JP2009536039A - Ｇｃｃｒの発現を調節するための化合物および方法 - Google Patents

Ｇｃｃｒの発現を調節するための化合物および方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、８〜１６個のモノマーの長さの化学的に修飾した高親和性モノマーを含んでなるそのような化合物を包含する、短いアンチセンス化合物を記述する。あるそのような短いアンチセンス化合物は、増加した効能および向上した治療指数を有して細胞、組織および動物における標的核酸および／もしくはタンパク質の減少のために有用である。従って、本明細書に提供されるのは、インビボで標的ＲＮＡを減少するために有用な高親和性ヌクレオチド修飾を含んでなる短いアンチセンス化合物である。そのような短いアンチセンス化合物は、以前に記述されたアンチセンス化合物より低い用量で有効であり、毒性および処置費用の減少を可能にする。さらに、記述される短いアンチセンス化合物は経口投与のより大きい可能性を有する。

Description

本願は、２００７年１月２７日に出願されたＰＣＲ出願ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０６１１８３の一部継続であり、そしてこれによって３５ Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１２０の下でそのＰＣＴ出願に優先権の利益を請求する。本願はまた、２００６年５月５日に出願されたＵ．Ｓ．仮出願第６０／７４６，６３１号、２００６年５月１１日に出願された第６０／７４７，０５９号；２００６年６月２３日に出願された第６０／８０５，６６０号および２００６年１１月６日に出願された第６０／８６４，５５４号にも３５ Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）の下で優先権の利益を請求する。これらの出願の各々、それらの全内容およびそこに引用される全ての参考文献のものは、ありとあらゆる目的のためにそれらの全部が引用することにより本明細書に組み込まれる。
［配列表］
本願は、電子形式の配列表と一緒に出願されている。配列表は、７００Ｋｂのサイズである、２００７年５月７日に作成された、ＣＯＲＥ００６１ＷＯ１２ＳＥＱ．ＴＸＴと表題をつけたファイルとして提供される。配列表の電子形式における情報は、その全部が引用することにより本明細書に組み込まれる。
病原遺伝子配列を標的とすることは、ほぼ４０年前に最初に提案され（非特許文献１）、そしてアンチセンス活性は１０年後に細胞培養において示された（非特許文献２）。病原遺伝子に起因する疾患もしくは症状の処置におけるアンチセンス技術の１つの利点は、それが特定の病原遺伝子の発現を調節する能力を有する直接的遺伝学手法であることである。
一般に、アンチセンス技術の背景にある原理は、アンチセンス化合物が標的核酸にハイブリダイズし、そして転写、翻訳もしくはスプライシングのような遺伝子発現活性もしくは機能の調節をもたらすことである。遺伝子発現の調節は、例えば、標的分解もしくは占有に基づく阻害により成し遂げることができる。分解によるＲＮＡ標的機能の調節の例は、ＤＮＡ様アンチセンス化合物とのハイブリダイゼーションの際の標的ＲＮＡのリボヌクレアーゼＨに基づく分解である。標的分解による遺伝子発現の調節の別の例は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）である。ＲＮＡｉは、標的とする内因性ｍＲＮＡレベルの配列特異的減少をもたらすｄｓＲＮＡの導入を伴うアンチセンスに媒介される遺伝子サイレンシングの形態である。配列特異性は、標的検証および遺伝子機能化のための手段ならびにヌクレアーゼを同定しそして特性化するための研究手段として、そして様々な疾患のいずれか１つの発症に関与する遺伝子の発現を選択的に調節するための治療法としてアンチセンス化合物を非常に魅力的にする。
アンチセンス技術は、１つもしくはそれ以上の特定の遺伝子産物の発現を減らすための有効な手段であり、そしてそれ故に多数の治療、診断および研究用途において比類なく有用であると立証することができる。化学修飾したヌクレオシドは、ヌクレアーゼ耐性、薬物動態学もしくは標的ＲＮＡに対する親和性のような１つもしくはそれ以上の性質を高めるためにアンチセンス化合物への導入に日常的に使用される。
アンチセンス技術の発見以来の知識の拡大にもかかわらず、より大きい効能、減少した毒性およびより低い費用を有するアンチセンス化合物に対するまだ満たされていない必要性が依然としてある。本開示まで、インビボで標的ＲＮＡを減らすための短いアンチセンス化合物の設計において高親和性修飾は用いられていない。これは、生物系において標的を減らすために用いる場合に１５ヌクレオチドもしくはそれより短い配列が有する標的特異性の程度に関する懸念のためである。以前の研究は、より大きい特異性そしてそれ故に効能のより大きい可能性は１６〜２０核酸塩基の間の長さのアンチセンス化合物により得られると記述している。
本開示は、アンチセンス化合物への化学修飾した高親和性ヌクレオチドの導入が、増加した効能および向上した治療指数を有する動物における標的ＲＮＡの減少において有用な約８〜１６核酸塩基の長さの短いアンチセンス化合物を可能にすることを記述する。従って、本明細書に提供されるのは、インビボで標的ＲＮＡを減らすために有用な高親和性ヌクレオチド修飾を含んでなる短いアンチセンス化合物である。そのような短いアンチセンス化合物は、以前に記述されたアンチセンス化合物より低い用量で有効であり、毒性および処置の費用の減少を可能にする。
Ｂｅｌｉｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔ．Ｌｅｔｔ．，１９６７，３７，３５５７−３５６２ Ｚａｍｅｃｎｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１９７８，７５，２８０−２８４
［発明の要約］
本明細書に開示されるのは、短いアンチセンス化合物および細胞もしくは組織における標的ＲＮＡ発現を減らすために該化合物を使用する方法である。ある態様において、本明細書に提供されるのは、そのような標的の核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を動物に投与することを含んでなる、動物における標的の発現を減らす方法である。ある態様において、短いアンチセンス化合物はオリゴヌクレオチド化合物である。ある態様において、短いアンチセンスオリゴヌクレオチドは約８〜１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの長さであり、そしてウィングが各側に隣接するギャップ領域を含んでなり、ここで、各ウィングは独立して１〜３ヌクレオチドからなる。好ましいモチーフには、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、２−８−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１から選択されるウィング−デオキシギャップ−ウィングモチーフが包含されるがこれらに限定されるものではない。好ましい態様において、短いアンチセンスオリゴヌクレオチドは少なくとも１つの高親和性修飾を含んでなる。さらなる態様において、高親和性修飾には化学修飾した高親和性ヌクレオチドが包含される。好ましい態様において、各ウィングは独立して１〜３個の高親和性修飾ヌクレオチドからなる。１つの態様において、高親和性修飾ヌクレオチドは糖修飾ヌクレオチドである。
ある態様において、短いアンチセンス化合物はより長いアンチセンス化合物と比較した場合に腸におけるより大きい取り込みを示す。従って、また本明細書に提供されるのは、本発明の短いアンチセンス化合物を経口投与することを含んでなる、動物において標的を減らす方法である。
ある態様において、短いアンチセンス化合物はＡｐｏＢ、ＳＧＬＴ２、ＰＣＳＫ９、ＳＯＤ１、ＣＲＰ、ＧＣＣＲ、ＧＣＧＲ、ＤＧＡＴ２、ＰＴＰ１ＢおよびＰＴＥＮから選択されるタンパク質をコードする核酸を標的とする。
さらに提供されるのは、グルコース代謝もしくはクリアランス、脂質代謝、コレステロール代謝もしくはインシュリンシグナル伝達を調節することに関与する核酸を標的とする短いアンチセンス化合物をそのような治療を必要とする動物に投与することを含んでなる、動物における代謝性疾患を処置する方法である。
また提供されるのは、グルコース代謝もしくはクリアランス、脂質代謝、コレステロール代謝もしくはインシュリンシグナル伝達を調節することに関与する標的をコードする核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を該動物に投与することを含んでなる、動物におけるインシュリン感受性を増加するか、血糖を下げるかもしくはＨｂＡ１ｃを下げる方法である。
さらに提供されるのは、グルコース代謝もしくはクリアランス、脂質代謝、コレステロール代謝もしくはインシュリンシグナル伝達を調節することに関与する標的をコードする核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を該動物に投与することを含んでなる、動物における総血清コレステロール、血清ＬＤＬ、血清ＶＬＤＬ、血清ＨＤＬ、血清トリグリセリド、血清アポリポタンパク質（ａ）もしくは遊離脂肪酸を減らす方法であり、ここで、該短いアンチセンス化合物は８〜１６ヌクレオチドの長さであり、そしてウィングが各側に隣接するギャップ領域を含んでなり、ここで、各ウィングは独立して１〜３個の高親和性修飾ヌクレオチドからなる。
グルコース代謝もしくはクリアランス、脂質代謝、コレステロール代謝もしくはインシュリンシグナル伝達を調節することに関与するある標的には、ＧＣＧＲおよびＡｐｏＢ−１００が包含されるがこれらに限定されるものではない。従って、提供されるのは、ＧＣＧＲおよびＡｐｏＢ−１００をコードする核酸を標的とする短いアンチセンス化合物ならびに動物における該標的および／もしくは標的核酸の発現を減らす方法である。さらに、提供されるのは、代謝性もしくは心臓血管疾患もしくは症状の処置のためのＧＣＧＲおよびＡｐｏＢ−１００をコードする核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用である。
ある態様において、短いアンチセンス化合物はコンジュゲート基をさらに含んでなる。コンジュゲート基には、Ｃ１６およびコレステロールが包含されるがこれらに限定されるものではない。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は少なくとも１つの修飾核酸塩基、ヌクレオシド間結合もしくは糖部分を含んでなる。ある態様において、そのような修飾ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある態様において、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は少なくとも１つの高親和性修飾を含んでなる。あるそのような態様において、高親和性修飾は化学修飾した高親和性ヌクレオチドである。ある態様において、化学修飾した高親和性ヌクレオチドは糖修飾ヌクレオチドである。ある態様において、糖修飾ヌクレオチドの少なくとも１つは糖の４’と２’位の間に架橋を含んでなる。糖修飾ヌクレオチドの各々は、独立してβ−Ｄもしくはα−Ｌ糖立体配座である。ある態様において、該高親和性修飾ヌクレオチドの各々は、ヌクレオチド当たり少なくとも１〜４度のΔＴｍを与える。ある態様において、該糖修飾ヌクレオチドの各々は、ＨもしくはＯＨ以外である２’−置換基を含んでなる。そのような糖修飾ヌクレオチドには、４’〜２’架橋二環式糖部分を有するものが包含される。ある態様において、２’−置換基の各々は独立してアルコキシ、置換されたアルコキシもしくはハロゲンである。ある態様において、２’−置換基の各々はＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３（２’−ＭＯＥ）である。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は糖の４’と２’位の間に架橋を含んでなる１個もしくはそれ以上の糖修飾ヌクレオチドを有し、ここで、該架橋の各々は独立して−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｃ（Ｒ２）−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｎ−、−
Ｃ（＝ＮＲ１）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒ１）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−および−Ｎ（Ｒ１）−；
［ここで、
ｘは０、１もしくは２であり；
ｎは１、２、３もしくは４であり；
各Ｒ１およびＲ２は独立してＨ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換されたＣ５〜Ｃ２０アリール、複素環基、置換された複素環基、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、置換されたＣ５〜Ｃ７脂環式基、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換されたアシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）もしくはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり；そして
各Ｊ１およびＪ２は独立してＨ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換されたＣ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換されたアシル、複素環基、置換された複素環基、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アミノアルキルもしくは保護基である］
から独立して選択される２〜４個の連結基を含んでなる。
１つの態様において、該架橋の各々は独立して−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（Ｒ１Ｒ２）−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−もしくは−Ｃ（Ｒ１Ｒ２）−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−である。別の態様において、該架橋の各々は独立して４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−２’および４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−２’−であり、ここで、各Ｒ１は独立してＨ、保護基もしくはＣ１〜Ｃ１２アルキルである。
ある態様において、本明細書に提供されるのは動物における病状と関連する標的および／もしくは標的ＲＮＡの減少において有用な短いアンチセンス化合物である。ある態様において、提供されるのは、動物における標的ＲＮＡの発現を減らすために短いアンチセンス化合物を使用する方法である。ある態様において、本明細書に提供されるのは、動物における代謝性疾患の処置のための薬剤の製造における短いアンチセンス化合物の使用である。ある態様において、本明細書に提供されるのは、動物においてインシュリン感受性を増加するか、血糖を下げるか、もしくはＨｂＡ１ｃを下げるための薬剤の製造における短いアンチセンス化合物の使用である。また提供されるのは、動物における総血清コレステロール、血清ＬＤＬ、血清ＶＬＤＬ、血清ＨＤＬ、血清トリグリセリド、血清アポリポタンパク質（ａ）もしくは遊離脂肪酸を減らすための薬剤の製造における短いアンチセンス化合物の使用である。
ある態様において、本明細書に提供される短いアンチセンス化合物は、少なくとも２０ヌクレオチドの長さのより長い親アンチセンスオリゴヌクレオチドと比較した場合に標的ＲＮＡノックダウンに関して等しいかもしくは増加した効能を示す。ある態様において、短いアンチセンス化合物は、親アンチセンスオリゴヌクレオチドと比較した場合により速い作用の発現（標的ＲＮＡ減少）を示す。ある態様において、増加した効能は腎臓においてである。ある態様において、標的ＲＮＡは主に腎臓において発現される。ある態様において、増加した効能は肝臓においてである。ある態様において、標的ＲＮＡは主に肝臓において発現される。
［詳細な記述］
前述の一般的な記述および以下の詳細な記述は両方とも、例となりそして説明のためだけであり、そして特許請求されるところの（ａｓ ｃｌａｉｍｅｄ）、本発明を制限しないと理解されるべきである。本明細書において、単数形の使用には他に特に記載されない限り複数形が包含される。本明細書において用いる場合、「もしくは」の使用は他に記載されない限り「および／もしくは」を意味する。さらに、「包含している」という用語ならびに「包含する」および「包含される」のような他の形態の使用は限定していない。また、「要素」もしくは「成分」のような用語には、他に特に記載されない限り、１つの単位を含んでなる要素および成分ならびに１つより多くのサブユニットを含んでなる要素および成分の両方が包含される。
本明細書において使用する節の見出しは組織目的のためだけであり、そして記述される題材を限定すると解釈されるべきでない。特許、特許出願、論説、書籍および論文が包含されるがこれらに限定されるものではない本願に引用される全ての書類もしくは書類の一部は、任意の目的のためにそれらの全部が引用することにより本明細書に明白に組み込まれる。米国特許出願第１０／７１２，７９５号および第１０／２００，７１０号は、任意の目的のためにそれらの全部が引用することにより本明細書に明白に組み込まれる。
Ａ．定義
特定の定義が与えられない限り、本明細書に記述される分析化学、合成有機化学ならびに医薬および製薬化学と関連して利用される命名法ならびにその方法および技術は、当該技術分野において周知でありそして一般に用いられるものである。標準的な技術を化学合成、化学分析、製薬学的製剤、調合および送達、ならびに患者の処置に用いることができる。あるそのような技術および方法は、例えば、ＳａｎｇｖｉおよびＣｏｏｋにより編集された“Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ”，Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｙ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｄ．Ｃ．，１９９４；および“Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，”Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．，第１８版，１９９０に見出されることができ；そしてそれは任意の目的のために引用することにより本明細書に組み込まれる。許可される場合、本明細書において開示の全体にわたって言及される全ての特許、出願、公開出願および他の公開ならびにＧｅｎＢａｎｋおよび他のデータベースからの配列はそれらの全部が引用することにより組み込まれる。
他に示されない限り、以下の用語は下記の意味を有する：
本明細書において用いる場合、「ヌクレオシド」という用語は核酸塩基および糖を含んでなるグリコシルアミンを意味する。ヌクレオシドには、天然に存在するヌクレオシド、脱塩基ヌクレオシド、修飾ヌクレオシド、ならびに模倣塩基および／もしくは糖基を有するヌクレオシドが包含されるがこれらに限定されるものではない。
本明細書において用いる場合、「ヌクレオチド」という用語は、核酸塩基および糖に共有結合しているリン酸基を有する糖を含んでなるグリコソミン（ｇｌｙｃｏｓｙｌａｍｉｎｅ）をさす。ヌクレオチドは、様々な置換基のいずれかで修飾されることができる。
本明細書において用いる場合、「核酸塩基」という用語はヌクレオシドもしくはヌクレオチドの塩基部分をさす。核酸塩基は、別の核酸の塩基に水素結合することができる任意の原子もしくは原子団を含んでなることができる。
本明細書において用いる場合、「複素環式塩基部分」という用語は複素環を含んでなる核酸塩基をさす。
本明細書において用いる場合、「デオキシリボヌクレオチド」という用語は、ヌクレオチドの糖部分の２’位で水素を有するヌクレオチドを意味する。デオキシリボヌクレオチドは、様々な置換基のいずれかで修飾されることができる。
本明細書において用いる場合、「リボヌクレオチド」という用語は、ヌクレオチドの糖部分の２’位でヒドロキシを有するヌクレオチドを意味する。リボヌクレオチドは、様々な置換基のいずれかで修飾されることができる。
本明細書において用いる場合、「オリゴマー化合物」という用語は、２つもしくはそれ以上の部分構造を含んでなりそして核酸分子の領域にハイブリダイズすることができるポリマー構造をさす。ある態様において、オリゴマー化合物はオリゴヌクレオシドである。ある態様において、オリゴマー化合物はオリゴヌクレオチドである。ある態様において、オリゴマー化合物はアンチセンス化合物である。ある態様において、オリゴマー化合物はアンチセンスオリゴヌクレオチドである。ある態様において、オリゴマー化合物は短いアンチセンス化合物である。ある態様において、オリゴマー化合物は短いアンチセンスオリゴヌクレオチドである。ある態様において、オリゴマー化合物はキメラオリゴヌクレオチドである。
本明細書において用いる場合、「モノマー」という用語は、オリゴマーの単一の単位をさす。モノマーには、天然に存在しようともしくは修飾されようと、ヌクレオシドおよびヌクレオチドが包含されるがこれらに限定されるものではない。
本明細書において用いる場合、「オリゴヌクレオシド」は、ヌクレオシド間結合がリン原子を含有しないオリゴヌクレオチドをさす。
本明細書において用いる場合、「オリゴヌクレオチド」という用語は、複数の連結ヌクレオチドを含んでなるオリゴマー化合物をさす。ある態様において、オリゴヌクレオチドの１つもしくはそれ以上のヌクレオチドは修飾される。ある態様において、オリゴヌクレオチドはリボ核酸（ＲＮＡ）もしくはデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を含んでなる。ある態様において、オリゴヌクレオチドは天然に存在するそして／もしくは天然に存在しない核酸塩基、糖および共有結合ヌクレオチド間結合からなり、そして非核酸コンジュゲートをさらに含むことができる。
本明細書において用いる場合、「ヌクレオチド間結合」は隣接するヌクレオチド間の共有結合をさす。
本明細書において用いる場合、「モノマー結合」という用語は２個のモノマー間の共有結合をさす。モノマー結合には、ヌクレオチド間結合およびヌクレオシド間結合が包含されるがこれらに限定されるものではない。
本明細書において用いる場合、「天然に存在するヌクレオチド間結合」は３’〜５’ホスホジエステル結合をさす。
本明細書において用いる場合、「アンチセンス化合物」という用語は、それがハイブリダイズする標的核酸分子に少なくとも部分的に相補的であるオリゴマー化合物をさす。ある態様において、アンチセンス化合物は標的核酸の発現を調節する（増加するかもしくは減少する）。アンチセンス化合物には、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチドアナログ、オリゴヌクレオチド模倣物およびこれらのキメラの組み合わせである化合物が包含されるがこれらに限定されるものではない。従って、全てのアンチセンス化合物はオリゴマー化合物であるが、全てのオリゴマー化合物がアンチセンス化合物であるとは限らない。
本明細書において用いる場合、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」という用語は、オリゴヌクレオチドであるアンチセンス化合物をさす。
本明細書において用いる場合、「親アンチセンスオリゴヌクレオチド」という用語は、各々５個の２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）リボヌクレオチドを有する第一および第二のウィング領域が隣接する１０個の２’−デオキシリボヌクレオチドを有するデオキシギャップ領域を有し（５−１０−５ ＭＯＥギャップマー）そしてそれが親である対応する短いアンチセンス化合物の配列を含んでなる２０ヌクレオチドの長さのオリゴヌクレオチドをさす。
本明細書において用いる場合、「短いアンチセンス化合物」という用語は約８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６個のモノマーの長さのアンチセンス化合物をさす。ある態様において、短いアンチセンス化合物は少なくとも１つの高親和性修飾を有する。
本明細書において用いる場合、「短いアンチセンスオリゴヌクレオチド」という用語は約８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６ヌクレオチドの長さのアンチセンスオリゴヌクレオチドをさす。ある態様において、短いアンチセンスオリゴヌクレオチドは少なくとも１つの高親和性修飾を有する。
本明細書において用いる場合、「短いギャップマー」という用語は、各々独立して１〜３ヌクレオチドの長さの第一および第二のウィング領域ならびに２〜１４核酸塩基の長さのギャップ領域を有する短いアンチセンスオリゴヌクレオチドをさす。
本明細書において用いる場合、「モチーフ」という用語は短いアンチセンス化合物における非修飾および修飾ヌクレオチドのパターンをさす。
本明細書において用いる場合、「キメラアンチセンスオリゴマー」という用語は、同じアンチセンスオリゴマー化合物内の少なくとも１つの他の糖、核酸塩基もしくはヌクレオシド間結合と比較した場合に異なって修飾される少なくとも１つの糖、核酸塩基もしくはヌクレオシド間結合を有するアンチセンスオリゴマー化合物をさす。糖、核酸塩基およびヌクレオシド間結合の残りは、独立して修飾されるかもしくは非修飾であり、同じかもしくは異なることができる。
本明細書において用いる場合、「キメラアンチセンスオリゴヌクレオチド」という用語は、同じアンチセンスオリゴヌクレオチド内の少なくとも１つの他の糖、核酸塩基もしくはヌクレオシド間結合と比較した場合に異なって修飾される少なくとも１つの糖、核酸塩基もしくはヌクレオシド間結合を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドをさす。糖、核酸塩基およびヌクレオシド間結合の残りは、独立して修飾されるかもしくは非修飾であり、同じかもしくは異なることができ。
本明細書において用いる場合、「混合バックボーンアンチセンスオリゴヌクレオチド」という用語は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合がアンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの他のヌクレオチド間結合と異なるアンチセンスオリゴヌクレオチドをさす。
本明細書において用いる場合、「標的」という用語は、その調節が所望されるタンパク
質をさす。
本明細書において用いる場合、「標的遺伝子」という用語は標的をコードする遺伝子をさす。
本明細書において用いる場合、「標的核酸」および「標的をコードする核酸分子」という用語は、その発現もしくは活性がアンチセンス化合物により調節されることができる任意の核酸分子をさす。標的核酸には、標的をコードするＤＮＡから転写されるＲＮＡ（プレ−ｍＲＮＡおよびｍＲＮＡもしくはその一部が包含されるがこれらに限定されるものではない）、ならびにそのようなＲＮＡ由来のｃＤＮＡ、およびｍｉＲＮＡが包含されるがこれらに限定されるものではない。例えば、標的核酸は、その発現が特定の障害もしくは疾患状態と関連する細胞遺伝子（もしくは該遺伝子から転写されるｍＲＮＡ）、または感染性因子からの核酸分子であることができる。
本明細書において用いる場合、「標的とする」もしくは「を標的とする」という用語は、特定の標的核酸分子もしくは標的核酸分子内のヌクレオチドの特定の領域へのアンチセンス化合物の会合をさす。
本明細書において用いる場合、「５’標的部位」という用語は、特定のアンチセンス化合物の最も５’のヌクレオチドに相補的である標的核酸のヌクレオチドをさす。
本明細書において用いる場合、「３’標的部位」という用語は、特定のアンチセンス化合物の最も３’のヌクレオチドに相補的である標的核酸のヌクレオチドをさす。
本明細書において用いる場合、「標的領域」という用語は、１つもしくはそれ以上のアンチセンス化合物が相補的である標的核酸の部分をさす。
本明細書において用いる場合、「標的セグメント」という用語は標的核酸内の領域のより小さいかもしくはサブ部分をさす。
本明細書において用いる場合、「核酸塩基相補性」という用語は別の核酸塩基と塩基対合することができる核酸塩基をさす。例えば、ＤＮＡにおいて、アデニン（Ａ）はチミン（Ｔ）に相補的である。例えば、ＲＮＡにおいて、アデニン（Ａ）はウラシル（Ｕ）に相補的である。ある態様において、相補的核酸塩基は、その標的核酸の核酸塩基と塩基対合することができるアンチセンス化合物の核酸塩基をさす。例えば、アンチセンス化合物のある位置の核酸塩基が標的核酸のある位置の核酸塩基と水素結合することができる場合、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の水素結合の位置はその核酸塩基対で相補的であると考えられる。
本明細書において用いる場合、「非相補的核酸塩基」という用語は、相互に水素結合を形成しないかもしくはそうでなければハイブリダイゼーションをサポートしない１対の核酸塩基をさす。
本明細書において用いる場合、「相補性」という用語は、核酸塩基相補性によって別のオリゴマー化合物もしくは核酸にハイブリダイズするオリゴマー化合物の能力をさす。ある態様において、アンチセンス化合物およびその標的は、各分子における十分な数の対応する位置が、アンチセンス化合物と標的との間の安定な会合を可能にするように相互に結合することができる核酸塩基により占められる場合に相互に相補的である。当業者は、会合したままであるオリゴマー化合物の能力を除くことなしにミスマッチの包含が可能であることを認識する。従って、本明細書に記述されるのは、ミスマッチである（すなわち、標的の対応するヌクレオチドに相補的な核酸塩基ではない）約２０％までのヌクレオチドを含んでなることができるアンチセンス化合物である。好ましくは、アンチセンス化合物は約１５％以下、より好ましくは約１０％以下、最も好ましくは５％以下のミスマッチを含有するかもしくはミスマッチを含有しない。残りのヌクレオチドは相補的な核酸塩基であるかもしくはそうでなければハイブリダイゼーションを妨害しない（例えばユニバーサル塩基）。当業者は、本明細書に提供される化合物が標的核酸に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％相補的であることを認識する。
本明細書において用いる場合、「ミスマッチ」という用語は相補的オリゴマー化合物内の非相補的核酸塩基をさす。
本明細書において用いる場合、「ハイブリダイゼーション」は相補的オリゴマー化合物（例えばアンチセンス化合物およびその標的核酸）の対合を意味する。特定の機序に限定されないが、対合の最も一般的な機序は、相補的ヌクレオシドもしくはヌクレオチド塩基（核酸塩基）間の、ワトソン−クリック、フッグスティーンもしくは逆フッグスティーン水素結合であり得る、水素結合を伴う。例えば、天然塩基アデニンは水素結合の形成によって対合する天然核酸塩基チミジンおよびウラシルに相補的な核酸塩基である。天然塩基グアニンは、天然塩基シトシンおよび５−メチルシトシンに相補的な核酸塩基である。ハイブリダイゼーションは、様々な状況下で起こることができる。
本明細書において用いる場合、「特異的にハイブリダイズする」という用語は、ある核酸部位にそれが別の核酸部位にハイブリダイズするより大きい親和性でハイブリダイズするオリゴマー化合物の能力をさす。ある態様において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは１つより多くの標的部位に特異的にハイブリダイズする。
本明細書において用いる場合、「設計している」もしくは「ために設計される」は、選択した核酸分子と特異的にハイブリダイズするオリゴマー化合物を設計する方法をさす。
本明細書において用いる場合、「調節」という用語は、調節の前の機能もしくは活性のレベルと比較した場合の機能もしくは活性の変動をさす。例えば、調節には遺伝子発現の増加（刺激もしくは誘導）もしくは減少（阻害もしくは低下）のいずれかの変化が包含される。さらなる例として、発現の調節には、プレ−ｍＲＮＡプロセシングのスプライス部位選択を乱すことを包含することができる。
本明細書において用いる場合、「発現」という用語は、遺伝子のコード情報が細胞において存在しそして機能する構造に転化される全ての機能および段階をさす。そのような構造には、転写および翻訳の産物が包含されるがこれらに限定されるものではない。
本明細書において用いる場合、「バリアント」は、ＤＮＡの同じゲノム領域から生成されることができる代わりのＲＮＡ転写産物をさす。バリアントには、同じゲノムＤＮＡから生成される他の転写産物とそれらの開始もしくは終止位置のいずれかにおいて異なりそしてイントロンおよびエキソン配列の両方を含有する同じゲノムＤＮＡから生成される転写産物である「プレ−ｍＲＮＡバリアント」が包含されるがこれらに限定されるものではない。バリアントにはまた、代わりのスプライス部位もしくは代わりの開始および終止コドンを有するものも包含されるがこれらに限定されるものではない。
本明細書において用いる場合、「高親和性修飾モノマー」は、修飾がその標的核酸への高親和性修飾モノマーを含んでなるアンチセンス化合物の親和性を増加するように、天然に存在するモノマーと比較した場合に、少なくとも１つの修飾核酸塩基、ヌクレオシド間結合もしくは糖部分を有するモノマーをさす。高親和性修飾には、２’−修飾糖を含んでなるモノマー（例えば、ヌクレオシドおよびヌクレオチド）が包含されるがこれらに限定されるものではない。
本明細書において用いる場合、「２’−修飾された」もしくは「２’−置換された」という用語は、ＨもしくはＯＨ以外の２’位での置換基を含んでなる糖を意味する。２’−修飾モノマーには、ＢＮＡおよびアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）もしくはＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（ここで、各ＲｍおよびＲｎは独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）のような２’−置換基を有するモノマー（例えば、ヌクレオシドおよびヌクレオチド）が包含されるがこれらに限定されるものではない。ある態様において、短いアンチセンス化合物は、式２’−Ｏ（ＣＨ２）ｎＨ（式中、ｎは１〜６である）を有さない２’修飾モノマーを含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物は、式２’−ＯＣＨ３を有さない２’修飾モノマーを含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物は式もしくは代替物において（ｉｎ ｔｈｅ ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ）２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３を有さない２’修飾モノマーを含んでなる。
本明細書において用いる場合、「二環式核酸」もしくは「ＢＮＡ」もしくは「二環式ヌクレオシド」もしくは「二環式ヌクレオチド」という用語は、ヌクレオシドのフラノース部分がフラノース環上の２個の炭素原子を連結する架橋を含み、それによって二環式環系を形成するヌクレオシドもしくはヌクレオチドをさす。
本明細書において用いる場合、他に示されない限り、「メチレンオキシＢＮＡ」という用語は単独でβ−Ｄ−メチレンオキシＢＮＡをさす。
本明細書において用いる場合、「ＭＯＥ」という用語は２’−メトキシエチル置換基をさす。
本明細書において用いる場合、「ギャップマー」という用語は中央領域（「ギャップ」）および中央領域の両側の領域（「ウィング」）を含んでなるキメラオリゴマー化合物をさし、ここで、ギャップは各ウィングのものと異なる少なくとも１つの修飾を含んでなる。そのような修飾には、核酸塩基、モノマー結合および糖修飾ならびに修飾の欠如（非修飾）が包含される。従って、ある態様において、ウィングの各々におけるヌクレオチド結合はギャップにおけるヌクレオチド結合と異なる。ある態様において、各ウィングは高親和性修飾を有するヌクレオチドを含んでなり、そしてギャップはその修飾を含んでならないヌクレオチドを含んでなる。ある態様において、ギャップにおけるヌクレオチドおよびウィングにおけるヌクレオチドは全て高親和性修飾を含んでなるが、ギャップにおける高親和性修飾はウィングにおける高親和性修飾と異なる。ある態様において、ウィングにおける修飾は相互に同じである。ある態様において、ウィングにおける修飾は相互に異なる。ある態様において、ギャップにおけるヌクレオチドは非修飾であり、そしてウィングにおけるヌクレオチドは修飾される。ある態様において、各ウィングにおける修飾（１つもしくは複数）は同じである。ある態様において、一方のウィングにおける修飾（１つもしくは複数）はもう一方のウィングにおける修飾（１つもしくは複数）と異なる。ある態様において、短いアンチセンス化合物はギャップに２’−デオキシヌクレオチドそしてウィングに高親和性修飾を有するヌクレオチドを有するギャップマーである。
本明細書において用いる場合、「プロドラッグ」という用語は、内因性酵素または他の化学物質および／もしくは条件の作用により体もしくはその細胞内で活性形態（すなわち、薬剤）に転化される不活性形態で製造される治療薬をさす。
本明細書において用いる場合、「製薬学的に許容しうる塩」という用語は、活性化合物の所望の生物学的活性を保持しそしてそれに好ましくない毒物学的影響を与えない活性化合物の塩をさす。
本明細書において用いる場合、「キャップ構造」もしくは「末端のキャップ部分」という用語は、アンチセンス化合物のいずれかの末端で導入されている化学修飾をさす。
本明細書において用いる場合、「予防」という用語は、数時間〜数日、好ましくは数週〜数ヶ月の期間にわたって症状もしくは疾患の発現もしくは発症を遅らせることもしくは防ぐことをさす。
本明細書において用いる場合、「改善」という用語は症状もしくは疾患の重症度の少なくとも１つの指標の軽減をさす。指標の重症度は、当業者に既知である主観的もしくは客観的尺度により決定することができる。
本明細書において用いる場合、「処置」という用語は疾患もしくは症状の改変もしくは改善をもたらすために本発明の組成物を投与することをさす。予防、改善および／もしくは処置は一定の間隔で、または疾病もしくは症状の経過を改変するために疾患もしくは症状の発現の前に複数の用量の投与を必要とし得る。さらに、単一の薬剤を順次もしくは同時に症状もしくは疾患の各予防、改善および処置のために単一の個体において用いることができる。
本明細書において用いる場合、「製薬学的薬剤」という用語は、患者に投与した場合に治療利益を与える物質をさす。
本明細書において用いる場合、「治療的に有効な量」という用語は、動物に治療利益を与える製薬学的薬剤の量をさす。
本明細書において用いる場合、「投与すること」は動物に製薬学的薬剤を与えることを意味し、そして医療専門家による投与および自己投与が包含されるがこれらに限定されるものではない。
本明細書において用いる場合、「共投与」という用語は動物への２つもしくはそれ以上の製薬学的薬剤の投与をさす。２つもしくはそれ以上の製薬学的薬剤は単一の製薬学的組成物においてであることができ、もしくは別個の製薬学的組成物においてであることができる。２つもしくはそれ以上の製薬学的薬剤の各々は、同じもしくは異なる投与経路によって投与することができる。共投与には、同時もしくは順次の投与が包含される。
本明細書において用いる場合、「製薬学的組成物」という用語は個体に投与するために適当な物質の混合物をさす。例えば、製薬学的組成物はアンチセンスオリゴヌクレオチドおよび滅菌水溶液を含んでなることができる。
本明細書において用いる場合、「個体」という用語は処置もしくは治療のために選択されるヒトもしくは非ヒト動物をさす。
本明細書において用いる場合、「動物」という用語はヒト、またはマウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、ならびにサルおよびチンパンジーが包含されるがこれらに限定されるものではない非ヒト哺乳類が包含されるがこれらに限定されるものではない非ヒト動物をさす。
本明細書において用いる場合、「患者」という用語は、製薬学的組成物が投与されるヒトが包含されるがそれに限定されるものではない動物をさす。
本明細書において用いる場合、「期間」という用語は活性もしくは事象が続く期間をさす。ある態様において、処置の期間は製薬学的薬剤の用量が投与される期間である。
本明細書において用いる場合、「非経口投与」という用語は注射もしくは注入による投与をさす。非経口投与には皮下投与、静脈内投与もしくは筋肉内投与が包含されるがこれらに限定されるものではない。
本明細書において用いる場合、「皮下投与」という用語は皮膚の直下の投与をさす。「静脈内投与」は静脈への投与を意味する。
本明細書において用いる場合、「用量」という用語は単一投与において与えられる製薬学的薬剤の特定の量をさす。ある態様において、用量は２つもしくはそれ以上のボーラス、錠剤もしくは注射において投与することができる。例えば、ある態様において、皮下投与が所望される場合、所望の用量は単一の注射により容易に提供されない容量を必要とする。そのような態様において、所望の用量を達成するために２つもしくはそれ以上の注射を用いることができる。ある態様において、用量は、個体における注射部位反応を最小限に抑えるために２つもしくはそれ以上の注射において投与することができる。
本明細書において用いる場合、「投与単位」という用語は、製薬学的薬剤が提供される形態をさす。ある態様において、投与単位は、凍結乾燥したアンチセンスオリゴヌクレオチドを含んでなるバイアルである。ある態様において、投与単位は、再構成したアンチセンスオリゴヌクレオチドを含んでなるバイアルである。
本明細書において用いる場合、「製薬学的薬剤」という用語は、個体に投与した場合に治療利益を与える物質をさす。例えば、ある態様において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは製薬学的薬剤である。
本明細書において用いる場合、「有効製薬学的成分」という用語は、所望の効果を与える製薬学的組成物における物質をさす。
本明細書において用いる場合、「治療的に有効な量」という用語は、個体に治療利益を与える製薬学的薬剤の量をさす。ある態様において、アンチセンス化合物の治療的に有効な量は、観察可能な利益をもたらすために投与する必要がある量である。
本明細書において用いる場合、「高コレステロール血症」という用語は上昇した血清コレステロールを特徴とする症状をさす。
本明細書において用いる場合、「高脂血症」という用語は上昇した血清脂質を特徴とする症状をさす。
本明細書において用いる場合、「高トリグリセリド血症」という用語は上昇したトリグリセリドレベルを特徴とする症状をさす。
本明細書において用いる場合、「非家族性高コレステロール血症」という用語は、単一の遺伝性遺伝子突然変異の結果ではない上昇したコレステロールを特徴とする症状をさす。
本明細書において用いる場合、「多遺伝子性高コレステロール血症」という用語は、様々な遺伝因子の影響に起因する上昇したコレステロールを特徴とする症状をさす。ある態様において、多遺伝子性高コレステロール血症は脂質の食事摂取により悪化し得る。
本明細書において用いる場合、「家族性高コレステロール血症（ＦＨ）」は、ＬＤＬ−受容体（ＬＤＬ−Ｒ）遺伝子における突然変異、著しく上昇したＬＤＬ−Ｃおよびアテローム性動脈硬化症の早期発現を特徴とする常染色体優性代謝性疾患をさす。家族性高コレステロール血症の診断は、個体が以下の基準：２個の突然変異したＬＤＬ受容体遺伝子を確認する遺伝子検査；１個の突然変異したＬＤＬ受容体遺伝子を確認する遺伝子検査；５００ｍｇ／ｄＬより大きい未処置の血清ＬＤＬ−コレステロールの履歴；１０歳より前の腱および／もしくは皮膚黄色腫；または両親がヘテロ接合性家族性高コレステロール血症と一致する脂質低下療法の前の上昇した血清ＬＤＬ−コレステロールを記録しているの１つもしくはそれ以上を満たす場合に行われる。
本明細書において用いる場合、「ホモ接合性家族性高コレステロール血症」もしくは「ＨｏＦＨ」という用語は、母系および父系ＬＤＬ−Ｒ遺伝子の両方における突然変異を特徴とする症状をさす。
本明細書において用いる場合、「ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症」もしくは「ＨｅＦＨ」という用語は、母系もしくは父系ＬＤＬ−Ｒ遺伝子のいずれかにおける突然変異を特徴とする症状をさす。
本明細書において用いる場合、「混合型異常脂質血症」という用語は、上昇した血清コレステロールおよび上昇した血清トリグリセリドを特徴とする症状をさす。
本明細書において用いる場合、「糖尿病性異常脂質血症」もしくは「異常脂質血症を伴うＩＩ型糖尿病」という用語は、ＩＩ型糖尿病、減少したＨＤＬ−Ｃ、上昇した血清トリグリセリドおよび上昇したスモール高密度ＬＤＬ粒子を特徴とする症状をさす。
本明細書において用いる場合、「ＣＨＤ危険群（ｒｉｓｋ ｅｑｕｉｖａｌｅｎｔｓ）」という用語は、冠状動脈性心臓疾患の高い危険性を与える臨床アテローム性動脈硬化症の指標をさす。例えば、ある態様において、ＣＨＤ危険群には臨床冠状動脈性心臓疾患、症候性頸動脈疾患、末梢動脈疾患および／もしくは腹部大動脈瘤が包含されるが限定されない。
本明細書において用いる場合、「非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）」という用語は、過度のアルコール摂取（例えば、２０ｇ／日を越えるアルコール消費）に起因しない肝臓の脂肪炎症を特徴とする症状をさす。ある態様において、ＮＡＦＬＤはインシュリン耐性およびメタボリック症候群に関連する。
本明細書において用いる場合、「非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）」という用語は、過度のアルコール摂取に起因しない、肝臓における炎症ならびに脂肪および線維性組織の蓄積を特徴とする症状をさす。ＮＡＳＨはＮＡＦＬＤの極端な形態である。
本明細書において用いる場合、「主要危険因子」という用語は、特定の疾患もしくは症状の高い危険性に寄与する因子をさす。ある態様において、冠状動脈性心臓疾患の主要危険因子には、喫煙、高血圧、低いＨＤＬ−Ｃ、冠状動脈性心臓疾患の家族歴および年齢が包含されるが限定されない。
本明細書において用いる場合、「ＣＨＤ危険因子」という用語はＣＨＤ危険群および主要危険因子をさす。
本明細書において用いる場合、「冠状動脈性心臓疾患（ＣＨＤ）」という用語は、アテローム性動脈硬化症の結果であることが多い、心臓に血液および酸素を供給する微小血管の狭窄をさす。
本明細書において用いる場合、「減少した冠状動脈性心臓疾患の危険性」という用語は、個体が冠状動脈性心臓疾患を発症する可能性の減少をさす。ある態様において、冠状動脈性心臓疾患の危険性の減少は、１つもしくはそれ以上のＣＨＤ危険因子の改善、例えばＬＤＬ−Ｃレベルの減少により測定される。
本明細書において用いる場合、「アテローム性動脈硬化症」という用語は大動脈および中動脈に影響を及ぼす動脈の硬化をさし、そして脂肪性沈着物の存在を特徴とする。脂肪性沈着物は「アテローム」もしくは「プラーク」と呼ばれ、それは主にコレステロールおよび他の脂肪、カルシウムおよび瘢痕組織からなり、そして動脈の内膜に損傷を与える。
本明細書において用いる場合、「冠状動脈性心臓疾患の病歴」という用語は、個体もしくは個体の家族の病歴における臨床的に明らかな冠状動脈性心臓疾患の発生をさす。
本明細書において用いる場合、「早発型冠状動脈性心臓疾患」という用語は、５０歳より前の冠状動脈性心臓疾患の診断をさす。
本明細書において用いる場合、「スタチン不耐性個体」という用語は、スタチン療法の結果としてクレアチンキナーゼ増加、肝機能試験異常、筋肉痛もしくは中枢神経系副作用の１つもしくはそれ以上を経験する個体をさす。
本明細書において用いる場合、「効能」という用語は所望の効果をもたらす能力をさす。例えば、脂質低下療法の効能は、ＬＤＬ−Ｃ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非−ＨＤＬ−Ｃ、ＡｐｏＢ、リポタンパク質（ａ）もしくはトリグリセリドの１つもしくはそれ以上の濃度の減少であることができる。
本明細書において用いる場合、「許容しうる安全性プロフィール」という用語は、臨床的に許容しうる限度内である副作用のパターンをさす。
本明細書において用いる場合、「副作用」という用語は、所望の効果以外の処置に起因する生理学的反応をさす。ある態様において、副作用には注射部位反応、肝機能試験異常、腎機能異常、肝臓毒性、腎臓毒性、中枢神経系異常およびミオパシーが包含されるが限定されない。例えば、血清における増加したアミノトランスフェラーゼレベルは肝臓毒性もしくは肝機能異常を示すことができる。例えば、増加したビリルビンは肝臓毒性もしくは肝機能異常を示すことができる。
本明細書において用いる場合、「注射部位反応」という用語は個体における注射の部位での皮膚の炎症もしくは異常な赤みをさす。
本明細書において用いる場合、「個体のコンプライアンス」という用語は、個体による推奨もしくは処方治療への順守をさす。
本明細書において用いる場合、「脂質低下療法」という用語は、個体における１つもしくはそれ以上の脂質を減少するために個体に与えられる治療処方計画をさす。ある態様において、脂質低下療法は、個体におけるＡｐｏＢ、総コレステロール、ＬＤＬ−Ｃ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非−ＨＤＬ−Ｃ、トリグリセリド、スモール高密度ＬＤＬ粒子およびＬｐ（ａ）の１つもしくはそれ以上を減少するために与えられる。
本明細書において用いる場合、「脂質低下薬」という用語は、個体における脂質の低下を成し遂げるために個体に与えられる製薬学的薬剤をさす。例えば、ある態様において、脂質低下薬は、ＡｐｏＢ、ＬＤＬ−Ｃ、総コレステロールおよびトリグリセリドの１つもしくはそれ以上を減少するために個体に与えられる。
本明細書において用いる場合、「ＬＤＬ−Ｃ目標」という用語は、脂質低下療法後に所望されるＬＤＬ−Ｃレベルをさす。
本明細書において用いる場合、「順守する」という用語は個体による推奨治療の順守をさす。
本明細書において用いる場合、「推奨治療」という用語は、疾患の処置、改善もしくは予防のために医療専門家により推奨される治療処方計画をさす。
本明細書において用いる場合、「低いＬＤＬ−受容体活性」という用語は、血流におけるＬＤＬ−Ｃの臨床的に許容しうるレベルを維持するために十分に高くないＬＤＬ−受容体活性をさす。
本明細書において用いる場合、「心臓血管アウトカム（ｏｕｔｃｏｍｅ）」という用語は主要な有害心臓血管事象の発生をさす。
本明細書において用いる場合、「改善された心臓血管アウトカム」という用語は、主要な有害心臓血管事象の発生もしくはその危険性の減少をさす。主要な有害心臓血管事象の例には、死亡、再梗塞、卒中、心原性ショック、肺水腫、心停止および心房性不整脈が包含されるが限定されない。
本明細書において用いる場合、「心臓血管アウトカムの代理マーカー」という用語は、心臓血管事象もしくはその危険性の間接的指標をさす。例えば、心臓血管アウトカムの代理マーカーには、頸動脈内膜中膜厚（ＣＩＭＴ）が包含される。心臓血管アウトカムの代理マーカーの別の例には、アテロームサイズが包含される。アテロームサイズは、血管内超音波法（ＩＶＵＳ）により決定することができる。
本明細書において用いる場合、「増加したＨＤＬ−Ｃ」という用語は、経時的な個体における血清ＨＤＬ−Ｃの増加をさす。
本明細書において用いる場合、「脂質低下」という用語は、経時的な個体における１つもしくはそれ以上の血清脂質の減少をさす。
本明細書において用いる場合、「代謝性疾患」という用語は代謝機能の改変もしくは障害を特徴とする症状をさす。「代謝性」および「代謝」は当該技術分野において周知の用語であり、そして生体内で起こる生化学過程の全範囲が一般に包含される。代謝性疾患には、高血糖、前糖尿病、糖尿病（Ｉ型およびＩＩ型）、肥満、インシュリン耐性およびメタボリック症候群が包含されるがこれらに限定されるものではない。
本明細書において用いる場合、「メタボリック症候群」という用語は、代謝起源の脂質および非脂質心臓血管危険因子のクラスタリングをさす。それはインシュリン耐性として知られている全身性代謝性疾患と密接に関連している。全米コレステロール教育プログラム（ＮＣＥＰ）成人治療委員会ＩＩＩ（ＡＴＰＩＩＩ）は、５つの危険決定因子のうち３つもしくはそれ以上が存在する場合のメタボリック症候群の診断の基準を定めた。５つの危険決定因子は、男性では１０２ｃｍより大きいもしくは女性では８８ｃｍより大きい腹囲として定義される腹部肥満、１５０ｍｇ／ｄＬ以上のトリグリセリドレベル、男性では４０ｍｇ／ｄＬ未満そして女性では５０ｍｇ／ｄＬ未満のＨＤＬコレステロールレベル、１３０／８５ｍｍＨｇ以上の血圧および１１０ｍｇ／ｄＬ以上の空腹時血糖値である。これらの決定因子は、臨床業務において容易に測定することができる（ＪＡＭＡ，２００１，２８５：２４８６−２４９７）。
「アルキル」という用語は、本明細書において用いる場合、２４個までの炭素原子を含有する飽和した直鎖状もしくは分枝鎖状炭化水素基をさす。アルキル基の例にはメチル、エチル、プロピル、ブチル、イソプロピル、ｎ−ヘキシル、オクチル、デシル、ドデシルなどが包含されるがこれらに限定されるものではない。アルキル基は典型的には１〜約２４個の炭素原子、より典型的には１〜約１２個の炭素原子（Ｃ１〜Ｃ１２アルキル）を含み、１〜約６個の炭素原子がより好ましい。「低級アルキル」という用語は、本明細書において用いる場合、１〜約６個の炭素原子を含む。アルキル基は、本明細書において用いる場合、場合により１個もしくはそれ以上のさらなる置換基を含んでもよい。
「アルケニル」という用語は、本明細書において用いる場合、２４個までの炭素原子を含有しそして少なくとも１個の炭素−炭素二重結合を有する直鎖状もしくは分枝鎖状炭化水素鎖基をさす。アルケニル基の例にはエテニル、プロペニル、ブテニル、１−メチル−２−ブテン−１−イル、１，３−ブタジエンのようなジエンなどが包含されるがこれらに限定されるものではない。アルケニル基は典型的には２〜約２４個の炭素原子、より典型的には２〜約１２個の炭素原子を含み、２〜約６個の炭素原子がより好ましい。アルケニル基は、本明細書において用いる場合、場合により１個もしくはそれ以上のさらなる置換基を含んでもよい。
「アルキニル」という用語は、本明細書において用いる場合、２４個までの炭素原子を含有しそして少なくとも１個の炭素−炭素三重結合を有する直鎖状もしくは分枝鎖状炭化水素基をさす。アルキニル基の例にはエチニル、１−プロピニル、１−ブチニルなどが包含されるがこれらに限定されるものではない。アルキニル基は典型的には２〜約２４個の炭素原子、より典型的には２〜約１２個の炭素原子を含み、２〜約６個の炭素原子がより好ましい。アルキニル基は、本明細書において用いる場合、場合により１個もしくはそれ以上のさらなる置換基を含んでもよい。
「アミノアルキル」という用語は、本明細書において用いる場合、アミノ置換されたアルキル基をさす。この用語には、任意の位置でアミノ置換基を有しそしてアルキル基が親分子にアミノアルキル基をつなぐＣ１〜Ｃ１２アルキル基が包含されるものとする。アミノアルキル基のアルキルおよび／もしくはアミノ部分は、置換基でさらに置換されることができる。
「脂肪族」という用語は、本明細書において用いる場合、任意の２個の炭素原子間の飽和が単、二重もしくは三重結合である２４個までの炭素原子を含有する直鎖状もしくは分枝鎖状炭化水素基をさす。脂肪族基は好ましくは１〜約２４個の炭素原子、より典型的には１〜約１２個の炭素原子を含有し、１〜約６個の炭素原子がより好ましい。脂肪族基の直鎖もしくは分枝鎖は、窒素、酸素、硫黄およびリンが包含される１個もしくはそれ以上のヘテロ原子で遮られることができる。ヘテロ原子で遮られるそのような脂肪族基にはポリアルコキシ、例えばポリアルキレングリコール、ポリアミンおよびポリイミンが包含されるが限定されない。脂肪族基は、本明細書において用いる場合、場合によりさらなる置換基を含んでもよい。
「脂環式」もしくは「アリサイクリル」という用語は、環が脂肪族である環式環系をさす。環系は、少なくとも１個の環が脂肪族である１個もしくはそれ以上の環を含んでなることができる。好ましい脂環式には、環に約５〜約９個の炭素原子を有する環が包含される。脂環式は、本明細書において用いる場合、場合によりさらなる置換基を含んでもよい。
「アルコキシ」という用語は、本明細書において用いる場合、親分子にアルコキシ基をつなぐために酸素原子が用いられる、アルキル基と酸素原子との間で形成される基をさす。アルコキシ基の例にはメトキシ、エトキシ、プロポキシ、イソプロポキシ、ｎ−ブトキシ、ｓｅｃ−ブトキシ、ｔｅｒｔ−ブトキシ、ｎ−ペントキシ、ネオペントキシ、ｎ−ヘキソキシなどが包含されるがこれらに限定されるものではない。アルコキシ基は、本明細書において用いる場合、場合によりさらなる置換基を含んでもよい。
「ハロ」および「ハロゲン」という用語は、本明細書において用いる場合、フッ素、塩素、臭素およびヨウ素から選択される原子をさす。
「アリール」および「芳香族」という用語は、本明細書において用いる場合、１個もしくはそれ以上の芳香環を有する単環式もしくは多環式炭素環系基をさす。アリール基の例にはフェニル、ナフチル、テトラヒドロナフチル、インダニル、インデニルなどが包含されるがこれらに限定されるものではない。好ましいアリール環系は、１個もしくはそれ以上の環に約５〜約２０個の炭素原子を有する。アリール基は、本明細書において用いる場合、場合によりさらなる置換基を含んでもよい。
「アラルキル」および「アリールアルキル」という用語は、本明細書において用いる場合、親分子にアラルキル基をつなぐためにアルキル基が用いられる、アルキル基とアリール基との間で形成される基をさす。例には、ベンジル、フェネチルなどが包含されるがこれらに限定されるものではない。アラルキル基は、本明細書において用いる場合、場合により基グループ（ｒａｄｉｃａｌ ｇｒｏｕｐ）を形成するアルキル、アリールもしくは両方の基に結合しているさらなる置換基を含んでもよい。
「複素環式基」という用語は、本明細書において用いる場合、少なくとも１個のヘテロ原子を含みそして不飽和であるか、部分的に飽和しているかもしくは完全に飽和している、従ってヘテロアリール基が包含される、基単環式もしくは多環式環系をさす。複素環式にはまた、縮合環の１つもしくはそれ以上が少なくとも１個のヘテロ原子を含有しそして他の環が１個もしくはそれ以上のヘテロ原子を含有することができるかまたは場合によりヘテロ原子を含有しなくてもよい縮合環系も包含されるものとする。複素環式基は典型的に硫黄、窒素もしくは酸素から選択される少なくとも１個の原子を含む。複素環式基の例には［１，３］ジオキソラン、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリルなどが包含される。複素環式基は、本明細書において用いる場合、場合によりさらなる置換基を含んでもよい。
「ヘテロアリール」および「複素芳香族」という用語は、本明細書において用いる場合、環の少なくとも１つが芳香族でありそして１個もしくはそれ以上のヘテロ原子を含む単環式もしくは多環式芳香環、環系または縮合環系を含んでなる基をさす。ヘテロアリール
にはまた、縮合環の１つもしくはそれ以上がヘテロ原子を含有しない系を包含する縮合環系も包含されるものとする。ヘテロアリール基は典型的に硫黄、窒素もしくは酸素から選択される１個の環原子を含む。ヘテロアリール基の例にはピリジニル、ピラジニル、ピリミジニル、ピロリル、ピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアジアゾリル、オキサジアゾリル、チオフェニル、フラニル、キノリニル、イソキノリニル、ベンズイミダゾリル、ベンゾオキサゾリル、キノキサリニルなどが包含されるがこれらに限定されるものではない。ヘテロアリール基は、親分子に直接または脂肪族基もしくはヘテロ原子のような連結部分を介して結合することができる。ヘテロアリール基は、本明細書において用いる場合、場合によりさらなる置換基を含んでもよい。
「ヘテロアリールアルキル」という用語は、本明細書において用いる場合、親分子にヘテロアリールアルキル基を結合することができるアルキル基を有する先に定義したとおりのヘテロアリール基をさす。例にはピリジニルメチル、ピリミジニルエチル、ナフチリジニルプロピルなどが包含されるがこれらに限定されるものではない。ヘテロアリールアルキル基は、本明細書において用いる場合、場合によりヘテロアリールもしくはアルキル部分の一方もしくは両方上にさらなる置換基を含んでもよい。
「単環式もしくは多環式構造」という用語には、本発明において用いる場合、縮合しているかもしくは連結される環を有する単一もしくは多環式である全ての環系が包含され、そして脂肪族、脂環式、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、アリールアルキル、複素環式、ヘテロアリール、複素芳香族、ヘテロアリールアルキルから個々に選択される単一および混合環系を含むものとする。そのような単環式および多環式構造は、均一であるかまたは完全に飽和、部分的に飽和もしくは完全に不飽和を包含する様々な飽和度を有する環を含有することができる。各環は、複素環ならびに例えば１つの環が炭素環原子のみを有しそして縮合環が２個の窒素原子を有するベンズイミダゾールのような混合モチーフにおいて存在することができるＣ環原子のみを含んでなる環を生じさせるためにＣ、Ｎ、ＯおよびＳから選択される環原子を含んでなることができる。単環式もしくは多環式構造は、例えば環の１つに結合している２個の＝Ｏ基を有するフタルイミドのような置換基でさらに置換することができる。別の態様において、単環式もしくは多環式構造は親分子に直接環原子を介して、置換基もしくは二官能性連結部分を介して結合することができる。
「アシル」という用語は、本明細書において用いる場合、有機酸からのヒドロキシル基の除去により形成される基をさし、そして一般式−Ｃ（Ｏ）−Ｘ（式中、Ｘは典型的には脂肪族、脂環式もしくは芳香族である）を有する。例には脂肪族カルボニル、芳香族カルボニル、脂肪族スルホニル、芳香族スルフィニル、脂肪族スルフィニル、芳香族ホスフェート、脂肪族ホスフェートなどが包含される。アシル基は、本明細書において用いる場合、場合によりさらなる置換基を含んでもよい。
「ヒドロカルビル」という用語には、Ｃ、ＯおよびＨを含んでなる基が包含される。包含されるのは、任意の飽和度を有する直鎖状、分枝鎖状および環式基である。そのようなヒドロカルビル基はＮ、ＯおよびＳから選択される１個もしくはそれ以上のヘテロ原子を含むことができ、そして１個もしくはそれ以上の置換基でさらに一もしくは多置換されることができる。
「置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ）」および「置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ ｇｒｏｕｐ）」という用語には、本明細書において用いる場合、所望の特性を高めるかもしくは所望の効果を与えるために他の基もしくは親化合物に典型的に付加される基が包含される。置換基は保護されているかもしくは保護されていないことができ、そして親化合物における１つの利用可能な部位にもしくは多数の利用可能な部位に付加することができる。置換基はまた他の置換基でさらに置換されることもでき、そして親化合物に直接またはアルキルもしくはヒドロカルビル基のような連結基を介して結合することができる。そのような基にはハロゲン、ヒドロキシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アシル（−Ｃ（Ｏ）Ｒａａ）、カルボキシル（−Ｃ（Ｏ）Ｏ−Ｒａａ）、脂肪族基、脂環式基、アルコキシ、置換されたオキソ（−Ｏ−Ｒａａ）、アリール、アラルキル、複素環式、ヘテロアリール、ヘテロアリールアルキル、アミノ（−ＮＲｂｂＲｃｃ）、イミノ（＝ＮＲｂｂ）、アミド（−Ｃ（Ｏ）ＮＲｂｂＲｃｃもしくは−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）Ｒａａ）、アジド（−Ｎ３）、ニトロ（−ＮＯ２）、シアノ（−ＣＮ）、カルバミド（−ＯＣ（Ｏ）ＮＲｂｂＲｃｃもしくは−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）ＯＲａａ）、ウレイド（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）ＮＲｂｂＲｃｃ）、チオウレイド（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｓ）ＮＲｂｂＲｃｃ）、グアニジニル（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（＝ＮＲｂｂ）ＮＲｂｂＲｃｃ）、アミジニル（−Ｃ（＝ＮＲｂｂ）ＮＲｂｂＲｃｃもしくは−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（ＮＲｂｂ）Ｒａａ）、チオール（−ＳＲｂｂ）、スルフィニル（−Ｓ（Ｏ）Ｒｂｂ）、スルホニル（−Ｓ（Ｏ）２Ｒｂｂ）、スルホンアミジル（−Ｓ（Ｏ）２ＮＲｂｂＲｃｃもしくは−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｓ（Ｏ）２Ｒｂｂ）およびコンジュゲート基が包含されるが限定されない。ここで、各Ｒａａ、ＲｂｂおよびＲｃｃは独立してＨ、場合により連結されていてもよい化学官能基もしくはさらなる置換基であり、好ましいリストには、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、脂肪族、アルコキシ、アシル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール、脂環式、複素環式およびヘテロアリールアルキルが包含されるが限定されない。
Ｂ．あるオリゴマー化合物
ある態様において、ＤＮＡもしくはＲＮＡのような天然に存在するオリゴマーと比較して、オリゴマー化合物を化学的に修飾することは望ましい。あるそのような修飾は、オリゴマー化合物の活性を改変する。あるそのような化学修飾は、例えば、その標的核酸に対するアンチセンス化合物の親和性を増加すること、１つもしくはそれ以上のヌクレアーゼに対するその耐性を増加することおよび／またはオリゴマー化合物の薬物動態学もしくは組織分布を改変することにより活性を改変することができる。ある場合において、その標的に対するオリゴマー化合物の親和性を増加する化学の使用は、より短いオリゴマー化合物の使用を可能にすることができる。
１．あるモノマー
ある態様において、オリゴマー化合物は１個もしくはそれ以上の修飾モノマーを含んでなる。あるそのような態様において、オリゴマー化合物は１個もしくはそれ以上の高親和性モノマーを含んでなる。ある態様において、そのような高親和性モノマーは：ＢＮＡおよびアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）もしくはＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（ここで、各ＲｍおよびＲｎは独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）のような２’−置換基を有するモノマー（例えば、ヌクレオシドおよびヌクレオチド）が包含されるがこれらに限定されるものではない、２’−修飾糖を含んでなるモノマ−（例えば、ヌクレオシドおよびヌクレオチド）から選択される。
ある態様において、本発明の短いアンチセンス化合物が包含されるがこれらに限定されるものではないオリゴマー化合物は１個もしくはそれ以上の高親和性モノマーを含んでなり、ただし、オリゴマー化合物は２’−Ｏ（ＣＨ２）ｎＨ（ここで、ｎは１〜６である）を含んでなるヌクレオチドを含んでならない。
ある態様において、本発明の短いアンチセンス化合物が包含されるがこれらに限定されるものではないオリゴマー化合物は１個もしくはそれ以上の高親和性モノマーを含んでなり、ただし、オリゴマー化合物は２’−ＯＣＨ３もしくは２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３を含んでなるヌクレオチドを含んでならない。
ある態様において、本発明の短いアンチセンス化合物が包含されるがこれらに限定されるものではないオリゴマー化合物は１個もしくはそれ以上の高親和性モノマーを含んでなり、ただし、オリゴマー化合物はα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡを含んでならない。
ある態様において、本発明の短いアンチセンス化合物が包含されるがこれらに限定されるものではないオリゴマー化合物は１個もしくはそれ以上の高親和性モノマーを含んでなり、ただし、オリゴマー化合物はβ−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡを含んでならない。
ある態様において、本発明の短いアンチセンス化合物が包含されるがこれらに限定されるものではないオリゴマー化合物は１個もしくはそれ以上の高親和性モノマーを含んでなり、ただし、オリゴマー化合物はα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡもしくはβ−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡを含んでならない。
ａ．ある核酸塩基
ヌクレオシドの天然に存在する塩基部分は、典型的に複素環式塩基である。そのような複素環式塩基の２つの最も一般的な種類は、プリンおよびピリミジンである。ペントフラノシル糖を含むこれらのヌクレオシドでは、リン酸基を糖の２’、３’もしくは５’ヒドロキシル部分に結合することができる。オリゴヌクレオチドを形成することにおいて、これらのリン酸基は隣接するヌクレオシドを相互に共有結合して直鎖状ポリマー化合物を生成せしめる。オリゴヌクレオチド内で、リン酸基はオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間バックボーンを形成すると一般に呼ばれる。ＲＮＡのそしてＤＮＡの天然に存在する結合もしくはバックボーンは、３’〜５’ホスホジエステル結合である。
プリン核酸塩基アデニン（Ａ）およびグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン核酸塩基チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）およびウラシル（Ｕ）のような「非修飾の」もしくは「天然の」核酸塩基に加えて、当業者に既知である多数の修飾核酸塩基もしくは核酸塩基模倣物が本明細書に記述される化合物で可能である。ある態様において、修飾核酸塩基は、例えば７−デアザプリン、５−メチルシトシンもしくはＧ−クランプのような、親核酸塩基に構造がかなり類似する核酸塩基である。ある態様において、核酸塩基模倣物には、例えば三環式フェノキサジン核酸塩基模倣物のようなより複雑な構造が包含される。上記の修飾核酸塩基の製造方法は、当業者に周知である。
ｂ．ある糖
本明細書に提供されるオリゴマー化合物は、修飾糖部分を有する、ヌクレオシドもしくはヌクレオチドを包含する、１個もしくはそれ以上のモノマーを含んでなることができる。例えば、ヌクレオシドのフラノシル糖部分は、置換基の付加、二環式核酸（ＢＮＡ）を生成せしめるための２個の非ジェミナル環原子の架橋が包含されるがこれらに限定されるものではない多数の方法で修飾することができる。
ある態様において、オリゴマー化合物は、ＢＮＡである１個もしくはそれ以上のモノマーを含んでなる。あるそのような態様において、ＢＮＡには、図１に示されるような、（Ａ）α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｂ）β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｃ）エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｄ）アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよび（Ｅ）オキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡが包含されるがこれらに限定されるものではない。
Figure 2009536039
ある態様において、ＢＮＡ化合物には、糖の４’と２’位との間に少なくとも１つの架橋を有する化合物が包含されるがこれらに限定されるものではなく、ここで、架橋の各々は独立して−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｃ（Ｒ２）−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲ１）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒ１）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−および−Ｎ（Ｒ１）−；
［ここで：
ｘは０、１もしくは２であり；
ｎは１、２、３もしくは４であり；
各Ｒ１およびＲ２は独立してＨ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換されたＣ５〜Ｃ２０アリール、複素環基、置換された複素環基、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、置換されたＣ５〜Ｃ７脂環式基、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換されたアシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）もしくはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり；そして
各Ｊ１およびＪ２は独立してＨ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換されたＣ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換されたアシル、複素環基、置換された複素環基、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アミノアルキルもしくは保護基である］
から独立して選択される１個もしくは２〜４個の連結基を含んでなる。
１つの態様において、ＢＮＡ化合物の架橋の各々は独立して−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（Ｒ１Ｒ２）−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−もしくは−Ｃ（Ｒ１Ｒ２）−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−である。別の態様において、該架橋の各々は独立して４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−２’および４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−２’−であり、ここで、各Ｒ１は独立してＨ、保護基もしくはＣ１〜Ｃ１２アルキルである。
あるＢＮＡは、特許文献においてならびに科学文献において製造されそして開示されている（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０；Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３−５６３８；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２；ＷＯ ９４／１４２２６；ＷＯ ２００５／０２１５７０；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９；ＢＮＡを開示する交付済み米国特許および公開出願の例には、例えば、米国特許第７，０５３，２０７号；第６，２６８，４９０号；第６，７７０，７４８号；第６，７９４，４９９号；第７，０３４，１３３号；および第６，５２５，１９１号；ならびに米国付与前公開第２００４−０１７１５７０号；第２００４−０２１９５６５号；第２００４−００１４９５９号；第２００３−０２０７８４１号；第２００４−０１４３１１４号；および第２００３００８２８０７号が包含される）。
また本明細書に提供されるのは、リボシル糖環の２’−ヒドロキシル基が糖環の４’炭
素原子に連結され、それによりメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）結合を形成して二環式糖部分を生成せしめるＢＮＡである（Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８−５６１；Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８ １−７；およびＯｒｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９−２４３に概説される；また米国特許：６，２６８，４９０および６，６７０，４６１も参照）。該結合は２’酸素原子と４’炭素原子を架橋するメチレン（−ＣＨ２−）基であることができ、それにはメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡという用語が二環式部分に使用され；この位置におけるエチレン基の場合には、エチレンオキシ（４’−ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡという用語が使用される（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６：Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００３，１１，２２１１−２２２６）。メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡおよび他の二環式糖アナログは、相補的ＤＮＡおよびＲＮＡとの非常に高い二本鎖熱安定性（Ｔｍ＝＋３〜＋１０℃）、３’−エキソ核酸分解に対する安定性および優れた溶解特性を示す。ＢＮＡを含んでなる強力なそして毒性のないアンチセンスオリゴヌクレオチドは記述されている（Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３−５６３８）。
同様に説明されているメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡの異性体は、３’−エキソヌクレアーゼに対して優れた安定性を有することが示されているアルファ−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡである。アルファ−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡは、強力なアンチセンス活性を示すアンチセンスギャップマーおよびキメラに導入された（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。
それらのオリゴマー化と一緒に、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡモノマーアデニン、シトシン、グアニン、５−メチル−シトシン、チミンおよびウラシルの合成および製造、ならびに核酸認識特性は記述されている（Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０）。ＢＮＡおよびその製造はまた、ＷＯ ９８／３９３５２およびＷＯ ９９／１４２２６にも記述されている。
メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡのアナログ、ホスホロチオエート−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡおよび２’−チオ−ＢＮＡもまた製造されている（Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２）。核酸ポリメラーゼの基質としてオリゴデオキシリボヌクレオチド二本鎖を含んでなるロックされた（ｌｏｃｋｅｄ）ヌクレオシドアナログの製造もまた記述されている（Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ ９９／１４２２６）。さらに、新規な配座固定された高親和性オリゴヌクレオチドアナログ、２’−アミノ−ＢＮＡの合成は、当該技術分野において記述されている（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９）。さらに、２’−アミノ−および２’−メチルアミノ−ＢＮＡが製造されており、そして相補的ＲＮＡおよびＤＮＡ鎖とのそれらの二本鎖の熱安定性は以前に報告されている。
修飾糖部分は周知であり、そしてその標的に対するアンチセンス化合物の親和性を改変し、典型的には増加しそして／もしくはヌクレアーゼ耐性を増すために用いることができる。好ましい修飾糖の代表的なリストには、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡおよびエチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’架橋）ＢＮＡが包含される二環式修飾糖（ＢＮＡ）；置換された糖、特に２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３もしくは２’−
Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３置換基を有する２’−置換された糖；および４’−チオ修飾糖が包含されるがこれらに限定されるものではない。糖はまた、とりわけ糖模倣基で置換されることもできる。修飾糖の製造方法は、当業者に周知である。そのような修飾糖の製造を教示するいくつかの代表的な特許および公開には、米国特許：４，９８１，９５７；５，１１８，８００；５，３１９，０８０；５，３５９，０４４；５，３９３，８７８；５，４４６，１３７；５，４６６，７８６；５，５１４，７８５；５，５１９，１３４；５，５６７，８１１；５，５７６，４２７；５，５９１，７２２；５，５９７，９０９；５，６１０，３００；５，６２７，０５３；５，６３９，８７３；５，６４６，２６５；５，６５８，８７３；５，６７０，６３３；５，７９２，７４７；５，７００，９２０；６，５３１，５８４；および６，６００，０３２；ならびにＷＯ ２００５／１２１３７１が包含されるがこれらに限定されるものではない。
ある態様において、ＢＮＡには式：
Figure 2009536039
 ［式中：
Ｂｘは複素環式塩基部分であり；
Ｔ１はＨもしくはヒドロキシル保護基であり；
Ｔ２はＨ、ヒドロキシル保護基もしくは反応性リン基であり；
ＺはＣ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、置換されたＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換されたＣ２〜Ｃ６アルキニル、アシル、置換されたアシルもしくは置換されたアミドである］
を有する二環式ヌクレオシドが包含される。
１つの態様において、置換された基の各々は独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２およびＣＮ（ここで、各Ｊ１、Ｊ２およびＪ３は独立してＨもしくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そしてＸはＯ、ＳもしくはＮＪ１である）から独立して選択される場合により保護されていてもよい置換基で一もしくは多置換される。
あるそのような態様において、置換された基の各々は独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１およびＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２（ここで、各Ｊ１、Ｊ２およびＪ３は独立してＨ、Ｃ１〜Ｃ６アルキルもしくは置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そしてＸはＯもしくはＮＪ１である）から独立して選択される置換基で一もしくは多置換される。
ある態様において、Ｚ基は１個もしくはそれ以上のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは独立してＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２もしくはＣＮであり；ここで、各Ｊ１、Ｊ２およびＪ３は独立してＨもしくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そしてＸはＯ、ＳもしくはＮＪ１である。別の態様において、Ｚ基は１個もしくはそれ以上のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは独立してハロ（例えばフルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えばＣＨ３Ｏ−）、置換されたアルコキシもしくはアジドである。
ある態様において、Ｚ基は−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、ＸｘはＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２もしくはＣＮであり；ここで、各Ｊ１、Ｊ２およびＪ３は独立してＨもしくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そしてＸはＯ、ＳもしくはＮＪ１である。別の態様において、Ｚ基は−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、Ｘｘはハロ（例えばフルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えばＣＨ３Ｏ−）もしくはアジドである。
あるそのような態様において、Ｚ基は（Ｒ）−立体配置：
Figure 2009536039
 である。
あるそのような態様において、Ｚ基は（Ｓ）−立体配置：
Figure 2009536039
 である。
ある態様において、各Ｔ１およびＴ２はヒドロキシル保護基である。ヒドロキシル保護基の好ましいリストには、ベンジル、ベンゾイル、２，６−ジクロロベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、メシレート、トシレート、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（Ｐｉｘｙｌ）および９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）が包含される。ある態様において、Ｔ１はアセチル、ベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリルおよびジメトキシトリチルから選択されるヒドロキシル保護基であり、ここで、より好ましいヒドロキシル保護基は、Ｔ１が４，４’−ジメトキシトリチルである。
ある態様において、Ｔ２は反応性リン基であり、ここで、好ましい反応性リン基にはジイソプロピルシアノエトキシホスホルアミダイトおよびＨ−ホスホネートが包含される。ある態様において、Ｔ１は４，４’−ジメトキシトリチルであり、そしてＴ２はジイソプロピルシアノエトキシホスホルアミダイトである。
ある態様において、オリゴマー化合物は式：
Figure 2009536039
 のもしくは式：
Figure 2009536039
 のもしくは式：
Figure 2009536039
 ［式中、
Ｂｘは複素環式塩基部分であり；
Ｔ３はＨ、ヒドロキシル保護基、連結コンジュゲート基またはヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、モノマーサブユニットもしくはオリゴマー化合物に結合しているヌクレオシド間連結基であり；
Ｔ４はＨ、ヒドロキシル保護基、連結コンジュゲート基またはヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、モノマーサブユニットもしくはオリゴマー化合物に結合しているヌクレオシド間連結基であり；
ここで、Ｔ３およびＴ４の少なくとも１つはヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、モノマーサブユニットもしくはオリゴマー化合物に結合しているヌクレオシド間連結基であり；そして
ＺはＣ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、置換されたＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換されたＣ２〜Ｃ６アルキニル、アシル、置換されたアシルもしくは置換されたアミドである］
の少なくとも１個のモノマーを有する。
１つの態様において、置換された基の各々は独立してハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２およびＣＮ（ここで、各Ｊ１、Ｊ２およびＪ３は独立してＨもしくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そしてＸはＯ、ＳもしくはＮＪ１である）から独立して選択される場合により保護されていてもよい置換基で一もしくは多置換される。
１つの態様において、置換された基の各々は独立してハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１およびＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２（ここで、各Ｊ１、Ｊ２およびＪ３は独立してＨもしくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そしてＸはＯもしくはＮＪ１である）から独立して選択される置換基で一もしくは多置換される。
あるそのような態様において、少なくとも１つのＺはＣ１〜Ｃ６アルキルもしくは置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである。ある態様において、各Ｚは独立してＣ１〜Ｃ６アルキルもしくは置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである。ある態様において、少なくとも１つのＺはＣ１〜Ｃ６アルキルである。ある態様において、各Ｚは独立してＣ１〜Ｃ６アルキルである。ある態様において、少なくとも１つのＺはメチルである。ある態様において、各Ｚはメチルである。ある態様において、少なくとも１つのＺはエチルである。ある態様において、各Ｚはエチルである。ある態様において、少なくとも１つのＺは置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである。ある態様において、各Ｚは独立して置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである。ある態様において、少なくとも１つのＺは置換されたメチルである。ある態様において、各Ｚは置換されたメチルである。ある態様において、少なくとも１つのＺは置換されたエチルである。ある態様において、各Ｚは置換されたエチルである。
ある態様において、少なくとも１つの置換基はＣ１〜Ｃ６アルコキシである（例えば、少なくとも１つのＺは１個もしくはそれ以上のＣ１〜Ｃ６アルコキシで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである）。別の態様において、各置換基は独立してＣ１〜Ｃ６アルコキシである（例えば、各Ｚは独立して１個もしくはそれ以上のＣ１〜Ｃ６アルコキシで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである）。
ある態様において、少なくとも１つのＣ１〜Ｃ６アルコキシ置換基はＣＨ３Ｏ−である（例えば、少なくとも１つのＺはＣＨ３ＯＣＨ２−である）。別の態様において、各Ｃ１〜Ｃ６アルコキシ置換基はＣＨ３Ｏ−である（例えば、各ＺはＣＨ３ＯＣＨ２−である）。
ある態様において、少なくとも１つの置換基はハロゲンである（例えば、少なくとも１つのＺは１個もしくはそれ以上のハロゲンで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである）。ある態様において、各置換基は独立してハロゲンである（例えば、各Ｚは独立して１個もしくはそれ以上のハロゲンで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである）。ある態様において、少なくとも１つのハロゲン置換基はフルオロである（例えば、少なくとも１つのＺはＣＨ２ＦＣＨ２−、ＣＨＦ２ＣＨ２−もしくはＣＦ３ＣＨ２−である）。ある態様において、各ハロ置換基はフルオロである（例えば、各Ｚは独立してＣＨ２ＦＣＨ２−、ＣＨＦ２ＣＨ２−もしくはＣＦ３ＣＨ２−である）。
ある態様において、少なくとも１つの置換基はヒドロキシルである（例えば、少なくとも１つのＺは１個もしくはそれ以上のヒドロキシルで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである）。ある態様において、各置換基は独立してヒドロキシルである（例えば、各Ｚは独立して１個もしくはそれ以上のヒドロキシルで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである）。ある態様において、少なくとも１つのＺはＨＯＣＨ２−である。別の態様において、各ＺはＨＯＣＨ２−である。
ある態様において、少なくとも１つのＺはＣＨ３−、ＣＨ３ＣＨ２−、ＣＨ２ＯＣＨ３−、ＣＨ２Ｆ−もしくはＨＯＣＨ２−である。ある態様において、各Ｚは独立してＣＨ３−、ＣＨ３ＣＨ２−、ＣＨ２ＯＣＨ３−、ＣＨ２Ｆ−もしくはＨＯＣＨ２−である。
ある態様において、少なくとも１つのＺ基は１個もしくはそれ以上のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは独立してＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２もしくはＣＮであり；ここで、各Ｊ１、Ｊ２およびＪ３は独立してＨもしくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そしてＸはＯ、ＳもしくはＮＪ１である。別の態様において、少なくとも１つのＺ基は１個もしくはそれ以上のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは独立してハロ（例えばフルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えばＣＨ３Ｏ−）もしくはアジドである。
ある態様において、各Ｚ基は独立して１個もしくはそれ以上のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは独立してＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２もしくはＣＮであり；ここで、各Ｊ１、Ｊ２およびＪ３は独立してＨもしくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そしてＸはＯ、ＳもしくはＮＪ１である。別の態様において、各Ｚは独立して１個もしくはそれ以上のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは独立してハロ（例えばフルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えばＣＨ３Ｏ−）もしくはアジドである。
ある態様において、少なくとも１つのＺ基は−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、ＸｘはＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２もしくはＣＮであり；ここで、各Ｊ１、Ｊ２およびＪ３は独立してＨもしくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そしてＸはＯ、ＳもしくはＮＪ１である。ある態様において、少なくとも１つのＺ基は−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、Ｘｘはハロ（例えばフルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えばＣＨ３Ｏ−）もしくはアジドである。
ある態様において、各Ｚ基は独立して−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、各Ｘｘは独立してＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２もしくはＣＮであり；ここで、各Ｊ１、Ｊ２およびＪ３は独立してＨもしくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、そしてＸはＯ、ＳもしくはＮＪ１である。別の態様において、各Ｚ基は独立して−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、各Ｘｘは独立してハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えばＣＨ３Ｏ−）もしくはアジドである。
ある態様において、少なくとも１つのＺはＣＨ３−である。別の態様において、各ＺはＣＨ３−である。
ある態様において、少なくとも１つのモノマーのＺ基は、式：
Figure 2009536039
 もしくは式：
Figure 2009536039
 もしくは式：
Figure 2009536039
 により表される（Ｒ）−立体配置である。
ある態様において、式の各モノマーのＺ基は（Ｒ）−立体配置である。
ある態様において、少なくとも１つのモノマーのＺ基は、式：
Figure 2009536039
 もしくは式：
Figure 2009536039
 もしくは式：
Figure 2009536039
 により表される（Ｓ）−立体配置である。
ある態様において、式の各モノマーのＺ基は（Ｓ）−立体配置である。
ある態様において、Ｔ３はＨもしくはヒドロキシル保護基である。ある態様において、Ｔ４はＨもしくはヒドロキシル保護基である。さらなる態様において、Ｔ３はヌクレオシド、ヌクレオチドもしくはモノマーサブユニットに結合しているヌクレオシド間連結基である。ある態様において、Ｔ４はヌクレオシド、ヌクレオチドもしくはモノマーサブユニットに結合しているヌクレオシド間連結基である。ある態様において、Ｔ３はオリゴヌクレオシドもしくはオリゴヌクレオチドに結合しているヌクレオシド間連結基である。ある態様において、Ｔ４はオリゴヌクレオシドもしくはオリゴヌクレオチドに結合しているヌクレオシド間連結基である。ある態様において、Ｔ３はオリゴマー化合物に結合しているヌクレオシド間連結基である。ある態様において、Ｔ４はオリゴマー化合物に結合しているヌクレオシド間連結基である。ある態様において、Ｔ３およびＴ４の少なくとも１つはホスホジエステルもしくはホスホロチオエートから選択されるヌクレオシド間連結基を含んでなる。
ある態様において、オリゴマー化合物は式：
Figure 2009536039
 のもしくは式：
Figure 2009536039
 のもしくは式：
Figure 2009536039
 の少なくとも２個の連続したモノマーの少なくとも１つの領域を有する。
ある態様において、オリゴマー化合物は上記の式の少なくとも２個の連続したモノマーの少なくとも２つの領域を含んでなる。ある態様において、オリゴマー化合物はギャップのある（ｇａｐｐｅｄ）オリゴマー化合物を含んでなる。ある態様において、オリゴマー化合物は約８〜約１４個の連続したβ−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドの少なくとも１つの領域を含んでなる。ある態様において、オリゴマー化合物は約９〜約１２個の連続したβ−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドの少なくとも１つの領域を含んでなる。
ある態様において、モノマーは糖模倣物を含む。あるそのような態様において、模倣物は糖もしくは糖−ヌクレオシド間結合の組み合わせの代わりに使用され、そして核酸塩基は選択した標的へのハイブリダイゼーションのために維持される。糖模倣物の代表例には、シクロヘキセニルもしくはモルホリノが包含されるがこれらに限定されるものではない。糖−ヌクレオシド間結合の組み合わせの模倣物の代表例には、ペプチド核酸（ＰＮＡ）および非荷電アキラル結合により連結されるモルホリノ基が包含されるがこれらに限定されるものではない。ある場合において、模倣物は核酸塩基の代わりに使用される。代表的な核酸塩基模倣物は当該技術分野において周知であり、そして三環式フェノキサジンアナログおよびユニバーサル塩基が包含されるがこれらに限定されるものではない（引用することにより本明細書に組み込まれる、Ｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．２０００，２８：２９１１−１４）。糖、ヌクレオシドおよび核酸塩基模倣物の合成の方法は当業者に周知である。
３．モノマー結合
本明細書に記述されるのは、モノマー（修飾および非修飾ヌクレオシドおよびヌクレオ
チドが包含されるがこれらに限定されるものではない）を一緒に連結し、それによりオリゴマー化合物を形成する連結基である。連結基の２つの主要な種類は、リン原子の存在もしくは不在により定義される。代表的なリンを含有する結合には、ホスホジエステル（Ｐ＝Ｏ）、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホルアミデートおよびホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）が包含されるがこれらに限定されるものではない。代表的なリンを含有しない連結基には、メチレンメチルイミノ（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−ＣＨ２−）、チオジエステル（−Ｏ−Ｃ（Ｏ）−Ｓ−）、チオノカルバメート（−Ｏ−Ｃ（Ｏ）（ＮＨ）−Ｓ−）；シロキサン（−Ｏ−Ｓｉ（Ｈ）２−Ｏ−）；およびＮ、Ｎ’−ジメチルヒドラジン（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）−）が包含されるがこれらに限定されるものではない。非リン連結基を有するオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオシドと呼ばれる。天然のホスホジエステル結合と比較して、修飾された結合は、オリゴマー化合物のヌクレアーゼ耐性を改変する、典型的には増すために用いることができる。ある態様において、キラル原子を有する結合はラセミ混合物として、別個の鏡像異性体として製造することができる。代表的なキラル結合には、アルキルホスホネートおよびホスホロチオエートが包含されるがこれらに限定されるものではない。リンを含有するおよびリンを含有しない結合の製造方法は、当業者に周知である。
本明細書に記述されるオリゴマー化合物は１個もしくはそれ以上の不斉中心を含有し、従って、鏡像異性体、ジアステレオマー、ならびに絶対立体化学に関して、糖アノマーについてのような（Ｒ）もしくは（Ｓ）、αもしくはβとして、またはアミノ酸についてのような（Ｄ）もしくは（Ｌ）としてなど定義することができる他の立体異性配置を生じさせる。本明細書に提供されるアンチセンス化合物に包含されるのは、全てのそのような可能な異性体、ならびにそれらのラセミおよび光学的に純粋な形態である。
４．オリゴマー化合物
ある態様において、本明細書に提供されるのは、例えばホスホジエステルおよびホスホロチオエートヌクレオシド間結合を包含する結合を形成するために有用な反応性リン基を有するオリゴマー化合物である。前駆体もしくはオリゴマー化合物の製造および／もしくは精製の方法は、本明細書に提供される組成物もしくは方法の制限ではない。ＤＮＡ、ＲＮＡ、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシドおよびアンチセンス化合物を包含するオリゴマー化合物の合成および精製の方法は、当業者に周知である。
一般に、オリゴマー化合物は連結基により一緒に連結される複数のモノマーサブユニットを含んでなる。オリゴマー化合物の限定されない例には、プライマー、プローブ、アンチセンス化合物、アンチセンスオリゴヌクレオチド、外部ガイド配列（ＥＧＳ）オリゴヌクレオチド、代替スプライサー（ａｌｔｅｒｎａｔｅ ｓｐｌｉｃｅｒ）およびｓｉＲＮＡが包含される。そのようなものとして、これらの化合物は一本鎖、二本鎖、環状、分枝鎖状もしくはヘアピンの形態で導入することができ、そして内部もしくは末端突出もしくはループのような構造要素を含有することができる。オリゴマー二本鎖化合物は、二本鎖化合物を形成するようにハイブリダイズした二本鎖またはハイブリダイゼーションおよび完全にもしくは部分的に二本鎖の化合物の形成を可能にするために十分な自己相補性を有する一本鎖であることができる。
ある態様において、本発明はキメラオリゴマー化合物を提供する。あるそのような態様において、キメラオリゴマー化合物はキメラオリゴヌクレオチドである。あるそのような態様において、キメラオリゴヌクレオチドは異なって修飾されたヌクレオチドを含んでなる。ある態様において、キメラオリゴヌクレオチドは混合バックボーンアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
一般に、キメラオリゴマー化合物は、分離された位置にあるかもしくは特定のモチーフ
を定義する領域において一緒にグループ化されることができる修飾ヌクレオシドを有する。修飾および／もしくは模倣基の任意の組み合わせは、本明細書に記述されるようなキメラオリゴマー化合物を含んでなることができる。
ある態様において、キメラオリゴマー化合物は、典型的に、ヌクレアーゼ分解に対する増加した耐性、増加した細胞取り込みおよび／もしくは標的核酸に対する増加した結合親和性を与えるように修飾された少なくとも１つの領域を含んでなる。ある態様において、オリゴマー化合物の追加の領域は、ＲＮＡ：ＤＮＡもしくはＲＮＡ：ＲＮＡハイブリッドを切断することができる酵素の基質として働くことができる。例として、リボヌクレアーゼＨは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼである。それ故に、リボヌクレアーゼＨの活性化はＲＮＡ標的の切断をもたらし、それにより遺伝子発現の阻害の効率を非常に高める。従って、例えば同じ標的領域にハイブリダイズするホスホロチオエートデオキシオリゴヌクレオチドと比較して、キメラを使用する場合により短いオリゴマー化合物で同等の結果を得ることができることが多い。ＲＮＡ標的の切断は、ゲル電気泳動および必要な場合には当該技術分野において既知である関連（ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ）核酸ハイブリダイゼーション技術により日常的に検出することができる。
ある態様において、キメラオリゴマー化合物はギャップマーである。ある態様において、キメラ化合物は短いアンチセンス化合物である。ある態様において、短いアンチセンス化合物はギャップマーである。あるそのような態様において、混合バックボーンアンチセンスオリゴマーは、一方もしくは両方のウィングにおいてあるタイプのヌクレオチド間結合、そしてギャップにおいて異なるタイプのヌクレオチド間結合を有する。あるそのような態様において、混合バックボーンアンチセンスオリゴヌクレオチドはウィングにおいてホスホジエステル結合そしてギャップにおいてホスホロチオエート結合を有する。ウィングにおけるヌクレオチド間結合がギャップにおけるヌクレオチド間結合と異なるある態様において、そのウィングとギャップを架橋するヌクレオチド間結合は、ウィングにおけるヌクレオチド間結合と同じである。ウィングにおけるヌクレオチド間結合がギャップにおけるヌクレオチド間結合と異なるある態様において、そのウィングとギャップを架橋するヌクレオチド間結合は、ギャップにおけるヌクレオチド間結合と同じである。
Ｃ．ある短いアンチセンス化合物
本明細書に開示されるのは８〜１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの長さの短いアンチセンス化合物である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は９〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、そのような短いアンチセンス化合物は短いアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は１つもしくはそれ以上の化学修飾を含んでなる。あるそのような態様において、短いアンチセンス化合物は少なくとも１個の修飾ヌクレオチドを含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物は少なくとも２個もしくはそれ以上の修飾ヌクレオチドを含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物は少なくとも１個の修飾ヌクレオチド間結合を含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物は混合バックボーンオリゴヌクレオチドである。ある態様において、短いアンチセンス化合物はキメラオリゴヌクレオチドである。ある態様において、短いアンチセンスオリゴヌクレオチドは均一に修飾される。ある態様において、短いアンチセンスオリゴヌクレオチドは各核酸塩基でそして各結合で独立して選択される修飾を含んでなる。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は短いギャップマーである。あるそのよう
な態様において、短いギャップマーは化合物の１つもしくはそれ以上のウィングに少なくとも１個の高親和性修飾を含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物は各ウィングに１〜３個の高親和性修飾を含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物の高親和性修飾は、より長いアンチセンス化合物の標的親和性と同様のもしくはそれよりさらに大きい標的親和性を可能にする。ある態様において、高親和性修飾ヌクレオチドは糖修飾ヌクレオチドである。そのような糖修飾ヌクレオチドには、糖の４’と２’位との間に架橋を含んでなるものが包含される。典型的な高親和性糖修飾には、ＢＮＡおよび２’−ＭＯＥのような他の２’−修飾が包含されるがこれらに限定されるものではない。本発明の別の態様において、高親和性修飾は２’−Ｏ−（ＣＨ２）ｎＨ（ｎ＝１〜６）糖修飾ヌクレオチドではない。さらなる代わりの態様において、高親和性修飾ヌクレオチドは２’−ＯＣＨ３もしくは２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３ヌクレオチドではない。ある態様において、高親和性修飾ヌクレオチドはヌクレオチド当たり少なくとも１、少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３．０、少なくとも３．５もしくは少なくとも４．０度のΔＴｍを与える。いくつかの高親和性ヌクレオチド修飾は、毒性を高めることが当該技術分野において既知である。本明細書において示されるように、限られた数（一般に２〜６）の高親和性修飾を有する短いアンチセンス化合物はほとんどないし全く毒性の増加を示さないが、標的ＲＮＡに対する親和性を保持するかもしくは増加し、一方でまたＲＮＡ標的の発現も有意に減らす。本発明の短いアンチセンス化合物は、場合により、例えばコレステロールもしくはＣ１６のようなコンジュゲート基を含んでなってもよい。
１．あるウィング
ある態様において、短いアンチセンス化合物は５’ウィングおよび／もしくは３’ウィングを含んでなる。そのような態様において、３’ウィングの特徴および５’ウィングの特徴は独立して選択される。従って、そのような態様において、５’ウィングにおけるモノマーの数および３’ウィングにおけるモノマーの数（長さ）は同じであることができもしくは異なることができ；もしあれば、５’ウィングにおける修飾は、もしあれば、３’ウィングにおける修飾と同じであることができ、またはもしあれば、そのような修飾は異なることができ；そして５’ウィングにおけるモノマー結合および３’ウィングにおけるモノマー結合は同じであることができもしくはそれらは異なることができる。
ある態様において、ウィングは１、２もしくは３個のモノマーを含んでなる（すなわち、１、２もしくは３の長さを有する）。ある態様において、ウィングのモノマーは修飾される。あるそのような態様において、ウィングのモノマーは、その標的核酸に対するアンチセンス化合物の親和性を増加するために修飾される。ある態様において、ウィングのモノマーはヌクレオシドもしくはヌクレオチドである。あるそのような態様において、ウィングのヌクレオシドもしくはヌクレオチドは２’修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのモノマー（ヌクレオシドもしくはヌクレオチド）はＢＮＡである。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。ある態様において、ウィングのモノマーはアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（ここで、各ＲｍおよびＲｎは独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）から選択される２’位での置換基を含んでなる。ある態様において、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
ある態様において、ウィングにおけるモノマー結合は天然に存在するヌクレオチド間結合である。ある態様において、ウィングにおけるモノマー結合は天然に存在しないヌクレオチド間もしくはヌクレオシド間結合である。あるそのような態様において、ウィングにおけるモノマー結合は天然に存在するヌクレオチド間結合より１つもしくはそれ以上のヌクレアーゼに対して耐性である。あるそのような態様において、ウィングにおけるモノマー結合はホスホロチオエート結合（Ｐ＝Ｓ）である。ウィングが１つより多くのモノマー結合を有するある態様において、モノマー結合は相互に同じである。ウィングが１つより多くのモノマー結合を有するある態様において、モノマー結合は相互に異なる。
当業者は、ウィングを製造するために上記に説明した特徴および修飾を任意の組み合わせで使用できることを認識する。以下の表は、ある数のモノマー、モノマー修飾（もしあれば）およびウィング内両方のモノマー結合を選択することによりウィングを製造し得る方法を示す限定されない例を提供する。
Figure 2009536039
ウィングが２、３もしくは４個のモノマーを含んでなるある態様において、もしあれば、これらの２、３もしくは４個のモノマーは全て同じ修飾を含んでなる。ウィングが２、３もしくは４個のモノマーを含んでなるある態様において、これらの２、３もしくは４個の核酸塩基の１つもしくはそれ以上は、残りのモノマーの１個もしくはそれ以上の修飾の１つもしくはそれ以上と異なる１つもしくはそれ以上の修飾を含んでなる。
２．あるギャップ
ある態様において、短いアンチセンス化合物は５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含んでなる。ある態様において、ギャップは５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３もしくは１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾デオキシリボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾リボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップ修飾（もしあれば）ギャップは、その標的核酸に結合した場合に、リボヌクレアーゼＨが包含されるがこれに限定されるものではないリボヌクレアーゼによる切断をサポートする短いアンチセンス化合物をもたらす。
ある態様において、ギャップにおけるモノマー結合は天然に存在するヌクレオチド間結合である。ある態様において、ギャップにおけるモノマー結合は天然に存在しない結合である。あるそのような態様において、ギャップにおけるモノマー結合は天然に存在するヌクレオチド間結合より１つもしくはそれ以上のヌクレアーゼに耐性である。あるそのような態様において、ギャップにおけるモノマー結合はホスホロチオエート結合（Ｐ＝Ｓ）である。ある態様において、ギャップにおけるモノマー結合は相互に全て同じである。ある態様において、ギャップ内のモノマー結合は全て同じとは限らない。
当業者は、ギャップを製造するために上記に説明した特徴および修飾を任意の組み合わせで使用できることを認識する。以下の表は、ある数のモノマー、モノマー修飾（もしあれば）およびギャップ領域内のモノマー結合を選択することによりギャップを製造し得る方法を示す限定されない例を提供する。
Figure 2009536039
３．あるギャップのあるアンチセンスオリゴマー化合物
当業者は、ギャップのあるアンチセンスオリゴマー化合物およびギャップのあるアンチセンスオリゴヌクレオチドが包含されるがこれらに限定されるものではないギャップのあるオリゴマー化合物を生成せしめるために上記に説明したウィングおよびギャップを選択しそして次に様々な組み合わせで組み合わせることができることを認識する。５’ウィングおよび３’ウィングの特徴（長さ、修飾、結合）は、相互から独立して選択することができる。ギャップの特徴には、５’ウィングの特徴と比較して修飾における少なくとも１つの違いおよび３’ウィングの特徴と比較して少なくとも１つの違いが包含される（すなわち、隣接領域間の修飾においてこれらの隣接領域を相互から区別するために少なくとも１つの違いがなければならない）。ギャップの特徴は、そうでなければ独立して選択することができる。
ある態様において、ウィング内のモノマー結合およびギャップ内のモノマー結合は同じである。ある態様において、ウィング内のモノマー結合およびギャップ内のモノマー結合は異なる。あるそのような態様において、ウィングとギャップとを架橋するモノマー結合はウィングにおけるモノマー結合と同じである。ある態様において、ウィングとギャップとを架橋するモノマー結合はギャップにおけるモノマー結合と同じである。ある態様において、短いアンチセンス化合物は化合物の全体にわたって均一な結合を有する。あるそのような態様において、結合は全てホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。
当業者は、ギャップマーを製造するために上記に説明した３’ウィング、５’ウィング、ギャップおよび結合を任意の組み合わせで使用できることを認識する。以下の表は、ある５’ウィング、ギャップ、３’ウィングおよびギャップと各ウィングとを架橋するある結合を選択することによりギャップマーを製造し得る方法を示す限定されない例を提供する。
Figure 2009536039
ある態様において，本明細書に開示されるオリゴマー化合物は約８〜約１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４個のモノマー（すなわち、約８〜約１６個の連結モノマー）を含んでなることができる。当業者は、これには８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６核酸塩基のアンチセンス化合物が包含されることを理解する。ある態様において、オリゴマー化合物はアンチセンス化合物である。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は８核酸塩基の長さである。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は９核酸塩基の長さである。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は１０核酸塩基の長さである。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は１１核酸塩基の長さである。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は１２核酸塩基の長さである。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は１３核酸塩基の長さである。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は１４核酸塩基の長さである。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は１５核酸塩基の長さである。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は１６核酸塩基の長さである。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は８個のモノマーの長さである。ある態様において、短いアンチセンス化合物は９個のモノマーの長さである。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１０個のモノマーの長さである。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１１個のモノマーの長さである。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１２個のモノマーの長さである。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１３個のモノマーの長さである。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１４個のモノマーの長さである。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１５個のモノマーの長さである。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１６個のモノマーの長さである。ある態様において、短いアンチセンス化合物は９〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１０〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１２〜１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１２〜１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなる。
当該技術分野における技量を有しそして本明細書において説明される短いアンチセンス化合物により情報を与えられた人は、必要以上の実験なしに、さらなる短いアンチセンス化合物を同定することができる。
ある態様において、短いアンチセンス化合物はいずれかの側もしくは両側に１つより多くのウィングが隣接するギャップを含んでなる。従って、ある態様において、短いアンチセンス化合物は２つもしくはそれ以上の５’ウィングおよび２つもしくはそれ以上の３’ウィングを含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１つの５’ウィングおよび２つもしくはそれ以上の３’ウィングを含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物は１つの３’ウィングおよび２つもしくはそれ以上の５’ウィングを含んでなる。あるそのような態様は、例えば、以下の領域：第一の５’ウィング−架橋−第二の５’ウィング−架橋−ギャップ−架橋−第二の３’ウィング−架橋−第一の３’ウィングを含んでなる。そのような態様において、各領域はその隣接領域と比較した場合に修飾における少なくとも１つの違いを有する。従って、そのような態様において、第二の５’ウィングおよび第二の３’ウィングは各々独立して、ギャップと比較してそして第一の５’ウィングおよび第一の３’ウィングと比較して修飾における１つもしくはそれ以上の違いを含んでなる。そのような態様において、第一の３’ウィングおよび第一の５’ウィングの修飾はいずれかもしくは両方とも、もしあれば、ギャップの修飾と同じかもしくは異なることができる。
４．あるコンジュゲート基
１つの態様において、オリゴマー化合物は１つもしくはそれ以上のコンジュゲート基の共有結合により修飾される。一般に、コンジュゲート基は、薬力学、薬物動態学、結合、吸収、細胞分布、細胞取り込み、電荷およびクリアランスが包含されるがこれらに限定されるものではない結合したオリゴマー化合物の１つもしくはそれ以上の特性を改変する。コンジュゲート基は化学分野において日常的に使用され、そしてオリゴマー化合物のような親化合物に直接または任意の連結部分もしくは連結基を介して連結される。コンジュゲート基の好ましいリストには、挿入剤、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸塩、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリンおよび色素が包含されるが限定されない。
本発明に可能な好ましいコンジュゲート基には、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３）；コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３）；チオエーテル、例えばヘキシル−Ｓ−トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６；Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．，１９９３，３，２７６５）；チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３）；脂肪族鎖、例えばドデカンジオールもしくはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ−Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１；Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９）；リン脂質、例えばジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールもしくはトリエチルアンモニウム−１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１；Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７）；ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９）；アダマンタン酢酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１）；パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９）；またはオクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３）のような脂質部分が包含される。
当該技術分野において既知であるもののような連結基もしくは二官能性連結部分は、本明細書に提供される化合物に可能である。連結基は、例えばオリゴマー化合物のような親化合物における選択部位への化学官能基、コンジュゲート基、レポーター基および他の基の結合のために有用である。一般に、二官能性連結部分は、２個の官能基を有するヒドロカルビル部分を含んでなる。官能基の一方は親分子もしくは興味のある化合物に結合するために選択され、そしてもう一方は化学官能基もしくはコンジュゲート基のような本質的に任意の選択した基を結合するために選択される。ある態様において、リンカーは鎖構造またはエチレングリコールもしくはアミノ酸単位のような反復単位のオリゴマーを含んでなる。二官能性連結部分において日常的に用いられる官能基の例には、求核基と反応するための求電子試薬および求電子基と反応するための求核試薬が包含されるがこれらに限定されるものではない。ある態様において、二官能性連結部分にはアミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、不飽和（例えば二重もしくは三重結合）などが包含される。二官能性連結部分のいくつかの限定されない例には、８−アミノ−３，６−ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボン酸スクシンイミジル（ＳＭＣＣ）および６−アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸもしくはＡＨＡ）が包含される。他の連結基には、置換されたＣ１〜Ｃ１０アルキル、置換されたもしくは非置換のＣ２〜Ｃ１０アルケニルまたは置換されたもしくは非置換のＣ２〜Ｃ１０アルキニルが包含されるがこれらに限定されるものではなく、ここで、好ましい置換基の限定されないリストにはヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル，ニトロ，チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル，アリール、アルケニルおよびアルキニルが包含される。
５．合成、精製および分析
修飾および非修飾ヌクレオシドおよびヌクレオチドのオリゴマー化は、ＤＮＡ（Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｆｏｒ Ｏｒｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｓ，Ｅｄ．Ａｇｒａｗａｌ（１９９３），Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ）および／もしくはＲＮＡ（Ｓｃａｒｉｎｇｅ，Ｍｅｔｈｏｄｓ（２００１），２３，２０６−２１７．Ｇａｉｔ ｅｔ ａｌ．，Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｃａｌｌｙ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄ ＲＮＡ ｉｎ ＲＮＡ：Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ，Ｅｄ．Ｓｍｉｔｈ（１９９８），１−３６．Ｇａｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ（２００１），５７，５７０７−５７１３）の文献方法に従って日常的に行うことができる。
本明細書に提供されるオリゴマー化合物は、固相合成の周知の技術によって都合よくそして日常的に製造することができる。そのような合成の装置は、例えばＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を包含するいくつかの業者により販売される。当該技術分野において既知であるそのような合成の任意の他の手段をさらにもしくは代わりに用いることができる。ホスホロチオエートおよびアルキル化誘導体のようなオリゴヌクレオチドを製造するために同様の技術を使用することは周知である。本発明は、アンチセンス化合物合成の方法によって限定されない。
オリゴマー化合物の精製および分析の方法は、当業者に既知である。分析方法には、毛管電気泳動（ＣＥ）およびエレクトロスプレ−質量分析が包含される。そのような合成および分析方法は、マルチウェルプレートにおいて行うことができる。本発明の方法は、オリゴマー精製の方法によって限定されない。
Ｄ．アンチセンス
アンチセンス機序は、全て標的核酸と化合物とのハイブリダイゼーションを伴うものであり、ここで、ハイブリダイゼーションの結果もしくは効果は、例えば転写もしくはスプライシングに関する細胞機序の同時失速を伴う標的分解もしくは標的占有のいずれかである。
標的分解を伴うアンチセンス機序の１つのタイプには、リボヌクレアーゼＨが包含される。リボヌクレアーゼＨは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼである。「ＤＮＡ様」である一本鎖アンチセンス化合物は、哺乳類細胞においてリボヌクレアーゼＨ活性を引き出すことが当該技術分野において既知である。従って、リボヌクレアーゼＨの活性化はＲＮＡ標的の切断をもたらし、それによりＤＮＡ様オリゴヌクレオチドにより媒介される遺伝子発現の阻害の効率を非常に高める。
ある態様において、化学修飾したアンチセンス化合物は非修飾ＤＮＡより標的ＲＮＡに対する高い親和性を有する。あるそのような態様において、そのより高い親和性は次に増加した効能を与え、そのような化合物のより低い用量の投与、毒性の可能性の減少および治療指数の向上ならびに治療の総費用の減少を可能にする。
本開示は、アンチセンス化合物への化学修飾した高親和性ヌクレオチドおよびヌクレオシドの導入が、増加した効能および向上した治療指数を有する細胞、組織およびヒトが包含されるがそれに限定されるものではない動物における標的ＲＮＡおよび／もしくは標的タンパク質の減少に有用な８〜１６核酸塩基の長さの短いアンチセンス化合物の設計を可能にすることを示す。従って、ある態様において、本明細書に提供されるのは、インビボで標的ＲＮＡを減らすために有用な高親和性ヌクレオチド修飾を含んでなる短いアンチセンス化合物である。あるそのような短いアンチセンス化合物は、以前に記述されるアンチセンス化合物より低い用量で有効であり、毒性および処置の費用の減少を可能にする。さらに、ある短いアンチセンス化合物は経口投与のより大きい可能性を有する。
より強力なアンチセンス化合物の必要性に対処するために、本明細書に提供されるのは、より長い化合物に対してインビボにおける増加した活性を有する短いアンチセンス化合物（８〜１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの長さ）である。ある短いアンチセンス化合物は、化合物の３’および５’末端（ウィング）上に高親和性化学修飾ヌクレオチドを含んでなるギャップマー化合物である。ある態様において、高親和性修飾ヌクレオチドの付加は、アンチセンス化合物が、より短い長さであることにもかかわらずインビボでそれらの意図される標的に対して有効でありそして特異的であることを可能にする。本明細書において意図されるのは、ウィングの各々が独立して１〜３個の高親和性修飾ヌクレオチドを含んでなる短いアンチセンス化合物である。ある態様において、高親和性修飾は糖修飾である。高親和性修飾ヌクレオチドには、ＢＮＡもしくは２’−ＭＯＥヌクレオチドのような他の２’−修飾ヌクレオチドが包含されるがこれらに限定されるものではない。また意図されるのは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合のような少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合を有する短いアンチセンス化合物である。ある態様において、本発明の短いアンチセンス化合物は全てホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有することができる。短いアンチセンス化合物は、場合によりコンジュゲート基を含んでなってもよい。本明細書に示されるように、短いアンチセンス化合物は、それらがＤＮＡに対して有するより大きい標的ＲＮＡに対する親和性を有し、そして標的ｍＲＮＡの減少によりならびに様々な疾患指標の改善により示されるようにインビボで有意により効能がある。
本明細書において用いる場合、グルコース代謝もしくはクリアランス、脂質代謝、コレステロール代謝またはインシュリン代謝を調節することに関与するＲＮＡは、これらの過程を調節する生化学経路に関与する任意のＲＮＡである。そのようなＲＮＡは、当該技術分野において周知である。標的遺伝子の例には、ＡｐｏＢ−１００（ＡＰＯＢ；Ａｇ（ｘ）抗原；ａｐｏＢ−４８；アポリポタンパク質Ｂ；アポリポタンパク質Ｂ−１００；アポリポタンパク質Ｂ−４８としても知られている）およびＧＣＧＲ（グルカゴン受容体；ＧＲとしても知られている）、ＣＲＰ、ＤＧＡＴ２、ＧＣＣＲ、ＰＣＳＫ９、ＰＴＥＮ、ＰＴＰ１Ｂ、ＳＧＬＴ２およびＳＯＤ１が包含されるがこれらに限定されるものではない。
１．標的発現の調節
ある態様において、標的が同定され、そしてその標的もしくはその発現を調節するためにアンチセンスオリゴヌクレオチドが設計される。ある態様において、標的核酸分子に対してオリゴマー化合物を設計することは多段階プロセスであることができる。典型的に、該プロセスはその活性が調節される標的タンパク質の同定、そして次にその発現が標的タンパク質をもたらす核酸を同定することから始まる。ある態様において、アンチセンス化合物を設計することは、標的とする核酸分子にハイブリダイズすることができるアンチセンス化合物をもたらす。ある態様において、アンチセンス化合物はアンチセンスオリゴヌクレオチドもしくはアンチセンスオリゴヌクレオシドである。ある態様において、アンチセンス化合物および標的核酸は相互に相補的である。あるそのような態様において、アンチセンス化合物は標的核酸に完全に相補的である。ある態様において、アンチセンス化合物は１個のミスマッチを含む。ある態様において、アンチセンス化合物は２個のミスマッチを含む。ある態様において、アンチセンス化合物は３個もしくはそれ以上のミスマッチを含む。
標的核酸の発現の調節は、核酸機能の任意の数の改変によって成し遂げることができる。ある態様において、調節するＲＮＡの機能には、タンパク質翻訳の部位へのＲＮＡの移動、ＲＮＡ合成の部位から離れた細胞内の部位へのＲＮＡの移動が包含されるがこれらに限定されるものではない移動機能、およびＲＮＡからのタンパク質の翻訳が包含されるがそれらに限定されるものではない。調節することができるＲＮＡプロセシング機能には、１つもしくはそれ以上のＲＮＡ種を生成せしめるためのＲＮＡのスプライシング、ＲＮＡのキャッピング、ＲＮＡの３’成熟およびＲＮＡが関与するかもしくはそれにより促進され得るＲＮＡに関する触媒活性もしくは複合体形成が包含されるがこれらに限定されるものではない。発現の調節は、一時的にもしくは正味の定常状態レベルにより、１つもしくはそれ以上の核酸種の増加したレベルまたは１つもしくはそれ以上の核酸種の減少したレベルをもたらすことができる。従って、１つの態様において、発現の調節は標的ＲＮＡもしくはタンパク質レベルの増加もしくは減少を意味することができる。別の態様において、発現の調節は１つもしくはそれ以上のＲＮＡスプライス生成物の増加もしくは減少、または２つもしくはそれ以上のスプライス生成物の割合の変化を意味することができる。
ある態様において、標的遺伝子の発現は約８〜約１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４個のモノマー（すなわち、約８〜約１６個の連結モノマー）を含んでなるオリゴマー化合物を用いて調節される。当業者は、これには８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６核酸塩基の１つもしくはそれ以上のアンチセンス化合物を用いて標的遺伝子の発現を調節する方法が包含されることを理解する。
ある態様において、標的遺伝子を調節する方法は８核酸塩基の長さである短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、標的遺伝子を調節する方法は９核酸塩基の長さである短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、標的遺伝子を調節する方法は１０核酸塩基の長さである短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、標的遺伝子を調節する方法は１１核酸塩基の長さである短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、標的遺伝子を調節する方法は１２核酸塩基の長さである短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、標的遺伝子を調節する方法は１３核酸塩基の長さである短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、標的遺伝子を調節する方法は１４核酸塩基の長さである短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、標的遺伝子を調節する方法は１５核酸塩基の長さである短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、標的遺伝子を調節する方法は１６核酸塩基の長さである短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
ある態様において、標的遺伝子の発現を調節する方法は９〜１５個のモノマーを含んでなる短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、標的遺伝子の発現を調節する方法は１０〜１５個のモノマーを含んでなる短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、標的遺伝子の発現を調節する方法は１２〜１４個のモノマーを含んでなる短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、標的遺伝子の発現を調節する方法は１２もしくは１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなる短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
２．ハイブリダイゼーション
ある態様において、特異的結合が所望される条件下で、すなわち、インビボアッセイもしくは治療処置の場合には生理的条件下で、そしてインビトロアッセイの場合にはアッセイが行われる条件下で非標的核酸配列へのアンチセンス化合物の非特異的結合を防ぐために十分な程度の相補性がある場合にアンチセンス化合物は特異的にハイブリダイズする。
本明細書において用いる場合、「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」もしくは「ストリンジェントな条件」は、アンチセンス化合物がその標的配列に、しかし最小数の他の配列にハイブリダイズする条件をさす。ストリンジェントな条件は配列に依存し、そして異なる状況において異なり、そしてアンチセンス化合物が標的配列にハイブリダイズする「ストリンジェントな条件」は、アンチセンス化合物の性質および組成ならびにそれらが調べられているアッセイにより決定される。
３．相補性
ヌクレオチド親和性修飾の導入は、非修飾化合物と比較してより多数のミスマッチを可能にし得ることが当該技術分野において理解される。同様に、あるオリゴヌクレオチド配列は他のオリゴヌクレオチド配列よりミスマッチに寛容であり得る。当業者は、融解温度（Ｔｍ）を決定することによるような、オリゴヌクレオチド間もしくはオリゴヌクレオチドと標的核酸との間のミスマッチの適切な数を決定することができる。ＴｍもしくはΔＴｍは、当業者によく知られている技術により計算することができる。例えば、Ｆｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５，２２：４４２９−４４４３）に記述されている技術は、当業者がヌクレオチド修飾をＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖の融解温度を上げるそれらの能力について評価することを可能にする。
４．同一性
アンチセンス化合物もしくはその一部は、配列番号もしくは特定のＩｓｉｓ番号を有する化合物に対する特定の同一性パーセントを有することができる。本明細書において用いる場合、配列は、それが同じ核酸塩基対合能力を有する場合に本明細書に開示される配列に同一である。例えば、本明細書に記述される化合物の開示配列におけるチミジンの代わりにウラシルを含有するＲＮＡは、それらは両方ともアデニンと対合するので同一であるとみなされる。この同一性は、オリゴマー化合物の全長にわたってもしくはアンチセンス化合物の一部においてであることができる（例えば、２７ｍｅｒの核酸塩基１〜２０は、配列番号に対するオリゴマー化合物の同一性パーセントを決定するために２０ｍｅｒと比較することができる）。アンチセンス化合物は、本明細書に記述されるアンチセンス化合物と同様に機能するために本明細書に記述されるものと同一の配列を有する必要はないことが当業者により理解される。本明細書に教示されるアンチセンス化合物の短縮バージョンもしくは本明細書に教示されるアンチセンス化合物の非同一バージョンもまた、本明細書に提供される。非同一バージョンは、各塩基が本明細書に開示されるアンチセンス化合物と同じ対合活性を有さないものである。塩基は、より短いかもしくは少なくとも１つの脱塩基部位を有することにより同じ対合活性を有さない。あるいはまた、非同一バージョンは、異なる対合活性を有する異なる塩基で置換された少なくとも１個の塩基を含むことができる（例えば、ＧはＣ、ＡもしくはＴで置換されることができる）。同一性パーセントは、配列番号もしくはそれが比較されているアンチセンス化合物に対応する同一の塩基対合を有する塩基の数に従って計算される。非同一塩基は相互に隣接するか、オリゴヌクレオチドの全体にわたって分散するかもしくは両方であることができる。
例えば、２０ｍｅｒの核酸塩基２〜１７と同じ配列を有する１６ｍｅｒは２０ｍｅｒと８０％同一である。あるいはまた、２０ｍｅｒと同一でない４個の核酸塩基を含有する２０ｍｅｒもまた、該２０ｍｅｒと８０％同一である。１８ｍｅｒの核酸塩基１〜１４と同じ配列を有する１４ｍｅｒは、該１８ｍｅｒと７８％同一である。そのような計算は、当業者の能力の十分に範囲内である。
同一性パーセントは、修飾配列の部分に存在する元の配列における核酸塩基のパーセントに基づく。従って、２０核酸塩基の活性標的セグメントの相補物の全長をふくんでなる３０核酸塩基のアンチセンス化合物は、該２０核酸塩基の活性標的セグメントの相補物と１００％の同一性の部分を有し、一方で追加の１０核酸塩基の部分をさらにふくんでなる。本発明の記述との関連で、活性標的セグメントの相補物は単一の部分を構成し得る。好ましい態様において、本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に提示される活性標的セグメントの相補物の少なくとも一部に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一である。
Ｅ．標的核酸、領域およびセグメント
ある態様において、短いアンチセンス化合物は任意の標的核酸を標的とするために設計することができる。ある態様において、標的核酸は臨床的に関連する標的をコードする。そのような態様において、標的核酸の修飾は臨床利益をもたらす。ある標的核酸には、表１に例示される標的核酸が包含されるがこれらに限定されるものではない。
ある態様において、標的核酸はＡｐｏＢをコードする核酸分子である。ＡｐｏＢをコードする核酸分子には、配列番号：１および配列番号：２が包含されるが限定されない。
ある態様において、標的核酸はＳＧＬＴ２をコードする核酸分子である。ＳＧＬＴ２をコードする核酸分子には、配列番号：３が包含されるが限定されない。
ある態様において、標的核酸はＰＣＳＫ９をコードする核酸分子である。ＰＣＳＫ９をコードする核酸分子には、配列番号：４が包含されるが限定されない。
ある態様において、標的核酸はＳＯＤ１をコードする核酸分子である。ＳＯＤ１をコードする核酸分子には、配列番号：５が包含されるが限定されない。
ある態様において、標的核酸はＣＲＰをコードする核酸分子である。ＣＲＰをコードする核酸分子には、配列番号：６が包含されるが限定されない。
ある態様において、標的核酸はＧＣＣＲをコードする核酸分子である。ＧＣＣＲをコードする核酸分子には、配列番号：７および配列番号：８が包含されるが限定されない。
ある態様において、標的核酸はＧＣＧＲをコードする核酸分子である。ＧＣＧＲをコードする核酸分子には、配列番号：９が包含されるが限定されない。
ある態様において、標的核酸はＤＧＡＴ２をコードする核酸分子である。ＤＧＡＴ２をコードする核酸分子には、配列番号：１０が包含されるが限定されない。
ある態様において、標的核酸はＰＴＰ１Ｂをコードする核酸分子である。ＰＴＰ１Ｂをコードする核酸分子には、配列番号：１１および配列番号：１２が包含されるが限定されない。
ある態様において、標的核酸はＰＴＥＮをコードする核酸分子である。ＰＴＥＮをコードする核酸分子には、配列番号：１４もしくは配列番号：１５が包含されるが限定されない。
Figure 2009536039
ターゲッティングプロセスには、通常、所望の結果が生じるようにアンチセンス相互作用が起こる標的核酸内の少なくとも１つの標的領域、セグメントもしくは部位の決定が含まれる。
ある態様において、標的領域の最も５’のヌクレオチドは短いアンチセンス化合物の５’標的部位であり、そして標的領域の最も３’のヌクレオチドは同じ短いアンチセンス化合物の３’標的部位である。ある態様において、標的領域の最も５’のヌクレオチドは短いアンチセンス化合物の５’標的部位であり、そして標的領域の最も３’のヌクレオチドは異なる短いアンチセンス化合物の３’標的部位である。ある態様において、標的領域は５’標的部位もしくは３’標的部位の１０、１５もしくは２０ヌクレオチド内のヌクレオチド配列を含んでなる。
ある態様において、標的領域は核酸の構造的に定義された領域である。例えば、あるそのような態様において、標的領域には３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲ、エキソン、イントロン、コーディング領域、翻訳開始領域、翻訳終結領域もしくは他の定義された核酸領域を包含することができる。
それを標的とする１つもしくはそれ以上の活性の短いアンチセンス化合物を有することにより定義される標的核酸上の位置は、「活性標的セグメント」と呼ばれる。ある態様において、それを標的とする１つもしくはそれ以上の活性の短いアンチセンス化合物を有する標的核酸は標的ＲＮＡである。活性標的セグメントが多数の短いアンチセンス化合物により定義される場合、これらの化合物は好ましくは標的配列上の約１０ヌクレオチド以下、より好ましくは標的配列上の約５ヌクレオチド以下によって隔てられ、さらにより好ましくは短いアンチセンス化合物は連続しており、最も好ましくは短いアンチセンス化合物は重複している。活性標的セグメント内の短いアンチセンス化合物の活性（例えば阻害パーセントにより特定されるような）には実質的な変動があり得る。活性の短いアンチセンス化合物は、標的ＲＮＡが包含されるがこれに限定されるものではないそれらの標的核酸の発現を調節するものである。活性の短いアンチセンス化合物は、それらの標的ＲＮＡの発現を少なくとも１０％、好ましくは２０％阻害する。好ましい態様において、活性標的セグメントを標的とする短いアンチセンス化合物の少なくとも約５０％、好ましくは約７０％は、それらの標的ＲＮＡの発現を少なくとも４０％調節する。より好ましい態様において、活性の短いアンチセンス化合物を特定するために必要とされる阻害のレベルは、活性標的セグメントを特定するために用いられるスクリーニングからの結果に基づいて定義される。
適当な標的セグメントは、活性の短いアンチセンス化合物が標的とする標的領域の少なくとも約８核酸塩基部分である。標的セグメントは、実例となる標的セグメントの１つの５’末端からの少なくとも８個の連続した核酸塩基を含んでなるＤＮＡもしくはＲＮＡ配列を含むことができる（残りの核酸塩基は、標的セグメントの５’末端のすぐ上流から始まりそしてＤＮＡもしくはＲＮＡが約８〜約１６核酸塩基を含んでなるまで続く同じＤＮＡもしくはＲＮＡの連続した広がりである）。標的セグメントはまた、実例となる標的セグメントの１つの３’末端からの少なくとも８個の連続した核酸塩基を含んでなるＤＮＡもしくはＲＮＡ配列によっても表される（残りの核酸塩基は、標的セグメントの３’末端のすぐ下流から始まりそしてＤＮＡもしくはＲＮＡが約８〜約１６核酸塩基を含んでなるまで続く同じＤＮＡもしくはＲＮＡの連続した広がりである）。また、アンチセンス標的セグメントは、実例となる標的セグメントの配列の内部部分からの少なくとも８個の連続した核酸塩基を含んでなるＤＮＡもしくはＲＮＡ配列により表されることができ、そして短いアンチセンス化合物が約８〜約１６核酸塩基を含んでなるまでいずれかもしくは両方の方向に広がることができることも理解される。本明細書において説明される標的セグメントを備えた当業者は、必要以上の実験なしに、さらなる標的セグメントを同定することができる。
いったん１つもしくはそれ以上の標的領域、セグメントもしくは部位が同定されると、所望の効果を与えるために標的に十分に相補的である、すなわち、十分によくそして十分な特異性を有してハイブリダイズする短いアンチセンス化合物が選択される。
短いアンチセンス化合物はまた、標的核酸分子に沿って８〜１６核酸塩基の長さの任意の連続した核酸塩基を含んでなる標的核酸塩基配列の領域を標的とすることもできる。
実例となる標的セグメント内から選択される少なくとも８個の連続した核酸塩基の広がりを含んでなる８〜１６核酸塩基の長さの標的セグメントは、同様にターゲッティングのために適当であると考えられる。従って、短いアンチセンス化合物はまた、特定の５’標的部位で始まると本明細書において同定されるセグメント内の８〜１６核酸塩基を包含することもできる。これらの領域の５０、好ましくは２５、より好ましくは１６核酸塩基周辺における８、９、１０、１１またはより好ましくは１２、１３、１４、１５もしくは１６個の連続した核酸塩基の任意のセグメントもまた、ターゲッティングのために適当であると考えられる。
さらなる態様において、本明細書において同定される「適当な標的セグメント」は、標的核酸の発現を調節する追加の短いアンチセンス化合物のスクリーニングにおいて用いることができる。「モジュレーター」は、標的核酸の発現を減少させるかもしくは増加しそして標的セグメントに相補的である少なくとも８核酸塩基部分を含んでなる化合物である。スクリーニング方法は、１つもしくはそれ以上の候補モジュレーターと核酸の標的セグメントを接触させる段階および標的核酸の発現を減少させるかもしくは増加する１つもしくはそれ以上の候補モジュレーターを選択する段階を含んでなる。いったん候補モジュレーターもしくは複数のモジュレーターが標的核酸の発現を調節すること（例えば、減少させることもしくは増加することのいずれか）ができることが示されると、次にモジュレーターを標的の機能のさらなる調査研究においてまたは本発明に従った研究、診断もしくは治療薬としての使用のために用いることができる。
本明細書において説明される全ての短いアンチセンス化合物について、配列、モノマー、モノマー修飾およびモノマー結合は各々独立して選択することができる。ある態様において、短いアンチセンス化合物はモチーフにより記述される。そのような態様において、任意のモチーフは、配列および／もしくはモチーフが本明細書に特に開示されようとなかろうと、任意の配列で用いることができる。ある態様において、短いアンチセンス化合物は、モチーフによる記述が可能でない修飾を含んでなる（例えば、化合物の全体にわたって様々な位置でいくつかの異なる修飾および／もしくは結合を含んでなる短いアンチセンス化合物）。そのような組み合わせは、それが本明細書に開示されようとなかろうと、任意の配列について導入することができる。本出願に添付の配列表は、化学修飾から独立してある核酸配列を提供する。その表は必要に応じて「ＲＮＡ」もしくは「ＤＮＡ」のいずれかとして各配列を同定するが、実際には、これらの配列は化学修飾および／もしくはモチーフの任意の組み合わせで修飾することができる。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は少なくとも１つの高親和性修飾モノマーを含んでなる。ある態様において、提供されるのはＡｐｏＢ−１００（ＡＰＯＢ；Ａｇ（ｘ）抗原；ａｐｏＢ−４８；アポリポタンパク質Ｂ；アポリポタンパク質Ｂ−１００；アポリポタンパク質Ｂ−４８としても知られている）、ＧＣＧＲ（グルカゴン受容体；ＧＲとしても知られている）、ＣＲＰ、ＤＧＡＴ２、ＧＣＣＲ、ＰＣＳＫ９、ＰＴＥＮ、ＰＴＰ１Ｂ、ＳＧＬＴ２およびＳＯＤ１が包含されるがこれらに限定されるものではない標的をコードする核酸分子を標的とする短いアンチセンス化合物である。あるそのような態様において、そのような短いアンチセンス化合物はこれらの標的のいずれかをコードする核酸分子を標的とする。
Ｆ．ある標的
ある態様において、短いアンチセンス化合物は任意の標的を調節するために設計することができる。ある態様において、標的は臨床的に関連する。そのような態様において、標的の調節は臨床利益をもたらす。ある標的は、腎臓において優先的に発現される。ある標的は、肝臓において優先的に発現される。ある標的は代謝性疾患と関連する。ある標的は心臓血管疾患に関連する。ある態様において、標的は：ＡｐｏＢ、ＳＧＬＴ２、ＰＣＳＫ９、ＳＯＤ１、ＣＲＰ、ＧＣＣＲ、ＧＣＧＲ、ＤＧＡＴ２、ＰＴＰ１ＢおよびＰＴＥＮから選択される。ある態様において、標的は：ＡｐｏＢ、ＳＧＬＴ２、ＰＣＳＫ９、ＳＯＤ１、ＣＲＰ、ＧＣＣＲ、ＧＣＧＲ、ＤＧＡＴ２およびＰＴＰ１Ｂから選択される。ある態様において、標的はＳＧＬＴ２以外の任意のタンパク質である。
ある態様において、短いアンチセンス化合物はインビボで肝臓および腎臓特異的標的ＲＮＡ減少を示す。そのような特性は、これらの短いアンチセンス化合物を代謝性および心臓血管疾患に関与する多数の標的ＲＮＡの阻害のために特に有用にする。従って、本明細書に提供されるのは、心臓血管もしくは代謝性疾患を該疾患と関連するＲＮＡを標的とする短いアンチセンス化合物と該腎臓もしくは肝臓組織を接触させることにより処置する方法である。従って、また提供されるのは、本発明の短いアンチセンス化合物で様々な代謝性もしくは心臓血管疾患指標のいずれかを改善する方法である。
１．ＡｐｏＢ
ＡｐｏＢ（アポリポタンパク質Ｂ−１００；ＡｐｏＢ−１００、アポリポタンパク質Ｂ−４８；ＡｐｏＢ−４８およびＡｇ（ｘ）抗原としても知られている）は、脂質のアセンブリおよび分泌においてそしてリポタンパク質の異なる種類の輸送ならびに受容体に媒介される取り込みおよび送達において必須の役割を果たす巨大糖タンパク質である。ＡｐｏＢは、食物脂質の吸収およびプロセシングから循環リポタンパク質レベルの調節まで様々な活動を行う（Ｄａｖｉｄｓｏｎ ａｎｄ Ｓｈｅｌｎｅｓｓ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｎｕｔｒ．，２０００，２０，１６９−１９３）。この後者の特性は、ＡｐｏＢ含有リポタンパク質の周囲濃度と非常に相関するアテローム性動脈硬化症感受性に関するその関連性の根拠をなす（Ｄａｖｉｄｓｏｎ ａｎｄ Ｓｈｅｌｎｅｓｓ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｎｕｔｒ．，２０００，２０，１６９−１９３）。ＡｐｏＢ−１００はＬＤＬ−Ｃの主要タンパク質成分であり、そしてＬＤＬ受容体とこのリポタンパク質種との相互作用に必要とされるドメインを含有する。ＬＤＬ−Ｃの上昇したレベルは、アテローム性動脈硬化症を包含する心臓血管疾患の危険因子である。
定義
「ＡｐｏＢ」は、短いアンチセンス化合物の投与によりその発現が調節される遺伝子産物もしくはタンパク質である。
「ＡｐｏＢ核酸」は、ＡｐｏＢをコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある態様において、ＡｐｏＢ核酸にはＡｐｏＢをコードするＤＮＡ配列、ＡｐｏＢをコードするＤＮＡから転写されるＲＮＡ配列およびＡｐｏＢをコードするｍＲＮＡ配列が包含されるが限定されない。
「ＡｐｏＢ ｍＲＮＡ」は、ＡｐｏＢをコードするｍＲＮＡを意味する。
ＡｐｏＢ治療指標
ある態様において、本発明はＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を投与することを含んでなる個体におけるＡｐｏＢの発現を調節する方法を提供する。ある態様において、本発明はＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物を投与することを含んでなる個体を処置する方法を提供する。ある態様において、個体は高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型異常脂質血症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症する危険、冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の病歴、早発型冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の１つもしくはそれ以上の危険因子、ＩＩ型糖尿病、異常脂質血症を伴うＩＩ型糖尿病、異常脂質血症、高トリグリセリド血症、高脂血症、高脂肪酸血症、肝脂肪症、非アルコール性脂肪性肝炎もしくは非アルコール性脂肪肝疾患を有する。
脂質低下療法の指針は２００１年に全米コレステロール教育プログラム（ＮＣＥＰ）の成人治療委員会ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）により樹立され、そして２００４年に更新された（Ｇｒｕｎｄｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００４，１１０，２２７−２３９）。指針には、ＬＤＬ−Ｃ、総コレステロールおよびＨＤＬ−Ｃレベルの決定のために、典型的には９〜１２時間の断食後に、完全なリポタンパク質プロフィールを得ることが含まれる。ごく最近樹立された指針によれば、１３０〜１５９ｍｇ／ｄＬ、１６０〜１８９ｍｇ／ｄＬおよび１９０ｍｇ／ｄＬ以上のＬＤＬ−Ｃレベルは、それぞれ、高境界値、高いそして非常に高いと考えられる。２００〜２３９および２４０ｍｇ／ｄＬ以上の総コレステロールレベルは、それぞれ、高境界値そして高いと考えられる。４０ｍｇ／ｄＬ未満のＨＤＬ−Ｃレベルは低いと考えられる。
ある態様において、個体は脂質低下療法を必要とすると同定されている。あるそのような態様において、個体は、２００１年に全米コレステロール教育プログラム（ＮＣＥＰ）の成人治療委員会ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）により樹立されそして２００４年に更新された（Ｇｒｕｎｄｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００４，１１０，２２７−２３９）指針に従って脂質低下療法を必要とすると同定されている。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１９０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１６０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１３０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１００ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１６０ｍｇ／ｄＬ未満のＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１３０ｍｇ／ｄＬ未満のＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１００ｍｇ／ｄＬ未満のＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。あるそのような態様において、個体は７０ｍｇ／ｄＬ未満のＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。
ある態様において、本発明は個体におけるＡｐｏＢを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるＡｐｏ−Ｂ含有リポタンパク質を減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるＬＤＬ−Ｃを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるＶＬＤＬ−Ｃを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるＩＤＬ−Ｃを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体における非ＨＤＬ−Ｃを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるＬｐ（ａ）を減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体における血清トリグリセリドを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体における肝臓トリグリセリドを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるＯｘ−ＬＤＬ−Ｃを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるスモールＬＤＬ粒子を減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるスモールＶＬＤＬ粒子を減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるリン脂質を減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体における酸化されたリン脂質を減らす方法を提供する。
ある態様において、本発明は患者におけるＯｘ−ＬＤＬ−Ｃ濃度を減らす方法を提供する。あるそのような態様において、ＡｐｏＢ、ＬＤＬ−Ｃ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、総コレステロール、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、トリグリセリドもしくはＯｘ−ＬＤＬ−Ｃの減少は、独立して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％および少なくとも１００％から選択される。あるそのような態様において、ＡｐｏＢ、ＬＤＬ−Ｃ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、総コレステロール、非
ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、トリグリセリドもしくはＯｘ−ＬＤＬ−Ｃの減少は、独立して、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％および少なくとも７０％から選択される。あるそのような態様において、ＡｐｏＢ、ＬＤＬ−Ｃ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、総コレステロール、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、トリグリセリドもしくはＯｘ−ＬＤＬ−Ｃの減少は、独立して、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％および少なくとも７０％から選択される。
ある態様において、本発明は患者におけるＨＤＬ−Ｃ濃度を上昇させる方法を提供する。
ある態様において、本発明により提供される方法はＨＤＬ−Ｃを下げない。ある態様において、本発明により提供される方法は肝臓における脂質の蓄積をもたらさない。ある態様において、本発明により提供される方法は肝脂肪症を引き起こさない。
ある態様において、本発明は、処置と関連する副作用を減らしながら患者におけるＡｐｏＢ濃度を下げる方法を提供する。あるそのような態様において、副作用は肝臓毒性である。あるそのような態様において、副作用は異常肝機能である。あるそのような態様において、副作用は上昇したアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）である。あるそのような態様において、副作用は上昇したアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）である。
ある態様において、本発明は脂質低下療法の結果として目標ＬＤＬ−Ｃレベルに到達していない患者におけるＡｐｏＢ濃度を下げる方法を提供する。あるそのような態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、患者に投与される唯一の脂質低下薬である。あるそのような態様において、患者は推奨される脂質低下療法を順守していない。あるそのような態様において、本発明の製薬学的組成物は追加の異なる脂質低下療法と共投与される。あるそのような態様において、追加の脂質低下療法はＬＤＬアフェレーシスである。あるそのような態様において、追加の脂質低下療法はスタチンである。あるそのような態様において、追加の脂質低下療法はエゼチミブである。
ある態様において、本発明はスタチン不耐患者におけるＡｐｏＢ濃度を下げる方法を提供する。あるそのような態様において、患者はスタチン投与の結果としてクレアチンキナーゼ濃度増加を有する。あるそのような態様において、患者はスタチン投与の結果として肝機能異常を有する。あるそのような態様において、患者はスタチン投与の結果として筋肉痛を有する。あるそのような態様において、患者はスタチン投与の結果として中枢神経系副作用を有する。ある態様において、患者は推奨されるスタチン投与を順守していない。
ある態様において、本発明は患者における肝臓トリグリセリドを下げる方法を提供する。あるそのような態様において、患者は上昇した肝臓トリグリセリドを有する。あるそのような態様において、患者は脂肪性肝炎を有する。あるそのような態様において、患者は脂肪症を有する。あるそのような態様において、肝臓トリグリセリドレベルは磁気共鳴イメージングにより測定される。
ある態様において、本発明は患者における冠状動脈性心臓疾患の危険性を減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は患者におけるアテローム性動脈硬化症の進行を遅くする方法を提供する。あるそのような態様において、本発明は患者におけるアテローム性動脈硬化症の進行を停止させる方法を提供する。あるそのような態様において、本発明は患者におけるアテローム性動脈硬化性プラークのサイズおよび／もしくは広がりを減らす方法を提供する。ある態様において、提供される方法はアテローム性動脈硬化症を発症する患者の危険性を減らす。
ある態様において、提供される方法は患者における心臓血管アウトカムを改善する。あるそのような態様において、改善された心臓血管アウトカムは冠状動脈性心臓疾患を発症する危険性の減少である。あるそのような態様において、改善された心臓血管アウトカムは死亡、心筋梗塞、再梗塞、卒中、心原性ショック、肺水腫、心停止および心房性不整脈が包含されるがこれらに限定されるものではない１つもしくはそれ以上の主要な心臓血管事象の発生の減少である。あるそのような態様において、改善された心臓血管アウトカムは改善された頸動脈内膜中膜厚により明らかである。あるそのような態様において、改善された頸動脈内膜中膜厚は厚さの減少である。あるそのような態様において、改善された頸動脈内膜中膜厚は内膜中膜厚の増加の防止である。
ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物は治療において用いられる。ある態様において、治療は個体におけるＬＤＬ−Ｃ、ＡｐｏＢ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、血清トリグリセリド、肝臓トリグリセリド、Ｏｘ−ＬＤＬ−Ｃ、スモールＬＤＬ粒子、スモールＶＬＤＬ、リン脂質もしくは酸化されたリン脂質の減少である。ある態様において、治療は高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型異常脂質血症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症する危険性、冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の病歴、早発型冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の１つもしくはそれ以上の危険因子、ＩＩ型糖尿病、異常脂質血症を伴うＩＩ型糖尿病、異常脂質血症、高トリグリセリド血症、高脂血症、高脂肪酸血症、肝脂肪症、非アルコール性脂肪性肝炎もしくは非アルコール性脂肪肝疾患の処置である。さらなる態様において、治療はＣＨＤ危険性の減少である。ある態様において、治療はアテローム性動脈硬化症の防止である。ある態様において、治療は冠状動脈性心臓疾患の防止である。
ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物は個体におけるＬＤＬ−Ｃ、ＡｐｏＢ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、血清トリグリセリド、肝臓トリグリセリド、Ｏｘ−ＬＤＬ−Ｃ、スモールＬＤＬ粒子、スモールＶＬＤＬ、リン脂質もしくは酸化されたリン脂質を減らすための薬剤の製造に用いられる。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物は冠状動脈性心臓疾患の危険性を減らすための薬剤の製造に用いられる。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型異常脂質血症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症する危険性、冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の病歴、早発型冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の１つもしくはそれ以上の危険因子、ＩＩ型糖尿病、異常脂質血症を伴うＩＩ型糖尿病、異常脂質血症、高トリグリセリド血症、高脂血症、高脂肪酸血症、肝脂肪症、非アルコール性脂肪性肝炎もしくは非アルコール性脂肪肝疾患の処置のための薬剤の製造に用いられる。
ＡｐｏＢ併用療法
ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物は１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤と共投与される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物と同じ疾患もしくは症状を処置するために設計される。あるそのような態様において、１つもしくはそれ以上の製薬学的薬剤は脂質低下薬である。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物と異なる疾患もしくは症状を処置するために設計される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物の好ましくない効果を処置するために設計される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物は、その他の製薬学的薬剤の好ましくない効果を処置するために別の製薬学的薬剤と共投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は同時に投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は異なる時間で投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は単一の製剤において一緒に製造される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は別個に製造される。
ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤には脂質低下薬が包含される。あるそのような態様において、本発明の製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤には、アトルバスタチン、シンバスタチン、ロスバスタチンおよびエゼチミブが包含されるがこれらに限定されるものではない。あるそのような態様において、脂質低下薬は本発明の製薬学的組成物の投与の前に投与される。あるそのような態様において、脂質低下薬は本発明の製薬学的組成物の投与の後に投与される。あるそのような態様において、脂質低下薬は本発明の製薬学的組成物と同時に投与される。あるそのような態様において、共投与される脂質低下薬の用量は、脂質低下薬が単独で投与される場合に投与される用量と同じである。あるそのような態様において、共投与される脂質低下薬の用量は、脂質低下薬が単独で投与される場合に投与される用量より少ない。あるそのような態様において、共投与される脂質低下薬の用量は、脂質低下薬が単独で投与される場合に投与される用量より多い。
ある態様において、共投与される脂質低下薬はＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤である。あるそのような態様において、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤はスタチンである。あるそのような態様において、スタチンはアトルバスタチン、シンバスタチン、プラバスタチン、フルバスタチンおよびロスバスタチンから選択される。
ある態様において、共投与される脂質低下薬はコレステロール吸収阻害剤である。あるそのような態様において、コレステロール吸収阻害剤はエゼチミブである。
ある態様において、共投与される脂質低下薬は共調合されるＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤およびコレステロール吸収阻害剤である。あるそのような態様において、共調合される脂質低下薬はエゼチミブ／シンバスタチンである。
ある態様において、共投与される脂質低下薬はミクロソームトリグリセリド輸送タンパク質阻害剤（ＭＴＰ阻害剤）である。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤は胆汁酸抑制薬である。あるそのような態様において、胆汁酸抑制薬はコレスチラミン、コレスチポルおよびコレセベラムから選択される。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤はニコチン酸である。あるそのような態様において、ニコチン酸は即時放出ニコチン酸、徐放性ニコチン酸および持続放出ニコチン酸から選択される。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤はフィブリン酸である。あるそのような態様において、フィブリン酸はゲムフィブロジル、フェノフィブレート、クロフィブレート、ベザフィブレートおよびシプロフィブレートから選択される。
ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤のさらなる例には、プレドニゾンが包含されるがこれに限定されるものではないコルチコステロイド；静脈内免疫グロブリン（ＩＶＩｇ）が包含されるがこれに限定されるものではない免疫グロブリン；鎮痛剤（例えばアセトアミノフェン）；非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ＣＯＸ−１阻害剤およびＣＯＸ−２阻害剤）が包含されるがこれらに限定されるものではない抗炎症薬；サリチル酸塩；抗生物質；抗ウイルス薬；抗真菌薬；抗糖尿病薬（例えば、ビグアニド、グルコシダーゼ阻害剤、インシュリン、スルホニル尿素およびチアゾリジンジオン（ｔｈｉａｚｏｌｉｄｅｎｅｄｉｏｎｅ）；アドレナリン作動性修飾因子（ｍｏｄｉｆｉｅｒ）；利尿薬；ホルモン（例えば、アナボリックステロイド、アンドロゲン、エストロゲン、カルシトニン、プロゲスチン、ソマトスタチン（ｓｏｍａｔｏｓｔａｎ）および甲状腺ホルモン）；免疫モジュレーター；筋肉弛緩剤；抗ヒスタミン剤；骨粗鬆症薬（例えば、ビスホスホネート（ｂｉｐｈｏｓｐｈｏｎａｔｅ）、カルシトニンおよびエストロゲン）；プロスタグランジン、抗腫瘍薬；精神治療薬；鎮静剤；ウルシもしくはドクウルシ生成物；抗体；ならびにワクチンが包含されるがこれらに限定されるものではない。
ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物は脂質低下療法と併せて投与することができる。あるそのような態様において、脂質低下療法は治療的生活様式変化である。あるそのような態様において、脂質低下療法はＬＤＬアフェレーシスである。
１つの態様において、本明細書に提供されるアンチセンス化合物はヒト患者におけるアポリポタンパク質Ｂ含有リポタンパク質のレベルを下げるために使用することができる。本明細書において用いる場合、「アポリポタンパク質Ｂ含有リポタンパク質」は、そのタンパク質成分としてアポリポタンパク質Ｂを有する任意のリポタンパク質をさし、そしてＬＤＬ、ＶＬＤＬ、ＩＤＬおよびリポタンパク質（ａ）が包含されると理解される。ＬＤＬ、ＶＬＤＬ、ＩＤＬおよびリポタンパク質（ａ）は各々１分子のアポリポタンパク質Ｂを含有し、従って、血清アポリポタンパク質Ｂ測定はこれらのリポタンパク質の総数を示す。当該技術分野において既知であるように、前述のリポタンパク質の各々はアテローム生成性である。従って、血清における１つもしくはそれ以上のアポリポタンパク質Ｂ含有リポタンパク質を下げることは、ヒト患者に治療利益を与えることができる。スモールＬＤＬ粒子はラージＬＤＬ粒子に対して特にアテローム生成性であると考えられ、従って、スモールＬＤＬ粒子を減らすことはヒト患者に治療利益を与えることができる。追加の脂質パラメーターもまた、患者において決定することができる。総コレステロール：ＨＤＬ比もしくはＬＤＬ：ＨＤＬ比の減少は、コレステロール比率の臨床的に望ましい改善である。同様に、上昇した脂質レベルを示すヒトにおける血清トリグリセリドを減らすことは臨床的に望ましい。
患者において測定することができる心臓血管疾患の他の指標には、血清ＬＤＬ粒子サイズ；血清ＬＤＬコレステリルエステル濃度；血清ＬＤＬコレステリルエステル組成；血清ＬＤＬコレステリルエステルのポリ不飽和の程度；および血清ＨＤＬコレステロールレベルが包含される。本明細書において用いる場合、「血清ＬＤＬ粒子サイズ」は、微小、小、中もしくは大型であることができる血清ＬＤＬ粒子サイズの分類をさし、そして典型的にはｇ／μｍｏｌ単位で表される。本発明との関連で、「血清ＬＤＬコレステリルエステル濃度」はＬＤＬ粒子に存在するコレステリルエステルの量を意味し、そして典型的にはｍｇ／ｄＬとして測定される。本発明との関連で、「血清ＬＤＬコレステリルエステル組成」は、血清ＬＤＬ粒子に存在する飽和、単不飽和およびポリ不飽和コレステリルエステル脂肪酸のパーセンテージの測定である。「血清ＬＤＬコレステリルエステルのポリ不飽和」は、血清ＬＤＬ粒子におけるポリ不飽和コレステリルエステル脂肪酸のパーセンテージを意味する。
分析用に血清もしくは血漿サンプルを得る方法および分析を可能にするための血清サンプルの調製方法は、当業者に周知である。リポタンパク質、コレステロール、トリグリセリドおよびコレステリルエステルの測定に関して、「血清」および「血漿」という用語は互換的に本明細書において用いられる。
別の態様において、本明細書に提供されるアンチセンス化合物は、代謝性疾患を処置するために用いることができる。代謝性疾患を評価するために様々なバイオマーカーを用いることができる。例えば、血糖値は、医師によりまたは一般に入手可能な試験キットもしくはグルコメーター（ｇｌｕｃｏｍｅｔｅｒ）（例えば、Ａｓｃｅｎｓｉａ ＥＬＩＴＥTMキット、Ａｓｃｅｎｓｉａ（Ｂａｙｅｒ）、Ｔａｒｒｙｔｏｗｎ ＮＹもしくはＡｃｃｕｃｈｅｃｋ、Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）を用いて患者によってさえ決定されることができる。糖化ヘモグロビン（ＨｂＡ１ｃ）もまた測定することができる。ＨｂＡ１ｃはグルコースによる翻訳後修飾によってインビボで形成される安定なマイナーヘモグロビンバリアントであり、そしてそれは主に糖化ＮＨ２末端β鎖を含有する。過去３ヶ月にわたるＨｂＡ１ｃのレベルと平均血糖値との間の強い相関関係がある。従って、ＨｂＡ１ｃは、持続した血糖制御を測定するための「ゴールドスタンダード」と見なされることが多い（Ｂｕｎｎ，Ｈ．Ｆ．ｅｔ ａｌ．，１９７８，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２００，２１−７）。ＨｂＡ１ｃはイオン交換ＨＰＬＣもしくは免疫アッセイにより測定することができ；ＨｂＡ１ｃ測定のための家庭採血および郵送キットは現在広く利用可能である。血清フルクトサミンは安定なグルコース制御の別の尺度であり、そして比色法により測定することができる（Ｃｏｂａｓ Ｉｎｔｅｇｒａ，Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）。
ＡｐｏＢ核酸を標的とするある短いアンチセンス化合物
ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１として本明細書に組み込まれるＧＥＮＢＡＮＫ(R)受託番号ＮＭ＿０００３８４．１の配列を有するＡｐｏＢ核酸を標的とする。あるそのような態様において、配列番号：１を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１に少なくとも９０％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１に少なくとも９５％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１に１００％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１を標的とする短いアンチセンス化合物は、表２および表３に記載されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。
表２および３中の各配列番号に記載されるヌクレオチド配列は、糖部分、モノマー結合もしくは核酸塩基への任意の修飾から独立している。そのようなものとして、配列番号により特定される短いアンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾を含んでなることができる。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ．）により記述されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列および糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾の組み合わせを示す。
表２および３は、配列番号：１を標的とする短いアンチセンス化合物の例を示す。表２は、配列番号：１に１００％相補的である短いアンチセンス化合物を例示する。表３は、配列番号：１に対して１もしくは２個のミスマッチを有する短いアンチセンス化合物を例示する。「ギャップマーモチーフ」と表示される縦列は、各々の短いアンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは２’−デオキシヌクレオチドを含んでなり、そして各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは２’−修飾糖を含んでなる。特定の２’−修飾糖もまた、「ギャップマーモチーフ」縦列に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は２−１０−２ギャップマーモチーフを意味し、ここで、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントには２ヌクレオチドのウィングセグメントが隣接し、ここで、ウィングセグメントのヌクレオチドは２’−ＭＯＥヌクレオチドである。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。短いアンチセンス化合物は、「非修飾シトシン」がギャップマーモチーフ縦列に記載される場合（その場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである）を除いて、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含んでなる。例えば、「ギャップのみにおいて５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有し、一方、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
Figure 2009536039
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Figure 2009536039
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド２６３〜２７８である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド２６３〜２７８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号：１６もしくは１７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド２６３〜２７８を標的とする短いアンチセンス化合物はＩｓｉｓ ＮＯ．３７２８１６もしくは３７２８９４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド４２８〜４８３である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド４２８〜４８３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６もしくは２７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド４２８〜４８３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７２８１７、３７２８９５、３７２８１８、３７２８９６、３７２８１９、３７２８９７、３７２８２０、３７２８９８、３７２８２１もしくは３７２８９９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド４２８〜４５８である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド４２８〜４５８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４もしくは２５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド４２８〜４５８を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７２８１７、３７２８９５、３７２８１８、３７２８９６、３７２８１９、３７２８９７、３７２８２０もしくは３７２８９８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド４６８〜４８３である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド４６８〜４８３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２６もしくは２７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド４６８〜４８３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７２８２１もしくは３７２８９９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド５８７〜６０７である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド５８７〜６０７を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号２８、２９、３０もしくは３１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド５８７〜６０７を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８２２、３７２９００、３７２８２３もしくは３７２９０１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド７１５〜７３６である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド７１５〜７３６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９もしくは４０から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド７１５〜７３６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３４６５８３、３４６５８４、３４６５８５、３４６５８６、３４６５８７、３４６５８８、３４６５８９、３４６５９０もしくは３４６５９１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド９２９〜９４４である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド９２９〜９４４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４１もしくは４２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド９２９〜９４４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７２８２４もしくは３７２９０２から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド１２５６〜１３１９である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１２５６〜１３１９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４３、４４、４５もしくは４６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１２５６〜１３１９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７２８２５、３７２９０３、３７２８２６もしくは３７２９０４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド１２５６〜１２７１である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１２５６〜１２７１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４３もしくは４４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１２５６〜１２７１を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７２８２５もしくは３７２９０３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド１３０４〜１３１９である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１３０４〜１３１９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４５もしくは４６から選択されるヌクレオチ
ド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１３０４〜１３１９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７２８２６もしくは３７２９０４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド２１３５〜２１５０である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド２１３５〜２１５０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４７もしくは４８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド２１３５〜２１５０を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８２９もしくは３７２９０７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド２７７４〜２７９４である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド２７７４〜２７９４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４９、５０、５１もしくは５２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド２７７４〜２７９４を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８３２、３７２９１０、３７２８３３もしくは３７２９１１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド２９６１〜２９７６である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド２９６１〜２９７６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号５３もしくは５４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド２９６１〜２９７６を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８３５もしくは３７２９１３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド３２４８〜３２６９である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド３２４８〜３２６９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２もしくは６３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド３２４８〜３２６９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３４６５９２、３４６５９３、３４６５９４、３４６５９５、３４６５９６、３４６５９７、３４６５９８、３４６５９９もしくは３４６６００から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド３３５０〜３３７５である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド３３５０〜３３７５を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号６４、６５、６６、６７、６８もしくは６９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド３３５０〜３３７５を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８３６、３７２９１４、３７２８３７、３７２９１５、３７２８３８もしくは３７２９１６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド３４０９〜３４２４である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド３４０９〜３４２４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７０もしくは７３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド３４０９〜３４２４を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８３９、３８７４６１、３８０１４７もしくは３７２９１７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド３５７３〜３５８８である
。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド３５７３〜３５８８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７４もしくは７５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド３５７３〜３５８８を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８４０もしくは３７２９１８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド３７０１〜３７１６である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド３７０１〜３７１６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７６もしくは７７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド３７０１〜３７１６を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８４１もしくは３７２９１９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド４２１９〜４２３４である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド４２１９〜４２３４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７８もしくは７９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド４２１９〜４２３４を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８４３もしくは３７２９２１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド４３０１〜４３２３である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド４３０１〜４３２３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８０、８１、８２もしくは８３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。ある態様において、配列番号：１のヌクレオチド４３０１〜４３２３を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８４４、３７２９２２、３７２８４５もしくは３７２９２３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド５５８８〜５６０９である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド５５８８〜５６０９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１もしくは９２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド５５８８〜５６０９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３４６６０１、３４６６０２、３４６６０３、３４６６０４、３４６６０５、３４６６０６、３４６６０７、３４６６０８もしくは３４６６０９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド５９２４〜５９３９である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド５９２４〜５９３９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号９３もしくは９４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド５９２４〜５９３９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８５１もしくは３７２９２９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド６６６４〜６６７９である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド６６６４〜６６７９を標的とする短いアンチセンスは、配列番号９５もしくは９６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド６６６４〜６６７９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８５４もしくは３７２９３２から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド６９０８〜６９２３である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド６９０８〜６９２３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号９７もしくは９８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド６９０８〜６９２３を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８５５もしくは３７２９３３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド７１９０〜７２０５である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド７１９０〜７２０５を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号９９もしくは１００から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド７１９０〜７２０５を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８５６もしくは３７２９３４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド７８１７〜７８３９である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド７８１７〜７８３９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１０１、１０２、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０もしくは１１１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド７８１７〜７８３９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８５８、３７２９３６、３４６６１０、３４６６１１、３４６６１２、３４６６１３、３４６６１４、３４６６１５、３４６６１６、３４６６１７もしくは３４６６１８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド７９９５〜８０１０である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド７９９５〜８０１０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１１２もしくは１１３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド７９９５〜８０１０を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８５９もしくは３７２９３７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド８３３６〜８３５６である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド８３３６〜８３５６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１１４、１１５、１１６もしくは１１７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド８３３６〜８３５６を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８６１、３７２９３９、３７２８６２もしくは３７２９４０から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド８５３９〜８５５４である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド８５３９〜８５５４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１１８もしくは１１９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド８５３９〜８５５４を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８６３もしくは３７２９４１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド９３４４〜９３５９である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド９３４４〜９３５９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１２０もしくは１２１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド９３４４〜９３５９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８７
１もしくは３７２９４９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド９５１５〜９５３０である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド９５１５〜９５３０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１２２もしくは１２３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド９５１５〜９５３０を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８７２もしくは３７２９５０から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド９７９４〜９８０９である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド９７９４〜９８０９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１２４もしくは１２５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド９７９４〜９８０９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８７５もしくは３７２９５３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド１０１５７〜１０１８７である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１０１５７〜１０１８７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２もしくは１３３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１０１５７〜１０１８７を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８７７、３７２９５５、３７２８７８、３７２９５６、３７２８７９、３７２９５７、３７２８８０もしくは３７２９５８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド１０８３８〜１０８５９である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１０８３８〜１０８５９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１もしくは１４２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１０８３８〜１０８５９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３４６６１９、３４６６２０、３４６６２１、３４６６２２、３４６６２３、３４６６２４、３４６６２５、３４６６２６もしくは３４６６２７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド１３６８９〜１３７１４である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１３６８９〜１３７１４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１４３、１４４、１４５、１４６、１４７もしくは１４８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１３６８９〜１３７１４を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３７２８９０、３７２９６８、３７２８９１、３７２９６９、３７２８９２もしくは３７２９７０から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド１３９０７〜１３９２８である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１３９０７〜１３９２８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１４９、１５０、１５１、１５２、１５３、１５４、１５５、１５６もしくは１５７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１３９０７〜１３９２８を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３４６６２８、３４６６２９、３４６６３０、３４６６３１、３４６６３２、３４６６３３、３４６６３４、３４６６３５もしくは３４６６３６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド１３９６３〜１３９８４である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１３９６３〜１３９８４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、１６３、１６４、１６５もしくは１６６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１３９６３〜１３９８４を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３４６６３７、３４６６３８、３４６６３９、３４６６４０、３４６６４１、３４６６４２、３４６６４３、３４６６４４もしくは３４６６４５から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１のヌクレオチド１４０５１〜１４０７２である。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１４０５１〜１４０７２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４もしくは１７５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１のヌクレオチド１４０５１〜１４０７２を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．３４６６４６、３４６６４７、３４６６４８、３４６６４９、３４６６５０、３４６６５１、３４６６５２、３４６６５３もしくは３４６６５４から選択される。
ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８〜１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、そのような短いアンチセンス化合物は短いアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は短いギャップマーである。あるそのような態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いギャップマーは、化合物の１つもしくはそれ以上のウィングに少なくとも１個の高親和性修飾を含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、各ウィングに１〜３個の高親和性修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのヌクレオシドもしくはヌクレオチドは２’修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはＢＮＡである。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。ある態様において、ウィングのモノマーはアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（ここで、各ＲｍおよびＲｎは独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）から選択される２’位での置換基を含んでなる。ある態様において、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含んでなる。ある態様において、ギャップは５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３もしくは１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾デオキシリボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾リボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップ修飾（もしあれば）ギャップは、その標的核酸に結合した場合に、リボヌクレアーゼＨが包含されるがこれに限定されるものではないリボヌクレアーゼによる切断をサポートするアンチセンス化合物をもたらす。
ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は均一なモノマー結合を有する。あるそのような態様において、それらの結合は全てホスホロチオエート結合である。ある態様において、結合は全てホスホジエステル結合である。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は混合バックボーンを有する。
ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８個のモノマーの長さである。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９個のモノマーの長さである。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０個のモノマーの長さである。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１１個のモノマーの長さである。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２個のモノマーの長さである。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１３個のモノマーの長さである。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１４個のモノマーの長さである。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１５個のモノマーの長さである。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１６個のモノマーの長さである。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなる。
ある態様において、本発明はＡｐｏＢの発現を調節する方法を提供する。ある態様において、そのような方法はＡｐｏＢ核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物の使用を含んでなり、ここで、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は約８〜約１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４個のモノマー（すなわち、約８〜約１６個の連結モノマー）である。当業者は、これには８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６個のモノマーのＡｐｏＢ核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物を用いてＡｐｏＢの発現を調節する方法が包含されることを理解する。
ある態様において、ＡｐｏＢを調節する方法は、８個のモノマーの長さであるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢを調節する方法は、９個のモノマーの長さであるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢを調節する方法は、１０個のモノマーの長さであるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢを調節する方法は、１１個のモノマーの長さであるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢを調節する方法は、１２個のモノマーの長さであるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢを調節する方法は、１３個のモノマーの長さであるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢを調節する方法は、１４個のモノマーの長さであるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢを調節する方法は、１５個のモノマーの長さであるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢを調節する方法は、１６個のモノマーの長さであるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
ある態様において、ＡｐｏＢの発現を調節する方法は、９〜１５個のモノマーを含んでなるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢの発現を調節する方法は、１０〜１５個のモノマーを含んでなるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢの発現を調節する方法は、１２〜１４個のモノマーを含んでなるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＡｐｏＢの発現を調節する方法は、１２もしくは１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなるＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、本明細書に一般に記述される短いアンチセンス化合物の任意の１つもしくはそれ以上の性質もしくは特性を有することができる。ある態様において、ＡｐｏＢ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１、より好ましくは１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
２．ＳＧＬＴ−２
ナトリウム依存性グルコース輸送体２（ＳＧＬＴ−２）は、腎臓近位尿細管上皮細胞において発現され、そしてグルコースを再吸収するように働き、尿におけるグルコース損失を防ぐ。ヒトゲノムでは、ＳＧＬＴ−２はナトリウム基質共輸送体の１１員のファミリーのメンバーである。これらのファミリーメンバーの多くは配列相同性を共有し、例えば、ＳＧＬＴ−１はＳＧＬＴ−２と約５９％の配列同一性をそしてＳＧＬＴ−３と約７０％の配列同一性を共有する。ＳＧＬＴ−１は、心臓およびＣＮＳに見出されるグルコース輸送体である。ＳＧＬＴ−３は、小腸におけるグルコース感知ナトリウムチャンネルである。これらのＳＧＬＴの別個の局在パターンは、相同なファミリーメンバー間の区別の１つのポイントである。（Ｈａｎｄｌｏｎ，Ａ．Ｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ．Ｔｈｅｒ．Ｐａｔｅｎｔｓ（２００５）１５（１１）：１５３２−１５４０；Ｋａｎａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，１９９４，９３，３９７−４０４；Ｗｅｌｌｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．Ｍｅｔａｂ．，１９９２，２６３，Ｆ４５９−４６５）。
アフリカツメガエル卵母細胞に注入したヒトＳＧＬＴ２の研究は、このタンパク質が、アルファ−ＭｅＧｌｃについては１．６ｍＭのＫｍ値そして１：１のナトリウム：グルコースカップリング比でＤ−グルコースおよびアルファ−メチル−Ｄ−グルコピラノシド（アルファ−ＭｅＧｌｃ；グルコースアナログ）のナトリウム依存性輸送を媒介することを示した（Ｋａｎａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，１９９４，９３，３９７−４０４；Ｙｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９５，２７０，２９３６５−２９３７１）。この輸送活性は、ＳＧＬＴのグルコース部位に結合するが輸送されずそしてそれ故にＳＧＬＴ作用を阻害する植物グリコシド、フロリジンにより抑制された（Ｙｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９５，２７０，２９３６５−２９３７１）。
糖尿病は、不十分なインシュリン作用に起因する高血糖を特徴とする疾患である。慢性高血糖は、心臓疾患、網膜症、腎症および神経障害を包含する糖尿病に関連する合併症の主要な危険因子である。腎臓は血漿グルコースレベルの調節において主要な役割を果たすので、腎臓グルコース輸送体は魅力的な薬剤標的になっている（Ｗｒｉｇｈｔ，Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｒｅｎａｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ．，２００１，２８０，Ｆ１０−１８）。糖尿病性腎症は、糖尿病にかかっている多数の患者において発症する末期腎臓病の最も一般的な原因である。長期の高血糖に起因するグルコース毒性は、糖尿病患者において組織依存的インシュリン耐性を引き起こす（Ｎａｗａｎｏ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．Ｍｅｔａｂ．，２０００，２７８，Ｅ５３５−５４３）。
定義
「ナトリウム依存性グルコース輸送体２」は、短いアンチセンス化合物の投与によりその発現が調節される遺伝子産物もしくはタンパク質である。ナトリウム依存性グルコース輸送体２は一般にＳＧＬＴ２と呼ばれるが、ＳＬＣ５Ａ２；ナトリウム−グルコース輸送体２；ナトリウム−グルコース共輸送体、腎臓低親和性；ナトリウム−グルコース共輸送体、腎臓；溶質キャリアファミリー５（ナトリウム／グルコース共輸送体）、メンバー２；ＳＬ５２と呼ぶこともできる。
「ＳＧＬＴ２核酸」は、ＳＧＬＴ２をコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸には、ＳＧＬＴ２をコードするＤＮＡ配列、ＳＧＬＴ２をコードするＤＮＡから転写されるＲＮＡ配列およびＳＧＬＴ２をコードするｍＲＮＡ配列が包含されるが限定されない。
「ＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡ」は、ＳＧＬＴ２タンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。
治療指標
ある態様において、短いアンチセンス化合物はＳＧＬＴ２および関連タンパク質の発現を調節するために使用される。ある態様において、そのような調節は、ＳＧＬＴ２、ＳＬ５２、ＳＬＣ５Ａ２、ナトリウム−グルコース輸送体、腎臓低親和性ナトリウム−グルコース共輸送体、腎臓ナトリウム−グルコース共輸送体２および溶質キャリアファミリー５ナトリウム／グルコース共輸送体メンバー２が包含されるがこれらに限定されるものではないＳＧＬＴ−２をコードする１つもしくはそれ以上の標的核酸分子とハイブリダイズする短いアンチセンス化合物を提供することにより成し遂げられる。また提供されるのは、本明細書に記述されるような代謝性および／もしくは心臓血管疾患および障害を処置する方法である。特定の態様において、ＳＧＬＴ２の発現を阻害する短いアンチセンス化合物は、動物における血糖値を下げる方法および２型糖尿病の発症を遅らせるかもしくは防ぐ方法において使用される。そのような方法は、処置を必要とし得る動物に本発明の化合物の１つもしくはそれ以上の治療的にもしくは予防的に有効な量を投与することを含んでなる。１つもしくはそれ以上の化合物は、ＳＧＬＴ２をコードする核酸を標的とする短いアンチセンス化合物であることができる。本明細書に提供されるのは、ＳＧＬＴ２をコードする核酸を標的とする短いアンチセンス化合物のような本発明の化合物の１つもしくはそれ以上と細胞もしくは組織を接触させることを含んでなる、腎臓細胞もしくは腎臓組織におけるＳＧＬＴ２の発現の阻害を高める方法である。
ある化合物、組成物および方法がある態様に従って特に（ｗｉｔｈ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ）記述されているが、以下の実施例は本発明の化合物を説明するにすぎず、そしてそれらを限定するものではない。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は、混合ホスホロチオエートおよびホスホジエステルバックボーンを有するキメラオリゴマー化合物である。ある混合バックボーンの短いアンチセンス化合物は、その各々が少なくとも１個の２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを含んでなる２つのウィングが隣接する少なくとも５個の連続した２’−デオキシヌクレオシドを含んでなる中央のギャップを有する。ある態様において、混合バックボーン化合物のヌクレオシド間結合はギャップにおいてホスホロチオエート結合、そして２つのウィングにおいてホスホジエステル結合である。ある態様において、混合バックボーン化合物は、オリゴヌクレオチドの最も５’および３’末端の一方もしくは両方での１個のホスホジエステル結合を除いて、ウィングにおいてホスホロチオエート結合を有する。ある態様において、ＳＧＬＴ２を標的とする短いアンチセンス化合物は３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、２−８−２、１−９−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。ある態様において、ＳＧＬＴ２を標的とする短いアンチセンス化合物は１−１０−１、１−１０−２、２−８−２、１−９−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的としそして混合バックボーンを有する短いアンチセンス化合物は腎臓に効率よく送達される。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的としそして混合バックボーンを有する短いアンチセンス化合物の投与は、腎臓における標的遺伝子発現の調節をもたらす。あるそのような態様において、ほとんどもしくは全く肝臓もしくは腎臓毒性はない。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的としそして混合バックボーンを有する短いアンチセンス化合物は、混合バックボーンを有さないがそのほかの点では同一である短いアンチセンス化合物と比較してＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡを減らすことにより強力であり、そしてより速やかな発現を有する。あるそのような態様において、そのような増加した効能および／もしくは減少した毒性はマウスおよび／もしくはラットにおいてである。あるそのような態様において、そのような増加した効能および／もしくは減少した毒性はヒトにおいてである。
例として、そして説明の目的のためだけに、均一なホスホロチオエート結合を含んでなるＩＳＩＳ １４５７３３およびウィングにホスホジエステル結合をそしてギャップにホスホロチオエート結合を含んでなるＩＳＩＳ ２５７０１６は、そのほかの点では同一である。両方とも、配列ＧＡＡＧＴＡＧＣＣＡＣＣＡＡＣＴＧＴＧＣ（配列番号１５７２）を含んでなる。これらのオリゴヌクレオチドは両方とも５ヌクレオチドの「２’−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチド」が各側に隣接する１０個の２’−デオキシヌクレオチドからなるギャップをさらに含んでなる。全てのシチジン残基は５−メチルシチジンである。混合バックボーン化合物、ＩＳＩＳ ２５７０１６は非混合親化合物、ＩＳＩＳ １４５７３３と比較してＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡを減らすことに約５０倍強力であった（実施例９を参照）。
ある混合バックボーン化合物ＩＳＩＳ ２５７０１６の薬物動態学的研究は、ある態様において、該化合物が１２核酸塩基ファーマコフォアに代謝されるプロドラッグとして働くことを示す。ＩＳＩＳ ２５７０１６に対応する１２核酸塩基の短いアンチセンス化合物、ＩＳＩＳ ３７０７１７での研究は、該化合物がＩＳＩＳ ２５７０１６と同様のしかしより速やかな作用の発現を有する薬理学的プロフィールを有することを示す。ＩＳＩＳ ３７０７１７は、配列ＴＡＧＣＣＡＣＣＡＡＣＴ（配列番号１５５４）を含んでなり、１ヌクレオチドのウィングが両側に隣接する１０個の２’−デオキシヌクレオチドからなるギャップをさらに含んでなる、ＳＧＬＴ−２を標的とする１２核酸塩基のアンチセンスオリゴヌクレオチドである。これらのウィングは、２’−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチドからなる。全てのシチジン残基は５−メチルシチジンである。ヌクレオシド間結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたってホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。ＩＳＩＳ ２５７０１６とＩＳＩＳ ３７０７１７の薬理学的活性の類似性は、ＩＳＩＳ ２５７０１６が１２ヌクレオチドのファーマコフォアを有するプロドラッグであったことを示す薬物動態学的研究を裏付ける（実施例１０を参照）。さらに、ＩＳＩＳ ２５７０１６の安定化（末端キャップ）バージョンでの研究は、活性の劇的な喪失を示す。
ある態様において、ウィングに２’ＭＯＥモノマーを含んでなる短いアンチセンス化合物は腎臓に効率よく送達され、そしてそのような化合物での処置は肝臓もしくは腎臓毒性なしに腎臓における標的遺伝子発現の効率のよい調節をもたらす。ある態様において、短いアンチセンス化合物は、マウスおよびラットにおいてＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡを標的とする親オリゴヌクレオチドと比較してＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡを減らすことにより強力でありそしてより速やかな発現を有することが本明細書においてさらに示される。２’ＭＯＥギャップショートマー（ｓｈｏｒｔｍｅｒ）は、親化合物に対して効能および生物学的利用能を改善することが本明細書において示される。
例として、そして説明の目的のためだけに、ＩＳＩＳ ３７０７１７での研究は、より長い親と比較して腎臓組織における短いアンチセンス化合物の有意により高い蓄積（組織のグラム当たり約５００マイクログラム）を明らかにする。さらに、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡはコントロールに対して８０％より多く減少していた（実施例１１を参照）。ＩＳＩＳ ３７０７１７ １−１０−１ギャップマーは、様々なモチーフを有する配列関連オリゴを製造するために鋳型として使用された。ＩＳＩＳ ３７０７１７ １２ｍｅｒオリゴヌクレオチドに関してウィング、ギャップおよび全長バリエーションを評価する研究は、実施例１２において見ることができる。評価したあるモチーフには、１−１０−１、２−８−２、１−８−１、３−６−３および１−６−１が包含された（実施例１２における表６０を参照）。化合物をＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルへのそれらの効果について分析した。モチーフは全て、用量依存的にインビボでＳＧＬＴ２の発現を阻害した。１−１０−１、２−８−２および１−８−１ギャップマーは、特に強力であることが見出された。ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡは、これらのモチーフを用いてコントロールに対して８０％より多く減少していた。
ある態様において、本発明はＳＧＬＴ２核酸を標的としそして：１−１０−１および１−１０−２ ＭＯＥギャップマーから選択されるモチーフを有する短いアンチセンス化合物を提供する。（実施例１３における表６２を参照）。あるそのような化合物をラットＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡへのそれらの効果について分析した。表６３における結果は、１−１０−１および１−１０−２ ＭＯＥギャップマーが両方とも用量依存的にインビボでＳＧＬＴ２の発現を阻害しそしてＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡの８０％を越える減少を達成できたことを例示する。
ある追加の１−１０−１および２−８−２ ＭＯＥギャップマーをマウスおよびラットインビボモデルの両方において評価した（例えば、実施例１４および１５を参照）。ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡの８０％より大きい減少が、比較的低い濃度のオリゴでそしてあらゆる毒性作用なしに１−１０−１および２−８−２ ＭＯＥギャップマーの多くで達成された。
別の限定されない例において、イヌＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルへのＩＳＩＳ ３８８６２５の効果もまた分析した。イヌ研究は、ＳＧＬＴ２の発現の８０％より大きい阻害を１ｍｇ／ｋｇ／ｗｋの用量で達成できることを例示する。わずかに高い用量でさらに大きい阻害を達成することができる。イヌにおけるＩＳＩＳ ３８８６２５の投与はまた、耐糖能を改善することも示された。ピーク血漿グルコースレベルは平均して５０％を超えて減少され、そしてそれに続くグルコースの降下は標準的なグルコース負荷試験において食塩水コントロールと比較して小さくなった（実施例１７を参照）。また、糖尿病のラットモデルにおいて、短いアンチセンス化合物は、ＰＢＳおよびコントロール処置動物と比較して経時的に血漿グルコースレベルおよびＨｂＡ１Ｃを有意に減少することが示された（実施例１６を参照）。
全ての研究における動物を毒性についてさらに評価した。例えば、総体重、肝臓、脾臓および腎臓重量を評価した。脾臓、肝臓もしくは体重の有意な変化は、特定の化合物が有毒作用を引き起こすことを示すことができる。全ての変化は、誤差の範囲内であることが見出された。体重の有意な変化は、処置の間もしくは研究の終了時に認められなかった。肝臓もしくは脾臓重量の有意な変化は認められなかった。
ＳＧＬＴ２核酸を標的とするある短いアンチセンス化合物
ある態様において、短いアンチセンス化合物は、配列番号：２として本明細書に組み込まれるＧＥＮＢＡＮＫ(R)受託番号ＮＭ＿００３０４１．１の配列を有するＳＧＬＴ２核酸を標的とする。あるそのような態様において、配列番号：３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号：３に少なくとも９０％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号：３に少なくとも９５％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号：１に１００％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：３を標的とする短いアンチセンス化合物は、表４および５に記載されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。
表４および５に記載される各配列番号に記載されるヌクレオチド配列は、糖部分、モノマー結合もしくは核酸塩基への任意の修飾から独立している。そのようなものとして、配列番号により特定される短いアンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾を含んでなることができる。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ．）により記述されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列および糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾の組み合わせを示す。
表４および５は、配列番号：３を標的とする短いアンチセンス化合物の例を示す。表４は、配列番号：３に１００％相補的である短いアンチセンス化合物を例示する。表５は、配列番号：３に対して１もしくは２個のミスマッチを有する短いアンチセンス化合物を例示する。「ギャップマーモチーフ」と表示される縦列は、各々の短いアンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは２’−デオキシヌクレオチドを含んでなり、そして各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは２’−修飾糖を含んでなる。特定の２’−修飾糖もまた、「ギャップマーモチーフ」縦列に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は２−１０−２ギャップマーモチーフを意味し、ここで、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントには２ヌクレオチドのウィングセグメントが隣接し、ここで、ウィングセグメントのヌクレオチドは２’−ＭＯＥヌクレオチドである。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。短いアンチセンス化合物は、「非修飾シトシン」がギャップマーモチーフ縦列に記載される場合（この場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである）を除いて、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含んでなる。例えば、「ギャップのみにおいて５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有し、一方、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
Figure 2009536039
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ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド８５〜１８４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド８５〜１８４を標的とする。ある態様において、ヌクレオチド８５〜１８４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２１４、２１５、２１６、２１７、２１８、２１９、２２１、２２２、２２３、２２４、２２５もしくは２２７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド８５〜１８４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３７９６８４、４０５１９３、４０５１９４、４０５１９５、４０５１９６、４０５１９７、３７９６８５、４０５１９８、４０５１９９、４０５２００、４０５２０１、３７９６８６、３７９７１１もしくは３８８６２８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド１１３〜１３２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド１１３〜１３２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１１３〜１３２を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号２１５、２１６、２１７、２１８、２１９、２２１、２２２、２２３もしくは２２４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド１１３〜１３２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ４０５１９３、４０５１９４、４０５１９５、４０５１９６、４０５１９７、３７９６８５、４０５１９８、４０５１９９、４０５２００もしくは４０５２０１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド２０７〜３２９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド２０７〜３２９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２０７〜３２９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２２８、２２９、２３０、２３２、２３３、２３４、２３５、２３６、２３７、２３８、２３９、２４０もしくは２４１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド２０７〜３２９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ４０５２０２、４０５２０３、４０５２０４、３７９６８７、４０５２０５、４０５２０６、４０５２０７、４０５２０８、４０５２０９、４０５２１０、４０５２１１、４０５２１２、３７９６８８もしくは３７９６８９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド２０７〜２７３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド２０７〜２７３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２０７〜２７３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２２８、２２９、２３０、２３２、２３３、２３４、２３５、２３６、２３７、２３８もしくは２３９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド２０７〜２７３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ４０５２０２、４０５２０３、４０５２０４、３７９６８７、４０５２０５、４０５２０６、４０５２０７、４０５２０８、４０５２０９、４０５２１０、４０５２１１もしくは４０５２１２から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド２０７〜２１９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド２０７〜２１９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２０７〜２１９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２２８もしくは２２９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド２０７〜２１９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４０５２０２もしくは４０５２０３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド２３６〜２５２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド２３６〜２５２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２３６〜２５２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２３０、２３２、２３３、２３４、２３５もしくは２３６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド２３６〜２５２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４０５２０４、３７９６８７、４０５２０５、４０５２０６、４０５２０７、４０５２０８もしくは４０５２０９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド２６０〜２７３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド２６０〜２７３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２６０〜２７３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２３７、２３８もしくは２３９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド２６０〜２７３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４０５２１０、４０５２１１もしくは４０５２１２から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド４３５〜６４０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は、配列番号：３のヌクレオチド４３５〜６４０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド４３５〜６４０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２４２、２４３、２４５、２４６、２５１、２５２、２５３、２５４、２５６、２５７、２５８、２５９、２６０、２６１、２６２、２６３もしくは２６４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド４３５〜６４０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７９６９０、４０５２４８、３７９６９１、３８９７８０、３７９６９２、３８２６７６、３８８６２５、３９２１７０、３９２１７３、４０５２１３、４０５２１４、４０５２１５、４０５２１６、３７９６９３、４０５２１７、４０５２１８、４０５２１９、４０５２２０、４０５２２１、４０５２２２、４０５２２３、４０５２２４もしくは３７９６９４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド５２７〜５４０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド５２７〜５４０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５２７〜５４０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２４５、２４６もしくは２５１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド５２７〜５４０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３８９７８０、３７９６９２、３８２６７６、３８８６２６、３９２１７０、３９２１７３もしくは４０５２１３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド５６４〜６０３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド５６４〜６０３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５６４〜６０３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２５２、２５３、２５４、２５６、２５７、２５８、２５９、２６０、２６１、２６２もしくは２６３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド５６４〜６０３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４０５２１４、４０５２１５、４０５２１６、３７９６９３、４０５２１７、４０５２１８、４０５２１９、４０５２２０、４０５２２１、４０５２２２、４０５２２３もしくは４０５２２４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド５６４〜５７９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド５６４〜５７９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５６４〜５７９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２５２、２５３、２５４、２５６もしくは２５７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド５６４〜５７９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４０５２１４、４０５２１５、４０５２１６、３７９６９３、４０５２１７もしくは４０５２１８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド５８７〜６０３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド５８７〜６０３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５８７〜６０３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２５８、２５９、２６０、２６１、２６２もしくは２６３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド５８７〜６０３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４０５２１９、４０５２２０、４０５２２１、４０５２２２、４０５２２３もしくは４０５２２４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド９７４〜１０１４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド９７４〜１０１４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド９７４〜１０１４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２６７、２６８、２６９、２７０、２７１、２７２もしくは２７４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド９７４〜１０１４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７９６９６、４０５２２６、４０５２２７、４０５２２８、４０５２２９、４０５２３０、３７９６９７もしくは４０５２３１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド９９８〜１０１４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド９９８〜１０１４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド９９８〜１０１４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２６８、２６９、２７０、２７１、２７２もしくは２７４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド９９８〜１０１４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４０５２２６、４０５２２７、４０５２２８、４０５２２９、４０５２３０、３７９６９７もしくは４０５２３１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド１０９１〜１１７０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド１０９１〜１１７０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１０９１〜１１７０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２７５、２７６、２７７、２７８、２７９、２８０、２８１、２８３、２８４、２８５、２８６もしくは２８７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド１０９１〜１１７０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７９６９８、４０５２３２、４０５２３３、４０５２３４、４０５２３５、３８８６２６、３７９６９９、３８２６７７、４０５２３６、４０５２３７、４０５２３８、３７９７００もしくは４０５２３９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド１０９１〜１１０４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド１０９１〜１１０４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１０９１〜１１０４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２７５、２７６もしくは２７７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド１０９１〜１１０４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７９６９８、４０５２３２もしくは４０５２３３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド１１３０〜１１４４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド１１３０〜１１４４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１１３０〜１１４４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２７８、２７９、２８０、２８１もしくは２８３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド１１３０〜１１４４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４０５２３４、４０５２３５、３８８６２６、３７９６９９、３８２６７７もしくは４０５２３６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド１１５７〜１１７０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド１１５７〜１１７０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１１５７〜１１７０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２８４、２８５もしくは２８７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド１１５７〜１１７０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４０５２３７、４０５２３８、３７９７００もしくは４０５２３９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド１５４２〜１５５６である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド１５４２〜１５５６を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１５４２〜１５５６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２８９、２９０、２９１、２９２もしくは２９３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド１５４２〜１５５６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４０５２４０、４０５２４１、４０５２４２、３８８６２９、３７９７０２もしくは３８２６７８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：３のヌクレオチド１９７６〜１９９１である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：３のヌクレオチド１９７６〜１９９１を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１９７６〜１９９１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号２９６、２９７、２９８、２９９もしくは３００から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：３のヌクレオチド１９７６〜１９９１を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４０５２４３、４０５２４４、４０５２４５、４０５２４６もしくは４０５２４７から選択される。
ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８〜１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、そのような短いアンチセンス化合物は短いアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は短いギャップマーである。あるそのような態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いギャップマーは、化合物の１つもしくはそれ以上のウィングに少なくとも１個の高親和性修飾を含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、各ウィングに１〜３個の高親和性修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのヌクレオシドもしくはヌクレオチドは２’修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはＢＮＡである。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。ある態様において、ウィングのモノマーはアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（ここで、各ＲｍおよびＲｎは独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）から選択される２’位での置換基を含んでなる。ある態様において、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含んでなる。ある態様において、ギャップは５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３もしくは１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾デオキシリボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾リボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップ修飾（もしあれば）ギャップは、その標的核酸に結合した場合に、リボヌクレアーゼＨが包含されるがこれに限定されるものではないリボヌクレアーゼによる切断をサポートするアンチセンス化合物をもたらす。
ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は均一なモノマー結合を有する。あるそのような態様において、それらの結合は全てホスホロチオエート結合である。ある態様において、結合は全てホスホジエステル結合である。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は混合バックボーンを有する。
ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１１個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１３個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１４個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１５個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１６個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、９〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなる。
ある態様において、本発明はＳＧＬＴ２の発現を調節する方法を提供する。ある態様において、そのような方法はＳＧＬＴ２核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物の使用を含んでなり、ここで、ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は約８〜約１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４個のモノマー（すなわち、約８〜約１６個の連結モノマー）である。当業者は、これには８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６個のモノマーのＳＧＬＴ２核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物を用いてＳＧＬＴ２の発現を調節する方法が包含されることを理解する。
ある態様において、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、８個のモノマーの長さでＳＧＬＴ２核酸を標的とするある短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、９個のモノマーの長さであるＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、１０個のモノマーの長さであるＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、１１個のモノマーの長さであるＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、１２個のモノマーの長さであるＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、１３個のモノマーの長さであるＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、１４個のモノマーの長さであるＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、１５個のモノマーの長さであるＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２を調節する方法は、１６個のモノマーの長さであるＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
ある態様において、ＳＧＬＴ２の発現を調節する方法は、９〜１５個のモノマーを含んでなるＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２の発現を調節する方法は、１０〜１５個のモノマーを含んでなるＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２の発現を調節する方法は、１２〜１４個のモノマーを含んでなるＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＧＬＴ２の発現を調節する方法は、１２もしくは１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなるＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
３．ＰＣＳＫ９
常染色体優性高コレステロール血症（ＡＤＨ）にかかっている個体において、上昇したＬＤＬ−Ｃレベルは、ＬＤＬ−受容体（ＬＤＬ−Ｒ）、アポリポタンパク質Ｂ（ａｐｏＢ）もしくはプロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）をコードする遺伝子における突然変異に関連している（Ａｂｉｆａｄｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２００３，３４：１５４−１５６）。ＰＣＳＫ９は、ＰＣＳＫ９における機能獲得突然変異が上昇したＬＤＬ−Ｃレベルに関連していることが見出された時にＡＤＨと関連する第三の遺伝子座として同定された。ＡｐｏＢはトリグリセリド高含有リポタンパク質の細胞内アセンブリおよび分泌に関与し、そしてＬＤＬ−Ｒのリガンドである。ＰＣＳＫ９は、肝臓におけるＬＤＬ−Ｒ発現レベルを減らすことが提示される。減少したＬＤＬ−Ｒ発現は、循環するＡｐｏＢ含有リポタンパク質の減少した肝臓取り込みをもたらし、それは次に上昇したコレステロールをもたらす。
定義
「ＰＣＳＫ９」は、短いアンチセンス化合物の投与によりその発現が調節される遺伝子産物もしくはタンパク質である。
「ＰＣＳＫ９核酸」は、ＰＣＳＫ９をコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸には、ＰＣＳＫ９をコードするＤＮＡ配列、ＰＣＳＫ９をコードするＤＮＡから転写されるＲＮＡ配列およびＰＣＳＫ９をコードするｍＲＮＡ配列が包含されるが限定されない。
「ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ」は、ＰＣＳＫ９をコードするｍＲＮＡを意味する。
ＰＣＳＫ９治療指標
ある態様において、本発明はＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を投与することを含んでなる個体におけるＰＣＳＫ９の発現を調節する方法を提供する。ある態様において、本発明は本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物を投与することを含んでなる個体を処置する方法を提供する。ある態様において、個体は高コレステロール血症、混合型異常脂質血症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症する危険、冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の病歴、早発型冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の１つもしくはそれ以上の危険因子、ＩＩ型糖尿病、異常脂質血症を伴うＩＩ型糖尿病、異常脂質血症、高トリグリセリド血症、高脂血症、高脂肪酸血症、肝脂肪症、非アルコール性脂肪性肝炎もしくは非アルコール性脂肪肝疾患を有する。
脂質低下療法の指針は２００１年に全米コレステロール教育プログラム（ＮＣＥＰ）の成人治療委員会ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）により樹立され、そして２００４年に更新された（Ｇｒｕｎｄｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００４，１１０，２２７−２３９）。指針には、ＬＤＬ−Ｃ、総コレステロールおよびＨＤＬ−Ｃレベルの決定のために、典型的には９〜１２時間の断食後に、完全なリポタンパク質プロフィールを得ることが含まれる。ごく最近樹立された指針によれば、１３０〜１５９ｍｇ／ｄＬ、１６０〜１８９ｍｇ／ｄＬおよび１９０ｍｇ／ｄＬ以上のＬＤＬ−Ｃレベルは、それぞれ、高境界値、高いそして非常に高いと考えられる。２００〜２３９および２４０ｍｇ／ｄＬ以上の総コレステロールレベルは、それぞれ、高境界値そして高いと考えられる。４０ｍｇ／ｄＬ未満のＨＤＬ−Ｃレベルは低いと考えられる。
ある態様において、個体は脂質低下療法を必要とすると同定されている。あるそのような態様において、個体は、２００１年に全米コレステロール教育プログラム（ＮＣＥＰ）の成人治療委員会ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）により樹立されそして２００４年に更新された（Ｇｒｕｎｄｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００４，１１０，２２７−２３９）指針に従って脂質低下療法を必要とすると同定されている。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１９０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１６０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１３０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１００ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１６０ｍｇ／ｄＬ未満のＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１３０ｍｇ／ｄＬ未満のＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１００ｍｇ／ｄＬ未満のＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。あるそのような態様において、個体は７０ｍｇ／ｄＬ未満のＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。
ある態様において、本発明は個体におけるＡｐｏＢを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるＡｐｏＢ−含有リポタンパク質を減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるＬＤＬ−Ｃを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるＶＬＤＬ−Ｃを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるＩＤＬ−Ｃを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体における非ＨＤＬ−Ｃを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるＬｐ（ａ）を減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体における血清トリグリセリドを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体における肝臓トリグリセリドを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるＯｘ−ＬＤＬ−Ｃを減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるスモールＬＤＬ粒子を減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるスモールＶＬＤＬ粒子を減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体におけるリン脂質を減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は個体における酸化されたリン脂質を減らす方法を提供する。
ある態様において、本発明により提供される方法はＨＤＬ−Ｃを下げない。ある態様において、本発明により提供される方法は肝臓における脂質の蓄積をもたらさない。
ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物は治療において用いられる。ある態様において、治療は個体におけるＬＤＬ−Ｃ、ＡｐｏＢ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、血清トリグリセリド、肝臓トリグリセリド、Ｏｘ−ＬＤＬ−Ｃ、スモールＬＤＬ粒子、スモールＶＬＤＬ、リン脂質もしくは酸化されたリン脂質の減少である。ある態様において、治療は高コレステロール血症、混合型異常脂質血症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症する危険、冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の病歴、早発型冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の１つもしくはそれ以上の危険因子、ＩＩ型糖尿病、異常脂質血症を伴うＩＩ型糖尿病、異常脂質血症、高トリグリセリド血症、高脂血症、高脂肪酸血症、肝脂肪症、非アルコール性脂肪性肝炎もしくは非アルコール性脂肪肝疾患の処置である。さらなる態様において、治療はＣＨＤ危険性の減少である。ある態様において、治療はアテローム性動脈硬化症の防止である。ある態様において、治療は冠状動脈性心臓疾患の防止である。
ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物は個体におけるＬＤＬ−Ｃ、ＰＣＳＫ９、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、Ｌｐ（ａ）、血清トリグリセリド、肝臓トリグリセリド、Ｏｘ−ＬＤＬ−Ｃ、スモールＬＤＬ粒子、スモールＶＬＤＬ、リン脂質もしくは酸化されたリン脂質を減らすための薬剤の製造に用いられる。ある態様において、ＰＣＳＫ９を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物は冠状動脈性心臓疾患の危険性を減らすための薬剤の製造に用いられる。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は高コレステロール血症、混合型異常脂質血症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症する危険、冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の病歴、早発型冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の１つもしくはそれ以上の危険因子、ＩＩ型糖尿病、異常脂質血症を伴うＩＩ型糖尿病、異常脂質血症、高トリグリセリド血症、高脂血症、高脂肪酸血症、肝脂肪症、非アルコール性脂肪性肝炎もしくは非アルコール性脂肪肝疾患の処置のための薬剤の製造に用いられる。
ＰＣＳＫ９併用療法
ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物は１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤と共投与される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物と同じ疾患もしくは症状を処置するために設計される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物と異なる疾患もしくは症状を処置するために設計される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物の好ましくない効果を処置するために設計される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物は、その他の製薬学的薬剤の好ましくない効果を処置するために別の製薬学的薬剤と共投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は同時に投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は異なる時間で投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、単一の製剤において一緒に製造される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は別個に製造される。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤には脂質低下薬が包含される。あるそのような態様において、本発明の製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤には、アトルバスタチン、シンバスタチン、ロスバスタチンおよびエゼチミブが包含されるがこれらに限定されるものではない。あるそのような態様において、脂質低下薬は本発明の製薬学的組成物の投与の前に投与される。あるそのような態様において、脂質低下薬は本発明の製薬学的組成物の投与の後に投与される。あるそのような態様において、脂質低下薬は本発明の製薬学的組成物と同時に投与される。あるそのような態様において、共投与される脂質低下薬の用量は、脂質低下薬が単独で投与される場合に投与される用量と同じである。あるそのような態様において、共投与される脂質低下薬の用量は、脂質低下薬が単独で投与される場合に投与される用量より少ない。あるそのような態様において、共投与される脂質低下薬の用量は、脂質低下薬が単独で投与される場合に投与される用量より多い。
ある態様において、共投与される脂質低下薬はＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤である。あるそのような態様において、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤はスタチンである。あるそのような態様において、スタチンはアトルバスタチン、シンバスタチン、プラバスタチン、フルバスタチンおよびロスバスタチンから選択される。
ある態様において、共投与される脂質低下薬はコレステロール吸収阻害剤である。あるそのような態様において、コレステロール吸収阻害剤はエゼチミブである。
ある態様において、共投与される脂質低下薬は共調合されるＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤およびコレステロール吸収阻害剤である。あるそのような態様において、共調合される脂質低下薬はエゼチミブ／シンバスタチンである。
ある態様において、共投与される脂質低下薬はミクロソームトリグリセリド輸送タンパク質阻害剤（ＭＴＰ阻害剤）である。
ある態様において、共投与される脂質低下薬はＡｐｏＢ核酸を標的とするオリゴヌクレオチドである。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤は胆汁酸抑制薬である。あるそのような態様において、胆汁酸抑制薬はコレスチラミン、コレスチポルおよびコレセベラムから選択される。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤はニコチン酸である。あるそのような態様において、ニコチン酸は即時放出ニコチン酸、徐放性ニコチン酸および持続放出ニコチン酸から選択される。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤はフィブリン酸である。あるそのような態様において、フィブリン酸はゲムフィブロジル、フェノフィブレート、クロフィブレート、ベザフィブレートおよびシプロフィブレートから選択される。
本発明の製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤のさらなる例には、プレドニゾンが包含されるがこれに限定されるものではないコルチコステロイド；静脈内免疫グロブリン（ＩＶＩｇ）が包含されるがこれに限定されるものではない免疫グロブリン；鎮痛剤（例えばアセトアミノフェン）；非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ＣＯＸ−１阻害剤およびＣＯＸ−２阻害剤）が包含されるがこれらに限定されるものではない抗炎症薬；サリチル酸塩；抗生物質；抗ウイルス薬；抗真菌薬；抗糖尿病薬（例えば、ビグアニド、グルコシダーゼ阻害剤、インシュリン、スルホニル尿素およびチアゾリジンジオン（ｔｈｉａｚｏｌｉｄｅｎｅｄｉｏｎｅ）；アドレナリン作動性修飾因子；利尿薬；ホルモン（例えば、アナボリックステロイド、アンドロゲン、エストロゲン、カルシトニン、プロゲスチン、ソマトスタチン（ｓｏｍａｔｏｓｔａｎ）および甲状腺ホルモン）；免疫モジュレーター；筋肉弛緩剤；抗ヒスタミン剤；骨粗鬆症薬（例えば、ビスホスホネート（ｂｉｐｈｏｓｐｈｏｎａｔｅ）、カルシトニンおよびエストロゲン）；プロスタグランジン、抗腫瘍薬；精神治療薬；鎮静剤；ウルシもしくはドクウルシ生成物；抗体；ならびにワクチンが包含されるがこれらに限定されるものではない。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物は脂質低下療法と併せて投与することができる。あるそのような態様において、脂質低下療法は治療的生活様式変化である。あるそのような態様において、脂質低下療法はＬＤＬアフェレーシスである。
ＰＣＳＫ９核酸を標的とするある短いアンチセンス化合物
ある態様において、短いアンチセンス化合物は、配列番号：４として本明細書に組み込まれるＧＥＮＢＡＮＫ(R)受託番号ＮＭ＿１７４９３６．２の配列を有するＰＣＳＫ９核酸を標的とする。あるそのような態様において、配列番号：４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号：４に少なくとも９０％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号：４に少なくとも９５％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号：４に１００％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：４を標的とする短いアンチセンス化合物は、表６もしくは表７に記載されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。
表６および７中の各配列番号に記載されるヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への任意の修飾から独立している。そのようなものとして、配列番号により特定される短いアンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾を含んでなることができる。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ．）により記述される短いアンチセンス化合物は、核酸塩基配列および糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾の組み合わせを示す。
表６および７は、配列番号：４を標的とする短いアンチセンス化合物の例を示す。表６は、配列番号：４に１００％相補的である短いアンチセンス化合物を例示する。表７は、配列番号：４に対して１もしくは２個のミスマッチを有する短いアンチセンス化合物を例示する。「ギャップマーモチーフ」と表示される縦列は、各々の短いアンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは２’−デオキシヌクレオチドを含んでなり、そして各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは２’−修飾糖を含んでなる。特定の２’−修飾糖もまた、「ギャップマーモチーフ」縦列に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は２−１０−２ギャップマーモチーフを意味し、ここで、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントには２ヌクレオチドのウィングセグメントが隣接し、ここで、ウィングセグメントのヌクレオチドは２’−ＭＯＥヌクレオチドである。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。短いアンチセンス化合物は、「非修飾シトシン」がギャップマーモチーフ縦列に記載される場合（この場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである）を除いて、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含んでなる。例えば、「ギャップのみにおいて５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有し、一方、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
Figure 2009536039
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ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド６９５〜７１０である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド６９５〜７１０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号：３２９、３３０もしくは３３１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド６９５〜７１０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４００２９７、４００２９８もしくは４００２９９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド７４２〜７７０である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド７４２〜７７０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３３２もしくは３３３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド７４２〜７７０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４００３００もしくは４００３０１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド８２８〜８４３である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド８２８〜８４３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３３４、３３５もしくは３３６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド８２８〜８４３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４００３０２、４００３０３もしくは４００３０４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド９３７〜１００７である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド９３７〜１００７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３３７、３３８、３３９、３４０、３４１、３４２、３４３、３４４もしくは３４５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド９３７〜１００７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４００３０５、４００３０６、４００３０７、４００３０８、４００３０９、４００３１０、４００３１１、４００３１２、４００３１３もしくは４０３７３９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド９３７〜９６５である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド９３７〜９６５を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３３７もしくは３３８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド９３７〜９６５を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４００３０５もしくは４００３０６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド９８８〜１００７である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド９８８〜１００７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３３９、３４０、３４１、３４２、３４３、３４４もしくは３４５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド９３７〜１００７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．４００３０７、４００３０８、４００３０９、４００３１０、４００３１１、４００３１２、４００３３１３もしくは４０３７３９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド１０５７〜１１６０である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１０５７〜１１６０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３４６、３４７、３４８、３４９、３５０、３５１、３５２、３５３、３５４もしくは３５５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１０５７〜１１６０を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．４００３１４、４００３１５、４００３１６、４００３１７、４００３１８、４００３１９、４００３２０、４００３２１、４００３２２もしくは４００３２３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド１０５７〜１１０９である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１０５７〜１１０９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３４６、３４７、３４８、３４９、３５０、３５１、３５２、３５３もしくは３５４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１０５７〜１１０９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．４００３１４、４００３１５、４００３１６、４００３１７、４００３１８、４００３１９、４００３２０、４００３２１もしくは４００３２２から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド１０５７〜１０９１である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１０５７〜１０９１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３４６、３４７、３４８、３４９もしくは３５０から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１０５７〜１０９１を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．４００３１４、４００３１５、４００３１６、４００３１７もしくは４００３１８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド１０９３〜１１０９である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１０９３〜１１０９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３５１、３５２、３５３もしくは３５４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１０９３〜１１０９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ．４００３１９、４００３２０、４００３２１もしくは４００３２２から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド１３３４〜１３４９である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１３３４〜１３４９を標的
とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３５７、３５８もしくは３５９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１３３４〜１３４９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ ４００３２５、４００３２６もしくは４００３２７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド１４５３〜１４６９である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１４５３〜１４６９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３６０、３６１、３６２もしくは３６３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１４５３〜１４６９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ ４００３２８、４００３２９、４００３３０、４００３３１もしくは４０３４７０から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド１５６９〜１５９１である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１５６９〜１５９１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３６４、３６５、３６６、３６７、３６８、３６９、３７０、３７１、３７２もしくは３７３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１５６９〜１５９１を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ ４００３３２、４００３３３、４００３３４、４００３３５、４００３３６、４００３３７、４００３３８、４００３３９、４００３４０もしくは４００３４１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド１６２１〜１６３７である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１６２１〜１６３７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３７４、３７５、３７６もしくは３７７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１６２１〜１６３７を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ ４００３４２、４００３４３、４００３４４もしくは４００３４５から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド１７３８〜１７５４である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１７３８〜１７５４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３７８、３７９、３８０もしくは３８１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１７３８〜１７５４を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ ４００３４６、４００３４７、４００３４８もしくは４００３４９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド１８３４〜１８５３である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド１８３４〜１８５３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３８２、３８３、３８４、３８５、３８６、３８７もしくは３８８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。ある態様において、配列番号：４のヌクレオチド１８３４〜１８５３を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ ４００３５０、４００３５１、４００３５２、４００３５３、４００３５４、４００３５５もしくは４００３５６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド２０８３〜２０９９である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド２０８３〜２０９９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３８９、３９０、３９１もしくは３９２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４
のヌクレオチド２０８３〜２０９９を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ ４００３５７、４００３５８、４００３５９もしくは４００３６０から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：４のヌクレオチド２３１６〜２３３８である。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド２３１６〜２３３８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１もしくは４０２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：４のヌクレオチド２３１６〜２３３８を標的とする短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ＮＯ ４００３６１、４００３６２、４００３６３、４００３６４、４００３６５、４００３６６、４００３６７、４００３６８、４００３６９もしくは４００３７０から選択される。
ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８〜１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、そのような短いアンチセンス化合物は短いアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は短いギャップマーである。あるそのような態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いギャップマーは、化合物の１つもしくはそれ以上のウィングに少なくとも１個の高親和性修飾を含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、各ウィングに１〜３個の高親和性修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのヌクレオシドもしくはヌクレオチドは２’修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはＢＮＡである。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。ある態様において、ウィングのモノマーはアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（ここで、各ＲｍおよびＲｎは独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）から選択される２’位での置換基を含んでなる。ある態様において、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含んでなる。ある態様において、ギャップは５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３もしくは１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾デオキシリボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾リボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップ修飾（もしあれば）ギャップは、その標的核酸に結合した場合に、リボヌクレアーゼＨが包含されるがこれに限定されるものではないリボヌクレアーゼによる切断をサポートするアンチセンス化合物をもたらす。
ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、本明細書に一般に記述される短いアンチセンス化合物の任意の１つもしくはそれ以上の性質もしくは特性を有することができる。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１、より好ましくは１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は均一なモノマー結合を有する。あるそのような態様において、それらの結合は全てホスホロチオエート結合である。ある態様において、結合は全てホスホジエステル結合である。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は混合バックボーンを有する。
ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１１個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１３個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１４個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１５個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１６個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなる。
ある態様において、本発明はＰＣＳＫ９の発現を調節する方法を提供する。ある態様において、そのような方法はＰＣＳＫ９核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物の使用を含んでなり、ここで、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は約８〜約１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４個のモノマー（すなわち、約８〜約１６個の連結モノマー）である。当業者は、これには８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６個のモノマーのＰＣＳＫ９核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物を用いてＰＣＳＫ９の発現を調節する方法が包含されることを理解する。
ある態様において、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、８個のモノマーの長さであるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、９個のモノマーの長さであるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、１０個のモノマーの長さであるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、１１個のモノマーの長さであるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、１２個のモノマーの長さであるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、１３個のモノマーの長さであるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、１４個のモノマーの長さであるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、１５個のモノマーの長さであるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９を調節する方法は、１６個のモノマーの長さであるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
ある態様において、ＰＣＳＫ９の発現を調節する方法は、９〜１５個のモノマーを含んでなるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９の発現を調節する方法は、１０〜１５個のモノマーを含んでなるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９の発現を調節する方法は、１２〜１４個のモノマーを含んでなるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＣＳＫ９の発現を調節する方法は、１２もしくは１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなるＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
４．スーパーオキシドジムスターゼ１酵素（ＳＯＤ１）
スーパーオキシドジムターゼ（ＳＯＤ）として知られる酵素は、過酸化水素（Ｈ２Ｏ２）へのスーパーオキシドの不均化を触媒することにより生体分子の酸化的損傷に対する防御を与える（Ｆｒｉｄｏｖｉｃｈ，Ａｎｎｕ，Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９５，６４，９７−１１２）。スーパーオキシドジムスターゼの２つの主要な種類が存在する。一つは銅および亜鉛を含有する活性部位を有する一群の酵素からなり、一方、もう一つの種類は活性部位でマンガンもしくは鉄のいずれかを有する（Ｆｒｉｄｏｖｉｃｈ，Ａｎｎｕ，Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９５，６４，９７−１１２）。
スーパーオキシドジムスターゼ１遺伝子における突然変異は、上位および下位運動ニューロンの選択的変性を特徴とする疾患、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ、ルー・ゲーリック病としても知られている）の優性遺伝型と関連する（Ｃｌｅｖｅｌａｎｄ ａｎｄ Ｌｉｕ，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．，２０００，６，１３２０−１３２１）。マウスにおけるスーパーオキシドジムスターゼ１の完全な欠如は生命を損なわずまた明白な疾患も引き起こさないので、スーパーオキシドジムスターゼ１上の様々な突然変異の有害な効果は、スーパーオキシドジムスターゼ１活性の喪失よりむしろ有毒機能の獲得によって媒介される可能性が最も高い（Ａｌ−Ｃｈａｌａｂｉ ａｎｄ Ｌｅｉｇｈ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．，２０００，１３，３９７−４０５；Ａｌｉｓｋｙ ａｎｄ Ｄａｖｉｄｓｏｎ，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．，２０００，１１，２３１５−２３２９）。
ヒトＳＯＤ１遺伝子の１００を越える突然変異が同定されており、そして全部が家族性筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）症例の約２０％を占める。米国において最も一般的に見出されるＡ４Ｖ突然変異のようなある突然変異は致死率が高く、そして疾患症状の発現から９ヶ月のみの生存をもたらす。ＳＯＤ１の他の突然変異は、より遅い疾患経過を示す。
定義
「ＳＯＤ１」は、短いアンチセンス化合物の投与によりその発現が調節される遺伝子産物もしくはタンパク質を意味する。
「ＳＯＤ１核酸」は、ＳＯＤ１をコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある態様において、ＳＯＤ１核酸には、ＳＯＤ１をコードするＤＮＡ配列、ＳＯＤ１をコードするＤＮＡから転写されるＲＮＡ配列およびＳＯＤ１をコードするｍＲＮＡ配列が包含されるが限定されない。
「ＳＯＤ１ ｍＲＮＡ」は、ＳＯＤ１をコードするｍＲＮＡを意味する。
ＳＯＤ１治療指標
家族性ＡＬＳの動物モデルにおけるスーパーオキシドジムスターゼ１（ＳＯＤ１）のアンチセンス阻害は、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡおよびタンパク質の両方を減少し、そしてさらに疾患の進行の遅延および重要なことには増加した生存期間をもたらすことが見出されている。従って、ある態様において、本発明は家族性ＡＬＳを患っている個体におけるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物をそのような個体に投与することによる疾患の進行の遅延のための方法を提供する。あるそのような態様において、ＳＯＤ１を標的とする短いアンチセンス化合物は個体の脳脊髄液に直接送達される。あるそのような態様において、方法は家族性ＡＬＳを患っている個体の生存期間を増加することをさらに含んでなる。疾患の進行の遅延は、見直されたＡＬＳ機能評定尺度、肺機能検査および筋力測定が包含されるが限定されないＡＬＳ疾患進行の１つもしくはそれ以上の指標における改善により示される。
ＳＯＤ１併用療法
ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物は１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤と共投与される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物と同じ疾患もしくは症状を処置するために設計される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物と異なる疾患もしくは症状を処置するために設計される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物の好ましくない効果を処置するために設計される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物は、その他の製薬学的薬剤の好ましくない効果を処置するために別の製薬学的薬剤と共投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は同時に投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は異なる時間で投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、単一の製剤において一緒に製造される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は別個に製造される。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤はニコチン酸である。あるそのような態様において、ニコチン酸は即時放出ニコチン酸、徐放性ニコチン酸および持続放出ニコチン酸から選択される。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤はフィブリン酸である。あるそのような態様において、フィブリン酸はゲムフィブロジル、フェノフィブレート、クロフィブレート、ベザフィブレートおよびシプロフィブレートから選択される。
ＳＯＤ１を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤のさらなる例には、プレドニゾンが包含されるがこれに限定されるものではないコルチコステロイド；静脈内免疫グロブリン（ＩＶＩｇ）が包含されるがこれに限定されるものではない免疫グロブリン；鎮痛剤（例えばアセトアミノフェン）；非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ＣＯＸ−１阻害剤およびＣＯＸ−２阻害剤）が包含されるがこれらに限定されるものではない抗炎症薬；サリチル酸塩；抗生物質；抗ウイルス薬；抗真菌薬；抗糖尿病薬（例えば、ビグアニド、グルコシダーゼ阻害剤、インシュリン、スルホニル尿素およびチアゾリジンジオン（ｔｈｉａｚｏｌｉｄ
ｅｎｅｄｉｏｎｅ）；アドレナリン作動性修飾因子；利尿薬；ホルモン（例えば、アナボリックステロイド、アンドロゲン、エストロゲン、カルシトニン、プロゲスチン、ソマトスタチン（ｓｏｍａｔｏｓｔａｎ）および甲状腺ホルモン）；免疫モジュレーター；筋肉弛緩剤；抗ヒスタミン剤；骨粗鬆症薬（例えば、ビスホスホネート（ｂｉｐｈｏｓｐｈｏｎａｔｅ）、カルシトニンおよびエストロゲン）；プロスタグランジン、抗腫瘍薬；精神治療薬；鎮静剤；ウルシもしくはドクウルシ生成物；抗体；ならびにワクチンが包含されるがこれらに限定されるものではない。
ＳＯＤ１核酸を標的とするある短いアンチセンス化合物
ある態様において、短いアンチセンス化合物は、配列番号：５として本明細書に組み込まれるＧＥＮＢＡＮＫ(R)受託番号ＮＭ＿Ｘ０２３１７．１の配列を有するＳＯＤ１核酸を標的とする。あるそのような態様において、配列番号：５を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：５に少なくとも９０％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：５を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：５に少なくとも９５％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：５を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：５に１００％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：５を標的とする短いアンチセンス化合物は、表８もしくは表９に記載されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。
表８および９中の各配列番号に記載されるヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への任意の修飾から独立している。そのようなものとして、配列番号により特定される短いアンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾を含んでなることができる。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ．）により記述される短いアンチセンス化合物は、核酸塩基配列および糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾の組み合わせを示す。
表８は、配列番号：５を標的とする短いアンチセンス化合物の例を示す。表８は、配列番号：５に１００％相補的である短いアンチセンス化合物を例示する。「ギャップマーモチーフ」と表示される縦列は、各々の短いアンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは２’−デオキシヌクレオチドを含んでなり、そして各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは２’−修飾糖を含んでなる。特定の２’−修飾糖もまた、「ギャップマーモチーフ」縦列に示される。例えば、「２−１０−２
ＭＯＥ」は２−１０−２ギャップマーモチーフを意味し、ここで、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントには２ヌクレオチドのウィングセグメントが隣接し、ここで、ウィングセグメントのヌクレオチドは２’−ＭＯＥヌクレオチドである。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。短いアンチセンス化合物は、「非修飾シトシン」がギャップマーモチーフ縦列に記載される場合（この場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである）を除いて、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含んでなる。例えば、「ギャップのみにおいて５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有し、一方、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、本明細書に一般に記述される短いアンチセンス化合物の任意の１つもしくはそれ以上の性質もしくは特性を有することができる。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１、より好ましくは１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
Figure 2009536039
ある態様において、標的領域は配列番号：５のヌクレオチド８５〜１００である。あるそのような態様において、配列番号：５のヌクレオチド８５〜１００を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号：４０６、４０７もしくは４０８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：５のヌクレオチド８５〜１００を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ．３８７５４１、３８７５４０もしくは３８７５３９から選択される。
ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８〜１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、そのような短いアンチセンス化合物は短いアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は短いギャップマーである。あるそのような態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いギャップマーは、化合物の１つもしくはそれ以上のウィングに少なくとも１個の高親和性修飾を含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、各ウィングに１〜３個の高親和性修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのヌクレオシドもしくはヌクレオチドは２’修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはＢＮＡである。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。ある態様において、ウィングのモノマーはアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（ここで、各ＲｍおよびＲｎは独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）から選択される２’位での置換基を含んでなる。ある態様において、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含んでなる。ある態様において、ギャップは５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３もしくは１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾デオキシリボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾リボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップ修飾（もしあれば）ギャップは、その標的核酸に結合した場合に、リボヌクレアーゼＨが包含されるがこれに限定されるものではないリボヌクレアーゼによる切断をサポートするアンチセンス化合物をもたらす。
ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は均一なモノマー結合を有する。あるそのような態様において、それらの結合は全てホスホロチオエート結合である。ある態様において、結合は全てホスホジエステル結合である。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は混合バックボーンを有する。
ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１１個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１３個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１４個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１５個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１６個のモノマーの長さである。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、９〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなる。
ある態様において、本発明はＳＯＤ１の発現を調節する方法を提供する。ある態様において、そのような方法はＳＯＤ１核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物の使用を含んでなり、ここで、ＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は約８〜約１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４個のモノマー（すなわち、約８〜約１６個の連結モノマー）である。当業者は、これには８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６個のモノマーのＳＯＤ１核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物を用いてＳＯＤ１の発現を調節する方法が包含されることを理解する。
ある態様において、ＳＯＤ１を調節する方法は、８個のモノマーの長さであるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１を調節する方法は、９個のモノマーの長さであるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１を調節する方法は、１０個のモノマーの長さであるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１を調節する方法は、１１個のモノマーの長さであるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１を調節する方法は、１２個のモノマーの長さであるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１を調節する方法は、１３個のモノマーの長さであるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１を調節する方法は、１４個のモノマーの長さであるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１を調節する方法は、１５個のモノマーの長さであるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１を調節する方法は、１６個のモノマーの長さであるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
ある態様において、ＳＯＤ１の発現を調節する方法は、９〜１５個のモノマーを含んでなるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１の発現を調節する方法は、１０〜１５個のモノマーを含んでなるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１の発現を調節する方法は、１２〜１４個のモノマーを含んでなるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＳＯＤ１の発現を調節する方法は、１２もしくは１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなるＳＯＤ１核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
５．ＣＲＰ
ＣＲＰ（Ｃ反応性タンパク質およびＰＴＸ１としても知られている）は、様々な炎症性サイトカインに反応して肝臓において生産される必須ヒト急性期反応物質である。１９３０年に最初に同定されたこのタンパク質は高度に保存され、そして感染もしくは炎症症状の早期指標であると考えられる。血漿ＣＲＰレベルは、感染、虚血、外傷、熱傷および炎症症状に反応して１，０００倍増加する。患者がスタチン療法のような脂質低下療法を受ける臨床試験において、ＬＤＬ−ＣおよびＣＲＰの両方の減少を有する患者は、ＬＤＬ−Ｃの減少のみを経験する患者に対して将来の冠状動脈事象の減少した危険性を有することが示されている。
定義
「ＣＲＰ」は、短いアンチセンス化合物の投与によりその発現が調節される遺伝子産物もしくはタンパク質を意味する。
「ＣＲＰ核酸」は、ＣＲＰをコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある態様において、ＣＲＰ核酸には、ＣＲＰをコードするＤＮＡ配列、ＣＲＰをコードするＤＮＡから転写されるＲＮＡ配列およびＣＲＰをコードするｍＲＮＡ配列が包含されるが限定されない。
「ＣＲＰ ｍＲＮＡ」は、ＣＲＰをコードするｍＲＮＡを意味する。
ＣＲＰ治療指標
ある態様において、本発明はＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を個体に投与することを含んでなる個体におけるＣＲＰ発現を調節する方法を提供する。ある態様において、本発明はＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物を投与することを含んでなる個体を処置する方法を提供する。ある態様において、個体は高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型異常脂質血症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症する危険、冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の病歴、早発型冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の１つもしくはそれ以上の危険因子を有する。ある態様において、個体は急性冠症候群、血管損傷、動脈閉塞、不安定狭心症、末梢血管疾患後、心筋梗塞（ＭＩ）後、血栓症、深部静脈血栓症、末期腎臓病（ＥＳＲＤ）、慢性腎不全、補体活性化、うっ血性心不全もしくは全身性血管炎を有する。ある態様において、個体は卒中を起こしたことがある。
ある態様において、個体は待機的ステント留置術、血管形成術、経皮経管血管形成術（ＰＴＣＡ）後、心臓移植、腎臓透析もしくは心肺バイパスから選択される処置を受けている。
ある態様において、個体は炎症性疾患を有する。あるそのような態様において、炎症性疾患は炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、関節リウマチもしくは変形性関節症から選択される。
脂質低下療法の指針は２００１年に全米コレステロール教育プログラム（ＮＣＥＰ）の成人治療委員会ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）により樹立され、そして２００４年に更新された（Ｇｒｕｎｄｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００４，１１０，２２７−２３９）。指針には、ＬＤＬ−Ｃ、総コレステロールおよびＨＤＬ−Ｃレベルの決定のために、典型的には９〜１２時間の断食後に、完全なリポタンパク質プロフィールを得ることが含まれる。ごく最近に樹立された指針によれば、１３０〜１５９ｍｇ／ｄＬ、１６０〜１８９ｍｇ／ｄＬおよび１９０ｍｇ／ｄＬ以上のＬＤＬ−Ｃレベルは、それぞれ、高境界値、高いそして非常に高いと考えられる。２００〜２３９および２４０ｍｇ／ｄＬ以上の総コレステロールレベルは、それぞれ、高境界値そして高いと考えられる。４０ｍｇ／ｄＬ未満のＨＤＬ−Ｃレベルは低いと考えられる。
ある態様において、個体は脂質低下療法を必要とすると同定されている。あるそのような態様において、個体は、２００１年に全米コレステロール教育プログラム（ＮＣＥＰ）の成人治療委員会ＩＩＩ（ＡＴＰ ＩＩＩ）により樹立されそして２００４年に更新された（Ｇｒｕｎｄｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００４，１１０，２２７−２３９）指針に従って脂質低下療法を必要とすると同定されている。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１９０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１６０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１３０ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１００ｍｇ／ｄＬを上回るＬＤＬ−Ｃを有する。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１６０ｍｇ／ｄＬ未満のＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１３０ｍｇ／ｄＬ未満のＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。あるそのような態様において、脂質低下療法を必要とする個体は１００ｍｇ／ｄＬ未満のＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。あるそのような態様において、個体は７０ｍｇ／ｄＬ未満のＬＤＬ−Ｃを維持すべきである。
ある態様において、本発明は個体におけるＣＲＰを減少する方法を提供する。あるそのような態様において、ＣＲＰの減少は少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％および少なくとも１００％である。
ある態様において、本発明により提供される方法はＨＤＬ−Ｃを下げない。ある態様において、本発明により提供される方法は肝臓における脂質の蓄積をもたらさない。ある態様において、本発明により提供される方法は肝脂肪症を引き起こさない。
ある態様において、本発明は、処置と関連する副作用を減らしながら患者におけるＣＲＰ濃度を下げる方法を提供する。あるそのような態様において、副作用は肝臓毒性である。あるそのような態様において、副作用は異常肝機能である。あるそのような態様において、副作用は上昇したアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）である。あるそのような態様において、副作用は上昇したアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）である。
ある態様において、本発明は脂質低下療法の結果として目標ＬＤＬ−Ｃレベルに到達していない患者におけるＣＲＰ濃度を下げる方法を提供する。あるそのような態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、患者に投与される唯一の製薬学的薬剤である。あるそのような態様において、患者は推奨される脂質低下療法を順守していない。あるそのような態様において、本発明の製薬学的組成物は追加の異なる脂質低下療法と共投与される。あるそのような態様において、追加の脂質低下療法はＬＤＬアフェレーシスである。あるそのような態様において、追加の脂質低下療法はスタチンである。あるそのような態様において、追加の脂質低下療法はエゼチミブである。
ある態様において、本発明はスタチン不耐患者におけるＣＲＰ濃度を下げる方法を提供する。あるそのような態様において、患者はスタチン投与の結果としてクレアチンキナーゼ濃度増加を有する。あるそのような態様において、患者はスタチン投与の結果として肝機能異常を有する。あるそのような態様において、患者はスタチン投与の結果として筋肉痛を有する。あるそのような態様において、患者はスタチン投与の結果として中枢神経系副作用を有する。ある態様において、患者は推奨されるスタチン投与を順守していない。
ある態様において、本発明は患者における冠状動脈性心臓疾患の危険性を減らす方法を提供する。ある態様において、本発明は患者におけるアテローム性動脈硬化症の進行を遅くする方法を提供する。あるそのような態様において、本発明は患者におけるアテローム性動脈硬化症の進行を停止させる方法を提供する。あるそのような態様において、本発明は患者におけるアテローム性動脈硬化性プラークのサイズおよび／もしくは広がりを減らす方法を提供する。ある態様において、提供される方法はアテローム性動脈硬化症を発症する患者の危険性を減らす。
ある態様において、提供される方法は患者における心臓血管アウトカムを改善する。あるそのような態様において、改善された心臓血管アウトカムは、冠状動脈性心臓疾患を発症する危険性の減少である。あるそのような態様において、改善された心臓血管アウトカムは死亡、心筋梗塞、再梗塞、卒中、心原性ショック、肺水腫、心停止および心房性不整脈が包含されるがこれらに限定されるものではない１つもしくはそれ以上の主要な心臓血管事象の発生の減少である。あるそのような態様において、改善された心臓血管アウトカムは改善された頸動脈内膜中膜厚により明らかである。あるそのような態様において、改善された頸動脈内膜中膜厚は厚さの減少である。あるそのような態様において、改善された頸動脈内膜中膜厚は内膜中膜厚の増加の防止である。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物は治療において用いられる。ある態様において、治療は個体におけるＣＲＰの減少である。ある態様において、治療は高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型異常脂質血症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症する危険性、冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の病歴もしくは早発型冠状動脈性心臓疾患の処置である。さらなる態様において、治療はＣＨＤの危険性の減少である。ある態様において、治療はアテローム性動脈硬化症の防止である。ある態様において、治療は冠状動脈性心臓疾患の防止である。ある態様において、治療は急性冠症候群、慢性腎不全、血管損傷、動脈閉塞、アテローム血栓症、不安定狭心症、末梢血管疾患後、心筋梗塞（ＭＩ）後、血栓症、深部静脈血栓症、末期腎臓病（ＥＳＲＤ）、補体活性化、うっ血性心不全もしくは全身性血管炎の処置である。ある態様において、治療は待機的ステント留置術、血管形成術、経皮経管血管形成術（ＰＴＣＡ）後、心臓移植、腎臓透析もしくは心肺バイパスから選択される処置を受けている個体の処置である。ある態様において、治療は炎症性疾患の処置である。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物は個体におけるＣＲＰを減らすための薬剤の製造に用いられる。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物は冠状動脈性心臓疾患の危険性を減らすための薬剤の製造に用いられる。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は高コレステロール血症、非家族性高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、ヘテロ接合性家族性高コレステロール血症、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、混合型異常脂質血症、アテローム性動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症を発症する危険性、冠状動脈性心臓疾患、冠状動脈性心臓疾患の病歴、早発型冠状動脈性心臓疾患もしくは冠状動脈性心臓疾患の１つもしくはそれ以上の危険因子の処置のための薬剤の製造に用いられる。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は急性冠症候群、慢性腎不全、血管損傷、動脈閉塞、アテローム血栓症、不安定狭心症、末梢血管疾患後、心筋梗塞（ＭＩ）後、血栓症、深部静脈血栓症、末期腎臓病（ＥＳＲＤ）、補体活性化、うっ血性心不全もしくは全身性血管炎の処置のための薬剤の製造に用いられる。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は卒中を起こしたことがある個体の処置のための薬剤の製造に用いられる。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は待機的ステント留置術、血管形成術、経皮経管血管形成術（ＰＴＣＡ）後、心臓移植、腎臓透析もしくは心肺バイパスから選択される処置を受けている個体における処置のための薬剤の製造に用いられる。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は炎症性疾患の処置のための薬剤の製造に用いられる。あるそのような態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、関節リウマチもしくは変形性関節症の処置のための薬剤の製造に用いられる。
ＣＲＰ併用療法
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物は１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤と共投与される。ある態様において、１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は脂質低下薬である。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物と同じ疾患もしくは症状を処置するために設計される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物と異なる疾患もしくは症状を処置するために設計される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物の好ましくない効果を処置するために設計される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物は、その他の製薬学的薬剤の好ましくない効果を処置するために別の製薬学的薬剤と共投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は同時に投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は異なる時間で投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は単一の製剤において一緒に製造される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は別個に製造される。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤には、脂質低下薬が包含される。あるそのような態様において、本発明の製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤には、アトルバスタチン、シンバスタチン、ロスバスタチンおよびエゼチミブが包含されるがこれらに限定されるものではない。あるそのような態様において、脂質低下薬は本発明の製薬学的組成物の投与の前に投与される。あるそのような態様において、脂質低下薬は本発明の製薬学的組成物の投与の後に投与される。あるそのような態様において、脂質低下薬は本発明の製薬学的組成物と同時に投与される。あるそのような態様において、共投与される脂質低下薬の用量は、脂質低下薬が単独で投与される場合に投与される用量と同じである。あるそのような態様において、共投与される脂質低下薬の用量は、脂質低下薬が単独で投与される場合に投与される用量より少ない。あるそのような態様において、共投与される脂質低下薬の用量は、脂質低下薬が単独で投与される場合に投与される用量より多い。
ある態様において、共投与される脂質低下薬はＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤である。あるそのような態様において、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤はスタチンである。あるそのような態様において、スタチンはアトルバスタチン、シンバスタチン、プラバスタチン、フルバスタチンおよびロスバスタチンから選択される。
ある態様において、共投与される脂質低下薬はＩＳＩＳ ３０１０１２である。
ある態様において、共投与される脂質低下薬はコレステロール吸収阻害剤である。あるそのような態様において、コレステロール吸収阻害剤はエゼチミブである。
ある態様において、共投与される脂質低下薬は共調合されるＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤およびコレステロール吸収阻害剤である。あるそのような態様において、共調合される脂質低下薬はエゼチミブ／シンバスタチンである。
ある態様において、共投与される脂質低下薬はミクロソームトリグリセリド輸送タンパク質阻害剤（ＭＴＰ阻害剤）である。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤は胆汁酸抑制薬である。あるそのような態様において、胆汁酸抑制薬はコレスチラミン、コレスチポルおよびコレセベラムから選択される。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤はニコチン酸である。あるそのような態様において、ニコチン酸は即時放出ニコチン酸、徐放性ニコチン酸および持続放出ニコチン酸から選択される。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤はフィブリン酸である。あるそのような態様において、フィブリン酸はゲムフィブロジル、フェノフィブレート、クロフィブレート、ベザフィブレートおよびシプロフィブレートから選択される。
ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤のさらなる例には、プレドニゾンが包含されるがこれに限定されるものではないコルチコステロイド；静脈内免疫グロブリン（ＩＶＩｇ）が包含されるがこれに限定されるものではない免疫グロブリン；鎮痛剤（例えばアセトアミノフェン）；非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ＣＯＸ−１阻害剤およびＣＯＸ−２阻害剤）が包含されるがこれらに限定されるものではない抗炎症薬；サリチル酸塩；抗生物質；抗ウイルス薬；抗真菌薬；抗糖尿病薬（例えば、ビグアニド、グルコシダーゼ阻害剤、インシュリン、スルホニル尿素およびチアゾリジンジオン（ｔｈｉａｚｏｌｉｄｅｎｅｄｉｏｎｅ）；アドレナリン作動性修飾因子；利尿薬；ホルモン（例えば、アナボリックステロイド、アンドロゲン、エストロゲン、カルシトニン、プロゲスチン、ソマトスタチン（ｓｏｍａｔｏｓｔａｎ）および甲状腺ホルモン）；免疫モジュレーター；筋肉弛緩剤；抗ヒスタミン剤；骨粗鬆症薬（例えば、ビスホスホネート（ｂｉｐｈｏｓｐｈｏｎａｔｅ）、カルシトニンおよびエストロゲン）；プロスタグランジン、抗腫瘍薬；精神治療薬；鎮静剤；ウルシもしくはドクウルシ生成物；抗体；ならびにワクチンが包含されるがこれらに限定されるものではない。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬
学的組成物は脂質低下療法と併せて投与することができる。あるそのような態様において、脂質低下療法は治療的生活様式変化である。あるそのような態様において、脂質低下療法はＬＤＬアフェレーシスである。
ＣＲＰ核酸を標的とするある短いアンチセンス化合物
ある態様において、短いアンチセンス化合物は、配列番号：６として本明細書に組み込まれるＧＥＮＢＡＮＫ(R)受託番号ＮＭ＿０００５６７．１の配列を有するＣＲＰ核酸を標的とする。あるそのような態様において、配列番号：６を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：６に少なくとも９０％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：６を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：６に少なくとも９５％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：６を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：６に１００％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：６を標的とする短いアンチセンス化合物は表９に記載されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。
表９中の各配列番号に記載されるヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への任意の修飾から独立している。そのようなものとして、配列番号により特定される短いアンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾を含んでなることができる。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ．）により記述される短いアンチセンス化合物は、核酸塩基配列および糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾の組み合わせを示す。
表９は、配列番号：６を標的とする短いアンチセンス化合物の例を示す。表９は、配列番号：６に１００％相補的である短いアンチセンス化合物を例示する。「ギャップマーモチーフ」と表示される縦列は、各々の短いアンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは２’−デオキシヌクレオチドを含んでなり、そして各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは２’−修飾糖を含んでなる。特定の２’−修飾糖もまた、「ギャップマーモチーフ」縦列に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は２−１０−２ギャップマーモチーフを意味し、ここで、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントには２ヌクレオチドのウィングセグメントが隣接し、ここで、ウィングセグメントのヌクレオチドは２’−ＭＯＥヌクレオチドである。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。短いアンチセンス化合物は、「非修飾シトシン」がギャップマーモチーフ縦列に記載される場合（この場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである）を除いて、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含んでなる。例えば、「ギャップのみにおいて５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有し、一方、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、本明細書に一般に記述される短いアンチセンス化合物の任意の１つもしくはそれ以上の性質もしくは特性を有することができる。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１、より好ましくは１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
Figure 2009536039
ある態様において、標的領域はＮＭ＿０００５６７．１のヌクレオチド１３０５〜１３
２０である。あるそのような態様において、ＮＭ＿０００５６７．１のヌクレオチド１３０５〜１３２０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号：１３０５もしくは１３０６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、ＮＭ＿０００５６７．１のヌクレオチド１３０５〜１３２０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３５３４８４もしくは３５３４８５から選択される。
ある態様において、標的領域はＮＭ＿０００５６７．１のヌクレオチド１２５７〜１２７２である。あるそのような態様において、ＮＭ＿０００５６７．１のヌクレオチド１２５７〜１２７２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号１２５７もしくは１２５８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、ＮＭ＿０００５６７．１のヌクレオチド１２５７〜１２７２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３５３５０６もしくは３５３５０７から選択される。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８〜１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、そのような短いアンチセンス化合物は短いアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は短いギャップマーである。あるそのような態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いギャップマーは、化合物の１つもしくはそれ以上のウィングに少なくとも１個の高親和性修飾を含んでなる。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、各ウィングに１〜３個の高親和性修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのヌクレオシドもしくはヌクレオチドは２’修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはＢＮＡである。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。ある態様において、ウィングのモノマーはアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（ここで、各ＲｍおよびＲｎは独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）から選択される２’位での置換基を含んでなる。ある態様において、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含んでなる。ある態様において、ギャップは５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３もしくは１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾デオキシリボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾リボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップ修飾（もしあれば）ギャップは、その標的核酸に結合した場合に、リボヌクレアーゼＨが包含されるがこれに限定されるものではないリボヌクレアーゼによる切断をサポートするアンチセンス化合物をもたらす。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は均一なモノマー結合を有する。あるそのような態様において、それらの結合は全てホスホロチオエート結合である。ある態様において、結合は全てホスホジエステル結合である。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は混合バックボーンを有する。
ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８個のモノマーの長さである。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９個のモノマーの長さである。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０個のモノマーの長さである。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１１個のモノマーの長さである。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２個のモノマーの長さである。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１３個のモノマーの長さである。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１４個のモノマーの長さである。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１５個のモノマーの長さである。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１６個のモノマーの長さである。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、９〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなる。
ある態様において、本発明はＣＲＰの発現を調節する方法を提供する。ある態様において、そのような方法はＣＲＰ核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物の使用を含んでなり、ここで、ＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は約８〜約１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４個のモノマー（すなわち、約８〜約１６個の連結モノマー）である。当業者は、これには８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６個のモノマーのＣＲＰ核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物を用いてＣＲＰの発現を調節する方法が包含されることを理解する。
ある態様において、ＣＲＰを調節する方法は、８個のモノマーの長さであるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＣＲＰを調節する方法は、９個のモノマーの長さであるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＣＲＰを調節する方法は、１０個のモノマーの長さであるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＣＲＰを調節する方法は、１１個のモノマーの長さであるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＣＲＰを調節する方法は、１２個のモノマーの長さであるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＣＲＰを調節する方法は、１３個のモノマーの長さであるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＣＲＰを調節する方法は、１４個のモノマーの長さであるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＣＲＰを調節する方法は、１５個のモノマーの長さであるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＣＲＰを調節する方法は、１６個のモノマーの長さであるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
ある態様において、ＣＲＰの発現を調節する方法は、９〜１５個のモノマーを含んでなるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＣＲＰの発現を調節する方法は、１０〜１５個のモノマーを含んでなるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＣＲＰの発現を調節する方法は、１２〜１４個のモノマーを含んでなるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＣＲＰの発現を調節する方法は、１２もしくは１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなるＣＲＰ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
６．グルココルチコイド受容体（ＧＣＣＲ）
グルココルチコイドは同定された最初のステロイドホルモンの中にあり、そして糖新生の刺激、末梢組織における減少したグルコース取り込みおよび利用、増加したグリコーゲン沈着、免疫および炎症反応の抑制、サイトカイン合成の阻害ならびに様々な発生事象の加速が包含される多数の生理的機能に関与する。グルココルチコイドはまた、ストレスと闘うために特に重要でもある。グルココルチコイド合成および放出のストレス誘発性上昇は、他の反応の中でも、増加した脳室作業負荷（ｖｅｎｔｒｉｃｕｌａｒ ｗｏｒｋｌｏａｄ）、炎症性メディエーターの阻害、サイトカイン合成の阻害および増加したグルコース生産をもたらす（Ｋａｒｉｎ，Ｃｅｌｌ，１９９８，９３，４８７−４９０）。
天然のグルココルチコイドおよびそれらの合成誘導体は両方とも、受容体の核内ホルモンスーパーファミリーの普遍的に発現される細胞質メンバー、グルココルチコイド受容体を介してそれらの作用を発揮する。ヒトグルココルチコイド受容体は、核内受容体サブファミリー３、グループＣ、メンバー１；ＮＲ３Ｃ１；ＧＣＣＲ；ＧＣＲ；ＧＲＬ；グルココルチコイド受容体、リンパ球としても知られている。遺伝子はヒト染色体５ｑ１１〜ｑ１３上に位置し、そして９個のエキソンからなる（Ｅｎｃｉｏ ａｎｄ Ｄｅｔｅｒａ−Ｗａｄｌｅｉｇｈ，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９９１，２６６，７１８２−７１８８；Ｇｅｈｒｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１９８５，８２，３７５１−３７５５）。ヒトグルココルチコイド受容体ｍＲＮＡの多数の形態が存在する：エキソン１〜８およびエキソン９αを含有する５．５ｋｂのヒトグルココルチコイド受容体α ｃＤＮＡ；エキソン１〜８およびエキソン９βを含有する４．３ｋｂのヒトグルココルチコイド受容体β ｃＤＮＡ；ならびにエキソン１〜８ならびにエキソン９α、エキソン９βおよびエキソン９αと９βが隣接する「Ｊ領域」を含む全エキソン９を含有する７．０ｋｂのヒトグルココルチコイド受容体α ｃＤＮＡ（Ｈｏｌｌｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９８５，３１８，６３５−６４１；Ｏａｋｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９９６，２７１，９５５０−９５５９）ヒトグルココルチコイド受容体αは受容体の主要アイソフォームであり、そしてステロイド結合活性を示すものである（Ｈｏｌｌｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９８５，３１８，６３５−６４１）。さらに、３つの異なるプロモーターの使用によって３つの異なるエキソン１バリアントが転写されることができ、そして１つのエキソン１バリアントの選択的スプライシングはこのエキソンの３つの異なるバージョンをもたらすことができる。従って、ヒトグルココルチコイド受容体ｍＲＮＡは、エキソン１の５つの異なるバージョンを含有することができる（Ｂｒｅｓｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．２００１，１５，１３８１−１３９５）。
ヒトグルココルチコイド受容体ｍＲＮＡのαおよびβアイソフォームの発現パターンの試験は、αアイソフォームがより豊富に発現されることを示す。両方のアイソフォームは、肺、腎臓、心臓、肝臓、骨格筋、マクロファージ、好中球および末梢血単核細胞を包含する同様な組織および細胞タイプにおいて発現される。ヒトグルココルチコイド受容体αのみが結腸において発現される。タンパク質のレベルで、αアイソフォームは調べた全ての組織において検出されるが、βアイソフォームは検出できず、生理的条件下で、デフォルトスプライシング経路はαアイソフォームを生成するものであることを示唆する（Ｐｕｊｏｌｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ，２００２，２８３，Ｃ１３２４−１３３１）。グルココルチコイド受容体のβアイソフォームは、グルココルチコイドアゴニストにもアンタゴニストにも結合しない。さらに、βアイソフォームは、ホルモン刺激から独立して、トランスフェクションした細胞において主に核に局在している。両方のアイソフォームが同じ細胞において発現される場合、グルココルチコイド受容体βは、ホルモン誘発性、グルココルチコイド受容体α媒介性の遺伝子発現の刺激を抑制し、βアイソフォームはグルココルチコイド受容体α活性の阻害剤として働くことを示唆する（Ｏａｋｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９９６，２７１，９５５０−９５５９）。他に記載されない限り、本明細書に記述されるヒトグルココルチコイド受容体は染色体５ｑ１１〜ｑ１３上に位置する遺伝子の普遍的生成物（１つもしくは複数）として定義される。
相補的グルココルチコイド受容体アンチセンスＲＮＡ鎖をトランスフェクションした細胞系は、グルココルチコイド受容体ｍＲＮＡレベルの減少およびグルココルチコイド受容体アゴニストデキサメタゾンに対する減少した反応を示した（Ｐｅｐｉｎ ａｎｄ Ｂａｒｄｅｎ，Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ，１９９１，１１，１６４７−１６５３）。アンチセンスグルココルチコイド受容体遺伝子構築物を保有するトランスジェニックマウスは、視床下部・下垂体・副腎系へのグルココルチコイドフィードバック効果を研究するために用いられた（Ｐｅｐｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９９２，３５５，７２５−７２８）。同様に遺伝子操作されたマウスの別の研究において、エネルギー摂取および消費、心臓および外側広筋リポタンパク質リパーゼ活性、ならびに心臓および褐色脂肪組織ノルエピネフリンはコントロール動物におけるよりも低かった。逆に、脂肪含有量および総身体エネルギーはコントロール動物におけるよりも有意に高かった。これらの結果は、欠損グルココルチコイド受容体系がエネルギー効率を増加することによってエネルギーバランスに影響を及ぼし得ることを示唆し、そしてそれらは筋肉リポタンパク質リパーゼ活性への視床下部・下垂体・副腎系変化の調節効果を強調する（Ｒｉｃｈａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ，．１９９３，２６５，Ｒ１４６−１５０）。
グルココルチコイド受容体アンタゴニストの行動的影響は、不安、学習および記憶を評価するために設計された動物モデルにおいて測定されている。グルココルチコイド受容体ｍＲＮＡを標的とするアンチセンスオリゴデオキシヌクレオチドを長期脳室内注入したラットにおけるグルココルチコイド受容体の減少した発現は、Ｍｏｒｒｉｓ水迷路試験において空間ナビゲーションを妨げなかった（Ｅｎｇｅｌｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ，１９９８，３６１，１７−２６）。ラット海馬の歯状回へのグルココルチコイド受容体ｍＲＮＡを標的とするアンチセンスオリゴデオキシヌクレオチドの両側注入は、Ｐｏｒｓｏｌｔ強制水泳試験においてラットの不動性を減少した（Ｋｏｒｔｅ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ，１９９６，３０１，１９−２５）。
グルココルチコイドは、アレルギー、喘息、関節リウマチ、エイズ、全身性エリテマトーデスおよび変形性関節症（ｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｖｅ ｏｓｔｅｏａｒｔｈｒｉｔｉｓ）のような疾患の処置においてそれらの免疫抑制性抗炎症効果のために使用されることが多い。ＮＦ−κＢとグルココルチコイド受容体との相互作用により引き起こされるもののような遺伝子発現の負の調節は、インビボでグルココルチコイドの抗炎症作用に少なくとも部分的に関与していることが提示される。インターロイキン−６、腫瘍壊死因子αおよびインターロイキン−１は、炎症のストレス中の視床下部・下垂体・副腎（ＨＰＡ）系刺激の大部分を説明する３つのサイトカインである。ＨＰＡ系ならびに全身性交感神経および副腎髄質系は、基礎およびストレス関連恒常性を維持することに関与する、ストレス系の末梢成分である。ＨＰＡ系の最終生成物、グルココルチコイドは３つ全ての炎症性サイトカインの生産を抑制し、そしてまた急性期反応物質の生産を刺激するためにグルココルチコイドと相乗的に作用するインターロイキン−６を除いて、標的組織へのそれらの作用も抑制する。グルココルチコイド処置は、ＨＰＡ系の活性を減少する（Ｃｈｒｏｕｓｏｓ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，１９９５，３３２，１３５１−１３６２）。
ある場合において、患者はグルココルチコイド処置に反応しない。ステロイドに対するこの耐性の１つの理由は、グルココルチコイド受容体遺伝子に存在する突然変異もしくは多型にある。合計１５個のミスセンス、３個のナンセンス、３個のフレームシフト、１個のスプライス部位および２個の選択的スプライス突然変異、ならびに１６個の多型がグルココルチコイド耐性と関連してＮＲ３Ｃ１遺伝子において報告されている（Ｂｒａｙ ａｎｄ Ｃｏｔｔｏｎ，Ｈｕｍ Ｍｕｔａｔ，２００３，２１，５５７−５６８）。ヒトにおけるさらなる研究は、グルココルチコイド受容体（ＧＲ）遺伝子での対立遺伝子とメタボリック症候群の発生率および進行との間の明らかな関連を示唆している。
グルココルチコイド非感受性の他の症例は、グルココルチコイド受容体アイソフォームの改変された発現と関連している。グルココルチコイド耐性潰瘍性大腸炎患者におけるヒトグルココルチコイド受容体βアイソフォームｍＲＮＡ発現の研究は、このｍＲＮＡの存在がグルココルチコイド感受性患者におけるよりも有意に高いことを示し、末梢血単核細胞におけるヒトグルココルチコイド受容体β ｍＲＮＡの発現が潰瘍性大腸炎におけるグルココルチコイド反応を予測するものとして働き得ることを示唆する（Ｈｏｎｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２０００，１１８，８５９−８６６）。グルココルチコイド受容体βの増加した発現はまた、有意に多数のグルココルチコイド非感受性喘息患者においても認められる。さらに、グルココルチコイド受容体のＤＮＡ結合能力におけるサイトカインに誘導される異常は、グルココルチコイド非感受性患者トランスフェクションから末梢血単核細胞において見出され、そしてグルココルチコイド受容体β遺伝子を有するＨｅｐＧ２細胞はグルココルチコイド受容体α ＤＮＡ結合能力の有意な減少をもたらした（Ｌｅｕｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ，１９９７，１８６，１５６７−１５７４）。デキサメタゾン結合研究は、ヒトグルココルチコイド受容体βがホルモンリガンドに対するグルココルチコイド受容体αの親和性ではなく、むしろＧＲＥに結合するその能力を改変することを示す（Ｂａｍｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１９９５，９５，２４３５−２４４１）。総合すると、これらの結果は、グルココルチコイド受容体βが、ＧＲＥ標的部位に関するグルココルチコイド受容体αとの競合によって、グルココルチコイド作用の生理学的にそして病態生理学的に関連する内因性阻害剤として働き得ることを説明する。
肝臓において、グルココルチコイドアゴニストは、グルココルチコイド受容体を活性化することにより肝臓グルコース生産を増加し、それは次に糖新生酵素ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ（ＰＥＰＣＫ）およびグルコース−６−リン酸の増加した発現をもたらす。糖新生によって、グルコースは、乳酸塩、ピルビン酸塩およびアラニンのような非ヘキソース前駆体を介して形成される（Ｌｉｎｋ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇ Ｄｒｕｇｓ，２００３，４，４２１−４２９）。ＲＵ４８６のようなステロイド性グルココルチコイド受容体アンタゴニストは、糖尿病のげっ歯類モデルにおいて試験されている。ｄｂ／ｄｂマウスと呼ばれる、レプチン受容体遺伝子を欠くマウスは、遺伝的に肥満で、糖尿病でそして高インシュリン血症である。ＲＵ４８６での高血糖性ｄｂ／ｄｂマウスの処置は、血漿インシュリンレベルに影響を及ぼさずに、血糖値を約４９％減少した。さらに、ＲＵ４８６処置は、未処置の動物と比較した場合にｄｂ／ｄｂマウスにおいてグルココルチコイド受容体応答性遺伝子ＰＥＰＣＫ、グルコース−６−ホスファターゼ、グルコース輸送体２型およびチロシンアミノトランスフェラーゼの発現を減少した（Ｆｒｉｅｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９９７，２７２，３１４７５−３１４８１）。ＲＵ４８６はまた、血清インシュリンおよび血糖値の減少によって、糖尿病、肥満および高インシュリン血症のｏｂ／ｏｂマウスモデルにおける糖尿病も改善する（Ｇｅｔｔｙｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｏｂｅｓ Ｒｅｌａｔ Ｍｅｔａｂ Ｄｉｓｏｒｄ，１９９７，２１，８６５−８７３）。
増加した糖新生は、糖尿病における増加したグルコース生産の主要原因であると考えら
れるので、肝臓グルコース生産の阻害のための多数の治療標的が調べられている。動物モデルにおいて糖尿病を改善するグルココルチコイド受容体のアンタゴニストの能力のために、そのような化合物は研究されている潜在的治療の中にある。しかしながら、ＨＰＡ系の活性化を包含する、グルココルチコイド受容体アンタゴニストの有害な全身作用がある（Ｌｉｎｋ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇ Ｄｒｕｇｓ，２００３，４，４２１−４２９）。増加したＨＰＡ系活性は免疫関連炎症作用の抑制と関連し、それは感染性因子および新生物への感受性を増加し得る。ＨＰＡ系もしくはその標的組織における欠損による免疫に媒介される炎症の抑制と関連する症状には、クッシング症候群、慢性ストレス、慢性アルコール依存症およびメランコリー型鬱病が包含される（Ｃｈｒｏｕｓｏｓ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，１９９５，３３２，１３５１−１３６２）。従って、肝臓特異的グルココルチコイド受容体アンタゴニストを開発することは非常に有益である。ステロイド性グルココルチコイド受容体アンタゴニストは、肝臓にそれらをターゲッティングする目的で胆汁酸にコンジュゲーションされている（Ａｐｅｌｑｖｉｓｔ ｅｔ ａｌ．，２０００）。現在、好ましくない末梢作用なしにグルココルチコイド受容体を標的とする既知の治療薬はない（Ｌｉｎｋ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇ Ｄｒｕｇｓ，２００３，４，４２１−４２９）。従って、肝臓グルココルチコイド受容体を効果的に阻害することができる薬剤の長年の切実な必要性が依然としてある。
定義
「グルココルチコイド受容体」は、短いアンチセンス化合物の投与によりその発現が調節される遺伝子産物もしくはタンパク質である。グルココルチコイド受容体は、ＧＣＣＲと一般に呼ばれる。
「ＧＣＣＲ核酸」は、ＧＣＣＲをコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある態様において、ＧＣＣＲ核酸にはＧＣＣＲをコードするＤＮＡ配列、ＧＣＣＲをコードするＤＮＡから転写されるＲＮＡ配列およびＧＣＣＲをコードするｍＲＮＡ配列が包含されるが限定されない。
「ＧＣＣＲ ｍＲＮＡ」は、ＧＣＣＲをコードするｍＲＮＡを意味する。
治療指標
アンチセンス技術は特定の遺伝子産物の発現を減らす有効な手段であり、そしてそれ故にグルココルチコイド受容体発現の調節のために多数の治療、診断および研究用途において有用である。さらに、ある態様において、肝臓は、最も高濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドが投与後に見出される組織の１つである（Ｇｅａｒｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５６２−５７３）。従って、そのような態様において、アンチセンス技術はグルココルチコイド受容体の肝臓特異的阻害のための魅力的な方法に相当する。
ある態様において、グルココルチコイド受容体をコードする核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は肝臓に優先的に分配される。ある態様において、短いアンチセンス化合物は、より長い親化合物と比較した場合に肝臓における増加した効能を有する。ある態様において、標的ＲＮＡは肝臓において主に発現される。
治療のために、ＧＣＣＲの発現を調節することにより処置することができる疾患もしくは障害を有すると疑われる患者は、１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物を投与することにより処置される。限定されない例において、方法は短いアンチセンス化合物の治療的に有効な量を動物に投与する段階を含んでなる。ある短いアンチセンス化合物はＧＣＣＲの活性を阻害し、そして／もしくはＧＣＣＲの発現を阻害する。ある態様において、患者におけるＧＣＣＲの活性もしくは発現は少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％阻害される。ある態様において、患者におけるＧＣＣＲの活性もしくは発現は少なくとも３０％阻害される。ある態様において、患者におけるＧＣＣＲの活性もしくは発現は少なくとも５０％もしくはそれ以上阻害される。
ＧＣＣＲの発現の減少は、例えば、動物の血液、血漿、血清、脂肪組織、肝臓もしくは任意の他の体液、組織または臓器において測定することができる。ある態様において、分析されているそのような液、組織もしくは臓器内に含有される細胞は、ＧＣＣＲをコードする核酸を含んでなり、そして／もしくはそれらはＧＣＣＲタンパク質自体を含有する。
短いアンチセンス化合物を含んでなるある製薬学的および他の組成物もまた提供される。ある態様において、短いアンチセンス化合物は、適当な製薬学的に許容しうる希釈剤もしくは担体に化合物の有効量を加えることにより製薬学的組成物において利用される。
ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、本明細書に一般に記述される短いアンチセンス化合物の任意の１つもしくはそれ以上の性質もしくは特性を有する。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、２−８−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１、より好ましくは２−１０−２および２−８−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
ある態様において、本明細書に提供されるのはＧＣＣＲ核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物またはそのような化合物を含んでなる製薬学的組成物を投与することにより個体を処置する方法である。さらに提供されるのは、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を投与することによりＧＣＣＲ活性と関連する疾患もしくは症状を有する患者を処置する方法である。糖尿病、特に２型糖尿病に加えて、ＧＣＣＲと関連する疾患および症状には、肥満、メタボリック症候群Ｘ、クッシング症候群、アジソン病、喘息、鼻炎および関節炎のような炎症性疾患、アレルギー、自己免疫疾患、免疫不全、食欲不振、悪液質、骨量減少もしくは骨脆弱化（ｂｏｎｅ ｆｒａｉｌｔｙ）ならびに創傷治癒が包含されるがこれらに限定されるものではない。メタボリック症候群、メタボリック症候群Ｘもしくは単に症候群Ｘは、肥満、異常脂質血症、特に高血液トリグリセリド、耐糖能異常、高血糖および高血圧を含む一群の危険因子をさす。ある態様において、ＧＣＣＲを標的とする短いアンチセンス化合物は、全身ステロイド治療により誘発される高血糖の改善に使用される。さらに、アンチセンス技術は、グルココルチコイド処置に反応しない患者において過剰発現されることが示された、グルココルチコイド受容体βアイソフォームの発現を阻害する手段を提供する。
ある態様において、本発明はＧＣＣＲをコードする核酸を標的としそしてグルココルチコイド受容体の発現を調節する短いアンチセンス化合物を提供する。本発明の化合物を含んでなる製薬学的および他の組成物もまた提供される。さらに提供されるのは、グルココルチコイド受容体のモジュレーターのスクリーニングの方法および本発明の化合物もしくは組成物の１つもしくはそれ以上と該細胞、組織もしくは動物を接触させることを含んでなる細胞、組織もしくは動物におけるグルココルチコイド受容体の発現を調節する方法である。グルココルチコイド受容体の発現と関連する疾患もしくは症状にかかっているかもしくはかかりやすいことが疑われる動物、特にヒトを処置する方法もまた本明細書に記載される。そのような方法は、処置を必要とするヒトに本発明の化合物もしくは組成物の１つもしくはそれ以上の治療的にもしくは予防的に有効な量を投与することを含んでなる。
ＧＣＣＲ核酸を標的とするある短いアンチセンス化合物
ある態様において、短いアンチセンス化合物は、配列番号：８として本明細書に組み込まれるＧＥＮＢＡＮＫ(R)受託番号ＡＣ０１２６３４のヌクレオチド１〜１０６０００の配列を有するＧＣＣＲ核酸を標的とする。あるそのような態様において、配列番号：８を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：８に少なくとも９０％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：８を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：８に少なくとも９５％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：８を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：８に１００％相補的である。ある態様において、配列番号：８を標的とする短いアンチセンス化合物は、表１０および１１に記載されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含む。
表１０および１１中の各配列番号に記載されるヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への任意の修飾から独立している。そのようなものとして、配列番号により特定される短いアンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾を含んでなることができる。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ．）により記述される短いアンチセンス化合物は、核酸塩基配列および糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾の組み合わせを示す。
ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物はギャップマーモチーフを含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は２−１０−２ギャップマーモチーフを含んでなる。
表１０および１１は、配列番号：８を標的とする短いアンチセンス化合物の例を示す。表１０は、配列番号：８に１００％相補的である短いアンチセンス化合物を例示する。表１１は、配列番号：８に対して１もしくは２個のミスマッチを有する短いアンチセンス化合物を例示する。「ギャップマーモチーフ」と表示される縦列は、各々の短いアンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは２’−デオキシヌクレオチドを含んでなり、そして各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは２’−修飾糖を含んでなる。特定の２’−修飾糖もまた、「ギャップマーモチーフ」縦列に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は２−１０−２ギャップマーモチーフを意味し、ここで、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントには２ヌクレオチドのウィングセグメントが隣接し、ここで、ウィングセグメントのヌクレオチドは２’−ＭＯＥヌクレオチドである。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。短いアンチセンス化合物は、「非修飾シトシン」がギャップマーモチーフ縦列に記載される場合（この場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである）を除いて、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含んでなる。例えば、「ギャップのみにおいて５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有し、一方、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
Figure 2009536039
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ある態様において、標的領域は配列番号：８のヌクレオチド８８１４２〜８８２６９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：８のヌクレオチド８８１４２〜８８２６９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド８８１４２〜８８２６９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４１３、４１４、４１５、４１６、４１７もしくは４１８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：８のヌクレオチド８８１４２〜８８２６９を標的とするアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７１６４４、３７１６４５、３７１６４９、３７１６５１、３７１６５２もしくは３７１６５３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：８のヌクレオチド８８１４２〜８８１６９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：８のヌクレオチド８８１４２〜８８１６９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド８８１４２〜８８１６９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４１３もしくは４１４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：８のヌクレオチド８８１４２〜８８１６９を標的とするアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７１６４４もしくは３７１６４５から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：８のヌクレオチド８８２４２〜８８２６９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：８のヌクレオチド８８２４２〜８８２６９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド８８２４２〜８８２６９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４１６、４１７もしくは４１８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：８のヌクレオチド８８２４２〜８８２６９を標的とするアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７１６５１、３７１６５２もしくは３７１６５３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：８のヌクレオチド９２０３７〜９２１５５である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：８のヌクレオチド９２０３７〜９２１５５を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド９２０３７〜９２１５５を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４１９、４２０、４２１もしくは４２２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：８のヌクレオチド９２０３７〜９２１５５を標的とするアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７１６６５、３７１６６９、３７１６７１もしくは１７１６７３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：８のヌクレオチド９２１１４〜９２１５５である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：８のヌクレオチド９２１１４〜９２１５５を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド９２１１４〜９２１５５を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４２１もしくは４２２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：８のヌクレオチド９２１１４〜９２１５５を標的とするアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ ＮＯ．３７１６７１もしくは１７１６７３から選択される。
ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８〜１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、そのような短いアンチセンス化合物は短いアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は短いギャップマーである。あるそのような態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いギャップマーは、化合物の１つもしくはそれ以上のウィングに少なくとも１個の高親和性修飾を含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、各ウィングに１〜３個の高親和性修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのヌクレオシドもしくはヌクレオチドは２’修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはＢＮＡである。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。ある態様において、ウィングのモノマーはアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（ここで、各ＲｍおよびＲｎは独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）から選択される２’位での置換基を含んでなる。ある態様において、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含んでなる。ある態様において、ギャップは５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３もしくは１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾デオキシリボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾リボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップ修飾（もしあれば）ギャップは、その標的核酸に結合した場合に、リボヌクレアーゼＨが包含されるがこれに限定されるものではないリボヌクレアーゼによる切断をサポートするアンチセンス化合物をもたらす。
ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は均一なモノマー結合を有する。あるそのような態様において、それらの結合は全てホスホロチオエート結合である。ある態様において、結合は全てホスホジエステル結合である。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は混合バックボーンを有する。
ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１１個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１３個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１４個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１５個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１６個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなる。
ある態様において、本発明はＧＣＣＲの発現を調節する方法を提供する。ある態様において、そのような方法はＧＣＣＲ核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物の使用を含んでなり、ここで、ＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は約８〜約１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４個のモノマー（すなわち、約８〜約１６個の連結モノマー）である。当業者は、これには８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６個のモノマーのＧＣＣＲ核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物を用いてＧＣＣＲの発現を調節する方法が包含されることを理解する。
ある態様において、ＧＣＣＲを調節する方法は、８個のモノマーの長さであるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲを調節する方法は、９個のモノマーの長さであるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲを調節する方法は、１０個のモノマーの長さであるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲを調節する方法は、１１個のモノマーの長さであるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲを調節する方法は、１２個のモノマーの長さであるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲを調節する方法は、１３個のモノマーの長さであるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲを調節する方法は、１４個のモノマーの長さであるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲを調節する方法は、１５個のモノマーの長さであるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲを調節する方法は、１６個のモノマーの長さであるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
ある態様において、ＧＣＣＲの発現を調節する方法は、９〜１５個のモノマーを含んでなるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲの発現を調節する方法は、１０〜１５個のモノマーを含んでなるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲの発現を調節する方法は、１２〜１４個のモノマーを含んでなるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＣＲの発現を調節する方法は、１２もしくは１４個ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなるＧＣＣＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
７．グルカゴン受容体（ＧＣＧＲ）
正常血糖の維持は、注意深く調節される代謝事象である。吸収後状態における血糖値を維持することに関与する２９アミノ酸ペプチド、グルカゴンは、肝臓グリコーゲン分解、糖新生を活性化すること、脂肪組織における脂肪分解を刺激することおよびインシュリン分泌を刺激することにより肝臓からのグルコース放出を増加する。高血糖値の間、インシュリンはグリコーゲン分解および糖新生のグルカゴンに媒介される増大に拮抗する。糖尿病にかかっている患者において、インシュリンは利用可能でないかもしくは十分に有効でない。糖尿病の処置は伝統的にインシュリンレベルを増加することに焦点を合わせているが、グルカゴン機能の拮抗作用は代替治療として考えられている。グルカゴンはグルカゴン受容体を介してシグナル伝達することによりその生理的作用を発揮するので、グルカゴン受容体は糖尿病の潜在的治療標的として提示されている（Ｍａｄｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｐｈａｒｍ，Ｄｅｓ．，１９９９，５，６８３−６９１）。
グルカゴン受容体は、７個の膜貫通ドメインを有するＧタンパク質共役受容体のスーパーファミリーに属する。それはまた、グルカゴンと構造的に類似するペプチドに結合する相同な受容体のより小さなサブファミリーのメンバーでもある。ヒトグルカゴン受容体をコードする遺伝子は１９９４年にクローン化され、そしてゲノム配列の分析により多数のイントロンおよびラットグルカゴン受容体遺伝子に対する８２％の同一性が明らかにされた（Ｌｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ，１９９４，１４０，２０３−２０９；ＭａｃＮｅｉｌ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９４，１９８，３２８−３３４）。ラットグルカゴン受容体遺伝子のクローニングもまた、多数の選択的スプライスバリアントの記述をもたらした（Ｍａｇｅｔ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９４，３５１，２７１−２７５）。ヒトグルカゴン受容体遺伝子は、染色体１７ｑ２５に位置づけられる（Ｍｅｎｚｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，１９９４，２０，３２７−３２８）。グルカゴン受容体遺伝子におけるコドン４０でのＳｅｒへのＧｌｙのミスセンス突然変異は、グルカゴンに対する３倍低い親和性をもたらし（Ｆｕｊｉｓａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｄｉａｂｅｔｏｌｏｇｉａ，１９９５，３８，９８３−９８５）、そしてこの突然変異はインシュリン非依存性糖尿病（Ｆｕｊｉｓａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｄｉａｂｅｔｏｌｏｇｉａ，１９９５，３８，９８３−９８５）、高血圧（Ｃｈａｍｂｅｒｓ ａｎｄ Ｍｏｒｒｉｓ，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，１９９６，１２，１２２）および体幹部脂肪（Ｓｉａｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｏｂｅｓ．Ｒｅｓ．，２００１，９，７２２−７２６）を包含するいくつかの病状に関連している。
定義
「グルカゴン受容体」は、短いアンチセンス化合物の投与によりその発現が調節される遺伝子産物もしくはタンパク質である。グルカゴン受容体は、ＧＣＧＲと一般に呼ばれるが、ＧＲ、ＧＧＲ、ＭＧＣ１３８２４６、ＭＧＣ９３０９０と呼ぶこともできる。
「ＧＣＧＲ核酸」は、ＧＣＧＲをコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある態様において、ＧＣＧＲ核酸にはＧＣＧＲをコードするＤＮＡ配列、ＧＣＧＲをコードするＤＮＡから転写されるＲＮＡ配列およびＧＣＧＲをコードするｍＲＮＡ配列が包含されるが限定されない。
「ＧＣＧＲ ｍＲＮＡ」は、ＧＣＧＲタンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。
治療指標
アンチセンス技術はグルカゴン受容体（ＧＣＧＲ）発現を減らすための有効な手段であり、そして多数の治療、診断および研究用途において比類なく有用であることが判明している。そのようなものとして、ある態様において、本発明はグルカゴン受容体をコードする核酸を標的としそしてグルカゴン受容体の発現を調節する短いアンチセンス化合物を提供する。本明細書にさらに提供されるのは、ＧＣＧＲ発現を阻害することができる短いアンチセンス化合物である。また本明細書に提供されるのは、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物を投与することを含んでなる個体を処置する方法である。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物はＧＣＧＲ発現を阻害するので、本明細書に提供されるのは、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物を投与することによりＧＣＧＲ活性と関連する疾患もしくは症状を有する患者を処置する方法である。例えば、本明細書に提供されるのは、高血糖（ｈｉｇｈ ｂｌｏｏｄ ｇｌｕｃｏｓｅ）、高血糖（ｈｙｐｅｒｇｌｙｃｅｍｉａ）、前糖尿病、糖尿病、２型糖尿病、メタボリック症候群、肥満および／もしくはインシュリン耐性を有する患者を処置する方法である。
また本明細書に意図されるのは、ＧＣＧＲを標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物および場合により製薬学的に許容しうる担体、希釈剤、エンハンサーもしくは賦形剤を含んでなる製薬学的組成物である。本発明のある化合物はまた、ＧＣＧＲにより媒介されるグルカゴン作用に関連する疾患および障害の処置のための薬剤の製造において用いることもできる。
本発明のある態様には、ＧＣＧＲをコードする核酸を標的とする短いアンチセンス化合物もしくはそのような短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物と該細胞もしくは組織を接触させることを含んでなる組織もしくは細胞におけるＧＣＧＲの発現を減らす方法が包含される。あるそのような態様において、本発明は、短いアンチセンス化合物もしくは製薬学的組成物を患者に投与することを含んでなる患者における血糖値、血液トリグリセリドレベルもしくは血液コレステロールレベルを減らす方法を提供する。血液レベルは、血漿レベルもしくは血清レベルであることができる。また意図されるのは、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドもしくは製薬学的組成物を該動物に投与することを含んでなる動物におけるインシュリン感受性を改善する方法、ＧＬＰ−１レベルを増加する方法および肝臓グルコース生産を抑制する方法である。インシュリン感受性の改善は、循環するインシュリンレベルの減少により示すことができる。
ある態様において、本発明は短いアンチセンス化合物もしくは製薬学的組成物の治療的にもしくは予防的に有効な量を患者に投与することを含んでなるＧＣＧＲを介したグルカゴン活性と関連する疾患もしくは症状を有する患者を処置する方法を提供する。ある態様において、そのような疾患もしくは症状は代謝性疾患もしくは症状であることができる。ある態様において、代謝性疾患もしくは症状は糖尿病、高血糖、高脂血症、メタボリック症候群Ｘ、肥満、原発性高グルカゴン血症、インシュリン欠乏もしくはインシュリン耐性である。ある態様において、糖尿病は２型糖尿病である。ある態様において、肥満は食事により誘発される。ある態様において、高脂血症は上昇した血液脂質レベルと関連する。脂質には、コレステロールおよびトリグリセリドが包含される。１つの態様において、症状は肝脂肪症である。ある態様において、脂肪症は脂肪性肝炎もしくは非アルコール性脂肪性肝炎である。
ある態様において、本発明は本明細書に表されるオリゴマー化合物を用いて動物における上昇した血糖値の発現を防ぐかもしくは遅らせる方法ならびに動物におけるベータ細胞機能を妨げる方法を提供する。
ＧＣＧＲを標的とするある短いアンチセンス化合物は、ヒトが包含されるがそれに限定されるものではない動物のような調節を必要とする患者においてＧＣＧＲの発現を調節するために用いることができる。ある態様において、そのような方法は、ＧＣＧＲ ＲＮＡの発現を減らす短いアンチセンス化合物の有効量を該動物に投与する段階を含んでなる。ある態様において、短いアンチセンス化合物はＧＣＧＲ ＲＮＡのレベルもしくは機能を効果的に減らす。ＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベルの減少は発現のＧＣＧＲタンパク質生成物の改変も同様にもたらすことができるので、そのような得られる改変もまた測定することができる。ＧＣＧＲ ＲＮＡもしくは発現のタンパク質生成物のレベルもしくは機能を効果的に減らすあるアンチセンス化合物は、活性アンチセンス化合物と考えられる。ある態様において、短いアンチセンス化合物はＧＣＧＲの発現を減らし、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％のＲＮＡの減少をもたらす。
さらに提供されるのは、グルカゴン受容体のモジュレーターのスクリーニングの方法およびＧＣＧＲを標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物ともしくはそのような化合物を含んでなる組成物と該細胞、組織もしくは動物を接触させることを含んでなる細胞、組織もしくは動物におけるグルカゴン受容体の発現を調節する方法である。グルカゴン受容体の発現と関連する疾患もしくは症状にかかっているかもしくはかかりやすいことが疑われる動物、特にヒトを処置する方法もまた、本明細書に記載される。あるそのような方法は、処置を必要とするヒトに本発明の化合物もしくは組成物の１つもしくはそれ以上の治療的にもしくは予防的に有効な量を投与することを含んでなる。
グルカゴン受容体の発現の減少は、例えば、動物の血液、血漿、血清、脂肪組織、肝臓もしくは任意の他の体液、組織または臓器において測定することができる。好ましくは、分析されている該液、組織もしくは臓器内に含有される細胞は、グルカゴン受容体タンパク質をコードする核酸分子および／もしくはグルカゴン受容体タンパク質自体を含有する。
短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的および他の組成物もまた提供される。ある態様において、ＧＣＧＲをコードする核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、適当な製薬学的に許容しうる希釈剤もしくは担体に化合物の有効量を加えることにより製薬学的組成物において利用される。
ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、本明細書に一般に記述される短いアンチセンス化合物の任意の１つもしくはそれ以上の性質もしくは特性を有することができる。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１−１２−１、２−１０−２、３−１０−３、３−８−３、１−１−１０−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
ＧＣＧＲ核酸を標的とするある短いアンチセンス化合物
ある態様において、短いアンチセンス化合物は、配列番号：９として本明細書に組み込まれるＧＥＮＢＡＮＫ(R)受託番号ＭＮ＿０００１６０．１の配列を有するＧＣＧＲ核酸を標的とする。あるそのような態様において、配列番号：９を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：９に少なくとも９０％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：９を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：９に少なくとも９５％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：９を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：９に１００％相補的である。ある態様において、配列番号：９を標的とする短いアンチセンス化合物は、表１２および１３に記載されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含む。
表１２および１３中の各配列番号に記載されるヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への任意の修飾から独立している。そのようなものとして、配列番号により特定される短いアンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾を含んでなることができる。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ．）により記述される短いアンチセンス化合物は、核酸塩基配列および糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾の組み合わせを示す。
ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物はギャップマー
モチーフを含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は３−１０−３ギャップマーモチーフを含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物はギャップマーモチーフを含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は３−８−３ギャップマーモチーフを含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物はギャップマーモチーフを含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は２−１０−２ギャップマーモチーフを含んでなる。
表１２および１３は、配列番号：９を標的とする短いアンチセンス化合物の例を示す。表１２は、配列番号：９に１００％相補的である短いアンチセンス化合物を例示する。表１３は、配列番号：９に対して１もしくは２個のミスマッチを有する短いアンチセンス化合物を例示する。「ギャップマーモチーフ」と表示される縦列は、各々の短いアンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは２’−デオキシヌクレオチドを含んでなり、そして各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは２’−修飾糖を含んでなる。特定の２’−修飾糖もまた、「ギャップマーモチーフ」縦列に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は２−１０−２ギャップマーモチーフを意味し、ここで、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントには２ヌクレオチドのウィングセグメントが隣接し、ここで、ウィングセグメントのヌクレオチドは２’−ＭＯＥヌクレオチドである。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。短いアンチセンス化合物は、「非修飾シトシン」がギャップマーモチーフ縦列に記載される場合（この場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである）を除いて、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含んでなる。例えば、「ギャップのみにおいて５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有し、一方、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
Figure 2009536039
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ある態様において、標的領域は配列番号：９のヌクレオチド３７８〜３９１である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：９のヌクレオチド３７８〜３９１を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３７８〜３９１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４８６もしくは４８７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：９のヌクレオチド３７８〜３９１を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３３８４６３もしくは３３８５３４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：９のヌクレオチド４９９〜５２１である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：９のヌクレオチド４９９〜５２１を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド４９９〜５２１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６もしくは４９７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：９のヌクレオチド４９９〜５２１を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３２７１３０、３２７１３１、３２７１３２、３２７１３３、３２７１３４、３２７１３５、３２７１３６、３２７１３７、３２７１３８もしくは３２７１３９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：９のヌクレオチド５３１〜５５３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：９のヌクレオチド５３１〜５５３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５３１〜５５３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４９８、４９９、５００、５０１、５０２、５０３、５０４、５０５、５０６もしくは５０７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：９のヌクレオチド５３１〜５５３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３２７１４０、３２７１４１、３２７１４２、３２７１４３、３２７１４４、３２７１４５、３２７１４６、３２７１４７、３２７１４８もしくは３２７１４９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：９のヌクレオチド５４５〜５６７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：９のヌクレオチド５４５〜５６７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５４５〜５６７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６もしくは５１７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：９のヌクレオチド５４５〜５６７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ３２７１５０、３２７１５１、３２７１５２、３２７１５３、３２７１５４、３２７１５５、３２７１５６、３２７１５７、３２７１５８もしくは３２７１５９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：９のヌクレオチド５３１〜５６７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：９のヌクレオチド５３１〜５６７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５３１〜５６７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号４９８、４９９、５００、５０１、５０２、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６もしくは５１７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：９のヌクレオチド５３１〜５６７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３２７１４０、３２７１４１、３２７１４２、３２７１４３、３２７１４４、３２７１４５、３２７１４６、３２７１４７、３２７１４８、３２７１４９、３２７１５０、３２７１５１、３２７１５２、３２７１５３、３２７１５４、３２７１５５、３２７１５６、３２７１５７、３２７１５８もしくは３２７１５９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：９のヌクレオチド６８４〜７１４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：９のヌクレオチド６８４〜７１４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６８４〜７１４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号５１８、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、５２６、５２７、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５もしくは５３６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：９のヌクレオチド６８４〜７１４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３４５８９７、３２７１６０、３２７１６１、３２７１６
２、３２７１６３、３２７１６４、３２７１６５、３２７１６６、３２７１６７、３２７１６８、３２７１６９、３２７１７０、３２７１７１、３２７１７２、３２７１７３、３２７１７４、３２７１７５、３２７１７６もしくは３２７１７７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：９のヌクレオチド８６９〜８９１である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：９のヌクレオチド８６９〜８９１を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド８６９〜８９１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号５３７、５３８、５３９、５４０、５４１、５４２、５４３、５４４、５４５もしくは５４６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：９のヌクレオチド８６９〜８９１を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３２７１７８、３２７１７９、３２７１８０、３２７１８１、３２７１８２、３２７１８３、３２７１８４、３２７１８５、３２７１８６もしくは３２７１８７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：９のヌクレオチド９５５〜９７７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：９のヌクレオチド９５５〜９７７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド９５５〜９７７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号５４７、５４８、５４９、５５０、５５１、５５２、５５３、５５４、５５５もしくは５５６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：９のヌクレオチド９５５〜９７７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３２７１８８、３２７１８９、３２７１９０、３２７１９１、３２７１９２、３２７１９３、３２７１９４、３２７１９５、３２７１９６もしくは３２７１９７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：９のヌクレオチド１０１９〜１０４１である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：９のヌクレオチド１０１９〜１０４１を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１０１９〜１０４１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号５５７、５５８、５５９、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５もしくは５６６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：９のヌクレオチド１０１９〜１０４１を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３２７１９８、３２７１９９、３２７２００、３２７２０１、３２７２０２、３２７２０３、３２７２０４、３２７２０５、３２７２０６もしくは３２７２０７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：９のヌクレオチド１１６０〜１１７５である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：９のヌクレオチド１１６０〜１１７５を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１１６０〜１１７５を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号５６７もしくは５６８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：９のヌクレオチド１１６０〜１１７５を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３３８４９１もしくは３３８５６２から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：９のヌクレオチド１３０７〜１３７７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：９のヌクレオチド１３０７〜１３７７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１３０７〜１３７７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号５６９、５７０、５７１、５７２もしくは５７３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：９のヌクレオチド１３０７〜１３７７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３３８４９８、３３８５６９、３３８４９９、３３８５７０もしくは３８５０６７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：９のヌクレオチド１３０７〜１４１４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：９のヌクレオチド１３０７〜１４１４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１３０７〜１４１４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号５６９、５７０、５７１、５７２、５７３もしくは５７４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：９のヌクレオチド１３０７〜１４１４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３３８４９８、３３８５６９、３３８４９９、３３８５７０、３８５０６７もしくは３３８５７３から選択される。
ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８〜１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、そのような短いアンチセンス化合物は短いアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は短いギャップマーである。あるそのような態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いギャップマーは、化合物の１つもしくはそれ以上のウィングに少なくとも１個の高親和性修飾を含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、各ウィングに１〜３個の高親和性修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのヌクレオシドもしくはヌクレオチドは２’修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはＢＮＡである。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。ある態様において、ウィングのモノマーはアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（ここで、各ＲｍおよびＲｎは独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）から選択される２’位での置換基を含んでなる。ある態様において、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含んでなる。ある態様において、ギャップは５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３もしくは１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾デオキシリボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾リボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップ修飾（もしあれば）ギャップは、その標的核酸に結合した場合に、リボヌクレアーゼＨが包含されるがこれに限定されるものではないリボヌクレアーゼによる切断をサポートするアンチセンス化合物をもたらす。
ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は均一なモノマー結合を有する。あるそのような態様において、それらの結合は全てホスホロチオエート結合である。ある態様において、結合は全てホスホジエステル結合である。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は混合バックボーンを有する。
ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１１個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１３個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１４個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１５個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１６個のモノマーの長さである。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなる。
ある態様において、本発明はＧＣＧＲの発現を調節する方法を提供する。ある態様において、そのような方法はＧＣＧＲ核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物の使用を含んでなり、ここで、ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は約８〜約１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４個のモノマー（すなわち、約８〜約１６個の連結モノマー）である。当業者は、これには８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６個のモノマーのＧＣＧＲ核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物を用いてＧＣＧＲの発現を調節する方法が包含されることを理解する。
ある態様において、ＧＣＧＲを調節する方法は、８個のモノマーの長さであるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲを調節する方法は、９個のモノマーの長さであるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲを調節する方法は、１０個のモノマーの長さであるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲを調節する方法は、１１個のモノマーの長さであるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲを調節する方法は、１２個のモノマーの長さであるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲを調節する方法は、１３個のモノマーの長さであるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲを調節する方法は、１４個のモノマーの長さであるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲを調節する方法は、１５個のモノマーの長さであるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲを調節する方法は、１６個のモノマーの長さであるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
ある態様において、ＧＣＧＲの発現を調節する方法は、９〜１５個のモノマーを含んでなるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲの発現を調節する方法は、１０〜１５個のモノマーを含んでなるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲの発現を調節する方法は、１２〜１４個のモノマーを含んでなるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＧＣＧＲの発現を調節する方法は、１２もしくは１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなるＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
８．ＤＧＡＴ２
ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２（ＤＧＡＴ２、ジアシルグリセロールＯ−トランスフェラーゼ２、アシル−ＣｏＡ：ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ２としても知られている）、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２は、食物からのトリグリセリド（トリアシルグリセロールとも呼ばれる）の吸収過程に関与することが示されている。
食物からのトリグリセリドの吸収は、食物トリアシルグリセロールが腸管腔において加水分解されそして次に腸細胞内で再合成される一連の段階により起こる非常に効率の良いプロセスである。トリアシルグリセロールの再合成は、モノアシルグリセロールと脂肪アシル−ＣｏＡからのジアシルグリセロールの合成を触媒するモノアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ（ＭＧＡＴ）で始まるモノアシルグリセロール経路によって起こることができる。ジアシルグリセロールの代替合成は、グリセロール−３−リン酸への２分子の脂肪アシル−ＣｏＡのカップリングを表すグリセロール−リン酸経路により提供される。いずれの場合においても、ジアシルグリセロールは次に２つのジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ酵素の一方により触媒される反応において脂肪アシル−ＣｏＡの別の分子でアシル化されてトリグリセリドを生成せしめる（Ｆａｒｅｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ，．Ｌｉｐｉｄｏｌ．，２０００，１１，２２９−２３４）。
ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼにより触媒される反応は、トリグリセリド合成における最後のそして唯一の関与段階である。そのようなものとして、ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼは腸脂肪吸収、リポタンパク質アセンブリ、血漿トリグリセリド濃度を調節することおよび脂肪細胞における脂肪貯蔵に関与する。最初のジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１は１９６０年に同定され、そしてこのタンパク質をコードするヒトおよびマウス遺伝子は１９９８年に単離された（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１９９８，９５，１３０１８−１３０２３；Ｏｅｌｋｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，２７３，２６７６５−２６７７１）。ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ１を欠くマウスは生存可能であり、そして他の生物学的経路によってトリグリセリドをなお合成することができ、トリグリセリド合成の多数の機序の存在を示唆する（Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２０００，２５，８７−９０）。
第二のジアシルグリセロールトランスフェラーゼ、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２（ＤＧＡＴ２、ジアシルグリセロールＯ−トランスフェラーゼ２、アシル−ＣｏＡ：ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ２としても知られている）は次に真菌モルティエラ属、ヒトおよびマウスにおいて同定された（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６；Ｌａｒｄｉｚａｂａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８６２−３８８６９）。酵素アッセイは、この最近同定されたタンパク質が、広範囲の長鎖脂肪アシル−ＣｏＡ基質を利用するジアシルグリセロールトランスフェラーゼ活性を保有することを示す（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６）。
ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２は、その配列がジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１とは関係しない遺伝子のファミリーのメンバーである。ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１と比較して配列が異なることに加えて、インビトロアッセイは、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２がより低い濃度の塩化マグネシウムおよびオレオイル−ＣｏＡでより高い活性を有することを示す（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６）。ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２の予測されるタンパク質配列は、少なくとも１個の推定膜貫通ドメイン、３個の潜在的Ｎ結合型グリコシル化部位、６個の潜在的プロテインキナーゼＣリン酸化共通部位ならびにアシルトランスフェラーゼ酵素に存在する推定グリセロールリン酸化部位と共通する配列を含有する（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６）。Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｒａｄｉａｔｉｏｎ Ｈｙｂｒｉｄ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍは、ヒトジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２を染色体１１ｑ１３．３にマッピングしている。
ヒト組織において、最も高いレベルのジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２は肝臓および白色脂肪組織において検出され、より低いレベルは乳腺、精巣および末梢血白血球において見出される（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６）。２．４および１．８キロ塩基の２つのｍＲＮＡ種がヒト組織において検出され、一方、マウス組織における主要なジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２ ｍＲＮＡ種は２．４キロ塩基である。肝臓および白色脂肪組織に加えて、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２は、近位腸においてより高い発現そして遠位腸においてより低い発現で、マウスにおける小腸の全てのセグメントにおいて発現される（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６）。
ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ活性は、ラット肝臓の出生後発生中に異なったパターンを示す。ｍＲＮＡ発現と活性パターンとの間に相関関係はないので、翻訳後修飾はラット発生中のジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２活性の調節に関与し得る（Ｗａｔｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ，Ｌｉｐｉｄ．Ｒｅｓ．，２００２，４３，１５５５−１５６２）。
ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２ ｍＲＮＡは、培養したマウス脂肪細胞の膜画分からジアシルグリセロール活性を測定するインビトロアッセイにより示されるように、インシュリン処置により優先的にアップレギュレーションされる（Ｍｅｅｇａｌｌａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．，２００２，２９８，３１７−３２３）。絶食マウスにおいて、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２発現は非常に減少され、そして再給餌の際に劇的に増加する。脂肪酸合成に関与する２つの酵素、アセチル−ＣｏＡカルボキシラーゼおよび脂肪酸シンターゼの発現パターンは、同様に絶食および再給餌に応答する。これらの結果は、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２が肝臓において豊富に発現される結果と合わせて、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２が内因性脂肪酸合成経路に密接に関係していることを示唆する（Ｍｅｅｇａｌｌａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．，２００２，２９８，３１７−３２３）。
ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ１遺伝子の破壊を保有するマウスの研究は、ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ２がトリグリセリド合成に寄与する証拠を提供する。ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２ ｍＲＮＡ発現のレベルは、野生型およびジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１欠損マウスの両方からの腸セグメントにおいて同様である（Ｂｕｈｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００２，２７７，２５４７４−２５４７９）。ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１および２活性の間を区別するために塩化マグネシウムを用いて、Ｂｕｈｍａｎ，ｅｔ ａｌ．は、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１欠損マウスにおいて、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ活性が近位腸では５０％までそして遠位腸では１０〜１５％まで減少されることを認めた（Ｂｕｈｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００２，２７７，２５４７４−２５４７９）。
さらに、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２ ｍＲＮＡレベルは、数週の高脂肪食の後でさえ、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１欠損マウスの肝臓もしくは脂肪組織においてアップレギュレーションされない（Ｃａｓｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，２７６，３８８７０−３８８７６；Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，２００２，１０９，１０４９−１０５５）。しかしながら、肥満をもたらすレプチン遺伝子における突然変異を有するｏｂ／ｏｂマウスにおいて、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２は野生型マウスにおけるよりも高度に発現され、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２がこれらのマウスにおいて見られる高度に蓄積された脂肪塊に部分的に関与し得ることを示唆する。さらに、レプチンとジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１の組み合わせた突然変異は、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１欠損マウスからの同じ組織におけるレベルと比較して、白色脂肪組織におけるジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２発現の３倍の上昇をもたらす（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，２００２，１０９，１０４９−１０５５）。ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２ ｍＲＮＡはまた、これらのマウスの皮膚においてもアップレギュレーションされる（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，２００２，１０９，１７５−１８１）。これらのデータは、レプチンが通常はジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２発現をダウンレギュレーションすること、そしてこれらのマウスにおける白色脂肪組織でのジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２のアップレギュレーションは、レプチン欠損／ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ１欠損マウスにおいてなお起こるトリグリセリド合成の代替経路を提供し得ることを示唆する（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，２００２，１０９，１０４９−１０５５）。
ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ１ノックアウトマウスは、それらがやせており、食事に誘発される肥満に耐性であり、組織トリグリセリドの増加したレベルおよびインシュリンとレプチンに対する増加した感受性を有する点において興味深い表現型を示す（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，２００２，１０９，１０４９−１０５５；Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２０００，２５，８７−９０）。ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２はまたトリグリセリド合成にも関与するので、ジアシルグリセロールトランスフェラーゼ２を妨げることは減少した体脂肪含有量を同様にもたらし得る。
定義
「ＤＧＡＴ２」は、短いアンチセンス化合物の投与によりその発現が調節される遺伝子産物もしくはタンパク質を意味する。
「ＤＧＡＴ２核酸」は、ＤＧＡＴ２をコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸にはＤＧＡＴ２をコードするＤＮＡ配列、ＤＧＡＴ２をコードするＤＮＡから転写されるＲＮＡ配列およびＤＧＡＴ２をコードするｍＲＮＡ配列が包含されるが限定されない。
「ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡ」は、ＤＧＡＴ２をコードするｍＲＮＡを意味する。
治療指標
アンチセンス技術はＤＧＡＴ２発現を減らすための有効な手段であり、そして多数の治療、診断および研究用途において比類なく有用であることが判明している。そのようなものとして、ある態様において、本発明はＤＧＡＴ２をコードする核酸を標的としそしてＤＧＡＴ２の発現を調節する化合物を提供する。さらに本明細書に提供されるのは、ＤＧＡＴ２発現を効果的に阻害することができる短いアンチセンス化合物である。
ある態様において、ＤＧＡＴ２と関連する疾患を有することが疑われる患者は、ＤＧＡＴ２をコードする核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物を投与することにより処置される。例えば、限定されない態様において、そのような方法は、短いアンチセンス化合物の治療的に有効な量を動物に投与する段階を含んでなる。あるそのような態様において、短いアンチセンス化合物はＤＧＡＴ２の活性を効果的に阻害するかもしくはＤＧＡＴ２の発現を阻害する。１つの態様において、患者におけるＤＧＡＴ２の活性もしくは発現は少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％阻害される。ある態様において、患者におけるＤＧＡＴ２の活性もしくは発現は約３０％阻害される。より好ましくは、患者におけるＤＧＡＴ２の活性もしくは発現は５０％もしくはそれ以上阻害される。
ＤＧＡＴ２の発現の減少は、例えば、動物の血液、血漿、血清、脂肪組織、肝臓もしくは任意の他の体液、組織または臓器において測定することができる。好ましくは、分析されている該液、組織もしくは臓器内に含有される細胞は、ＤＧＡＴ２をコードする核酸分子および／もしくはＤＧＡＴ２タンパク質自体を含有する。
ある態様において、本発明の化合物を含んでなる製薬学的および他の組成物もまた提供される。例えば、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、適当な製薬学的に許容しうる希釈剤もしくは担体に化合物の有効量を加えることにより製薬学的組成物において利用することができる。
ＤＧＡＴ２を標的とするある短いアンチセンス化合物は、本明細書に一般に記述される短いアンチセンス化合物の任意の１つもしくはそれ以上の性質もしくは特性を有することができる。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、１−１０−１、２−１０−２および３−１０−３から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
本明細書に提供されるのは、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物もしくはそのような化合物を含んでなる製薬学的組成物を投与することにより個体を処置する方法である。さらに提供されるのは、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を投与することによりＤＧＡＴ２活性と関連する疾患もしくは症状を有する患者を処置する方法である。ＤＧＡＴ２と関連する疾患および症状には、心臓血管疾患、肥満、糖尿病、コレステロール血症および肝脂肪症が包含されるがこれらに限定されるものではない。
ＤＧＡＴ２核酸を標的とするある短いアンチセンス化合物
ある態様において、短いアンチセンス化合物は、配列番号：１０として本明細書に組み込まれるＧＥＮＢＡＮＫ(R)受託番号ＮＭ＿０３２５６４．２の配列を有するＤＧＡＴ２核酸を標的とする。あるそのような態様において、配列番号：１０を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１０に少なくとも９０％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１０を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１０に少なくとも９５％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１０を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１０に１００％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１０を標的とする短いアンチセンス化合物は、表１４および１５に記載されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含む。
各表１４および１５に記載される各ヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への任意の修飾から独立している。そのようなものとして、表１４および１５に記載されるようなヌクレオチド配列を含んでなる短いアンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾を含んでなることができる。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ．）により記述されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列および糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾の組み合わせを示す。
表１４および１５は、配列番号：１０を標的とする短いアンチセンス化合物の例を示す。表１４は、配列番号：１０に１００％相補的である短いアンチセンス化合物を例示する。表１５は、配列番号：１０に対して１もしくは２個のミスマッチを有する短いアンチセンス化合物を例示する。「ギャップマーモチーフ」と表示される縦列は、各々の短いアンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは２’−デオキシヌクレオチドを含んでなり、そして各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは２’−修飾糖を含んでなる。特定の２’−修飾糖もまた、「ギャップマーモチーフ」縦列に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は２−１０−２ギャップマーモチーフを意味し、ここで、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントには２ヌクレオチドのウィングセグメントが隣接し、ここで、ウィングセグメントのヌクレオチドは２’−ＭＯＥヌクレオチドである。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。短いアンチセンス化合物は、「非修飾シトシン」がギャップマーモチーフ縦列に記載される場合（この場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである）を除いて、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含んでなる。例えば、「ギャップのみにおいて５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有し、一方、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
Figure 2009536039
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ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド２３１〜２６７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド２３１〜２６７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２３１〜２６７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号６８１、６８２、６８３、６８４、６８５、６８６もしくは６８７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド２３１〜２６７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３７２５５６、３７２５５７、３８２６０１、３７２４８０、３７２４８１、３７２５５８もしくは３７２５５９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド２４９〜２６７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド２４９〜２６７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２４９〜２６７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号６８３、６８４、６８５、６８６もしくは６８７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド２４９〜２６７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３８２６０１、３７２４８０、３７２４８１、３７２５５８もしくは３７２５５９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド３３１〜４９３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド３３１〜４９３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３３１〜４９３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号６８８、６８９、６９０、６９１、６９２、６９３もしくは６９４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド３３１〜４９３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３８２６０３、３８２６０４、３７２４８５、３７２５６３、３８２６０５、３７２５６５もしくは３８２６０６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド３３１〜４２７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド３３１〜４２７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３３１〜４２７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号６８８、６８９、６９０、６９１、６９２もしくは６９３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド３３１〜４２７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３８２６０３、３８２６０４、３７２４８５、３７２５６３、３８２６０５もしくは３７２５６５から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド３９２〜４０８である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド３９２〜４０８を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３９２〜４０８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号６９０、６９１もしくは６９２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド３９２〜４０８を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３７２４８５、３７２５６３もしくは３８２６０５から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド６５１〜７０７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド６５１〜７０７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６５１〜７０７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号６９５、６９６、６９７、６９８、６９９、７００、７０１、７０２、７０３、７０４、７０５、７０６、７０７、７０８、７０９、７１０、７１１、７１２、７１３、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７もしくは７２８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド６５１〜７０７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３７２４９７、３７２４９８、３７２５７５、３７２５７６、３８２６０７、３７２４９９、３７２５７７、３７２５００、３７２５７８、３７２５０１、３７２５７９、３７２５０２、３７２５８０、３７２５０３、３７２５８１、３７２５０４、３７２５８２、３７２５０５、３７２５０６、３７２５８３、３７２５８４、３７２５０７、３７２５８５、３８２６０８、３７２５０８、３７２５８６、３７２５０９、３７２５８７、３７２５１０、３７２５８８、３７２５１１、３７２５１２、３７２５８９もしくは３７２５９０から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド７２４〜７４５である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド７２４〜７４５を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド７２４〜７４５を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７２９、７３０、７３１、７３２もしくは７３３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド７２４〜７４５を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３８２６０９、３７２５１４、３７２５９２、３７２５１５もしくは３７２５９３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド６５１〜７４５である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド６５１〜７４５を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６５１〜７４５を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号６９５、６９６、６９７、６９８、６９９、７００、７０１、７０２、７０３、７０４、７０５、７０６、７０７、７０８、７０９、７１０、７１１、７１２、７１３、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２もしくは７３３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド６５１〜７４５を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３７２４９７、３７２４９８、３７２５７５、３７２５７６、３８２６０７、３７２４９９、３７２５７７、３７２５００、３７２５７８、３７２５０１、３７２５７９、３７２５０２、３７２５８０、３７２５０３、３７２５８１、３７２５０４、３７２５８２、３７２５０５、３７２５０６、３７２５８３、３７２５８４、３７２５０７、３７２５８５、３８２６０８、３７２５０８、３７２５８６、３７２５０９、３７２５８７、３７２５１０、３７２５８８、３７２５１１、３７２５１２、３７２５８９、３７２５９０、３８２６０９、３７２５１４、３７２５９２、３７２５１５もしくは３７２５９３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド８５１〜９２２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド８５１〜９２２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド８５１〜９２２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７３４、７３５、７３６もしくは７３７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド８５１〜９２２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３８２６１０、３８２６１１、３８２６０２もしくは３８２６１２から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド８５１〜８７９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド８５１〜８７９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド８５１〜８７９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７３４、７３５もしくは７３６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド８５１〜８７９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３８２６１０、３８２６１１もしくは３８２６０２から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド９６５〜１００７である
。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド９６５〜１００７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド９６５〜１００７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４もしくは７４５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド９６５〜１００７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３７２５２４、３７２６０２、３８２６１３、３８２６１４、３７２５２５、３７２６０３、３７２５２６もしくは３７２６０４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド９６５〜９７９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド９６５〜９７９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド９６５〜９７９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７３８、７３９もしくは７４０から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド９６５〜９７９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３７２５２４、３７２６０２もしくは３８２６１３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド９８７〜１００７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド９８７〜１００７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド９８７〜１００７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７４１、７４２、７４３、７４４もしくは７４５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド９８７〜１００７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３８２６１４、３７２５２５、３７２６０３、３７２５２６もしくは３７２６０４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド１１０６〜１１３２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド１１０６〜１１３２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１１０６〜１１３２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３もしくは７５４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド１１０６〜１１３２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３７２５３０、３７２６０８、３７２５３１、３７２６０９、３７２５３２、３７２６１０、３７２５３３、３８２６１５もしくは３７２６１１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド１１９９〜１２３３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド１１９９〜１２３３を標的とする。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド１１９９〜１２３３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２もしくは７６３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド１１９９〜１２３３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３７２５３６、３７２６１４、３７２５３７、３７２６１５、３７２５３８、３７２６１６、３８２６１６、３７２５３９もしくは３７２６１７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド１２９３〜１３９４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド１２９３〜１３９４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１２９３〜１３９４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７６４、７６５、７６６、７６７
、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６もしくは７７７から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド１２９３〜１３９４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３７２５４０、３７２６１８、３８２６１７、３７２５４１、３７２６１９、３７２５４２、３７２６２０、３７２５４３、３７２６２１、３７２５４４、３７２６２２、３８２６１８、３８２６１９もしくは３８２６２０から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド１２９３〜１３３６である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド１２９３〜１３３６を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１２９３〜１３３６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５もしくは７７６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド１２９３〜１３３６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３７２５４０、３７２６１８、３８２６１７、３７２５４１、３７２６１９、３７２５４２、３７２６２０、３７２５４３、３７２６２１、３７２５４４、３７２６２２、３８２６１８もしくは３８２６１９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１０のヌクレオチド１２９３〜１３２４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１０のヌクレオチド１２９３〜１３２４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１２９３〜１３２４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４もしくは７７５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１０のヌクレオチド１２９３〜１３２４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ３７２５４０、３７２６１８、３８２６１７、３７２５４１、３７２６１９、３７２５４２、３７２６２０、３７２５４３、３７２６２１、３７２５４４、３７２６２２もしくは３８２６１８から選択される。
ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８〜１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、そのような短いアンチセンス化合物は短いアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は短いギャップマーである。あるそのような態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いギャップマーは、化合物の１つもしくはそれ以上のウィングに少なくとも１個の高親和性修飾を含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、各ウィングに１〜３個の高親和性修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのヌクレオシドもしくはヌクレオチドは２’修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはＢＮＡである。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。ある態様において、ウィングのモノマーはアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（
Ｒｍ）（Ｒｎ）（ここで、各ＲｍおよびＲｎは独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）から選択される２’位での置換基を含んでなる。ある態様において、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含んでなる。ある態様において、ギャップは５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３もしくは１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾デオキシリボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾リボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップ修飾（もしあれば）ギャップは、その標的核酸に結合した場合に、リボヌクレアーゼＨが包含されるがこれに限定されるものではないリボヌクレアーゼによる切断をサポートする短いアンチセンス化合物をもたらす。
ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は均一なモノマー結合を有する。あるそのような態様において、それらの結合は全てホスホロチオエート結合である。ある態様において、結合は全てホスホジエステル結合である。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は混合バックボーンを有する。
ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８個のモノマーの長さである。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９個のモノマーの長さである。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０個のモノマーの長さである。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１１個のモノマーの長さである。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２個のモノマーの長さである。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１３個のモノマーの長さである。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１４個のモノマーの長さである。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１５個のモノマーの長さである。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１６個のモノマーの長さである。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなる。
ある態様において、本発明はＤＧＡＴ２の発現を調節する方法を提供する。ある態様において、そのような方法はＤＧＡＴ２核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物の使用を含んでなり、ここで、ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は約８〜約１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４個のモノマー（すなわち、約８〜約１６個の連結モノマー）である。当業者は、これには８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６個のモノマーのＤＧＡＴ２核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物を用いてＤＧＡＴ２の発現を調節する方法が包含されることを理解する。
ある態様において、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、８個のモノマーの長さであるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、９個のモノマーの長さであるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、１０個のモノマーの長さであるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、１１個のモノマーの長さであるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、１２個のモノマーの長さであるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、１３個のモノマーの長さであるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、１４個のモノマーの長さであるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、１５個のモノマーの長さであるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２を調節する方法は、１６個のモノマーの長さであるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
ある態様において、ＤＧＡＴ２の発現を調節する方法は、９〜１５個のモノマーを含んでなるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２の発現を調節する方法は、１０〜１５個のモノマーを含んでなるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２の発現を調節する方法は、１２〜１４個のモノマーを含んでなるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＤＧＡＴ２の発現を調節する方法は、１２もしくは１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなるＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
９．ＰＴＰ１Ｂ
ＰＴＰ１Ｂ（タンパク質ホスファターゼ１ＢおよびＰＴＰＮ１としても知られている）は、ヒト胎盤の主要なタンパク質チロシンホスファターゼとして最初は単離された小胞体（ＥＲ）関連酵素である（Ｔｏｎｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９８８，２６３，６７３１−６７３７；Ｔｏｎｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９８８，２６３，６７２２−６７３０）。
インシュリン受容体により媒介されるシグナル伝達における必須の調節的役割が、ＰＴＰ１Ｂに対して確立されている。ある場合において、ＰＴＰ１Ｂはインビトロおよび無傷細胞の両方において活性化インシュリン受容体と相互作用しそしてそれを脱リン酸化し、シグナル伝達経路のダウンレギュレーションをもたらす（Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９８，１８２，９１−９９；Ｓｅｅｌｙ ｅｔ ａｌ．，Ｄｉａｂｅｔｅｓ，１９９６，４５，１３７９−１３８５）。さらに、ＰＴＰ１Ｂはインシュリンのマイトジェン作用を調節する（Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９８，１８２，９１−９９）。ＰＴＰ１Ｂを過剰発現するラット脂肪細胞において、ＧＬＵＴ４グルコース輸送体の移動は阻害され、グルコース輸送の負の調節因子としてもＰＴＰ１Ｂを関係させる（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９７，２７２，８０２６−８０３１）。
ＰＴＰ１Ｂ遺伝子を欠くマウスノックアウトモデルもまた、ＰＴＰ１Ｂによるインシュリンシグナル伝達の負の調節を示す。破壊されたＰＴＰ１Ｂ遺伝子を保有するマウスは、増加したインシュリン感受性およびインシュリン受容体の増加したリン酸化を示した。高脂肪食で飼育される場合、ＰＴＰ１Ｂ−／−マウスは体重増加に耐性を示し、そしてインシュリン感受性のままであった（Ｅｌｃｈｅｂｌｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９９，２８３，１５４４−１５４８）。これらの研究は、糖尿病および肥満の処置における治療標的としてＰＴＰ１Ｂを明らかに確立させる。
糖尿病および肥満（現在では「糖尿肥満」と総称されることもある）は、相互に関係する。大部分のヒト肥満は、インシュリン耐性およびレプチン耐性と関連している。実際に、肥満は糖尿病自体よりもインシュリン作用へのさらに大きい影響を有し得る（Ｓｉｎｄｅｌｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｒｅｓ．，２００２，５１，８５−９１）。症候群Ｘもしくはメタボリック症候群は、一緒に起こる場合に、糖尿病および心臓血管疾患に対する素因を示し得る一群の症状の新用語である。高血圧、高トリグリセリド、減少したＨＤＬおよび肥満を包含するこれらの症状は、ある個体において一緒に現れる傾向がある。糖尿病および肥満の両方におけるその役割のために、ＰＴＰ１Ｂは糖尿病、肥満およびメタボリック症候群を包含する一連の代謝性症状の治療標的であると考えられる。血糖制御を改善することにより、ＰＴＰ１Ｂの阻害剤はまた、網膜症、神経障害、心臓血管系合併症および腎症を包含する糖尿病の続発症を遅くすること、防ぐこと、遅らせることもしくは改善することにおいて有用であることもできる。
細胞周期中に異なって調節されるＰＴＰ１Ｂ（Ｓｃｈｉｅｖｅｌｌａ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ．Ｇｒｏｗｔｈ Ｄｉｆｆｅｒ．，１９９３，４，２３９−２４６）は、プレ−ｍＲＮＡの選択的スプライシングから生じる２つの異なるアイソフォームとしてインシュリン感受性組織において発現される（Ｓｈｉｆｒｉｎ ａｎｄ Ｎｅｅｌ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９３，２６８，２５３７６−２５３８４）。選択的スプライシング生成物の比率は、インシュリンのような増殖因子により影響を受け、そして調べた様々な組織において異なる（Ｓｅｌｌ ａｎｄ Ｒｅｅｓｅ，Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｔａｂ．，１９９９，６６，１８９−１９２）。これらの研究においてバリアントのレベルは血漿インシュリン濃度および体脂肪率と相関関係があった。従って、これらのバリアントは慢性高インシュリン血症もしくは２型糖尿病を有する患者のバイオマーカーとして使用することができる。
定義
「タンパク質チロシンホスファターゼ１Ｂ」は、短いアンチセンス化合物の投与によりその発現が調節される遺伝子産物もしくはタンパク質である。タンパク質チロシンホスファターゼ１ＢはＰＴＰ１Ｂと一般に呼ばれるが、タンパク質チロシンホスファターゼ；ＰＴＰＮ１；ＲＫＰＴＰ；タンパク質チロシンホスファターゼ、非受容体１型と呼ぶこともできる。
「ＰＴＰ１Ｂ核酸」は、ＰＴＰ１Ｂをコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸にはＰＴＰ１ＢをコードするＤＮＡ配列、ＰＴＰ１ＢをコードするＤＮＡから転写されるＲＮＡ配列およびＰＴＰ１ＢをコードするｍＲＮＡ配列が包含されるが限定されない。
「ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡ」は、ＰＴＰ１Ｂタンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。
治療指標
アンチセンス技術はＰＴＰ１Ｂ発現を減らすための有効な手段であり、そして多数の治療、診断および研究用途において比類なく有用であることが判明している。そのようなものとして、ある態様において、本発明は、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節する、ＰＴＰ１Ｂをコードする核酸を標的とする化合物を提供する。本明細書にさらに提供されるのは、ＰＴＰ１Ｂ発現を効果的に阻害することができる短いアンチセンス化合物である。
ある治療法において、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節することにより処置することができる疾患もしくは障害を有することが疑われる患者は、ＰＴＰ１Ｂをコードする核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物を投与することにより処置される。例えば、１つの限定されない態様において、該方法は短いアンチセンス化合物の治療的に有効な量を動物に投与する段階を含んでなる。本発明の短いアンチセンス化合物はＰＴＰ１Ｂの活性を効果的に阻害するかもしくはＰＴＰ１Ｂの発現を阻害する。１つの態様において、患者におけるＰＴＰ１Ｂの活性もしくは発現は少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％阻害される。ある態様において、患者におけるＰＴＰ１Ｂの活性もしくは発現は約３０％阻害される。ある態様において、患者におけるＰＴＰ１Ｂの活性もしくは発現は５０％もしくはそれ以上阻害される。
ＰＴＰ１Ｂの発現の減少は、例えば、動物の血液、血漿、血清、脂肪組織、肝臓もしくは任意の他の体液、組織または臓器において測定することができる。好ましくは、分析されている該液、組織もしくは臓器内に含有される細胞は、ＰＴＰ１Ｂをコードする核酸分子および／もしくはＰＴＰ１Ｂタンパク質自体を含有する。
本発明の化合物を含んでなるある製薬学的および他の組成物もまた提供される。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、適当な製薬学的に許容しうる希釈剤もしくは担体に化合物の有効量を加えることにより製薬学的組成物において利用される。
ＰＴＰ１Ｂを標的とする短いアンチセンス化合物は、本明細書に一般に記述される短いアンチセンス化合物の任意の１つもしくはそれ以上の性質もしくは特性を有することができる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１、より好ましくは１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
ある態様において、本明細書に提供されるのは、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物もしくはそのような化合物を含んでなる製薬学的組成物を投与することにより個体を処置する方法である。さらに提供されるのは、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を投与することによりＰＴＰ１Ｂ活性と関連する疾患もしくは症状を有する患者を処置する方法である。ＰＴＰ１Ｂと関連する疾患および症状には、高血糖（ｈｉｇｈ ｂｌｏｏｄ ｇｌｕｃｏｓｅ）もしくは高血糖（ｈｙｐｅｒｇｌｙｃｅｍｉａ）、前糖尿病、糖尿病、２型糖尿病、メタボリック症候群、肥満およびインシュリン耐性が包含されるがこれらに限定されるものではない。従って、本明細書に提供されるのは、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を投与することにより高血糖（ｈｉｇｈ ｂｌｏｏｄ ｇｌｕｃｏｓｅ）もしくは高血糖（ｈｙｐｅｒｇｌｙｃｅｍｉａ）、前糖尿病、糖尿病、２型糖尿病、メタボリック症候群、肥満およびインシュリン耐性を処置する方法である。
ある態様において、本発明は、ＰＴＰ１Ｂ発現の短いアンチセンス阻害剤を患者に投与することにより、患者における血糖値を下げるためのまたは患者における血糖値の上昇の発現を防ぐかもしくは遅らせるための組成物および方法を提供する。
ある態様において、本発明は、ＰＴＰ１Ｂ発現の短いアンチセンス阻害剤を患者に投与することにより、患者におけるインシュリン感受性を改善するためのまたは患者におけるインシュリン耐性の発現を防ぐかもしくは遅らせるための組成物および方法を提供する。
ある態様において、本発明は、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を患者に投与することにより、患者における代謝性症状を処置するためのまたは患者における代謝性症状の発現を防ぐかもしくは遅らせるための組成物および方法を提供する。そのような代謝性症状は、糖尿病および肥満が包含されるがこれらに限定されるものではないＰＴＰ１Ｂ発現と関連する任意の代謝性症状であることができる。また提供されるのは、脂肪症を減らす方法である。また提供されるのは、代謝速度が増加している肥満を処置する方法である。
ある態様において、患者は２型糖尿病を有する。ある態様において、患者は上昇したＨｂＡ１ｃレベルを示す。ある態様において、ＨｂＡ１ｃレベルは少なくとも約６％、少なくとも約７％、少なくとも約８％、少なくとも約９％、少なくとも約１０％もしくは少なくとも約１１％である。好ましい態様において、ＨｂＡ１ｃレベルは約７％にもしくは約７％未満に減少される。ある態様において、患者は上昇したボディマスインデックスを示す。ある態様において、上昇したボディマスインデックスは２５ｋｇ／ｍ２より大きい。ある態様において、患者は高血糖もしくは上昇した血糖値を示す。特定の態様において、血糖値は空腹時血糖値である。ある態様において、上昇した空腹時血糖値は少なくとも１３０ｍｇ／ｄＬである。ある態様において、患者は処置の開始の前に高血糖を示すかまたは約１３０ｍｇ／ｄＬを上回る空腹時血糖値、少なくとも約７％のベースラインＨｂＡ１ｃレベルもしくは２５ｋｇ／ｍ２より大きいボディマスインデックスまたはその任意の組み合わせを示す。
ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を投与することによる１つもしくはそれ以上のそのようなレベルを下げる方法が提供される。例えば、提供されるのは、ＰＴＰ１Ｂを標的とする短いアンチセンス化合物を患者に投与することにより患者における空腹時グルコースレベル、ＨｂＡ１ｃレベルもしくはボディマスインデックスレベルまたはその任意の組み合わせを下げる方法である。空腹時グルコースは空腹時血液グルコース、空腹時血清グルコースもしくは空腹時血漿グルコースであることができる。ある態様において、空腹時血漿グルコースレベルは、少なくとも約２５ｍｇ／ｄＬもしくは少なくとも約１０ｍｇ／ｄＬ減少される。ある態様において、該患者はインシュリン、スルホニル尿素もしくはメトホルミンのようなグルコース低下薬の治療処方計画で正常グルコースレベルを達成しない。
ある態様において、本発明は脂質レベルを改変する方法を提供する。あるそのような方法は、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を患者に投与することにより患者におけるコレステロール、ＬＤＬおよび／もしくはＶＬＤＬレベルまたはその任意の組み合わせを下げる。ある態様において、患者におけるＨＤＬレベルは、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を患者に投与することにより増加される。ある態様において、患者におけるＬＤＬ：ＨＤＬ比および／もしくは総コレステロール：ＨＤＬ比は、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を患者に投与することにより減少される。ある態様において、患者におけるＨＤＬ：ＬＤＬ比および／もしくはＨＤＬ：総コレステロール比は、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を患者に投与することにより増加される。ある態様において、患者における脂質プロフィールは、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を患者に投与することによって、ＨＤＬを増加すること、ＬＤＬを下げること、ＶＬＤＬを下げること、トリグリセリドを下げること、アポリポタンパク質Ｂレベルを下げることもしくは総コレステロールレベルを下げること、またはその組み合わせにより改善される。そのような態様において、患者はヒトを包含する動物である。
併用療法
ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物は１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤と共投与される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物と同じ疾患もしくは症状を処置するために設計される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物と異なる疾患もしくは症状を処置するために設計される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物の好ましくない効果を処置するために設計される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物は、その他の製薬学的薬剤の好ましくない効果を処置するために別の製薬学的薬剤と共投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は同時に投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は異なる時間で投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、単一の製剤において一緒に製造される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は別個に製造される。
ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤には、グルコース低下薬および治療が包含される。あるそのような態様において、グルコース低下薬はＰＰＡＲアゴニスト（ガンマ、デュアルもしくはパン）、ジペプチジルペプチダーゼ（ＩＶ）阻害剤、ＧＬＰ−１アナログ、インシュリンもしくはインシュリンアナログ、インシュリン分泌促進剤、ＳＧＬＴ２阻害剤、ヒトアミリンアナログ、ビグアニド、アルファ−グルコシダーゼ阻害剤、メグリチニド、チアゾリジンジオンもしくはスルホニル尿素である。
ある態様において、グルコース低下治療法はＧＬＰ−１アナログである。ある態様において、ＧＬＰ−１アナログはエキセンジン−４もしくはリラグルチドである。
別の態様において、グルコース低下治療法はスルホニル尿素である。ある態様において、スルホニル尿素はアセトヘキサミド、クロルプロパミド、トルブタミド、トラザミド、グリメピリド、グリピジド、グリブリドもしくはグリクラジドである。
ある態様において、グルコース低下薬はビグアニドである。ある態様において、ビグアニドはメトホルミンであり、そしてある態様において、血糖値はメトホルミン単独での処置後に認められる乳酸アシドーシスと比較した場合に増加した乳酸アシドーシスなしに減少される。
ある態様において、グルコース低下薬はメグリチニドである。ある態様において、メグリチニドはナテグリニドもしくはレパグリニドである。
ある態様において、グルコース低下薬はチアゾリジンジオンである。ある態様において、チアゾリジンジオンはピオグリタゾン、ロシグリタゾンもしくはトログリタゾンである。ある態様において、血糖値はロシグリタゾン処置単独で認められるよりも大きい体重増加なしに減少される。
ある態様において、グルコース低下薬はアルファ−グルコシダーゼ阻害剤である。ある態様において、アルファ−グルコシダーゼ阻害剤はアカルボースもしくはミグリトールである。
ある態様において、共投与されるグルコース低下薬はＩＳＩＳ １１３７１５である。
ある態様において、グルコース低下治療は治療的生活様式変化である。
ある態様において、グルコース低下薬は本発明の製薬学的組成物の投与の前に投与される。あるそのような態様において、グルコース低下薬は本発明の製薬学的組成物の投与の後に投与される。あるそのような態様において、グルコース低下薬は本発明の製薬学的組成物と同時に投与される。あるそのような態様において、共投与されるグルコース低下薬の用量は、グルコース低下薬が単独で投与される場合に投与される用量と同じである。あるそのような態様において、共投与されるグルコース低下薬の用量は、グルコース低下薬が単独で投与される場合に投与される用量より少ない。あるそのような態様において、共投与されるグルコース低下薬の用量は、グルコース低下薬が単独で投与される場合に投与される用量より多い。
ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤には脂質低下薬が包含される。そのような脂質低下薬は出願の他の所で説明されており、そしてＰＴＰ１Ｂに関してここで包含される。そのような脂質低下薬は、グルコース低下薬についての上記のとおり投与することができる。
ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含んでなる製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤には抗肥満薬治療法が包含される。そのような抗肥満薬治療法は、グルコース低下薬についての上記のとおり投与することができる。
さらに提供されるのは、注射によってＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を投与しそして注射部位で局所ステロイドを投与することをさらに含む方法である。
薬剤
また本明細書に提供されるのは、空腹時グルコースレベルを包含する血糖値、およびＨｂＡ１ｃレベル、ボディマスインデックスレベルもしくはその任意の組み合わせを下げるための薬剤の製造のためのＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用である。薬剤は、負荷期間および維持期間中に投与することができる。ある態様において、薬剤は皮下にもしくは静脈内に投与される。他の態様において、該薬剤の投与は少なくとも１日１回、少なくとも週に１回もしくは少なくとも月に１回行われる。特定の態様において、薬剤に存在する短いアンチセンス化合物は、より長い配列および特に２０個以上の核酸塩基の配列を有する短いアンチセンス化合物より低い用量で投与される。薬剤は、高血糖（ｈｉｇｈ ｂｌｏｏｄ ｇｌｕｃｏｓｅ）もしくは高血糖（ｈｙｐｅｒｇｌｙｃｅｍｉａ）、前糖尿病、糖尿病、２型糖尿病、メタボリック症候群、肥満およびインシュリン耐性を示す患者に投与することができる。
短いアンチセンス化合物の他の態様および利点は本明細書に提供される。本明細書にそして特に他の標的に関して開示される全ての態様および利点は、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を含む組成物およびそれらの使用方法に関して適用可能である。
ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とするある短いアンチセンス化合物
ある態様において、短いアンチセンス化合物は、配列番号：１１として本明細書に組み込まれるＧＥＮＢＡＮＫ(R)受託番号ＮＭ＿００２８２７．２の配列もしくは配列番号：１２として本明細書に組み込まれるＧＥＮＢＡＮＫ(R)受託番号ＮＴ＿０１１３６２．９の配列のヌクレオチド１４１７８０００〜１４２５６００を有するＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする。あるそのような態様において、配列番号：１１を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１１に少なくとも９０％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１１を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１１に少なくとも９５％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号：１１に１００％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１２を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１２に少なくとも９０％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１２を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１２に少なくとも９５％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１２を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１２に１００％相補的である。
ある態様において、配列番号：１１を標的とする短いアンチセンス化合物は、表１６および１７に記載されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。ある態様において、配列番号：１２を標的とする短いアンチセンス化合物は、表１８および１９に記載されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。
各表１６、１７、１８および１９に記載される各ヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への任意の修飾から独立している。そのようなものとして、表１６、１７、１８および１９に記載されるようなヌクレオチド配列を含んでなる短いアンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾を含んでなることができる。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ．）により記述されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列および糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾の組み合わせを示す。
表１６および１７は、配列番号：１１を標的とする短いアンチセンス化合物の例を示す。表１６は、配列番号：１１に１００％相補的である短いアンチセンス化合物を例示する。表１７は、配列番号：１１に対して１もしくは２個のミスマッチを有する短いアンチセンス化合物を例示する。表１８は、配列番号：１２に１００％相補的である短いアンチセンス化合物を例示する。表１９は、配列番号：１２に対して１もしくは２個のミスマッチを有する短いアンチセンス化合物を例示する。「ギャップマーモチーフ」と表示される縦列は、各々の短いアンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは２’−デオキシヌクレオチドを含んでなり、そして各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは２’−修飾糖を含んでなる。特定の２’−修飾糖もまた、「ギャップマーモチーフ」縦列に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は２−１０−２ギャップマーモチーフを意味し、ここで、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントには２ヌクレオチドのウィングセグメントが隣接し、ここで、ウィングセグメントのヌクレオチドは２’−ＭＯＥヌクレオチドである。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。短いアンチセンス化合物は、「非修飾シトシン」がギャップマーモチーフ縦列に記載される場合（この場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである）を除いて、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含んでなる。例えば、「ギャップのみにおいて５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有し、一方、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
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ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１７７〜１９０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１７７〜１９０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１７７〜１９０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列配列番号８８６、８５９もしくは８５３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１７７〜１９０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０２２、１４７０２３もしくは１４７０２４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１９５〜２２８である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１９５〜２２８を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１９５〜２２８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７７、８６８、８８２、８８６、８５９、８５３、８６５、８３５、８４３、８４６、８４２、８４８、８７４、８４９、８６３、８５５、８５０、８６４もしくは８３４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１９５〜２２８を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０１９、１４７０２０、１４７０２１、１４７０２２、１４７０２３、１４７０２４、１４７０２５、１４７０２６、１４７０２７、１４７０２８、１４７０７３、１４７０２９、１４７０３０、１４７０３６、１４７０３７、１４７０３８、１４７０３９、１４７０４０もしくは１４７０４１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド３２３〜３５３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド３２３〜３５３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３２３〜３５３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６６、８８１、８６９、８８３、８５８、８３３、８７５、８３７、８２９、８７１、８８４、８８７、８３９、８３０、８４０、８６１もしくは８７９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド３２３〜３５３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４２、１４７０４３、１４７０４４、１４７０４５、１４７０４６、１４７０４７、１４７０５１、１４７０５２、１４７０５３、１４７０５４、１４７０５５、１４７０５６、１４７０５７、１４７０５８、１４７０５９、１４７０６０もしくは１４７０６１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド３２２〜３５３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド３２２〜３５３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３２２〜３５３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４２、８６６、８８１、８６９、８８３、８５８、８３３、８７５、８３７、８２９、８７１、８８４、８８７、８３９、８３０、８４０、８６１もしくは８７９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド３２２〜３５３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０７３、１４７０４２、１４７０４３、１４７０４４、１４７０４５、１４７０４６、１４７０４７、１４７０５１、１４７０５２、１４７０５３、１４７０５４、１４７０５５、１４７０５６、１４７０５７、１４７０５８、１４７０５９、１４７０６０もしくは１４７０６１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６７９〜７９９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６７９〜７９９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６７９〜７９９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８３、８５８、８８３もしくは８５８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６７９〜７９９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４５、１４７０４６、１４７０４５もしくは１４７０４６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６７９〜８２７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６７９〜８２７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６７９〜８２７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８３、８５８、８８３、８５８もしくは８５１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６７９〜８２７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４５、１４７０４６、１４７０４５、１４７０４６もしくは１４７０６６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１０２４〜１０４６である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１０２４〜１０４６を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１０２４〜１０４６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４１、８６２、８８０、８５７、８５１、８７６、８３８、８６０、８７８、８５６、８３２もしくは８４２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１０２４〜１０４６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０６２、１４７０６３、１４７０６４、１４７０６５、１４７０６６、１４７０６７、１４７０６８、１４７０６９、１４７０７０、１４７０７１、１４７０７２もしくは１４７０７３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド９９２〜１０４６である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド９９２〜１０４６を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド９９２〜１０４６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８３１、８４１、８６２、８８０、８５７、８５１、８７６、８３８、８６０、８７８、８５６、８３２もしくは８４２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド９９２〜１０４６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ４０４１３１、１４７０６２、１４７０６３、１４７０６４、１４７０６５、１４７０６６、１４７０６７、１４７０６８、１４７０６９、１４７０７０、１４７０７１、１４７０７２もしくは１４７０７３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１８６８〜１８８１である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１８６８〜１８８１を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１８６８〜１８８１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８６、８５９もしくは８５３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１８６８〜１８８１を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０２２、１４７０２３もしくは１４７０２４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１８８６〜１９１９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１８８６〜１９１９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１８８６〜１９１９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７７、８６８、８８２、８８６、８５９、８６５、８４３、８４６、８７４、８６３、８５５、８６４もしくは８３４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１８８６〜１９１９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０１９、１４７０２０、１４７０２１、１４７０２２、１４７０２３、１４７０２５、１４７０２７、１４７０２８、１４７０３０、１４７０３７、１４７０３８、１４７０４０もしくは１４７０４１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１８６９〜１９１９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１８６９〜１９１９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１８６９〜１９１９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５９、８５３、８７７、８６８、８８２、８８６、８５９、８６５、８４３、８４６、８７４、８６３、８５５、８６４もしくは８３４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１８６９〜１９１９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０２３、１４７０２４、１４７０１９、１４７０２０、１４７０２１、１４７０２２、１４７０２３、１４７０２５、１４７０２７、１４７０２８、１４７０３０、１４７０３７、１４７０３８、１４７０４０もしくは１４７０４１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１９７６〜１９８９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１９７６〜１９８９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１９７６〜１９８９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８６、８５９もしくは８５３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１９７６〜１９８９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０２２、１４７０２３もしくは１４７０２４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１９９５〜２０２７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１９９５〜２０２７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１９９５〜２０２７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６８、８８２、８８６、８５９、８５３、８６５、８３５、８４３、８４６、８４８、８７４、８４９、８６３、８５５、８５０、８６４もしくは８３４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１９９５〜２０２７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０２０、１４７０２１、１４７０２２、１４７０２３、１４７０２４、１４７０２５、１４７０２６、１４７０２７、１４７０２８、１４７０２９、１４７０３０、１４７０３６、１４７０３７、１４７０３８、１４７０３９、１４７０４０もしくは１４７０４１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド２３６６〜２３８２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド２３６６〜２３８２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２３６６〜２３８２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６７もしくは８７３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド２３６６〜２３８２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ４０４１９９もしくは４０４１３４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６２２０〜６２３３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６２２０〜６２３３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６２２０〜６２３３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７０、８３６もしくは８４４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６２２０〜６２３３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３２、１４７０３３もしくは１４７０３４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６２８８〜６３００である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６２８８〜６３００を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６２８８〜６３００を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６９もしくは８８３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６２８８〜６３００を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ
１４７０４４もしくは１４７０４５から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６３２９〜６３４２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６３２９〜６３４２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６３２９〜６３４２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７０、８３６もしくは８４４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６３２９〜６３４２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３２、１４７０３３もしくは１４７０３４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６３９７〜６４０９であ
る。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６３９７〜６４０９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６３９７〜６４０９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６９もしくは８８３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６３９７〜６４０９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４４もしくは１４７０４５から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド７０５７〜７１７８である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド７０５７〜７１７８を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド７０５７〜７１７８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８３０、８４０、８６１、８３０もしくは８４０から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド７０５７〜７１７８を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０５８、１４７０５９、１４７０６０、１４７０５８もしくは１４７０５９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド８６３０〜８７５０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド８６３０〜８７５０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド８６３０〜８７５０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４３、８４６、８４３もしくは８４６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド８６３０〜８７５０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０２７、１４７０２８、１４７０２７もしくは１４７０２８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１０９５７〜１１０７７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１０９５７〜１１０７７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１０９５７〜１１０７７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８１、８６９、８８１もしくは８６９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１０９５７〜１１０７７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４３、１４７０４４、１４７０４３もしくは１４７０４４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１１６０５〜１１６２３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１１６０５〜１１６２３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１１６０５〜１１６２３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５６、８７８もしくは８５６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１１６０５〜１１６２３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０７１、１４７０７０もしくは１４７０７１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１２８０５〜１２８１７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１２８０５〜１２８１７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１２８０５〜１２８１７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７４もしくは８８５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１２８０５〜１２８１７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３０もしくは１４７０３１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１２９８６〜１２９９８である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１２９８６〜１２９９８を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１２９８６〜１２９９８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７４もしくは８８５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１２９８６〜１２９９８を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３０もしくは１４７０３１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１５５６０〜１５５７２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１５５６０〜１５５７２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１５５６０〜１５５７２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７６もしくは８３８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１５５６０〜１５５７２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０６７もしくは１４７０６８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド１７７８７〜１７９４１である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド１７７８７〜１７９４１を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド１７７８７〜１７９４１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７４もしくは８８０から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド１７７８７〜１７９４１を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３０もしくは１４７０６４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド２１１９０〜２１２０２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド２１１９０〜２１２０２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２１１９０〜２１２０２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４３もしくは８４６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド２１１９０〜２１２０２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０２７もしくは１４７０２８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド２１３５８〜２１３７０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド２１３５８〜２１３７０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２１３５８〜２１３７０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４３もしくは８４６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド２１３５８〜２１３７０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ ０１７０２７もしくは１４７０２８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド２４３１８〜２４３３２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド２４３１８〜２４３３２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２４３１８〜２４３３２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８１、８６９、８８３もしくは８５８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド２４３１８〜２４３３２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４３、１４７０４４、１４７０４５もしくは１４７０４６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド２４４８６〜２４５０１である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド２４４８６〜２４５０１を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２４４８６〜２４５０１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８１、８６９、８５８もしくは８３３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド２４４８６〜２４５０１を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４３、１４７０４４、１４７０４６もしくは１４７０４７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド２５０６５〜２５０７７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド２５０６５〜２５０７７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２５０６５〜２５０７７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６４もしくは８３４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド２５０６５〜２５０７７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４０もしくは１４７０４１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド２５２３２〜２５２４５である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド２５２３２〜２５２４５を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２５２３２〜２５２４５を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５０、８６４もしくは８３４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド２５２３２〜２５２４５を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３９、１４７０４０もしくは１４７０４１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド２５５０８〜２５５２３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド２５５０８〜２５５２３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２５５０８〜２５５２３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８３９もしくは８７９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド２５５０８〜２５５２３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０５７もしくは１４７０６１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド２５６７６〜２８８９０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド２５６７６〜２８８９０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド２５６７６〜２８８９０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８３９、８６０もしくは８７８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド２５６７６〜２８８９０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０５７、１４７０６９もしくは１４７０７０から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド３３０５６〜３３０６９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド３３０５６〜３３０６９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３３０５６〜３３０６９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６０、８７８もしくは８５６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド３３０５６〜３３０６９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０６９、１４７０７０もしくは１４７０７１から選択
される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド３３２０５〜３３２１７である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド３３２０５〜３３２１７を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３３２０５〜３３２１７を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７８もしくは８５６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド３３２０５〜３３２１７を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０７もしくは１４７０７１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド３３３１８〜３３３３４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド３３３１８〜３３３３４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３３３１８〜３３３３４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５８、８５４もしくは８７５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド３３３１８〜３３３３４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４６、１４７０４９もしくは１４７０５１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド３３４６６〜３３４８２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド３３４６６〜３３４８２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３３４６６〜３３４８２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５８、８３３もしくは８７５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド３３４６６〜３３４８２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４６、１４７０４７もしくは１４７０５１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド３３６４０〜３３６５６である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド３３６４０〜３３６５６を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３３６４０〜３３６５６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５８もしくは８７５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド３３６４０〜３３６５６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４６もしくは１４７０５１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド３３７８８〜３３８０４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド３３７８８〜３３８０４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３３７８８〜３３８０４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５８もしくは８７５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド３３７８８〜３３８０４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４６もしくは１４７０５１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド３５４３７〜３５４４９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド３５４３７〜３５４４９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド３５４３７〜３５４４９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４０もしくは８６１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド３５４３７〜３５４４９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０５９もしくは１４７０６０から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド４０３５３〜４０３７３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド４０３５３〜４０３７３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド４０３５３〜４０３７３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７９もしくは８８１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド４０３５３〜４０３７３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０６１もしくは１４７０４３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド４２５２７〜４２５４１である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド４２５２７〜４２５４１を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド４２５２７〜４２５４１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８５、８７０もしくは８４４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド４２５２７〜４２５４１を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３１、１４７０３２もしくは１４７０３４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド４２６７５〜４２６８９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド４２６７５〜４２６８９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド４２６７５〜４２６８９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８５、８７０、８３６もしくは８４４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド４２６７５〜４２６８９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３１、１４７０３２、１４７０３３もしくは１４７０３４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド４６３１３〜４６３２８である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド４６３１３〜４６３２８を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド４６３１３〜４６３２８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８３９、８３０、８４０もしくは８７９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド４６３１３〜４６３２８を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０５７、１４７０５８、１４７０５９もしくは１４７０６１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド４６４６１〜４６４７６である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド４６４６１〜４６４７６を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド４６４６１〜４６４７６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８３９、８４０もしくは８７９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド４６４６１〜４６４７６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０５７、１４７０５９もしくは１４７０６１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド４８３６９〜４８３８１である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド４８３６９〜４８３８１を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド４８３６９〜４８３８１を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４２もしくは８４
５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド４８３６９〜４８３８１を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０７３もしくは１４７０７４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド４８７１４〜４８７２６である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド４８７１４〜４８７２６を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド４８７１４〜４８７２６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４３もしくは８４６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド４８７１４〜４８７２６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０２７もしくは１４７０２８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド４９０５０〜４９０６２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド４９０５０〜４９０６２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド４９０５０〜４９０６２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７６もしくは８３８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド４９０５０〜４９０６２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０６７もしくは１４７０６８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド４９６７２〜４９６８４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド４９６７２〜４９６８４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド４９６７２〜４９６８４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４２もしくは８４５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド４９６７２〜４９６８４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０７３もしくは１４７０７４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド５２２９２〜５２３０４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド５２２９２〜５２３０４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５２２９２〜５２３０４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４９もしくは８６３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５２２９２〜５２３０４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３６もしくは１４７０３７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド５２４３８〜５２４５０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド５２４３８〜５２４５０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５２４３８〜５２４５０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４９もしくは８６３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５２４３８〜５２４５０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３６もしくは１４７０３７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド５３４４５〜５３４５８である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド５３４４５〜５３４５８を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５３４４５〜５３４５８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６６、８８１もしくは８６９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５３４４５〜５３４５８を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４２、１４７０４３もしくは１４７０４４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド５３５９１〜５３６０４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド５３５９１〜５３６０４を標的とする。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５３５９１〜５３６０４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６６、８７４、８８１、８８５もしくは８６９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５３５９１〜５３６０４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４２、１４７０３０、１４７０４３、１４７０３１もしくは１４７０４４から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド５３７３８〜５３７５０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド５３７３８〜５３７５０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５３７３８〜５３７５０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７４もしくは８８５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５３７３８〜５３７５０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３０もしくは１４７０３１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド５３７８３〜５３７９５である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド５３７８３〜５３７９５を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５３７８３〜５３７９５を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６４もしくは８３４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５３７８３〜５３７９５を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４０もしくは１４７０４１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド５５００８〜５５０２０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド５５００８〜５５０２０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５５００８〜５５０２０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６６もしくは８８１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５５００８〜５５０２０を標的とする短いアンチセンス化合物、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４２もしくは１４７０４３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド５５１５４〜５５１６６である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド５５１５４〜５５１６６を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５５１５４〜５５１６６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６６もしくは８８１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５５１５４〜５５１６６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４２もしくは１４７０４３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド５５６８２〜５５６９５である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド５５６８２〜５５６９５を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５５６８２〜５５６９５を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７７もしくは８８２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５５６８２〜５５６９５を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０１９もしくは１４７０２１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド５６２７５〜５６２９３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド５６２７５〜５６２９３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５６２７５〜５６２９３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７１、８８４、８８７、８３０、８４０、８６１もしくは８７９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５６２７５〜５６２９３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０５４、１４７０５５、１４７０５６、１４７０５８、１４７０５９、１４７０６０もしくは１４７０６１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド５６４１８〜５６４３９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド５６４１８〜５６４３９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５６４１８〜５６４３９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８７５、８２９、８７１、８８４、８８７、８３９、８３０もしくは８７９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５６４１８〜５６４３９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０５１、１４７０５３、１４７０５４、１４７０５５、１４７０５６、１４７０５７、１４７０５８もしくは１４７０６１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド５７２６４〜５７２７６である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド５７２６４〜５７２７６を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド５７２６４〜５７２７６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８３もしくは８５８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド５７２６４〜５７２７６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４５もしくは１４７０４６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６１２７６〜６１２９３である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６１２７６〜６１２９３を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６１２７６〜６１２９３を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５６、８４７、８４９、８６３、８５５、８５０もしくは８６４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６１２７６〜６１２９３を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０７１、１４７０３５、１４７０３６、１４７０３７、１４７０３８、１４７０３９もしくは１４７０４０から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６１２５７〜６１３２０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６１２５７〜６１３２０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６１２５７〜６１３２０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８１、８５６、８４７、８４９、８６３、８５５、８５０、８６４もしくは８８６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６１２５７〜６１３２０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４３、１４７０７１、１４７０３５、１４７０３６、１４７０３７、１４７０３８、１４７０３９、１４７０４０もしくは１４７０７１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６１４２２〜６１４３９である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６１４２２〜６１４３９を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６１４２２〜６１４３９を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４４、８４７、８４９、８６３、８５５もしくは８６４から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６１４２２〜６１４３９を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３４、１４７０３５、１４７０３６、１４７０３７、１４７０３８もしくは１４７０４０から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６１４２２〜６１４６６である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６１４２２〜６１４６６を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６１４２２〜６１４６６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４４、８４７、８４９、８６３、８５５、８６４もしくは８５６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６１４２２〜６１４６６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３４、１４７０３５、１４７０３６、１４７０３７、１４７０３８、１４７０４０もしくは１４７０７１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６３０６５〜６３０７８である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６３０６５〜６３０７８を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６３０６５〜６３０７８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５１もしくは８３８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６３０６５〜６３０７８を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０６６もしくは１４７０６８から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６３２０７〜６３２２２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６３２０７〜６３２２２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６３２０７〜６３２２２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４１もしくは８５１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６３２０７〜６３２２２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０６２もしくは１４７０６６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６４５３８〜６４５５０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６４５３８〜６４５５０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６４５３８〜６４５５０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４９もしくは８６３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６４５３８〜６４５５０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３６もしくは１４７０３７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６４８６４〜６４８７６である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６４８６４〜６４８７６を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６４８６４〜６４８７６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５１もしくは８７６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６４８６４〜６４８７６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０６６もしくは１４７０６７から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６５０１０〜６５０２８である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６５０１０〜６５０２８を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６５０１０〜６５０２８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５１、８７６もしくは８８３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６５０１０〜６５０２８を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０６６、１４７０６７もしくは１４７０４５から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６５１６３〜６５１７５である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６５１６３〜６５１７５を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６５１６３〜６５１７５を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８３もしくは８５８から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６５１６３〜６５１７５を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４５もしくは１４７０４６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６５４０８〜６５４２２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６５４０８〜６５４２２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６５４０８〜６５４２２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８３もしくは８５６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６５４０８〜６５４２２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０６８もしくは１４７０７１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６５５４９〜６５５６８である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６５５４９〜６５５６８を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６５５４９〜６５５６８を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６０、８３８もしくは８５６から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６５５４９〜６５５６８を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０６９、１４７０６８もしくは１４７０７１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６７７４１〜６７７５４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６７７４１〜６７７５４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６７７４１〜６７７５４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４８、８７４もしくは８８５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６７７４１〜６７７５４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０２９、１４７０３０もしくは１４７０３１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６７８８６〜６７９００である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６７８８６〜６７９００を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６７８８６〜６７９００を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８４６、８４８、８７４もしくは８８５から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６７８８６〜６７９００を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０２８、１４７０２９、１４７０３０もしくは１４７０３１から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６８８６７〜６８８８０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６８８６７〜６８８８０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６８８６７〜６８８８０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８１、８６９もしくは８８３から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６８８６７〜６８８８０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４３、１４７０４４もしくは１４７０４５から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６９０１３〜６９５３２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６９０１３〜６９５３２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６９０１３〜６９５３２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８８１、８６９、８８３、８５８、８５６、８３２もしくは８４２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６９０１３〜６９５３２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０４３、１４７０４４、１４７０４５、１４７０４６、１４７０７１、１４７０７２もしくは１４７０７３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド６９６６５〜６９８８０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド６９６６５〜６９８８０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド６９６６５〜６９８８０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５６、８３２、８４２、８４５もしくは８５１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド６９６６５〜６９８８０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０７１、１４７０７２、１４７０７３、１４７０７４もしくは１４７０６６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド７０６１１〜７０６３０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド７０６１１〜７０６３０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド７０６１１〜７０６３０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８５９、８４１、８６２、８８０、８５７もしくは８５１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド７０６１１〜７０６３０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０２３、１４７０６２、１４７０６３、１４７０６４、１４７０６５もしくは１４７０６６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド７０７６２〜７０７７６である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド７０７６２〜７０７７６を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド７０７６２〜７０７７６を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６２、８８０、８５７もしくは８５１から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド７０７６２〜７０７７６を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０６３、１４７０６４、１４７０６５もしくは１４７０６６から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド７０９９８〜７１０１０である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド７０９９８〜７１０１０を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド７０９９８〜７１０１０を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８３２もしくは８４２から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド７０９９８〜７１０１０を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０７２もしくは１４７０７３から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド７１１４４〜７１４３６４である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド７１１４４〜７１４３６４を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド７１１４４〜７１４３６４を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８３２、８４２、８４５、８６３、８５５もしくは８５０から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド７１１４４〜７１４３６４を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０７２、１４７０７３、１４７０７４、１４７０３７、１４７０３８もしくは１４７０３９から選択される。
ある態様において、標的領域は配列番号：１１のヌクレオチド７１４９７〜７１６５２である。ある態様において、短いアンチセンス化合物は配列番号：１１のヌクレオチド７１４９７〜７１６５２を標的とする。あるそのような態様において、ヌクレオチド７１４９７〜７１６５２を標的とする短いアンチセンス化合物は、配列番号８６３、８５５、８５０もしくは８７９から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。あるそのような態様において、配列番号：１１のヌクレオチド７１４９７〜７１６５２を標的とする短いアンチセンス化合物は、Ｉｓｉｓ Ｎｏ １４７０３７、１４７０３８、１４７０３９もしくは１４７０６１から選択される。
ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８〜１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１４ヌクレオチドの長さである。ある態様において、そのような短いアンチセンス化合物は短いアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は短いギャップマーである。あるそのような態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いギャップマーは、化合物の１つもしくはそれ以上のウィングに少なくとも１個の高親和性修飾を含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、各ウィングに１〜３個の高親和性修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのヌクレオシドもしくはヌクレオチドは２’修飾を含んでなる。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはＢＮＡである。あるそのような態様において、ウィングのモノマーはα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡおよびオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡから選択される。ある態様において、ウィングのモノマーはアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）およびＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（ここで、各ＲｍおよびＲｎは独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである）から選択される２’位での置換基を含んでなる。ある態様において、ウィングのモノマーは２’ＭＯＥヌクレオチドである。
ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、５’ウィングと３’ウィングとの間にギャップを含んでなる。ある態様において、ギャップは５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３もしくは１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾デオキシリボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップのモノマーは非修飾リボヌクレオチドである。ある態様において、ギャップ修飾（もしあれば）ギャップは、その標的核酸に結合した場合に、リボヌクレアーゼＨが包含されるがこれに限定されるものではないリボヌクレアーゼによる切断をサポートする短いアンチセンス化合物をもたらす。
ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は均一なモノマー結合を有する。あるそのような態様において、それらの結合は全てホスホロチオエート結合である。ある態様において、結合は全てホスホジエステル結合である。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は混合バックボーンを有する。
ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は８個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１１個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１３個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１４個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１５個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１６個のモノマーの長さである。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は９〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１０〜１５個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４個のモノマーを含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は１２〜１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなる。
ある態様において、本発明はＰＴＰ１Ｂの発現を調節する方法を提供する。ある態様において、そのような方法はＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物の使用を含んでなり、ここで、ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は約８〜約１６、好ましくは９〜１５、より好ましくは９〜１４、より好ましくは１０〜１４個のモノマー（すなわち、約８〜約１６個の連結モノマー）である。当業者は、これには８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５もしくは１６個のモノマーのＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物を用いてＰＴＰ１Ｂの発現を調節する方法が包含されることを理解する。
ある態様において、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、８個のモノマーの長さであるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、９個のモノマーの長さであるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、１０個のモノマーの長さであるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、１１個のモノマーの長さであるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、１２個のモノマーの長さであるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、１３個のモノマーの長さであるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、１４個のモノマーの長さであるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、１５個のモノマーの長さであるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂを調節する方法は、１６個のモノマーの長さであるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
ある態様において、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節する方法は、９〜１５個のモノマーを含んでなるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節する方法は、１０〜１５個のモノマーを含んでなるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節する方法は、１２〜１４個のモノマーを含んでなるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。ある態様において、ＰＴＰ１Ｂの発現を調節する方法は、１２もしくは１４ヌクレオチドもしくはヌクレオシドを含んでなるＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の使用を含んでなる。
１０．ＰＴＥＮ
ある態様において、本発明はＰＴＥＮをコードする核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を提供する。ある態様において、そのような化合物は細胞におけるＰＴＥＮ発現を調節するために用いられる。あるそのような態様において、ＰＴＥＮ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は動物に投与される。ある態様において、ＰＴＥＮ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物はＰＴＥＮを研究するために、あるヌクレアーゼを研究するためにそして／もしくはアンチセンス活性を評価するために有用である。あるそのような態様において、ＰＴＥＮ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物はあるモチーフおよび／もしくは化学修飾を評価するために有用である。ある態様において、動物へのＰＴＥＮ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の投与は測定可能な表現型変化をもたらす。
ＰＴＥＮを標的とする短いアンチセンス化合物は、本明細書に一般に記述される短いアンチセンス化合物の任意の１つもしくはそれ以上の性質もしくは特性を有することができる。ある態様において、ＰＴＥＮ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は、１−１２−１、１−１−１０−２、２−１０−１−１、３−１０−３、２−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、１−１０−２、３−８−３、２−８−２、１−８−１、３−６−３もしくは１−６−１、より好ましくは１−１０−１、２−１０−２、３−１０−３および１−９−２から選択されるモチーフ（ウィング−デオキシギャップ−ウィング）を有する。
ＰＴＥＮ核酸を標的とするある短いアンチセンス化合物
ある態様において、短いアンチセンス化合物は、配列番号：１４として本明細書に組み込まれるＧＥＮＢＡＮＫ(R)受託番号ＮＭ＿０００３１４．４の配列を有するＰＴＥＮ核酸を標的とする。ある態様において、短いアンチセンス化合物は、配列番号：１５として本明細書に組み込まれるＧＥＮＢＡＮＫ(R)受託番号ＮＴ＿０３３８９０．３の配列のヌクレオチド８０６３２５５〜８１６７１４０の配列を有するＰＴＥＮ核酸を標的とする。あるそのような態様において、配列番号：１４を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１４に少なくとも９０％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１４を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１４に少なくとも９５％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１４を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１４に１００％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１５を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１５に少なくとも９０％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１５を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１５に少なくとも９５％相補的である。あるそのような態様において、配列番号：１５を標的とする短いアンチセンス化合物は配列番号：１５に１００％相補的である。
あるそのような態様において、配列番号：１４を標的とする短いアンチセンス化合物は、表２０および２１に記載されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。ある態様において、配列番号：１５を標的とする短いアンチセンス化合物は、表２２および２３に記載されるヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含んでなる。
表２０、２１、２２および２３に記載される各ヌクレオチド配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への任意の修飾から独立している。そのようなものとして、表２０、２１、２２および２３に記載されるようなヌクレオチド配列を含んでなる短いアンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾を含んでなることができる。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ．）により記述されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列および糖部分、ヌクレオシド間結合もしくは核酸塩基への１つもしくはそれ以上の修飾の組み合わせを示す。
表２０は、配列番号：１４に１００％相補的である短いアンチセンス化合物を例示する。表２２は、配列番号：１５に１００％相補的である短いアンチセンス化合物を例示する。「ギャップマーモチーフ」と表示される縦列は、各々の短いアンチセンス化合物のウィング−ギャップ−ウィングモチーフを示す。ギャップセグメントは２’−デオキシヌクレオチドを含んでなり、そして各ウィングセグメントの各ヌクレオチドは２’−修飾糖を含んでなる。特定の２’−修飾糖もまた、「ギャップマーモチーフ」縦列に示される。例えば、「２−１０−２ ＭＯＥ」は２−１０−２ギャップマーモチーフを意味し、ここで、１０個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントには２ヌクレオチドのウィングセグメントが隣接し、ここで、ウィングセグメントのヌクレオチドは２’−ＭＯＥヌクレオチドである。ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。短いアンチセンス化合物は、「非修飾シトシン」がギャップマーモチーフ縦列に記載される場合（この場合、示されるシトシンは非修飾シトシンである）を除いて、非修飾シトシンの代わりに５−メチルシチジンを含んでなる。例えば、「ギャップのみにおいて５−ｍＣ」は、ギャップセグメントが５−メチルシトシンを有し、一方、ウィングセグメントは非修飾シトシンを有することを示す。
２’−修飾ヌクレオチドおよび略語には：２’−Ｏ−メトキシエチル（ＭＯＥ）；２’−Ｏ−メチル（ＯＭｅ）；２’−Ｏ−（２，２，３，３，３−ペンタフルオロプロピル）（ＰｅｎｔａＦ）；２’−Ｏ−［（２−メトキシ）エチル］−４’−チオ（２’−ＭＯＥ−４’−チオ）；（Ｒ）−ＣＭＯＥ−ＢＮＡが包含される。表２０および２２に例示されるように、ウィングは２’置換基のタイプより多くを含んでなるモノマーを含んでなることができる。例えば、１−２−１０−２ ＭＯＥ／ＰｅｎｔａＦ／ＭＯＥは、１個のＭＯＥ修飾ヌクレオチド、続いて２個のＰｅｎｔａＦ修飾ヌクレオチド、続いて１０個のデオキシヌクレオチドのギャップ、続いて２個のＰｅｎｔａＦ修飾ヌクレオチドを示す。例えば、１−１−１０−２ ２’−（ブチルアセトミド）−パルミタミド メチレンオキシＢＮＡ／メチレンオキシＢＮＡは、最も５’のヌクレオチドが２’−（ブチルアセトミド）−パルミタミドであり、２番目のヌクレオチドがメチレンオキシＢＮＡヌクレオチドであり、そして３’ウィングがメチレンオキシＢＮＡであることを示す。他に示されない限り、シトシンは５−メチルシトシンであり、そしてヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。
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塩、プロドラッグおよび生物学的同等物
本明細書に提供されるアンチセンス化合物は、任意の製薬学的に許容しうる塩、エステルもしくはそのようなエステの塩、またはヒトを包含する動物への投与の際に生物学的に活性の代謝物もしくはその残留物を与えることができる（直接もしくは間接的に）任意の他の機能的化学同等物を含んでなる。従って、例えば、本開示はまたアンチセンス化合物のプロドラッグおよび製薬学的に許容しうる塩、そのようなプロドラッグの製薬学的に許容しうる塩、および他の生物学的同等物に関する。
「プロドラッグ」という用語は、内因性酵素、化学物質および／もしくは条件の作用により体もしくはその細胞内で活性形態（すなわち、薬剤）に転化される不活性もしくは活性の低い形態で製造される治療薬を示す。特に、オリゴヌクレオチドのプロドラッグバージョンはＷＯ ９３／２４５１０もしくはＷＯ ９４／２６７６４に開示される方法に従ってＳＡＴＥ（（Ｓ−アセチル−２−チオエチル）ホスフェート）誘導体として製造される。プロドラッグにはまた、一方もしくは両方の末端が、活性化合物を生成せしめるために切断される核酸塩基を含んでなる（例えば、末端でホスホジエステルバックボーン結合を導入することにより）アンチセンス化合物を包含することもできる。ある態様において、１つもしくはそれ以上の非薬剤部分は活性形態を生成せしめるためにプロドラッグから切断される。あるそのような態様において、そのような非薬剤部分はヌクレオチドもしくはオリゴヌクレオチドではない。
「製薬学的に許容しうる塩」という用語は、本明細書に記述される化合物の生理学的にそして製薬学的に許容しうる塩、すなわち、親化合物の所望の生物学的活性を保持しそしてそれに好ましくない毒物学的作用を与えない塩をさす。アンチセンスオリゴヌクレオチドのナトリウム塩は有用であり、そしてヒトへの治療的投与のために一般に認められている。
ある態様において、二本鎖核酸（ｄｓＲＮＡ化合物が包含されるがこれらに限定されるものではない）のナトリウム塩が包含されるがこれらに限定されるものではない塩もまた提供される。
Ｇ．ある製薬学的組成物
ある態様において、本発明の製薬学的組成物は１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物および１つもしくはそれ以上の賦形剤を含んでなる。あるそのような態様において、賦形剤は水、塩溶液、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトース、アミラーゼ、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、流動パラフィン、ヒドロキシメチルセルロースおよびポリビニルピロリドンから選択される。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物は混合、溶解、造粒、糖衣錠製造、研和、乳化、カプセル封入、封入もしくは錠剤化方法が包含されるがこれらに限定されるものではない既知の技術を用いて製造される。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物は液体（例えば、懸濁剤、エリキシル剤および／もしくは液剤）である。そのような態様のあるものにおいて、液状製薬学的組成物は、水、グリコール、油、アルコール、香料、防腐剤および着色剤が包含されるがこれらに限定されるものではない当該技術分野において既知である成分を用いて製造される。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物は固体（例えば、散剤、錠剤および／もしくはカプセル剤）である。そのような態様のあるものにおいて、１つもしくはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含んでなる固形製薬学的組成物は、澱粉、糖、希釈剤、造粒剤、潤滑剤、結合剤および崩壊剤が包含されるがこれらに限定されるものではない当該技術分野において既知である成分を用いて製造される。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物はデポー製剤として調合される。あるそのようなデポー製剤は、典型的に非デポー製剤より長く作用している。ある態様において、そのような製剤は埋め込み（例えば皮下にもしくは筋肉内に）によりもしくは筋肉内注射により投与される。ある態様において、デポー製剤は適当なポリマーもしくは疎水性材料（例えば許容しうる油中のエマルジョン）またはイオン交換樹脂を用いて、あるいは難溶性誘導体として、例えば難溶性塩として製造される。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物は送達系を含んでなる。送達系の例には、リポソームおよびエマルジョンが包含されるがこれらに限定されるものではない。ある送達系は、疎水性化合物を含んでなるものを包含するある製薬学的組成物を製造するために有用である。ある態様において、ジメチルスルホキシドのようなある有機溶媒が用いられる。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物は本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的薬剤を特定の組織もしくは細胞タイプに送達するために設計された１つもしくはそれ以上の組織特異的送達分子を含んでなる。例えば、ある態様において、製薬学的組成物には組織特異的抗体で被覆されたリポソームが包含される。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物は共溶媒系を含んでなる。そのような共溶媒系のあるものは、例えば、ベンジルアルコール、非極性界面活性剤、水混和性有機ポリマーおよび水相を含んでなる。ある態様において、そのような共溶媒系は疎水性化合物に用いられる。そのような共溶媒系の限定されない例は、３％ ｗ／ｖのベンジルアルコール、８％ ｗ／ｖの非極性界面活性剤ポリソルベート８０．ＴＭ．および６５％ ｗ／ｖのポリエチレングリコール３００を含んでなる無水エタノールの溶液であるＶＰＤ共溶媒系である。そのような共溶媒系の割合は、それらの溶解性および毒性特性を有意に改変することなしにかなり変えることができる。さらに、共溶媒成分の同一性は変えることができ：例えば、他の界面活性剤をポリソルベート８０．ＴＭ．の代わりに用いることができ；ポリエチレングリコールの画分サイズを変えることができ；他の生体適合性ポリマーによりポリエチレングリコールを置換することができ、例えばポリビニルピロリドン；そして他の糖もしくは多糖をデキストロースの代わりに用いることができる。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物は持続放出系を含んでなる。そのような持続放出系の限定されない例は、固形疎水性ポリマーの半透性マトリックスである。ある態様において、持続放出系は、それらの化学的性質により、数時間、数日、数週もしくは数ヶ月の期間にわたって製薬学的薬剤を放出することができる。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物は経口投与用に製造される。そのような態様のあるものにおいて、製薬学的組成物は、１つもしくはそれ以上のオリゴヌクレオチドを１つもしくはそれ以上の製薬学的に許容しうる担体と合わせることにより調合される。そのような担体のあるものは、患者による経口摂取のために、製薬学的組成物が錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル剤、液体、ゲル、シロップ剤、スラリー、懸濁剤などとして調合されることを可能にする。ある態様において、経口使用のための製薬学的組成物は、オリゴヌクレオチドおよび１つもしくはそれ以上の固形賦形剤を混合することにより得られる。適当な賦与剤には充填剤、例えばラクトース、ショ糖、マンニトールもしくはソルビトールを包含する糖；例えばトウモロコシ澱粉、コムギ澱粉、コメ澱粉、ジャガイモ澱粉、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ナトリウムカルボキシメチルセルロースおよび／もしくはポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）のようなセルロース調製物が包含されるがこれらに限定されるものではない。ある態様において、そのような混合物は場合により粉砕され、そして助剤は場合により加えられる。ある態様において、製薬学的組成物は錠剤もしくは糖衣錠コアを得るように形成される。ある態様において、崩壊剤（例えば、架橋ポリビニルピロリドン、寒天、またはアルギン酸もしくはアルギン酸ナトリウムのようなその塩）が加えられる。
ある態様において、糖衣錠コアはコーティングを与えられる。あるそのような態様において、濃縮糖溶液を用いることができ、それは場合によりアラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カーボポールゲル、ポリエチレングリコールおよび／もしくは二酸化チタン、ラッカー溶液および適当な有機溶媒もしくは溶媒混合物を含んでなることができる。染料もしくは色素を錠剤もしくは糖衣錠コーティングに加えることができる。
ある態様において、経口投与のための製薬学的組成物はゼラチンでできている押し込み式カプセル剤である。そのような押し込み式カプセル剤のあるものは、ラクトースのような１つもしくはそれ以上の充填剤、澱粉のような結合剤および／またはタルクもしくはステアリン酸マグネシウムのような潤滑剤ならびに場合により安定剤と混合した本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的薬剤を含んでなる。ある態様において、経口投与のための製薬学的組成物はゼラチンおよびグリセロールもしくはソルビトールのような可塑剤でできているソフト密閉カプセル剤である。あるソフトカプセル剤において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的薬剤は、脂肪油、流動パラフィンもしくは液体ポリエチレングリコールのような適当な液体に溶解されるかもしくは懸濁される。さらに、安定剤を加えることができる。
ある態様において、製薬学的組成物は口腔投与用に製造される。そのような製薬学的組成物のあるものは、従来の方法で調合される錠剤もしくはロゼンジである。
ある態様において、製薬学的組成物は注射（例えば、静脈内、皮下、筋肉内など）による投与用に製造される。そのような態様のあるものにおいて、製薬学的組成物は担体を含んでなり、そして水またはハンクス溶液、リンガー溶液もしくは生理食塩水バッファーのような生理的に適合するバッファーのような水溶液において調合される。ある態様において、他の成分が含まれる（例えば、溶解性を促進するかもしくは防腐剤として働く成分）。ある態様において、注射可能な懸濁剤は適切な液状担体、沈殿防止剤などを用いて製造される。注射用のある製薬学的組成物は単位投与形態物において、例えばアンプルにおいてもしくは複数投与容器において与えられる。注射用のある製薬学的組成物は、油性もしくは水性賦形剤における懸濁剤、液剤もしくは乳剤であり、そして沈殿防止剤、安定剤および／もしくは分散剤のような調合剤を含んでなることができる。注射用の製薬学的組成物における使用に適当なある溶媒には、親油性溶媒および脂肪油、例えばゴマ油、合成脂肪酸エステル、例えばオレイン酸エチルもしくはトリグリセリド、およびリポソームが包含されるがこれらに限定されるものではない。水性注射懸濁剤は、ナトリウムカルボキシメチルセルロース、ソルビトールもしくはデキストランのような、懸濁剤の粘度を増加する物質を含んでなることができる。場合により、そのような懸濁剤はまた適当な安定剤もしくは高濃縮溶液の製造を可能にするために製薬学的薬剤の溶解性を増加する薬剤を含んでなることもできる。
ある態様において、製薬学的組成物は経粘膜投与用に製造される。そのような態様のあるものにおいて、通過する障壁に適切な浸透剤が製剤において用いられる。そのような浸透剤は、当該技術分野において一般に既知である。
ある態様において、製薬学的組成物は、吸入による投与用に製造される。吸入用のそのような製薬学的組成物のあるものは、加圧パックもしくは噴霧器におけるエアロゾルスプレーの形態で製造される。そのような製薬学的組成物のあるものは推進剤、例えばジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素もしくは他の適当なガスを含んでなる。加圧エアロゾルを用いるある態様において、投与単位は定量を送達する弁で決定されることができる。ある態様において、吸入器もしくは吹送器における使用のためのカプセル剤およびカートリッジを調合することができる。そのような製剤のあるものは、本発明の製薬学的薬剤およびラクトースもしくは澱粉のような適当な粉末ベースの粉末混合物を含んでなる。
ある態様において、製薬学的組成物は座薬もしくは停留浣腸のような直腸投与用に製造される。そのような製薬学的組成物のあるものは、ココアバターおよび／もしくは他のグリセリドのような既知の成分を含んでなる。
ある態様において、製薬学的組成物は局所投与用に製造される。そのような製薬学的組成物のあるものは、軟膏もしくはクリームのような無刺激性の（ｂｌａｎｄ）保湿ベースを含んでなる。典型的な適当な軟膏ベースには、石油、石油に加えて揮発性シリコーン、ラノリンおよびＢｅｉｅｒｓｄｏｒｆ（Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉ，Ｏｈｉｏ）から入手可能なＥｕｃｅｒｉｎ．ＴＭ．のような油中水滴型エマルジョンが包含されるがこれらに限定されるものではない。典型的な適当なクリームベースには、Ｂｅｉｅｒｓｄｏｒｆ（Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉ，Ｏｈｉｏ）から入手可能なＮｉｖｅａ．ＴＭ．Ｃｒｅａｍ、コールドクリーム（ＵＳＰ）、Ｊｏｈｎｓｏｎ ＆ Ｊｏｈｎｓｏｎ（Ｎｅｗ Ｂｒｕｎｓｗｉｃｋ，Ｎ．Ｊ．）から入手可能なＰｕｒｐｏｓｅ Ｃｒｅａｍ．ＴＭ．、親水性軟膏（ＵＳＰ）およびＰｆｉｚｅｒ（Ｍｏｒｒｉｓ Ｐｌａｉｎｓ，Ｎ．Ｊ．）から入手可能なＬｕｂｒｉｄｅｒｍ．ＴＭ．が包含されるがこれらに限定されるものではない。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物は治療的に有効な量のオリゴヌクレオチドを含んでなる。ある態様において、治療的に有効な量は、疾患の症状を防ぐか、軽減するかもしくは改善するためにまたは処置する患者の生存を延長するために十分である。治療的に有効な量の決定は、当業者の能力の十分に範囲内である。
ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の短いアンチセンス化合物はプロドラッグとして調合される。ある態様において、インビボ投与の際に、プロドラッグは短いアンチセンス化合物の生物学的に、製薬学的にもしくは治療的により活性の形態に化学的に転化される。ある態様において、プロドラッグは、対応する活性形態より投与するのが容易であるのでそれらは有用である。例えば、ある場合において、プロドラッグは対応する活性形態より生物学的に利用可能であることができる（例えば経口投与によって）。ある場合において、プロドラッグは、対応する活性形態と比較して改善された溶解性を有することができる。ある態様において、プロドラッグは、対応する活性形態より水に溶けにくい。ある場合において、そのようなプロドラッグは、水溶性が移動性にとって不利である細胞膜を越える優れた送達を有する。ある態様において、プロドラッグはエステルである。あるそのような態様において、エステルは投与の際にカルボン酸に代謝的に加水分解される。ある場合において、カルボン酸含有化合物は対応する活性形態である。ある態様において、プロドラッグは酸基に結合した短いペプチド（ポリアミノ酸）を含んでなる。そのような態様のあるものにおいて、対応する活性形態を生成せしめるためにペプチドは投与の際に切断される。
ある態様において、プロドラッグは、活性化合物がインビボ投与の際に再生されるように製薬学的に活性の化合物を修飾することにより製造される。プロドラッグは、薬剤の代謝安定性もしくは輸送特性を改変するために、副作用もしくは毒性をマスクするために、薬剤の風味を改善するためにまたは薬剤の他の特性もしくは性質を改変するために設計することができる。インビボにおける薬力学プロセスおよび薬剤代謝の知識に基づいて、当業者は、いったん製薬学的に活性の化合物が既知であると、化合物のプロドラッグを設計することができる（例えば、Ｎｏｇｒａｄｙ（１９８５）Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ａ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，３８８−３９２頁を参照）。
ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的薬剤を含んでなる製薬学的組成物は、哺乳類における、そして特にヒト、患者における症状もしくは障害を処置するために有用である。適当な投与経路には経口、直腸、経粘膜、腸（ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ）、腸（ｅｎｔｅｒａｌ）、局所、座薬、吸入による、髄腔内、脳室内、腹腔内、鼻腔内、眼球内および非経口（例えば、静脈内、筋肉内、髄内および皮下）が包含されるがこれらに限定されるものではない。ある態様において、製薬学的髄腔内投与（ｉｎｔｒａｔｈｅｃａｌｓ）は、全身よりむしろ局所暴露を得るために投与される。例えば、製薬学的組成物は、所望の効果の領域において（例えば、腎臓もしくは心臓領域において）直接注射することができる。
ある態様において、短いアンチセンス化合物は、それらの親オリゴヌクレオチドと比較して、それらを経口投与に特に適するようにする。ある態様において、短いアンチセンス化合物は、それらの親オリゴヌクレオチドと比較して増加した効能を有するのでそれらの親オリゴヌクレオチドより経口投与によく適している。ある態様において、短いアンチセンス化合物は、それらの親オリゴヌクレオチドと比較して優れた安定性、生物学的利用能もしくは溶解特性を有するのでそれらの親オリゴヌクレオチドより経口投与によく適している。
さらなる態様において、製薬学的薬剤は、適当な希釈剤、例えば注射用滅菌水で再構成される滅菌凍結乾燥オリゴヌクレオチドである。再構成生成物は、食塩水への希釈後に皮下注射としてもしくは静脈内注入として投与される。凍結乾燥薬剤生成物は、製造中に酸もしくは塩基でｐＨ７．０〜９．０に調整される、注射用水において製造されそして次に凍結乾燥されているオリゴヌクレオチドからなる。凍結乾燥オリゴヌクレオチドは、２５〜８００ｍｇのオリゴヌクレオチドであることができる。これには２５、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４２５、４５０、４７５、５００、５２５、５５０、５７５、６００、６２５、６５０、６７５、７００、７２５、７５０、７７５および８００ｍｇの凍結乾燥オリゴヌクレオチドが包含されることが理解される。凍結乾燥薬剤生成物は、２ｍＬのＴｙｐｅ Ｉ、透明ガラスバイアル（硫酸アンモニウム処理）に包装し、ブロモブチルゴム栓で栓をし、そしてアルミニウムＦＬＩＰ−ＯＦＦ(R)オーバーシール（ｏｖｅｒｓｅａｌ）で密閉することができる。
本発明の組成物は、それらの当該技術分野で確立された使用レベルで、製薬学的組成物に通常存在する他の補助成分をさらに含んでなることができる。従って、例えば、組成物は例えばかゆみ止め薬、収斂剤、局所麻酔薬もしくは抗炎症薬のような追加の適合する製薬学的に活性の物質を含んでなることができ、または染料、香料、防腐剤、酸化防止剤、乳白剤、増粘剤および安定剤のような、本発明の組成物の様々な投与形態物を物理的に調合することにおいて有用な追加の物質を含んでなることができる。しかしながら、そのような物質は、加える場合、本発明の組成物の成分の生物学的活性を過度に妨げるべきではない。製剤を滅菌し、そして所望に応じて助剤、例えば、製剤のオリゴヌクレオチド（１つもしくは複数）と有害に相互作用しない、潤滑剤、防腐剤、安定剤、湿潤剤、乳剤、浸透圧に影響を与えるための塩、バッファー、着色剤、香料および／もしくは芳香族物質などと混合することができる。
本明細書に提供されるアンチセンス化合物はまた、他の分子、分子構造もしくは化合物の混合物と混合するか、封入するか、コンジュゲーションするかもしくはそうでなければ会合することもできる。
また本明細書に記述されるのは、本明細書に提供されるアンチセンス化合物を含む製薬学的組成物および製剤である。製薬学的組成物は、局所もしくは全身処置が所望されるかどうかそして処置する領域により多数の方法で投与することができる。好ましい態様において、投与は口および／もしくは鼻により、例えば粉末もしくはエアロゾルの噴霧、吸入もしくは吹送により、気道、特に肺の表面に局所的である。
単位投与形態物において都合よく与えることができる、本明細書に記述される製薬学的製剤は、製薬産業において周知である通常の技術に従って製造することができる。そのような技術には、製薬学的担体（１つもしくは複数）もしくは賦形剤（１つもしくは複数）と有効成分を会合させる段階を含む。一般に、製剤は液状担体、微粉化固形担体もしくは両方と有効成分を均一にそして密接に会合させ、そして次に必要に応じて生成物を成形する（例えば送達のための特定の粒径に）ことにより製造される。好ましい態様において、製薬学的製剤は吸入器、鼻送達装置、噴霧器および肺送達用の他の装置を用いる送達のための所望の直径の液滴の形成を可能にする担体もしくは他の薬剤で、適切な溶媒、例えば水もしくは生理食塩水において、場合により滅菌製剤において、肺投与用に製造される。あるいはまた、製薬学的製剤は乾燥粉末吸入器における使用のための乾燥粉末として調合することができる。
「製薬学的担体」もしくは「賦形剤」は、製薬学的に許容しうる溶媒、沈殿防止剤または個体に１つもしくはそれ以上の核酸を送達するための任意の他の薬理学的に不活性の賦形剤であることができ、そして当該技術分野において既知である。賦形剤は液体もしくは固体であることができ、そして核酸および既定の製薬学的組成物の他の成分と合わせた場合に、所望のかさ、稠度などを与えるように、計画された投与方法を考慮して選択される。
Ｈ．ある治療的使用
ある態様において、アンチセンス化合物はヒトのような動物における標的遺伝子の発現を調節するために使用される。ある態様において、そのような化合物は代謝性疾患を処置するかまたは１つもしくはそれ以上の疾患指標を調節するために使用することができる。例えば、該方法は、標的遺伝子の発現を調節するアンチセンス化合物の有効量を標的遺伝子と関連する疾患もしくは症状について治療を必要とする該動物に投与する段階を含んでなる。標的ＲＮＡの発現もしくは発現のタンパク質生成物を効果的に調節する本明細書に提供されるアンチセンス化合物は、活性アンチセンス化合物と考えられる。活性アンチセンス化合物にはまた、その例が以下に記述される代謝性および心臓血管疾患指標を包含する多数の疾患指標の１つもしくはそれ以上を効果的に調節する化合物も包含される。
標的遺伝子の発現の調節は、動物の細胞；組織；もしくは臓器を含有するかもしくはしない可能性がある体液において測定することができる。体液（例えば、唾液、血清、尿）、組織（例えば生検）もしくは臓器のような分析用のサンプルを得る方法および分析を可能にするサンプルの調製方法は当業者に周知である。ＲＮＡおよびタンパク質レベルの分析方法は上記に説明され、そして当業者に周知である。処置の効果は、当該技術分野において既知である日常的な臨床方法により、本明細書に記述される１つもしくはそれ以上の化合物と接触させた動物から集めた、前述の液、組織もしくは臓器における標的遺伝子発現と関連する、バイオマーカーもしくは疾患指標を測定することにより評価することができる。これらのバイオマーカーには：肝臓トランスアミナーゼ、ビリルビン、アルブミン、血液尿素窒素、クレアチンならびに腎臓および肝臓機能の他のマーカー；インターロイキン、腫瘍壊死因子、細胞内接着分子、Ｃ反応性タンパク質、ケモカイン、サイトカインおよび炎症の他のマーカーが包含されるがこれらに限定されるものではない。本明細書に提供されるアンチセンス化合物は、適当な製薬学的に許容しうる希釈剤もしくは担体に化合物の有効量を加えることにより製薬学的組成物において利用することができる。許容しうる担体および希釈剤は、当業者に周知である。希釈剤もしくは担体の選択は、化合物の溶解性および投与の経路が包含されるがこれらに限定されるものではない多数の因子に基づく。そのような考慮事項は、当業者によりよく理解される。１つの態様において、本明細書に記述されるアンチセンス化合物は、標的遺伝子の発現を阻害する。化合物はまた、標的遺伝子に関連する疾患および障害の処置のための薬剤の製造において用いることもできる。
体液、臓器もしくは組織を本明細書に提供されるアンチセンス化合物もしくは組成物の１つもしくはそれ以上の有効量と接触させる方法もまた意図される。体液、臓器もしくは組織は化合物の１つもしくはそれ以上と接触させることができ、体液、臓器もしくは組織の細胞における標的遺伝子発現の調節をもたらす。有効量は、当業者に日常的な方法により標的核酸もしくはそれらの生成物に対するアンチセンス化合物もしくは複数の化合物または組成物の調節効果をモニターすることにより決定することができる。
共投与
ある態様において、２つもしくはそれ以上のアンチセンス化合物は共投与される。ある態様において、製薬学的組成物は第一の核酸を標的とする１つもしくはそれ以上のアンチセンス化合物、特にオリゴヌクレオチド、および第二の核酸標的を標的とする１つもしくはそれ以上のアンチセンス化合物を含む。それらのアンチセンス化合物の１つもしくはそれ以上は、短いアンチセンス化合物であることができる。ある態様において、製薬学的組成物は同じ核酸標的の異なる領域を標的とする２つもしくはそれ以上のアンチセンス化合物を含む。そのようなアンチセンス化合物の１つもしくはそれ以上は、短いアンチセンス化合物であることができる。２つもしくはそれ以上の組み合わせた化合物は、一緒にもしくは順次用いることができる。
ある態様において、１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物は１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤と共投与される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物と同じ疾患もしくは症状を処置するために設計される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物と異なる疾患もしくは症状を処置するために設計される。ある態様において、そのような１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物の望ましくない効果を処置するために設計される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物は、その他の製薬学的薬剤の望ましくない効果を処置するために別の製薬学的薬剤と共投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は同時に投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は異なる時間で投与される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は単一の製剤において一緒に製造される。ある態様において、本発明の１つもしくはそれ以上の製薬学的組成物および１つもしくはそれ以上の他の製薬学的薬剤は別個に製造される。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤には脂質低下薬が包含される。あるそのような態様において、本発明の製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤には、アトルバスタチン、シンバスタチン、ロスバスタチンおよびエゼチミブが包含されるがこれらに限定されるものではない。あるそのような態様において、脂質低下薬は本発明の製薬学的組成物の投与の前に投与される。あるそのような態様において、脂質低下薬は本発明の製薬学的組成物の投与の後に投与される。あるそのような態様において、脂質低下薬は本発明の製薬学的組成物と同時に投与される。あるそのような態様において、共投与される脂質低下薬の用量は、脂質低下薬が単独で投与される場合に投与される用量と同じである。あるそのような態様において、共投与される脂質低下薬の用量は、脂質低下薬が単独で投与される場合に投与される用量より少ない。あるそのような態様において、共投与される脂質低下薬の用量は、脂質低下薬が単独で投与される場合に投与される用量より多い。
ある態様において、共投与される脂質低下薬はＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤である。あるそのような態様において、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤はスタチンである。あるそのような態様において、スタチンはアトルバスタチン、シンバスタチン、プラバスタチン、フルバスタチンおよびロスバスタチンから選択される。ある態様において、共投与される脂質低下薬はコレステロール吸収阻害剤である。あるそのような態様において、コレステロール吸収阻害剤はエゼチミブである。ある態様において、共投与される脂質低下薬は共調合されるＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤およびコレステロール吸収阻害剤である。あるそのような態様において、共調合される脂質低下薬はエゼチミブ／シンバスタチンである。ある態様において、共投与される脂質低下薬はミクロソームトリグリセリド輸送タンパク質阻害剤である。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤は胆汁酸抑制薬である。あるそのような態様において、胆汁酸抑制薬はコレスチラミン、コレスチポルおよびコレセベラムから選
択される。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤はニコチン酸である。あるそのような態様において、ニコチン酸は即時放出ニコチン酸、徐放性ニコチン酸および持続放出ニコチン酸から選択される。
ある態様において、共投与される製薬学的薬剤はフィブリン酸である。あるそのような態様において、フィブリン酸はゲムフィブロジル、フェノフィブレート、クロフィブレート、ベザフィブレートおよびシプロフィブレートから選択される。
本発明の製薬学的組成物と共投与することができる製薬学的薬剤のさらなる例には、プレドニゾンが包含されるがそれに限定されるものではないコルチコステロイド；静脈内免疫グロブリン（ＩＶＩｇ）が包含されるがそれに限定されるものではない免疫グロブリン；鎮痛剤（例えばアセトアミノフェン）；非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ＣＯＸ−１阻害剤およびＣＯＸ−２阻害剤）が包含されるがこれらに限定されるものではない抗炎症薬；サリチル酸塩；抗生物質；抗ウイルス薬；抗真菌薬；抗糖尿病薬（例えば、ビグアニド、グルコシダーゼ阻害剤、インシュリン、スルホニル尿素およびチアゾリジンジオン（ｔｈｉａｚｏｌｉｄｅｎｅｄｉｏｎｅ）；アドレナリン作動性修飾因子；利尿薬；ホルモン（例えば、アナボリックステロイド、アンドロゲン、エストロゲン、カルシトニン、プロゲスチン、ソマトスタチン（ｓｏｍａｔｏｓｔａｎ）および甲状腺ホルモン）；免疫モジュレーター；筋肉弛緩剤；抗ヒスタミン剤；骨粗鬆症薬（例えば、ビスホスホネート（ｂｉｐｈｏｓｐｈｏｎａｔｅ）、カルシトニンおよびエストロゲン）；プロスタグランジン、抗腫瘍薬；精神治療薬；鎮静剤；ウルシもしくはドクウルシ生成物；抗体；ならびにワクチンが包含されるがこれらに限定されるものではない。
ある態様において、本発明の製薬学的組成物は脂質低下療法と併せて投与することができる。あるそのような態様において、脂質低下療法は治療的生活様式変化である。あるそのような態様において、脂質低下療法はＬＤＬアフェレーシスである。
Ｉ．キット、研究試薬および診断
本明細書に提供されるアンチセンス化合物は診断用に、そして研究試薬およびキットとして利用することができる。さらに、特異性を有して遺伝子発現を阻害するかもしくは遺伝子発現を調節することができるアンチセンス化合物は、特定の遺伝子の機能を解明するためにもしくは生物学的経路の様々なメンバーの機能間を区別するために当業者により用いられることが多い。
キットおよび診断における使用のために、本明細書に記述されるアンチセンス化合物は、単独でまたは他の化合物もしくは治療法と組み合わせて、細胞および組織内で発現される遺伝子の一部もしくは全補完物の発現パターンを解明するために差分および／もしくは組み合わせ解析における手段として用いることができる。遺伝子発現分析の方法は、当業者に周知である。
Ｊ．短いアンチセンス化合物のある利点
ある態様において、短いアンチセンス化合物はそれらの親オリゴヌクレオチドと比較した場合に利点を有する。例えば、ある態様において、短いアンチセンス化合物は、それらの親オリゴヌクレオチドより標的核酸に対する大きい親和性を有する。ある態様において、短いアンチセンス化合物はそれらの親オリゴヌクレオチドよりインビトロで大きい効能を有する。あるそのような態様において、その増加したインビトロ効能は増加した親和性により完全に説明されるわけではない。ある態様において、そのような増加したインビトロ効能は、細胞に侵入する短いアンチセンス化合物の増加した能力および／もしくは細胞における標的核酸にアクセスする増加した能力に起因し得る。ある態様において、短いアンチセンス化合物はそれらの親オリゴヌクレオチドよりインビボで大きい効能を有する。ある態様において、そのようなより大きいインビボ効能は、増加したインビトロ効能もしくは増加した親和性に起因しない。ある態様において、短いアンチセンス化合物は、インビトロ効能にもしくは親和性に基づいて予測されるよりもそれらの親オリゴヌクレオチドと比較してさらに大きいインビボ効能を有する。ある態様において、そのような増加したインビボ効能は増加した生物学的利用能、細胞へのより優れた侵入、細胞に入った時点での標的核酸へのより優れたアクセス、もしくは他の因子に起因し得る。
ある態様において、短いアンチセンス化合物はそれらの親オリゴヌクレオチドと比較してそれらの標的核酸に対する特異性が低いと予想される。あるそのような態様において、短いアンチセンス化合物からの、有毒作用の可能性を包含する、増加した副作用が予想される。ある態様において、そのような追加の副作用は認められない。ある態様において、特定の短いアンチセンス化合物が結合し得る非標的核酸は、短いアンチセンス化合物に利用可能でない。そのような態様において、毒性を包含する副作用は予測されるより問題となることが少ない。
ある態様において、短いアンチセンス化合物はより小さいので、それらはタンパク質に結合する可能性が低い。あるそのような態様において、タンパク質結合は好ましくない結果を有し得るので、タンパク質のそのようなより少ない結合はより低い毒性をもたらす。ある態様において、タンパク質のそのようなより少ない結合は、治療効果に利用可能なより多くのアンチセンス化合物を残すので、より大きい効能をもたらす。ある態様において、タンパク質のより少ない結合は、減少した薬剤−薬剤相互作用毒性をもたらす。
限定されない開示および引用することによる組み込み
本明細書に記述されるある化合物、組成物および方法は、ある態様に従って特に記述されているが、以下の実施例は本明細書に記述される化合物を説明するためだけに役立ち、そしてそれらを限定するものではない。本願に引用される参考文献、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号などの各々は、その全部が引用することにより本明細書に組み込まれる。
細胞培養および短いアンチセンス化合物での処置
標的核酸発現への短いアンチセンス化合物の効果は、多数の培養もしくは初代細胞系のいずれか１つにおいて試験することができる。細胞系は、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）のような公的に利用可能な供給源から得ることができる。細胞は、当業者に周知である方法に従って培養される。
細胞が適切な密集度に到達すると、それらを記載のとおりＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ(R)を用いてオリゴヌクレオチドで処置した。細胞が６５〜７５％の密集度に到達すると、それらをオリゴヌクレオチドで処置した。オリゴヌクレオチドを所望の濃度のオリゴヌクレオチドおよび１００ｎＭのオリボヌクレオチド当たり２．５もしくは３μｇ／ｍＬのＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ(R)濃度を得るためにＯｐｔｉ−ＭＥＭ(R)−１血清低減培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）においてＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ(R)（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）と混合した。このトランスフェクション混合物を室温で約０．５時間インキュベーションした。９６ウェルプレートにおいて培養した細胞では、ウェルを１００μＬのＯＰＴＩ−ＭＥＭ(R)−１で１回洗浄し、そして次に１３０μＬのトランスフェクション混合物で処置した。２４ウェルプレートもしくは他の標準的な組織培養プレートにおいて培養した細胞は、適切な容量の培地およびオリゴヌクレオチドを用いて、同様に処置した。細胞を処置し、そしてデータを二重反復もしくは三重反復で得た。
３７℃で約４〜７時間の処置の後に、トランスフェクション混合物を含有する培地を新しい培養培地で置き換えた。オリゴヌクレオチド処置の１６〜２４時間後に細胞を採取した。
特定の細胞系の最適なオリゴマー化合物濃度を決定するためにコントロールオリゴヌクレオチドを使用する。さらに、オリゴマー化合物をオリゴマー化合物スクリーニング実験もしくは表現型アッセイにおいて試験する場合、コントロールオリゴヌクレオチドを並行して試験する。
使用するオリゴヌクレオチドの濃度は、細胞系によって異なる。特定の細胞系の最適なオリゴヌクレオチド濃度を決定するために、細胞を一連の濃度で陽性コントロールオリゴヌクレオチドで試験する。標的ｍＲＮＡの８０％阻害をもたらす陽性コントロールオリゴヌクレオチドの濃度を次にその細胞系のその後の実験における新規オリゴヌクレオチドのスクリーニング濃度として利用する。８０％の阻害が得られない場合、標的ｍＲＮＡの６０％の阻害をもたらす陽性コントロールオリゴヌクレオチドの最も低い濃度を次にその細胞系のその後の実験におけるオリゴヌクレオチドスクリーニング濃度として利用する。６０％の阻害が得られない場合、その特定の細胞系はオリゴヌクレオチドトランスフェクション実験に不適当と見なされる。本明細書において使用するアンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度は、リポソーム試薬を用いてアンチセンスオリゴヌクレオチドがトランスフェクションされる場合には５０ｎＭ〜３００ｎＭ、そして電気穿孔によりアンチセンスオリゴヌクレオチドがトランスフェクションされる場合には１ｎＭ〜４０ｎＭである。
標的ｍＲＮＡレベルのリアルタイム定量的ＲＮＡ分析
標的ｍＲＮＡレベルの定量は、製造業者の使用説明書に従ってＡＢＩ ＰＲＩＳＭ(R)
７６００、７７００もしくは７９００配列検出システム（ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を用いてリアルタイム定量的ＰＣＲにより行った。
定量的ＰＣＲ分析の前に、測定する標的遺伝子に特異的なプライマー−プローブセットをＧＡＰＤＨ増幅反応で「多重化される」それらの能力に関して評価した。単離後にＲＮＡを順次逆転写酵素（ＲＴ）反応およびリアルタイムＰＣＲに供し、これらは両方とも同じウェルにおいて行われる。ＲＴおよびＰＣＲ試薬は、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）から入手した。ＲＴ、リアルタイムＰＣＲは、２０μＬのＰＣＲカクテル（２．５ｘＰＣＲバッファーマイナスＭｇＣｌ２、６．６ｍＭ ＭｇＣｌ２、各３７５μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＣＴＰおよびｄＧＴＰ、各３７５ｎＭのフォワードプライマーおよびリバースプライマー、１２５ｎＭのプローブ、４ユニットのリボヌクレアーゼ阻害剤、１．２５ユニットのＰＬＡＴＩＮＵＭ(R) Ｔａｑ、５ユニットのＭｕＬＶ逆転写酵素および２．５ｘ ＲＯＸ染料）を３０μＬの全ＲＮＡ溶液（２０〜２００ｎｇ）を含有する９６ウェルプレートに加えることにより同じものにおいて実施した。ＲＴ反応は、４８℃で３０分間のインキュベーションにより実施した。ＰＬＡＴＩＮＵＭ(R) Ｔａｑを活性化するための９５℃で１０分のインキュベーションの後に、４０サイクルの２段階ＰＣＲプロトコルを実施した：９５℃１５秒間（変性）、続いて６０℃１．５分間（アニーリング／伸長）。
ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより得られる遺伝子標的量は、その発現が一定である遺伝子、ＧＡＰＤＨの発現レベルを用いて、もしくはＲｉｂｏＧｒｅｅｎ(R)（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）を用いて全ＲＮＡを定量することにより正規化した。ＧＡＰＤＨ発現は標的と同時に行われ、多重化することにより、もしくは別個に、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより定量した。全ＲＮＡは、ＲｉｂｏＧｒｅｅｎ(R) ＲＮＡ定量試薬（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）を用いて定量した。
１７０μＬのＲｉｂｏＧｒｅｅｎ(R)ワーキング試薬（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１ｍＭ ＥＤＴＡ、ｐＨ７．５に１：３５０希釈したＲｉｂｏＧｒｅｅｎ(R)試薬）を３０μＬの精製された細胞ＲＮＡを含有する９６ウェルプレートにピペットで取った。プレートを４８５ｎｍでの励起および５３０ｎｍでの発光でＣｙｔｏＦｌｕｏｒ(R) ４０００（ＰＥ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）において読み取った。
ＧＡＰＤＨ ＰＣＲプローブは、５’末端に共有結合したＪＯＥおよび３’末端に共有結合したＴＡＭＲＡもしくはＭＧＢを有し、ここで、ＪＯＥは蛍光レポーター色素であり、そしてＴＡＭＲＡもしくはＭＧＢは消光色素である。ある細胞タイプにおいて、異なる種からのＧＡＰＤＨ配列に対して設計されたプライマーおよびプローブをＧＡＰＤＨ発現を測定するために使用する。例えば、ヒトＧＡＰＤＨプライマーおよびプローブセットをサル由来の細胞および細胞系におけるＧＡＰＤＨ発現を測定するために使用する。
リアルタイムＰＣＲにおける使用のためのプローブおよびプライマーを日常的な方法を用いて標的核酸にハイブリダイズするように設計した。例えば、ＰｒｉｍｅｒＥｘｐｒｅｓｓ(R)（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）ソフトウェアは、リアルタイムＰＣＲにおける使用のためのプローブおよびプライマーを設計するために日常的に使用される。プライマーおよびプローブ配列ならびにそれらがハイブリダイズする標的核酸の例を表２４に提示する。標的特異的ＰＣＲプローブは、５’末端に共有結合したＦＡＭおよび３’末端に共有結合したＴＡＭＲＡもしくはＭＧＢを有し、ここで、ＦＡＭは蛍光色素であり、そしてＴＡＭＲＡもしくはＭＧＢは消光色素である。
Figure 2009536039
Figure 2009536039
ＡｐｏＢ核酸を標的としそして２’−ＭＯＥもしくはメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物
６週齢のオスＢａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に週に２回の頻度で３週間、ＡｐｏＢを標的とするアンチセンス化合物を腹腔内（ｉ．ｐ．）注射した。アンチセンス化合物用量には、２．４、１．２、０．６、０．３および０．１５μｍｏｌ／ｋｇが包含された。１４ヌクレオチドの長さのアンチセンス化合物では、これらの用量はそれぞれ約１２、６、３、１．５もしくは０．７５ｍｇ／ｋｇに等しい。図２５に示されるのは、本研究において使用したアンチセンス化合物の配列およびモチーフである。アンチセンス化合物は２０もしくは１４ヌクレオチドのいずれかの長さであり、そして２’−Ｏ−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）もしくはＢＮＡ修飾「ウィング」を有するウィングが隣接する１０個の２’−デオキシヌクレオチドからなる中央の「ギャップ」領域を有する。例えば、２−１０−２ ＭＯＥギャップマーモチーフは、２’−ＭＯＥ修飾を有する２ヌクレオチドのウィングが隣接する１０ヌクレオチドのギャップを有するアンチセンス化合物を示す。ボールド体の残基は２’−Ｏ−メトキシエチル部分を示し、そしてイタリック体の残基はメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡを示す。各化合物のヌクレオシド間結合は、全体にわたってホスホロチオエートである。ＩＳＩＳ １４７７６４およびＩＳＩＳ ３７２９３８の全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンで置換される。ＩＳＩＳ ３８７４６２では、化合物のウィングにおけるシトシン残基のみが５−メチルシトシンで置換される。ＡｐｏＢアンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＸＭ＿１３７９５５．５（配列番号：２）を包含
する公的に利用可能なＡｐｏＢ−１００配列を標的とする。
Figure 2009536039
最後の注射の後４８時間で、マウスを殺してトランスアミナーゼ（表２６）；肝臓および腎臓重量（表２７）；トリグリセリド、ＬＤＬ、ＨＤＬおよび遊離脂肪酸レベル（表２８）；肝臓における標的ｍＲＮＡレベル（表２９）；血漿における標的タンパク質レベル；ならびにオリゴヌクレオチド組織濃度（表３０）を評価した。これらの終点は、本明細書に記述されそして当業者に周知である方法を用いて決定した。
Figure 2009536039
Figure 2009536039
総体重および飼料消費は、食塩水処置もしくはオリゴヌクレオチド処置動物間で有意に異ならなかった。グルコースレベルもまた、全ての処置群間で同様であった。
Figure 2009536039
Figure 2009536039
ＩＳＩＳ ３８７４６２での処置は、トリグリセリド、総コレステロール、ＨＤＬ、ＬＤＬおよび遊離脂肪酸の有意なそして用量依存的減少をもたらした。これらの表現型結果に従って、ＩＳＩＳ ３８７４６２での処置はまたマウス血漿におけるＡｐｏＢ ｍＲＮＡ（表２９）およびタンパク質（示されない）レベルの用量依存的減少ももたらした。メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡギャップマーでの認められる効率の増加はオリゴヌクレオチド蓄積の増加に起因するかどうかを決定するために、肝臓および腎臓における全長および総オリゴヌクレオチド濃度を決定した。
Figure 2009536039
２−１０−２メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡギャップマーのレベルは、腎臓において５−１０−５および２−１０−２ ＭＯＥギャップマーと同様であったが、肝臓において有意に減少していた。肝臓におけるＩＳＩＳ ３８７４６２のＥＣ５０は、ＡｐｏＢ ｍＲＮＡの阻害に対して肝臓におけるオリゴヌクレオチド濃度を比較することにより決定した。ＩＳＩＳ ３８７４６２の概算ＥＣ５０は１μＭである。対照的に、有効な５−１０−５ ＭＯＥギャップマー化合物は、典型的に肝臓において約１５μＭのＥＣ５０を有する。
総合すると、これらの結果は、ウィングにメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）を有するＡｐｏＢ短いギャップマーが標的ｍＲＮＡ発現の強力な阻害剤であり、そしてトリグリセリド、コレステロールおよび遊離脂肪酸を効果的に減少できることを示す。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーに対して、同様なレベルの化合物が腎臓において認められ、そして減少したレベルが肝臓において見出されたので、短いアンチセンス化合物の効能は増加した組織蓄積の結果ではないように思われる。さらに、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡギャップマーは、ほとんどないし全く不都合な副作用を示さなかった。
ＧＣＧＲ核酸を標的としそして２’−ＭＯＥ修飾を有する短いアンチセンス化合物
８週齢のオスＣ５７／ＢＬ６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ
Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に６．２５、１２．５、２５もしくは５０ｍｇの濃度で腹腔内注射によりＧＣＧＲオリゴヌクレオチドの単回投与を与えた。各投与群は、４匹の動物からなった。表３１に示されるのは、本研究において使用したＧＣＧＲアンチセンス化合物の配列、モチーフおよびコンジュゲートである。ボールド体の残基は、２’−Ｏ−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）部分を示す。全ての化合物は全体にわたってホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含んでなり、そして各シトシンは５−メチルシトシンで置換される。ＩＳＩＳ ３８６６２６、ＩＳＩＳ ３８６６２７およびＩＳＩＳ ３８６６２８は、ジアミド結合を介して糖の２’−Ｏ位に結合したＣ１６コンジュゲート基をさらに含んでなる（２’−ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）（ＣＨ２）４Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）−（ＣＨ２）１５ＣＨ３）。ＧＣＧＲアンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋ(R)受託番号ＢＣ０３１８８５．１（配列番号：７）を包含する公開されたＧＣＧＲ配列を標的とする。
Figure 2009536039
注射後４８時間でマウスを殺して血清トランスアミナーゼレベル（表３２）；肝臓、白色脂肪組織（ＷＡＴ）、脾臓および腎臓重量（表３３）；コレステロール、トリグリセリドおよびグルコースレベル（表３４）；ＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベル（表３５〜４１）；ならびに肝臓および腎臓における全長および総オリゴヌクレオチド濃度（表４２）を決定した。終点は、本明細書に記述されそして当業者に周知である方法を用いて評価した。処置前採血（前採血）および処置後採血（後採血）からのデータが含まれる。
Figure 2009536039
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全体で、ＧＣＧＲアンチセンス化合物はほとんどないし全く不都合な副作用を示さなかった。
Figure 2009536039
５−１０−５ ＭＯＥギャップマーに対して、ＧＣＧＲ ２−１０−２ ＭＯＥギャップマーはより低い後採血トリグリセリドレベルへの傾向を示し、ＩＳＩＳ ３８６６２８およびＩＳＩＳ ３８６５９４は最も大きい用量依存的効果を有した。グルコースレベルもまた、ＩＳＩＳ ３８６６２６およびＩＳＩＳ ３８６６２７での処置後に用量依存的に減少した。ＩＳＩＳ ３８６６２８、ＩＳＩＳ ３８６５９３およびＩＳＩＳ ３８６５９４での処置もまた一般に後採血グルコースレベルの減少をもたらした。コレステロールレベルは、処置群間で有意に異ならないように思われた。
上記に示される表現型変化がＧＣＧＲ ｍＲＮＡの減少と相関関係があるかどうかを決定するために、処置動物を本明細書に記述される方法に従ってリアルタイムＰＣＲにより肝臓における標的ｍＲＮＡのレベルについて評価した。表３５〜４１は、標的発現へのそれらの効果に関するＧＣＧＲ核酸を標的とするアンチセンス化合物の直接比較からの結果を示す。結果は、食塩水コントロールのパーセントとして表される。
Figure 2009536039
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２−１０−２ ＭＯＥギャップマーでの処置は、ＧＣＧＲ ｍＲＮＡ発現の有意な用量依存的減少をもたらした。ＩＳＩＳ ３８６６２６は、標的ｍＲＮＡの最も大きい減少を示した。短いアンチセンス化合物での認められる効率の増加がアンチセンス化合物蓄積の増加に起因するかどうかを決定するために、肝臓および腎臓における全長および総アンチセンス化合物濃度を決定した。
Figure 2009536039
表４２に示される結果は、Ｃ１６コンジュゲートを含んでなる短いアンチセンス化合物が肝臓および腎臓の両方においてアンチセンス化合物蓄積の有意な増加を示すことを明示する。しかしながら、標的ｍＲＮＡ、トリグリセリドおよびグルコースレベルを減らすことに有効であったＩＳＩＳ ３８６５９３は、肝臓において５−１０−５ ＭＯＥギャップマーと同様のレベルまで、そして腎臓ではより低いレベルまで蓄積する。これらの結果は、Ｃ１６でのコンジュゲーションは肝臓および腎臓アンチセンス化合物濃度を増加することができるが、それは短いアンチセンス化合物の効果を完全に説明するわけではないことを示唆する。
総合すると、これらの結果は、ＧＣＧＲ短いアンチセンス化合物が、トリグリセリドおよびグルコースレベルも下げながら標的ｍＲＮＡ発現を有意に阻害することができることを示す。さらに、ＩＳＩＳ ３８６６２７を除いて、短いＭＯＥギャップマーはほとんどないし全く有毒作用を示さなかった。
ＧＣＧＲ核酸を標的としそして２’−ＭＯＥおよびメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物
８週齢のオスＣ５７／ＢＬ６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に１０、３．２、１および０．３２μｍｏｌ．ｋｇの濃度で腹腔内（ｉ．ｐ．）注射によりＧＣＧＲアンチセンス化合物の単回投与を与えた。各投与群は４匹の動物からなった。表４３に示されるのは、本研究において使用したＧＣＧＲアンチセンス化合物の配列、モチーフおよびコンジュゲートである。ボールド体の残基は２’−Ｏ−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）修飾を示し、そしてイタリック体の残基はメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を示す。全てのアンチセンス化合物は全体にわたってホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含んでなり、そして各シトシンは５−メチルシトシンで置換される。ＧＣＧＲアンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋ(R)受託番号ＢＣ０３１８８５．１（配列番号：７）を包含する公開されたＧＣＧＲ配列を標的とする。
Figure 2009536039
上記に示される表現型変化がＧＣＧＲ ｍＲＮＡの減少と相関関係があるかどうかを決定するために、処置動物を本明細書に記述される方法に従ってＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより肝臓における標的ｍＲＮＡのレベルについて評価した。表４４は、標的発現へのそれらの効果に関するＧＣＧＲ核酸を標的とするアンチセンス化合物の直接比較からの結果を示す。結果は、食塩水コントロールのパーセントとして表される。
Figure 2009536039
表４４に示されるように、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する各短いアンチセンス化合物はＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベルの用量依存的減少を示した。さらに、短いアンチセンス化合物は、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーより標的減少に有効であった。ウィングにメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡを含んでなる各短いアンチセンス化合物は、食塩水コントロールおよびＩＳＩＳ １４８３６４処置の両方に対してＧＣＧＲタンパク質の有意な減少をもたらした。次に、各アンチセンスの概算ＥＤ５０濃度をＧｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍを用いて計算し；ＥＤ５０は５０％のｍＲＮＡ減少が認められる用量である。結果を表４５において以下に示す。
Figure 2009536039
ＰＴＥＮ核酸を標的としそしてメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物
６週齢のオスＢａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に８μｍｏｌ／ｋｇの用量でＰＴＥＮアンチセンス化合物の単回のｉ．ｐ．注射を与えた。各投与群は４匹の動物からなった。表４６に示されるのは、本研究に使用したＰＴＥＮアンチセンス化合物の配列およびモチーフである。ボールド体の残基は２’−Ｏ−メトキシエチル部分（２’−ＭＯＥ）を示し、そしてイタリック体の残基はメチレンオキシ ＢＮＡヌクレオチドを示す。各アンチセンス化合物は、全体にわたってホスホロチオエート結合を含んでなる。さらに、ＩＳＩＳ ３８４０７３のギャップにおけるそしてＩＳＩＳ ３９２０５６、ＩＳＩＳ ３９２０５７、ＩＳＩＳ ３９２０６１およびＩＳＩＳ ３９２０６３のウィングにおけるシトシン残基は５−メチルシトシンで置換される。アンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号Ｕ９２４３７．１（配列番号：１３）を包含する公開されたＰＴＥＮ核酸を標的とする。
Figure 2009536039
注射後７２時間でマウスを殺して本明細書に記述されそして当業者に周知である方法に従って血清トランスアミナーゼレベル（表４７）；肝臓および脾臓重量（表４７）；ならびに肝臓、腎臓および脂肪におけるＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベル（表４８）を決定した。
Figure 2009536039
全体で、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物はほとんどないし全く不都合な効果を示さなかった。さらに、総体重は処置群間で有意に異ならなかった。
Figure 2009536039
表４８に示されるように、ＰＴＥＮ核酸を標的とする各アンチセンス化合物は、食塩水処置およびコントロール処置動物と比較した場合に肝臓における標的ｍＲＮＡレベルの有意な減少をもたらした。アンチセンス化合物は、腎臓および脂肪における標的ｍＲＮＡレベルへの様々な効果を有した。
ＰＴＥＮ核酸を標的としそしてＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物
６週齢のオスＢａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に８、４、２もしくは１μｍｏｌ／ｋｇの用量でＰＴＥＮ核酸を標的とするアンチセンス化合物の単回腹腔内（ｉ．ｐ．）注射を与えた。各投与群は４匹の動物からなった。表４９に示されるのは、本研究において使用した各アンチセンス化合物の配列、ウィング化学およびモチーフである。ボールド体の残基は２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオチドを示し、イタリック体の文字はメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を示す。全てのアンチセンス化合物は、各位置でホスホロチオエート結合を含んでなる。ＩＳＩＳ １１６８４７の各シトシンおよびＩＳＩＳ ３９２０６３のメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡウィングにおけるシトシン残基は５−メチルシトシンで置換され、一方、ＩＳＩＳ ３９２７４５のメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡウィングにおけるチミジン残基は５−メチルチミジンで置換される。アンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号Ｕ９２４３７．１（配列番号：１３）を包含する公開されたＰＴＥＮ核酸を標的とする。
Figure 2009536039
注射後７２時間でマウスを殺して血清トランスアミナーゼレベル（表５０）；肝臓、腎臓および脾臓重量（表５０）；肝臓におけるＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベル（表５１）；および概算ＥＤ５０オリゴヌクレオチド濃度（表５２）を決定した。これらの終点は、本明細書に記述されそして当業者に周知である方法を用いて測定した。
Figure 2009536039
全体で、ＰＴＥＮアンチセンス化合物は毒性の有意な兆候を示さなかった。腎臓、肝臓および脾臓重量は全て正常範囲内であった。総体重は処置群間で有意に異ならなかった。
Figure 2009536039
表５１に示されるように、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する各短いアンチセンス化合物はＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベルの用量依存的減少を示した。さらに、短いアンチセンス化合物は、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーより標的減少に有効であった。肝臓におけるＰＴＥＮタンパク質のレベルもまた、８μｍｏｌ／ｋｇの用量での各アンチセンス化合物の投与後に決定した。ウィングにメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡを含んでなる各短いアンチセンス化合物は、食塩水コントロールおよびＩＳＩＳ １１６８４７処置の両方に対してＰＴＥＮタンパク質の有意な減少をもたらした。次に、各オリゴヌクレオチドの概算ＥＤ５０濃度をＧｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍを用いて計算した。結果を表５２において以下に示す。
Figure 2009536039
二環式核酸化合物の異なるタイプをさらに調べるために、ＰＴＥＮ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物の追加のセットを設計し、そして試験した。６週齢のオスＢａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に８、４、２もしくは１μｍｏｌ／ｋｇの用量でアンチセンス化合物の単回腹腔内（ｉ．ｐ．）注射を与えた。各投与群は４匹の動物からなった。表５３に示されるのは、本研究において使用した各アンチセンス化合物の配列、ウィング化学およびモチーフである。全てのアンチセンス化合物は、各位置でホスホロチオエート結合を含んでなる。ＩＳＩＳ ３
９２０６３のメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡウィングにおけるシトシン残基は、５−メチルシトシンで置換される。アンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号Ｕ９２４３７．１（配列番号：１３）を包含する公開されたＰＴＥＮ核酸を標的とする。
Figure 2009536039
注射後７２時間でマウスを殺して本明細書に記述されそして当業者に周知である方法に従って血清トランスアミナーゼレベル（表５４）；肝臓および脾臓重量（表５４）；ならびに肝臓におけるＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベル（表５５）を決定した。
Figure 2009536039
Figure 2009536039
上記に示されるように、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物は、標的ｍＲＮＡレベルの用量依存的減少をもたらした。オキシアミノＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物での処置は、標的発現のわずかな減少をもたらした。
ＡｐｏＢおよびＰＴＥＮ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物での単回用量投与の用量反応研究
６週齢のオスＢａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に８、４、２もしくは１μｍｏｌ／ｋｇの用量でアンチセンス化合物の単回腹腔内（ｉ．ｐ．）注射を与えた。各投与群は４匹の動物からなった。表５６に示されるのは、本研究において使用した各アンチセンス化合物の配列、ウィング化学およびモチーフである。イタリック体の残基はメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を示し、下線を引いた残基はＮ−メチル−オキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を示し、そして囲んだ残基はα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ修飾を示す。全てのアンチセンス化合物は、各位置でホスホロチオエート結合を含んでなる。ＩＳＩＳ １１６８４７の各シトシンおよびＩＳＩＳ ３９２０６３のメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡウィングにおけるシトシン残基は５−メチルシトシンで置換され、一方、ＩＳＩＳ ３９２７４５のメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡウィングにおけるチミジン残基は５−メチルチミジンで置換される。ＰＴＥＮアンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号Ｕ９２４３７．１（配列番号：１３）を包含する公開されたＰＴＥＮ核酸を標的とする。ＡｐｏＢアンチセンス化合物は、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＸＭ＿１３７９５５．５（配列番号：２）を包含する公開されたＡｐｏＢ核酸を標的とする。
Figure 2009536039
Figure 2009536039
表５７に示されるように、メチレンオキシＢＮＡ修飾を有する各短いアンチセンス化合物は標的ｍＲＮＡレベルの用量依存的減少を示した。特に、Ｎ−メチル−オキシアミノＢＮＡウィングを有する短いアンチセンス化合物（ＩＳＩＳ ３９６５６５）もまた、β−Ｄ−メチレンオキシＢＮＡおよびα−Ｌ−メチレンオキシＢＮＡ短いアンチセンス化合物の両方と同様にＰＴＥＮ発現の用量依存的減少を示した。次に、各アンチセンスの概算ＥＤ５０濃度をＧｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍを用いて計算した。結果を表５８において以
下に示す。
Figure 2009536039
ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡを標的とする親および親混合バックボーンアンチセンス化合物の投与
ＩＳＩＳ ２５７０１６をｄｂ／ｄｂマウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ，ＭＡ）に１、７．５、１４もしくは１７ｍｇ／ｋｇの用量で週に２回腹腔内投与した。コントロール群には、同じ投与スケジュールで食塩水を与える群およびＩＳＩＳ １４５７３３を与える群が含まれた。ＩＳＩＳ ２５７０１６およびＩＳＩＳ １４５７３３は両方とも、５ヌクレオチドの「ウィング」が両側（５’および３’方向）に隣接する１０個の２’−デオキシヌクレオチドからなる中央の「ギャップ」領域をさらに含んでなる配列ＧＡＡＧＴＡＧＣＣＡＣＣＡＡＣＴＧＴＧＣ（配列番号：１５７２）を含んでなる。ウィングは、２’−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチドからなる。全てのシチジン残基は５−メチルシチジンである。ヌクレオシド間（バックボーン）結合は、ＩＳＩＳ １４５７３３についてはオリゴヌクレオチドの全体にわたってホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）であり；しかしながら、ＩＳＩＳ ２５７０１６は混合バックボーンを有する。ＩＳＩＳ ２５７０１６のヌクレオシド間結合は、ウィングにおいてホスホジエステル（Ｐ＝Ｏ）そしてギャップにおいてホスホロチオエートである。最後の用量の投与後４８時間でマウスを殺し、そして腎臓組織をＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡレベルについて分析した。結果を表５９において以下に示す。
Figure 2009536039
ＩＳＩＳ ２５７０１６およびＩＳＩＳ １４５７３３は両方とも、食塩水コントロールと比較してＳＧＬＴ−２レベルを顕著に減少した（ｍＲＮＡレベルは、上記のとおりＲＴ、リアルタイムＰＣＲを用いて決定した）。しかしながら、ＩＳＩＳ ２５７０１６はＩＳＩＳ １４５７３３と比較してＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡを減少することに関して約２０〜５０倍強力であることが示されている。血漿グルコースレベルの関連する減少が処置群に見られた（ＩＳＩＳ ２５７０１６を与えた群の４７０±２３と比較して食塩水群の６６１±１４）。腎臓におけるＩＳＩＳ ２５７０１６およびＩＳＩＳ １４５７３３の蓄積は用量範囲にわたって同様であり、しかしながら、全長２５７０１６アンチセンスはほとんど腎臓において検出されず、分解生成物が増加した活性に関与するという理論を裏付ける。また、２５ｍｇ／ｋｇの単回投与後の作用の発現も時間点に相関し、無傷の２５７０１６アンチセンス化合物はほとんど残らなかった。
同様の研究を上記と同様の同じ投与スケジュールにおいてＩＳＩＳ ２５７０１６、ＩＳＩＳ １４５７３３もしくは食塩水を用いてやせたマウス、ｏｂ／ｏｂマウスにおいてそしてＺＤＦラット（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）において行った。ＩＳＩＳ １４５７３３およびＩＳＩＳ ２５７０１６の結合部位の配列は、マウスとラット間で保存される（表６０を参照）。腎臓におけるＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡの減少は、上記で見られたものと同様であった。ラットを利用する研究において、週に２回２週間与える１０ｍｇ／ｋｇの用量で、ＩＳＩＳ １４５７３３はＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡレベルを約４０％減少することが示され、一方、ＩＳＩＳ ２５７０１６で得られる減少は８０％より大きかった。ＩＳＩＳ ２５７０１６は、１２．５ｍｇ／ｋｇの低用量でＳＧＬＴ２発現を最大に減少する。より低い投与範囲でのさらなる研究は、１ｍｇ／ｋｇ／ｗｋ未満の用量で混合バックボーンアンチセンス化合物でのＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルの有意な減少を示す。
ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡを標的とする親および短いアンチセンス化合物の投与
薬物動態学的研究により、ＩＳＩＳ ２５７０１６は１２核酸塩基のファーマコフォアに代謝されるプロドラッグとして作用していることが示された。次の研究において、ＺＤＦラットに１．５ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳ ２５７０１６もしくはＩＳＩＳ ３７０７１７のいずれか、または同様の投与スケジュールで食塩水を週に２回腹腔内投与した。ＩＳＩＳ ３７０７１７は、配列ＴＡＧＣＣＡＣＣＡＡＣＴ（配列番号：１５４）を含んでなりそして１ヌクレオチドの「ウィング」が両側（５’および３’方向）に隣接する１０個の２’−デオキシヌクレオチドからなる中央の「ギャップ」領域をさらに含んでなるＳＧＬＴ−２核酸を標的とする１２核酸塩基のアンチセンス化合物である。ウィングは２’−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチドからなる。全てのシチジン残基は５−メチルシチジンである。ヌクレオシド間（バックボーン）結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたってホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。
５週の投与後に動物を殺し、そして腎臓組織をＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡレベルについて分析した。ＩＳＩＳ ２５７０１６およびＩＳＩＳ ３７０７１７の薬理学的活性は同様であり、しかしながら、１２ヌクレオチドのアンチセンス化合物はより速い作用の発現を示した。ＩＳＩＳ ３７０７１７は２．８μｍｏｌｅ／ｋｇの単回投与後２日目に腎臓におけるＳＧＬＴ２発現のほぼ８０％の阻害を示し、一方、ＩＳＩＳ ２５７０１６は同じ単回投与後２日目に約２５％のみの阻害を示した。このデータは、ＩＳＩＳ ２５７０１６が１２ヌクレオチドのファーマコフォアを有するプロドラッグであることを裏付ける。
短いアンチセンス化合物の効能および生物学的利用能
ＩＳＩＳ ３７０７１７により示される向上した効能およびこれらの短いアンチセンス化合物の向上した経口生物学的利用能は、これらの化合物を経口投与用に有用にする。正常なラットに空腸内投与によって週に２回１００ｍｇ／ｋｇでＩＳＩＳ ３７０７１７、ＩＳＩＳ １４５７３３もしくは食塩水を与えた。最後の投与後約４８時間で動物を殺し、そして腎臓組織をアンチセンス化合物濃度およびＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡレベルについて分析した。コントロールと比較して腎臓組織におけるＩＳＩＳ ３７０７１７の有意に高い蓄積があった（組織のグラム当たり約５００マイクログラム）。さらに、ＳＧＬＴ−２ ｍＲＮＡはコントロールに対して８０％より多く減少した。
１２ヌクレオチドの短いアンチセンス化合物に関するウィング、ギャップおよび全長バリエーション
ＩＳＩＳ ３７０７１７ １−１０−１ ＭＯＥギャップマーを鋳型として用いて様々なモチーフを有する配列関連オリゴを製造した。これらのバリエーションを表６０に提供する。公開配列（それぞれ、配列番号：１５７５として本明細書に組み込まれるＧｅｎＢａｎｋ受託番号Ｕ２９８８１．１および配列番号：１５７６として本明細書に組み込まれるＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＪ２９２９２８．１）を用いて、マウスもしくはラットＳＧＬＴ２核酸の異なる領域を標的とするようにアンチセンス化合物を設計した。
Figure 2009536039
アンチセンス化合物をマウスＳＬＧＴ２ ｍＲＮＡレベルへのそれらの効果について分析した。データは、腹腔内注射により与える２．５、０．５もしくは０．１ｕｍｏｌ／ｋｇの上記のＭＯＥギャップマーをマウスに週に２回３週間投与した３回の実験から取られた範囲である。最後の投与後４８時間でマウスを殺し、そして腎臓におけるＳＧＬＴ２レベルについて評価した。ＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルは、本明細書における他の実施例により記述されるようにＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲ結果を内部ＩＳＩＳコントロールに正規化した。結果を表６１において以下に示す。
Figure 2009536039
これらの結果は、試験した様々なモチーフが全て用量依存的にインビボでＳＧＬＴ２の発現を阻害することを説明する。１−１０−１、２−８−２および１−８−１ギャップマーは、特に強力であることが見出された。
１−１０−１および１−１０−２ ＭＯＥギャップマーによるラットＳＧＬＴ−２のアンチセンス阻害
表６２に提供される１−１０−１および１−１０−２ ＭＯＥギャップマーアンチセンス化合物は、マウスもしくはラットＳＧＬＴ２ ＲＮＡの異なる領域を標的とするように設計された。表６２における全ての短いアンチセンス化合物は、１ヌクレオシドの「ウィング」が５’側にそして２もしくは１ヌクレオチドの「ウィング」が３’側に隣接する１０個の２’−デオキシヌクレオチドからなる中央の「ギャップ」セグメントからなる１２もしくは１３ヌクレオチドのいずれかの長さのキメラオリゴヌクレオチド（「ギャップマー」）である。ウィングは２’−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチドからなる。ヌクレオシド間（バックボーン）結合は、オリゴヌクレチドの全体にわたってホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。全てのシチジン残基は５−メチルシチジンである。
Figure 2009536039
短いアンチセンス化合物をラットＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルへのそれらの効果について分析した。データは、腹腔内注射により与える４５０、１５０もしくは５０ｎｍｏｌ／ｋｇの１−１０−１もしくは１−１０−２ ＭＯＥギャップマーのいずれかをオススプラーグ−ドーリーラット（１７０〜２００ｇ）に週に２回３週間投与した３回の実験から取られた範囲である。最後の投与後４８時間でラットを殺し、そして腎臓におけるＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルについて評価した。標的レベルは、本明細書における他の実施例により記述されるようにＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲ結果を内部ＩＳＩＳコントロールに正規化した。結果を表６３において以下に示す。
Figure 2009536039
これらの結果は、１−１０−１および１−１０−２ ＭＯＥギャップマーが両方とも用量依存的にインビボでＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡを減少することを説明する。
ラットを総体重、肝臓、脾臓および腎臓重量についてさらに評価した。脾臓、肝臓もしくは体重の有意な変化は、特定の化合物が有毒作用を引き起こすことを示すことができる。全ての変化は、実験の誤差の範囲内であった。体重の有意な変化は、処置の間もしくは研究終了時に認められなかった。肝臓もしくは脾臓重量の有意な変化は認められなかった。
インビボで投与した短いアンチセンス化合物の有毒作用はまた、肝臓もしくは腎臓の疾患もしくは損傷と関連する酵素およびタンパク質のレベルを測定することにより評価することもできる。血清トランスアミナーゼアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）およびアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）のレベルの上昇は、肝臓疾患もしくは損傷の指標であることが多い。血清総ビリルビンは肝臓および胆管機能の指標であり、そしてアルブミンおよび血液尿素窒素（ＢＵＮ）は腎臓機能の指標である。グルコースおよびトリグリセリドレベルは、処置の毒性のために改変されることもある。血清グルコースもまた、ＳＧＬＴ２の活性に部分的に依存する。ＡＬＴ、ＡＳＴ、総ビリルビン、アルブミン、ＢＵＮ、グルコースおよびトリグリセリドのレベルを短いアンチセンス化合物で処置したラットにおいて測定した。肝臓および腎臓損傷および疾患の日常的な臨床指標のレベルは正常範囲内であり、そして食塩水で処置した動物に対して有意に変化しておらず、短いアンチセンス化合物が腎臓もしくは肝臓機能に有意に影響を及ぼさないことを示す。トリグリセリドおよびグルコースレベルは、食塩水で処置した動物に対して有意に上昇しなかった。
１−１０−１ ＭＯＥギャップマーによるマウスおよびラットＳＧＬＴ２のアンチセンス阻害
マウスＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡの異なる領域を標的とするように設計した１−１０−１ ＭＯＥギャップマーアンチセンス化合物を表６４に示す。
Figure 2009536039
短いアンチセンス化合物をマウスＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルへのそれらの効果について分析した。腹腔内注射により与える４５０、１５０もしくは５０ｎｍｏｌ／ｋｇの上記の１−１０−１ ＭＯＥギャップマーの一つをオス６週齢のＢａｌｂ／ｃマウスに週に２回２週間投与する３回の実験からデータを取った。最後の投与後４８時間でマウスを殺し、そして腎臓におけるＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルについて評価した。標的レベルは、本明細書における他の実施例により記述されるようにＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲ結果を内部ＩＳＩＳコントロールに正規化した。結果を表６５において以下に示す。
Figure 2009536039
これらの結果は、ＩＳＩＳ ３８１４０８を除いて１−１０−１ ＭＯＥギャップマーが全てマウスにおいて用量依存的にインビボでＳＧＬＴ２の発現を阻害することを説明する。ＩＳＩＳ ３８１４０８の活性は、ラット研究において示されている（表６５を参照）。
ラットにおける１−１０−１ギャップマーの評価
ラットＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルへの上記の１−１０−１ギャップマー（上記の表６４を参照）の効果。腹腔内注射により与える２５０ｎｍｏｌ／ｋｇをオススプラーグ−ドーリーラット（１７０〜２００ｇ）に週に２回３週間投与した４回の実験からデータを取る。最後の投与後４８時間でラットを殺し、そして腎臓におけるＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルについて評価した。標的レベルを本明細書における他の実施例により記述されるようにＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲ結果を内部ＩＳＩＳコントロールに正規化した。結果を表６６において以下に示す。
Figure 2009536039
これらの結果は、１−１０−１ギャップマーが全てインビボラット研究においてＳＧＬＴ２の発現を阻害することを説明する。
追加の１−１０−１および２−８−２ ＭＯＥギャップマーによるマウスおよびラットＳＧＬＴ２発現のアンチセンス阻害
１−１０−１および２−８−２ ＭＯＥギャップマー短いアンチセンス化合物をマウスＳＧＬＴ２ ＲＮＡの異なる領域を標的とするが種にわたって相補性を有するように設計した。短いアンチセンス化合物を表６７に示す。表６７における全ての短いアンチセンス化合物は、２’−修飾を有するウィングセグメントが両側（５’および３’方向）に隣接する、２’−デオキシヌクレオチドからなる中央の「ギャップ」セグメントからなる１２ヌクレオチドの長さのギャップマーである。ウィングは２’−メトキシエチル（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチドからなる。ヌクレオシド間（バックボーン）結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたってホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。全てのシチジン残基は５−メチルシチジンである。
Figure 2009536039
短いアンチセンス化合物をインビボでマウスＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルへのそれらの効果について分析した。腹腔内注射により与える０．５、０．１もしくは０．０２μｍｏｌ／ｋｇの１−１０−１もしくは２−８−２ ＭＯＥギャップマーのいずれかをオス６週齢のＢａｌｂ／ｃマウスに週に２回３週間投与する３回の実験からデータを取った。最後の投与後４８時間でマウスを殺し、そして腎臓におけるＳＧＬＴ２レベルについて評価した。標的レベルは、本明細書における他の実施例により記述されるようにＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲ結果を内部ＩＳＩＳコントロールに正規化した。結果を表６８において以下に示す。
Figure 2009536039
これらの結果は、１−１０−１および２−８−２ ＭＯＥギャップマーが両方とも用量依存的にインビボでＳＧＬＴ２の発現を阻害することを説明する。
マウスを総体重、肝臓、脾臓および腎臓重量についてさらに評価した。全ての変化は、実験の誤差の範囲内であった。体重の有意な変化は、処置の間もしくは研究終了時に認められなかった。肝臓もしくは脾臓重量の有意な変化は認められなかった。
ＡＬＴ、ＡＳＴ、ＢＵＮ、トランスアミナーゼ、血漿クレアチニン、グルコースおよびトリグリセリドのレベルを短いアンチセンス化合物で処置したマウスにおいて測定した。肝臓および腎臓損傷および疾患の日常的な臨床指標のレベルは正常範囲内であり、そして食塩水で処置した動物に対して有意に変化しておらず、短いアンチセンス化合物が腎臓もしくは肝臓機能に有意に影響を及ぼさないことを示す。トリグリセリドおよびグルコースレベルは、食塩水で処置した動物に対して有意に上昇しなかった。
マウスにおけるＩＳＩＳ ３７９６９２ １−１０−１ ＭＯＥギャップマー、ＩＳＩＳ
３９２１７０ １−１０−１メチレンオキシＢＮＡギャップマー、ＩＳＩＳ ３８８６２５ ２−８−２ ＭＯＥギャップマーおよびＩＳＩＳ ３９２１７３ ２−８−２メチレンオキシＢＮＡギャップマーの評価
ＩＳＩＳ ３７９６９２ １−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよびＩＳＩＳ ３８８６２５ ２−８−２ ＭＯＥギャップマーの効果をインビボでのマウスＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルへのＩＳＩＳ ３９２１７０ １−１０−１メチレンオキシＢＮＡギャップマーおよびＩＳＩＳ ３９２１７３ ２−８−２メチレンオキシＢＮＡギャップマーの効果と比較する（表６９を参照）。腹腔内注射により与える５、２５および１２５ｎｍｏｌ／ｋｇのＩＳＩＳ ３７９６９２ １−１０−１ ＭＯＥギャップマーもしくはＩＳＩＳ ３８８６２５ ２−８−２ ＭＯＥギャップマーのいずれかをオス６週齢のＢａｌｂ／ｃマウスに週に２回３週間投与した３回の実験からデータを取る。最後の投与後４８時間でマウスを殺し、そして腎臓におけるＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルについて評価した。標的レベルは、本明細書における他の実施例により記述されるようにＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲ結果を内部ＩＳＩＳコントロールに正規化した。データは、食塩水で処置した動物に対するパーセント変化（「＋」は増加を示し、「−」は減少を示す）として表され、そして表６９に示される。
Figure 2009536039
これらの結果は、１−１０−１および２−８−２ ＭＯＥギャップマーが両方とも用量依存的に最も高い３つの投与範囲でインビボにおいてＳＧＬＴ２の発現を阻害することを説明する。結果はまた、メチレンオキシＢＮＡ構築物がＭＯＥ構築物より強力であることも説明する。体重の有意な変化は、処置の間もしくは研究終了時に認められなかった。肝臓もしくは脾臓重量の有意な変化は認められなかった。ＡＬＴ、ＡＳＴ、ＢＵＮおよびクレアチニンのレベルを包含する毒性パラメーターは正常範囲内であり、そして食塩水で処置した動物に対して有意に変化しておらず、これらの化合物が腎臓もしくは肝臓機能に有意に影響を及ぼさないことを示す。
ラットにおけるＩＳＩＳ ３７９６９２ １−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよびＩＳＩＳ ３８８６２５ ２−８−２ ＭＯＥギャップマーの評価
インビボにおけるラットＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルへのＩＳＩＳ ３７９６９２ １−１０−１ ＭＯＥギャップマーおよびＩＳＩＳ ３８８６２５ ＭＯＥ２−８−２ギャップマーの効果（表７０を参照）。腹腔内注射により与える２００、５０、１２．５もしくは３．１２５ｎｍｏｌ／ｋｇのＩＳＩＳ ３７９６９２ １−１０−１ ＭＯＥギャップマーもしくはＩＳＩＳ ３８８６２５ ２−８−２ ＭＯＥギャップマーのいずれかをオススプラーグ−ドーリーラット（１７０〜２００ｇ）に週に２回３週間投与した４回の実験からデータを取る。最後の投与後４８時間でラットを殺し、そして腎臓におけるＳＧＬＴ２レベルについて評価した。標的レベルは、本明細書における他の実施例により記述されるようにＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲ結果を内部ＩＳＩＳコントロールに正規化した。結果を表７０において以下に示す。
Figure 2009536039
これらの結果は、１−１０−１および２−８−２ ＭＯＥギャップマーが両方とも用量依存的に最も高い３つの投与範囲でインビボにおいてＳＧＬＴ２の発現を阻害することを説明する。
ラットを総体重、肝臓、脾臓および腎臓重量についてさらに評価した。全ての変化は、実験の誤差の範囲内であった。体重の有意な変化は、処置の間もしくは研究終了時に認められなかった。肝臓もしくは脾臓重量の有意な変化は認められなかった。
ＡＬＴ、ＡＳＴ、ＢＵＮ、コレステロール、血漿クレアチニンおよびトリグリセリドのレベルを短いアンチセンス化合物で処置したラットにおいて測定した。肝臓および腎臓損傷および疾患の日常的な臨床指標のレベルは正常範囲内であり、そして食塩水で処置した動物に対して有意に変化しておらず、短いアンチセンス化合物が腎臓もしくは肝臓機能に有意に影響を及ぼさないことを示す。
ＺＤＦラットにおけるＳＧＬＴ２発現のアンチセンス阻害
ＩＳＩＳ ３８８６２５、３８８６２６およびコントロールオリゴＩＳＩＳ ３８８６２８をＺＤＦラット血漿グルコースレベルおよびＨｂＡ１ｃへのそれらの効果について分析した。レプチン受容体欠損Ｚｕｃｋｅｒ糖尿病肥満（ＺＤＦ）ラットは、２型糖尿病の研究の有用なモデルである。糖尿病は８〜１０週齢でこれらのオスラットにおいて自然発症し、そして過食症、多尿症、多渇症および体重増加障害（ｉｍｐａｉｒｅｄ ｗｅｉｇｈｔ ｇａｉｎ）、糖尿病の臨床症状に匹敵する症状と関連する（Ｐｈｉｌｌｉｐｓ ＭＳ，ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ １３，１８−１９）。６週齢のＺＤＦラットに４００ｎＭ／ｋｇの用量で短いアンチセンス化合物を週に１回１２週間腹腔内注射した。データを表７１および７２に例示する。
Figure 2009536039
Figure 2009536039
ＩＳＩＳ ３８８６２５および３８８６２６は、ＰＢＳおよびコントロール処置動物と比較して血漿グルコースレベルおよびＨｂＡ１Ｃを有意に減少した。
イヌ腎臓におけるＳＧＬＴ２発現のアンチセンス阻害（ＩＳＩＳ ３８８６２５）
ＩＳＩＳ ３８８６２５は、配列ＴＧＴＴＣＣＡＧＣＣＣＡ（配列番号：２４６）を有する２−８−２ ＭＯＥギャップマーである（例えば表７１を参照）。イヌＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルへのＩＳＩＳ ３８８６２５の効果。週に２回皮下注射により与える１もしくは１０ｍｇ／ｋｇ／週のＩＳＩＳ ３８８６２５もしくは食塩水のいずれかを合計９匹のオスビーグル犬に投与した２つの投与群からデータを取る。研究の４６日目に全てのイヌを殺し、そして腎臓におけるＳＧＬＴ２レベルについて評価した。標的レベルは、本明細書における他の実施例により記述されるように定量的ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより決定した。ＰＣＲ結果を内部ＩＳＩＳコントロールに正規化した。結果を表７３において以下に示す。
Figure 2009536039
これらの結果は、ＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡの８０％より大きい減少が１ｍｇ／ｋｇ／ｗｋ用量のＩＳＩＳ ３８８６２５で達成できることを説明する。さらに大きい減少は、わずかに高い用量で達成することができる。イヌにおけるＩＳＩＳ ３８８６２５の投与はまた、耐糖能を改善することも示された。標準的な耐糖能検査において食塩水コントロールと比較してピーク血漿グルコースレベルは平均して５０％を越えて減少され、そしてその後のグルコースの降下は小さくなった。尿中グルコース排出もまた増加した。
ＳＧＬＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物のインビボ試験
ヒト／サル／マウス／ラットＳＧＬＴ２に相補的な２０個の１−１０−１ ＭＯＥギャップマーを設計し、合成し、そして腎臓におけるＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルの抑制についてインビボで試験した。マウスおよびラットの標的部位を表７４に示す。ヒトの標的部位を表４および５に示す。データは、オス６週齢のＢａｌｂ／ｃマウスに２週の期間にわたって週に２回（合計４回の注射）３５０ｎｍｏｌ／ｋｇのオリゴヌクレオチドの腹腔内注射を与えた２回の実験からの平均である。マウスを最後の投与後４８時間で殺し、そして腎臓におけるＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルについて評価した。ＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルは、２つの異なるＰＣＲプライマープローブセット、プライマープローブセット（ＰＰＳ）５３４およびＰＰＳ５５３を用いて、標準的な方法に従って定量的リアルタイムＰＣＲ分析により決定した。定量的リアルタイムＰＣＲにより同様に測定したサイクロフィリンｍＲＮＡレベルにＳＧＬＴ２ ｍＲＮＡレベルを正規化した。結果を表７４において以下に示す。
Figure 2009536039
Ｈｅｐ３Ｂ細胞におけるヒトＰＣＳＫ９のアンチセンス阻害
ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物をインビトロでＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。短いアンチセンス化合物は、表６に提示される。各短いアンチセンス化合物のＩｓｉｓ Ｎｏ、ギャップマーモチーフおよび配列番号を表７５に再び示す。培養したＨｅｐ３Ｂ細胞を１００ｎＭの短いアンチセンス化合物で処置した。ＰＣＳＫ９核酸を標的とする５−１０−５ ＭＯＥギャップマーを陽性コントロールとして用いた。処置期間の後に、細胞からＲＮＡを単離し、そしてＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを本明細書に記述されるとおり定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ(R)により測定した場合の全ＲＮＡ含有量に従ってＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを調整した。結果を未処置のコントロール細胞に対して、ＰＣＳＫ９のパーセント阻害（％阻害）として表７５に提示する。「％阻害」の縦列において、「０」は、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡの減少がその特定の短いアンチセンス化合物で認められなかったことを示す。
Figure 2009536039
Figure 2009536039
Figure 2009536039
表７５に例示されるように、２−１０−２ ＭＯＥギャップマーモチーフを有する、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物は培養細胞においてＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡを減少した。
ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物を用量反応実験Ｈｅｐ３Ｂ細胞において試験した。細胞を表７６に示されるようにｎＭ濃度の短いアンチセンス化合物で本明細書に記述されるように処置した。処置期間の後に、細胞からＲＮＡを単離し、そしてＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを本明細書に記述されるとおり定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。サイクロフィリン特異的プライマープローブセットを用いてリアルタイムＰＣＲにより測定した場合のサイクロフィリンｍＲＮＡレベルにＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを正規化した。結果は、未処置のコントロール細胞に対するＰＣＳＫ９のパーセント阻害として提示される。また示されるのは、Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍを用いて計算した場合の、用量反応実験において試験した各短いアンチセンス化合物のＥＣ５０（ｍＲＮＡの５０％の減少が認められる濃度）である。以下の表に例示されるように、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルは用量依存的に減少した。
Figure 2009536039
ＢＮＡを含んでなる短いアンチセンス化合物によるＰＣＳＫ９のアンチセンス阻害
ＰＣＳＫ９核酸を標的とする短いアンチセンス化合物をマウスおよびヒト培養細胞の両方で用量反応実験において試験した。試験した化合物には、ＩＳＩＳ ４０３７３９およびＩＳＩＳ ４０３７４０が含まれた。ＩＳＩＳ ４０３７３９は、配列番号：４０４のヌクレオチド配列からなりそして２−１０−２ギャップマーモチーフを有する短いアンチセンス化合物であり、ここで、ウィングにおけるヌクレオチドは（６’Ｓ）−６’メチルＢＮＡを含んでなる。ＩＳＩＳ ４０３７４０は、配列番号：４０５のヌクレオチド配列からなりそして２−１０−２ギャップマーモチーフを有する短いアンチセンス化合物であり、ここで、ウィングにおけるヌクレオチドは（６’Ｓ）−６’メチルＢＮＡを含んでなる。また試験したのは、ＰＣＳＫ９核酸を標的とする５−１０−５ ＭＯＥギャップマーであった。
マウス肝細胞を平板培養し、そして表７７に示されるようにｎＭ濃度の短いアンチセンス化合物で本明細書に記述されるように処置した。処置期間の後に、細胞からＲＮＡを単離し、そして本明細書に記述されるとおり定量的リアルタイムＰＣＲによりＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを測定した。サイロフィリン特異的プライマープローブセットを用いてリアルタイムＰＣＲにより測定した場合のサイクロフィリンｍＲＮＡレベルにＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを正規化した。結果は、未処置のコントロール細胞に対するＰＣＳＫ９のパーセント阻害として提示される。存在する場合、「０」はＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡの認められる減少がないことを示す。ＩＳＩＳ ４０３７３９は、３０ｎＭ以上の用量でマウスＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡの用量依存的減少を示した。ＩＳＩＳ ４０３７４０は、短いアンチセンス化合物の２つの最も高い用量でマウスＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡの減少を示した。
Figure 2009536039
ヒトＨｅｐ３Ｂ細胞を本明細書に記述されるようにｎＭ濃度の短いアンチセンス化合物で処置した。処置期間の後に、細胞からＲＮＡを単離し、そしてＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを本明細書に記述されるとおり定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。サイクロフィリン特異的プライマープローブセットを用いてリアルタイムＰＣＲにより測定した場合のサイクロフィリンｍＲＮＡレベルにＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを正規化した。結果は、未処置のコントロール細胞に対するＰＣＳＫ９のパーセント阻害として提示される。データは表７８に示され、そしてＩＳＩＳ ４０３７４０での処置後のヒトＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡの用量依存的減少を示す。ＩＳＩＳ ４０３７３９は、より高い用量で用量依存的減少を示した。
Figure 2009536039
ＨｅｐＧ２細胞におけるＧＣＧＲのアンチセンス阻害
ＧＣＧＲ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物をインビトロにおいてＧＣＧＲ ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
ＨｅｐＧ２細胞
９６ウェルプレートにおけるウェル当たり１００００細胞の密度の培養したＨｅｐＧ２細胞を２５、５０、１００もしくは２００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドで本明細書に記述されるように処置した。処置期間の後に、細胞からＲＮＡを単離し、そしてＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベルを本明細書に記述されるように定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ(R)により測定した場合の全ＲＮＡ含有量に従ってＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベルを調整した。結果は、未処置のコントロール細胞に対するＧＣＧＲ ｍＲＮＡのパーセント減少として提示される。
表７９は、ＩＳＩＳ ３２７１６１、３−１０−３ ＭＯＥギャップマーの示される用量での処置後のデータを示す。ＩＳＩＳ ３２７１６１は、用量依存的にＧＣＧＲ ｍＲＮＡを減少した。
Figure 2009536039
サル肝細胞
ＧＣＧＲ核酸を標的とする追加の短いアンチセンス化合物をインビトロにおいてサルＧＣＧＲ ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。培養した初代サル肝細胞を２５、５０、１００もしくは２００ｎＭの短いアンチセンス化合物で本明細書に記述されるように処置した。処置期間の後に、細胞からＲＮＡを単離し、そしてＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベルを本明細書に記述されるように定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ(R)により測定した場合の全ＲＮＡ含有量に従ってＧＣＧＲ ｍＲＮＡレベルを調整した。結果は、未処置のコントロール細胞に対するＧＣＧＲ ｍＲＮＡのパーセント減少として表８０に提示される。
Figure 2009536039
短いアンチセンス化合物によるＤＧＡＴ２のアンチセンス阻害
ＤＧＡＴ２核酸を標的とする短いアンチセンス化合物をインビトロにおいてＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。９６ウェルプレートにおける培養したＡ１０細胞を７５ｎＭの短いアンチセンス化合物で処置した。約２４時間の処置期間の後に、細胞からＲＮＡを単離し、そしてＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡレベルを本明細書に記述されるように定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ(R)により測定した場合の全ＲＮＡ含有量に従ってＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡレベルを調整した。結果は、表８１に未処置のコントロール細胞に対するＤＧＡＴ２のパーセント阻害として提示される。
Figure 2009536039
ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡを標的とする追加の短いアンチセンス化合物を用量反応実験においてインビトロで試験した。Ａ１０細胞を上記のように調製し、そして６．２５、１２．５、２５．０、５０．０、１００．０および２００．０ｎＭの短いアンチセンス化合物で処置してＤＧＡＴ２阻害が用量依存的に起こるかどうかを決定した。データは、表８２に提示される短いアンチセンス化合物の各々が用量依存的にラットＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡを減少することを示す。結果は、未処置のコントロール細胞に対するパーセント阻害として提示される。「０」は、ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡが減少されなかったことを示す。
Figure 2009536039
ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡを標的とする追加の短いアンチセンス化合物をインビトロで試験した。Ａ１０細胞を上記のように調製し、そして０．６２、１．８５、５．５６、１６．６７、５０．０および１５０．０ｎＭの短いアンチセンス化合物で処置してＤＧＡＴ２阻害が用量依存的に起こるかどうかを決定した。ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡは、本明細書に記述されるように定量的リアルタイムＰＣＲを用いて測定した。データは、以下の表８３に提示される短いアンチセンス化合物の各々が用量依存的にラットＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡを阻害することを示す。結果は、未処置のコントロール細胞に対するラットＤＧＡＴ２のパーセント阻害として提示される。存在する場合、「０」は、ＤＧＡＴ２ ｍＲＮＡの減少が認められなかったことを示す。
Figure 2009536039
Figure 2009536039
ＨｕＶＥＣ細胞におけるヒトＰＴＰ１Ｂのアンチセンス阻害
ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物をインビトロにおいてＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。９６ウェルプレートにおいてウェル当たり５０００細胞の密度の培養したＨｕＶＥＣ細胞を３ｎＭの短いアンチセンス化合物で本明細書に記述されるように処置した。処置期間の後に、細胞からＲＮＡを単離し、そして本明細書に記述されるように定量的リアルタイムＰＣＲによりＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ(R)により測定した場合の全ＲＮＡ含有量に従ってＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルを調整した。結果は、未処置のコントロール細胞に対するＰＴＰ１Ｂのパーセント阻害（％阻害）として提示される。データは、表８４においてＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とし２−１０−２ギャップマーモチーフを有する短いアンチセンス化合物がＨｕＶＥＣ細胞においてＰＴＰ１Ｂを阻害できることを示した。
Figure 2009536039
ＨｅｐＧ２細胞におけるヒトＰＴＰ１Ｂのアンチセンス阻害
ＰＴＰ１Ｂ核酸を標的とする短いアンチセンス化合物をインビトロにおいてＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡへのそれらの効果について試験した。９６ウェルプレートにおけるウェル当たり１００００細胞の密度の培養したＨｅｐＧ２細胞を２５ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドで処置した。処置期間の後に、細胞からＲＮＡを単離し、そして本明細書に記述されるように定量的リアルタイムＰＣＲによりＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ(R)により測定した場合の全ＲＮＡ含有量に従ってＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルを調整した。結果は、未処置のコントロール細胞に対するＰＴＰ１Ｂのパーセント阻害（％阻害）として提示される。データは、表８５においてＰＴＰ１Ｂ核酸を標的としそして２−１０−２ギャップマーモチーフを有する短いアンチセンス化合物がＨｅｐＧ２細胞においてＰＴＰ１Ｂを阻害できることを示した。
Figure 2009536039
ＨｕＶＥＣ細胞におけるＰＴＰ１Ｂのアンチセンス阻害：用量反応実験
ヒト血管内皮（ＨｕＶＥＣ）細胞をウェル当たり５０００細胞の密度で平板培養し、そして表８６に示されるようにｎＭ濃度の短いアンチセンス化合物で本明細書に記述されるように処置した。処置期間の後に、細胞からＲＮＡを単離し、そして本明細書に記述されるように定量的リアルタイムＰＣＲによりＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ(R)により測定した場合の全ＲＮＡ含有量に従ってＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルを調整した。ｍＲＮＡレベルを測定するために２つの異なるヒトＰＴＰ１Ｂプライマープローブセットを使用した。プライマープローブセット（ＰＰＳ）１９８での結果を表８６に示し、そしてプライマープローブセット（ＰＰＳ）３０００での結果を表８７に示す。結果は、未処置のコントロール細胞に対するＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡ発現のパーセント阻害として提示される。存在する場合、「０」は、ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡ減少が認められなかったことを示す。表８６および８７に例示されるように、ＰＴＰ１Ｂ ｍＲＮＡレベルは用量依存的に減少した。
Figure 2009536039
Figure 2009536039
短いアンチセンス化合物によるＡｐｏＢのアンチセンス阻害
表８８に示される短いアンチセンス化合物をインビボでそれらの効果について試験した。６週齢のオスＢａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に３．２、１、０．３２もしくは．１ｕｍｏｌ／ｋｇの腹腔内用量を週に２回３週間投与した。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーをコントロール処置に使用した。最終投与後約４８時間でマウスを殺した。肝臓組織をＲＮＡ単離用に集め、そして血液を血清化学分析用に集めた。ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを本明細書に記述されるようにリアルタイムＰＣＲにより測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮにより決定した場合のＲＮＡレベルにＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを正規化し、そして食塩水で処置したコントロール動物におけるＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルに対するパーセント阻害として表８９に提示する。
Figure 2009536039
Figure 2009536039
表８９は、２−１０−２ギャップマーモチーフおよびウィングにおけるＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物での処置後にＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルが用量依存的に減少したことを示す。１ｕｍｏｌ／ｋｇの用量で、短いアンチセンス化合物によるＡｐｏＢ阻害は同等な用量で５−１０−５ ＭＯＥギャップマーで認められるより大きかった。コレステロールは、１および３．２ｕｍｏｌ／ｋｇ用量の短いアンチセンス化合物で減少した。
短いアンチセンス化合物は、臓器重量および体重、血清トランスアミナーゼ、ビリルビン、血液尿素窒素およびクレアチニンにより判断した場合に、ほとんどないし全く不都合な副作用を示さなかった。
短いアンチセンス化合物によるＰＴＥＮのアンチセンス阻害
表９０に示される短いアンチセンス化合物をインビボでそれらの効果について試験した。６週齢のオスＢａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に３．２、１、０．３２もしくは．１ｕｍｏｌ／ｋｇの腹腔内用量を週に２回３週間投与した。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーをコントロール処置に使用した。最終投与後約４８時間でマウスを殺した。肝臓組織をＲＮＡ単離用に集め、そして血液を血清化学分析用に集めた。ＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベルを本明細書に記述されるようにリアルタイムＰＣＲにより測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮにより決定した場合のＲＮＡレベルにＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベルを正規化し、そして食塩水で処置したコントロール動物におけるＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベルに対するパーセント阻害として表９１に提示する。
Figure 2009536039
Figure 2009536039
表９１は、２−１０−２ギャップマーモチーフおよびウィングにおけるＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物での処置後にＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベルが用量依存的に減少したことを示す。１ｕｍｏｌ／ｋｇの用量で、短いアンチセンス化合物によるＰＴＥＮ阻害は同等な用量で５−１０−５ ＭＯＥギャップマーで認められるより大きかった。
ＩＳＩＳ ３９２０６３の最高用量を除いて、血清トランスアミナーゼの有意な増加は認められなかった。全体で、短いアンチセンス化合物はほとんどないし全く不都合な副作用を示さなかった。
ＢＮＡ修飾を含んでなる短いアンチセンス化合物の単回投与
６週齢のオスＢａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に８、４、２もしくは１μｍｏｌ／ｋｇの用量で短いアンチセンス化合物の単回腹腔内注射を与えた。試験した短いアンチセンス化合物は、ＩＳＩＳ ３８７４６２およびＩＳＩＳ ３９８２９６であった。各投与群は４匹の動物からなった。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーをコントロール処置に使用した。最後の投与後約４８時間でマウスを殺した。肝臓組織をＲＮＡ単離用に集め、そして血液を血清化学分析用に集めた。ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを本明細書に記述されるようにリアルタイムＰＣＲにより測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮにより決定した場合のＲＮＡレベルにＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを正規化し、そして食塩水で処置したコントロール動物におけるＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルに対するパーセント阻害として表９２に提示する。
Figure 2009536039
表９２は、２−１０−２ギャップマーモチーフおよびウィングにおけるＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物の単回投与後にＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルが用量依存的に減少したことを示す。８ｕｍｏｌ／ｋｇの用量で、短いアンチセンス化合物によるＡｐｏＢ阻害は同等な用量で５−１０−５ ＭＯＥギャップマーで認められるより大きかった。ＩＳＩＳ ３８７４６２のＥＤ５０は３．９ｍｇ／ｋｇであり、そしてＩＳＩＳ ３９８２９６のＥＤ５０は８．７ｍｇ／ｋｇであった。コレステロールもまた、用量依存的に減少した。トリグリセリドは、最も高い用量で減少した。
短いアンチセンス化合物は、臓器重量および体重、血清トランスアミナーゼ、ビリルビン、血液尿素窒素およびクレアチニンにより判断した場合に、ほとんどないし全く不都合な副作用を示さなかった。
同様な単回投与研究において、配列番号：１２２６、２−１０−２ギャップマーモチーフ（ここで、ウィングのヌクレオチドは（６’Ｒ）−６’−メチルメチレンオキシＢＮＡ修飾を含んでなる）を有するＩＳＩＳ ３９２７４８は、ＰＴＥＮ ｍＲＮＡを用量依存的に減少した。さらに、配列番号：１２２６、２−１０−２ギャップマーモチーフ（ここで、ウィングのヌクレオチドは（６’Ｓ）−６’−メチルメチレンオキシＢＮＡ修飾を含んでなる）を有するＩＳＩＳ ３９２７４９は、ＰＴＥＮ ｍＲＮＡを用量依存的に減少した。２−１０−２ギャップマーモチーフ、配列番号：１２２６の配列および６−（Ｓ）−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ３−ＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物もまた、同様なインビボ研究においてＰＴＥＮ ｍＲＮＡを減少した。２−１０−２ギャップマーモチーフ、配列番号：１２２６の配列および６−（Ｒ）−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ３−ＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物もまた、同様なインビボ研究においてＰＴＥＮ ｍＲＮＡを減少した。
ＢＮＡ修飾を含んでなる短いアンチセンス化合物の単回投与
６週齢のオスＢａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に８、４、２もしくは１μｍｏｌ／ｋｇの用量で短いアンチセンス化合物の単回腹腔内注射を与えた。各投与群は４匹の動物からなった。試験した化合物は、ＩＳＩＳ ３９２０６３、ＩＳＩＳ ３９２７４９およびＩＳＩＳ ３６６００６であった。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーをコントロール処置に使用した。最後の投与後約４８時間でマウスを殺した。肝臓組織をＲＮＡ単離用に集め、そして血液を血清化学分析用に集めた。ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを本明細書に記述されるようにリアルタイムＰＣＲにより測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮにより決定した場合のＲＮＡレベルにＡｐｏＢ
ｍＲＮＡレベルを正規化し、そして食塩水で処置したコントロール動物におけるＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルに対するパーセント阻害として表９３に提示する。
Figure 2009536039
表９３は、２−１０−２ギャップマーモチーフおよびウィングにおけるＢＮＡ修飾を有する短いアンチセンス化合物での処置後にＰＴＥＮ ｍＲＮＡレベルが用量依存的に減少したことを示す。８ｕｍｏｌ／ｋｇの用量で、短いアンチセンス化合物によるＰＴＥＮ阻害は同等な用量で５−１０−５ ＭＯＥギャップマーで認められるより大きかった。概算ＥＤ５０はＩＳＩＳ ３９２０６３については７ｍｇ／ｋｇ、ＩＳＩＳ ３９６５６５については１７．４ｍｇ／ｋｇ、そしてＩＳＩＳ ３９６００６については９．３ｍｇ／ｋｇであった。
ＩＳＩＳ ３９２０６３の最高用量を除いて、血清トランスアミナーゼの有意な増加は認められなかった。全体で、短いアンチセンス化合物はほとんどないし全く不都合な副作用を示さなかった。
パルミチン酸コンジュゲートを含んでなる短いアンチセンス化合物によるＡｐｏＢのアンチセンス阻害
６週齢のオスＢａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に２．５、１．０、０．４および０．１６μｍｏｌ／ｋｇの用量でアンチセンス化合物の単回腹腔内注射を与えた。各投与群は４匹の動物からなった。試験した化合物を表９４に示す。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーをコントロール処置に使用した。最後の投与後約４８時間でマウスを殺した。肝臓組織をＲＮＡ単離用に集め、そして血液を血清化学分析用に集めた。ＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを本明細書に記述されるようにリアルタイムＰＣＲにより測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮにより決定した場合のＲＮＡレベルにＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルを正規化し、そして食塩水で処置したコントロール動物におけるＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルに対するパーセント阻害として表９５に提示する。
Figure 2009536039
Figure 2009536039
表９５は、パルミチン酸（Ｃ１６）コンジュゲートを有する短いアンチセンス化合物での処置後にＡｐｏＢ ｍＲＮＡレベルが用量依存的に減少したことを示す。２．５ｕｍｏｌ／ｋｇの用量で、短いアンチセンス化合物によるＡｐｏＢ阻害は同等な用量で５−１０−５ ＭＯＥギャップマーで認められるより大きかった。この研究において、概算ＥＤ５０はＩＳＩＳ ３８７４６２については１．５ｍｇ／ｋｇ、ＩＳＩＳ ３９１８７１については１３．１ｍｇ／ｋｇ、そしてＩＳＩＳ ３９１８７２については１．９ｍｇ／ｋｇであった。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーの概算ＥＤ５０は１７．４ｍｇ／ｋｇであった。トリグリセリドは、２．５および１．０ｍｇ／ｋｇ用量のＩＳＩＳ ３８７４６２およびＩＳＩＳ ３９１８７２で減少した。ＩＳＩＳ ３８７４６２およびＩＳＩＳ ３９１８７２は、用量依存的に総コレステロール、ＨＤＬ−ＣおよびＬＤＬ−Ｃを顕著に減少し；ＬＤＬ−Ｃの減少は非常に著しかったのでそれは検出の限界を下回った。全体で、短いアンチセンス化合物はほとんどないし全く不都合な作用を示さなかった。
ＢＮＡ修飾を含んでなる短いアンチセンス化合物によるインビボでのＰＣＳＫ９のアンチ
センス阻害
６週齢のオスＢａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）に１５、４．７、１．５および．４７μｍｏｌ／ｋｇのＩＳＩ ４０３７３９もしくは４０３７４０の用量でアンチセンス化合物の単回腹腔内注射を与えた。各投与群は４匹の動物からなった。５−１０−５ ＭＯＥギャップマーをコントロール処置に使用した。最後の投与後約７２時間でマウスを殺した。肝臓組織をＲＮＡ単離用に集め、そして血液を血清化学分析用に集めた。ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを本明細書に記述されるようにリアルタイムＰＣＲにより測定した。リアルタイムＰＣＲにより決定した場合のサイクロフィリンｍＲＮＡレベルにＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡレベルを正規化した。ＩＳＩＳ ４０３７３９は、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡを食塩水コントロールに対して約７０％減少した。ＩＳＩＳ ４０３７４０は、ＰＣＳＫ９を食塩水コントロールに対して約１３％減少し、しかしながら、減少は統計的に有意ではなかった。より低い用量は、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡを有意に減少しなかった。全体で、短いアンチセンス化合物はほとんどないし全く不都合な副作用を示さなかった。

Claims (37)

  1. 各ウィングが独立して１〜３個の高親和性修飾モノマーを含んでなり、そして短いアンチセンス化合物がＧＣＣＲをコードするヌクレオチドを標的とする、ウィングが各側に隣接する２’−デオキシリボヌクレオチドギャップ領域を含んでなる、８〜１６個のモノマーの長さの短いアンチセンス化合物。
  2. 該高親和性修飾モノマーが糖修飾ヌクレオチドである請求項１の短いアンチセンス化合物。
  3. 糖修飾ヌクレオチドの少なくとも１つが糖の４’と２’位の間に架橋を含んでなる請求項２の短いアンチセンス化合物。
  4. 該高親和性修飾ヌクレオチドの各々がヌクレオチド当たり１〜４度のΔＴｍを与える請求項２の短いアンチセンス化合物。
  5. 該糖修飾ヌクレオチドの各々が、ＨもしくはＯＨ以外である２’−置換基を含んでなる請求項２の短いアンチセンス化合物。
  6. 該糖修飾ヌクレオチドの少なくとも１つが４’〜２’架橋二環式ヌクレオチドである請求項５の短いアンチセンス化合物。
  7. ２’−置換基の各々が独立してアルコキシ、置換されたアルコキシもしくはハロゲンである請求項５の短いアンチセンス化合物。
  8. ２’−置換基の各々がＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である請求項７の短いアンチセンス化合物。
  9. 該糖修飾ヌクレオチドの各々の立体配座が独立してβ−Ｄもしくはα−Ｌである請求項３の短いアンチセンス化合物。
  10. 該架橋の各々が独立して−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｃ（Ｒ２）−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲ１）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒ１）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−および−Ｎ（Ｒ１）−；
    ［ここで、
    ｘは０、１もしくは２であり；
    ｎは１、２、３もしくは４であり；
    各Ｒ１およびＲ２は独立してＨ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換されたＣ５〜Ｃ２０アリール、複素環基、置換された複素環基、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、置換されたＣ５〜Ｃ７脂環式基、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換されたアシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）もしくはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり；そして
    各Ｊ１およびＪ２は独立してＨ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換されたＣ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換されたアシル、複素環基、置換された複素環基、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アミノアルキルもしく
    は保護基である］
    から独立して選択される１個もしくは２〜４個の連結基を含んでなる請求項５の短いアンチセンス化合物。
  11. 該架橋の各々が独立して４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−２’および４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−２’−であり、ここで、各Ｒ１が独立してＨ、保護基もしくはＣ１〜Ｃ１２アルキルである請求項１０の短いアンチセンス化合物。
  12. 高親和性修飾モノマーの各々が独立して二環式ヌクレオチドもしくは他の２’−修飾ヌクレオチドから選択される請求項１の短いアンチセンス化合物。
  13. ２’−修飾ヌクレオチドがハロゲン、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）もしくはＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択され、ここで、各ＲｍおよびＲｎが独立してＨまたは置換されたもしくは非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルである請求項１２の短いアンチセンス化合物。
  14. ２’−修飾ヌクレオチドが２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３ヌクレオチドである請求項１３の短いアンチセンス化合物。
  15. 少なくとも１つのモノマー結合が修飾モノマー結合である請求項１の短いアンチセンス化合物。
  16. 修飾モノマー結合がホスホロチオエート結合である請求項１５のアンチセンス化合物。
  17. 各モノマー結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である請求項１の短いアンチセンス化合物。
  18. ８〜１５個のモノマーの長さである請求項１〜１７のいずれかの短いアンチセンス化合物。
  19. ９〜１５個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  20. １０〜１５個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  21. ９〜１４個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  22. １０〜１４個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  23. ９〜１３個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  24. １０〜１３個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  25. ９〜１２個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  26. １０〜１２個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  27. ９〜１１個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  28. １０〜１１個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  29. ８個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  30. ９個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  31. １０個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  32. １１個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  33. １２個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  34. １３個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  35. １４個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  36. １５個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
  37. １６個のモノマーの長さである請求項１８の短いアンチセンス化合物。
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