JPS638396A - ポリ標識化オリゴヌクレオチド誘導体 - Google Patents

ポリ標識化オリゴヌクレオチド誘導体

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JPS638396A
JPS638396A JP61153343A JP15334386A JPS638396A JP S638396 A JPS638396 A JP S638396A JP 61153343 A JP61153343 A JP 61153343A JP 15334386 A JP15334386 A JP 15334386A JP S638396 A JPS638396 A JP S638396A
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JP
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compound
oligonucleotide
lys
polylysine
reaction
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Application number
JP61153343A
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English (en)
Inventor
Akio Yamane
明男 山根
Tatsuro Kawazoe
川副 達朗
Noriko Tsukumo
九十九 紀子
Kenichi Miyoshi
健一 三好
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Wakunaga Pharmaceutical Co Ltd
Original Assignee
Wakunaga Pharmaceutical Co Ltd
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Publication date
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 〔発明の背景〕 技術分野 本発明は、ハイプリダイゼーシ四ン用プローブとして有
用なオリゴヌクレオチド林導体に関する。
さらに具体的には、本発明は、51−末端ある(・は3
1−末端延長上に標識物質を複数導入してなるオリゴヌ
クレオチド誘導体に関するものである。
先行技術 近年、遺伝子工学の技術分野の著しく・発展に伴も・、
種々の技術が確立され、他の分野へも応用されつつある
。例えば、ハイブリダイゼーション法(B、p、 Ha
mesおよびS、J、 Hlggins : N0OT
JIOACID ayBRxDxzAT工oN(IRL
 PRESB (198!5) ) ]は、遺伝子のク
ローニングはもとより、医学の分野、特に、遺伝子病の
診断に応用されつつある。
一方、本発明者らは、上記ハイブリダイゼーション法に
も使用可能なオリゴヌクレオチド誘導体を開発し、既に
提案もして(・る〔特開昭59−148798号公報(
以下、先行発明■という)および特開昭59−2042
00号公報(以下、先行発明■と(・う)〕。
先行発明■はヌクレオチドの51−末端リン酸延長上に
ビオチンを、先行発明■は同じ<2.4−ジニトロフェ
ニル(DNP)基を導入したオリゴヌクレオチド誘導体
である。そして、これら誘導体は従来のハイプリダイゼ
ータ9ン用プローブと比べ以下のような利点を有して(
・た。
イ、ヌクレオチドの塩基部分にビオチンまたはDNP基
を含有しないので融解温度(1゛m値)K変化を生じる
ことがなくて安定である。
口、いかなる塩基配列をもつビオチンまたはDNPNオ
ーゴヌクレオチドも合成可能である。
ハ、グローブとして短翅オリゴマーで十分である。
二、合成が非常に簡単であって、大量合成が可能である
ホ、ブライマー(鋳型台底の際のDNA断片)としても
利用できる。
従って、これらは、ハイブリダイゼーション用プローブ
として、また遺伝子病の診断用プローブとして、使用し
うるものである。
しかしながら、上記オリゴヌクレオチド誘導体を遺伝子
病の診断に応用する場合、その検出感度が問題となって
(・た。
〔発明の概要〕
要旨 本発明は、上記の点に解決を与えることを目的とし、オ
リゴヌクレオチドの51−末端または31−末端(・ず
れか一方もしくは(・ずれ釦も標識化されたリジンを導
入した化合物を調製し、この化合物を提供することによ
り本目的を達成しようとするものである。
従って、本発明によるポリ標識化オリゴヌクレオチド誘
導体は、下式〔I〕で示されるもの、である。
ここで、R1およびR2は、(・ずれか一方が下記(n
lで示される基であって他方が水素原子またはリン酸残
基であるか、あろ(・はいずれも下記(Tllで示され
る基である。nは任意の自然敬であり、Bはヌクレオチ
ドをP4成する塩基である。
Ya(Lys)b−NH−R3−X −P −・”−・
[II]e ただし、aおよびbは任意の自然数であって1)+1≧
乙 の関係にあるものであり R3は二価の直鎖または
分岐鎖の炭化水素残基であり、Xは酸素原子またはイミ
ノ基を示すものであり、Lysはリジン残基を示し、Y
はLysに共有結合で結合した標シ物質である。
効果 本発明の化合物は、先月発明■および先願発明■の利点
を有し、かつ、これらの化合物よりも一層検出感度がよ
い。すなわち、この化合物は下記のような利点を有する
ところから、ハイプリダイ−ゼーション用プローブとし
て有用である。
イ、ヌクレオチドの塩基部分に標識抱負を含有していな
いので、融解温flf (Tm値)に資化を生じろたと
がほとんどなく、安定である。
口、(・かなる塩基配列をもつポリ襟詩化オリゴヌクレ
オチドも合成可能である。
ハ、合成が容易であり、大索合成が可能である。
二、複数の標識物質が結合しているので検出感度がよい
ホ、Sanger法(Proc、Natl、 Acod
、 Sci、 [ISA。
74.5463 (1977) ]によるDNAの塩基
配列決定のために必要なプライマー(DNAに相補的な
断片)として使用することができる。
〔発明の詳細な説明〕 ポリ槙識化オリゴヌクレオチド誘導体〔丁〕本発明によ
るオリゴヌクレオチド誘導体は、前記式〔1〕で示され
るものである。
式中、Bはヌクレオチドを構成する塩基を示し、通常は
アデニン(A)、チミン(T)、シトシン(0)または
グアニン(G)である。化合物〔■〕中にBが複数個存
在するときは、それらは同一でも異なってもよい。また
、Bは、これらの塩基そのものである場合の外に、アシ
ル化されたものであってもよ(・。ヌクレオシドないし
ヌクレオチドの塩基部nは任意の自然数であって、本発
明の化合物の重合度を示している。本発明の化合物を)
・イブリダイゼーシ四ン用プローブとして使用する場合
のnは、実用的には6〜200、好ましくは】O〜60
、さらに好ましくは15〜40、程度である。
基R1およびR2はいずれも本発明ヌクレオチドのそれ
ぞれ51−および31−水酸基の置換基であって、R1
およびR2のいずれかが式[11]で示される置換基で
ある場合は他方は水素原子またはリン酸残基であり、そ
うでない場合はいずれもが式[1]で示される置換基で
ある。式[111で示される置換基中、基Xは、酸素原
子(0)またはイミノ基(−NH−)を示す。また、基
R3は、リン酸部分とポリリジン部分とを連結する二価
の直鎖または分岐鎖の炭化水素残基である。この炭化水
素残基の炭素数は2〜20程度の直鎖または分岐鎖のア
ルキレン基であることが好ましく、より好ましくは炭素
数2〜6のアルキレン基である。LY8は、アミノ酸リ
ジンの残基な示し、bはその重合度であって、任意の自
然数である。この場合のbは、実用的には1〜50、好
ましくは1〜20、さらに好ましくは1〜10、である
。特に好ましい(Lys)5は、bが2以上のものであ
る。本発明明細書中でこの基をポリリジンと呼ぶことが
ある所以である。
基Yは標識物質であり、aはその数を示す。この場合の
aは任意の自然数であって、実用的には2〜50、好ま
しくは2〜2】、さらに好ましくは2〜11、である。
ただし、aとbとは常にb+1≧aの関係にある。
ここで標識物質とは、本発明の化合物を用いてハイブリ
ダイゼーシヨンを行ったのちに、ノーイプリダイズした
化合物を検出し得るような化合物であって、しかもポリ
リジン残基のアミン基を介して結合しうる基を生得的な
ものとしであるいは導入したものとして有するもの(た
とえば、カルボキシル基を有していて、ポリリジン残基
のアミノ基とアミド結合を形成して結合しうるもの)で
あればよい。例えば、ピオチど、2,4−ジニトロフ工
=i+4、フルオレセインおよびその誘導体〔例えば、
フルオレセインインチオシアネー) (FITC)]、
ローダミンおよびその誘導体[例えば、テトラメキサス
レット〕、チ宣フルオロ−7−ニトロベンゾフラン(N
BDP)  およびダンシルなどの蛍光物質あるいは化
学発光物質などがある。
化合物〔I〕、すなわち本発明によるポリ標識化オリゴ
ヌクレオチド誘導体は、その基本骨格の形成および(ま
たは)置換基の導入に関して合目的的な頴序ないし態様
によって合成することができる。一つの好ましい合成法
は、本発明者らが先に提案したアミノアルキル化オリゴ
ヌクレオチドを合成(特開昭59−93098号、同5
9−93099号、同59−93100号、同60−]
66694号、同60−166695号各公報)したの
ち、この化合物にボIJ IJレジン導入し、さらにこ
の導入されたボIJ IJレジン標識物質で標識するか
、あるいは前記アミノアルキル化オリゴヌクレオチドと
、予め標識物質でeE=2.されたポリリジンとを結合
することにより得ろことができる。
この好ましい合成法の具体的内容は、下記の通りである
(])アミノアルキル化オリゴヌクレオチドの合成この
化合物は、本発明者らが先に提案した方法(上記公開公
報参照)に従って効率よくしかも容易に合成することが
できる。
(2)ポリリジンの導入 アミノアルキル化オリゴヌクレオチドへのポリリジンの
導入は、トリフルオロアセチル(Tfa) 基で保画さ
れたリジンの活性エステルを順次反応させることにより
行うことができる(詳細は後記実施例を参照されたい)
。また、予めリジンに標識物質を導入して標識化リジン
を合成しておき、これを順次連結してポリ標識化リジン
としたのち、上記オリゴヌクレオチドに導入してもよい
リジンと標識物質との結合は、導入する標識物質により
異る。例えば、標識物質がビオチンの場合は、ビオチン
のカルボキシ基とリジンのアミン基との間の脱水による
アミド結合の形成を実現することのできる任意の方法に
よって行うことができる。
ポリリジンのアミン基とビオチンとの結合を行わせる一
つの好ましく・方法は、ポリリジンのアミノ基とビオチ
ン活性エステルとの反応によることからなるものである
。ビオチン活性エステルが好ましいのは、一般に、オリ
ゴヌクレオチドの塩基部分のアミノ基とは反応しな(・
で51−水酸基末端延長上のボIJ リジンのアミノ基
とのみ選択的に反応し、しかも反応操作が簡便だからで
ある。「ビオチン活性エステル」とは他の官能基(通常
アミ7基)と反応しやす(・エステル結合を持つビオチ
ン誘導体を意味し、具体的にはスクシンイミド−、バラ
ニトロフェニル−、ペンシトリアゾリド−12,4,5
−)IJジクロロェニル−エステル等がある。前二者が
好ましく・。
ポリリジンのアミン基とビオチンとの結合を行わせる他
の好ましい方法の一つは、両者の結合を縮合剤の存在下
に行うことからなるものである。
縮合剤として適当なものの例を挙げれば、ジシΦ クロヘキシカルボジイミド、カルボニルイミダンール、
ウッドワード試薬”K″等がある。ジシクロへキシルカ
ルボジイミドが好ましい。
いずれの方法による場合にも、反応方法は合目的的な任
意のものでありうる。所与の反応系に対する具体的な反
応方法は、特開昭59−148798号公報、後記果験
例および各種の放置、たとえば、「ペプチド合成」(丸
善1975年)および「タンパク質の化学IN (19
77年)を参照して適当に定めればよい。
標識物質がDNPの場合は、ボIJ IJリシン2,4
−ジニトロベンゼンを結合させることになる。
両者の結合は、2.4−ジニトロベンゼンの1−位とポ
リリジンのアミノ基との間のC−N結合の形成を実現す
ることのできる任意の方法によって行うことができる。
両者の結合は、一般に、前者の誘導体、すなわちDNP
 −X (Xは1−置換基)とアミノ基との間の脱H−
X縮合によることがふつうである。Xとしては、ハロゲ
ンが好ましい。Xがハロゲンである誘導体、すなわちJ
−ハロゲノ−2,4−ジニトロベンゼンが好ましいのは
、一般に、オリゴヌクレオチドの塩基部分のアミン基と
は反応しないで51−水酸基末端延長上のポIJ 17
ジンのアミン基とのみ選択的に反応し、しかも反応操作
が簡便だからである。とりわけ、1−フルオロ−2,4
−ジニトロベンゼンは市販されていて容易に入手でき、
穏かた反応条件でポリリシンのアミノ基との反応が進行
する。
1−ハロゲノ−2,4−ジニトロベンゼントホIJ I
Jリシンの反応は、両者の均一溶液中(溶媒は、たとえ
ば含水アルコール)あるいは不均一溶液中(溶媒は、た
とえば水)、ノ・ロゲン化水素捕捉剤(たとえば、炭酸
水素ナトリウム、トリエチルアミン、水酸化カリウム等
)の存在下に、10〜50℃程度の温度で実施すること
ができる。目的生成物は、たとえば抽出によって回収す
ればよい。なおりNP化に関しては、適当な総説、たと
えば「実験化学講座I、蛋白質の化学■、第118頁J
 (1976年 丸善@)発行)および特開昭59−2
04200号公報等を参照することができる。
(3)ポリ標識化オリゴヌクレオチド誘導体本発明の化
合物は、上記アミノアルキル化オリゴヌクレオチドにリ
ジンを導入してポリリジル化オリゴヌクレオチド誘導体
としたのち、さらに標識物質を導入するか、もしくは、
アミノアルキル化オリゴヌクレオチドに予め標識化され
たポリリジンを導入するかいずれかの方法によって合成
することができる。
その一実施態様を述べれば下記の通りである。
まず、アミノアルキル化オリゴヌクレオチド(0,01
0D〜3,0OOD程度)にI M NaHCO3水溶
液(2μl穆度)を加え、さらにH2Oを加えて一定1
k(2μl)とする。これに、予めTfa基でアミノ基
を保護したオリゴリジンの活性エステルのジメチルホル
ムアミド(DMF )溶液(20〜100μg/μl、
20μl)を加え、室温で数時間(例えば4時間)反応
を行う。高速液体クロマトグラフィー(HPLC)で反
応完了を確認後、アンモニアを加えて室温で数時間(例
えば4時間)反応を行う。ついで、HPLCでTfa基
の除去を確認後、アンモニアを留去し、ゲルr過を行っ
たのち、溶媒を留去すること建より、ポリリジル化オリ
ゴヌクレオチドを得る。なお、この一連の操作をくり返
すことによりさらに重合度の高いポリリジル化オリゴヌ
クレオチドも得ることができる。ついでこれをH2O(
例えば18μl)に溶解し、ついでI M NaHCO
s (例えば2.ul)、ビオチン活性エステル〔例え
ばビオチン−N−スクシンイミド(Blo 5 )また
は8−カプロイルアミドビオチン−N−スクシンイミド
エステル(Bi。
12)など。20〜100μg/μm、20μl〕を加
えて、室温で数時間(例えば4時間)反応を行う。HP
LCで反応完了を確認し、さらにHPLCで分取精製す
ることにより0本発明の化合物を得ることができる。
詳細については後記実験例を参照されたい。
特開昭59−93098号、同59−93099号、同
59−93100号、同60−166694号、同60
−166695号各公報の方法に従ってその塩基配列が
ヒト上皮細胞成長因子(hEGF’)遺伝子の一部であ
る19marの7ミノデルキル化オリゴヌクレオチドN
H2−AACGGACACTCGCTGTCGG (N
H2−paz )を合成した(第]図中■。得られた化
合物のHPLCの結果を第5図のaに示す)。ついで、
化合物■(0,10D/μ1.5μりにI M NaH
CO3水溶液(2μl)およびH2O(13μI)を加
えたのち、Tfa基でアミノ基を保護したリジンの活性
エステル(Tfa)2LysOSuのDMF溶′11!
(20μg/μm、20μりを加えて室温で4時間反応
(反応の完了はHPLCで確認した)を行って、化合物
■を得た(得られた化合物のHP LCの結果を第5図
のbに示す)。ついで、これに濃アンモニア水を加えて
、室温でさらに4時間Tfa基の脱保護反応を行った(
反応の完了はHP LCで確認)のち、アンモニアを留
去して、化合物■を得た(得られた化合物のHPLCの
結果を第5図のCに示す)。この反応液をセファデック
スG −50[φI X 17 am、25mM重炭酸
トリエチルアンモニウム(TEAB)緩衝液〕でゲルf
過後、溶媒を留去して、残留物をH2O(1sμl)に
溶解した。これに] M NaHCOs (2pl)、
ε−カプロイルアミドビオチン−スクシンイミドエステ
ルf fEJ 中(Ilio 12)O8u〕のDMF
溶液(20pg/μm、20μm)を加えて、室温で4
時間反応を行った。HP LCで反応の完了を確認した
のち、HPLCで分取精製することにより、化合物■を
得た(収量= 0,320D、収率=64%)6得られ
た化合物のHPLCの結果を第5図のdに示す。
同様な操作で化合物■、■、■、O,■およびOを得た
。化合物■、Oおよび@’I/CついてのHPLCの結
果を各々第6図、第7図および第8図に示す。
実験例2.(第2図参照) 実験例1と同様の方法で、その塩基配列がhEGF’遺
伝子の一部であるアミノ化オリゴヌクレオチドNH2−
AGCGTTCACCGATGTAGCC−NH2(N
H2−g14−NH2)を合成した(化合物0)。以下
、実験例1と同様h′ だして一般式CI3で示される化合物[相]やよび[相
]を合成した。そのときのHPLCの結果を第9図およ
上記実験例と同様にして、その塩基配列がlacz遺伝
子の一部である19marのアミノアルキル化オリゴヌ
クレオチドGGGTTTTCCCAGTCACGAC−
NH2(MZ−NH2)を合成した(化合物[相])。
そして、上記実験例と同様にして、化合物[相]、[相
]、[相]および■を合成した。化合物@および[相]
のHP LCの結果を各々第11図および第12図に示
す。
実験例】と同様の方法で、その塩基配列がM13塩基塩
勾配定用プライマーであるアミノ化オリゴヌクレオチド
、すなわちNH2−GTTTTCCCAGTCACGA
C(NH2−M4゜化合物[相])を合成した。これを
実験例1と同様にしてリジル化して、Lya −M4 
(化合物[相])とした。Lys−M4の0.5 M 
NaHCO3溶液に1−フルオロ−2,4−ジニトロベ
ンゼンのエタノール溶液を加えて、37°Cで2時間反
応させた。ゲル濾過後、HPLCで精製して、(DNP
)2Lys−M4 (化合物[相])を得た。
実験例5.(第4図参照) 実験例4と同様にして、 Lys −M4  (化合物
[相])を合成した。Lys−M4 (化合物[相])
の0.05 Mホウ酸ナトリウム(pH8,0)溶液に
4−フルオロ−7−二トロペンゾフラザン(NBDF)
のエタノール溶液を加えて、60°Cで1分反応させた
。ゲル濾過後、HPt、Cで精製して、(NBD)2L
ya−M4 (化合物O)を得た。
以上、実験例1〜5で合成した化合物を第1表に示す。
表中の記号は第1〜第4図と同一であり、活性エステル
の項目はどのような活性エステルをどの順で反応させた
かを示したものである。また、表中の記号は、下記を意
味する。
(Tfa)2LysO8u :  ジ(トリフルオロア
セチル)リジン−スクシンイミドエステル (Tfa)3(Lys−Lys)OSu :  )す(
トリフルオロアセチル)−α−シリジンスクシン イミドエステル (Bio 5)OSu   :  ビオチンスクシンイ
ミドエステル(Bio12)OSu  :  ε−カプ
ロイルアミドビオチン−スクシンイミドエステル DNBF     :  ]−]フルオロー2,4−ジ
ニトロベンゼ DNP      :2,4−ジニトロフェニルNBD
F’     :  4−フルオロ〜7−二トロベンゾ
フラザン NBD      :  7−ニトロベンゾフラザン残
基なお、実験例1〜3のHPLOの条件は下記である。
カラム; RadiaニーPAK p Bondapa
k@C(Bsmmxlocm 緩衝液:■ 50 mM)リエチルアンモニウムアセテ
ート(TRAA)pH7,z @  CH,ON : 50 mM TRAA −1:
 1なお、グラディエンドは各図中KA−)−B’で示
した。
流  速=2mlZ分 ヒトEGF (KpidermaユGrowth Fa
ctor)ノ構造遺伝子を含むプラスミド1)TA15
22(特開61−37099号公報参照) (Proc
、 Natユ、 ACa+1. SC1,08A、 8
2゜7212−7216 (1985) :lを制限酵
素EcoRIで処理して直鎖状にして、ドツトハイブリ
ダイゼーションの基質とした。ドツトハイブリダイゼー
ションは、常法に従って水酸化ナトリウムを用(・てD
NAを変性し、酢酸アンモニウムで中和したのち、ニト
ロセルロースにスポットすることによって行った。
[:DNA、芝、 327−331(1985) ]。
なお、この際に基質DNAを含まな(・もの(10mM
 Tris・HCI ((p)47.5))、  1 
 mM  EDTA 、   100  mM  Na
1l 、  1 mg/mユherring sper
m DNA )も同時にスポットしてお(・て、ネガテ
ィブコントロールとした。ついで、上記化合物をプロー
ブとして使用してハイブリダイゼーションを行い(: 
Nucleic Ac1ds Re5earch 、 
13 。
1529−1540 (1985) IF、発色反応[
BRL DNADetection System I
n5titution Manualに従ってERL社
製発色キット(Oat、No、 8239 SA )を
用(・て行った〕を行った。なお、発色反応操作にお(
・ては、食塩濃度は、検体DNAとプローブDNAとが
ハイブリダイズしたDNA (二本鎖)が安定に保たれ
かつ発色を防害しな(・程度(0,3〜0.9M溶液)
に変更した。
その結果、RGFの塩基配列を含む約4.1kbpのD
NA断片を10 pgまで(ネガティブコントロールと
有意差をもって)検出することができた。
プラスミド1)TA1522 (前記)を上記と同様に
制限酵素凡coR1で処理して検体とした。なお、ネガ
ティブコントロールとしてpBR322[Gene 、
 2 。
95(1977) ]を同、衆に1coRIで処理した
ものを用(・た。
サザンブロッティングを常法CMo1ecular01
onin((、P2S5.  Coユ(l  Spri
ng  Harbor  (1982))に従って行っ
たのち、上記とFlにニトロセルロースフィルターを処
理した。ついで、上記と同様に本発明に係る化合物を用
(・てハイブリダイゼーションを行ってから発色反応を
行った。
その結果、ヒ)]1iflFの塩基配列を含む約4.1
 kbpの工INA断片を10 ngまで検出すること
ができた。
L cadi JM103ではユacZ遺伝子の一部が
欠失しており、その部分忙相当するプローブを用−・れ
ば野生株(ここではC!LA )と欠失変異株(ここで
はJM103)とを区別することが可能である。そこで
以下に示すビオチン化プローブを用(・て野生株と欠失
変異株を識別する実験を行った。
用いたプローブは、下記の通りである。
(−f)   aoMz−Blos   @(HOoo
oTTrTccaaoTcAcoAc−Blos )(
C1l    HOMZ−B1012   @(ハ) 
HOMZ−Lys(Eio12)2  @←:J   
 HOMZ−Lys(L71i+)2(BiO12)4
  @6t)  (B1”2)zL78−Mz−Ly”
(Bio12)2 @” (前記実験例に従って新たに
作表したもの) まず、E、 coユ101AとJM103から遺伝子を
抽出し、制限酵素BcoR1で切断したのち、DNAを
変性し、第13図のようにニトロセルロースフィルター
ニスポットした( DNA刀拷5.4.327 〕。
第13図中、(1)〜(5)は、各々、プローブとして
化合物[相]、[相]、[相]、■および@を用(・て
本実験を行ったフィルター上の位置を示す。また、フィ
ルター上の1〜6はフィルターの穴に便宜的につけた番
号であって、各々に下記のものを下記の素ずつスポット
した。
(1)  EcoRI消化で得られた CIA染色体D
NA  0.8μg(2)      tt     
      tt     0.4μg(3)    
  tt           AT     0.2
μg(41EcoRI消化で得られた 、TM103染
色体DNA  0 、8 μg(51tt      
     #   l     0.4μg(61p 
          p   tt     □、2μ
gついで、参考例1および2と同様にしてハイプリダイ
ゼーシッン;発色操作を行った。プローブ ′が一個の
ビオチンを有する場合は(HOMZ −Bio5  ′
およびHOMZ−B1012 )、0.8 μg ノD
NAではほとんど検出することができなかった。しかし
、プローブとしてビオチンが2個ある(・は4個つ(・
て(・7) モノヲ使ツタ%合ハ(HOMZ−L7B(
BiO12)2. HOMZ −Lys(Lys) 2
(Bio12)4  、  (EiO12)2Lys 
−MZ −Lys(B1012)2 :]、O−8μg
のDNAを用(・れば容易Klac2遺伝子の欠失を識
別することができ(CIAではポジティブ、JM103
ではネガティツブ入 0.4μgのDNA iでも検出
可能であった。
実験方法の詳細は、下記の通りである。すなわち、cユ
ADNA (61μg)オよびJM103 DNA (
60pg)をそれぞれ制限酵素EcoRIを用(・て3
7°Cで3時間処理した。反応液をフェノール処理後、
CHCl3洗浄を行ったのち、エタノールを加えてDN
Aを沈澱物として回収した。沈澱物に水(500μm)
を加えて定りすると、CユA DNAが37.8μg%
JM103DNAが34.8μgであった。それぞれに
ダイリユーション・バッファ −(20μm: 10 
mM Tris −Heユ’l1lH7,5、よル 1 mM RDTA 、  100 mM Nael、
2.1 pνμmhemingsperm DNA )
を加えて溶解させ、同様忙ダイリューション・バッファ
ーで希釈して1.75μg/μm、0.9μg/μmお
よび0.45μg/μlの溶液を調製した。次に、それ
ぞれの溶液10μmをとり、3MNaOH(1μm)を
加えて65°Cで3θ分間加熱した。
2 M NH40ACpH7,5(10μユ)を加えて
急冷し、それぞれ1μmずつニトロセルロースにスポッ
トシた。ニトロセルロースを真空下に80℃で2時間乾
燥した。
それぞれのフィルターをナイロンバッグに入れ、ハイブ
リダイゼーション溶液(500μm:6X8ET。
ス沖 5×デフ ハzト、0.1%SD8 、100 μg/
ml heait+gsperm DNA )を加えた
。それぞれのプローブ(1000g)をそれぞれのナイ
ロンバッグに加えて、55℃で[6時間ハイブリダイゼ
ーションを行った。二トロセルロースをナイロンバッグ
からとり出し、6 X 880を用(・て55℃で5分
間2回洗浄した。次にニトロセルロースフィルfi−ヲ
0.9 M 5oln I(0,9M  Na[:!1
 、 0.1  M  Tris−HOI  pH7,
5、2mMMgC!12.0.05%(W/v) Tr
iton X −100]で5分間洗浄したのち、Q、
3 M Soユn 11 (3% (w/v)bovi
ne  serum  albumin  in  O
,3M  Soユn  I (0,IMTris−HI
J pH7,5、Q、3 M NaC1,2mM Mg
O1,,0,05%(v/v) Triton x−1
00) ) テプロッキングした。風乾したのち、真空
下に80℃で30分間乾燥した。
次に、ストレプトアビジンの0.3 M 5oon t
t溶ft (z μg/mユ、1.5m1)にヨトロセ
ルロースフィルターを浸して20分間反応を行い、0.
9 M 5oonIを用(・て3分間、3回洗浄した。
これにポリアルカリホスファターゼ−ビオチンの0.3
 M 8o1n If浴液■1μg /mユ、x、5m
1)を加えて室温で20分間反応させ、0.9 u 5
OID Iを用(・て3分間 3回洗浄した。次に0.
9 M Soユn III (0,I M Tris−
HCユpH9,5、Q、9  M  NaOユ 、  
5 1Dbl  MgOユ2)で3分^幻1回洗浄した
。これにdye soユution (BRL DNA
detection system カタログNo、 
8239 SA )(2,5ml )を加えて室温で4
時間発色反応を行った。
【図面の簡単な説明】
M1〜第4図は、本発明に係る化合物の合成のフローチ
ャートである。 第5図a−4は各々、本発明に係る化合物■、■、■お
よび■のHPLCの溶出パターンを示すクロマトグラム
である。 第6.7および8図は各々、化合物■、■および◎のH
PLCの射出パターンを示すクロマトグラムである。 第9および第1O図は各々、化合物[相]および0のH
PLOの溶出パターンを示すクロマトグラムである。 第1】および第12図は各々、化合物■および■のHP
LOの溶出パターンを示すクロマトグラムである。 第131にハ、ニトロセルロースフィルターの模式%式
% 保持時間(分) 第5図a イ呆持時1”jl  (分) 第5図す 護持時間(分) 第5図C 第5図d 係持時間(分) 第6図 保持時間(8) 第8図 保持時間(8) 第9図 0           10           
 必保持時間(分) 保持時間(分) 1待時間(分) 第12図

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1、下式〔 I 〕で示されることを特徴とするポリ標識
    化オリゴヌクレオチド誘導体。 ▲数式、化学式、表等があります▼・・・〔 I 〕 ここで、R^1およびR^2は、いずれか一方が下記〔
    II〕で示される基であって他方が水素原子またはリン酸
    残基であるか、あるいはいずれも下記〔II〕で示される
    基である。nは任意の自然数であり、Bはヌクレオチド
    を構成する塩基である。 ▲数式、化学式、表等があります▼・・・〔II〕 ただし、aおよびbは任意の自然数であってb+1≧a
    の関係にあるものであり、R^3は二価の直鎖または分
    岐鎖の炭化水素残基であり、Xは酸素原子またはイミノ
    基を示すものであり、Lysはリジン残基を示し、Yは
    Lysに共有結合した標識物質である。
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