). Produkty štěpení na 5’-koncí se rozdělily na sekvenačním gelu (zobrazeno na obrázku č. 15B), Množství Štěpeného 3’,5’řetězce cílové RNA koreluje s účinností duplexů siRNA stanovenou v testu založeném na translaci a duplexy siRNA 1, 2 a 4 (zobrazeno na obrázku č. 15B a I IH, G, E) štěpí cílovou RNA rychleji než duplexy 3 a 5 (zobrazeno na obrázku č. 15B a 1IF, D). Součet radioaktivity produktu štěpení na 5’-konci a vystupující cílové RNA nebyl konstantní a produkty štěpení 5'konce se nehromadily. Produkty štěpení uvolněné z komplexu siRNA-endonukieáza se rychle degradují, cožje způsobeno koncem poly(A) čepičky na 5’-konci.
Místa štěpení pro 3’,5’ a 5’,3'řetězec cílové RNA se nachází ve středu oblasti pokryté duplexy siRNA. Místa Štěpení každého cíle produkovaného 5 různými duplexy se liší jedním nukleotidem. Cíle se štěpily přesně 11 nukleotidů downstream cílové polohy komplementární řídicí siRNA (zobrazeno na obrázku č. 15A, B).
- 27 CZ 302719 B6
Za účelem stanovit, zda 5' nebo 3'-konec řídicích siRNA udává měřítko pro štěpení cílové RNA, se navrhla strategie experimentů zobrazených na obrázku č. 16A a B. 5’,3'řetězec siRNA obsahující 21 nukleotidů, které se pro účely této studie neměnily, se párovaly s 3’,5’řetězcem siRNA, které se upravovaly na svém 5’ nebo 3'konci. Poloha štěpení 3’,5’ a 5’,3'řetězce cílové RNA se stanovila způsobem popsaným shora v textu. Změny na 3'-konci 3’,5’řetězce siRNA se sledovaly v případě 1 nukleotidu přesahu na 5'--konci až 6 nukleotidů přesahu na 3’-konci neovlivnily polohu štěpení 3’,5’ ani 5’,3’řetězce cílové RNA (zobrazeno na obrázku č. 16C). Změny na 5'konci 3',5'řetězce siRNA neovlivňují štěpení 3’,5’řetězce cílové RNA (zobrazeno na obrázku č. 16D, horní část), což se očekávalo, protože 5’,3’řetězec siRNA zůstal beze změn. Štěpení 5’,3’řetězce cílové RNA bylo ovlivněno a silně závisí na 5’-konci 3’,5’řetězce siRNA (zobrazeno na obrázku Č. 16D, spodní panel). 3’,5'řetězec cíle se štěpil pouze když 3’,5'řetězec siRNA obsahoval 20 nebo 21 nukleotidů, přičemž poloha štěpení se liší jedním nukleotidem, což naznačuje, že 5' konec sady siRNA rozeznávající cíl je měřítkem pro štěpení cílové RNA. Poloha štěpení se nachází mezí nukleotidem 10 a 11, kdy se počítá ve směru upstream od cílového nukleotidu, který tvoří pár s posledním nukleotidem na 5’-koncí řídicí siRNA (zobrazeno na obrázku č. I5A).
3.2.6 Účinky sekvence a substituce 2'—deoxyskupinv v přesahu 3’-konce
Dva nukleotidy přesahu 3’-konce jsou výhodné pro fungování siRNA. Zkoumalo se, zda sekvence přesahujících nukleotidů se podílí na rozeznávání cíle nebo zdaje pouze rysem nutným pro rekonstituci endonukleázového komplexu (RISC nebo siRNP). Syntetizovaly se 3 5'řetězec a 5’,3'řetězec siRNA s přesahy AA, CC, GG, UU a UG na 3’-konci a zahrnovaly úpravy TdG a TT 2' deoxyskiipinoii. siRNA divokého typu obsahoval AA v přesahu 3’-konce 3’,5’řetězce a UG v přesahu 3’-konce 5’,3’řetězce (AA/UG). Všechny duplexy siRNA jsou v testu interference funkční a zeslabují expresi cíle alespoň 5 krát (zobrazeno na obrázku č. 17). Nejúčinnější duplexy siRNA, které redukovaly cílovou expresi více jak desetkrát obsahovaly sekvenci typu NN/UG, NN/UU, NN/TdG a NN/TT (N, libovolný nukleotid). Duplexy siRNA s přesahem 3’konce 5’,3’řetězce siRNA A A, CC nebo GG byly 2 krát až 4 krát méně aktivní ve srovnání se sekvencí divokého typu UG nebo s mutantem UU. Toto snížení účinnosti RNAi je pravděpodobně způsobeno účastí předposledního nukleotidu na 3’-koncí v sekvenčně specifickém rozeznávání cíle, přičemž 3’-terminální nukleotid se změnil z G na U bez jakéhokoliv účinku.
Změny v sekvenci přesahu 3’-konce v 3’,5'řetězei siRNA neukázaly žádné účinky v závislosti na sekvenci, což se očekávalo, protože 3’,5'řetězec siRNA se nesmí podílet na rozpoznávání 3’,5'řetězci cílové mRNA.
3.2.7 Sekvenční spécifita rozeznávání cíle
Za účelem testovat sekvenční specifitu rozeznávání cíle se zavedly změny sekvence do párovaných segmentů duplexů siRNA a stanovila se účinnost deaktivace. Změny sekvence se zavedly obrácením krátkých segmentů v délce 3 nebo 4 nukleotidů nebo jako bodové mutace (zobrazeno na obrázku č. 18). Změny sekvencí v jednom řetězci síRNA se kompenzují v komplementárním řetězci síRNA, aby se zabránilo porušení párování bází struktury duplexu siRNA. Sekvence všech přesahů 3’-konců s2 nukleotidy byla TT (T, 2'-deoxvtymidin), což snižuje náklady na syntézu. Referenční duplex siRNA obsahující sekvenci TT/TT působí srovnatelně při RNAi s duplexem siRNA divokého typu se sekvencí AA/UG (zobrazeno na obrázku č. 17). Schopnost zprostředkovat destrukci reportní mRNA se kvantifikovala použitím luminiscenčního testu založeného na translaci. Duplexy siRNA se segmenty s obrácenou sekvencí vykazovaly dramaticky sníženou schopnost cílit reportní gen luciferázy světlušek (zobrazeno na obrázku č. 18). Změny sekvence lokalizované mezi 3'-koncem a středem 5’,3’řetězce siRNA zcela ruší rozeznávání cílové sekvence, ale mutace blízko 5'-konci 5’,3’řetězce siRNA vykazují nízký stupeň deaktivace. Transverze páru bází A/U lokalizovaných přímo proti předpokládanému místu štěpení cílové RNA nebo o jeden nukleotid dále od předpokládaného místa brání štěpení cílové RNA, což ukazuje, že jediná mutace v centru duplexu siRNA potlačuje nesprávné párování cílů.
-28 CZ 302719 B6
3.3 Diskuze siRNA jsou dostupná reakční činidla pro deaktivaci exprese genu, ne pouze v hmyzích buňkách, ale také v savčích buňkách, s velkým potenciálem pro terapeutické aplikace. Systematicky jsme analyzovali strukturní determinanty duplexů siRNA nutné k podpore účinné degradace cílové RNA v lyzátu embryí organizmu D. melanogaster, což poskytuje pravidla pro vytvoření nej silnějších duplexů siRNA. Správný duplex siRNA je schopen deaktivovat expresi genu s účinností srovnatelnou s dsRNA obsahující 500 párů bází, přičemž se používá srovnatelné množství celkové RNA.
3.4 Použití siRNA
Duplexy siRNA účinné při deaktivaci jsou s výhodou složeny z 3’,5’retězce siRNA obsahujícího 21 nukleotidů a měly by se vybrat tak, aby tvořily dvoušroubovici obsahující 19 párů bází s přesahem na 3’~koncích obsahujícími 2 nukleotidy. 2’-deoxysubstituce 2 nukleotidů přesahujících ribonukleotidů na 3’-konci neovlivňuje RNAi, ale pomáhá snižovat náklady syntézy RNA a může zesilovat rezistenci duplexů siRNA vůči RNázám. Rozsáhlejší úpravy 2’-deoxyskupinou nebo 2’-O-metylovou skupinou však snižují schopnost siRNA zprostředkovat RNAi pravděpodobně interferenci proteinem, se kterým se spojuje za účelem vytvoření siRNAP.
Rozeznání cíle je vysoce sekvenčně specifický proces zprostředkovaný siRNA komplementární s cílem. Nukleotid na samém 3’-konci řídicí siRNA se nepodílí na specifitě rozeznávání cíle, zatímco předposlední nukleotid přesahu 3’-konce ovlivňuje štěpení cílové RNA a nesprávné párování zeslabuje RNAi 2 krát až 4 krát. 5’-konec řídicí siRNA ve srovnání s 3’-koncem se jeví být více permisivní pro nesprávné rozeznávání cílové RNA. Nukleotidy v centru siRNA lokalizované na druhé straně místa štěpení cílové RNA jsou důležitými determinanty spécifity a dokonce změna jediného nukleotidu snižuje RNAi na nedetekovatelnou úroveň. To naznačuje, že duplexy siRNA jsou schopny potlačit mutanty nebo polymorfní alely v experimentech cílení genů, což se může stát důležitým rysem při vývoji terapeutických činidel.
3’,5’ a 5’,3’řetězce siRNA, kdyžjsou spojeny se složkami proteinu endonukleázového komplexu, mají odlišnou úlohu. Relativní orientace duplexu siRNA v tomto komplexu definuje, který řetězec je možné použít při rozeznávání cíle. Syntetické duplexy siRNA vykazují dvojčetnou symetrii s ohledem na dvoušroubovicovou strukturu, ale nikoli s ohledem na sekvenci. Spojení duplexů siRNA s proteiny RNAi v lyzátu organizmu D. melanogaster vede k vytvoření dvou asymetrických komplexů. V takovém hypotetickém komplexu je chirální prostředí odlišné pro 3',5’ a 5’,3’řetězec siRNA vzhledem k jejich funkci. Předpověď obvykle neplatí v případě palindromických sekvencí siRNA nebo v případě proteinů RNAi, které se mohou spojovat jako homodiméry. Aby se minimalizovaly sekvenční účinky, které mohou ovlivnit poměr siRNP cílící 3’,5’ a 5’,3’řetězec, navrhuje se použití sekvencí siRNA se shodnými sekvencemi přesahů 3’-konce. Doporučujeme upravit sekvenci přesahu 3’,5’řetězce siRNA na sekvenci přesahu 3’-konce 5’,3’řetězce siRNA, protože 3’,5’řetězec siRNA nemá v typických deaktivačních experimentech cíl. Asymetrie při rekonstituci siRNP může být (částečně) odpovědná za variace v účinnosti RNAi pozorované pro různé duplexy siRNA obsahující 21 nukleotidů s přesahy na 3'-koncích obsahující 2 nukleotidy (zobrazeno na obrázku č. 14). V jiném případě nukleotidové sekvence v cílovém místě a/nebo přístupnost struktury cílové RNA může být zodpovědná za kolísání účinnosti v případě duplexů siRNA.

Claims (23)

  1. PATENTOVÉ NÁROKY
    5 1. Izolovaná molekula dvouřetčzcové RNA, kde každý řetězec obsahuje 19 až 23 nukleotidů, přičemž alespoň jeden řetězec má na 3’-konci přesah obsahující 1 až 3 nukleotidů a molekula RNA je schopna cílově specifické RNA interference.
  2. 2. Molekula RNA podle nároku I, kde každý řetězec obsahuje 20 až 22 nukleotidů.
  3. 3. Molekula RNA podle kteréhokoliv z nároků I a 2, kde přesah 3'-konce je stabilizován proti degradaci.
  4. 4. Molekula RNA podle kteréhokoliv z nároků I a 2, která obsahuje alespoň jeden upravený
    15 nukleotidový analog.
  5. 5. Molekula RNA podle nároku 4, kde upravený nukleotidový analog se volí z ribonukleotidů s upravenou cukernou složkou nebo s upravenou kostrou.
  6. 6. Molekula RNA podle nároku 4 nebo 5, kde nukleotidový analog je ribonukleotid s upravenou cukernou složkou, kde 2’-OH skupina je nahrazena skupinou vybranou ze skupiny, zahrnující vodík, OR, R halogen, SH, SR, NH2, NHR, NR2 nebo CN, kde R znamená alkyl, alkenyl nebo alkynyl o 1 až 6 atomech uhlíku a halogenem je fluor, chlor, brom nebo jod.
    25
  7. 7. Molekula RNA podle nároku 4 nebo 5, kde nukleotidový analog je ribonukleotid s upravenou kostrou obsahující fosfothioátovou skupinu.
  8. 8. Molekula RNA podle kteréhokoliv z nároků 1 až 7, jejíž sekvence vykazuje alespoň 70% shodu s předem stanovenou cílovou molekulou mRNA.
  9. 9. Způsob přípravy dvouřetězcové RNA podle kteréhokoliv z nároků laž8, vyznačující se t í m , že zahrnuje:
    (a) syntézu dvou řetězců RNA, z nichž každý obsahuje 19 až 23 nukleotidů a alespoň jeden z nich obsahuje na 3’-konci přesah obsahující 1 až 3 nukleotidy, přičemž řetězce RNA jsou
    35 schopné vytvořit molekulu dvouřetězcové RNA, (b) syntetizované řetězce RNA se kombinují za podmínek, kdy vzniká molekula dvouřetězcové RNA, která je schopna specificky cílové RNA interference.
  10. 10. Způsob podle nároku 9, vyznačující se tím, že řetězce RNA jsou chemicky
    40 syntetizovány.
  11. 11. Způsob podle nároku 9, vyznačující se tím, že řetězce RNA jsou syntetizovány enzymaticky.
    45
  12. 12. Způsob in vitro zprostředkování cílově specifické RNA interference v eukaryotické buňce, vyznačující se tím, že zahrnuje (a) kontakt uvedené buňky s molekulou dvouřetězcové RNA podle kteréhokoliv z nároků 1 až 8 za podmínek, při nichž může dojít k cílově specifické RNA interferenci a (b) zprostředkování cílově specifické RNA interference, provedené dvouřetězeovou RNA, při50 čemž část sekvence cílové nukleové kyseliny v podstatě odpovídá dvouřetězcové RNA.
  13. 13. Použití způsobu in vitro podle nároku 12 pro stanovení funkce genu v buňce.
  14. 14. Použití způsobu Ín vitro podle nároku 12 pro úpravu funkce genu v buňce.
    -30CZ 302719 B6
  15. 15. Použití podle nároku 13 nebo 14, při němž je gen spojen s patologickým stavem.
  16. 16. Použití dvouřetězcové molekuly RNA podle kteréhokoliv z nároků 1 až 8 pro výrobu léčiva
    5 pro modulaci funkce genu, spojeného s patogenem.
  17. 17. Použití podle nároku 16, při němž je gen, spojený s patogenem, virový gen.
  18. 18. Použití dvouřetězcové molekuly RNA podle kteréhokoliv z nároků 1 až 8 pro výrobu léčiva io pro modulaci funkce genu, spojeného s nádorem.
  19. 19. Použití dvouřetězcové molekuly RNA podle kteréhokoliv z nároků 1 až 8 pro výrobu léčiva pro modulaci funkce genu, spojeného s autoimunitním onemocněním.
    15
  20. 20. Farmaceutický prostředek, vyznačující se t í m , že jako svoji účinnou složku obsahuje alespoň jednu molekulu dvouřetězcové RNA podle kteréhokoliv z nároků 1 až 8 a farmaceutický nosič.
  21. 21. Farmaceutický prostředek podle nároku 20 pro diagnostické použití.
  22. 22. Farmaceutický prostředek podle nároku 20 pro léčebné použití.
  23. 23 výkresů
CZ20031839A 2000-12-01 2001-11-29 Izolovaná molekula dvouretezcové RNA, zpusob její výroby a její použití CZ302719B6 (cs)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP00126325 2000-12-01
US27966101P 2001-03-30 2001-03-30
PCT/US2001/010188 WO2001075164A2 (en) 2000-03-30 2001-03-30 Rna sequence-specific mediators of rna interference

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CZ20031839A3 CZ20031839A3 (cs) 2003-10-15
CZ302719B6 true CZ302719B6 (cs) 2011-09-21

Family

ID=40529293

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CZ2011452A CZ308053B6 (cs) 2000-12-01 2001-11-29 Izolovaná molekula dvouřetězcové RNA, způsob její výroby a její použití
CZ20031839A CZ302719B6 (cs) 2000-12-01 2001-11-29 Izolovaná molekula dvouretezcové RNA, zpusob její výroby a její použití

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CZ2011452A CZ308053B6 (cs) 2000-12-01 2001-11-29 Izolovaná molekula dvouřetězcové RNA, způsob její výroby a její použití

Country Status (27)

Country Link
US (25) US20040259247A1 (cs)
EP (3) EP2348133B1 (cs)
JP (5) JP4095895B2 (cs)
KR (2) KR100909681B1 (cs)
CN (1) CN100523215C (cs)
AT (1) ATE373724T2 (cs)
AU (3) AU2002235744B8 (cs)
BR (1) BRPI0115814B8 (cs)
CA (1) CA2429814C (cs)
CY (1) CY1119062T1 (cs)
CZ (2) CZ308053B6 (cs)
DE (1) DE60130583T3 (cs)
DK (2) DK1407044T4 (cs)
ES (2) ES2728168T3 (cs)
HU (1) HU230458B1 (cs)
IL (3) IL155991A0 (cs)
LT (1) LTPA2021005I1 (cs)
MX (1) MXPA03004836A (cs)
NO (2) NO333713B1 (cs)
NZ (1) NZ525888A (cs)
PL (1) PL218876B1 (cs)
PT (1) PT1407044E (cs)
RU (2) RU2322500C2 (cs)
SI (1) SI1407044T2 (cs)
TR (1) TR200401292T3 (cs)
WO (1) WO2002044321A2 (cs)
ZA (1) ZA200303929B (cs)

Families Citing this family (1249)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU687736B2 (en) * 1992-05-11 1998-03-05 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Method and reagent for inhibiting viral replication
US20030206887A1 (en) * 1992-05-14 2003-11-06 David Morrissey RNA interference mediated inhibition of hepatitis B virus (HBV) using short interfering nucleic acid (siNA)
US5639647A (en) * 1994-03-29 1997-06-17 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. 2'-deoxy-2'alkylnucleotide containing nucleic acid
US9096636B2 (en) 1996-06-06 2015-08-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Chimeric oligomeric compounds and their use in gene modulation
US5898031A (en) 1996-06-06 1999-04-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligoribonucleotides for cleaving RNA
US7812149B2 (en) 1996-06-06 2010-10-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2′-Fluoro substituted oligomeric compounds and compositions for use in gene modulations
US20040219569A1 (en) * 1999-07-06 2004-11-04 Fruma Yehiely Gene identification method
WO2006094406A1 (en) * 2005-03-11 2006-09-14 Sarissa Inc. Antisense oligonucleotides targeted to the coding region of thymidylate synthase and uses thereof
US6506559B1 (en) 1997-12-23 2003-01-14 Carnegie Institute Of Washington Genetic inhibition by double-stranded RNA
HU230353B1 (hu) 1998-03-20 2016-02-29 Benitec Australia Ltd A génexpresszió szabályozása
AUPP249298A0 (en) 1998-03-20 1998-04-23 Ag-Gene Australia Limited Synthetic genes and genetic constructs comprising same I
AU3751299A (en) * 1998-04-20 1999-11-08 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Nucleic acid molecules with novel chemical compositions capable of modulating gene expression
EP1147204A1 (en) 1999-01-28 2001-10-24 Medical College Of Georgia Research Institute, Inc. Composition and method for in vivo and in vitro attenuation of gene expression using double stranded rna
DE19956568A1 (de) 1999-01-30 2000-08-17 Roland Kreutzer Verfahren und Medikament zur Hemmung der Expression eines vorgegebenen Gens
US7601494B2 (en) 1999-03-17 2009-10-13 The University Of North Carolina At Chapel Hill Method of screening candidate compounds for susceptibility to biliary excretion
DK2270147T4 (da) 1999-04-09 2020-08-31 Kyowa Kirin Co Ltd Fremgangsmåde til at kontrollere aktiviteten af immunologisk funktionelt molekyle
US6656698B1 (en) * 1999-06-30 2003-12-02 Millennium Pharmaceuticals, Inc. 12832, a novel human kinase-like molecule and uses thereof
US6423885B1 (en) 1999-08-13 2002-07-23 Commonwealth Scientific And Industrial Research Organization (Csiro) Methods for obtaining modified phenotypes in plant cells
US8128922B2 (en) 1999-10-20 2012-03-06 Johns Hopkins University Superior molecular vaccine linking the translocation domain of a bacterial toxin to an antigen
GB9925459D0 (en) * 1999-10-27 1999-12-29 Plant Bioscience Ltd Gene silencing
DE10100586C1 (de) 2001-01-09 2002-04-11 Ribopharma Ag Verfahren zur Hemmung der Expression eines Ziegens
DE10160151A1 (de) * 2001-01-09 2003-06-26 Ribopharma Ag Verfahren zur Hemmung der Expression eines vorgegebenen Zielgens
US7829693B2 (en) * 1999-11-24 2010-11-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of a target gene
US7179796B2 (en) 2000-01-18 2007-02-20 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of PTP1B expression
US20080039414A1 (en) * 2002-02-20 2008-02-14 Sima Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid (siNA)
US20050032733A1 (en) * 2001-05-18 2005-02-10 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid (SiNA)
US8273866B2 (en) 2002-02-20 2012-09-25 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid (SINA)
US8202979B2 (en) * 2002-02-20 2012-06-19 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid
IL151781A0 (en) 2000-03-16 2003-04-10 Genetica Inc Methods and compositions for rna interference
US8202846B2 (en) 2000-03-16 2012-06-19 Cold Spring Harbor Laboratory Methods and compositions for RNA interference
US20030084471A1 (en) * 2000-03-16 2003-05-01 David Beach Methods and compositions for RNA interference
DK2360253T3 (da) * 2000-03-30 2014-06-16 Whitehead Biomedical Inst Fremgangsmåde til fremstilling af knockdown-celler eller knockdown-organismer ved hjælp af RNA-sekvensspecifikke formidlere af RNA-interferens og anvendelser deraf
JP5500750B2 (ja) * 2000-03-30 2014-05-21 ホワイトヘッド インスチチュート フォアー バイオメディカル リサーチ Ｒｎａ干渉のｒｎａ配列特異的メディエータ
US20080242627A1 (en) * 2000-08-02 2008-10-02 University Of Southern California Novel rna interference methods using dna-rna duplex constructs
US7662791B2 (en) * 2000-08-02 2010-02-16 University Of Southern California Gene silencing using mRNA-cDNA hybrids
AU2001278117A1 (en) * 2000-08-03 2002-02-18 Johns Hopkins University Molecular vaccine linking an endoplasmic reticulum chaperone polypeptide to an antigen
US20080032942A1 (en) * 2000-08-30 2008-02-07 Mcswiggen James RNA interference mediated treatment of Alzheimer's disease using short interfering nucleic acid (siNA)
US20030190635A1 (en) * 2002-02-20 2003-10-09 Mcswiggen James A. RNA interference mediated treatment of Alzheimer's disease using short interfering RNA
US20020165192A1 (en) 2000-09-19 2002-11-07 Kerr William G. Control of NK cell function and survival by modulation of ship activity
US7691821B2 (en) * 2001-09-19 2010-04-06 University Of South Florida Inhibition of SHIP to enhance stem cell harvest and transplantation
WO2009042910A2 (en) * 2007-09-26 2009-04-02 University Of South Florida Ship inhibition to direct hematopoietic stem cells and induce extramedullary hematopoiesis
US6946292B2 (en) 2000-10-06 2005-09-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells producing antibody compositions with increased antibody dependent cytotoxic activity
DE60130583T3 (de) 2000-12-01 2018-03-22 Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie Kleine rns moleküle, die rns-interferenz vermitteln
US8546143B2 (en) 2001-01-09 2013-10-01 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of a target gene
US7767802B2 (en) 2001-01-09 2010-08-03 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of anti-apoptotic genes
US20020132257A1 (en) * 2001-01-31 2002-09-19 Tony Giordano Use of post-transcriptional gene silencing for identifying nucleic acid sequences that modulate the function of a cell
EP1386004A4 (en) * 2001-04-05 2005-02-16 Ribozyme Pharm Inc MODULATION OF GENE EXPRESSION ASSOCIATED WITH INFLAMMATORY PROLIFERATION AND GROWTH OF NEURITIES BY METHODS INVOLVING NUCLEIC ACID
US20050176025A1 (en) * 2001-05-18 2005-08-11 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of B-cell CLL/Lymphoma-2 (BCL-2) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050196781A1 (en) * 2001-05-18 2005-09-08 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of STAT3 gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050239731A1 (en) * 2001-05-18 2005-10-27 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of MAP kinase gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050124566A1 (en) * 2001-05-18 2005-06-09 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of myostatin gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050288242A1 (en) * 2001-05-18 2005-12-29 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of RAS gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050222066A1 (en) * 2001-05-18 2005-10-06 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of vascular endothelial growth factor and vascular endothelial growth factor receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20040019001A1 (en) * 2002-02-20 2004-01-29 Mcswiggen James A. RNA interference mediated inhibition of protein typrosine phosphatase-1B (PTP-1B) gene expression using short interfering RNA
US20050159378A1 (en) * 2001-05-18 2005-07-21 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of Myc and/or Myb gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050048529A1 (en) * 2002-02-20 2005-03-03 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of intercellular adhesion molecule (ICAM) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
WO2003070897A2 (en) * 2002-02-20 2003-08-28 Ribozyme Pharmaceuticals, Incorporated RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF TNF AND TNF RECEPTOR SUPERFAMILY GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US20070093437A1 (en) * 2001-05-18 2007-04-26 Sirna Therapeutics, Inc. Rna interference mediated inhibition of xiap gene expression using short interfering nucleic acid (sina)
US20030124513A1 (en) * 2001-05-29 2003-07-03 Mcswiggen James Enzymatic nucleic acid treatment of diseases or conditions related to levels of HIV
US20050282188A1 (en) * 2001-05-18 2005-12-22 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050079610A1 (en) * 2001-05-18 2005-04-14 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of Fos gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050203040A1 (en) * 2001-05-18 2005-09-15 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of vascular cell adhesion molecule (VCAM) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20060148743A1 (en) * 2001-05-18 2006-07-06 Vasant Jadhav RNA interference mediated inhibition of histone deacetylase (HDAC) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20030175950A1 (en) * 2001-05-29 2003-09-18 Mcswiggen James A. RNA interference mediated inhibition of HIV gene expression using short interfering RNA
US20050267058A1 (en) * 2001-05-18 2005-12-01 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of placental growth factor gene expression using short interfering nucleic acid (sINA)
US20050124569A1 (en) * 2001-05-18 2005-06-09 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of CXCR4 gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050164968A1 (en) * 2001-05-18 2005-07-28 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of ADAM33 gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050158735A1 (en) * 2001-05-18 2005-07-21 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of proliferating cell nuclear antigen (PCNA) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20070270579A1 (en) * 2001-05-18 2007-11-22 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050233997A1 (en) * 2001-05-18 2005-10-20 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of matrix metalloproteinase 13 (MMP13) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050164224A1 (en) * 2001-05-18 2005-07-28 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of cyclin D1 gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
WO2003070750A2 (en) 2002-02-20 2003-08-28 Sirna Therapeutics, Inc Rna interference mediated inhibition of hepatitis c virus
US20040219671A1 (en) * 2002-02-20 2004-11-04 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated treatment of parkinson disease using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050136436A1 (en) * 2001-05-18 2005-06-23 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of G72 and D-amino acid oxidase (DAAO) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050153914A1 (en) * 2001-05-18 2005-07-14 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of MDR P-glycoprotein gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050159381A1 (en) * 2001-05-18 2005-07-21 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of chromosome translocation gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050014172A1 (en) 2002-02-20 2005-01-20 Ivan Richards RNA interference mediated inhibition of muscarinic cholinergic receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050176664A1 (en) * 2001-05-18 2005-08-11 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of cholinergic muscarinic receptor (CHRM3) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20080188430A1 (en) * 2001-05-18 2008-08-07 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of hypoxia inducible factor 1 (HIF1) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050176666A1 (en) * 2001-05-18 2005-08-11 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of GPRA and AAA1 gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050233344A1 (en) * 2001-05-18 2005-10-20 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of platelet derived growth factor (PDGF) and platelet derived growth factor receptor (PDGFR) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
EP1627061B1 (en) * 2001-05-18 2009-08-12 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF GENE EXPRESSION USING CHEMICALLY MODIFIED SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US20050119212A1 (en) * 2001-05-18 2005-06-02 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of FAS and FASL gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050261219A1 (en) * 2001-05-18 2005-11-24 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of interleukin and interleukin receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7517864B2 (en) 2001-05-18 2009-04-14 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of vascular endothelial growth factor and vascular endothelial growth factor receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050182007A1 (en) * 2001-05-18 2005-08-18 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of interleukin and interleukin receptor gene expression using short interfering nucleic acid (SINA)
WO2005014811A2 (en) * 2003-08-08 2005-02-17 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF XIAP GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US20050148530A1 (en) 2002-02-20 2005-07-07 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of vascular endothelial growth factor and vascular endothelial growth factor receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050287128A1 (en) * 2001-05-18 2005-12-29 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of TGF-beta and TGF-beta receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050159382A1 (en) * 2001-05-18 2005-07-21 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of polycomb group protein EZH2 gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050143333A1 (en) * 2001-05-18 2005-06-30 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of interleukin and interleukin receptor gene expression using short interfering nucleic acid (SINA)
US20050137155A1 (en) * 2001-05-18 2005-06-23 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated treatment of Parkinson disease using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050176663A1 (en) * 2001-05-18 2005-08-11 Sima Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of protein tyrosine phosphatase type IVA (PRL3) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20040198682A1 (en) * 2001-11-30 2004-10-07 Mcswiggen James RNA interference mediated inhibition of placental growth factor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050176024A1 (en) * 2001-05-18 2005-08-11 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of epidermal growth factor receptor (EGFR) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050164967A1 (en) * 2001-05-18 2005-07-28 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of platelet-derived endothelial cell growth factor (ECGF1) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050256068A1 (en) * 2001-05-18 2005-11-17 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of stearoyl-CoA desaturase (SCD) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20060211642A1 (en) * 2001-05-18 2006-09-21 Sirna Therapeutics, Inc. RNA inteference mediated inhibition of hepatitis C virus (HVC) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7109165B2 (en) * 2001-05-18 2006-09-19 Sirna Therapeutics, Inc. Conjugates and compositions for cellular delivery
US20050187174A1 (en) * 2001-05-18 2005-08-25 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of intercellular adhesion molecule (ICAM) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US9994853B2 (en) 2001-05-18 2018-06-12 Sirna Therapeutics, Inc. Chemically modified multifunctional short interfering nucleic acid molecules that mediate RNA interference
US20050159380A1 (en) * 2001-05-18 2005-07-21 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of angiopoietin gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050054596A1 (en) * 2001-11-30 2005-03-10 Mcswiggen James RNA interference mediated inhibition of vascular endothelial growth factor and vascular endothelial growth factor receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20080161256A1 (en) * 2001-05-18 2008-07-03 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20060142225A1 (en) * 2001-05-18 2006-06-29 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of cyclin dependent kinase-2 (CDK2) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050209180A1 (en) * 2001-05-18 2005-09-22 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of hepatitis C virus (HCV) expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050196765A1 (en) * 2001-05-18 2005-09-08 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of checkpoint Kinase-1 (CHK-1) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050159379A1 (en) * 2001-05-18 2005-07-21 Sirna Therapeutics, Inc RNA interference mediated inhibition of gastric inhibitory polypeptide (GIP) and gastric inhibitory polypeptide receptor (GIPR) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20070042983A1 (en) * 2001-05-18 2007-02-22 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20090299045A1 (en) * 2001-05-18 2009-12-03 Sirna Therapeutics, Inc. RNA Interference Mediated Inhibition Of Interleukin and Interleukin Gene Expression Using Short Interfering Nucleic Acid (siNA)
US20050233996A1 (en) * 2002-02-20 2005-10-20 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of hairless (HR) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050191618A1 (en) * 2001-05-18 2005-09-01 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of human immunodeficiency virus (HIV) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050196767A1 (en) * 2001-05-18 2005-09-08 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of GRB2 associated binding protein (GAB2) gene expression using short interfering nucleic acis (siNA)
US8008472B2 (en) 2001-05-29 2011-08-30 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of human immunodeficiency virus (HIV) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050019915A1 (en) * 2001-06-21 2005-01-27 Bennett C. Frank Antisense modulation of superoxide dismutase 1, soluble expression
WO2003000707A2 (en) 2001-06-21 2003-01-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of superoxide dismutase 1, soluble expression
US7691995B2 (en) 2001-07-12 2010-04-06 University Of Massachusetts In vivo production of small interfering RNAS that mediate gene silencing
DE10133858A1 (de) * 2001-07-12 2003-02-06 Aventis Pharma Gmbh Synthetische doppelsträngige Oligonucleotide zur gezielten Hemmung der Genexpression
US10590418B2 (en) * 2001-07-23 2020-03-17 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods and compositions for RNAi mediated inhibition of gene expression in mammals
PT2280070E (pt) * 2001-07-23 2015-10-29 Univ Leland Stanford Junior Métodos e composições para inibição mediada por iarn da expressão génica em mamíferos
US20090247606A1 (en) * 2001-08-28 2009-10-01 Sirna Therapeutics, Inc. RNA Interference Mediated Inhibition of Adenosine A1 Receptor (ADORA1) Gene Expression Using Short Interfering Nucleic Acid (siNA)
US20030198627A1 (en) * 2001-09-01 2003-10-23 Gert-Jan Arts siRNA knockout assay method and constructs
DE10163098B4 (de) * 2001-10-12 2005-06-02 Alnylam Europe Ag Verfahren zur Hemmung der Replikation von Viren
US7745418B2 (en) 2001-10-12 2010-06-29 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting viral replication
WO2003035870A1 (de) * 2001-10-26 2003-05-01 Ribopharma Ag Medikament zur behandlung eines pankreaskarzinoms
DE10230996A1 (de) * 2001-10-26 2003-07-17 Ribopharma Ag Medikament zur Behandlung eines Pankreaskarzinoms
US20050119202A1 (en) * 2001-10-26 2005-06-02 Roland Kreutzer Medicament to treat a fibrotic disease
WO2003035868A1 (de) * 2001-10-26 2003-05-01 Ribopharma Ag Medikament zur erhöhung der wirksamkeit eines rezeptor-vermittelt apoptose in tumorzellen auslösenden arzeimittels
WO2003040399A2 (en) * 2001-11-02 2003-05-15 Intradigm Corporation Therapeutic methods for nucleic acid delivery vehicles
EP1575976A4 (en) * 2001-11-02 2006-08-23 Insert Therapeutics Inc METHODS AND COMPOSITIONS FOR THE THERAPEUTIC USE OF RNA INTERFERENCE
US20040063654A1 (en) * 2001-11-02 2004-04-01 Davis Mark E. Methods and compositions for therapeutic use of RNA interference
WO2003044188A1 (en) * 2001-11-21 2003-05-30 Mitsubishi Chemical Corporation Method of inhibiting gene expression
US20050075304A1 (en) * 2001-11-30 2005-04-07 Mcswiggen James RNA interference mediated inhibition of vascular endothelial growth factor and vascular endothelial growth factor receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20040138163A1 (en) * 2002-05-29 2004-07-15 Mcswiggen James RNA interference mediated inhibition of vascular edothelial growth factor and vascular edothelial growth factor receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20070203333A1 (en) * 2001-11-30 2007-08-30 Mcswiggen James RNA interference mediated inhibition of vascular endothelial growth factor and vascular endothelial growth factor receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7294504B1 (en) 2001-12-27 2007-11-13 Allele Biotechnology & Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for DNA mediated gene silencing
JP4491240B2 (ja) 2002-01-17 2010-06-30 ザ ユニバーシティ オブ ブリティッシュ コロンビア Ｉｇｆｂｐ−２およびｉｇｆｂｐ−５を阻害する二重特異性アンチセンスオリゴヌクレオチド、並びにこれらの使用方法
DE10202419A1 (de) 2002-01-22 2003-08-07 Ribopharma Ag Verfahren zur Hemmung der Expression eines durch eine Chromosomen-Aberration entstandenen Zielgens
GB0201477D0 (en) * 2002-01-23 2002-03-13 Novartis Forschungsstiftung Methods of obtaining isoform specific expression in mammalian cells
EP1572902B1 (en) * 2002-02-01 2014-06-11 Life Technologies Corporation HIGH POTENCY siRNAS FOR REDUCING THE EXPRESSION OF TARGET GENES
US20060009409A1 (en) * 2002-02-01 2006-01-12 Woolf Tod M Double-stranded oligonucleotides
ATE508188T1 (de) 2002-02-01 2011-05-15 Life Technologies Corp Oligonukleotid-zusammensetzungen mit verbesserter wirksamkeit
US20050096289A1 (en) * 2002-02-07 2005-05-05 Hans Prydz Methods and compositions for modulating tissue factor
EP1483400A4 (en) * 2002-02-12 2007-07-11 Quark Biotech Inc USE OF THE AXL RECEPTOR FOR THE DIAGNOSIS AND TREATMENT OF A KIDNEY DISEASE
AU2003214363A1 (en) * 2002-02-13 2003-09-04 Axordia Limited Method to modify differentiation of pluripotential stem cells
AU2003209128B2 (en) * 2002-02-14 2008-05-15 City Of Hope Methods for producing interfering RNA molecules in mammalian cells and therapeutic uses for such molecules
AU2003220136A1 (en) * 2002-02-20 2003-09-09 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF TGF-BETA AND TGF-BETA RECEPTOR GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US7928219B2 (en) 2002-02-20 2011-04-19 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of placental growth factor gene expression using short interfering nucleic acid (SINA)
WO2003070966A2 (en) * 2002-02-20 2003-08-28 Sirna Therapeutics, Inc RNA INTERFERENCE MEDIATED TARGET DISCOVERY AND TARGET VALIDATION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US20100240730A1 (en) * 2002-02-20 2010-09-23 Merck Sharp And Dohme Corp. RNA Interference Mediated Inhibition of Gene Expression Using Chemically Modified Short Interfering Nucleic Acid (siNA)
US7893248B2 (en) 2002-02-20 2011-02-22 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of Myc and/or Myb gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7928220B2 (en) 2002-02-20 2011-04-19 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of stromal cell-derived factor-1 (SDF-1) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20090233983A1 (en) * 2002-02-20 2009-09-17 Sirna Therapeutics Inc. RNA Interference Mediated Inhibition of Protein Tyrosine Phosphatase-1B (PTP-1B) Gene Expression Using Short Interfering RNA
US7935812B2 (en) 2002-02-20 2011-05-03 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of hepatitis C virus (HCV) expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US8232383B2 (en) * 2002-02-20 2012-07-31 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid (siNA)
US7683166B2 (en) 2002-02-20 2010-03-23 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of interleukin and interleukin receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20090093439A1 (en) * 2002-02-20 2009-04-09 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF CHROMOSOME TRANSLOCATION GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US7910724B2 (en) * 2002-02-20 2011-03-22 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of Fos gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
EP1432724A4 (en) 2002-02-20 2006-02-01 Sirna Therapeutics Inc INTERFERENCE MEDIATION INHIBITION OF GENE RNA FROM MAP KINASE
US7683165B2 (en) * 2002-02-20 2010-03-23 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of interleukin and interleukin receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
EP1463842A4 (en) * 2002-02-20 2006-01-25 Sirna Therapeutics Inc RNA-Interferent-mediated inhibition of protein gene expression for C-ALPHA (PKC-ALPHA) gene using SINA (Short Interfering Nucleic Acid)
WO2003106476A1 (en) * 2002-02-20 2003-12-24 Sirna Therapeutics, Inc Nucleic acid mediated inhibition of enterococcus infection and cytolysin toxin activity
US8067575B2 (en) 2002-02-20 2011-11-29 Merck, Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of cyclin D1 gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20090306182A1 (en) * 2002-02-20 2009-12-10 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF MAP KINASE GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US8258288B2 (en) 2002-02-20 2012-09-04 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of respiratory syncytial virus (RSV) expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7667030B2 (en) 2002-02-20 2010-02-23 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of matrix metalloproteinase 13 (MMP13) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US9657294B2 (en) 2002-02-20 2017-05-23 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid (siNA)
US7897752B2 (en) 2002-02-20 2011-03-01 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of telomerase gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7795422B2 (en) 2002-02-20 2010-09-14 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of hypoxia inducible factor 1 (HIF1) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
JP2005517437A (ja) * 2002-02-20 2005-06-16 サーナ・セラピューティクス・インコーポレイテッド 短干渉核酸（ｓｉＮａ）を用いる表皮成長因子レセプター遺伝子発現のＲＮＡ干渉媒介性阻害
US20090137509A1 (en) * 2002-02-20 2009-05-28 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF PROLIFERATION CELL NUCLEAR ANTIGEN (PCNA) GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
AU2003216265A1 (en) * 2002-02-20 2003-09-09 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF G72 AND D-AMINO ACID OXIDASE (DAAO) GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US20050096284A1 (en) * 2002-02-20 2005-05-05 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated treatment of polyglutamine (polyQ) repeat expansion diseases using short interfering nucleic acid (siNA)
US20090099117A1 (en) 2002-02-20 2009-04-16 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF MYOSTATIN GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US20090192105A1 (en) 2002-02-20 2009-07-30 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE (ICAM) GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCELIC ACID (siNA)
US20090253774A1 (en) 2002-02-20 2009-10-08 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF PLATELET DERIVED GROWTH FACTOR (PDGF) AND PLATELET DERIVED GROWTH FACTOR RECEPTOR (PDGFR) GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US7928218B2 (en) * 2002-02-20 2011-04-19 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of polycomb group protein EZH2 gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7700760B2 (en) 2002-02-20 2010-04-20 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of vascular cell adhesion molecule (VCAM) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7897753B2 (en) 2002-02-20 2011-03-01 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of XIAP gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US8013143B2 (en) * 2002-02-20 2011-09-06 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of CXCR4 gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7897757B2 (en) * 2002-02-20 2011-03-01 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of protein tyrosine phosphatase-1B (PTP-1B) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7691999B2 (en) 2002-02-20 2010-04-06 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of NOGO and NOGO receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20090247613A1 (en) * 2002-02-20 2009-10-01 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF B-CELL CLL/LYMPHOMA-2 (BCL2) GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US7667029B2 (en) * 2002-02-20 2010-02-23 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of checkpoint kinase-1 (CHK-1) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7678897B2 (en) 2002-02-20 2010-03-16 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of platelet-derived endothelial cell growth factor (ECGF1) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20090253773A1 (en) 2002-02-20 2009-10-08 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF TNF AND TNF RECEPTOR GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US9181551B2 (en) 2002-02-20 2015-11-10 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid (siNA)
US7662952B2 (en) 2002-02-20 2010-02-16 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of GRB2 associated binding protein (GAB2) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
AU2003219900A1 (en) * 2002-02-22 2003-09-09 James R. Eshleman Antigene locks and therapeutic uses thereof
US7332276B2 (en) * 2002-03-01 2008-02-19 Celltech R&D, Inc. Methods to increase or decrease bone density
EP1572923A4 (en) * 2002-03-06 2007-10-31 Rigel Pharmaceuticals Inc NEW METHOD FOR THE INTRODUCTION AND INTRA-CELLULAR SYNTHESIS OF SIRNA MOLECULES
US7274703B2 (en) * 2002-03-11 2007-09-25 3Com Corporation Stackable network units with resiliency facility
AU2003224725A1 (en) * 2002-03-20 2003-10-08 Brigham And Women's Hospital, Inc. Hiv therapeutic
US7357928B2 (en) 2002-04-08 2008-04-15 University Of Louisville Research Foundation, Inc. Method for the diagnosis and prognosis of malignant diseases
EP1495121A2 (en) * 2002-04-18 2005-01-12 Lynkeus Biotech GmbH Means and methods for the specific inhibition of genes in cells and tissue of the cns and/or eye
ES2465574T3 (es) 2002-05-03 2014-06-06 Duke University Un método para regular la expresión génica
EP1546379A4 (en) 2002-05-23 2007-09-26 Ceptyr Inc MODULATION OF PTP1B SIGNAL TRANSMISSION BY RNA INTERFERENCE
US7199107B2 (en) * 2002-05-23 2007-04-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of kinesin-like 1 expression
WO2003099298A1 (en) * 2002-05-24 2003-12-04 Max-Planck Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Rna interference mediating small rna molecules
US20100075423A1 (en) * 2002-06-12 2010-03-25 Life Technologies Corporation Methods and compositions relating to polypeptides with rnase iii domains that mediate rna interference
US20040248094A1 (en) * 2002-06-12 2004-12-09 Ford Lance P. Methods and compositions relating to labeled RNA molecules that reduce gene expression
AU2003243541A1 (en) * 2002-06-12 2003-12-31 Ambion, Inc. Methods and compositions relating to labeled rna molecules that reduce gene expression
EP1513538A4 (en) * 2002-06-14 2007-08-22 Mirus Bio Corp Novel methods for introducing polynucleotides into cells
JP2005529624A (ja) * 2002-06-21 2005-10-06 シノゲノマックス カンパニー リミテッド ランダムｄｎａライブラリーと二本鎖ｒｎａライブラリー、その用途および生産方法
AU2003256325A1 (en) * 2002-06-26 2004-01-19 The Penn State Research Foundation Methods and materials for treating human papillomavirus infections
EP2823809B1 (en) 2002-06-28 2016-11-02 Protiva Biotherapeutics Inc. Method and apparatus for producing liposomes
AU2003254334A1 (en) 2002-07-10 2004-02-02 Max-Planck-Gesellschaft Zur Forderung Der Wissenschaften E.V. Rna-interference by single-stranded rna molecules
US7148342B2 (en) 2002-07-24 2006-12-12 The Trustees Of The University Of Pennyslvania Compositions and methods for sirna inhibition of angiogenesis
US20050042646A1 (en) 2002-08-05 2005-02-24 Davidson Beverly L. RNA interference suppresion of neurodegenerative diseases and methods of use thereof
HUE032289T2 (en) * 2002-08-05 2017-09-28 Silence Therapeutics Gmbh Other new forms of interfering RNA molecules
ES2389024T3 (es) 2002-08-05 2012-10-22 Silence Therapeutics Aktiengesellschaft Moléculas de RNA interferentes de extremos romos
US20040241854A1 (en) 2002-08-05 2004-12-02 Davidson Beverly L. siRNA-mediated gene silencing
EP1857547B2 (en) 2002-08-05 2020-12-02 Silence Therapeutics GmbH Further novel forms of interfering RNA molecules
AU2012216354B2 (en) * 2002-08-05 2016-01-14 Silence Therapeutics Gmbh Further novel forms of interfering RNA molecules
US20080274989A1 (en) 2002-08-05 2008-11-06 University Of Iowa Research Foundation Rna Interference Suppression of Neurodegenerative Diseases and Methods of Use Thereof
AU2015264957B2 (en) * 2002-08-05 2017-10-26 Silence Therapeutics Gmbh Further novel forms of interfering rna molecules
WO2004013310A2 (en) * 2002-08-06 2004-02-12 Intradigm Corporation Methods of down regulating target gene expression in vivo by introduction of interfering rna
WO2004017997A1 (ja) * 2002-08-06 2004-03-04 Toray Industries, Inc. 腎疾患治療又は予防剤及び腎疾患の診断方法
US8729036B2 (en) 2002-08-07 2014-05-20 University Of Massachusetts Compositions for RNA interference and methods of use thereof
US20040029275A1 (en) * 2002-08-10 2004-02-12 David Brown Methods and compositions for reducing target gene expression using cocktails of siRNAs or constructs expressing siRNAs
KR101295939B1 (ko) * 2002-08-14 2013-09-09 사일런스 테라퓨틱스 아게 단백질 키나아제 ｎ 베타의 용도
US8252918B2 (en) * 2002-08-21 2012-08-28 The University Of British Columbia RNAi probes targeting cancer-related proteins
US7923547B2 (en) * 2002-09-05 2011-04-12 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid (siNA)
US20060287269A1 (en) * 2002-09-09 2006-12-21 The Regents Of The University Of California Short interfering nucleic acid hybrids and methods thereof
US20080260744A1 (en) 2002-09-09 2008-10-23 Omeros Corporation G protein coupled receptors and uses thereof
US20040138119A1 (en) * 2002-09-18 2004-07-15 Ingo Tamm Use of hepatitis B X-interacting protein (HBXIP) in modulation of apoptosis
WO2004027063A1 (en) * 2002-09-19 2004-04-01 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale-Inserm Use of sirnas for gene silencing in antigen presenting cells
CA2881743A1 (en) 2002-09-25 2004-04-08 University Of Massachusetts In vivo gene silencing by chemically modified and stable sirna
US20060160759A1 (en) * 2002-09-28 2006-07-20 Jianzhu Chen Influenza therapeutic
US20040242518A1 (en) * 2002-09-28 2004-12-02 Massachusetts Institute Of Technology Influenza therapeutic
WO2004028471A2 (en) * 2002-09-28 2004-04-08 Massachusetts Institute Of Technology Influenza therapeutic
US20060240425A1 (en) * 2002-09-30 2006-10-26 Oncotherapy Science, Inc Genes and polypeptides relating to myeloid leukemia
US7422853B1 (en) * 2002-10-04 2008-09-09 Myriad Genetics, Inc. RNA interference using a universal target
NZ539101A (en) 2002-10-08 2008-08-29 Rinat Neuroscience Corp Methods for treating post-surgical pain by administering a nerve growth factor antagonist and compositions containing the same
US7255860B2 (en) 2002-10-08 2007-08-14 Rinat Neuroscience Corp. Methods for treating post-surgical pain by administering an anti-nerve growth factor antagonist antibody
WO2004042024A2 (en) * 2002-11-01 2004-05-21 The Trustees Of The University Of Pennsylvania COMPOSITIONS AND METHODS FOR siRNA INHIBITION OF HIF-1 ALPHA
US7892793B2 (en) * 2002-11-04 2011-02-22 University Of Massachusetts Allele-specific RNA interference
AU2003291753B2 (en) 2002-11-05 2010-07-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. Polycyclic sugar surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation
US9150606B2 (en) 2002-11-05 2015-10-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions comprising alternating 2'-modified nucleosides for use in gene modulation
CA2504929C (en) 2002-11-05 2014-07-22 Charles Allerson Compositions comprising alternating 2'-modified nucleosides for use in gene modulation
US9150605B2 (en) 2002-11-05 2015-10-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions comprising alternating 2′-modified nucleosides for use in gene modulation
EP1563070A4 (en) * 2002-11-05 2008-05-28 Isis Pharmaceuticals Inc 2'-SUBSTITUTED OLIGOMER COMPOUNDS AND COMPOSITIONS FOR USE IN GENE MODULATIONS
DE10322662A1 (de) * 2002-11-06 2004-10-07 Grünenthal GmbH Wirksame und stabile DNA-Enzyme
US7691998B2 (en) * 2002-11-14 2010-04-06 Dharmacon, Inc. siRNA targeting nucleoporin 62kDa (Nup62)
US20090227780A1 (en) * 2002-11-14 2009-09-10 Dharmacon, Inc. siRNA targeting connexin 43
US7635770B2 (en) 2002-11-14 2009-12-22 Dharmacon, Inc. siRNA targeting protein kinase N-3 (PKN-3)
WO2006006948A2 (en) 2002-11-14 2006-01-19 Dharmacon, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR SELECTING siRNA OF IMPROVED FUNCTIONALITY
US9719092B2 (en) 2002-11-14 2017-08-01 Thermo Fisher Scientific Inc. RNAi targeting CNTD2
US7781575B2 (en) 2002-11-14 2010-08-24 Dharmacon, Inc. siRNA targeting tumor protein 53 (p53)
US7951935B2 (en) 2002-11-14 2011-05-31 Dharmacon, Inc. siRNA targeting v-myc myelocytomatosis viral oncogene homolog (MYC)
US9879266B2 (en) 2002-11-14 2018-01-30 Thermo Fisher Scientific Inc. Methods and compositions for selecting siRNA of improved functionality
US9839649B2 (en) 2002-11-14 2017-12-12 Thermo Fisher Scientific Inc. Methods and compositions for selecting siRNA of improved functionality
US7655785B1 (en) 2002-11-14 2010-02-02 Rosetta Genomics Ltd. Bioinformatically detectable group of novel regulatory oligonucleotides and uses thereof
US9719094B2 (en) 2002-11-14 2017-08-01 Thermo Fisher Scientific Inc. RNAi targeting SEC61G
US20100113307A1 (en) * 2002-11-14 2010-05-06 Dharmacon, Inc. siRNA targeting vascular endothelial growth factor (VEGF)
US7612196B2 (en) 2002-11-14 2009-11-03 Dharmacon, Inc. siRNA targeting cyclin-dependent kinase inhibitor 1B (p27, Kip1) (CDKN1B)
US20080268457A1 (en) * 2002-11-14 2008-10-30 Dharmacon, Inc. siRNA targeting forkhead box P3 (FOXP3)
US9771586B2 (en) 2002-11-14 2017-09-26 Thermo Fisher Scientific Inc. RNAi targeting ZNF205
US7619081B2 (en) * 2002-11-14 2009-11-17 Dharmacon, Inc. siRNA targeting coatomer protein complex, subunit beta 2 (COPB2)
US7977471B2 (en) 2002-11-14 2011-07-12 Dharmacon, Inc. siRNA targeting TNFα
US8198427B1 (en) 2002-11-14 2012-06-12 Dharmacon, Inc. SiRNA targeting catenin, beta-1 (CTNNB1)
US8163896B1 (en) 2002-11-14 2012-04-24 Rosetta Genomics Ltd. Bioinformatically detectable group of novel regulatory genes and uses thereof
US7250496B2 (en) 2002-11-14 2007-07-31 Rosetta Genomics Ltd. Bioinformatically detectable group of novel regulatory genes and uses thereof
US7592442B2 (en) 2002-11-14 2009-09-22 Dharmacon, Inc. siRNA targeting ribonucleotide reductase M2 polypeptide (RRM2 or RNR-R2)
US9228186B2 (en) 2002-11-14 2016-01-05 Thermo Fisher Scientific Inc. Methods and compositions for selecting siRNA of improved functionality
US10920226B2 (en) * 2002-11-14 2021-02-16 Thermo Fisher Scientific Inc. siRNA targeting LDHA
JP2006507841A (ja) * 2002-11-14 2006-03-09 ダーマコン， インコーポレイテッド 機能的ｓｉＲＮＡおよび超機能的ｓｉＲＮＡ
US10011836B2 (en) 2002-11-14 2018-07-03 Thermo Fisher Scientific Inc. Methods and compositions for selecting siRNA of improved functionality
US20090005548A1 (en) * 2002-11-14 2009-01-01 Dharmacon, Inc. siRNA targeting nuclear receptor interacting protein 1 (NRIP1)
CA2506619A1 (en) 2002-11-18 2004-08-19 Thomas W. Hodge Cell lines and host nucleic acid sequences related to infectious disease
US7064337B2 (en) 2002-11-19 2006-06-20 The Regents Of The University Of California Radiation detection system for portable gamma-ray spectroscopy
DE10254214A1 (de) * 2002-11-20 2004-06-09 Beiersdorf Ag Oligoribonukleotide zur Behandlung von degenerativen Hauterscheinungen durch RNA-Interferenz
AU2003298718A1 (en) * 2002-11-22 2004-06-18 University Of Massachusetts Modulation of hiv replication by rna interference
EP2298886A3 (en) * 2002-11-22 2011-12-14 Bio-Think Tank Co., Ltd. Method for searching target base sequence of RNA interference, method for designing base sequence of polynucleotide for causing RNA interference, method for producing double-stranded polynucleotide, method for inhibiting gene expression, base sequence processing apparatus, program for running base sequence processing method on computer, recording medium, and base sequence processing system
JP4526228B2 (ja) * 2002-11-22 2010-08-18 隆 森田 ＲＮＡｉによる新規治療法および治療剤
CA2506714A1 (en) * 2002-11-26 2004-06-10 University Of Massachusetts Delivery of sirnas
US7696334B1 (en) 2002-12-05 2010-04-13 Rosetta Genomics, Ltd. Bioinformatically detectable human herpesvirus 5 regulatory gene
US7790867B2 (en) 2002-12-05 2010-09-07 Rosetta Genomics Inc. Vaccinia virus-related nucleic acids and microRNA
US7618948B2 (en) * 2002-11-26 2009-11-17 Medtronic, Inc. Devices, systems and methods for improving and/or cognitive function through brain delivery of siRNA
US7605249B2 (en) 2002-11-26 2009-10-20 Medtronic, Inc. Treatment of neurodegenerative disease through intracranial delivery of siRNA
US7829694B2 (en) 2002-11-26 2010-11-09 Medtronic, Inc. Treatment of neurodegenerative disease through intracranial delivery of siRNA
US20130130231A1 (en) 2002-11-26 2013-05-23 Isaac Bentwich Bioinformatically detectable group of novel viral regulatory genes and uses thereof
CN1301263C (zh) * 2002-12-18 2007-02-21 北京昭衍新药研究中心 一组抗hiv感染及防治艾滋病的核苷酸序列及其应用
US7569364B2 (en) 2002-12-24 2009-08-04 Pfizer Inc. Anti-NGF antibodies and methods using same
US9498530B2 (en) 2002-12-24 2016-11-22 Rinat Neuroscience Corp. Methods for treating osteoarthritis pain by administering a nerve growth factor antagonist and compositions containing the same
KR101250818B1 (ko) 2002-12-24 2013-04-15 리나트 뉴로사이언스 코프. 항-ｎｇｆ 항체 및 그것을 이용하는 방법
EP2462936A1 (en) * 2003-01-03 2012-06-13 Gencia Corporation SiRNA mediated post-transriptional gene-silencing of genes involved in alopecia
JP2007524349A (ja) 2003-01-16 2007-08-30 ザ・トラスティーズ・オブ・ザ・ユニバーシティ・オブ・ペンシルバニア ＩＣＡＭ−１のｓｉＲＮＡ阻害のための組成物及び方法
US7629323B2 (en) * 2003-01-21 2009-12-08 Northwestern University Manipulation of neuronal ion channels
US20060178297A1 (en) * 2003-01-28 2006-08-10 Troy Carol M Systems and methods for silencing expression of a gene in a cell and uses thereof
US20040147027A1 (en) * 2003-01-28 2004-07-29 Troy Carol M. Complex for facilitating delivery of dsRNA into a cell and uses thereof
US7732591B2 (en) 2003-11-25 2010-06-08 Medtronic, Inc. Compositions, devices and methods for treatment of huntington's disease through intracranial delivery of sirna
US7994149B2 (en) 2003-02-03 2011-08-09 Medtronic, Inc. Method for treatment of Huntington's disease through intracranial delivery of sirna
AU2004211949A1 (en) * 2003-02-05 2004-08-26 University Of Massachusetts RNAi targeting of viruses
FR2850971B1 (fr) * 2003-02-10 2006-08-11 Aventis Pharma Sa Oligonucleotide antisens inhibant l'expression de la proteine ob-rgrp et procede de detection de composes modifiant l'interaction entre la famille de la proteine ob-rgrp et le recepteur de la leptine
US20070104688A1 (en) 2003-02-13 2007-05-10 City Of Hope Small interfering RNA mediated transcriptional gene silencing in mammalian cells
US20040162235A1 (en) * 2003-02-18 2004-08-19 Trubetskoy Vladimir S. Delivery of siRNA to cells using polyampholytes
DE602004030535D1 (de) 2003-02-19 2011-01-27 Rinat Neuroscience Corp Verfahren zur behandlung von schmerzen durch verabreichung eines nervenwachstumsfaktor-antagonisten und eines nsaid und diese enthaltende zusammensetzung
US8796235B2 (en) * 2003-02-21 2014-08-05 University Of South Florida Methods for attenuating dengue virus infection
EP1611231A4 (en) * 2003-02-21 2008-08-13 Penn State Res Found RNA-INTERFERING COMPOSITIONS AND METHODS THEREOF
EP1605043A1 (en) * 2003-02-27 2005-12-14 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology Induction of methylation of cpg sequence by dsrna in mammalian cell
EP1597351B1 (en) * 2003-02-27 2012-04-18 Alnylam Pharmaceuticals Inc. METHODS AND CONSTRUCTS FOR EVALUATION OF RNAi TARGETS AND EFFECTOR MOLECULES
TW200427695A (en) * 2003-03-05 2004-12-16 Senesco Technologies Inc Use of antisense oligonucleotides or sirna to suppress expression of eif-5a1
WO2004078941A2 (en) * 2003-03-06 2004-09-16 Oligo Engine, Inc. Modulation of gene expression using dna-rna hybrids
EP2216407B1 (en) 2003-03-07 2016-01-13 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Therapeutic compositions
JP2006521111A (ja) * 2003-03-12 2006-09-21 バスジーン セラピューティクス， インコーポレイテッド 血管形成及び腫瘍増殖阻害用ポリペプチド化合物及びその応用
US8653252B2 (en) † 2003-03-21 2014-02-18 Santaris Pharma A/S Short interfering RNA (siRNA) analogues
ATE536408T1 (de) * 2003-04-02 2011-12-15 Dharmacon Inc Modifizierte polynukleotide zur verwendung bei rna-interferenz
EP1608733B1 (en) * 2003-04-02 2011-12-07 Dharmacon, Inc. Modified polynucleotides for use in rna interference
US20040198640A1 (en) * 2003-04-02 2004-10-07 Dharmacon, Inc. Stabilized polynucleotides for use in RNA interference
WO2004091515A2 (en) 2003-04-09 2004-10-28 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. iRNA CONJUGATES
JP4789208B2 (ja) * 2003-04-09 2011-10-12 バイオデリバリー サイエンシーズ インターナショナル インコーポレイティッド タンパク質発現に向けられた渦巻型組成物
WO2004092383A2 (en) * 2003-04-15 2004-10-28 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME (SARS) VIRUS GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US8017762B2 (en) 2003-04-17 2011-09-13 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Modified iRNA agents
US8796436B2 (en) 2003-04-17 2014-08-05 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Modified iRNA agents
US7723509B2 (en) 2003-04-17 2010-05-25 Alnylam Pharmaceuticals IRNA agents with biocleavable tethers
CA2522349A1 (en) 2003-04-17 2004-11-04 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Protected monomers
US7851615B2 (en) 2003-04-17 2010-12-14 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Lipophilic conjugated iRNA agents
EP1620544B1 (en) 2003-04-17 2018-09-19 Alnylam Pharmaceuticals Inc. MODIFIED iRNA AGENTS
JP2006523464A (ja) * 2003-04-18 2006-10-19 ザ・トラスティーズ・オブ・ザ・ユニバーシティ・オブ・ペンシルバニア アンジオポエチン１、２、及びそれらの受容体ＴＩＥ２のｓｉＲＮＡ阻害のための組成物及びその方法
US20070010468A1 (en) * 2003-04-23 2007-01-11 Georgetown University Methods and compositions for the inhibition of stat5 in prostate cancer cells
WO2004098526A2 (en) * 2003-05-05 2004-11-18 Johns Hopkins University Anti-cancer dna vaccine employing plasmids encoding signal sequence, mutant oncoprotein antigen, and heat shock protein
ATE516047T1 (de) 2003-05-09 2011-07-15 Diadexus Inc Ovr110-antikörperzusammensetzungen und anwendungsverfahren
CA2523785A1 (en) 2003-05-09 2004-11-25 University Of Pittsburgh Of The Commonwealth System Of Higher Education Small interfering rna libraries and methods of synthesis and use
US7964714B2 (en) * 2003-05-12 2011-06-21 Potomac Pharmaceuticals Inc. Gene expression suppression agents
US20050148531A1 (en) * 2003-05-15 2005-07-07 Todd Hauser Modulation of gene expression using DNA-DNA hybrids
US8609830B2 (en) * 2003-05-16 2013-12-17 Merck Sharp & Dohme Corp. Methods and compositions for RNA interference
WO2004100990A1 (ja) 2003-05-19 2004-11-25 Genecare Research Institute Co., Ltd. 癌細胞に対するアポトーシス誘導剤
KR20060063788A (ko) * 2003-05-30 2006-06-12 니뽄 신야쿠 가부시키가이샤 올리고 핵산 담지 복합체, 이 복합체를 함유하는 의약조성물
US20080020990A1 (en) * 2003-05-30 2008-01-24 Nippon Shinyaku Co., Ltd. Oligo Double-Stranded Rna Inhibiting the Expression of Bcl-2 and Pharmaceutical Composition Containing the Same
ES2864206T3 (es) 2003-06-02 2021-10-13 Univ Massachusetts Métodos y composiciones para mejorar la eficacia y la especificidad del ARNi
ES2712695T3 (es) * 2003-06-02 2019-05-14 Univ Massachusetts Métodos y composiciones para controlar la eficacia de la silenciación del ARN
US7750144B2 (en) 2003-06-02 2010-07-06 University Of Massachusetts Methods and compositions for enhancing the efficacy and specificity of RNA silencing
CN1984921B (zh) 2003-06-03 2010-06-16 Isis药物公司 存活蛋白表达的调节
US20050019918A1 (en) * 2003-06-03 2005-01-27 Hidetoshi Sumimoto Treatment of cancer by inhibiting BRAF expression
US7595306B2 (en) * 2003-06-09 2009-09-29 Alnylam Pharmaceuticals Inc Method of treating neurodegenerative disease
US8575327B2 (en) 2003-06-12 2013-11-05 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Conserved HBV and HCV sequences useful for gene silencing
DK3604537T3 (da) 2003-06-13 2022-02-28 Alnylam Europe Ag Dobbeltstrenget ribonukleinsyre med forøget effektivitet i en organisme
EP1486564A1 (de) * 2003-06-13 2004-12-15 Ribopharma AG SiRNA mit erhöhter Stabilität in Serum
EP1636342A4 (en) * 2003-06-20 2008-10-08 Isis Pharmaceuticals Inc OLIGOMER COMPOUNDS FOR USE IN THE MODULATION OF GENES
WO2004113496A2 (en) * 2003-06-20 2004-12-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Double stranded compositions comprising a 3’-endo modified strand for use in gene modulation
JP2007524397A (ja) * 2003-07-03 2007-08-30 ザ・トラスティーズ・オブ・ザ・ユニバーシティ・オブ・ペンシルベニア Ｓｙｋキナーゼ発現の阻害
US20050256071A1 (en) * 2003-07-15 2005-11-17 California Institute Of Technology Inhibitor nucleic acids
CN1849396A (zh) * 2003-07-15 2006-10-18 加州理工学院 改进的抑制剂核酸
NZ544637A (en) * 2003-07-16 2010-04-30 Protiva Biotherapeutics Inc Lipid encapsulated interfering RNA
US20050079614A1 (en) * 2003-07-21 2005-04-14 Reinhart Brenda J. RNAs able to modulate chromatin silencing
EP2530157B1 (en) 2003-07-31 2016-09-28 Regulus Therapeutics Inc. Oligomeric compounds and compositions for use in modulation of miRNAs
US7888497B2 (en) 2003-08-13 2011-02-15 Rosetta Genomics Ltd. Bioinformatically detectable group of novel regulatory oligonucleotides and uses thereof
NZ545544A (en) * 2003-08-13 2009-04-30 Univ Illinois Silencing of TGF-beta receptor type II expression by sirna
US7825235B2 (en) * 2003-08-18 2010-11-02 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of diacylglycerol acyltransferase 2 expression
WO2005035759A2 (en) * 2003-08-20 2005-04-21 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF HYPOXIA INDUCIBLE FACTOR 1 (HIF1) GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US20050136437A1 (en) * 2003-08-25 2005-06-23 Nastech Pharmaceutical Company Inc. Nanoparticles for delivery of nucleic acids and stable double-stranded RNA
US20070203084A1 (en) 2003-08-28 2007-08-30 Jan Weiler Interfering Rna Duplex Having Blunt-Ends And 3'-Modifications
US8501705B2 (en) * 2003-09-11 2013-08-06 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Methods and materials for treating autoimmune and/or complement mediated diseases and conditions
US8680063B2 (en) * 2003-09-12 2014-03-25 University Of Massachusetts RNA interference for the treatment of gain-of-function disorders
PT2821085T (pt) * 2003-09-12 2020-07-28 Univ Massachusetts Interferência de arn para o tratamento de distúrbios de ganho de função
EP2256200A3 (en) 2003-09-18 2012-07-18 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of eIF4E expression
AU2004276823A1 (en) * 2003-09-22 2005-04-07 Merck And Co., Inc Synthetic lethal screen using RNA interference
WO2005033310A1 (de) * 2003-10-01 2005-04-14 Grünenthal GmbH Pim-1-spezifische dsrna-verbindungen
JP2007517498A (ja) * 2003-10-07 2007-07-05 アステラス製薬株式会社 骨形態形成タンパク質（ｂｍｐ）２ａ及びその使用
US20060218673A9 (en) 2003-10-09 2006-09-28 E.I. Du Pont De Nemours And Company Gene silencing
WO2005045032A2 (en) * 2003-10-20 2005-05-19 Sima Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF EARLY GROWTH RESPONSE GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
JP2007527709A (ja) * 2003-10-23 2007-10-04 サーナ・セラピューティクス・インコーポレイテッド 短鎖干渉核酸（ｓｉＮＡ）を用いた、ＲＮＡ干渉を介したＧＰＲＡ及び／又はＡＡＡ１遺伝子発現の阻害
CA2542835A1 (en) * 2003-10-23 2005-05-19 Sirna Therapeutics, Inc. Rna interference mediated inhibition of gene expression using short interfering nucleic acid (sina)
CN1926551B (zh) 2003-10-27 2010-06-16 罗斯塔生化科技有限责任公司 用于基因沉默的siRNA的设计方法
US8227434B1 (en) 2003-11-04 2012-07-24 H. Lee Moffitt Cancer Center & Research Institute, Inc. Materials and methods for treating oncological disorders
US20070275918A1 (en) * 2003-11-07 2007-11-29 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois Induction of Cellular Senescence by Cdk4 Disruption for Tumor Suppression and Regression
EP1697515A4 (en) * 2003-11-12 2008-02-06 Austin Research Inst CONJUGATE DNA-EXCIPIENT
US7763592B1 (en) 2003-11-20 2010-07-27 University Of South Florida SHIP-deficiency to increase megakaryocyte progenitor production
JP2005168485A (ja) * 2003-11-20 2005-06-30 Tsutomu Suzuki ｓｉＲＮＡの設計方法
US7807646B1 (en) * 2003-11-20 2010-10-05 University Of South Florida SHIP-deficiency to increase megakaryocyte progenitor production
US20050208658A1 (en) * 2003-11-21 2005-09-22 The University Of Maryland RNA interference mediated inhibition of 11beta hydroxysteriod dehydrogenase-1 (11beta HSD-1) gene expression
US20100145038A1 (en) * 2003-11-24 2010-06-10 Merck & Co., Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
WO2005053725A2 (en) * 2003-11-26 2005-06-16 The Queen's University Of Belfast Cancer treatment
EP3427585B1 (en) 2003-11-26 2024-10-16 University of Massachusetts Sequence-specific inhibition of small rna function
US20070238676A1 (en) * 2003-12-04 2007-10-11 Mohapatra Shyam S Polynucleotides for Reducing Respiratory Syncytial Virus Gene Expression
US20050234000A1 (en) * 2003-12-12 2005-10-20 Mitchell Gordon S SiRNA delivery into mammalian nerve cells
WO2005068630A1 (ja) * 2003-12-16 2005-07-28 National Institute Of Advanced Industrial Science And Technology 干渉用二重鎖ｒｎａ
US20060134787A1 (en) * 2004-12-22 2006-06-22 University Of Massachusetts Methods and compositions for enhancing the efficacy and specificity of single and double blunt-ended siRNA
CA2551100A1 (en) * 2003-12-23 2005-07-14 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Compositions and methods for combined therapy of disease
US20070161586A1 (en) * 2004-01-16 2007-07-12 Takeda Pharmaceutical Company Limited Drug for preventing and treating atherosclerosis
DK1713912T3 (da) * 2004-01-30 2013-12-16 Santaris Pharma As Modificerede Korte Interfererende RNA (Modificerede siRNA)
ATE491715T1 (de) * 2004-01-30 2011-01-15 Quark Pharmaceuticals Inc Oligoribonukleotide und verfahren zu deren anwendung bei der behandlung von fibrotischen leiden und anderen krankheiten
US20070269889A1 (en) * 2004-02-06 2007-11-22 Dharmacon, Inc. Stabilized siRNAs as transfection controls and silencing reagents
CA2554212A1 (en) 2004-02-10 2005-08-25 Sirna Therapeutics, Inc. Rna interference mediated inhibition of gene expression using multifunctional short interfering nucleic acid (multifunctional sina)
US20060019914A1 (en) 2004-02-11 2006-01-26 University Of Tennessee Research Foundation Inhibition of tumor growth and invasion by anti-matrix metalloproteinase DNAzymes
US20060069050A1 (en) * 2004-02-17 2006-03-30 University Of Massachusetts Methods and compositions for mediating gene silencing
WO2005079532A2 (en) * 2004-02-17 2005-09-01 University Of Massachusetts Methods and compositions for enhancing risc activity in vitro and in vivo
EP1566202A1 (en) * 2004-02-23 2005-08-24 Sahltech I Göteborg AB Use of resistin antagonists in the treatment of rheumatoid arthritis
WO2005082458A1 (en) * 2004-02-23 2005-09-09 Genzyme Corporation Muc1 antagonist enhancement of death receptor ligand-induced apoptosis
EP2341073A3 (en) 2004-02-24 2011-12-14 The Government of The United States of America, as represented by the Secretary, Department of Health and Human Services, RAB9A, RAB11A, and modulators thereof related to infectious disease
US7691823B2 (en) * 2004-03-05 2010-04-06 University Of Massachusetts RIP140 regulation of glucose transport
US8569474B2 (en) 2004-03-09 2013-10-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Double stranded constructs comprising one or more short strands hybridized to a longer strand
US20050202075A1 (en) * 2004-03-12 2005-09-15 Pardridge William M. Delivery of genes encoding short hairpin RNA using receptor-specific nanocontainers
EP2636739B1 (en) 2004-03-12 2014-12-10 Alnylam Pharmaceuticals Inc. iRNA agents targeting VEGF
JP5243789B2 (ja) * 2004-03-15 2013-07-24 シティ・オブ・ホープ 二本鎖ｒｎａによる遺伝子発現の特異的阻害のための方法及び組成物
US20070265220A1 (en) * 2004-03-15 2007-11-15 City Of Hope Methods and compositions for the specific inhibition of gene expression by double-stranded RNA
US20050208090A1 (en) * 2004-03-18 2005-09-22 Medtronic, Inc. Methods and systems for treatment of neurological diseases of the central nervous system
WO2005092030A2 (en) * 2004-03-22 2005-10-06 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Methods of use of bcl-6-derived nucleotides to induce apoptosis
US20050272682A1 (en) * 2004-03-22 2005-12-08 Evers Bernard M SiRNA targeting PI3K signal transduction pathway and siRNA-based therapy
CA2561221C (en) * 2004-03-26 2016-09-20 Curis, Inc. Rna interference modulators of hedgehog signaling and uses thereof
WO2005095622A2 (en) * 2004-03-26 2005-10-13 Van Andel Research Institute c-met siRNA ADENOVIRUS VECTORS INHIBIT CANCER CELL GROWTH, INVASION AND TUMORIGENICITY
JP2005312428A (ja) * 2004-03-31 2005-11-10 Keio Gijuku Ｓｋｐ−２発現抑制を利用した癌の治療
JPWO2005095647A1 (ja) * 2004-03-31 2008-02-21 タカラバイオ株式会社 ｓｉＲＮＡのスクリーニング方法
KR101147147B1 (ko) * 2004-04-01 2012-05-25 머크 샤프 앤드 돔 코포레이션 Ｒｎａ 간섭의 오프 타겟 효과 감소를 위한 변형된폴리뉴클레오타이드
CA2561741C (en) 2004-04-05 2016-09-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Processes and reagents for oligonucleotide synthesis and purification
WO2005111077A2 (en) 2004-04-07 2005-11-24 Rinat Neuroscience Corp. Methods for treating bone cancer pain by administering a nerve growth factor antagonist
US8193332B2 (en) 2004-04-09 2012-06-05 Genecare Research Institute Co., Ltd. Cancer cell-specific apoptosis-inducing agents that target chromosome stabilization-associated genes
US20060078902A1 (en) * 2004-04-15 2006-04-13 Michaeline Bunting Method and compositions for RNA interference
EP2145957B1 (en) * 2004-04-20 2013-12-25 Marina Biotech, Inc. Compositions for enhancing delivery of double-stranded RNA to regulate gene expression in mammalian cells
CA2557532A1 (en) 2004-04-23 2005-11-10 Angela M. Christiano Inhibition of hairless protein mrna
AU2005325262B2 (en) * 2004-04-27 2011-08-11 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Single-stranded and double-stranded oligonucleotides comprising a 2-arylpropyl moiety
WO2005115405A1 (en) 2004-04-28 2005-12-08 Molecules For Health, Inc. Methods for treating or preventing restenosis and other vascular proliferative disorders
EP3034510A1 (en) 2004-04-30 2016-06-22 Alnylam Pharmaceuticals Inc. Oligonucleotides comprising a c5-modified pyrimidine
US20060040882A1 (en) * 2004-05-04 2006-02-23 Lishan Chen Compostions and methods for enhancing delivery of nucleic acids into cells and for modifying expression of target genes in cells
US20060030003A1 (en) * 2004-05-12 2006-02-09 Simon Michael R Composition and method for introduction of RNA interference sequences into targeted cells and tissues
US20050260214A1 (en) * 2004-05-12 2005-11-24 Simon Michael R Composition and method for introduction of RNA interference sequences into targeted cells and tissues
US7605250B2 (en) * 2004-05-12 2009-10-20 Dharmacon, Inc. siRNA targeting cAMP-specific phosphodiesterase 4D
US20110117088A1 (en) * 2004-05-12 2011-05-19 Simon Michael R Composition and method for introduction of rna interference sequences into targeted cells and tissues
EP1784501B1 (en) 2004-05-14 2015-11-18 Rosetta Genomics Ltd VIRAL AND VIRUS ASSOCIATED MicroRNAS AND USES THEREOF
WO2005110464A2 (en) * 2004-05-14 2005-11-24 Oregon Health & Science University Irx5 inhibition as treatment for hyperproliferative disorders
US7687616B1 (en) 2004-05-14 2010-03-30 Rosetta Genomics Ltd Small molecules modulating activity of micro RNA oligonucleotides and micro RNA targets and uses thereof
US10508277B2 (en) 2004-05-24 2019-12-17 Sirna Therapeutics, Inc. Chemically modified multifunctional short interfering nucleic acid molecules that mediate RNA interference
JP2008500364A (ja) * 2004-05-25 2008-01-10 キメラコア， インコーポレイテッド 自己集合性ナノ粒子薬物送達システム
US7795419B2 (en) 2004-05-26 2010-09-14 Rosetta Genomics Ltd. Viral and viral associated miRNAs and uses thereof
EP2290075B1 (en) 2004-05-28 2014-12-31 Asuragen, Inc. Methods and compositions involving microRNA
US8394947B2 (en) 2004-06-03 2013-03-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. Positionally modified siRNA constructs
EP1602926A1 (en) 2004-06-04 2005-12-07 University of Geneva Novel means and methods for the treatment of hearing loss and phantom hearing
AU2005252273B2 (en) * 2004-06-07 2011-04-28 Arbutus Biopharma Corporation Lipid encapsulated interfering RNA
EP1781593B1 (en) * 2004-06-07 2011-12-14 Protiva Biotherapeutics Inc. Cationic lipids and methods of use
US20060008907A1 (en) * 2004-06-09 2006-01-12 The Curators Of The University Of Missouri Control of gene expression via light activated RNA interference
WO2006085942A2 (en) * 2004-06-17 2006-08-17 The Regents Of The University Of California Compositions and methods for regulating gene transcription
US20060051815A1 (en) * 2004-06-25 2006-03-09 The J. David Gladstone Institutes Methods of treating smooth muscle cell disorders
US7615618B2 (en) 2004-06-30 2009-11-10 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides comprising a non-phosphate backbone linkage
EP1773857A4 (en) * 2004-07-02 2009-05-13 Protiva Biotherapeutics Inc THE IMMUNE SYSTEM STIMULATING SIRNA MOLECULES AND APPLICATIONS THEREOF
US8143228B2 (en) * 2004-07-12 2012-03-27 Medical Research Fund Of Tel Aviv Sourasky Medical Center Agents capable of downregulating an MSF-A dependent HIF-1α and use thereof in cancer treatment
WO2006112869A2 (en) * 2004-07-19 2006-10-26 Baylor College Of Medicine Modulation of cytokine signaling regulators and applications for immunotherapy
CA2574088C (en) 2004-07-21 2013-09-17 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides comprising a modified or non-natural nucleobase
CA2573671A1 (en) * 2004-07-21 2006-02-23 Medtronic, Inc. Methods for reducing or preventing localized fibrosis using sirna
EP1778310A2 (en) * 2004-07-21 2007-05-02 Medtronic, Inc. Medical devices and methods for reducing localized fibrosis
CA2579574A1 (en) 2004-07-23 2007-01-04 The University Of North Carolina At Chapel Hill Methods and materials for determining pain sensitivity and predicting and treating related disorders
AU2005330637B2 (en) 2004-08-04 2012-09-20 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides comprising a ligand tethered to a modified or non-natural nucleobase
JP5192234B2 (ja) 2004-08-10 2013-05-08 アルナイラム ファーマシューティカルズ， インコーポレイテッド 化学修飾オリゴヌクレオチド
WO2006020557A2 (en) * 2004-08-10 2006-02-23 Immusol, Inc. Methods of using or identifying agents that inhibit cancer growth
US20060063181A1 (en) * 2004-08-13 2006-03-23 Green Pamela J Method for identification and quantification of short or small RNA molecules
NZ553162A (en) 2004-08-16 2010-03-26 Quark Biotech Inc Double stranded siRNA compounds that inhibit RRTP801
SI1781787T1 (sl) * 2004-08-23 2017-08-31 Sylentis S.A.U. Zdravljenje očesnih nepravilnosti, kakakterističnih za povišan očesni tlak s sirna
US20070021366A1 (en) * 2004-11-19 2007-01-25 Srivastava Satish K Structural-based inhibitors of the glutathione binding site in aldose reductase, methods of screening therefor and methods of use
JP2008511302A (ja) * 2004-08-31 2008-04-17 シレンティス・エセ・ア・ウ Ｐ２ｘ７レセプター発現を阻害する方法及び組成物
US7323310B2 (en) 2004-08-31 2008-01-29 Qiagen North American Holdings, Inc. Methods and compositions for RNA amplification and detection using an RNA-dependent RNA-polymerase
US7884086B2 (en) * 2004-09-08 2011-02-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. Conjugates for use in hepatocyte free uptake assays
WO2006031901A2 (en) 2004-09-10 2006-03-23 Somagenics, Inc. SMALL INTERFERING RNAs THAT EFFICIENTLY INHIBIT VIRAL GENE EXPRESSION AND METHODS OF USE THEREOF
FI20041204A0 (fi) 2004-09-16 2004-09-16 Riikka Lund Menetelmät immuunivälitteisiin sairauksiin liittyvien uusien kohdegeenien hyödyntämiseksi
US8569374B2 (en) * 2004-09-16 2013-10-29 The Trustees Of The University Of Pennsylvania NADPH oxidase inhibition pharmacotherapies for obstructive sleep apnea syndrome and its associated morbidities
CA2580707C (en) 2004-09-24 2014-07-08 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Rnai modulation of apob and uses thereof
ES2594083T3 (es) 2004-09-28 2016-12-15 Quark Pharmaceuticals, Inc. Oligorribonucleótidos y métodos de uso de los mismos para tratamiento de la alopecia, insuficiencia renal aguda y otras enfermedades
EP1796686A4 (en) * 2004-09-30 2008-05-14 Centocor Inc EMMPRINE ANTAGONISTS AND ITS USES
CA2584960A1 (en) 2004-10-21 2006-05-04 Charles L. Niblett Methods and materials for conferring resistance to pests and pathogens of plants
EP1802755A1 (en) * 2004-10-22 2007-07-04 Neuregenix Limited Neuron regeneration
US7790878B2 (en) * 2004-10-22 2010-09-07 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. RNAi modulation of RSV, PIV and other respiratory viruses and uses thereof
US20060089324A1 (en) * 2004-10-22 2006-04-27 Sailen Barik RNAi modulation of RSV, PIV and other respiratory viruses and uses thereof
US20060110440A1 (en) * 2004-10-22 2006-05-25 Kiminobu Sugaya Method and system for biasing cellular development
SG156690A1 (en) 2004-10-27 2009-11-26 Univ Vanderbilt Mammalian genes involved in infection
CN101103112B (zh) * 2004-10-27 2011-11-16 先灵公司 抑制Nav1.8的短干扰核酸组合物和方法
WO2006050002A2 (en) * 2004-10-28 2006-05-11 Idexx Laboratories, Inc. Compositions for controlled delivery of pharmaceutically active compounds
US20060094676A1 (en) * 2004-10-29 2006-05-04 Ronit Lahav Compositions and methods for treating cancer using compositions comprising an inhibitor of endothelin receptor activity
US9492400B2 (en) 2004-11-04 2016-11-15 Massachusetts Institute Of Technology Coated controlled release polymer particles as efficient oral delivery vehicles for biopharmaceuticals
ES2503739T3 (es) 2004-11-12 2014-10-07 Asuragen, Inc. Procedimientos y composiciones que implican miARN y moléculas inhibidoras de miARN
US8809287B2 (en) * 2004-11-15 2014-08-19 Icahn School Of Medicine At Mount Sinai Compositions and methods for altering Wnt autocrine signaling
US20060105052A1 (en) * 2004-11-15 2006-05-18 Acar Havva Y Cationic nanoparticle having an inorganic core
AU2005306533B2 (en) * 2004-11-17 2012-05-31 Arbutus Biopharma Corporation siRNA silencing of apolipoprotein B
CA2587854C (en) * 2004-11-18 2014-01-21 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois Multicistronic sirna constructs to inhibit tumors
EP1816194A4 (en) * 2004-11-19 2009-02-18 Genecare Res Inst Co Ltd CANCER-SPECIFIC PROLIFERATION INHIBITORS
US7935811B2 (en) 2004-11-22 2011-05-03 Dharmacon, Inc. Apparatus and system having dry gene silencing compositions
US7923207B2 (en) 2004-11-22 2011-04-12 Dharmacon, Inc. Apparatus and system having dry gene silencing pools
US20060166234A1 (en) * 2004-11-22 2006-07-27 Barbara Robertson Apparatus and system having dry control gene silencing compositions
CA2587697A1 (en) * 2004-11-24 2006-07-13 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Rnai modulation of the bcr-abl fusion gene and uses thereof
US20060160110A1 (en) * 2004-12-02 2006-07-20 Takayuki Mizutani Methods of designing small interfering RNAs, antisense polynucleotides, and other hybridizing polynucleotides
WO2006060779A2 (en) * 2004-12-03 2006-06-08 Case Western Reserve University Novel methods, compositions and devices for inducing neovascularization
AU2005316384B2 (en) * 2004-12-14 2012-02-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. RNAi modulation of MLL-AF4 and uses thereof
US20090123426A1 (en) 2004-12-17 2009-05-14 Chiang Li Compositions for Bacterial Mediated Gene Silencing and Methods of Using the Same
GB0427916D0 (en) * 2004-12-21 2005-01-19 Astrazeneca Ab Method
US20060142228A1 (en) 2004-12-23 2006-06-29 Ambion, Inc. Methods and compositions concerning siRNA's as mediators of RNA interference
TWI386225B (zh) 2004-12-23 2013-02-21 Alcon Inc 用於治療眼睛病症的結締組織生長因子（ＣＴＧＦ）ＲＮＡ干擾（ＲＮＡｉ）抑制技術
CA2593032C (en) 2004-12-27 2015-12-22 Silence Therapeutics Ag Coated lipid complexes and their use
BRPI0519690A2 (pt) * 2004-12-30 2009-03-03 Todd M Hauser composiÇÕes e mÉtodos para modular a expressço de genes usando oligonucleotÍdeos autoprotegidos
AU2005322960A1 (en) * 2005-01-06 2006-07-13 The Johns Hopkins University RNA interference that blocks expression of pro-apoptotic proteins potentiates immunity induced by DNA and transfected dendritic cell vaccines
ATE462726T1 (de) 2005-01-07 2010-04-15 Diadexus Inc Ovr110-antikörperzusammensetzungen und verwendungsverfahren dafür
ATE551421T1 (de) * 2005-01-07 2012-04-15 Alnylam Pharmaceuticals Inc Rnai modulation von rsv und deren therapeutische verwendungen
CA2594919A1 (en) * 2005-01-24 2006-08-03 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Rnai modulation of the nogo-l or nogo-r gene and uses thereof
CA2595726A1 (en) * 2005-01-26 2006-08-03 The Johns Hopkins University Anti-cancer dna vaccine employing plasmids encoding mutant oncoprotein antigen and calreticulin
TW200639253A (en) * 2005-02-01 2006-11-16 Alcon Inc RNAi-mediated inhibition of ocular targets
EP1848805A2 (en) * 2005-02-14 2007-10-31 HVC Strategic Research Institute, Inc Pharmaceutical agents for preventing metastasis of cancer
NZ595305A (en) 2005-02-14 2013-06-28 Univ Iowa Res Found Methods and reagents for treatment and diagnosis of age-related macular degeneration
EP1863912A2 (en) 2005-03-08 2007-12-12 Qiagen GmbH Modified short interfering rna
AU2006223131A1 (en) * 2005-03-11 2006-09-21 Alcon, Inc. RNAi-mediated inhibition of frizzled related protein-1 for treatment of glaucoma
WO2006130201A1 (en) * 2005-03-14 2006-12-07 Board Of Regents, The University Of Texas System Antigene oligomers inhibit transcription
GB0505081D0 (en) * 2005-03-14 2005-04-20 Genomica Sau Downregulation of interleukin-12 expression by means of rnai technology
JP4585342B2 (ja) * 2005-03-18 2010-11-24 株式会社資生堂 不全角化を抑制する物質のスクリーニング方法、同方法によりスクリーニングされた物質及び不全角化を抑制する方法
WO2006104913A2 (en) * 2005-03-25 2006-10-05 Medtronic, Inc. USE OF ANTI-TNF OR ANTI-ILl RNAI TO SUPPRESS PRO- INFLAMMATORY CYTOKINE ACTIONS LOCALLY TO TREAT PAIN
JP2008537551A (ja) * 2005-03-31 2008-09-18 カランド ファーマシューティカルズ， インコーポレイテッド リボヌクレオチドレダクターゼサブユニット２の阻害剤およびその使用
WO2006113743A2 (en) * 2005-04-18 2006-10-26 Massachusetts Institute Of Technology Compositions and methods for rna interference with sialidase expression and uses thereof
US7902352B2 (en) 2005-05-06 2011-03-08 Medtronic, Inc. Isolated nucleic acid duplex for reducing huntington gene expression
EP1885854B1 (en) 2005-05-06 2012-10-17 Medtronic, Inc. Methods and sequences to suppress primate huntington gene expression
US20070048293A1 (en) * 2005-05-31 2007-03-01 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Manipulation of PTEN in T cells as a strategy to modulate immune responses
US9505867B2 (en) * 2005-05-31 2016-11-29 Ecole Polytechmique Fédérale De Lausanne Triblock copolymers for cytoplasmic delivery of gene-based drugs
EP1885739A4 (en) * 2005-06-01 2010-02-10 Univ Duke PROCESS FOR INHIBITING INTIMATE HYPERPLASIA
CN101213300B (zh) * 2005-06-01 2013-01-23 聚加转染股份有限公司 用于rna干扰的寡核苷酸及其生物学应用
CN100445381C (zh) * 2005-06-10 2008-12-24 中国人民解放军军事医学科学院基础医学研究所 带有单链polyA尾巴的siRNA分子制备方法和应用
US20100266574A1 (en) * 2005-06-10 2010-10-21 Orna Mor Oligoribonucleotides and Methods of Use Thereof for Treatment of Fibrotic Conditions and Other Diseases
WO2006138145A1 (en) 2005-06-14 2006-12-28 Northwestern University Nucleic acid functionalized nanoparticles for therapeutic applications
US7838503B2 (en) * 2005-06-15 2010-11-23 Children's Medical Center Corporation Methods for extending the replicative lifespan of cells
FI20050640A0 (fi) * 2005-06-16 2005-06-16 Faron Pharmaceuticals Oy Yhdisteitä amiinioksidaasista riippuvien sairauksien tai häiriöiden hoitoon tai estoon
CN101501055B (zh) * 2005-06-23 2016-05-11 贝勒医学院 负性免疫调节因子的调节和免疫疗法应用
CA2608964A1 (en) * 2005-06-27 2007-01-04 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Rnai modulation of hif-1 and therapeutic uses thereof
US9133517B2 (en) 2005-06-28 2015-09-15 Medtronics, Inc. Methods and sequences to preferentially suppress expression of mutated huntingtin
ES2435774T3 (es) * 2005-07-07 2013-12-23 Yissum Research Development Company, Of The Hebrew University Of Jerusalem Agentes de ácido nucleico para la regulación negativa de H19, y métodos de uso del mismo
US8703769B2 (en) 2005-07-15 2014-04-22 The University Of North Carolina At Chapel Hill Use of EGFR inhibitors to prevent or treat obesity
JP5383189B2 (ja) * 2005-07-25 2014-01-08 リボックス・ゲーエムベーハー Ｒｎａ依存性ｒｎａポリメラーゼ、ｒｎａを増幅するため及び／又は標識するための方法並びにキット
WO2007014370A2 (en) * 2005-07-28 2007-02-01 University Of Delaware Small regulatory rnas and methods of use
US7919583B2 (en) 2005-08-08 2011-04-05 Discovery Genomics, Inc. Integration-site directed vector systems
US20070213257A1 (en) * 2005-08-12 2007-09-13 Nastech Pharmaceutical Company Inc. Compositions and methods for complexes of nucleic acids and peptides
RU2418068C2 (ru) * 2005-08-17 2011-05-10 Сирна Терапьютикс, Инк. Молекулы химически модифицированной короткой интерферирующей нуклеиновой кислоты, которые опосредуют интерференцию рнк
US20070161591A1 (en) 2005-08-18 2007-07-12 University Of Massachusetts Methods and compositions for treating neurological disease
US20070054873A1 (en) * 2005-08-26 2007-03-08 Protiva Biotherapeutics, Inc. Glucocorticoid modulation of nucleic acid-mediated immune stimulation
EP1937312B1 (en) 2005-08-30 2016-06-29 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Chimeric oligomeric compounds for modulation of splicing
US20090018097A1 (en) * 2005-09-02 2009-01-15 Mdrna, Inc Modification of double-stranded ribonucleic acid molecules
US20090221673A1 (en) * 2005-09-13 2009-09-03 Rigby William F C Compositions and Methods for Regulating RNA Translation via CD154 CA-Dinucleotide Repeat
CN101268194A (zh) 2005-09-20 2008-09-17 巴斯福植物科学有限公司 使用ta-siRNA调控基因表达的方法
FR2890859B1 (fr) * 2005-09-21 2012-12-21 Oreal Oligonucleotide d'arn double brin inhibant l'expression de la tyrosinase
WO2007041213A2 (en) * 2005-09-30 2007-04-12 St. Jude Children's Research Hospital Methods for regulation of p53 translation and function
US8168584B2 (en) 2005-10-08 2012-05-01 Potentia Pharmaceuticals, Inc. Methods of treating age-related macular degeneration by compstatin and analogs thereof
US8080534B2 (en) 2005-10-14 2011-12-20 Phigenix, Inc Targeting PAX2 for the treatment of breast cancer
GB0521351D0 (en) * 2005-10-20 2005-11-30 Genomica Sau Modulation of TRPV expression levels
WO2007048046A2 (en) * 2005-10-20 2007-04-26 Protiva Biotherapeutics, Inc. Sirna silencing of filovirus gene expression
GB0521716D0 (en) * 2005-10-25 2005-11-30 Genomica Sau Modulation of 11beta-hydroxysteriod dehydrogenase 1 expression for the treatment of ocular diseases
US8076307B2 (en) * 2005-10-27 2011-12-13 National University Corporation NARA Institute of Science and Technology Formation/elongation of axon by inhibiting the expression or function of Singar and application to nerve regeneration
EP2325315B1 (en) 2005-10-28 2014-05-07 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of huntingtin gene
JP5336853B2 (ja) 2005-11-02 2013-11-06 プロチバ バイオセラピューティクス インコーポレイティッド 修飾ｓｉＲＮＡ分子およびその使用法
WO2007056326A2 (en) * 2005-11-04 2007-05-18 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of nav1.8 gene
WO2007051316A1 (en) * 2005-11-07 2007-05-10 British Columbia Cancer Agency Inhibition of autophagy genes in cancer chemotherapy
AU2006311730B2 (en) 2005-11-09 2010-12-02 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of Factor V Leiden mutant gene
WO2007086990A2 (en) * 2005-11-17 2007-08-02 Board Of Regents, The University Of Texas System Modulation of gene expression by oligomers targeted to chromosomal dna
US8603991B2 (en) 2005-11-18 2013-12-10 Gradalis, Inc. Individualized cancer therapy
US8916530B2 (en) 2005-11-18 2014-12-23 Gradalis, Inc. Individualized cancer therapy
US20080125384A1 (en) * 2005-11-21 2008-05-29 Shuewi Yang Simultaneous silencing and restoration of gene function
JP4901753B2 (ja) * 2005-11-24 2012-03-21 学校法人自治医科大学 プロヒビチン２（ｐｈｂ２）のミトコンドリア機能
WO2007070682A2 (en) 2005-12-15 2007-06-21 Massachusetts Institute Of Technology System for screening particles
DE602006014026D1 (de) * 2005-12-22 2010-06-10 Opko Ophthalmics Llc Zusammensetzungen und verfahren zur regulierung eines komplementsystems
AR057252A1 (es) * 2005-12-27 2007-11-21 Alcon Mfg Ltd Inhibicion de rho quinasa mediada por arni para el tratamiento de trastornos oculares
CN101437933B (zh) * 2005-12-28 2013-11-06 斯克里普斯研究所 作为药物靶标的天然反义和非编码的rna转录物
US8673873B1 (en) * 2005-12-28 2014-03-18 Alcon Research, Ltd. RNAi-mediated inhibition of phosphodiesterase type 4 for treatment of cAMP-related ocular disorders
EP1973574B1 (en) * 2005-12-30 2014-04-02 Institut Gustave Roussy Use of inhibitors of scinderin and/or of ephrin-a1 for treating tumors
EP1974040B1 (en) 2006-01-17 2012-10-03 Biolex Therapeutics, Inc. Compositions and methods for humanization and optimization of N-glycans in plants
US20090060921A1 (en) * 2006-01-17 2009-03-05 Biolex Therapeutics, Inc. Glycan-optimized anti-cd20 antibodies
US7825099B2 (en) 2006-01-20 2010-11-02 Quark Pharmaceuticals, Inc. Treatment or prevention of oto-pathologies by inhibition of pro-apoptotic genes
DK2671954T3 (en) 2006-01-20 2018-08-13 Cell Signaling Technology Inc Translocation and mutant ROS kinase in human non-small cell lung carcinoma
NL2000439C2 (nl) 2006-01-20 2009-03-16 Quark Biotech Therapeutische toepassingen van inhibitoren van RTP801.
US20120208824A1 (en) 2006-01-20 2012-08-16 Cell Signaling Technology, Inc. ROS Kinase in Lung Cancer
WO2009051846A2 (en) 2007-10-18 2009-04-23 Cell Signaling Technology, Inc. Translocation and mutant ros kinase in human non-small cell lung carcinoma
WO2007087451A2 (en) * 2006-01-25 2007-08-02 University Of Massachusetts Compositions and methods for enhancing discriminatory rna interference
JP2009524419A (ja) * 2006-01-27 2009-07-02 サンタリス ファーマ アー／エス Ｌｎａ修飾したホスホロチオール化オリゴヌクレオチド
US8229398B2 (en) * 2006-01-30 2012-07-24 Qualcomm Incorporated GSM authentication in a CDMA network
WO2007091269A2 (en) * 2006-02-08 2007-08-16 Quark Pharmaceuticals, Inc. NOVEL TANDEM siRNAS
US7910566B2 (en) 2006-03-09 2011-03-22 Quark Pharmaceuticals Inc. Prevention and treatment of acute renal failure and other kidney diseases by inhibition of p53 by siRNA
FI20060246A0 (fi) 2006-03-16 2006-03-16 Jukka Westermarck Uusi kasvua stimuloiva proteiini ja sen käyttö
US20100056441A1 (en) * 2006-03-17 2010-03-04 Costa Robert H Method for Inhibiting Angiogenesis
EA015563B1 (ru) 2006-03-23 2011-08-30 Сантарис Фарма А/С Короткая внутренне сегментированная интерферирующая рнк
FR2898908A1 (fr) 2006-03-24 2007-09-28 Agronomique Inst Nat Rech Procede de preparation de cellules aviaires differenciees et genes impliques dans le maintien de la pluripotence
BRPI0709147A2 (pt) * 2006-03-24 2011-06-28 Novartis Ag composições de dsrna e métodos para tratamento de infecção por hpv
US20070238691A1 (en) * 2006-03-29 2007-10-11 Senesco Technologies, Inc. Inhibition of HIV replication and expression of p24 with eIF-5A
CA2648099C (en) 2006-03-31 2012-05-29 The Brigham And Women's Hospital, Inc System for targeted delivery of therapeutic agents
WO2007115168A2 (en) 2006-03-31 2007-10-11 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of eg5 gene
EP2007891A2 (en) * 2006-04-06 2008-12-31 DKFZ Deutsches Krebsforschungszentrum Method to inhibit the propagation of an undesired cell population
US8524454B2 (en) 2006-04-07 2013-09-03 The Research Foundation Of State University Of New York Transcobalamin receptor polypeptides, nucleic acids, and modulators thereof, and related methods of use in modulating cell growth and treating cancer and cobalamin deficiency
US9044461B2 (en) 2006-04-07 2015-06-02 The Research Foundation Of State University Of New York Transcobalamin receptor polypeptides, nucleic acids, and modulators thereof, and related methods of use in modulating cell growth and treating cancer and cobalamin deficiency
US8067011B2 (en) * 2006-04-07 2011-11-29 Chimeros, Inc. Compositions and methods for treating B-cell malignancies
EP2371957A1 (en) * 2006-04-12 2011-10-05 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and their uses directed to hepcidin
CN101460634A (zh) * 2006-04-13 2009-06-17 康乃尔研究基金会有限公司 用于靶向c-rel的方法和组合物
EP2447360A1 (en) 2006-04-14 2012-05-02 Cell Signaling Technology, Inc. Gene defects and mutant ALK kinase in human solid tumors
WO2007120847A2 (en) 2006-04-14 2007-10-25 Massachusetts Institute Of Technology Identifying and modulating molecular pathways that mediate nervous system plasticity
JP4812874B2 (ja) 2006-04-28 2011-11-09 アルナイラム ファーマシューティカルズ， インコーポレイテッド Ｊｃウイルス遺伝子の発現を抑制するための組成物および方法
GB0608838D0 (en) 2006-05-04 2006-06-14 Novartis Ag Organic compounds
EP2194128B1 (en) 2006-05-11 2012-08-01 Alnylam Pharmaceuticals Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of the PCSK9 gene
CN101573141B (zh) 2006-05-15 2016-05-04 麻省理工学院 用于功能性颗粒的聚合物
US20090130212A1 (en) * 2006-05-15 2009-05-21 Physical Pharmaceutica, Llc Composition and improved method for preparation of small particles
US20070269892A1 (en) * 2006-05-18 2007-11-22 Nastech Pharmaceutical Company Inc. FORMULATIONS FOR INTRACELLULAR DELIVERY dsRNA
CA2652770A1 (en) * 2006-05-19 2007-11-29 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Rnai modulation of aha and therapeutic uses thereof
JP2009537179A (ja) * 2006-05-19 2009-10-29 ザ スクリップス リサーチ インスティテュート 蛋白質ミスフォールディングの処置
EP2018443A4 (en) * 2006-05-22 2009-11-11 Alnylam Pharmaceuticals Inc COMPOSITIONS AND METHODS INHIBITING EXPRESSION OF IKK-B GENE
US9273356B2 (en) 2006-05-24 2016-03-01 Medtronic, Inc. Methods and kits for linking polymorphic sequences to expanded repeat mutations
US20070275923A1 (en) * 2006-05-25 2007-11-29 Nastech Pharmaceutical Company Inc. CATIONIC PEPTIDES FOR siRNA INTRACELLULAR DELIVERY
GB0610542D0 (en) * 2006-05-26 2006-07-05 Medical Res Council Screening method
US8598333B2 (en) * 2006-05-26 2013-12-03 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. SiRNA silencing of genes expressed in cancer
US7915399B2 (en) 2006-06-09 2011-03-29 Protiva Biotherapeutics, Inc. Modified siRNA molecules and uses thereof
EP2026843A4 (en) 2006-06-09 2011-06-22 Quark Pharmaceuticals Inc THERAPEUTIC USES OF RTP801L INHIBITORS
US20080152654A1 (en) * 2006-06-12 2008-06-26 Exegenics, Inc., D/B/A Opko Health, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR siRNA INHIBITION OF ANGIOGENESIS
WO2007147067A2 (en) * 2006-06-14 2007-12-21 Rosetta Inpharmatics Llc Methods and compositions for regulating cell cycle progression
US9381477B2 (en) 2006-06-23 2016-07-05 Massachusetts Institute Of Technology Microfluidic synthesis of organic nanoparticles
WO2008008719A2 (en) * 2006-07-10 2008-01-17 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of the myc gene
GB0613753D0 (en) 2006-07-11 2006-08-23 Norwegian Radium Hospital Res Method
DK2447275T3 (en) 2006-07-13 2015-06-29 Univ Iowa Res Found Methods and reagents for the treatment of age-related macular degeneration
JP4756271B2 (ja) * 2006-07-18 2011-08-24 独立行政法人産業技術総合研究所 ガン細胞の老化、アポトーシス誘導剤
BRPI0714875A2 (pt) * 2006-07-21 2013-05-28 Silence Therapeutics Ag meios para inibir a expressço da proteÍna cinase 3
US20080039415A1 (en) * 2006-08-11 2008-02-14 Gregory Robert Stewart Retrograde transport of sirna and therapeutic uses to treat neurologic disorders
US20100330105A1 (en) * 2006-08-22 2010-12-30 John Hopkins University Anticancer Combination Therapies
DE102006039479A1 (de) 2006-08-23 2008-03-06 Febit Biotech Gmbh Programmierbare Oligonukleotidsynthese
US7872118B2 (en) * 2006-09-08 2011-01-18 Opko Ophthalmics, Llc siRNA and methods of manufacture
WO2008036741A2 (en) * 2006-09-19 2008-03-27 Asuragen, Inc. Mir-200 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
AU2007299748A1 (en) * 2006-09-19 2008-03-27 Asuragen, Inc. miR-15, miR-26, miR -31,miR -145, miR-147, miR-188, miR-215, miR-216 miR-331, mmu-miR-292-3p regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
US20090209478A1 (en) 2006-09-21 2009-08-20 Tomoko Nakayama Compositions and methods for inhibiting expression of the hamp gene
AU2007299705B2 (en) 2006-09-22 2012-09-06 Dharmacon, Inc. Duplex oligonucleotide complexes and methods for gene silencing by RNA interference
AU2007306542B2 (en) * 2006-10-11 2013-08-01 Max-Planck-Gesellschaft Zur Forderung Der Wissenschaften E.V. Influenza targets
WO2008063760A2 (en) * 2006-10-18 2008-05-29 The University Of Texas M.D. Anderson Cancer Center Methods for treating cancer targeting transglutaminase
JP2010507387A (ja) * 2006-10-25 2010-03-11 クアーク・ファーマスーティカルス、インコーポレイテッド 新規のｓｉＲＮＡおよびその使用方法
US20100062436A1 (en) 2006-10-31 2010-03-11 Noxxon Pharma Ag Methods for Detection of a Single- or Double-Stranded Nucleic Acid Molecule
EP2078079B1 (en) 2006-11-01 2011-05-04 The Medical Research and Infrastructure Fund of the Tel-Aviv Sourasky Medical Center Adipocyte-specific constructs and methods for inhibiting platelet-type 12 lipoxygenase expression
US9375440B2 (en) 2006-11-03 2016-06-28 Medtronic, Inc. Compositions and methods for making therapies delivered by viral vectors reversible for safety and allele-specificity
US8324367B2 (en) 2006-11-03 2012-12-04 Medtronic, Inc. Compositions and methods for making therapies delivered by viral vectors reversible for safety and allele-specificity
US8252526B2 (en) * 2006-11-09 2012-08-28 Gradalis, Inc. ShRNA molecules and methods of use thereof
US8906874B2 (en) 2006-11-09 2014-12-09 Gradalis, Inc. Bi-functional shRNA targeting Stathmin 1 and uses thereof
US8758998B2 (en) 2006-11-09 2014-06-24 Gradalis, Inc. Construction of bifunctional short hairpin RNA
US8034921B2 (en) * 2006-11-21 2011-10-11 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. IRNA agents targeting CCR5 expressing cells and uses thereof
US7819842B2 (en) 2006-11-21 2010-10-26 Medtronic, Inc. Chronically implantable guide tube for repeated intermittent delivery of materials or fluids to targeted tissue sites
US7988668B2 (en) 2006-11-21 2011-08-02 Medtronic, Inc. Microsyringe for pre-packaged delivery of pharmaceuticals
WO2008062909A1 (en) * 2006-11-22 2008-05-29 The University Of Tokyo ENVIRONMENT-RESPONDING siRNA CARRIER USING DISULFIDE-BRIDGED POLYMERIC MICELLE
US8444971B2 (en) 2006-11-27 2013-05-21 Diadexus, Inc. OVR110 antibody compositions and methods of use
WO2008152446A2 (en) 2006-11-27 2008-12-18 Patrys Limited Novel glycosylated peptide target in neoplastic cells
WO2008067373A2 (en) * 2006-11-28 2008-06-05 Alcon Research, Ltd. RNAi-MEDIATED INHIBITION OF AQUAPORIN 1 FOR TREATMENT OF IOP-RELATED CONDITIONS
US20090048195A1 (en) * 2006-11-30 2009-02-19 University Of Southern California Compositions and methods of sphingosine kinase inhibitors for use thereof in cancer therapy
AU2007333107A1 (en) * 2006-12-08 2008-06-19 Asuragen, Inc. miR-21 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
DK2104737T3 (da) * 2006-12-08 2013-05-27 Asuragen Inc Funktioner og formål for let-7 mikro-RNAer
MX2009006310A (es) * 2006-12-14 2009-07-22 Novartis Ag Composiciones y metodos para tratar trastornos musculares y cardiovasculares.
CA2671270A1 (en) * 2006-12-29 2008-07-17 Asuragen, Inc. Mir-16 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
US7754698B2 (en) * 2007-01-09 2010-07-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of FR-alpha expression
US9896511B2 (en) 2007-01-10 2018-02-20 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Dept. Of Health And Human Services Antibodies that bind to TL1A and methods of treating inflammatory or autoimmune disease comprising administering such antibodies
AU2007344641B2 (en) 2007-01-16 2014-05-22 The University Of Queensland Method of inducing an immune response
US20080171906A1 (en) * 2007-01-16 2008-07-17 Everaerts Frank J L Tissue performance via hydrolysis and cross-linking
WO2008087642A2 (en) * 2007-01-16 2008-07-24 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Nucleic acid constructs and methods for specific silencing of h19
CA2674683A1 (en) * 2007-01-16 2008-07-24 The Burnham Institute For Medical Research Compositions and methods for treatment of colorectal cancer
CN102099367A (zh) * 2007-01-17 2011-06-15 蒙特利尔临床研究所 具有季碳中心的核苷和核苷酸类似物以及其使用方法
CA2676143A1 (en) 2007-01-26 2008-07-31 University Of Louisville Research Foundation, Inc. Modification of exosomal components for use as a vaccine
WO2008093331A1 (en) * 2007-01-29 2008-08-07 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Antibody conjugates for circumventing multi-drug resistance
WO2008094860A2 (en) * 2007-01-30 2008-08-07 Allergan, Inc. Treating ocular diseases using peroxisome proliferator-activated receptor delta antagonists
US9217129B2 (en) 2007-02-09 2015-12-22 Massachusetts Institute Of Technology Oscillating cell culture bioreactor
JP5512285B2 (ja) 2007-02-09 2014-06-04 ノースウェスタン ユニバーシティ 細胞内標的を検出するための粒子
DE102007008596B4 (de) 2007-02-15 2010-09-02 Friedrich-Schiller-Universität Jena Biologisch wirksame Moleküle auf Grundlage von PNA und siRNA, Verfahren zu deren zellspezifischen Aktivierung sowie Applikationskit zur Verabreichung
AU2008218813B2 (en) 2007-02-20 2014-04-17 Monsanto Technology, Llc Invertebrate microRNAs
EP2137205A2 (en) 2007-02-26 2009-12-30 Quark Pharmaceuticals, Inc. Inhibitors of rtp801 and their use in disease treatment
US20100292301A1 (en) * 2007-02-28 2010-11-18 Elena Feinstein Novel sirna structures
WO2008109357A1 (en) * 2007-03-02 2008-09-12 Mdrna, Inc. Nucleic acid compounds for inhibiting apob gene expression and uses thereof
WO2008109518A1 (en) * 2007-03-02 2008-09-12 Mdrna, Inc. Nucleic acid compounds for inhibiting wnt gene expression and uses thereof
WO2008109034A2 (en) * 2007-03-02 2008-09-12 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Modulating pdx-1 with pcif1, methods and uses thereof
US9085638B2 (en) 2007-03-07 2015-07-21 The Johns Hopkins University DNA vaccine enhancement with MHC class II activators
US20080260765A1 (en) * 2007-03-15 2008-10-23 Johns Hopkins University HPV DNA Vaccines and Methods of Use Thereof
PL2129680T3 (pl) 2007-03-21 2015-10-30 Brookhaven Science Ass Llc Łączone kompozycje cząsteczek antysensownych o strukturze spinki do włosów oraz sposoby modulacji ekspresji
US7812002B2 (en) 2007-03-21 2010-10-12 Quark Pharmaceuticals, Inc. Oligoribonucleotide inhibitors of NRF2 and methods of use thereof for treatment of cancer
PE20090064A1 (es) * 2007-03-26 2009-03-02 Novartis Ag Acido ribonucleico de doble cadena para inhibir la expresion del gen e6ap humano y composicion farmaceutica que lo comprende
AU2008232891B2 (en) * 2007-03-29 2012-01-12 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of a gene from the Ebola
WO2008124632A1 (en) 2007-04-04 2008-10-16 Massachusetts Institute Of Technology Amphiphilic compound assisted nanoparticles for targeted delivery
WO2008124634A1 (en) 2007-04-04 2008-10-16 Massachusetts Institute Of Technology Polymer-encapsulated reverse micelles
US20090226525A1 (en) * 2007-04-09 2009-09-10 Chimeros Inc. Self-assembling nanoparticle drug delivery system
CA2678055C (en) 2007-04-10 2016-02-16 Qiagen Gmbh Rna interference tags
CN101686939B (zh) * 2007-04-17 2013-03-27 巴克斯特国际公司 用于肺部投送的核酸微粒
AU2008242583B2 (en) 2007-04-23 2013-10-10 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Glycoconjugates of RNA interference agents
WO2008143774A2 (en) * 2007-05-01 2008-11-27 University Of Massachusetts Methods and compositions for locating snp heterozygosity for allele specific diagnosis and therapy
WO2008137115A1 (en) 2007-05-03 2008-11-13 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Multipotent stem cells and uses thereof
JP5296328B2 (ja) * 2007-05-09 2013-09-25 独立行政法人理化学研究所 １本鎖環状ｒｎａおよびその製造方法
BRPI0811623A2 (pt) * 2007-05-15 2014-11-11 Helicon Therapeutics Inc Métodos para identificar genes envolvidos na formação de memória usando pequeno rna interferente (sirna)
AU2008254905A1 (en) * 2007-05-15 2008-11-27 Helicon Therapeutics, Inc. Methods of treating cognitive disorders by inhibition of Gpr12
US20090131354A1 (en) * 2007-05-22 2009-05-21 Bader Andreas G miR-126 REGULATED GENES AND PATHWAYS AS TARGETS FOR THERAPEUTIC INTERVENTION
CN104480112B (zh) 2007-05-22 2018-06-12 阿克丘勒斯治疗公司 用于治疗的una寡聚体
AU2008259907B2 (en) 2007-05-30 2014-12-04 Northwestern University Nucleic acid functionalized nanoparticles for therapeutic applications
EP2581081A3 (en) 2007-06-01 2013-07-31 The Trustees Of Princeton University Treatment of viral infections by modulation of host cell metabolic pathways
JP5271901B2 (ja) 2007-06-11 2013-08-21 タカラバイオ株式会社 特異的遺伝子発現方法
WO2008152636A2 (en) * 2007-06-15 2008-12-18 Quark Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting nadph oxidase expression
AR066984A1 (es) * 2007-06-15 2009-09-23 Novartis Ag Inhibicion de la expresion de la subunidad alfa del canal epitelial de sodio (enac) por medio de arni (arn de interferencia)
EP2170403B1 (en) 2007-06-27 2014-04-16 Quark Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of pro-apoptotic genes
ES2685636T3 (es) 2007-06-29 2018-10-10 Stelic Institute Of Regenerative Medicine, Stelic Institute & Co. Método de fijación y expresión de sustancia fisiológicamente activa
US20100184823A1 (en) * 2007-07-05 2010-07-22 Mark Aron Labow dsRNA For Treating Viral Infection
CA2692861A1 (en) 2007-07-10 2009-01-15 Neurim Pharmaceuticals (1991) Ltd. Cd44 splice variants in neurodegenerative diseases
US8828960B2 (en) * 2007-07-17 2014-09-09 Idexx Laboratories, Inc. Amino acid vitamin ester compositions for controlled delivery of pharmaceutically active compounds
JP2009033986A (ja) * 2007-07-31 2009-02-19 Sumitomo Chemical Co Ltd ＲＮＡ干渉による遺伝子発現抑制のためのターゲット遺伝子としてのｃａｒ遺伝子の使用
EP2030615A3 (en) 2007-08-13 2009-12-02 ELFORD, Howard L. Ribonucleotide reductase inhibitors for use in the treatment or prevention of neuroinflammatory or autoimmune diseases
US8501929B2 (en) * 2007-08-17 2013-08-06 Biochrom Pharma Inc. PTHrP, its isoforms and antagonist thereto in the diagnosis and treatment of disease
CN105018492B (zh) * 2007-08-27 2018-08-24 北京强新生物科技有限公司 不对称干扰rna的组合物及其用途
TW200932908A (en) * 2007-08-30 2009-08-01 Virexx Medical Corp Antigenic compositions and use of same in the targeted delivery of nucleic acids
WO2009032364A1 (en) * 2007-08-31 2009-03-12 Ghc Research Development Corporation Activation of nuclear factor-kappa b
WO2009033027A2 (en) 2007-09-05 2009-03-12 Medtronic, Inc. Suppression of scn9a gene expression and/or function for the treatment of pain
JP5049713B2 (ja) * 2007-09-14 2012-10-17 株式会社コナミデジタルエンタテインメント ゲームシステム並びにこれを構成するゲーム装置及び課題報知装置
CA2698812A1 (en) * 2007-09-14 2009-03-19 Nitto Denko Corporation Drug carriers
US8361714B2 (en) 2007-09-14 2013-01-29 Asuragen, Inc. Micrornas differentially expressed in cervical cancer and uses thereof
CN101849008A (zh) 2007-09-19 2010-09-29 应用生物系统有限公司 用于减少RNAi中的脱靶表型效应的siRNA的不依赖于序列的修饰形式和其稳定形式
US20100204303A1 (en) * 2007-09-25 2010-08-12 Idexx Laboratories, Inc. Pharmaceutical Compositions for Administering Oligonucleotides
HUE034775T2 (hu) 2007-09-28 2018-02-28 Pfizer Rákos sejt célzása nanorészecskék alkalmazásával
US20120082659A1 (en) * 2007-10-02 2012-04-05 Hartmut Land Methods And Compositions Related To Synergistic Responses To Oncogenic Mutations
CN103898110A (zh) 2007-10-03 2014-07-02 夸克制药公司 新siRNA结构
JP2010539990A (ja) * 2007-10-04 2010-12-24 ボード オブ リージェンツ ザ ユニバーシティー オブ テキサス システム アンチセンス転写物を標的とするａｇＲＮＡおよびギャップマーを用いた遺伝子発現の調節方法
EP2630967A1 (en) 2007-10-12 2013-08-28 Massachusetts Institute of Technology Vaccine nanotechnology
US8097712B2 (en) 2007-11-07 2012-01-17 Beelogics Inc. Compositions for conferring tolerance to viral disease in social insects, and the use thereof
US20100098664A1 (en) * 2007-11-28 2010-04-22 Mathieu Jean-Francois Desclaux Lentiviral vectors allowing RNAi mediated inhibition of GFAP and vimentin expression
WO2009082593A2 (en) * 2007-11-30 2009-07-02 Baylor College Of Medicine Dendritic cell vaccine compositions and uses of same
WO2009070805A2 (en) * 2007-12-01 2009-06-04 Asuragen, Inc. Mir-124 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
EP2268664B1 (en) 2007-12-03 2017-05-24 The Government of the United States of America as represented by the Secretary of the Department of Health and Human Services Doc1 compositions and methods for treating cancer
WO2009082606A2 (en) * 2007-12-04 2009-07-02 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Folate conjugates
US20090247608A1 (en) 2007-12-04 2009-10-01 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Targeting Lipids
EP2848688A1 (en) 2007-12-10 2015-03-18 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of factor VII gene
US8614311B2 (en) 2007-12-12 2013-12-24 Quark Pharmaceuticals, Inc. RTP801L siRNA compounds and methods of use thereof
US20110105584A1 (en) * 2007-12-12 2011-05-05 Elena Feinstein Rtp80il sirna compounds and methods of use thereof
WO2009076679A2 (en) 2007-12-13 2009-06-18 Alnylam Pharmaceuticals Inc. Methods and compositions for prevention or treatment of rsv infection
US20090176729A1 (en) * 2007-12-14 2009-07-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Method of treating neurodegenerative disease
US7845686B2 (en) * 2007-12-17 2010-12-07 S & B Technical Products, Inc. Restrained pipe joining system for plastic pipe
KR100949791B1 (ko) * 2007-12-18 2010-03-30 이동기 오프-타겟 효과를 최소화하고 ＲＮＡｉ 기구를 포화시키지않는 신규한 ｓｉＲＮＡ 구조 및 그 용도
US20090192114A1 (en) * 2007-12-21 2009-07-30 Dmitriy Ovcharenko miR-10 Regulated Genes and Pathways as Targets for Therapeutic Intervention
EP2242854A4 (en) * 2008-01-15 2012-08-15 Quark Pharmaceuticals Inc COMPOUNDS AND USES THEREOF
WO2009134487A2 (en) * 2008-01-31 2009-11-05 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Optimized methods for delivery of dsrna targeting the pcsk9 gene
US20090263803A1 (en) * 2008-02-08 2009-10-22 Sylvie Beaudenon Mirnas differentially expressed in lymph nodes from cancer patients
EP3643782A1 (en) 2008-02-11 2020-04-29 Phio Pharmaceuticals Corp. Modified rnai polynucleotides and uses thereof
US8188060B2 (en) 2008-02-11 2012-05-29 Dharmacon, Inc. Duplex oligonucleotides with enhanced functionality in gene regulation
US7977321B2 (en) * 2008-02-12 2011-07-12 University Of Tennessee Research Foundation Small interfering RNAs targeting feline herpes virus
EP2250266A2 (en) * 2008-02-12 2010-11-17 Alnylam Pharmaceuticals Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of cd45 gene
DE102009043743B4 (de) 2009-03-13 2016-10-13 Friedrich-Schiller-Universität Jena Zellspezifisch wirksame Moleküle auf Grundlage von siRNA sowie Applikationskits zu deren Herstellung und Verwendung
WO2009103010A2 (en) * 2008-02-13 2009-08-20 Elan Pharmaceuticals, Inc. Alpha-synuclein kinase
WO2009103067A2 (en) * 2008-02-14 2009-08-20 The Children's Hospital Of Philadelphia Compositions and methods to treat asthma
BRPI0909779A2 (pt) * 2008-03-05 2019-09-24 Alnylam Pharmaceuticals Inc composições e processos para a inibição da expressão dos genes eg5 e vegf
WO2009111643A2 (en) * 2008-03-06 2009-09-11 Asuragen, Inc. Microrna markers for recurrence of colorectal cancer
US8202848B2 (en) * 2008-03-17 2012-06-19 Board Of Regents, The University Of Texas System Identification of micro-RNAS involved in neuromuscular synapse maintenance and regeneration
MX2010010303A (es) * 2008-03-20 2010-10-20 Quark Pharmaceuticals Inc Nuevos compuestos de acido ribonucleico de pequeña interferencia para inhibir rtp801.
US20090253780A1 (en) * 2008-03-26 2009-10-08 Fumitaka Takeshita COMPOSITIONS AND METHODS RELATED TO miR-16 AND THERAPY OF PROSTATE CANCER
EP2105145A1 (en) * 2008-03-27 2009-09-30 ETH Zürich Method for muscle-specific delivery lipid-conjugated oligonucleotides
CA2719963A1 (en) * 2008-03-31 2009-10-08 National Institute Of Advanced Industrial Science And Technology Double-stranded lipid-modified rna having high rna interference effect
TWI348916B (en) * 2008-04-03 2011-09-21 Univ Nat Taiwan A novel treatment tool for cancer: rna interference of bcas2
WO2009126726A1 (en) * 2008-04-08 2009-10-15 Asuragen, Inc Methods and compositions for diagnosing and modulating human papillomavirus (hpv)
EP3604533A1 (en) 2008-04-11 2020-02-05 Arbutus Biopharma Corporation Site-specific delivery of nucleic acids by combining targeting ligands with endosomolytic components
ES2710463T3 (es) * 2008-04-11 2019-04-25 Cedars Sinai Medical Center Acido poli(beta málico) con tripéptido colgante Leu-Leu-Leu para la administración eficaz del fármaco citoplasmático
CA2721333C (en) 2008-04-15 2020-12-01 Protiva Biotherapeutics, Inc. Novel lipid formulations for nucleic acid delivery
WO2009144704A2 (en) * 2008-04-15 2009-12-03 Quark Pharmaceuticals, Inc. siRNA COMPOUNDS FOR INHIBITING NRF2
WO2009129465A2 (en) 2008-04-17 2009-10-22 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of xbp-1 gene
US20090285861A1 (en) * 2008-04-17 2009-11-19 Tzyy-Choou Wu Tumor cell-based cancer immunotherapeutic compositions and methods
USRE48948E1 (en) 2008-04-18 2022-03-01 Warsaw Orthopedic, Inc. Clonidine compounds in a biodegradable polymer
KR20100137006A (ko) 2008-04-21 2010-12-29 티슈 리제너레이션 쎄라퓨틱스, 인코포레이티드 생물학적 또는 화학적 물질에 대한 예방 또는 치료를 위한 유전적으로 변형된 인간 탯줄 혈관주위 세포
US8324366B2 (en) 2008-04-29 2012-12-04 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for delivering RNAI using lipoproteins
WO2009134443A2 (en) * 2008-05-02 2009-11-05 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Rna-induced translational silencing and cellular apoptosis
EP2285960B1 (en) 2008-05-08 2015-07-08 Asuragen, INC. Compositions and methods related to mir-184 modulation of neovascularization or angiogenesis
US20090291073A1 (en) * 2008-05-20 2009-11-26 Ward Keith W Compositions Comprising PKC-theta and Methods for Treating or Controlling Ophthalmic Disorders Using Same
US20100009451A1 (en) * 2008-05-30 2010-01-14 Sigma Aldrich Company Compositions and methods for specifically silencing a target nucleic acid
EP2297322A1 (en) 2008-06-04 2011-03-23 The Board of Regents of The University of Texas System Modulation of gene expression through endogenous small rna targeting of gene promoters
US20090305611A1 (en) * 2008-06-06 2009-12-10 Flow International Corporation Device and method for improving accuracy of a high-pressure fluid jet apparatus
US8431692B2 (en) * 2008-06-06 2013-04-30 Quark Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for treatment of ear disorders
JP2011522552A (ja) * 2008-06-13 2011-08-04 リボックス・ゲーエムベーハー 化学的に修飾されたｒｎａの酵素的合成のための方法
WO2010005741A1 (en) * 2008-06-16 2010-01-14 Georgia Tech Research Corporation Nanogels for cellular delivery of therapeutics
TWI455944B (zh) 2008-07-01 2014-10-11 Daiichi Sankyo Co Ltd 雙股多核苷酸
US20110184046A1 (en) * 2008-07-11 2011-07-28 Dinah Wen-Yee Sah Compositions And Methods For Inhibiting Expression Of GSK-3 Genes
WO2010008562A2 (en) 2008-07-16 2010-01-21 Recombinetics Methods and materials for producing transgenic animals
US8815818B2 (en) 2008-07-18 2014-08-26 Rxi Pharmaceuticals Corporation Phagocytic cell delivery of RNAI
US8039658B2 (en) * 2008-07-25 2011-10-18 Air Products And Chemicals, Inc. Removal of trace arsenic impurities from triethylphosphate (TEPO)
WO2010014857A2 (en) * 2008-07-30 2010-02-04 University Of Massachusetts Chromosome therapy
WO2010021720A1 (en) 2008-08-19 2010-02-25 Nektar Therapeutics Conjugates of small-interfering nucleic acids
BRPI0912923A8 (pt) 2008-08-25 2017-12-12 Ionis Pharmaceuticals Inc Composto que consiste de um oligonucleotídeo modificadpo composto de 12-30 nucleosídeos ligados, compostos que compreende um oligonucleotídeo modificado que compreende pelo menos 12 nucleosídeos ligados, composto que compreende um oligonucleotídeo modificado que compreende nucleosídeos ligados, e, uso de um composto
WO2011028218A1 (en) 2009-09-02 2011-03-10 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Process for triphosphate oligonucleotide synthesis
EP3208339B1 (en) 2008-09-15 2019-05-01 The Children's Medical Center Corporation Modulation of bcl11a for treatment of hemoglobinopathies
WO2010033247A2 (en) 2008-09-22 2010-03-25 Rxi Pharmaceuticals Corporation Reduced size self-delivering rnai compounds
JP2012513953A (ja) 2008-09-23 2012-06-21 アルニラム ファーマスーティカルズ インコーポレイテッド 付加環化を用いたモノマーおよびオリゴヌクレオチドの化学修飾
EP3584320A1 (en) 2008-09-25 2019-12-25 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Lipid formulated compositions and methods for inhibiting expression of serum amyloid a gene
US8592570B2 (en) 2008-10-06 2013-11-26 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of an RNA from West Nile virus
WO2010042292A1 (en) * 2008-10-08 2010-04-15 Trustees Of Dartmouth College Method for selectively inhibiting the activity of acat1 in the treatment of alzheimer's disease
US9388414B2 (en) 2008-10-08 2016-07-12 Trustees Of Dartmouth College Method for selectively inhibiting ACAT1 in the treatment of neurodegenerative diseases
US9149492B2 (en) 2008-10-08 2015-10-06 Trustees Of Dartmouth College Method for selectively inhibiting ACAT1 in the treatment of alzheimer's disease
US9388413B2 (en) 2008-10-08 2016-07-12 Trustees Of Dartmouth College Method for selectively inhibiting ACAT1 in the treatment of neurodegenerative diseases
US8802646B2 (en) * 2008-10-08 2014-08-12 Trustees Of Dartmouth College Method for selectively inhibiting the activity of ACAT1 in the treatment of alzheimer's disease
CA2984026C (en) 2008-10-09 2020-02-11 Arbutus Biopharma Corporation Improved amino lipids and methods for the delivery of nucleic acids
US8277812B2 (en) 2008-10-12 2012-10-02 Massachusetts Institute Of Technology Immunonanotherapeutics that provide IgG humoral response without T-cell antigen
US8591905B2 (en) 2008-10-12 2013-11-26 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Nicotine immunonanotherapeutics
US8343498B2 (en) 2008-10-12 2013-01-01 Massachusetts Institute Of Technology Adjuvant incorporation in immunonanotherapeutics
US8343497B2 (en) 2008-10-12 2013-01-01 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Targeting of antigen presenting cells with immunonanotherapeutics
US9458472B2 (en) * 2008-10-15 2016-10-04 Massachusetts Institute Of Technology Detection and destruction of cancer cells using programmed genetic vectors
WO2010045384A2 (en) 2008-10-15 2010-04-22 Somagenics Inc. Short hairpin rnas for inhibition of gene expression
ES2543004T3 (es) * 2008-10-20 2015-08-13 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Composiciones y métodos para inhibir la expresión de transtiretina
WO2010048590A1 (en) * 2008-10-23 2010-04-29 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for prevention or treatment of rsv infection using modified duplex rna molecules
WO2010046889A1 (en) * 2008-10-23 2010-04-29 Quark Pharmaceuticals, Inc. Methods for delivery of sirna to bone marrow cells and uses thereof
US9186325B2 (en) 2008-11-10 2015-11-17 Tekmira Pharmaceuticals Corporation Lipids and compositions for the delivery of therapeutics
WO2010056737A2 (en) * 2008-11-11 2010-05-20 Mirna Therapeutics, Inc. Methods and compositions involving mirnas in cancer stem cells
HUE027027T2 (en) * 2008-11-13 2016-08-29 Modgene Llc Reduction of amyloid beta load in non-brain tissue
US9074211B2 (en) 2008-11-19 2015-07-07 Rxi Pharmaceuticals Corporation Inhibition of MAP4K4 through RNAI
JP2012509331A (ja) 2008-11-21 2012-04-19 アイシス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッド がんの治療のための併用療法
DK2365803T3 (en) 2008-11-24 2018-01-22 Univ Northwestern POLYVALENT RNA NANOPARTICLE COMPOSITIONS
EP2191834A1 (en) * 2008-11-26 2010-06-02 Centre National De La Recherche Scientifique (Cnrs) Compositions and methods for treating retrovirus infections
CA2744093A1 (en) 2008-12-03 2010-06-10 Marina Biotech, Inc. Una oligomer structures for therapeutic agents
AU2009322279A1 (en) 2008-12-04 2011-07-14 Opko Pharmaceuticals, Llc Compositions and methods for selective inhibition of pro-angiogenic VEGF isoforms
US20100291188A1 (en) * 2008-12-04 2010-11-18 Musc Foundation For Research Development Periostin Inhibitory Compositions for Myocardial Regeneration, Methods of Delivery, and Methods of Using Same
TW202517680A (zh) 2008-12-09 2025-05-01 美商建南德克公司 抗pd-l1抗體及其於增進t細胞功能之用途
US8324368B2 (en) 2008-12-10 2012-12-04 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. GNAQ targeted dsRNA compositions and methods for inhibiting expression
WO2010066112A1 (en) * 2008-12-11 2010-06-17 The University Of Hong Kong siRNA COMPOSITIONS AND METHODS FOR POTENTLY INHIBITING VIRAL INFECTION
EP2377934A4 (en) * 2008-12-12 2012-09-26 Kureha Corp PHARMACEUTICAL COMPOSITION FOR THE TREATMENT OF TUMOR AND ASTHMA
EP2370175A2 (en) * 2008-12-16 2011-10-05 Bristol-Myers Squibb Company Methods of inhibiting quiescent tumor proliferation
US20110288155A1 (en) 2008-12-18 2011-11-24 Elena Feinstein Sirna compounds and methods of use thereof
EP2377517B1 (en) 2008-12-26 2020-01-22 Samyang Biopharmaceuticals Corporation Pharmaceutical composition containing an anionic drug, and a production method therefor
WO2010078536A1 (en) 2009-01-05 2010-07-08 Rxi Pharmaceuticals Corporation Inhibition of pcsk9 through rnai
US20100233270A1 (en) 2009-01-08 2010-09-16 Northwestern University Delivery of Oligonucleotide-Functionalized Nanoparticles
US8980820B2 (en) * 2009-01-19 2015-03-17 The Research Foundation For The State University Of New York Fatty acid binding proteins as drug targets for endocannabinoids
AU2010206143A1 (en) * 2009-01-20 2011-08-25 Life Sciences Research Partners Vzw PHD2 inhibition for blood vessel normalization, and uses thereof
CA2750561C (en) 2009-01-26 2017-10-10 Protiva Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods for silencing apolipoprotein c-iii expression
BRPI1008109A2 (pt) * 2009-02-03 2015-08-25 Hoffmann La Roche "composições e métodos para a inibição de expressão de genes de ptp1b".
WO2010090762A1 (en) 2009-02-04 2010-08-12 Rxi Pharmaceuticals Corporation Rna duplexes with single stranded phosphorothioate nucleotide regions for additional functionality
HUE035769T2 (en) 2009-02-12 2018-05-28 Cell Signaling Technology Inc Mutant ROS expression in human liver cancer
EP2401375B1 (en) 2009-02-24 2017-08-23 RiboxX GmbH Improved design of small-interfering rna
WO2010101951A1 (en) 2009-03-02 2010-09-10 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Nucleic acid chemical modifications
BRPI1009271A8 (pt) * 2009-03-19 2016-02-10 Merck Sharp & Dohme Molécula de ácido nucleico interferente curto de filamento duplo, composição farmacêutica, e, método para tratar um indivíduo humano que sofre de uma condição que é mediada pela ação, ou pela perda de ação, de bach1
US8444983B2 (en) 2009-03-23 2013-05-21 Quark Pharmaceuticals, Inc. Composition of anti-ENDO180 antibodies and methods of use for the treatment of cancer and fibrotic diseases
US20100239632A1 (en) 2009-03-23 2010-09-23 Warsaw Orthopedic, Inc. Drug depots for treatment of pain and inflammation in sinus and nasal cavities or cardiac tissue
WO2010120874A2 (en) 2009-04-14 2010-10-21 Chimeros, Inc. Chimeric therapeutics, compositions, and methods for using same
EP2421972A2 (en) * 2009-04-24 2012-02-29 The Board of Regents of The University of Texas System Modulation of gene expression using oligomers that target gene regions downstream of 3' untranslated regions
US8367350B2 (en) 2009-04-29 2013-02-05 Morehouse School Of Medicine Compositions and methods for diagnosis, prognosis and management of malaria
US8933049B2 (en) * 2009-05-05 2015-01-13 Medical Diagnostic Laboratories, Llc Repressor on IFN-λ promoter and siRNA against ZEB1 and BLIMP-1 to increase IFN-λ gene activity
AU2010244122B2 (en) 2009-05-05 2015-05-14 Beeologics Inc. Prevention and treatment of Nosema disease in bees
WO2010129791A1 (en) 2009-05-06 2010-11-11 University Of Medicine And Dentistry Of New Jersey Rna targeting in alpha-synucleinopathies
EP2429657A2 (en) * 2009-05-15 2012-03-21 F. Hoffmann-La Roche AG Compositions and methods for inhibiting expression of glucocorticoid receptor (gcr) genes
CA2762524A1 (en) * 2009-05-18 2011-01-13 Ensysce Biosciences, Inc. Carbon nanotubes complexed with multiple bioactive agents and methods related thereto
EP2432499A2 (en) 2009-05-20 2012-03-28 Schering Corporation Modulation of pilr receptors to treat microbial infections
US20100304995A1 (en) * 2009-05-22 2010-12-02 Li Shen Arrays and Methods for Reverse Genetic Functional Analysis
EP2438168B1 (en) 2009-06-01 2020-02-12 Halo-Bio Rnai Therapeutics, Inc. Polynucleotides for multivalent rna interference, compositions and methods of use thereof
WO2010140024A1 (en) * 2009-06-03 2010-12-09 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) Methods for diagnosing and treating a renal disease in an individual
CN102458099B (zh) 2009-06-05 2015-08-19 佛罗里达大学研究基金公司 甘蔗木质素生物合成基因的分离和靶向抑制
EP2440214A4 (en) 2009-06-08 2013-07-31 Quark Pharmaceuticals Inc METHOD FOR THE TREATMENT OF CHRONIC KIDNEY DISEASES
AU2010259295B2 (en) 2009-06-10 2015-05-07 Temasek Life Sciences Laboratory Limited Virus induced gene silencing (VIGS) for functional analysis of genes in cotton.
CN104873464B (zh) 2009-06-10 2018-06-22 阿布特斯生物制药公司 改进的脂质制剂
EP2442792A4 (en) * 2009-06-15 2015-12-23 Alnylam Pharmaceuticals Inc TESTING GENE PCSK9 LIPID-FORMULATED DSRNA
US9051567B2 (en) 2009-06-15 2015-06-09 Tekmira Pharmaceuticals Corporation Methods for increasing efficacy of lipid formulated siRNA
US20100324124A1 (en) * 2009-06-17 2010-12-23 Massachusetts Institute Of Technology Compositions and methods relating to DNA-based particles
US20100323018A1 (en) * 2009-06-17 2010-12-23 Massachusetts Institute Of Technology Branched DNA/RNA monomers and uses thereof
GB0910723D0 (en) 2009-06-22 2009-08-05 Sylentis Sau Novel drugs for inhibition of gene expression
US9018187B2 (en) 2009-07-01 2015-04-28 Protiva Biotherapeutics, Inc. Cationic lipids and methods for the delivery of therapeutic agents
CA2767127A1 (en) 2009-07-01 2011-01-06 Protiva Biotherapeutics, Inc. Novel lipid formulations for delivery of therapeutic agents to solid tumors
WO2011000106A1 (en) 2009-07-01 2011-01-06 Protiva Biotherapeutics, Inc. Improved cationic lipids and methods for the delivery of therapeutic agents
WO2011008730A2 (en) 2009-07-13 2011-01-20 Somagenics Inc. Chemical modification of small hairpin rnas for inhibition of gene expression
US8716464B2 (en) 2009-07-20 2014-05-06 Thomas W. Geisbert Compositions and methods for silencing Ebola virus gene expression
EP2947098B1 (en) 2009-07-20 2019-11-20 Bristol-Myers Squibb Company Combination of anti-ctla4 antibody with gemcitabine for the synergistic treatment of proliferative diseases
US8840889B2 (en) 2009-08-13 2014-09-23 The Johns Hopkins University Methods of modulating immune function
US9029338B2 (en) 2009-08-14 2015-05-12 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Lipid formulated compositions and methods for inhibiting expression of a gene from the ebola virus
JP2013503162A (ja) 2009-08-24 2013-01-31 ファイジェニクス インコーポレイテッド 乳癌の治療を目的としたｐａｘ２ターゲティング
WO2011031600A1 (en) 2009-09-10 2011-03-17 Schering Corporation Use of il-33 antagonists to treat fibrotic disease
EP2295543A1 (en) 2009-09-11 2011-03-16 Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Method for the preparation of an influenza virus
WO2011032100A1 (en) 2009-09-11 2011-03-17 Government Of The U.S.A., As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Inhibitors of kshv vil6 and human il6
CN107519133A (zh) 2009-09-15 2017-12-29 阿尔尼拉姆医药品有限公司 脂质配制的组合物及抑制Eg5和VEGF基因的表达的方法
US8916693B2 (en) 2009-09-17 2014-12-23 Nektar Therapeutics Monoconjugated chitosans as delivery agents for small interfering nucleic acids
WO2011038031A1 (en) 2009-09-22 2011-03-31 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Dual targeting sirna agents
EP2480668A2 (en) * 2009-09-23 2012-08-01 Protiva Biotherapeutics Inc. Compositions and methods for silencing genes expressed in cancer
US20150025122A1 (en) 2009-10-12 2015-01-22 Larry J. Smith Methods and Compositions for Modulating Gene Expression Using Oligonucleotide Based Drugs Administered in vivo or in vitro
US8962584B2 (en) 2009-10-14 2015-02-24 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem, Ltd. Compositions for controlling Varroa mites in bees
DK2494075T3 (en) 2009-10-30 2018-07-23 Univ Northwestern TABLE-MANAGED NANOCONJUGATES
JP5723378B2 (ja) 2009-11-03 2015-05-27 アルナイラム ファーマシューティカルズ， インコーポレイテッドＡｌｎｙｌａｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｉｎｃ． トランスサイレチン（ｔｔｒ）を阻害する脂質製剤化組成物及び方法
US9799416B2 (en) * 2009-11-06 2017-10-24 Terrapower, Llc Methods and systems for migrating fuel assemblies in a nuclear fission reactor
US8901097B2 (en) 2009-11-08 2014-12-02 Quark Pharmaceuticals, Inc. Methods for delivery of siRNA to the spinal cord and therapies arising therefrom
JP6174320B2 (ja) 2009-11-17 2017-08-02 エムユーエスシー ファウンデーション フォー リサーチ ディベロップメント ヒトヌクレオリンに対するヒトモノクローナル抗体
WO2011066475A1 (en) 2009-11-26 2011-06-03 Quark Pharmaceuticals, Inc. Sirna compounds comprising terminal substitutions
CA3044884A1 (en) 2009-12-07 2011-06-16 Arbutus Biopharma Corporation Compositions for nucleic acid delivery
EP2509991B1 (en) * 2009-12-09 2015-11-11 Nitto Denko Corporation Modulation of hsp47 expression
US8778904B2 (en) 2009-12-09 2014-07-15 Quark Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for treating diseases, disorders or injury of the CNS
US8785371B2 (en) 2009-12-10 2014-07-22 Cedars-Sinai Medical Center Drug delivery of temozolomide for systemic based treatment of cancer
EP2336171A1 (en) 2009-12-11 2011-06-22 Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Novel targets for the treatment of proliferative diseases
US8691227B2 (en) 2009-12-17 2014-04-08 Merck Sharp & Dohme Corp. Methods of treating multiple sclerosis, rheumatoid arthritis and inflammatory bowel disease using agonists antibodies to PILR-α
AU2010332881B2 (en) 2009-12-18 2015-01-22 Arrowhead Pharmaceuticals, Inc. Organic compositions to treat HSF1-related diseases
WO2011075656A1 (en) 2009-12-18 2011-06-23 The University Of British Columbia Methods and compositions for delivery of nucleic acids
JP2013515697A (ja) 2009-12-23 2013-05-09 マックスプランク−ゲセルシャフト・ツール・フェーデルング・デル・ヴィッセンシャフテン・エー・ファウ インフルエンザ標的
EP2515916B1 (en) 2009-12-23 2016-03-09 Gradalis, Inc. Furin-knockdown and gm-csf-augmented (fang) cancer vaccine
US20130023578A1 (en) 2009-12-31 2013-01-24 Samyang Biopharmaceuticals Corporation siRNA for inhibition of c-Met expression and anticancer composition containing the same
TW201124159A (en) * 2010-01-07 2011-07-16 Univ Nat Cheng Kung Small interference RNA molecule and applications thereof
WO2011084193A1 (en) 2010-01-07 2011-07-14 Quark Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotide compounds comprising non-nucleotide overhangs
JP6027893B2 (ja) * 2010-01-11 2016-11-16 カッパーアールエヌエー，インコーポレイテッド 性ホルモン結合グロブリン（ｓｈｂｇ）に対する天然アンチセンス転写物の阻害による性ホルモン結合グロブリン（ｓｈｂｇ）関連疾患の治療
WO2011088058A1 (en) * 2010-01-12 2011-07-21 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expressions of factor vii and pten genes
DE102010004957A1 (de) 2010-01-14 2011-07-21 Universitätsklinikum Jena, 07743 Biologisch wirksame Moleküle zur Beeinflussung von Virus-, Bakterien-, Parasiten-infizierten Zellen und/oder Tumorzellen und Verfahren zu deren Anwendung
WO2011100131A2 (en) 2010-01-28 2011-08-18 Alnylam Pharmacuticals, Inc. Monomers and oligonucleotides comprising cycloaddition adduct(s)
WO2011094580A2 (en) 2010-01-28 2011-08-04 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Chelated copper for use in the preparation of conjugated oligonucleotides
WO2011094546A2 (en) 2010-01-29 2011-08-04 St. Jude Children's Research Hospital Oligonucleotides which inhibit p53 induction in response to cellular stress
CA2789125A1 (en) 2010-02-10 2011-08-18 Novartis Ag Methods and compounds for muscle growth
US9186370B2 (en) * 2010-03-19 2015-11-17 University Of South Alabama Methods and compositions for the treatment of cancer
EP2550000A4 (en) 2010-03-24 2014-03-26 Advirna Inc RNAI COMPOUNDS OF REDUCED SIZE ADMINISTERING
CN103108642B (zh) 2010-03-24 2015-09-23 雷克西制药公司 皮肤与纤维化症候中的rna干扰
US9095504B2 (en) 2010-03-24 2015-08-04 Rxi Pharmaceuticals Corporation RNA interference in ocular indications
US8455455B1 (en) 2010-03-31 2013-06-04 Protiva Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods for silencing genes involved in hemorrhagic fever
US9102938B2 (en) 2010-04-01 2015-08-11 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. 2′ and 5′ modified monomers and oligonucleotides
US20130260460A1 (en) 2010-04-22 2013-10-03 Isis Pharmaceuticals Inc Conformationally restricted dinucleotide monomers and oligonucleotides
WO2011133658A1 (en) 2010-04-22 2011-10-27 Boston Medical Center Corporation Compositions and methods for targeting and delivering therapeutics into cells
WO2011133876A2 (en) 2010-04-22 2011-10-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides comprising acyclic and abasic nucleosides and analogs
WO2011133871A2 (en) 2010-04-22 2011-10-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. 5'-end derivatives
SI2563920T1 (sl) 2010-04-29 2017-05-31 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulacija izražanja transtiretina
WO2011137363A1 (en) 2010-04-30 2011-11-03 Allergan, Inc. Novel treatment for age related macular degeneration and ocular ischemic disease associated with complement activation by targeting 5-lipoxygenase
WO2011140173A1 (en) 2010-05-04 2011-11-10 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Detection and treatment of fibrosis
US8563243B2 (en) * 2010-05-12 2013-10-22 University Of South Carolina Methods for affecting homology-directed DNA double stranded break repair
WO2011150258A1 (en) 2010-05-26 2011-12-01 Selecta Biosciences, Inc. Dose selection of adjuvanted synthetic nanocarriers
EP2390327A1 (en) 2010-05-27 2011-11-30 Sylentis S.A. siRNA and their use in methods and compositions for the treatment and/or prevention of eye conditions
DE102010022937A1 (de) 2010-06-04 2011-12-08 Universitätsklinikum Jena Zellspezifisch aktivierbare biologisch wirksame Moleküle auf Grundlage von siRNA, Verfahren zu deren Aktivierung sowie Applikationskit zur Verabreichung
WO2011163121A1 (en) 2010-06-21 2011-12-29 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Multifunctional copolymers for nucleic acid delivery
EP2585594B1 (en) 2010-06-24 2017-05-31 Quark Pharmaceuticals, Inc. Double stranded rna compounds to rhoa and use thereof
WO2012000104A1 (en) 2010-06-30 2012-01-05 Protiva Biotherapeutics, Inc. Non-liposomal systems for nucleic acid delivery
WO2012016188A2 (en) 2010-07-30 2012-02-02 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for delivery of active agents
US20130323269A1 (en) 2010-07-30 2013-12-05 Muthiah Manoharan Methods and compositions for delivery of active agents
US20120101108A1 (en) 2010-08-06 2012-04-26 Cell Signaling Technology, Inc. Anaplastic Lymphoma Kinase In Kidney Cancer
JP6106085B2 (ja) 2010-08-24 2017-03-29 サーナ・セラピューティクス・インコーポレイテッドＳｉｒｎａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ． 内部非核酸スペーサーを含む一本鎖ＲＮＡｉ剤
WO2012041959A1 (en) 2010-09-30 2012-04-05 University Of Zurich Treatment of b-cell lymphoma with microrna
WO2013052006A1 (en) * 2010-10-07 2013-04-11 Agency For Science, Technology And Research (A*Star) Parp-1 inhibitors
WO2012051491A1 (en) 2010-10-14 2012-04-19 The United States Of America, As Represented By The Secretary National Institutes Of Health Compositions and methods for controlling neurotropic viral pathogenesis by micro-rna targeting
ES2930555T3 (es) 2010-10-22 2022-12-16 Olix Pharmaceuticals Inc Moléculas de ácido nucleico que inducen la interferencia de ARN y usos de las mismas
US9260471B2 (en) 2010-10-29 2016-02-16 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using short interfering nucleic acids (siNA)
WO2012071436A1 (en) 2010-11-24 2012-05-31 Genentech, Inc. Method of treating autoimmune inflammatory disorders using il-23r loss-of-function mutants
SG190412A1 (en) 2010-12-06 2013-06-28 Quark Pharmaceuticals Inc Double stranded oligonucleotide compounds comprising threose modifications
US10202615B2 (en) 2010-12-10 2019-02-12 Vanderbilt University Mammalian genes involved in toxicity and infection
US9617542B2 (en) * 2010-12-14 2017-04-11 The United States of America, as representd by The Secretary of Agriculture Lepidopteran moth control using double-stranded RNA constructs
US9623041B2 (en) 2010-12-30 2017-04-18 Cedars-Sinai Medical Center Polymalic acid-based nanobiopolymer compositions
JP2014505057A (ja) 2011-01-10 2014-02-27 ザ、リージェンツ、オブ、ザ、ユニバーシティ、オブ、ミシガン 幹細胞因子阻害剤
US20150018408A1 (en) 2013-07-10 2015-01-15 The Regents Of The University Of Michigan Therapeutic antibodies and uses thereof
JP5902197B2 (ja) 2011-01-11 2016-04-13 アルニラム・ファーマシューティカルズ・インコーポレーテッド Ｐｅｇ化脂質および薬剤送達のためのそれらの使用
DE102011009470A1 (de) 2011-01-21 2012-08-09 Friedrich-Schiller-Universität Jena Biologisch wirksame Nukleotid-Moleküle zur gezielten Abtötung von Zellen, Verwendung derselben sowie Applikationskit
ES2729956T3 (es) 2011-02-02 2019-11-07 Excaliard Pharmaceuticals Inc Compuestos antisentido dirigidos al factor de crecimiento de tejido conectivo (ctgf) para su uso en un procedimiento de tratamiento de queloides o cicatrices hipertróficas
US9222085B2 (en) 2011-02-03 2015-12-29 Mirna Therapeutics, Inc. Synthetic mimics of MIR-124
SG193280A1 (en) * 2011-03-03 2013-10-30 Quark Pharmaceuticals Inc Oligonucleotide modulators of the toll-like receptor pathway
US9796979B2 (en) 2011-03-03 2017-10-24 Quark Pharmaceuticals Inc. Oligonucleotide modulators of the toll-like receptor pathway
US9233121B2 (en) * 2011-03-11 2016-01-12 Board Of Regents Of The University Of Nebraska Compositions and methods for the treatment of cancer
EP2686007B1 (en) 2011-03-15 2019-04-24 University of Utah Research Foundation Methods of diagnosing and treating vascular associated maculopathy and symptoms thereof
WO2012135696A2 (en) * 2011-04-01 2012-10-04 University Of South Alabama Methods and compositions for the diagnosis, classification, and treatment of cancer
CA2832073A1 (en) 2011-04-12 2012-10-18 Terrence R. Burke Peptide mimetic ligands of polo-like kinase 1 polo box domain and methods of use
CN105886506A (zh) 2011-04-13 2016-08-24 Isis制药公司 Ptp1b 表达的反义调节
AU2012242455A1 (en) 2011-04-15 2013-11-28 Molecular Transfer, Inc. Agents for improved delivery of nucleic acids to eukaryotic cells
US8716257B2 (en) * 2011-04-15 2014-05-06 Sutter West Bay Hospitals CMV gene products promote cancer stem cell growth
EP2709664A4 (en) 2011-05-20 2015-06-10 Us Government BLOCKADE OF TL1A-DR3 INTERACTIONS FOR THE TREATMENT OF T-CELL-MEDIATED DISEASES AND ANTIBODIES THEREOF
PL3446714T3 (pl) 2011-06-02 2021-11-22 University Of Louisville Research Foundation, Inc. Nanocząstki sprzężone z cząsteczką skierowaną przeciwko nukleolinie
WO2012177921A2 (en) 2011-06-21 2012-12-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc Compositions and methods for inhibiting hepcidin antimicrobial peptide (hamp) or hamp-related gene expression
KR102028028B1 (ko) 2011-06-21 2019-10-07 알닐람 파마슈티칼스 인코포레이티드 아포리포단백질 c-iii(apoc3) 유전자의 발현 억제를 위한 조성물 및 방법
WO2012177949A2 (en) 2011-06-21 2012-12-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibition of expression of protein c (proc) genes
CN112961855B (zh) 2011-06-21 2024-08-09 阿尔尼拉姆医药品有限公司 血管生成素样3(ANGPTL3)iRNA组合物及其使用方法
WO2013001372A2 (en) 2011-06-30 2013-01-03 University Of Oslo Methods and compositions for inhibition of activation of regulatory t cells
US20140227293A1 (en) 2011-06-30 2014-08-14 Trustees Of Boston University Method for controlling tumor growth, angiogenesis and metastasis using immunoglobulin containing and proline rich receptor-1 (igpr-1)
EA029234B1 (ru) 2011-07-06 2018-02-28 Сюкехусет Сёрланнет Хф Нацеленная на egfr терапия
WO2013006861A1 (en) 2011-07-07 2013-01-10 University Of Georgia Research Foundation, Inc. Sorghum grain shattering gene and uses thereof in altering seed dispersal
US8853181B2 (en) * 2011-07-21 2014-10-07 Albert Einstein College Of Medicine Of Yeshiva University Fidgetin-like 2 as a target to enhance wound healing
US9120858B2 (en) 2011-07-22 2015-09-01 The Research Foundation Of State University Of New York Antibodies to the B12-transcobalamin receptor
DE102011118024A1 (de) 2011-08-01 2013-02-07 Technische Universität Dresden Inhibitor der Expression der Pro-Caspase 1
EP4008786A3 (en) 2011-09-06 2022-08-03 Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. The mirna-212/132 family as a therapeutic target
JP2014527072A (ja) 2011-09-09 2014-10-09 バイオメド リアルティー， エル．ピー． ウイルスタンパク質の集合を制御するための方法および組成物
WO2013040251A2 (en) 2011-09-13 2013-03-21 Asurgen, Inc. Methods and compositions involving mir-135b for distinguishing pancreatic cancer from benign pancreatic disease
WO2013049328A1 (en) 2011-09-27 2013-04-04 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Di-aliphatic substituted pegylated lipids
US9951349B2 (en) 2011-09-27 2018-04-24 Yale University Compositions and methods for transient expression of recombinant RNA
CN107266391B (zh) 2011-10-18 2020-04-17 迪克纳制药公司 胺阳离子脂质及其用途
WO2013070821A1 (en) 2011-11-08 2013-05-16 Quark Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for treating diseases, disorders or injury of the nervous system
US9006199B2 (en) 2011-11-14 2015-04-14 Silenseed Ltd. Methods and compositions for treating prostate cancer
WO2013075035A1 (en) 2011-11-18 2013-05-23 Alnylam Pharmaceuticals Rnai agents, compositions and methods of use thereof for treating transthyretin (ttr) associated diseases
WO2013082529A1 (en) 2011-12-02 2013-06-06 Yale University Enzymatic synthesis of poly(amine-co-esters) and methods of use thereof for gene delivery
WO2013098813A1 (en) 2012-01-01 2013-07-04 Qbi Enterprises Ltd. Endo180-targeted particles for selective delivery of therapeutic and diagnostic agents
WO2013103401A1 (en) * 2012-01-06 2013-07-11 University Of South Alabama Methods and compositions for the treatment of cancer
US10023862B2 (en) 2012-01-09 2018-07-17 Arrowhead Pharmaceuticals, Inc. Organic compositions to treat beta-catenin-related diseases
KR20140111673A (ko) 2012-01-12 2014-09-19 쿠아크 파마수티칼스 인코퍼레이티드 청력 및 균형 장애를 치료하기 위한 조합요법
US20150126438A1 (en) 2012-01-24 2015-05-07 Beth Israel Deaconess Medical Center, Inc. Novel ChREBP Isoforms and Methods Using the Same
WO2013138456A1 (en) 2012-03-14 2013-09-19 University Of Central Florida Research Foundation, Inc. Lim kinasemodulating agents for neurofibromatoses therapy and methods for screening for same
KR20140136488A (ko) 2012-03-15 2014-11-28 큐알엔에이, 인크. 뇌 유래 신경영양 인자（ｂｄｎｆ）에 대한 천연 안티센스 전사체의 저해에 의한 뇌 유래 신경영양 인자（ｂｄｎｆ）관련 질환의 치료
SI2838998T1 (en) 2012-04-18 2018-04-30 Cell Signaling Technology, Inc. EGFR AND ROS1 PRI CRAK
US9980942B2 (en) 2012-05-02 2018-05-29 Children's Hospital Medical Center Rejuvenation of precursor cells
EP3358013B1 (en) 2012-05-02 2020-06-24 Sirna Therapeutics, Inc. Short interfering nucleic acid (sina) compositions
CN104755620B (zh) 2012-05-22 2018-03-02 奥利克斯医药有限公司 具有细胞内穿透能力的诱导rna干扰的核酸分子及其用途
EP2867368B1 (en) 2012-07-06 2022-01-12 Institut Gustave Roussy Simultaneous detection of cannibalism and senescence as prognostic marker for cancer
WO2014018375A1 (en) 2012-07-23 2014-01-30 Xenon Pharmaceuticals Inc. Cyp8b1 and uses thereof in therapeutic and diagnostic methods
US9655977B2 (en) * 2012-08-31 2017-05-23 The General Hospital Corporation Biotin complexes for treatment and diagnosis of alzheimer's disease
GB201215857D0 (en) 2012-09-05 2012-10-24 Sylentis Sau siRNA and their use in methods and compositions for the treatment and/or prevention of eye conditions
CA2883007A1 (en) 2012-09-05 2014-03-13 Sylentis S.A.U. Si rna and their use in methods and compositions for the treatment and/or prevention of eye conditions
EP2895608B1 (en) 2012-09-12 2018-12-05 Quark Pharmaceuticals, Inc. Double-stranded oligonucleotide molecules to p53 and methods of use thereof
ES2872349T3 (es) 2012-09-12 2021-11-02 Quark Pharmaceuticals Inc Moléculas de oligonucleótidos bicatenarios para DDIT4 y métodos de uso de las mismas
AU2013318338B2 (en) 2012-09-21 2017-05-25 Intensity Therapeutics, Inc Method of treating cancer
WO2014055624A1 (en) * 2012-10-02 2014-04-10 The General Hospital Corporation D/B/A Massachusetts General Hospital Methods relating to dna-sensing pathway related conditions
WO2014055825A1 (en) 2012-10-04 2014-04-10 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health & Human Services A formulation of mycobacterial components as an adjuvant for inducing th17 responses
WO2014068072A1 (en) 2012-10-31 2014-05-08 Institut Gustave-Roussy Identification, assessment and therapy of essential thrombocythemia with resistance to jak2 inhibitors
JP6391582B2 (ja) * 2012-11-13 2018-09-19 コディアック バイオサイエンシズ インコーポレイテッド 治療剤の送達方法
SI3660033T1 (sl) 2012-11-15 2021-09-30 Apellis Pharmaceuticals, Inc. Analogi kompstatina z dolgotrajnim delovanjem in sorodni sestavki in postopki
DE102012022596B4 (de) 2012-11-15 2017-05-04 Friedrich-Schiller-Universität Jena Neue zellspezifisch wirksame Nukleotid-Moleküle und Applikationskit zu deren Anwendung
CN104955943B (zh) 2012-11-27 2018-09-25 儿童医疗中心有限公司 用于胎儿血红蛋白再诱导的靶向bcl11a远端调控元件
SMT201800039T1 (it) 2012-12-05 2018-03-08 Alnylam Pharmaceuticals Inc Composizioni di irna di pcsk9 e metodi di uso delle stesse
US9970002B2 (en) 2012-12-12 2018-05-15 Massachusetts Institute Of Technology Compositions and methods for functional nucleic acid delivery
BR112015013849A2 (pt) 2012-12-21 2017-07-11 Sykehuset Soerlandet Hf terapia direcionada a egfr de distúrbios neurológicos e dor
US9206423B2 (en) * 2012-12-30 2015-12-08 The Regents Of The University Of California Methods of modulating compliance of the trabecular meshwork
US10258682B2 (en) 2013-01-16 2019-04-16 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health & Human Services Attenuated chlamydia vaccine
DE102013003869B4 (de) 2013-02-27 2016-11-24 Friedrich-Schiller-Universität Jena Verfahren zur gezielten Abtötung von Zellen durch zur mRNA-Anbindung ausgerichtete Nukleotid-Moleküle sowie Nukleotid-Moleküle und Applikationskit für solche Verwendung
CA2906110C (en) 2013-03-14 2021-07-27 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Process for formulating an anionic agent
WO2014152391A1 (en) 2013-03-15 2014-09-25 Apellis Pharmaceuticals, Inc. Cell-penetrating compstatin analogs and uses thereof
EP2971094B1 (en) * 2013-03-15 2021-09-15 Novartis AG Biomarkers associated with brm inhibition
WO2014144721A2 (en) * 2013-03-15 2014-09-18 Genentech, Inc. Treating th2-mediated diseases by inhibition of bromodomains
EP3708184A1 (en) 2013-03-27 2020-09-16 The General Hospital Corporation Methods and agents for treating alzheimer s disease
AU2014265142A1 (en) 2013-05-17 2015-12-24 Medimmune, Llc Receptors for B7-H4
JP6802063B2 (ja) 2013-06-25 2020-12-16 エピアクシス セラピューティクス プロプライエタリー リミテッド 癌幹細胞を調節するための方法および組成物
TW201534578A (zh) 2013-07-08 2015-09-16 Daiichi Sankyo Co Ltd 新穎脂質
EP3608412A3 (en) 2013-07-19 2020-04-08 Monsanto Technology LLC Compositions and methods for controlling leptinotarsa
WO2015013510A1 (en) 2013-07-25 2015-01-29 Ecole Polytechnique Federale De Lausanne Epfl High aspect ratio nanofibril materials
EP3027222A1 (en) 2013-07-31 2016-06-08 QBI Enterprises Ltd. Sphingolipid-polyalkylamine-oligonucleotide compounds
WO2015015498A1 (en) 2013-07-31 2015-02-05 Qbi Enterprises Ltd. Methods of use of sphingolipid polyalkylamine oligonucleotide compounds
CN105517556B (zh) 2013-08-28 2021-02-02 Ionis制药公司 前激肽释放酶(pkk)表达的调节
IL312865B2 (en) 2013-09-11 2025-06-01 Eagle Biologics Inc Liquid protein formulations containing viscosity-lowering agents
EP3046560B1 (en) 2013-09-18 2021-01-06 EpiAxis Therapeutics Pty Ltd Stem cell modulation ii
WO2015051045A2 (en) 2013-10-04 2015-04-09 Novartis Ag 3'END CAPS FOR RNAi AGENTS FOR USE IN RNA INTERFERENCE
WO2015050871A2 (en) 2013-10-04 2015-04-09 Novartis Ag Organic compounds to treat hepatitis b virus
EP2865758A1 (en) 2013-10-22 2015-04-29 Sylentis, S.A.U. siRNA and their use in methods and compositions for inhibiting the expression of the ORAI1 gene
EP2865756A1 (en) 2013-10-22 2015-04-29 Sylentis, S.A.U. siRNA and their use in methods and compositions for inhibiting the expression of the FLAP gene.
EP2865757A1 (en) 2013-10-22 2015-04-29 Sylentis, S.A.U. siRNA and their use in methods and compositions for inhibiting the expression of the PDK1 gene.
JP6672156B2 (ja) 2013-11-11 2020-03-25 サーナ・セラピューティクス・インコーポレイテッドＳｉｒｎａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ． 親油性部分にコンジュゲートされたミオスタチン低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）の全身性送達
US10441637B2 (en) 2013-11-21 2019-10-15 Sena Research, Inc. Methods for structural determination of selenium derivatized nucleic acid complexes
EP3079707A4 (en) 2013-12-02 2017-10-18 RXi Pharmaceuticals Corporation Immunotherapy of cancer
US10150965B2 (en) 2013-12-06 2018-12-11 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for the specific inhibition of transthyretin (TTR) by double-stranded RNA
CN104830906B (zh) 2014-02-12 2018-09-04 北京维通达生物技术有限公司 一种重编程获得功能性人肝脏实质细胞的方法
WO2015132303A1 (en) 2014-03-04 2015-09-11 Sylentis Sau Sirnas and their use in methods and compositions for the treatment and/or prevention of eye conditions
WO2015136001A1 (en) 2014-03-11 2015-09-17 Cellectis Method for generating t-cells compatible for allogenic transplantation
US20170137808A1 (en) * 2014-03-20 2017-05-18 Oommen Varghese Improved small interfering ribonucleic acid molecules
EP3122889B1 (en) 2014-03-25 2023-01-11 Arcturus Therapeutics, Inc. Una oligomers having reduced off-target effects in gene silencing
US9856475B2 (en) 2014-03-25 2018-01-02 Arcturus Therapeutics, Inc. Formulations for treating amyloidosis
WO2015148582A1 (en) 2014-03-25 2015-10-01 Arcturus Therapeutics, Inc. Transthyretin allele selective una oligomers for gene silencing
EP3420809A1 (en) 2014-04-01 2019-01-02 Monsanto Technology LLC Compositions and methods for controlling insect pests
LT3126499T (lt) 2014-04-01 2020-07-27 Biogen Ma Inc. Kompozicijos, skirtos sod-1 ekspresijos moduliavimui
US10287588B2 (en) 2014-04-25 2019-05-14 The Childrens's Medical Center Corporation Compositions and methods to treating hemoglobinopathies
US11279934B2 (en) 2014-04-28 2022-03-22 Phio Pharmaceuticals Corp. Methods for treating cancer using nucleic acids targeting MDM2 or MYCN
HUE052709T2 (hu) 2014-05-01 2021-05-28 Ionis Pharmaceuticals Inc Módosított antiszensz oligonukleotidok konjugátumai és azok alkalmazása PKK expressziójának módosítására
ES2883837T3 (es) 2014-05-02 2021-12-09 The Res Institute At Nationwide Childrens Hospital Composiciones y métodos para inmunomodulación de anti-LYST
WO2015175545A1 (en) 2014-05-12 2015-11-19 The Johns Hopkins University Highly stable biodegradable gene vector platforms for overcoming biological barriers
CA2948844C (en) 2014-05-12 2020-06-30 The Johns Hopkins University Engineering synthetic brain penetrating gene vectors
WO2015184105A1 (en) 2014-05-29 2015-12-03 Trustees Of Dartmouth College Method for selectively inhibiting acat1 in the treatment of neurodegenerative diseases
AU2015269412B2 (en) 2014-06-04 2020-03-12 Exicure Operating Company Multivalent delivery of immune modulators by liposomal spherical nucleic acids for prophylactic or therapeutic applications
TW201620526A (zh) 2014-06-17 2016-06-16 愛羅海德研究公司 用於抑制α－１抗胰蛋白酶基因表現之組合物及方法
CN104120127B (zh) * 2014-07-01 2016-09-21 清华大学 分离的寡核苷酸及其应用
US10378012B2 (en) 2014-07-29 2019-08-13 Monsanto Technology Llc Compositions and methods for controlling insect pests
WO2016019126A1 (en) 2014-07-30 2016-02-04 The Research Foundation For The State University Of New York System and method for delivering genetic material or protein to cells
EP3180033B1 (de) 2014-08-14 2023-06-07 Friedrich-Schiller-Universität Jena Peptid zur verwendung in der reduktion von nebenwirkungen in form von immunstimulatorischen reaktionen/effekten
AU2015305482B2 (en) 2014-08-19 2021-04-01 Northwestern University Protein/oligonucleotide core-shell nanoparticle therapeutics
US10485772B2 (en) 2014-08-25 2019-11-26 EpiAxis Therapeutics Pty Ltd. Compositions for modulating cancer stem cells and uses therefor
EP3185957B1 (en) 2014-08-29 2022-06-01 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Patisiran for use in treating transthyretin mediated amyloidosis
CN107073294A (zh) 2014-09-05 2017-08-18 阿克赛医药公司 使用靶向tyr或mmp1的核酸治疗老化和皮肤病症的方法
US11390885B2 (en) 2014-09-15 2022-07-19 Children's Medical Center Corporation Methods and compositions to increase somatic cell nuclear transfer (SCNT) efficiency by removing histone H3-lysine trimethylation
WO2016049110A1 (en) 2014-09-25 2016-03-31 Cold Spring Harbor Laboratory Treatment of rett syndrome
SG10201902915VA (en) 2014-10-01 2019-04-29 Eagle Biologics Inc Polysaccharide and nucleic acid formulations containing viscosity-lowering agents
US20170304459A1 (en) 2014-10-10 2017-10-26 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for inhalation delivery of conjugated oligonucleotide
IL251669B2 (en) 2014-10-10 2023-02-01 Idera Pharmaceuticals Inc Cancer treatment using a tlr9 agonist with checkpoint inhibitors
JOP20200115A1 (ar) 2014-10-10 2017-06-16 Alnylam Pharmaceuticals Inc تركيبات وطرق لتثبيط التعبير الجيني عن hao1 (حمض أوكسيداز هيدروكسيلي 1 (أوكسيداز جليكولات))
WO2016060919A1 (en) 2014-10-14 2016-04-21 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Allele selective inhibition of mutant c9orf72 foci expression by duplex rnas targeting the expanded hexanucleotide repeat
AU2015336954A1 (en) 2014-10-22 2017-06-08 Katholieke Universiteit Leuven Ku Leuven Research & Development Modulating adipose tissue and adipogenesis
JOP20200092A1 (ar) 2014-11-10 2017-06-16 Alnylam Pharmaceuticals Inc تركيبات iRNA لفيروس الكبد B (HBV) وطرق لاستخدامها
CA2974716A1 (en) 2014-11-12 2016-05-19 Nmc, Inc. Transgenic plants with engineered redox sensitive modulation of photosynthetic antenna complex pigments and methods for making the same
EP3221451A1 (en) 2014-11-17 2017-09-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Apolipoprotein c3 (apoc3) irna compositions and methods of use thereof
WO2016081621A1 (en) 2014-11-18 2016-05-26 Yale University Formulations for targeted release of agents under low ph conditions and methods of use thereof
WO2016081911A2 (en) 2014-11-21 2016-05-26 Northwestern University The sequence-specific cellular uptake of spherical nucleic acid nanoparticle conjugates
US20190002876A1 (en) * 2014-12-09 2019-01-03 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Compositions and methods for treatment of friedreich's ataxia
US10264976B2 (en) 2014-12-26 2019-04-23 The University Of Akron Biocompatible flavonoid compounds for organelle and cell imaging
US10792299B2 (en) 2014-12-26 2020-10-06 Nitto Denko Corporation Methods and compositions for treating malignant tumors associated with kras mutation
US20180002702A1 (en) * 2014-12-26 2018-01-04 Nitto Denko Corporation Methods and compositions for treating malignant tumors associated with kras mutation
RU2723049C2 (ru) 2015-01-22 2020-06-08 Монсанто Текнолоджи Ллс Композиции и способы борьбы с leptinotarsa
JP6830441B2 (ja) 2015-04-01 2021-02-17 アークトゥラス・セラピューティクス・インコーポレイテッドＡｒｃｔｕｒｕｓ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ． 治療上のｕｎａオリゴマーおよびその使用
JP6892433B2 (ja) 2015-04-03 2021-06-23 ユニバーシティ・オブ・マサチューセッツＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｏｆ Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ 十分に安定化された非対称ｓｉｒｎａ
TWI862799B (zh) 2015-04-13 2024-11-21 美商阿尼拉製藥公司 類血管生成素３（ＡＮＧＰＴＬ３）ｉＲＮＡ組成物及其用途方法
WO2016168197A1 (en) 2015-04-15 2016-10-20 Yale University Compositions for enhancing delivery of agents across the blood brain barrier and methods of use thereof
CA3020885A1 (en) 2015-05-05 2016-11-10 Mohammad Tariq MALIK Anti-nucleolin agent-conjugated nanoparticles as radio-sensitizers and mri and/or x-ray contrast agents
EP3763814A1 (en) 2015-05-08 2021-01-13 The Children's Medical Center Corporation Targeting bcl11a enhancer functional regions for fetal hemoglobin reinduction
WO2016191811A1 (en) 2015-06-03 2016-12-08 The University Of Queensland Mobilizing agents and uses therefor
MA45481A (fr) 2015-06-10 2018-04-18 Univ Texas Utilisation d'exosomes pour le traitement de maladies
US10550387B2 (en) 2015-06-30 2020-02-04 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Therapeutic agent for a lung disease and/or method for screening for the same
JP6983752B2 (ja) 2015-07-06 2021-12-17 フィオ ファーマシューティカルズ コーポレーションPhio Pharmaceuticals Corp. スーパーオキシドディスムターゼ１（ｓｏｄ１）を標的とする核酸分子
US10808247B2 (en) 2015-07-06 2020-10-20 Phio Pharmaceuticals Corp. Methods for treating neurological disorders using a synergistic small molecule and nucleic acids therapeutic approach
WO2017011276A1 (en) 2015-07-10 2017-01-19 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulators of diacyglycerol acyltransferase 2 (dgat2)
WO2017015671A1 (en) 2015-07-23 2017-01-26 Arcturus Therapeutics, Inc. Compositions for treating amyloidosis
KR102667020B1 (ko) 2015-07-31 2024-05-21 알닐람 파마슈티칼스 인코포레이티드 트랜스티레틴(TTR) iRNA 조성물 및 TTR-관련 질병을 치료하거나, 예방하기 위한 그의 사용 방법
WO2017030973A1 (en) 2015-08-14 2017-02-23 University Of Massachusetts Bioactive conjugates for oligonucleotide delivery
WO2017035278A1 (en) 2015-08-24 2017-03-02 Halo-Bio Rnai Therapeutics, Inc. Polynucleotide nanoparticles for the modulation of gene expression and uses thereof
MA44908A (fr) 2015-09-08 2018-07-18 Sylentis Sau Molécules d'arnsi et leur utilisation dans des procédés et des compositions pour inhiber l'expression du gène nrarp
GB201516685D0 (en) * 2015-09-21 2015-11-04 Varghese Oommen P And Oommen Oommen P Nucleic acid molecules with enhanced activity
US10383935B2 (en) 2015-09-23 2019-08-20 Regents Of The University Of Minnesota Methods of making and using live attenuated viruses
CA2999916C (en) 2015-09-23 2021-07-20 Massachusetts Institute Of Technology Compositions and methods for modified dendrimer nanoparticle vaccine delivery
US10086063B2 (en) 2015-09-23 2018-10-02 Regents Of The University Of Minnesota Methods of making and using live attenuated viruses
US10358497B2 (en) 2015-09-29 2019-07-23 Amgen Inc. Methods of treating cardiovascular disease with an ASGR inhibitor
JOP20210043A1 (ar) 2015-10-01 2017-06-16 Arrowhead Pharmaceuticals Inc تراكيب وأساليب لتثبيط تعبير جيني للـ lpa
EP3359555B1 (en) 2015-10-07 2023-12-20 Apellis Pharmaceuticals, Inc. Dosing regimens
CA3002744A1 (en) 2015-10-19 2017-04-27 Rxi Pharmaceuticals Corporation Reduced size self-delivering nucleic acid compounds targeting long non-coding rna
WO2017085550A1 (en) 2015-11-16 2017-05-26 Olix Pharmaceuticals, Inc. Treatment of age-related macular degeneration using rna complexes that target myd88 or tlr3
WO2017095751A1 (en) 2015-12-02 2017-06-08 Partikula Llc Compositions and methods for modulating cancer cell metabolism
WO2017100193A1 (en) 2015-12-10 2017-06-15 Fibrogen, Inc. Methods for treatment of motor neuron diseases
ES2901102T3 (es) 2015-12-18 2022-03-21 Samyang Holdings Corp Método para preparar una micela polimérica que contiene fármaco aniónico
BR102017001164A2 (pt) 2016-01-26 2019-03-06 Embrapa - Empresa Brasileira De Pesquisa Agropecuária Composições de rna de fita dupla para controle de diaphorina citri e métodos de uso.
HK1258758A1 (zh) 2016-01-31 2019-11-22 University Of Massachusetts 分支的寡核苷酸
KR102825945B1 (ko) * 2016-02-02 2025-06-30 올릭스 주식회사 Angpt2 및 pdgfb를 표적화하는 rna 복합체를 사용하는 혈관신생 관련 질환의 치료
CA3022874A1 (en) * 2016-02-02 2017-08-10 Olix Pharmaceuticals, Inc. Treatment of atopic dermatitis and asthma using rna complexes that target il4ra, trpa1, or f2rl1
US12447166B2 (en) 2016-02-25 2025-10-21 Applied Biological Laboratories, Inc. Compositions and methods for protecting against airborne pathogens and irritants
SG11201806868TA (en) 2016-02-25 2018-09-27 Applied Biological Laboratories Inc Compositions and methods for protecting against airborne pathogens and irritants
US10767178B2 (en) 2016-02-26 2020-09-08 Yale University Compositions and methods of using piRNAS in cancer diagnostics and therapeutics
EP3423106B1 (en) 2016-03-01 2022-07-27 Alexion Pharmaceuticals, Inc. Biodegradable activated polymers for therapeutic delivery
EP3423568A4 (en) 2016-03-04 2019-11-13 University Of Louisville Research Foundation, Inc. METHOD AND COMPOSITIONS FOR EX-VIVO REPRODUCTION OF VERY SMALL EMBRYONAL STEM CELLS (VSELS)
JP6983797B2 (ja) 2016-03-07 2021-12-17 アローヘッド ファーマシューティカルズ インコーポレイテッド 治療化合物用の標的化リガンド
KR102413037B1 (ko) 2016-03-15 2022-06-23 메르사나 테라퓨틱스, 인코포레이티드 Napi2b 표적화된 항체-약물 접합체 및 이의 사용 방법
MA45349A (fr) 2016-04-01 2019-02-06 Avidity Biosciences Llc Acides nucléiques egfr et leurs utilisations
MA45328A (fr) 2016-04-01 2019-02-06 Avidity Biosciences Llc Compositions acide nucléique-polypeptide et utilisations de celles-ci
US20190117799A1 (en) 2016-04-01 2019-04-25 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Stimuli-responsive nanoparticles for biomedical applications
MA45469A (fr) 2016-04-01 2019-02-06 Avidity Biosciences Llc Acides nucléiques de bêta-caténine et leurs utilisations
MA45470A (fr) 2016-04-01 2019-02-06 Avidity Biosciences Llc Acides nucléiques kras et leurs utilisations
CN108602849B (zh) 2016-04-06 2022-10-21 俄亥俄州国家创新基金会 用于通过rna纳米技术将治疗剂特异性递送至细胞的rna配体展示外来体
JP7049262B2 (ja) 2016-04-11 2022-04-06 オリックス ファーマシューティカルズ，インコーポレーテッド 結合組織成長因子を標的とするｒｎａ複合体を用いた特発性肺胞線維症の治療
KR102353847B1 (ko) * 2016-04-14 2022-01-21 베니텍 바이오파마 리미티드 안구인두 근이영양증(opmd)의 치료용 시약 및 이의 용도
WO2017189870A1 (en) 2016-04-27 2017-11-02 Massachusetts Institute Of Technology Stable nanoscale nucleic acid assemblies and methods thereof
WO2017197128A1 (en) 2016-05-11 2017-11-16 Yale University Poly(amine-co-ester) nanoparticles and methods of use thereof
KR101916652B1 (ko) 2016-06-29 2018-11-08 올릭스 주식회사 작은 간섭 rna의 rna 간섭효과 증진용 화합물 및 이의 용도
SG11201811600PA (en) 2016-06-30 2019-01-30 Oncorus Inc Pseudotyped oncolytic viral delivery of therapeutic polypeptides
RU2627179C1 (ru) * 2016-07-28 2017-08-03 федеральное государственное бюджетное учреждение "Федеральный научно-исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи" Министерства здравоохранения Российской Федерации ТЕСТ-СИСТЕМА ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ РНК ИНТЕРФЕРОНА λ, ИНТЕРЛЕЙКИНА IL23 И ПРОТИВОВИРУСНОГО БЕЛКА MxA
EP3519582A1 (en) 2016-07-29 2019-08-07 Danmarks Tekniske Universitet Methods for decoupling cell growth from production of biochemicals and recombinant polypeptides
CA3032320A1 (en) 2016-08-03 2018-02-08 H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. Tlr9 targeted therapeutics
WO2018039629A2 (en) 2016-08-25 2018-03-01 Northwestern University Micellar spherical nucleic acids from thermoresponsive, traceless templates
SG10201912835QA (en) 2016-09-02 2020-02-27 Arrowhead Pharmaceuticals Inc Targeting ligands
ES2924806T3 (es) 2016-09-02 2022-10-11 Dicerna Pharmaceuticals Inc Análogos de 4'-fosfato y oligonucleótidos que comprenden el mismo
US10933081B2 (en) 2016-09-21 2021-03-02 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Myostatin iRNA compositions and methods of use thereof
JP7129702B2 (ja) 2016-09-29 2022-09-02 国立大学法人 東京医科歯科大学 オーバーハングを有する二本鎖核酸複合体
WO2018098352A2 (en) 2016-11-22 2018-05-31 Jun Oishi Targeting kras induced immune checkpoint expression
US11135307B2 (en) 2016-11-23 2021-10-05 Mersana Therapeutics, Inc. Peptide-containing linkers for antibody-drug conjugates
US11723912B2 (en) 2016-12-08 2023-08-15 University Of Utah Research Foundation Staufen1 agents and associated methods
WO2018112470A1 (en) 2016-12-16 2018-06-21 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Co-delivery of nucleic acids for simultaneous suppression and expression of target genes
KR102675026B1 (ko) 2017-01-10 2024-06-17 애로우헤드 파마슈티컬스 인코포레이티드 알파-1 항트립신 (AAT) RNAi 작용제, AAT RNAi 작용제를 포함하는 조성물, 및 사용 방법
EP3580339A4 (en) * 2017-02-10 2020-12-23 Research & Business Foundation Sungkyunkwan University LONG DOUBLE STRAND RNA FOR RNA INTERFERENCE
DE102017103383A1 (de) 2017-02-20 2018-08-23 aReNA-Bio GbR (vertretungsberechtigter Gesellschafter: Dr. Heribert Bohlen, 50733 Köln) System und Verfahren zur Zelltyp-spezifischen Translation von RNA-Molekülen in Eukaryoten
US10934547B2 (en) * 2017-02-20 2021-03-02 Northwestern University Use of trinucleotide repeat RNAs to treat cancer
WO2018160538A1 (en) 2017-02-28 2018-09-07 Mersana Therapeutics, Inc. Combination therapies of her2-targeted antibody-drug conjugates
US11261441B2 (en) 2017-03-29 2022-03-01 Bluebird Bio, Inc. Vectors and compositions for treating hemoglobinopathies
AU2018249627B2 (en) 2017-04-07 2025-04-03 Apellis Pharmaceuticals, Inc. Dosing regimens and related compositions and methods
US10993936B2 (en) 2017-04-14 2021-05-04 Arizona Board Of Regents On Behalf Of The University Of Arizona Method of treating one or more symptoms of pulmonary fibrosis by administering inhibitors of nicotinamide phosphoribotransferase
US11324820B2 (en) 2017-04-18 2022-05-10 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Methods for the treatment of subjects having a hepatitis b virus (HBV) infection
US11433131B2 (en) 2017-05-11 2022-09-06 Northwestern University Adoptive cell therapy using spherical nucleic acids (SNAs)
WO2018218135A1 (en) 2017-05-25 2018-11-29 The Children's Medical Center Corporation Bcl11a guide delivery
EP3642243A4 (en) * 2017-06-20 2021-04-28 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. PROCESSES FOR MODULATION OF REGULATORY T-LYMPHOCYTES, REGULATORY B-LYMPHOCYTES AND IMMUNE RESPONSES USING MODULATORS OF THE AVRIL-TACI INTERACTION
JP7406793B2 (ja) * 2017-06-23 2023-12-28 ユニバーシティー オブ マサチューセッツ ２テイル自己デリバリー型ｓｉＲＮＡおよび関連方法
JP2020526192A (ja) 2017-07-06 2020-08-31 アローヘッド ファーマシューティカルズ インコーポレイテッド アルファ−ＥＮａＣの発現を阻害するためのＲＮＡｉ剤、および使用方法
EP3651775A4 (en) 2017-07-13 2021-04-07 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. METHOD FOR INHIBITION OF HAO1 (HYDROXYIC ACID OXIDASE-1 (GLYCOLATE OXIDASE) GENE EXPRESSION
US11104700B2 (en) 2017-07-17 2021-08-31 Oxford University Innovation Limited Oligonucleotides
US11110114B2 (en) 2017-07-17 2021-09-07 Oxford University Innovation Limited Dinucleotides
CA3074303A1 (en) 2017-09-11 2019-03-14 Arrowhead Pharmaceuticals, Inc. Rnai agents and compositions for inhibiting expression of apolipoprotein c-iii (apoc3)
BR112020005230A2 (pt) 2017-09-19 2020-09-24 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. composições e métodos para o tratamento da amiloidose mediada por transtiretina (ttr)
WO2019068326A1 (en) 2017-10-05 2019-04-11 Université D'aix-Marseille INHIBITORS OF LSD1 FOR THE TREATMENT AND PREVENTION OF CARDIOMYOPATHIES
IL274040B2 (en) 2017-10-20 2024-08-01 Dicerna Pharmaceuticals Inc Methods for treating hepatitis B infection
WO2019100053A1 (en) 2017-11-20 2019-05-23 University Of Georgia Research Foundation, Inc. Compositions and methods for modulating hif-2α to improve muscle generation and repair
EP3717021A1 (en) 2017-11-27 2020-10-07 Mersana Therapeutics, Inc. Pyrrolobenzodiazepine antibody conjugates
CN111433361B (zh) * 2017-12-01 2024-03-29 德克萨斯A&M大学体系 天使综合征反义治疗
SG11202005022YA (en) 2017-12-06 2020-06-29 Avidity Biosciences Inc Compositions and methods of treating muscle atrophy and myotonic dystrophy
MA51162A (fr) 2017-12-15 2020-10-21 Apellis Pharmaceuticals Inc Schémas posologiques et compositions et procédés associés
WO2019126691A1 (en) 2017-12-21 2019-06-27 Mersana Therapeutics, Inc. Pyrrolobenzodiazepine antibody conjugates
EP3728281A1 (en) 2017-12-21 2020-10-28 Alnylam Pharmaceuticals Inc. Chirally-enriched double-stranded rna agents
US10960086B2 (en) 2017-12-28 2021-03-30 Augusta University Research Institute, Inc. Aptamer compositions and methods of use thereof
EP3731850A4 (en) 2017-12-29 2021-12-01 Oncorus, Inc. ONCOLYTIC VIRUS DELIVERY OF THERAPEUTIC POLYPEPTIDES
AU2019205904A1 (en) 2018-01-05 2020-06-18 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Reducing beta-catenin and IDO expression to potentiate immunotherapy
US11661603B2 (en) 2018-01-16 2023-05-30 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting ALDH2 expression
PE20211197A1 (es) 2018-02-09 2021-07-01 Genentech Inc Oligonucleotidos para modular la expresion de tmem106b
US12350284B2 (en) 2018-05-02 2025-07-08 The Children's Medical Center Corporation BCL11A microRNAs for treating hemoglobinopathies
WO2019215067A1 (en) 2018-05-07 2019-11-14 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Massively parallel discovery methods for oligonucleotide therapeutics
US20210246507A1 (en) 2018-05-10 2021-08-12 The University Of Manchester Methods for assessing macular degeneration
JP7512207B2 (ja) 2018-05-24 2024-07-08 サーナオミクス インコーポレイテッド 核酸治療薬のための調節可能な共カップリングポリペプチドナノ粒子送達系の組成物および方法
EP3807291A4 (en) * 2018-06-14 2022-02-23 University of Utah Research Foundation STAUFEN1 REGULATING AGENTS AND RELATED METHODS
BR112021001613A2 (pt) 2018-08-13 2021-05-04 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. agentes de ácido ribonucleico de fita dupla, célula, composições farmacêuticas, métodos de inibição da expressão gênica, de inibição da replicação e de tratar um sujeito, métodos para reduzir o nível de um antígeno e para reduzir a carga viral e uso de um agente de dsrna
JP7627042B2 (ja) 2018-08-23 2025-02-05 ユニバーシティー オブ マサチューセッツ Ｏ－メチルリッチ完全安定化オリゴヌクレオチド
EP3846797A4 (en) 2018-09-04 2022-06-08 H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. USE OF DELTA-TOCOTRIENOL TO TREAT CANCER
US20210317479A1 (en) 2018-09-06 2021-10-14 The Broad Institute, Inc. Nucleic acid assemblies for use in targeted delivery
CA3117050A1 (en) 2018-10-29 2020-05-07 Mersana Therapeutics, Inc. Cysteine engineered antibody-drug conjugates with peptide-containing linkers
US12268669B2 (en) 2018-12-20 2025-04-08 Pfizer Inc. Pharmaceutical compositions and methods comprising a combination of a benzoxazole transthyretin stabilizer and an additional therapeutic agent
JP7588074B2 (ja) 2018-12-27 2024-11-21 サーナオミクス インコーポレイテッド がんを治療するために、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせて送達されるｓｉＲＮＡを使用したＴＧＦ－ベータ１およびＣｏｘ２のサイレンシング
US11492619B2 (en) 2019-01-18 2022-11-08 University Of Massachusetts Dynamic pharmacokinetic-modifying anchors
JP2022520653A (ja) 2019-02-12 2022-03-31 ディセルナ ファーマシューティカルズ インコーポレイテッド Ｃｙｐ２７ａ１の発現を阻害するための方法及び組成物
JP2022527108A (ja) 2019-03-29 2022-05-30 ディセルナ ファーマシューティカルズ インコーポレイテッド Ｋｒａｓ関連疾患または障害の治療のための組成物及び方法
KR20210148264A (ko) 2019-04-04 2021-12-07 다이서나 파마수이티컬, 인크. 중추신경계에서 유전자 발현을 억제하는 조성물 및 방법
US11814464B2 (en) 2019-04-29 2023-11-14 Yale University Poly(amine-co-ester) polymers and polyplexes with modified end groups and methods of use thereof
US20220177880A1 (en) 2019-05-03 2022-06-09 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Double-stranded nucleic acid inhibitor molecules with shortened sense strands
JP7606758B2 (ja) * 2019-05-22 2024-12-26 スーチョウ リボ ライフ サイエンス カンパニー、リミテッド 核酸、薬物組成物及び複合体ならびに調製方法と使用
US20200369759A1 (en) 2019-05-23 2020-11-26 Fibrogen, Inc. Methods of treatment of muscular dystrophies
KR20240039234A (ko) 2019-06-26 2024-03-26 주식회사 바이오오케스트라 미셀 나노입자 및 이의 용도
MX2022001710A (es) 2019-08-09 2022-05-10 Univ Massachusetts Oligonucleótidos modificados químicamente dirigidos a los snp.
CA3151110A1 (en) 2019-08-16 2021-02-25 Children's Hospital Medical Center Methods of treating a subject with a cdc42-specific inhibitor
CA3149421A1 (en) 2019-08-30 2021-03-04 Yale University Compositions and methods for delivery of nucleic acids to cells
WO2021049504A1 (ja) 2019-09-10 2021-03-18 第一三共株式会社 肝臓送達用ＧａｌＮＡｃ－オリゴヌクレオチドコンジュゲートおよび製造方法
US12365894B2 (en) 2019-09-16 2025-07-22 University Of Massachusetts Branched lipid conjugates of siRNA for specific tissue delivery
US20220389430A1 (en) 2019-10-02 2022-12-08 Dicema Pharmaceuticals, Inc. Chemical modifications of small interfering rna with minimal fluorine content
US11355185B2 (en) 2019-11-26 2022-06-07 Cypress Semiconductor Corporation Silicon-oxide-nitride-oxide-silicon multi-level non-volatile memory device and methods of fabrication thereof
CN114828852A (zh) 2019-12-24 2022-07-29 豪夫迈·罗氏有限公司 用于治疗hbv的靶向hbv的抗病毒药剂和/或免疫调节剂的药物组合
JP2023509870A (ja) 2019-12-24 2023-03-10 エフ． ホフマン－ラ ロシュ アーゲー Ｈｂｖの処置のためのｈｂｖを標的とする治療用オリゴヌクレオチドとｔｌｒ７アゴニストとの医薬組合せ
CA3163161A1 (en) 2020-01-09 2021-07-15 Gregory Lawrence HAMILTON Nanomaterials
IL294388A (en) 2020-01-14 2022-08-01 Synthekine Inc Il2 orthologs and methods of use
WO2021150300A1 (en) 2020-01-22 2021-07-29 Massachusetts Institute Of Technology Inducible tissue constructs and uses thereof
US11642407B2 (en) 2020-02-28 2023-05-09 Massachusetts Institute Of Technology Identification of variable influenza residues and uses thereof
EP4121536A1 (en) 2020-03-18 2023-01-25 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting angptl3 expression
AU2021237465A1 (en) 2020-03-19 2022-10-13 Avidity Biosciences, Inc. Compositions and methods of treating Facioscapulohumeral muscular dystrophy
WO2021195469A1 (en) 2020-03-27 2021-09-30 Avidity Biosciences, Inc. Compositions and methods of treating muscle dystrophy
KR20230037069A (ko) 2020-04-22 2023-03-15 이오반스 바이오테라퓨틱스, 인크. 환자-특이적 면역요법을 위해 세포의 제조를 조정하기 위한 시스템 및 방법
US20230233693A1 (en) 2020-06-19 2023-07-27 Yale University Poly(amine-co-ester) polymers with modified end groups and enhanced pulmonary delivery
WO2021255262A1 (en) 2020-06-19 2021-12-23 Sylentis Sau siRNA AND COMPOSITIONS FOR PROPHYLACTIC AND THERAPEUTIC TREATMENT OF VIRUS DISEASES
KR20230029891A (ko) * 2020-06-30 2023-03-03 더 유니버시티 코트 오브 더 유니버시티 오브 에딘버그 전이유전자 발현 시스템
US20220031633A1 (en) 2020-07-28 2022-02-03 Yale University Poly(amine-co-ester) polymeric particles for selective pulmonary delivery
CA3190481A1 (en) 2020-08-04 2022-02-10 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting plp1 expression
TW202221120A (zh) 2020-08-04 2022-06-01 美商黛瑟納製藥公司 用於治療代謝症候群之組成物及方法
CA3187220A1 (en) 2020-08-04 2022-02-10 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Systemic delivery of oligonucleotides
CN116323943A (zh) 2020-08-05 2023-06-23 迪克纳制药公司 用于抑制lpa表达的组合物和方法
AU2021322891A1 (en) 2020-08-05 2023-03-09 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotide treatment of hepatitis B patients
CA3193424A1 (en) 2020-08-31 2022-03-03 Yale University Compositions and methods for delivery of nucleic acids to cells
EP3964204A1 (en) 2020-09-08 2022-03-09 Université d'Aix-Marseille Lsd1 inhibitors for use in the treatment and prevention of fibrosis of tissues
EP4214515A1 (en) 2020-09-16 2023-07-26 Complement Therapeutics Limited Complementome assay
JP2023549500A (ja) 2020-11-13 2023-11-27 アルナイラム ファーマシューティカルズ， インコーポレイテッド 凝固第Ｖ因子（Ｆ５）ｉＲＮＡ組成物およびその使用方法
WO2022115645A1 (en) 2020-11-25 2022-06-02 Akagera Medicines, Inc. Lipid nanoparticles for delivery of nucleic acids, and related methods of use
CN117295753A (zh) 2020-12-04 2023-12-26 基那奥生物公司 用于将核酸递送到细胞的组合物和方法
EP4015634A1 (en) 2020-12-15 2022-06-22 Sylentis, S.A.U. Sirna and compositions for prophylactic and therapeutic treatment of virus diseases
CN116847853A (zh) 2021-01-20 2023-10-03 比姆医疗股份有限公司 包括可生物降解的特征的纳米材料
WO2022187435A1 (en) 2021-03-04 2022-09-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Angiopoietin-like 3 (angptl3) irna compositions and methods of use thereof
US20240180847A1 (en) 2021-03-31 2024-06-06 Carmine Therapeutics Pte. Ltd. Extracellular vesicles loaded with at least two different nucleic acids
AU2022256742A1 (en) 2021-04-12 2023-09-07 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting ketohexokinase (khk)
MX2023012216A (es) 2021-04-14 2023-10-26 Dicerna Pharmaceuticals Inc Composiciones y metodos para modular la expresion de pnpla3.
CA3213775A1 (en) 2021-04-19 2022-10-27 Utsav SAXENA Compositions and methods for inhibiting nuclear receptor subfamily 1 group h member 3 (nr1h3) expression
MX2023013504A (es) 2021-05-28 2024-02-23 Novo Nordisk As Composiciones y métodos para inhibir la expresión del componente 1 de reducción de amidoxima mitocondrial (marc1).
WO2022256351A1 (en) 2021-05-29 2022-12-08 1Globe Health Institute Llc Asymmetric short duplex dna as a novel gene silencing technology and use thereof
JP2024520556A (ja) 2021-05-29 2024-05-24 １グローブ ヘルス インスティテュート エルエルシー 新規遺伝子サイレンシング技術としての短鎖二重鎖ｄｎａおよびその使用
WO2022271786A1 (en) 2021-06-23 2022-12-29 University Of Massachusetts Optimized anti-flt1 oligonucleotide compounds for treatment of preeclampsia and other angiogenic disorders
WO2023014677A1 (en) 2021-08-03 2023-02-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Transthyretin (ttr) irna compositions and methods of use thereof
EP4388094A1 (en) 2021-08-16 2024-06-26 Vib Vzw Oligonucleotides for modulating synaptogyrin-3 expression
CN117897483A (zh) 2021-08-25 2024-04-16 戴瑟纳制药公司 用于抑制α-1抗胰蛋白酶表达的组合物和方法
WO2023049743A1 (en) 2021-09-21 2023-03-30 The Johns Hopkins University Dendrimer conjugates of small molecule biologics for intracellular delivery
WO2023083906A2 (en) 2021-11-11 2023-05-19 F. Hoffmann-La Roche Ag Pharmaceutical combinations for treatment of hbv
WO2023092089A1 (en) 2021-11-19 2023-05-25 Kist (Korea Institute Of Science And Technology) Therapeutic compounds for red blood cell-mediated delivery of an active pharmaceutical ingredient to a target cell
KR20240111757A (ko) 2021-12-01 2024-07-17 다이서나 파마수이티컬, 인크. Apoc3 발현을 조절하기 위한 조성물 및 방법
US20250051759A1 (en) 2021-12-23 2025-02-13 Boehringer Ingelheim International Gmbh METHODS AND MOLECULES FOR RNA INTERFERENCE (RNAi)
US20250154317A1 (en) 2022-02-18 2025-05-15 Yale University Branched poly(amine-co-ester) polymers for more efficient nucleic expression
GB202203627D0 (en) 2022-03-16 2022-04-27 Univ Manchester Agents for treating complement-related disorders
WO2023192872A1 (en) 2022-03-28 2023-10-05 Massachusetts Institute Of Technology Rna scaffolded wireframe origami and methods thereof
GB202204884D0 (en) 2022-04-04 2022-05-18 Fondo Ricerca Medica S R I Sirna targeting kcna1
EP4507704A1 (en) 2022-04-15 2025-02-19 Iovance Biotherapeutics, Inc. Til expansion processes using specific cytokine combinations and/or akti treatment
CN119013402A (zh) 2022-04-15 2024-11-22 迪克纳制药公司 调节scap活性的组合物和方法
TW202400792A (zh) 2022-05-12 2024-01-01 美商戴瑟納製藥股份有限公司 用於抑制ｍａｐｔ表現之組合物及方法
EP4522748A1 (en) 2022-05-13 2025-03-19 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting snca expression
KR20250031230A (ko) 2022-05-25 2025-03-06 아카제라 메디신즈, 인크. 핵산 전달을 위한 지질 나노입자 및 이의 사용 방법
TWI868755B (zh) 2022-06-24 2025-01-01 丹麥商諾佛 儂迪克股份有限公司 抑制跨膜絲胺酸蛋白酶６（ｔｍｐｒｓｓ６）表現的組成物及方法
WO2024019936A1 (en) 2022-07-20 2024-01-25 Beam Therapeutics Inc. Nanomaterials comprising triols
WO2024040041A1 (en) 2022-08-15 2024-02-22 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Regulation of activity of rnai molecules
AU2023361162A1 (en) 2022-10-11 2025-05-29 Yale University Compositions and methods of using cell-penetrating antibodies
TW202430637A (zh) 2022-11-16 2024-08-01 美商戴瑟納製藥股份有限公司 Stat3靶向性寡核苷酸及其用途
AU2023383571A1 (en) 2022-11-18 2025-07-03 Genkardia Inc. Methods and compositions for preventing, treating, or reversing cardiac diastolic dysfunction
KR20250122544A (ko) 2022-11-21 2025-08-13 이오반스 바이오테라퓨틱스, 인크. 종양 침윤 림프구의 확장을 위한 2차원 공정 및 이를 통한 요법
GB202219829D0 (en) 2022-12-29 2023-02-15 Ivy Farm Tech Limited Genetically manipulated cells
EP4649087A2 (en) 2023-01-11 2025-11-19 Engage Biologics Inc. Non-viral expression systems and methods of use thereof
WO2024175586A2 (en) 2023-02-21 2024-08-29 Vib Vzw Inhibitors of synaptogyrin-3 expression
WO2024175588A1 (en) 2023-02-21 2024-08-29 Vib Vzw Oligonucleotides for modulating synaptogyrin-3 expression
US20240325550A1 (en) 2023-03-28 2024-10-03 Kist (Korea Institute Of Science And Technology) Therapeutic Compounds for Inhibiting and Reducing the Expression of Cell Surface Proteins
WO2024263649A1 (en) 2023-06-19 2024-12-26 Yale University Methods and compositions for enrichment and sequencing of expansion-specific rna transcripts
TW202517141A (zh) 2023-07-13 2025-05-01 新加坡商蜂鳥生物科技私人有限公司 生產抗體的方法
WO2025012473A1 (en) 2023-07-13 2025-01-16 Hummingbird Bioscience Pte. Ltd. Methods for antibody production
WO2025015189A1 (en) 2023-07-13 2025-01-16 Comanche Biopharma Corp. Formulations of nucleic acid compounds and uses thereof
WO2025029625A1 (en) 2023-07-28 2025-02-06 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for programmed death ligand receptor (pd-l1) expression
WO2025054459A1 (en) 2023-09-08 2025-03-13 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Rnai oligonucleotide conjugates
WO2025101580A1 (en) 2023-11-06 2025-05-15 Yale University Half-antibodies and other antibody fragments for attachment to degradable polymer nanoparticles
EP4560019A1 (en) 2023-11-22 2025-05-28 Sylentis S.A.U. Sirna and compositions for prophylactic and therapeutic treatment of ocular retinal conditions
EP4560020A1 (en) 2023-11-22 2025-05-28 Sylentis S.A.U. Sirna and compositions for prophylactic and therapeutic treatment of ocular retinal conditions
WO2025215354A1 (en) 2024-04-08 2025-10-16 Ivy Farm Technologies Limited Method of culturing an animal cell
EP4640682A2 (en) 2024-04-25 2025-10-29 The University Of Hong Kong Compositions of agpat4 inhibitors and methods of using thereof to treat cancer
WO2025224715A1 (en) 2024-04-26 2025-10-30 King Abdullah Univeristy Of Science And Technology Methods for improving precise genome modification and reducing unwanted mutations by crispr-cas editing

Family Cites Families (136)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US2003006A (en) * 1933-04-11 1935-05-28 Michelson Barnett Samuel Water tank cover
US4469863A (en) * 1980-11-12 1984-09-04 Ts O Paul O P Nonionic nucleic acid alkyl and aryl phosphonates and processes for manufacture and use thereof
US5208149A (en) * 1983-10-20 1993-05-04 The Research Foundation Of State University Of New York Nucleic acid constructs containing stable stem and loop structures
GB8704365D0 (en) * 1987-02-25 1987-04-01 Exxon Chemical Patents Inc Zeolite l preparation
US5712257A (en) * 1987-08-12 1998-01-27 Hem Research, Inc. Topically active compositions of mismatched dsRNAs
IE66830B1 (en) 1987-08-12 1996-02-07 Hem Res Inc Topically active compositions of double-stranded RNAs
US5703055A (en) * 1989-03-21 1997-12-30 Wisconsin Alumni Research Foundation Generation of antibodies through lipid mediated DNA delivery
DK0497875T3 (da) * 1989-10-24 2000-07-03 Gilead Sciences Inc 2'-modificerede oligonukleotider
US5457189A (en) * 1989-12-04 1995-10-10 Isis Pharmaceuticals Antisense oligonucleotide inhibition of papillomavirus
KR927003044A (ko) 1990-01-11 1992-12-17 크리스토퍼 케이. 미라벨리 Rna 활성과 유전자 발현을 검출하고 조절하는 조성물 및 그 방법
US5670633A (en) * 1990-01-11 1997-09-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Sugar modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
US5514577A (en) * 1990-02-26 1996-05-07 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotide therapies for modulating the effects of herpes viruses
WO1992007065A1 (en) * 1990-10-12 1992-04-30 MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Modified ribozymes
FR2675803B1 (fr) 1991-04-25 1996-09-06 Genset Sa Oligonucleotides fermes, antisens et sens et leurs applications.
WO1994008003A1 (en) * 1991-06-14 1994-04-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDE INHIBITION OF THE ras GENE
FR2685346B1 (fr) * 1991-12-18 1994-02-11 Cis Bio International Procede de preparation d'arn double-brin, et ses applications.
ATE212998T1 (de) 1992-03-05 2002-02-15 Isis Pharmaceuticals Inc Kovalent vernetzte oligonukleotide
US5792751A (en) * 1992-04-13 1998-08-11 Baylor College Of Medicine Tranformation of cells associated with fluid spaces
US5693535A (en) * 1992-05-14 1997-12-02 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. HIV targeted ribozymes
US20030206887A1 (en) * 1992-05-14 2003-11-06 David Morrissey RNA interference mediated inhibition of hepatitis B virus (HBV) using short interfering nucleic acid (siNA)
US20030171311A1 (en) * 1998-04-27 2003-09-11 Lawrence Blatt Enzymatic nucleic acid treatment of diseases or conditions related to hepatitis C virus infection
US20030068301A1 (en) * 1992-05-14 2003-04-10 Kenneth Draper Method and reagent for inhibiting hepatitis B virus replication
US20040054156A1 (en) * 1992-05-14 2004-03-18 Kenneth Draper Method and reagent for inhibiting hepatitis B viral replication
PL172710B1 (pl) 1992-07-02 1997-11-28 Hybridon Inc Samostabilizujacy sie oligonukleotyd PL PL
US5652355A (en) 1992-07-23 1997-07-29 Worcester Foundation For Experimental Biology Hybrid oligonucleotide phosphorothioates
AU6080294A (en) 1992-12-31 1994-08-15 Texas Biotechnology Corporation Antisense molecules directed against genes of the (raf) oncogene family
US6056704A (en) 1993-03-03 2000-05-02 Ide; Masatake Foot-pressure massage stand
EP0616026A1 (en) 1993-03-19 1994-09-21 The Procter & Gamble Company Concentrated cleaning compositions
WO1995000638A2 (en) * 1993-06-23 1995-01-05 Genesys Pharma Inc. Antisense oligonucleotides and therapeutic use thereof in human immunodeficiency virus infection
FR2710074B1 (fr) * 1993-09-15 1995-12-08 Rhone Poulenc Rorer Sa Gène GRB3-3, ses variants et leurs utilisations.
US5624803A (en) * 1993-10-14 1997-04-29 The Regents Of The University Of California In vivo oligonucleotide generator, and methods of testing the binding affinity of triplex forming oligonucleotides derived therefrom
US5801154A (en) * 1993-10-18 1998-09-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense oligonucleotide modulation of multidrug resistance-associated protein
NZ277617A (en) 1993-11-16 1998-01-26 Genta Inc Chimeric oligonucleoside compounds useful in activating rnaseh mediated cleavage of ribonucleic acid sequences
US5908779A (en) * 1993-12-01 1999-06-01 University Of Connecticut Targeted RNA degradation using nuclear antisense RNA
US5578716A (en) * 1993-12-01 1996-11-26 Mcgill University DNA methyltransferase antisense oligonucleotides
EP0759979A4 (en) * 1994-05-10 1999-10-20 Gen Hospital Corp THE ANTISENSE INHIBITION OF HEPATITIS C VIRUS
US6057153A (en) * 1995-01-13 2000-05-02 Yale University Stabilized external guide sequences
US5674683A (en) 1995-03-21 1997-10-07 Research Corporation Technologies, Inc. Stem-loop and circular oligonucleotides and method of using
US5624808A (en) * 1995-03-28 1997-04-29 Becton Dickinson And Company Method for identifying cells committed to apoptosis by determining cellular phosphotyrosine content
IL122290A0 (en) 1995-06-07 1998-04-05 Inex Pharmaceuticals Corp Lipid-nucleic acid complex its preparation and use
WO1997011170A1 (en) * 1995-09-20 1997-03-27 Worcester Foundation For Biomedical Research Antisense oligonucleotide chemotherapy for benign hyperplasia or cancer of the prostate
US5998203A (en) * 1996-04-16 1999-12-07 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Enzymatic nucleic acids containing 5'-and/or 3'-cap structures
IL125759A0 (en) 1996-02-14 1999-04-11 Isis Pharmaceuticals Inc Sugar-modified gapped oligonucleotides
WO1997039120A2 (en) 1996-04-17 1997-10-23 Aronex Pharmaceuticals, Inc. Antisense inhibitors of vascular endothelial growth factor (vefg/vpf) expression
DE19618797C2 (de) 1996-05-10 2000-03-23 Bertling Wolf Vehikel zum Transport molekularer Substanz
US5898031A (en) * 1996-06-06 1999-04-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligoribonucleotides for cleaving RNA
US20040266706A1 (en) 2002-11-05 2004-12-30 Muthiah Manoharan Cross-linked oligomeric compounds and their use in gene modulation
DE19631919C2 (de) 1996-08-07 1998-07-16 Deutsches Krebsforsch Anti-Sinn-RNA mit Sekundärstruktur
US6225290B1 (en) * 1996-09-19 2001-05-01 The Regents Of The University Of California Systemic gene therapy by intestinal cell transformation
ATE329015T1 (de) * 1996-10-04 2006-06-15 Derek Nigel John Hart Enzyme mit s-adenosyl-l-homocystein-hydrolase- ähnlicher aktivität.
US5814500A (en) * 1996-10-31 1998-09-29 The Johns Hopkins University School Of Medicine Delivery construct for antisense nucleic acids and methods of use
JP4427639B2 (ja) 1996-12-12 2010-03-10 イスム リサーチ ディベロップメント カンパニー オブ ザ ヘブライ ユニバーシティ オブ エルサレム 合成アンチセンスオリゴデオキシヌクレオチド類およびそれらを含む医薬組成物
US20030064945A1 (en) * 1997-01-31 2003-04-03 Saghir Akhtar Enzymatic nucleic acid treatment of diseases or conditions related to levels of epidermal growth factor receptors
GB9703146D0 (en) * 1997-02-14 1997-04-02 Innes John Centre Innov Ltd Methods and means for gene silencing in transgenic plants
US6218142B1 (en) * 1997-03-05 2001-04-17 Michael Wassenegger Nucleic acid molecules encoding polypeptides having the enzymatic activity of an RNA-directed RNA polymerase (RDRP)
GB9710475D0 (en) 1997-05-21 1997-07-16 Zeneca Ltd Gene silencing
ES2242291T5 (es) 1997-09-12 2016-03-11 Exiqon A/S Análogos de nucleósidos bicíclicos y tricíclicos, nucleótidos y oligonucleótidos
EP1021549A2 (en) 1997-09-19 2000-07-26 Sequitur, Inc. SENSE mRNA THERAPY
GB9720148D0 (en) 1997-09-22 1997-11-26 Innes John Centre Innov Ltd Gene silencing materials and methods
US6506559B1 (en) * 1997-12-23 2003-01-14 Carnegie Institute Of Washington Genetic inhibition by double-stranded RNA
US6475726B1 (en) * 1998-01-09 2002-11-05 Cubist Pharmaceuticals, Inc. Method for identifying validated target and assay combinations for drug development
HU230353B1 (hu) 1998-03-20 2016-02-29 Benitec Australia Ltd A génexpresszió szabályozása
AUPP249298A0 (en) * 1998-03-20 1998-04-23 Ag-Gene Australia Limited Synthetic genes and genetic constructs comprising same I
US20040214330A1 (en) * 1999-04-07 2004-10-28 Waterhouse Peter Michael Methods and means for obtaining modified phenotypes
CN1202246C (zh) 1998-04-08 2005-05-18 联邦科学和工业研究组织 获得修饰表型的方法和措施
AU3751299A (en) 1998-04-20 1999-11-08 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Nucleic acid molecules with novel chemical compositions capable of modulating gene expression
AR020078A1 (es) 1998-05-26 2002-04-10 Syngenta Participations Ag Metodo para alterar la expresion de un gen objetivo en una celula de planta
GB9827152D0 (en) 1998-07-03 1999-02-03 Devgen Nv Characterisation of gene function using double stranded rna inhibition
EP1050583A4 (en) 1998-11-24 2005-02-02 Hisamitsu Pharmaceutical Co INHIBITORS OF HIV INFECTIONS
AU1830000A (en) 1998-11-30 2000-06-19 Ribogene, Inc. Methods and compositions for identification of inhibitors of ribosome assembly
US6939712B1 (en) 1998-12-29 2005-09-06 Impedagen, Llc Muting gene activity using a transgenic nucleic acid
EP1147204A1 (en) 1999-01-28 2001-10-24 Medical College Of Georgia Research Institute, Inc. Composition and method for in vivo and in vitro attenuation of gene expression using double stranded rna
DE19956568A1 (de) * 1999-01-30 2000-08-17 Roland Kreutzer Verfahren und Medikament zur Hemmung der Expression eines vorgegebenen Gens
CA2370628A1 (en) 1999-04-21 2000-10-26 American Home Products Corporation Methods and compositions for inhibiting the function of polynucleotide sequences
US20040002153A1 (en) * 1999-07-21 2004-01-01 Monia Brett P. Modulation of PTEN expression via oligomeric compounds
GB9925459D0 (en) * 1999-10-27 1999-12-29 Plant Bioscience Ltd Gene silencing
GB9927444D0 (en) 1999-11-19 2000-01-19 Cancer Res Campaign Tech Inhibiting gene expression
DE10160151A1 (de) 2001-01-09 2003-06-26 Ribopharma Ag Verfahren zur Hemmung der Expression eines vorgegebenen Zielgens
DE10100586C1 (de) 2001-01-09 2002-04-11 Ribopharma Ag Verfahren zur Hemmung der Expression eines Ziegens
US7829693B2 (en) * 1999-11-24 2010-11-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of a target gene
RU2164944C1 (ru) * 1999-12-09 2001-04-10 Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН Способ изменения генетических свойств организма
US8202979B2 (en) * 2002-02-20 2012-06-19 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid
AU2001260114A1 (en) 2000-03-14 2001-09-24 Syngenta Participations Ag Protoporphyrinogen oxidase ("protox") genes
US20030084471A1 (en) 2000-03-16 2003-05-01 David Beach Methods and compositions for RNA interference
IL151781A0 (en) * 2000-03-16 2003-04-10 Genetica Inc Methods and compositions for rna interference
JP5500750B2 (ja) * 2000-03-30 2014-05-21 ホワイトヘッド インスチチュート フォアー バイオメディカル リサーチ Ｒｎａ干渉のｒｎａ配列特異的メディエータ
DK2360253T3 (da) 2000-03-30 2014-06-16 Whitehead Biomedical Inst Fremgangsmåde til fremstilling af knockdown-celler eller knockdown-organismer ved hjælp af RNA-sekvensspecifikke formidlere af RNA-interferens og anvendelser deraf
US20100305186A1 (en) 2000-05-30 2010-12-02 Johnson & Johnson Research Pty Limited Methods for mediating gene suppression
WO2003103600A2 (en) 2002-06-05 2003-12-18 Invitrogen Corporation Methods and compositions for synthesis of nucleic acid molecules using multiple recognition sites
DE60130583T3 (de) 2000-12-01 2018-03-22 Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie Kleine rns moleküle, die rns-interferenz vermitteln
WO2002061034A2 (en) 2000-12-08 2002-08-08 Invitrogen Corporation Compositions and methods for rapidly generating recombinant nucleic acid molecules
WO2002059300A2 (en) 2000-12-28 2002-08-01 J & J Research Pty Ltd Double-stranded rna-mediated gene suppression
WO2003035869A1 (de) 2001-10-26 2003-05-01 Ribopharma Ag Verwendung einer doppelsträngigen ribonukleinsäure zur gezielten hemmung der expression eines vorgegebenen zielgens
US7423142B2 (en) * 2001-01-09 2008-09-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of anti-apoptotic genes
US20020132257A1 (en) * 2001-01-31 2002-09-19 Tony Giordano Use of post-transcriptional gene silencing for identifying nucleic acid sequences that modulate the function of a cell
CA2442092A1 (en) * 2001-03-26 2002-10-17 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotide mediated inhibition of hepatitis b virus and hepatitis c virus replication
US20040006035A1 (en) * 2001-05-29 2004-01-08 Dennis Macejak Nucleic acid mediated disruption of HIV fusogenic peptide interactions
US20030124513A1 (en) * 2001-05-29 2003-07-03 Mcswiggen James Enzymatic nucleic acid treatment of diseases or conditions related to levels of HIV
US20040019001A1 (en) * 2002-02-20 2004-01-29 Mcswiggen James A. RNA interference mediated inhibition of protein typrosine phosphatase-1B (PTP-1B) gene expression using short interfering RNA
EP1263250B1 (de) 2001-06-01 2004-03-24 Mobilkom Austria Aktiengesellschaft & Co KG Verfahren zur Bestimmung des Standortes einer Mobilstation in einem Mobilfunksystem
US20030140362A1 (en) * 2001-06-08 2003-07-24 Dennis Macejak In vivo models for screening inhibitors of hepatitis B virus
EP2390330B1 (en) 2001-09-28 2018-04-25 Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. MicroRNA molecules
DE10163098B4 (de) 2001-10-12 2005-06-02 Alnylam Europe Ag Verfahren zur Hemmung der Replikation von Viren
US20040121348A1 (en) * 2001-10-26 2004-06-24 Ribopharma Ag Compositions and methods for treating pancreatic cancer
US20050119202A1 (en) * 2001-10-26 2005-06-02 Roland Kreutzer Medicament to treat a fibrotic disease
DE10230997A1 (de) * 2001-10-26 2003-07-17 Ribopharma Ag Medikament zur Erhöhung der Wirksamkeit eines Rezeptor-vermittelt Apoptose in Tumorzellen auslösenden Arzneimittels
DE10154113A1 (de) 2001-11-03 2003-05-15 Opel Adam Ag Frontstruktur eines Kraftfahrzeuges
DE10202419A1 (de) * 2002-01-22 2003-08-07 Ribopharma Ag Verfahren zur Hemmung der Expression eines durch eine Chromosomen-Aberration entstandenen Zielgens
EP1572902B1 (en) 2002-02-01 2014-06-11 Life Technologies Corporation HIGH POTENCY siRNAS FOR REDUCING THE EXPRESSION OF TARGET GENES
AU2003209128B2 (en) * 2002-02-14 2008-05-15 City Of Hope Methods for producing interfering RNA molecules in mammalian cells and therapeutic uses for such molecules
EP1572923A4 (en) * 2002-03-06 2007-10-31 Rigel Pharmaceuticals Inc NEW METHOD FOR THE INTRODUCTION AND INTRA-CELLULAR SYNTHESIS OF SIRNA MOLECULES
AU2003224725A1 (en) * 2002-03-20 2003-10-08 Brigham And Women's Hospital, Inc. Hiv therapeutic
US20030180756A1 (en) * 2002-03-21 2003-09-25 Yang Shi Compositions and methods for suppressing eukaryotic gene expression
US20040053876A1 (en) * 2002-03-26 2004-03-18 The Regents Of The University Of Michigan siRNAs and uses therof
WO2003099298A1 (en) 2002-05-24 2003-12-04 Max-Planck Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Rna interference mediating small rna molecules
AU2003243541A1 (en) 2002-06-12 2003-12-31 Ambion, Inc. Methods and compositions relating to labeled rna molecules that reduce gene expression
AU2003254334A1 (en) 2002-07-10 2004-02-02 Max-Planck-Gesellschaft Zur Forderung Der Wissenschaften E.V. Rna-interference by single-stranded rna molecules
EP1857547B2 (en) 2002-08-05 2020-12-02 Silence Therapeutics GmbH Further novel forms of interfering RNA molecules
US20040241854A1 (en) * 2002-08-05 2004-12-02 Davidson Beverly L. siRNA-mediated gene silencing
US8729036B2 (en) * 2002-08-07 2014-05-20 University Of Massachusetts Compositions for RNA interference and methods of use thereof
AU2003273336A1 (en) * 2002-09-18 2004-04-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. Efficient reduction of target rna's by single- and double-stranded oligomeric compounds
CA2881743A1 (en) 2002-09-25 2004-04-08 University Of Massachusetts In vivo gene silencing by chemically modified and stable sirna
CA2504929C (en) 2002-11-05 2014-07-22 Charles Allerson Compositions comprising alternating 2'-modified nucleosides for use in gene modulation
JP2006507841A (ja) 2002-11-14 2006-03-09 ダーマコン， インコーポレイテッド 機能的ｓｉＲＮＡおよび超機能的ｓｉＲＮＡ
US20040214198A1 (en) 2002-11-15 2004-10-28 University Of Massachusetts Allele-targeted RNA interference
AU2003298718A1 (en) * 2002-11-22 2004-06-18 University Of Massachusetts Modulation of hiv replication by rna interference
US20040224328A1 (en) * 2003-01-15 2004-11-11 Hans Prydz siRNA screening method
WO2004063375A1 (en) 2003-01-15 2004-07-29 Hans Prydz OPTIMIZING siRNA BY RNAi ANTISENSE
WO2004065600A2 (en) 2003-01-17 2004-08-05 MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Rna interference by palindromic or modified rna molecules
ES2356910T3 (es) 2003-01-17 2011-04-14 Max-Planck-Gesellschaft Zur Forderung Der Wissenschaften E.V. Construcciones para la expresión inducible de arn de interferencia pequeño (arns) para el silenciamiento génico seleccionado.
CA2515586A1 (en) 2003-02-10 2004-09-10 National Institute Of Advanced Industrial Science And Technology Regulation of gene expression by dna interference
US20040231016A1 (en) * 2003-02-19 2004-11-18 Commonwealth Scientific And Industrial Research Organization Efficient gene silencing in plants using short dsRNA sequences
ES2712695T3 (es) 2003-06-02 2019-05-14 Univ Massachusetts Métodos y composiciones para controlar la eficacia de la silenciación del ARN
US6998203B2 (en) * 2003-08-01 2006-02-14 Intel Corporation Proximity correcting lithography mask blanks
ATE551421T1 (de) 2005-01-07 2012-04-15 Alnylam Pharmaceuticals Inc Rnai modulation von rsv und deren therapeutische verwendungen
JP6348063B2 (ja) 2011-07-08 2018-06-27 インテヴァ プロダクツ, エルエルシーInteva Products, Llc 車両内装部材にステッチを施す方法

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Bass. B. et al.: "Double-stranded RNA as a template for gene silencing", CELL, vol. 101, no. 3, 235-238, 2000 *
Hammond S. et al.: "An RNA-directed nuclease mediates post-transcriptional gene silencing in Drosophila cells", NATURE, MACMILLAN JOURNALS LTD. LONDON, GB, vol. 404, no. 6775, 293-296, 2000 *
Tuschl. T. et al.: "Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro", GENES AND DEVELOPMENT, COLD SPRING HARBOR LABORATORY PRESS, NEW YORK, US, vol. 13, no. 24, 3191-3197, 1999 *
Yang Dun et al. Evidence that processed small dsRNAs may mediate sequence-specific mRNA degradation during RNAi in Drosophila embryos", CURRENT BIOLOGY, vol. 10, no. 19, 1191-1200, 2000 *
Zamore P. et al.: "RNAi: Double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals", CELL, CELL PRESS, CAMBRIDGE, NA, US, vol. 101, no. 1, 25-33, 2000 *

Also Published As

Publication number Publication date
CA2429814A1 (en) 2002-06-06
DK1407044T4 (en) 2017-12-04
US8853384B2 (en) 2014-10-07
US20130125259A1 (en) 2013-05-16
US20100292456A1 (en) 2010-11-18
DE60130583D1 (de) 2007-10-31
US20040259248A1 (en) 2004-12-23
US20110020234A1 (en) 2011-01-27
US8933044B2 (en) 2015-01-13
EP2348133A1 (en) 2011-07-27
DK2813582T3 (en) 2017-07-31
IL207727A (en) 2014-04-30
JP6325974B2 (ja) 2018-05-16
US8796016B2 (en) 2014-08-05
RU2470073C2 (ru) 2012-12-20
ZA200303929B (en) 2004-07-19
EP1407044B2 (en) 2017-11-15
AU2002235744B2 (en) 2007-04-19
DE60130583T2 (de) 2008-06-12
US8445237B2 (en) 2013-05-21
US8765930B2 (en) 2014-07-01
US20110065109A1 (en) 2011-03-17
HK1139433A1 (en) 2010-09-17
WO2002044321A3 (en) 2003-10-23
CN100523215C (zh) 2009-08-05
AU2010212438B2 (en) 2013-05-09
US20040229266A1 (en) 2004-11-18
WO2002044321A2 (en) 2002-06-06
US8993745B2 (en) 2015-03-31
US20100316703A1 (en) 2010-12-16
AU3574402A (en) 2002-06-11
CN1568373A (zh) 2005-01-19
SI1407044T1 (sl) 2008-04-30
CZ2011452A3 (cs) 2003-10-15
LTPA2021005I1 (cs) 2021-06-10
JP6189576B2 (ja) 2017-08-30
NO20032464D0 (no) 2003-05-30
NO20130246L (no) 2003-07-21
US20100010207A1 (en) 2010-01-14
MXPA03004836A (es) 2005-09-08
US20110054159A1 (en) 2011-03-03
KR100872437B1 (ko) 2008-12-05
IL155991A (en) 2013-06-27
US20050234007A1 (en) 2005-10-20
AU2010212438A1 (en) 2010-09-09
CY1119062T1 (el) 2018-01-10
JP5749892B2 (ja) 2015-07-15
JP4095895B2 (ja) 2008-06-04
US8895721B2 (en) 2014-11-25
BRPI0115814B8 (pt) 2021-05-25
HUP0302557A3 (en) 2005-12-28
PL365784A1 (pl) 2005-01-10
US20110306651A1 (en) 2011-12-15
JP2007111053A (ja) 2007-05-10
US8372968B2 (en) 2013-02-12
HUP0302557A2 (hu) 2003-10-28
JP4494392B2 (ja) 2010-06-30
US20110014123A1 (en) 2011-01-20
US7056704B2 (en) 2006-06-06
US20080269147A1 (en) 2008-10-30
JP2004526422A (ja) 2004-09-02
JP2010131031A (ja) 2010-06-17
EP1407044B1 (en) 2007-09-19
JP2009284915A (ja) 2009-12-10
EP1873259B1 (en) 2012-01-25
AU2002235744B8 (en) 2007-06-28
US20110112283A1 (en) 2011-05-12
US20170327822A1 (en) 2017-11-16
US20200299693A1 (en) 2020-09-24
US20070093445A1 (en) 2007-04-26
HK1139181A1 (en) 2010-09-10
KR20080069602A (ko) 2008-07-28
DK1407044T3 (da) 2008-01-28
NO335426B1 (no) 2014-12-15
US20110027883A1 (en) 2011-02-03
SI1407044T2 (en) 2018-03-30
US20050234006A1 (en) 2005-10-20
RU2322500C2 (ru) 2008-04-20
KR20040012686A (ko) 2004-02-11
US8362231B2 (en) 2013-01-29
CA2429814C (en) 2014-02-18
AU2007203385B2 (en) 2010-05-20
AU2010212438A2 (en) 2010-09-23
BR0115814A (pt) 2004-03-23
HK1110631A1 (en) 2008-07-18
HK1204798A1 (en) 2015-12-04
ATE373724T2 (de) 2007-10-15
TR200401292T3 (tr) 2004-07-21
PL218876B1 (pl) 2015-02-27
ES2215494T1 (es) 2004-10-16
RU2007131270A (ru) 2009-02-27
IL155991A0 (en) 2003-12-23
US20110065773A1 (en) 2011-03-17
NZ525888A (en) 2006-04-28
KR100909681B1 (ko) 2009-07-29
US20090155174A1 (en) 2009-06-18
ES2215494T3 (es) 2008-04-01
NO20032464L (no) 2003-07-21
DE60130583T3 (de) 2018-03-22
BRPI0115814B1 (pt) 2019-10-15
CZ308053B6 (cs) 2019-11-27
HU230458B1 (hu) 2016-07-28
ES2215494T5 (es) 2017-12-28
US8778902B2 (en) 2014-07-15
NO333713B1 (no) 2013-09-02
US10633656B2 (en) 2020-04-28
US20110070162A1 (en) 2011-03-24
EP1407044A2 (en) 2004-04-14
ES2728168T3 (es) 2019-10-22
US20150141492A1 (en) 2015-05-21
US8329463B2 (en) 2012-12-11
EP2348133B1 (en) 2014-07-16
US9567582B2 (en) 2017-02-14
US7078196B2 (en) 2006-07-18
PT1407044E (pt) 2008-01-02
US20050026278A1 (en) 2005-02-03
EP1873259A1 (en) 2008-01-02
CZ20031839A3 (cs) 2003-10-15
JP2015061534A (ja) 2015-04-02
US8895718B2 (en) 2014-11-25
AU2007203385A1 (en) 2007-08-09
US20040259247A1 (en) 2004-12-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP2348133B1 (en) RNA interference mediating small RNA molecules
EP2813582B1 (en) RNA interference mediating small RNA molecules
AU2013201799B2 (en) Rna interference mediating small rna molecules
CN101654673B (zh) 介导rna干涉的小rna分子
HK1244027A1 (en) Rna interference mediating small rna molecules
HK1204798B (en) Rna interference mediating small rna molecules
AU2002235744A1 (en) RNA interference mediating small RNA molecules
HK1160495A (en) Rna interference mediating small rna molecules
HK1110631B (en) Rna interference mediated by 21 and 22nt rnas
HK1139432A (en) Rna interference mediating small rna molecules

Legal Events

Date Code Title Description
MK4A Patent expired

Effective date: 20211129