JP2000510446A - Rnaを切断するオリゴリボヌクレオチドおよびリボヌクレアーゼ - Google Patents

Rnaを切断するオリゴリボヌクレオチドおよびリボヌクレアーゼ

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Abstract

(57)【要約】 dsRNaseを活性化する、2’−ペントリボフラノシルヌクレオシドのサブ配列を有するオリゴリボヌクレオチドおよびオリゴリボヌクレオシドを含むオリゴマー性化合物が提供される。オリゴリボヌクレオチドおよびオリゴリボヌクレオシドは、相補的核酸鎖に対する結合親和性を増加させるための置換基、ならびにヌクレアーゼ耐性を増加させるための置換基を含むことができる。オリゴマー性化合物は、診断および他の研究目的に、生物における蛋白質の発現を調節するために、およびオリゴヌクレオチド療法に適合しうる他の状態の診断、検出および治療のために有用である。本発明はまた、哺乳動物リボヌクレアーゼ、すなわちRNAを分解する酵素、およびそのようなリボヌクレアーゼのための基質も含む。そのようなリボヌクレアーゼは、dsRNaseと称され、ここで、”ds”はある種の二本鎖RNA基質に対するRNaseの特異性を表す。本発明に記載される、dsRNaseのための人工基質は、哺乳動物リボヌクレアーゼを精製するための親和性マトリクス、ならびに非分解性RNA結合蛋白質を製造するのに有用である。

Description

【発明の詳細な説明】 RNAを切断するオリゴリボヌクレオチドおよびリボヌクレアーゼ関連出願のクロスリファレンス 本出願は、1996年6月6日出願の米国出願第08/659440号の一部継続である。発明の分野 本発明は、標的RNA鎖の鎖切断に有用な、オリゴリボヌクレオチドおよびオ リゴリボヌクレオシドを含めたオリゴマー化合物の合成および使用に関する。本 発明に包含されるのは、修飾された糖、塩基またはリン酸基主鎖を有するオリゴ リボヌクレオチド、並びに非リン酸基主鎖によって互いに結合した標準的な糖お よび塩基または修飾された糖および塩基を有するオリゴリボヌクレオシドである 。本発明に更に包含されるのは、リン酸基かまたは非リン酸基の混合主鎖を有す るキメラのオリゴリボヌクレオチドおよびオリゴリボヌクレオシドである。本発 明に更に包含されるのは、哺乳動物リボヌクレアーゼ、すなわち、RNAを分解 する酵素である。このようなリボヌクレアーゼは、本明細書中においてdsRN アーゼと称され、この「ds」は、若干の二本鎖RNA基質に対するRNアーゼ の特異性を示す。本発明のオリゴリボヌクレオチド、オリゴリボヌクレオシド、 リボヌクレアーゼおよびリボヌクレアーゼ基質は、治療薬、診断薬におよび研究 用試薬として有用である。発明の背景 オリゴヌクレオチドは、一本鎖DNAまたはRNA分子に対してハイブリッド 形成することが知られている。ハイブリッド形成は、標的DNAまたはRNAの 核塩基(nucleobases)に対するオリゴヌクレオチドの核塩基の配列特異的塩基 対水素結合である。このような核塩基対は、互いに相補的であるといわれている 。オリゴヌクレオチドの相補性は、多数の細胞性標的の阻害に用いられてきた。 このような相補的オリゴヌクレオチドは、一般的に、アンチセンスオリゴヌクレ オチドであると記載されている。これらの研究の結果を記載している種々の論評 が公表されており、アンチセンスオリゴヌクレオチド療法の発達(Progress In Antisense Oligonucleotide Therapeutics),Crooke,S.T.およびBennett,C.F., Annu.Rev.Pharmacol.Toxicol.,1996,36,107-129が含まれる。これらオリゴヌク レオチドは、極めて強力な研修手段および診断薬であることが判明した。更に、 有効であることが判った若干のオリゴヌクレオチドは、現在、ヒト臨床試験中で ある。 これまでに研究された大部分のオリゴヌクレオチドは、オリゴデオキシヌクレ オチドであった。アンチセンスオリゴデオキシヌクレオチドは、主として、DN A:RNA二重らせんのRNA鎖を切断するエンドヌクレアーゼであるRNAア ーゼHの作用によって、標的RNAレベルの減少を引き起こすと考えられる。D NA複製においてある役割を果たしていると考えられるこの酵素は、細胞不含系 においても、アフリカツメガエル卵母細胞においても、DNA:RNA二重らせ んのRNA成分を切断できることが示された。RNアーゼHは、アンチセンスオ リゴヌクレオチドの構造変化に対して極めて感受性である。この感受性とは、オ リゴヌクレオチドの化学修飾によって親和性、安定性、親油性および他の特性を 増加させることによるオリゴヌクレオチドの効力を増加させる従来の試みが、も はやRNアーゼHの基質ではないオリゴヌクレオチドをしばしば生じたというよ うなことである。更に、RNアーゼH活性は極めて変化しやすい。したがって、 ある与えられた疾患状態は、標的組織が不十分なRNアーゼH活性を有するとい う理由だけで、アンチセンス療法の候補ではないかもしれない。したがって、R NアーゼHに加えて、治療薬および他の薬剤の開発ための有効な終結機序が大い に価値があるということは明らかである。 いくつかの公報は、RNアーゼHおよびオリゴヌクレオチドの相互作用を記載 している。最近の公報は、Crookeら,Biochem.J.,1995,312,599-608である。他 の初期の論文は、(1)Dagleら,Nucleic Acids Research,1990,18,4751;(2 )Dagleら,Antisense Research And Development,1991,1,11;(3)Ederら,J .Biol.Chem.,1991,266,6472;および(4)Dagleら,Nucleic Acids Research,1 991,19,1805である。これらの公報によれば、非修飾ホスホジエステルヌクレオ シド間結合および修飾ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の両方を有するD NAオリゴヌクレオチドは、細胞RNアーゼHの基質である。それらは基質であ るので、RNアーゼHによる標的RNAの切断を活性化する。しか しながら、これらの著者らは、アフリカツメガエル胚において、ホスホジエステ ル結合およびホスホロチオエート結合が両方とも、エキソヌクレアーゼ分解も受 けるということに更に注目した。ヌクレアーゼ分解は、オリゴヌクレオチドを急 速に減少させるので有害である。 参考文献(1)、(2)および(4)で記載されたように、RNアーゼH活性 化をなお与えながらヌクレアーゼ分解に対してオリゴヌクレオチドを安定化させ るために、ホスホルアミデート、アルキルホスホネートまたはホスホトリエステ ル結合の部分の間に位置するホスホジエステル結合ヌクレオシドの短部分を有す る2’−デオキシオリゴヌクレオチドを構築した。ホスホルアミデート含有オリ ゴヌクレオチドは、エキソヌクレアーゼに対して安定化されたが、参考文献(4 )において、著者らは、それぞれのホスホルアミデート結合が、ホスホルアミデ ート含有オリゴヌクレオチドの測定されたTm値を1.6℃減少させたことに注 目した。このようなTm値の減少は、オリゴヌクレオチドとその標的鎖との間の ハイブリッド形成の減少を示すものである。 他の著者らは、その結果について、オリゴヌクレオチドとその標的鎖との間に このようなハイブリッド形成の減少がありうると論評した。Saison-Behmorasら (EMBO Journal,1991,10,1111)は、オリゴヌクレオチドがRNアーゼHの基質 でありうるとしても、RNアーゼHによる切断効率は、MRNAに対する弱いハ イブリッド形成のために低かったことを認めた。その著者らはまた、オリゴヌク レオチドの3’末端でのアクリジン置換の包含が、オリゴヌクレオチドをエキソ ヌクレアーゼから保護したことに注目した。 1991年5月7日発行の米国特許第5,013,830号は、ホスホジエステル結合によ ってDNAオリゴマーに対して結合したRNAオリゴマーまたはその誘導体を含 む混合オリゴマーを開示している。それらのRNAオリゴマーは、2’−O−ア ルキル置換基も有する。しかしながら、ホスホジエステルであるので、それらオ リゴマーはヌクレアーゼ切断に対して感受性である。 1989年11月2日公開の欧州特許出願第339,842号は、2’−O−メチルリボオ リゴヌクレオチドホスホロチオエート誘導体を含めた2’−O−置換ホスホロチ オエートオリゴヌクレオチドを開示している。上述の出願は、ヌクレアーゼ 耐性を欠く2’−O−メチルホスホジエステルリボオリゴヌクレオチドも開示し ている。 1992年9月22日発行の米国特許第5,149,797号は、ホスホジエステル結合によ って結合し且つ修飾DNAまたはRNA配列の一部分の両側に隣接したデオキシ ヌクレオチドの内部を含む混合リン酸基主鎖オリゴヌクレオチドを開示している 。それら隣接した配列には、メチルホスホネート結合、ホスホロモルホリデート 結合、ホスホロピペラジデート結合またはホスホルアミデート結合が含まれる。 1993年10月26日発行の米国特許第5,256,775号は、ホスホルアミアミデート結 合およびホスホロチオエート結合またはホスホロジチオエート結合を包含する混 合オリゴヌクレオチドを記載している。 1995年4月4日発行の米国特許第5,403,711号はは、DNAを標的としたRN A:DNAプローブを記載している。それらプローブは標識され、そしてRNア ーゼH含む系で用いられる。RNアーゼH酵素は、DNA標的に対して結合する それらプローブを切断する。それらプローブは、修飾リン酸基を含むことができ る。挙げられるのは、ホスホトリエステル、ヒドロゲンホスホネート、アルキル 若しくはアリールホスホネート、アルキル若しくはアリールホスホルアミデート 、ホスホロチオエートまたはホスホロセレネートである。 RNアーゼH酵素による遺伝子発現の薬理学的阻害とは対照的に、細菌からヒ トに至る生物は、内因性アンチセンスRNA転写物を用いて、若干の標的mRN Aの安定性を変化させ且つ遺伝子発現を調節するということが明らかになってい る。Nellen,W.,およびLichtenstein,C.,Curr.Opin.Cell.Biol.,1993,18,419-42 4およびNellen,W.,ら,Biochem.Soc.Trans.1992,20,750-754を参照されたい。お そらく、最もよい例の一つは、アンチセンスRNAが、細胞障害性hokタンパ ク質の翻訳に必要とされるmokMRNAの発現を調節しているある種の細菌に よる。例えば、アンチセンスレベルが降下するにつれて、mok mRNAレベ ルおよび結果としてhokタンパク質レベルは上昇し、そして細胞は死滅する。 Gerdes,K.ら,J.Mol.Biol.,1992,226,637-649を参照されたい。細菌のこのよう な機序によって調節される他の系には、ColE1プラスミドのRN A I−RNA IIハイブリッド(Haeuptle,M.T.,Frank,R.,およびDobberstei n,B.,Nucleic Acids Res.1986,14,1427;Knecht,D.,Cell Motil.Cytoskel.,19 89,14,92-102;およびManiak,M.,およびNellen,W.,Nucleic Acids Res.,1990,1 8,5375-5380を参照されたい);バクテリオファージλのOOP−cII RNA 調節(Krinke,L.,およびWulff,D.L.(1990)Genes Dev.,1990,4,2223-2233を参 照されたい);および大腸菌(E.coli)中のcopA−copTハイブリッドが 含まれる。Blomberg,P.,Wanger,E.G.,およびNordstrom,K.,EMBO J.,1990,9,23 31-2340を参照されたい。大腸菌において、形成されたRNA:RNA二重らせ んは、エンドリボヌクレアーゼRNアーゼIIIによる調節された分解の基質であ ることが示されている。二重らせん依存性分解は、古細菌ハロバクテリウム・サ リナリウム(Halobacterium salinarium)でも認められたが、ここでは、そのア ンチセンス転写物がファージ遺伝子phiHの初期(T1)転写物の発現を減少 させる。Stolt,P.,およびZillig,W.,Mol.Microbiol.,1993,7,875-882を参照さ れたい。いくつかの真核生物では、内因性アンチセンス転写物も認められている 。これらには、p53(KhochbinおよびLawrence,EMBO,1989,8,4107-4114を参 照されたい);塩基性線維芽細胞成長因子(Volkら,EMBO,1989,8,69,2983-2988 を参照されたい);N−myc(Krystal,G.W.,Armstrong,B.C.,およびBattey, J.F.,Mol.Cell.Biol.,1990,10,4180-4191を参照されたい);eIF−2α(No guchiら,J.Biol.Chem.,1994,269,29161-29167を参照されたい)が含まれる。内 因的に発現されたアンチセンス転写物の進化の系統を越える保存は、それらの生 物学的役割および分子作用機序が似ているらしいということを示唆する。 細菌において、RNアーゼIIIは、若干のアンチセンス:センスRNA二重ら せんの分解の原因となる二本鎖エンドリボヌクレアーゼ(dsRNアーゼ)活性 である。RNアーゼIIIは、dsRNA含有構造の部位特異的切断を行う。Saito ,H.およびRichardson,C.C.,Cell,1981,27,533-541を参照されたい。RNアーゼI IIはまた、mRNAプロセッシングにおいて、およびrRNA前駆体の16S、 23Sおよび5SリボソームRNA中へのプロセッシングにおいて重要な役割を 果たしている。Dunn,J.J.およびStudier,F.W.,J.Mol.Biol.,1975,99,487を参照 されたい。真核生物の場合、最近になって、大腸菌RNアーゼIIIに対して相同 性を有し且つリボソームRNAプロセッシングにおいてdsRNアーゼ活性を示 すタンパク質をコードする酵母遺伝子(RNT1)がクローン化されている。Elel a,S.A.,Igel,H.およびAres,M.,Cell,1996,85,115-124を参照されたい。イン ターフェロンで処理されたトリ細胞は、dsRNAを分解できる可溶性ヌクレア ーゼを生産し且つ分泌する。Meegan,J.およびMarcus,P.I.,Science,1989,244,1 089-1091を参照されたい。しかしながら、このような分泌dsRNA活性は、ア ンチセンス:センスRNA二重らせんの細胞質分解に関与しそうな候補ではない 。これらの知見にもかかわらず、ヒトまたは哺乳動物dsRNアーゼ活性につい てはほとんど何も知られていない。標的RNA鎖の(何等かの機序による)調節 は有用であると認識されてきたが、これまでのところ、このような作用を引き起 こすための二つの機序しか知られていない。これらは、ハイブリッド形成阻止と 、RNA標的のRNアーゼH切断を行うためのオリゴデオキシヌクレオチドの使 用である。したがって、標的RNAの調節のための方法および化合物はなお長く 要求され続けている。標的RNAのこのような調節は、インビボおよびエクスビ ボ両方での治療目的に、更には、診断用試薬に、そして細胞の場合およびインビ トロの場合両方の実験用の試薬を含めた研究用試薬として有用であると考えられ る。発明の概要 本発明により、予め選択されたRNA標的に対して特異的にハイブリッド形成 しうる、結合したリボヌクレオシドサブユニットのリンカー配列から形成される オリゴマー化合物を提供する。それらオリゴマー化合物は、少なくとも第一セグ メントおよび第二セグメントを有する。第一セグメントは、少なくとも一つのリ ボヌクレオシドサブユニットを包含し、これは、その薬物動態学的性質、すなわ ち、標的RNAに対するその結合特性の少なくとも一つを向上させるようにまた はその電荷を変更するように修飾されている。第二セグメントは、少なくとも4 個の連続的リボフラノシルヌクレオシドサブユニットを含む。オリゴマー化合物 のそれらサブユニットは、ホスホジエステル結合と比較して分解に対して安定化 されているヌクレオシド間結合によって、直鎖状配列で互いに連結している。 本発明の若干の好ましい実施態様において、化合物は、第一セグメントの性質 に対応する性質を有する第三セグメントを含むであろう。第二セグメントを第一 および第三セグメントの間に置き、結合したヌクレオシド単位の連続した直鎖状 配列を形成するようにすることが好ましい。好ましい化合物において、このよう な結合したヌクレオシドサブユニットの数は、約8〜約50個であり、更に好ま しい範囲は、結合したヌクレオシドサブユニット約12〜約30個であろう。 薬物動態学的性質の変更には、化合物の結合性、吸収性、分布性またはクリア ランス性の変更のいずれか一つまたはそれ以上が含まれる。結合特性の変更には 、前記化合物のその標的RNAに対する親和性または特異性の変更が含まれる。 前記化合物の電荷の変更には、非修飾化合物と比較される化合物の正味電荷の変 更が含まれる。通常、電荷の変更は、リン結合オリゴマー化合物の全正味陰電荷 を減少させて、陰電荷がより小さい、中性電荷を有するまたは正味陽電荷を有す る化合物を与えるであろう。 更に、本発明により、予め選択されたRNA標的に対して特異的にハイブリッ ド形成しうる、結合したリボヌクレオシドサブユニットの直鎖状配列から形成さ れるオリゴマー化合物を提供する。それらオリゴマー化合物は、少なくとも第一 セグメントおよび第二セグメントを有する。第一セグメントは、少なくとも一つ のリボヌクレオシドサブユニットを包含し、これは、標的RNAに対するより大 きい親和性を与えるよ、うに機能化されている。第二セグメントは、少なくとも 4個のリボフラノシルヌクレオシドサブユニットを含む。オリゴマー化合物のそ れらサブユニットは、ホスホジエステル結合と比較して結合を分解に対して安定 化するように修飾されているヌクレオシド間結合によって、直鎖状配列で互いに 連結している。 本発明の若干の好ましいオリゴマー化合物において、オリゴマー化合物の第一 または第一および第三セグメントは、そこに2’−置換基を含むヌクレオシドサ ブユニットから形成されている。好ましい実施態様において、その2’−置換基 には、フルオロ、C1−C20アルコキシ、C−C1アミノアルコキシ、アリルオキ シ、イミダゾリルアルコキシおよびポリエチレングリコールが含まれる。好まし いアルコキシ置換基には、メトキシ、エトキシおよびプロポキシが含まれる。 好ましいアミノアルコキシ置換基はアミノプロポキシである。好ましいイミダゾ リルアルコキシ置換基はイミダゾリルプロポキシである。好ましいポリエチレン グリコール置換基は、−O−エチル−O−メチル、すなわち、メトキシエトキシ または−O−CH2−CH2−O−CH3である。 本発明の更に好ましいオリゴマー化合物において、オリゴマー化合物は、いく つか選択された核塩基をそこに含むことによって修飾されているヌクレオシドサ ブユニットから形成されている。好ましい実施態様において、それら選択された 核塩基には、2,6−ジアミノプリン、N2−アルキルプリン、N2−アミノア ルキルプリン、7−デアザ−7−置換プリン、5−置換ピリミジンおよび2−置 換ピリミジンが含まれる。 本発明の他の好ましいオリゴマー化合物には、ホスホロチオエート結合、3’ −(または−5’)デオキシ−3’−(または−5’)チオホスホロチオエート 結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホロセレネート結合、3’−(または− 5’)デオキシホスフィネート結合、ボラノホスフェート結合、3’−(または −5’)デオキシ−3’−(または−5’)アミノホスホルアミデート結合、ヒ ドロゲンホスホネート結合、ボラノリン酸エステル結合、ホスホルアミデート結 合、アルキルまたはアリールホスホネート結合およびホスホトリエステル結合を 含めたリン結合によって連結したヌクレオシドサブユニットを有するオリゴリボ ヌクレオチドが含まれる。第二セグメントのヌクレオシドを結合する場合に用い るのに選択された群のオリゴリボヌクレオチド結合には、ホスホロチオエート、 ホスフィネートおよびホスホルアミデートが含まれ、これらは全て荷電した種で ある。 本発明の更に好ましいオリゴマー化合物には、カーボネート結合、カルバメー ト結合、シリル結合、硫黄結合、スルホネート結合、スルホンアミド結合、ホル ムアセタール結合、チオホルムアセタール結合、オキシム結合、メチレンイミノ 結合、メチレンメチルイミノ結合、メチレンヒドラゾ結合、メチレンジメチルヒ ドラゾ結合およびメチレンオキシメチルイミノ結合によって連結したヌクレオシ ドサブユニットを有するオリゴリボヌクレオシドも含まれうる。 本発明の更に好ましいオリゴマー化合物には、リンおよび非リン結合を変化さ せることによって連結したヌクレオシドサブユニットを有するものが含まれる。 このような非リン結合には、カーボネート結合、カルバメート結合、シリル結合 、硫黄結合、スルホネート結合、スルホンアミド結合、ホルムアセタール結合、 チオホルムアセタール結合、オキシム結合、メチレンイミノ結合、メチレンメチ ルイミノ結合、メチレンヒドラゾ結合、メチレンジメチルヒドラゾ結合およびメ チレンオキシメチルイミノ結合が含まれるが、リン結合には、ホスホジエステル 結合、ホスホロチオエート結合、3’−(または−5’)デオキシ−3’−(ま たは−5’)チオホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホ ロセレネート結合、3’−(または−5’)デオキシホスフィネート結合、ボラ ノホスフェート結合、3’−(または−5’)デオキシ−3’−(または−5’ )アミノホスホルアミデート結合、ヒドロゲンホスホネート結合、ボラノリン酸 エステル結合、ホスホルアミデート結合、アルキルまたはアリールホスホネート 結合およびホスホトリエステル結合が含まれる。 本発明の更に好ましいオリゴマー化合物には、標的RNAの相補鎖である配列 中で結合している複数の結合したヌクレオシドサブユニットを有するオリゴリボ ヌクレオチド、オリゴリボヌクレオシドまたはオリゴリボヌクレオチドおよびオ リゴリボヌクレオシドの混合物が含まれ、そしてここにおいて、その化合物の配 列は、第一部分配列すなわちセグメントおよび第二部分配列すなわちセグメント に分けられる。第一部分配列は、2’−O−置換ペントフラノシル糖残基を有す る結合したヌクレオシドサブユニットを含み、そして第二部分配列は、2’−ヒ ドロキシルペントフラノシル糖残基を有する結合したヌクレオシドサブユニット を含む。好ましくは、前記第二部分配列は、4〜12個またはそれ以上のヌクレ オシドサブユニット、そして更に好ましくは、5〜約9個のヌクレオシドサブユ ニットを有する。更に好ましい実施態様において、第三部分配列が存在し、その ヌクレオシドサブユニットは、第一部分配列について選択しうるものから選択さ れる。第二部分配列は、第一部分配列と第三部分配列との間に位置していること が好ましい。本発明のこのようなオリゴマー化合物は、「キメラ」、「キメラの 」または「ギャップ付き」オリゴリボヌクレオチドまたはオリゴリボヌクレオシ ドと称される。 本発明の更に好ましいオリゴマー化合物において、化合物の薬物動態学的結合 性、吸収性、分布性またはクリアランス性:前記化合物のその標的RNAに対す る親和性または特異性:または前記化合物の電荷の変更の内少なくとも一つを、 非修飾化合物と比較して向上させるように修飾されている置換基を有するヌクレ オシドサブユニットは、それらオリゴマー化合物の3’または5’末端の一方ま たは両方に位置する。若干の好ましい化合物では、このような置換基で置換され ている1〜約8個のヌクレオシドサブユニットが存在する。 それらヌクレオシドサブユニットは、直鎖状配列で互いに結合して、本発明の オリゴマー化合物を形成している。それぞれのヌクレオシドサブユニットには、 塩基フラグメントおよび糖フラグメントが含まれる。その塩基フラグメントは、 或いは以下に核塩基とも称される複素環式塩基を含む。塩基すなわち核塩基は、 糖フラグメントに対して共有結合している。それら糖フラグメントには、2’− 置換糖残基、2’−ヒドロキシル糖残基または糖代理物残基が含まれうる。 本発明の好ましい核塩基には、アデニン、グアニン、シトシン、ウリジンおよ びチミンなどのプリンおよびピリミジン、更には、キサンチン;ヒポキサンチン ;2−アミノアデニン;アデニンおよびグアニンの6−メチルおよび他のアルキ ル誘導体;アデニンおよびグアニンの2−プロピルおよび他のアルキル誘導体; 5−ハロウラシルおよびシトシン;5−プロピニルウラシルおよびシトシン;6 −アゾウラシル、シトシンおよびチミン;5−ウラシル(プソイドウラシル); 4−チオウラシル;8−ハロ、アミノ、チオール、チオアルキル、ヒドロキシル および他の8−置換アデニンおよびグアニン;5−トリフルオロメチルおよび他 の5−置換ウラシルおよびシトシン;並びに7−メチルグアニンなどの他の合成 および天然核塩基が含まれる。更に別のプリンおよびピリミジンには、米国特許 第3,687,808号、同第5,484,908号、同第5,459,255号、同第5,457,191号および同 第5,614,617号(米国特許出願第07/971,978号に該当する)で開示されたもの、 並びにConcisse Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering,858-859頁 ,Kroschwitz,J.I.,監修,John Wiley & Sons,1990で開示されたものおよびEngl ischら,Angewandte Chemie,International Edition,1991,30,613で開示された ものが含まれる。 好ましい糖フラグメントは、ペントリボフラノシル糖残基、すなわち、メッセ ンジャーリボヌクレアーゼ核酸の「天然」糖残基である。本発明のオリゴリボヌ クレオチドまたはオリゴリボヌクレオシドで用いるのに適当な他の糖様または糖 代理化合物には、米国特許第5,359,044号で記載のシクロブチルヌクレオシド代 理物、米国特許第5,519,134号で記載のピロリジンヌクレオシド代理物、米国特 許第5,142,047号および同第5,235,033号、および関連特許開示で記載のモルホリ ノヌクレオシド代理物、およびPNA(ペプチド核酸)ヌクレオシド代理物が含 まれる。 本発明の更に好ましい実施態様において、予め選択されたRNA標的と特異的 にハイブリッド形成しうる合成オリゴマー化合物であって、少なくとも1個の代 理ヌクレオシドサブユニットを含む第一セグメント、および連続的配列で位置し た少なくとも4個のリボフラノシルヌクレオシドサブユニットを含み且つそこに 2’−ヒドロキシル残基を有する第二セグメントを含む上記化合物を提供する。 更に、オリゴマー化合物のヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル結合 と比較して分解に安定であるヌクレオシド間結合によって連結している。 本発明の他の好ましい実施態様において、予め選択されたRNA標的と特異的 にハイブリッド形成しうる合成オリゴマー化合物であって、DNAまたはRNA 「主要」ビルディングブロックヌクレオシドではない少なくとも一つのリボフラ ノシルヌクレオシドサブユニットを有する第一セグメント、およびそこに2’− ヒドロキシル残基を有する少なくとも4個の連続的リボフラノシルヌクレオシド サブユニットを含む第二セグメントを含む上記化合物を提供する。それら化合物 のヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル結合と比較して結合が分解に 対して安定化するように修飾されているヌクレオシド間結合によって連結してい る。本発明に関連してその用語が用いられているDNAまたはRNA主要ビルデ ィングブロックヌクレオシドではないヌクレオシドサブユニットは、アデノシン 、2’−デオキシアデノシン、グアノシン、2’−デオキシグアノシン、シチジ ン、2’−デオキシシチジン、ウリジンおよび2’−デオキシチミジンから成る 群のメンバーである。それとしてこの群は、tRNA中でまたは他の核酸中で見 出されうる「少数の」ヌクレオシドを除外する。 本発明は、更に、予め選択されたRNAを特異的に切断する方法を提供する。 これらの方法は、予め選択されたRNAと特異的にハイブリッド形成しうる配列 で結合した少なくとも12個のリボフラノシルヌクレオシドサブユニットを含む 化合物とRNAとを接触させることを含む。それらヌクレオシドサブユニットは 、ホスホジエステル結合と比較して分解に安定であるヌクレオシド間結合によっ て結合されている。化合物は、少なくとも一つの修飾ヌクレオシドサブユニット を含む少なくとも一つのセグメントを有し、この修飾ヌクレオシドサブユニット は、化合物の薬物動態学的結合性、吸収性、分布性またはクリアランス性;化合 物の標的RNAに対する親和性または特異性;または化合物の電荷の変更の内少 なくとも一つを、非修飾化合物と比較して向上させるように修飾されている。そ の化合物は、更に、少なくとも4個のリボヌクレオシドサブユニットを有する追 加のセグメントを含む。 本発明は、更に、望ましくないタンパク質生産を特徴とする疾患を有する生物 を処置する方法を提供する。これら方法は、リボ核酸の相補鎖と特異的にハイブ リッド形成できるヌクレオシドサブユニットの配列を有する本発明のオリゴマー 化合物とその生物を接触させることを含み、それらヌクレオシドサブユニットの 少なくとも一つは、天然RNAと比較して一つまたはそれ以上のオリゴマー化合 物の性質の一つを変更するように機能化されている。その化合物は、更に、2’ −ヒドロキシルペントフラノシル糖残基を有する複数のヌクレオシドサブユニッ トを含む。 更に、本発明により、RNAの相補鎖と特異的にハイブリッド形成できるヌク レオシドサブユニットの配列を有するオリゴマー化合物の薬学的有効量を含む組 成物であって、ヌクレオシドサブユニットの少なくとも一つが、化合物の薬物動 態学的結合性、吸収性、分布性またはクリアランス性;前記化合物のその標的R NAに対する親和性または特異性;または前記化合物の電荷の変更の内少なくと も一つを、非修飾化合物と比較して向上させるように修飾されている上記組成物 を提供する。このような化合物において、複数のヌクレオシドサブユニットは、 2’−ヒドロキシルペントフラノシル糖残基を有する。それら組成物は、更に、 薬学的に許容しうる希釈剤または担体を含む。 本発明は、更に、ヒトT24細胞、他の細胞系およびラット組織から単離しう る、オリゴリボヌクレオチド:RNA二重らせん中のRNAを分解する哺乳動物 リボヌクレアーゼを提供する。このようなリボヌクレアーゼを、本明細書中にお いてdsRNアーゼと称するが、ここにおいて「ds」は、若干の二本鎖RNA 基質に対するRNアーゼの特異性を示す。このようなRNアーゼの有用な基質、 更には、このような基質を含む親和性マトリクスも、本明細書中で提供する。 dsRNアーゼ酵素、すなわち、二本鎖RNアーゼ酵素および前記標的RNA を含有する試験溶液をオリゴマー化合物と接触させることを含む配列特異的標的 RNAのインビトロ修飾の方法も提供する。そのオリゴマー化合物は、核酸の相 補鎖に対して特異的にハイブリッド形成できるヌクレオシドサブユニットの配列 を有し、この場合、それらヌクレオシドサブユニットの少なくとも一つは、核酸 の相補鎖に対するオリゴリボヌクレオチドの結合親和性または結合特異性を増加 させるように機能化されていて、そして複数のそれらヌクレオシドサブユニット は、2’−ヒドロキシルペントフラノシル糖残基を有する。 更に、生物中でのハイブリッド形成および/またはdsRNアーゼ酵素活性化 を同時に促進する方法であって、標的RNAの相補鎖に対して特異的にハイブリ ッド形成できるヌクレオシドサブユニットの配列を有するオリゴマー化合物とそ の生物を接触させることを含む上記方法を提供する。それらヌクレオシドサブユ ニットの少なくとも一つは、化合物の薬物動態学的結合性、吸収性、分布性また はクリアランス性;前記化合物のその標的RNAに対する親和性または特異性; または前記化合物の電荷の変更の内少なくとも一つを、非修飾化合物と比較して 向上させるように修飾されている。更に、複数のそれらヌクレオシドサブユニッ トは、2’−ヒドロキシペントフラノシル糖残基を有する。 本発明は、更に、生物または細胞中での異常RNA分子または正常RNA分子 の異常な若しくは不適切な発現の存在または不存在を検出する診断方法を提供す る。本発明は、更に、インビトロ溶液中でのdsRNアーゼ活性を含めた酵素活 性を調節するための研究用試薬を提供する。図面の簡単な説明 図1は、本発明の若干の代表的なキメラのオリゴマー化合物を図示し、ここに おいて、白四角は2’−メトキシ修飾リボヌクレオチドを示し、黒丸は2’−ヒ ドロキシルリボヌクレオチドを示し、そしてホスホロチオエート結合は、図で示 された化合物を通して用いられている。 図2は、完全な2’−メトキシまたはキメラRNAギャップマー(gapmer)オ リゴヌクレオチドで処理された細胞中のHa−ras mRNAレベルを示す。 完全な2’−メトキシオリゴヌクレオチド(パネル2A)または3ギャップオリ ゴリボヌクレオチド(パネル2C)の指定された用量で24時間処理されたT2 4細胞中のHa−ras mRNAレベルのノーザンブロット分析を示す。上方 のバンドはHa−rasのシグナルであり、このシグナルはG3PDHについて 得られたシグナル(下方バンド)に対して標準化され、相対Ha−rasレベル が決定されて、そしてグラフで示される(パネル2C〜2D)。どちらのオリゴ ヌクレオチド処理も、Ha−ras mRNAレベルを減少させなかった。 図3は、5、7若しくは9リボヌクレオチドギャップかまたは完全なリボヌク レオチド分子(それぞれ、左側パネル3A、3B、3Cおよび3D)を含有する キメラRNAギャップマーオリゴヌクレオチドを用いることを除いて図2の場合 のように処理されたT24細胞のノーザンブロット分析を示し;細胞は、Ha− ras mRNA配列に対する4個の誤対合塩基対を含有する対照オリゴリボヌ クレオチドでも処理された(左側パネル3E)。Ha−rasシグナルをG3P DHのシグナルに対して標準化し、そして相対Ha−rasレベルをグラフで示 す(右側パネル)。 図4において、インビトロでの二重らせんに対するT24細胞質ゾル抽出物お よびRNアーゼの作用を示す。32P標識RNA補体に対してアニーリングされた Ha−rasを標的とした9RNAギャップマーオリゴヌクレオチドから成る1 7塩基対二重らせんを、3ugのT24細胞質ゾルタンパク質画分と一緒に37 ℃で指定された時間インキュベートし、その反応を停止させ、そして生成物を変 性ポリアクリルアミドゲル上で分割した。消化産物(矢印)は、二重らせんの切 断がRNA:RNA部分(二重らせんの図の右端を参照されたい)に制限されて いることを示す。 図5は、大腸菌RNアーゼHと一緒にまたはそれを用いることなく(それぞれ 、 −および+)インキュベートされた図4の場合と同様の9RNAギャップマーオ リゴヌクレオチド:RNA二重らせんを示す。消化産物の欠如は、この二重らせ んがRNアーゼHの基質ではないことを示す。完全なオリゴデオキシヌクレオチ ド(中央パネル)かまたは9DNAギャップマーオリゴヌクレオチド(左側パネ ル)に対してアニーリングされた32P標識RNAから成る二重らせんは、RNア ーゼHによる切断の基質であるので、予想通りの消化産物を生じる(矢印)。 図6は、サイズ排除クロマトグラフィー後の濃縮ラット肝活性画分のSDS− ポリアクリルアミドゲル電気泳動分析を示す。分子量マーカーMWはキロダルト ン(kD)で示されている。大部分の材料が50〜約80kDの範囲の見掛けの 分子量を有する約35〜約100kDの範囲の見掛の分子量を有する画分3(列 4)は、dsRNアーゼ活性の最大量を有した。 図7は、天然ポリアクリルアミドゲル電気泳動によるdsRNアーゼ基質の消 化産物の分析を示す。アンチセンスおよびセンスオリゴヌクレオチドを予めアニ ーリングし且つ細胞抽出物と一緒にインキュベートし、そして本明細書中で記載 のようにdsRNアーゼを精製した。列1,未処理「センス」鎖RNA;列2, 0.02単位のRNアーゼV1で処理された「センス」鎖RNA;残りの列:0 .02単位(列3)および0.002単位(列4)のRNアーゼV1で、未精製 核抽出物で0分間(列5)または240分間(列6)、Mg++不含の未精製核抽 出物で240分間(列7)、未精製細胞質ゾル抽出物で240分間(列8)、イ オン交換精製された細胞質ゾル抽出物でMg++の存在下(列9)または不存在下 (列10)において240分間、およびイオン交換/ゲル濾過精製された細胞質 ゾル抽出物でMg++の存在下(列9)または不存在下(列10)において240 分間処理されたdsRNアーゼ基質。 図8は、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動によるdsRNアーゼ基質の消 化産物の分析を示す。列1,5×10-3単位のRNアーゼAで処理された「セン ス」鎖RNA;列2,0.02単位のRNアーゼV1で処理された「センス」鎖 RNA;列3〜9:0.02単位(列3)および0.002単位(列4)のRN アーゼV1で、未精製核抽出物で0分間(列5)または240分間(列6)、未 精製細胞質ゾル抽出物で240分間(列7)、イオン交換精製された細胞質ゾ ル抽出物で240分間(列8)、およびイオン交換/ゲル濾過精製された細胞質 ゾル抽出物で240分間(列9)処理されたdsRNアーゼ産物。列10,塩基 加水分解ラダー。好ましい実施態様の詳細な説明 理論に拘束されたくはないが、ここで、若干の化学修飾されたオリゴマー化合 物の使用により、ヒト細胞を含めた真核生物細胞において、これら化合物と標的 RNA鎖との予想外の相互作用に起因する若干の酵素活性を利用して、若干の酵 素によって切断される二本鎖RNA様構造を形成することができると考えられる 。従来、このような活性は、真核生物系において認識されても利用されてもいな かった。ここで、本発明のオリゴマー化合物は、それらが、標的とされたRNA 部分を含む二本鎖構造を形成できる若干のRNAのような特徴を有し、そして引 続き、この二本鎖構造は、細胞または試験溶液中において真核性dsRNアーゼ 、すなわち、二本鎖RNアーゼ酵素によって分解されるということが見出された 。T24ヒト膀胱癌細胞を代表的な真核生物細胞系として用いると、この活性は 、核および細胞質両方の部分に同様のレベルで存在することが示された。 本発明を詳しく説明するために本明細書中で与えられた若干の代表的な手順に おいて、若干の他の既知のヌクレアーゼ活性と共通して、この活性は、RNA基 質の切断後に5’リン酸基および3’ヒドロキシル基を脱離することが見出され た。この5’リン酸基、3’ヒドロキシル末端の生成は、大腸菌のDNA:RN A二重らせんのRNA成分を切断するRNアーゼHIおよびII、高分子量二本鎖 RNAの加水分解を触媒し且つセンス−アンチセンス二重らせんの分解を媒介す るRNアーゼIII,およびRNアーゼIVを含めた、二本鎖核酸分子を認識するい くつかの他のヌクレアーゼと共通の特徴である。 mRNA分解系の多数の成分は、原核生物と真核生物との間に保存されてきた 。ここで、RNアーゼIIIがセンス−アンチセンスハイブリッドの分解を行って 何等かの遺伝子の発現を調節している原核生物のように、ヒト細胞は、同様の役 割を果たしうる活性を保存してきたことが見出された。治療上および診断上の使 用を含めた他の使用に加えて、この活性によって、本発明の化合物は、どのよう にヒト細胞が内因的に発現されたアンチセンス転写物を用いて遺伝子発現を調節 す るのか理解する場合に役立つ研究用試薬として用いることができる。 診療室においてヒトに実験的に用いられまたは現在試験されているアンチセン スオリゴヌクレオチドの大部分は、修飾オリゴデオキシヌクレオチドである。こ のようなオリゴデオキシヌクレオチドアンチセンス化合物とそれらの標的RNA との間に形成されるヘテロ二本鎖は、この二重らせんのRNA鎖だけを切断する 細胞内ヌクレアーゼRNアーゼHによって認識されることが示された。標的RN AのRNアーゼHに媒介される分解は有用な機序であることが判明したが、それ には若干の制限がある。RNアーゼHは、アンチセンスオリゴヌクレオチドに対 して行われる構造的修飾に対して極めて感受性であるので、増加した親和性、増 加したヌクレアーゼ耐性およびより大きい細胞透過性などの、治療的性質を向上 させるように設計された修飾の大部分は、RNアーゼHによる切断を支持しない オリゴヌクレオチドをもたらした。アンチセンス作用の終結機序としてのRNア ーゼHに対するもう一つの制限は、オリゴヌクレオチドがDNA「様」であるに ちがいないということであり、そしてDNA「様」である場合、このようなオリ ゴヌクレオチドは、それらの標的RNAに対して本質的に低い親和性を有する。 この低い親和性を免れるように設計された計画は、中心にある非修飾デオキシオ リゴヌクレオチドの伸長部分(ギャップ)と一緒に、5’および3’末端の高親 和性化学修飾オリゴヌクレオチドの伸長部分(ウィング)から成る「ギャップマ ー」オリゴヌクレオチドの設計を含む。DNAギャップマー、すなわち、オリゴ デオキシヌクレオチドギャップマーは、それらの標的に対してオリゴデオキシヌ クレオチドより有意に高い親和性を有するが、しかしながら、DNAギャップの 寸法に依存して、RNアーゼHは影響されることが示された。 RNアーゼHをRNA分解の終結機序として用いる場合、RNアーゼHの細胞 内局在化および組織分布も考えるべきである。RNアーゼH活性は、主として、 核に局在しているが、更に低いレベルで細胞質中において検出された。ある与え られたmRNAの大部分は細胞の細胞質中で見出されるので、終結機序として利 用するのに理想的な活性は、核および細胞質両方において高レベルのものである と考えられる。RNアーゼH活性はまた、細胞系ごとにまたは組織間で極めて変 化しやすいので、ある与えられた疾患状態は、標的組織が不十分なRNアーゼH 活性を有するという理由だけで、RNA分解の充分な候補であるとはいえない。 標的RNAを分解するための代わりの終結機序が大いに望まれていることは明ら かである。 他の使用の中で、現在認められている活性は、ここで、アンチセンス療法のた めのRNアーゼHに対する代わりの終結機序として利用することができる。標的 に対して高い親和性を有し、それによってDNA様オリゴヌクレオチドより高い 力価を有するRNA様オリゴヌクレオチドを用いる場合、活性はヒト細胞中で発 現されうることが見出された。細胞質および核両方での活性の存在は、本発明の 化合物を用いて、核の前mRNAスプライシングから多数のRNAプロセッシン グ現象を阻害し且つ細胞質中の成熟転写物の分解へ輸送することを可能にする。 本発明を詳しく説明し且つそれを他の既知のアンチセンス機序、例えば、RN アーゼHと比較するために、本発明の化合物によって引き起こされたdsRNア ーゼ活性を、Ha−rasのコドン12に対して集中させることによって調べた 。本明細書中にそのまま援用される、両方とも本出願と同一譲渡人の、出願第08 /297,248号に該当する米国特許第5,297,248号およびその関連出願である1992年1 2月23日公開の国際公開第W092/22651号で記載のように、ras癌遺伝子は、原 形質膜の内面に局在していて、しかもアミノ酸レベルで高度に保存され、高親和 性および特異性でGTPを結合し、そしてGTPアーゼ活性を有することが示さ れている関連タンパク質をコードする遺伝子系列のメンバーである。ras遺伝 子産物の細胞内機能はまだ知られていないが、それらの生化学的性質は、GTP 結合性タンパク質すなわちGタンパク質として知られるシグナル伝達タンパク質 のクラスとのそれらの有意の配列相同性と共に、ras遺伝子産物が、原形質膜 を越える細胞外シグナル伝達に関連した基本的細胞調節機能において根本的な役 割を果たしていることを示唆する。 H−ras、K−rasおよびN−rasと称される3種類のras遺伝子は 、哺乳動物ゲノム中で識別された。哺乳動物ras遺伝子は、それらのコーディ ング配列内の単一点突然変異似よって形質転換誘導性を獲得する。天然に存在す るras癌遺伝子の突然変異は、コドン12,13および61に局在していた。 ヒト腫瘍において見出される最も一般的に検出される活性化ras突然変異は、 H −ras遺伝子のコドン12においてあり、ここにおいて、GGCからGTCへ の塩基変化は、rasタンパク質産物のGTPアーゼ調節ドメインにおいてグリ シン−バリン置換を引き起こす。この単一アミノ酸変化は、rasタンパク質機 能の正常な制御を無効にして、それによって普通に調節される細胞タンパク質を 継続して活性であるものに変換すると考えられる。このような正常rasタンパ ク質機能の脱調節は、正常から悪性の成長への形質転換の原因であると考えられ る。 例証する目的で、本発明の化合物をrasRNAに対して集中させるが、当然 ながら、他のRNAの宿主も標的RNAとして適していることは理解される。し たがって、本発明の化合物を用いて、細胞中に天然に存在する何等かの適当な標 的RNAまたはインビトロの何等かの標的RNAの発現を調節することができる 。例証する目的で用いられたras標的部位は、参考文献において確認された最 もRNアーゼH感受性のオリゴヌクレオチド部位の一つである。ras癌遺伝子 などの突然変異した遺伝子の選択的阻害は、mRNAのコード領域における調節 化合物のハイブリッド形成を必要とする。これは、ポリソームによる化合物の置 換を妨げるためのこのような化合物とras mRNAとの高親和性相互作用か または、ある与えられた終結機序による標的mRNAの急速分解を必要とする。 再度、理論に拘束されたくはないが、本発明のRNA様化合物は、本質的に高い 親和性も有するし、細胞dsRNアーゼ活性も利用できる。 本発明の目的により、標的RNA鎖に対して結合するおよびdsRNアーゼ酵 素の基質である新規オリゴマー化合物を提供する。本発明のオリゴマー化合物に は、オリゴリボヌクレオチド、オリゴリボヌクレオシドおよびそこに包含される 結合したリボヌクレオチドサブユニットの直鎖状配列を有する他のオリゴマー化 合物が含まれる。このような他のオリゴマー化合物は、PNA(ペプチド核酸) セグメントおよび結合したリボヌクレオチドの間に形成されたキメラ構造を含む であろう。したがって、本明細書の目的のために、「オリゴマー化合物」という 用語は、単独でかまたは組合わせで用いられるオリゴリボヌクレオチドおよびオ リゴリボヌクレオシドという用語、更には、PNAセグメント(および他の代理 ヌクレオシド成分)および結合したリボヌクレオシドセグメントの間に形成され たキメラ化合物を含めた他のオリゴマー化合物を含めることを意味する。本明細 書および請求の範囲において用いられる通り、一つの意味において、オリゴマー 化合物という用語は、オリゴリボヌクレオチドを示すのに用いられ、もう一つの 意味においてオリゴリボヌクレオシドを示すのに、なおもう一つの意味において オリゴリボヌクレオチドおよびオリゴリボヌクレオシドの混合物、そして他の場 合において、上で識別されたPNAキメラ化合物などの指定された更に別のキメ ラ化合物を示すのに用いられる。 本発明のオリゴリボヌクレオチドおよびオリゴリボヌクレオシドは、複数のヌ クレオシドサブユニットから組立てられる。本発明の若干の好ましいオリゴリボ ヌクレオチドまたはオリゴリボヌクレオシドにおいて、それらヌクレオシドサブ ユニットの少なくとも一つは、核酸の相補鎖に対するオリゴリボヌクレオチドま たはオリゴリボヌクレオシドの結合親和性を増加させる置換基を有する。更に、 それらヌクレオシドサブユニットの少なくともいくつかは、2’−ヒドロキシル ペントフラノシル糖残基を含む。 オリゴヌクレオチドが特に有用である細胞性使用では、そのオリゴヌクレオチ ドは、細胞の標的核酸とそれが相互作用するのに充分な期間細胞中に生存するた めに、ヌクレアーゼに対して適度に安定であるべきである。したがって、本発明 の若干の実施態様において、特定のヌクレオシドサブユニットまたはヌクレオシ ド間結合を機能化するかまたは選択して、そのオリゴリボヌクレオチドまたはオ リゴリボヌクレオシドのヌクレアーゼ耐性を増加させる。しかしながら、研究用 試薬としておよび診断薬としての本発明のオリゴマー化合物の使用のような非細 胞性用途では、このようなヌクレアーゼ活性は必要ないかもしれない。 相補的核酸に対する第一核酸の結合親和性の程度を測定する場合、その相補的 核酸に対して結合する第一核酸の相対的能力は、特定のハイブリッド形成複合体 の融解温度を決定することによって比較することができる。二本鎖ヌクレオチド の特徴的な物理的性質である融解温度(Tm)は、50%のらせん(ハイブリッ ド形成した)対コイル(ハイブリッド形成していない)状態が存在する温度を示 す。Tmは、UVスペクトルを用いてハイブリッド形成複合体の形成および破壊 (融解)を確認することによって測定される。ハイブリッド形成中に起こる塩基 スタッキングは、UV吸収の減少(淡色性)を伴う。結果として、UV吸収の減 少は、より高いTmを示す。Tmが高いほど、鎖間結合の強度は大きい。 本発明において、本発明のオリゴリボヌクレオチドおよびオリゴリボヌクレオ シドの結合親和性は、これら化合物のヌクレオシドサブユニット中に置換基を包 含することによって増加させうるということが判った。好ましい置換基は、2’ 置換基、すなわち、本発明の化合物のヌクレオシドサブユニットのペントフラノ シル糖残基の2’位に位置する置換基である。現在好ましい置換基には、フルオ ロ、アルコキシ、アミノアルコキシ、アリルオキシ、イミダゾリルアルコキシお よびポリエチレングリコールが含まれる。アルコキシ基およびアミノアルコキシ 基は、概して、低級アルキル基、特に、C1−C9アルキルを含む。ポリエチレン グリコールは、構造(O−CH2−CH2n−O−アルキルを有する。特に好ま しい置換基は、式(−O−CH2−CH2n−O−アルキル(式中、n=1およ びアルキル=CH3)を有するポリエチレングリコール置換基である。この修飾 は、オリゴヌクレオチドのその標的に対する親和性およびオリゴヌクレオチドの ヌクレアーゼ耐性の両方を増加させることが示された。 結合親和性を増加させる更に別の特に有用な2’−置換基は、2’−フルオロ 基である。公表された研究(Synthesis and Biophysical Studies of 2'-dRIBO- F Modified Oligonucleotides,Conference On Nucleic Acid Therapeutics,ク リアウォーター,FL,1991年1月13日)において、置換されたヌクレオシドサ ブユニットにつき1.6℃の結合親和性の増加が、オリゴヌクレオチドのヌクレ オシドサブユニット5個に2’−フルオロ置換基を有する15マーホスホジエス テルオリゴヌクレオチドについて報告された。オリゴヌクレオチドのヌクレオシ ドサブユニット11個が2’−フルオロ置換基を有した場合、結合親和性は、置 換されたヌクレオシドサブユニットにつき1.8℃まで増加した。この研究にお いて、15マーホスホジエステルオリゴヌクレオチドは、対応するホスホロチオ エート類似体に誘導体化された。その15マーホスホジエステルオリゴヌクレオ チドをそのホスホロチオエート類似体と比較した場合、そのホスホロチオエート 類似体は、15マーホスホジエステルオリゴヌクレオチドの結合親和性の約66 %だけの結合親和性を有した。言い換えると、結合親和性は、オリゴヌクレオ チドをそのホスホロチオエート類似体に誘導体化した場合に失われた。しかしな がら、2’−フルオロ置換基が15マーホスホロチオエートオリゴヌクレオチド のヌクレオシドサブユニット11個に位置した場合、それら2’−置換基の結合 親和性は、15マーオリゴヌクレオチドをそのホスホロチオエート類似体に誘導 体化することによって示される減少を十二分に克服した。この化合物、すなわち 、2’−フルオロ置換基で置換された11個のヌクレオシドサブユニットを有す る15マーホスホロチオエートオリゴヌクレオチドにおいて、その結合親和性は 、置換基につき2.5℃まで増加した。 本発明の化合物のヌクレオシド構造サブユニットを製造する場合に用いるのに 、これらヌクレオシドサブユニット中への包含に適した核塩基には、アデニン、 グアニン、シトシン、ウリジンおよびチミンなどのプリンおよびピリミジン、更 には、キサンチン;ヒポキサンチン;2−アミノアデニン;アデニンおよびグア ニンの6−メチルおよび他のアルキル誘導体;アデニンおよびグアニンの2−プ ロピルおよび他のアルキル誘導体;5−ハロウラシルおよびシトシン;5−プロ ピニルウラシルおよびシトシン;6−アゾウラシル、シトシンおよびチミン;5 −ウラシル(プソイドウラシル);4−チオウラシル;8−ハロ、アミノ、チオ ール、チオアルキル、ヒドロキシルおよび他の8−置換アデニンおよびグアニン ;5−トリフルオロメチルおよび他の5−置換ウラシルおよびシトシン;7−メ チルグアニンなどの他の合成および天然核塩基が含まれる。更に別のプリンおよ びピリミジンには、米国特許第3,687,808号で開示されたもの、Concisse Encycl opedia Of Polymer Science And Engineering,858-859頁,Kroschwitz,J.I.,監 修,John Wiley & Sons,1990で開示されたものおよびEnglischら,Angewandte C hemie,International Edition,1991,30,613で開示されたものが含まれる。これ ら核塩基のいくつかは、本発明のオリゴマー化合物の結合親和性を増加させるの に特に有用である。これらには、5−置換ピリミジン、6−アザピリミジンおよ び、2−アミノプロピルアデニン、5−プロピニルウラシルおよび5−プロピニ ルシトシンを含めたN−2、N−6およびO−6置換プリンが含まれる。他の修 飾ピリミジンおよびプリン塩基もまた、核酸の相補鎖に対するオリゴマー化合物 の結合親和性を増加させると予想される。 本発明による好ましいオリゴリボヌクレオチドおよびオリゴリボヌクレオシド は、好ましくは、約5〜約50個のヌクレオシドサブユニットを含む。本発明の 文脈中、これが、5〜50個のヌクレオシドサブユニットを有する本明細書中前 記の天然に存在しないオリゴマーを包含することは理解される。本発明のオリゴ リボヌクレオチドおよびオリゴリボヌクレオシドが、約15〜約25個のヌクレ オシドサブユニットを含むことは更に好ましい。理解されるように、「ヌクレオ シドサブユニット」は、オリゴリボヌクレオチド中のリン結合によっておよびオ リゴリボヌクレオシド中の非リン結合によって隣接するサブユニットに対して適 当に結合した核塩基および糖または糖代理物組合わせである。この文脈中におい て、「ヌクレオシドサブユニット」という用語は、「ヌクレオシド単位」または 「ヌクレオシド」という用語と同じ意味に用いられる。 本発明のオリゴリボヌクレオチドは、ホスホジエステル、ホスホロチオエート 、3’−(または−5’)デオキシ−3’−(または−5’)チオホスホロチオ エート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレネート、3’−(または−5’) デオキシホスフィネート、ボラノホスフェート、3’−(または−5’)デオキ シ−3’−(または−5’)アミノホスホルアミデート、ヒドロゲンホスホネー ト、ボラノリン酸エステル、ホスホルアミデート、アルキルまたはアリールホス ホネートおよびホスホトリエステルのリン結合を含めたリン結合によって連結さ れたヌクレオシドサブユニットを有する。他方、本発明のオリゴリボヌクレオシ ドは、カーボネート結合、カルバメート結合、シリル結合、硫黄結合、スルホネ ート結合、スルホンアミド結合、ホルムアセタール結合、チオホルムアセチル結 合、オキシム結合、メチレンイミノ結合、メチレンメチルイミノ結合、メチレン ヒドラゾ結合、メチレンジメチルヒドラゾ結合およびメチレンオキシメチルイミ ノ結合によって連結したヌクレオシドサブユニットを有する。 本発明のオリゴマー化合物の全部の配列長さ全体の範囲内でdsRNAアーゼ 応答を引き出すためには、3個を越えるが、好ましくは、4個、5個またはそれ 以上の連続的に結合した2’−ヒドロキシルペントフラノシル含有ヌクレオシド サブユニットのセグメントすなわち部分配列が存在するであろう。オリゴマー化 合物の追加の部分配列すなわちセグメントが、2’−ヒドロキシルペントフラノ シル含有ヌクレオシド部分配列の両側に位置するように、オリゴマー化合物中に 2’−ヒドロキシルペントフラノシル含有ヌクレオシド部分配列を包含すること は、現在のところ好ましい。このような構成において、2’−ヒドロキシルペン トフラノシル含有ヌクレオシド配列は、「中心」または「ギャップ」領域または セグメントとも称され、そして他のヌクレオシド部分配列すなわちセグメントは 、「フラキング」または「ウィング」領域またセグメントとも称される。例えば 、「ギャップ」部分の両側に「ウィング」が隣接している。他の構成も可能であ り、本発明のオリゴマー化合物の3’末端かまたは5’末端に2’−ヒドロキシ ルペントフラノシル含有ヌクレオシド部分配列が存在することが含まれる。これ ら他の構成は、「オープン」ギャップ付き構造と考えることができる、すなわち 、そのギャップ部分はオリゴマー化合物の末端(3’末端かまたは5’末端)で オープンである。 本発明によって用いられるオリゴリボヌクレオチドおよびオリゴリボヌクレオ シドは、好都合に且つ常套で、周知の固相合成技術によって製造することができ 、例えば、“Oligonucleotide sythesis,a practical approach”,M.J.Gait監修 ,IRL Press,1984;“Oligonucleotide and Analogues,A Practical Approach” ,F.Eckstein監修,IRL Press,1991(特に、第1章、オリゴデオキシリボヌクレ オチド合成の最新機械促進法、第2章、オリゴリボヌクレオチド合成、第3章、 2’−O−メチルオリゴリボヌクレオチド:合成および応用、第4章、ホスホロ チオエートオリゴヌクレオチド、第5章、オリゴヌクレオチドホスホロジチオエ ートの合成、第6章、オリゴ−2’−O−デオキシリボヌクレオシドメチルホス ホネートの合成および第7章、修飾塩基を含有するオリゴデオキシヌクレオチド )を参照されたい。他の特に有用な合成法、試薬、保護基および反応条件は、Ma rtin,P.,Helv.Chim.Acta,1995,78,486-504;Beaucage,S.L.およびIyer,R.P.,Tet rahedron,1992,48,2223-2311、およびBeaucage,S.L.およびIyer,R.P.,Tetrahedr on,1993,49,6123-6194、またはそれらで論及された参考文献で記載されている。 オリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオシドの合成用装置は、Applied Bios ystemsを含めたいくつかの販売業者によって販売されている。2’−O− メチルアミダイトおよび2’−O−ヒドロキシルアミダイトを含めた種々のアミ ダイト試薬も、商業的に入手可能である。このような合成のための他の手段はい ずれも用いることができる。オリゴヌクレオチドの実際の合成は、充分に当業者 の技能の範囲内である。同様の技術を用いて、ホスホロチオエートおよびアルキ ル化誘導体などの他のオリゴヌクレオチドを製造することも周知である。同様の 技術並びに商業的に入手可能な修飾アミダイトおよび一定細孔ガラス(CPG) 製品、例えば、ビオチン、フルオレセイン、アクリジンまたはプソラレンで修飾 されたアミダイトおよび/またはCPG(Glen Research,スターリング VA から入手可能)を用いて、蛍光標識された、ビオチニル化されたまたは他の複合 したオリゴヌクレオチドを合成することも周知である。 もう一つの実施態様において、本発明は、ヒトT24細胞および他の細胞系か ら単離可能な、アンチセンスオリゴリボヌクレオチド:RNA二重らせん中のR NAを分解する哺乳動物リボヌクレアーゼに関する。そのリボヌクレアーゼは、 本明細書中においてdsRNアーゼと称され、この「ds」は、二本鎖RNA基 質に対するRNアーゼの特異性を示す。2’−メトキシ修飾糖残基を含有するア ンチセンスオリゴデオキシヌクレオチドは、それらの細胞mRNA標的に対して 高親和性で結合するが、得られた[「DNA様」]:[RNA]二重らせんは、 T24細胞内の核溶解分解の基質ではない。実施例2で詳述されるように、Ha −Ras mRNAのコドン12を標的とする2’−メトキシホスホロチオエー トアンチセンスオリゴヌクレオチドは、2’−メトキシヌクレオチドをオリゴヌ クレオチドの中心のリボヌクレオチドの伸長部分で置換することによって修飾さ れて、2’−メトキシ/リボ/2’−メトキシキメラすなわち[ギャップマー」 オリゴヌクレオチドを形成し、ホスホロチオエート結合は分子全体で維持された 。これら「RNA様」ギャップマーオリゴヌクレオチドは、それらの細胞mRN A標的に対して、完全な2’−メトキシオリゴデオキシヌクレオチドの親和性に 匹敵する親和性で結合するが、[「DNA様」]:[RNA]二重らせんとは異 なり、得られた[「RNA様」]:[RNA]二重らせんは、T24細胞内の核 溶解分解の基質である。[アンチセンス「RNA様」ギャップマーオリゴヌクレ オチド]:[Ha−Ras mRNA]二重らせんの分解は、そのアンチセンス 分 子中に包含されたリボヌクレオチドの数に依存する。17塩基対9RNAギャッ プマーオリゴヌクレオチド:RNA二重らせんは、RNアーゼH切断の基質では ないが、T24細胞溶解産物中における本発明のdsRNアーゼによる切断の基 質である。更に、T24細胞溶解産物で見られた切断部位は、二重らせんのRN A:RNA部分に局在しているが、二重らせんの2’−メトキシ:RNA部分で は見られない。本発明のdsRNアーゼによる二重らせんの切断は、5’−リン 酸末端および3’−ヒドロキシル末端を生じる。 本発明の化合物は、診断薬、治療薬および研究用試薬並びにキットとして用い ることができる。それらは、有効量の本発明の化合物を適当な薬学的に許容しう る希釈剤または担体に対して加えることによって医薬組成物で用いることができ る。それらは、更に、望ましくないタンパク質生産を特徴とする疾患を有する生 物を治療するのに用いることができる。その生物は、望ましくないタンパク質を コードする標的核酸の鎖と特異的にハイブリッド形成しうる配列を有する本発明 の化合物と接触することができる。 治療用組成物の製剤化およびそれらの引続きの投与は、当該技術の範囲内であ ると考えられる。概して、治療薬について、このような療法を必要とする患者は 、本発明による化合物を、一般的には薬学的に許容しうる担体中で、患者の年齢 および治療される疾患状態の重症度に応じて0.01μg〜100g/kg(体 重)の用量で投与される。更に、治療計画は、具体的な疾患の性状、その重症度 および患者の全身状態に応じて異なるであろうし且つ1日1回〜20年ごとに1 回まで延長しうる期間継続してよい。処置後、その患者は、その状態の変化につ いておよび疾患状態の症状の軽減について監視される。化合物の投与量は、患者 が現行の投薬レベルに対してほとんど応答しない場合に増加させることができる かまたは、疾患状態の症状の軽減が見られる場合若しくは疾患状態が消散した場 合に減少させことができる。 若干の場合、本発明の化合物を他の伝統的治療法と一緒に用いて患者を処置す るのがより好ましいことがありうる。例えば、ウイルス疾患について処置されて いる患者は、本発明の化合物を既知の抗ウイルス薬と一緒に投与されうるし、ま たはアテローム性動脈硬化症の患者は、血管形成術後に本発明の化合物で処置さ れて、処置された動脈の再閉塞を防止することができる。 成功した処置後、患者に維持療法を施して、疾患状態の再発を防止するのが望 ましいことがあり、この場合、本発明の化合物は、0.01μg〜100g/k g(体重)の維持用量で1日1回またはそれ以上〜20年ごとに1回投与される 。本発明の医薬組成物は、局所処置が望まれるか全身処置が望まれるかに依って および処置される部位に依って、多数の方式で投与することができる。投与は、 局所(眼、腟、肛門、鼻腔内、経皮を含む)、経口または非経口であってよい。 非経口投与には、静脈内滴注、皮下、腹腔内若しくは筋肉内注射、または包膜内 若しくは室内投与が含まれる。 局所投与用製剤には、経皮パッチ、軟膏剤、ローション剤、クリーム剤、ゲル 剤、滴剤、坐剤、噴霧剤、液剤および散剤が含まれうる。慣用的な医薬用担体、 水性、粉末または油状基剤、粘稠化剤等も必要でありうるしまたは望ましいこと がありうる。コーティングコンドーム、グローブ等も有用でありうる。 経口投与用組成物には、散剤若しくは顆粒剤、水若しくは非水性基剤中の懸濁 剤若しくは液剤、カプセル剤、サシェ剤または錠剤が含まれる。粘稠化剤、着香 剤、希釈剤、乳化剤、分散助剤または結合剤が望まれることがありうる。 包膜内または室内投与用組成物には、緩衝剤、希釈剤および他の適当な添加剤 も含有しうる滅菌水溶液が含まれうる。 非経口投与用製剤には、緩衝剤、希釈剤および他の適当な添加剤も含有しうる 滅菌水溶液が含まれうる。 投薬は、処置される疾患状態の重症度および応答性に依り、治療経過は、数日 〜数か月まで、または治癒が起こるまでまたは疾患状態の軽減が得られるまで持 続する。最適投薬計画は、患者の体内の薬物蓄積の測定値から算定することがで きる。当業者は、最適用量、投薬法および反復率を容易に決定することができる 。最適投薬量は、個々の化合物の相対力価に依って異なることがありうるし、そ して概して、インビトロおよびインビボ動物モデルにおいて有効であることが判 明したEC50に基づいて算出することができる。概して、投薬量は、0.01μ g〜100g/kg(体重)であり、しかも1日、1週間、1か月若しくは1年 に1回若しくはそれ以上、または2〜20年ごとに1回でも与えられることがで きる。 このような処置は、単細胞の原核生物および真核生物から多細胞の真核生物に いたる種々の生物で実施することができる。遺伝、代謝または細胞機構の基本的 な部分としてDNA−RNA転写またはRNA−タンパク質翻訳を利用するいず れの生物も、このような診断、治療および/または予防の処置に対して感受性で ある。細菌、酵母、原生動物、藻類、植物、および温血動物を含めた高等動物の 形態などの見掛上多様な生物は、この方法で処置することができる。更に、多細 胞真核生物の各々の細胞も、それらの細胞活性の不可欠な部分としてDNA−R NA転写およびRNA−タンパク質翻訳の両方を含むので、このような治療およ び/または診断を、このような細胞集団でも実施することができる。更に、真核 細胞の多数の細胞小器官、例えば、ミトコンドリアおよび葉緑体もまた、転写お よび翻訳機序を含む。それゆえ、単細胞、細胞集団または細胞小器官もまた、本 発明の治療用または診断用化合物で処置されることが可能な生物の定義の範囲内 に包含されうる。本明細書中で用いられる治療とは、疾患状態の根絶、生物、例 えば、細菌、原生動物若しくは他の感染の致死、または異常な若しくは望ましく ない細胞成長若しくは発現の抑制を含むことを意味する。 本発明の文脈中、「標的RNA」とは、相補的核酸様化合物とハイブリッド形 成しうる何等かのRNAを意味するものである。更に、本発明の文脈中、「ハイ ブリッド形成」とは、相補的核塩基間の水素結合を意味するものであり、ワトソ ン・クリック、フーグスティーンまたは逆フーグスティーン水素結合でありうる 。本明細書中で用いられる「相補的」とは、二つの核塩基間の正確に対合する能 力を意味する。例えば、アデニンおよびチミンは、水素結合の形成によって対合 する相補的核塩基である。本明細書中で用いられる「相補的」および「特異的に ハイブリッド形成しうる」とは、ヌクレオシドサブユニットを含有する第一およ び第二核酸様オリゴマー間の正確な対合または配列相補性を意味する。例えば、 第一核酸のある位置の核塩基が、第二核酸の同じ位置の核塩基と水素結合できる 場合、その第一核酸および第二核酸は、その位置で互いに相補的であると考えら れる。それら第一および第二核酸は、それぞれの分子中の充分に多数の対応する 位置が、互いに水素結合できる核塩基で占められている場合、互いに相補的であ る。 したがって、「特異的にハイブリッド形成しうる」および「相補的」は、本発明 の化合物と標的RNA分子との間に安定且つ特異的な結合が生じるような充分な 相補性の程度を示すのに用いられる用語である。本発明のオリゴマー化合物は、 特異的にハイブリッド形成しうるその標的RNA配列に対して100%相補的で ある必要はないということは理解される。オリゴマー化合物は、そのオリゴマー 化合物の標的RNA分子に対する結合が、その標的RNAの正常な機能の妨げに なって有用性を損なわせる場合に特異的にハイブリッド形成しうるし、そして特 異的結合が望まれる条件下において、すなわち、インビボ検定若しくは治療的処 置の場合またはインビトロ検定の場合の生理学的条件下において、それら検定が 行われる条件下において、非標的配列に対するオリゴマー化合物の非特異的結合 を避けるのに充分な相補性の程度が存在する。 次の実施例および手順は、本発明を詳しく説明するが、発明を制限するための ものではない。本発明の説明において、実施例1は、本発明の若干の代表的なオ リゴリボヌクレオチドまたはオリゴリボヌクレオシド化合物の製造に有用である 若干の市販ヌクレオシドアミダイトおよび他の追加のヌクレオシドアミダイトを 確認する。実施例2〜5は、本発明の他の代表的なオリゴリボヌクレオチドまた はオリゴリボヌクレオシド化合物を製造する場合に用いるための更に別のヌクレ オシドアミダイトの製造を詳しく説明する。実施例6は、本発明のオリゴリボヌ クレオチド化合物の製造を詳しく説明する。実施例7は、本発明のオリゴリボヌ クレオシド化合物の製造を詳しく説明する。実施例8〜16は、若干の「ギャッ プマー」、すなわち、「ギャップ」および「ウィング」構成を有する化合物を含 めた本発明のキメラオリゴマー化合物の製造を詳しく説明する。実施例17〜1 8は、本発明の化合物の若干の有用な態様を詳しく説明する。実施例19〜28 は、本発明の二本鎖リボヌクレアーゼ(dsRNアーゼ)の識別、特性決定およ び精製を詳しく説明する。実施例29は、本発明のdsRNアーゼ基質を包含す るアフィニティーカラムを詳しく説明する。 代表的な実施例において、「ギャップマー」のいくつか異なった種類を例示す る。これらには、結合したヌクレオシドの「ギャップ」セグメントが、結合した ヌクレオシドの5’および3’「ウィング」セグメント間に位置している第一型 、 および「ギャップ」セグメントが、オリゴマー化合物の3’末端かまたは5’末 端に位置している第二「オープンエンド」型が含まれる。全てのキメラオリゴリ ボヌクレオチドおよびオリゴリボヌクレオシドについての代表的な実施例におい て、特に断らない限り、2’−O−メチルヌクレオシドは「ウィング」セグメン トで用いられ、そして2’−OHヌクレオシドは、各々のオリゴリボヌクレオチ ドまたはオリゴリボヌクレオシドの「ギャップ」セグメントで用いられる。 代表的な実施例のために、次の便法慣例を用いる。括弧、すなわち[ ]で示 された構造は、ヌクレオシド省略形であるが、スラッシュマーク、すなわち/の 後に示された構造は、ヌクレオシド、すなわち、オリゴリボヌクレオチドかまた はオリゴリボヌクレオシド化合物中でヌクレオシドを互いに結合している主鎖構 造を連結するのに用いられるリンカーである。 この用語法を用いて、ヌクレオシド間のリン結合に次の略語を用いる。ホスホ ジエステルにPO;ホスホロチオエートにPS;ホスホロジチオエートにP2S; ホスホロセレネートにPSe;メチルホスホネートにPMe;メチルホスホトリ エステルにPOMe;ホスホルアミデートにPN;3’−デオキシ−3’−アミ ノホスホルアミデートに3’NPN;ホスフィネートにPI;アルキルホスホノ チオエートにMePS;ボラノホスフェートにBPを用いる。ヌクレオシド間の 非リン酸結合に用いられる略語は、メチレンメチルイミノのMMI;メチレンジ メチルヒドラゾのMDH;ホルムアセタールのFA;チオホルムアセタールのT FA;エチレンオキシドのETOおよびメチレンカルボニルアミノのamide−3 である。2’−OHは、非修飾リボ糖、すなわち、ペントリボフラノシル糖の略 語として用いられる。修飾ヌクレオシドに用いられる略語は、ペントリボフラノ シル残基の2’位の一般アルキル基の2’−O−アルキル、具体的なアルキルは 、メチル、エチル、プロピルおよびメトキシエチルにそれぞれ、2’−O−Me 、2’−O−Et、2’−O−Prおよび2’−O−EtOMeとして示され; ペントリボフラノシル残基の2’位のフルオロ残基の2’−F;例えば、米国特 許第5,459,255号の開示によるプリン核塩基置換のMod-Purineまたは;そして例 えば、米国特許第5,484,908号の開示によるピリミジン核塩基置換のMod-Pyr;例 えば、米国特許第5,359,044号の開示による糖代理物のSSである。実施例1 オリゴヌクレオチド/オリゴヌクレオシド合成用アミダイト 2’−O−メチルヌクレオシドアミダイトおよび2’−OH(2’−t−ブチ ルジメチルシリル誘導体として遮断された)ヌクレオシドアミダイトは、Glen R esearch,スターリング,VAから入手可能である。他の2’−O−アルキル置 換ヌクレオシドアミダイトは、本明細書中に援用される米国特許第5,506,351号 、同第5,466,786号または同第5,514,786号で記載されているように製造される。 シクロブチル糖代理化合物は、本明細書中に援用される米国特許第5,359,044号 で記載されているように製造される。ピロリジン糖代理物は、本明細書中に援用 される米国特許第5,519,134号で記載されているように製造される。モルホリノ 糖代理物は、本明細書中に援用される米国特許第5,142,047号および同第5,235,0 33号、並びに他の関連特許開示で記載されているように製造される。N−2置換 プリンヌクレオシドアミダイトは、本明細書中に援用される米国特許第5,459,25 5号で記載されているように製造される。3−デアザプリンヌクレオシドアミダ イトは、本明細書中に援用される米国特許第5,457,191号で記載されているよう に製造される。5,6−置換ピリミジンヌクレオシドアミダイトは、本明細書中 に援用される米国特許第5,614,617号で記載されているように製造される。5− プロピニルピリミジンヌクレオシドアミダイトは、本明細書中に援用される米国 特許第5,484,908号で記載されているように製造される。実施例2 2’−O−(メトキシエチル)ヌクレオシドアミダイト 2’−O−エチル−O−メチル置換ヌクレオシドアミダイトを、次の実施例2 −a〜2−hのようにまたは代わりに、Martin,P.,Helvetica Chimica Acta,19 95,78,486-504の方法によって製造する。実施例2−a 2,2’−アンヒドロ[1−(β−D−アラビノフラノシル)−5−メチルウリ ジン] 5−メチルウリジン(リボシルチミン,Yamasa,銚子,日本によって商業的に 入手可能)(72.0g,0.279M)、ジフェニルカーボネート(90. 0g,0.420M)および重炭酸ナトリウム(2.0g,0.024M)を、 DMF(300mL)に対して加えた。その混合物を撹拌しながら加熱して還流 させ、発生した二酸化炭素ガスを制御方式で放出させた。1時間後、その薄黒い 溶液を減圧下で濃縮した。得られたシロップをジエチルエーテル(2.5L)中 に撹拌しながら注いだ。その生成物はガムを形成した。エーテルを傾瀉し、そし てその残留物を最小量のメタノール(約400mL)中に溶解させた。その溶液 を新たなエーテル(2.5L)中に注いで、堅いガムを生成した。エーテルを傾 瀉し、そしてそのガムを真空オーブン(1mmHgで60℃、24時間)中で乾 燥させて固体を与え、これを破砕して痰黄褐色粉末(57g,85%粗収率)に した。NMRスペクトルは、フェノールをそのナトリウム塩として混入した(約 5%)構造と一致した。その材料をそのままで更に別の反応に用いた(またはそ れを、カラムクロマトグラフィーによって、メタノールの酢酸エチル中の勾配( 10〜25%)を用いて更に精製して、白色固体,mp222〜4℃を与えるこ とができる)。実施例2−b 2’−O−メトキシエチル−5−メチルウリジン 2,2’−アンヒドロ−5−メチルウリジン(195g,0.81M)、トリ ス(2−メトキシエチル)ボレート(231g,0.98M)および2−メトキ シエタノール(1.2L)を、2Lステンレス鋼製圧力容器に対して加え、そし て160℃で予熱された油浴中に入れた。155〜160℃で48時間加熱した 後、その容器を開け、そして溶液を蒸発乾固させ、そしてMeOH(200mL )で研和した。その残留物を熱アセトン(1L)中に懸濁させた。不溶性塩を濾 過し、アセトン(150mL)で洗浄し、そして濾液を蒸発させた。残留物(2 80g)をCH3CN(600mL)中に溶解させ、そして蒸発させた。シリカ ゲルカラム(3kg)を、0.5%Et3NHを含有するCH2Cl2/アセトン /MeOH(20:5:3)中で充填した。残留物をCH2Cl2(250mL) 中に溶解させ、そしてカラム上に加える前にシリカ(150g)に吸収させた。 その生成物を充填用溶媒で溶離して、160g(63%)の生成物を与えた。追 加の材料は、不純画分を再生することによって得られた。実施例2−c 2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチル−5−メチルウリジ 2’−O−メトキシエチル−5−メチルウリジン(160g,0.506M) を、ピリジン(250mL)と一緒に共蒸発させ、そして乾燥した残留物をピリ ジン(1.3L)中に溶解させた。塩化ジメトキシトリチルの第一アリコート( 94.3g,0.278M)を加え、そしてその混合物を室温で1時間撹拌した 。塩化ジメトキシトリチルの第二アリコート(94.3g,0.278M)を加 え、そしてその反応を更に1時間撹拌した。次に、メタノール(170mL)を 加えて、反応を停止させた。HPLCは、約70%生成物の存在を示した。その 溶媒を蒸発させ、そしてCH3CN(200mL)で研和した。その残留物をC HCl3(1.5L)中に溶解させ、そして2×500mLの飽和NaHCO3お よび2×500mLの飽和NaClで抽出した。有機相をNa2SO4上で乾燥さ せ、濾過し、そして蒸発させた。275gの残留物が得られた。その残留物を、 0.5%Et3NHを含有するEtOAc/ヘキサン/アセトン(5:5:1) で充填され且つ溶離されるシリカゲルカラム3.5kg上で精製した。純粋画分 を蒸発させて、164gの生成物を与えた。追加の約20gを不純画分から得て 、183g(57%)の全収量を与えた。実施例2−d 3’−O−アセチル−2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチ ル−5−メチルウリジン 2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチル−5−メチルウリ ジン(106g,0.167M)、DMF/ピリジン(562mLのDMFおよ び188mLのピリジンから製造された3:1混合物750mL)および無水酢 酸(24.38mL,0.258M)を一緒にし且つ室温で24時間撹拌した。 その反応をtlcによって、MeOHの添加でtlc試料を最初に急冷すること によって監視した。tlcによって判断される反応の完了時に、MeOH(50 mL)を加え、そしてその混合物を35℃で蒸発させた。その残留物をCHCl3 (800mL)中に溶解させ、そして2×200mLの飽和重炭酸ナトリウム および2×200mLの飽和NaClで抽出した。水層を200mLのCHCl3 で逆抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ且つ蒸発させて、 122gの残留物(約90%生成物)を与えた。その残留物をシリカゲルカラム 3.5kg上で精製し且つEtOAc/ヘキサン(4:1)を用いて溶離した。 純生成物画分を蒸発させて、96g(84%)を生成した。追加の1.5gは、 後の画分から回収された。実施例2−e 3’−O−アセチル−2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチ ル−5−メチル−4−トリアゾールウリジン 3’−O−アセチル−2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリ チル−5−メチルウリジン(96g,0.144M)をCH3CN(700mL )中に溶解させることによって第一溶液を製造し、取っておいた。トリエチルア ミン(189mL,1.44M)を、トリアゾール(90g,1.3M)のCH CN(1L)中溶液に対して加え、−5℃まで冷却し、そしてオーバーヘッドス ターラーを用いて0.5時間撹拌した。0〜10維持されたその撹拌溶液に対し て、POCl3を30分間にわたって滴加し、そして得られた混合物を更に2時 間撹拌した。第一溶液を、その溶液に対して45分間にわたって滴加した。得ら れた反応混合物を冷室内で一晩貯蔵した。その反応混合物から塩を濾過し、そし てその溶液を蒸発させた。残留物をEtOAc(1L)中に溶解させ、そして不 溶性固体を濾過によって除去した。その濾液を、1×300mLのNaHCO3 および2×300mLの飽和NaClで洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ且 つ蒸発させた。その残留物をEtOAcで研和して、標題化合物を与えた。実施例2−f 2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチル−5−メチルシチジ 3’−O−アセチル−2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリ チル−5−メチル−4−トリアゾールウリジン(103g,0.141M)のジ オキサン(500mL)およびNH4OH(30mL)中溶液を室温で2時間撹 拌した。そのジオキサン溶液を蒸発させ、そして残留物をMeOH(2×200 mL)と共沸させた。その残留物をMeOH(300mL)中に溶解させ、そし て2リットルステンレス鋼製圧力容器に移した。NH3ガスで飽和したMeOH (400mL)を加え、そしてその容器を100℃まで2時間加熱した(tlc は完全な転化を示した)。容器内容物を蒸発乾固させ、そして残留物をEtOA c(500mL)中に溶解させ且つ飽和NaCl(200mL)で1回洗浄した 。有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、そしてその溶媒を蒸発させて、標題化 合物85g(95%)を与えた。実施例2−g 4−ベンゾイル−2’−O−メトキシエチル-5’−O−ジメトキシトリチル− 5−メチルシチジン 2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチル−5−メチルシチ ジン(85g,0.134M)をDMF(800mL)中に溶解させ、そして無 水安息香酸(37.2g,0.165M)を撹拌しながら加えた。3時間撹拌し た後、tlcは、反応が約95%完了したことを示した。その溶媒を蒸発させ、 そして残留物をMeOH(200mL)と共沸させた。その残留物をCHCl3 (700mL)中に溶解させ、そして飽和NaHCO3 (2×300mL)およ び飽和NaCl(2×300mL)で抽出し、MgSO4上で乾燥させ且つ蒸発 させて、残留物(96g)を与えた。その残留物を、シリカカラム1.5kg上 において0.5%Et3NHを含有するEtOAc/ヘキサン(1:1)を溶離 溶媒として用いてクロマトグラフィーによって分離した。純生成物画分を蒸発さ せて、標題化合物90g(90%)を与えた。実施例2−h 4−ベンゾイル−2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチル −5−メチルシチジン−3’−アミダイト4−ベンゾイル−2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチ ル−5−メチルシチジン(74g,0.10M)をCH2Cl2(1L)中に溶解 させた。テトラゾールジイソプロピルアミン(7.1g)および2−シアノエト キシ−テトラ(イソプロピル)ホスファイト(40.5mL,0.123M)を 、窒素雰囲気下において撹拌しながら加えた。得られた混合物を室温で20時 間撹拌した(tlcは、反応が95%完了したことを示した)。その反応混合物 を、飽和NaHCO3(1×300mL)および飽和NaCl(3×300mL )で抽出した。水性洗浄物をCH2Cl2(300mL)で逆抽出し、そしてその 抽出物を一緒にし、MgSO4上で乾燥させ且つ濃縮した。得られた残留物を、 シリカカラム1.5kg上においてEtOAc\ヘキサン(3:1)を溶離溶媒 として用いてクロマトグラフィーによって分離した。純生成物画分を一緒にして 、標題化合物90.6g(87%)を与えた。実施例3 長鎖、すなわち(C20)置換ヌクレオシドアミダイトの製造 長鎖、例えば、C20置換基を2’位に有するヌクレオシドアミダイトの合成を 、実施例3−a〜3−cで示す。実施例3−a 2,6−ジアミノ−9−(2−O−オクタデシル−β−D−リボフラノシル)プ リンの合成 DMF(1L)中の2,6−ジアミノ−9−(β−D−リボフラノシル)プリ ン(50g,180ミリモル)および水素化ナトリウム(7g)を加熱して2時 間沸騰させた。ヨードオクタデカン(100g)を150℃で加え、そしてその 反応混合物をRTまで冷却させた。その反応混合物をRTで11日間撹拌した。 溶媒を蒸発させ、そして残留物をシリカゲルクロマトグラフィーによって精製し た。その生成物を5%MeOH/CH2Cl2で溶離した。適当な画分を蒸発させ て、生成物(11g)を生成した。1 H NMR(DMSO−d6)δ0.84(t,3,CH2);1.22(m, 32,O−CH2−CH2−(CH216);1.86(m,2,O−CH2−CH2 );3.25(m,2,O−CH2);3.93(d,1,4’H);4.25 (m,1,3’H);4.38(t,1,2’H);5.08(d,1,3’− OH);5.48(t,1,5’−OH);5.75(s,2,6−NH2); 5.84(d,1,1’−H);6.8(s,2,2−NH2);および7.9 5(s,1,8−H)。実施例3−b 2’−O−オクタデシルグアノシンの合成 0.1Mリン酸ナトリウム緩衝液(50mL,pH7.4)、0.1Mトリス 緩衝液(1000mL,pH7.4)およびDMSO(1000mL)中の2, 6−ジアミノ−9−(2−O−オクタデシル−β−D−リボフラノシル)プリン (10g)を、RTにおいてアデノシンデアミナーゼ(1.5g)で処理した。 3日目、5日目および7日目に、アデノシンデアミナーゼの追加のアリコート( それぞれ、500mg,880mgおよび200mg、を加えた。その反応を合計 9日間撹拌し、そしてシリカゲルクロマトグラフィーによる精製は、生成物(2 g)を生じた。分析用試料は、MeOHから再結晶された。1 H NMR(DMSO−d6)δ0.84(t,3,CH3),1.22[s, 32,O−CH2−CH2−(CH216],5.07(m,2,3’−OHおよ び5’−OH);5.78(d,1,1’−H;6.43(s,2,NH2), 7.97(s,1,8−H)および10.64(s,1,NH2)。 C284955の分析計算値:C,62.80;H,9.16;N,12.95 。実測値:C,62.54;H,9.18;N,12.95。実施例3−c 2−イソブチリル−2’−O−オクタデシルグアノシンの合成 ピリジン(150mL)中の2’−O−オクタデシルグアノシン(1.9g) を氷浴中で冷却し、そして塩化トリメチルシリル(2g,5当量)および塩化イ ソブチリル(2g,5当量)で処理した。その反応混合物を4時間撹拌し、その 時間中にそれを室温まで暖めた。その溶液を冷却し、水を加え(10mL)、そ して更に30分間撹拌した。濃水酸化アンモニウム(10mL)を加え、そして その溶液を真空中で濃縮した。その残留物をシリカゲルクロマトグラフィー(3 %MeOH/EtOAcで溶離された)によって精製して、生成物1.2gを生 じた。1 H NMR(DMSO−d6)δ0.85(t,3,CH3),1.15(m, 38,O−CH2CH2(CH216,CH(CH32),2.77(m,1,C H(CH32),4.25(m,2,2’−H)および3’−H);5.08( t,1,5’−OH),5.12(d,1,3’−OH),5.87(d, 1,1’−H),8.27(s,1,8−H),11.68(s,1,NH2) および12.08(s,1,NH2)。 C325556の分析計算値:C,63.47;H,9.09;N,11.57 。実測値:C,63.53;H,9.20;N,11.52。 この生成物をオリゴリボヌクレオチド中に包含させる前に、それを、1994年2月 3日公開の国際公開第WO94/02501号で記載された手順にしたがって、N2−イソ ブチリル−5’−ジメトキシトリチル−2’−O−オクタデシルグアノシンに変 換した後、ホスホルアミダイトに変換した。実施例4 2’−フルオロヌクレオシドアミダイト 2’−フルオロ置換ヌクレオシドアミダイトを、次の実施例4−a〜4−dの ようにまたは代わりに、Kawasakiら,J.Med.Chem.,1993,36,831-841の方法によ って製造する。実施例4−a i. N6−ベンゾイル−9−β−D−アラビノフラノシルアデニン。 9−β−D−アラビノフラノシルアデニン(1.07g,4.00ミリモル) を、無水ピリジン(20mL)および無水ジメチルホルムアミド(20mL)中 にアルゴン雰囲気下で溶解させた。その溶液を0℃まで冷却し、そしてクロロト リメチルシラン(3.88mL,30.6ミリモル)を、その反応混合物に対し てシリンジによって徐々に加えた。その反応混合物を0℃で30分間撹拌した後 、塩化ベンゾイル(2.32mL,20ミリモル)を徐々に加えた。その反応混 合物を20℃まで暖め且つ2時間撹拌した。その反応混合物を0℃まで冷却した 後、冷水(8mL)を加え、そしてその混合物を15分間撹拌した。濃水酸化ア ンモニウム(8mL)をその反応混合物に対して徐々に加えて、2Mのアンモニ ア最終濃度を与えた。冷反応混合物を30分間撹拌した後、その溶媒を真空(6 0トル)中において20℃で蒸発させた後、真空(1トル)中において40℃で 蒸発させて油状物を与えた。この油状物をジエチルエーテル(50mL)で研和 して固体を与え、これを濾過し且つジエチルエーテルで3回洗浄した。この粗製 固体をメタノール(100mL)中において還流温度で3回研和し、そしてその 溶媒 を蒸発させて、N6−ベンゾイル−9−β−D−アラビノフラノシルアデニンを 固体(1.50g,100%)として生成した。ii . N6−ベンゾイル−9−[3’,5’−ジ−O−テトラヒドロピラン−2 −イル)−β−D−アラビノフラノシル]アデニン。6−ベンゾイル−9−β−D−アラビノフラノシルアデニン(2.62g, 7.06ミリモル)を、無水ジメチルホルムアミド(150mL)中にアルゴン 雰囲気下で溶解させ、そしてp−トルエンスルホン酸一水和物(1.32g,6 .92ミリモル)を加えた。この溶液を0℃まで冷却し、そしてジヒドロピラン (1.26mL,13.8ミリモル)をシリンジによって加えた。その反応混合 物を20℃まで暖めた。5時間にわたって、合計10当量のジヒドロピランを、 記載された方式で2当量ずつ加えた。その反応混合物を0℃まで冷却し、飽和水 性重炭酸ナトリウムをpH8まで徐々に加えた後、水を750mLの容量まで加 えた。その水性混合物を塩化メチレン(4×200mL)で抽出し、そして有機 相を一緒にし且つ硫酸マグネシウム上で乾燥させた。その固体を濾過し、そして 溶媒を真空(60トル)中において30℃で蒸発させて少量の液体を与え、これ を真空(1トル)中において40℃で蒸発させて油状物を与えた。この油状物を p−キシレンと一緒に真空中において40℃で共蒸発させて油状物を与え、これ を塩化メチレン(100mL)中に溶解させた。ヘキサン(200mL)をその 溶液に対して加え、そしてその低沸点溶媒を真空中において30℃で蒸発させて 、ヘキサン中に懸濁した白色固体を残した。この固体を濾過し且つヘキサン(3 ×10mL)で洗浄した後、シリカゲルおよび溶離剤として塩化メチレン−メタ ノール(93:7)を用いるカラムクロマトグラフィーによって精製した。第一 画分は標題化合物3を白色泡状物(3.19g,83%)として生じ、そして第 二画分は白色泡状物(0.81g)を与え、これを、N6−ベンゾイル−9−β −D−アラビノフラノシルアデニンの5’−モノテトラヒドロピラニル誘導体と して特性決定した。iii. 6−ベンゾイル−9−[2’−O−トリフルオロメチルスルホニル−3 ’,5’−ジ−O−テトラヒドロピラン−2−イル)−β−D−アラビノフラノ シル]アデニン。6−ベンゾイル−9−[3’,5’−ジ−O−テトラヒドロピラン−2−イ ル)−β−D−アラビノフラノシル]アデニン(2.65g,4.91ミリモル )を無水ピリジン(20mL)中に溶解させ、そしてその溶媒を真空(1mmH g)中において40℃で蒸発させた。得られた油状物を無水塩化メチレン(13 0mL)中にアルゴン下において溶解させ、無水ピリジン(3.34mL,41 .3ミリモル)およびN,N−ジメチルアミノピリジン(1.95g,16.0 ミリモル)を加えた。その反応混合物を0℃まで冷却し、そして無水トリフルオ ロメタンスルホン酸(1.36mL,8.05ミリモル)をシリンジによって徐 々に加えた。その反応混合物を0℃で1時間撹拌した後、それを冷飽和水性重炭 酸ナトリウム(140mL)中に注いだ。その混合物を振とうし、そして有機相 を分離し且つ0℃で保持した。水性相を塩化メチレン(2×140mL)で抽出 した。冷却した状態で絶えず保持された有機抽出物を一緒にし、そして硫酸マグ ネシウム上で乾燥させた。その溶媒を真空(60トル)中において20℃で蒸発 させた後、真空(1トル)中において20℃で蒸発させて、N6−ベンゾイル− 9−[2’−O−トリフルオロメチルスルホニル−3’,5’−ジ−O−テトラ ヒドロピラン−2−イル)−β−D−アラビノフラノシル]アデニンを粗製油状 物として与え、これ以上精製しなかった。iv . N6−ベンゾイル−9−[2’−フルオロ−3’,5’−ジ−O−テトラ ヒドロピラン−2−イル)−β−D−アラビノフラノシル]アデニン。 粗製油状物としてのN6−ベンゾイル−9−[2’−O−トリフルオロメチル スルホニル−3’,5’−ジ−O−テトラヒドロピラン−2−イル)−β−D− アラビノフラノシル]アデニン(4.9ミリモル)を、無水テトラヒドロフラン (120mL)中に溶解させ、そしてこの溶液をアルゴン下において0℃まで冷 却した。水和物としてのフッ化テトラブチルアンモニウム(12.8g,49. 1ミリモル)を無水テトラヒドロフラン(50mL)中に溶解させ、そしてこの 容量の半分を、冷反応混合物に対してシリンジによって徐々に加えた。0℃で1 時間撹拌した後、試薬の残りを徐々に加えた。その反応混合物を0℃で更に1時 間撹拌した後、溶媒を真空(60トル)中において20℃で蒸発させて油状物を 与えた。この油状物を塩化メチレン(250mL)中に溶解させ、そしてブライ ンで3回洗浄した。有機相を分離し且つ硫酸マグネシウム上で乾燥させた。固体 を濾過し、そして溶媒を蒸発させて油状物を与えた。この粗生成物を、半融ガラ ス漏斗中でシリカゲルを用いるカラムクロマトグラフィーによって精製し、そし て酢酸エチルを溶離剤として用いた。N6−ベンゾイル−9−[2’−フルオロ −3’,5’−ジ−O−テトラヒドロピラン−2−イル)−β−D−アラビノフ ラノシル]アデニンは、油状物(2.03g,76%)として得られた。v. N6−ベンゾイル−9−(2’−フルオロ−β−D−リボフラノシル)ア デニン。6−ベンゾイル−9−[2’−フルオロ−3’,5’−ジ−O−テトラヒド ロピラン−2−イル)−β−D−アラビノフラノシル]アデニン(1.31g, 2.42ミリモル)をメタノール(60mL)中に溶解させ、Dowex 50W x2-100 (4cm3,2.4ミリ当量)をその反応混合物に対して加えた。その反応混合 物を20℃で1時間撹拌した後、0℃まで冷却した。次に、トリエチルアミン( 5mL)をその冷反応混合物に対して徐々にpH12まで加えた。樹脂を濾過し 、そしてメタノール中30%トリエチルアミンで、洗浄物がもはやUV吸収材料 を含有しなくなるまで洗浄した。トルエン(50mL)をそれら洗浄物に対して 加え、そして溶媒を真空(60トル、続いて1トル)中において24℃で蒸発さ せて残留物を与えた。この残留物を塩化メチレン(30mL)中に部分溶解させ 、そしてその溶媒を分液漏斗に移した。残留物の残りを熱(60℃)水中に溶解 させ、そして溶媒を冷却した後、それも分液漏斗に加えた。二相系を抽出し、そ して有機相を分離し且つ水(3×100mL)で抽出した。合わせた水性抽出物 を真空(60トル、続いて1トルHg)中において40℃で蒸発させて油状物を 与え、これを無水ピリジン(50mL)と一緒に蒸発させた。この油状物を、更 に、五酸化リンの存在下の真空(1トルHg)中において20℃で一晩中乾燥さ せて、N6−ベンゾイル−9−(2’−フルオロ−b−D−リボフラノシル)ア デニンを黄色泡状物(1.08g,100%)として与え、これは少量の不純物 を含んでいた。vi . N6−ベンゾイル−9−[2’−フルオロ−5’−O−(4,4’−ジメ トキシトリチル)−β−D−リボフラノシル]アデニン。 少量の不純物を含有したN6−ベンゾイル−9−(2’−フルオロ−b−D− リボフラノシル)アデニン(1.08g,2.89ミリモル)を、無水ピリジン (20mL)中にアルゴン下で溶解させ、そして乾燥トリエチルアミン(0.5 2mL,3.76ミリモル)を加えた後、塩化4,4’−ジメトキシトリチル( 1.13g,3.32ミリモル)を加えた。20℃で4時間撹拌した後、その反 応混合物を分液漏斗に移し、そしてジエチルエーテル(40mL)を加えて白色 懸濁液を与えた。この混合物を水で3回洗浄し(3×10mL)、有機相を分離 し且つ硫酸マグネシウム上で乾燥させた。トリエチルアミン(1mL)をその溶 液に対して加え、そしてその溶媒を真空(60トルHg)中において20℃で蒸 発させて油状物を与え、これを、トリエチルアミン(1mL)含有トルエン(2 0mL)と一緒に蒸発させた。この粗生成物を、シリカゲルおよび酢酸エチル− トリエチルアミン(99:1)に続いて酢酸エチル−メタノール−トリエチルア ミン(80:19:1)を用いるカラムクロマトグラフィーによって精製して、 生成物を二つの画分で与えた。それら画分を真空(60トル、続いて1トルHg )中において20℃で蒸発させて泡状物を与え、これを、水酸化ナトリウムの存 在下の真空(1トルHg)中において20℃で更に乾燥させて、N6−ベンゾイ ル−9−[2’−フルオロ−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−β −D−リボフラノシル]アデニンを泡状物(1.02g,52%)として与えた 。vii. 6−ベンゾイル−[2’−フルオロ−5’−O−(4,4’−ジメトキ シトリチル)]−アデノシン−3’−O−N,N−ジイソプロピル−β−シアノ エチルホスホルアミダイト。6−ベンゾイル−9−[2’−フルオロ−5’−O−(4,4’−ジメトキ シトリチル)−β−D−リボフラノシル]アデニン(1.26g,1.89ミリ モル)を、無水ジクロロメタン(13mL)中にアルゴン下で溶解させ、ジイソ プロピルエチルアミン(0.82mL,4.66ミリモル)を加え、そしてその 反応混合物を0℃まで冷却した。クロロ(ジイソプロピルアミノ)β−シアノエ トキシホスフィン(0.88mL,4.03ミリモル)を、20℃まで暖められ 且つ3時間撹拌されたその反応混合物に対して加えた。酢酸エチル(80mL) およびトリエチルアミン(1mL)を加え、そしてこの溶液をブライン(3×2 5mL)で洗浄した。有機相を分離し且つ硫酸マグネシウム上で乾燥させた。固 体の濾過後、その溶媒を真空中において20℃で蒸発させて油状物を与え、これ を、シリカゲルおよび溶離剤としてヘキサン−酢酸エチル−トリエチルアミン( 50:49:1)を用いるカラムクロマトグラフィーによって精製した。真空中 において20℃での画分の蒸発は泡状物を与え、これを、水酸化ナトリウムの存 在下の真空(1トルHg)中において20℃で24時間更に乾燥させて、N6− ベンゾイル−[2’−デオキシ−2’−フルオロ−5’−O−(4,4’−ジメ トキシトリチル)]−アデノシン−3’−O−(N,N−ジイソプロピル−β− シアノエチルホスホルアミダイトを泡状物(1.05g,63%)として与えた 。実施例4−b 2’−デオキシ−2’−フルオロ−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル )−ウリジン3’−O−(N,N−ジイソプロピル−β−シアノエチルホスホル アミダイト)。 2,2’−シクロウリジンを、ジオキサン中70%フッ化水素/ピリジンの溶 液で120℃において10時間処理して、溶媒の除去後に、75%収率の2’− デオキシ−2’−フルオロウリジンを与える。5’−DMTおよび3’−シアノ エトキシジイソプロピルホスルアミダイトで誘導体化されたヌクレオシドを、標 準的な文献手順[Gait監修,Oligonucleotide Synthesis.A Practical Approach ,IRL Press,ワシントン,DC(1984)]によって、または実施例4−aの手順 にしたがって得る。実施例4−c 2’−デオキシ−2’−フルオロ−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル )−シチジン−3’−O−(N,N−ジイソプロピル−β−シアノエチルホスホ ルアミダイト)。 2’−デオキシ−2’−フルオロウリジン(2.51g,10.3ミリモル) を、C.B.Reese,ら,J.Chem.Soc.Perkin Trans I,1171-1176頁(1982)の方法に より、無水酢酸(3.1mL,32.7ミリモル)を無水ピリジン(26mL) 中において室温で用いるアセチル化によって、対応するシチジン類似体に変換し た。その反応をメタノールで急冷し、溶媒を真空(1トル)中で蒸発させて油状 物を与え、これをエタノールおよびトルエンと一緒に共蒸発させた。3’,5’ −O−ジアセチル−2’−デオキシ−2’−フルオロウリジンは、エタノールか ら結晶化して、無色結晶(2.38g,81%)を与えた。 N−4−(1,2,4−トリアゾール−1−イル)−3’,5’−O−ジアセ チル−2’−デオキシ−2’−フルオロウリジンは、3’,5’−O−ジアセチ ル−2’−デオキシ−2’−フルオロウリジン(2.75g,9.61ミリモル )と、1,2,4−トリアゾール(5.97g,86.5ミリモル)、オキシ塩 化リン(1.73mL,18.4ミリモル)およびトリエチルアミン(11.5 mL,82.7ミリモル)との無水アセトニトリル中において室温での反応によ って70%収率で得られた。90分後、その反応混合物を氷温まで冷却し、そし てトリエチルアミン(7.98mL,56.9ミリモル)を加えた後、水(4. 0mL)を加えた。溶媒を真空(1トル)中で蒸発させて油状物を与え、これを 塩化メチレン中に溶解させ、そして飽和水性重炭酸ナトリウムで洗浄した。その 水性相を塩化メチレンで2回抽出し(2×100mL)、そして有機抽出物を硫 酸マグネシウムで乾燥させた。溶媒の蒸発は油状物を与え、これから、生成物N −4−(1,2,4−トリアゾール−1−イル)−3’,5’−O−ジアセチル −2’−デオキシ−2’−フルオロウリジンが、エタノールからの結晶化によっ て得られた。 2’−デオキシ−2’−フルオロシチジンは、濃水酸化アンモニウム(4.2 6mL,81.2ミリモル)をジオキサン中において室温で6時間用いる、保護 されたトリアゾール−1−イル誘導体の処理によって与えられた。溶媒の蒸発後 、その油状物をメタノール中の半飽和(氷温で)アンモニア中で16時間撹拌し た。その溶媒を蒸発させ、そして2’−デオキシ−2’−フルオロシチジンを酢 酸エチル−メタノール(v/v,75:25)から結晶化させて、無色結晶(1 .24g,75%)を与えた。 N−4−ベンゾイル−2’−デオキシ−2’−フルオロシチジンは、無水安息 香酸を無水ジメチルホルムアミド中で用いる選択的ベンゾイル化によって製造さ れた。V.Bhat,ら,Nucleosides Nucleotides,8巻,179-183頁(1989)。5’ −O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O−(N,N−ジイソプロピ ル−β−シアノエチルホスホルアミダイト)は、実施例4−aにしたがって製造 された。実施例4−d i. 9−(3’,5’−[1,1,3,3−テトライソプロピルジシロクス− 1,3−ジイル]−β−D−アラビノフラノシル)グアニン。 グアノシンの3’および5’位を、Robinsら[Can.J.Chem.,61,1911(1983)] の手順により、TPDS(1,1,3,3−テトライソプロピルジシロクス−1 ,3−ジイル)保護基の添加によって保護した。DMSO(160mL)および 無水酢酸(20mL)の撹拌溶液に対して、TPDSグアノシン(21g,0. 040モル)を加えた。その反応を室温で36時間撹拌した後、0℃まで冷却し た。冷エタノール(400mL,95%)を加え、そしてその反応混合物をドラ イアイス/アセトン浴中で−78℃まで更に冷却した。NaBH4(2.0g, 1.32モル当量)を加えた。その反応混合物を−2℃まで暖め、30分間撹拌 し、そして再度−78℃まで冷却した。これを2回繰返した。NaBH4の添加 を完了した後、その反応を0℃で30分間、続いて室温で1時間撹拌した。その 反応を酢酸エチル(1L)中にとり、そしてNaClの飽和溶液で2回洗浄した 。有機層をMgSO4上で乾燥させ且つ減圧下で蒸発させた。その残留物をトル エンと一緒に2回共蒸発させ、そしてシリカゲルクロマトグラフィーによってC H2Cl2−MeOH(9:1)を溶離剤として用いて精製した。純生成物(6. 02g)は、適当なカラム画分から、これらの画分の蒸発の際に沈澱し、そして 追加の生成物11.49gは、それら画分の蒸発時の残留物として得られた。ii . N2−イソブチリル−9−(2’−O−イソブチリル−3’,5’−[1 ,1,3,3−テトライソプロピルジシロクス−1,3−ジイル]−β−D−ア ラビノフラノシル)グアニン。 9−(3’,5’−[1,1,3,3−テトライソプロピルジシロクス−1, 3−ジル]−β−D−アラビノフラノシル)グアニン(6.5g,0.0124 8モル)を、無水ピリジン(156mL)中にアルゴン下において溶解させた。 DMAP(9.15g)を加えた。無水イソ酪酸(6.12mL)を徐々に加え 、そしてその反応混合物を室温で一晩中撹拌した。その反応混合物を冷飽和Na H CO3(156mL)中に注ぎ゛且つ10分間撹拌した。その水溶液を酢酸エチ ル(156mL)で3回抽出した。有機相を飽和NaHCO3で3回洗浄し、そ して蒸発乾固させた。その残留物をトルエンと一緒に共蒸発させ、そしてシリカ ゲルカラムクロマトグラフィーによってCH2Cl2−アセトン(85:15)を 用いて精製して、生成物5.67gを生成した。iii. 2−イソブチリル−9−(2’−O−イソブチリル−β−D−アラビノ フラノシル)グアニン。2−イソブチリル−9−(2’−イソブチリル−3’,5’−[1,1,3 ,3−テトライソプロピルジシロクス−1,3−ジイル]−β−D−アラビノフ ラノシル)グアニン(9.83g,0.01476モル)を、無水THF(87 .4mL)中にアルゴン下の室温で溶解させた。THF中1M(nBu)4+- (29.52mL,2当量)を加え、そしてその反応混合物を30分間撹拌し た。その反応混合物を室温で蒸発させ、そしてその残留物をシリカゲルカラムク ロマトグラフィーによってEtOAc−MeOH(85:15)を用いて精製し て、生成物4.98g(80%)を生成した。iv . N2−イソブチリル−9−(2’−O−イソブチリル−3’,5’−ジ− O−[テトラヒドロピラン−2−イル]−β−D−アラビノフラノシル)グアニ ン。2−イソブチリル−9−(2’−イソブチリル−β−D−アラビノフラノシ ル)グアニン(4.9g)を、無水1,4−ジオキサン(98mL)中にアルゴ ン下の室温で溶解させた。p−トルエンスルホン酸一水和物(0.97g)を加 えた後、3,4−ジヒドロ−2H−ピラン(DHP,9.34mL,8.8当量 を加えた。その反応混合物を2時間撹拌した後、0℃まで冷却し、そして飽和N aHCO3(125mL)を加えて反応を急冷した。その反応混合物を125m LずつのCH2Cl2で3回抽出し、そして有機相をMgSO4上で乾燥させた。 その有機相を蒸発させ、そして残留物を、最小量ではあるが、シロップではなく て透明液体を生じるのに充分な量のCH2Cl2中に溶解させた後、ヘキサン(C H2Cl2の量の10倍)中に滴下した。その沈澱を濾過して、生成物5.59g (81.5%)を生成した。v. N2−イソブチリル−9−(3’,5’−ジ−O−[テトラヒドロピラン −2−イル]−β−D−アラビノフラノシル)グアニン。2−イソブチリル−9−(2’−イソブチリル−3’,5’−ジ−O−[テ トラヒドロピラン−2−イル]−β−D−アラビノフラノシル)グアニン(5. 58g)を、ピリジン−MeOH−H2O(65:30:15,52mL)中に 室温で溶解させた。その溶液を0℃まで冷却し、そして52mLのEtOH−M eOH(95:5)中2N NaOHを徐々に加えた後、0℃で2時間撹拌した 。氷酢酸をpH6まで加え、そして飽和NaHCO3をpH7まで加えた。その 反応混合物を減圧下で蒸発させ、そして残留物をトルエンと一緒に共蒸発させた 。次に、その残留物をEtOAc(150mL)中に溶解させ、そして飽和Na HCO3で3回洗浄した。有機相を蒸発させ、そして残留物をシリカゲルカラム クロマトグラフィーによってEtOAc−MeOH(95:5)を溶離剤として 用いて精製して、生成物3.85g(78.3%)を生成した。vi . N2−イソブチリル−9−(3’,5’−ジ−O−[テトラヒドロピラン −2−イル]−2’−O−トリフルオロメチルスルホニル−β−D−アラビノフ ラノシル)グアニン。2−イソブチリル−9−(3’,5’−ジ−O−[テトラヒドロピラン−2 −イル]−β−D−アラビノフラノシル)グアニン(3.84g)を、無水CH2 Cl2(79mL)、無水ピリジン(5mL)およびDMAP(2.93g)中 にアルゴン下の室温で溶解させた。その溶液を0℃まで冷却し、そして無水トリ フルオロメタンスルホン酸(1.99mL)を撹拌しながら徐々に加えた。その 反応混合物を室温で1時間撹拌した後、100mLの飽和NaHCO3中に注い だ。水性相を冷CH2Cl2で3回抽出した。有機相をMgSO4上で乾燥させ、 蒸発させ、そして無水MeCNと一緒に共蒸発させて、粗生成物を生成した。vii. 2−イソブチリル−9−(2’−デオキシ−2’−フルオロ−3’,5 ’−ジ−O−[テトラヒドロピラン−2−イル]−2’−O−トリフルオロメチ ルスルホニル−β−D−リボフラノシル)グアニン。 粗製N2−イソブチリル−9−(3’,5’−ジ−O−[テトラヒドロピラン −2−イル]−2’−O−トリフルオロメチルスルホニル−β−D−アラビノフ ラノシル)グアニンを、無水THF(113mL)中にアルゴン下の0℃で溶解 させた。THF中1M(nBu)4+-(ピリジンとの共蒸発によって乾燥さ れた)(36.95mL)を撹拌しながら加えた。1時間後、THF中(nBu )4+-の追加のアリコート(36.95mL)を加えた。その反応混合物を 0℃で5時間撹拌し、そして−30℃で一晩貯蔵した。その反応混合物を減圧下 で蒸発させ、そして残留物をCH2Cl2(160mL)中に溶解させ且つ脱イオ ン水で5回抽出した。有機相をMgSO4上で乾燥させ且つ蒸発させた。残留物 をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによってEtOAc−MeOH(95: 5)を用いて精製して、生成物5.25gを生成した。viii . N2−イソブチリル−9−(2’−デオキシ−2’−フルオロ−β−D −リボフラノシル)グアニン。2−イソブチリル−9−(2’−デオキシ−2’−フルオロ−3’,5’− ジ−O−[テトラヒドロピラン−2−イル]−β−D−リボフラノシル)グアニ ン(3.85g)を、MeOH(80mL)中に室温で溶解させた。予め洗浄さ れたDowex 50W樹脂(12.32cm3)を加え、そしてその反応混合物を室温で 1時間撹拌した。樹脂を濾過し、そして濾液を蒸発乾固させた。その樹脂をピリ ジン−トリエチルアミン−H2O(1:3:3)で、濾液が透明になるまで洗浄 した。この濾液を蒸発させて油状物を得た。両方の濾液からの残留物をH2O( 200mL)中で一緒にし、そしてCH2Cl2(3×100mL)で洗浄した。 水性相を蒸発乾固させ、そして残留物を熱MeOHから再結晶させて、生成物0 .299gを白色粉末として生成した。残りのMeOH溶液をシリカゲルカラム クロマトグラフィーによって精製して、EtOH−MeOH(4:1)での溶離 によって生成物0.783gを更に生成した。ix . N2−イソブチリル−9−(2’−デオキシ−2’−フルオロ−5’−O −[4,4−ジメトキシトリチル]−β−D−リボフラノシル)グアニン。2−イソブチリル−9−(2’−デオキシ−2’−フルオロ−β−D−リボ フラノシル)グアニン(1.09g)を、ピリジン(20mL)およびトリエチ ルアミン(0.56mL)中にアルゴン下の室温で溶解させた。塩化4,4’− ジメトキシトリチル(1.20g,1.15モル当量)を加え、そしてその反応 混合物を室温で5時間撹拌した。その混合物を分液漏斗に移し、そしてジエチル エーテル(100mL)で抽出した。有機相を飽和NaHCO3(3×70mL )で洗浄し、そして水性相をジエチルエーテルで3回逆抽出した。合わせた有機 相をMgSO4上で乾燥させ、そしてトリエチルアミン(4mL)を加えて、そ の溶液を塩基性pHで維持した。溶媒を蒸発させ、そして残留物をシリカゲルカ ラムクロマトグラフィーによってEtOAc−トリエチルアミン(100:1) に続いてEtOAc−MeOH−トリエチルアミン(95:5:1)を溶離剤と して用いて精製して、生成物1.03gを生成した。x. N2−イソブチリル−9−(2’−デオキシ−2’−フルオロ−5’−O −[4,4−ジメトキシトリチル]−グアノシン−3’−O−N,N−ジイソプ ロピル−β−D−シアノエチルホスホルアミダイト。2−イソブチリル−9−(2’−デオキシ−2’−フルオロ−5’−O−[ 4,4’−ジメトキシトリチル])−β−D−リボフラノシル)グアニン(0. 587g)を、無水CH2Cl2(31mL)およびジイソプロピルエチルアミン (0.4mL)中にアルゴン下の室温で溶解させた。その溶液をO℃まで冷却し 、そしてクロロ(ジイソプロピルアミノ)−β−シアノエトキシホスフィン(0 .42mL)を徐々に加えた。その反応混合物を室温まで暖め且つ3.5時間撹 拌した。CH2Cl2−トリエチルアミン(100:1,35mL)を加え、そし てその混合物を飽和NaHCO3(6mL)で洗浄した。有機相をMgSO4上で 乾燥させ且つ減圧下で蒸発させた。残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィ ーによって、2カラム容量のヘキサン−EtOAc−トリエチルアミン(75: 25:1)、続いてヘキサン−EtOAc−トリエチルアミン(25:75:1 )、そして最後にEtOAc−トリエチルアミンを用いて精製した。生成物含有 画分をプールし、そして溶媒を減圧下で蒸発させた。得られた油状物をMeCN と一緒に2回共蒸発させ且つ減圧下で乾燥させた。得られた白色固体をCH2C l2(3mL)中に溶解させ、そして撹拌されているヘキサン(300mL)中 に滴下した。得られた沈澱を濾過し、そして減圧下で乾燥させて、生成物0.6 73g(88%)を生成した。実施例5 糖および塩基フラグメント上に置換を有するヌクレオシドアミダイトを、実施 例5−a〜5−kで示す。実施例5−a 他のヌクレオシドアミダイト i. 1−(2−フルオロ−β−D−エリトロペントフラノシル)−5−メチル ウリジン 2,2’−アンヒドロ−[1−(β−D−アラビノフラノシル)−5−メチル ウリジン](71g,0.32ミリモル)(実施例2−aより)およびジオキサ ン(700mL)を、2リットルステンレス鋼製ボンベ中に入れ、そしてHF/ ピリジン(100g,70%)を加えた。その混合物を120〜125℃で16 時間加熱した後、氷浴中で冷却した。そのボンベを開け、そして混合物を3リッ トルの氷上に注いだ。この混合物に対して、炭酸水素ナトリウム(300g)お よび飽和重炭酸ナトリウム溶液(400mL)を注意深く加えた。その混合物を 濾過し、そしてその濾過ケーキを水(2×100mL)およびメタノール(2× 500mL)で洗浄した。その水およびメタノール洗液を真空中で濃縮乾固させ た。メタノール(200mL)および粗シリカゲル(80g)をその残留物に対 して加え、そしてその混合物を真空中で濃縮乾固させた。得られた材料をシリカ ゲル上で濃縮し、そしてシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって、酢酸エ チルおよびメタノールの勾配(100:0〜85:15)を用いて精製した。生 成物画分のプールおよび濃縮は、標題化合物36.9g(51%,2段階収率) を与えた。 この反応から更に単離されたのは、1−(2−フェニル−β−D−エリトロペ ントフラノシル)−5−メチルウリジン(10.3g)であった。この材料は、 ボンベ反応が不純材料で行われる場合、上記アンヒドロ反応からのフェノールお よびそのナトリウム塩から形成される。アンヒドロ材料が精製されている場合、 この生成物は形成されない。形成された1−(2−フェニル−β−D−エリトロ ペントフラノシル)−5−メチルウリジンは、2’−フルオロ材料の場合と同様 の反応条件を用いて、そのDMT/ホスホルアミダイトに変換された。ii . 1−(5−O−ジメトキシトリチル−2−フルオロ−β−D−エリトロペ ントフラノシル)−5−メチルウリジン 1−(2−フルオロ−β−D−エリトロペントフラノシル)−5−メチルウリ ジン(31.15g,0.12モル)をピリジン(150mL)中に懸濁させ、 そして塩化ジメトキシトリチル(44.62g,0.12モル)を加えた。その 混合物を密封フラスコ中で2時間撹拌した後、メタノール(30mL)を加えた 。その混合物を真空中で濃縮し、そして得られた残留物を飽和重炭酸塩溶液(5 00mL)と酢酸エチル(3×500mL)とに分配した。酢酸エチル部分をプ ールし且つ硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、そして真空中で濃縮して粘 稠な油状物にした。その油状物をジクロロメタン(100mL)中に溶解させ、 シリカゲルカラムに対して加え、そして60/39/1〜75/24/1まで増 加する酢酸エチル:ヘキサン:トリエチルアミンで溶離した。生成物画分をプー ルし且つ真空中で濃縮して、標題化合物59.9g(89%)を泡状物として与 えた。iii. 1−(5−O−ジメトキシトリチル−2−フルオロ−3−O−N,N−ジ イソプロピルアミノ−2−シアノエチルホスファイト−β−D−エリトロペント フラノシル)−5−メチルウリジン 1−(5−O−ジメトキシトリチル−2−フルオロ−β−D−エリトロペント フラノシル)−5−メチルウリジン(59.8g,0.106モル)を、ジクロ ロメタンおよび2−シアノエチル N,N,N’,N’−テトライソプロピルホ スホロジアミダイト(46.9mL,0.148モル)中に溶解させ、そしてジ イソプロピルアミンテトラゾリド(5.46g,0.3当量)を加えた。その混 合物を16時間撹拌した。その混合物を飽和重炭酸ナトリウム(1L)で洗浄し 、そしてその重炭酸塩溶液をジクロロメタン(500mL)で逆抽出した。合わ せた有機層をブライン(1L)で洗浄し、そしてそのブラインをジクロロメタン (100mL)で逆抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、 濾過し、そして濃縮して約200mLの容量にした。得られた材料を、シリカゲ ルカラムクロマトグラフィーによってヘキサン/酢酸エチル/トリエチルアミン 60/40/1を用いて精製した。生成物画分を真空中で濃縮し、アセトニトリ ル(500ml)中に溶解させ、濾過し、真空中で濃縮し、そして乾燥させて泡 状物に した。その泡状物を細断し且つ恒量まで24時間乾燥させて、標題化合物68. 2g(84%)を与えた。 1H NMR:(CDCl3)δ0.9−1.4(m,14H,4xCH3,2x CH),2.3−2.4(t,1H,CH2CN),2.6−2.7(t,1H ,CH2CN),3.3−3.8(m,13H,2xCH3OAr,5’CH2,C H2OP,C−5 CH3),4.2−4.3(m,1H,4’),4.35−5 .0(m,1H,3’),4.9−5.2(m,1H,2’),6.0−6.1 (dd,1H,1’),6.8−7.4(m,13H,DMT),7.5−7. 6(d,1H,C−6),8.8(bs,1H,NH)。31 P NMR(CDCl3);151.468,151.609,151.79 0,151.904。iv . 1−(3’,5’−ジ−O−アセチル−2−フルオロ−β−D−エリトロ ペントフラノシル)−5−メチルウリジン 実施例5−a−iの手順によって製造された1−(2−フルオロ−β−D−エ リトロペントフラノシル)−5−メチルウリジン(22.4g,92ミリモル, 85%純度)を、ピリジン(2×150mL)と一緒に共沸させ、そしてピリジ ン(250mL)中に溶解させた。無水酢酸(55mL,0.58モル)を加え 、そしてその化合物を16時間撹拌した。メタノール(50mL)を加え、そし て撹拌を30分間続けた。その混合物を蒸発させてシロップにした。そのシロッ プを最小量のメタノール中に溶解させ、そしてシリカゲルカラム上に加えた。ヘ キサン/酢酸エチル1:1を用いて生成物画分を溶離した。精製は、標題化合物 19.0g(74%)を与えた。実施例5−b i. 4−トリアジン−1−(3’,5’−ジ−O−アセチル−2−フルオロ− β−D−エリトロペントフラノシル)−5−メチルウリジン 1,2,4−トリアゾール(106g,1.53モル)をアセトニトリル(1 50mL)中に溶解させた後、トリエチルアミン(257mL,1.84モル) を溶解させた。その混合物を、氷浴を用いて0〜10℃に冷却した。POCl3 (34.5mL,0.375モル)を、添加用漏斗によって徐々に加え、そして その混合物を更に45分間撹拌した。別のフラスコ中で、1−(3’,5’−ジ −O−アセチル−2−フルオロ−β−D−エリトロペントフラノシル)−5−メ チルウリジン(56.9g,0.144モル)をアセトニトリル(150mL) 中に溶解させた。その1−(3’,5’−ジ−O−アセチル−2−フルオロ−β −D−エリトロペントフラノシル)−5−メチルウリジン含有溶液を、トリアゾ ール溶液に対してカニューレによって徐々に加えた。氷浴を除去し、そしてその 反応混合物を室温まで1時間暖めた。アセトニトリルを真空中で除去し、そして 残留物を飽和重炭酸ナトリウム溶液(400mL)とジクロロメタン(4×40 0mL)とに分配した。有機層を一緒にし且つ真空中で濃縮した。得られた残留 物を酢酸エチル(200mL)中に溶解させ且つ固体の沈澱を開始させた。ヘキ サン(300mL)を加え、そして更に固体を沈澱させた。その固体を濾過によ って集め且つヘキサン(2×200mL)で洗浄し、そして真空中で乾燥させて 63.5gを与え、これを、更に精製することなくそのまま用いた。ii . 5−メチル−1−(2−フルオロ−β−D−エリトロペントフラノシル) シトシン 4−トリアジン−1−(3’,5’−ジ−O−アセチル−2−フルオロ−β− D−エリトロペントフラノシル)−チミン(75.5g,0.198モル)を、 ステンレス鋼製ボンベ中のアンモニア(400mL)中に溶解させ、そして一晩 密封した。そのボンベを冷却し且つ開け、そしてアンモニアを蒸発させた。メタ ノールを加えてその材料をフラスコに移し、そして約10容量のエチルエーテル を加えた。その混合物を10分間撹拌した後、濾過した。固体をエチルエーテル で洗浄し且つ乾燥させて、標題化合物51.7g(86%)を与えた。iii. 4−N−ベンゾイル−5−メチル−1−(2−フルオロ−β−D−エリト ロペントフラノシル)シトシン 5−メチル−1−(2−フルオロ−β−D−エリトロペントフラノシル)シト シン(54.6g,0.21モル)をピリジン(700mL)中に懸濁させ、そ して無水安息香酸(70g,0.309モル)を加えた。その混合物を室温で4 8時間撹拌した。ピリジンを蒸発によって除去し、そしてメタノール(800m L)を加え、そしてその混合物を撹拌した。沈澱が形成され、これを濾過し、メ タノール(4×50mL)で洗浄し、エーテル(3×100mL)で洗浄し、そ して真空オーブン中において45℃で乾燥させて、標題化合物40.5gを与え た。その濾液を真空中で濃縮し、そして飽和メタノール性アンモニアをボンベ中 において室温で一晩用いて処理した。その混合物を真空中で濃縮し、そして得ら れた油状物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製した。再循環さ れた出発物質を上記のように再度処理して、標題化合物を更に4.9g与え、合 計45.4g(61%)の標題化合物を与えた。iv . 4−N−ベンゾイル−5−メチル−1−(2−フルオロ−5−O−ジメト キシトリチル−β−D−エリトロペントフラノシル)シトシン 4−N−ベンゾイル−5−メチル−1−(2−フルオロ−β−D−エリトロペ ントフラノシル)−シトシン(45.3g,0.124モル)を乾燥ピリジン2 50ml中に溶解させ、そして塩化ジメトキシトリチル(46.4g,0.13 7モル)を加えた。その反応混合物を室温で90分間撹拌し、そしてメタノール (20mL)を加えた。その混合物を真空中で濃縮し、そして酢酸エチル(2× 1L)と飽和重炭酸ナトリウム(1L)とに分配した。酢酸エチル層を一緒にし 、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、そして真空中で蒸発させた。得られた油状物 をジクロロメタン(200mL)中に溶解させ、そしてシリカゲルカラムクロマ トグラフィーによって酢酸エチル/ヘキサン/トリエチルアミン50:50:1 を用いて精製した。生成物画分をプールし、真空中で濃縮して乾燥させて、標題 化合物63.6g(76.6%)を与えた。v. 4−N−ベンゾイル−5−メチル−1−(2−フルオロ−3−O−N,N −ジイソプロピルアミノ−2−シアノエチルホスファイト−5−O−ジメトキシ トリチル−β−D−エリトロペントフラノシル)シトシン 4−N−ベンゾイル−5−メチル−1−(2−フルオロ−5−O−ジメトキシ トリチル−β−D−エリトロペントフラノシル)−シトシン(61.8g,92 .8ミリモル)を、ジクロロメン(300mL)、2−シアノエチル N,N, N’,N’−テトライソプロピルホスホロジアミダイト(40.9mL,0.1 30モル)およびジイソプロピルアミンテトラゾリド(4.76g,0.3当量 )と一緒に室温で17時間撹拌した。その混合物を飽和重炭酸ナトリウム(1L )で洗 浄し、そしてその重炭酸塩溶液をジクロロメタン(500mL)で逆抽出した。 合わせた有機層をブライン(1L)で洗浄し、そしてそのブラインをジクロロメ タン(100mL)で逆抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥さ せ、濾過し、そして濃縮して約200mLの容量にした。得られた材料を、シリ カゲルカラムクロマトグラフィーによってヘキサン/酢酸エチル/トリエチルア ミン60/40/1を用いて精製した。生成物画分を真空中で濃縮し、アセトニ トリル(500ml)中に溶解させ、濾過し、真空中で濃縮し、そして乾燥させ て泡状物にした。その泡状物を細断し且つ恒量まで24時問乾燥させて、標題化 合物72.4g(90%)を与えた。 1H NMR:(CDCl3)δ1.17−1.3(m,12H,4xCH3), 1.5−1.6(m,2H,2xCH),2.3−2.4(t,1H,CH2C N),2.6−2.7(t,1H,CH2CN),3.3−3.9(m,13H ,2xCH3OAr,5’CH2,CH2OP,C−5 CH3),4.2−4.3 (m,1H,4’),4.3−4.7(m,1H,3’),5.0−5.2(m ,1H,2’),6.0−6.2(dd,1H,1’),6.8−6.9(m, 4H,DMT),7.2−7.6(m,13H,DMT,Bz),7.82−7 .86(d,1H,C−6),8.2−8.3(d,2H,Bz)。31 P NMR(CDCl3);bs,151.706;bs,151.941。実施例5−c i. 1−(2,3−ジ−O−ブチルスズ−β−D−エリトロペントフラノシル )−5−メチルウリジン 5−メチルウリジン(7.8g,30.2ミリモル)および酸化ジブチルスズ (7.7g,30.9ミリモル)を、メタノール(150mL)中に懸濁させ且 つ加熱して16時間還流させた。その反応混合物を室温まで冷却し、濾過し、そ してその固体をメタノール(2×150mL)で洗浄した。得られた固体を乾燥 させて、標題化合物12.2g(80.3%)を与えた。この材料を更に精製す ることなく次の反応で用いた。NMRは構造と一致した。ii . 1−(2−O−プロピル−β−D−エリトロペントフラノシル)−5−メ チルウリジン 1−(2,3−ジ−O−ブチルスズ−β−D−エリトロペントフラノシル)− 5−メチルウリジン(5.0g,10.2ミリモル)およびヨードプロパン(1 4.7g,72.3ミリモル)を、DMF中において100℃で2日間撹拌した 。その反応混合物を室温まで冷却し、濾過し、そして濃縮した。残留するDMF をアセトニトリルと一緒に共蒸発させた。残留物を乾燥した後、2.40g(7 8%)の標題化合物および3’−O−プロピル異性体を粗製混合物として得た。 この材料を更に精製することなく次の反応で用いた。iii. 1−(2−O−プロピル−5−O−ジメトキシトリチル−β−D−エリト ロペントフラノシル)−5−メチルウリジン 粗製混合物としての1−(2−O−プロピル−β−D−エリトロペントフラノ シル)−5−メチルウリジンおよび3’−O−プロピル異性体(2.4g,8. 4ミリモル)を、ピリジン(2×40mL)と一緒に共蒸発させ、そしてピリジ ン(60mL)中に溶解させた。その溶液をアルゴン下の室温で15分間撹拌し 、そして塩化ジメトキシトリチル(4.27g,12.6ミリモル)を加えた。 その混合物をtlcによって定期的に検査し、そして3時間で完了した。メタノ ール(10mL)を加え、そしてその混合物を10分間撹拌した。その反応混合 物を真空中で濃縮し、そして得られた残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフ ィーによって、初めから終わりまで用いられる1%トリエチルアミンを含むヘキ サン/酢酸エチル60:40を用いて精製した。適当な画分のプールおよび濃縮 は、標題化合物1.32g(26%)を与えた。iv . 1−(2−O−プロピル−3−O−N,N−ジイソプロピルアミノ−2− シアノエチルホスファイト−5−O−ジメトキシトリチル−β−D−エリトロペ ントフラノシル)−5−メチルウリジン 1−(2−O−プロピル−5−O−ジメトキシトリチル−β−D−エリトロペ ントフラノシル)−5−メチルウリジン(50.0g,86ミリモル)、2−シ アノエチル−N,N,N’,N’−テトライソプロピルホスホロジアミダイト( 38mL,120ミリモル)およびジイソプロピルアミンテトラゾリド(4.4 5g,25.8ミリモル)をジクロロメタン(500mL)中に溶解させ且つ室 温で40時間撹拌した。その反応混合物を飽和重炭酸ナトリウム溶液(2×40 0 mL)およびブライン(1×400mL)で洗浄した。その水性層をジクロロメ タンで逆抽出した。ジクロロメタン層を一緒にし、硫酸ナトリウム上で乾燥させ 、濾過し、そして真空中で濃縮した。得られた残留物をシリカゲルカラムクロマ トグラフィーによって酢酸エチル/ヘキサン40:60および1%トリエチルア ミンを用いて精製した。適当な画分をプールし、濃縮し、そして高真空下で乾燥 させて43g(67%)を与えた。v. 1−(2−O−プロピル−3−O−アセチル−5−O−ジメトキシトリチ ル−β−D−エリトロペントフラノシル)−5−メチルウリジン 1−(2−O−プロピル−5−ジメトキシトリチル−β−D−エリトロペント フラノシル)−5−メチルウリジン(10.0g,16.6ミリモル)をピリジ ン(50mL)中に溶解させ、そして無水酢酸(4.7ml,52.7ミリモル )を加えた。その反応混合物を18時間撹拌し、そして過剰の無水酢酸をメタノ ール(10mL)で中和した。その混合物を真空中で濃縮し、そして得られた残 留物を酢酸エチル(150mL)中に溶解させた。その酢酸エチルを飽和NaH CO3(150mL)で洗浄し、そしてその飽和NaHCO3洗液を酢酸エチル( 50mL)で逆抽出した。酢酸エチル層を一緒にし、そして真空中で濃縮して、 白色泡状物11.3gを生成した。粗収率は100%を越え、そしてNMRは標 題化合物の予想構造と一致した。この材料を更に精製することなく次の反応で用 いた。実施例5−d i. 1−(2−O−プロピル−3−O−アセチル−5−O−ジメトキシトリチ ル−β−D−エリトロペントフラノシル)−4−トリアゾロ−5−メチルピリミ ジン トリアゾール(10.5g,152ミリモル)をアセトニトリル(120ml )およびトリエチルアミン(23mL)中に無水条件下で撹拌しながら溶解させ た。得られた溶液をドライアイスアセトン浴中で冷却し、そしてオキシ塩化リン (3.9mL,41ミリモル)を5分間にわたって徐々に加えた。その混合物は 、更に10分間撹拌されて、生成物形成を示す希薄なスラリーになった。1−( 2−O−プロピル−3−O−アセチル-5−O−ジメトキシトリチル−β−D− エリト ロペントフラノシル)−5−メチルウリジン(11.2g,165ミリモル)を アセトニトリル(150mL)中に溶解させ、そして上記スラリーに対して加え 、ドライアイスアセトン浴温度を維持した。その反応混合物を30分間撹拌した 後、室温まで暖め且つ更に2時間撹拌した。その混合物を冷蔵庫中に0℃で18 時間置いた後、取出し、そして室温まで暖めた。その混合物の酢酸エチル/ヘキ サン1:1中のtlcは、出発物質の完全な転化を示した。その反応混合物を真 空中で濃縮し、酢酸エチル(300mL)中に再溶解させ、飽和重炭酸ナトリウ ム溶液(2×400mL)およびブライン(400mL)で抽出した。水性層を 酢酸エチル(200mL)で逆抽出した。酢酸エチル層を一緒にし、硫酸ナトリ ウム上で乾燥させ、そして真空中で濃縮した。粗収量は11.3g(95%)で あった。NMRは標題化合物の予想構造と一致した。この材料を更に精製するこ となく次の反応で用いた。ii . 1−(2−O−プロピル−5−O−ジメトキシトリチル−β−D−エリト ロペントフラノシル)−5−メチルシチジン 1−(2−O−プロピル−3−O−アセチル−5−O−ジメトキシトリチル− β−D−エリトロペントフラノシル)−4−トリアゾロ−5−メチルピリミジン (11.2g,16.1ミリモル)を、ドライアイスアセトン温度の100mL ボンベ中の液体アンモニア(50ml)中に溶解させた。そのボンベを室温まで 18時間暖めた後、ドライアイスアセトン温度まで再冷却した。ボンベ内容物を ビーカーに移し、そしてメタノール(50mL)を加えた。その混合物を蒸発さ せてほぼ乾固させた。酢酸エチル(300mL)を加え、そして若干の固体を濾 去した後、飽和重炭酸ナトリウム溶液(2×250mL)で洗浄した。酢酸エチ ル層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、前に濾去された固体と一緒にし、 そして真空中で濃縮して、10.1gの材料を与えた。粗収率は100%を越え 、そしてNMRは標題化合物の予想構造と一致した。この材料を更に精製するこ となく次の反応で用いた。iii. 1−(2−O−プロピル−5−O−ジメトキシトリチル−β−D−エリト ロペントフラノシル)−4−N−ベンゾイル−5−メチルシチジン 1−(2−O−プロピル−5−O−ジメトキシトリチル−β−D−エリトロペ ントフラノシル)−5−メチルシチジン(7.28g,10.1ミリモル)およ び無水安息香酸(4.5g,20ミリモル)を、DMF(60ml)中に溶解さ せ且つ室温で18時間撹拌した。その反応混合物を真空中で濃縮し、そして酢酸 エチル(300mL)中に再溶解させた。その酢酸エチル溶液を飽和重炭酸ナト リウム溶液(2×400mL)で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し 、そして真空中で濃縮した。残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによ って酢酸エチル/ヘキサン1:2および1%トリエチルアミンを用いて精製した 。適当な画分をプールし、濃縮し、そして高真空下で乾燥させて5.1g(1− (2−O−プロピルジメトキシトリチル−β−D−エリトロペントフラノシル) −5−メチルウリジンで開始する4段階で59%)を与えた。iv . 1−(2−O−プロピル−3−O−N,N−ジイソプロピルアミノ−2− シアノエチルホスファイト−5−O−ジメトキシトリチル−β−D−エリトロペ ントフラノシル)−4−N−ベンゾイル−5−メチルシチジン 1−(2−O−プロピル−5−O−ジメトキシトリチル−β−D−エリトロペ ントフラノシル)−4−N−ベンゾイル−5−メチルシチジン(5.0g,7ミ リモル)、2−シアノエチル−N,N,N’,N’−テトライソプロピルホスホ ロジアミダイト(3.6mL,11.3ミリモル)およびジイソプロピルアミノ テトラゾリド(0.42g,2.4ミリモル)をジクロロメタン(80mL)中 に溶解させ且つ室温で40時間撹拌した。その反応混合物を飽和重炭酸ナトリウ ム溶液(2×40mL)およびブライン(1×40mL)で洗浄した。その水性 層をジクロロメタンで逆抽出した。ジクロロメタン層を一緒にし、硫酸ナトリウ ム上で乾燥させ、濾過し、そして真空中で濃縮した。得られた残留物をシリカゲ ルカラムクロマトグラフィーによって酢酸エチル/ヘキサン40:60および1 %トリエチルアミンを用いて精製した。適当な画分をプールし、濃縮し、そして 高真空下で乾燥させて7.3g(98%)を与えた。実施例5−e i. 2’−O−メチル−5−メチルウリジン 方法1: 粗製2,2’−アンヒドロ−5−メチルウリジン(10.0g,0.0416 モル)(実施例2−a)を、ステンレス鋼製ボンベ(100mL容量)中のメタ ノール(80mL)中に溶解させた。ホウ酸トリメチル(5.6mL,0.04 9モル)を加えた(注記1)。そのボンベを密封し且つ150℃の油浴中に入れ 、そこで約5atmの圧力を生じさせた。40時間後、そのボンベを氷中で冷却 し、開け、そしてその内容物を減圧下で濃縮して、12gの黄褐色泡状物にした 。その粗製物のNMRは、出発物質中の不純物を混入した生成物並びに微量のチ ミンおよび出発物質と一致した(注記2)。その粗生成物をそのまま次の工程で 用いた。 ホウ酸トリアルキルは、ボランの溶液(例えば、THF中1M)を所望のアル コールに対して加え且つ得られた水素ガスを発生させることによって好都合に生 成することができる。ヌクレオシドは、この点で、メタノールの酢酸エチル中の 勾配(0〜10%)を用いるカラムクロマトグラフィーおよび生成物を無水エタ ノールから結晶化させることによって精製して、白色針状結晶,mp192〜1 93℃(mp197−198℃)を与えることができる。この化合物の融点の文 献基準は、E.Ootsuka,H.Inoue,1989年4月4日の特許公報第89-85456号に包含 されている。方法2: 純2,2’−アンヒドロ−5−メチルウリジン(1.0g,4.16ミリモル )およびホウ酸トリメチル(0.56mL,4.9ミリモル)を、ステンレス鋼 製ボンベ(100mL)中のメタノール(20mL)中に溶解させた。そのボン ベを150℃の油浴中に入れた。80時間後、TLCは、反応が概ね完了したこ とを示した。その溶媒を除去して白色泡状物を生じた。NMRは、93:7の生 成物対出発物質比率を示し、他の不純物は認められなかった。残留物をシリカゲ ルカラムクロマトグラフィーによって酢酸エチル中のメタノール勾配(0〜10 %)を用いて精製して、純粋な生成物850mg(75%)およびまだ不純な生 成物250mgを生じた。分析的に純粋な試料をNMR用に調製した。1 H NMR(DMSO−d6):δ1.79(s,3H,5−CH3),3.3 5(s,3H,OCH3),3.5−3.7(m,2H,H−5’),3.7− 3.9(m,2H,H−3’,4’),4.15(m,1H,H−2’),5. 17(m,2H,3’,5’−OH),5.87(d,J=5Hz,1H,H− 1’),7.80(s,1H,H−6),11.37(br s,1H,N−H) 。 C111626(272.26)の分析計算値:C,48.52;H,5.92 ;N,10.29。実測値:C,48.56;H,5.88;N,10.22。方法3: 方法2に記載した方法と同じ、ただし、30mgの炭酸水素ナトリウムが反応 に加えられ(粗アンヒドロのナトリウム含量を一致させるため)、そのため反応 が完了するのに24時間かかった。塩化アンモニウム(50mg)が塩基を中和 するために加えられ、溶液を乾固させた。粗生成物のNMRは3種の重要でない ヌクレオシド不純物(総計で約6%)を示した。同様のカラムを行った後、残渣 をメタノール/酢酸エチルから再結晶すると、最初に850mg、続いて120 mgの物質が得られ、両方ともなお2−3%の未知のヌクレオシド不純物を含ん でおり、85%の収率であった。ii.5’−O−ジメトキシトリフェニルメチル−2’−O−メチル−5−メチ ルウリジン 粗2’−O−メチル−5−メチルウリジン(12g)をピリジン(2x50m L)と共蒸発させ、乾燥ピリジン(50mL)に溶解した。塩化ジメトキシトリ フェニルメチル(18.1g,0.054モル)を加え、フラスコに栓をして室 温で45分間放置した。反応を停止させるためにメタノール(10mL)を加え 、減圧下で溶液を濃縮すると油状物となった。残渣は酢酸エチル(2x400m L)および飽和炭酸水素ナトリウム溶液(500mL)間に分配させた。有機層 を併せて乾燥し(硫酸ナトリウム)、濾過して濃縮すると黄色あわ状物を得た。 あわ状物は塩化メチレン(60mL)に溶解し、シリカゲルカラムにのせ、酢酸 エチル−ヘキサン−トリエチルアミン(60:40:1)で溶出した。生成物を 含有している分画を集めて濃縮し、乾燥アセトニトリルと共蒸発させた(2x5 0mL)。得られた残渣は1mmHgで24時間乾燥すると、パリパリした白色 あわ状物となった(5−メチルウリジンからの3工程で60.4%)。実施例5−f i.2,3,5−トリ−O−ベンゾイル−2−チオ−5−メチルウリジン 250mlの3頚丸底フラスコ中、1−O−アセチル−2,3,5−トリ−O −ベンゾイル リボース(0.500g、1ミリモル)および5−メチル−2− チオウラシル(0.156g、1.1ミリモル)を真空下で一夜乾燥させた。こ れらの成分は10mLの乾燥アセトニトリルに溶解し、80℃へ加熱した。この 温かい溶液にN−O−ビス(トリメチルシリル)アセトアミド(0.509g、 2.5ミリモル)を加え、反応液は80℃で1時間攪拌した。反応混合液を加熱 装置から取り出して室温まで放置により冷却し、トリメチルシリルトリフレート (0.334g、1.5ミリモル)を滴加した。反応混合物は次に50℃に加熱 し、4時間攪拌した。反応混合物を酢酸エチル/ヘキサン 1:1を使用するT LCにより検査すると、反応が完了していることが示された。溶液を室温まで冷 却し、50mLのジクロロメタンおよび50mLの飽和炭酸水素ナトリウム溶液 に分配した。水相をジクロロメタンで2回以上抽出し、有機層を併せ、硫酸マグ ネシウムで乾燥して濃縮すると淡黄色あわ状物を得た。このあわ状物はさらに精 製することなく使用された。ii.2−チオ−5−メチルウリジン 粗2,3,5−トリ−O−ベンゾイル−2−チオ−5−メチルウリジン(20 g、37ミリモル)を500mLのメタノールに溶解した。この溶液にナトリウ ムメトキシド(2.0g、37ミリモル)を加え、反応液を2時間攪拌した。反 応液を酢酸エチル/ヘキサン 1:1および酢酸エチル/メタノール9:1を使 用するTLCにより検査すると、反応が完了していることが示された。Dowe x50 H+樹脂をpH試験紙で溶液が中性になるまで加え、樹脂を濾過した。 樹脂は別のメタノール100mlで洗浄し、併せた濾液を濃縮すると、表題化合 物8.5g(84%)が淡黄色あわ状物として得られた。実施例5−g 2’−O−メチル−5−メチル−2−チオウリジン 攪拌した2−メチル−5−チオウリジン(0.500g、1.8ミリモル)の DMF(10ml)溶液に、酸化ジブチルスズ(0.500g、2.0ミリモル )ヨウ化テトラブチルアンモニウム(0.738g、2ミリモル)およびヨウ化 メチル(1.022g、7.2ミリモル)を加える。反応フラスコを封じ、50 ℃ で16時間加熱する。混合物を冷却し、追加のヨウ化メチル(1.022g、7 .2ミリモル)を加え、反応液をさらに16時間加熱する。この時間の終了時に 反応混合物を室温まで冷却して塩化メチレンで希釈し、塩化メチレン/メタノー ルの濃度勾配を用いてクロマトグラフィーを行った。適切な分画を集めて濃縮す ると2’−O−メチル−5−メチル−2−チオウリジンが得られる。実施例5−h 2’−O−プロピル−5−メチル−2−チオウリジン 表題化合物はヨウ化メチルの代わりにヨウ化プロピル(1.22g、7.2ミ リモル)を用いる実施例5−gの方法により製造される。実施例5−i i.2’−O−フタルイミドプロピル−5−メチル−2−チオウリジン 表題化合物はヨウ化メチルの代わりにブロモ−プロピルフタルイミド(0.6 7g、2.5ミリモル)を用いる実施例5−gの方法により製造され、追加(0 .300g)は2日目に加えられる。ii.5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O−プロピルアミン−5−メチル −2−チオウリジン 2’−O−フタルイミドプロピル−5−メチル−2−チオウリジン(2.6g 、3.6ミリモル)を乾燥ピリジンに溶解し2度共蒸発させた。得られたあわ状 物は25mLの乾燥ピリジンに溶解し、塩化ジメトキシトリチル(1.8g、5 .5ミリモル)続いて4,4−ジメチルアミノピリジン(0.050g、0.4 ミリモル)を加えた。反応液は室温で一夜攪拌した。反応混合物に1mLのメタ ノールを加えた。溶液は75mLの飽和炭酸水素ナトリウムおよび50mLのク ロロホルム間に分配させた。水層を2回新しいクロロホルムで抽出し、有機層を 併せて硫酸マグネシウムで乾燥させた。濾過して乾燥剤を除去した後、濾液を濃 縮するとオレンジ色の油状物が得られ、シリカゲルを中和するために0.5%ピ リジンを加えたメタノール/クロロホルム濃度勾配を使用するシリカゲルカラム クロマトグラフィーにより精製した。iii.5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O−プロピルアミン−5−メチ ル−2S−トルオイル−2−チオウリジン 5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O−プロピルアミン−5−メチル−2 −チオウリジン(1g、1.6ミリモル)をDMFに溶解し、0℃に冷却した。 この溶液に、トリエチルアミン(0.300g、3ミリモル)続いて塩化トルオ イル(0.300g、1.92ミリモル)を5分以上かけて滴加した。反応液は 放置して室温まで温めて一夜攪拌し、反応が完了したらメタノールで停止させて 濃縮すると油状物が得られた。油状物は次に250mLの飽和炭酸水素ナトリウ ム/クロロホルム1:1溶液間に分配させた。水層を2回、75mLのクロロホ ルムで抽出し、有機層を乾燥して濃縮すると油状物が得られた。保護ヌクレオシ ドはヘキサン/酢酸エチル濃度勾配を使用するシリカゲルカラムクロマトグラフ ィーにより精製した。所望の生成物はN−3トルオイルおよびS−2トルオイル 化合物の混合物として集められた。この混合物はそのままフォスファイト化操作 に使用された。iv.5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O−プロピルアミン−3’−O− [(N,N−ジイソプロピルアミノ)−2-シアノエトキシホスファイト]−5 −メチル−2−S−トルオイル−2−チオウリジン 5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O−プロピルアミン−5−メチル−2 S−トルオイル−2−チオウリジン(16.01g、22ミリモル)およびジイ ソプロピルエチルアミン(10ml)のTHF(200ml)溶液に、0℃でク ロロ−β−シアノエトキシ−N,N−ジイソプロピルアミノホスフィン(5.6 ml、25ミリモル)を加える。反応混合物は室温で20時間攪拌した。反応液 は濃縮し、残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製した。1%ト リエチルアミンを常に含む酢酸エチル/ヘキサン濃度勾配で溶出し、適切な分画 を集めて濃縮すると表題化合物が得られる。実施例5−j i.2’−O−アミノプロピル−5−メチル−2−チオウリジン 500mlフラスコ中、2’−O−フタルイミドプロピル−5−メチル−2− チオウリジン(5.0g、15.8ミリモル)を100mlのメタノールに溶解 する。ヒドラジン(2.02g、63.2ミリモル)を加え、混合物は攪拌しな がら14時間加熱還流(60−65℃)する。真空下、溶媒を蒸発させ、残渣は ジクロロメタン(150ml)に溶解して等容量のNH4OHで2回抽出する。 有機層を蒸発させると粗生成物が得られる。NMRが生成物純度の検定に使用さ れた。生成物はさらに精製することなく次の反応に使用された。ii.2’−O−トリフルオロアセチルアミノプロピル−5−メチル−2−チオ ウリジン 2’−O−アミノプロピル−5−メチル−2−チオウリジンをMeOHに溶解 し、5当量のトリエチルアミン続けて10当量のトリフルオロ酢酸エチルを加え る。表題化合物が精製後に単離される。iii.2’−O−トリフルオロアセチルアミノプロピル−5’−O−ジメトキ シトリチル−5−メチル−2−チオウリジン 2’−O−トリフルオロアセチルアミノプロピル−5−メチル−2−チオウリ ジン(2.5g、3.6ミリモル)を乾燥ピリジンに溶解し、2度共蒸発させる 。得られた黄色あわ状物は25mLの乾燥ピリジンに溶解し、塩化ジメトキシト リチル(1.8g、5.5ミリモル)続いて4,4−ジメチルアミノピリジン( 0.050g、0.4ミリモル)を加えた。反応液は室温で一夜攪拌した。反応 混合物に1mLのメタノールを加えた。溶液は75mLの飽和炭酸水素ナトリウ ムおよび50mLのクロロホルム間に分配させた。水層を2回新しいクロロホル ムで抽出し、有機層を併せて硫酸マグネシウムで乾燥させた。濾過して乾燥剤を 除去した後、濾液を濃縮すると油状物が得られ、シリカゲルを中和するために0 .5%ピリジンを加えたメタノール/クロロホルム濃度勾配を使用するシリカゲ ルカラムクロマトグラフィーにより精製すると表題化合物が得られた。iv.2’−O−トリフルオロアセチルアミノプロピル−3’−O−[(N,N −ジイソプロピルアミノ)−2−シアノエトキシホスファイト]−5’−O−ジ メトキシトリチル−5−メチル−2−チオウリジン 実施例5−j−iiiの表題化合物を用い、実施例5−i−ivの方法により 表題化合物が製造される。実施例5−k i.5’−O−ジメトキシトリチル−2−チオ−5−メチルウリジン 2−チオ−5−メチルウリジン(1g、3.6ミリモル)を乾燥ピリジンに溶 解し、2度共蒸発させる。得られた黄色あわ状物は25mLの乾燥ピリジンに溶 解し、塩化ジメトキシトリチル(1.8g、5.5ミリモル)続いて4,4−ジ メチルアミノピリジン(0.050g、0.4ミリモル)を加えた。反応液は室 温で一夜攪拌した。反応混合物に1mLのメタノールを加えた。溶液は75mL の飽和炭酸水素ナトリウムおよび50mLのクロロホルム間に分配させた。水層 を2回新しいクロロホルムで抽出し、有機層を併せて硫酸マグネシウムで乾燥さ せた。濾過して乾燥剤を除去した後、濾液を濃縮するとオレンジ色の油状物が得 られ、シリカゲルを中和するために0.5%ピリジンを加えたメタノール/クロ ロホルム濃度勾配を使用するシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製し た。ii.5’−O−ジメトキシトリチル-3’−t−ブチルジメチルシリル−5− メチル−2−チオウリジン 5’−O−ジメトキシトリチル−2−チオ−5−メチルウリジン(1g、1. 73ミリモル)を乾燥DMFと2度共蒸発させて乾燥DMFに溶解し、イミダゾ ール(0.141g、2.08ミリモル)続いてt−ブチルジメチルシリルクロ リド(0.313g、2.08ミリモル)を加えた。反応混合物は一夜攪拌した 。反応液は酢酸エチル/ヘキサン1:1を使用するTLCにより検査され、それ は反応が完了していることを示した。次に反応混合物を5%炭酸水素ナトリウム 内に注ぎ、クロロホルムで3回抽出した。併せた有機溶液は硫酸マグネシウムで 乾燥させ、濃縮すると油状物となった。得られた油状物はメタノール/クロロホ ルム濃度勾配を使用するシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製すると 、2’および3’シリル保護ヌクレオシドが別々に単離された。iii.5’−O−ジメトキシトリチル−3’−t−ブチルジメチルシリル−2 ’−メタンスルホニル−5−メチル−2−チオウリジン 5’−O−ジメトキシトリチル−3’−t−ブチルジメチルシリル−5−メチ ル−2−チオウリジン(1.0g、1.45ミリモル)をピリジンに溶解して0 ℃に冷却した。この溶液にメタンスルホニルクロリド(0.183g、1.6ミ リモル)を滴加した。TLCにより反応が完了したと認められるまで反応液を攪 拌した。反応混合物をメタノールで中和して濃縮すると油状物が得られた。表題 化 合物はそのまま続いての反応に使用される。iv.5’−ジメトキシトリチル−3’−t−ブチルジメチルシリル−2,2’ −チオアンヒドロ−5−メチル−2−チオウリジン 実施例5−k−iiiで得られたメシル化ヌクレオシドに5当量のナトリウム メトキシドを加え、チオアンヒドロ生成物の形成が完了するまで攪拌した。次に 溶液をDowex50W(H+型)で中和し、樹脂を濾過して除き、得られた溶 液を濃縮すると表題化合物が得られた。v.2’−フルオロ−3’−t−ブチルジメチルシリル−5’−ジメトキシトリ チル−5−メチル−2−チオウリジン 実施例5−k−ivで得られたチオアンヒドロヌクレオシドを無水ジオキサン に溶解した。この溶液に6当量のHF/ピリジン複合体を加え、TLCにより反 応が完了したと認められるまで反応液を攪拌した。反応混合物は等容量の氷に注 ぎ、中性になるまで炭酸カルシウムを加えた。固形物を濾過し、濾液を濃縮した 。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製すると表題化合物が得 られた。vi.2’−フルオロ−3’−O−[(N,N−ジイソプロピルアミノ)−2− シアノエトキシホスファイト]−5’−ジメトキシトリチル−5−メチル−2− チオウリジン 2’−フルオロ−3’−t−ブチルジメチルシリル−5’−ジメトキシトリチ ル−5−メチル−2−チオウリジンを実施例5−i−ivの方法により処理する と表題化合物が得られる。実施例6 オリゴリボヌクレオチド合成 無置換および置換ホスホジエステルオリゴリボヌクレオチド(本明細書におい てPO結合オリゴリボヌクレオチドとも称される)は、ヨウ素での酸化による標 準ホスホロアミダイト化学を使用する自動化DNAシンセサイザー(Appli ed Biosystems モデル380B)により合成された。 ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド(本明細書においてPS結合オリゴリ ボヌクレオチドとも称される)は、ホスホジエステルオリゴリボヌクレオチドの 方法により合成されるが、但し、標準酸化ボトルはホスファイト結合の段階的硫 黄化のために3H−1,2−ベンゾジチオール−3−オンの0.2Mアセトニト リル溶液に置換されていた。硫黄化待ち工程は68秒に延長され、次にキャッピ ング工程が続いた。CPGカラムからの切断および55℃での濃水酸化アンモニ ウム中での脱保護(18時間)後、オリゴヌクレオチドは0.5M NaCl溶 液から2.5容量のエタノールで2回沈澱させることにより精製された。分析ゲ ル電気泳動は20%アクリルアミド、8M尿素、454mMトリス−ホウ酸緩衝 液、pH7.0で行われた。オリゴヌクレオチドおよびホスホロチオエートはポ リアクリルアミドゲル電気泳動に基づいて、完全長物質の80%より大きいこと が判断された。 ホスフィネート オリゴリボヌクレオチド(本明細書においてPI結合オリゴ リボヌクレオチドとも記される)は本明細書において援用される米国特許第5, 508,270号に記載されているように製造される。 アルキルホスホネート オリゴリボヌクレオチド(本明細書においてPMe結 合オリゴリボヌクレオチドとも記される)は本明細書において援用される米国特 許第4,469,863号に記載されているように製造される。 ホスホロアミダイト オリゴリボヌクレオチド(本明細書においてPN結合オ リゴリボヌクレオチドとも記される)は本明細書において援用される米国特許第 5,256,775号に記載されているように製造される。 アルキルホスホノチオエート オリゴリボヌクレオチド(本明細書においてM ePS結合オリゴリボヌクレオチドとも記される)は本明細書において援用され る公開されたPCT出願PCT/US94/00902およびPCT/US93 /06976(各々WO94/17093およびWO94/02499として公 開)に記載されているように製造される。 3’−デオキシ−3’−アミノ ホスホロアミデート オリゴリボヌクレオチ ド(本明細書において3’NPN結合オリゴリボヌクレオチドとも記される)は 本明細書において援用される米国特許第5,476,925号に記載されている ように製造される。 ホスホトリエステル オリゴリボヌクレオチド(本明細書においてPOMe結 合オリゴリボヌクレオチドとも記される)は本明細書において援用される米国特 許第5,023,243号に記載されているように製造される。 ボラノホスフェート オリゴリボヌクレオチド(本明細書においてBP結合オ リゴリボヌクレオチドとも記される)は本明細書において援用される米国特許第 5,130,302および5,177,198号に記載されているように製造さ れる。実施例7−a オリゴリボヌクレオシド合成 メチレンメチルイミノ結合オリゴリボヌクレオシド(本明細書においてMMI 結合オリゴリボヌクレオシドとも記される)、メチレンジメチルヒドラゾ結合オ リゴリボヌクレオシド(本明細書においてMDH結合オリゴリボヌクレオシドと も記される)、およびメチレンカルボニルアミノ結合オリゴヌクレオシド(本明 細書においてamide−3結合オリゴリボヌクレオシドとも記される)および メチレンアミノカルボニル結合オリゴヌクレオシド(本明細書においてamid e−4結合オリゴリボヌクレオシドとも記される)ならびに例えば、MMIおよ びPOまたはPS結合を交互に持つ混合主鎖化合物は本明細書において援用され る米国特許第5,378,825、5,386,023、5,489,677号 および公開されたPCT出願PCT/US92/04294およびPCT/US 92/04305(各々WO92/20822およびWO92/20823とし て公開)に記載されているように製造される。 ホルムアセタールおよびチオホルムアセタール結合オリゴリボヌクレオシド( 各々本明細書においてFAおよびTFAオリゴリボヌクレオシドとも記される) は本明細書において援用される米国特許第5,264,562および5,264 ,564号に記載されているように製造される。 エチレンオキシド結合オリゴリボヌクレオシド(本明細書においてETO結合 オリゴリボヌクレオシドとも記される)は本明細書において援用される米国特許 第5,223,618号に記載されているように製造される。実施例7−b PNA ペプチド核酸(PNA)それ自体は既知であり、ペプチド核酸(PNA):合 成、特性および可能性のある応用、Bioorganic & Medicin al Chemistry ,1996,,5−23、を参考とした任意の種々 の方法に従って製造される。それらはまた、米国特許第5,539,083号( 1994年2月23日に出願された一連番号08/200,742に対応し、本 出願と同じ譲受人に譲渡されている)に従っても製造される。これらの参照文献 は本明細書において援用される。実施例8 キメラ ホスホロチオエート オリゴリボヌクレオチド、例えば、[2’−O− Me]/PS・[2’−OH]/PS・[−2’−O−Me]/PSオリゴリボ ヌクレオチド 2’−O−アルキルホスホロチオエートおよび2’−OHホスホロチオエート オリゴヌクレオチドセグメントを持つキメラ オリゴリボヌクレオチドは上記の ようなApplied Biosystems自動化DNAシンセサイザー モ デル380Bを使用して合成された。オリゴリボヌクレオチドは自動化シンセサ イザーおよびRNA部分のために5’−ジメトキシトリチル−2’−tert− ブチルジメチルシリル 3’−O−ホスホロアミダイトおよび5’および3’ウ イングのために5’−ジメトキシトリチル−2’−O−メチル−3’−O−ホス ホロアミダイトを使用して合成された。環外アミン上の保護基は、rAおよびr Gのためにはフェノキシアセチル、rCおよび2’−O−メチルAおよび2’− O−メチルCのためにはベンゾイル、および2’−O−メチルGのためにはイソ ブチリルであった。標準合成サイクルは、テトラゾールおよび塩基の送り込み後 の待ち工程を600秒に延長し、RNAのために4回および2’−メチルのため に2回反復するように修正した。完全に保護されたオリゴリボヌクレオチドは支 持体から切断され、アンモニア/エタノール3:1中、室温で一夜かけてホスフ ェート基を脱保護し、凍結乾燥した。次に、すべての塩基を脱保護するために室 温で24時間メタノール性アンモニアで処理し、試料は再び凍結乾燥した。ペレ ットは2’位を脱保護するためにTBAFの1M THF溶液に室温で24時間 再懸濁した。反応を1M TEAAで停止させ、ロートバックで試料を1/2の 容量に減じた後、G25サイズ排除カラムで脱塩した。回収されたオリゴは収率 が分光学的に、純度がキャピラリー電気泳動および質量分光計により分析された 。実施例9 キメラ ”ギャップマー”オリゴリボヌクレオチド i.キメラのメチルホスフェート オリゴリボヌクレオチド、例えば、[2’− O−Me]/PMe・[2’−OH]/PMe・[−2’−O−Me]/PMe オリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法において、実施例6のオリゴリボヌクレオチドを用いるとメチ ルホスフェート主鎖を持つキメラオリゴリボヌクレオチドが製造される。ii.キメラ ホスホロアミデート オリゴリボヌクレオチド、例えば、[2’ −O−Me]/PN・[2’−OH]/PN・[−2’−O−Me]/PNオリ ゴリボヌクレオチド 実施例8の方法において、実施例6のオリゴリボヌクレオチドを用いるとホス ホロアミデート主鎖を持つキメラオリゴリボヌクレオチドが製造される。iii.キメラ ホスホロアミデート オリゴリボヌクレオチド、例えば、[2 ’−O−Me]/3’NPN・[2’−OH]/3’NPN・[−2’−O−M e]/3’NPNオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法において、実施例6のオリゴリボヌクレオチドを用いると3’ −デオキシ−3’−アミノホスホロアミデート主鎖を持つキメラオリゴリボヌク レオチドが製造される。iv.キメラ ホスフィネート オリゴリボヌクレオチド、例えば、[2’−O −Me]/PI・[2’−OH]/PI・[−2’−O−Me]/PIオリゴリ ボヌクレオチド 実施例8の方法において、実施例6のオリゴリボヌクレオチドを用いるとホス フィネート主鎖を持つキメラオリゴリボヌクレオチドが製造される。v.キメラ アルキルホスホノチオエート オリゴリボヌクレオチド、例えば、 [2’−O−Me]/MePS・[2’−OH]/MePS・[−2’−O−M e]/MePSオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法において、実施例6のオリゴリボヌクレオチドを用いるとホス ホノチオエート主鎖を持つキメラオリゴリボヌクレオチドが製造される。vi.キメラ ホスホロジチオエート オリゴリボヌクレオチド、例えば、[2 ’−O−Me]/P2S・[2’−OH]/P2S・[−2’−O−Me]/P 2Sオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法において、実施例6のオリゴリボヌクレオチドを用いるとホス ホロジチオエート主鎖を持つキメラオリゴリボヌクレオチドが製造される。vii.キメラ ホスホセレネート オリゴリボヌクレオチド、例えば、[2’ −O−Me]/PSe・[2’−OH]/PSe・[−2’−O−Me]/PS eオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法において、実施例6のオリゴリボヌクレオチドを用いるとホス ホセレネート主鎖を持つキメラオリゴリボヌクレオチドが製造される。viii.キメラ ボラノホスフェート オリゴリボヌクレオチド、例えば、[ 2’−O−Me]/BP・[2’−OH]/BP・[−2’−O−Me]/BPオ リゴリボヌクレオチド 実施例8の方法において、実施例6のオリゴリボヌクレオチドを用いるとボラ ノホスフェート主鎖を持つキメラオリゴリボヌクレオチドが製造される。ix.キメラ メチルホスホトリエステル オリゴリボヌクレオチド、例えば、 [2’−O−Me]/POMe・[2’−OH]/POMe・[−2’−O−M e]/POMeオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法において、実施例6のオリゴリボヌクレオチドを用いるとメチ ルホスホトリエステル主鎖を持つキメラオリゴリボヌクレオチドが製造される。実施例10 キメラ オリゴリボヌクレオシド i.キメラ メチレンメチルイミノ オリゴリボヌクレオシド、例えば、[2’ −O−Me]/MMI・[2’−OH]/MMI・[−2’−O−Me]/MM Iオリゴリボヌクレオシド 実施例7の化学を用いた実施例8の方法で、オリゴリボヌクレオシドを通して メチレンメチルイミノ結合を持つキメラオリゴリボヌクレオシドが製造される。ii.キメラ メチレンジメチルヒドラゾ オリゴリボヌクレオシド、例えば、 [2’-O−Me]/MDH・[2’-OH]/MDH・[−2’−O−Me]/ MDHオリゴリボヌクレオシド 実施例7の化学を用いた実施例8の方法で、オリゴリボヌクレオシドを通して メチレンジメチルヒドラゾ結合を持つキメラオリゴリボヌクレオシドが製造され る。iii.キメラ ホルムアセタール オリゴリボヌクレオシド、例えば、[2’ −O−Me]/FA・[2’−OH]/FA・[−2’−O−Me]/FAオリ ゴリボヌクレオシド 実施例7の化学を用いた実施例8の方法で、オリゴリボヌクレオシドを通して ホルムアセタール結合を持つキメラオリゴリボヌクレオシドが製造される。iv.キメラ チオホルムアセタール オリゴリボヌクレオシド、例えば、[2 ’−O−Me]/TFA・[2’−OH]/TFA・[−2’−O−Me]/T FAオリゴリボヌクレオシド 実施例7の化学を用いた実施例8の方法で、オリゴリボヌクレオシドを通して チオホルムアセタール結合を持つキメラオリゴリボヌクレオシドが製造される。v.キメラ エチレンオキシド オリゴリボヌクレオシド、例えば、[2’−O −Me]/ETO・[2’−OH]/ETO・[−2’−O−Me]/ETOオ リゴリボヌクレオシド 実施例7の化学を用いた実施例8の方法で、オリゴリボヌクレオシドを通して エチレンオキシド結合を持つキメラオリゴリボヌクレオシドが製造される。vi.キメラ メチレンカルボニルアミノ オリゴリボヌクレオシド、例えば、 [2’−O−Me]/amide−3・[2’−OH]/amide−3・[− 2’−O−Me]/amide−3オリゴリボヌクレオシド 実施例7の化学を用いた実施例8の方法で、オリゴリボヌクレオシドを通して amide−3結合を持つキメラオリゴリボヌクレオシドが製造される。実施例11 キメラ オリゴリボヌクレオチド/オリゴリボヌクレオシド i.メチレンメチルイミノ/ホスホロチオエート キメラ、例えば、[2’−O −Me]/PS・[2’−OH]/PS・[−2’−O−Me]/MMIオリゴ リボヌクレオチド/オリゴリボヌクレオシド 実施例6および7の化学を用いた実施例8の方法で、オリゴリボヌクレオチド およびオリゴリボヌクレオシド両方のセグメントを持つキメラ化合物が製造され る。このキメラ化合物は一つの”ウイング”にメチレンメチルイミノ結合、およ び中心部”ギャップ”および他の”ウイング”にホスホロチオエート結合を持っ ている。ii.キメラ メチルホスホネート/メチレンメチルイミノ/ホスホロチオエー ト オリゴリボヌクレオチド/オリゴリボヌクレオシド、例えば、[2’−O− Me]/PMe・[2’−OH]/PS・[−2’−O−Me]/MMIオリゴ リボヌクレオチド/オリゴリボヌクレオシド 実施例6および7の化学を用いた実施例8の方法で、オリゴリボヌクレオチド およびオリゴリボヌクレオシド両方の部分を持つキメラ化合物が製造される。こ のキメラ化合物は一つの”ウイング”にメチレンメチルイミノ結合、中心部”ギ ャップ”にホスホロチオエート結合、および他の”ウイング”にメチルホスホネ ート結合を持っている。iii.キメラ メチレンカルボニルアミノ/ホスホロチオエート/メチレンカ ルボニルアミノ オリゴリボヌクレオチド/オリゴリボヌクレオシド、例えば、 [2’−O−Me]/amide−3・[2’−OH]/PS・[−2’−O− Me]/amide−3オリゴリボヌクレオチド/オリゴリボヌクレオシド 実施例6および7の化学を用いた実施例8の方法で、オリゴリボヌクレオチド およびオリゴリボヌクレオシド両方のセグメントを持つキメラ化合物が製造され る。このキメラ化合物は両方の”ウイング”にメチレンカルボニルアミノ結合、 および中心部”ギャップ”にホスホロチオエート結合を持っている。iv.キメラ メチレンカルボニルアミノ/ホスホロチオエート/メチレンメチ ルイミノ オリゴリボヌクレオチド/オリゴリボヌクレオシド、例えば、[2’ −O−Me]/amide−3・[2’−OH]/PS・[−2’−O−Me] /MMIオリゴリボヌクレオチド/オリゴリボヌクレオシド 実施例6および7の化学を用いた実施例8の方法で、オリゴリボヌクレオチド およびオリゴリボヌクレオシド両方のセグメントを持つキメラ化合物が製造され る。このキメラ化合物は一つの”ウイング”セグメントにメチレンカルボニルア ミノ結合、中心部”ギャップ”セグメントにホスホロチオエート結合、および他 の”ウイング”セグメントにメチレンメチルイミノ結合を持っている。v.メチレンメチルイミノ/ホスホジエステル/ホスホロチオエート キメラ、 例えば、[2’−O−Me]/MMI−PO・[2’−OH]/PS・[−2’ −O−Me]/MMI−POオリゴリボヌクレオチド/オリゴリボヌクレオシド 実施例6および7の化学を用いた実施例8の方法で、オリゴリボヌクレオチド およびオリゴリボヌクレオシド両方のセグメントを持つキメラ化合物が製造され る。このキメラ化合物はその”ウイング”セグメントにメチレンメチルイミノお よびホスホジエステル結合を交互に、およびその中心部”ギャップ”セグメント にホスホロチオエート結合を持っている。実施例12 キメラの”末端”ギャップ形成ホスホロチオエート オリゴリボヌクレオチドi .”3’−末端”ギャップ形成ホスホロチオエート キメラ、例えば、[2’− O−Me]/PS・[2’−OH]/PSオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法で、その3’末端に”オープンギャップ”セグメント、その5 ’末端に”ウイング”セグメントおよび全体を通してホスホロチオエート結合を 持つキメラ化合物が製造される。ii.”5’−末端”ギャップ形成ホスホロチオエート キメラ、例えば、[2 ’−OH]/PS・[2’−O−Me]/PSオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法で、その5’末端に”オープンギャップ”セグメント、その3 ’末端に”ウイング”セグメントおよび全体を通してホスホロチオエート結合を 持つキメラ化合物が製造される。iii.”3’−末端”ギャップ形成ホスホロチオエート キメラ、例えば、[ 2’−F]/PS・ [2’−OH]/PSオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法で、その3’末端に”オープンギャップ”、その5’”ウイン グ”セグメントに2’−フルオロヌクレオシド、そのオープン”ギャップ”セグ メントに2’−OHヌクレオシドおよび全体を通してホスホロチオエート結合を 持つキメラ化合物が製造される。実施例13 単一形主鎖結合および変異ヌクレオシドサブユニットを持つキメラ オリゴリボ ヌクレオチド i.キメラ 2’−O−エチル オリゴリボヌクレオチド、例えば、[2’−O −Et]/PS・[2’−OH]/PS・[2’−O−Et]/PSオリゴリボ ヌクレオチド 実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに2’−O−エチルヌクレオ シド、その”ギャップ”セグメントに2’−OHヌクレオシドおよび全体を通し てホスホロチオエート結合を持つキメラ化合物が製造される。ii.キメラ 2’−O−プロピル オリゴリボヌクレオチド、例えば、[2’ −O−Pr]/PS・[2’−OH]/PS・[2’−O−Pr]/PSオリゴ リボヌクレオチド 実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに2’−O-プロピルヌクレ オシド、その”ギャップ”セグメントに2’−OHヌクレオシドおよび全体を通 してホスホロチオエート結合を持つキメラ化合物が製造される。iii.[2’−O−F]/PS・[2’−OH]/PS・[2’−O−F]/ PSオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに2’−フルオロヌクレオシ ド、その”ギャップ”セグメントに2’−OHヌクレオシドおよび全体を通して ホスホロチオエート結合を持つキメラ化合物が製造される。iv.[2’−O−EtOMe]/PS・[2’−OH]/PS・[2’−O− EtOMe]/PSオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに2’−O−メトキシエチル ヌクレオシド、その”ギャップ”セグメントに2’−OHヌクレオシドおよび全 体を通してホスホロチオエート結合を持つキメラ化合物が製造される。v.[2’−O−EtOMe]/PS・[2’−OH]/PS・[2’−F]/ PSオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法で、その5’”ウイング”セグメントに2’−O−メトキシエ チルヌクレオシド、その”ギャップ”セグメントに2’−OHヌクレオシド、そ の3’”ウイング”セグメントに2’−フルオロヌクレオシドおよび全体を通し てホスホロチオエート結合を持つキメラ化合物が製造される。vi.[2’−O−EtOMe]/PS・[2’−OH]/PS・[2’−O− Me]/PSオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法で、その5’”ウイング”セグメントに2’−O−メトキシエ チルヌクレオシド、その”ギャップ”セグメントに2’−OHヌクレオシド、そ の3’”ウイング”セグメントに2’−O−メチルヌクレオシドおよび全体を通 してホスホロチオエート結合を持つキメラ化合物が製造される。実施例14 変異主鎖結合および変異ヌクレオシドを持つキメラオリゴリボヌクレオチド i.[2’−O−Me]/PMe・[2’−OH]/PS・[2’−F]/PS オリゴリボヌクレオチド 実施例6の化学を用いる実施例8の方法で、その5’”ウイング”セグメント に2’−O−メチルヌクレオシド、その”ギャップ”セグメントに2’−OHヌ クレオシド、その3’”ウイング”セグメントに2’−O−フルオロヌクレオシ ド、”ギャップ!セグメントおよび3’”ウイング”セグメント中にホスホロチ オエート結合および5’”ウイング”セグメント中にメチルホスホネート結合を 持つキメラ化合物が製造される。ii.[2’−O−Me]/PMe・[2’−OH]/PS・[2’−Pr]/ PIオリゴリボヌクレオチド 実施例6の化学を用いる実施例8の方法で、その5’”ウイング”セグメント に2’−O−メチルヌクレオシド、その”ギャップ”に2’−OHヌクレオシド 、その3’”ウイング”セグメントに2’−O−プロピルヌクレオシド、”ギャ ップ”セグメント中にホスホロチオエート結合、5’”ウイング”セグメント中 にメチルホスホネート結合および3’”ウイング”セグメント中にホスフィネー ト結合を持つキメラ化合物が製造される。実施例15 代用物ヌクレオシドを含むキメラオリゴリボヌクレオチド i.モルホリノヌクレオシド代用物含有オリゴリボヌクレオチド、例えば、[モ ルホリノヌクレオシド代用物]・[2’−OH]/PS・[モルホリノヌクレオ シド代用物]オリゴリボヌクレオチド 実施例7および実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに米国特許第 5,506,337号の教えにより製造されたモルホリノヌクレオシド、および その”ギャップ”セグメントにホスホロチオエート結合を通して連結された2’ −OHヌクレオシドを持つキメラ化合物が製造される。ii.シクロブチルヌクレオシド代用物含有オリゴリボヌクレオチド、例えば、 [シクロブチルヌクレオシド代用物]/PS・[2’−OH]/PS・[シクロ ブチルヌクレオシド代用物]/PSオリゴリボヌクレオチド 実施例7および実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに米国特許第 5,359,044号の教えにより製造されたシクロブチル代用物ヌクレオシド 、およびその”ギャップ”セグメントに2’−OHヌクレオシドおよび全体を通 してホスホロチオエート結合を持つキメラ化合物が製造される。iii.ピロリジンヌクレオシド代用物含有オリゴリボヌクレオチド、例えば、 [ピロリジンヌクレオシド代用物]/PS・[2’−OH]/PS・[ピロリジ ン糖]/PSオリゴリボヌクレオチド 実施例7および実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに米国特許第 5,519,135号の教えにより製造されたピロリジン代用物ヌクレオシド、 およびその”ギャップ”セグメントに2’−OHヌクレオシドおよび全体を通し てホスホロチオエート結合を持つキメラ化合物が製造される。iv.”3’−末端”ギャップ形成PNA・ホスホロチオエート キメラ、例え ば、PNA・[2’−OH]/PSオリゴリボヌクレオチド 実施例7−bの化学を組み合わせた実施例8の方法により、ホスホロチオエー ト結合を持つ2’−OHヌクレオシドから形成されたその3’末端に”オープン ギャップ”および5’”ウイング”セグメントにPNA代用物を持つキメラ化合 物が製造される。実施例16 修飾された塩基を持つヌクレオシドを含むキメラ オリゴリボヌクレオチド i.N−2修飾プリン含有オリゴリボヌクレオチド、例えば、[修飾プリン]/ PS・[2’−OH]/PS・[修飾プリン]/PSオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに米国特許第5,459,2 55号の教えにより製造された4,7,10,13−テトラアザヘキサデカ−1 −イル グアノシン ヌクレオシド、その”ギャップ”に2’−OHヌクレオシ ドおよび全体を通してホスホロチオエート結合を持つキメラ化合物が製造される 。ii.C−5修飾ピリミジン含有オリゴリボヌクレオチド、例えば、[修飾ピリ ミジン]/PS・[2’−OH]/PS・[修飾ピリミジン]/PSオリゴリボ ヌクレオチド 実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに米国特許第5,484,9 08号の教えにより製造された5−プロピニルピリミジン ヌクレオシド、その ”ギャップ”セグメントに2’−OHヌクレオシドおよび全体を通してホスホロ チオエート結合を持つキメラ化合物が製造される。iii.N−2、C−6修飾プリン含有オリゴリボヌクレオチド、例えば、[修 飾プリン]/PS・[2’−OH]/PS・[修飾プリン]/PSオリゴリボヌ クレオチド 実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに米国特許第5,459,2 55号の教えにより製造された6−ヒドロキシ−2−フルオロプリン ヌクレオ シド、その”ギャップ”に2’−OHヌクレオシドおよび全体を通してホスホロ チオエート結合を持つキメラ化合物が製造される。iv.2’−O−アルキル、C−5修飾ピリミジン含有オリゴリボヌクレオチド 、例えば、[2’−O−プロピル修飾ピリミジン]/PS・[2’−OH]/P S・[2’−O−プロピル修飾ピリミジン]/PSオリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに2’−O−プロピル−5− メチルシチジン ヌクレオシド、その”ギャップ”セグメントに2’−OHヌク レオシドおよび全体を通してホスホロチオエート結合を持つキメラ化合物が製造 される。v.2’−O−アルキル、N−2、C−5修飾ピリミジン含有オリゴリボヌクレ オチド、例えば、[2’−O−プロピル修飾ピリミジン]/PS・[2’−OH ]/PS・[2’−O−プロピル修飾ピリミジン]/PSオリゴリボヌクレオチ 実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに2’−O−プロピル−2− チオ−5−メチルウリジン ヌクレオシド、その”ギャップ”セグメントに2’ −OHヌクレオシドおよび全体を通してホスホロチオエート結合を持つキメラ化 合物が製造される。vi.2’−O−アミノアルキル、N−2、C−5修飾ピリミジン含有オリゴリ ボヌクレオチド、例えば、[2’−O−アミノプロピル修飾ピリミジン]/PS ・[2’−OH]/PS・[2’−O−アミノプロピル修飾ピリミジン]/PS オリゴリボヌクレオチド 実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに2’−O−アミノプロピル −2−チオ−5−メチルウリジン ヌクレオシド、その”ギャップ”セグメント に2’−OHヌクレオシドおよび全体を通してホスホロチオエート結合を持つキ メラ化合物が製造される。vii.2’−O−フルオロ、N−2、C−5修飾ピリミジン含有オリゴリボヌ クレオチド、例えば、[2’−O−フルオロ修飾ピリミジン]/PS・[2’− OH]/PS・[2’−O−フルオロ修飾ピリミジン]/PSオリゴリボヌクレ オチド 実施例8の方法で、その”ウイング”セグメントに2’−O−フルオロ−2− チオ−5−メチル ウリジンヌクレオシド、その”ギャップ”セグメントに2’ −OHヌクレオシドおよび全体を通してホスホロチオエート結合を持つキメラ化 合物が製造される。実施例17 細胞培養およびras標的のノーザンブロット分析 T24細胞は、10%ウシ胎児血清および100単位/mlペニシリンを補給 したマッコイ培地(GIBCO−BRL,Gaithersburg,MD)中 で単層として維持された。オリゴマー化合物で24時間処理された後、細胞をト リプシン処理し、遠心分離し、標準プロトコール(Ausubel et al .,Current Protocols in Molecular Bio logy ,1988,Wiley and Sons,New York,NY を参照されたい)に従って全細胞RNAが単離された。Ha−ras mRNA の相 対的存在量を定量するため、全RNA(10μg)がノーザンブロッティングに よりBio−Rad Zetaプローブメンブレン(Bio−Rad,Herc ules,CA)上へ移され、UV架橋された(StratalinkerTM ,Stratagene,LaJolla,CA)。メンブレン結合RNAは32 P標識0.9kb Ha−ras cDNAプローブ(Oncogene Sc ience,Pasadena,CA)へハイブリダイズされ、XARフィルム (Kodak,Rochester,N.Y.)へ暴露された。Ha−ras信 号の相対量は、同一のメンブレンをとり、ヒトグリセルアルデヒド3−リン酸デ ヒドロゲナーゼ(G3PDH,Coltech,Palo Alto,CA)で 探査した場合に得られた信号でHa−ras信号を規格化することにより決定さ れた。ノーザンブロットからの信号はホスホイメージャーおよびimage q uantソフトウエアー(Molecular Dynamics,Sunny vale,CA)を用いて定量された。実施例18 細胞の化合物処理 単層で増殖している細胞は15μg/mlの最大濃度を持つオリゴの200n M当たり5μg/mlの濃度でリポフェクチン(GIBCO−BRL)を含んで いるOpti−MEM(GIBCO−BRL)培地を加えた。培地が完全血清培 地で置き換えられた場合はオリゴマー化合物を加え、37℃で4時間インキュベ ートした。化合物の存在下で24時間後、細胞を採取してRNAを次の分析のた めに調製する。実施例19 RNase H分析 RNase H分析は活性化された(コドン12突然変異)Ha−ras m RNAの塩基(+23から+47)に対応する17塩基オリゴリボヌクレオチド を用いて実施された。20mMトリス−Cl、pH7.5、100mM KCl 、10mM MgCl2、1mMジチオスレイトールおよび100μlの最終容 量に対して4単位のRNase阻害剤(Pharmacia,Newark,N J)を含む反応液中で、5’末端標識RNA(20nM)を100倍モル過剰の 種々 の試験オリゴリボヌクレオチドとインキュベートした。オリゴリボヌクレオチド は95℃に5分間加熱することにより融解させ、90℃、2リットルの水浴中で 室温まで徐々に冷却した。未変性ポリアクリルアミドゲル上、一本鎖末端標識セ ンスRNAおよびアニール化二重鎖間の移動度におけるシフトにより二重鎖形成 が確認された。得られた二重鎖は大腸菌RNase H(USB,Clevel and,OH)による消化のための基質として試験された。RNase Hの 1x10-9mg/ml溶液の1μlを二重鎖反応液10μlに加え、37℃で3 0分間インキュベートし、変性装填緩衝液の添加により反応を停止させ、反応生 成物は7M尿素を含む12%ポリアクリルアミドゲルで分離し、XARフィルム (Kodak)に暴露した。実施例20 無細胞インビトロヌクレアーゼアッセイ 無細胞T24抽出物実験で使用される二重鎖は上記のようにアニール化された が、ただし、二重鎖形成後、反応物は1μlのRNase TおよびA混合物( Ambion RPAIIキット、Austin,TX)を加えて37℃で15 分間インキュベートし、未変性12%ポリアクリルアミドゲルで精製した。T2 4細胞核および細胞質分画は以前に記載されているように単離された(Szyf ,M.,Bozoic,V.and Tanigawa,G.,J.Biol. Chem .,1991,266,10027−10030)。アニール化二重鎖 (10μl)は3μgのT24細胞質抽出物と37℃でインキュベートされた。 反応はフェノール/クロロホルム抽出により停止し、担体として10μgのtR NAを添加してエタノール沈殿させた。ペレットは10μlの変性充填色素に再 懸濁し、生成物を上記のように12%ポリアクリルアミドゲルで分離した。分子 量ラダーを発生させるため、32P標識17−塩基RNAを50mM NaCO3 存在下(pH=9.0)95℃に10分間加熱することにより加水分解した。実施例21 5’および3’末端の決定 非標識二重鎖を上記のようにT24抽出物で処理し、この反応液の半分を子ウ シ小腸ホスファターゼ(CIP,Stratagene)で処理し、半分は未処 理のままで残した。ホスファターゼは95℃に加熱することにより不活性化し、 反応液をフェノール/クロロホルムで抽出し、担体としてグリコーゲンを添加し てエタノール沈殿させた。沈殿物は次にT4ポリヌクレオチド キナーゼ(st ratagene)および32P−γ−ATP(ICN,Irvine,CA)で 処理した。試料は再びフェノール/クロロホルムで抽出してエタノール沈殿させ 、生成物は12%アクリルアミドゲルで分離し、XARフィルムに暴露すること により可視化した。切断二重鎖の3’末端は、二重鎖消化生成物とT4 RNA リガーゼ(Stratagene)および32P−pCp(ICN)との反応によ り評価された。実施例22 T24細胞中の標的RNAのキメラ2’−メトキシ オリゴリボヌクレオチド媒 介消化 種々の2’−糖修飾を含んでいる、Ha−ras癌遺伝子のコドン12に特異 的なアンチセンスオリゴヌクレオチドの構造活性分析はMonia et al .,J.Biol.Chem.,1992,267,19954−19962お よびMonia et al.,J.Biol.Chem.,1993,268 ,14514−14522に報告されている。これらの報告において、2’−修 飾オリゴヌクレオチドは非修飾2’−デオキシ オリゴよりも高い親和性でRN Aへハイブリダイズするけれども、それらはHa−ras遺伝子発現の阻害にお いては全く有効ではなかった。これらの2’−修飾オリゴで観察された活性の欠 如は、まさにRNase Hによる分解の基質として働くことができる二重鎖を 作ることができないことによっている。同様のプロトコールに従って、Ha−r as mRNAを標的とする17塩基2’−メトキシ オリゴリボヌクレオチド の中心に連続したリボヌクレオチドが導入されて2’−メトキシ−2’−ヒドロ キシ−2’−メトキシホスホロチオエート オリゴリボヌクレオチド”ギャップ 形成”キメラ化合物が形成され、それは中心ギャップセグメント中のリボヌクレ オチド含量を変化させた(これらの化合物ならびにそれらの塩基配列の表示は図 1を参照されたい)。それらの細胞標的にハイブリダイズした場合、生じた二重 鎖は核酸分解の標的ではない二つの部分(2’−メトキシ”ウイング”)およ びRNA:RNA二重鎖を認識する新規リポヌクレアーゼ活性の標的であること が見いだされている一つの2’−ヒドロキシオリゴリボヌクレオチド部分から成 っている。Ha−ras遺伝子のコドン12位に活性化G−Tトランスバージョ ン突然変異を含むT24膀胱癌細胞が使用された。この突然変異に特異的な”ギ ャップ形成”キメラ化合物は培養で増殖しているT24細胞内へトランスフェク トされた。化合物と24時間インキュベーション後、細胞を採取し、全細胞質R NAが単離され、Ha−ras mRNAレベルについてのノーザンブロット分 析が実施された。完全に修飾された2’−メトキシオリゴヌクレオチドは標的m RNAの核酸分解性切断を支援せず、従って試験された最も高い濃度でもHa− ras mRNAの定常状態レベルの減少を導かなかった(図2AおよびB)。 ギャップにただ3つのみのリボヌクレオチドを持つRNAギャップマーオリゴヌ クレオチドもまた標的RNAの核酸分解性切断を誘導できなかった(図2Cおよ び2D)。しかしながら、ギャップに5、7および9のリボヌクレオチドを含む RNAギャップマーオリゴヌクレオチド、ならびに完全ホスホロチオエート オ リゴリボヌクレオチド分子でT24細胞を処理した場合はすべてHa−rasm RNAの定常状態レベルの用量依存性減少を示した(図3B−3D)。4つの不 適正塩基を配列に含んでいる対照9RNAギャップマーオリゴヌクレオチドでT 24細胞を処理すると、Ha−ras mRNAの用量依存性減少は示さず、標 的RNAへのハイブリダイゼーションが活性に必須であることを示唆している( 図3E)。RNAギャップマー化合物はHa−ras mRNAの定常状態レベ ルの用量依存性阻害を示した。RNAギャップマー化合物の能力はRNAギャッ プの大きさ、従ってインビボで形成されるRNA:RNA二重鎖の大きさに依存 していた。3塩基RNAギャップマー化合物での細胞処理は標的の切断を起こさ なかったが、一方、5、7および9塩基RNAギャップマー化合物ではHa−r as mRNAの減少が生じた(図4)。ギャップ中に3つのリボヌクレオチド を含むRNAギャップマーオリゴヌクレオチドは標的mRNAの減少を誘導でき ないという事実は、標的への結合および切断のために少なくとも4つのリボヌク レオチドの最小RNA:RNA二重鎖領域が活性には必要とされることを示唆し ている。興味あることに、リボヌクレオチドの代わりにギャップ中にデオキシ ヌクレオチドを含んでいるキメラDNAギャップマーオリゴヌクレオチドは、標 的mRNAのRNase H媒介分解の基質を形成するために同じ最小ギャップ サイズ要求性を示しており(Crooke et al.,Annu.Rev. Pharmacol .,1996,36,107)、RNaseおよびここに説 明した二本鎖RNase活性は、それらの基質は明らかに異なっているけれども いくつかの特性を共有しているであろうことを示唆している。 図3Eに示されているように、4つの不適正塩基をその配列に含んでいる対照 9RNAギャップマー化合物は予期されたように本質的にHa−ras mRN Aを減少させなかった。完全ホスホロチオエートオリゴリボヌクレオチド分子は 5ギャップマーオリゴとほとんど同一の活性を持っていた(図3D)。このこと は、2’−メトキシホスホロチオエート オリゴデオキシヌクレオチドはホスホ ロチオエート オリゴリボヌクレオチドに比べてかなり安定であるので、インビ ボでの一本鎖リボヌクレアーゼによる不活性化により生じる完全オリゴリボヌク レオチドの安定性の相対的低下によるものであろう。Crooke et.al .,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,277,923 −937。T24細胞の種々のオリゴヌクレオチドおよび800nMまでの種々 の濃度での処理が三重に行われ、Ha−ras mRNAレベルの定量は、非処 理対照と比べた場合、600nMで5ギャップマーはHa−ras mRNAを 51%、7ギャップマーは49%、9ギャップマーは77%および完全リボヌク レオチドは38%減少させる。このことは2’−メトキシウイングにより保護さ れたRNAギャップマー オリゴリボヌクレオチドはより強力な分子であること を示唆している。この実施例で示したように、T24ヒト膀胱癌細胞中のエンド リボヌクレアーゼ活性はキメラ二重鎖の内部RNA:オリゴリボヌクレオチド部 分を認識し、標的mRNAレベルを減少させた。実施例23 T24細胞抽出物中に存在する活性はインビトロで内部RNA:RNA部分内の ギャップマーオリゴリボヌクレオチド:RNA二重鎖の切断を誘導する T24細胞における二本鎖RNA切断活性をさらに特徴付けるため、T24細 胞抽出物が調製され、インビトロにおいて9ギャップ オリゴリボヌクレオチ ド:RNA二重鎖を切断する能力が試験された。9ギャップ化合物:32P末端標 識RNA二重鎖が3μgの細胞質抽出物と37℃にて図4に示した種々の時間イ ンキュベートされ、続いてフェノール クロロホルム抽出、エタノール沈殿およ び変性ゲルでの生成物の分離を行った。この二重鎖がT24抽出物に存在する活 性による消化の基質であったことは、完全長末端標識RNAの消失および図4で 矢印により示されているより小さい分子量の消化生成物の出現により示される。 さらに、二重鎖の切断に対応する活性は、それが産生する切断生成物のサイズに より示されるように二重鎖のRNA:RNA部分に対する特異性を持っている(32 P末端標識RNAの物理地図を参照されたい、図4の最も右)。9デオキシヌ クレオチド ギャップ オリゴヌクレオチド:RNA二重鎖のRNase H切 断および9リボヌクレオチド ギャップ オリゴリボヌクレオチド:RNA二重 鎖のT24細胞抽出物による切断は類似の消化生成物を生じるようである。この ことは図4および5のゲルを比較することにより見ることができる。両方の活性 はそれらの各々の二重鎖中の標的RNAの3’末端近くの好ましい切断部位を示 し、そのことはそれらが結合ならびに機構的特性を共有しているであろうことを 示唆している。ヒト臍帯静脈上皮細胞(HUVEC)、ヒト肺癌腫(A549) およびヒーラー細胞株から調製された細胞抽出物はすべてインビトロにおいて9 RNAギャップマー:RNA標的二重鎖の切断を誘導できる活性を含んでいた。実施例24 細胞生成物の細胞質および核分画の両方における標的RNAの切断 ここで説明された二本鎖RNase活性の細胞分布がさらに評価された。核抽 出物がT24細胞から調製され、9RNAギャップマーオリゴヌクレオチド:R NA二重鎖を消化する能力が試験された。T24細胞から調製された核抽出物は 標的二重鎖を分解でき、その活性は細胞質分画の活性と同レベルで核分画に存在 することが観察された。 分子の全体を通してホスホロチオエート結合を含むRNAギャップマーオリゴ ヌクレオチドが合成された。これにより一本鎖ヌクレアーゼへの安定性が増加す るので、同様にdsRNaseによるアンチセンス鎖の切断を阻害することが推 論される。従って、上記の活性がRNA二重鎖分子中の両方の鎖を切断できるか どうかを決定するため、2’メトキシヌクレオチド間のウイングにはホスホロチ オエート結合を含んでいるが、ギャップ中の9のリボヌクレオチド間にはホスホ ジエステル結合を含む9RNAギャップマーアンチセンスオリゴヌクレオチドが 合成された。この32P標識9RNAギャップマー ホスホジエステル/ホスホロ チオエート オリゴヌクレオチドおよびその相補的オリゴリボヌクレオチドから 成る二重鎖が、T24抽出物中の二本鎖RNase活性の基質として試験された 。活性はこの二重鎖のアンチセンス鎖ならびにセンス鎖を切断でき、消化生成物 のパターンから切断が二重鎖のRNA:RNAホスホジエステル部分に再び制限 されていることが示された。実施例25 RNAギャップマーオリゴヌクレオチド:RNA二重鎖はRNase Hの基質 ではなかった 実施例23に示した切断がRNase Hによるものではないかという可能性 を排除するため、9ギャップマーオリゴリボヌクレオチドおよびその相補的5’ 32P標識RNAの17塩基対二重鎖を切断する大腸菌RNase Hの能力が インビトロで試験された。図5は二重鎖が形成され、一本鎖32P末端標識RNA の隣で非変性ゲルにより分析された場合、電気泳動移動度に予期されるシフトを 示している。図5の最も右のパネルに観察されるように、9ギャップマーオリゴ ヌクレオチド:RNA二重鎖は、RNaseで処理された場合により低い分子量 バンドは現れなかったのでRNase H切断の基質ではなかった。しかしなが ら、予期されたように完全デオキシオリゴヌクレオチド:RNA二重鎖は同一条 件下でRNase Hにより切断され、それはこの酵素で処理されたレーンによ り小さな分子種が出現したことから明らかであった(図5、左パネル)。9ギャ ップマーDNAオリゴヌクレオチドおよびその相補的RNAから成る二重鎖はR Nase H切断の基質であった。この特別な二重鎖中のRNase H切断部 位が二重鎖のDNA:RNA部分に局在化しているという事実は、RNAギャッ プマーオリゴリボヌクレオチド:RNA二重鎖はRNase H消化の基質では ないことをさらに示している。 9DNAギャップマーオリゴヌクレオチド:RNA二重鎖のRNase H切 断(図5、左パネル)およびT24細胞抽出物による9RNAギャップマーオリ ゴヌクレオチド:RNA二重鎖の切断が同様の消化生成物を生じることに言及す るのは興味を引かれることである(図4参照)。RNase HおよびT24細 胞抽出物の活性は各々の二重鎖に対して同一の好ましい切断部位を示した。さら に、この部位において、両方のオリゴヌクレオチドは有効性が大まかに一致して いた。切断は各々のアンチセンス分子のDNAまたはRNAギャップの反対側領 域における標的RNAの3’末端に制限されている。 特定の理論に結び付けられるのを望んでいるわけではないが、すぐ前に記載し た結果は、RNase Hおよび本発明のdsRNaseは結合ならびに機構的 特性を共有しているらしいことを示唆している。しかしながら、c−Raf m RNA上の4つの部位を標的とするDNAおよびRNAギャップマーオリゴヌク レオチドの分析は、RNase Hおよび本明細書に記載したdsRNase活 性は明らかに異なった基質特異性を持っている。c−Raf mRNAを標的と した”RNA様”ギャップマーオリゴヌクレオチドはmRNAの減少を誘導する ことはできなかったが、一方、同一の部位を標的としたRNase H活性オリ ゴデオキシヌクレオチドは標的mRNAレベルを減少させることができた。T2 4細胞中の4つのc−Raf”RNAギャップマー”により誘導されない切断が 考えられる配列特異性または切断によるものであったかどうかを決定するため、 4つのc−Raf”RNA様ギャップマー”、ras”RNA様ギャップマー” および対応する”DNA様ギャップマー”が32P標識標的オリゴリボヌクレオチ ドと前もってハイブリダイズされ、T24ホモジネートとインキュベートされた 。ras”RNA様ギャップマー”は”DNAギャップマー”とほとんど同じく らい効率的にras標的化RNAの切断を支援した。しかしながら、c−Raf セグメントを標的とした”RNA様ギャップマー”のただ1つのみが切断を支援 し、”RNA様ギャップマー”の切断速度は一致する”DNA様ギャップマー” よりもかなり遅かった。従って、RNaseと対照的に、dsRNaseは無視 できない配列特異性を示した。実施例26 ヌクレアーゼ活性は5’−リン酸および3’−ヒドロキル末端を発生させる インビトロにおいて二重鎖のヌクレアーゼ切断により残される5’末端の性質 を決定するため、非標識二重鎖が前記のようにT24細胞抽出物とインキュベー トされ、次に子ウシ小腸ホスファターゼで前処理して、またはしないでT4ポリ ヌクレオチドキナーゼおよび[32P−γ−ATP]と反応させた。二重鎖生成物 のホスファターゼ処理はポリヌクレオチドキナーゼとの反応間中の32P標識取り 込みに必須であることが観察され、5’末端のリン酸基の存在を示している。二 重鎖消化生成物とT4 RNAリガーゼおよび32P−pCpとの反応により3’ 末端が評価された。T4 RNAリガーゼは32P−pCpの結合に遊離3’−ヒ ドロキシル末端を必要とする。T4 RNAリガーゼにより32P−pCpを取り 込む二重鎖消化生成物の能力は3’−ヒドロキシル基の存在を示している。実施例27 哺乳類組織からの二本鎖リボヌクレアーゼの精製および特徴付け 哺乳類細胞(培養細胞株以外の)が二本鎖RNase活性を含んでいるかどう かを決定するため、およびそのようなリボヌクレアーゼが精製できるであろう供 給源を提供するために、ラット肝臓ホモジネートからdsRNaseを同定およ び精製する努力をした。実施例27−a dsRNase用の基質およびアッセイ 予備的実験において、二本鎖RNase活性がラット肝臓ホモジネートに観察 されたが、ホモジネートはまた高レベルの一本鎖RNaseも示し、そのことは dsRNaseによる切断後にオリゴリボヌクレオチドの切断が重なることにな るためにdsRNase活性の分析を複雑化させる。この問題を解決するため、 2つの追加の基質および非変性ゲルアッセイが使用された。”センス”鎖は8塩 基ギャップ中にホスホジエステル結合を持ち、(a)ホスホロチオエート結合の 残基かまたは(b)ホスホロチオエート結合の2’−メトキシヌクレオシドのフ ランクを持つオリゴリボヌクレオチドであった。両方の基質の”アンチセンス” 鎖はホスホジエステルかまたはホスホロチオエート結合を持つ8塩基リボヌクレ オチドギャップのどちら側にも2’−メトキシ ホスホロチオエートウイングを 含んでいた(表1)。そのようなdsRNase基質はオリゴリボヌクレオチド よりもエキソヌクレアーゼ消化に対してより安定であり、ホスホロチオエート結 合および2’−メトキシヌクレオシド両方を持つ基質は特に安定であった。ラッ ト肝臓においては二本鎖RNase活性に比較して一本鎖RNaseが豊富であ るので、これらの特色は重要であり、非変性アッセイの使用により支援されてい る。 表1 哺乳類dsRNaseのための人工基質* *ボールド体残基は”アンチセンス”鎖中の2’−メトキシヌクレオチド残基を 示している。 ラット肝臓細胞質および核抽出物の両方が二重鎖基質の切断を誘導した。両方 の抽出物が非変性ゲル電気泳動分析でより急速に移動するバンドを生じた。細胞 質抽出物は核抽出物よりも活性であるようである。二本鎖RNase、RNas e V1(Pharmacia,Piscataway,NJ)は基質を切断し た;T24抽出物もまた基質を切断した。RNase A(非常に高い濃度であ る程度の切断が起こった)を除いて、細菌または一本鎖RNaseは基質を切断 しなかった。RNase Aによる切断は二本鎖RNaseの混入によるものか 、または、ある条件下でRNase Aが二本鎖基質を切断できるのかどうかは 不明である。実施例27−b ラット肝臓細胞質および核抽出物からのdsRNaseの精製 本明細書で同定された哺乳類dsRNaseを精製するため、0.5kgのラ ット肝臓を緩衝液X[10mMヘペス(pH7.5)、25mM KCl、0. 15mMスペルミン、0.5mMスペルミジン、1mM EDTA、2Mスクロ ース、10%グリセロール;すべてSigma Chemical Co.,S t.Louis,MOからの試薬]中でホモジナイズし、Beckman J2 −21M遠心機(Beckman,Fullerton,CA)を用い、10, 000rpmで1.5時間遠心した。上清は40%硫酸アンモニウム(Sigm a)で沈殿させた。すべてのdsRNase活性が40%硫酸アンモニウム沈殿 に回収された。ペレットは緩衝液A[20mMヘペス(pH 6.5)、5mM EDTA、1mM DTT.0.25mMフェニルメチルスルホニウムフルオリ ド(PMSF)、0.1M KCl、5%グリセロール、0.1%NP40、0 .1%トリトンX−100;すべての試薬はSigmaから]に再懸濁し、透析 して硫酸アンモニウムを除いた。約40gの細胞質抽出物が0.5kgの肝臓か ら得られた。 前の実施例で調製された粗核ペレットは緩衝液Y[20mMヘペス(pH7. 5)、0.42M NaCl、1.5mM MgCl2、0.2mM EDTA、 0.5mM DTT、0.5mM PMSF、25%グリセロール]に再懸濁さ れホモジナイズされた。ホモジネートはBeckman J2−21M遠心機( Beckman)を用い、10,000rpmで1.5時間遠心した。上清は7 0%硫酸アンモニウム(Sigma)で沈殿させた。ペレットは緩衝液Aに再懸 濁し、透析した。すべてのdsRNase活性は70%硫酸アンモニウム沈殿に 回収された。約5gの核抽出物が0.5kgの肝臓から得られた。 本発明のdsRNaseをさらに精製するために次にイオン交換カラムクロマ トグラフィーが実施された。緩衝液A中の核および細胞質抽出物はFPLCのた めにHi−Trapカラム(Pharmacia,Piscataway,NJ )にのせた。抽出物はNaClの直線濃度勾配により溶出して試料を集めた。試 料の257nmでのUV吸収が決定された。試料は8,000gで10分間遠心 し、緩衝液Aに再懸濁し、Ultrafree−15遠心フィルター装置(Mi ll ipore,Bedford,MA)で濃縮して活性を分析した。dsRNas e活性は300−450mM NaClに対応する分画に溶出された。対照的に 、核抽出物中のdsRNase活性は700−800mM NaClに溶出され た。 イオン交換カラムクロマトグラフィーからの分画は濃縮され、サイズ排除クロ マトグラフィーにかけられた。イオン交換カラムクロマトグラフィーからの活性 試料を集め、TSK G−3000カラム(TosoHaas,Mongome ryville,PA)にのせて100mM NaCl含有緩衝液Aで溶出した 。試料(200から400μl)を集め、それらの257nmでのUV吸収が決 定された。試料はUltrafree−15遠心フィルター装置(Millip ore,Bedford,MA)を用いて濃縮し、活性を分析した。 図6はイオン交換カラムクロマトグラフィー後の濃縮活性分画およびサイズ排 除クロマトグラフィーからの分画のポリアクリルアミドゲル電気泳動分析を示し ている。最も高いdsRNase活性を持つ分画(レーン4、図6)は約50か ら約80キロダルトンの分子量範囲を持っており、約50キロダルトンのバンド はプリキャストゲル(Novex,San Diego,CA)を使用して実施 された12%ポリアクリルアミドゲル電気泳動では増強されたように思われた。 表2には核および細胞質肝臓抽出物からのdsRNase活性の精製および回 収の要約が提供されている。 表2 ラット肝臓ホモジネートからのdsRNaseの精製の要約 *1単位は前記の条件下37℃にて15分間で10fMolのdsRNA二重鎖 を消化するのに必要とされる試料の量として定義されている。 肝臓核および細胞質からのdsRNase活性の精製は、異なった性質を持つ 少なくとも2つのdsRNaseが二本鎖RNAを切断できることを示唆してい る。核dsRNaseはイオン交換カラムから細胞質dsRNaseよりも高い NaCl濃度で溶出された。しかしながら、両方ともMg++を必要とし、オリゴ リボヌクレオチドギャップ内のいくつかの部位を切断する。両方とも二重鎖基質 を必要とし、二重鎖がホスホロチオエートまたはホスホロチオエート−2’−メ トキシヌクレオシド ウイングを持っている場合、オリゴリボヌクレオチドの” センス”および2’−メトキシホスホロチオエート キメラの"アンチセンス"鎖 から作り上げられている二重鎖中のオリゴリボヌクレオチドを切断できる。 (1)再現性のあるおよび活性特異的アッセイを確立し、(2)いくつかの供 給源を決定し、および(3)前記の方法を経て本発明のdsRNaseの十分な 程度の精製を達成した後、dsRNaseは種々の方法によりさらに精製される 。すべての場合において、本発明のdsRNaseはアセトニトリルまたはメタ ノール中で不安定であるので有機溶媒の使用は避けなければならず(下記参照) 、本明細書に記載したアッセイは試料中の所望のdsRNaseの存在または不 在を評価するために使用される。さらなる精製工程には以下の手段が含まれるが 、それらに制限されるわけではない。 いくつかの型のヘパリンカラムが種々のリボヌクレアーゼを精製するために使 用されてきた。例えば、セファロースカラムはラナ カテスベイアーナ(ウシガ エル)卵母細胞からの配列特異的リボヌクレアーゼ(Liao,Nucl.Ac ids Res .,1992,20,1371)、アフリカツメガエル卵母細胞 からのリボヌクレアーゼ(Nitta et al.,Biol.Pharm. Bull.(Jpn.) 1993,16,353)、好熱性古細菌スルフォバス スルファタリカス からのいくつかのリボヌクレアーゼ(Fusi et al .,Eur.J.Biochem.,1993,211,305)、およびヒト 脾臓からのリボヌクレアーゼ(Yasuda et.al.,Eur.J.Bi ochem .,1990,191,523)の精製に利用されている。 疎水性相互作用クロマトグラフィーは強力なタンパク質精製手段であり、それ は所望のタンパク質およびそれらのリガンド間の疎水性相互作用を増強するため の強力な塩析塩に依存している(Narhi et al.,Anal.Bio chem .,1989,182,266)。疎水性相互作用カラム(HIC)は 望まれない夾雑物を含むリボヌクレアーゼAを精製するために使用された(Wu et.al.,Methods in Enzymology,1996,27 ,127;Wetlaufer et al.,J.Chromatogra phy ,1986,359,55)。 本発明のdsRNaseはヒドロキシアパタイト クロマトグラフィー(Ke nnedy,Methods in Enzymology,1990,182 ,339)によってもさらに精製されるであろう。ヒドロキシアパタイト クロ マトグラフィーによりトリパノソーマ ブルセイからエンド−およびエキソ−リ ボヌクレアーゼが精製されている(Gbenle,Exp.Parisitol .,1990,71,432;Gbenle,Mol.Biochem.Par asitol .,1985,15,37)。 RNAアフィニティーカラムもまた本発明のdsRNaseをさらに精製する ために使用されるであろう。特に、市販品として入手可能な二本鎖RNAアフィ ニティーカラム(Pharmacia,Piscataway,NJ)が使用で きる。もしくは、マトリックスが一つまたはそれ以上の本発明のdsRNase 基質を含むようにカラムが調製される(詳細は以下の実施例を参照されたい)。 本発明のdsRNaseの相対的配列特異性のため、後者の型のアフィニティー カラムが好適であろう。二本鎖アフィニティーマトリックスの両方の型のマトリ ックスの分解を防止するため、本発明のdsRNaseを含む試料はマトリック スの二本鎖RNA基質へ結合するdsRNaseの能力を著しく変化させずにd sRNaseの分解能力を制限するような様式で処理される。例えば、本発明の dsRNaseの分解活性は、例えばEDTAのような適当なキレート剤の添加 により利用可能なMg++fを欠いた溶液中で、またはそのようなdsRNase を含む試料に少なくとも300mMの最終濃度でNaClを添加することにより 阻害される(以下の副節を参照されたい)。 当業者は上記の手段ならびに本明細書には記載されていない他の手段は、本発 明のdsRNaseの精製における最適な効率のために最適化される必要がある ことを認識するであろう。例えば、さらなる精製工程としての一つまたはそれ以 上の前記手段の選択、およびそのような手段が応用される順序は処理されたds RNaseの純度および比活性の程度に影響するであろう。しかしながら、所望 のdsRNase活性に対するさらなる精製工程の影響を決定するために本明細 書に記載したアッセイが当業者に容易にできるとするならば、そのような最適化 は当業者に帰属すると信じられる。SDS−PAGEのような本分野で知られて いる他の技術は前記の精製手段にかけられた試料の純度を決定するために使用で きる。実施例27−c 精製された哺乳類dsRNaseの特徴付け dsRNase活性に対するいろいろな条件の影響が、イオン交換クロマトグ ラフィー後の活性分画を用いて評価された。dsRNase活性は約pH7から 約pH10のトリスまたはリン酸緩衝液で示すことができた。dsRNase活 性はアセトニトリルまたはメタノール溶液中では不安定であった。さらに、活性 はNaClにより阻害された;10mM NaClで30%、100mM Na Clで>60%、および300mM NaClで100%。60℃、80℃およ び100℃で5分間の加熱はdsRNaseを不活性化した。最適活性は約37 ℃から約42℃の温度範囲で観察された。25℃で、dsRNase活性は37 ℃で観察された活性の約50%であった。dsRNase活性は10、20およ び50mM EDTAで阻害されたが,5mMでは阻害されなかったのはMg++ の要求性と一致しており、多数回の凍結/融解に安定であった。実施例28 精製されたラットdsRNaseを用いたdsRNase切断部位のさらなる特 徴付け 精製されたdsRNaseを用いて切断部位をより詳しく特徴付けた。エンド ヌクレアーゼ切断後および操作中(特に二重鎖の変性後)に起こる一本鎖切断を 最小にする必要があった。従って、最も安定な二重鎖基質、すなわち、二重鎖の 両方の鎖が2’−メトキシヌクレオシドおよびホスホロチオエート結合から成る 隣接領域を含む基質が使用された。実施例28−a オリゴヌクレオチドの32P標識 センスオリゴヌクレオチドは[g32P]ATP、T4ポリヌクレオチド キナ ーゼ、および標準法(Ausubel et.al.,1989)を用いて5’ 末端が32Pで標識された。標識オリゴヌクレオチドは12%変性PAGEでの電 気泳動により精製された(Sambrook et.al.,1989)。標識 オリゴヌクレオチドの比活性は約5000cpm/fmolであった。実施例28−b 二本鎖RNA消化アッセイ オリゴヌクレオチド二重鎖は、10nMアンチセンスオリゴヌクレオチドおよ び105cpm32P標識センスオリゴヌクレオチドを含む30μLの反応緩衝液 [20mMトリス−HCl(pH7.5)、20mM KCl、10mM Mg Cl2、0.1mM DTT]中で調製された。反応液は90℃に5分間加熱さ れ、37℃で2時間インキュベートされた。オリゴヌクレオチド二重鎖は総タン パク質濃度で75μgの未精製細胞質抽出物、60μgの未精製核抽出物、5μ gのイオン交換精製細胞質分画、5μgのイオン交換精製核分画、または0.5 μgのイオン交換およびゲル濾過精製核分画の未精製および半精製細胞抽出物と インキュベートした。消化反応液は37℃で0−240分インキュベートした。 インキュベーション後、各々の反応液の10μLをとり、変性ゲル充填緩衝液[ 5μL 8M尿素、0.25%キシレン シアノールFF、0.25%ブロモフ ェノールブルー]の添加により反応を停止した。反応液は95℃に5分間加熱し 、12%変性ポリアクリルアミドゲルで分離した。残りの反応液は2μLの非変 性ゲル充填緩衝液[グリセロール、0.25%キシレン シアノールFF]で停 止した。反応液は10℃にて、44mMトリス−ホウ酸および1mM MgCl2 を含む12%非変性ポリアクリルアミドゲルで分離した。ゲルはMolecu lar Dynamics Phosphorimagerを用いて分析した。 図7は非変性ゲルの結果を示している。レーン1は未処理32P標識センス鎖が 非変性ゲル中で移動する位置を示しており、レーン2は0.02単位のRNas eV1で処理された”センス”鎖RNAを示している。残りのレーンでは、0. 02(レーン3)および0.002(レーン4)単位のRNaseV1で、未精 製核抽出物で0分(レーン5)または240分(レーン6)、未精製核抽出物で Mg++非存在下240分(レーン7)、未精製細胞質抽出物で240分(レーン 8)、イオン交換精製細胞質抽出物でMg++存在下(レーン9)または非存在下 (レーン10)、およびイオン交換/ゲル濾過精製細胞質抽出物でMg++存在下 (レーン9)または非存在下(レーン10)の、dsRNase基質を処理した 結果を示している。 図8は変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動によるdsRNase基質の消化 生成物の分析結果を示している。レーン1は5x10-3単位のRNaseAで処 理された”センス”鎖RNAを示しており、レーン2は0.02単位のRNas eV1で処理された”センス”鎖RNAを示している。残りのレーンは、0.0 2(レーン3)および0.002(レーン4)単位のRNaseV1で、未精製 核抽出物で0分(レーン5)または240分(レーン6)、未精製細胞質抽出物 で240分(レーン7)、イオン交換精製細胞質抽出物で240分(レーン8) 、およびイオン交換/ゲル濾過精製細胞質抽出物で240分(レーン9)、処理 されたdsRNase生成物を示している。レーン10は大きさを測るためのR NA塩基加水分解ラダーである。一本鎖基質のRNaseV1消化はほとんど分 解を起こさなかった(レーン2)。二重鎖のRNaseV1消化はギャップ内の いくつかの部位での切断を反映している分解を生じた(レーン3および4)。レ ーン4−9において、ゲルの一番上のバンドは、変性後でさえもいくつかの二重 鎖はアニール化されたまま残っていることを示しており、2’−メトキシヌクレ オシドから成る二重鎖の非常に強い親和性を反映している。レーン6−9は、核 および細胞質リボヌクレアーゼの両方が三重鎖基質をオリゴリボヌクレオチドギ ャップを持ついくつかの部位で切断したこと、および分解部位がRNaseV1 の部位と異なっていたことを示している。レーン6−9における分解物の位置は 、それらが2’−メトキシホスホロチオエート隣接領域(ウイング)であること と一致する。実施例29 RNAアフィニティーカラムおよびリボヌクレアーゼを精製する方法 核酸アフィニティーカラムを準備する技術は本分野では既知である(例えば、 Kadonaga,Methods in Enzymology,1991,208 ,10を参照されたい)。そのようなアフィニティーカラムは、非特異的 かまたは特異的様式で基質を結合する所望の化合物のための核酸基質を含むマト リックスから成っている。DNA結合タンパク質の精製において最初に利用され たRNAアフィニティーカラムがRNA結合タンパク質およびリボヌクレアーゼ を精製するためにも使用された(例えば、Prokipcak et al.,J.Biol.Chem .,1994,269,9261;Dake et a l.,J.Biol.Chem.,1988,263,7691を参照されたい )。本発明の一つまたはそれ以上のdsRNase基質を含むマトリックスは、 多くの組織および細胞で優勢である一本鎖リボヌクレアーゼの作用に抵抗するd sRNA基質を提供するという利点を持っている。そのようなマトリックスはま た、適した保持体および保持体とdsRNase基質間の架橋を提供するリンカ ーも含んでいる。 適した保持体には移植片ポリマー(BayerおよびRappによる米国特許 第4,908,405号);ポリアクリルアミドゲル(Fahy et al. ,Nucl.Acids Res.,1993,21,1819);ポリアクリ ルモルホライド、ポリスチレンおよび誘導体化ポリスチレン樹脂(Syvane net al.,Nucl.Acids Res.,1988,16,1132 7;Itakuraによる米国特許第4,373,071および4,401,7 96号),アミノメチルスチレン樹脂を含む(MillerおよびTs’Oによ る米国特許第4,507,433号);N−ビニルピロリドンおよび酢酸ビニル のコポリマー(Selinger et al.,Tetrahedron L etts .,1973,31,2911;Selinger et al., ie Makromolekulare Chemie ,1975,176,6 09;およびSelinger,Die Makromoleculare C hemie ,1975,176,1611);TEFLONTM(Lohrman n et al.,DNA,1984,,122;Duncan et al .,Anal.Biochem.,1988,169,104);制御孔ガラス (Ch ow et al.,Anal.Bioch.,1988,175,63) ;アガロース(Kadonaga,Methods Enzymol.,199 1,208,10;Arndt−Jovin et al.,Eur.J.Bi ochem .,1975,54,411;Wu et.al.,Science ,1987,238,1247;Blank et al.,Nucleic Acids Res .,1988,16,10283)またはセルロース(Go ldkorn et al.,Nucl.Acids Res.,1986, ,9171;Alberts et al.,Meth.Enzymol., 1971,21,198)またはそれらの誘導体、例えばDEAE−セルロース (Schott,J.Chromatogr.,1975,115,461)ま たはホスホセルロース(Siddell,Eur.J.Biochem.,19 78,92,621;Bunemann et al.,Nucl.Acids Res .,1982,10,7163;Noyes et al.,Cell ,1975,,301;Bunemann et al.,Nucl.Acid s Res .,1982,10,7181)のような多糖支持体;硫酸デキスト ラン(Gingeras et al.,Nucl.Acids Res.,1 987,15,5373);ポリプロピレン(Matson et al., nal.Biochem .,1994,217,306);アガロースビーズ( Kadonaga et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U .S.A .,1986,83,5889);ラテックス粒子(Kawaguch i et al.,Nucleic Acids Res.,1989,17, 6229);ナイロンビーズ(Van Ness et al.,Nucl.A cids Res .,1991,19,3345);常磁性ビーズ(Gabri elson et al.,Nucl.Acids Res.,1989,17 ,6253;Lund,et al.,Nucl.Acids Res.,19 88,16,10861;Day et al.,Biochem.J.,19 91,278,735);シリカゲル(Yashima et al.,J.C hromatogr .,1992,603,111);シリカゲルの誘導体形、 ポリテトラフルオロエチレン セルロースまたは金属オキサイド(Buendi aによる米国特 許第4,812,512号);および上記保持体の技術的に認識された均等物; マイクロタイタープレート(Drmanac et al.,Science, 1993,260,1649);米国特許第5,391,667号に記載されて いるようなN−ビニルピロリドン、他のN−ビニル−ラクタムモノマーおよび少 なくとも一つのアミンまたは機能的に置き換え可能なアミンの架橋コポリマーが 含まれるが、これらに制限されるわけではない。好適な態様の一つの組において は、ポリスチレンまたは長鎖アルキルCPG(制御孔ガラス)ビーズが用いられ る。好適な態様の他の組においては、顕微鏡ガラススライドが用いられる(Fo dor et al.,Science,1991,251,767;Mask os et al.,Nucleic Acids Research,199 2,20,1679;Guo et al.,1994,22,5456;Pe ase et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. ,1994,91,5022)。 リンカーに関しては、種々の化学連結基または鎖が本発明のマトリックスに用 いられるであろう。保持体およびdsRNase基質間に化学結合を形成できる 任意の化学基または鎖が使用できるであろう。適したリンカーはオリゴヌクレオ チド合成の種々の工程の間、化合物と反応性を示さないという望ましい特性を持 っている。保持体およびdsRNase基質の化学組成がリンカーの選択に影響 するであろうことを当業者は理解するであろう。多くの適したリンカーは片方ま たは両方の末端に一級アミン基を持っているであろうし、一級アミンを種々の他 の化学基へ結合するための多くの化学反応が本分野で知られている;しかしなが ら、他の末端反応性残基も知られており、本発明で使用されるであろう。適した リンカーには、保持体へジスルフィド結合を導入するための末端チオール基を持 つリンカー(Day et al.,Biochem.J.,1991,278 ,735;Zuckermann et al.,Nucl.Acids Re .,15,5305);保持体へチオール−ブロモアセチル結合を導入するた めの末端ブロモアセチル基を持つリンカー(Fahy et al.,Nucl .Aclds Res .,1993,21,1819);オリゴヌクレオチドの 活性化5’リン酸と反応できる末端アミノ基を持つリンカー(Takeda e t a l.,Tetrahedron Letts.,1983,24,245;Sm ith et al.,Nucl.Acids Res.,1985,13,2 399;Zarytova et al.,Anal.Biochem.,19 90,188,214);ポリ(エチレンイミン)(Van Ness et al.,Nucl.Acids Res.,1991,19,3345);アシ ル鎖(Akashi et al.,Chem.Lett.,1988,109 3;Yashima et al.,J.Chromatogr.,1992,603 ,111);ポリビニルアルコール(Schott,J.Chromat ogr .,1975,115,461);アルキル鎖(Goss et al. ,J.Chromatogr.,1990,508,279);アルキルアミン 鎖(Pon et al.,BioTechniques,1988,,76 8);ビオチン−アビジンまたはビオチン−ストレプトアビジン結合(Kash er et al.,Mol.Cell.Biol.,1986,,3117 ;Chodosh et.al.,Mol.Cell.Biol.,1986, ,4723;Fishell et al.,Methods Enzymo .,1990,184,328);および上記リンカーの技術的に認識された 均等物が含まれるが、これらに制限されるわけではない。本発明の好適な態様に おいて、n−アミノアルキル鎖がリンカーである。適切な(すなわち、センサー アレーおよび標的オリゴヌクレオチド間のハイブリダイゼーションの最適な程度 および特異性を提供する)リンカー長を決定する方法は本分野では既知である( 例えば、Day et al.,Biochem.J.,1991,278,7 35を参照されたい)。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) A61K 48/00 C12N 9/22 C12N 9/22 C12Q 1/68 Z 15/09 ZNA A61K 37/54 C12Q 1/68 C12N 15/00 ZNAA (81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE, DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,IT,L U,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF ,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE, SN,TD,TG),AP(GH,KE,LS,MW,S D,SZ,UG),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ ,MD,RU,TJ,TM),AL,AM,AT,AU ,AZ,BA,BB,BG,BR,BY,CA,CH, CN,CU,CZ,DE,DK,EE,ES,FI,G B,GE,GH,HU,IL,IS,JP,KE,KG ,KP,KR,KZ,LC,LK,LR,LS,LT, LU,LV,MD,MG,MK,MN,MW,MX,N O,NZ,PL,PT,RO,RU,SD,SE,SG ,SI,SK,TJ,TM,TR,TT,UA,UG, UZ,VN,YU

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1. あらかじめ選択されたRNA標的に特異的にハイブリダイズすることがで きる合成のオリゴマー性化合物であって、 あらかじめ選択されたRNA標的に対する前記化合物の結合親和性を、RNA標 的に対する修飾されていないオリゴリボヌクレオチドの結合親和性と比較して改 良するよう修飾された少なくとも1つのリボフラノシルヌクレオシドサブユニッ トを含む第1のセグメント;および 2’−ヒドロキシル成分をそこに有する少なくとも4個の連続するリボフラノシ ルヌクレオシドサブユニットを含む第2のセグメント; を含み、 前記オリゴマー性化合物の前記ヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル 結合と比較して前記結合を分解から安定化するように修飾されているヌクレオチ ド間結合により連結されていることを特徴とする、 合成のオリゴマー性化合物。 2. あらかじめ選択されたRNA標的に対する前記化合物の結合親和性を、R NA標的に対する修飾されていないオリゴリボヌクレオチドの結合親和性と比較 して改良するように修飾されている少なくとも1つのリボフラノシルヌクレオシ ドサブユニットを含む第3のセグメントをさらに含む、請求項1記載のオリゴマ ー性化合物。 3. 前記RNA標的にハイブリダイズしたときに、二本鎖RNAse酵素を活 性化して前記RNA標的を切断することができる、請求項1記載のオリゴマー性 化合物。 4. 前記第2のセグメントが前記第1のセグメントと前記第3のセグメントと の間に位置する、請求項2記載のオリゴマー性化合物。 5. 前記第1のセグメントおよび第3のセグメントがそれぞれ少なくとも3個 のサブユニットを含む、請求項2記載のオリゴマー性化合物。 6. 前記第2のセグメントが4−12個のヌクレオシドサブユニットを含む、 請求項2記載のオリゴマー性化合物。 7. 前記第2のセグメントが5−9個のヌクレオシドサブユニットを含む、請 求項6記載のオリゴマー性化合物。 8. 前記第2のセグメントが少なくとも5個のサブユニットを有し、前記第1 のセグメントおよび第3のセグメントがそれぞれ少なくとも3個のサブユニット を有する、請求項2記載のオリゴマー性化合物。 9. 前記第2のセグメントが少なくとも7個のヌクレオシドサブユニットを有 する、請求項8記載のオリゴマー性化合物。 10. あらかじめ選択されたRNA標的に特異的にハイブリダイズすることが できる合成のオリゴマー性化合物であって、修飾されていない化合物と比較して 、化合物の薬物動態学的結合、吸収、分布またはクリアランス特性;前記化合物 の前記標的RNAに対する親和性または特異性;または前記化合物の電荷の改変 、の少なくとも1つを改良するように修飾されている少なくとも1つのリボフラ ノシルヌクレオシドサブユニットを有する第1のセグメント;および 2’−ヒドロキシル成分をそこに有する少なくとも4個の連続するリボフラノシ ルヌクレオシドサブユニットを含む第2のセグメント; を含み、 前記オリゴマー性化合物の前記ヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル 結合と比較して前記結合を分解から安定化するように修飾されているヌクレオチ ド間結合により連結されていることを特徴とする、合成のオリゴマー性化合物。 11. 修飾されていない化合物と比較して、化合物の薬物動態学的結合、吸収 、分布またはクリアランス特性;前記化合物の前記標的RNAに対する親和性ま たは特異性;または前記化合物の電荷の改変、の少なくとも1つを改良するよう に修飾されている少なくとも1つのリボフラノシルヌクレオシドサブユニットを 含む第3のセグメントをさらに含む、請求項10記載のオリゴマー性化合物。 12. 前記RNA標的にハイブリダイズしたときに、二本鎖RNAse酵素を 活性化して前記RNA標的を切断しうる、請求項10記載のオリゴマー性化合物 。 13. 前記第2のセグメントが前記第1のセグメントと前記第3のセグメント との間に位置する、請求項11記載のオリゴマー性化合物。 14. 前記第1のセグメントおよび第3のセグメントがそれぞれ少なくとも3 個のサブユニットを含む、請求項11記載のオリゴマー性化合物。 15. 前記第2のセグメントが4−12個のヌクレオシドサブユニットを含む 、請求項11記載のオリゴマー性化合物。 16. 前記第2のセグメントが5−9個のヌクレオシドサブユニットを含む、 請求項15記載のオリゴマー性化合物。 17. 前記第2のセグメントが少なくとも5個のサブユニットを有し、かつ前 記第1のセグメントおよび第3のセグメントがそれぞれ少なくとも3個のサブユ ニットを有する、請求項11記載のオリゴマー性化合物。 18. 前記第2のセグメントが少なくとも7個のヌクレオシドサブユニットを 有する、請求項17記載のオリゴマー性化合物。 19. あらかじめ選択されたRNA標的に特異的にハイブリダイズしうる合成 のオリゴマー性化合物であって、 少なくとも1つの2’−O−C1-20アルキル、2’−O−置換C1-20アルキルま たは2’−フルオロ修飾リボフラノシルヌクレオシドサブユニットを有し、前記 アルキル上の置換が、アミノ、ヒドロキシまたはC1−?アルキルエーテル修飾 である第1のセグメント;および 2’−ヒドロキシル成分をそこに有する少なくとも4個の連続するリボフラノシ ルヌクレオシドサブユニットを含む第2のセグメント; を含み、 前記オリゴマー性化合物の前記ヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル 結合と比較して分解に対して安定なヌクレオチド間結合により連結されているこ とを特徴とするオリゴマー性化合物。 20. 少なくとも1つの2’−O−C1-20アルキル、2’−O−置換C1-20ア ルキルまたは2’−フルオロ修飾リボフラノシルヌクレオシドサブユニットを含 む第3のセグメントをさらに含み、ここで、前記アルキル上の置換がアミノ、ヒ ドロキシまたはC1-10アルキルエーテルである、請求項19記載のオリゴマー性 化合物。 21. 前記第2のセグメントが前記第1のセグメントと前記第3のセグメント との間に位置する、請求項20記載のオリゴマー性化合物。 22. 前記第1のセグメントおよび第3のセグメントがそれぞれ少なくとも3 個のサブユニットを含む、請求項20記載のオリゴマー性化合物。 23. 前記第2のセグメントが4−12個のヌクレオシドサブユニットを含む 、請求項20記載のオリゴマー性化合物。 24. 前記第2のセグメントが5−9個のヌクレオシドサブユニットを含む、 請求項20記載のオリゴマー性化合物。 25. 前記第2のセグメントが少なくとも5個のサブユニットを有し、および 前記第1のセグメントおよび第3のセグメントがそれぞれ少なくとも3個のサブ ユニットを有する、請求項20記載のオリゴマー性化合物。 26. 前記第2のセグメントが少なくとも7個のヌクレオシドサブユニットを 有する、請求項20記載のオリゴマー性化合物。 27. 前記RNA標的とハイブリダイズしたときに、二本鎖RNAse酵素を 活性化して前記RNA標的を切断しうる、請求項19記載のオリゴマー性化合物 。 28. 前記第1のセグメントおよび前記第3のセグメントの前記リボフラノシ ルヌクレオシドサブユニットがそれぞれ、2’−O−C1-20アルキル、2’−O −置換C1-20アルキルまたは2’−フルオロを有するように修飾されており、か つ前記アルキル上の置換がアミノ、ヒドロキシまたはC1-10アルキルエーテルで ある、請求項22記載のオリゴマー性化合物。 29. 前記ヌクレオシドサブユニットの少なくとも2つが、ホスホロチオエー ト、3’−デオキシ−3’−チオ−ホスホロチオエート、5’−デオキシ−5’ −チオ−ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレネート、3 ’−デオキシホスフィネート、5’−デオキシホスフィネート、ボラノホスフェ ート、3’−デオキシ−3’−アミノホスホルアミデート、5’−デオキシ−5 ’−アミノホスホルアミデート、水素ホスホネート、ボラノホスフェートエステ ル、ホスホルアミデート、アルキルホスホネート、アリールホスホネートまたは ホスホトリエステル結合により連結されている、請求項19記載のオリゴマー性 化合物。 30. 前記第1のセグメントのヌクレオシドサブユニットの各々が、ホスホロ チオエート、3’−デオキシ−3’−チオ−ホスホロチオエート、5’−デオキ シ−5’−チオ−ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレネ ート、3’−デオキシホスフィネート、5’−デオキシホスフィネート、ボラノ ホスフェート、3’−デオキシ−3’−アミノホスホルアミデート、5’−デオ キシ−5’−アミノホスホルアミデート、水素ホスホネート、ボラノホスフェー トエステル、ホスホルアミデート、アルキルホスホネート、アリールホスホネー トまたはホスホトリエステル結合により連結されている、請求項19記載のオリ ゴマー性化合物。 31. 前記第1のセグメントの前記ヌクレオシドサブユニットの各々がホスホ ロチオエート結合により連結されている、請求項19記載のオリゴマー性化合物 。 32. 前記第2のセグメントの前記ヌクレオシドサブユニットの各々がホスホ ロチオエート結合により連結されている、請求項19記載のオリゴマー性化合物 。 33. 前記第3のセグメントの前記ヌクレオシドサブユニットの各々が、ホス ホロチオエート、3’−デオキシ−3’−チオ−ホスホロチオエート、5’−デ オキシ−5’−チオ−ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセ レネート、3’−デオキシホスフィネート、5’−デオキシホスフィネート、ボ ラノホスフェート、3’−デオキシ−3’−アミノホスホルアミデート、5’− デオキシ−5’−アミノホスホルアミデート、水素ホスホネート、ボラノホスフ ェートエステル、ホスホルアミデート、アルキルホスホネート、アリールホスホ ネートまたはホスホトリエステル結合により連結されている、請求項20記載の オリゴマー性化合物。 34. 前記第3のセグメントの前記ヌクレオシドサブユニットの各々がホスホ ロチオエート結合により連結されている、請求項20記載のオリゴマー性化合物 。 35. 前記第1のサブユニット、前記第2のサブユニットおよび前記第3のサ ブユニットの前記ヌクレオシドサブユニットがそれぞれ、ホスホロチオエート結 合により連結されている、請求項20記載のオリゴマー性化合物。 36. 前記第1のセグメントのヌクレオシドサブユニットの各々が、カーボネ ート、カルバメート、シリル、イオウ、スルホネート、スルホンアミド、ホルム アセタール、チオホルムアセタール、オキシム、メチレンイミノ、メチレンメチ ルイミノ、メチレンヒドラゾ、メチレンジメチルヒドラゾ、メチレンオキシメチ ルイミノまたはメチレンカルボニルアミノ結合により連結されている、請求項1 9記載のオリゴマー性化合物。 37. 前記第3のセグメントのヌクレオシドサブユニットの各々が、カーボネ ート、カルバメート、シリル、イオウ、スルホネート、スルホンアミド、ホルム アセタール、チオホルムアセタール、オキシム、メチレンイミノ、メチレンメチ ルイミノ、メチレンヒドラゾ、メチレンジメチルヒドラゾ、メチレンオキシメチ ルイミノまたはメチレンカルボニルアミノ結合により連結されている、請求項2 0記載のオリゴマー性化合物。 38. 配列中に少なくとも12個のリボフラノシルヌクレオシドを含み、あら かじめ選択されたRNAに特異的にハイブリダイズしうる合成のオリゴマー性化 合物であって; 前記ヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル結合と比較して分解に対し てより安定なヌクレオチド間結合により連結されており; 前記化合物はギャップ部分が間に入った2つのウイング部分を有し; ウイング部分はそれぞれ少なくとも1つの修飾ヌクレオシドサブユニットを含み 、前記修飾ヌクレオシドサブユニットは、修飾されていない化合物と比較して、 化合物の薬物動態学的結合、吸収、分布またはクリアランス特性;前記化合物の 前記標的RNAに対する親和性または特異性;または前記化合物の電荷の改変、 の少なくとも1つを改良するように修飾されており、 前記ギャップ部分は、少なくとも4個の連続するリボヌクレオシドサブユニット を有する、 ことを特徴とする化合物。 39. 前記ギャップ部分が少なくとも5個の連続するリボヌクレオシドサブユ ニットを有する、請求項38記載のオリゴマー性化合物。 40. 複数の2’−O−アルキルヌクレオシドサブユニットを有する第1のセ グメント; 少なくとも4個の連続する2’−ヒドロキシルリボヌクレオシドサブユニットを 有する第2のセグメント;および 複数の2’−O−アルキルヌクレオシドサブユニットを有する第3のセグメン ト; を順に含み、オリゴマーのヌクレオシドサブユニットはホスホロチオエートヌク レオチド間結合により連結されている、合成のオリゴマー性化合物。 41. 前記第2のセグメントが少なくとも5個の連続する2’−ヒドロキシル リボヌクレオチドサブユニットを有する、請求項40記載のオリゴマー性化合物 。 42. 前記オリゴマーがあらかじめ選択されたRNAに特異的にハイブリダイ ズしうる、請求項40記載のオリゴマー性化合物。 43. あらかじめ選択されたRNAを特異的に切断する方法であって、 前記RNAを、少なくとも12個のリボフラノシルヌクレオシドサブユニットを 前記あらかじめ選択されたRNAと特異的にハイブリダイズしうる配列で含むオ リゴマー性化合物と接触させることを含み、 前記ヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル結合と比較して分解に対し てより安定なヌクレオチド間結合により連結されており; 前記化合物は、少なくとも1つの修飾ヌクレオシドサブユニットを含む少なくと も1つのセグメントを有し、前記修飾ヌクレオシドサブユニットは、修飾されて いない化合物と比較して、化合物の薬物動態学的結合、吸収、分布またはクリア ランス特性;前記化合物の前記標的RNAに対する親和性または特異性;または 前記化合物の電荷の改変、の少なくとも1つを改良するように修飾されており; 前記化合物は、少なくとも4個の連続する2’−ヒドロキシルリボヌクレオシド サブユニットを有するさらなるセグメントを有する、 ことを特徴とする方法。 44. 前記さらなるセグメントが少なくとも5個の連続するリボヌクレオシド サブユニットを有する、請求項43記載の方法。 45. 蛋白質の望ましくない産生により特徴づけられる疾患を有する生物を治 療する方法であって、 生物を、リボ核酸の相補鎖と特異的にハイブリダイズしうるヌクレオシドサブユ ニットの配列を有する本発明のオリゴマー性化合物と接触させることを含み、ヌ クレオシドサブユニットの少なくとも1つは、修飾されていない化合物と比較し て、化合物の薬物動態学的結合、吸収、分布またはクリアランス特性;前記標 的RNAに対する前記化合物の親和性または特異性;または前記化合物の電荷の 改変、の少なくとも1つを改良するように修飾されており、 複数のヌクレオシドサブユニットは連続する配列中に位置しており、かつ2’− ヒドロキシル−ペントフラノシル糖成分を有する、 ことを特徴とする方法。 46. 薬学的に有効な量のオリゴマー性化合物を薬学的に許容しうる希釈剤ま たは担体中に含む組成物であって、前記オリゴマー性化合物は、RNAの相補鎖 と特異的にハイブリダイズしうるヌクレオシドサブユニットの配列を含み、オリ ゴマー性化合物の複数のヌクレオシドサブユニットは、修飾されていない化合物 と比較して、化合物の薬物動態学的結合、吸収、分布またはクリアランス特性; 前記標的RNAに対する前記化合物の親和性または特異性;または前記化合物の 電荷の改変、の少なくとも1つを改良するように修飾されており; さらなる複数のヌクレオシドサブユニットが2’−ヒドロキシル−ペントフラノ シル糖成分を有する、 ことを特徴とする組成物。 47. 配列特異的標的RNAのインビトロ修飾の方法であって、dsRNas e酵素および前記標的RNAを含む試験溶液を、前記標的RNAに特異的にハイ ブリダイズしうるヌクレオシドサブユニットの配列を有するオリゴマー性化合物 と接触させることを含み、 ここでヌクレオシドサブユニットの少なくとも1つは、前記化合物の前記標的R NAに対する親和性または特異性を改良するように修飾されており;および 複数のヌクレオシドサブユニットは2’−ヒドロキシル−ペントフラノシル糖成 分を有する、 ことを特徴とする方法。 48. 生物においてハイブリダイゼーションおよびdsRNase酵素活性化 を同時に促進する方法であって、生物を、標的RNAの相補鎖と特異的にハイブ リダイズしうるヌクレオシドサブユニットの配列を有するオリゴマー性化合物と 接触させることを含み、 ここで、ヌクレオシドサブユニットの少なくとも1つは、修飾されていない化合 物と比較して、化合物の薬物動態学的結合、吸収、分布またはクリアランス特性 ;前記化合物の前記標的RNAに対する親和性または特異性;または前記化合物 の電荷の改変;の少なくとも1つを改良するように修飾されており、 複数のヌクレオシドサブユニットは2’−ヒドロキシ−ペントフラノシル糖成分 を有することを特徴とする方法。 49. あらかじめ選択されたRNA標的と特異的にハイブリダイズしうる合成 のオリゴマー性化合物であって; 少なくとも1つの代用物ヌクレオシドサブユニットを有する第1のセグメント; 連続する配列中に位置する少なくとも4個のリボフラノシルヌクレオシドサブユ ニットを含み、かつ2’−ヒドロキシル成分をそこに有する第2のセグメント; を含み、 前記オリゴマー性化合物の前記ヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル 結合と比較して分解に対して安定なヌクレオチド間結合により連結されているこ とを特徴とする化合物。 50. 前記ヌクレオシドサブユニット代用物がペプチド核酸サブユニットであ る、請求項49記載のオリゴマー性化合物。 51. 前記ヌクレオシドサブユニット代用物がモルホリノヌクレオシドサブユ ニットである、請求項49記載のオリゴマー性化合物。 52. 前記ヌクレオシド代用物がシクロブチルヌクレオシドである、請求項4 9記載のオリゴマー性化合物。 53. 前記ヌクレオシド代用物がピロリジンヌクレオシドである、請求項49 記載のオリゴマー性化合物。 54. あらかじめ選択されたRNA標的と特異的にハイブリダイズしうる合成 のオリゴマー性化合物であって、 少なくとも2つのヌクレオシドサブユニットを含む第1のセグメント;前記第1 のセグメントの前記ヌクレオシドサブユニットは、非リンヌクレオチド間結合に より連結されており;および 2’−ヒドロキシル成分をそこに有する少なくとも4個の連続するリボフラノシ ルヌクレオシドサブユニットを含む第2のセグメント;前記第2のセグメントの 前記ヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル結合と比較して分解に対し て安定であるヌクレオチド間結合により連結されている、 を含む化合物。 55. 前記非リン結合が、カーボネート、カルバメート、シリル、イオウ、ス ルホネート、スルホンアミド、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、オキ シム、メチレンイミノ、メチレンメチルイミノ、メチレン−ヒドラゾ、メチレン ジメチルヒドラゾ、メチレンオキシメチルイミノまたはメチレンカルボニルアミ ノヌクレオチド間結合である、請求項54記載のオリゴマー性化合物。 56. 前記非リンヌクレオチド間結合が、ホルムアセタール、チオホルムアセ タール、メチレンメチルイミノ、メチレンジメチルヒドラゾ、メチレンオキシメ チルイミノまたはメチレンカルボニルアミノヌクレオチド間結合である、請求項 54記載のオリゴマー性化合物。 57. 前記第2のセグメントの前記ヌクレオシドサブユニットがホスホロチオ エートヌクレオチド間結合により連結されている、請求項54記載のオリゴマー 性化合物。 58. あらかじめ選択されたRNA標的に特異的にハイブリダイズしうる合成 のオリゴマー性化合物であって、 少なくとも3個のヌクレオシドサブユニットを含む第1のセグメント;前記第1 のセグメントの前記ヌクレオシドサブユニットは、交互のリンおよび非リンヌク レオチド間結合により連結されており;および 2’−ヒドロキシル成分をそこに有する少なくとも4個の連続するリボフラノシ ルヌクレオシドサブユニットを含む第2のセグメント;前記第2のセグメントの 前記ヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル結合と比較して分解に対し てより安定なヌクレオチド間結合により連結されている、 を含む化合物。 59. 前記非リン結合が、カーボネート、カルバメート、シリル、イオウ、ス ルホネート、スルホンアミド、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、オキ シム、メチレンイミノ、メチレンメチルイミノ、メチレンヒドラゾ、メチレンジ メチルヒドラゾ、メチレンオキシメチルイミノまたはメチレンカルボニルアミノ ヌクレオチド間結合である、請求項58記載のオリゴマー性化合物。 60. 前記非リンヌクレオチド間結合が、ホルムアセタール、チオホルムアセ タール、メチレンメチルイミノ、メチレンジメチルヒドラゾ、メチレンオキシメ チルイミノまたはメチレンカルボニルアミノヌクレオチド間結合である、請求項 58記載のオリゴマー性化合物。 61. 前記第2のセグメントの前記ヌクレオシドサブユニットが、ホスホロチ オエートヌクレオチド間結合により連結されている、請求項58記載のオリゴマ ー性化合物。 62. あらかじめ選択されたRNA標的に特異的にハイブリダイズしうる合成 のオリゴマー性化合物であって; 少なくとも2つのヌクレオシドサブユニットを含む第1のセグメント;前記第1 のセグメントの前記ヌクレオシドサブユニットは、3’−デオキシ−3’−チオ −ホスホロチオエート、5’−デオキシ−5’−チオ−ホスホロチオエート、ホ スホロジチオエート、ホスホロセレネート、3’−デオキシホスフィネート、5 ’−デオキシホスフィネート、ボラノホスフェート、3’−デオキシ−3’−ア ミノホスホルアミデート、5’−デオキシ−5’−アミノホスホルアミデート、 水素ホスホネート、ボラノホスフェートエステル、ホスホルアミデート、アルキ ルホスホネート、アリールホスホネートまたはホスホトリエステルホスフェート 結合により連結されており;および 2’−ヒドロキシル成分をそこに有する少なくとも4個の連続するリボフラノシ ルヌクレオシドサブユニットを含む第2のセグメント;前記第2のセグメントの 前記ヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル結合と比較して分解に対し てより安定であるヌクレオチド間結合により連結されている、 を含む化合物。 63. 少なくとも2つのヌクレオシドサブユニットの第3のセグメントを含み 、前記第3のセグメントの前記ヌクレオシドサブユニットが、3’−デオキシ− 3’−チオ−ホスホロチオエート、5’−デオキシ−5’−チオ−ホスホロチオ エート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレネート、3’−デオキシホスフィ ネート、5’−デオキシホスフィネート、ボラノホスフェート、3’−デオキシ −3’ −アミノホスホルアミデート、5’−デオキシ−5’−アミノホスホルアミデー ト、水素ホスホネート、ボラノホスフェートエステル、ホスホルアミデート、ア ルキルホスホネート、アリールホスホネートまたはホスホトリエステルホスフェ ート結合により連結されている、請求項62記載のオリゴマー性化合物。 64. 前記第1のセグメントおよび第3のセグメントの前記ヌクレオシドサブ ユニットが、ホスホロジチオエート、ホスホロセレネート、3’−デオキシホス フィネート、3’−デオキシ−3’−アミノホスホルアミデート、ホスホルアミ デート、アルキルホスホネート、アリールホスホネートまたはホスホトリエステ ルホスフェート結合により連結されている、請求項62記載のオリゴマー性化合 物。 65. あらかじめ選択されたRNA標的に特異的にハイブリダイズしうる合成 のオリゴマー性化合物であって、 DNAまたはRNA主要構築ブロックヌクレオシドではない少なくとも1つのリ ボフラノシルヌクレオシドサブユニットを有する第1のセグメント; 2’−ヒドロキシル成分をそこに有する少なくとも4個の連続するリボフラノシ ルヌクレオシドサブユニットを含む第2のセグメント; を含み、 前記オリゴマー性化合物の前記ヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル 結合と比較して前記結合を分解から安定化するように修飾されたヌクレオチド間 結合により連結されている、ことを特徴とする化合物。 66. 前記第1のセグメントヌクレオシドサブユニットが、キサンチン、ヒポ キサンチン、2−アミノアデニン、アデニンおよびグアニンの6−アルキル誘導 体、アデニンおよびグアニンの2−アルキル誘導体、アデニンおよびグアニンの 7−アルキル誘導体、5−ハロウラシルおよびシトシン、5−プロピニルウラシ ルおよびシトシン、6−アゾウラシル、シトシンおよびチミン、5−ウラシル( シュードウラシル)、4−チオウラシル、2−チオウラシルおよびシトシン、8 −ハロ、アミノ、チオール、チオアルキル、ヒドロキシルアデニンおよびグアニ ン、および5−トリフルオロメチルウラシルおよびシトシンをその複素環塩基と して有するヌクレオシドから選択される、請求項65記載の化合物。 67. あらかじめ選択されたRNA標的と特異的にハイブリダイズすることが でき、 アデノシン、2’−デオキシアデノシン、グアノシン、2’−デオキシグアノシ ン、シチジン、2’−デオキシシチジン、ウリジンおよび2’−デオキシチミジ ンからなるヌクレオシド群を除く少なくとも1つのリボフラノシルヌクレオシド サブユニットを有する第1のセグメント; 2’−ヒドロキシル成分をそこに有する少なくとも4個の連続するリボフラノシ ルヌクレオシドサブユニットを含む第2のセグメント; を含む合成のオリゴマー性化合物であって、 前記オリゴマー性化合物の前記ヌクレオシドサブユニットは、ホスホジエステル 結合と比較して前記結合を分解から安定化するように修飾されているヌクレオチ ド間結合により連結されていることを特徴とするオリゴマー性化合物。 68. 二本鎖基質の分解を触媒する活性を有する哺乳動物リボヌクレアーゼで あって、前記基質の前記鎖の一方はmRNAであり、および前記基質の前記鎖の 他方は、複数の2’修飾ヌクレオシドサブユニットを含む第1のセグメントおよ び2’−ヒドロキシル成分をそこに有する少なくとも4個の連続するリボフラノ シルヌクレオシドサブユニットを含む第2のセグメントを順に有する化合物を含 むことを特徴とするリボヌクレアーゼ。 69. 前記化合物の前記サブユニットが、ホスホロチオエートヌクレオチド間 結合またはホスホジエステルヌクレオチド間結合により連結されている、請求項 68記載の哺乳動物リボヌクレアーゼ。 70. 前記化合物の前記第1のセグメントの前記サブユニットが、ホスホロチ オエートヌクレオチド間結合により連結されている、請求項68記載の哺乳動物 リボヌクレアーゼ。 71. 前記化合物の前記第2のセグメントの前記サブユニットが、ホスホジエ ステルヌクレオチド間結合により連結されている、請求項70記載の哺乳動物ボ ヌクレアーゼ。 72. 前記化合物の前記第2のセグメントの前記サブユニットが、ホスホロチ オエートヌクレオチド間結合により連結されている、請求項70記載の哺乳動物 リボヌクレアーゼ。 73. 前記化合物の前記第1のセグメントの前記サブユニットが、2’−O− アルキルヌクレオシドサブユニットである、請求項68記載の哺乳動物リボヌク レアーゼ。 74. (A) 前記活性はNaClにより阻害され; (B) 前記活性はMg++を必要とし;および (D) 前記哺乳動物リボヌクレアーゼは、SDS−PAGEにより決定して約 50から約80キロダルトンの見かけの分子量を有する、 請求項68記載の哺乳動物リボヌクレアーゼ。 75. 前記リボヌクレアーゼが核から単離される、請求項68記載の哺乳動物 リボヌクレアーゼ。 76. 前記リボヌクレアーゼが細胞質から単離される、請求項68記載の哺乳 動物リボヌクレアーゼ。 77. 前記リボヌクレアーゼがヒト細胞または組織から単離しうる、請求項6 8記載の哺乳動物蛋白質。 78. 第1のオリゴヌクレオチドおよび第2のオリゴヌクレオチドのデュープ レックスを含む二本鎖RNA基質であって、 (A) 前記第1のオリゴヌクレオチドおよび前記第2のオリゴヌクレオチドは それぞれホスホジエステル結合を有する少なくとも4個の連続するリボフラノシ ル残基を有する中心部分を有し、 ここで前記中心部分は、前記デュープレックス中で互いに塩基対を形成しており ; (B) 前記第1のオリゴヌクレオチドおよび前記第2のオリゴヌクレオチドの 少なくとも1つは、一本鎖ヌクレアーゼに対してそれらを耐性にする化学修飾を 有する、前記中心部分に隣接する部分を有する ことを特徴とする基質。 79. 第1のオリゴヌクレオチドおよび第2のオリゴヌクレオチドのデュープ レックスを含む二本鎖RNA基質であって、 (A) 前記第1のオリゴヌクレオチドおよび前記第2のオリゴヌクレオチドは それぞれホスホジエステル結合を有する少なくとも4個の連続するリボフラノシ ル残基を有する中心部分を有し、ここで前記中心部分は前記デュープレックス中 において互いに塩基対を形成しており; (B) 前記第1のオリゴヌクレオチドおよび前記第2のオリゴヌクレオチドの 少なくとも1つは、一本鎖ヌクレアーゼに対してそれらを耐性にし、かつデュー プレックスの他方のオリゴヌクレオチドに対するそれらの親和性を増加させる化 学修飾を有する、前記中心部分に隣接する部分を有する ことを特徴とする基質。 80. 前記化学修飾がホスホロチオエート結合または2’−メトキシ修飾であ る、請求項78記載の二本鎖RNA基質。 81. 請求項78記載のdsRNA基質を含む親和性マトリックス。 82. リボヌクレアーゼまたは非分解性RNA結合蛋白質を精製する方法であ って、前記リボヌクレアーゼまたは非分解性RNA結合蛋白質を含む試料を請求 項81記載の親和性マトリックスと接触させることを含む方法。 83. ホスホロチオエートヌクレオチド間結合により連結されている複数の2 ’−O−アルキルヌクレオシドサブユニットを有する第1のセグメント;および ホスホロチオエートヌクレオチド間結合またはホスホジエステルヌクレオチド間 結合により連結されている少なくとも4個の連続する2’−ヒドロキシルリボヌ クレオシドサブユニットを有する第2のセグメント を順に含む、合成のオリゴマー性化合物。 84. ホスホロチオエートヌクレオチド間結合により連結されている複数の2 ’−O−アルキルヌクレオシドサブユニットを有する第3のセグメントをさらに 含み、前記第2のセグメントは、前記オリゴマー性化合物中で前記第1のセグメ ントと前記第3のセグメントとの間に位置している、請求項83記載の化合物。 85. 前記第2のセグメントがホスホジエステルヌクレオチド間結合を有する 、請求項83記載の化合物。 86. 前記第2のセグメントがホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有す る、請求項83記載の化合物。 87. ホスホロチオエートヌクレオチド間結合により連結されている複数の2 ’−O−アルキルヌクレオシドサブユニットを有する第1のセグメント; ホスホロチオエートヌクレオチド間結合またはホスホジエステルヌクレオチド間 結合により連結されている少なくとも4個の連続する2’−ヒドロキシルリボヌ クレオシドサブユニットを有する第2のセグメント;および ホスホロチオエートヌクレオチド間結合により連結されている複数の2’−O− アルキルヌクレオシドサブユニットを有する第3のセグメント を順に含む、合成のオリゴマー性化合物 88. 前記第2のセグメントがホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有す る、請求項87記載の化合物。 89. 前記mRMAによりコードされる蛋白質の望ましくない産生により特徴 づけられる疾患を有する生物を治療するための、請求項68記載の前記リボヌク レアーゼの使用。 90. 前記mRNAまたは前記mRNAによりコードされる蛋白質の1つを同 定するための、請求項68記載の前記リボヌクレアーゼの使用。 91. 生物において、前記mRNAによりコードされる蛋白質に関連する異常 な状態を診断するための、請求項68記載の前記リボヌクレアーゼの使用。 92. 二本鎖基質の分解を触媒する活性を有する哺乳動物リボヌクレアーゼで あって、前記基質の前記鎖の一方がmRNAであり、かつ前記鎖の他方が請求項 1記載の化合物を含むことを特徴とするリボヌクレアーゼ。 93. 前記オリゴヌクレオチドの1つが配列番号8のヌクレオチド配列を有す る、請求項78記載の二本鎖RNA基質。
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