JPH025900A - 末端標識したヌクレオチドプローブ - Google Patents

末端標識したヌクレオチドプローブ

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JPH025900A
JPH025900A JP1044981A JP4498189A JPH025900A JP H025900 A JPH025900 A JP H025900A JP 1044981 A JP1044981 A JP 1044981A JP 4498189 A JP4498189 A JP 4498189A JP H025900 A JPH025900 A JP H025900A
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Edmund Vuocolo
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    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
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    • C12Q1/6832Enhancement of hybridisation reaction
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 (産業上の利用分野) 本発明は、特定結合検定の為のシグナル発生システムに
関するものである。更に特別には、本発明は、ビオチン
と他の公知標識化部分のような非放射性部分による核酸
ハイブリッド形成プローブの標識札における改良に関す
るものである。
(従来の技術と発明が解決しようとする課題)オリゴデ
オキシヌクレオチドを包含するオリゴヌクレオチド(オ
リゴマー)は、特定遺伝子及び核酸配列の検出の為のプ
ローブとして現在広く使用されている。オリゴヌクレオ
チドの標識化の為の最も普通の方法は、同位元素sap
の組込みである。このアプローチは実験目的には適して
いるけれども、安全予防措置が必要とすることと相俟っ
て、sapの比較的に短い半減期は、効果的でかつ非放
射性標識化方法の検索が刺激されている。
今まで報告されている各種の非放射性標識の内、ビタミ
ンビオチン(及びイミノビオチンのようなビオチン類似
体)が、使用される検出システムの感度に加えて、アビ
ジンとストレブタビジンと結合する高い親和力、融通性
、及び取扱い容易によって可なりの注目を引いてきた。
ビオチン化プローブは、レアリ等、プロシーデインゲス
 ナショナルアカデミ−サイエンス(PNAS)、夏l
lb第4045頁(1983)に示される゛ように、ニ
トロセルロースフィルター上の標的核酸配列の感光比色
的検出に対して、更に、ランゲルーサファー等、PNA
S、[、第4381頁(1982)に示されるように標
的DNAの生体内原位置における検出に対して使用され
ている。
DNA中にビオチンの酵素的組込みは一1相当に文献が
提出されており、ビオチン化ヌクレオシド三リン酸の組
込みは、ラン゛ゲル等、PNAs’、LLI血、第66
33頁(1981)に検討されているように、ニックト
ランスレーション法により、又は、キンゲスバリ等(編
集者)におけるブラケル等、「感染性因子の迅速検出と
同定」、アカデミツク プレス、ニューヨーク、第23
5〜243頁(1985)及びリレイ等、ディーエヌエ
−(DNA)、星1塁、第333頁(1986)に記載
されるように末端デオキシヌクレオチド転移酵素によ′
る末端付加により達成出来る。ビオチン標識はまた、光
化学方法を使用してDNA中に導入されている。例えば
、ホルステル等、ヌクレイツクアシッド リサーチ(l
luc、ACoRe s 、 ) % 1」皇、第74
5頁(1985)参照。
幾つかの研究グループが、コレット等、ヌクレイツクア
シッド リサーチ(Nuc、 Ac、 Res、)、1
旦豆、第1529頁(1985)及びバクチル等、ヌク
レイツクアシッド リサーチ(NLI(!、 Ac、 
Res、)、第14巻、第7985頁(1986)にお
けるようにリン酸アミド化を経るか、又はリン酸ジエス
テル結合を経るかのいずれかにより、オリゴヌクレオチ
ドの5′−末端に単一ビオチンの結合方法の改゛良に集
中している。後者に関して、ケンペ等、ヌクレイツクア
シッド リサーチ、fi 、第45頁(1985)、ア
グラバル等、ヌクレイックアシッドリサーチ−: 1」
1、第6227頁(198B)、及びチュー等、□ディ
ーエヌエー(DNA) 、星1畳、第327頁(198
5)参照のこと。これらの方法はオリゴヌクレオチドプ
ローブを付与するのに使用出来るが、オリゴマー当たり
たった一つのビオチンしかこれらの方法により導入され
るに過ぎない。
ビオチン化オリゴヌクレオチドプローブの感度を増大す
る為に、オリゴマーのハイブリッド形成が損なわれない
方法で幾つかのビオチンを導入する努力がなされて来た
。このことは、リレイ等、上記文献、のように末端転移
酵素を使用する、又は村杉等、ディーエヌエー(DNA
)、LLI、第269頁(1984)におけるようにフ
レノウ断片を使用する酵素的方法により達成されている
。また、プローブの内部ヌクレオチドに結合するサイド
アームに多くのビオチンを導入する化学的方法も、ブリ
アン等、ディーエヌエ−(DNA)、LL、第124頁
(1984)による予告報告に記載されている。
(課題を解決するための手段) 本発明は、末端標識化、特に末端ビオチン化ヌクレオチ
ドを提供するもので、このヌクレオチドは、核酸ハイブ
リッド形成検定の成分として有用である。特に、記載さ
れる新規化合物新規化合物、及び核酸ハイブリッド形成
検定システム、並びにこの新規化合物を含みかつ使用す
る方法を提供するものである。
一つの見解において、ビオチンの少なくとも一つが、ハ
イブリッド形成を妨げない連鎖群を介して結合する。も
う一つの見解において、末端ヌクレオチドの少なくとも
一つが、ポリビオチン化ポリマーに結合する。本発明の
更にもう一つの見解において、新規オリゴ−が、ピリミ
ジン環の5−位置に結合する官能基を有するヌクレオチ
ドリン酸アミド化物から合成される。本し、それにより
このようなプローブを利用する検定がより敏感とされる
従って、本発明の主とする見解は、5°と3°の末端ヌ
クレオチド又は末端ヌクレオチド領域の各々に直接的に
又は間接的に結合する少なくとも一つのビオチン又は他
の非放射性検出部分を宵するオリゴ−又はポリヌクレオ
チドから成る酸ハイブリッド形成検定組成物は、更に追
加的試薬を含むことが出来る。
試験が実施される試料液体は、生物学的、生理学的、工
業的、環境的、及び他のタイプの液体を含む。特に関心
のある液体は、血清、血漿、尿、脳を髄液、唾液、乳、
スープ及び他の培養液、及び上澄み並びにこれらどれか
の画分のような生物学的液体である。関心のある生理学
的液体は、浸出液溶液、緩衝液、防腐・溶液又は抗菌溶
液などを含む。工業的液体は、例えば、薬品、乳製品及
び麦芽飲料の製造において使用される。発酵液及び他の
加工液を含む。従来の方法により試験される試料液の他
の源は、使用されるような試料液という用語で意図され
ており、かつ本発明により検定されることが出来る。
「アナライト」という用語は、その存在が試料液中に定
量的又は定性的に決定されるべきどの物質に、又は関連
する物質のクラスに関するものである。本発明の検定は
、特定結合相手があるアナライトの検出に、かつ逆にア
ナライトを結合する為のアナライト液の能力の検出に適
用出来る(普通、試料中のアナライトに対する結合゛相
手の存在に起因する)。′アナライトは普通、特定結合
相手が存在するか、又は付与され得るオリゴ−又はポリ
ヌクレオチドである。アナライトは、機能的用語におい
て、相補的核酸配列が存在するか、又は調製可能なRN
A又はD・N^から普通選択される。
「アナライト−特定疲」という用語は、分子の特別な空
間と極性構成、即ち、エピトープ的部位、又はたの配列
に優先する核酸配列のような特別な情報配列を認識出来
るどの化合物又は複合物にも関係する。大部分の実施態
様にお゛いて、アナライト−特定液は、核酸ハイブリッ
ド形成検定プローブのような特定結合検定試薬であろう
。特に関心のあるアナライト−特定液は、疾患起因生物
体、例えば、N、淋菌文はヒト乳頭腫ウィルスに特異な
りNAハイブリッド形成検定オリゴヌクレオチドプロー
ブ、又は遺伝的障害、例えばディーサックス病又は網膜
芽腫を示すポリヌクレオチド遺伝子配列を含む。
アナライト−特定部分は、直接的に゛又はビオチン又は
ビオチン類似体のような他の部分を伴う非干渉性連鎖群
を介して結合され得る。直接的に結合される場合、この
ような結合は、共有又は非共有のいずれかで有り得る。
結合が非干渉性連鎖群を介して結合される場合、この非
干渉性連鎖群は、このアナライト−特定部分があるアナ
ライトと結合する特徴的能力を実質的に阻害しない一つ
である。更に、このような連鎖群は、これらがエネルギ
ー放出又はこれらが結合されるある部分の他の特性を実
質的に阻害しないことを特徴とする。連鎖群は、非荷電
であり得、又は一つ又はそれ以上の荷電官能性を含み得
る。アナライト−特性部分の他の部分との結合はまた、
重合性化合物を介して達成され得る。このような化合物
は、上述の連鎖群の非干渉性特徴を、普通発揮するであ
ろう。アナライト特定部分がアナライトに結合する場合
の検出は、検出可能な分子を使用する各種の手段により
達成可能である。検出可能な分子は、酵素、蛍光色素、
色素原又は直接的にまた間接的にアナライト特定部分に
結合され得るような物などが挙げられる。例えば、アナ
ライト特定部分に結合するビオチンは、アビジン又はス
トレブタビジン及びビオチン化酵素からなる、前形成の
検出可能な分子により検出され得る。検出可能な分子と
アナライト特定部分との間に形成された反応生成物の複
合体は、検定組成物のシグナル報告部分として上述の理
由で役立つことが出来る。
(実施例) 以下の実施例により本発明を説明するが、これらは本発
明を制限する為のものでは無い。
残留ビオチンの位置と数の関数としてビオチン標識付は
オリゴマープローブの有効性を研究する為に、各種の位
置のビオチン−11−dUMPを含む一連のオリゴマー
を合成し、かつこれらと、ビオチン−11−dUTPと
末端デオキシヌクレオチド転移酵素で酵素的に末端標識
化することにより調製したオリゴマーとの比較が、ハイ
ブリッド化/検出研究においてなされた。保護アリルア
ミノのサイドアームを含むデオキシウリジンリン酸アミ
ド化物を合成し、かつ17−塩基オリゴヌクレオチド配
列内の各種の位置で残留アリルアミノを有するオリゴヌ
クレオチドを調製するのに使用した。続いて、ビオチン
置換物を、トビオチンニルー6−アミノカブロン酸−ト
ヒドロキシコハク酸イミドエステルと反応させること1
μよりアリルアミノ サイドアームに結合させた。
これらのオリゴマーは、ミクロタイ5ターウエル(エリ
ザプレート)上に固定された標的DNAに対合させ、か
つ基質として過酸化水素を、色素原として0−フェニレ
ンジアミンを使用するストレプタビジンービオチン化西
洋ワサビペルオキシダーゼ複合体により検出された。こ
の定量的の比色的なハイブリッド形成/検出方法を使用
して、ハイブリッド形成配列の近く又は末端におけるオ
リゴヌクレオチド含有ビオチン標、識が、オリゴマー含
有内部的ビオチン標識よりもより効果的なプローブであ
ることを見いだした。ビオチン−dUMP残留の数を増
加する追加的効果が、幾つかの標識付は配置において見
いだされた。
下記実施例は、実験を詳しく説明すると共に、その結果
を報告している。
別に述べない限り、化学的試薬はアルドリッヒ社から購
入され、更に精製することな(使用した。薄層クロマト
グラフィーは、シリカゲル60F254プレート(メル
ク)を使用して実施され、かつシリカフラッシュカラム
クロマトグラフィーは、シリカゲル品質60(メルク)
を使用して実施された。塩化メチレンは、無水炭酸カリ
ウム添加して蒸留することにより乾燥し、N、 トジイ
ソプロビシレエチルアミンは蒸留により精製した。トビ
オチニルー6−アミノカプロン酸−トヒドロキシコハク
酸エステル(エンゾチン、登録商標名)は、工ンゾ ピ
オケム社により供給された。’!Inmrスペクトルは
、ニコレットQE300装fiで実施され、かつ31p
スペクトルは、JEOL GX−400分光計で実施さ
れた。
デテク(登録商標名)1−hrp、末端デオキシヌクレ
オチド転移酵素、及びビオチン−11−dUTPは、エ
ンゾ ピオケム社から入手された。0−フェニレンジア
ミン ジヒドロクロライド(OPD) 、ウシ血清アル
ブミン(30%無菌溶液)、H3O1、トリトンx−t
ooは、シグマ社から購入された。イムロン(登録商標
名)2マイクロタイター[エリザ(ELISA)]プレ
ートは、ダイナチク社から購入された。硫酸デキストラ
ンは、ファルマシア社から、及びホルムアミドはフル力
社から購入された。1本鎖バクテリオファージ標的DN
Aは、M13mp1gバクテリオファージの組換え体(
大腸菌R1部位の無関係2.5キロ塩基挿入断片を含む
組換えDNA)により感染された大腸菌JM103上澄
みから標準的方法により調製されミこの方法は、マニア
チス等、「分子クローニング、実験室便覧」(1982
)、及びカドンガ等、ヌクレオイックアシッド リサー
チ(Nuc、^c、 Res、)、第13巻、第173
3〜1745貞(1985)を参照のこと。対照の1本
鎖標的DNAは、野生型(無ラック配列又はポリリンカ
ー配列)M2S−感染細胞上澄みから調製された。
下記ハイブリッド形成/検出検定の各種段階で使用した
緩衝液は、1) SSC: 20X SSCは3MNa
C1,0,3Mクエン酸ナトリウムであり;2)SSP
E: 20X 5SPEは3.6M NaC1,0,2
M  リン酸ナトリウムp117.4、及び0.02M
エチレンジアミン四酢酸(EDTA)であり;3)クエ
ン酸塩リン酸塩緩衝液、pH6、o: 0.05M p
H6,0に調節されたクエン酸と0.IM NatHP
O4:及び4)、 PBS: l0XPBSは1.5M
 NaC1,0,IM リン酸ナトリウム緩衝液pH7
,2±0.2である。
ビオチン ヌクレオチドの^ i)保護アリルアミノ−デオキシウリジン リン酸アミ
ド化物 トリフルオロアセチルアリルアミド2゜トリフルオロ無
水酢酸(56+al、 397mモル)を1.5時間を
要して0℃のアリルアミン溶液(40,5g。
60m1.800mモル)中に撹拌しながら滴下する。
生成赤色溶液を一晩室温で保存し、次いで酢酸エチルと
炭酸水素ナトリウム水溶液(各☆50Gml)の間に分
配させる。酢酸エチル層を炭酸水素ナトリウム溶液(2
x50()ml)と水(2x500+al)で洗浄し、
次いで無水硫酸ナトリウム上で一晩乾燥する。濾過後、
溶液を蒸発乾固し、真空で痛留する。再蒸留により無色
油としての化合物?(第1図)を得る=収量: 45.
2g(37%)、沸点119℃/locm、 nmr(
CDC13)d  6.58.  br  s、INH
5、 Hz m* L CIL 5. L IS、 L
 CHI、 4.0r L L CHtNaC,Il、
P3Noに文・ る元 計算値: C39,22,II’3.95. F 37
.23. N・9.15測定値: C39,00,H4
,1B、 F 37.50. N 8.915−塩化水
銀−2′−デオキシウリジン(1)’(12,6g。
27、2mモル)の酢酸ナトリウム緩衝液(0,IN、
 PH5)中の分散物ヲ、トリフルオロアセチルアリル
アミド(2)(26g、、 175mモル)と処理し、
次いでカリウムテトラクロロパラデート(8,98g、
 27.5rモル)の水(100g+1)溶液により処
理する。混合液を18時間室温で撹拌し、次いでセライ
トを介して濾過して水銀とパラジウムめ黒色沈澱を除去
する。濾液を撹拌下に水素化ホウ素ナトリウム(3xl
Ohg’)で処理し、次いで再びセライトを介して濾過
する。縞液を約3001まで蒸発させ、次いで酢酸エチ
ル(6x200ml)で抽出する。−緒にした酢酸エチ
ル届を蒸発乾固し、これを2つの部分に分ける。各々の
部分を溶剤として酢酸エチルを使用してシリカゲル(z
sog)上フラッシュカラムクロマトグラフィーにより
精製し、各々のカラムからの画分95〜18’O(20
”−1画分)を組み合わせ、これを蒸発乾固して白色結
晶塊としての化合物(3)を得る。 3.8g(37%
)。試料を酢酸エチルlヘキサンから再結晶化して白色
結晶としての分析的に純粋な化合物品を得る。
融点184〜185℃、 nmr(Me*5O−d6)
d 11.5+ s、 1.旧I;9、7. t、 t
、 NH:8.1.s、 1.Ca1l;6.4.ra
、 1.CI=H6,2,m、 LCl・ll、−CH
=;5’、 3. d、 1. cs・011;5. 
t、 t、 t、 cs・011;4.3゜ffi、 
1. C1l:3.843. g、 m、 3. CI
l、 CIItN;3. s、 l、 2. cot 
:2.11m+ L Ct・HSuv(IItO)+a
x241nm、 e7980:294nm。
e6830゜ ΩΩ 無水ピリジン(5ml)中の化合物品の溶液(570B
1、52mモル)を室温で一晩4,4゛−ジメトキシト
リチルクロライド(617mg、  1.82mモル)
で処理した。
薄TAクロマトグラフィー(TLC; シリカ、塩化メ
チレン:メタノール、 10:1)は、出発原料がまだ
存在することを示したので、ジメトキシトリチルクロラ
イド(254mg)を追加して添加し、次いで溶液を3
時間室温で保持した。メタノール(1量l)を添加し、
次いで溶液を一蒸発乾固し、真空中で一晩保持した。黄
色泡が塩化メチレンと水(各々701)の間に分配され
、塩化メチレン層を水(2x70a+1)で洗浄し、次
いで硫酸ナトリウム上で一晩乾燥した。溶液を濾過し、
濾液を蒸発乾固し、溶剤として塩化メチレン:メタノー
ル(25:1)を使用して′シリカ(150g)上でフ
ラッシュカラムクロマトグラフィーにより精製した。
チューブ3434−50(20画分)は、TLC純粋原
料を含み、かつ組み合わされ、かつ蒸発乾固された。
残留物を乾燥、ベンゼン(2x5ml)、で共蒸発させ
、−晩真空中で乾燥して白色非晶質固体としての化合物
±(第1図)を59jB(57%)得た。nmr(CD
CLs)d 7.90.811. C611;7.3−
7.5. ta、 9.芳香族:6.89. d、 4
゜芳香族;6.44. ra、 2. CI−H,C1
1=’; 5.32. d、 2.’CH=;4.65
゜s、 l、 C1l:4.14. s、 2. CI
ItN;3.83. s、 6.0CHs ;3. L
 II、 LCll;3. s4. If、 z、 C
s−1f;2.4L Ill z、 CH*。
隔膜密封フラスコ中の乾燥塩化メチレン(4量l)の化
合物まの溶液(34hg、 0.5n+モル)を、N、
N−ジイソプロピルエチルアミン(0,286m1゜■
、5sモル)で処理し19次いでクロロ−N、N−ジイ
ソプロピルエチルアミノメトキシフォスフイン(0,1
45m1.0.75n+モル)により処理し、両方の試
薬は注射器を介して添加した。溶液を20分間室温で保
持し、次いで水と酢酸エチル(各々25m1)の間で分
配した。酢酸エチル層を炭酸水素ナトリウム水溶液(1
x25a+1)、水(IX25ml)で洗浄し、次いで
一晩無水硫酸マグネシウム上で乾燥した。固体を濾別し
、濾液を蒸発乾固し、乾燥ベンゼン(2X5+al)で
共蒸発させ、次いで一晩真空で乾燥した。残留物を乾燥
ベンゼン(2,5+sl)に溶解し、溶液を激しく撹拌
されるO”Cの乾燥へ牛サンの溶液、へ添加することに
より沈澱させた。沈澱物を濾過により集め、冷へ牛サン
(6x、201m1)で洗浄し、−晩真空中で乾燥して
白色非晶質固体としての化合物型を311mg(74%
)得た。
31Pnmr(CDC13)d 149.44.148
.91.不純物d8.37. tie(CH2CJ2/
MeQ11..20:1)RfO,4,不純物RfO9
2゜ ii、)オリゴヌクレオチドの合成 オリゴヌクレオチドを、メチルホスホールアミダイトと
製造会社により供給される試薬を使用してアプライドバ
イオシステム社の装置、モデル380Bに基づくホスホ
ールアミダイト添加により合成した。0.2μモルと1
μモルの両方の合成サイクルを使用した。修飾ホスホー
ルアミダイト(化合物互)を乾燥アセトニトリルに溶解
し、次いでガラス綿プラーグを介して濾過して直ぐ後で
前記装置に負荷した。ホスホールアミダイト添加をトリ
チル陽イオンの放出により監視し、かつ修飾化合物Si
t未修飾ホスホールアミダイトと同じ程度に混合された
。ここに報告されるように合成されたオリゴヌクレオチ
ドのヌクレオチド配列は、下記実施例1.第11表に説
明される。合成の完成後、オリゴマーを一晩55℃でア
ンモニアで処理することにより脱保護化し、これは尚ト
リフルオロアセチル基を開裂して、選択される位置にア
リルアミノ サイドアームを有するオリゴヌクレオチド
を生成するのに役立ったd iii )オリゴヌクレオチドのビオチン化上述のよう
にして調製した粗製オリゴヌクレオチドを、溶出緩衝液
として2G+aM炭酸水素トリエチルアンモニウムpH
7(TEAB)を使用してセファデックス025カラム
(1xt6cm)を介して通すことにより最初に精製し
た。画分4−fi(1mj画分)を集め、蒸発乾固し、
水に溶解し、次いでu、v分光学により検定した。精製
オリゴヌクレオチドの各々の水(100μl)中のアリ
コート(200Drs。ユニット)を、0.、.1mホ
ウ酸ナトリウムと組み合わさせ、次いでジメチルスルホ
キサイドを添加した。得られた溶液を、ジメチルスルホ
キサイド(125μm)中のトビオチニルートアミノカ
ブロン酸−N−ヒドロキシコハク酸エステル(5mg)
の新たに調製した溶液と組み合わせ、次いで得られた反
応混合物を一晩室温で装置した。次いで、得られた反応
混合物を2部分に分け、各々を20mMTEABで平衡
されたセファデック不025カラム(1xi6.cm)
を通して精製した。各々のオリゴヌクレオチドに関して
、平行して通した2つのカラムの、各々からの画分4−
6 (1m、1両分)を混合し、次いで蒸発して粗製ビ
オチン化オリゴマーを得、次いでこれを下記のゲル電気
泳動により精製した。
iv )ゲル電気泳動によるビオチン化オリゴマーの精
製 上述のようにして調製したビオチン化オリゴマーを、更
に0.4mm厚さのゲル上で20%ポリアクリルアミド
ゲル電気泳動(アクリルアミド:ビスアクリルアミド、
、40:l及び7M尿素を含有)により精製した。次い
で、各々のビオチン化オリゴヌクレオチドの200D*
s。ユニットを、0.09M1−リスベース、0.09
1つ酸、0.25M EDTA(IX T、BA)、4
0%ホルムアミド及び0.25%ブロムフェノールブル
ーを含む溶液lOOμlに溶解した。各々のオリゴヌク
レオチド溶液を20個の8鳳−ウェルに塗布し、3−4
時間IX TBE緩衝液において30ミリアンペアで電
気泳動した。バンドを、背景としてシリカゲルオ6GF
254(メルク)のシートを使用して短波uvクランプ
可視化した。最もゆっくりと移動した生成物のバンドを
切り取り、次いで60℃で18時間100mM )リス
ベース、0.5M NaC1,5mMEDTA、 pH
8に浸漬した。この溶液をデカントし、セップープアッ
ク(Sep−Pak)カートリッジ(ミリポール)を使
用して脱塩した。溶液をカートリッジに入れ、水(20
ml)で洗浄して塩類を除去し、次いでオリゴマーをメ
タノール/水1:1(3ml)で溶出した。蒸発乾固し
た後、残留物を、溶出緩衝液として20+++M TE
ABを使用してセファデック不025カラムにかけた。
オリゴヌクレオチドを含む画分を混合して、蒸発乾固し
、次いで水(11)に溶解して下記ハイブリッド形成実
験に使用するのに適した原料溶液を得た。
V)末端ビオチン−標識化、オリゴマープローブの調製 この研究の為に調製した未修飾オリゴマーを、ヌクレオ
チドのオリゴマーに対する比が5=1〜50:1に変化
する濃度で、0.2Mカコジル酸カリウム緩衝液pH7
,2,1mM CoCL、末端転移酵素(オリゴマー2
0ユニツト/μg)、オリゴマー(20Mg/+slに
て)及びビオチン−11−dUPTを含む反応物におい
て、末端デオキシヌクレオチド転移酵素を使用して末端
標識化した。幾つかの場合において、3H−TTPを添
加してビオチン−11−dUPTの組み込みを監視した
、キンゲスバリ、 D、 T、及びファルコウ、S、(
編集)におけるブラッケル等、「感染性因子の検出と同
定」アカデミツク プレス社出版、ニューヨーク、第2
35−243頁(1985)。たの場合において、末端
添加におけるビオチン−11−dUPTを分離し、又は
交互にする為に一反応物にTTPを添加した。反応を3
7℃で90分間継続させ、次いで25mMの濃度までE
DTAを添加することにより停止させた。′末端標識化
オリゴマーを、更に精製すること無(、下記報告のハイ
ブリッド形成/検出実験に使用した。
ハイブリッド    の イム口・ン(登録商標名)2マイクロタイタープレート
に標的核酸の固定を、水田等、エフイーピーニス レタ
ーズ(PEBS Letters)、l旦1、第379
−382頁(191115)に記載の方法の改良により
達成した。使用した方法は次の通りである。プレートを
先f1M酢酸アンモニウムで洗浄し、次いで標的DNA
を゛IM酢酸アンモニウム50μm世に適当濃度でウェ
ルに添加した。1本領標、的DNAを1M酢酸アンモニ
ウムに希釈する以外は予備処理すること無くウェルに負
荷した。負荷されたウェルをプレートに標的DNAを固
定する為に37℃で1、5−2時間装置させた。プレー
トを調製後直ぐに使用するか、又はハイブリッド形成実
験に使用する前に4℃で保持した。、ハイブリッド形成
直前1こ、プレートを2回2X SSCで洗浄し、次い
で1回1%(v/v) トリトンX−100を含む2X
 SSCで洗浄した。
ハイブリッド形成を、30%(V/V)ホルムアミド、
2x又は4X SSI’E、  1%(v/v) )リ
ドンX−100,5%(Y/v)硫酸デキストラン、及
びプローブDNAを含む溶液1’00μlを使用して室
・温で実施した。オリゴヌクレオチドプローブを、最終
濃度1100n/mlで使用した。ハイブリッド形成を
30〜90分間継続させた。
ハイブリッド形成の装置の後、プレートを逆さにし、か
つ普通は0.1%トリトンx−iooを含む0.2X 
SSCで洗浄することにより空にした。洗浄はプレート
のウェルを200μlの溶液で満たし、次いで5−10
秒間(若し数個のプレートを一度に行うなら□ば、1〜
2分間までのより長い時間)静かに振とうすることから
成った。幾つかの場合において、洗浄は、37−42℃
まで加熱された緩衝液で実施して、ハイブリッド融解実
験を実施する為に゛充分な緊縮の条件″を付与した。4
−5回の洗浄に続いて、ハイブリッド形成したプローブ
中のビオチンを次のようにして検出した。
ハイブリ、ド形成し、かpビオチン化したプローブDN
Aを、ストレブタピンのブチツク(Datek登録商標
名)−brp複合体とビオチン化西洋ワサビペルオキシ
ダーゼを使用することにより、次のようにして検出した
。複合体を、IXPBS、  0.5M NaC1,0
,1%BSA、  0.1%トリトンX−100゜5m
M EDTA(複合体希釈緩衝液)中に希釈し、次いで
プレートのウェルに添加した(ウェル当たり50μl)
。複合体を、別に記載しない限り、室温で30分間ウェ
ル中で装置した。次いでプレートを、複合体希釈緩衝液
で2回、次いで5IIIMEDTAを含むIX PBS
で3回洗浄した。結合した検出複合体中の西洋ワサビペ
ルオキシダーゼを、クエン酸/リン酸塩緩衝液、 pH
6,0中のII ffi O。
(0,0125%)と0PD(1,6mg/ml)を含
む反応混合物(ウェル当たり150μl)と暗所にて反
応させた(室温で20−30分間)。発色を4N n*
5o4(ウェル当たり50μl)添加するこ゛とにより
停止させた。光学密度測定(490nmにて)を、イン
ターラブマイクロプレート リーダー モデルNJ20
00を使用して反応停止5〜10分間の内にした。DN
A固定方法の間にただIMの酢酸アンモニウムしか受は
入れなかったが、しかしプローブ・、検出複合体、及び
ペルオキシダーゼ反応混合”物にさらされたウェルを、
吸光度読みの為のゼロ(空)対照として使用した。総て
のハイブリッド形成を、各種測定の為に二重〜四重にて
実施した。非相補的標的DIIA(野生型バクテリオフ
ァージDNA)を含むウェル中のハイブリッド形成から
の吸光度読みは、0.010〜0.050に亙り、かつ
相補的標的DNAの為のハイブリッド形成に対し報告さ
れる吸光度読みから差し引かれた。これらの方法の変動
における変化は、適用出来る限りの下記報告される個々
の実験に記載されている。
1L バクテリオファージM13mp系列DNAの塩基620
4〜622G(大腸菌ラック遺伝子の部分)に相補的な
ヘプタデカヌクレオチド(1?塩基)配列を、修飾の為
に選択した。この配列とハイブリッド形成/検出実験の
結果により、これに沿って合成された各種ピオチン−標
識したオリゴヌクレオチドを次の第1表に示す。
!’ U=ビオナン化dUMP 前記オリゴヌクレオチド合成方法により、単一ビオチン
置換が内部の部位(オリゴマー旦とヱ)、及び3°−末
端(オリゴマー8)近(に導入された。
5゛−末端に単一ビオチン化ヌクレオチドの付加を有す
る塩基配列を含むオクタデカmarも合成されたくオリ
ゴマーり。このオリゴマーの5°−末端塩基は、非相補
性の為に標的Mi3 DNAへ対合させることが出来ず
、従って小さな尾として作用する。配列光たり2つのビ
オチンを含むlOのようなオリゴマーもまた合成され、
これは内部部位に2つのビオチンを含有し、及び貝のよ
うなオリゴマーも合成され、これは末端近くの一つのビ
オチンと内部部位の一つのビオチンを含むものである。
オリゴマー■は分子の末端近(のビオチンを有し、オリ
ゴマー脛は、塩基配列が3°−末端に3つのヌクレオチ
ド(2つのビオチン化残基と一つの末端チミジン残基)
の付加により引き伸ばされたドデカmarである。合成
のポリマー−担持方法は、固体担体に既に結合している
望みの配列の3゛−末端塩基を必要とする為に、かつ固
体担体に結合する修飾されたトリフルオロアセチルアミ
ノプロペニルヌクレオチドが利用出来ない為に、3°−
末端位置のチミジン残基が使用された。3つのビオチン
基を含む一つのオリゴマー(オリゴマー14)も合成さ
れた。
最後に、未修飾オリゴマーを合成し、かつ末端デオキシ
ヌクレオチド転移酵素を使用してビオチン−11−dυ
丁Pの末端付加により標識化してオリゴマー脛を得、こ
れは分子当たり3〜4ビオチン−dUMP残基を含んで
いた(オリゴマー当たり3.3ヌクレオチドの計算標識
)。
この研究に使用された検定方法は膜結合標的DNAに対
して標識化オリゴマーのハイブリッド形成に使用された
ものと実質的に異なった為に、ハイブリッド形成−検出
曲線の傾斜における相違の幾つかは、ハイブリッドの安
定性における相違に基づいたに違いなく、かつ検出に対
するビオチン標識のアクセシビリティ−の相違に基づく
ものでないだろう。この可能性を削除する為に、ワラス
等、ヌクレイツク アシド リサーチズ(Nuclei
c Ac1ds Res、)[、第3543−3557
頁(1979)に示されるような標準膜結合標的DNA
技術を2、ポリヌクレオチドキナーゼとS″P−ATP
でsap標識化の後、幾つかのオリゴマーのハイブリッ
ド形成感度を評価する為に、本発明者等は最初使用した
。オリゴマー6、 Z、 10.12.及びU(第1表
)を標識化し、次いでハイブリッド形成してニトロセル
ロースフィルターに固定したM13mp18(1本鎖)
DNAの量を削減した。適度の緊縮台の条件下に、放射
標識化オリゴマーを、膜結合標的DNAに対し等しい感
度で・ハイブリッド化された。これらの結果は、検出が
放射能に基づ(場合、ビオチン標識はオリゴマーのハイ
ブリッド形成感度に作用しないことを示した。
マイクロタイタープレートハイブリッド形成方法をビオ
チン化DNAプローブと使用することが出来る。オリゴ
マープローブと使用する方法は上述の通りであった。得
られたハイブリッド形成/検出の結果を各種オリゴマー
プローブと比較する為に、標準ハイブリッド形成感度の
実験を実施し、この実験において、異なる量のDNA標
的を各々のウェルに付与した。各々のオリゴマープロー
ブの試料をハイブリッド形成させて標的DNAの量を削
減した。ストレブタビジンービオチン化西洋ワサビペル
オキシダーゼでハイブリッド形成ビオチン標識したオリ
ゴマーの検出に続いて、標的DNAのngに対する49
0nmlこおける吸光度の曲線の傾斜を直線回帰によっ
て計算した。オリゴマーfi、9.10及び口によるこ
のような標準ハイブリッド形成感度の実験の結果を第2
図に示す。
この研究の為に調製した総てのオリゴマーは、標的DN
Aの量に直接的に比例するシグナルを発生した。曲線の
相関係数は0.995〜0.999の範囲にあった。各
種オリゴマーによるハイブリッド形成/検出の結果は、
直線回帰により決定した曲線の傾斜においてのみ相互に
異なった。
化学的合成オリゴマー類と一つの酵素的標識化オリゴマ
ーに対するハイブリッド形成/検出感度の実験の結果を
前記第1表に総括した。ハイブリッド形成検出曲線の傾
斜をオリゴマー9で得られた曲線の傾斜に対して標準化
した(オリゴマー9に対する実際の傾斜は、各種決定に
おいて゛0.005−0.010A490ユニット/標
的バクテリオファージDNAのngの範囲にあった)。
示される値は、各々のオリゴマーに対する少なくとも3
つの決定において得られた値の平均である。単一ピオチ
ンー修飾ヌクレオチド(6,Z、 fi及び旦)を含む
オリゴマーの比較は、ビオチン−標識したヌクレ・オチ
ドがオリゴマープローブのハイブリッド形成領域の中心
から分子の末端近くへ移動されるに従って、シグナル強
度(標的DNAのA490/ng)が増加することを示
した。オリゴマー6(分子の中心のビオチン)とオリゴ
マー罫ハイブリッド形成配列の次席ヌクレオチドに位置
するビオチン)の間で6倍の差異があった。
この傾向は2つのビオチン−修飾ヌクレオチド(10,
11,12及び13)を含むオリゴマー類に対しても観
察された。最も弱いシグナルは2つの内部ビオチン(オ
リゴマーlO)を含むオリゴマーにより発生され、かつ
最も強いシグナルは3′−と5°−次席ヌクレオチド(
オリゴマーU)上のビオチンを含むオリゴマーにより発
生さりた。オリゴマー12中の2つのビオチン−dUM
P分子からのシグナルは、オリゴマー旦中のシグナルビ
オチン・−JUMPの約2倍であり(各々、1.25と
0.68の相対シグナル)、このことは、ハイブリッド
形成領域の末端近くに位置するビオチン分子は追加シグ
ナルを生成することを立証した。第三の中心に位置する
ビオチン−dUMP(オリゴマー14)の付加は、シグ
ナル強さを増加しないばかりか、オリゴマーにより発生
されるシグナルは、二重−標識したオリゴマー1により
発生されるシグナルと同じか又は平均して僅かに小さか
った。
1劃■ ここに記載される実験は、ハイブリッド形成に続い(洗
浄の緊縮がハイブリッド形成/検出の結果に作用するか
どうか決定する為に実施された。ハイブリッド形成の洗
浄、の緊縮の増加の効果は、オリゴマー類水 に示され、ハイブリッド安定性実験の結果を総て切化学
的合成オリゴマーに対して第2表に総括している。
1堕 これらの結果は、総てのプローブ:標的DNAハイブリ
ッドが37−42℃で0.1XSSCにおける洗浄;こ
対して安定であった(90−100%の最大シグナル)
が、しかし条件を変えた時に、明らかに異なる安定性を
有することを示している。最も小さな安定性は、オリゴ
マーのハイブリッド形成配列が内部でかつ比較的に近く
隔たるビオチンを含むものであった。最も小さなハイブ
リッドを形成するオリゴマーは、オリゴマーUであす、
−方、最も安定で優れたハイブリ、ドは、オリゴマー塁
と旦により形成された。従って、3゛及び/又は5′末
端のビオチン置換ヌクレオチ・ドを含むオリゴマーは、
−内部置換のものに比較して優れた安定性を有すること
が見いだされた。
11■ ビオチン−11−dUPTの酵素的末端付加により調製
されたオリゴマー(オリゴマー長)は、最も強いシグナ
ルを発生する故に、尾の長さの効果、ビオチンの数、及
び酵素的−標識したオリ・ゴマ−の他の調製を使用する
ハイブリッド形成/検出上に対するビオチン間隔を検討
することを決めた。その結−果を・第3表に示す。。
第1表 末端延長部を有するオリゴマーを、化学的に又は末端転
移酵素でビオチン−11−dUTPの付加により調製し
た。オリゴマーA−Eは、反応混合物中のビオチン−1
1−dUTPのみで調製され、P−■は、ビオチン−1
1−dtlTI’とTTPの異なる混合物で調製された
。ビオチン−11−dUTPのTTPに対する比は、角
括弧中の値で示されている。末端付加の長さは、311
−TPP組込みを測定することにより決定し、付加当た
りのビオチン−dUMP分子の数は計算された。オリゴ
マーをハイブリッド形成され、前記の通りに検出複合体
と30分間又は3時間の直置に続いて検出された。結果
は計算さ、れ、かつ各々の検出複合体温置時間に対して
オリコマ−9に対する結果へ標準化された。
ビオチン−11−dUTPのみで(調製A−E)、異な
る程度で標識したオリゴマーで標準検定(検出複合体と
30分間温直重第3表)にて得られた結果は、プローブ
のシグナル強さは末端付加中のビオチン−11−dUT
P残基の数に直接に関係することを示した。シグナル強
さは、この標識方法により生成した末端付加の範囲に亙
り増大し、しかし各々の付加ビオチン−11−dUTP
残基の効果は、ビオチン−dUMP残基の数が約4−8
から12と17へ増大するに従って減少した。ビオチン
値崩たりのシグナルは、旦、13.A及びB(=15)
に対するユニットの近(から調製りとEに対する0、6
と0.4の値まで、夫々減少した。末端転移酵素反応(
調製F−1゜30分間温直重第3表)におけるビオチン
−11−dUTPのTTPに対する異なる比で標識され
たオリゴマーを比較する場合に、ビオチン値崩たりのシ
グナルにおける同じ傾向が観察された。ビオチン−dU
MP残基の数が増大するにつれ、シグナル強さは増大す
るが、しかしビオチン値崩たりのシグナルは減少した。
本発明者等は、末端標識調製のシグナル強さの増大は、
一部は検出複合体の結合の速度論の関数であると予期し
たので、発明者等は、これらの結果を検出複合体と延長
された(3時間)直置の後に得られたものと比較した。
検出複合体が3時間結合された場合、調製EとFは、8
−8.7倍大きいよりは、オリゴマー9のシグナルより
3.6−3.7倍の大きさに過ぎないシグナル(傾斜)
しか発生せず、このことは、平衡において、オリゴマー
9の単一ビオチンーdt1MP残基に結合するよりも、
これらの末端標識したオリゴマーに利用出来る17−1
8ピオチン−dUMP残基に、3−4倍多くの検出複合
体が結合することを暗示した。これらの速度論的研究の
驚くべき結果は、TTPと共標識した幾つかの調製(■
とI)により発生されるシグナルは、オリゴマー9に関
して削減され、オリゴマー旦のシグナルの夫々3と3.
4倍であるよりもむしろ、夫々1.2と0.95倍に過
ぎない。これらの結果は、ビオチン残基の利用性は、第
一ビオチンdlJMPよりむしろ第−TMPを含む末端
延長部において時間がたつにつれ減少することを暗示し
ている。
ビオチン標識の導入に対する最も有効な部位は、ハイブ
リッド形成配列の外側、即ち、5°又は3°末端のいず
れかから延在する「尾」である。
化学的に合成したオリゴヌクレオチドプローブが、末端
転移酵素で末端標識により調製されたプローブ(2,3
)と比較され、これらの比較の結果は、外部ビオチンd
UMP残基が最も検出可能量ある結論を立証した。尾付
加のオリゴマーの間の幾らかのシグナル相違が、検出複
合体の結合の好ましい速度論から結果することが示され
たが、この相違は、検出複合体の結合を平衡に近ずける
ことにより、全く除去された。検出複合体の結合が平衡
に近ずくにつれ、末端延長部のビオチン−dUMP残基
は、内部ビオチン−dUMP残基以上にシグナル発生し
た。それにもかかわらず、末端標識したオリゴヌクレオ
チドはl−3のビオチン−dUMPで内部標識したもの
よりも更により敏感なプローブであった。
TTPで共標識することにより末端ビオチン−dUMP
残基番分離する試みは、より好ましい標識配置を生成し
ないようであった。これらの末端延長部の構造を更に折
り畳んで、かつビオチン残基を単独に又は最初に含む末
端延長部においてより利用出来るようにすることは可能
である。この研究における酵素的に標識したオリゴマー
は、最も強いシグナルを生成したが、最近本発明者等は
、前記方法により3°−又は5゛−末端の多重、合成的
標識は、酵素的標識を二重にすることが出来ることを見
いだした。従って、オリゴヌクレオチドの3°と5°末
端の両方における多重標識は、3′と5°末端において
単一シグナルで標識したものよりより敏感な合成プロー
ブを生成する。
夾1」巳 デキストランのような重合性化合物を、先ずポリピオチ
ン化し、次いで非干渉性連鎖群として使用した。このよ
うな化合物は、アビジン又はストレプタビジンを介して
ハイブリッド形成されたプローブへ結合される。次いで
、シグナル発生が、デテク(登録商標名)l−hrpシ
グナル発生システムの付加により党らされる。このシス
テムは、ビオチン化プローブへ直接に適用したデテク1
−hrpシグナル発生システムによる直接検出に比較し
て、得られたシグナルをlO〜lOO倍増幅する。
【図面の簡単な説明】
第1図は、ビオチン化ヌクレオチド合成の項に記載され
る5°−ジメトキシトリチル−5(3−トリフルオロア
セチルアミノプロペニル)−2’−デオキシウリジン−
3°−N、 N−ジイソプロピルメトキシホスホールア
ミダイト(化合物5)の合成を説明するフローチャート
であり、第′2図は、ヌクレオチド配列中の各種位置に
おけるビオチンにより、標識したオ゛リゴマーを有する
マイクロタイタープレート中においてハイブリッド形成
−検出した後に得られるシグナルオウトプツトを示し、
その結果をオリゴマーU(・)、!(○)、塁(■)、
及びL!!(ロ)で示され、第3図は、各種濃度のSS
Cで洗浄することに対するビオチン化オリゴマー−標的
DNAハイブリッドの安定性を表し、その結果をオリゴ
マー!(・)、12(0)、及び14(■)で示される
。 図面の浄書(内容に変更なし) FIG、1 特許出願人  エンシー バイオケム インコーポレイ
テッドnり標的DNA 5SC緊縮洗浄の濃度

Claims (11)

    【特許請求の範囲】
  1. (1)5’と3’末端ヌクレオチドの各々に直接的に又
    は間接的に結合した少なくとも一つのビオチンを有する
    オリゴ−又はポリヌクレオチド。
  2. (2)少なくとも一つの末端に結合した少なくとも2−
    5ビオチンから成る請求項1記載のオリゴ−又はポリヌ
    クレオチド。
  3. (3)各々の末端における2−5ビオチンから成る請求
    項2記載のオリゴ−又はポリヌクレオチド。
  4. (4)前記ビオチンの少なくとも一つが非干渉性連鎖群
    を介して末端ヌクレオチドに結合する請求項1記載のオ
    リゴ−又はポリヌクレオチド。
  5. (5)前記ビオチン結合物はビオチン−11−dUMP
    から成る請求項4記載のオリゴ−又はポリヌクレオチド
  6. (6)前記末端ヌクレオチドの少なくとも一つがポリビ
    オチン化ポリマーに結合するオリゴ−又はポリヌクレオ
    チド。
  7. (7)前記ポリビオチン化ポリマーがポリビオチン化デ
    キストランである請求項6記載のオリゴ−又はポリヌク
    レオチド。
  8. (8)前記オリゴ−又はポリヌクレオチドの標的ハイブ
    リッド形成領域の外の5’と3’末端ヌクレオチドの各
    々に結合した少なくとも一つのビオチン又は修飾可能基
    を有するオリゴ−又はポリヌクレオチド。
  9. (9)請求項1〜8のいずれかに記載のオリゴ−又はポ
    リヌクレオチド及び前形成アビジン又はストレプタビジ
    ン検出可能な分子複合体から成る核酸ハイブリッド形成
    検定組成物。
  10. (10)検出可能な分子が蛍光体、色素原又は酵素であ
    る請求項9記載の組成物。
  11. (11)酵素がペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファ
    ターゼ、酸性ホスファターゼ及びβ−ガラクトシダーゼ
    から選択される請求項10記載の組成物。
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