JP2009536037A - 遺伝子発現を調節するための化合物および方法 - Google Patents

遺伝子発現を調節するための化合物および方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、長さ８〜１６モノマーの化学的に修飾された高親和性モノマーを含むような化合物を含めた、短鎖アンチセンス化合物を記載する。効力が増大し、かつ、治療指数が改善したこのような特定の短鎖アンチセンス化合物は、細胞、組織および動物における標的核酸および／またはタンパク質の減少に有用である。したがって、本明細書中には、インビボで標的ＲＮＡを減少させるために有用な、高親和性ヌクレオチド修飾を含む短鎖アンチセンス化合物が提供される。このような短鎖アンチセンス化合物は、以前に記載されたアンチセンス化合物よりも低い用量で有効であり、毒性と処置のコストの低下を可能にする。さらに、記載される短鎖アンチセンス化合物は、経口投薬により高い効力を有する。

Description

（配列表）
本願は、電子化された形式の配列表と共に出願されている。配列表は、２００７年５月７日に作成されたＣＯＲＥ００６１ＷＯ７ＳＥＱ．ｔｘｔという名前のファイルとして提供され、このファイルは、７００ｋｂのサイズである。配列表の電子化された形式での情報は、その全体が本明細書中に参考として援用される。
（背景）
疾患の原因となる遺伝子配列を標的化することは、４０年近く前に初めて示唆されており（非特許文献１）、そして、細胞培養におけるアンチセンスの活性が、その１０年後に実証された（非特許文献２）。疾患原因遺伝子から生じる疾患または状態の処置におけるアンチセンス技術の１つの利点は、特定の疾患原因遺伝子の発現を調節する能力を持つ直接的な遺伝学的アプローチであるということである。
概して、アンチセンス技術の背後にある原理は、アンチセンス化合物が、標的核酸にハイブリダイズし、そして、遺伝子発現の活性または機能（例えば、転写、翻訳またはスプライシング）の調節をもたらすということである。遺伝子発現の調節は、例えば、標的分解または占有（ｏｃｃｕｐａｎｃｙ）ベースの阻害によって達成され得る。分解によるＲＮＡ標的機能の調節の一例は、ＤＮＡ様アンチセンス化合物とハイブリッド形成した際の標的ＲＮＡのＲＮａｓｅ Ｈベースの分解である。標的分解による遺伝子発現の調節の別の例は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）である。ＲＮＡｉは、ｄｓＲＮＡの導入を伴うアンチセンス媒介性の遺伝子サイレンシングの一形態であり、標的化された内因性ｍＲＮＡの配列特異的な減少をもたらす。配列特異性は、アンチセンス化合物を、標的の確認および遺伝子の機能化のためのツールとして、ならびに、ヌクレアーゼを同定および特徴付けするための研究ツールとして、そして、種々の疾患のうちのいずれか１つの病因に関与する遺伝子の発現を選択的に調節するための治療薬として、非常に魅力的なものにする。
アンチセンス技術は、１以上の特定の遺伝子産物の発現を低下させるための有効な手段であり、それゆえに、多数の治療、診断および研究の用途において比類なく有用なものとなり得る。化学的に修飾されたヌクレオチドは、１以上の特性（例えば、ヌクレアーゼ抵抗性、薬物動態、または標的ＲＮＡに対する親和性）を高める目的で、アンチセンス化合物内に組み込むために慣用的に使用されている。
アンチセンス技術の発見以後、理解が拡がっているにもかかわらず、より効率が高く、毒性が低く、そしてコストが低いアンチセンス化合物に対する必要性は、満たされないままである。本開示まで、高親和性修飾は、インビボにおいて標的ＲＮＡを減少させるための短鎖アンチセンス化合物（ｓｈｏｒｔ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｃｏｍｐｏｕｎｄ）の設計において使用されてこなかった。これは、生きている系における標的を減少させるために使用される場合に、１５ヌクレオチド以下の配列が持つ標的特異性の程度に関する問題に起因する。以前の研究では、より高い特異性、したがってより高い効果を持つ可能性が、長さ１６核酸塩基（ｎｕｃｌｅｏｂａｓｅ）〜２０核酸塩基の間のアンチセンス化合物によって達成されたことが記載されている。
Ｂｅｌｉｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔ．Ｌｅｔｔ．，１９６７，３７，３５５７−３５６２ Ｚａｍｅｃｎｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１９７８，７５，２８０−２８４
本開示は、アンチセンス化合物に化学的に修飾された高親和性ヌクレオチドを組み込むことで、効果が高まり、そして、治療指数が改善された、動物内の標的ＲＮＡの減少において有用な長さ約８〜１６核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物を与えるということを記載する。したがって、本明細書において、インビボにおいて標的ＲＮＡを減少させるために有用な高親和性ヌクレオチド修飾を含む短鎖アンチセンス化合物が提供される。このような短鎖アンチセンス化合物は、以前に記載されたアンチセンス化合物よりも少ない用量で有効であり、処置の毒性およびコストの低下を可能とする。
（要旨）
本明細書において、短鎖アンチセンス化合物と、細胞および組織における標的ＲＮＡ発現を減少させるために上記化合物を使用する方法とが開示される。特定の実施形態では、本明細書において、動物における標的の発現を減少させる方法が提供され、この方法は、この動物にこのような標的の核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を投与する工程を包含する。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、オリゴヌクレオチド化合物である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが約８〜１６ヌクレオチド、好ましくは９〜１５ヌクレオチド、より好ましくは９〜１４ヌクレオチド、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドであり、そして、両側の末端にウィングが配置されたギャップ領域を含み、このウィングの各々は、独立して、１〜３のヌクレオチドから構成される。好ましいモチーフとしては、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、２−８−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１から選択されるウィング−デオキシギャップ−ウィングモチーフが挙げられるがこれらに限定されない。好ましい実施形態では、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの高親和性修飾を含む。さらなる実施形態では、高親和性修飾は、化学的に修飾された高親和性ヌクレオチドを含む。好ましい実施形態では、ウィングの各々は、独立して、１〜３の高親和性修飾されたヌクレオチドから構成される。一実施形態では、高親和性修飾されたヌクレオチドは、糖修飾ヌクレオチドである。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、より長いアンチセンス化合物と比較して、消化管内でより高い取り込みを示す。したがって、本明細書においてはまた、動物における標的を減少する方法が提供され、この方法は、本発明の短鎖アンチセンス化合物を経口投与する工程を包含する。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＡｐｏＢ、ＳＧＬＴ２、ＰＣＳＫ９、ＳＯＤ１、ＣＲＰ、ＧＣＣＲ、ＧＣＧＲ、ＤＧＡＴ２、ＰＴＰ１ＢおよびＰＴＥＮから選択されるタンパク質をコードする核酸に対して標的化される。
さらに、動物における代謝障害を処置する方法が提供され、この方法は、このような処置を必要とする動物に、グルコースの代謝もしくはクリアランス、脂質代謝、コレステロール代謝、または、インシュリンのシグナル伝達の調節に関与する核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を投与する工程を包含する。
また、動物において、インシュリン感受性を増大させるか、血中グルコースを低下させるか、または、ＨｂＡ１ｃを低下させる方法が提供され、これらの方法は、上記動物に、グルコースの代謝もしくはクリアランス、脂質代謝、コレステロール代謝、または、インシュリンのシグナル伝達の調節に関与する標的をコードする核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を投与する工程を包含する。
さらに、動物において全血清コレステロール、血清ＬＤＬ、血清ＶＬＤＬ、血清ＨＤＬ、血清トリグリセリド、血清アポリポタンパク質（ａ）、または遊離脂肪酸を減少させる方法が提供され、この方法は、上記動物に、グルコースの代謝もしくはクリアランス、脂質代謝、コレステロール代謝、または、インシュリンのシグナル伝達の調節に関与する標的をコードする核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を投与する工程を包含し、上記短鎖アンチセンス化合物は、長さ８〜１６ヌクレオチドであり、そして、両側の末端の各々にウィングが配置されたギャップ領域を含み、このウィングの各々は、独立して、１〜３の高親和性修飾ヌクレオチドから構成される。
グルコースの代謝もしくはクリアランス、脂質代謝、コレステロール代謝、またはインシュリンのシグナル伝達の調節に関与する特定の標的としては、ＧＣＧＲおよびＡｐｏＢ−１００が挙げられるがこれらに限定される。したがって、ＧＣＧＲおよびＡｐｏＢ−１００をコードする核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物、動物における前記標的および／または標的核酸の発現を減少させる方法が提供される。さらに、代謝または心臓血管の疾患または状態の処置のための、ＧＣＧＲおよびＡｐｏＢ−１００をコードする核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物の使用が提供される。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物はさらに、共役基（ｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｇｒｏｕｐ）を含む。共役基としては、Ｃ１６およびコレステロール（Ｃ１６ ａｎｄ ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ）が挙げられるがこれらに限定されない。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、少なくとも１つの修飾された核酸塩基、ヌクレオシド間結合または糖部分を含む。特定の実施形態では、このような修飾されたヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、少なくとも１つの高親和性修飾を含む。特定のこのような実施形態では、高親和性修飾は、化学的に修飾された高親和性ヌクレオチドである。特定の実施形態では、化学的に修飾された高親和性ヌクレオチドは、糖修飾ヌクレオチドである。特定の実施形態では、少なくとも１つの糖修飾ヌクレオチドは、糖の４’位と２’位との間に架橋を含む。糖修飾ヌクレオチドの各々は、独立して、β−Ｄまたはα−Ｌの糖立体配座をとる。特定の実施形態では、上記高親和性修飾ヌクレオチドの各々は、１ヌクレオチドあたり少なくとも１〜４℃のＴｍを与える。特定の実施形態では、上記糖修飾ヌクレオチドの各々は、ＨまたはＯＨ以外の２’−置換基を含む。このような糖修飾ヌクレオチドとしては、４’から２’へと架橋された二環式糖部分を有するものが挙げられる。特定の実施形態では、２’−置換基の各々は、独立して、アルコキシ、置換アルコキシ、またはハロゲンである。特定の実施形態では、２’−置換基の各々は、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３（２’−ＭＯＥ）である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、糖の４’位と２’位との間に架橋を含む１以上の糖修飾ヌクレオチドを有し、上記架橋の各々は、独立して、２〜４の結合した基を含み、該結合した基は、独立して、−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｃ（Ｒ２）−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲ１）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒ１）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−および−Ｎ（Ｒ１）−から選択され；
ここで
ｘは０、１または２であり；
ｎは１、２、３または４であり；
Ｒ１およびＲ２の各々は、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、複素環式基、置換複素環式基、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、置換Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり；そして
Ｊ１およびＪ２の各々は、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環式基、置換複素環式基、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
一局面では、上記架橋の各々が、独立して、−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（Ｒ１Ｒ２）−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−または−Ｃ（Ｒ１Ｒ２）−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−である。別の局面では、上記架橋の各々が、独立して、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−２’および４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−２’−であり、ここで、Ｒ１の各々が、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１〜Ｃ１２アルキルである。
特定の実施形態では、本明細書において、動物における疾患状態に関連する標的および／または標的ＲＮＡを減少させるのに有用な短鎖アンチセンス化合物が提供される。特定の実施形態では、動物における標的ＲＮＡの発現を減少させるために短鎖アンチセンス化合物を用いる方法が提供される。特定の実施形態では、本明細書において、動物における代謝障害の処置のための医薬の調製における短鎖アンチセンス化合物の使用が提供される。特定の実施形態において、本明細書において、動物において、インシュリン感受性を増大させるか、血中グルコースを低下させるか、または、ＨｂＡ１ｃを低下させるための医薬の調製における短鎖アンチセンス化合物の使用が提供される。また、動物において全血清コレステロール、血清ＬＤＬ、血清ＶＬＤＬ、血清ＨＤＬ、血清トリグリセリド、血清アポリポタンパク質（ａ）、または遊離脂肪酸を減少させるための医薬の調製における短鎖アンチセンス化合物の使用が提供される。
特定の実施形態では、本明細書中に提供される短鎖アンチセンス化合物は、長さ少なくとも２０ヌクレオチドのより長い親アンチセンスオリゴヌクレオチド（ｐａｒｅｎｔ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）と比較して、標的ＲＮＡノックダウンに関して、同等かもしくは増強された効力を示す。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、親アンチセンスオリゴヌクレオチドと比較して、より速い作用（標的ＲＮＡの減少）の開始を示す。特定の実施形態では、効力は腎臓において増強される。特定の実施形態では、標的ＲＮＡは、目立って腎臓において発現される。特定の実施形態では、効力は肝臓において増強される。特定の実施形態では、標的ＲＮＡは、目立って肝臓において発現される。
（詳細な説明）
上述の一般的な説明と以下の詳細な説明とは共に、特許請求される本発明を単に例示および説明するのみであり、本発明を制限するものではないことが理解されるべきである。本明細書において、単数形の使用は、具体的にそうでないと示されない限り、複数形を含む。本明細書中で使用される場合、「または」の使用は、そうでないと示されない限り、「および／または」を意味する。さらに、用語「含んでいる」、ならびに「含む」および「含んだ」のような他の形態の使用は、限定的ではない。また、「要素」または「成分」のような用語は、具体的にそうでないと示されない限り、１つのユニットを含む要素および成分と、１より多いサブユニットを含む要素および成分と、の両方を包含する。
本明細書中で使用される節のタイトルは、組織化の目的のためのみのものであり、記載される主題を限定するものとしてみなされるべきでない。本願において引用される全ての文書または文書の一部（特許、特許出願、論文、書籍および専門書を含むがこれらに限定されない）は、あらゆる目的のために、その全体が本明細書により明白に参考として援用される。米国特許出願第１０／７１２，７９５号および同第１０／２００，７１０号は、あらゆる目的のために、その全体が本明細書により明白に参考として援用される。
Ａ．定義
特定の定義が提供されない限り、本明細書中に記載される、分析化学、合成有機化学、ならびに、医薬品化学および薬化学の手順および技術に関連して利用される用語は、当該分野で周知でありかつ一般に使用される用語である。標準的な技術が、化学合成、化学分析、薬の調製、処方および送達、ならびに、被験体の処置のために使用され得る。特定のこのような技術および手順は、例えば、「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ」（ＳａｎｇｖｉおよびＣｏｏｋ編、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｙ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｄ．Ｃ．，１９９４）および「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ」（Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．，第１８版、１９９０）；ならびに、あらゆる目的のために本明細書により参考として援用されるものに見られ得る。可能な場合、本明細書中の開示全体にわたって参照される、全ての特許、出願、出願公開、および他の刊行物、ならびに、ＧｅｎＢａｎｋおよび他のデータベースからの配列は、その全体が参考として援用される。
そうでないと示されない限り、以下の用語は、以下の意味を有する：
本明細書中で使用される場合、用語「ヌクレオシド」は、核酸塩基および糖を含むグリコシルアミンを意味する。ヌクレオシドとしては、天然に存在するヌクレオシド、無塩基ヌクレオシド、修飾ヌクレオシド、ならびに、擬似塩基および／または糖基を有するヌクレオシドが挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「ヌクレオチド」は、核酸塩基と、糖にリン酸基が共有結合された糖とを含むグリコソミン（ｇｌｙｃｏｓｏｍｉｎｅ）を指す。ヌクレオチドは、任意の種々の置換基で修飾され得る。
本明細書中で使用される場合、用語「核酸塩基」は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドの塩基部分を指す。核酸塩基は、別の核酸の塩基に水素結合し得る任意の原子または原子の基を含み得る。
本明細書中で使用される場合、用語「複素環式塩基部分」は、複素環を含む核酸塩基を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「デオキシリボヌクレオチド」は、ヌクレオチドの糖部分の２’位に水素を有するヌクレオチドを意味する。デオキシリボヌクレオチドは任意の種々の置換基で修飾され得る。
本明細書中で使用される場合、用語「リボヌクレオチド」は、ヌクレオチドの糖部分の２’位にヒドロキシを有するヌクレオチドを意味する。リボヌクレオチドは、任意の種々の置換基で修飾され得る。
本明細書中で使用される場合、用語「オリゴマー性化合物」は、２以上の部分構造を含み、核酸分子の一領域に対してハイブリダイズし得るポリマー性構造を指す。特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、オリゴヌクレオシドである。特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、短鎖アンチセンス化合物である。特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、キメラオリゴヌクレオチドである。
本明細書中で使用される場合、用語「モノマー」は、オリゴマーの単一のユニットを指す。モノマーとしては、天然に存在するものであれ、修飾されたものであれ、ヌクレオシドおよびヌクレオチドが挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、「オリゴヌクレオシド」は、ヌクレオシド間結合がリン原子を含まないオリゴヌクレオチドを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「オリゴヌクレオチド」は、複数の結合したヌクレオチドを含むオリゴマー性化合物を指す。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの１以上のヌクレオチドが修飾される。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、リボ核酸（ＲＮＡ）およびデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を含む。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、天然に存在する核酸塩基および／または天然に存在しない核酸塩基、糖、ならびに、ヌクレオチド間の共有結合から構成され、そして、さらに、非核酸共役を含み得る。
本明細書中で使用される場合、「ヌクレオチド間結合」は、隣接ヌクレオチド間の共有結合を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「モノマー性結合」は、２つのモノマー間の共有結合を指す。モノマー性結合としては、ヌクレオチド間結合およびヌクレオシド間結合が挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、「天然に存在するヌクレオチド間結合」は、３’から５’のホスホジエステル結合を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「アンチセンス化合物」は、標的核酸分子に対し少なくとも部分的に相補的なオリゴマー性化合物を指し、この標的核酸分子に、そのアンチセンス化合物がハイブリッド形成する。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、標的核酸の発現を調節（増加または減少）する。アンチセンス化合物としては、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチドアナログ、オリゴヌクレオチド模倣物およびこれらのキメラ混合物である化合物が挙げられるがこれらに限定されない。論理的に、全てのアンチセンス化合物はオリゴマー性化合物であるが、全てのオリゴマー性化合物がアンチセンス化合物であるわけではない。
本明細書中で使用される場合、用語「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、オリゴヌクレオチドであるアンチセンス化合物を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「親アンチセンスオリゴヌクレオチド（ｐａｒｅｎｔ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）」は、デオキシギャップ領域を有し、かつ、対応する短鎖アンチセンス化合物（この短鎖アンチセンス化合物の親となる）の配列を含む長さ２０ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドであって、このデオキシギャップ領域が、両端に第１のウィング領域および第２のウィング領域を配置された１０の２’−デオキシリボヌクレオチドを有し、このウィング領域の各々は、５の２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）リボヌクレオチドを有するもの（５−１０−５ ＭＯＥ ギャップマー）を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「短鎖アンチセンス化合物」は、長さ約８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６モノマーのアンチセンス化合物を指す。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、少なくとも１つの高親和性修飾を有する。
本明細書中で使用される場合、用語「短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、長さ約８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６ヌクレオチドのアンチセンスオリゴヌクレオチドを指す。特定の実施形態では、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの高親和性修飾を有する。
本明細書中で使用される場合、用語「短鎖ギャップマー（ｓｈｏｒｔギャップマー）」は、各々が独立して１〜３のヌクレオチドである第１のウィング領域および第２のウィング領域と、長さ２〜１４核酸塩基のギャップ領域とを有する、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「モチーフ」は、短鎖アンチセンス化合物内の非修飾ヌクレオチドおよび修飾ヌクレオチドのパターンを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「キメラアンチセンスオリゴマー」は、同じアンチセンスオリゴマー性化合物内の少なくとも１つの（ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎ）他の糖、核酸塩基またはヌクレオシド間結合におけるものと比べて異なるように修飾された、少なくとも１つの糖、核酸塩基、またはヌクレオシド間結合を有するアンチセンスオリゴマー性化合物を指す。糖、核酸塩基およびヌクレオシド間結合の残りは、独立して、修飾されていても修飾されていなくても、同じであっても異なっていてもよい。
本明細書中で使用される場合、用語「キメラアンチセンスオリゴヌクレオチド」は、同じアンチセンスオリゴヌクレオチド内の少なくとも１つの（ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎ）他の糖、核酸塩基またはヌクレオシド間結合におけるものと比べて異なるように修飾された、少なくとも１つの糖、核酸塩基、またはヌクレオシド間結合を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドを指す。糖、核酸塩基およびヌクレオシド間結合の残りは、独立して、修飾されていても修飾されていなくても、同じであっても異なっていてもよい。
本明細書中で使用される場合、用語「混合型バックボーン（ｍｉｘｅｄ−ｂａｃｋｂｏｎｅ）アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、そのアンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの他のヌクレオシド間結合と異なっているアンチセンスオリゴヌクレオチドを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「標的」は、その調節が望ましいとされるタンパク質を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「標的遺伝子」は、標的をコードする遺伝子を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「標的核酸」および「標的をコードする核酸分子」は、その発現または活性がアンチセンス化合物により調節され得る、任意の核酸分子を指す。標的核酸としては、標的をコードするＤＮＡから転写されたＲＮＡ（プレｍＲＮＡおよびｍＲＮＡまたはその一部分が挙げられるがこれらに限定されない）、そしてまた、このようなＲＮＡから誘導されるｃＤＮＡおよびｍｉＲＮＡが挙げられるがこれらに限定されない。例えば、標的核酸は、その発現が特定の障害または疾患状態と関連している細胞内遺伝子（またはその遺伝子から転写されたｍＲＮＡ）、または、感染性因子に由来する核酸分子であり得る。
本明細書中で使用される場合、用語「標的とする」または「〜に対して標的化された」は、特定の標的核酸分子、または、標的核酸分子内のヌクレオチドの特定の領域に対する、アンチセンス化合物の会合を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「５’標的部位」は、特定のアンチセンス化合物の最も５’側のヌクレオチドに対して相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「３’標的部位」は、特定のアンチセンス化合物の最も３’側のヌクレオチドに対して相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「標的領域」は、標的核酸分子の一部分であって、その部分に対して１以上のアンチセンス化合物が相補的となる部分を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「標的セグメント」は、標的核酸内の一領域のより小さい部分、または下位区分の部分を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「核酸塩基の相補性」は、別の核酸塩基と塩基対形成し得る核酸塩基を指す。例えば、ＤＮＡにおいて、アデニン（Ａ）はチミン（Ｔ）に対して相補的である。例えば、ＲＮＡにおいて、アデニン（Ａ）はウラシル（Ｕ）に対して相補的である。特定の実施形態では、相補的な核酸塩基は、その標的核酸の核酸塩基と塩基対形成し得る、アンチセンス化合物の核酸塩基を指す。例えば、アンチセンス化合物の特定の位置における核酸塩基が、標的核酸の特定の位置における核酸塩基と水素結合し得る場合、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の水素結合の位置は、その核酸塩基対において相補的であるとみなされる。
本明細書中で使用される場合、用語「非相補性核酸塩基」は、互いに水素結合を形成しないか、または、他の方法でハイブリッド形成を支持する、核酸塩基の対を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「相補性」は、核酸塩基の相補性により別のオリゴマー性化合物または核酸とハイブリッド形成するオリゴマー性化合物の能力を指す。特定の実施形態では、アンチセンス化合物およびその標的は、各分子中の十分な数の対応する位置が互いに結合し得る核酸塩基により占有されていて、アンチセンス化合物と標的との間で安定に会合することを可能にする場合に、互いに相補的となる。当業者は、オリゴマー性化合物がその会合に残る能力を排除することなく、ミスマッチを含めることが可能となることを認識する。したがって、本明細書中において、ミスマッチである（すなわち、標的の対応するヌクレオチドに対して相補的な核酸塩基ではない）約２０％までのヌクレオチドを含み得るアンチセンス化合物が記載される。好ましくは、アンチセンス化合物は、約１５％以下、より好ましくは約１０％以下、最も好ましくは５％以下のミスマッチを含むか、または、ミスマッチを含まない。残りのヌクレオチドは、相補的な核酸塩基、または、他の方法でハイブリッド形成を分断しない核酸塩基（例えば、ユニバーサル塩基）である。当業者は、本明細書中に提供される化合物が、標的核酸に対して、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的であることを認識する。
本明細書中で使用される場合、用語「ミスマッチ」は、相補的なオリゴマー性化合物内の非相補的な核酸塩基を指す。
本明細書中で使用される場合、「ハイブリッド形成（ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）」は、相補的なオリゴマー性化合物（例えば、アンチセンス化合物とその標的核酸）の対形成を意味する。特定の機構に制限されないが、対形成の最も一般的な機構は、相補的なヌクレオシドまたはヌクレオチド塩基（核酸塩基）間の水素結合（Ｗａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ、Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎまたは逆Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎ水素結合であり得る）を伴う。例えば、天然の塩基アデニンは、天然の核酸塩基チミジンおよびウラシルに対して相補的な核酸塩基であり、水素結合の形成により対形成する。天然の塩基グアニンは、天然の塩基シトシンおよび５−メチルシトシンに対して相補的な核酸塩基である。ハイブリッド形成は、種々の状況下で起こり得る。
本明細書中で使用される場合、用語「特異的にハイブリッド形成する」は、別の核酸部位にハイブリッド形成するよりも高い親和性で、ある核酸部位に対してハイブリッド形成するオリゴマー性化合物の能力を指す。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１より多くの標的部位に対して特異的にハイブリッド形成する。
本明細書中で使用される場合、「設計する」または「設計された」とは、選択された核酸分子と特異的にハイブリッド形成するオリゴマー性化合物を設計するプロセスを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「調節（ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ）」は、調節前の機能または活性のレベルと比較した場合の、機能または活性の摂動（ｐｅｒｔｕｒｂａｔｉｏｎ）を指す。例えば、調節は、遺伝子発現の増加（刺激または誘導）または低下（阻害または減少）のいずれかの変化を含む。さらなる例として、発現の調節は、プレｍＲＮＡのプロセシングにおけるスプライシング部位の選択を混乱させることを含み得る。
本明細書中で使用される場合、用語「発現」は、遺伝子がコードする情報が細胞中に存在し、そして作動している構造に変換される、あらゆる機能および段階を指す。このような構造としては、転写および翻訳の生成物が挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、「改変体」は、ＤＮＡの同じゲノム領域から生成され得る、選択的なＲＮＡ転写体を指す。改変体としては、同じゲノムＤＮＡから生成された転写体（その開始位置または終止位置のいずれかにおいて同じゲノムＤＮＡから生成された他の転写物とは異なる）であり、そして、イントロン配列およびエキソン配列の両方を含む、「プレｍＲＮＡ改変体」が挙げられるがこれらに限定されない。改変体としてはまた、選択的スプライシング接合部、または選択的な開始コドンおよび終止コドンを持つものが挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、「高親和性修飾モノマー」は、修飾により、高親和性修飾モノマーを含むアンチセンス化合物のその標的核酸に対する親和性が増大されるように、天然に存在するモノマーと比較して少なくとも１つの修飾された核酸塩基、ヌクレオシド間結合または糖部分を有するモノマーを指す。高親和性修飾としては、２’−修飾された糖を含むモノマー（例えば、ヌクレオシドおよびヌクレオチド）が挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「２’−修飾」または「２’−置換」は、２’位置にＨまたはＯＨ以外の置換基を含む糖を意味する。２’−修飾モノマーとしては、２’置換基（例えば、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）またはＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択され、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々が、独立して、Ｈ、または置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）を持つＢＮＡおよびモノマー（例えば、ヌクレオシドおよびヌクレオチド）が挙げられるがこれらに限定されない。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、式２’−Ｏ（ＣＨ２）ｎＨ（ここで、ｎは１〜６である）を有さない２’修飾モノマーを含む。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物、式２’−ＯＣＨ３を有さない２’修飾モノマーを含む。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、式または代替として、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３を有さない２’修飾モノマーを含む。
本明細書中で使用される場合、用語「二環式核酸」または「ＢＮＡ」または「二環式ヌクレオシド」または「二環式ヌクレオチド」は、ヌクレオシドのフラノース部分が、フラノース環上の２個の炭素原子をつなぐ架橋を含み、それにより、二環式環系を形成するヌクレオシドまたはヌクレオチドを指す。
本明細書中で使用される場合、そうでないと示されない限り、用語「メチレンオキシＢＮＡ」は単独で、β−Ｄ−メチレンオキシＢＮＡを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「ＭＯＥ」は、２’−メトキシエチル置換基を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「ギャップマー」は、中央領域（「ギャップ」）と、中央領域のいずれかの側にある領域（「ウィング」）とを含むキメラオリゴマー性化合物を指し、ここで、ギャップは、各ウィングの修飾とは異なる少なくとも１つの修飾を含む。このような修飾としては、核酸塩基、モノマー性結合、および糖修飾、ならびに、修飾なし（非修飾）が挙げられる。したがって、特定の実施形態では、ウィングの各々におけるヌクレオチド結合は、ギャップにおけるヌクレオチド結合と異なる。特定の実施形態では、ウィングの各々は、高親和性修飾されたヌクレオチドを含み、そして、ギャップは、その修飾を含まないヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、ギャップ内のヌクレオチドおよびウィング内のヌクレオチドは全て、高親和性修飾を含むが、ギャップ内の高親和性修飾は、ウィング内の高親和性修飾とは異なる。特定の実施形態では、ウィング内の修飾は互いに同じである。特定の実施形態では、ウィング内の修飾は互いに異なる。特定の実施形態では、ギャップ内のヌクレオチドは修飾されず、そして、ウィング内のヌクレオチドは修飾される。特定の実施形態では、各ウィング内の修飾は同じである。特定の実施形態では、一方のウィングにおける修飾は、もう一方のウィングにおける修飾とは異なる。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ギャップ内に２’−デオキシヌクレオチドを有し、そして、ウィング内に高親和性修飾されたヌクレオチドを有するギャップマーである。
本明細書中で使用される場合、用語「プロドラッグ」は、内因性の酵素または他の化学物質および／もしくは状態の作用により、身体またはその細胞内で活性な形態（すなわち、薬物）へと変換される、不活性な形態で調製された治療剤を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「薬学的に受容可能な塩」は、活性な化合物の所望の生物学的活性を保持し、その活性な化合物に対して所望されない毒性学上の影響を与えない、活性な化合物の塩を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「キャップ構造」または「末端キャップ部分」は、アンチセンス化合物のいずれかの末端に組み込まれた化学的修飾を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「予防」は、状態または疾患の発病または発症を、数時間から数日、好ましくは、数週間から数ヶ月の期間にわたり遅延または未然に防ぐことを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「改善」は、状態または疾患の重篤度の少なくとも１つの指標を軽減することを指す。指標の重篤度は、当業者に公知の主観的尺度または客観的尺度によって決定され得る。
本明細書中で使用される場合、用語「処置」は、本発明の組成物を投与して、疾患または状態の変更または改善を達成することを指す。予防、改善および／または処置は、疾患もしくは状態の経過を変更するために、一定間隔で、または、その疾患もしくは状態の発病前に、複数用量の投与を必要とし得る。さらに、単一の薬剤が、状態または疾患の予防、改善および処置の各々のために、連続して、または、同時に、単一の個体において使用され得る。
本明細書中で使用される場合、用語「薬学的因子（ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ａｇｅｎｔ）」は、被験体に投与したときに治療上の利益を提供する物質を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「治療上有効な量」は、薬学的因子の、動物に治療上の利益を提供する量を指す。
本明細書中で使用される場合、「投与すること」は、動物に薬学的因子を提供することを意味し、医療の専門家による投与および自分での投与が挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「同時投与」は、２以上の薬学的因子を動物に投与することを指す。２以上の薬学的因子は、単一の薬学的組成物中にあっても、別々の薬学的組成物中にあってもよい。２以上の薬学的因子の各々は、同じ投与経路または異なる投与経路により投与され得る。同時投与は、平行した投与または連続的な投与を包含する。
本明細書中で使用される場合、用語「薬学的組成物」は、個体への投与に適した物質の混合物を指す。例えば、薬学的組成物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドおよび滅菌水溶液を含有し得る。
本明細書中で使用される場合、用語「個体」は、処置または治療のために選択されたヒトまたは非ヒト動物を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「動物」は、ヒトまたは非ヒト動物を指し、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタおよび非ヒト霊長類（サルおよびチンパンジーを含むがこれらに限定されない）が挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「被験体」は、薬学的組成物が投与される動物を指し、ヒトを含むがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「持続期間」は、活性または事象が継続する期間を指す。特定の実施形態では、処置の持続期間は、薬学的因子の用量が投与される期間である。
本明細書中で使用される場合、用語「非経口投与」は、注射または注入による投与を指す。非経口投与としては、皮下投与、静脈内投与または筋肉内投与が挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「皮下投与」は、皮膚の直ぐ下への投与を指す。「静脈内投与」は、静脈内への投与を意味する。
本明細書中で使用される場合、用語「用量」は、単回の投与において提供される薬学的因子の特定の量を指す。特定の実施形態では、用量は、２以上のボーラス、錠剤または注射で投与され得る。例えば、皮下投与が望ましい特定の実施形態では、所望される用量は、単回の注射により容易には供給されない容量を必要とする。このような実施形態では、所望される用量を達成するために２回以上の注射が使用され得る。特定の実施形態では、用量は、個体内での注射部位の反応を最小限にするために、２回以上の注射で投与され得る。
本明細書中で使用される場合、用語「投薬単位」は、薬学的因子が提供される形態を指す。特定の実施形態では、投薬単位は、凍結乾燥したアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むバイアルである。特定の実施形態では、投薬単位は、再構成されたアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むバイアルである。
本明細書中で使用される場合、用語「薬学的因子」は、個体に投与されたときに治療上の利益を提供する物質を指す。例えば、特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは薬学的因子である。
本明細書中で使用される場合、用語「活性な薬学的成分」は、所望の作用を提供する薬学的組成物中の物質を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「治療上有効な量」は、薬学的因子の、個体に治療上の利益を提供する量を指す。特定の実施形態では、アンチセンス化合物の治療上有効な量は、観察可能な利益をもたらすために投与されることを必要とする量である。
本明細書中で使用される場合、用語「高コレステロール血症」は、血清コレステロールの上昇により特徴付けられる状態を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「高脂血症」は、血清脂質の上昇により特徴付けられる状態を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「高トリグリセリド血症」は、トリグリセリドレベルの上昇により特徴付けられる状態を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「非家族性高コレステロール血症」は、単一の遺伝子変異の遺伝の結果ではない、コレステロールの上昇により特徴付けられる状態を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「多遺伝子性高コレステロール血症」は、種々の遺伝的要因の影響から生じるコレステロールの上昇により特徴付けられる状態を指す。特定の実施形態では、多遺伝子性高コレステロール血症は、脂質の食事による摂取によって悪化され得る。
本明細書中で使用される場合、用語「家族性高コレステロール血症（ＦＨ）」は、ＬＤＬ−レセプター（ＬＤＬ−Ｒ）遺伝子における変異、ＬＤＬ−Ｃの顕著な増加、およびアテローム製動脈硬化症の早まった発病によって特徴付けられる、常染色体優性の代謝障害を指す。家族性高コレステロール血症の診断は、個体が以下の基準のうち１以上を満たす場合になされる：遺伝子検査が２つの変異ＬＤＬ−レセプター遺伝子を確認する；遺伝子検査が、１つの変異ＬＤＬ−レセプター遺伝子を確認する；５００ｍｇ／ｄＬを上回る未処理血清ＬＤＬ−コレステロールの記録歴；１０歳より前の腱および／もしくは皮膚の黄色腫；または、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症と両立する脂質低下治療の前に、両親が血清ＬＤＬ−コレステロールの上昇を記録されている。
本明細書中で使用される場合、用語「ホモ接合性家族性高コレステロール血症」または「ＨｏＦＨ」は、母性および父性の両方のＬＤＬ−Ｒ遺伝子における変異によって特徴付けられる状態を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症」または「ＨｅＦＨ」は、母性または父性のいずれかのＬＤＬ−Ｒ遺伝子における変異によって特徴付けられる状態を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「混合型脂質異常症」は、血清コレステロールの上昇および血清トリグリセリドの上昇によって特徴付けられる状態を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「糖尿病性脂質異常症」または「脂質異常症を伴うＩＩ型糖尿病」は、ＩＩ型糖尿病、ＨＤＬ−Ｃの減少、血清トリグリセリドの上昇、および低密度ＬＤＬ粒子（ｓｍａｌｌ ｄｅｎｓｅ ＬＤＬ ｐａｒｔｉｃｌｅ）の増大によって特徴付けられる状態を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「ＣＨＤのリスク等価物（ｒｉｓｋ ｅｑｕｉｖａｌｅｎｔ）」は、冠動脈心疾患の高いリスクを与える、臨床上のアテローム性動脈硬化疾患の指標を指す。例えば、特定の実施形態では、ＣＨＤのリスク等価物としては、臨床上の冠動脈心疾患、症候性頚動脈疾患、末梢動脈疾患、および／または、腹部大動脈瘤が挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「非アルコール性脂肪肝病（ＮＡＦＬＤ）」は、過度のアルコールの使用（例えば、２０ｇ／日を超えるアルコール消費）に起因しない、肝臓の脂肪性炎症により特徴付けられる状態を指す。特定の実施形態では、ＮＡＦＬＤは、インシュリン抵抗性およびメタボリック症候群に関連する。
本明細書中で使用される場合、用語「非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）」は、過度のアルコールの使用に起因しない、肝臓における脂肪および線維性組織の炎症および蓄積によって特徴付けられる状態を指す。ＮＡＳＨは、ＮＡＦＬＤの最終形態である。
本明細書中で使用される場合、用語「主要危険因子」は、特定の疾患または状態に対する高いリスクに寄与する因子を指す。特定の実施形態では、冠動脈心疾患に対する主要危険因子としては、喫煙、高血圧、低ＨＤＬ−Ｃ、冠動脈心疾患の家族暦および年齢が挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「ＣＨＤ危険因子」は、ＣＨＤのリスク等価物および主要危険因子を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「冠動脈心疾患（ＣＨＤ）」は、心臓に血液および酸素を供給する細い血管の狭窄を指し、これは、しばしば、アテローム性動脈硬化症の結果である。
本明細書中で使用される場合、用語「冠動脈心疾患リスクの低下」は、個体が冠動脈心疾患を発症する可能性の低下を指す。特定の実施形態では、冠動脈心疾患リスクの低下は、１以上のＣＨＤ危険因子における改善（例えば、ＬＤＬ−Ｃレベルの低下）により判定される。
本明細書中で使用される場合、用語「アテローム性動脈硬化症」は、大きなサイズおよび中程度のサイズの動脈に影響を与える、動脈の硬化を指し、そして、脂肪の沈着の存在によって特徴付けられる。脂肪の沈着は、「アテローム」または「プラーク」と呼ばれ、主に、コレステロール、ならびに他の脂肪、カルシウムおよび瘢痕組織から構成され、動脈の内層に損傷を与える。
本明細書中で使用される場合、用語「冠動脈心疾患の病歴」は、個体または個体の家族メンバーの病歴における、臨床的に明間冠動脈心疾患の存在を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「冠動脈心疾患の早期発病」は、５０歳より前の冠動脈心疾患の診断を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「スタチン不耐性の個体」は、スタチン療法の結果として、クレアチンキナーゼの増加、肝機能検査の異常、筋肉痛、または、中枢神経系の副作用のうち１つ以上を経験する個体を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「効能（ｅｆｆｉｃａｃｙ）」は、所望の作用を生み出す能力を指す。例えば、脂質低下治療の効能は、ＬＤＬ−Ｃ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、ＡｐｏＢ、リポタンパク質（ａ）またはトリグリセリドのうち１以上の濃度における減少であり得る。
本明細書中で使用される場合、用語「受容可能な安全性プロフィール」は、臨床上受容可能な限界である、副作用のパターンを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「副作用」は、所望の作用以外の、処置に起因すると考えられる生理学的応答を指す。特定の実施形態では、副作用としては、注射部位の反応、肝機能検査の異常、腎機能の異常、肝毒性、腎毒性、中枢神経系の異常、およびミオパシーが挙げられるがこれらに限定されない。例えば、血清中のアミノトランスフェラーゼレベルの上昇は、肝毒性または肝機能の異常を示し得る。例えば、ビリルビンの上昇は、肝毒性または肝機能の異常を示し得る。
本明細書中で使用される場合、用語「注射部位の反応」は、個体内の注射部位における、皮膚の炎症または異常な赤みを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「個体のコンプライアンス」は、推奨または予測される治療に対する、個体による忠実さを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「脂質低下治療（ｌｉｐｉｄ−ｌｏｗｅｒｉｎｇ ｔｈｅｒａｐｙ）」は、個体において１以上の脂質を低下させるために、個体に提供される治療レジメンを指す。特定の実施形態では、脂質低下治療は、個体における、ＡｐｏＢ、総コレステロール、ＬＤＬ−Ｃ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、トリグリセリド、低密度ＬＤＬ粒子、およびＬｐ（ａ）のうちの１以上を低下させるために提供される。
本明細書中で使用される場合、用語「脂質低下因子」は、個体における脂質の低下を達成するために個体に対して提供される薬学的因子を指す。例えば、特定の実施形態では脂質低下因子は、ＡｐｏＢ、ＬＤＬ−Ｃ、総コレステロールおよびトリグリセリドのうち１以上を低下させるために個体に対して提供される。
本明細書中で使用される場合、用語「ＬＤＬ−Ｃの目標」は、脂質低下治療の後に所望されるＬＤＬ−Ｃのレベルを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「従う（ｃｏｍｐｌｙ）」は、推奨される治療に対する、個体による忠実さを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「推奨される治療は」、疾患の処置、改善、または予防のために医療の専門家により推奨される治療レジメンを指す。
本明細書中で使用される場合、用語「低ＬＤＬ−レセプター活性」は、血流中のＬＤＬ−Ｃの臨床上受容可能なレベルを維持するには十分に高くないＬＤＬ−レセプター活性を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「心血管の結果（ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ ｏｕｔｃｏｍｅ）」は、主要な心血管の不都合な事象の存在を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「心血管の結果の改善（ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ ｏｕｔｃｏｍｅ）」は、主要な心血管の不都合な事象の存在、またはそのリスクの減少を指す。主要な心血管の不都合な事象の例としては、死、再梗塞、脳卒中、心原性ショック、肺浮腫、心停止および心房性不整脈が挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「心血管の結果の代理マーカー」は、心血管事象またはそのリスクの間接的な指標を指す。例えば、心血管の結果の代理マーカーとしては、頚動脈内膜中膜の厚み（ｉｎｔｉｍａｌ ｍｅｄｉａ ｔｈｉｃｋｎｅｓｓ）（ＣＩＭＴ）が挙げられる。心血管の結果の代理マーカーの別の例としては、アテロームのサイズが挙げられる。アテロームのサイズは、脈管内超音波（ＩＶＵＳ）により決定され得る。
本明細書中で使用される場合、用語「ＨＤＬ−Ｃの増加」は、個体における血清ＨＤＬ−Ｃの経時的な増加を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「脂質低下」は、個体における１以上の血清脂質の経時的な減少を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「代謝障害」は、代謝機能の変更または逸脱によって特徴付けられる状態を指す。「代謝性」および「代謝」は、当該分野で周知の用語であり、一般に、生きている生物内で生じる生化学的プロセスの全範囲を包含する。代謝障害としては、高血糖、糖尿病前症、糖尿病（Ｉ型およびＩＩ型）、肥満、インシュリン抵抗性およびメタボリック症候群が挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「メタボリック症候群」は、代謝起源の脂質および非脂質性の心血管危険因子のクラスターを指す。メタボリック症候群は、インシュリン抵抗性として知られる一般化された代謝障害と密接に関連している。Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ｐｒｏｇｒａｍ（ＮＣＥＰ）Ａｄｕｌｔ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ Ｐａｎｅｌ ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）は、５つ中３以上のリスク決定要素が存在する場合の、メタボリック症候群の診断についての基準を確立した。５つのリスク決定要素は、男性について１０２ｃｍより大きい胴囲、または、女性について８８ｃｍより大きい胴囲として規定される腹部肥満、１５０ｍｇ／ｄＬ以上のトリグリセリドレベル、男性について４０ｍｇ／ｄＬ未満そして女性について５０ｍｇ／ｄＬ未満のＨＤＬコレステロールレベル、１３０／８５ｍｍＨｇ以上の血圧、ならびに、１１０ｍｇ／ｄＬ以上の空腹時グルコースレベルである。これらの決定要素は、臨床上の実務において容易に測定され得る（ＪＡＭＡ，２００１，２８５：２４８６−２４９７）。
用語「アルキル」は、本明細書中で使用される場合、２４個までの炭素原子を含む飽和の直鎖または分枝の炭化水素基を指す。アルキル基の例としては、メチル、エチル、プロピル、ブチル、イソプロピル、ｎ−ヘキシル、オクチル、デシル、ドデシルなどが挙げられるがこれらに限定されない。アルキル基は代表的に、１〜約２４個の炭素原子、より代表的には１〜約１２個の炭素原子（Ｃ１〜Ｃ１２アルキル）を含むが、１〜約６個の炭素原子がより好ましい。用語「低級アルキル」は、本明細書中で使用される場合、１〜約６個の炭素原子を含む。アルキル基は、本明細書中で使用される場合、必要に応じて１以上のさらなる置換基を含み得る。
用語「アルケニル」は、本明細書中で使用される場合、２４個までの炭素原子を含み、かつ、少なくとも１個の炭素−炭素二重結合を有する、直鎖または分枝の炭化水素鎖基を指す。アルケニル基の例としては、エテニル、プロペニル、ブテニル、１−メチル−２−ブテン−１−イル、ジエン（例えば、１，３−ブタジエン）などが挙げられるがこれらに限定されない。アルケニル基は代表的に、２〜約２４個の炭素原子、より代表的には、２〜約１２個の炭素原子を含むが、２〜約６個の炭素原子がより好ましい。アルケニル基は、本明細書中で使用される場合、必要に応じて１以上のさらなる置換基を含み得る。
用語「アルキニル」は、本明細書中で使用される場合、２４個までの炭素原子を含み、かつ、少なくとも１個の炭素−炭素三重結合を有する、直鎖または分枝の炭化水素基を指す。アルキニル基の例としては、エチニル、１−プロピニル、１−ブチニルなどが挙げられるがこれらに限定されない。アルキニル基は代表的に、２〜約２４個の炭素原子、より代表的には、２〜約１２個の炭素原子を含むが、２〜約６個の炭素原子がより好ましい。アルキニル基は、本明細書中で使用される場合、必要に応じて１以上のさらなる置換基を含み得る。
用語「アミノアルキル」は、本明細書中で使用される場合、アミノ置換されたアルキル基を指す。この用語は、任意の位置にアミノ置換基を有するＣ１〜Ｃ１２アルキル基を含むことが意味され、アルキル基が、親分子にアミノアルキル基を結合させる。アミノアルキル基のアルキル部分および／またはアミノ部分は、さらに、置換基で置換され得る。
用語「脂肪族」は、本明細書中で使用される場合、２４個までの炭素原子を含む直鎖または分枝の炭化水素基を指し、ここで、任意の２個の炭素原子間の飽和（ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ）は、一重結合、二重結合または三重結合である。脂肪族基は、好ましくは、１〜約２４個の炭素原子、より代表的には１〜約１２個の炭素原子を含むが、１〜約６個の炭素原子がより好ましい。脂肪族基の直鎖または分枝鎖は、窒素、酸素、硫黄およびリンを含む１以上のヘテロ原子で中断され得る。ヘテロ原子により中断されるこのような脂肪族基としては、ポリアルキレングリコール、ポリアミンおよびポリイミンのようなポリアルコキシ類が挙げられるがこれらに限定されない。脂肪族基は、本明細書中で使用される場合、必要に応じて、さらなる置換基を含み得る。
用語「脂環式（ａｌｉｃｙｃｌｉｃ）」または「脂環式（ａｌｉｃｙｃｌｙｌ）」は、環が脂肪族である環式環系を指す。この環系は、１以上の環を含み、この環のうち少なくとも１つが脂肪族である。好ましい脂環式としては、環中に約５〜約９個の炭素原子を有する環が挙げられる。脂環式は、本明細書中で使用される場合、必要に応じて、さらなる置換基を含み得る。
用語「アルコキシ」は、本明細書中で使用される場合、アルキル基と酸素原子との間に形成される基を指し、ここでは、酸素原子が、親分子にアルコキシ基を結合させるために使用される。アルコキシ基の例としては、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、イソプロポキシ、ｎ−ブトキシ、ｓｅｃ−ブトキシ、ｔｅｒｔ−ブトキシ、ｎ−ペントキシ、ネオペントキシ、ｎ−ヘキソキシなどが挙げられるがこれらに限定されない。アルコキシ基は、本明細書中で使用される場合、必要に応じて、さらなる置換基を含み得る。
用語「ハロ」および「ハロゲン」は、本明細書中で使用される場合、フッ素、塩素、臭素およびヨウ素から選択される原子である。
用語「アリール」および「芳香族」は、本明細書中で使用される場合、１以上の芳香族環を有する、単環式または多環式の炭素環式環系基を指す。アリール基の例としては、ペンチル、ナフチル、テトラヒドロナフチル、インダニル、インデニルなどが挙げられるがこれらに限定されない。好ましいアリール環系は、１以上の環中に約５〜約２０個の炭素原子を有する。アリール基は、本明細書中で使用される場合、必要に応じて、さらなる置換基を含み得る。
用語「アラルキル」および「アリールアルキル」は、本明細書中で使用される場合、アルキル基とアリール基との間に形成される基であり、ここでは、アルキル基が、親分子にアラルキル基を結合させるために使用される。例としては、ベンジル、フェネチルなどが挙げられるがこれらに限定されない。アラルキル基は、本明細書中で使用される場合、必要に応じて、この基を形成するアルキル基、アリール基または両方の基に結合されたさらなる置換基を含み得る。
用語「複素環式基」は、本明細書中で使用される場合、少なくとも１個のヘテロ原子を含み、不飽和、部分飽和もしくは完全飽和の、単環式または多環式の環系基を指し、それにより、ヘテロアリール基を含む。複素環式はまた、縮合環のうちの１つ以上が、少なくとも１個のヘテロ原子を含み、かつ、他の環が１以上のヘテロ原子を含んでいても、必要に応じてヘテロ原子を含まなくてもよい、縮合環系を含むことが意味される。複素環式基は代表的に、硫黄、窒素または酸素から選択される少なくとも１個の原子を含む。複素環式基の例としては、［１，３］ジオキソラン、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリルなどが挙げられる。複素環式基は、本明細書中で使用される場合、必要に応じて、さらなる置換基を含み得る。
用語「ヘテロアリール」および「複素環式芳香族」は、本明細書中で使用される場合、環のうち少なくとも１つが芳香族であり、そして、１以上のヘテロ原子を含む、単環式または多環式の、芳香族の環、環系または縮合環系を含む基を指す。ヘテロアリールはまた、縮合環のうち１つ以上がヘテロ原子を含まない縮合環系を含むことが意味される。ヘテロアリール基は代表的に、硫黄、窒素または酸素から選択される１個の環原子を含む。ヘテロアリール基の例としては、ピリジニル、ピラジニル、ピリミジニル、ピロリル、ピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアジアゾリル、オキサジアゾリル、チオフェニル、フラニル、キノリニル、イソキノリニル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾオキサゾリル、キノキサリニルなどが挙げられるがこれらに限定されない。ヘテロアリール基は、直接、または、脂肪族基もしくはヘテロ原子のような連結部分を介して親分子に結合され得る。ヘテロアリール基は、本明細書中で使用される場合、必要に応じて、さらなる置換基を含み得る。
用語「ヘテロアリールアルキル」は、本明細書中で使用される場合、アルキル基を有する、先に規定されたヘテロアリール基を指し、このアルキル基は、親分子にヘテロアリールアルキル基を結合させ得る。例としては、ピリジニルメチル、ピリミジニルエチル、ナフチリジニルプロピル（ｎａｐｔｈｙｒｉｄｉｎｙｌｐｒｏｐｙｌ）などが挙げられるがこれらに限定されない。ヘテロアリールアルキル基は、本明細書中で使用される場合、必要に応じて、ヘテロアリール部分またはアルキル部分の一方または両方に、さらなる置換基を含み得る。
用語「単環式または多環式の構造」は、本発明において使用される場合、縮合または連結された環を有する単環式または多環式である全ての環系を含み、そして、独立して、脂肪族、脂環式、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、アリールアルキル、複素環式、ヘテロアリール、複素環式芳香族、ヘテロアリールアルキルから選択される単一および混合型の環系を含むことが意味される。このような単環式および多環式の構造は、一様であるか、または、完全飽和、部分飽和もしくは完全不飽和を含む種々の飽和の程度を有する環を含み得る。各環は、Ｃ、Ｎ、ＯおよびＳから選択される環原子を含んで、複素環式環、および、Ｃのみの環原子を含む環を形成し得、これらは、例えば、ベンゾイミダゾール（１つの環は炭素のみの環原子を有し、そして、縮合環は２個の窒素原子を有する）のような混合モチーフで存在し得る。単環式または多環式の構造は、さらに、例えば、フタルイミド（環のうちの１つに結合された２個の＝Ｏ基を有する）のような置換基で置換され得る。別の局面では、単環式または多環式の構造は、環原子を介して直接、置換基もしくは二官能性連結部分を介して、親分子に結合され得る。
用語「アシル」は、本明細書中で使用される場合、有機酸に由来するヒドロキシル基を除去することにより形成され、そして、一般式−Ｃ（Ｏ）−Ｘを有する基を指し、ここで、Ｘは、代表的には、脂肪族、脂環式または芳香族である。例としては、脂肪族カルボニル、芳香族カルボニル、脂肪族スルホニル、芳香族スルフィニル、脂肪族スルフィニル、芳香族ホスフェート、脂肪族ホスフェートなどが挙げられる。アシル基は、本明細書中で使用される場合、必要に応じて、さらなる置換基を含み得る。
用語「ヒドロカルビル」は、Ｃ、ＯおよびＨを含む基を包含する。あらゆる飽和の程度を有する直鎖、分枝および環式の基が包含される。このようなヒドロカルビル基としては、Ｎ、ＯおよびＳから選択される１以上のヘテロ原子を含み得、そしてさらに、１以上の置換基で一置換または多置換され得る。
用語「置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ）」および「置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ ｇｒｏｕｐ）」は、本明細書中で使用される場合、代表的には、所望の特性を高めるか、または所望の作用を与えるように、他の基または親化合物に結合される基を含む。置換基は、保護または脱保護され得、そして、親化合物中の１つの利用可能な部位または多数の利用可能な部位に結合され得る。置換基はまた、他の置換基でさらに置換され得、そして、直接、または、アルキル基もしくはヒドロカルビル基のような連結基を介して親化合物に結合され得る。このような基としては、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アシル（−Ｃ（Ｏ）Ｒａａ）、カルボキシル（−Ｃ（Ｏ）Ｏ−Ｒａａ）、脂肪族基、脂環式基、アルコキシ、置換オキソ（−Ｏ−Ｒａａ）、アリール、アラルキル、複素環式、ヘテロアリール、ヘテロアリールアルキル、アミノ（−ＮＲｂｂＲｃｃ）、イミノ（＝ＮＲｂｂ）、アミド（−Ｃ（Ｏ）ＮＲｂｂＲｃｃまたは−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）Ｒａａ）、アジド（−Ｎ３）、ニトロ（−ＮＯ２）、シアノ（−ＣＮ）、カルバミド（−ＯＣ（Ｏ）ＮＲｂｂＲｃｃまたは−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）ＯＲａａ）、ウレイド（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）ＮＲｂｂＲｃｃ）、チオウレイド（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｓ）ＮＲｂｂＲｃｃ）、グアニジニル（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（＝ＮＲｂｂ）ＮＲｂｂＲｃｃ）、アミジニル（−Ｃ（＝ＮＲｂｂ）ＮＲｂｂＲｃｃまたは−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（ＮＲｂｂ）Ｒａａ）、チオール（−ＳＲｂｂ）、スルフィニル（−Ｓ（Ｏ）Ｒｂｂ）、スルホニル（−Ｓ（Ｏ）２Ｒｂｂ）、スルホンアミジル（−Ｓ（Ｏ）２ＮＲｂｂＲｃｃまたは−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｓ（Ｏ）２Ｒｂｂ）および共役基が挙げられるがこれらに限定されない。Ｒａａ、ＲｂｂおよびＲｃｃの各々は、独立して、Ｈ、必要に応じて連結された化学官能基であるか、または、好ましいリスト（Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、脂肪族、アルコキシ、アシル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール、脂環式、複素環式およびヘテロアリールアルキルが挙げられるがこれらに限定されない）でさらに置換され得る。
Ｂ．特定のオリゴマー性化合物
特定の実施形態では、オリゴマー性化合物を、ＤＮＡまたはＲＮＡのような天然に存在するオリゴマーと比べて、化学的に修飾することが望ましい。特定のこのような修飾は、オリゴマー性化合物の活性を変更する。特定のこのような化学修飾は、例えば、以下によって活性を変更し得る：その標的核酸に対するアンチセンス化合物の親和性を高める、１以上のヌクレアーゼに対するその抵抗性を高める、そして／または、オリゴマー性化合物の薬物動態もしくは組織分布を変更する。特定の場合において、その標的に対するオリゴマー性化合物の親和性を高める化学の使用は、より短いオリゴマー性化合物の使用を可能にし得る。
１．特定のモノマー
特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、１以上の修飾モノマーを含む。特定のこのような実施形態では、オリゴマー性化合物は、１以上の高親和性モノマーを含む。特定の実施形態では、このような高親和性モノマーは、２’−修飾糖を含むモノマー（例えば、ヌクレオシドおよびヌクレオチド）から選択され、２’−置換基（例えば、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）またはＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々は、独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）を有するＢＮＡおよびモノマー（例えば、ヌクレオシドおよびヌクレオチド）が挙げられるがこれらに限定されない。
特定の実施形態では、本発明の短鎖アンチセンス化合物を含むがこれに限定されないオリゴマー性化合物は、オリゴマー性化合物が、２’−Ｏ（ＣＨ２）ｎＨ（ここで、ｎは１〜６である）を含むヌクレオチドを含まないという条件で、１以上の高親和性部分を含む。
特定の実施形態では、本発明の短鎖アンチセンス化合物を含むがこれに限定されないオリゴマー性化合物は、オリゴマー性化合物が、２’−ＯＣＨ３または２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３を含むヌクレオチドを含まないという条件で、１以上の高親和性部分を含む。
特定の実施形態では、本発明の短鎖アンチセンス化合物を含むがこれに限定されないオリゴマー性化合物は、オリゴマー性化合物が、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡを含まないという条件で、１以上の高親和性部分を含む。
特定の実施形態では、本発明の短鎖アンチセンス化合物を含むがこれに限定されないオリゴマー性化合物は、オリゴマー性化合物が、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡを含まないという条件で、１以上の高親和性部分を含む。
特定の実施形態では、本発明の短鎖アンチセンス化合物を含むがこれに限定されないオリゴマー性化合物は、オリゴマー性化合物が、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡまたはβ−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡを含まないという条件で、１以上の高親和性部分を含む。
ａ．特定の核酸塩基
ヌクレオシドの天然に存在する塩基部分は、代表的には、複素環式塩基である。このような複素環式塩基の２つの最も一般的な分類は、プリンおよびピリミジンである。ペントフラノシル糖を含むこれらのヌクレオシドに関して、リン酸基は、糖の２’、３’または５’のヒドロキシル部分に結合され得る。オリゴヌクレオチドを形成する際、これらのリン酸基は、隣接するヌクレオシドを互いに共有結合し、直鎖状のポリマー化合物を形成する。オリゴヌクレオチド内では、リン酸基は、一般に、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間バックボーンを形成するものとして解釈される。ＲＮＡおよびＤＮＡの天然に存在する結合またはバックボーンは、３’から５’へのホスホジエステル結合である。
プリン核酸塩基である、アデニン（Ａ）およびグアニン（Ｇ）、ならびに、ピリミジン核酸塩基であるチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）およびウラシル（Ｕ）のような、「修飾された」または「天然の」核酸塩基に加え、当業者に公知の修飾された核酸塩基または核酸塩基模倣物の多くが、本明細書中に記載される化合物になじみやすい。特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、例えば、７−デアザプリン、５−メチルシトシンまたはＧ−クランプのような、親核酸塩基に対して構造がかなり類似する核酸塩基である。特定の実施形態では、核酸塩基模倣物としては、例えば、三環式フェノキサジン核酸塩基模倣物のようなより複雑な構造が挙げられる。上述のような修飾核酸塩基を調製するための方法は、当業者に周知である。
ｂ．特定の糖
本明細書中で提供されるオリゴマー性化合物は、修飾された糖部分を有する１以上のモノマー（ヌクレオシドまたはヌクレオチドを含む）を含み得る。例えば、ヌクレオシドのフラノシル糖環は、多数の方法（置換基の付加、同一の原子に結合した環原子ではない２個の環原子を架橋して、二環式核酸（ＢＮＡ）を形成すること、が挙げられるがこれらに限定されない）で修飾され得る。
特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、ＢＮＡである１以上のモノマーを含む。特定のこのような実施形態では、ＢＮＡとしては、以下の図１に記載されるような、（Ａ）α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｂ）β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｃ）エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｄ）アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよび（Ｅ）オキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡが挙げられるがこれらに限定されない。
Figure 2009536037
 特定の実施形態では、ＢＮＡ化合物としては、糖の４’位と２’位との間に少なくとも１つの架橋を有する化合物が挙げられ（これに限定されない）、ここで、架橋の各々は、独立して、１または２〜４の結合した基を含み、この結合した基は、独立して、−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｃ（Ｒ２）−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲ１）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒ１）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−および−Ｎ（Ｒ１）−から選択され；
ここで
ｘは０、１または２であり；
ｎは１、２、３または４であり；
Ｒ１およびＲ２の各々は、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、複素環式基、置換複素環式基、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、置換Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり；そして
Ｊ１およびＪ２の各々は、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環式基、置換複素環式基、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
一実施形態において、ＢＮＡ化合物の架橋の各々は、独立して、−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（Ｒ１Ｒ２）−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−または−Ｃ（Ｒ１Ｒ２）−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−である。別の実施形態では、上記架橋の各々は、独立して、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−２’および４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−２’−であり、ここで、Ｒ１の各々が、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１〜Ｃ１２アルキルである。
特許文献ならびに科学技術文献において、特定のＢＮＡが調製および開示されている（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０；Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３−５６３８；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２；ＷＯ ９４／１４２２６；ＷＯ ２００５／０２１５７０；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９）；ＢＮＡを開示する、発行された米国特許および公開された出願の例としては、例えば以下が挙げられる：米国特許第７，０５３，２０７号；同第６，２６８，４９０号；同第６，７７０，７４８号；同第６，７９４，４９９号；同第７，０３４，１３３号；および同第６，５２５，１９１号；ならびに特許査定前の米国特許出願公開第２００４−０１７１５７０号；同第２００４−０２１９５６５号；同第２００４−００１４９５９号；同第２００３−０２０７８４１号；同第２００４−０１４３１１４号；および同第２００３００８２８０７号。
本明細書中にはまた、リボシル糖環の２’−ヒドロキシル基が糖環の４’炭素原子に結合され、それによって、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）結合を形成し、二環式糖部分を形成しているＢＮＡが提供される（Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８−５６１；Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８ １−７；およびＯｒｕｍ ｅｔ ａｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９−２４３に総説される；また、米国特許第６，２６８，４９０号および同第６，６７０，４６１号も参照のこと）。結合は、２’酸素原子および４’炭素原子を架橋するメチレン（−ＣＨ２−）基であり得、この二環式部分については、用語メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡが使用される；この位置にエチレン基がある場合は、用語エチレンオキシ（４’−ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡが使用される（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６：Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００３，１１，２２１１−２２２６）。メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡおよび他の二環式糖アナログは、相補的なＤＮＡおよびＲＮＡとの非常に高い二重鎖熱安定性（Ｔｍ＝＋３℃〜＋１０℃）と、３’−エキソヌクレアーゼ性の分解に対する安定性と、良好な溶解特性とを示す。ＢＮＡを含む、強力かつ非毒性のアンチセンスオリゴヌクレオチドが記載されている（Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３−５６３８）。
これもまた考察されているメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡのアイソマーは、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡであり、これは、３’−エキソヌクレアーゼに対して優れた安定性を有することが示されている。α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡは、強力なアンチセンス活性を示したアンチセンスギャップマーおよびキメラに組み込まれた（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。
メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡモノマーである、アデニン、シトシン、グアニン、５−メチル−シトシン、チミンおよびウラシルの合成および調製、ならびに、そのオリゴマー化、および核酸認識特性は記載されている（Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０）。ＢＮＡおよびその調製もまた、ＷＯ ９８／３９３５２およびＷＯ ９９／１４２２６に記載されている。
メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡのアナログであるホスホロチオエート−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡおよび２’−チオ−ＢＮＡもまた、調製されている（Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２）。核酸ポリメラーゼに対する基質としてオリゴデオキシリボヌクレオチド二重鎖を含むロックされた（ｌｏｃｋｅｄ）ヌクレオシドアナログもまた記載されている（Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ ９９／１４２２６）。さらに、新規な立体配座が制限された高親和性オリゴヌクレオチドアナログである２’−アミノ−ＢＮＡの合成が、当該分野で記載されている（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９）。さらに、２’−アミノ−ＢＮＡおよび２’−メチルアミノ−ＢＮＡが調製されており、その相補的なＲＮＡ鎖およびＤＮＡ鎖とのその二重鎖の熱安定性が以前に報告されている。
修飾された糖部分は周知であり、そして、その標的に対するアンチセンス化合物の親和性を変更する（代表的には高める）か、そして／または、ヌクレアーゼ抵抗性を高めるために使用され得る。好ましい修飾糖の代表例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：二環式の修飾糖（ＢＮＡ）（メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡおよびエチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’架橋）ＢＮＡを含む）；置換糖（特に、２’−Ｆ置換基、２’−ＯＣＨ３置換基または２’−Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３置換基を有する２’−置換糖）；および４’−チオ修飾糖。糖はまた、とりわけ、糖模倣基で置き換えられ得る。修飾糖を調製するための方法は当業者に周知である。このような修飾糖の調製を教示するいくつかの代表的な特許および公報としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：米国特許第４，９８１，９５７号；同第５，１１８，８００号；同第５，３１９，０８０号；同第５，３５９，０４４号；同第５，３９３，８７８号；同第５，４４６，１３７号；同第５，４６６，７８６号；同第５，５１４，７８５号；同第５，５１９，１３４号；同第５，５６７，８１１号；同第５，５７６，４２７号；同第５，５９１，７２２号；同第５，５９７，９０９号；同第５，６１０，３００号；同第５，６２７，０５３号；同第５，６３９，８７３号；同第５，６４６，２６５号；同第５，６５８，８７３号；同第５，６７０，６３３号；同第５，７９２，７４７号；同第５，７００，９２０号；同第６，５３１，５８４号；および同第６，６００，０３２号；ならびにＷＯ ２００５／１２１３７１。
特定の実施形態では、ＢＮＡは、以下の式：
Figure 2009536037
 を有する二環式ヌクレオシドを含み、上記式において、
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ１は、Ｈまたはヒドロキシル保護基であり；
Ｔ２は、Ｈ、ヒドロキシル保護基または反応性リン含有基であり；
Ｚは、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、アシル、置換アシル、または置換アミドである。
一実施形態では、置換基の各々は、独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２およびＣＮから独立して選択される必要に応じて保護された置換基で、一置換または多置換され、ここで、Ｊ１、Ｊ２およびＪ３の各々は、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そして、ＸはＯ、ＳまたはＮＪ１である。
特定のこのような実施形態では、置換基の各々は、独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１およびＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２から独立して選択される置換基で一置換または多置換され、ここで、Ｊ１、Ｊ２およびＪ３の各々は、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキルまたは置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり、そして、ＸはＯまたはＮＪ１である。
特定の実施形態では、Ｚ基は、１以上のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、Ｘｘの各々は、独立して、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２またはＣＮであり；ここで、Ｊ１、Ｊ２およびＪ３の各々は、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そして、ＸはＯ、ＳまたはＮＪ１である。別の実施形態では、Ｚ基は、１以上のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、Ｘｘの各々は、独立して、ハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えば、ＣＨ３Ｏ−）、置換アルコキシまたはアジドである。
特定の実施形態では、Ｚ基は−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、Ｘｘは、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２またはＣＮであり；ここで、Ｊ１、Ｊ２およびＪ３の各々は、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そして、ＸはＯ、ＳまたはＮＪ１である。別の実施形態では、Ｚ基は、−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、Ｘｘは、ハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えば、ＣＨ３Ｏ−）またはアジドである。
特定のこのような実施形態では、Ｚ基は、以下の（Ｒ）−配置である。
Figure 2009536037
 特定のこのような実施形態では、Ｚ基は、以下の（Ｓ）−配置である。
Figure 2009536037
 特定の実施形態では、Ｔ１およびＴ２の各々は、ヒドロキシル保護基である。ヒドロキシル保護基の好ましいリストとしては、ベンジル、ベンゾイル、２，６−ジクロロベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、メシレート、トシレート、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（Ｐｉｘｙｌ）および９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）が挙げられる。特定の実施形態では、Ｔ１は、アセチル、ベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリルおよびジメトキシトリチルから選択されるヒドロキシル保護基であり、ここで、より好ましいヒドロキシル保護基では、Ｔ１は４，４’−ジメトキシトリチルである。
特定の実施形態では、Ｔ２は、反応性のリン含有基であり、好ましい反応性リン含有基としては、ジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミデートおよびＨ−ホスホネートが挙げられる。特定の実施形態では、Ｔ１は、４，４’−ジメトキシトリチルであり、そして、Ｔ２は、ジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミデートである。
特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、以下の式：
Figure 2009536037
 または以下の式：
Figure 2009536037
 または以下の式：
Figure 2009536037
 の少なくとも１つのモノマーを有し、上記式において、
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ３は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結共役基、または、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、モノマー性サブユニットもしくはオリゴマー性化合物に結合されたヌクレオシド間連結基であり；
Ｔ４は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結共役基、または、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、モノマー性サブユニットもしくはオリゴマー性化合物に結合されたヌクレオシド間連結基であり；
ここで、Ｔ３およびＴ４の少なくとも一方は、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、モノマー性サブユニットもしくはオリゴマー性化合物に結合されたヌクレオシド間連結基であり；そして
Ｚは、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、アシル、置換アシル、または置換アミドである。
一実施形態では、置換基の各々は独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２およびＣＮから独立して選択される必要に応じて保護された置換基で一置換または多置換され、ここで、Ｊ１、Ｊ２およびＪ３の各々は、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そして、ＸはＯ、ＳまたはＮＪ１である。
一実施形態では、置換基の各々は独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１およびＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２から独立して選択される置換基で一置換または多置換され、ここで、Ｊ１、Ｊ２およびＪ３の各々は、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そして、ＸはＯまたはＮＪ１である。
特定のこのような実施形態では、少なくとも１つのＺは、Ｃ１〜Ｃ６アルキルまたは置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、各Ｚが、独立して、Ｃ１〜Ｃ６アルキルまたは置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは、Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、各Ｚが、独立して、Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺはメチルである。特定の実施形態では、各Ｚがメチルである。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺはエチルである。特定の実施形態では、各Ｚがエチルである。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、各Ｚが、独立して、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは置換メチルである。特定の実施形態では、各Ｚが置換メチルである。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは置換エチルである。特定の実施形態では、各Ｚが置換エチルである。
特定の実施形態では、少なくとも１つの置換基は、Ｃ１〜Ｃ６アルコキシである（例えば、少なくとも１つのＺは、１以上のＣ１〜Ｃ６アルコキシで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである）。別の実施形態では、各置換基が、独立して、Ｃ１〜Ｃ６アルコキシである（例えば、各Ｚが、独立して、１以上のＣ１〜Ｃ６アルコキシで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである）。
特定の実施形態では、少なくとも１つのＣ１〜Ｃ６アルコキシ置換基は、ＣＨ３Ｏ−である（例えば、少なくとも１つのＺは、ＣＨ３ＯＣＨ２−である）。別の実施形態では、各Ｃ１〜Ｃ６アルコキシ置換基がＣＨ３Ｏ−である（例えば、各ＺがＣＨ３ＯＣＨ２−である）。
特定の実施形態では、少なくとも１つの置換基はハロゲンである（例えば、少なくとも１つのＺは１以上のハロゲンで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである）。特定の実施形態では、各置換基が、独立して、ハロゲンである（例えば、各Ｚが、独立して、１以上のハロゲンで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである）。特定の実施形態では、少なくとも１つのハロゲン置換基はフルオロである（例えば、少なくとも１つのＺは、ＣＨ２ＦＣＨ２−、ＣＨＦ２ＣＨ２−またはＣＦ３ＣＨ２−である）。特定の実施形態では、各ハロ置換基がフルオロである（例えば、各Ｚが、独立して、ＣＨ２ＦＣＨ２−、ＣＨＦ２ＣＨ２−またはＣＦ３ＣＨ２−である）。
特定の実施形態では、少なくとも１つの置換基はヒドロキシルである（例えば、少なくとも１つのＺは１以上のヒドロキシルで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである）。特定の実施形態では、各置換基が、独立して、ヒドロキシルである（例えば、各Ｚが、独立して、１以上のヒドロキシルで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである）。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは、ＨＯＣＨ２−である。別の実施形態では、各ＺがＨＯＣＨ２−である。
特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは、ＣＨ３−、ＣＨ３ＣＨ２−、ＣＨ２ＯＣＨ３−、ＣＨ２Ｆ−またはＨＯＣＨ２−である。特定の実施形態では、各Ｚが、独立して、ＣＨ３−、ＣＨ３ＣＨ２−、ＣＨ２ＯＣＨ３−、ＣＨ２Ｆ−またはＨＯＣＨ２−である。
特定の実施形態では、少なくとも１つのＺ基は、１以上のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは、独立して、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２またはＣＮであり；ここで、Ｊ１、Ｊ２およびＪ３の各々は、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そして、ＸはＯ、ＳまたはＮＪ１である。別の実施形態では、少なくとも１つのＺ基は、１以上のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは、独立して、ハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えば、ＣＨ３Ｏ−）またはアジドである。
特定の実施形態では、各Ｚ基が、独立して、１以上のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘが、独立して、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２またはＣＮであり；ここで、Ｊ１、Ｊ２およびＪ３の各々が、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そして、ＸがＯ、ＳまたはＮＪ１である。別の実施形態では、各Ｚ基が、独立して、１以上のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘが、独立して、ハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えば、ＣＨ３Ｏ−）またはアジドである。
特定の実施形態では、少なくとも１つのＺ基は、−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、Ｘｘは、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２またはＣＮであり；ここで、Ｊ１、Ｊ２およびＪ３の各々は、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そして、ＸはＯ、ＳまたはＮＪ１である。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺ基は、−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、Ｘｘは、ハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えば、ＣＨ３Ｏ−）またはアジドである。
特定の実施形態では、各Ｚ基が、独立して、−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、各Ｘｘが、独立して、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２またはＣＮであり；ここで、Ｊ１、Ｊ２およびＪ３の各々が、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そしてＸはＯ、ＳまたはＮＪ１である。別の実施形態では、各Ｚ基が、独立して、−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、各Ｘｘが、独立して、ハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えば、ＣＨ３Ｏ−）またはアジドである。
特定の実施形態では、少なくとも１つのＺはＣＨ３−である。別の実施形態では、各ＺがＣＨ３−である。
特定の実施形態では、少なくとも１つのモノマーのＺ基は、以下の式：
Figure 2009536037
 または以下の式：
Figure 2009536037
 または以下の式：
Figure 2009536037
 によって表される（Ｒ）−配置である。
特定の実施形態では、上記式の各モノマーのＺ基は、（Ｒ）−配置である。
特定の実施形態では、少なくとも１つのモノマーのＺ基は、以下の式：
Figure 2009536037
 または以下の式：
Figure 2009536037
 または以下の式：
Figure 2009536037
 によって表される（Ｓ）−配置である。
特定の実施形態では、上記式の各モノマーのＺ基は、（Ｓ）−配置である。
特定の実施形態では、Ｔ３は、Ｈまたはヒドロキシル保護基である。特定の実施形態では、Ｔ４は、Ｈまたはヒドロキシル保護基である。さらなる実施形態では、Ｔ３は、ヌクレオシド、ヌクレオチド、またはモノマー性サブユニットに結合されたヌクレオシド間連結基である。特定の実施形態では、Ｔ４は、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはモノマー性サブユニットに結合されたヌクレオシド間連結基である。特定の実施形態では、Ｔ３は、オリゴヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドに結合されたヌクレオシド間連結基である。特定の実施形態では、Ｔ４は、オリゴヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドに結合されたヌクレオシド間連結基である。特定の実施形態では、Ｔ３は、オリゴマー性化合物に結合されたヌクレオシド間連結基である。特定の実施形態では、Ｔ４は、オリゴマー性化合物に結合されたヌクレオシド間連結基である。特定の実施形態では、Ｔ３およびＴ４のうち少なくとも１つは、ホスホジエステルまたはホスホロチオエートから選択されるヌクレオシド間連結基を含む。
特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、以下の式：
Figure 2009536037
 または以下の式：
Figure 2009536037
 または以下の式：
Figure 2009536037
 の少なくとも２つの連続するモノマーの少なくとも１つの領域を有する。
特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、上記式の少なくとも２つの連続するモノマーの少なくとも２つの領域を含む。特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、ギャップを有するオリゴマー性化合物を含む。特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、約８〜約１４の連続するβ−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドの少なくとも１つの領域を含む。
特定の実施形態では、オリゴマー性化合物は、約９〜約１２の連続するβ−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドの少なくとも１つの領域を含む。特定の実施形態では、モノマーは、糖模倣物を含む。特定のこのような実施形態では、模倣物は、糖または糖−ヌクレオシド間結合の組み合わせの代わりに使用され、核酸塩基は、選択された標的に対するハイブリッド形成のために維持される。糖模倣物の代表例としては、シクロヘキセニルまたはモルホリノが挙げられるがこれらに限定されない。糖−ヌクレオシド間結合の組み合わせについての模倣物の代表例としては、ペプチド核酸（ＰＮＡ）および非荷電アキラル結合により連結されるモルホリノ基が挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの場合、模倣物は核酸塩基の代わりに使用される。代表的な核酸塩基模倣物は、当該分野で周知であり、そして、三環式フェノキサジンアナログおよびユニバーサル塩基（Ｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．２０００，２８：２９１１−１４，本明細書中に参考として援用される）が挙げられるがこれらに限定されない。糖、ヌクレオシドおよび核酸の模倣物の合成方法は当業者に周知である。
３．モノマー性結合
本明細書中には、モノマー（修飾および非修飾のヌクレオシドおよびヌクレオチド）を一緒に連結し、それによって、オリゴマー性化合物を形成する連結基が記載される。連結基の２つの主な分類は、リン原子の有無によって規定される。代表的なリン含有結合としては、ホスホジエステル（Ｐ＝Ｏ）、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホロアミデートおよびホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）が挙げられるがこれらに限定されない。代表的な非リン含有連結基としては、メチレンメチルイミノ（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−ＣＨ２−）、チオジエステル（−Ｏ−Ｃ（Ｏ）−Ｓ−）、チオノカルバメート（ｔｈｉｏｎｏｃａｒｂａｍａｔｅ）（−Ｏ−Ｃ（Ｏ）（ＮＨ）−Ｓ−）；シロキサン（−Ｏ−Ｓｉ（Ｈ）２−Ｏ−）；およびＮ，Ｎ’−ジメチルヒドラジン（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）−）が挙げられるがこれらに限定されない。非リン連結基を有するオリゴマー性化合物は、オリゴヌクレオシドと呼ばれる。天然のホスホジエステル結合と比較して、修飾された結合は、オリゴマー性化合物のヌクレアーゼ抵抗性を変更する、代表的には高めるために使用され得る。特定の実施形態では、キラル原子を有する結合は、ラセミ混合物、別々の鏡像異性体（ｅｎａｎｔｏｍｅｒ）として調製され得る。代表的なキラル結合としては、アルキルホスホネートおよびホスホロチオエートが挙げられるがこれらに限定されない。リン含有結合および非リン含有結合の調製方法は、当業者に周知である。
本明細書中に記載されるオリゴマー性化合物は、１以上の非対称中心を含み、従って、絶対的な立体化学（例えば、糖のアノマーについては（Ｒ）もしくは（Ｓ）、αもしくはβ、または、アミノ酸については（Ｄ）もしくは（Ｌ）など）の観点から規定され得る、鏡像異性体、ジアステレオマーおよび他の立体化学配置を生じる。本明細書中で提供されるアンチセンス化合物には、全てのこのような可能なアイソマー、ならびに、そのラセミ的および光学的に純粋な形態が含まれる。
４．オリゴマー性化合物
特定の実施形態では、本明細書中には、結合（例えば、ホスホジエステル結合およびホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む）を形成するために有用な反応性リン含有基を有するオリゴマー性化合物が提供される。前駆体またはオリゴマー性化合物の調製および／または精製の方法は、本明細書中に記載される組成物または方法に制限されない。ＤＮＡ、ＲＮＡ、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシドおよびアンチセンス化合物を含む、オリゴマー性化合物の合成および調製のための方法は、当業者に周知である。
一般に、オリゴマー性化合物は、連結基によって一緒に連結された複数のモノマー性サブユニットを含む。オリゴマー性化合物の非限定的な例としては、プライマー、プローブ、アンチセンス化合物、アンチセンスオリゴヌクレオチド、外部ガイド配列（ｅｘｔｅｒｎａｌ ｇｕｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）（ＥＧＳ）オリゴヌクレオチド、選択的スプライサー（ａｌｔｅｒｎａｔｅ ｓｐｌｉｃｅｒ）およびｓｉＲＮＡが挙げられる。したがって、これらの化合物は、１本鎖、２本鎖、環状、分枝またはヘアピンの形状で導入され得、そして、内部または末端の突出部またはループのような、構造的要素を含み得る。オリゴマー性の２本鎖化合物は、２本鎖化合物に対してハイブリッド形成した２本鎖、または、ハイブリッド形成および完全もしくは部分的に２本鎖の化合物の形成を可能にするのに十分な自己相補性を有する１本鎖であり得る。
特定の実施形態では、本発明は、キメラオリゴマー性化合物を提供する。特定のこのような実施形態では、キメラオリゴマー性化合物は、キメラオリゴヌクレオチドである。特定のこのような実施形態では、キメラオリゴヌクレオチドは、異なるように修飾されたヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、キメラオリゴヌクレオチドは、混合型バックボーンアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
一般に、キメラオリゴマー性化合物は、修飾ヌクレオシドを有し、この修飾ヌクレオシドは、孤立した位置にあっても、特定のモチーフを規定する領域内で一緒にグループ化されてもよい。修飾および／または模倣基の任意の組み合わせは、本明細書中に記載されるキメラオリゴマー性化合物を含み得る。
特定の実施形態では、キメラオリゴマー性化合物は、代表的に、ヌクレアーゼ分解に対する増加した抵抗性、増加した細胞内取り込み、および／または、標的核酸に対する増加した結合親和性を与えるように修飾された少なくとも１つの領域を含む。特定の実施形態では、オリゴマー性化合物のさらなる領域が、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッドまたはＲＮＡ：ＲＮＡハイブリッドを切断し得る酵素に対する基質として機能し得る。一例として、ＲＮａｓｅＨは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞内エンドヌクレアーゼである。したがって、ＲＮａｓｅＨの活性化は、ＲＮＡ標的の切断をもたらし、それによって、遺伝子発現の阻害効率を大いに高める。結果として、キメラを用いた場合、より短いオリゴマー性化合物を用いても、しばしば、例えば、同じ標的領域に対してハイブリッド形成するホスホロチオエートデオキシオリゴヌクレオチドと比較して、匹敵するような結果が達成され得る。ＲＮＡ標的の切断は、慣用的に、ゲル電気泳動により検出され得、必要な場合、当該分野で公知の核酸ハイブリッド形成技術と組み合わされ得る。
特定の実施形態では、キメラオリゴマー性化合物は、ギャップマーである。特定の実施形態では、キメラ化合物は、短鎖アンチセンス化合物である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ギャップマーである。特定のこのような実施形態では、混合型バックボーンアンチセンスオリゴマーは、一方または両方のウィング内に１つのタイプのヌクレオチド間結合を有し、ギャップ内に異なるタイプのヌクレオチド間結合を有する。特定のこのような実施形態では、混合型バックボーンアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ウィング内にホスホジエステル結合を、そして、ギャプ内にはホスホロチオエート結合を有する。ウィング内のヌクレオチド間結合がギャップ内のヌクレオチド間結合と異なる特定の実施形態では、ウィングとギャップとをつなぐヌクレオチド間結合は、ウィング内のヌクレオチド間結合と同じである。ウィング内のヌクレオチド間結合とギャップ内のヌクレオチド間結合とが異なる特定の実施形態では、ウィングとギャップとをつなぐヌクレオチド間結合は、ギャップ内のヌクレオチド間結合と同じである。
Ｃ．特定の短鎖アンチセンス化合物
本明細書中では、長さ８〜１６ヌクレオチド、好ましくは９〜１５ヌクレオチド、より好ましくは９〜１４ヌクレオチド、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの短鎖アンチセンス化合物が開示される。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ９〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、このような短鎖アンチセンス化合物は、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、１以上の化学的修飾を含む。特定のこのような実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、少なくとも１つの修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、少なくとも２以上の修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合を含む。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、混合型バックボーンオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、キメラオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドは、一様に修飾される。特定の実施形態では、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドは、各核酸塩基および各結合において独立して選択された修飾を含む。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、短いギャップマーである。特定のこのような実施形態では、短いギャップマーは、化合物の１以上のウィング内に少なくとも１つの高親和性修飾を含む。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、各ウィング内に１〜３の高親和性修飾を含む。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物の高親和性修飾は、より長いアンチセンス化合物の標的親和性と同等、または、これよりもなお高い標的親和性を可能にする。特定の実施形態では、高親和性修飾ヌクレオチドは、糖修飾ヌクレオチドである。このような糖修飾ヌクレオチドとしては、糖の４’位と２’位との間に架橋を含むものが挙げられる。例示的な高親和性糖修飾としては、ＢＮＡおよび他の２’−修飾（例えば、Ｔ−ＭＯＥ）が挙げられるがこれらに限定されない。本発明の代替的な実施形態において、高親和性修飾は、２’−Ｏ−（ＣＨ２）ｎＨ（ｎ＝１〜６）糖−修飾ヌクレオチドではない。さらなる代替的な実施形態において、高親和性修飾ヌクレオチドは、２’−ＯＣＨ３ヌクレオチドでも２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３ヌクレオチドでもない。特定の実施形態では、高親和性修飾ヌクレオチドは、１ヌクレオチドにつき、少なくとも１℃、少なくとも１．５℃、少なくとも２℃、少なくとも２．５℃、少なくとも３．０℃、少なくとも３．５℃、または少なくとも４．０℃のＴｍを与える。いくつかの高親和性ヌクレオチド修飾は、毒性を増大させることが当該分野で公知である。本明細書中に示されるように、限られた数（一般に、２〜６）の高親和性修飾を有する短鎖アンチセンス化合物は、毒性の増大をほとんど示さないか、または全く示さないが、ＲＮＡ標的の発現を有意に減少させる一方で、標的ＲＮＡに対する親和性を保持または増大させる。本発明の短鎖アンチセンス化合物は、必要に応じて、例えば、コレステロールまたはＣ１６のような共役基を含み得る。
１．特定のウィング
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、５’ウィングおよび／または３’ウィングを含む。このような実施形態では、３’ウィングの特徴および５’ウィングの特徴は、別個に選択される。したがって、このような実施形態では、５’ウィング内のモノマー数および３’ウィング内のモノマー数（長さ）は同じであっても異なっていてもよい；５’ウィング内の修飾（存在する場合）は、３’ウィング内の修飾（存在する場合）と同じであってもよいが、または、このような修飾は、存在する場合、異なっていてもよい；そして、５’ウィング内のモノマー性結合および３’ウィング内のモノマー性結合は、同じであっても異なっていてもよい。
特定の実施形態では、ウィングは、１、２または３のモノマーを含む（すなわち、１、２または３の長さを有する）。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは修飾される。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーは、その標的核酸に対するアンチセンス化合物の親和性を高めるように修飾される。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは、ヌクレオシドまたはヌクレオチドである。特定のこのような実施形態では、ウィングのヌクレオシドまたはヌクレオチドは、２’修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマー（ヌクレオシドまたはヌクレオチド）は、ＢＮＡである。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーは、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは、２’位に、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択される置換基を含み、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々は、独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは、２’ＭＯＥヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ウィング内のモノマー性結合は、天然に存在するヌクレオチド間結合である。特定の実施形態では、ウィング内のモノマー性結合は、天然には存在しないヌクレオチド間結合またはヌクレオシド間結合である。特定のこのような実施形態では、ウィング内のモノマー性結合は、天然に存在するヌクレオチド間結合よりも、１以上のヌクレアーゼに対して抵抗性である。特定のこのような実施形態では、ウィング内のモノマー性結合は、ホスホロチオエート結合（Ｐ＝Ｓ）である。ウィングが１以上のモノマー性結合を有する特定の実施形態では、モノマー性結合は、互いに同じである。ウィングが１以上のモノマー性結合を有する特定の実施形態では、モノマー性結合は、互いに異なる。
当業者は、上述の特徴および修飾が、ウィングを調製するために任意の組み合わせで使用され得ることを認識する。以下の表は、特定の数のモノマー、モノマー性修飾（存在する場合）、およびモノマー性結合（ともにウィング内に存在）を選択することによって、いかにウィングを調製し得るかを示す非限定的な例を提供する。
Figure 2009536037
 ウィングが２、３または４のモノマーを含む特定の実施形態では、これらの２、３または４のモノマーは全て、存在する場合、同じ修飾を含む。ウィングが２、３または４のモノマーを含む特定の実施形態では、これらの２、３または４の核酸塩基のうちの１つ以上は、残りのモノマーの１つ以上の修飾のうちの１つ以上とは異なる１以上の修飾を含む。
２．特定のギャップ
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含む。特定の実施形態では、ギャップは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４のモノマーを含む。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾デオキシリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾リボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップの修飾（存在する場合）は、その標的核酸に結合されたときに、ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＨを含むがこれらに限定されない）による切断を支えるアンチセンス化合物をもたらす。
特定の実施形態では、ギャップ内のモノマー性結合は、天然に存在するヌクレオチド間結合である。特定の実施形態では、ギャップ内のモノマー性結合は、天然に存在しない結合である。特定のこのような実施形態では、ギャップ内のモノマー性結合は、天然に存在するヌクレオチド間結合よりも、１以上のヌクレアーゼに対して抵抗性である。特定のこのような実施形態では、ギャップ内のモノマー性結合はホスホロチオエート結合（Ｐ＝Ｓ）である。特定の実施形態では、ギャップ内のモノマー性結合は全て、互いに同じである。特定の実施形態では、ギャップ内のモノマー性結合は全て同じではない。
当業者は、上述の特徴および修飾が、ギャップを調製するために任意の組み合わせで使用され得ることを認識する。以下の表は、特定の数のモノマー、モノマー性修飾（存在する場合）、およびモノマー性結合（ともにギャップ領域内に存在）を選択することによって、いかにギャップを調製し得るかを示す非限定的な例を提供する。
Figure 2009536037
 。
３．特定のギャップを有するアンチセンスオリゴマー性化合物
当業者は、上述のウィングおよびギャプが選択され、次いで、ギャップを有するオリゴマー性化合物（ギャップを有するアンチセンスオリゴマー性化合物およびギャップを有するアンチセンスオリゴヌクレオチドが挙げられるがこれらに限定されない）を生成するために種々の組み合わせで組み合され得ることを認識する。５’ウィングおよび３’ウィングの特徴（長さ、修飾、結合）は、互いに独立して選択され得る。ギャップの特徴としては、５’ウィングの特徴と比較した際の修飾における少なくとも１つの差、および、３’ウィングの特徴と比較した際の修飾における少なくとも１つの差を含む（すなわち、隣接する領域を互いに区別するために、隣接する領域間で修飾に少なくとも１つの差が存在しなければならない）。ギャップの特徴は、他の方法で、別個に選択され得る。
特定の実施形態では、ウィング内のモノマー性結合およびギャップ内のモノマー性結合は、同じである。特定の実施形態では、ウィング内のモノマー性結合およびギャップ内のモノマー性結合は異なる。特定のこのような実施形態では、ウィングとギャップとをつなぐモノマー性結合は、ウィング内のモノマー性結合と同じである。特定の実施形態では、ウィングとギャップとをつなぐモノマー性結合は、ギャップ内のモノマー性結合と同じである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、化合物全体に一様な結合を有する。特定のこのような実施形態では、結合は全て、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。
当業者は、上述の３’ウィング、５’ウィングおよび結合が、ギャップマーを調製するために任意の組み合わせで使用され得ることを認識する。以下の表は、特定の５’ウィング、ギャップ、３’ウィング、および、ギャップと各ウィングとをつなぐ特定の結合を選択することによって、いかにギャップマーを調製し得るかを示す非限定的な例を提供する。
Figure 2009536037
 特定の実施形態では、本明細書中に開示されるオリゴマー性化合物は、約８〜約１６のモノマー、好ましくは９〜１５のモノマー、より好ましくは９〜１４のモノマー、より好ましくは１０〜１４のモノマーを含み得る（すなわち、約８〜約１６の連結されたモノマー）。当業者は、このことが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６の核酸塩基のアンチセンス化合物を含むことを理解する。特定の実施形態では、オリゴマー性化合物はアンチセンス化合物である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ８核酸塩基である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ９核酸塩基である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０核酸塩基である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１１核酸塩基である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１２核酸塩基である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１３核酸塩基である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１４核酸塩基である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１５核酸塩基である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１６核酸塩基である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ８モノマーである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ９モノマーである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０モノマーである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１１モノマーである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、いくつかのモノマーの長さである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１３モノマーである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１４モノマーである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１５モノマーである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、長さ１６モノマーである。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、９〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、１０〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４モノマーを含む。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。
当該分野の技術を有し、本明細書中に例示される短鎖アンチセンス化合物の知識を持つ当業者は、過度の実験なしに、さらなる短鎖アンチセンス化合物を同定し得る。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、片側または両側に１以上のウィングが配置されたギャップを含む。従って、特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、２以上の５’ウィングと２以上の３’ウィングとを含む。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、１つの５’ウィングと２以上の３’ウィングとを含む。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、１つの３’ウィングと２以上の５’ウィングとを含む。特定のこのような実施形態は、例えば、以下の領域を含む：第１の５’ウィング−架橋−第２の５’ウィング−架橋−ギャップ−架橋−第２の３’ウィング−架橋−第１の３’ウィング。このような実施形態において、各領域は、その隣接領域と比較して、修飾に少なくとも１つの差を有する。したがって、このような実施形態において、第２の５’ウィングおよび第２の３’ウィングとは、各々が、独立して、ギャップと比較して、そして、第１の５’ウィングおよび第１の３’ウィングと比較して、修飾に１以上の差を含む。このような実施形態において、第１の３’ウィングの修飾と第１の５’ウィングの修飾とは、いずれかが、または、両方ともに、ギャップの修飾（存在する場合）と同じであっても異なっていてもよい。
４．特定の共役基
一局面では、オリゴマー性化合物は、１以上の共役基の共有結合により修飾される。一般に、共役基は、結合されたオリゴマー性化合物の１以上の特性（薬力学、薬物動態、結合、吸収、細胞内分布、細胞内取り込み、電荷およびクリアランスが挙げられるがこれらに限定されない）を変更する。共役基は、化学の分野において慣用的に用いられ、そして、直接、または、任意の連結部分もしくは連結基を介して、オリゴマー性化合物のような親化合物へと連結される。共役基の好ましいリストとしては、インターカレーター（ｉｎｔｅｒｃａｌａｔｏｒ）、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン（ｐｈｅｎａｎｔｈｒｉｄｉｎｅ）、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオロセイン、ローダミン、クマリンおよび色素が挙げられるがこれらに限定されない。
本発明になじみやすい好ましい共役基としては、コレステロール部分のような脂質部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３）；コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３）；チオエーテル（例えば、ヘキシル−Ｓ−トリチルチオール）（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６；Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．，１９９３，３，２７６５）；チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３）；脂肪族鎖（例えば、ドデカンジオール残基またはウンデシル残基）（Ｓａｉｓｏｎ−Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１；Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９）；リン脂質（例えば、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールまたはトリエチル−アンモニウム−１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホネート）（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１；Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７）；ポリアミン鎖もしくはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９）；酢酸アダマンタン（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１）；パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９）；または、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３）が挙げられる。
当該分野で公知のもののような連結基または二官能性連結部分は、本明細書中に提供される化合物になじみやすい。連結基は、化学的な官能基、共役基、レポーター基および他の基を、例えば、オリゴマー性化合物のような親化合物内の選択的な部位に結合するために有用である。一般に、二官能性の連結部分は、２つの官能基を有するヒドロカルビル部分を含む。官能基のうちの一方は、関心のある親分子または化合物に結合するために選択され、そして、もう一方は、化学的な官能基または共役基のような本質的に任意の選択された基を結合するために選択される。いくつかの実施形態では、リンカーは、エチレングリコールまたはアミノ酸ユニットのような反復ユニットの鎖構造またはオリゴマーを含む。二官能性連結部分において慣用的に使用される官能基の例としては、求核性基と反応させるための求電子性試薬、および求電子性基と反応させるための求核性試薬が挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、二官能性の連結部分としては、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、不飽和部分（例えば、二重結合または三重結合）などが挙げられる。二官能性連結部分のいくつかの非限定的な例としては、８−アミノ−３，６−ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボン酸スクシンイミジル（ＳＭＣＣ）および６−アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が挙げられる。他の連結基としては、置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、置換もしくは非置換のＣ２〜Ｃ１０アルケニル、または置換もしくは非置換のＣ２〜Ｃ１０アルキニルが挙げられるがこれらに限定されず、好ましい置換基の非限定的なリストとしては、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニルおよびアルキニルが挙げられる。
５．合成、精製および解析
修飾および非修飾のヌクレオシドおよびヌクレオチドのオリゴマー化は、ＤＮＡ（Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｆｏｒ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｓ，Ｅｄ．Ａｇｒａｗａｌ（１９９３），Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ）および／またはＲＮＡ（Ｓｃａｒｉｎｇｅ，Ｍｅｔｈｏｄｓ（２００１），２３，２０６−２１７．Ｇａｉｔ ｅｔ ａｌ．，Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｃａｌｌｙ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄ ＲＮＡ ｉｎ ＲＮＡ：Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ，Ｅｄ．Ｓｍｉｔｈ（１９９８），１−３６．Ｇａｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ （２００１），５７，５７０７−５７１３）についての文献の手順に従って慣用的に行われ得る。
本明細書中に提供されるオリゴマー性化合物は、固相合成の周知の技術によって、簡便に、かつ慣用的に作製され得る。このような合成のための設備は、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｒｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を含むいくつかの売り手によって販売される。当該分野で公知のこのような合成のための任意の手段が、さらに、もしくは代替的に用いられ得る。ホスホロチオエートおよびアルキル化誘導体のようなオリゴヌクレオチドを調製するために類似の技術を用いることは周知である。本発明は、アンチセンス化合物の合成方法によって制限されない。
オリゴマー性化合物の精製および合成の方法は、当業者に公知である。分析方法としては、キャピラリー電気泳動（ＣＥ）および電気スプレー質量分光法が挙げられる。このような合成および分析の方法は、マルチウェルプレートにて行われ得る。本発明の方法は、オリゴマーの精製方法により制限されない。
Ｄ．アンチセンス
アンチセンスの機構は全て、化合物の標的核酸とのハイブリッド形成を必要とするものであり、ここで、ハイブリッド形成の結果または作用は、標的の分解または標的の占有のいずれかであり、同時に、細胞機構の関与（例えば、転写またはスプライシング）を回避する。
標的の分解を伴うアンチセンス機構の１つのタイプは、ＲＮａｓｅ Ｈを含む。ＲＮａｓｅ Ｈは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞内エンドヌクレアーゼである。当該分野では、「ＤＮＡ様」である短鎖アンチセンス化合物が、哺乳動物細胞におけるＲＮＡｓｅ Ｈ活性を誘導することが知られる。したがって、ＲＮａｓｅ Ｈの活性化は、ＲＮＡ標的の切断をもたらし、それによって、ＤＮＡ様オリゴヌクレオチド媒介性の遺伝子発現の阻害の効率を大いに高める。
特定の実施形態では、化学的に修飾されたアンチセンス化合物は、非修飾ＤＮＡよりも高い標的ＲＮＡに対する親和性を有する。特定のこのような実施形態では、このより高い親和性は、次いで、効力の増加をもたらし、このような化合物の投与用量の低下、潜在的な毒性の低下、ならびに、治療指数の改善および治療の全体的なコストの低下を可能にする。
本開示は、化学的に修飾された高親和性ヌクレオチドおよびヌクレオシドの、アンチセンス化合物内への組み込みが、細胞、組織および動物（ヒトを含むがこれに限定されない）において標的ＲＮＡおよび／または標的タンパク質を減少させるのに有用な、効力が増大しかつ治療指数が改善された、長さ８〜１６核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物の設計を可能にする。したがって、特定の実施形態では、本明細書中に、インビボにおいて標的ＲＮＡを減少させるのに有用な高親和性ヌクレオチド修飾を含む短鎖アンチセンス化合物が提供される。特定のこのような短鎖アンチセンス化合物は、先に記載したアンチセンス化合物よりも低い用量で有効であり、毒性および処置のコストの低下を可能にする。さらに、特定の短鎖アンチセンス化合物は、経口投薬についてより高い潜在能力を有する。
より強力なアンチセンス化合物に対する需要に対処するために、本明細書中では、より長い化合物に関してインビボでの活性が増加した短鎖アンチセンス化合物（長さ８〜１６ヌクレオチド、好ましくは９〜１５ヌクレオチド、より好ましくは９〜１４ヌクレオチド、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチド）が提供される。特定の短鎖アンチセンス化合物は、化合物の３’末端および５’末端（ウィング）上に、高親和性の化学的に修飾されたヌクレオチドを含むギャップマー化合物である。特定の実施形態では、高親和性修飾ヌクレオチドの付加することで、アンチセンス化合物が、その長さがより短いにもかかわらず、インビボでのその意図される標的ＲＮＡに対して活性でありかつ特異的であることを可能にする。本明細書中では、ウィングの各々が独立して１〜３の高親和性修飾ヌクレオチドを含む短鎖アンチセンス化合物が企図される。特定の実施形態では、高親和性修飾は糖修飾である。高親和性修飾ヌクレオチドとしては、ＢＮＡまたは他の２’−修飾ヌクレオチド（例えば、２’−ＭＯＥヌクレオチド）が挙げられるがこれらに限定されない。また、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合（例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を有する短鎖アンチセンス化合物も企図される。特定の実施形態では、本発明の短鎖アンチセンス化合物は、全てホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有し得る。短鎖アンチセンス化合物は、必要に応じて、共役基を含む。本明細書中で示されるように、短鎖アンチセンス化合物は、ＤＮＡに対して有するよりも高い標的ＲＮＡに対する親和性を有し、そして、標的ｍＲＮＡの減少によって、ならびに、種々の疾患の徴候の改善によって示されるように、インビボで有意により強力である。
本明細書中で使用される場合、グルコースの代謝もしくはクリアランス、脂質代謝、コレステロール代謝、または、インシュリン代謝に関与するＲＮＡは、これらのプロセスを調節する生化学経路に関与するあらゆるＲＮＡである。このようなＲＮＡは当該分野で周知である。標的遺伝子の例としては、ＡｐｏＢ−１００（ＡＰＯＢ；Ａｇ（ｘ）抗原；ａｐｏＢ−４８；アポリポタンパク質Ｂ；アポリポタンパク質Ｂ−１００；アポリポタンパク質Ｂ−４８としても公知）およびＧＣＧＲ（グルカゴンレセプター；ＧＲとしても公知）、ＣＲＰ、ＤＧＡＴ２、ＧＣＣＲ、ＰＣＳＫ９、ＰＴＥＮ、ＰＴＰ１Ｂ、ＳＧＬＴ２およびＳＯＤ１が挙げられるがこれらに限定されない。
１．標的発現の調節
特定の実施形態では、標的が同定され、そして、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、その標的またはその発現を調節するように設計される。特定の実施形態では、標的核酸分子に対するオリゴマー性化合物の設計は、多工程プロセスであり得る。代表的には、プロセスは、標的タンパク質の同定から開始され、そして、その標的タンパク質の活性が調節され、次いで、その発現が標的タンパク質をもたらす核酸を同定する。特定の実施形態では、アンチセンス化合物の設計は、標的化された核酸分子に対してハイブリッド形成可能なアンチセンス化合物をもたらす。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスオリゴヌクレオシドである。特定の実施形態では、アンチセンス化合物と標的核酸とは、互いに相補的である。特定のこのような実施形態では、アンチセンス化合物は、標的核酸に対して完全に相補的である。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、１つのミスマッチを含む。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は２つのミスマッチを含む。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は３以上のミスマッチを含む。
標的核酸の発現の調節は、任意の数の核酸の機能を変更することによって達成され得る。特定の実施形態では、調節されるべきＲＮＡの機能としては、転移機能（タンパク質翻訳の部位へのＲＮＡの転移、ＲＮＡ合成部位から離れた細胞内の部位へのＲＮＡの転移を含むがこれらに限定されない）、およびＲＮＡからのタンパク質の翻訳が挙げられるがこれらに限定されない。調節され得るＲＮＡのプロセシング機能としては、１以上のＲＮＡ種を得るためのＲＮＡのスプライシング、ＲＮＡのキャッピング、ＲＮＡの３’成熟、およびＲＮＡを伴う触媒的活性もしくは複合体の形成（ＲＮＡが関与し得るか、または、ＲＮＡにより促進され得る）が挙げられるがこれらに限定されない。発現の調節は、一過的、または、正味の定常状態レベルのいずれかにより、１以上の核酸種のレベルの上昇、または、１以上の核酸種のレベルの低下をもたらし得る。したがって、一実施形態では、発現の調節は、標的ＲＮＡまたはタンパク質レベルの増加または減少を意味し得る。別の実施形態では、発現の調節とは、１以上のＲＮＡのスプライシング産物の増加もしくは減少、または、２以上のスプライシング産物の割合における変化を意味し得る。
特定の実施形態では、標的遺伝子の発現は、約８〜約１６モノマー、好ましくは９〜１５モノマー、より好ましくは９〜１４モノマー、より好ましくは１０〜１４モノマー（すなわち、約８〜約１６の連結されたモノマー）を含むオリゴマー性化合物を用いて調節される。当業者は、このことが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６の核酸塩基の１以上のアンチセンス化合物を用いて標的遺伝子の発現を調節する方法を包含するものと理解する。
特定の実施形態では、標的遺伝子を調節する方法は、長さ８核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子を調節する方法は、長さ９核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子を調節する方法は、長さ８核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子を調節する方法は、長さ１０核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子を調節する方法は、長さ１０核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子を調節する方法は、長さ１１核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子を調節する方法は、長さ１２核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子を調節する方法は、長さ１３核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子を調節する方法は、長さ１４核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子を調節する方法は、長さ１５核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子を調節する方法は、長さ１６核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
特定の実施形態では、標的遺伝子の発現を調節する方法は、９〜１５モノマーを含む短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子の発現を調節する方法は、１０〜１５モノマーを含む短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子の発現を調節する方法は、１２〜１４モノマーを含む短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、標的遺伝子の発現を調節する方法は、１２または１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
２．ハイブリッド形成
特定の実施形態では、特異的な結合が所望される条件下、すなわち、インビボアッセイもしくは治療的な処置の場合には生理学的条件下、そして、インビトロアッセイの場合にはアッセイが行われる条件下で、アンチセンス化合物の非標的核酸配列に対する非特異的な結合を回避するのに十分な程度の相補性が存在する場合、アンチセンス化合物は特異的にハイブリッド形成する。
本明細書中で使用される場合、「ストリンジェントなハイブリッド形成条件」または「ストリンジェントな条件」は、アンチセンス化合物がその標的配列に対してはハイブリッド形成するが、最小数の他の配列とはハイブリッド形成しない条件を指す。ストリンジェントな条件は、配列依存的であり、異なる状況下では異なる。そして、「ストリンジェントな条件」（この条件下でアンチセンス化合物が標的配列に対してハイブリッド形成する）は、アンチセンス化合物の性質および組成、ならびに、それらが調べられるべきアッセイによって決定される。
３．相補性
ヌクレオチドの親和性修飾の取り込みは、非修飾化合物と比較して、より多い数のミスマッチを許容し得ることが当該分野で理解される。同様に、特定のオリゴヌクレオチド配列は、他のオリゴヌクレオチド配列よりもミスマッチに対して耐性であり得る。当業者は、例えば、溶融温度（Ｔｍ）を決定することにより、オリゴヌクレオチド間、または、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の、適切なミスマッチの数を決定し得る。ＴｍまたはＴｍは、当業者にはよく知られた技術によって算出され得る。例えば、Ｆｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５，２２：４４２９−４４４３）に記載された技術により、当業者は、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖の溶融温度を上昇させる能力について、ヌクレオチドの修飾を評価することができる。
４．同一性
アンチセンス化合物またはその一部分は、配列番号、または、特定のＩｓｉｓ番号を有する化合物に対して、規定された同一性の割合を有し得る。本明細書中で使用される場合、配列は、同じ核酸塩基対形成の能力を有する場合、本明細書中に開示される配列と同一である。例えば、本明細書中に記載される化合物の開示される配列中で、チミジンの代わりにウラシルを含むＲＮＡは、これらが共にアデニンと対形成をすることから、同一であるとみなされる。この同一性は、オリゴマー性化合物の全長にわたるものであっても、アンチセンス化合物の一部分におけるものであってもよい（例えば、配列番号に対するオリゴマー性化合物の同一性の割合を決定するために、２７マーの核酸塩基の１〜２０は、２０マーに対して比較され得る）。アンチセンス化合物は、本明細書中に記載されるアンチセンス化合物と類似するように機能するよう、本明細書中に記載される配列と同一の配列番号を有する必要はないことが当業者により理解される。本明細書中に教示されるアンチセンス化合物の短縮バージョン、または、本明細書中に教示されるアンチセンス化合物の非同一バージョンもまた本明細書中に提供される。非同一バージョンは、各塩基が、本明細書中に開示されるアンチセンス化合物と同じ対形成活性を有さないバージョンである。塩基は、より短いか、または、少なくとも１つの無塩基部位を有することにより、同じ対形成活性を有さない。あるいは、非同一バージョンは、異なる対形成活性を有する異なる塩基で置き換えられた少なくとも１つの塩基を含み得る（例えば、Ｇは、Ｃ、ＡまたはＴで置き換えられ得る）。同一性の割合は、比較先の配列番号またはアンチセンス化合物に対応する同一の塩基対形成を有する塩基の数に従って算出される。同一でない塩基は、互いに隣接し得るか、オリゴヌクレオチド全体に分散し得るか、またはこれらの両方であり得る。
例えば、２０マーの核酸塩基２〜１７と同じ配列を有する１６マーは、その２０マーに対し８０％同一である。あるいは、２０マーに対して同一ではない４つの核酸塩基を含む２０マーもまた、その２０マーに対して８０％同一である。１８マーの核酸塩基１〜１４と同じ配列を有する１４マーは、その１８マーに対して７８％同一である。このような計算は、十分に当業者の技量の範囲内である。
同一性の割合は、修飾された配列の一部分に存在する元の配列における核酸塩基の割合に基づく。したがって、２０核酸塩基の活性な標的セグメントの相補体の完全配列を含む３０核酸塩基のアンチセンス化合物は、その２０核酸塩基の活性な標的セグメントの相補体に対して１００％同一である部分を有する一方で、さらに、追加の１０核酸塩基の部分を含む。この本説明の文脈において、活性な標的セグメントの相補体は、単一の部分を構成し得る。好ましい実施形態では、本明細書中に提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書中に提示される活性な標的セグメントの相補体の少なくとも一部分に対して、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一である。
Ｅ．標的核酸、領域およびセグメント
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、任意の標的核酸を標的とするように設計され得る。特定の実施形態では、標的核酸は、臨床的に問題とされる標的をコードする。このような実施形態では、標的核酸の調節は、臨床上の利益をもたらす。特定の標的核酸としては、表１に示される標的核酸が挙げられるがこれらに限定されない。
特定の実施形態では、標的核酸は、ＡｐｏＢをコードする核酸分子である。ＡｐｏＢをコードする核酸分子としては、配列番号１および配列番号２が挙げられるがこれらに限定されない。
特定の実施形態では、標的核酸は、ＳＧＬＴ２をコードする核酸分子である。ＳＧＬＴ２をコードする核酸分子としては、配列番号３が挙げられるがこれに限定されない。
特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９をコードする核酸分子である。ＰＣＳＫ９をコードする核酸分子としては、配列番号４が挙げられるがこれに限定されない。
特定の実施形態では、標的核酸は、ＳＯＤ１をコードする核酸分子である。ＳＯＤ１をコードする核酸分子としては、配列番号５が挙げられるがこれに限定されない。
特定の実施形態では、標的核酸は、ＣＲＰをコードする核酸分子である。ＣＲＰをコードする核酸分子としては、配列番号６が挙げられるがこれに限定されない。
特定の実施形態では、標的核酸は、ＧＣＣＲをコードする核酸分子である。ＧＣＣＲをコードする核酸分子としては、配列番号７および配列番号８が挙げられるがこれらに限定されない。
特定の実施形態では、標的核酸は、ＧＣＧＲをコードする核酸分子である。ＧＣＧＲをコードする核酸分子としては、配列番号９が挙げられるがこれに限定されない。
特定の実施形態では、標的核酸は、ＤＧＡＴ２をコードする核酸分子である。ＤＧＡＴ２をコードする核酸分子としては、配列番号１０が挙げられるがこれに限定されない。
特定の実施形態では、標的核酸は、ＰＴＰ１Ｂをコードする核酸分子である。ＰＴＰ１Ｂをコードする核酸分子としては、配列番号１１および配列番号１２が挙げられるがこれらに限定されない。
特定の実施形態では、標的核酸は、ＰＴＥＮをコードする核酸分子である。ＰＴＥＮをコードする核酸分子としては、配列番号１４または配列番号１５が挙げられるがこれらに限定されない。
Figure 2009536037
 標的化のプロセスは通常、アンチセンスの相互作用が生じ、結果として所望の作用がもたらされるように、標的の領域、セグメントまたは標的核酸内の部位のうち少なくとも１つの決定を含む。
特定の実施形態では、標的領域の最も５’側のヌクレオチドは、短鎖アンチセンス化合物の５’標的部位であり、そして、標的領域の最も３’側のヌクレオチドは、短鎖アンチセンス化合物の３’標的部位である。特定の実施形態では、標的領域の最も５’側のヌクレオチドは、短鎖アンチセンス化合物の５’標的部位であり、そして、標的領域の最も３’側のヌクレオチドは、異なる短鎖アンチセンス化合物の３’標的部位である。特定の実施形態では、標的領域は、５’標的部位または３’標的部位の１０、１５または２０ヌクレオチド内にヌクレオチド配列を含む。
特定の実施形態では、標的領域は、核酸の構造的に規定された領域である。例えば、特定のこのような実施形態では、標的領域は、３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲ、エキソン、イントロン、コード領域、翻訳開始領域、翻訳終止領域、または他の規定される核酸領域を包含し得る。
それに対して標的化された１以上の活性な短鎖アンチセンス化合物を有することによって規定される標的核酸における位置は、「活性な標的セグメント」と称される。特定の実施形態では、それに対して標的化された１以上の活性な短鎖アンチセンス化合物を有する標的核酸は、標的ＲＮＡである。活性な標的セグメントが複数の短鎖アンチセンス化合物によって規定される場合、化合物は、好ましくは、標的配列における約１０以下のヌクレオチド、より好ましくは、標的配列における約５以下のヌクレオチドによって隔てられ、なおより好ましくは、短鎖アンチセンス化合物は連続しており、最も好ましくは、短鎖アンチセンス化合物は重なっている。活性な標的セグメント内の短鎖アンチセンス化合物の活性（例えば、阻害の割合により規定される）には、実質的なバリエーションが存在し得る。活性な短鎖アンチセンス化合物は、その標的核酸（標的ＲＮＡが挙げられるがこれに限定されない）の発現を調節するものである。活性な短鎖アンチセンス化合物は、その標的ＲＮＡの発現を少なくとも１０％、好ましくは２０％阻害する。好ましい実施形態では、活性な標的セグメントに対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の少なくとも約５０％、好ましくは約７０％は、その標的ＲＮＡの発現を少なくとも４０％調節する。より好ましい実施形態では、活性な短鎖アンチセンス化合物を規定するのに必要とされる阻害のレベルは、活性な標的セグメントを規定するために使用される選別からの結果に基づいて規定される。
適切な標的セグメントは、標的領域（この領域に対して活性な短鎖アンチセンス化合物が標的化される）の少なくとも約８核酸塩基の部分である。標的セグメントは、例示的な標的セグメントのうちの１つの５’末端からの少なくとも８個の連続する核酸塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡ配列を含み得る（同じＤＮＡまたはＲＮＡの連続する伸長部である残りの核酸塩基は、標的セグメントの５’末端の直ぐ上流から始まり、そして、そのＤＮＡまたはＲＮＡが約８〜約１６の核酸塩基を含むようになるまで続く）。標的セグメントはまた、例示的な標的セグメントのうちの１つの３’末端からの少なくとも８個の連続する核酸塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡ配列によっても表される（同じＤＮＡまたはＲＮＡの連続する伸長部である残りの核酸塩基は、標的セグメントの３’末端の直ぐ下流から始まり、そして、そのＤＮＡまたはＲＮＡが約８〜約１６の核酸塩基を含むようになるまで続く）。また、アンチセンス標的セグメントが、例示的な標的セグメントの配列の内部部分からの少なくとも８個の連続する核酸塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡ配列によって表され得ること、そして、短鎖アンチセンス化合物が約８〜約１６の核酸塩基を含むようになるまで、一方または両方の方向に伸長し得ることも理解される。本明細書中に例示される標的セグメントを手にした当業者は、過度の実験を行うことなしに、さらなる標的セグメントを同定することができる。
一旦、１以上の標的領域、セグメントまたは部位が同定されると、その標的に対して十分に相補的な（すなわち、十分に首尾よくかつ十分な特異性でハイブリッド形成して、所望の作用を与える）短鎖アンチセンス化合物が選択される。
短鎖アンチセンス化合物はまた、標的核酸分子に沿って、長さ８〜１６核酸塩基の任意の連続する核酸塩基を含む、標的核酸塩基配列の領域に対して標的化され得る。
例示される標的セグメント内から選択される少なくとも８個の連続した核酸塩基の伸長部を含む、長さ８〜１６核酸塩基の標的セグメントもまた、標的とするのに適切であると考えられる。したがって、短鎖アンチセンス化合物はまた、特定の５’標的部位において開始するような、本明細書中で同定されるこれらのセグメント内の８〜１６の核酸塩基も包含し得る。これらの領域の周囲、５０核酸塩基内、好ましくは２５核酸塩基内、より好ましくは１６核酸塩基内の、８、９、１０、１１、または、より好ましくは、１２、１３、１４、１５もしくは１６の連続した核酸塩基の任意のセグメントもまた、標的とするのに適切であると考えられる。
さらなる実施形態では、本明細書中で同定される「適切な標的セグメント」は、標的核酸の発現を調節するさらなる短鎖アンチセンス化合物についてのスクリーニングにおいて使用され得る。「モジュレーター」は、標的核酸の発現を増大または低下させ、そして、標的セグメントに対して相補的な少なくとも８個の核酸塩基部分を含む化合物である。スクリーニング方法は、核酸の標的セグメントを、１以上の候補モジュレーターと接触させる工程、および、標的核酸の発現を増大または低下させる１以上の候補モジュレーターを選択する工程を包含する。一旦、候補モジュレーターが標的核酸の発現を調節し得る（例えば、低下させるか、または、増大させる）ことが示されると、そのモジュレーターは、次いで、標的の機能のさらなる調査研究において、または、本発明に従う研究用、診断用または治療用の因子としての使用のために、使用され得る。
本明細書中で考察される全ての短鎖アンチセンス化合物について、配列、モノマー、モノマー性修飾およびモノマー性結合は、各々、独立して選択され得る。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、モチーフにより説明される。このような実施形態では、その配列および／またはモチーフが具体的に本明細書中で開示されていようがいまいが、任意のモチーフが、任意の配列と共に使用され得る。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、モチーフによる説明になじみにくい修飾を含む（例えば、化合物全体にわたって、種々の位置にいくつかの異なる修飾および／または結合を含む短鎖アンチセンス化合物）。このような組み合わせは、本明細書中に開示されていようがいまいが、任意の配列について組み込まれ得る。本願に添付する配列表は、化学的な修飾とは無関係に、特定の核酸配列を提供する。配列表は、必要に応じて、各配列を「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のいずれかとして同定するが、実際には、これらの配列は、化学的な修飾および／またはモチーフの任意の組み合わせで変更され得る。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、少なくとも１つの高親和性修飾されたモノマーを含む。特定の実施形態では、標的（ＡｐｏＢ−１００（また、ＡＰＯＢ；Ａｇ（ｘ）抗原；ａｐｏＢ−４８；アポリポタンパク質Ｂ；アポリポタンパク質Ｂ−１００；アポリポタンパク質Ｂ−４８としても公知）、ＧＣＧＲ（また、グルカゴンレセプター；ＧＲとしても公知）、ＣＲＰ、ＤＧＡＴ２、ＧＣＣＲ、ＰＣＳＫ９、ＰＴＥＮ、ＰＴＰ１Ｂ、ＳＧＬＴ２およびＳＯＤ１が挙げられるがこれらに限定されない）をコードする核酸分子に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物が提供される。特定のこのような実施形態では、このような短鎖アンチセンス化合物は、これらの標的のいずれかをコードする核酸分子に対して標的化される。
Ｆ．特定の標的
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、任意の標的を調節するように設計され得る。特定の実施形態では、標的は、臨床的に問題とされている。このような実施形態では、標的の調節は、臨床上の利益をもたらす。特定の標的は、腎臓において優先的に発現される。特定の標的は、肝臓において優先的に発現される。特定の標的は、代謝障害と関連している。特定の標的は、心血管障害と関連している。特定の実施形態では、標的は、ＡｐｏＢ、ＳＧＬＴ２、ＰＣＳＫ９、ＳＯＤ１、ＣＲＰ、ＧＣＣＲ、ＧＣＧＲ、ＤＧＡＴ２、ＰＴＰ１ＢおよびＰＴＥＮから選択される。特定の実施形態では、標的は、ＡｐｏＢ、ＳＧＬＴ２、ＰＣＳＫ９、ＳＯＤ１、ＣＲＰ、ＧＣＣＲ、ＧＣＧＲ、ＤＧＡＴ２およびＰＴＰ１Ｂから選択される。特定の実施形態では、標的は、ＳＧＬＴ２以外の任意のタンパク質である。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、インビボにおいて、肝臓および腎臓に特異的な標的ＲＮＡの減少を示す。このような特性は、これらの短鎖アンチセンス化合物を、代謝障害および心血管疾患に関与する多くの標的ＲＮＡの阻害に特に有用なものとする。したがって、本明細書中では、上記腎臓または肝臓の組織を、心血管障害または代謝障害に関連するＲＮＡに対して標的化された短鎖アンチセンス化合物に接触させることによって、心血管障害または代謝障害を処置する方法が提供される。したがって、本発明の短鎖アンチセンス化合物を用いて、種々の代謝疾患または心血管疾患の適応のいずれかを改善するための方法も提供される。
１．ＡｐｏＢ
ＡｐｏＢ（アポリポタンパク質Ｂ−１００；ＡｐｏＢ−１００；アポリポタンパク質Ｂ−４８；ＡｐｏＢ−４８およびＡｇ（ｘ）抗原としても公知）は、脂質の組み立ておよび分泌、ならびに、別の分類のリポタンパク質の輸送およびレセプター媒介性の取り込みおよび送達において、必須の役割を果たす大きな糖タンパク質である。ＡｐｏＢは、食べ物の脂質の吸収および処理から、循環中のリポタンパク質レベルの調節まで、種々の活動を行う（ＤａｖｉｄｓｏｎおよびＳｈｅｌｎｅｓｓ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｎｕｔｒ．，２０００，２０，１６９−１９３）。この後者の特性は、アテローム性動脈硬化症の罹患率の点でのその関連性の根拠を成し、これは、周囲のＡｐｏＢ含有リポタンパク質の濃度と大いに相関している（ＤａｖｉｄｓｏｎおよびＳｈｅｌｎｅｓｓ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｎｕｔｒ．，２０００，２０，１６９−１９３）。ＡｐｏＢ−１００は、ＬＤＬ−Ｃの主要なタンパク質成分であり、そして、このリポタンパク質種のＬＤＬレセプターとの相互作用に必要とされるドメインを含む。ＬＤＬ−Ｃレベルの上昇は、アテローム性動脈硬化症を含む心血管疾患に対する危険因子である。
定義
「ＡｐｏＢ」は、その発現が短鎖アンチセンス化合物の投与によって調節されるべき、遺伝子産物またはタンパク質である。
「ＡｐｏＢ核酸」は、ＡｐｏＢをコードするあらゆる核酸を意味する。例えば、特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸としては、ＡｐｏＢをコードするＤＮＡ配列、ＡｐｏＢをコードするＤＮＡから転写されたＲＮＡ配列、およびＡｐｏＢをコードするｍＲＮＡ配列が挙げられるがこれらに限定されない。
「ＡｐｏＢ ｍＲＮＡ」は、ＡｐｏＢをコードするｍＲＮＡを意味する。
ＡｐｏＢの治療上の適応
特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＡｐｏＢの発現を調節する方法を提供し、この方法は、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を投与する工程を包含する。特定の実施形態では、本発明は、個体を処置する方法を提供し、この方法は、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含む１以上の薬学的組成物を投与する工程を包含する。特定の実施形態では、個体は、高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症するリスク、冠動脈心疾患、冠動脈心疾患の病歴、早期発症した冠動脈心疾患、冠動脈心疾患についての１以上の危険因子、ＩＩ型糖尿病、脂質異常症を伴うＩＩ型糖尿病、脂質異常症、高トリグリセリド血症、高脂血症、過脂肪酸血症（ｈｙｐｅｒｆａｔｔｙａｃｉｄｅｍｉａ）、肝臓脂肪症、非アルコール性脂肪性肝炎、または非アルコール性脂肪肝病を有する。
脂質低下治療のためのガイドラインは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ｐｒｏｇｒａｍ（ＮＣＥＰ）のＡｄｕｌｔ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ Ｐａｎｅｌ ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）によって２００１年に確立され、そして、２００４年に更新された（Ｇｒｕｎｄｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００４，１１０，２２７−２３９）。このガイドラインは、ＬＤＬ−Ｃ、総コレステロールおよびＨＤＬ−Ｃのレベルの決定のために、代表的には、食事の９〜１２時間後に、完全なリポタンパク質プロフィールを得ることを含む。最も最近に確立されたガイドラインによれば、１３０〜１５９ｍｇ／ｄＬ、１６０〜１８９ｍｇ／ｄＬ、および１９０ｍｇ／ｄＬ以上のＬＤＬ−Ｃレベルは、それぞれ、境界線上の高さ、高い、および非常に高い、とみなされる。２００〜２３９ｍｇ／ｄＬおよび２４０ｍｇ／ｄＬ以上の総コレステロールレベルは、それぞれ、境界線上の高さ、および高いとみなされる。４０ｍｇ／ｄＬ未満のＨＤＬ−Ｃレベルは、低いとみなされる。
特定の実施形態では、個体は、脂質低下治療が必要であるとして同定される。特定のこのような実施形態では、個体は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ｐｒｏｇｒａｍ（ＮＣＥＰ）のＡｄｕｌｔ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ Ｐａｎｅｌ ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）によって２００１年に確立され、そして、２００４年に更新されたガイドライン（Ｇｒｕｎｄｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００４，１１０，２２７−２３９）にしたがって、脂質低下治療が必要であるとして同定される。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１９０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１６０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１３０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１００ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１６０ｍｇ／ｄＬを下回るＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１３０ｍｇ／ｄＬを下回るＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１００ｍｇ／ｄＬを下回るＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。特定のこのような実施形態では、個体は、７０ｍｇ／ｄＬを下回るＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。
特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＡｐｏＢを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＡｐｏＢ含有リポタンパク質を減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＬＤＬ−Ｃを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＶＬＤＬ−Ｃを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＩＤＬ−Ｃを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体における非ＨＤＬ−Ｃを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＬｐ（ａ）を減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体における血清トリグリセリドを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体における肝トリグリセリドを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＯｘ−ＬＤＬ−Ｃを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体における小型のＬＤＬ粒子を減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体における小型のＶＬＤＬ粒子を減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるリン脂質を減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体における酸化されたリン脂質を減少させるための方法を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、被験体におけるＯｘ−ＬＤＬ−Ｃ濃度を減少させるための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、ＡｐｏＢ、ＬＤＬ−Ｃ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、総コレステロール、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、トリグリセリドまたはＯｘ−ＬＤＬ−Ｃの減少は、独立して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％および少なくとも１００％から選択される。特定のこのような実施形態では、ＡｐｏＢ、ＬＤＬ−Ｃ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、総コレステロール、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、トリグリセリドまたはＯｘ−ＬＤＬ−Ｃの減少は、独立して、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％および少なくとも７０％から選択される。特定のこのような実施形態では、ＡｐｏＢ、ＬＤＬ−Ｃ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、総コレステロール、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、トリグリセリドまたはＯｘ−ＬＤＬ−Ｃの減少は、独立して、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％および少なくとも７０％から選択される。
特定の実施形態では、本発明は、被験体におけるＨＤＬ−Ｃ濃度を上昇させるための方法を提供する。
特定の実施形態では、本発明により提供される方法は、ＨＤＬ−Ｃを低下させない。特定の実施形態では、本発明により提供される方法は、肝臓における脂質の蓄積をもたらさない。特定の実施形態では、本発明により提供される方法は、肝臓脂肪症を引き起こさない。
特定の実施形態では、本発明は、処置に伴う副作用を減少させつつ、被験体におけるＡｐｏＢ濃度を低下させるための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、副作用は、肝毒性である。特定のこのような実施形態では、副作用は、肝機能の異常である。特定のこのような実施形態では、副作用は、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）の上昇である。特定のこのような実施形態では、副作用は、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）の上昇である。
特定の実施形態では、本発明は、脂質低下治療の結果、目標のＬＤＬ−Ｃレベルに達しなかった被験体においてＡｐｏＢの濃度を低下させるための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、被験体に対して投与される唯一の脂質低下剤である。特定のこのような実施形態では、被験体は、推奨される脂質低下治療に従っていない。特定のこのような実施形態では、本発明の薬学的組成物は、さらに異なる脂質低下治療と同時に施される。特定のこのような実施形態では、さらなる脂質低下治療は、ＬＤＬ−アフェレーシスである。特定のこのような実施形態では、さらなる脂質低下治療は、スタチンである。特定のこのような実施形態では、さらなる脂質低下治療は、エゼチミブである。
特定の実施形態では、本発明は、スタチン不耐性の被験体においてＡｐｏＢの濃度を低下するための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、被験体は、スタチン投与の結果として、クレアチンキナーゼ濃度が増加している。特定のこのような実施形態では、被験体は、スタチン投与の結果として、肝機能の異常を有する。特定のこのような実施形態では、被験体は、スタチン投与の結果として、筋肉痛を有する。特定のこのような実施形態では、被験体は、スタチン投与の結果として、中枢神経系の副作用を有する。特定の実施形態では、被験体は、推奨されるスタチン投与に従っていない。
特定の実施形態では、本発明は、被験体における肝トリグリセリドを低下させるための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、被験体は、肝トリグリセリドが上昇している。特定のこのような実施形態では、被験体は、脂肪性肝炎を有する。特定のこのような実施形態では、被験体は、脂肪症を有する。特定のこのような実施形態では、肝トリグリセリドレベルは、磁気共鳴画像法により測定される。
特定の実施形態では、本発明は、被験体における冠動脈心疾患のリスクを低下させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、被験体におけるアテローム性動脈硬化症の進行を遅らせるための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、本発明は、被験体におけるアテローム性動脈硬化症の進行を停止させるための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、本発明は、被験体におけるアテローム性プラークのサイズおよび／または有病率を減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、提供される方法は、アテローム性動脈硬化症を発症する被験体のリスクを低下させる。
特定の実施形態では、提供される方法は、被験体における心血管系の結果を改善する。特定のこのような実施形態では、改善された心臓血管系の結果は、冠動脈心疾患を発症するリスクの低下である。特定のこのような実施形態では、改善された心臓血管系の結果は、１以上の主要な心血管事象（死、心筋梗塞、再梗塞、発作、心原性ショック、肺浮腫、心停止および心房性不整脈が挙げられるがこれらに限定されない）の発生の減少である。特定のこのような実施形態では、改善された心血管系の結果は、頚動脈内膜中膜厚の改善により実証される。特定のこのような実施形態では、頚動脈内膜中膜厚の改善は、厚みの減少である。特定のこのような実施形態では、頚動脈内膜中膜厚の改善は、内膜中膜厚の増加の防止である。
特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物は、治療において使用するためのものである。特定の実施形態では、治療は、個体における、ＬＤＬ−Ｃ、ＡｐｏＢ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、血清トリグリセリド、肝トリグリセリド、Ｏｘ−ＬＤＬ−Ｃ、小型ＬＤＬ粒子、小型ＶＬＤＬ、リン脂質、または酸化されたリン脂質の減少である。特定の実施形態では、治療は、高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症するリスク、冠動脈心疾患、冠動脈心疾患の病歴、早期発症した冠動脈心疾患、冠動脈心疾患についての１以上の危険因子、ＩＩ型糖尿病、脂質異常症を伴うＩＩ型糖尿病、脂質異常症、高トリグリセリド血症、高脂血症、過脂肪酸血症、肝臓脂肪症、非アルコール性脂肪性肝炎、または非アルコール性脂肪肝病の処置である。さらなる実施形態では、治療は、ＣＨＤリスクの低下である。特定の実施形態では、治療は、アテローム性動脈硬化症の予防である。特定の実施形態では、治療は、冠動脈心疾患の予防である。
特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物は、医薬の調製のために使用される。個体における、ＬＤＬ−Ｃ、ＡｐｏＢ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、血清トリグリセリド、肝トリグリセリド、Ｏｘ−ＬＤＬ−Ｃ、小型ＬＤＬ粒子、小型ＶＬＤＬ、リン脂質、または酸化されたリン脂質を減少させるための特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物は、冠動脈心疾患のリスクを低下させるための医薬の調製のために使用される。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症するリスク、冠動脈心疾患、冠動脈心疾患の病歴、早期発症した冠動脈心疾患、冠動脈心疾患についての１以上の危険因子、ＩＩ型糖尿病、脂質異常症を伴うＩＩ型糖尿病、脂質異常症、高トリグリセリド血症、高脂血症、過脂肪酸血症、肝臓脂肪症、非アルコール性脂肪性肝炎、または非アルコール性脂肪肝病の処置のための医薬の調製のために使用される。
ＡｐｏＢの併用治療
特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する１以上の薬学的組成物は、１以上の他の薬学的因子と同時に投与される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物と同じ疾患または状態を処置するように設計される。特定のこのような実施形態では、１以上の薬学的因子は、脂質低下剤である。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物と異なる疾患または状態を処置するように設計される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物の望ましくない作用を処置するように設計される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物は、その他の薬学的因子の望ましくない作用を処置するために、別の薬学的因子と同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、異なる時点で投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、単一の処方物内で一緒に調製される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、別々に調製される。
特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子としては、脂質低下剤が挙げられる。特定のこのような実施形態では、本発明の薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子としては、アトルバスタチン、シンバスタチン、ロスバスタチンおよびエゼチミブが挙げられるがこれらに限定されない。特定のこのような実施形態では、脂質低下剤は、本発明の薬学的組成物の投与の前に投与される。特定のこのような実施形態では、脂質低下剤は、本発明の薬学的組成物の投与の後に投与される。特定のこのような実施形態では、脂質低下剤は、本発明の薬学的組成物と同時に投与される。特定のこのような実施形態では、同時に投与される脂質低下剤の用量は、脂質低下剤が単独で投与される場合に投与される用量と同じである。特定のこのような実施形態では、同時に投与される脂質低下剤の用量は、脂質低下剤が単独で投与される場合に投与される用量よりも少ない。特定のこのような実施形態では、同時に投与される脂質低下剤の用量は、脂質低下剤が単独で投与される場合に投与される用量よりも多い。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビターである。特定のこのような実施形態では、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビターは、スタチンである。特定のこのような実施形態では、スタチンは、アトルバスタチン、シンバスタチン、プラバスタチン、フルバスタチンおよびロスバスタチンから選択される。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、コレステロール吸収阻害薬である。特定のこのような実施形態では、コレステロール吸収阻害薬は、エゼチミブである。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、同時に処方されるＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビターおよびコレステロール吸収阻害薬である。特定のこのような実施形態では、同時に処方される脂質低下剤は、エゼチミブ／シンバスタチンである。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、ミクロソームトリグリセリド転移タンパク質インヒビター（ＭＴＰインヒビター）である。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、胆汁酸金属イオン封鎖剤である。特定のこのような実施形態では、胆汁酸金属イオン封鎖剤は、コレスチラミン、コレスチポールおよびコレセベラムから選択される。特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、ニコチン酸である。特定のこのような実施形態では、ニコチン酸は、即時放出性ニコチン酸、延長放出性ニコチン酸および持続放出性ニコチン酸から選択される。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、フィブリン酸である。特定のこのような実施形態では、フィブリン酸は、ゲムフィブロジル、フェノフィブラート、クロフィブラート、ベザフィブラートおよびシプロフィブラートから選択される。
ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子のさらなる例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：コルチコステロイド（プレドニゾンが挙げられるがこれに限定されない）；免疫グロブリン（静脈内免疫グロブリン（ＩＶＩｇ）が挙げられるがこれに限定されない）；鎮痛剤（例えば、アセトアミノフェン）；抗炎症剤（非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ＣＯＸ−１インヒビターおよびＣＯＸ−２インヒビター）が挙げられるがこれらに限定されない）；サリチル酸；抗生物質；抗ウイルス薬；抗真菌剤；抗糖尿病剤（例えば、ビグアナイド、グルコシダーゼ阻害剤、インシュリン、スルホニル尿素およびチアゾリジンジオン）；アドレナリン作動性修飾物質；利尿薬；ホルモン（例えば、同化性ステロイド、アンドロゲン、エストロゲン、カルシトニン、プロゲスチン、ソマトスタチンおよび甲状腺ホルモン）；免疫調節因子；筋弛緩剤；抗ヒスタミン薬；骨粗しょう症剤（例えば、ビホスホネート、カルシトニンおよびエストロゲン）；プロスタグランジン、抗新生物剤；精神療法剤；鎮静薬；ウルシ属の非常に有毒な低木（ｐｏｉｓｏｎ ｏａｋ ｏｒ ｐｏｉｓｏｎ ｓｕｍａｃ）の生成物；抗体；およびワクチン。
特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物は、脂質低下治療と組み合わせて投与され得る。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療は、治療的なライフスタイルの変化である。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療は、ＬＤＬアフェレーシスである。
一実施形態では、本明細書中に提供されるアンチセンス化合物は、ヒト被験体におけるアポリポタンパク質Ｂ含有リポタンパク質のレベルを低下させるために使用され得る。本明細書中で使用される場合、「アポリポタンパク質Ｂ含有リポタンパク質」は、そのタンパク質成分としてアポリポタンパク質Ｂを有し、そして、ＬＤＬ、ＶＬＤＬ、ＩＤＬおよびリポタンパク質（ａ）を含むと理解されるあらゆるリポタンパク質を指す。ＬＤＬ、ＶＬＤＬ、ＩＤＬおよびリポタンパク質（ａ）は、各々が、１分子のアポリポタンパク質Ｂを含み、したがって、血清アポリポタンパク質Ｂの測定は、これらのリポタンパク質の総数を反映する。当該分野で公知であるように、上述のリポタンパク質の各々は、アテローム発生性である。したがって、血清中の１以上のアポリポタンパク質Ｂ含有リポタンパク質の低下は、ヒト被験体に対して、治療上の利益を提供し得る。小型のＬＤＬ粒子は、大型のＬＤＬ粒子と比較して、特にアテローム発生性であると考えられ、したがって、小型のＬＤＬ粒子の低下は、ヒト被験体に治療上の利益を提供し得る。さらなる脂質パラメータもまた、被験体において決定され得る。総コレステロール：ＨＤＬの比、または、ＬＤＬ：ＨＤＬの比の低下は、コレステロールの比において、臨床的に望ましい改善である。同様に、脂質レベルの上昇を示すヒトにおいて、血清トリグリセリドを減少させることも臨床上望ましい。
被験体において測定され得る心血管疾患の他の指標としては、血清ＬＤＬ粒子のサイズ；血清ＬＤＬコレステリルエステルの濃度；血清ＬＤＬコレステリルエステルの組成；血清ＬＤＬコレステリルエステルの多価不飽和の程度；および血清ＬＤＬコレステロールのレベルが挙げられる。本明細書中で使用される場合、「血清ＬＤＬ粒子のサイズ」は、血清ＬＤＬ粒子のサイズの分類（非常に小さい、小さい、中ぐらい、または大きいのいずれかであり得、代表的には、ｇ／μｍｏｌで表される）を指す。本発明の文脈において、「血清ＬＤＬコレステリルエステルの濃度」は、ＬＤＬ粒子中に存在するコレステリルエステルの量を意味し、そして、代表的には、ｍｇ／ｄＬとして測定される。本発明の文脈において、「血清ＬＤＬコレステリルエステルの組成」は、血清ＬＤＬ粒子中に存在する、飽和、一価不飽和および多価不飽和のコレステリルエステル脂肪酸の割合の測定値である。「血清ＬＤＬコレステリルエステルの多価不飽和の程度」は、血清ＬＤＬ粒子中の多価不飽和コレステリルエステル脂肪酸の割合を意味する。
分析のための血清または血漿サンプルを得る方法、および、分析を可能にするように血清サンプルを調製する方法は、当業者に周知である。リポタンパク質、コレステロール、トリグリセリドおよびコレステリルエステルの測定に関して、用語「血清」および「血漿」は、本明細書中で交換可能に使用される。
別の実施形態では、本明細書中に提供されるアンチセンス化合物は、代謝障害を処置するために使用され得る。種々のバイオマーカーは、代謝疾患を評価するために使用され得る。例えば、血中グルコースレベルは、一般に利用可能な検査キットまたはグルコメーター（例えば、Ａｓｃｅｎｓｉａ ＥＬＩＴＥＴＭキット、Ａｓｃｅｎｓｉａ（Ｂａｙｅｒ）、Ｔａｒｒｙｔｏｗｎ ＮＹまたはＡｃｃｕｃｈｅｃｋ，Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）を用いて、医師によって、または、患者によってさえ、決定され得る。グリケート化されたヘモグロビン（ＨｂＡ１ｃ）もまた測定され得る。ＨｂＡ１ｃは、グルコースによる翻訳後修飾によってインビボで形成される、安定な微量のヘモグロビン改変体であり、主としてＮＨ２末端がグリケート化されたβ鎖を含む。ＨｂＡ１ｃのレベルと、先の３ヶ月にわたる平均血中グルコースレベルとの間には、強い相関が存在する。したがって、ＨｂＡ１ｃは、しばしば、持続的な血中グルコースの制御を測定するための「ゴールドスタンダート（ｇｏｌｄ ｓｔａｎｄａｒｄ）」として見られる（Ｂｕｎｎ，Ｈ．Ｆ．ｅｔ ａｌ．，１９７８，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２００，２１−７）。ＨｂＡ１ｃは、イオン交換ＨＰＬＣまたはイムノアッセイによって測定され得る；ＨｂＡ１ｃ測定のための自宅での採血および郵送のキットは、現在広く入手可能である。血清フルクトサミンは、安定なグルコース制御の別の指標であり、そして、比色法（Ｃｏｂａｓ Ｉｎｔｅｇｒａ，Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）により測定され得る。
ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された特定の短鎖アンチセンス化合物
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＧＥＮＢＡＮＫ（登録商標）アクセッション番号ＮＭ＿０００３８４．１（配列番号１として本明細書中に引用される）の配列を有するＡｐｏＢ核酸に対して標的化される。特定のこのような実施形態では、配列番号１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１に対して少なくとも９０％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１に対して少なくとも９５％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１に対して１００％相補的である。特定の実施形態では、配列番号１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、表２および表３に示されるヌクレオチド配列を含む。
表２および３における各配列番号に示されるヌクレオチド配列は、糖部分、モノマー性結合または核酸塩基に対する任意の修飾とは無関係である。したがって、配列番号により規定される短鎖アンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾を含み得る。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ ＮＯ．）により記載されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列と、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾との組み合わせを示す。
表２および３は、配列番号１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の例を示す。表２は、配列番号１に対して１００％相補的な短鎖アンチセンス化合物を示す。表３は、配列番号１に関して、１または２のミスマッチを有する短鎖アンチセンス化合物を示す。「ギャップマーのモチーフ」と題された欄は、各短鎖アンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは、２’−デオキシヌクレオチドを含み、各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは、２’−修飾された糖を含む。特定の２’−修飾糖もまた、ギャップマーのモチーフの欄に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は、２−１０−２のギャップマーモチーフであって、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントの両側に、２つのヌクレオチドのウィングセグメントが配置され、ここで、このウィングセグメントのヌクレオチドは、２’−ＭＯＥヌクレオチドであることを意味する。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。「非修飾シトシン」がギャップマーのモチーフの欄に列挙されない限り、短鎖アンチセンス化合物は、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含み、ギャップマーのモチーフの欄に「非修飾シトシン」が列挙される場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである。例えば、「ギャップ内にのみ５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有する一方で、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
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 特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド２６３〜２７８である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド２６３〜２７８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１６または１７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド２６３〜２７８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８１６または３７２８９４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド４２８〜４８３である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド４２８〜４８３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６または２７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド４２８〜４８３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８１７、３７２８９５、３７２８１８、３７２８９６、３７２８１９、３７２８９７、３７２８２０、３７２８９８、３７２８２１または３７２８９９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド４２８〜４５８である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド４２８〜４５８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４または２５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド４２８〜４５８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８１７、３７２８９５、３７２８１８、３７２８９６、３７２８１９、３７２８９７、３７２８２０または３７２８９８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド４６８〜４８３である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド４６８〜４８３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２６または２７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド４６８〜４８３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８２１または３７２８９９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド５８７〜６０７である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド５８７〜６０７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２８、２９、３０または３１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド５８７〜６０７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８２２、３７２９００、３７２８２３または３７２９０１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド７１５〜７３６である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド７１５〜７３６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド７１５〜７３６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３４６５８３、３４６５８４、３４６５８５、３４６５８６、３４６５８７、３４６５８８、３４６５８９、３４６５９０または３４６５９１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド９２９〜９４４である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド９２９〜９４４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４１または４２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド９２９〜９４４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８２４または３７２９０２から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド１２５６〜１３１９である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１２５６〜１３１９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４３、４４、４５または４６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１２５６〜１３１９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８２５、３７２９０３、３７２８２６または３７２９０４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド１２５６〜１２７１である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１２５６〜１２７１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４３または４４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１２５６〜１２７１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８２５または３７２９０３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド１３０４〜１３１９である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１３０４〜１３１９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４５または４６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１３０４〜１３１９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８２６または３７２９０４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド２１３５〜２１５０である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド２１３５〜２１５０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４７または４８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド２１３５〜２１５０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８２９または３７２９０７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド２７７４〜２７９４である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド２７７４〜２７９４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４９、５０、５１または５２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド２７７４〜２７９４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８３２、３７２９１０、３７２８３３または３７２９１１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド２９６１〜２９７６である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド２９６１〜２９７６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５３または５４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド２９６１〜２９７６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８３５または３７２９１３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド３２４８〜３２６９である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド３２４８〜３２６９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２または６３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド３２４８〜３２６９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３４６５９２、３４６５９３、３４６５９４、３４６５９５、３４６５９６、３４６５９７、３４６５９８、３４６５９９または３４６６００から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド３３５０〜３３７５である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド３３５０〜３３７５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号６４、６５、６６、６７、６８または６９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド３３５０〜３３７５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８３６、３７２９１４、３７２８３７、３７２９１５、３７２８３８または３７２９１６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド３４０９〜３４２４である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド３４０９〜３４２４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７０または７３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド３４０９〜３４２４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８３９、３８７４６１、３８０１４７または３７２９１７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド３５７３〜３５８８である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド３５７３〜３５８８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７４または７５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド３５７３〜３５８８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８４０または３７２９１８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド３７０１〜３７１６である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド３７０１〜３７１６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７６または７７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド３７０１〜３７１６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８４１または３７２９１９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド４２１９〜４２３４である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド４２１９〜４２３４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７８または７９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド４２１９〜４２３４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８４３または３７２９２１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド４３０１〜４３２３である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド４３０１〜４３２３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８０、８１、８２または８３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定の実施形態では、配列番号１のヌクレオチド４３０１〜４３２３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８４４、３７２９２２、３７２８４５または３７２９２３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド５５８８〜５６０９である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド５５８８〜５６０９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１または９２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド５５８８〜５６０９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３４６６０１、３４６６０２、３４６６０３、３４６６０４、３４６６０５、３４６６０６、３４６６０７、３４６６０８または３４６６０９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド５９２４〜５９３９である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド５９２４〜５９３９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９３または９４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド５９２４〜５９３９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８５１または３７２９２９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド６６６４〜６６７９である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド６６６４〜６６７９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９５または９６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド６６６４〜６６７９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８５４または３７２９３２から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド６９０８〜６９２３である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド６９０８〜６９２３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９７または９８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド６９０８〜６９２３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８５５または３７２９３３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド７１９０〜７２０５である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド７１９０〜７２０５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９９または１００から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド７１９０〜７２０５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８５６または３７２９３４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド７８１７〜７８３９である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド７８１７〜７８３９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０１、１０２、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０または１１１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド７８１７〜７８３９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８５８、３７２９３６、３４６６１０、３４６６１１、３４６６１２、３４６６１３、３４６６１４、３４６６１５、３４６６１６、３４６６１７または３４６６１８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド７９９５〜８０１０である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド７９９５〜８０１０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１２または１１３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド７９９５〜８０１０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８５９または３７２９３７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド８３３６〜８３５６である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド８３３６〜８３５６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１４、１１５、１１６または１１７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド８３３６〜８３５６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８６１、３７２９３９、３７２８６２または３７２９４０から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド８５３９〜８５５４である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド８５３９〜８５５４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１８または１１９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド８５３９〜８５５４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８６３または３７２９４１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド９３４４〜９３５９である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド９３４４〜９３５９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１２０または１２１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド９３４４〜９３５９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８７１または３７２９４９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド９５１５〜９５３０である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド９５１５〜９５３０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１２２または１２３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド９５１５〜９５３０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８７２または３７２９５０から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド９７９４〜９８０９である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド９７９４〜９８０９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１２４または１２５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド９７９４〜９８０９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８７５または３７２９５３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド１０１５７〜１０１８７である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１０１５７〜１０１８７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２または１３３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１０１５７〜１０１８７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８７７、３７２９５５、３７２８７８、３７２９５６、３７２８７９、３７２９５７、３７２８８０または３７２９５８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド１０８３８〜１０８５９である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１０８３８〜１０８５９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１または１４２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１０８３８〜１０８５９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３４６６１９、３４６６２０、３４６６２１、３４６６２２、３４６６２３、３４６６２４、３４６６２５、３４６６２６または３４６６２７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド１３６８９〜１３７１４である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１３６８９〜１３７１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１４３、１４４、１４５、１４６、１４７または１４８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１３６８９〜１３７１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２８９０、３７２９６８、３７２８９１、３７２９６９、３７２８９２または３７２９７０から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド１３９０７〜１３９２８である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１３９０７〜１３９２８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１４９、１５０、１５１、１５２、１５３、１５４、１５５、１５６または１５７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１３９０７〜１３９２８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３４６６２８、３４６６２９、３４６６３０、３４６６３１、３４６６３２、３４６６３３、３４６６３４、３４６６３５または３４６６３６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド１３９６３〜１３９８４である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１３９６３〜１３９８４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、１６３、１６４、１６５または１６６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１３９６３〜１３９８４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３４６６３７、３４６６３８、３４６６３９、３４６６４０、３４６６４１、３４６６４２、３４６６４３、３４６６４４または３４６６４５から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１のヌクレオチド１４０５１〜１４０７２である。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１４０５１〜１４０７２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４または１７５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１のヌクレオチド１４０５１〜１４０７２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３４６６４６、３４６６４７、３４６６４８、３４６６４９、３４６６５０、３４６６５１、３４６６５２、３４６６５３または３４６６５４から選択される。
特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８〜１６ヌクレオチド、好ましくは９〜１５ヌクレオチド、より好ましくは９〜１４ヌクレオチド、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、このような短鎖アンチセンス化合物は、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、短鎖ギャップマー（ｓｈｏｒｔギャップマー）である。特定のこのような実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖ギャップマーは、化合物の１以上のウィング内に少なくとも１つの高親和性修飾を含む。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、各ウィングに、１〜３の高親和性修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのヌクレオシドまたはヌクレオチドは、２’修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーはＢＮＡである。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーは、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは、２’位に、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択される置換基を含み、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々は、独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含む。特定の実施形態では、このギャップは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４のモノマーを含む。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のデオキシリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップ内のギャップ修飾（存在する場合）（ｇａｐ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ（ｉｆ ａｎｙ）ｇａｐ）は、その標的核酸に結合したときに、ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅ Ｈが挙げられるがこれに限定されない）による切断を支持するアンチセンス化合物をもたらす。
特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、一様なモノマー性結合を有する。特定のこのような実施形態では、これらの結合は全て、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、これらの結合は全て、ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、混合型バックボーンを有する。
特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８モノマーである。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９モノマーである。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０モノマーである。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１１モノマーである。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、いくつかのモノマーの長さである。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１３モノマーである。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１４モノマーである。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１５モノマーである。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１６モノマーである。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、９〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１０〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４モノマーを含む。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、本発明は、ＡｐｏＢの発現を調節する方法を提供する。特定の実施形態では、このような方法は、１以上のＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含し、ここで、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、約８〜約１６モノマー、好ましくは９〜１５モノマー、より好ましくは９〜１４モノマー、より好ましくは１０〜１４モノマー（すなわち、約８〜約１６の連結されたモノマー）である。当業者は、このことが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６のモノマーのＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物１つ以上を用いるＡｐｏＢの発現を調節する方法を包含することを理解する。
特定の実施形態では、ＡｐｏＢを調節する方法は、長さ８モノマーのＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＡｐｏＢを調節する方法は、長さ９モノマーのＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＡｐｏＢを調節する方法は、長さ１０モノマーのＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＡｐｏＢを調節する方法は、長さ１１モノマーのＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＡｐｏＢを調節する方法は、長さ１２モノマーのＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＡｐｏＢを調節する方法は、長さ１３モノマーのＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＡｐｏＢを調節する方法は、長さ１４モノマーのＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＡｐｏＢを調節する方法は、長さ１５モノマーのＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＡｐｏＢを調節する方法は、長さ１６モノマーのＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
特定の実施形態では、ＡｐｏＢの発現を調節する方法は、９〜１５モノマーを含むＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＡｐｏＢの発現を調節する方法は、１０〜１５モノマーを含むＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＡｐｏＢの発現を調節する方法は、１２〜１４モノマーを含むＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＡｐｏＢの発現を調節する方法は、１２または１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含むＡｐｏＢ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、本明細書中に一般的に記載される短鎖アンチセンス化合物の任意の１以上の特性または特徴を有し得る。特定の実施形態では、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１、より好ましくは１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
２．ＳＧＬＴ−２
ナトリウム依存性グルコース輸送体２（ＳＧＬＴ−２）は、腎臓の近位尿細管の上皮細胞において発現され、そして、グルコースを再吸収して、尿中へのグルコースの損逸を防ぐように機能する。ヒトゲノムについて、ＳＧＬＴ−２は、１１のメンバーからなるナトリウム基質共輸送体のファミリーのメンバーである。これらのファミリーメンバーの多くは、配列相同性を共有し、例えば、ＳＧＬＴ１は、ＳＧＬＴ−２と約５９％の配列同一性を共有し、そして、ＳＧＬＴ−３と約７０％の配列同一性を共有する。ＳＧＬＴ−１は、心臓およびＣＮＳにおいて見られるグルコース輸送体である。ＳＧＬＴ−３は、小腸におけるグルコース感知性ナトリウムチャネルである。これらのＳＧＬＴについての個別の局在化パターンは、相同なファミリーメンバー間を区別する１つのポイントである。（Ｈａｎｄｌｏｎ，Ａ．Ｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ．Ｔｈｅｒ．Ｐａｔｅｎｔｓ（２００５）１５（１１）：１５３２−１５４０；Ｋａｎａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，１９９４，９３，３９７−４０４；Ｗｅｌｌｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．Ｍｅｔａｂ．，１９９２，２６３，Ｆ４５９−４６５）。
アフリカツメガエルの卵母細胞に注入したヒトＳＧＬＴ２の研究は、このタンパク質が、Ｄ−グルコースおよびα−メチル−Ｄ−グルコピラノシド（α−ＭｅＧｌｃ；グルコースアナログ）のナトリウム依存性の輸送を媒介し、α−ＭｅＧｌｃについてのＫｍ値が１．６ｍＭであり、ナトリウムとグルコースのカップリング比が１：１であることを実証した（Ｋａｎａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，１９９４，９３，３９７−４０４；Ｙｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９５，２７０，２９３６５−２９３７１）。この輸送活性は、フロリジン（ＳＧＬＴのグルコース部位には結合するが、輸送されず、したがって、ＳＧＬＴの作用を阻害する植物性グルコシド）によって抑制される（Ｙｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９５，２７０，２９３６５−２９３７１）。
糖尿病は、インシュリン作用の欠陥に起因する高血糖により特徴付けられる障害である。慢性高血糖は、糖尿病に付随する合併症（心臓病、網膜症、腎症およびニューロパシーが挙げられるがこれらに限定されない）に対する主要な危険因子である。腎臓は、血漿グルコースレベルの調節において主要な役割を果たすので、腎グルコース輸送体は、魅力的な薬物標的となっている（Ｗｒｉｇｈｔ，Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｒｅｎａｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ．，２００１，２８０，Ｆ１０−１８）。糖尿病性腎症は、糖尿病を有する多くの患者において発症する末期の腎疾患の最も一般的な原因である。長期の高血糖から生じる、糖毒性（ｇｌｕｃｏｔｏｘｉｃｉｔｙ）は、糖尿病患者における組織依存性のインシュリン抵抗性を誘導する（Ｎａｗａｎｏ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．Ｍｅｔａｂ．，２０００，２７８，Ｅ５３５−５４３）。
定義
「ナトリウム依存性グルコース輸送体２」は、その発現が短鎖アンチセンス化合物の投与によって調節されるべき、遺伝子産物またはタンパク質である。ナトリウム依存性グルコース輸送体２は、一般に、ＳＧＬＴ２と称されるが、ＳＬＣ５Ａ２；ナトリウム−グルコース輸送体２；ナトリウム−グルコース共輸送体、腎低親和性；ナトリウム−グルコース共輸送体、腎；溶質キャリアファミリー５（ナトリウム／グルコース共輸送体）、メンバー２；ＳＬ５２とも称され得る。
「ＳＧＬＴ２核酸」は、ＳＧＬＴ２をコードするあらゆる核酸を意味する。例えば、特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸としては、ＳＧＬＴ２をコードするＤＮＡ配列、ＳＧＬＴ２をコードするＤＮＡから転写されたＲＮＡ配列、およびＳＧＬＴ２をコードするｍＲＮＡ配列が挙げられるがこれらに限定されない。
「ＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡ」は、ＳＧＬＴ２タンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。
治療上の適応
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＳＧＬＴ−２および関連のタンパク質の発現を調節するために使用される。特定の実施形態では、このような調節は、ＳＧＬＴ−２をコードする１以上の標的核酸分子（ＳＧＬＴ２、ＳＬ５２、ＳＬＣ５Ａ２、ナトリウム−グルコース共輸送体、腎低親和性ナトリウム−グルコース共輸送体、腎ナトリウム−グルコース共輸送体２および溶質キャリアファミリー５ナトリウム／グルコース共輸送体メンバー２が挙げられるがこれらに限定されない）とハイブリッド形成する短鎖アンチセンス化合物を提供することによって達成される。また、本明細書中に記載される代謝および／または心血管の疾患および障害を処置する方法も提供される。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２の発現を阻害する短鎖アンチセンス化合物が、動物において血中グルコースレベルを低下させる方法、および、２型糖尿病の発病を遅延または防止する方法において使用される。このような方法は、本発明の１以上の化合物の治療上または予防上有効な量を、処置を必要とする可能性のある動物に対して投与する工程を包含する。１以上の化合物は、ＳＧＬＴ２をコードする核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物であり得る。本明細書中には、腎細胞または腎組織におけるＳＧＬＴ２の発現の阻害を強化する方法が提供され、この方法は、ＳＧＬＴ２をコードする核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物のような本発明の１以上の化合物に、細胞または組織を接触させる工程を包含する。
特定の実施形態にしたがって、特定の化合物、組成物および方法が具体的に記載されているが、以下の例は、本発明の化合物を例示するようにのみ機能し、本発明の化合物を限定することは意図されない。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、混合型のホスホロチオエートおよびホスホジエステルバックボーンを有するキメラオリゴマー性化合物である。特定の混合型バックボーンの短鎖アンチセンス化合物は、両側に２つのウィングが配置された、少なくとも５個の連続した２’−デオキシヌクレオチドを含む中央のギャップを有し、この２つのウィングの各々は、少なくとも１つの２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、この混合型バックボーン化合物のヌクレオシド間結合は、ギャップ内ではホスホロチオエート結合であり、そして、２つのウィング内ではホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、混合型バックボーン化合物は、オリゴヌクレオチドの最５’末端および最３’末端の一方または両方にある１つのホスホジエステル結合を除いて、ウィング内にホスホロチオエート結合を有する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、２−８−２、１−９−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１−１０−１、１−１０−２、２−８−２、１−９−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化され、かつ、混合型バックボーンを有する短鎖アンチセンス化合物は、腎臓に効率的に送達される。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化され、かつ、混合型バックボーンを有する短鎖アンチセンス化合物の投与は、腎臓における標的遺伝子の発現の調節をもたらす。特定のこのような実施形態では、肝臓または腎臓には、ほとんど毒性がないか、または全く毒性がない。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化され、かつ、混合型バックボーンを有する短鎖アンチセンス化合物は、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡの減少についてより強力であり、そして、混合型バックボーンを有さないが、その他は同一の短鎖アンチセンス化合物と比較して、開始がより早い。特定のこのような実施形態では、このような効能の増大および／または毒性の減少は、マウスおよび／またはラットにおいてである。特定のこのような実施形態では、このような効能の増大および／または毒性の減少は、ヒトにおいてである。
一例として、そして、例示のみの目的で、一様にホスホロチオエート結合を含むＩＳＩＳ １４５７３３と、ウィングにホスホジエステル結合を、そして、ギャップにホスホロチオエート結合を含むＩＳＩＳ ２５７０１６とは、その他は同一である。両方とも、配列ＧＡＡＧＴＡＧＣＣＡＣＣＡＡＣＴＧＴＧＣ（配列番号１５７２）を含む。これらのオリゴヌクレオチドは共に、さらに、両側に５個のヌクレオチドの”２’−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチドが配置された、１０個の２’−デオキシヌクレオチドから構成されるギャップを含む。シチジン残基は全て、５−メチルシチジンである。混合型バックボーン化合物であるＩＳＩＳ ２５７０１６は、非混合型の親化合物であるＩＳＩＳ １４５７３３と比べて、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡの減少について、約５０倍より強力であった（実施例９を参照のこと）。
特定の混合型バックボーン化合物ＩＳＩＳ ２５７０１６の薬物動態研究は、特定の実施形態では、この化合物が、１２核酸塩基のファーマコフォア（ｐｈａｒｍａｃｏｐｈｏｒｅ）へと代謝されるプロドラッグとして機能することを示す。ＩＳＩＳ ３７０７１７（ＩＳＩＳ ２５７０１６に対応する１２核酸塩基の短鎖アンチセンス化合物）を用いた研究は、この化合物が、ＩＳＩＳ ２５７０１６に似た薬理学的プロフィールを有するが、作用の開始はより早いことを示す。ＩＳＩＳ ３７０７１７は、配列ＴＡＧＣＣＡＣＣＡＡＣＴ（配列番号１５５４）を含み、さらに、両側に１ヌクレオチドのウィングが配置された１０個の２’−デオキシヌクレオチドからなるギャップを含む、ＳＧＬＴ−２に対して標的化された１２核酸塩基のアンチセンスオリゴヌクレオチドである。ウィングは、２’−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチドから構成される。シチジン残基は全て５−メチルシチジンである。ヌクレオシド間結合は、このオリゴヌクレオチド全体を通して、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。ＩＳＩＳ ２５７０１６およびＩＳＩＳ ３７０７１７の薬理学的活性の類似性は、ＩＳＩＳ ２５７０１６が１２ヌクレオチドのファーマコフォアを有するプロドラッグであったことを示す薬物動態研究を支持する（実施例１０を参照のこと）。さらに、ＩＳＩＳ ２５７０１６の安定化された（末端をキャッピングされた）バージョンを用いた研究は、活性の劇的な喪失を示す。
特定の実施形態では、ウィングに２’ＭＯＥモノマーを含む短鎖アンチセンス化合物は、腎臓に効率的に送達され、そして、このような化合物を用いた処置は、肝毒性も腎毒性もなしに、腎臓における標的遺伝子発現の効率的な調節をもたらす。さらに、本明細書中では、特定の実施形態において、短鎖アンチセンス化合物が、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡの減少についてより強力であり、そして、マウスおよびラットにおいて、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡに対して標的化された親オリゴヌクレオチドと比較して、より開始が早いことが示される。２’ＭＯＥの短鎖ギャップマー（ｇａｐ ｓｈｏｒｔｍｅｒ）は、親化合物を上回って、効能およびバイオアベイラビリティが改善されることが本明細書中で示される。
一例として、そして、例示のみの目的で、ＩＳＩＳ ３７０７１７を用いた研究は、腎臓組織における短鎖アンチセンス化合物が、より長い親化合物と比較して有意により高く蓄積することを明らかにする（組織１グラムあたり、約５００マイクログラム）。さらに、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡは、コントロールを上回って、８０％より多く減少された（実施例１１を参照のこと）。ＩＳＩＳ ３７０７１７の１−１０−１ギャップマーは、種々のモチーフを有する配列が関連するオリゴを作製するための鋳型として使用された。ＩＳＩＳ ３７０７１７の１２マーのオリゴヌクレオチドを取り巻く、ウィング、ギャップおよび全長のバリエーションを評価する研究が、実施例１２に見られ得る。評価した特定のモチーフには、１−１０−１、２−８−２、１−８−１、３−６−３および１−６−１が含まれた（実施例１２の表６０を参照のこと）。これらの化合物は、ＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルに対するその作用について分析された。これらのモチーフは全て、用量依存性の様式で、インビボにおいてＳＧＬＴ２の発現を阻害した。１−１０−１、２−８−２および１−８−１のギャップマーは、特に強力であることが分かった。ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡは、これらのモチーフを用いると、コントロールを上回って、８０％より多く減少された。
特定の実施形態では、本発明は、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化され、かつ、１−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよび１−１０−２ ＭＯＥギャップマーから選択されるモチーフを有する短鎖アンチセンス化合物を提供する（実施例１３の表６２を参照のこと）。特定のこのような化合物は、ラットのＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡに対するその作用について分析された。表６３の結果は、１−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよび１−１０−２ ＭＯＥギャップマーの両方が、用量依存性の様式で、インビボでＳＧＬＴ２の発現を阻害し、そして、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡの８０％を超える減少が達成され得ることを示す。
特定のさらなる１−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよび２−８−２ ＭＯＥギャップマーは、マウスおよびラットの両方のインビボモデルにおいて評価された（例えば、実施例１４および１５を参照のこと）。ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡにおける８０％より多い減少が、比較的低い濃度のオリゴで、そして、あらゆる毒性作用なしに、１−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよび２−８−２ ＭＯＥギャップマーの多くで達成された。
別の非限定的な例では、イヌのＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルに対するＩＳＩＳ ３８８６２５の作用もまた分析された。イヌの研究は、ＳＧＬＴ２の発現の８０％より多い阻害が、１ｍｇ／ｋｇ／ｗｋの用量で達成され得ることを示す。なおより多い阻害が、わずかにより高い用量で達成され得る。イヌにおけるＩＳＩＳ ３８８６２５の投与もまた、グルコース耐性を改善したことが示された。ピーク血漿グルコースレベルは、平均して５０％より多く減少され、そして、その後のグルコースの低下は、標準的なグルコース耐性試験における生理食塩水のコントロールと比較して、少なくなっていた（実施例１７を参照のこと）。また、糖尿病のラットモデルにおいては、短鎖アンチセンス化合物は、ＰＢＳおよびコントロールで処置された動物と比較して、経時的に、血漿グルコースレベルおよびＨｂＡ１ｃを有意に減少させることが示された（実施例１６を参照のこと）。
全ての研究における動物は、さらに、毒性について評価された。例えば、総体重、肝臓の重量、脾臓の重量および腎臓の重量が評価された。脾臓の重量、肝臓の重量または体重における有意な差は、特定の化合物が毒性作用を引き起こすことを示し得る。全ての変化は、誤差の限界範囲内であることが分かった。処置の間または研究の終了時点では、体重における有意な変化が観察されなかった。肝臓または脾臓の重量における有意な変化が観察されなかった。
ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された特定の短鎖アンチセンス化合物
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＧＥＮＢＡＮＫ（登録商標）アクセッション番号ＮＭ＿００３０４１．１（本明細書中に配列番号２として引用される）の配列を有するＳＧＬＴ２核酸に対して標的化される。特定のこのような実施形態では、配列番号３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３に対して少なくとも９０％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３に対して少なくとも９５％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１に対して１００％相補的である。特定の実施形態では、配列番号３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、表４および５に示されるヌクレオチド配列を含む。
表４および５に示される各配列番号に示されるヌクレオチド配列は、糖部分、モノマー性結合または核酸塩基に対する任意の修飾とは無関係である。したがって、配列番号により規定される短鎖アンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾を含み得る。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ ＮＯ．）によって説明されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列と、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾との組み合わせを示す。
表４および５は、配列番号３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の例を示す。表４は、配列番号３に対して１００％相補的な短鎖アンチセンス化合物を示す。表５は、配列番号３に関して、１または２のミスマッチを有する短鎖アンチセンス化合物を示す。「ギャップマーのモチーフ」と題された欄は、各短鎖アンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは、２’−デオキシヌクレオチドを含み、各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは、２’−修飾糖を含む。特定の２’−修飾糖もまた、ギャップマーのモチーフの欄に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は、２−１０−２のギャップマーモチーフであって、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントの両側に、２つのヌクレオチドのウィングセグメントが配置され、ここで、このウィングセグメントのヌクレオチドは、２’−ＭＯＥヌクレオチドであることを意味する。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。「非修飾シトシン」がギャップマーのモチーフの欄に列挙されない限り、短鎖アンチセンス化合物は、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含み、ギャップマーのモチーフの欄に「非修飾シトシン」が列挙される場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである。例えば、「ギャップ内にのみ５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有する一方で、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
Figure 2009536037
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 特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド８５〜１８４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド８５〜１８４を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド８５〜１８４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２１４、２１５、２１６、２１７、２１８、２１９、２２１、２２２、２２３、２２４、２２５または２２７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド８５〜１８４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７９６８４、４０５１９３、４０５１９４、４０５１９５、４０５１９６、４０５１９７、３７９６８５、４０５１９８、４０５１９９、４０５２００、４０５２０１、３７９６８６、３７９７１１または３８８６２８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド１１３〜１３２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド１１３〜１３２を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１１３〜１３２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２１５、２１６、２１７、２１８、２１９、２２１、２２２、２２３または２２４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド１１３〜１３２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５１９３、４０５１９４、４０５１９５、４０５１９６、４０５１９７、３７９６８５、４０５１９８、４０５１９９、４０５２００または４０５２０１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド２０７〜３２９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド２０７〜３２９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド２０７〜３２９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２２８、２２９、２３０、２３２、２３３、２３４、２３５、２３６、２３７、２３８、２３９、２４０または２４１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド２０７〜３２９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２０２、４０５２０３、４０５２０４、３７９６８７、４０５２０５、４０５２０６、４０５２０７、４０５２０８、４０５２０９、４０５２１０、４０５２１１、４０５２１２、３７９６８８または３７９６８９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド２０７〜２７３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド２０７〜２７３を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド２０７〜２７３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２２８、２２９、２３０、２３２、２３３、２３４、２３５、２３６、２３７、２３８または２３９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド２０７〜２７３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２０２、４０５２０３、４０５２０４、３７９６８７、４０５２０５、４０５２０６、４０５２０７、４０５２０８、４０５２０９、４０５２１０、４０５２１１または４０５２１２から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド２０７〜２１９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド２０７〜２１９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド２０７〜２１９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２２８または２２９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド２０７〜２１９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２０２または４０５２０３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド２３６〜２５２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド２３６〜２５２を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド２３６〜２５２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２３０、２３２、２３３、２３４、２３５または２３６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド２３６〜２５２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２０４、３７９６８７、４０５２０５、４０５２０６、４０５２０７、４０５２０８または４０５２０９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド２６０〜２７３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド２６０〜２７３を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド２６０〜２７３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２３７、２３８または２３９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド２６０〜２７３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２１０、４０５２１１または４０５２１２から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド４３５〜６４０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド４３５〜６４０を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド４３５〜６４０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２４２、２４３、２４５、２４６、２５１、２５２、２５３、２５４、２５６、２５７、２５８、２５９、２６０、２６１、２６２、２６３または２６４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド４３５〜６４０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７９６９０、４０５２４８、３７９６９１、３８９７８０、３７９６９２、３８２６７６、３８８６２５、３９２１７０、３９２１７３、４０５２１３、４０５２１４、４０５２１５、４０５２１６、３７９６９３、４０５２１７、４０５２１８、４０５２１９、４０５２２０、４０５２２１、４０５２２２、４０５２２３、４０５２２４または３７９６９４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド５２７〜５４０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド５２７〜５４０を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド５２７〜５４０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２４５、２４６または２５１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド５２７〜５４０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３８９７８０、３７９６９２、３８２６７６、３８８６２６、３９２１７０、３９２１７３または４０５２１３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド５６４〜６０３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド５６４〜６０３を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド５６４〜６０３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２５２、２５３、２５４、２５６、２５７、２５８、２５９、２６０、２６１、２６２または２６３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド５６４〜６０３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２１４、４０５２１５、４０５２１６、３７９６９３、４０５２１７、４０５２１８、４０５２１９、４０５２２０、４０５２２１、４０５２２２、４０５２２３または４０５２２４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド５６４〜５７９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド５６４〜５７９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド５６４〜５７９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２５２、２５３、２５４、２５６または２５７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド５６４〜５７９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２１４、４０５２１５、４０５２１６、３７９６９３、４０５２１７または４０５２１８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド５８７〜６０３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド５８７〜６０３を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド５８７〜６０３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２５８、２５９、２６０、２６１、２６２または２６３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド５８７〜６０３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２１９、４０５２２０、４０５２２１、４０５２２２、４０５２２３または４０５２２４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド９７４〜１０１４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド９７４〜１０１４を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド９７４〜１０１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２６７、２６８、２６９、２７０、２７１、２７２または２７４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド９７４〜１０１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７９６９６、４０５２２６、４０５２２７、４０５２２８、４０５２２９、４０５２３０、３７９６９７または４０５２３１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド９９８〜１０１４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド９９８〜１０１４を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド９９８〜１０１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２６８、２６９、２７０、２７１、２７２または２７４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド９９８〜１０１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２２６、４０５２２７、４０５２２８、４０５２２９、４０５２３０、３７９６９７または４０５２３１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド１０９１〜１１７０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド１０９１〜１１７０を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１０９１〜１１７０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２７５、２７６、２７７、２７８、２７９、２８０、２８１、２８３、２８４、２８５、２８６または２８７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド１０９１〜１１７０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７９６９８、４０５２３２、４０５２３３、４０５２３４、４０５２３５、３８８６２６、３７９６９９、３８２６７７、４０５２３６、４０５２３７、４０５２３８、３７９７００または４０５２３９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド１０９１〜１１０４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド１０９１〜１１０４を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１０９１〜１１０４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２７５、２７６または２７７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド１０９１〜１１０４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７９６９８、４０５２３２または４０５２３３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド１１３０〜１１４４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド１１３０〜１１４４を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１１３０〜１１４４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２７８、２７９、２８０、２８１または２８３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド１１３０〜１１４４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２３４、４０５２３５、３８８６２６、３７９６９９、３８２６７７または４０５２３６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド１１５７〜１１７０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド１１５７〜１１７０を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１１５７〜１１７０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２８４、２８５または２８７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド１１５７〜１１７０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２３７、４０５２３８、３７９７００または４０５２３９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド１５４２〜１５５６である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド１５４２〜１５５６を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１５４２〜１５５６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２８９、２９０、２９１、２９２または２９３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド１５４２〜１５５６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２４０、４０５２４１、４０５２４２、３８８６２９、３７９７０２または３８２６７８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号３のヌクレオチド１９７６〜１９９１である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３のヌクレオチド１９７６〜１９９１を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１９７６〜１９９１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号２９６、２９７、２９８、２９９または３００から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号３のヌクレオチド１９７６〜１９９１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０５２４３、４０５２４４、４０５２４５、４０５２４６または４０５２４７から選択される。
特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８〜１６ヌクレオチド、好ましくは９〜１５ヌクレオチド、より好ましくは９〜１４ヌクレオチド、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、このような短鎖アンチセンス化合物は、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、短鎖ギャップマーである。特定のこのような実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖ギャップマーは、化合物の１以上のウィング内に少なくとも１つの高親和性修飾を含む。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、各ウィングに、１〜３の高親和性修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのヌクレオシドまたはヌクレオチドは、２’修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーはＢＮＡである。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーは、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは、２’位に、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択される置換基を含み、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々は、独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含む。特定の実施形態では、このギャップは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４のモノマーを含む。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のデオキシリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップ内のギャップ修飾（存在する場合）は、その標的核酸に結合したときに、ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅ Ｈが挙げられるがこれに限定されない）による切断を支持するアンチセンス化合物をもたらす。
特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、一様なモノマー性結合を有する。特定のこのような実施形態では、これらの結合は全て、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、これらの結合は全て、ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、混合型バックボーンを有する。
特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８モノマーである。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９モノマーである。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０モノマーである。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１１モノマーである。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、いくつかのモノマーの長さである。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１３モノマーである。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１４モノマーである。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１５モノマーである。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１６モノマーである。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、９〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１０〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４モノマーを含む。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、本発明は、ＳＧＬＴ２の発現を調節する方法を提供する。特定の実施形態では、このような方法は、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含し、ここで、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、約８〜約１６モノマー、好ましくは９〜１５モノマー、より好ましくは９〜１４モノマー、より好ましくは１０〜１４モノマー（すなわち、約８〜約１６の連結されたモノマー）である。当業者は、このことが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６のモノマーの、ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物を用いてＳＧＬＴ２の発現を調節する方法を包含することを理解する。
特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、長さ８モノマーのＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、長さ９モノマーのＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、長さ１０モノマーのＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、長さ１１モノマーのＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、長さ１２モノマーのＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、長さ１３モノマーのＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、長さ１４モノマーのＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、長さ１５モノマーのＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、長さ１６モノマーのＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２の発現を調節する方法は、９〜１５モノマーを含むＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２の発現を調節する方法は、１０〜１５モノマーを含むＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２の発現を調節する方法は、１２〜１４モノマーを含むＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＧＬＴ２の発現を調節する方法は、１２または１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含むＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
３．ＰＣＳＫ９
常染色体優性の高コレステロール血症（ＡＤＨ）を有する個体において、ＬＤＬ−Ｃレベルの上昇は、ＬＤＬ−レセプター（ＬＤＬ−Ｒ）、アポリポタンパク質Ｂ（ａｐｏＢ）またはプロタンパク質コンバターゼサブチリシン／ケキシン９型（ｐｒｏｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｎｖｅｒｔａｓｅ ｓｕｂｔｉｌｉｓｉｎ／ｋｅｘｉｎ ｔｙｐｅ ９）（ＰＣＳＫ９）をコードする遺伝子における変異と関連付けられている（Ａｂｉｆａｄｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２００３，３４：１５４−１５６）。ＰＣＳＫ９は、ＰＣＳＫ９における機能獲得変異（ｇａｉｎ−ｏｆ−ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｍｕｔａｔｉｏｎ）がＬＤＬ−Ｃレベルの上昇と関連していることが分かったときに、ＡＤＨに関連する第３の遺伝子座として同定された。ＡｐｏＢは、トリグリセリドリッチなリポタンパク質の細胞内アセンブリおよび分泌に関与し、そして、ＬＤＬ−Ｒに対するリガンドである。ＰＣＳＫ９は、肝臓におけるＬＤＬ−Ｒの発現レベルを低下させることが提案されている。ＬＤＬ−Ｒの発現の減少は、循環中のＡｐｏＢ含有リポタンパク質の肝臓取り込みの減少をもたらし、次いで、コレステロールの上昇につながる。
定義
「ＰＣＳＫ９」は、その発現が短鎖アンチセンス化合物の投与によって調節されるべき、遺伝子産物またはタンパク質である。
「ＰＣＳＫ９核酸」は、ＰＣＳＫ９をコードするあらゆる核酸を意味する。例えば、特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸としては、ＰＣＳＫ９をコードするＤＮＡ配列、ＰＣＳＫ９をコードするＤＮＡから転写されたＲＮＡ配列、およびＰＣＳＫ９をコードするｍＲＮＡ配列が挙げられるがこれらに限定されない。
「ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ」は、ＰＣＳＫ９をコードするｍＲＮＡを意味する。
ＰＣＳＫ９の治療上の適応
特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＰＣＳＫ９の発現を調節する方法を提供し、この方法は、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を投与する工程を包含する。特定の実施形態では、本発明は、個体を処置する方法を提供し、この方法は、１以上の本発明の薬学的組成物を投与する工程を包含する。特定の実施形態では、個体は、高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症するリスク、冠動脈心疾患、冠動脈心疾患の病歴、早期発症した冠動脈心疾患、冠動脈心疾患についての１以上の危険因子、ＩＩ型糖尿病、脂質異常症を伴うＩＩ型糖尿病、脂質異常症、高トリグリセリド血症、高脂血症、過脂肪酸血症、肝臓脂肪症、非アルコール性脂肪性肝炎、または非アルコール性脂肪肝病を有する。
脂質低下治療に対するガイドラインは、２００１年にＮａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ｐｒｏｇｒａｍ（ＮＣＥＰ）のＡｄｕｌｔ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ Ｐａｎｅｌ ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）によって確立され、そして、２００４年に更新された（Ｇｒｕｎｄｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００４，１１０，２２７−２３９）。このガイドラインは、ＬＤＬ−Ｃ、総コレステロールおよびＨＤＬ−Ｃのレベルの決定のために、代表的には、食事の９〜１２時間後に、完全なリポタンパク質プロフィールを得ることを含む。最も最近に確立されたガイドラインによれば、１３０〜１５９ｍｇ／ｄＬ、１６０〜１８９ｍｇ／ｄＬ、および１９０ｍｇ／ｄＬ以上のＬＤＬ−Ｃレベルは、それぞれ、境界線上の高さ、高い、および非常に高い、とみなされる。２００〜２３９ｍｇ／ｄＬおよび２４０ｍｇ／ｄＬ以上の総コレステロールレベルは、それぞれ、境界線上の高さ、および高いとみなされる。４０ｍｇ／ｄＬ未満のＨＤＬ−Ｃレベルは、低いとみなされる。
特定の実施形態では、個体は、脂質低下治療を必要としているとして同定される。特定のこのような実施形態では、個体は、２００１年にＮａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ｐｒｏｇｒａｍ（ＮＣＥＰ）のＡｄｕｌｔ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ Ｐａｎｅｌ ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）によって確立され、２００４年に更新されたガイドライン（Ｇｒｕｎｄｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００４，１１０，２２７−２３９）にしたがって、脂質低下治療が必要であるとして同定されている。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１９０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１６０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１３０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１００ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１６０ｍｇ／ｄＬを下回るＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１３０ｍｇ／ｄＬを下回るＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１００ｍｇ／ｄＬを下回るＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。特定のこのような実施形態では、個体は、７０ｍｇ／ｄＬを下回るＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。
特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＡｐｏＢを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＡｐｏＢ含有リポタンパク質を減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＬＤＬ−Ｃを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＶＬＤＬ−Ｃを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＩＤＬ−Ｃを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体における非ＨＤＬ−Ｃを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＬｐ（ａ）を減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体における血清トリグリセリドを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体における肝トリグリセリドを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＯｘ−ＬＤＬ−Ｃを減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体における小型のＬＤＬ粒子を減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体における小型のＶＬＤＬ粒子を減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体におけるリン脂質を減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、個体における酸化されたリン脂質を減少させるための方法を提供する。
特定の実施形態では、本発明により提供される方法は、ＨＤＬ−Ｃを低下させない。特定の実施形態では、本発明により提供される方法は、肝臓における脂質の蓄積をもたらさない。
特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物は、治療において使用するためのものである。特定の実施形態では、治療は、個体における、ＬＤＬ−Ｃ、ＡｐｏＢ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、血清トリグリセリド、肝トリグリセリド、Ｏｘ−ＬＤＬ−Ｃ、小型ＬＤＬ粒子、小型ＶＬＤＬ、リン脂質、または酸化されたリン脂質の低下である。特定の実施形態では、治療は、高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症するリスク、冠動脈心疾患、冠動脈心疾患の病歴、早期発症した冠動脈心疾患、冠動脈心疾患についての１以上の危険因子、ＩＩ型糖尿病、脂質異常症を伴うＩＩ型糖尿病、脂質異常症、高トリグリセリド血症、高脂血症、過脂肪酸血症、肝臓脂肪症、非アルコール性脂肪性肝炎、または非アルコール性脂肪肝病の処置である。さらなる実施形態では、治療は、ＣＨＤリスクの低下である。特定の実施形態では、治療は、アテローム性動脈硬化症の予防である。特定の実施形態では、治療は、冠動脈心疾患の予防である。
特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物は、医薬の調製のために使用される。個体における、ＬＤＬ−Ｃ、ＡｐｏＢ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、血清トリグリセリド、肝トリグリセリド、Ｏｘ−ＬＤＬ−Ｃ、小型ＬＤＬ粒子、小型ＶＬＤＬ、リン脂質、または酸化されたリン脂質を減少させるための特定の実施形態では、ＰＣＫＳ９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物は、冠動脈心疾患のリスクを低下するための医薬の調製のために使用される。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症するリスク、冠動脈心疾患、冠動脈心疾患の病歴、早期発症した冠動脈心疾患、冠動脈心疾患についての１以上の危険因子、ＩＩ型糖尿病、脂質異常症を伴うＩＩ型糖尿病、脂質異常症、高トリグリセリド血症、高脂血症、過脂肪酸血症、肝臓脂肪症、非アルコール性脂肪性肝炎、または非アルコール性脂肪肝病の処置のための医薬の調製のために使用される。
ＰＣＳＫ９の併用治療
特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物は、１以上の他の薬学的因子と同時に投与される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物と同じ疾患または状態を処置するように設計される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物と異なる疾患または状態を処置するように設計される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物の望ましくない作用を処置するように設計される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物は、その他の薬学的因子の望ましくない作用を処置するために、別の薬学的因子と同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、異なる時点で投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、単一の処方物内で一緒に調製される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、別々に調製される。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子としては、脂質低下剤が挙げられる。特定のこのような実施形態では、本発明の薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子としては、アトルバスタチン、シンバスタチン、ロスバスタチンおよびエゼチミブが挙げられるがこれらに限定されない。特定のこのような実施形態では、脂質低下剤は、本発明の薬学的組成物の投与の前に投与される。特定のこのような実施形態では、脂質低下剤は、本発明の薬学的組成物の投与の後に投与される。特定のこのような実施形態では、脂質低下剤は、本発明の薬学的組成物と同時に投与される。特定のこのような実施形態では、同時に投与される脂質低下剤の用量は、脂質低下剤が単独で投与された場合に投与される用量と同じである。特定のこのような実施形態では、同時に投与される脂質低下剤の用量は、脂質低下剤が単独で投与される場合に投与される用量よりも少ない。特定のこのような実施形態では、同時に投与される脂質低下剤の用量は、脂質低下剤が単独で投与される場合に投与される用量よりも多い。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビターである。特定のこのような実施形態では、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビターは、スタチンである。特定のこのような実施形態では、スタチンは、アトルバスタチン、シンバスタチン、プラバスタチン、フルバスタチンおよびロスバスタチンから選択される。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、コレステロール吸収阻害薬である。特定のこのような実施形態では、コレステロール吸収阻害薬は、エゼチミブである。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、同時に処方されるＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビターおよびコレステロール吸収阻害薬である。特定のこのような実施形態では、同時に処方される脂質低下剤は、エゼチミブ／シンバスタチンである。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、ミクロソームトリグリセリド転移タンパク質インヒビター（ＭＴＰインヒビター）である。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、ＡｐｏＢ核酸に対して標的化されたオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、胆汁酸金属イオン封鎖剤である。特定のこのような実施形態では、胆汁酸金属イオン封鎖剤は、コレスチラミン、コレスチポールおよびコレセベラムから選択される。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、ニコチン酸である。特定のこのような実施形態では、ニコチン酸は、即時放出性ニコチン酸、延長放出性ニコチン酸および持続放出性ニコチン酸から選択される。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、フィブリン酸である。特定のこのような実施形態では、フィブリン酸、フェムフィブロジル、フェノフィブラート、クロフィブラート、ベザフィブラートおよびシプロフィブラートから選択される。
本発明の薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子のさらなる例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：コルチコステロイド（プレドニゾンが挙げられるがこれに限定されない）；免疫グロブリン（静脈内免疫グロブリン（ＩＶＩｇ）が挙げられるがこれに限定されない）；鎮痛剤（アセトアミノフェン）；抗炎症剤（非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ＣＯＸ−１インヒビターおよびＣＯＸ−２インヒビター）を含むがこれらに限定されない）；サリチル酸；抗生物質；抗ウイルス剤；抗真菌剤；抗糖尿病剤（例えば、ビグアナイド、グルコシダーゼ阻害剤、インシュリン、スルホニル尿素およびチアゾリジンジオン）；アドレナリン作動性修飾物質；利尿薬；ホルモン（例えば、同化作用ホルモン、アンドロゲン、エストロゲン、カルシトニン、プロゲスチン、ソマトスタチンおよび甲状腺ホルモン）；免疫調節因子；筋弛緩剤；抗ヒスタミン薬；骨粗しょう症剤（例えば、ビホスホネート、カルシトニンおよびエストロゲン）；プロスタグランジン、抗新生物剤；精神療法剤；鎮静薬；トキシコデンドロン属の生成物；抗体；およびワクチン。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、脂質低下治療と組み合わせて施され得る。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療は、治療的なライフスタイルの変化である。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療は、ＬＤＬアフェレーシスである。
ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化される特定の短鎖アンチセンス化合物
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＧＥＮＢＡＮＫ（登録商標）アクセッション番号ＮＭ＿１７４９３６．２（本明細書中に配列番号４として引用される）の配列を有するＰＣＳＫ９核酸に対して標的化される。特定のこのような実施形態では、配列番号４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４に対して少なくとも９０％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４に対して少なくとも９５％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４に対して１００％相補的である。特定の実施形態では、配列番号４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、表６または表７に示されるヌクレオチド配列を含む。
表６および７における各配列番号に示されるヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する任意の修飾とは無関係である。したがって、配列番号により規定される短鎖アンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾を含み得る。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ ＮＯ．）により説明される短鎖アンチセンス化合物は、核酸塩基配列と、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾との組み合わせを示す。
表６および７は、配列番号４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の例を示す。表６は、配列番号４に対して１００％相補的な短鎖アンチセンス化合物を示す。表７は、配列番号４に関して、１または２のミスマッチを有する短鎖アンチセンス化合物を示す。「ギャップマーのモチーフ」と題された欄は、各短鎖アンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは、２’−デオキシヌクレオチドを含み、各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは、２’−修飾糖を含む。特定の２’−修飾糖もまた、ギャップマーのモチーフの欄に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は、２−１０−２のギャップマーモチーフであって、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントの両側に、２つのヌクレオチドのウィングセグメントが配置され、ここで、このウィングセグメントのヌクレオチドは、２’−ＭＯＥヌクレオチドであることを意味する。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。「非修飾シトシン」がギャップマーのモチーフの欄に列挙されない限り、短鎖アンチセンス化合物は、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含み、ギャップマーのモチーフの欄に「非修飾シトシン」が列挙される場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである。例えば、「ギャップ内にのみ５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有する一方で、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
Figure 2009536037
Figure 2009536037
Figure 2009536037
 特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド６９５〜７１０である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド６９５〜７１０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３２９、３３０または３３１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド６９５〜７１０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００２９７、４００２９８または４００２９９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド７４２〜７７０である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド７４２〜７７０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３３２または３３３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド７４２〜７７０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３００または４００３０１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド８２８〜８４３である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド８２８〜８４３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３３４、３３５または３３６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド８２８〜８４３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３０２、４００３０３または４００３０４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド９３７〜１００７である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド９３７〜１００７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３３７、３３８、３３９、３４０、３４１、３４２、３４３、３４４または３４５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド９３７〜１００７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３０５、４００３０６、４００３０７、４００３０８、４００３０９、４００３１０、４００３１１、４００３１２、４００３１３または４０３７３９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド９３７〜９６５である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド９３７〜９６５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３３７または３３８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド９３７〜９６５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３０５または４００３０６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド９８８〜１００７である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド９８８〜１００７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３３９、３４０、３４１、３４２、３４３、３４４または３４５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド９８８〜１００７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３０７、４００３０８、４００３０９、４００３１０、４００３１１、４００３１２、４００３３１３または４０３７３９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド１０５７〜１１６０である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１０５７〜１１６０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３４６、３４７、３４８、３４９、３５０、３５１、３５２、３５３、３５４または３５５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１０５７〜１１６０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３１４、４００３１５、４００３１６、４００３１７、４００３１８、４００３１９、４００３２０、４００３２１、４００３２２または４００３２３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド１０５７〜１１０９である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１０５７〜１１０９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３４６、３４７、３４８、３４９、３５０、３５１、３５２、３５３または３５４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１０５７〜１１０９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３１４、４００３１５、４００３１６、４００３１７、４００３１８、４００３１９、４００３２０、４００３２１または４００３２２から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド１０５７〜１０９１である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１０５７〜１０９１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３４６、３４７、３４８、３４９または３５０から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１０５７〜１０９１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３１４、４００３１５、４００３１６、４００３１７または４００３１８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド１０９３〜１１０９である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１０９３〜１１０９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３５１、３５２、３５３または３５４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１０９３〜１１０９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３１９、４００３２０、４００３２１または４００３２２から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド１３３４〜１３４９である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１３３４〜１３４９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３５７、３５８または３５９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１３３４〜１３４９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３２５、４００３２６または４００３２７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド１４５３〜１４６９である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１４５３〜１４６９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３６０、３６１、３６２または３６３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１４５３〜１４６９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３２８、４００３２９、４００３３０、４００３３１または４０３４７０から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド１５６９〜１５９１である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１５６９〜１５９１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３６４、３６５、３６６、３６７、３６８、３６９、３７０、３７１、３７２または３７３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１５６９〜１５９１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３３２、４００３３３、４００３３４、４００３３５、４００３３６、４００３３７、４００３３８、４００３３９、４００３４０または４００３４１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド１６２１〜１６３７である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１６２１〜１６３７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３７４、３７５、３７６または３７７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１６２１〜１６３７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３４２、４００３４３、４００３４４または４００３４５から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド１７３８〜１７５４である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１７３８〜１７５４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３７８、３７９、３８０または３８１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１７３８〜１７５４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３４６、４００３４７、４００３４８または４００３４９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド１８３４〜１８５３である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１８３４〜１８５３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３８２、３８３、３８４、３８５、３８６、３８７または３８８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定の実施形態では、配列番号４のヌクレオチド１８３４〜１８５３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３５０、４００３５１、４００３５２、４００３５３、４００３５４、４００３５５または４００３５６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド２０８３〜２０９９である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド２０８３〜２０９９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３８９、３９０、３９１または３９２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド２０８３〜２０９９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３５７、４００３５８、４００３５９または４００３６０から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号４のヌクレオチド２３１６〜２３３８である。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド２３１６〜２３３８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１または４０２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号４のヌクレオチド２３１６〜２３３８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４００３６１、４００３６２、４００３６３、４００３６４、４００３６５、４００３６６、４００３６７、４００３６８、４００３６９または４００３７０から選択される。
特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８〜１６ヌクレオチド、好ましくは９〜１５ヌクレオチド、より好ましくは９〜１４ヌクレオチド、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、このような短鎖アンチセンス化合物は、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、短鎖ギャップマーである。特定のこのような実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖ギャップマーは、化合物の１以上のウィング内に少なくとも１つの高親和性修飾を含む。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、各ウィングに、１〜３の高親和性修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのヌクレオシドまたはヌクレオチドは、２’修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーはＢＮＡである。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーは、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは、２’位に、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択される置換基を含み、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々は、独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含む。特定の実施形態では、このギャップは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４のモノマーを含む。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のデオキシリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップ内のギャップ修飾（存在する場合）は、その標的核酸に結合したときに、ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅ Ｈが挙げられるがこれに限定されない）による切断を支持するアンチセンス化合物をもたらす。
特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、本明細書中に一般的に記載される短鎖アンチセンス化合物の任意の１以上の特性または特徴を有し得る。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１、より好ましくは１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、一様なモノマー性結合を有する。特定のこのような実施形態では、これらの結合は全て、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、これらの結合は全て、ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、混合型バックボーンを有する。
特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８モノマーである。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９モノマーである。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０モノマーである。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１１モノマーである。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、いくつかのモノマーの長さである。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１３モノマーである。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１４モノマーである。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１５モノマーである。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１６モノマーである。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、９〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１０〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４モノマーを含む。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、本発明は、ＰＣＳＫ９の発現を調節する方法を提供する。特定の実施形態では、このような方法は、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含し、ここで、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、約８〜約１６モノマー、好ましくは９〜１５モノマー、より好ましくは９〜１４モノマー、より好ましくは１０〜１４モノマー（すなわち、約８〜約１６の連結されたモノマー）である。当業者は、このことが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６のモノマーのＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物を用いてＰＣＳＫ９の発現を調節する方法を包含することを理解する。
特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、長さ８モノマーのＰＳＣＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、長さ９モノマーのＰＳＣＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、長さ１０モノマーのＰＳＣＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、長さ１１モノマーのＰＳＣＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、長さ１２モノマーのＰＳＣＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、長さ１３モノマーのＰＳＣＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、長さ１４モノマーのＰＳＣＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、長さ１５モノマーのＰＳＣＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、長さ１６モノマーのＰＳＣＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９の発現を調節する方法は、９〜１５モノマーを含むＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９の発現を調節する方法は、１０〜１５モノマーを含むＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９の発現を調節する方法は、１２〜１４モノマーを含むＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＣＳＫ９の発現を調節する方法は、１２または１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含むＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
４．スーパーオキシドジスムターゼ１酵素（ＳＯＤ１）
スーパーオキシドジスムターゼ（ＳＯＤ）として知られる酵素は、過酸化水素（Ｈ２Ｏ２）へのスーパーオキシドの相互変換（ｄｉｓｍｕｔａｔｉｏｎ）を触媒することによって、生体分子の酸化的損傷に対する防御を提供する（Ｆｒｉｄｏｖｉｃｈ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９５，６４，９７−１１２）。スーパーオキシドジスムターゼには２つの主要な分類が存在する。一方は、銅および亜鉛を含む活性部位を持つ酵素の群であり、もう一方の分類は、活性部位にマンガンまたは鉄のいずれかを有する（Ｆｒｉｄｏｖｉｃｈ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９５，６４，９７−１１２）。
スーパーオキシドジスムターゼ１遺伝子における変異は、上向性および下向性の運動ニューロンの選択的な変性によって特徴付けられる障害である、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ、ルー・ゲーリグ病としても公知）の優性遺伝される形態に関連している（ＣｌｅｖｅｌａｎｄおよびＬｉｕ，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．，２０００，６，１３２０−１３２１）。スーパーオキシドジスムターゼ１における種々の変異の有害な作用の多くは、スーパーオキシドジスムターゼ１活性の喪失ではなく毒性機能の獲得により媒介されるようである。というのも、マウスにおいてスーパーオキシドジスムターゼ１を完全に欠失させても、寿命を減らしたり、明白な疾患を引き起こしたりしないからである（Ａｌ−ＣｈａｌａｂｉおよびＬｅｉｇｈ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｎｅｕｒｏｌ，２０００，１３，３９７−４０５；ＡｌｉｓｋｙおよびＤａｖｉｄｓｏｎ，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．，２０００，１１，２３１５−２３２９）。
ヒトＳＯＤ１遺伝子の１００を超える変異が同定されており、全部合わせると、家族性筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）症例の約２０％を占める。米国において最も一般的に見出されるＡ４Ｖ変異のようないくつかの変異は、高度に致死性であり、疾患症状の発病からわずか９ヶ月の保命生存をもたらす。ＳＯＤ１の他の変異は、減速した疾患の経過で明らかとなる。
定義
「ＳＯＤ１」は、その発現が短鎖アンチセンス化合物の投与によって調節されるべき、遺伝子産物またはタンパク質を意味する。
「ＳＯＤ１核酸」は、ＳＯＤ１をコードするあらゆる核酸を意味する。例えば、特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸としては、ＳＯＤ１をコードするＤＮＡ配列、ＳＯＤ１をコードするＤＮＡから転写されたＲＮＡ配列、およびＳＯＤ１をコードするｍＲＮＡ配列が挙げられるがこれらに限定されない。
「ＳＯＤ１ ｍＲＮＡ」は、ＳＯＤ１をコードするｍＲＮＡを意味する。
ＳＯＤ１の治療上の適応
家族性ＡＬＳの動物モデルにおけるスーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ１）のアンチセンス性阻害は、ＳＯＤ１のｍＲＮＡおよびタンパク質の両方を減少させ、さらに、疾患の進行の減速、そして、重要なことには、生存時間の増加をもたらすことが発見された。したがって、特定の実施形態では、本発明は、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を、家族性ＡＬＳを罹患する個体に対して投与することによって、このような個体における疾患の進行を減速させるための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、ＳＯＤ１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、個体の脳脊髄液に直接送達される。特定のこのような実施形態では、この方法はさらに、家族性ＡＬＳを罹患する個体の生存時間の増加を含む。疾患の進行の減速は、ＡＬＳ疾患の進行の１以上の徴候における改善（ＡＬＳの機能的な評定尺度、肺機能検査および筋力強度測定の修正が挙げられるがこれらに限定されない）によって示される。
ＳＯＤ１の併用治療
特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する１以上の薬学的組成物は、１以上の他の薬学的因子と同時に投与される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物と同じ疾患または状態を処置するように設計される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物と異なる疾患または状態を処置するように設計される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物の望ましくない作用を処置するように設計される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物は、その他の薬学的因子の望ましくない作用を処置するために、別の薬学的因子と同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、異なる時点で投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、単一の処方物内で一緒に調製される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、別々に調製される。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、ニコチン酸である。特定のこのような実施形態では、ニコチン酸は、即時放出性ニコチン酸、延長放出性ニコチン酸および持続放出性ニコチン酸から選択される。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、フィブリン酸である。特定のこのような実施形態では、フィブリン酸は、ゲムフィブロジル、フェノフィブラート、クロフィブラート、ベザフィブラートおよびシプロフィブラートから選択される。
ＳＯＤ１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子のさらなる例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：コルチコステロイド（プレドニゾンが挙げられるがこれに限定されない）；免疫グロブリン（静脈内免疫グロブリン（ＩＶＩｇ）が挙げられるがこれに限定されない）；鎮痛剤（例えば、アセトアミノフェン）；抗炎症剤（非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ＣＯＸ−１インヒビターおよびＣＯＸ−２インヒビター）が挙げられるがこれらに限定されない）；サリチル酸；抗生物質；抗ウイルス薬；抗真菌剤；抗糖尿病剤（例えば、ビグアナイド、グルコシダーゼ阻害剤、インシュリン、スルホニル尿素およびチアゾリジンジオン）；アドレナリン作動性修飾物質；利尿薬；ホルモン（例えば、同化性ステロイド、アンドロゲン、エストロゲン、カルシトニン、プロゲスチン、ソマトスタチンおよび甲状腺ホルモン）；免疫調節因子；筋弛緩剤；抗ヒスタミン薬；骨粗しょう症剤（例えば、ビホスホネート、カルシトニンおよびエストロゲン）；プロスタグランジン、抗新生物剤；精神療法剤；鎮静薬；トキシコデンドロン属の生成物；抗体；およびワクチン。
ＳＯＤ１核酸に対して標的化された特定の短鎖アンチセンス化合物
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＧＥＮＢＡＮＫ（登録商標）アクセッション番号ＮＭ＿Ｘ０２３１７．１（本明細書中に配列番号５として引用される）の配列を有するＳＯＤ１核酸に対して標的化される。特定のこのような実施形態では、配列番号５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５に対して少なくとも９０％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５に対して少なくとも９５％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５に対して１００％相補的である。特定の実施形態では、配列番号５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、表８または９に示されるヌクレオチド配列を含む。
表８および９における各配列番号に示されるヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する任意の修飾とは無関係である。したがって、配列番号により規定される短鎖アンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾を含み得る。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ ＮＯ．）により説明される短鎖アンチセンス化合物は、核酸塩基配列と、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾との組み合わせを示す。
表８は、配列番号５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の例を示す。表８は、配列番号５に対して１００％相補的な短鎖アンチセンス化合物を示す。「ギャップマーのモチーフ」と題された欄は、各短鎖アンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは、２’−デオキシヌクレオチドを含み、そして、各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは、２’−修飾された糖を含む。特定の２’−修飾糖もまた、ギャップマーのモチーフの欄に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は、２−１０−２のギャップマーモチーフであって、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントの両側に、２つのヌクレオチドのウィングセグメントが配置され、ここで、このウィングセグメントのヌクレオチドは、２’−ＭＯＥヌクレオチドであることを意味する。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。「非修飾シトシン」がギャップマーのモチーフの欄に列挙されない限り、短鎖アンチセンス化合物は、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含み、ギャップマーのモチーフの欄に「非修飾シトシン」が列挙される場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである。例えば、「ギャップ内にのみ５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有する一方で、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、本明細書中に一般的に記載される短鎖アンチセンス化合物の任意の１以上の特性または特徴を有し得る。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１、より好ましくは１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
Figure 2009536037
 特定の実施形態では、標的領域は、配列番号５のヌクレオチド８５〜１００である。特定のこのような実施形態では、配列番号５のヌクレオチド８５〜１００に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４０６、４０７または４０８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号５のヌクレオチド８５〜１００に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３８７５４１、３８７５４０または３８７５３９から選択される。
特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８〜１６ヌクレオチド、好ましくは９〜１５ヌクレオチド、より好ましくは９〜１４ヌクレオチド、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、このような短鎖アンチセンス化合物は、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、短鎖ギャップマーである。特定のこのような実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖ギャップマーＳＯＤ１は、化合物の１以上のウィング内に少なくとも１つの高親和性修飾を含む。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、各ウィングに、１〜３の高親和性修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのヌクレオシドまたはヌクレオチドは、２’修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーはＢＮＡである。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーは、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは、２’位に、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択される置換基を含み、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々は、独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含む。特定の実施形態では、このギャップは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４のモノマーを含む。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のデオキシリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップ内のギャップ修飾（存在する場合）は、その標的核酸に結合したときに、ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅ Ｈが挙げられるがこれに限定されない）による切断を支持するアンチセンス化合物をもたらす。
特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、一様なモノマー性結合を有する。特定のこのような実施形態では、これらの結合は全て、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、これらの結合は全て、ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、混合型バックボーンを有する。
特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８モノマーである。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９モノマーである。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０モノマーである。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１１モノマーである。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、いくつかのモノマーの長さである。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１３モノマーである。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１４モノマーである。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１５モノマーである。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１６モノマーである。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、９〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１０〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４モノマーを含む。特定の実施形態では、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、本発明は、ＳＯＤ１の発現を調節する方法を提供する。特定の実施形態では、このような方法は、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含し、ここで、ＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、約８〜約１６モノマー、好ましくは９〜１５モノマー、より好ましくは９〜１４モノマー、より好ましくは１０〜１４モノマー（すなわち、約８〜約１６の連結されたモノマー）である。当業者は、このことが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６のモノマーのＳＯＤ１核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物を用いてＳＯＤ１の発現を調節する方法を包含することを理解する。
特定の実施形態では、ＳＯＤ１を調節する方法は、長さ８モノマーのＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＯＤ１を調節する方法は、長さ９モノマーのＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＯＤ１を調節する方法は、長さ１０モノマーのＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＯＤ１を調節する方法は、長さ１１モノマーのＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＯＤ１を調節する方法は、長さ１２モノマーのＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＯＤ１を調節する方法は、長さ１３モノマーのＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＯＤ１を調節する方法は、長さ１４モノマーのＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＯＤ１を調節する方法は、長さ１５モノマーのＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＯＤ１を調節する方法は、長さ１６モノマーのＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
特定の実施形態では、ＳＯＤ１の発現を調節する方法は、９〜１５モノマーを含むＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＯＤ１の発現を調節する方法は、１０〜１５モノマーを含むＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＯＤ１の発現を調節する方法は、１２〜１４モノマーを含むＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＳＯＤ１の発現を調節する方法は、１２または１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含むＳＯＤ１核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
５．ＣＲＰ
ＣＲＰ（Ｃ反応性タンパク質およびＰＴＸ１としても公知）は、種々の炎症性サイトカインに応答して肝臓で生成される必須のヒト急性期反応物質である。このタンパク質は、最初に１９３０年に同定され、そして、高度に保存されており、感染または炎症の状態の早期の指標であると考えられている。血漿ＣＲＰレベルは、感染、虚血、外傷、火傷および炎症性の状態に応答して、１０００倍増加する。患者が脂質低下治療を受けている臨床治験において、ＬＤＬ−ＣおよびＣＲＰの両方が減少している患者は、ＬＤＬ−Ｃの減少のみを経験する患者と比較して、将来的に心臓に関する事象を生じるリスクが低下していたことが実証されている。
定義
「ＣＲＰ」は、その発現が短鎖アンチセンス化合物の投与によって調節されるべき、遺伝子産物またはタンパク質を意味する。
「ＣＲＰ核酸」は、ＣＲＰをコードするあらゆる核酸を意味する。例えば、特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸としては、ＣＲＰをコードするＤＮＡ配列、ＣＲＰをコードするＤＮＡから転写されたＲＮＡ配列、およびＣＲＰをコードするｍＲＮＡ配列が挙げられるがこれらに限定されない。
「ＣＲＰ ｍＲＮＡ」は、ＣＲＰをコードするｍＲＮＡを意味する。
ＣＲＰの治療上の適応
特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＣＲＰの発現を調節する方法を提供し、この方法は、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物をこの個体に対して投与する工程を包含する。特定の実施形態では、本発明は、個体を処置する方法を提供し、この方法は、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する１以上の薬学的組成物を投与する工程を包含する。特定の実施形態では、個体は、高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症するリスク、冠動脈心疾患、冠動脈心疾患の病歴、早期発症した冠動脈心疾患、冠動脈心疾患についての１以上の危険因子を有する。特定の実施形態では、個体は、急性冠動脈症候群、脈管損傷、動脈閉塞、不安定狭心症、後末梢（ｐｏｓｔ ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ）血管疾患、心筋梗塞症候群（ｐｏｓｔ ｍｙｏｃａｒｄｉａｌ ｉｎｆａｒｃｔｉｏｎ）（ＭＩ）、血栓症、深部静脈血栓、末期の腎疾患（ＥＳＲＤ）、慢性腎不全、補体活性化、うっ血性心不全または全身性脈管炎を有する。特定の実施形態では、個体は、発作を有する。
特定の実施形態では、個体は、選択的なステントの配置、血管形成術、経皮的冠動脈形成術（ＰＴＣＡ）、心臓移植、腎臓透析または心肺バイパスから選択される手順を受けている。
特定の実施形態では、個体は、炎症性疾患を有する。特定のこのような実施形態では、炎症性疾患は、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、慢性関節リウマチまたは変形性関節症から選択される。
脂質低下治療に対するガイドラインは、２００１年にＮａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ｐｒｏｇｒａｍ（ＮＣＥＰ）のＡｄｕｌｔ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ Ｐａｎｅｌ ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）によって確立され、そして、２００４年に更新された（Ｇｒｕｎｄｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００４，１１０，２２７−２３９）。このガイドラインは、ＬＤＬ−Ｃ、総コレステロールおよびＨＤＬ−Ｃのレベルの決定のために、代表的には、食事の９〜１２時間後に、完全なリポタンパク質プロフィールを得ることを含む。最も最近に確立されたガイドラインによれば、１３０〜１５９ｍｇ／ｄＬ、１６０〜１８９ｍｇ／ｄＬ、および１９０ｍｇ／ｄＬ以上のＬＤＬ−Ｃレベルは、それぞれ、境界線上の高さ、高い、および非常に高い、とみなされる。２００〜２３９ｍｇ／ｄＬおよび２４０ｍｇ／ｄＬ以上の総コレステロールレベルは、それぞれ、境界線上の高さ、および高いとみなされる。４０ｍｇ／ｄＬ未満のＨＤＬ−Ｃレベルは、低いとみなされる。
特定の実施形態では、個体は、脂質低下治療を必要としているとして同定される。特定のこのような実施形態では、個体は、２００１年にＮａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ｐｒｏｇｒａｍ（ＮＣＥＰ）のＡｄｕｌｔ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ Ｐａｎｅｌ ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）によって確立され、２００４年に更新されたガイドライン（Ｇｒｕｎｄｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００４，１１０，２２７−２３９）にしたがって、脂質低下治療が必要であるとして同定されている。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１９０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１６０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１３０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１００ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１６０ｍｇ／ｄＬを下回るＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１３０ｍｇ／ｄＬを下回るＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療を必要とする個体は、１００ｍｇ／ｄＬを下回るＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。特定のこのような実施形態では、個体は、７０ｍｇ／ｄＬを下回るＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。
特定の実施形態では、本発明は、個体におけるＣＲＰを減少させるための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、ＣＲＰの減少は、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％および少なくとも１００％である。
特定の実施形態では、本発明により提供される方法は、ＨＤＬ−Ｃを低下させない。特定の実施形態では、本発明により提供される方法は、肝臓における脂質の蓄積をもたらさない。特定の実施形態では、本発明により提供される方法は、肝臓脂肪症を引き起こさない。
特定の実施形態では、本発明は、処置に関連する副作用を減少させつつ、被験体におけるＣＲＰの濃度を低下させるための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、副作用は、肝毒性である。特定のこのような実施形態では、副作用は、肝機能の異常である。特定のこのような実施形態では、副作用は、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）の上昇である。特定のこのような実施形態では、副作用は、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）の上昇である。
特定の実施形態では、本発明は、被験体におけるＣＲＰを低下させるための方法を提供する。脂質低下治療の結果、目標のＬＤＬ−Ｃレベルに達しなかった被験体においてＣＲＰの濃度を低下させるための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、被験体に投与される唯一の薬学的因子である。特定のこのような実施形態では、被験体は、推奨される脂質低下治療に従っていない。特定のこのような実施形態では、本発明の薬学的組成物は、さらなに異なる脂質低下治療と同時に施される。特定のこのような実施形態では、さらなる脂質低下治療は、ＬＤＬ−アフェレーシスである。特定のこのような実施形態では、さらなる脂質低下治療は、スタチンである。特定のこのような実施形態では、さらなる脂質低下治療は、エゼチミブである。
特定の実施形態では、本発明は、スタチン不耐性の被験体においてＣＲＰの濃度を低下するための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、被験体は、スタチン投与の結果として、クレアチンキナーゼ濃度が増加している。特定のこのような実施形態では、被験体は、スタチン投与の結果として、肝機能の異常を有する。特定のこのような実施形態では、被験体は、スタチン投与の結果として、筋肉痛を有する。特定のこのような実施形態では、被験体は、スタチン投与の結果として、中枢神経系の副作用を有する。特定の実施形態では、被験体は、推奨されるスタチン投与に従っていない。
特定の実施形態では、本発明は、被験体における冠動脈心疾患のリスクを低下させるための方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、被験体におけるアテローム性動脈硬化症の進行を遅らせるための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、本発明は、被験体におけるアテローム性動脈硬化症の進行を停止させるための方法を提供する。特定のこのような実施形態では、本発明は、被験体におけるアテローム性プラークのサイズおよび／または有病率を減少させるための方法を提供する。特定の実施形態では、提供される方法は、アテローム性動脈硬化症を発症する被験体のリスクを低下させる。
特定の実施形態では、提供される方法は、被験体における心血管系の結果を改善する。特定のこのような実施形態では、改善された心臓血管系の結果は、冠動脈心疾患を発症するリスクの低下である。特定のこのような実施形態では、改善された心臓血管系の結果は、１以上の主要な心臓血管系の事象（死、心筋梗塞、再梗塞、発作、心原性ショック、肺浮腫、心停止および心房性不整脈が挙げられるがこれらに限定されない）の発生の減少である。特定のこのような実施形態では、改善された心血管系の結果は、頚動脈内膜中膜厚の改善により実証される。特定のこのような実施形態では、頚動脈内膜中膜厚の改善は、厚みの減少である。特定のこのような実施形態では、頚動脈内膜中膜厚の改善は、内膜中膜厚の増加の防止である。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物は、治療において使用するためのものである。特定の実施形態では、治療は、個体におけるＣＲＰの減少である。特定の実施形態では、治療は、高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症するリスク、冠動脈心疾患、冠動脈心疾患の病歴、または早期発症した冠動脈心疾患の処置である。さらなる実施形態では、治療は、ＣＨＤリスクの低下である。特定の実施形態では、治療は、アテローム性動脈硬化症の予防である。特定の実施形態では、治療は、冠動脈心疾患の予防である。特定の実施形態では、治療は、急性冠動脈症候群、慢性腎不全、脈管損傷、動脈閉塞、アテローム性血栓症、不安定狭心症、後末梢血管疾患、心筋梗塞症候群（ＭＩ）、血栓症、深部静脈血栓、末期の腎疾患（ＥＳＲＤ）、補体活性化、うっ血性心不全または全身性脈管炎の処置である。特定の実施形態では、治療は、選択的なステントの配置、血管形成術、経皮的冠動脈形成術（ＰＴＣＡ）、心臓移植、腎臓透析または心肺バイパスから選択される手順を受けている個体の処置である。治療は、炎症性障害の処置である。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物は、個体においてＣＲＰを減少させるための医薬の調製のために使用される。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物は、冠動脈心疾患のリスクを低下させるための医薬の調製のために使用される。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症するリスク、冠動脈心疾患、冠動脈心疾患の病歴、早期発症した冠動脈心疾患、または冠動脈心疾患の１以上の危険因子の処置のための医薬の調製のために使用される。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、急性冠動脈症候群、慢性腎不全、脈管損傷、動脈閉塞、アテローム性血栓症、不安定狭心症、後末梢血管疾患、心筋梗塞症候群（ＭＩ）、血栓症、深部静脈血栓、末期の腎疾患（ＥＳＲＤ）、補体活性化、うっ血性心不全または全身性脈管炎の処置のための医薬の調製のために使用される。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、発作を有する個体の処置のための医薬の調製のために使用される。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、選択的なステントの配置、血管形成術、経皮的冠動脈形成術（ＰＴＣＡ）、心臓移植、腎臓透析または心肺バイパスから選択される手順を受けている個体における処置のための医薬の調製のために使用される。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、炎症性疾患の処置のための医薬の調製のために使用される。特定のこのような実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、炎症性腸疾患，潰瘍性大腸炎、慢性関節リウマチまたは変形性関節症の処置のための医薬の調製のために使用される。
ＣＲＰの併用治療
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する１以上の薬学的組成物は、１以上の他の薬学的因子と同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の他の薬学的因子は、脂質低下剤である。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物と同じ疾患または状態を処置するように設計される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物と異なる疾患または状態を処置するように設計される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物の望ましくない作用を処置するように設計される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物は、その他の薬学的因子の望ましくない作用を処置するために、別の薬学的因子と同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、異なる時点で投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、単一の処方物内で一緒に調製される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、別々に調製される。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子としては、脂質低下剤が挙げられる。特定のこのような実施形態では、本発明の薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子としては、アトルバスタチン、シンバスタチン、ロスバスタチンおよびエゼチミブが挙げられるがこれらに限定されない。特定のこのような実施形態では、脂質低下剤は、本発明の薬学的組成物の投与の前に投与される。特定のこのような実施形態では、脂質低下剤は、本発明の薬学的組成物の投与の後に投与される。特定のこのような実施形態では、脂質低下剤は、本発明の薬学的組成物と同時に投与される。特定のこのような実施形態では、同時に投与される脂質低下剤の用量は、脂質低下剤が単独で投与される場合に投与される用量と同じである。特定のこのような実施形態では、同時に投与される脂質低下剤の用量は、脂質低下剤が単独で投与される場合に投与される用量よりも少ない。特定のこのような実施形態では、同時に投与される脂質低下剤の用量は、脂質低下剤が単独で投与される場合に投与される用量よりも多い。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビターである。特定のこのような実施形態では、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビターは、スタチンである。特定のこのような実施形態では、スタチンは、アトルバスタチン、シンバスタチン、プラバスタチン、フルバスタチンおよびロスバスタチンから選択される。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、ＩＳＩＳ ３０１０１２である。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、コレステロール吸収阻害薬である。特定のこのような実施形態では、コレステロール吸収阻害薬は、エゼチミブである。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、同時に処方されるＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビターおよびコレステロール吸収阻害薬である。特定のこのような実施形態では、同時に処方される脂質低下剤は、エゼチミブ／シンバスタチンである。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、ミクロソームトリグリセリド転移タンパク質インヒビター（ＭＴＰインヒビター）である。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、胆汁酸金属イオン封鎖剤である。特定のこのような実施形態では、胆汁酸金属イオン封鎖剤は、コレスチラミン、コレスチポールおよびコレセベラムから選択される。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、ニコチン酸である。特定のこのような実施形態では、ニコチン酸は、即時放出性ニコチン酸、延長放出性ニコチン酸および持続放出性ニコチン酸から選択される。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、フィブリン酸である。特定のこのような実施形態では、フィブリン酸は、ゲムフィブロジル、フェノフィブラート、クロフィブラート、ベザフィブラートおよびシプロフィブラートから選択される。
ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子のさらなる例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：コルチコステロイド（プレドニゾンが挙げられるがこれに限定されない）；免疫グロブリン（静脈内免疫グロブリン（ＩＶＩｇ）が挙げられるがこれに限定されない）；鎮痛剤（例えば、アセトアミノフェン）；抗炎症剤（非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ＣＯＸ−１インヒビターおよびＣＯＸ−２インヒビター）が挙げられるがこれらに限定されない）；サリチル酸；抗生物質；抗ウイルス薬；抗真菌剤；抗糖尿病剤（例えば、ビグアナイド、グルコシダーゼ阻害剤、インシュリン、スルホニル尿素およびチアゾリジンジオン）；アドレナリン作動性修飾物質；利尿薬；ホルモン（例えば、同化性ステロイド、アンドロゲン、エストロゲン、カルシトニン、プロゲスチン、ソマトスタチンおよび甲状腺ホルモン）；免疫調節因子；筋弛緩剤；抗ヒスタミン薬；骨粗しょう症剤（例えば、ビホスホネート、カルシトニンおよびエストロゲン）；プロスタグランジン、抗新生物剤；精神療法剤；鎮静薬；トキシコデンドロン属の生成物；抗体；およびワクチン。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物は、脂質低下治療と組み合わせて施され得る。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療は、治療的なライフスタイルの変化である。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療は、ＬＤＬアフェレーシスである。
ＣＲＰ核酸に対して標的化された特定の短鎖アンチセンス化合物
特定の実施形態では、ＧＥＮＢＡＮＫ（登録商標）アクセッション番号ＮＭ＿０００５６７．１（本明細書中に配列番号６として引用される）の配列を有するＣＲＰ核酸に対して標的化される。特定のこのような実施形態では、配列番号６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号６に対して少なくとも９０％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号６に対して少なくとも９５％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号６に対して１００％相補的である。特定の実施形態では、配列番号６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、表９に示されるヌクレオチド配列を含む。
表９の各配列番号番号に示されるヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する任意の修飾とは無関係である。したがって、配列番号により規定される短鎖アンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾を含み得る。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ ＮＯ．）により説明される短鎖アンチセンス化合物は、核酸塩基配列と、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾との組み合わせを示す。
表９は、配列番号６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の例を示す。表９は、配列番号６に対して１００％相補的な短鎖アンチセンス化合物を示す。「ギャップマーのモチーフ」と題された欄は、各短鎖アンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは、２’−デオキシヌクレオチドを含み、各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは、２’−修飾糖を含む。特定の２’−修飾糖もまた、ギャップマーのモチーフの欄に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は、２−１０−２のギャップマーモチーフであって、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントの両側に、２つのヌクレオチドのウィングセグメントが配置され、ここで、このウィングセグメントのヌクレオチドは、２’−ＭＯＥヌクレオチドであることを意味する。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。「非修飾シトシン」がギャップマーのモチーフの欄に列挙されない限り、短鎖アンチセンス化合物は、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含み、ギャップマーのモチーフの欄に「非修飾シトシン」が列挙される場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである。例えば、「ギャップ内にのみ５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有する一方で、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、本明細書中に一般的に記載される短鎖アンチセンス化合物の任意の１以上の特性または特徴を有し得る。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１、より好ましくは１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
Figure 2009536037
 特定の実施形態では、標的領域は、ＮＭ＿０００５６７．１のヌクレオチド１３０５〜１３２０である。特定のこのような実施形態では、ＮＭ＿０００５６７．１のヌクレオチド１３０５〜１３２０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１３０５または１３０６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、ＮＭ＿０００５６７．１のヌクレオチド２６３〜２７８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３５３４８４または３５３４８５である。
特定の実施形態では、標的領域は、ＮＭ＿０００５６７．１のヌクレオチド１２５７〜１２７２である。特定のこのような実施形態では、ＮＭ＿０００５６７．１のヌクレオチド１２５７〜１２７２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１２５７または１２５８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、ＮＭ＿０００５６７．１のヌクレオチド４２８〜４８３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３５３５０６または３５３５０７である。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８〜１６ヌクレオチド、好ましくは９〜１５ヌクレオチド、より好ましくは９〜１４ヌクレオチド、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、このような短鎖アンチセンス化合物は、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、短鎖ギャップマーである。特定のこのような実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖ギャップマーは、化合物の１以上のウィング内に少なくとも１つの高親和性修飾を含む。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、各ウィングに、１〜３の高親和性修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのヌクレオシドまたはヌクレオチドは、２’修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーはＢＮＡである。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーは、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは、２’位に、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択される置換基を含み、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々は、独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含む。特定の実施形態では、このギャップは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４のモノマーを含む。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のデオキシリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップ内のギャップ修飾（存在する場合）は、その標的核酸に結合したときに、ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅ Ｈが挙げられるがこれに限定されない）による切断を支持するアンチセンス化合物をもたらす。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、一様なモノマー性の結合を有する。特定のこのような実施形態では、これらの結合は全て、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、これらの結合は全て、ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、混合型バックボーンを有する。
特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８モノマーである。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９モノマーである。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０モノマーである。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１１モノマーである。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、いくつかのモノマーの長さである。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１３モノマーである。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１４モノマーである。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１５モノマーである。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１６モノマーである。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、９〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１０〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４モノマーを含む。特定の実施形態では、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、本発明は、ＣＲＰの発現を調節する方法を提供する。特定の実施形態では、このような方法は、１以上のＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含し、ここで、ＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、約８〜約１６モノマー、好ましくは９〜１５モノマー、より好ましくは９〜１４モノマー、より好ましくは１０〜１４モノマー（すなわち、約８〜約１６の連結されたモノマー）である。当業者は、このことが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６のモノマーのＣＲＰ核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物を用いてＣＲＰの発現を調節する方法を包含することを理解する。
特定の実施形態では、ＣＲＰを調節する方法は、長さ８モノマーのＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＣＲＰを調節する方法は、長さ９モノマーのＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＣＲＰを調節する方法は、長さ１０モノマーのＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＣＲＰを調節する方法は、長さ１１モノマーのＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＣＲＰを調節する方法は、長さ１２モノマーのＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＣＲＰを調節する方法は、長さ１３モノマーのＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＣＲＰを調節する方法は、長さ１４モノマーのＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＣＲＰを調節する方法は、長さ１５モノマーのＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＣＲＰを調節する方法は、長さ１６モノマーのＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
特定の実施形態では、ＣＲＰの発現を調節する方法は、９〜１５モノマーを含むＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＣＲＰの発現を調節する方法は、１０〜１５モノマーを含むＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＣＲＰの発現を調節する方法は、１２〜１４モノマーを含むＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＣＲＰの発現を調節する方法は、１２または１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含むＣＲＰ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
６．糖質コルチコイドレセプター（ＧＣＣＲ）
糖質コルチコイドは、とりわけ最初に同定されたステロイドホルモンであり、そして、多数の生理学的機能（糖新生の刺激、末梢組織におけるグルコース取り込みおよび利用の低下、グリコーゲン蓄積の増加、免疫および炎症応答の抑制、サイトカイン合成の阻害、ならびに、種々の発生事象の加速を含む）を担っている。糖質コルチコイドはまた、ストレスとの闘いに特に重要である。糖質コルチコイドの合成および放出のストレス誘導性の上昇は、他の応答の中でもとりわけ、心室負荷の増加、炎症性メディエータの阻害、サイトカイン合成の阻害、およびグルコース生成の増加をもたらす（Ｋａｒｉｎ，Ｃｅｌｌ，１９９８，９３，４８７−４９０）。
天然の糖質コルチコイドおよびその合成誘導体の両方が、レセプターの核ホルモンスーパーファミリーの遍在性に発現される細胞質メンバーである糖質コルチコイドレセプターをを介してその作用を発揮する。ヒト糖質コルチコイドレセプターはまた、核レセプターサブファミリー３、グループＣ、メンバー１；ＮＲ３Ｃ１；ＧＣＣＲ；ＧＣＲ；ＧＲＬ；糖質コルチコイドレセプター、リンパ球としても知られる。この遺伝子は、ヒトの染色体５ｑ１１−ｑ１３に位置し、そして、９つのエキソンから構成される（ＥｎｃｉｏおよびＤｅｔｅｒａ−Ｗａｄｌｅｉｇｈ，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９９１，２６６，７１８２−７１８８；Ｇｅｈｒｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ，１９８５，８２，３７５１−３７５５）。ヒト糖質コルチコイドレセプターｍＲＮＡには多数の形態が存在する；５．５ｋｂのヒト糖質コルチコイドレセプターα ｃＤＮＡ（エキソン１〜８およびエキソン９αを含む）；４．３ｋｂのヒト糖質コルチコイドレセプターβ ｃＤＮＡ（エキソン１〜８およびエキソン９βを含む）；および７．０ｋｂのヒト糖質コルチコイドレセプターα ｃＤＮＡ（エキソン１〜８およびエキソン９全体（エキソン９α、エキソン９β、および両側にエキソン９αとエキソン９βとが配置された「Ｊ領域」を含む）を含む）（Ｈｏｌｌｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９８５，３１８，６３５−６４１；Ｏａｋｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９９６，２７１，９５５０−９５５９）。ヒト糖質コルチコイドレセプターαは、レセプターの優性なアイソフォームであり、ステロイド結合活性を示すレセプターである（Ｈｏｌｌｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９８５，３１８，６３５−６４１）。さらに、３つの異なるプロモーターの使用により、２つの異なるエキソン１改変体が転写され、そして、１つのエキソン１改変体の選択的スプライシングにより、このエキソンの３つの異なるバージョンが生じ得る。したがって、ヒト糖質コルチコイドレセプターｍＲＮＡは、５つの異なるバージョンのエキソン１を含み得る（Ｂｒｅｓｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ，２００１，１５，１３８１−１３９５）。
ヒト糖質コルチコイドレセプターｍＲＮＡのαアイソフォームおよびβアイソフォームの発現パターンの検査は、αアイソフォームがより豊富に発現されることを明らかにする。両方のアイソフォームが、同じような組織および細胞のタイプ（肺、腎臓、心臓、肝臓、骨格筋、マクロファージ、好中球および末梢血単核細胞が挙げられる）において発現される。結腸においては、ヒト糖質コルチコイドレセプターαのみが発現される。タンパク質レベルでは、αアイソフォームは検査した全ての組織において検出されたが、βアイソフォームは検出できず、生理学的条件下では、デフォルトのスプライシング経路は、αアイソフォームを生じる経路であることが示唆される（Ｐｕｊｏｌｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ，２００２，２８３，Ｃ１３２４−１３３１）。糖質コルチコイドレセプターのβアイソフォームは、糖質コルチコイドのアゴニストにもアンタゴニストにも結合しない。さらに、βアイソフォームは、主として、ホルモンの刺激とは無関係に、トランスフェクトされた細胞において核に局在化する。両方のアイソフォームが同じ細胞において発現されるとき、糖質コルチコイドレセプターβは、ホルモンにより誘導された、遺伝子発現の糖質コルチコイドレセプターα媒介性の刺激を阻害し、βアイソフォームが、糖質コルチコイドレセプターαの活性のインヒビターとして機能することが示唆される（Ｏａｋｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９９６，２７１，９５５０−９５５９）。特にそうでないと述べられない限り、本明細書中に記載されるヒト糖質コルチコイドレセプターは、染色体５ｑ１１〜ｑ１３に位置する遍在性の遺伝子産物として規定される。
相補的な糖質コルチコイドレセプターアンチセンスＲＮＡ鎖でトランスフェクトした細胞株は、糖質コルチコイドレセプターｍＲＮＡレベルの減少と、糖質コルチコイドレセプターアゴニストであるデキサメタゾンに対する応答の低下とを示した（ＰｅｐｉｎおよびＢａｒｄｅｎ，Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ，１９９１，１１，１６４７−１６５３）。視床下部−脳下垂体−副腎軸に対する糖質コルチコイドのフィードバック作用を研究するために、アンチセンス糖質コルチコイドレセプター遺伝子構築物を担持するトランスジェニックマウスが用いられた（Ｐｅｐｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９９２，３５５，７２５−７２８）。同様の遺伝子操作されたマウスの別の研究では、エネルギーの摂取および消費、心臓および中間広筋リポタンパク質リパーゼの活性、ならびに、心臓および褐色脂肪組織のノルエピネフリンが、コントロール動物よりも低かった。逆に、脂肪含量および総身体エネルギーは、コントロール動物よりも有意に高かった。これらの結果は、糖質コルチコイドレセプター系の欠損が、エネルギー効率を高めることによってエネルギーバランスに影響を与え得、そして、視床下部−脳下垂体−副腎軸の調節作用が、筋肉のリポタンパク質リパーゼ活性を変化させることを強調するものである（Ｒｉｃｈａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ，１９９３，２６５，Ｒ１４６−１５０）．。
糖質コルチコイドレセプターアンタゴニストの反応性の作用（ｂｅｈａｖｏｒｉａｌ ｅｆｆｅｃｔ）が、不安、学習および記憶を評価するように設計された動物モデルにおいて測定された。糖質コルチコイドレセプターｍＲＮＡを標的とするアンチセンスオリゴデオキシヌクレオチドを長期にわたり脳室内注入されたラットにおける糖質コルチコイドレセプターの発現の減少は、Ｍｏｒｒｉｓの水迷路試験（ｗａｔｅｒ ｍａｚｅ ｔｅｓｔ）における空間的操縦とは干渉しなかった（Ｅｎｇｅｌｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ，１９９８，３６１，１７−２６）。糖質コルチコイドレセプターｍＲＮＡを標的とするアンチセンスオリゴデオキシヌクレオチドのラットの海馬の歯状回への両側注入は、Ｐｏｒｓｏｌｔの強制水泳試験（ｆｏｒｃｅｄ ｓｗｉｍ ｔｅｓｔ）におけるラットの不動性を低下させた（Ｋｏｒｔｅ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ，１９９６，３０１，１９−２５）。
糖質コルチコイドは、しばしば、アレルギー、喘息、慢性関節リウマチ、ＡＩＤＳ、全身性エリテマトーデスおよび変性性変形性関節症のような疾患の処置において、その免疫抑制性の抗炎症作用のために使用される。ＮＦ−κＢとの糖質コルチコイドレセプターとの相互作用によりもたらされるような遺伝子発現の負の調節は、少なくとも部分的に、インビボでの糖質コルチコイドの抗炎症作用を担うことが提唱されている。インターロイキン−６、腫瘍壊死因子αおよびインターロイキン−１は、炎症ストレスの間の、視床下部−脳下垂体−副腎（ＨＰＡ）軸の刺激の多くを説明する３つのサイトカインである。ＨＰＡ軸ならびに全身の交感神経系および副腎髄質系は、基礎の、そしてストレスに関連するホメオスタシスの維持を担う、ストレス系の周辺構成要素である。ＨＰＡ軸の最終産物である糖質コルチコイドは、３つ全ての炎症性サイトカインの産生を阻害し、そしてまた、インターロイキン−６は除いて、標的組織に対するその作用も阻害する。インターロイキン−６は、糖質コルチコイドと相乗的に作用して、急性期の反応物質の産生を刺激する。糖質コルチコイドでの処置は、ＨＰＡ軸の活性を低下させる（Ｃｈｒｏｕｓｏｓ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，１９９５，３３２，１３５１−１３６２）。
いくつかの場合において、患者は、糖質コルチコイドでの処置に対して不応性である。このステロイドに対する抵抗性の１つの理由は、糖質コルチコイドレセプター遺伝子中に存在する変異または多型にある。合計１５のミスセンス変異、３つのナンセンス変異、３つのフレームシフト変異、１つのスプライシング部位および２つの選択的スプライシング変異と、１６の多型とが、糖質コルチコイドの抵抗性に関連するＮＲ３Ｃ１遺伝子において報告されている（ＢｒａｙおよびＣｏｔｔｏｎ，Ｈｕｍ Ｍｕｔａｔ，２００３，２１，５５７−５６８）。ヒトにおけるさらなる研究により、メタボリック症候群の発生および進行と、糖質コルチコイドレセプター（ＧＲ）遺伝子における対立遺伝子との間の正の関連が示唆されている（Ｒｏｓｍｏｎｄ，Ｏｂｅｓ Ｒｅｓ，２００２，１０，１０７８−１０８６）。
糖質コルチコイド非感受性の他の分類は、糖質コルチコイドレセプターアイソフォームの発現の変更と関連する。糖質コルチコイド抵抗性の潰瘍性大腸炎の患者におけるヒト糖質コルチコイドレセプターβアイソフォームｍＲＮＡ発現の研究は、このｍＲＮＡの存在が、糖質コルチコイド感受性の患者において有意により高かったことを明らかにし、末梢血単核細胞におけるヒト糖質コルチコイドレセプターβ ｍＲＮＡの発現が、潰瘍性大腸炎における糖質コルチコイド応答の予測因子として働き得ることを示唆した（Ｈｏｎｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２０００，１１８，８５９−８６６）。糖質コルチコイドレセプターβの発現の増加もまた、かなり多い数の糖質コルチコイド非感受性の喘息において観察される。さらに、糖質コルチコイドレセプターのＤＮＡ結合能におけるサイトカイン誘導性の異常が、糖質コルチコイド非感受性の患者のトランスフェクションに由来する末梢血単核細胞において見られ、そして、糖質コルチコイドレセプターβ遺伝子を持つＨｅｐＧ２細胞は、糖質コルチコイドレセプターαのＤＮＡ結合能の有意な減少をもたらした（Ｌｅｕｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ，１９９７，１８６，１５６７−１５７４）。デキサメタゾンの結合研究は、ヒト糖質コルチコイドレセプターβが、ホルモンリガンドに対する糖質コルチコイドレセプターの親和性は変えないが、ＧＲＥに対するその結合能を変えることを実証する（Ｂａｍｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１９９５，９５，２４３５−２４４１）。まとめて考慮すると、これらの結果は、ＧＲＥ標的部位についての糖質コルチコイドレセプターαとの競合により、糖質コルチコイドレセプターβが、糖質コルチコイドの作用の生理学的および病態生理学的に関連する内因性インヒビターとして機能し得ることを示す。
肝臓において、糖質コルチコイドアゴニストは、糖質コルチコイドレセプターを活性化することによって肝グルコース産生を増加させ、これは続いて、糖新生酵素であるホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ（ＰＥＰＣＫ）およびグルコース−６−リン酸の発現の増加をもたらす。糖新生により、グルコースは、乳酸、ピルビン酸およびアラニンのような非六炭糖の前駆体から形成される（Ｌｉｎｋ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇ Ｄｒｕｇｓ，２００３，４，４２１−４２９）。ＲＵ ４８６のようなステロイド性糖質コルチコイドレセプターアンタゴニストは、糖尿病のげっ歯類モデルにおいて試験されている。レプチンレセプター遺伝子を欠失するマウス（ｄｂ／ｄｂマウスと呼ばれる）は、遺伝的に、肥満、糖尿病および高インシュリン血症である。高血糖のｄｂ／ｄｂマウスのＲＵ ４８６での処置は、血漿インシュリンレベルに影響を及ぼすことなく、血中グルコースレベルを約４９％低下させた。さらに、ＲＵ ４８６での処置は、未処置の動物と比較して、ｄｂ／ｄｂマウスにおける糖質コルチコイドレセプター応答性遺伝子ＰＥＰＣＫ、グルコース−６−リン酸、グルコース輸送体２型およびチロシナミノトランスフェラーゼの発現を減少させた（Ｆｒｉｅｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９９７，２７２，３１４７５−３１４８１）。ＲＵ ４８６はまた、血清インシュリンおよび血中グルコースレベルの低下により、糖尿病、肥満および高インシュリン血症のｏｂ／ｏｂマウスモデルにおいて、糖尿病を改善する（Ｇｅｔｔｙｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｏｂｅｓ Ｒｅｌａｔ Ｍｅｔａｂ Ｄｉｓｏｒｄ，１９９７，２１，８６５−８７３）。
糖新生の増加は、糖尿病における糖産生の増加の主要な原因であると考えられるので、肝グルコース産生の阻害のための多数の治療標的が調べられている。糖質コルチコイドレセプターのアンタゴニストの、動物モデルにおける糖尿病を改善する能力に起因して、このような化合物は、探索される中でもとりわけ、強力な治療因子である。しかし、糖質コルチコイドレセプターアンタゴニストには、有害な全身性の作用（ＨＰＡ軸の活性化を含む）が存在する（Ｌｉｎｋ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇ Ｄｒｕｇｓ，２００３，４，４２１−４２９）。ＨＰＡ軸活性の増加は、免疫に関連する炎症作用の抑制と関連しており、これは、感染因子および新生物に対する感受性を増加させ得る。ＨＰＡ軸またはその標的組織における欠損による免疫媒介性の炎症の抑制に関連する状態としては、クッシング症候群、慢性的なストレス、慢性アルコール依存症およびメランコリックな抑うつ症が挙げられる（Ｃｈｒｏｕｓｏｓ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，１９９５，３３２，１３５１−１３６２）。したがって、肝臓特異的な糖質コルチコイドレセプターアンタゴニストを開発することは、非常に価値がある。ステロイド性の糖質コルチコイドレセプターアンタゴニストが、これらを肝臓に標的化する目的で、胆汁酸に結合されている（Ａｐｅｌｑｖｉｓｔ ｅｔ ａｌ．，２０００）。現在、所望されない末梢作用を伴わずに、糖質コルチコイドレセプターを標的化する治療因子は知られていない（Ｌｉｎｋ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇ Ｄｒｕｇｓ，２００３，４，４２１−４２９）。したがって、肝糖質コルチコイドレセプターを効率的に阻害し得る因子に対する長く感じられてきた必要性が存在したままである。
定義
「糖質コルチコイドレセプター」は、その発現が短鎖アンチセンス化合物の投与によって調節されるべき、遺伝子産物またはタンパク質である。糖質コルチコイドレセプターは、一般に、ＧＣＣＲと称される。
「ＧＣＣＲ核酸」は、ＧＣＣＲをコードするあらゆる核酸を意味する。例えば、特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸としては、ＧＣＣＲをコードするＤＮＡ配列、ＧＣＣＲをコードするＤＮＡから転写されたＲＮＡ配列、およびＧＣＣＲをコードするｍＲＮＡ配列が挙げられるがこれらに限定されない。
「ＧＣＣＲ ｍＲＮＡ」は、ＧＣＣＲをコードするｍＲＮＡを意味する。
治療上の適応
アンチセンス技術は、特定の遺伝子産物の発現を減少させるための有効な手段であり、したがって、糖質コルチコイドレセプターの発現を調節するための多数の治療、診断および研究の用途において有用である。さらに、特定の実施形態では、肝臓は、投与後にアンチセンスオリゴヌクレオチドの最も高い濃度が見られる組織の１つである（Ｇｅａｒｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５６２−５７３）。したがって、このような実施形態では、アンチセンス技術は、糖質コルチコイドレセプターの肝特異的な阻害のための魅力的な方法に相当する。
特定の実施形態では、糖質コルチコイドレセプターをコードする核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、肝臓に優先的に分配される。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、より長い親化合物と比べて、肝臓において増大した効力を有する。特定の実施形態では、標的ＲＮＡは、肝臓において優先的に発現される。
治療のために、ＧＣＣＲの発現を調節することにより処置され得る疾患または障害を有する疑いのある被験体は、１以上の短鎖アンチセンス化合物を投与することによって処置される。非限定的な例において、この方法は、治療上有効な量の短鎖アンチセンス化合物を動物に投与する工程を包含する。特定の短鎖アンチセンス化合物は、ＧＣＣＲの活性を阻害するか、そして／または、ＧＣＣＲの発現を阻害する。特定の実施形態では、被験体におけるＧＣＣＲの活性または発現は、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％阻害される。特定の実施形態では、被験体におけるＧＣＣＲの活性または発現は、少なくとも３０％阻害される。特定の実施形態では、被験体におけるＧＣＣＲの活性または発現は、少なくとも５０％以上阻害される。
ＧＣＣＲの発現の低下は、例えば、動物の血中、血漿中、血清中、脂肪組織中、肝臓または任意の他の体液、組織もしくは器官中で測定され得る。特定の実施形態では、このような解析される体液、組織もしくは器官内に含まれる細胞は、ＧＣＣＲをコードする核酸分子を含むか、そして／または、これらは、ＧＣＣＲタンパク質自体を含む。
短鎖アンチセンス化合物を含有する特定の薬学的組成物およびその他の組成物もまた提供される。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、有効な量の化合物を適切な薬学的に需要可能な希釈剤またはキャリアに加えることによって、薬学的組成物において利用される。
特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、本明細書中に一般に記載される短鎖アンチセンス化合物の任意の１以上の特性または特徴を有する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、２−８−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１から、より好ましくは、２−１０−２および２−８−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
特定の実施形態では、本明細書中には、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物またはこのような化合物を含有する薬学的組成物を投与することによって、個体を処置する方法が提供される。さらに、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を投与することによって、ＧＣＣＲ活性に関連する疾患または状態を有する被験体を処置する方法が提供される。糖尿病、特に、２型糖尿病に加え、ＧＣＣＲに関連する疾患および状態としては以下が挙げられるがこれらに限定されない：肥満、メタボリックシンドロームＸ、クッシング症候群、アジソン病、炎症性疾患（例えば、喘息、鼻炎および関節炎）、アレルギー、自己免疫疾患、免疫不全、食欲不振、悪液質、骨の減損または骨の脆弱化、および創傷治癒。メタボリック症候群、メタボリックシンドロームＸまたは単純なシンドロームＸとは、肥満、脂質異常症、特に、高血中トリグリセリド、グルコース不耐性、高血糖および高血圧を含む危険因子のクラスターを指す。特定の実施形態では、ＧＣＣＲに対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、全身性のステロイド治療によって誘導される高血糖の改善のために使用される。さらに、アンチセンス技術は、糖質コルチコイド処置に対して不応性の患者において過剰発現することが実証されている、糖質コルチコイドレセプターβアイソフォームの発現を阻害するための手段を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、ＧＣＣＲをコードする核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を提供し、この化合物は、糖質コルチコイドレセプターの発現を調節する。本発明の化合物を含有する薬学的組成物および他の組成物もまた提供される。さらに、糖質コルチコイドレセプターのモジュレーターをスクリーニングする方法、および、細胞、組織もしくは動物における糖質コルチコイドレセプターの発現を調節する方法（上記細胞、組織もしくは動物を、１以上の本発明の化合物または組成物に接触させる工程を包含する）が提供される。糖質コルチコイドレセプターの発現に関連する疾患または状態を有するか、またはその傾向にあると疑われる動物、特にヒトを処置する方法もまた、本明細書中に示される。このような方法は、１以上本発明の化合物または組成物の治療上または予防上有効な量を、処置を必要とする人に投与する工程を包含する。
ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された特定の短鎖アンチセンス化合物
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＧＥＮＢＡＮＫ（登録商標）アクセッション番号ＡＣ０１２６３４（本明細書中に配列番号８として引用される）のヌクレオチド１〜１０６０００の配列を有するＧＣＣＲ核酸に対して標的化される。特定のこのような実施形態では、配列番号８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８に対して少なくとも９０％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８に対して少なくとも９５％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８に対して１００％相補的である。特定の実施形態では、配列番号８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、表１０および１１に示されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含む。
表１０および１１における各配列番号に示されるヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する任意の修飾とは無関係である。したがって、配列番号により規定される短鎖アンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾を含み得る。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ ＮＯ．）により説明される短鎖アンチセンス化合物は、核酸塩基配列と、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾との組み合わせを示す。
特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、ギャップマーモチーフを含む。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、２−１０−２のギャップマーモチーフを含む。
表１０および１１は、配列番号８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の例を示す。表１０は、配列番号８に対して１００％相補的な短鎖アンチセンス化合物を示す。表１１は、配列番号８に関して、１または２のミスマッチを有する短鎖アンチセンス化合物を示す。「ギャップマーのモチーフ」と題された欄は、各短鎖アンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは、２’−デオキシヌクレオチドを含み、各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは、２’−修飾された糖を含む。特定の２’−修飾糖もまた、ギャップマーのモチーフの欄に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は、２−１０−２のギャップマーモチーフであって、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントの両側に、２つのヌクレオチドのウィングセグメントが配置され、ここで、このウィングセグメントのヌクレオチドは、２’−ＭＯＥヌクレオチドであることを意味する。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。「非修飾シトシン」がギャップマーのモチーフの欄に列挙されない限り、短鎖アンチセンス化合物は、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含み、ギャップマーのモチーフの欄に「非修飾シトシン」が列挙される場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである。例えば、「ギャップ内にのみ５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有する一方で、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
Figure 2009536037
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 特定の実施形態では、標的領域は、配列番号８のヌクレオチド８８１４２〜８８２６９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８のヌクレオチド８８１４２〜８８２６９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド８８１４２〜８８２６９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４１３、４１４、４１５、４１６、４１７または４１８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号８のヌクレオチド８８１４２〜８８２６９に対して標的化されたアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７１６４４、３７１６４５、３７１６４９、３７１６５１、３７１６５２または３７１６５３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号８のヌクレオチド８８１４２〜８８１６９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８のヌクレオチド８８１４２〜８８１６９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド８８１４２〜８８１６９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４１３または４１４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号８のヌクレオチド８８１４２〜８８１６９に対して標的化されたアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７１６４４または３７１６４５から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号８のヌクレオチド８８２４２〜８８２６９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８のヌクレオチド８８２４２〜８８２６９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド８８２４２〜８８２６９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４１６、４１７または４１８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号８のヌクレオチド８８２４２〜８８２６９に対して標的化されたアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７１６５１、３７１６５２または３７１６５３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号８のヌクレオチド９２０３７〜９２１５５である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８のヌクレオチド９２０３７〜９２１５５を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド９２０３７〜９２１５５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４１９、４２０、４２１または４２２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号８のヌクレオチド９２０３７〜９２１５５に対して標的化されたアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７１６６５、３７１６６９、３７１６７１または１７１６７３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号８のヌクレオチド９２１１４〜９２１５５である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８のヌクレオチド９２１１４〜９２１５５を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド９２１１４〜９２１５５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４２１または４２２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号８のヌクレオチド９２１１４〜９２１５５に対して標的化されたアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７１６７１または１７１６７３から選択される。
特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８〜１６ヌクレオチド、好ましくは９〜１５ヌクレオチド、より好ましくは９〜１４ヌクレオチド、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、このような短鎖アンチセンス化合物は、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、短鎖ギャップマーである。特定のこのような実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖ギャップマーは、化合物の１以上のウィング内に少なくとも１つの高親和性修飾を含む。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、各ウィングに、１〜３の高親和性修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのヌクレオシドまたはヌクレオチドは、２’修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーはＢＮＡである。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーは、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは、２’位に、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択される置換基を含み、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々は、独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含む。特定の実施形態では、このギャップは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４のモノマーを含む。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のデオキシリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップ内のギャップ修飾（存在する場合）は、その標的核酸に結合したときに、ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅ Ｈが挙げられるがこれに限定されない）による切断を支持するアンチセンス化合物をもたらす。
特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、一様なモノマー性結合を有する。特定のこのような実施形態では、これらの結合は全て、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、これらの結合は全て、ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、混合型バックボーンを有する。
特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１１モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、いくつかのモノマーの長さである。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１３モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１４モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１５モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１６モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、９〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１０〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４モノマーを含む。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、本発明は、ＧＣＣＲの発現を調節する方法を提供する。特定の実施形態では、このような方法は、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含し、ここで、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、約８〜約１６モノマー、好ましくは９〜１５モノマー、より好ましくは９〜１４モノマー、より好ましくは１０〜１４モノマー（すなわち、約８〜約１６の連結されたモノマー）である。当業者は、このことが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６のモノマーの、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物を用いてＧＣＣＲの発現を調節する方法を包含することを理解する。
特定の実施形態では、ＧＣＣＲを調節する方法は、長さ８モノマーのＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲを調節する方法は、長さ９モノマーのＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲを調節する方法は、長さ１０モノマーのＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲを調節する方法は、長さ１１モノマーのＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲを調節する方法は、長さ１２モノマーのＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲを調節する方法は、長さ１３モノマーのＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲを調節する方法は、長さ１４モノマーのＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲを調節する方法は、長さ１５モノマーのＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲを調節する方法は、長さ１６モノマーのＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
特定の実施形態では、ＧＣＣＲの発現を調節する方法は、９〜１５モノマーを含むＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲの発現を調節する方法は、１０〜１５モノマーを含むＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲの発現を調節する方法は、１２〜１４モノマーを含むＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＣＲの発現を調節する方法は、１２または１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含むＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
７．グルカゴンレセプター（ＧＣＧＲ）
正常血糖の維持は、注意深く調節される代謝の事象である。吸収可能となった後の状態で血中グルコースレベルの維持を担う２９アミノ酸ペプチドであるグルカゴンは、肝のグリコーゲン分解、糖新生を活性化し、脂肪組織における脂肪分解を刺激し、そして、インシュリン分泌を刺激することによって、肝臓からのグルコース放出を増加させる。血中グルコースレベルが高い間、インシュリンは、グリコーゲン分解および糖新生のグルカゴン媒介性の亢進を逆転する。糖尿病患者において、インシュリンは、利用可能でないか、完全には有効でないかのいずれかである。糖尿病の処置は、従来、インシュリンレベルの増加に焦点を当てているが、グルカゴン機能の拮抗は、代替的な治療と考えられている。グルカゴンは、グルカゴンレセプターを介したシグナル伝達によってその生理学的作用を発揮しているので、グルカゴンレセプターは、糖尿病のための潜在的な治療標的として提唱されている（Ｍａｄｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｐｈａｒｍ．Ｄｅｓ．，１９９９，５，６８３−６９１）。
グルカゴンレセプターは、７回膜貫通ドメインを有するＧタンパク質共役型レセプターのスーパーファミリーに属する。グルカゴンレセプターはまた、構造的にグルカゴンに類似するペプチドに結合する、相同なレセプターのより小さなサブファミリーのメンバーでもある。ヒトグルカゴンレセプターをコードする遺伝子は、１９９４年にクローニングされ、そのゲノム配列の解析により、複数のイントロンと、ラットグルカゴンレセプター遺伝子に対する８２％の同一性とが明らかになった（Ｌｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ，１９９４，１４０，２０３−２０９．；ＭａｃＮｅｉｌ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９４，１９８，３２８−３３４）。ラットグルカゴンレセプター遺伝子のクローニングはまた、複数の選択的スプライシング改変体の説明をもたらした（Ｍａｇｅｔ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９４，３５１，２７１−２７５）。ヒトグルカゴンレセプター遺伝子は、染色体１７ｑ２５に局在化する（Ｍｅｎｚｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，１９９４，２０，３２７−３２８）。グルカゴンレセプター遺伝子の４０番目のコドンにおけるＧｌｙからＳｅｒへのミスセンス変異は、グルカゴンに対し３倍より低い親和性をもたらし（Ｆｕｊｉｓａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｄｉａｂｅｔｏｌｏｇｉａ，１９９５，３８，９８３−９８５）、そしてこの変異は、非インシュリン依存性糖尿病（Ｆｕｊｉｓａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｄｉａｂｅｔｏｌｏｇｉａ，１９９５，３８，９８３−９８５）、高血圧（ＣｈａｍｂｅｒｓおよびＭｏｒｒｉｓ，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，１９９６，１２，１２２）および中心性肥満症（Ｓｉａｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｏｂｅｓ．Ｒｅｓ．，２００１，９，７２２−７２６）を含む、いくつかの疾患状態と関連付けられている。
定義
「グルカゴンレセプター」は、その発現が短鎖アンチセンス化合物の投与によって調節されるべき、遺伝子産物またはタンパク質である。グルカゴンレセプターは、一般に、ＧＣＧＲと称されるが、また、ＧＲ、ＧＧＲ、ＭＧＣ１３８２４６、ＭＧＣ９３０９０とも称され得る。
「ＧＣＧＲ核酸」は、ＧＣＧＲをコードするあらゆる核酸を意味する。例えば、特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸としては、ＧＣＧＲをコードするＧＣＧＲ配列、ＧＣＧＲをコードするＤＮＡから転写されたＲＮＡ配列およびＧＣＧＲをコードするｍＲＮＡ配列が挙げられるがこれらに限定されない。
「ＧＣＧＲ ｍＲＮＡ」は、ＧＣＧＲタンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。
治療上の適応
アンチセンス技術は、グルカゴンレセプター（ＧＣＧＲ）の発現を減少させるための有効な手段であり、そして、多数の治療上、診断上および研究上の用途において比類なく有用であることが分かっている。したがって、特定の実施形態では、本発明は、グルカゴンレセプターをコードする核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を提供し、この化合物は、グルカゴンレセプターの発現を調節する。さらに、ＧＣＧＲの発現を阻害し得る短鎖アンチセンス化合物が本明細書中に提供される。また、個体を処置する方法も本明細書中に提供され、この方法は、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する１以上の薬学的組成物を投与する工程を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物がＧＣＧＲの発現を阻害するので、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する１以上の薬学的組成物を投与することによって、ＧＣＧＲの活性に関連する疾患または状態を有する被験体を処置する方法が本明細書中に提供される。例えば、高血中グルコース、高血糖、糖尿病前症、糖尿病、２型糖尿病、メタボリック症候群、肥満および／またはインシュリン抵抗性を有する被験体を処置する方法が本明細書中に提供される。
また、ＧＣＧＲに対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物と、必要に応じて、薬学的に受容可能なキャリア、希釈剤、増強剤もしくは賦形剤とを含有する薬学的組成物が、本明細書中で企図される。本発明の特定の化合物はまた、ＧＣＧＲにより媒介されるグルカゴン作用に関連する疾患および障害の処置のための医薬の製造において使用され得る。
本発明の特定の実施形態は、組織または細胞中のＧＣＧＲの発現を減少させる方法を含み、この方法は、上記細胞または組織に対して、ＧＣＧＲをコードする核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物、または、このような短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物を接触させる工程を包含する。特定のこのような実施形態では、本発明は、被験体における血中グルコースレベル、血中トリグリセリドレベル、または血中コレステロールレベルを低下させる方法を提供し、この方法は、短鎖アンチセンス化合物または薬学的組成物を被験体に対して投与する工程を包含する。血中レベルは、血漿レベルまたは血清レベルであり得る。また、動物における、インシュリン感受性を改善する方法、ＧＬＰ−１レベルを増加させる方法、および、肝グルコース生産を阻害する方法もまた企図され、これらの方法は、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的組成物を上記動物に投与する工程を包含する。インシュリン感受性における改善は、循環中のインシュリンレベルの減少によって示され得る。
特定の実施形態では、本発明は、ＧＣＧＲを介してグルカゴン活性に関連する疾患または状態を有する被験体を処置する方法を提供し、この方法は、短鎖アンチセンス化合物または薬学的組成物の治療上または予防上有効な量を上記被験体に投与する工程を包含する。特定の実施形態では、このような疾患または状態は、代謝性の疾患または状態であり得る。特定の実施形態では、代謝性の疾患または状態は、糖尿病，高血糖，高脂血症，メタボリックシンドロームＸ、肥満、原発性高グルカゴン血症、インシュリン欠損症またはインシュリン抵抗性である。いくつかの実施形態では、糖尿病は２型糖尿病である。いくつかの実施形態では、肥満は食事誘発性である。いくつかの実施形態では、高脂血症は、血中脂質レベルの上昇と関連している。脂質は、コレステロールおよびトリグリセリドを含む。一実施形態では、状態は、肝臓脂肪症である。いくつかの実施形態では、脂肪症は、脂肪性肝炎または非アルコール性脂肪性肝炎である。
特定の実施形態では、本発明は、本明細書中に説明されるオリゴマー性化合物を用いて、動物における血中グルコースレベルの上昇の発病を予防または遅延する方法、ならびに、動物におけるβ細胞の機能を防止する方法を提供する。
ＧＣＧＲに対して標的化された特定の短鎖アンチセンス化合物は、ＧＣＧＲ発現の調節を必要とする被験体（例えば、ヒトを含むがこれに限定されない動物）におけるＧＣＧＲの発現を調節するために使用され得る。特定の実施形態では、このような方法は、ＧＣＧＲ ＲＮＡの発現を減少させる短鎖アンチセンス化合物の有効量を上記動物に投与する工程を包含する。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＧＣＧＲ ＲＮＡのレベルまたは機能を効率的に低下させる。ＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベルの低下は、発現のＧＣＧＲタンパク質産物における変化ももたらし得るので、このような結果としての変化もまた測定され得る。ＧＣＧＲ ＲＮＡまたは発現のタンパク質産物のレベルまたは機能を効率的に低下させる特定のアンチセンス化合物は、活性なアンチセンス化合物とみなされる。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＧＣＧＲの発現を減少させ、ＲＮＡの少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％の低下を引き起こす。
さらに、グルカゴンレセプターのモジュレーターをスクリーニングする方法、および、細胞、組織または動物におけるグルカゴンレセプターの発現を調節する方法が提供され、これらの方法は、ＧＣＧＲに対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物、または、このような化合物を含有する組成物と、上記細胞、組織または動物とを接触させる工程を包含する。グルカゴンレセプターの発現に関連する疾患または状態を有するか、またはその傾向があると疑われる動物、特にヒトを処置する方法もまた、本明細書中に示される。このような特定の方法は、本発明の１以上の化合物または組成物の治療上または予防上有効な量を、処置を必要とする人に投与する工程を包含する。
グルカゴンレセプターの発現の低下は、例えば、動物の血中、血漿中、血清中、脂肪組織中、肝臓または任意の他の体液、組織もしくは器官中で測定され得る。好ましくは、解析される上記体液、組織もしくは器官内に含まれる細胞は、グルカゴンレセプタータンパク質をコードする核酸分子を含むか、そして／または、これらは、グルカゴンレセプタータンパク質自体を含む。
短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物および他の組成物もまた提供される。特定の実施形態では、ＧＣＧＲをコードする核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、化合物の有効量を、適切な薬学的に受容可能な希釈剤またはキャリアに加えることによって、薬学的組成物において利用される。
ＧＣＧＲ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、本明細書中に一般的に記載される短鎖アンチセンス化合物の任意の１以上の特性または特徴を有し得る。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、１−１２−１、２−１０−２、３−１０−３、３−８−３、１−１−１０−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された特定の短鎖アンチセンス化合物
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＧＥＮＢＡＮＫ（登録商標）アクセッション番号ＮＭ＿０００１６０．１（本明細書中に配列番号９として引用される）の配列を有するＧＣＧＲ核酸に対して標的化される。特定のこのような実施形態では、配列番号９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９に対して少なくとも９０％相補的である．特定のこのような実施形態では、配列番号９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９に対して少なくとも９５％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９に対して１００％相補的である。特定の実施形態では、配列番号９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、表１２および１３に示されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含む。
表１２および１３における各配列番号に示されるヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する任意の修飾とは無関係である。したがって、配列番号により規定される短鎖アンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾を含み得る。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ ＮＯ．）により説明される短鎖アンチセンス化合物は、核酸塩基配列と、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾との組み合わせを示す。
特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、ギャップマーモチーフを含む。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、３−１０−３のギャップマーモチーフを含む。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、ギャップマーモチーフを含む。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、３−８−３のギャップマーモチーフを含む。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、ギャップマーモチーフを含む。特定の実施形態では、ＧＣＣＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、２−１０−２のギャップマーモチーフを含む。
表１２および１３は、配列番号９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の例を示す。表１２は、配列番号９に対して１００％相補的な短鎖アンチセンス化合物を示す。表１３は、配列番号９に関して、１または２のミスマッチを有する短鎖アンチセンス化合物を示す。「ギャップマーのモチーフ」と題された欄は、各短鎖アンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは、２’−デオキシヌクレオチドを含み、各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは、２’−修飾された糖を含む。特定の２’−修飾糖もまた、ギャップマーのモチーフの欄に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は、２−１０−２のギャップマーモチーフであって、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントの両側に、２つのヌクレオチドのウィングセグメントが配置され、ここで、このウィングセグメントのヌクレオチドは、２’−ＭＯＥヌクレオチドであることを意味する。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。「非修飾シトシン」がギャップマーのモチーフの欄に列挙されない限り、短鎖アンチセンス化合物は、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含み、ギャップマーのモチーフの欄に「非修飾シトシン」が列挙される場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである。例えば、「ギャップ内にのみ５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有する一方で、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
Figure 2009536037
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 特定の実施形態では、標的領域は、配列番号９のヌクレオチド３７８〜３９１である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９のヌクレオチド３７８〜３９１を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド３７８〜３９１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４８６または４８７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号９のヌクレオチド３７８〜３９１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３３８４６３または３３８５３４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号９のヌクレオチド４９９〜５２１である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９のヌクレオチド４９９〜５２１を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド４９９〜５２１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６または４９７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号９のヌクレオチド４９９〜５２１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３２７１３０、３２７１３１、３２７１３２、３２７１３３、３２７１３４、３２７１３５、３２７１３６、３２７１３７、３２７１３８または３２７１３９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号９のヌクレオチド５３１〜５５３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９のヌクレオチド５３１〜５５３を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド５３１〜５５３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４９８、４９９、５００、５０１、５０２、５０３、５０４、５０５、５０６または５０７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号９のヌクレオチド５３１〜５５３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３２７１４０、３２７１４１、３２７１４２、３２７１４３、３２７１４４、３２７１４５、３２７１４６、３２７１４７、３２７１４８または３２７１４９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号９のヌクレオチド５４５〜５６７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９のヌクレオチド５４５〜５６７を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド５４５〜５６７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６または５１７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号９のヌクレオチド５４５〜５６７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３２７１５０、３２７１５１、３２７１５２、３２７１５３、３２７１５４、３２７１５５、３２７１５６、３２７１５７、３２７１５８または３２７１５９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号９のヌクレオチド５３１〜５６７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９のヌクレオチド５３１〜５６７を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド５３１〜５６７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号４９８、４９９、５００、５０１、５０２、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６または５１７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号９のヌクレオチド５３１〜５６７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３２７１４０、３２７１４１、３２７１４２、３２７１４３、３２７１４４、３２７１４５、３２７１４６、３２７１４７、３２７１４８、３２７１４９、３２７１５０、３２７１５１、３２７１５２、３２７１５３、３２７１５４、３２７１５５、３２７１５６、３２７１５７、３２７１５８または３２７１５９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号９のヌクレオチド６８４〜７１４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９のヌクレオチド６８４〜７１４を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド６８４〜７１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５１８、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、５２６、５２７、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５または５３６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号９のヌクレオチド６８４〜７１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３４５８９７、３２７１６０、３２７１６１、３２７１６２、３２７１６３、３２７１６４、３２７１６５、３２７１６６、３２７１６７、３２７１６８、３２７１６９、３２７１７０、３２７１７１、３２７１７２、３２７１７３、３２７１７４、３２７１７５、３２７１７６または３２７１７７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号９のヌクレオチド８６９〜８９１である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９のヌクレオチド８６９〜８９１を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド８６９〜８９１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５３７、５３８、５３９、５４０、５４１、５４２、５４３、５４４、５４５または５４６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号９のヌクレオチド８６９〜８９１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３２７１７８、３２７１７９、３２７１８０、３２７１８１、３２７１８２、３２７１８３、３２７１８４、３２７１８５、３２７１８６または３２７１８７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号９のヌクレオチド９５５〜９７７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９のヌクレオチド９５５〜９７７を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド９５５〜９７７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５４７、５４８、５４９、５５０、５５１、５５２、５５３、５５４、５５５または５５６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号９のヌクレオチド９５５〜９７７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３２７１８８、３２７１８９、３２７１９０、３２７１９１、３２７１９２、３２７１９３、３２７１９４、３２７１９５、３２７１９６または３２７１９７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号９のヌクレオチド１０１９〜１０４１である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９のヌクレオチド１０１９〜１０４１を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１０１９〜１０４１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５５７、５５８、５５９、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５または５６６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号９のヌクレオチド１０１９〜１０４１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３２７１９８、３２７１９９、３２７２００、３２７２０１、３２７２０２、３２７２０３、３２７２０４、３２７２０５、３２７２０６または３２７２０７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号９のヌクレオチド１１６０〜１１７５である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９のヌクレオチド１１６０〜１１７５を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１１６０〜１１７５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５６７または５６８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号９のヌクレオチド１１６０〜１１７５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３３８４９１または３３８５６２から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号９のヌクレオチド１３０７〜１３７７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９のヌクレオチド１３０７〜１３７７を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１３０７〜１３７７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５６９、５７０、５７１、５７２または５７３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号９のヌクレオチド１３０７〜１３７７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３３８４９８、３３８５６９、３３８４９９、３３８５７０または３８５０６７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号９のヌクレオチド１３０７〜１４１４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号９のヌクレオチド１３０７〜１４１４を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１３０７〜１４１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号５６９、５７０、５７１、５７２、５７３または５７４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号９のヌクレオチド１３０７〜１４１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３３８４９８、３３８５６９、３３８４９９、３３８５７０、３８５０６７または３３８５７３から選択される。
特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８〜１６ヌクレオチド、好ましくは９〜１５ヌクレオチド、より好ましくは９〜１４ヌクレオチド、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、このような短鎖アンチセンス化合物は、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、短鎖ギャップマーである。特定のこのような実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖ギャップマーは、化合物の１以上のウィング内に、少なくとも１つの高親和性修飾を含む。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、各ウィングに、１〜３の高親和性修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのヌクレオシドまたはヌクレオチドは、２’修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーはＢＮＡである。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーは、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは、２’位に、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択される置換基を含み、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々は、独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含む。特定の実施形態では、このギャップは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４のモノマーを含む。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のデオキシリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップ内のギャップ修飾（存在する場合）は、その標的核酸に結合したときに、ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅ Ｈが挙げられるがこれに限定されない）による切断を支持するアンチセンス化合物をもたらす。
特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、一様なモノマー性結合を有する。特定のこのような実施形態では、これらの結合は全て、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、これらの結合は全て、ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、混合型バックボーンを有する。
特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１１モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、いくつかのモノマーの長さである。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１３モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１４モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１５モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１６モノマーである。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、９〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１０〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４モノマーを含む。特定の実施形態では、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、本発明は、ＧＣＧＲの発現を調節する方法を提供する。特定の実施形態では、このような方法は、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含し、ここで、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、約８〜約１６モノマー、好ましくは９〜１５モノマー、より好ましくは９〜１４モノマー、より好ましくは１０〜１４モノマー（すなわち、約８〜約１６の連結されたモノマー）である。当業者は、このことが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６のモノマーの、ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物を用いてＧＣＧＲの発現を調節する方法を包含することを理解する。
特定の実施形態では、ＧＣＧＲを調節する方法は、長さ８モノマーのＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＧＲを調節する方法は、長さ９モノマーのＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＧＲを調節する方法は、長さ１０モノマーのＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＧＲを調節する方法は、長さ１１モノマーのＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＧＲを調節する方法は、長さ１２モノマーのＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＧＲを調節する方法は、長さ１３モノマーのＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＧＲを調節する方法は、長さ１４モノマーのＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＧＲを調節する方法は、長さ１５モノマーのＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＧＲを調節する方法は、長さ１６モノマーのＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
特定の実施形態では、ＧＣＧＲの発現を調節する方法は、９〜１５モノマーを含むＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＧＲの発現を調節する方法は、１０〜１５モノマーを含むＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＧＲの発現を調節する方法は、１２〜１４モノマーを含むＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＧＣＧＲの発現を調節する方法は、１２または１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含むＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
８．ＤＧＡＴ２
ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２（ＤＧＡＴ２、ジアシルグリセロールＯ−トランスフェラーゼ２、アシル−ＣｏＡ：ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ２としても公知）、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２は、食事からのトリグリセリド（トリアシルグリセロールとも呼ばれる）の吸収プロセスに関与していることが示されている。
食事からのトリグリセリドの吸収は、食事性のトリアシルグリセロールが腸の管腔内で加水分解され、次いで、腸の細胞内で再合成される一連の工程によって生じる、非常に効率的なプロセスである。トリアシルグリセロールの再合成は、モノアシルグリセロール経路を介して生じ得、この経路は、モノアシルグリセロールおよび脂肪性アシル−ＣｏＡからのジアシルグリセロールの合成を触媒するモノアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ（ＭＧＡＴ）から始まる。ジアシルグリセロールの代替的な合成は、グリセロール−リン酸経路により提供され、この経路は、２分子の脂肪性アシル−ＣｏＡのグリセロール−３−リン酸への結合を説明する。いずれの場合においても、ジアシルグリセロールは、次いで、２つのジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ酵素のうちの一方により触媒される反応において、脂肪性アシル−ＣｏＡの別の分子でアシル化され、トリグリセリドを形成する（Ｆａｒｅｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｌｉｐｉｄｏｌ，２０００，１１，２２９−２３４）。
ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼにより触媒される反応は、トリグリセリドの合成において最終的な工程でありかつ、唯一の約束された（ｃｏｍｍｉｔｔｅｄ）工程である。したがって、ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼは、腸の脂肪吸収、リポンタンパク質の組み立て、血漿トリグリセリド濃度の調節、および脂肪細胞における脂肪の貯蔵に関与している。第１のジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼであるジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１は、１９６０年に同定され、そして、このタンパク質をコードするヒトおよびマウスの遺伝子が、１９９８年に単離された（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１９９８，９５，１３０１８−１３０２３；Ｏｅｌｋｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，２７３，２６７６５−２６７７１）。ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ１を欠失するマウスは生存能力があり、そして、なお、他の生物学的経路を介してトリグリセリドを合成し得、トリグリセリド合成のための複数の機構の存在が示唆された（Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２０００，２５，８７−９０）。
その後、第２のジアシルグリセロールトランスフェラーゼであるジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２（ＤＧＡＴ２、ジアシルグリセロールＯ−トランスフェラーゼ２、アシル−ＣｏＡ：ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ２としても公知）が、真菌Ｍｏｒｔｉｅｒｅｌｌａ、ヒトおよびマウスにおいて同定された（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６；Ｌａｒｄｉｚａｂａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８６２−３８８６９）。酵素アッセイは、この近年同定されたタンパク質が、広範囲の長鎖脂肪性アシル−ＣｏＡ基質を利用するジアシルグリセロールトランスフェラーゼ活性を有することを示す（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６）。
ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２は、その配列がジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１と無関係である遺伝子ファミリーのメンバーである。ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１と比較した際の配列における相違に加え、インビトロアッセイは、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２が、より低い濃度の塩化マグネシウムおよびオレオイル−ＣｏＡで、より高い活性を有することを示す（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６）。ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２の推測されるタンパク質配列は、少なくとも１つの推定膜貫通ドメイン、２つの潜在的なＮ結合グリコシル化部位、６つの潜在的なプロテインキナーゼＣリン酸化のコンセンサス部位、ならびに、アシルトランスフェラーゼ酵素に見られる推定グリセロールリン酸化部位と共通する配列を含む（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６）。Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｒａｄｉａｔｉｏｎ Ｈｙｂｒｉｄ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍは、ヒトジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２を、染色体１１ｑ１３．３にマッピングした。
ヒト組織において、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２の最も高いレベルは、肝臓および白色の脂肪組織において検出され、乳腺、精巣および末梢血白血球においてもより低いレベルで見出される（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６）。２．４キロベースおよび１．８キロベースの２つのｍＲＮＡ種が、ヒト組織において検出されているのに対して、マウス組織における主要なジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２ ｍＲＮＡは、２．４キロベースである。肝臓および白色脂肪組織に加え、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２は、マウスの小腸の全セグメントにおいて発現され、近位小腸では発現がより高く、そして、遠位小腸では発現がより低い（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６）。
ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ活性は、ラット肝臓の生後の発生の間、異なるパターンを示す。ｍＲＮＡの発現と活性のパターンとの間には相関がないので、ラットの発生の間、翻訳後修飾が、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２の活性の調節に関与し得る（Ｗａｔｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｌｉｐｉｄ．Ｒｅｓ．，２００２，４３，１５５５−１５６２）。
ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２ ｍＲＮＡは、培養マウス脂肪細胞の膜画分からのジアシルグリセロール活性を測定するインビトロアッセイによって示されるように、インシュリンでの処置により優先的にアップレギュレートされる（Ｍｅｅｇａｌｌａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．，２００２，２９８，３１７−３２３）。絶食中のマウスにおいて、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２の発現は大いに減少しており、そして、食餌を再開すると、劇的に増加する。脂肪酸合成に関与する２つの酵素、アセチル−ＣｏＡカルボキシラーゼおよび脂肪酸シンターゼの発現パターンは、類似する様式で、絶食および食餌の再開に応答する。これらの結果は、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２が肝臓において豊富に発現されるという観察と併せて、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２が内因性の脂肪酸合成経路と密接に関連していることを示唆する（Ｍｅｅｇａｌｌａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．，２００２，２９８，３１７−３２３）。
ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ１遺伝子に破壊部位を有するマウスの研究は、ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ２がトリグリセリド合成に寄与するという証拠を提供する。ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２ ｍＲＮＡの発現レベルは、野生型マウスおよびジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１欠損マウスの両方からの腸セグメントにおいて同様である（Ｂｕｈｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００２，２７７，２５４７４−２５４７９）。ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１の活性とジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２の活性との間を区別するために塩化マグネシウムを用いることで、Ｂｕｈｍａｎらは、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１欠損マウスにおいて、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ活性が、腸の近位において５０％、そして、腸の遠位において１０〜１５％まで減少される（Ｂｕｈｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００２，２７７，２５４７４−２５４７９）。
さらに、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２ ｍＲＮＡレベルは、数週間高脂肪の食餌を与えた後でさえ、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１欠損マウスの肝臓または脂肪組織においてアップレギュレートされない（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６；Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，２００２，１０９，１０４９−１０５５）。しかし、レプチン遺伝子に肥満をもたらす変異を有するｏｂ／ｏｂマウスにおいて、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２は、野生型マウスよりも多く発現されており、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２が、これらのマウスにおいて見られる大いに蓄積された脂肪塊の責任の一部を負う可能性があることが示唆される。さらに、レプチンおよびジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１の変異を組み合わせると、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１欠損マウスからの白色脂肪組織におけるレベルと比較して、白色脂肪組織におけるジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２の発現の３倍の上昇をもたらす（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，２００２，１０９，１０４９−１０５５）。ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２ ｍＲＮＡはまた、これらのマウスの皮膚においてもアップレギュレートされる（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，２００２，１０９，１７５−１８１）。これらのデータは、レプチンが通常、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２の発現をダウンレギュレートすること、そして、これらのマウスにおける白色脂肪組織中のジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２のアップレギュレーションが、レプチン欠損／ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１欠損マウスにおいてなお生じているトリグリセリド合成のための代替的な経路を提供し得ることを示唆する（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，２００２，１０９，１０４９−１０５５）。
ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ１ノックアウトマウスは、痩せており、食事により誘発される肥満に対して抵抗性で、組織トリグリセリドのレベルが低下しており、そして、インシュリンおよびレプチンに対する感受性が増加しているという興味深い表現型を示す（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ，２００２，１０９，１０４９−１０５５；Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２０００，２５，８７−９０）。ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２はまた、トリグリセリド合成にも関与しているので、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２との干渉は、同様に、身体の脂肪含量の低下をもたらし得る。
定義
「ＤＧＡＴ２」は、その発現が短鎖アンチセンス化合物の投与によって調節されるべき、遺伝子産物またはタンパク質を意味する。
「ＤＧＡＴ２核酸」は、ＤＧＡＴ２をコードするあらゆる核酸を意味する。例えば、特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸としては、ＤＧＡＴ２をコードするＤＮＡ配列、ＤＧＡＴ２をコードするＤＮＡから転写されたＲＮＡ配列およびＤＧＡＴ２をコードするｍＲＮＡ配列が挙げられるがこれらに限定されない。
「ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡ」は、ＤＧＡＴ２をコードするｍＲＮＡを意味する。
治療上の適応
アンチセンス技術は、ＤＧＡＴ２の発現を減少させるための有効な手段であり、そして、多数の治療上、診断上および研究上の用途において比類なく有用であることが分かっている。したがって、特定の実施形態では、本発明は、ＤＧＡＴ２をコードする核酸に対して標的化された化合物を提供し、この化合物は、ＤＧＡＴ２の発現を調節する。さらに、ＤＧＡＴ２の発現を効率的に阻害し得る短鎖アンチセンス化合物が本明細書中に提供される。
特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２に関連する疾患または障害を有すると疑われる被験体は、ＤＧＡＴ２をコードする核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物を投与することによって処置される。例えば、非限定的な実施形態では、このような方法は、治療上有効な量の短鎖アンチセンス化合物を動物に対して投与する工程を包含する。特定のこのような実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、効率的にＤＧＡＴ２の活性を阻害するか、または、ＤＧＡＴ２の発現を阻害する。一実施形態では、被験体におけるＤＧＡＴ２の活性または発現は、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％阻害される。特定の実施形態では、被験体におけるＤＧＡＴ２の活性または発現は、約３０％阻害される。より好ましくは、被験体におけるＤＧＡＴ２の活性または発現は、５０％以上阻害される。
ＤＧＡＴ２の発現の低下は、例えば、動物の血中、血漿中、血清中、脂肪組織中、肝臓または任意の他の体液、組織もしくは器官中で測定され得る。好ましくは、解析される上記体液、組織もしくは器官内に含まれる細胞は、ＤＧＡＴ２タンパク質をコードする核酸分子を含むか、そして／または、これらは、ＤＧＡＴ２タンパク質自体を含む。
特定の実施形態では、本発明の化合物を含有する薬学的組成物および他の組成物もまた提供される。例えば、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、化合物は、適切な薬学的に受容可能な希釈剤またはキャリアにこの化合物の有効量を加えることによって、薬学的組成物において利用され得る。
ＤＧＡＴ２を標的とする特定の短鎖アンチセンス化合物は、本明細書中に一般的に記載される短鎖アンチセンス化合物の任意の１以上の特性または特徴を有し得る。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、１−１０−１、２−１０−２および３−１０−３から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物、またはこのような化合物を含有する薬学的組成物を投与することによって、個体を処置する方法が本明細書中に提供される。さらに、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を投与することによって、ＤＧＡＴ２活性に関連する疾患または状態を有する被験体を処置する方法が提供される。ＤＧＡＴ２に関連する疾患および状態としては、心臓血管障害、肥満、糖尿病、コレステロール血症、および肝臓脂肪症が挙げられるがこれらに限定されない。
ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された特定の短鎖アンチセンス化合物
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＧＥＮＢＡＮＫ（登録商標）アクセッション番号ＮＭ＿０３２５６４．２（本明細書中に配列番号１０として引用される）の配列を有するＤＧＡＴ２核酸に対して標的化される。特定のこのような実施形態では、配列番号１０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０に対して少なくとも９０％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０に対して少なくとも９５％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０に対して１００％相補的である。特定の実施形態では、配列番号１０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、表１４および１５に示されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含む。
表１４および１５の各々に示される各ヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する任意の修飾とは無関係である。したがって、表１４および１５に示されるヌクレオチド配列を含む短鎖アンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾を含み得る。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ．）によって記載されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列と、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾との組み合わせを示す。
表１４および１５は、配列番号１０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の例を示す。表１４は、配列番号１０に対して１００％相補的な短鎖アンチセンス化合物を示す。表１５は、配列番号１０に関して、１または２のミスマッチを有する短鎖アンチセンス化合物を示す。「ギャップマーのモチーフ」と題された欄は、各短鎖アンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは、２’−デオキシヌクレオチドを含み、各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは、２’−修飾された糖を含む。特定の２’−修飾糖もまた、ギャップマーのモチーフの欄に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は、２−１０−２のギャップマーモチーフであって、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントの両側に、２つのヌクレオチドのウィングセグメントが配置され、ここで、このウィングセグメントのヌクレオチドは、２’−ＭＯＥヌクレオチドであることを意味する。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。「非修飾シトシン」がギャップマーのモチーフの欄に列挙されない限り、短鎖アンチセンス化合物は、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含み、ギャップマーのモチーフの欄に「非修飾シトシン」が列挙される場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである。例えば、「ギャップ内にのみ５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有する一方で、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
Figure 2009536037
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 特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド２３１〜２６７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド２３１〜２６７を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド２３１〜２６７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号６８１、６８２、６８３、６８４、６８５、６８６または６８７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド２３１〜２６７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２５５６、３７２５５７、３８２６０１、３７２４８０、３７２４８１、３７２５５８または３７２５５９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド２４９〜２６７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド２４９〜２６７を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド２４９〜２６７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号６８３、６８４、６８５、６８６または６８７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド２４９〜２６７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３８２６０１、３７２４８０、３７２４８１、３７２５５８または３７２５５９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド３３１〜４９３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド３３１〜４９３を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド３３１〜４９３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号６８８、６８９、６９０、６９１、６９２、６９３または６９４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド３３１〜４９３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３８２６０３、３８２６０４、３７２４８５、３７２５６３、３８２６０５、３７２５６５または３８２６０６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド３３１〜４２７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド３３１〜４２７を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド３３１〜４２７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号６８８、６８９、６９０、６９１、６９２または６９３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド３３１〜４２７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３８２６０３、３８２６０４、３７２４８５、３７２５６３、３８２６０５または３７２５６５から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド３９２〜４０８である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド３９２〜４０８を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド３９２〜４０８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号６９０、６９１または６９２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド３９２〜４０８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２４８５、３７２５６３または３８２６０５から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド６５１〜７０７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド６５１〜７０７を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド６５１〜７０７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号６９５、６９６、６９７、６９８、６９９、７００、７０１、７０２、７０３、７０４、７０５、７０６、７０７、７０８、７０９、７１０、７１１、７１２、７１３、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７または７２８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド６５１〜７０７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２４９７、３７２４９８、３７２５７５、３７２５７６、３８２６０７、３７２４９９、３７２５７７、３７２５００、３７２５７８、３７２５０１、３７２５７９、３７２５０２、３７２５８０、３７２５０３、３７２５８１、３７２５０４、３７２５８２、３７２５０５、３７２５０６、３７２５８３、３７２５８４、３７２５０７、３７２５８５、３８２６０８、３７２５０８、３７２５８６、３７２５０９、３７２５８７、３７２５１０、３７２５８８、３７２５１１、３７２５１２、３７２５８９または３７２５９０から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド７２４〜７４５である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド７２４〜７４５を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド７２４〜７４５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７２９、７３０、７３１、７３２または７３３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド７２４〜７４５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３８２６０９、３７２５１４、３７２５９２、３７２５１５または３７２５９３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド６５１〜７４５である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド６５１〜７４５を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド６５１〜７４５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号６９５、６９６、６９７、６９８、６９９、７００、７０１、７０２、７０３、７０４、７０５、７０６、７０７、７０８、７０９、７１０、７１１、７１２、７１３、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２または７３３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド６５１〜７４５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２４９７、３７２４９８、３７２５７５、３７２５７６、３８２６０７、３７２４９９、３７２５７７、３７２５００、３７２５７８、３７２５０１、３７２５７９、３７２５０２、３７２５８０、３７２５０３、３７２５８１、３７２５０４、３７２５８２、３７２５０５、３７２５０６、３７２５８３、３７２５８４、３７２５０７、３７２５８５、３８２６０８、３７２５０８、３７２５８６、３７２５０９、３７２５８７、３７２５１０、３７２５８８、３７２５１１、３７２５１２、３７２５８９、３７２５９０、３８２６０９、３７２５１４、３７２５９２、３７２５１５または３７２５９３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド８５１〜９２２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド８５１〜９２２を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド８５１〜９２２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７３４、７３５、７３６または７３７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド８５１〜９２２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３８２６１０、３８２６１１、３８２６０２または３８２６１２から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド８５１〜８７９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド８５１〜８７９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド８５１〜８７９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７３４、７３５または７３６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド８５１〜８７９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３８２６１０、３８２６１１または３８２６０２から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド９６５〜１００７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド９６５〜１００７を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド９６５〜１００７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４または７４５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド９６５〜１００７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２５２４、３７２６０２、３８２６１３、３８２６１４、３７２５２５、３７２６０３、３７２５２６または３７２６０４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド９６５〜９７９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド９６５〜９７９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド９６５〜９７９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７３８、７３９または７４０から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド９６５〜９７９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２５２４、３７２６０２または３８２６１３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド９８７〜１００７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド９８７〜１００７を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド９８７〜１００７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７４１、７４２、７４３、７４４または７４５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド９８７〜１００７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３８２６１４、３７２５２５、３７２６０３、３７２５２６または３７２６０４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド１１０６〜１１３２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド１１０６〜１１３２を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１１０６〜１１３２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３または７５４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド１１０６〜１１３２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２５３０、３７２６０８、３７２５３１、３７２６０９、３７２５３２、３７２６１０、３７２５３３、３８２６１５または３７２６１１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド１１９９〜１２３３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド１１９９〜１２３３を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１１９９〜１２３３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２または７６３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド１１９９〜１２３３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２５３６、３７２６１４、３７２５３７、３７２６１５、３７２５３８、３７２６１６、３８２６１６、３７２５３９または３７２６１７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド１２９３〜１３９４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド１２９３〜１３９４を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１２９３〜１３９４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６または７７７から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド１２９３〜１３９４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２５４０、３７２６１８、３８２６１７、３７２５４１、３７２６１９、３７２５４２、３７２６２０、３７２５４３、３７２６２１、３７２５４４、３７２６２２、３８２６１８、３８２６１９または３８２６２０から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド１２９３〜１３３６である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド１２９３〜１３３６を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１２９３〜１３３６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５または７７６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド１２９３〜１３３６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２５４０、３７２６１８、３８２６１７、３７２５４１、３７２６１９、３７２５４２、３７２６２０、３７２５４３、３７２６２１、３７２５４４、３７２６２２、３８２６１８または３８２６１９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１０のヌクレオチド１２９３〜１３２４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１０のヌクレオチド１２９３〜１３２４を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１２９３〜１３２４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４または７７５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１０のヌクレオチド１２９３〜１３２４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号３７２５４０、３７２６１８、３８２６１７、３７２５４１、３７２６１９、３７２５４２、３７２６２０、３７２５４３、３７２６２１、３７２５４４、３７２６２２または３８２６１８から選択される。
特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８〜１６ヌクレオチド、好ましくは９〜１５ヌクレオチド、より好ましくは９〜１４ヌクレオチド、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、このような短鎖アンチセンス化合物は、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、短鎖ギャップマーである。特定のこのような実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖ギャップマーは、化合物の１以上のウィング内に少なくとも１つの高親和性修飾を含む。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、各ウィングに、１〜３の高親和性修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのヌクレオシドまたはヌクレオチドは、２’修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーはＢＮＡである。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーは、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは、２’位に、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、Ｔ−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択される置換基を含み、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々は、独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含む。特定の実施形態では、このギャップは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４のモノマーを含む。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のデオキシリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップ内のギャップ修飾（存在する場合）は、その標的核酸に結合したときに、ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅ Ｈが挙げられるがこれに限定されない）による切断を支持するアンチセンス化合物をもたらす。
特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、一様なモノマー性結合を有する。特定のこのような実施形態では、これらの結合は全て、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、これらの結合は全て、ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化される短鎖アンチセンス化合物は、混合型バックボーンを有する。
特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８モノマーである。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９モノマーである。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０モノマーである。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１１モノマーである。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、いくつかのモノマーの長さである。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１３モノマーである。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１４モノマーである。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１５モノマーである。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１６モノマーである。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、９〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１０〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４モノマーを含む。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、本発明は、ＤＧＡＴ２の発現を調節する方法を提供する。特定の実施形態では、このような方法は、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含し、ここで、ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、約８〜約１６モノマー、好ましくは９〜１５モノマー、より好ましくは９〜１４モノマー、より好ましくは１０〜１４モノマー（すなわち、約８〜約１６の連結されたモノマー）である。当業者は、このことが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６のモノマーのＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物を用いてＤＧＡＴ２の発現を調節する方法を包含することを理解する。
特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、長さ８モノマーのＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、長さ９モノマーのＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、長さ１０モノマーのＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、長さ１１モノマーのＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、長さ１２モノマーのＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、長さ１３モノマーのＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、長さ１４モノマーのＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、長さ１５モノマーのＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、長さ１６モノマーのＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２の発現を調節する方法は、９〜１５モノマーを含むＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２の発現を調節する方法は、１０〜１５モノマーを含むＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２の発現を調節する方法は、１２〜１４モノマーを含むＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＤＧＡＴ２の発現を調節する方法は、１２または１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含むＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
９．ＰＴＰ１Ｂ
ＰＴＰ１Ｂ（タンパク質ホスファターゼ１ＢおよびＰＴＰＮ１としても公知）は、元々、ヒト胎盤の主要なタンパク質チロシンホスファターゼとして単離された、小胞体（ＥＲ）に関連する酵素である（Ｔｏｎｋｓ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９８８，２６３，６７３１−６７３７；Ｔｏｎｋｓ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９８８，２６３，６７２２−６７３０）。
インシュリンレセプターにより媒介されるシグナル伝達における本質的な調節の役割が、ＰＴＰ１Ｂについて確立されている。特定の状況において、ＰＴＰ１Ｂは、インビトロおよびインタクトな細胞の両方において活性化されたインシュリンレセプターと相互作用して、このレセプターを脱リン酸化し、シグナル伝達経路のダウンレギュレーションをもたらす（Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９８，１８２，９１−９９；Ｓｅｅｌｙ ｅｔ ａｌ，Ｄｉａｂｅｔｅｓ，１９９６，４５，１３７９−１３８５）。さらに、ＰＴＰ１Ｂは、インシュリンのマイトジェン作用を調節する（Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９８，１８２，９１−９９）。ＰＴＰ１Ｂを過剰発現するラットの脂肪細胞において、ＧＬＵＴ４グルコース輸送体のトランスロケーションが阻害され、ＰＴＰ１Ｂがグルコース輸送の負の調節因子としてもはたらくことが示された（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９７，２７２，８０２６−８０３１）。
ＰＴＰ１Ｂ遺伝子を欠失するマウスノックアウトモデルもまた、ＰＴＰ１Ｂによるインシュリンシグナル伝達の負の調節の証拠となる。破壊されたＰＴＰ１Ｂ遺伝子を有するマウスは、インシュリン感受性の増加と、インシュリンレセプターのリン酸化の増加とを示した。高脂肪の食事を与えたとき、ＰＴＰ１Ｂ −／−マウスは、体重の増加に対して抵抗性であり、そして、インシュリン感受性が復活した（ｒｅｍａｉｎｅｄ）（Ｅｌｃｈｅｂｌｙ ｅｔ ａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９９，２８３，１５４４−１５４８）。これらの研究は、明らかに、ＰＴＰ１Ｂを糖尿病および肥満の処置における治療標的として確立するものである。
糖尿病および肥満（現在ではときどき、まとめて、「ディアベシティ（ｄｉａｂｅｓｉｔｙ）」と呼ばれる）は、相互に関係がある。ヒトの肥満の多くは、インシュリン抵抗性およびレプチン抵抗性に関連している。実際、肥満は、糖尿病自体よりも、インシュリンの作用に対してより大きな影響を有し得る（Ｓｉｎｄｅｌｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｒｅｓ．，２００２，５１，８５−９１）。シンドロームＸまたはメタボリック症候群は、一緒に生じたときに、糖尿病および心臓血管疾患に対する素因を示し得る状態のクラスターに対する新しい用語である。これらの症状（高血圧、高トリグリセリド、ＨＤＬの低下および肥満を含む）は、いくつかの個体において一緒に出現する傾向がある。糖尿病および肥満の両方におけるその役割に起因して、ＰＴＰ１Ｂは、糖尿病、肥満およびメタボリック症候群を含む、ある範囲の代謝性の状態に対する治療標的であると考えられる。血中グルコースの制御を改善することによって、ＰＴＰ１Ｂのインヒビターはまた、糖尿病の続発症（網膜症、ニューロパシー、心臓血管系の合併症および腎症を含む）の減速、予防、遅延または改善において有用であり得る。
細胞周期の間に差示的に調節される（Ｓｃｈｉｅｖｅｌｌａ ｅｔ ａｌ，Ｃｅｌｌ．Ｇｒｏｗｔｈ Ｄｉｆｆｅｒ．，１９９３，４，２３９−２４６）ＰＴＰ１Ｂは、プレｍＲＮＡの選択的スプライシングから生じる２つの異なるアイソフォームとして、インシュリン感受性の組織において発現される（ＳｈｉｆｒｉｎおよびＮｅｅｌ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９３，２６８，２５３７６−２５３８４）。選択的スプライシングを受けた生成物の割合は、インシュリンのような増殖因子により影響され、そして、調べられる種々の組織で異なっている（ＳｅｌｌおよびＲｅｅｓｅ，Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｔａｂ．，１９９９，６６，１８９−１９２）。これらの研究において、改変体のレベルは、血漿インシュリン濃度および体脂肪率と相関していた。したがって、これらの改変体は、慢性の高インシュリン血症または２型糖尿病を有する患者についてのバイオマーカーとして使用され得る。
定義
「タンパク質チロシンホスファターゼ１Ｂ」は、その発現が短鎖アンチセンス化合物の投与によって調節されるべき、遺伝子産物またはタンパク質である。タンパク質チロシンホスファターゼ１Ｂは、一般に、ＰＴＰ１Ｂと称されるが、また、タンパク質チロシンホスファターゼ；ＰＴＰＮ１；ＲＫＰＴＰ；タンパク質チロシンホスファターゼ、非レセプター１型とも称され得る。
「ＰＴＰ１Ｂ核酸」は、ＰＴＰ１Ｂをコードするあらゆる核酸を意味する。例えば、特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸としては、ＰＴＰ１ＢをコードするＤＮＡ配列、ＰＴＰ１ＢをコードするＤＮＡから転写されたＲＮＡ配列、およびＰＴＰ１ＢをコードするｍＲＮＡ配列が挙げられるがこれらに限定されない。
「ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡ」は、ＰＴＰ１Ｂタンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。
治療上の適応
アンチセンス技術は、ＰＴＰ１Ｂの発現を減少させるための有効な手段であり、そして、多数の治療上、診断上および研究上の用途において比類なく有用であることが分かっている。したがって、特定の実施形態では、本発明は、ＰＴＰ１Ｂをコードする核酸に対して標的化された化合物を提供し、この化合物は、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節する。さらに、ＰＴＰ１Ｂの発現を効率的に阻害し得る短鎖アンチセンス化合物が本明細書中に提供される。
特定の治療では、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節することによって処置され得る疾患または障害を有すると疑われる被験体は、ＰＴＰ１Ｂをコードする核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物を投与することによって処置される。例えば、非限定的な一実施形態では、このような方法は、治療上有効な量の短鎖アンチセンス化合物を動物に対して投与する工程を包含する。本発明の短鎖アンチセンス化合物は、効率的にＰＴＰ１Ｂの活性を阻害するか、または、ＰＴＰ１Ｂの発現を阻害する。一実施形態では、被験体におけるＰＴＰ１Ｂの活性または発現は、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％阻害される。特定の実施形態では、被験体におけるＰＴＰ１Ｂの活性または発現は、約３０％阻害される。より好ましくは、被験体におけるＰＴＰ１Ｂの活性または発現は、５０％以上阻害される。
ＰＴＰ１Ｂの発現の低下は、例えば、動物の血中、血漿中、血清中、脂肪組織中、肝臓または任意の他の体液、組織もしくは器官中で測定され得る。好ましくは、解析される上記体液、組織もしくは器官内に含まれる細胞は、ＰＴＰ１Ｂをコードする核酸分子を含むか、そして／または、これらは、ＰＴＰ１Ｂタンパク質自体を含む。
本発明の化合物を含有する薬学的組成物および他の組成物もまた提供される。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂをコードする核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、化合物の有効量を、適切な薬学的に受容可能な希釈剤またはキャリアに加えることによって、薬学的組成物において利用される。
ＰＴＰ１Ｂを標的とする短鎖アンチセンス化合物は、本明細書中に一般的に記載される短鎖アンチセンス化合物の任意の１以上の特性または特徴を有し得る。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１、より好ましくは１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物、またはこのような化合物を含有する薬学的組成物を投与することによって個体を処置する方法が本明細書中に提供される。さらに、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を投与することによって、ＰＴＰ１Ｂに関連する疾患または状態を有する被験体を処置する方法が提供される。ＰＴＰ１Ｂに関連する疾患および状態としては、高い血中グルコースまたは高血糖、糖尿病前症、糖尿病、２型糖尿病、メタボリック症候群、肥満およびインシュリン抵抗性が挙げられるがこれらに限定されない。したがって、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を投与することによって、高い血中グルコースまたは高血糖、糖尿病前症、糖尿病、２型糖尿病、メタボリック症候群、肥満およびインシュリン抵抗性を処置する方法が本明細書中に提供される。
特定の実施形態では、本発明は、ＰＴＰ１Ｂ発現の短鎖アンチセンスインヒビターを被験体に投与することによって、被験体における血中グルコースレベルを低下させるための、または、被験体における血中グルコースレベルの上昇の開始を予防もしくは遅延するための、組成物および方法を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、ＰＴＰ１Ｂ発現の短鎖アンチセンスインヒビターを被験体に投与することによって、被験体におけるインシュリン感受性を改善するため、または、被験体におけるインシュリン抵抗性の発病を予防もしくは遅延するための、組成物および方法を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を被験体に投与することによって、被験体における代謝性の状態を処置するための、または、被験体における代謝性の状態の発病を予防もしくは遅延するための、組成物および方法を提供する。このような代謝性の状態は、ＰＴＰ１Ｂ発現に関連するあらゆる代謝性の状態であり得、これには、糖尿病および肥満が含まれるがこれらに限定されない。また、肥満症を減少させる方法が提供される。また、代謝速度が増大している肥満を処置する方法が提供される。
特定の実施形態では、被験体は２型糖尿病を有する。特定の実施形態では、被験体は、ＨｂＡ１ｃレベルの上昇を示す。特定の実施形態では、ＨｂＡ１ｃレベルは、少なくとも約６％、少なくとも約７％、少なくとも約８％、少なくとも約９％、少なくとも約１０％または少なくとも約１１％である。好ましい実施形態では、ＨｂＡ１ｃレベルは、約７％以下まで低下される。特定の実施形態では、被験体は、ボディマス指数の上昇を示す。特定の実施形態では、ボディマス指数の上昇は、２５ｋｇ／ｍ２より大きい。特定の実施形態では、被験体は、高血糖または血中グルコースレベルの上昇を示す。特定の実施形態では、血中グルコースレベルは、空腹時の血中グルコースレベルである。特定の実施形態では、空腹時の血中グルコースレベルの上昇は、少なくとも１３０ｍｇ／ｄＬである。特定の実施形態では、被験体は、処置の開始前に高血糖を示すか、あるいは、約１３０ｍｇ／ｄＬを上回る空腹時の血中グルコースレベル、少なくとも約７％の基線ＨｂＡ１ｃレベル、もしくは、２５ｋｇ／ｍ２より大きいボディマス指数、またはこれらの任意の組み合わせを示す。
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を投与することによって、１以上のこのようなレベルを低下させる方法が提供される。例えば、ＰＴＰ１Ｂを標的とする短鎖アンチセンス化合物を被験体に投与することによって、被験体において、空腹時のグルコースレベル、ＨｂＡ１ｃレベルもしくはボディマス指数のレベル、またはこれらの任意の組み合わせを低下させる方法が提供される。空腹時のグルコースは、空腹時の血中グルコース、空腹時の血清グルコース、または空腹時の血漿グルコースであり得る。いくつかの実施形態では、空腹時の血漿グルコースレベルは、少なくとも約２５ｍｇ／ｄＬまたは少なくとも約１０ｍｇ／ｄＬ低下される。特定の実施形態では、上記被験体は、インシュリン、スルホニル尿素またはメトホルミンのようなグルコース低下剤の治療レジメンにおいて、正常なグルコースレベルを達成しない。
特定の実施形態では、本発明は、脂質レベルを変化させる方法を提供する。特定のこのような方法は、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を被験体に投与することによって、被験体において、コレステロール、ＬＤＬおよび／もしくはＶＬＤＬのレベル、またはこれらの任意の組み合わせを低下させる。特定の実施形態では、被験体におけるＨＤＬレベルは、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を被験体に投与することによって、増加させられる。特定の実施形態では、被験体におけるＬＤＬ：ＨＤＬの比および／または総コレステロール：ＨＤＬの比は、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を被験体に投与することによって、低下される。特定の実施形態では、被験体におけるＨＤＬ：ＬＤＬの比および／またはＨＤＬ：総コレステロールの比は、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を被験体に投与することによって、増加させられる。特定の実施形態では、被験体における脂質のプロフィールは、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を被験体に投与することにより、ＨＤＬを増加させるか、ＬＤＬを低下するか、ＶＬＤＬを低下させるか、トリグリセリドを低下させるか、アポリポタンパク質Ｂのレベルを低下させるか、または、総コレステロールレベルを低下させるか、あるいは、これらの組み合わせによって改善される。このような実施形態では、被験体はヒトを含む動物である。
併用治療
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する１以上の薬学的組成物は、１以上の他の薬学的因子と同時に投与される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物と同じ疾患または状態を処置するように設計される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物と異なる疾患または状態を処置するように設計される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物の望ましくない作用を処置するように設計される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物は、その他の薬学的因子の望ましくない作用を処置するために、別の薬学的因子と同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、異なる時点で投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、単一の処方物内で一緒に調製される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、別々に調製される。
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子としては、グルコース低下剤およびグルコース低下治療が挙げられる。いくつかの実施形態では、グルコース低下剤は、ＰＰＡＲアゴニスト（γ、デュアル（ｄｕａｌ）または汎用（ｐａｎ））、ジペプチジルペプチダーゼ（ＩＶ）インヒビター、ＧＬＰ−１アナログ、インシュリンもしくはインシュリンアナログ、インシュリン分泌促進物質、ＳＧＬＴ２インヒビター、ヒトアミリンアナログ、ビグアナイド、α−グルコシダーゼインヒビター、メグリチニド、チアゾリジンジオンまたはスルホニル尿素である。
いくつかの実施形態では、グルコース低下治療は、ＧＬＰ−１アナログである。いくつかの実施形態では、ＧＬＰ−１アナログは、エキセンジン（ｅｘｅｎｄｉｎ）−４またはリラグルチド（ｌｉｒａｇｌｕｔｉｄｅ）である。
他の実施形態では、グルコース低下治療は、スルホニル尿素である。いくつかの実施形態では、スルホニル尿素は、アセトヘキサミド、クロロプロパミド、トルブタミド、トラザミド、グリメピリド、グリピジド、グリブリドまたはグリクラジドである。
いくつかの実施形態では、グルコース低下薬はビグアナイドである。いくつかの実施形態では、ビグアナイドは、メトホルミンであり、そして、いくつかの実施形態では、血中グルコースレベルは、メトホルミン単独での処置後に乳酸アシドーシスが観察されるのと比較して、乳酸アシドーシスの増加なしで低下させられる。
いくつかの実施形態では、グルコース低下薬は、メグリチニドである。いくつかの実施形態では、メグリチニドは、ナテグリニドおよびレパグリニドである。
いくつかの実施形態では、グルコース低下薬は、チアゾリジンジオンである。いくつかの実施形態では、チアゾリジンジオンは、ピオグリタゾン、ロシグリタゾンまたはトログリタゾンである。いくつかの実施形態では、血中グルコースレベルは、ロシグリタゾン単独での処置で観察されるよりも大きい体重の増加なしに低下させられる。
いくつかの実施形態では、グルコース低下薬は、α−グルコシダーゼインヒビターである。いくつかの実施形態では、α−グルコシダーゼインヒビターは、アカルボーまたはミグリトールである。
特定の実施形態では、同時に投与されるグルコース低下剤は、ＩＳＩＳ １１３７１５である。
特定の実施形態では、グルコース低下治療は、治療的なライフスタイルの変化である。
特定のこのような実施形態では、グルコース低下剤は、本発明の薬学的組成物を投与する前に投与される。特定のこのような実施形態では、グルコース低下剤は、本発明の薬学的組成物を投与した後に投与される。特定のこのような実施形態では、グルコース低下剤は、本発明の薬学的組成物と同時に投与される。特定のこのような実施形態では、同時に投与されるグルコース低下剤の用量は、グルコース低下剤が単独で投与される場合に投与される用量と同じである。特定のこのような実施形態では、同時に投与されるグルコース低下剤の用量は、グルコース低下剤が単独で投与される場合に投与される用量よりも少ない。特定のこのような実施形態では、同時に投与されるグルコース低下剤の用量は、グルコース低下剤が単独で投与される場合に投与される用量よりも多い。
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子としては、脂質低下剤が挙げられる。このような脂質低下剤は、本願の他の場所で考察され、そして、ＰＴＰ１Ｂに関して、ここに含められる。このような脂質低下剤は、グルコース低下剤について上述されたようにして投与され得る。
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を含有する薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子としては、抗肥満剤治療が挙げられる。このような抗肥満剤治療は、グルコース低下剤について上述されたようにして投与され得る。
さらに、注射によりＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を投与し、さらに、注射部位に局所用ステロイドを投与する工程を包含する方法が提供される。
医薬
また、血中グルコースレベル（空腹時グルコースレベルおよびＨｂＡ１ｃレベル、ボディマス指数のレベルまたは任意のこれらの組み合わせを含む）を低下させるための医薬の調製のための、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用が本明細書中に提供される。医薬は、負荷期間および維持期間の間に投与され得る。いくつかの実施形態では、医薬は、経皮または静脈内で投与される。他の実施形態では、上記医薬の投与は、少なくとも１日１回、少なくとも１週間に１回、または、少なくとも１ヶ月に１回行われる。特定の実施形態では、医薬中に存在する短鎖アンチセンス化合物は、より長い配列、特に、２０以上の核酸塩基の配列を有する短鎖アンチセンス化合物よりも低い用量で投与される。医薬は、高い血中グルコースまたは高血糖、糖尿病前症、糖尿病、２型糖尿病、メタボリック症候群、肥満およびインシュリン抵抗性を示す被験体に投与され得る。
短鎖アンチセンス化合物の他の局面および利点が本明細書中に提供される。本明細書中に開示され、特に、他の標的に関して開示される、あらゆる局面および利点は、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス核酸を含む組成物およびその使用方法に関しても適用可能である。
核酸に対して標的化された特定の短鎖アンチセンス化合物
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物ＧＥＮＢＡＮＫ（登録商標）アクセッション番号ＮＭ＿００２８２７．２（本明細書中に配列番号１１として引用される）の配列またはＧＥＮＢＡＮＫ（登録商標）アクセッション番号ＮＴ＿０１１３６２．９（本明細書中に配列番号１２として引用される）の配列のヌクレオチド１４１７８０００〜１４２５６００を有するＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化される。特定のこのような実施形態では、配列番号１１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１に対して少なくとも９０％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１に対して少なくとも９５％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１２に対して１００％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１２に対して少なくとも９０％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１２に対して少なくとも９５％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１２に対して１００％相補的である。
特定の実施形態では、配列番号１１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、表１６および１７に示されるヌクレオチド配列を含む。特定の実施形態では、配列番号１２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、表１８および１９に示されるヌクレオチド配列を含む。
表１６、１７、１８および１９の各々に示される各ヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する任意の修飾とは無関係である。したがって、表１６、１７、１８および１９に示されるヌクレオチド配列を含む短鎖アンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾を含み得る。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ ＮＯ．）によって説明されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列と、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾との組み合わせを示す。
表１６および１７は、配列番号１１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の例を示す。表１６は、配列番号１１に対して１００％相補的な短鎖アンチセンス化合物を示す。表１７は、配列番号１１に関して、１または２のミスマッチを有する短鎖アンチセンス化合物を示す。表１８は、配列番号１２に対して１００％相補的な短鎖アンチセンス化合物を示す。表１９は、配列番号１２に対して１または２のミスマッチを有する短鎖アンチセンス化合物を示す。「ギャップマーのモチーフ」と題された欄は、各短鎖アンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは、２’−デオキシヌクレオチドを含み、各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは、２’−修飾糖を含む。特定の２’−修飾糖もまた、ギャップマーのモチーフの欄に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は、２−１０−２のギャップマーモチーフであって、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントの両側に、２つのヌクレオチドのウィングセグメントが配置され、ここで、このウィングセグメントのヌクレオチドは、２’−ＭＯＥヌクレオチドであることを意味する。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。「非修飾シトシン」がギャップマーのモチーフの欄に列挙されない限り、短鎖アンチセンス化合物は、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含み、ギャップマーのモチーフの欄に「非修飾シトシン」が列挙される場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである。例えば、「ギャップ内にのみ５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有する一方で、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
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 特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１７７〜１９０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１７７〜１９０を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１７７〜１９０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８６、８５９または８５３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１７７〜１９０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０２２、１４７０２３または１４７０２４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１９５〜２２８である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１９５〜２２８を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１９５〜２２８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７７、８６８、８８２、８８６、８５９、８５３、８６５、８３５、８４３、８４６、８４２、８４８、８７４、８４９、８６３、８５５、８５０、８６４または８３４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１９５〜２２８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０１９、１４７０２０、１４７０２１、１４７０２２、１４７０２３、１４７０２４、１４７０２５、１４７０２６、１４７０２７、１４７０２８、１４７０７３、１４７０２９、１４７０３０、１４７０３６、１４７０３７、１４７０３８、１４７０３９、１４７０４０または１４７０４１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド３２３〜３５３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド３２３〜３５３を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド３２３〜３５３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６６、８８１、８６９、８８３、８５８、８３３、８７５、８３７、８２９、８７１、８８４、８８７、８３９、８３０、８４０、８６１または８７９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド３２３〜３５３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４２、１４７０４３、１４７０４４、１４７０４５、１４７０４６、１４７０４７、１４７０５１、１４７０５２、１４７０５３、１４７０５４、１４７０５５、１４７０５６、１４７０５７、１４７０５８、１４７０５９、１４７０６０または１４７０６１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド３２２〜３５３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド３２２〜３５３を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド３２２〜３５３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４２、８６６、８８１、８６９、８８３、８５８、８３３、８７５、８３７、８２９、８７１、８８４、８８７、８３９、８３０、８４０、８６１または８７９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド３２２〜３５３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０７３、１４７０４２、１４７０４３、１４７０４４、１４７０４５、１４７０４６、１４７０４７、１４７０５１、１４７０５２、１４７０５３、１４７０５４、１４７０５５、１４７０５６、１４７０５７、１４７０５８、１４７０５９、１４７０６０または１４７０６１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６７９〜７９９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６７９〜７９９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド６７９〜７９９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８３、８５８、８８３または８５８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６７９〜７９９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４５、１４７０４６、１４７０４５または１４７０４６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６７９〜８２７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６７９〜８２７を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド６７９〜８２７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８３、８５８、８８３、８５８または８５１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６７９〜８２７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４５、１４７０４６、１４７０４５、１４７０４６または１４７０６６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１０２４〜１０４６である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１０２４〜１０４６を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１０２４〜１０４６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４１、８６２、８８０、８５７、８５１、８７６、８３８、８６０、８７８、８５６、８３２または８４２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１０２４〜１０４６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０６２、１４７０６３、１４７０６４、１４７０６５、１４７０６６、１４７０６７、１４７０６８、１４７０６９、１４７０７０、１４７０７１、１４７０７２または１４７０７３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド９９２〜１０４６である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド９９２〜１０４６を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド９９２〜１０４６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８３１、８４１、８６２、８８０、８５７、８５１、８７６、８３８、８６０、８７８、８５６、８３２または８４２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド９９２〜１０４６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０４１３１、１４７０６２、１４７０６３、１４７０６４、１４７０６５、１４７０６６、１４７０６７、１４７０６８、１４７０６９、１４７０７０、１４７０７１、１４７０７２または１４７０７３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１８６８〜１８８１である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１８６８〜１８８１を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１８６８〜１８８１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８６、８５９または８５３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１８６８〜１８８１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０２２、１４７０２３または１４７０２４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１８８６〜１９１９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１８８６〜１９１９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１８８６〜１９１９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７７、８６８、８８２、８８６、８５９、８６５、８４３、８４６、８７４、８６３、８５５、８６４または８３４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１８８６〜１９１９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０１９、１４７０２０、１４７０２１、１４７０２２、１４７０２３、１４７０２５、１４７０２７、１４７０２８、１４７０３０、１４７０３７、１４７０３８、１４７０４０または１４７０４１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１８６９〜１９１９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１８６９〜１９１９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１８６９〜１９１９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５９、８５３、８７７、８６８、８８２、８８６、８５９、８６５、８４３、８４６、８７４、８６３、８５５、８６４または８３４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１８６９〜１９１９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０２３、１４７０２４、１４７０１９、１４７０２０、１４７０２１、１４７０２２、１４７０２３、１４７０２５、１４７０２７、１４７０２８、１４７０３０、１４７０３７、１４７０３８、１４７０４０または１４７０４１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１９７６〜１９８９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１９７６〜１９８９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１９７６〜１９８９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８６、８５９または８５３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１９７６〜１９８９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０２２、１４７０２３または１４７０２４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１９９５〜２０２７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１９９５〜２０２７を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド１９９５〜２０２７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６８、８８２、８８６、８５９、８５３、８６５、８３５、８４３、８４６、８４８、８７４、８４９、８６３、８５５、８５０、８６４または８３４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１９９５〜２０２７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０２０、１４７０２１、１４７０２２、１４７０２３、１４７０２４、１４７０２５、１４７０２６、１４７０２７、１４７０２８、１４７０２９、１４７０３０、１４７０３６、１４７０３７、１４７０３８、１４７０３９、１４７０４０または１４７０４１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド２３６６〜２３８２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド２３６６〜２３８２を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド２３６６〜２３８２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６７または８７３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド２３６６〜２３８２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号４０４１９９または４０４１３４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６２２０〜６２３３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６２２０〜６２３３を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド６２２０〜６２３３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７０、８３６または８４４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６２２０〜６２３３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３２、１４７０３３または１４７０３４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６２８８〜６３００である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６２８８〜６３００を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド６２８８〜６３００に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６９または８８３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６２８８〜６３００に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４４または１４７０４５から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６３２９〜６３４２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６３２９〜６３４２を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド６３２９〜６３４２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７０、８３６または８４４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６３２９〜６３４２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３２、１４７０３３または１４７０３４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６３９７〜６４０９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６３９７〜６４０９を標的とする。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド６３９７〜６４０９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６９または８８３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６３９７〜６４０９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４４または１４７０４５から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド７０５７〜７１７８である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド７０５７〜７１７８を標的とする。特定のこのような実施形態では、７０５７〜７１７８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８３０、８４０、８６１、８３０または８４０から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド７０５７〜７１７８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０５８、１４７０５９、１４７０６０、１４７０５８または１４７０５９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド８６３０〜８７５０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド８６３０〜８７５０を標的とする。特定のこのような実施形態では、８６３０〜８７５０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４３、８４６、８４３または８４６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド８６３０〜８７５０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０２７、１４７０２８、１４７０２７または１４７０２８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１０９５７〜１１０７７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１０９５７〜１１０７７を標的とする。特定のこのような実施形態では、１０９５７〜１１０７７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８１、８６９、８８１または８６９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１０９５７〜１１０７７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４３、１４７０４４、１４７０４３または１４７０４４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１１６０５〜１１６２３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１１６０５〜１１６２３を標的とする。特定のこのような実施形態では、１１６０５〜１１６２３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５６、８７８または８５６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１１６０５〜１１６２３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０７１、１４７０７０または１４７０７１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１２８０５〜１２８１７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１２８０５〜１２８１７を標的とする。特定のこのような実施形態では、１２８０５〜１２８１７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７４または８８５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１２８０５〜１２８１７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３０または１４７０３１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１２９８６〜１２９９８である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１２９８６〜１２９９８を標的とする。特定のこのような実施形態では、１２９８６〜１２９９８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７４または８８５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１２９８６〜１２９９８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３０または１４７０３１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１５５６０〜１５５７２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１５５６０〜１５５７２を標的とする。特定のこのような実施形態では、１５５６０〜１５５７２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７６または８３８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１５５６０〜１５５７２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０６７または１４７０６８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド１７７８７〜１７９４１である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド１７７８７〜１７９４１を標的とする。特定のこのような実施形態では、１７７８７〜１７９４１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７４または８８０から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド１７７８７〜１７９４１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３０または１４７０６４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド２１１９０〜２１２０２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド２１１９０〜２１２０２を標的とする。特定のこのような実施形態では、２１１９０〜２１２０２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４３または８４６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド２１１９０〜２１２０２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０２７または１４７０２８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド２１３５８〜２１３７０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド２１３５８〜２１３７０を標的とする。特定のこのような実施形態では、２１３５８〜２１３７０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４３または８４６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド２１３５８〜２１３７０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号０１７０２７または１４７０２８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド２４３１８〜２４３３２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド２４３１８〜２４３３２を標的とする。特定のこのような実施形態では、２４３１８〜２４３３２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８１、８６９、８８３または８５８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド２４３１８〜２４３３２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４３、１４７０４４、１４７０４５または１４７０４６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド２４４８６〜２４５０１である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド２４４８６〜２４５０１を標的とする。特定のこのような実施形態では、２４４８６〜２４５０１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８１、８６９、８５８または８３３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド２４４８６〜２４５０１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４３、１４７０４４、１４７０４６または１４７０４７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド２５０６５〜２５０７７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド２５０６５〜２５０７７を標的とする。特定のこのような実施形態では、２５０６５〜２５０７７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６４または８３４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド２５０６５〜２５０７７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４０または１４７０４１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド２５２３２〜２５２４５である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド２５２３２〜２５２４５を標的とする。特定のこのような実施形態では、２５２３２〜２５２４５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５０、８６４または８３４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド２５２３２〜２５２４５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３９、１４７０４０または１４７０４１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド２５５０８〜２５５２３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド２５５０８〜２５５２３を標的とする。特定のこのような実施形態では、２５５０８〜２５５２３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８３９または８７９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド２５５０８〜２５５２３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０５７または１４７０６１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド２５６７６〜２８８９０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド２５６７６〜２８８９０を標的とする。特定のこのような実施形態では、２５６７６〜２８８９０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８３９、８６０または８７８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド２５６７６〜２８８９０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０５７、１４７０６９または１４７０７０から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド３３０５６〜３３０６９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド３３０５６〜３３０６９を標的とする。特定のこのような実施形態では、３３０５６〜３３０６９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６０、８７８または８５６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド３３０５６〜３３０６９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０６９、１４７０７０または１４７０７１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド３３２０５〜３３２１７である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド３３２０５〜３３２１７を標的とする。特定のこのような実施形態では、３３２０５〜３３２１７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７８または８５６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド３３２０５〜３３２１７に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０７または１４７０７１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド３３３１８〜３３３３４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド３３３１８〜３３３３４を標的とする。特定のこのような実施形態では、３３３１８〜３３３３４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５８、８５４または８７５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド３３３１８〜３３３３４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４６、１４７０４９または１４７０５１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド３３４６６〜３３４８２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド３３４６６〜３３４８２を標的とする。特定のこのような実施形態では、３３４６６〜３３４８２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５８、８３３または８７５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド３３４６６〜３３４８２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４６、１４７０４７または１４７０５１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド３３６４０〜３３６５６である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド３３６４０〜３３６５６を標的とする。特定のこのような実施形態では、３３６４０〜３３６５６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５８または８７５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド３３６４０〜３３６５６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４６または１４７０５１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド３３７８８〜３３８０４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド３３７８８〜３３８０４を標的とする。特定のこのような実施形態では、３３７８８〜３３８０４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５８または８７５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド３３７８８〜３３８０４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４６または１４７０５１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド３５４３７〜３５４４９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド３５４３７〜３５４４９を標的とする。特定のこのような実施形態では、３５４３７〜３５４４９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４０または８６１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド３５４３７〜３５４４９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０５９または１４７０６０から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド４０３５３〜４０３７３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド４０３５３〜４０３７３を標的とする。特定のこのような実施形態では、４０３５３〜４０３７３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７９または８８１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド４０３５３〜４０３７３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０６１または１４７０４３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド４２５２７〜４２５４１である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド４２５２７〜４２５４１を標的とする。特定のこのような実施形態では、４２５２７〜４２５４１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８５、８７０または８４４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド４２５２７〜４２５４１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３１、１４７０３２または１４７０３４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド４２６７５〜４２６８９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド４２６７５〜４２６８９を標的とする。特定のこのような実施形態では、４２６７５〜４２６８９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８５、８７０、８３６または８４４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、ヌクレオチド４２６７５〜４２６８９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３１、１４７０３２、１４７０３３または１４７０３４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド４６３１３〜４６３２８である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド４６３１３〜４６３２８を標的とする。特定のこのような実施形態では、４６３１３〜４６３２８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８３９、８３０、８４０または８７９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド４６３１３〜４６３２８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０５７、１４７０５８、１４７０５９または１４７０６１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド４６４６１〜４６４７６である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド４６４６１〜４６４７６を標的とする。特定のこのような実施形態では、４６４６１〜４６４７６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８３９、８４０または８７９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド４６４６１〜４６４７６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０５７、１４７０５９または１４７０６１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド４８３６９〜４８３８１である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド４８３６９〜４８３８１を標的とする。特定のこのような実施形態では、４８３６９〜４８３８１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４２または８４５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド４８３６９〜４８３８１に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０７３または１４７０７４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド４８７１４〜４８７２６である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド４８７１４〜４８７２６を標的とする。特定のこのような実施形態では、４８７１４〜４８７２６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４３または８４６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド４８７１４〜４８７２６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０２７または１４７０２８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド４９０５０〜４９０６２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド４９０５０〜４９０６２を標的とする。特定のこのような実施形態では、４９０５０〜４９０６２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７６または８３８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド４９０５０〜４９０６２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０６７または１４７０６８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド４９６７２〜４９６８４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド４９６７２〜４９６８４を標的とする。特定のこのような実施形態では、４９６７２〜４９６８４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４２または８４５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド４９６７２〜４９６８４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０７３または１４７０７４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド５２２９２〜５２３０４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド５２２９２〜５２３０４を標的とする。特定のこのような実施形態では、５２２９２〜５２３０４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４９または８６３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド５２２９２〜５２３０４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３６または１４７０３７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド５２４３８〜５２４５０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド５２４３８〜５２４５０を標的とする。特定のこのような実施形態では、５２４３８〜５２４５０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４９または８６３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド５２４３８〜５２４５０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３６または１４７０３７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド５３４４５〜５３４５８である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド５３４４５〜５３４５８を標的とする。特定のこのような実施形態では、５３４４５〜５３４５８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６６、８８１または８６９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド５３４４５〜５３４５８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４２、１４７０４３または１４７０４４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド５３５９１〜５３６０４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド５３５９１〜５３６０４を標的とする。特定のこのような実施形態では、５３５９１〜５３６０４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６６、８７４、８８１、８８５または８６９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド５３５９１〜５３６０４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４２、１４７０３０、１４７０４３、１４７０３１または１４７０４４から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド５３７３８〜５３７５０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド５３７３８〜５３７５０を標的とする。特定のこのような実施形態では、５３７３８〜５３７５０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７４または８８５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド５３７３８〜５３７５０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３０または１４７０３１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド５３７８３〜５３７９５である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド５３７８３〜５３７９５を標的とする。特定のこのような実施形態では、５３７８３〜５３７９５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６４または８３４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド５３７８３〜５３７９５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４０または１４７０４１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド５５００８〜５５０２０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド５５００８〜５５０２０を標的とする。特定のこのような実施形態では、５５００８〜５５０２０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６６または８８１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド５５００８〜５５０２０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４２または１４７０４３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド５５１５４〜５５１６６である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド５５１５４〜５５１６６を標的とする。特定のこのような実施形態では、５５１５４〜５５１６６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６６または８８１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド５５１５４〜５５１６６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４２または１４７０４３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド５５６８２〜５５６９５である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド５５６８２〜５５６９５を標的とする。特定のこのような実施形態では、５５６８２〜５５６９５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７７または８８２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド５５６８２〜５５６９５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０１９または１４７０２１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド５６２７５〜５６２９３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド５６２７５〜５６２９３を標的とする。特定のこのような実施形態では、５６２７５〜５６２９３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７１、８８４、８８７、８３０、８４０、８６１または８７９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド５６２７５〜５６２９３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０５４、１４７０５５、１４７０５６、１４７０５８、１４７０５９、１４７０６０または１４７０６１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド５６４１８〜５６４３９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド５６４１８〜５６４３９を標的とする。特定のこのような実施形態では、５６４１８〜５６４３９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８７５、８２９、８７１、８８４、８８７、８３９、８３０または８７９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド５６４１８〜５６４３９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０５１、１４７０５３、１４７０５４、１４７０５５、１４７０５６、１４７０５７、１４７０５８または１４７０６１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド５７２６４〜５７２７６である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド５７２６４〜５７２７６を標的とする。特定のこのような実施形態では、５７２６４〜５７２７６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８３または８５８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド５７２６４〜５７２７６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４５または１４７０４６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６１２７６〜６１２９３である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６１２７６〜６１２９３を標的とする。特定のこのような実施形態では、６１２７６〜６１２９３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５６、８４７、８４９、８６３、８５５、８５０または８６４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６１２７６〜６１２９３に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０７１、１４７０３５、１４７０３６、１４７０３７、１４７０３８、１４７０３９または１４７０４０から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６１２５７〜６１３２０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６１２５７〜６１３２０を標的とする。特定のこのような実施形態では、６１２５７〜６１３２０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８１、８５６、８４７、８４９、８６３、８５５、８５０、８６４または８８６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６１２５７〜６１３２０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、ｌｓｉｓ番号１４７０４３、１４７０７１、１４７０３５、１４７０３６、１４７０３７、１４７０３８、１４７０３９、１４７０４０または１４７０７１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６１４２２〜６１４３９である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６１４２２〜６１４３９を標的とする。特定のこのような実施形態では、６１４２２〜６１４３９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４４、８４７、８４９、８６３、８５５または８６４から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６１４２２〜６１４３９に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３４、１４７０３５、１４７０３６、１４７０３７、１４７０３８または１４７０４０から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６１４２２〜６１４６６である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６１４２２〜６１４６６を標的とする。特定のこのような実施形態では、６１４２２〜６１４６６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４４、８４７、８４９、８６３、８５５、８６４または８５６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６１４２２〜６１４６６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３４、１４７０３５、１４７０３６、１４７０３７、１４７０３８、１４７０４０または１４７０７１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６３０６５〜６３０７８である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６３０６５〜６３０７８を標的とする。特定のこのような実施形態では、６３０６５〜６３０７８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５１または８３８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６３０６５〜６３０７８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０６６または１４７０６８から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６３２０７〜６３２２２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６３２０７〜６３２２２を標的とする。特定のこのような実施形態では、６３２０７〜６３２２２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４１または８５１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６３２０７〜６３２２２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０６２または１４７０６６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６４５３８〜６４５５０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６４５３８〜６４５５０を標的とする。特定のこのような実施形態では、６４５３８〜６４５５０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４９または８６３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６４５３８〜６４５５０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３６または１４７０３７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６４８６４〜６４８７６である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６４８６４〜６４８７６を標的とする。特定のこのような実施形態では、６４８６４〜６４８７６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５１または８７６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６４８６４〜６４８７６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０６６または１４７０６７から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６５０１０〜６５０２８である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６５０１０〜６５０２８を標的とする。特定のこのような実施形態では、６５０１０〜６５０２８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５１、８７６または８８３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６５０１０〜６５０２８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０６６、１４７０６７または１４７０４５から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６５１６３〜６５１７５である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６５１６３〜６５１７５を標的とする。特定のこのような実施形態では、６５１６３〜６５１７５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８３または８５８から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６５１６３〜６５１７５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４５または１４７０４６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６５４０８〜６５４２２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６５４０８〜６５４２２を標的とする。特定のこのような実施形態では、６５４０８〜６５４２２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８３または８５６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６５４０８〜６５４２２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０６８または１４７０７１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６５５４９〜６５５６８である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６５５４９〜６５５６８を標的とする。特定のこのような実施形態では、６５５４９〜６５５６８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６０、８３８または８５６から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６５５４９〜６５５６８に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０６９、１４７０６８または１４７０７１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６７７４１〜６７７５４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６７７４１〜６７７５４を標的とする。特定のこのような実施形態では、６７７４１〜６７７５４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４８、８７４または８８５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６７７４１〜６７７５４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０２９、１４７０３０または１４７０３１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６７８８６〜６７９００である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６７８８６〜６７９００を標的とする。特定のこのような実施形態では、６７８８６〜６７９００に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８４６、８４８、８７４または８８５から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６７８８６〜６７９００に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０２８、１４７０２９、１４７０３０または１４７０３１から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６８８６７〜６８８８０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６８８６７〜６８８８０を標的とする。特定のこのような実施形態では、６８８６７〜６８８８０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８１、８６９または８８３から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６８８６７〜６８８８０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４３、１４７０４４または１４７０４５から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６９０１３〜６９５３２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６９０１３〜６９５３２を標的とする。特定のこのような実施形態では、６９０１３〜６９５３２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８８１、８６９、８８３、８５８、８５６、８３２または８４２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６９０１３〜６９５３２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０４３、１４７０４４、１４７０４５、１４７０４６、１４７０７１、１４７０７２または１４７０７３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド６９６６５〜６９８８０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド６９６６５〜６９８８０を標的とする。特定のこのような実施形態では、６９６６５〜６９８８０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５６、８３２、８４２、８４５または８５１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド６９６６５〜６９８８０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０７１、１４７０７２、１４７０７３、１４７０７４または１４７０６６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド７０６１１〜７０６３０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド７０６１１〜７０６３０を標的とする。特定のこのような実施形態では、７０６１１〜７０６３０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８５９、８４１、８６２、８８０、８５７または８５１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド７０６１１〜７０６３０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０２３、１４７０６２、１４７０６３、１４７０６４、１４７０６５または１４７０６６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド７０７６２〜７０７７６である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド７０７６２〜７０７７６を標的とする。特定のこのような実施形態では、７０７６２〜７０７７６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６２、８８０、８５７または８５１から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド７０７６２〜７０７７６に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０６３、１４７０６４、１４７０６５または１４７０６６から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド７０９９８〜７１０１０である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド７０９９８〜７１０１０を標的とする。特定のこのような実施形態では、７０９９８〜７１０１０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８３２または８４２から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド７０９９８〜７１０１０に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０７２または１４７０７３から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド７１１４４〜７１４３６４である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド７１１４４〜７１４３６４を標的とする。特定のこのような実施形態では、７１１４４〜７１４３６４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８３２、８４２、８４５、８６３、８５５または８５０から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド７１１４４〜７１４３６４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０７２、１４７０７３、１４７０７４、１４７０３７、１４７０３８または１４７０３９から選択される。
特定の実施形態では、標的領域は、配列番号１１のヌクレオチド７１４９７〜７１６５２である。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１１のヌクレオチド７１４９７〜７１６５２を標的とする。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド７１４９７〜７１６５２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号８６３、８５５、８５０または８７９から選択されるヌクレオチド配列を含む。特定のこのような実施形態では、配列番号１１のヌクレオチド７１４９７〜７１６５２に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ番号１４７０３７、１４７０３８、１４７０３９または１４７０６１から選択される。
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８〜１６ヌクレオチド、好ましくは９〜１５ヌクレオチド、より好ましくは９〜１４ヌクレオチド、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０〜１４ヌクレオチドである。特定の実施形態では、このような短鎖アンチセンス化合物は、短鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、短鎖ギャップマーである。特定のこのような実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖ギャップマーは、化合物の１以上のウィング内に少なくとも１つの高親和性修飾を含む。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、各ウィングに、１〜３の高親和性修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのヌクレオシドまたはヌクレオチドは、２’修飾を含む。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーはＢＮＡである。特定のこのような実施形態では、ウィングのモノマーは、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは、２’位に、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択される置換基を含み、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々は、独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである。特定の実施形態では、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含む。特定の実施形態では、このギャップは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４のモノマーを含む。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のデオキシリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップのモノマーは、非修飾のリボヌクレオチドである。特定の実施形態では、ギャップ内のギャップ修飾（存在する場合）は、その標的核酸に結合したときに、ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅ Ｈが挙げられるがこれに限定されない）による切断を支持するアンチセンス化合物をもたらす。
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、一様なモノマー性結合を有する。特定のこのような実施形態では、これらの結合は全て、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、これらの結合は全て、ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、混合型バックボーンを有する。
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ８モノマーである。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ９モノマーである。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１０モノマーである。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１１モノマーである。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、いくつかのモノマーの長さである。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１３モノマーである。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１４モノマーである。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１５モノマーである。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、長さ１６モノマーである。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、９〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１０〜１５モノマーを含む。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４モノマーを含む。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、１２〜１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、本発明は、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節する方法を提供する。特定の実施形態では、このような方法は、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物の使用を包含し、ここで、ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、約８〜約１６モノマー、好ましくは９〜１５モノマー、より好ましくは９〜１４モノマー、より好ましくは１０〜１４モノマー（すなわち、約８〜約１６の連結されたモノマー）である。当業者は、このことが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６のモノマーのＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された１以上の短鎖アンチセンス化合物を用いてＰＴＰ１Ｂの発現を調節する方法を包含することを理解する。
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、長さ８モノマーを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、長さ９モノマーを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、長さ１０モノマーを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、長さ１１モノマーを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、長さ１２モノマーを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、長さ１３モノマーを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、長さ１４モノマーを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、長さ１５モノマーを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、長さ１６モノマーを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節する方法は、９〜１５モノマーを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節する方法は、１０〜１５モノマーを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節する方法は、１２〜１４モノマーを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節する方法は、１２または１４のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含むＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の使用を包含する。
１０．ＰＴＥＮ
特定の実施形態では、本発明は、ＰＴＥＮをコードする核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を提供する。特定の実施形態では、このような化合物は、細胞におけるＰＴＥＮの発現を調節するために使用される。特定のこのような実施形態では、ＰＴＥＮ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、動物に投与される。特定の実施形態では、ＰＴＥＮ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、ＰＴＥＮの研究のため、特定のヌクレアーゼの研究のため、そして／または、アンチセンス活性の評価のために有用である。特定のこのような実施形態では、ＰＴＥＮ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、特定のモチーフおよび／または化学的修飾を評価するために有用である。特定の実施形態では、ＰＴＥＮ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物の動物への投与は、測定可能な表現型の変化をもたらす。
ＰＴＥＮを標的とする短鎖アンチセンス化合物は、本明細書中に一般的に記載される短鎖アンチセンス化合物の任意の１以上の特性または特徴を有し得る。特定の実施形態では、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３または１−６−１、より好ましくは１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
ＰＴＥＮ核酸に対して標的化された特定の短鎖アンチセンス化合物
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＧＥＮＢＡＮＫ（登録商標）アクセッション番号ＮＭ＿０００３１４．４（本明細書中に配列番号１４として引用される）の配列を有するＰＴＥＮ核酸に対して標的化される。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、ＧＥＮＢＡＮＫ（登録商標）アクセッション番号ＮＴ＿０３３８９０．３（本明細書中に配列番号１５として引用される）の配列のヌクレオチド８０６３２５５〜８１６７１４０の配列を有するＰＴＥＮ核酸に対して標的化される。特定のこのような実施形態では、配列番号１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１４に対して少なくとも９０％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１４に対して少なくとも９５％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１５に対して１００％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１５に対して少なくとも９０％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１５に対して少なくとも９５％相補的である。特定のこのような実施形態では、配列番号１５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、配列番号１５に対して１００％相補的である。
特定の実施形態では、配列番号１４に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、表２０および２１に示されるヌクレオチド配列を含む。特定の実施形態では、配列番号１５に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物は、表２２および２３に示されるヌクレオチド配列を含む。
表２０、２１、２２および２３に示される各ヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する任意の修飾とは無関係である。したがって、表２０、２１、２２および２３に示されるヌクレオチド配列を含む短鎖アンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾を含み得る。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ ＮＯ．）により説明されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列と糖部分、ヌクレオシド間結合または核酸塩基に対する１以上の修飾との組み合わせを示す。
表２０は、配列番号１４に対して１００％相補的な短鎖アンチセンス化合物を示す。表２２は、配列番号１５に対して１００％相補的な短鎖アンチセンス化合物を示す。「ギャップマーのモチーフ」と題された欄は、各短鎖アンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは、２’−デオキシヌクレオチドを含み、各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは、２’−修飾糖を含む。特定の２’−修飾糖もまた、ギャップマーのモチーフの欄に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は、２−１０−２のギャップマーモチーフであって、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントの両側に、２つのヌクレオチドのウィングセグメントが配置され、ここで、このウィングセグメントのヌクレオチドは、２’−ＭＯＥヌクレオチドであることを意味する。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。「非修飾シトシン」がギャップマーのモチーフの欄に列挙されない限り、短鎖アンチセンス化合物は、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含み、ギャップマーのモチーフの欄に「非修飾シトシン」が列挙される場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである。例えば、「ギャップ内にのみ５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有する一方で、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
２’−修飾ヌクレオチドおよびその省略形としては、以下が挙げられる：２’−Ｏ−メトキシエチル（ＭＯＥ）；２’−Ｏ−メチル（ＯＭｅ）；２’−Ｏ−（２，２，３，３，３−ペンタフルオロプロピル）（ＰｅｎｔａＦ）；２’−Ｏ−［（２−メトキシ）エチル］−４’−チオ（２’−ＭＯＥ−４’−チオ）；（Ｒ）−ＣＭＯＥ−ＢＮＡ。表２０および２２に示すように、ウィングは、２’置換のタイプより多くを含むモノマーを含み得る。例えば、１−２−１０−２ ＭＯＥ／ＰｅｎｔａＦ／ＭＯＥは、１つのＭＯＥ−修飾ヌクレオチド、それに続く２つの２つのＰｅｎｔａＦ−修飾ヌクレオチド、それに続く１０デオキシヌクレオチドのギャップ、それに続く２つのＰｅｎｔａＦ−修飾ヌクレオチドを示す。例えば、１−１−１０−２ ２’−（ブチルアセトアミド（ｂｕｔｙｌａｃｅｔｏｍｉｄｏ））−パルミタミドメエチレンオキシＢＮＡ／メチレンオキシＢＮＡは、最も５’側のヌクレオチドが２’−（ブチルアセトアミド）−パルミタミドであり、２番目のヌクレオチドがメチレンオキシＢＮＡヌクレオチドであり、そして、３’ウィングがメチレンオキシＢＮＡであることを示す。他に示されない限り、シトシンは５−メチルシトシンであり、そして、ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。
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 塩、プロドラッグおよび生物学的等価体（ｂｉｏｅｑｕｉｖａｌｅｎｔ）
本明細書中に提供されるアンチセンス化合物は、任意の薬学的に受容可能な塩、エステル、またはこのようなエステルの塩、あるいは、ヒトを含む動物に投与した際に生物学的に活性な代謝産物またはその残基を（直接的または間接的に）提供し得る、任意の他の機能的な化学等価体を含む。したがって、例えば、本開示はまた、アンチセンス化合物のプロドラッグおよび薬学的に受容可能な塩、このようなプロドラッグの薬学的に受容可能な塩、ならびに、他の生物学的等価体にも拡張される。
用語「プロドラッグ」は、不活性または活性が低い形態で調製され、体内またはその細胞内で、内因性の酵素、化学物質および／または状態の作用により活性な形態（すなわち、薬物）へと変換される治療因子を指す。具体的に、オリゴヌクレオチドのプロドラッグバージョンは、ＷＯ ９３／２４５１０またはＷＯ ９４／２６７６４に開示される方法に従って、ＳＡＴＥ（（Ｓ−アセチル−２−チオエチル）ホスフェート）誘導体として調製される。プロドラッグはまた、一方または両方の末端が核酸塩基（この核酸塩基は、（例えば、末端にホスホジエステルバックボーン結合を組み込むことによって）切断されて活性な化合物を生じる）を含む、アンチセンス化合物を含み得る。特定の実施形態では、１以上の非薬物部分が、プロドラッグから切断されて、活性な形態を生じる。特定のこのような実施形態では、このような非薬物部分は、ヌクレオチドでもオリゴヌクレオチドでもない。
用語「薬学的に受容可能な塩」は、本明細書中に記載される化合物の生理学的に重要な塩および薬学的に受容可能な塩；すなわち、親化合物の所望の生物学的活性を保持し、これに対して所望されない毒物学的作用を与えない塩、を指す。アンチセンスオリゴヌクレオチドのナトリウム塩は、ヒトに対する治療的な投与に有用であり、このような投与に対し、都合よく適応される。
特定の実施形態では、二本鎖核酸（ｄｓＲＮＡ化合物が挙げられるがこれらに限定されない）の塩（ナトリウム塩が挙げられるがこれらに限定されない）もまた提供される。
Ｇ．特定の薬学的組成物
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、１以上の短鎖アンチセンス化合物および１以上の賦形剤を含む。特定のこのような実施形態では、賦形剤は、水、塩溶液、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトース、アミラーゼ、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、粘性パラフィン、ヒドロキシメチルセルロースおよびポリビニルピロリドンから選択される。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、公知の技術（溶解、造粒、糖衣錠作製、研和（ｌｅｖｉｇａｔｉｎｇ）、カプセル化、エントラッピング（ｅｎｔｒａｐｐｉｎｇ）または錠剤化プロセスが挙げられるがこれらに限定されない）を用いて調製される。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、液体（例えば、懸濁液、エリキシルおよび／または溶液）である。特定のこのような実施形態では、液体薬学的組成物は、当該分野で公知の成分（水、グリコール、油、アルコール、矯味矯臭剤、保存料および着色剤が挙げられるがこれらに限定されない）を用いて調製される。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、固体（例えば、粉末、錠剤および／またはカプセル）である。特定のこのような実施形態では、１以上のオリゴヌクレオチドを含有する固体薬学的組成物は、当該分野で公知の成分（デンプン、糖、希釈剤、顆粒化剤、滑沢剤、結合剤および法介在が挙げられるがこれらに限定されない）を用いて調製される。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、蓄積調製物（ｄｅｐｏｔ ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ）として処方される。特定のこのようなデポー調製物は、代表的には、非蓄積調製物よりも長く作用する。特定の実施形態では、このような調製物は、移植（例えば、皮下または筋肉内）または筋肉内注射によって投与される。特定の実施形態では、蓄積調製物は、適切なポリマー性もしくは疎水性材料（例えば、受容可能な油中のエマルジョン）またはイオン交換樹脂を用いて、または、難溶性誘導体として（例えば、難溶性塩として）調製される。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、送達システムを含む。送達システムの例としては、リポソームおよびエマルジョンが挙げられるがこれらに限定されない。特定の送達システムは、特定の薬学的組成物（疎水性化合物を含有する組成物を含む）を調製するための有用である。特定の実施形態では、ジメチルスルホキシドのような特定の有機溶媒が使用される。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、本発明の１以上の薬学的因子を特定の組織または細胞型に送達するように設計された１以上の組織特異的な送達分子を含有する。例えば、特定の実施形態では、薬学的組成物は、組織特異的な抗体でコーティングされたリポソームを含む。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、共溶媒系を含む。特定のこのような共溶媒系は、例えば、ベンジルアルコール、非極性界面活性剤、水混和性ポリマーおよび水性相を含む。特定の実施形態では、このような共溶媒系は、疎水性化合物のために使用される。このような共溶媒系の非限定的な例は、ＶＰＤ共溶媒系であり、これは、３％ｗ／ｖのベンジルアルコール、８％ｗ／ｖの非極性界面活性剤であるＰｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ ８０ＴＭおよび６５％ｗ／ｖのポリエチレングリコール３００を含有する無水エタノールの溶液である。このような共溶媒系の割合は、その可溶性および毒性の特徴を有意に変更することなく、かなり変化し得る。さらに、共溶媒の成分の同一性が変化し得る：例えば、他の界面活性剤が、Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ ８０ＴＭの代わりに使用され得る；ポリエチレングリコールの分画サイズが変化し得る；他の生体適合性ポリマー（例えば、ポリビニルピロリドン）が、ポリエチレングリコールを置き換え得る；ならびに、他の糖または多糖が、デキストロースに取って代わり得る。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、持続放出システムを含む。このような持続放出システムの非限定的な例は、固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスである。特定の実施形態では、持続放出システムは、その化学的性質に依存して、数時間、数日間、数週間または数ヶ月間の期間にわたり、薬学的因子を放出し得る。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、経口投与のために調製される。特定のこのような実施形態では、薬学的組成物は、１以上のオリゴヌクレオチドを１以上の薬学的に受容可能なキャリアと合わせることによって処方される。特定のこのようなキャリアは、薬学的組成物が、被験体による経口摂取のための錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル、液体、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液などとして処方されることを可能にする。特定の実施形態では、経口用の薬学的組成物は、オリゴヌクレオチドおよび１以上の固体賦形剤を混合することによって得られる。適切な賦形剤としては、糖（乳糖、ショ糖、マンニトールまたはソルビトールを含む）のような充填剤；例えば、トウモロコシデンプン、小麦デンプン、米デンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガントガム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチル−セルロース、ナトリウムカルボキシメチルセルロースおよび／またはポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）のようなセルロース調製物が挙げられるがこれらに限定されない。特定の実施形態では、このような混合物は、必要に応じて、磨り潰され、そして、補助物質（ａｕｘｉｌｉａｒｙ）が必要に応じて添加される。特定の実施形態では、薬学的組成物は、錠剤または糖衣錠のコアを得るために形成される。特定の実施形態では、崩壊剤（例えば、架橋ポリビニルピロリドン、寒天もしくははアルギン酸、またはアルギン酸ナトリウムのようなこれらの塩）が添加される。
特定の実施形態では、糖衣錠のコアにはコーティングが施される。特定のこのような実施形態では、濃縮糖溶液が使用され得、これは、必要に応じて、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポールゲル、ポリエチレングリコールおよび／または二酸化チタン、ラカー溶液、ならびに、適切な有機溶媒もしくは溶媒混合物を含有し得る。染料または色素が、錠剤または糖衣錠のコーティングに添加され得る。
特定の実施形態では、経口投与のための薬学的組成物は、ゼラチンから形成された滑り嵌め（ｐｕｓｈ−ｆｉｔ）カプセルである。特定のこのような滑り嵌めカプセルは、乳糖のような１以上の充填剤、デンプンのような結合剤、および／または、タルクもしくはステアリン酸マグネシウムのような滑沢剤、ならびに、必要に応じて、安定化剤を含む混合剤中に、１以上の本発明の薬学的因子を含有する。特定の実施形態では、経口投与のための薬学的組成物は、ゼラチンおよび可塑剤（例えば、グリセロールまたはソルビトール）から作成された、密封された軟カプセルである。特定の軟カプセルにおいて、１以上の本発明の薬学的因子は、適切な液体（例えば、脂肪性油、流動パラフィン、または液体ポリエチレングリコール）中に溶解または懸濁される。さらに、安定化剤が添加され得る。
特定の実施形態では、薬学的組成物は、バッカル投与（ｂｕｃｃａｌ ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）のために調製される。特定のこのような薬学的組成物は、従来の様式で処方される錠剤またはロゼンジである。
特定の実施形態では、薬学的組成物は、注射（例えば、静脈内、皮下、筋肉内など）による投与のために調製される。特定のこのような実施形態では、薬学的組成物はキャリアを含み、そして、水溶液（例えば、水またはＨａｎｋ溶液、Ｒｉｎｇｅｒ溶液または生理食塩水のような生理学的に適合性の緩衝液）中に処方される。特定の実施形態では、他の成分（例えば、溶解性を補助する成分または保存料としてはたらく成分）が含められる。特定の実施形態では、注射可能な懸濁液が、適切な液体キャリア、懸濁剤などを用いて調製される。注射のための特定の薬学的組成物は、単位投薬形態（例えば、アンプル）または複数の用量の容器で提供される。注射のための特定の薬学的組成物は、油性または水性ビヒクル中の懸濁液、溶液もしくはエマルジョンであり、そして、懸濁剤、安定化剤および／もしくは分散剤のような処方用の因子を含み得る。注射のための薬学的組成物において使用するのに適した特定の溶媒としては、親油性溶媒および脂肪性油（例えば、ごま油）、合成脂肪酸エステル（例えば、オレイン酸エチルまたはトリグリセリド）およびリポソームが挙げられるがこれらに限定されない。水性注射用懸濁液は、懸濁液の粘性を増加させる物質（例えば、ナトリウムカルボキシメチルセルロース、ソルビトールまたはデキストラン）を含み得る。必要に応じて、このような懸濁液はまた、適切な安定化剤、または薬学的因子の溶解性を増大させて、高度に濃縮された溶液の調製を可能にする因子を含み得る。
特定の実施形態では、薬学的組成物は、経粘膜投与のために調製される。特定のこのような実施形態では、浸透されるバリアに適切な浸透性物質が処方に使用される。このような浸透性物質は、一般に当該分野で公知である。
特定の実施形態では、薬学的組成物は、吸入による投与のために調製される。吸入のための特定のこのような薬学的組成物は、加圧パックまたは噴霧器中のエアロゾルスプレーの形態で調製される。特定のこのような薬学的組成物は、圧縮不活性ガス（例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素または他の適切なガス）を含む。特定の実施形態では、加圧エアロゾルを使用する場合、投薬単位は、定量の用量を送達する弁で決定され得る。特定の実施形態では、吸入器または散布器において使用するためのカプセルおよびカートリッジが処方され得る。特定のこのような処方物は、本発明の薬学的因子と、乳糖またはデンプンのような適切な粉末基剤との粉末混合物を含む。
特定の実施形態では、薬学的組成物は、直腸投与のために調製される（例えば、挫剤または貯留浣腸）。特定のこのような薬学的組成物は、カカオ脂および／または他のグリセリドのような公知の成分を含む。
特定の実施形態では、薬学的組成物は、局所投与のために調製される。特定のこのような薬学的組成物は、無刺激の湿潤基材（例えば、軟膏またはクリーム）を含む。例示的な適切な軟膏基材としては、ワセリン、ワセリン＋揮発性シリコーン、ラノリン、およびＢｅｉｅｒｓｄｏｒｆ（Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉ，Ｏｈｉｏ）から入手可能なＥｕｃｅｒｉｎＴＭのような油中水エマルジョンが挙げられるがこれらに限定されない。例示的な適切なクリーム基材 としては、Ｂｅｉｅｒｓｄｏｒｆ（Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉ，Ｏｈｉｏ）から入手可能なＮｉｖｅａＴＭクリーム、コールドクリーム（ＵＳＰ）、Ｊｏｈｎｓｏｎ ＆ Ｊｏｈｎｓｏｎ（Ｎｅｗ Ｂｒｕｎｓｗｉｃｋ，Ｎ．Ｊ．）から入手可能なＰｕｒｐｏｓｅ ＣｒｅａｍＴＭ、Ｐｆｉｚｅｒ（Ｍｏｒｒｉｓ Ｐｌａｉｎｓ，Ｎ．Ｊ．）から入手可能なＬｕｂｒｉｄｅｒｍＴＭが挙げられるがこれらに限定されない。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、治療上有効な量のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、治療上有効な量は、疾患の症状を予防、軽減もしくは改善するか、または、処置される被験体の生存を延長するのに十分である。治療上有効な量の決定は、十分に当業者の能力の範囲内である。
特定の実施形態では、１以上の本発明の短鎖アンチセンス化合物は、プロドラッグとして処方される。特定の実施形態では、インビボ投与した際、プロドラッグは、短鎖アンチセンス化合物の生物学的に、薬学的に、または、治療的により活性な形態へと化学的に変換される。特定の実施形態では、プロドラッグは、対応する活性形態よりも投与が容易なので、有用である。例えば、特定の場合において、プロドラッグは、対応する活性形態よりも（例えば、経口投与を介した）バイオアベイラビリティが高くあり得る。特定の場合において、プロドラッグは、対応する活性形態と比較して改善された溶解性を有し得る。特定の実施形態では、プロドラッグは、対応する活性形態よりも水への溶解性が低い。特定の場合において、このようなプロドラッグは、より優れた細胞膜通過性を有し、細胞膜では、水への溶解性が移動性に対し不利益である。特定の実施形態では、プロドラッグはエステルである。特定のこのような実施形態では、エステルは、投与した際に、カルボン酸へと代謝により加水分解される。特定の場合において、カルボン酸を含有する化合物は、対応する活性形態である。特定の実施形態では、プロドラッグは、酸性基に結合した短いペプチド（ポリアミノ酸）を含む。特定のこのような実施形態では、ペプチドは、投与した際に切断されて、対応する活性形態を形成する。
特定の実施形態では、プロドラッグは、インビボ投与した際に活性な化合物が再生されるように、薬学的に活性な化合物を修飾することによって生成される。プロドラッグは、薬物の代謝安定性もしくは輸送特性を変更するため、副作用もしくは毒性を遮蔽するため、薬物の風味を改良するため、または、薬物の他の特徴もしくは特性を変更するために設計され得る。インビボにおける薬力学的プロセスおよび薬物代謝の知識に基づけば、一旦薬学的に活性な化合物が公知となると、当業者は化合物のプロドラッグを設計し得る（例えば、Ｎｏｇｒａｄｙ（１９８５）Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ａ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，３８８−３９２頁を参照のこと）。
特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的因子を含有する薬学的組成物は、哺乳動物（特に、ヒト）被験体における状態または障害を処置するために有用である。適切な投与経路としては、経口、直腸、経粘膜、腸内（ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ）、経腸（ｅｎｔｅｒａｌ）、局所、挫剤、吸入、クモ膜下腔内、心室内、腹腔内、鼻腔内、眼内および非経口（例えば、静脈内、筋肉内、骨髄内および皮下）が挙げられるがこれらに限定されない。特定の実施形態では、クモ膜下腔内投与用の薬（ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ｉｎｔｒａｔｈｅｃａｌ）は、全身への曝露ではなく、局所的な曝露を達成するように投与される。例えば、薬学的組成物は、所望の作用領域（例えば、腎臓領域または心臓領域）に直接注射され得る。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、その親オリゴヌクレオチドと比較して、特に経口投与に適するようにされる。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、その親オリゴヌクレオチドと比較して増大した効力を有するので、これらの親オリゴヌクレオチドよりも経口投与により適している。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、その親オリゴヌクレオチドと比較してより良い安定性、アベイラビリティまたは溶解性の特性を有するので、これらの親オリゴヌクレオチドよりも経口投与に適している。
さらなる局面では、薬学的因子は、適切な希釈剤（例えば、注射用の滅菌水）で再構成される、滅菌の凍結乾燥されたオリゴヌクレオチドである。再構成された生成物は、生理食塩水中に希釈した後、皮下注射として、または、静脈内注入として投与される。凍結乾燥された薬物生成物は、調製中に酸または塩基でｐＨ７．０〜９．０に調整された注射用水中で調製され、その後凍結乾燥されたオリゴヌクレオチドから構成される。この凍結乾燥されたオリゴヌクレオチドは、２５〜８００ｍｇのオリゴヌクレオチドであり得る。これは、２５ｍｇ、５０ｍｇ、７５ｍｇ、１００ｍｇ、１２５ｍｇ、１５０ｍｇ、１７５ｍｇ、２００ｍｇ、２２５ｍｇ、２５０ｍｇ、２７５ｍｇ、３００ｍｇ、３２５ｍｇ、３５０ｍｇ、３７５ｍｇ、４２５ｍｇ、４５０ｍｇ、４７５ｍｇ、５００ｍｇ、５２５ｍｇ、５５０ｍｇ、５７５ｍｇ、６００ｍｇ、６２５ｍｇ、６５０ｍｇ、６７５ｍｇ、７００ｍｇ、７２５ｍｇ、７５０ｍｇ、７７５ｍｇおよび８００ｍｇの凍結乾燥したオリゴヌクレオチドを包含することが理解される。凍結乾燥した薬物生成物は、ブロモブチルのゴム栓で栓をし、そして、アルミニウムＦＬＩＰ−ＯＦＦ（登録商標）オーバーシールでシールされた、２ｍＬのＩ型の透明なガラスバイアル（硫酸アンモニウム処理）中に入れられ得る。
本発明の組成物は、さらに、当該分野で確立された使用レベルの、薬学的組成物中に従来見られる他の補助成分を含み得る。したがって、例えば、組成物は、追加の適合性がある薬学的に活性な物質（例えば、鎮痒剤、収斂剤、局所麻酔薬または抗炎症剤など）を含んでいても、本発明の種々の投薬形態を物理的に処方する際に有用な追加の物質（色素、矯味矯臭剤、保存料、抗酸化剤、不透明化剤、増粘剤および安定化剤など）を含んでいても良い。しかし、このような物質は、添加される場合、本発明の組成物の成分の生物学的活性と過度に干渉しないべきである。処方物は、滅菌され得、そして、所望される場合、処方物のオリゴヌクレオチドと有害に干渉しない補助因子（例えば、滑沢剤、保存料、安定化剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧に影響を与える塩、緩衝液、着色料、矯味矯臭料および／または芳香物質など）と混合され得る。
本明細書中に提供されるアンチセンス化合物はまた、他の分子、分子構造体もしくは化合物の混合物と、混合、カプセル化、結合、または、他の方法で関連付けられ得る。
また、本明細書中には、本明細書中に提供されるアンチセンス化合物を含む薬学的組成物および処方物が記載される。薬学的組成物は、局所性または全身性の処置が所望されているかどうか、そして、処置される領域に依存して、多数の方法で投与され得る。好ましい実施形態では、投与は、呼吸器管（特に、肺）の表面に、例えば、粉末もしくはエアロゾルの噴霧、吸入または散布によって、口および／または鼻によって、局所的になされる。
簡便には単位投薬形態で提供され得る、本明細書中に記載される薬学的処方物は、製薬産業において周知の従来技術に従って調製され得る。このような技術は、活性な成分を薬学的なキャリアまたは賦形剤と会合させる工程を包含する。一般に、処方物は、活性成分を、液体キャリア、微粉化された固体キャリアまたはその両方と均一かつ密接に会合させ、次いで、必要に応じて、生成物を（例えば、送達のための特別な粒子サイズへと）成形することによって調製される。好ましい実施形態では、薬学的処方物は、キャリアまたは他の因子を用いて、適切な溶媒（例えば、水または通常の生理食塩水）中、可能であれば、滅菌処方物中で、肺投与のために調製されて、吸入器、経鼻送達デバイス、噴霧器および肺送達のための他のデバイスを用いた送達のために所望される直径の液滴の形成を可能にする。あるいは、薬学的処方物は、乾燥粉末吸入器において使用するためのドライパウダーとして処方され得る。
「薬学的なキャリア」または「賦形剤」は、１以上の核酸を個体に送達するための薬学的に受容可能な溶媒、懸濁剤、または任意の他の薬理学的に不活性なビヒクルであり得、そして、当該分野で公知である。賦形剤は、液体または固体であり得、そして、核酸および所定の薬学的組成物の他の成分と組み合わされる場合に、所望される容積、粘度（ｃｏｎｓｉｓｔｅｎｃｙ）などを提供するように、心に決めた投与様式に従って選択される。
Ｈ．特定の治療上の用途
特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、動物（例えば、ヒト）における標的遺伝子の発現を調節するために使用される。特定の実施形態ではこのような化合物は、代謝障害を処置するため、または、１以上の疾患の徴候を調節するために使用され得る。例えば、この方法は、標的遺伝子に関連する疾患または状態の治療を必要とする上記動物に対して、この標的遺伝子の発現を調節するアンチセンス化合物の有効量を投与する工程を包含する。標的ＲＮＡの発現または発現のタンパク質生成物を効率的に調節する、本明細書中に提供されるアンチセンス化合物は、有効なアンチセンス化合物とみなされる。有効なアンチセンス化合物はまた、多数の疾患の徴候（例えば、代謝および心臓血管系の疾患の徴候、この例は、以下に記載される）のうち１以上を効率的に調節する化合物を含む。
標的遺伝子の発現の調節は、動物の細胞；組織；または器官を含んでいても含んでいなくてもよい体液において測定され得る。体液（例えば、唾液、血清、尿）、組織（例えば、生検）または器官のような解析のためのサンプルを得る方法、および、サンプルを解析可能に調製する方法は、当業者に周知である。ＲＮＡおよびタンパク質のレベルを解析するための方法は、上述されており、当業者に周知である。処置の効果は、当該分野で慣用的な臨床上の方法により、バイオマーカーもしくは疾患の徴候（動物から回収され、本明細書中に記載される１以上の化合物と接触させられた上述の体液、組織もしくは器官において標的遺伝子の発現と関連付けられる）を測定することによって評価され得る。これらのバイオマーカーとしては、肝トランスアミナーゼ、ビリルビン、アルブミン、血中尿素窒素、クレアチン、ならびに腎機能および肝機能の他のマーカー；インターロイキン、腫瘍壊死因子、細胞間接着分子、Ｃ反応性タンパク質、ケモカイン、サイトカインおよび他の炎症マーカーが挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書中に提供されるアンチセンス化合物は、有効量の化合物を、適切な薬学的に受容可能な希釈剤またはキャリアに加えることによって、薬学的組成物中で利用され得る。需要可能なキャリアおよび希釈剤は、当業者に周知である。希釈剤またはキャリアの選択は、多数の要因（化合物の溶解性および投与経路が挙げられるがこれらに限定されない）に基づく。このような考慮は、十分に当業者により理解される。一局面では、本明細書中に記載されるアンチセンス化合物は、標的遺伝子の発現を阻害する。化合物はまた、標的遺伝子に関連する疾患および障害の処置のための医薬の製造において使用され得る。
体液、器官または組織を、本明細書中に提供される１以上のアンチセンス化合物または組成物の有効量と接触させる方法もまた企図される。体液、器官または組織は、１以上の上記化合物と接触させられ、体液、器官または組織の細胞における標的遺伝子の発現の調節をもたらし得る。有効な量は、当業者にとって慣用的な方法により、標的核酸またはその産物に対する、アンチセンス化合物もしくは組成物の調節作用をモニタリングすることによって決定され得る。
同時投与
特定の実施形態では、２以上のアンチセンス化合物が同時に投与される。特定の実施形態では、薬学的組成物は、第１の核酸に対して標的化された１以上のアンチセンス化合物（特に、オリゴヌクレオチド）と、第２の核酸標的に対して標的化された１以上のアンチセンス化合物とを含む。１以上のこれらのアンチセンス化合物は、短鎖アンチセンス化合物であり得る。特定の実施形態では、薬学的組成物は、同じ核酸標的の異なる領域に対して標的化された２以上のアンチセンス化合物を含む。１以上のこのようなアンチセンス化合物は、短鎖アンチセンス化合物であり得る。２以上の組み合わされた化合物は、一緒に、または、連続して使用され得る。
特定の実施形態では、１以上の薬学的組成物は、１以上の他の薬学的因子と同時に投与される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物と同じ疾患または状態を処置するように設計される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物と異なる疾患または状態を処置するように設計される。特定の実施形態では、このような１以上の他の薬学的因子は、１以上の本発明の薬学的組成物の望ましくない作用を処置するように設計される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物は、その他の薬学的因子の望ましくない作用を処置するために、別の薬学的因子と同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、同時に投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、異なる時点で投与される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、単一の処方物内で一緒に調製される。特定の実施形態では、１以上の本発明の薬学的組成物と、１以上の他の薬学的因子とは、別々に調製される。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子としては、脂質低下剤が挙げられる。特定のこのような実施形態では、本発明の薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子としては、アトルバスタチン、シンバスタチン、ロスバスタチンおよびエゼチミブが挙げられるがこれらに限定されない。特定のこのような実施形態では、脂質低下剤は、本発明の薬学的組成物の投与の前に投与される。特定のこのような実施形態では、脂質低下剤は、本発明の薬学的組成物の投与の後に投与される。特定のこのような実施形態では、脂質低下剤は、本発明の薬学的組成物と同時に投与される。特定のこのような実施形態では、同時に投与される脂質低下剤の用量は、脂質低下剤が単独で投与された場合に投与される用量と同じである。特定のこのような実施形態では、同時に投与される脂質低下剤の用量は、脂質低下剤が単独で投与される場合に投与される用量よりも少ない。特定のこのような実施形態では、同時に投与される脂質低下剤の用量は、脂質低下剤が単独で投与される場合に投与される用量よりも多い。
特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビターである。特定のこのような実施形態では、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビターは、スタチンである。特定のこのような実施形態では、スタチンは、アトルバスタチン、シンバスタチン、プラバスタチン、フルバスタチンおよびロスバスタチンから選択される。特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、コレステロール吸収阻害薬である。特定のこのような実施形態では、コレステロール吸収阻害薬は、エゼチミブである。特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、同時に処方されるＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビターおよびコレステロール吸収阻害薬である。特定のこのような実施形態では、同時に処方される脂質低下剤は、エゼチミブ／シンバスタチンである。特定の実施形態では、同時に投与される脂質低下剤は、ミクロソームトリグリセリド転移タンパク質インヒビターである。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、胆汁酸金属イオン封鎖剤である。特定のこのような実施形態では、胆汁酸金属イオン封鎖剤は、コレスチラミン、コレスチポールおよびコレセベラムから選択される。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、ニコチン酸である。特定のこのような実施形態では、ニコチン酸は、即時放出性ニコチン酸、延長放出性ニコチン酸および持続放出性ニコチン酸から選択される。
特定の実施形態では、同時に投与される薬学的因子は、フィブリン酸である。特定のこのような実施形態では、フィブリン酸は、ゲムフィブロジル、フェノフィブラート、クロフィブラート、ベザフィブラートおよびシプロフィブラートから選択される。
本発明の薬学的組成物と同時に投与され得る薬学的因子のさらなる例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：コルチコステロイド（プレドニゾンが挙げられるがこれに限定されない）；免疫グロブリン（静脈内免疫グロブリン（ＩＶＩｇ）が挙げられるがこれに限定されない）；鎮痛剤（例えば、アセトアミノフェン）；抗炎症剤（非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ＣＯＸ−１インヒビターおよびＣＯＸ−２インヒビター）が挙げられるがこれらに限定されない）；サリチル酸；抗生物質；抗ウイルス薬；抗真菌剤；抗糖尿病剤（例えば、ビグアナイド、グルコシダーゼ阻害剤、インシュリン、スルホニル尿素およびチアゾリジンジオン）；アドレナリン作動性修飾物質；利尿薬；ホルモン（例えば、同化性ステロイド、アンドロゲン、エストロゲン、カルシトニン、プロゲスチン、ソマトスタチンおよび甲状腺ホルモン）；免疫調節因子；筋弛緩剤；抗ヒスタミン薬；骨粗しょう症剤（例えば、ビホスホネート、カルシトニンおよびエストロゲン）；プロスタグランジン、抗新生物剤；精神療法剤；鎮静薬；ウルシ属の非常に有毒な低木の生成物；抗体；およびワクチン。
特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物は、脂質低下治療と組み合わせて施され得る。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療は、治療的なライフスタイルの変化である。特定のこのような実施形態では、脂質低下治療は、ＬＤＬアフェレーシスである。
Ｉ．キット、研究用試薬および診断
本明細書中に提供されるアンチセンス化合物は、診断に、そして研究試薬およびキットとして利用され得る。さらに、特異性をもって遺伝子発現を阻害するか、または、遺伝子発現を調節することが可能なアンチセンス化合物は、しばしば、特定の遺伝子の機能を解明するため、または、生物学的な経路の種々のメンバーの機能間を区別するために、当業者により使用される。
キットおよび診断における使用について、本明細書中に記載されるアンチセンス化合物は、単独または他の化合物もしくは治療薬との組み合わせのいずれであれ、細胞および組織内で発現される遺伝子の一部または全相補体の発現パターンを解明するための、微分解析および／または組み合わせ解析におけるツールとして使用され得る。遺伝子発現解析の方法は当業者に周知である。
Ｊ．短鎖アンチセンス化合物の特定の利点
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、その親オリゴヌクレオチドと比較したときに、利点を有する。例えば、特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、標的核酸に対して、その親オリゴヌクレオチドよりも高い親和性を有する。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、その親オリゴヌクレオチドよりも高いインビトロでの効力を有する。特定のこのような実施形態では、インビトロでの効力の増加は、親和性の増加によっては完全には説明されない。特定の実施形態では、このようなインビトロでの効力の増加は、短鎖アンチセンス化合物の細胞透通能の増加、および／または、細胞内の標的核酸にアクセスする能力の増加に寄与し得る。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、その親オリゴヌクレオチドよりも高いインビボでの効力を有する。特定の実施形態では、このようなより大きなインビボでの効力は、インビトロでの効力の増加または親和性の増加には寄与しない。特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、その親オリゴヌクレオチドと比較したとき、インビトロでの効力または親和性に基づいて予測されるよりもなおより大きなインビボでの効力を有する。特定の実施形態では、このようなインビボでの効力の増加は、バイオアベイラビリティの増加、良好な細胞内への透通、（一度細胞内に入れば）標的核酸に対する良好なアクセス、または、他の要因に寄与し得る。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物は、その親オリゴヌクレオチドと比較した場合に、その標的核酸に対して特異性がより低いことが予想される。特定のこのような実施形態では、短鎖アンチセンス化合物からの副作用（毒性作用の可能性を含む）の増加が予想される。特定の実施形態では、このような追加の副作用は観察されない。特定の実施形態では、特定の短鎖アンチセンス化合物が結合し得る非標的核酸は、上記短鎖アンチセンス化合物に対しては利用可能ではない可能性がある。このような実施形態では、副作用（毒性を含む）は、予想されるよりも問題とならない。
特定の実施形態では、短鎖アンチセンス化合物がより小さいので、短鎖アンチセンス化合物は、タンパク質と結合する可能性が低い。特定のこのような実施形態では、このようなタンパク質への少ない結合は、より低い毒性をもたらす。なぜならば、タンパク質の結合は、所望されない結果をもたらし得るからである。特定の実施形態では、このようなタンパク質への少ない結合は、より高い効力をもたらす。なぜならば、タンパク質への結合が少ないことで、治療効果に利用可能なアンチセンス化合物をより多く残すからである。特定の実施形態では、タンパク質への少ない結合は、薬物−薬物相互作用の毒性の低下をもたらす。
非限定的な開示と参考としての援用
本明細書中に記載される特定の化合物、組成物および方法は、特定の実施形態に従って具体的に記載されてはいるものの、以下の実施例は、本明細書中に記載される化合物を単に例示するものとして機能し、本明細書中に記載される化合物を限定することは意図されない。本願で列挙される参考文献、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号などは各々、その全体が本明細書中に参考として援用される。
実施例１
細胞培養および短鎖アンチセンス化合物での処理
標的核酸の発現に対する短鎖アンチセンス化合物の効果は、多数の培養細胞株または初代細胞株のいずれか１つにおいて試験され得る。細胞株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）のような公的に利用可能な供給源から得られ得る。細胞は、当業者に周知の方法に従って培養する。
細胞が適切なコンフルエンシーに達したときに、細胞を、記載されるようにして、ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（登録商標）を用いてオリゴヌクレオチドで処理した。細胞が６５〜７５％のコンフルエンシーに達したときに、細胞をオリゴヌクレオチドで処理した。オリゴヌクレオチドを、Ｏｐｔｉ−ＭＥＭ（登録商標）−１低血清培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）中でＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）と混ぜ、オリゴヌクレオチド１００ｎＭあたり２．５μｇ／ｍＬまたは３μｇ／ｍＬの濃度の、オリゴヌクレオチドおよびＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（登録商標）の所望される濃度を得た。このトランスフェクション混合物を室温で約０．５時間インキュベートした。９６ウェルプレート中で増殖させた細胞について、ウェルを１００μＬのＯＰＴＩ−ＭＥＭ（登録商標）−１で１回洗浄し、次いで、１３０μＬのトランスフェクション混合物で処理した。２４ウェルプレートまたは他の標準的な組織培養プレートにおいて増殖させた細胞を、適切な容量の培地およびオリゴヌクレオチドを用いて同様に処理した。二連または三連で、細胞を処理し、そして、データを得た。３７℃で約４〜７時間処理した後、トランスフェクション混合物を含む培地を、新しい培養培地と交換した。オリゴヌクレオチド処理の１６〜２４時間後に細胞を回収した。
コントロールのオリゴヌクレオチドを用いて、特定の細胞株についての最適なオリゴマー性化合物の濃度を決定する。さらに、オリゴマー性化合物を、オリゴマー性化合物のスクリーニング実験または表現型アッセイにおいて試験する場合、コントロールのオリゴヌクレオチドを平行して試験する。
使用されるオリゴヌクレオチドの濃度は、細胞株毎に異なる。特定の細胞株についての最適なオリゴヌクレオチドの濃度を決定するために、細胞を、ある範囲の濃度のポジティブコントロールのオリゴヌクレオチドで処理する。標的ｍＲＮＡの８０％阻害をもたらすポジティブコントロールのオリゴヌクレオチドの濃度を、次に、その細胞株についてのその後の実験における新しいオリゴヌクレオチドのスクリーニング濃度として利用する。８０％阻害が達成されない場合、今度は、標的ｍＲＮＡの６０％阻害をもたらすポジティブコントロールのオリゴヌクレオチドの最低濃度を、その細胞株についてのその後の実験におけるオリゴヌクレオチドのスクリーニング濃度として利用する。６０％阻害が達成されない場合、その特定の細胞株は、オリゴヌクレオチドトランスフェクション実験には不適切であるとみなす。本明細書中で使用されるアンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度は、そのアンチセンスオリゴヌクレオチドが、リポソーム試薬を用いてトランスフェクトされる場合には、５０ｎＭ〜３００ｎＭであり、そのアンチセンスオリゴヌクレオチドがエレクトロポレーションによりトランスフェクトされる場合には、１ｎＭ〜４０ｎＭである。
実施例２：標的ｍＲＮＡレベルのリアルタイム定量的ＰＣＲ解析
標的ｍＲＮＡレベルの定量を、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）７６００、７７００または７９００ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を製造業者の説明書に従って用いる、リアルタイム定量的ＰＣＲにより行った。
定量的ＰＣＲ解析の前に、測定される標的遺伝子に対して特異的なプライマー−プローブのセットを、ＧＡＰＤＨ増幅反応と「複合化される（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ）」能力について評価した。単離した後、ＲＮＡを、連続的な逆転写酵素（ＲＴ）反応およびリアルタイムＰＣＲ（これらは共に、同じウェル内で行う）に供する。ＲＴおよびＰＣＲの試薬は、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）から入手した。３０μＬの総ＲＮＡ溶液（２０〜２００ｎｇ）を含む９６ウェルプレートに、２０μＬのＰＣＲカクテル（２．５ｘＰＣＲ緩衝液（ＭｇＣｌ２なし）、６．６ｍＭ ＭｇＣｌ２、各３７５μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＣＴＰおよびｄＧＴＰ、各３７５ｎＭのフォワードプライマーおよびリバースプライマー、１２５ｎＭのプローブ、４単位のＲＮＡｓｅインヒビター、１．２５単位のＰＬＡＴＩＮＵＭ（登録商標）Ｔａｑ、５単位のＭｕＬＶ逆転写酵素、ならびに２．５ｘＲＯＸ色素）を加えることによって、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲを、同じウェル内で行った。ＲＴ反応を、４８℃にて３０分間行った。９５℃で１０分間インキュベートしてＰＬＡＴＩＮＵＭ（登録商標）Ｔａｑを活性化させた後、４０サイクルの以下の２段階ＰＣＲプロトコルを行った：９５℃で１５秒間（変性）、その後、６０℃で１．５分間（アニーリング／伸長）。
ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより得られる遺伝子標的の量を、ＧＡＰＤＨ（その発現が一定である遺伝子）の発現レベルを用いるか、または、ＲｉｂｏＧｒｅｅｎ（登録商標）（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）を用いて総ＲＮＡを定量化することによって正規化した。ＧＡＰＤＨの発現を、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより、標的と同時に、複合化して、または、別々に実行することによって定量化した。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎ（登録商標）ＲＮＡ定量化試薬（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）を用いて、総ＲＮＡを定量化した。
１７０μＬのＲｉｂｏＧｒｅｅｎ（登録商標）作業試薬（ｗｏｒｋｉｎｇ ｒｅａｇｅｎｔ）（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１ｍＭ ＥＤＴＡ、ｐＨ７．５中１：３５０に希釈したＲｉｂｏＧｒｅｅｎ（登録商標）試薬）を、ピペットで、３０μＬの精製した細胞ＲＮＡを含む９６ウェルプレートに入れた。プレートを、４８５ｎｍの励起および５３０ｎｍの放射で、ＣｙｔｏＦｌｕｏｒ（登録商標）４０００（ＰＥ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）において読み取った。
ＧＡＰＤＨ ＰＣＲプローブは、５’末端に共有結合されたＪＯＥと、３’末端に共有結合されたＴＡＭＲＡまたはＭＧＢとを有し、ＪＯＥは、蛍光レポーター色素であり、ＴＡＭＲＡまたはＭＧＢは、クエンチャー色素である。いくつかの細胞型において、異なる種に由来するＧＡＰＤＨ配列に対して設計されたプライマーおよびプローブを、ＧＡＰＤＨの発現を測定するために使用する。例えば、ヒトＧＡＰＤＨプライマーおよびプローブのセットを、サルに由来する細胞および細胞株におけるＧＡＰＤＨの発現を測定するために使用する。
リアルタイムＰＣＲにおいて使用するためのプローブおよびプライマーは、慣用的な方法を用いて標的核酸に対してハイブリッド形成するように設計した。例えば、慣用的に、ＰｒｉｍｅｒＥｘｐｒｅｓｓ（登録商標）（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）ソフトウェアを用いて、リアルタイムＰＣＲにおいて使用するためのプローブおよびプライマーを設計する。プライマーおよびプローブの配列、ならびに、これらがハイブリッド形成する標的核酸の例を表２４に示す。標的特異的なＰＣＲプローブは、５’末端に共有結合されたＦＡＭと、３’末端に共有結合されたＴＡＭＲＡまたはＭＧＢとを有し、ＦＡＭは、蛍光色素であり、ＴＡＭＲＡまたはＭＧＢはクエンチャー色素である。
Figure 2009536037
 実施例３：ＡｐｏＢ核酸に対して標的化され、２’−ＭＯＥまたはメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する短鎖アンチセンス化合物
６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、３週間にわたり、１週につき２回の頻度で、ＡｐｏＢに対して標的化されたアンチセンス化合物を腹腔内（ｉ．ｐ．）注射した。アンチセンス化合物の用量には、２．４μｍｏｌ／ｋｇ、１．２μｍｏｌ／ｋｇ、０．６μｍｏｌ／ｋｇ、０．３μｍｏｌ／ｋｇおよび０．１５μｍｏｌ／ｋｇを含めた。長さ１４ヌクレオチドのアンチセンス化合物について、これらの用量は、それぞれ、約１２ｍｇ／ｋｇ、約６ｍｇ／ｋｇ、約３ｍｇ／ｋｇ、約１．５ｍｇ／ｋｇまたは約０．７５ｍｇ／ｋｇと同等である。表２５には、この研究において使用したアンチセンス化合物の配列およびモチーフを示す。アンチセンス化合物は、長さ２０ヌクレオチドまたは１４ヌクレオチドのいずれかであり、そして、２’−Ｏ−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）を有するウィングまたはＢＮＡ修飾された「ウィング」が両側に配置された、１０の２’−デオキシヌクレオチドから構成される、中央の「ギャップ」領域を有する。例えば、２−１０−２ ＭＯＥギャップマーのモチーフは、２’−ＭＯＥ修飾を持つ２ヌクレオチドのウィングが両側に配置された１０のヌクレオチドのギャップを持つアンチセンス化合物を示す。太字の残基は、２’−Ｏ−メトキシエチル部分を示し、そして、斜体の残基は、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡを示す。各化合物のヌクレオシド間結合は、全体を通してホスホロチオエートである。ＩＳＩＳ １４７７６４およびＩＳＩＳ ３７２９３８のシトシン残基は全て、５−メチルシトシンで置き換えられる。ＩＳＩＳ ３８７４６２について、この化合物のウィング内の唯一のシトシン残基は、５−メチルシトシンで置き換えられる。ＡｐｏＢアンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＸＭ＿１３７９５５．５（配列番号２）を含む、公的に利用可能なＡｐｏＢ−１００配列に対して標的化される。
Figure 2009536037
 最後の注射から４８時間後に、マウスを屠殺して、トランスアミナーゼ（表２６）；肝臓および腎臓の重量（表２７）；トリグリセリド、ＬＤＬ、ＨＤＬおよび遊離脂肪酸のレベル（表２８）；肝臓における標的ｍＲＮＡレベル（表２９）；血漿中の標的タンパク質レベル；ならびにオリゴヌクレオチドの組織における濃度（表３０）を評価した。これらのエンドポイントは、本明細書中に記載され、かつ当業者に周知の方法を用いて決定した。
Figure 2009536037
Figure 2009536037
 総体重および食料消費は、血清処置した動物またはオリゴヌクレオチド処置した動物との間で有意には異ならなかった。グルコースレベルもまた、全ての処置群の間で同様であった。
Figure 2009536037
Figure 2009536037
 ＩＳＩＳ ３８７４６２での処置は、トリグリセリド、総コレステロール、ＨＤＬ、ＬＤＬおよび脂肪酸における有意かつ用量依存性の減少をもたらした。これらの表現型の知見によれば、ＩＳＩＳ ３８７４６２での処置はまた、マウス血漿におけるＡｐｏＢのｍＲＮＡ（表２９）およびタンパク質（示さず）のレベルの用量依存性の減少ももたらした。メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡギャップマーを用いた場合の効率のこの観察された増加が、オリゴヌクレオチド蓄積の増加に起因するものであるかどうかを決定するために、肝臓および腎臓における全長オリゴヌクレオチドおよび総オリゴヌクレオチドの濃度を決定した。
Figure 2009536037
 ２−１０−２ メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡギャップマーのレベルは、腎臓においては、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーおよび２−１０−２ ＭＯＥギャップマーと同様であったが、肝臓においては有意に減少していた。肝臓におけるＩＳＩＳ ３８７４６２についてのＥＣ５０を、肝臓におけるオリゴヌクレオチド濃度をＡｐｏＢ ｍＲＮＡの阻害に対して比較することによって決定した。ＩＳＩＳ ３８７４６２についてのおよそのＥＣ５０は、１μＭである。対照的に、有効な５−１０−５ ＭＯＥギャップマー化合物は、代表的に、肝臓において、約１５μＭのＥＣ５０を有する。
総合すると、これらの結果は、ウィング内にメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）を有するＡｐｏＢの短鎖ギャップマーが、標的ｍＲＮＡ発現の強力なインヒビターであり、そして、トリグリセリド、コレステロールおよび遊離脂肪酸を効率的に低下させ得ることを示す。この短鎖アンチセンス化合物の効力は、組織への蓄積の増加の結果ではないようである。というのも、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーに関して、同様のレベルの化合物が腎臓において観察され、そして、肝臓においては、レベルの低下が見られたからである。さらに、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡギャップマーは、有害な副作用をほとんど示さなかったか、全く示さなかった。
実施例４：ＧＣＧＲ核酸に対して標的化され、２’−ＭＯＥ修飾を有する短鎖アンチセンス化合物
８週齢の雄性Ｃ５７／ＢＬ６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、６．２５ｍｇ、１２．５ｍｇ、２５ｍｇまたは５０ｍｇの濃度のＧＣＧＲオリゴヌクレオチドの単回用量を腹腔内注射により投与した。各用量の群を、４匹の動物から構成した。表３１には、この研究において使用したＧＣＧＲアンチセンス化合物の配列、モチーフおよび共役基を示す。太字の残基は、２’−Ｏ−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）部分を示す。化合物は全て、全体を通してホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含み、そして、各シトシンは、５−メチルシトシンで置き換えられる。ＩＳＩＳ ３８６６２６、ＩＳＩＳ ３８６６２７およびＩＳＩＳ ３８６６２８はさらに、ジアミド結合を介して糖の２’−Ｏ位に結合されるＣ１６結合基（２’−ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）（ＣＨ２）４Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）−（ＣＨ２）１５ＣＨ３）を含む。ＧＣＧＲアンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＢＣ０３１８８５．１（配列番号７）を含む、公開されたＧＣＧＲ配列を標的とする。
Figure 2009536037
 注射から４８時間後にマウスを屠殺して、血清トランスアミナーゼレベル（表３２）；肝臓、白色脂肪組織（ＷＡＴ）、脾臓および腎臓の重量（表３３）；コレステロール、トリグリセリドおよびグルコースのレベル（表３４）；ＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベル（表３５〜４１）；ならびに、肝臓および腎臓における全長オリゴヌクレオチドおよび総オリゴヌクレオチドの濃度（表４２）を決定した。これらのエンドポイントは、本明細書中に記載され、かつ当業者に周知の方法を用いて評価した。データには、処置前の瀉血（Ｐｒｅ−Ｂｌｅｅｄ）および処置後の瀉血（Ｐｏｓｔ−Ｂｌｅｅｄ）からのデータを含める。
Figure 2009536037
Figure 2009536037
 全体として、ＧＣＧＲアンチセンス化合物は、有害な副作用をほとんど示さなかったか、全く示さなかった。
Figure 2009536037
 ＧＣＧＲの２−１０−２ ＭＯＥギャップマーは、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーと比較して、より低い処置後の瀉血のトリグリセリドレベルに向かう傾向を示し、ＩＳＩＳ ３８６６２８およびＩＳＩＳ ３８６５９４が、最大の用量依存性作用を有した。グルコースレベルもまた、ＩＳＩＳ ３８６６２６およびＩＳＩＳ ３８６６２７での処置の後に用量依存性の様式で減少した。ＩＳＩＳ ３８６６２８、ＩＳＩＳ ３８６５９３およびＩＳＩＳ ３８６５９４での処置もまた、全体として、処置後の瀉血のグルコースレベルの低下をもたらした。コレステロールのレベルは、処置群の間で有意に異なるようには見えなかった。
上に示される表現型の変化がＧＣＧＲ ｍＲＮＡの低下と相関しているかどうかを決定するために、処置した動物を、本明細書中に記載される方法に従い、リアルタイムＰＣＲによって、肝臓における標的ｍＲＮＡのレベルについて評価した。表３５〜４１は、ＧＣＧＲ核酸を標的とするアンチセンス化合物の、その標的の発現に対する作用についての直接的な比較からの結果を示す。結果は、生理食塩水コントロールの割合（％）として表す。
Figure 2009536037
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 ２−１０−２ ＭＯＥギャップマーでの処置は、ＧＣＧＲ ｍＲＮＡの発現における有意な用量依存性の低下をもたらした。ＩＳＩＳ ３８６６２６は、標的ｍＲＮＡの最大の低下を示した。短鎖アンチセンス化合物の効力における観察される増加が、アンチセンス化合物の蓄積の増加に起因するものであるかどうかを決定するために、肝臓および腎臓における全長アンチセンス化合物および総アンチセンス化合物の濃度を決定した。
Figure 2009536037
 表４２に示す結果は、Ｃ１６共役基を含む短鎖アンチセンス化合物が、肝臓および腎臓の両方においてアンチセンス化合物の蓄積の有意な増加を示すことを実証する。しかしながら、標的ｍＲＮＡ、トリグリセリドおよびグルコースレベルを低下させるのに有効であったＩＳＩＳ ３８６５９３は、肝臓においては５−１０−５ ＭＯＥギャップマーと同様のレベルまで、そして、腎臓においては、より低いレベルまで蓄積する。これらの結果は、Ｃ１６との共役が、肝臓および腎臓のアンチセンス化合物の濃度を増加させ得る一方で、完全には短鎖アンチセンス化合物の有効性の説明とはならないことを示唆する。
総合すると、これらの結果は、ＧＣＧＲ短鎖アンチセンス化合物が、トリグリセリドおよびグルコースのレベルもまた低下させつつ、標的ｍＲＮＡの発現を有意に阻害し得ることを実証する。さらに、ＩＳＩＳ ３８６６２７を除いて、短鎖ＭＯＥギャップマーは、毒性作用をほとんど示さなかったか、全く示さなかった。
実施例５：ＧＣＧＲ核酸に対して標的化され、２’−ＭＯＥ修飾およびメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する短鎖アンチセンス化合物
８週齢の雄性Ｃ５７／ＢＬ６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、１０μｍｏｌ／ｋｇ、３．２μｍｏｌ／ｋｇ、１μｍｏｌ／ｋｇおよび０．３２μｍｏｌ／ｋｇの濃度のＧＣＧＲアンチセンス化合物の単回用量を腹腔内（ｉ．ｐ．）注射により投与した。各用量の群を、４匹の動物から構成した。表４３には、この研究において使用したＧＣＧＲアンチセンス化合物の配列、モチーフおよび共役基を示す。太字の残基は、２’−Ｏ−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）修飾を示し、そして、斜体の残基は、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を示す。アンチセンス化合物は全て、全体を通してホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含み、そして、各シトシンは、５−メチルシトシンで置き換えられる。ＧＣＧＲアンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＢＣ０３１８８５．１（配列番号７）を含む、公開されたＧＣＧＲ核酸を標的とする。
Figure 2009536037
 上に示される表現型の変化がＧＣＧＲ ｍＲＮＡの低下と相関しているかどうかを決定するために、処置した動物を、本明細書中に記載される方法に従い、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲによって、肝臓における標的ｍＲＮＡのレベルについて評価した。表４４は、ＧＣＧＲ核酸を標的とするアンチセンス化合物の、その標的の発現に対する作用についての直接的な比較からの結果を示す。結果は、生理食塩水コントロールの割合（％）として表す。
Figure 2009536037
 表４４に示すように、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する短鎖アンチセンス化合物の各々は、用量依存性のＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベルの低下を示した。さらに、短鎖アンチセンス化合物は、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーよりも、標的の減少の点で、より効果的であった。ウィング内にメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡを含む短鎖アンチセンス化合物の各々は、生理食塩水コントロールおよびＩＳＩＳ １４８３６４処置の両方に対して、ＧＣＧＲタンパク質の有意な減少をもたらした。次に、各アンチセンスについての推定のＥＤ５０濃度を、Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍを用いて計算した；ＥＤ５０は、５０％のｍＲＮＡ減少が観察される用量である。これらの結果を、以下の表４５に示す。
Figure 2009536037
 実施例６：ＰＴＥＮ核酸を標的とし、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する短鎖アンチセンス化合物
６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、８μｍｏｌ／ｋｇの用量のＰＴＥＮアンチセンス化合物を単回ｉ．ｐ．注射により投与した。各用量の群を、４匹の動物から構成した。表４６には、この研究において使用したＰＴＥＮアンチセンス化合物の配列およびモチーフを示す。太字の残基は、２’−Ｏ−メトキシエチル部分（２’−ＭＯＥ）を示し、そして、斜体の残基は、メチレンオキシＢＮＡヌクレオチドを示す。各アンチセンス化合物は、全体を通してホスホロチオエート結合を含む。さらに、ＩＳＩＳ ３８４０７３のギャップ、ならびにＩＳＩＳ ３９２０５６、ＩＳＩＳ ３９２０５７、ＩＳＩＳ ３９２０６１およびＩＳＩＳ ３９２０６３のウィングにおけるシトシン残基は、５−メチルシトシンで置き換えられる。アンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｕ９２４３７．１（配列番号１３）を含む、公開されたＰＴＥＮ核酸を標的とする。
Figure 2009536037
 注射から７２時間後にマウスを屠殺して、血清トランスアミナーゼレベル（表４７）；肝臓および脾臓の重量（表４７）；ならびに、肝臓、腎臓および脂肪におけるＰＴＥＮのレベル（表４８）を、本明細書中に記載され、かつ当業者に周知の手法に従って決定した。
Figure 2009536037
 全体として、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を持つ短鎖アンチセンス化合物は、有害な作用をほとんど示さなかったか、または全く示さなかった。さらに、総体重は、処置群の間で有意に異ならなかった。
Figure 2009536037
 表４８に示すように、ＰＴＥＮ核酸に対して標的化されたアンチセンス化合物の各々は、生理食塩水で処置された動物およびコントロール処置の動物と比較して、肝臓における標的ｍＲＮＡレベルの有意な減少をもたらした。アンチセンス化合物は、腎臓および脂肪における標的ｍＲＮＡレベルに対して種々の作用を有した。アンチセンス化合物は、腎臓および脂肪における標的ｍＲＮＡレベルに対し種々の作用を有した。
実施例７：ＰＴＥＮ核酸に対して標的化され、ＢＮＡ修飾を有する短鎖アンチセンス化合物
６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、８μｍｏｌ／ｋｇ、４μｍｏｌ／ｋｇ、２μｍｏｌ／ｋｇまたは１μｍｏｌ／ｋｇの用量のＰＴＥＮ核酸に対して標的化されたアンチセンス化合物を単回腹腔内（ｉ．ｐ．）注射により投与した。各用量の群を、４匹の動物から構成した。表４９には、この研究において使用した各アンチセンス化合物の配列、ウィング化学およびモチーフを示す。太字の残基は、２’−Ｏ−ＭＯＥ修飾されたヌクレオチドを示し、斜体の残基は、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を示す。アンチセンス化合物は全て、各位置にホスホロチオエート結合を含む。さらに、ＩＳＩＳ １１６８４７のシトシン、およびＩＳＩＳ ３９２７４５のメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡウィングにおけるシトシンは、５−メチルシトシンで置き換えられる。アンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｕ９２４３７．１（配列番号１３）を含む、公開されたＰＴＥＮ核酸を標的とする。
Figure 2009536037
 注射から７２時間後にマウスを屠殺して、血清トランスアミナーゼレベル（表５０）；肝臓、腎臓および脾臓の重量（表５０）；肝臓におけるＰＴＥＮ ｍＲＮＡのレベル（表５１）；ならびに、推定のＥＤ５０オリゴヌクレオチド濃度（表５２）を決定した。これらのエンドポイントは、本明細書中に記載され、かつ当業者に周知の方法を用いて測定した。
Figure 2009536037
 全体として、ＰＴＥＮアンチセンス化合物は、毒性の徴候を示さなかった。腎臓、肝臓および脾臓の重量は全て、正常範囲内であった。総体重は、処置群の間で有意に異ならなかった。
Figure 2009536037
 表５１に示すように、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する短鎖アンチセンス化合物の各々は、用量依存性のＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベルの低下を示した。さらに、短鎖アンチセンス化合物は、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーよりも、標的の減少の点で、より効果的であった。肝臓におけるＰＴＥＮタンパク質のレベルもまた、各々８μｍｏｌ／ｋｇの用量のアンチセンス化合物を投与した後に決定した。ウィング内にメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡを含む短鎖アンチセンス化合物の各々は、生理食塩水コントロールおよびＩＳＩＳ １１６８４７処置の両方に対して、ＰＴＥＮタンパク質の有意な減少をもたらした。次に、各オリゴヌクレオチドについての推定のＥＤ５０濃度を、Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍを用いて計算した。これらの結果を、以下の表５２に示す。
Figure 2009536037
 種々のタイプの二環式核酸化合物をさらに調べるために、ＰＴＥＮ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物のさらなるセットを設計し、そして、試験した。６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、８μｍｏｌ／ｋｇ、４μｍｏｌ／ｋｇ、２μｍｏｌ／ｋｇまたは１μｍｏｌ／ｋｇの用量のアンチセンス化合物を単回腹腔内（ｉ．ｐ．）注射により投与した。各用量の群を、４匹の動物から構成した。表５３には、この研究において使用した各アンチセンス化合物の配列、ウィング化学およびモチーフを示す。アンチセンス化合物は全て、各位置にホスホロチオエート結合を含む。ＩＳＩＳ ３９２０６３のメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡウィングにおけるシトシン残基は、５−メチルシトシンで置き換えられる。アンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｕ９２４３７．１（配列番号１３）を含む、公開されたＰＴＥＮ核酸を標的とする。
Figure 2009536037
 注射から７２時間後にマウスを屠殺して、血清トランスアミナーゼレベル（表５４）；肝臓および脾臓の重量（表５４）；ならびに肝臓におけるＰＴＥＮ ｍＲＮＡのレベル（表５５）を、本明細書中に記載され、かつ当業者に周知の方法に従って決定した。
Figure 2009536037
Figure 2009536037
 上に示すように、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する短鎖アンチセンス化合物は、標的ｍＲＮＡレベルの用量依存性の減少をもたらした。オキシアミノＢＮＡ修飾を有する短鎖アンチセンス化合物での処置は、標的発現のわずかな減少をもたらした。
実施例８．ＡｐｏＢ核酸およびＰＴＥＮ核酸を標的とする短鎖アンチセンス化合物を用いた、単回用量投与の用量応答研究
６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、８μｍｏｌ／ｋｇ、４μｍｏｌ／ｋｇ、２μｍｏｌ／ｋｇまたは１μｍｏｌ／ｋｇの用量のアンチセンス化合物を単回腹腔内（ｉ．ｐ．）注射により投与した。各用量の群を、４匹の動物から構成した。表５６には、この研究において使用した各アンチセンス化合物の配列、ウィング化学およびモチーフを示す。斜体の残基は、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を示し、下線の残基はＮ−メチル−オキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を示し、そして、四角で囲った残基は、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を示す。アンチセンス化合物は全て、各位置にホスホロチオエート結合を含む。ＩＳＩＳ １１６８４７のシトシン、およびＩＳＩＳ ３９２０６３のメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡウィングにおけるシトシンは各々、５−メチルシトシンで置き換えられるが、ＩＳＩＳ ３９２７４５のメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡウィングにおけるチミジンは、５−メチルチミジンで置き換えられる。ＰＴＥＮアンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｕ９２４３７．１（配列番号１３）を含む、公開されたＰＴＥＮ核酸を標的とする。ＡｐｏＢアンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＸＭ＿１３７９５５．５（配列番号２）を含む、公開されたＡｐｏＢ核酸を標的とする。
Figure 2009536037
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 表５７に示すように、メチレンオキシＢＮＡ修飾を有する短鎖アンチセンス化合物の各々は、用量依存性の標的ｍＲＮＡレベルの低下を示した。特筆すべきことに、Ｎ−メチル−オキシアミノＢＮＡウィングを有する短鎖アンチセンス化合物（ＩＳＩＳ ３９６５６５）もまた、β−Ｄ−メチレンオキシＢＮＡアンチセンス化合物およびα−Ｌ−メチレンオキシＢＮＡアンチセンス化合物の両方に類似した、ＰＴＥＮの発現の用量依存性の減少を示した。次に、各アンチセンスについての推定のＥＤ５０濃度を、Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍを用いて計算した。これらの結果を、以下の表５８に示す。
Figure 2009536037
 実施例９：ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡを標的とする親化合物および親の混合型バックボーンアンチセンス化合物の投与
ＩＳＩＳ ２５７０１６を、週２回、１ｍｇ／ｋｇ、７．５ｍｇ／ｋｇ、１４ｍｇ／ｋｇまたは１７ｍｇ／ｋｇの用量で、ｄｂ／ｄｂマウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ，ＭＡ）に腹腔内投与した。コントロール群には、同じ投薬スケジュールで生理食塩水を受けた群、および、ＩＳＩＳ １４５７３３を受けた群を含めた。ＩＳＩＳ ２５７０１６およびＩＳＩＳ １４５７３３は共に、配列ＧＡＡＧＴＡＧＣＣＡＣＣＡＡＣＴＧＴＧＣ（配列番号１５７２）を含み、さらに、５ヌクレオチドの「ウィング」が両側（５’方向および３’方向）に配置された１０の２’−デオキシヌクレオチドから構成される中央の「ギャップ」領域を含む。これらのウィングは、２’−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチドから構成される。シチジン残基は全て５−メチルシチジンである。ヌクレオシド間（バックボーン）結合は、ＩＳＩＳ １４５７３３についてのオリゴヌクレオチド全体にわたりホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）であるが；ＩＳＩＳ ２５７０１６は混合型バックボーンを有する。ＩＳＩＳ ２５７０１６についてのヌクレオシド間結合は、ウィング内がホスホジエステル（Ｐ＝Ｏ）であり、ギャップ内がホスホロチオエートである。最後の用量の投与から４８時間後にマウスを屠殺し、そして、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡレベルについて腎臓組織を解析した。結果を、以下の表５９に示す。
Figure 2009536037
 ＩＳＩＳ ２５７０１６およびＩＳＩＳ １４５７３３は共に、生理食塩水コントロールと比較してＳＧＬＴ−２のレベルを顕著に減少させた。（ｍＲＮＡレベルは、上述のように、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲを用いて決定した）。しかし。ＩＳＩＳ ２５７０１６は、ＩＳＩＳ １４５７３３と比較して、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡを減少させる効力が、約２０〜５０倍高いことが示された。血漿グルコースレベルにおける付随する減少が、処置群について見られた（ＩＳＩＳ ２５７０１６を受けた群について４７０ ±２３であるのに比べ、生理食塩水の群では、６６１±１４であった）。腎臓におけるＩＳＩＳ ２５７０１６およびＩＳＩＳ １４５７３３の蓄積は、用量範囲全体で同様であったが、全長２５７０１６のアンチセンスは、腎臓においてほとんど検出されず、これは、変性産物が活性の増大を担っているという理論を支持している。また、２５ｍｇ／ｋｇの単回投薬の後の作用の開始が、インタクトな２５７０１６のアンチセンス化合物がほとんど残されていない時点と相関していた。
上述のような同様の同じ投薬スケジュールで、ＩＳＩＳ ２５７０１６、ＩＳＩＳ １４５７３３または生理食塩水を用いて、痩せたマウス、ｏｂ／ｏｂマウスおよびＺＤＦラット（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）において同様の研究を行った。ＩＳＩＳ １４５７３３およびＩＳＩＳ ２５７０１６についての結合部位の配列は、マウスとラットとの間で保存されている（表６０を参照のこと）。腎臓におけるＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡの減少は、上で見られたものと同様であった。ラットを利用する研究において、２週にわたり週２回１０ｍｇ／ｋｇの用量を与えた場合、ＩＳＩＳ １４５７３３は、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡレベルを約４０％低下させることが示されたが、一方で、ＩＳＩＳ ２５７０１６で達成された減少は、８０％を上回った。ＩＳＩＳ ２５７０１６は、１２．５ｍｇ／ｋｇの低用量でＳＧＬＴ２の発現を最大限に減少させた。より低い用量範囲でのさらなる研究は、１ｍｇ／ｋｇ／ｗｋ未満の用量の混合型バックボーンのアンチセンス化合物で、ＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡの有意な減少を示す。
実施例１０：ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡを標的とする親化合物および短鎖アンチセンス化合物の投与
薬物動態研究は、ＩＳＩＳ ２５７０１６が、１２核酸塩基のファーマコフォアへと代謝されるプロドラッグとして作用したことを示した。次の研究において、ＺＤＦラットに、１．５ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳ ２５７０１６またはＩＳＩＳ ３７０７１７のいずれかを週に２回、あるいは、同様の投薬スケジュールで生理食塩水を腹腔内投薬した。ＩＳＩＳ ３７０７１７は、ＳＧＬＴ−２核酸に対して標的化された１２核酸塩基のアンチセンス化合物であり、配列ＴＡＧＣＣＡＣＣＡＡＣＴ（配列番号１５４）を含み、そしてさらに、１ヌクレオチドの「ウィング」が両側（５’方向および３’方向）に配置された１０の２’−デオキシヌクレオチドから構成される中央の「ギャップ」領域を含む。ウィングは、２’−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチドから構成される。シチジン残基は全て、５−メチルシチジンである。ヌクレオシド間（バックボーン）結合は、オリゴヌクレオチド全体にわたりホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。
投薬から５週間後に、動物を屠殺し、そして、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡレベルについて腎臓組織を解析した。ＩＳＩＳ ２５７０１６およびＩＳＩＳ ３７０７１７の薬物動態活性は同様であったが、１２ヌクレオチドのアンチセンス化合物は、より早い作用の開始を示した。ＩＳＩＳ ３７０７１７は、２．８μｍｏｌ／ｋｇの単回投薬の２日後に、腎臓においてＳＧＬＴ２の発現の８０％近い阻害を示したが、ＩＳＩＳ ２５７０１６は、同じ用量の投与の２日後に、約２５％の阻害を示すのみであった。このデータは、ＩＳＩＳ ２５７０１６が１２ヌクレオチドのファーマコフォアを有するプロドラッグであることを支持する。
実施例１１：短鎖アンチセンス化合物の効力およびバイオアベイラビリティ
ＩＳＩＳ ３７０７１７により示された効力の改善と、これらの短鎖アンチセンス化合物についての経口バイオアベイラビリティの改善とは、これらの化合物を、経口投与に有用なものにする。正常なラットに、週２回、１００ｍｇ／ｋｇで、ＩＳＩＳ ３７０７１７、ＩＳＩＳ １４５７３３または生理食塩水を腹腔内投与により与えた。最後の投薬から約４８時間後に動物を屠殺して、アンチセンス化合物の濃度およびＳＬＧＴ−２ ｍＲＮＡのレベルについて腎臓組織を解析した。腎臓組織において、コントロールと比較して有意により高いＩＳＩＳ ３７０７１７の蓄積が見られた（組織１グラムあたり約５００μｇ）。さらに、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡは、コントロールを８０％より多く上回って減少した。
実施例１２：およそ１２ヌクレオチドの短鎖アンチセンス化合物のウィング、ギャップおよび全長のバリエーション
ＩＳＩＳ ３７０７１７ １−１０−１ ＭＯＥギャップマーをテンプレートとして用いて、種々のモチーフを持つ配列に関連性のあるオリゴを作成した。これらのバリエーションを表６０に提示する。公開された配列（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｕ２９８８１．１（本明細書中に配列番号１５７５として引用）およびＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ２９２９２８．１（本明細書中に配列番号１５７６として引用））を用いて、マウスまたはラットのＳＧＬＴ２核酸の異なる領域を標的とするように、アンチセンス化合物を設計した。
Figure 2009536037
 アンチセンス化合物を、マウスＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルに対するその作用について解析した。データは、２．５μｍｏｌ／ｋｇ、０．５μｍｏｌ／ｋｇまたは０．１μｍｏｌ／ｋｇの上記ＭＯＥギャップマー（腹腔内注射により与えた）を、３週間にわたり、週２回マウスに投薬した３つの実験から取った範囲である。最後の投与から４８時間後にマウスを屠殺し、腎臓におけるＳＧＬＴ２レベルについて評価した。ＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中の他の実施例に記載されるようにして、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲの結果を、内部のＩＳＩＳコントロールに対して正規化した。結果を、以下の表６１に示す。
Figure 2009536037
 これらの結果は、試験した種々のモチーフが全て、用量依存性の様式で、インビボでＳＧＬＴ２の発現を阻害することを示す。１−１０−１ギャップマー、２−８−２ギャップマーおよび１−８−１ギャップマーが特に強力であることが分かった。
実施例１３：１−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよび１−１０−２ ＭＯＥギャップマーによるラットＳＧＬＴ−２のアンチセンス性阻害
表６２に提供される１−１０−１ ＭＯＥギャップマーアンチセンス化合物および１−１０−２ ＭＯＥギャップマーアンチセンス化合物は、マウスまたはラットのＳＧＬＴ２ ＲＮＡの異なる領域を標的とするように設計した。表６２における短鎖アンチセンス化合物は全て、長さ１２または１３ヌクレオチドのいずれかのキメラオリゴヌクレオチド（「ギャップマー」）であり、５’側に１ヌクレオチドの「ウィング」、そして、３’側に２または１ヌクレオチドの「ウィング」が配置された、１０の２’−デオキシヌクレオチドからなる中央の「ギャップ」セグメントから構成される。これらのウィングは、２’−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチドから構成される。ヌクレオシド間（バックボーン）結合は、オリゴヌクレオチド全体を通してホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。シチジン残基は全て、５−メチルシチジンである。
Figure 2009536037
 短鎖アンチセンス化合物を、ラットＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルに対するその作用について解析した。データは、４５０ｎｍｏｌ／ｋｇ、１５０ｎｍｏｌ／ｋｇまたは５０ｎｍｏｌ／ｋｇの１−１０−１ ＭＯＥギャップマーまたは１−１０−２ ＭＯＥギャップマー（腹腔内注射により与えた）を、３週間にわたり、週２回、雄性Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラット（１７０〜２００ｇ）に投薬した３つの実験から取った範囲である。最後の投与から４８時間後にラットを屠殺し、腎臓におけるＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルについて評価した。標的のレベルを、本明細書中の他の実施例に記載されるようにして、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲの結果を、内部のＩＳＩＳコントロールに対して正規化した。結果を、以下の表６３に示す。
Figure 2009536037
 これらの結果は、１−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよび１−１０−２ ＭＯＥギャップマーが共に、用量依存性の様式で、インビボでＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡを減少させることを示す。
ラットを、さらに、総体重、肝臓、脾臓および腎臓の重量について評価した。脾臓、肝臓または体重における有意な変化は、特定の化合物が毒性作用を引き起こすことを示し得る。全ての変化が、実験の誤差の許容範囲内であった。処置の間、または、研究の終了時点では、体重の有意な変化は観察されなかった。肝臓または脾臓の重量においても有意な変化が観察されなかった。
インビボで投与された短鎖アンチセンス化合物の毒性作用はまた、肝臓または腎臓の疾患または損傷に関連する酵素およびタンパク質のレベルを測定することによって評価され得る。血清トランスアミナーゼアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）およびアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）のレベルにおける上昇は、しばしば、肝臓の疾患または損傷の指標となる。血清総ビリルビンは、肝臓および胆汁の機能の指標となり、そして、アルブミンおよび血中尿素窒素（ＢＵＮ）は、腎機能の指標となる。グルコースおよびトリグリセリドのレベルはときどき、処置の毒性に起因して変化する。血清グルコースもまた、ＳＧＬＴ２の活性に一部依存する。ＡＬＴ、ＡＳＴ、総ビリルビン、アルブミン、ＢＵＮ、グルコースおよびトリグリセリドのレベルを、短鎖アンチセンス化合物で処置したラットにおいて測定した。肝臓および腎臓の損傷および疾患の慣用的な臨床上の指標のレベルは、正常範囲内であり、そして、生理食塩水で処置した動物に対して、有意に変わっておらず、これらの短鎖アンチセンス化合物が、腎機能または肝機能に有意に影響を及ぼさないことが実証された。トリグリセリドおよびグルコースのレベルは、生理食塩水で処置した動物に対して、有意には上昇しなかった。
実施例１４：１−１０−１ ＭＯＥギャップマーによるマウスおよびラットのＳＧＬＴ２のアンチセンス性阻害
マウスＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡの異なる領域を標的とするように設計された１−１０−１ ＭＯＥギャップマーアンチセンス化合物を、表６４に示す。
Figure 2009536037
 短鎖アンチセンス化合物を、マウスＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルに対するその作用について解析した。データは、４５０ｎｍｏｌ／ｋｇ、１５０ｎｍｏｌ／ｋｇまたは５０ｎｍｏｌ／ｋｇの上記１−１０−１ ＭＯＥギャップマーのうちの１つ（腹腔内注射により与えた）を、３週間にわたり、週２回、雄性の６週齢のＢａｌｂ／ｃマウスに投薬した３つの実験から取った範囲である。最後の投与から４８時間後にマウスを屠殺し、腎臓におけるＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルについて評価した。標的のレベルを、本明細書中の他の実施例に記載されるようにして、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲの結果を、内部のＩＳＩＳコントロールに対して正規化した。結果を、以下の表６５に示す。
Figure 2009536037
 これらの結果は、ＩＳＩＳ ３８１４０８を除いて、１−１０−１ ＭＯＥギャップマーが全て、マウスにおいて、用量依存性の様式で、インビボでＳＧＬＴ２の発現を阻害することを示す。ＩＳＩＳ ３８１４０８の活性は、ラットの研究に示されている（表６５を参照のこと）。
ラットにおける１−１０−１ギャップマーの評価
上記１−１０−１ギャップマー（上の表６４を参照のこと）のラットＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルに対する作用。データは、２５０ｎｍｏｌ／ｋｇ（腹腔内注射により与えた）を、３週間にわたり、週２回、雄性Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラット（１７０〜２００ｇ）に投薬した４つの実験から取った。最後の投与から４８時間後にラットを屠殺し、腎臓におけるＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルについて評価した。標的のレベルを、本明細書中の他の実施例に記載されるようにして、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲの結果を、内部のＩＳＩＳコントロールに対して正規化した。結果を、以下の表６６に示す。
Figure 2009536037
 これらの結果は、１−１０−１ ＭＯＥギャップマーが全て、インビボでのラットの研究においてＳＧＬＴ２の発現を阻害することを示す。
実施例１５：さらなる１−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよび２−８−２ ＭＯＥギャップマーによるマウスおよびラットのＳＧＬＴ２発現のアンチセンス性阻害
１−１０−１ ＭＯＥギャップマー短鎖アンチセンス化合物および２−８−２ ＭＯＥギャップマー短鎖アンチセンス化合物は、マウスＳＧＬＴ２ ＲＮＡの異なる領域を標的とするが、種族にわたって相補性を有するように設計した。短鎖アンチセンス化合物を表６７に示す。表６７における短鎖アンチセンス化合物は全て、長さ１２ヌクレオチドであり、両側（５’方向および３’方向）に２’−修飾を有するウィングセグメントが配置された、２’−デオキシヌクレオチドからなる中央の「ギャップ」セグメントから構成される。これらのウィングは、２’−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチドから構成される。ヌクレオシド間（バックボーン）結合は、オリゴヌクレオチド全体を通してホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。シチジン残基は全て、５−メチルシチジンである。
Figure 2009536037
 短鎖アンチセンス化合物を、インビボでのマウスＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルに対するその作用について解析した。データは、０．５μｍｏｌ／ｋｇ、０．１μｍｏｌ／ｋｇまたは０．０２μｍｏｌ／ｋｇの１−１０−１ ＭＯＥギャップマーまたは２−８−２ ＭＯＥギャップマーのいずれか（腹腔内注射により与えた）を、３週間にわたり、週２回、雄性の６週齢のＢａｌｂ／ｃマウスに投薬した３つの実験から取った。最後の投与から４８時間後にマウスを屠殺し、腎臓におけるＳＧＬＴ２レベルについて評価した。標的のレベルを、本明細書中の他の実施例に記載されるようにして、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲの結果を、内部のＩＳＩＳコントロールに対して正規化した。結果を、以下の表６８に示す。
Figure 2009536037
 これらの結果は、１−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよび２−８−２ ＭＯＥギャップマーが共に、用量依存性の様式で、インビボでＳＧＬＴ２の発現を阻害することを示す。
マウスを、さらに、総体重、肝臓、脾臓および腎臓の重量について評価した。全ての変化が、実験の誤差の許容範囲内であった。処置の間、または、研究の終了時点では、体重の有意な変化は観察されなかった。肝臓または脾臓の重量においても有意な変化が観察されなかった。
ＡＬＴ、ＡＳＴ、ＢＵＮ、トランスアミナーゼ、血漿クレアチニン、グルコースおよびトリグリセリドのレベルを、短鎖アンチセンス化合物で処置したマウスにおいて測定した。肝臓および腎臓の損傷および疾患の慣用的な臨床上の指標のレベルは、正常範囲内であり、そして、生理食塩水で処置した動物に対して、有意に変わっておらず、これらの短鎖アンチセンス化合物が、腎機能または肝機能に有意に影響を及ぼさないことが実証された。トリグリセリドおよびグルコースのレベルは、生理食塩水で処置した動物に対して、有意には上昇しなかった。
マウスにおけるＩＳＩＳ ３７９６９２ １−１０−１ ＭＯＥギャップマー、ＩＳＩＳ ３９２１７０ １−１０−１メチレンオキシＢＮＡギャップマー、ＩＳＩＳ ３８８６２５ ２−８−２ ＭＯＥギャップマーおよびＩＳＩＳ ３９２１７３ ２−８−２メチレンオキシＢＮＡギャップマーの評価
インビボでのマウスＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルに対する、ＩＳＩＳ ３７９６９２ １−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよびＩＳＩＳ ３８８６２５ ２−８−２ ＭＯＥギャップマーの作用を、ＩＳＩＳ ３９２１７０ １−１０−１メチレンオキシＢＮＡギャップマーおよびＩＳＩＳ ３９２１７３ ２−８−２メチレンオキシＢＮＡギャップマー（表６９を参照のこと）の作用と比較した。データは、５ｎｍｏｌ／ｋｇ、２５ｎｍｏｌ／ｋｇまたは１２５ｎｍｏｌ／ｋｇのＩＳＩＳ ３７９６９２ １−１０−１ ＭＯＥギャップマーまたはＩＳＩＳ ３８８６２５ ２−８−２ ＭＯＥギャップマーのいずれか（腹腔内注射により与えた）を、３週間にわたり、週２回、雄性の６週齢のＢａｌｂ／ｃマウスに投薬した３つの実験から取った。最後の投与から４８時間後にマウスを屠殺し、腎臓におけるＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルについて評価した。標的のレベルを、本明細書中の他の実施例に記載されるようにして、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲの結果を、内部のＩＳＩＳコントロールに対して正規化した。データは、生理食塩水で処置した動物に対する変化の割合（％）（「＋」は増加を示し、「−」は減少を示す）として表し、表６９に示す。
Figure 2009536037
 これらの結果は、１−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよび２−８−２ ＭＯＥギャップマーが共に、３つの投薬範囲のうち最も高い点において、用量依存性の様式で、インビボでＳＧＬＴ２の発現を阻害することを示す。これらの結果はまた、メチレンオキシＢＮＡ構築物がＭＯＥ構築物よりもより強力であることを示す。処置の間、または、研究の終了時点では、体重の有意な変化は観察されなかった。肝臓または脾臓の重量においても有意な変化が観察されなかった。ＡＬＴ、ＡＳＴ、ＢＵＮおよびクレアチニンのレベルを含む毒性パラメータは、正常範囲内であり、生理食塩水で処置した動物に対して、有意に変化しておらず、これらの化合物が、腎機能または肝機能に有意に影響を及ぼさないことが実証された。
ラットにおけるＩＳＩＳ ３７９６９２ １−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよびＩＳＩＳ ３８８６２５ ２−８−２ ＭＯＥギャップマーの評価
インビボでのラットＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルに対する、ＩＳＩＳ ３７９６９２ １−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよびＩＳＩＳ ３８８６２５ ＭＯＥ ２−８−２ギャップマー（表７０を参照のこと）の作用。データは、２００ｎｍｏｌ／ｋｇ、５０ｎｍｏｌ／ｋｇ、１２．５ｎｍｏｌ／ｋｇまたは３．１２５ｎｍｏｌ／ｋｇのＩＳＩＳ ３７９６９２ １−１０−１ ＭＯＥギャップマーまたはＩＳＩＳ ３８８６２５ ２−８−２ ＭＯＥギャップマーのいずれか（腹腔内注射により与えた）を、３週間にわたり、週２回、雄性のＳｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラット（１７０〜２００ｇ）に投薬した４つの実験から取った。最後の投与から４８時間後にラットを屠殺し、腎臓におけるＳＧＬＴ２レベルについて評価した。標的のレベルを、本明細書中の他の実施例に記載されるようにして、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲの結果を、内部のＩＳＩＳコントロールに対して正規化した。結果を、以下の表７０に示す。
Figure 2009536037
 これらの結果は、１−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよび２−８−２ ＭＯＥギャップマーが共に、３つの投薬範囲のうち最も高い点において、用量依存性の様式で、インビボでＳＧＬＴ２の発現を阻害することを示す。
ラットを、さらに、総体重、肝臓、脾臓および腎臓の重量について評価した。全ての変化が、実験の誤差の許容範囲内であった。処置の間、または、研究の終了時点では、体重の有意な変化は観察されなかった。肝臓または脾臓の重量においても有意な変化が観察されなかった。
ＡＬＴ、ＡＳＴ、ＢＵＮ、コレステロール、血漿クレアチニンおよびトリグリセリドのレベルを、短鎖アンチセンス化合物で処置したラットにおいて測定した。肝臓および腎臓の損傷および疾患の慣用的な臨床上の指標のレベルは、正常範囲内であり、そして、生理食塩水で処置した動物に対して、有意に変わっておらず、これらの短鎖アンチセンス化合物が、腎機能または肝機能に有意に影響を及ぼさないことが実証された。
実施例１６：ＺＤＦラットにおけるＳＧＬＴ２発現のアンチセンス性阻害
ＩＳＩＳ ３８８６２５、ＩＳＩＳ ３８８６２６およびコントロールオリゴであるＩＳＩＳ ３８８６２８を、ＺＤＦラットの血漿グルコースレベルおよびＨｂＡ１ｃに対するその作用について解析した。レプチンレセプター欠失Ｚｕｃｋｅｒ糖尿病脂肪過多（ＺＤＦ）ラットは、２型糖尿病の研究に有用なモデルである。糖尿病は、８〜１０週齢のこれらの雄性ラットにおいて自然に生じ、そして、過食症、多尿症、多渇症および体重増加の障害（ｉｍｐａｉｒｅｄ ｗｅｉｇｈｔ ｇａｉｎ）、糖尿病の臨床上の症状と並行する症状を伴う（Ｐｈｉｌｌｉｐｓ ＭＳ，ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ １３，１８−１９）。６週齢のＺＤＦラットに、１２週にわたり、週１回、４００ｎＭ／ｋｇの用量で短鎖アンチセンス化合物を腹腔内注射した。データを表７１および７２に示す。
Figure 2009536037
Figure 2009536037
 ＩＳＩＳ ３８８６２５およびＩＳＩＳ ３８８６２６は、ＰＢＳおよびコントロール処置動物と比較して、血漿グルコースレベルおよびＨｂＡ１Ｃを有意に減少させた。
実施例１７：イヌ腎臓におけるＳＧＬＴ２発現のアンチセンス性阻害（ＩＳＩＳ ３８８６２５）
ＩＳＩＳ ３８８６２５は、ＴＧＴＴＣＣＡＧＣＣＣＡ（配列番号２４６）の配列を持つ２−８−２ ＭＯＥギャップマーである（例えば、表７１を参照のこと）。イヌＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルに対するＩＳＩＳ ３８８６２５の作用。データは、１ｍｇ／ｋｇ／週または１０ｍｇ／ｋｇ／週のいずれかのＩＳＩＳ ３８８６２５または生理食塩水（週に２回、皮下注射により与えた）を、合計９匹の雄性のビーグル犬に投薬した２つの投薬群から取った。研究の４６日目に全てのイヌを屠殺し、腎臓におけるＳＧＬＴ２レベルについて評価した。標的のレベルを、本明細書中の他の実施例に記載されるようにして、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲの結果を、内部のＩＳＩＳコントロールに対して正規化した。結果を、以下の表７３に示す。
Figure 2009536037
 これらの結果は、８０％を上回るＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡの減少が、１ｍｇ／ｋｇ／ｗｋの用量のＩＳＩＳ ３８８６２５で達成され得ることを示す。なおより多い現象が、わずかにより高い用量で達成され得る。イヌにおけるＩＳＩＳ ３８８６２５の投与はまた、グルコース抵抗性を改善することも示された。ピーク血漿グルコースレベルは、平均して５０％を上回って減少され、そして、その後のグルコースの下降が、標準的なグルコース抵抗性試験における生理食塩水コントロールと比較して、少なくなった。尿中へのグルコースの排泄もまた増加した。
実施例１８：ＳＧＬＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物のインビボ試験
ヒト／サル／マウス／ラットのＳＧＬＴ２に対して相補的な２０の１−１０−１ ＭＯＥギャップマーを設計、合成し、そして、腎臓におけるＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルの抑制についてインビボで試験した。マウスおよびラットについての標的部位を表７４に示す。ヒトについての標的部位を表４および５に示す。データは、２週間の期間にわたり、週に２回（合計４回の注射）の、３５０ｎｍｏｌ／ｋｇのオリゴヌクレオチドを腹腔内注射により雄性の６週齢のＢａｌｂ／ｃマウスに投与した２つの実験からの平均である。最後の投与から４８時間後にマウスを屠殺し、腎臓におけるＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルについて評価した。ＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルを、２つの異なるＰＣＲプライマープローブセットである、プライマープローブセット（ＰＰＳ）５３４およびＰＰＳ ５５３を用いて、標準的な手順に従って、定量的リアルタイムＰＣＲ解析により決定した。ＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルを、シクロフォリンｍＲＮＡレベル（これもまた、定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した）に対して正規化した。結果を、以下の表７４に示す。
Figure 2009536037
 実施例１９：Ｈｅｐ３Ｂ細胞におけるヒトＰＣＳＫ９のアンチセンス性阻害
ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を、インビトロでのＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡに対するその作用について試験した。短鎖アンチセンス化合物を表６に示す。各短鎖アンチセンス化合物のＩｓｉｓ Ｎｏ、ギャップマーのモチーフおよび配列番号を、再度、表７５に示す。培養Ｈｅｐ３Ｂ細胞を、１００ｎＭの短鎖アンチセンス化合物で処理した。ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された５−１０−５ ＭＯＥギャップマーを、ポジティブコントロールとして用いた。処理期間の後、これらの細胞からＲＮＡを単離し、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定した総ＲＮＡ含量に従って調整した。結果は、未処理のコントロール細胞に対するＰＣＳＫ９の阻害の割合（％阻害）として表７５に示す。「％阻害」の欄において、「０」は、その特定の短鎖アンチセンス化合物では、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡの減少が観察されなかったことを示す。
Figure 2009536037
Figure 2009536037
Figure 2009536037
 表７５に示されるように、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化され、かつ２−１０−２ ＭＯＥのギャップマーのモチーフを有する短鎖アンチセンス化合物は、培養細胞においてＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡを減少させた。
ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を、用量応答実験のＨｅｐ３Ｂ細胞において試験した。細胞を、本明細書中に記載されるようにして、 ｎＭの濃度の表７６に示される短鎖アンチセンス化合物で処理した。処理期間の後、これらの細胞からＲＮＡを単離し、そして、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを、シクロフォリン特異的なプライマープローブセットを用いてリアルタイムＰＣＲにより測定したシクロフォリンｍＲＮＡレベルに対して正規化した。結果を、未処理のコントロール細胞に対するＰＣＳＫ９の阻害の割合として示す。また、用量応答実験において試験した短鎖アンチセンス化合物の各々についての、Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍを用いて計算したＥＣ５０（ｍＲＮＡの５０％の減少が観察される濃度）も示す。以下の表に示すように、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルは、用量依存性の様式で減少した。
Figure 2009536037
 実施例２０：ＢＮＡを含む短鎖アンチセンス化合物によるＰＣＳＫ９のアンチセンス性阻害
ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を、マウスおよびヒトの両方の培養細胞において、用量応答性実験において試験した。試験した化合物には、ＩＳＩＳ ４０３７３９およびＩＳＩＳ ４０３７４０を含んだ。ＩＳＩＳ ４０３７３９は、配列番号４０４のヌクレオチド配列からなり、２−１０−２のギャップマーのモチーフを有する短鎖アンチセンス化合物であり、ウィング内のヌクレオチドは、（６’Ｓ）−６’メチルＢＮＡを含む。ＩＳＩＳ ４０３７４０は、配列番号４０５のヌクレオチド配列からなり、２−１０−２のギャップマーのモチーフを有する短鎖アンチセンス化合物であり、ウィング内のヌクレオチドは、（６’Ｓ）−６’メチルＢＮＡを含む。また、ＰＣＳＫ９核酸に対して標的化された５−１０−５ ＭＯＥギャップマーも試験した。
マウス肝細胞をプレーティングし、そして、本明細書中に記載されるようにして、 ｎＭの濃度の表７７に示される短鎖アンチセンス化合物で処理した。処理期間の後、これらの細胞からＲＮＡを単離し、そして、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを、シクロフォリン特異的なプライマープローブセットを用いてリアルタイムＰＣＲにより測定したシクロフォリンｍＲＮＡレベルに対して正規化した。結果は、未処理のコントロール細胞に対するＰＣＳＫ９の阻害の割合として示す。存在する場合、「０」は、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡにおける減少が観察されなかったことを示す。ＩＳＩＳ ４０３７３９は、３０ｎＭ以上の用量で、マウスＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡの用量依存性の減少を示した。ＩＳＩＳ ４０３７４０は、短鎖アンチセンス化合物の２つの最も高い用量において、マウスＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡの減少を示した。
Figure 2009536037
 ヒトＨｅｐ３Ｂ細胞を、本明細書中に記載されるように、 ｎＭの濃度の短鎖アンチセンス化合物で処理した。処理期間の後、これらの細胞からＲＮＡを単離し、そして、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを、シクロフォリン特異的なプライマープローブセットを用いてリアルタイムＰＣＲにより測定したシクロフォリンｍＲＮＡレベルに対して正規化した。結果は、未処理のコントロール細胞に対するＰＣＳＫ９の阻害の割合として示す。データを表７８に示し、このデータは、ＩＳＩＳ ４０３７４０での処理後のヒトＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡの用量依存性の減少を実証する。ＩＳＩＳ ４０３７３９は、より高い用量において、用量依存性の減少を示した。
Figure 2009536037
 実施例２１：ＨｅｐＧ２細胞におけるＧＣＧＲのアンチセンス性阻害
ＧＣＧＲ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を、インビトロでのＧＣＧＲ ｍＲＮＡに対するその作用について試験した。
ＨｅｐＧ２細胞
９６ウェルプレート内の１ウェルあたりに１００００細胞の濃度で培養したＨｅｐＧ２細胞を、本明細書中に記載されるようにして、２５ｎＭ、５０ｎＭ、１００ｎＭまたは２００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理した。処理期間の後、これらの細胞からＲＮＡを単離し、そして、ＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定した総ＲＮＡ含量に従って調整した。結果は、未処理のコントロール細胞に対するＧＣＧＲ ｍＲＮＡの減少の割合として示す。
表７９は、３−１０−３ ＭＯＥギャップマーであるＩＳＩＳ ３２７１６１の示される用量での処理後のデータを示す。ＩＳＩＳ ３２７１６１は、用量依存性の様式でＧＣＧＲ ｍＲＮＡを減少させた。
Figure 2009536037
 サルの肝細胞
ＧＣＧＲ核酸に対して標的化させたさらなる短鎖アンチセンス化合物を、インビトロでの、サルＧＣＧＲ ｍＲＮＡに対するその作用について試験したサルの初代培養肝細胞を、本明細書中に記載されるようにして、２５ｎＭ、５０ｎＭ、１００ｎＭまたは２００ｎＭの短鎖アンチセンス化合物で処理した。処理期間の後、これらの細胞からＲＮＡを単離し、そして、ＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定した総ＲＮＡ含量に従って調整した。結果は、未処理のコントロール細胞に対するＧＣＧＲ ｍＲＮＡの減少の割合として表８０に示す。
Figure 2009536037
 実施例２２：短鎖アンチセンス化合物によるＤＧＡＴ２のアンチセンス性阻害
ＤＧＡＴ２核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を、インビトロでのＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡに対するその作用について試験した。９６ウェルプレート中の培養Ａ１０細胞を、７５ｎＭの短鎖アンチセンス化合物で処理した。約２４時間の処理期間の後、これらの細胞からＲＮＡを単離し、そして、ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定した総ＲＮＡ含量に従って調整した。結果は、未処理のコントロール細胞に対するＤＧＡＴ２の阻害の割合として表８１に示す。
Figure 2009536037
 ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡに対して標的化されたさらなる短鎖アンチセンス化合物を、インビトロで、用量応答性実験において試験した。Ａ１０細胞を上述のようにして調製し、そして、６．２５ｎＭ、１２．５ｎＭ、２５．０ｎＭ、５０．０ｎＭ、１００．０ｎＭおよび２００．０ｎＭの短鎖アンチセンス化合物で処理して、ＤＧＡＴ２の阻害が用量依存性の様式で生じているかどうかを決定した。データは、以下の表８２に示される短鎖アンチセンス化合物の各々が、用量依存性の様式でラットＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡを減少させることを実証する。結果は、未処理のコントロール細胞に対する阻害の割合として示す。「０」は、ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡが減少されなかったことを示す。
Figure 2009536037
 ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡに対して標的化されたさらなる短鎖アンチセンス化合物をインビトロにおいて試験した。Ａ１０細胞を上述のようにして調製し、そして、０．６２ｎＭ、１．８５ｎＭ、５．５６ｎＭ、１６．６７ｎＭ、５０．０ｎＭおよび１５０．０ｎＭの短鎖アンチセンス化合物で処理して、ＤＧＡＴ２の阻害が用量依存性の様式で生じているかどうかを決定した。ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡを、本明細書中に記載されるようにして、定量的リアルタイムＰＣＲを用いて測定した。データは、以下の表８３に示される短鎖アンチセンス化合物の各々が、用量依存性の様式でラットＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡを阻害することを実証する。結果は、未処理のコントロール細胞に対するラットＤＧＡＴ２の阻害の割合として示す。存在する場合、「０」は、ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡの減少が観察されなかったことを示す。
Figure 2009536037
 実施例２３：ＨｕＶＥＣ細胞におけるヒトＰＴＰ１Ｂのアンチセンス性阻害
ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を、インビトロでのＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡに対するその作用について試験した。９６ウェルプレート内の１ウェルあたりに５０００細胞の濃度で培養したＨｕＶＥＣ細胞を、本明細書中に記載されるようにして、３ｎＭの短鎖アンチセンス化合物で処理した。処理期間の後、これらの細胞からＲＮＡを単離し、そして、ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定した総ＲＮＡ含量に従って調整した。結果は、未処理のコントロールに対する、ＰＴＰ１Ｂの阻害の割合（％阻害）として示す。データは、表８４におけるＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化され、かつ、２−１０−２ギャップマーのモチーフを有する短鎖アンチセンス化合物が、ＨｕＶＥＣ細胞においてＰＴＰ１Ｂを阻害し得ることを実証した。
Figure 2009536037
 実施例２４：ＨｅｐＧ２細胞におけるヒトＰＴＰ１Ｂのアンチセンス性阻害
ＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化された短鎖アンチセンス化合物を、インビトロでのＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡに対するその作用について試験した。９６ウェルプレート内の１ウェルあたりに１００００細胞の濃度で培養したＨｅｐＧ２細胞を、２５ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理した。処理期間の後、これらの細胞からＲＮＡを単離し、そして、ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定した総ＲＮＡ含量に従って調整した。結果は、未処理のコントロールに対する、ＰＴＰ１Ｂの阻害の割合（％阻害）として示す。データは、表８５におけるＰＴＰ１Ｂ核酸に対して標的化され、かつ、２−１０−２ギャップマーのモチーフを有する短鎖アンチセンス化合物が、ＨｅｐＧ２細胞においてＰＴＰ１Ｂを阻害し得ることを実証した。
Figure 2009536037
 実施例２５：ＨｕＶＥＣ細胞におけるＰＴＰ１Ｂのアンチセンス性阻害：用量応答実験
ヒト血管内皮（ＨｕＶＥＣ）細胞を、１ウェルあたり５０００細胞の濃度でプレーティングし、そして、本明細書中に記載されるようにして、 ｎＭの濃度の表８６に示される短鎖アンチセンス化合物で処理した。処理期間の後、これらの細胞からＲＮＡを単離し、そして、ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定した総ＲＮＡ含量に従って調整した。２つの異なるヒトＰＴＰ１Ｂプライマープローブセットを用いてｍＲＮＡレベルを測定した。プライマープローブセット（ＰＰＳ）１９８での結果を表８６に示し、プライマープローブセット（ＰＰＳ）３０００での結果を表８７に示す。結果は、未処理のコントロール細胞に対する、ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡ発現の阻害の割合として示す。存在する場合、「０」は、ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡの減少が観察されなかったことを示す。表８６および８７に示されるように、ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルは、用量依存性の様式で減少した。
Figure 2009536037
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 実施例２６：短鎖アンチセンス化合物による、ＡｐｏＢのアンチセンス性阻害
表８８に示される短鎖アンチセンス化合物を、そのインビボでの作用について試験した。６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、３．２μｍｏｌ／ｋｇ、１μｍｏｌ／ｋｇ、０．３２μｍｏｌ／ｋｇまたは０．１μｍｏｌ／ｋｇの用量を、３週間にわたり週に２回、腹腔内投与した。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーをコントロール処置に用いた。最後の投薬の約４８時間後にマウスを屠殺した。ＲＮＡ単離のために肝臓組織を回収し、そして、血清化学解析のために血液を回収した。ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮにより決定したＲＮＡレベルに対して正規化し、そして、生理食塩水で処置したコントロール動物におけるＡｐｏＢ ｍＲＮＡに対する阻害の割合として、表８９に示す。
Figure 2009536037
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 表８９は、２−１０−２のギャップマーのモチーフと、ウィング内のＢＮＡ修飾とを有する短鎖アンチセンス化合物での処置後に、ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルが用量依存性の様式で減少したことを示す。１μｍｏｌ／ｋｇの用量では、短鎖アンチセンス化合物によるＡｐｏＢの阻害は、同等の用量の５−１０−５ ＭＯＥギャップマーで観察されるよりも大きかった。１μｍｏｌ／ｋｇおよび３．２μｍｏｌ／ｋｇの短鎖アンチセンス化合物の用量において、コレステロールが減少された。
短鎖アンチセンス化合物は、臓器の重量および体重、血清トランスアミナーゼ、ビリルビン、血中尿素窒素およびクレアチニンにより判断されるように、有害な副作用をほとんど示さなかったか、または全く示さなかった。
実施例２７：短鎖アンチセンス化合物による、ＰＴＥＮのアンチセンス性阻害
表９０に示される短鎖アンチセンス化合物を、そのインビボでの作用について試験した。６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、３．２μｍｏｌ／ｋｇ、１μｍｏｌ／ｋｇまたは０．３２μｍｏｌ／ｋｇの用量を、３週間にわたり週に２回、腹腔内投与した。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーをコントロール処置に用いた。最後の投薬の約４８時間後にマウスを屠殺した。ＲＮＡ単離のために肝臓組織を回収し、そして、血清化学解析のために血液を回収した。ＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮにより決定したＲＮＡレベルに対して正規化し、そして、生理食塩水で処置したコントロール動物におけるＰＴＥＮ ｍＲＮＡに対する阻害の割合として、表９１に示す。
Figure 2009536037
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 表９１は、２−１０−２のギャップマーのモチーフと、ウィング内のＢＮＡ修飾とを有する短鎖アンチセンス化合物での処置後に、ＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベルが用量依存性の様式で減少したことを示す。１μｍｏｌ／ｋｇの用量では、短鎖アンチセンス化合物によるＰＴＥＮの阻害は、同等の用量の５−１０−５ ＭＯＥギャップマーで観察されるよりも大きかった。
最高用量のＩＳＩＳ ３９２０６３を除いて、血清トランスアミナーゼでは有意な増加は観察されなかった。全体として、短鎖アンチセンス化合物は、有害な副作用をほとんど示さなかったか、または全く示さなかった。
実施例２８：ＢＮＡ修飾を含む短鎖アンチセンス化合物の単回用量投与
６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、８μｍｏｌ／ｋｇ、４μｍｏｌ／ｋｇ、２μｍｏｌ／ｋｇまたは１μｍｏｌ／ｋｇの用量の短鎖アンチセンス化合物の単回の腹腔内注射を施した。試験した短鎖アンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ３８７４６２およびＩＳＩＳ ３９８２９６であった。各用量の群を、４匹の動物から構成した。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーをコントロール処置に用いた。最後の投薬の約４８時間後にマウスを屠殺した。ＲＮＡ単離のために肝臓組織を回収し、そして、血清化学解析のために血液を回収した。ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮにより決定したＲＮＡレベルに対して正規化し、そして、生理食塩水で処置したコントロール動物におけるＡｐｏＢ ｍＲＮＡに対する阻害の割合として、表９２に示す。
Figure 2009536037
 表９２は、２−１０−２のギャップマーのモチーフと、ウィング内のＢＮＡ修飾とを有する短鎖アンチセンス化合物の単回投与後に、ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルが用量依存性の様式で減少したことを示す。８μｍｏｌ／ｋｇの用量では、短鎖アンチセンス化合物によるＡｐｏＢの阻害は、同等の用量の５−１０−５ ＭＯＥギャップマーで観察されるよりも大きかった。ＩＳＩＳ ３８７４６２のＥＤ５０は、３．９ｍｇ／ｋｇであり、そして、ＩＳＩＳ ３９８２９６のＥＤ５０は、８．７ｍｇ／ｋｇであった。コレステロールもまた、用量依存性の様式で減少した。トリグリセリドは、最高用量で減少した。
短鎖アンチセンス化合物は、臓器の重量および体重、血清トランスアミナーゼ、ビリルビン、血中尿素窒素およびクレアチニンにより判断されるように、有害な副作用をほとんど示さなかったか、または全く示さなかった。
同様の単回用量投与研究において、配列番号１２２６、２−１０−２のギャップマーのモチーフ（このウィングのヌクレオチドは、（６’Ｒ）−６’メチルメチレンオキシＢＮＡ修飾を含む）を持つＩＳＩＳ ３９２７４８は、ＰＴＥＮ ｍＲＮＡを用量依存性の様式で減少させた。さらに、配列番号１２２６、２−１０−２のギャップマーのモチーフ（このウィングのヌクレオチドは、（６’Ｓ）−６’−メチルメチレンオキシＢＮＡ修飾を含む）を持つＩＳＩＳ ３９２７４９は、ＰＴＥＮ ｍＲＮＡを用量依存性の様式で減少させた。２−１０−２のギャップマーのモチーフ、配列番号１２２６の配列、および６−（Ｓ）−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ３−ＢＮＡ修飾を有する短鎖アンチセンス化合物もまた、同様のインビボ研究においてＰＴＥＮ ｍＲＮＡを減少させた。
実施例２９：ＢＮＡ修飾を含む短鎖アンチセンス化合物の単回用量投与
６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、８μｍｏｌ／ｋｇ、４μｍｏｌ／ｋｇ、２μｍｏｌ／ｋｇまたは１μｍｏｌ／ｋｇの用量の短鎖アンチセンス化合物の単回の腹腔内注射を施した。各用量の群を、４匹の動物から構成した。試験した短鎖アンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ３９２０６３、ＩＳＩＳ ３９２７４９およびＩＳＩＳ ３６６００６であった。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーをコントロール処置に用いた。最後の投薬の約４８時間後にマウスを屠殺した。ＲＮＡ単離のために肝臓組織を回収し、そして、血清化学解析のために血液を回収した。ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮにより決定したＲＮＡレベルに対して正規化し、そして、生理食塩水で処置したコントロール動物におけるＡｐｏＢ ｍＲＮＡに対する阻害の割合として、表９３に示す。
Figure 2009536037
 表９３は、２−１０−２のギャップマーのモチーフと、ウィング内のＢＮＡ修飾とを有する短鎖アンチセンス化合物での処置後に、ＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベルが用量依存性の様式で減少したことを示す。８μｍｏｌ／ｋｇの用量では、短鎖アンチセンス化合物によるＰＴＥＮの阻害は、同等の用量の５−１０−５ ＭＯＥギャップマーで観察されるよりも大きかった。推定のＥＤ５０は、ＩＳＩＳ ３９２０６３について７ｍｇ／ｋｇ、ＩＳＩＳ ３９６５６５について１７．４ｍｇ／ｋｇ、そして、ＩＳＩＳ ３９６００６について９．３ｍｇ／ｋｇであった。
ＩＳＩＳ ３９２０６３の最高用量を除いて、血清トランスアミナーゼでは有意な増加は観察されなかった。全体として、短鎖アンチセンス化合物は、有害な副作用をほとんど示さなかったか、または全く示さなかった。
実施例３０：パルミチン酸結合を含む短鎖アンチセンス化合物による、ＡｐｏＢのアンチセンス性阻害
６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、２．５μｍｏｌ／ｋｇ、１．０μｍｏｌ／ｋｇ、０．４μｍｏｌ／ｋｇおよび０．１６μｍｏｌ／ｋｇの用量のアンチセンス化合物の単回の腹腔内注射を施した。各用量の群を、４匹の動物から構成した。試験した短鎖アンチセンス化合物を、表９４に示す。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーをコントロール処置に用いた。最後の投薬の約４８時間後にマウスを屠殺した。ＲＮＡ単離のために肝臓組織を回収し、そして、血清化学解析のために血液を回収した。ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮにより決定したＲＮＡレベルに対して正規化し、そして、生理食塩水で処置したコントロール動物におけるＡｐｏＢ ｍＲＮＡに対する阻害の割合として、表９５に示す。
Figure 2009536037
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 表９５は、パルミチン酸（Ｃ１６）共役基を有する短鎖アンチセンス化合物での処置後に、ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルが用量依存性の様式で減少したことを示す。２．５μｍｏｌ／ｋｇの用量では、短鎖アンチセンス化合物によるＡｐｏＢの阻害は、同等の用量の５−１０−５ ＭＯＥギャップマーで観察されるよりも大きかった。この研究において、推定のＥＤ５０は、ＩＳＩＳ ３８７４６２について１．５ｍｇ／ｋｇ、ＩＳＩＳ ３９１８７１について１３．１ｍｇ／ｋｇ、そして、ＩＳＩＳ ３９１８７２について１．９ｍｇ／ｋｇであった。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーについての推定のＥＤ５０は、１７．４ｍｇ／ｋｇであった。トリグリセリドは、ＩＳＩＳ ３８７４６２およびＩＳＩＳ ３９１８７２の２．５ｍｇ／ｋｇおよび１．０ｍｇ／ｋｇの用量において減少した。ＩＳＩＳ ３８７４６２およびＩＳＩＳ ３９１８７２は、総コレステロール、ＨＤＬ−ＣおよびＬＤＬ−Ｃを用量依存性の様式で顕著に減少させた；ＬＤＬ−Ｃにおける減少は、検出限界を下回って下がるほど顕著であった。全体として、短鎖アンチセンス化合物は、有害な副作用をほとんど示さなかったか、または全く示さなかった。
実施例３１：ＢＮＡ修飾を含む短鎖アンチセンス化合物による、インビボでのＰＣＳＫ９のアンチセンス性阻害
６週齢の雄性Ｂａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に、ＩＳＩＳ ４０３７３９またはＩＳＩＳ ４０３７４０の１５μｍｏｌ／ｋｇ、４．７μｍｏｌ／ｋｇ、１．５μｍｏｌ／ｋｇまたは０．４７μｍｏｌ／ｋｇの用量にて、短鎖アンチセンス化合物の単回の腹腔内注射を施した。各用量の群を、４匹の動物から構成した。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーをコントロール処置に用いた。最後の投薬の約７２時間後にマウスを屠殺した。ＲＮＡ単離のために肝臓組織を回収し、そして、血清化学解析のために血液を回収した。ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを、本明細書中に記載されるようにして、リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮにより決定したＲＮＡレベルに対して正規化した。ＩＳＩＳ ４０３７３９は、生理食塩水コントロールに対して、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡを約７０％減少させた。ＩＳＩＳ ４０３７４０は、生理食塩水コントロールに対して、ＰＣＳＫ９を約１３％減少させたが、この減少は、統計的に有意ではなかった。より低い用量では、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡを有意には減少しなかった。全体として、短鎖アンチセンス化合物は、有害な副作用をほとんど示さなかったか、または全く示さなかった。

Claims (55)

  1. 長さ８〜１６モノマーの短鎖アンチセンス化合物であって、該短鎖アンチセンス化合物は、両側の末端の各々にウィングが配置された、２’−デオキシリボヌクレオチドギャップ領域を含み、該ウィングの各々は、独立して、１〜３の高親和性修飾モノマーを含む、短鎖アンチセンス化合物。
  2. 前記高親和性修飾モノマーが、糖修飾ヌクレオチドである、請求項１に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  3. 前記糖修飾ヌクレオチドのうち少なくとも１つが、該糖の４’位と２’位との間に架橋を含む、請求項２に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  4. 前記高親和性修飾ヌクレオチドの各々が、１ヌクレオチドあたり１〜４℃のＴｍを与える、請求項２に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  5. 前記高親和性ヌクレオチドの各々が、ＨまたはＯＨ以外の２’置換基を含む、請求項２に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  6. 前記糖修飾ヌクレオチドのうち少なくとも１つが、４’−２’架橋した二環式ヌクレオチドである、請求項５に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  7. 前記２’置換基の各々が、独立して、アルコキシ、置換アルコキシまたはハロゲンである、請求項５に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  8. 前記２’置換基の各々が、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である、請求項７に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  9. 前記糖修飾ヌクレオチドの各々の立体配座が、独立して、β−Ｄまたはα−Ｌである、請求項３に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  10. 請求項５に記載の短鎖アンチセンス化合物であって、前記架橋の各々が、独立して、１または２〜４の結合した基を含み、該結合した基は、独立して、−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｃ（Ｒ２）−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲ１）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒ１）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−および−Ｎ（Ｒ１）−から選択され；
    ここで
    ｘは０、１または２であり；
    ｎは１、２、３または４であり；
    Ｒ１およびＲ２の各々は、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、複素環式基、置換複素環式基、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、置換Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり；そして
    Ｊ１およびＪ２の各々は、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環式基、置換複素環式基、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である、
    短鎖アンチセンス化合物。
  11. 前記架橋の各々が、独立して、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−２’および４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−２’−であり、ここで、Ｒ１の各々が、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１〜Ｃ１２アルキルである、請求項１０に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  12. 前記高親和性修飾モノマーの各々が、独立して、二環式ヌクレオチドまたは他の２’−修飾ヌクレオチドから選択される、請求項１に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  13. 前記２’−修飾ヌクレオチドが、ハロゲン、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）またはＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択され、ここで、ＲｍおよびＲｎの各々が、独立して、Ｈ、または置換もしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである、請求項１２に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  14. 前記２’−修飾ヌクレオチドが、２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３ヌクレオチドである、請求項１３に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  15. 少なくとも１つのモノマー性結合が、修飾されたモノマー性結合である、請求項１に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  16. 前記修飾されたモノマー性結合が、ホスホロチオエート結合である、請求項１５に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  17. 前記モノマー性結合の各々が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項１に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  18. 長さ８〜１５モノマーである、請求項１〜１７のいずれかに記載の短鎖アンチセンス化合物。
  19. 長さ９〜１５モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  20. 長さ１０〜１５モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  21. 長さ９〜１４モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  22. 長さ１０〜１４モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  23. 長さ９〜１３モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  24. 長さ１０〜１３モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  25. 長さ９〜１２モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  26. 長さ１０〜１２モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  27. 長さ９〜１１モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  28. 長さ１０〜１１モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  29. 長さ８モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  30. 長さ９モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  31. 長さ１０モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  32. 長さ１１モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  33. 長さ１２モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  34. 長さ１３モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  35. 長さ１４モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  36. 長さ１５モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  37. 長さ１６モノマーである、請求項１８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  38. １−１２−１；３−１０−３；２−１０−３；２−１０−２；１−１０−１；１−１０−２；３−８−３；２−８−２；１−８−１；３−６−３；および１−６−１１から選択されるモチーフを有する、請求項１〜１８のいずれかに記載の短鎖アンチセンス化合物であって、ここで、１番目の数字は、前記５’−ウィング内のモノマーの数を表し、２番目の数字は、前記ギャップ内のモノマーの数を表し、そして、３番目の数字は、前記３’−ウィング内のモノマーの数を表す、短鎖アンチセンス化合物。
  39. 前記モチーフが、１−１０−１；２−１０−２；３−１０−３；および１−９−２から選択される、請求項３８に記載の短鎖アンチセンス化合物。
  40. １−１−１０−２、１−１−８−２、１−１−６−３および１−２−８−２から選択されるモチーフを有する、請求項１〜１８のいずれかに記載の短鎖アンチセンス化合物であって、ここで、１番目の数字は、第１の５’−ウィング内のモノマーの数を表し、２番目の数字は、第２の５’−ウィング内のモノマーの数を表し、３番目の数字は、前記ギャップ内のモノマーの数を表し、そして、４番目の数字は、前記３’−ウィング内のモノマーの数を表す、短鎖アンチセンス化合物。
  41. ２−１０−１−１、２−８−１−１、３−６−１−１および２−８−２−１から選択されるモチーフを有する、請求項１〜１８のいずれかに記載の短鎖アンチセンス化合物であって、ここで、１番目の数字は、前記５’−ウィング内のモノマーの数を表し、２番目の数字は、前記ギャップ内のモノマーの数を表し、３番目の数字は、第１の３’−ウィング内のモノマーの数を表し、そして、４番目の数字は、第２の３’−ウィング内のモノマーの数を表す、短鎖アンチセンス化合物。
  42. １−２−１０−１−１；１−１−８−１−１；２−１−６−１−１；および１−２−８−２−１から選択されるモチーフを有する、請求項１〜１８のいずれかに記載の短鎖アンチセンス化合物であって、ここで、１番目の数字は、第１の５’−ウィング内のモノマーの数を表し、２番目の数字は、第２の５’−ウィング内のモノマーの数を表し、３番目の数字は、前記ギャップ内のモノマーの数を表し、４番目の数字は、第１の３’−ウィング内のモノマーの数を表し、そして、５番目の数字は、第２の３’−ウィング内のモノマーの数を表す、短鎖アンチセンス化合物。
  43. ＡｐｏＢ、ＳＧＬＴ２、ＰＣＳＫ９、ＳＯＤ１、ＣＲＰ、ＧＣＣＲ、ＧＣＧＲ、ＤＧＡＴ２、ＰＴＰ１ＢおよびＰＴＥＮから選択される標的タンパク質をコードする核酸に対して標的化される、請求項１〜４２のいずれかに記載の短鎖アンチセンス化合物。
  44. 標的核酸を短鎖アンチセンス化合物と接触させることによって、標的の発現を調節する方法。
  45. 前記標的核酸が細胞内にある、請求項４４に記載の方法。
  46. 前記標的核酸が動物内にある、請求項４４に記載の方法。
  47. 前記動物がヒトである、請求項４５に記載の方法。
  48. 前記標的が、ＡｐｏＢ、ＳＧＬＴ２、ＰＣＳＫ９、ＳＯＤ１、ＣＲＰ、ＧＣＣＲ、ＧＣＧＲ、ＤＧＡＴ２、ＰＴＰ１ＢおよびＰＴＥＮから選択される、請求項４４〜４７のいずれかに記載の方法。
  49. 前記短鎖アンチセンス化合物が、請求項１〜３８のいずれかに記載の短鎖アンチセンス化合物である、請求項４４〜４８のいずれかに記載の方法。
  50. 動物における前記標的ＲＮＡの発現を低下させるための医薬の調製のための、請求項１〜４３のいずれかに記載の短鎖アンチセンス化合物の使用。
  51. 前記医薬が、動物における代謝障害を処置する、請求項５０に記載の使用。
  52. 前記医薬が、前記動物においてインシュリン感受性を増大させるか、血中グルコースを低下させるか、そして／または、ＨｂＡ１ｃを低下させる、請求項５１に記載の使用。
  53. 前記医薬が、動物における総血清コレステロール、血清ＬＤＬ、血清ＶＬＤＬ、血清ＨＤＬ、血清トリグリセリド、血清アポリポタンパク質（ａ）および／または遊離脂肪酸を減少させる、請求項５１に記載の使用。
  54. 動物における標的ＲＮＡの発現を阻害する方法であって、請求項１〜４３のいずれかに記載の短鎖アンチセンス化合物を該動物に投与する工程を包含する、方法。
  55. 動物における代謝障害を処置する方法であって、該処置を必要とする動物に対して、請求項１〜４３のいずれかに記載の短鎖アンチセンス化合物を投与する工程を包含する、方法。
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