CN103547588B - Ptp1b表达的反义调节 - Google Patents

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Abstract

本文提供了用于在动物中降低PTP1B mRNA和蛋白的表达的方法、化合物和组合物。所述方法、化合物和组合物用于治疗、预防、延迟或改善代谢性疾病，例如糖尿病，或其症状。

Description

PTP1B表达的反义调节
序列表
本发明与电子格式的序列表一同提交。序列表以于2012年4月12日创建的命名为BIOL0149WOSEQ.txt的文件来提供，其大小为111Kb。序列表的电子格式中的信息以其整体通过引用并入本文。
领域
本文提供了在动物中降低PTP1BmPvNA和蛋白的表达的方法、化合物和组合物。所述方法、化合物和组合物用于，例如，治疗、预防、延迟或改善与代谢疾患相关联的疾病、尤其是与糖尿病相关联的疾患。
背景
蛋白酪氨酸磷酸酶IB(PTP1B)是PTP家族的成员(Barford,等,Science1994.263:1397-1404)和细胞溶质酶(Neel和Tonks,Curr.Opin.CellBiol.1997.9:193-204)。PTP1B在包括作为胰岛素代谢的关键调节物的诸如肝、肌肉和脂肪的组织中普遍表达(Goldstein,Receptor1993.3:1-15)，在其中其为主要的PTP酶。
PTP1B被认为是胰岛素信号传递的负向调控物。PTP1B与胰岛素受体相互作用并使之去磷酸化，从而衰减并可能地终止胰岛素信号转导(Goldstein等,J.Biol.Chem.2000.275:4383-4389)。PTP1B在胰岛素信号传递中的生理作用已在基因敲除的小鼠模型中得以证明。缺少PTP1B基因的小鼠受保护免于胰岛素抗性和肥胖(Elchebly等,Science1999.283:1544-1548)。PTP1B缺陷的小鼠具有低水平的肥胖，升高的基础代谢速率以及总能量消耗，并受保护免于饮食诱导的肥胖。胰岛素刺激的葡萄糖摄入在骨骼肌中是升高的，但是脂肪组织未受影响，提供了PTP1B缺陷的小鼠中升高的胰岛素敏感性是组织特异性的证据(Klaman等,Mol.Cell.Biol.2000.20:5479-5489)。这些小鼠是表型正常的，且也对饮食诱导的肥胖、胰岛素抗性有抵抗力并对于高脂肪饮食具有显著较低的甘油三酯水平。因此，在罹患II型糖尿病、代谢综合征、糖尿病性血脂异常或相关的代谢性疾病的患者中抑制PTP1B将是有利的。
PTP1B的反义抑制提供了超越常规小分子抑制物的独特的优点，这是因为，反义抑制物不依赖于化合物与蛋白的竞争性结合而通过降低PTP1B的表达直接抑制活性。反义技术作为降低某些基因产物的表达的有效方式而出现，且因此证明在用于调节PTP1B的大量的治疗、诊断和研究应用中是特别有用的。
目前缺少用于治疗代谢疾患的可接受的选择。因此本文的目的是提供用于治疗此类疾病和疾患的化合物和方法。
本申请中引用的所有文献或文献的部分包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍和论文，关于本文所讨论的文献的部分及其整体通过引用清楚地并入本文。
概述
本文提供的是用于调节PTP1B的表达和治疗、预防、延迟或改善与代谢疾患相关联的疾病、尤其是与糖尿病和/或其症状相关联的疾患的方法、化合物和组合物。
附图简述
本领域的技术人员通过参照附图可更好地理解本发明的大量的目的和优点，其中：
图1显示了PTP1B反义寡核苷酸，ISIS404173和ISIS142082以8mgk/周降低PTP1B蛋白表达的蛋白质印迹，证明了化合物的效力。参见表47。
图2是恒河猴中的关键耐受性研究的汇总表(参见实施例17)。
图3是在剂量响应临床前研究中人PTP1BmRNA的图示降低。将用ISIS404173进行的处理与用先前的临床候选物ISIS113715进行的处理相比较。如本文所示，与利用ISIS113715的给药相比较，利用ISIS404173的给药更有效且导致PTP1BmRNA水平的显著降低。具体而言，在0.3μM剂量时，与ISIS113715相比较利用ISIS404173具有PTP1BmRNA水平的5倍降低。
详述
应理解的是，如权利要求所称，上述一般说明和以下的详细描述仅是示例性的和阐释性的并非对本发明的限制。在本文中，除非另外指明，单数的使用包括复数。如本文所用，除非另外指明，“或”的使用意味着“和/或”。此外，术语“包括(including)”以及其它形式，例如，“包括(includes)”和“包括(included)”，是非限制性的。同样，除非另外特别指明，术语诸如“元素”或“组分”包括含一个单位的元素和组分，和含一个以上子单位的元素和组分。
本文所用的章节标题仅用于组织的目的，并不被解释为限制所描述的主题物质。该申请中所引用的所有文献或文献的部分包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍和论文，关于本文所讨论的文献的部分及其整体通过引用清楚地并入本文。
定义
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除非另外指明，以下的术语具有下面的含义：
“2’-O-甲氧乙基”(也为2’-MOE和2’-O(CH2)2-OCH3)指岩藻糖基环的2’位置的O-甲氧基-乙基修饰。2’-O-甲氧基乙基修饰的糖是修饰的糖。
“2’-O-甲氧乙基核苷酸”意为含2’-O-甲氧乙基修饰的糖部分的核苷酸。
“3’靶位”指与特定的反义化合物的3’-大部分核苷酸互补的靶核酸的核苷酸。
“5’靶位”指与特定的反义化合物的5’-大部分核苷酸互补的靶核酸的核苷酸。
“5-甲基胞嘧啶”意为具有与5’位置连接的甲基修饰的胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶是修饰的核碱基。
“约”意为值的±10%之内。例如，若称，“可将标志物增加约50%”，其含义为可将标志物增加45%-55%之间。
“活性药剂”意为药物组合物中当被施用于个体时提供治疗益处的物质。例如，在某些实施方案中，靶向PTP1B的反义寡核苷酸是活性药剂。
“活性靶区域”或“靶区域”意为一种或多种活性反义化合物所靶向的区域。“活性反义化合物”意为降低靶核酸水平或蛋白水平的反义化合物。
“脂肪形成”意为来自前成脂肪细胞的脂肪细胞的形成。“脂肪生成”意为脂肪的产生或形成，无论是脂肪变性或脂肪浸润。
“肥胖症(adiposity)”或“肥胖(obesity)”指肥胖或与去脂肪体重有关的过高的量的体脂或脂肪组织的状态。体脂的量包括整个身体中脂肪的分布和脂肪组织存储的体积和量二者的考虑。体脂分布可通过皮肤褶测量、腰臀圆周比率或诸如超声、计算机断层摄影术或磁共振成像的技术来估计。根据疾病控制和预防中心，具有30或更高的体重指数(BMI)的个体被认为是肥胖的。如本文所用，术语“肥胖”包括其中由于体内脂肪组织的过量积累导致的超出物理需求的体脂的增加的病症。术语“肥胖”包括但不限于以下的病症：成年型肥胖；饮食性肥胖；内源性或炎症性肥胖；内分泌性肥胖；家族性肥胖；胰岛功能亢进性肥胖；增生-肥大性肥胖；性腺功能减退性肥胖；甲状腺机能减退性肥胖；终身性肥胖；病理性肥胖和外源性肥胖。
“同时施用”指两种剂以任何方式的共施用，其中二者的药理作用在患者中同时显现。同时施用不需要两种剂在单一的药物组合物中、在相同的剂型中或通过相同的施用路径来施用。两种剂的作用不必同时显现。作用仅需要重叠一段时间且不必在时间上共同延长。
“施用”意为向动物提供剂，且包括但不限于通过医学专业人员和自行施用来施用。
“药剂”意为当被施用于动物时可提供治疗益处的活性物质。“第一药剂”意为本文提供的治疗化合物。例如，第一药剂可以是靶向PTP1B的反义寡核苷酸。“第二药剂”意为本发明的第二治疗化合物(例如，靶向PTP1B的第二反义寡核苷酸)和/或非PTP1B治疗化合物。
“改善”指相关疾病、疾患或病症的至少一种指征、病征或症状的减轻。指征的严重度可通过主观的或客观的测量来确定，这对于本领域的技术人员是已知的。
“动物”指人或非人动物，包括但不限于小鼠、大鼠、兔、狗、猫、猪和非人灵长类，包括但不限于猴子和黑猩猩。
“反义活性”意为可归因于反义化合物与其靶核酸的杂交的任何可检测的或可测量的活性。在某些实施方案中，反义活性是靶核酸或由所述靶核酸编码的蛋白的量或表达的降低。
“反义化合物”意为能够经历通过氢键合与靶核酸杂交的低聚化合物。
“反义抑制”意为与在不存在反义化合物的情况下的靶核酸水平或靶蛋白水平相比较，在存在与靶核酸互补的反义化合物的情况下靶核酸水平或靶蛋白水平的降低。
“反义寡核苷酸”意为具有允许与靶核酸的对应区域或片段杂交的核碱基序列的单链寡核苷酸。
“双环糖”意为由两个非偕位环原子的桥连基所修饰的岩藻糖基环。双环糖是修饰的糖。
“双环核酸”或“BNA”指核苷或核苷酸，其中核苷或核苷酸的呋喃糖部分包括连接呋喃糖环上的两个碳原子的桥，从而形成双环糖系统。
“帽子结构”或“末端帽子部分”意为已在反义化合物的任一末端被掺入的化学修饰。
“化学上不同的区域”指以某些方式在化学上不同于相同的反义化合物的另一区域的反义化合物的区域。例如，具有2’-O-甲氧基乙基核苷酸的区域在化学上不同于具有无2’-O-甲氧基乙基修饰的核苷酸的区域。
“嵌合反义化合物”意为具有至少两个化学上不同的区域的反义化合物。
“共施用”意为两种或多种药剂对个体的施用。两种或多种药剂可以在单一的药物组合物中，或可以在分离的药物组合物中。两种或多种药剂中每一种可通过相同的或不同的施用路径来施用。共施用包括平行施用或相继施用。
“胆固醇”是发现于所有动物组织的细胞膜中的固醇分子。胆固醇必定通过脂蛋白在动物血浆中转运，所述脂蛋白包括极低密度脂蛋白(YLDL)、中密度脂蛋白(DDL)、低密度脂蛋白(LDL)和高密度脂蛋白(HDL)。“血浆胆固醇”指血浆或血清中存在的酯化的和/或非酯化的胆固醇的所有脂蛋白(VDL、IDL、LDL、HDL)的总和。
“胆碱吸收抑制”意为抑制从饮食中获得的外源性胆固醇的吸收的药剂。
“互补性”意为第一核酸和第二核酸的核碱基之间配对的能力。
“连续核碱基”意为相互紧密连接的核碱基。
“脱氧核苷酸”意为在核苷酸的糖部分的2’位置处具有氢的核苷酸。脱氧核苷酸可被多种取代基中的任一修饰。
“糖尿病(diabetesmellitus)”或“糖尿病(diabetes)”是以由于不足的胰岛素水平或降低的胰岛素敏感性导致的无序的代谢和异常高的血糖(高血糖)为特征的综合征。特征性症状为由于高血糖水平导致的过量的尿产生(多尿症)，试图补偿增加的排尿的过度口渴和增加的液体摄取(烦渴)，由于高血糖对眼睛光学的作用导致的视力模糊，原因不明的体重减轻和嗜睡症。
“糖尿病性血脂异常”或“伴血脂异常的2型糖尿病”意为以2型糖尿病、降低的HDL-C、升高的甘油三酯和升高的小的、致密的LDL颗粒为特征的病症。
“稀释剂”意为组合物中无药理学活性、但是制药必需的或需要的成分。例如，注射的组合物中的稀释剂可以是液体，例如，盐水。
“血脂异常”指液体和/或脂蛋白代谢的疾患，包括液体和/或脂蛋白生产过剩或缺乏。血脂异常可表现为液体注入胆固醇和甘油三酯和脂蛋白诸如低密度脂蛋白(LDL)胆固醇的升高。
“剂量单位”意为提供药剂的形式，例如，丸剂、片剂或本领域中已知的其它剂量单位。在某些实施方案中，剂量单位是包含冻干的反义寡核苷酸的管瓶。在某些实施方案中，剂量单位是包含重新配成的反义寡核苷酸的药瓶。
“剂量”意为在单一施用或在特定的时间段中提供的药剂的特定的量。在某些实施方案中，剂量可在一个、两个或更多个大丸剂、片剂或注射中施用。例如，在某些实施方案中，其中需要皮下施用，需要的剂量需要非单一注射所容易容纳的量，因此，可使用两个或更多个注射来实现需要的量。在某些实施方案中，药剂通过延长的时间段内的输注或连续地输注来施用。剂量可表示为每小时、每天、每周或每月药剂的量。
“有效量”或“治疗有效量”意为在需要剂的个体中足以实现需要的生理转归的活性剂的量。根据待治疗的个体的健康和身体状况、待治疗的个体的分类的组、组合物的组成、个体医疗条件的估计和其它相关因素的不同，个体中的有效量可不同。
“完全互补”或“100%互补”意为第一核酸的核碱基序列额每个核碱基在第二核酸的第二核碱基序列中具有互补的核碱基。在某些实施方案中，第一核酸是反义化合物和靶核酸是第二核酸。
“间隙聚体(Gapmer)”意为嵌合的反义化合物，其中具有支持RNaseH裂解的多个核苷的内部区域位于具有一个或多个核苷的外部区域之间，其中构成内部区域的核苷在化学上不同于构成外部区域的核苷。内部区域可被称为“间隙区段”和外部区域可被称为“翼状区段”。
“间隙变宽”意为嵌合的反义化合物，其具有位于具有1至6个核苷的5’和3’翼状区段之间并与翼状区段紧邻的12个或更多个连续的2’-脱氧核苷的间隙区段。
“葡萄糖”是细胞用作能量的来源和炎性中间体的单糖。“血浆葡萄糖”指血浆中存在的葡萄糖。
“HMG-CoA还原酶抑制剂”意为通过对HMG-CoA还原酶诸如阿伐他汀、罗苏伐他汀、氟伐地汀、洛伐他汀、帕伐他汀和辛伐他汀的抑制起作用。
“杂交”意为互补的核酸分子的复性。在某些实施方案中，互补的核酸分子包含反义化合物和靶核酸。
“高脂血症”或“高脂血”是以升高的血清脂质或循环(血浆)脂质为特征的病症。该病症表现为异常高的脂肪浓度。循环血液中的脂质级分是胆固醇、低密度脂蛋白、极低密度脂蛋白和甘油三酯。
“高甘油三酯血症”意为以升高的甘油三酯水平为特征的病症。
“鉴定”或“选择具有代谢性的动物”意为鉴定或选择已被诊断患有代谢性疾病或代谢性疾患的受试者，或鉴定或选择具有代谢性疾病的任何症状的受试者包括但不限于代谢综合征、高血糖、高甘油三酯血症、高血压、升高的胰岛素抗性、降低的胰岛素敏感性、超正常的体重和/或超正常的体脂或其任何组合。此类鉴定可通过任何方法来实现，包括但不限于标准的临床测试或估计，例如，测量血清或循环(血浆)血糖，测量血清或循环(血浆)甘油三酯，测量血压、测量体脂、测量体重和类似的方法。
“紧邻”意为在紧邻的元素之间不存在介入元素。
“个体”或“受试者”或“动物”意为选择用于治疗或疗法的人或非人动物。
“抑制表达或活性”指RNA或蛋白的表达或活性的降低或阻遏，且不必定指表达或活性的完全消除。
“胰岛素抗性”被定义为其中正常的胰岛素的量足以产生来自脂肪细胞、肌肉细胞和肝细胞的正常胰岛素应答。脂肪细胞中的胰岛素应答导致存储的甘油三酯的水解，其升高了血浆中的游离脂肪酸。肌肉中的胰岛素抗性降低了葡萄糖摄取，而肝中的胰岛素抗性减少了葡萄糖存储，二者均起作用以升高血糖。由于胰岛素抗性导致的胰岛素和葡萄糖的高血浆水平导致了代谢综合征和2型糖尿病。
“胰岛素敏感性”是个体有效地处理葡萄糖的程度的量度。具有高胰岛素敏感性的个体有效地处理葡萄糖而具有低胰岛素敏感性的个体不会有效地处理葡萄糖。
“核苷间键”指核苷之间的化学键。
“静脉内施用”意为到静脉内的施用。
“连接的核苷”意为化合在一起的邻接的核苷。
“脂质降低疗法”或“脂质降低剂”意为提供给受试者以在受试者中降低一种或多种脂质的治疗方案。在某些实施方案中，提供脂质降低疗法以在受试者中降低ApoB、总胆固醇、LDL-C、VLDL-C、IDL-C、非HDL-C、甘油三酯、小致密LDL颗粒和Lp(a)。脂质降低疗法的例子包括抑制素、贝特类(fibrates)和MTP抑制剂。
“主要风险因子”指导致特定的疾病或病症的高风险的因子。在某些实施方案中，冠心病的主要风险因子包括但不限于吸烟、高血压、低HDL-C、冠心病家族史、年龄和本文所公开的其它因子。
“代谢性疾病”或“代谢疾患”指以代谢功能的改变或失调为特征的病症。“代谢的”和“代谢”是本领域中熟知的术语且通常包括在生活有机体中发生的生物过程的全部范围。代谢性疾病或疾患包括但不限于肥胖、糖尿病、高血糖、前驱糖尿病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、代谢综合征、胰岛素抗性、糖尿病性血脂异常或高甘油三酯血症或其组合。
“代谢综合征”意为以代谢起源的脂质和非脂质心血管风险因子的簇集为特征的病症。在某些实施方案中，通过以下因子中的任意3个的存在来鉴定代谢综合征：男性中腰围大于102cm或女性中腰围大于88cm；至少150mg/dL的血清甘油三酯；男性中HDL-C小于40mg/dL或女性中小于50mg/dL；至少130/85mmHg的血压；和至少110mg/dL的空腹葡萄糖。这些决定因素可在临床实践中容易地测量(JAMA,2001,285:2486-2497)。
“错配”或“非互补性核碱基”指当第一核酸的核碱基不能够与第二核酸或靶核酸的对应的核碱基配对的情况。
“混合性血脂异常”意为以升高的胆固醇和升高的甘油三酯为特征的病症。
“修饰的核苷间键”指来自天然存在的核苷间键(即，磷酸二酯核苷间键)的取代或任何变化。
“修饰的核碱基”指除腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶或尿嘧啶外的任一核碱基。“未修饰的核碱基”意为嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)和嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)。
“修饰的核苷”意为独立地具有修饰的糖部分或修饰的核碱基的核苷。
“修饰的核苷酸”意为独立地具有修饰的糖部分、修饰的核苷间键或修饰的核碱基的核苷酸。“修饰的核苷”意为独立地具有修饰的糖部分或修饰的核碱基的核苷。
“修饰的寡核苷酸”意为含至少一个修饰的核苷酸的寡核苷酸。
“修饰的糖”指自天然的糖的置换或改变。
“基序”意为反义化合物中化学上不同的区域的类型。
“MTP抑制剂”意为抑制酶，微粒体甘油三酯转移蛋白的剂。
“天然存在的核苷间键”意为3’到5’磷酸二酯键。
“天然的糖部分”意为存在于DNA(2’-H)或RNA(2’-OH)中的糖。
“非酒精性脂肪肝病”或“NAFLD”意为以肝的脂肪炎症为特征的病症，其非过量酒精使用所导致(例如，超过20g/天的酒精消耗)。在某些实施方案中，NAFLD与胰岛素抗性和代谢综合征相关。NAFLD包括范围从肝细胞中的单纯甘油三酯积累(肝脂质沉着症)到具有炎症的肝脂质沉着症(脂肪性肝炎)、纤维变性和肝硬变的疾病范围。
“非酒精性脂肪性肝炎”(NASH)发生自超越甘油三酯的沉积的NAFLD的进展。“第二次击中”能够诱导NASH的发展所需的坏死、炎症和纤维化。第二次击中的候选者可分组为大类：导致氧化应激升高的因子和促进促炎症细胞因子的表达的因子。
“核酸”指构成单体核苷酸的分子。核酸包括核糖核酸(RNA)、脱氧核糖核酸(DNA)、单链核酸、双链核酸、小干扰核糖核酸(siRNA)和小RNA(miRNA)。核酸还可包括单一分子中的这些元素的组合。
“核碱基”意为能够与另一核酸的碱基配对的杂环部分。
“核碱基序列”意为不依赖于任何糖、连接或核碱基修饰的连续核碱基的顺序。
“核苷”意为与糖连接的核碱基。
“核苷模拟物”包括用于在寡聚化合物诸如例如具有吗啉代、环己烯基、环己基、四氢吡喃基、双环或三环糖模拟物，例如，非呋喃糖单元的核苷模拟物的一个或多个位置处替换糖或糖和碱基且不一定替换键的那些结构。
“核苷酸”意为具有与核苷的糖部分共价连接的磷酸基的核苷。
“核苷酸模拟”包括用于在寡聚化合物诸如例如肽核酸或吗啉代(由-N(H)-C(=O)-O-或其它非磷酸二酯键连接的吗啉代)的一个或多个位置处替换核苷和键的那些结构。
“寡聚化合物”或“寡聚体”指包括两个或多个亚结构且能够与核酸分子的区域杂交的聚合结构。在某些实施方案中，寡聚化合物是寡核苷。在某些实施方案中，寡聚化合物是寡核苷酸。在某些实施方案中，寡聚化合物是反义化合物。在某些实施方案中，寡聚化合物是反义寡核苷酸。在某些实施方案中，寡聚化合物是嵌合的寡核苷酸。
“寡核苷酸”意为连接的核苷的聚合物，其每一个可以是修饰的或未修饰的，相互独立。
“胃肠外施用”意为通过注射或输注的施用。胃肠外施用包括皮下施用、静脉内施用、肌内施用、动脉内施用、腹膜内施用或颅内施用，例如，鞘内或脑室内施用。施用可以是连续的或长期的、或短期的或间歇的。
“肽”意为通过由酰胺键连接至少两个氨基酸形成的分子。肽指多肽和蛋白。
“药剂”意为当被施用于个体时提供治疗利益的物质。例如，在某些实施方案中，靶向PTP1B的反义寡核苷酸为药剂。
“药物组合物”意为适宜于施用于个体的物质的混合物。例如，药物组合物可包括一种或多种活性剂和无菌水溶液。
“药学上可接受的载体”意为不干扰寡核苷酸的结构的基质或稀释剂。此类载体中的某些使药物组合物被配制为，例如，片剂、丸剂、糖锭剂、液体、凝胶、糖浆、膏剂、悬浮液和锭剂以用于受试者口服摄入。例如，药学上可接受的载体可以是无菌水溶液。
“药学上可接受的衍生物”包括药学上可接受的盐、缀合物、前药或本文所描述的化合物的异构体。
“药学上可接受的盐”意为反义化合物的生理上或药学上可接受的盐，即，保留亲代寡核苷酸的需要的生物活性且不会另外赋予不需要的毒理学作用的盐。
“硫代磷酸酯键”意为核苷之间的键，其中磷酸二酯键通过用硫原子替代非桥连氧原子中之一而被修饰。硫代磷酸酯键是修饰的核苷间键。
“部分”意为核酸的限定数目的连续(即，连接的)核碱基。在某些实施方案中，部分是靶核酸的限定数目的连续核碱基。在某些实施方案中，部分是反义化合物的限定数目的连续核碱基。
“预防”指延迟或阻碍疾病、疾患或病症的发病或发展，持续几分钟到无限期的时间段。预防还意为降低发生疾病、疾患或病症的风险。
“前药”意为以无活性形式制备的治疗剂，其在体内或细胞中通过内源性酶或其它化学物品或条件的作用由此转化为活性形式。
“蛋白酪氨酸磷酸酶IB”或“PTP1B”(也称作PTPN1；蛋白酪氨酸磷酸酶，非受体1型；PTP-IB；RKPTP)意为PTP1B的任一核酸或蛋白。
“PTP1B表达”意为从编码PTP1B的基因转录的mRNA的水平或从mRNA翻译的蛋白的水平。PTP1B表达可通过领域已知的方法诸如RNA印迹或蛋白质印迹来确定。
“PTP1B核酸”意为编码PTP1B的任一核酸。例如，在某些实施方案中，PTP1B核酸包括编码PTP1B的DNA序列、从编码PTP1B的DNA转录的RNA序列(包括含内含子和外显子的基因组DNA)和编码PTP1B的mRNA序列。“PTP1BmRNA”意为编码PTP1B蛋白的mRNA。
“副作用”意为可归因于治疗的除需要的作用外的生理性应答。在某些实施方案中，副作用包括注射位点反应、肝功能测试异常、肾功能异常、肝毒性、肾毒性、中枢神经系统异常、肌病和不适。例如，血清中升高的转氨酶水平可指示肝毒性或肝功能异常。例如，升高的胆红素可指示肝毒性或肝功能异常。
“单链寡核苷酸”意为未与互补链杂交的寡核苷酸。
“可特异性杂交的”指在反义寡核苷酸和靶核酸之间具有足够程度的互补性以诱导需要的效应的反义化合物，而在其中需要特定的结合的条件下(即，体内测定和治疗性处理的情况中的生理条件下)对非靶核酸表现出极小的作用或无作用。
“抑制素”意为抑制HMG-CoA还原酶的活性的剂。
“皮下施用”意为仅在皮肤下面的施用。
“靶向”或“靶向的”意为将与靶核酸特异性杂交并诱导需要的效应的反义化合物的设计和选择的过程。
“靶核酸”、“靶RNA”和“靶RNA转录”均指能够由反义化合物来靶向的核酸。
“靶区段”意为反义化合物所靶向的靶核酸的核苷酸的序列。“5’靶位”指靶区段的5’-端核苷酸。“3’靶位”指靶区段的3’-端核苷酸。
“治疗有效量”意为向个体提供治疗益处的剂的量。
“治疗性生活方式改变”意为目的为降低脂肪/脂肪组织量和/或胆固醇的饮食和生活方式改变。此类改变可降低发生心脏病的风险，并可包括日总卡路里、总脂肪、饱和的脂肪、多不饱和脂肪、单不饱和脂肪、糖类、蛋白、胆固醇、不可溶性纤维的饮食摄入的建议，以及身体活动的建议。
“甘油三酯”或“TG”意为由与三个脂肪酸分子结合的甘油组成的脂质或中性脂肪。
“2型糖尿病”(也称作“2型糖尿病”或“糖尿病，2型”和以前被称作“糖尿病2型”、“非胰岛素依赖型糖尿病(NIDDM)”、“肥胖相关糖尿病”或“成人发作糖尿病”)是代谢性疾患，主要以胰岛素抗性、相关胰岛素缺陷和高血糖为特征。
“治疗”指向动物施用药物组合物以引起疾病、疾患或病症的改变或改善。
“未修饰的核苷酸”意为天然存在的核碱基、糖部分和核苷间键组成的核苷酸。在某些实施方案中，未修饰的核苷酸是RNA核苷酸(即，β-D-核糖核苷)或DNA核苷酸(即，β-D-脱氧核糖核苷)。
某些实施方案
某些实施方案提供了用于抑制PTP1B表达的方法、化合物和组合物。
某些实施方案提供了靶向PTP1B核酸的反义化合物。在某些实施方案中，PTP1B核酸是以下中列出的序列中的任一：GENBANK登录号NM_002827.2(作为SEQIDNO:1并入本文)，GENBANK登录号：NT_011362.9(从核苷第14178000位至第14256000位截短)(作为SEQIDNO:2并入本文)；和来自恒河猴PTP1B支架的外显子1-9、内含子9和外显子10的序列的连结(作为SEQIDNO:3并入本文)。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由具有含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列的10至30个核苷组成的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由10至30个连接的核苷组成且具有包含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物可由10至30个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32或100-111中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物可由10至30个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26或44中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物可由10至30个连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173、410002、438373、438383、438445、438454、438463或438472中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物可由10至30个连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含由具有含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列的15至30个核苷组成的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由15至30个连接的核苷组成且具有包含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物可由15至30个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32或100-111中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物可由15至30个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26或44中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物可由15至30个连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173、410002、438373、438383、438445、438454、438463或438472中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物可由15至30个连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含由具有含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列的18至21个核苷组成的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由18至21个连接的核苷组成且具有包含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或21个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由18至21个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32或39-49中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由18至21个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26或44中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由18至21个连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173、410002、438373、438383、438445、438454、438463或438472中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由18至21个连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含由具有含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列的20至35个核苷组成的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20至35个连接的核苷组成其具有包含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至35个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32或50中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至35个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由20至35个连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173、410002、438373、438383、438445、438454、438463或438472中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由20至35个连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含由具有含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列的20至30个核苷组成的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20至30个连接的核苷组成且具有包含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至30个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32或50中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至30个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由20至30个连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173、410002、438383、438445、438454、438463或438472中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由20至30个连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含由具有含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列的20至25个核苷组成的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20至25个连接的核苷组成且具有包含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至25个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至25个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物可由20至25个连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173、410002、438383、438445、438454、438463或438472中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物可由20至25个连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含由具有含与SEQEDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列的20至24个核苷组成的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20至24个连接的核苷组成且具有含与SEQEDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至24连接的核苷组成且具有包含SEQEDNO:4-32的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至24连接的核苷组成且具有包含SEQEDNO:26的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由20至24连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173、410002、438373、438383、438445、438454、438463或438472中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物可由20至24连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含由具有含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列的20至23核苷组成的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20至23连接的核苷组成且具有含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至23连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至23连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由20至23连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173、410002、438373、438383、438445、438454、438463或438472中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由20至23连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含由具有含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列的20至22个核苷组成的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20至22个连接的核苷组成且具有包含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至22连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至22连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由20至22连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173、410002、438373、438383、438445、438454、438463或438472中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由20至22连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含由具有含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列的20至21个核苷组成的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20至21个连接的核苷组成且具有包含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或21个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至21连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20至21连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由20至21连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173、410002、438373、438383、438445、438454、438463或438472中任一者的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由20至21连接的核苷组成且具有包含ISISNO:404173的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含由具有含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列的20个核苷组成的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由的20个连接的核苷组成且具有包含与SEQIDNO:1-3中任一者的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物由20个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由ISISNO:404173、410002、438373、438383、438445、438454、438463或438472中的任一者组成。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由ISISNO:404173组成。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物由SEQIDNO:26组成。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸的盐。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物还包含药学上可接受的载体或稀释剂。
在某些实施方案中，如跨越修饰的寡核苷酸的整体所测量的，修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQIDNO:1-3的任何一个至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%互补。
在某些实施方案中，如跨越修饰的寡核苷酸的整体所测量的，修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQIDNO:4-32或39-50的任何一个具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同一性。
在某些实施方案中，如跨越修饰的寡核苷酸的整体所测量的，修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQIDNO:26或44中的任何一个具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同一性。
在某些实施方案中，如跨越修饰的寡核苷酸的整体所测量的，修饰的核碱基序列与ISISNO:404173、410002、438373、438383、438445、438454、438463或438472中的任何一个具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性。
在某些实施方案中，如跨越修饰的寡核苷酸的整体所测量的，修饰的寡核苷酸的核碱基序列与ISISNO:404173具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同一性。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物由单链的修饰的寡核苷酸组成。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个连接的核苷组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由18个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间键是修饰的核苷间键。在某些实施方案中，每个核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。
在某些实施方案中，所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含修饰的核碱基。在某些实施方案中，修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包括：a)由连接的脱氧核苷组成的间隙区段；b)由连接的核苷组成的5’翼状区段；和c)由连接的核苷组成的3’翼状区段。间隙区段位于5’翼状区段和3’翼状区段之间且每个翼状区段的每个核苷包含修饰的糖。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成，10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段，5个连接的核苷组成的5’翼状区段，5个连接的核苷组成的3’翼状区段，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成，8个连接的脱氧核苷组成的间隙区段，6个连接的核苷组成的5’翼状区段，6个连接的核苷组成的3’翼状区段，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成，13个连接的脱氧核苷组成的间隙区段，2个连接的核苷组成的5’翼状区段，5个连接的核苷组成的3’翼状区段，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由18个连接的核苷组成，8个连接的脱氧核苷组成的间隙区段，5个连接的核苷组成的5’翼状区段，5个连接的核苷组成的3’翼状区段，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含由20个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，所述连接的核苷是具有包含与SEQIDNO:1-3的任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列，其中修饰的寡核苷酸包括：a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段；b)由5个连接的核苷组成的5’翼状区段；和c)由5个连接的核苷组成的3’翼状区段。间隙区段位于5’翼状区段和3’翼状区段之间，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由18个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，所述连接的核苷具有包含与SEQIDNO:1-3的任一者的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列，其中修饰的寡核苷酸包括：a)由8个连接的脱氧核苷组成的间隙区段；b)由6个连接的核苷组成的5’翼状区段；和c)由6个连接的核苷组成的3’翼状区段。间隙区段位于5’翼状区段和3’翼状区段之间，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，所述连接的核苷具有包含SEQIDNO:4-32的至少19个连续核碱基的核碱基序列，其中修饰的寡核苷酸包括：a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段；b)由5个连接的核苷组成的5’翼状区段；和c)由5个连接的核苷组成的3’翼状区段。间隙区段位于5’翼状区段和3’翼状区段之间，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，所述连接的核苷具有包含SEQIDNO:26的至少8个连续核碱基的核碱基序列，其中修饰的寡核苷酸包括：a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段；b)由5个连接的核苷组成的5’翼状区段；和c)由5个连接的核苷组成的3’翼状区段。间隙区段位于5’翼状区段和3’翼状区段之间，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，所述连接的核苷具有包含SEQIDNO:26的核碱基序列，其中修饰的寡核苷酸包括：a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段；b)由5个连接的核苷组成的5’翼状区段；和c)由5个连接的核苷组成的3’翼状区段。间隙区段位于5’翼状区段和3’翼状区段之间，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，所述连接的核苷具有包含SEQIDNO:26或44的至少19个连续核碱基的核碱基序列，其中修饰的寡核苷酸包括：a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段；b)由5个连接的核苷组成的5’翼状区段；和c)由5个连接的核苷组成的3’翼状区段。间隙区段位于5’翼状区段和3’翼状区段之间，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，所述化合物或组合物包含ISISNO:404173、410002、438383、438445、438454、438463或438472中任一者的化合物。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，所述连接的核苷具有包含SEQIDNO:4-32的至少20个连续核碱基的核碱基序列，其中修饰的寡核苷酸包括：a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段；b)由5个连接的核苷组成的5’翼状区段；和c)由5个连接的核苷组成的3’翼状区段。间隙区段位于5’翼状区段和3’翼状区段之间，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，所述连接的核苷具有包含SEQIDNO:26的至少20个连续核碱基的核碱基序列，其中修饰的寡核苷酸包括：a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段；b)由5个连接的核苷组成的5’翼状区段；和c)由5个连接的核苷组成的3’翼状区段。间隙区段位于5’翼状区段和3’翼状区段之间，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含由20个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，所述连接的核苷具有包含SEQIDNO:26的至少20个连续核碱基的核碱基序列，其中修饰的寡核苷酸包括：a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段；b)由5个连接的核苷组成的5’翼状区段；和c)由5个连接的核苷组成的3’翼状区段。间隙区段位于5’翼状区段和3’翼状区段之间，每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，每个核苷间键是硫代磷酸酯键且每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，所述化合物或组合物包含化合物ISISNO:404173。
某些实施方案提供了用于抑制PTP1B表达的方法、化合物和组合物。
某些实施方案提供了在动物中降低PTP1B表达的方法，其包括向动物施用如本文所描述的化合物。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向PTP1B的长度为10至30个连接的核苷的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向PTP1B的长度为20至35个连接的核苷的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向PTP1B的长度为20至25个连接的核苷的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向PTP1B的长度为20至24个连接的核苷的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向PTP1B的长度为20至23个连接的核苷的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向PTP1B的长度为20至22个连接的核苷的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向PTP1B的长度为20至21个连接的核苷的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向PTP1B的长度为20个连接的核苷的修饰的寡核苷酸。
某些实施方案提供了在动物中预防、改善或治疗代谢性疾病的方法，其包括向动物施用如本文所描述的化合物。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向PTP1B的长度为10至30个连接的核苷的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向PTP1B的长度为20个连接的核苷的修饰的寡核苷酸。代谢性疾病或疾患的例子包括但不限于肥胖、糖尿病、高血糖、前驱糖尿病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、代谢综合征、胰岛素抗性、糖尿病性血脂异常或高甘油三酯血症或其组合。
某些实施方案提供了在动物中降低血糖水平的方法，其包括向动物施用如本文所描述的化合物。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向PTP1B的长度为10至30个连接的核苷的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向PTP1B的长度为20个连接的核苷的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，动物中葡萄糖水平的降低预防、改善或治疗代谢性疾病。在某些实施方案中，动物中葡萄糖水平的降低预防、改善或治疗糖尿病。在某些实施方案中，动物中葡萄糖水平的降低预防、改善或治疗肥胖。在某些实施方案中，动物中葡萄糖水平的降低预防、改善或治疗代谢综合征。在某些实施方案中，动物中葡萄糖水平的降低预防、改善或治疗胰岛素抗性。在某些实施方案中，动物中葡萄糖水平的降低预防、改善或治疗高血糖。在某些实施方案中，动物中葡萄糖水平的降低预防、改善或治疗NAFLD。在某些实施方案中，动物中葡萄糖水平的降低预防、改善或治疗糖尿病性血脂异常。在某些实施方案中，葡萄糖水平降低了至少5%、10%、20%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%。
在某些实施方案中，PTP1B具有如以下GenBank登录号中任一者中所列的序列：GENBANK登录号NM_002827.2(作为SEQIDNO:1并入本文)、GENBANK登录号：NT_011362.9(从第14178000位至第14256000位核苷截短)(作为SEQIDNO:2并入本文)；和来自恒河猴PTP1B支架的外显子1-9、内含子9和外显子10的连结(作为SEQIDNO:3并入本文)。在某些实施方案中，PTP1B具有SEQIDNO:1-2中所列的人序列。在某些实施方案中，PTP1B具有SEQIDNO:3中所列的恒河猴序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含其盐、和药学上可接受的载体或稀释剂。在某些实施方案中，所述组合物包含修饰的寡核苷酸或其盐和药学上可接受的载体或稀释剂，所述修饰的寡核苷酸由20至35个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32、50中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，所述组合物包含修饰的寡核苷酸或其盐和药学上可接受的载体或稀释剂，所述修饰的寡核苷酸由20至25个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32、50中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，所述组合物包含修饰的寡核苷酸或其盐和药学上可接受的载体或稀释剂，所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32、50中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所提供的化合物或组合物包含其盐、和药学上可接受的载体或稀释剂。在某些实施方案中，所述组合物包含修饰的寡核苷酸或其盐和药学上可接受的载体或稀释剂，所述修饰的寡核苷酸由20至35个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，所述组合物包含修饰的寡核苷酸或其盐和药学上可接受的载体或稀释剂，所述修饰的寡核苷酸由20至25个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，所述组合物包含修饰的寡核苷酸或其盐和药学上可接受的载体或稀释剂，所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本发明的化合物或组合物包含其盐、和药学上可接受的载体或稀释剂。在某些实施方案中，所述组合物包含修饰的寡核苷酸或其盐和药学上可接受的载体或稀释剂，所述修饰的寡核苷酸由20至35个连接的核苷组成且具有包含选自ISISNO:404173、410002、438383、438445、438454、438463或438472中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，所述组合物包含修饰的寡核苷酸或其盐和药学上可接受的载体或稀释剂，所述修饰的寡核苷酸由20至25个连接的核苷组成且具有包含选自ISISNO:404173、410002、438383、438445、438454、438463或438472中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，所述组合物包含修饰的寡核苷酸或其盐和药学上可接受的载体或稀释剂，所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有包含选自ISISNO:404173、410002、438383、438445、438454、438463或438472中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，本发明的化合物或组合物包含其盐、和药学上可接受的载体或稀释剂。在某些实施方案中，所述组合物包含修饰的寡核苷酸或其盐和药学上可接受的载体或稀释剂，所述修饰的寡核苷酸由20至35个连接的核苷组成且具有含选自ISISNO:404173中所列核碱基序列中的核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，组合物包含修饰的寡核苷酸或其盐和药学上可接受的载体或稀释剂，所述修饰的寡核苷酸由20至25个连接的核苷组成并具有含选自ISISNO:404173中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，所述组合物包含修饰的寡核苷酸或其盐和药学上可接受的载体或稀释剂，所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成并具有含选自ISISNO:404173中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。
某些实施方案提供了用于治疗患有PTP1B相关疾病或病症的动物的方法，其包括：a)鉴定患有PTP1B相关疾病或病症的所述动物，和b)向所述动物施用治疗有效量的化合物，所述化合物包含修饰的寡核苷酸，所述修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成并具有如跨越所述修饰的寡核苷酸的整体所测量的与SEQIDNO:1-3中的任一者至少90%互补的核碱基序列。在某些实施方案中，施用于动物的治疗有效量的化合物在动物中治疗或减少PTP1B相关疾病或病症，或其症状。在某些实施方案中，PTP1B相关疾病或病症是糖尿病。
某些实施方案提供了用于治疗患有PTP1B相关疾病或病症的动物的方法，其包括：a)鉴定患有PTP1B相关疾病或病症的所述动物，和b)向所述动物施用治疗有效量的化合物，所述化合物包含修饰的寡核苷酸，所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成并具有如跨越所述修饰的寡核苷酸的整体所测量的与SEQIDNO:1-3中的任一者至少100%互补的核碱基序列。在某些实施方案中，施用于动物的治疗有效量的化合物在动物中治疗或减少FTPIB相关疾病或病症，或其症状。在某些实施方案中，PTP1B相关疾病或病症是糖尿病。
某些实施方案提供了治疗、预防或改善代谢性疾病的方法。在某些实施方案中，代谢性疾病是肥胖、糖尿病、高血糖、前驱糖尿病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、代谢综合征、胰岛素抗性、糖尿病性血脂异常或高甘油三酯血症或其组合。
某些实施方案提供了治疗、预防或改善过度增殖性疾患的方法。某些实施方案提供了方法，其包括向动物施用如本文针对动物所描述的化合物。在某些实施方案中，所述方法包括向动物施用由20至35个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:4-32或50中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。某些实施方案提供了方法，其包括向动物施用如本文所描述的化合物。在某些实施方案中，所述方法包括向动物施用修饰的寡核苷酸，所述修饰的寡核苷酸由20至35个连接的核苷组成且具有包含SEQIDNO:26中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列。
某些实施方案提供了方法，其包括向动物施用如本文针对动物所描述的化合物。在某些实施方案中，所述方法包括向动物施用由20至35个连接的核苷组成且具有包含选自ISISNO:404173、410002、438383、438445、438454、438463或438472中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
某些实施方案提供了方法，其包括向动物施用如本文针对动物所描述的化合物。在某些实施方案中，所述方法包括向动物施用由20至35个连接的核苷组成且具有包含选自ISISNO:404173中所列核碱基序列的至少20个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，动物是人。
在某些实施方案中，所述施用预防、治疗、改善或减缓如本文所描述的代谢性疾病的进展。
在某些实施方案中，所述施用预防、治疗、改善或减缓如本文所描述的糖尿病的进展。
在某些实施方案中，所述化合物与第二药剂共施用。
在某些实施方案中，所述化合物和第二药剂同时施用。
在某些实施方案中，所述施用是胃肠外施用。
某些实施方案还提供了用于在动物中降低PTP1BmRNA或蛋白表达的方法，其包括向动物施用如本文所描述的化合物或组合物以在动物中降低PTP1BmRNA或代表表达。在某些实施方案中，动物是人。在某些实施方案中，降低PTP1BmRNA或蛋白表达预防、治疗、改善或减缓了代谢性疾病的进展。在某些实施方案中，代谢性疾病或病症是糖尿病。
某些实施方案提供了用于治疗患有代谢性疾病的人的方法，其包括鉴定患有疾病的人并向所述人施用如本文所描述的治疗有效量的化合物或组合物。在某些实施方案中，治疗减少了选自由以下组成的组的症状：代谢性症状、高血糖、高甘油三酯血症、高血压、升高的血糖水平、升高的胰岛素抗性、降低的胰岛素敏感性、超过正常体重和/或超过正常体脂或其任何组合。
某些实施方案提供了用于治疗患有糖尿病的人的方法，其包括鉴定患有疾病的人并向所述人施用如本文所描述的治疗有效量的化合物或组合物。在某些实施方案中，治疗减少了选自由以下组成的组的症状：代谢性症状、高血糖、高甘油三酯血症、高血压、升高的血糖水平、升高的胰岛素抗性、降低的胰岛素敏感性、超过正常体重和/或超过正常体脂或其任何组合。
还提供的是用于减少或预防代谢性疾病的方法，其包括向人施用治疗有效量的如本文所描述的化合物或组合物，从而减少或预防代谢性疾病。
还提供的是用于减少或预防糖尿病的方法，其包括向人施用治疗有效量的如本文所描述的化合物或组合物，从而减少或预防糖尿病。
还提供的是用于改善代谢性疾病的症状的方法，其包括向需要其的人施用包含由20至35个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQIDNO:1、2或3特异性地杂交，从而改善人的代谢性疾病的症状。
还提供的是用于改善糖尿病的症状的方法，其包括向需要其的人施用包含由10至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQIDNO:1、2或3特异性地杂交，从而改善人的糖尿病的症状。
还提供的是用于改善糖尿病的症状的方法，其包括向需要其的人施用包含由20个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQIDNO:1、2或3特异性地杂交，从而改善人的糖尿病的症状。
还提供的是用于降低与代谢性疾病相关联的症状的进展的速率的方法，其包括向需要其的人施用包含由10至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQIDNO:1、2或3特异性地杂交，从而降低人的代谢性疾病的症状的进展的速率。
还提供的是用于降低与糖尿病相关联的症状的进展的速率的方法，其包括向需要其的人施用包含由20至35个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQIDNO:1、2或3特异性地杂交，从而降低人的糖尿病的症状的进展的速率。
还提供的是用于降低与糖尿病相关联的症状的进展的速率的方法，其包括向需要其的人施用包含由20个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQIDNO:1、2或3特异性地杂交，从而降低人的糖尿病的症状的进展的速率。
还提供的是用来制备用于代谢性疾病的治疗、预防或改善的药物的方法和化合物。
还提供的是用来制备用于糖尿病的治疗、预防或改善的药物的方法和化合物。
某些实施方案提供了如本文所描述的化合物在制备用于治疗、改善或预防代谢性疾病的药物中的用途。
某些实施方案提供了如本文所描述的化合物在制备用于治疗、改善或预防糖尿病的药物中的用途。
某些实施方案提供了通过与如本文所描述的附加药剂或疗法的组合疗法用于治疗、预防或改善如本文所描述的代谢性疾病的如本文所描述的化合物。药剂或疗法可以共施用或同时施用。
某些实施方案提供了通过与如本文所描述的附加药剂或疗法的组合疗法用于治疗、预防或改善如本文所描述的糖尿病的如本文所描述的化合物。药剂或疗法可以共施用或同时施用。
某些实施方案提供了如本文所描述的化合物在制备用于通过与如本文所描述的附加药剂或疗法的组合治疗来治疗、预防或改善代谢性疾病的药物中的用途。药剂或疗法可以共施用或同时施用。
某些实施方案提供了如本文所描述的化合物在制备用于通过与如本文所描述的附加药剂或疗法的组合治疗来治疗、预防或改善糖尿病的药物中的用途。药剂或疗法可以共施用或同时施用。
某些实施方案提供了如本文所描述的化合物在制备用于在患者中治疗、预防或改善如本文所描述的代谢性疾病的药物中的用途，所述患者随后被施用如本文所描述的附加药剂或疗法。
某些实施方案提供了如本文所描述的化合物在制备用于在患者中治疗、预防或改善如本文所描述的糖尿病的药物中的用途，所述患者随后被施用如本文所描述的附加药剂或疗法。
某些实施方案提供了用于治疗、预防或改善如本文所描述的代谢性疾病的试剂盒，其中所述试剂盒包括：
(i)如本文所描述的化合物；和可选地
(ii)如本文所描述的附加药剂或疗法。
某些实施方案提供了用于治疗、预防或改善如本文所描述的糖尿病的试剂盒，其中所述试剂盒包括：
(i)如本文所描述的化合物；和可选地
(ii)如本文所描述的附加药剂或疗法。
如本文所描述的试剂盒还可包括用于利用该试剂盒通过如本文所描述的组合治疗来治疗、预防或改善如本文所描述的代谢性疾病的说明书。在某些实施方案中，代谢性疾病是糖尿病。
反义化合物
寡聚化合物包括但不限于寡核苷酸、寡核苷、寡核苷酸类似物、寡核苷酸模拟物、反义化合物、反义寡核苷酸和siRNA。寡聚化合物可以是对于靶核酸“反义的”，意味着能够通过氢键与靶核酸进行杂交。
在某些实施方案中，反义化合物具有核碱基序列，当以5’到3’方向书写时，所述核碱基序列包含其所靶向的靶核酸的靶区段的反向互补物。在某些此类实施方案中，反义寡核苷酸具有核碱基序列，当以5’到3’方向书写时，所述核碱基序列包含其所靶向的靶核酸的靶区段的反向互补物。
在某些实施方案中，靶向PTP1B核酸的反义化合物长度为10至30个核苷酸。换言之，反义化合物是10至30个连接的核碱基。在其它实施方案中，反义化合物包括由8至80、10至50、15至30、18至21、20至80、20至35、20至30、20至29、20至28、20至27、20至26、20至25、20至24、20至23、20至22、20至21或20个连接的核碱基组成的修饰的寡核苷酸。在某些此类实施方案中，反义化合物包括由长度为8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79或80个(或上述值中任何两个限定的范围)连接的核碱基组成的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，反义化合物包括缩短的或截短的修饰的寡核苷酸。缩短的或截短的修饰的寡核苷酸可具有从5’端(5’截短)或可选地从3’端(3’截短)缺失的单一核苷。缩短的或截短的寡核苷酸可具有从5’端缺失的两个核苷或可选地可具有从3’端缺失的两个亚单位。或者，缺失的核苷可遍及修饰的寡核苷酸而分布，例如，在具有从5’端缺失的一个核苷和从3’端缺失的一个核苷的反义化合物中。
当单一的另外的核苷以延长的寡核苷酸存在时，另外的核苷可位于寡核苷酸的5’或3’端。当两个或多个另外的核苷存在时，添加的核苷可相互邻接，例如，在具有添加到5’端(5’添加)或可选地添加到3’端(3’添加)的两个核苷的寡核苷酸中。或者，添加的核苷可遍及反义化合物而分布，例如，在具有添加到5’端的一个核苷和添加到3’端的一个亚单位的寡核苷酸中。
增加或减小反义化合物诸如反义寡核苷酸的长度、和/或引入错配碱基而不消除活性是可能的。例如，在Woolf等(Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:7305-7309、1992)中，在卵母细胞注射模型中测试了13-25个核碱基长度的一系列反义寡核苷酸诱导靶RNA的裂解的能力。在靠近反义寡核苷酸的末端具有8或11个错配碱基的25个核碱基长度的反义寡核苷酸能够指导靶mRNA的特异性裂解，虽然程度低于不含错配的反义寡核苷酸。相似地，利用13个核碱基反义寡核苷酸(包括具有1个或3个错配的寡核苷酸)实现了靶向特异性裂解。
Gautschi等(J.Natl.CancerInst.93:463-471、March2001)证明了与bcl-2mRNA具有100%互补性且具有对于bcl-xLmRNA的3个错配的寡核苷酸在体外和体内降低bcl-2和bcl-xL的表达的能力。此外，该寡核苷酸表面了体内的有效的抗肿瘤活性。
Maher和Dolnick(Nuc.Acid.Res.16:3341-3358,1988)在兔网织红细胞中分别测试了一系列串联的14个核碱基反义寡核苷酸，和由两个或三个串联的反义寡核苷酸的序列组成的串联的28个和42个核碱基反义寡核苷酸阻滞人DHFR的翻译的能力。单独的三种14个核碱基反义寡核苷酸中的每个能够抑制反义，虽然处于比28或42个核碱基反义寡核苷酸更适度的水平。
反义化合物基序
在某些实施方案中，靶向PTP1B核酸的反义化合物具有以模式或基序排列的化学上修饰的亚单位，以赋予反义化合物诸如增强的抑制活性、对于靶核酸的升高的结合亲和力或对于体内核酸酶降解的抗性的性质。
嵌合的反义化合物通常含有至少一个修饰的区域以赋予对核酸酶降解的升高的抗性、升高的细胞摄入、对于靶核酸的升高的结合亲和力、和/或升高的抑制活性。嵌合的反义化合物的第二区域可任选地作为细胞核酸内切酶RNaseH的底物，其裂解RNA:DNA双链体的RNA链。
具有间隙聚体基序的反义化合物是所考虑的嵌合的反义化合物。在间隙聚体中，具有支持RNaseH裂解的多个核苷酸的内部区域位于具有化学上不同于内部区域的核苷的多个核苷酸的外部区域之间。在具有间隙聚体基序的反义寡核苷酸的情况中，间隙区段通常用作核酸内切酶裂解的底物，而翼状区段包括修饰的核苷。在某些实施方案中，间隙聚体的区域通过构成每个不同的区域的糖部分的类型来区分。用于区分间隙聚体的区域的糖部分的类型在一些实施方案中可包括β-D-核糖核苷、β-D-脱氧核糖核苷、2’-修饰的核苷(此类2’-修饰的核苷其中可包括2’-MOE和2’-O-CH3)和双环糖修饰的核苷(此类双环糖修饰的核苷可包括具有受限的乙基的那些)。在某些实施方案中，翼部可包括一些修饰的糖部分，包括，例如2’-MOE和受限的乙基。在某些实施方案中，翼部可包括一些修饰的和未修饰的糖部分。在某些实施方案中，翼部可包括2’-MOE核苷、受限的乙基核苷和2’-脱氧核苷的不同的组合。
每个不同的区域可包括均一的糖部分、变化的或交替的糖部分。翼部-间隙-翼部基序通常被描述为“X-Y-Z”，其中“X”代表5’-翼部的长度，“Y”代表空隙的长度，和“Z”代表3’-翼部的长度。“X”和“Z”可包括相同的、变化的或交替的糖部分。在某些实施方案中，“X”和“Y”可包括一种或多种2’脱氧核苷。“Y”可包括2’-脱氧核苷。如本文所用，被描述为“X-Y-Z”的间隙聚体具有配置以使空隙位于紧邻5’-翼部和3’-翼部中的每个。这样，在5’翼部和空隙之间无介入核苷酸存在。如本文所描述的的反义化合物中的任一者可具有间隙聚体基序。在某些实施方案中，“X”和“Z”是相同的，在其它实施方案中其是不同的。在某些实施方案中，“Y”在8和15个核苷之间。X、Y或Z可以是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30或更多个核苷内的任一者。
在某些实施方案中，靶向PTP1B核酸的反义化合物具有5-10-5间隙聚体基序。
在某些实施方案中，靶向PTP1B核酸的反义化合物具有6-8-6间隙聚体基序。
在某些实施方案中，靶向PTP1B核酸的反义化合物具有5-8-5间隙聚体基序。
在某些实施方案中，靶向PTP1B核酸的反义化合物具有间隙变宽的基序。
在某些实施方案中，靶向PTP1B核酸的反义化合物具有2-13-5间隙变宽的基序。
靶核酸、靶区域和核苷酸序列
在某些实施方案中，PTP1B核酸是以下中列出的序列中的任一：GENBANK登录号NM_002827.2(作为SEQIDNO:1并入本文)，GENBANK登录号：NT_011362.9(从核苷第14178000位至第14256000位截短)(作为SEQIDNO:2并入本文)；和来自恒河猴PTP1B支架的外显子1-9、内含子9和外显子10的序列的连结(作为SEQIDNO:3并入本文)。
应理解的是本文所包含的实施例中的每个SEQIDNO中所列出的序列与对糖部分、核苷间键或核碱基的任一者修饰无关。这样，SEQIDNO所限定的反义化合物可独立地包括，对糖部分、核苷间键或核碱基的一种或多种修饰。由Isis编号(IsisNo)所描述的反义化合物指示核碱基序列和基序的组合。
在某些实施方案中，靶区域是结构上限定的靶核酸的区域。例如，靶区域可包括3’UTR、5’UTR、外显子、内含子、外显子/内含子接头、编码区域、翻译起始区域、翻译终止区域或其它限定的核酸区域。PTP1B的结构上限定的区域可通过从诸如NCBI的序列数据库的登录号来获得，且该信息通过引用并入本文。在某些实施方案中，靶区域可包括从靶区域中的一个靶区段的5’靶位到相同的靶区域中的另一靶区段的3’靶位。
靶向包含反义化合物所杂交的至少一个靶区段的确定，从而发生需要的作用。在某些实施方案中，需要的作用是mRNA靶核酸水平的降低。在某些实施方案中，需要的作用是靶核酸编码的蛋白的水平的降低或与靶核酸关联的表型改变。
靶区域可包含一个或多个靶区段。靶区域中的多个靶区段可以重叠的。或者，其可以是非重叠的。在某些实施方案中，靶区域中的靶区段被不超过约300个核苷酸所隔开。在某些实施方案中，靶区域中的靶区段被大量核苷酸所隔开，所述大量核苷酸为约，不超过，不超过靶核酸上的约250、200、150、100、90、80、70、60、50、40、30、20或10个、或前述的值的任何两个所限定的范围的核苷酸。在某些实施方案中，靶区域中的靶区段被不超过或不超过约靶核酸上的5个核苷酸所隔开。在某些实施方案中，靶区段是连续的。考虑的是由为本文所列的5’靶位或3’靶位中任一者的起始核酸的范围所限定的靶区域。
适宜的靶区段可见于5’UTR、编码区域、3’UTR、内含子、外显子或外显子/内含子接头处。含有起始密码子或终止密码子的靶区段也是适宜的靶区段。适宜的靶区段可特异性地排除某些结构上限定的区域诸如起始密码子或终止密码子。
适宜的靶区段的测定可包括靶核酸的序列与贯穿基因组的其它序列的比较。例如，可使用BLAST算法来鉴定不同的核酸之间的相似性的区域。该比较可避免可能以非特异性方式与除所选择的靶核酸外的序列杂交的反义化合物序列的选择(即，非靶序列或脱靶序列)。
活性靶区域中的反义化合物的活性(例如，如通过靶核酸水平的百分比减少所限定的)可能存在差异。在某些实施方案中，PTP1BmRNA水平的降低指示PTP1B表达的抑制。PTP1B蛋白的水平的降低还指示了靶mRNA表达的抑制。此外，表型改变指示PTP1B表达的抑制。在某些实施方案中，降低的葡萄糖水平、降低的磷脂水平和降低的体重可指示PTP1B表达的抑制。在某些实施方案中，与代谢性疾病相关联的症状的改善可指示PTP1B表达的抑制。在某些实施方案中，与糖尿病相关联的症状的改善可指示PTP1B表达的抑制。在某些实施方案中，胰岛素抗性的降低指示PTP1B表达的抑制。在某些实施方案中，糖尿病生物标志物的降低可指示PTP1B表达的抑制。
杂交
在一些实施方案中，杂交发生在本文所公开的反义化合物和PTP1B核酸之间。杂交的最常见的机制包括核酸分子的互补核碱基之间的氢键结合(例如，Watson-Crick，Hoogsteen或反向的Hoogsteen氢键合)。
杂交可在不同的条件下发生。严格的条件是序列依赖性的且由待被杂交的核酸分子的性质和组成决定。
确定序列是否是与靶核酸可杂交的方法是本领域中熟知的。在某些实施方案中，本文提供的反义化合物是与PTP1B核酸特异性可杂交的。
互补性
当反义化合物的足够数目的核碱基可与靶核酸相应的核碱基氢键结合时，反义化合物和靶核酸是相互互补的，从而将发生需要的作用(例如，靶核酸诸如PTP1B核酸的反义抑制)。
反义化合物可跨越PTP1B核酸的一个或多个区段杂交，从而插入的或邻接的区段不参与杂交事件(例如，环结构、错配或发夹结构)。
在某些实施方案中，本文所提供的反义化合物，或其特定的部分与PTP1B核酸、靶区域、靶区段或其特定的部分为，或至少为70%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%互补。反义化合物与靶核酸的互补性百分比可利用常规方法来确定。
例如，反义化合物，其中反义化合物的20个核碱基中的18个与靶区域互补，且因此将特异性杂交，则其代表90%互补性。在该例中，其余的非互补核碱基可聚集或散布于互补的核碱基，且不必相互连续或与互补核碱基连续。这样，具有4个非互补核碱基翼部为与靶核酸完全互补的两个区域的长度为18个核碱基的反义化合物将具有与靶核酸的77.8%的整体互补性且因此将属于本发明的范围。反义化合物与靶核酸的区域的互补性百分比可利用本领域中已知的BLAST(基本局部比对搜索工具)和PowerBLAST程序来常规地确定(Altschul等，J.Mol.Biol.,1990,215,403410；Zhang和Madden,GenomeRes.,1997,7,649656)。同源性、序列同一性或互补性百分比可通过使用例如Smith和Waterman的算法(Adv.Appl.Math.,1981,2,482489)的Gap程序(WisconsinSequenceAnalysisPackage,针对Unix的版本8,GeneticsComputerGroup,UniversityResearchPark,MadisonWis.)利用缺省设置来确定。
在某些实施方案中，本文所提供的反义化合物或其特定的部分与靶核酸或其特定的部分完全互补(即，100%互补)。例如，反义化合物可与PTP1B核酸或其靶区域或靶区段或靶序列完全互补。如本文所用，“完全互补”意为反义化合物的每个核碱基能够与靶核酸的相应的核碱基精确的碱基配对。例如，20个核碱基的反义化合物与400个核碱基长的靶序列完全互补，只要靶核酸的对应的20个核碱基部分与反义化合物完全互补。完全互补还可用于指第一和/或第二核酸的特定的部分。例如，30个核碱基反义化合物的20个核碱基部分可以与400个核碱基长度的靶序列“完全互补”。若靶序列具有对应的20个核碱基部分，其中每个核碱基与反义化合物的20个核碱基部分互补，则30个核碱基寡核苷酸的20个核碱基部分与靶序列完全互补。同时，根据反义化合物的其余10个核碱基是否还与靶序列互补，整个30个核碱基反义化合物可能或可能不与靶序列完全互补。
非互补性核碱基的位置可在反义化合物的5’端或3’端。或者，非互补性核碱基可在反义化合物的内部位置。当存在两个或多个非互补性核碱基时，其可以是连续的(即，连接的)或非连续的。在一个实施方案中，非互补性核碱基位于间隙聚体反义寡核苷酸的翼状区段中。
在某些实施方案中，长度为或长度最多至12、13、14、15、16、17、18、19或20个核碱基的反义化合物相对于靶核酸诸如PTP1B核酸或其特定的部分包括不超过4个、不超过3个、不超过2个或不超过1个非互补性核碱基。
在某些实施方案中，长度为或长度最多至12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核碱基的反义化合物相对于靶核酸诸如PTP1B核酸或其特定的部分包括不超过6个、不超过5个、不超过4个、不超过3个、不超过2个或不超过1个非互补性核碱基。
本文提供的反义化合物还包括与靶核酸的部分互补的那些。如本文所用，“部分”指靶核酸的区域或区段中限定的数目的连续的(即，连接的)核碱基。“部分”还可指反义化合物的限定数目的连续核碱基。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少8个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少12个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少13个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少14个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少15个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少16个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少17个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少18个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少19个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少20个核碱基部分互补。还考虑的是与靶区段的至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个，或由这些值中的任何两个限定的范围的核碱基部分互补的反义化合物。
同一性
本文提供的反义化合物还可与特定的核苷酸序列、SEQIDNO或特定的Isis编号代表的化合物或其部分具有特定的同一性百分比。如本文所用，若其具有相同的核碱基配对能力则反义化合物与本文所公开的序列相同。例如，在未公开的DNA序列中胸腺嘧啶的位置含有尿嘧啶的RNA被认为与该DNA序列是相同的，因为尿嘧啶和胸腺嘧啶均可与腺嘌呤配对。还考虑了本文所描述的反义化合物的缩短的或延长的形式以及相对于本文所提供的反义化合物具有非相似的碱基的化合物。非相似的碱基可以是相互邻接的或散布在反义化合物中。根据相对其所比较的序列具有相同的碱基配对的碱基的数目计算反义化合物的同一性百分比。
在某些实施方案中，本文公开了与反义化合物、SEQIDNO或其部分中的一个或多个至少70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一的反义化合物或其部分。
修饰
核苷是碱基-糖组合。核苷的核碱基(也称作碱基)部分通常是杂环碱基部分。核苷酸是还包括与核苷的糖部分共价连接的磷酸基团的核苷。对于包括戊呋喃糖基糖的那些核苷，可将磷酸基团与糖的2’、3’或5’羟基部分连接。通过邻接的核苷相互的共价键形成线性聚合的寡核苷酸而形成寡核苷酸。在寡核苷酸结构中，常涉及磷酸基团形成寡核苷酸的核苷间键。
对反义化合物的修饰包括对于核苷间键、糖部分或核碱基的置换或改变。由于需要的性质诸如，例如，增强的细胞摄入、对核酸靶标的增强的亲和力、在核酸酶的存在下增强的稳定性或升高的抑制活性，修饰的反义化合物常优于天然的形式。
还可应用化学修饰的核苷来升高缩短的或截短的反义寡核苷酸对于其靶核酸的结合亲和力。因此，利用具有此类化学修饰的核苷的较短的反义化合物常获得相当的结果。
修饰的核苷间键
RNA和DNA的天然存在的核苷间键是3’至5’磷酸二酯键。由于需要的性质诸如，例如，增强的细胞摄入、对核酸靶标的增强的亲和力和在核酸酶的存在下增强的稳定性，具有一个或多个修饰的，即，非天然存在的核苷间键的反义化合物常优于具有天然存在的核苷间键而被选择。
具有修饰的核苷间键的寡核苷酸包括保留磷原子的核苷间键以及不具有磷原子的核苷间键。含核苷间键的代表性磷包括但不限于磷酸二酯、磷酸三酯、甲基膦酸酯、氨基磷酸酯和硫代磷酸酯。制备含磷键和含非磷键的方法是熟知的。
在某些实施方案中，靶向PTP1B的反义化合物包括一种或多种修饰的核苷间键。在某些实施方案中，修饰的核苷间键是硫代磷酸酯键。在某些实施方案中，反义化合物的每个核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。
修饰的糖部分
本文所提供的反义化合物可任选地含有其中糖基团已被修饰的一个或多个核苷。此类糖修饰的核苷可赋予反义化合物增强的核酸酶稳定性、升高的结合亲和力或一些其它有利的生物性质。在某些实施方案中，核苷包含化学上修饰的呋喃核糖环部分。化学上修饰的呋喃核糖环的例子包括但不限于取代基(包括5’和2’取代基团)的添加；非偕位还原子的桥连基以形成双环核酸(BNA)；S、N(R)或C(R1)(R)2(R=H，C1-C12烷基或保护基)对核糖基环氧原子的替代；和其组合。化学上修饰的糖的例子包括，2’-F-5’-甲基取代的核苷(参见，于8/21/08公布的PCT国际申请WO2008/101157，关于其它公开的5’,2’-双取代的核苷)，在2’-位置具有另外的置换时S对核糖基环氧原子的替代(参见，于2005年6月16日公开的美国专利申请US2005/0130923)，或可选地，BNA的5’-取代(参见，于11/22/07公布的PCT国际申请WO2007/134181，其中LNA被例如5’-甲基或5’-乙烯基所置换)。
具有修饰的糖部分的核苷的例子包括但不限于包括5’-乙烯基、5’-甲基(R或S)、4’-S、2’-F、2’-OCH3和2’-O(CH2)2OCH3取代基的核苷。2’位置的取代基还可选自烯丙基、氨基、叠氮基、硫代、O-烯丙基、O-C1-C10烷基、OCF3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)和O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn)，其中每个Rm和Rn独立地为H或取代的或未取代的C1-C10烷基。
如本文所用，“双环核苷”指包括双环糖部分的修饰的核苷。双环核苷的例子包括但不限于在4’和2’核糖基还原子之间包括桥连基的核苷。在某些实施方案中，本文提供的反义化合物包括一个或多个双环核苷，其中桥连基包括4’至2’双环核苷。此类4’至2’双环核苷的例子包括但不限于以下式中之一：4’-(CH2)-O-2’(LNA)；4’-(CH2)-S-2’；4’-(CH2)2-O-2’(ENA)；4’-CH(CH3)-O-2’和4’-CH(CH2OCH3)-O-2’和其类似物(参见，于2008年7月15日授权的美国专利7,399,845)；4’-C(CH3)(CH3)-O-2’和其类似物(参见于2009年1月8日公开的PCT国际申请WO2009/006478)；4’-CH2-N(OCH3)-2’和其类似物(参见2008年11月11日公开的PCT国际申请WO2008/150729)；4’-CH2-O-N(CH3)-2′(参见于2004年9月2日公开的美国专利申请US2004/0171570)；4’-CH2-N(R)-O-2’，其中R是H、C1-C12烷基或保护基(参见，于2008年9月23日公布的美国专利7,427,672)；4’-CH2-C(H)(CH3)-2’(参见，Chattopadhyaya,等,J.Org.Chem.,2009,74,118-134)；和4’-CH2-C(=CH2)-2’和其类似物(参见，于2008年12月8日公开的PCT国际申请WO2008/154401)。还参见，例如：Singh等,Chem.Commun.,1998,4,455-456；Koshkin等,Tetrahedron,1998,54,3607-3630；Wahlestedt等,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,2000,97,5633-5638；Kumar等,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222；Singh等,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039；Srivastava等,J.Am.Chem.Soc.,129(26)8362-8379(2007年7月4日)；Elayadi等,Curr.OpinionInvens.Drugs,2001,2,558-561；Braasch等,Chem.Biol.,2001,8,1-7；Orum等,Curr.OpinionMol.Ther.,2001,3,239-243；美国专利第U.S.6,670,461号、第7,053,207号、第6,268,490号、第6,770,748号、第6,794,499号、第7,034,133号、第6,525,191号、第7,399,845号；公开的PCT国际申请WO2004/106356、WO94/14226、WO2005/021570和WO2007/134181；美国专利公开第US2004/0171570号、第US2007/0287831号和第US2008/0039618号；和美国专利序列号12/129,154、60/989,574、61/026,995、61/026,998、61/056,564、61/086,231、61/097,787和61/099,844；和PCT国际申请第PCT/US2008/064591号、第PCT/US2008/066154号和第PCT/US2008/068922号。前述双环核苷的每一个可被制备为具有一个或多个立体化学糖构型，包括例如，α-L-呋喃核糖和β-D-呋喃核糖(参见于1999年3月25日作为WO99/14226公开的PCT国际申请PCT/DK98/00393)。
在某些实施方案中，BNA核苷的双环糖部分包括但不限于在戊呋喃糖基糖部分的4’和2’位置之间具有至少一个桥连基的化合物，其中所述桥连基独立地包括1个或从2个至4个连接的基团，所述连接的基团独立地选自-[C(Ra)(Rb)]n-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-C(=NRa)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(=O)x-和-N(Ra)-；
其中：
x是0、1或2；
n是1、2、3或4；
每个Ra和Rb独立地为H、保护基、羟基、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、杂环基、取代的杂环基、杂芳基、取代的杂芳基、C5-C7脂环基、取代的C5-C7脂环基、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(=O)-H)、取代的酰基、CN、磺酰基(S(=O)2-J1)或硫氧基(S(=O)-J1)；和
每个J1和J2独立地为H、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、酰基(C(=O)-H)、取代的酰基、杂环基、取代的杂环基、C1-C12氨基烷基、取代的C1-C12氨基烷基或保护基。
在某些实施方案中，双环糖部分的桥连基是，-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(RaRb)-N(R)-O-或-C(RaRb)-O-N(R)-。在某些实施方案中，桥连基是4’-CH2-2’、4’-(CH2)2-2’、4’-(CH2)3-2’、4’-CH2-O-2’、4’-(CH2)2-O-2’、4’-CH2-O-N(R)-2’和4’-CH2-N(R)-O-2’-，其中每个R独立地为H、保护基或C1-C12烷基。
在某些实施方案中，双环核苷由同分异构构型进一步限定。例如，含4’-2’亚甲基-氧桥连基的核苷可以为α-L构型或β-D构型。先前，已将α-L-亚甲基氧(4’-CH2-O-2’)BNA掺入到显示反义活性的反义寡核苷酸中。(Frieden等.,NucleicAcidsResearch,2003,21,6365-6372).
在某些实施方案中，双环核苷包括但不限于如以下所描述的(A)α-L-亚甲基氧(4’-CH2-O-2’)BNA、(B)β-D-亚甲基氧(4’-CH2-O-2’)BNA、(C)亚乙基氧(4’-(CH2)2-O-2’)BNA、(D)氨基氧(4’-CH2-O-N(R)-2’)BNA、(E)氧氨基(4’-CH2-N(R)-O-2’)BNA、(F)甲基(亚甲基氧)(4’-CH(CH3)-O-2’)BNA、(G)亚甲基-硫代(4’-CH2-S-2’)BNA、(H)亚甲基-氨基(4’-CH2-N(R)-2’)BNA、(I)甲基碳环(4’-CH2-CH(CH3)-2’)BNA和(J)丙烯基碳环(4’-(CH2)3-2’)BNA。
其中Bx是碱基部分且R独立地为H、保护基或C1-C12烷基。
在某些实施方案中，双环核苷具有式I：
其中：
Bx是杂环碱基部分；
-Qa-Qb-Qc-是-CH2-N(Rc)-CH2-、-C(=O)-N(Rc)-CH2-、-CH2-O-N(Rc)-、-CH2-N(Rc)-O-或-N(Rc)-O-CH2；
Rc是C1-C12烷基或氨基保护基；和
Ta和Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基团、磷部分或与支持介质的共价连接。
在某些实施方案中，双环核苷具有式II：
其中：
Bx是杂环碱基部分；
Ta和Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基团、磷部分或与支持介质的共价连接。
Za是C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、取代的C1-C6烷基、取代的C2-C6烯基、取代的C2-C6炔基、酰基、取代的酰基、取代的酰胺、硫醇或取代的硫基。
在一个实施方案中，取代的基团的各自独立地为具有取代基的单取代的或多取代的，所述取代基独立地选自卤素、氧代、羟基、OJc、NJcJd、SJc、N3、OC(=X)Jc和NJeC(=X)NJcJd，其中每个Jc、Jd和Je独立地为H、C1-C6烷基或取代的C1-C6烷基和X是O或NJc。
在某些实施方案中，双环核苷具有式III：
其中：
Bx是杂环碱基部分；
Ta和Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基团、磷部分或与支持介质的共价连接。
Zb是C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、取代的C1-C6烷基、取代的C2-C6烯基、取代的C2-C6炔基或取代的酰基(C(=O)-)。
在某些实施方案中，双环核苷具有式IV：
其中：
Bx是杂环碱基部分；
Ta和Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基团、磷部分或与支持介质的共价连接。
Rd是C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基；
每个qa、qb、qc和qd独立地为H、卤素、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基、C1-C6烷氧基、取代的C1-C6烷氧基、酰基、取代的酰基、C1-C6氨基烷基或取代的C1-C6氨基烷基；
在某些实施方案中，双环核苷具有式V：
其中：
Bx是杂环碱基部分；
Ta和Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基团、磷部分或与支持介质的共价连接。
qa、qb、qe和qf各自独立地为H、卤素、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基或取代的C2-C12炔基、C1-C12烷氧基、取代的C1-C12烷氧基、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)NJjJk或N(H)C(=S)NJjJk；
或qe和qf共同为=C(qg)(qh)；
qg和qh各自独立地为H、卤素、C1-C12烷基或取代的C1-C12烷基。
已描述了亚甲基氧(4’-CH2-O-2’)BNA单体腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、5-甲基-胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶的合成和制备以及其寡聚化和核酸识别性质(参见，例如，Koshkin等.,Tetrahedron,1998,54,3607-3630)。WO98/39352和WO99/14226中描述了BNA及其制备。
还已制备了亚甲基氧(4’-CH2-O-2’)BNA、亚甲基氧(4’-CH2-O-2’)BNA和2’-硫代-BNA的类似物(参见，例如，Kumar等,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222)。还已描述了包括作为核酸聚合酶的底物的寡聚脱氧核苷酸双链体的封闭的核苷类似物的制备(参见，例如，Wengel等,WO99/14226)。此外，本领域中已描述了新颖的构象受限的高亲和力寡核苷酸类似物2’-氨基-BNA的合成(参见，例如，Singh等,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039)。此外，已制备了2’-氨基和2’-甲基氨基-BNA’s且先前已报道了其具有互补RNA和DNA链的双链体的热稳定性。
在某些实施方案中，双环核苷具有式VI：
其中：
Bx是杂环碱基部分；
Ta和Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基团、磷部分或与支持介质的共价连接。
每个qi、qj、qk和qi独立地为H、卤素、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基或取代的C2-C12炔基、C1-C12烷氧基、取代的C1-C12烷氧基、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)NJjJk或N(H)C(=S)NJjJk；和
qi和qj或ql和qk共同为=C(qg)(qh)，其中qg和qh各自独立地为H、卤素、C1-C12烷基或取代的C1-C12烷基。
已公开了具有4’-(CH2)3-2’桥连基的一种碳环双环核苷和烯基类似物、桥连基4’-CH=CH-CH2-2’(参见，例如，Freier等,NucleicAcidsResearch,1997,25(22),4429-4443和Albaek等,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740)。还已描述了碳环双环核苷的合成和制备及其寡聚化和生物化学研究(参见，例如，Srivastava等,J.Am.Chem.Soc.2007,129(26),8362-8379)。
如本文所用，“4’-2’双环核苷”或“4’到2’双环核苷”指含包括连接2’碳原子和4’碳原子的桥连基的呋喃糖环的双环核苷。
如本文所用，“单环核苷”指包括非双环糖部分的修饰的糖部分的核苷。在某些实施方案中，核苷的糖部分或糖部分类似物可在任何位置被修饰或被取代。
如本文所用，“2’-修饰的糖”意为在2’位置处修饰的呋喃糖基糖。在某些实施方案中，此类修饰包括选自以下的取代基：卤化物，包括但不限于取代的和未取代的烷氧基、取代的和未取代的硫代烷基、取代的和未取代的氨基烷基、取代的和未取代的烷基、取代的和未取代的烯丙基和取代的和未取代的炔基。在某些实施方案中，2’修饰选自取代基，包括但不限于：O[(CH2)nO]mCH3、O(CH2)nNH2、O(CH2)nCH3、O(CH2)nONH2、OCH2C(=O)N(H)CH3和O(CH2)nON[(CH2)nCH3]2，其中n和m为从1到约10。其它的2’-取代基还可选自：C1-C12烷基；取代的烷基；烯基；炔基；烷芳基；芳烷基；O-烷芳基或O-芳烷基；SH；SCH3；OCN；Cl；Br；CN；CF3；OCF3；SOCH3；SO2CH3；ONO2；NO2；N3；NH2；杂环烷基；杂环烷芳基；氨基烷基氨基；聚烷基氨基；取代的甲硅烷基；RNA裂解基团；报告基团；插入子；和用于提高药物代谢性质的基团；和用于提高反义化合物的药物代谢性质的基团，和具有相似的性质的其它取代基。在某些实施方案中，修饰的核苷酸包括2’-MOE侧链(参见，例如，Baker等,J.Biol.Chem.,1997,272,11944-12000)。已描述了此类2’-MOE置换具有与未修饰的核苷和其它修饰的核苷诸如2’-O-甲基、O-丙基和O-氨基丙基相比较提高的结合亲和力。还已显示了具有2’-MOE取代基的寡核苷酸为基因表达的反义抑制剂，具有体内应用的期望的特征(参见，例如，Martin,P.,Helv.Chim.Acta,1995,78,486-504；Altmann等,Chimia,1996,50,168-176；Altmann等,Biochem.Soc.Trans.,1996,24,630-637；和Altmann等,NucleosidesNucleotides,1997,16,917-926)。
如本文所用，“修饰的四氢吡喃核苷”或“修饰的THP核苷”意为在正常的核苷内对于戊呋喃糖基残基中具有六元四氢吡喃“糖”取代的核苷(糖取代物)。修饰的TUP核苷包括但不限于在本领域中被称作己糖醇核酸(HNA)、木密醇核酸(ANA)、甘露醇核酸(MNA)(参见Leumann,CJ.Bioorg.&Med.Chem.(2002)10:841-854)，氟代HNA(F-HNA)或具有式X的那些化合物：
式X：
其中对于式X的所述至少一个四氢吡喃核苷类似物中的每一个是独立地：
Bx是杂环碱基部分；
T3和T4各自独立地为将四氢吡喃核苷类似物与反义化合物连接的核苷间键基团或T3和T4中之一为将四氢吡喃核苷类似物与反义化合物连接的核苷间键基团且T3和T4中另外的为H、羟基保护基团、连接的缀合基团或5’或3’端基；
q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7独立地为H、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基；以及
R1和R2中之一为氢且另外的选自卤素、取代或未取代的烷氧基，NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2、和CN，其中X是O、S或NJ1和每个J1、J2和J3独立地为H或C1-C6烷基。
在某些实施方案中，提供了式X的修饰的THP核苷，其中qm、qn、qp、qr、qs、qt和qu每一个为H。在某些实施方案中，qm、qn、qp、qr、qs、qt和qu中的至少一个非H。在某些实施方案中，qm、qn、qp、qr、qs、qt和qu中的至少一个为甲基。在某些实施方案中，提供了式X的THP核苷，其中R1和R2之一为F。在某些实施方案中，R1为氟和R2为H，R1为甲氧基和R2为H，和R1为甲氧基乙氧基和R2为H。
如本文所用，“2’-修饰的”或“2’-取代的”指包括在2’位置含除H或OH外的取代基的糖的核苷。2’-修饰的核苷包括但不限于双环核苷，其中连接糖环的两个碳原子桥连糖环和核苷的2’碳和另一个碳与非桥连基的2’取代基，诸如烯丙基、氨基、叠氮基、硫代、O-烯丙基、O-C1-C10烷基、-OCF3、O-(CH2)2-O-CH3、2’-O(CH2)2SCH3、O-(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)或O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn)，其中每个Rm和Rn独立地为H或取代的或未取代的C1-C10烷基。2’-修饰的核苷还可在例如糖的其它位置和/或核碱基处包括其它修饰。
如本文所用，“2’-F”指在2’位置处包括氟代基团的糖。
如本文所用，“2’-OMe”或“2’-OCH3”或“2’-O-甲基”每个指在糖环的2’位置处包括-OCH3基团的糖。
如本文所用，“寡核苷酸”指包括多个连接的核苷的化合物。在某些实施方案中，多个核苷内的一个或多个是修饰的。在某些实施方案中，寡核苷酸包括一个或多个核糖核苷(RNA)和/或脱氧核糖核苷(DNA)。
许多其它的双环和三环糖取代物环系统也是本领域中已知的，可用于修饰用于掺入到反义化合物中的核苷(参见，例如，参见论文：Leumann，J.C,Bioorganic&MedicinalChemistry,2002,10,841-854)。
此类环系统可进行多种另外的取代以增强活性。
用于制备修饰的糖的方法是本领域的技术人员熟知的。
在具有修饰的糖部分的核苷酸中，维持核碱基部分(天然的、修饰的或其组合)以与适当的核酸靶标杂交。
在某些实施方案中，反义化合物包括一个或多个具有修饰的糖部分的核苷酸。在某些实施方案中，修饰的糖部分是2’-MOE。在某些实施方案中，2’-MOE修饰的核苷酸以间隙聚体基序排列。在某些实施方案中，修饰的糖部分是cEt。在某些实施方案中，cEt修饰的核苷酸贯穿间隙聚体基序的翼部排列。
修饰的核碱基
核碱基(或碱基)修饰或置换虽然功能上与天然存在的或合成的未修饰的核碱基是可互换的，结构上与之不同。天然的和修饰的核碱基能够参与氢键结合。此类核碱基修饰可赋予反义化合物核酶稳定性、结合亲和力或一些其它的有利的生物性质。修饰的核碱基包括合成的和天然的核碱基诸如，例如，5-甲基胞嘧啶(5-me-C)。某些核碱基置换，包括5-甲基胞嘧啶，对于提高反义化合物对于靶核酸的结合亲和力是特别有用的。例如，已显示5-甲基胞嘧啶置换提高核酸双链体稳定性0.6-1.2℃(Sanghvi,Y.S.,Crooke,S.T.和Lebleu,B.,编,AntisenseResearchandApplications,CRCPress,BocaRaton,1993,第276-278页)。
另外未修饰的核碱基包括5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、6-甲基和腺嘌呤和鸟嘌呤的其它烷基衍生物、腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基和其它烷基衍生物、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶和2-硫胞嘧啶、5-卤代尿嘧啶和胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH3)尿嘧啶和胞嘧啶和嘧啶碱基的其它炔基衍生物，6-偶氮尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶、5-尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、8-卤代、8-氨基、8-硫代、8-硫烷基、8-羟基和其它8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤，5-卤代尤其是5-溴代、5-三氟甲基和5-取代的尿嘧啶和胸腺嘧啶、7-甲基鸟嘌呤和7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-氨基-腺嘌呤、8-氮鸟嘌呤和8-氮腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤和7-脱氮腺嘌呤和3-脱氮鸟嘌呤和3-脱氮腺嘌呤。
杂环碱基部分还可包括其中嘌呤或嘧啶碱基被其它杂环取代的那些，例如7-脱氮-腺嘌呤、7-脱氮鸟苷、2-氨基嘧啶和2-吡啶酮。对于增加反义化合物的结合亲和力特别有用的核碱基包括5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶和N-2、N-6和O-6取代的嘌呤，包括2氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶和5-丙炔基胞嘧啶。
在某些实施方案中，靶向PTP1B核酸的反义化合物包括一个或多个修饰的核碱基。在某些实施方案中，靶向PTP1B核酸的间隙变宽的反义寡核苷酸包括一个或多个修饰的核碱基。在某些实施方案中，修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
用于配制药物组合物的组合物和方法
可将反义寡核苷酸与药学上可接受的活性的或惰性的物质相混合以制备药物组合物或制剂。用于药物组合物的配制的组合物和方法取决于大量的标准，包括但不限于施用路径、疾病的程度或待施用的剂量。
通过将反义化合物与适宜的药学上可接受的稀释剂或载体相组合而将靶向PTP1B核酸的反义化合物用于药物组合物。药学上可接受的稀释剂包括磷酸缓冲盐水(PBS)。PBS是适用于待胃肠外递送的组合物的稀释剂。因此，在某些实施方案中，应用于本文所描述的方法的是包含靶向PTP1B核酸的反义化合物和药学上可接受的稀释剂的药物组合物。在某些实施方案中，药学上可接受的稀释剂是PBS。在某些实施方案中，反义化合物是反义寡核苷酸。
包含反义化合物的药物组合物包含任何药学上可接受的盐、酯或所述酯的盐或任何其它寡核苷酸，当将其施用于包括人的动物时能够提供(直接地或间接地)生物活性代谢物或其残余物。因此，例如，本公开内容还涉及反义化合物的药学上可接受的盐、前药、所述前药的药学上可接受的盐和其它生物等效物。适宜的药学上可接受的盐包括但不限于钠盐和钾盐。
本文所描述的化合物的药学上可接受的盐可通过本领域中熟知的方法来制备。对于药学上可接受的盐的综述，参见Stahl和Wermuth,HandbookofPharmaceuticalSalts:Properties,SelectionandUse(Wiley-VCH,Weinheim,Germany,2002)。反义寡核苷酸的钠盐对于针对人的治疗施用是有用的良好接受的。因此在一个实施方案中，本文所描述的化合物为钠盐的形式。
前药可包括在反义化合物的一端或两端掺入另外的核苷，通过体内的内源性核酸酶将其裂解，以形成活性反义化合物。
缀合的反义化合物
可将反义化合物与增强所得的反义寡核苷酸的活性、细胞分布或细胞摄入的一个或多个部分或缀合物共价连接。典型的缀合物基团包括胆固醇部分和脂质部分。另外的缀合物基团包括糖类、磷脂、生物素、吩嗪、叶酸、菲啶、蒽醌、吖啶、荧光素、罗丹明、香豆素和染料。
还可修饰反义化合物以具有一个或多个稳定基团，所述稳定基团通常与反义化合物的一个或两个末端连接以增强诸如例如核酸酶稳定性的性质。包括在稳定基团中的是帽子结构。这些末端修饰保护具有末端核酸的反义化合物避免核酸外切酶降解，且能够协助细胞内的递送和/或定位。帽子可存在于5’-末端(5’-帽子)或3’-末端(3’-帽子)或可存在于两个末端。帽子结构是本领域中熟知的且包括，例如，反向脱氧无碱基帽子(inverteddeoxyabasiccaps)。可用于覆盖反义化合物的一端或两端以赋予核酸酶稳定性的另外的3’和5’稳定基团包括于2003年1月16日公布的WO03/004602中公开的那些。
细胞结构和反义化合物处理
反义化合物对PTP1B核酸的水平、活性或表达的作用可在多种细胞类型中进行体外测试。用于此类分析的细胞类型可获自商业销售者(例如，美国典型培养物保藏中心，Manassus,VA;Zen-Bio,Inc.,ResearchTrianglePark,NC;CloneticsCorporation,Walkersville,MD)和利用商业上可获得的试剂(例如，InvitrogenLifeTechnologies,Carlsbad,CA)根据销售者的说明收集细胞。示例性的细胞类型包括但不限于HepG2细胞、Hep3B细胞、原代肝细胞、A549细胞、GM04281成纤维细胞和LLC-MK2细胞。
反义寡核苷酸的体外测试
本文所描述的是用于利用反义寡核苷酸处理细胞的方法，所述反义寡核苷酸可以是适当修饰的以用于利用其它反义化合物进行处理。
通常，当培养中的细胞达到约60-80%汇合时用反义寡核苷酸处理细胞。
常用于将反义寡核苷酸引入培养的细胞中的一种试剂包括阳离子脂质转染试剂LIPOFECTIN(Invitrogen,Carlsbad,CA)。反义寡核苷酸与LIPOFECTIN在OPTI-MEM1(Invitrogen,Carlsbad,CA)中混合以达到反义寡核苷酸的需要的终浓度，和通常范围在2至12ug/mL每100nM反义寡核苷酸的LIPOFECTIN浓度。
用于将反义寡核苷酸引入培养的细胞中的另一试剂包括LIPOFECTAMINE2000(Invitrogen,Carlsbad,CA)。反义寡核苷酸与OPTI-MEM1中低血清培养基(Invitrogen,Carlsbad,CA)中的LIPOFECTAMINE2000相混合以达到反义寡核苷酸的需要的终浓度，和通常范围在2至12ug/mL每100nM反义寡核苷酸的LIPOFECTAMINE浓度。
用于将反义寡核苷酸引入培养的细胞中的另一试剂包括Cytofectin(Invitrogen,Carlsbad,CA)。反义寡核苷酸与OPTI-MEM1中低血清培养基(Invitrogen,Carlsbad,CA)中的Cytofectin相混合以达到反义寡核苷酸的需要的终浓度，和通常范围在2至12ug/mL每100nM反义寡核苷酸的Cytofectin浓度。
用于将反义寡核苷酸引入培养的细胞中的另外的技术包括电穿孔。
通过常规方法利用反义寡核苷酸处理细胞。通常在反义寡核苷酸处理后16-24小时收获细胞，此时通过本领域中已知的和本文描述的方法测量靶核酸的RNA或蛋白水平。通常，当以多个重复进行处理时，数据呈现为重复处理的平均值。
所用的反义寡核苷酸的浓度在细胞系间是不同的。确定对于特定的细胞系的最佳反义寡核苷酸浓度的方法是本领域中熟知的。当利用LIPOFECTAMINE2000、Lipofectin或Cytofectin转染时通常使用浓度范围从1nM至300nM的反义寡核苷酸。当利用电穿孔转染时使用范围从625至20,000nM的较高浓度的反义寡核苷酸。
RNA分离
可基于总细胞RNA或聚(A)+mRNA进行RNA分析。RNA分离的方法是本领域中熟知的。RNA制备利用本领域中熟知的方法来进行，例如，根据制造商推荐的方案利用TRIZOL试剂(Invitrogen,Carlsbad,CA)。
靶水平或表达的抑制的分析
可用本领域中已知的多种方式来测定PTP1B核酸的水平或表达的抑制。例如，靶核酸可通过例如Northern印迹分析、竞争性聚合酶链式反应(PCR)或定量实时PCR来定量。RNA分析可基于总细胞RNA或聚(A)+mRNA进行。RNA分离的方法是本领域中熟知的。RNA印迹分析也是本领域中常用的。定量实时PCR可利用从PE-AppliedBiosystems,FosterCity,CA可获得的商业上可获得的ABIPRISM7600、7700或7900SequenceDetectionSystem，根据制造商的说明来进行。
靶RNA水平的定量实时PCR分析
靶RNA水平的定量可通过利用ABIPRISM7600、7700或7900SequenceDetectionSystem(PE-AppliedBiosystems,FosterCity,CA)根据制造商的说明通过定量实时PCR来实现。定量实时PCR的方法是本领域中熟知的。
在实时PCR之前，将分离的RNA进行逆转录酶(RT)反应，其产生随后可用作实时PCR扩增的底物的互补DNA(cDNA)。在相同的样品孔中相继地进行RT和实时PCR反应。RT和实时PCR试剂获自Invitrogen(Carlsbad,CA)。RT、实时PCR反应通过本领域的技术人员熟知的方法来进行。
利用表达恒定的基因诸如亲环蛋白A的表达水平或通过利用RIBOGREEN(Invitrogen,Inc.Carlsbad,CA)定量总RNA使通过实时PCR获得的基因(或RNA)靶标量标准化。亲环蛋白A表达由通过与靶标同时运行的、多重的或分别的实时PCR定量。总RNA利用RIBOGREENRNA定量试剂(Invitrogen,Inc.Eugene,OR)定量。通过RIBOGREEN进行RNA定量的方法在Jones,L.J.,等,(AnalyticalBiochemistry,1998,265,368-374)中教导。CYTOFLUOR4000instrument(PEAppliedBiosystems)被用于测量RIBOGREEN荧光。
设计探针和引物以与PTP1B核酸杂交。用于设计实时PCR探针和引物的方法是本领域中熟知的，且可包括诸如PRIMEREXPRESSSoftware(AppliedBiosystems,FosterCity,CA)软件的使用。
蛋白水平的分析
通过测量PTP1B蛋白水平评价PTP1B核酸的反义抑制。PTP1B的蛋白水平可以本领域中熟知的多种方法来估计或定量，例如，免疫共沉淀、蛋白质印迹(免疫印迹)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、定量蛋白测定、蛋白活性测定(例如，半胱天冬酶活性测定)、免疫组织化学、免疫细胞化学或荧光激活的细胞分选(FACS)。可鉴定针对靶标的抗体并从多种来源获得，例如，MSRS抗体目录(AerieCorporation,Birmingham,MI)，或可通过本领域中熟知的常规单克隆或多克隆抗体生成方法来制备。用于检测人和大鼠PTP1B的抗体是商业上可获得的。
反义化合物的体内测试
在动物中测试反义化合物，例如，反义寡核苷酸以评价其抑制PTP1B的表达并产生表型改变的能力。测试可在正常动物中或在实验疾病模型中进行。为对动物进行施用，在药学上可接受的稀释剂诸如磷酸缓冲盐水中配制反义寡核苷酸。施用包括胃肠外施用途径。在用反义寡核苷酸处理一段时间后，从组织分离RNA并测量PTP1B核酸表达的改变。还测量PTP1B蛋白水平的改变。
某些适应症
在某些实施方案中，本文提供了治疗个体的方法，包括施用如本文所描述的一种或多种药物组合物。在某些实施方案中，个体具有代谢相关疾病。
如以下实施例中所示，已显示如本文所描述的靶向PTP1B的化合物降低代谢性疾病的生理症状的严重度，所述代谢相关疾病包括代谢综合征、糖尿病、胰岛素抗性、糖尿病性血脂异常、高甘油三酯血症、肥胖和体重增加。在实验中的某些中，化合物降低了血糖水平，例如，动物持续经受症状，但与未治疗的动物相比较症状较不严重。然而，在实验中的另一些中，化合物显示减少了糖尿病的症状；例如，较长时间治疗的动物比较短时间施用化合物的那些动物经受较不严重的症状。。然而，在实验中的另一些中，化合物显示抑制体重增加；例如，较长时间治疗的动物比较短时间施用化合物的那些动物经受较不严重的症状。然而，在实验中的另一些中，化合物显示抑制高甘油三酯血症，例如，较长时间治疗的动物比较短时间施用化合物的那些动物经受较不严重的症状。因此以下示出的化合物重建功能的能力证明通过利用本文所描述的化合物进行治疗可逆转疾病的症状。
糖尿病以大量的物理和生理症状为特征。在以上所描述的方法中可如上所列地改善或调节与2型糖尿病相关联的本领域的技术人员之一已知的任一症状。在某些实施方案中，症状是选自由以下组成的组的身体症状：升高的血糖水平、升高的体重、小便频数、异常渴感、极度饥饿、极度疲劳、视力模糊、频繁感染、肢端麻刺感或麻木、干燥和瘙痒的皮肤、体重减轻、缓慢愈合的溃疡和肿胀的牙龈。
在某些实施方案中，症状是选自由以下组成的组的生理症状：升高的胰岛素抗性、升高的血糖水平、升高的脂肪量、降低的代谢速率、降低的血糖清除率、降低的血糖耐受性、降低的胰岛素敏感性、降低的肝胰岛素敏感性、升高的脂肪组织大小和重量、升高的体脂和升高的体重。
在某些实施方案中，身体症状是升高的体重增加。在某些实施方案中，症状是小便频数。在某些实施方案中，症状是异常渴感。在某些实施方案中，症状是极度饥饿。在某些实施方案中，症状是极度疲劳。在某些实施方案中，症状是视力模糊。在某些实施方案中，症状是频繁感染。在某些实施方案中，症状是肢端麻刺感或麻木。在某些实施方案中，症状是干燥和瘙痒的皮肤。在某些实施方案中，症状是体重减轻。在某些实施方案中，症状是缓慢愈合的溃疡。在某些实施方案中，症状是肿胀的牙龈。在某些实施方案中，症状是升高的胰岛素抗性。在某些实施方案中，症状是升高的脂肪量。在某些实施方案中，症状是降低的代谢速率。在某些实施方案中，症状是降低的血糖清除率。在某些实施方案中，症状是降低的血糖耐受性。在某些实施方案中，症状是降低的胰岛素敏感性。在某些实施方案中，症状是降低的肝胰岛素敏感性。在某些实施方案中，症状是升高的脂肪组织大小和重量。在某些实施方案中，症状是升高的体脂。在某些实施方案中，症状是升高的体重。
Liu和Chernoff已证明PTP1B与表皮生长因子受体(EGFR)结合并用作其底物(Liu和Chernoff,Biochem.J.,1997,327,139-145)。此外，在A431人表皮样癌细胞中，发现通过在由添加EGF生成的H2O2的存在下PTIB的失活。这些研究表明PTP1B可受细胞的氧化状态的负向调控，其在肿瘤发生过程中常是失控的。(Lee等,J.Biol.Chem.,1998,273,15366-15372)。
已在恶性卵巢癌中证明了PTP1B的过表达，且该关联伴随着相关生长因子受体的表达的共同升高(Wiener等,Am.J.Obstet.Gynecol.,1994,170,1177-1183)。
已显示PTP1B在neu癌基因诱导的NIH3T3细胞中(Brown-Shimer等,CancerRes.,1992,52,478-482)以及在v-srk、v-src和v-ras诱导的大鼠3Y1成纤维细胞中(Liu等,Mol.Cell.Biol.,1998,18,250-259)和bcr-ab1诱导的大鼠-1成纤维细胞中(LaMontagne等,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,1998,95,14094-14099)抑制转化。还已显示PTP1B以bcr-ab1癌蛋白的抑制物的相同的方式促进慢性髓细胞样白血病细胞系K562细胞的分化。这些研究描述了PTP1B在控制慢性髓样白血病的发病中的可能作用(LaMontagne等,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,1998,95,14094-14099)。
因此，本文提供的是在需要其的受试者中改善与过度增殖性疾患相关联的症状的方法。在某些实施方案中，过度增殖性疾患是癌症。在某些实施方案中，本文提供的是用于改善与癌症相关联的症状的方法。在某些实施方案中，提供的是用于降低与过度增殖性疾患相关联的症状的发病的速率。在某些实施方案中，提供的是用于与癌症相关联的症状的发病的速率。在某些实施方案中，提供的是用于降低与过度增殖性疾患相关联的症状的严重度。在某些实施方案中，提供的是用于降低与癌症相关联的症状的严重度。在此类实施方案中，所述方法包括向需要其的个体施用治疗有效量的靶向PTP1B核酸的化合物。
在某些实施方案中，提供了治疗个体的方法，其包括施用如本文所描述一种或多种药物组合物。在某些实施方案中，个体具有代谢相关疾病。
在某些实施方案中，靶向PTP1B核酸的反义化合物的施用导致PTP1B表达降低了至少约15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或99%，或这些值中的任何两个所限定的范围。
在某些实施方案中，包含靶向运甲状腺素蛋白的反义化合物的药物组合物用来制备用于治疗罹患或易感代谢相关疾病的患者的药物。
在某些实施方案中，本文所描述的方法包括施用含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有SEQIDNO:26(ISIS404173)中所列序列的如本文所描述的连续核碱基部分。
施用
在某些实施方案中，根据是否需要局部治疗或系统治疗和根据待治疗的区域的不同，如本文所描述的化合物和组合物可以多种方式来施用。施用可以是局部的、肺部的，例如，通过粉末或气溶胶的吸入或吹入，包括通过喷雾器来进行；气管内、鼻内、表皮和透皮，口服或胃肠外。如本文所描述的化合物和组合物可直接施用至组织或器官。
在某些实施方案中，如本文所描述的化合物和组合物是胃肠外施用的。“胃肠外施用”意味着通过注射或输注来施用。胃肠外施用包括皮下施用、静脉内施用、肌内施用、动脉内施用、腹膜内施用或颅内施用，例如，小脑内施用、鞘内施用、脑室内施用、脑室施用、脑血管内施用、大脑室内施用或大脑室施用。施用可以是连续的，或慢性的，或短期的或间歇的。
在某些实施方案中，胃肠外施用通过注射来进行。注射可利用注射器或泵来递送。在某些实施方案中，注射是弹丸注射。在某些实施方案中，注射被直接施用至组织或器官。
在某些实施方案中，如本文所描述的化合物和组合物是胃肠外施用的。
在某些实施方案中，胃肠外施用是皮下的。
在某些实施方案中，用于施用的制剂是本文所描述的化合物和盐水。
在某些实施方案中，反义寡核苷酸通过注射或输注来递送，每月一次、每两月一次、每90天一次、每3个月一次、每6个月一次、一年两次或一年一次。
某些组合疗法
在某些实施方案中，本发明的一种或多种药物组合物与一种或多种其它药剂共施用。在某些实施方案中，所述一种或多种其它的药剂被设计为与本文所描述的一种或多种药物组合物治疗相同的疾病、疾患或病症。在某些实施方案中，所述一种或多种其它的药剂被设计为与本文所描述的一种或多种药物组合物治疗不同的疾病、疾患或病症。在某些实施方案中，所述一种或多种其它的药剂被设计为治疗本文所描述的一种或多种药物组合物的不想要的副作用。在某些实施方案中，一种或多种药物组合物与另一药剂共施用以治疗该其它药剂的不想要的作用。在某些实施方案中，一种或多种药物组合物与另一药剂共施用以产生组合作用。在某些实施方案中，一种或多种药物组合物与另一药剂共施用以产生协同作用。
在某些实施方案中，第一药剂和一种或多种第二药剂同时施用。在某些实施方案中，第一药剂和一种或多种第二药剂在不同的时间施用。在某些实施方案中，第一药剂和一种或多种第二药剂在单一的药物制剂中共同制备。在某些实施方案中，第一药剂和一种或多种第二药剂独立制备。
在某些实施方案中，第二化合物在施用本发明的药物组合物的之前施用。在某些实施方案中，第二化合物在本发明的药物组合物的施用之后施用。第二化合物与本发明的戊呋喃糖基糖同时施用。在某些实施方案中，共施用的第二化合物的剂量与若单独施用第二化合物将施用的剂量相同。在某些实施方案中，共施用的第二化合物的剂量低于若单独施用第二化合物将施用的剂量。在某些实施方案中，共施用的第二化合物的剂量高于若单独施用第二化合物将施用的剂量。
在某些实施方案中，第二化合物的共施用增强了第一化合物的作用，从而化合物的共施用导致了高于单独施用第一化合物的作用。在某些实施方案中，共施用导致当单独施用时化合物的作用的加成的作用。在某些实施方案中，共施用导致当单独施用时化合物的作用的超加成的作用。在某些实施方案中，第一化合物为反义化合物。在某些实施方案中，第二化合物为反义化合物。
在某些实施方案中，第二药剂包括但不限于降糖剂。降糖剂可包括但不限于治疗生活方式改变、PPAR激动剂、二肽基肽酶(IV)抑制剂、GLP-1类似物、胰岛素或胰岛素类似物、胰岛素促分泌素、SGLT2抑制剂、人糊精类似物、双胍、α-葡糖苷酶抑制剂或其组合。降糖剂可包括但不限于二甲双胍、磺酰脲、罗格列酮、氯茴苯酸、噻唑烷二酮、α-葡糖苷酶抑制剂或其组合。磺酰脲可以是醋磺环己脲、氯磺丙脲、甲苯磺丁脲、甲磺氮卓脲、格列美脲、格列甲嗪、格列本脲或格列齐特。氯茴苯酸可以是那格列奈或瑞格列奈。噻唑烷二酮可以是匹格列酮或罗格列酮。α-葡糖苷酶可以是阿卡波糖或米格列醇。
在一些实施方案中，降糖剂治疗是GLP-1类似物。在一些实施方案中，GLP-1类似物是唾液素-4(exendin-4)或利拉鲁肽(liraglutide)。
在其它实施方案中，降糖治疗剂是磺酰脲。在一些实施方案中，磺酰脲是醋磺环己脲、氯磺丙脲、甲苯磺丁脲、甲磺氮卓脲、格列美脲、格列甲嗪、格列本脲或格列齐特。
在一些实施方案中，降糖药物是双胍。在一些实施方案中，双胍是二甲双胍，和在一些实施方案中，与利用单独的二甲双胍治疗之后观察到的乳酸酸中毒相比较血糖水平下降而无升高的乳酸酸中毒。
在一些实施方案中，降糖药物是氯茴苯酸。在一些实施方案中，氯茴苯酸是那格列奈或瑞格列奈。
在一些实施方案中，降糖药物是噻唑烷二酮。在一些实施方案中，噻唑烷二酮是匹格列酮、罗格列酮或曲格列酮。在一些实施方案中，血糖水平下降而无比利用单独的罗格列酮出列所观察到的更高的体重增加。
在一些实施方案中，降糖药物是α-葡糖苷酶抑制剂。在一些实施方案中，α-葡糖苷酶抑制剂是阿卡波糖或米格列醇。
在某个实施方案中，共施用的降糖剂是ISIS113715。
在某个实施方案中，降糖疗法是治疗性生活方式改变。
在某些实施方案中，第二药剂包括但不限于降脂剂。降脂剂可包括但不限于阿伐他汀、辛伐他汀、罗苏伐他汀和依泽替米贝。在某些此类实施方案中，降脂剂在施用本发明的药物组合物的之前来施用。在某些此类实施方案中，降脂剂在本发明的药物组合物的施用之后来施用。在某些此类实施方案中，降脂剂与本发明的药物组合物同时施用。在某些此类实施方案中，共施用的降脂剂的剂量与若单独施用降脂剂将施用的剂量相同。在某些此类实施方案中，共施用的降脂剂的剂量低于若单独施用降脂剂将施用的剂量。在某些此类实施方案中，共施用的降脂剂的剂量高于若单独施用降脂剂将施用的剂量。
在某些实施方案中，共施用的降脂剂是HMG-CoA还原酶抑制剂。在某些此类实施方案中HMG-CoA还原酶抑制剂是抑制素。在某些此类实施方案中，抑制素选自阿伐他汀、辛伐他汀、帕伐他汀、氟伐地汀和罗苏伐他汀。
在某些实施方案中，共施用的降脂剂是胆固醇吸收抑制剂。在某些此类实施方案中，胆固醇吸收抑制剂是依泽替米贝。
在某些实施方案中，共施用的降脂剂是共配制的HMG-CoA还原酶抑制剂和胆固醇吸收抑制剂。在某些此类实施方案中，共配制的降脂剂是依泽替米贝/辛伐他汀。
在某些实施方案中，共施用的降脂剂是微粒体甘油三酯转运蛋白抑制剂(MTP抑制剂)。
在某些实施方案中，共施用的降脂剂是靶向ApoB的寡核苷酸。
在某些实施方案中，第二药剂包括但不限于抗肥胖药物或药剂。所述抗肥胖剂包括但不限于奥利斯特、西布曲明或利莫那班，且可作为脂肪或体重降低剂如本文所描述的来施用。在某些实施方案中，反义化合物可与食欲抑制剂共施用。所述食欲抑制剂包括但不限于安非拉酮、氯苯咪吲哚、奥利斯特、苯甲曲秦、苯丁胺和西布曲明，且可如本文所描述的来施用。在某些实施方案中，抗肥胖剂是基于CNS的，例如，但不限于西布曲明或基于GLP-1的，例如，但不限于利纳夫特。
制剂
本文提供的化合物还可与例如脂质体、受体靶向分子或其它制剂的其它分子、分子结构或化合物的混合物混合、缀合或关联以协助摄入、分布和/或吸收。教导所述摄入、分布和/或吸收促进制剂的制备的代表性美国专利包括但不限于U.S.:5,108,921；5,354,844；5,416,016；5,459,127；5,521,291；5,543,158；5,547,932；5,583,020；5,591,721；4,426,330；4,534,899；5,013,556；5,108,921；5,213,804；5,227,170；5,264,221；5,356,633；5,395,619；5,416,016；5,417,978；5,462,854；5,469,854；5,512,295；5,527,528；5,534,259；5,543,152；5,556,948；5,580,575；和595,756，其每一个通过引用并入本文。
本文提供的反义化合物包括任何药学上可接受的盐、酯、或所述酯的盐，或任何其它化合物，当将其施用于包括人的动物时能够提供(直接地或间接地)生物活性代谢物或其残余物。
术语“药学上可接受的盐”指本文提供的化合物的生理上和药学上可接受的盐：即，保留母体化合物的需要的生物活性而不对其赋予不想要的毒理作用。术语“药学上可接受的盐”包括从药学上可接受的非毒性酸或碱(包括无机的或有机的酸和碱)制备的盐。对于寡核苷酸，药学上可接受的盐及其应用的优选的例子进一步描述于美国专利6,287,860，其以其整体并入本文。已显示钠盐为寡核苷酸药物的适宜的形式。
术语“药学上可接受的衍生物”包括但不限于本文所描述的化合物的药学上可接受的盐、水合物、水化物、酯、前药、多晶型物、异构体、同位素标记的变体。
本发明还包括包括本文所提供的反义化合物的药物组合物和制剂。根据是否需要局部治疗或系统治疗和根据待治疗的区域的不同，如本发明的药物组合物可以多种方式来施用。施用可以是胃肠外的。胃肠外施用包括静脉内、动脉内、皮下、腹膜内或肌内注射或输注；或颅内施用，例如，小脑内施用、鞘内施用、脑室内施用、脑室施用、脑血管内施用、大脑脑室内施用或大脑脑室施用。
在肝和血浆中靶向PTP1B表达优选的是胃肠外施用。据认为具有至少一个2’-O-甲氧基乙基修饰的寡核苷酸对于口服施用是特别有用的。用于局部施用的药物组合物护腕制剂可包括透皮贴片、软膏、洗剂、乳膏、凝胶、滴剂、栓剂、喷雾、液体和粉末。常规的药物载体、水溶液、粉末或油基，增稠剂和类似物可能是需要的或有利的。涂层的保险套、手套和类似物也可能是有用的。
如本发明的药物制剂，其可通常以单位剂量形式来呈现，可根据药物工业中熟知的常规技术来制备。此类技术包括将活性成分与药物载体或赋形剂相结合的步骤。通常，制剂通过以下来制备：将活性成分与液体载体或精细分割的固体载体或两者均匀地且密切地结合，且然后，若需要的话，使产品成型。
可将如本发明的组合物配制为许多可能的剂型中的任一者，例如，但不限于片剂、胶囊、凝胶胶囊、液体糖浆、软凝胶、栓剂和灌肠剂。还可将如本发明的组合物配制为水溶液、非水溶液或混合的介质中的悬浮液。水成悬浮液还可包含提高悬浮液的粘度的物质，包括，例如，羧甲基纤维素钠、山梨醇和/或葡聚糖。悬浮液还可包含稳定剂。
本发明的药物组合物包括但不限于溶液、乳液、泡沫和含脂质体的制剂。本发明的药物组合物和制剂可包括一种或多种渗透增强剂、载体、赋形剂或其它活性的或无活性的成分。
乳液通常是一种液体以通常直径大于0.1μm的液滴的形式分散于另一液体的异源系统。除分散相外乳液可包含另外的组分，且活性药物可作为水相、油相中的溶液而存在或其自身作为分相而存在。微乳剂被包括作为本发明的实施方案。乳剂及其应用是本领域中熟知的且进一步描述于美国专利6,287,860，其以其整体并入本文。
本发明的制剂包括脂质体制剂。如在本发明中所用的，术语“脂质体”意为由以球形双层或双层排列的两亲性脂质组成的囊泡。脂质体是单层的或多层的囊泡，其具有由亲脂性物质形成的膜和包含待递送的组合物的水性内部。阳离子脂质体是带正电荷的脂质体，认为其与带负电荷的DNA分子相互作用而形成稳定的复合物。认为pH敏感性的或带负电荷的脂质体而非具有其的复合物捕获DNA。阳离子和非阳离子脂质体均已用于将DNA递送到细胞。
脂质体还包括“空间稳定的”脂质体，如本文所用术语，指包括一种或多种特定的脂质的脂质体，当将所述特定的脂质掺入到脂质体中时，导致相对于缺少此类特定的脂质的脂质体增强的循环寿命。脂质体及其应用进一步描述于美国专利6,287,860，其以其整体并入本文。
在另一个实施方案中，本发明的制剂包括盐水制剂。在某些实施方案中，制剂由本文所描述的化合物和盐水组成。在某些实施方案中，制剂基本上由本文所描述的化合物和盐水组成。在某些实施方案中，盐水是药学上可接受的等级的盐水。在某些实施方案中，盐水是缓冲盐水。在某些实施方案中，盐水是磷酸缓冲盐水(PBS)。
在某些实施方案中，制剂不含脂质体。在某些实施方案中，制剂不含空间上稳定的脂质体。在某些实施方案中，制剂不含磷脂。在某些实施方案中，制剂基本上由本文所描述的化合物组成且不含脂质体。
本发明的药物制剂和组合物还可包括表面活性剂。表面活性剂及其应用还描述于美国专利6,287,860中，其以其整体并入本文。
在一个实施方案中，本发明应用了多种渗透增强剂以实现核酸尤其是寡核苷酸的有效递送。渗透增强剂及其应用进一步描述于美国专利6,287,860，其以其整体并入本文。
本领域的技术人员之一将意识到根据其预期用途，即，施用的途径常规设计制剂。
用于局部施用的制剂包括其中本文提供的寡核苷酸与局部递送剂诸如脂质、脂质体、脂肪酸、脂肪酸酯、类固醇、螯合剂和表面活性剂混合的那些。优选的脂质和脂质体包括中性的(例如，二油酰基磷脂酰基DOPE乙醇胺、二肉豆蔻酰磷脂酰胆碱DMPC、二硬脂酸磷脂酰胆碱)，阴离子的(例如，二肉豆蔻酰磷脂酰甘油DMPG)和阳离子的(例如，二油酰基四甲基氨基丙基DOTAP和二油酰基磷脂酰乙醇胺DOTMA)。
用于包括静脉内、动脉内、皮下、腹膜内、肌内注射或输注，或颅内的胃肠外施用的组合物和制剂可包括无菌水溶液，其还可包含缓冲液、稀释剂和其它适宜的调节剂诸如，但不限于渗透增强剂、载体化合物和其它药学上可接受的载体或稀释剂。
本文提供的某些实施方案提供了药物组合物，所述药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和通过非反义机制发挥作用的一种或多种其它化学治疗剂。化学治疗剂的例子包括但不限于癌症化学治疗药物诸如柔红霉素、道诺霉素、放线菌素D、阿霉素、表柔比星、伊达比星、依索比星、博莱霉素、马磷酰胺、异环磷酰胺、阿糖胞苷、二氯乙基亚硝脲、白消安、丝裂霉素C、放线菌素D、光辉霉素、强的松、羟孕酮、睾酮、他莫昔芬、达卡巴嗪、甲基苄肼、六甲三聚氰胺、五甲密胺、米托蒽醌、安吖啶、苯丁酸氮芥、甲基环己基硝脲、氮芥、苯丙氨酸氮芥、环磷酰胺、6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、阿糖胞苷、5-氮杂胞苷、羟基脲、脱氧柯福霉素、4-羟基过氧环磷酰胺、5-氟尿嘧啶(5-FU)、5-氟脱氧尿苷(5-FUdR)、氨甲蝶呤(MTX)、秋水仙素、紫杉醇、长春新碱、长春花碱、依托泊甙(VP-16)、曲美沙特，依立替康、拓扑替康、吉西他滨、替尼泊甙、顺铂和己烯雌酚(DES)。当与本文所提供的化合物一起使用时，所述化学治疗剂可单独地(例如，5-FU和寡核苷酸)、相继地(例如，5-FU和寡核苷酸持续一段时间，然后为MTX和寡核苷酸)或与一种或多种其它的所述化学治疗剂(例如，5-FU、MTX和寡核苷酸，或5-FU、放射疗法和寡核苷酸)组合使用。抗炎药物，包括但不限于非类固醇类抗炎药物和皮质类固醇，和抗病毒药物，包括但不限于利巴韦林、阿糖腺苷、无环鸟苷和更昔洛韦，也可组合于本文所提供的组合物中。反义化合物和其它非反义药物的组合物也在本发明的范围中。两种或更多种组合的化合物可一起使用或相继使用。
在另一个相关的实施方案中，本文所提供的组合物可包含靶向第一核酸的一种或多种反义化合物，尤其是寡核苷酸，和靶向第二核酸靶标的一种或多种另外的反义化合物。或者，本文所提供的组合物可包含靶向相同的核酸靶标的不同的区域的两种或更多种反义化合物。反义化合物的大量例子是本领域中已知的。两种或更多种组合的化合物可一起使用或相继使用。
剂量
据信治疗组合物的制剂和其随后的施用(给药)在本领域的技术人员的范围之内。剂量取决于待治疗的疾病状态的严重度和反应性，治疗的进展持续从几天到几个月，或直至达到治愈或实现疾病状态的减少。最佳剂量计划可从患者的体内中的药物积累的测量结果来计算。最佳剂量可根据单独的寡核苷酸的相对效力而不同，且通常可基于在体外和体内动物模型中发现有效的EC50来估计。通常，剂量为从每千克体重0.01μg至100g，且可被一天一次或多次、一周一次、一月一次或一年一次或以需要的间隔来施用。在成功治疗之后，可能需要的是使患者进行维持治疗以避免疾病状态的复发，其中寡核苷酸以维持剂量来施用，范围从每kg体重0.01μg至100g，一天一次或多次。
虽然根据其优选的实施方案具体地描述了本发明，以下的实施例仅用于说明而不意在限制本发明。参考文献、GenBank登录号、和本说明书中列出的类似内容中的每一项以其整体通过引用并入本文。
某些化合物
在几种细胞类型中在体外测试了不同长度、基序和骨架组成的约276种新设计的反义化合物对人PTP1BmRNA的作用。将新型的化合物与包括ISIS107772、ISIS107831、ISIS142025、ISIS142026、ISIS142027、ISIS142028、ISIS142082、ISIS146908和ISIS146909的约500种先前设计的化合物相比较，先前已在体外确定了其为最有效的反义化合物中的某些(参见，例如，于2003年11月27日公开的美国专利公开第US2003/0220282和于2007年11月15日公开的PCT专利公开第WO2007/131237)。在285种新设计的和先前设计的反义化合物中，根据体外效力选择了约11种化合物以用于进一步研究。在HuVEC、HepG2、HuVEC、LLC-MK2和短尾猴原代肝细胞中测试了选择的化合物的剂量依赖抑制。根据ISIS409826的微步移(microwalk)设计了另外的寡核苷酸，其为所选择的化合物在所有被测试的细胞系中被证明显著降低PTP1BmRNA的一种。连同来自较早的筛选的间隙聚体在HuVEC细胞(实施例5)中测试了寡核苷酸(实施例1)。选择了来自实施例5中的筛选的一些反义寡核苷酸并在HuVEC细胞(实施例6)和HepG2细胞(实施例7)中测试了剂量依赖抑制。另外，设计两种寡核苷酸作为所选择的化合物之一ISIS1428082的短聚物。在、HepG2、HuVEC、LLC-MK2和短尾猴原代肝细胞中测试了该两种短聚物(ISIS446431和ISIS446432)以及选自实施例6和7中所描述的研究的5种ISIS寡核苷酸(实施例8-11)。对在所有细胞系中表现出PTP1BmRNA的剂量依赖性降低的ISIS寡核苷酸关于体内耐受性进行测试。将作为ISIS409826的短聚物设计的另两种寡核苷酸ISIS446433和ISIS446434也包括在体内耐受性研究中。
在小鼠模型(参见实施例12)和大鼠模型(实施例13)中测试了所选择的12种间隙聚体。根据其互补序列，化合物与SEQIDNO:1的区域3291-3310、989-1008、3290-3309、3287-3306、3291-3310、3288-3307、3292-3309、3293-3308、3288-3305和3289-3304互补。在体内模型中，测量了体重和器官重量、肝代谢标志物，例如，丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶和胆红素，肾代谢标志物，例如，BUN和肌酸酐，血糖水平、胆固醇和甘油三酯水平和炎性细胞因子水平。在所测试的12种化合物中，选择了5种化合物，ISIS142082、ISIS404173、ISIS410003、ISIS446431和ISIS446432并测量了其粘度(实施例14)。根据本研究所规定的标准，认为全部5种寡核苷酸在其粘度方面是最佳的。
对这些研究(实施例12-14)的最终评估，导致选择了4种化合物，其具有SEQIDNO:27(ISIS142082)、46(ISIS446431)、26(ISIS404173)和23(ISIS409826)中所列序列的核碱基序列。根据其互补序列，化合物与SEQIDNO:1的区域3291-3310、3292-3309、3290-3309、3287-3306互补。在某些实施方案中，如本文进一步描述的，靶向所列区域的化合物包括修饰的寡核苷酸，如本文进一步描述的，所述修饰的寡核苷酸具有SEQIDNO中所列序列的一些核碱基部分，在某些实施方案中，如本文进一步描述的，靶向所列的区域或具有所列的SEQIDNO中列出的序列的核碱基部分的化合物可以为不同的长度，且如本文进一步描述的，可具有多个基序中之一。在某些实施方案中，靶向所列的SEQIDNO中列出的序列的序列的区域或具有其核碱基部分的化合物具有特定的长度和基序，如由ISISNO:ISIS142082、ISIS446431、ISIS404173和ISIS409826所表明的。
在小鼠模型中在长期的、6个月耐受性研究中(参见实施例15)进一步测试了具有SEQIDNO:27(ISIS142082)、23(ISIS404173)和46(ISIS446431)中所列序列的核碱基序列的3种化合物。还估计了具有SEQIDNO:53(ISIS409826)、27(ISIS142082)、26(ISIS404173)和46(ISIS446431)中所列序列的核碱基序列的全部4种化合物的CD1小鼠的肝的半衰期(实施例16)。
在短尾猴中测试了该4种化合物的效力、药物代谢动力学曲线和耐受性(实施例17)。这些猴中的抑制研究证明了利用这些化合物中的一些进行处理导致了肝和脂肪组织中PTP1BmRNA的降低。具体而言，与PBS对照相比较，利用ISIS409826、ISIS142082、ISIS446431和ISIS404173分别导致了肝组织中的PTP1BmRNA的45%、48%、18和22%降低。与PBS对照相比较，利用ISIS409826、ISIS142082、ISIS446431和ISIS404173分别导致了脂肪组织中的PTP1BmRNA的21%、28%、12%和31%降低。注意的是与ISIS142082相比较，ISIS404173导致了PTP1BmRNA的相似的降低，即使该两种寡核苷酸由于其SEQIDNO:1上的靶区域的单个碱基对位移而彼此不同。还通过蛋白质印迹进行了肝组织的蛋白分析。关于效力利用ISIS409826、ISIS142082、ISIS446431和ISIS404173以40mgk/周的最大剂量测量了PTP1BmRNA降低，和关于效能以8mgk/周的较低剂量进行了测量(参见表45)。以8mgk/周的较低剂量进行的蛋白分析证明了ISIS404173比ISIS142082(20%)导致了更高的PTP1B蛋白的降低(33%)，表明了ISIS404173比ISIS142082更有效(参见表47和图1)。以40mg/周的较高剂量进行的蛋白分析表明了ISIS404173(60%蛋白降低)与ISIS142082一样有效(65%蛋白降低)。最终，利用ISIS409826和ISIS142082的处理导致了甘油三酯水平的22%降低，而利用ISIS404173进行的处理导致了与PBS对照相比较甘油三酯水平的37%降低。
短尾猴中的耐受性研究(实施例17)表明利用ISIS142082进行的处理并不与利用ISIS404173进行的处理一样对灵长类是可耐受的。在第93天测量了C-反应性蛋白的水平，其是在肝中合成并且用作炎症的标志物。在40mg/周的较高剂量时，利用ISIS142082进行的处理导致了与1.2mg/L的对照水平相比较CRP水平的12mg/L的显著增加。利用40mg/L的ISIS404173进行的处理导致了CRP水平升高至1.6mg/L。所测试的其它化合物，ISIS409826和ISIS446431导致了CRP水平升高至4.8mg/L和6.7mg/L。因此，ISIS404173导致了CRP水平的最少的升高，表明ISIS404173是非常耐受的且非促炎性的。还测量了器官重量以估计猴对ISIS寡核苷酸的耐受性。以40mg/L的剂量利用ISIS142082进行的处理分别导致了肾重量和肝重量21g和18g的升高，其超过了对照两倍(肾10g，肝10.5g)。利用ISIS409826导致了肝重量的两倍升高(18.5g对比对照的10.5g)和脾重量的3倍升高(6.0g对2.3g对照)。利用ISIS446431导致了脾重量的4倍升高(9.6g对2.3g对照)。利用ISIS404173进行的处理导致了所有器官中的低于1倍的升高(肾14.8g；肝15.5g；脾3.7g)，参见(图2)。因此，认为利用ISIS142082、ISIS409826和ISIS446431进行的处理在猴中是不耐受的，而利用ISIS404173进行的处理是耐受的。
利用ISIS142082进行的处理导致了器官重量的升高，和CRP的升高的水平，表明了炎性状态。利用ISIS409826进行的处理也导致了CRP的升高的水平和低的补体C3水平，表明了患病的状态。认为利用ISIS404173和ISIS446431进行的处理关于其在短尾猴中的耐受性曲线是最优的。然而，与ISIS404173相比较ISIS446431表明了较低的效能。
在肝和肾中的寡核苷酸的药物代谢动力学曲线研究的情况下，无ISIS寡核苷酸表现出肝对比肾中的浓度的任何异常比率。如在结果中所表明的，ISIS404173与ISIS142082相比较是更好的肾储积者。
因此，体内研究，尤其是短尾猴中的体内研究表明了与其它化合物相比较ISIS404173是一样有效的且相当更耐受的。如通过关于代谢性和炎性标志物的测定所证明的，研究表明ISIS142082虽然是仅从ISIS407173移动了一个核碱基，是与ISIS404173一样有效的，但不如其更有效和耐受。总之，与任何其它化合物相比较，ISIS404173是更有效的和更耐受的。
因此，本文提供的是具有提高的特性的任何一种或多种的反义化合物。在某些实施方案中，本文提供的是包括如本文所进一步描述的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸靶向或特异性地与SEQIDNO:1的核苷酸的区域杂交。
因此，本文提供的是具有改良的性质中的任何一个或多个的反义化合物。在某个实施方案中，本文提供的是包括如本文所进一步描述的靶向或特异性地结合SEQIDNO:2的核苷酸的区域的修饰的寡核苷酸的化合物。
在某些实施方案中，如实施例11中所描述的利用电穿孔将如本文所描述的化合物递送到短尾猴肝细胞系时，由于其具有小于0.4μM、小于0.35μM、小于0.3μM、小于2.5μM、小于2.0μM、小于1.5μM、小于1.0μM的体外IC5o中的至少一种而是有效的。在某些实施方案中，如通过具有不超过盐水处理的动物的4倍、3倍或2倍的ALT或AST值升高；或不超过30%、20%、15%、12%、10%、5%或2%的肝、脾或肾重量的升高中的至少一项所证明的，如本文所描述的化合物是高度耐受的。
实施例
非限制性公开内容和通过引用并入内容
虽然已连同根据某些实施方案具体描述了本文所描述的某些化合物、组合物和方法，以下实施例仅用作说明本文所描述的化合物而并不意在限制本发明。本申请中所列出的参考文献、GenBank登录号和类似的中的每一个以其整体通过引用并入本文。
实施例1：HuVEC细胞中人PTP1BmRNA的反义抑制
设计靶向人PTP1B核酸的反义寡核苷酸并在体外测试其对PTP1BRNA转录物的作用。将先前专利(BIOL001USP2)中要求保护的ISIS107772、ISIS107831、ISIS142025、ISIS142026、ISIS142027、ISIS142028、ISIS142082、ISIS146908和ISIS146909包括在该测定中以用于比较。利用LipofectAMINE2000以2nM反义寡核苷酸按照每孔5,000个细胞的密度转染培养的HuVEC细胞。在约24小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量PTP1BmRNA水平。如通过所测量的，根据总RNA含量校正PTP1BmRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞PTP1BmRNA水平的抑制百分比。
表1中的反义寡核苷酸为5-10-5MOE间隙聚体或2-13-5间隙聚体。5-10-5间隙聚体具有包括10个2’-脱氧核苷间隙区段和包括5个2’-MOE核苷的两个翼状区段。2-13-5MOE间隙聚体具有包括13个2’脱氧核苷的间隙区段，包括2个2’-MOE核苷的5’翼状区段和包括3个2’-MOE核苷的3’翼状区段。贯穿每个间隙聚体的核苷间键为硫代磷酸酯(P=S)键。贯穿每个间隙聚体的全部胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。“起始位点”表明了人基因序列中间隙聚体所靶向的5’端核苷。“终止位点”表明了人基因序列中间隙聚体所靶向的3’端核苷。表1中所列的全部反义寡核苷酸靶向mRNA序列，本文称作SEQIDNO:1(GENBANK登录号NM_002827.2)或基因组序列，本文称作SEQIDNO:2(GENBANK登录NT_011362.9(从第14178000位至第14256000位核苷截短))，或两者。
表1中的人寡核苷酸中的一些还与恒河猴基因序列完全交叉反应。“n/a”表明人寡核苷酸和恒河猴基因序列之间多于3个碱基错配。人寡核苷酸和恒河猴序列之间的互补性越大，人寡核苷酸越可能可与恒河猴序列交叉反应。将表1中的人寡核苷酸与SEQIDNO:3相比较(来自恒河猴PTP1B支架的外显子1-9、内含子9和外显子10)。“恒河猴靶起始位点”指示了恒河猴基因序列中间隙聚体所靶向的5’端核苷酸。“恒河猴靶终止位点”指示了恒河猴基因序列中间隙聚体所靶向的3’端核苷酸。
表1
HuVEC细胞中靶向SEQIDNO:1、SEQIDNO:2和SEQIDNO:3的反义寡核苷酸对人PTP1BRNA转录物的抑制
实施例2：在HuVEC细胞中人PTP1BmRNA的剂量依赖性反义抑制
在HuVEC细胞中以各种剂量测试了来自实施例1中表现出PTP1BmRNA的显著反义抑制的一些反义寡核苷酸。将细胞以每孔5,000个细胞的密度接种并利用0.9375nM、1.875nM、3.75nM、7.5nM、15nM和30nM浓度的每种反义寡核苷酸以LipofectAMENE2000进行转染。在约16小时之后，从细胞中分离RNA并通过定量实时PCR利用引物探针组RTS3000(正向序列CTGGTTTAACCTCCTATCCTTGGA，本文称作SEQIDNO:33；反向序列CAGAGCAGCTCGCTACCTCTCT，本文称作SEQIDNO:34，探针序列CAGCTGGCTCTCCACCTTGTTACACATTATGT，本文称作SEQIDNO:35)测量PTP1BmRNA转录水平。如通过所测量的，针对总RNA含量使PTP1BmRNA水平标准化。结果以相对于未处理的对照细胞PTP1BmRNA的抑制百分比呈现于表2中。
表2
HuVEC细胞中人PTP1B的剂量依赖性反义抑制
实施例3：LLC-MK2细胞中PTP1BmRNA的剂量依赖性反义抑制
来自实施例2中所描述的研究中的反义寡核苷酸还与恒河猴基因序列交叉反应(SEQIDNO:3)并以不同的浓度在恒河猴LLC-MK2细胞中进行了进一步测试。将细胞以每孔3,000个细胞的密度接种并利用3.125nM、6.25nM、12.5nM、25nM、50nM和100nM浓度的每种反义寡核苷酸以Lipofectin进行转染。在约16小时之后，从细胞中分离RNA并通过定量实时PCR利用引物探针组RTS198(正向序列GGAGTTCGAGCAGATCGACAA，本文称作SEQIDNO:36；反向序列GGCCACTCTACATGGGAAGTC，本文称作SEQIDNO:37，探针序列AGCTGGGCGGCCATTTACCAGGAT，本文称作SEQIDNO:38)测量PTP1BmRNA水平。如通过所测量的，针对总RNA含量使PTP1BmRNA水平标准化。结果以相对于未处理的对照细胞PTP1BmRNA的抑制百分比呈现于表3中。恒河猴SEQIDNO:3(来自恒河猴PTP1B支架(基因支架240)的外显子1-9、内含子9和外显子10的集合)上每个寡核苷酸的起始位点和终止位点呈现于表4中。
表3
LLC-MK2细胞中PTP1BmRNA的剂量依赖性反义抑制
表4
靶向PTP1B的反义寡核苷酸在恒河猴基因序列上的靶位(SEQIDNO:3)
实施例4：短尾猴原代肝细胞中PTP1BmRNA的剂量依赖性反义抑制
在短尾猴原代肝细胞中以各种剂量测试了来自实施例1、2和3中描述的研究的反义寡核苷酸中的一些。将细胞以每孔35,000个细胞的密度接种并利用6.25nM、12.5nM、25nM、50nM和100nM和200nM浓度的每种反义寡核苷酸以Lipofectin进行转染。在约16小时之后，从细胞中分离RNA并通过定量实时PCR利用探针组RTS198测量PTP1BmRNA水平。如通过所测量的，针对总RNA含量使PTP1BmRNA水平标准化。结果以PTP1BmRNA相对于未处理的对照细胞的抑制百分比呈现于表5中。
表5
短尾猴原代肝细胞中PTP1BmRNA的剂量依赖性反义抑制
实施例5：通过微步移设计的寡核苷酸在HuVEC细胞中对人PTP1BniRNA的反义抑制
基于在所有测试的细胞系中表现出PTP1B的显著抑制的ISIS409826设计了另外的间隙聚体。通过在ISIS409826的上游和下游轻微的步移地(即，“微步移”)构建间隙聚体设计了这些间隙聚体。还构建了具有不同的基序的寡核苷酸，例如5-10-5MOE、5-8-5MOE、2-13-5MOE、6-8-6MOE基序，或是具有脱氧单位和MOE单位的均一的寡核苷酸。在体外测试这些间隙聚体。ISIS寡核苷酸ISIS142082、ISIS113715、ISIS373125、ISIS404161、ISIS404172、ISIS404173、ISIS404176、ISIS409825、ISIS409827、ISIS409828、ISIS409829、ISIS409845、ISIS409998、ISIS409999、ISIS410000、ISIS410001、ISIS410002、ISIS410003、ISIS410004和ISIS410030(来自实施例1)以及来自先前的申请的ISIS399038、ISIS404159和ISIS404174(CORE0061WO15)也包括在测定中以用于比较。利用2,000nM反义寡核苷酸利用电穿孔转染20,000细胞每孔的密度的培养的HuVEC细胞。在约24小时的处理时间后，从细胞中分离RNA并通过定量实时PCR测量PTP1BmRNA水平。如通过所测量的，根据总RNA含量调整PTP1BmRNA水平。结果表示为相对于未处理的对照细胞，PTP1BmRNA的抑制百分比。结果呈现于表6和7中。
5-10-5MOE间隙聚体是20个核苷酸长度，其中中央间隙区段由10个2’-脱氧核苷酸构成，且两侧(在5’和3’方向)为每个包括5个核苷酸的翼部。5-8-5MOE间隙聚体是18个核苷酸长度，其中中央间隙区段由8个2’-脱氧核苷酸构成，且两侧(在5’和3’方向)为每个包括5个核苷酸的翼部。2-13-5MOE间隙聚体是20个核苷酸长度，其中中央间隙区段由13个2’-脱氧核苷酸构成，且5’和3’方向两侧各为包括2个和5个核苷酸的翼部。6-8-6MOE间隙聚体是18个核苷酸长度，其中中央间隙区段由8个2’-脱氧核苷酸构成，且两侧(在5’和3’方向)为每个包括6个核苷酸的翼部。对于每种基序(5-10-5、5-8-5、2-13-5和6-8-6)，5’翼状区段中的每个核苷酸和3’翼状区段中的每个核苷酸具有2’-MOE修饰。均一的寡核苷酸具有遍布寡核苷酸的长度的脱氧单位和MOE单位。均一的寡核苷酸序列中的不同的单位化学的符号如下：“d”=2’-脱氧核糖；“e”=2’-O-甲氧基乙基核糖。贯穿每个间隙聚体的核苷间键为硫代磷酸酯(P=S)键。贯穿每个间隙聚体的全部胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。“靶起始位点”表明了人基因序列中间隙聚体所靶向的最靠近5’的核苷酸。“靶终止位点”表明了人基因序列中间隙聚体所靶向的最靠近3’的核苷酸。表6中所列的每个间隙聚体靶向SEQIDNO:1(GENBANK登录号NM_002827.2)。表7中所列的全部反义寡核苷酸靶向SEQIDNO:2(GENBANK登录NT_011362.9(从第14178000位至第14256000位截短))。
如表6和7中所示，间隙聚体中的一些表现出至少50%抑制，包括ISIS号：113715、142082、373125、399038、404159、404161、404172、404173、404176、409826、409827、409999、410000、410001、410002、410003、410004、438371、438372、438373、438374、438375、438377、438379、438380、438381、438382、438383、438384、438439、438442、438443、438444、438445、438450、438451、438452、438453、438454、438455、438456、438458、438459、438460、438461、438462、438464、438465、438468、438469、438472、438473和438474。
间隙聚体中的一些表现出至少60%抑制，包括ISIS号：113715、142082、373125、399038、404161、404172、404173、404176、409826、409827、409999、410000、410001、410002、410003、438373、438374、438380、438381、438382、438442、438444、438445、438450、438451、438452、438453、438459、438460、438461、438462、438468、438469、438472和438474。
间隙聚体中的一些表现出至少70%抑制，包括ISIS号：142082、373125、399038、404161、404172、404173、404176、409826、409827、409999、410000、410001、410002、410003、438373、438374、438444、438451、438452、438453、438460、438461、438462、438468、438469、438472和438474。
间隙聚体中的一些表现出至少80%抑制，包括ISIS号：142082、404161、404173、404176、409826、410000、410001、410002、410003、438451、438452、438460、438461和438474。
间隙聚体中的一些表现出至少85%抑制，包括ISIS号：142082、404161、404173、404176、409826、410001、410002和410003。
间隙聚体中的一些表现出至少90%抑制，包括ISIS号：142082、404161和409826。
表6
靶向SEQIDNO:1的嵌合的反义寡核苷酸对人PTP1BmRNA水平的抑制
表7
靶向SEQIDNO:2的嵌合的反义寡核苷酸对人PTP1BmRNA水平的抑制
实施例6：HuVEC细胞中人PTP1B的剂量依赖性反义抑制
在HuVEC细胞中以各种剂量测试了在实施例5中描述的研究中表现出PTP1BmRNA的显著的反义抑制的一些反义寡核苷酸。将细胞以每孔2,000个细胞的密度接种并利用31.25nM、62.5nM、125nM、250nM、500nM、1000nM、2000nM和4000nM浓度的每种反义寡核苷酸通过电穿孔进行转染。在约16小时之后，从细胞中分离RNA并通过定量实时PCR利用引物探针组RTS3000测量PTP1BmRNA水平。如通过所测量的，根据总RNA含量调整PTP1BmRNA水平。结果在表8中表示为相对于未处理的对照细胞，PTP1BmRNA的抑制百分比。
表8
HuVEC细胞中人PTP1B的剂量依赖性反义抑制
实施例7：HepG2细胞中人PTP1BmRNA的剂量依赖性反义抑制
在HepG2细胞中以各种剂量进一步测试了在实施例6中描述的研究中测试的反义寡核苷酸。将细胞以每孔20,000个细胞的密度接种并利用31.25nM、62.5nM、125nM、250nM、500nM、1000nM、2000nM和4000nM浓度的每种反义寡核苷酸通过电穿孔进行转染。在约16小时之后，从细胞中分离RNA并通过定量实时PCR利用引物探针组RTS3000测量PTP1BmRNA水平。如通过所测量的，根据总RNA含量调整PTP1BmRNA水平。结果表示为相对于未处理的对照细胞，PTP1BmRNA的抑制百分比呈现于表9中。还利用恒河猴引物探针组RTS198分析了mRNA水平，且结果呈现于表10中。每种寡核苷酸在恒河猴SEQIDNO:3上的起始位点和终止位点呈现于表11中。
表9
利用RTS3000在HepG2细胞中对人PTP1B的剂量依赖性反义抑制的分析
表10
利用RTS198在HepG2细胞中对人PTP1B的剂量依赖性反义抑制的分析
表11
靶向PTP1B的反义寡核苷酸在恒河猴基因序列(SEQIIDNO:3)上的靶位
实施例8：HepG2细胞中人PTP1BmRNA的剂量依赖性反义抑制
设计了靶向ISIS142082的靶位的短反义寡核苷酸。这些短聚物的靶位、基序和序列详细信息呈现于表12中。在HepG2细胞中以各种剂量测试这些反义寡核苷酸。来自实施例7中描述的研究的反义寡核苷酸中的一些包括在测定中以用于比较。将细胞以每孔20,000个细胞的密度接种并利用78.125nM、156.25nM、312.5nM、625nM、1,250nM、2,500nM、5,000nM和10,000nM浓度的每种反义寡核苷酸通过电穿孔进行转染。在约16小时之后，从细胞中分离RNA并通过定量实时PCR利用引物探针组RTS3000测量PTP1BmRNA水平。如通过所测量的，针对总RNA含量使PTP1BmRNA水平标准化。结果表示为相对于未处理的对照细胞，PTP1BmRNA的抑制百分比，呈现于表13中。
表12
靶向SEQIDNO:1的反义寡核苷酸的靶位
表13
HepG2细胞中人PTP1B的剂量依赖性反义抑制
实施例9：LLC-MK2细胞中PTP1BmRNA的剂量依赖性反义抑制
来自实施例8中所描述的研究中的反义寡核苷酸还与恒河猴PTP1B基因序列(SEQIDNO:3)交叉反应并以不同的浓度在恒河猴LLC-MK2细胞中进行了进一步测试。将细胞以每孔25,000个细胞的密度接种并利用78.125nM、156.25nM、312.5nM、625nM、1250nM、2500nM、5,000nM和10,000nM浓度的每种反义寡核苷酸利用电穿孔进行转染。在约16小时之后，从细胞中分离RNA并通过定量实时PCR利用引物探针组RTS198测量PTP1BmRNA水平。如通过所测量的，针对总RNA含量使PTP1BmRNA水平标准化。结果以相对于未处理的对照细胞PTP1BmRNA的抑制百分比呈现于表14中。恒河猴SEQIDNO:3上每个寡核苷酸的起始位点和终止位点呈现于表15中。
表14
LLC-MK2细胞中PTP1BmRNA的剂量依赖性反义抑制
表15
靶向SEQIDNO:3的反义寡核苷酸的靶位
实施例10：HuVEC细胞中人PTP1BmRNA的剂量依赖性反义抑制
在HuVEC细胞中以各种剂量测试了实施例8和9中描述的研究中所测试的反义寡核苷酸。将细胞以每孔20,000个细胞的密度接种并利用31.25nM、62.5nM、125nM、250nM、500nM、1000nM、2000nM和4000nM浓度的每种反义寡核苷酸通过电穿孔进行转染。在约16小时之后，从细胞中分离RNA并通过定量实时PCR利用引物探针组RTS3000测量PTP1BmRNA水平。如通过所测量的，针对总RNA含量使PTP1BmRNA水平标准化。结果表示为相对于未处理的对照细胞，PTP1BmRNA的抑制百分比，呈现于表16中。
表16
HuVEC细胞中人PTP1B的剂量依赖性反义抑制
实施例11：短尾猴原代肝细胞中PTP1BmRNA的剂量依赖性反义抑制
在短尾猴原代肝细胞中以各种剂量测试了来自实施例8-10中描述的研究的反义寡核苷酸。将细胞以每孔35,000个细胞的密度接种并利用31.25nM、62.5nM、125nM、250nM、500nM、1000nM、2000nM和4000nM浓度的每种反义寡核苷酸通过电穿孔进行转染。在约16小时之后，从细胞中分离RNA并通过定量实时PCR利用探针组RTS198测量PTP1BmRNA水平。如通过所测量的，针对总RNA含量使PTP1BmRNA水平标准化。结果以PTP1BmRNA相对于未处理的对照细胞的抑制百分比呈现于表17中。
表17
短尾猴原代肝细胞中PTP1BmRNA的剂量依赖性反义抑制
实施例12：靶向人PTP1B的反义寡核苷酸在小鼠模型中的耐受性
在小鼠模型中通过监测CD1小鼠中多种代谢性标志物的水平的改变而对在实施例8-11中所描述的研究中表现出剂量依赖性抑制的ISIS寡核苷酸进行关于耐受性的评估。设计了针对ISIS409826(SEQIDNO:1上的靶起始位点是3287)的短聚物，另外两种ISIS寡核苷酸，ISIS446433(4-10-4MOE；5’-GTTTATTCCATGGCCATT-3’(SEQIDNO:42)；SEQIDNO:1处的靶起始位点是3288)和ISIS446434(3-10-3；5’-TTTATTCCATGGCCAT-3’(SEQIDNO:49)；SEQIDNO:1上的靶起始位点是3289)，并也在该研究中进行评估。
处理
以12-小时光/暗循环维持CD1小鼠(可获自JacksonLabs,BarHarbor,ME)并利用正常的实验室食物(HarlanLaboratories,Indianapolis,IN)不受限的喂养。在实验起始前至少在研究设施中使动物适应环境7天。在PBS中制备反义寡核苷酸并通过0.2微米过滤器进行无菌过滤。将寡核苷酸分散于0.9%PBS中以用于注射。
5只CD1小鼠的组每组利用100mg/kg的ISIS142082、ISIS373125、ISIS404173、ISIS409826、ISIS410002、ISIS410003、ISIS438452、ISIS438460、ISIS446431、ISIS446432、ISIS446433或ISIS446434进行皮下注射，一周两次，持续4周。一组5只CD1小鼠用PBS皮下注射，一周两次，持续4周。该PBS组用作对照组。通过尾剪断采集血液样品。最后给药后两天，称取体重，对小鼠进行安乐死并收获器官和血浆以用于进一步分析。
体重和器官重量
每周测量小鼠的体重。体重呈现于表18中。在研究末测量肝、脾和肾重量，并呈现于表19中。结果表明ISIS寡核苷酸中无对小鼠的整体健康具有任何有害作用的。
表18
在反义寡核苷酸处理过程中CD1小鼠的每周体重(g)
第一周 第二周 第三周 第四周
PBS 29 31 32 34
ISIS 142082 31 34 34 36
ISIS 373125 29 31 32 35
ISIS 404173 31 33 34 36
ISIS 409826 31 34 34 37
ISIS 410002 32 35 35 36
ISIS 410003 31 34 34 37
ISIS 438452 32 35 36 39
ISIS 438460 31 34 34 37
ISIS 446431 30 33 33 36
ISIS 446432 27 30 30 33
ISIS 446433 30 33 33 37
ISIS 446434 30 33 34 37
表19
在反义寡核苷酸处理之后CD1小鼠的器官重量(g)
肝 脂肪 脾 肾
PBS 1.7 0.45 0.11 0.53
ISIS 142082 2.3 0.33 0.18 0.52
ISIS 373125 1.9 0.38 0.16 0.53
ISIS 404173 2.3 0.41 0.23 0.59
ISIS 409826 2.2 0.37 0.17 0.54
ISIS 410002 1.9 0.22 0.30 0.76
ISIS 410003 2.1 0.44 0.22 0.60
ISIS 438452 2.2 0.42 0.18 0.55
ISIS 438460 2.2 0.34 0.17 0.52
ISIS 446431 2.1 0.34 0.19 0.53
ISIS 446432 1.7 0.31 0.13 0.46
ISIS 446433 2.2 0.35 0.17 0.53
ISIS 446434 2.2 0.36 0.18 0.56
肝功能
为评估ISIS寡核苷酸对肝功能的作用，利用自动化的临床化学分析器(HitachiOlympusAU400e,Melville,NY)测量转氨酶的血浆水平。每两周测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆水平。结果呈现于表20和21中，并表明ISIS寡核苷酸的大部分被认为在小鼠中是可耐受的，如通过其肝转氨酶曲线所证明。
表20
反义寡核苷酸处理对CD1小鼠ALT(IU/L)的作用
第0周 第2周 第4周
PBS 27 26 20
ISIS 142082 38 35 105
ISIS 373125 30 27 51
ISIS 404173 30 31 124
ISIS 409826 26 34 236
ISIS 410002 27 203 219
ISIS 410003 31 29 99
ISIS 438452 32 40 217
ISIS 438460 30 40 216
ISIS 446431 29 38 114
ISIS 446432 26 27 35
ISIS 446433 25 76 115
ISIS 446434 23 44 146
表21
反义寡核苷酸处理对CD1小鼠AST(IU/L)的作用
第0周 第2周 第4周
PBS 54 62 50
ISIS 142082 75 59 103
ISIS 373125 55 57 97
ISIS 404173 52 61 117
ISIS 409826 49 59 192
ISIS 410002 51 151 417
ISIS 410003 64 47 122
ISIS 438452 59 56 157
ISIS 438460 65 56 217
ISIS 446431 56 66 140
ISIS 446432 50 51 74
ISIS 446433 54 87 121
ISIS 446434 42 64 132
血浆葡萄糖水平
为评估ISIS寡核苷酸对血浆葡萄糖代谢的作用，利用自动化的临床化学分析器(HitachiOlympusAU400e,Melville,NY)测量葡萄糖的血浆水平。结果呈现于表22中，以mg/dL表示。ISIS寡核苷酸均未对小鼠的葡萄糖代谢具有有害作用。
表22
反义寡核苷酸处理对CD1小鼠中的血浆葡萄糖水平的作用
血浆脂质和甘油三酯水平
为评估ISIS寡核苷酸对胆固醇和甘油三酯代谢的作用，利用自动化的临床化学分析器(HitachiOlympusAU400e,Melville,NY)测量每个的血浆水平。结果呈现于表23和24中，以mg/dL表示。ISIS寡核苷酸中的大多数对小鼠的脂质代谢不具有害作用。
表23
反义寡核苷酸处理对CD1小鼠中的血浆胆固醇水平的作用
第0周 第2周 第4周
PBS 162 145 153
ISIS 142082 156 136 126
ISIS 373125 137 106 104
ISIS 404173 162 124 154
ISIS 409826 153 142 146
ISIS 410002 136 63 47
ISIS 410003 160 131 96
ISIS 438452 143 128 121
ISIS 438460 146 140 129
ISIS 446431 139 124 116
ISIS 446432 146 135 137
ISIS 446433 152 144 145
ISIS 446434 147 147 144
表24
反义寡核苷酸处理对CD1小鼠中的血浆甘油三酯的作用
细胞因子水平
为评估ISIS寡核苷酸对参与炎症的因子的作用，在处理期末之后采集血液以用于细胞因子水平的测量。将样品送至AushonBiosystems(Woburn,MA)以进行分析。利用鼠类抗体测量鼠类EL-6、JE、MIP-1α和TNF-a。结果呈现于表25中。ISIS寡核苷酸中的大部分对小鼠的细胞因子水平不具有任何有害作用。
表25
反义寡核苷酸处理对CD1小鼠中血浆细胞因子水平的作用
mIL-6 mJE mMIP-1á mTNF-á
PBS 250 20 1 4
ISIS 142082 225 145 4 23
ISIS 373125 77 91 3 17
ISIS 404173 88 155 1 24
ISIS 409826 33 112 3 15
ISIS 410002 113 225 28 84
ISIS 410003 111 138 4 24
ISIS 438452 62 148 1 15
ISIS 438460 64 184 2 9
ISIS 446431 52 170 1 15
ISIS 446432 57 75 1 3
ISIS 446433 64 138 3 61
ISIS 446434 59 127 0 21
实施例13：靶向人PTP1B的反义寡核苷酸在大鼠模型中的耐受性
通过监测SpragueDawley大鼠中多种代谢标志物的水平的改变在大鼠模型中进一步评估来自实施例12中所描述的研究的ISIS寡核苷酸的耐受性。
处理
以12-小时光/暗循环维持SpragueDawley大鼠并利用正常的实验室食物(HarlanLaboratories,Indianapolis,IN)不受限的喂养。在实验起始前至少在研究设施中使动物适应环境7天。在PBS中制备反义寡核苷酸并通过0.2微米过滤器进行无菌过滤。将寡核苷酸分散于0.9%PBS中以用于注射。
4只大鼠的组每组一周两次利用50mg/kg的剂量的ISIS142082、ISIS373125、ISIS404173、ISIS409826、ISIS410002、ISIS410003、ISIS438452、ISIS438460、ISIS446431、ISIS446432、ISIS446433或ISIS446434进行皮下注射，一周两次，持续4周，然后施用30mg/kg的剂量，一周两次，持续8周。一组4只大鼠利用PBS皮下注射，一周两次，持续12周。该PBS组用作对照组。通过尾剪断采集血液样品。最后给药后两天，称取体重，对小鼠进行安乐死并收获器官和血浆以用于进一步分析。
体重和器官重量
每周测量小鼠的体重。体重呈现于表26中。在研究末测量肝、脾和肾重量，并呈现于表27中。“n/a”表示由于在时间点之前使组中的所有大鼠安乐死而在该特定的时间点对于该特定的组无数据可用。
表26
在反义寡核苷酸处理过程中SpragueDawley的每两周体重(g)
第0周 第2周 第4周 第6周 第8周 第10周 第12周
PBS 288 369 405 442 463 500 495
ISIS 142082 295 348 318 345 337 347 345
ISIS 373125 304 385 399 419 427 421 448
ISIS 404173 294 346 352 377 384 391 401
ISIS 409826 292 346 350 355 356 373 356
ISIS 410002 297 333 323 324 306 335 n/a
ISIS 410003 299 341 328 320 307 305 301
ISIS 438452 301 327 335 333 327 347 332
ISIS 438460 304 345 346 347 356 377 n/a
ISIS 446431 307 376 340 357 353 357 349
ISIS 446432 287 340 344 363 372 399 404
ISIS 446433 298 331 318 354 n/a n/a n/a
ISIS 446434 303 366 356 n/a n/a n/a n/a
表27
在反义寡核苷酸处理过程中SpragueDawley大鼠的器官重量(g)
肝 脂肪 脾 肾
PBS 15.9 2.1 0.8 3.6
ISIS 142082 21.8 0.7 4.5 5.2
ISIS 373125 17.9 1.1 1.9 3.4
ISIS 404173 17.7 1.1 2.3 4.3
ISIS 409826 19.8 0.5 3.6 4.4
ISIS 410003 18.7 0.5 3.8 3.570 -->
ISIS 438452 17.3 0.6 3.1 3.8
ISIS 446431 22.1 0.4 6.1 5.3
ISIS 446432 18.1 1.2 3.3 3.8
肝功能
为评估ISIS寡核苷酸对肝功能的作用，利用自动化的临床化学分析器(HitachiOlympusAU400e,Melville,NY)测量转氨酶的血浆水平。每两周测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆水平。利用相同的临床化学分析器还测量了胆红素(mg/dL)的血浆水平。结果呈现于表28、29和30中。“n/a”表示由于在时间点之前使组中的所有大鼠安乐死而在该特定的时间点对于该特定的组无数据可用。
表28
反义寡核苷酸处理对Sprague-Dawley大鼠的ALT(IU/L)的作用
第0周 第2周 第4周 第6周 第8周 第10周 第12周
PBS 58 68 54 48 48 46 46
ISIS 142082 54 75 40 44 49 62 57
ISIS 373125 57 61 60 48 48 45 38
ISIS 404173 49 52 53 41 51 53 42
ISIS 409826 51 59 56 50 42 37 40
ISIS 410002 46 65 75 73 103 126 n/a
ISIS 410003 49 78 62 49 61 59 66
ISIS 438452 46 57 58 53 51 52 50
ISIS 438460 49 88 162 96 114 91 n/a
ISIS 446431 51 57 45 45 40 55 49
ISIS 446432 52 59 48 43 44 49 46
ISIS 446433 53 120 65 86 n/a n/a n/a
ISIS 446434 53 76 161 n/a n/a n/a n/a
表29
反义寡核苷酸处理对Sprague-Dawley大鼠的AST(IU/L)的作用
第0周 第2周 第4周 第6周 第8周 第10周 第12周
PBS 84 92 86 79 91 74 81
ISIS 142082 87 89 86 126 136 154 149
ISIS 373125 79 72 93 124 111 95 81
ISIS 404173 75 69 88 75 89 96 83
ISIS 409826 75 74 96 112 108 90 106
ISIS 410002 67 87 155 173 229 245 n/a
ISIS 410003 71 95 106 136 161 160 186
ISIS 438452 70 84 104 157 164 174 167
ISIS 438460 79 122 214 287 216 172 n/a71 -->
ISIS 446431 73 79 93 137 129 158 153
ISIS 446432 80 76 86 99 96 105 102
ISIS 446433 77 151 128 234 n/a n/a n/a
ISIS 446434 81 137 359 n/a n/a n/a n/a
表30
反义寡核苷酸处理对Sprague-Dawley大鼠的胆红素(mg/dL)的作用
第0周 第2周 第4周 第6周 第8周 第10周 第12周
PBS 0.11 0.15 0.14 0.16 0.25 0.16 0.13
ISIS 142082 0.12 0.11 0.18 0.12 0.12 0.15 0.15
ISIS 373125 0.13 0.13 0.15 0.36 0.14 0.15 0.13
ISIS 404173 0.11 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.10
ISIS 409826 0.12 0.12 0.15 0.12 0.11 0.10 0.10
ISIS 410002 0.11 0.13 0.18 0.13 0.19 0.54 n/a
ISIS 410003 0.12 0.12 0.14 0.16 0.14 0.17 0.14
ISIS 438452 0.12 0.13 0.15 0.13 0.14 0.13 0.13
ISIS 438460 0.11 0.14 0.22 0.28 0.15 0.17 n/a
ISIS 446431 0.14 0.17 0.19 0.13 0.10 0.16 0.16
ISIS 446432 0.12 0.14 0.13 0.12 0.11 0.14 0.13
ISIS 446433 0.12 0.12 0.18 0.20 n/a n/a n/a
ISIS 446434 0.12 0.17 0.20 n/a n/a n/a n/a
肾功能
为评估ISIS寡核苷酸对肾功能的作用，利用自动化的临床化学分析器(HitachiOlympusAU400e,Melville,NY)测量血液尿素氮(BUN)和肌酸酐。结果呈现于表31和32中，以mg/dL来表示。还计算了总尿素蛋白与肌酸酐的比率，结果呈现于表33中。
表31
反义寡核苷酸处理对Sprague-Dawley大鼠的BUN(mg/dL)的作用
表32
反义寡核苷酸处理对Sprague-Dawley大鼠的肌酸酐(mg/dL)的作用
第0周 第2周 第4周 第6周 第8周 第10周 第12周
PBS 0.2 0.3 0.4 0.3 0.5 0.4 0.3
ISIS 142082 0.3 0.3 0.5 0.4 0.5 0.5 0.4
ISIS 373125 0.3 0.3 0.6 0.4 0.6 0.6 0.4
ISIS 404173 0.3 0.3 0.5 0.4 0.5 0.6 0.4
ISIS 409826 0.3 0.4 0.6 0.4 0.5 0.5 0.4
ISIS 410002 0.3 0.3 0.6 0.4 0.5 0.5 n/a
ISIS 410003 0.3 0.3 0.6 0.4 0.6 0.6 0.4
ISIS 438452 0.3 0.3 0.6 0.4 0.5 0.5 0.4
ISIS 438460 0.3 0.4 0.5 0.3 0.5 0.5 n/a
ISIS 446431 0.3 0.3 0.5 0.4 0.5 0.5 0.4
ISIS 446432 0.3 0.3 0.6 0.4 0.5 0.5 0.4
ISIS 446433 0.3 0.3 0.5 0.4 n/a n/a n/a
ISIS 446434 0.3 0.4 0.8 n/a n/a n/a n/a
表33
反义寡核苷酸处理对Sprague-Dawley大鼠的总尿素蛋白与尿素肌酸酐比率的作用
血浆葡萄糖水平
为评估ISIS寡核苷酸对血浆葡萄糖代谢的作用，利用自动化的临床化学分析器(HitachiOlympusAU400e,Melville,NY)测量葡萄糖的血浆水平。结果呈现于表34中，以mg/dL表示。
表34
反义寡核苷酸处理对SpragueDawley大鼠中血浆葡萄糖水平的作用
第0周 第2周 第4周 第6周 第8周 第10周 第12周
PBS 150 140 155 152 163 138 144
ISIS 142082 153 137 155 145 142 130 135
ISIS 373125 153 135 136 143 133 106 135
ISIS 404173 162 138 149 152 145 144 154
ISIS 409826 155 141 150 145 143 132 135
ISIS 410002 152 139 148 151 130 124 n/a
ISIS 410003 152 138 146 140 132 126 143
ISIS 438452 166 134 162 153 135 143 147
ISIS 438460 166 140 151 156 150 130 n/a
ISIS 446431 154 143 155 147 153 139 145
ISIS 446432 159 141 155 152 152 138 153
ISIS 446433 158 138 141 118 n/a n/a n/a
ISIS 446434 166 149 124 n/a n/a n/a n/a
血浆脂质和甘油三酯水平
为评估ISIS寡核苷酸对胆固醇和甘油三酯代谢的作用，利用自动化的临床化学分析器(HitachiOlympusAU400e,Melville,NY)测量每个的血浆水平。结果呈现于表35和36中，以mg/dL表示。
表35
反义寡核苷酸处理对SpragueDawley大鼠中的血浆胆固醇水平(mg/dL)的作用
表36
反义寡核苷酸处理对SpragueDawley大鼠中的血浆甘油三酯水平(mg/dL)的作用
第0周 第2周 第4周 第6周 第8周 第12周
PBS 66 73 82 80 98 106
ISIS 142082 92 30 71 44 25 28
ISIS 373125 66 28 20 24 24 28
ISIS 404173 48 28 28 35 31 49
ISIS 409826 68 29 28 25 31 68
ISIS 410002 71 23 23 27 71 n/a
ISIS 410003 78 22 22 37 30 64
ISIS 438452 89 33 39 34 50 35
ISIS 438460 98 20 34 35 33 n/a
ISIS 446431 72 29 38 36 35 48
ISIS 446432 n/a 41 37 31 37 53
ISIS 446433 68 21 29 129 n/a n/a
ISIS 446434 60 27 103 n/a n/a n/a
细胞因子水平
为评估ISIS寡核苷酸对参与炎症的因子的作用，在处理期末之后采集血液以用于细胞因子水平的测量。将样品送至AushonBiosystems(Woburn,MA)以进行分析。利用其各自的抗体测量大鼠IL-6、MCP-1、MIP-1α和TNF-α的水平。结果呈现于表37中。
表37
反义寡核苷酸处理对SpragueDawley大鼠中血浆细胞因子水平的作用
rIL-6 rMCP-1 rMIP-1á rTNF-á
PBS 315 403 6 77
ISIS 142082 74 3082 38 69775 -->
ISIS 373125 <25 2215 7 15
ISIS 404173 125 2244 60 499
ISIS 409826 <25 6041 52 100
ISIS 410003 245 3315 40 444
ISIS 438452 105 4513 26 519
ISIS 446431 924 3104 54 402
ISIS 446432 29 2007 46 610
实施例14：靶向人PTP1B的ISIS反义寡核苷酸的粘度的测量结果
测量了选自实施例12和13中所描述的研究的反义寡核苷酸的粘度以筛选出在浓度为165-185mg/mL时具有大于40cP的粘度的反义寡核苷酸。具有大于40cP的粘度的寡核苷酸则太黏稠而不能施用于任何受试者。
称量ISIS寡核苷酸(32-35mg)到玻璃小瓶中，添加120μL的水并通过在50℃加热小瓶将反义寡核苷酸溶于溶液中。将预热的样品的部分(75μL)吸到微量粘度计(Cambridge)。将微量粘度计的温度设定在25℃并测量样品的粘度。将预热的样品的另一部分(20μL)吸到10mL水中，以用于在85℃下260nM处的UV读数(CaryUVinstrument)。结果呈现于表38中并表明反义寡核苷酸溶液的大部分在以上所指定的标准下的粘度方面是最佳的。
表38
靶向人PTP1B的ISIS反义寡核苷酸的粘度和浓度
实施例15：小鼠模型中靶向人PTP1B的反义寡核苷酸的6个月耐受性研究
通过监测CD1小鼠中的多种代谢性标志物的水平的改变在小鼠模型中评估了选自实施例12-14中所描述的研究的ISIS寡核苷酸的长期耐受性。
处理
以12-小时光/暗循环维持雄性CD1小鼠并利用正常的实验室食物(HarlanLaboratories,Indianapolis,IN)不受限的喂养。在实验起始前至少在研究设施中使动物适应环境7天。在PBS中制备反义寡核苷酸并通过0.2微米过滤器进行无菌过滤。将寡核苷酸分散于0.9%PBS中以用于注射。
10只CD1小鼠的组每组一周两次利用25mg/kg的剂量的ISIS142082、ISIS404173或ISIS446431进行皮下注射，一周两次，持续24周。一组的10只CD1小鼠利用PBS进行皮下注射，一周两次，持续24周。该PBS组用作对照组。在第140天通过下颌出血采集血液样品。在第168天，在CO2麻醉下通过末端心脏穿刺采集血液，对小鼠进行安乐死并收获器官以用于进一步分析。
血浆葡萄糖水平
为评估ISIS寡核苷酸对血浆葡萄糖代谢的作用，利用自动化的临床化学分析器(HitachiOlympusAU400e,Melville,NY)测量葡萄糖的血浆水平。结果呈现于表39中，以mg/dL表示。
表39
第168天反义寡核苷酸处理对血浆葡萄糖水平的作用
葡萄糖
PBS 214
ISIS 142082 177
ISIS 404173 204
ISIS 446431 191
肝功能
为评估ISIS寡核苷酸对肝功能的作用，利用自动化的临床化学分析器(HitachiOlympusAU400e,Melville,NY)测量转氨酶的血浆水平。在第168天测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆水平。利用相同的临床化学分析器还测量了胆红素的血浆水平(mg/dL)。碱性磷酸酶，其由受损的肝细胞以升高的量合成，也是肝病的标志物(Narayanan,S.Ann.Clin.Lab.Sci.21:12-8,1991)并进行相似的测量。白蛋白，其通常在肝病中下降(Oettl,K.等,Biochim.Biophys.Acta.1782:469-73,2008)，也进行相似的测量。结果呈现于表40中。
表40
第168天反义寡核苷酸处理对肝代谢性标志物的作用
心脏功能
为评估ISIS寡核苷酸对心脏功能的作用，在第168天利用自动化的临床化学分析器(HitachiOlympusAU400e,Melville,NY)测量肌酸磷酸激酶(CPK)的血浆水平。该标志物的升高的水平表明心肌损伤(Barohn,R.J.In:GoldmanL,AusielloD,eds.CecilMedicine.23rded.Philadelphia,Pa:SaundersElsevier;2007:chapter447)。结果呈现于表41中。
表41
第168天反义寡核苷酸处理对心脏标志物CPK的作用
胰腺功能
为评估ISIS寡核苷酸对胰腺功能的作用，在第168天利用自动化的临床化学分析器(HitachiOlympusAU400e,Melville,NY)测量淀粉酶的血浆水平。该标志物的升高的水平表明了急性胰腺炎(Sternby,B.等,MayoClin.Proc.71:1138-44,1996)。结果呈现于表42中。
表42
第168天反义寡核苷酸处理对胰腺标志物的作用
肾功能
为评估ISIS寡核苷酸对肾功能的作用，利用自动化的临床化学分析器(HitachiOlympusAU400e,Melville,NY)测量了血液尿素氮(BUN)和肌酸酐。结果呈现于表43，以mg/dL来表示。
表43
第168天反义寡核苷酸处理对肾代谢性标志物的作用
BUN 肌酸酐
PBS 20 0.3
ISIS 142082 24 0.2
ISIS 404173 21 0.2
ISIS 446431 19 0.3
实施例16：CD1小鼠肝中反义寡核苷酸的半衰期的测量
利用选自实施例14中所描述的研究的ISIS反义寡核苷酸处理CD1小鼠，并评估寡核苷酸半衰期以及寡核苷酸降解和从肝中消除经过的时间。
处理
10只CD1小鼠的组，每组利用50mg/kg的ISIS142082、ISIS446431、ISIS404173或ISIS409826皮下注射，一周两次，持续2周。最终给药后3天和56天处死来自每组的5只小鼠。收获肝脏以用于分析。
寡核苷酸浓度的测量
测量了全长寡核苷酸的浓度。所用的方法是先前公开的方法的修改形式(Leeds等,1996；Geary等,1999)，其由固相提取后的酚氯仿(液体-液体)提取组成。在提取之前添加内标(ISIS355868，27-聚体2’-O-甲氧基乙基修饰的硫代磷酸酯寡核苷酸，GCGTTTGCTCTTCTTCTTGCGTTTTTT，本文称作SEQIDNO:50)。利用校准曲线计算组织样品浓度，定量下限(LLOQ)约1.14μg/g。然后利用WinNonlin软件(PHARSIGHT)计算半衰期。
结果呈现于表44中。选择具有11-34天的半衰期的反义寡核苷酸以用于进一步研究。
表44
CD1小鼠的肝中的寡核苷酸的全长寡核苷酸浓度(μg/g)和半衰期(天)
实施例17：恒河猴中靶向人PTP1B的ISIS反义寡核苷酸的作用
利用来自实施例15和16中描述的研究的ISIS反义寡核苷酸处理恒河猴。评估了反义寡核苷酸效力和耐受性以及其在肝和肾中的药物代谢动力学曲线。
处理
在研究之前，将猴隔离30天时间，在此过程中进行血清化学和血液学的标准套组，检查虫卵和寄生虫的粪便样品和肺结核测试以筛选异常的或生病的猴。将每组随机分配3只雄性和2只雌性恒河猴的6组利用8mg/kg或40mg/kg的ISIS142082、ISIS446431或ISIS404173进行皮下注射，第一周每周三次，和接下来的随后12周每周一次。一组三只雄性和两只雌性恒河猴利用40mg/kg的ISIS409826进行皮下注射，第一周一周三次，和接下来的随后12周每周一次。对照组的三只雄性和两只雌性恒河猴利用PBS进行皮下注射，第一周一周三次，和接下来的随后12周每周一次。在第93天，在最后给药后48小时对所有的组进行最终处死。
在研究期间，每天观察猴的疾病或痛苦的症状。移除对处理表现出有害作用的任何动物并咨询兽医和实验室负责人。
抑制研究
RNA分析
从肝和腹部脂肪组织中提取RNA以利用每个靶向PTP1BmRNA的不同的区域的引物探针组1(正向序列GACCAGCTGCGCTTCTCCTA，本文命名为SEQIDNO:51；反向序列CAGAGGAGTCCCCCATGATG，本文命名为SEQIDNO:52；探针序列TTGGCTGTGATCGAAGGTGCCAAA，本文命名为SEQIDNO:53)或引物探针组2(正向序列GGGCCCTTTGCCTAACACA，本文命名为SEQIDNO:54；反向序列CGACACCCCTGCTTTTCTG本文命名为SEQIDNO:55；探针序列CGGTCACTTTTGGGAGATGGTGTGG本文命名为SEQIDNO:56)对PTP1B进行实时PCR分析。结果以利用标准化的相对于PBS对照PTP1BmRNA的降低百分比来呈现。如表45中所示，利用ISIS反义寡核苷酸的处理导致了与PBS对照相比较PTP1BmRNA的显著降低。利用ISIS404173的处理导致了与利用ISIS142082的处理相似的PTP1BmRNA水平的降低。
表45
相对于PBS对照恒河猴肝和脂肪组织中的PTP1BmRNA的抑制
蛋白分析
从肝中提取组织以通过蛋白质印迹分析测量PTP1B蛋白水平。具体地，将利用ISIS404173处理的来自猴的PTP1B蛋白样品与利用ISIS142082处理的那些相比较。结果呈现于表46、47和48中，表示为与对照水平相比较的降低百分比。针对总蛋白水平以及针对组成型表达的蛋白IR-β使PTP1B水平标准化。利用ISIS404173进行的处理导致了与利用8mg/kg的较低剂量的ISIS142082进行的处理相比PTP1B肝蛋白的更多的降低(表47)。
表46
利用ISIS404173进行处理之后恒河猴肝中的PTP1B蛋白水平降低
表47
利用8mg/kg的ISIS404173或ISIS142082进行处理之后恒河猴肝中PTP1B蛋白水平降低
表48
利用40mg/kg的ISIS404173或ISIS142082进行处理之后恒河猴肝中PTP1B蛋白水平降低
耐受性研究
体重和器官重量测量结果
为评估ISIS寡核苷酸对动物的整体健康的作用，在最终处死之后测量了体重和器官重量。测量了体重并与PBS对照动物的体重相比较。测量了器官重量并将处理组重量与相应的PBS对照重量相比较。数据呈现于表49中。在较高剂量下利用ISIS142082进行的处理的确导致了肝和肾重量的增加。
表49
恒河猴中相对于对照的最终体重和器官重量
肝功能
为评估ISIS寡核苷酸对肝功能的作用，在处理开始前7天以及处理期第30天、第58天和第93天从所有的研究组中收集血液样品。将血液样品收集在管中而无任何抗凝剂以进行血清分离。将管置于室温下90分钟且然后离心(室温下3000rpm，持续10分钟)以获得血清。
利用Toshiba200FRNEO化学分析器(ToshibaCo.,Japan)测量转氨酶的水平。测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆水平，且结果呈现于表50和51中，以IU/L来表示。碱性磷酸酶，其由受损的肝细胞以升高的量合成，也是肝病的标志物，并进行相似的测量，且数据呈现于表52中。所有处理组中的AST、ALT和碱性磷酸酶的水平与PBS对照组的水平相似。
C-反应性蛋白(CRP)，其在肝中合成，且其用作炎症的标志物，也进行了相似的测量，且数据呈现于表53中。以较高的剂量利用ISIS142082和ISIS409826进行的处理导致了高水平的CRP，表明了肝脏炎症。
胆红素也是肝代谢性标志物，并进行了相似的测量，且呈现于表54中，以mg/dL来表示。发现所有处理组的胆红素水平与PBS对照组的相似。γ-谷氨酰转移酶(GGT)是肝中产生的酶，且是早期肝脏损伤或胆汁淤积病的有用的实验室标志物(Betro,M.G.等,Am.J.Clin.Pathol.60:672-8,1973)。测量了GGT水平，且结果呈现于表55中，且表明PBS对照和处理组之间无差异。
表50
恒河猴血清中反义寡核苷酸处理对ALT(IU/L)的作用
表51
恒河猴血清中反义寡核苷酸处理对AST(IU/L)的作用
表52
恒河猴血清中反义寡核苷酸处理对碱性磷酸酶(IU/L)的作用
表53
恒河猴血清中反义寡核苷酸处理对CRP(mg/L)的作用
表54
恒河猴血清中反义寡核苷酸处理对胆红素(mg/dL)的作用
表55
恒河猴血清中反义寡核苷酸处理对GGT(IU/L)的作用
肾功能
为评估ISIS寡核苷酸对肾功能的作用，从所有研究组收集血液样品。将血液样品收集在管中而无任何抗凝剂以进行血清分离。将管置于室温下90分钟且然后离心(室温下3000rpm，持续10分钟)以获得血清。在处理开始前7天以及处理期第30天、第58天和第93天利用Toshiba200FRNEO化学分析器(ToshibaCo.,Japan)测量BUN和肌酸酐的水平。结果呈现于表56和57中，以mg/dL表示。利用ISIS寡核苷酸进行的处理对BUN或肌酸酐水平无有害作用。
表56
恒河猴中反义寡核苷酸处理对血清BUN水平(mg/dL)的作用
表57
恒河猴中反义寡核苷酸处理对血清肌酸酐水平(mg/dL)的作用
胆固醇和甘油三酯水平
为评估ISIS寡核苷酸对脂质代谢的作用，从所有研究组收集血液样品。将血液样品收集在管中而无任何抗凝剂以进行血清分离。将管置于室温下90分钟且然后离心(室温下3000rpm，持续10分钟)以获得血清。在处理开始前7天以及处理期第30天、第58天和第93天利用Toshiba200FRNEO化学分析器(ToshibaCo.,Japan)测量胆固醇和甘油三酯的浓度。结果呈现于表58和59中，以mg/dL表示。利用ISIS寡核苷酸进行的处理对胆固醇或甘油三酯水平无有害作用。
表58
恒河猴中反义寡核苷酸处理对血清胆固醇水平(mg/dL)的作用
表59
恒河猴中反义寡核苷酸处理对血清甘油三酯水平(mg/dL)的作用
血液学
为在恒河猴中评估ISIS寡核苷酸的任何炎症作用，从每个可获得的研究动物中将近0.5mL血液的血液样品收集到含EDTA的钾盐的管中。利用ADVIA120血液学分析器(Bayer,USA)分析样品以进行红细胞(RBC)计数、白细胞(WBC)计数、血小板计数和血红素含量。数据呈现于表60-63中。利用ISIS寡核苷酸进行的处理与对照相比较不会显著改变血细胞计数或血液学水平。
表60
恒河猴中反义寡核苷酸处理对WBC(×103/μL)的作用
表61
恒河猴中反义寡核苷酸处理对RBC(×106/μL)的作用
表62
恒河猴中反义寡核苷酸处理对血小板(×103/μL)103/liL)的作用
表63
恒河猴中反义寡核苷酸处理对血红素水平(g/dL)的作用
炎症的因子的分析
为评估ISIS寡核苷酸对作为炎症因子的补体C3的作用，从所有可获得的动物中收集血液至无抗凝剂的管中以进行血清分离。将管置于室温下90分钟且然后离心(室温下3000rpm，持续10分钟)以获得血清。利用自动化分析器(Toshiba200FRNEO化学分析器,Toshibaco.,Japan)测量补体C3。数据呈现于表64中，以mg/dL表示。利用ISIS409826进行的处理导致了低补体C3水平，表明了患病的状态。
表64
恒河猴中反义寡核苷酸处理对血清C3水平(mg/dL)的作用
胰岛素水平的分析
为评估ISIS寡核苷酸对甲状腺的作用，在第42天、第84天和第91天从禁食过夜的动物中收集血液至管中，用EDTA处理。将管置于冰上并在血液收集30分钟内离心后获得血浆(4℃下3000rpm持续10分钟)。利用自动化分析器(Toshiba200FRNEO化学分析器,Toshibaco.,Japan)测量胰岛素水平。数据呈现于表65中，以ng/mL表示。
表65
恒河猴中反义寡核苷酸处理对血浆胰岛素水平(ng/mL)的作用
药物代谢动力学研究
寡核苷酸浓度的测量
测量了全长寡核苷酸的浓度以及总寡核苷酸浓度(包括降解的形式)。所用的方法是先前公开的方法的修改形式(Leeds等,1996；Geary等,1999)，其由固相提取后的酚氯仿(液体-液体)提取组成。在提取之前添加内标(ISIS355868，27-聚体2’-O-甲氧基乙基修饰的硫代磷酸酯寡核苷酸，GCGTTTGCTCTTCTTCTTGCGTTTTTT，本文称作SEQIDNO:50)。利用校准曲线计算组织样品浓度，定量下限(LLOQ)约1.14μg/g。结果呈现于表66和67中，表示为μg/g组织。计算了肾中对比肝中的浓度的比率。利用ISIS寡核苷酸进行的处理不会导致比率的任何异常。结果表明在较高剂量时ISIS404173是比ISIS142082更好的肾累积者。
表66
恒河猴的肝中的总寡核苷酸浓度(μg/g)
表67
恒河猴的肝中的全长寡核苷酸浓度(μg/g)

Claims (27)

1.一种包含修饰的单链寡核苷酸的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸由具有SEQIDNO：26的核碱基序列的20个连接的核苷组成，其中所述修饰的寡核苷酸包括：
间隙区段，其由10个连接的脱氧核苷组成；
5’翼状区段，其由5个连接的核苷组成；
3’翼状区段，其由5个连接的核苷组成；
其中所述间隙区段位于所述5’翼状区段和所述3’翼状区段之间，其中每个翼状区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖，其中所述修饰的寡核苷酸的每个核苷间键是硫代磷酸酯键，且其中所述修饰的寡核苷酸的每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
2.如权利要求1所述的化合物，其中所述化合物是缀合的。
3.如权利要求1或权利要求2所述的化合物，其中所述化合物包含所述修饰的寡核苷酸的盐。
4.如权利要求3所述的化合物，其中所述盐是钠盐或钾盐。
5.一种组合物，其包含如权利要求1-4中任一项所述的化合物和药学上可接受的载体或稀释剂中的至少一种。
6.如权利要求1-5中任一项所述的化合物或组合物在制备药物中的用途，所述药物用于在动物中防止、治疗、改善或减缓了代谢性疾病或病症的进展。
7.如权利要求6所述的用途，其中所述动物是人。
8.如权利要求6所述的用途，其中所述疾病或病症是糖尿病。
9.如权利要求6所述的用途，其中所述疾病或病症是2型糖尿病。
10.如权利要求6所述的用途，其中所述疾病或病症是肥胖。
11.如权利要求6所述的用途，其中所述疾病或病症是过度增殖性病症。
12.如权利要求11所述的用途，其中所述过度增殖性病症是癌症。
13.如权利要求1-5中任一项所述的化合物或组合物在制备药物中的用途，所述药物用于在动物中降低血糖水平。
14.如权利要求13所述的用途，其中所述动物是人。
15.如权利要求13所述的用途，其中所述血糖水平是血浆葡萄糖水平或血清葡萄糖水平。
16.如权利要求13所述的用途，其中所述动物是糖尿病动物。
17.如权利要求1-5任一项中所述的化合物或组合物在制备药物中的用途，所述药物用于在动物中预防或延迟与PTP1B相关联的疾病或病症的发作。
18.如权利要求17所述的用途，其中所述动物是人。
19.如权利要求17所述的用途，其中所述疾病或病症是糖尿病。
20.如权利要求17所述的用途，其中所述疾病或病症是2型糖尿病。
21.如权利要求17所述的用途，其中所述疾病或病症是肥胖。
22.如权利要求17所述的用途，其中所述疾病或病症是过度增殖性病症。
23.如权利要求22所述的用途，其中所述过度增殖性病症是癌症。
24.如权利要求1-5任一项中所述的化合物或组合物在制备药物中的用途，所述药物用于在动物中预防或延迟血糖水平升高的发作。
25.如权利要求24所述的用途，其中所述动物是人。
26.如权利要求24所述的用途，其中所述血糖水平是血浆葡萄糖水平或血清葡萄糖水平。
27.如权利要求24所述的用途，其中所述动物是糖尿病动物。
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