JP2000507928A - ホスホトリエステルオリゴヌクレオチド、アミダイト、およびそれらの調製法 - Google Patents

ホスホトリエステルオリゴヌクレオチド、アミダイト、およびそれらの調製法

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ゴセリン,ジル
レイナー,ベルナール
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ヴァスー,ジャン―ジャック
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サントル・ナショナル・ドゥ・ラ・ルシェルシュ・シャンティフィック(セ・エヌ・エール・エス)
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Abstract

(57)【要約】 生体可逆性リン酸ブロッキング基を有するオリゴヌクレオチドをオリゴヌクレオチドのためのプロドラッグとして用いることができる。生体可逆性ブロッキング基は、細胞内酵素、特にカルボキシエステラーゼにより除去されて、保護されていないオリゴヌクレオチドを生成することができる。オリゴヌクレオチドは合成後アルキレーション反応を通してまたはアミダイト種の化学を利用することにより製造できるが、その際、生体可逆性保護基はアミダイト試薬の完全な一部として形成される。

Description

【発明の詳細な説明】 ホスホトリエステルオリゴヌクレオチド、アミダイト、およびそれらの調製法 関連出願に対するクロスリファレンス 本発明は、1996年1月7日出願の出願番号第08/545,785号およ び1994年11月23日出願の出願番号第08/343,433号の一部継続 出願である1996年6月8日出願の出願番号第08/658,509号のこれ も係属出願である1996年12月30日出願の“Phosphorothio ate Triester Oligonucleotides,Amidit es And Method of Preparation”という名称の米 国特許出願の一部係属出願である。前記各特許出願は本願出願人の出願になるも ので、参照として本明細書に組み込まれる。 発明の分野 本発明はオリゴヌクレオチドの少なくとも1つのリン酸部分(moiety) が細胞内酵素によって除去しうる保護基で保護されている保護形態のオリゴヌク レオチドの合成および使用に関する。さらに本発明はこれらオリゴヌクレオチド を調製するためのアミダイト試薬に関する。さらに本発明には、プロドラッグ形 態からオリゴヌクレオチドを遊離させるために細胞間酵素によって切断すること ができるある官能基で修飾されているプロドラッグ形態のオリゴヌクレオチドお よびキメラオリゴヌクレオチドも包含される。本発明のオリゴヌクレオチドは、 mRNAの標的鎖と相補的な公知の配列を有するように調製することができる。 本発明の化合物は治療、診断用および研究用試薬として有用である。 発明の背景 オリゴヌクレオチドが一本鎖のDNAまたはRNA分子とハイブリッド形成す ることは公知である。ハイブリッド形成は標的DNAまたはRNAの核酸塩基に 対するオリゴヌクレオチドの核酸塩基の配列特異的塩基対水素結合である。この ような核酸塩基対は相互に相補的であるといわれる。 オリゴヌクレオチドの相補性は多くの細胞標的の抑制に用いられている。この ような相補的オリゴヌクレオチドは通常アンチセンスオリゴヌクレオチドと呼ば れる。Progress In Antisense Oligonucleo tide Therapeutics,Crooke,S.T.およびBenn ett,C.F.,Annu.Rev.Pharmacol.Toxicol. 1996,36,107−129を含むこれら研究結果を記載する種々の概説が 出版されている。これらオリゴヌクレオチドは非常に強力な研究用ツールであり かつ診断薬剤であることが証明されている。さらに、有効であることが認められ ているあるオリゴヌクレオチドは現在ヒトの臨床試験中である。 アンチセンス治療は標的RNAまたはDNAに対する相補的配列を有するオリ ゴヌクレオチドの使用を含む。アンチセンスオリゴヌクレオチドは標的RNAま たはDNAと結合する。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的RNAまたは DNAと結合する際に、これら核酸の遺伝的発現を選択的に阻止するか、または 標的RNAもしくはDNAの分解または遺伝的発現活性化のような二三の他の事 象を誘発することができる。 標的RNAの分解はRNアーゼHの活性化によって生じさせることができる。 RNアーゼHはDNA:RNA二本鎖のRNA鎖を切断するエンドヌクレアーゼ である。DNAの複製において役割を果たすと考えられるこの酵素は、無細胞系 のみならずアフリカツメガエル卵母細胞においてDNA:RNA二本鎖のRNA 成分を切断することができることが判明している。 RNアーゼHはアンチセンスオリゴヌクレオチドの構造変化に対して極めて敏 感である。RNアーゼHを活性化するにはDNA:RNA構造を形成させなけれ ばならない。したがって、アンチセンスオリゴヌクレオチドがRNアーゼHを活 性化するには少なくとも1部のオリゴヌクレオチドがDNA様(DNA lik e)でなければならない。DNA様であるためには、オリゴヌクレオチド中のヌ クレオチドの糖類が2’−デオキシ構造を有し、またオリゴヌクレオチドのホス フェート結合が負電荷を有することが必要である。これら2つの位置のいずれか におけるオリゴヌクレオチドのDNA部分の化学修飾がもはやRNアーゼHの基 質ではないオリゴヌクレオチドをもたらした。 しかし、2’−デオキシヌクレオチドは対応するリボヌクレオチドに対して同 じリボヌクレオチドよりも結合する親和力が弱く、すなわちRNA:RNA結合 はDNA:RNA結合よりも強く、また負電荷の存在がアンチセンスオリゴヌク レオチドの細胞内取り込みの減少に寄与すると考えられている。したがって、D NA様オリゴヌクレオチドの制約を阻止するために、DNA様中心部分の両側に 他の種類のヌクレオチドを有する大きなオリゴヌクレオチドの中心として、2’ −デオキシヌクレオチドおよび負電荷ホスフェート結合を有するDNA様中心部 分が包含されるキメラオリゴヌクレオチドが合成されている。中心部分は、オリ ゴヌクレオチドを標的RNAに結合する際にRNアーゼHを活性化させるために ある大きさを有しなければならない。 したがって、化合物の安定性や細胞内取込みのような特性を改善するための化 学修飾を取り入れるだけでなくRNアーゼHを含むアンチセンス化合物の作用の それぞれの公知の機構による標的RNAの調節にも利用できる修飾アンチセンス 化合物に対する永続的な強烈な思いの要望が依然として存在する。このような標 的RNAの調節は、生体内外いずれの治療目的のみならず診断用試薬ならびに細 胞内及び生体内の事象を研究するための試薬を含む研究用試薬としても有用であ ろう。 発明の要約 本発明は、すぐれた化学的および生物物理学的特性を備えた、生体内で可逆性 の(bioreversible)保護基を有するオリゴヌクレオチドに関する 。生体可逆性保護基はオリゴヌクレオチドに対してさらにヌクレアーゼ耐性を与 える。この生体可逆性保護基は内因性酵素によって細胞内、細胞サイトゾル内、 または生体外のサイトゾル抽出物内で除去される。本発明のある好ましいオリゴ ヌクレオチドにおいては、生体可逆性保護基がカルボキシエステラーゼによる切 断によって無保護のオリゴヌクレオチドを生成するように意図される。 本発明は構造I: の少なくとも1つのヌクレオチド間結合を有するオリゴヌクレオチドに関する。 該オリゴヌクレオチドにおいて、YaおよびYbは独立してOまたはSとして選ぶ ことができ、R1およびR2は独立してヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドと して選ばれ、nは1ないし6であり、wはS−S−Z、S−C(=Y7)−Z、 またはS−C(=Y7)−Z−N(R5)(R6)(R7)として選ばれ、Zはヒドロ カルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、Y7はOまたはSであり、またR5、 R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである。 構造Iの好ましいオリゴヌクレオチドでは、WがS−C(=Y7)−Z、また はS−C(=Y7)−Z−(R5)(R6)(R7)であるように選ばれる。構造Iの 他の好ましいオリゴヌクレオチドでは、nが2ないし4であるように選ばれ、と くに2が好ましい。 構造Iのある好ましいオリゴヌクレオチドでは、ZがC1−C20アルキルであ る。さらに好ましい群では、ZがC1−C4アルキルである。Zがt−ブチルおよ びメチルである化合物がとくに好ましい。R5、R6、およびR7は好ましくはC1 −C20アルキル、より好ましくはC1−C4アルキル、さらにより好ましくはメチ ルである。 また本発明は構造II: の上記オリゴヌクレオチド化合物の調製用前駆物質として有用なアミダイト化合 物に関する。該アミダイト化合物では、Pgがヌクレオチド遮断基、Bが複素環 式塩基、Y1がSでY2がOもしくはSであるかまたはY1がOでY2がSであり、 R3およびR4が独立してヒドロカルビルであるかまたはR3とR4が共に窒素複素 環式環の一部であり、QがH、OH、F、O−アルキルまたはO−置換アルキル 、 nが1ないし6、WがS−S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(=Y7 )−Z−N(R5)(R6)(R7)、Zがヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビ ル、XがO、S、またはCH2、Y7がOまたはS、またR5、R6、およびR7が 独立してヒドロカルビルである。 構造IIの好ましいアミダイト化合物では、WがS−C(=Y7)−ZまたはS −C(=Y7)−Z−N(R5)(R6)(R7)であるように選ばれる。構造IIの他 の好ましいオリゴヌクレオチドでは、nが2または4であるように選ばれ、とく に2が好ましい。 構造IIのさらに好ましいアミダイト化合物では、ZがC1−C20アルキルであ る。さらに好ましい群ではZがC1−C20アルキルである。Zがt−ブチルおよ びメチルである化合物がとくに好ましい。R5、R6、およびR7が好ましくはC1 −C20アルキル、より好ましくはC1−C4アルキル、さらにより好ましくはメチ ルである。 構造IIのこれ以外の好ましいアミダイト化合物では、Bがアデニン、グアニン 、シトシン、ウラシルもしくはチミンのようなプリンまたはピリミジンであり、 またPgはトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルまたはトリメ トキシトリチルから選ばれる。Bが環外(exocyclic)窒素原子(たと えばアデニン、グアニン、またはシトシンのような)を含む場合には、Bは好ま しくはそれと共役結合し、塩基性条件下で除去可能な保護基をも有する。代表的 な保護基にはペント−4−エノイル、4−メチルスルフィニル−ベンジルオキシ カルボニル、2−ニトロフェニルスルフェニル、およびトリフェニル−メタンス ルフェニル基が含まれる。Pgがジメトキシトリチルである化合物がとくに好ま しい。構造IIの他の好ましいアミダイト化合物では、R3およびR4がそれぞれ独 立してC1−C10アルキルであるように選ばれる。構造IIのとくに好ましいアミ ダイト化合物では、R3およびR4がそれぞれイソプロピルであるように選ばれる 。 構造IIのアミダイト化合物のさらに好ましい群では、Y1がOでY2がSである ように選ばれる。構造IIの他の好ましいアミダイト化合物では、Y1がSでY2が Oであるように選ばれる。また構造IIのさらに好ましいアミダイト化合物では、 両方のY1がSであるように選ばれる。 構造IIの好ましいデオキシアミダイト化合物ではQがHである。構造IIのさら に好ましいアミダイト化合物では、QがC1−C20O−アルキルであるように選 ばれ、構造IIのこれ以外の好ましいアミダイト化合物では、QがFであるように 選ばれる。 本発明のさらに好ましいアミダイト化合物は構造III: の化合物であり、式中、Pgはヌクレオシド遮断基、Bは複素環式塩基、Y1は SでY2はOもしくはSであるかまたはY1がOでY2がS、QはH、OH、F、 O−アルキルまたはO−置換アルキル、Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカ ルビル、XはO、S,またはCH2、Y7はOまたはS、またR5、R6およびR7 は独立してヒドロカルビルである。 また本発明は構造: を有する担体担持シントンを提供し、式中、YaおよびYbは独立してOまたはS 、R1はヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド、R2はLP−(P)(式中、LP は光に不安定なリンカー、また(P)は固相担体)、nは1ないし6、WはS− S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(=Y7)−Z−N(R5)(R6)( R7)、Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビル、Y7はOまたはS、また 、R5、R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである。好ましい態様ではLP は、 Y3−CH(R9)−(CH2q−Y4−P(=Y5)(Y6−R10)−NH であり、式中、Y3、Y4、Y5、およびY6は独立してOまたはS、R9はC6−C20 アリール、qは1−7、またR10はHまたは非塩基性もしくは非求核性条件下 で除去しうる保護基である。 さらに別の態様では本発明は、本発明の化合物を調製するのに有用な機能的固 相担体を提供する。好ましい態様では、該固相担体は式:R11−O−CH(R9 )−(CH2q−O−P(=Y7)(O−R10)−NH−(P)を有する化合物を 有し、式中R9はC6−C20アリール、qは1−7、R10はHまたは非塩基性また は非求核性条件下で除去しうる保護基、R11は酸に不安定な保護基、また(P) は固相担体である。 図面の簡単な説明 図1は、本発明の特定の例示的アミダイト化合物の化学的図解により示される 製造法であり; 図2は、本発明の特定の例示的オリゴヌクレオチド化合物の化学的図解により 示される製造法であり; 図3は、本発明の特定のオリゴヌクレオチド化合物を例示する。 図4は、化合物IV−7の合成ルートを示す。 図5は、化合物IV−7の使用のための合成ルートを示す。 図6は、本発明によるホスホルアミダイト試薬への合成ルートを示す。 詳細な説明 本発明は、生体内で可逆性の保護基を有する新規なオリゴヌクレオチドに関す る。生体内で可逆性の保護基は、オリゴヌクレオチドの特定の高められた化学特 性および生物物理特性に寄与し、エキソ−およびエンドヌクレアーゼ分解に対す る耐性を含む。 オリゴヌクレオチド(オリゴ)は、通常は公知のmRNA配列であるそれらの 標的とワトソン−クリック塩基対合形成することにより遺伝子発現を特異的に阻 害する新規な群の化合物を代表する。mRNAへの結合後、遺伝子産物発現のダ ウン制御が生じる。Crooke,S.T.,Nucleic Acid Th erapeutics In Pharmaceutical Manufac t uring International,Stering,London,8 9(1992)。第1に合成されたオリゴヌクレオチド、即ち、ホスホジエステル 結合されたオリゴヌクレオチドの使用は、これらの化合物の欠損ヌクレアーゼ耐 性(lack nuclease resistance)により限定された。ヌクレアーゼ耐性は主に修 飾オリゴの使用により解析された。Milligan,J.F.,et al., J.Med.Chem.,1991,36,1923;Varma,R.S.,S ynlett,1991,621;Uhlmann,E.,et al.,Che m.Rev.,1990,90,534。 ホスホジエステル並びにホスホロチオエートは両者ともポリアニオン性であり 活性なプロセス(吸着エンドサイトーシスおよび/または流体相エンドサイトー シス)により細胞内に入り、そしてこの取り込みは異なる細胞種により変化する ことが報告された。中性のメチルホスホノジエステルオリゴは、エネルギー依存 性でもある異なる機構により細胞内に入ることが報告された。Spiller, D.G.,et al.,Anti−Cancer Drug Design,1 991,7,115。細胞内へのオリゴヌクレオチドの浸透に関する特定の増加 は、ポリL−リジン、コレステロールまたは他の類似の部分(moiety)に よりオリゴを誘導するか、またはリポソーム内への封入により達成された。 本発明の一つの側面は、オリゴヌクレオチドの細胞取り込みを助けるための更 なるアプローチに向けられる。このアプローチにおいて、プロドラッグ戦略が利 用されたが、但し、ホスホジエステル、ホスホロチオエートおよびホスホロジチ オエートオリゴヌクレオチドのリン酸基少なくともいくつかに生体内可逆性基を 導入することによりこれらオリゴマーの陰性電荷を一時的にマスクするプロオリ ゴヌクレオチドを形成する。その結果得られる中性プロオリゴは、ヌクレアーゼ に対して酵素学上安定であることが見いだされた。我々は理論に拘束されたくな いが、我々は、これによりオリゴヌクレオチドがその中に埋まるようになる場合 にエンドソームから逃れさせ、そしてそれらオリゴヌクレオチドの投与ルートに 関して全く異なった生物学上の利用パターンを提示することになると信ずる。こ のアプローチの必要条件は、生体内可逆性基が培養培地中で安定性を有し、且つ 生物の流体中よりもサイトゾル中におけるより大きな酵素活性の存在のために、 取り込み後の選択的細胞内加水分解を有するように選択されなければならないこ とである。 本発明は、細胞膜浸透並びにインビボにおけるエキソ−およびエンドヌクレア ーゼ分解に対しての耐性に関する高められた化学特性並びに生物物理学特性を有 する生体内可逆性保護基を有するオリゴヌクレオチドに向けられる。本発明の特 定の好ましい態様において、生体内可逆性保護基は内在性カルボキシエステラー ゼにより細胞のサイトゾルに除去されることにより、特定の核酸またはペプチド にハイブリダイズするかおよび/または親和性を有し、即ち内在性および/また は病原性の生物分子に相互作用可能な生物学上活性なオリゴヌクレオチド化合物 を生じる。 他に定義されない限り、本明細書にて使用される全ての技術用語並びに科学用 語は、発明の属する分野の当業者により共通に理解されるのと同じ意味を有する 。本明細書にて言及された全ての出版物および特許は、引用により編入される。 本明細書にて使用されるオリゴヌクレオチドは、リボ(RNA)またはデオキ シリボ(DNA)、あるいは混合されたリボ−デオキシリボのシリーズ中のDNA またはRNAポリヌクレオチドを示す。本明細書に記載されるオリゴヌクレオチ ドは、複数のヌクレオチドの結合により形成される。本発明の好ましいオリゴヌ クレオチドは、少なくとも一つの生体内可逆性保護基を有することにより、ヌク レオチド内部の結合を保護する。本発明に従う好ましいオリゴヌクレオチドは、 好ましくは約5から約50ヌクレオシドサブユニットからなる。より好ましくは 、本発明のオリゴヌクレオチドは約15から約25ヌクレオシドサブユニットか らなる。認識されるとおり、「ヌクレオシドサブユニット」は、オリゴヌクレオ チド中でリンの結合を通して隣接する糖に適切に結合した核酸塩基と糖の組み合 わせである。これに関連して、「ヌクレオシドサブユニット」は、用語「ヌクレ オシドユニット」または「ヌクレオシド」と交換可能なように使用される。ヌク レオシドは、糖部分と複素環式塩基部分から形成される。本明細書において使用 されるとおり、用語ヌクレオシドは、ヌクレオシド成分を記載する際には複素環 式塩基と交換可能なように使用される。ヌクレオチドは、その中に含まれるリン 酸部分を有するヌクレオシドを意味するようにそれらの通常の感覚で使用される 。 本発明の化合物のヌクレオシド構造のサブユニットを製造する用途に関して、 これらのヌクレオシドサブユニットに取り込まれるための適切な核酸塩基は、プ リンおよびピリミジン、例えばアデニン、グアニン、シトシン、ウリジン、およ びチミン、並びに他の合成および天然の核酸塩基、例えばキサンチン、ヒポキサ ンチン、2−アミノアデニン、アデニンおよびグアニンの6−メチルおよび他の アルキル誘導体、アデニンおよびグアニンの2−プロピルおよび他のアルキル誘 導体、5−ハロウラシルおよびシトシン、5−プロピニルウラシルおよびシトシ ン、6−アゾウラシル、シトシンおよびチミン、5−ウラシル(シュードウラシ ル)、4−チオウラシル、8−ハロ、アミノ、チオール、チオアルキル、ヒドロ キシルおよび他の8−置換アデニンおよびグアニン、5−トリフルオロメチルお よび他の5−置換ウラシルおよびシトシン、7−メチルグアニンを包含する。さ らに、プリンおよびピリミジンは、米国特許第3,687,808号に開示され たもの、Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering,858−859頁、Kro schwitz,J.I.,ed.John Wiley & Sons,19 90に開示されたもの、およびEnglischら、Angewandte C hemie,International Edition,1991,30, 613に開示されたものを包含する。これらの核酸塩基の特定のものは、本発明 のオリゴマー化合物の結合親和性を増大させるのに特に有用である。これらは、 5−置換ピリミジン、6−アザピリミジン、およびN−2,N−6およびO−6 置換プリンを包含し、2−アミノプロピルアデニン、5−プロピニルウラシルお よび5−プロピニルシトシンを含む。他の修飾ピリミジンおよびプリン塩基も、 オリゴマー化合物の核酸相補鎖への結合親和性を増大させることが期待される。 本発明のヌクレオシドユニットの核酸塩基は、保護基、例えば標準のオリゴヌ クレオチド合成において通常用いられるものにより保護されうる。典型的な核酸 塩基のブロッキング基は、Beaucage,S.L.とIyer,R.P., Tetrahedron,1992,48,2223−2311およびBeau cage,S.L.とIyer,R.P.,Tetrahedron,1993 ,49,6123−6194において広く論評された。 本発明のヒドロカルボニル基は、脂肪族基、脂環基およびアリール基を含む。 これらは、様々な置換基によりさらに置換されうる。 本発明における使用に適した脂肪族基および脂環状基は、限定されないが、飽 和および未飽和の、直鎖および側鎖の脂環式、置換および未置換のアルキル、ア ルケニルおよびアルキニル基を含み、メチル、エチル、プロピル、ブチル、ペン チル、ヘキシル、ヘプチル、オクチル、ノニル、デシル、ウンデシル、ドデシル 、トリデシル、テトラデシル、ペンタデシル、ヘキサデシル、ヘプタデシル、オ クタデシル、ノナデシル、エイコシルおよび他の高級炭素直鎖アルキル基;2− メチルプロピル、2−メチル−4−エチルブチル、2,4−ジエチルプロピル、 3−プロピルブチル、2,8−ジブチルデシル、6,6−ジメチルオクチル、6 −プロピル−6−ブチルオクチル、2−メチルブチル、2−メチルペンチル、3 −メチルペンチル、2−エチルヘキシルおよび他の側鎖基;ビニル、アリル、ク ロチル、プロパルギル、2−ペンテニルおよび他の未飽和基;およびシクロヘキ サン、シクロペンタン、アダマンタン並びに他の脂環基を包含する。好ましい化 合物は、C1−C20アルキル、C1−C20アルケンおよびC1−C20アルキンであ る。最も好ましいのは、C1−C4アルキルである。特に好ましいのは、メチルお よびt−ブチルである。 本発明の使用のために適しているアリール基は、限定されないが、フェニル、 トリル、ベンジル、ナフチル、アントラシル、フェナントリルおよびキシリルを 包含する。 上記の脂肪族基、脂環式基およびアリール基は、限定されないが、ハロゲン( Cl,Br,F)、ヒドロキシル(OH)、チオール(SH)、ケト(C=C)、カル ボキシル(COOH)、トリフルオロメチル(CF3)、トリフルオロメトキシ(OC F3)、O−アルキル、S−アルキル、NH−アルキル、N−ジアルキル、O−ア ラルキル、S−アラルキル、NH−アラルキル、アミノ(NH2)、およびニトロ (NO)を包含する。好ましいヒドロカルボニル置換基は、エーテル置換体、例 えばメトキシ置換体を包含する。 細胞への使用のための特に有用なオリゴヌクレオチドに関して、オリゴヌクレ オチドはヌクレアーゼに対して当然に安定であることにより、細胞の標的核酸と 相互作用するのに十分な時間細胞内で生き残らなければならない。よって、本発 明の特定の態様において、特定のヌクレオシドサブユニットまたはヌクレオシド 間はオリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を増大させるために機能させるかま たは選択される。しかしながら、細胞以外の用途、例えば研究試薬としておよび 診断剤としての本発明のオリゴマー化合物の使用に関しては、そのようなヌクレ アーゼ安定性は必要ない。 オリゴヌクレオチドの更なる有用な特性は結合親和性である。第1の核酸の相 補核酸に対する結合親和性の程度を決定する際には、第1核酸の相補核酸への結 合に関する相対的能力は、特定のハイブリダイゼーション複合体の融解温度を決 定することにより比較してよい。融解温度(Tm)は二本鎖核酸の物理特性であ り、50%のらせん(ハイブリダイズした)対コイル(ハイブリダイズしていな い)の形成が存在する温度(摂氏)を示す。UVスペクトルを用いてTmを測定 することにより、ハイブリダイゼーション複合体の形成と分解(融解)を測定す る。ハイブリダイゼーションの間に起こる塩基の堆積は、UV吸収の低下(浅色 効果)により達成される。結果として、UV吸収の低下はより高いTmを示す。 Tmが高ければ高いほど、鎖の間の結合強度は強くなる。 オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を改良するための一つの方法は、オリ ゴヌクレオチド中の隣接するヌクレオチドを接続するリン酸結合を修飾すること である。そのような修飾は、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチ ルホスフェート、アルキルホスフェート、ホスホルアミダイト、ホスホトリエス テルおよび他の類似の修飾を包含する。 ヌクレアーゼ耐性を増大させるための更なる方法は、オリゴヌクレオチドのヌ クレオチドの少なくともいくつかの2’位における置換の含有による。そのよう な2’置換は、いくつかの例においては、標的RNAのためのオリゴヌクレオチ ドの結合親和性を改良することにも作用する。特に有用な2’−置換体は2’− O−アルキル置換体である。この群のより小さなメンバーは結合親和性の増大に 貢献するが、より大きなメンバーはヌクレアーゼ安定性の増大に貢献する。結合 親和性の増大のためのさらなる特に有用な2’−置換基は、2’−フルオロ基で あり、公表された研究:(Synthesis and Biophysica l Studies of 2’−dRIBO−F Modified Olig onucleotides,Conference On Nucleic A cid Therapeutics,Clearwater,FL,1991年 1月13日)において示されたとおりである。 本発明は、細胞膜浸透のための高められた化学特性および生物物理特性並びに エキソ−およびエンドヌクレアーゼ分解に対する耐性に貢献する生体内可逆性保 護基を有するオリゴヌクレオチドを提供する。 本発明は、さらに、生体内可逆的に保護されたオリゴヌクレオチドの合成のた めのアミダイト試薬を提供する。本発明による合成方法はホスホジトリエステル 基が加水分解する感受性のために塩基性または求核性条件を避けなければならな いので、非塩基性または非求核性条件下で除去可能な保護基を有する核酸塩基を 含むアミダイト試薬を使用するべきである。さらに、これらの保護基は全合成過 程の間安定であるべきである。莫大なそのような保護基が当業者には知られてい る(例えば、GreeneとWuts,Protective Groups in Organis Synthesis,第2版、John Wiley & Sons,ニューヨーク、1991を参照されたい)。代表的なアミン保護 基は、ペント−4−エノイル、4−メチルスルフィニル−ベンジルオキシカルボ ニル、2−ニトロフェニルスルフェニル、およびトリフェニル−メタンスルフェ ニル基を包含する。 本発明により、固相支持体からのオリゴヌクレオチドの解放を作用させるため の塩基の使用は光不安定性のリンカーを用いることにより回避できることが見い だされた。好ましい態様において、支持体に結合したオリゴヌクレオチドは構造 Iを有するが、但しR2はLp−(P)であり、Lpは光不安定性リンカーであり 、そして(P)は固相支持体である。好ましい態様において、Lpは、構造 Y3-CH(R9)-(CH2q−P(=Y5)(Y6−R10)−NH−を有し、構造 : R11-O-CH(R9)-(CH2q-O-P(=Y7)(O-R10)-NH-(P) を有する試薬とヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドとの反応を通して、本発 明の化合物に導入されるが、式中、Y3,Y4,Y5およびY6は独立に、Oまたは Sであり、R9は光不安定性基、例えばニトロ置換されたC6−C20アリール基で あり、qは1−7であり、R10はHまたは非塩基性または非求核性条件下で除去 可能な保護基、例えばシアノエチル、C1−C20のアルキルまたはC6−C20のア リールであり、そしてR11は酸不安定性保護基、例えばメトキシトリチル、ジメ トキシトリチルまたはピクシルである。本発明による固相支持体は、制御された 穴のガラス(CPG)、オキサリル制御されたガラス(例えば、Alul,et al.,Nucleic Acids Research 1991,19,1 527を参照されたい)、テンタゲル(Tentagel)支持体--アミノポリエチレン グリコール誘導支持体(例えば、Wright,et al.,Tetrahe dron Letters 1993,34,3373を参照されたい)または ポロス(Poros)--ポリスチレン/ジビニルベンゼンのコポリマーを包含する。 結合する部分に関する典型的な合成法並びにそのオリゴヌクレオチド合成にお ける使用を、図4および図5に示す。 生体内可逆性保護基を有する本発明のオリゴヌクレオチドは、本明細書におい てはプロ−オリゴヌクレオチドとも呼ばれる。本発明の好ましい態様において、 本発明のプロ−オリゴヌクレオチドは、インビボにおいて改良された細胞脂質二 重膜浸透の可能性並びにエキソ−およびエンドヌクレアーゼ分解に対する耐性の 見込みがある。細胞内では、生体内可逆性保護基は内在性カルボキシエステラー ゼにより細胞のサイトゾル中へ除去されて、特定の核酸にハイブリダイズするこ とができ、および/または特定の核酸に親和性を有する生物学上活性なオリゴヌ クレオチド化合物を生じる。 本発明は、天然組成物のオリゴヌクレオチド、即ちホスホジエステルオリゴヌ クレオチドの治療における使用においての主要な問題、即ち、1)偏在する傾向 にあるヌクレアーゼによる分解による、それらの極めて短い生物学上の半減期、 および2)オリゴが脂質細胞膜を通過するのを極めて困難にする、それらの固有 の陰性電荷性およびの親水性の性質を和らげる。 本明細書にて実施されるとおり、プロ−オリゴヌクレオチドは、合成DNAま たはRNAのアンチセンスオリゴヌクレオチドであるか、またはその発現をブロ ックするかまたはダウン制御するように特別にデザインされた遺伝子またはRN Aメッセンジャーに属する標的配列の相補配列の混合分子であってよい。アンチ センスオリゴヌクレオチドは、標的メッセンジャーRNA配列あるいは標的DN A配列に向けられてよく、そして相補な核酸にハイブリダイズする。したがって 、これらの分子は、効果的に遺伝子発現をブロックするかまたはダウン制御する 。 プロ−オリゴヌクレオチドは、特定の二重鎖DNA領域(プリン/ピリミジン が豊富な一つまたは複数のホモプリン/ホモピリミジン配列)であってもよく、 即ち三重鎖を形成する。特定の配列における三重鎖の形成は、遺伝子発現を制御 するかまたは調節する蛋白質因子の相互作用をブロックすることができ、および /または、その結果得られるオリゴヌクレオチドが反応性官能基を有するように 作成される場合には、不可逆性の損傷が特定の核酸部位に導入されるのを助長し てよい。 本発明に関連して、標的核酸は相補性核酸様化合物とハイブリダイズすること ができるあらゆる核酸を意味する。さらに、本発明に関連して、「ハイブリダイ ズ」は、相補核酸塩基間の水素結合を意味し、ワトソン−クリック、フーグステ ィーン(Hoogsteen)または逆フーグスティーン水素結合であってよい 。本明細書にて用いられる「相補」は、2つの核酸塩基の間の正確な対合のため の能力を意味する。例えば、アデニンおよびチミンは水素結合の形成を通して対 合する相補な核酸塩基である。本明細書にて用いられる「相補な」および「特異 的にハイブリダイズ可能な」は、ヌクレオシドサブユニットを含む第1および第 2の核酸様オリゴマー間の正確な対合または配列相補性を意味する。例えば、第 1の核酸の特定の位置の核酸塩基が第2の核酸の同じ位置の核酸塩基と水素結合 可能であるなら、そのときは、第1核酸と第2核酸はその位置において互いに相 補であると考えられる。各々の分子中の十分な数の対応位置が互いに水素結合可 能な核酸塩基により占められている場合、第1核酸と第2核酸は互いに相補であ る。「特異的にハイブリダイズ可能な」および「相補な」は、本発明の化合物と 標的RNA分子の間に安定且つ特異的な結合が生じるような十分な程度の相補性 を示すために用いられる用語である。本発明のオリゴマー化合物は、特異的にハ イブリダイズ可能となるその標的RNA配列に100%相補である必要はない。 標的RNA分子に対するオリゴマー化合物の結合が標的RNAの通常の機能を干 渉することにより有用性の損失を引き起こす場合には、オリゴマー化合物は特異 的に ハイブリダイズ可能であり、そして特定の結合が望まれるような条件下、即ちイ ンビボアッセイまたは治療処置の場合の生理学条件、またはインビトロアッセイ の場合、アッセイが実施されるような条件下においては、オリゴマー化合物の非 標的配列への非特異的結合を回避するために十分な程度の相補性がある。 本発明の化合物は、診断用、治療用並びに研究用試薬およびキットとして利用 可能である。それらは、効果的な量の本発明化合物を適当な薬学上受容可能な希 釈剤または担体に添加して薬剤組成物として利用できる。さらに、それらは、蛋 白質の不所望な生産により特徴付けられる疾患を有する生物を治療するために使 用できる。生物は、不所望な蛋白質をコードする標的核酸の鎖に特異的にハイブ リダイズすることができる配列を有する本発明化合物に接触させることができる 。 治療用組成物の製剤化並びにそれらの引き続く投与は、当業者の範囲内である と信じられる。一般に、治療のためには、そのような治療を必要とする患者は、 本発明により化合物を投与され、通常は薬学上受容可能な担体中で、患者の年齢 及び処置される疾患の重病度に依存して、患者の体重kgあたり0.01μgか ら100gの投薬量にて投与される。さらに、処置による養生は、特定の疾患の 性質、その重病度および患者の全体的な状態に依存して変更される期間続けてよ く、そして毎日1回から20年に1回の範囲に及んでよい。処置後、患者は彼/ 彼女の状態に関しておよび疾患状態の兆候の軽減に関して監視される。化合物の 投薬量は、患者が現在の投薬量レベルに顕著に応答しない場合において増加させ るか、または疾患状態の兆候の軽減が観察されるかまたは疾患状態が除去された ならば投薬量を低下させてよい。 いくつかの場合において、他の伝統的な治療形態と共に本発明の化合物で患者 を処置することはより効果的であるかもしれない。例えば、ウイルス疾患に関し て処置された患者には公知の抗ウイルス剤と共に本発明の化合物を投与してよく 、あるいはアテローム性動脈硬化症の患者には血管形成術後に本発明の化合物で 処置することにより処置された動脈の再閉塞を予防してよい。 処置がうまくいったら、患者にメンテナンス治療を受けさせて疾患状態の再発 を予防することが望ましいかもしれず、その際、本発明の化合物は、メンテナン ス投薬量において、体重kgあたり0.01μgから100gの範囲で1日1回 またはそれ以上から20年毎に1回投与する。 本発明の薬剤組成物は、局所または全身の何れが望まれるかに依存して、およ び処置される領域に依存して、多くの方法により投与してよい。投与は、局所( 眼内、窒内、直腸内、鼻腔内、経皮を含む)、経口または非経口であってよい。 非経口投与は、静脈内ドリップ、皮下、腹腔内または筋肉内注射、または鞘内ま たは心室内投与を含む。 局所投与のための製剤は、経皮パッチ、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、 ドロップ、坐剤、スプレー、液体および粉末を含んでよい。慣用的な薬剤担体、 水溶液、粉末または油性基材、濃縮機等も必要かまたは望ましいかもしれない。 コートされたコンドーム、手袋等も有用かもしれない。 経口投与用組成物には粉末または顆粒、懸濁液または水溶液もしくは非水媒質 、カプセル、サッシェまたは錠剤がある。増粘剤、香味剤、希釈剤、乳化剤、分 散助剤または結合剤が望ましいであろう。 脊髄内または脳室内投与用組成物は緩衝剤、希釈剤及び他の適当な添加剤を含 有することもできる無菌水溶液を含むことができる。 非経口投与用配合物は緩衝剤、希釈剤および他の適当な添加剤を含有すること もできる無菌水溶液を含むことができる。 数日から数カ月、または治癒もしくは疾患状態の軽減が得られるまで続く治療 期間の間、投与は治療する疾患状態の激しさや敏感さによる。最適な投与計画は 患者体内の薬剤の蓄積量の測定から計算することができる。熟練者は最適投与量 、投与方法および反復頻度を容易に求めることができる。最適投与量は個々の化 合物の相対効果によって変わることがあり、また通常生体外及び生体内動物モデ ルで有効と認められるEC50sに基づいて推定することができる。一般に投与量 は体重1kg当たり0.01μgないし100μgであり、また毎日、毎週、毎 月または毎年1回以上、または2ないし20年毎に1回でさえも投与することが できる。 本発明のオリゴヌクレオチドは、RNAまたはDNAの予め設定されたヌクレ オチド配列に対して相補的になるように周知の固相合成法によって好適かつ日常 的に合成することができる。核酸合成機は市販されており、その使用は概して、 望ましいと思われる妥当の長さのオリゴヌクレオチドをほぼ正確に生成させるの に有効であると当業者には理解されている。 オリゴヌクレオチドは、Applied Biosystems Incor porated 380BまたはMilliGen/Biosearch 75 00もしくは8800のような標準固相自動核酸合成機によって合成される。た とえば、M.Caruthers,Oligonucleotides:Ant isense Inhibitors of Gene Expression .,pp.7−24,J.S.Cohen,ed.(CRC Press,In c.Boca Raton,Florida,1989)またはOligonu cleotide synthesis,a practical appro ach ,Ed.M.J.Gait,IRL Press,1984;“Olig onucleotides and Analogues,A Practic al Approach”,Ed.F.Eckstein,IRL Press ,1991に記載されているトリエステル、ホスホルアミダイト、またはホスホ ン酸カップリング化学をこれら合成機で用いて所望のオリゴヌクレオチドがもた らされる。たとえば、Journal of American Chemic al Societ ,1990,112,1253−1255に記載されている ようなBeaucage試薬またはBeaucageらがTetrahedro Letters,1981,22,1859−1862に記載しているよう な元素硫黄を用い、ホスホルアミダイトまたはホスホン酸化学によって置換ホス ホロチオエートオリゴヌクレオチドがもたらされる。 ホスホルアミダイト化学を用いるために、2’−デオキシアミダイト、2’− O−メチルアミダイトおよび2’−O−ヒドロキシルアミダイトを含む種々のア ミダイト試薬が市販されている。このような合成の他の手段を用いることもでき る。オリゴヌクレオチドの実際の合成は当業者の手腕の及ぶ限りで十分である。 ホスホロチオエート、メチルホスホネートおよびアルキル化誘導体のような他の オリゴヌクレオチドを調製するのに同様の方法を用いることも周知である。蛍光 で標識したビオチニル化または他の共役オリゴヌクレオチドを合成するために、 類似の方法ならびに市販の修飾アミダイトおよび多孔質ガラスピース固相担体 (controlled−pore glass(CPG))製品、たとえばビオ チン、フルオレセイン、アクリジンまたはプソラレン修飾アミダイトおよび/ま たはCPG(Glen Research,Sterling VAから市販さ れている)を用いることも周知である。 オリゴヌクレオチドを調製するためにホスホルアミダイト化学を実施する際に 、多くの反応条件、担体及び試薬が前記のM.CaruthersおよびS.B eaucageや他の文献のみならず下記の4,458,066,4,500, 707,5,132,418,4,415,732,4,668,777,4, 973,679,5,278,302,5,153,319,5,218,10 3,5,268,464,5,000,307,5,319,079,4,65 9,774,4,672,110,4,517,338,4,725,677及 び再34,069を含む米国特許から公知であり、これらはいずれも本明細書に 参照として組み込まれている。さらに、ホスホルアミダイト化学の実施は、Be aucage,S.L.およびIyer,R.P.のTetrahedrn,1 992,48,2223−2311ならびにBeaucage,S.L.および Iyer,R.P.のTetrahedron,1993,49,6123−6 194におけるBeaucageおよびIyerにより、ならびにそれらを引用 する文献によって体系的に検討されており、それらはすべて本明細書に参照とし て組み込まれる。 ホスホルアミダイト化学を実施する際に、とくに有用な糖遮断基、すなわちP g基はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、およびトリメト キシトリチル、とくにジメトキシトリチル(DMTr)である。ホスホルアミダ イト化学を実施する際に、とくに有用なホスフィット活性基、すなわちNR34 基は、前記の関連Caruthers特許に記載されているようなジアルキル置 換窒素基および窒素複素環式基である。ジイソプロピルアミノ活性基がとくに有 用である。 種々のヌクレオチド単位を本発明のアミダイトとして活性化させて本発明のオ リゴヌクレオチドに組み入れることができる。これらの中には、デオキシヌクレ オチド、すなわち上記構造中のQがHであるもの、リボヌクレオチド、すなわち 上記構造中のQがOHであるもの、または置換2’−O−アルキルヌクレオチド 、すなわち上記構造中のQが置換−O−アルキルであるものがある。2’−O− アルキルヌクレオチドは米国特許第5,466,786号に記載されており、本 明細書に参照として取り入れてある。とくに有用な置換2’−O−アルキル基で あるメトキシエトキシ基をMartin,P.がHelv.Chim.Acta 1995,78,486−504に述べており、これも参照として本明細書に 組み込まれている。 5’−モノヌクレオチドの細胞間供給のために、我々はメチルS−アシルチオ エチル(本明細書ではMe−SATEとも呼ぶ)生体可逆性保護基を使用した。 モノヌクレオシドホスフェートを保護するために使用するときに、我々はカルボ キシエステラーゼが仲介する分解プロセスによってヌクレオシドモノホスフェー トの選択的回収が可能であることを実証した。Lefebvre,I.ら、J. Med.Chem.(1995)。 下記の実施例において、我々は2種類のジチミジンモデル(すなわち、ホスフ ェートおよびホスホロチオネートトリエステル、ホスホトリエステルダイマー( 化合物1、図1)ならびにホスホチオノトリエステルダイマー(化合物2、図3) )の使用を述べる。ジチミジンホスフェートおよびホスホロチオネートをter t−ブチル−S−アシル−チオエチル(tBu−SATE)生体可逆性保護基を 有するトリエステル、すなわち化合物1および2として調製した。培養液(CM )および全CEM細胞抽出液(TCE)中におけるその安定性を評価した。 これらのダイマーはCM中では優れた安定性を有することが認められ、また 対応する親(parent)ダイマーに対するカルボキシエステラーゼの活性に よってTCM中では選択的に加水分解される。加温条件において培養液中および 全CEM細胞抽出液中の安定度をHPLCモニタリングによって評価した。t− ブチル−S−アシルチオエチル保護基(tBu−SATE)を薬動力学パラメー タに基づき生体可逆性基として選択した。化合物1のカルボキシエステラーゼの 攻撃による加水分解は対応するホスホジエステルダイマーを生成したが、化合物 2はホスホロチオエート類似体を生成した。 本発明のプロオリゴヌクレオチドは、カルボキシエステラーゼに対する基質の 親和力、試薬の求核性、および脱離基の性質によるP−X(リン原子に対する求 核攻撃)またはC−X(カルボキシエステラーゼが仲介するカルボニル機能に対 する求核攻撃)結合切断プロセスを含む2つの機構によって加水分解させること ができる。 非イオン性オリゴヌクレオチドメチルホスホネート、または類似のアルキルも しくはアリールホスホネートは、生体細胞膜を容易に通過することができ、また 分解またはヌクレアーゼによる加水分解に対して抵抗性がある一方、生体内で比 較的長い生物学的半減期を有する化学的に合成された核酸類似体として用いるた めに当業者には周知である。米国特許第4,511,713号参照(参照として 本明細書に組み込まれている)。メチルホスホネートオリゴは標的RNAに対す る結合能力が小さい傾向があるが、本発明のホスホジエステルまたはホスホロチ オネートインターヌクレオシド結合プロオリゴヌクレオチドと組み合わせて用い るように意図される。 単純な反応計画に従ってジチミジン化合物1−2の合成を行った。アセトニト リル中にテトラゾールを存在させてジチミジンホスホルアミダイトをtert− ブチル−S−アシル−チオエタノールと縮合させ、得られたホスフィットトリエ ステルを最後にtert−ブチルヒドロペルオキシドまたは元素硫黄により酸化 させて、それぞれ5’および3’−ヒドロキシルの脱保護後、それぞれのダイマ ーを得た。 オリゴヌクレオチドはApplied Biosystems 381Aまた は380B DNA合成機により合成した。Bruker AC 250(25 0MHZ)分光光度計により1Hおよび31P NMRスペクトルを記録した。1H 及び31PのNMR化学シフトは内部標準として採用したCDCl3、CD3COC D3またはCD3CNに対して測定した。高速原子衝撃質量スペクトル(MS)は Jeol Dx300質量分光光度計により正または負のイオンモードでチオグ リセロール(GT)またはニトロベンジルアルコール(NBA)マトリックスを 用いて記録した。薄層クロマトグラフィーはキーゼルゲル(Kieselgel )60F254プレート(E.Merck)を用いて行い、紫外線および硫酸噴霧 によって検出した。カラムクロマトグラフィーにはシリカゲル60を使用した。 トリエステルの安定性はオンライン清浄化法(on−line cleanin g method)を用いるHPLCにより、逆相C18カラム(3μm,ハイパ ージル(Hypersil),150×4,6mm)を用い、100%Aから10 0%Bまでの40分間の勾配(A:0.05M TEAAc;pH=7.0;B :50:50 CH3CN:0.05M TEAAc;流速:1ml/分)によ って測定した。各タイムポイントごとに注入前に0.5%DMSOとともにダイ マーホスホトリエステル(5×10-5M)またはプロオリゴヌクレオチド(10-5 M)を含有する100μlの培地(培養液=RPMI1640+10%子ウシ 胎児血清または全細胞抽出物)を37℃に加温した。 下記の実施例及び方法は本発明を説明するためのものであって本発明を限定す るためのものではない。 実施例1 オリゴヌクレオチドの合成 ヨウ素による酸化を含む標準のホスホルアミダイト化学を用いて無置換および 置換ホスホジエステルオリゴヌクレオチドを合成する。 ホスフィット結合の段階的チエーション(thiation)のために標準の 酸化ボトルの代わりに3H−1,2−ベンゾジチオール−3−オン−1,1−ジ オキシドの0.2Mアセトニトリル溶液を用いる以外はホスホジエステルオリゴ ヌクレオチドに従ってホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを合成する。チエ ーションの待ち工程(wait step)を68秒に延長し、ついでキャッピ ング工程(capping step)を行った。 CPGカラムによる切断および55℃の濃水酸化アンモニウム中での脱ブロッ ク(deblocking)(18時間)後、0.5M NaCl溶液から2.5 容量のエタノールで2回沈殿させてオリゴヌクレオチドを精製した。20%アク リルアミド、8M 尿素、454mM トリスホウ酸塩緩衝液(pH=7.0) の中で分析的ゲル電気泳動を行った。オリゴヌクレオチドとホスホロチオエート はポリアクリルアミドのゲル電気泳動に基づいて標準長さの物質の80%よりも 大きいと判断された。 米国特許第4,469,863号(参照として本明細書に組み込む)に記載さ れているようにアルキルホスホネートオリゴヌクレオチドを調製する。 実施例2 ホスホトリエステルダイマー 1の合成 ビスチミジンジイソプロピルアミノホスフィン 5(図2)(0.1mmol ,122mg)およびtert−ブチル−S−アシルーチオエタノール(0.1 2mmol,1,9mg)を3mlの乾燥CH3CN中でモレキュラーシーブを 用いて2時間一緒に撹拌した後昇華テトラゾール(0.3mmol,21mg) を加える。室温下で4時間後に、tert−ブチルヒドロペルオキシド(0.2 4mmol,82μl)を添加する。混合物を室温で1.5時間撹拌した後、N a223飽和水溶液とCH2Cl2のいずれかで抽出する。蒸発後残留物をシリ カゲルカラムを用いるクロマトグラフィー(CH2Cl2+1%TEA)により精 製して6(図2)(90.6mg,70%)を得る。3.5時間の80%AcOH /H2O(1ml)を用いる処理によってジメトキシトリチル基を切断する。H PLCによりダイマーホスホトリエステル 1を精製して特性を完全に決定した 。1HNMR(CD3OD):δ(ppm):6.3(2H,m,2×H1’);4. 15(2Hq,CH2OH);3.15(2H,t,CH2S);1.85(6H, m,2×CH3dT);1.2(9H,m,C(CH33);残留物5’OH−d T−3’OP:4.45(1H,m,H3’);4.35(2H,m,H5’,H5 ”),4.2(1H,m,H4’);2.25(2H,t,H2’,H2”);残留物 3’OH−dT−5’OP:5.15(1H,m,H3’);4.05(1H, m,H4’);3.75(2H,m,H5’,H5”);2.3−2.6(2H,m, H2’,H2”).31P−NMR:(CD3OD)−2.28および-2.35ppm ,MS FAB pos m/z[M+H]+:691. 実施例3 ホスホチオノトリエステルダイマー 2の合成 酸化反応をCH3CN中で元素硫黄(0.5mmol,16mg)を用いて2 時間行う以外は実施例1と同様の方法によってダイマーホスホチオノトリエステ ル 2を合成する。仕上げはH2OおよびCH2Cl2のどちらかによる抽出を含 む。残留物はシリカゲルカラムを用いるクロマトグラフィー(CH2Cl2の10 ない し100%シクロヘキサン溶液+1%NEt3)によって精製する。最後に脱ト リチル化後70%の収率でダイマーホスホチオノトリエステル 2(0.07m mol,92mg)が得られる。1H NMR(CD3OD):δ(ppm):6. 3(2H,m,2×H1’);3.15(2H,t,CH2S);1.85(6H ,m,2×CH3dT);1.20(9Hm,C(CH33);5.10(1H, m,H3OH);4.00−4.40(7H,m,H3OP,H5’H5OH,2× 4’,CH2OH)3.75(2H,s,H5’H5OP);2.1−2.6(4H m,2H2’,2×H2”)4.15(2H,q,CH2OH).31 P−NMR:(CD3OD)67.40および67.43ppm,MS FAB pos m/z[M+H]+:707; 実施例4 キメラオリゴヌクレオチドの合成 Caruthersの方法に従って5’−O−DMTr−チミジン−3’−イ ル−S−(p−チオベンゾイルエチル)ピロリジノホスホロチオアミダイトを合 成した(31P NMRによる純度94%、166.71および163.04pp m)。Wiesler,W.T.ら,Synthesis and Purif ication of Phosphorodithioate DNA ,Hu mana Press,Totowa,NJ,191(1993)。DNA合成機 によりメチルメチルホスホンアミダイト、β−シアノエチルホスホルアミダイト 、またはチオホスホルアミダイトシントンを用いてキメラメチルホスホノジエス テル/ホスホロジチオエートおよびメチルホスホノジエステル/ホスホロジチオ エートオリゴデオキシヌクレオチドを合成した。酸化剤としてはヨウ素−水−ピ リジン−THF(0.1M:1:10:40)溶液であり硫化剤としてはBea ucage試薬(3H−1,2−ベンゾジチオール−3−オン−1,1−ジオキ シド)の溶液である。メチルホスホネート主鎖を分解させる濃水酸化アンモニウ ム処理を避けるために最終的に迅速に除去するようにLCAA−CPG固相担体 とオリゴマーの間にオキサリルリンカー(Alul,R.H.ら,Nucl.A cids Res .,1991,19,1527)を用いて合成を達成させた。 Barber,I.らのBioorg.Med.Chem.Lett.,199 5, 5,1441も参照されたい。該オリゴヌクレオチドはC−18逆相カラムを使 用するHPLCにより、溶離剤として増加的量のアセトニトリルのトリエチルア ンモニウムアセテート溶液(0.05M,pH7.0)を用いて精製した。 実施例5 オリゴデオキシヌクレオチド合成後のアルキル化 60当量のMeSATEヨウ化物(12.5μl,アセトニトリル中940m M)および2,6−ルチジン(60μul,アセトニトリル中100mM)のア セトニトリル(57μl)溶液を用いて、オリゴヌクレオチド(130μl,水 中1.5mM)のSATEアルキル化を行う。反応はHPLCによりモニターし 、モノおよびジアルキル化生成物の一時的生成が認められた後、完全アルキル化 プロオリゴ(prooligo)がほぼ定量的収率で生成し、HPLCによる精 製及びSEP PAK C18による脱塩後純粋な形で得られる。 室温において(3時間)において48当量のPOMヨウ化物誘導体(15μl ,アセトニトリル中690mM)およびルチジン(15μl,アセトニトリル中 690mM)のアセトニトリル/水(240μl,1:1,v/v)溶液を用い てオリゴヌクレオチド(30μl,水中7.2mM)のPOMアルキル化を行う 。HPLCによる精製およびSEP PAK C18による脱塩後、予想される ビオチン共役プロオリゴが単離される。 実施例6 S−ピバロイルチオエチルN,N−ジイソプロピルホスホルアミダイト エーテル(300mL)を含有する乾燥フラスコにアルゴン雰囲気中で外部冷 却しながら五塩化リン(18.54g,135mmol)を滴下した。アルコー ル(S−ピバロイルチオエチルアルコール(tBuCOS−CH2−CH2−OH) )100mmolをエーテル溶液(100mL)として1時間にわたり滴下した 。添加後、反応フラスコを室温にもたらし、反応混合物を4時間撹拌した。反応 混合物からエーテルを一部蒸発させ、該アルコールのこの二塩化リン誘導体のエ ーテル(200mL)溶液にアルゴン雰囲気中で0℃においてジイソプロピルア ミン116mmolを加えた。添加完了後(1時間)、反応混合物を一夜間撹拌す る。エーテル溶液の濃度が該アルコール誘導体のホスホルアミダイトを生成さ せた。31P NMR:123ppm。 実施例7 5’−O−(ジメトキシトリチル)チミジン−3’−O−(S−ピバロイルチオ エチルN,N−ジイソプロピル)ホスホルアミダイト B=T 5’−O−DMT−チミジン(3.81g,7mmol)を含有するオーブン 乾燥したフラスコに100mLの無水アセトニトリルを加え、続いて6mmol のテトラゾールを添加する。溶液を撹拌し、これにピバロイルチオエチルN,N −ジイソプロピルホスホルアミダイト(11mmol)を加える。4時間撹拌後 反応物の31P NMRは、123ppmのピークの一部消失と約150ppmの 誘導アミダイトの出現を示した。TLCはヌクレオシドの完全な消費と所望アミ ダイトの生成を示した。反応混合物を濃縮し、直接シリカゲルカラムにかけて酢 酸エチル:トルエン(50:50)で溶離させると微量のトリエチルアミンを得 た。生成物はカラム画分からプールした。 実施例8 N2−イソブチリル−5−O−(ジメトキシトリチル)−2’−デオキシグアノ シン−3’−O−(S−ピバロイルチオエチルN,N−ジイソプロピル)ホスホ ルアミダイト B=dG チミジン誘導体の代わりにN2−イソブチリル−5’−O−ジメトキシトリチ ル−2’−デオキシグアノシンを用い、実施例7の方法を繰り返して所望のアミ ダイトを得る。 実施例9 N6−ベンゾイル−5’−O−ジメトキシトリチル-2’−デオキシアデノシン −3’−O−(S−ピバロイル−S−エチルN,N−ジイソプロピルホスホルア ミダイト)B=dA 5’−O−ジメトキシトリチル−チミジンの代わりにN6−ベンゾイル−5’ −O−ジメトキシトリチル−2’−デオキシアデノシンヌクレオシドを用い、実 施例7の方法を繰り返して所望のアミダイトを得る。 実施例10 N4−ベンゾイル−5’−O−ジメトキシトリチル−2’−デオキシシチジン− 3−O−(S−ピバロイル−S−エチルN.N−ジイソプロピル)ホスホルアミ ダイト B=dC 5’−O−ジメトキシトリチル−チミジンの代わりにN4−ベンゾイル−5’ −O−ジメトキシトリチル−2’−デオキシシチジンを用い、実施例7の方法を 繰り返して所望のアミダイトを得る。 実施例11 カルボキシエステラーゼの活性 本実施例では2種類のジチミジンモデル(すなわちホスフェートおよびホスホ ロチオネートトリエステル、ホスホトリエステルダイマー(化合物1、図3)な らびにホスホチオノトリエステルダイマー(化合物2、図3))を比較する。ジチ ミジンホスフェートおよびホスホロチオネートはtert−ブチル−S−アシル −チオエチル(tBu−SATE)生体可逆性保護基を有するトリエステル(す なわち、化合物1および2)として調製した。培養液(CM)および全CEM細 胞抽出液(TCE)中のその安定性を評価した。これらダイマーは対応する親ダ イマーに対してCM中ではすぐれた安定性を示し、TCE中ではカルボキシエス テラーゼの活性により選択的に加水分解されることが認められた。安定性は加温 条件で培養液(RPMI 1640+10%熱失活ウシ胎児血清)中および全C EMSS細胞抽出液中でHPLCモニタリングにより評価した。化合物1のカル ボキシエステラーゼ攻撃による加水分解は対応するホスホジエステルダイマーを 生成し、一方化合物2はホスホロチオエート類似体を生成した。 各ダイマーの培養液中および全細胞抽出液(細胞内媒質のモデルとして)中の 安定性を、HPLC清浄化法(HPLC cleaning method)( Pompon,A.ら,Biochem Pharmacol.,1992,4 3,1769(本明細書に参照として組み込まれている))を用いて評価した。そ の半減期は、対応する加水分解生成物の同定を含めて表Iにまとめた。それぞれ の場合にダイマーの各ジアステレオ異性体の半減期に相当する2つの半減期の値 を示す。このような鏡像異性的依存性はアセチルコリンエステラーゼにより仲介 されるRPおよびSPメチロホスホノチオエートの加水分解の場合に報告されてい る。Zhao,Q.,ら,Biochemistry,1994,33,812 8。 表Iダイマー化合物 1 2 培養液 32時間/34時間 114時間/169時間 POO- POS- 全CEM細胞抽出液 15.4±6.0時間 7.6±0.3時間 /15.4±2.2時間 /6.9±1.9時間 POO- POS- この2つのトリエステルダイマーは、培養液中ですぐれた安定性を示す(t1 /2 32ないし169時間)。したがって全CEM細胞抽出液中における化合 物2からジチミジンホスホロチオエートの選択的生成が認められるのはリン原子 に対する求核攻撃ではなくてカルボキシエステラーゼが仲介する分解プロセスに よるものと説明することができる。培養液中に残留カルボキシエステラーゼ活性 があることはすでに認められている。オキソトリエステル(化合物1)は、対応 するチオノトリエステル(化合物2)よりもリン原子に対して求核攻撃しやすく 、したがって半減期はさらに短くなる。実際に培養液中では化合物2は先行技術 の供試化合物3および4よりも安定である。培養液中で観察される安定度の順序 は2>4>1>3である。 全CEM細胞抽出液中では分解プロセスはカルボキシエステラーゼによって仲 介される。この状態は化合物3からのホスホロチオエートダイマーの唯一の生成 によって確証される。認められる安定性のデータ(1>2>3>4)は酵素に対 するホスホトリエステルの親和力を反映し、より親油性のダイマーがすぐれた基 質である。 実施例12 生体可逆性遮断基を有するキメラオリゴヌクレオチド 2つのキメラオリゴヌクレオチドを合成してHPLCによって安定性を評価し た。第1のオリゴヌクレオチドはMe−SATE保護基を有する12量体のホス ホロジチオエートオリヌクレオチドであった。3つのホスホロジチオエート結合 の中心間隙および2つの中性メチルホスホネートフランク(flanks)を有 するオリゴヌクレオチドを合成した。塩基性条件下のホスホトリエステルの不安 定性を避けるためのオリゴヌクレオチドを合成するために合成後の手段を用いた 。オリゴヌクレオチドは、各ホスホロジチオエートにMe−SATEヨウ化物で 選択的にアルキル化され、得られた中性のキメラオリゴヌクレオチドはHPLC により逆相C18カラムを用いて精製した。培養液および全CEM細胞抽出液中で オリゴヌクレオチドの安定性を評価した。それぞれの場合に、培養液中では加水 分解によって良好な安定性を有する親オリゴヌクレオチド(Me−SATE遮断 基を有しないオリゴヌクレオチド)を選択的に生成した(t1/2=32時間)。細 胞抽出液中では、半減期が15分の第1生体可逆性基の加水分解が生じて、半減 期が80分の完全脱保護オリゴヌクレオチドが得られた。第2及び第3Me−S ATE基の脱保護速度の差は認められなかった。 比較のために、ピバロイルオキシメチル(POM)生体可逆性保護基でアルキ ル化された3つのホスホロチオエート結合の中心間隙および2つのメチルホスホ ネートフランクを有する第2キメラオリゴヌクレオチドを調製した。さらにまた ホスフェート遮断基を導入するために合成後の手段を用いた。この場合には、後 で蛍光分光光度測定により細胞中のオリゴヌクレオチドの定位を確かめるために 、リポーターグループとしてビオチンでオリゴヌクレオチドを標識化した。第1 のオリゴヌクレオチドに対して、第2のオリゴヌクレオチドの安定性を培養液及 び全CEM細胞抽出液中で評価した。培養液中では半減期が4.5時間であるこ とが判明した。本発明のオリゴヌクレオチドを、第1のオリゴヌクレオチドと比 べると、この場合にはリン原子に対する競合的求核攻撃による親オリゴの選択的 生成は認められなかった。全細胞抽出液中では、POM基の連続的除去をHPL Cによってモニターした。第1保護基は極めて迅速(t1/2<2分)に除去され るが、残りのPOM基の脱保護ははるかに遅く進行し、すなわち完全脱保護キメ ラオリゴが完全に出現するための半減期は2.4時間であることが認められた。 POMおよびMe−SATE脱保護速度の認められる差は、哺乳類エステラー ゼの活性を含む2つの主な構造上の特徴、すなわち基質の官能性の性質および分 子の親油性に関連して試案として説明することができる。この点に関し、極性ま たは帯電化合物はこれら酵素に対する好ましい基質ではない。従って累進的カル ボキシエステラーゼの仲介による間隙の脱保護は負電荷の逐次的増大によって酵 素基質としてのキメラオリゴの親和力を低下させると仮定することができる。ホ スホロジチオエートオリゴはホスホロチオエートオリゴよりも親油性であり、さ らにまたPOM基はMe−SATE基よりも親油性であるのでMe−SATE基 が除去された後の第1オリゴヌクレオチドの親油性の変化はエステラーゼにとっ て重要ではないとみなすことができる。さらに全COM細胞抽出液中におけるP OMジチミジンホスホロチオエートトリエステル[TP(POM)T]の両方の ジアステレオ異性体の加水分解速度と中心的POMホスホロチオエートトリエス テル[TP(POM)TP(O-)t]を有するテトラチミジンの両方のジアステ レオ異性体の加水分解速度との差が認められなかったので、一方のリン構造(RP またはSP)が他方よりもすぐれた基質であるという可能性を排除することがで きる。第2のオリゴヌクレオチドの場合には、培地中に存在する化学的求核試薬 による付随的求核攻撃が可能になる程半減期が長い。しかしHPLC曲線上には PO結合組成の生成が認められなかったので、このような求核攻撃は、もしあっ たにしても、リン原子に対してではなくて主としてカルボニル組成に対して起こ るはずである。 実施例13 混合配列およびS−ピバロイルチオエチル遮断基を有するオリゴヌクレオチドの 合成 実施例7ないし10のヌクレオチドアミダイトを用い、実施例1の方法によっ てオリゴヌクレオチドを合成する。沈殿工程後、本発明の遮断基を有する混合配 列オリゴヌクレオチドは通常のように生体内で使用することができる。 実施例14 1−o−ニトロフェニル−3−ブテノール,IV−2 2−ニトロベンズアルデヒド(1)(550.4mg,3.6mmol)の乾燥 ジクロロメタン溶液に四塩化チタン(1.0M,8.7ml)の塩化メチレン溶 液を加え、続いてアリルトリメチルシラン(2.1ml,13mmol)を加え て、OrdoukhaunianらがJ.Am.Chem.Soc.1995, 117,9570−9571に記載したように83%の収率で標記化合物を得た 。 1H−NMR(250MHz,CDCl3/TMS)δ7.92(dd,1H) , 7.82(dd,1H),7.64(td,1H),7.41(td,1H),7.2 4(s,CDCl3),5.88(m,1H),5.31(dd,1H),5.20(m ,2H),2.7(m,1H),2.41(m,2H). 実施例15 1−o−ニトロフェニル−1−O−ジメトキシトリチル−3−エン−1−ブテノ ール,IV-3 撹拌しつつあるアルコール 2(564.2mg,2.94mmol)の乾燥 ピリジン(30ml)溶液に0℃においてトリエチルアミン(590μl,4. 23mmol)および4−(ジメチルアミノ)ピリジン(15.8mg,0.1 3mmol)を加えた。混合物を15分間撹拌後4,4’−ジメトキシトリチル クロリド(3.5g,10.38mmol)を加えた。さらに混合物を2日間撹 拌してプロセス中に室温まで暖めた。溶剤を減圧除去し、得られた残留物を酢酸 エチルに溶解して重炭酸ナトリウム飽和溶液で抽出した。水層をさらに酢酸エチ ルで抽出し、有機層を合わせて硫酸ナトリウムで乾燥し、溶剤を減圧除去した。 得られた残留物をシリカゲルカラムを用いるクロマトグラフにかけて(2%酢酸 エチル/2%トリエチルアミン/ヘキサン)、所望のジメトキシトリチルアルコ ール(1.1g,2.22mmol)を橙黄色油状物として65%の収率で得た 。 1H−NMR(250MHz,CDCl3/TMS)δ7.65(m,2H),7 .51(m,2H),7.38−7.09(m,9H),6.66(m,4H),5. 95(m,1H),5.42(dd,1H),5.00(m,2H),3.77(d, 6H),2.79(m,1H),2.61(m,1H). 実施例16 1−o−ニトロフェニル−1−O−ジメトキシトリチル−1,3−プロパンジオ ール,IV−6 四酸化オスミウム(143μl,水中55mM)をジメトキシトリチルアルコ ール 3(788.1mg,1.59mmol)のジオキサン/水(18ml, 5:1 v:v)溶液に加え、続いて過ヨウ素酸ナトリウム(855.4mg, 3.98mmol)を加えた。混合物を室温で9時間撹拌した。混合物を0℃に 冷却して水素化ホウ素ナトリウム(150.6mg,3.98mmol)を混合 物に加えた。次いで混合物を室温に暖めてさらに40分間撹拌した。混合物を0 ℃に冷却し、過剰の水素化ホウ素ナトリウムをアセトン(4ml)で急冷した。 ジクロロメタン(50ml)で抽出後、有機層を重炭酸ナトリウム飽和溶液(5 0ml)で洗った。水層をジクロロメタン(50ml)で抽出し、有機層を合わ せて無水硫酸ナトリウムで乾燥した。溶剤を減圧除去し、得られた残留物をシリ カゲルカラムを用いるクロマトグラフにかけた(30%ジクロロメタン/1%ト リエチルアミン/ヘキサン)。得られた黄色の油状物(372.1mg,0.7 4mmol)は47%収率の所望の化合物IV−6であった。1H−NMR(25 0MHZ,CDCl3/TMS)δ7.73(m,2H),7.44(m,2H), 7.32−7.13(m,9H),6.69(M,4H),5.52(dd,1H), 3.75(m,8H),2.37(m,1H),1.65(bs,1H). 実施例17 1−o−ニトロフェニル−1−O−ジメトキシトリチル−3−O−[N,N−ジ イソプロピルアミン−O−シアノエチルホスフィン]−1.3−プロパンジオー ル,IV−7 撹拌しつつあるジオール IV−6(1.4g,2.80mmol)の乾燥ジク ロロメタン(12ml)溶液にジイソプロピルアンモニウムのテトラゾルア(t etrazolure)(242.3mg,1.4mmol)を加え、続いてビス (ジイソプロピルアミノ)−O−シアノエチルホスフィン(998μl,3.3 6mmol)を加えた。混合物をアルゴン雰囲気中、室温で3時間撹拌した。次 いで混合物を重炭酸ナトリウム飽和溶液および塩水(50ml)で洗った。水層 をジクロロメタン(50ml)で抽出し、有機層を合わせて無水硫酸ナトリウム で乾燥した。溶剤を減圧除去した。残留物を最低量のトルエンに溶解し、78℃ でヘキサン(300ml)中に沈殿させて、所望の生成物IV−7を75%の収率 で単離させた。1H−NMR(250MHZ,CD3CN/TMS)δ7.62( m,2H),7.45(m,2H),7.36−7.08(m,9H),6.63(m ,4H),5.36(m,1H),3.75(m,10H),3.53(m,2H), 2.56(t,2H),2.34(m,2H),1.30−1.05(m,12H).31 P−NMR(250MHZ,CD3CN/H3PO4)δ147.56, 147.45. 実施例18 スペーサー取り込み(spacer incorporation)(ホスホル アミダイト結合形成による) DNA合成機(Applied Biosystem Inc.,381A) を用い10μmolのスケールで市販長鎖アルキルアミン多孔質ガラスピース固 相担体(Aldrich製500A,392mg)にスペーサー取り込みを行っ た。カップリング反応は0.2Mホスホルアミダイト IV−7および0.05M テトラゾールのアセトニトリル溶液により3分間かけて行った。キャッピング反 応は通常の市販試薬を用い5分間かけて行った。酸化反応は市販のヨウ素/水/ ピリジン混合物により1分間行った。ジメトキシトリチルカチオンの吸収によっ て調べると、スペーサーのローディング(loading)は平均約70μmo l/gであった。 実施例19 光分解脱保護 パイレックスフィルターをつけた高圧水銀灯を用いて光分解を行った。担体を 含有するキューブ(cuve)(石英)はサーモスタットで調節した(室温)。アセ トニトリル/水(9:1)中に懸濁させた担体に280nmを超える紫外線を照 射した。照射10−20分後、光に不安定なリンカーが切断されて、トリエステ ルオリゴヌクレオチドが遊離された。光分解反応の収率は70−80%であった 。 実施例20 ホスホルアミダイトおよびホスホルアミダイト試薬を調製するための一般的方法 。 A. ホスホルアミダイト(方法A) 図6について説明すると、ChattopadhayaがActa C hemica Scandinavica B 1983,37,857−86 4に述べたように5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)N−ニトロフェ ニルスルフェニル保護ヌクレオシドが得られた。5’−O−(4,4’−ジメト キシトリチル)−2’−デオキシヌクレオシド(15.6mmol)およびジイ ソプロピルエチルアミン(3.3mL,20.3mmol)の乾燥ジクロロメタ ン(100mL)溶液(氷浴冷却)に、N,N−(ジイソプロピルアミノ)クロ ロホスフィン(5g,18.7mmol)の乾燥ジクロロメタン(18mL)溶 液を加えた。得られた混合物を室温で30分間撹拌した。S−(2−ヒドロキシ エチル)チオアセテート(18.7mmol)またはS−(2−ヒドロキシエチ ル)チオピバロエート(10.2mmol)およびテトラゾール(546.4m g,7.8mmol)の乾燥ジクロロメタン(20mL)溶液を滴下して撹拌を 15時間持続した。ジクロロメタン(200mL)で希釈後、混合物を重炭酸ナ トリウム飽和溶液(300mL)および塩水(2×300mL)で洗い、硫酸ナ トリウムで乾燥して減圧蒸発させた。残留物をシリカゲルフラッシュカラムクロ マトグラフィーにより精製し、酢酸エチル(10−40%シクロヘキサン溶液) の段階的勾配による溶離を行った。所望画分の蒸発後残留物をベンゼンに再溶解 し、減圧凍結乾燥して対応するホスホルアミダイトを粉末として得た。 B=T,R=Me 収率68%;1H−NMR(CD3CN/TMS);δ(ppm);9.23(1 arge s,1H,NH塩基),7.2−7.5(m,10H,芳香族H + H6),6.85(m,4H,芳香族H),6.24(m,1H,HI’),4.6( m,1H,H3’),4.07(m,1H,H4’),3.74(s,6H,OCH3 ),3.55(m,4H,OCH2およびCHN),3.31(M,2H,H5’お よびH5”),3.01(m,2H,CH2CH2S),2.31(m,2H,H2’ およびH2”),1.48(m,3H,CH3dT),1.13(4d,12H,C H(Me)2),1.05(m,3H,MeCO);31P−NMR(CD3CN/H3 PO4);δ(ppm);148.93,148.54;FAB MS(<O,N OBA)m/z;794[M+H]+. B=T,R=tBu 収率55%;1H−NMR(CD3CN/TMS);δ(ppm);9.37(1 arge s,1H,NH塩基),7.2−7.6(m,10H,芳香族H +H 6),6.82(m,4H,芳香族H),6.23(m,1H,H1’),4.6(m ,1H,H3’),4.07(m,1H,H4’),3.75(s,6H,O CH3),3.56(m,4H,OCH2CH2およびCHN),3.31(m,2H ,H5’およびH5”),2.97(m,2H,CH2CH2S),2.36(m,2 H,H2’およびH2”),1.48(m,3H,CH3dT),1.3(4d,1 2H,CH(Me)2),1.17(3s,9H,(Me)3CCO);31P−NM R(CD3CN/H3PO4);δ(ppm);149.22,148.85;FA BMS(>O,GT)m/z;834[M+H]+. B=ANPS,R=Me 収率60%;1H−NMR(CD3CN/TMS);δ(ppm);8.28(s ,1H,H2),8.19(s,1H,H8),7.96(large s,1H, NH塩基),7.42−7.33(m,3H,Nps保護による芳香族H),7. 23−7.21(m,9H,芳香族H),6.76(m,4H,芳香族H),6.3 9(m,1H,H1’),4.88(m,1H,H3’),4.19(m,1H,H 4’),3.71(s,6H,OCH3),3.55(m,4H,OCH2CH2およ びCHN),3.28(m,2H,H5’およびH5”),3.01(m,2H,C H2CH2S),2.58(m,2H,H2’およびH2”),1.12(4d,12 H,CH(Me)2),1.O5(m,3H,MeCO);31P−NMR(CD3C N/H3PO4);δ(ppm);149.44,149.29;FAB MS(> O G−T)m/z;956[M+H]+. B=ANps,R=tBu 収率59%;1H−NMR(CD3CN/TMS):δ(ppm):8.27(s ,1H,H2),8.19(s,1H,H8),7.97(large s,1H, NH塩基),7.43−7.33(m,3H,Nps保護による芳香族H),7. 26−7.22(m,9H,芳香族H),6.82(m,4H,芳香族H),6.3 6(m,1H,H1’),4.90(m,H3’),4.20(m,1H,H4’), 3.72(s,6H OCH3),3.53(m,4H,OCH2CH2およびCHN ),3.27(m,2H,H5’および5”),3.03(m,2H,CH2CH2S ),2.56(m,2H,H2’及び2”),1.16(3s,9H,(Me)3C CO),1.13(4d,12H,CH (Me)2;31P−NMR(CD3C N/H3PO4):δ(ppm):149.35;FAB MS(>O,G− T)m/z:998[M+H]+. B=CNPS,R=Me 収率67%;1H−NMR(CD3CN/TMS):δ(ppm):8.31(d ,1H,H6),7.88−7.61(m,3H,Nps保護による芳香族H), 7.48−7.25(m,9H,芳香族H),6.76(m,4H,芳香族H),6 .13(m,1H,H1’),5.95(d,1H,H5),4.57(m,1H, H3’),4.06(m,1H,H4’),3.71(s,6H,OCH3),3.5 9(m,4H,OCH2CH2およびCHN),3.36(m,2H,H5’および H5”),3.03(m,2H,CH2CH2S),2.98(m,2H,H2’および H2”),1.18(4d,12H,CH(Me)2),1.07(m,3H,Me CO);31P−NMR(CD3CN/H3PO4):δ(ppm):149.38;F AB MS(>O,G−T)m/z:932[M+H]+. B=CNPS,R=tBu 収率64%;1H−NMR(CD3CN/TMS);δ(ppm):8.30(d ,1H,H6),7.88−7.62(m,3H,Nps保護による芳香族H), 7.49−7.25(m,9H,芳香族H),6.75(m,4H,芳香族H),6 .14(m,1H,H1’),5.96(d,1H,H5),4.58(m,1H, H3’),4.06(m,1H,II4’),3.70(s,6H,OCH3),3.6 0(m,4H,OCH2CH2およびCHN),3.35(m,2H,H5’および H5”),3.01(m,2H,CH2CH2S),2.97(m,2H,H2’およ びH2”),1.19(3s,9H,(Me)3CCO),1.16(4d,12H ,CH(Me)2);31P−NMR(CD3CN/H3PO4);δ(ppm):14 9.41;FAB MS(>O,G−T)m/z:974[M+H]+. B=GNPS,R=Me 収率47%;1H−NMR(CD3CN/TMS):δ(ppm):7.65(s ,1H,H8),8.19(s,1H,H8),7.45−7.39(m,3H,N ps保護による芳香族H),7.35−7.27(m,9H,芳香族H),6.7 5(m,4H,芳香族H),6.09(m,1H,H1’),4.47(m,1H, H3’),4.11(m,1H,H4’),3.69(s,6H,OCH3),3. 56(m,4H,OCH2CH2およびCHN),3.45(m,2H,H5’およ びH5”),3.05(m,2H,CH2CH2S),2.48(M,2H,H2’お よびH2”),1.16(4d,12H,CH(Me)2),1.03(m,3H, MeCO);31P−NMR(CD3CN/H3PO4):δ(ppm):149.8, 149.4;FAB MS(>O,G−T)m/z:972[M+H]+. B=GNps,R=tBu 収率51%;1H−NMR(CD3CN/TMS):δ(ppm):7.64(s, 1H,H8),8.17(s,1H,H8),7.44−7.38(m,3H,Np s保護による芳香族H),7.35−7.26(m,9II,芳香族H),6.74( m,4H,芳香族H),6.09(m,1H,H1’),4.45(m,1H,H3 ’),4.10(m,1H,H4’),3.68(s,6H,OCH3),3.56( m,4H,OCH2CH2およびCHN),3.46(m,2H,H5’およびH5 ”),3.06(m,2II,CH2CH2S),2.47(m,2H,H2’およびH 2”),1.17(3s,9H,(Me)3CCO),1.13(4d,12H,C H(Me)2);31P−NMR(CD3CN/H3PO4):σ(ppm):149. 56,149.37;FAB MS(>O,G−T)m/z:I014[M+H ]+. B. ホスホルアミダイトおよびホスホルアミダイト試薬(方法B) 1.ホスホルアミダイト試薬 図6について説明すると、アルゴン雰囲気中で0℃において、S−(2−ヒド ロキシエチル)チオアセテート(10mmol)またはS−(2−ヒドロキシエ チル)チオピバロエート(10mmol)およびチオエチルアミン(11mmo l)のジエチルエーテル(25mL)溶液を、N,N−(ジイソプロピルアミノ )クロロホスフィン(10mmol)のジエチルエーテル(25mL)溶液中に 滴下した。反応混合物を室温で2時間撹拌した後生成したトリエチルアンモニウ ム塩酸塩を濾別した。シクロヘキサン(50mL)を加え、混合物を減圧蒸発さ せて淡黄色油状物を得た。フラッシュカラムクロマトグラフィーにより精製して 標記化合物1および2を無色の油状物として得た。 (S−アセチル−2−チオエチル)ビス[N,N−ジイソプロピルホスホルア ミダイト](1):フラッシュカラムクロマトグラフィー[1%トリエチルアミン 含有酢酸エチル(0−10%)シクロヘキサン溶液の段階的勾配による溶離]後 の収率70%;1H−NMR(DMSO−d6)δ 3.6(m,2H,CH2CH2 O),3.47(m,4H,Me2CHN),3.04(t,2H,SCH2CH2) ,2.34(s,3H,MeCO),1.10(m,24H,Me2CHN);31P −NMR(DMSO−d6)δ 125.3(s);FAB MS(>0,G−T )m/e:351[M+H]+. (S−ピバロイル−2−チオエチル)ビス[N,N−ジイソプロピルホスホル アミダイト](2):フラッシュカラムクロマトグラフィー[1%トリエチルアミ ン含有酢酸エチル(0−5%)シクロヘキサン溶液の段階的勾配による溶離]後 の収率90%;1H−NMR(MSO−d6)δ 3.56(m,2H,CH2CH2 O),3.47(m,4H,Me2CHN),3.01(t,2H,CH2CH2), 1.16(s,9H,tBuCO),1.10(m,24H,Me2CHN);31P −NMR(DMSO−d6)δ 124.6(s);FAB MS(>O,NBA )m/c:411[M+O+H]+,FAB MS(>0,G−T)m/e:3 93[M+H]+. 2.ホスホルアミダイト(NPSまたはPNT実験記録) 5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−デオキシヌクレオシド (1mmol;B=T,ANPS,CnPS,GnPS)を乾燥アセトニトリル(5mL )に溶解し、蒸発乾固後、乾燥ジクロロメタン(5mL)に再溶解した。この溶 液にジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド(0.5mmol)およびホスホ ルアミダイト 1または2(1.2mmol)を加え、反応混合物を室温で4時 間撹拌した。酢酸エチル(40mL)に溶解した後,混合物を重炭酸ナトリウム 飽和溶液(40mL)および塩水(40mL)で洗った。有機層を硫酸ナトリウ ムで乾燥して真空濃縮した。粗製物をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー [酢酸エチルのシクロヘキサン溶液の段階的勾配による溶離]によって精製した 。収率55ないし70%。1H−31P−NMRのデータは上記に示す。 S AgrawalがJournal Of Organic Chemis try(1995)に記載したように5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチ ル)N−ペント−4−エノイル保護ヌクレオシドを得た。 B=APNT,R=tBu 収率59%、1H−NMR(CDCl3/TMS):δ(ppm):8.64(s ,1H,H2),8.52(large s,1H,NH塩基),8.18(s,1 H,H8),7.43−7.23(m,9H,芳香族H),6.8(m,4H,芳香 族H),6.49(m,1H,H1’),5.94(m,1H,CH=CH2−PN T),5.21(m,2H,CH=CH2−PNT),4.78(m,1H,H3’) ,4.35(m,1H,H4’),3.81(s,6H,OCH3),3.62(m, 4H,OCH2CH2およびCHN),3.4(m,2H,H5’およびH5”), 3.05(m,4H,CH2CH2SおよびCOCH2CH2−PNT),2.98− 2.72(m,2H,H2’およびH2”),2.56(m,2H,COCH2CH2 −PNT),1.27(3s,9H,(Me)3CCO),1.21(4d,12H ,CH(Me)2),31P−NMR(CDC3/H3/PO4):δ(ppm):14 9.06−148.99,FAB MS(>O,NBA)m/z:927[M+ H]+. B=CPNT,R=tBu 収率64%、1H−NMR(CDCl3/TMS):δ(ppm):8.24(d ,1H,H6),7.38−7.20(m,9H,芳香族H),7.05(d,1H ,H5),6.8(m,4H,芳香族H),6.22(m,1H,H1’),5.7 8(m,1H,CH=CH2−PNT),5.04(m,2H,CH=CH2−PN T),4.56(m,1H,H3’),4.17(m,1H,H4’),3.76(s ,6H,OCH3),3.55(m,4H,OCH2CH2およびCHN),3.37 (m,2H,H5’およびH5”),2.96(m,2H,CH2CH2S),2.7 0(m,1H,H2’及びH2”),2.50−2.36(m,4H,COCH2C H2−PNT),2.22(m,1H,H2”),1.14 3s,9H,(Me)3 CCO)1.06(4d,12H,CH(Me)2),31P−NMR(CDCl3 /H3/PO4):δ(ppm):148.9−148.3,FAB MS(>0, NBA)m/z:903[M+H]+. 実施例21 ドデカチミジンSATE(R=Me)およびtBuSATE(R=tBu)ホス ホジエステル(X=0)ならびにホスホロチオノトリエステル(X=S)の合成 DNA合成機(Applied Biosystems Inc.,381A )によりホスホルアミダイト化学を用い10μmolのスケールで修飾オリゴヌ クレオチドの自動固相合成を行った。ホスホルアミダイト(R=MeまたはtB u)の0.1M溶液および0.5Mテトラゾールにより4分間かけて第1、第2 、および第3カップリング反応を行い、さらに1.5分間かけて次のカップリン グ工程を行った。オリゴデオキシリボヌクレオシドホスホトリエステル(X=O )の調製に必要な酸化反応は、ter−ブチルヒドロペルオキシドの1.1Mト ルエン/ジクロロメタン(3.6/6.4,v/v)溶液により1.8分間を要 して行った。オリゴデオキシリボヌクレオシドホスホロチオノトリエステル(X =S)の調製に要する酸化的硫化反応は結晶性3H−1,2−ベンゾジチオール −3−オン−1,1−ジオキシド(“Beaucage"試薬)の0.05Mア セトニトリル溶液により行った。硫化反応は1.4分間を要して行った。オリゴ ヌクレオチドの5’−末端にホスホロチオエートトリエステル結合を得るために (最後の取り込み)、酸化的硫化を前記Beaucage試薬を用いるかまたは元 素硫黄の5%二硫化炭素/ピリジン(1/1,v/v)溶液で8分間処理して行 った。 10μmol合成に続いて第3の多孔質ガラスピース固相担体にアルゴンをフ ラッシュした後室温下で20分間紫外線(>280nm,パイレックスフィルタ ー)を照射した。懸濁液を濾過し、得られた溶液を蒸発させた。残留物をジオキ サン/水(5/3、v/v)溶液に再溶解し、減圧凍結乾燥してオリゴヌクレオ チドを白色粉末として得た。他の2つの第3の固相担体は第1の担体と同様に処 理した。 X=0,R−Me 収量 26.7mg, 31P NMR(ジオキサン/D2O:δ(ppm)68(1P),0.3(1P) ,−1.09(10P) MS MALDI−TOF:質量 計算値4910.32,実験値4907. 1, X=S,R=Me 収量 27.5mg, 31P NMR(ジオキサン/D2O):δ(ppm)68(11),57.3(1 P) MS MALDI−TOF:質量 計算値5087.03,実験値5090 .7 X=O,R=tBu 収量 43mg, 31P NMR(ジオキサン/D2O):δ(ppm)68.2(1P),0.1 4(1P),−0.78(10P) MS MALDI−TOF:質量 計算値5415.29,実験値5417 .8 X=0,R=tBu 収量 35.1mg, 31P NMR(ジオキサン/D2O):δ(ppm)68.4(11P),57 .5(1P) MS MALDI−TOF:質量 計算値5592,実験値5587.3 本発明の範囲及び精神から逸脱することのない本発明の前記の方法およびシス テムの種々の修正及び変更は当業者には明らかであろう。特定の好ましい態様に 関連させて本発明を説明したけれども、クレームする本発明をこのような特定態 様に不当に限定すべきでないことを理解する必要がある。実際に、生化学または 関連分野の専門家にとっては明白な、本発明を実施するための前記態様の種々の 修正は下記クレームの範囲内にあるというつもりである。
【手続補正書】特許法第184条の8第1項 【提出日】1998年6月11日(1998.6.11) 【補正内容】 条約34条に基づく補正書の翻訳文 (1)差し替え用紙第4−5頁の翻訳文:原翻訳文第3頁第15行目〜第5頁第14 行目を次のとおり補正する。 『発明の要約 本発明は、すぐれた化学的および生物物理学的特性を備えた、生体内で可逆性 の(bioreversible)保護基を有するオリゴヌクレオチドに関する 。生体可逆性保護基はオリゴヌクレオチドに対してさらにヌクレアーゼ耐性を与 える。この生体可逆性保護基は内因性酵素によって細胞内、細胞サイトゾル内、 または生体外のサイトゾル抽出物内で除去される。本発明のある好ましいオリゴ ヌクレオチドにおいては、生体可逆性保護基がカルボキシエステラーゼによる切 断によって無保護のオリゴヌクレオチドを生成するように意図される。 本発明は構造I: の少なくとも1つのヌクレオチド間結合を有するオリゴヌクレオチドに関する。 該オリゴヌクレオチドにおいて、YaおよびYbは独立してOまたはSとして選 ぶことができ、R1およびR2は独立してヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド として選ばれ、nは1ないし6であり、WはS−S−Z、S−C(=Y7)−Z 、またはS−C(=Y7)−Z−N+(R5)(R6)(R7)として選ばれ、Zはヒ ドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、Y7はOまたはSであり、また R5、R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである。 構造Iの好ましいオリゴヌクレオチドでは、WがS−C(=Y7)−Z、また はS−C(=Y7)−Z−(R5)(R6)(R7)であるように選ばれる。構造Iの 他の好ましいオリゴヌクレオチドでは、nが2ないし4であるように選ばれ、と くに2が好ましい。 構造Iのある好ましいオリゴヌクレオチドでは、ZがC1−C20アルキルであ る。さらに好ましい群では、ZがC1−C4アルキルである。Zがt−ブチルおよ びメチルである化合物がとくに好ましい。R5、R6、およびR7は好ましくはC1 −C20アルキル、より好ましくはC1−C4アルキル、さらにより好ましくはメチ ルである。 また本発明は構造II: の上記オリゴヌクレオチド化合物の調製用前駆物質として有用なアミダイト化合 物に関する。該アミダイト化合物では、Pgがヌクレオチド遮断基、Bが複素環 式塩基、Y1がSでY2がOもしくはSであるかまたはY1がOでY2がSであり、 R3およびR4が独立してヒドロカルビルであるかまたはR3とR4が共に窒素複素 環式環の一部であり、QがH、OH、F、O−アルキルまたはO−置換アルキル 、nが1ないし6、WがS−S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(= Y7)−Z−N+(R5)(R6)(R7)、Zがヒドロカルビルまたは置換ヒドロカ ルビル、XがO、S、またはCH2、Y7がOまたはS、またR5、R6、およびR7 が独立してヒドロカルビルである。 構造IIの好ましいアミダイト化合物では、WがS−C(=Y7)−ZまたはS −C(=Y7)−Z−N(R5)(R6)(R7)であるように選ばれる。構造IIの他 の好ましいオリゴヌクレオチドでは、nが2または4であるように選ばれ、とく に2が好ましい。 構造IIのさらに好ましいアミダイト化合物では、ZがC1−C20アルキルであ る。さらに好ましい群ではZがC1−C20アルキルである。Zがt−ブチルおよ びメチルである化合物がとくに好ましい。R5、R6、およびR7が好ましくはC1 −C20 アルキル、より好ましくはC1−C4アルキル、さらにより好ましくはメチルであ る。 構造IIのこれ以外の好ましいアミダイト化合物では、Bがアデニン、グアニン 、』 (2)差し替え用紙第7頁の翻訳文:原翻訳文第6頁下から第6行目〜第7頁第 10行目を次のとおり補正する。 「を有する担体担持シントンを提供し、式中、YaおよびYbは独立してOまたは S、R1はヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド、R2はLp−(P)(式中、LP は光に不安定なリンカー、また(P)は固相担体)、nは1ないし6、WはS− S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(=Y7)−Z−N+(R5)(R6)( R7)、Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビル、Y7はOまたはS、また 、R5、R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである。好ましい態様ではLp は、 Y3−CH(R9)−(CH2q−Y4−P(=Y5)(Y6−R10)−NH であり、式中、Y3、Y4、Y5、およびY6は独立してOまたはS、R9はC6−C20 アリール、qは1−7、またR10はHまたは非塩基性もしくは非求核性条件下 で除去しうる保護基である。 さらに別の態様では本発明は、本発明の化合物を調製するのに有用な機能的固 相担体を提供する。好ましい態様では、該固相担体は式:R11−O−CH(R9 )−(CH2q−O−P(=Y7)(O−R10)−NH−(P)を有する化合物を 有し、式中R9はC6−C20アリール、qは1−7、Y7はOまたはSであり、R1 0 はHまたは非塩基性または非求核性条件下で除去しうる保護基、R11は酸に不 安定な保護基、また(P)は固相担体である。」 (3)差し替え用紙第23頁の翻訳文:原翻訳文第21頁第14行目〜第22頁第9行目 を次のとおり補正する。 「単純な反応計画に従ってジチミジン化合物1−2の合成を行った。アセトニト リル中にテトラゾールを存在させてジチミジンホスホルアミダイトをtert− ブチル−S−アシル−チオエタノールと縮合させ、得られたホスフィットトリエ ステルを最後にtert−ブチルヒドロペルオキシドまたは元素硫黄により酸化 させて、それぞれ5’および3’−ヒドロキシルの脱保護後、それぞれのダイマ ーを得た。 オリゴヌクレオチドはApplied Biosystems 381Aまた は380B DNA合成機により合成した。Bruker AC 250(25 0MHZ)分光光度計により1Hおよび31P NMRスペクトルを記録した。1H 及び31PのNMR化学シフトは内部標準として採用したCDCl3、CD3COC D3またはCD3CNに対して測定した。高速原子衝撃質量スペクトル(MS)は Jeol Dx300質量分光光度計により正または負のイオンモードでチオグ リセロール(GT)またはニトロベンジルアルコール(NBA)マトリックスを 用いて記録した。薄層クロマトグラフィーはキーゼルゲル(KieselgelR )60F254プレート(E.Merck)を用いて行い、紫外線および硫酸噴霧 によって検出した。カラムクロマトグラフィーにはシリカゲル60を使用した。 トリエステルの安定性はオンライン清浄化法(on−line cleanin g method)を用いるHPLCにより、逆相C18カラム(3μm,ハイパ ージル(Hypersil),150×4,6mm)を用い、100%Aから10 0%Bまでの40分間の勾配(A:0.05M TEAAc;pH=7.0;B :50:50 CH3CN:0.05M TEAAc;流速:1ml/分)によ って測定した。各タイムポイントごとに注入前に0.5%DMSOとともにダイ マーホスホトリエステル(5×10-5M)またはプロオリゴヌクレオチド(10-5 M)を含有する100μlの培地(培養液=RPMI1640R+10%子ウ シ胎児血清または全細胞抽出物)を37℃に加温した。」 (4)差し替え用紙第26頁の翻訳文:原翻訳文第24頁第18行目〜第25頁第18行目 を次のとおり補正する。 「ana Press,Totowa,NJ,191(1993)。DNA合成機 によりメチルメチルホスホンアミダイト、β−シアノエチルホスホルアミダイト 、またはチオホスホルアミダイトシントンを用いてキメラメチルホスホノジエス テル/ホスホロジチオエートおよびメチルホスホノジエステル/ホスホロジチオ エ ートオリゴデオキシヌクレオチドを合成した。酸化剤としてはヨウ素−水−ピリ ジン−THF(0.1M:1:10:40)溶液であり硫化剤としてはBeau cage試薬(3H−1,2−ベンゾジチオール−3−オン−1,1−ジオキシ ド)の溶液である。メチルホスホネート主鎖を分解させる濃水酸化アンモニウム 処理を避けるために最終的に迅速に除去するようにLCAA−CPG固相担体と オリゴマーの間にオキサリルリンカー(Alul,R.H.ら,Nucl.Ac ids Res .,1991,19,1527)を用いて合成を達成させた。B arber, I.らのBioorg.Med.Chem.Lett.,199 5,5,1441も参照されたい。該オリゴヌクレオチドはC−18逆相カラム を使用するHPLCにより、溶離剤として増加的量のアセトニトリルのトリエチ ルアンモニウムアセテート溶液(0.05M,pH7.0)を用いて精製した。 実施例5 オリゴデオキシヌクレオチド合成後のアルキル化 60当量のMeSATEヨウ化物(12.5μl,アセトニトリル中940m M)および2,6−ルチジン(60μul,アセトニトリル中100mM)のア セトニトリル(57μl)溶液を用いて、オリゴヌクレオチド(130μl,水 中1.5mM)のSATEアルキル化を行う。反応はHPLCによりモニターし 、モノおよびジアルキル化生成物の一時的生成が認められた後、完全アルキル化 プロオリゴ(prooligo)がほぼ定量的収率で生成し、HPLCによる精 製及びSEP PAK C18Rによる脱塩後純粋な形で得られる。 室温において(3時間)において48当量のPOMヨウ化物誘導体(15μl ,アセトニトリル中690mM)およびルチジン(15μl,アセトニトリル中 690mM)のアセトニトリル/水(240μl,1:1,v/v)溶液を用い てオリゴヌクレオチド(30μl,水中7.2mM)のPOMアルキル化を行う 。HPLCによる精製およびSEP PAK C18Rによる脱塩後、予想され るビオチン共役プロオリゴが単離される。」 (5)差し替え用紙第43−49頁の翻訳文:原翻訳文第42頁〜第47頁を次のとおり 補正する。 「 請求の範囲 1.構造: (式中、 YaおよびYbは独立してOまたはSであり、 R1およびR2は独立してヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドであり、 nは1ないし6であり、 WはS−S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(=Y7)−Z−N(R5 )(R6)(R7)であり; Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、 Y7はOまたはSであり;そして R5、R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである) のヌクレオチド間結合少なくとも一つを有するオリゴヌクレオチド。 2.WがS−C(=Y7)−Zである、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。 3.WがS−S−Zである、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。 4.WがS−C(=Y7)−Z−N+(R5)(R6)(R7)である、請求項1記 載のオリゴヌクレオチド。 5.nが2である、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。 6.ZがC1−C20アルキルである、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。 7.ZがC1−C20アルキルである、請求項2記載のオリゴヌクレオチド。 8.ZがC1−C4アルキルである、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。 9.ZがC1−C4アルキルである、請求項2記載のオリゴヌクレオチド。 10.Zがプロピルまたはt−ブチルである、請求項2記載のオリゴヌクレオ チド。 11.Zがメチルである、請求項2記載のオリゴヌクレオチド。 12.R5,R6,およびR7が独立にC1−C20アルキルである、請求項4記載 のオリゴヌクレオチド。 13.R5,R6,およびR7が独立にC1−C4アルキルである、請求項4記載 のオリゴヌクレオチド。 14.R5,R6,およびR7がメチルである、請求項4記載のオリゴヌクレオ チド。 15.構造 (式中、 Pgはヌクレオチド遮断基であり、 Bは複素環式塩基であり、 Y1はSでありY2はOもしくはSであるか、またはY1はOでありY2はSであ り、 R3およびR4は独立してヒドロカルビルであるかまたはR3とR4が共に窒素複 素環式環の一部であり、 QはH、OH、F、O−アルキルまたはO−置換アルキルであり、 nは1ないし6であり、 WはS−S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(=Y7)−Z−N(R5 )(R6)(R7)であり、 Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、 XはO、S、またはCH2であり、 Y7はOまたはSであり、そして R5、R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである) を有する化合物。 16.WがS−C(=Y7)−Zである、請求項15記載の化合物。 17.WがS−S−Zである、請求項15記載の化合物。 18.WがS−C(=Y7)−Z−N(R5)(R6)(R7)である、請求項15 記載の化合物。 19.nが2である、請求項15記載の化合物。 20.ZがC1−C20アルキルである、請求項15記載の化合物。 21.ZがC1−C20アルキルである、請求項16記載の化合物。 22.ZがC1−C4アルキルである、請求項15記載の化合物。 23.ZがC1−C4アルキルである、請求項16記載の化合物。 24.Zがi−プロピルまたはt−ブチルである、請求項16記載の化合物。 25.Zがメチルである、請求項16記載の化合物。 26.R5,R6,およびR7が独立にC1−C20アルキルである、請求項18記 載の化合物。 27.R5,R6,およびR7が独立にC1−C4アルキルである、請求項18記 載の化合物。 28.R5,R6,およびR7がメチルである、請求項18記載の化合物。 29.Bがプリンまたはピリミジンである、請求項15記載の化合物。 30.プリンまたはピリミジンが塩基安定性保護基生じる環外アミンを含む、 請求項29記載の化合物。 31.プリンまたはピリミジンがアデニン、グアニンまたはシトシンである、 請求項30記載の化合物。 32.保護基がペント−4−エノイル、4−メチルスルフィニル−ベンジルオ キシカルボニル、2−ニトロフェニルスルフェニル、およびトリフェニル−メタ ンスルフェニルからなる群から選択される基である、請求項30記載の化合物。 33.Pgがトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルまたはピ クシルである、請求項15記載の化合物。 34.Pgがジメトキシトリチルである、請求項33記載の化合物。 35.R3およびR4の各々がC1−C10アルキルである、請求項15記載の化 合物。 36.R3およびR4の各々がイソ−プロピルである、請求項15記載の化合物 。 37.Y1がOであり、そしてY2がSである、請求項15記載の化合物。 38.Y1がSであり、そしてY2がOである、請求項15記載の化合物。 39.Y1がSであり、そしてY2がSである、請求項15記載の化合物。 40.QがHである、請求項15記載の化合物。 41.QがC1−C10アルキルである、請求項15記載の化合物。 42.QがFである、請求項15記載の化合物。 43.構造 (式中、 Pgはヌクレオシド遮断基であり、 Bは複素環式塩基であり、 Y1はSでありY2はOもしくはSであるか、またはY1がOでありY2がSであ り、 QはH、OH、F、O−アルキルまたはO−置換アルキルであり、 Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、 XはO、S,またはCH2、あり、 Y7はOまたはSであり、そして R5、R6およびR7は独立してヒドロカルビルである)を有する化合物。 44.ZがC1−C4アルキルである、請求項43記載の化合物。 45.Zがt−ブチルである、請求項43記載の化合物。 46.Zがメチルである、請求項43記載の化合物。 47.R5,R6,およびR7が独立にC1−C20アルキルである、請求項43記 載の化合物。 48.R5,R6,およびR7が独立にC1−C4アルキルである、請求項43記 載の化合物。 49.R5,R6,およびR7がメチルである、請求項43記載の化合物。 50.Bがプリンまたはピリミジンである、請求項43記載の化合物。 51.プリンまたはピリミジンが塩基安定性保護基生じる環外アミンを含む、 請求項50記載の化合物。 52.プリンまたはピリミジンがアデニン、グアニンまたはシトシンである、 請求項51記載の化合物。 53.保護基がペント−4−エノイル、4−メチルスルフィニル−ベンジルオ キシカルボニル、2−ニトロフェニルスルフェニル、およびトリフェニル−メタ ンスルフェニルからなる群から選択される基である、請求項51記載の化合物。 54.Pgがトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルまたはピ クシルである、請求項43記載の化合物。 55.Pgがジメトキシトリチルである、請求項43記載の化合物。 56.Y2がSである、請求項43記載の化合物。 57.構造(式中、 Yは独立してOまたはSであり、 R1は独立してヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドであり、 R2はLp−(P)(式中、Lpは光に不安定なリンカーであり、そして(P)は 固相担体である)、 nは1ないし6であり、 WはS−S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(=Y7)−Z−N(R5 )(R6)(R7)であり、 Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、 Y7はOまたはSであり、そして R5、R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである) を有する化合物。 58.Lpは、 Y3−CH(R9)−(CH2q−Y4−P(=Y5)(Y6−R10)−NH (式中、 Y3、Y4、Y5、およびY6は独立してOまたはSであり; R9はC6−C20アリールであり; qは1−7であり;そして R10はHまたは非塩基性もしくは非求核性条件下で除去しうる保護基である) である、請求項57記載の化合物。 59.Y4,Y5およびY6がOである、請求項58記載の化合物。 60.R9がニトロフェニルである、請求項58記載の化合物。 61.qが1また2である、請求項58記載の化合物。 62.R10がシアノエチル、C120アルキルまたはC6−C20アルキルである 、請求項58記載の化合物。 63.(P)が孔ガラスにより制御される、請求項57記載の化合物。 64.式: R11−O−CH(R9)−(CH2q−O−P(=Y7)(O−R10)−NH−( P) (式中、 R9はC6−C20アリールであり; qは1−7であり; YはOまたはSであり; R10はHまたは非塩基性または非求核性条件下で除去しうる保護基であり;」 【手続補正書】 【提出日】1999年9月1日(1999.9.1) 【補正内容】 請求の範囲を次のとおり補正する。 『1.構造: (式中、 YaおよびYbは独立してOまたはSであり、 R1およびR2は独立してヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドであり、 nは1ないし6であり、 WはS−S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(=Y7)−Z−N(R5 )(R6)(R7)であり; Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、 Y7はOまたはSであり;そして R5、R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである) のヌクレオチド間結合少なくとも一つを有するオリゴヌクレオチド。 2.構造 (式中、 Pgはヌクレオチド遮断基であり、 Bは複素環式塩基であり、 Y1はSでありY2はOもしくはSであるか、またはY1はOでありY2はSであ り、 R3およびR4は独立してヒドロカルビルであるかまたはR3とR4が共に窒素複 素環式環の一部であり、 QはH、OH、F、O−アルキルまたはO−置換アルキルであり、 nは1ないし6であり、 WはS−S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(=Y7)−Z−N(R5 )(R6)(R7)であり、 Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、 XはO、S、またはCH2であり、 Y7はOまたはSであり、そして R5、R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである) を有する化合物。 3.構造(式中、 Pgはヌクレオシド遮断基であり、 Bは複素環式塩基であり、 Y1はSでありY2はOもしくはSであるか、またはY1がOでありY2がSであ り、 QはH、OH、F、O−アルキルまたはO−置換アルキルであり、 Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、 XはO、S,またはCH2、あり、 Y7はOまたはSであり、そして R5、R6およびR7は独立してヒドロカルビルである)を有する化合物。 4.構造 (式中、 Yは独立してOまたはSであり、 R1は独立してヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドであり、 R2はLp−(P)(式中、Lpは光に不安定なリンカーであり、そして(P)は 固相担体である)、 nは1ないし6であり、 WはS−S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(=Y7)−Z−N(R5 )(R6)(R7)であり、 Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、 Y7はOまたはSであり、そして R5、R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである) を有する化合物。 5.式: R11−O−CH(R9)−(CH2q−O−P(=Y7)(O−R10)−NH−( P) (式中、 R9はC6−C20アリールであり; qは1−7であり; YはOまたはSであり; R10はHまたは非塩基性または非求核性条件下で除去しうる保護基であり; R11は酸に不安定な保護基であり、そして (P)は固体である) を有する化合物。』
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) // A61K 48/00 A61K 48/00 49/00 49/00 Z (31)優先権主張番号 08/816,570 (32)優先日 平成9年3月13日(1997.3.13) (33)優先権主張国 米国(US) (81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE, DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,IT,L U,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF ,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE, SN,TD,TG),AP(GH,KE,LS,MW,S D,SZ,UG),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ ,MD,RU,TJ,TM),AL,AM,AT,AU ,AZ,BA,BB,BG,BR,BY,CA,CH, CN,CU,CZ,DE,DK,EE,ES,FI,G B,GE,GH,HU,IL,IS,JP,KE,KG ,KP,KR,KZ,LC,LK,LR,LS,LT, LU,LV,MD,MG,MK,MN,MW,MX,N O,NZ,PL,PT,RO,RU,SD,SE,SG ,SI,SK,TJ,TM,TR,TT,UA,UG, US,UZ,VN,YU (72)発明者 ゴセリン,ジル フランス共和国エフ―34080 モンペリエ ー,アヴニュー・ポル・ランボー 400, リュー・カルヴァン 83,レズィダーン ス・“パルク・デ・アルソー" (72)発明者 レイナー,ベルナール フランス共和国エフ―34730 サンヴァン サン・ド・バルベーラルゲ,アンパッス・ デュ・ヴァロン・デ・ラン 112 (72)発明者 モルヴァン,フランソワ フランス共和国エフ―34170 カステルノ ー―ル―レ,リュー・ド・ロパル 17,ク ロ・デ・ガリゲ (72)発明者 ヴァスー,ジャン―ジャック フランス共和国エフ―34980 コンバイロ ー,シュマン・デ・ペイリディッセ 610

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.構造: (式中、 YaおよびYbは独立してOまたはSであり、 R1およびR2は独立してヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドであり、 nは1ないし6であり、 WはS−S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(=Y7)−Z−N(R5 )(R6)(R7)であり; Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、 Y7はOまたはSであり;そして R5、R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである) のヌクレオチド間結合少なくとも一つを有するオリゴヌクレオチド。 2.WがS−C(=Y7)−Zである、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。 3.WがS−S−Zである、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。 4.WがS−S−Z.(=Y7)−Z−N(R5)(R6)(R7)である、請求項 1記載のオリゴヌクレオチド。 5.nが2である、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。 6.ZがC1−C20アルキルである、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。 7.ZがC1−C20アルキルである、請求項2記載のオリゴヌクレオチド。 8.ZがC1−C4アルキルである、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。 9.ZがC1−C4アルキルである、請求項2記載のオリゴヌクレオチド。 10.Zがプロピルまたはt−ブチルである、請求項2記載のオリゴヌクレオ チド。 11.Zがメチルである、請求項2記載のオリゴヌクレオチド。 12.R5,R6,およびR7が独立にC1−C20アルキルである、請求項4記載 のオリゴヌクレオチド。 13.R5,R6,およびR7が独立にC1−C4アルキルである、請求項4記載 のオリゴヌクレオチド。 14.R5,R6,およびR7がメチルである、請求項4記載のオリゴヌクレオ チド。 15.構造 (式中、 Pgはヌクレオチド遮断基であり、 Bは複素環式塩基であり、 Y1はSでありY2はOもしくはSであるか、またはY1はOでありY2はSであ り、 R3およびR4は独立してヒドロカルビルであるかまたはR3とR4が共に窒素複 素環式環の一部であり、 QはH、OH、F、O−アルキルまたはO−置換アルキルであり、 nは1ないし6であり、 WはS−S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(=Y7)−Z−N(R5 )(R6)(R7)であり、 Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、 XはO、S、またはCH2であり、 Y7はOまたはSであり、そして R5、R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである) を有する化合物。 16.WがS−C(=Y7)−Zである、請求項15記載の化合物。 17.WがS−S−Zである、請求項15記載の化合物。 18.WがS−S−Z.(=Y7)−Z−N(R5)(R6)(R7)である、請求 項1記載のオリゴヌクレオチド。 19.nが2である、請求項15記載の化合物。 20.ZがC1−C20アルキルである、請求項15記載の化合物。 21.ZがC1−C20アルキルである、請求項16記載の化合物。 22.ZがC1−C4アルキルである、請求項15記載の化合物。 23.ZがC1−C4アルキルである、請求項16記載の化合物。 24.Zがi−プロピルまたはt−ブチルである、請求項16記載の化合物。 25.Zがメチルである、請求項16記載の化合物。 26.R5,R6,およびR7が独立にC1−C20アルキルである、請求項18記 載のオリゴヌクレオチド。 27.R5,R6,およびR7が独立にC1−C4アルキルである、請求項18記 載のオリゴヌクレオチド。 28.R5,R6,およびR7がメチルである、請求項18記載のオリゴヌクレ オチド。 29.Bがプリンまたはピリミジンである、請求項15記載のオリゴヌクレオ チド。 30.プリンまたはピリミジンが塩基安定性保護基生じる環外アミンを含む、 請求項29記載のオリゴヌクレオチド。 31.プリンまたはピリミジンがアデニン、グアニンまたはシトシンである、 請求項30記載の化合物。 32.保護基がペント−4−エノイル、4−メチルスルフィニル−ベンジルオ キシカルボニル、2−ニトロフェニルスルフェニル、およびトリフェニル−メタ ンスルフェニルからなる群から選択される基である、請求項30記載のオリゴヌ クレオチド。 33.Pgがトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルまたはピ クシルである、請求項15記載の化合物。 34.Pgがジメトキシトリチルである、請求項33記載の化合物。 35.R3およびR4の各々がC1−C10アルキルである、請求項15記載の化 合物。 36.R3およびR4の各々がイソ−プロピルである、請求項15記載の化合物 。 37.Y1がOであり、そしてY2がSである、請求項15記載の化合物。 38.Y1がSであり、そしてY2がOである、請求項15記載の化合物。 39.Y1がSであり、そしてY2がSである、請求項15記載の化合物。 40.QがHである、請求項15記載の化合物。 41.QがC1−C10アルキルである、請求項15記載の化合物。 42.QがFである、請求項15記載の化合物。 43.構造 (式中、 Pgはヌクレオシド遮断基であり、 Bは複素環式塩基であり、 Y1はSでありY2はOもしくはSであるか、またはY1がOでありY2がSであ り、 QはH、OH、F、O−アルキルまたはO−置換アルキルであり、 Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、 XはO、S,またはCH2、あり、 Y7はOまたはSであり、そして R5、R6およびR7は独立してヒドロカルビルである)を有する化合物。 44.ZがC1−C4アルキルである、請求項43記載の化合物。 45.Zがt−ブチルである、請求項43記載の化合物。 46.Zがメチルである、請求項43記載の化合物。 47.R5,R6,およびR7が独立にC1−C20アルキルである、請求項43記 載のオリゴヌクレオチド。 48.R5,R6,およびR7が独立にC1−C4アルキルである、請求項43記 載のオリゴヌクレオチド。 49.R5,R6,およびR7がメチルである、請求項43記載のオリゴヌクレ オチド。 50.Bがプリンまたはピリミジンである、請求項43記載のオリゴヌクレオ チド。 51.プリンまたはピリミジンが塩基安定性保護基生じる環外アミンを含む、 請求項50記載のオリゴヌクレオチド。 52.プリンまたはピリミジンがアデニン、グアニンまたはシトシンである、 請求項51記載の化合物。 53.保護基がペント−4−エノイル、4−メチルスルフィニル−ベンジルオ キシカルボニル、2−ニトロフェニルスルフェニル、およびトリフェニル−メタ ンスルフェニルからなる群から選択される基である、請求項51記載のオリゴヌ クレオチド。 54.Pgがトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルまたはピ クシルである、請求項43記載の化合物。 55.Pgがジメトキシトリチルである、請求項43記載の化合物。 56.Y2がSである、請求項43記載の化合物。 57.構造(式中、 Yは独立してOまたはSであり、 R1は独立してヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドであり、 R2はLP−(P)(式中、LPは光に不安定なリンカーであり、そして(P)は 固相担体である)、 nは1ないし6であり、 WはS−S−Z、S−C(=Y7)−Z、またはS−C(=Y7)−Z−N(R5 )(R6)(R7)であり、 Zはヒドロカルビルまたは置換ヒドロカルビルであり、 Y7はOまたはSであり、そして R5、R6、およびR7は独立してヒドロカルビルである) を有する化合物。 58. LPは、 Y3−CH(R9)−(CH2q−Y4−P(=Y5)(Y6−R10)−NH (式中、 Y3、Y4、Y5、およびY6は独立してOまたはSであり; R9はC6−C20アリールであり; qは1−7であり;そして R10はHまたは非塩基性もしくは非求核性条件下で除去しうる保護基である) である、請求項57記載の化合物。 59.Y4,Y5およびY6がOである、請求項58記載の化合物。 60.R9がニトロフェニルである、請求項58記載の化合物。 61.qが1また2である、請求項58記載の化合物。 62.R10がシアノエチル、C120アルキルまたはC6−C20アルキルである 、請求項58記載の化合物。 63.(P)が孔ガラスにより制御される、請求項57記載の化合物。 64.式: R11−O−CH(R9)−(CH2q−O−P(=Y7)(O−R10)−NH−( P) (式中、 R9はC6−C20アリールであり; qは1−7であり; R10はHまたは非塩基性または非求核性条件下で除去しうる保護基であり; R11は酸に不安定な保護基であり;そして (P)は固相担体である) を有する化合物。 65.R9がニトロフェニルである、請求項64記載の化合物。 66.qが1また2である、請求項64記載の化合物。 67.R10がシアノエチル、C120アルキルまたはC6−C20アルキルである 、請求項64記載の化合物。 68.R11がジメトキシトリチルである、請求項64記載の化合物。 69.(P)が孔ガラスにより制御される、請求項64記載の化合物。
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