ES2389737T3 - Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos modificados en 5' - Google Patents

Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos modificados en 5' Download PDF

Info

Publication number
ES2389737T3
ES2389737T3 ES07797414T ES07797414T ES2389737T3 ES 2389737 T3 ES2389737 T3 ES 2389737T3 ES 07797414 T ES07797414 T ES 07797414T ES 07797414 T ES07797414 T ES 07797414T ES 2389737 T3 ES2389737 T3 ES 2389737T3
Authority
ES
Spain
Prior art keywords
substituted
compound
oligomeric compound
group
compound according
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
ES07797414T
Other languages
English (en)
Inventor
Punit P. Seth
Eric E. Swayze
Bhat Balkrishen
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Ionis Pharmaceuticals Inc
Original Assignee
Isis Pharmaceuticals Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=38686833&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=ES2389737(T3) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Isis Pharmaceuticals Inc filed Critical Isis Pharmaceuticals Inc
Application granted granted Critical
Publication of ES2389737T3 publication Critical patent/ES2389737T3/es
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00Drugs for disorders of the metabolism
    • A61P3/04Anorexiants; Antiobesity agents
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Obesity (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Child & Adolescent Psychology (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

Un nucleósido bicíclico que tiene la fórmula: **Fórmula**en la que:Bx es un resto de base heterocíclico;uno de entre T1 y T2 es H o un grupo protector hidroxilo y el otro de entre T1 y T2 es H, un grupo protectorhidroxilo o un grupo fósforo reactivo;Z es alquilo C1-C6, alquenilo C2-C6, alquinilo C2-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6 sustituido, alquiniloC2-C6 sustituido o acilo sustituido;en la que cada grupo sustituido está mono o poli sustituido con grupos sustituyentes seleccionadosindependientemente de entre halógeno, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6, alquenilo C2-C6sustituido, alquinilo C2-C6, alquinilo C2-C6 sustituido, OJ1, SJ1, NJ1J2, N3, COOJ1, CN, O-C(>=O)NJ1J2,N(H)C(>=NH)NJ1J2 o N(H)C(>=X)N(H)J2 en la que X es O o S; ycada J1 y J2 es, independientemente, H, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6, alquenilo C2-C6sustituido, alquinilo C2-C6, alquinilo C2-C6 sustituido, aminoalquilo C1-C6, aminoalquilo C1-C6 sustituido o ungrupo protector,en la que la expresión grupo fósforo reactivo se refiere a una fosforamidita, un H-fosfonato, un triéster de fosfatoo un auxiliar quiral que contiene fósforo.

Description

Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos modificados en 5’
Listado de secuencias
La presente solicitud se está presentando junto con un listado de secuencias en formato electrónico. El listado de secuencias se proporciona como un archivo titulado CHEM0029WOSEQ.TXT, creado el 10 de mayo de 2007, que tiene un tamaño de 8 Kb.
Campo de la invenci6n
La presente invención proporciona nucleósidos bicíclicos modificados en 5’ y compuestos oligoméricos y composiciones preparadas a partir de los mismos. Más concretamente, la presente invención proporciona nucleósidos que tienen un puente 2’-O-CH2-4’ con un grupo adicional situado en la posición 5’ y oligómeros y composiciones preparadas a partir de los mismos. En una forma de realización preferente, el grupo 5’ está en una configuración concreta que proporciona el isómero (R) o (S). En determinadas formas de realización, las composiciones y los compuestos oligoméricos de la presente invención hibridan con una porción de un ARN diana que da como resultado la pérdida de la función normal del ARN diana.
Antecedentes de la invenci6n
La tecnología antisentido es un medio eficaz para reducir la expresión de uno o más productos génicos específicos y por lo tanto puede llegar a ser excepcionalmente útil en una serie de aplicaciones terapéuticas, de diagnóstico y de investigación. Los nucleósidos modificados químicamente se utilizan de manera rutinaria para su incorporación en secuencias antisentido para mejorar una o más propiedades, tales como por ejemplo la resistencia a las nucleasas. Uno de tales grupos de modificaciones químicas incluye nucleósidos bicíclicos en los que la porción furanosa del nucleósido incluye un puente que conecta dos átomos en el anillo de furanosa formando así un sistema de anillo bicíclico. Tales nucleósidos bicíclicos tienen diversos nombres, incluyendo BNA y LNA para ácidos nucleicos bicíclicos o ácidos nucleicos bloqueados, respectivamente.
Se han preparado y presentado diversos BNA en la literatura de patentes así como en la literatura científica, véanse por ejemplo: Singh y col., Chem. Commun., 1998,4, 455-456; Koshkin y col., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Wahlestedt y col., Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 5633-5638; Kumar y col., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Wengel y col., solicitud internacional PCT número PCT/DK98/00303 (publicada como WO 99/14226 el 25 de marzo de 1999), presentada el 14 de septiembre de 1998; Singh y col., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039, cuyos textos se incorporan en el presente documento por referencia, en su totalidad. Ejemplos de patentes expedidas en EE.UU. y solicitudes publicadas incluyen, por ejemplo: las patentes de los EE.UU. nº 6.770.748 6.268.490 y 6.794.499, y las solicitudes de los EE.UU. publicadas nº 20040219565, 20040014959, 20030207841, 20040192918, 20030224377, 20040143114, 20030087230 y 20030082807.
Se han preparado y presentado diversos nucleósidos modificados en 5’ en la literatura de patentes así como en la literatura científica, véanse por ejemplo: Mikhailov y col., Nucleosides and Nucleotides, 1991, 10, 393-343; Saha y col., J. Org. Chem., 1995, 60, 788-789; Beigleman y col., Nucleosides and Nucleotides, 1995, 14, 901-905; Wang, y col., Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 1999, 9, 885-890; y la solicitud internacional PCT WO94/22890 publicada el 13 de octubre de 1994.
Por consiguiente, sigue existiendo una necesidad largamente sentida de agentes que regulen específicamente la expresión génica a través de mecanismos antisentido. En el presente documento se desvelan BNA modificados en 5’ y compuestos antisentido preparados a partir de los mismos útiles para modular las vías de expresión génica, que incluyen aquellas que dependen de mecanismos de acción tales como enzimas ARNasa H, ARNi y ARNbc, así como otros mecanismos antisentido basados en la degradación de la diana o la ocupación de la diana. Un experto en la materia, una vez provisto de la presente divulgación podrá, sin experimentación indebida, identificar, preparar y explotar compuestos antisentido para estos usos.
Breve sumario de la invenci6n
La presente invención proporciona nucleósidos bicíclicos que tienen la fórmula: en la que:
Bx es un resto de base heterocíclico; uno de entre T1 y T2 es H o un grupo protector hidroxilo y el otro de entre T1 y T2 es H, un grupo protector hidroxilo o un grupo fósforo reactivo según se define en la reivindicación 1;
5 Z es alquilo C1-C6, alquenilo C2-C6, alquinilo C2-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6 sustituido o acilo sustituido (-C(=O)-); en la que cada grupo sustituido está mono o poli sustituido con grupos sustituyentes seleccionados independientemente de entre halógeno, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6, alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6, alquinilo C2-C6 sustituido, OJ1, SJ1, NJ1J2, N3, COOJ1, CN, O-C(=O)NJ1J2,
10 N(H)C(=NH)NR1R2 o N(H)C(=X)N(H)J2 en la que X es O o S; y cada J1 y J2 es, independientemente, H, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6, alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6, alquinilo C2-C6 sustituido, aminoalquilo C1-C6, aminoalquilo C1-C6 sustituido
o un grupo protector.
En una forma de realización Z es alquilo C1-C6 sustituido. En otra forma de realización Z es metileno sustituido en el
15 que los grupos sustituyentes preferentes incluyen uno o más grupos seleccionados independientemente de entre F, NJ1J2, N3, CN, OJ1, SJ1, O-C(=O)NJ1J2, N(H)C(=NH)NJ1J2 o (H)C(=O)N(H)J2. En una forma de realización cada J1 y J2 es, independientemente, H o alquilo C1-C6.
En una forma de realización Z es metilo, etilo o metoximetilo. En otra forma de realización Z es metilo. En una forma de realización adicional Z es etilenilo. En otra forma de realización Z es acilo sustituido. En una forma de realización 20 adicional Z es C(=O)NJ1J2.
En una forma de realización, por lo menos uno de entre T1 y T2 es un grupo protector hidroxilo en el que una lista de grupos protectores hidroxilo preferentes incluye acetilo, t-butilo, t-butoximetilo, metoximetilo, tetrahidropiranilo, 1-etoxietilo, 1-(2-cloroetoxi)etilo, 2-trimetilsililetilo, p-clorofenilo, 2,4-dinitrofenilo, bencilo, benzoilo, p-fenilbenzoilo, 2,6-diclorobencilo, difenilmetilo, p-nitrobencilo, trifenilmetilo (tritilo), 4,4’-dimetoxitritilo, trimetilsililo, trietilsililo,
25 t-butildimetilsililo, t-butildifenilsililo, trifenilsililo, triisopropilsililo, benzoilformato, cloroacetilo, tricloroacetilo, trifluoroacetilo, pivaloílo, carbonato de 9-fluorenilmetilo, mesilato, tosilato, triflato, tritilo, monometoxitritilo, dimetoxitritilo, trimetoxitritilo, 9-fenilxantina-9-ilo (Pixylo) y 9-(p-metoxifenil)xantina-9-ilo (MOX). Una lista de grupos protectores hidroxilo más preferentes incluye acetilo, bencilo, t-butildimetilsililo, t-butildifenilsililo y 4,4’-dimetoxitritilo.
En una forma de realización T2 es un grupo fósforo reactivo en el que una lista de grupos fósforo reactivos 30 preferentes incluye diisopropilcianoetoxi-fosforamidita y H-fosfonato.
En una forma de realización T2 es una diisopropilcianoetoxi-fosforamidita y T1 es 4,4’-dimetoxitritilo.
En una forma de realización, el grupo Z está en la configuración (R):
En una forma de realización, el grupo Z está en la configuración (S):
La presente invención también proporciona compuestos oligoméricos que comprenden por lo menos un monómero de la fórmula:
en la que:
Bx es un resto de base heterocíclico; T3 es H, un grupo protector hidroxilo, un grupo conjugado unido o un grupo de unión de internucleósidos
5 fijado a un nucleósido, un nucleótido, un oligonucleósido, un oligonucleótido, una subunidad monomérica o un compuesto oligomérico; T4 es H, un grupo protector hidroxilo, un grupo conjugado unido o un grupo de unión de internucleósidos fijado a un nucleósido, un nucleótido, un oligonucleósido, un oligonucleótido, una subunidad monomérica o un compuesto oligomérico;
10 Z es alquilo C1-C6, alquenilo C2-C6, alquinilo C2-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6 sustituido o acilo sustituido (-C(=O)-); en la que cada grupo sustituido está mono o poli sustituido con grupos sustituyentes seleccionados independientemente de entre halógeno, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6, alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6, alquinilo C2-C6 sustituido, OJ1, SJ1, NJ1J2, N3, COOJ1, CN, O-C(=O)NJ1J2,
15 N(H)C(=NH)NR1R2 o N(H)C(=X)N(H)J2 en la que X es O o S; cada J1 y J2 es, independientemente, H, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6, alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6, alquinilo C2-C6 sustituido, aminoalquilo C1-C6, aminoalquilo C1-C6 sustituido
o un grupo protector; y en la que por lo menos uno de entre T3 y T4 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un
20 nucleósido, un nucleótido, un oligonucleósido, un oligonucleótido, una subunidad monomérica o un compuesto oligomérico
En una forma de realización Z es alquilo C1-C6 sustituido. En otra forma de realización Z es metileno sustituido en el que los grupos sustituyentes preferentes incluyen uno o más grupos seleccionados independientemente de entre F, NJ1J2, N3, CN, OJ1, SJ1, O-C(=O) NJ1J2, N(H)C(=NH)NJ1J2 o N(H)C(=O)N(H)J2. En una forma de realización cada J1
25 y J2 es, independientemente, H o alquilo C1-C6.
En una forma de realización Z es metilo, etilo o metoximetilo. En otra forma de realización Z es metilo. En una forma de realización adicional Z es etilenilo. En otra forma de realización Z es acilo sustituido. En una forma de realización adicional Z es C(=O)NJ1J2.
En una forma de realización T3 es H o un grupo protector hidroxilo. En otra forma de realización T3 es un grupo de
30 unión de internucleósidos fijado a un nucleósido, un nucleótido o una subunidad monomérica. En una forma de realización adicional T3 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un oligonucleósido o un oligonucleótido. En otra forma de realización T3 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un compuesto oligomérico.
En una forma de realización T4 es H o un grupo protector hidroxilo. En otra forma de realización T4 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un nucleósido, un nucleótido o una subunidad monomérica. En una forma de
35 realización adicional T4 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un oligonucleósido o un oligonucleótido. En otra forma de realización T4 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un compuesto oligomérico.
En una forma de realización los compuestos oligoméricos se proporcionan con por lo menos un monómero en el que el grupo Z está en la configuración (R):
40 En una forma de realización los compuestos oligoméricos se proporcionan con por lo menos un monómero en el que el grupo Z está en la configuración (S):
En una forma de realización, por lo menos uno de entre T3 y T4 comprende un grupo de unión de internucleósidos seleccionado de entre fosfodiéster o fosforotioato. En otra forma de realización, cada grupo de unión de internucleósidos en el compuesto oligomérico es, independientemente, un fosfodiéster o un fosforotioato.
5 En una forma de realización los compuestos oligoméricos se proporcionan con por lo menos una región de por lo menos dos monómeros contiguos de nucleósidos bicíclicos sustituidos en 5’ de la invención. En otra forma de realización los compuestos oligoméricos se proporcionan con por lo menos dos regiones de por lo menos dos monómeros contiguos de nucleósidos bicíclicos sustituidos en 5’ de la invención. En una forma de realización adicional los compuestos oligoméricos se proporcionan con por lo menos dos regiones separadas de por lo menos
10 dos monómeros contiguos de nucleósidos bicíclicos modificados en 5’ de la invención que comprenden un compuesto oligomérico interrumpido.
En una forma de realización los compuestos oligoméricos se proporcionan con aproximadamente 8 a aproximadamente 40 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos de longitud. En una forma de realización adicional el compuesto oligomérico comprende de aproximadamente 8 a aproximadamente 20 nucleósidos y/o
15 nucleósidos modificados o miméticos de longitud. En otra forma de realización más los compuestos oligoméricos comprenden de aproximadamente 10 a aproximadamente 16 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos de longitud. En otra forma de realización los compuestos oligoméricos comprenden de aproximadamente 10 a aproximadamente 14 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos de longitud.
También se proporcionan compuestos para uso en procedimientos de inhibición de la expresión génica que
20 comprenden poner en contacto una o más células, un tejido o un animal con un compuesto oligomérico de la invención.
Descripci6n detallada de la invenci6n
La presente invención proporciona nucleósidos bicíclicos modificados en 5’ y compuestos oligoméricos preparados a partir de los mismos. Más concretamente, la presente invención proporciona nucleósidos que tienen restos azúcar 25 ribofuranosilo bicíclicos modificados en 5’ (también denominados en el presente documento nucleósidos bicíclicos modificados en 5’ o BNA modificados en 5’) y oligómeros y composiciones preparadas a partir de los mismos. En una forma de realización preferente, el grupo que modifica la posición 5’ tiene una configuración concreta, proporcionando así la quiralidad (R) o (S). Los compuestos también se describen utilizando la nomenclatura IUPAC, por ejemplo, el ácido nucleico bicíclico sustituido en 5’-CH3 uracilo DMT fosforamidita tendría el nombre: 30 (1R,3R,4R,7S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)-fosfinoxi]-1-[1-(S,R o ninguno para el racémico)-(4,4’-dimetoxitritil)oxi-etil]-3-(uracil-1-il)-2,5-dioxa-bicilo[2.2.1]heptano terminología (uracilo DMT fosforamidita por ejemplo) en la que la posición del etilo es (R), (S) o racémica y la base heterocíclica que se muestra como uracilo-1-il puede estar sustituida con cualquier base heterocíclica descrita en el presente documento. Los BNA modificados en 5’ de la presente invención resultan útiles para mejorar las propiedades deseadas de los
35 compuestos oligoméricos en los que se incorporan. Los oligómeros de la presente invención también pueden resultar útiles como cebadores y sondas en aplicaciones de diagnóstico.
En una forma de realización preferente, los nucleósidos bicíclicos modificados en 5’ de la presente invención tienen la estructura que se muestra a continuación:
40 En la que los asteriscos indican independientemente hidroxilo, hidroxilo protegido, enlace internucleósido que conecta el nucleósido bicíclico modificado en 5’ a un monómero u oligómero, un grupo fósforo reactivo, un conjugado unido opcionalmente u otro grupo analizado en el presente documento o útil en la tecnología antisentido.
La preparación de diversos BNA sustituidos en (5’-Z) se ve posibilitada en un aspecto por la sustitución de los reactivos de Grignard disponibles en el mercado (o sintetizados de manera alternativa) en los procedimientos 45 ilustrados en la sección de ejemplos. Por ejemplo véase el Ejemplo 1, Etapa C, donde se utiliza bromuro de metilmagnesio como reactivo de Grignard para proporcionar el análogo 5’-CH3-BNA. También pueden introducirse grupos sustituyentes utilizando reacciones de homologación de carbono funcionalmente similares conocidas para los expertos en la materia. La adición de nitrometano y la homologación a través de un epóxido se describe en Wang,
G.; Middleton, P. J. Tetrahedron Lett. 1996, 37, 2739-2742 (véase también: Wang y col., Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 1999, 9, 885-890; y Saha y col., J. Org. Chem., 1995, 60, 788-789). Además, los reactivos de Grignard o de otro tipo adecuadamente funcionalizados pueden manipularse después de la adición para proporcionar análogos funcionalizados adicionales. Por ejemplo, el uso de reactivos de bromuro de alilmagnesio o vinilmagnesio introducirá un doble enlace, que podría funcionalizarse a muchos grupos diferentes, incluyendo funcionalidades tales como halometilo, metoximetilo, hidroximetilo apropiadamente protegido, aminometilo y otros diversos grupos funcionales.
En un aspecto de la presente invención, los nucleósidos bicíclicos modificados en 5’ de la presente invención resultan útiles para modificar de otro modo compuestos oligoméricos sin modificar en una o más posiciones. Tales compuestos oligoméricos modificados pueden describirse como que tienen un motivo concreto. Los motivos aplicables a la presente invención incluyen pero no se limitan a un motivo interrumpido, un motivo hemímero, un motivo blocámero, un motivo completamente modificado, un motivo modificado posicionalmente y un motivo alterno. Conjuntamente con estos motivos también puede utilizarse una amplia variedad de enlaces que incluyen, pero no se limitan a, enlaces fosfodiéster y fosforotioato utilizados de manera uniforme o en combinaciones. El posicionamiento de los nucleósidos bicíclicos modificados en 6 y el uso de estrategias de enlace pueden optimizarse fácilmente para la mejor actividad para una diana concreta.
Las patentes representativas de los EE.UU. que ilustran la preparación de motivos representativos incluyen, pero no se limitan a las nº 5.013.830; 5.149.797; 5.220.007; 5.256.775; 5.366.878; 5.403.711; 5.491.133; 5.565.350; 5.623.065; 5.652.355; 5.652.356; y 5.700.922, algunas de las cuales son del mismo solicitante que la presente solicitud. Los motivos también se desvelan en la solicitud internacional PCT/US2005/019219, presentada el 02 de junio de 2005 y publicada como WO 2005/121371 el 22 de diciembre de 2005 y la PCT/US2005/019220, presentada el 02 de junio de 2005 y publicada como WO 2005/121372 el 22 de diciembre de 2005.
Las expresiones "compuesto estable" y "estructura estable" pretenden indicar un compuesto que es lo suficientemente robusto para superar el aislamiento hasta un grado útil de pureza a partir de una mezcla de reacción, y la formulación en un agente terapéutico eficaz. En el presente documento sólo se contemplan los compuestos estables.
Los grupos sustituyentes seleccionados dentro de los compuestos descritos en el presente documento están presentes en un grado recursivo. En este contexto, "sustituyente recursivo" significa que un sustituyente puede describir otro ejemplo de sí mismo. Dada la naturaleza recursiva de tales sustituyentes, en teoría, puede estar presente un gran número en cualquier reivindicación dada. Un experto habitual en la técnica de la química médica y de la química orgánica entiende que el número total de tales sustituyentes está razonablemente limitado por las propiedades deseadas del compuesto que se busca. Tales propiedades incluyen, a modo de ejemplo y no de limitación, propiedades físicas tales como el peso molecular, la solubilidad o el log P, propiedades de aplicación tales como la actividad contra la diana prevista, y propiedades prácticas tales como la facilidad de síntesis.
Los sustituyentes recursivos son un aspecto previsto de la invención. Un experto habitual en la técnica de la química médica y orgánica comprende la versatilidad de tales sustituyentes. En la medida en que los sustituyentes recursivos estén presentes en una reivindicación de la invención, el número total se determinará como se ha expuesto anteriormente.
El término "sustituyente" y la expresión "grupo sustituyente," tal como se utilizan en el presente documento, pretenden incluir grupos que por lo general se añaden a otros grupos o precursores para mejorar las propiedades deseadas o proporcionar los efectos deseados. Los grupos sustituyentes pueden estar protegidos o no protegidos y pueden añadirse a un sitio disponible o a muchos sitios disponibles en un precursor. Los grupos sustituyentes también pueden estar sustituidos adicionalmente con otros grupos sustituyentes y pueden estar fijados a un precursor directamente o a través de un grupo de unión tal como un grupo alquilo o hidrocarbilo. Tales grupos incluyen, sin limitación, halógeno, hidroxilo, alquilo, alquenilo, alquinilo, acilo (-C(O)Raa), carboxilo (-C(O)O-Raa), grupos alifáticos, grupos alicíclicos, alcoxi, oxo sustituido (-O-Raa), arilo, aralquilo, heterocíclico, heteroarilo, heteroarilalquilo, amino (-NRbbRcc)) imino (=NRbb), amido (-C(O)N-RbbRcc o -N(RBB)C(O)Raa), azido (-N3), nitro (-NO2), ciano (-CN), carbamido (-OC(O)NRbbRcc o -N(RBB)C(O)ORaa), ureido (-N(RBB)C(O)NRbbRcc), tioureido (-N(RBB)C(S) NRbbRcc), guanidinilo (-N(RBB)C(=NRbb)NRbbRcc), amidinilo (-C(=NRbb) NRbbRcc o N-(Rbb)C(NRbb)Raa), tiol (-SRbb), sulfinilo (-S(O)Rbb), sulfonilo (-S(O)2Rbb), sulfonamidilo (-S(O)2NRbbRcc o N-(Rbb)-S(O)2Rbb ) y grupos conjugados. En los que cada Raa, Rbb y Rcc es H, un grupo funcional químico unido opcionalmente o un grupo sustituyente adicional con una lista preferente que incluye sin limitación H, alquilo, alquenilo, alquinilo, alifático, alcoxi, acilo, arilo, aralquilo, heteroarilo, alicíclico, heterocíclico y heteroarilalquilo.
Los grupos de unión o restos de unión bifuncionales tales como los conocidos en la técnica son aplicables a la presente invención. Los grupos de unión resultan útiles para la fijación de grupos funcionales químicos, grupos conjugados, grupos indicadores y otros grupos a los sitios selectivos en un precursor. En general, un resto de unión bifuncional comprende un resto hidrocarbilo que tiene dos grupos funcionales. Uno de los grupos funcionales está seleccionado para unirse a una molécula precursora o compuesto de interés y el otro está seleccionado para unirse básicamente a cualquier grupo seleccionado tal como un grupo funcional químico o un grupo conjugado. En determinadas formas de realización, el engarce comprende una estructura de cadena o un oligómero de unidades que se repiten como etilenglicol o unidades de aminoácidos. Ejemplos de grupos funcionales que se utilizan de manera rutinaria en un resto de unión bifuncional incluyen, pero no se limitan a, electrófilos para reaccionar con grupos nucleófilos y nucleófilos para reaccionar con grupos electrófilos. En determinadas formas de realización, los restos de unión bifuncionales incluyen amino, hidroxilo, ácido carboxílico, tiol, insaturaciones (por ejemplo, enlaces dobles o triples), y similares. Determinados ejemplos no limitativos de restos de unión bifuncionales incluyen ácido 8-amino-3,6-dioxaoctanoic (ADO), 4-(N-maleimidometil)ciclohexano-1-carboxilato de succinimidilo (SMCC) y ácido 6-aminohexanoico (AHEX o AHA). Otros grupos de unión incluyen, pero no se limitan a, alquilo C1-C10 sustituido, alquenilo C2-C10 sustituido o no sustituido, o alquinilo C2-C10 sustituido o no sustituido, en los que una lista no limitativa de grupos sustituyentes preferentes incluye hidroxilo, amino, alcoxi, carboxi, bencilo, fenilo, nitro, tiol, tioalcoxi, halógeno, alquilo, arilo, alquenilo y alquinilo.
El término "hidrocarbilo" incluye grupos que comprenden C, O y H. Se incluyen grupos lineales, ramificados y cíclicos con cualquier grado de saturación. Tales grupos hidrocarbilo pueden incluir uno o más heteroátomos seleccionados de entre N, O y S y pueden estar mono o poli sustituidos adicionalmente con uno o más grupos sustituyentes.
El término "alquilo", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un radical hidrocarburo lineal o ramificado saturado que contiene hasta veinticuatro átomos de carbono. Ejemplos de grupos alquilo incluyen, pero no se limitan a, metilo, etilo, propilo, butilo, isopropilo, n-hexilo, octilo, decilo, dodecilo y similares. Los grupos alquilo incluyen por lo general de 1 a aproximadamente 24 átomos de carbono, más generalmente de 1 a aproximadamente 12 átomos de carbono (alquilo C1-C12) siendo más preferentes de 1 a 6 átomos de carbono. La expresión "alquilo inferior" tal como se utiliza en el presente documento incluye de 1 a aproximadamente 6 átomos de carbono. Los grupos alquilo tal como se utilizan en el presente documento pueden incluir opcionalmente uno o más grupos sustituyente adicionales.
El término "alquenilo", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un radical de cadena de hidrocarburo lineal o ramificada que contiene hasta veinticuatro átomos de carbono y que tiene por lo menos un doble enlace carbono-carbono. Ejemplos de grupos alquenilo incluyen, pero no se limitan a, etenilo, propenilo, butenilo, 1-metil-2-buten-1-ilo, dienos tales como 1,3-butadieno y similares. Los grupos alquenilo incluyen por lo general de 2 a aproximadamente 24 átomos de carbono, más generalmente de 2 a aproximadamente 12 átomos de carbono, siendo más preferente de 2 a aproximadamente 6 átomos de carbono. Los grupos alquenilo tal como se utilizan en el presente documento, pueden incluir opcionalmente uno o más grupos sustituyente adicionales.
El término "alquinilo", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un radical hidrocarburo lineal o ramificado que contiene hasta veinticuatro átomos de carbono y que tiene por lo menos un triple enlace carbono-carbono. Ejemplos de grupos alquinilo incluyen, pero no se limitan a, etinilo, 1-propinilo, 1 butinilo, y similares. Los grupos alquinilo incluyen por lo general de 2 a aproximadamente 24 átomos de carbono, más generalmente de 2 a aproximadamente 12 átomos de carbono, siendo más preferente de 2 a 6 átomos de carbono. Los grupos alquinilo tal como se utilizan en el presente documento, pueden incluir opcionalmente uno o más grupos sustituyente adicionales.
El término "aminoalquilo" tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un radical alquilo sustituido con un amino. Este término pretende incluir grupos alquilo C1-C12 que tienen un sustituyente amino en cualquier posición y en los que el grupo alquilo fija el grupo aminoalquilo a la molécula precursora. Las porciones alquilo o amino del grupo aminoalquilo pueden estar sustituidas adicionalmente con grupos sustituyentes.
El término "alifático", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un radical hidrocarburo lineal o ramificado que contiene hasta veinticuatro átomos de carbono en el que la saturación entre dos átomos de carbono cualesquiera es un enlace simple, doble o triple. Un grupo alifático contiene preferentemente de 1 a aproximadamente 24 átomos de carbono, más generalmente de 1 a aproximadamente 12 átomos de carbono, siendo más preferente de 1 a aproximadamente 6 átomos de carbono. La cadena lineal o ramificada de un grupo alifático puede estar interrumpida con uno o más heteroátomos que incluyen nitrógeno, oxígeno, azufre y fósforo. Tales grupos alifáticos, interrumpidos por heteroátomos incluyen, sin limitación, polialcoxis, tales como polialquilenglicoles, poliaminas, y poliiminas. Los grupos alifáticos tal como se utilizan en el presente documento pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.
El término "alicíclico" o "aliciclilo" se refiere a un sistema de anillo cíclico en el que el anillo es alifático. El sistema de anillo puede comprender uno o más anillos en los que por lo menos un anillo es alifático. Alicíclicos preferentes incluyen anillos que tienen de aproximadamente 5 a aproximadamente 9 átomos de carbono en el anillo. Alicíclico tal como se utiliza en el presente documento puede incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.
El término "alcoxi", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un radical formado entre un grupo alquilo y un átomo de oxígeno en el que el átomo de oxígeno se utiliza para fijar el grupo alcoxi de una molécula precursora. Ejemplos de grupos alcoxi incluyen, pero no se limitan a, metoxi, etoxi, propoxi, isopropoxi, n-butoxi, sec-butoxi, terc-butoxi, n-pentoxi, neopentoxi, n-hexoxi y similares. Los grupos alcoxi tal como se utilizan en el presente documento, pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.
Los términos "halo" y "halógeno", tal como se utilizan en el presente documento, se refieren a un átomo seleccionado de entre flúor, cloro, bromo y yodo.
Los términos "arilo" y "aromático", tal como se utilizan en el presente documento, se refieren a radicales de sistemas de anillo carbocíclicos mono o policíclicos que tienen uno o más anillos aromáticos. Ejemplos de grupos arilo incluyen, pero no se limitan a, fenilo, naftilo, tetrahidronaftilo, indanilo, idenilo y similares. Sistemas de anillo arilo preferentes tienen de aproximadamente 5 a aproximadamente 20 átomos de carbono en uno o más anillos. Los grupos arilo tal como se utilizan en el presente documento, pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.
Los términos "aralquilo" y "arilalquilo", tal como se utilizan en el presente documento, se refieren a un radical formado entre un grupo alquilo y un grupo arilo en el que el grupo alquilo se utiliza para fijar el grupo aralquilo a una molécula precursora. Los ejemplos incluyen, pero no se limitan a, bencilo, fenetilo y similares. Los grupos aralquilo tal como se utilizan en el presente documento, pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales fijados al alquilo, al arilo, o a ambos grupos que forman el grupo radical.
La expresión "radical heterocíclico" tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un radical de sistema de anillo mono o policíclico que incluye por lo menos un heteroátomo y que es insaturado, parcialmente saturado o completamente saturado, incluyendo así grupos heteroarilo. Heterocíclico pretende incluir también los sistemas de anillo fusionados en los que uno o más de los anillos fusionados contienen por lo menos un heteroátomo y los demás anillos pueden contener uno o más heteroátomos u, opcionalmente, no contener heteroátomos. Un grupo heterocíclico incluye por lo general por lo menos un átomo seleccionado de entre azufre, nitrógeno u oxígeno. Los ejemplos de grupos heterocíclicos incluyen, [1,3]dioxolano, pirrolidinilo, pirazolinilo, pirazolidinilo, imidazolinilo, imidazolidinilo, piperidinilo, piperazinilo, oxazolidinilo, isoxazolidinilo, morfolinilo, tiazolidinilo, isotiazolidinilo, quinoxalinilo, piridazinonilo, tetrahidrofurilo y similares. Los grupos heterocíclicos tal como se utilizan en el presente documento, pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.
Los términos "heteroarilo", y "heteroaromático," tal como se utilizan en el presente documento, se refieren a un radical que comprende un anillo, sistema de anillo o sistema de anillo fusionado aromático mono o policíclico, en el que por lo menos uno de los anillos es aromático e incluye uno o más heteroátomos. Heteroarilo también pretende incluir los sistemas de anillo fusionados, que incluyen los sistemas donde uno o más de los anillos fusionados no contienen heteroátomos. Los grupos heteroarilo incluyen por lo general un átomo en el anillo seleccionado de entre azufre, nitrógeno u oxígeno. Los ejemplos de grupos heteroarilo incluyen, pero no se limitan a, piridinilo, pirazinilo, pirimidinilo, pirrolilo, pirazolilo, imidazolilo, tiazolilo, oxazolilo, isooxazolilo, tiadiazolilo, oxadiazolilo, tiofenilo, furanilo, quinolinilo, isoquinolinilo, bencimidazolilo, benzooxazoilo, quinoxalinilo, y similares. Los radicales heteroarilo pueden estar fijados a una molécula precursora directamente o a través de un resto de unión tal como un grupo alifático o heteroátomo. Los grupos heteroarilo tal como se utilizan en el presente documento pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.
El término "heteroarilalquilo", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un grupo heteroarilo tal como se ha definido con anterioridad que tiene un radical alquilo que puede fijar el grupo heteroarilalquilo a una molécula precursora. Los ejemplos incluyen, pero no se limitan a, piridinilmetilo, pirimidiniletilo, naftiridinilpropilo y similares. Los grupos heteroarilalquilo tal como se utilizan en el presente documento, pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.
La expresión "estructura mono o policíclica" tal como se utiliza en la presente invención incluye todos los sistemas de anillo que son sencillos o policíclicos que tienen anillos que están fusionados o unidos y pretende incluir los sistemas de anillo sencillos y mixtos seleccionados individualmente de entre alifático, alicíclico, arilo, heteroarilo, aralquilo, arilalquilo, heterocíclico, heteroarilo, heteroaromático, heteroarilalquilo. Tales estructuras mono y policíclicas pueden contener anillos que son uniformes o que tienen diferentes grados de saturación incluyendo completamente saturado, parcialmente saturado o completamente insaturado. Cada anillo puede comprender átomos en el anillo seleccionados de entre C, N, O y S para dar lugar a anillos heterocíclicos, así como anillos que comprenden sólo átomos de C en el anillo que pueden estar presentes en un motivo mixto tal como, por ejemplo, bencimidazol en el que un anillo tiene sólo átomos de carbono en el anillo y el anillo fusionado tiene dos átomos de nitrógeno. Las estructuras mono o policíclicas puede estar sustituidas adicionalmente con grupos sustituyentes tales como, por ejemplo, ftalimida que tiene dos grupos =O fijados a uno de los anillos. En otro aspecto, las estructuras mono o policíclicas pueden estar fijadas a una molécula precursora directamente a través de un átomo en el anillo, a través de un grupo sustituyente o un resto de unión bifuncional.
El término "acilo", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un radical formado por la eliminación de un grupo hidroxilo de un ácido orgánico y tiene la fórmula general -C(O)-X en la que X es por lo general alifático, alicíclico o aromático. Los ejemplos incluyen carbonilos alifáticos, carbonilos aromáticos, sulfonilos alifáticos, sulfinilos aromáticos, sulfinilos alifáticos, fosfatos aromáticos, fosfatos alifáticos y similares. Los grupos acilo tal como se utilizan en el presente documento, pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales. El término "oxo" se refiere al grupo (=O).
Los compuestos (por ejemplo, los nucleósidos bicíclicos modificados en 5’) descritos en el presente documento pueden prepararse mediante cualquiera de las técnicas aplicables de síntesis orgánica, como, por ejemplo, las ilustradas en los ejemplos que se presentan más adelante. Muchas de tales técnicas son bien conocidas en la técnica. Sin embargo, muchas de las técnicas conocidas se desarrollan en Compendium of Organic Synthetic Methods (John Wiley & Sons, Nueva York) Vol. 1, Ian T. Harrison and Shuyen Harrison (1971); Vol. 2, Ian T. Harrison y Shuyen Harrison (1974); Vol. 3, Louis S. Hegedus y Leroy Wade (1977); Vol. 4, Leroy G. Wade Jr., (1980); Vol. 5, Leroy G. Wade Jr. (1984); y Vol. 6, Michael B. Smith; así como March, J., Advanced Organic Chemistry, 3ª Edición, John Wiley & Sons, Nueva York (1985); Comprehensive Organic Synthesis. Selectivity, Strategy & Efficiency in Modern Organic Chemistry, en 9 volúmenes, Barry M. Trost, editor en jefe, Pergamon Press, Nueva York (1993); Advanced Organic Chemistry, Part B: Reactions and Synthesis, 4ª Ed.; Carey y Sundberg; Kluwer Academic/Plenum Publishers: Nueva York (2001); Advanced Organic Chemistry, Reactions, Mechanisms, and Structure, 2ª Edición, Marzo, McGraw Hill (1977); Greene’s Protective Groups in Organic Synthesis, 4ª Edición, Greene, T.W., y Wutz, P.G.M., John Wiley & Sons, Nueva York (2007); y Comprehensive Organic transformations, 2ª Edición, Larock, R.C., John Wiley & Sons, Nueva York (1999).
En un aspecto de la presente invención los compuestos oligoméricos son modificados por la fijación covalente de uno o más grupos conjugados. En general, los grupos conjugados modifican una o más propiedades del compuesto oligomérico fijado, que incluyen pero no se limitan a, farmacodinámica, farmacocinética, unión, absorción, distribución celular, captación celular, carga y eliminación. Los grupos conjugados se utilizan de manera rutinaria en las técnicas químicas y están unidos directamente o a través de un grupo de unión o resto de unión opcional a un precursor tal como un compuesto oligomérico. Una lista preferente de grupos conjugados incluye, sin limitación, intercaladores, moléculas indicadoras, grupos de fármacos tales como ibuprofeno, poliaminas, poliamidas, polietilenglicoles, tioéteres, poliéteres, colesteroles, tiocolesteroles, restos de ácido cólico, folato, lípidos, fosfolípidos, biotina, fenazina, fenantridina, antraquinona, adamantano, acridina, fluoresceínas, rodaminas, cumarinas y colorantes.
La expresión "grupo protector", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un resto químico lábil que se sabe en la técnica que protege grupos reactivos que incluyen, sin limitación, grupos hidroxilo, amino y tiol, contra reacciones no deseadas durante los procedimientos sintéticos. Los grupos protectores se utilizan por lo general selectivamente y/u ortogonalmente para proteger los sitios durante las reacciones en otros sitios reactivos y a continuación pueden eliminarse para dejar el grupo no protegido tal cual o disponible para reacciones adicionales. Los grupos protectores como se conocen en la técnica se describen de forma general en el documento de Greene Protective Groups in Organic Synthesis, 4ª Edición, Greene, T.W., y Wutz, P.G.M., John Wiley & Sons, Nueva York (2007).
Los grupos pueden incorporarse selectivamente en los compuestos oligoméricos de la invención como precursores. Por ejemplo, puede colocarse un grupo amino en un compuesto de la invención como grupo azido que puede convertirse químicamente en el grupo amino en un punto deseado en la síntesis. Generalmente, los grupos están protegidos o presentes como el precursor que será inerte a las reacciones que modifican otras zonas de la molécula precursora para la conversión en sus grupos finales en un momento apropiado. Los grupos precursores o protectores representativos adicionales se analizan en Agrawal, y col., Protocols for Oligonucleotide Conjugates, Eds, Humana Press; Nueva Jersey, 1994; Vol. 26 págs. 1-72.
Los ejemplos de grupos protectores hidroxilo incluyen, pero no se limitan a, t-butilo, t-butoximetilo, metoximetilo, tetrahidropiranilo, 1-etoxietilo, 1-(2-cloroetoxi)etilo, 2-trimetilsililetilo, p-clorofenilo, 2,4-dinitrofenilo, bencilo, 2,6-diclorobencilo, difenilmetilo, p-nitrobencilo, bis(2-acetoxietoxi) metilo (ACE), 2-trimetilsililetilo, triisopropilsililo, [(triisopropilsililo)oximetilo (TOM), monometoxitritilo, dimetoxitritilo (DMT), trimetoxitritilo, 1 (2-fluorofenil) -4-metoxipiperidin-4-ilo (FPMP), 9-fenilxantina-9-ilo (Pixylo) y 9-(p-metoxifenil)xantina-9-ilo (MOX), trifenilmetilo (tritilo), 4,4’-dimetoxitritilo, trimetilsililo, trietilsililo, t-butildimetilsililo, t-butildifenilsililo, trifenilsililo, benzoilformato, acetato, cloroacetato, tricloroacetato, trifluoroacetato, pivaloato, benzoato, p-fenilbenzoato, carbonato de 9-fluorenilmetilo, mesilato y tosilato. Donde los grupos protectores hidroxilo más preferentes incluyen, pero no se limitan a, bencilo, 2,6-diclorobencilo, t-butildimetilsililo, t-butildifenilsililo, benzoilo, mesilato, tosilato, dimetoxitritilo (DMT), 9-fenilxantina-9-ilo (Pixylo) y 9-(p-metoxifenil)xantina-9-ilo (MOX).
Los ejemplos de grupos protectores amino incluyen, pero no se limitan a, grupos protectores de carbamato, tales como 2-trimetilsililetoxicarbonilo (Teoc), 1-metil-1-(4-bifenilil)-etoxicarbonilo (Bpoc), t-butoxicarbonilo (BOC), aliloxicarbonilo (Alloc), 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc), y benciloxicarbonilo (Cbz); grupos protectores amida, tales como formilo, acetilo, trihaloacetilo, benzoilo, y nitrofenilacetilo; grupos protectores de sulfonamida, tales como 2-nitrobencenosulfonilo; y grupos protectores de imina e imida cíclica, tales como ftalimido y ditiasuccinoílo.
Los ejemplos de grupos protectores de tiol incluyen, pero no se limitan a, trifenilmetilo (tritilo), bencilo (Bn), y similares.
En determinadas formas de realización preferentes se preparan compuestos oligoméricos conectando nucleósidos con enlaces internucleósido que contienen fósforo opcionalmente protegido. Los grupos protectores representativos para los enlaces internucleósido que contienen fósforo tales como enlaces fosfodiéster y fosforotioato incluyen
�-cianoetilo, difenilsililetilo, o-cianobutenilo, ciano p-xililo (CPX), N-metil-N-trifluoroacetil etilo (META), acetoxi fenoxi etilo (APE) y grupos buteno-4-ilo. Véanse, por ejemplo las patentes de los EE.UU. nº 4.725.677 y Re. 34.069 (�-cianoetilo); Beaucage, S.L. e Iyer, RP, Tetrahedron, 49 nº 10, págs. 1925-1963 (1993); Beaucage, SL e Iyer, RP, Tetrahedron, 49 nº 46, págs. 10441-10488 (1993); Beaucage, SL e Iyer, RP, Tetrahedron, 48 nº 12, págs. 2223-2311 (1992).
Tal como se utiliza en el presente documento, la expresión " protegido ortogonalmente" se refiere a grupos funcionales que están protegidos con diferentes clases de grupos protectores, en los que cada clase de grupo protector puede eliminarse en cualquier orden y en presencia de todas las demás clases (véase, Barany, G. y Merrifield, RB, J. Am. Chem. Soc., 1977, 99, 7363; idem, 1980,102, 3084). La protección ortogonal se utiliza ampliamente, por ejemplo, en la síntesis automatizada de oligonucleótidos. Se desbloquea un grupo funcional en presencia de uno o más de otros grupos funcionales protegidos, que no se ven influidos por el procedimiento de desbloqueo. Este grupo funcional desbloqueado se hace reaccionar de alguna manera, y en algún punto se elimina un grupo protector ortogonal adicional bajo un conjunto diferente de condiciones de reacción. Esto permite que la química selectiva llegue a un compuesto o compuesto oligomérico deseado.
La presente invención proporciona compuestos que tienen grupos fósforo reactivos útiles para formar enlaces internucleósido que incluyen, por ejemplo, enlaces internucleósido fosfodiéster y fosforotioato. Tales grupos fósforo reactivos son conocidos en la técnica y contienen átomos de fósforo en estado de valencia PIII o PV y se limitan a, fosforamidita, H-fosfonato, triésteres de fosfato y auxiliares quirales que contienen fósforo. Una síntesis en fase sólida sintética preferente utiliza fosforamiditas (química PIII) como fosfitos reactivos. Los compuestos fosfito intermedios se oxidan posteriormente al estado PV utilizando procedimientos conocidos para producir, en formas de realización preferentes, enlaces internucleósido fosfodiéster o fosforotioato. Fosfatos y fosfitos reactivos adicionales se desvelan en Tetrahedron Report Number 309 (Beaucage y Iyer, Tetrahedron, 1992,48, 2223-2311).
Los ejemplos específicos de los compuestos oligoméricos útiles en la presente invención incluyen oligonucleótidos que contienen enlaces internucleósido de origen no natural, por ejemplo, modificados. Dos clases principales de enlaces internucleósido se definen por la presencia o ausencia de un átomo de fósforo. Los enlaces internucleósido modificados que tienen un átomo de fósforo incluyen, pero no se limitan a, fosforotioatos, fosforotioatos quirales, fosforoditioatos, fosfotriésteres, aminoalquilfosfotriésteres, metil y otros alquil-fosfonatos incluyendo 3’-alquilenfosfonatos, 5’-alquilenfosfonatos y fosfonatos quirales, fosfinatos, fosforamidatos incluyendo 3’-aminofosforamidato y aminoalquilfosforamidatos, tionofosforamidatos, tionoalquilfosfonatos, tionoalquilfosfotriésteres, esclenofosfatos y boranofosfatos que tienen enlaces 3’-5’ normales, análogos con enlaces 2’-5’ de estos, y aquellos que tienen polaridad invertida en los que uno o más enlaces internucleótido es un enlace 3’ a 3’, 5’ a 5’ o 2’ a 2’. Los oligonucleótidos que tienen polaridad invertida pueden comprender un enlace 3’ a 3’ sencillo en el enlace internucleótido más 3’, es decir, un residuo del nucleósido invertido sencillo que puede no tener base (la base nitrogenada se pierde o tiene un grupo hidroxilo en su lugar). También se incluyen diversas sales, sales mixtas y formas ácidas libres.
Las patentes de los EE.UU. representativas que ilustran la preparación de los enlaces que contienen fósforo anteriormente indicados incluyen, pero no se limitan a, los documentos: U.S. 3.687.808; 4.469.863; 4.476.301; 5.023.243; 5.177.196; 5.188.897; 5.264.423; 5.276.019; 5.278.302; 5.286.717; 5.321.131; 5.399.676; 5.405.939; 5.453.496; 5.455.233; 5.466.677; 5.476.925; 5.519.126; 5.536.821; 5.541.306; 5.550.111; 5.563.253; 5.571.799; 5.587.361; 5.194.599; 5.565.555; 5.527.899; 5.721.218; 5.672.697 y 5.625.050, algunos de los cuales son del mismo solicitante que la presente solicitud.
Los enlaces internucleósido modificados que no tienen un átomo de fósforo incluyen, pero no se limitan a, aquellos que se forman por enlaces internucleósido alquilo o cicloalquilo de cadena corta, enlaces internucleósido mixtos de heteroátomos y cicloalquilo o alquilo, o uno o más enlaces internucleósido heteroatómicos o heterocíclicos de cadena corta. Estos incluyen aquellos que tienen cadenas principales de siloxano; cadenas principales de sulfuro, sulfóxido y sulfona; cadenas principales de formacetilo y tioformacetilo; cadenas principales de metilenformacetilo y tioformacetilo; cadenas principales de riboacetilo; cadenas principales que contienen alqueno; cadenas principales de sulfamato; cadenas principales de metilenimino y metilenhidrazino; cadenas principales de sulfonato y sulfonamida; cadenas principales de amida; y otros que tienen partes componentes de N, O, S y CH2 mixtas.
Las patentes de los EE.UU. representativas que ilustran la preparación de los oligonucleósidos anteriormente indicados incluyen, pero no se limitan a, los documentos: U.S. 5.034.506; 5.166.315; 5.185.444; 5.214.134; 5.216.141; 5.235.033; 5.264.562; 5.264.564; 5.405.938; 5.434.257; 5.466.677; 5.470.967; 5.489.677; 5.541.307; 5.561.225; 5.596.086; 5.602.240; 5.610.289; 5.602.240; 5.608.046; 5.610.289; 5.618.704; 5.623.070; 5.663.312; 5.633.360; 5.677.437; 5.792.608; 5.646.269 and 5.677.439, algunos de los cuales son del mismo solicitante que la presente solicitud.
Los compuestos descritos en el presente documento contienen uno o más centros asimétricos y por lo tanto dan lugar a enantiómeros, diastereoisómeros, y otras formas estereoisómeras que pueden definirse, en términos de estereoquímica absoluta, como (R)- o (S)-, a o �, o como (D)- o (L)-, tales como para los aminoácidos y otros. La presente invención pretende incluir todos estos isómeros posibles, así como sus formas racémicas y ópticamente puras. Los isómeros ópticos pueden prepararse a partir de sus respectivos precursores ópticamente activos mediante los procedimientos descritos anteriormente, o resolviendo las mezclas racémicas. La resolución puede llevarse a cabo en presencia de un agente de resolución, mediante cromatografía o por cristalización repetida o por alguna combinación de estas técnicas que son conocidas para los expertos en la materia. Detalles adicionales acerca de las resoluciones pueden encontrarse en Jacques, y col., Enantiomers, Racemates, and Resolutions (John Wiley & Sons, 1981). Cuando los compuestos descritos en el presente documento contienen dobles enlaces olefínicos, otras insaturaciones, u otros centros de asimetría geométrica, y a menos que se especifique lo contrario, se pretende que los compuestos incluyan los isómeros geométricos E y Z o los isómeros cis y trans. Asimismo, también pretenden incluirse todas las formas tautómeras. La configuración de cualquier doble enlace carbono-carbono que aparece en el presente documento está seleccionada sólo por razones de conveniencia y no pretende designar una configuración concreta, a menos que el texto así lo indique; de esta manera un doble enlace carbono-carbono o doble enlace carbono-heteroátomo representado arbitrariamente en el presente documento como trans puede ser cis, trans, o una mezcla de los dos en cualquier proporción.
En el contexto de la presente invención, la expresión "compuesto oligomérico" se refiere a un polímero que tiene por lo menos una región que es capaz de hibridar con una molécula de ácido nucleico. La expresión "compuesto oligomérico" incluye oligonucleótidos, análogos de oligonucleótidos y oligonucleósidos así como miméticos de nucleótidos y/o polímeros mixtos que comprenden componentes de ácido nucleico y de ácido no nucleico. Los compuestos oligoméricos se preparan de manera rutinaria linealmente pero pueden juntarse o prepararse de otra manera para que sean circulares y también pueden incluir la ramificación. Los compuestos oligoméricos pueden formar construcciones bicatenarias tales como, por ejemplo, dos hebras hibridadas para formar composiciones bicatenarias. Las composiciones bicatenarias pueden estar unidas o separadas y pueden incluir salientes en los extremos. En general, un compuesto oligomérico comprende una cadena principal de subunidades monoméricas unidas donde cada subunidad monomérica está directa o indirectamente fijada a un resto de base heterocíclica. Los compuestos oligoméricos también pueden incluir subunidades monoméricas que no están unidas a un resto de base heterocíclica proporcionando así sitios sin base. Los enlaces que juntan las subunidades monoméricas, los restos azúcar o sustitutos y los restos de base heterocíclica pueden modificarse independientemente. La unidad de azúcar de enlace, que puede incluir o no una base heterocíclica, puede estar sustituida con un mimético tal como los monómeros en los ácidos nucleicos peptídicos. La capacidad de modificar o sustituir porciones o monómeros enteros en cada posición de un compuesto oligomérico da lugar a un gran número de motivos posibles.
Como se conoce en la técnica, un nucleósido es una combinación de base-azúcar. La porción de base del nucleósido es normalmente un resto de base heterocíclica. Las dos clases más comunes de tales bases heterocíclicas son purinas y pirimidinas. Los nucleótidos son nucleósidos que incluyen adicionalmente un grupo fosfato unido covalentemente a la porción de azúcar del nucleósido. Para aquellos nucleósidos que incluyen un azúcar pentofuranosilo, el grupo fosfato puede estar unido al resto hidroxilo 2’, 3’ ó 5’ del azúcar. En la formación de oligonucleótidos, los grupos fosfato unen covalentemente entre sí nucleósidos adyacentes para formar un compuesto polimérico lineal. Los extremos respectivos de esta estructura polimérica lineal pueden juntarse para formar una estructura circular por hibridación o por formación de un enlace covalente, sin embargo, generalmente se desean estructuras lineales abiertas. Dentro de la estructura del oligonucleótido, se atribuye comúnmente a los grupos fosfato la formación de los enlaces internucleósido del oligonucleótido. El enlace internucleósido normal de ARN y ADN es un enlace fosfodiéster 3’ a 5’.
En el contexto de la presente invención, el término "oligonucleótido" se refiere a un oligómero o polímero de ácido ribonucleico (ARN) o ácido desoxirribonucleico (ADN). Este término incluye oligonucleótidos compuestos por nucleobases de origen natural, azúcares y enlaces internucleósido covalentes. La expresión "análogo de oligonucleótido" se refiere a oligonucleótidos que tienen una o más partes de origen no natural. Con frecuencia tales oligonucleótidos de origen no natural resultan más deseables que las formas de origen natural debido a propiedades deseables tales como, por ejemplo, captación celular mejorada, afinidad por la diana de ácido nucleico mejorada y una mayor estabilidad en presencia de nucleasas.
En el contexto de la presente invención, el término "oligonucleósido" se refiere a una secuencia de nucleósidos que se juntan mediante enlaces internucleósido que no tienen átomos de fósforo. Los enlaces internucleósido de este tipo incluyen alquilo de cadena corta, cicloalquilo, alquil-heteroátomos mixtos, cicloalquil-heteroátomos mixtos, uno o más heteroatómos de cadena corta y uno o más heterocíclicos de cadena corta. Estos enlaces internucleósido incluyen, pero no se limitan a, siloxano, sulfuro, sulfóxido, sulfona, acetilo, formacetilo, tioformacetilo, metilformacetilo, tioformacetilo, alquenilo, sulfamato, metilenimino, metilenhidrazino, sulfonato, sulfonamida, amida y otros que tienen partes componentes N, O, S y CH2 mixtas.
Las patentes de los EE.UU. representativas que ilustran la preparación de los oligonucleósidos anteriormente indicados incluyen, pero no se limitan a, los documentos U.S.: 5.034.506; 5.166.315; 5.185.444; 5.214.134; 5.216.141; 5.235.033; 5.264.562; 5.264.564; 5.405.938; 5.434.257; 5.466.677; 5.470.967; 5.489.677; 5.541.307; 5.561.225; 5.596.086; 5.602.240; 5.610.289; 5.602.240; 5.608.046; 5.610.289; 5.618.704; 5.623.070; 5.663.312; 5.633.360; 5.677.437; 5.792.608; 5.646.269 y 5.677.439, algunos de los cuales son del mismo solicitante que la presente solicitud.
Los términos "nucleobase" o la expresión "resto de base heterocíclica" tal como se utiliza en el presente documento, pretende ser sinónimo de "base de ácido nucleico o mimético del mismo." En general, una base nitrogenada es cualquier subestructura que contiene uno o más átomos o grupos de átomos capaces de formar enlaces de hidrógeno con una base de un ácido nucleico. La expresión resto de base heterocíclica incluye, purinas, pirimidinas, bases heterocíclicas, bases modificadas, nucleobases modificadas y nucleobases de origen natural y de origen no natural.
Tal como se utiliza en el presente documento, nucleobases "sin modificar" o "naturales" incluyen las bases de purina adenina (A) y guanina (G), y las bases de pirimidina timina (T), citosina (C) y uracilo (U). Las nucleobases modificadas incluyen, pero no se limitan a, otras nucleobases sintéticas y naturales tales como, por ejemplo, 5-metilcitosina (5-me-C), 5-hidroximetilcitosina, xantina, hipoxantina y 2-aminoadenina. Las nucleobases modificadas también pueden incluir aquellas en las que se sustituye la base de purina o pirimidina con otros heterociclos, por ejemplo 7-deaza-adenina, 7-deazaguanosina, 2-aminopiridina y 2-piridona. Nucleobases adicionales incluyen las desveladas en la patente de Estados Unidos nº 3.687.808, las desveladas en The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, páginas 858-859, Kroschwitz, J.I., ed. John Wiley & Sons, 1990, las desveladas en Englisch y col., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613, y las desveladas en Sanghvi, YS, Capítulo 15, Antisense Research and Applications, páginas 289-302, Crooke, ST y Lebleu, B., ed., CRC Press, 1993.
Las nucleobases modificadas incluyen, pero no se limitan a, bases universales, bases hidrófobas, bases promiscuas, bases de tamaño ampliado y bases fluoradas tal como se definen en el presente documento. Algunas de estas nucleobases son especialmente útiles para aumentar la afinidad de unión de los compuestos oligoméricos de la invención. Estas incluyen pirimidinas sustituidas en 5, 6-azapirimidinas y purinas sustituidas en N-2, N-6 y O-6, incluyendo 2-aminopropiladenina, 5-propiniluracilo y 5-propinilcitosina. Se ha demostrado que las sustituciones 5-metilcitosina aumentan la estabilidad dúplex del ácido nucleico en 0,6-1,2ºC (Sanghvi, Y.S., Crooke, S.T. y Lebleu, B., eds., Antisense Research and Applications, CRC Press, Boca Raton, 1993, págs. 276-278) y actualmente resultan preferibles las sustituciones de bases, incluso más concretamente cuando se combinan con modificaciones de azúcar 2’-O-metoxietilo.
Las patentes de los EE.UU. representativas que ilustran la preparación de algunas de las nucleobases modificadas anteriormente indicadas así como otras nucleobases modificadas incluyen, pero no se limitan al documento anteriormente indicado U.S. 3.687.808, así como los documentos U.S.: 4.845.205; 5.130.302; 5.134.066; 5.175.273; 5.367.066; 5.432.272; 5.457.187; 5.459.255; 5.484.908; 5.502.177; 5.525.711; 5.552.540; 5.587.469; 5.594.121. 5.596.091; 5.614.617; 5.645.985; 5.830.653; 5.763.588; 6.005.096; y 5.681.941, algunos de los cuales son del mismo solicitante que la presente solicitud, y la patente de Estados Unidos 5.750.692, que es del mismo solicitante que la presente solicitud.
Además de tener por lo menos un nucleósido modificado BNA modificado en 5’, los compuestos oligoméricos de la presente invención también pueden contener uno o más nucleósidos adicionales que tienen restos azúcar modificados. El anillo de azúcar furanosilo puede estar modificado de una serie de maneras que incluyen la sustitución con un grupo sustituyente, la formación de puentes para formar un BNA y la sustitución del 4’-O con un heteroátomo tal como S o N(R). Determinadas patentes de los EE.UU. representativas que ilustran la preparación de tales azúcares modificados incluyen, pero no se limitan a los documentos U.S.: 4.981.957; 5.118.800; 5.319.080; 5.359.044; 5.393.878; 5.446.137; 5.466.786; 5.514.785; 5.519.134; 5.567.811; 5.576.427; 5.591.722; 5.597.909; 5.610.300; 5.627.053; 5.639.873; 5.646.265; 5.658.873; 5.670.633; 5.792.747; 5.700.920. 6.600.032 y a la solicitud internacional PCT/US2005/019219, presentada el 2 de junio de 2005 y publicada como WO 2005/121371 el 22 de diciembre de 2005, algunos de los cuales son del mismo solicitante que la presente solicitud. Una lista representativa de azúcares modificados preferentes incluye, pero no se limita a, azúcares sustituidos que tienen un grupo sustituyente 2’-F, 2’-OCH2 o 2’-O(CH2)2-OCH3; azúcares modificados con 4’-tio y azúcares modificados bicíclicos.
Los compuestos oligoméricos de la presente invención también pueden contener uno o más nucleósidos que tienen restos azúcar modificados. El anillo de azúcar furanosilo puede estar modificado de una serie de maneras que incluyen la sustitución con un grupo sustituyente, la formación de puentes para formar un BNA y la sustitución del 4’-O con un heteroátomo tal como S o N(R). Determinadas patentes de los EE.UU. representativas que ilustran la preparación de tales azúcares modificados incluyen, pero no se limitan a, los documentos U.S.: 4.981.957; 5.118.800; 5.319.080; 5.359.044; 5.393.878; 5.446.137; 5.466.786; 5.514.785; 5.519.134; 5.567.811; 5.576.427; 5.591.722; 5.597.909; 5.610.300; 5.627.053; 5.639.873; 5.646.265; 5.658.873; 5.670.633; 5.792.747; 5.700.920;
6.600.032 y la solicitud internacional PCT/US2005/019219, presentada el 2 de junio de 2005 y publicada como WO 2005/12137 el 22 de diciembre de 2005 algunos de los cuales son del mismo solicitante que la presente solicitud. Una lista representativa de azúcares modificados incluye preferente, pero no se limita a, azúcares sustituidos que tienen un grupo sustituyente 2’-F, 2’-OCH2 o 2’-O(CH2)2-OCH3; azúcares modificados con 4’-tio y azúcares modificados bicíclicos.
Tal como se utiliza en el presente documento la expresión "mimético de nucleósido" pretende incluir aquellas estructuras utilizadas para sustituir el azúcar o el azúcar y la base, no el enlace, en una o más posiciones de un compuesto oligomérico tal como, por ejemplo miméticos de nucleósidos que tienen miméticos de azúcares con morfolino o biciclo[3.1.0]hexilo, por ejemplo, unidades de azúcar distintas de furanosa con un enlace fosfodiéster. La expresión "sustituto de azúcar" se solapa con la expresión algo más amplia "mimético de nucleósido", pero pretende indicar sólo la sustitución de la unidad de azúcar (anillo de furanosa). La expresión "mimético de nucleótido" pretende incluir aquellas estructuras utilizadas para sustituir el nucleósido y el enlace en una o más posiciones de un compuesto oligomérico tal como por ejemplo ácidos nucleicos peptídicos o morfolinos (morfolinos unidos por enlaces -N(H)-C(=O)-O u otros enlaces no fosfodiéster.
Los compuestos oligoméricos de acuerdo con la presente invención comprenden de aproximadamente 8 a aproximadamente 80 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos de longitud. Un experto habitual en la técnica entenderá que la invención contiene compuestos oligoméricos de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79 u 80 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos de longitud, o cualquiera de sus intervalos.
En otra forma de realización, los compuestos oligoméricos de la invención tienen de 8 a 40 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos de longitud. Un experto habitual en la técnica entenderá que esta incorpora compuestos oligoméricos de 8, 9,10,11, 12, 13, 4,15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 ó 40 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos de longitud, o cualquiera de sus intervalos.
En otra forma de realización, los compuestos oligoméricos de la invención tienen de 8 a 20 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos de longitud. Un experto habitual en la técnica entenderá que esta incorpora compuestos oligoméricos de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ó 20 nucleósidos y/o nucleósidos modificados
o miméticos de longitud, o cualquiera de sus intervalos.
En otra forma de realización, los compuestos oligoméricos de la invención tienen de 10 a 16 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos de longitud. Un experto habitual en la técnica entenderá que esta incorpora compuestos oligoméricos de 10, 11, 12, 13, 14, 15 ó 16 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos de longitud, o cualquiera de sus intervalos.
En otra forma de realización, los compuestos oligoméricos de la invención son de 10 a 14 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos de longitud. Un experto habitual en la técnica entenderá que esta incorpora compuestos oligoméricos de 10, 11, 12, 13 ó 14 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos de longitud, o cualquiera de sus intervalos.
La oligomerización de nucleósidos modificados y sin modificar y miméticos de los mismos, en un aspecto de la presente invención, se realiza de acuerdo con los procedimientos de la literatura para la síntesis de ADN (Protocols for Oligonucleotides and Analogs, Ed. Agrawal (1993), Humana Press) y/o ARN (Scaringe, Methods (2001), 23, 206-217; Gait y col., Applications of Chemically synthesized RNA en RNA:Protein Interactions, Ed. Smith (1998), 1-36; Gallo y col., Tetrahedron (2001), 57, 5707-5713) según resulte apropiado. Procedimientos adicionales para síntesis en fase sólida pueden encontrarse en las patentes de los EE.UU. de Caruthers nº 4.415.732; 4.458.066; 4.500.707; 4.668.777; 4.973.679; y 5.132.418; y en las patentes de los EE.UU. de Koster U.S. nº 4.725.677 y Re. 34,069.
Los equipos disponibles en el mercado utilizados de manera rutinaria para la síntesis de compuestos oligoméricos y compuestos relacionados basada en medios de soporte son comercializados por varios proveedores que incluyen, por ejemplo, Applied Biosystems (Foster City, CA). De manera alternativa o adicionalmente, puede emplearse cualquier otro medio para tal síntesis conocida en la técnica. Técnicas en fase sólida adecuadas, que incluyen las técnicas de síntesis automatizada, se describen en F. Eckstein (ed.), Oligonucleotides and Analogues, a Practical Approach, Oxford University Press, Nueva York (1991).
La síntesis de ARN y análogos relacionados con respecto a la síntesis de ADN y análogos relacionados ha sido creciente al igual que los esfuerzos para aumentar el ARNi. Las estrategias de síntesis de ARN primario que actualmente se están utilizando comercialmente incluyen 5’-O-DMT-2’-O-t-butildimetilsililo (TBDMS), 5’-O-DMT-2’-O-[1(2-fluorofenil)-4-metoxipiperidin-4-il] (FPMP), 2’-O-[(triisopropilsililo)oxi]metil(2’-O-CH2-O-Si (iPr)3 (TOM), y el 5’-O-sililéter-2’-ACE (5’-O-bis(trimetilsiloxi)ciclododeciloxisililéter (DOD)-2’-O-bis(2-acetoxietoxi)metil (ACE). Una lista actual de algunas de las principales empresas que ofrecen actualmente productos de ARN incluye Pierce Nucleic Acid Technologies, Dharmacon Research Inc., Ameri Biotechnologies Inc., e Integrated DNA Technologies, Inc. Una empresa, Princeton Separations, está comercializando un activador de la síntesis de ARN que se dice que reduce los tiempos de acoplamiento especialmente con las químicas de TOM y TBDMS. Un activador de este tipo también sería aplicable a la presente invención.
Los grupos primarios que se están utilizando para la síntesis de ARN comercial son:
TBDMS = 5’ O-DMT-2’-O-t-butildimetilsililo; TOM = 2’-O-[(triisopropilsililo)oxi]metilo; DOD/ACE = éter-2’-O-bis(2-acetoxietoxi)metílico de (5’-O-bis(trimetilsiloxi)ciclododeciloxisililo FPMP = 5’-O-DMT-2’-O-[1 (2 fluorofenil)-4-metoxipiperidin-4-ilo].
Todas las estrategias de síntesis de ARN anteriormente mencionadas son aplicables a la presente invención. Las estrategias que sean un híbrido de las anteriores, por ejemplo utilizando un grupo protector de 5’ de una estrategia con un protector de 2’-O de otra estrategia son también aplicables a la presente invención.
En el contexto de la presente invención, "hibridación" se refiere al emparejamiento de hebras complementarias de compuestos oligoméricos. En la presente invención, un mecanismo de emparejamiento implica enlaces de hidrógeno, que pueden ser enlaces de hidrógeno de Watson-Crick, Hoogsteen o Hoogsteen invertido, entre nucleósidos o bases de nucleótidos (nucleobases) complementarios de las hebras de los compuestos oligoméricos. Por ejemplo, la adenina y la timina son nucleobases complementarias que se emparejan a través de la formación de enlaces de hidrógeno. La hibridación puede ocurrir en circunstancias variables.
Un compuesto oligomérico es específicamente hibridable cuando la unión del compuesto al ácido nucleico diana interfiere con la función normal del ácido nucleico diana causando una pérdida de actividad, y hay un grado suficiente de complementariedad para evitar la unión no específica del compuesto oligomérico a secuencias de ácido nucleico no diana en condiciones en las que se desea la unión específica, es decir, en condiciones fisiológicas en el caso de tratamiento terapéutico o ensayos in vivo, y en condiciones en las que se realizan los ensayos en el caso de ensayos in vitro.
"Complementario", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a la capacidad de emparejamiento preciso de dos nucleobases independientemente del lugar donde se encuentren situadas las dos. Por ejemplo, si una base nitrogenada en una determinada posición de un compuesto oligomérico es capaz de formar enlaces de hidrógeno con una base nitrogenada en una determinada posición de un ácido nucleico diana, siendo el ácido nucleico diana un ADN, un ARN, o una molécula de oligonucleótido, entonces se considera que la posición de los enlaces de hidrógeno entre el oligonucleótido y el ácido nucleico diana es una posición complementaria. El compuesto oligomérico y el ADN, ARN, o la molécula de oligonucleótido adicional son complementarios entre sí cuando un número suficiente de posiciones complementarias en cada molécula están ocupadas por nucleobases que pueden formar enlaces de hidrógeno entre sí. De esta manera, "específicamente hibridable" y "complementario" son expresiones que se utilizan para indicar un grado suficiente de complementariedad o emparejamiento preciso a lo largo de un número suficiente de nucleobases de manera que se produzca la unión estable y específica entre el oligonucleótido y un ácido nucleico diana.
Se entiende en la técnica que la secuencia de un compuesto oligomérico no necesita ser complementaria al 100% a la de su ácido nucleico diana para ser específicamente hibridable. Además, un oligonucleótido puede hibridar a lo largo de uno o más segmentos de manera que los segmentos adyacentes o intermedios no estén implicados en el evento de hibridación (por ejemplo, una estructura en bucle o estructura en horquilla). Los compuestos oligoméricos de la presente invención pueden comprender por lo menos aproximadamente un 70%, por lo menos aproximadamente un 80%, por lo menos aproximadamente un 90%, por lo menos aproximadamente un 95%, o por lo menos aproximadamente el 99% de complementariedad de la secuencia con una región diana dentro de la secuencia del ácido nucleico diana a la que están dirigidos. Por ejemplo, un compuesto oligomérico en el que 18 de 20 nucleobases del compuesto oligomérico son complementarias a una región diana, y por lo tanto hibridarían específicamente, representaría una complementariedad del 90 por ciento. En este ejemplo, las nucleobases no complementarias restantes pueden agruparse o intercalarse con nucleobases complementarias y no necesitan ser contiguas entre sí o a las nucleobases complementarias. Como tal, un compuesto oligomérico que tiene 18 nucleobases de longitud que tiene 4 (cuatro) nucleobases no complementarias que están flanqueadas por dos regiones de complementariedad completa con el ácido nucleico diana tendría una complementariedad global del 77,8% con el ácido nucleico diana y por lo tanto pertenece al ámbito de la presente invención. El porcentaje de complementariedad de un compuesto oligomérico con una región de un ácido nucleico diana puede determinarse de manera rutinaria utilizando programas BLAST (herramientas de búsqueda de alineamientos locales básicos) y programas PowerBLAST conocidos en la técnica (Altschul y col., J. Mol. Biol., 1990, 215, 403-410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649-656).
En la presente invención se incluyen adicionalmente compuestos oligoméricos tales como compuestos oligoméricos antisentido, oligonucleótidos antisentido, ribozimas, oligonucleótidos de secuencias guía externas (EGS), empalmadores alternativos, cebadores, sondas, y otros compuestos oligoméricos que hibridan con por lo menos una porción del ácido nucleico diana. Como tales, estos compuestos oligoméricos pueden introducirse en forma de compuestos oligoméricos monocatenarios, bicatenarios, circulares o en horquilla y pueden contener elementos estructurales tales como bucles o protuberancias internas o terminales. Una vez introducidos en un sistema, los compuestos oligoméricos de la invención pueden obtener la acción de una o más enzimas o proteínas estructurales para efectuar la modificación del ácido nucleico diana.
En un aspecto de la presente invención, se proporcionan oligómeros monocatenarios que hibridan con una diana de ácido nucleico y degradan la diana mediante el reclutamiento de una enzima endonucleasa. Un ejemplo no limitativo de tal enzima es la ARNasa H, una endonucleasa celular que escinde la hebra de ARN de un dúplex de ARN:ADN. Se sabe en la técnica que los compuestos oligoméricos monocatenarios que son "de tipo ADN" obtienen ARNasa H. Por lo tanto, la activación de la ARNasa H da como resultado la escisión de la diana de ARN, mejorando de esa manera en gran medida la eficacia de la inhibición mediada por oligonucleótidos de la expresión génica. Se han postulado funciones similares para otras ribonucleasas tales como las de la familia de enzimas de la ARNasa III y la ribonucleasa L.
Aunque una forma de compuesto oligomérico es un oligonucleótido antisentido monocatenario, se ha demostrado que en muchas especies la introducción de estructuras bicatenarias, tales como moléculas de ARN bicatenario (ARNbc), induce una reducción mediada por antisentido potente y específica de la función de un gen o de sus productos génicos asociados. Este fenómeno se produce en las plantas y en los animales y se cree que tiene una conexión evolutiva con la defensa viral y el silenciamiento de transposones.
En determinadas formas de realización, pueden emplearse "segmentos diana adecuados" en un cribado de compuestos oligoméricos adicionales que modulan la expresión de una proteína seleccionada. "Moduladores" son aquellos compuestos oligoméricos que reducen o aumentan la expresión de una molécula de ácido nucleico que codifica una proteína y que comprenden por lo menos una porción de 8 nucleobases que es complementaria de un segmento diana adecuado. El procedimiento de cribado comprende las etapas de poner en contacto un segmento diana adecuado de una molécula de ácido nucleico que codifica una proteína con uno o más moduladores candidatos, y seleccionar en busca de uno o más moduladores candidatos que reducen o aumentan la expresión de una molécula de ácido nucleico que codifica una proteína. Una vez que se demuestra que el modulador o los moduladores candidatos son capaces de modular (por ejemplo, reducir o aumentar) la expresión de una molécula de ácido nucleico que codifica un péptido, a continuación puede emplearse el modulador en estudios adicionales de investigación de la función del péptido, o para su uso como un agente de búsqueda, diagnóstico o terapéutico de acuerdo con la presente invención.
Los segmentos diana adecuados de la presente invención también pueden combinarse con sus respectivos compuestos oligoméricos antisentido complementarios de la presente invención para formar oligonucleótidos bicatenarios (dúplex) estabilizados. Se ha mostrado en la técnica que tales restos de oligonucleótidos bicatenarios modulan la expresión dirigida y regulan la traducción, así como el procesamiento del ARN a través de un mecanismo antisentido. Además, los restos bicatenarios pueden someterse a modificaciones químicas (Fire y col., Nature, 1998, 391, 806-811; Timmons y Fire, Nature 1998, 395, 854; Timmons y col., Gene, 2001, 263, 103-112; Tabara y col., Science, 1998, 282, 430-431; Montgomery y col., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, 95, 15502-15507; Tuschl y col., Genes Dev., 1999, 13, 3191-3197; Elbashir y col., Nature, 2001, 411, 494-498; Elbashir y col., Genes Dev. 2001, 15, 188-200). Por ejemplo, se ha demostrado que tales restos bicatenarios inhiben la diana mediante la hibridación clásica de la hebra antisentido del dúplex a la diana, desencadenando así la degradación enzimática de la diana (Tijsterman y col., Science, 2002, 295, 694-697).
Los compuestos oligoméricos de la presente invención también pueden aplicarse en las áreas de descubrimiento de fármacos y validación de dianas. La presente invención comprende el uso de los compuestos oligoméricos y las dianas identificadas en el presente documento en los esfuerzos para el descubrimiento de fármacos para dilucidar las relaciones que existen entre las proteínas y un estado de enfermedad, un fenotipo, o una afección. Estos procedimientos incluyen la detección o modulación de un péptido diana que comprende poner en contacto una muestra, tejido, célula u organismo con los compuestos oligoméricos de la presente invención, medir el nivel de ácido nucleico o proteína de la diana y/o un criterio de valoración fenotípico o químico relacionado en algún momento después del tratamiento, y opcionalmente comparar el valor medido con una muestra no tratada o una muestra tratada con un compuesto oligomérico adicional de la invención. Estos procedimientos también pueden realizarse en paralelo o en combinación con otros experimentos para determinar la función de genes desconocidos para el proceso de validación de la diana o para determinar la validez de un producto génico concreto como diana para el tratamiento o la prevención de una enfermedad, afección, o fenotipo concretos.
Se evalúa el efecto de las modificaciones de nucleósidos sobre la actividad del ARNi de acuerdo con la literatura existente (Elbashir y col., Nature (2001), 411, 494-498; Nishikura y col., Cell (2001), 107, 415-416; y Bass y col., Cell (2000), 101, 235-238.).
Los compuestos oligoméricos de la presente invención pueden utilizarse para el diagnóstico, la terapia, la profilaxis y como kits y reactivos de búsqueda. Además, los oligonucleótidos antisentido, que son capaces de inhibir la expresión génica con una especificidad exquisita, son utilizados con frecuencia por los expertos habituales en la técnica para dilucidar la función de genes concretos o para distinguir entre las funciones de diversos miembros de una ruta biológica. Los compuestos oligoméricos de la presente invención, solos o en combinación con otros compuestos oligoméricos o agentes terapéuticos, pueden utilizarse como herramientas en análisis diferenciales y/o combinatorios para dilucidar patrones de expresión de una porción o del complemento completo de genes expresados en células y tejidos. Los compuestos oligoméricos también pueden utilizarse eficazmente como cebadores y sondas en condiciones que favorecen la amplificación o la detección de genes, respectivamente. Estos cebadores y sondas resultan útiles en los procedimientos que requieren la detección específica de proteínas que codifican moléculas de ácidos nucleicos y en la amplificación de las moléculas de ácidos nucleicos para su detección
o para su uso en estudios adicionales. La hibridación de los oligonucleótidos antisentido, especialmente los cebadores y sondas de la invención con un ácido nucleico, puede detectarse por medios conocidos en la técnica. Tales medios pueden incluir la conjugación de una enzima con el oligonucleótido, el radiomarcado del oligonucleótido o cualquier otro medio de detección adecuado. También pueden prepararse kits que utilizan tales medios de detección para detectar el nivel de las proteínas seleccionadas en una muestra.
Como ejemplo no limitativo, los patrones de expresión en las células o tejidos tratados con uno o más compuestos oligoméricos se comparan con células o tejidos de referencia no tratados con compuestos oligoméricos y los patrones producidos se analizan en busca de niveles diferenciales de expresión génica por pertenecer, por ejemplo, a una asociación a enfermedades, una ruta de señalización, una localización celular, un nivel de expresión, un tamaño, una estructura o una función de los genes examinados. Estos análisis pueden realizarse sobre células estimuladas o no estimuladas y en presencia o ausencia de otros compuestos y/o compuestos oligoméricos que influyen en los patrones de expresión.
Los ejemplos de los procedimientos de análisis de expresión génica conocidos en la técnica incluyen las matrices o
5 micromatrices de ADN (Brazma y Vilo, FEBS Lett., 2000, 480, 17-24; Celis, y col., FEBS Lett., 2000, 480, 2-16), SAGE (análisis seriado de la expresión génica) (Madden, y col., Drug Discov. Today, 2000, 5, 415-425), READS (amplificación con enzimas de restricción de ADNc digeridos) (Prashar y Weissman, Methods Enzymol., 1999, 303, 258-72), TOGA (análisis de la expresión génica total) (Sutcliffe, y col., Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 1976-81), matrices de proteínas y proteómica (Celis, y col., FEBS Lett., 2000, 480, 2-16; Jungblut, y col.,
10 Electrophoresis, 1999, 20, 2100-10), secuenciación de secuencias etiquetadas por la expresión (EST) (Celis, y col., FEBS Lett., 2000, 480, 2-16; Larsson, y col., J. Biotechnol., 2000, 80, 143-57), toma de huellas de ARN sustractiva (SuRF) (Fuchs, y col., Anal. Biochem., 2000, 286, 91-98; Larson, y col., Cytometry, 2000, 41, 203-208), clonación sustractiva, presentación diferencial (DD) (Jurecic y Belmont, Curr. Opin. Microbiol., 2000, 3, 316-21), hibridación genómica comparativa (Carulli, y col., J. Cell Biochem. Suppl., 1998, 31, 286-96), técnicas FISH (hibridación
15 fluorescente in situ) (Going y Gusterson, Eur. J. Cancer, 1999, 35, 1895-904) y procedimientos de espectrometría de masas (To, Comb. Chem. High Throughput Screen, 2000, 3, 235-41).
Aunque la presente invención se ha descrito con especificidad de acuerdo con algunas de sus formas de realización, los siguientes ejemplos sirven sólo para ilustrar la invención y no pretenden limitar la misma.
Ejemplo 1
20 Preparaci6n de (1R, 3R, 4R, 7S) -7- [2-cianoetoxi (diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(S)-(4,4'-dimetoxitritil)oxietil]-3-(uracilo-1-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano (19a)
(Continua en página siguiente)
A) Preparaci6n del Compuesto 4
Se añadió una solución de cloruro de terc-butildimetilsililo (6,24 g, 40,7 mmoles) en diclorometano (10 ml) durante 10 minutos, a través de un embudo de adición, a una solución fría (0ºC) de Compuesto 2 (12 g, 38,8 mmoles, preparado de acuerdo con el procedimiento de Moffatt y col., J. Org. Chem. 1979, 44, 1301), trietilamina (11,44 ml, 81,5 mmoles) y 4-dimetilaminoetilpiridina (0,47 g, 3,9 mmoles) en CH2Cl2 (184 ml). Después de terminada la adición, se calentó gradualmente la reacción a temperatura ambiente y se agitó durante 16 horas más. Se diluyó la reacción con CH2Cl2 y se lavó secuencialmente con HCl acuoso al 5%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con 10% EtOAc/hexanos al 10% - EtOAc/hexanos al 20% - EtOAc/hexanos al 30%) dio el Compuesto 3 (11,53 g, 59%) y el Compuesto 4 (3,93 g, 22%) como sólidos blancos.
B) Preparaci6n del Compuesto 5
Se añadió dimetilsulfóxido (1,84 ml, 26,0 mmoles) a una solución fría (-78ºC) de cloruro de oxalilo (1,14 ml, 13,0 mmoles) en CH2Cl2 (70 ml). Se agitó la solución a -78ºC durante 30 minutos y se añadió una solución de Compuesto 4 (3,93 g, 9,3 mmoles) en CH2Cl2 (20 ml) a través de una cánula. Se continuó la agitación durante 45 minutos y se añadió a la reacción trietilamina (5,48 ml, 39,0 mmoles). Se agitó la reacción durante 40 minutos más después de lo cual se vertió en CH2Cl2 y la capa orgánica se lavó secuencialmente con HCl acuoso al 5%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío para proporcionar el Compuesto 5, que se utilizó sin purificación en la siguiente etapa.
C) Preparaci6n del Compuesto 6a y del Compuesto 6b
Se agitó una suspensión de cloruro de cerio III (4,57 g, 18,6 mmoles) en THF (55 ml) a temperatura ambiente durante 90 minutos. La reacción se enfrió en un baño de hielo y se añadió bromuro de metilmagnesio (13,3 ml de una solución 1M en THF) durante 5 minutos y se continuó la agitación durante otros 90 minutos. Se añadió a la reacción una solución de Compuesto 5 bruto (anterior) en THF (15 ml). Después de agitar durante otros 90 minutos, se interrumpió la reacción con una solución de NH4Cl saturado y se vertió en EtOAc. La capa orgánica se lavó secuencialmente con HCl acuoso al 5%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo secuencialmente con CHCl3; acetona/CHCl3 al 3%; y finalmente acetona/CHCl3 al 5%) dio el Compuesto 6a (2,25 g, 55% a partir del Compuesto 4) y el Compuesto 6b (1,84 g, 45% a partir del Compuesto 4).
6a 1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 7,44-7,29 (m, 5H), 5,68 (d, 1H, J = 3,8), 4,76 (d, 1H, J = 12,0), 4,62 (d, 1H, J =12,0), 4,58 (m, 1H), 4,44 (d, 1H, J = 10,3), 4,08 (d, 1H, J = 5,3), 3,95 (m, 1H), 3,81 (d, 1H, J = 10,3), 2,84 (d, 1H, J = 7,5), 1,60 (s, 3H), 1,30 (s, 3H), 1,20 (d, 3H, J= 6,4), 0,88 (s, 9H), 0,08 (s, 3H), 0,05 (s, 3H), 6b 1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 7,39-2,29 (m, 5H), 5,73 (d, 1H, J = 3,9), 4,76 (d, 1H, J = 11,7), 4,58 (m, 1H, parcialmente solapado), 4,56 (d, 1H, J = 11,7), 4,16 (d, 1H, J = 5,2), 4,14-4,04 (m, 3H), 2,43 (d, 1H, J = 3,8), 1,62 (s, 3H), 1,32 (s, 3H), 1,17 (d, 3H, J = 6,52), 0,88 (s, 9H), 0,08 (s, 3H), 0,05, (s, 3H),
D) Preparaci6n del Compuesto 7a
Se añadió cloruro de isobutirilo (0,67 ml, 6,3 mmoles) a una solución fría (0ºC) de Compuesto 6a (2,29 g, 5,3 mmoles), trietilamina (1,06 ml, 7,6 mmoles) y 4-dimetilaminopiridina (77 mg, 0,6 mmoles) en CH2Cl2 (6 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 16 horas, se vertió la reacción en EtOAc y la capa orgánica se lavó secuencialmente con HCl acuoso al 5%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío para proporcionar el Compuesto 7a, que se utilizó sin purificación en la siguiente etapa.
E) Preparaci6n del Compuesto Sa
Se añadió HF/piridina al 70% (1,25 ml) a una solución de Compuesto 7a bruto en THF (25 ml) en un tubo de polipropileno. Después de agitar a temperatura ambiente durante 16 horas, se añadió a la reacción trietilamina (1,25 ml). Después de 10 minutos, se vertió la reacción en EtOAc y se extrajo con agua, salmuera, se secó (Na2SO4) y se filtró. Se añadió trietilamina adicional (1,25 ml) a la solución de EtOAc y la reacción se concentró al vacío para proporcionar el Compuesto 8a, que se utilizó sin purificación adicional en la siguiente etapa.
F) Preparaci6n del Compuesto 9a
Se añadió cloruro de metanosulfonilo (0,46 ml, 5,8 mmoles) a una solución fría (0ºC) de Compuesto 8a bruto, trietilamina (1,1 ml, 7,8 mmoles) y 4-dimetilaminopiridina (60 mg, 0,5 mmoles) en CH2Cl2 (21 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 1 hora, se vertió la reacción en CHCl3 y la capa orgánica se lavó secuencialmente con HCl acuoso al 5%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío para dar el Compuesto 9a, que se utilizó sin purificación en la siguiente etapa.
G) Preparaci6n del Compuesto 10a
Se añadió H2SO4 concentrado (1 gota) a una solución de Compuesto 9a bruto en ácido acético glacial (9 ml) y anhídrido acético (1,3 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 1 hora, se vertió la reacción en EtOAc y la capa orgánica se lavó con agua, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc/hexanos al 40%) dio el Compuesto 10a (2,71 g, 99% a partir del Compuesto 6a) como un aceite incoloro.
H) Preparaci6n del Compuesto 11a
Se añadió N, O-bis(trimetilsilil)acetamida (3,9 ml, 15,7 mmoles) a una suspensión de Compuesto 10a (2,7 g, 5,2 mmoles) y uracilo (0,73 g, 6,5 mmoles) en MeCN (16 ml). Después de calentar a 40ºC durante 15 minutos para obtener una solución transparente, se añadió a la reacción triflato de trimetilsililo (1,23 ml, 6,8 mmoles). Después de someter a reflujo durante 2 horas, se enfrió la reacción a temperatura ambiente y se vertió en EtOAc. La capa orgánica se lavó con NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío para dar el Compuesto 11a, que se utilizó sin purificación en la siguiente etapa.
I) Preparaci6n del Compuesto 12a
Se añadió una solución de NaOH (2M, 11 ml) a una solución de Compuesto 11a bruto en 1,4-dioxano:H2O (1:1, 12 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 16 horas, se neutralizó la reacción con HCl acuoso al 5% (pH ~ 7) y se extrajo con una mezcla de piridina/EtOAc al 25%. La capa orgánica se lavó adicionalmente con salmuera al 50%, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, MeOH/CHCl3 al 5%) dio el Compuesto 12a como un sólido blanco (1,56 g, 83% a partir del Compuesto 10a). 1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 8,48 (s, br, 1H), 7,71 (d, 1H, J = 8,2), 7,40-7,29 (m, 5H), 5,71 (d, 1H, J = 8,3), 5,67 (s, 1H), 4,67 (d, 2H, J =11,5), 4,54 (d, 1H, J = 11,5), 4,48 (s, 1H), 4,19 (m, 1H), 4,03 (s, 1H, J = 7,8), 3,91 (s, 1H), 3,76 (d, 1H, J = 7,8), 1,32 (d, 3H, J = 6,6),
J) Preparaci6n del Compuesto 13a
Se añadió anhídrido isobutírico (0,86 ml, 5,2 mmoles) a una solución fría (0ºC) de Compuesto 12a (1,56 g, 4,3 mmoles) y 4-dimetilaminopiridina (10 mg) en piridina (8,6 ml). Se agitó la reacción durante 16 horas durante las cuales se calentó gradualmente a temperatura ambiente. Se vertió la reacción en EtOAc y se extrajo con salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, EtOAc/hexanos al 50%) dio el Compuesto 13a (1,68 g, 90%) como un sólido blanco.
K) Preparaci6n del Compuesto 14a
Se añadió cuidadosamente MeOH (20 ml) a una mezcla de Pd/C (10% p/p, 190 mg) y Compuesto 13a (1,68 g, 3,9 mmoles). La mezcla anterior se hidrogenó utilizando un globo de H2 durante 16 horas. El catalizador se eliminó por filtración a través de celita y se concentró para proporcionar una mezcla bruta de los Compuestos 13a y 14a. El procedimiento anterior se repitió hasta que no pudo detectarse Compuesto 13a (TLC) en la mezcla de reacción. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, MeOH/CHCl3 al 7%) dio el Compuesto 14a como un sólido blanco (1,35 g, 92%).
L) Preparaci6n del Compuesto 15a
Se añadió cloruro de terc-butildimetilsililo (1,95 g, 13,0 mmoles) a una solución de Compuesto 14a (1,35 g, 4 mmoles) e imidazol (1,76 g, 25,9 mmoles) en DMF (8 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 16 horas, se vertió la reacción en EtOAc y se extrajo con salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (MeOH/CHCl3 al 5%) dio el Compuesto 15a como un sólido blanco (1,63 g, 90%).
M) Preparaci6n del Compuesto 16a
Se añadió K2CO3 (0,99 g, 7,1 mmoles) a una solución de Compuesto 16a en MeOH (20 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 16 horas, la reacción se concentró y se purificó mediante cromatografía en columna (SiO2, MeOH/CHCl3 al 10%) para dar el Compuesto 16a como un sólido blanco (1,15 g, 75%).
N) Preparaci6n del Compuesto 17a
Se añadió cloruro de 4,4’-dimetoxitritilo (DMTCl) (2,53 g, 7,5 mmoles) a una solución de Compuesto 16a (1,15 g, 3,0 mmoles) y 2,6-lutidina (0,87 ml, 7,5 mmoles) en piridina (20 ml). Se calentó la reacción a 45ºC durante 24 horas después de lo cual se añadieron DMTCl (0,43 g, 1,3 mmoles) y 2,6-lutidina (0,15 ml, 1,27 g) adicionales. Después de calentar a 45ºC durante 24 horas más, se vertió la reacción en EtOAc y se extrajo con salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, EtOAc/hexanos al 25% - EtOAc/hexanos al 50%) dio el Compuesto 17a como una espuma amarillenta (2,0 g, 97%). 17a 1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 8,75 (s, br, 1H), 8,09 (d, 1H, J = 8,2), 7,49-7,19 (m, 9H), 6,82 (m, 4H), 5,68 (s, 1H), 5,66 (d, 1H, J = 8,2, parcialmente solapado), 4,33 (s, 1H), 4,24 (s, 1H), 3,86 (d, 1H, J = 7,6), 3,80 (s, 6H), 3,72 (m, 2H), 0,96 (d, 3H, J = 6,5), 0,77 (s, 9H), 0,03 (s, 3H), -0,10 (s, 3H),
N) Preparaci6n del Compuesto 1Sa
Se añadió trihidrofluoruro de trietilamina (1,29 ml, 8,0 mmoles) a una solución de Compuesto 17a (1,09 g, 1,6 mmoles) y trietilamina (0,45 ml, 3,2 mmoles) en THF (8 ml) en un tubo de polipropileno. Después de agitar a temperatura ambiente durante 48 horas, se vertió la reacción en EtOAc y la fase orgánica se lavó secuencialmente con H2O, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con acetona/CHCl3 al 25% -acetona/CHCl3 al 40%) dio el Compuesto 18a (0,79 g, 86%) como una espuma blanca.
0) Preparaci6n de (1R, 3R, 4R, 7S) -7-[2-cianoetoxi(diisopropilaminofosfinoxi]-1-[1-(S)-(4,4'-dimetoxitritil)oxietil]-3-(uracilo-1-il)-2,5-dioxa-biciclo [2.2.1] heptano, Compuesto 19a
Se añadió 2-cianoetil N,N'-tetraisopropilfosforamidita (0,43 ml, 2,0 mmoles) a una solución de Compuesto 18a (0,78 g, 1,4 mmoles), tetrazol (76,0 mg, 1,1 mmoles), N-metilimidazol (28 μl, 0,3 mmoles) en DMF (7 ml). Después de agitar durante 8 horas a temperatura ambiente, se vertió la reacción en EtOAc y la fase orgánica se lavó con salmuera al 90%, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc/hexanos al 60% - EtOAc/hexanos al 75%) dio el Compuesto 19a (0,91 g, 87%) como un sólido blanco. 19a 31P RMN (300 MHz, CDCl3) o: 149,1, 148,5.
Ejemplo 2
Preparaci6n de (1 R, 3R, 4R, 7S)-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(R)-(4,4'-dimetoxitritil)oxi-etil]3-(uracilo-1-il)-2,5-dioxa-biciclo [2.2.1]heptano, Compuesto 19b (Esquema 1)
A) Preparaci6n del Compuesto 7b
Se añadió cloruro de isobutirilo (0,55 ml, 5,2 mmoles) a una solución fría (0ºC) de Compuesto 6b (1,90 g, 4,4 mmoles), trietilamina (0,88 ml, 6,3 mmoles) y 4-dimetilaminopiridina (53 mg, 0,4 mmoles) en CH2Cl2 (5 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 16 horas, se vertió la reacción en EtOAc y la capa orgánica se lavó secuencialmente con HCl acuoso al 5%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío para dar el Compuesto 7b que se utilizó sin purificación en la siguiente etapa.
B) Preparaci6n del Compuesto Sb
Se añadió HF/piridina al 70% (2,0 ml) a una solución de Compuesto 7b bruto en THF (30 ml) en un tubo de polipropileno. Después de agitar a temperatura ambiente durante 16 horas, se añadió a la reacción trietilamina (2,0 ml). Después de 10 minutos, se vertió la reacción en EtOAc y se extrajo con agua, salmuera, se secó (Na2SO4) y se filtró. Se añadió trietilamina adicional (2,0 ml) a la solución de EtOAc y la reacción se concentró al vacío para proporcionar el Compuesto 8b, que se utilizó sin purificación adicional en la siguiente etapa.
C) Preparaci6n del Compuesto 9b
Se añadió cloruro de metanosulfonilo (0,40 ml, 5,2 mmoles) a una solución fría (0ºC) de Compuesto 8b bruto, trietilamina (0,88 ml, 6,3 mmoles) y 4-dimetilaminopiridina (53 mg, 0,4 mmoles) en CH2Cl2 (16 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 1 hora, se vertió la reacción en CHCl3 y la capa orgánica se lavó secuencialmente con HCl acuoso al 5%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío para dar el Compuesto 9b, que se utilizó sin purificación en la siguiente etapa.
D) Preparaci6n del Compuesto 10b
Se añadió H2SO4 concentrado (1 gota) a una solución de Compuesto 9b bruto en ácido acético glacial (9 ml) y anhídrido acético (1,3 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 1 hora, se vertió la reacción en EtOAc y la capa orgánica se lavó con agua, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc/hexanos al 40%) dio el Compuesto 10b (2,0 g, 90% a partir de 6b) como un aceite incoloro.
E) Preparaci6n del Compuesto 11b
Se añadió N,O-bis(trimetilsilil)acetamida (2,73 ml, 11,0 mmoles) a una suspensión de Compuesto 10b (2,0 g, 3,9 mmoles) y uracilo (0,52 g, 4,6 mmoles) en CH3CN (11 ml). Después de calentar a 40ºC durante 15 minutos para obtener una solución transparente, se añadió a la reacción triflato de trimetilsililo (0,87 ml, 4,8 mmoles). Después de someter a reflujo durante 2 horas, la reacción se enfrió a temperatura ambiente y se vertió en EtOAc. La capa orgánica se lavó con NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío para dar el Compuesto 11b bruto, que se utilizó sin purificación en la siguiente etapa.
F) Preparaci6n del Compuesto 12b
Se añadió una solución de NaOH (2M, 8,0 ml) a una solución de Compuesto 11b bruto en 1,4-dioxano:H2O (1:1, 8 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 16 horas, se neutralizó la reacción con HCl acuoso al 5% (pH ~ 7) y se extrajo con una mezcla de piridina/EtOAc al 25%. La capa orgánica se lavó adicionalmente con salmuera al 50%, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, MeOH/CHCl3 al 5%) proporcionó el Compuesto 12b como un sólido blanco (1,30 g, 98% a partir del Compuesto 10b). 12b 1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 8,90 (s, br, 1H), 7,52 (d, 1H, J = 8,2), 7,43-7,29 (m, 5H), 5,72 (d, 1H, J = 8,2), 5,64 (s, 1H), 4,68 (d, 1H, J = 11,5), 4,59 (s, 1H), 4,51 (d, 1H, J = 11,5), 4,31 (m, 1H, parcialmente solapado), 4,24 (d, 1H, J = 8,1), 3,96 (d, 1H, J = 8,1), 3,79 (s, 1H), 2,25 (d, 1H, J = 5,2), 1,34 (d, 3H, J = 6,6),
G) Preparaci6n del Compuesto 13b
Se añadió anhídrido isobutírico (0,60 ml, 3,6 mmoles) a una solución fría (0ºC) de Compuesto 12b (1,08 g, 3,0 mmoles) y 4-dimetilaminopiridina (5 mg) en piridina (6 ml). Se agitó la reacción durante 16 horas durante las cuales se calentó gradualmente a temperatura ambiente. Se vertió la reacción en EtOAc y se extrajo con salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío para dar el Compuesto 13b, que se utilizó sin purificación adicional en la siguiente etapa.
H) Preparaci6n del Compuesto 14b
Se añadió cuidadosamente MeOH (20 ml) a una mezcla de Pd/C (10% p/p, 170 mg) y el Compuesto 13b. Se hidrogenó la mezcla anteriormente indicada utilizando un globo de H2 durante 16 horas. El catalizador se eliminó por filtración a través de celita y se concentró para proporcionar una mezcla bruta de los Compuestos 13b y 14b. El procedimiento anteriormente indicado se repitió hasta que no pudo detectarse el Compuesto 13b (TLC) en la mezcla de reacción. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, MeOH/CHCl3 al 7%) dio el Compuesto 14b como un sólido blanco (0,84 g, 83% a partir del Compuesto 12b).
I) Preparaci6n del Compuesto 15b
Se añadió cloruro de terc-butildimetilsililo (1,49 g, 9,9 mmoles) a una solución de Compuesto 14b (0,84 g, 2,5 mmoles) e imidazol (1,35 g, 19,9 mmoles) en DMF (5 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 16 horas, se vertió la reacción en EtOAc y se extrajo con salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (MeOH/CHCl3 al 5%) dio el Compuesto 15b como un sólido blanco (0,92 g, 81%).
J) Preparaci6n del Compuesto 16b
Se añadió K2CO3 (0,70 g, 5,1 mmoles) a una solución de Compuesto 15b en MeOH (10 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 16 horas, la reacción se concentró y se repartió entre salmuera al 90% y piridina/EtOAc al 25%. Se recogió la fase orgánica, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío para dar el Compuesto 16b bruto, que se utilizó sin purificación adicional en la siguiente etapa.
K) Preparaci6n del Compuesto 17b
Se añadió cloruro de 4,4’-dimetoxitritilo (DMTCl) (1,87 g, 5,5 mmoles) a una solución de Compuesto 16b (0,71 g, 1,8 mmoles) y 2,6-lutidina (0,64 ml, 5,5 mmoles) en piridina (20 ml). Después de calentar a 45ºC durante 48 horas, se vertió la reacción en EtOAc y se extrajo con salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, EtOAc/hexanos al 25% - EtOAc/hexanos al 50%) dio el Compuesto 17b como una espuma amarillenta (1,29 g, 93% a partir del Compuesto 15b). 17b 1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 8,70 (s, br, 1H), 7,61 (d, 1H, J = 8,2), 7,49-7,16 (m, 9H), 6,82 (d, 4H, J = 8,9), 5,63 (s, 1H), 5,56 (d, 1H, J = 8,2), 4,25 (s, 1H), 3,97 (d, 1H, J = 8,1), 3,85 (s, 1H), 3,79 (s, 6H), 3,70 (d, 1H, J = 8,1), 3,58 (m, 1H), 1,12 (d, 3H, J = 6,6), 0,79 (s, 9H), 0,01 (s, 3H), -0,01 (3H)
L) Preparaci6n del Compuesto 1Sb
Se añadió trihidrofluoruro de trietilamina (1,06 ml, 6,5 mmoles) a una solución de Compuesto 17b (0,89 g, 1,3 mmoles) y trietilamina (0,46 ml, 3,3 mmoles) en THF (6,5 ml) en un tubo de polipropileno. Después de agitar a temperatura ambiente durante 48 horas, se vertió la reacción en EtOAc y la fase orgánica se lavó secuencialmente con H2O, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con acetona/CHCl3 al 30% -acetona/CHCl3 al 45%) dio el Compuesto 18b (0,73 g, 98%) como una espuma blanca.
M) Pre paraci6n de (1 R, 3 R, 4 R, 7 S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1- [1 -(R)-(4,4'-dimetoxitritil) oxi-etil]-3-(uracilo-1-il)-2,5-dioxa-biciclo [2.2.1]heptano, Compuesto 19b
Se añadió 2-cianoetil N,N'-tetraisopropilfosforamidita (0,60 ml, 1,9 mmoles) a una solución de Compuesto 18b (0,73 g, 1,3 mmoles), tetrazol (71 mg, 1,0 mmoles), N-metilimidazol (26 μl, 0,3 mmoles) en DMF (6 ml). Después de agitar durante 8 horas a temperatura ambiente, se vertió la reacción en EtOAc y la fase orgánica se lavó con salmuera al 90%, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con acetona/CHCl3 al 10% - acetona/CHCl3 al 15%) dio el Compuesto 19b (0,89 g, 91%) como un sólido blanco. 19b 31P RMN (300 MHz, CDCl3) o:149,4, 148,6.
Ejemplo 3
Preparaci6n d e (1 R, 3 R, 4 R, 7 S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(S)-(4,4'-dimetoxitritil)oxietil]-3-(4-N-benzoil-citosin-1-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano, Compuesto 24a
Se añadió, gota a gota, oxicloruro de fósforo (0,98 ml, 10,5 mmoles) a una suspensión fría (0ºC) de 1,2,4-triazol (3,10 g, 44,9 mmoles) en CH3CN (17 ml). Después de agitar durante 10 minutos, se añadió a la reacción trietilamina (7,4 ml, 51,8 mmoles) y se continuó la agitación durante 30 minutos. Se añadió a la reacción una solución de Compuesto 17a (0,91 g, 1,3 mmoles) en CH3CN (8 ml) y se continuó la agitación durante 4 horas a temperatura
10 ambiente. Se vertió la reacción en EtOAc y la capa orgánica se lavó con H2O, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró para dar el Compuesto 20a bruto, que se utilizó sin purificación adicional en la siguiente etapa.
B) Preparaci6n del Compuesto 21a
Se añadió solución acuosa de amoníaco (4 ml) a una solución de Compuesto 20a en 1,4-dioxano (20 ml). Después de agitar durante 16 horas a temperatura ambiente, la reacción se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con MeOH/CHCl3 al 5%) dio el Compuesto 21a (0,80 g, 89% a partir del Compuesto 17a) como un sólido blanco.
C) Preparaci6n del Compuesto 22a
Se añadió anhídrido benzoico (0,41 g, 1,8 mmoles) a una solución de Compuesto 21a (0,80 g, 1,2 mmoles) en N,N-dimetilformamida (3 ml). Después de agitar durante 16 horas a temperatura ambiente, la reacción se concentró a alto vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc/hexanos al 50%) dio el Compuesto 22a (0,81 g, 88%).
D) Preparaci6n del Compuesto 23a
Se añadió trihidrofluoruro de trietilamina (1,00 ml, 6,1 mmoles) a una solución de Compuesto 22a (0,81 g, 1,1 mmoles) y trietilamina (0,35 ml, 2,5 mmoles) en THF (7 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 48 horas, se vertió la reacción en EtOAc y la capa orgánica se lavó con H2O, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc/hexanos al 90%) dio el Compuesto 23a (0,68 g, 99%).
E) Preparaci6n de (1R, 3R, 4R, 7S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(S)-(4,4'-dimetoxitritil)oxietil]-3-(4-N-benzoil-citosin-1-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano, Compuesto 24a
Se añadió 2-cianoetil N,N'-tetraisopropilfosforamidita (0,48 ml, 1,5 mmoles) a una solución de Compuesto 23a (0,68 g, 1,0 mmoles), tetrazol (56 mg, 0,81 mmoles), N-metilimidazol (20 μl, 0,3 mmoles) en DMF (5 ml). Después de agitar durante 8 horas a temperatura ambiente, se vertió la reacción en EtOAc y la fase orgánica se lavó con salmuera al 90%, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc /hexanos al 60% - EtOAc/hexanos al 90%) dio el Compuesto 24a (0,73 g, 84%) como un sólido blanco. 24a 31P RMN (300 MHz, CDCl3) o: 149,4, 148,6.
Ejemplo 4
Preparaci6n d e (1 R, 3 R, 4 R, 7 S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(R)-(4,4'-dimetoxitritil)oxietil]-3-(4-N-benzoil-citosin-1-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano, Compuesto 24b (Esquema 2)
A) Preparaci6n del Compuesto 20b
Se añadió, gota a gota, oxicloruro de fósforo (1,3 ml, 14,0 mmoles) a una suspensión fría (0ºC) de 1,2,4-triazol (4,10 g, 59,5 mmoles) en CH3CN (30 ml). Después de agitar durante 10 minutos, se añadió a la reacción trietilamina (9,80 ml, 70,0 mmoles) y se continuó la agitación durante 30 minutos. Se añadió a la reacción una solución del Compuesto 17b (1,20 g, 1,8 mmoles) en CH3CN (10 ml) y se continuó la agitación durante 4 horas a temperatura ambiente. Se vertió la reacción en EtOAc y la capa orgánica se lavó con H2O, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró para dar el Compuesto 20b bruto, que se utilizó sin purificación adicional en la siguiente etapa.
B) Preparaci6n del Compuesto 21b
Se añadió solución acuosa de amoníaco (5 ml) a una solución de triazolida 20b (anterior) en 1,4-dioxano (25 ml). Después de agitar durante 16 horas a temperatura ambiente, se concentró la reacción para proporcionar el Compuesto 21b que se secó a alto vacío durante 24 horas y se utilizó sin purificación adicional en la siguiente etapa.
C) Preparaci6n del Compuesto 22b
Se añadió anhídrido benzoico (0,59 g, 2,6 mmoles) a una solución de Compuesto 21b (0,80 g, 1,2 mmoles) en N,N-dimetilformamida (3 ml). Después de agitar durante 16 horas a temperatura ambiente, la reacción se concentró a alto vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc/hexanos al 50%) dio el Compuesto 22b (1,36 g, 87% a partir del Compuesto 17b).
D) Preparaci6n del Compuesto 23b
Se añadió trihidrofluoruro de trietilamina (1,66 ml, 10,2 mmoles) a una solución de Compuesto 23b (1,35 g, 1,7 mmoles) y trietilamina (0,57 ml, 4,1 mmoles) en THF (12 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 48 horas, se vertió la reacción en EtOAc y la capa orgánica se lavó con H2O, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con acetona en cloroformo del 20% al 40%) dio el Compuesto 23b (1,03 g, 90%).
E) Prep araci6n d e (1 R, 3 R, 4 R, 7 S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)-fosfinoxi]-1-[1-(R)-(4,4'-dimetoxitritil) oxi-etil]-3-(4-N-benzoil-citosin-1-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano, Compuesto 24b
Se añadió 2-cianoetil N,N'-tetraisopropilfosforamidita (0,73 ml, 2,3 mmoles) a una solución de Compuesto 23b (1,03 g, 1,53 mmoles), tetrazol (85 mg, 1,2 mmoles), N-metilimidazol (31 μl, 0,38 mmoles) en DMF (7,7 ml). Después
5 de agitar durante 8 horas a temperatura ambiente, se vertió la reacción en EtOAc y la fase orgánica se lavó con salmuera al 90%, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró al vacío. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc/hexanos del 60% al 90%) dio el Compuesto 24b (1,22 g, 91%) como un sólido blanco. 24b 31P RMN (300 MHz, CDCl3) o: 149,5, 148,8.
Ejemplo 5
10 Preparaci6n d e (1 R, 3 R, 4 R, 7 S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(S)-(4,4'-dimetoxitritil)oxietil]-3-(6-N-benzoiladenin-9-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano, Compuesto 33a
El Compuesto 25a se prepara mediante la reacción de Vorbrüggen del Compuesto 10a utilizando 6-N-Bz-adenina, BSA y TMSOTf en dicloroetano a reflujo. La reacción posterior de 25a con hidróxido sódico en dioxano/agua, seguido de reprotección del grupo 4-amino con cloruro de benzoilo proporciona el compuesto nucleósido 26a. La fosforamidita, Compuesto 33a se prepara a partir del compuesto nucleósido 26a siguiendo las mismas etapas que
5 se ilustran para el Compuesto 19a a partir del Compuesto 11a.
Ejemplo 6
Preparaci6n de (1R, 3R, 4R, 7S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(R)-(4,4'-dimetoxitritil)oxi-etil] -3-(6-N-benzoiladenin-9-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano, Compuesto 33b (Esquema 3)
El Compuesto 25b se prepara mediante la reacción de Vorbrüggen del Compuesto 10b utilizando 6-N-Bz-adenina,
10 BSA y TMSOTf en dicloroetano a reflujo. La reacción posterior de 25b con hidróxido sódico en dioxano/agua, seguido de reprotección del grupo 4-amino con cloruro de benzoilo proporciona el compuesto nucleósido 26b. La fosforamidita, Compuesto 33b se prepara a partir del compuesto nucleósido 26b siguiendo las mismas etapas que se ilustran para el Compuesto 19b a partir del Compuesto 11b.
Ejemplo 7
15 Preparaci6n de (1R, 3R, 4R, 7S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(S)-(4,4'-dimetoxitritil)oxi-etil] -3-(2-N-isobutirilguanin-9-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano, Compuesto 42a
(Continua en pág siguiente)
El Compuesto 34a se prepara mediante la reacción de Vorbrüggen del Compuesto 10a utilizando 2-amino-6-cloropurina, BSA y TMSOTf en dicloroetano a reflujo. La reacción del nucleósido 34a con 3-hidroxipropionitrilo e hidruro sódico proporciona el nucleosido 35a ciclado. La fosforamidita, Compuesto 42a se prepara a partir del compesto nucleósido 35a siguiendo las mismas etapas que se ilustran para el Compuesto 19a a
5 partir del Compuesto 11a.
Ejemplo S
Preparaci6n de (1R, 3R, 4R, 7S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(R)-(4,4'-dimetoxitritil)oxi-etil] -3-(2-N-isobutirilguanin-9-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano, Compuesto 42b (Esquema 4)
El Compuesto 34b se prepara mediante la reacción de Vorbrüggen del Compuesto 10b utilizando
10 2-amino-6-cloropurina, BSA y TMSOTf en dicloroetano a reflujo. La reacción del nucleósido 34b con 3-hidroxipropionitrilo e hidruro sódico proporciona el nucleósido 35b ciclado. La fosforamidita, Compuesto 42b se prepara a partir del compuesto nucleósido 35b siguiendo las mismas etapas que se ilustran para el Compuesto 19b a partir del Compuesto11b.
Ejemplo 9
15 Preparaci6n del Compuesto 4S A) Preparaci6n del Compuesto 44
Se disolvieron 1,2,5,6-di-O-isopropiliden-a,-D-alofuranosa, Compuesto 43, disponible en el mercado, (135 g, 519,0 mmoles) y 2-(bromometil)-naftaleno (126 g, 570,0 mmoles) en DMF (500 ml) en un matraz de tres bocas (500 ml) y la reacción se enfrió en un baño de hielo. Se añadió a la reacción hidruro sódico (60% p/p, 29 g, 727,0 mmoles) cuidadosamente (porciones de 6 g cada 10 minutos) y se continuó la agitación durante otros 60 minutos después de terminada la adición. En este momento el análisis por TLC ya no mostró azúcar de partida 43. Se vertió la reacción cuidadosamente sobre hielo triturado (aproximadamente 500 g) y la suspensión resultante se agitó vigorosamente hasta derretirse todo el hielo. El sólido blanquecino resultante se recogió por filtración y se suspendió en agua. La suspensión se agitó vigorosamente con un agitador mecánico durante 30 minutos después de lo cual se recogió el sólido por filtración y se suspendió en hexanos. La suspensión se agitó vigorosamente durante 30 minutos después de lo cual se recogió el sólido por filtración y se secó al aire durante 4-6 horas y a continuación se secó a alto vacío sobre P2O5 durante 16 horas para proporcionar el Compuesto 44 (206,0 g, 99%) como un sólido blanquecino. 1H MRN (300 MHz, CDCl3) o: 7,85 (m, 4H), 7,48 (m, 3H), 5,74 (s, 1H), 4,92 (d, 1H, J = 11,7), 4,75 (d, 1H, J = 11,6), 4,58 (m, 1H), 4,36 (m, 1H), 4,15 (m, 1H), 4,03-3,86 (m, 3H), 1,61 (s, 3H), 1,36 (s, 9H),
B) Preparaci6n del Compuesto 45
Se añadió Compuesto 44 (200,0 g, 0,5 moles) en pequeñas porciones a una solución de ácido acético (2,2 l) y agua (740 ml). Se agitó la reacción a temperatura ambiente durante 16 horas después de lo cual, el análisis por TLC (EtOAc/hexanos al 30%) indicó el consumo completo de 44. A continuación la reacción se concentró a presión reducida hasta eliminar la mayor parte del ácido acético. La solución restante se vertió en una mezcla agitada de EtOAc (1 l) y agua (1 l). A continuación se añadió KOH sólido a la mezcla anteriormente indicada hasta que la capa acuosa fue fuertemente básica (pH > 12). A continuación, la capa orgánica se separó, se lavó con solución saturada de bicarbonato sódico, salmuera, se secó (Na2SO4), se filtró y se concentró a presión reducida para proporcionar el Compuesto 45 como una espuma amarilla, que se utilizó sin ninguna purificación adicional.
C) Preparaci6n del Compuesto 46
Se añadió una solución de NaIO4 (107,0 g) en agua (3 l) durante 40 minutos a una solución agitada (agitador mecánico) de Compuesto 45 (bruto anterior) en dioxano (1,5 l) Después de 60 minutos la mezcla de reacción se vertió en EtOAc (1,5 l) y la capa orgánica se separó, se lavó con agua (1 l), salmuera (1 l), se secó (Na2SO4) y se concentró para proporcionar el Compuesto 46 como un aceite amarillo, que se utilizó sin ninguna purificación adicional.
D) Preparaci6n del Compuesto 47
Se disolvió Compuesto 46 (bruto anterior) en una mezcla de THF (500) y agua (500 ml) y la reacción se enfrió en un baño de hielo. Se añadieron a la reacción NaOH 2N (600 ml) y formaldehído (250 ml de una solución acuosa al 37%) y se continuó la agitación a temperatura ambiente durante 3 días. A continuación se vertió la reacción en EtOAc (1 l) y se lavó con agua (1 l), salmuera (1 l) y se evaporó a presión reducida hasta quedar aproximadamente 200 ml de EtOAc (en el procedimiento se formó un precipitado blanco). Se añadieron al precipitado hexanos (300 ml) y se dejó reposar la mezcla durante 16 horas después de lo cual el sólido blanco se recogió por filtración, se lavó con hexanos y se secó a alto vacío sobre P2O5 para dar el Compuesto 47 como un sólido blanco (124 g, 66% a partir de 44). 1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 7,85 (m, 4H), 7,48 (m, 3H), 5,75 (d, 1H, J= 3,9), 4,96 (d, 1H J = 11,8), 4,75 (d, 1H, J= 11,8), 4,66 (m, 1H), 4,26 (d, 1H, J = 5,2), 3,95 (m, 2H), 3,79 (m, 1H), 3,63 (m, 1H), 2,39 (m, 1H, OH), 1,66 (s, 3H), 1,34 (s, 3H),
E) Preparaci6n de los Compuestos 4S y 49
Se añadió terc-Butildifenilclorosilano (305,0 mmoles, 84,0 ml) a una solución en agitación fría (0ºC) del Compuesto 47 (278,0 mmoles, 100,0 g) y trietilamina (305 mmoles, 43,0 ml) en diclorometano (600 ml). Después de terminada la adición, se calentó la reacción a temperatura ambiente y se continuó la agitación durante 16 horas. Se añadió a la reacción MeOH (50 ml) (para inactivar el exceso de TBDPSCI) y se continuó la agitación durante otras 2 horas a temperatura ambiente. A continuación se diluyó la reacción con cloroformo y la capa orgánica se lavó con HCl al 10%, NaKCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró para proporcionar un aceite espeso. Se añadieron al aceite hexanos (150 ml) y la mezcla se expuso a ultrasonidos hasta obtener como resultado una solución. A continuación se sembró la solución con una pequeña cantidad de 48 (aislado con anterioridad mediante cromatografía en columna). Después de reposar durante 16 horas más se añadieron hexanos a la suspensión espesa y se recogió el sólido por filtración. A continuación, el sólido se resuspendió en hexanos y se agitó vigorosamente durante 30 minutos. El sólido se recogió por filtración para proporcionar 48 (80,5, 48 g%) después de secado a alto vacío durante 16 horas. Los filtrados se combinaron y se concentraron a presión reducida. El aceite resultante se volvió a disolver en una cantidad mínima de hexanos y se hizo pasar por un tapón de gel de sílice (eluyendo con EtOAc en hexanos al 20%). Las fracciones que contenían el producto 48 se combinaron, se concentraron y se cristalizaron como se ha descrito anteriormente para proporcionar una segunda cosecha de 48 (20 g, 12%) como un sólido blanco. La elución adicional del tapón de gel de sílice con EtOAc en hexanos al 50%
proporcionó el Compuesto 48 puro (40,0 g, 24%) como un aceite espeso. Además se aisló también de una mezcla de 48 y 49 (aproximadamente 15 g al 9%) como un aceite espeso. Diol 48; 1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 7,83 (m, 4H), 7,56 (m, 7H), 7,30 (m, 6H), 5,80 (s, 1H), 4,97 (d, 1H, J= 11,4), 4,70 (m, 2H), 4,46 (m, 1H), 3,92-3,66 (m, 4H), 2,39 (m, 1H, OH), 1,67 (s, 3H), 1,37 (s, 3H), 0,92 (s, 9H), Diol 49; 1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 7,9-7,3 (m, 17H), 5 5,71 (d, 1H, J = 3,9), 4,86 (d, 1H, J = 12,2), 4,74 (d, 1H, J= 12,2), 4,56 (m, 1H), 4,22 (d, 1H, J= 11,1), 4,18 (m, 1H), 4,07 (d, 1H, J= 11,1), 4,02 (dd, 1H, J = 4,2 12,0), 3,64 (dd, 1H, J = 9,4, 11,9), 1,89 (m, 1H), 1,25 (s, 6H), 1,05 (s, 9H),
F) Recuperar el Compuesto 47 a partir del Compuesto 49
Se añadió fluoruro de tetrabutilamonio (70 ml de una solución 1M en THF) a una solución en agitación fría (0ºC) de diol 49 (62,7 mmoles, 37,5 g) en THF (250 ml) después de lo cual, se dejó calentar la reacción a temperatura 10 ambiente gradualmente. Después de agitar durante 72 horas más, la reacción se concentró al vacío y el residuo se vertió sobre hielo triturado. El matraz se aclaró con algo más de THF (3 veces) y se añadió a la suspensión anteriormente indicada. Se eliminó el sobrenadante por decantación y el sólido en la parte inferior se añadió a una mezcla en agitación de hexanos (200 ml) y agua (200 ml). Después de agitar durante 2 horas, el sólido floculento se recogió por filtración, se lavó con hexanos y agua adicional y se secó a alto vacío para proporcionar el Compuesto
15 47 (20 g, 89%) como un sólido blanco.
Ejemplo 10
Preparaci6n del Compuesto 60 A) Preparaci6n del Compuesto 51
Se añadió, gota a gota, cloruro de pivaloílo (25 mmoles, 3,0 ml) a una solución fría (0ºC) de Compuesto 48 (16,7 mmoles, 10,0 g), diisopropiletilamina (25,0 mmoles, 4,4 ml) y dimetilaminometilpiridina (2,5 mmoles, 0,30 g) en diclorometano (35 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 16 horas, se diluyó la reacción con cloroformo y la capa orgánica se lavó con HCl al 5%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró para proporcionar el Compuesto 51 bruto, que se utilizó sin ninguna purificación adicional.
B) Preparaci6n del Compuesto 52
Se añadió HF/piridina al 70% (4,2 ml) a una solución fría (0ºC) de 51 bruto (anterior). Después de agitar durante 16 horas a temperatura ambiente, se añadió a la reacción HF/piridina al 70% adicional (2,5 ml). Después de agitar otros 2 días a temperatura ambiente, se añadió cuidadosamente trietilamina (7,5 ml) a la reacción. Después de agitar durante 1 hora, se interrumpió la reacción cuidadosamente con NaHCO3 saturado hasta que el pH > 10. Se diluyó la reacción con EtOAc y La capa orgánica se lavó adicionalmente con salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc en hexanos del 25 al 40%) proporcionó el Compuesto 52 (7,01 g, 95% a partir del Compuesto 48) como un aceite.
C) Preparaci6n del Compuesto 53
Se añadió DMSO (3,30 ml, 46,7 mmoles) a una solución fría (-78ºC) de cloruro de oxalilo (23,3 mmoles, 2,0 ml) en diclorometano (120 ml). Después de agitar durante 30 minutos, se añadió a la reacción Compuesto 52 (15,6 mmoles, 6,91 g) en diclorometano (30 ml) a través de una cánula. Después de agitar durante 45 minutos a -78ºC, se añadió trietilamina (70,0 mmoles, 9,60 ml) y la reacción se dejó calentar hasta 0ºC. El análisis por TLC en este momento indicó que no había material de partida, Compuesto 52, por lo que se diluyó la reacción con cloroformo y la capa orgánica se lavó con HCl al 10%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró para proporcionar el Compuesto 53, que se utilizó sin ninguna purificación adicional.
D) Preparaci6n de los Compuestos 54 y 55
Se añadió lentamente bromuro de vinilmagnesio (1M en THF, 31,1 ml) a una solución fría (-78ºC) de Compuesto 53 en THF (120 ml). Después de agitar a -78ºC durante 2 horas, se interrumpió la reacción con NH4Cl saturado y se diluyó la reacción con EtOAc. La capa orgánica se lavó con HCl al 10%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró para proporcionar el Compuesto 54 y el Compuesto 55 como una mezcla, que se utilizó sin ninguna purificación adicional.
E) Preparaci6n de los Compuestos 56 y 57
Se añadió una solución de NaOH (4M, 12,5 ml) a una solución de Compuesto 54 y Compuesto 55 en dioxano/metanol (30 ml/10 ml). Después de agitar durante 4 horas a temperatura ambiente, se evaporaron los disolventes a presión reducida y se disolvió el residuo en EtOAc. La capa orgánica se lavó con agua, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc en hexanos del 33 al 40%) proporcionó el Compuesto 57 (2,42 g, 40% a partir de 53) como un aceite. El aumento de la polaridad (EtOAc en hexanos al 60%) del eluyente proporcionó el Compuesto 56 (0,82 g, 14% a partir del Compuesto 53). 57 1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 7,94-7,73 (m, 4H), 7,60-7,46 (m, 3H), 6,04-5,85 (m, 1H), 5,69 (d, 1H, J = 3,6), 5,36 (d, 1H, J = 17,3), 5,24 (d, 1H, J = 10,6), 4,97 (d, 1H, J = 11,7), 4,74 (d, 1H, J = 11,7), 4,59 (m, 1H), 4,33 (m, 2H), 4,19 (d, 1H, J = 11,9), 3,85 (d, 1H, J = 11,9), 1,65 (s, 3H), 1,34 (s, 3H).
F) Preparaci6n del Compuesto 5S
Se añadió cloruro de tosilo (9,3 mmoles, 1,77 g) a una solución fría (0ºC) de Compuesto 57 (2,43 g, 6,29 mmoles) en piridina (12,6 ml). Después de agitar a 0ºC durante 8 horas, se interrumpió la reacción con agua y se diluyó con EtOAc. La capa orgánica se lavó con HCl al 5%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc en hexanos del 15 al 25%) proporcionó el Compuesto 58 (2,58 g, 76%) como un sólido blanco. Se aisló también 57 sin reaccionar (0.0.39 g, 16%).
G) Preparaci6n del Compuesto 59
Se añadió cloruro de isobutirilo (6,9 mmoles, 0,73 ml) a una solución fría (0ºC) de Compuesto 58 (4,6 mmoles, 2,48 g), diisopropiletilamina (6,9 mmoles, 0,88 ml) y dimetilaminometilpiridina (0,68 g, 83 mg) en diclorometano (9 ml). Después de 2 horas a 0ºC, se añadieron a la reacción cloruro de isobutirilo (6,9 mmoles, 0,73 ml) y diisopropiletilamina (6,9 mmoles, 0,88 ml) adicionales. Después de otras 2 horas a 0ºC, se añadieron a la reacción cloruro de isobutirilo (6,9 mmoles, 0,73 ml) y diisopropiletilamina (6,9 mmoles, 0,88 ml) adicionales y se agitó la reacción a 0ºC durante 16 horas. Se añadió agua cuidadosamente a la reacción para inactivar cualquier cloruro de ácido sin reaccionar y se continuó la agitación durante 1 hora a temperatura ambiente. A continuación se diluyó la reacción con cloroformo y la capa orgánica se lavó con HCl al 5%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con de EtOAc en hexanos al 25%) proporcionó el Compuesto 59 (2,2 g, 83%) como un aceite. Se aisló también 58 sin reaccionar (0,31 g, 13%) después de la purificación.
H) Preparaci6n del Compuesto 60
Se añadió ácido sulfúrico concentrado (3-4 gotas) a una solución de Compuesto 59 (3,6 mmoles, 2,20 g) en ácido acético (11 ml) y anhídrido acético (3 ml). Después de agitar durante 2 horas a temperatura ambiente, se eliminaron
5 los disolventes a alto vacío en un evaporador rotatorio (sin calor) y se disolvió el residuo en EtOAc. Se lavó cuidadosamente la capa orgánica con NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró para proporcionar el Compuesto 60, que se secó a alto vacío sobre P2O5 y se utilizó sin ninguna purificación adicional. 60 LCMS: M + 23 calculado 677,2; encontrado 677,1; tiempo de retención LC 2,05 min.
Ejemplo 11
10 Preparaci6n de (1R, 3R, 4R, 7S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(S)-(4,4'-dimetoxitritil)oxi-(3propenil)]-3-(uracilo-1-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano (69) A) Preparaci6n del Compuesto 61
Se añadió N,O-bis-trimetilsililamida (18,0 mmoles, 4,4 ml) a una suspensión de Compuesto 60 (3,6 mmoles, bruto anterior) y uracilo (7,2 mmoles, 0,81 g) en acetonitrilo (18 ml) y se calentó suavemente la suspensión (utilizando una pistola de aire caliente) hasta obtener como resultado una solución. La reacción se enfrió en un baño de hielo y se añadió a la reacción TMSOTf (7,2 mmoles, 1,3 ml). Después de terminada la adición, se retiró el baño de hielo y se calentó la reacción a reflujo durante 2 horas después de lo cual se enfrió a temperatura ambiente, se diluyó con EtOAc y se interrumpió cuidadosamente con solución saturada de NaHCO3. La capa orgánica se lavó adicionalmente con salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentraron para proporcionar el Compuesto 61 bruto, que se utilizó sin ninguna purificación adicional.
B) Preparaci6n del Compuesto 62
Se añadió una solución de NaOH (2M, 7,2 ml) a una solución fría (0ºC) de Compuesto 61 bruto (anterior) en dioxano (10 ml). Después de 2 horas a 0ºC, se añadió a la reacción una cantidad adicional de NaOH (2M, 10 ml). Después de agitar durante 16 horas a temperatura ambiente, se acidificó la reacción con HCl al 5% (pH 4-5), se diluyó con EtOAc y la capa orgánica se lavó con agua, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. Se formó un precipitado blanco, que se lavó cuidadosamente con éter y se secó a alto vacío para proporcionar el compuesto nucleósido 62 (0,97 g, 64%). La purificación de los lavados con éter mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con acetona en cloroformo al 25%) proporcionó una cantidad adicional de Compuesto 62 parcialmente puro (0,10 g, 7%).
C) Preparaci6n del Compuesto 63
Se añadió anhídrido benzoico (2,8 mmoles, 0,64 g) a una solución de Compuesto 62 (2,0 mmoles, 0,85 g) en piridina (4 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 6 horas, se interrumpió la reacción con agua y se diluyó con EtOAc. La capa orgánica se lavó con NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc en hexanos al 50%) proporcionó el Compuesto 63 (1,069 g, cuantitativo) como un sólido blanco.
D) Preparaci6n de 64 Compuesto
Se añadió DDQ (3,8 mmoles, 0,86 g) a una solución de Compuesto 64 (1,9 mmoles, 1,0 g) en diclorometano (19 ml) y agua (1 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 24 horas, la reacción se concentró a presión reducida. Se disolvió el residuo en EtOAc y la capa orgánica se lavó con agua, bisulfito sódico al 10%, NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc en hexanos al 75%) proporcionó el Compuesto 64 (0,74 g, cuantitativo).
E) Preparaci6n del Compuesto 65
Se añadió TBSCl (5,8 mmoles, 0,87 g) a una solución de Compuesto 64 (1,9 mmoles, 0,75 g) e imidazol (11,6 mmoles, 0,79 g) en DMF (5 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 16 horas, se diluyó la reacción con EtOAc y la capa orgánica se lavó con agua, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, EtOAc en hexanos al 50%) proporcionó el Compuesto 65 (0,89 g, 94%) como una espuma blanca.
F) Preparaci6n del Compuesto 66
Se disolvió el Compuesto 65 (1,6 mmoles, 0,8 mmoles) en una solución de amoníaco en metanol (7M, 25 ml). Después de calentar en un recipiente sellado a 45ºC durante 4 días, el disolvente se eliminó a presión reducida. La purificación mediante cromatografía (SiO2, metanol en cloroformo del 2 al 4%) proporcionó el Compuesto 66 (0,65 g, cuantitativo) como un sólido blanco. 66 1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 8,57 (s, br, 1H), 7,84 (d, 1H, J = 8,2), 6,10-5,96 (m, 1H), 5,74 (d, 1H, J = 8,2), 5,64 (s, 1H), 5,41-5,44 (m, 2H), 4,35 (m, 1H), 4,26 (s, 1H), 4,13 (s, 1H), 3,95 (d, 1H, J = 7,8), 3,66 (d, 1H, J = 7,8), 2,04 (d, 1H, J = 4,3), 0,90 (s, 9H), 0,11 (s, 3H), 0,10 (s, 3H).
G) Preparaci6n del Compuesto 67
Se calentó una solución de Compuesto 66 (0,25 mmoles, 0,1 g), DMTCl (0,63 mmoles, 0,21 g) y 2,6-lutidina (0,63 mmoles, 73 μl) en piridina (1,25 ml) a 45ºC durante 10 días. La reacción se enfrió a temperatura ambiente y se diluyó con EtOAc. La capa orgánica se lavó con bicarbonato sódico saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró a presión reducida. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc en hexanos del 15 al 45%) proporcionó el Compuesto 67 (0,16 g, 93%) como un sólido blanco. 67 1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 8,92 (s, br, 1H), 8,26 (d, 1H, J = 8,2),7,53-7,24 (m, 9H), 6,97-6,78 (m, 4H), 6,08-5,88 (m, 1H), 5,73 (s, 1H), 5,68 (d, 1H, J= 8,2), 4,83 (s, 1H, J= 11,0), 4,58 (d, 1H, J= 17,3), 4,37 (s, 1H), 4,04 (d, 1H, J= 9,5), 3,84 (s, 6H, 3,78, m, 1H, parcialmente solapado), 3,55 (d, 1H, J = 7,9), 0,83 (s, 9H), 0,11 (s, 3H), 0,00 (s, 3H).
H) Preparaci6n del Compuesto 6S
Se añadió trihidrofluoruro de trietilamina (1,3 mmoles, 0,21 ml) a una solución de Compuesto 67 (0,22 mmoles, 0,15 g) y trietilamina (0,54 mmoles, 75 μl) en THF (2 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 2 días, se diluyó la reacción con EtOAc y la capa orgánica se lavó con NaHCO3 saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. LCMS: M+23 calculado 607.2, encontrado 607.2; tiempo de retención LC 3,51 minutos.
I) Preparaci6n del Compuesto 69
El Compuesto fosforamidita 69 se prepara a partir del Compuesto 68 de acuerdo con el procedimiento descrito para la preparación de la fosforamidita 19a a partir del Compuesto 18a del Ejemplo 1.
Ejemplo 12
Preparaci6n de (1R, 3R, 4R, 7S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(S)-(4,4'-dimetoxitritil)oxi-(3propenil)]-3-(4-N-benzoil-citosin-1-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano (73)
10 La fosforamidita 73 se prepara a partir del Compuesto 67 utilizando los mismos procedimientos generales descritos en el Ejemplo 3 para la preparación de fosforamidita 24a a partir del Compuesto 17a.
Ejemplo 13
Ruta alternativa para la p reparaci6n de (1R, 3R, 4R, 7S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(S)(4,4'-dimetoxitritil)oxi-(3-propenil)]-3-(4-N-benzoil-citosin-1-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano (73)
El Compuesto 73 se prepara utilizando los mismos procedimientos generales descritos para la preparación del Compuesto fosforamidita 69 a partir del Compuesto 60 del Ejemplo 11. La reacción de Vorbrugen del Compuesto 60 con N-benzoil-citosina, BSA y TMSOTf en acetonitrilo a reflujo proporciona el compuesto nucleósido 74. El tratamiento de 74 con una solución acuosa de NaOH logra la ciclación al Compuesto 75. La protección del grupo
5 5’-hidroxilo y la amina exocíclica con BzCl en piridina proporciona el Compuesto 76. El tratamiento adicional del Compuesto 76 a Compuesto fosforamidita 71 es similar a los procedimientos descritos para la preparación del Compuesto fosforamidita 69 a partir del Compuesto 63.
Ejemplo 14
Preparaci6n de (1R, 3R, 4R, 7S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(S)-(4,4'-dimetoxitritil)oxi-(310 propenil)]-3-(6-N-benzoiladenin-9-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano (SS)
El Compuesto 88 se prepara utilizando los mismos procedimientos generales descritos para la preparación del Compuesto fosforamidita 69 a partir del Compuesto 60 del Ejemplo 11. La reacción de Vorbrugen del Compuesto 60 con N-benzoil-adenina, BSA y TMSOTf en dicloroetano a reflujo proporciona el Compuesto nucleósido 80. El tratamiento de 80 con una solución acuosa de NaOH logra la ciclación al Compuesto 81. La protección del grupo
5 5’-hidroxilo y la amina exocíclica con BzCl en piridina proporciona el Compuesto 82. El tratamiento adicional del Compuesto 82 a Compuesto fosforamidita 88 es similar a los procedimientos descritos para la preparación del Compuesto fosforamidita 69 a partir del Compuesto 63.
Ejemplo 15
Preparaci6n (1 R, 3 R, 4 R, 7 S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(S)-(4,4'-dimetoxitritil)oxi-(310 propenil)]-3-(2-N-isobutirilguanin-9-il)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano (97)
El Compuesto 97 se prepara utilizando los mismos procedimientos generales descritos para la preparación del Compuesto fosforamidita 69 a partir del Compuesto 60 del Ejemplo 11. La reacción de Vorbrugen del Compuesto 60 con 2-amino-6-cloropurina, BSA y TMSOTf en dicloroetano a reflujo proporciona el Compuesto nucleósido 89. El tratamiento del Compuesto 89 con 3-hidroxipropionitrilo e hidruro sódico logra la ciclación al Compuesto 90. La
5 protección transitoria del grupo 5’-hidroxilo como el trimetilsililéter va seguido de la protección del grupo amino exocíclico con cloruro de isobutirilo. La desprotección del trimetilsililéter durante las condiciones de tratamiento acuoso, seguido de la protección del grupo 5’-hidroxilo como el éster de benzoato (cloruro de benzoilo, piridina) proporciona el Compuesto 91. El tratamiento adicional del Compuesto 91 a Compuesto fosforamidita 97 es similar a los procedimientos descritos para la preparación del Compuesto fosforamidita 69 a partir del Compuesto 63.
10 Ejemplo 16
Preparaci6n (1 R, 3 R, 4 R, 7 S)-7-[2-cianoetoxi(diisopropilamino)fosfinoxi]-1-[1-(S)-(4,4'-dimetoxitritil)oxi-(3propenil)]-3-(base seleccionada, opcionalmente protegida)-2,5-dioxa-biciclo[2.2.1]heptano (110,113
A) Preparaci6n del Compuesto 9S
15 Se hidrogenó una mezcla de paladio sobre carbón activado (5 mg) y el Compuesto 66 (0,25 mmoles, 0,10 g) en MeOH (2 ml) utilizando un globo de hidrógeno. Después de 1 hora, se filtró la reacción a través de celita y se lavó el lecho del filtro con EtOAc. Los disolventes se evaporaron a presión reducida para proporcionar 98, que se secó adicionalmente a alto vacío y se utilizó sin ninguna purificación.
B) Preparaci6n del Compuesto 102
20 Se calentó una solución de Compuesto 98 (0,25 mmoles, 0,1 g), DMTCl (0,63 mmoles, 0,21 g) y 2,6-lutidina (0,63 mmoles, 73 μl) en piridina (1,25 ml) a 45ºC durante 7 días. La reacción se enfrió a temperatura ambiente y se diluyó con EtOAc. La capa orgánica se lavó con bicarbonato sódico saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró a presión reducida. La purificación mediante cromatografía en columna (SiO2, eluyendo con EtOAc en hexanos del 15 al 45%) proporcionó el Compuesto 102 (0,10 g, 58%) como un sólido blanco. 102 (1H RMN (300
25 MHz, CDCl3) o: 9,1 (s, br, 1H), 8,26 (d, 1H, J= 8,2), 7,42-7,20 (m, 9H), 6,84-6,78 (m, 4H), 5,69 (s, 1H), 5,66 (d, 1H, solapado), 4,33 (s, 1H), 4,32 (s, 1H), 3,85 (d, 1H, J = 7,5), 3,8 (s, 6H), 3,75 (d, 1H, J= 7,5), 3,42 (d, 1H, J= 8,2), 1,65 (m, 1H), 1,47 (m, 1H), 0,79 (s, 9H), 0,25 (t, 3H, J = 7,5), 0,02 (s, 3H), -0,18 (s, 3H).
C) Preparaci6n del Compuesto 110
El Compuesto fosforamidita 110 se prepara a partir del Compuesto 102 utilizando el mismo procedimiento general descrito para la preparación del Compuesto fosforamidita 19a a partir del Compuesto 17a del Ejemplo 1. Los Compuestos fosforamidita 111-113 se prepararon a partir de los Compuestos nucleósidos 79, 85 y 94. La
5 hidrogenación del doble enlace utilizando paladio catalítico en carbono e hidrógeno proporciona los Compuestos 98-101, respectivamente. La protección del grupo 5’-hidroxilo como el dimetoxitritiléter seguido de la eliminación del grupo protector sililo y una reacción de fosfitilación (como se describe en el Ejemplo 1) proporciona los Compuestos fosforamidita 110-113.
Ejemplo 17
10 Preparaci6n de los Compuestos 116a, 116b, 116c y 116d
A) Preparaci6n del Compuesto 114a
Se añadió hidruro sódico (60%, 1,0 mmoles, 40 mg) a una solución fría (0ºC) de Compuesto 66 (0,25 mmoles, 0,10
15 g) y cloruro de benciloximetilo (BomCl, 0,75 mmoles, 0,1 ml) en DMF (1 ml). Después de 1 hora, se interrumpió la reacción con agua y se diluyó con EtOAc. A continuación, la capa orgánica se lavó con agua, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación del residuo mediante cromatografía (SiO2, EtOAc en hexanos al 30%) proporcionó el Compuesto 114a (0,15 g, 93%) como un sólido blanco.
B) Preparaci6n del Compuesto 115a
20 Se añadió una solución de tetróxido de osmio (2,5% en isopropanol, 0,12 ml) a una mezcla de Compuesto 114a (0,17 g, 0,11 g), peryodato sódico (0,70 mmoles, 0,15 g) y 2-6-lutidina (0,12 ml) en dioxano (2 ml) y agua (0,5 ml). Después de agitar a temperatura ambiente durante 36 horas, se diluyó la reacción con EtOAc y se lavó con agua, tiosulfato sódico al 10%, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró para proporcionar el Compuesto 115a bruto, que se utilizó sin ninguna purificación adicional.
C) Preparaci6n del Compuesto 116a
Se añadió borohidruro sódico (25 mg) a una solución de Compuesto 115a bruto (anterior) en MeOH (1 ml). Después
5 de agitar a temperatura ambiente durante 1 hora, se diluyó la reacción con EtOAc y la capa orgánica se lavó con HCl al 10%, bicarbonato sódico saturado, salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación del residuo mediante cromatografía (SiO2, eluyendo con EtOAc en hexanos al 50%) proporcionó el Compuesto 116a (73 mg, 65% a partir de 115a) como un aceite. 116a (1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 7,69 (d, 1H, J= 8,2), 7,49-7,24 (m, 10H), 5,77 (d, 1H, J = 8,2), 5,61 (s, 1H), 5,47 (m, 2H), 4,98 (d, 1H, J = 6,9), 4,84 (d, 1H, J = 6,9), 4,80 (d, 1H, J = 11,8),
10 4,69 (s, 2H), 4,66 (d, 1H, J= 11,8), 4,29 (s, 1H), 4,03 (s, 1H), 3,96-3,79 (m, 3H), 3,67 (m, 1H), 3,22 (m, 1H), 0,87 (s, 9H), 0,07 (s, 3H), 0,04 (s, 3H).
D) Preparaci6n de los Compuestos 116b-d
La reacción de los Compuestos 79, 85 y 94 con cloruro de benciloximetilo e hidruro sódico proporciona los Compuestos nucleósidos 114b-d, respectivamente. La escisión del doble enlace con tetróxido de osmio proporciona
15 los Compuestos aldehídos 115b-d. Una reducción adicional del grupo funcional aldehído utilizando borohidruro sódico proporciona los Compuestos 116b-d, respectivamente.
Ejemplo 1S
Preparaci6n de los nucle6sidos 117a-d a 12Sa-d
(Continua en página siguiente)
A) Preparaci6n del Compuesto 127a (R = Me)
Se añadió hidruro sódico (60%, 0,23 mmoles, 9 mg) a una solución fría (0ºC) de Compuesto 116a (0,11 mmoles, 73 mg), yodometano (0,57 mmoles, 40 μl) en DMF (0,25 ml). Después de agitar a 0ºC durante 1 hora, se interrumpió la reacción con agua y se diluyó con EtOAc. La capa orgánica se lavó adicionalmente con salmuera, se secó (Na2SO4) y se concentró. La purificación mediante cromatografía (SiO2, eluyendo con EtOAc en hexanos del 20 al 40%) proporcionó el Compuesto127a (1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 7,79 (d, 1H, J = 8,2), 7,45-7,28 (m, 10H), 5,74 (d, 1H, J = 8,2), 5,62 (s, 1H), 5,48 (m, 2H), 4,90 (m, 2H), 4,74 (d, 1H, J = 11,9), 4,69 (s, 1H), 4,60 (s, 1H, J = 11,9), 4,29 (s, 1H), 4,04 (s, 1H), 4,04 (m, 1H, solapado), 3,99 (d, 1H, J = 8,3), 3,84 (d, 1H, J= 8,2), 3,72-3,48 (m, 2H), 3,35 (s, 3H), 0,87 (s, 9H), 0,07 (s, 3H), 0,04 (s, 3H).
B) Preparaci6n de los Compuestos 117a-d a 123a-d
Los Compuestos 117a-d se preparan a partir de los Compuestos 116a-d por tratamiento con un agente de fluoración tal como DAST utilizando diclorometano como disolvente. Los Compuestos 118a-d se preparan a partir de los Compuestos 116a-d oxidando en primer lugar el grupo hidroxilo primario con periodinano de Dess-Martin o en condiciones Swem seguido de tratamiento del aldehído resultante con DAST. Los compuestos 119a-d se preparan a partir de los compuestos 116a-d oxidando en primer lugar el grupo hidroxilo primario con periodinano de Dess-Martin o en condiciones Swem seguido de aminación reductora del aldehído resultante con una amina primaria o secundaria, en presencia de ácido acético glacial y un agente reductor tal como cianoborohidruro sódico. Los Compuestos 120a-d se preparan a partir de los Compuestos 116a-d convirtiendo el grupo hidroxilo en un derivado de tiocarbonato seguido de un procedimiento de desoxigenación radical utilizando nBu3SnH. Los Compuestos 121a-d se preparan a partir de los Compuestos 116a-d convirtiendo del grupo hidroxilo en un grupo saliente (mesilato, tosilato, haluro) seguido de calentamiento con exceso de azida sódica. Los Compuestos 124a-d se preparan a partir de los Compuestos 116a-d por oxidación del alcohol primario a un ácido carboxílico, seguido de reacción con una amina en presencia de HATU o cualquier otro reactivo de acoplamiento de péptidos. Los Compuestos 125a-b se preparan a partir de los Compuestos 116a-d activando el grupo hidroxilo con carbonildiimidazol seguido de reacción con una amina. Los Compuestos 126a-d se preparan a partir de los Compuestos 116a-d oxidando el alcohol primario en condiciones Swem o de Dess-Martin seguido de reacción con un reactivo organometálico adecuado. Los Compuestos 127b-d (127a preparado en la sección A, R = CH3 anterior) se preparan a partir de los Compuestos 116b-d desprotegiendo el grupo hidroxilo con una base apropiada, seguido de inactivación del anión con un reactivo alquilante. Los Compuestos 128a-d se preparan a partir de los Compuestos 116a-d convirtiendo del grupo hidroxilo en un grupo saliente seguido de desplazamiento con un nucleófilo tiol. Los Compuestos 122a-d se preparan a partir de los Compuestos 121a-d por reducción del grupo azida seguido de reacción con un isocianato o un isotiocianato. Los compuestos 123a-d se preparan a partir de los Compuestos 121a-d por reducción del grupo azido y reacción con FmocNCS para proporcionar una tiourea activada. La reacción adicional de la tiourea activada por Fmoc con una amina en presencia de EDC proporciona la guanidina sustituida. La eliminación del grupo protector Fmoc libera los Compuestos 123a-d.
Ejemplo 19
Preparaci6n de las fosforamiditas 141-144 A) Preparaci6n del Compuesto 129 (Z = CH20Me)
Se hidrogenó una mezcla de paladio sobre carbón activado (3 mg) y Compuesto 127a (0,04 mmoles, 27 mg) en MeOH (1 ml) utilizando un globo de hidrógeno. Después de 24 horas, se filtró la reacción a través de celita y se lavó
5 el lecho del filtro con EtOAc. Se evaporan los disolventes a presión reducida y se volvió a disolver el residuo en MeOH (1 ml) y trietilamina (2 gotas). Después de agitar a temperatura ambiente durante 2 horas, se eliminaron los disolventes a presión reducida para proporcionar 129, 129 (1H RMN (300 MHz, CDCl3) o: 7.89 (d, 1H, J= 8.2), 5.75 (d, 1H, J= 8.2), 5.63 (s, 1H), 4.22 (s, 1H), 4.17 (s, 1H), 4.08 (m, 1H), 3.98 (d, 1H, J = 7.6), 3.71 (d, 1H, J= 7.6), 3.60 (t, 1H, J = 9.1), 3.44 (s, 3H), 3.42 (m, 1H, solapado), 0.88 (s, 9H), 0.10 (s, 3H), 0.09 (s, 3H).
10 B) Preparaci6n del Compuesto 141
El Compuesto 129 se convierte en Compuesto fosforamidita 141 utilizando los mismos procedimientos generales descritos para la preparación del Compuesto fosforamidita 19a a partir de 16a del Ejemplo 1.
C) Preparaci6n de los Compuestos 142-144
Los Compuestos 130-132 se preparan por hidrogenación del grupo protector benciloximetilo utilizando paladio
15 catalítico sobre carbón y gas hidrógeno. La protección del grupo 5’-hidroxilo como el dimetoxitritiléter seguido de la eliminación del grupo protector sililo y una reacción de fosfitilación (como se describe en el Ejemplo 1) proporciona los Compuestos fosforamidita 142-144.
Ejemplo 20
Sintesis de fosforamiditas de nucle6sidos
20 La preparación de fosforamiditas de nucleósidos se lleva a cabo siguiendo los procedimientos que se ilustran en el presente documento y en la técnica, tales como, pero sin limitarse a, la patente de los EE.UU. nº 6.426.220 y la PCT publicada como WO 02/36743.
Ejemplo 21
Sintesis de oligonucle6tidos y oligonucle6sidos
Los compuestos oligoméricos utilizados de acuerdo con la presente invención pueden generarse convenientemente y de manera rutinaria a través de la técnica bien conocida de la síntesis en fase sólida. El equipo para tal síntesis es comercializado por varios proveedores incluyendo, por ejemplo, Applied Biosystems (Foster City, CA). Además o de manera alternativa, puede emplearse cualquier otro medio para tal síntesis conocida en la técnica. Es bien conocido el uso de técnicas similares para preparar oligonucleótidos tales como los fosforotioatos y los derivados alquilados.
Oligonucleótidos: los oligonucleótidos de fosfodiéster (P=O) no sustituidos y sustituidos pueden sintetizarse en un sintetizador de ADN automático (Applied Biosystems modelo 394) utilizando la química de la fosforamidita convencional con oxidación por yodo.
Los fosforotioatos (P=S) se sintetizan de manera similar a los oligonucleótidos de fosfodiéster con las siguientes excepciones: la tiación se efectúa utilizando una solución al 10% p/v de 1,1-dioxido de 3,H-1,2-benzoditiol-3-ona en acetonitrilo para la oxidación de los enlaces fosfito. El tiempo de la etapa de reacción de tiación se aumenta a 180 segundos y está precedida por la etapa de protección terminal normal. Después de la escisión de la columna de CPG y el desbloqueo en hidróxido de amonio concentrado a 55ºC (12-16 horas), los oligonucleótidos se recuperan mediante precipitación > 3 volúmenes de etanol de una solución de NH4OAc 1M. Los oligonucleótidos fosfinados pueden prepararse como se describe en la patente de los EE.UU. nº 5.508.270.
Los oligonucleótidos de alquilfosfonato pueden prepararse como se describe en la patente de los EE.UU. nº 4.469.863.
Los oligonucleótidos de 3’-desoxi-3’metilenfosfonato pueden prepararse como se describe en las patentes de los EE.UU. nº 5.610.289 ó 5.625.050.
Los oligonucleótidos de fosforamidita pueden prepararse como se describe en la patente de los EE.UU. nº 5.256.775
o la patente de los EE.UU. nº 5.366.878.
Los oligonucleótidos de alquilfosfonotioato pueden prepararse como se describe en las solicitudes PCT publicadas PCT/US94/00902 y PCT/US93/06976 (publicadas como documentos WO 94/17093 y WO 94/02499, respectivamente).
Los oligonucleótidos de 3’-desoxi-3’-amino fosforamidato pueden prepararse como se describe en la patente de los EE.UU. nº 5.476.925.
Los oligonucleótidos de fosfotriéster pueden prepararse como se describe en la patente de los EE.UU. nº 5.023.243.
Los oligonucleótidos de boranofosfato pueden prepararse como se describe en las patente de los EE.UU. nº 5.130.302 y 5.177.198.
Oligonucleósidos: los oligonucleósidos unidos con metilenmetilimino, también identificados como oligonucleósidos unidos con MMI, oligonucleósidos unidos con metilendimetilhidrazo, también identificados como oligonucleósidos unidos con MDH, y oligonucleósidos unidos con metilencarbonilamino, también identificados como oligonucleósidos unidos con amida-3, y oligonucleósidos unidos con metilenaminocarbonilo, también identificados como oligonucleósidos unidos con amida-4, así como compuestos oligoméricos de cadena principal mixta que tienen, por ejemplo, enlaces P=O o P=S y MMI alternos pueden prepararse como se describe en las patente de los EE.UU. nº 5.378.825; 5.386.023; 5.489.677; 5.602.240 y 5.610.289.
Los oligonucleósidos unidos con formacetal y tioformacetal pueden prepararse como se describe en las patente de los EE.UU. nº 5.264.562 y 5.264.564.
Los oligonucleósidos unidos con óxido de etileno pueden prepararse como se describe en la patente de los EE.UU. nº 5.223.618.
Ejemplo 22
Aislamiento de oligonucle6tidos
Después de la escisión del soporte sólido de vidrio de poro controlado y el desbloqueo en hidróxido de amonio concentrado a 55ºC durante 12-16 horas, los oligonucleótidos u oligonucleósidos se recuperan mediante precipitación en NH4OAc 1M > 3 volúmenes de etanol. Los oligonucleótidos sintetizados se analizan mediante espectroscopia de masas por electronebulización (determinación del peso molecular) y mediante electroforesis en gel capilar. Las cantidades relativas de enlaces fosforotioato y fosfodiéster obtenidos en la síntesis se determinan mediante la relación entre el peso molecular correcto y el producto -16 amu (+/32 +/-48). Para algunos estudios los oligonucleótidos se purifican mediante HPLC, como se describe en Chiang y col., J. Biol. Chem. 1991, 266, 18162-18171. Los resultados obtenidos con el material purificado por HPLC son generalmente similares a los obtenidos con el material no purificado mediante HPLC.
Ejemplo 23
Sintesis de oligonucle6tidos - Formato de placa de 96 pocillos
Los oligonucleótidos pueden sintetizarse a través de la química de la fosforamidita en fase sólida P(III) en un sintetizador automático capaz de ensamblar 96 secuencias simultáneamente en un formato de 96 pocillos. Los enlaces internucleótido fosfodiéster se proporcionan mediante oxidación con yodo acuoso. Se generan enlaces internucleótido fosforotioato mediante sulfuración utilizando 1,1-dióxido de 3,H-1,2-benzoditiol-3-ona (Reactivo de Beaucage) en acetonitrilo anhidro. Se adquieren beta-cianoetildiisopropil-fosforamiditas con la base protegida convencionales de proveedores comerciales (por ejemplo, PE-Applied Biosystems, Foster City, CA, o Pharmacia, Piscataway, NJ). Se sintetizan nucleósidos no convencionales mediante procedimientos convencionales o patentados. Se utilizan en forma de beta-cianoetildiisopropil-fosforamiditas con la base protegida.
Los oligonucleótidos se escinden del soporte y se desprotegen con NH4OH concentrado a una temperatura elevada (55-60ºC) durante 12-16 horas y a continuación se seca el producto liberado al vacío. A continuación, el producto seco se resuspende en agua estéril para proporcionar una placa maestra a partir de la cual se diluyen a continuación todas las muestras de placas analíticas y de ensayo utilizando pipeteadores robotizados.
Ejemplo 24
Analisis de oligonucle6tidos utilizando un formato de placa de 96 pocillos
Se evalúa la concentración de oligonucleótido en cada pocillo mediante dilución de las muestras y espectroscopia de absorción UV. La integridad completa de los productos individuales se evalúa mediante electroforesis capilar (CE) en un formato de 96 pocillos (Beckman P/ACET™ MDQ) o, para las muestras preparadas individualmente, en un aparato de CE comercial (p. ej., Beckman P/ACE™ 5000, ABI 270). Se confirma la composición de bases y de la cadena principal mediante análisis de masas de los compuestos oligoméricos utilizando electronebulización-espectroscopia de masas. Todas las placas de ensayo del análisis se diluyen a partir de la placa maestra utilizando pipeteadores robóticos de uno y múltiples canales. Se considera que las placas son aceptables si por lo menos el 85% de los compuestos oligoméricos de la placa tienen longitud completa por lo menos en un 85%.
Ejemplo 25
Cultivo celular y tratamiento de oligonucle6tidos
Puede someterse a ensayo el efecto de los compuestos oligoméricos sobre la expresión del ácido nucleico diana en cualquiera de una variedad de tipos celulares siempre que el ácido nucleico diana esté presente a niveles apreciables. Esto puede determinarse de manera rutinaria utilizando, por ejemplo, una PCR o un análisis de transferencia Northern. Pueden obtenerse líneas celulares derivadas de múltiples tejidos y especies de la colección americana de cultivos tipo (ATCC, Manassas, VA).
Se proporciona el siguiente tipo celular con fines ilustrativos, pero pueden utilizarse otros tipos celulares utilizados de manera rutinaria, siempre que la diana se exprese en el tipo celular escogido. Esto puede determinarse fácilmente mediante procedimientos rutinarios en la técnica, por ejemplo análisis de transferencia Northern, ensayos de protección de ribonucleasas o RT-PCR.
Células b.END: Se obtuvo la línea de células endoteliales de cerebro de ratón b.END del Dr. Werner Risau del Instituto Max Plank (Bad Nauheim, Alemania). Las células b.END se cultivaron de manera rutinaria en DMEM, con alto contenido de glucosa (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA) complementado con suero bovino fetal al 10% (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA). Las células se hicieron pasar de manera rutinaria por tripsinación y dilución cuando alcanzaron una confluencia de aproximadamente el 90%. Las células se sembraron en placas de 96 pocillos (Falcon-Primaria #353872, BD Biosciences, Bedford, MA) a una densidad de aproximadamente 3.000 células/pocillo para usos que incluyen, pero no se limitan a, experimentos de transfección de compuestos oligoméricos.
Experimentos que implican tratamiento de células con compuestos oligoméricos:
Cuando las células alcanzan una confluencia apropiada, se tratan con compuestos oligoméricos utilizando un procedimiento de transfección como el descrito.
LIPOFECTINA™
Cuando las células alcanzan una confluencia del 65-75%, se tratan con oligonucleótido. El oligonucleótido se mezcla con LIPOFECTINA™ (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA) en medio con suero reducido Opti-MEM™-1 (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA) para lograr la concentración deseada de oligonucleótido y una concentración de LIPOFECTINA™ de 2,5 ó 3 μg/ml por oligonucleótido 100 nM. Esta mezcla de transfección se incuba a temperatura ambiente durante aproximadamente 0,5 horas. Para las células desarrolladas en placas de 96 pocillos, los pocillos se lavan una vez con 100 μl de OPTI-MEM™-1 y a continuación se tratan con 130 μl de la mezcla de transfección. Las células desarrolladas sobre placas de 24 pocillos u otras placas para el cultivo de tejidos convencionales se tratan de manera similar, utilizando volúmenes apropiados de medio y oligonucleótido. Se tratan las células y se obtienen datos por duplicado o triplicado. Después de aproximadamente 4-7 horas de tratamiento a 37ºC, el medio que contiene la mezcla de transfección se sustituye por medio de cultivo fresco. Las células se recogen 16-24 horas después del tratamiento con oligonucleótido.
Otros reactivos de transfección adecuados conocidos en la técnica incluyen, pero no se limitan a, CYTOFECTINA™, LIPOFECTAMINA™, OLIGOFECTAMINA™, y FUGENE™. Otros procedimientos de transfección adecuados conocidos en la técnica incluyen, pero no se limitan a, electroporación.
Ejemplo 26
Analisis de inhibici6n con oligonucle6tido de una expresi6n diana
Puede analizarse la modulación antisentido de una expresión diana de una variedad de formas conocidas en la técnica. Por ejemplo, pueden cuantificarse los niveles de ARNm diana, por ejemplo, mediante análisis de transferencia Northern, reacción en cadena de la polimerasa (PCR) competitiva, o PCR en tiempo real. Actualmente se desea la PCR cuantitativa en tiempo real. El análisis de ARN pueden realizarse sobre el ARN celular total o ARNm poli(A)+. Un procedimiento de análisis de ARN de la presente invención es el uso de ARN celular total como se describe en otros ejemplos en el presente documento. Los procedimientos de aislamiento de ARN son bien conocidos en la técnica. El análisis de transferencia Northern también es rutinario en la técnica. La (PCR) cuantitativa en tiempo real puede llevarse a cabo convenientemente utilizando el Sistema de Detección de Secuencias ABI PRISM™ 7600, 7700, ó 7900, disponible en el mercado de PE-Applied Biosystems, Foster City, CA y utilizarlo de acuerdo con las instrucciones del fabricante.
Los niveles de proteína de una diana pueden cuantificarse de una variedad de maneras bien conocidas en la técnica, tales como inmunoprecipitación, análisis de transferencia de Western (inmunotransferencia), ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas (ELISA) o separación de células activadas por fluorescencia (FACS). Los anticuerpos dirigidos a una diana pueden identificarse y obtenerse de una variedad de fuentes, tales como el catálogo de anticuerpos MSRS (Aerie Corporation, Birmingham, MI), o pueden prepararse a través de procedimientos de generación de anticuerpos monoclonales o policlonales convencionales bien conocidos en la técnica. Los procedimientos de preparación de antisueros policlonales se ilustran, por ejemplo, en Ausubel, F.M. y col., Current Protocols in Molecular Biology, Volumen 2, págs. 11.12.1-11.12.9, John Wiley & Sons, Inc., 1997. La preparación de anticuerpos monoclonales se ilustra, por ejemplo, en Ausubel, F.M. y col., Current Protocols in Molecular Biology, Volumen 2, págs. 11.4.111.11.5, John Wiley & Sons, Inc., 1997.
Los procedimientos de inmunoprecipitación son convencionales en la técnica y pueden encontrarse, por ejemplo, en Ausubel, F.M. y col., Current Protocols in Molecular Biology, Volumen 2, págs. 10.16.1-10.16.11, John Wiley & Sons, Inc., 1998. La transferencia de Western (inmunotransferencia) es convencional en la técnica y puede encontrarse, por ejemplo, en Ausubel, F.M. y col., Current Protocols in Molecular Biology, Volumen 2, págs. 10.8.1-10.8.21, John Wiley & Sons, Inc., 1997. Los ensayos inmunoabsorbentes ligados a enzimas (ELISA) son convencionales en la técnica y pueden encontrarse, por ejemplo, en Ausubel, F.M. y col., Current Protocols in Molecular Biology, Volumen 2, págs. 11.2.1-.11.2.22, John Wiley & Sons, Inc., 1991.
Ejemplo 27
Disero de ensayos fenotipicos y estudios in vivo para el uso de inhibidores de la diana
Ensayos fenotipicos
Una vez que se han identificado los inhibidores de la diana mediante los procedimientos descritos en el presente documento, los compuestos oligoméricos se investigan adicionalmente en uno o más ensayos fenotípicos, teniendo cada uno criterios de valoración mesurables predictivos de la eficacia en el tratamiento de una enfermedad o afección concreta.
Los ensayos fenotípicos, kits y reactivos para su uso son bien conocidos para los expertos en la materia y se utilizan en el presente documento para investigar el papel y/o la asociación de una diana en la salud y la enfermedad. Los ensayos fenotípicos representativos, que pueden adquirirse de uno cualquiera de los numerosos proveedores comerciales, incluyen aquellos para determinar la proliferación, la citotoxicidad, la viabilidad celular o la supervivencia celular (Molecular Probes, Eugene, OR; Perkin Elmer, Boston, MA), análisis basados en proteínas que incluyen análisis enzimáticos (Panvera, LLC, Madison, WI; BD Biosciences, Franklin Lakes, NJ; Oncogene Research Products, San Diego, CA), la regulación celular, la transducción de señales, la inflamación, los procedimientos oxidativos y la apoptosis (Assay Designs Inc., Ann Arbor, MI ), la acumulación de triglicéridos (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO), ensayos de angiogénesis, ensayos de formación de tubos, ensayos de citocinas y hormonas y ensayos metabólicos (Chemicon International Inc., Temecula, CA; Amersham Biosciences, Piscataway, NJ).
En un ejemplo no limitativo, se tratan las células que se ha determinado que son apropiadas para un ensayo fenotípico concreto (es decir, células MCF-7 seleccionadas para estudios de cáncer de mama; adipocitos para estudios de obesidad) con inhibidores de la diana identificados a partir de estudios in vitro así como compuestos de referencia a concentraciones óptimas que se determinan mediante los procedimientos descritos anteriormente. Al final del período de tratamiento, se analizan las células tratadas y no tratadas mediante uno o más procedimientos específicos para el ensayo para determinar los resultados y criterios de valoración fenotípicos.
Los criterios de valoración fenotípicos incluyen cambios en la morfología celular a lo largo del tiempo o las dosis de tratamiento así como cambios en los niveles de los componentes celulares tales como proteínas, lípidos, ácidos nucleicos, hormonas, sacáridos o metales. Las mediciones del estado celular que incluyen el pH, la fase del ciclo celular, la absorción o la excreción de indicadores biológicos por la célula, también son criterios de valoración de interés.
La medición de la expresión de uno o más de los genes de la célula después del tratamiento también se utiliza como indicador de la eficacia o potencia de los inhibidores de la diana. Los genes distintivos o aquellos genes que se sospecha que están asociados con una enfermedad, afección, o fenotipo específicos, se miden en las células tratadas y en las no tratadas.
Estudios in vivo
Los sujetos individuales de los estudios in vivo descritos en el presente documento son animales vertebrados de sangre caliente, que incluyen seres humanos.
Ejemplo 2S
Aislamiento de ARN
Aislamiento de ARNm poli(A)+
Se aísla ARNm poli(A)+ de acuerdo con Miura y col., (Clin. Chem., 1996, 42, 1758-1764). Otros procedimientos para el aislamiento de ARNm poli(A)+ son rutinarios en la técnica. En resumen, para las células desarrolladas en placas de 96 pocillos, se elimina el medio de crecimiento de las células y se lava cada pocillo con 200 μl de PBS frío. Se añaden a cada pocillo 60 μl de tampón de lisis (Tris-HCl 10 mM, pH 7,6, EDTA 1 mM, NaCl 0,5 M, NP-40 al 0,5%, complejo de vanadil-ribonucleósido 20 mM), se agita suavemente la placa y a continuación se incuba a temperatura ambiente durante cinco minutos. Se transfieren 55 μl de lisado a placas de 96 pocillos recubiertas con Oligo d(T) (AGCT Inc., Irvine CA). Las placas se incuban durante 60 minutos a temperatura ambiente, se lavan 3 veces con 200 μl de tampón de lavado (Tris-HCl 10 mM pH 7,6, EDTA 1 mM, NaCl 0,3 M). Después del lavado final, la placa se transfiere a toallas de papel para eliminar el exceso de tampón de lavado y a continuación se seca al aire durante 5 minutos. Se añaden 60 μl de tampón de elución (Tris-HCl 5 mM pH 7,6), se precalienta a 70ºC, se añade a cada pocillo, se incuba la placa sobre una placa caliente a 90ºC durante 5 minutos, y el producto eluido se transfiere a continuación a una placa de 96 pocillos nueva.
Las células desarrolladas sobre 100 mm u otras placas convencionales pueden tratarse de manera similar, utilizando volúmenes apropiados de todas las soluciones.
Aislamiento de ARN total
El ARN total se aísla utilizando un kit RNEASY 96™ y tampones adquiridos de Qiagen Inc. (Valencia, CA) siguiendo los procedimientos recomendados por el fabricante. En resumen, para las células desarrolladas en placas de 96 pocillos, se elimina el medio de crecimiento de las células y se lava cada pocillo con 200 μl de PBS frío. Se añaden a cada pocillo 150 μl de Buffer RLT y se agita vigorosamente la placa durante 20 segundos. A continuación se añaden a cada pocillo 150 μl de etanol al 70% y los contenidos se mezclan pipeteando arriba y abajo tres veces. Las muestras se transfieren a continuación a la placa de pocillos RNEASY 96™ fijada a un colector QIAVAC® equipado con una bandeja de recogida de desechos y fijado a una fuente de vacío. El vacío se aplica durante 1 minuto. Se añaden 500 μl de Tampón RW1 a cada pocillo de la placa RNEASY 96™ y se incuban durante 15 minutos y se aplica de nuevo el vacío durante 1 minuto. Se añaden 500 1l más de Tampón RW1 a cada pocillo de la placa RNEASY 96™ y se aplica vacío durante 2 minutos. A continuación se añade 1 ml de Tampón RPE a cada pocillo de la placa RNEASY 96™ y se aplica vacío durante un período de 90 segundos. A continuación se repite el lavado con el Tampón RPE y se aplica el vacío durante 3 minutos más. A continuación se retira la placa del colector QIAVAC™ y se secaron en toallas de papel. A continuación se vuelve a fijar la placa al colector QIAVAC™ equipado con un rejilla de tubos de recogida que contiene tubos de recogida de 1,2 ml. A continuación se eluye el ARN pipeteando 140 μl de agua libre de ARNasa en cada pocillo, incubando 1 minuto, y aplicando a continuación vacío durante 3 minutos.
El pipeteado repetitivo y las etapas de elución pueden automatizarse utilizando un QIAGEN Bio-Robot 9604 (Qiagen, Inc., Valencia CA). Básicamente, después de lisar las células en la placa de cultivo, la placa se transfiere a la pletina del robot donde se llevan a cabo las etapas de pipeteado, tratamiento con ADNasa y elución.
Ejemplo 29
Analisis de PCR cuantitativa en tiempo real de los niveles de ARNm diana
La cuantificación de los niveles de ARNm diana se logró mediante PCR cuantitativa en tiempo real utilizando el Sistema de Detección de Secuencias ABI PRISM™ 7600, 7700, ó 7900 (PE-Applied Biosystems, Foster City, CA) de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Este es un sistema de detección de fluorescencia, no basado en gel, de tubo cerrado que permite la cuantificación de alto rendimiento de los productos de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real. En oposición a la PCR convencional en la que los productos de amplificación se cuantifican después de terminada la PCR, los productos de la PCR cuantitativa en tiempo real se cuantifican a medida que se acumulan. Esto se logra incluyendo en la reacción de PCR una sonda oligonucleotídica que hibrida específicamente entre los cebadores directo e inverso de la PCR, y contiene dos colorantes fluorescentes. Se fija un colorante indicador (p. ej., FAM o JOE, obtenidos de PE-Applied Biosystems, Foster City, CA, Operon Technologies Inc., Alameda, CA o Integrated DNA Technologies Inc., Coralville, IA) al extremo 5’ de la sonda, se fija un colorante interruptor (p. ej., TAMRA, obtenido de PE-Applied Biosystems, Foster City, CA, Operon Technologies Inc., Alameda, CA o Integrated DNA Technologies Inc., Coralville, IA) al extremo 3’ de la sonda. Cuando la sonda y los colorantes están intactos, la emisión del colorante indicador es interrumpida por la proximidad del colorante interruptor 3’. Durante la amplificación, la hibridación de la sonda a la secuencia diana crea un sustrato que puede ser escindido por la actividad exonucleasa 5’ de la polimerasa Taq. Durante la fase de extensión del ciclo de amplificación de la PCR, la escisión de la sonda por la polimerasa Taq libera el colorante indicador del resto de la sonda (y por consiguiente del resto interruptor) y se genera una señal de fluorescencia específica de la secuencia. Con cada ciclo, se escinden moléculas adicionales de colorante indicador de sus respectivas sondas, y se supervisa la intensidad de fluorescencia a intervalos regulares mediante óptica láser montada en el Sistema de Detección ABI PRISM™. En cada ensayo, una serie de reacciones paralelas que contienen diluciones seriadas de ARNm de muestras de referencia no tratadas genera una curva patrón que se utiliza para cuantificar el porcentaje de inhibición después del tratamiento de las muestras de ensayo con oligonucleótidos antisentido.
Antes del análisis de PCR cuantitativo, se evalúan grupos de cebadores-sondas específicos para el gen diana se está midiendo para determinar su capacidad para ser "multiplexados" con una reacción de amplificación de GAPDH. En la multiplexación, se amplifican el gen diana y el gen patrón interno GAPDH al mismo tiempo en una única muestra. En este análisis, el ARNm aislado de las células no tratadas se someten a dilución seriada. Cada dilución se amplifica en presencia de grupos de cebadores-sondas específicos para GAPDH sólo, gen diana sólo ("monoplexación"), o ambos (multiplexación). Después de la amplificación por PCR, se generan curvas patrón de GAPDH y señal de ARNm diana como una función de la dilución a partir de las muestras monoplexadas y multiplexadas. Si tanto la pendiente como el coeficiente de correlación del GAPDH y las señales diana generadas a partir de las muestras multiplexadas están dentro del 10% de sus valores correspondientes generados a partir de las muestras monoplexadas, se considera que el grupo de cebadores-sonda específico para esa diana es multiplexable. También se conocen en la técnica otros procedimientos de PCR.
Los reactivos para la RT y la PCR se obtuvieron de Invitrogen Life Technologies (Carlsbad, CA). La RT-PCR en tiempo real se llevó a cabo añadiendo 20 μl de cóctel para PCR (2,5x tampón de PCR menos MgCl2, MgCl2 6,6 mM, 375 μM de cada uno de dATP, dCTP, dCTP y dGTP, 375 nM de cada uno de los cebadores directo e inverso, 125 nM de sonda, 4 Unidades de inhibidor de ARNasa, 1,25 unidades de PLATINUM® Taq, 5 unidades de transcriptasa inversa MuLV, y 2,5x colorante ROX) a placas de 96 pocillos que contenían 30 μl de solución de ARN total (20-200 ng). La reacción de RT se llevó a cabo mediante incubación durante 30 minutos a 48ºC. Después de una incubación de 10 minutos a 95ºC para activar el PLATINUM® Taq, se llevaron a cabo 40 ciclos de un protocolo de PCR de dos etapas: 95ºC durante 15 segundos (desnaturalización) seguido de 60ºC durante 1,5 minutos (hibridación/extensión).
Las cantidades de diana génica obtenidas mediante RT-PCR en tiempo real, se normalizan utilizando el nivel de expresión de GAPDH, un gen cuya expresión es constante, o cuantificando el ARN total utilizando RIBOGREEN™ (Molecular Probes, Inc. Eugene, OR). La expresión de GAPDH se cuantifica mediante RT-PCR en tiempo real, que se realiza simultáneamente con la diana, mediante multiplexación, o por separado. El ARN total se cuantifica utilizando el reactivo de cuantificación de ARN RiboGreen™ (Molecular Probes, Inc. Eugene, OR). Los procedimientos de cuantificación de ARN por medio de RIBOGREEN™ se ilustran en Jones, L.J., y col, (Analytical Biochemistry, 1998,265, 368-374).
En este ensayo, se pipetean 170 μl de reactivo de trabajo RIBOGREEN™ (reactivo RIBOGREEN™ diluido 1:350 en Tris-HCl 10mM, EDTA 1 mM, pH 7,5) en una placa de 96 pocillos que contiene 30 1l de ARN celular, purificado. La placa se lee en un CytoFluor 4000 (PE Applied Biosystems) con excitación a 485 nm y emisión a 530 nm.
Ejemplo 30
Cebadores y sondas especificas de la diana
Pueden diseñarse sondas y cebadores para que hibriden con una secuencia diana, utilizando la información de las secuencias publicadas.
Por ejemplo, para PTEN humano, se diseñó el siguiente grupo de cebador-sonda utilizando la información de la secuencia publicada (número de acceso GENBANK™ U92436.1, SEC ID NO: 1).
Cebador directo: AATGGCTAAGTGAAGATGACAATCAT (SEC ID NO: 2)
Cebador inverso: TGCACATATCATTACACCAGTTCGT (SEC ID NO: 3)
5 y la sonda de PCR:
FAM-TTGCAGCAATTCACTGTAAAGCTGGAAAGG-TAMRA (SEC ID NO: 4),
En el que FAM es el colorante fluorescente y TAMRA es el colorante interruptor.
Ejemplo 31
Analisis de transferencia de Western de los niveles de proteina diana
10 Se lleva a cabo el análisis de transferencia de Western (análisis de inmunotransferencia) utilizando procedimientos convencionales. Las células se recogen 16-20 horas después del tratamiento con oligonucleótido, se lavan una vez con PBS, se suspenden en tampón de Laemmli (100 μl/pocillo), se hierven durante 5 minutos y se cargan en un gel de SDS-PAGE al 16%. Los geles se hacen correr durante 1,5 horas a 150 V, y se transfieren a una membrana para la transferencia de Western. Se utiliza el anticuerpo primario apropiado dirigido a una diana, con un anticuerpo
15 secundario radiomarcado o marcado fluorescentemente dirigido contra la especie de anticuerpo primario. Se visualizan las bandas utilizando un PHOSPHORIMAGER™ (Molecular Dynamics, Sunnyvale CA).
Ejemplo 32
Estabilidad a la nucleasa de olig6meros modificados 5'-(S) y (R)-CH3-BNA tratados con SVPD
La estabilidad a la nucleasa de los oligómeros modificados 5’-CH3-BNA se determinó utilizando fosfodiesterasa de
20 veneno de serpiente (SVPD). Cada oligómero se preparó como una mezcla de 500 μl que contenía: 5 μl de oligómero 100 μM, 50 μl de fosfodiesterasa I @ 0,5 unidades/ml en tampón SVPD (Tris-HCL 50 mM, pH 7,5, MgCl2 8 mM) concentración final 0,05 unidades/ml, 445 μl de tampón SVP. Las muestras se incubaron a 37ºC en un baño de agua. Se tomaron alícuotas (100 μl) a los 0, 1, 2 y 4 días con enzima fresca añadida los días 1 y 2. Se añadió EDTA a las alícuotas inmediatamente después de la eliminación para interrumpir la actividad de la enzima. Las
25 muestras se analizaron en IP HPLC/MS.
SEC ID N0.IISIS N0 Composici6n (5' a 3') % de longitud completa el dia 4
05/392747 CSUSTAGCACTGGCCSUS >80 05/392746 CRURTAGCACTGGCCRUR >80 05/392745 CIUITAGCACTGGCCIUI 40-50 05/392753 CeUeTAGCACTGGCCeUe 30-40
Todos los enlaces internucleósido son fosfodiéster, el subíndice S o R indica la configuración en el átomo de carbono 5’ para los nucleósidos 5’-CH3-BNA que tienen también un grupo puente 4’-CH2-O-2’. Un subíndice e indica nucleósidos 2’-O- MOE y el subíndice I indica nucleósidos modificados 4’-CH2-O-2’. Los compuestos que contienen BNA sustituido en 5-metilo (392746 y 392747) presentaron una notable mejora con respecto al compuesto que
30 contiene BNA no sustituido (392745).
SEC ID N0. IISIS N0 % composici6n a % composici6n a % composici6n a las 24 horas las 4S horas las 96 horas
05/392747 100% 86% 82% 05/392746 100% 90% 84% 05/392745 67% 56% 48% 05/392753 58% 46% 36%
Ejemplo 33
Estabilidad a la nucleasa de olig6meros modificados 5'-(S)-CH3 y 2'-0-M0E tratados con SVPD
Se determinó la estabilidad a la nucleasa de los oligómeros modificados 5’-CH3-BNA utilizando fosfodiesterasa de veneno de serpiente (SVPD). Cada oligómero se preparó como una mezcla de 90 μl que contenía 5 μl de oligómero 35 (2 μl de oligómero 5 μM y 3 μl de oligómero marcado con 32P en 5’), 75 μl de H2O, y 10 μl de 10X tampón (Tris-HCl 500 mM, NaCl 700 mM, y MgCl2 140 mM a pH 8,6). En el momento 0 minutos, se retiraron 9 μl de la muestra de oligómero preparada anteriormente y se añadieron a 10 μl de tampón de parada (urea 6,67 M, formamida al 16,67% y EDTA 83,3 mM) seguido de 1 μl de H2O y se calentaron a 100ºC durante 2,5 a 3 minutos. La cinética del ensayo comenzó por la adición de 9 μl de SVPD (0,5 unidades/ml). La concentración final de enzima fue 0,05 unidades/ml. 40 Cada alícuota de 10 μl de solución para la cinética del oligómero se añadió a 10 μl de tampón de parada y se desactivó por calor como se ha descrito anteriormente. Los instantes de tiempo de la cinética se tomaron a los 1, 3, 9, 27, 80, 240 y 1.290 minutos. Las muestras se analizaron mediante una ronda de PAGE acrilamida al 12% durante
2 horas a 45 vatios/gel.
SEC ID N0. IISIS N0. Composici6n (5' a 3') Modificaci6n
06/395421 TTTTTTTTTTTeTe 2’-O-MOE 07/395423 TTTTTTTTTTUIUI 4’-CH2-O-2’ 07/395427 TTTTTTTTTTUSUS 5’-(S)-CH3 BNA 06/7157 TTTTTTTTTTTT (2’-H) sin modificar
Todos los enlaces internucleósido son fosfodiéster, el subíndice S indica la configuración en el átomo de carbono 5’ para los nucleósidos 5’-CH3-BNA que también tienen un grupo puente 4’-CH2-O-2’, el subíndice e indica nucleósidos 2’-O-MOE y el subíndice I indica los 4’-CH2-O-2’ BNA. Todos los T sin subíndice son 2’-H. El compuesto que contiene BNA sustituido en 5-metilo (395427) presentaron una notable mejora con respecto al compuesto que contenía BNA no sustituido (395423) y el compuesto que contenía MOE (395421).
SEC ID N0. % c omposici6n % c omposici6n % c omposici6n % composici6n % composici6n a IISIS No. a los 3 min. a los 27 min. a los S0 min. a los 240 min. los 1.290 min.
06/395421 68,7 27,9 17,2 11,6 9,0 07/395423 32,6 4,7 2,5 2,2 2,2 07/395427 100,0 91,6 86,6 76,0 61,1 06/7157 5,2 1,2 2,0 1,7 0,9
Ejemplo 34
0lig6meros interrumpidos 5'-(S)-CH3-BNA y 5'-(R)-CH3-BNA 2-10-2 dirigidos a PTEN: estudio in vitro
De acuerdo con la presente invención, se sintetizaron compuestos oligoméricos y se sometieron a ensayo para
10 determinar su capacidad para reducir la expresión de PTEN a lo largo de un intervalo de dosificaciones. Las células b.END se trataron con los oligómeros modificados 5’-CH3-BNA a concentraciones de 0,3125, 0,0625, 1,25, 2,5, 5, 10 ó 20 nM utilizando los procedimientos descritos en el presente documento. Los niveles de expresión de PTEN se determinaron utilizando la PCR en tiempo real y se normalizaron para RIBOGREEN™ como se ha descrito en otros ejemplos en el presente documento. Más adelante se expone en forma de tabla el porcentaje de reducción de
15 ARNm de PTEN con relación a las células de referencia no tratadas (% UTC) a una concentración de fármaco de 20 nM. Las curvas dosis-respuesta resultantes se utilizaron para determinar la CE50 de 392747 como se muestra más adelante. Las Tm se evaluaron en tampón fosfato 100 mM, EDTA 0,1 mM, pH 7, a 260 nm utilizando oligómeros modificados 5’-CH3-BNA 4 μM y ARN complementario 4 μM.
SEC ID N0. IISIS N0. Composici6n (5' a 3') %UTC IC50 Tm °C
05/392746 CRURTAGCACTGGCCRUR 75 47,3
05/392747 CSUSTAGCACTGGCCSUS 28 8,6 57,0
Todos los enlaces internucleósido son fosforotioato y los subíndices R y S indican la configuración en el átomo de 20 carbono 5’ para nucleósidos 5’-CH3-BNA que también tienen un grupo puente 4’-CH2-O-2’.
Ejemplo 35
0lig6meros interrumpidos 5'-(S)-CH3-BNA y 5'-(R)-CH3-BNA 2-10-2 dirigidos a PTEN: estudio in vivo
Se inyectaron oligómeros modificados 5’-CH3-BNA (5’-(S) ó 5’-(R)) dirigidos a PTEN a una dosis de 0,5 ó 2 1moles/kg a ratones Balb/c de seis semanas de edad (Jackson Laboratory, Bar Harbor, ME) dos veces por semana
25 durante 3 semanas. Los ratones fueron sacrificados 48 horas después de la administración final. Se homogeneizaron los tejidos del hígado y se cuantificaron los niveles de ARNm utilizando la PCR en tiempo real como se ha descrito en el presente documento para la comparación con los niveles de referencia no tratados (%UTC).
SEC ID N0. IISIS N0. Composici6n (5' a 3') dosis (ImolesIkg) %UTC
solución salina 100 05/392746 CRURTAGCACTGGCCRUR 2,0 56 05/392746 CRURTAGCACTGGCCRUR 0,5 71 05/392747 CSUSTAGCACTGGCCSUS 2,0 28 05/392747 CSUSTAGCACTGGCCSUS 0,5 91
Todos los enlaces internucleósido son fosforotioato y los subíndices R y S indican la configuración en el átomo de 30 carbono 5’ para nucleósidos 5’-CH3-BNA que también tienen un grupo puente 4’-CH2-O-2’.
Ejemplo 36
0lig6meros interrumpidos 5'-(S)-CH3-BNA 2-10-2 dirigidos a PTEN: estudio in vivo
Se inyectaron una vez oligómeros modificados 5’-(S)-CH3-BNA dirigidos a PTEN a una dosis de 1, 2, 4 u 8 μmoles/kg a ratones Balb/c de seis semanas de edad (Jackson Laboratory, Bar Harbor, ME). Los ratones fueron
5 sacrificados 72 horas después de la administración. Se homogeneizaron los tejidos del hígado y se cuantificaron los niveles de ARNm utilizando la PCR en tiempo real como se ha descrito en el presente documento para la comparación con los niveles de referencia no tratados (%UTC).
SEC ID N0. IISIS N0. Composici6n (5' a 3') dosis (ImolesIkg) %UTC
solución salina 100 05/392747 CSUSTAGCACTGGCCSUS 1 92 05/392747 CSUSTAGCACTGGCCSUS 2 65 05/392747 CSUSTAGCACTGGCCSUS 4 33 05/392747 CSUSTAGCACTGGCCSUS 8 13
Todos los enlaces internucleósido son fosforotioato y el subíndice S indica la configuración en el átomo de carbono 5’ para nucleósidos 5’-CH3-BNA que también tienen un grupo puente 4’-CH2-O-2’.
10 Ejemplo 37
0lig6meros interrumpidos 5'-(S)-CH3-BNA y 2'-0-M0E dirigidos a PTEN en un el estudio con dosis multiples, de tres semanas, in vivo.
Se inyectaron los oligómeros modificados 5’-(S)-CH3-BNA (2-10-2, 14-mer), 4’-CH2-O-2’-BNA (2-10-2, 14-mer) y 2’-O-MOE (5-10-5, 20-mer) dirigidos a PTEN a una dosis de 3,2, 1,0, 0,32 y 0,1 μmoles/kg (sólo se muestran más
15 adelante los datos de 3,2 y 1 μmoles/kg) a ratones Balb/c de seis semanas de edad (Jackson Laboratory, Bar Harbor, ME) dos veces por semana durante tres semanas. Los ratones fueron sacrificados 48 horas después de la última administración. Se homogeneizaron los tejidos de hígado y se cuantificaron los niveles de ARNm utilizando la PCR en tiempo real como se ha descrito en el presente documento para la comparación con los niveles de referencia no tratados (%UTC). La química del plasma y los pesos del hígado se determinaron después del
20 sacrificio.
SEC ID N0. IISIS N0. Composici6n (5' a 3') dosis (ImolesIkg) %UTC ALT
solución salina 05/392747 CSUSTAGCACTGGCCSUS 3,2 15 17,5 05/392747 CSUSTAGCACTGGCCSUS 1 53 21,3 08/392063 MeCITITAGCACTGGCMeCITI 3,2 4,2 279,3 08/392063 MeCITITAGCACTGGCMeCITI 1 26 41,0 09/116847 MeCeTeGeMeCeTeAGMeCMeCTMeC 1 53 41,3
TGGATeTeTeGeAe
Todos los enlaces internucleósido son fosforotioato y el subíndice S indica la configuración en el átomo de carbono 5’ para nucleósidos 5’-CH3-BNA que también tienen un grupo puente 4’-CH2-O-2’, el subíndice 1 indica un 4’-CH2-O-2’ BNA, el subíndice e indica un 2’-O-MOE y MeC indica un nucleosido 5’-metilcitosina.
Al culminar el estudio, los animales del grupo al que se había administrado una dosificación elevada mostraron un
25 aumento significativo en los pesos del hígado para los oligómeros que contenían 4’-CH2-O-2’ BNA (grupo de dosificación 392063, 3,2 μmoles/kg) (153% con respecto a la solución salina). Por el contrario, los pesos del hígado para los oligómeros que contenían 5’-(S)-CH3 BNA (grupo de dosificación 392749, 3,2 μmoles/kg) fueron un 121% con respecto a la solución salina. Los pesos del hígado para los oligómeros que contenían 2’-O-MOE (grupo de dosificación 116847, 1,0 μmoles/kg) fueron de 116% con respecto a la solución salina. Este ejemplo demuestra que
30 la modificación 5-(S)-CH3-BNA permite el diseño de oligómeros antisentido que muestran una mejora espectacular en los niveles de ALT con respecto a los compuestos modificados 4’-CH2-O-2’ BNA.
Ejemplo 3S
0lig6meros interrumpidos 5'-(S)-Me-BNA y 4'-CH2-0-2' BNA 2-10-2 dirigidos a PTEN: estudio in vivo
Se inyectaron una vez los oligómeros interrumpidos modificados 5’-(S)-CH3 (396569), 4’-CH2-O-2’ BNA 2-10-2
35 dirigidos a PTEN a una dosis de 2,5, 5, 10 y 20 μmoles/kg (sólo se muestran los datos de 5 y 10 μmoles/kg) a ratones Balb/c de seis semanas de edad (Jackson Laboratory, Bar Harbor, ME). Los ratones fueron sacrificados 66 horas después de la administración. Se homogeneizaron los tejidos de hígado.
SEC ID N0. IISIS N0. Composici6n (5' a 3') dosis (ImolesIkg) ALT
solución salina 41,3 10/396569 USCSATGGCTGCAGCSUS 10 111,0 10/396569 USCSATGGCTGCAGCSUS 5 54,0 11/392056 TIMeCIATGGCTGCAGMeCITI 10 925,0 11/392056 TIMeCIATGGCTGCAGMeCITI 5 373,0
Todos los enlaces internucleósido son fosforotioato y el subíndice S indica la configuración en el átomo de carbono 5’ para nucleósidos 5’-CH3-BNA que también tienen un grupo puente 4’-CH2-O-2’, el subíndice 1 indica nucleósidos 4’-CH2-O-2’ y el subíndice MeC indica un nucleosido 5’-metilcitosina.
5 Para los oligonucleósidos anteriores, uno (Isis Nº 392056) no incluye un nucleósido que es quiral en el átomo de carbono 5’, en el que el 396569 lo hace. El 396569 incluye un monómero 5’(S)-Me y resulta claramente menos tóxico en el hígado en comparación con el 392056 que no tiene un sustituyente en la posición 5’.
Ejemplo 39
0lig6meros interrumpidos 5'-(S)-Me-BNA, 2'-0-M0E y 4'-CH2-0-2' BNA2-14-2 dirigidos a PTEN: estudio in 10 vivo
Se inyectaron una vez los oligómeros interrumpidos modificados 5’-CH3-BNA dirigidos a PTEN a una dosis de 2 ó 10 μmoles/kg a ratones Balb/c de seis semanas de edad (Jackson Laboratory, Bar Harbor, ME). Los ratones fueron sacrificados 72 horas después de la administración. Se homogeneizaron los tejidos de hígado y se cuantificaron los niveles de ARNm utilizando la PCR en tiempo real como se ha descrito en el presente documento para la
15 comparación con los niveles de referencia no tratados (%UTC).
SEC ID N0. IISIS N0. Composici6n (5' a 3') modificaci6n
12/394420 MeCeTeGCTAGCCTCTGGATTeTe 2’-O-MOE 12/394425 MeC1T1GCTAGCCTCTGGATT1T1 4’-CH2-O-2’ BNA 13/400521 CSUSGCTAGCCTCTGGATUSUS 5’-(S)-CH3
ISIS N0. dosis (ImolesIkg) %UTC ALT
solución salina 100% 38,5 394420 2 79% 30,3 394420 10 26% 49,3 394425 2 11% 41,2 394425 10 2,1% 2.453,2 400521 2 21,4% 36,7 400521 10 3,8% 152
Todos los enlaces internucleósido son fosforotioato, los subíndices R y S indican la configuración en el átomo de carbono 5’ para nucleósidos 5’-CH3-BNA que también tienen un grupo puente 4’-CH2-O-2’, el subíndice e indica nucleósidos 2’-O-MOE, el subíndice 1 indica nucleósidos 4’-CH2-O-2’ y MeC indica un nucleósido 5’-metilcitosina.
20 En el grupo al que se había administrado una dosificación elevada (10 micromoles/kg), el oligonucleótido 400521 que contenía la modificación 5’(S)-Me es básicamente igual de eficaz que el 394425. Sin embargo, los aumentos de la ALT para 400521 son modestos (152) en comparación con 394425 (2.453,2) lo que indica claramente que sustitución 5’ da como resultado un índice terapéutico mejorado en gran medida.

Claims (40)

  1. REIVINDICACIoNES
    1. Un nucleósido bicíclico que tiene la fórmula:
    en la que:
    5 Bx es un resto de base heterocíclico; uno de entre T1 y T2 es H o un grupo protector hidroxilo y el otro de entre T1 y T2 es H, un grupo protector hidroxilo o un grupo fósforo reactivo; Z es alquilo C1-C6, alquenilo C2-C6, alquinilo C2-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6 sustituido o acilo sustituido;
    10 en la que cada grupo sustituido está mono o poli sustituido con grupos sustituyentes seleccionados independientemente de entre halógeno, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6, alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6, alquinilo C2-C6 sustituido, OJ1, SJ1, NJ1J2, N3, COOJ1, CN, O-C(=O)NJ1J2, N(H)C(=NH)NJ1J2 o N(H)C(=X)N(H)J2 en la que X es O o S; y cada J1 y J2 es, independientemente, H, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6, alquenilo C2-C6
    15 sustituido, alquinilo C2-C6, alquinilo C2-C6 sustituido, aminoalquilo C1-C6, aminoalquilo C1-C6 sustituido o un grupo protector, en la que la expresión grupo fósforo reactivo se refiere a una fosforamidita, un H-fosfonato, un triéster de fosfato
    o un auxiliar quiral que contiene fósforo.
  2. 2. El nucleósido bicíclico según la reivindicación 1 en el que Z es alquilo C1-C6 sustituido.
    20 3. El nucleósido bicíclico según la reivindicación 2 en el que Z es metilo sustituido.
  3. 4. El nucleósido bicíclico según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3 en el que cada uno de los grupos sustituyentes es, independientemente, F, NJ1J2, N3, CN, OJ1, SJ1, O-C(=O)NJ1J2, N(H)C(=NH)NJ1J2 o N(H)C(=O)N(H)J2.
  4. 5. El nucleósido bicíclico según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 en el que cada J, y J2 es, 25 independientemente, H o alquilo C1-C6.
  5. 6.
    El nucleósido bicíclico según la reivindicación 1 en el que Z es metilo, etilo o metoximetilo.
  6. 7.
    El nucleósido bicíclico según la reivindicación 1 en el que Z es metilo.
  7. 8.
    El nucleósido bicíclico según la reivindicación 1 en el que Z es etenilo.
  8. 9.
    El nucleósido bicíclico según la reivindicación 1 en el que Z es acilo sustituido.
    30 10. El nucleósido bicíclico según la reivindicación 9 en el que Z es C(=O)NJ1J2.
  9. 11.
    El nucleósido bicíclico según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10 en el que por lo menos uno de entre T1 y T2 es un grupo protector hidroxilo.
  10. 12.
    El nucleósido bicíclico según la reivindicación 11 en el que cada uno de dichos grupos protectores hidroxilo se selecciona, independientemente, de entre acetilo, t-butilo, t-butoximetilo, metoximetilo, tetrahidropiranilo, 1-etoxietilo,
    35 1-(2-cloroetoxi)etilo, 2-trimetilsililetilo, p-clorofenilo, 2,4-dinitrofenilo, bencilo, benzoilo, p-fenilbenzoilo, 2,6-diclorobencilo, difenilmetilo, p-nitrobencilo, trifenilmetilo (tritilo), 4,4’-dimetoxitritilo, trimetilsililo, trietilsililo, t-butildimetilsililo, t-butildifenilsililo, trifenilsililo, triisopropilsililo, benzoilformato, cloroacetilo, tricloroacetilo, trifluoroacetilo, pivaloílo, carbonato de 9-fluorenilmetilo, mesilato, tosilato, triflato, tritilo, monometoxitritilo, dimetoxitritilo, trimetoxitritilo, 9-fenilxantina-9-ilo (Pixylo) y 9-(p-metoxifenil)xantina-9-ilo (MOX).
    40 13. El nucleósido bicíclico según la reivindicación 11 en el que T1 es acetilo, bencilo, t-butildimetilsililo, t-butildifenilsililo o 4,4’-dimetoxitritilo.
  11. 14.
    El nucleósido bicíclico según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10 en el que T2 es un grupo fósforo reactivo.
  12. 15.
    El nucleósido bicíclico según la reivindicación 14 en el que el grupo fósforo reactivo es diisopropilcianoetoxi-fosforamidita o H-fosfonato.
  13. 16.
    El nucleósido bicíclico según la reivindicación 15 en el que T2 es diisopropilcianoetoxi-fosforamidita y T1 es 4,4’-dimetoxitritilo.
  14. 17.
    El nucleósido bicíclico según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 16 que tienen la configuración:
  15. 18.
    El nucleósido bicíclico según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 16 que tienen la configuración:
  16. 19.
    Un compuesto oligomérico que tiene por lo menos un monómero de la fórmula:
    en la que:
    10 Bx es un resto de base heterocíclico; T3 es H, un grupo protector hidroxilo, un grupo conjugado unido o un grupo de unión de internucleósidos fijado a un nucleósido, un nucleótido, un oligonucleósido, un oligonucleótido, una subunidad monomérica o un compuesto oligomérico; T4 es H, un grupo protector hidroxilo, un grupo conjugado unido o un grupo de unión de internucleósidos fijado a
    15 un nucleósido, un nucleótido, un oligonucleósido, un oligonucleótido, una subunidad monomérica o un compuesto oligomérico; Z es alquilo C1-C6, alquenilo C2-C6, alquinilo C2-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6 sustituido o acilo sustituido; en la que cada grupo sustituido está mono o poli sustituido con grupos sustituyentes seleccionados
    20 independientemente de entre halógeno, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6, alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6, alquinilo C2-C6 sustituido, OJ1, SJ1, NJ1J2, N3, COOJ1, CN, O-C(=O)NJ1J2, N(H)C(=NH)NJ1J2 o N(H)C(=X)N(H)J2 en la que X es O o S; cada J1 y J2 es, independientemente, H, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6, alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6, alquinilo C2-C6 sustituido, aminoalquilo C1-C6, aminoalquilo C1-C6 sustituido o un
    25 grupo protector; y en la que por lo menos uno de entre T3 y T4 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un nucleósido, un nucleótido, un oligonucleósido, un oligonucleótido, una subunidad monomérica o un compuesto oligomérico en la que la expresión "compuesto oligomérico" se refiere a un polímero que tiene por lo menos una región que es capaz de hibridar con una molécula de ácido nucleico, en la que el compuesto oligomérico comprende de 8 a
    30 80 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos.
  17. 20.
    El compuesto oligomérico según la reivindicación 19 en el que cada Z es un alquilo C1-C6 sustituido.
  18. 21.
    El compuesto oligomérico según la reivindicación 20 en el que cada Z es metilo sustituido.
  19. 22.
    El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 21 en el que cada uno de dichos grupos
    sustituyentes es, independientemente, F, NJ1J2, N3, CN, OJ1, SJ1, O-C(=O)NJ1J2, N(H)C(=NH)NJ1J2 o 35 N(H)C(=O)N(H)J2.
  20. 23.
    El compuesto oligomérico según la reivindicación 22 en el que cada uno de J1 y J2 es, independientemente, H o alquilo C1-C6.
  21. 24.
    El compuesto oligomérico según la reivindicación 19 en el que cada Z es metilo, etilo o metoximetilo.
  22. 25.
    El compuesto oligomérico según la reivindicación 24 en el que cada Z es metilo.
  23. 26.
    El compuesto oligomérico según la reivindicación 19 en el que cada Z es etenilo.
  24. 27.
    El compuesto oligomérico según la reivindicación 19 en el que cada Z es acilo sustituido.
    5 28. El compuesto oligomérico según la reivindicación 27 en el que cada Z es C(=O)NJ1J2.
  25. 29.
    El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 28 en el que un T3 es H o un grupo protector hidroxilo.
  26. 30.
    El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 29 en el que un T4 es H o un grupo protector hidroxilo.
    10 31. El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 28 en el que por lo menos un T3 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un nucleósido, un nucleótido o una subunidad monomérica.
  27. 32. El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 28, ó 31 en el que por lo menos un T4 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un nucleósido, un nucleótido o una subunidad monomérica.
  28. 33. El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 28, 30 ó 32 en el que por lo menos un T3 15 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un oligonucleósido o un oligonucleótido.
  29. 34.
    El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 28, 31 ó 33 en el que por lo menos un T4 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un oligonucleósido o un oligonucleótido.
  30. 35.
    El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 28, 30, 32 ó 34 en el que por lo menos un T3 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un compuesto oligomérico.
    20 36. El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 28, 31, 33 ó 35 en el que por lo menos un T4 es un grupo de unión de internucleósidos fijado a un compuesto oligomérico.
  31. 37. El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 36 en el que el grupo Z de por lo menos un monómero tiene la configuración:
    25 38. El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 36 en el que el grupo Z de por lo menos un monómero tiene la configuración:
  32. 39. El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 38 en el que por lo menos uno de entre T3 y T4 comprende un grupo de unión de internucleósidos seleccionado de entre fosfodiéster o fosforotioato.
    30 40. El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 39 en el que cada grupo de unión de internucleósidos es, independientemente, un fosfodiéster o un fosforotioato.
  33. 41. El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 40 que comprenden por lo menos una región de por lo menos dos monómeros contiguos de dicha fórmula.
  34. 42.
    El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 41 que comprenden por lo menos dos 35 regiones de por lo menos dos monómeros contiguos de dicha fórmula.
  35. 43.
    El compuesto oligomérico según la reivindicación 42 que comprende un compuesto oligomérico interrumpido.
  36. 44.
    El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 42 que comprende de aproximadamente 8 a aproximadamente 40 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos en longitud.
  37. 45.
    El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 42 que comprende de aproximadamente 5 8 a aproximadamente 20 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos en longitud.
  38. 46.
    El compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 42 que comprende de aproximadamente 10 a aproximadamente 16 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos en longitud.
  39. 47.
    El compuesto oligomérico según una cualquiera de las reivindicaciones 19 a 42 que comprende de aproximadamente 10 a aproximadamente 14 nucleósidos y/o nucleósidos modificados o miméticos en longitud.
    10 48. Un compuesto oligomérico según cualquiera de las reivindicaciones 19 a 47 para su uso en un procedimiento in vivo para inhibir la expresión génica, comprendiendo dicho procedimiento poner en contacto una o más células, un tejido o un animal con dicho compuesto.
  40. 49. Un procedimiento in vitro para inhibir la expresión génica que comprende poner en contacto una o más células o un tejido con un compuesto oligomérico según una cualquiera de las reivindicaciones 19 a 47.
ES07797414T 2006-05-11 2007-05-10 Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos modificados en 5' Active ES2389737T3 (es)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US74705906P 2006-05-11 2006-05-11
US747059P 2006-05-11
PCT/US2007/068690 WO2007134181A2 (en) 2006-05-11 2007-05-10 5'-modified bicyclic nucleic acid analogs

Publications (1)

Publication Number Publication Date
ES2389737T3 true ES2389737T3 (es) 2012-10-31

Family

ID=38686833

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
ES07797414T Active ES2389737T3 (es) 2006-05-11 2007-05-10 Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos modificados en 5'

Country Status (9)

Country Link
US (4) US7547684B2 (es)
EP (1) EP2066684B1 (es)
JP (1) JP5441688B2 (es)
CN (1) CN101490074B (es)
AU (1) AU2007249349B2 (es)
CA (1) CA2651453C (es)
DK (1) DK2066684T3 (es)
ES (1) ES2389737T3 (es)
WO (1) WO2007134181A2 (es)

Families Citing this family (627)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7511131B2 (en) 2002-11-13 2009-03-31 Genzyme Corporation Antisense modulation of apolipoprotein B expression
US7480382B2 (en) * 2003-09-30 2009-01-20 Microsoft Corporation Image file container
US20050287558A1 (en) 2004-05-05 2005-12-29 Crooke Rosanne M SNPs of apolipoprotein B and modulation of their expression
US8288354B2 (en) * 2005-12-28 2012-10-16 The Scripps Research Institute Natural antisense and non-coding RNA transcripts as drug targets
KR101407707B1 (ko) 2006-04-03 2014-06-19 산타리스 팔마 에이/에스 Anti-mirna 안티센스 올리고뉴클레오타이드를 함유하는 약학적 조성물
CN102851291B (zh) 2006-04-03 2016-03-09 斯特拉有限责任公司 包含抗微小rna反义寡核苷酸的药物组合物
US7666854B2 (en) * 2006-05-11 2010-02-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bis-modified bicyclic nucleic acid analogs
DK2092065T4 (da) * 2006-10-18 2019-10-21 Ionis Pharmaceuticals Inc Antisense-forbindelser
WO2008113832A2 (en) 2007-03-22 2008-09-25 Santaris Pharma A/S SHORT RNA ANTAGONIST COMPOUNDS FOR THE MODULATION OF TARGET mRNA
EP2126079A1 (en) 2007-03-22 2009-12-02 Santaris Pharma A/S Rna antagonist compounds for the inhibition of apo-b100 expression
JP2010522245A (ja) 2007-03-24 2010-07-01 ゲンザイム コーポレイション ヒトアポリポタンパク質bと相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドの投与
ES2376507T5 (es) * 2007-07-05 2015-08-31 Isis Pharmaceuticals, Inc. Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos 6-disustituidos
AU2008286771B2 (en) 2007-08-15 2013-08-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Tetrahydropyran nucleic acid analogs
WO2009039173A2 (en) * 2007-09-19 2009-03-26 Applied Biosystems Inc. SiRNA SEQUENCE-INDEPENDENT MODIFICATION FORMATS FOR REDUCING OFF-TARGET PHENOTYPIC EFFECTS IN RNAi, AND STABILIZED FORMS THEREOF
CN101821391B (zh) 2007-10-04 2016-04-27 桑塔里斯制药公司 微小聚体
JP2011502514A (ja) 2007-11-09 2011-01-27 アイシス ファーマシューティカルズ インコーポレイティッド 第7因子発現の調節
WO2009100320A2 (en) * 2008-02-07 2009-08-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexitol nucleic acid analogs
US8404659B2 (en) 2008-03-07 2013-03-26 Santaris Pharma A/S Pharmaceutical compositions for treatment of MicroRNA related diseases
EP2282744B1 (en) * 2008-03-21 2018-01-17 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising tricyclic nucleosides and methods for their use
DK2285819T3 (da) * 2008-04-04 2013-12-02 Isis Pharmaceuticals Inc Oligomere forbindelser omfattende neutralt bundne, terminale bicykliske nukleosider
US8846639B2 (en) 2008-04-04 2014-09-30 Isis Pharmaceutical, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleosides and having reduced toxicity
WO2009149182A1 (en) 2008-06-04 2009-12-10 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Modulation of gene expression through endogenous small rna targeting of gene promoters
WO2010012667A1 (en) 2008-08-01 2010-02-04 Santaris Pharma A/S Micro-rna mediated modulation of colony stimulating factors
EP2356129B1 (en) * 2008-09-24 2013-04-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted alpha-l-bicyclic nucleosides
DK2361256T3 (da) 2008-09-24 2013-07-01 Isis Pharmaceuticals Inc Cyclohexenyl-nukleinsyreanaloger
EP2352830B1 (en) * 2008-10-03 2019-01-16 CuRNA, Inc. Treatment of apolipoprotein-a1 related diseases by inhibition of natural antisense transcript to apolipoprotein-a1
EP3335715A3 (en) 2008-10-15 2018-08-08 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of factor 11 expression
WO2010048585A2 (en) 2008-10-24 2010-04-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds and methods
US20120059045A1 (en) 2008-10-24 2012-03-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods of using oligomeric compounds comprising 2'-substituted nucleosides
CN102282155B (zh) 2008-12-02 2017-06-09 日本波涛生命科学公司 磷原子修饰的核酸的合成方法
MX2011005912A (es) * 2008-12-04 2011-06-17 Opko Curna Llc Tratamiento de enfermedades relacionadas con factor de crecimiento endotelial vascular por inhibicion de transcrito antisentido natural para factor de crecimiento endotelial vascular.
EP2370579B1 (en) 2008-12-04 2017-03-29 CuRNA, Inc. Treatment of erythropoietin (epo) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to epo
KR20110091796A (ko) 2008-12-04 2011-08-12 오피케이오 큐알엔에이, 엘엘씨 종양 억제 유전자에 대한 천연 안티센스 전사체의 억제에 의해 종양 억제 유전자 관련된 질환의 치료
JP5793423B2 (ja) 2008-12-31 2015-10-14 ロシュ・イノベーション・センター・コペンハーゲン・アクティーゼルスカブRoche Innovation Center Copenhagen A/S 急性冠症候群の治療のためのLNAApoBアンチセンスオリゴマーの使用
US20120021515A1 (en) 2009-02-06 2012-01-26 Swayze Eric E Oligomeric compounds and methods
WO2010090969A1 (en) 2009-02-06 2010-08-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. Tetrahydropyran nucleic acid analogs
KR101682735B1 (ko) 2009-02-12 2016-12-06 큐알엔에이, 인크. 뇌 유래된 신경영양성 인자 (bdnf)에 대한 자연 안티센스 전사체의 저해에 의한 뇌 유래된 신경영양성 인자 (bdnf) 관련된 질환의 치료
EP2408796B1 (en) 2009-03-16 2020-04-22 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Targeting Apolipoprotein B for the reduction of Apolipoprotein C-III
CN102482677B (zh) 2009-03-16 2017-10-17 库尔纳公司 通过抑制nrf2的天然反义转录物治疗核因子(红细胞衍生2)‑样2(nrf2)相关疾病
JP5904935B2 (ja) 2009-03-17 2016-04-20 クルナ・インコーポレーテッド デルタ様1ホモログ(dlk1)に対する天然アンチセンス転写物の抑制によるdlk1関連疾患の治療
US20120088814A1 (en) 2009-03-31 2012-04-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods of modulating an immune response to a viral infection
EP2421970B1 (en) 2009-04-24 2016-09-07 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Pharmaceutical compositions for treatment of hcv patients that are non-responders to interferon
EP2421972A2 (en) 2009-04-24 2012-02-29 The Board of Regents of The University of Texas System Modulation of gene expression using oligomers that target gene regions downstream of 3' untranslated regions
CA2761152A1 (en) 2009-05-06 2010-11-11 Opko Curna, Llc Treatment of lipid transport and metabolism gene related diseases by inhibition of natural antisense transcript to a lipid transport and metabolism gene
CA2761142C (en) 2009-05-06 2021-06-08 Opko Curna, Llc Treatment of tristetraproline (ttp) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to ttp
ES2618572T3 (es) 2009-05-08 2017-06-21 Curna, Inc. Tratamiento de enfermedades relacionadas con la familia de la distrofina mediante inhibición de un transcrito antisentido natural para la familia de dmd
KR101749356B1 (ko) 2009-05-18 2017-07-06 큐알엔에이, 인크. 재편성 인자에 대한 천연 안티센스 전사체의 억제에 의한 재편성 인자 관련된 질환의 치료
KR101703695B1 (ko) 2009-05-22 2017-02-08 큐알엔에이, 인크. 전사 인자 e3(tfe3)에 대한 천연 안티센스 전사체의 억제에 의해 tfe3 및 인슐린 수용체 기질 2(irs2)의 치료
EP2435571B1 (en) 2009-05-28 2016-12-14 CuRNA, Inc. Treatment of antiviral gene related diseases by inhibition of natural antisense transcript to an antiviral gene
BR112012000214A2 (pt) 2009-06-12 2018-06-19 Santaris Pharma As potentes compostos anti-sentido anti - apob
KR101801404B1 (ko) 2009-06-16 2017-12-20 큐알엔에이, 인크. 콜라겐 유전자에 대한 천연 안티센스 전사체의 억제에 의한 콜라겐 유전자 관련된 질환의 치료
KR101702689B1 (ko) 2009-06-16 2017-02-06 큐알엔에이, 인크. Pon1에 대한 천연 안티센스 전사체의 억제에 의한 파라옥소나제 1(pon1) 관련된 질환의 치료
KR20120093138A (ko) 2009-06-17 2012-08-22 콜드스프링하버러보러토리 대상에게서 smn2 스플라이싱을 조정하기 위한 조성물 및 방법
ES2618894T3 (es) 2009-06-24 2017-06-22 Curna, Inc. Tratamiento de enfermedades relacionadas con el receptor del factor de necrosis tumoral 2 (tnfr2) por inhibición del transcrito natural antisentido para tnfr2
CN102482672B (zh) 2009-06-26 2016-11-09 库尔纳公司 通过抑制唐氏综合征基因的天然反义转录物治疗唐氏综合征基因相关疾病
US9744183B2 (en) 2009-07-06 2017-08-29 Wave Life Sciences Ltd. Nucleic acid prodrugs and methods of use thereof
EP2456870A1 (en) 2009-07-21 2012-05-30 Santaris Pharma A/S Antisense oligomers targeting pcsk9
JP2013500017A (ja) 2009-07-24 2013-01-07 カッパーアールエヌエー,インコーポレイテッド サ−チュイン(sirt)への天然アンチセンス転写物の阻止によるサ−チュイン(sirt)関連疾患の治療
CN102762731B (zh) 2009-08-05 2018-06-22 库尔纳公司 通过抑制针对胰岛素基因(ins)的天然反义转录物来治疗胰岛素基因(ins)相关的疾病
WO2011017521A2 (en) 2009-08-06 2011-02-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
JP6189594B2 (ja) 2009-08-11 2017-08-30 クルナ・インコーポレーテッド アディポネクチン(adipoq)に対する天然アンチセンス転写物の抑制によるアディポネクチン(adipoq)関連疾患の治療
EP2982755B1 (en) 2009-08-21 2020-10-07 CuRNA, Inc. Treatment of 'c terminus of hsp70-interacting protein' (chip) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to chip
EP2470657B1 (en) 2009-08-25 2019-10-23 CuRNA, Inc. Treatment of 'iq motif containing gtpase activating protein' (iqgap) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to iqgap
CA2773886C (en) 2009-09-11 2018-01-09 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of huntingtin expression
NO2480669T3 (es) 2009-09-25 2018-04-07
CN102639711A (zh) * 2009-10-12 2012-08-15 医学免疫有限责任公司 Ir-a和ir-b的定量用于肿瘤分类
WO2011048125A1 (en) 2009-10-20 2011-04-28 Santaris Pharma A/S Oral delivery of therapeutically effective lna oligonucleotides
US20110110860A1 (en) 2009-11-02 2011-05-12 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Modulation of ldl receptor gene expression with double-stranded rnas targeting the ldl receptor gene promoter
WO2011054811A1 (en) 2009-11-03 2011-05-12 Santaris Pharma A/S Rna antagonists targeting hsp27 combination therapy
RU2639550C2 (ru) 2009-12-16 2017-12-21 Курна, Инк. Лечение заболеваний, связанных с сайт-1 мембраносвязанной пептидазой транскрипционных факторов (mbtps1), путем ингибирования природного антисмыслового транскрипта к mbtps1
RU2609631C2 (ru) 2009-12-23 2017-02-02 Курна, Инк. Лечение заболеваний, связанных с фактором роста гепатоцитов (фрг), посредством ингибирования природного антисмыслового транскрипта к фрг
EP2515947B1 (en) 2009-12-23 2021-10-06 CuRNA, Inc. Treatment of uncoupling protein 2 (ucp2) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to ucp2
CN102770540B (zh) 2009-12-29 2017-06-23 库尔纳公司 通过抑制肿瘤蛋白63(p63)的天然反义转录物而治疗p63相关疾病
KR101838305B1 (ko) 2009-12-29 2018-03-13 큐알엔에이, 인크. NRF1(Nuclear Respiratory Factor 1)에 대한 천연 안티센스 전사체의 억제에 의한 핵 호흡 인자 1 관련된 질환의 치료
US20120289583A1 (en) 2009-12-31 2012-11-15 Curna, Inc. Treatment of insulin receptor substrate 2 (irs2) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to irs2 and transcription factor e3 (tfe3)
CN102906264B (zh) 2010-01-04 2017-08-04 库尔纳公司 通过抑制干扰素调节因子8(irf8)的天然反义转录物而治疗irf8相关疾病
WO2011085066A2 (en) 2010-01-06 2011-07-14 Curna, Inc. Treatment of pancreatic developmental gene related diseases by inhibition of natural antisense transcript to a pancreatic developmental gene
WO2011085271A2 (en) 2010-01-08 2011-07-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of angiopoietin-like 3 expression
WO2011085102A1 (en) 2010-01-11 2011-07-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Base modified bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
US9200277B2 (en) 2010-01-11 2015-12-01 Curna, Inc. Treatment of sex hormone binding globulin (SHBG) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to SHBG
WO2011088148A1 (en) * 2010-01-12 2011-07-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of transforming growth factor-beta 1 expression
ES2671877T3 (es) 2010-01-25 2018-06-11 Curna, Inc. Tratamiento de enfermedades relacionadas con la RNASA (H1) mediante inhibición del transcrito antisentido natural a RNASA H1
CA2789005A1 (en) 2010-02-08 2011-08-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Selective reduction of allelic variants
JP6018506B2 (ja) 2010-02-08 2016-11-02 アイオーニス ファーマシューティカルズ, インコーポレーテッドIonis Pharmaceuticals,Inc. 対立遺伝子多様体の選択的低減
KR101838308B1 (ko) 2010-02-22 2018-03-13 큐알엔에이, 인크. 피롤린-5-카르복실레이트 환원효소 1(pycr1)에 대한 천연 안티센스 전사체의 억제에 의한 pycr1과 관련된 질환의 치료
WO2011106689A1 (en) * 2010-02-26 2011-09-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of smad3 expression
WO2011115817A1 (en) 2010-03-16 2011-09-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods of preparing 2'-o-substituted purine nucleosides
WO2011115818A1 (en) 2010-03-17 2011-09-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5'-substituted bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
RU2612884C2 (ru) 2010-04-02 2017-03-13 Курна, Инк. Лечение заболеваний, связанных с колониестимулирующим фактором 3 (csf3), путем ингибирования природного антисмыслового транскрипта k csf3
KR101900962B1 (ko) 2010-04-09 2018-09-20 큐알엔에이, 인크. 섬유아세포 성장 인자 21 (fgf21)에 대한 자연 안티센스 전사체의 저해에 의한 섬유아세포 성장 인자 21 (fgf21) 관련된 질환의 치료
DK2558578T3 (en) 2010-04-13 2016-01-25 Life Technologies Corp CONFIGURATIONS AND METHODS FOR INHIBITION OF nucleic acid function
WO2011139695A2 (en) 2010-04-28 2011-11-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modified 5' diphosphate nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
US9127033B2 (en) 2010-04-28 2015-09-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5′ modified nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
US8993738B2 (en) 2010-04-28 2015-03-31 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modified nucleosides, analogs thereof and oligomeric compounds prepared therefrom
PT2563920T (pt) 2010-04-29 2017-05-26 Ionis Pharmaceuticals Inc Modulação da expressão de transtirretina
US20130156845A1 (en) 2010-04-29 2013-06-20 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Lipid formulated single stranded rna
US9089588B2 (en) 2010-05-03 2015-07-28 Curna, Inc. Treatment of sirtuin (SIRT) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to a sirtuin (SIRT)
TWI531370B (zh) 2010-05-14 2016-05-01 可娜公司 藉由抑制par4天然反股轉錄本治療par4相關疾病
DK2576783T3 (en) 2010-05-26 2018-03-12 Curna Inc TREATMENT OF ATONAL HOMOLOGY 1- (ATOH1) RELATED DISEASES BY INHIBITION OF NATURAL ANTISENCE TRANSCRIPTS AT ATOH1
RU2620978C2 (ru) 2010-05-26 2017-05-30 Курна, Инк. Лечение заболеваний, связанных с метионинсульфоксидредуктазой а (msra), путем ингибирования природного антисмыслового транскрипта гена msra
WO2011156278A1 (en) 2010-06-07 2011-12-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
WO2011156202A1 (en) 2010-06-08 2011-12-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted 2 '-amino and 2 '-thio-bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
EP2582397A4 (en) 2010-06-15 2014-10-29 Isis Pharmaceuticals Inc COMPOUNDS AND METHODS FOR MODULATING THE INTERACTION BETWEEN PROTEINS AND TARGET NUCLEIC ACIDS
PL2585596T3 (pl) 2010-06-23 2021-06-28 Curna, Inc. Leczenie chorób związanych z podjednostką alfa kanału sodowego bramkowanego napięciem (SCNA) poprzez hamowanie naturalnego transkryptu antysensownego SCNA
WO2012007477A1 (en) 2010-07-12 2012-01-19 Santaris Pharma A/S Anti hcv oligomers
EP2593547B1 (en) 2010-07-14 2017-11-15 CuRNA, Inc. Treatment of discs large homolog (dlg) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to dlg
CN106434648A (zh) 2010-07-19 2017-02-22 F·C·贝内特 肌强直性营养障碍蛋白激酶(dmpk)表达的调节
WO2012034942A1 (en) 2010-09-13 2012-03-22 Santaris Pharma A/S Compounds for the modulation of aurora kinase b expression
DK2620428T3 (da) 2010-09-24 2019-07-01 Wave Life Sciences Ltd Asymmetrisk hjælpegruppe
US8993533B2 (en) 2010-10-06 2015-03-31 Curna, Inc. Treatment of sialidase 4 (NEU4) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to NEU4
US8648053B2 (en) 2010-10-20 2014-02-11 Rosalind Franklin University Of Medicine And Science Antisense oligonucleotides that target a cryptic splice site in Ush1c as a therapeutic for Usher syndrome
CA2815212A1 (en) 2010-10-22 2012-04-26 Curna, Inc. Treatment of alpha-l-iduronidase (idua) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to idua
US9150864B2 (en) 2010-11-08 2015-10-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating factor 12 expression
JP6126009B2 (ja) 2010-11-17 2017-05-10 アイオーニス ファーマシューティカルズ, インコーポレーテッドIonis Pharmaceuticals,Inc. α−シヌクレイン発現の調節
WO2012068340A2 (en) 2010-11-18 2012-05-24 Opko Curna Llc Antagonat compositions and methods of use
WO2012066092A1 (en) 2010-11-19 2012-05-24 Santaris Pharma A/S Compounds for the modulation of aurora kinase a expression
WO2012066093A1 (en) 2010-11-19 2012-05-24 Santaris Pharma A/S Compounds for the modulation of pdz-binding kinase (pbk) expression
KR102010598B1 (ko) 2010-11-23 2019-08-13 큐알엔에이, 인크. Nanog에 대한 자연 안티센스 전사체의 저해에 의한 nanog 관련된 질환의 치료
EP3067421B1 (en) 2011-02-08 2018-10-10 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleotides and uses thereof
WO2012110457A2 (en) 2011-02-14 2012-08-23 Santaris Pharma A/S Compounds for the modulation of osteopontin expression
CN107012144A (zh) 2011-04-01 2017-08-04 Ionis制药公司 信号转导及转录激活蛋白3(stat3)表达的调节
JP5951752B2 (ja) 2011-04-13 2016-07-13 アイオーニス ファーマシューティカルズ, インコーポレーテッドIonis Pharmaceuticals,Inc. Ptp1b発現のアンチセンス調節
WO2012143427A1 (en) 2011-04-19 2012-10-26 Santaris Pharma A/S Anti polyomavirus compounds
SI3505528T1 (sl) 2011-04-21 2021-04-30 Glaxo Group Limited Modulacija izražanja virusa hepatitisa B (HBV)
KR20190062511A (ko) 2011-04-27 2019-06-05 아이오니스 파마수티컬즈, 인코포레이티드 아포지방단백질 ciii (apociii) 발현의 조정
WO2012151324A1 (en) 2011-05-02 2012-11-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense compounds targeting genes associated with usher syndrome
JP6188686B2 (ja) 2011-06-09 2017-08-30 カッパーアールエヌエー,インコーポレイテッド フラタキシン(fxn)への天然アンチセンス転写物の阻害によるfxn関連疾患の治療
WO2012170347A1 (en) 2011-06-09 2012-12-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
EP3320922A1 (en) 2011-06-10 2018-05-16 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating kallikrein (klkb1) expression
WO2012170947A2 (en) 2011-06-10 2012-12-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating factor 12 expression
EP2721156B1 (en) 2011-06-16 2016-12-21 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of fibroblast growth factor receptor 4 expression
US20140127159A1 (en) 2011-06-23 2014-05-08 Stella Aps HCV Combination Therapy
AU2012275096B2 (en) 2011-06-29 2016-02-04 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating kallikrein (KLKB1) expression
US20140113958A1 (en) 2011-06-30 2014-04-24 Stella Aps HCV Combination Therapy
EP2726611A1 (en) 2011-06-30 2014-05-07 Stella ApS Hcv combination therapy
DK2734208T3 (en) 2011-07-19 2017-06-19 Wave Life Sciences Ltd PROCEDURES FOR SYNTHESIS OF FUNCTIONALIZED NUCLEIC ACIDS
WO2013022966A1 (en) 2011-08-11 2013-02-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Linkage modified gapped oligomeric compounds and uses thereof
EP2751269B1 (en) 2011-08-29 2016-03-23 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods and compounds useful in conditions related to repeat expansion
DK2751270T3 (en) 2011-08-29 2018-10-29 Ionis Pharmaceuticals Inc OLIGOMER-CONJUGATE COMPLEXES AND THEIR USE
EA029151B1 (ru) 2011-09-06 2018-02-28 Курна, Инк. ЛЕЧЕНИЕ ЗАБОЛЕВАНИЙ, СВЯЗАННЫХ С АЛЬФА-СУБЪЕДИНИЦАМИ ПОТЕНЦИАЛЗАВИСИМЫХ НАТРИЕВЫХ КАНАЛОВ (SCNxA), С ПОМОЩЬЮ МАЛЫХ МОЛЕКУЛ
CA2849273C (en) 2011-09-20 2020-07-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of gcgr expression
AU2012328680A1 (en) 2011-10-25 2014-05-01 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of GCCR expression
AU2012334214A1 (en) 2011-11-07 2014-05-22 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Prognostic method for checking efficacy of micro RNA-122 inhibitors in HCV+ patients
WO2013068348A1 (en) 2011-11-07 2013-05-16 Santaris Pharma A/S Lna oligomers for improvement in hepatic function
EP2776564B1 (en) 2011-11-07 2019-10-02 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of tmprss6 expression
CA2855241A1 (en) 2011-11-11 2013-05-16 Santaris Pharma A/S Compounds for the modulation of smn2 splicing
US9243291B1 (en) 2011-12-01 2016-01-26 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods of predicting toxicity
DK2790736T3 (en) 2011-12-12 2018-05-07 Oncoimmunin Inc In vivo delivery of oligonucleotides
JP6280045B2 (ja) 2011-12-22 2018-02-14 アイオーニス ファーマシューティカルズ, インコーポレーテッドIonis Pharmaceuticals,Inc. 肺腺癌内転移関連性転写物1(metastasis−associated−in−lung−adenocarcinoma−transcript−1:malat−1)の発現調節法
ES2842938T3 (es) 2012-01-11 2021-07-15 Ionis Pharmaceuticals Inc Composiciones y métodos para la modulación del empalme de IKBKAP
WO2013120003A1 (en) 2012-02-08 2013-08-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of rna by repeat targeting
DK2825648T3 (en) 2012-03-15 2018-10-15 Curna Inc TREATMENT OF BRAIN-DERIVATIVE NEUROTROPHIC FACTOR (BDNF) -related DISEASES BY INHIBITATION OF NATURAL ANTISENCE TRANSCRIPTION TO BDNF
US9340784B2 (en) 2012-03-19 2016-05-17 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for modulating alpha-1-antitrypsin expression
AU2013202595B2 (en) 2012-03-30 2016-04-21 Biogen Ma Inc. Methods for modulating Tau expression for reducing seizure and modifying a neurodegenerative syndrome
WO2013154799A1 (en) 2012-04-09 2013-10-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. Tricyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
WO2013154798A1 (en) 2012-04-09 2013-10-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. Tricyclic nucleic acid analogs
EP3336189A1 (en) 2012-04-20 2018-06-20 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleotides and uses thereof
US9574193B2 (en) 2012-05-17 2017-02-21 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for modulating apolipoprotein (a) expression
US20160002624A1 (en) 2012-05-17 2016-01-07 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense oligonucleotide compositions
WO2013177248A2 (en) 2012-05-22 2013-11-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of enhancer rna mediated gene expression
RU2748495C2 (ru) 2012-05-24 2021-05-26 Ионис Фармасьютикалз, Инк. Способы и композиции для модулирования экспрессии аполипопротеина (а)
US9487780B2 (en) 2012-06-01 2016-11-08 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Antisense compounds targeting genes associated with fibronectin
US9828602B2 (en) 2012-06-01 2017-11-28 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Antisense compounds targeting genes associated with fibronectin
ES2688831T3 (es) 2012-06-25 2018-11-07 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulación de la expresión de UBE3A-ATS
EP2872485B1 (en) 2012-07-13 2020-12-16 Wave Life Sciences Ltd. Asymmetric auxiliary group
CN104684923B (zh) 2012-07-13 2018-09-28 株式会社新日本科学 手性核酸佐剂
RU2015104762A (ru) 2012-07-13 2018-08-31 Уэйв Лайф Сайенсес Лтд. Хиральный контроль
WO2014018930A1 (en) 2012-07-27 2014-01-30 Isis Pharmaceuticals. Inc. Modulation of renin-angiotensin system (ras) related diseases by angiotensinogen
EP2885312A4 (en) 2012-08-15 2016-01-20 Isis Pharmaceuticals Inc PROCESS FOR THE PREPARATION OF OLIGOMERIC COMPOUNDS USING MODIFIED STREAMING PROTOCOLS
US9175291B2 (en) 2012-10-11 2015-11-03 Isis Pharmaceuticals Inc. Modulation of androgen receptor expression
WO2014059364A1 (en) 2012-10-11 2014-04-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods of treating kennedy's disease
US9695418B2 (en) 2012-10-11 2017-07-04 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleosides and uses thereof
EP2906255B1 (en) 2012-10-12 2023-02-22 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Antisense compounds and uses thereof
WO2014059356A2 (en) 2012-10-12 2014-04-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. Selective antisense compounds and uses thereof
EP2906696B2 (en) 2012-10-15 2022-12-14 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating c9orf72 expression
EP2906697A4 (en) 2012-10-15 2016-06-22 Ionis Pharmaceuticals Inc METHODS OF MONITORING C9ORF72 EXPRESSION
EP2906258A4 (en) 2012-10-15 2016-08-10 Ionis Pharmaceuticals Inc COMPOSITIONS FOR MODULATING THE EXPRESSION OF C90RF72
US9029335B2 (en) 2012-10-16 2015-05-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted 2′-thio-bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
EP2920308B1 (en) 2012-10-31 2018-12-12 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Cancer treatment
EP2920304B1 (en) 2012-11-15 2019-03-06 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonucleotide conjugates
RU2015120645A (ru) 2012-11-26 2017-01-10 Рош Инновейшен Сентер Копенгаген А/С Композиции и способы модуляции экспрессии рецептора фактора роста фибробластов 3 типа (fgfr3)
US9695475B2 (en) 2012-12-11 2017-07-04 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Competitive modulation of microRNAs
WO2014118272A1 (en) 2013-01-30 2014-08-07 Santaris Pharma A/S Antimir-122 oligonucleotide carbohydrate conjugates
EP2951305B1 (en) * 2013-01-30 2018-08-15 F.Hoffmann-La Roche Ag Lna oligonucleotide carbohydrate conjugates
US9701708B2 (en) 2013-01-31 2017-07-11 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Method of preparing oligomeric compounds using modified coupling protocols
WO2014121287A2 (en) 2013-02-04 2014-08-07 Isis Pharmaceuticals, Inc. Selective antisense compounds and uses thereof
KR20200123263A (ko) 2013-02-14 2020-10-28 아이오니스 파마수티컬즈, 인코포레이티드 지질단백질 리파제 결핍 (lpld) 모집단에서 아포지질단백질 c-iii (apociii) 발현의 조절
US9644207B2 (en) 2013-03-14 2017-05-09 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for modulating Tau expression
WO2014172698A1 (en) 2013-04-19 2014-10-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for modulation nucleic acids through nonsense mediated decay
EP2992098B1 (en) 2013-05-01 2019-03-27 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for modulating hbv and ttr expression
EP3004352B1 (en) 2013-05-24 2017-09-27 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonucleotide modulators of b-cell cll/lymphoma 11a (bcl11a) and uses thereof
WO2014205449A2 (en) 2013-06-21 2014-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating apolipoprotein c-iii expression for improving a diabetic profile
EP3730619A1 (en) 2013-06-21 2020-10-28 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for modulation of target nucleic acids
SG10201908122XA (en) 2013-06-27 2019-10-30 Roche Innovation Ct Copenhagen As Antisense oligomers and conjugates targeting pcsk9
MX2015017863A (es) 2013-07-02 2016-11-30 Ionis Pharmaceuticals Inc Moduladores de receptor de hormona de crecimiento.
JP6617702B2 (ja) 2013-07-15 2019-12-11 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア Fty720のアザサイクリック拘束アナログ
TWI657819B (zh) 2013-07-19 2019-05-01 美商Ionis製藥公司 用於調節τ蛋白表現之組合物
US10435430B2 (en) 2013-07-31 2019-10-08 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods and compounds useful in conditions related to repeat expansion
HUE048710T2 (hu) 2013-08-08 2020-08-28 Scripps Research Inst Eljárás nukleinsavak in vitro helyspecifikus enzimes jelölésére nem-természetes nukleotidok beépítésével
TW201536329A (zh) 2013-08-09 2015-10-01 Isis Pharmaceuticals Inc 用於調節失養性肌強直蛋白質激酶(dmpk)表現之化合物及方法
WO2015031679A2 (en) 2013-08-28 2015-03-05 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of prekallikrein (pkk) expression
CN105744959B (zh) 2013-09-13 2020-12-01 Ionis制药公司 补体因子b的调节剂
US9943604B2 (en) 2013-09-20 2018-04-17 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Targeted therapeutic nucleosides and their use
WO2015054676A2 (en) 2013-10-11 2015-04-16 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions for modulating c9orf72 expression
US11162096B2 (en) 2013-10-14 2021-11-02 Ionis Pharmaceuticals, Inc Methods for modulating expression of C9ORF72 antisense transcript
WO2015061246A1 (en) 2013-10-21 2015-04-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Method for solution phase detritylation of oligomeric compounds
WO2015084884A2 (en) 2013-12-02 2015-06-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense compounds and uses thereof
CA2844640A1 (en) 2013-12-06 2015-06-06 The University Of British Columbia Method for treatment of castration-resistant prostate cancer
WO2015089368A2 (en) 2013-12-12 2015-06-18 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Complement component irna compositions and methods of use thereof
CA2931510A1 (en) 2013-12-24 2015-07-02 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of angiopoietin-like 3 expression
US10322173B2 (en) 2014-01-15 2019-06-18 Shin Nippon Biomedical Laboratories, Ltd. Chiral nucleic acid adjuvant having anti-allergic activity, and anti-allergic agent
WO2015108048A1 (ja) 2014-01-15 2015-07-23 株式会社新日本科学 抗腫瘍作用を有するキラル核酸アジュバンド及び抗腫瘍剤
JPWO2015108047A1 (ja) 2014-01-15 2017-03-23 株式会社新日本科学 免疫誘導活性を有するキラル核酸アジュバンド及び免疫誘導活性剤
PT3094728T (pt) 2014-01-16 2022-05-19 Wave Life Sciences Ltd Desenho quiral
JP6594902B2 (ja) 2014-02-11 2019-10-23 アルナイラム ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド ケトヘキソキナーゼ(KHK)iRNA組成物及びその使用方法
EP3119789B1 (en) 2014-03-17 2020-04-22 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic carbocyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
US10006027B2 (en) 2014-03-19 2018-06-26 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating Ataxin 2 expression
EP3978610A3 (en) 2014-03-19 2022-08-24 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions for modulating ataxin 2 expression
JP6622214B2 (ja) 2014-04-01 2019-12-18 バイオジェン・エムエイ・インコーポレイテッドBiogen MA Inc. Sod−1発現を調節するための組成物
EP3129493B1 (en) 2014-04-09 2021-07-07 The Scripps Research Institute Import of unnatural or modified nucleoside triphosphates into cells via nucleic acid triphosphate transporters
WO2015161170A2 (en) 2014-04-17 2015-10-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for modulation of smn2 splicing in a subject
US10221416B2 (en) 2014-04-24 2019-03-05 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising alpha-beta-constrained nucleic acid
DK3137476T3 (da) 2014-04-28 2019-11-18 Ionis Pharmaceuticals Inc Linker-modificerede oligomerforbindelser
JP6667453B2 (ja) 2014-05-01 2020-03-18 アイオーニス ファーマシューティカルズ, インコーポレーテッドIonis Pharmaceuticals,Inc. 成長ホルモン受容体発現を調節するための組成物及び方法
BR122020024443B1 (pt) 2014-05-01 2022-02-22 Ionis Pharmaceuticals, Inc Composto e composição farmacêutica para modulação da expressão de angptl3
EP4223315A3 (en) 2014-05-01 2023-08-23 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Method for synthesis of reactive conjugate clusters
DK3137091T3 (da) 2014-05-01 2021-01-25 Ionis Pharmaceuticals Inc Konjugater af modificerede antisense-oligonukleotider og anvendelse deraf til modulation af pkk-ekspression
KR102369736B1 (ko) 2014-05-01 2022-03-02 아이오니스 파마수티컬즈, 인코포레이티드 보체 인자 b 발현을 조절하기 위한 조성물 및 방법
WO2015175510A1 (en) 2014-05-12 2015-11-19 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for treating a serpinc1-associated disorder
GB201408623D0 (en) 2014-05-15 2014-07-02 Santaris Pharma As Oligomers and oligomer conjugates
WO2015179693A1 (en) 2014-05-22 2015-11-26 Isis Pharmaceuticals, Inc. Conjugated antisense compounds and their use
AU2015264038B2 (en) 2014-05-22 2021-02-11 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Angiotensinogen (AGT) iRNA compositions and methods of use thereof
CA2950960A1 (en) * 2014-06-06 2015-12-10 Solstice Biologics, Ltd. Polynucleotide constructs having bioreversible and non-bioreversible groups
GB201410693D0 (en) 2014-06-16 2014-07-30 Univ Southampton Splicing modulation
WO2016024205A1 (en) 2014-08-15 2016-02-18 Pfizer Inc. Oligomers targeting hexanucleotide repeat expansion in human c9orf72 gene
EP3191591A1 (en) 2014-09-12 2017-07-19 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Polynucleotide agents targeting complement component c5 and methods of use thereof
BR112017004056A2 (pt) 2014-09-12 2017-12-05 Biogen Ma Inc composições e métodos para detecção da proteína smn em um indivíduo e tratamento de um indivíduo
CN107109411B (zh) 2014-10-03 2022-07-01 冷泉港实验室 核基因输出的定向增加
WO2016055601A1 (en) 2014-10-10 2016-04-14 F. Hoffmann-La Roche Ag Galnac phosphoramidites, nucleic acid conjugates thereof and their use
WO2016061487A1 (en) 2014-10-17 2016-04-21 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Polynucleotide agents targeting aminolevulinic acid synthase-1 (alas1) and uses thereof
BR112017008125B1 (pt) 2014-10-23 2023-11-21 Amgen Inc. Método para a redução da viscosidade de formulações farmacêuticas, formulações farmacêuticas, método de preparação de um pó liofilizado, pó liofilizado e método para reconstituição de um pó liofilizado
EP3209778B1 (en) 2014-10-24 2019-04-03 Astrazeneca AB Combination
WO2016069694A2 (en) 2014-10-30 2016-05-06 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Polynucleotide agents targeting serpinc1 (at3) and methods of use thereof
JOP20200092A1 (ar) 2014-11-10 2017-06-16 Alnylam Pharmaceuticals Inc تركيبات iRNA لفيروس الكبد B (HBV) وطرق لاستخدامها
US10364433B2 (en) 2014-11-14 2019-07-30 The Regents Of The University Of California Modulation of AGPAT5 expression
EP3020813A1 (en) 2014-11-16 2016-05-18 Neurovision Pharma GmbH Antisense-oligonucleotides as inhibitors of TGF-R signaling
JP2017535552A (ja) 2014-11-17 2017-11-30 アルナイラム ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッドAlnylam Pharmaceuticals, Inc. アポリポタンパク質C3(APOC3)iRNA組成物およびその使用方法
WO2016086104A1 (en) 2014-11-25 2016-06-02 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of ube3a-ats expression
CA2970177C (en) 2014-12-08 2023-09-19 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Lipocationic polymers and uses thereof
WO2016096938A1 (en) 2014-12-16 2016-06-23 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Chiral toxicity screening method
US9688707B2 (en) 2014-12-30 2017-06-27 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic morpholino compounds and oligomeric compounds prepared therefrom
WO2016112132A1 (en) 2015-01-06 2016-07-14 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions for modulating expression of c9orf72 antisense transcript
US10538763B2 (en) 2015-01-16 2020-01-21 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulation of DUX4
CN107636159B (zh) 2015-02-04 2022-06-14 百时美施贵宝公司 选择治疗性分子的方法
BR112017016663A2 (pt) 2015-02-04 2018-04-10 Hoffmann La Roche oligômero, conjugado, composição, kit, e, métodos para inibir ou reduzir a expressão de proteína tau em uma célula e para tratar ou prevenir um distúrbio neurológico
AU2016219263B2 (en) 2015-02-13 2022-12-01 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Patatin-like phospholipase domain containing 3 (PNPLA3) iRNA compositions and methods of use thereof
ES2848377T3 (es) 2015-02-26 2021-08-09 Ionis Pharmaceuticals Inc Moduladores específicos de alelo de RODOPSINA P23H
EP3265564B1 (en) 2015-03-03 2022-01-26 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating mecp2 expression
EP3265098A4 (en) 2015-03-03 2019-02-13 Ionis Pharmaceuticals, Inc. COMPOSITIONS FOR MODULATING MECP2 EXPRESSION
US11129844B2 (en) 2015-03-03 2021-09-28 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for modulating MECP2 expression
US10415038B2 (en) 2015-04-03 2019-09-17 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating TMPRSS6 expression
WO2016164746A1 (en) 2015-04-08 2016-10-13 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of the lect2 gene
US10407678B2 (en) 2015-04-16 2019-09-10 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions for modulating expression of C9ORF72 antisense transcript
SG11201708468YA (en) 2015-04-16 2017-11-29 Ionis Pharmaceuticals Inc Compositions for modulating c9orf72 expression
WO2016201301A1 (en) 2015-06-12 2016-12-15 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Complement component c5 irna compositions and methods of use thereof
WO2016205323A1 (en) 2015-06-18 2016-12-22 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Polynucleotde agents targeting hydroxyacid oxidase (glycolate oxidase, hao1) and methods of use thereof
WO2016209862A1 (en) 2015-06-23 2016-12-29 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Glucokinase (gck) irna compositions and methods of use thereof
JP2018519811A (ja) 2015-06-29 2018-07-26 アイオーニス ファーマシューティカルズ, インコーポレーテッドIonis Pharmaceuticals,Inc. 修飾crispr rna及び修飾単一crispr rnaならびにその使用
MY192997A (en) 2015-07-10 2022-09-20 Ionis Pharmaceuticals Inc Modulators of diacyglycerol acyltransferase 2 (dgat2)
WO2017011286A1 (en) 2015-07-10 2017-01-19 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Insulin-like growth factor binding protein, acid labile subunit (igfals) and insulin-like growth factor 1 (igf-1) irna compositions and methods of use thereof
MA43072A (fr) 2015-07-22 2018-05-30 Wave Life Sciences Ltd Compositions d'oligonucléotides et procédés associés
KR20180043819A (ko) 2015-08-24 2018-04-30 로슈 이노베이션 센터 코펜하겐 에이/에스 Lna-g 방법
KR20180051550A (ko) 2015-09-02 2018-05-16 알닐람 파마슈티칼스 인코포레이티드 프로그램된 세포사 1 리간드 1 (PD-L1) iRNA 조성물 및 그의 사용 방법
EP3950003A1 (en) 2015-09-14 2022-02-09 The Board of Regents of the University of Texas System Lipocationic dendrimers and uses thereof
EP3350328A1 (en) 2015-09-14 2018-07-25 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Polynucleotide agents targeting patatin-like phospholipase domain containing 3 (pnpla3) and methods of use thereof
CA2999177A1 (en) 2015-09-24 2017-03-30 The Regents Of The University Of California Synthetic sphingolipid-like molecules, drugs, methods of their synthesis and methods of treatment
SG10201913209WA (en) 2015-09-24 2020-02-27 Ionis Pharmaceuticals Inc Modulators of kras expression
EP4285912A3 (en) 2015-09-25 2024-07-10 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for modulating ataxin 3 expression
CA2998898A1 (en) 2015-10-08 2017-04-13 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating angiotensinogen expression
IL308174A (en) 2015-10-09 2024-01-01 Univ Southampton Gene expression modulation and dysregulated protein expression scanning
EP3394258B1 (en) 2015-10-22 2021-09-22 Roche Innovation Center Copenhagen A/S In vitro toxicity screening assay
WO2017068087A1 (en) 2015-10-22 2017-04-27 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonucleotide detection method
WO2017079291A1 (en) 2015-11-02 2017-05-11 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating c90rf72
WO2017079745A1 (en) 2015-11-06 2017-05-11 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Conjugated antisense compounds for use in therapy
BR122023026882A2 (pt) 2015-11-06 2024-01-23 Ionis Pharmaceuticals, Inc Uso de um composto oligomérico
EP3374498A1 (en) 2015-11-12 2018-09-19 H. Hoffnabb-La Roche Ag Standardized neuronal cell assays from primate species
EP3377629B1 (en) 2015-11-18 2023-07-05 Rosalind Franklin University of Medicine and Science Antisense compounds targeting leucine-rich repeat kinase 2 (lrrk2) for the treatment of parkinsons disease
US10370667B2 (en) 2015-11-18 2019-08-06 Rosalind Franklin University Of Medicine And Science Antisense compounds targeting leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) for the treatment of parkinsons disease
WO2017096395A1 (en) 2015-12-04 2017-06-08 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods of treating breast cancer
IL259795B2 (en) 2015-12-07 2024-04-01 Genzyme Corp Methods and preparations for the treatment of diseases related to SERPINC1
EP3390636B1 (en) 2015-12-14 2021-05-19 Cold Spring Harbor Laboratory Antisense oligomers for treatment of dravet syndrome
US11096956B2 (en) 2015-12-14 2021-08-24 Stoke Therapeutics, Inc. Antisense oligomers and uses thereof
WO2017106767A1 (en) 2015-12-18 2017-06-22 The Scripps Research Institute Production of unnatural nucleotides using a crispr/cas9 system
CA3006599A1 (en) 2016-01-05 2017-07-13 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for reducing lrrk2 expression
AU2017229778A1 (en) 2016-03-09 2018-08-16 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for inhibiting PMP22 expression
RS61528B1 (sr) 2016-03-14 2021-04-29 Hoffmann La Roche Oligonukleotidi za smanjenje ekspresije pd-l1
AU2017234678A1 (en) 2016-03-16 2018-08-16 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods of modulating KEAP1
WO2017161168A1 (en) 2016-03-16 2017-09-21 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of dyrk1b expression
CA3017532A1 (en) 2016-04-13 2017-10-19 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for reducing c9orf72 expression
WO2017178656A1 (en) 2016-04-14 2017-10-19 Roche Innovation Center Copenhagen A/S TRITYL-MONO-GalNAc COMPOUNDS AND THEIR USE
MA45295A (fr) 2016-04-19 2019-02-27 Alnylam Pharmaceuticals Inc Composition d'arni de protéine de liaison de lipoprotéines haute densité (hdlbp/vigiline) et procédés pour les utiliser
BR112018072362A2 (pt) 2016-05-06 2019-02-19 Ionis Pharmaceuticals, Inc. oligonucleotídeos conjugados a uma unidade de ligando do receptor glp-1 e seus usos
AU2017267634C1 (en) 2016-05-16 2022-05-26 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Cationic sulfonamide amino lipids and amphiphilic zwitterionic amino lipids
KR102639586B1 (ko) 2016-06-06 2024-02-23 애로우헤드 파마슈티컬스 인코포레이티드 5'-시클로-포스포네이트 변형된 뉴클레오티드
EP3469083A1 (en) 2016-06-10 2019-04-17 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. COMPLEMENT COMPONENT C5 iRNA COMPOSITIONS AND METHODS OF USE THEREOF FOR TREATING PAROXYSMAL NOCTURNAL HEMOGLOBINURIA (PNH)
US11236339B2 (en) 2016-06-17 2022-02-01 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of GYS1 expression
MA45496A (fr) 2016-06-17 2019-04-24 Hoffmann La Roche Molécules d'acide nucléique pour la réduction de l'arnm de padd5 ou pad7 pour le traitement d'une infection par l'hépatite b
US11105794B2 (en) 2016-06-17 2021-08-31 Hoffmann-La Roche Inc. In vitro nephrotoxicity screening assay
CN109312403B (zh) 2016-06-17 2023-06-27 豪夫迈·罗氏有限公司 体外肾毒性筛选测定法
DK3475295T3 (da) 2016-06-24 2022-10-24 Scripps Research Inst Hidtil ukendt nukleosidtriphosphat-transportør og anvendelser deraf
CN109415732B (zh) 2016-07-01 2024-01-02 豪夫迈·罗氏有限公司 用于调节htra1表达的反义寡核苷酸
SG11201900238UA (en) 2016-07-15 2019-02-27 Ionis Pharmaceuticals Inc Compounds and methods for modulation of smn2
JOP20190065A1 (ar) 2016-09-29 2019-03-28 Ionis Pharmaceuticals Inc مركبات وطرق لتقليل التعبير عن tau
WO2018067900A1 (en) 2016-10-06 2018-04-12 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Method of conjugating oligomeric compounds
MA46466A (fr) 2016-10-06 2019-08-14 Amgen Inc Formulations pharmaceutiques de protéines à viscosité réduite
BR112019008856A2 (pt) * 2016-11-07 2019-07-09 nanoSUR LLC rnas de fita dupla quimicamente modificados pós-transcricionalmente
JOP20190104A1 (ar) 2016-11-10 2019-05-07 Ionis Pharmaceuticals Inc مركبات وطرق لتقليل التعبير عن atxn3
EP3538671A1 (en) 2016-11-11 2019-09-18 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Therapeutic oligonucleotides capture and detection
TWI788312B (zh) 2016-11-23 2023-01-01 美商阿尼拉製藥公司 絲胺酸蛋白酶抑制因子A1 iRNA組成物及其使用方法
WO2018102745A1 (en) 2016-12-02 2018-06-07 Cold Spring Harbor Laboratory Modulation of lnc05 expression
KR20230166146A (ko) 2016-12-16 2023-12-06 알닐람 파마슈티칼스 인코포레이티드 트랜스티레틴(TTR) iRNA 조성물을 사용하여 TTR-관련 질병을 치료하거나 예방하는 방법
EP3568480A1 (en) 2017-01-13 2019-11-20 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides for modulating nfkb2 expression
WO2018130582A1 (en) 2017-01-13 2018-07-19 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides for modulating rel expression
WO2018130585A1 (en) 2017-01-13 2018-07-19 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides for modulating relb expression
US20200216845A1 (en) 2017-01-13 2020-07-09 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides for modulating rela expression
WO2018130583A1 (en) 2017-01-13 2018-07-19 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides for modulating nfkb1 expression
WO2018146316A1 (en) 2017-02-13 2018-08-16 Astrazeneca Ab Combination of a mapk pathway inhibitor and an antisense compound targeted to kras
WO2018165564A1 (en) 2017-03-09 2018-09-13 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Morpholino modified oligomeric compounds
JOP20190215A1 (ar) 2017-03-24 2019-09-19 Ionis Pharmaceuticals Inc مُعدّلات التعبير الوراثي عن pcsk9
SG11201909572QA (en) 2017-04-18 2019-11-28 Alnylam Pharmaceuticals Inc Methods for the treatment of subjects having a hepatitis b virus (hbv) infection
US20190055564A1 (en) 2017-06-01 2019-02-21 F. Hoffmann-La Roche Ag Antisense oligonucleotides for modulating htra1 expression
US11401519B2 (en) 2017-06-07 2022-08-02 University Of Massachusetts Anti-ADAM33 oligonucleotides and related methods
US20200131555A1 (en) 2017-07-11 2020-04-30 Synthorx, Inc. Incorporation of unnatural nucleotides and methods thereof
KR102687649B1 (ko) 2017-08-03 2024-07-26 신톡스, 인크. 증식성 질환 및 감염성 질환의 치료를 위한 사이토카인 접합체
WO2019030313A2 (en) 2017-08-11 2019-02-14 Roche Innovation Center Copenhagen A/S OLIGONUCLEOTIDES FOR MODULATION OF UBE3C EXPRESSION
AU2018318231A1 (en) 2017-08-18 2020-02-13 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of the notch signaling pathway for treatment of respiratory disorders
WO2019038228A1 (en) 2017-08-22 2019-02-28 Roche Innovation Center Copenhagen A/S OLIGONUCLEOTIDES FOR MODULATION OF TOM1 EXPRESSION
GB2599884B (en) 2017-08-25 2022-08-31 Stoke Therapeutics Inc Antisense oligomers for treatment of conditions and diseases
US10517889B2 (en) 2017-09-08 2019-12-31 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulators of SMAD7 expression
CN111226114A (zh) 2017-10-13 2020-06-02 罗氏创新中心哥本哈根有限公司 用部分立体限定的寡核苷酸子文库鉴定反义寡核苷酸改进的立体限定硫代磷酸酯寡核苷酸变体的方法
UA126931C2 (uk) 2017-10-16 2023-02-22 Ф. Хоффманн-Ля Рош Аг МОЛЕКУЛИ НУКЛЕЇНОВИХ КИСЛОТ ДЛЯ ЗМЕНШЕННЯ РІВНЯ мРНК PAPD5 І PAPD7 ДЛЯ ЛІКУВАННЯ ІНФЕКЦІЙНОГО ГЕПАТИТУ B
WO2019089922A1 (en) 2017-11-01 2019-05-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Complement component c3 irna compositions and methods of use thereof
TWI809004B (zh) 2017-11-09 2023-07-21 美商Ionis製藥公司 用於降低snca表現之化合物及方法
US20200385719A1 (en) 2017-11-16 2020-12-10 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Kisspeptin 1 (kiss1) irna compositions and methods of use thereof
WO2019100039A1 (en) 2017-11-20 2019-05-23 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Serum amyloid p component (apcs) irna compositions and methods of use thereof
WO2019115416A2 (en) 2017-12-11 2019-06-20 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonucleotides for modulating fndc3b expression
EP3724335A1 (en) 2017-12-11 2020-10-21 Rosalind Franklin University of Medicine and Science Antisense compounds targeting leucine-rich repeat kinase 2 (lrrk2) for the treatment of parkinsons disease
WO2019115417A2 (en) 2017-12-12 2019-06-20 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonucleotides for modulating rb1 expression
US11725208B2 (en) 2017-12-14 2023-08-15 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Conjugated antisense compounds and their use
US20200308588A1 (en) 2017-12-18 2020-10-01 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. High mobility group box-1 (hmgb1) irna compositions and methods of use thereof
WO2019126641A2 (en) 2017-12-21 2019-06-27 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of frataxin expression
EP3729095A1 (en) 2017-12-21 2020-10-28 F. Hoffmann-La Roche AG Companion diagnostic for htra1 rna antagonists
EP4092117A1 (en) 2017-12-22 2022-11-23 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Gapmer oligonucleotides comprising a phosphorodithioate internucleoside linkage
JP7476102B2 (ja) 2017-12-22 2024-04-30 ロシュ イノベーション センター コペンハーゲン エーエス ホスホロジチオアートヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチド
EP3728590A1 (en) 2017-12-22 2020-10-28 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Novel thiophosphoramidites
EP3737758A1 (en) 2018-01-10 2020-11-18 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonucleotides for modulating pias4 expression
PE20211749A1 (es) 2018-01-12 2021-09-06 Bristol Myers Squibb Co Oligonucleotidos antisentido que actuan sobre alfa-sinucleina, y usos de estos
US20220119811A1 (en) 2018-01-12 2022-04-21 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Alpha-synuclein antisense oligonucleotides and uses thereof
EP3737760A1 (en) 2018-01-12 2020-11-18 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonucleotides for modulating gsk3b expression
JP7455746B2 (ja) 2018-01-12 2024-03-26 ブリストル-マイヤーズ スクイブ カンパニー アルファ-シヌクレインを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドおよびその使用
MX2020007369A (es) 2018-01-15 2020-10-28 Ionis Pharmaceuticals Inc Moduladores de la expresion de dnm2.
US20210095276A1 (en) 2018-01-17 2021-04-01 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonucleotides for modulating erc1 expression
JP2021511029A (ja) 2018-01-18 2021-05-06 ロシュ イノベーション センター コペンハーゲン エーエス Srebp1を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチド
WO2019145386A1 (en) 2018-01-26 2019-08-01 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonucleotides for modulating csnk1d expression
PE20211197A1 (es) 2018-02-09 2021-07-01 Genentech Inc Oligonucleotidos para modular la expresion de tmem106b
AU2019218987A1 (en) 2018-02-12 2020-07-23 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modified compounds and uses thereof
BR112020016347A2 (pt) 2018-02-21 2021-01-12 Bristol-Myers Squibb Company Oligonucleotídeos antisense de camk2d e seus usos
AR114445A1 (es) 2018-02-26 2020-09-09 Synthorx Inc Conjugados de il-15, y sus usos
US11732260B2 (en) 2018-03-02 2023-08-22 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for the modulation of amyloid-β precursor protein
TWI840345B (zh) 2018-03-02 2024-05-01 美商Ionis製藥公司 Irf4表現之調節劑
US11661601B2 (en) 2018-03-22 2023-05-30 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating FMR1 expression
WO2019180153A1 (en) 2018-03-22 2019-09-26 Hummingbird Diagnostics Gmbh Mir-34a modulating compounds in the therapy of diseases
CA3097544A1 (en) 2018-04-05 2019-10-10 F. Hoffmann-La Roche Ag Use of fubp1 inhibitors for treating hepatitis b virus infection
JP7275164B2 (ja) 2018-04-11 2023-05-17 アイオーニス ファーマシューティカルズ, インコーポレーテッド Ezh2発現の調節因子
CA3096682A1 (en) 2018-04-13 2019-10-17 Bristol-Myers Squibb Company Novel phosphorous (v)-based reagents, processes for the preparation thereof, and their use in making stereo-defined organophoshorous (v) compounds
JP2021523227A (ja) 2018-05-04 2021-09-02 ストーク セラピューティクス,インク. コレステリルエステル蓄積症の処置のための方法及び組成物
JP2021522808A (ja) 2018-05-07 2021-09-02 ロシュ イノベーション センター コペンハーゲン エーエス オリゴヌクレオチド治療剤の超並列発見方法
WO2019215175A1 (en) 2018-05-08 2019-11-14 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonucleotides for modulating myh7 expression
CR20200604A (es) 2018-05-09 2021-02-09 Ionis Pharmaceuticals Inc Compuestos y métodos para reducir de la expresión de atxn3
MX2020011913A (es) 2018-05-09 2021-01-29 Ionis Pharmaceuticals Inc Compuestos y metodos para la reduccion de la expresion de fxi.
FI3794122T3 (fi) 2018-05-14 2023-11-07 Alnylam Pharmaceuticals Inc Angiotensinogeenin (AGT) IRNA-koostumuksia ja niiden käyttömenetelmä
DK3794012T3 (da) 2018-05-15 2024-01-08 Illumina Inc Sammensætninger og fremgangsmåder til kemisk spaltning og afbeskyttelse af overfladebundne oligonukleotider
US20210220387A1 (en) 2018-05-18 2021-07-22 Hoffmann-La Roche, Inc. Pharmaceutical compositions for treatment of microrna related diseases
WO2019224172A1 (en) 2018-05-25 2019-11-28 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Novel process for making allofuranose from glucofuranose
US11066669B2 (en) 2018-06-05 2021-07-20 Hoffmann-La Roche Inc. Oligonucleotides for modulating ATXN2 expression
CA3103429A1 (en) 2018-06-14 2019-12-19 Don W. Cleveland Compounds and methods for increasing stmn2 expression
TWI833770B (zh) 2018-06-27 2024-03-01 美商Ionis製藥公司 用於減少 lrrk2 表現之化合物及方法
WO2020007772A1 (en) 2018-07-02 2020-01-09 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting gbp-1
WO2020007700A1 (en) 2018-07-02 2020-01-09 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting spi1
WO2020007702A1 (en) 2018-07-02 2020-01-09 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting bcl2l11
MX2020013366A (es) 2018-07-03 2021-03-09 Hoffmann La Roche Oligonucleotidos para modular la expresion de tau.
WO2020007889A1 (en) 2018-07-05 2020-01-09 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting stat1
WO2020007826A1 (en) 2018-07-05 2020-01-09 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting mbtps1
WO2020011653A1 (en) 2018-07-09 2020-01-16 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting kynu
WO2020011743A1 (en) 2018-07-09 2020-01-16 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting mafb
WO2020011744A2 (en) 2018-07-11 2020-01-16 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting cers5
WO2020011745A2 (en) 2018-07-11 2020-01-16 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting cers6
WO2020011869A2 (en) 2018-07-11 2020-01-16 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting tlr2
BR112021000538A2 (pt) 2018-07-13 2021-04-06 F. Hoffmann-La Roche Ag Oligonucleotídeos para modular a expressão de rtel1
AU2019310097A1 (en) 2018-07-25 2021-02-04 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for reducing ATXN2 expression
JP2021532075A (ja) 2018-07-31 2021-11-25 ロシュ イノベーション センター コペンハーゲン エーエス ホスホロトリチオエートヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチド
WO2020025563A1 (en) 2018-07-31 2020-02-06 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonucleotides comprising a phosphorotrithioate internucleoside linkage
MX2021001056A (es) 2018-08-13 2021-04-12 Alnylam Pharmaceuticals Inc Composiciones de agente de acido ribonucleico bicatenario (arnbc) de virus de la hepatitis b (vhb) y metodos de uso de las mismas.
SG11202100765UA (en) 2018-08-15 2021-03-30 Illumina Inc Compositions and methods for improving library enrichment
EA202190581A1 (ru) 2018-08-20 2021-07-13 Рогкон, Инк. Антисмысловые олигонуклеотиды, нацеленные на scn2a, для лечения энцефалопатии scn1a
WO2020038971A1 (en) 2018-08-23 2020-02-27 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting vcan
CN112585280A (zh) 2018-08-23 2021-03-30 罗氏创新中心哥本哈根有限公司 微小rna-134生物标志物
WO2020038973A1 (en) 2018-08-23 2020-02-27 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting sptlc1
WO2020038976A1 (en) 2018-08-23 2020-02-27 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense oligonucleotides targeting usp8
EP3844274A1 (en) 2018-08-28 2021-07-07 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Neoantigen engineering using splice modulating compounds
EP3620519A1 (en) 2018-09-04 2020-03-11 F. Hoffmann-La Roche AG Use of isolated milk extracellular vesicles for delivering oligonucleotides orally
EP3620520A1 (en) 2018-09-10 2020-03-11 Universidad del Pais Vasco Novel target to treat a metabolic disease in an individual
WO2020060986A1 (en) 2018-09-18 2020-03-26 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Ketohexokinase (khk) irna compositions and methods of use thereof
TW202023573A (zh) 2018-09-19 2020-07-01 美商Ionis製藥公司 Pnpla3表現之調節劑
US10913951B2 (en) 2018-10-31 2021-02-09 University of Pittsburgh—of the Commonwealth System of Higher Education Silencing of HNF4A-P2 isoforms with siRNA to improve hepatocyte function in liver failure
WO2020089260A1 (en) 2018-11-01 2020-05-07 F. Hoffmann-La Roche Ag Antisense oligonucleotides targeting tia1
TW202028222A (zh) 2018-11-14 2020-08-01 美商Ionis製藥公司 Foxp3表現之調節劑
EA202191342A1 (ru) 2018-11-15 2021-08-10 Айонис Фармасьютикалз, Инк. Модуляторы экспрессии irf5
TWI841633B (zh) 2018-11-21 2024-05-11 美商Ionis製藥公司 用於減少朊病毒表現之化合物及方法
EP3883941A1 (en) 2018-11-22 2021-09-29 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Pyridinium salts as activators in the synthesis of stereodefined oligonucleotides
WO2020109344A1 (en) 2018-11-29 2020-06-04 F. Hoffmann-La Roche Ag Occular administration device for antisense oligonucleotides
WO2020109343A1 (en) 2018-11-29 2020-06-04 F. Hoffmann-La Roche Ag Combination therapy for treatment of macular degeneration
JP2022515744A (ja) 2018-12-20 2022-02-22 プラクシス プレシジョン メディシンズ, インコーポレイテッド Kcnt1関連障害の治療のための組成物及び方法
US20220042011A1 (en) 2018-12-21 2022-02-10 Hoffmann-La Roche Inc. Antisense oligonucleotides targeting card9
CA3126933A1 (en) 2019-01-16 2020-07-23 Genzyme Corporation Serpinc1 irna compositions and methods of use thereof
CN113365607A (zh) 2019-01-25 2021-09-07 豪夫迈·罗氏有限公司 用于口服药物递送的脂质囊泡
BR112021013369A2 (pt) 2019-01-31 2021-09-21 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Moduladores de expressão de yap1
US20220372060A1 (en) * 2019-02-01 2022-11-24 Osaka University 5'-modified nucleoside and nucleotide using same
EP3923974A4 (en) 2019-02-06 2023-02-08 Synthorx, Inc. IL-2 CONJUGATES AND METHODS OF USE THEREOF
CN113474352A (zh) 2019-02-20 2021-10-01 罗氏创新中心哥本哈根有限公司 新型亚磷酰胺
TW202102516A (zh) 2019-02-20 2021-01-16 丹麥商羅氏創新中心哥本哈根有限公司 膦醯基乙酸酯間隙子寡核苷酸
WO2020173845A1 (en) 2019-02-26 2020-09-03 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonucleotide formulation method
US11279932B2 (en) 2019-02-27 2022-03-22 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulators of MALAT1 expression
WO2020191177A1 (en) 2019-03-21 2020-09-24 Sudhir Agrawal Antisense oligonucleotides for allele specificity
EP3941528A1 (en) 2019-03-21 2022-01-26 Codiak BioSciences, Inc. Extracellular vesicle conjugates and uses thereof
JP7550165B2 (ja) 2019-03-29 2024-09-12 アイオーニス ファーマシューティカルズ, インコーポレーテッド Ube3a-atsを調節するための化合物及び方法
AU2020252710A1 (en) 2019-03-29 2021-11-11 Mitsubishi Tanabe Pharma Corporation COMPOUND, METHOD AND PHARMACEUTICAL COMPOSITION FOR DUX4 EXPRESSION ADJUSTMENT to COMPOUND, METHOD AND PHARMACEUTICAL COMPOSITION FOR MODULATING EXPRESSION OF DUX4
WO2020206115A2 (en) 2019-04-03 2020-10-08 Bristol-Myers Squibb Company Angptl2 antisense oligonucleotides and uses thereof
WO2020201339A1 (en) 2019-04-04 2020-10-08 F. Hoffmann-La Roche Ag Oligonucleotides for modulating atxn2 expression
US11286485B2 (en) 2019-04-04 2022-03-29 Hoffmann-La Roche Inc. Oligonucleotides for modulating ATXN2 expression
US20220194976A1 (en) 2019-04-16 2022-06-23 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Novel Process for Preparing Nucleotide P(V) Monomers
WO2020221705A1 (en) 2019-04-30 2020-11-05 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Novel process for preparing rhenium chelated mag3 oligonucleotides
EP3966328A4 (en) 2019-05-06 2023-10-18 University Of Massachusetts ANTI-C9ORF72 OLIGONUCLEOTIDES AND RELATED METHODS
EP3976791A4 (en) 2019-05-28 2023-10-11 Ionis Pharmaceuticals, Inc. COMPOUNDS AND METHODS FOR REDUCING FOOT EXPRESSION
CN113950529A (zh) 2019-06-06 2022-01-18 豪夫迈·罗氏有限公司 靶向atxn3的反义寡核苷酸
CN114207129A (zh) 2019-06-14 2022-03-18 斯克利普斯研究所 用于在半合成生物体中复制、转录和翻译的试剂和方法
WO2021021673A1 (en) 2019-07-26 2021-02-04 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating gfap
WO2021022109A1 (en) 2019-08-01 2021-02-04 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. SERPIN FAMILY F MEMBER 2 (SERPINF2) iRNA COMPOSITIONS AND METHODS OF USE THEREOF
WO2021022108A2 (en) 2019-08-01 2021-02-04 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. CARBOXYPEPTIDASE B2 (CPB2) iRNA COMPOSITIONS AND METHODS OF USE THEREOF
EP4013870A1 (en) 2019-08-13 2022-06-22 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Small ribosomal protein subunit 25 (rps25) irna agent compositions and methods of use thereof
JP2022544934A (ja) 2019-08-14 2022-10-24 コディアック バイオサイエンシーズ, インコーポレイテッド Stat3-アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む細胞外小胞
JP2022544935A (ja) 2019-08-14 2022-10-24 コディアック バイオサイエンシーズ, インコーポレイテッド 細胞外小胞-nlrp3アンタゴニスト
US20220354963A1 (en) 2019-08-14 2022-11-10 Codiak Biosciences, Inc. Extracellular vesicle linked to molecules and uses thereof
JP2022544290A (ja) 2019-08-14 2022-10-17 コディアック バイオサイエンシーズ, インコーポレイテッド Krasを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドを有する細胞外小胞
EP4013877A1 (en) 2019-08-14 2022-06-22 Codiak BioSciences, Inc. Extracellular vesicle-aso constructs targeting stat6
CA3147369A1 (en) 2019-08-14 2021-02-18 Dalia BURZYN Extracellular vesicle-aso constructs targeting cebp/beta
CN114555621A (zh) 2019-08-15 2022-05-27 Ionis制药公司 键修饰的寡聚化合物及其用途
MX2022001776A (es) 2019-08-15 2022-03-17 Synthorx Inc Terapias de combinacion de inmuno oncologia con conjugados de il-2.
WO2021041206A1 (en) 2019-08-23 2021-03-04 Synthorx, Inc. Il-15 conjugates and uses thereof
BR112022003335A2 (pt) 2019-09-10 2022-05-24 Synthorx Inc Conjugados de il-2 e métodos de uso para tratar doenças autoimunes
WO2021062058A1 (en) 2019-09-25 2021-04-01 Codiak Biosciences, Inc. Sting agonist comprising exosomes for treating neuroimmunological disorders
EP4045062A1 (en) 2019-10-14 2022-08-24 Astrazeneca AB Modulators of pnpla3 expression
EP4045652A1 (en) 2019-10-18 2022-08-24 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Solute carrier family member irna compositions and methods of use thereof
JP2022553348A (ja) 2019-10-22 2022-12-22 アルナイラム ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド 補体成分C3 iRNA組成物およびその使用方法
TW202132567A (zh) 2019-11-01 2021-09-01 美商阿尼拉製藥公司 亨汀頓蛋白(HTT)iRNA劑組成物及其使用方法
WO2021091986A1 (en) 2019-11-04 2021-05-14 Synthorx, Inc. Interleukin 10 conjugates and uses thereof
EP4061945A1 (en) 2019-11-22 2022-09-28 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Ataxin3 (atxn3) rnai agent compositions and methods of use thereof
TW202140509A (zh) 2019-12-13 2021-11-01 美商阿尼拉製藥公司 人類染色體9開讀框72(C9ORF72)iRNA劑組成物及其使用方法
TW202138559A (zh) 2019-12-16 2021-10-16 美商阿尼拉製藥公司 含類PATATIN磷脂酶結構域3(PNPLA3)iRNA組成物及其使用方法
CN114829599A (zh) 2019-12-19 2022-07-29 豪夫迈·罗氏有限公司 Scamp3抑制剂用于治疗乙型肝炎病毒感染的用途
WO2021122921A1 (en) 2019-12-19 2021-06-24 F. Hoffmann-La Roche Ag Use of cops3 inhibitors for treating hepatitis b virus infection
JP2023506550A (ja) 2019-12-19 2023-02-16 エフ. ホフマン-ラ ロシュ エージー. B型肝炎ウイルス感染症を処置するためのsbds阻害剤の使用
WO2021122993A1 (en) 2019-12-19 2021-06-24 F. Hoffmann-La Roche Ag Use of saraf inhibitors for treating hepatitis b virus infection
CN114901821A (zh) 2019-12-19 2022-08-12 豪夫迈·罗氏有限公司 Sept9抑制剂用于治疗乙型肝炎病毒感染的用途
US20210214727A1 (en) 2019-12-20 2021-07-15 Hoffmann-La Roche Inc. Enhanced oligonucleotides for inhibiting scn9a expression
TW202137987A (zh) 2019-12-24 2021-10-16 瑞士商赫孚孟拉羅股份公司 用於治療hbv之靶向hbv的治療性寡核苷酸及tlr7促效劑之醫藥組合
JP2023509872A (ja) 2019-12-24 2023-03-10 エフ. ホフマン-ラ ロシュ アーゲー Hbvを標的とする抗ウイルス剤及び/又はhbvの処置のための免疫調節剤の医薬組合せ
WO2021158810A1 (en) 2020-02-05 2021-08-12 Bristol-Myers Squibb Company Oligonucleotides for splice modulation of camk2d
WO2021167841A1 (en) 2020-02-18 2021-08-26 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Apolipoprotein c3 (apoc3) irna compositions and methods of use thereof
EP4110916A1 (en) 2020-02-28 2023-01-04 F. Hoffmann-La Roche AG Oligonucleotides for modulating cd73 exon 7 splicing
AU2021225957A1 (en) 2020-02-28 2022-09-08 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating SMN2
WO2021178607A1 (en) 2020-03-05 2021-09-10 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Complement component c3 irna compositions and methods of use thereof for treating or preventing complement component c3-associated diseases
CN115461460A (zh) 2020-03-06 2022-12-09 阿尔尼拉姆医药品有限公司 用于抑制转甲状腺素蛋白(ttr)的表达的组合物和方法
BR112022017822A2 (pt) 2020-03-06 2022-11-08 Alnylam Pharmaceuticals Inc Composições de irna de cetoexocinase (khk) e métodos de uso das mesmas
WO2021184020A1 (en) 2020-03-13 2021-09-16 Codiak Biosciences, Inc. Methods of treating neuroinflammation
WO2021184021A1 (en) 2020-03-13 2021-09-16 Codiak Biosciences, Inc. Extracellular vesicle-aso constructs targeting pmp22
WO2021188611A1 (en) 2020-03-18 2021-09-23 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for treating subjects having a heterozygous alanine-glyoxylate aminotransferase gene (agxt) variant
JP2023519274A (ja) 2020-03-26 2023-05-10 アルナイラム ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド コロナウイルスiRNA組成物およびその使用方法
WO2021206917A1 (en) 2020-04-07 2021-10-14 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME 2 (ACE2) iRNA COMPOSITIONS AND METHODS OF USE THEREOF
WO2021206922A1 (en) 2020-04-07 2021-10-14 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Transmembrane serine protease 2 (tmprss2) irna compositions and methods of use thereof
BR112022021482A2 (pt) 2020-04-22 2022-12-13 Merck Sharp & Dohme Llc Conjugados de interleucina-2 humana enviesados para o dímero beta gamac do receptor de interleucina-2 e conjugados a um polímero não peptídico solúvel em água
BR112022021813A2 (pt) 2020-04-27 2023-01-17 Alnylam Pharmaceuticals Inc Composições de agente de apolipoproteína e (apoe) irna e métodos de uso das mesmas
IL297680A (en) 2020-04-30 2022-12-01 Alnylam Pharmaceuticals Inc IRNA compounds complement factor b (cfb) and methods of using them
MX2022013707A (es) 2020-05-01 2022-12-07 Ionis Pharmaceuticals Inc Compuestos y metodos para modular atxn1.
WO2021231211A1 (en) 2020-05-11 2021-11-18 Genentech, Inc. Complement component c1s inhibitors for treating a neurological disease, and related compositions, systems and methods of using same
KR20230022409A (ko) 2020-05-11 2023-02-15 스톡 테라퓨틱스, 인크. 병태 및 질환의 치료를 위한 opa1 안티센스 올리고머
CN115605592A (zh) 2020-05-11 2023-01-13 基因泰克公司(Us) 用于治疗神经系统疾病的补体组分c1r抑制剂以及相关的组合物、系统和使用它们的方法
WO2021231204A1 (en) 2020-05-11 2021-11-18 Genentech, Inc. Complement component 4 inhibitors for treating neurological diseases, and related compositons, systems and methods of using same
US20230227824A1 (en) 2020-05-12 2023-07-20 Mitsubishi Tanabe Pharma Corporation Compound, method and pharmaceutical composition for regulating expression of ataxin 3
US20210388357A1 (en) 2020-05-13 2021-12-16 Hoffmann-La Roche Inc. Oligonucleotide agonists targeting progranulin
EP4150076A1 (en) 2020-05-15 2023-03-22 Korro Bio, Inc. Methods and compositions for the adar-mediated editing of methyl-cpg binding protein 2 (mecp2)
WO2021231692A1 (en) 2020-05-15 2021-11-18 Korro Bio, Inc. Methods and compositions for the adar-mediated editing of otoferlin (otof)
EP4150087A1 (en) 2020-05-15 2023-03-22 Korro Bio, Inc. Methods and compositions for the adar-mediated editing of gap junction protein beta 2 (gjb2)
WO2021231691A1 (en) 2020-05-15 2021-11-18 Korro Bio, Inc. Methods and compositions for the adar-mediated editing of retinoschisin 1 (rsi)
EP4150078A1 (en) 2020-05-15 2023-03-22 Korro Bio, Inc. Methods and compositions for the adar-mediated editing of argininosuccinate lyase (asl)
WO2021231675A1 (en) 2020-05-15 2021-11-18 Korro Bio, Inc. Methods and compositions for the adar-mediated editing of argininosuccinate synthetase (ass1)
WO2021231673A1 (en) 2020-05-15 2021-11-18 Korro Bio, Inc. Methods and compositions for the adar-mediated editing of leucine rich repeat kinase 2 (lrrk2)
EP4150077A1 (en) 2020-05-15 2023-03-22 Korro Bio, Inc. Methods and compositions for the adar-mediated editing of transmembrane channel-like protein 1 (tmc1)
JP2023526096A (ja) 2020-05-22 2023-06-20 エフ. ホフマン-ラ ロシュ アーゲー Card9のスプライス調節のためのオリゴヌクレオチド
US11408000B2 (en) 2020-06-03 2022-08-09 Triplet Therapeutics, Inc. Oligonucleotides for the treatment of nucleotide repeat expansion disorders associated with MSH3 activity
CN115702243A (zh) 2020-06-09 2023-02-14 罗氏创新中心哥本哈根有限公司 用于治疗性多核苷酸的鸟苷类似物
WO2021252557A1 (en) 2020-06-09 2021-12-16 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Rnai compositions and methods of use thereof for delivery by inhalation
EP4168546A1 (en) 2020-06-18 2023-04-26 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Xanthine dehydrogenase (xdh) irna compositions and methods of use thereof
EP4171648A1 (en) 2020-06-25 2023-05-03 Synthorx, Inc. Immuno oncology combination therapy with il-2 conjugates and anti-egfr antibodies
AR122731A1 (es) 2020-06-26 2022-10-05 Hoffmann La Roche Oligonucleótidos mejorados para modular la expresión de fubp1
TW202216996A (zh) 2020-06-29 2022-05-01 美商Ionis製藥公司 調節plp1之化合物及方法
JP2023534557A (ja) 2020-07-23 2023-08-09 エフ. ホフマン-ラ ロシュ アーゲー Rna結合タンパク質部位を標的とするオリゴヌクレオチド
WO2022018155A1 (en) 2020-07-23 2022-01-27 F. Hoffmann-La Roche Ag Lna oligonucleotides for splice modulation of stmn2
EP4200419A2 (en) 2020-08-21 2023-06-28 F. Hoffmann-La Roche AG Use of a1cf inhibitors for treating hepatitis b virus infection
TW202227102A (zh) 2020-09-22 2022-07-16 瑞典商阿斯特捷利康公司 治療脂肪肝病之方法
WO2022066847A1 (en) 2020-09-24 2022-03-31 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Dipeptidyl peptidase 4 (dpp4) irna compositions and methods of use thereof
JP2023544413A (ja) 2020-10-05 2023-10-23 アルナイラム ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド Gタンパク質共役受容体75(GPR75)iRNA組成物およびその使用方法
US20230364127A1 (en) 2020-10-06 2023-11-16 Codiak Biosciences, Inc. Extracellular vesicle-aso constructs targeting stat6
MX2023004032A (es) 2020-10-09 2023-04-27 Synthorx Inc Terapias inmuno-oncologicas con conjugados de il-2.
MX2023004029A (es) 2020-10-09 2023-04-27 Synthorx Inc Terapia de combinacion de inmunoncologia con conjugados de il-2 y pembrolizumab.
WO2022087329A1 (en) 2020-10-23 2022-04-28 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Mucin 5b (muc5b) irna compositions and methods of use thereof
WO2022103999A1 (en) 2020-11-13 2022-05-19 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. COAGULATION FACTOR V (F5) iRNA COMPOSITIONS AND METHODS OF USE THEREOF
CA3201661A1 (en) 2020-11-18 2022-05-27 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating angiotensinogen expression
US20230416734A1 (en) 2020-11-18 2023-12-28 Lemba Bv Umlilo antisense transcription inhibitors
US20240002853A1 (en) 2020-11-23 2024-01-04 Alpha Anomeric Sas Nucleic acid duplexes
AR124227A1 (es) 2020-12-03 2023-03-01 Hoffmann La Roche Oligonucleótidos antisentido que actúan sobre atxn3
WO2022117745A1 (en) 2020-12-03 2022-06-09 F. Hoffmann-La Roche Ag Antisense oligonucleotides targeting atxn3
EP4259795A1 (en) 2020-12-08 2023-10-18 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Coagulation factor x (f10) irna compositions and methods of use thereof
JP2023553069A (ja) 2020-12-08 2023-12-20 エフ. ホフマン-ラ ロシュ アーゲー ホスホロジチオエートオリゴヌクレオチドの新規合成
GB2603454A (en) 2020-12-09 2022-08-10 Ucl Business Ltd Novel therapeutics for the treatment of neurodegenerative disorders
WO2022133278A2 (en) 2020-12-18 2022-06-23 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating factor xii
CN116583603A (zh) 2020-12-18 2023-08-11 豪夫迈·罗氏有限公司 靶向颗粒蛋白前体的反义寡核苷酸
JP2024501662A (ja) 2020-12-22 2024-01-15 エフ. ホフマン-ラ ロシュ アーゲー Xbp1を標的とするオリゴヌクレオチド
WO2022150260A1 (en) 2021-01-05 2022-07-14 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. COMPLEMENT COMPONENT 9 (C9) iRNA COMPOSITIONS AND METHODS OF USE THEREOF
TW202246500A (zh) 2021-02-02 2022-12-01 瑞士商赫孚孟拉羅股份公司 用於抑制 rtel1 表現之增強型寡核苷酸
EP4291243A1 (en) 2021-02-12 2023-12-20 Synthorx, Inc. Lung cancer combination therapy with il-2 conjugates and an anti-pd-1 antibody or antigen-binding fragment thereof
KR20230146048A (ko) 2021-02-12 2023-10-18 알닐람 파마슈티칼스 인코포레이티드 슈퍼옥사이드 디스뮤타제 1(sod1) irna 조성물 및 슈퍼옥사이드 디스뮤타제 1- (sod1-) 관련 신경퇴행성 질환을 치료하거나 예방하기 위한 이의 사용 방법
TW202245843A (zh) 2021-02-12 2022-12-01 美商欣爍克斯公司 Il-2接合物及西米普利單抗(cemiplimab)之皮膚癌組合療法
CA3207944A1 (en) 2021-02-17 2022-08-25 Ajay Verma Extracellular vesicle-nlrp3 antagonist
EP4294456A1 (en) 2021-02-17 2023-12-27 Lonza Sales AG Extracellular vesicle linked to a biologically active molecule via an optimized linker and an anchoring moiety
WO2022182864A1 (en) 2021-02-25 2022-09-01 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Prion protein (prnp) irna compositions and methods and methods of use thereof
EP4298218A1 (en) 2021-02-26 2024-01-03 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Ketohexokinase (khk) irna compositions and methods of use thereof
WO2022187435A1 (en) 2021-03-04 2022-09-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Angiopoietin-like 3 (angptl3) irna compositions and methods of use thereof
EP4305169A1 (en) 2021-03-12 2024-01-17 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Glycogen synthase kinase 3 alpha (gsk3a) irna compositions and methods of use thereof
MX2023011466A (es) 2021-03-29 2024-02-01 Alnylam Pharmaceuticals Inc Composiciones de agentes de ácido ribonucleico de interferencia (arni) de huntingtina (htt) y métodos de uso de estas.
WO2022212153A1 (en) 2021-04-01 2022-10-06 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Proline dehydrogenase 2 (prodh2) irna compositions and methods of use thereof
JP2024513841A (ja) 2021-04-01 2024-03-27 ロンザ セールス アーゲー 細胞外小胞組成物
EP4330392A1 (en) 2021-04-26 2024-03-06 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Transmembrane protease, serine 6 (tmprss6) irna compositions and methods of use thereof
EP4330396A1 (en) 2021-04-29 2024-03-06 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Signal transducer and activator of transcription factor 6 (stat6) irna compositions and methods of use thereof
EP4341401A1 (en) 2021-05-18 2024-03-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Sodium-glucose cotransporter-2 (sglt2) irna compositions and methods of use thereof
US20240263177A1 (en) 2021-05-20 2024-08-08 Korro Bio, Inc. Methods and Compositions for Adar-Mediated Editing
WO2022256351A1 (en) 2021-05-29 2022-12-08 1Globe Health Institute Llc Asymmetric short duplex dna as a novel gene silencing technology and use thereof
CA3221923A1 (en) 2021-05-29 2022-12-08 1Globe Health Institute Llc Short duplex dna as a novel gene silencing technology and use thereof
WO2022256283A2 (en) 2021-06-01 2022-12-08 Korro Bio, Inc. Methods for restoring protein function using adar
TW202317762A (zh) 2021-06-02 2023-05-01 美商艾拉倫製藥股份有限公司 含有類PATATIN磷脂酶結構域3(PNPLA3)的iRNA組成物及其使用方法
TW202313117A (zh) 2021-06-03 2023-04-01 美商欣爍克斯公司 包含il-2接合物及西妥昔單抗(cetuximab)之頭頸癌組合療法
KR20240017911A (ko) 2021-06-04 2024-02-08 알닐람 파마슈티칼스 인코포레이티드 인간 염색체 9 개방 해독 프레임 72(C9orf72) iRNA 제제 조성물 및 이의 사용 방법
EP4352222A1 (en) 2021-06-08 2024-04-17 F. Hoffmann-La Roche AG Oligonucleotide progranulin agonists
EP4351541A2 (en) 2021-06-08 2024-04-17 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for treating or preventing stargardt's disease and/or retinal binding protein 4 (rbp4)-associated disorders
EP4105328A1 (en) 2021-06-15 2022-12-21 Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Antisense-oligonucleotides for prevention of kidney dysfunction promoted by endothelial dysfunction by ephrin-b2 suppression
BR112023026050A2 (pt) 2021-06-18 2024-03-05 Ionis Pharmaceuticals Inc Compostos e métodos para reduzir expressão de ifnar1
BR112023027308A2 (pt) 2021-06-22 2024-03-12 AcuraStem Incorporated Oligonucleotídeos antisense pikfyve
US20230194709A9 (en) 2021-06-29 2023-06-22 Seagate Technology Llc Range information detection using coherent pulse sets with selected waveform characteristics
EP4363574A1 (en) 2021-06-29 2024-05-08 Korro Bio, Inc. Methods and compositions for adar-mediated editing
WO2023003805A1 (en) 2021-07-19 2023-01-26 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for treating subjects having or at risk of developing a non-primary hyperoxaluria disease or disorder
IL310303A (en) 2021-07-21 2024-03-01 Acurastem Inc UNC13A mol-read oligonucleotides
TW202325312A (zh) 2021-07-23 2023-07-01 美商艾拉倫製藥股份有限公司 β-鏈蛋白(CTNNB1)iRNA組成物及其使用方法
EP4377458A1 (en) 2021-07-29 2024-06-05 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coa reductase (hmgcr) irna compositions and methods of use thereof
CN117795074A (zh) 2021-08-03 2024-03-29 阿尔尼拉姆医药品有限公司 转甲状腺素蛋白(TTR)iRNA组合物和其使用方法
JP2024531914A (ja) 2021-08-04 2024-09-03 アルナイラム ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド アンジオテンシノーゲン(agt)をサイレンシングするためのirna組成物および方法
AU2022328347A1 (en) 2021-08-13 2024-02-08 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Factor xii (f12) irna compositions and methods of use thereof
CA3229305A1 (en) 2021-08-16 2023-02-23 Vib Vzw Oligonucleotides for modulating synaptogyrin-3 expression
US11833221B2 (en) 2021-09-01 2023-12-05 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds for reducing DMPK expression
EP4401742A2 (en) 2021-09-17 2024-07-24 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Irna compositions and methods for silencing complement component 3 (c3)
CA3232420A1 (en) 2021-09-20 2023-03-23 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Inhibin subunit beta e (inhbe) modulator compositions and methods of use thereof
WO2023052317A1 (en) 2021-09-29 2023-04-06 F. Hoffmann-La Roche Ag Rna editing
AU2022356427A1 (en) 2021-09-30 2024-05-09 Akouos, Inc. Compositions and methods for treating kcnq4-associated hearing loss
MX2024004011A (es) 2021-10-01 2024-07-01 Adarx Pharmaceuticals Inc Composiciones moduladoras de precalicreína y métodos de uso de estas.
AU2022370009A1 (en) 2021-10-22 2024-05-16 Korro Bio, Inc. Methods and compositions for disrupting nrf2-keap1 protein interaction by adar mediated rna editing
EP4423273A1 (en) 2021-10-29 2024-09-04 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Complement factor b (cfb) irna compositions and methods of use thereof
EP4423272A2 (en) 2021-10-29 2024-09-04 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Huntingtin (htt) irna agent compositions and methods of use thereof
EP4426833A1 (en) 2021-11-03 2024-09-11 F. Hoffmann-La Roche AG Oligonucleotides for modulating apolipoprotein e4 expression
WO2023086295A2 (en) 2021-11-10 2023-05-19 University Of Rochester Antisense oligonucleotides for modifying protein expression
CA3237769A1 (en) 2021-11-10 2023-05-19 University Of Rochester Gata4-targeted therapeutics for treatment of cardiac hypertrophy
IL312635A (en) 2021-11-11 2024-07-01 Hoffmann La Roche Pharmaceutical combinations for the treatment of HBV
CN118434858A (zh) 2021-12-07 2024-08-02 豪夫迈·罗氏有限公司 靶向actl6b的反义寡核苷酸
GB202117758D0 (en) 2021-12-09 2022-01-26 Ucl Business Ltd Therapeutics for the treatment of neurodegenerative disorders
WO2023111210A1 (en) 2021-12-17 2023-06-22 F. Hoffmann-La Roche Ag Combination of oligonucleotides for modulating rtel1 and fubp1
CN118489009A (zh) 2021-12-17 2024-08-13 豪夫迈·罗氏有限公司 寡核苷酸gba激动剂
CN118434860A (zh) 2021-12-20 2024-08-02 豪夫迈·罗氏有限公司 苏糖核酸反义寡核苷酸及其方法
WO2023122573A1 (en) 2021-12-20 2023-06-29 Synthorx, Inc. Head and neck cancer combination therapy comprising an il-2 conjugate and pembrolizumab
IL313660A (en) 2021-12-22 2024-08-01 Camp4 Therapeutics Corp Modulation of gene transcription using antisense oligonucleotides targeting regulatory RNAs
WO2023122750A1 (en) 2021-12-23 2023-06-29 Synthorx, Inc. Cancer combination therapy with il-2 conjugates and cetuximab
CN118613268A (zh) 2022-01-20 2024-09-06 基因泰克公司 用于调节tmem106b表达的反义寡核苷酸
WO2023141314A2 (en) 2022-01-24 2023-07-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Heparin sulfate biosynthesis pathway enzyme irna agent compositions and methods of use thereof
US20240167040A1 (en) 2022-02-21 2024-05-23 Hoffmann-La Roche Inc. Antisense oligonucleotide
WO2023178144A2 (en) 2022-03-16 2023-09-21 Empirico Inc. Galnac compositions for improving sirna bioavailability
WO2023212625A1 (en) 2022-04-28 2023-11-02 AcuraStem Incorporated Syf2 antisense oligonucleotides
WO2023217890A1 (en) 2022-05-10 2023-11-16 F. Hoffmann-La Roche Ag Antisense oligonucleotides targeting cfp-elk1 intergene region
AR129362A1 (es) 2022-05-18 2024-08-14 Hoffmann La Roche Oligonucleótidos mejorados que actúan sobre sitios de proteína de unión de arn
WO2023240277A2 (en) 2022-06-10 2023-12-14 Camp4 Therapeutics Corporation Methods of modulating progranulin expression using antisense oligonucleotides targeting regulatory rnas
WO2023242324A1 (en) 2022-06-17 2023-12-21 F. Hoffmann-La Roche Ag Antisense oligonucleotides for targeting progranulin
WO2024026474A1 (en) 2022-07-29 2024-02-01 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for transferrin receptor (tfr)-mediated delivery to the brain and muscle
WO2024040020A1 (en) 2022-08-15 2024-02-22 Absci Corporation Quantitative affinity activity specific cell enrichment
WO2024039776A2 (en) 2022-08-18 2024-02-22 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Universal non-targeting sirna compositions and methods of use thereof
EP4332221A1 (en) 2022-08-29 2024-03-06 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Threose nucleic acid antisense oligonucleotides and methods thereof
WO2024050261A1 (en) 2022-08-29 2024-03-07 University Of Rochester Antisense oligonucleotide-based anti-fibrotic therapeutics
TW202421206A (zh) 2022-09-06 2024-06-01 瑞士商赫孚孟拉羅股份公司 用於投予至眼睛之雙股rna分子
WO2024059165A1 (en) 2022-09-15 2024-03-21 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. 17b-hydroxysteroid dehydrogenase type 13 (hsd17b13) irna compositions and methods of use thereof
WO2024098061A2 (en) 2022-11-04 2024-05-10 Genkardia Inc. Oligonucleotide-based therapeutics targeting cyclin d2 for the treatment of heart failure
US20240182561A1 (en) 2022-11-04 2024-06-06 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Calcium voltage-gated channel auxiliary subunit gamma 1 (cacng1) binding proteins and cacng1-mediated delivery to skeletal muscle
US20240173426A1 (en) 2022-11-14 2024-05-30 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for fibroblast growth factor receptor 3-mediated delivery to astrocytes
WO2024119145A1 (en) 2022-12-01 2024-06-06 Camp4 Therapeutics Corporation Modulation of syngap1 gene transcription using antisense oligonucleotides targeting regulatory rnas
WO2024126654A1 (en) 2022-12-14 2024-06-20 F. Hoffmann-La Roche Ag Antisense oligonucleotides targeting actl6b
WO2024136899A1 (en) 2022-12-21 2024-06-27 Synthorx, Inc. Cancer therapy with il-2 conjugates and chimeric antigen receptor therapies
WO2024155986A2 (en) 2023-01-20 2024-07-25 AcuraStem Incorporated Unc13a antisense oligonucleotides
WO2024160756A1 (en) 2023-01-30 2024-08-08 Vib Vzw Suppressors of tauopathies
WO2024163651A2 (en) 2023-01-31 2024-08-08 AcuraStem Incorporated Syf2 antisense oligonucleotides
WO2024167945A1 (en) 2023-02-06 2024-08-15 AcuraStem Incorporated Pikfyve antisense oligonucleotides
WO2024168010A2 (en) 2023-02-09 2024-08-15 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Reversir molecules and methods of use thereof
WO2024175588A1 (en) 2023-02-21 2024-08-29 Vib Vzw Oligonucleotides for modulating synaptogyrin-3 expression
WO2024175586A2 (en) 2023-02-21 2024-08-29 Vib Vzw Inhibitors of synaptogyrin-3 expression

Family Cites Families (132)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3687808A (en) 1969-08-14 1972-08-29 Univ Leland Stanford Junior Synthetic polynucleotides
US4500707A (en) 1980-02-29 1985-02-19 University Patents, Inc. Nucleosides useful in the preparation of polynucleotides
US5132418A (en) 1980-02-29 1992-07-21 University Patents, Inc. Process for preparing polynucleotides
US4458066A (en) 1980-02-29 1984-07-03 University Patents, Inc. Process for preparing polynucleotides
US4469863A (en) 1980-11-12 1984-09-04 Ts O Paul O P Nonionic nucleic acid alkyl and aryl phosphonates and processes for manufacture and use thereof
US4668777A (en) 1981-03-27 1987-05-26 University Patents, Inc. Phosphoramidite nucleoside compounds
US4415732A (en) 1981-03-27 1983-11-15 University Patents, Inc. Phosphoramidite compounds and processes
US4973679A (en) 1981-03-27 1990-11-27 University Patents, Inc. Process for oligonucleo tide synthesis using phosphormidite intermediates
US5023243A (en) 1981-10-23 1991-06-11 Molecular Biosystems, Inc. Oligonucleotide therapeutic agent and method of making same
US4476301A (en) 1982-04-29 1984-10-09 Centre National De La Recherche Scientifique Oligonucleotides, a process for preparing the same and their application as mediators of the action of interferon
USRE34069E (en) 1983-08-18 1992-09-15 Biosyntech Gmbh Process for the preparation of oligonucleotides
DE3329892A1 (de) 1983-08-18 1985-03-07 Köster, Hubert, Prof. Dr., 2000 Hamburg Verfahren zur herstellung von oligonucleotiden
US5118800A (en) 1983-12-20 1992-06-02 California Institute Of Technology Oligonucleotides possessing a primary amino group in the terminal nucleotide
US5550111A (en) 1984-07-11 1996-08-27 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education Dual action 2',5'-oligoadenylate antiviral derivatives and uses thereof
FR2567892B1 (fr) 1984-07-19 1989-02-17 Centre Nat Rech Scient Nouveaux oligonucleotides, leur procede de preparation et leurs applications comme mediateurs dans le developpement des effets des interferons
US5367066A (en) 1984-10-16 1994-11-22 Chiron Corporation Oligonucleotides with selectably cleavable and/or abasic sites
FR2575751B1 (fr) 1985-01-08 1987-04-03 Pasteur Institut Nouveaux nucleosides de derives de l'adenosine, leur preparation et leurs applications biologiques
US5166315A (en) 1989-12-20 1992-11-24 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5235033A (en) 1985-03-15 1993-08-10 Anti-Gene Development Group Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
US5405938A (en) 1989-12-20 1995-04-11 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5185444A (en) 1985-03-15 1993-02-09 Anti-Gene Deveopment Group Uncharged morpolino-based polymers having phosphorous containing chiral intersubunit linkages
DE3788914T2 (de) 1986-09-08 1994-08-25 Ajinomoto Kk Verbindungen zur Spaltung von RNS an eine spezifische Position, Oligomere, verwendet bei der Herstellung dieser Verbindungen und Ausgangsprodukte für die Synthese dieser Oligomere.
US5276019A (en) 1987-03-25 1994-01-04 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
US5264423A (en) 1987-03-25 1993-11-23 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
GB8708476D0 (en) * 1987-04-09 1987-05-13 Charlesworth D Making polymer material
WO1988010264A1 (en) 1987-06-24 1988-12-29 Howard Florey Institute Of Experimental Physiology Nucleoside derivatives
US4924624A (en) 1987-10-22 1990-05-15 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education 2,',5'-phosphorothioate oligoadenylates and plant antiviral uses thereof
US5188897A (en) 1987-10-22 1993-02-23 Temple University Of The Commonwealth System Of Higher Education Encapsulated 2',5'-phosphorothioate oligoadenylates
US5403711A (en) 1987-11-30 1995-04-04 University Of Iowa Research Foundation Nucleic acid hybridization and amplification method for detection of specific sequences in which a complementary labeled nucleic acid probe is cleaved
ATE151467T1 (de) 1987-11-30 1997-04-15 Univ Iowa Res Found Durch modifikationen an der 3'-terminalen phosphodiesterbindung stabilisierte dna moleküle, ihre verwendung als nukleinsäuresonden sowie als therapeutische mittel zur hemmung der expression spezifischer zielgene
WO1989009221A1 (en) 1988-03-25 1989-10-05 University Of Virginia Alumni Patents Foundation Oligonucleotide n-alkylphosphoramidates
US5278302A (en) 1988-05-26 1994-01-11 University Patents, Inc. Polynucleotide phosphorodithioates
US5216141A (en) 1988-06-06 1993-06-01 Benner Steven A Oligonucleotide analogs containing sulfur linkages
US5175273A (en) 1988-07-01 1992-12-29 Genentech, Inc. Nucleic acid intercalating agents
US5194599A (en) 1988-09-23 1993-03-16 Gilead Sciences, Inc. Hydrogen phosphonodithioate compositions
US5256775A (en) 1989-06-05 1993-10-26 Gilead Sciences, Inc. Exonuclease-resistant oligonucleotides
US5134066A (en) 1989-08-29 1992-07-28 Monsanto Company Improved probes using nucleosides containing 3-dezauracil analogs
US5591722A (en) 1989-09-15 1997-01-07 Southern Research Institute 2'-deoxy-4'-thioribonucleosides and their antiviral activity
US5721218A (en) * 1989-10-23 1998-02-24 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides with inverted polarity
US5399676A (en) 1989-10-23 1995-03-21 Gilead Sciences Oligonucleotides with inverted polarity
US5264564A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences Oligonucleotide analogs with novel linkages
EP0942000B1 (en) 1989-10-24 2004-06-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-Modified oligonucleotides
US5264562A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs with novel linkages
US5177198A (en) * 1989-11-30 1993-01-05 University Of N.C. At Chapel Hill Process for preparing oligoribonucleoside and oligodeoxyribonucleoside boranophosphates
US5130302A (en) 1989-12-20 1992-07-14 Boron Bilogicals, Inc. Boronated nucleoside, nucleotide and oligonucleotide compounds, compositions and methods for using same
US5646265A (en) * 1990-01-11 1997-07-08 Isis Pharmceuticals, Inc. Process for the preparation of 2'-O-alkyl purine phosphoramidites
US5623065A (en) 1990-08-13 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Gapped 2' modified oligonucleotides
US5681941A (en) 1990-01-11 1997-10-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted purines and oligonucleotide cross-linking
US5670633A (en) * 1990-01-11 1997-09-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Sugar modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
US5459255A (en) 1990-01-11 1995-10-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-2 substituted purines
US5587361A (en) 1991-10-15 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides having phosphorothioate linkages of high chiral purity
US5587470A (en) * 1990-01-11 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. 3-deazapurines
US5149797A (en) 1990-02-15 1992-09-22 The Worcester Foundation For Experimental Biology Method of site-specific alteration of rna and production of encoded polypeptides
US5220007A (en) 1990-02-15 1993-06-15 The Worcester Foundation For Experimental Biology Method of site-specific alteration of RNA and production of encoded polypeptides
US5321131A (en) 1990-03-08 1994-06-14 Hybridon, Inc. Site-specific functionalization of oligodeoxynucleotides for non-radioactive labelling
US5470967A (en) 1990-04-10 1995-11-28 The Dupont Merck Pharmaceutical Company Oligonucleotide analogs with sulfamate linkages
GB9009980D0 (en) 1990-05-03 1990-06-27 Amersham Int Plc Phosphoramidite derivatives,their preparation and the use thereof in the incorporation of reporter groups on synthetic oligonucleotides
ES2116977T3 (es) 1990-05-11 1998-08-01 Microprobe Corp Soportes solidos para ensayos de hibridacion de acidos nucleicos y metodos para inmovilizar oligonucleotidos de modo covalente.
US5623070A (en) 1990-07-27 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5608046A (en) 1990-07-27 1997-03-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Conjugated 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5386023A (en) * 1990-07-27 1995-01-31 Isis Pharmaceuticals Backbone modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through reductive coupling
US5223618A (en) * 1990-08-13 1993-06-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5677437A (en) 1990-07-27 1997-10-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5602240A (en) 1990-07-27 1997-02-11 Ciba Geigy Ag. Backbone modified oligonucleotide analogs
US5489677A (en) 1990-07-27 1996-02-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleoside linkages containing adjacent oxygen and nitrogen atoms
US5541307A (en) 1990-07-27 1996-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs and solid phase synthesis thereof
US5378825A (en) * 1990-07-27 1995-01-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs
US5610289A (en) 1990-07-27 1997-03-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogues
US5618704A (en) 1990-07-27 1997-04-08 Isis Pharmacueticals, Inc. Backbone-modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through radical coupling
US5614617A (en) 1990-07-27 1997-03-25 Isis Pharmaceuticals, Inc. Nuclease resistant, pyrimidine modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
ES2083593T3 (es) 1990-08-03 1996-04-16 Sterling Winthrop Inc Compuestos y metodos para inhibir la expresion de genes.
US5177196A (en) 1990-08-16 1993-01-05 Microprobe Corporation Oligo (α-arabinofuranosyl nucleotides) and α-arabinofuranosyl precursors thereof
US5214134A (en) 1990-09-12 1993-05-25 Sterling Winthrop Inc. Process of linking nucleosides with a siloxane bridge
US5561225A (en) 1990-09-19 1996-10-01 Southern Research Institute Polynucleotide analogs containing sulfonate and sulfonamide internucleoside linkages
WO1992005186A1 (en) 1990-09-20 1992-04-02 Gilead Sciences Modified internucleoside linkages
US5432272A (en) 1990-10-09 1995-07-11 Benner; Steven A. Method for incorporating into a DNA or RNA oligonucleotide using nucleotides bearing heterocyclic bases
US5672697A (en) * 1991-02-08 1997-09-30 Gilead Sciences, Inc. Nucleoside 5'-methylene phosphonates
US5571799A (en) 1991-08-12 1996-11-05 Basco, Ltd. (2'-5') oligoadenylate analogues useful as inhibitors of host-v5.-graft response
ES2103918T3 (es) 1991-10-17 1997-10-01 Ciba Geigy Ag Nucleosidos biciclicos, oligonucleotidos, procedimiento para su obtencion y productos intermedios.
US5594121A (en) 1991-11-07 1997-01-14 Gilead Sciences, Inc. Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified purines
TW393513B (en) 1991-11-26 2000-06-11 Isis Pharmaceuticals Inc Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified pyrimidines
US5484908A (en) 1991-11-26 1996-01-16 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides containing 5-propynyl pyrimidines
JP3739785B2 (ja) 1991-11-26 2006-01-25 アイシス ファーマシューティカルズ,インコーポレイティド 修飾されたピリミジンを含有するオリゴマーを使用する増強された三重らせんおよび二重らせんの成形
US5792608A (en) * 1991-12-12 1998-08-11 Gilead Sciences, Inc. Nuclease stable and binding competent oligomers and methods for their use
US5359044A (en) 1991-12-13 1994-10-25 Isis Pharmaceuticals Cyclobutyl oligonucleotide surrogates
US5700922A (en) 1991-12-24 1997-12-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. PNA-DNA-PNA chimeric macromolecules
FR2687679B1 (fr) 1992-02-05 1994-10-28 Centre Nat Rech Scient Oligothionucleotides.
US5633360A (en) 1992-04-14 1997-05-27 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs capable of passive cell membrane permeation
US5434257A (en) 1992-06-01 1995-07-18 Gilead Sciences, Inc. Binding compentent oligomers containing unsaturated 3',5' and 2',5' linkages
NL9300058A (nl) * 1992-06-18 1994-01-17 Stichting Rega V Z W 1,5-anhydrohexitol nucleoside analoga en farmaceutisch gebruik daarvan.
EP0577558A2 (de) 1992-07-01 1994-01-05 Ciba-Geigy Ag Carbocyclische Nukleoside mit bicyclischen Ringen, Oligonukleotide daraus, Verfahren zu deren Herstellung, deren Verwendung und Zwischenproduckte
US5652355A (en) * 1992-07-23 1997-07-29 Worcester Foundation For Experimental Biology Hybrid oligonucleotide phosphorothioates
US5476925A (en) 1993-02-01 1995-12-19 Northwestern University Oligodeoxyribonucleotides including 3'-aminonucleoside-phosphoramidate linkages and terminal 3'-amino groups
GB9304620D0 (en) * 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Compounds
GB9304618D0 (en) 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Chemical compounds
DK0691968T3 (da) 1993-03-30 1998-02-23 Sanofi Sa Acykliske nukleosid-analoge og oligonukleotidsekvenser indeholdende disse
AU6412794A (en) * 1993-03-31 1994-10-24 Sterling Winthrop Inc. Oligonucleotides with amide linkages replacing phosphodiester linkages
HU9501994D0 (en) * 1993-03-31 1995-09-28 Sterling Winthrop Inc Novel 5'-substituted nucleosides and oligomers produced therefrom
DE4311944A1 (de) * 1993-04-10 1994-10-13 Degussa Umhüllte Natriumpercarbonatpartikel, Verfahren zu deren Herstellung und sie enthaltende Wasch-, Reinigungs- und Bleichmittelzusammensetzungen
US5502177A (en) 1993-09-17 1996-03-26 Gilead Sciences, Inc. Pyrimidine derivatives for labeled binding partners
US5457187A (en) 1993-12-08 1995-10-10 Board Of Regents University Of Nebraska Oligonucleotides containing 5-fluorouracil
PT733059E (pt) 1993-12-09 2001-03-30 Univ Jefferson Compostos e metodos para mutacoes dirigidas ao local em celulas eucarioticas
US5446137B1 (en) 1993-12-09 1998-10-06 Behringwerke Ag Oligonucleotides containing 4'-substituted nucleotides
US5519134A (en) 1994-01-11 1996-05-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Pyrrolidine-containing monomers and oligomers
US5596091A (en) 1994-03-18 1997-01-21 The Regents Of The University Of California Antisense oligonucleotides comprising 5-aminoalkyl pyrimidine nucleotides
US5627053A (en) 1994-03-29 1997-05-06 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. 2'deoxy-2'-alkylnucleotide containing nucleic acid
US5625050A (en) 1994-03-31 1997-04-29 Amgen Inc. Modified oligonucleotides and intermediates useful in nucleic acid therapeutics
US5646269A (en) * 1994-04-28 1997-07-08 Gilead Sciences, Inc. Method for oligonucleotide analog synthesis
US5525711A (en) 1994-05-18 1996-06-11 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Pteridine nucleotide analogs as fluorescent DNA probes
US5597909A (en) 1994-08-25 1997-01-28 Chiron Corporation Polynucleotide reagents containing modified deoxyribose moieties, and associated methods of synthesis and use
US5792747A (en) * 1995-01-24 1998-08-11 The Administrators Of The Tulane Educational Fund Highly potent agonists of growth hormone releasing hormone
US5597091A (en) * 1995-02-27 1997-01-28 M.E.T.A. Reasearch Inc. Safety indicator for an inflation system
US5652356A (en) * 1995-08-17 1997-07-29 Hybridon, Inc. Inverted chimeric and hybrid oligonucleotides
ES2192672T3 (es) * 1996-11-18 2003-10-16 Takeshi Imanishi Nuevos analogos de nucleotidos.
US6770748B2 (en) * 1997-03-07 2004-08-03 Takeshi Imanishi Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue
JP3756313B2 (ja) * 1997-03-07 2006-03-15 武 今西 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体
EP1557424A1 (en) * 1997-09-12 2005-07-27 Exiqon A/S Bi-cyclic nucleoside, nucleotide and oligonucleoide analogues
US6794499B2 (en) * 1997-09-12 2004-09-21 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
US6043352A (en) * 1998-08-07 2000-03-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-O-Dimethylaminoethyloxyethyl-modified oligonucleotides
ID30093A (id) 1999-02-12 2001-11-01 Sankyo Co Analog-analog nukleosida dan oligonukleotida baru
US7084125B2 (en) * 1999-03-18 2006-08-01 Exiqon A/S Xylo-LNA analogues
US6436640B1 (en) * 1999-03-18 2002-08-20 Exiqon A/S Use of LNA in mass spectrometry
ES2283298T3 (es) * 1999-05-04 2007-11-01 Santaris Pharma A/S Analogos de l-ribo-lna.
JP4151751B2 (ja) * 1999-07-22 2008-09-17 第一三共株式会社 新規ビシクロヌクレオシド類縁体
US7053199B2 (en) * 2000-08-29 2006-05-30 Takeshi Imanishi Nucleoside analogs and oligonucleotide derivatives containing these analogs
US6426220B1 (en) * 2000-10-30 2002-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of calreticulin expression
US7060809B2 (en) 2001-09-04 2006-06-13 Exiqon A/S LNA compositions and uses thereof
US7569575B2 (en) * 2002-05-08 2009-08-04 Santaris Pharma A/S Synthesis of locked nucleic acid derivatives
US20040219565A1 (en) 2002-10-21 2004-11-04 Sakari Kauppinen Oligonucleotides useful for detecting and analyzing nucleic acids of interest
AU2007211080B9 (en) * 2006-01-27 2012-05-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. 6-modified bicyclic nucleic acid analogs
US7666854B2 (en) 2006-05-11 2010-02-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bis-modified bicyclic nucleic acid analogs

Also Published As

Publication number Publication date
US20120010393A1 (en) 2012-01-12
US7547684B2 (en) 2009-06-16
WO2007134181A3 (en) 2008-01-10
CN101490074A (zh) 2009-07-22
AU2007249349A1 (en) 2007-11-22
US7750131B2 (en) 2010-07-06
EP2066684A2 (en) 2009-06-10
EP2066684B1 (en) 2012-07-18
US8030467B2 (en) 2011-10-04
JP5441688B2 (ja) 2014-03-12
CA2651453C (en) 2014-10-14
DK2066684T3 (da) 2012-10-22
US20070287831A1 (en) 2007-12-13
CN101490074B (zh) 2013-06-26
US8268980B2 (en) 2012-09-18
AU2007249349B2 (en) 2012-03-08
JP2009536955A (ja) 2009-10-22
US20090192302A1 (en) 2009-07-30
US20100184966A1 (en) 2010-07-22
WO2007134181A2 (en) 2007-11-22
CA2651453A1 (en) 2007-11-22

Similar Documents

Publication Publication Date Title
ES2389737T3 (es) Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos modificados en 5'
ES2516815T3 (es) Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos modificados en la posición 6
ES2376507T3 (es) An�?logos de �?cido nucleico bic�?clicos 6-disustituidos.
ES2386492T3 (es) Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos carbocíclicos
US7666854B2 (en) Bis-modified bicyclic nucleic acid analogs
ES2351674T3 (es) Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos modificados en la posición 6.
AU2012201664A1 (en) 6-modified bicyclic nucleic acid analogs