TWI809004B - 用於降低snca表現之化合物及方法 - Google Patents
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Abstract
本發明提供用於降低細胞或動物中之SNCA mRNA之量或活性,且在某些情況下降低細胞或動物中之α-突觸核蛋白之量的化合物、方法及醫藥組合物。此類化合物、方法及醫藥組合物適用於改善神經退行性疾病之至少一種症狀或標誌。此類症狀及標誌包括運動功能障礙、α-突觸核蛋白聚集、神經變性、認知功能減退及癡呆。此類神經退行性疾病包括帕金森氏病、路易體癡呆、彌漫性路易體病、單純自主神經衰竭、多系統萎縮症、神經元性高歇氏病及阿茨海默氏病。
Description
提供用於降低細胞或動物中之α-突觸核蛋白(SNCA)mRNA之量或活性,且在某些情況下降低細胞或動物中之α-突觸核蛋白之量的化合物、方法及醫藥組合物。此類化合物、方法及醫藥組合物適用於改善神經退行性疾病之至少一種症狀或標誌。此類症狀及標誌包括運動功能障礙、α-突觸核蛋白聚集、神經變性、認知功能減退及癡呆。此類神經退行性疾病包括帕金森氏病(Parkinson's disease)、路易體癡呆(dementia with Lewy bodies)、彌漫性路易體病、單純自主神經衰竭、多系統萎縮症、神經元性高歇氏病(neuronopathic Gaucher's disease)及阿茨海默氏病(Alzheimer's disease)。
α-突觸核蛋白為一種小的、高度帶電荷之140-胺基酸殘基蛋白質,主要表現於中樞神經系統(CNS)神經元中,在中樞神經系統神經元中其緊靠突觸囊泡定位於突觸前末端處(Iwai等人,Neuron.1995.14:467-475)。α-突觸核蛋白係由SNCA基因編碼。α-突觸核蛋白可如在活體外所示藉由形成兩親性α-螺旋與脂質膜締合(Davidson等人,J.Biol.Chem.1998.273:9443-9449)。雖然α-突觸核蛋白之功能仍為未充分理解的,但若干研究表明,其參與調節突觸傳遞、突觸囊泡密度及神經元可塑性(Cabin等人,J.Neurosci.2002.22:8797-8807)。亦已表明α-突觸核蛋白如由其在活體外分析中在防止蛋白質聚集中之有效性所指示可具有伴侶功能(Souza等人,FEBS Lett.2000.474:116-119)。此外,活體內分析證實,α-突觸核蛋白伴侶活性有助於促進SNARE複合物之組裝,該SNARE複合
物為腦突觸前末端中之神經遞質釋放所必需的(Burre等人,Science.329:1663-1667)。SNARE複合物組裝減少與神經損傷有關,因此,指示突觸前α-突觸核蛋白聚集物與神經變性之間的聯繫(Kramer及Schulz-Schaeffer,J.Neurosci.2007.27:1405-1410)。α-突觸核蛋白之敲出小鼠模型不為致死的,且腦形態完整,表明α-突觸核蛋白不為神經元發育所需的且/或存在補償路徑(Abeliovich等人,Neuron.2000.25:239-252)。
α-突觸核蛋白之錯誤摺疊、聚集及纖維性顫動為若干神經退行性疾病,包括帕金森氏病、阿茨海默氏病之路易體變異型、彌漫性路易體病、路易體癡呆及多系統萎縮症中所牽涉到之主要因素(Schulz-Schaeffer Acta Neuropathol.2010.120:131-143;Yoshida.Neuropathology.2007.27:484-493)。在此等情況中之每一者中,在路易體及路易神經突中α-突觸核蛋白錯誤摺疊並組裝成聚集物(Uversky.J.Neurochem.2007.103:17-37)。若干當前研究已表明,促進α-突觸核蛋白摺疊之脂質環境亦加快α-突觸核蛋白聚集,表明α-突觸核蛋白之脂質相關構象可能與神經退行性疾病中之α-突觸核蛋白錯誤摺疊有關(Conway等人,Science.2001.294:6-9;Lee等人,J.Biol.Chem.2002.277:671-678)。在丙胺酸變成蘇胺酸之位置53處及丙胺酸變成脯胺酸之位置30處的突變已顯示使α-突觸核蛋白呈隨機捲曲狀態,使得更可能發生聚集(Clayton及George,J.Neurosci.1999.58:120-129)。
當前缺少可接受之用於治療諸如帕金森氏病、路易體癡呆、彌漫性路易體病、單純自主神經衰竭、多系統萎縮症、神經元性高歇氏病及阿茨海默氏病之神經退行性疾病的選擇。因此,本文之目標為提供用於治療此類疾病之化合物、方法及醫藥組合物。
本文提供用於在細胞或動物中降低SNCA mRNA之量或活性,且在
某些實施例中降低α-突觸核蛋白之量的化合物、方法及醫藥組合物。在某些實施例中,動物患有神經退行性疾病。在某些實施例中,動物患有帕金森氏病、路易體癡呆、彌漫性路易體病、單純自主神經衰竭、多系統萎縮症、神經元性高歇氏病或阿茨海默氏病。在某些實施例中,適用於降低SNCA mRNA之表現的化合物為寡聚化合物。在某些實施例中,適用於降低SNCA mRNA之表現的化合物為經修飾之寡核苷酸。
亦提供適用於改善神經退行性疾病之至少一種症狀或標誌的方法。在某些實施例中,神經退行性疾病為帕金森氏病、路易體癡呆、彌漫性路易體病、單純自主神經衰竭、多系統萎縮症、神經元性高歇氏病及阿茨海默氏病。在某些實施例中,症狀或標誌包括運動功能障礙、α-突觸核蛋白聚集、神經變性、認知功能減退及癡呆。在某些實施例中,此等症狀之改善引起改良之運動功能、α-突觸核蛋白聚集物之減少、減輕之神經變性及/或減輕之癡呆。
序列表
本申請案係與呈電子格式之序列表一起申請。序列表係以創建於2017年10月6日之標題為BIOL0289USLSEQ_ST25.txt之文件的形式提供,其大小為712KB。電子格式之序列表中之資訊以全文引用之方式併入本文中。
應瞭解,前述一般描述與以下詳細描述均為示例性及說明性的,且不為限制性的。在本文中,除非另外特別陳述,否則單數之使用包括複數。如本文所用,除非另外陳述,否則使用「或」意謂「及/或」。此外,術語「包括」以及其他形式,諸如「包括(includes)」和「包括了(included)」之使用不具限制性。另外,除非另外特別陳述,否則諸如「元件」或「組分」之術語涵蓋包含
一個單元之元件及組分與包含超過一個亞單元之元件及組分兩者。
本文所用之部分標題僅用於組織目的而不應被視為限制所描述之主題。本申請案中引用之所有文件或文件部分,包括但不限於專利、專利申請案、文章、書及專著,在此關於本文所論述之文件部分以及全文以引用之方式明確併入本文中。
定義
除非提供特定定義,否則本文所描述之結合分析化學、合成有機化學及醫學及醫藥化學使用之命名法以及分析化學、合成有機化學及醫學及醫藥化學之程序及技術為此項技術中熟知且常用的那些。在容許之情況下,在整個本發明中提及之所有專利、申請案、公佈之申請案及其他公開案及其他資料係以全文引用之方式併入本文中。
除非另外指出,否則以下術語具有以下含義:定義
如本文所用,「2'-去氧核苷」意謂包含如於天然存在之去氧核糖核酸(DNA)中發現之2'-H(H)去氧核糖部分之核苷。在某些實施例中,2'-去氧核苷可包含經修飾之核鹼基或可包含RNA核鹼基(尿嘧啶)。
如本文所用,「2'-取代之核苷」意謂包含2'-取代之糖部分的核苷。如本文所用,關於糖部分之「2'-取代」意謂糖部分包含至少一個不為H或OH之2'-取代基。
如本文所用,「5-甲基胞嘧啶」意謂經附接至5位置之甲基修飾的胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶為經修飾之核鹼基。
如本文所用,「投與」意謂將藥劑提供給動物。
如本文所用,「動物」意謂人類或非人類動物。
如本文所用,「反義活性」意謂可歸因於反義化合物與其目標核酸
之雜交的任何可偵測及/或可量測之變化。在某些實施例中,反義活性為目標核酸或由此類目標核酸編碼之蛋白質之量或表現與不存在該反義化合物之情況下的目標核酸含量或目標蛋白質含量相比有所降低。
如本文所用,「反義化合物」意謂能夠達成至少一種反義活性之寡聚化合物。
如本文所用,關於治療之「改善」意謂至少一種症狀相對於不存在該治療情況下之同一症狀的改善。在某些實施例中,改善為症狀之嚴重程度或頻率降低或症狀之延遲發作或其嚴重程度或頻率之進展減慢。在某些實施例中,症狀或標誌為運動功能障礙、α-突觸核蛋白聚集、神經變性、認知功能減退及/或癡呆。在某些實施例中,此等症狀之改善引起改良之運動功能、α-突觸核蛋白聚集物之減少、減輕之神經變性及/或減輕之癡呆。
如本文所用,「雙環核苷」或「BNA」意謂包含雙環糖部分之核苷。
如本文所用,「雙環糖」或「雙環糖部分」意謂包含兩個環之經修飾之糖部分,其中經由連接第一環中之兩個原子的橋形成第二環,由此形成雙環結構。在某些實施例中,雙環糖部分之第一環為呋喃糖基部分。在某些實施例中,雙環糖部分不包含呋喃糖基部分。
如本文所用,「可裂解部分」意謂在例如在細胞、動物或人類內部之生理條件下裂解之鍵或原子基團。
如本文所用,關於寡核苷酸之「互補」意謂當寡核苷酸與另一核酸之核鹼基序列以相反方向對齊時寡核苷酸或其一或多個區之至少70%之核鹼基與另一核酸或其一或多個區之核鹼基能夠彼此氫鍵結。互補核鹼基意謂能夠彼此形成氫鍵之核鹼基。互補核鹼基對包括腺嘌呤(A)與胸腺嘧啶(T)、腺嘌呤(A)與尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)與鳥嘌呤(G)、5-甲基胞嘧啶(mC)與鳥嘌呤(G)。互補寡核苷酸及/或核酸不需要在各核苷處均具有核鹼基互補性。相反地,一些錯配為
可容忍的。如本文所用,關於寡核苷酸之「完全互補」或「100%互補」意謂寡核苷酸與另一寡核苷酸或核酸在寡核苷酸之各核苷處互補。
如本文所用,「結合物基團」意謂直接或間接附接至寡核苷酸之原子基團。結合物基團包括結合物部分及將結合物部分附接至寡核苷酸之結合物連接子。
如本文所用,「結合物連接子」意謂包含至少一個將結合物部分連接至寡核苷酸之鍵的原子基團。
如本文所用,「結合物部分」意謂經由結合物連接子附接至寡核苷酸之原子基團。
如本文所用,「連續」在寡核苷酸之背景下係指彼此緊鄰之核苷、核鹼基、糖部分或核苷間鍵。舉例而言,「連續核鹼基」意謂在序列中彼此緊鄰之核鹼基。
如本文所用,「受約束乙基」或「cEt」或「cEt修飾之糖」意謂在β-D核糖基雙環糖部分中雙環糖之第二環係經由連接β-D核糖基糖部分之4'-碳與2'-碳的橋形成,其中橋具有式4'-CH(CH3
)-O-2',且其中橋之甲基呈S
組態。
如本文所用,「cEt核苷」意謂包含cEt修飾之糖的核苷。
如本文所用,「對掌性富集群體」意謂具有相同分子式之複數個分子,其中群體內在特定對掌性中心處含有特定立體化學組態之分子的數目或百分比比若該特定對掌性中心為立構無規的,則群體內預期在相同特定對掌性中心處含有相同特定立體化學組態之分子的數目或百分比大。在各分子內具有多個對掌性中心之分子對掌性富集群體可含有一或多個立構無規對掌性中心。在某些實施例中,分子為經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中,分子為包含經修飾之寡核苷酸之化合物。
如本文所用,「間隔體」意謂如下經修飾之寡核苷酸,其包含具有
複數個核苷之內部區域,該複數個核苷支持位於具有一或多個核苷之外部區域之間的RNA酶H裂解,其中包含該內部區域之核苷在化學上不同於包含該等外部區域之核苷。內部區域可稱為「空位」,且外部區域可稱為「翼」。除非另外指出,否則「間隔體」係指糖基元。除非另外指出,否則間隔體空位之核苷的糖部分為未經修飾之2'-去氧核糖基。因此,術語「MOE間隔體」指示具有在兩個翼中之2'-MOE核苷及2'-去氧核苷之空位的糖基元之間隔體。除非另外指出,否則MOE間隔體可包含一或多個經修飾之核苷間鍵及/或經修飾之核鹼基且此類修飾不一定遵循糖修飾之間隔體模式。
如本文所用,「熱點區」為目標核酸上可發生寡聚化合物介導之目標核酸之量或活性減少之核鹼基範圍。
如本文所用,「雜交」意謂互補寡核苷酸及/或核酸之配對或退火。雖然不限於特定機制,但最常見之雜交機制涉及互補核鹼基之間的氫鍵結,其可為沃森-克里克(Watson-Crick)、霍氏(Hoogsteen)或反霍氏氫鍵結。
如本文所用,術語「核苷間鍵」為寡核苷酸中相鄰核苷之間的共價鍵聯。如本文所用,「經修飾之核苷間鍵」意謂不為磷酸二酯核苷間鍵之任何核苷間鍵。「硫代磷酸酯核苷間鍵」為經修飾之核苷間鍵,其中磷酸二酯核苷間鍵之非橋接氧原子中之一者經硫原子置換。
如本文所用,「連接子核苷」意謂將寡核苷酸直接或間接連接至結合物部分之核苷。連接子核苷定位於寡聚化合物之結合物連接子內。連接子核苷不被視為寡聚化合物之寡核苷酸部分之一部分,即使其與寡核苷酸相鄰。
如本文所用,「非雙環經修飾之糖部分」意謂包含諸如取代基之修飾的經修飾之糖部分,其在糖之兩個原子之間不形成橋以形成第二環。
如本文所用,「錯配」或「非互補」意謂當比對第一寡核苷酸與第二寡核苷酸時,第一寡核苷酸之核鹼基不與第二寡核苷酸或目標核酸之對應核
鹼基互補。
如本文所用,「MOE」意謂甲氧基乙基。「2'-MOE」或「2'-MOE修飾之糖」意謂2'-OCH2
CH2
OCH3
基團替代核糖基糖部分之2'-OH基團。
如本文所用,「2'-MOE核苷」意謂包含2'-MOE修飾之糖的核苷。如本文所用,「基元」意謂寡核苷酸中未經修飾及/或經修飾之糖部分、核鹼基及/或核苷間鍵的模式。
除非另外指明,否則如本文所用,「mRNA」意謂編碼蛋白質之RNA轉錄物且包括前體mRNA及成熟mRNA。
如本文所用,「神經退行性疾病」意謂以神經元結構或功能之進行性損失,包括神經元死亡為標誌之病狀。在某些實施例中,神經退行性疾病為帕金森氏病、路易體癡呆、彌漫性路易體病、單純自主神經衰竭、多系統萎縮症、神經元性高歇氏病及阿茨海默氏病。
如本文所用,「核鹼基」意謂未經修飾之核鹼基或經修飾之核鹼基。
如本文所用,「未經修飾之核鹼基」為腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)及鳥嘌呤(G)。如本文所用,「經修飾之核鹼基」為除未經修飾之A、T、C、U或G外能夠與至少一個未經修飾之核鹼基配對的原子基團。「5-甲基胞嘧啶」為經修飾之核鹼基。通用鹼基為可與五種未經修飾之核鹼基中之任一者配對的經修飾之核鹼基。如本文所用,「核鹼基序列」意謂核酸或寡核苷酸中連續核鹼基之順序,與任何糖或核苷間鍵修飾無關。
如本文所用,「核苷」意謂包含核鹼基及糖部分之化合物。核鹼基及糖部分各獨立地未經修飾或經修飾。如本文所用,「經修飾之核苷」意謂包含經修飾之核鹼基及/或經修飾之糖部分之核苷。經修飾之核苷包括無鹼基核苷,其缺乏核鹼基。「鍵聯之核苷」為在連續序列中相連接之核苷(亦即,在彼等鍵聯之核苷之間不存在其他核苷)。
如本文所用,「寡聚化合物」意謂寡核苷酸及視情況存在之一或多個其他特徵,諸如結合物基團或末端基團。寡聚化合物可與同第一寡聚化合物互補之第二寡聚化合物配對或可為未配對的。「單股寡聚化合物」為未配對之寡聚化合物。術語「寡聚雙鏈體」意謂由具有互補核鹼基序列之兩種寡聚化合物形成之雙鏈體。寡聚雙鏈體之各寡聚化合物可稱為「雙鏈寡聚化合物」。
如本文所用,「寡核苷酸」意謂一股經由核苷間鍵相連接的鍵聯之核苷,其中各核苷及核苷間鍵可經修飾或未經修飾。除非另外指出,否則寡核苷酸由8-50個鍵聯之核苷組成。如本文所用,「經修飾之寡核苷酸」意謂其中至少一個核苷或核苷間鍵經修飾之寡核苷酸。如本文所用,「未經修飾之寡核苷酸」意謂不包含任何核苷修飾或核苷間修飾之寡核苷酸。
如本文所用,「醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑」意謂適合用於投與動物之任何物質。某些此類載劑使醫藥組合物能夠調配成用於由個體經口攝取之例如錠劑、丸劑、糖衣丸、膠囊、液體、凝膠、糖漿、漿液、懸浮液及糖錠。在某些實施例中,醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑為無菌水、無菌鹽水、無菌緩衝溶液或無菌人工腦脊髓液。
如本文所用,「醫藥學上可接受之鹽」意謂化合物之生理學及醫藥學上可接受之鹽。醫藥學上可接受之鹽保留母體化合物之所需生物活性且不賦予不希望之毒理學作用。
如本文所用,「醫藥組合物」意謂適合用於投與個體之物質的混合物。舉例而言,醫藥組合物可包含寡聚化合物及無菌水溶液。在某些實施例中,醫藥組合物在某些細胞株中在自由攝取分析中顯示活性。
如本文所用,「前藥」意謂呈在身體外部之形式的治療劑,其在動物或其細胞內轉化為不同形式。典型地,藉由酶(例如內源性或病毒酶)或存在於細胞或組織中之化學品之作用及/或藉由生理條件來促進前藥在動物體內之轉
化。
如本文所用,「降低或抑制量或活性」係指相對於未處理或對照樣品中之轉錄表現或活性減少或阻斷轉錄表現或活性且不一定指示轉錄表現或活性之完全消除。
如本文所用,「RNAi化合物」意謂至少部分通過RISC或Ago2起作用以調節目標核酸及/或由目標核酸編碼之蛋白質的反義化合物。RNAi化合物包括但不限於雙股siRNA、單股RNA(ssRNA)及微RNA,包括微RNA模擬物。在某些實施例中,RNAi化合物調節目標核酸之量、活性及/或剪接。術語RNAi化合物排除通過RNA酶H起作用之反義化合物。
如本文所用,關於寡核苷酸之「自我互補」意謂寡核苷酸至少部分與自身雜交。
如本文所用,「標準細胞分析」意謂實例10中所描述之分析及其合理變化型式。
如本文所用,「標準活體內分析」意謂實例22中所描述之實驗及其合理變化型式。
如本文所用,在具有相同分子式之分子的群體背景下之「立構無規對掌性中心」意謂具有隨機立體化學組態之對掌性中心。舉例而言,在包含立構無規對掌性中心之分子的群體中,具有(S
)組態之立構無規對掌性中心的分子數目可能但不一定與具有(R
)組態之立構無規對掌性中心的分子數目相同。當對掌性中心之立體化學組態為未經設計以控制立體化學組態之合成方法之結果時,將其視為隨機的。在某些實施例中,立構無規對掌性中心為立構無規硫代磷酸酯核苷間鍵。
如本文所用,「糖部分」意謂未經修飾之糖部分或經修飾之糖部分。如本文所用,「未經修飾之糖部分」意謂如於RNA中發現之2'-OH(H)核糖基部
分(「未經修飾之RNA糖部分」),或如於DNA中發現之2'-H(H)去氧核糖基部分(「未經修飾之DNA糖部分」)。未經修飾之糖部分具有在1'、3'及4'位置中之每一者處的一個氫,在3'位置之氧及在5'位置之兩個氫。如本文所用,「經修飾之糖部分」或「經修飾之糖」意謂經修飾之呋喃糖基糖部分或糖替代物。
如本文所用,「糖替代物」意謂不具有呋喃糖基部分且可將核鹼基連接至寡核苷酸中之另一基團,諸如核苷間鍵、結合物基團或末端基團的經修飾之糖部分。包含糖替代物之經修飾之核苷可併入寡核苷酸內之一或多個位置且此類寡核苷酸能夠雜交至互補寡聚化合物或目標核酸。
如本文所用,「目標核酸」及「目標RNA」意謂設計反義化合物所要影響之核酸。
如本文所用,「目標區域」意謂目標核酸中設計寡聚化合物所要雜交之部分。
如本文所用,「末端基團」意謂共價鍵聯至寡核苷酸之末端的化學基團或原子基團。
如本文所用,「治療有效量」意謂藥劑為動物提供治療益處之量。舉例而言,治療有效量改良疾病之症狀。
本發明提供以下非限制性編號之實施例:
實施例1. 一種寡聚化合物,其包含經修飾之寡核苷酸,該經修飾之寡核苷酸由10-30個鍵聯之核苷組成且具有包含SEQ ID NO:2193、1703、28-1702、1704-2192及2194-2793中之任一者之至少12個、13個、14個、15個、16個或17個核鹼基的核鹼基序列。
實施例2. 一種寡聚化合物,其包含經修飾之寡核苷酸,該經修飾之寡核苷酸由10-30個鍵聯之核苷組成且具有與以下各項之至少8個、至少9個、至少10個、至少11個、至少12個、至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、
至少17個、至少18個、至少19個或至少20個連續核鹼基互補之核鹼基序列:SEQ ID NO:2之核鹼基50915-50943之相等長度部分;SEQ ID NO:2之核鹼基19630-19656之相等長度部分;SEQ ID NO:2之核鹼基28451-28491之相等長度部分;SEQ ID NO:2之核鹼基48712-48760之相等長度部分;SEQ ID NO:2之核鹼基23279-23315之相等長度部分;SEQ ID NO:2之核鹼基20964-21018之相等長度部分;SEQ ID NO:2之核鹼基22454-22477之相等長度部分;SEQ ID NO:2之核鹼基72294-72321之相等長度部分;SEQ ID NO:2之核鹼基20549-20581之相等長度部分;或SEQ ID NO:2之核鹼基27412-27432之相等長度部分。
實施例3. 如實施例1或2之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸具有當在該經修飾之寡核苷酸之整個核鹼基序列上量測時與SEQ ID NO:1-6之核鹼基序列中之任一者至少80%、85%、90%、95%或100%互補的核鹼基序列。
實施例4. 如實施例1至3中任一項之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷。
實施例5. 如實施例4之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含經修飾之糖部分的經修飾之核苷。
實施例6. 如實施例5之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含雙環糖部分之經修飾之核苷。
實施例7. 如實施例6之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含具有2'-4'橋之雙環糖部分的經修飾之核苷,其中該2'-4'橋係選自-O-CH2
-;及-O-CH(CH3
)-。
實施例8. 如實施例4至7中任一項之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸
包含至少一個包含非雙環經修飾之糖部分的經修飾之核苷。
實施例9. 如實施例8之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含非雙環經修飾之糖部分的經修飾之核苷,該非雙環經修飾之糖部分包含2'-MOE修飾之糖或2'-OMe修飾之糖。
實施例10. 如實施例4至9中任一項之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含糖替代物之經修飾之核苷。
實施例11. 如實施例10之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含選自嗎啉基及PNA之糖替代物的經修飾之核苷。
實施例12. 如實施例1至11中任一項之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸具有糖基元,該糖基元包含:5'-區,其由1-5個鍵聯之5'-區核苷組成;中心區,其由6-10個鍵聯之中心區核苷組成;及3'-區,其由1-5個鍵聯之3'-區核苷組成;其中該等5'-區核苷中之每一者及該等3'-區核苷中之每一者包含經修飾之糖部分且該等中心區核苷中之每一者包含未經修飾之2'-去氧核糖基糖部分。
實施例13. 如實施例1至12中任一項之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷間鍵。
實施例14. 如實施例13之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸之各核苷間鍵為經修飾之核苷間鍵。
實施例15. 如實施例13或14之寡聚化合物,其中至少一個核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例16. 如實施例13或15之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個磷酸二酯核苷間鍵。
實施例17. 如實施例13、15或16中任一項之寡聚化合物,其中各核苷間鍵為
磷酸二酯核苷間鍵,或為硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例18. 如實施例1-17中任一項之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核鹼基。
實施例19. 如實施例18之寡聚化合物,其中該經修飾之核鹼基為5-甲基胞嘧啶。
實施例20. 如實施例1至19中任一項之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸由12-30、12-22、12-20、14-20、15-25、16-20、18-22或18-20個鍵聯之核苷組成。
實施例21. 如實施例1至20中任一項之寡聚化合物,其中該經修飾之寡核苷酸由17個或20個鍵聯之核苷組成。
實施例22. 如實施例1至21中任一項之寡聚化合物,其由該經修飾之寡核苷酸組成。
實施例23. 如實施例1至21中任一項之寡聚化合物,其包含含有結合物部分及結合物連接子之結合物基團。
實施例24. 如實施例23之寡聚化合物,其中該結合物基團包含含有1-3個GalNAc配位體之GalNAc簇。
實施例25. 如實施例23或24之寡聚化合物,其中該結合物連接子由單一鍵組成。
實施例26. 如實施例24之寡聚化合物,其中該結合物連接子為可裂解的。
實施例27. 如實施例26之寡聚化合物,其中該結合物連接子包含1-3個連接子核苷。
實施例28. 如實施例23至27中任一項之寡聚化合物,其中該結合物基團在該經修飾之寡核苷酸之5'端附接至該經修飾之寡核苷酸。
實施例29. 如實施例23至27中任一項之寡聚化合物,其中該結合物基團在該經修飾之寡核苷酸之3'端附接至該經修飾之寡核苷酸。
實施例30. 如實施例1至29中任一項之寡聚化合物,其包含末端基團。
實施例31. 如實施例1至30中任一項之寡聚化合物,其中該寡聚化合物為單股寡聚化合物。
實施例32. 如實施例1至26或28至30中任一項之寡聚化合物,其中該寡聚化合物不包含連接子核苷。
實施例33. 一種寡聚雙鏈體,其包含如實施例1至30或32中任一項之寡聚化合物。
實施例34. 一種反義化合物,其包含如實施例1至32中任一項之寡聚化合物或如實施例33之寡聚雙鏈體或由其組成。
實施例35. 一種醫藥組合物,其包含如實施例1至32中任一項之寡聚化合物或如實施例33之寡聚雙鏈體及醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑。
與本文中之定義及揭示內容一致,實施例36之化合物可藉由有意地控制任何、所有該等鍵聯之立體化學或不控制其立體化學來製備。
與本文中之定義及揭示內容一致,實施例37之化合物可藉由有意地控制任何、所有該等鍵聯之立體化學或不控制其立體化學來製備。
與本文中之定義及揭示內容一致,實施例38之化合物可藉由有意地控制任何、所有該等鍵聯之立體化學或不控制其立體化學來製備。
與本文中之定義及揭示內容一致,實施例39之化合物可藉由有意地控制任何、所有該等鍵聯之立體化學或不控制其立體化學來製備。
與本文中之定義及揭示內容一致,實施例40之化合物可藉由有意地控制任何、所有該等鍵聯之立體化學或不控制其立體化學來製備。
實施例41. 如實施例36至40中任一項之經修飾之寡核苷酸,其為該式之鈉鹽。
實施例42. 一種如實施例36至40中任一項之經修飾之寡核苷酸的對掌性富集群體,其中該群體富集了包含至少一個具有特定立體化學組態之特定硫代磷酸酯核苷間鍵的經修飾之寡核苷酸。
實施例43. 如實施例42之對掌性富集群體,其中該群體富集了包含至少一個具有(S
p)組態之特定硫代磷酸酯核苷間鍵的經修飾之寡核苷酸。
實施例44. 如實施例42之對掌性富集群體,其中該群體富集了包含至少一個具
有(R
p)組態之特定硫代磷酸酯核苷間鍵的經修飾之寡核苷酸。
實施例45. 如實施例42之對掌性富集群體,其中該群體富集了在各硫代磷酸酯核苷間鍵處具有特定之獨立選擇之立體化學組態的經修飾之寡核苷酸。
實施例46. 如實施例45之對掌性富集群體,其中該群體富集了在各硫代磷酸酯核苷間鍵處具有(S
p)組態之經修飾之寡核苷酸。
實施例47. 如實施例45之對掌性富集群體,其中該群體富集了在各硫代磷酸酯核苷間鍵處具有(R
p)組態之經修飾之寡核苷酸。
實施例48. 如實施例45之對掌性富集群體,其中該群體富集了在一個特定硫代磷酸酯核苷間鍵處具有(R
p)組態且在其餘硫代磷酸酯核苷間鍵中之每一者處具有(Sp)組態的經修飾之寡核苷酸。
實施例48. 如實施例42或實施例45之對掌性富集群體,其中該群體富集了在5'至3'方向上具有呈S
p、S
p及R
p組態之至少3個連續的硫代磷酸酯核苷間鍵之經修飾之寡核苷酸。
實施例49. 如實施例42或實施例45之對掌性富集群體,其中該群體富集了在5'至3'方向上具有呈S
p、S
p及R
p組態之至少3個連續的硫代磷酸酯核苷間鍵之經修飾之寡核苷酸。
實施例50. 如實施例1至32中任一項之寡聚化合物之對掌性富集群體,其中該經修飾之寡核苷酸之所有該等硫代磷酸酯核苷間鍵均為立構無規的。
實施例51. 一種醫藥組合物,其包含如實施例36至40中任一項之經修飾之寡核苷酸及醫藥學上可接受之稀釋劑或載劑。
實施例52. 如實施例51之醫藥組合物,其中該醫藥學上可接受之稀釋劑為人工腦脊髓液。
實施例53. 如實施例50之醫藥組合物,其中該醫藥組合物基本上由該經修飾之寡核苷酸及人工腦脊髓液組成。
實施例54. 一種方法,其包括向動物投與如實施例35或51-53中任一項之醫藥組合物。
實施例55. 一種治療與SNCA相關之疾病的方法,其包括向患有與SNCA相關之疾病或處於顯現與SNCA相關之疾病的危險之中的個體投與治療有效量之如實施例35或51至53中任一項之醫藥組合物;且由此治療該與SNCA相關之疾病。
實施例56. 如實施例55之方法,其中該與SNCA相關之疾病為神經退行性疾病。
實施例57. 如實施例56之方法,其中該神經退行性疾病為帕金森氏病、路易體癡呆、彌漫性路易體病、單純自主神經衰竭、多系統萎縮症、神經元性高歇氏病及阿茨海默氏病中之任一者。
實施例58. 如實施例56之方法,其中該神經退行性疾病之至少一種症狀或標誌得到改善。
實施例59. 如實施例58之方法,其中該症狀或標誌為運動功能障礙、α-突觸核蛋白聚集、神經變性、認知功能減退及癡呆中之任一者。
I.某些寡核苷酸
在某些實施例中,本文提供包含由鍵聯之核苷組成之寡核苷酸的寡聚化合物。寡核苷酸可為未經修飾之寡核苷酸(RNA或DNA)或可為經修飾之寡核苷酸。經修飾之寡核苷酸相對於未經修飾之RNA或DNA包含至少一個修飾。換句話說,經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷(包含經修飾之糖部分及/或經修飾之核鹼基)及/或至少一個經修飾之核苷間鍵。
A.某些經修飾之核苷
經修飾之核苷包含經修飾之糖部分或經修飾之核鹼基或經修飾之糖部分與經修飾之核鹼基兩者。
1.某些糖部分
在某些實施例中,經修飾之糖部分為非雙環經修飾之糖部分。在某些實施例中,經修飾之糖部分為雙環或三環糖部分。在某些實施例中,經修飾之糖部分為糖替代物。此類糖替代物可包含對應於其他類型之經修飾之糖部分的一或多個取代。
在某些實施例中,經修飾之糖部分為非雙環經修飾之糖部分,該等非雙環經修飾之糖部分包含具有一或多個取代基之呋喃糖基環,該一或多個取代基中無一者橋接呋喃糖基環之兩個原子以形成雙環結構。此類非橋接取代基可位於呋喃糖基之任何位置,包括但不限於位於2'、4'及/或5'位置之取代基。在某些實施例中,非雙環經修飾之糖部分之一或多個非橋接取代基為分枝的。適合於非雙環經修飾之糖部分的2'-取代基之實例包括但不限於:2'-F、2'-OCH3
(「OMe」或「O-甲基」)及2'-O(CH2
)2
OCH3
(「MOE」)。在某些實施例中,2'-取代基係選自:鹵基、烯丙基、胺基、疊氮基、SH、CN、OCN、CF3
、OCF3
、O-C1
-C10
烷氧基、O-C1
-C10
取代之烷氧基、O-C1
-C10
烷基、O-C1
-C10
取代之烷基、S-烷基、N(Rm
)-烷基、O-烯基、S-烯基、N(Rm
)-烯基、O-炔基、S-炔基、N(Rm
)-炔基、O-烷烯基-O-烷基、炔基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基、O-芳烷基、O(CH2
)2
SCH3
、O(CH2
)2
ON(Rm
)(Rn
)或OCH2
C(=O)-N(Rm
)(Rn
),其中各Rm
及Rn
獨立地為H、胺基保護基或經取代或未經取代之C1
-C10
烷基及Cook等人,U.S.6,531,584;Cook等人,U.S.5,859,221;及Cook等人,U.S.6,005,087中所描述之2'-取代基。此等2'-取代基之某些實施例可進一步經一或多個獨立地選自以下之取代基取代:羥基、胺基、烷氧基、羧基、苯甲基、苯基、硝基(NO2
)、硫醇、硫烷氧基、硫烷基、鹵素、烷基、芳基、烯基及炔基。適合於非雙環經修飾之糖部分的4'-取代基之實例包括但不限於烷氧基(例如甲氧基)、烷基及Manoharan等人,WO 2015/106128中所描述之彼等4'-取代基。適合於非雙環經修飾之糖部分的5'-取代基之實例包括但不限於:5'-甲基(R或S)、5'-乙烯基及5'-甲氧基。在
某些實施例中,非雙環經修飾之糖部分包含超過一個非橋接糖取代基,例如2'-F-5'-甲基糖部分及Migawa等人,WO 2008/101157及Rajeev等人,US2013/0203836中所描述之經修飾之糖部分及經修飾之核苷。
在某些實施例中,2'-取代之非雙環經修飾之核苷包含含有選自以下之非橋接2'-取代基的糖部分:F、NH2
、N3
、OCF3、
OCH3
、O(CH2
)3
NH2
、CH2
CH=CH2
、OCH2
CH=CH2
、OCH2
CH2
OCH3
、O(CH2
)2
SCH3
、O(CH2
)2
ON(Rm
)(Rn
)、O(CH2
)2
O(CH2
)2
N(CH3
)2
及N-取代之乙醯胺(OCH2
C(=O)-N(Rm
)(Rn
)),其中各Rm
及Rn
獨立地為H、胺基保護基或經取代或未經取代之C1
-C10
烷基。
在某些實施例中,2'-取代之核苷非雙環經修飾之核苷包含含有選自以下之非橋接2'-取代基的糖部分:F、OCF3、
OCH3
、OCH2
CH2
OCH3
、O(CH2
)2
SCH3
、O(CH2
)2
ON(CH3
)2
、O(CH2
)2
O(CH2
)2
N(CH3
)2
及OCH2
C(=O)-N(H)CH3
(「NMA」)。
在某些實施例中,2'-取代之非雙環經修飾之核苷包含含有選自以下之非橋接2'-取代基的糖部分:F、OCH3
及OCH2
CH2
OCH3
。
某些經修飾之糖部分包含取代基,所述取代基橋接呋喃糖基環之兩個原子以形成第二環,從而產生雙環糖部分。在某些此類實施例中,雙環糖部分包含在4'與2'呋喃糖環原子之間的橋。此類4'至2'橋接糖取代基之實例包括但不限於:4'-CH2
-2'、4'-(CH2
)2
-2'、4'-(CH2
)3
-2'、4'-CH2
-O-2'(「LNA」)、4'-CH2
-S-2'、4'-(CH2
)2
-O-2'(「ENA」)、4'-CH(CH3
)-O-2'(稱為「受約束乙基」或「cEt」)、4'-CH2
-O-CH2
-2'、4'-CH2
-N(R)-2'、4'-CH(CH2
OCH3
)-O-2'(「受約束MOE」或「cMOE」)及其類似物(參見例如Seth等人,U.S.7,399,845;Bhat等人,U.S.7,569,686;Swayze等人,U.S.7,741,457及Swayze等人,U.S.8,022,193)、4'-C(CH3
)(CH3
)-O-2'及其類似物(參見例如Seth等人,U.S.8,278,283)、
4'-CH2
-N(OCH3
)-2'及其類似物(參見例如Prakash等人,U.S.8,278,425)、4'-CH2
-O-N(CH3
)-2'(參見例如Allerson等人,U.S.7,696,345及Allerson等人,U.S.8,124,745)、4'-CH2
-C(H)(CH3
)-2'(參見例如Zhou等人,J.Org.Chem.,
2009,74
,118-134)、4'-CH2
-C(=CH2
)-2'及其類似物(參見例如Seth等人,U.S.8,278,426)、4'-C(Ra
Rb
)-N(R)-O-2'、4'-C(Ra
Rb
)-O-N(R)-2'、4'-CH2
-O-N(R)-2'及4'-CH2
-N(R)-O-2',其中各R、Ra
及Rb
獨立地為H、保護基或C1
-C12
烷基(參見例如Imanishi等人,U.S.7,427,672)。
在某些實施例中,此類4'至2'橋獨立地包含1至4個獨立地選自以下之鍵聯之基團:-[C(Ra
)(Rb
)]n
-、-[C(Ra
)(Rb
)]n
-O-、-C(Ra
)=C(Rb
)-、-C(Ra
)=N-、-C(=NRa
)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-O-、-Si(Ra
)2
-、-S(=O)x
-及-N(Ra
)-;其中:x為0、1或2;n為1、2、3或4;各Ra
及Rb
獨立地為H、保護基、羥基、C1
-C12
烷基、經取代之C1
-C12
烷基、C2
-C12
烯基、經取代之C2
-C12
烯基、C2
-C12
炔基、經取代之C2
-C12
炔基、C5
-C20
芳基、經取代之C5
-C20
芳基、雜環基團、經取代之雜環基團、雜芳基、經取代之雜芳基、C5
-C7
脂環族基團、經取代之C5
-C7
脂環族基團、鹵素、OJ1
、NJ1
J2
、SJ1
、N3
、COOJ1
、醯基(C(=O)-H)、經取代之醯基、CN、磺醯基(S(=O)2
-J1
)或磺基(S(=O)-J1
);且各J1
及J2
獨立地為H、C1
-C12
烷基、經取代之C1
-C12
烷基、C2
-C12
烯基、經取代之C2
-C12
烯基、C2
-C12
炔基、經取代之C2
-C12
炔基、C5
-C20
芳基、經取代之C5
-C20
芳基、醯基(C(=O)-H)、經取代之醯基、雜環基團、經取代之雜環基團、C1
-C12
胺基烷基、經取代之C1
-C12
胺基烷基或保護基。
其他雙環糖部分為此項技術中已知的,參見例如:Freier等人,Nucleic Acids Research
,1997,25
(22
),4429-4443;Albaek等人,J.Org.Chem
.,2006,71
,7731-7740;Singh等人,Chem.Commun
.,1998,4
,455-456;Koshkin等人,Tetrahedron
,1998,54
,3607-3630;Kumar等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.
,1998,8
,2219-2222;Singh等人,J.Org.Chem
.,1998,63
,10035-10039;Srivastava等人,J.Am.Chem.Soc.
,20017,129,
8362-8379;Wengel等人,U.S.7,053,207;Imanishi等人,U.S.6,268,490;Imanishi等人U.S.6,770,748;Imanishi等人,U.S.RE44,779;Wengel等人,U.S.6,794,499;Wengel等人,U.S.6,670,461;Wengel等人,U.S.7,034,133;Wengel等人,U.S.8,080,644;Wengel等人,U.S.8,034,909;Wengel等人,U.S.8,153,365;Wengel等人,U.S.7,572,582;及Ramasamy等人,U.S.6,525,191;Torsten等人,WO 2004/106356;Wengel等人,WO 1999/014226;Seth等人,WO 2007/134181;Seth等人,U.S.7,547,684;Seth等人,U.S.7,666,854;Seth等人,U.S.8,088,746;Seth等人,U.S.7,750,131;Seth等人,U.S.8,030,467;Seth等人,U.S.8,268,980;Seth等人,U.S.8,546,556;Seth等人,U.S.8,530,640;Migawa等人,U.S.9,012,421;Seth等人,U.S.8,501,805;及美國專利公開案:Allerson等人,第US2008/0039618號及Migawa等人,第US2015/0191727號。
在某些實施例中,雙環糖部分及併有此類雙環糖部分之核苷係進一步藉由異構組態來定義。舉例而言,LNA核苷(本文所描述)可呈α-L組態或呈β-D組態。
已將α-L-亞甲基氧基(4'-CH2
-O-2')或α-L-LNA雙環核苷併入顯示反義活性之寡核苷酸(Frieden等人,Nucleic Acids Research,
2003,21
,6365-6372)。在
本文中,雙環核苷之一般描述包括兩種異構組態。除非另外指明,否則當在本文中所例示之實施例中標識出特定雙環核苷(例如LNA或cEt)之位置時,其呈β-D組態。
在某些實施例中,經修飾之糖部分包含一或多個非橋接糖取代基及一或多個橋接糖取代基(例如5'-取代及4'-2'橋接糖)。
在某些實施例中,經修飾之糖部分為糖替代物。在某些此類實施例中,糖部分之氧原子經例如硫、碳或氮原子置換。在某些此類實施例中,此類經修飾之糖部分亦包含如本文所描述之橋接及/或非橋接取代基。舉例而言,某些糖替代物包含4'-硫原子及位於2'-位置(參見例如Bhat等人,U.S.7,875,733及Bhat等人,U.S.7,939,677)及/或5'位置之取代。
在某些實施例中,糖替代物包含不具有5個原子之環。舉例而言,在某些實施例中,糖替代物包含六員之四氫哌喃(「THP」)。此類四氫哌喃可進一步經修飾或取代。包含此類經修飾四氫哌喃之核苷包括但不限於己糖醇核酸(「HNA」)、安尼妥核酸(anitol nucleic acid)(「ANA」)、甘露醇核酸(「MNA」)(參見例如Leumann,CJ.Bioorg.& Med.Chem.
2002,10
,841-854)、氟代HNA:
(「F-HNA」,參見例如Swayze等人,U.S.8,088,904;Swayze等人,U.S.8,440,803;Swayze等人,U.S.8,796,437;及Swayze等人,U.S.9,005,906;F-HNA亦可稱為F-THP或3'-氟代四氫哌喃)及具有以下結構式之包含其他經修飾之THP化合物的核苷:
其中,獨立地對於該等經修飾之THP核苷中之每一者:Bx為核鹼基部分;T3
及T4
各獨立地為將經修飾之THP核苷鍵聯至寡核苷酸其餘部分之核苷間鍵聯基團,或T3
及T4
中之一者為將經修飾之THP核苷鍵聯至寡核苷酸其餘部分之核苷間鍵聯基團,且T3
及T4
中之另一者為H、羥基保護基、鍵聯之結合物基團或5'或3'-末端基團;q1
、q2
、q3
、q4
、q5
、q6
及q7
各獨立地為H、C1
-C6
烷基、經取代之C1
-C6
烷基、C2
-C6
烯基、經取代之C2
-C6
烯基、C2
-C6
炔基或經取代之C2
-C6
炔基;且R1
及R2
中之每一者獨立地選自:氫、鹵素、經取代或未經取代之烷氧基、NJ1
J2
、SJ1
、N3
、OC(=X)J1
、OC(=X)NJ1
J2
、NJ3
C(=X)NJ1
J2
及CN,其中X為O、S或NJ1
,且各J1
、J2
及J3
獨立地為H或C1
-C6
烷基。
在某些實施例中,提供經修飾之THP核苷,其中q1
、q2
、q3
、q4
、q5
、q6
及q7
各為H。在某些實施例中,q1
、q2
、q3
、q4
、q5
、q6
及q7
中之至少一者不為H。在某些實施例中,q1
、q2
、q3
、q4
、q5
、q6
及q7
中之至少一者為甲基。在某些實施例中,提供經修飾之THP核苷,其中R1
及R2
中之一者為F。在某些實施例中,R1
為F且R2
為H,在某些實施例中,R1
為甲氧基且R2
為H,且在某些實施例中,R1
為甲氧基乙氧基且R2
為H。
在某些實施例中,糖替代物包含具有超過5個原子及超過一個雜原子之環。舉例而言,已報導包含嗎啉基糖部分之核苷及其在寡核苷酸中之用途(參見例如Braasch等人,Biochemistry,2002,41
,4503-4510及Summerton等人,U.S.5,698,685;Summerton等人,U.S.5,166,315;Summerton等人,U.S.5,185,444;及
Summerton等人,U.S.5,034,506)。如在此所用,術語「嗎啉基」意謂具有以下結構之糖替代物:
在某些實施例中,嗎啉基可例如藉由相較於以上嗎啉基結構添加或改變各種取代基進行修飾。此類糖替代物在本文中稱為「經修飾之嗎啉基」。
在某些實施例中,糖替代物包含非環部分。包含此類非環糖替代物之核苷及寡核苷酸之實例包括但不限於:肽核酸(「PNA」)、非環丁基核酸(參見例如Kumar等人,Org.Biomol.Chem.
,2013,11
,5853-5865)及Manoharan等人,WO2011/133876中所描述之核苷及寡核苷酸。
許多其他雙環及三環糖及糖替代物環系統在此項技術中已知可用於經修飾之核苷中)。
2.某些經修飾之核鹼基
在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸包含一或多個包含未經修飾之核鹼基的核苷。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸包含一或多個包含經修飾之核鹼基的核苷。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸包含一或多個不包含核鹼基之稱為無鹼基核苷的核苷。
在某些實施例中,經修飾之核鹼基係選自:5-取代之嘧啶、6-氮雜嘧啶、烷基或炔基取代之嘧啶、烷基取代之嘌呤及N-2、N-6及O-6取代之嘌呤。在某些實施例中,經修飾之核鹼基係選自:2-胺基丙基腺嘌呤、5-羥甲基胞嘧啶、黃嘌呤、次黃嘌呤、2-胺基腺嘌呤、6-N-甲基鳥嘌呤、6-N-甲基腺嘌呤、2-丙基腺嘌呤、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶及2-硫胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH3
)尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、6-偶氮胞嘧啶、6-偶氮胸腺嘧啶、5-核糖基尿
嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、8-鹵代嘌呤、8-胺基嘌呤、8-硫醇嘌呤、8-硫烷基嘌呤、8-羥基嘌呤、8-氮雜嘌呤及其他8-取代之嘌呤、5-鹵代(尤其5-溴)尿嘧啶、5-三氟甲基尿嘧啶、5-鹵代尿嘧啶及5-鹵代胞嘧啶、7-甲基鳥嘌呤、7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-胺基腺嘌呤、7-去氮鳥嘌呤、7-去氮腺嘌呤、3-去氮鳥嘌呤、3-去氮腺嘌呤、6-N-苯甲醯基腺嘌呤、2-N-異丁醯基鳥嘌呤、4-N-苯甲醯基胞嘧啶、4-N-苯甲醯基尿嘧啶、5-甲基4-N-苯甲醯基胞嘧啶、5-甲基4-N-苯甲醯基尿嘧啶、通用鹼基、疏水性鹼基、混雜鹼基、尺寸擴大之鹼基及氟化鹼基。其他經修飾之核鹼基包括三環嘧啶,諸如1,3-二氮雜啡噁嗪-2-酮、1,3-二氮雜啡噻嗪-2-酮及9-(2-胺基乙氧基)-1,3-二氮雜啡噁嗪-2-酮(G-鉗)。經修飾之核鹼基亦可包括嘌呤或嘧啶鹼基經其他雜環置換之彼等經修飾之核鹼基(例如7-去氮-腺嘌呤、7-去氮鳥苷、2-胺基吡啶及2-吡啶酮)。其他核鹼基包括Merigan等人,U.S.3,687,808中揭示之彼等核鹼基、The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering
,Kroschwitz,J.I.編,John Wiley & Sons,1990,858-859;Englisch等人,Angewandte Chemie
,國際版,1991,30
,613;Sanghvi,Y.S.,第15章,Antisense Research and Applications,
Crooke,S.T.及Lebleu,B.編,CRC Press,1993,273-288中揭示之彼等核鹼基;及第6章及第15章,Antisense Drug Technology
,Crooke S.T.編,CRC Press,2008,163-166及442-443中揭示之彼等核鹼基。
教示某些上文提及之經修飾之核鹼基以及其他經修飾之核鹼基的製備的公開案包括但不限於Manohara等人,US2003/0158403;Manoharan等人,US2003/0175906;Dinh等人,U.S.4,845,205;Spielvogel等人,U.S.5,130,302;Rogers等人,U.S.5,134,066;Bischofberger等人,U.S.5,175,273;Urdea等人,U.S.5,367,066;Benner等人,U.S.5,432,272;Matteucci等人,U.S.5,434,257;Gmeiner等人,U.S.5,457,187;Cook等人,U.S.5,459,255;Froehler等人,U.S.5,484,908;Matteucci等人,U.S.5,502,177;Hawkins等人,U.S.5,525,711;Haralambidis等人,
U.S.5,552,540;Cook等人,U.S.5,587,469;Froehler等人,U.S.5,594,121;Switzer等人,U.S.5,596,091;Cook等人,U.S.5,614,617;Froehler等人,U.S.5,645,985;Cook等人,U.S.5,681,941;Cook等人,U.S.5,811,534;Cook等人,U.S.5,750,692;Cook等人,U.S.5,948,903;Cook等人,U.S.5,587,470;Cook等人,U.S.5,457,191;Matteucci等人,U.S.5,763,588;Froehler等人,U.S.5,830,653;Cook等人,U.S.5,808,027;Cook等人,6,166,199;及Matteucci等人,U.S.6,005,096。
3.某些經修飾之核苷間鍵
在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之核苷可使用任何核苷間鍵連接在一起。根據存在或不存在磷原子來定義兩種主要類別之核苷間鍵聯基團。代表性含磷核苷間鍵包括但不限於磷酸酯,其含有磷酸二酯鍵(「P=O」)(亦稱為未經修飾或天然存在之鍵聯);磷酸三酯;甲基膦酸酯;胺基磷酸酯;及硫代磷酸酯(「P=S」)及二硫代磷酸酯(「HS-P=S」)。代表性不含磷核苷間鍵聯基團包括但不限於亞甲基甲基亞胺基(-CH2
-N(CH3
)-O-CH2
-)、硫代二酯、硫羰基胺基甲酸酯(-O-C(=O)(NH)-S-);矽氧烷(-O-SiH2
-O-);及N,N'-二甲基阱(-CH2
-N(CH3
)-N(CH3
)-)。經修飾之核苷間鍵與天然存在之磷酸酯鍵相比可用於改變,典型地增加,寡核苷酸之核酸酶抗性。在某些實施例中,可將具有對掌性原子之核苷間鍵製備成外消旋混合物或分開之對映異構體。製備含磷及不含磷核苷間鍵之方法為熟習此項技術者熟知的。
具有對掌性中心之代表性核苷間鍵包括但不限於烷基膦酸酯及硫代磷酸酯。可將包含具有對掌性中心之核苷間鍵的經修飾之寡核苷酸製備成包含立構無規核苷間鍵的經修飾之寡核苷酸的群體,或包含呈特定立體化學組態之硫代磷酸酯鍵聯的經修飾之寡核苷酸的群體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸的群體包含其中所有硫代磷酸酯核苷間鍵均為立構無規的硫代磷酸酯核苷間鍵。此類經修飾之寡核苷酸可使用使得隨機選擇各硫代磷酸酯鍵聯之立體化
學組態的合成方法來產生。儘管如此,如熟習此項技術者充分瞭解的,各個別寡核苷酸分子之各個別硫代磷酸酯具有確定之立體組態。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之群體富集了包含一或多個呈特定之獨立選擇之立體化學組態之特定硫代磷酸酯核苷間鍵的經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中,特定硫代磷酸酯鍵聯之特定組態存在於群體中至少65%之分子中。在某些實施例中,特定硫代磷酸酯鍵聯之特定組態存在於群體中至少70%之分子中。在某些實施例中,特定硫代磷酸酯鍵聯之特定組態存在於群體中至少80%之分子中。在某些實施例中,特定硫代磷酸酯鍵聯之特定組態存在於群體中至少90%之分子中。在某些實施例中,特定硫代磷酸酯鍵聯之特定組態存在於群體中至少99%之分子中。經修飾之寡核苷酸之此類對掌性富集群體可使用此項技術中已知之合成方法,例如Oka等人,JACS
125,8307(2003)、Wan等人Nuc.Acid.Res.
42,13456(2014)及WO 2017/015555中所描述之方法來產生。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之群體富集了具有至少一個呈(S
p)組態之所指示硫代磷酸酯的經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之群體富集了具有至少一個呈(R
p)組態之硫代磷酸酯的經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中,包含(R
p)及/或(S
p)硫代磷酸酯之經修飾之寡核苷酸分別包含下式中之一者或多者,其中「B」指示核鹼基:
除非另外指出,否則本文所描述之經修飾之寡核苷酸的對掌性核苷間鍵可為立構無規的或呈特定立體化學組態。
中性核苷間鍵包括但不限於磷酸三酯、甲基膦酸酯、MMI(3'-CH2
-N(CH3
)-O-5')、醯胺-3(3'-CH2
-C(=O)-N(H)-5')、醯胺-4(3'-CH2
-N(H)-C(=O)-5')、甲縮醛(formacetal)(3'-O-CH2
-O-5')、甲氧基丙基及硫代甲縮醛(3'-S-CH2
-O-5')。其他中性核苷間鍵包括包含矽氧烷(二烷基矽氧烷)、甲酸酯、甲醯胺、硫化物、磺酸酯及醯胺(參見例如:Carbohydrare Modifications in Antisense Research
;Y.S.Sanghvi及P.D.Cook編,ACS研討會文集580;第3章及第4章,40-65)的非離子鍵聯。其他中性核苷間鍵包括包含混合之N、O、S及CH2
組成部分的非離子鍵聯。
B.某些基元
在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸包含一或多個包含經修飾之糖部分的經修飾之核苷。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸包含一或多個包含經修飾之核鹼基的經修飾之核苷。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸包含一或多個經修飾之核苷間鍵。在此類實施例中,經修飾之寡核苷酸的經修飾、未經修飾及經不同修飾之糖部分、核鹼基及/或核苷間鍵限定模式或基元。在某些實施例中,糖部分、核鹼基及核苷間鍵之模式各自彼此獨立。因此,經修飾之寡核苷酸可藉由其糖基元、核鹼基基元及/或核苷間鍵基元來描述(如本文所用,核鹼基基元描述對核鹼基之修飾,與核鹼基之序列無關)。
1.某些糖基元
在某些實施例中,寡核苷酸包含呈規定模式或糖基元之沿寡核苷酸或其區域排列的一或多種類型之經修飾之糖及/或未經修飾之糖部分。在某些情況下,此類糖基元包括但不限於本文所論述之糖修飾中之任一者。
在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸包含具有間隔體基元之區域或由其組成,該間隔體基元由兩個外部區域或「翼」及中心或內部區域或「空位」定義。間隔體基元之三個區域(5'-翼、空位及3'-翼)形成核苷之連續序列,其中
各個翼之核苷之糖部分中至少一些不同於空位之核苷之糖部分中之至少一些。特定而言,至少各翼中最靠近空位之核苷(5'翼之最3'核苷及3'-翼之最5'核苷)的糖部分不同於相鄰空位核苷之糖部分,因此定義翼與空位之間的邊界(亦即,翼/空位接點)。在某些實施例中,空位內之糖部分彼此相同。在某些實施例中,空位包括一或多個核苷,該一或多個核苷具有不同於空位之一或多個其他核苷之糖部分的糖部分。在某些實施例中,兩個翼之糖基元彼此相同(對稱間隔體)。在某些實施例中,5'-翼之糖基元不同於3'-翼之糖基元(不對稱間隔體)。
在某些實施例中,間隔體之翼包含1-5個核苷。在某些實施例中,間隔體之各翼之各核苷為經修飾之核苷。在某些實施例中,間隔體之各翼之至少一個核苷為經修飾之核苷。在某些實施例中,間隔體之各翼之至少兩個核苷為經修飾之核苷。在某些實施例中,間隔體之各翼之至少三個核苷為經修飾之核苷。在某些實施例中,間隔體之各翼之至少四個核苷為經修飾之核苷。
在某些實施例中,間隔體之空位包含7-12個核苷。在某些實施例中,間隔體之空位之各核苷為未經修飾之2'-去氧核苷。
在某些實施例中,間隔體為去氧間隔體。在實施例中,各翼/空位接點之空位側的核苷為未經修飾之2'-去氧核苷且各翼/空位接點之翼側的核苷為經修飾之核苷。在某些實施例中,空位之各核苷為未經修飾之2'-去氧核苷。在某些實施例中,間隔體之各翼之各核苷為經修飾之核苷。
在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸包含具有經充分修飾之糖基元的區域或由其組成。在此類實施例中,經修飾之寡核苷酸的經充分修飾之區域的各核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中,整個經修飾之寡核苷酸之各核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸包含具有經充分修飾之糖基元的區域或由其組成,其中經充分修飾之區域內的各核苷包含相同的經修飾之糖部分,在本文中稱為經均勻修飾之糖基元。在某些實施例中,
經充分修飾之寡核苷酸為經均勻修飾之寡核苷酸。在某些實施例中,經均勻修飾之各核苷包含相同之2'-修飾。
在本文中,間隔體之三個區域之長度(核苷數目)可使用記法[5'-翼中之核苷數目]-[空位中之核苷數目]-[3'-翼中之核苷數目]來提供。因此,5-10-5間隔體由各翼中之5個鍵聯之核苷及空位中之10個鍵聯之核苷組成。在此類命名法隨後為特定修飾之情況下,該修飾為各翼之各糖部分中的修飾且空位核苷包含未經修飾之去氧核苷糖。因此,5-10-5 MOE間隔體由5'-翼中之5個鍵聯之MOE修飾之核苷、空位中之10個鍵聯之去氧核苷及3'-翼中之5個鍵聯之MOE核苷組成。
在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為5-10-5 MOE間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為3-10-3 BNA間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為3-10-3 cEt間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為3-10-3 LNA間隔體。
2.某些核鹼基基元
在某些實施例中,寡核苷酸包含呈規定模式或基元之沿寡核苷酸或其區域排列的經修飾及/或未經修飾之核鹼基。在某些實施例中,各核鹼基為經修飾的。在某些實施例中,核鹼基均未經修飾。在某些實施例中,各嘌呤或各嘧啶為經修飾的。在某些實施例中,各腺嘌呤為經修飾的。在某些實施例中,各鳥嘌呤為經修飾的。在某些實施例中,各胸腺嘧啶為經修飾的。在某些實施例中,各尿嘧啶為經修飾的。在某些實施例中,各胞嘧啶為經修飾的。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之胞嘧啶核鹼基中之一些或全部為5-甲基胞嘧啶。在某些實施例中,胞嘧啶核鹼基全部為5-甲基胞嘧啶且經修飾之寡核苷酸之其他核鹼基全部為未經修飾之核鹼基。
在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸包含經修飾之核鹼基的嵌段。
在某些此類實施例中,嵌段位於寡核苷酸之3'端。在某些實施例中,嵌段位於寡核苷酸3'端之3個核苷內。在某些實施例中,嵌段位於寡核苷酸之5'端。在某些實施例中,嵌段位於寡核苷酸5'端之3個核苷內。
在某些實施例中,具有間隔體基元之寡核苷酸包含含有經修飾之核鹼基的核苷。在某些此類實施例中,一個包含經修飾之核鹼基的核苷位於具有間隔體基元之寡核苷酸之中心空位中。在某些此類實施例中,該核苷之糖部分為2'-去氧核糖基部分。在某些實施例中,經修飾之核鹼基係選自:2-硫代嘧啶及5-丙炔嘧啶。
3.某些核苷間鍵基元
在某些實施例中,寡核苷酸包含呈規定模式或基元之沿寡核苷酸或其區域排列的經修飾及/或未經修飾之核苷間鍵。在某些實施例中,各核苷間鍵聯基團為磷酸二酯核苷間鍵(P=O)。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之各核苷間鍵聯基團為硫代磷酸酯核苷間鍵(P=S)。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之各核苷間鍵獨立地選自硫代磷酸酯核苷間鍵及磷酸二酯核苷間鍵。在某些實施例中,各硫代磷酸酯核苷間鍵獨立地選自立構無規硫代磷酸酯、(S
p)硫代磷酸酯及(R
p)硫代磷酸酯。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之糖基元為間隔體且空位內之核苷間鍵全部經修飾。在某些此類實施例中,翼中之核苷間鍵中之一些或全部為未經修飾之磷酸二酯核苷間鍵。在某些實施例中,未端核苷間鍵為經修飾的。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之糖基元為間隔體,且核苷間鍵基元在至少一個翼中包含至少一個磷酸二酯核苷間鍵,其中該至少一個磷酸二酯鍵聯不為未端核苷間鍵,且其餘核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。在某些此類實施例中,所有硫代磷酸酯鍵聯均為立構無規的。在某些實施例中,翼中所有硫代磷酸酯鍵聯均為(Sp)硫代磷酸酯,且空位包含至少一個Sp、Sp、Rp基元。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之群體富集了包含此類核苷間鍵基
元之經修飾之寡核苷酸。
C.某些長度
可在不消除活性之情況下增加或減小寡核苷酸之長度。舉例而言,在Woolf等人(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:7305-7309,1992)中,測試了一系列長度為13-25個核鹼基之寡核苷酸在卵母細胞注入模型中誘導目標RNA裂解之能力。長度為25個核鹼基並且在寡核苷酸末端附近具有8個或11個錯配鹼基之寡核苷酸能夠引導目標mRNA之特異性裂解,不過程度比不含錯配之寡核苷酸低。類似地,使用13核鹼基寡核苷酸,包括具有1處或3處錯配之彼等13核鹼基寡核苷酸達成目標特異性裂解。
在某些實施例中,寡核苷酸(包括經修飾之寡核苷酸)可具有多種長度範圍中之任一者。在某些實施例中,寡核苷酸由X至Y個鍵聯之核苷組成,其中X表示範圍內之最少核苷數目且Y表示範圍內之最大核苷數目。在某些此類實施例中,X及Y各獨立地選自8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49及50;前提條件為XY。舉例而言,在某些實施例中,寡核苷酸由12至13個、12至14個、12至15個、12至16個、12至17個、12至18個、12至19個、12至20個、12至21個、12至22個、12至23個、12至24個、12至25個、12至26個、12至27個、12至28個、12至29個、12至30個、13至14個、13至15個、13至16個、13至17個、13至18個、13至19個、13至20個、13至21個、13至22個、13至23個、13至24個、13至25個、13至26個、13至27個、13至28個、13至29個、13至30個、14至15個、14至16個、14至17個、14至18個、14至19個、14至20個、14至21個、14至22個、14至23個、14至24個、14至25個、14至26個、14至27個、14至28個、14至29個、14
至30個、15至16個、15至17個、15至18個、15至19個、15至20個、15至21個、15至22個、15至23個、15至24個、15至25個、15至26個、15至27個、15至28個、15至29個、15至30個、16至17個、16至18個、16至19個、16至20個、16至21個、16至22個、16至23個、16至24個、16至25個、16至26個、16至27個、16至28個、16至29個、16至30個、17至18個、17至19個、17至20個、17至21個、17至22個、17至23個、17至24個、17至25個、17至26個、17至27個、17至28個、17至29個、17至30個、18至19個、18至20個、18至21個、18至22個、18至23個、18至24個、18至25個、18至26個、18至27個、18至28個、18至29個、18至30個、19至20個、19至21個、19至22個、19至23個、19至24個、19至25個、19至26個、19至29個、19至28個、19至29個、19至30個、20至21個、20至22個、20至23個、20至24個、20至25個、20至26個、20至27個、20至28個、20至29個、20至30個、21至22個、21至23個、21至24個、21至25個、21至26個、21至27個、21至28個、21至29個、21至30個、22至23個、22至24個、22至25個、22至26個、22至27個、22至28個、22至29個、22至30個、23至24個、23至25個、23至26個、23至27個、23至28個、23至29個、23至30個、24至25個、24至26個、24至27個、24至28個、24至29個、24至30個、25至26個、25至27個、25至28個、25至29個、25至30個、26至27個、26至28個、26至29個、26至30個、27至28個、27至29個、27至30個、28至29個、28至30個或29至30個鍵聯之核苷組成。
D.某些經修飾之寡核苷酸
在某些實施例中,將以上修飾(糖、核鹼基、核苷間鍵)併入經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之特徵為其修飾基元及全長。
在某些實施例中,此類參數各自彼此獨立。因此,除非另外指出,否則具有間隔體糖基元之寡核苷酸之各核苷間鍵可經修飾或未經修飾且可能遵循或可能不遵循糖修飾之間隔體修飾模式。舉例而言,糖間隔體翼區內之核苷間鍵可彼此相同或不同且可與糖基元空位區之核苷間鍵相同或不同。同樣地,此類糖間隔體寡核苷酸可包含一或多個經修飾之核鹼基,與糖修飾之間隔體模式無關。除非另外指出,否則所有修飾與核鹼基序列無關。
E.某些經修飾之寡核苷酸群體
群體中所有經修飾之寡核苷酸具有相同分子式之經修飾之寡核苷酸群體可為立構無規群體或對掌性富集群體。在立構無規群體中所有經修飾之寡核苷酸之所有對掌性中心為立構無規的。在對掌性富集群體中,在群體之經修飾之寡核苷酸中至少一個特定對掌性中心不為立構無規的。在某些實施例中,對掌性富集群體之經修飾之寡核苷酸關於β-D核糖基糖部分為富集的,且所有硫代磷酸酯核苷間鍵為立構無規的。在某些實施例中,對掌性富集群體之經修飾之寡核苷酸關於β-D核糖基糖部分與至少一個呈特定立體化學組態之特定硫代磷酸酯核苷間鍵兩者為富集的。
F.核鹼基序列
在某些實施例中,藉由核鹼基序列進一步描述寡核苷酸(未經修飾或經修飾之寡核苷酸)。在某些實施例中,寡核苷酸具有與第二寡核苷酸或經鑑定之參考核酸(諸如目標核酸)互補的核鹼基序列。在某些此類實施例中,寡核苷酸之區域具有與第二寡核苷酸或經鑑定之參考核酸(諸如目標核酸)互補的核鹼基序列。在某些實施例中,寡核苷酸之區域或整個長度的核鹼基序列與第二寡核苷酸或諸如目標核酸之核酸至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或100%互補。
II.某些寡聚化合物
在某些實施例中,本文提供寡聚化合物,其由寡核苷酸(經修飾或未經修飾)及視情況存在之一或多個結合物基團及/或末端基團組成。結合物基團由一或多個結合物部分及將結合物部分連接至寡核苷酸之結合物連接子組成。結合物基團可附接至寡核苷酸之任一端或兩端及/或任何內部位置。在某些實施例中,結合物基團附接至經修飾之寡核苷酸之核苷的2'-位置。在某些實施例中,附接至寡核苷酸之任一端或兩端的結合物基團為末端基團。在某些此類實施例中,結合物基團或末端基團附接在寡核苷酸之3'及/或5'端。在某些此類實施例中,結合物基團(或末端基團)附接在寡核苷酸之3'端。在某些實施例中,結合物基團附接在寡核苷酸之3'端附近。在某些實施例中,結合物基團(或末端基團)附接在寡核苷酸之5'端。在某些實施例中,結合物基團附接在寡核苷酸之5'端附近。
末端基團之實例包括但不限於結合物基團、封端基團、磷酸酯部分、保護基、經修飾或未經修飾之核苷及獨立地經修飾或未經修飾之兩個或更多個核苷。
A.某些結合物基團
在某些實施例中,寡核苷酸共價附接至一或多個結合物基團。在某些實施例中,結合物基團改變所附接寡核苷酸之一或多種特性,包括但不限於藥效動力學、藥物動力學、穩定性、結合、吸收、組織分佈、細胞分佈、細胞攝取、電荷及清除率。在某些實施例中,結合物基團賦予所附接寡核苷酸新的特性,例如使得能夠偵測寡核苷酸之螢光團或報導基團。先前已描述了某些結合物基團及結合物部分,例如:膽固醇部分(Letsinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556);膽酸(Manoharan等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.
,1994,4
,1053-1060);硫醚,例如己基-S-三苯甲基硫醇(Manoharan等人,Ann.N.Y.Acad.Sci.
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,306-309;Manoharan等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.
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,
2765-2770);硫膽固醇(Oberhauser等人,Nucl.Acids Res
.,1992,20
,533-538);脂肪鏈,例如十二烷-二醇或十一基殘基(Saison-Behmoaras等人,EMBO ,J.
,1991,10
,1111-1118;Kabanov等人,FEBS Lett
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,327-330;Svinarchuk等人,Biochimie
,1993,75
,49-54);磷脂,例如二-十六基-外消旋-甘油或1,2-二-O-十六烷基-外消旋-甘油基-3-H-膦酸三乙基-銨(Manoharan等人,Tetrahedron Lett
.,1995,36
,3651-3654;Shea等人,Nucl.Acids Res.
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,3777-3783);聚胺或聚乙二醇鏈(Manoharan等人,Nucleosides & Nucleotides
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,969-973)或金剛烷乙酸棕櫚基部分(Mishra等人,Biochim.Biophys.Acta
,1995,1264,
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,923-937);生育酚基團(Nishina等人,Molecular Therapy Nucleic Acids
,2015,4
,e220;及Nishina等人,Molecular Therapy.
2008,16
,734-740)或GalNAc簇(例如WO2014/179620)。
1.結合物部分
結合物部分包括但不限於嵌插物、報導分子、聚胺、聚醯胺、肽、碳水化合物、維生素部分、聚乙二醇、硫醚、聚醚、膽固醇、硫膽固醇、膽酸部分、葉酸鹽、脂質、磷脂、生物素、啡嗪、啡啶、蒽醌、金剛烷、吖啶、螢光素、羅丹明、香豆素、螢光團及染料。
在某些實施例中,結合物部分包含活性原料藥,例如阿司匹林(aspirin)、華法林(warfarin)、苯基保泰松(phenylbutazone)、布洛芬(ibuprofen)、舒洛芬(suprofen)、芬布芬(fenbufen)、酮洛芬(ketoprofen)、(S
)-(+)-普拉洛芬(pranoprofen)、卡洛芬(carprofen)、丹磺醯肌胺酸(dansylsarcosine)、2,3,5-三碘苯甲酸、芬戈莫德(fingolimod)、氟滅酸、亞葉酸、苯并噻二嗪、氯噻嗪、二氮呼、吲哚美辛(indomethicin)、巴比妥酸鹽(barbiturate)、頭孢菌素、磺胺藥、抗糖尿病藥、抗細菌劑或抗生素。
2.結合物連接子
結合物部分通過結合物連接子附接至寡核苷酸。在某些寡聚化合物中,結合物連接子為單一化學鍵(亦即,結合物部分通過單一鍵直接附接至寡核苷酸)。在某些實施例中,結合物連接子包含鏈結構,諸如烴基鏈;或諸如乙二醇、核苷或胺基酸單元之重複單元的寡聚物。
在某些實施例中,結合物連接子包含一或多個選自以下之基團:烷基、胺基、側氧基、醯胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚及羥基胺基。在某些此類實施例中,結合物連接子包含選自以下之基團:烷基、胺基、側氧基、醯胺及醚基團。在某些實施例中,結合物連接子包含選自烷基及醯胺基之基團。在某些實施例中,結合物連接子包含選自烷基及醚基之基團。在某些實施例中,結合物連接子包含至少一個磷部分。在某些實施例中,結合物連接子包含至少一個磷酸酯基。在某些實施例中,結合物連接子包括至少一個中性鍵聯基團。
在某些實施例中,結合物連接子,包括上文所描述之結合物連接子,為雙官能鍵聯部分,例如此項技術中已知適用於將結合物基團附接至母體化合物(諸如本文所提供之寡核苷酸)之彼等雙官能鍵聯部分。一般而言,雙官能鍵聯部分包含至少兩個官能基。官能基中之一者經選擇結合於母體化合物上之特定位點且另一者經選擇結合於結合物基團。用於雙官能鍵聯部分中之官能基之實例包括但不限於用於與親核基團反應之親電子劑及用於與親電子基團反應之親核劑。在某些實施例中,雙官能鍵聯部分包含一或多個選自以下之基團:胺基、羥基、羧酸、硫醇、烷基、烯基及炔基。
結合物連接子之實例包括但不限於吡咯啶、8-胺基-3,6-二氧雜辛酸(ADO)、4-(N-順丁烯二醯亞胺基甲基)環己烷-1-甲酸丁二醯亞胺酯(SMCC)及6-胺基己酸(AHEX或AHA)。其他結合物連接子包括但不限於經取代或未經取代之C1
-C10
烷基、經取代或未經取代之C2
-C10
烯基或經取代或未經取代之C2
-C10
炔基,其中較佳取代基之非限制性列表包括羥基、胺基、烷氧基、羧基、苯甲基、苯基、硝基、硫醇、硫烷氧基、鹵素、烷基、芳基、烯基及炔基。
在某些實施例中,結合物連接子包含1-10個連接子核苷。在某些實施例中,結合物連接子包含2-5個連接子核苷。在某些實施例中,結合物連接子準確地包含3個連接子核苷。在某些實施例中,結合物連接子包含TCA基元。在某些實施例中,此類連接子核苷為經修飾之核苷。在某些實施例中,此類連接子核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中,連接子核苷為未經修飾的。在某些實施例中,連接子核苷包含視情況受保護之選自嘌呤、經取代之嘌呤、嘧啶或經取代之嘧啶的雜環鹼基。在某些實施例中,可裂解部分為選自以下之核苷:尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、4-N-苯甲醯基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、4-N-苯甲醯基-5-甲基胞嘧啶、腺嘌呤、6-N-苯甲醯基腺嘌呤、鳥嘌呤及2-N-異丁醯基鳥嘌呤。典型地需要連接子核苷在寡聚化合物達到目標組織之後自寡聚化合物裂解。因此,連接子核苷典型地通過可裂解鍵鍵聯至彼此及寡聚化合物之其餘部分。在某些實施例中,此類可裂解鍵為磷酸二酯鍵。
在本文中,連接子核苷不被視為寡核苷酸之一部分。因此,在寡聚化合物包含由指定數目或範圍之鍵聯之核苷組成且/或與參考核酸具有指定互補性百分比的寡核苷酸,且寡聚化合物亦包含結合物基團,該結合物基團包含含有連接子核苷之結合物連接子的實施例中,該等連接子核苷不計算到寡核苷酸之長度中且不用於確定寡核苷酸對參考核酸之互補性百分比。舉例而言,寡聚化合物可包含(1)由8-30個核苷組成之經修飾之寡核苷酸,及(2)包含與經修飾之寡核苷酸之核苷相鄰的1-10個連接子核苷之結合物基團。此類寡聚化合物中連續的鍵聯之核苷的總數目超過30。或者,寡聚化合物可包含由8-30個核苷組成的經修飾之寡核苷酸且沒有結合物基團。此類寡聚化合物中連續的鍵聯之核苷的總數目不超過30。除非另外指出,否則結合物連接子包含不超過10個連接子
核苷。在某些實施例中,結合物連接子包含不超過5個連接子核苷。在某些實施例中,結合物連接子包含不超過3個連接子核苷。在某些實施例中,結合物連接子包含不超過2個連接子核苷。在某些實施例中,結合物連接子包含不超過1個連接子核苷。
在某些實施例中,需要結合物基團自寡核苷酸裂解。舉例而言,在某些情況下,包含特定結合物部分之寡聚化合物更好地由特定細胞類型吸收,但一旦寡聚化合物已吸收,即需要裂解結合物基團以釋放非結合或母體寡核苷酸。因此,某些結合物連接子可包含一或多個可裂解部分。在某些實施例中,可裂解部分為可裂解鍵。在某些實施例中,可裂解部分為包含至少一個可裂解鍵之原子基團。在某些實施例中,可裂解部分包含具有一個、二個、三個、四個或超過四個可裂解鍵之原子基團。在某些實施例中,可裂解部分在細胞或亞細胞區室(諸如溶酶體)內部選擇性裂解。在某些實施例中,可裂解部分由諸如核酸酶之內源性酶選擇性裂解。
在某些實施例中,可裂解鍵係選自:醯胺、酯、醚、磷酸二酯之一個或兩個酯、磷酸酯、胺基甲酸酯或二硫化物。在某些實施例中,可裂解鍵為磷酸二酯之一個或兩個酯。在某些實施例中,可裂解部分包含磷酸酯或磷酸二酯。在某些實施例中,可裂解部分為寡核苷酸與結合物部分或結合物基團之間的磷酸酯鍵聯。
在某些實施例中,可裂解部分包含一或多個連接子核苷或由其組成。在某些此類實施例中,一或多個連接子核苷通過可裂解鍵鍵聯至彼此及/或寡聚化合物之其餘部分。在某些實施例中,此類可裂解鍵為未經修飾之磷酸二酯鍵。在某些實施例中,可裂解部分為2'-去氧核苷,該2'-去氧核苷藉由磷酸酯核苷間鍵附接至寡核苷酸之3'或5'未端核苷且藉由磷酸酯或硫代磷酸酯鍵聯共價附接至結合物連接子或結合物部分之其餘部分。在某些此類實施例中,可裂
解部分為2'-去氧腺苷。
B.某些末端基團
在某些實施例中,寡聚化合物包含一或多個末端基團。在某些此類實施例中,寡聚化合物包含經穩定化之5'-磷酸酯。經穩定化之5'-磷酸酯包括但不限於5'-膦酸酯,包括但不限於5'-乙烯基膦酸酯。在某些實施例中,末端基團包含一或多個無鹼基核苷及/或反向核苷。在某些實施例中,末端基團包含一或多個2'-鍵聯之核苷。在某些此類實施例中,2'-鍵聯之核苷為無鹼基核苷。
III.寡聚雙鏈體
在某些實施例中,本文所描述之寡聚化合物包含具有與目標核酸之核鹼基序列互補之核鹼基序列的寡核苷酸。在某些實施例中,寡聚化合物與第二寡聚化合物配對以形成寡聚雙鏈體。此類寡聚雙鏈體包含具有與目標核酸互補之區域的第一寡聚化合物及具有與第一寡聚化合物互補之區域的第二寡聚化合物。在某些實施例中,寡聚雙鏈體之第一寡聚化合物包含(1)經修飾或未經修飾之寡核苷酸及視情況存在之結合物基團及(2)第二經修飾或未經修飾之寡核苷酸及視情況存在之結合物基團或由其組成。寡聚雙鏈體之任一個或兩個寡聚化合物可包含結合物基團。寡聚雙鏈體之各寡聚化合物之寡核苷酸可包括非互補懸垂核苷。
IV.反義活性
在某些實施例中,寡聚化合物及寡聚雙鏈體能夠雜交至目標核酸,從而產生至少一種反義活性;此類寡聚化合物及寡聚雙鏈體為反義化合物。在某些實施例中,當反義化合物在標準細胞分析中使目標核酸之量或活性降低或抑制25%或更多時,其具有反義活性。在某些實施例中,反義化合物選擇性影響一或多個目標核酸。此類反義化合物包含一核鹼基序列,該核鹼基序列雜交至一或多個目標核酸,從而產生一或多種所需反義活性,且不雜交至一或多個
非目標核酸或不以產生顯著不希望之反義活性之方式雜交至一或多個非目標核酸。
在某些反義活性中,反義化合物雜交至目標核酸引起裂解目標核酸之蛋白質的募集。舉例而言,某些反義化合物產生RNA酶H介導之目標核酸裂解。RNA酶H為裂解RNA:DNA雙鏈體之RNA股的細胞核酸內切酶。此類RNA:DNA雙鏈體中之DNA不需要為未經修飾之DNA。在某些實施例中,本文描述足夠「DNA樣」以引發RNA酶H活性之反義化合物。在某些實施例中,在間隔體之空位中一或多個非DNA樣核苷為可容忍的。
在某些反義活性中,將反義化合物或反義化合物之一部分加載至RNA誘導之沈默複合體(RISC)中,最終引起目標核酸之裂解。舉例而言,某些反義化合物藉由Argonaute引起目標核酸之裂解。加載至RISC中之反義化合物為RNAi化合物。RNAi化合物可為雙股(siRNA)或單股(ssRNA)的。
在某些實施例中,反義化合物雜交至目標核酸不引起裂解該目標核酸之蛋白質的募集。在某些實施例中,反義化合物雜交至目標核酸引起目標核酸之剪接的改變。在某些實施例中,反義化合物雜交至目標核酸引起目標核酸與蛋白質或其他核酸之間的結合相互作用之抑制。在某些實施例中,反義化合物雜交至目標核酸引起目標核酸之轉譯的改變。
反義活性可直接或間接觀測。在某些實施例中,觀測或偵測反義活性涉及觀測或偵測目標核酸或由此類目標核酸編碼之蛋白質之量的變化、核酸或蛋白質之剪接變異體之比率的變化及/或細胞或動物中之表型變化。
V.某些目標核酸
在某些實施例中,寡聚化合物包含含有與目標核酸互補之區域的寡核苷酸或由其組成。在某些實施例中,目標核酸為內源性RNA分子。在某些實施例中,目標核酸編碼蛋白質。在某些此類實施例中,目標核酸係選自:成熟
mRNA及前體mRNA,包括內含子、外顯子及未轉譯區。在某些實施例中,目標RNA為成熟mRNA。在某些實施例中,目標核酸為前體mRNA。在某些此類實施例中,目標區域完全位於內含子內。在某些實施例中,目標區域跨越內含子/外顯子接點。在某些實施例中,目標區域至少50%在內含子內。在某些實施例中,目標核酸為逆基因之RNA轉錄產物。在某些實施例中,目標核酸為非編碼RNA。在某些此類實施例中,目標非編碼RNA係選自:長非編碼RNA、短非編碼RNA、內含子RNA分子。
A.與目標核酸互補/錯配
可在不消除活性之情況下引入錯配鹼基。舉例而言,Gautschi等人(J.Natl.Cancer Inst.93:463-471,March 2001)證實了與bcl-2 mRNA具有100%互補性且與bcl-xL mRNA具有3處錯配之寡核苷酸在活體外及活體內降低bcl-2和bcl-xL表現之能力。此外,此寡核苷酸在活體內展現有效抗腫瘤活性。Maher及Dolnick(Nuc.Acid.Res.16:3341-3358,1988)測試了一系列串聯之14核鹼基寡核苷酸及包含兩個或三個串聯寡核苷酸之序列的28及42核鹼基寡核苷酸分別在兔網狀紅血球分析中抑制人類DHFR之轉譯的能力。三個14核鹼基寡核苷酸各自單獨地能夠抑制轉譯,不過與28或42核鹼基寡核苷酸相比處於更適中之水準。
在某些實施例中,寡核苷酸在寡核苷酸之整個長度上與目標核酸互補。在某些實施例中,寡核苷酸與目標核酸99%、95%、90%、85%或80%互補。在某些實施例中,寡核苷酸在寡核苷酸之整個長度上與目標核酸至少80%互補且包含與目標核酸100%或完全互補之區域。在某些實施例中,完全互補之區域的長度為6至20個、10至18個或18至20個核鹼基。
在某些實施例中,寡核苷酸相對於目標核酸包含一或多個錯配核鹼基。在某些實施例中,針對目標之反義活性因此類錯配而降低,但針對非目標
之活性降低的量更大。因此,在某些實施例中,寡核苷酸之選擇性得以改良。在某些實施例中,錯配特定地位於具有間隔體基元之寡核苷酸內。在某些實施例中,錯配相對於空位區之5'端位於位置1、2、3、4、5、6、7或8。在某些實施例中,錯配相對於空位區之3'端位於位置9、8、7、6、5、4、3、2、1。在某些實施例中,錯配相對於翼區之5'端位於位置1、2、3或4。在某些實施例中,錯配相對於翼區之3'端位於位置4、3、2或1。
B. SNCA
在某些實施例中,寡聚化合物包含含有與目標核酸互補之區域的寡核苷酸或由其組成,其中目標核酸為SNCA。在某些實施例中,SNCA核酸具有以下中所示之序列:SEQ ID NO:1(GENBANK登錄號:NM_000345.3)、SEQ ID NO:2(GENBANK登錄號:NT_016354.20 TRUNC 30800000-30919000)、SEQ ID NO:3(GENBANK登錄號:JN709863.1)、SEQ ID NO:4(GENBANK登錄號:BC013293.2)、SEQ ID NO:5(GENBANK登錄號:NM_001146055.1)及SEQ ID NO:6(GENBANK登錄號:HQ830269.1)。
在某些實施例中,使細胞與同SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6互補之寡聚化合物接觸使SNCA mRNA之量減少,且在某些實施例中使α-突觸核蛋白之量減少。在某些實施例中,寡聚化合物由經修飾之寡核苷酸組成。在某些實施例中,使動物中之細胞與同SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6互補之寡聚化合物接觸改善神經退行性疾病之一或多種症狀或標誌。在某些實施例中,寡聚化合物由經修飾之寡核苷酸組成。在某些實施例中,症狀或標誌為運動功能障礙、α-突觸核蛋白聚集、神經變性、認知功能減退及癡呆。在某些實施例中,使動物中之細胞與同SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6互補之寡
核苷酸接觸產生改良之運動功能、α-突觸核蛋白聚集物之減少、減輕之神經變性及/或減輕之癡呆。在某些實施例中,寡聚化合物由經修飾之寡核苷酸組成。
C.某些組織中之某些目標核酸
在某些實施例中,寡聚化合物包含含有與目標核酸互補之區域的寡核苷酸或由其組成,其中目標核酸在藥理學相關組織中表現。在某些實施例中,藥理學相關組織為包含中樞神經系統(CNS)之細胞及組織。此類細胞及組織包括運動皮質、額葉皮質、尾狀核、杏仁核、腦橋、黑質、殼核、小腦腳、胼胝體、背側耳蝸核(DCN)、內嗅皮質(Ent皮質)、海馬區、島葉皮質、延髓、中央灰質、丘腦枕、枕葉皮質、大腦皮質、顳葉皮質、蒼白球、上疊體及基底前腦核。
VI.某些醫藥組合物
在某些實施例中,本文描述包含一或多種寡聚化合物之醫藥組合物。在某些實施例中,一或多種寡聚化合物各自由經修飾之寡核苷酸組成。在某些實施例中,醫藥組合物包含醫藥學上可接受之稀釋劑或載劑。在某些實施例中,醫藥組合物包含無菌鹽水溶液及一或多種寡聚化合物或由其組成。在某些實施例中,無菌鹽水為醫藥級鹽水。在某些實施例中,醫藥組合物包含一或多種寡聚化合物及無菌水或由其組成。在某些實施例中,無菌水為醫藥級水。在某些實施例中,醫藥組合物包含一或多種寡聚化合物及磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)或由其組成。在某些實施例中,無菌PBS為醫藥級PBS。在某些實施例中,醫藥組合物包含一或多種寡聚化合物及人工腦脊髓液或由其組成。在某些實施例中,人工腦脊髓液為醫藥級。
在某些實施例中,醫藥組合物包含經修飾之寡核苷酸及人工腦脊髓液。在某些實施例中,醫藥組合物由經修飾之寡核苷酸及人工腦脊髓液組成。在某些實施例中,醫藥組合物基本上由經修飾之寡核苷酸及人工腦脊髓液組成。在某些實施例中,人工腦脊髓液為醫藥級。
在某些實施例中,醫藥組合物包含一或多種寡聚化合物及一或多種賦形劑。在某些實施例中,賦形劑係選自水、鹽溶液、乙醇、聚乙二醇、明膠、乳糖、澱粉酶、硬脂酸鎂、滑石、矽酸、黏性石蠟、羥甲基纖維素及聚乙烯吡咯啶酮。
在某些實施例中,寡聚化合物可與用於製備醫藥組合物或調配物之醫藥學上可接受之活性及/或惰性物質混合。用於調配醫藥組合物之組合物及方法取決於許多準則,包括但不限於投藥途徑、疾病程度或要投與之劑量。
在某些實施例中,包含寡聚化合物之醫藥組合物涵蓋寡聚化合物之任何醫藥學上可接受之鹽、寡聚化合物之酯或此類酯之鹽。在某些實施例中,包含含有一或多種寡核苷酸之寡聚化合物之醫藥組合物在投與包括人類之動物後能夠提供(直接或間接)生物活性代謝產物或其殘餘物。因此,舉例而言,本發明亦涉及寡聚化合物之醫藥學上可接受之鹽、前藥、此類前藥之醫藥學上可接受之鹽及其他生物等效物。醫藥學上可接受之鹽包括但不限於鈉鹽及鉀鹽。在某些實施例中,前藥包含一或多個附接至寡核苷酸之結合物基團,其中結合物基團在體內由內源性核酸酶裂解。
已以多種方法將脂質部分用於核酸療法中。在某些此類方法中,將核酸(諸如寡聚化合物)引入預形成之脂質體或由陽離子脂質與中性脂質之混合物製成的脂質複合物中。在某些方法中,在不存在中性脂質之情況下形成具有單陽離子脂質或多陽離子脂質之DNA複合物。在某些實施例中,脂質部分經選擇以使藥劑分佈至特定細胞或組織增加。在某些實施例中,脂質部分經選擇以使藥劑分佈至脂肪組織增加。在某些實施例中,脂質部分經選擇以使藥劑分佈至肌肉組織增加。
在某些實施例中,醫藥組合物包含遞送系統。遞送系統之實例包括但不限於脂質體及乳液。某些遞送系統適用於製備某些醫藥組合物,包括包含
疏水化合物之彼等。在某些實施例中,使用某些有機溶劑,諸如二甲亞碸。
在某些實施例中,醫藥組合物包含一或多個組織特異性遞送分子,其經設計以將本發明之一或多種藥劑遞送至特定組織或細胞類型。舉例而言,在某些實施例中,醫藥組合物包括用組織特異性抗體塗佈之脂質體。
在某些實施例中,醫藥組合物包含共溶劑系統。此類共溶劑系統中之某些包含例如苯甲醇、非極性表面活性劑、水可混溶之有機聚合物及水相。在某些實施例中,此類共溶劑系統係用於疏水化合物。此類共溶劑系統之非限制性實例為VPD共溶劑系統,其為包含3% w/v苯甲醇、8% w/v非極性表面活性劑Polysorbate 80TM
及65% w/v聚乙二醇300之絕對乙醇的溶液。可在未顯著改變溶解度及毒性特徵之情況下大幅改變此類共溶劑系統之比例。此外,可改變共溶劑組分之身分:舉例而言,可使用其他表面活性劑替代Polysorbate 80TM
;可改變聚乙二醇之分數大小;其他生物相容性聚合物可替換聚乙二醇,例如聚乙烯吡咯啶酮;及其他糖或多醣可替代右旋糖。
在某些實施例中,將醫藥組合物製備成用於經口投與。在某些實施例中,將醫藥組合物製備成用於經頰投與。在某些實施例中,將醫藥組合物製備成用於藉由注射(例如靜脈內、皮下、肌肉內、鞘內(IT)、腦室內(ICV)等)投與。在某些此類實施例中,醫藥組合物包含載劑且在水溶液中調配,該水溶液為諸如水或生理學相容性緩衝液,諸如漢克氏溶液(Hanks's solution)、林格氏溶液(Ringer's solution)或生理鹽水緩衝液。在某些實施例中,包括其他成分(例如幫助溶解或充當防腐劑之成分)。在某些實施例中,使用適當之液體載劑、懸浮劑及類似物製備可注射懸浮液。用於注射之某些醫藥組合物以例如於安瓿中或多劑量容器中之單位劑型存在。某些用於注射之醫藥組合物為於油性或水性媒劑中之懸浮液、溶液或乳液,且可含有調配劑,諸如懸浮劑、穩定劑及/或分散劑。適合用於供注射用之醫藥組合物中之某些溶劑包括但不限於親脂性溶劑及脂肪
油,諸如芝麻油;合成脂肪酸酯,諸如油酸乙酯或三酸甘油酯;及脂質體。水性注射懸浮液可含有。
VII.某些組合物
1. 763085號化合物
在某些實施例中,763085號化合物經表徵為5-10-5 MOE間隔體,其序列為(自5'至3')CAGACTGTAATCTAGGACCC(以SEQ ID NO:1887之形式併入本文中),其中核苷1-5及16-20(自5'至3')中之每一者包含2'-MOE修飾且核苷6-15中之每一者為2'-去氧核苷,其中核苷2至3、3至4、4至5、16至17及17至18之間的核苷間鍵為磷酸二酯核苷間鍵且核苷1至2、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19及19至20之間的核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵,且其中各胞嘧啶為5-甲基胞嘧啶。
在某些實施例中,763085號化合物之特徵為以下化學記法:mCes Aeo Geo Aeo mCes Tds Gds Tds Ads Ads Tds mCds Tds Ads Gds Geo Aeo mCes mCes mCe;其中,A=腺嘌呤核鹼基,mC=5-甲基胞嘧啶核鹼基,G=鳥嘌呤核鹼基,T=胸腺嘧啶核鹼基,e=2'-MOE修飾之糖,d=2'-去氧核糖,s=硫代磷酸酯核苷間鍵,且o=磷酸二酯核苷間鍵。
2. 763364號化合物
在某些實施例中,763364號化合物經表徵為5-10-5 MOE間隔體,其序列為(自5'至3')ACGACATTTTCTTGCCTCTT(以SEQ ID NO:2166之形式併入本文中),其中核苷1-5及16-20(自5'至3')中之每一者包含2'-MOE修飾且核苷6-15中之每一者為2'-去氧核苷,其中核苷2至3、3至4、4至5、16至17及17至18之間的核苷間鍵為磷酸二酯核苷間鍵且核苷1至2、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19及19至20之間的核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵,且其中各胞嘧啶為5-甲基胞嘧啶。
在某些實施例中,763364號化合物之特徵為以下化學記法:Aes mCeo
Geo Aeo mCes Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Gds mCds mCeo Teo mCes Tes Te;其中,A=腺嘌呤核鹼基,mC=5-甲基胞嘧啶核鹼基,G=鳥嘌呤核鹼基,T=胸腺嘧啶核鹼基,e=2'-MOE修飾之糖,d=2'-去氧核糖,s=硫代磷酸酯核苷間鍵,且o=磷酸二酯核苷間鍵。
3. 763391號化合物
在某些實施例中,763391號化合物經表徵為5-10-5 MOE間隔體,其序列為(自5'至3')GTTTTCATCAATATCTGCAA(以SEQ ID NO:2193之形式併入本文中),其中核苷1-5及16-20(自5'至3')中之每一者包含2'-MOE修飾且核苷6-15中之每一者為2'-去氧核苷,其中核苷2至3、3至4、4至5、16至17及17至18之間的核苷間鍵為磷酸二酯核苷間鍵且核苷1至2、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19及19至20之間的核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵,且其中各胞嘧啶為5-甲基胞嘧啶。
在某些實施例中,763391號化合物之特徵為以下化學記法:Ges Teo Teo Teo Tes mCds Ads Tds mCds Ads Ads Tds Ads Tds mCds Teo Geo mCes Aes Ae;其中,A=腺嘌呤核鹼基,mC=5-甲基胞嘧啶核鹼基,G=鳥嘌呤核鹼基,T=胸腺嘧啶核鹼基,e=2'-MOE修飾之糖,d=2'-去氧核糖,s=硫代磷酸酯核苷間鍵,且o=磷酸二酯核苷間鍵。
4. 789243號化合物
在某些實施例中,789243號化合物經表徵為5-10-5 MOE間隔體,其序列為(自5'至3')TGAATTCCTTTACACCACAC(以SEQ ID NO:1639之形式併入本文中),其中核苷1-5及16-20(自5'至3')中之每一者包含2'-MOE修飾且核苷6-15中之每一者為2'-去氧核苷,其中核苷2至3及17至18之間的核苷間鍵為磷酸二酯核苷間鍵且核苷1至2、3至4、4至5、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、16至17、18至19及19至20之間的核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵,且其中各胞嘧啶為5-甲基胞嘧啶。
在某些實施例中,789243號化合物之特徵為以下化學記法:Tes Geo
Aes Aes Tes Tds mCds mCds Tds Tds Tds Ads mCds Ads mCds mCes Aeo mCes Aes mCe;其中,A=腺嘌呤核鹼基,mC=5-甲基胞嘧啶核鹼基,G=鳥嘌呤核鹼基,T=胸腺嘧啶核鹼基,e=2'-MOE修飾之糖,d=2'-去氧核糖,s=硫代磷酸酯核苷間鍵,且o=磷酸二酯核苷間鍵。
5. 827599號化合物
在某些實施例中,827599號化合物經表徵為5-10-5 MOE間隔體,其序列為(自5'至3')ACAGATATTTTTGTTCTGCC(以SEQ ID NO:1703之形式併入本文中),其中核苷1-5及16-20(自5'至3')中之每一者包含2'-MOE修飾且核苷6-15中之每一者為2'-去氧核苷,其中核苷2至3、16至17及17至18之間的核苷間鍵為磷酸二酯核苷間鍵且核苷1至2、3至4、4至5、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19及19至20之間的核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵,且其中各胞嘧啶為5-甲基胞嘧啶。
在某些實施例中,827599號化合物之特徵為以下化學記法:Aes mCeo Aes Ges Aes Tds Ads Tds Tds Tds Tds Tds Gds Tds Tds mCeo Teo Ges mCes mCe;其中,A=腺嘌呤核鹼基,mC=5-甲基胞嘧啶核鹼基,G=鳥嘌呤核鹼基,T=胸腺嘧啶核鹼基,e=2'-MOE修飾之糖,d=2'-去氧核糖,s=硫代磷酸酯核苷間鍵,且o=磷酸二酯核苷間鍵。
VIII.某些比較組合物
在某些實施例中,5-10-5 MOE間隔體387978號化合物為比較化合物,其序列為(自5'至3')TCCTTGGCCTTTGAAAGTCC(以SEQ ID NO:21之形式併入本文中),其中各核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵,各胞嘧啶為5-甲基胞嘧啶,且核苷1-5及16-20(自5'至3')中之每一者包含2'-MOE修飾之糖,其先前描述於WO 2012/068405中,該專利以引用之方式併入本文中。選擇387978號化合物為比較化合物,因為其如WO 2012/068405中所描述在各種研究中在減少入類SNCA mRNA之多劑量研究中為有效的而無明顯毒性。因此,基於WO 2012/068405之揭示內容,認為387978號化合物為有效的且具有可接受之耐受性型態。
在某些實施例中,5-10-5 MOE間隔體387985號化合物為比較化合物,其序列為(自5'至3')CCAACATTTGTCACTTGCTC(以SEQ ID NO:22之形式併入本文中),其中各核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵,各胞嘧啶為5-甲基胞嘧啶,且核苷1-5及16-20(自5'至3')中之每一者包含2'-MOE修飾之糖,其先前描述於WO 2012/068405中,該專利以引用之方式併入本文中。選擇387985號化合物為比較化合物,因為其如WO 2012/068405中所描述在各種研究中在減少人類SNCA mRNA之多劑量研究中為有效的而無明顯毒性。因此,基於WO 2012/068405之揭示內容,認為387985號化合物為有效的且具有可接受之耐受性型態。
在某些實施例中,本文所描述之化合物相對於WO 2012/068405中所描述之化合物為優良的,因為其展示一或多種改良之特性,諸如效能及耐受性。
化合物763085
舉例而言,如實例10(下文)中所提供,在SHSH-SY5Y細胞中,當在0.44μM、1.33μM、4.00μM及12.00μM之濃度下測試時,化合物763085展現<0.44μM之IC50
。比較化合物387985在相同研究中展現5.00μM之IC50
。因此,在此分析中化合物763085顯然比比較化合物387985更有效。
舉例而言,如實例11(下文)中所提供,在SHSH-SY5Y細胞中,當在0.032μM、0.160μM、0.800μM、4.000μM及20.000μM之濃度下測試時,化合物763085展現0.47μM之IC50
。比較化合物387985在相同研究中展現4.20μM之IC50
。因此,在此分析中化合物763085顯然比比較化合物387985更有效。
舉例而言,如實例17(下文)中所提供,在野生型C57/Bl6小鼠中,當藉由ICV投與用700μg之寡核苷酸處理時在3小時之後,化合物763085展現0.8及1.3之功能觀測實驗組合(FOB)得分,而比較化合物387985展現6.0之FOB得分。因此,在此分析中化合物763085顯然比比較化合物387985更可耐受。
化合物763364
舉例而言,如實例10(下文)中所提供,在SHSH-SY5Y細胞中,當在0.44μM、1.33μM、4.00μM及12.00μM之濃度下測試時,化合物763364展現<0.44μM之IC50
。比較化合物387985在相同研究中展現5.00μM之IC50
。因此,在此分析中化合物763364顯然比比較化合物387985更有效。
舉例而言,如實例11(下文)中所提供,在SHSH-SY5Y細胞中,當在0.032μM、0.160μM、0.800μM、4.000μM及20.000μM之濃度下測試時,化合物763364展現0.86μM之IC50
。比較化合物387985在相同研究中展現4.20μM之IC50
。因此,在此分析中化合物763364顯然比比較化合物387985更有效。
化合物763391
舉例而言,如實例10(下文)中所提供,在SHSH-SY5Y細胞中,當在0.44μM、1.33μM、4.00μM及12.00μM之濃度下測試時,化合物763391展現0.94μM及2.49μM之IC50
。比較化合物387985在相同研究中展現5.00μM之IC50
。因此,在此分析中化合物763391顯然比比較化合物387985更有效。
舉例而言,如實例11(下文)中所提供,在SHSH-SY5Y細胞中,當在0.032μM、0.160μM、0.800μM、4.000μM及20.000μM之濃度下測試時,化合物763391展現1.10μM之IC50
。比較化合物387985在相同研究中展現4.20μM之IC50
。因此,在此分析中化合物763391顯然比比較化合物387985更有效。
舉例而言,如實例17(下文)中所提供,在野生型C57/Bl6小鼠中,當藉由ICV投與用700μg之寡核苷酸處理時在3小時之後,化合物763391展現0.0及2.3之FOB得分,而比較化合物387985展現6.0之FOB得分。因此,在此分析中化合物763391顯然比比較化合物387985更可耐受。
舉例而言,如實例18(下文)中所提供,在斯普雷格多利大鼠(Sprague Dawley rat)中,當藉由IT投與用3mg之寡核苷酸處理時在3小時之後,化合物
763391展現0.0及1.3之FOB得分,而比較化合物387985展現3.8之FOB得分。因此,在此分析中化合物763391顯然比比較化合物387985更可耐受。
化合物789243
舉例而言,如實例10(下文)中所提供,在SHSH-SY5Y細胞中,當在0.44μM、1.33μM、4.00μM及12.00μM之濃度下測試時,化合物789243展現2.40μM之IC50
。比較化合物387985在相同研究中展現5.00μM之IC50
。因此,在此分析中化合物789243顯然比比較化合物387985更有效。
舉例而言,如實例11(下文)中所提供,在SHSH-SY5Y細胞中,當在0.032μM、0.160μM、0.800μM、4.000μM及20.000μM之濃度下測試時,化合物789243展現2.25μM及1.90μM之IC50
。比較化合物387985在相同研究中展現4.20μM之IC50
。因此,在此分析中化合物789243顯然比比較化合物387985更有效。
舉例而言,如實例17(下文)中所提供,在野生型C57/Bl6小鼠中,當藉由ICV投與用700μg之寡核苷酸處理時在3小時之後,化合物789243展現0.3及0.0之FOB得分,而比較化合物387985展現6.0之FOB得分。因此,在此分析中化合物789243顯然比比較化合物387985更可耐受。
舉例而言,如實例18(下文)中所提供,在斯普雷格多利大鼠中,當藉由IT投與用3mg之寡核苷酸處理時在3小時之後,化合物789243展現1.8及1.5之FOB得分,而比較化合物387985展現3.8之FOB得分。因此,在此分析中化合物789243顯然比比較化合物387985更可耐受。
化合物827599
舉例而言,如實例10(下文)中所提供,在SHSH-SY5Y細胞中,當在0.44μM,1.33μM,4.00μM及12.00μM之濃度下測試時,化合物827599展現0.40μM μM之IC50
。比較化合物387985在相同研究中展現5.00μM之IC50
。
因此,在此分析中化合物827599顯然比比較化合物387985更有效。
舉例而言,如實例11(下文)中所提供,在SHSH-SY5Y細胞中,當在0.032μM、0.160μM、0.800μM、4.000μM及20.000μM之濃度下測試時,化合物827599展現0.40μM之IC50
。比較化合物387985在相同研究中展現4.20μM之IC50
。因此,在此分析中化合物827599顯然比比較化合物387985更有效。
舉例而言,如實例17(下文)中所提供,在野生型C57/Bl6小鼠中,當藉由ICV投與用700μg之寡核苷酸處理時在3小時之後,化合物827599展現0.0之FOB得分,而比較化合物387985展現6.0之FOB得分。因此,在此分析中化合物827599顯然比比較化合物387985更可耐受。
舉例而言,如實例18(下文)中所提供,在斯普雷格多利大鼠中,當藉由IT投與用3mg之寡核苷酸處理時在3小時之後,化合物827599展現2.0之FOB得分,而比較化合物387985展現3.8之FOB得分。因此,在此分析中化合物827599顯然比比較化合物387985更可耐受。
IX.某些熱點區
1. SEQ ID NO:2之核鹼基50915-50943
在某些實施例中,SEQ ID NO:2之核鹼基50915-50943包含熱點區。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO:2之核鹼基50915-50943互補。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸的長度為17或20個核鹼基。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為間隔體。在某些實施例中,間隔體為MOE間隔體或混合之cEt及MOE間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵及磷酸二酯核苷間鍵。
SEQ ID NO:243、1601-1603及2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196及2197之核鹼基序列與SEQ ID NO:2之核鹼基50915-50943互補。
在某些實施例中,在標準細胞分析中,與SEQ ID NO:2之核鹼基50915-50943互補的經修飾之寡核苷酸達成至少45%之活體外SNCA RNA減少。
2. SEQ ID NO:2之核鹼基19630-19656
在某些實施例中,SEQ ID NO:2之核鹼基19630-19656包含熱點區。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO:2之核鹼基19630-19656互補。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸的長度為17或20個核鹼基。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為間隔體。在某些實施例中,間隔體為MOE間隔體或混合之cEt及MOE間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之核苷係藉由硫代磷酸酯核苷間鍵及磷酸二酯核苷間鍵而連接。
SEQ ID NO:1103、1700、1701、1702、1703、1704、1705、1706及1707之核鹼基序列與SEQ ID NO:2之核鹼基19630-19656互補。
在某些實施例中,在標準細胞分析中,與SEQ ID NO:2之核鹼基19630-19656互補的經修飾之寡核苷酸達成至少48%之活體外SNCA RNA減少。
3. SEQ ID NO:2之核鹼基28451-28491
在某些實施例中,SEQ ID NO:2之核鹼基28451-28491包含熱點區。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO:2之核鹼基28451-28491互補。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸的長度為17或20個核鹼基。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為間隔體。在某些實施例中,間隔體為MOE間隔體或混合之cEt及MOE間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之核苷係藉由硫代磷酸酯核苷間鍵及磷酸二酯核苷間鍵而連接。
SEQ ID NO:1168、1882、1883、1884、1885、1886、1887、1888、1889、1890、1891、1892及1893之核鹼基序列與SEQ ID NO:2之核鹼基28451-28491互補。
在某些實施例中,在標準細胞分析中,與SEQ ID NO:2之核鹼基
28451-28491互補的經修飾之寡核苷酸達成至少47%之活體外SNCA RNA減少。
4. SEQ ID NO:2之核鹼基48712-48760
在某些實施例中,SEQ ID NO:2之核鹼基48712-48760包含熱點區。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO:2之核鹼基48712-48760互補。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸的長度為17或20個核鹼基。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為間隔體。在某些實施例中,間隔體為MOE間隔體或混合之cEt及MOE間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之核苷係藉由硫代磷酸酯核苷間鍵及磷酸二酯核苷間鍵而連接。
SEQ ID NO:471、1585-1588及2157-2166之核鹼基序列與SEQ ID NO:2之核鹼基48712-48760互補。
在某些實施例中,在標準細胞分析中,與SEQ ID NO:2之核鹼基48712-48760互補的經修飾之寡核苷酸達成至少40%之活體外SNCA RNA減少。
5. SEQ ID NO:2之核鹼基23279-23315
在某些實施例中,SEQ ID NO:2之核鹼基23279-23315包含熱點區。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO:2之核鹼基23279-23315互補。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸的長度為17或20個核鹼基。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為間隔體。在某些實施例中,間隔體為MOE間隔體或混合之cEt及MOE間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之核苷係藉由硫代磷酸酯核苷間鍵及磷酸二酯核苷間鍵而連接。
SEQ ID NO:164、1130-1133及1797-1810之核鹼基序列與SEQ ID NO:2之核鹼基23279-23315互補。
在某些實施例中,在標準細胞分析中,與SEQ ID NO:2之核鹼基23279-23315互補的經修飾之寡核苷酸達成至少57%之活體外SNCA RNA減少。
6. SEQ ID NO:2之核鹼基20964-21018
在某些實施例中,SEQ ID NO:2之核鹼基20964-21018包含熱點區。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO:2之核鹼基20964-21018互補。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸的長度為17或20個核鹼基。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為間隔體。在某些實施例中,間隔體為MOE間隔體或混合之cEt及MOE間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之核苷係藉由硫代磷酸酯核苷間鍵及磷酸二酯核苷間鍵而連接。
SEQ ID NO:391、468、1112-1116及1723-1741之核鹼基序列與SEQ ID NO:2之核鹼基20964-21018互補。
在某些實施例中,在標準細胞分析中,與SEQ ID NO:2之核鹼基20964-21018互補的經修飾之寡核苷酸達成至少42%之活體外SNCA RNA減少。
7. SEQ ID NO:2之核鹼基22454-22477
在某些實施例中,SEQ ID NO:2之核鹼基22454-22477包含熱點區。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO:2之核鹼基22454-22477互補。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸的長度為17或20個核鹼基。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為間隔體。在某些實施例中,間隔體為MOE間隔體或混合之cEt及MOE間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之核苷係藉由硫代磷酸酯核苷間鍵及磷酸二酯核苷間鍵而連接。
SEQ ID NO:88、1123-1126及1778-1782之核鹼基序列與SEQ ID NO:2之核鹼基22454-22477互補。
在某些實施例中,在標準細胞分析中,與SEQ ID NO:2之核鹼基22454-22477互補的經修飾之寡核苷酸達成至少50%之活體外SNCA RNA減少。
8. SEQ ID NO:2之核鹼基72294-72321
在某些實施例中,SEQ ID NO:2之核鹼基72294-72321包含熱點區。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO:2之核鹼基72294-72321互
補。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸的長度為17或20個核鹼基。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為間隔體。在某些實施例中,間隔體為MOE間隔體或混合之cEt及MOE間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之核苷係藉由硫代磷酸酯核苷間鍵及磷酸二酯核苷間鍵而連接。
SEQ ID NO:1323及2345-2353之核鹼基序列與SEQ ID NO:2之核鹼基72294-72321互補。
在某些實施例中,在標準細胞分析中,與SEQ ID NO:2之核鹼基72294-72321互補的經修飾之寡核苷酸達成至少58%之活體外SNCA RNA減少。
9. SEQ ID NO:2之核鹼基20549-20581
在某些實施例中,SEQ ID NO:2之核鹼基20549-20581包含熱點區。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO:2之核鹼基20549-20581互補。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸的長度為17或20個核鹼基。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為間隔體。在某些實施例中,間隔體為MOE間隔體或混合之cEt及MOE間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之核苷係藉由硫代磷酸酯核苷間鍵及磷酸二酯核苷間鍵而連接。
SEQ ID NO:314及1107-1110之核鹼基序列與SEQ ID NO:2之核鹼基20549-20581互補。
在某些實施例中,在標準細胞分析中,與SEQ ID NO:2之核鹼基20549-20581互補的經修飾之寡核苷酸達成至少58%之活體外SNCA RNA減少。
10. SEQ ID NO:2之核鹼基27412-27432
在某些實施例中,SEQ ID NO:2之核鹼基27412-27432包含熱點區。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO:2之核鹼基27412-27432互補。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸的長度為17或20個核鹼基。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸為間隔體。在某些實施例中,間隔體為MOE間隔體
或混合之cEt及MOE間隔體。在某些實施例中,經修飾之寡核苷酸之核苷係藉由硫代磷酸酯核苷間鍵及磷酸二酯核苷間鍵而連接。
SEQ ID NO:468、1113-1114及1163之核鹼基序列與SEQ ID NO:2之核鹼基27412-27432互補。
在某些實施例中,在標準細胞分析中,與SEQ ID NO:2之核鹼基27412-27432互補的經修飾之寡核苷酸達成至少62%之活體外SNCA RNA減少。
非限制性揭示內容及以引用之方式併入
本文所列舉之文獻及專利公開案中之每一者以全文引用之方式併入本文中。
雖然已特定地根據某些實施例描述了本文所描述之某些化合物、組合物及方法描述,但以下實例僅用於說明本文所描述之化合物且不旨在限制本文所描述之化合物。本申請案中敍述之參考文獻、GenBank登錄號及類似物中之每一者以全文引用之方式併入本文中。
雖然伴隨此申請之序列表按需要將各序列鑑定為「RNA」或「DNA」,實際上,彼等序列可用任何化學修飾之組合加以修飾。熟習此項技術者將容易瞭解,用於描述經修飾之寡核苷酸的諸如「RNA」或「DNA」之命名在某些情況下為任意的。舉例而言,可將包含含有2'-OH糖部分及胸腺嘧啶鹼基之核苷的寡核苷酸描述為具有經修飾之糖(2'-OH替代DNA之一個2'-H)的DNA或描述為具有經修飾之鹼基(胸腺嘧啶(甲基化尿嘧啶)替代RNA之尿嘧啶)的RNA。因此,本文所提供之核酸序列,包括但不限於序列表中之彼等核酸序列,旨在涵蓋含有天然或經修飾之RNA及/或DNA之任何組合的核酸,包括但不限於具有經修飾之核鹼基的此類核酸。再舉一例且不限於,具有核鹼基序列「ATCGATCG」之寡聚化合物涵蓋具有經修飾或未經修飾之此類核鹼基序列的任何寡聚化合物,包括但不限於包含RNA鹼基之此類化合物,諸如具有序列「AUCGAUCG」
之彼等化合物及具有一些DNA鹼基及一些RNA鹼基,諸如「AUCGATCG」之彼等化合物及具有其他經修飾之核鹼基,諸如「ATm
CGAUCG」之寡聚化合物,其中m
C指示在5-位置包含甲基之胞嘧啶鹼基。
本文所描述之某些化合物(例如經修飾之寡核苷酸)具有一或多個不對稱中心且因此產生對映異構體、非對映異構體及其他立體異構體組態,其可根據絕對立體化學定義為(R)或(S)、α或β(諸如對於糖變旋異構物)或(D)或(L)(諸如對於胺基酸)等。本文所提供之繪製或描述為具有某些立體異構體組態之化合物僅包括所指示之化合物。除非另外指明,否則本文所提供之繪製或描述為具有不確定之立體化學的化合物包括所有此類可能之異構體,包括其立構無規及光學純形式。同樣地,除非另外指出,否則亦包括本文中之化合物的互變異構體形式。除非另外指出,否則本文所描述之化合物意欲包括對應鹽形式。
本文所描述之化合物包括其中一或多個原子經所指示元素之非放射性同位素或放射性同位素置換的變化型式。舉例而言,本文中之包含氫原子的化合物涵蓋所有可能之氘對1
H氫原子中之每一者的取代。由本文中之化合物涵蓋的同位素取代包括但不限於:2
H或3
H替代1
H、13
C或14
C替代12
C、15
N替代14
N、17
O或18
O替代16
O及33
S、34
S、35
S或36
S替代32
S。在某些實施例中,非放射性同位素取代可賦予寡聚化合物有益於用作治療或研究工具之新的特性。在某些實施例中,放射性同位素取代可使得化合物適合用於研究或診斷目的,諸如成像。
實例
以下實例說明本發明之某些實施例且不具限制性。此外,在提供特定實施例之情況下,本發明人考慮了彼等特定實施例之通用應用。舉例而言,具有特定基元之寡核苷酸的揭示內容為具有相同或類似基元之其他寡核苷酸提供合理支持。且除非另外指出,否則舉例而言,在特定位置出現特定高親和力
修飾之情況下,在相同位置之其他高親和力修飾被視為適合的。
實例1:具有混合核苷間鍵之5-8-4 MOE及cEt間隔體對活體外人類SNCA之影響,單劑量
設計與人類SNCA核酸互補之經修飾之寡核苷酸且測試其對活體外SNCA mRNA之影響。在具有類似培養條件之一系列實驗中測試經修飾之寡核苷酸。
使用電穿孔用7,000nM濃度之經修飾之寡核苷酸轉染每孔20,000個細胞之密度的經培養之SH-SY5Y細胞,或對於未經處理之對照不使用經修飾之寡核苷酸。在約24小時之後,自細胞分離RNA且藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。使用人類引物探針組RTS2621(正向序列ACGAACCTGAAGCCTAAGAAATATCT,本文中命名為SEQ ID NO:11;反向序列GAGCACTTGTACAGGATGGAACAT,本文中命名為SEQ ID NO:12;探針序列TGCTCCCAAGTTTCTTGAGATCTGCTGACA,本文中命名為SEQ ID:13)量測mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照細胞的SNCA mRNA之量的減少百分比的形式呈現於以下表格中(此等條件描述「標準細胞分析」)。用星號(*)標記之經修飾之寡核苷酸靶向引物探針組之擴增子區。可使用其他分析量測靶向擴增子區之寡核苷酸的效能及功效。亦測試先前揭示於WO 2012/068405中之387978號化合物且作為比較寡核苷酸。387978號化合物為5-10-5 MOE間隔體,其中各核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵且各胞嘧啶殘基為5-甲基胞嘧啶。
表1-7中之經修飾之寡核苷酸為5-8-4混合之MOE及cEt間隔體。間隔體之長度為17個核鹼基,其中中心間隔片段包含八個2'-去氧核苷且側接5'端之包含五個2'-MOE核苷之翼片段及3'端之包含兩個cEt核苷及兩個2'-MOE核苷之翼片段。間隔體之糖基元為(自5'至3'):eeeeeddddddddkkee;其中『d』
表示2'-去氧核糖;『e』表示2'-MOE修飾之糖;且『k』表示cEt修飾之糖。各間隔體中之所有胞嘧啶殘基均為5-甲基胞嘧啶。核苷間鍵為混合之磷酸二酯及硫代磷酸酯鍵聯。間隔體之核苷間鍵基元為(自5'至3'):sooosssssssssoss;其中『o』表示磷酸二酯核苷間鍵且『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵。「起始位點」指示在人類核酸序列中與間隔體互補之最5'核苷。「終止位點」指示在人類核酸序列中與間隔體互補之最3'核苷。
以下表格中所列之各經修飾之寡核苷酸與如所指示之人類SNCA核酸序列SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6互補。『N/A』表明經修飾之寡核苷酸不以100%互補性與該特定核酸互補。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如下文所示,與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸使人類SNCA mRNA之量減少。
實例2:具有混合之核苷間鍵的4-9-4 MOE及cEt間隔體對活體外人類SNCA之影響,單劑量
設計與人類SNCA核酸互補之經修飾之寡核苷酸且如實例1中所描述測試其對活體外SNCA mRNA之影響。在具有類似培養條件之一系列實驗中
測試經修飾之寡核苷酸。
用星號(*)標記之經修飾之寡核苷酸靶向引物探針組之擴增子區。可使用其他分析量測靶向擴增子區之寡核苷酸的效能及功效。亦測試先前揭示於WO 2012/068405中之387978號化合物且作為比較寡核苷酸。387978號化合物為5-10-5 MOE間隔體,其中各核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵且各胞嘧啶殘基為5-甲基胞嘧啶。
表7-13中之經修飾之寡核苷酸為4-9-4 MOE及cEt間隔體。間隔體之長度為17個核鹼基,其中中心間隔片段包含九個2'-去氧核苷且側接在5'端與3'端且包含兩個2'-MOE核苷及兩個cEt核苷之翼片段。間隔體之糖基元為(自5'至3'):eekkdddddddddkkee;其中『d』表示2'-去氧核糖;『e』表示2'-MOE修飾之糖;且『k』表示cEt修飾之糖。各間隔體中之所有胞嘧啶殘基均為5-甲基胞嘧啶。核苷間鍵為混合之磷酸二酯及硫代磷酸酯鍵聯。間隔體之核苷間鍵基元為(自5'至3'):sooosssssssssoss;其中『o』表示磷酸二酯核苷間鍵且『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵。「起始位點」指示在人類核酸序列中與間隔體互補之最5'核苷。「終止位點」指示在人類核酸序列中與間隔體互補之最3'核苷。
以下表格中所列之各經修飾之寡核苷酸與如所指示之人類SNCA核酸序列SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2互補。『N/A』表明經修飾之寡核苷酸不以100%互補性與該特定核酸互補。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如下文所示,與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸使人類SNCA mRNA之量減少。
實例3:具有混合之核苷間鍵的4-9-4 MOE及cEt間隔體對活體外人類SNCA之影響,單劑量
設計與人類SNCA核酸互補之經修飾之寡核苷酸且如實例1中所描述測試其對活體外SNCA mRNA之影響。在具有類似培養條件之一系列實驗中測試經修飾之寡核苷酸。
表14-23中之經修飾之寡核苷酸為4-9-4 MOE及cEt間隔體。間隔體之長度為17個核鹼基,其中中心間隔片段包含九個2'-去氧核苷且側接在5'端與3'端且包含兩個2'-MOE核苷及兩個cEt核苷之翼片段。間隔體之糖基元為(自5'至3'):eekkdddddddddkkee;其中『d』表示2'-去氧核糖;『e』表示2'-MOE修飾之糖;且『k』表示cEt修飾之糖。各間隔體中之所有胞嘧啶殘基均為5-甲基胞嘧啶。核苷間鍵為混合之磷酸二酯及硫代磷酸酯鍵聯。間隔體之核苷間鍵基元為(自5'至3'):sooosssssssssoss;其中『o』表示磷酸二酯核苷間鍵且『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵。「起始位點」指示在人類核酸序列中與間隔體互補之最5'核苷。「終止位點」指示在人類核酸序列中與間隔體互補之最3'核苷。
以下表格中所列之各經修飾之寡核苷酸與如所指示之人類SNCA核酸序列SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6互補。『N/A』表明經修飾之寡核苷酸不以100%互補性與該特定核酸互補。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如下文所示,與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸使人類SNCA mRNA之量減少。
實例4:具有混合之核苷間鍵的4-9-4 MOE及cEt間隔體對活體外人類SNCA之影響,單劑量
設計與人類SNCA核酸互補之經修飾之寡核苷酸且測試其對活體外SNCA mRNA之影響。在具有類似培養條件之一系列實驗中測試經修飾之寡核苷酸。
使用電穿孔用1,000nM濃度之經修飾之寡核苷酸轉染每孔20,000個細胞之密度的經培養之SH-SY5Y細胞,或對於未經處理之對照不使用經修飾之寡核苷酸。在約24小時之後,自細胞分離RNA且如實例1中所描述使用人類引物探針組RTS2621藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照細胞的SNCA mRNA之量的減少百分比之形式呈現於以下表格中。
表24-28中之經修飾之寡核苷酸為4-9-4 MOE及cEt間隔體。間隔體
之長度為17個核鹼基,其中中心間隔片段包含九個2'-去氧核苷且側接在5'端與3'端且包含兩個2'-MOE核苷及兩個cEt核苷之翼片段。間隔體之糖基元為(自5'至3'):eekkdddddddddkkee;其中『d』表示2'-去氧核糖;『e』表示2'-MOE修飾之糖;且『k』表示cEt修飾之糖。各間隔體中之所有胞嘧啶殘基均為5-甲基胞嘧啶。核苷間鍵為混合之磷酸二酯及硫代磷酸酯鍵聯。間隔體之核苷間鍵基元為(自5'至3'):sooosssssssssoss;其中『o』表示磷酸二酯核苷間鍵且『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵。「起始位點」指示在人類核酸序列中與間隔體互補之最5'核苷。「終止位點」指示在人類核酸序列中與間隔體互補之最3'核苷。
以下表格中所列之各經修飾之寡核苷酸與如所指示之人類SNCA核酸序列SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6互補。『N/A』表明經修飾之寡核苷酸不以100%互補性與該特定核酸互補。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如下文所示,與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸使人類SNCA mRNA之量減少。
實例5:具有混合之核苷間鍵的5-10-5 MOE間隔體對活體外人類SNCA之影響,單劑量
設計與人類SNCA核酸互補之經修飾之寡核苷酸且測試其對活體外SNCA mRNA之影響。在具有類似培養條件之一系列實驗中測試經修飾之寡核苷酸。
使用電穿孔用4,000nM濃度之經修飾之寡核苷酸轉染每孔20,000個細胞之密度的經培養之SH-SY5Y細胞,或對於未經處理之對照不使用經修飾之寡核苷酸。在約24小時之後,自細胞分離RNA且如實例1中所描述使用人類引物探針組RTS2621藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照細胞的SNCA mRNA之量的減少百分比之形式呈現於以下表格中。
表29-44中之經修飾之寡核苷酸為5-10-5 MOE間隔體。間隔體之長度為20個核鹼基,其中中心間隔片段包含十個2'-去氧核苷且側接在5'端與3'端且各包含五個2'-MOE核苷之翼片段。間隔體之糖基元為(自5'至3'):eeeeeddddddddddeeeee;其中『d』表示2'-去氧核糖且『e』表示2'-MOE修飾之糖。各間隔體中之所有胞嘧啶殘基均為5-甲基胞嘧啶。核苷間鍵為混合之磷酸二酯及硫代磷酸酯鍵聯。間隔體之核苷間鍵基元為(自5'至3'):sooosssssssssssooss;其中『o』表示磷酸二酯核苷間鍵且『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵。「起始位點」指示在人類核酸序列中與間隔體互補之最5'核苷。「終止位點」指示在人類核酸序列中與間隔體互補之最3'核苷。
以下表格中所列之各經修飾之寡核苷酸與如所指示之人類SNCA核酸序列SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2互補。『N/A』表明經修飾之寡核苷酸不以100%互補性與該特定核酸互補。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如下文所示,與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸使人類SNCA mRNA之量減少。
實例6:與人類SNCA互補之具有混合之核苷間鍵的間隔體的設計
設計與人類SNCA核酸互補之經修飾之寡核苷酸。表45中之經修飾之寡核苷酸為間隔體。間隔體具有中心間隔片段,其包含2'-去氧核苷且側接在5'端與3'端且包含2'-MOE核苷及cEt核苷之翼片段。各間隔體中之所有胞嘧啶殘基均為5-甲基胞嘧啶。核苷間鍵為混合之磷酸二酯核苷間鍵及硫代磷酸酯核苷間鍵。序列及化學記法欄指定序列,包括5-甲基胞嘧啶、糖化學及核苷間鍵化學,其中下標『d』表示2'-去氧核糖;下標『e』表示2'-MOE修飾之糖;下標『k』表示cEt修飾之糖;下標『o』表示磷酸二酯核苷間鍵;下標『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵;且胞嘧啶殘基前之『m』上標指示5-甲基胞嘧啶。「起始位點」指示在人類核酸序列中與間隔體互補之最5'核苷。「終止位點」指示在人類核酸序列中與間隔體互補之最3'核苷。
以下表格中所列之各經修飾之寡核苷酸與如所指示之人類SNCA核酸序列SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:5互補。『N/A』表明經修飾之寡核苷酸不以100%互補性與該特定核酸互補。
實例7:經修飾之寡核苷酸對活體外人類SNCA之影響,多劑量
在SH-SY5Y細胞中在各種劑量下測試選自以上實例之經修飾之寡核苷酸。亦測試比較寡核苷酸387978。以每孔20,000個細胞之密度塗鋪細胞且
使用電穿孔如以下表格中所指定用0.55μM、1.67μM、5.00μM及15.00μM濃度之經修飾之寡核苷酸進行轉染。在約24小時之處理時間之後,自細胞分離全部RNA且藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。使用人類SNCA引物探針組RTS2621(上文在實例1中所描述)量測mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照的SNCA mRNA之量的減少百分比之形式呈現於以下表格中。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如以下表格中所說明,在經修飾之寡核苷酸處理之細胞中SNCA mRNA含量以劑量依賴性方式降低。使用Prism6軟體使用「log(抑制劑)vs.響應-可變斜率(4個參數)」公式計算IC50。
實例8:經修飾之寡核苷酸對活體外人類SNCA之影響,多劑量
在SH-SY5Y細胞中在各種劑量下測試選自以上實例之經修飾之寡核苷酸。以每孔20,000個細胞之密度塗鋪細胞且使用電穿孔如以下表格中所指定用0.48μM、1.44μM、4.33μM及13.00μM濃度之經修飾之寡核苷酸進行轉染。在約24小時之處理時間之後,自細胞分離全部RNA且藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。使用人類SNCA引物探針組RTS2621(上文在實例1
中所描述)量測mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照的SNCA mRNA之量的減少百分比之形式呈現於以下表格中。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如以下表格中所說明,在經修飾之寡核苷酸處理之細胞中SNCA mRNA含量以劑量依賴性方式降低。
實例9:經修飾之寡核苷酸對活體外人類SNCA之影響,多劑量
在SH-SY5Y細胞中在各種劑量下測試選自以上實例之經修飾之寡核苷酸。亦測試比較寡核苷酸397978。以每孔20,000個細胞之密度塗鋪細胞且使用電穿孔如以下表格中所指定用0.11μM、0.33μM、1.00μM及3.00μM濃度之經修飾之寡核苷酸進行轉染。在約24小時之處理時間之後,自細胞分離全部RNA且藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。使用人類SNCA引物探針組RTS2621(上文在實例1中所描述)量測mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照的SNCA mRNA之量的減少百分比之形式呈現於以下表格中。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如以下表格中所說明,在經修飾之寡核苷酸處理之細胞中SNCA mRNA含量以劑量依賴性方式降低。
實例10:經修飾之寡核苷酸對活體外人類SNCA之影響,多劑量
在SH-SY5Y細胞中在各種劑量下測試選自以上實例之經修飾之寡核苷酸。亦測試先前揭示於WO 2012/068405中之387985號化合物且作為比較寡核苷酸。以每孔20,000個細胞之密度塗鋪細胞且使用電穿孔如以下表格中所指定用0.44μM、1.33μM、4.00μM及12.00μM濃度之經修飾之寡核苷酸進行轉染。在約24小時之處理時間之後,自細胞分離全部RNA且藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。使用人類SNCA引物探針組RTS2621(上文在實例1中所描述)量測mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照的SNCA mRNA之量的減少百分比之形式呈現於以下表格中。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如以下表格中所說明,在經修飾之寡核苷酸處理之細胞中SNCA mRNA含量以劑量依賴性方式降低。
實例11:經修飾之寡核苷酸對活體外人類SNCA之影響,多劑量
在SH-SY5Y細胞中在各種劑量下測試選自以上實例之經修飾之寡核苷酸。亦測試先前揭示於WO 2012/068405中之387985號化合物且作為比較寡核苷酸。以每孔20,000個細胞之密度塗鋪細胞且使用電穿孔如以下表格中所指定用0.032μM、0.160μM、0.800μM、4.000μM及20.000μM濃度之經修飾之寡核苷酸進行轉染。在約24小時之處理時間之後,自細胞分離全部RNA且藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。使用人類SNCA引物探針組RTS2621(上文在實例1中所描述)量測mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之
總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照的SNCA mRNA之量的減少百分比之形式呈現於以下表格中。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如以下表格中所說明,在經修飾之寡核苷酸處理之細胞中SNCA mRNA含量以劑量依賴性方式降低。
實例12:經修飾之寡核苷酸對活體外人類SNCA之影響,多劑量
在A431細胞中在各種劑量下測試選自以上實例之經修飾之寡核苷酸。以每孔5,000個細胞之密度塗鋪細胞且藉由自由攝取如以下表格中所指定用0.032μM、0.160μM、0.800μM、4.000μM及20.000μM濃度之經修飾之寡核苷
酸進行轉染。在約24小時之處理時間之後,自細胞分離全部RNA且藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。使用人類SNCA引物探針組RTS2621(上文在實例1中所描述)量測mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照的SNCA mRNA之量的減少百分比之形式呈現於以下表格中。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如以下表格中所說明,在經修飾之寡核苷酸處理之細胞中SNCA mRNA含量以劑量依賴性方式降低。
實例13:經修飾之寡核苷酸對活體外恆河猴SNCA之影響,多劑量
上文描述之經修飾之寡核苷酸中之若干與恆河猴互補。在LLC-MK2猴細胞中在各種劑量下對選自以上實例之人類-猴交叉反應性經修飾之寡核苷酸進行測試。以每孔20,000個細胞之密度塗鋪細胞且使用電穿孔如下表中所指定用6.9nM、20.5nM、61.8nM、185.2nM、500.0nM、1700.0nM、5000.0nM及15,000.0nM濃度之經修飾之寡核苷酸進行轉染。在約24小時之處理時間之後,自細胞分離全部RNA且藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。使用人類
SNCA引物探針組RTS2621(上文在實例1中所描述)量測mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照的SNCA mRNA之量的減少百分比之形式呈現於以下表格中。各寡核苷酸之半數最大抑制濃度(IC50
)亦呈現於下表中。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如以下表格中所說明,在經修飾之寡核苷酸處理之細胞中SNCA mRNA含量以劑量依賴性方式降低。
實例14:經修飾之寡核苷酸對活體外猴SNCA之影響,多劑量
上文描述之經修飾之寡核苷酸中之若干與恆河猴互補。在LLC-MK2猴細胞中在各種劑量下對選自以上實例之人類-猴交叉反應性經修飾之寡核苷酸進行測試。在下表中標記了與恆河猴序列具有1-3處錯配之經修飾之寡核苷酸。以每孔20,000個細胞之密度塗鋪細胞且使用電穿孔如下表中所指定用0.032μM、0.160μM、0.800μM、4.000μM及20.000μM濃度之經修飾之寡核苷酸進行轉染。在約24小時之處理時間之後,自細胞分離全部RNA且藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。使用人類SNCA引物探針組RTS2621(上文在實例1中所描述)量測mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照的SNCA mRNA之
量的減少百分比之形式呈現於以下表格中。如以下表格中所說明,在經修飾之寡核苷酸處理之細胞中SNCA mRNA含量以劑量依賴性方式降低。
實例15:經修飾之寡核苷酸藉由自由攝取對人類神經元中之人類SNCA的影響,單劑量
測試所選擇之與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸在活體外藉由自由攝取對人類神經元中之SCNA mRNA含量的影響。以每孔35,000個細胞之密度塗鋪人類IPS-細胞源性神經元。在約24小時之後,添加20μM經修飾之寡核苷酸且與經培養之細胞一起孵育7天。在7天之後,自細胞分離全部RNA且藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。使用人類SNCA引物探針組RTS2621(上文在實例1中所描述)量測mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照細胞的SNCA mRNA之量的減少百分比之形式呈現於以下表格中。如下文所示,與人
類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸使人類SNCA mRNA之量減少。
實例16:經修飾之寡核苷酸藉由自由攝取對人類神經元中之人類SNCA的影響,多劑量
測試所選擇之與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸在活體外藉由自由攝取對人類神經元中之SCNA mRNA含量的影響。以每孔35,000個細胞之密度塗鋪人類IPS-細胞源性神經元且與247.00nM、740.70nM、2.22μM、6.66μM或20.00μM寡核苷酸一起孵育。在約5天之處理時間之後,自細胞分離全部RNA且藉由定量實時PCR量測SNCA mRNA含量。使用人類SNCA引物探針組
RTS2621(上文在實例1中所描述)量測mRNA含量。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量調節SNCA mRNA含量。結果以相對於未經處理之對照細胞的SNCA mRNA之量的減少百分比之形式呈現於以下表格中。0%減少之值表明化合物不影響或增加細胞中之mRNA濃度。如下文所示,與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸使人類SNCA mRNA之量減少。
實例17:在小鼠中與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸的耐受性,700μg劑量
在小鼠中測試上文所描述之經修飾之寡核苷酸以評估寡核苷酸之耐受性。亦測試先前揭示於WO 2012/068405中之387985號化合物且作為比較寡核苷酸。野生型C57/B16小鼠各接受700μg單一ICV劑量之下表中所列之寡核苷酸。各處理組由4個小鼠組成。一組之四個小鼠接受PBS作為陰性對照。在注射後3小時時,根據7個不同準則評估小鼠。準則為(1)小鼠為聰明的、警覺的且具反應性;(2)在沒有刺激之情況下小鼠站立或弓起背部;(3)在沒有刺激之情況下小鼠顯示任何移動;(4)小鼠在其被提起之後展示向前之移動;(5)小鼠在其被提起之後展示任何移動;(6)小鼠對尾部夾捏作出反應;(7)均勻呼吸。對於7個準則中之每一者,若小鼠滿足準則,則給予小鼠子得分0,且若其不滿足,則為1(功能觀測實驗組合得分或FOB)。在評估所有7個準則之後,對各小鼠之
得分求和且在各處理組內取平均值。結果呈現於下表中。
實例18:在大鼠中與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸的耐受性,3mg劑量
在大鼠中測試上文所描述之經修飾之寡核苷酸以評估寡核苷酸之耐受性。亦測試先前揭示於WO 2012/068405中之387985號化合物且作為比較寡核苷酸。斯普雷格多利大鼠各接受3mg單一鞘內(IT)劑量之下表中所列的寡核苷酸。各處理組由4個大鼠組成。一組之四個大鼠接受PBS作為陰性對照。在注射後3小時時,評估各大鼠身體7個不同部位之移動。7個身體部位為(1)大鼠之尾部;(2)大鼠之後面姿勢;(3)大鼠之後肢;(4)大鼠之後爪;(5)大鼠之前爪;
(6)大鼠之前面姿勢;(7)大鼠之頭部。對於7個不同身體部位中之每一者,若身體部位移動,則給予各大鼠子得分0,或者若身體部位癱瘓,則為1。在評估7個身體部位中之每一者之後,將各大鼠之子得分求和且然後對各組取平均值。舉例而言,若大鼠之尾部、頭部及所有其他所評估之身體部位在3mg IT劑量之後3小時時均移動,則其將得到總和得分0。若另一大鼠在3mg IT劑量之後3小時時不移動其尾部,但所有其他所評估之身體部位均移動,則其將得到得分1。以各處理組之平均得分之形式呈現結果。
實例19:與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸在轉基因小鼠中的效能
在使用含有整個野生型人類SNCA基因之細菌P1人工染色體(PAC)的SNCA PAC轉基因小鼠模型中測試上文所描述之經修飾之寡核苷酸。
處理
將SNCA PAC小鼠劃分成每組4-8個小鼠之組。用各化合物對兩個組進行測試。以10、30、100、300或700μg之劑量給予各組單次寡核苷酸ICV推注且在兩週後處死。PBS注射組充當與寡核苷酸處理之組比較的對照組。
RNA分析
在兩週之後,將小鼠處死且自皮質腦組織萃取RNA以進行量測SNCA之mRNA表現的實時PCR分析,使用引物探針組hSNCA LTS00672(正向序列TGGCAGAAGCAGCAGGAAA,本文中命名為SEQ ID NO:14;反向序列TCCTTGGTTTTGGAGCCTACA,本文中命名為SEQ ID NO:15;探針序列5'-FAM-CAAAAGAGGGTGTTCTC-3'MGB,本文中命名為SEQ ID NO:16)。以用親環素A校正之相對於PBS對照的mRNA變化百分比的形式呈現結果。
如下表中所示,與PBS對照相比用經修飾之寡核苷酸處理引起SNCA
mRNA之顯著減少。結果為兩個個別研究之組合。使用1%下之ROUT將動物自分析中移除以移除離群值。763085具有3個用ROUT分析移除之動物及1個手術未存活之動物。763364具有2個用ROUT分析移除之動物。763391具有一個以對照之253%的值移除之動物及3個手術未存活之動物。789243具有1個用ROUT分析移除之動物。827599具有4個用ROUT分析移除之動物。
實例20:與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸在轉基因小鼠中的效能
在使用含有整個野生型人類SNCA基因之細菌P1人工染色體(PAC)的SNCA PAC轉基因小鼠模型中測試上文所描述之經修飾之寡核苷酸。
處理
將SNCA PAC小鼠劃分成每組10個小鼠之組。用各化合物對兩個組進行測試。以10、30、100、300或700μg之劑量給予各組單次寡核苷酸ICV推注且在兩週後處死。PBS注射組充當與寡核苷酸處理之組比較的對照組。
RNA分析
在兩週之後,將小鼠處死且自皮質腦組織萃取RNA以進行量測SNCA之mRNA表現的實時PCR分析,使用引物探針組hSNCA LTS00672(正向序列TGGCAGAAGCAGCAGGAAA,本文中命名為SEQ ID NO:14;反向序列TCCTTGGTTTTGGAGCCTACA,本文中命名為SEQ ID NO:15;探針序列5'-FAM-CAAAAGAGGGTGTTCTC-3'MGB,本文中命名為SEQ ID NO:16)。以用親環素A校正之相對於PBS對照的mRNA變化百分比的形式呈現結果。
如下表中所示,與PBS對照相比用經修飾之寡核苷酸處理引起SNCA mRNA之顯著減少。使用1%下之ROUT將動物自分析中移除以移除離群值。下表中之值為所有組中10個動物之平均值,除了700μg劑量,其為7個動物之平均值。
實例21:靶向人類SNCA之經修飾之寡核苷酸在非人類靈長類動物中的效能,2週研究
進一步評估上文所描述之經修飾之寡核苷酸在非人類靈長類動物(NHP)中的效能。
處理
將雌性食蟹猴劃分成每組4個NHP之組。各組接受35mg之經修飾之寡核苷酸789243、763391、763364、763085或827599的單次IT推注。一組之NHP接受一劑量之人工腦脊髓液(aCSF)。aCSF注射組充當與寡核苷酸處理之組比較的對照組。在兩週之後,將NHP處死並收集組織用於分析。
RNA分析
如前一實例中自各種神經組織萃取RNA用於SNCA之mRNA表現之實時PCR分析。以用NHP親環素A校正之相對於aCSF對照的mRNA變化百分比的形式呈現結果。如下表中所示,用經修飾之寡核苷酸處理引起在一些處理組情況下與PBS對照相比之SNCA mRNA減少。對於763391,腰髄為3個NHP之平均值,因為一個腰部樣品僅能夠獲得馬尾(cauda aquina),且因此不來自腰部區域。
實例22:靶向人類SNCA之經修飾之寡核苷酸在非人類靈長類動物中的效能,13週研究
進一步評估上文所描述之經修飾之寡核苷酸在非人類靈長類動物(NHP)中的效能及耐受性。
處理
將雌性食蟹猴劃分成每組4個NHP之組。各組在第一天、第14天接受35mg IT推注劑量之化合物763391或化合物827599,然後每月一次達總共5個劑量。一組之NHP接受各劑量之aCSF而非寡核苷酸。aCSF注射組充當與寡核苷酸處理之組比較的對照組。在最後一次劑量之後一週時,將NHP處死並收集組織用於分析。
RNA分析
如以上實例中自各種神經組織萃取RNA用於SNCA之mRNA表現之實時PCR分析。以用猴親環素A校正之相對於aCSF對照的mRNA變化百分比的形式呈現結果。
如下表中所示,用經修飾之寡核苷酸處理引起與PBS對照相比之SNCA mRNA減少。
實例23:在野生型小鼠中在預形成之原纖維(PFF)模型中對SNCA病變之處理,預防性處理
實驗模型
如Luk等人,Science.2012年11月16日;338(6109):949-53中所描述,小鼠中之PFF(預形成之原纖維)模型為已用於研究對帕金森氏病之治療的實驗模型。單次紋狀體內注射預形成之SNCA原纖維產生帕金森氏病之路易體病變特徵。
經修飾之寡核苷酸
678363號化合物為與小鼠SNCA 100%互補之4-8-5 MOE及cEt間隔體,其序列為(自5'至3')TTTAATTACTTCCACCA(以SEQ ID NO:23之形式併入本文中),其糖基元為(自5'至3'):eeekddddddddkeeee;其中『d』表示2'-去氧核糖;『e』表示2'-MOE修飾之糖;且『k』表示cEt修飾之糖;且核苷間鍵基元為(自5'至3')soosssssssssooss;其中『o』表示磷酸二酯核苷間鍵且『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵。
實驗方案
根據下表對每組十二個小鼠之三組野生型B6C3F1小鼠進行處理。在第0天經由ICV(腦室內)注射投與700μg經修飾之寡核苷酸或PBS,且在第14天將預形成之原纖維投與至紋狀體中。在第56天,進行掛線測試以量測運動功能,且將小鼠處死用於mRNA及組織學分析。對黑質中之P-α-Syn聚集物進行染色及定量。使用如上文所描述之RT-PCR量測小鼠SNCA mRNA,使用小鼠引物探針組RTS2956(正向序列GTCATTGCACCCAATCTCCTAAG,本文中命名為SEQ ID NO:17;反向序列GACTGGGCACATTGGAACTGA,本文中命名為SEQ ID NO:18;探針序列CGGCTGCTCTTCCATGGCGTACAA,本文中命名為SEQ ID:19)。相對於親環素A對SNCA mRNA含量進行校正且以佔PBS處理之小鼠中mRNA含量之百分比的形式呈現。如下表中所示,與PBS處理之小鼠相比經修飾之寡核苷酸處理之小鼠具有降低之SNCA mRNA、較少之黑質中聚集物及改良之掛線測試表現。
實例24:在小鼠中在預形成之原纖維(PFF)模型中對SNCA病變之處理,症狀後處理
實驗方案
B6C3F1小鼠進行處理。在第0天將預形成之原纖維投與至紋狀體中
且在第14天經由ICV(腦室內)注射投與700μg經修飾之寡核苷酸或PBS。在第56天,進行掛線測試以量測運動功能,且將小鼠處死用於mRNA及組織學分析。對黑質中之磷酸化-α-Syn聚集物進行染色及定量。如在前一實例中量測小鼠SNCA mRNA且相對於PBS處理之小鼠進行校正。如下表中所示,與PBS處理之小鼠相比經修飾之寡核苷酸處理之小鼠具有降低之SNCA mRNA及較少之黑質中聚集物及改良之掛線測試表現。
實例25:在小鼠中在預形成之原纖維(PFF)模型中對SNCA病變之處理,長期預防性處理
實驗方案
根據下表對每組十二個小鼠之三組野生型B6C3F1小鼠進行處理。在第0天經由ICV(腦室內)注射投與700μg經修飾之寡核苷酸(對照或處理)或PBS,在第14天將預形成之原纖維投與至紋狀體中,且在第90天經由ICV再投與700μg經修飾之寡核苷酸或PBS。
對照組包括PBS處理組及676630號化合物處理組。676630號化合物為不與小鼠SNCA互補之5-10-5 MOE間隔體,其序列為(自5'至3')CCTATAGGACTATCCAGGAA(以SEQ ID NO:2795之形式併入本文中)且核苷
間鍵基元為(自5'至3')sooosssssssssssoos,其中『o』表示磷酸二酯核苷間鍵且『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵。
在第180天,將小鼠處死用於mRNA及組織學分析。對各組中之6個小鼠的黑質中之磷酸化-α-Syn聚集物及神經炎病變進行染色及定量。另外,定量各組中6個小鼠的黑質緻密部(SNpc)中TH(酪胺酸羥化酶)+細胞之數目,其為多巴胺能神經元死亡之量度。相對於PBS處理組呈現結果。如下表中所示,與PBS及676630處理之小鼠相比,677363號化合物處理之小鼠具有降低之SNCA mRNA、較少之黑質中聚集物及減少之黑質中神經炎病變。
實例26:與人類SNCA互補之經修飾之寡核苷酸在小鼠中之耐受性,700μg劑量
針對1233344號及1233345號化合物(本文下文所描述)對上文所描述之經修飾之寡核苷酸進行測試,以評估寡核苷酸之耐受性。
1233344號化合物為與SNCA互補之15-mer間隔體(其中間隔體靶向SEQ ID NO:1之最5'核苷位於位置370),其序列為(自5'至3')CTACATAGAGAACAC(以SEQ ID No.:2796之形式併入本文中),其中核苷1-3、
核苷13及核苷14(自5'至3')中之每一者包含LNA糖修飾,且核苷4-12及核苷15中之每一者為去氧核苷,其中核苷之間的核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。1233344號化合物之特徵為以下化學記法:Clnas
Tlnas
Alnas
Cds
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Tds
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Gds
Ads
Gds
Ads
Ads
Clnas
Alnas
Cd
,其中,A=腺嘌呤核鹼基,C=胞嘧啶核鹼基,G=鳥嘌呤核鹼基,T=胸腺嘧啶核鹼基,d=2'-去氧核糖,s=硫代磷酸酯核苷間鍵,且lna=LNA修飾之糖。
1233345號化合物為與SNCA互補之15-mer間隔體(其中間隔體靶向SEQ ID NO:1之最5'核苷位於位置372),其序列為(自5'至3')GCCTACATAGAGAAC(以SEQ ID No.:2797之形式併入本文中),其中核苷1-3、核苷13及核苷14(自5'至3')中之每一者包含LNA糖修飾,且核苷4-12及核苷15中之每一者為去氧核苷,其中核苷之間的核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。1233345號化合物之特徵為以下化學記法:Glnas
Clnas
Clnas
Tds
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Cds
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Tds
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Gds
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Gds
Alnas
Alnas
Cd
,其中,A=腺嘌呤核鹼基,C=胞嘧啶核鹼基,G=鳥嘌呤核鹼基,T=胸腺嘧啶核鹼基,d=2'-去氧核糖,s=硫代磷酸酯核苷間鍵,且
lna=LNA修飾之糖。
處理
野生型C57BL/6小鼠各接受700μg單一ICV劑量之下表中所列的經修飾之寡核苷酸。各處理組由4個小鼠組成。一組四個小鼠接受PBS作為陰性對照。在注射後3小時時,根據7個不同準則評估小鼠。準則為(1)小鼠為聰明的、警覺的且具反應性;(2)在沒有刺激之情況下小鼠站立或弓起背部;(3)在沒有刺激之情況下小鼠顯示任何移動;(4)小鼠在其被提起之後展示向前之移動;(5)小鼠在其被提起之後展示任何移動;(6)小鼠對尾部夾捏作出反應;(7)均勻呼吸。對於7個準則中之每一者,若小鼠滿足準則則給予小鼠子得分0,且若其不滿足準則則給予子得分1(功能觀測實驗組合得分或FOB)。在評估所有7個準則之後,將各小鼠之得分求和且在各處理組內取平均值。結果呈現於下表中。
<110> 美商IONIS製藥公司(Ionis Pharmaceuticals,Inc.)
<120> 用於降低SNCA表現之化合物及方法
<130> BI0L0289US.L
<150> US 62/584,009
<151> 2017-11-09
<160> 2797
<170> PatentIn 3.5版
<210> 1
<211> 3215
<212> DNA
<213> 智人
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<211> 119001
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Claims (26)
- 如請求項1之經修飾之寡核苷酸,其中該鹽係鈉鹽或鉀鹽。
- 一種寡聚化合物,其包含根據以下化學記法之經修飾之寡核苷酸:Aes mCeo Aes Ges Aes Tds Ads Tds Tds Tds Tds Tds Gds Tds Tds mCeo Teo Ges mCes mCe(SEQ ID NO:1703);其中,A=腺嘌呤核鹼基,mC=5-甲基胞嘧啶核鹼基,G=鳥嘌呤核鹼基,T=胸腺嘧啶核鹼基,e=2'-MOE修飾之糖, d=2'-去氧核糖,s=硫代磷酸酯核苷之間鍵聯(phosphorothioate internucleoside linkage),及o=磷酸二酯核苷之間鍵聯(phosphodiester internucleoside linkage)。
- 一種如請求項1至3中任一項之經修飾之寡核苷酸或如請求項4之寡聚化合物之群體,其中硫代磷酸酯核苷之間鍵聯全部為無規立構性。
- 一種醫藥組合物,其包含如請求項1至3中任一項之經修飾之寡核苷酸、如請求項4之寡聚化合物、如請求項5之經修飾之寡核苷酸或寡聚化合物之群體,及醫藥學上可接受之稀釋劑。
- 如請求項6之醫藥組合物,其中該醫藥學上可接受之稀釋劑為人工腦脊髓液(aCSF)或磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)。
- 如請求項7之醫藥組合物,其中該醫藥組合物係由該經修飾之寡核苷酸、該寡聚化合物、或該經修飾之寡核苷酸之群體或寡聚化合物之群體以及aCSF所組成。
- 如請求項7之醫藥組合物,其中該醫藥組合物基本上由該經修飾之寡核苷酸、該寡聚化合物、或該經修飾之寡核苷酸之群體或寡聚化合物之群體以及aCSF所組成。
- 如請求項7之醫藥組合物,其中該醫藥組合物係由該經修飾之寡核苷酸、該寡聚化合物、或該經修飾之寡核苷酸或寡聚化合物之群體以及PBS 所組成。
- 如請求項7之醫藥組合物,其中該醫藥組合物基本上由該經修飾之寡核苷酸、該寡聚化合物、或該經修飾之寡核苷酸之群體或寡聚化合物之群體以及PBS所組成。
- 一種如請求項1至3中任一項之經修飾之寡核苷酸或如請求項4之寡聚化合物用於製備醫藥品之用途,其中該醫藥品係用於治療與SNCA相關之疾病。
- 如請求項12之用途,其中該與SNCA相關之疾病為神經退行性疾病。
- 如請求項13之用途,其中該神經退行性疾病為帕金森氏病、路易體癡呆、瀰漫性路易體病、單純自主神經衰竭、多系統萎縮症、神經元性高歇氏病(neuronopathic Gaucher's disease)及阿茨海默氏病中之任一者。
- 如請求項13之用途,其中該神經退行性疾病之至少一種症狀或標誌得到改善。
- 如請求項15之用途,其中該症狀或標誌為運動功能障礙、α-突觸核蛋白聚集、神經退化、認知功能減退及癡呆中之任一者。
- 一種如請求項5之經修飾之寡核苷酸或寡聚化合物之群體用於製備醫藥品之用途,其中該醫藥品係用於治療與SNCA相關之疾病。
- 如請求項17之用途,其中該與SNCA相關之疾病為神經退行性疾病。
- 如請求項18之用途,其中該神經退行性疾病為帕金森氏病、路易體癡呆、瀰漫性路易體病、單純自主神經衰竭、多系統萎縮症、神經元性高歇氏病(neuronopathic Gaucher's disease)及阿茨海默氏病中之任一者。
- 如請求項18之用途,其中該神經退行性疾病之至少一種症狀或標誌得到改善。
- 如請求項20之用途,其中該症狀或標誌為運動功能障礙、α-突觸核蛋白聚集、神經退化、認知功能減退及癡呆中之任一者。
- 一種如請求項6之醫藥組合物用於製備醫藥品之用途,其中該醫藥品係用於治療與SNCA相關之疾病。
- 如請求項22之用途,其中該與SNCA相關之疾病為神經退行性疾病。
- 如請求項23之用途,其中該神經退行性疾病為帕金森氏病、路易體癡呆、瀰漫性路易體病、單純自主神經衰竭、多系統萎縮症、神經元性高歇氏病(neuronopathic Gaucher's disease)及阿茨海默氏病中之任一者。
- 如請求項23之用途,其中該神經退行性疾病之至少一種症狀或標誌得到改善。
- 如請求項25之用途,其中該症狀或標誌為運動功能障礙、α-突觸核蛋白聚集、神經退化、認知功能減退及癡呆中之任一者。
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