JPH03500773A - オリゴヌクレオチド‐ポリアミド コンジュゲート - Google Patents
オリゴヌクレオチド‐ポリアミド コンジュゲートInfo
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Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。
Description
【発明の詳細な説明】
オリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲート本発明は、オリゴヌクレオチド
−ポリアミドコンジュゲート、その製造方法、および該フンシュゲートの使用、
特に診断および治療薬としての使用に関する。
合成オリゴヌクレオチドは、分子生物学の分野において、特にDNAまたはRN
A配列の検出のためのハイブリダイゼーションプローブとして広く応用されるこ
とが見い出された。通常、オリゴヌクレオチドはその5′末端に放射ラベルを有
しており、ハイブリダイゼーションの検出が可能である。細胞毒性や突然変異誘
発性などの放射ラベルされた物質に通常伴われる問題は別にすると、放射ラベル
されたプローブの検出にはオートラジオグラフィー暴露が必要であり、数日を要
することも多い。さらに、放射ラベルが短い半減期を有していることもあり、こ
れにより、その保存性および後の使用が制限される。
蛍光あるいは酵素リポータ−グループなどの非−放射活性プローブまたはリポー
タ−グループでオリゴヌクレオチドをラベルすると、高い安全性、定めのない貯
蔵寿命および検出の容易性を含む、放射ラベルされたプローブを凌ぐかなりの利
点が得られる。
1または斥れ以上のヌクレオチド塩基を用いて(米国特許No、4゜669、8
76および豪州特許出願公開No、 16484/85)、または直接リポータ
−グループをオリゴヌクレオチドの3′もしくは5″末端に結合させることによ
って(欧州特許出願公開No、 84101392.3および85102130
、3)、オリゴヌクレオチドを非−放射活性リポータ−グループでラベルするこ
とが提案されていた。このような以前の提案は複雑な合成反応を包含することが
多く、オリゴヌクレオチドの相補性標的配列へのハイブリダイゼーションを遮断
することもある。
従って、相補性の標的配列に効率的にハイブリダイズし、放射活性ラベルに頼る
ことなく好都合に検出することができ、そしてさらに、比較的簡単かつ都合良く
製造することができるオリゴヌクレオチドがめられている。
本発明によれば、式:X−L−Y [式中、Xはポリアミドであり、Yはオリゴ
ヌクレオチドであり、そしてLはポリアミドXのアミノ末端およびオリゴヌクレ
オチドYの3゛ホスフエート基と共有結合を形成するリンカ−であるコで示され
るオリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲートが提供される。
ポリアミドは、アミドまたはいわゆるペプチド結合によって結合したリジン、バ
リン、グリシノ、セリン、トレオニン、チロシン、メチオニン、プロリンなどの
天然のアミノ酸[Biochemistry、第2版、Albelt L、Le
hninger、72−77頁]から得ることができる。別法によれば、ポリア
ミドは合成アミノ酸(即ち、天然にはタンパク質中に見い出されないアミノ酸)
から、または天然および合成アミノ酸の組合せによって得ることができる。本明
細書中で用いる「合成アミノ酸」なる用語は、一般式: H,NCHRCOOH
[式中、Rはアルキルまたはシクロアルキルなどのあらゆる有機部分であり、こ
れらは、不飽和もしくは部分的に飽和していてもよく、そして/または1もしく
はそれ以上の異項原子またはそのような異項原子を含む基(アミド基など)で遮
断されていてもよく、モして/またはハロゲン、シアノ、アミンもしくは置換も
しくは非置換フェニルもしくはベンジルで置換されていてもよいコで示されるα
、ω−アミンカルボン酸を指す。
このポリアミドは任意の数のアミノ酸単位を含んでいてよいが、それがオリゴヌ
クレオチドとその標的配列のハイブリダイゼーションを妨害しないものであると
いう条件のもとにあるのは勿論のことである。例示のために挙げると、ポリアミ
ドは1〜100のアミノ酸単位を含んでいよう。
このポリアミドは天然のα−アミノ酸を含有するペプチドを形成することもある
。このペプチドの配列は、オリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲートのあ
らゆる望ましい適用に好都合なように設計することができる。このペプチドは、
後記で説明するようにリポータ−グループで誘導体化することができる1または
それ以上のりジン残基を含有していてもよい。さらに、このポリアミドは抗原性
であって、従って抗体の結合によって検出可能であってもよく、これは例えば抗
体結合の検出を可能にするための適当なリポータ−グループを含んでいてもよい
。
合成アミノ酸を、例えば、リポータ−グループを有するリジンなどのアミノ酸の
間のスペーサーとして用いて、リポータ−グループの立体障害もしくは失活を回
避するか、またはオリゴヌクレオチドから大きなリポータ−グループを遠ざけて
もよい。有用なアミノ酸スペーサーの例は6−アミノヘキサン酸(Aha)であ
る。
本発明で用いることができる合成アミノ酸には次式で示される化合物が含まれる
:
ROC(CHa)nW(CH2)nlNHR”[式中、Roはp−ニトロフェニ
ルオキシ、ペンタフルオロフェニルオキシおよびN゛−ヒドロキシスクシンイミ
ジルなどの脱離基であるか、またはRが水素であり:
R′はフルオレニルメトキンカルボニル(F moc)またはtert−ブトキ
シカルボニル(Boc)などのアミノ保護基であり;100であってよい)]。
ポリアミド合成に有用なアミノ酸単位は、ポリアミドを得るために用いることが
できる合成アミノ酸が、いかなる意味においても上に具体的に例示した化合物に
限定されるものではないことを理解すべきである。
ポリアミドXを、1またはそれ以上のリポータ−グループ(検出マーカーとも呼
ばれる)、例えばビオチン、蛍光団、化学ルミネッセンス部分、酵素またはフェ
リチンなどのコロイド化合物またはコロイド状の銀もしくは金でラベルすること
ができる。
蛍光団リポータ−グループは以下に挙げるものから選択してよい:フルオレセイ
ンー5−イソチオシアネート、ジアシル(インブチリル、アセチルまたはピバロ
イルなど)フルオレセイン−5および/または6−カルボン酸ペンタフルオロフ
ェニルエステル、6−(ジアシル−5および/または6−カルボキサミド−フル
オレセイン)アミンへキサン酸ペンタフルオロフェニルエステル、テキサス・レ
ッド(Texas Red ; Mo1ecular Probes、 Inc
、の商標)、テトラメチルローダミン−5(および6)インチオシアネート、エ
オシン−イソチオシアネート、エリトロ7ンー5−イソチオシアネート、4−ク
ロロ−7−ニドロベンズー2−オキサ−1,3−ジアゾール、4−フルオロ−7
−ニドロベンズー2−オキサ−1,3−ジアゾール、3−(7−ニドロベンズー
2−オキサ−1,3−ジアゾール−4−イル)メチルアミノプロピオニトリル、
6−(7−ニドロベンズー2−オキサ−1,3−ジアゾール−4−イル)アミン
へキサン酸、スクシンイミジル 12−(N−メチル−N−(7−ニドロベンズ
ー2−オキサ−1,3−ジアゾール−4−イル)アミノドデカノエート、7−ジ
ニチルアミノー3−(4″−インチオシアナトフェニル)−4−メチルクマリン
(CP)、7−ヒトロキンクマリンー4−酢酸、7−ジメチルアミノクマリン−
4〜酢酸、スクシンイミジル7−シメチルアミノクマリンー4−アセテート、7
−メドキシクマリンー4−酢酸、4−アセトアミド−4′−インチオシアナトス
チルベン−2,2゜−ジスルホン酸(S ITS)、9−タロロアクリジン、ス
クシンイミジル3−(9−カルバゾール
1−ピレンブチレート、スクシンイミジル 1−ピレンブチレート、p−ニトロ
フェニル 1−ピレンブチレート、9−アントラセンプロピオン酸、スクシンイ
ミジルアントラセン−9−プロピオネート、2−アントラセンスルホニルクロリ
ド、または特定の方法で処理したときに蛍光を発する蛍光団前駆体。
酵素系のリポータ−グループは、β−ガラクトシダーゼ、西洋ワサビペルオキシ
ダーゼ、ウレアーゼ、アルカリホスファターゼ、デヒドロゲナーゼ、ルシフェラ
ーゼおよび炭酸脱水酵素から選択してよい。通常、酵素は1またはそれ以上の基
質と反応して、色の変化、ルミネッセンスまたは沈澱の生成などの検出可能なシ
グナルを与えるであろう。
リポータ−グループは、当分野で自体既知の常法に従ってポリアミドに結合させ
ることができる。例えば、1級アミン基などのポリアミド上の核基を蛍光または
酵素リポータ−グループと反応させて、それらの間に共有結合を形成させること
ができる。別の方法によれば、当分野で自体既知の2官能性のカップリング試薬
[例えば、Pierce Cemical Companyのカタログ(198
7)に記載されている試薬コを用いてリポータ−グループをポリアミドに結合さ
せることができる。
ビオチニル化されたオリゴヌクレオチドは常法によって製造することができる。
例えば、誘導体化されていないビオチンをBOP結合法[Castro,B.
et al.、Synthesis,(1976)、 pp.751−752]
を用いてオリゴヌクレオチドに導入することができる。別法では、ビオチンをN
−ヒドロキシスクシンイミジル活性エステルとして導入することができる。ビオ
チンはリポータ−グループに結合させたアビジンを用いて検出することができる
。例えば、ストレプトアビジンーアルカリホスファターゼコンンユゲートを用い
てビオチンに結合させてよい。アルカリホスファターゼは適当な基質と反応して
、視覚的に検出することが可能な不溶性の染料沈澱を生成することができる。
免疫学的な反応によってポリアミドを検出するのが望ましいときには、当分野で
周知の方法[例えば、Goding, J. L, (1986)、 Mono
clonal Antibodies : Principles and P
ractice,第2版,Academic Press]に従い、オリゴヌク
レオチド−ポリアミドフンシュゲート、ポリアミド単独、または担体分子、例え
ばKLH[キーホール・ササガイ・ヘモシナフン(key hole Iimp
et haemocynanin)]に結合したポリアミドを用いる免疫化によ
って、適当な宿主動物中にポリアミドに対する抗体を生成させてよい。
オリゴヌクレオチドは、DNAまたはRNA標的中の相補ヌクレオチド配列への
ハイブリダイゼーションが可能なあらゆる所望の配クレオチドの数は、標的配列
へのハイブリダイゼーションを可能にする十分なヌクレオチドか存在している限
り重要ではない。通常、オリゴヌクレオチドは6を越えるヌクレオチドを含有し
ているであろう。このオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションに影響を
及ぼすことなくインビボでの半減期を長くするために適切に修飾されていてもよ
い。例えば、Argawal et al. [Proc. Natl. Ac
ad. Sci。
個の非−架橋酸素をイオウまたはアミンに代えることによって、オリゴヌクレオ
チドを修飾することができる。このような修飾されたオリゴヌクレオチドはオリ
ゴヌクレオチドなる用語の範囲内である。
また、「オリゴヌクレオチド」なる用語には1個のヌクレオチドが含まれていて
よい。
リンカ−しは、2官能性分子R”L”−Roo[式中、R′およびR”は同一で
あるか、または異なっており、−NH,、−CO,H。
−OH10R(ここで、Rはヒドロキシ保護基である)、−CO,R<ここで、
Rは2−ヒドロキシピリジン、N−ヒドロキシスクシンイミド、p−ニトロフェ
ニル、ペンタフルオロフェニル(Pfp)、Meである)または他の活性エステ
ル、アシルイミダゾール、マレイミド、トリフルオロアセテート、ジケトン、イ
ミドエステル、スルホネートエステル、イミン、−CH○、1.2−シクロヘキ
サンジオン、グリオキサール、スルホニルハライド、α−ハロゲン化ケトン、ア
ジドなどの官能基を表し、そしてLはアルキルまたは置換アルキル基であるコか
ら導かれる部分を意味する。アルキル鎖りは、ハロゲン(■、Br、CQ、F)
、ヒドロキシ、シアン、フェニル、アミノ、カルボキシ、アルキル、アルコキシ
などの通常の置換基で置換することができる。さらに、リンカ−Lのアルキレン
鎖は、1またはそれ以上の2価の基、例えば−〇−1−S−1−NH−1−CH
=CH−1−C=C−、フェニル、−SO,−などで遮断することができる。し
かし、官能基R′は適当な条件のもとでポリアミドのアミン末端と共有結合を形
成しつるものでなければならず、また、官能基R′″は適当な条件のもとてヌク
レオチドと共有結合を形成しうるちのでなければならない。連結基R’−L−R
’″および特定のコンジュゲーフヨンの化学の選択は、得られるプローブ分子の
完全性に必須である他の巨大分子結合、即ちペプチド、グリフシトおよびホスホ
ジエステル結合を保存するという要求を満たすものでなければならないのは明ら
かである。
このリンカ−をα、ωヒドロキシカルボン酸誘導体から導いてもよい。
また、リンカ−しは結合であってもよいし、また、ブチロラクトンなどのラクト
ンであってもよい。
さらに、本発明はオリゴヌクレオチドの3″−末端をポリアミドのアミノ末端に
連結することからなるオリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲートの製造方
法を提供するものである。
即ち、本方法の1態様によれば、予め調製しておいたオリゴヌクレオチド部分ま
たは予め調製しておいたポリアミド部分のどちらかに連結基を結合させ、次いで
残りの部分を連結基に結合させることによって、コンジュゲートを製造すること
ができる。
別の方法によれば、適当な連結基前駆体を、予め調製しておいたオリゴヌクレオ
チド部分および予め調製しておいたポリアミド部分に結合させてもよい。次いで
、2つの前駆体を反応させると、連結基が得られる。
別の態様によれば、本方法は、予め調製しておいたポリアミドに連結基を結合さ
せ、次にこの連結基にヌクレオチド塩基を結合させ、次いで1またはそれ以上の
別のヌクレオチド塩基を順次付加してオリゴヌクレオチドを得ることからなる。
さらに別、の態様では、本方法は、予め調製しておいたオリゴヌクレオチドに連
結基を結合させ、次にこの連結基にアミノ酸を結合させ、次いで1またはそれ以
上のアミノ酸を順次付加してポリアミドを得ることからなる。
ポリアミド部分は、固体の支持マトリックス、例えば調節された(コントロール
された)多孔ガラス(CPG)などに結合させることもできる。
本発明の特に好ましい態様によれば、以下に挙げる工程からなるオリゴヌクレオ
チド−ポリアミドコンジュゲートの製造方法カ提供される:
(a)第1のアミノ酸またはアミノ酸ユニット(アミド結合によって互いに結合
している)のC−末端を、支持マトリックスと反応させてそれらを結合させ;
(b)次に、この支持マトリックスを、周知の固相ペプチド合成法に従い、1ま
たはそれ以上のアミノ酸と順次反応させてポリアミドを得;
゛(C)この支持マトリックス−ポリアミドを、リンカ−の第1の反応性基と反
応させてポリアミドのアミノ末端とリンカ−を結合させ;(d)工程(c)の生
成物を、第1のヌクレオチドと反応させてリンカ−の第2の反応性基とヌクレオ
チドの3°ホスフエートを結合させ;(e)次いで、この支持マトリックスを、
周知の固相オリゴヌクレオチド合成法に従い、1またはそれ以上のヌクレオチド
と順次反応させてオリゴヌクレオチドを得;そして(f)所望により、オリゴヌ
クレオチド−ポリアミドコンジュゲートを支持マトリックスから切断し、ポリア
ミドまたはオリゴヌクレオチドの反応性基に結合したあらゆる保護基を除去し、
そして得られたフンシュゲートを精製する。
リンカ−Lが結合であるときには、工程(c)を省略する。
ポリアミドは、例えば、固相F moc法[Atherton、R,and 5
hepard。
R,C,、(1985)、 J、 Chem、 Soc、 Commun、 p
p、 165−166]または固相Boc法[Barany、 G、 and
Merrifield、 R,B、 、 (1980)、 ”5olid−Ph
ase Peptide 5y獅■
hesis”;”The Peptides″、第2巻、 E、Gross &
J、Meienhofer編+Academic Press、 New Y
ork、 pP、 1−284中]を用いて合成することができる°。これらの
方法においては、アミノ酸を当分野で自体既知の通常の保護基[例えば、Gre
en、 (1981)、 ”Protective Groups in Or
ganicSynthesis”、 John Yiley & 5ons、
Inc、 ; Atherton and 5heppard、 (1X
85)、 J、 Chem、 Soc、 Commun、 pp、 165−1
66 ; Barany and Merrif 1eldA上記]
で保護して反応性部分を保護する。
オリゴヌクレオチドは、固相ホスホトリエステル法[5proat andGa
it、 (1984)、O1igonucleotide 5ynthesis
、A Practical Approach″。
pp、 83−116. IRL Press、 0xford]、固相H−ホ
スホネート法[Proehleret al、 + (1986)、 Nucl
eic Ac1ds Re5earch、 14. pp、 5399−540
7]、または固相ホスホルアミダイト法[Beaucage and Caru
thers、 (1981)、 Tetrahedron Let、t、 、
22. pp、 1859−1862]によって合成することができる。
これらの方法のそれぞれにおいて、ヒドロキシまたはアミ7基などの反応性基は
、文献記載[Green、 (1981)、”Protective Grou
ps in Organic 5ynthesis”、 John Wiley
& 5ons、 Inc、 ; Beaucage、S、L、 andCar
uthers、 M、 H,、(1981)、 Tetrahedron Le
tt、 、 22. pp、 1859−1862 G 5pr
oat、 S、 and Ga1t、 M、 J、 、 (1984)、 ”O
ligonucleotide 5ynthesis、 A@Pr
actical Approach″、 pp、 83−116. IRL P
ress、 0xford]のようにして、通常のヒドロキシおよびアミン保護
基によって保護することができる。
オリゴヌクレオチド−ポリアミドフンシュゲートの合成が終わったら、当分野で
自体既知の方法に従って脱保護を行ってよい。
本発明のオリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲートは、完全に保護され、
支持マトリックスに結合しているが、支持マトリックスから除去され保護された
形態であるか、または完全に脱保護された形態であってよい。これらの状態のそ
れぞれが「オリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲート」なる用語の範囲内
にある。
支持マトリックスは、例えば、調節された多孔ガラス[アミノプロピル調節多孔
ガラス(AP−CPG)など]またはポリスチレン樹脂などから選択してよい。
ポリアミドと結合した支持マトリックスは固体の支持体を構成し、その上でオリ
ゴヌクレオチド合成が行われる。
本発明のオリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲートの好ましい合成法は、
大きなバッチのポリアミド(そのC−末端で支持マトリックスに結合している)
を前もって製造することができ、そして必要なときにその一部を所望のオリゴヌ
クレオチドを組立てるために用いることができ、好都合である。さらに、段階的
な合成によって、予め調製しておいたオリゴヌクレオチドを予め調製しておいた
ポリアミドに結合させることによって得られる収率よりも高い、優れたオリゴヌ
クレオチド−ポリアミドコンジュゲートの収率が得られることになる。
ポリアミドは通常の市販のペプチド合成機[例えば、Applied Bi。
systems Inc、から入手可能]で合成してよ(、次いでオリゴヌクレ
オチドの合成のための通常の市販のオリゴヌクレオチド合成機「例えば、App
lied Biosystems Inc、から供給されている合成機コに移し
てよい。
1またはそれ以上のリポータ−グループを、多くの異なる段階でポリアミドに導
入することができる。このリポータ−グループはポリアミドの合成前(段階I)
にアミノ酸中に存在することができ;ポリアミドの合成後(段階1a)に;リン
カ−の付加後(段階■)に;支持マトリックス上でのオリゴヌクレオチドの合成
後(段階III)に;または、脱保護および支持マトリックスからのオリゴヌク
レオチド−ポリアミドコンジュゲートの精製後(段階■)に導入することができ
る。選択される方法は選択されるリポータ−グループおよび合成方法に依存する
であろう。
リポータ−グループがペプチドおよびオリゴヌクレオチド合成の両方の条件に安
定であるときには、これを誘導体化されたアミノ酸としてポリアミド合成の始め
から導入することができる(段階1a)。
DNA合成の条件には安定であるがペプチド合成の条件には安定ではないときに
は、これをポリアミドの合成後に導入することができる(段階Iまたは■)。リ
ポータ−グループがペプチドまたはオリゴヌクレオチド鎖の組立のどちらにも安
定ではないが脱保護方法に安定であるときには、完全に保護されたポリアミド−
オリゴヌクレオチドコンジュゲートのオリゴヌクレオチド鎖の組立の後に導入す
ることができる(段階■)。これらの方法は、ポリアミド−オリゴヌクしオチド
フンジーゲートが固体の支持体上にあるままでラベルが導入され、従って過剰の
リポータ−グループを用いることができ、反応後に過剰量を簡単に洗い落とすこ
とができるので好都合である。
ラベルがフンシュゲートの合成に用いるどの条件にも安定ではないときには、精
製され完全に脱保護されたポリアミド−オリゴヌクレオチドフンシュゲートとの
液相反応において導入することができる(段階■)。
蛍光団は、I〜■のいずれかの段階でオリゴヌクレオチドーボリアミドコンンユ
ゲートに導入することができる。これはビオチンの場合も同様である。
酵素、およびコロイド状化合物(コロイド状金、コロイド銀あるいはフェリチン
など)は段階■で導入することができる。
オリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲートのポリアミド部分は、得られる
検出シグナルを増大させ、従って検出を容易にする複数のリポータ−グループを
含んでいてもよい。
コンジュゲートのポリアミド部分はリポータ−グループを結合するための媒体と
して機能するだけでなく、ポリアミドを特定の細胞型、細胞位置に向けさせるた
めのアドレス・マーカーとしても作用するか、またはオリゴヌクレオチドの細胞
膜の通過を増強することもある。ペプチド配列のアドレス・ラベル活性はよく調
べられている[Verner and 5chatz、(198B)、 5ci
ence 241.1)l)、1307−1313;およびGoldfarb
et al、、(1’986)、 Nature 322. pp、641−6
44]。例えば、細胞表面受容体によって認識されるペプチド配列を選択するこ
とによって、該ペプチド配列にコンジュゲートしたオリゴヌクレオチドを特定の
細胞型中に運搬することができ、ここでこれらは生物学的作用を発揮することが
できる(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドの場合にはウィルス性または
細胞性RNAの転写をブロックする)。
本発明の別の態様においては、ウィルス性、細菌性、またはその他の疾病の治療
方法であって、そのような治療を必要としている患者に本発明のオリゴヌクレオ
チド−ポリアミドコンジュゲートの治療学的有効量を投与することを特徴とし、
さらに、このフンシュゲートのオリゴヌクレオチド部分が特定のウィルス性、細
菌性または他のポリヌクレオチドに相補性であるアンチセンスオリゴヌクレオチ
ドであって特定のポリヌクレオチドの転写または翻訳をブロックするものである
ことを特徴°とする方法が提供される。
アンチセンスオリゴヌクレオチドの特定の標的ポリヌクレオチドへのハイブリダ
イゼーションによって、ウィルスまたは細菌の完全性または増殖に関係している
ウィルス性または細菌性タンパク質の合成および/または毒素の合成を阻害する
ことができる。
「他の疾病」と言及したのは、細胞にとって内生の遺伝子の発現による疾病状態
に関係している。例えば、mycタンパク質などの細胞転換を引き起こすか、ま
たはそれに関与しているタンパク質をコードしているmRNAを、適切なアンチ
センスオリゴヌクレオチドを有する本発明のポリアミド−オリゴヌクレオチドフ
ンシュゲートで不活化することができる。
オリゴヌクレオチドの治療学的有効量とは、目的のポリヌクレオチドの転写また
は翻訳をブロックする量である。この量は、目的のポリスクレオチドの量および
/またはその合成速度、コンジュゲートの細胞取込み速度および/またはその安
定性、および治療しようとする対象の体重および年齢に応じて変化するであろう
。それぞれの場合において、治療学的有効量は診断を行う医師または獣医の決定
に基づくであろう。
また、オリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲートのポリアミド部分は、オ
リゴヌクレオチド部分を細胞性の分解から安定化するように作用することもある
[Le Maitre et al、 、 (1987)、 Biochemi
stry 84.pp、641−652コ。
さらに、オリゴヌクレオチド部分はポリアミドの性質を高めることもある(例え
ば、その溶解性を改善するなど)。
本発明のさらに別の態様によれば、式: Z−X−L[式中、Zは固相マトリッ
クスを表し、XはそのC−末端で固相マトリックスに結合したポリアミドを表し
、そしてLはポリアミドのN−末端に結合される第1の反応性基、およびヌクレ
オチドの3”ホスフェートと結合することができる第2の反応性基を有する2官
能性のリンカ−を表す]で示されるポリアミドが提供される。
このポリアミドは本発明のフンシュゲートの合成における中間体である。オリゴ
ヌクレオチドを、2官能性リンカ−Lの第2の反応性基上で直接合成することも
できる。
本発明のフンシュゲートは、標的試料中の特異的なりNAまたはRNA配列の検
出のためのハイブリダイゼーションプローブとして重要な用途を有している。オ
リゴヌクレオチドの標的配列への結合を、ポリアミドに結合させたリポータ−グ
ループによって、またはポリアミドに結合している抗体によって検出する。従っ
て、本発明のコンジュゲートは、ウィルス(例えば、AIDSウィルスまたは肝
炎ウイ、ルスなど)の核酸、細菌の核酸、または遺伝的障害(例えば、筋ジスト
ロフィーまたは資性線維症など)に関係しているDNAの検出に用いることがで
きる。本発明のコンジュゲートを、ニトロセルロース、誘導体化した紙またはナ
イロンメンプランなどのマトリックスに結合させた標的配列への/%/l’ブリ
ダイゼーションに用いることができる。別法では、本フンシュゲートを組織片へ
のその場でのハイブリダイゼーションに用いて(「ハイブリダイゼーション組織
化学」としても知られる)、組織片中の標的ポリヌクレオチドを検出することが
できる。
一本発明の別の態様においては、生物学的試料中の特定のウィルス性、細菌性ま
たはその他のポリヌクレオチドの存在または非存在を検出するための方法であっ
て、核酸試料を本発明のオリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲート(ここ
で、コンジュゲートのオリゴヌクレオチド部分は標的ポリヌクレオチドの一部に
相補性である)と接触させ、次いでフンシュゲートのハイブリダイゼーションが
起こるかどうかを検出することを特徴とする方法が提供される。
生物学的試料は、生物学的液体(血液または血漿など)、細胞(リンパ球など)
、または組織バイオプシーからなっていてよい。試料からの核酸、即ちDNAま
たはRNAは、当分野で自体既知の方法に従って抽出し、そしてフンシュゲート
で検出してよい。コンジュゲートはそれ自体がハイブリダイゼーションの検出用
のリポータ−グループでラベルされていてもよく、またそれとは異なり、標的ポ
リヌクレオチドに結合したコンジュゲートを、例えば抗体試薬を用いて適切に検
出することもできる。
本発明のさらに別の態様においては、支持マトリックスに固定化されたか、また
は他の方法でそれに結合している特定のポリヌクレオチドを検出するための方法
であって、支持マトリックスを本発明のオリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジ
ュゲート(ここで、コンジュゲートのオリゴヌクレオチド部分は標的ポリヌクレ
オチドの一部に相補性である)と接触させ、次いでコンジュゲートの支持マトリ
ックスへのハイブリダイゼーションを検出することを特徴とする方法が提供され
る。
また、本発明の別の態様においては、動物または植物組織中の特定のポリヌクレ
オチド群の存在および位置を測定するための方法であって、
(a)被験組織片を調製し;
(b)この組織片を本発明のオリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲート(
ここで、コンジュゲートのオリゴヌクレオチド部分は標的ポリヌクレオチドの一
部に相補性である)とハイブリダイズさせ;
(c)組織片からハイブリダイズしていないプローブ物質を除去し;そして
(d)フンシュゲートのハイブリダイゼーションによってラベル化された組織片
中の位置を検出するか、または同定すること;を特徴とする方法が提供される。
さらに別の本発明の態様においては、目的のポリヌクレオチドを検出するための
診断用キットであって、本発明のオリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲー
ト(ここで、コンジュゲートのオリゴヌクレオチド部分は目的のポリヌクレオチ
ドの一部に相補性である);およびコンジュゲートのハイブリダイゼーションを
検出するための試薬からなるキットが提供される。
そのような診断用キットは組織片調製のための試薬をさらに含有していてもよい
。そのような試薬の例はホルムアルデヒド、グルタルアルデヒドおよび酢酸であ
る。
以下に実施例および図面を挙げて本発明をさらに詳しく説明するが、本発明はこ
れらに限定されるものではない。
第1図は、固相ペプチド合成の反応工程を示すものである。
第2図は、オリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲート製造の反応工程を示
すものである。
第3図は、変性20%ポリアクリルアミドゲルでの、3″Pで末端ラベルした粗
製のK P T B −(A I’aL ys)、 −A la(レーン1)お
よび正常なKP I B(レーン2)の電気泳動分析を示すものである。
第4図は、ビオチンラベルしたポリアミド−オリゴヌクレオチドコンジュゲート
を用いるドントブロソトハイブリダイゼーションを示すものである。NCはネガ
ティブ対照を示す。
第5図は、雄性マウス顎下腺の6μM凍結切片にハイブリダイズするビオチンラ
ベルしたポリアミド−カリクレインオリゴヌクレオチドを示すものである。暗い
領域はフンシュゲートのハイブリダイズ(以下、余白)
実施例1:試薬の合成
4−ヒドロキシ酪酸ナトリウム(1,26g: 1Oxモル)および4゜4°−
ジメトキシトリチルクロリド(DMTrC(り(3−399: l Oxモル)
をピリジン(301g)中で16時間撹拌した。4−ニトロフェノール(1,3
09; 1 Oxモル)およびジシクロへキシル力ルポジイミ)’(DCC)(
2,06g; 10jI−Eル)を加え、さらに2日間撹拌した。この反応混合
物を濾過し、次いで溶液を濃縮し、25%EtOAc/石油エーテルを用いてシ
リカゲル(70g)のフラッシュ・クロマトグラフィーにかけ淡黄色の油状物を
得た(5.09;95%)。
’HNMR(CDCQJ:δ2.04 (m、 2 H,H3)、2.7(t、
J=7 、2 Hz、2 H、Ht )、3.2 (t 、J = 5 、9
Hz、2 H、H4)、3.77(s、6H,OCH,)、6.8 7.5(m
、15H,ArH)、8.2(d。
J=9.2Hz、2H,PhN0.m−H)。
”CNMR(CDC12−):δ25.2(O3)、31.6(C2)、55.
2(OCH,)、62.0(C4)、86.0 (CAr5)、113.1.1
26.8.127.1.127.8.127.9.1’28.1.129.1.
130.0.136.2.145.0.158.4’ (DMTr)、122.
4.125.1.145.2.155.4(PhNO2)、171゜1(Co、
)。
この生成物は若干のEtOAc溶媒を含んでいた。
この化合物は、ピキシルクロリド(PxCのをジメトキシトリチル融点:130
−130.5°C(EtOAc)。
’ HN M R(CD Cf2J :δ1.98(m、2H,H3)、2.7
(t、J=7.3Hz、2H,H2)、3.0(t、J=5.8Hz、2H,H
4)、7゜0 7.5(m、15H,ArH)、8.2(d、J=7.1Hz、
2H,PhN0.m−H)。
I3CNMR(CDCQ3>:625.0(C3)、31..5(C2)、61
.8(C4)、75.4 (Cph、)、116.3.123.2.123.5
.126.4.126.6.127.9.129.1.129.4.1.48.
9.151.3(PX C)、1224.125.−1.145゜2.155.
4(PhNO,c)、171.0(Co、)。
元素分析値(C,,8,3NO,とじて):HN
計算値: 72.3 4.8 2.9
実測値: 72.0 4.4 3.2 。
3−[6−(4,4°−ジメトキシトリチルオキシ)へキシルカルバモイル]フ
ロパン酸4−ニトロフェニル(2)ピッジン(10村)中の無水フハク酸(1,
09; 10xモル)および6−アミノヘキサノール(1,17ii; 10x
モル)を4d撹拌した。
次いで、DMTrC((3,39g; 10xモル)を加えてさらに4時間撹拌
し、続いてp−二トロフェノール(1,39g: 10xモル)およびDCC(
2,061j: 10+モル)を加え、この混合物をさらに2d撹拌した。反応
混合物を濾過し、溶液を濃縮し、50%EtOAc/石油エーテルを用いてシリ
カゲル(100g)のフラッシュ・クロマトグラフィーにかけ淡黄色の油状物を
得た(4.099; 64%)。
’HNMR(CDCe3):61.2 1.7(m、8H,CHt)、2.5(
t、 J =6.5Hz、 2H,CH,)、2.93(t、J=6.5Hz、
2H’。
CH,)、3.01(t、J=6−4Hz、2H,CH2)、3.2(t、J=
6゜4Hz、2H,CHJ、3.76(s、6H,OCH3)、6.8−7.5
(m。
15H,ArH)、8.2(d、J=9.2Hz、2H,PHNOt m−H)
。
13CNMR(CDCf23):δ25.83.26.69.29.53.29
.87.30.55(CH,)、39.68(CH,NHCO’)、55゜14
(OCH3)、63.16(DMTrOCH,)、85.60(CAr3)、1
12.91.126.53.127.64.127.70,127゜79.12
8.10.129.07.129.’95.136.60.145.32.15
8.26(DMTr C)、122.4.125.1.145.31.155.
8(PhNO,C)、170.49.170.75(C=○)。
この化合物は容易に除去することができないEtOAc溶媒を若干含んでいた。
N−フルオレニルメトキシカルボニル−6−アミノへ牛すン酸ペンタフルオロフ
ェニル(FmocAhaOPfP: 3)6−アミノヘキサン酸(2,629;
203jモル)およびNa、Co3(5,309;50xモル)をH,0(6
0iのに溶解し、次いでジオキサン(25RQ>を加え、続いてrl−(フルオ
レニルメトキシカルボニルオキシ)スクシンイミド(Fmoc−NH3)(6,
75g: 20xモル)を加えた。
この混合物を16時間激しく撹拌した。次いで、この濁った反応混合物をH,0
(1,212)に注ぎ、透明な溶液を得た。この溶液をEtOAc(2x 30
0x(りで抽出し、水層を濃HCI!(約10RのでpH3まで酸性化して多量
の沈澱を得た。これを16時間、4°Cに保ち、次いで濾過して6.05g(8
6%)のF mocA hao Hを得た。
DMF(831+2)中のFmocAhaOH(1,779;5xモル)および
ペンタフルオロフェノール(Pfp: 1.01g; 5.5xモル)の溶液に
、DMF(2好)中のDCC(1,039; 5xモル)の溶液を加えた。この
溶液を16時間撹拌し、濾過し、濾液を真空下で蒸発乾固させて粗製のエステル
を得、これを95%EtOH/1%Ac0H(約lOπQ)から再結晶して2.
419(93%)の白色針状結晶を得た。
融点+128−129°C0
’HNMR(CD C(!s) :δ1.4−1.8(m、6H,CH,)、2
.7(t 、 J = 7 、2 Hz、2 H、CHt CO−)、3.2(
’m、2H,NHCH,)、4.2(5,J =6.7Hz、 I H,Fmo
c CH)、4..4(d、J=6.8H2,2H,Fmoc CHt)、7.
.3 7.8(m、8H,Fmoc ArH)。
”CNMR(CDCe、):δ24.36(C4)、25.93(C3)、29
.62(C5)、33.18(C2)、40.73(C6)、47.31(Fm
ocC)、66.54(Fmoc CH,)、119.98.125.00゜1
27.02.127.67(Fmoc芳香族CH)、141.34.143.9
9(Fmoc芳香族C)、156.46(Fmoc C=O)、169゜36(
エステルC02)。
元素分析値(C,、H,、NO,F5として):CHN
計算値: 63.8 2.2 2.8
実測値: 63.9 1.8 3.2゜N−(N−フルオレニルメトキシカルボ
ニル−6−アミノヘキサノイル)−6−アミノヘキサン酸(F mocAha、
OH; 6)DMF(8xg)中のF mocA hao H(上記のようにし
て調製;1,779; 5aモル)オよびN−ヒドロキシスクシンイミド(0゜
5759;5Hモル)の溶液に、DMF(2RI2)中のDCCCl、039:
531モル)の溶液を加えた。これを16時間撹拌し、濾過し、そして濾液を
真空下で蒸発させてシロップを得た。これをイソプロパツール(〜10 MQ>
から再結晶して1.94ii(86%)の5を得た。
ジオキサン(IM)中の5(0,912ii; 2xモル)の溶液に、H2O(
10x12)中の6−アミノヘキサン酸(0,5249;431モル)およびN
azCOs(0,4249; 1モル)を滴下した。得られた懸濁液を48時間
激しく撹拌し、次いでH,0(100Rの中に注ぎ、透明な溶液を得た。この激
しく撹拌している溶液のpHを1M KH3O,(10Rのの滴下によって3ま
で下げた。多量の沈澱が生成し、これを24時間、4°Cに保ち、次いで濾過し
て定量的収率の酸を得た。この粗製の生成物をEtOAcから再結晶して0.6
799(73%)の白色粉末を得た。
融点:106.5−107°C0
’HNMR(CDsOD) : 61.3 1 、7 (m、12 H1内部C
H,)、2.1(t、J=7.4Hz、2H,CH,C0NH)、2.3(t;
J=7゜3 Hz、 2 H、CHz C○、H)、3.0−3.2(m、4H
,FrnocNHCH。
およびCH,C0NHCH,)、4.2(t、J=6.8Hz、LH,Fmoc
CH)、4.3(d、J=6.8Hz、2H,Fmoc CH,)、7.2−7
.8(m、 8 H,F moc ArH)。
元素分析値(CztHs−N to sとして):C’HN
計算値: 69.5 7.4 6.0
実測値: 69.2 7.3 5.8゜N−(N−フルオレニルメトキシカルボ
ニル−6−アミンヘキサノイル)アミノへキサン酸ペンタフルオロフェニル(F
mocAha、OP fp ;07z/−ル(l Q la9; 0.55H
モル)の溶液に、DCC(10331液を真空下で蒸発させてクリーム状の固体
とし、これを95%ETOH/1%ACOH(IJIのから再結晶して1801
Rg(57%)の純粋な土を得た。
融点:126−127℃。
N −tert〜ブト牛ジカルポジカルボニルミンへキサン酸ペンタフルオロフ
ェニル(影)
EtOAc(501り中のN−Boa−6−アミノへキサン酸(4,789;2
0.8111%ル)およびペンタフルオロフェノール(3,68y;201モル
)の溶液にDCC(4,12g;2oj1モル)を加えた。コレラ16時間撹拌
し、次いで濾過し、濾液を真空下で蒸発させてシロップにした。これを放置して
おくと結晶化して7.469(94%)のエステルが得られた。インプロパ/−
ル/1%酢酸がら再結晶して6゜26gの白色針状結晶を得た。
融点:81−83°C0
’ HN M R(CD CC3):δ1.4 1.6(m、15H2BocC
Hs5(b、LH,NH)。
I3CNMR(CDCρ3):δ24.38(C4)、26.00(C3)、2
8.39(Boc CH3)、29.70(C5)、33.20(C2)、40
.28(C6)、79(BocC)、156(Boc C=O)、169 (C
I)。
元素分析値(C、、H、。N O−F sとして):CHN
計算値: 51.4 5.1 3.5
実測値: 51.5 5.0 3.4 。
N (N−tert−ブトキ/カルボニル−6−アミンヘキサノイル)−6−ア
ミノへキサン酸ペンタフルオロフェニル(BocAhatOP fpニジ)
IM Na0H(5x+2; 51モル)およびH,0(Sff□中の6−アミ
ンへキサン酸(1,319; 10mモル)ノ溶液に、ジオキサ7(10dり中
の8(1,99g; 531モル)の溶液を加えた。得られた微細な懸濁液を激
しく3d撹拌すると透明になった。この溶液をH,0(200=f2)ニ加え、
IMのKH8O,(約1.0 xのの滴下によってそのpHを3.5まで下げ、
得られた溶液をE to Ac(3x 1 oOxf2)で抽出し、乾燥しくN
avCO4)、そして真空下で3112になるまで濃縮した。次いで、さらにE
tOAc(1,0z(りを加え、続いてDCC(1,039;5Hモル)を加え
た。これを16時間撹拌し、濾過し、濾液を真空下で蒸発乾固し、生成物を1%
AcOH含有のEtOH/H,O(約101のから再結晶して1.759(67
%)の白色針状結晶を得た。
融点:88−.89°C0
’HNMR(CDC123):δ1.3 1.9 (m、2H,CH,およびB
oc CH3)、2.2(t、J=7.5Hz、2H,CH,CQN、H)、
2゜7(t、J==7.3H2,2H,CH,Co、)、3.1 (m、 2
HlBoc N H郊、)、3.3(m、2H,C0NHCH2)、4.6(b
s、 1.H,Boc NH)、5.6 (bs、 L H,CON、H)。
”CNMR(CDCρ3):δ24.35.25.31.26.10.26.4
1.29.31.29.83.33.17.36.62.39゜14.40.3
5 (CH,)、28.44. (Boc CH,)、79.12(Boc中心
C)、156.05(Boc C=○)、169.39(エステルC−0)、1
72.84(アミドC−〇)。
元素分析値(CzaHs+Nt○sFsとして):HN
計算値: 54.1 6.1 5.5
実測値: 53.9 5.9 5.8 。
ジイソブチリル−5(および6)−カルボキシフルオレセイン、ペンタフルオロ
フェニルエステル(7)
無水トリメリド酸(9,6g; 0.05モル)およびレゾルシノール(119
; 0.11モル)を十分に混合し、190’Cの浦浴に1時間入れた。次いで
、温度を210°Cまで上げ、その温度に5時間保つと、溶融物が暗赤色の固体
に固化した。次に、これを冷却し、DMF(5C)mρ)に溶解した。この溶液
にピリジン(100z(りおよび塩化インブチリル(15,4xQ: 0.15
モル)を加え、これを24時間撹拌した。濾過した後、得られた濃厚なシロップ
をEtOAc(40RQ)に再溶解し、IM H,SQ、(2x300xのおよ
びH,O(1x 300mので洗浄し、乾燥しくNa25O4)、そしてもう一
度濃縮してシロップにした。これをCHtCI2.に再溶解し、シリカゲルカラ
ム(170g)のフラッシュ・クロマトグラフィーにかけ、最初はCH,CQt
(8001ので、次いで2%M e OH/ CHt CQ !で溶離した。生
成物を含む分画を集め、溶媒を真空下で除去すると12.459(4,8%)の
粗製のジイソブチリル−5(および6)−カルボキシフルオレセインが得られた
。
この物1t(5,77fl: 11mモル)およびペンタフルオロフェノール(
2,329; 21.1mモル)を1/1のE t OA c/ CHt CQ
t (125ic)に溶解した。この溶液を4℃まで冷却し、DCC(2,5
9; 12.1m1モル)を滴下した。これを2時間撹拌し、次いで濾過し、溶
媒を真空下で除去して油状物を得、これを−晩、−20’Cにして固化させた。
これをCH! CQ −(50mのに再溶解し、シリカゲル(1509)のフラ
ッシュ・クロマトグラフィーにかけ、CH7CQ2で溶離した。生成物を含む分
画を集め、溶媒を真空下で除去し、生成物を95%EtOH/2%酢酸から再結
晶すると3.689(59%)の白色針状結晶が得られた。
融点:、184−188℃。
tie(CHtCσ、)にかけると、この物質は、2つの異性体に対応するRf
o、58および0.63の2つの近接して移動するスポットを与えた。
’HNMR(CDCff3):δ1.31 (d、J=6.9Hz、12H,C
H3)、2.8(septet、J=7.0Hz、2H,CH(CHa)t )
、6.83(s+4H+14+’およびH!′)、7.11(s、2H,Hao
)、7.38(d。
J=8.0Hz、Q、5H95−異性体のH7)、7.96(S、0.5H,6
−異性体のH,)、8.20(d、J=8.0Hz、0.5H,5−異性体のH
,)、8.5(m、 I H,6−異性体のH4およびH,)、8.87(s、
0゜5H25−異性体のH,)。
I3CNMR(CDCQ、):δ18.82.34.18.82.11.82.
24.110.61.115.07.115.11.118.00.125.0
1.125.89.126.36.127.05.128.08.128.71
.129.28.130.92.132.23.133.30.136.32.
137.05.138.2.139゜62.141.8.142.84.151
.46.151.51.152.66.153.41.158.21.161.
06.167.50.174.94゜
元素分析値(Ca、Ht−F sO−として):CH
計算値: 61.6 3.4
実測値: 61.5. 3.0 。
この物質は分析的に純粋であり、フルオレセインラベル化実Mで用いる物質なの
で、これを用いてカルボキシフルオレセイン(CF)のスペクトル特性を測定し
た。0、LM NH,○Ac(pH9,0)中の入の1MM溶液を3dの間装置
してムをCF核に分解し、スペクトルの測定を行った。495および496nm
でのこの溶液の消衰係数75000M−’であり、260nmでは23000M
−’であった。260nmでの同じ溶液中の放出ペンタフルオロフェノキシドの
消衰係数は極めて低く (170M−′)、上記の吸収係数の誤差範囲内であっ
たので、考慮に入れなかった。また、この溶液をフルオレセイン含有のポリアミ
ド−オリゴヌクレオチドハイブリッドの蛍光収率のための標準対照として用いた
。
IHおよび13CNMRスペクトルは、内部対照としてテトラメチルシランを用
い、それぞれ300および75MHzのBruker AM300で記録した。
ジメチルホルムアミド(DMF)を減圧下で蒸留し、1〜2日以内に用いた。ピ
リジンは水酸化カリウムから蒸留し、5Aのモレキュラー・シーブ上で保存した
。融点は、E Iectrothermal Melting Po1nt A
pparatusを用い、一方が開いたキャピラリー中で測定した。フラッシュ
・クロマトグラフィーはMerck Kiese1gel#9385を用いて行
った。
実施例2:ペプチド合成
Fmoc(フルオレニルメトキシカルボニル)ペプチド合成法を用いて、複数の
りジン残基(後に、非−放射活性ラベルの結合部位として用いることができる)
およびアラニン残基(リジン残基の間のスペーサーとして働く)を含有するペプ
チドを合成した。このペプチドは配列(A]aLys)sAlaを有している。
調整された多孔ガラス(CPG)をペプチド合成のための固体支持マトリックス
として用いた(この支持体はペプチド合成には普通ではないが、オリゴヌクレオ
チド合成に選択した支持体であるので)。
第1図に示すように、アミンプロピルCPG(AP−CPG)をAIN導体化し
て、この固体支持マトリックスに結合した遊離のヒドロキシ基を得た。AP C
PG(Fluka、孔の大きさ500A、0.51i1.20uモルのアミノ基
)に、ジメチルホルムアミド(DMF)(2ff12)中のジメチルアミノピリ
ジン(DMAp><30.5η;250μモル)およびα、ω−ヒドロキシカル
ボン酸誘導体旦、旦まタハλく250μモル)を加えた。これを3時間振盪する
か、または16時間放置した。次いで、このCPGを洗浄し、そして乾燥した。
官能基化の程度を、少量のCPGの酸処理によって放出されるジメトキシトリチ
ル(λ−507nm、ε−66500M−’)またはビキシル(λ−445nm
、ε−4770M−りの分光光度検定により定量する。次いで、残存のアミ7基
(約10〜20%)を、ピリジン(2村)中で15分間、CPGを無水酢酸(A
c、0)(0,5x(!; 2.5xモル)およびD M A P (50u:
0.4xモル)で処理することによってアセチル化する。残存する有意なアミン
基は検出されなかった。次いで、CPGをCH。
CQ、中の3%ジクロロ酢酸(2x5分)で処理し、CH,C122で洗浄した
。
別法では、γ−ブチロラクトンを用いてCPGを誘導体化した。
この場合、CPG(0,59)およびγ−ブチロラクトン(:M)を7日間、6
0’Cのオーブン中に置いた。
次に、この修飾した固体支持体をペプチド合成に用いた。最初のアミノ酸を結合
させるために(エステル結合の生成)、高濃度の活性アミノ酸を用いた。即ち、
誘導体化したCPG(100π9:2.7μモルのヒドロキシ官能基を含む)を
、DMF(2J!(り中のN−BOC−アラニン対称無水物およびDMAP(そ
れぞれ0.2M)の溶液と20時間反応させた。上述のようにAc、O/DMA
Pを用いて残存のヒドロキシ基をアセチル化し、アラニンを脱保護して遊離のア
ミン基を得た(25μモル/g)。90% トリフルオロ酢酸(TFA)/H,
Oで処理しく30分)、続イテ洗浄しくCH−Ci!J、中和しく20%トリエ
チルアミン/CH、Ca、)、洗浄しくCHzC(!2)、そして乾燥すること
によって最初のアミノ酸からBoc基を除去した。次いで、DMF中、4倍モル
過剰のFlloc−アミノ酸ペンタフルオロフェニルエステルおよび1−ヒドロ
キシベンゾトリアゾール(HOB t)を用い、通常のF mOcの化学を用い
て、手動のCRBペプチド合成機でさらにペプチド合成を行った。簡単に言うと
、CPG基質を、H○Btの存在下で30分間、DMF(21の中テN −a−
F M OC−N−ε−BOC−Lysペンタフルオロフェニルエステルと反応
させた。この反応はニンヒドリン検定によると定量的であった。次いで、FMO
C基をDMF中の20%ピペリジン(IX3分、IX7分)で除去した。リジン
残基とアラニン(FMOC−Ahaペンタフルオロフェニルエステルを用いる)
を交互に変え、同じ方法で次の結合を行って(A laL yS)sA laを
合成した。
実施例3:オリゴヌクレオチド−ペプチドコンジュゲートの合成実施例2に従っ
て合成したペプチドをオリゴヌクレオチド合成の出発原料として用いた。
ペプチドの末端アミ7基を20%ピペリジン/DMFで脱保護し、CPGをDM
F(0,5ffの中で16時間、α、ω−ヒドロキシカルボン酸リンカ−1a、
1bまたは2(0,21モル)および1−ヒドロキシベンゾトリアゾール(0,
2J!モル)と反応させた(第2図参照)。残存するアミノ基をアセチル化し、
このCPGを、Applied Biosystems380A 自動DNA合
成機によるDNA合成に用いた。
別法では、γ−ブチロラクトンを口、ibtたはAの代わりにリンカ−として用
いた。この場合には、CPG(100119)を60℃で7日間、γ−ブチロラ
クトン(2靜)と反応させた。
D M T rまたはPx保護基をリンカ−基から除去し、メチルN、N−ジイ
ソプロピルヌクレオシドホスホルアミダイト(BeaucageおよびCaru
thers :上記)を用いてオリゴヌクレオチド合成を始めた。簡単に説明す
ると、ホスホルアミダイトを乾燥アセトニトリル中の0゜1M溶液とし、0.5
Mテトラゾールの存在下で結合させる。これに続いて、未反応のヒドロキシ基の
アセチル化(Ac20/DMAP)、ホスファイトトリエステルのホスフェート
への酸化(I、/H,O)、次のヌクレオシドホスホルアミダイトの結合の前の
脱トリチル化(DCQ/CH、CQ、)を行う。最初のホスホルアミダイトを末
端の脂肪族ヒドロキシ基に結合させた。オリゴヌクレオチドの合成を続け、マウ
スのカリクレインをコードしているmRNAの一部に相補性であル30 mer
(7)t リゴテオキシソボヌクレオf トd(GGGCTTCACAACAT
CTGTGATGTCAGCAGG)(K P I B)をこの固体支持体上で
合成した。トリチル検定による平均の結合収率は99%を越えていた。
コンジュゲートを脱保護するため、固体支持体を自動合成機から取り、Ph5H
/Et3N/CH3CN 1:12で2時間処理してホスホトリエステル上のメ
チル保護基を除去した。リジン残基上のBOC保護基(および5°−DMTr基
も)は、90%トリフルオロ酢酸/10%エタンジチオールによる5分間の処理
、それに続<20%E t 3 N / c Ht c a tによる中和によ
って除去した。次いで、C−末端アミノ酸を固体支持体に結合させているエステ
ル基を濃NH,水溶液で切断しく4時間)、この溶液を55°Cでさらに16時
間加熱してヌクレオシドのアミノ保護基を除去した。
第3図は、ポリヌクレオチドキナーゼを用いる[γ−”P]−ATPによる粗製
の生成物の5’−”P末端ラベル化、および7M尿素を含む20%ポリアクリル
アミドゲルでの電気泳動の後に得られるパターンを示すものである。オリゴヌク
レオチド−ペプチドハイブリッドは通常のKPIBよりも遅く移動し、生成混合
物の主成分である。
未ラベルの反応液を移動させ、UVで陰をつけることによってDNAをゲル上で
可視化したときに同様のパターンが観察される。純粋なハイブリッド生成物は、
10%ゲルでのプレバラティブゲル電気泳動ニーよって、またはffPLCによ
って得た。
生成物のアミノ酸分析は6AIa:5Lysの予想比を与え、1モルのKPIB
あたりに1モルの(A IaL ys)sA laポリアミドを有していた。こ
の生成物はヘビ毒ホスホジェステラーゼに対して耐性であり(3”−末端をブロ
ック)、牌ホスホジェステラーゼによって一部だけが消化された(5′−末端か
ら10ヌクレオチド)(消化物のHPLC分析によって評価)。3°−末端の正
に荷電したポリアミドの存在は分子のこの領域のホスホジェステラーゼ消化を阻
害するようである。P1ヌクレアーゼはこのコンジュゲートをその成分であるヌ
クレオシドおよびヌクレオチドに消化した。
DNA合成は、常法[Beaucage and Caruthers、 (1
981)、Tetrahedron Lett、 、 22.1)l)、 18
59−1862]に従い、メチルおよびシアノエチルの両保護ヌクレオシドホス
ホルアミダイトを用いて行った。これらの合成法においては、それぞれのヌクレ
オシドホスホルアミダイトを支持マトリックスに付加した後に、D M A P
/ A ctoによる60〜120秒のキャッピング(capping)工程
を用いた。
アミノ酸分析はBeckman System 6300アミノ酸分析機で行っ
た。
蛍光分光光度計による測定はP erkin−E 1mer L S −5ルミ
ネセンス光度計で行った。HPLCはVydac C+a 5u 25cxx
4.6xxカラムを用い、AILexシステムで行った。用いた緩衝液は、A
: 0゜1M酢酸トリエチルアンモニウム(pH7,0)、およヒB : 45
%CHs CN含有の0.1M酢酸トリエチルアンモニウム(pH7,0)で非
−ペプチドアミノ酸の使用は、ポリアミドの分子構造の設計に尚一層の柔軟性を
導入する。あらゆるα、ω−アミノカルボン酸を天然アミノ酸の間のスペーサー
として働かせることができる。容易に入手することができる6−アミノへ牛サン
酸(HAhaOH)を標準的な単位として選択するが、その他のあらゆる類似の
アミノカルボン酸を用いることもできる。始めに、N−Fmocペンタフルオロ
フェニル活性エステル誘導体這およびAを合成し、通常のF mocペプチド合
成法において用いた。ダイマー先は、モノマーiおよび6−アミノへ牛サン酸か
ら好収率で調製することができる。また、酸6は、BOP[ベンゾトリアゾール
−1−イルオキシ−トリス−(ジメチルアミノ)−ホスホニウムへ牛すフルオロ
ボレート〕法(Castro ;上記)を用いて同相合成において直接用いた。
この合成においては、4倍モル過剰の6、BOP試薬、N−メチルモルホリンお
よびHOBtをDMF中で用いた。この方法は、活性エステルを調製することな
くこのスペーサーを導入する極めて効率的な方法であることがわかった。
オリゴヌクレオチド部分から十分に離れた1個の1級脂肪族アミン基を含むオリ
ゴヌクレオチドの合成を説明するために、4当量のN −F n+Ocアミノ酸
活性エステル先を用いたこと以外は実施例2に記載の方法を用い、そしてオリゴ
ヌクレオチドからの隔離のために活性エステルAの2つのカップリングを用いて
、ポリアミドA ha。
Lys(Boa)Alaを合成した。次いで、実施例3の方法に従ってリンカ−
λを付加した後、マウスカリクレインmRNA(KP I B)の一部に相補性
である30merのオリゴヌクレオチドを合成した。このコンジュゲートを上記
のようにして脱保護した。別の方法においては、Boc化学をポリアミドの合成
に用いた。我々はリジン誘導体としてa −Boc−e −F mocLyso
P fp(または、BOP法による対応するカルボン酸)を、そしてスペーサ
ーとしてB ocA hato P fpを用いた。4倍モル過剰の活性アミノ
酸およびHOBtをDMF中で0゜5時間用いた。保護されたポリアミド−オリ
ゴヌクレオチドハイブリッドを通常のオリゴヌクレオチドと全く同じ方法で脱保
護し、上記と同一の産物を得た。この場合、リジン残基上のF moc保護基は
アンモニア脱保護工程の間に切断される。
また、このF moc法を用いて10個のりジン残基を含むもっと長いポリアミ
ドを合成した。これはAla(LysAha4)++LysAlaであり、手動
のペプチド合成機を用い、Aha4LysA1aと同じ方法(Fmoc法)で合
成した。この基質上でのKPIBの合成に続く通常の脱保護プロトコール(実施
例3を参照)により、PAC,E分析でKPIBよりもゆっくり移動する主バン
ドを与える産物が得られた。このバンドのPAGE精製によって良好なアミノ酸
分析結果を有する産物が得られた。
4種類の別の段階でリポータ−グループを導入した:即ち、(1)ポリアミド合
成の後;(■)連結シンフンの付加の後;(■)オリゴヌクレオチド合成の後;
および(IV)ハイブリッドの脱保護および精製の後である。
(I)リジン側鎖上のBoc保護基の除去の後、この段階でビオチンおよびフル
オレセインラベルンを結合させた。ビオチンは、DMF中のビオチン、BOP試
薬、HOBtおよびN−メチルモルホリンのそれぞれ0.2M溶液を用いて30
分間結合させた。また、この結合は、それぞれのLys(Boc)残基を付加し
た後のポリアミド合成の間に行うこともできる。別法では、ビオチンを例えばス
クシンイミドエステルなどの活性エステルとして付加することができる。フルオ
レセインは、この段階で、DMF中のLおよびHOBtの0.3M溶液との3d
の反応によって結合させた。残存するアミ7基はアセチル化シた。後に行うピペ
リジン処理はフルオレセイン上のインブチリル保護基を除去するので、ピリジン
中のDMAP/無水イソ酪酸で16時間再アシル化した。
(II)リジン側鎖の保護基がF mocであり、ポリアミド合成にBoa法を
用いたときには、この段階でラベルの結合を行うことができる。ε−F moc
基の除去の後に、ビオチンまたはフルオレセインを段階(1)での方法と同じ方
法で付加する。
(III)リジン側鎖のBoa保護基を上記のように除去しくハイブリッドの脱
保護)、ラベルを結合させた。DMF(0,51C)中のビオチンN−ヒドロキ
シスクシンイミジル活性エステル(20当量)およびHOBt(20当M)との
16時間の反応によってビオチンを付加する。フルオレセインは段階(1)での
ようにして付加するが、フルオレセインの再アシル化は必要ではない。
(TV)常法によって1個のリジンを含有しているハイブリッドにビオチンを付
加した。フルオレセインはフルオレセインインチオシアネート(FITC)を用
いて付加することもできる。
実施例6:オリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲートへの蛍光団のコンジ
ュゲート
下式で示される完全に保護されたオリゴヌクレオチド−ポリアミドコンジュゲー
ト;
CP G−3L−A Ia] Lys(Boa)Aha]eLys(Boc)A
Ia−3L−K P I B[式中、Ahaは6−アミノへ牛サン酸残基(C
(CHJ5 NH)であり、SLはリンカ−」」、」」およびがら導がれる結合
であり、そしてKPIBはその配列を上に示したオリゴヌクレオチドであるコを
実施例4に従い、30j!yのCPGで合成した。始めに、Lys側鎖のBoc
保護基を除去するため、コンジュゲートを90%トリフルオロ酢酸/10%エタ
ンジチオールで5分間処理し、次いで20%トリエチルアミン/CH,Off、
で処理して生成した1級アミン基を中和した。次いで、このコンジュゲートを、
DMF(0,5好)中で3日間、40倍過剰のジイソブチリルカルボキシフルオ
レセインペンタフルオロフェニルエステル(1’07xg)および1−ヒドロキ
シベンゾトリアゾール(26jI9)と反応させた。次に、このラベルされた化
合物を脱保護した。ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけると、このラベルさ
れた化合物はキシレンシアツール染料と同じ位置に移動する強い蛍光バンドを与
えた。このバンドを切り出し、精製してフルオレセインラベルされたオリゴヌク
レオチド−ボリアミドコンジュゲートを得た。
また、フンシュゲートCPG−3L−AlaLys(Boc)Aha、−3L−
KPIBを実施例4の方法に従って合成し、実施例5の段階3に従ってフルオレ
セインでラベルした。次いで、このラベルしたコンジュゲートを当分筒で自体既
知の方法に従いゲル電気泳動によって精製した。
実施例7:コンジュゲートの精製
ラベルした、およびラベルしていないハイブリッドのほとんどの精製は、10%
ゲルを用いるポリアクリルアミドゲル電気泳動(PAGE、)によって行った。
Bocの化学によって調製した1個のりジンを含有するハイブリッドの精製はV
ydacC+sカラムによる逆相HPLCで行うのが好都合であるが、これは、
このハイプリ、ドの5’−DMTr基が無傷であるためである。このD M T
r含有のハイブリッドを始めに次の条件を用いて精製した:33.3%のBで
インクラティックに20分間、次いで66.6%のBまての勾配で30分間。D
MTr−KPIB−3L−Aha、LysAlaは44.0分で溶出する。溶出
物の脱トリチル化(等容量の酢酸、15分)およびO〜66.6%のBの勾配で
30分間の再クロマトグラフィーにより、26.0分で溶出する純粋な生成物が
得られた。フルオレセイン含有のハイブリッドを、H,O中でS ephade
x G−25F 1ne(29)のカラムに通すことによって部分的に精製し、
すべての遊離のフルオレセインおよびその他の低分子量の物質を主に除去するこ
ともできる。ボイドボリュームで溶出する高分子量の分画(0,5xのを集め、
H,0に対して徹底的に透析した。
実施例8:標的配列へのフンシュゲートのハイブリダイゼーション
以下のビオチン化したフンシュゲートを実施例6の方法に従って調製した:
A、K P I B−L L−Aha、Lys(ビオチン)Aha(段階■でラ
ベル)B、K P I B”S L−[Aha、Lys(ビオチン)]Ala(
段階■)C,K P I B−3L−[AhaLys(ビオチン)]1oAla
(段階■)D、K P I B−3L−[Aha、Lys(ビオチン)コ、、A
la (段階■)[ここで、LLおよびSLはそれぞれリンカ−えおよび七から
導かれる連結を表す]。
第4図は、フンシュゲートA〜D(レーンA−Dに対応)を用いて、マウスのカ
リクレインcDNA挿入体を含むpUCプラスミドを含有するドツトプロットに
ハイブリダイズさせたときに得られる結果を示すものである。このドツトプロッ
トは、1kbのマウス腎カリクレインcDNA挿入体を含有し、pUcから導か
れる3、7kbプラスミドを含有していた。ネガティブ対照(NC)は、クロラ
ムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT)構造遺伝子を継ぎ合わせ
たメタロチオネイン■9遺伝子プロモーターを含有する類似のpUCプラスミド
であった。このニトロセルロースフィルターを、42°Cて6.5時間、ハイブ
リダイゼーション緩衝液[0,75M NaC(!、0.075Mクエン酸ナト
リウム、25mM NaHtPO,,25mMNatHP○4.10+nM ピ
ロリン酸四ナトリウム、O,1mM アデノシン三リン酸二ナトリウム、25x
y/Cサケ精子DNA、0.01%w/v F 1colL 0.01%ポリビ
ニルピロリドン、0.01%ウシ血清アルブミン、20%ホルムアミド](10
Il+7り中でプレハイブリダイズさせ、次いでプローブ(100ny)を加え
、これを42°Cで一晩ハイブリダイズさせた。次いで、このフィルターを、0
.2xssc[o、03M NaCQ、0.003M クエン酸ナトリウム]中
、42℃で4回(それぞれ10分間)洗浄した。B RL (Bethesda
Re5earch Labs) B IuG E N Eキット(ビオチンに
結合するストレプトアビジン−アルカリホスファターゼコンジュゲートを使用)
、およびそれに続く現像反応[酵素が基質ニトロ・ブルー・テトラゾリウム(N
BT)および5−ブロモ−4−クロロ−3−インドイルホスフェート(BCIP
)に作用して不溶性の染料沈澱を生成する]によってシグナルを検出した。
段階(■)(レーンA)または段階(H)(レーンB)のどちらかでビオチンを
結合させたハイブリッドの間には、シグナルの有意の差が存在しないことが明ら
かである。これは、オリゴヌクレオチド合成の条件が、ストレプトアビジンコン
ジュゲートに結合することができなくなるようにはビオチン残基に悪影響を及ぼ
さないことを示すものである。さらに、段階(nI)で導入した10個のビオチ
ン残基を含有するハイブリッド(レーンCおよびD)は、1個のラベルのハイブ
リツドのシグナルよりも約10倍強いシグナルを与える。ラベル間に1個のAh
aスペーサー(レーンC)または2個のAhaスペーサー(レーンD)を有する
複数ラベルのハイブリッドのストレプトアビジン結合親和性には有意差は存在し
ないよってある。従って、ビオチン残基の相対的な近接度は、ストレブトアビジ
ンーアルカリホスファターゼコンブレノクスが有意な程度にビオチン残基に結合
する能力に影響を及ぼさないようである。ネガティブ対照(NC”l(無関係の
挿入体を有するpUc)を考慮に入れると、このドツトプロ・ソト法による1個
のラベルのプローブの感受性は0.5ng(220aモル)であり、複数ラベル
のプローブは0.05n9(22aモル)である。
また、これらのビオチン化したプローブを用いて組織片にハイブリダイズさせた
。
ハイブリダイゼイションの組織化学分析はCoghlan、 J、 P、等[A
nal。
Biochem、 、 149. pp、 1−28 (1985)]の方法に
従って行った。簡単に説明すると、6μlの凍結切片を0.1Mリン酸塩(pH
7,2)中で5分間、4%ホルムアルデヒドで固定し、10分間フッ/%イブリ
ダイズさせた[50mM リン酸ナトリウム(pH7,0)、5.0mM ED
TA、Q。
02%fico11.0.02%ウシ血清アルブミン、0.02%ポリビニルピ
ロリドン、および0.01%ニシン精子DNA中で]。次いで、ラベルされたコ
ンジュゲートを0 、8 ng/μQの濃度で加えた。
ハイブリダイゼイションを40℃で3日間行った。次に、この切片(顕微鏡スラ
イドガラスに付着させた)を、4xSSC[保存溶液X20は、蒸留水中の3M
塩化ナトリウム、0.3Mクエン酸ナトリウム]中ですすいだ。次いで、コンジ
ュゲートのハイブリダイゼイションを光学顕微鏡下で発色させて可視化した。
10個のビオチン残基を含むプローブDを用いて、マウス顎下腺の6μ窺切片中
のカリクレインmRNAを検出した。第5図に示すように、プローブDは、顎下
腺の複雑な細管に一致する、マウスカリクレイン遺伝子の大部分の発現部位であ
る腺の別個の領域を強くラベルした(光学顕微鏡で検出)。
実施例9:反応性の3′ヒドロキシ基を有するポリアミド−オリゴヌクレオチド
コンジュゲートの合成
式:
[式中、Rはアルキルまたは置換アルキルである]で示されるウリジン誘導体を
、本出願人の同時係属豪州出願No、P12666/87の方法に従って合成す
ることができる。
次いで、このような化合物を、
(くこにスペーサー、例えばポリアミドが存在していてもよい)とDCCの存在
下で反応させて、
を得ることができる。
次いで、延長ポリアミドをC−5アーム上で合成することができ、これに続いて
オリゴヌクレオチドをヌクレオシドの5゛−ヒドロキシ基土で合成することがで
きる。
これらのウリジン誘導体類は、3°OHへの延長が必要とされる状況下で、例え
ばDNAの配列決定において有用である。そのような状況下において、ヌクレオ
シドをCPGに結合させているエステル基を都合よ(切断することができる。
Rσ、/
FIG、J。
P工GURE 4
A BCD
F工GW 5
国際調査報告
1−+1=IIIA、画一1−−−−. PCT/AU 88100417、、
、、積、、、、−、、、、、−、、、、−、PCT7AU88100417[T
o ’131E [α! ! REPCRlr ONr佇ジ引にnα! APP
LICATICN No、 K?r AU 8800417トラリア国、ビクト
リア3122、ホーソーン、ホーソーン・グ62番
Claims (18)
- 1.式: X−L−Y [式中、Xはポリアミドであり、Yはオリゴヌクレオチドであり、そしてLはポ リアミドXのアミノ末端およびオリゴヌクレオチドYの3′ホスフェート基と共 有結合を形成するリンカーである]で示されるオリゴヌクレオチドーポリアミド コンシエゲート。
- 2.リンカーしが、ポリアミドのアミノ末端と結合を形成する第1の反応性基、 およびオリゴヌクレオチドの3′ホスフェートと結合を形成する第2の反応性基 を有する2官能性のリンカーである請求項1記載のコンジュゲート。
- 3.ポリアミドXが天然アミノ酸で構成されているペプチドである請求項1また は請求項2記載のコンジュゲート。
- 4.ポリアミドが合成α,ωアミノカルボン酸、または天然アミノ酸と合成α, ωアミノカルボン酸の組合せで構成されている前記請求項のいずれかに記載のコ ンジュゲート。
- 5.ポリアミドが1またはそれ以上のリポーターグループを含んでいる前記請求 項のいずれかに記載のコンジュゲート。
- 6.リポーターグループが蛍光団、ビオチン、酵素、またはコロイド状化合物か ら選ばれる請求項5記載のコンジュゲート。
- 7.リポーターグルーブがフルオレセイン、テトラメチルローダミン、テキサス ・レッド、クマリン、炭酸脱水酵素、ウレアーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ 、デヒドロゲナーゼ、および/またはコロイド状の金または銀から選ばれる請求 項6記載のコンジュゲート。
- 8.ポリアミドが抗原性であり、それに結合する抗体によって検出することがで きる請求項1〜4のいずれかに記載のコンジュゲート。
- 9.式: Z−X−L [式中、Zは固相マトリックスを表し、Xは該固相マトリックスにそのC−末端 で結合しているポリアミドを表し、そしてLはポリアミドのN−末端に結合して いる第1の反応性基、およびヌクレオチドの3′ホスフェートと結合を形成する ことができる第2の反応性基を有する2官能性のリンカーを表す]で示されるポ リアミド。
- 10.請求項6または7記載のリポーターグループを1またはそれ以上含んでい る請求項9記載のポリアミド。
- 11.予め調製したオリゴヌクレオチドまたはヌクレオチドの3′末端ホスフェ ートを、予め調製したポリアミドのアミノ末端に結合させる工程を包含するオリ ゴヌクレオチドーポリアミドコンジュゲートの製造方法。
- 12.請求項1〜8のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドーポリアミト′コン ジュゲートの合成方法であって、(a)第1のアミノ酸またはアミノ酸ユニット (アミド結合によって互いに結合している)のC−末端を支持マトリックスと反 応させて、それらの間に結合を形成させ; (b)次いで、この支持マトリックスを、周知の固相ペプチド合成法に従い、1 またはそれ以上のアミノ酸と順次反応させてポリアミドを得; (c)この支持マトリックスーポリアミドをリンカーの第1の反応性基と反応さ せて、ポリアミドのアミノ末端とリンカーを結合させ;(d)工程(c)の生成 物を第1のヌクレオチドと反応させて、リンカーの第2の反応性基とヌクレオチ ドの3′ホスフェートを結合させ;(e)次いで、この支持マトリックスを、周 知の固相オリゴヌクレオチド合成法に従い、1またはそれ以上のヌクレオチドと 順次反応させてオリゴヌクレオチドを得;そして(f)所望により、支持マトリ ックスからオリゴヌクレオチドーポリアミドコンジュゲートを切断し、ポリアミ ドまたはオリゴヌクレオチドの反応性基に結合しているすべての保護基を除去し 、そして得られたコンジュゲートを精製すること;を特徴とする方法。
- 13.動物または植物組織における特定のポリヌクレオチド群の存在およびその 位置の測定方法であって、(a)被験組織片を調製し; (b)この組織片を請求項1〜8のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドーポリ アミドコンジュゲート(ここで、このコンジュゲートのオリゴヌクレオチド部分 は標的ポリヌクレオチドの一部に相補性である)とハイブリダイズさせ; (c)組織片からハイブリダイズしていないプローブ物質を除去し;そして (d)コンジュゲートのハイブリダイゼーションによってラベル化された組織片 中の位置を検出するか、または同定すること;を特徴とする方法。
- 14.支持マトリックスに固定化されたか、またはその他の方法でそれに結合し ている特定のポリヌクレオチドの検出方法であって、支持マトリックスを請求項 1〜8のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドーポリアミドコンジュゲート(こ こで、このコンジュゲートのオリゴヌクレオチド部分は標的ポリヌクレオチドの 一部に相補性である)と接触させ、次いでコンジュゲートの支持マトリックスヘ のハイブリダイゼーションを検出することを特徴とする方法。
- 15.生物学的試料中の特定のウイルス性、細菌性またはその他のポリヌクレオ チドの存在または非存在の検出方法であって、試料の核酸を請求項1〜8のいず れかに記載のオリゴヌクレオチドーポリアミドコンジュゲート(ここで、このコ ンジュゲートのオリゴヌクレオチド部分は標的ポリヌクレオチドの一部に相補性 である)と接触させ、次いでコンジュゲートのハイブリダイゼーションが起こる か否かを検出することを特徴とする方法。
- 16.ウイルス性、細菌性またはその他の疾病の治療方法であって、そのような 治療を必要としている患者に治療学的有効量の請求項1〜8のいずれかに記載の オリゴヌクレオチドーポリアミドコンジュゲートを投与することを特徴とし、さ らに、このコンジュゲートのオリゴヌクレオチド部分がアンチセンスオリゴヌク レオチドであって特定のウイルス性、細菌性またはその他のポリヌクレオチドに 相補性であり、従って特定のポリヌクレオチドの転写または翻訳をプロックする ものであることを特徴とする方法。
- 17.請求項1〜8のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドーポリアミドコンジ ュゲート(ここで、このコンジュゲートのオリゴヌクレオチド部分は所望のポリ ヌクレオチドの一部に相補性である);およびコンジュゲートのハイブリダイゼ ーションを検出するための試薬;からなる所望のポリヌクレオチドを検出するた めの診断キット。
- 18.組織片調製のための試薬をさらに含有し、動物または植物組織中の特定の ポリヌクレオチド群の存在およびその位置の測定に用いる請求項17記載の診断 キット。
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