CN102301002A - 使用外来体来确定表现型的方法和系统 - Google Patents

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Abstract

外来体可以用于检测生物标志物，以用于诊断、治疗相关的或者预后的方法以便鉴定表现型，例如状况或疾病，如疾病的阶段或进程。细胞源的外来体可以用于概况生理学状态或确定表现型。生物标志物或得自细胞源特异性的外来体的标志物可以用于确定疾病、状况、疾病阶段以及状况阶段的治疗方案，并且还可以用于确定治疗效力。得自细胞源特异性的外来体的标志物还可以用于鉴定未知起源的疾病的状况。

Description

使用外来体来确定表现型的方法和系统
交叉引用
本申请要求要求2008年11月12日提交的No.61/114,045、2008年11月12日提交的No.61/114,058、2008年11月13日提交的No.61/114,065、2009年2月9日提交的No.61/151,183、2009年10月2日提交的No.61/278,049、2009年10月9日提交的No.61/250,454、以及2009年10月19日提交的No.61/253,027的美国临时申请的优先权，这些文献的每一份均以引用方式全文并入本文。此外，本申请为2009年10月30日提交的美国申请No.12/609,847的相关申请，其中所述的申请要求2008年10月30日提交的美国临时申请No.61/109,742、2008年11月7日提交的No.61/112,571、2008年11月12日提交的No.61/114,045、2008年11月12日提交的No.61/114,058、2008年11月13日提交的No.61/114,065、2009年2月9日提交的No.61/151,183、2009年10月2日提交的No.61/278,049、2009年10月9日提交的No.61/250,454以及2009年10月19日提交的No.61/253,027的优先权，这些文献的每一份均以引用方式全文并入本文。
背景技术
对疾病检测、预兆性预测、监测以及诊断决策的决定性需求为改善的检测敏感性和特异性。目前，用于状况和疾病(例如癌症)的生物标志物(蛋白质、肽、脂质、RNA、DNA以及用于疾病相关性分子改变的它们的修饰物)几乎唯独依赖于由组织获得样品以鉴定状况或疾病。用于获得分析用的所关注的组织的方法通常是入侵性的，昂贵的，并且使患者产生并发症的风险。此外，使用体液来分离或检测生物标志物通常会显著地稀释生物标志物，使得读数缺少必需的敏感性。此外，除了疾病组织，正常的组织中产生了低量或适量的大部分的生物标志物，因此，这种特异性的缺乏也是成问题的。
特异性生物标志物(例如DNA、RNA和蛋白质)的鉴定可以提供用于诊断、预后或治疗(theranosis)状况或疾病的生物学特征。外来体为用于评估存在于外来体表面上的一种或多种生物标志物的良好来源。此外，鉴定外来体的具体特征(例如尺寸、表面抗原、细胞源)本身可以提供诊断、预后或治疗的读数。
由癌细胞、其他疾病细胞或在某些生理学过程时(例如妊娠)分泌的外来体促使为诊断以及个体治疗决定提供帮助。已经在多种体液中发现了外来体，例如血浆、乳汁、支气管肺泡灌洗液和尿。外来体还作为蛋白质、RNA、DNA、病毒和朊病毒的运送载体而参与细胞之间的交流。
本发明为现有技术的测定方法提供了改善。本发明为测定敏感性和特异性得到改善的产物和方法，从而可以用于疾病的检测、预兆性预测、疾病的监测、疾病的分段、治疗决策以及生理学状态的鉴定。产物和方法包括对外来体的细胞源特异性进行选择、它们的蛋白质组成、RNA组成、DNA组成、脂质的概况、相关的代谢物和/或这些分析物的后生修饰进行分析。此外，本发明还提供了确定外来体的生物标志物和生物学特征的方法，而未经过现有技术的浓缩或纯化样品中的外来体。
发明概述
本发明公开了用于通过分析外来体来表征表现型的方法和组合物。表征受试者或个体的表现型可以包括但不限于诊断疾病或状况，预后疾病或状况，确定疾病阶段或状况阶段、药剂的效力、生理学状况、器官衰竭或器官排斥、疾病或状况的进展、疾病或状况的治疗相关性结合、或者特定的生理学或生物学状态。
所述的方法可以包括确定得自受试者的生物学样品中的外来体的生物学特征，以及基于所述的生物学特征表征所述的受试者的表现型。表征还可以基于确定生物学样品中的外来体的量。表现型的表征可以以至少70％、80％或90％敏感性、特异性或这二者的方式进行。
所述的外来体可以在确定外来体生物学特征之前分离或浓缩。生物学特征可以包括表达的水平、存在情况、缺乏情况、突变情况、拷贝数的变化、截短的情况、复制、插入、修饰、序列的变化或者生物标志物的分子结合情况。生物学特征还可以包含分离的外来体的定量、外来体半衰期变化的临时评价、循环外来体的半衰期、外来体新陈代谢的半衰期或者外来体的活性。
所述的外来体可以为细胞源特异性的外来体。所述的外来体可以衍生自肿瘤或癌细胞。外来体的细胞源可以为肺、胰腺、胃、肠、膀胱、肾、卵巢、睾丸、皮肤、结肠直肠、乳腺、前列腺、脑、食道、肝脏、胎盘或胚胎细胞。
可以评估外来体的一种或多种生物标志物以用于表征表现型。所述的生物标志物可以为核酸、肽、蛋白质、脂质、抗原、碳水化合物或蛋白聚糖，例如DNA或RNA。所述的RNA可以为mRNA，miRNA，snoRNA，snRNA，rRNAs，tRNAs，siRNA，hnRNA或shRNA。所述的生物标志物可以为选自图1的抗原，或者选自图3-60中所列的表中的生物标志物。可以对一种或多种生物标志物进行评估，并且可以用于表征表现型。所述的生物学特征可以包括选自miR-9，miR-629，miR-141，miR-671-3p，miR-491，miR-182，miR-125a-3p，miR-324-5p，miR-148b和miR-222中的一种或多种miRNA。所述的生物学特征可以用于表征表现型，例如前列腺癌。其他生物标志物可以选自：CD9，PSCA(前列腺干细胞抗原)，TNFR，CD63，MFG-E8，EpCam，Rab，CD81，STEAP，PCSA(前列腺细胞表面抗原)，PSM(或PSMA，前列腺特异性膜抗原)，5T4，CD59，CD66，CD24和B7H3。与检测较少的生物标志物相比，检测较多的生物标志物可以提供更高的敏感性或特异性。
此外，还提供了倍增或倍增分析多种外来体的方法。倍增多种外来体可以包括使所述的多种外来体形成多种颗粒，其中多种颗粒的子集的每一个颗粒都与不同的捕获剂偶联，从而捕获所得的多种外来体的子集；以及检测所捕获的外来体的一种或多种生物标志物。此外，还可以使用阵列来进行倍增，其中所述的捕获剂与阵列(并非颗粒或珠)相连。
此外，本发明还提供了分离的外来体。该分离的外来体可以包括任意一种或多种本文所公开的生物标志物，例如生物标志物的特异性结合物。此外，还提供了包含一种或多种分离的外来体的组合物。该组合物可以包含相当富集的外来体的群体。外来体的群体对于一种或多种特异性的生物标志物、对于具体的生物学特征而言是基本均质的，或者衍生自特定的细胞类型。
此外，还提供了用于评估一种或多种外来体(例如用于分离、隔离或检测一种或多种外来体)的检测系统、微流体装置和试剂盒。
以引用方式并入
本说明书中提及的所有公开和专利申请均以引用方式并入本文，如同每一份单独的公开或专利申请均特意地且单独地表明以引用方式并入的那样。
附图简述
图1(a)-(g)示出了一个表格，其列出了世系的示例性癌症、分组比较的细胞/组织、特定的疾病状态，以及对这些癌症、分组比较的细胞/组织和特定的疾病状态具有特异性的抗原。此外，所述的抗原可以为生物标志物。所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图2(a)-(f)示出了一个表格，其列出了世系的示例性癌症、细胞/组织的分组比较、特定的疾病状态，以及对这些癌症、分组细胞/组织比较和特定的疾病状态具有特异性的结合剂。
图3(a)-(b)示出了列出了示例性乳腺癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对乳腺癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了乳腺癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图4(a)-(b)示出了列出了示例性乳腺癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对卵巢癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了卵巢癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图5示出了列出了示例性肺癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对肺癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了肺癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图6(a)-(d)示出了列出了示例性结肠癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对结肠癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了结肠癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图7示出了列出了对腺瘤及增生性息肉具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对腺瘤及增生性息肉具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图8示出了列出了对炎性肠病(IBD)及正常组织具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对炎性肠病及正常组织具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图9(a)-(c)示出了列出了对腺瘤及结肠直肠癌具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对腺瘤及结肠直肠癌具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图10示出了列出了对IBD及CRC具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对IBD及CRC具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图11(a)-(b)示出了列出了对CRC Dukes B及Dukes C-D具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对CRC DukesB及Dukes C-D具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图12(a)-(d)示出了列出了对低级发育异常的腺瘤及高级发育异常的腺瘤具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对低级发育异常的腺瘤及高级发育异常的腺瘤具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图13(a)-(b)示出了列出了对溃疡性结肠炎(UC)及Crohn疾病(CD)具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对UC及CD具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图14示出了列出了对增生性息肉及正常组织具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对增生性息肉及正常组织具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图15示出了列出了对低级发育异常的腺瘤及正常组织具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对低级发育异常的腺瘤及正常组织具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图16示出了列出了对腺瘤及正常组织具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对腺瘤及正常组织具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图17示出了列出了对CRC及正常组织具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对CRC及正常组织具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图18示出了列出了对良性前列腺增生具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对良性前列腺增生具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图19(a)-(c)示出了列出了示例性前列腺癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对前列腺癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了前列腺癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图20(a)-(c)示出了列出了示例性黑素瘤生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对黑素瘤具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了黑素瘤特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图21(a)-(b)示出了列出了示例性胰腺癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对胰腺癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了胰腺癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图22示出了列出了对脑癌具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对脑癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了脑癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图23(a)-(b)示出了列出了示例性银屑病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对银屑病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了银屑病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图24(a)-(c)示出了列出了示例性心血管疾病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对心血管疾病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了心血管疾病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图25示出了列出了对恶性血液病具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对恶性血液病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了恶性血液病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图26(a)-(b)示出了列出了对B细胞慢性淋巴细胞白血病具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对B细胞慢性淋巴细胞白血病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了B细胞慢性淋巴细胞白血病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图27示出了列出了对B细胞慢性淋巴细胞及B细胞淋巴瘤DLBCL具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对B细胞慢性淋巴细胞及B细胞淋巴瘤DLBCL具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图28示出了列出了对B细胞淋巴瘤DLBCL生发中心样、B细胞淋巴瘤DLBCL活化B细胞样和B细胞淋巴瘤DLBCL具有特异性的示例性生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对B细胞淋巴瘤DLBCL生发中心样、B细胞淋巴瘤DLBCL活化B细胞样和B细胞淋巴瘤DLBCL具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图29示出了列出了示例性Burkitt淋巴瘤生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对Burkitt淋巴瘤具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了Burkitt淋巴瘤特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图30(a)-(b)示出了列出了示例性肝细胞癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对肝细胞癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了肝细胞癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图31示出了列出了示例性宫颈癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对宫颈癌具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图32示出了列出了示例性子宫内膜癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对子宫内膜癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了子宫内膜癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图33(a)-(b)示出了列出了示例性头和颈部的癌症的生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对头和颈部的癌症具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了头和颈部的癌症的特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图34示出了列出了示例性炎性肠病(IBD)生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对IBD具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了IBD特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图35示出了列出了示例性糖尿病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对糖尿病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了糖尿病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图36示出了列出了示例性Barrett食管生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对Barrett食管具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了Barrett食管特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图37示出了列出了示例性纤维肌痛生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对纤维肌痛具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图38示出了列出了示例性中风生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对中风具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了中风特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图39示出了列出了示例性多发性硬化症(MS)生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对MS具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了MS特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图40(a)-(b)示出了列出了示例性帕金森氏病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对帕金森氏病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了帕金森氏病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图41示出了列出了示例性风湿病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对风湿病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了风湿病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图42(a)-(b)示出了列出了示例性阿尔茨海默氏病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对阿尔茨海默氏病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了阿尔茨海默氏病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图43示出了列出了示例性朊病毒疾病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对朊病毒疾病具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了朊病毒疾病特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图44示出了列出了示例性脓毒症生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对脓毒症具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了脓毒症特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图45示出了列出了示例性慢性神经病理性疼痛生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对慢性神经病理性疼痛具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图46示出了列出了示例性周围神经病理性疼痛生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对周围神经病理性疼痛具有特异性的外来体衍生且分析得到。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图47示出了列出了示例性精神分裂症生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对精神分裂症具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了精神分裂症特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图48示出了列出了示例性双相情感紊乱或疾病生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对双相情感紊乱具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了双相情感紊乱特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图49示出了列出了示例性抑郁症生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对抑郁症具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了抑郁症特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图50示出了列出了示例性胃肠道间质瘤(GIST)生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对GIST具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了GIST特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图51(a)-(b)示出了列出了示例性肾细胞癌(RCC)生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对RCC具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了RCC特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图52示出了列出了示例性肝硬化生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对肝硬化具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了肝硬化特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图53示出了列出了示例性食管癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对食管癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了食管癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图54示出了列出了示例性胃癌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对胃癌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了胃癌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图55示出了列出了示例性孤独症生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对孤独症具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了孤独症特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图56示出了列出了示例性器官排斥生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对器官排斥具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了器官排斥特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图57示出了列出了示例性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了耐甲氧西林金黄色葡萄球菌特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图58示出了列出了示例性易损斑块生物标志物的表格，其中所述的标志物可以由对易损斑块具有特异性的外来体衍生且分析得到，从而产生了易损斑块特异性的外来体生物学特征。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图59(a)-(i)示出了列出了示例性基因融合的表格，其中所述的基因融合可以由外来体衍生且分析得到。所述的基因融合可以为生物标志物，并且可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，或修饰的，例如后生修饰的或翻译后修饰的。
图60(a)-(b)为基因及其相关性miRNA的表，其中所述的基因(例如该基因的mRNA、其相关性miRNA或者它们的组合)可以用作可由外来体分析得到的一种或多种生物标志物。此外，所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的。
图61为本文所公开的方法的流程图。
图62详细说明了可以在本发明的某些示例性实施方案中使用的计算机系统。
图63详细说明了通过对外来体上的蛋白质进行筛选而得到的结果，其中所述的蛋白质可以用作针对外来体的生物标志物，并且对于所述蛋白质的抗体可以用作结合剂。所鉴定的蛋白质的实例包括Bcl-XL，ERCC1，角蛋白15，CD81/TAPA-1，CD9，上皮特异性抗原(ESA)和肥大细胞胰凝乳蛋白酶。所述的一种或多种生物标志物可以为存在或缺乏的，表达不足或过表达的，突变的或修饰的。
图64详细说明了基于颗粒的分离外来体的方法。(A)为涂敷有捕获抗体的珠的简图，所述的抗体捕获了表达所述蛋白质的外来体。在这幅简图中，所述的捕获抗体是针对外来体的蛋白质的，其对衍生自癌细胞的外来体不具有特异性(“癌症外来体”)。检测抗体与捕获的外来体结合，并发出荧光信号。在本实例中的检测抗体检测了与癌症外来体结合的抗原。(B)为筛选方案的实例，其可以使用如(A)中所示的珠而以倍增方式实施。
图65描绘了与EpCam缀合的珠的扫描电子显微照片，其中所述的珠已经与VcaP外来体温育。(A)将载玻片涂敷聚-L-赖氨酸并与所述珠的溶液温育。在连接后，将所述珠(i)依次固定有戊二醛和四氧化锇，每个固定步骤为30分钟，并在两个固定步骤之间少量洗涤；(ii)在丙酮中逐渐脱水，其中所述的丙酮由20％开始逐渐增长，每个步骤大约5-7分钟；(iii)在临界点干燥；以及(iv)用金喷溅涂敷。(B)左侧：描述了在如(A)中所示的EpCam涂敷的珠上，较高放大倍数的外来体。右侧：描述了通过超速离心而分离的外来体，其附着在涂覆有聚-L-赖氨酸的载玻片上，并按照(A)中所述固定并染色。
图66为外来体蛋白质表达模式的方案。通常，不同的蛋白质并非平均或均以地分布于外来体的壳上。外来体特异性的蛋白质通常是更比较普通的，而癌症特异性的蛋白质是较少见的。使用更普通的较少见的癌症特异性蛋白质可以更容易地完成外来体的捕获，并且癌症特异性的蛋白质可以用于检测阶段中。
图67详细说明了描述使用基于珠的、由受试者中检测外来体的方法而导致的结果的方法。(A)对于单个的患者而言，使用了在图64B中所描述的筛选方案的图表所示的珠数量和信号强度(其中为～100个捕获珠)用于每个患者的各个捕获/检测结合测定方法中。对于给定的患者而言，结果显示了所检测的珠的数量与信号的强度。在给定强度下捕获的珠的数量为外来体以怎样的频率在所述的强度下表达检测蛋白质的指示。对于给定的珠而言，信号的强度越强，则检测蛋白质的表达越多。(B)为通过将正常的患者结合到一条曲线中而将癌症患者结合到另一条曲线中、并对不同的曲线使用生物统计分析而得到的归一化的图。由各个个体得到的数据归一化从而解释了通过检测机器所读取的珠的数量的变化，将这些数据加和，然后再次归一化从而解释了各群体中不同的样品数量。
图68详细说明了前列腺癌的生物学特征。(A)为由使用了Luminex平台的倍增试验而收集的强度值的柱状图，其中珠被CD63抗体官能化，与由患者血浆纯化得到的外来体温育，然后用藻红蛋白(PE)缀合的EpCam抗体标记。较深的阴影的柱(蓝)表示12个正常受试者的群体，而较浅的阴影的柱(绿)得自7位3阶段前列腺癌患者。(B)如图67所述的如(A)中所示的各柱状图的归一化的图。对于前列腺癌患者样品和正常样品而言，所述的分布为对得自(A)的Luminex结果的强度值的Gaussian拟合。(C)为如(B)中所示的前列腺癌生物学特征之一的实例，即，CD63与CD63生物学特征(上方的图)，其中CD63用作检测剂及捕获抗体。下方的3个图板示出了在3种前列腺癌细胞系(VCaP，Lncap和22RV1)上的流式细胞计数仪的结果。水平线上方的点表示捕获了具有CD63的外来体的珠(包含B7H3)。垂直线右侧的珠表示捕获了具有CD63的外来体的珠(包含PSMA)。在线上方和线右侧的这些珠具有所有的3种抗原。CD63为与外来体相关的表面蛋白质，PSMA为与前列腺细胞相关的表面蛋白质，而B7H3为与攻击性癌症(具体而言为前列腺癌、卵巢癌和非小细胞肺癌)相关的表面蛋白质。所有这3种抗原结合在一起鉴定出得自癌症前列腺细胞的外来体。表达前列腺癌外来体的大部分CD63还具有前列腺特异性膜抗原、PSMA和B7H3(涉及调节肿瘤细胞迁移和入侵，并且为攻击性癌症及临床结果的指示)。(D)为前列腺癌外来体的地貌。上方的图板示出了在多种结合中使用CD63、CD9和CD81捕获并标记的结果。几乎所有的点都位于上方右侧的四分之一，表明这些3种标志物是高度偶联的。如果外来体具有它们中的一者，则通常具有所有的3种。下方的一排描述了捕获具有B7H3的细胞系外来体并标记有CD63和PSMA的结果。VCaP和22RV1显示出捕获有B7H3的外来体还具有CD63，并且存在两种群体，即，具有PSMA的那些和不具有PSMA的那些。当LNcap不具有大量的包含B7H3的外来体(并非很多的具有CD63的圆点)时，B7H3的存在可以为癌症是如何攻击的指示。LnCap为早期前列腺癌类似物细胞系。
图69详细说明了结肠癌的生物学特征。(A)示出了由使用了Luminex平台的倍增试验而收集的强度值的柱状图，其中珠被捕获抗体官能化，与外来体温育，然后用检测剂抗体标记。较深的阴影的柱(蓝)表示得自正常的群体，而较浅的阴影的柱(绿)得自结肠癌患者。(B)示出了如(A)中所示的各柱状图的归一化的图。(C)示出了由使用了Luminex试验而收集的强度值的柱状图，其中在被CD66抗体(捕获抗体)官能化的珠与由患者血浆纯化的外来体温育，然后用与PE缀合的EpCam抗体(检测剂抗体)标记。红色的群体得自6为正常的受试者，而绿色得自21为结肠癌患者。由各个个体得到的数据归一化从而解释了通过Luminex机器所读取的珠的数量的变化，将这些数据加和，然后再次归一化从而解释了各群体中不同的样品数量。
图70详细说明了多种检测剂可以增大外来体检测的信号。(A)当外来体标记有与前列腺特异性PE缀合的抗体时，中等强度值被绘制为得自VCaP细胞系的纯化外来体浓度的函数。捕获有EpCam(左侧的图)或PCSA(右侧的图)的外来体、与被检测剂抗体所检测的多种蛋白质被列于各图的右侧。在所述的两种情况下，CD9与CD63的结合得到了超出背景的最大增强的信号(底部的图描绘了增强的百分率)。CD9与CD63的结合得到超出背景大约200％的增强百分率。(B)进一步详细说明了前列腺癌/前列腺外来体特异性标志物的倍增改善了前列腺癌细胞衍生的外来体的检测。当外来体标记有与前列腺特异性PE缀合的抗体时，中等强度值被绘制为得自VCaP细胞系的纯化外来体浓度的函数。对捕获有PCSA(左侧的图)及捕获有EpCam(右侧的图)的外来体进行描绘。在所述的两种情况下，B7H3与PSMA的结合得到了超出背景的最大增强的信号。
图71详细说明了使用CD63检测剂和CD63捕获而得到的针对各阶段结肠癌的结肠癌生物学特征。强度柱状图得自捕获了涂敷有CD63的珠并标记有与CD63缀合的PE的外来体。其中，在对照组(A)中有6位患者，在阶段I(B)中有4位患者，在阶段II(C)中有5位患者，在阶段III(D)中有8位患者，在阶段IV(E)中有4位患者。由各个个体得到的数据归一化从而解释了通过Luminex机器所读取的珠的数量的变化，将这些数据加和，然后再次归一化从而解释了各群体中不同的样品数量(F)。
图72详细说明了使用EpCam检测剂和CD9捕获而得到的针对各阶段结肠癌的结肠癌生物学特征。强度柱状图得自捕获了涂敷有CD9的珠并标记有EpCam的外来体。其中，在对照组(A)、阶段I(B)、阶段II(C)、阶段III(D)和阶段IV(E)中都有患者。由各个个体得到的数据归一化从而解释了通过Luminex机器所读取的珠的数量的变化，将这些数据加和，然后再次归一化从而解释了各群体中不同的样品数量(F)。
图73详细说明了使用针对所列蛋白质的抗体(列出作为检测剂和捕获抗体)用于检测前列腺癌的敏感性、特异性以及可靠性水平。CD63、CD9和CD81为普通的外来体标志物，并且EpCam为癌症标志物。单个结果描绘于(B)中，对于EpCam与CD63而言，可靠性为99％、100％(n＝8)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99％、77％(n＝10)正常患者的样品不同于广义正态分布；(C)对于CD81与CD63而言，可靠性为99％、90％(n＝5)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99％、77％(n＝10)正常患者的样品不同于广义正态分布；(D)对于CD63与CD63而言，可靠性为99％、60％(n＝5)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99％、80％(n＝10)正常患者的样品不同于广义正态分布；(E)对于CD9与CD63而言，可靠性为99％、90％(n＝5)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99％、77％(n＝10)正常患者的样品不同于广义正态分布。
图74详细说明了使用针对所列蛋白质的抗体(列出作为检测剂和捕获抗体)用于检测结肠癌的敏感性和可靠性水平。CD63和CD9为普通的外来体标志物，EpCam为癌症标志物，而CD66为结肠癌标志物。单个结果描绘于(B)中，对于EpCam与CD63而言，可靠性为99％、95％(n＝20)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99％、100％(n＝6)正常患者的样品不同于广义正态分布；(C)对于EpCam与CD9而言，可靠性为99％、90％(n＝20)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99％、77％(n＝6)正常患者的样品不同于广义正态分布；(D)对于CD63与CD63而言，可靠性为99％、60％(n＝20)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99％、80％(n＝6)正常患者的样品不同于广义正态分布；(E)对于CD9与CD63而言，可靠性为99％、90％(n＝20)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99％、77％(n＝6)正常患者的样品不同于广义正态分布；(F)对于CD66与CD9而言，可靠性为99％、90％(n＝20)癌症患者的样品不同于广义正态分布，可靠性为99％、77％(n＝6)正常患者的样品不同于广义正态分布。
图75通过评估TMPRSS2-ERG的表达而详细说明了使用EpCam对得自血浆的前列腺癌细胞衍生外来体的捕获。(A)将分级的量的VCAP纯化外来体掺入正常血浆中。使用具有EPCAM抗体或其同种型对照的Dynal珠分离外来体。分离得自外来体的RNA，并使用Qrt-PCR测量TMPRSS2:ERG融合转录物的表达。(B)将VcaP纯化的外来体掺入到正常血浆中，然后与涂敷有EpCam或同种型对照抗体的Dynal磁珠温育。由Dynal珠上直接分离RNA。使用得自各样品的等体积的RNA来进行RT-PCR以及随后的Taqman测定。(C)在捕获有EpCam和IgG2同种型阴性对照珠的22RV1外来体之间，SPINK1和GAPDH的循环阈值(CT)差异。CT值越高表明转录物的表达越低。
图76详细说明了在VCaP前列腺癌细胞衍生的外来体与正常血浆外来体之间的、前10名差异表达的微小RNA。通过超速离心、再通过RNA分离得到VCAP细胞系外来体和得自正常血浆的外来体。使用Qrt-PCR分析得到微小RNA概况。前列腺癌细胞系衍生的外来体具有较高水平(较低的CT值)的所示微小RNA，如在柱状图(A)和表(B)中所描述的那样。
图77描述了使用CD9珠捕获的miR-21表达的柱状图。将得自前列腺癌患者的1ml血浆、250ng/ml的LNCaP或者正常纯化的外来体与CD9涂敷的Dynal珠温育。由所述的珠和珠上清液中分离RNA。此外，一种样品(#6)未被捕获以用于比较。使用Qrt-PCR测量miR-21的表达，并比较个样品的平均CT值。CD9的捕获改善了前列腺癌样品中miR-21的检测。
图78描述了使用CD9珠捕获的miR-21表达的柱状图。本试验按照图77所述的方法实施，其中使用qRT-PCR测量miR-141的表达，而并非miR-21。
图79描绘了不同前列腺特征的敏感性和特异性的表。“外来体”列出了外来体水平的阈值或参照值，“前列腺”列出了对于前列腺外来体使用的阈值或参照值，“癌症-1”、“癌症-2”和“癌症-3”列出了前列腺癌的3种不同生物学特征的阈值或参照值，“QC-1”和“QC-2”列列出了对于定性对照的阈值或参照值、或者可靠性，并且最后的4列列出了良性前列腺增生(BPH)的特异性和敏感性。
发明详述
本发明公开了通过分析外来体来表征个体的表现型的产品和方法。表现型可以为受试者的任何可观察的特点或特性，例如疾病或状况、疾病阶段或状况阶段、疾病或状况的易感性、疾病阶段或状况的预后、生理学状态或对治疗的应答。表现型可以由受试者基因的表达、环境因素的影响以及这二者之间的相互作用引起，以及由对核酸序列的后生修饰引起。
受试者的表现型可以通过获得所述受试者的生物学样品并分析所述样品中的一种或多种外来体来表征。例如，表征受试者或个体的表现型可以包括检测疾病或状况(包括症候前(前症状)早期阶段的检测)，确定疾病或状况的预后、诊断或治疗，或者确定疾病或状况的阶段或进程。表征表现型还可以包括鉴定针对特定疾病，状况，疾病阶段或状况阶段，疾病进程的预测和可能性分析、特殊疾病的复发，转移扩散或疾病恶化的适当的治疗或治疗效力。表现型还可以为状况或疾病的临床上截然不同的类型或亚类，例如癌症或肿瘤。表现型的确定还可以为生理学状况的确定、器官衰竭或器官排斥的评估(例如移植后)。本文所述的产品和方法可以在个体的基础上评估受试者，其可以提供更有效力且经济决策的治疗益处。
所述的表现型可以为如表1中所列的疾病或状况。例如，所述的表现型为肿瘤、赘生物或癌症。通过本文所述的产品或方法检测或评估的癌症包括但不限于乳腺癌，卵巢癌，肺癌，结肠癌，增生性息肉，腺瘤，结肠直肠癌，高级发育异常，低级发育异常，前列腺增生，前列腺癌，黑素瘤，胰腺癌，脑癌(例如成胶质细胞瘤)，恶性血液病y，肝细胞癌，宫颈癌，子宫内膜癌，头和颈部的癌症，食管癌，胃肠道间质瘤(GIST)，肾细胞癌(RCC)或胃癌。所述的结肠直肠癌可以为CRC Dukes B或Dukes C-D。所述的恶性血液病可以为B细胞慢性淋巴细胞白血病，B细胞淋巴瘤DLBCL，B细胞淋巴瘤DLBCL生发中心样，B细胞淋巴瘤DLBCL活化B细胞样以及Burkitt淋巴瘤。所述的表现型还可以为癌前状况，例如Barrett食管。
所述的表现型还可以为炎性疾病，免疫疾病或自身免疫疾病。例如，所述的疾病可以为炎性肠病(IBD)，Crohn疾病(CD)，溃疡性结肠炎(UC)，盆腔炎，脉管炎，银屑病，糖尿病，自身免疫性肝炎，多发性硬化症，重症肌无力，I型糖尿病，风湿性关节炎，银屑病，系统性红斑狼疮(SLE)，Hashimoto甲状腺炎，Grave疾病，强直性脊柱炎，Sjogrens疾病，CREST综合症，硬皮病，风湿病，器官排斥，原发性硬化性胆管炎或脓毒症。
所述的表现型还可以为心血管疾病，例如动脉粥样硬化，充血性心力衰竭，易损斑块，中风或局部缺血。所述的心血管疾病或状况可以为高血压，狭窄症，血管阻塞或血栓形成事件。
所述的表现型还可以为神经学疾病，例如多发性硬化症(MS)，帕金森氏病(PD)，阿尔茨海默氏病(AD)，精神分裂症，双相情感紊乱，抑郁症，孤独症，朊病毒疾病，Pick疾病，痴呆，Huntington疾病(HD)，Down综合症，脑血管疾病，Rasmussen脑炎，病毒性脑膜炎，神经精神病系统性红斑狼疮(NPSLE)，肌萎缩性脊髓侧索硬化症，Creutzfeldt-Jacob疾病，Gerstmann-Straussler-Scheinker疾病，传播性海绵脑病，缺血再灌注损伤(例如中风)，脑外伤，微生物感染或慢性疲劳综合症。所述的表现型还可以为诸如纤维肌痛、慢性神经病理性疼痛或周围神经病理性疼痛之类的状况。
所述的表现型还可以为感染性疾病，例如细菌、病毒或酵母菌感染。例如，所述的疾病或状况可以为Whipple疾病，朊病毒疾病，肝硬化，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌，HIV，肝炎，梅毒，脑膜炎，疟疾，肺结核或流行性感冒。可以评估外来体中的病毒蛋白质(例如HIV或HCV样颗粒)，从而表征病毒的状况。
所述的表现型还可以为围产期或妊娠相关的状况(例如先兆性子痫或早产)、新陈代谢的疾病或状况(例如与铁的新陈代谢有关的新陈代谢疾病或状况)。例如，可以在外来体中测定铁调素，从而表征铁缺乏的情况。所述的新陈代谢疾病或状况还可以为糖尿病、炎症或围产期状况。
受试者
还可通过分析得自受试者的生物学样品中的外来体来确定受试者的一种或多种表现型。受试者或患者可以包括但不限于哺乳动物，例如牛，鸟，犬，马，猫，绵羊，猪或灵长动物(包括人类及非人类灵长动物)。受试者还可以包括：由于濒危而变得重要的哺乳动物，例如西伯利亚虎；或者经济重要性的动物(例如由人类在农场上饲养长大的动物)，或对人类而言具有社会重要性的动物(例如作为宠物或在动物园中饲养的动物)。此类动物的实例包括但不限于：食肉动物，例如猫和狗；生猪，包括猪、公猪和野猪；反刍动物或有蹄类动物，例如牛、公牛、绵羊、长颈鹿、鹿、山羊、野牛、骆驼或马。此外，还包括濒危的或在动物园中饲养的鸟；以及禽类，更特别的是家养的禽类，即，家禽，例如火鸡和小鸡、鸭、鹅、珍珠鸡。此外，还包括家养的猪和马(包括赛马)。此外，与商业活动有关的任何动物种类也都被包括在内，例如与农业、水产业和其他活动有关的那些动物，其中为了经济生产率和/或食物链的安全，在农业中对疾病进行监测、诊断和选择治疗是常规的实践。
所述的受试者可以患有早已存在的疾病或状况，例如癌症。备选地，所述的受试者可以并未患有任何已知的早已存在的状况。所述的受试者还可以为对现有或过去的治疗是非应答性的，例如对癌症的治疗。
样品
得自受试者的生物学样品可以为任何流体。例如，所述的生物学样品可以为外周血，血清，血浆，腹水，尿，脑脊液(CSF)，痰，唾液，骨髓，滑液，水样液，羊膜液，耳垢，乳汁，支气管肺泡灌洗液，精液(包括前列腺液)，考珀液或预射精液，女性射出液，汗液，排泄物，头发，泪液，囊液，胸腔积液和腹水液，心包液，淋巴液，食物糜，乳糜，胆汁，组织液，月经，脓，皮脂，呕吐物，阴道分泌物，黏膜分泌物，稀便，胰液，鼻腔灌洗液，支气管抽吸液或其他灌洗液。生物学样品还可以包括囊胚腔，脐带血或母体循环(其可以为胎儿来源或母体来源的)。所述的生物学样品还可以为可获得外来体的组织样品或活体组织。例如，如果所述的样品为固体样品，可以对得自样品的细胞进行培养，并诱导外来体产物(例如参见实施例1)。
表1提供了疾病、状况或生物学状态的实例的列举，以及对其中的外来体可以进行分析的生物学样品的相应列举。
表1针对多种疾病、状况或生物学状态，用于外来体分析的生物学样品 的实例
Figure BPA00001397863900221
Figure BPA00001397863900231
所述的生物学样品可以通过第三方获得，例如未实施外来体分析的一方。例如，所述的样品可以通过临床医生、内科医生或受试者的其他卫生保健管理人员获得，其中所述的样品可以衍生自这些人员。备选地，所述的生物学样品可以通过分析外来体的同一方获得。
用于分析外来体的生物学样品的体积可以为0.1-20mL，例如少于大约20，15，10，9，8，7，6，5，4，3，2，1或0.1mL。
此外，可以使用生物学样品中的一种或多种外来体的分析结果来确定是否应该获得其他的生物学样品来用于分析。例如，可以使用血清样品中的一种或多种外来体的分析结果来确定是否应该获得活体组织。
外来体
使用得自用于分析的生物学样品的外来体来确定表现型。外来体为可以由多种不同的细胞释放到细胞外环境中的小囊泡，例如但不限于源自或衍生自外胚层、内胚层或中胚层的细胞，包括发生了遗传、环境和/或任何其他变化或改变的任何此类细胞(例如肿瘤细胞或具有遗传突变的细胞)。当细胞膜的片段自发地内陷并最终被胞吐出来时，外来体通常是在细胞内生成的(例如参见Keller et al.，Immunol.Lett.107(2)：102-8(2006))。外来体可以具有但不限于大于大约10、20或30nm的直径。它们可以具有大约30-1000nm、大约30-800nm、大约30-200nm或者大约30-100nm的直径。在某些实施方案中，外来体可以具有但不限于小于大约10,000nm，1000nm，800nm，500nm，200nm，100nm或50nm的直径。如全文所用，当术语“大约”用于指值或量时，其在某些实施方案中是指涵盖由确定的值±10％的变化(如果这种变化是合适的话)。
此外，外来体还指微囊泡、纳米囊泡、囊泡、膜小泡、水泡、气泡、前列腺小体、微颗粒、管腔内囊泡、核内体样囊泡或胞吐囊泡。如本文所用，外来体还可以包括衍生自血浆膜或内部膜的任何释放的膜所结合的粒子。外来体还可以包括脂质双层膜所结合的细胞衍生结构，其中所述的脂质双层膜由突出的外翻(起泡)发生分离以及血浆膜部分的封孔、或者由包含多种肿瘤来源的膜相关蛋白质的任何细胞内膜结合囊泡结构发生输出而形成，其中所述的结构包括衍生自宿主循环的表面结合分子，该分子选择性地与肿瘤衍生的蛋白质以及包含在外来体腔中的分子，包括但不限于肿瘤衍生的微小RNA或细胞内蛋白质。气泡和起泡在Charras et al.，Nature Reviews Molecular and Cell Biology，Vol.9，No.11，p.730-736(2008)中有进一步的描述。外来体还可以包括膜片段。本文所述的循环从的肿瘤衍生的外来体为由肿瘤细胞释放到循环中或体液中的外来体。CTE以及细胞源的特异性外来体通常具有独特的生物标志物，其使得它们可以以高度特异性的方式由体液中分离出来。
可以由生物学样品中直接测定外来体，从而未经先前的外来体的分离、纯化或浓缩而确定外来体的水平或者确定外来体的一种或多种生物标志物。备选地，可以在分析之前分离、纯化或浓缩样品中的外来体。
外来体的分离
在分析之前可以纯化或浓缩外来体。外来体的分析可以包括定量生物学样品中的一种或多种外来体群体的量。例如，可以对外来体的混杂的群体进行定量，或者可以由外来体的混杂群体中分离均质的外来体群体(例如具有特定生物标志物概况、特定的生物学特征或衍生自特定的细胞类型(细胞源的特定的外来体)的外来体群体)，并定量。如下所述，外来体的分析还可以包括定量或定性检测外来体的特定的生物标志物概况或生物学特征。
外来体可以储存和存放在(例如)生物流体集库(bio-fluid bank)中，并根据需要取回以用于分析。此外，外来体还可以由之前已经由活着或死亡的受试者中收获或储存的生物学样品中分离得到。此外，外来体可以由已经按照King et al.，乳腺癌Res 7(5)：198-204(2005)中所述的方法收集的生物学样品中分离得到。外来体可以由存放的或储存的样品中分离得到。备选地，外来体可以由生物学样品中分离得到并未经储存或存放样品而进行分析。此外，第三方可以获得或储存生物学样品，或者获得或储存外来体以用于分析。
富集的外来体群体可以有生物学样品得到。例如，可以使用体积排阻色谱、密度梯度离心、差速离心、纳米膜超滤、免疫吸附捕获、亲和纯化、微流体分离或它们的组合物来浓缩或分离生物学样品中的外来体。
可以使用体积排阻色谱(例如凝胶渗透柱)、离心或密度梯度离心、以及过滤方法。例如，可以通过差速离心、阴离子交换和/或凝胶渗透色谱(例如在美国专利No.6,899,863和6,812,023中所述)、蔗糖密度梯度细胞器电泳(例如在美国专利No.7,198,923中所述)、磁激活细胞分离术(MACS)或纳米膜超滤浓缩器来分离外来体。还可以使用分离或浓缩方法的多种结合。
极大量的蛋白质(例如清蛋白和免疫球蛋白)会妨碍生物学样品中外来体的分离。例如，可以使用一个系统来分离生物学样品中的外来体，其中所述的系统使用了对血液中所存在的最大量的蛋白质具有特异性的多种抗体。此类系统可以一次性地除去多种蛋白质，由此暴露出较少量的种类，例如细胞源种类的外来体。
这种类型的系统可以用于分离生物学样品(例如血液、脑脊液或尿)中的外来体。此外，还可以通过在Chromy et al.J Proteome Res 2004；3：1120-1127中所述的极大量蛋白质的除去方法来增强生物学样品中外来体的分离。在另一个实施方案中，还可以通过在Zhang et al，Mol CellProteomics 2005；4：144-155中所述的使用糖肽捕获来除去血清蛋白质，从而增强生物学样品中外来体的分离。此外，可以按照在Pisitkun et al.，Proc NatlAcad Sci USA，2004；101：13368-13373中所述的通过差速离心、然后与定向于细胞质的抗体或抗细胞质的抗原决定部位相接触来分离生物学样品(例如尿)中的外来体。
还可以通过使用声波(例如通过施加超声波)或者使用洗涤剂、其他膜活化剂或它们的任何组合来增强生物学样品中外来体的分离或富集。例如，可以将超声波能量施加到潜在的肿瘤位点，并且不被理论所限制，可以增强组织中外来体的释放，从而可以使用本文所述的一种或多种方法来分析或评估生物学样品中富集的外来体群体。
结合剂
结合剂为能够与外来体的成分(例如外来体的生物标志物)相结合的试剂。所述的结合剂可以为捕获剂。捕获剂能够通过与外来体靶物(例如外来体上的生物标志物)结合来捕获外来体。例如，所述的捕获剂可以为能够与外来体上的抗原相结合的捕获抗体。所述的捕获剂可以与基底偶联，并用于分离外来体，例如如本文所述。
可以在由生物学样品中浓缩或分离外来体之后使用结合剂。例如，可以首先分离生物学样品中的外来体，然后使用针对生物标志物的结合剂来分离具有特异的生物标志物的外来体。因此，具有特异的生物标志物的外来体由外来体的混杂群体中分离出来。备选地，可以未经之前的外来体的分离步骤或浓缩步骤的条件下在包含外来体的生物学样品上使用结合剂。例如，使用结合剂来分离生物学样品中具有特异的生物标志物的外来体。
结合剂可以为DNA，RNA，单克隆抗体，多克隆抗体，Fabs，Fab′，单链抗体，合成抗体，适配体(DNA/RNA)，拟肽，zDNA，肽核酸(PNA)，锁核酸(LNAs)，外源凝集素，合成或天然形成的化学化合物(包括但不限于药剂、标记试剂)，枝状物或它们的组合。
在某些例子中，可以使用单一的结合剂来分离外来体。在其他例子中，可以使用不同结合剂的组合来分离外来体。例如，可以使用至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，25，50，75或100种不同的结合剂来分离生物学样品中的外来体。此外，一种或多种不同的外来体的结合剂可以形成外来体的生物学特征，下文中进一步描述。
此外，可以使用不同的结合剂来进行倍增。例如，可以通过使用不同的结合剂来分离各种外来体群体从而实施多于一种的外来体群体(例如得自特定的细胞类型的外来体)的分离。不同的结合剂可以与不同的颗粒结合，其中不同的颗粒被标记。在另一个实施方案中，可以使用包含不同的结合剂的阵列来用于倍增分析，其中不同的结合剂被不同的标记，或者可以根据结合剂在阵列上的位置来查明。可以在达到标记物或检测方法的分辨能力下完成倍增，例如下文中所述。
所述的结合剂可以为抗体。例如，可以使用对所述外来体上存在的一种或多种抗原具有特异性的一种或多种抗体来分离外来体。例如，外来体在其表面上具有CD63，并且针对CD63的抗体或捕获抗体可以用于分离外来体。备选地，衍生自肿瘤细胞的外来体能够表达EpCam，可以使用针对EpCam和CD63的抗体来分离外来体。用于分离外来体的其他抗体可以包括针对CD9，PSCA，TNFR，CD63，B7H3，MFG-E8，EpCam，Rab，CD81，STEAP，PCSA，PSMA或5T4的抗体或捕获抗体。
本文所公开的抗体可以为免疫球蛋白分子或免疫球蛋白分子的免疫活性部分，即，包含能够特异性地结合抗原的抗原结合位点的分子和合成抗体。免疫球蛋白分子可以为任何种类(例如IgG，IgE，IgM，IgD或IgA)、或者免疫球蛋白分子的亚类。抗体包括但不限于多克隆抗体，单克隆抗体，双特异性抗体，合成抗体，人源化的抗体，嵌合抗体，单链抗体，Fab片段和F(ab′)2片段，Fv或Fv′部分，由Fab表达文库产生的片段，抗独特型(抗-Id)抗体或者上文所述的任一种的抗原决定部位的结合片段。如果抗体优选地与抗原结合，并且例如与另一种分子具有低于大约30％，20％，10％，5％或1％的交叉反应性，则该抗体或者通常为任何分子“特异性地结合”抗原(或其他分子)。
所述的结合剂还可以为多肽或肽。可以使用最广义的多肽，并且可以包括亚单元氨基酸、氨基酸类似物或仿肽的序列。所述的亚单元可以通过肽键连接。所述的多肽可以为天然形成的、天然形成多肽的加工形式(例如通过酶消化)、化学合成的或重组表达的。用于本发明的方法中的多肽可以为使用标准的技术化学合成的。所述的多肽可以包含D氨基酸(其对L氨基酸特异性的蛋白酶具有抗性)、D和L氨基酸的组合、β氨基酸或多种其他设计或非天然形成的氨基酸(例如β-甲基氨基酸、Cα-甲基氨基酸和Nα-甲基氨基酸等)，从而赋予特定的性质。合成的氨基酸可以包括用于赖氨酸的鸟氨酸、和用于亮氨酸或异亮氨酸的正亮氨酸。此外，所述的多肽可以具有仿肽键，例如酯键，从而制备具有新的性质的多肽。例如，可以生成引入了还原的肽键(即，R1-CH2-NH-R2，其中R1和R2为氨基酸残基或序列)的多肽。可以将还原的肽键作为二肽亚单元引入。这种多肽对蛋白酶的活性具有抗性，并且在体内具有延长的半衰期。多肽还可以包括拟肽(N-取代的甘氨酸)，其中在氨基酸中侧链与沿着分子主链上的氮原子相连，而并非与α-碳相连。在本申请的全文中，多肽和肽将交换使用，即，在使用术语肽的情况下，其还可以包括多肽，而在使用术语多肽的情况下，其还包括肽。
可以使用已知的结合剂来分离外来体。例如，所述的结合剂可以为能够与外来体的“看家蛋白质”或普通的外来体生物标志物(例如CD63，CD9，CD81，CD82，CD37，CD53或Rab-5b)相结合的试剂。所述的结合剂还可以为能够与衍生自特定的细胞类型(例如肿瘤细胞(例如针对EpCam的结合剂))的或特定的细胞源的外来体相结合的试剂，例如下文中所述。例如，用于分离外来体的结合剂可以为针对选自图1中的抗原的结合剂。针对外来体的结合剂还可以选自图2中所列的那些。例如，所述的结合剂可以用于诸如5T4，B7H3，小窝蛋白，CD63，CD9，上皮细胞钙粘蛋白，MFG-E8，PSCA，PSMA，Rab-5B，STEAP，TNFR1，CD81，EpCam，CD59或CD66之类的抗原。可以使用一种或多种结合剂(例如针对一种或多种抗原的一种或多种结合剂)来分离外来体。可以根据分离衍生自特定细胞类型的外来体或细胞源特异性的外来体的需要来选择所用的结合剂。
结合剂还可以与固体表面或基底直接或间接相连。固体表面或基底可以为结合剂可以与其直接或间接相连的、任何可物理分离的固体，包括但不限于通过微阵列和孔，颗粒(例如珠)，柱，光纤，手帕，玻璃和经修饰或官能化的玻璃，石英，云母，重氮化的膜(纸或尼龙)，聚甲醛，纤维素，醋酸纤维素，纸，陶瓷，金属，非金属，半导体材料，量子点，涂敷的珠或粒子，其他色谱材料，磁粒子所提供的表面；塑料(包括丙烯酸酯，聚苯乙烯，苯乙烯或其他材料的共聚物，聚丙烯，聚乙烯，聚丁烯，聚亚安酯，TEFLONTM等)，多糖，尼龙或硝化纤维，树脂，二氧化硅或基于二氧化硅的材料(包括硅和改性的硅)，碳，金属，无机玻璃，塑料，陶瓷，导电聚合物(包括诸如聚吡咯和聚吲哚之类的聚合物)所提供的表面；微结构或纳米结构的表面，例如核酸覆瓦式阵列，纳米管，纳米线或者纳米颗粒装饰的表面；或者多孔表面或凝胶，例如甲基丙烯酸酯，丙烯酰胺，糖聚合物，纤维素，硅酸酯或者其他纤维状或链状聚合物。此外，如本领域已知的，可以使用具有任何数量的材料(包括聚合物，如右旋糖苷、丙烯酰胺、凝胶或琼脂糖)的、被动式或化学衍生的涂料来涂敷基底。这种涂料可以有利于具有生物学样品的阵列的使用。
例如，用于分离外来体的抗体可以与固体基底(例如多孔板，如市售可得的平板(例如得自Nunc，Milan Italy))结合。各孔可以涂敷抗体。在某些实施方案中，用于分离外来体的抗体可以与诸如阵列之类的固体基底结合。所述的阵列可以具有预定的分子相互作用的空间排布，结合岛，生物分子，结合岛的区域、结构域或空间排布，或者分布于离散范围内的结合剂。此外，术语阵列在本文中可以用于指再表面上排布的多个阵列，例如可以为这样的情况，即，表面上具有阵列的多个拷贝。这种具有多个阵列的表面还可以指多重阵列或重复阵列。
结合剂还可以与粒子结合，例如珠或微球。例如，对外来体成分具有特异性的抗体可以与粒子结合，并且抗体结合的粒子可以用于分离生物学样品中的外来体。在某些实施方案中，所述的微球可以为磁性的或荧光标记的。此外，用于分离外来体的结合剂可以为固体基底本身。例如，可以使用橡胶珠，例如乙醛/硫酸盐珠(Interfacial Dynamics，Portland，OR)。
此外，还可以使用与磁珠结合的结合剂来分离外来体。例如，可以收集得自患者的生物学样品(例如血清)以用于结肠癌筛查。所述的样品可以与偶联有磁微珠的抗-CCSA-3(结肠癌特异性抗原)温育。可以在MACS分离器的磁场中放置低密度的微柱，然后将该柱用缓冲溶液(例如Tris缓冲的盐水)洗涤。然后，将磁性免疫络合物施加到柱上，并废弃未结合的非特异性的材料。可以通过除去分离器中的柱、并将其放置在收集管上来回收CCSA-3所选的外来体。可以将缓冲剂加入到所述的柱上，并可以通过施加与柱一起提供的活塞来释放磁标记的外来体。经分离的外来体可以在IgG洗脱缓冲剂中稀释，然后将络合物离心从而分离外来体中的微珠。经分离的球形细胞源的特异性外来体可以再次悬浮于缓冲剂(例如磷酸盐缓冲的盐水)中，并进行定量。备选地，由于抗体捕获的细胞源的特异性外来体与磁微珠之间的粘附力较强，所以可以使用蛋白水解酶(例如胰蛋白酶)来释放捕获的外来体而无需离心。可以将蛋白水解酶与抗体捕获的细胞源的特异性外来体温育足以释放所述外来体的时间。
用于分离外来体的结合剂(例如抗体)优选的是与包含所关注的外来体的生物学样品接触至少足以使结合剂与外来体成分发生结合的时间。例如，抗体可以与生物学样品接触由秒至天的各种时间段，包括但不限于大约10分钟、30分钟、1小时、3小时、5小时、7小时、10小时、15小时、1天、3天、7天或10天。
结合剂(例如对图1中所列的抗原具有特异性的抗体或者图2中所列的结合剂)可以用以下物质标记，包括但不限于磁性标记物，荧光部分，酶，化学发光探针，金属粒子，非金属胶状粒子，聚合物染料粒子，颜料分子，颜料粒子，电气化学活性物质，半导体纳米晶体或其他纳米粒子(包括量子点或金粒子)。所述的标记物可以为但不限于荧光团、量子点或放射性标记物。例如，所述的标记物可以为放射性同位素(放射性核)，例如3H，11C，14C，18F，32P，35S，64Cu，68Ga，86Y，99Tc，111In，123I，124I，125I，131I，133Xe，177Lu，211At或213Bi。所述的标记物可以为荧光标记物，例如稀土螯合物(铕螯合物)；荧光素类型，例如但不限于FITC、5-羧基荧光素、6-羧基荧光素；若丹明类型，例如但不限于TAMRA；丹黄酰类；丽丝胺；花青素；藻红蛋白；Texas红；以及它们的类似物。
结合剂可以是直接或间接标记的，即，所述的标记物通过生物素-链亲和素与抗体连接。备选地，抗体是未被标记的，但是在第一抗体与所关注的抗原结合后，所述的第一抗体在后期与经标记的第二抗体相接触。
例如，多种酶-底物标记物是可用的，并有所公开(例如参见美国专利No.4,275,149)。所述的酶通常催化了发色体底物的化学改变，可以使用多种技术测量这种改变。例如，所述的酶可以催化底物的颜色发生变化，该底物可以采用分光光度法测量。备选地，所述的酶可以改变底物的荧光性或化学发光性。酶标记物的实例包括荧光素酶(例如萤火虫荧光素酶和细菌荧光素酶；美国专利No.4,737,456)，荧光素，2，3-二氢酞嗪二酮，苹果酸脱氢酶，脲酶，过氧化物酶(例如辣根过氧化物酶(HRP))，碱性磷酸酶(AP)，β-半乳糖苷酶，葡萄糖淀粉酶，溶菌酶，糖氧化酶(例如葡萄糖氧化酶，半乳糖氧化酶以及葡萄糖-6-磷酸脱氢酶)，杂环氧化酶(例如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶)，乳过氧化物酶，微过氧化物酶等。酶-底物结合的实例包括但不限于：使用过氧化氢酶作为底物的辣根过氧化物酶(HRP)，其中过氧化氢酶氧化染料前体(例如邻苯二胺(OPD)或3，3′，5，5′-四甲基联苯胺氢氯化物(TMB))；使用对硝基苯基磷酸酯作为发色体底物的碱性磷酸酶(AP)；以及使用发色体底物(例如对硝基苯基-β-D-半乳糖苷酶)或荧光底物(4-甲基伞花基-β-D-半乳糖苷酶)的β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)。
根据所用的分离方法，所述的结合剂可以与固体表面或基底(例如阵列、粒子、孔和上文所述的其他基底)相连。用于将抗体与细胞表面直接化学偶联的方法是本领域已知的，并且可以包括(例如)使用戊二醛或马来酰亚胺活化的抗体进行偶联。用于使用多步骤的方法进行化学偶联的方法包括生物素化，即，使用苦味酸(TNP)或洋地黄毒苷的琥珀酰亚胺酯来偶联苦味酸(TNP)或洋地黄毒苷。可以通过(例如)使用D-生物素基-N-羟基琥珀酰亚胺酯来生物素化。琥珀酰亚胺基团在pH值高于7的条件下与氨基有效地反应，并且优选的是在大约pH8.0至大约pH8.5之间。可以通过(例如)使用二硫苏糖醇、然后加入生物素马来酰亚胺来处理细胞，从而完成生物素化。
流式细胞计数仪
此外，还可以使用流式细胞计数仪来实施使用了诸如珠或微球之类的粒子的外来体的分离。可以使用流式细胞计数仪来挑选悬浮于液体流中的微小粒子。当粒子通过时，它们可以选择性地荷电，并在它们离开时可以转向液体流的分开的路径中。因此，可以以高度的精确性和速度分离原始混合物(例如生物学样品)中的多个群体。流式细胞计数仪可以对流过光学/电子检测仪器的单个细胞的物理和/或化学特征同时进行多参数分析。单频率(颜色)的光束(通常为激光)定向在水动力集中的液体流上。多数的检测剂针对其中液体流经过了光束的点上；一个散射角在具有光束的线(正向散射或FSC)上，若干个散射角垂直于具有光束的线(侧向散射或SSC)上，以及一种或多种荧光检测器。
通过光束的各个悬浮的粒子以某种方式散射光，并且粒子中的荧光化学品可以被激活为频率低于光源的发射光。散射光与荧光的这种组合被检测器所测到，并通过分析各检测器(一个检测器用于测定各荧光发射的峰值)中亮度的波动情况，可以推断关于各单个粒子的物理和化学结构的各种实情。FSC与细胞的尺寸相关，而SSC取决于粒子的内部复杂性，例如核的形状、细胞质粒的量和类型或者膜的粗糙情况。一些流式细胞计数仪无需荧光，并且仅使用光散射来进行测量。
流式细胞计数仪可以以“实时”的方式每秒分析几千个粒子，并且可以分割并分离具有特定性质的粒子。在各分析期间，对于大量的单个细胞而言，所述的计数仪提供了设定参数的、高流量自动化的量化和分离。现代化的装置具有多个激光和荧光检测器，例如至多4个激光和18个荧光检测器，从而使得待使用的多种标记物可以通过它们的表现型更精确地确定靶物群体。
得自流式细胞计数仪的数据以1维的方式绘制，从而得到柱状图，或者以2维的方式如点状图或使用较新的软件以3维方式示出。这些点上的区域可以通过一系列亚提取步骤(其称为门控)来依次分离这些圆点上的区域。特定的门控方案存在用于诊断和临床目的，特别是涉及血液学的情况。这些点通常以对数规格完成。因为不同荧光染料的发射谱重叠，所以在检测器处的信号不得不电学以及计算方式来补偿。用于标记生物标志物的荧光团可包括Ormerod，Flow Cytometry 2nd ed.，Springer-Verlag，NewYork(1999)和Nida et al.，Gynecologic Oncology 2005；4 889-894中所述的那些，其通过引用并入本文。
倍增
不同的结合剂可以用于倍增不同的外来体群体。可以使用不同的结合剂来分离或检测不同的外来体群体。生物学样品中的各外来体群体可以使用不同的信号标记物(例如荧光团、量子点或放射性标记物，如上文所述的那些)标记。所述的标记物可以与结合剂直接缀合，或者间接用于检测结合剂。在倍增测定中检测的群体的数量取决于标记物的分辨能力和信号总量，其中与两种或多种亲和原件结合的两种以上的不同标记的外来体群体可以产生总体信号。
可以对至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，25，50，75或100种不同的外来体群体进行倍增。例如，对一种细胞源具有特异性的一种外来体群体可以与对不同细胞源具有特异性的第二种外来体群体一起测定。备选地，具有特定的生物标志物或生物学特征的外来体群体可以与具有不同生物标志物或生物学特征的第二种外来体群体一起测定。
在一个实施方案中，通过将包含多于一种外来体群体的多种外来体施加到多个基底(例如珠)上来进行倍增分析。各珠与一种或多种捕获剂偶联。将多个珠分为几个子集，其中具有相同捕获剂或捕获剂的组合的珠形成珠的子集，使得珠的各个子集具有不同于另一个珠的子集的捕获剂或捕获剂的组合。然后，所述的珠可以用于捕获包含与捕获剂相结合的成分的外来体。不同的子集可以用于捕获不同的外来体群体。然后，可以通过检测外来体的一种或多种生物标志物来分析捕获的外来体。
流式细胞计数仪可以与基于粒子或基于珠的测定方法组合使用。可以使用多参数免疫测定方法或其他高产量的检测测定方法，其使用了涂敷有同源配基的珠以及具有与高度敏感性自动化技术相一致特异活性的报告分子。例如，各子集中的珠与另一子集的珠是不同标记的。例如，在基于粒子的测定系统中，用于外来体的结合剂或捕获剂(例如捕获抗体)可以固定于地址可寻的珠或微球上。用于各单个结合测定(例如当结合剂为抗体的免疫测定)的各结合剂可以与截然不同类型的微球(即，微珠)偶联，并且结合测定反应发生在微球的表面上。微球可以由于不同的标记物而相区别，例如与具有不同捕获剂的另一种微球相比，具有特定捕获剂的微球具有不同的信号标记物。例如，微球可以染色为具有离散的荧光强度，从而使得具有特定结合剂的微球的荧光强度不同于具有不同结合剂的另一种微球的荧光强度。
所述的微球可以标记或染色有至少2种不同的标记物或染料。在某些实施方案中，所述的微球标记有至少3，4，5，6，7，8，9或10种不同的标记物。在多种微球中不同的微球可以具有多于一种的标记物或染料，其中不同子集的微球具有不同比例和组成的标记物或染料，从而可以检测具有不同结合剂的不同微球。例如，不同比例和组成的标记物和染料可以得到不同的荧光强度。备选地，不同比例和组成可以用于产生不同的检测节奏，以鉴定结合剂。所述的微球可以在外表面上标记或染色，或者可以具有内部荧光或信号标记物。所述的珠可以单独地负载有它们合适的结合剂，因此，可以根据不同标记的微球(不同的结合剂与其偶联)上的不同结合剂来分离不同的外来体群体。
在另一个实施方案中，可以使用平坦的基底进行多元分析，其中所述的基底包含多种捕获剂。所述的多种捕获剂可以捕获一种或多种外来体群体，并检测所捕获外来体的一种或多种生物标志物。平坦的基底可以为微阵列或其他基底，下文中进一步描述。
新型结合剂
可以使用针对外来体的新型成分的结合剂(例如针对所关注外来体的特异性新型抗原的抗体)来分离外来体。可以使用与基底结合的已知组成的不同测试化合物来分离或鉴定所关注外来体的特异性新型抗原，例如粒子的阵列或多个粒子，它们可以具有大量的化学/结构空间，从而得以仅使用小部分的空间进行充分的取样。例如，针对细胞源特异性的外来体所鉴定的新型抗原可以为针对该特定细胞源特异性的外来体的生物标志物。
可以通过筛查针对测试化合物的均质的或混杂的外来体群体来鉴定结合剂。由于基底表面上各测试化合物的组成是已知的，所以这构成了用于亲和性原件的筛子。例如，测试化合物阵列在基底地址可寻的位置上在特定的位置处包含测试化合物，并可以用于鉴定用于外来体的一种或多种结合剂。基于核心序列或结构的较少变化，测试化合物全部都可以是不相关的或者是相关的。不同的测试化合物可以包含给定测试化合物(例如多肽的同种型)的变体，结构或组成不相关的测试化合物，或它们的组合。
测试化合物可以为拟肽，多糖，有机化合物，无机化合物，聚合物，脂质，核酸，多肽，抗体，等那白纸，多糖或其他化合物。所述的测试化合物可以为天然或合成的。所述的测试化合物可以包含基于键的任何数量或键的组成(例如氨基化合物、酯、醚、硫醇、自由基加成、金属配位等)的线性或支化的杂聚化合物、枝状结构、环状结构、腔体结构或者具有多个临近的连接位点从而在进行特定的加成时起到支架作用的其他结构，或者由这些结构组成。可以使用本领域的标准方法将测试化合物绘制在基底上或者原位合成。此外，所述的测试化合物可以以组合方式进行绘制或原位合成，以便检测有用的相互作用，例如协同结合。
所述的测试化合物可以为具有已知的氨基酸序列的多肽，由此检测测试化合物与外来体的结合情况可以鉴定可以用作结合剂的已知氨基酸序列的多肽。例如，可以将外来体的均质群体施加到载玻片(包含几种至1,000,000种长度可变的氨基酸的测试多肽)上的绘制阵列上。所述的多肽可以通过C-末端与所述的表面连接。所述多肽的序列可以由19种氨基酸(不包括半胱氨酸)随机生成。结合反应可以包括非特异性的竞争剂(例如使用另一种染料标记的过量的细菌蛋白质)，从而可以确定针对各多肽的结合靶物的特定比例。可以选择特异性最高且结合性最强的多肽。各绘制点上多肽的特征是已知的，由此可以容易地鉴定。一旦鉴定出对均质的外来体(例如细胞源特异性的外来体)群体具有特异性的新型抗原，则随后可以使用所述的抗原分离所述的细胞源的特异性外来体，如下文所述的方法。
此外，还可以使用阵列来鉴定用于分离外来体的抗体。测试抗体可以与阵列连接，并针对混杂的外来体群体进行筛选，以鉴定可以用于分离并鉴定外来体的抗体。此外，还可以使用抗体阵列来筛选均质的外来体(例如细胞源的特异性外来体)群体。除了鉴定抗体以用于分离均质的外来体群体之外，还可以鉴定对均质的外来体群体具有特异性的一种或多种蛋白质生物标志物。可以使用具有预选的测试抗体的或者与所述阵列连接的惯例选择的测试抗体的、市售可得的平台。例如，可以使用前列腺癌细胞衍生的外来体来筛选得自Full Moon Biosystems的抗体阵列，从而鉴定作为结合剂(例如参见图63)的针对Bcl-XL，ERCC1，角蛋白15，CD81/TAPA-1，CD9，上皮特异性抗原(ESA)和肥大细胞胰凝乳蛋白酶的抗体，并且所鉴定的蛋白质可以用作用于外来体的生物标志物。
此外，还可以通过肽阵列鉴定待用作结合剂的抗体或合成抗体。另一种方法是使用通过抗体的噬菌体展示的合成的抗体。抗体(例如Fab)的M13噬菌体文库作为外壳蛋白的融合体展示在噬菌体粒子的表面上。各种噬菌体粒子展示出独特的抗体，此外还囊封了包含编码DNA的载体。可以构建高度多样的文库，并代表了噬菌体池，其可以用于结合固定化抗原的抗体的选择。通过固定化的抗原而使得抗原结合噬菌体得以保持，而未结合的噬菌体通过洗涤除去。可以通过感染大肠杆菌宿主来扩增保持的噬菌体池，并将扩增的池用于另外若干轮次的选择，从而最终得到抗原结合克隆占优势的群体。在这一阶段，可以分离单个的噬菌体克隆，并经历DNA测序，从而推导出展示抗体的序列。通过使用噬菌体展示以及本领域已知的其他方法，可以形成针对外来体的高亲和性设计抗体。
此外，基于珠的测定还可以用于鉴定新型结合剂，以分离外来体。测试抗体或肽可以与粒子缀合。例如，珠可以与抗体或肽缀合，并用于检测和定量在外来体群体的表面上表达的蛋白质，从而发现并特定地选择可以靶向得自特定组织或肿瘤类型的外来体的新型抗体。可以通过使用市售可得的试剂盒根据制造商提供的说明书，使有机来源的任何分子顺利地与聚苯乙烯珠缀合。各套珠都可以染色为某可检测的波长，并且各组珠都可以与已知的抗体或肽连接，其中所述的抗体或肽可以用于特异性地测量哪些珠与外来体蛋白质(与之前缀合的抗体或肽的抗议决定部位相匹配)连接。所述的珠可以染色有离散的荧光强度，使得具有不同强度的各个珠具有上文所述的不同结合剂。
例如，根据经验确定的测定动力学范围，可以将纯化的外来体制备物在测定缓冲剂中稀释至合适的浓度。可以制备足量体积的偶联珠，并将大约1μl的抗体偶联珠等分至孔中，并调节至最终体积为大约50μl。一旦抗体缀合的珠加入到真空相容性平板中，便对该珠进行洗涤，以确保合适的结合条件。然后，可以将适量体积的外来体制备物加入到进行测定的各孔中，并将混合物温育例如15-18小时。可以使用检测抗体稀释溶液制备足量体积的检测抗体，并与混合物温育1小时或所需的时间。然后，洗涤珠，之后加入由streptavidin phycoereythin构成的检测抗体混合物(表达生物素)。然后，可以洗涤珠，并若干次吸真空，然后使用与装置一起提供的软件在悬浮阵列系统上进行分析。之后，通过分析可以阐明可用于选择性地提取外来体的抗原的特征。
使用了成像系统的测定可以用于检测并定量在外来体的表面上表达的蛋白质，从而发现并特异性地选择且富集特定组织或肿瘤类型中的外来体。可以使用与多孔碳涂敷的多路径平板缀合的抗体、肽或细胞。可以通过使用列于图案化的碳工作表面上的捕获抗体来同时测量孔中的多种分析物。然后，可以在具有电-化学发光增强板的电极孔中，使用标记有试剂的抗体检测分析物。有机起源的任何分子可以顺利地与碳涂敷的平板缀合。可以由所述的测定鉴定出外来体表面上表达的蛋白质，并且可以用作特异性地选择并富集特定组织或肿瘤类型的外来体的靶物。
此外，所述的结合剂还可以为新型适配体。可以使用指数富集配基的系统进化(SELEX)技术鉴定用于靶物的适配体(Tuerk & Gold，Science249：505-510，1990；Ellington & Szostak，Nature 346：818-822，1990)，例如在美国专利No.5,270,163中所述。可以将核酸文库与靶物外来体相接触，并将特异性地与所述靶物结合的那些核酸与文库中剩余的核酸(其不能特异性地结合所述的靶物)分隔。将分隔的核酸扩增，从而得到配基富集的池。进行多个循环的结合、分隔和扩增(即，选择)，从而鉴定具有所需活性的一种或多种适配体。用于鉴定适配体从而分离外来体的另一种方法在美国专利No.6,376,19中有所描述，所述文献描述了通过文库中核酸与化学合成的肽的结合而使得该核酸的频率增加或降低。此外，还可以使用修改方法，例如在美国专利公开No.20090264508中所述的Laser SELEX或deSELEX。
微流体
用于分离或鉴定外来体的方法可以与微流体装置组合使用。可以使用微流体装置实施本文所公开的分离外来体的方法。微流体装置(其还可以称为“芯片上的试验室”系统、生物医学微电子机械系统(bioMEM)或多成分集成系统)可以用于分离和分析外来体。所述的系统使工艺(可以结合外来体、检测外来体生物标志物以及其他工艺)小型化并可以进行划分。
此外，微流体装置还可以用于通过尺寸差异或亲和性选择来分离外来体。例如，微流体装置可以根据尺寸而使用多通道来分离生物学样品中的外来体，或者通过使用一种或多种结合剂来分离生物学样品中的外来体。可以将生物学样品引入到一个或多个微流体通道中，其可以选择性地使外来体通过。可以根据外来体的性质(例如尺寸、形状、可塑性、生物标志物概况或生物学特征)来进行选择。
备选地，可以将外来体的混杂群体引入到微流体装置中，并可以得到不同的外来体均质群体。例如，不同的通道可以具有不同的尺寸选择或结合剂，从而选择不同的外来体群体。因此，微流体装置可以分离多种外来体，其中多种外来体的至少一个子集包含不同于所述多种外来体的另一个子集的生物学特征。例如，所述的微流体装置可以分离至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，15，20，25，30，40，50，60，70，80，90或100种不同子集的外来体，其中各子集的外来体包含不同的生物学特征。
在某些实施方案中，所述的微流体装置可以包含允许外来体的进一步富集或选择的一个或多个通道。在通过第一通道后已经富集的外来体群体可以被引入到第二通道中，其可以使所需的外来体群体通过，从而通过(例如)存在于第二通道中的结合剂而进一步富集。
基于阵列的测定和基于珠的测定可以与微流体装置一起使用。例如，所述的结合剂可以与珠偶联，并且可以在微流体装置中实施珠与外来体之间的结合反应。此外，还可以使用微流体装置进行倍增。不同的划分可以包含针对不同的外来体群体的不同结合剂，其中各群体为不同的细胞源特异性的外来体群体，或者各群体具有不同的生物学特征。可以在微流体装置中实施微球与外来体之间的杂交反应，并且反应混合物可以被传递到检测装置中。所述的检测装置(例如双重或多重激光检测系统)可以为微流体系统的一部分，并且可以使用一束激光通过微球的色彩编码来鉴定各珠或微球，而另一束激光可以检测与各珠有关的杂交信号。
可以使用的、或者适用于外来体的微流体装置的实例包括但不限于在美国专利No.7,591,936，7,581,429，7,579,136，7,575,722，7,568,399，7,552,741，7,544,506，7,541,578，7,518,726，7,488,596，7,485,214，7,467,928，7,452,713，7,452,509，7,449,096，7,431,887，7,422,725，7,422,669，7,419,822，7,419,639，7,413,709，7,411,184，7,402,229，7,390,463，7,381,471，7,357,864，7,351,592，7,351,380，7,338,637，7,329,391，7,323,140，7,261,824，7,258,837，7,253,003，7,238,324，7,238,255，7,233,865，7,229,538，7,201,881，7,195,986，7,189,581，7,189,580，7,189,368，7,141,978，7,138,062，7,135,147，7,125,711，7,118,910和7,118,661中描述的那些。
细胞源的外来体和疾病特异性的外来体
本文所公开的结合剂可以用于分离样品中混杂的外来体群体，或者可以用于分离或鉴定均质的外来体群体，例如细胞源特异性的外来体或具有特定生物学特征的外来体。可以对均质的外来体群体(例如细胞源特异性的外来体)进行分析，并用于表征受试者的表现型。细胞源特异性的外来体为衍生自特定细胞类型的外来体，其可以包含但不限于特定组织的细胞、得自所关注的特定肿瘤或者所关注的疾病组织的细胞、循环中的肿瘤细胞、或者母体或胎儿起源的细胞。所述的外来体可以衍生自肿瘤细胞、肺部细胞、胰腺细胞、胃部细胞、肠细胞、膀胱细胞、肾细胞、卵巢细胞、睾丸细胞、皮肤细胞、结肠直肠细胞、乳腺细胞、前列腺细胞、脑细胞、食管细胞、肝细胞、胎盘细胞或胎儿细胞。所述的分离的外来体还可以得自特定的样品类型，例如尿外来体。
生物学样品中的细胞源特异性的外来体可以使用对细胞源具有特异性的一种或多种结合剂来分离。用于分析疾病或状况的外来体可以使用对所述疾病或状况的生物标志物具有特异性的一种或多种结合剂来分离。
可以将所述的外来体浓缩，然后按照上文所述通过(例如)离心、色谱或过滤来分离细胞源特异性的外来体，从而得到混杂的外来体群体，然后再分离细胞源特异性的外来体。备选地，所述的外来体并未浓缩，或者所述的生物学样品并未富集外来体，然后分离细胞源的外来体。
图61详细说明了描绘一种用于分离或鉴定细胞源特异性的外来体的方法100的流程图。首先，在步骤102中，由受试者获得生物学样品。所述的样品可以得自第三方，或者得自实施所述分析的同一方。然后，在步骤104中分离生物学样品中的细胞源特异性的外来体。接着，在步骤106中分析经分离的细胞源特异性的外来体，并在步骤108中针对特定的表现型来鉴定生物标志物或生物学特征。所述的方法可以用于多种表现型。在某些实施方案中，在步骤104之前，将外来体由生物学样品中浓缩或分离，从而得到混杂的外来体群体。例如，可以使用离心、色谱、过滤或上文所述的其他方法来分离混杂的外来体群体，然后使用一种或多种用于分离或鉴定衍生自特定细胞类型的外来体或细胞源特异性的外来体的特异性结合剂。
可以通过使用以高度的特异性与细胞源特异性的外来体相结合的一种或多种结合剂来分离受试者生物学样品中的细胞源特异性的外来体。在某些例子中，可以使用单一的结合剂来分离细胞源特异性的外来体。在其他例子中，可以使用结合剂的组合来分离细胞源特异性的外来体。例如，可以使用至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，25，50，75或100种不同的结合剂来分离细胞源的外来体来分离细胞源的外来体。因此，可以通过使用一种或多种结合剂来鉴定外来体群体(例如具有相同的结合剂概况的外来体)。
可以根据一种或多种结合剂对靶物抗原(其对细胞源、肿瘤或疾病具有特异性)的特异性来选择这些结合剂。可以单独使用或组合使用来分离细胞源特异性的外来体、疾病特异性的外来体或肿瘤特异性的外来体的抗原非限定性实例如图1所示，并在下文还将进行描述。所述的抗原可以为结合剂可达到的膜结合抗原。所述的抗原还可以为所述表现型的生物标志物。
乳腺癌
可以使用结合剂(例如抗体)来分离衍生自乳腺癌细胞的外来体，其中所述的结合剂对与乳腺癌起源的细胞(例如腺体或基质癌细胞)相关的抗原具有特异性。可以使用抗原来分离衍生自乳腺癌细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于BCA-225，hsp70，MART1，ER，VEGFA，III类b-微管蛋白，HER2/neu(用于Her2+BC)，GPR30，ErbB4(JM)同种型，MPR8，MISIIR，它们的片段，它们的任何组合，或者对乳腺癌细胞具有特异性的抗原的任何组合。
卵巢癌
针对对卵巢癌起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自卵巢癌细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于CA125，VEGFR2，HER2，MISIIR，VEGFA，CD24，它们的片段，它们的任何组合，或者对卵巢癌细胞具有特异性的抗原的任何组合。
肺癌
针对对肺癌起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自肺癌细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于CYFRA21-1，TPA-M，TPS，CEA，SCC-Ag，XAGE-1b，HLA类1，TA-MUC1，KRAS，hENT1，激肽B1受体，激肽B2受体，TSC403，HTI56，DC-LAMP，它们的片段，它们的任何组合，或者对肺癌细胞具有特异性的抗原的任何组合。
结肠癌
针对对结肠癌起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自结肠癌细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于CEA，MUC2，GPA33，CEACAM5，ENFB1，CCSA-3，CCSA-4，ADAM10，CD44，NG2，蝶素B1，盘状球蛋白，半乳凝集素4，RACK1，四次跨膜超家族-8，FASL，A33，CEA，EGFR，二肽酶1，PTEN，Na(+)-依赖的葡萄糖转运蛋白，UDP-二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶1A，它们的片段，它们的任何组合，或者对结肠癌细胞具有特异性的抗原的任何组合。
前列腺癌
针对对前列腺癌起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自前列腺癌细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于PSA，TMPRSS2，FASLG，TNFSF10，PSMA，NGEP，Il-7RI，CSCR4，CysLT1R，TRPM8，Kv1.3，TRPV6，TRPM8，PSGR，MISIIR，半乳凝集素-3，PCA3，TMPRSS2:ERG，它们的片段，它们的任何组合，或者对前列腺癌细胞具有特异性的抗原的任何组合。
脑癌
针对对脑癌起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自脑癌细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于PRMT8，BDNF，EGFR，DPPX，Elk，Densin-180，BAI2，BAI3，它们的片段，它们的任何组合，或者对脑癌细胞具有特异性的抗原的任何组合。
血癌
针对对恶性血液病起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自恶性血液病细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于CD44，CD58，CD31，CD11a，CD49d，GARP，BTS，Raftlin，它们的片段，它们的任何组合，或者对恶性血液病细胞具有特异性的抗原的任何组合。
黑素瘤
针对对黑素瘤起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自黑素瘤细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于DUSP1，TYRP1，SILV，MLANA，MCAM，CD63，Alix，hsp70，膜突蛋白，p120连环蛋白，PGRL，突触融合蛋白结合蛋白质1&2，小窝蛋白，它们的片段，它们的任何组合，或者对黑素瘤细胞具有特异性的抗原的任何组合。
肝癌
针对对肝细胞癌起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自肝细胞癌细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于HBxAg，HBsAg，NLT，它们的片段，它们的任何组合，或者对肝细胞癌细胞具有特异性的抗原的任何组合。
宫颈癌
针对对宫颈癌起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自宫颈癌细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于MCT-1，MCT-2，MCT-4，它们的片段，它们的任何组合，或者对宫颈癌细胞具有特异性的抗原的任何组合。
子宫内膜癌
针对对子宫内膜癌起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自子宫内膜癌细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于αV β6整合蛋白，它们的片段，它们的任何组合，或者对子宫内膜癌细胞具有特异性的抗原的任何组合。
银屑病
针对对银屑病具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征银屑病的外来体，其中所述的抗原包括但不限于flt-1，VPF受体，kdr，它们的片段，它们的任何组合，或者对子银屑病具有特异性的抗原的任何组合。
自身免疫疾病
针对对自身免疫疾病具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征自身免疫疾病的外来体，其中所述的抗原包括但不限于Tim-2，它们的片段，它们的任何组合，或者对自身免疫疾病具有特异性的抗原的任何组合。
肠易激疾病
针对对肠易激疾病(IBD)或综合症(IBS)具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征IBD或IBS的外来体，其中所述的抗原包括但不限于IL-16，IL-1β，IL-12，TNF-α，干扰素-γ，IL-6，Rantes，II-12，MCP-1，5HT，它们的片段，或者对IBD或IBS具有特异性的抗原的任何组合。
糖尿病
针对对胰腺起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自胰腺细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于IL-6，CRP，RBP4，它们的片段，它们的任何组合，或者对胰腺细胞具有特异性的抗原的任何组合。
Barrett食管
针对对Barrett食管具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征Barrett食管的外来体，其中所述的抗原包括但不限于p53，MUC1，MUC6，它们的片段，它们的任何组合，或者对Barrett食管具有特异性的抗原的任何组合。
纤维肌痛
针对对纤维肌痛具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征纤维肌痛的外来体，其中所述的抗原包括但不限于新蝶呤，gp130，它们的片段，它们的任何组合，或者对纤维肌痛具有特异性的抗原的任何组合。
前列腺增生
针对对良性前列腺增生(BPH)起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自BPH细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于KIA1，完整的纤维连接蛋白，它们的片段，它们的任何组合，或者对BPH细胞具有特异性的抗原的任何组合。
多发性硬化症
针对对多发性硬化症(MS)具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征MS的外来体，其中所述的抗原包括但不限于B7，B7-2，CD-95(fas)，Apo-1/Fas，它们的片段，它们的任何组合，或者对MS具有特异性的抗原的任何组合。
帕金森氏病
针对对帕金森氏病具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征帕金森氏病的外来体，其中所述的抗原包括但不限于PARK2，铜蓝蛋白，VDBP，tau，DJ-1，它们的片段，它们的任何组合，或者对帕金森氏病具有特异性的抗原的任何组合。
风湿病
针对对风湿病具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征风湿病的外来体，其中所述的抗原包括但不限于瓜氨酸纤维蛋白a-链，CD5抗原样纤维蛋白原片段D，CD5抗原样纤维蛋白原片段B，TNFα，它们的片段，它们的任何组合，或者对风湿病具有特异性的抗原的任何组合。
阿尔茨海默氏病
针对抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来进一步分离衍生自患有阿尔茨海默氏病患者的神经元的外来体，其中所述的抗原包括但不限于APP695，APP751或APP770，BACE1，半胱氨酸蛋白酶抑制剂C，淀粉蛋白β，T-tau，补体因子H或α-2-巨球蛋白，它们的片段，它们的任何组合，或者对阿尔茨海默氏病具有特异性的抗原的任何组合。
头和颈部的癌症
针对对头和颈部的癌症起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自头和颈部的癌症细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于EGFR，EphB4或蝶素B2，它们的片段，它们的任何组合，或者对头和颈部的癌症细胞具有特异性的抗原的任何组合。
肾肠道间质瘤
针对对胃肠道间质瘤(GIST)起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自GIST细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于c-kit PDGFRA，NHE-3，它们的片段，它们的任何组合，或者对GIST细胞具有特异性的抗原的任何组合。
肾细胞癌
针对对肾细胞癌(RCC)起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自RCC细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于c PDGFRA，VEGF，HIF 1α，它们的片段，它们的任何组合，或者对RCC细胞具有特异性的抗原的任何组合。
精神分裂症
针对对精神分裂症具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征精神分裂症的外来体，其中所述的抗原包括但不限于ATP5B，ATP5H，ATP6V1B，DNM1，它们的片段，它们的任何组合，或者对精神分裂症具有特异性的抗原的任何组合。
周围神经病理性疼痛
针对对周围神经病理性疼痛具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自患有周围神经病理性疼痛患者的神经细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于OX42，ED9，它们的片段，它们的任何组合，或者对周围神经病理性疼痛具有特异性的抗原的任何组合。
慢性神经病理性疼痛
针对对慢性神经病理性疼痛具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自患有慢性神经病理性疼痛患者的神经细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于趋化因子受体(CCR2/4)，它们的片段，它们的任何组合，或者对慢性神经病理性疼痛具有特异性的抗原的任何组合。
朊病毒疾病
针对对朊病毒疾病具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自患有朊病毒疾病患者的细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于PrPSc，14-3-3zeta，S-100，AQP4，它们的片段，它们的任何组合，或者对朊病毒疾病具有特异性的抗原的任何组合。
中风
针对对中风具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征中风的外来体，其中所述的抗原包括但不限于S-100，神经元特异性烯醇酶，PARK7，NDKA，ApoC-I，ApoC-III，SAA或AT-III片段，Lp-PLA2，hs-CRP，它们的片段，它们的任何组合，或者对中风具有特异性的抗原的任何组合。
心血管疾病
针对对心血管疾病具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征心血管疾病的外来体，其中所述的抗原包括但不限于FATP6，它们的片段，它们的任何组合，或者对心血管疾病或心细胞具有特异性的抗原的任何组合。
食管癌
针对对食管癌起源的细胞具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离衍生自食管癌细胞的外来体，其中所述的抗原包括但不限于CaSR，它们的片段，它们的任何组合，或者对食管癌细胞具有特异性的抗原的任何组合。
肺结核
针对对肺结核(TB)具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征TB的外来体，其中所述的抗原包括但不限于抗原60，HSP，脂阿拉伯甘露聚糖，硫脂，酰化海藻糖家族的抗原，DAT，TAT，海藻糖6，6-二霉菌酸酯(索状因子)抗原，它们的片段，它们的任何组合，或者对TB具有特异性的抗原的任何组合。
HIV
针对对HIV具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征HIV的外来体，其中所述的抗原包括但不限于gp41，gp120，它们的片段，它们的任何组合，或者对HIV具有特异性的抗原的任何组合。
孤独症
针对对孤独症具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征孤独症的外来体，其中所述的抗原包括但不限于VIP，PACAP，CGRP，NT3，它们的片段，它们的任何组合，或者对孤独症具有特异性的抗原的任何组合。
哮喘
针对对哮喘具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征哮喘的外来体，其中所述的抗原包括但不限于YKL-40，S-亚硝基硫醇，SSCA2，PAI，双调蛋白，成骨细胞特异性因子2，它们的片段，它们的任何组合，或者对哮喘具有特异性的抗原的任何组合。
狼疮
针对对狼疮具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征狼疮的外来体，其中所述的抗原包括但不限于TNFR，它们的片段，它们的任何组合，或者对狼疮具有特异性的抗原的任何组合。
肝硬化
针对对肝硬化具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征肝硬化的外来体，其中所述的抗原包括但不限于NLT，HBsAg，它们的片段，它们的任何组合，或者对肝硬化具有特异性的抗原的任何组合。
流行性感冒
针对对流行性感冒具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征流行性感冒的外来体，其中所述的抗原包括但不限于红细胞凝集素，神经氨酸酶，HBsAg，它们的片段，它们的任何组合，或者对流行性感冒具有特异性的抗原的任何组合。
易损斑块
针对对易损斑块具有特异性的抗原，可以使用抗体或任何其他结合剂来分离用于表征易损斑块的外来体，其中所述的抗原包括但不限于αv.β3整合蛋白，MMP9，它们的片段，它们的任何组合，或者对易损斑块具有特异性的抗原的任何组合。
按照上文所述的方法，使用新型结合剂来分离细胞源特异性的外来体。此外，还可以使用基于所述外来体的细胞结合配偶体或结合剂的分离方法来分离生物学样品中的细胞源特异性的外来体。所述的细胞结合配偶体可以包括但不限于当存在一种或多种特异性生物标志物时，仅结合所述的外来体的肽、蛋白质、RNA、DNA、适配体、细胞或血清相关的蛋白质。可以使用单一的结合配偶体或结合剂、或者结合配偶体或结合剂的组合来实施细胞源特异性的外来体的分离，其中所述的配偶体或结合剂的单独使用或结合使用可以进行细胞源特异性的分离。所述结合剂的非限定性实例在图2中提供。例如，可以使用一种或多种结合剂分离用于表征乳腺癌的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于雌激素，孕酮，赫塞汀(曲妥单抗)，CCND1，MYC PNA，IGF-1 PNA，MYC PNA，SC4适配体(Ku)，AII-7适配体(ERB2)，半乳凝集素-3，粘蛋白型O-聚糖，L-PHA，半乳凝集素-9，或者它们的任何组合。
此外，结合剂还可以根据i)对细胞源特异性的外来体细胞具有特异性的抗原的存在情况，ii)对细胞源特异性的外来体具有特异性的标志物的缺乏情况，或者iii)对细胞源特异性的外来体具有特异性的生物标志物的表达水平而用于分离细胞源特意性的外来体。将混杂的外来体群体施加于涂敷有特异性结合剂的表面上，其中所述的结合剂被设计成能够排除或鉴定外来体的细胞源的特征。诸如抗体之类的多种结合剂可以列于固体表面或基底上，并且可以使混杂的外来体群体与所述的固体表面或基底接触足以发生相互作用的时间。然后，与阵列表面或基底上给定抗体位置的特异性结合或非特异性结合可以起到鉴定对给定细胞源具有特异性的外来体群体的抗原特异性特征。
可以使用上文所述的磁捕获方法、荧光激活细胞分离术或激光细胞计数仪，使用一种或多种结合剂来富集或分离细胞源特异性的外来体。磁捕获方法可以包括但不限于使用磁激活细胞分离(MACS)术的微珠或磁柱。可以使用的免疫亲和和磁粒子方法的实例在美国专利No.4,551,435，4,795,698，4,925,788，5,108,933，5,186,827，5,200,084或5,158,871中有所描述。还可以根据美国专利No.7,399,632中所述的常规方法，通过使用对外来体具有特异性的抗原的组合来分离细胞源特异性的外来体。
相对于生物学样品，用于分离或富集细胞源特异性的外来体的任何其他方法还可以与本发明组合使用。例如，体积排阻色谱(例如凝胶渗透柱)、离心或密度梯度离心、以及过滤方法可以与本文所述的抗原选择方法组合使用。此外，按照Koga et al.，Anticancer Research，25：3703-3708(2005)，Taylor et al.，Gynecologic Oncology，110：13-21(2008)，Nanjee et al.，ClinChem，2000；46：207-223或美国专利No.7,232,653中所述的方法来分离细胞源特异性的外来体。
外来体的评估
可以通过分析受试者中的生物学样品，并确定所述样品中的一种或多种外来体群体的水平、量或浓度来表征受试者的表现型。可以纯化或浓缩外来体，然后确定外来体的量。备选地，可以未经过之前的纯化或浓缩，而直接测定样品中的外来体的量。所述的外来体可以为细胞源特异性的外来体或者具有特定生物标志物或生物标志物的组合的细外来体。外来体的量可以用于表征表现型，例如状况或疾病的诊断、治疗或预后。所述的量可以用于确定生理学或生物学状态，例如妊娠或妊娠的阶段。外来体的量还可以用于确定治疗效力、疾病或状况的阶段、或者疾病或状况的进程。例如，外来体的量可以与疾病阶段或进程成比例的增加。
可以通过将外来体的水平与外来体的参照水平或值相比较来评价外来体。参照值对于物理或时间终点而言是特定的。例如，参照值可以得自相同的受试者，针对外来体对该受试者的样品进行评估，或者参照值可以得自样品的代表性群体(例如得自正常的并未表现出疾病症状的受试者的样品)。因此，参照值可以提供阈值测量值，可以针对给定样品中测定的一种或多种外来体群体，将所述的测量值与受试者的样品读数相比较。可以根据得自相应于特定人群的多组样品而汇集的数据来设定所述的参照值，其中所述的人群包括但不限于年龄(例如新生儿、婴儿、青少年、青年、中年、老年以及不同年龄的成人)、种族/文化群组、正常的与患病的受试者、吸烟者与非吸烟者、接受治疗的受试者与未治疗的受试者、具有相似的诊断或治疗但治疗的时间点不同的特定的受试者个体或群组、或者它们的组合。
参照值可以基于由相同的受试者评估的样品，以便提供个体跟踪。频繁地对患者进行测试可以为特定的患者之前所建立的参照值提供更好的比较，并且可以使医生更精确地评估患者的疾病阶段或进程，从而提供更好的治疗决策。个体内外来体水平变化的减少可以为患者提供更加特定且精确的个体阈值。受试者内临时的变化使得各个个体为疾病或生理学状体的最佳分析起到纵向对照的作用。
可以针对不具有特定的表现型的未受影响的个体(不同的年龄、文化背景和性别)，通过确定未受影响的个体中的外来体的量来建立参照值。例如，参照群体的参照值可以用作用于检测测试受试者中的一种或多种外来体群体的基线。如果得自受试者的样品具有与所述的参照值相似的水平或值，则所述的受试者可以鉴定为为患有疾病，或者发展成疾病的可能性较低。
备选地，可以针对具有特定表现型的个体，通过确定具有所述表现型的个体中一种或多种外来体群体的量来建立参照值或水平。此外，针对特定的表现型可以形成值的索引。例如，不同的疾病阶段可以具有不同的值(例如得自具有不同疾病阶段的个体)。可以将受试者的值与所述的索引比较，并且可以确定疾病的诊断或预后，例如疾病的阶段或进程。在其他实施方案中，针对治疗效力可以形成值的索引。例如，可以形成患有特定疾病的个体的外来体水平，并注明对于该个体而言什么样的治疗是有效的。所述的水平可以用于形成哪个值是受试者比较的值，并针对该个体选择处理或治疗。
例如，可以使用特异性地靶向特定癌症的抗原来分离外来体，从而针对未受特定癌症影响的个体来确定参照值。例如，可以使用相同技术对患有不同阶段结肠直肠癌和肺癌息肉的个体实施手术，并将未受影响的个体以及各组循环外来体的水平定义为平均值±标准偏差，所述的值得自以三个平行试验实施的至少2组分开的试验。可以采用统计学应用(例如单因素ANOVA，然后为比较各群体的测试后Tukey多重比较)对这些组之间进行比较。
此外，还可以针对疾病的复发监测(或MS中的恶化阶段)或者治疗应答监测来建立参照值。
所述的值可以为定量的值或定性的值。所述的值可以为外来体水平的直接量度(例如质量/体积)，或者为间接量度(例如特异性外来体标志物的量)。所述的值可以为定量的，例如数值。在其他实施方案中，所述的值为定性的，例如没有外来体、低水平的外来体、中等水平的外来体、高水平的外来体或它们的变体。
所述的参照值可以储存在数据库中，并可以根据外来体的水平或量(例如外来体的总量)或者特定的外来体群体的量(例如细胞源特异性的外来体或具有一种或多种特异性生物标志物的外来体)而作为用于疾病或状况的诊断、预后或治疗的参照。
可以使用质谱分析法或流式细胞计数仪来表征外来体的水平。此外，还可以通过免疫细胞化学染色、Western印记、电泳、色谱或x射线结晶学，根据本领域公知的方法来对外来体进行分析。可以按照Clayton et al.，Journal of Immunological Methods 2001；163-174中所述，使用流式细胞计数仪来对外来体进行表征和定量测量，所述的文献以引用方式全文并入本文。可以使用上文所述的结合剂来确定外来体的水平。例如，针对外来体的结合剂可以被标记，然后检测标记物并用于确定样品中外来体的量。如上文所述，所述的结合剂可以与基底(例如阵列或粒子)结合。备选地，所述的外来体可以为直接标记的。
此外，电泳标签或eTag还可以用于确定外来体的量。eTag为与核酸或抗体连接的小型荧光分子，并被设计为分别与一个特异的核酸序列或蛋白质结合。在eTag与其靶物结合后，使用酶将结合的eTag与靶物裂解。由释放的eTag产生的信号(称为“报告物”)与样品中靶物核酸或蛋白质的量成比例。可以通过毛细管电泳鉴定eTag报告物。各eTag报告物的独特的电荷与质量比(即，电荷除以其分子量)使得其在毛细管电泳读数上以特定的峰显示。由此，通过靶向具有eTag的外来体的特异性生物标志物，可以确定外来体的量或水平。
可以由混杂的外来体群体(例如样品中外来体的总群体)来确定外来体的水平。备选地，由均质的外来体群体或基本均质的外来体群体来确定外来体水平，例如特异性细胞源外来体的水平，例如得自前列腺癌细胞的外来体。在其他实施方案中，使用特定的生物标志物或生物标志物的组合(例如对前列腺癌具有特异性的生物标志物)来确定外来体的水平。确定外来体的水平可以与确定外来体的生物标志物或外来体的生物标志物的组合联合实施。备选地，可以在确定外来体的生物标志物或外来体的生物标志物的组合之前或者之后来确定外来体的量。
确定外来体的量可以以多重方式来测定。例如，确定多于一种外来体群体(例如不同细胞源特异性的外来体或者具有不同生物标志物或生物标志物的组合的外来体)的量可以按照(例如)本文所公开的那些方法实施。
特异性和敏感性
使用本文所公开的一种或多种方法确定的外来体的水平可以用于表征敏感性和特异性增强的表现型。所述的敏感性可以通过：(真阳性的数量)/(真阳性的数量+假阴性的数量)来确定。所述的特异性可以通过：(真阴性的数量)/(真阴性的数量+假阳性的数量)来确定。
使用本文所公开的一种或多种方法确定的外来体的水平可以用于表征敏感性为至少60，61，62，63，64，65，66，67，68，69或70％(例如敏感性为至少71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86或87％)的表现型。例如，所述的表现型可以表征为敏感性为至少87.1，87.2，87.3，87.4，87.5，87.6，87.7，87.8，87.9，88.0或89％，例如，敏感性为至少90％。所述的表现型可以表征为敏感性为至少91，92，93，94，95，96，97，98，99或100％。
此外，受试者的表现型还可以表征为特异性为至少70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96或97％，例如，特异性为至少97.1，97.2，97.3，97.4，97.5，97.6，97.7，97.8，97.8，97.9，98.0，98.1，98.2，98.3，98.4，98.5，98.6，98.7，98.8，98.9，99.0，99.1，99.2，99.3，99.4，99.5，99.6，99.7，99.8，99.9或100％。
此外，所述的表现型还可以表征为至少70％的敏感性以及至少80，90，95，99或100％的特异性；至少75％敏感性以及至少80，90，95，99或100％特异性；至少80％敏感性以及至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少85％敏感性以及至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少86％敏感性以及至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少87％敏感性以及至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少88％敏感性以及至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少89％敏感性以及至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少90％敏感性以及至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少95％敏感性以及至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少99％敏感性以及至少80，85，90，95，99或100％特异性；或者，至少100％敏感性以及至少80，85，90，95，99或100％特异性。
此外，用于确定特异性、敏感性或者这二者的可信度水平可以为至少90，91，92，93，94，95，96，97，98或99％的可信度。
生物学特征
得自受试者的外来体的生物学特征可以用于表征表现型。生物学特征可以反应存在于外来体上的特定抗原或生物标志物。此外，生物学特征还可以反应外来体所携带的一种或多种生物标志物。备选地，生物学特征可以保护存在于外来体(其具有在外来体中所检测的一种或多种生物标志物)上的一种或多种抗原或生物标志物的组合。
可以纯化或浓缩外来体，然后确定外来体的生物学特征。备选地，可以在未经之前的纯化或浓缩的条件下，直接测定样品中的外来体的生物学特征。此外，还可以分离外来体，然后进行测定。例如，可以分离细胞源特异性的外来体，并确定其生物学特征。所述的生物学特征可以用于确定疾病或状况的诊断、预后或治疗。因此，生物学特征还可以用于确定治疗效力、疾病或状况的阶段或者疾病或状况的进程。此外，生物学特征可以用于确定生理学状态，例如妊娠。
可以对外来体中或外来体本身的外来体特征进行评估，从而确定生物学特征。所述的外来体特征可以用于诊断、检测或确定疾病的阶段或进程，疾病或状况的治疗含义(implication)，或者用于表征生理学状态。外来体特征可以包括但不限于外来体的量的水平，对外来体半衰期变化的暂时评价，循环中的外来体的半衰期或者外来体的新陈代谢半衰期，或者外来体的活性。
此外，生物学特征还对应于一种或多种生物标志物的表达水平、存在情况、缺乏情况、突变、变体、拷贝数变化、截短、复制、修饰或分子结合。生物标志物可以为任何外来体成分，并且可以形成其自己的特征。例如，所述的生物标志物可以为外来体的RNA含量，因此RNA的特征包括一种或多种RNA的种类，例如但不限于mRNA，miRNA，snoRNA，snRNA，rRNAs，tRNAs，siRNA，hnRNA，shRNA或它们的组合。由此，可以测定外来体从而确定RNA的特征。
其他生物标志物包括但不限于一种或多种蛋白质或肽(例如提供了蛋白质的特征)、核酸(例如所述的RNA特征或DNA特征)、脂质(例如脂质特征)或者它们的组合。在某些实施方案中，所述的生物学特征还可以包括存在于外来体中的药剂或药剂代谢物的类型或量(例如药剂特征)，其中所述的药剂可以被受试者服用，然后由该受试者得到生物学样品，从而得到携带所述药剂或所述药剂的代谢物的外来体。
此外，RNA特征或DNA特征还可以包括存在于外来体中的RNA或DNA的突变、后生修饰或基因变体分析。此外，蛋白质特征可以包括但不限于抗原的突变、修饰、过表达、表达不足、存在或缺乏情况，肽，蛋白质或它们的组合。
外来体的生物学特征可以包含与一种或多种其他特征相结合的一种或多种miRNA特征，包括但不限于mRNA特征，DNA特征，蛋白质特征，肽特征，抗原特征或它们的组合。例如，所述的生物学特征可以包含具有一种或多种DNA生物标志物，一种或多种mRNA生物标志物，一种或多种snoRNA生物标志物，一种或多种蛋白质生物标志物，一种或多种肽生物标志物，一种或多种抗原生物标志物，一种或多种抗原生物标志物，一种或多种脂质生物标志物或者它们的任何组合的一种或多种miRNA生物标志物。
生物学特征可以包含一种或多种抗原或结合剂的组合(例如能够结合一种或多种结合剂)，例如分别列于图1和2中。所述的生物学特征可以进一步包含一种或多种其他的生物标志物，例如但不限于miRNA，DNA(例如单链DNA，互补DNA或非编码DNA)或mRNA。例如，外来体的生物学特征可以包含针对状况或疾病的一种或多种抗原(例如如图1所示)、一种或多种结合剂(例如如图2所示)、以及一种或多种生物标志物(例如如图3-60所示)的组合。所述的生物学特征可以包含具有对癌细胞具有特异性的一种或多种抗原的一种或多种生物标志物，例如miRNA(例如如图1所示)。
外来体可以具有对细胞源具有特异性的生物学特征，由此可以用于衍生代表了细胞源的疾病特异性或生物学状态特异性的诊断、预后或治疗相关性生物学特征。此外，外来体还可以具有对给定的疾病或生理学状况具有特异性的生物学特征，其中所述的生物学特征可以不同于细胞源的生物学特征，但是对诊断、预后、分阶段、治疗相关性的确定或生理学状态的表征依然是重要的。
外来体的生物学特征(例如本文所述的细胞源特异性的外来体)可以在治疗模式(包括治疗干预)，诊断标准(例如疾病分阶段、疾病监测和疾病分层)，检测的监控，疾病的转移、复发或进程方面作出临床上决定。外来体的生物学特征(例如经分离的细胞源特异性的外来体)可以进一步用于在临床上作出治疗决策，包括是否实施手术，或者伴随手术应该使用什么样的治疗标准(例如术前或术后)。
此外，外来体生物学特征还可以用于治疗相关的诊断，从而提供用于诊断疾病或选择正确的治疗方案、以及监测受试者的应答情况的测试方法。治疗相关的测试方法可以用于预测并评估个体受试者中的应答情况，即，提供个性化的医药。此外，治疗相关的测试方法还可以用于选择受试者的治疗方法，其中所述的受试者特别可能受益于所述的治疗，或者特别有可能在个体受试者中提供治疗效力的早期或客观的指示。例如，可以改变治疗方法而并未过长地延误有益的治疗方法以及给药无效药剂的过多的资金花费。
此外，治疗相关性诊断还可以用于临床诊断并管理多种疾病或紊乱，包括但不限于心血管疾病，癌症，感染性疾病，脓毒症，神经学疾病，中枢神经系统的相关性疾病，血管内相关性疾病，自身免疫相关性疾病或者药剂的毒性、药剂的抗性或药剂应答情况的预测。治疗相关性测试方法可以以任何合适的诊断测试形式研发得到，包括但不限于(例如)免疫组织化学测试方法，临床化学方法，免疫测定方法，基于细胞的技术，核酸测试方法或抗体成像方法。治疗相关性测试方法可以进一步包括但不限于目标在于治疗的确定情况的测试、监测治疗毒性的测试或监测对治疗测试的应答情况的测试。例如，生物学特征可以确定特定的疾病或状况是否对药剂具有抗性，因此医生无需将宝贵的时间浪费在碰巧性的治疗中。相反，为了获得药剂选择或治疗方案的早期确认，要确定得自受试者的外来体的生物学特征，其随后确定了特定的受试者的疾病是否具有与药剂抗性有关的生物标志物。由此，这种确定能够使医生将宝贵的时间以及患者的资金来源投入到有效的治疗中。
此外，外来体的生物学特征可以用于评估受试者是否受到疾病的折磨、是否处于发展出疾病的风险中或者用于评估疾病的阶段或进程。例如，生物学特征可以用于评估受试者是否患有前列腺癌(例如图68、73)或者结肠癌(例如图69、74)。此外，生物学特征可以用于确定疾病或状况的阶段，例如结肠癌(例如图71、72)。
此外，确定外来体(例如混杂的外来体群体)的量以及一种或多种均质的外来体群体(例如具有相同生物学特征的外来体群体)的量可以用于标识表现型。例如，确定样品中外来体的总量(即，非细胞类型特异性的)以及确定一种或多种不同的细胞源特异性的外来体(例如细胞源特异性的外来体)的存在情况可以用于标准表现型。可以根据正常受试者与具有所关注的表现型的受试者的比较情况来确定阈值、参照值或量，如下文中进一步描述的那样，并且所确定的阈值或参照值确定标准。不同的标准可以用于表征表现型。
例如，一个标准可以基于样品中混杂的外来体群体的量。如果所述的量低于阈值或参照值，则满足标准。备选地，所述的标准可以基于外来体的量是否高于阈值或参照值。另一个标准可以为具有特定的生物学特征或生物标志物的外来体的量。如果具有特定的生物学特征或生物标志物的外来体的量低于或高于阈值或参照值，则满足标准。此外，一个标准还可以基于衍生自特定细胞类型的外来体的量。如果所述的量低于或高于阈值或参照值，则满足标准。另一个标准可以基于衍生自癌细胞或包含一种或多种癌症特异性生物标志物的外来体的量。如果所述的量低于或高于阈值或参照值，则满足标准。此外，一个标准可以为所述结果的可靠性，例如满足定性对照测量值或值。
可以根据满足至少1，2，3，4，5，6，7，8，9或10个标准来表征受试者的表现型。例如，就癌症的表征而言，可以使用多种不同的标准：1)如果受试者样品中外来体的量高于参照值；2)如果细胞类型特异性(即，衍生自特定的组织或器官)外来体的量高于参照值；以及3)如果具有一种或多种癌症特异性生物标志物的外来体的量高于参照值，则所述的受试者被诊断为患有癌症。所述的方法可以进一步包括定性对照测量法，由此，如果所述的样品满足定性对照测量法则为受试者提供了结果。
可以通过比较外来体的量、外来体的结构(使用透射电子显微镜，例如参见Hansen et al.，Journal of Biomechanics 31，Supplement 1：134-134(1)(1998)；或扫描电子显微镜)或者任何其他外来体的特征来确定生物学特征。可以使用多种方法和技术不同组合或者对一种或多种外来体进行分析来确定受试者的表现型。
外来体的特征可以包括但不限于生物标志物的存在或缺乏、拷贝数、表达水平或者活性水平。生物标志物的突变的存在(例如影响了生物标志物的活性的突变，例如取代、删除或插入突变)、变体或翻译后修饰(例如蛋白质生物标志物)可以包括但不限于酰化、乙酰化、磷酸化、遍在蛋白质化、脱乙酰作用、烷化、甲基化、氨基化、生物素化、γ-羧基化、谷氨酰胺化、糖基化、甘氨酰化、羟基化、亚铁血红素部分的共价连接、碘化、异戊二烯化、脂化、异戊稀化、GPI锚定的形成、豆蔻酰化、法尼基化、香叶酰化、核苷酸或其衍生物的共价连接、ADP-核糖基化、黄素连接、氧化、棕榈酰化、聚乙二醇化、磷脂酰肌醇的共价连接、磷酸泛酰巯基乙胺化、聚唾液酸化、焦谷氨酸的形成、通过脯氨酰异构酶的脯氨酸外消旋作用、tRNA介导的氨基酸的加入(例如精氨酰化)、硫酸盐化、硫酸基团加入到酪氨酸中，或者生物标志物的硫酸盐(selenoylation)也可以为外来体特征。
上文所述的方法还可以用于鉴定与疾病、状况或生理学状态有关的外来体生物学特征。
此外，所述的生物学特征还可以用于确定受试者是否收到癌症的折磨或者是否后处于发展成癌症的风险中。处于发展成癌症的风险中的受试者可以包括可能易于患有或者患有前症状早期阶段疾病的那些。
此外，还可以利用生物学特征来针对其他疾病提供诊断或治疗的确定性，所述的其他疾病包括但不限于自身免疫疾病，炎性肠病，阿尔茨海默氏病，帕金森氏病，多发性硬化症，脓毒症，胰腺炎，或者在图3-58中所列的任何疾病、状况或症状。
此外，所述的生物学特征还可以用于从外周血、脐带血或羊膜液(例如对Downs综合症具有特异性的miRNA特征)鉴定给定的妊娠状态，或者不利的妊娠结果，例如先兆子痫、早产、膜的早期破裂、宫内生长迟缓或反复流产。此外，所述的生物学特征还可以用于指示母亲、整个发育阶段的胎儿，植入前胚胎或新生儿的健康情况。
生物学特征可以用于前症状的诊断。此外，所述的生物学特征可以用于检测疾病，确定疾病的阶段或进程，确定疾病的复发情况，鉴定治疗方法，确定治疗方法的效力，或者评价与年纪或环境暴露有关的个体的生理学状态。
此外，监测外来体的生物学特征还可用于鉴定受试者中的毒性暴露情况，包括但不限于早期暴露或暴露于未知的或未鉴定的毒性试剂的情形。不被任何一种作用机制的特定理论所束缚，外来体被损伤细胞所释放，并在这一过程中，间隔得到了细胞的特定的内含物，包括膜成分以及吞没的细胞质内含物。暴露于毒性试剂/化学制品的细胞可以增加外来体的释放，从而排除它们的毒性试剂或新陈代谢物，由此外来体的水平增多。因此，监测外来体和/或生物学特征可以评估个体对潜在毒性试剂的应答情况。
此外，可以通过检测外来体的一种或多种特异性的抗原、结合剂、生物标志物或它们的任何组合可以使外来体用于鉴定药剂诱导的毒性或器官损伤的状态。因此，外来体或外来体的生物学特征可以用于监测个体在急性、慢性或职业性暴露于任何数量的毒性试剂中的情况，包括但不限于药剂、抗生素、工业化学制品、毒性抗生素新陈代谢物、草药、家庭化学制品以及其他有机物通过天然形成或自然合成所产生的化学制品。
此外，外来体的生物学特征可以用于鉴定状况或疾病，包括未知起源的癌症，也称为不明原发部位的癌症(CUP)。例如，可以按照之前所述的方法分离生物学样品中的外来体从而得到混杂的外来体群体。然后，将所述的混杂的外来体群体施加到涂敷有特异性结合剂的表面上，其中所述的结合剂被设计为排除或鉴定对给定细胞源具有特异性的外来体群体的抗原特异性特征。此外，按照上文所述，特异性细胞源的外来体的生物学特征可以与细胞的癌症状态有关。能够抑制受试者中的癌症的化合物可以产生变化，例如特异性细胞源外来体的生物学特征的变化，这种情况可以在一段时间内或者治疗过程中通过对细胞源的外来体进行系列分离而监测到。
备选地，外来体的生物学特征可以用于评估治疗的效力，例如化疗、放疗或者用于抑制受试者中的癌症的任何其他治疗方法。此外，外来体的生物学特征可以用于筛选测定方法中，从而鉴定对特异性细胞源外来体的生物学特征具有调节作用的候选物、测试化合物或试剂(例如蛋白质、肽、仿肽、拟肽、小分子或其他药剂)。通过所述的筛选测定方法所鉴定的化合物可以用于(例如)调节，例如，抑制、改善、治疗或预防状况或疾病。
例如，外来体的生物学特征可以得自对特定的癌症正发生成功的治疗的患者。可以对得自未使用相同的药剂进行治疗的癌症患者的细胞进行培养，并获得得自培养物的外来体以用于确定生物学特征。所述的细胞可以使用测试化合物处理，并且可以将得自所述培养物的外来体的生物学特征与得自正发生成功治疗的患者的外来体的生物学特征进行比较。可以选择得到了与正发生成功治疗的患者相似的那些外来体生物学特征的测试化合物以用于进一步的研究。
此外，特异性细胞源的外来体的生物学特征可以用于监测试剂(例如药剂化合物)在临床试验中队生物学特征的影响。此外，监测外来体生物学特征可以用于评估测试化合物的效力的方法，例如用于抑制癌细胞的测试化合物。
此外，外来体的生物学特征可以用于确定特定治疗干预(药物或非药物的)的有效性以及改变所述的干预，从而1)降低发展成不利结果的风险，2)增加干预的有效性或者3)鉴定抵抗的状体。因此，除了诊断或证实发展出疾病、状况或症状的存在情况或风险，本文所公开的方法和组合物还提供了用于优化患有所述的疾病、状况或症状的受试者的治疗系统。例如，可以通过鉴定外来体的生物学特征来确定治疗疾病、状况或症状的治疗相关性方法(通过整体诊断和治疗从而改善受试者的实时治疗)。
鉴定出外来体的生物学特征的测试方法可以用于鉴定哪位患者最适于特定的治疗，并对药剂如何良好的工作提供反馈，从而优化治疗方案。例如，在妊娠诱导的高血压和相关性状况中，治疗相关性诊断可以在一段之间内灵活地监测重要参数的变化(例如细胞因子和/或生长因子的水平)，从而优化治疗。
在如FDA，MDA，EMA，USDA和EMEA所定义的调查试剂的临床试验设定中，通过本文所公开的生物学特征而确定的治疗相关性诊断可以为优化试验设计、监测效力以及增加药剂安全性提供重要的信息。例如，就试验设计而言，治疗相关性诊断可以用于患者分层、患者资格的确定(纳入/排除)、均质治疗组的创建、以及被优化为匹配的病例对照人群的患者样品的选择。因此，所述的治疗相关性诊断可以提供了有效力的富集患者的手段，由此减少了需要试验募集所需的个体的数量。例如，就效力而言，治疗相关性诊断可以用于监测诊疗并评估效力标准。备选地，就安全性而言，治疗相关性诊断可以用于预防不利的药剂反应或避免医疗错误并监测对治疗方案的顺应性。
因此，外来体生物学特征可以用于监测药剂的效力，确定应答情况或对给定药剂的抗性，由此增加药剂的安全性。例如，在结肠癌中，外来体通常由结肠癌细胞所释放，并可以由外周血中分离，并且可以用于分离一种或多种生物标志物(例如KRASmRNA)。在mRNA生物标志物的情况下，mRNA可以反转录形成cDNA，并进行测序(例如通过Sanger测序)，从而确定是否存在赋予对抗药剂(例如西妥昔单抗或panitumimab)的突变。
在另一个实施例中，分离生物学样品中由肺癌细胞特异性地释放的外来体，并用于分离肺癌的生物标志物，例如EGFRmRNA。将EGFRmRNA加工成cDNA，并测序，从而确定是否存在EGFR突变(其显示出对特定的药剂具有抗性或应答，或者用于治疗肺癌)。
可以将一种或多种外来体的生物学特征分组，使得在特定的组中关于生物学特征的设定所获得信息能够提供用于作出临床相关性决策的合理基础，例如但不限于诊断、预后或治疗管理，例如治疗选择。
当使用多种诊断标志物时，通常需要使用足以作出正确的医学判断的最少数量的标志物。这防止了耽搁在进一步分析的治疗延误以及不适当的使用时间和资源。
此外，本文公开了为了在疾病状态、疾病阶段、进程、预后；治疗效力或选择；或者生理学状况方面将定性和定量性质(例如外来体的生物学特征)与临床结果相关联而对样品(例如血清和组织资库)实施回顾性分析的方法。此外，本文所公开的方法和组合物可用于为了在疾病状态、疾病阶段、进程、预后；治疗效力或选择；或者生理学状况方面将定性和定量的外来体生物学特征与临床结果相关联而对样品(例如在临床试验中由个体中收集的血清和/或组织)实施前瞻性分析或可实施生理条件。如本文所用，外来体的生物学特征可以为细胞源特异性的外来体。此外，生物学特征可以根据外来体表面标志物概况和/或外来体内含物(例如生物标志物)来确定。
外来体的生物学特征可以包括至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，25，30，40，50，75或100种特征。具有多于一种的外来体特征(例如至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，25，30，40，50，75或100种特征)的生物学特征可以在确定表现型方面提供更高的敏感性、特异性或这二者。例如，与评估少于多种外来体特性的情况相比，评估多种外来体特征可以提供增加的敏感性、特异性或这二者。
包含多于一种外来体特征的生物学特征可以用于以至少60，61，62，63，64，65，66，67，68，69或70％敏感性(例如以至少71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86或87％敏感性)标准表现型。例如，所述的表现型可以以至少87.1，87.2，87.3，87.4，87.5，87.6，87.7，87.8，87.9，88.0或89％敏感性(例如至少90％敏感性)来表征。所述的表现型可以以至少91，92，93，94，95，96，97，98，99或100％敏感性来表征。
所述的生物学特征可以用于以至少70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96或97％特异性(例如以至少97.1，97.2，97.3，97.4，97.5，97.6，97.7，97.8，97.8，97.9，98.0，98.1，98.2，98.3，98.4，98.5，98.6，98.7，98.8，98.9，99.0，99.1，99.2，99.3，99.4，99.5，99.6，99.7，99.8，99.9或100％特异性)表征受试者的表现型。
此外，还可以使用具有至少70％敏感性和至少80，90，95，99或100％特异性；至少75％敏感性和至少80，90，95，99或100％特异性；至少80％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少85％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少86％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少87％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少88％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少89％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少90％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少95％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少99％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；或者至少100％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性的生物学特征来表征所述的表现型。
此外，用于确定特异性、敏感性或这二者的可靠性的水平可以为至少90，91，92，93，94，95，96，97，98或99％可靠性。
生物学特征：外来体的生物标志物
外来体的生物学特征可以包含一种或多种生物标志物。外来体的生物标志物可以为存在于外来体中或外来体上的任何成分，例如任何核酸(例如RNA或DNA)、蛋白质、肽、多肽、抗原、脂质、碳水化合物或蛋白聚糖。
所述的生物学特征可以包含生物标志物(例如图1、3-60中所列的任何一种或多种生物标志物)的存在或缺乏、表达水平、突变状态、遗传变体的状态或任何修饰(例如后生修饰、翻译后修饰)。可以将生物标志物的表达水平与对照或参照相比，以确定样品中生物标志物的过表达或表达不足(上调节或下调节)。所述的对照或参照水平可以为生物标志物的量，例如对照样品(例如得自未患有或者未表现出状况或疾病的受试者的样品)中的miRNA，下文将进一步描述。
所述的核酸可以为任何RNA或DNA种类。例如，所述的生物标志物可以为mRNA，miRNA，小核仁RNA(snoRNA)，小核RNA(snRNA)，核糖体RNA(rRNA)，混杂的核RNA(hnRNA)，核糖体RNA(rRNA)，siRNA，转运RNA(tRNA)或shRNA。所述的DNA可以为双链DNA、单链DNA、互补DNA或非编码DNA。
此外，所述的生物标志物可以为多肽、肽或蛋白质，例如修饰状态、截短、突变、表达水平(与参照水平相比为过表达或表达不足)以及翻译后修饰，例如如上文所述。
外来体的生物学特征可以包括多种相同类型的生物标志物(例如两种不同的mRNA，分别对应于不同的基因)，或者一种或多种不同类型的生物标志物(例如mRNA、miRNA、蛋白质、肽、配基和抗原)。
一种或多种外来体的生物学特征可以包含选自图1、3-60中所列的纳西的至少一种生物标志物。特异性细胞源的生物学特征可以包括一种或多种生物标志物。图3-58描绘了列出了多种疾病或状况特异性生物标志物的表，其中所述的生物标志物由外来体衍生并分析得到。此外，所述的生物标志物还可以为CD24，肝素结合细胞因子，铁调素，TMPRSS2-ERG，PCA-3，PSA，EGFR，EGFRvIII，BRAF变体，MET，cKit，PDGFR，Wnt，β-连环蛋白，K-ras，H-ras，N-ras，Raf，N-myc，c-myc，IGFR，PI3K，Akt，BRCA1，BRCA2，PTEN，VEGFR-2，VEGFR-1，Tie-2，TEM-1，CD276，HER-2，HER-3或HER-4。此外，所述的生物标志物还可以为膜联蛋白V，CD63，Rab-5b，小窝蛋白或miRNA，例如let-7a；miR-15b；miR-16；miR-19b；miR-21；miR-26a；miR-27a；miR-92；miR-93；miR-320或miR-20。此外，所述的生物标志物还可以为在PCT公开No.WO2009/100029中所述的任何基因或其片段，例如表3-15中所列的那些。
在本文所公开的方法和组合物中用于评估的其他生物标志物可以包括与在Rajendran et al.，Proc Natl Acad Sci USA 2006；103：11172-11177，Taylor et al.，Gynecol Oncol 2008；110：13-21，Zhou et al.，Kidney Int2008；74：613-621，Buning et al.，Immunology 2008，Prado et al.J Immunol2008；181：1519-1525，Vella et al.(2008)Vet Immunol Immunopathol 124(3-4)：385-93，Gould et al.(2003).Proc Natl Acad Sci USA 100(19)：10592-7，Fanget al.(2007).PLoS Biol 5(6)：e158，Chen，B.J.and R.A.Lamb(2008).Virology 372(2)：221-32，Bhatnagar，S.and J.S.Schorey(2007).J Biol Chem282(35)：25779-89，Bhatnagar et al.(2007)Blood 110(9)：3234-44，Yuyama，etal.(2008).J Neurochem 105(1)：217-24，Gomes et al.(2007).Neurosci Lett428(1)：43-6，Nagahama et al.(2003).Autoimmunity 36(3)：125-31，Taylor，D.D.，S.Akyol，et al.(2006).J Immunol 176(3)：1534-42，Peche，et al.(2006).AmJ Transplant 6(7)：1541-50，Iero，M.，M.Valenti，et al.(2008).Cell Death andDifferentiation 15：80-88 Gesierich，S.，I.Berezoversuskiy，et al.(2006)，Cancer Res 66(14)：7083-94，Clayton，A.，A.Turkes，et al.(2004).Faseb J18(9)：977-9，Skriner.，K.Adolph，et al.(2006).Arthritis Rheum 54(12)：3809-14，Brouwer，R.，G.J.Pruijn，et al.(2001).Arthritis Res 3(2)：102-6，Kim，S.H.，N.Bianco，et al.(2006).Mol Ther 13(2)：289-300，Evans，C.H.，S.C.Ghivizzani，et al.(2000).Clin Orthop Relat Res(379 Suppl)：S300-7，Zhang，H.G.，C.Liu，et al.(2006).J Immunol 176(12)：7385-93，Van Niel，G.，J.Mallegol，et al.(2004).Gut 52：1690-1697，Fiasse，R.and O.Dewit(2007).Expert Opinion on Therapeutic Patents 17(12)：1423-1441(19)中公开的状况或生理学状态有关的那些。
可以由外来体衍生并分析得到的生物标志物包括但不限于miRNA(miR)和miRNA*无意(miR*)、以及其他RNA(包括但不限于mRNA，preRNA，priRNA，hnRNA，snRNA，siRNA，shRNA)的存在或缺乏、表达水平、突变(例如基因突变，如删除、易位、复制、核苷酸或氨基酸取代等)，DNA，蛋白质，肽和配基。此外，还可以分析生物标志物的任何后生调控或拷贝数变化。miRNA生物标志物不仅包括其miRNA和微小RNA*无意，而且包括其前体分子：pri-微小RNA(pri-miRs)和pre-微小RNAs(pre-miRs)也作为生物标志物包括在内。miRNA的序列可以得自公开可得的数据库，例如http://www.mirbase.org/，http://www.microrna.org/，或者任何其他可得的数据库。
由外来体分析得到的一种或多种生物标志物可以为特定组织或细胞源、疾病或生理学状态的指示，如下文进一步描述。此外，本文所述的一种或多种生物标志物的存在、缺乏或表达水平可以与受试者的表现型(包括疾病、状况、预后或药剂效力)有关。下文所列的特异性生物标志物和生物学特征构成了各种疾病、状况比较、状况和/或生理学状态的非包括性实例。此外，针对表现型所评估的一种或多种生物标志物可以为细胞源特异性的外来体，例如上文所述的那些。
用于表征表现型的一种或多种miRNA可以选自在PCT公开No.WO2009/036236中所述的那些。例如，在表I-VI(图6-11)中所列的一种或多种miRNA可以用于表征结肠腺癌，结肠直肠癌，前列腺癌，肺癌，乳腺癌，b-细胞淋巴瘤，胰腺癌，弥漫性大B细胞淋巴瘤，CLL，膀胱癌，肾癌，缺氧肿瘤，子宫肌瘤，卵巢癌，肝炎C病毒相关性肝细胞癌，ALL，阿尔茨海默氏病，骨髓纤维变性，骨髓纤维变性，真性红细胞增多症，血小板增多症，HIV或HIV-I潜伏，本文中进一步描述。
可以在血浆外来体中检测一种或多种miRNA。所述的一种或多种miRNA可以为miR-223，miR-484，miR-191，miR-146a，miR-016，miR-026a，miR-222，miR-024，miR-126和miR-32。此外，还可以在PBMC中检测一种或多种miRNA。所述的一种或多种miRNA可以为miR-223，miR-150，miR-146b，miR-016，miR-484，miR-146a，miR-191，miR-026a，miR-019b或miR-020a。所述的一种或多种miRNA可以用于表征特定的疾病或状况。例如，对于疾病膀胱癌而言，可以检测一种或多种miRNA，例如miR-223，miR-26b，miR-221，miR-103-1，miR-185，miR-23b，miR-203，miR-17-5p，miR-23a，miR-205或它们的任何组合。所述的一种或多种miRNA可以被上调节或过表达。
在某些实施方案中，所述的一种或多种miRNA可以用于表征缺氧肿瘤。所述的一种或多种miRNA可以为miR-23，miR-24，miR-26，miR-27，miR-103，miR-107，miR-181，miR-210或miR-213，并且可以上调节。此外，一种或多种miRNA还可以用于表征子宫肌瘤。例如，可以用于表征子宫肌瘤的一种或多种miRNA可以为let-7家族的成员，miR-21，miR-23b，miR-29b或miR-197。所述的miRNA可以被上调节。
此外，还可以通过一种或多种miRNA表征骨髓纤维变性，其中所述的miRNA例如有：miRNA，其可以被上调节；miR-31，miR-150和miR-95，其可以被下调解；或者它们的组合。此外，还可以通过检测一种或多种miRNA来表征骨髓纤维变性、真性红细胞增多症或血小板增多症，其中所述的miRNA例如但不限于miR-34a，miR-342，miR-326，miR-105，miR-149，miR-147或者它们的组合。所述的一种或多种miRNA可以被下调节。
可以通过评估外来体的一种或多种生物标志物来表征的表现型的其他实例在下文中进一步描述。
可以通过探针检测一种或多种生物标志物。探针可以包括寡核苷酸(例如DNA或RNA)，适配体，单克隆抗体，多克隆抗体，Fabs，Fab′，单链抗体，合成抗体，拟肽，zDNA，肽核酸(PNA)，锁核酸(LNA)，外源凝集素，合成或天然形成的化学化合物(包括但不限于药剂或标记试剂)，枝状物或它们的任何组合。可以通过(例如)直接标记来直接检测所述的探针，或者通过(例如)标记试剂来间接检测所述的探针。所述的探针可以选择性地与生物标志物杂交。例如，作为寡核苷酸的探针可以选择性地与miRNA生物标志物杂交。
乳腺癌
乳腺癌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图3中所列的那些。
可以评估一种或多种乳腺癌特异性生物标志物，从而提高乳腺癌特异性外来体生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，包括但不限于miR-21，miR-155，miR-206，miR-122a，miR-210，miR-21，miR-21，miR-155，miR-206，miR-122a，miR-210或miR-21或者它们的任何组合。
此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于let-7，miR-10b，miR-125a，miR-125b，miR-145，miR-143，miR-145，miR-16，let-7，let-7，let-7，miR-10b，miR-125a，miR-125b，miR-145或它们的任何组合。
可以分析的mRNA可以包括但不限于ER，PR，HER2，MUC1，EGFR或它们的任何组合。此外，突变(包括但不限于与KRAS，B-Raf，CYP2D6或者它们的任何组合有关的那些)还可以用作得自乳腺癌外来体的特异性生物标志物。此外，可以用作得自乳腺癌特异性外来体的生物标志物的蛋白质、配基或肽包括但不限于hsp70，MART-1，TRP，HER2，hsp70，MART-1，TRP，HER2，ER，PR，III类b-微管蛋白，VEGFA或它们的任何组合。此外，可以用作乳腺癌的外来体生物标志物的snoRNA包括但不限于GAS5。此外，基因融合ETV6-NTRK3还可以用作乳腺癌的生物标志物。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种乳腺癌特异性生物标志物，例如ETV6-NTRK3；或者图3和图1中所列的乳腺癌的生物标志物。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种乳腺癌特异性生物标志物，例如ETV6-NTRK3；或者图3和图1中所列的乳腺癌的生物标志物。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体基本上为均质的乳腺癌特异性外来体、或者包含一种或多种乳腺癌特异性生物标志物(例如ETV6-NTRK3)或图3和图1中所列的乳腺癌的生物标志物的外来体。
此外，还可以通过本文所述的用于表征乳腺癌的一种或多种系统来检测一种或多种乳腺癌特异性生物标志物(例如ETV6-NTRK3)或图3和图1中所列的乳腺癌的生物标志物。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种乳腺癌特异性生物标志物(例如ETV6-NTRK3)或图3和图1中所列的乳腺癌的生物标志物。
卵巢癌
得自外来体的卵巢癌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图4中所列的那些，并且可以用于创建卵巢癌特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-200a，miR-141，miR-200c，miR-200b，miR-21，miR-141，miR-200a，miR-200b，miR-200c，miR-203，miR-205，miR-214，miR-199*，miR-215或它们的任何组合。此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-199a，miR-140，miR-145，miR-100，miR-let-7聚簇，miR-125b-1或它们的任何组合。可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于ERCC1，ER，TOPO1，TOP2A，AR，PTEN，HER2/neu，CD24，EGFR或它们的任何组合。
外来体中可以评估的卵巢癌生物标志物突变包括但不限于KRAS突变、B-Raf突变或者卵巢癌特异性的突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于VEGFA，VEGFR2，HER2或它们的任何组合。此外，所分离或测定的外来体可以为卵巢癌细胞特异性的或者是衍生自卵巢癌细胞的。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种卵巢癌特异性生物标志物，例如CD24；或者图4和图1中所列的卵巢癌的那些生物标志物。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种卵巢癌特异性生物标志物，例如CD24；或者图4和图1中所列的卵巢癌的那些生物标志物。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体基本上为均质的卵巢癌特异性外来体、或者包含一种或多种卵巢癌特异性生物标志物(例如CD24)或图4和图1中所列的卵巢癌的那些生物标志物的外来体。
此外，还可以通过本文所述的用于表征卵巢癌的一种或多种系统来检测一种或多种卵巢癌特异性生物标志物(例如CD24)或图4和图1中所列的卵巢癌的那些生物标志物。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种卵巢癌特异性生物标志物(例如CD24)或图4和图1中所列的卵巢癌的那些生物标志物。
肺癌
得自外来体的肺癌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图5中所列的那些，并且可以用于创建肺癌特异性外来体的生物学特征。
所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-21，miR-205，miR-221(保护性)，let-7a(保护性)，miR-137(危险性)，miR-372(危险性)，miR-122a(危险性)或它们的任何组合。所述的生物学特征可以包括一种或多种上调节的或过表达的miRNA，例如miR-17-92，miR-19a，miR-21，miR-92，miR-155，miR-191，miR-205或miR-210；一种或多种下调节或表达不足的miRNA，例如miR-let-7，或它们的任何组合。
可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于EGFR，PTEN，RRM1，RRM2，ABCB1，ABCG2，LRP，VEGFR2，VEGFR3，III类b-微管蛋白或它们的任何组合。
外来体中可以评估的肺癌生物标志物突变包括但不限于EGFR，KRAS，B-Raf，UGT1A1突变；或者肺癌特异性的突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于KRAS，hENT1或它们的任何组合。
此外，所述的生物标志物还可以为。肝素结合细胞因子(MK或MDK)。此外，所分离或测定的外来体可以为肺癌细胞特异性的或者是衍生自肺癌细胞的。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种肺癌特异性生物标志物，例如RLF-MYCL1，TGF-ALK或CD74-ROS1；或者图5和图1中所列的肺癌的那些生物标志物。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种肺癌特异性生物标志物，例如RLF-MYCL1，TGF-ALK或CD74-ROS1；或者图5和图1中所列的肺癌的那些生物标志物。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体基本上为均质的肺癌特异性外来体、或者包含一种或多种肺癌特异性生物标志物(例如RLF-MYCL1，TGF-ALK或CD74-ROS1)或图5和图1中所列的肺癌的那些生物标志物的外来体。
此外，还可以通过本文所述的用于表征肺癌的一种或多种系统来检测一种或多种肺癌特异性生物标志物(例如RLF-MYCL1，TGF-ALK或CD74-ROS1)或图5和图1中所列的肺癌的那些生物标志物。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种肺癌特异性生物标志物(例如RLF-MYCL1，TGF-ALK或CD74-ROS1)或图5和图1中所列的肺癌的那些生物标志物。
结肠癌
得自外来体的结肠癌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图6中所列的那些，并且可以用于创建结肠癌特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-24-1，miR-29b-2，miR-20a，miR-10a，miR-32，miR-203，miR-106a，miR-17-5p，miR-30c，miR-223，miR-126，mR-128b，miR-21，miR-24-2，miR-99b，miR-155，miR-213，miR-150，miR-107，miR-191，miR-221，miR-20a，miR-510，miR-92，miR-513，miR-19a，miR-21，miR-20，miR-183，miR-96，miR-135b，miR-31，miR-21，miR-92，miR-222，miR-181b，miR-210，miR-20a，miR-106a，miR-93，miR-335，miR-338，miR-133b，miR-346，miR-106b，miR-153a，miR-219，miR-34a，miR-99b，miR-185，miR-223，miR-211，miR-135a，miR-127，miR-203，miR-212，miR-95，miR-17-5p或它们的任何组合。此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如miR-143，miR-145，miR-143，miR-126，miR-34b，miR-34c，let-7，miR-9-3，miR-34a，miR-145，miR-455，miR-484，miR-101，miR-145，miR-133b，miR-129，miR-124a，miR-30-3p，miR-328，miR-106a，miR-17-5p，miR-342，miR-192，miR-1，miR-34b，miR-215，miR-192，miR-301，miR-324-5p，miR-30a-3p，miR-34c，miR-331，miR-148b或它们的任何组合。
所述的一种或多种生物标志物可以为上调节的或过表达的miRNA(例如miR-20a，miR-21，miR-106a，miR-181b或miR-203)以用于标准结肠腺癌。所述的一种或多种生物标志物可以用于表征结肠直肠癌，例如上调节或过表达miRNA(该miRNA选自miR-19a，miR-21，miR-127，miR-31，miR-96，miR-135b和miR-183)；下调节或表达不足miRNA(例如miR-30c，miR-133a，mirl43，miR-133b，miR-145或它们的任何组合)。
可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于EFNB1，ERCC1，HER2，VEGF，EGFR或它们的任何组合。外来体中可以评估的结肠癌生物标志物突变包括但不限于EGFR，KRAS，VEGFA，B-Raf，APC或p53突变；或者结肠癌特异性的突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于AFRs，Rabs，ADAM10，CD44，NG2，蝶素-B1，MIF，b-连环蛋白，接合，盘状球蛋白，半乳凝集素-4，RACK1，四次跨膜超家族-8，FasL，TRAIL，A33，CEA，EGFR，二肽酶1，hsc-70，四次跨膜超家族，ESCRT，TS，PTEN，TOPO1或它们的任何组合。此外，所分离或测定的外来体可以为结肠癌细胞特异性的或者是衍生自结肠癌细胞的。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种结肠癌特异性生物标志物，例如图6和图1中所列的结肠癌的那些生物标志物。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种结肠癌特异性生物标志物，例如图6和图1中所列的结肠癌的那些生物标志物。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体基本上为均质的结肠癌特异性外来体、或者包含一种或多种结肠癌特异性生物标志物(例如图6和图1中所列的结肠癌的那些生物标志物)的外来体。
此外，还可以通过本文所述的用于表征结肠癌的一种或多种系统来检测一种或多种结肠癌特异性生物标志物(例如图6和图1中所列的结肠癌的那些生物标志物)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种结肠癌特异性生物标志物(例如图6和图1中所列的结肠癌的那些生物标志物)。
腺瘤与增生性息肉
得自外来体的腺瘤与增生性息肉特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽或者它们的任何组合，例如图7中所列的那些，并且可以用于创建腺瘤与增生性息肉特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于ABCA8，KIAA1199，GCG，MAMDC2，C2orf32，229670_at，IGF1，PCDH7，PRDX6，PCNA，COX2，MUC6或它们的任何组合。
外来体中可以评估的用于区分腺瘤与增生性息肉的生物标志物突变包括但不限于KRAS突变、B-Raf突变或者特异性地区分腺瘤与增生性息肉的突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于hTERT。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种用于区分腺瘤和增生性息肉的特异性生物标志物，例如图7中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种用于区分腺瘤和增生性息肉的特异性生物标志物，例如图7中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为用于区分腺瘤和增生性息肉的基本上均质的一种或多种特异性生物标志物，例如图7中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于区分腺瘤和增生性息肉的一种或多种系统来检测用于区分腺瘤和增生性息肉的一种或多种特异性生物标志物(例如图7中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的、用于区分腺瘤和增生性息肉的一种或多种特异性生物标志物(例如图7中所列的那些)。
肠易激疾病(IBD)
得自外来体的IBD与正常的生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图8中所列的那些，并且可以用于创建IBD与正常的特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于REG1A，MMP3或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种用于区分IBD与正常样品的特异性生物标志物，例如图8中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种用于区分IBD与正常样品的特异性生物标志物，例如图8中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为用于区分IBD与正常样品的基本上均质的一种或多种特异性生物标志物，例如图8中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于区分IBD和正常样品的一种或多种系统来检测用于区分IBD和正常样品的一种或多种特异性生物标志物(例如图8中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的、用于区分IBD和正常样品的一种或多种特异性生物标志物(例如图8中所列的那些)。
腺瘤与结肠直肠癌(CRC)
得自外来体的腺瘤与CRC特异性的生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图9中所列的那些，并且可以用于创建腺瘤与CRC特异性的特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于GREM1，DDR2，GUCY1A3，TNS1，ADAMTS1，FBLN1，FLJ38028，RDX，FAM129A，ASPN，FRMD6，MCC，RBMS1，SNAI2，MEIS1，DOCK10，PLEKHC1，FAM126A，TBC1D9，VWF，DCN，ROBO1，MSRB3，LATS2，MEF2C，IGFBP3，GNB4，RCN3，AKAP12，RFTN1，226834_at，COL5A1，GNG2，NR3C1*，SPARCL1，MAB21L2，AXIN2，236894_at，AEBP1，AP1S2，C10orf56，LPHN2，AKT3，FRMD6，COL15A1，CRYAB，COL14A1，LOC286167，QKI，WWTR1，GNG11，PAPPA，ELDT1或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种用于区分腺瘤和CRC的特异性生物标志物，例如图9中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种用于区分腺瘤和CRC的特异性生物标志物，例如图9中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为用于区分腺瘤和CRC的基本上均质的一种或多种特异性生物标志物，例如图9中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于区分腺瘤和CRC的一种或多种系统来检测用于区分腺瘤和CRC的一种或多种特异性生物标志物(例如图9中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的、用于区分腺瘤和CRC的一种或多种特异性生物标志物(例如图9中所列的那些)。
IBD与CRC
得自外来体的IBD与CRC特异性的生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图10中所列的那些，并且可以用于创建IBD与CRC的特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于227458_at，INDO，CXCL9，CCR2，CD38，RARRES3，CXCL10，FAM26F，TNIP3，NOS2A，CCRL1，TLR8，IL18BP，FCRL5，SAMD9L，ECGF1，TNFSF13B，GBP5，GBP1或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种用于区分IBD与CRC的特异性生物标志物，例如图10中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种用于区分IBD与CRC的特异性生物标志物，例如图10中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为用于区分IBD与CRC的基本上均质的一种或多种特异性生物标志物，例如图10中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于区分IBD与CRC的一种或多种系统来检测用于区分IBD与CRC的一种或多种特异性生物标志物(例如图10中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的、用于区分IBD与CRC的一种或多种特异性生物标志物(例如图10中所列的那些)。
CRC Dukes B与Dukes C-D
得自外来体的CRC Dukes B与Dukes C-D特异性的生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图11中所列的那些，并且可以用于创建CRC Dukes B与Dukes C-D的特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于TMEM37*，IL33，CA4，CCDC58，CLIC6，VERSUSNL1，ESPN，APCDD1，C13orf18，CYP4X1，ATP2A3，LOC646627，MUPCDH，ANPEP，C1orf115，HSD3B2，GBA3，GABRB2，GYLTL1B，LYZ，SPC25，CDKN2B，FAM89A，MOGAT2，SEMA6D，229376_at，TSPAN5，IL6R，SLC26A2或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种用于区分CRC Dukes B与Dukes C-D的特异性生物标志物，例如图11中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种用于区分CRCDukes B与Dukes C-D的特异性生物标志物，例如图11中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为用于区分CRC Dukes B与Dukes C-D的基本上均质的一种或多种特异性生物标志物，例如图11中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于区分CRC Dukes B与Dukes C-D的一种或多种系统来检测用于区分CRC Dukes B与Dukes C-D的一种或多种特异性生物标志物(例如图11中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的、用于区分CRC Dukes B与Dukes C-D的一种或多种特异性生物标志物(例如图11中所列的那些)。
具有低级发育异常的腺瘤与具有高级发育异常的腺瘤
得自外来体的具有低级发育异常的腺瘤与具有高级发育异常的腺瘤特异性的生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图12中所列的那些，并且可以用于创建具有低级发育异常的腺瘤与具有高级发育异常的腺瘤的特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于SI，DMBT1，CFI*，AQP1，APOD，TNFRSF17，CXCL10，CTSE，IGHA1，SLC9A3，SLC7A1，BATF2，SOCS1，DOCK2，NOS2A，HK2，CXCL2，IL15RA，POU2AF1，CLEC3B，ANI3BP，MGC13057，LCK*，C4BPA，HOXC6，GOLT1A，C2orf32，IL10RA，，240856_at，SOCS3，，MEIS3P1，HIPK1，GLS，CPLX1，236045_x_at，GALC，AMN，CCDC69，CCL28，CPA3，TRIB2，HMGA2，PLCL2，NR3C1，EIF5A，LARP4，RP5-1022P6.2，PHLDB2，FKBP1B，INDO，CLDN8，CNTN3，PBEF1，SLC16A9，CDC25B，TPSB2，PBEF1，ID4，GJB5，CHN2，LIMCH1，CXCL9或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种用于区分具有低级发育异常的腺瘤与具有高级发育异常的腺瘤的特异性生物标志物，例如图12中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种用于区分具有低级发育异常的腺瘤与具有高级发育异常的腺瘤的特异性生物标志物，例如图12中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为用于区分具有低级发育异常的腺瘤与具有高级发育异常的腺瘤的基本上均质的一种或多种特异性生物标志物，例如图12中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于区分具有低级发育异常的腺瘤与具有高级发育异常的腺瘤的一种或多种系统来检测用于区分具有低级发育异常的腺瘤与具有高级发育异常的腺瘤的一种或多种特异性生物标志物(例如图12中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的、用于区分具有低级发育异常的腺瘤与具有高级发育异常的腺瘤的一种或多种特异性生物标志物(例如图12中所列的那些)。
溃疡性结肠炎(UC)与Crohn疾病(CD)
得自外来体的溃疡性结肠炎(UC)与Crohn疾病(CD)特异性的生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图13中所列的那些，并且可以用于创建UC与CD的特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于IFITM1，IFITM3，STAT1，STAT3，TAP1，PSME2，PSMB8，HNF4G，KLF5，AQP8，APT2B1，SLC16A，MFAP4，CCNG2，SLC44A4，DDAH1，TOB1，231152_at，MKNK1，CEACAM7*，1562836_at，CDC42SE2，PSD3，，231169_at，IGL*，GSN，GPM6B，CDV3*，PDPK1，ANP32E，ADAM9，CDH1，NLRP2，215777_at，OSBPL1，VNN1，RABGAP1L，PHACTR2，ASH1L，213710_s_at，CDH1，NLRP2，215777_at，OSBPL1，VNN1，RABGAP1L，PHACTR2，ASH1，213710_s_at，ZNF3，FUT2，IGHA1，EDEM1，GPR171，229713_at，LOC643187，FLVCR1，SNAP23*，ETNK1，LOC728411，POSTN，MUC12，HOXA5，SIGLEC1，LARP5，PIGR，SPTBN1，UFM1，C6orf62，WDR90，ALDH1A3，F2RL1，IGHV1-69，DUOX2，RAB5A或CP；或者它们的任何组合也都可以用作得自外来体的UC与CD的特异性生物标志物。
外来体中可以评估的用于区分UC与CD的生物标志物突变包括但不限于CARD15突变或者特异性地区分UC与CD的突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于(P)ASCA。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种用于区分UC与CD的特异性生物标志物，例如图13中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种用于区分UC与CD的特异性生物标志物，例如图13中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为用于区分UC与CD的基本上均质的一种或多种特异性生物标志物，例如图13中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于区分UC与CD的一种或多种系统来检测用于区分UC与CD的一种或多种特异性生物标志物(例如图13中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的、用于区分UC与CD的一种或多种特异性生物标志物(例如图13中所列的那些)。
增生性息肉
得自外来体的增生性息肉与正常情况的特异性的生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图14中所列的那些，并且可以用于创建增生性息肉与正常情况的特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于SLC6A14，ARHGEF10，ALS2，IL1RN，SPRY4，PTGER3，TRIM29，SERPINB5，1560327_at，ZAK，BAG4，TRIB3，TTL，FOXQ1或任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种增生性息肉的特异性生物标志物，例如图14中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种增生性息肉的特异性生物标志物，例如图14中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体基本上为均质的增生性息肉特异性外来体、或者包含一种或多种增生性息肉特异性生物标志物(例如图14中所列的那些)的外来体。
此外，还可以通过本文所述的用于表征增生性息肉的一种或多种系统来检测一种或多种增生性息肉的特异性生物标志物(例如图14中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测图14中所列的一种或多种生物标志物。生物学样品的一种或多种外来体的一种或多种增生性特异性生物标志物(例如图14中所列的那些)。
具有低级发育异常的腺瘤与正常情况
得自外来体的具有低级发育异常的腺瘤与正常情况的特异性的生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图15中所列的那些，并且可以用于创建具有低级发育异常的腺瘤与正常情况的特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的RNA包括但不限于UGT2A3，KLK11，KIAA1199，FOXQ1，CLDN8，ABCA8，PYY或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的具有低级发育异常与正常情况的特异性生物标志物。此外，可以用于具有低级发育异常与正常情况的外来体生物标志物的snoRNA可以包括但不限于GAS5。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种用于区分具有低级发育异常的腺瘤与正常情况的特异性生物标志物，例如图15中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种用于区分具有低级发育异常的腺瘤与正常情况的特异性生物标志物，例如图15中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为用于区分具有低级发育异常的腺瘤与正常情况的基本上均质的一种或多种特异性生物标志物，例如图15中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于区分具有低级发育异常的腺瘤与正常情况的一种或多种系统来检测用于区分具有低级发育异常的腺瘤与正常情况的一种或多种特异性生物标志物(例如图15中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的、用于区分具有低级发育异常的腺瘤与正常情况的一种或多种特异性生物标志物(例如图15中所列的那些)。
腺瘤与正常情况
得自外来体的腺瘤与正常情况的特异性的生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图16中所列的那些，并且可以用于创建腺瘤与正常情况的特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种RNA包括但不限于KIAA1199，FOXQ1，CA7或它们的任何组合。可以用作得自外来体的生物标志物(其对腺瘤与正常情况具有特异性)的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于丛生蛋白。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种用于区分具有腺瘤与正常情况的特异性生物标志物，例如图16中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种用于区分腺瘤与正常情况的特异性生物标志物，例如图16中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为用于区分腺瘤与正常情况的基本上均质的一种或多种特异性生物标志物，例如图16中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于区分腺瘤与正常情况的一种或多种系统来检测用于区分腺瘤与正常情况的一种或多种特异性生物标志物(例如图16中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的、用于区分腺瘤与正常情况的一种或多种特异性生物标志物(例如图16中所列的那些)。
CRC与正常情况
得自外来体的CRC与正常情况的特异性的生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图17中所列的那些，并且可以用于创建CRC与正常情况的特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于VWF，IL8，CHI3L1，S100A8，GREM1，ODC或它们的任何组合，并且可以用于得自外来体的CRC与正常情况的特异性生物标志物。
外来体中可以评估的用于CRC与正常情况的生物标志物突变包括但不限于KRAS，BRAF，APC，MSH2或MLH1突变；或者特异性地区分CRC与正常情况的突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于细胞角蛋白13，钙依赖磷酸酶，CHK1，网格蛋白轻链，磷酸-ERK，磷酸-PTK2，MDM2或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种用于区分CRC与正常情况的特异性生物标志物，例如图17中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种用于区分CRC与正常情况的特异性生物标志物，例如图17中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为用于区分CRC与正常情况的基本上均质的一种或多种特异性生物标志物，例如图17中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于区分CRC与正常情况的一种或多种系统来检测用于区分CRC与正常情况的一种或多种特异性生物标志物(例如图17中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的、用于区分CRC与正常情况的一种或多种特异性生物标志物(例如图17中所列的那些)。
良性前列腺增生(BPH)
得自外来体的良性前列腺增生(BPH)的特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图18中所列的那些，并且可以用于创建BPH的特异性外来体的生物学特征。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于完整的纤维连接蛋白。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种BPH特异性生物标志物，例如图18和图1中所列的BPH的那些生物标志物。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种BPH特异性生物标志物，例如图18和图1中所列的BPH的那些生物标志物。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的BPH特异性外来体、或者包含一种或多种BPH特异性生物标志物的外来体，例如图18和图1中所列的BPH的那些生物标志物。
此外，还可以通过本文所述的用于表征BPH的一种或多种系统来检测一种或多种BPH特异性生物标志物(例如图18和图1中所列的BPH的那些生物标志物)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种BPH特异性生物标志物(例如图18和图1中所列的BPH的那些生物标志物)。
前列腺癌
得自外来体的前列腺癌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图19中所列的那些，并且可以用于创建前列腺癌特异性外来体的生物学特征。例如，前列腺癌的生物学特征可以包括miR-9，miR-21，miR-141，miR-370，miR-200b，miR-210，miR-155或miR-196a。在某些实施方案中，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-202，miR-210，miR-296，miR-320，miR-370，miR-373，miR-498，miR-503，miR-184，miR-198，miR-302c，miR-345，miR-491，miR-513，miR-32，miR-182，miR-31，miR-26a-1/2，miR-200c，miR-375，miR-196a-1/2，miR-370，miR-425，miR-425，miR-194-1/2，miR-181a-1/2，miR-34b，let-7i，miR-188，miR-25，miR-106b，miR-449，miR-99b，miR-93，miR-92-1/2，miR-125a，miR-141或它们的任何组合。
此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于let-7a，let-7b，let-7c，let-7d，let-7g，miR-16，miR-23a，miR-23b，miR-26a，miR-92，miR-99a，miR-103，miR-125a，miR-125b，miR-143，miR-145，miR-195，miR-199，miR-221，miR-222，miR-497，let-7f，miR-19b，miR-22，miR-26b，miR-27a，miR-27b，miR-29a，miR-29b，miR-30_5p，miR-30c，miR-100，miR-141，miR-148a，miR-205，miR-520h，miR-494，miR-490，miR-133a-1，miR-1-2，miR-218-2，miR-220，miR-128a，miR-221，miR-499，miR-329，miR-340，miR-345，miR-410，miR-126，miR-205，miR-7-1/2，miR-145，miR-34a，miR-487，et-7b或它们的任何组合。所述的生物学特征可以包括上调节或过表达的miR-21；下调节或表达不足的miR-15a，miR-16-1，miR-143或miR-145；或它们的任何组合。
可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于AR，PCA3或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的前列腺癌的特异性生物标志物。
外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于FASLG、TNFSF10或它们的任何组合。此外，所分离或测定的外来体可以为前列腺癌细胞特异性的，或者衍生自前列腺癌细胞的。此外，可以用作前列腺癌的外来体生物标志物的snoRNA可以包括但不限于U50。前列腺癌的生物学特征的实例在下文中进一步描述。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种前列腺癌特异性生物标志物，例如ACSL3-ETV1，C15ORF21-ETV1，FLJ35294-ETV1，HERV-ETV1，TMPRSS2-ERG，TMPRSS2-ETV1/4/5，TMPRSS2-ETV4/5，SLC5A3-ERG，SLC5A3-ETV1，SLC5A3-ETV5或KLK2-ETV4；或者图19、60以及图1中所列的前列腺癌的那些生物标志物。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种前列腺癌特异性生物标志物，例如ACSL3-ETV1，C15ORF21-ETV1，FLJ35294-ETV1，HERV-ETV1，TMPRSS2-ERG，TMPRSS2-ETV1/4/5，TMPRSS2-ETV4/5，SLC5A3-ERG，SLC5A3-ETV1，SLC5A3-ETV5或KLK2-ETV4；或者图19、60以及图1中所列的前列腺癌的那些生物标志物。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的前列腺癌特异性外来体、或者包含一种或多种前列腺癌特异性生物标志物的外来体，例如ACSL3-ETV1，C15ORF21-ETV1，FLJ35294-ETV1，HERV-ETV1，TMPRSS2-ERG，TMPRSS2-ETV1/4/5，TMPRSS2-ETV4/5，SLC5A3-ERG，SLC5A3-ETV1，SLC5A3-ETV5或KLK2-ETV4；或者图19、60以及图1中所列的前列腺癌的那些生物标志物。
此外，还可以通过本文所述的用于表征前列腺癌的一种或多种系统来检测一种或多种前列腺癌特异性生物标志物(例如ACSL3-ETV1，C15ORF21-ETV1，FLJ35294-ETV1，HERV-ETV1，TMPRSS2-ERG，TMPRSS2-ETV1/4/5，TMPRSS2-ETV4/5，SLC5A3-ERG，SLC5A3-ETV1，SLC5A3-ETV5或KLK2-ETV4；或者图19、60以及图1中所列的前列腺癌的那些生物标志物)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种前列腺癌特异性生物标志物(例如ACSL3-ETV1，C15ORF21-ETV1，FLJ35294-ETV1，HERV-ETV1，TMPRSS2-ERG，TMPRSS2-ETV1/4/5，TMPRSS2-ETV4/5，SLC5A3-ERG，SLC5A3-ETV1，SLC5A3-ETV5或KLK2-ETV4；或者图19、60以及图1中所列的前列腺癌的那些生物标志物)。
黑素瘤
得自外来体的黑素瘤特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图20中所列的那些，并且可以用于创建黑素瘤特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-19a，miR-144，miR-200c，miR-211，miR-324-5p，miR-331，miR-374或它们的任何组合。此外，所述的生物学特征还可以包括表达不足的miRs，例如但不限于miR-9，miR-15a，miR-17-3p，miR-23b，miR-27a，miR-28，miR-29b，miR-30b，miR-31，miR-34b，miR-34c，miR-95，miR-96，miR-100，miR-104，miR-105，miR-106a，miR-107，miR-122a，miR-124a，miR-125b，miR-127，miR-128a，miR-128b，miR-129，miR-135a，miR-135b，miR-137，miR-138，miR-139，miR-140，miR-141，miR-149，miR-154，miR-154#3，miR-181a，miR-182，miR-183，miR-184，miR-185，miR-189，miR-190，miR-199，miR-199b，miR-200a，miR-200b，miR-204，miR-213，miR-215，miR-216，miR-219，miR-222，miR-224，miR-299，miR-302a，miR-302b，miR-302c，miR-302d，miR-323，miR-325，let-7a，let-7b，let-7d，let-7e，let-7g或它们的任何组合。
可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于MUM-1，beta-连环蛋白，Nop/5/Sik或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的黑素瘤的特异性生物标志物。
外来体中可以评估的黑素瘤的生物标志物突变包括但不限于CDK4突变；或者黑素瘤特异性突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于DUSP-1，Alix，hsp70，Gib2，Gia，膜突蛋白，GAPDH，苹果酸脱氢酶，p120连环蛋白，PGRL，突触融合蛋白结合蛋白质1&2，胞裂蛋白-2，包含重复WD的蛋白质1或它们的任何组合。可以用作黑素瘤的外来体生物标志物的snoRNA包括但不限于H/ACA(U107f)，SNORA11D或它们的任何组合。此外，所分离或测定的外来体可以为黑素瘤细胞特异性的，或者衍生自黑素瘤细胞的。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种黑素瘤特异性生物标志物，例如图20和图1中所列的黑素瘤的那些生物标志物。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种黑素瘤特异性生物标志物，例如图20和图1中所列的黑素瘤的那些生物标志物。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的黑素瘤特异性外来体、或者包含一种或多种黑素瘤特异性生物标志物的外来体，例如图20和图1中所列的黑素瘤的那些生物标志物。
此外，还可以通过本文所述的用于表征黑素瘤的一种或多种系统来检测一种或多种黑素瘤特异性生物标志物(例如图20和图1中所列的黑素瘤的那些生物标志物)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种癌症特异性生物标志物(例如图20和图1中所列的黑素瘤的那些生物标志物)。
胰腺癌
得自外来体的胰腺癌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图21中所列的那些，并且可以用于创建胰腺癌特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-221，miR-181a，miR-155，miR-210，miR-213，miR-181b，miR-222，miR-181b-2，miR-21，miR-181b-1，miR-220，miR-181d，miR-223，miR-100-1/2，miR-125a，miR-143，miR-10a，miR-146，miR-99，miR-100，miR-199a-1，miR-10b，miR-199a-2，miR-221，miR-181a，miR-155，miR-210，miR-213，miR-181b，miR-222，miR-181b-2，miR-21，miR-181b-1，miR-181c，miR-220，miR-181d，miR-223，miR-100-1/2，miR-125a，miR-143，miR-10a，miR-146，miR-99，miR-100，miR-199a-1，miR-10b，miR-199a-2，miR-107，miR-103，miR-103-2，miR-125b-1，miR-205，miR-23a，miR-221，miR-424，miR-301，miR-100，miR-376a，miR-125b-1，miR-21，miR-16-1，miR-181a，miR-181c，miR-92，miR-15，miR-155，let-7f-1，miR-212，miR-107，miR-024-1/2，miR-18a，miR-31，miR-93，miR-224，let-7d或它们的任何组合。
此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-148a，miR-148b，miR-375，miR-345，miR-142，miR-133a，miR-216，miR-217，miR-139或它们的任何组合。可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于PSCA，间皮素，骨桥蛋白或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的胰腺癌的特异性生物标志物。
外来体中可以评估的胰腺癌的生物标志物突变包括但不限于KRAS，CTNNLB1，AKT，NCOA3或B-RAF突变；或者胰腺癌特异性突变的任何组合。此外，所述的生物标志物还可以为BRCA2，PALB2或p16。此外，所分离或测定的外来体可以为胰腺癌细胞特异性的，或者衍生自胰腺癌细胞的。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种胰腺癌特异性生物标志物，例如图21所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种胰腺癌特异性生物标志物，例如图21中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的胰腺癌特异性外来体、或者包含一种或多种胰腺癌特异性生物标志物的外来体，例如图21中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征胰腺癌的一种或多种系统来检测一种或多种胰腺癌特异性生物标志物(例如图21中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种胰腺癌特异性生物标志物(例如图21中所列的那些)。
脑癌
得自外来体的脑癌(包括但不限于神经胶质瘤，成胶质细胞瘤，脑膜瘤，听神经瘤/神经鞘瘤，成神经管细胞瘤)特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图22中所列的那些，并且可以用于创建脑癌特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-21，miR-10b，miR-130a，miR-221，miR-125b-1，miR-125b-2，miR-9-2，miR-21，miR-25，miR-123或它们的任何组合。
此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-128a，miR-181c，miR-181a，miR-181b或它们的任何组合。可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于MGMT，其可以用作得自外来体的脑癌的特异性生物标志物。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于EGFR。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种脑癌特异性生物标志物，例如GOPC-ROS1；或者图22和图1中所列的脑癌的那些生物标志物。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种脑癌特异性生物标志物，例如GOPC-ROS1；或者图22和图1中所列的脑癌的那些生物标志物。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的脑癌特异性外来体、或者包含一种或多种脑癌特异性生物标志物的外来体，例如GOPC-ROS1；或者图22和图1中所列的脑癌的那些生物标志物。
此外，还可以通过本文所述的用于表征脑癌的一种或多种系统来检测一种或多种脑癌特异性生物标志物(例如图22和图1中所列的脑癌的那些生物标志物)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种脑癌特异性生物标志物(例如GOPC-ROS1；或者图22和图1中所列的脑癌的那些生物标志物)。
银屑病
得自外来体的银屑病特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图23中所列的那些，并且可以用于创建银屑病特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-146b，miR-20a，miR-146a，miR-31，miR-200a，miR-17-5p，miR-30e-5p，miR-141，miR-203，miR-142-3p，miR-21，miR-106a或它们的任何组合。此外，所述的生物学特征还可以包含一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-125b，miR-99b，miR-122a，miR-197，miR-100，miR-381，miR-518b，miR-524，let-7e，miR-30c，miR-365，miR-133b，miR-10a，miR-133a，miR-22，miR-326，miR-215或它们的任何组合。
可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于IL-20，VEGFR-1，VEGFR-2，VEGFR-3，EGR1或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的银屑病的特异性生物标志物。外来体中可以评估的银屑病的生物标志物突变包括但不限于MGST2的突变；或者银屑病特异性突变的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种银屑病特异性生物标志物，例如图23和图1中所列的银屑病的那些生物标志物。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种银屑病特异性生物标志物，例如图23和图1中所列的银屑病的那些生物标志物。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的银屑病特异性外来体、或者包含一种或多种银屑病特异性生物标志物的外来体，例如图23和图1中所列的银屑病的那些生物标志物。
此外，还可以通过本文所述的用于表征银屑病的一种或多种系统来检测一种或多种银屑病特异性生物标志物(例如图23和图1中所列的银屑病的那些生物标志物)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种银屑病特异性生物标志物(例如图23和图1中所列的银屑病的那些生物标志物)。
心血管疾病(CVD)
得自外来体的CVD特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图24中所列的那些，并且可以用于创建CVD特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-195，miR-208，miR-214，let-7b，let-7c，let-7e，miR-15b，miR-23a，miR-24，miR-27a，miR-27b，miR-93，miR-99b，miR-100，miR-103，miR-125b，miR-140，miR-145，miR-181a，miR-191，mR-195，miR-199a，miR-320，miR-342，miR-451，miR-499或它们的任何组合。
此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-1，miR-10a，miR-17-5p，miR-19a，miR-19b，miR-20a，miR-20b，miR-26b，miR-28，miR-30e-5p，miR-101，mR-106a，miR-126，miR-222，miR-374，miR-422b，miR-423或它们的任何组合。可以分析的mRNA可以包括但不限于MRP14，CD69或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的CVD的特异性生物标志物。
外来体中可以评估的CVD的生物标志物突变包括但不限于MYH7，SCN5A或CHRM2的突变；或者CVD特异性突变的任何组合。
外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于CK-MB，cTnI(心肌肌钙蛋白)，CRP，BPN，IL-6，MCSF，CD40，CD40L或它们的任何组合。此外，所分离或测定的外来体可以为CVD细胞特异性的，或者衍生自心肌细胞的。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种CVD特异性生物标志物，例如图24和图1中所列的CVD的那些生物标志物。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种CVD特异性生物标志物，例如图24和图1中所列的CVD的那些生物标志物。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的CVD特异性外来体、或者包含一种或多种CVD特异性生物标志物的外来体，例如图24和图1中所列的CVD的那些生物标志物。
此外，还可以通过本文所述的用于表征CVD的一种或多种系统来检测一种或多种CVD特异性生物标志物(例如图24和图1中所列的CVD的那些生物标志物)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种CVD特异性生物标志物(例如图24和图1中所列的CVD的那些生物标志物)。
血癌
得自外来体的恶性血液病特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图25中所列的那些，并且可以用于创建恶性血液病特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于HOX11，TAL1，LY1，LMO1，LMO2或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的恶性血液病的特异性生物标志物。
外来体中可以评估的血癌生物标志物突变包括但不限于c-kit，PDGFR或ABL突变；或者恶性血液病特异性突变的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种血癌特异性生物标志物，例如图25和图1中所列的血癌的那些生物标志物。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种血癌特异性生物标志物，例如图25和图1中所列的血癌的那些生物标志物。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的血癌特异性外来体、或者包含一种或多种血癌特异性生物标志物的外来体，例如图25和图1中所列的CVD的那些生物标志物。
此外，还可以通过本文所述的用于表征血癌的一种或多种系统来检测一种或多种血癌特异性生物标志物(例如图25和图1中所列的血癌的那些生物标志物)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种血癌特异性生物标志物(例如图25和图1中所列的血癌的那些生物标志物)。
此外，所述的一种或多种血癌特异性生物标志物还可以为基因融合物，其选自：对于急病淋巴性白血病(ALL)而言，为TTL-ETV6，CDK6-MLL，CDK6-TLX3，ETV6-FLT3，ETV6-RUNX1，ETV6-TTL，MLL-AFF1，MLL-AFF3，MLL-AFF4，MLL-GAS7，TCBA1-ETV6，TCF3-PBX1或TCF3-TFPT；对于T细胞急病淋巴性白血病(T-ALL)而言，为BCL11B-TLX3，IL2-TNFRFS17，NUP214-ABL1，NUP98-CCDC28A，TAL1-STIL或ETV6-ABL2；对于间变大细胞瘤(ALCL)而言，为ATIC-ALK，KIAA1618-ALK，MSN-ALK，MYH9-ALK，NPM1-ALK，TGF-ALK或TPM3-ALK；对于慢性粒细胞白血病(CML)而言，为BCR-ABL1，BCR-JAK2，ETV6-EVI1，ETV6-MN1或ETV6-TCBA1；对于AML而言，为CBFB-MYH11，CHIC2-ETV6，ETV6-ABL1，ETV6-ABL2，ETV6-ARNT，ETV6-CDX2，ETV6-HLXB9，ETV6-PER1，MEF2D-DAZAP1，AML-AFF1，MLL-ARHGAP26，MLL-ARHGEF12，MLL-CASC5，MLL-CBL，MLL-CREBBP，MLL-DAB21P，MLL-ELL，MLL-EP300，MLL-EPS15，MLL-FNBP1，MLL-FOXO3A，MLL-GMPS，MLL-GPHN，MLL-MLLT1，MLL-MLLT11，MLL-MLLT3，MLL-MLLT6，MLL-MYO1F，MLL-PICALM，MLL-SEPT2，MLL-SEPT6，MLL-SORBS2，MYST3-SORBS2，MYST-CREBBP，NPM1-MLF1，NUP98-HOXA13，PRDM16-EVI1，RABEP1-PDGFRB，RUNX1-EVI1，RUNX1-MDS1，RUNX1-RPL22，RUNX1-RUNX1T1，RUNX1-SH3D19，RUNX1-USP42，RUNX1-YTHDF2，RUNX1-ZNF687或TAF15-ZNF-384；对于慢性淋巴性白血病(CLL)而言，为CCND1-FSTL3；以及对于嗜酸性粒细胞增多/慢性嗜酸性粒细胞增多而言，为FLIP1-PDGFRA，FLT3-ETV6，KIAA1509-PDGFRA，PDE4DIP-PDGFRB，NIN-PDGFRB，TP53BP1-PDGFRB或TPM3-PDGFRB。
此外，CLL的一种或多种生物标志物还可以包括以下上调节或过表达的miRNA的一种或多种，例如miR-23b，miR-24-1，miR-146，miR-155，miR-195，miR-221，miR-331，miR-29a，miR-195，miR-34a或miR-29c；以及下调解或表达不足的miRs的一种或多种，例如miR-15a，miR-16-1，miR-29或miR-223；或它们的任何组合。
此外，ALL的一种或多种生物标志物还可以包括以下上调节或过表达的miRNA的一种或多种，例如例如miR-128b，miR-204，miR-218，miR-331，miR-181b-1，miR-17-92或它们的任何组合。
B细胞慢性淋巴细胞白血病(B-CLL)
得自外来体的B-CLL特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图26中所列的那些，并且可以用于创建B-CLL特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-183-prec，miR-190，miR-24-1-prec，miR-33，miR-19a，miR-140，miR-123，miR-10b，miR-15b-prec，miR-92-1，miR-188，miR-154，miR-217，miR-101，miR-141-prec，miR-153-prec，miR-196-2，miR-134，miR-141，miR-132，miR-192，miR-181b-prec或它们的任何组合。
此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-213，miR-220或它们的任何组合。可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于ZAP70，AdipoR1或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的B-CLL的特异性生物标志物。外来体中可以评估的B-CLL的生物标志物突变包括但不限于IGHV，P53或ATM突变；或者B-CLL特异性突变的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种B-CLL特异性生物标志物，例如BCL3-MYC，MYC-BTG1，BCL7A-MYC，BRWD3-ARHGAP20或BTG1-MYC；或者图26中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种B-CLL特异性生物标志物，例如BCL3-MYC，MYC-BTG1，BCL7A-MYC，BRWD3-ARHGAP20或BTG1-MYC；或者图26中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的B-CLL特异性外来体、或者包含一种或多种B-CLL特异性生物标志物的外来体，例如BCL3-MYC，MYC-BTG1，BCL7A-MYC，BRWD3-ARHGAP20或BTG1-MYC；或者图26中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征B-CLL的一种或多种系统来检测一种或多种B-CLL特异性生物标志物(例如BCL3-MYC，MYC-BTG1，BCL7A-MYC，BRWD3-ARHGAP20或BTG1-MYC；或者图26中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种B-CLL特异性生物标志物(例如BCL3-MYC，MYC-BTG1，BCL7A-MYC，BRWD3-ARHGAP20或BTG1-MYC；或者图26中所列的那些)。
B-细胞淋巴瘤
得自外来体的B-细胞淋巴瘤特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图27中所列的那些，并且可以用于创建B-细胞淋巴瘤特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-17-92多顺反子，miR-155，miR-210，miR-21，miR-19a，miR-92，miR-142miR-155，miR-221miR-17-92，miR-21，miR-191，miR-205或它们的任何组合。此外，可以用作B-细胞淋巴瘤的外来体生物标志物的snoRNA可以包括但不限于U50。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种B-细胞淋巴瘤特异性生物标志物，例如图27中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种B-细胞淋巴瘤特异性生物标志物，例如图27中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的B-细胞淋巴瘤特异性外来体、或者包含一种或多种B-细胞淋巴瘤特异性生物标志物的外来体，例如图27中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征B-细胞淋巴瘤的一种或多种系统来检测一种或多种B-细胞淋巴瘤特异性生物标志物(例如图27中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种B-细胞淋巴瘤特异性生物标志物(例如图27中所列的那些)。
弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)
得自外来体的DLBCL特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图28中所列的那些，并且可以用于创建DLBCL特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-17-92，miR-155，miR-210，miR-21或它们的任何组合。可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于A-myb，LMO2，JNK3，CD10，bcl-6，Cyclin D2，IRF4，Flip，CD44或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的DLBCL的特异性生物标志物。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种DLBCL特异性生物标志物，例如CITTA-BCL6，CLTC-ALK，IL21R-BCL6，PIM1-BCL6，TFCR-BCL6，IKZF1-BCL6或SEC31A-ALK；或者图28中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种DLBCL特异性生物标志物，例如CITTA-BCL6，CLTC-ALK，IL21R-BCL6，PIM1-BCL6，TFCR-BCL6，IKZF1-BCL6或SEC31A-ALK；或者图28中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的DLBCL特异性外来体、或者包含一种或多种DLBCL特异性生物标志物的外来体，例如CITTA-BCL6，CLTC-ALK，IL21R-BCL6，PIM1-BCL6，TFCR-BCL6，IKZF1-BCL6或SEC31A-ALK；或者图28中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征DLBCL的一种或多种系统来检测一种或多种DLBCL特异性生物标志物(例如CITTA-BCL6，CLTC-ALK，IL21R-BCL6，PIM1-BCL6，TFCR-BCL6，IKZF1-BCL6或SEC31A-ALK；或者图28中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种DLBCL特异性生物标志物(例如CITTA-BCL6，CLTC-ALK，IL21R-BCL6，PIM1-BCL6，TFCR-BCL6，IKZF1-BCL6或SEC31A-ALK；或者图28中所列的那些)。
Burkitt淋巴瘤
得自外来体的Burkitt淋巴瘤特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图29中所列的那些，并且可以用于创建Burkitt淋巴瘤特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于pri-miR-155或它们的任何组合。可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于MYC，TERT，NS，NP，MAZ，RCF3，BYSL，IDE3，CDC7，TCL1A，AUTS2，MYBL1，BMP7，ITPR3，CDC2，BACK2，TTK，MME，ALOX5，TOP1或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的Burkitt淋巴瘤的特异性生物标志物。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于BCL6，KI-67或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种Burkitt淋巴瘤特异性生物标志物，例如IGH-MYC，LCP1-BCL6；或者图29中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种Burkitt淋巴瘤特异性生物标志物，例如IGH-MYC，LCP1-BCL6；或者图29中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的Burkitt淋巴瘤特异性外来体、或者包含一种或多种Burkitt淋巴瘤特异性生物标志物的外来体，例如IGH-MYC，LCP1-BCL6；或者图29中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征Burkitt淋巴瘤的一种或多种系统来检测一种或多种Burkitt淋巴瘤特异性生物标志物(例如IGH-MYC，LCP1-BCL6；或者图29中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种Burkitt淋巴瘤特异性生物标志物(例如IGH-MYC，LCP1-BCL6；或者图29中所列的那些)。
肝细胞癌
得自外来体的肝细胞癌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图30中所列的那些，并且可以用于创建肝细胞癌特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-221。此外，所述的生物学特征可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于let-7a-1，let-7a-2，let-7a-3，let-7b，let-7c，let-7d，let-7e，let-7f-2，let-fg，miR-122a，miR-124a-2，miR-130a，miR-132，miR-136，miR-141，miR-142，miR-143，miR-145，miR-146，miR-150，miR-155(BIC)，miR-181a-1，miR-181a-2，miR-181c，miR-195，miR-199a-1-5p，miR-199a-2-5p，miR-199b，miR-200b，miR-214，miR-223，pre-miR-594或它们的任何组合。可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于FAT10。
此外，生物学特征的一种或多种生物标志物还可以用于表征肝炎C病毒相关性肝细胞癌。所述的一种或多种生物标志物可以为miRNA，例如过表达的或表达不足的miRNA。例如，上调节的或过表达的miRNA可以为miR-122，miR-100或miR-10a，而下调节的miRNA可以为miR-198或miR-145。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种肝细胞癌特异性生物标志物，例如图30和图1中所列的肝细胞癌的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种肝细胞癌特异性生物标志物，例如图30和图1中所列的肝细胞癌的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的肝细胞癌特异性外来体、或者包含一种或多种肝细胞癌特异性生物标志物的外来体，例如图30和图1中所列的肝细胞癌的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征肝细胞癌的一种或多种系统来检测一种或多种肝细胞癌特异性生物标志物(例如图30和图1中所列的肝细胞癌的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种肝细胞癌特异性生物标志物(例如图30和图1中所列的肝细胞癌的那些)。
宫颈癌
得自外来体的宫颈癌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图31中所列的那些，并且可以用于创建肝宫颈癌特异性外来体的生物学特征。例如，可以分子的一种或多种mRNA可以包括但不限于HPV E6，HPV E7，p53或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的宫颈癌的特异性生物标志物。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种宫颈癌特异性生物标志物，例如图31和图1中所列的宫颈癌的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种宫颈癌特异性生物标志物，例如图31和图1中所列的宫颈癌的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的宫颈癌特异性外来体、或者包含一种或多种宫颈癌特异性生物标志物的外来体，例如图31和图1中所列的宫颈癌的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征宫颈癌的一种或多种系统来检测一种或多种宫颈癌特异性生物标志物(例如图31和图1中所列的宫颈癌的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种宫颈癌特异性生物标志物(例如图31和图1中所列的肝细胞癌的那些)。
子宫内膜癌
得自外来体的子宫内膜癌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图32中所列的那些，并且可以用于创建子宫内膜癌特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包含一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-185，miR-106a，miR-181a，miR-210，miR-423，miR-103，mR-107，let-7c或它们的任何组合。此外，所述的生物学特征还可以包含一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-7i，miR-221，miR-193，miR-152，miR-30c或它们的任何组合。
外来体中可以评估的子宫内膜癌的生物标志物突变包括但不限于PTEN，K-RAS，B-连环蛋白，p53，Her2/neu的突变；或者子宫内膜癌特异性突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于NLRP7，αVβ6整合蛋白或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种子宫内膜癌特异性生物标志物，例如图32和图1中所列的子宫内膜癌的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种子宫内膜癌特异性生物标志物，例如图32和图1中所列的子宫内膜癌的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的子宫内膜癌特异性外来体、或者包含一种或多种子宫内膜癌特异性生物标志物的外来体，例如图32和图1中所列的子宫内膜癌的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征子宫内膜癌的一种或多种系统来检测一种或多种子宫内膜癌特异性生物标志物(例如图32和图1中所列的子宫内膜癌的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种子宫内膜癌特异性生物标志物(例如图32和图1中所列的子宫内膜癌的那些)。
头和颈部的癌症
得自外来体的头和颈部癌症的特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图33中所列的那些，并且可以用于创建头和颈部癌症的特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包含一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-21，let-7，miR-18，miR-29c，miR-142-3p，miR-155，miR-146b，miR-205，miR-21或它们的任何组合。此外，所述的生物学特征还可以包含一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-494。可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于HPV E6，HPV E7，p53，IL-8，SAT，H3FA3，EGFR或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的头和颈部癌症的特异性生物标志物。
外来体中可以评估的头和颈部的癌症的生物标志物突变包括但不限于GSTM1，GSTT1，GSTP1，OGG1，XRCC1，XPD，RAD51，EGFR，p53的突变；或者头和颈部癌症的特异性突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于EGFR，EphB4，EphB2或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种头和颈部癌症的特异性生物标志物，例如CHCHD7-PLAG1，CTNNB1-PLAG1，FHIT-HMGA2，HMGA2-NFIB，LIFR-PLAG1或TCEA1-PLAG1；或者图33和图1中所列的头和颈部的癌症的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种头和颈部癌症的特异性生物标志物，例如CHCHD7-PLAG1，CTNNB1-PLAG1，FHIT-HMGA2，HMGA2-NFIB，LIFR-PLAG1或TCEA1-PLAG1；或者图33和图1中所列的头和颈部的癌症的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的头和颈部癌症的特异性外来体、或者包含一种或多种头和颈部癌症的特异性生物标志物的外来体，例如CHCHD7-PLAG1，CTNNB1-PLAG1，FHIT-HMGA2，HMGA2-NFIB，LIFR-PLAG1或TCEA1-PLAG1；或者图33和图1中所列的头和颈部的癌症的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征头和颈部的癌症的一种或多种系统来检测一种或多种头和颈部癌症的特异性生物标志物(例如图33和图1中所列的头和颈部的癌症的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种头和颈部癌症的特异性生物标志物(例如CHCHD7-PLAG1，CTNNB1-PLAG1，FHIT-HMGA2，HMGA2-NFIB，LIFR-PLAG1或TCEA1-PLAG1；或者图33和图1中所列的头和颈部的癌症的那些)。
炎性肠病(IBD)
得自外来体的IBD特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图34中所列的那些，并且可以用于创建IBD特异性外来体的生物学特征。可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于胰蛋白酶原IV，SERT或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的IBD特异性生物标志物。
外来体中可以评估的IBD生物标志物突变可以包括但不限于CARD15的突变；或者IBD特异性突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于II-16，II-1β，II-12，TNF-α，干扰素γ，II-6，Rantes，MCP-1，抵抗素，5-HT或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种IBD特异性生物标志物，例如图34和图1中所列的IBD的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种IBD特异性生物标志物，例如图34和图1中所列的IBD的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的IBD特异性外来体、或者包含一种或多种IBD特异性生物标志物的外来体，例如图34和图1中所列的IBD的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征IBD的一种或多种系统来检测一种或多种IBD的特异性生物标志物(例如图34和图1中所列的IBD的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种IBD特异性生物标志物(例如图34和图1中所列的IBD的那些)。
糖尿病
得自外来体的糖尿病特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图35中所列的那些，并且可以用于创建糖尿病特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于Il-8，CTSS，ITGB2，HLA-DRA，CD53，PLAG27，MMP9或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的糖尿病的特异性生物标志物。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于RBP4。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种糖尿病特异性生物标志物，例如图35和图1中所列的糖尿病的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种糖尿病特异性生物标志物，例如图35和图1中所列的糖尿病的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的糖尿病特异性外来体、或者包含一种或多种糖尿病特异性生物标志物的外来体，例如图35和图1中所列的IBD的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征糖尿病的一种或多种系统来检测一种或多种糖尿病的特异性生物标志物(例如图35和图1中所列的糖尿病的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种糖尿病特异性生物标志物(例如图35和图1中所列的糖尿病的那些)。
Barrett食管
得自外来体的Barrett食管特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图36中所列的那些，并且可以用于创建Barrett食管特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包含一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-21，miR-143，miR-145，miR-194，miR-215或它们的任何组合。可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于S100A2，S100A4或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的Barrett食管特异性生物标志物。
外来体中可以评估的Barrett食管生物标志物突变可以包括但不限于p53的突变；或者Barrett食管特异性突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于p53，MUC1，MUC2或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种Barrett食管特异性生物标志物，例如图36和图1中所列的Barrett食管的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种Barrett食管特异性生物标志物，例如图36和图1中所列的Barrett食管的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的Barrett食管特异性外来体、或者包含一种或多种Barrett食管特异性生物标志物的外来体，例如图36和图1中所列的Barrett食管的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征Barrett食管的一种或多种系统来检测一种或多种Barrett食管的特异性生物标志物(例如图36和图1中所列的Barrett食管的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种Barrett食管特异性生物标志物(例如图36和图1中所列的Barrett食管的那些)。
纤维肌痛
得自外来体的纤维肌痛特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图37中所列的那些，并且可以用于创建纤维肌痛特异性外来体的生物学特征。可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于NR2D，其可以用作得自外来体的纤维肌痛特异性生物标志物。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种纤维肌痛特异性生物标志物，例如图37和图1中所列的纤维肌痛的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种纤维肌痛特异性生物标志物，例如图37和图1中所列的纤维肌痛的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的纤维肌痛特异性外来体、或者包含一种或多种纤维肌痛特异性生物标志物的外来体，例如图37和图1中所列的纤维肌痛的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征纤维肌痛的一种或多种系统来检测一种或多种纤维肌痛的特异性生物标志物(例如图37和图1中所列的纤维肌痛的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种纤维肌痛特异性生物标志物(例如图37和图1中所列的纤维肌痛的那些)。
中风
得自外来体的中风特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图38中所列的那些，并且可以用于创建中风特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于MMP9，S100-P，S100A12，S100A9，凝血因子V，精氨酸酶I，CA-IV，单羧酸转运蛋白，ets-2，EIF2α，细胞骨架相关的蛋白质4，N-甲酰肽受体，核糖核酸酶2，N-乙酰神经氨酸丙酮酯裂解酶，BCL-6，糖原磷酸化酶或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的中风特异性生物标志物。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种中风特异性生物标志物，例如图38和图1中所列的中风的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种中风特异性生物标志物，例如图38和图1中所列的中风的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的中风特异性外来体、或者包含一种或多种中风特异性生物标志物的外来体，例如图38和图1中所列的中风的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征中风的一种或多种系统来检测一种或多种中风的特异性生物标志物(例如图38和图1中所列的中风的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种中风特异性生物标志物(例如图38和图1中所列的中风的那些)。
多发性硬化症(MS)
得自外来体的MS特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图39中所列的那些，并且可以用于创建MS特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于IL-6，IL-17，PAR-3，IL-17，T1/ST2，JunD，5-LO，LTA4H，MBP，PLP，α-β晶状体球蛋白或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的MS特异性生物标志物。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种MS特异性生物标志物，例如图39和图1中所列的MS的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种MS特异性生物标志物，例如图39和图1中所列的MS的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的MS特异性外来体、或者包含一种或多种MS特异性生物标志物的外来体，例如图39和图1中所列的MS的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征MS的一种或多种系统来检测一种或多种MS的特异性生物标志物(例如图39和图1中所列的MS的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种MS特异性生物标志物(例如图39和图1中所列的MS的那些)。
帕金森氏病
得自外来体的帕金森氏病特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图40中所列的那些，并且可以用于创建帕金森氏病特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括但不限于一种或多种表达不足的miRs，例如miR-133b。可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于Nurr1，BDNF，TrkB，gstm1，S100beta或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的帕金森氏病特异性生物标志物。
外来体中可以评估的帕金森氏病的生物标志物突变可以包括但不限于FGF20，α-突触核蛋白，FGF20，NDUFV2，FGF2，CALB1，B2M的突变；或者帕金森氏病特异性突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于apo-H，铜蓝蛋白，BDNF，IL-8，β2-微球蛋白，apoAII，tau，Aβ1-42，DJ-1或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种帕金森氏病特异性生物标志物，例如图40和图1中所列的帕金森氏病的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种帕金森氏病特异性生物标志物，例如图40和图1中所列的帕金森氏病的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的帕金森氏病特异性外来体、或者包含一种或多种帕金森氏病特异性生物标志物的外来体，例如图40和图1中所列的帕金森氏病的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征帕金森氏病的一种或多种系统来检测一种或多种帕金森氏病的特异性生物标志物(例如图40和图1中所列的帕金森氏病的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种帕金森氏病特异性生物标志物(例如图40和图1中所列的帕金森氏病的那些)。
风湿病
得自外来体的风湿病特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图41中所列的那些，并且可以用于创建风湿病特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-146a，miR-155，miR-132，miR-16，miR-181或它们的任何组合。可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于HOXD10，HOXD11，HOXD13，CCL8，LIM同源框2，CENP-E或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的风湿病特异性生物标志物。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于TNF。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种风湿病特异性生物标志物，例如图41和图1中所列的风湿病的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种风湿病特异性生物标志物，例如图41和图1中所列的风湿病的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的风湿病特异性外来体、或者包含一种或多种风湿病特异性生物标志物的外来体，例如图41和图1中所列的风湿病的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征风湿病的一种或多种系统来检测一种或多种风湿病特异性生物标志物(例如图41和图1中所列的风湿病的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种风湿病特异性生物标志物(例如图41和图1中所列的风湿病的那些)。
阿尔茨海默氏病
得自外来体的阿尔茨海默氏病特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图42中所列的那些，并且可以用于创建阿尔茨海默氏病特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如miR-107，miR-29a，miR-29b-1，miR-9或它们的任何组合。此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种过表达的miRs，例如miR-128或它们的任何组合。
可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于HIF-1，BACE1，Reelin，CHRNA7，3Rtau/4Rtau或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的阿尔茨海默氏病的特异性生物标志物。
外来体中可以评估的阿尔茨海默氏病的生物标志物突变可以包括但不限于APP，早衰蛋白1，早衰蛋白2，APOE4的突变；或者阿尔茨海默氏病特异性突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于BACE1，Reelin，半胱氨酸蛋白酶抑制剂C，截短的半胱氨酸蛋白酶抑制剂C，淀粉蛋白β，C3a，t-Tau，补体因子H，α-2-巨球蛋白或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种阿尔茨海默氏病特异性生物标志物，例如图42和图1中所列的阿尔茨海默氏病的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种阿尔茨海默氏病特异性生物标志物，例如图42和图1中所列的阿尔茨海默氏病的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的阿尔茨海默氏病特异性外来体、或者包含一种或多种阿尔茨海默氏病特异性生物标志物的外来体，例如图42和图1中所列的阿尔茨海默氏病的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征阿尔茨海默氏病的一种或多种系统来检测一种或多种阿尔茨海默氏病特异性生物标志物(例如图42和图1中所列的阿尔茨海默氏病的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种阿尔茨海默氏病特异性生物标志物(例如图42和图1中所列的阿尔茨海默氏病的那些)。
朊病毒疾病
得自外来体的朊病毒疾病特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图43中所列的那些，并且可以用于创建朊病毒疾病特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于淀粉蛋白B4，App，IL-1R1，SOD1或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的朊病毒疾病特异性生物标志物。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于PrP(c)，14-3-3，NSE，S-100，Tau，AQP-4或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种朊病毒疾病特异性生物标志物，例如图43和图1中所列的朊病毒疾病的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种朊病毒疾病特异性生物标志物，例如图43和图1中所列的朊病毒疾病的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的朊病毒疾病特异性外来体、或者包含一种或多种朊病毒疾病特异性生物标志物的外来体，例如图43和图1中所列的朊病毒疾病的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征朊病毒疾病的一种或多种系统来检测一种或多种朊病毒疾病特异性生物标志物(例如图43和图1中所列的朊病毒疾病的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种朊病毒疾病特异性生物标志物(例如图43和图1中所列的朊病毒疾病的那些)。
脓毒症
得自外来体的脓毒症特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图44中所列的那些，并且可以用于创建脓毒症特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于15-羟基-PG脱氢酶(上)，LAIR1(上)，NFKB1A(上)，TLR2，PGLYPR1，TLR4，MD2，TLR5，IFNAR2，IRAK2，IRAK3，IRAK4，PI3K，PI3KCB，MAP2K6，MAPK14，NFKB1A，NFKB1，IL1R1，MAP2K1IP1，MKNK1，FAS，CASP4，GADD45B，SOCS3，TNFSF10，TNFSF13B，OSM，HGF，IL18R1或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的脓毒症特异性生物标志物。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种脓毒症特异性生物标志物，例如图44所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种脓毒症特异性生物标志物，例如图44中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的脓毒症特异性外来体、或者包含一种或多种脓毒症特异性生物标志物的外来体，例如图44中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征脓毒症的一种或多种系统来检测一种或多种脓毒症特异性生物标志物(例如图44中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种脓毒症特异性生物标志物(例如图44中所列的那些)。
慢性神经病理性疼痛
得自外来体的慢性神经病理性疼痛(CNP)特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图45中所列的那些，并且可以用于创建CNP特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于ICAM-1(啮齿动物)，CGRP(啮齿动物)，TIMP-1(啮齿动物)，CLR-1(啮齿动物)，HSP-27(啮齿动物)，FABP(啮齿动物)，载脂蛋白D(啮齿动物)或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的CNP特异性生物标志物。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于趋化因子，趋化因子受体(CCR2/4)或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种慢性神经病理性疼痛特异性生物标志物，例如图45和图1中所列的慢性神经病理性疼痛的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种慢性神经病理性疼痛特异性生物标志物，例如图45和图1中所列的慢性神经病理性疼痛的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的慢性神经病理性疼痛特异性外来体、或者包含一种或多种慢性神经病理性疼痛特异性生物标志物的外来体，例如图45和图1中所列的慢性神经病理性疼痛的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征慢性神经病理性疼痛的一种或多种系统来检测一种或多种慢性神经病理性疼痛特异性生物标志物(例如图45和图1中所列的慢性神经病理性疼痛的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种慢性神经病理性疼痛特异性生物标志物(例如图45和图1中所列的慢性神经病理性疼痛的那些)。
周围神经病理性疼痛
得自外来体的周围神经病理性疼痛(PNP)特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图46中所列的那些，并且可以用于创建PNP特异性外来体的生物学特征。例如，外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于OX42，ED9或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种周围神经病理性疼痛特异性生物标志物，例如图46和图1中所列的周围神经病理性疼痛的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种周围神经病理性疼痛特异性生物标志物，例如图46和图1中所列的周围神经病理性疼痛的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的周围神经病理性疼痛特异性外来体、或者包含一种或多种周围神经病理性疼痛特异性生物标志物的外来体，例如图46和图1中所列的周围神经病理性疼痛的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征周围神经病理性疼痛的一种或多种系统来检测一种或多种周围神经病理性疼痛特异性生物标志物(例如图46和图1中所列的周围神经病理性疼痛的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种周围神经病理性疼痛特异性生物标志物(例如图46和图1中所列的周围神经病理性疼痛的那些)。
精神分裂症
得自外来体的精神分裂症特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图47中所列的那些，并且可以用于创建精神分裂症特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-181b。此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-7，miR-24，miR-26b，miR-29b，miR-30b，miR-30e，miR-92，miR-195或它们的任何组合。
可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于IFITM3，SERPINA3，GLS，ALDH7A1BASP1或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的精神分裂症的特异性生物标志物。外来体中可以评估的精神分裂症生物标志物突变包括但不限于DISC1，精神分裂症易感基因抗体，神经调节蛋白-1，seratonin 2a受体，NURR1的突变；或者精神分裂症特异性突变的任何组合。
外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于ATP5B，ATP5H，ATP6V1B，DNM1，NDUFV2，NSF，PDHB或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种精神分裂症特异性生物标志物，例如图47和图1中所列的精神分裂症的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种精神分裂症特异性生物标志物，例如图47和图1中所列的精神分裂症的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的精神分裂症特异性外来体、或者包含一种或多种精神分裂症特异性生物标志物的外来体，例如图47和图1中所列的精神分裂症的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征精神分裂症的一种或多种系统来检测一种或多种精神分裂症特异性生物标志物(例如图47和图1中所列的精神分裂症的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种精神分裂症特异性生物标志物(例如图47和图1中所列的精神分裂症的那些)。
双极性精神失调疾病
得自外来体的双极性精神失调疾病特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图48中所列的那些，并且可以用于创建双极性精神失调疾病特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于FGF2，ALDH7A1，AGXT2L1，AQP4，PCNT2或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的双极性精神失调疾病的特异性生物标志物。外来体中可以评估的双极性精神失调疾病的生物标志物突变包括但不限于精神分裂症易感基因抗体，DAOA/G30，DISC1，神经调节蛋白-1的突变；或者双极性精神失调疾病特异性突变的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种双极性精神失调疾病特异性生物标志物，例如图48中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种双极性精神失调疾病特异性生物标志物，例如图48中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的双极性精神失调疾病特异性外来体、或者包含一种或多种双极性精神失调疾病特异性生物标志物的外来体，例如图48中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征双极性精神失调疾病的一种或多种系统来检测一种或多种双极性精神失调疾病特异性生物标志物(例如图48中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种双极性精神失调疾病特异性生物标志物(例如图48中所列的那些)。
抑郁症
得自外来体的抑郁症特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图49中所列的那些，并且可以用于创建抑郁症特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于FGFR1，FGFR2，FGFR3，AQP4或它们的任何组合，并且还可以用作得自外来体的抑郁症的特异性生物标志物。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种抑郁症特异性生物标志物，例如图49中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种抑郁症特异性生物标志物，例如图49中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的抑郁症特异性外来体、或者包含一种或多种抑郁症特异性生物标志物的外来体，例如图49中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征抑郁症的一种或多种系统来检测一种或多种抑郁症特异性生物标志物(例如图49中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种抑郁症特异性生物标志物(例如图49中所列的那些)。
胃肠道间质瘤(GIST)
得自外来体的GIST特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图50中所列的那些，并且可以用于创建GIST特异性外来体的生物学特征。例如，可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于DOG-1，PKC-theta，KIT，GPR20，PRKCQ，KCNK3，KCNH2，SCG2，TNFRSF6B，CD34或它们的任何组合，并且还可以用作得自外来体的GIST的特异性生物标志物。
外来体中可以评估的GIST的生物标志物突变可以包括但不限于PKC-theta的突变；或者GIST特异性突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于PDGFRA，c-kit或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种GIST特异性生物标志物，例如图50和图1中所列的GIST的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种GIST特异性生物标志物，例如图50和图1中所列的GIST的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的GIST特异性外来体、或者包含一种或多种GIST特异性生物标志物的外来体，例如图50和图1中所列的GIST的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征GIST的一种或多种系统来检测一种或多种GIST特异性生物标志物(例如图50和图1中所列的GIST的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种GIST特异性生物标志物(例如图50和图1中所列的GIST的那些)。
肾细胞癌
得自外来体的肾细胞癌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图51中所列的那些，并且可以用于创建肾细胞癌特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-141，miR-200c或它们的任何组合。所述的一种或多种上调节的或过表达的miRNA可以为miR-28，miR-185，miR-27，miR-let-7f-2或它们的任何组合。
可以分析的一种或多种mRNA可以包括但不限于层粘连蛋白受体1，betaig-h3，半乳凝集素-1，a-2巨球蛋白，脂肪组织分化相关蛋白质，促血管新生蛋白因子2，钙调素金结合蛋白质1，II类MHC-相关的不变链(CD74)，胶原蛋白IV-a1，补体成分，补体成分3，细胞色素P450，IIJ亚家族多肽2，δ促睡眠肽，Fc g受体IIIa(CD16)，HLA-B，HLA-DRa，HLA-DRb，HLA-SB，IFN-诱导的跨膜蛋白3，IFN-诱导的跨膜蛋白1，赖氨酰氧化酶或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的肾细胞癌特异性生物标志物。
外来体中可以评估的肾细胞癌生物标志物的突变包括但不限于VHL的突变；或者肾细胞癌特异性突变的任何组合。
外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于IF1α，VEGF，PDGFRA或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种RCC特异性生物标志物，例如ALPHA-TFEB，NONO-TFE3，PRCC-TFE3，SFPQ-TFE3，CLTC-TFE3或MALAT1-TFEB；或者图51和图1中所列的RCC的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种RCC特异性生物标志物，例如ALPHA-TFEB，NONO-TFE3，PRCC-TFE3，SFPQ-TFE3，CLTC-TFE3或MALAT1-TFEB；或者图51和图1中所列的RCC的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的RCC特异性外来体、或者包含一种或多种RCC特异性生物标志物的外来体，例如ALPHA-TFEB，NONO-TFE3，PRCC-TFE3，SFPQ-TFE3，CLTC-TFE3或MALAT1-TFEB；或者图51和图1中所列的RCC的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征RCC的一种或多种系统来检测一种或多种RCC特异性生物标志物(例如ALPHA-TFEB，NONO-TFE3，PRCC-TFE3，SFPQ-TFE3，CLTC-TFE3或MALAT1-TFEB；或者图51和图1中所列的RCC的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种RCC特异性生物标志物(例如ALPHA-TFEB，NONO-TFE3，PRCC-TFE3，SFPQ-TFE3，CLTC-TFE3或MALAT1-TFEB；或者图51和图1中所列的RCC的那些)。
肝硬化
得自外来体的肝硬化特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图52中所列的那些，并且可以用于创建肝硬化特异性外来体的生物学特征。可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于NLT，其可以用作得自外来体的肝硬化非特异性生物标志物。
外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于NLT，HBsAG，AST，YKL-40，透明质酸，TIMP-1，α2巨球蛋白，a-1-抗胰蛋白酶PlZ等位基因，结合珠蛋白，酸性磷酸酶ACP AC或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种肝硬化特异性生物标志物，例如图52和图1中所列的肝硬化的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种肝硬化特异性生物标志物，例如图52和图1中所列的肝硬化的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的肝硬化特异性外来体、或者包含一种或多种肝硬化特异性生物标志物的外来体，例如图52和图1中所列的肝硬化的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征肝硬化的一种或多种系统来检测一种或多种肝硬化特异性生物标志物(例如图52和图1中所列的肝硬化的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种肝硬化特异性生物标志物(例如图52和图1中所列的肝硬化的那些)。
食管癌
得自外来体的食管癌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图53中所列的那些，并且可以用于创建食管癌特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-192，miR-194，miR-21，miR-200c，miR-93，miR-342，miR-152，miR-93，miR-25，miR-424，miR-151或它们的任何组合。此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-27b，miR-205，miR-203，miR-342，let-7c，miR-125b，miR-100，miR-152，miR-192，miR-194，miR-27b，miR-205，miR-203，miR-200c，miR-99a，miR-29c，miR-140，miR-103，miR-107或它们的任何组合。可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于MTHFR，并且可以用作得自外来体的食管癌非特异性生物标志物。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种食管癌特异性生物标志物，例如图53和图1中所列的食管癌的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种食管癌特异性生物标志物，例如图53和图1中所列的食管癌的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的食管癌特异性外来体、或者包含一种或多种食管癌特异性生物标志物的外来体，例如图53和图1中所列的食管癌的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征食管癌的一种或多种系统来检测一种或多种食管癌特异性生物标志物(例如图53和图1中所列的食管癌的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种食管癌特异性生物标志物(例如图53和图1中所列的食管癌的那些)。
胃癌
得自外来体的胃癌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图54中所列的那些，并且可以用于创建胃癌特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-106a，miR-21，miR-191，miR-223，miR-24-1，miR-24-2，miR-107，miR-92-2，miR-214，miR-25，miR-221或它们的任何组合。此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于let-7a。
可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于RRM2，EphA4，存活素或它们的任何组合，并且可以用作得自外来体的胃癌特异性生物标志物。外来体中可以评估的胃癌的生物标志物突变包括但不限于APC的突变；或者胃癌特异性的突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于EphA4。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种胃癌特异性生物标志物，例如图54中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种胃癌特异性生物标志物，例如图54中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的胃癌特异性外来体、或者包含一种或多种胃癌特异性生物标志物的外来体，例如图54中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征胃癌的一种或多种系统来检测一种或多种胃癌特异性生物标志物(例如图54中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种胃癌特异性生物标志物(例如图54中所列的那些)。
孤独症
得自外来体的孤独症特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图55中所列的那些，并且可以用于创建孤独症特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-484，miR-21，miR-212，miR-23a，miR-598，miR-95，miR-129，miR-431，miR-7，miR-15a，miR-27a，miR-15b，miR-148b，miR-132，miR-128或它们的任何组合。此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-93，miR-106a，miR-539，miR-652，miR-550，miR-432，miR-193b，miR-181d，mR-146b，miR-140，miR-381，miR-320a，miR-106b或它们的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于GM1，GDla，GDlb，GTlb或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种孤独症特异性生物标志物，例如图55和图1中所列的孤独症的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种孤独症特异性生物标志物，例如图55和图1中所列的孤独症的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的孤独症特异性外来体、或者包含一种或多种孤独症特异性生物标志物的外来体，例如图55和图1中所列的孤独症的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征孤独症的一种或多种系统来检测一种或多种孤独症特异性生物标志物(例如图55和图1中所列的孤独症的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种孤独症特异性生物标志物(例如图55和图1中所列的孤独症的那些)。
器官排斥
得自外来体的器官排斥特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图56中所列的那些，并且可以用于创建器官排斥特异性外来体的生物学特征。例如，所述的生物学特征可以包括一种或多种过表达的miRs，例如但不限于miR-658，miR-125a，miR-320，miR-381，miR-628，miR-602，miR-629，miR-125a或它们的任何组合。此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miRs，例如但不限于miR-324-3p，miR-611，miR-654，miR-330_MM1，miR-524，miR-17-3p_MM1，miR-483，miR-663，miR-516-5p，miR-326，miR-197_MM2，miR-346或它们的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于基质金属蛋白酶-9，蛋白酶3，HNP或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种器官排斥特异性生物标志物，例如图56中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种器官排斥特异性生物标志物，例如图56中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的器官排斥特异性外来体、或者包含一种或多种器官排斥特异性生物标志物的外来体，例如图56中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征器官排斥的一种或多种系统来检测一种或多种器官排斥特异性生物标志物(例如图56中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种器官排斥特异性生物标志物(例如图56中所列的那些)。
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌
得自外来体的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图57中所列的那些，并且可以用于创建耐甲氧西林金黄色葡萄球菌特异性外来体的生物学特征。
可以分析的一种或多种mRNA包括但不限于TSST-1，其可以用作得自外来体的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的特异性生物标志物。外来体中可以评估的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的生物标志物突变包括但不限于mecA，蛋白质A SNP的突变；或者耐甲氧西林金黄色葡萄球菌特异性突变的任何组合。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于ETA，ETB，TSST-1，杀白细胞素或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种耐甲氧西林金黄色葡萄球菌特异性生物标志物，例如图57中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种耐甲氧西林金黄色葡萄球菌特异性生物标志物，例如图57中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌特异性外来体、或者包含一种或多种耐甲氧西林金黄色葡萄球菌特异性生物标志物的外来体，例如图57中所列的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的一种或多种系统来检测一种或多种耐甲氧西林金黄色葡萄球菌特异性生物标志物(例如图57中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种耐甲氧西林金黄色葡萄球菌特异性生物标志物(例如图57中所列的那些)。
易损斑块
得自外来体的易损斑块特异性生物标志物可以包括一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8或更多)过表达的miRs，表达不足的miRs，mRNA，基因突变，蛋白质，配基，肽，snoRNA或者它们的任何组合，例如图58中所列的那些，并且可以用于创建易损斑块特异性外来体的生物学特征。外来体中可以评估的蛋白质、配基或肽可以包括但不限于，IL-6，MMP-9，PAPP-A，D-二聚体，纤维蛋白原，Lp-PLA2，SCD40L，Il-18，oxLDL，GPx-1，MCP-1，PIGF，CRP或它们的任何组合。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种易损斑块特异性生物标志物，例如图58和图1中所列的易损斑块的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种易损斑块特异性生物标志物，例如图58和图1中所列的易损斑块的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的易损斑块特异性外来体、或者包含一种或多种易损斑块特异性生物标志物的外来体，例如图58和图1中所列的易损斑块的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征易损斑块的一种或多种系统来检测一种或多种易损斑块特异性生物标志物(例如图58和图1中所列的易损斑块的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种易损斑块特异性生物标志物(例如图58和图1中所列的易损斑块的那些)。
自身免疫疾病
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种自身免疫疾病特异性生物标志物，例如图1中所列的自身免疫疾病的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种自身免疫疾病特异性生物标志物，例如图1中所列的自身免疫疾病的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的自身免疫疾病特异性外来体、或者包含一种或多种自身免疫疾病特异性生物标志物的外来体，例如图1中所列的自身免疫疾病的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征自身免疫疾病的一种或多种系统来检测一种或多种自身免疫疾病特异性生物标志物(例如图1中所列的自身免疫疾病的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种自身免疫疾病特异性生物标志物(例如图1中所列的自身免疫疾病的那些)。
肺结核(TB)
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种TB疾病特异性生物标志物，例如图1中所列的TB疾病的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种TB疾病特异性生物标志物，例如图1中所列的TB疾病的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的TB疾病特异性外来体、或者包含一种或多种TB疾病特异性生物标志物的外来体，例如图1中所列的TB疾病的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征TB疾病的一种或多种系统来检测一种或多种TB疾病特异性生物标志物(例如图1中所列的TB疾病的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种TB疾病特异性生物标志物(例如图1中所列的TB疾病的那些)。
HIV
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种HIV疾病特异性生物标志物，例如图1中所列的HIV疾病的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种HIV疾病特异性生物标志物，例如图1中所列的HIV疾病的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的HIV疾病特异性外来体、或者包含一种或多种HIV疾病特异性生物标志物的外来体，例如图1中所列的HIV疾病的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征HIV疾病的一种或多种系统来检测一种或多种HIV疾病特异性生物标志物(例如图1中所列的HIV疾病的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种HIV疾病特异性生物标志物(例如图1中所列的HIV疾病的那些)。
此外，所述的一种或多种生物标志物还可以为miRNA，例如上调节的或过表达的miRNA。所述的上调节的miRNA可以为miR-29a，miR-29b，miR-149，miR-378或miR-324-5p。此外，一种或多种生物标志物还可以通过评估一种或多种miRNA来用于表征HIV-1的潜伏。所述的miRNA可以为miR-28，miR-125b，miR-150，miR-223和miR-382，并且是上调节的。
哮喘
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种哮喘疾病特异性生物标志物，例如图1中所列的哮喘疾病的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种哮喘疾病特异性生物标志物，例如图1中所列的哮喘疾病的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的哮喘疾病特异性外来体、或者包含一种或多种哮喘疾病特异性生物标志物的外来体，例如图1中所列的哮喘疾病的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征哮喘疾病的一种或多种系统来检测一种或多种哮喘疾病特异性生物标志物(例如图1中所列的哮喘疾病的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种哮喘疾病特异性生物标志物(例如图1中所列的哮喘疾病的那些)。
狼疮
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种狼疮疾病特异性生物标志物，例如图1中所列的狼疮疾病的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种狼疮疾病特异性生物标志物，例如图1中所列的狼疮疾病的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的狼疮疾病特异性外来体、或者包含一种或多种狼疮疾病特异性生物标志物的外来体，例如图1中所列的狼疮疾病的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征狼疮疾病的一种或多种系统来检测一种或多种狼疮疾病特异性生物标志物(例如图1中所列的狼疮疾病的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种狼疮疾病特异性生物标志物(例如图1中所列的狼疮疾病的那些)。
流行性感冒
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种流行性感冒疾病特异性生物标志物，例如图1中所列的流行性感冒疾病的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种流行性感冒疾病特异性生物标志物，例如图1中所列的流行性感冒疾病的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的流行性感冒疾病特异性外来体、或者包含一种或多种流行性感冒疾病特异性生物标志物的外来体，例如图1中所列的流行性感冒疾病的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征流行性感冒疾病的一种或多种系统来检测一种或多种流行性感冒疾病特异性生物标志物(例如图1中所列的流行性感冒疾病的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种流行性感冒疾病特异性生物标志物(例如图1中所列的流行性感冒疾病的那些)。
甲状腺癌
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种甲状腺癌特异性生物标志物，例如甲状腺乳头状癌特征的AKAP9-BRAF，CCDC6-RET，ERC1-RETM，GOLGA5-RET，HOOK3-RET，HRH4-RET，KTN1-RET，NCOA4-RET，PCM1-RET，PRKARA1A-RET，RFG-RET，RFG9-RET，Ria-RET，TGF-NTRK1，TPM3-NTRK1，TPM3-TPR，TPR-MET，TPR-NTRK1，TRIM24-RET，TRIM27-RET或TRIM33-RET；或者滤泡性甲状腺癌特征的PAX8-PPARy。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种甲状腺癌特异性生物标志物，例如图1中所列的甲状腺癌的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的甲状腺癌特异性外来体、或者包含一种或多种甲状腺癌特异性生物标志物的外来体，例如图1中所列的甲状腺癌的那些。
此外，还可以通过本文所述的用于表征甲状腺癌的一种或多种系统来检测一种或多种甲状腺癌特异性生物标志物(例如图1中所列的甲状腺癌的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种甲状腺癌特异性生物标志物(例如图1中所列的甲状腺癌的那些)。
基因融合
所评估的外来体的一种或多种生物标志物可以为基因融合，例如图59中所列出的一种或多种。融合基因为通过将两个之前分开的基因并列而创建的杂交基因。这种情况可以通过染色体易位或倒位、删除或通过反式剪接来形成。所得的融合基因可以导致基因的异常时空表达，例如使得细胞生长因子、血管再生术因子、肿瘤启动子或有助于细胞的赘生性转化和肿瘤创建的其他因子的异常表达。所述的融合基因可以由于以下条件的并列而具有致癌性，其中所述的条件为：1)与细胞生长因子的编码区域相邻的一个基因的强启动子区域、肿瘤启动子或导致基因表达增多的促进致癌性的其他基因；或者2)由于两个不同基因的编码区域发生融合，从而得到嵌合基因并由此得到具有异常活性的嵌合蛋白质。
融合基因的实例为BCR-ABL，其为～90％慢性粒细胞白血病(CML)发生异常的特征分子，并且为疾病白血病的子集(Kurzrock et al.，Annals ofInternal Medicine 2003；138(10)：819-830)。BCR-ABL是由于染色体9和22之间的易位所导致的。所述的易位将BCR基因的5’区域与ABL1的3’区域结合在一起，从而得到嵌合BCR-ABL1基因，该基因编码了具有构成性活性酪氨酸激酶活性的蛋白质(Mittleman et al.，Nature Reviews Cancer 2007；7(4)：233-245)。异常的酪氨酸激酶活性使得受调节的细胞信号传递被解除、细胞生长、细胞存活、细胞凋亡的抗性以及细胞因子依赖性，所有这些都有助于白血病的病例生理学(Kurzrock et al.，Annals of Internal Medicine2003；138(10)：819-830)。
另一个融合基因为IGH-MYC，其为～80％Burkitt淋巴瘤的指定特征(Ferry et al.Oncologist 2006；11(4)：375-83)。造成该结果的因果事件为染色体8与14之间的易位，从而得到与免疫球蛋白重链基因的强启动子相邻的c-Myc致癌基因，从而导致c-myc过表达(Mittleman et al.，NatureReviews Cancer 2007；7(4)：233-245)。c-myc重排为淋巴瘤基因的重要事件，这是由于其导致无限的增殖状态。其通过细胞循环、细胞分化、细胞凋亡和细胞粘附而对进程起到广泛的作用(Ferry et al.Oncologist 2006；11(4)：375-83)。
频发的融合基因的数量已经编码于Mittleman数据库(http://cgap.nci.nih.gov/Chromosomes/Mitelman)中，并且可以在外来体中进行评估，而且可以用于表征表现型。所述的基因融合可以用于表征恶性血液病或上皮肿瘤。例如可以检测TMPRSS2-ERG，TMPRSS2-ETV和SLC45A3-ELK4的融合情况并用于表征前列腺癌；并且ETV6-NTRK3和ODZ4-NRG1可以用于乳腺癌。
此外，评估融合基因的存在或缺乏情况、或者表达水平可以用于诊断表现型(例如癌症)以及监测对选择性疗法的治疗应答情况。例如，BCR-ABL融合基因的存在不仅为诊断CML的特征，而且为治疗CML的Novartis药剂甲磺酸伊马替尼(其为受体酪氨酸激酶的抑制剂)(Gleevec)。伊马替尼的治疗会产生分子应答(BCR-ABL+血细胞消失)，以及BCR-ABL+CML患者中改善的无进展存活期(Kantarjian et al.，ClinicalCancer Research 2007；13(4)：1089-1097)。
针对基因融合的存在、缺乏或表达水平来评估的外来体可以为混杂的外来体群体。备选地，所述的外来体可以衍生自特异性的细胞类型，例如细胞源特异性的外来体，如上文所述。
乳腺癌
为了表征乳腺癌，可以针对一种或多种乳腺癌特异性的融合(包括但不限于ETV6-NTRK3)来评估外来体。所述的外来体可以衍生自乳腺癌细胞。
肺癌
为了表征肺癌，可以针对一种或多种乳腺癌特异性的融合(包括但不限于RLF-MYCL1，TGF-ALK或CD74-ROS1)来评估外来体。所述的外来体可以衍生自肺癌细胞。
前列腺癌
为了表征前列腺癌，可以针对一种或多种前列腺癌特异性的融合(包括但不限于ACSL3-ETV1，C15ORF21-ETV1，FLJ35294-ETV1，HERV-ETV1，TMPRSS2-ERG，TMPRSS2-ETV1/4/5，TMPRSS2-ETV4/5，SLC5A3-ERG，SLC5A3-ETV1，SLC5A3-ETV5或KLK2-ETV4)来评估外来体。所述的外来体可以衍生自前列腺癌细胞。
脑癌
为了表征脑癌，可以针对一种或多种脑癌特异性的融合(包括但不限于GOPC-ROS1)来评估外来体。所述的外来体可以衍生自脑癌细胞。
头和颈部的癌症
为了表征头和颈部的癌症，可以针对一种或多种头和颈部的癌症的特异性的融合(包括但不限于CHCHD7-PLAG1，CTNNB1-PLAG1，FHIT-HMGA2，HMGA2-NFIB，LIFR-PLAG1或TCEA1-PLAG1)来评估外来体。所述的外来体可以衍生自头和颈部的癌症的细胞。
肾细胞癌(RCC)
为了表征RCC，可以针对一种或多种RCC特异性的融合(包括但不限于ALPHA-TFEB，NONO-TFE3，PRCC-TFE3，SFPQ-TFE3，CLTC-TFE3或MALAT1-TFEB)来评估外来体。所述的外来体可以衍生自RCC细胞。
甲状腺癌
为了表征甲状腺癌，可以针对一种或多种甲状腺癌特异性的融合(包括但不限于：甲状腺乳头状癌的特征，AKAP9-BRAF，CCDC6-RET，ERC1-RETM，GOLGA5-RET，HOOK3-RET，HRH4-RET，KTN1-RET，NCOA4-RET，PCM1-RET，PRKARA1A-RET，RFG-RET，RFG9-RET，Ria-RET，TGF-NTRK1，TPM3-NTRK1，TPM3-TPR，TPR-MET，TPR-NTRK1，TRIM24-RET，TRIM27-RET或TRIM33-RET；或者滤泡性甲状腺癌的特征，PAX8-PPARy)来评估外来体。所述的外来体可以衍生自甲状腺癌细胞。
血癌
为了表征血癌，可以针对一种或多种血癌特异性的融合(包括但不限于：急病淋巴性白血病(ALL)的特征，TTL-ETV6，CDK6-MLL，CDK6-TLX3，ETV6-FLT3，ETV6-RUNX1，ETV6-TTL，MLL-AFF1，MLL-AFF3，MLL-AFF4，MLL-GAS7，TCBA1-ETV6，TCF3-PBX1或TCF3-TFPT；T细胞急性淋巴性白血病(T-ALL)的特征，BCL11B-TLX3，IL2-TNFRFS17，NUP214-ABL1，NUP98-CCDC28A，TAL1-STIL或ETV6-ABL2；间变大细胞瘤(ALCL)的特征，ATIC-ALK，KIAA1618-ALK，MSN-ALK，MYH9-ALK，NPM1-ALK，TGF-ALK或TPM3-ALK；慢性粒细胞白血病(CML)的特征，BCR-ABL1，BCR-JAK2，ETV6-EVI1，ETV6-MN1或ETV6-TCBA1；AML的特征，CBFB-MYH11，CHIC2-ETV6，ETV6-ABL1，ETV6-ABL2，ETV6-ARNT，ETV6-CDX2，ETV6-HLXB9，ETV6-PER1，MEF2D-DAZAP1，AML-AFF1，MLL-ARHGAP26，MLL-ARHGEF12，MLL-CASC5，MLL-CBL，MLL-CREBBP，MLL-DAB21P，MLL-ELL，MLL-EP300，MLL-EPS15，MLL-FNBP1，MLL-FOXO3A，MLL-GMPS，MLL-GPHN，MLL-MLLT1，MLL-MLLT11，MLL-MLLT3，MLL-MLLT6，MLL-MYO1F，MLL-PICALM，MLL-SEPT2，MLL-SEPT6，MLL-SORBS2，MYST3-SORBS2，MYST-CREBBP，NPM1-MLF1，NUP98-HOXA13，PRDM16-EVI1，RABEP1-PDGFRB，RUNX1-EVI1，RUNX1-MDS1，RUNX1-RPL22，RUNX1-RUNX1T1，RUNX1-SH3D19，RUNX1-USP42，RUNX1-YTHDF2，RUNX1-ZNF687或TAF15-ZNF-384；慢性淋巴性白血病(CLL)的特征，CCND1-FSTL3；B细胞慢性淋巴细胞白血病(B-CLL)的特征，BCL3-MYC，MYC-BTG1，BCL7A-MYC，BRWD3-ARHGAP20或BTG1-MYC；弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的特征，CITTA-BCL6，CLTC-ALK，IL21R-BCL6，PIM1-BCL6，TFCR-BCL6，IKZF1-BCL6或SEC31A-ALK；嗜酸性粒细胞增多/慢性嗜酸性粒细胞增多的特征，FLIP1-PDGFRA，FLT3-ETV6，KIAA1509-PDGFRA，PDE4DIP-PDGFRB，NIN-PDGFRB，TP53BP1-PDGFRB或TPM3-PDGFRB；Burkitt淋巴瘤的特征，IGH-MYC或LCP1-BCL6)来评估外来体。所述的外来体可以衍生自血癌细胞。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种本文所述的基因融合特异性生物标志物，例如图59中所列的那些。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种基因融合，例如图59中所列的那些。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种基因融合的外来体，例如图59中所列的那些。
此外，本文还提供了用于检测一种或多种基因融合的检测系统，例如图59中所列的那些。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测图59中所列的一种或多种基因融合。一种或多种基因融合的检测可以用于表征癌症。
基因相关性MiRNA生物标志物
此外，所评估的一种或多种生物标志物还可以包括一种或多种基因，该基因选自PFKFB3，RHAMM(HMMR)，cDNA FLJ42103，ASPM，CENPF，NCAPG，雄性激素受体，EGFR，HSP90，SPARC，DNMT3B，GART，MGMT，SSTR3和TOP2B。此外，与所述的一种或多种基因相互作用的微小RNA还可以为生物标志物(例如参见图60)。此外，所述的一种或多种生物标志物可以用于表征前列腺癌。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种生物标志物，该生物标志物由PFKFB3，RHAMM(HMMR)，cDNAFLJ42103，ASPM，CENPF，NCAPG，雄性激素受体，EGFR，HSP90，SPARC，DNMT3B，GART，MGMT，SSTR3和TOP2B；或者与一种或多种基因相互作用的微小RNA(例如参见图60)构成。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，该生物标志物由PFKFB3，RHAMM(HMMR)，cDNA FLJ42103，ASPM，CENPF，NCAPG，雄性激素受体，EGFR，HSP90，SPARC，DNMT3B，GART，MGMT，SSTR3和TOP2B；或者与一种或多种基因相互作用的微小RNA(例如参见图60)构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种生物标志物的外来体，该生物标志物由PFKFB3，RHAMM(HMMR)，cDNA FLJ42103，ASPM，CENPF，NCAPG，雄性激素受体，EGFR，HSP90，SPARC，DNMT3B，GART，MGMT，SSTR3和TOP2B；或者与一种或多种基因相互作用的微小RNA(例如参见图60)构成。
此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测一种或多种前列腺癌特异性生物标志物(例如图60中所列的那些)。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的一种或多种前列腺癌特异性生物标志物(例如图60中所列的那些)。
与PFKFB3相互作用的miRNA可以为miR-513a-3p，miR-128，miR-488，miR-539，miR-658，miR-524-5p，miR-1258，miR-150，miR-216b，miR-377，miR-135a，miR-26a，miR-548a-5p，miR-26b，miR-520d-5p，miR-224，miR-1297，miR-1197，miR-182，miR-452，miR-509-3-5p，miR-548m，miR-625，miR-509-5p，miR-1266，miR-135b，miR-190b，miR-496，miR-616，miR-621，miR-650，miR-105，miR-19a，miR-346，miR-620，miR-637，miR-651，miR-1283，miR-590-3p，miR-942，miR-1185，miR-577，miR-602，miR-1305，miR-220c，miR-1270，miR-1282，miR-432，miR-491-5p，miR-548n，miR-765，miR-768-3p或miR-924，并且可以用作生物标志物。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种与PFKFB3相互作用的miRNA。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，而该生物标志物由与PFKFB3相互作用的miRNA构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种与PFKFB3相互作用的miRNA的外来体。此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测与PFKFB3相互作用的一种或多种miRNA。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的与PFKFB3相互作用的一种或多种一种或多种miRNA。
与RHAMM相互作用的miRNA可以为miR-936，miR-656，miR-105，miR-361-5p，miR-194，miR-374a，miR-590-3p，miR-186，miR-769-5p，miR-892a，miR-380，miR-875-3p，miR-208a，miR-208b，miR-586，miR-125a-3p，miR-630，miR-374b，miR-411，miR-629，miR-1286，miR-1185，miR-16，miR-200b，miR-671-5p，miR-95，miR-421，miR-496，miR-633，miR-1243，miR-127-5p，miR-143，miR-15b，miR-200c，miR-24或miR-34c-3p。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种与RHAMM相互作用的miRNA。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，而该生物标志物由与RHAMM相互作用的miRNA构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种与RHAMM相互作用的miRNA的外来体。此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测与RHAMM相互作用的一种或多种miRNA。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的与RHAMM相互作用的一种或多种一种或多种miRNA。
与CENPF相互作用的miRNA可以为miR-30c，miR-30b，miR-190，miR-508-3p，miR-384，miR-512-5p，miR-548p，miR-297，miR-520f，miR-376a，miR-1184，miR-577，miR-708，miR-205，miR-376b，miR-520g，miR-520h，miR-519d，miR-596，miR-768-3p，miR-340，miR-620，miR-539，miR-567，miR-671-5p，miR-1183，miR-129-3p，miR-636，miR-106a，miR-1301，miR-17，miR-20a，miR-570，miR-656，miR-1263，miR-1324，miR-142-5p，miR-28-5p，miR-302b，miR-452，miR-520d-3p，miR-548o，miR-892b，miR-302d，miR-875-3p，miR-106b，miR-1266，miR-1323，miR-20b，miR-221，miR-520e，miR-664，miR-920，miR-922，miR-93，miR-1228，miR-1271，miR-30e，miR-483-3p，miR-509-3-5p，miR-515-3p，miR-519e，miR-520b，miR-520c-3p或miR-582-3p。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种与CENPF相互作用的miRNA。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，而该生物标志物由与CENPF相互作用的miRNA构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种与CENPF相互作用的miRNA的外来体。此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测与CENPF相互作用的一种或多种miRNA。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的与CENPF相互作用的一种或多种一种或多种miRNA。
与NCAPG相互作用的miRNA可以为miR-876-5p，miR-1260，miR-1246，miR-548c-3p，miR-1224-3p，miR-619，miR-605，miR-490-5p，miR-186，miR-448，miR-129-5p，miR-188-3p，miR-516b，miR-342-3p，miR-1270，miR-548k，miR-654-3p，miR-1290，miR-656，miR-34b，miR-520g，miR-1231，miR-1289，miR-1229，miR-23a，miR-23b，miR-616或miR-620。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种与NCAPG相互作用的miRNA。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，而该生物标志物由与NCAPG相互作用的miRNA构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种与NCAPG相互作用的miRNA的外来体。此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测与NCAPG相互作用的一种或多种miRNA。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的与NCAPG相互作用的一种或多种一种或多种miRNA。
与雄性激素受体相互作用的miRNA可以为miR-124a，miR-130a，miR-130b，miR-143，miR-149，miR-194，miR-29b，miR-29c，miR-301，miR-30a-5p，miR-30d，miR-30e-5p，miR-337，miR-342，miR-368，miR-488，miR-493-5p，miR-506，miR-512-5p，miR-644，miR-768-5p或miR-801。
与EGFR相互作用的miRNA可以为miR-105，miR-128a，miR-128b，miR-140，miR-141，miR-146a，miR-146b，miR-27a，miR-27b，miR-302a，miR-302d，miR-370，miR-548c，miR-574，miR-587或miR-7。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种与AR相互作用的miRNA。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，而该生物标志物由与AR相互作用的miRNA构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种与AR相互作用的miRNA的外来体。此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测与AR相互作用的一种或多种miRNA。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的与AR相互作用的一种或多种一种或多种miRNA。
与HSP90相互作用的miRNA可以为miR-1，miR-513a-3p，miR-548d-3p，miR-642，miR-206，miR-450b-3p，miR-152，miR-148a，miR-148b，miR-188-3p，miR-23a，miR-23b，miR-578，miR-653，miR-1206，miR-192，miR-215，miR-181b，miR-181d，miR-223，miR-613，miR-769-3p，miR-99a，miR-100，miR-454，miR-548n，miR-640，miR-99b，miR-150，miR-181a，miR-181c，miR-522，miR-624，miR-130a，miR-130b，miR-146，miR-148a，miR-148b，miR-152，miR-181a，miR-181b，miR-181c，miR-204，miR-206，miR-211，miR-212，miR-215，miR-223，miR-23a，miR-23b，miR-301，miR-31，miR-325，miR-363，miR-566，miR-9或miR-99b。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种与HSP90相互作用的miRNA。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，而该生物标志物由与HSP90相互作用的miRNA构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种与HSP90相互作用的miRNA的外来体。此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测与HSP90相互作用的一种或多种miRNA。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的与HSP90相互作用的一种或多种一种或多种miRNA。
与SPARC相互作用的miRNA可以为miR-768-5p，miR-203，miR-196a，miR-569，miR-187，miR-641，miR-1275，miR-432，miR-622，miR-296-3p，miR-646，miR-196b，miR-499-5p，miR-590-5p，miR-495，miR-625，miR-1244，miR-512-5p，miR-1206，miR-1303，miR-186，miR-302d，miR-494，miR-562，miR-573，miR-10a，miR-203，miR-204，miR-211，miR-29，miR-29b，miR-29c，miR-339，miR-433，miR-452，miR-515-5p，miR-517a，miR-517b，miR-517c，miR-592或miR-96。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种与SPARC相互作用的miRNA。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，而该生物标志物由与SPARC相互作用的miRNA构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种与SPARC相互作用的miRNA的外来体。此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测与SPARC相互作用的一种或多种miRNA。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的与SPARC相互作用的一种或多种一种或多种miRNA。
与DNMT3B相互作用的miRNA可以为miR-618，miR-1253，miR-765，miR-561，miR-330-5p，miR-326，miR-188，miR-203，miR-221，miR-222，miR-26a，miR-26b，miR-29a，miR-29b，miR-29c，miR-370，miR-379，miR-429，miR-519e，miR-598，miR-618或miR-635。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种与DNMT3B相互作用的miRNA。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，而该生物标志物由与DNMT3B相互作用的miRNA构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种与DNMT3B相互作用的miRNA的外来体。此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测与DNMT3B相互作用的一种或多种miRNA。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的与DNMT3B相互作用的一种或多种一种或多种miRNA。
与GART相互作用的miRNA可以为miR-101，miR-141，miR-144，miR-182，miR-189，miR-199a，miR-199b，miR-200a，miR-200b，miR-202，miR-203，miR-223，miR-329，miR-383，miR-429，miR-433，miR-485-5p，miR-493-5p，miR-499，miR-519a，miR-519b，miR-519c，miR-569，miR-591，miR-607，miR-627，miR-635，miR-636或miR-659。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种与GART相互作用的miRNA。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，而该生物标志物由与GART相互作用的miRNA构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种与GART相互作用的miRNA的外来体。此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测与GART相互作用的一种或多种miRNA。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的与GART相互作用的一种或多种一种或多种miRNA。
与MGMT相互作用的miRNA可以为miR-122a，miR-142-3p，miR-17-3p，miR-181a，miR-181b，miR-181c，miR-181d，miR-199b，miR-200a，miR-217，miR-302b，miR-32，miR-324-3p，miR-34a，miR-371，miR-425-5p，miR-496，miR-514，miR-515-3p，miR-516-3p，miR-574，miR-597，miR-603，miR-653，miR-655，miR-92，miR-92b或miR-99a。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种与MGMT相互作用的miRNA。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，而该生物标志物由与MGMT相互作用的miRNA构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种与MGMT相互作用的miRNA的外来体。此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测与MGMT相互作用的一种或多种miRNA。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的与MGMT相互作用的一种或多种一种或多种miRNA。
与SSTR3相互作用的miRNA可以为miR-125a，miR-125b，miR-133a，miR-133b，miR-136，miR-150，miR-21，miR-380-5p，miR-504，miR-550，miR-671，miR-766或miR-767-3p。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种与SSTR3相互作用的miRNA。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，而该生物标志物由与SSTR3相互作用的miRNA构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种与SSTR3相互作用的miRNA的外来体。此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测与SSTR3相互作用的一种或多种miRNA。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的与SSTR3相互作用的一种或多种一种或多种miRNA。
与TOP2B相互作用的miRNA可以为miR-548f，miR-548a-3p，miR-548g，miR-513a-3p，miR-548c-3p，miR-101，miR-653，miR-548d-3p，miR-575，miR-297，miR-576-3p，miR-548b-3p，miR-624，miR-548n，miR-758，miR-1253，miR-1324，miR-23b，miR-320a，miR-320b，miR-1183，miR-1244，miR-23a，miR-451，miR-568，miR-1276，miR-548e，miR-590-3p，miR-1，miR-101，miR-126，miR-129，miR-136，miR-140，miR-141，miR-144，miR-147，miR-149，miR-18，miR-181b，miR-181c，miR-182，miR-184，miR-186，miR-189，miR-191，miR-19a，miR-19b，miR-200a，miR-206，miR-210，miR-218，miR-223，miR-23a，miR-23b，miR-24，miR-27a，miR-302，miR-30a，miR-31，miR-320，miR-323，miR-362，miR-374，miR-383，miR-409-3p，miR-451，miR-489，miR-493-3p，miR-514，miR-542-3p，miR-544，miR-548a，miR-548b，miR-548c，miR-548d，miR-559，miR-568，miR-575，miR-579，miR-585，miR-591，miR-598，miR-613，miR-649，miR-651，miR-758，miR-768-3p或miR-9。
此外，本文还提供了经分离的外来体，其包含一种或多种一种或多种与TOP2B相互作用的miRNA。此外，还提供了包含经分离的外来体的组合物。因此，在某些实施方案中，所述的组合物包含外来体群体，该群体包含一种或多种生物标志物，而该生物标志物由与TOP2B相互作用的miRNA构成。所述的组合物可以包含相当富集的外来体群体，其中所述的外来体群体为基本均质的包含一种或多种与TOP2B相互作用的miRNA的外来体。此外，还可以通过本文所述的一种或多种系统来检测与TOP2B相互作用的一种或多种miRNA。例如，检测系统可以包含一种或多种探针，从而检测生物学样品中一种或多种外来体的与TOP2B相互作用的一种或多种一种或多种miRNA。
生物学特征：生物标志物的检测
可以定性或定量检测生物学特征。可以按照上文所述来表征外来体的水平。对外来体的分析可以包括检测外来体的水平以及确定外来体的生物标志物。确定外来体的水平或量可以与确定外来体的生物标志物联合实施。备选地，可以在确定外来体的生物标志物之前或之后来确定外来体的量。可以使用分析组织或细胞的生物标志物的方法来分析与外来体有关的或者外来体所包含的生物标志物。
例如，可以通过以下方法来检测生物标志物，所述的方法为微阵列分析，PCR(包括基于PCR的方法，例如RT-PCR，qPCR等)，与等位基因特异性探针杂交，酶的突变检测，连接酶链反应(LCR)，寡核苷酸连接的测定(OLA)，流式细胞计数异源双链核酸分子分析，错配的化学断裂，质谱，核酸测序，单链构象多态性(SSCP)，变性梯度凝胶电泳(DGGE)，温度梯度凝胶电泳(TGGE)，限制片段长度多态性，基因表达的系列分析(SAGE)或它们的任何组合。可以在检测之前扩增所述的生物标志物，例如核酸。此外，还可以通过免疫印迹、免疫沉淀反应、ELISA、RIA、流式细胞计数仪或电子显微镜来检测生物标志物。
检测生物标志物的一种方法可以包括按照上文所述纯化或分离生物学样品中混杂的外来体群体，并实施夹心测定。可以使用一级抗体(例如与基底(例如阵列、孔或粒子)结合的抗体)捕获所述群体中的外来体。可以使用检测抗体来检测捕获的或结合的外来体。例如，所述的检测抗体可以针对所述外来体的抗原。所述的检测抗体可以是直接标记并检测的。备选地，酶连接的二级抗体可以与所述的检测抗体反应。加入检测试剂或检测底物，并检测所述的反应，例如PCT公开No.WO2009092386中所述。所述的一级抗体可以为抗Rab5b抗体，而所述的检测抗体可以为抗CD6或抗小窝蛋白1。备选地，所述的捕获抗体可以为针对CD9，PSCA，TNFR，CD63，B7H3，MFG-E8，EpCam，Rab，CD81，STEAP，PCSA，PSMA或5T4的抗体。所述的检测抗体可以为针对CD63，CD9，CD81，B7H3或EpCam的抗体。
在某些实施方案中，所述的捕获剂与EpCam结合或靶向EpCam，并且所检测的外来体上的一种或多种生物标志物为CD9和/或CD63。在其他实施方案中，所述的捕获剂靶向PCSA，并且所检测的捕获外来体上的一种或多种生物标志物为B7H3和/或PSMA。在其他实施方案中，所述的捕获剂靶向CD63，并且所检测的外来体上的一种或多种生物标志物为CD81，CD83，CD9，CD63或它们的任何组合。不同的捕获剂与生物标志物的组合可以用于表征表现型，例如前列腺癌或结肠癌。例如，可以使用靶向EpCam的捕获剂来捕获一种或多种外来体，并检测CD9或CD63；可以使用靶向PCSA的捕获剂来捕获一种或多种外来体，并检测B7H3和PSMA；或者可以使用靶向CD63的捕获剂来捕获一种或多种外来体，并检测CD81；从而可以用于表征前列腺癌。可以使用靶向CD63的捕获剂来捕获一种或多种外来体，并检测CD63；或者可以使用靶向CD9的捕获剂来捕获一种或多种外来体，并检测CD63；从而可以用于表征结肠癌。
其他方法可以包括具有固定化分子作为捕获剂的平坦基底(例如阵列(即，生物芯片或微阵列))的用途，其中所述的平坦基底有利于外来体特定生物学特征的检测。所述的阵列可以作为测定外来体的试剂盒的一部分的形式提供。鉴定上文所述的及图3-60中所示的生物标志物的分子以及图1中所示的抗原可以包含在用于检测和诊断疾病(包括症状前疾病)的定制阵列中。包含生物学分子(其特异性地鉴定所选的生物标志物)的阵列可以用于使用本说明书所提供的数据而发展成信息数据库。鉴定生物学特征的其他生物学分子(其可以在多元预测模型中得到改善的交叉确认错误率(例如逻辑回归、判别分析或回归树模型))可以包含在定制阵列中。
定制的阵列提供了研究疾病、状况或症状的生物学的机会，并概括以定义的生理学状态释放的外来体。可以选择具有显著意义的标准p值(0.05)来排除或包括在鉴定特定生物标志物的微阵列上的其他特异性生物学分子。
平坦的阵列通常可以以阵列形式包含生物学分子的地址可寻的位置(例如便签、地址或微位置)。阵列的尺寸取决于所述的组合物以及阵列的最终用途。可以制得包含大约2种不同的分子至数千种不同分子的阵列。通常，所述的阵列可以包含2种至100000或更多种分子，该数量取决于阵列的最终用途以及制造方法。微阵列通常可以包含至少一者生物学分子，该分子鉴定或捕获存在于特异性细胞源外来体的生物学特征中的生物标志物。在某些实施方案中，本发明的组合物可以不为阵列形式；即，对于某些实施方案而言，还可以制得包含单一生物学分子的组合物。此外，在某些阵列中，可以使用不同组成或相同组成的多重基底。因此，例如，大型的平坦阵列可以包含多种较小的基底。
本发明的阵列涵盖了用于检测生物标志物的任何方式。例如，微阵列可以为提高了识别分子(例如抗体)的高密度固定化阵列的生物芯片，其中以间接方式(例如通过荧光)监测生物标志物的结合。此外，阵列可以为这样的形式，其涉及通过生物化学或分子间的相互作用来捕获蛋白质(外加通过质谱(MS)进行直接检测)。
可以用于检测外来体生物学特征的生物标志物的阵列和微阵列可以根据美国专利No.6,329,209；6,365,418；6,406,921；6,475,808；以及6,475,809和美国专利申请系列No.10/884,269中所述的方法来制得，其中所述的文献以引用方式全文并入本文。此外，可以使用上述专利中所述的方法制得用于检测特异性选择的本文所述的多组生物标志物的新型阵列。此外，还可以使用市售可得的微阵列(例如用于蛋白质或核酸的检测)，例如得自Affymetrix(Santa Clara，CA)，Illumina(San Diego，CA)，Agilent(Santa Clara，CA)，Exiqon(Denmark)或Invitrogen(Carlsbad，CA)。
在许多实施方案中，固定化的分子或者待固定的分子为蛋白质或肽。一种或多种类型的蛋白质可以被固定在表面上。在某些实施方案中，使用使蛋白质的变性程度最小化(其可以使蛋白质的活性变化最小)或者使蛋白质与其固定化的表面之间的相互作用最小化的方法和材料来固定所述的蛋白质。
可以使用的表面可以为任何所需的形状(形式)和尺寸。表面的非限定性实例包括芯片、连续的表面、弧形表面、韧性表面、薄膜、平板、片、管等。所述的表面可以具有大约几平方微米至大约500cm2的面积。根据本发明的表面的面积、长和宽可以根据待实施的测定方法的需求而变化。需要考虑的事项可以包括(例如)触感的舒适度、所形成表面的材料的限定、检测系统的需要、沉积系统的需要(例如点样仪)等。
在某些实施方案中，需要使用物理方式来分离多组或多阵列的结合的岛或固定化的生物学分子：这种物理分离将不同的组或阵列暴露于不同的所关注的溶液中。因此，在某些实施方案中，阵列处于具有任何数量的孔的微孔板中。在这种实施方案中，所述孔的底部可以起到形成阵列的表面的作用，或者阵列可以在其他表面上形成然后被放置在孔中。在某些实施方案中，例如在使用不具有孔的表面的情况下，可以形成结合的岛；或者分子可以被固定在表面上以及具有空间排列的洞的衬垫上，使得它们相应于所述的岛；或者生物学分子可以被放置在所述的表面上。所述的衬垫优选为液体密闭的。衬垫可以在制造阵列的过程中的任何时间放置在表面上，并且如果分离的各组或阵列不再需要，则可以除去。
固定化的分子可以与覆盖在固定化分子上方的生物学样品中所存在的外来体结合。备选地，所述的固定化的分子修饰了覆盖在固定化分子上方的外来体中所存在的分子，或者被该分子所修饰。
可以使用本领域已知的检测技术来检测溶液中或固定化在阵列上的分子的修饰或结合情况。这种技术的实例包括免疫技术，例如竞争性结合测定和夹心测定；使用诸如共聚焦扫描仪、共聚焦显微镜或基于CCD的系统之类的装置以及诸如荧光、荧光偏振(FP)、荧光共振能量转移(FRET)、全内反射荧光(TIRF)、荧光相关谱(FCS)之类的技术进行荧光检测；比色/光谱技术；表面等离子共振技术，通过该技术可以测量被表面所吸附的材料的质量变化；使用放射性同位素的技术，包括传统的同位素结合以及闪烁亲和测定法(SPA)；质谱，例如基质辅助激光解吸/电离质谱(MALDI)和MALDI飞行时间(TOF)质谱；椭圆光度法，其为测量蛋白质薄膜厚度的光学方法；石英晶体微天平(QCM)，其为测量吸附在表面上的材料质量的极其敏感的方法；扫描探针显微镜，例如AFM和SEM；以及诸如电气化学、阻抗技术、声学技术、微波和IR/Raman检测之类的技术。例如参见Mere L，et al.，″Miniaturized FRET assays and microfluidics：key components forultra-high-throughput screening，″Drug Discovery Today 4(8)：363-369(1999)，and references cited therein；Lakowicz J R，Principles of FluorescenceSpectroscopy，2nd Edition，Plenum Press(1999)，或Jain KK：Integrative Omics，Pharmacoproteomics，and Human Body Fluids.In：Thongboonkerd，V，ed.，ed.Proteomics of Human Body Fluids：Principles，Methods and Applications.Volume 1：Totowa，N.J.：Humana Press，2007，这些文献的每一份均以引用方式全文并入本文。
微阵列技术可以与质谱(MS)分析和其他工具相结合。对质谱进行电喷雾的界面可以与微流体装置中的毛细管结合。例如，一种市售可得的系统包含eTag报告物，其为具有独特且良好定义的电泳流动性的荧光标记物；各个标记物均通过可断裂的键而与生物或化学探针偶联。各个eTag报告物的不同的流动性地址使得这些标记物的混合物可以快速地去卷曲并通过毛细管电泳定量。该系统可以使同一样品同时进行基因表达、蛋白质表达和蛋白质功能分析，Jain KK：Integrative Omics，Pharmacoproteomics，andHuman Body Fluids.In：Thongboonkerd V，ed.，ed.Proteomics of Human BodyFluids：Principles，Methods and Applications.Volume 1：Totowa，N.J.：Humana Press，2007，这些文献均以引用方式全文并入本文。
这些生物芯片可以包含用于微流体或纳米流体测定的成分。微流体装置可以用于分离外来体(例如本文中所述)以及分析所述的外来体(例如确定生物学特征)。这种系统使得方法可以(可以用于捕获外来体、检测外来体生物标志物或其他方法)小型化及划分。在所述系统的至少一个方面中，所述的微流体装置可以使用检测试剂，并且这种检测试剂可以用于检测外来体的一种或多种生物标志物。例如，所述的装置可以检测经分离的外来体上或结合的外来体上的生物标志物。可以通过使用微流体装置来检测经分离的外来体样品的一种或多种生物标志物。例如，多种探针、抗体、蛋白质或其他结合剂可以用于检测生物标志物。所述的检测试剂可以固定化在微流体装置的不同划分区域上，或者通过所述装置的多个通道进入到杂交或检测反应区域。
微流体装置中的外来体可以被溶解，并且可以在微流体装置中检测所述的内含物(例如蛋白质或核酸，如DNA或RNA(如miRNA，mRNA))。可以在检测之前扩增核酸，或者在微流体装置中直接检测。因此，微流体系统还可以用于倍增检测多种生物标志物。
新型的纳米加工技术开启了生物传感器(其依赖于高密度且精确的阵列的纳米加工技术，例如基于核苷酸的芯片和蛋白质阵列，也称为混杂的纳米阵列)应用的可能性。纳米流体可以进一步减少微芯片中流体分析物的量，并且本文所用的芯片称为纳米芯片。(例如参见Unger M et al.，Biotechniques 1999；27(5)：1008-14，Kartalov EP et al.，Biotechniques 2006；40(1)：85-90，该文献以引用方式全文并入本文。)目前，市售可得的纳米芯片提供了简单的单步骤测定方法，例如总胆固醇、总蛋白或葡萄糖测定方法，其可以通过将样品与试剂相结合，混合并检测所述的反应来运行。基于液相色谱(LC)和纳米LC分离(Cutillas et al.Proteomics，2005；5：101-112and Cutillas et al.，Mol Cell Proteomics 2005；4：1038-1051，该文献以引用方式全文并入本文)的无凝胶分析方法可以与纳米芯片结合使用。
适用于鉴定疾病、状况、症状或生理学情况的阵列可以包含在试剂盒中。此外，这种试剂盒还可以包含用于制备将分子固定到结合岛或者阵列区域上的试剂(非限定性实例)；用于检测外来体或外来体成分与固定化的分子的结合情况的试剂以及使用说明书。
此外，本文还提供了有利于检测生物学样品中外来体的特定生物学特征的快速检测装置。该装置可以将生物学样品的制备以及聚合酶链式反应(PCR)集成在芯片上。所述的装置可以有利于检测生物学样品中外来体的特定生物学特征，其实例以在Pipper et al.，Angewandte Chemie，47(21)，p.3900-3904(2008)中所描述的方式提供，该文献以引用方式全文并入本文。可以使用用于诊断的微/纳米电气化学系统(MEMS/NEMS)传感器和口服流体来引入外来体的生物学特征，如在Li et al.，Adv Dent Res 18(1)：3-5(2005)中所述，该文献以引用方式全文并入本文。
作为平坦阵列的备选物，使用粒子的测定(例如基于珠的测定，如本文所述)可以与流式细胞计数仪结合使用。可以使用多参数测定方法或其他高产量的检测测定方法(使用了具有同源配基的珠的涂料以及与高度敏感性自动化技术相一致的具有特异性活性的报告分子)。在基于珠的测定系统中，结合剂(例如外来体的抗体)可以被固定化在地址可寻的微球上。用于各个个体结合测定的各种结合剂与不同类型的微球(即，微珠)偶联，并且测定反应在微球的表面上进行，例如图64A所描述的那样。用于外来体的结合剂(例如捕获抗体)与珠偶联。具有不同荧光强度的染色微球分别加载有它们的合适的结合剂或捕获探针。可以根据需要将携带不同结合剂的不同组别的珠汇聚在一起，从而形成定制珠阵列。然后，将珠阵列在单个反应容器中与样品温育，从而进行测定。可以使用的或者适用于外来体的微流体装置的实例包括但不限于本文所述的那些。
可以使用基于荧光的报告系统检测所述的生物标志物与它们的固定化捕获分子或结合剂形成的产物(例如参见图64A)。所述的生物标志物可以通过荧光团直接标记，或者通过第二荧光标记的捕获生物学分子检测。在流式细胞计数仪中测量衍生自捕获的生物标志物的信号强度。流式细胞计数仪首先通过各颜色密码来鉴定各微球。例如，不同的珠可以染色有不同的荧光强度，使得具有不同强度的各珠具有不同的结合剂。所述的珠可以标记或染色有至少2种不同的标记物或染料。在某些实施方案中，所述的珠标记有至少3，4，5，6，7，8，9或10种不同的标记物。此外，具有多于一种标记物或染料的珠还可以具有不同比例和组成的标记物或染料。所述的珠可以在外部标记或染色，或者可以具有内部荧光或信号标记物。
各个珠上捕获的生物标志物的量可以通过对结合的靶物具有特异性的第二颜色荧光来测量。这可以在同一试验中由单一的样品得到倍增量的多种靶物。可以对比敏感性、可靠性和精确性，或者可以改善为标准的微量滴定ELISA方法。基于珠的系统的益处在于外来体的捕获生物学分子或结合剂与不同的微球单独偶联，由此提供了倍增。例如，如图64B所描述的那样，5种不同的待检测(通过针对抗原的抗体检测，例如CD63，CD9，CD81，B7H3和EpCam)生物标志物与20种生物标志物(针对该标志物来捕获所述的外来体(使用了捕获抗体，例如针对CD9，PSCA，TNFR，CD63，B7H3，MFG-E8，EpCam，Rab，CD81，STEAP，PCSA，PSMA和5T4的抗体))可以得到100种待检测的组合。因此，可以使用检测试剂(例如抗体)来检测捕获的外来体。所述的检测试剂可以是直接或间接标记的，例如上文所述的那样。
可以进行至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，25，50，75或100种不同生物标志物的倍增。例如，可以使用多种不同标记的粒子来进行混杂外来体群体的测定。可以具有至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，25，50，75或100种不同标记的粒子。所述的粒子可以使用例如标签由外部标记，或者它们可以是内部标记的。各种不同标记的粒子可以与外来体的捕获剂偶联，例如结合剂，从而捕获外来体。然后，可以通过多种结合剂来检测捕获外来体的生物标志物。所述的结合剂可以是直接标记的，并由此进行检测。备选地，所述的结合剂被第二种试剂标记。例如，所述的结合剂可以为针对外来体上的生物标志物的抗体。所述的结合剂与生物素连接。第二种试剂包括与报告物连接的链霉亲和素，并且可以加入以用于检测所述的生物标志物。在某些实施方案中，可以针对至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，25，50，75或100种不同的生物标志物来测定捕获的外来体。例如，如图70所描述的那样，多种检测剂(即，检测捕获外来体的多种生物标志物)可以增加所得的信号，得到增加的敏感性、特异性或者这二者，并且可以使用较少量的样品。
此外，基于ELISA的方法(如夹心测定方法)还可以用于检测外来体上的生物标志物。结合剂或捕获剂可以与孔结合，例如针对外来体抗原的抗体。可以根据本文所述的方法来检测捕获外来体上的生物标志物。
可以通过质谱或流式细胞计数仪来分析肽或蛋白质的生物标志物。此外，还可以根据本领域公知的方法通过免疫细胞化学染色、Western印记、电泳、色谱或x射线结晶学来在外来体上进行外来体的蛋白质组分析。在其他实施方案中，可以使用Chromy et al.J Proteome Res，2004；3：1120-1127(该文献以引用方式全文并入本文)中所述的2D差异凝胶电泳或者使用Zhang et al.Mol Cell Proteomics，2005；4：144-155(该文献以引用方式全文并入本文)中所述的液相色谱质谱来分析外来体的蛋白质生物学特征。外来体可以经受例如Berger et al.，Am J Pharmacogenomics，2004；4：371-381中所述的、基于活性的蛋白质概况，所述文献以引用方式全文并入本文。在其他实施方案中，可以使用Pisitkun et al.，Proc Natl Acad Sci USA，2004；101：13368-13373中所述的纳升电喷雾液相色谱-串联质谱来概括外来体，所述文献以引用方式全文并入本文。在另一个实施方案中，使用串联质谱(MS)(例如液相色谱/MS/MS(LC-MS/MS)，使用例如LTQ和LTQ-FT离子阱技术质谱仪)来概括外来体。可以按照Smalley et al.，J Proteome Res，2008；7：2088-2096所述比较谱数来确定蛋白质的鉴定并评估相对的量，所述文献以引用方式全文并入本文。
此外，可以在例如分析细胞源特异性的外来体之后，鉴定外来体的蛋白质表达，这种外来体可以再次悬浮于缓冲剂中，使用细胞离心法在粘性玻片上在100xg下离心(例如)3分钟进行制备，以用于免疫细胞化学染色。可以将细胞离心涂片风干过夜，并储存在-80℃下，直到进行染色。然后固定玻片并用无血清的封闭试剂封闭。之后，将所述的玻片与特异性的抗体温育，从而检测所关注蛋白质的表达情况。在某些实施方案中，所述的外来体在进行蛋白质表达分析之前是未被纯化、分离或浓缩的。
诸如经分离的细胞源特异性的外来体之类的外来体可以通过分析新陈代谢标志物或新陈代谢物来进行表征，其中所述的新陈代谢标志物或新陈代谢物也可以形成外来体的生物学特征。已经描述了多种新陈代谢物导向的方法，例如新陈代谢靶物的分析、新陈代谢物的概况或者新陈代谢的指纹图谱，例如参见Denkert et al.，Molecular Cancer 2008；7：4598-4617，Ellis et al.，Analyst 2006；8：875-885，Kuhn et al.，Clinical Cancer Research2007；24：7401-7406，Fiehn O.，Comp Funct Genomics 2001；2：155-168，Fancy et al.，Rapid Commun Mass Spectrom 20(15)：2271-80(2006)，Lindon etal.，Pharm Res，23(6)：1075-88(2006)，Holmes et al.，Anal Chem.2007 Apr1；79(7)：2629-40.Epub 2007 Feb 27.Erratum in：Anal Chem.2008 Aug1；80(15)：6142-3，Stanley et al.，Anal Biochem.2005 Aug 15；343(2)：195-202.，et al.，J Biol Chem.2003 Nov 14；278(46)：45915-23，这些文献以引用方式全文并入本文。
可以通过Jain KK：Integrative Omics，Pharmacoproteomics，and HumanBody Fluids.In：Thongboonkerd V，ed.，ed.Proteomics of Human Body Fluids：Principles，Methods andApplications.Volume 1：Totowa，N.J.：Humana Press，c2007.，2007中所述的系统来分析得自外来体的肽，该文献以引用方式全文并入本文。该系统可以生成在体液以及外来体中存在的蛋白质的敏感性分子指纹图谱。商业用途(包括色谱/质谱以及人体中所有稳定的新陈代谢物的参照文库的使用，例如Paradigm Genetic’s Human Metabolome Project)可以用于确定外来体(例如经分离的细胞源特异性的外来体)的新陈代谢物的生物学特征。用于分析新陈代谢的概况的其他方法可以包括在美国专利No.6,683,455(Metabometrix)、美国专利申请公开No.20070003965和20070004044(Biocrates Life Science)中所述的方法和装置，所述的文献以引用方式全文并入本文。其他蛋白质组概况的技术在Kennedy，Toxicol Lett120：379-384(2001)，Berven et dl.，Curr Pharm Biotechnol 7(3)：147-58(2006)，Conrads et al.，Expert Rev Proteomics 2(5)：693-703，Decramer et al.，World JUrol 25(5)：457-65(2007)，Decramer et al.，Mol Cell Proteomics 7(10)：1850-62(2008)，Decramer et al.，Contrib Nephrol，160：127-41(2008)，Diamandis，J Proteome Res 5(9)：2079-82(2006)，Immler et al.，Proteomics6(10)：2947-58(2006)，Khan et al.，J Proteome Res 5(10)：2824-38(2006)，Kumar et al.，Biomarkers 11(5)：385-405(2006)，Noble et al.，Breast CancerRes Treat 104(2)：191-6(2007)，Omenn，Dis Markers 20(3)：131-4(2004)，Powell et al.，Expert Rev Proteomics 3(1)：63-74(2006)，Rai et al.，Arch PatholLab Med，126(12)：1518-26(2002)，Ramstrom et al.，Proteomics，3(2)：184-90(2003)，Tammen et al.，Breast Cancer Res Treat，79(1)：83-93(2003)，Theodorescu et al.，Lancet Oncol，7(3)：230-40(2006)，或Zurbig et al.，Electrophoresis，27(11)：2111-25(2006)中有所描述。
对于mRNA、miRNA或其他小RNA的分析而言，可以使用用于分离核酸的任何其他已知的方法(例如在美国专利申请公开No.2008132694中所述的方法，该文献以引用方式全文并入本文)首先由外来体中分离总RNA。所述的方法包括但不限于用于实施基于膜的RNA纯化的试剂盒，该试剂盒是市售可得的。通常，试剂盒可以用于由细胞和组织进行小规模(30mg或更少)的制备RNA，用于由细胞和组织进行中等规模(250mg组织)的制备RNA，以及用于由细胞和组织进行大规模(1g最多)的制备RNA。用于有效地分离包含小RNA的总RNA的其他市售可得的试剂盒也是可用的。
备选地，可以使用美国专利No.7,267,950中所述的方法来分离RNA，所述的文献以引用方式全文并入本文。美国专利No.7,267,950描述了由生物学系统(细胞、细胞片段、细胞器、组织、器官或有机体)中提取RNA的方法，其中可以将包含RNA的溶液与RNA可以结合的基底相结合，并通过施加负压而由所述的基底上回收RNA。备选地，可以使用在美国专利申请No.20050059024(其描述了小RNA分子的分离)中所述的方法来分离RNA，所述的文献以引用方式全文并入本文。其他方法在美国专利申请No.20050208510、20050277121、20070238118中有所描述，所述的每一份均以引用方式全文并入本文。
在一个实施方案中，可以在由样品中分离得到的外来体的mRNA上进行mRNA表达的分析。在某些实施方案中，所述的外来体为细胞源特异性的外来体。由这些外来体所产生的表达模式可以为给定的疾病状态、疾病阶段、治疗相关性特征或生理学状况的指示。一旦分离得到总RNA，则可以合成cDNA，并根据制造商提供的方案来进行针对特定mRNA靶物进行qRT-PCR测定(例如Applied Biosystem’s Taqman
Figure BPA00001397863901441
测定)，或者实施表达微阵列以观察一个试验中高度倍增的多组表达标志物。用于建立基因表达概况的方法包括确定由基因(其可以编码蛋白质或肽)所产生的RNA的量。这可以通过定量逆转录酶PCR(qRT-PCR)、竞争性RT-PCR、实时RT-PCR、差异显示RT-PCR、Northern印记分析或其他相关测试来完成。虽然可以使用单独的PCR反应来实施所述的这些技术，但是还可以扩增由mRNA产生的互补DNA(cDNA)或互补RNA(cRNA)，并通过微阵列进行分析。
可以使用适用于检测生物学样品中mRNA表达水平的任何技术(包括但不限于Northern印记分析、RT-PCR、qRT-PCR、原位杂交或微阵列分析)来测量样品中miRNA产物的水平。例如，使用基因特异性的引物和靶物cDNA，qRT-PCR能够使少量的靶物miRNA进行敏感且定量的miRNA测量(通过单一或多元分析)，或者可以使用平台(使用96孔或384孔平板形式)来实施高产量的测量。例如参见Ross JS et al，Oncologist.2008May；13(5)：477-93，该文献以引用方式全文并入本文。大量不同的阵列构造以及用于产生微阵列的方法是本领域的技术人员已知的，并且在美国专利(例如美国专利No.5,445,934；5,532,128；5,556,752；5,242,974；5,384,261；5,405,783；5,412,087；5,424,186；5,429,807；5,436,327；5,472,672；5,527,681；5,529,756；5,545,531；5,554,501；5,561,071；5,571,639；5,593,839；5,599,695；5,624,711；5,658,734或5,700,637，这些文献以引用方式全文并入本文)中有所描述。概括miRNA的其他方法在Taylor et al.，Gynecol Oncol.2008Jul；110(1)：13-21，Gilad et al，PLoS ONE.2008 Sep 5；3(9)：e3148，Lee et al.，Annu Rev Pathol.2008 Sep 25 and Mitchell et al，Proc Natl Acad Sci USA.2008 Jul 29；105(30)：10513-8，Shen R et al，BMC Genomics.2004 Dec14；5(1)：94，Mina L et al，Breast Cancer Res Treat.2007Jun；103(2)：197-208，Zhang L et al，Proc Natl Acad Sci USA.2008May 13；105(19)：7004-9，RossJS et al，Oncologist.2008May；13(5)：477-93，Schetter AJ et al，JAMA.2008Jan 30；299(4)：425-36，Staudt LM，N Engl J Med 2003；348：1777-85，MulliganG et al，Blood.2007Apr 15；109(8)：3177-88.Epub 2006Dec 21，McLendon Ret al，Nature.2008 Oct 23；455(7216)：1061-8，以及美国专利No.5,538,848，5,723,591，5,876,930，6,030,787，6,258,569和5,804,375中有所描述，其中所述的文献以引用方式全文并入本文。
微阵列技术可以同时测量数千个转录物或miRNA的恒定状态的mRNA或miRNA水平，由此提供了用于鉴定效果(例如对非受控细胞增殖的起效、组织或调控)的有利工具。可以使用诸如cDNA阵列和寡核苷酸阵列之类的两种微阵列技术。这些分析的产物通常为由标记的探针接受得到的信号强度的量度，其中所述的探针用于检测得自样品的cDNA序列，该序列与所述微阵列上已知位置上的核酸序列杂交。通常，信号的强度与在样品细胞中表达的cDNA以及由此得到的mRNA或miRNA的量成比例。多种此类的技术是方便可用的。用于确定基因表达情况的方法可以在Linsley，et al.的美国专利No.6,271,002、Friend，et al.的美国专利No.6,218,122、Peck et al.的美国专利No.6,218,114或者Wang，et al.的美国专利No.6,004,755中找到，其中所述的每份专利文献以引用方式全文并入本文。
通过对比所述的强度来进行表达水平的分析。这可以通过生成测试样品中基因的表达强度与对照样品中基因的表达强度的比例矩阵来进行。所述的对照样品可以用作参照，并且可以使用用于说明年龄、种族和性别的不同参照。不同的参照可以用于不同的状况或疾病、疾病或状况的不同阶段以及用于确定治疗效力。
例如，由衍生自疾病组织的外来体分离得到的mRNA或miRNA的基因表达强度可以与由相同类型正常组织(例如疾病中的乳腺组织样品与正常乳腺组织样品)分离得到的外来体所产生的表达强度作对比。这些表达强度的比例表明在测试样品与对照样品之间，基因的表达发生了数倍的变化。备选地，如果正常情况下外来体并不存在于正常组织(例如乳腺)中，则如本领域已知的，可以使用绝对定量方法来定义所存在的miRNA分子的数量而无需由衍生自正常组织的外来体分离得到的miRNA或mRNA。
此外，还可以以多种方式展示基因表达的概况。最普通的方法是将原始荧光强度或比例矩阵排布于树枝形图中，其中竖列表示测试样品，横行表示基因。将数据如此排布，使得基因具有相似表达概况的基因彼此相邻。将各基因的表达比例设想为一种颜色。例如，比例低于1(表示下调节)可以显示为光谱中的蓝色部分，而比例大于1(表示上调节)可以显示为光谱的红色部分的颜色。市售可得的计算机软件程序可以用于展示这种数据。
被认为是差异表达的mRNA或miRNA可以为在患病患者中相对于无疾病患者是过表达或表达不足的。过表达或表达不足是相对的术语，是指发现mRNA或miRNA的表达量相对于某些基线具有可检测的差异(在用于测量的系统中高出噪声的部分)。在这种情况下，所述的基线为非疾病个体的测量Mrna/miRNA表达情况。接着，在疾病细胞中所关注的mRNA/miRNA相对于使用相同的测量方法得到的基线水平是过表达或表达不足的。就这一方面而言，疾病的是指肌体状态的改变，这种改变会在发生细胞未受控的增殖的同时打断或干扰肌体功能的正确执行，或者具有干扰肌体功能正确执行的可能性。当个体的基因型或表现型的某些方法与发生的疾病相一致时，该个体被诊断为患有这种疾病。然而，实施诊断或预后的行为包括疾病/状态问题的确定，包括确定复发或转移的可能性以及进行治疗监测。在治疗监测中，通过对比一段时间内基因的表达情况来对给定的治疗过程的效果作出临床判断，从而确定mRNA/miRNA的表达概况是否变化或者是否变为与正常组织更加一致的模式。
根据杂交微阵列探针的强度测量值的数倍变化来区分过表达和表达不足的水平。对于作出所述的这种区分而言，2X差异是优选的，或者p值小于0.05。即，在据信mRNA/miRNA在疾病/复发与正常/非复发细胞中是差异表达之前，发现与正常细胞相比，疾病细胞产生了至少2倍多或者不到2倍的强度。倍数差异越大，所述基因用作诊断或预后的工具则越优选。针对本发明的表达概况所选的mRNA/miRNA具有产生这样的信号的表达水平，所述的信号通过量(其超出了使用临床试验仪器所得到的背景信号)而区别于正常或非调控基因的信号。
统计学值可以用于确定性地区分调控的与非调控的mRNA/miRNA与噪声。统计学测试发现在多组样品之间mRNA/miRNA具有最显著的差异。Student′s t检验为全面的统计学测试的实例，其可以用于发现两组之间的显著差异。p值越低，在不同组之间基因显示出差异的证据则越让人信服。但是，由于单次微阵列测量了多于一种的mRNA/mRNA，则每次可以实施几万份的统计学测试。鉴于此，人们可能经常见到小的p值，并针对这种情况可以使用Sidak校正以及随机/轮排试验作出判断。通过t-检验p值小于0.05为基因具有显著差异的证据。更令人信服的证据为在将Sidak校正作为因素纳入之后p值小于0.05。对于各组中大量的样品而言，在随机/轮排测试之后p值小于0.05是具有显著性差异的最令人信服的证据。
在一个实施方案中，可以通过由具有统计学意义的数量的患者外来体(例如细胞源特异性的外来体)得到mRNA或miRNA(生物标志物)的表达情况；对所述的数据进行线性判别分析从而得到所选的生物标志物；并将加权的表达水平应用于具有判别函数因子的所选生物标志物，从而得到可以用作后验概率得分的预测模型，由此形成能够进行诊断、预后、治疗相关的或者生理学状态特异性的生物学特征得分的后验概率得分的方法。此外，其他分析工具还可以用于解答相同的问题，例如逻辑回归和神经网络方法。
例如，以下说明可以用于线性判别分析：其中
I(psid)＝括号内所包括的探针组以2为底的强度的对数。d(cp)＝疾病阳性类的判别函数。d(CN)＝疾病阴性类的判别函数。
P(CP)＝疾病阳性类的后验p值。
P(CN)＝疾病阴性类的后验p值。
模式识别的多种其他公知的方法是可用的。以下参考文献提供了实例：Weighted Voting：Golub et al.(1999)；Support Vector Machines：Su et al.(2001)；and Ramaswamy et al.(2001)；K-nearest Neighbors：Ramaswamy(2001)；and Correlation Coefficients：van′t Veer et al.(2002)，所有这些文献均以引用方式全文并入本文。
可以建立下文进一步描述的生物学特征系列组，使得所述系列组中的生物标志物的组合相对于单独的生物标志物或生物标志物的随机选择的组合而言具有改善的敏感性和特异性。在一个实施方案中，可以以数倍的差异反映生物学特征系列组的敏感性，其中所述的差异(例如)通过在疾病状态(相对于正常状态而言)中转录物的表达所表现。在与患有所关注的转录物表达的信号相关的统计学测量中，可以反应特异性。例如，标准偏差可以用作这种测量。在考虑将一组生物标志物包含在生物学特征系列组的过程中，表达测量中小的标准偏差与较高的特异性有关。此外，变化的其他测量(例如相关系数)也可以用于这种能力。
可以用于选择mRNA/miRNA的另一个参数为绝对信号差异的测量值的使用，其中所述的mRNA/miRNA会产生高于非调控mRNA/miRNA或噪声的信号。由调控的mRNA/miRNA表达物所产生的信号与正常的或非调控基因所产生的信号具有至少20％的差异。甚至更优选的是，所述的这种mRNA/miRNA会产生这样的表达模式，该模式与正常的或非调控的mRNA/miRNA具有至少30％的差异。
此外，还可以通过由生物学样品进行扩增来检测和测量miRNA，并且可以使用在美国专利No.7,250,496，美国申请公开No.20070292878，20070042380或20050222399，以及其中所引用的参考文献中所述的方法来测量miRNA，这些文献的每一份均以引用方式全文并入本文。
作为一类新的合成核酸类似物的肽核酸(PNA)可以用于分析外来体的生物学特征，其中磷酸-糖多核苷酸主链被挠性的类肽聚合物取代。PNA能够以高度的亲和性和特异性与互补RNA和DNA序列杂交，并且对核酸酶和蛋白酶的降解具有高度的抗性。肽核酸(PNA)为用于细胞遗传学的一类具有吸引力的探针(其用于快速原位鉴定人的染色体以及检测拷贝数的变化(CNV))。多色肽核酸-荧光原位杂交(PNA-FISH)方案已经有描述用于鉴定多种人CNV相关的紊乱和感染性疾病。此外，PNA还可以用作分子诊断的工具，从而用于非入侵性地测量具有肿瘤靶向的放射性核-PNA-肽嵌合体的致癌性mRNA。使用PNA的方法在Pellestor F et al，Curr PharmDes.2008；14(24)：2439-44，Tian X et al，Ann N Y Acad Sci.2005Nov；1059：106-44，Paulasova P and Pellestor F，Annales de Génétique，47(2004)349-358，Stender H.Expert Rev Mol Diagn.2003Sep；3(5)：649-55.Review，Vigneault et al.，Nature Methods，5(9)，777-779(2008)中有进一步的描述，所述的各参考文献均以引用方式全文并入本文。这些方法可以用于筛选有外来体中分离得到的遗传材料。当对细胞源特异性的外来体应用这些技术时，它们可以用于鉴定与细胞源直接相关的给定分子的信号。
此外，对由外来体中鉴定的mRNA和DNA可以实施突变分析。对于RNA起源的靶物或生物标志物的突变分析而言，所述的RNA(mRNA，miRNA或其他)可以被逆转录到cDNA中，随后针对已知的SNP或单个的核苷酸突变进行测序或测定(例如通过Taqman SNP测定方法)，以及使用测序来观察插入或删除从而确定在细胞源中存在的突变。多重连接依赖性的探针扩增(MLPA)可以备选地在所述的小且特异性的区域用于鉴定CNV。例如，一旦由分离的结肠癌特异性外来体得到总RNA，则可以合成cDNA，并且KRAS基因的外显子2和3的特异性引物可以用于扩增包含KRAS基因的密码子12、13和61的两个外显子。用于PCR扩增的相同的引物可以用于ABI 3730上的Big Dye Terminator序列分析，从而鉴定KRAS的外显子2和3中的突变。已知，这些密码子中的突变赋予了对药剂(例如西妥昔单抗和Panitumimab)的抗性。实施突变分析的方法在MaheswaranS et al，July 2，2008(10.1056/NEJMoa0800668)和Orita，M et al，PNAS 1989，(86)：2766-70中有所描述，其中所述的每一份文献均以引用方式全文并入本文。实施突变分析的其他方法可以包括miRNA测序。鉴定和概括miRNA的应用可以通过克隆技术、以及使用毛细管DNA测序或“下一代”测序技术来实施。当前可用的新的测序技术可以鉴定富含量低的miRNA或者在样品之间表现为最普通的表达差异的那些，其中所述的miRNA是不可以通过基于杂交的方法检测的。这种新的测序技术包括在Nakano et al.2006，Nucleic Acids Res.2006；34：D731-D735.doi：10.1093/nar/gkj077中所述的大规模平行签名测序(MPSS)方法、Margulies et al.2005，Nature.2005；437：376-380中所述的Roche/454平台或者Berezikov et al.Nat.Genet.2006b；38：1375-1377中所述的Illumina测序平台，其中所述的每一份文献均以引用方式全文并入本文。
用于确定生物学特征的其他方法包括通过等位基因特异性PCR(其包括特异性的引物，以用于同时扩增和分辨基因的两个等位基因)和单链构象多态性(SSCP)(其涉及基于序列以及DNA和RNA适配体中的微小差异来电泳分离单链核苷酸)来测定生物标志物。DNA和RNA适配体为短的寡核苷酸序列，该序列可以根据其以高度的亲和性与特定分子的结合能力而由随机库中选择。使用适配体的方法在Ulrich H et al，Comb Chem HighThroughput Screen.2006 Sep；9(8)：619-32，Ferreira CS et al，Anal BioanalChem.2008 Feb；390(4)：1039-50，Ferreira CS et al，Tumour Biol.2006；27(6)：289-301中有所描述，所述的每一份文献均以引用方式全文并入本文。
此外，还可以使用荧光原位杂交(FISH)技术来检测外来体的生物标志物。使用FISH来检测和定位特异性DNA序列、定位组织样品中的特异性mRNA或者鉴定染色体的异常的方法在Shaffer DR et al，Clin Cancer Res.2007Apr 1；13(7)：2023-9，Cappuzo F et al，Journal of Thoracic Oncology，Volume 2，Number 5，May 2007，Moroni M et al，Lancet Oncol.2005May；6(5)：279-86中有所描述，所述的每一份文献均以引用方式全文并入本文。
生物学特征：结合剂
外来体的生物学特征可以包括针对外来体的结合剂。所述的结合剂可以为DNA，RNA，适配体，单克隆抗体，多克隆抗体，Fabs，Fab′，单链抗体，合成抗体，适配体(DNA/RNA)，拟肽，zDNA，肽核酸(PNA)，锁核酸(LNAs，外源凝集素，合成或天然形成的化学化合物(包括但不限于药剂，标记试剂)。
按照上文所述，结合剂可以通过与外来体的成分相结合而用于分离外来体。所述的结合剂可以用于检测外来体，例如检测细胞源特异性的外来体。一种结合剂或者多种结合剂本身可以形成结合剂概况，其可以提供针对外来体的生物学特征。一种或多种结合剂可以选自图2。例如，如果在差异性检测或由混杂的外来体群体中分离外来体中使用2、3或4种结合剂来检测或分离外来体群体，则针对外来体群体的特定结合剂概况提供了针对特定外来体群体的生物学特征。
作为示意性实例，可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析肺癌的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于SCLC特异性适配体HCA 12，SCLC特异性适配体HCC03，SCLC特异性适配体HCH07，SCLC特异性适配体HCH01，A-p50适配体(NF-KB)，西妥昔单抗，Panitumumab，贝伐单抗，L19Ab，F16Ab，抗CD45(抗ICAM-1，aka UV3)，L2G7Ab(抗HGF)或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析结肠癌的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于促血管新生蛋白因子2特异性适配体，β-连环蛋白适配体，TCF1适配体，抗Derlin1 ab，抗RAGE，mAbgb3.1，半乳凝集素-3，西妥昔单抗，Panitumumab，马妥珠单抗，贝伐单抗，Mac-2或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析腺瘤与结肠直肠癌(CRC)的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于补体C3，富含组氨酸的糖蛋白，激肽原-1，半乳凝集素-3或它们的任何组合。
可以使用结合剂来检测用于分析具有低级增生的腺瘤与具有高级增生的腺瘤的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于半乳凝集素-3或者对所述的比对具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析CRC与正常状态的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于抗ODC mAb，抗CEAmAb，Mac-2或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析前列腺癌的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于PSA，PSMA，TMPRSS2，mAB 5D4，XPSM-A9，XPSM-A10，半乳凝集素-3，E-选择蛋白，半乳凝集素-1，E4(IgG2a kappa)或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析黑素瘤的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于Tremelimumab(抗CTLA4)，Ipilimumumab(抗CTLA4)，CTLA-4适配体，STAT-3肽适配体，半乳凝集素-1，半乳凝集素-3，PNA或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析胰腺癌的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于H38-15(抗HGF)适配体，H38-21(抗HGF)适配体，马妥珠单抗，Cetuximanb，贝伐单抗或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析脑癌的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于适配体III.1(pigpen)和/或TTA1(Tenascin-C)适配体或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析银屑病的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于E-选择蛋白，ICAM-1，VLA-4，VCAM-1，αEβ7或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析心血管疾病(CVD)的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于RB007(因子IXA适配体)，ARC1779(抗VWF)适配体，LOX1，或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析恶性血液病的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于抗CD20和/或抗CD52或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析B细胞慢性淋巴细胞白血病的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于利妥昔单抗，阿仑单抗，Apt48(BCL6)，R0-60，D-R15-8或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析B-细胞淋巴瘤的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于替伊莫单抗，托西莫单抗，抗CD20抗体，阿仑单抗，加利昔单抗，抗CD40抗体，依帕珠单抗，鲁昔单抗，Hu1D10，半乳凝集素-3，Apt48或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析Burkitt淋巴瘤的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于TD05适配体，IgM mAB(38-13)或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析宫颈癌的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于半乳凝集素-9和/或HPVE7适配体或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析子宫内膜癌的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于半乳凝集素-1或对子宫内膜癌具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析头和颈部的癌症的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于(111)In-cMAb U36，抗LOXL4，U36，BIWA-1，BIWA-2，BIWA-4，BIWA-8或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析IBD的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于ACCA(抗多糖Ab)，ALCA(抗多糖Ab)，AMCA(抗多糖Ab)或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析糖尿病的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于RBP4适配体或对糖尿病具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析纤维肌痛的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于L-半乳凝集素或对纤维肌痛具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析多发性硬化症(MS)的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于那他珠单抗(Tysabri)或对MS具有特异性的结合剂的任何组合。
此外，可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析风湿病的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于利妥昔单抗(抗CD20Ab)和/或凯利昔单抗(抗CD4Ab)或对风湿病具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析阿尔茨海默氏病的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于TH14-BACE1 aptapers，S10-BACE1aptapers，抗Abeta，巴匹珠单抗(AAB-001)-Elan，LY2062430(抗淀粉蛋白βAb)-Eli Lilly，BACE1-反义或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析朊病毒特异性疾病的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于rhuPrP(c)适配体，DP7适配体，硫代适配体97，SAF-93适配体，15B3(抗PrPSc Ab)，单克隆抗PrPSc抗体P1:1，1.5D7，1.6F4 Abs，mab 14D3，mab 4F2，mab 8G8，mab 12F10或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析脓毒症的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于HA-1A mAb，E-5mAb，TNF-αMAb，阿非莫单抗，E-半乳凝集素或它们的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析精神分裂症的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于L-半乳凝集素和/或N-CAM或对精神分裂症具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析抑郁症的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于GPIb或对抑郁症具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析GIST的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于ANTI-DOG1 Ab或对GIST具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析食管癌的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于CaSR结合剂或对食管癌具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析胃癌的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于钙蛋白酶nCL-2结合剂和/或肌动蛋白结合蛋白结合剂或对胃癌具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析COPD的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于CXCR3结合剂，CCR5结合剂，CXCR6结合剂或对COPD具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析COPD的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于CXCR3结合剂，CCR5结合剂，CXCR6结合剂或对COPD具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析哮喘的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于VIP结合剂，PACAP结合剂，CGRP结合剂，NT3结合剂，YKL-40结合剂，S-亚硝基硫醇，SCCA2结合剂，PAI结合剂，双向调节因子结合剂，骨膜素结合剂或对哮喘具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析易损斑块的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于Gd-DTPA-g-mimRGD(αvβ3整合蛋白结合肽)，MMP-9结合剂或对易损斑块具有特异性的结合剂的任何组合。
可以使用一种或多种结合剂来检测用于分析卵巢癌的外来体，其中所述的结合剂包括但不限于(90)Y-muHMFG1结合剂和/或OC125(抗CA125抗体)或对卵巢癌具有特异性的结合剂的任何组合。
所述的结合剂可以用于普通的外来体标志物、“看家蛋白质”或抗原(例如CD9，CD63或CD81)。例如，所述的结合剂可以为针对CD9，CD63或CD81的抗体。此外，所述的结合剂还可以用于其它外来体蛋白质，例如前列腺特异性外来体或癌症特异性外来体(例如PCSA，PSMA，EpCam，B7H3或STEAP)。例如，所述的结合剂可以为针对PCSA，PSMA，EpCam，B7H3或STEAP的抗体。
此外，可以通过本领域已知的任何常规方法或本文所述的方法来鉴定其它细胞结合配偶体或结合剂，并且所述的配偶体或结合剂还可以用作诊断、预后或治疗相关的标志物。
生物学特征：前列腺癌、结肠癌和卵巢癌
前列腺癌
外来体生物学特征可以用于表征前列腺癌。如上文所述，前列腺癌的生物学特征可以包括与前列腺癌有关的结合剂(例如如图2所示)；以及一种或多种其它生物标志物，例如如图19所示。例如，前列腺癌的生物学特征可以包括针对PSA，PSMA，TMPRSS2，mAB 5D4，XPSM-A9，XPSM-A10，半乳凝集素-3，E-半乳凝集素，半乳凝集素-1，E4(IgG2a kappa)或它们的任何组合的结合剂；以及一种或多种其它生物标志物，例如一种或多种miRNA，一种或多种DNA，一种或多种与前列腺癌有关的其它肽、蛋白质或抗原，例如但不限于图19中所示的那些。
前列腺癌的生物学特征可以包括与前列腺癌有关的抗原(例如如图1所示)，以及一种或多种其它生物标志物，例如如图19所示。前列腺癌的生物学特征可以包括与前列腺癌有关的一种或多种抗原，例如但不限于KIA1，完整的纤维连接蛋白，PSA，TMPRSS2，FASLG，TNFSF10，PSMA，NGEP，IL-7RI，CSCR4，CysLT1R，TRPM8，Kv1.3，TRPV6，TRPM8，PSGR，MISIIR或它们的任何组合。前列腺癌的生物学特征可以包括一种或多种之前所述的抗原以及一种或多种其它生物标志物，例如但不限于miRNA，mRNA，DNA或它们的任何组合。
此外，前列腺癌的生物学特征还可以包括一种或多种与前列腺癌有关的抗原，例如但不限于KIA1，完整的纤维连接蛋白，PSA，TMPRSS2，FASLG，TNFSF10，PSMA，NGEP，IL-7RI，CSCR4，CysLT1R，TRPM8，Kv1.3，TRPV6，TRPM8，PSGR，MISIIR或它们的任何组合；以及一种或多种miRNA生物标志物，例如但不限于miR-202，miR-210，miR-296，miR-320，miR-370，miR-373，miR-498，miR-503，miR-184，miR-198，miR-302c，miR-345，miR-491，miR-513，miR-32，miR-182，miR-31，miR-26a-1/2，miR-200c，miR-375，miR-196a-1/2，miR-370，miR-425，miR-425，miR-194-1/2，miR-181a-1/2，miR-34b，let-7i，miR-188，miR-25，miR-106b，miR-449，miR-99b，miR-93，miR-92-1/2，miR-125a，miR-141，let-7a，let-7b，let-7c，let-7d，let-7g，miR-16，miR-23a，miR-23b，miR-26a，血R-92，miR-99a，miR-103，miR-125a，miR-125b，miR-143，miR-145，miR-195，miR-199，miR-221，miR-222，miR-497，let-7f，miR-19b，miR-22，miR-26b，miR-27a，miR-27b，miR-29a，miR-29b，miR-30_5p，miR-30c，miR-100，miR-141，miR-148a，miR-205，miR-520h，miR-494，miR-490，miR-133a-1，miR-1-2，miR-218-2，miR-220，miR-128a，miR-221，miR-499，miR-329，miR-340，miR-345，miR-410，miR-126，miR-205，miR-7-1/2，miR-145，miR-34a，miR-487，let-7b或它们的任何组合。
此外，前列腺癌生物学特征的miRNA可以为与PFKFB3，RHAMM(HMMR)，cDNA FLJ42103，ASPM，CENPF，NCAPG，雄性激素受体，EGFR，HSP90，SPARC，DNMT3B，GART，MGMT，SSTR3，TOP2B或它们的任何组合相互作用的miRNA，例如本文所述的以及图60中所示的那些。此外，所述的miRNA可以为miR-9，miR-629，miR-141，miR-671-3p，miR-491，miR-182，miR-125a-3p，miR-324-5p，miR-148B，miR-222或它们的任何组合。
前列腺癌的生物学特征可以包括一种或多种与前列腺癌有关的抗原，例如但不限于KIA1，完整的纤维连接蛋白，PSA，TMPRSS2，FASLG，TNFSF10，PSMA，NGEP，IL-7RI，CSCR4，CysLT1R，TRPM8，Kv1.3，TRPV6，TRPM8，PSGR，MISIIR或它们的任何组合；以及一种或多种其它生物标志物，例如但不限于之前所述的miRNA，mRNA(例如但不限于AR或PCA3)，snoRNA(例如但不限于U50)或它们的任何组合。
此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种基因融合，例如ACSL3-ETV1，C15ORF21-ETV1，FLJ35294-ETV1，HERV-ETV1，TMPRSS2-ERG，TMPRSS2-ETV1/4/5，TMPRSS2-ETV4/5，SLC5A3-ERG，SLC5A3-ETV1，SLC5A3-ETV5或KLK2-ETV4。
可以针对一种或多种miRNA和一种或多种与前列腺癌有关的抗原来分离并测定外来体，从而提供诊断、预后或治疗诊断学概况，例如癌症的阶段、癌症的效力或癌症的其它特征。备选地，可以由样品直接测定外来体，由此在针对一种或多种miRNA或者与前列腺癌有关的抗原进行测定之前所述的外来体是未经纯化或浓缩的。
如图68所示，前列腺癌的生物学特征可以包括测定外来体的EpCam，CD63，CD81，CD9或它们的任何组合。所述的前列腺癌的生物学特征可以包括检测EpCam，CD9，CD63，CD81，PCSA或它们的任何组合。例如，所述的前列腺癌的生物学特征可以包括EpCam，CD9，CD63和CD81或PCSA，CD9，CD63和CD81(例如参见图70A)。此外，所述的前列腺癌的生物学特征还可以包括PCSA，PSMA，B7H3或它们的任何组合(例如参见图70B)。
此外，与评估少于多种生物标志物的情况相比，评估多种生物标志物可以提供增加的敏感性、特异性或信号强度。例如，与单独评估PMSA或B7H3相比，评估PSMA和B7H3可以在检测中提供增加的敏感性。与单独评估CD或CD63相比，评估CD9和CD63可以在检测中提供增加的敏感性。
此外，还可以根据满足至少1，2，3，4，5，6，7，8，9或10个标准来表征前列腺癌。例如，可以使用多种不同的标准：1)如果得自受试者的样品中的外来体的量高于参照值；2)如果衍生自外来体的前列腺细胞的量高于参照值；以及3)如果具有一种或多种癌症特异性生物标志物的外来体的量高于参照值，则所述的受试者被诊断为前列腺癌。所述的方法可以进一步包括定性对照测量，从而如果确定了其他标准，则所述的受试者被诊断为前列腺癌。
可以使用本文所述的具有至少60，61，62，63，64，65，66，67，68，69或70％敏感性的一种或多种方法来表征前列腺癌。可以以至少80，81，82，83，84，85，86或87％敏感性来表征前列腺癌。例如，可以以至少87.1，87.2，87.3，87.4，87.5，87.6，87.7，87.8，87.9，88.0或89％敏感性(例如以至少90％敏感性，例如至少91，92，93，94，95，96，97，98，99或100％敏感性)来表征前列腺癌。
可以以至少70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96或97％特异性(例如以至少97.1，97.2，97.3，97.4，97.5，97.6，97.7，97.8，97.8，97.9，98.0，98.1，98.2，98.3，98.4，98.5，98.6，98.7，98.8，98.9，99.0，99.1，99.2，99.3，99.4，99.5，99.6，99.7，99.8，99.9或100％特异性)来表征受试者的前列腺癌。
此外，还可以以至少70％敏感性和至少80，90，95，99或100％特异性；至少80％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少85％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少86％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少87％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少88％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少89％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少90％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少95％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少99％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；或者至少100％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性来表征前列腺癌。
此外，用于确定特异性、敏感性或者这二者的可靠性水平为至少90，91，92，93，94，95，96，97，98或99％可靠性。
结肠癌
结肠癌的生物学特征可以包括一种或多种如图1中所列的针对结肠癌的抗原、任何一种或多种与分离用于表征结肠癌的外来体有关的结合剂(例如图2中所示的那些)、任何一种或多种如图6中所示的其他生物标志物。
所述的生物学特征可以包括一种或多种选自miR-24-1，miR-29b-2，miR-20a，miR-10a，miR-32，miR-203，miR-106a，miR-17-5p，miR-30c，miR-223，miR-126，miR-128b，miR-21，miR-24-2，miR-99b，miR-155，miR-213，miR-150，miR-107，miR-191，miR-221，miR-20a，miR-510，miR-92，miR-513，miR-19a，miR-21，miR-20，miR-183，miR-96，miR-135b，miR-31，miR-21，miR-92，miR-222，miR-181b，miR-210，miR-20a，miR-106a，miR-93，miR-335，miR-338，miR-133b，miR-346，miR-106b，miR-153a，miR-219，miR-34a，miR-99b，miR-185，miR-223，miR-211，miR-135a，miR-127，miR-203，miR-212，miR-95，miR-17-5p或它们的任何组合中的miRNA。此外，所述的生物学特征还可以包括一种或多种表达不足的miR，例如miR-143，miR-145，miR-143，miR-126，miR-34b，miR-34c，let-7，miR-9-3，miR-34a，miR-145，miR-455，miR-484，miR-101，mR-145，miR-133b，miR-129，mR-124a，miR-30-3p，miR-328，miR-106a，miR-17-5p，miR-342，miR-192，miR-1，miR-34b，miR-215，miR-192，miR-301，miR-324-5p，miR-30a-3p，miR-34c，miR-331和miR-148b。
所述的生物学特征可以包括评估一种或多种基因，例如EFNB1，ERCC1，HER2，VEGF和EGFR。此外，外来体中可以评估结肠癌的生物标志物突变还可以包括一种或多种EGFR，KRAS，VEGFA，B-Raf，APC或p53的突变。此外，所述的生物学特征还可以包括可评估的外来体的一种或多种蛋白质、配基或肽，例如AFR，Rab，ADAM10，CD44，NG2，蝶素-B1，MIF，b-连环蛋白，接合，盘状球蛋白，glalectin-4，RACK1，四次跨膜超家族-8，FasL，TRAIL，A33，CEA，EGFR，二肽酶1，hsc-70，四次跨膜超家族，ESCRT，TS，PTEN或TOPO1。
可以分离和测定外来体以用于提供诊断、预后或治疗诊断学概况，例如癌症的阶段、癌症的效力或癌症的其他特征。备选地，可以由样品直接测定外来体，由此在针对与结肠癌有关的生物学特征进行测定之前所述的外来体是未经纯化或浓缩的。
如图69所示，结肠癌的特征可以包括检测外来体的EpCam，CD63，CD81，CD9，CD66或它们的任何组合。此外，针对癌症的不同阶段的结肠癌生物学特征可以包括CD63，CD9，EpCam或它们的任何组合(例如参见图71和72)。例如，所述的生物学特征可以包括CD9和EpCam。
可以使用本文所述的具有至少60，61，62，63，64，65，66，67，68，69或70％敏感性的一种或多种方法来表征结肠癌。可以以至少80，81，82，83，84，85，86或87％敏感性来表征结肠癌。例如，可以以至少87.1，87.2，87.3，87.4，87.5，87.6，87.7，87.8，87.9，88.0或89％敏感性(例如以至少90％敏感性，例如至少91，92，93，94，95，96，97，98，99或100％敏感性)来表征结肠癌。
此外，还可以以至少70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96或97％特异性(例如以至少97.1，97.2，97.3，97.4，97.5，97.6，97.7，97.8，97.8，97.9，98.0，98.1，98.2，98.3，98.4，98.5，98.6，98.7，98.8，98.9，99.0，99.1，99.2，99.3，99.4，99.5，99.6，99.7，99.8，99.9或100％特异性)来表征受试者的结肠癌。
此外，还可以以至少70％敏感性和至少80，90，95，99或100％特异性；至少80％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少85％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少86％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少87％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少88％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少89％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少90％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少95％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；至少99％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性；或者至少100％敏感性和至少80，85，90，95，99或100％特异性来表征结肠癌。
此外，用于确定特异性、敏感性或者这二者的可靠性水平为至少90，91，92，93，94，95，96，97，98或99％可靠性。
卵巢癌
用于表征卵巢癌的生物学特征可以包括与卵巢癌有关的抗原(例如如图1中所示)以及一种或多种其他的生物标志物，例如如图4所示。在一个实施方案中，卵巢癌的生物学特征可以包括一种或多种与卵巢癌有关的抗原，例如但不限于CD24，CA125，VEGF1，VEGFR2，HER2，MISIIR或它们的任何组合。卵巢癌的生物学特征可以包括一种或多种之前所述的抗原以及一种或多种其他的生物标志物，例如但不限于miRNA，mRNA，DNA或它们的任何组合。卵巢癌的生物学特征可以包括一种或多种与卵巢癌有关的抗原，例如但不限于CD24，CA125，VEGF1，VEGFR2，HER2，MISIIR或它们的任何组合；以及一种或多种miRNA生物标志物，例如但不限于miR-200a，miR-141，miR-200c，miR-200b，miR-21，miR-141，miR-200a，miR-200b，miR-200c，miR-203，miR-205，miR-214，miR-215，miR-199a，miR-140，miR-145，miR-125b-1或它们的任何组合。
卵巢癌的生物学特征可以包括一种或多种与卵巢癌有关的抗原，例如但不限于CD24，CA125，VEGF1，VEGFR2，HER2，MISIIR或它们的任何组合；以及一种或多种miRNA生物标志物(例如之外所述的miRNA)，mRNAs(例如但不限于ERCC1，ER，TOPO1，TOP2A，AR，PTEN，HER2/neu，EGFR)，突变(包括但不限于与KRAS和/或B-Raf有关的那些)或它们的任何组合。
可以针对一种或多种miRNA和一种或多种与卵巢癌有关的抗原来分离并测定外来体，从而提供诊断、预后或治疗诊断学概况。备选地，可以由样品直接测定外来体，由此在针对一种或多种miRNA或者与卵巢癌有关的抗原进行测定之前所述的外来体是未经纯化或浓缩的。
生物学特征：评估器官移植排斥和自身免疫状况
此外，外来体可以用于确定表现型，例如器官窘迫和/或器官移植排斥。如本文所用，器官移植包括部分器官或组织移植。评估外来体中存在的一种或多种生物标志物的存在、缺乏或水平来监测器官排斥或成功。此外，样品中外来体的水平或量可以用于评估器官排斥或成功。以至少80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98或99％特异性、敏感性或者这二者来确定评估情况。例如，以至少97.5，97.6，97.7，97.8，97.8，97.9，98.0，98.1，98.2，98.3，98.4，98.5，98.6，98.7，98.8，98.9，99.0，99.1，998.2，99.3，99.4，99.5，99.6，99.7，99.8，99.9％敏感性、特异性或者这二者来确定评估情况。
所述的外来体可以在分析之前是纯化的或浓缩的。备选地，可以未经之前的纯化或浓缩而直接测定样品中外来体的水平或量。定量的外来体可以为细胞源特异性的外来体。例如，可以使用对特定器官具有特异性的一种或多种结合剂来分离细胞或组织特异性的外来体。可以针对一种或多种分子特征(例如与器官窘迫或器官移植排斥有关的一种或多种生物标志物)来评估细胞源特异性的外来体。可以评估在分离的细胞源特异性的外来体中存在的一种或多种生物标志物的存在、缺乏或水平，从而监测器官排斥或成功。
可以分析一种或多种外来体以用于评估、检测或诊断受试者中组织或器官移植的排斥情况。组织或器官移植的排斥可以为超急性、急性或慢性排斥。此外，还可以分析外来体以用于评估、检测或诊断受试者中的移植物对抗宿主疾病。所述的受试者可以为自体、异体或异种组织或器官移植的接受者。
此外，还可以分析外来体以用于检测组织或器官移植的排斥情况。所述的外来体可以通过组织或器官移植所产生。这种组织或器官包括但不限于心，肺，胰腺，肾，眼睛，眼角膜，肌肉，骨髓，皮肤，软骨，骨，附属器官，头发，脸，腱，胃，肠，静脉，动脉，分化的细胞，部分分化的细胞或干细胞。
所述的外来体可以包括至少一种生物标志物，该生物标志物可以用于评估、诊断或确定受试者中组织或器官移植的排斥的可能性或发生情况。此外，生物标志物还可以用于评估、诊断或检测受试者中移植物对抗宿主疾病。所述的生物标志物可以为蛋白质、多糖、脂肪酸或核酸(例如DNA或RNA)。所述的生物标志物可以与特定的组织或器官排斥或者系统性器官衰竭有关。可以分析多于一种的生物标志物，例如，一种或多种蛋白质标志物可以与一种或多种核酸标志物组合分析。所述的生物标志物可以为细胞内或细胞外标志物。
此外，可以针对至少一种标志物来分析外来体，以用于评估、检测或诊断与受试者中组织或器官移植有关的细胞凋亡或坏疽、受试者中组织或器官移植的原因、受试者中组织或器官移植的排斥。
生物标志物的存在可以为受试者中组织或器官的排斥的指示，其中所述的生物标志物包括但不限于CD40，CD40配基，N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸酰胺酶前体，脂肪细胞因子，AMBP蛋白质前体，C4b-结合蛋白质a-链前体，铜蓝蛋白前体，补体C3前体，补体成分C9前体，补体因子D前体，α1-B-糖蛋白，β2-糖蛋白I前体，肝素辅助因子II前体，免疫球蛋白mu链C区蛋白质，富含亮氨酸α2-糖蛋白前体，色素上皮细胞衍生因子前体，血浆视黄醇结合蛋白质前体，翻译起始因子3亚单元10，核糖体蛋白质L7，β-转运蛋白，1-TRAF或赖氨酰-tRNA合成酶。
此外，可以通过针对β-转运蛋白来分析外来体从而检测受试者中肾的排斥。此外，还可以通过由表达CD40的细胞分离细胞源特异性的外来体并针对Bcl-2或TNFα的增多进行检测来检测移植组织的排斥。
可以通过针对F1抗原标志物的存在情况来分析外来体从而检测受试者中肝脏移植的排斥。不被理论所限制，F1抗原对肝脏具有特异性并可以用于检测肝脏细胞源特异性的外来体的增多。这种增多可以用作器官窘迫/排斥的早期指示。
此外，还可以通过分析外来体来诊断由于骨髓和/或肺移植或其他原因引起的闭塞性细支气管炎、或移植动脉粥样硬化/移植慢性静脉炎。
此外，还可以分析外来体以用于检测、诊断或评估受试者中自身免疫或其他免疫反应相关性表现型。这种紊乱的实例包括但不限于系统性红斑狼疮(SLE)，盘状红斑狼疮，狼疮性肾炎，结节病，炎性关节炎(包括幼年关节炎，风湿性关节炎，银屑病关节炎，Reiter综合症，强直性脊柱炎和通风性关节炎)，多发性硬化症，高IgE综合症，结节性多动脉炎，原发性胆汁性肝硬化，炎性肠病，Crohn疾病，腹腔疾病(麦胶敏感性肠病)，自身免疫性肝炎，恶性贫血，自身免疫性溶血性贫血，银屑病，硬皮病，重症肌无力，自身免疫性血小板减少性紫癜，自身免疫性甲状腺炎，Grave疾病，Hasimoto甲状腺炎，免疫复合体疾病，慢性疲劳免疫功能紊乱综合征(CFIDS)，多肌炎和皮肌炎，冷球蛋白症，血栓溶解，心肌病，寻常性天疱疮，肺间质纤维化，哮喘，Churg-Strauss综合症(变应性肉芽肿)，异位性皮炎，变应性接触性皮炎，荨麻疹，IgE介导的过敏症，动脉粥样硬化，脉管炎，特发性炎性肌病，溶血病，阿尔茨海默氏病，慢性炎性脱髓鞘性多发性神经根神经病和AID。
得自外来体的一种或多种生物标志物可以用于评估、诊断或确定受试者中自身免疫或其他免疫反应相关性紊乱的发生的可能性。所述的生物标志物可以为蛋白质、多糖、脂肪酸或核酸(例如DNA或RNA)。所述的生物标志物可以与特异性自身免疫紊乱、系统性自身免疫紊乱和其他免疫反应相关性紊乱有关。可以分析多于一种的生物标志物。例如，一种或多种蛋白质标志物可以与一种或多种核酸标志物组合分析。所述的生物标志物可以为细胞内或细胞外标志物。此外，所述的生物标志物可以用于检测、诊断或评估炎症。
可以使用得自受试者的外来体分析来鉴定受试者的炎症，其中所述的炎症与哮喘，结节病，肺气肿，囊肿性纤维化，特发性肺纤维化，慢性支气管炎，过敏性鼻炎，肺的过敏性疾病(例如过敏性肺炎，嗜酸粒细胞性肺炎以及胶原蛋白所导致的肺纤维症)，脉管炎和自身免疫疾病(例如风湿性关节炎)有关。
外来体组合物
此外，本文还提供了具有特定生物学特征的经分离的外来体。所述的经分离的外来体可以包括对特定的细胞类型具有特异性的、或者用于表征表现型的一种或多种生物标志物或生物学特征，例如上文所述的那些。例如，经分离的外来体可以包括一种或多种生物标志物，例如CD63，EpCam，CD81，CD9，PCSA，PSMA，B7H3，TNFR，MFG-E8，Rab，STEAP，5T4或CD59。经分离的外来体在该外来体中的表面上可以具有一种或多种生物标志物。此外，所述的经分离的外来体还可以包括一种或多种miRNA，例如miR-9，miR-629，miR-141，miR-671-3p，miR-491，miR-182，miR-125a-3p，miR-324-5p，miR-148B或miR-222。经分离的外来体可以包括生物标志物，例如CD66，并且进一步包括选自EpCam，CD63或CD9中的一种或多种生物标志物。此外，经分离的外来体还可以包括融合基因或蛋白质，例如TMRSSG2:ERG。
此外，经分离的外来体还可以包括一种或多种生物标志物，其中与衍生自正常细胞(即，衍生自不具有所关注的表现型的受试者的细胞)的经分离的外来体相比，所述的一种或多种生物标志物的表达水平高于、低于或等于所述的经分离的外来体。例如，经分离的外来体可以包括选自B7H3，PSCA，MFG-E8，Rab，STEAP，PSMA，PCSA，5T4，miR-9，miR-629，miR-141，miR-671-3p，miR-491，miR-182，miR-125a-3p，miR-324-5p，miR-148b和miR-222中的一种或多种生物标志物，其中与衍生自正常细胞的经分离的外来体相比，所述的一种或多种生物标志物的表达水平高于所述的外来体。所述的经分离的外来体可以包括选自所述组中的至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，13，14，15，16，17，18或19种生物标志物。经分离的外来体可以进一步包括选自EpCam，CD63，CD59，CD81或CD9中的一种或多种生物标志物。
经分离的外来体可以包括生物标志物PCSA，EpCam，CD63和CD8；生物标志物PCSA，EpCam，B7H3和PSMA。经分离的外来体可以包括生物标志物miR-9，miR-629，miR-141，miR-671-3p，miR-491，miR-182，miR-125a-3p，miR-324-5p，miR-148b和miR-222。
此外，本文还提供了包含经分离的外来体的组合物。所述的组合物可以包括一种或多种经分离的外来体。例如，所述的组合物可以包括多种外来体或者外来体的一个或多个群体。
所述的组合物可以为基本富集的外来体。例如，所述的组合物基本上不存在细胞残余物、细胞、非外来体蛋白质、肽或核酸(例如非包含于所述外来体中的生物学分子)。细胞残余物、细胞、非外来体蛋白质、肽或核酸(例如非包含于所述外来体中的生物学分子)可以通过本文所公开的任何方法得到，例如通过使用一种或多种针对一种或多种外来体的结合剂或捕获剂。所述的外来体可以占全部组合物的总量或质量的至少30，40，50，60，70，80，90，95或99％。所述组合物的外来体可以为混杂的或均质的外来体群体。例如，均质的外来体群体包括对于一种或多种性质或特征而言为均质的外来体。例如，所述的一种或多种特征可以选自：一种或多种相同的生物标志物、基本相似或一致的生物学特征、衍生自相同的细胞类型、特定尺寸的外来体以及它们的组合。
因此，在某些实施方案中，所述的组合物包括基本富集的外来体群体。所述的组合物可以为富集的外来体群体，对于一种或多种性质或特征而言，所述的群体为至少30，40，50，60，70，80，90，95或99％均质的。例如，所述的一种或多种特征可以选自：一种或多种相同的生物标志物、基本相似或一致的生物学特征、衍生自相同的细胞类型、特定尺寸的外来体以及它们的组合。例如，所述的外来体群体可以通过都具有特定的生物学特征、具有相同的生物标志物、具有相同的生物标志物的组合或者衍生自相同的细胞类型而成为均质的。在某些实施方案中，所述的组合物包括基本均质的外来体群体，例如，具有特定生物学特征、衍生自特定的细胞或者这二者的群体。
外来体群体可以包括一种或多种相同的生物标志物。所述的生物标志物可以为存在于外来体中或在外来体上的任何成分，例如，任何核酸(例如RNA或DNA)、蛋白质、肽、多肽、抗原、脂质、碳水化合物或蛋白聚糖。例如，群体中的各种外来体可以包括相同或一致的一种或多种生物标志物。在某些实施方案中，群体中的各种外来体包括相同1，2，3，4，5，6，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，25，50，75或100种生物标志物。所述的一种或多种生物标志物可以选自图1、3-60。
包括相同或一致的生物标志物的外来体群体可以指所述群体的各种外来体都具有相同的存在或缺乏、表达水平、突变状态或修饰情况的生物标志物。例如，富集的外来体群体可以包括这样的外来体，其中各种外来体具有相同的生物标志物的存在情况、相同的生物标志物的缺乏情况、相同的生物标志物的表达水平、相同的生物标志物的修饰情况或者相同的生物标志物的突变情况。相同的生物标志物的表达水平可以指定量或定性测量，例如，与参照水平相比，所述群体中的外来体是表达不足的、过表达的或者具有相同的生物标志物的表达水平。备选地，相同的生物标志物的表达水平可以为数值，该数值代表了与群体中各种外来体相同的生物标志物的表达情况。例如，miRNA的拷贝数、蛋白质的量或者各种外来体的mRNA的水平可以与群体中的各种外来体在数量上相同，使得各种外来体的数量为所述群体中各种其他外来体的量的±1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，15或20％，只要这种变化是合适的即可。
在某些实施方案中，所述的组合物包括基本富集的外来体群体，其中在富集群体中的所述的外来体具有基本相似或一致的生物学特征。所述的生物学特征可以包括一种或多种外来体特征，例如外来体的水平或量、外来体半衰期变化的暂时评价、循环下的外来体半衰期或外来体新陈代谢的半衰期、或者外来体的活性。此外，所述的生物学特征还可以包括生物标志物的存在或缺乏、表达水平、突变状态或修饰，例如本文所述的那些。
所述群体中各种外来体的生物学特征可以为至少30，40，50，60，70，80，90，95或99％一致性。在某些实施方案中，各种外来体的生物学特征为100％一致性。在所述的富集的群体中各种外来体的生物学特征可以具有相同的1，2，3，4，5，6，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，25，50，75或100种外来体特征。例如，在富集的群体中外来体的生物学特征可以为第一种生物标志物的存在情况、第二种生物标志物的存在情况以及第三种生物标志物的表达不足情况。相同的群体中的另一种外来体可以为100％一致性，即，具有相同的第一和第二生物标志物的存在情况以及表达不足的第三生物标志物。备选地，相同群体中的外来体可以具有相同的第一和第二生物标志物，但是不具有表达不足的第三生物标志物。
在某些实施方案中，所述的组合物包括基本富集的外来体群体，其中所述的外来体衍生自相同的细胞类型。例如，所述的外来体可以都衍生自特定组织的细胞、所关注的特定肿瘤或所关注的疾病组织的细胞、循环中的肿瘤细胞、或者母体或胎儿起源的细胞。所述的外来体可以都衍生自肿瘤细胞。所述的外来体可以都衍生自肺、胰腺、胃、肠、膀胱、肾、卵巢、睾丸、皮肤、结肠直肠、乳腺、前列腺、脑、食管、肝脏、胎盘或胎儿的细胞。
此外，包括基本富集的外来体群体的组合物还可以包括特定尺寸的外来体。例如，所述的外来体可以都具有大于大约10，20或30nm的直径。它们可以都具有大约30-1000nm，大约30-800nm，大约30-200nm或者大约30-100nm的直径。在某些实施方案中，所述的外来体可以都具有小于大约10,000nm，1000nm，800nm，500nm，200nm，100nm或50nm的直径。
对于一种或多种特征而言为均质的外来体群体可以占所述组合物的全部外来体群体的至少大约30，40，50，60，70，80，90，95或99％。在某些实施方案中，与其中衍生有所述组合物的生物学样品中的外来体的浓度相比，包括基本富集的外来体群体的组合物包括至少2，3，4，5，10，20，25，50，100，250，500或1000倍的外来体的浓度。在另一个实施方案中，所述的组合物可以进一步包括第二种富集的外来体群体，其中对于一种或多种特征而言，所述的外来体为至少30％均质的，如本文所述。
可以使用倍增分析来获得对于多于一种(例如至少2，3，4，5，6，7，8，9，10种外来体群体)的外来体群体而言为基本富集的组合物。各种基本富集的外来体群体可以占所述组合物的重量或质量的至少5，10，15，20，25，30，35，40，45，46，47，48或49％。在某些实施方案中，基本富集的外来体群体占所述组合物的重量或质量的至少大约30，40，50，60，70，80，90，95或99％。
基本富集的外来体群体可以通过使用本文所述的一种或多种方法、工艺或系统来获得。例如，由样品中分离外来体群体可以通过使用一种或多种针对外来体的一种或多种生物标志物的结合剂来实施，例如使用两种或多种靶向外来体的两种或多种生物标志物的结合剂。可以使用一种或多种捕获剂来获得基本富集的外来体群体。可以使用一种或多种检测试剂来鉴定基本富集的外来体群体。
在一个实施方案中，具有特定生物学特征的外来体群体是通过使用一种或多种针对所述生物学特征的所述生物标志物的结合剂而获得的。可以分离所述的外来体，从而得到包含基本富集的具有特定生物学特征的外来体群体的组合物。在另一个实施方案中，具有所关注的特定生物学特征的外来体群体可以通过使用一种或多种针对生物标志物的结合剂来获得，其中所述的结合剂并非为所关注的生物学特征的成分。因此，所述的结合剂可以用于除去不具有所关注的生物学特征的外来体，并且所得的组合物对于具有所关注的特定生物学特征的外来体群体而言是基本富集的。所得的组合物可以为基本缺乏具有针对所述结合剂的生物标志物的外来体。
检测系统和试剂盒
此外，还提供了设定为用于确定外来体的一种或多种生物学特征的检测系统。该检测系统可以用于检测混杂的外来体群体或者一种或多种均质的外来体群体。所述的检测系统可以被设定用于检测多种外来体，其中所述多种外来体的至少一个子集包括不同于所述的多种外来体的另一个子集的生物学特征。所述的检测系统检测了至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，15，20，25，30，40，50，60，70，80，90或100种不同的外来体的子集，其中各外来体的子集包括不同的生物学特征。例如，检测系统(例如使用了本文所公开的一种或多种方法、工艺和组合物)可以用于检测至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，15，20，25，30，40，50，60，70，80，90或100种不同的外来体群体。
所述的检测系统可以被设定用于评估一种或多种外来体的至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，15，20，25，30，40，50，60，70，80，90，100，1000，2500，5000，7500，10,000，100,000，150,000，200,000，250,000，300,000，350,000，400,000，450,000，500,000，750,000或1,000,000种不同的生物标志物。在某些实施方案中，所述的一种或多种生物标志物选自图1、3-60，或者本文所公开的那些。所述的检测系统可以被设定用于评估特异性的外来体群体，例如得自特定细胞源的外来体；或者用于评估多种特异性的外来体群体，其中各种外来体群体具有特定的生物学特征。
所述的检测系统可以为低密度检测系统或高密度检测系统。例如，低密度检测系统可以检测至多1，2，3，4，5，6，7，8，9或10种不同的外来体群体，而高密度检测系统可以检测至少大约15，20，25，50或100种不同的外来体群体。在另一个实施方案中，低密度检测系统可以检测至多大约100，200，300，400或500种不同的生物标志物，而高密度检测系统可以检测至少大约750，1000，2000，3000，4000，5000，6000，7000，8000，9,000，10,000，15,000，20,000，25,000，50,000或100,000种不同的生物标志物。在另一个实施方案中，低密度检测系统可以检测至多大约100，200，300，400或500种不同的生物学特征或生物标志物的组合，而高密度检测系统可以检测至少大约750，1000，2000，3000，4000，5000，6000，7000，8000，9,000，10,000，15,000，20,000，25,000，50,000或100,000种生物学特征或生物标志物的组合。
所述的检测系统可以包括选择性地与外来体杂交的探针。所述的检测系统可以包括用于检测外来体的多种探针。在某些实施方案中，多种探针用于检测混杂外来体群体中的外来体的量。在另一个实施方案中，多种探针用于检测均质的外来体群体。多种探针可以用于分离或检测至少两种不同的外来体的子集，其中各个外来体的子集包括不同的生物学特征。
检测系统(例如使用了本文所公开的一种或多种方法、工艺和组合物)可以包括多种探针，这些探针被设定用于检测或分离(例如使用了本文所公开的一种或多种方法、工艺和组合物)至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，15，20，25，30，40，50，60，70，80，90或100种不同的外来体的子集，其中各个外来体的子集包括不同的生物学特征。
例如，检测系统可以包括多种探针，这些探针被设定用于检测至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，15，20，25，30，40，50，60，70，80，90或100种不同的外来体群体。所述的检测系统可以包括多种探针，这些探针被设定用于选择性地与一种或多种外来体的至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，15，20，25，30，40，50，60，70，80，90，100，1000，2500，5000，7500，10,000，100,000，150,000，200,000，250,000，300,000，350,000，400,000，450,000，500,000，750,000或1,000,000种不同的生物标志物杂交。在某些实施方案中，所述的一种或多种生物标志物选自图1、3-60，或者本文所公开的那些。多种探针可以被设定用于评估特异性的外来体群体，例如得自特定细胞源的外来体；或者用于评估多种特异性的外来体群体，其中各种外来体群体具有特定的生物学特征。
所述的检测系统可以为包括用于检测外来体的探针的低密度检测系统或高密度检测系统。例如，低密度检测系统可以包括用于检测至多1，2，3，4，5，6，7，8，9或10种不同的外来体群体的探针，而高密度检测系统可以包括用于检测至少大约15，20，25，50或100种不同的外来体群体的探针。在另一个实施方案中，低密度检测系统可以包括用于检测至多大约100，200，300，400或500种不同的生物标志物的探针，而高密度检测系统可以包括用于检测至少大约750，1000，2000，3000，4000，5000，6000，7000，8000，9,000，10,000，15,000，20,000，25,000，50,000或100,000种不同的生物标志物的探针。在另一个实施方案中，低密度检测系统可以包括用于检测至多大约100，200，300，400或500种不同的生物学特征或生物标志物的组合的探针，而高密度检测系统可以包括用于检测至少大约750，1000，2000，3000，4000，5000，6000，7000，8000，9,000，10,000，15,000，20,000，25,000，50,000或100,000种生物学特征或生物标志物的组合的探针。
所述的探针可以特异性地用于检测特异性的外来体群体，例如具有特定生物学特征的外来体以及上文所述的那些。此外，还提供了多种用于检测前列腺特异性外来体的探针。多种探针可以包括用于检测一种或多种以下生物标志物的探针，所述的生物标志物为：CD9，PSCA，TNFR，CD63，MFG-E8，EpCAM，Rab，CD81，STEAP，PCSA，5T4，EpCAM，PSMA，CD59，CD66，CD24和B7H3。此外，还提供了用于检测Bcl-XL，ERCC1，角蛋白15，CD81/TAPA-1，CD9，上皮特异性抗原(ESA)和肥大细胞胰凝乳蛋白酶的多种探针。用于检测外来体的一种或多种miRNA的多种探针可以包括用于检测一种或多种以下miRNA的探针：miR-9，miR-629，miR-141，miR-671-3p，miR-491，miR-182，miR-125a-3p，miR-324-5p，miR-148b和miR-222。
所述的探针可以与固定基底连接，例如阵列或珠。备选地，所述的探针是非连接的。所述的检测系统可以为基于阵列的系统、测序系统、基于PCR的系统或者基于珠的系统，例如上文所述的那些。例如，所述的检测系统可以为上文所述的微流体装置。
所述的检测系统可以为试剂盒的一部分。备选地，所述的试剂盒可以包括一种或多种探针组，或者多种探针，如上文所述的那些。所述的试剂盒可以包括用于检测经分离的外来体、多种外来体(例如混杂群体中的外来体)的探针。所述的试剂盒可以包括用于检测均质的外来体群体的探针。例如，所述的试剂盒可以包括用于检测特异性细胞源外来体或者具有相同的特异性生物学特征的外来体的群体的探针。
系列组
可以建立指导临床决策和疾病检测及管理的倍增标志物的系列组，所述系列组中的生物学特征的组合相对于单个的生物学特征或随机选择的生物学特征的组合，表现出改善的敏感性和特异性。在本发明的内容中，在相对于正常状态的疾病状态下，可以通过生物学特征的表达情况所表现的数倍差异来反应系列组的敏感性。可以在与基因表达(例如具有所关注的状况(例如可以将标准偏差用作此类测量))的信号有关的统计学测量中反应特异性。就系列组中所包含的一组生物特征而言，测量中小的标准偏差与更高的特异性有关。此外，其他变化测量(例如相关系数)也可以用于这种能力中。
当在本发明中将生物标志物或生物学特征相结合时，可以使用体外诊断多元化指数分析测定(IVDMIA)的指导原则和规程。IVDMIA可以运用由一套2种或多种标志物所定义的生物学特征，使得在所述组中由所述的一套生物学特征获得的信息可以提供用于作出临床相关性判断(例如诊断、预后或治疗选择)的合理基础，其中所述的标志物由基因、基因改变、突变、扩增、删除、多态性或甲基化、蛋白质、肽、多肽、RNA分子、miRNA、mRNA、snoRNA、hnRNA或可以分组的RNA的任何组合构成。所述的多套生物学特征构成了本发明的多个系列组。当使用大量的诊断标志物时，通常理想的是使用足以作出正确的医学判断的最少数量的标志物。这防止了耽搁在进一步分析的治疗延误以及不适当的使用时间和资源。优选的是，建立系列组使得所述系列组中的生物学特征的组合相对于单个的生物学特征或随机选择的生物学特征的组合而言，表现出改善的敏感性和特异性。在本发明的内容中，在相对于正常状态的疾病状态下，可以通过生物学特征的表达情况所表现的数倍差异来反应系列组的敏感性。可以在与基因表达(例如具有所关注的状况)的信号有关的统计学测量中反应特异性。就系列组中所包含的一组生物特征而言，标准偏差、方差、协方差、相关系数、加权平均值、算术和、平均值、乘法值、加权值、平衡值或者可以一起用于计算值或得分(作为一个整体)的2种或多种标志物的值的任何数学变化都可以显示，从而产生更高的敏感性、特异性、阴性预测值、阳性预测值；此外精确度也可以用于所述的这种能力中并且也在本发明的范围内。
在另一个实施方案中，可以使用模式识别方法。一个实例涉及针对各种生物标志物(或者生物学特征系列组)来对比生物标志物的表达概况，从而归于诊断。包括生物学特征系列组的各种生物标志物的表达概况被固定在媒介中，例如计算机可读媒介。
在一个实例中，可以建立表格，其中输入疾病或生理学状态的信号指示(例如强度测量值)范围。然后，将精确的患者的数据与表格中的值比较，从而确定患者的样品是否是正常的、良性的、疾病的或者代表了特定的生理学状态。在更完善的实施方案中，以数字或图表方式记录表达信号(例如荧光强度)的模式。在RNA的实例中，将得自生物标志物系列组(与患者的样品关联使用)的表达模式与所述的表达模式相对比。然后，使用模式对比软件来确定患者的样品是否具有指示疾病的模式、指示给定预后的模式、指示对治疗的应答可能性的模式或者指示特定生理学状态的模式。然后，将样品的表达概况与对照细胞的系列组对比。如果所述的表达模式与疾病、预后或治疗相关性的应答的表达模式相一致，则患者被诊断为满足与所述的这些不同的环境相关的状况(在不具有补充医学考虑的情况下)。如果所述的表达模式与衍生自正常/对照外来体群体的表达模式相一致，则对于所述的这些状况，患者被诊断为是阴性的。
在另一个示例性实施方案中，建立生物标志物表达系列组的方法使用了最佳算法，例如在建立储备系列组中广泛使用的平均方差算法。这种方法在美国申请公开No.20030194734中进行了详细的描述，其中所述文献以引用方式并入本文。备选地，可以使用美国专利No.7,089,168、7,415,359和美国申请公开No.20080208784、20040243354和20040088116中所述的算法、系统和方法来建模并分析针对效力和毒性的表现型读数的、测量的DNA的改变，以及mRNA、蛋白质或新陈代谢物的变化，其中所述的每一份文献均以引用方式全部并入本文。
未知的生物学特征系列组的选择和表征的示例性工艺概况如下：
1.选择基线的类别。
2.针对基线类别样品，计算各种生物标志物的平均值和标准偏差。
3.计算各生物标志物的(X*标准偏差+平均值)。该值为基线读值，所有其他的样品与该读值进行比较。X为严格条件的，其是可变的，并且较高的X值比较低的X值更严格。
4.计算各试验样品与步骤3中计算得到的基线读数的比值。
5.改变比值，使得低于1的比值为阴性的(例如，使用以10为底的对数)。(当前，表达不足的生物标志物恰好具有MV优化所需的阴性值)。
6.这些改变的比值替代通常在软件应用中使用的价值回复(assetreturns)而用作输入值。
7.所述的软件绘制出有效的边界，并在沿着有效边界的任何位点处返回优化的系列组。
8.选择有效边界处的所需的返回值或方差。
9.通过加和多个各基因的强度值来计算系列组的值，权重由系列组选择算法产生。
10.通过加和基线组至多个Y的平均生物学特征系列组值来计算边界值，基线生物学特征系列组值的标准偏差。大于该边界值的值应该被分类为试验类别。
11.任选地，可重复该过程直到最佳预测。
此外，选择生物学特征系列组还可以包括启发式规则的应用。优选的是，这种规则是根据生物学以及对用于产生临床结果的技术的理解而规划的。更优选的是，它们适用于由优化的方法输出。例如，对于在具有特定疾病的受试者中差异表达的大量生物标志物而言，生物学特征系列组的选择的平均方差方法可以适用于微阵列数据。由所述方法的输出可以为一套优化的生物标志物，该标志物包括在外来体以及疾病组织中表达的那些。如果用于所述的测试方法中的样品得自外来体并且在疾病或生理学状态的例子中差异表达的某些生物标志物在外来体中也是差异表达的，则可以使用启发式规则，其中生物学特征系列组选自排除了在外来体中差异表达的那些的有效边界。当然，可以在形成有效的边界之前(例如通过在数据预选过程中使用所述的规则)使用所述的规则。
用于分析大规模资料组的线性和非线性特征子空间、特征提取和信号反卷积来鉴定外来体衍生的多元分析概况来诊断、预后和治疗选择和/或定义生理学状态的特征的其他统计、数学和计算机算法可以使用无监督分析方法的任何组合来实施，包括但不限于：主成分分析(PCA)以及线性和非线性独立成分分析(ICA)；盲源分离、非高斯分析、天然梯度最大似然评估；联合近似对角化；特征矩阵；Gaussian径向基函数、内核和内核分析多项式连续漂浮向前选择。
计算机系统
可以针对分子特征来测定外来体，例如通过确定一种或多种生物标志物(例如图1、3-60中所列的那些)的量、存在或缺乏情况。所生成的数据可以用于产生生物学特征，其可以通过计算机系统储存并分析，例如图62所示的那些。此外，测定生物学特征或者将生物学特征与一种或多种表现型相关联还可以通过计算机系统来实施(例如通过使用计算机可执行逻辑)。
计算机系统(例如图62所示)可以用于传送数据，并进行以下分析。因此，图62为示出了代表性实例的逻辑装置的简图，其中通过所述的装置可以报告或生成得自外来体分析的结果。图62示出了计算机系统(或数字装置)800，其用于接收或储存由外来体分析所产生的数据、分析产生一种或多种生物学特征的数据、并产生一种或多种生物学特征的报告。此外，所述的计算机系统还可以进行比较并分析所产生的生物学特征，并传送所得的结果。备选地，所述的计算机系统可以接受外来体分析的原始数据(例如通过网络传送数据)，并进行分析。
计算机系统800可以理解为能够读取媒介811和/或网络端口805的指令的逻辑设备，其可以可任选地与具有固定媒介812的服务器809连通。图62中所示的系统包括CPU801、磁盘驱动器803、可任选的输入装置，例如键盘815和/或鼠标816和可任选的监视器807。数据通信可以通过所示的通信媒介来实现，从而到达局部位置或远距离位置的服务器809。所述的通信媒介可以包括传送和/或接收数据的任何手段。例如，通信媒介可以为网络连接、无线连接或互联网连接。这种连接可以在万维网上提供通信。可以想象，关于本发明的数据可以在所述的这种网络或连接上进行传送，以便被一方用户822所接收和/或检验。接收的一方822可以为但不限于个人、健康护理提供者或者健康护理管理者。在一个实施方案中，计算机可读媒介包括适用于传送生物学样品的分析结果的媒介，例如外来体的生物学特征。所述的媒介可以包括与受试者的外来体生物学特征有关的结果，其中所述的结果是使用本文所述的方法衍生得到的。
外来体的体外收获
此外，用于分析和确定表现型的外来体还可以得自体外收获。可以对细胞进行培养，由培养物中所关注的细胞释放的外来体可以是自发得到的，或者可以使受到刺激的，从而将外来体释放到媒介中。(例如参见Zitvogel，et al，1998.Nat.Med.4：594-600；Chaput，et al.2004.J.Immunol.172：2137-214631：2892-2900；Escudier，et al.2005.J.Transl. Med.3：10；Morse，et al. 2005，J.Transl.Med.3：9；Peche，et al.2006.Am.J.Transplant.6：1541-1550；Kim，et al.2005.J.Immunol.174：6440-6448，所有这些文献以引用方式全文并入本文)。可以在细胞系或组织样品生长至80％融合率之后，在新鲜的DMEM中培养72小时。随后可以刺激外来体的生成(例如参见Dressel，et al.2003.Cancer Res.63：8212-8220所述的黑素瘤细胞的热激处理，所述文献以引用方式全文并入本文)。然后，可以收获上清液，并按照本文所述制备外来体。
在一个实例中，体外产生的外来体可以由所关注的细胞源或细胞系培养得到，外来体可以由细胞培养介质中分离得到并随后使用磁性标记物、荧光部分、放射性同位素、酶、化学反光探针、金属粒子、非金属胶状粒子、聚合物染料粒子、颜料分子、颜料粒子、电气化学活性的物质、半导体纳米晶体或其他纳米粒子(包括在体内作为用于成像分析的标记物而被再次引入的量子点或金粒子)进行标记。备选地，可以通过以下过程来使用体外培养的外来体鉴定新型的生物学特征，所述的过程为：建立针对具有所关注的特征的给定细胞源(例如具有已知的EGFR突变的肺癌细胞或细胞系的培养物，其中所述的突变赋予了对吉非替尼的抗性或感受性)的培养条件；然后将所述的细胞培养物暴露于吉非替尼中；分离由所述的培养物中产生的外来体；随后在发现阵列上分析这些外来体以寻找在外来体的外部上表达的新型抗原或结合剂，该抗原或结合剂可以用作生物学特征以捕获这种类型的外来体。此外，可以分离在所述的这些外来体中发现的任何其他生物标志物或生物学特征，以用于发现可以具有临床诊断、预后或治疗相关的含义的新型特征(包括但不限于核酸、蛋白质、脂质或它们的组合)。
此外，可以首先分离所关注的细胞，并由所关注的组织进行培养。例如，可以使用无菌设备和塑料器具由患者的头皮上单独地拔下处于生长阶段(毛发生长初期)的人类头发的毛囊，注意不要损坏毛囊。可以将各样品转移到装有用于组织培养的无菌PBS的Petri培养皿中。可以将分离的人类毛发生长初期的头发的毛囊小心地转移至装有1ml William’s E培养基的24孔平板的各孔中。将毛囊以自由浮动的方式保持在37℃、5％CO2和95％空气的气氛下的潮湿温育箱中。每3天更换一次培养基，注意不要损坏毛囊。然后，收集细胞，并由培养基中离心。然后，可以使用之前所述的方法，使用对所述的细胞源特异性的外来体具有特异性的抗原或细胞结合配偶体来分离外来体。然后通过本领域的技术人员所知的方法来分离和表征生物标志物和生物学特征。
此外，在微重力或失重条件下或者在自由下落的环境下培养所关注的细胞。例如，NASA生物反应器技术可以使所述的细胞以更快的速率及更多的数量生长。然后，可以使用之前所述的方法，使用对所述的细胞源特异性的外来体具有特异性的抗原或细胞结合配偶体来分离外来体。
此外，还可以使用旋转壁式生物反应器或RWVersus，其为一类由NASA并针对NASA所发展出的生物反应器，这类生物反应器被设计为在模仿了微重力的静态环境下生长细胞的悬浮培养物。(例如参见美国专利No.5,026,650；5,153,131；5,153,133；5,437,998；5,665,594；5,702,941；7,351,584，5,523,228，5,104,802，6,117,674；Martin et al.，Trends inbiotechnology 2004；22；80-86，Li et al.，Biochemical Engineering Journal2004；18；97-104，Ashammakhi et al.，Journal Nanoscience Nanotechnology2006；9-10：2693-2711，Zhang et al.，International Journal of Medicine 2007；4：623-638，Cowger，N L，et al.，Biotechnol.Bioeng 64：14-26，1999，Spaulding，G F，et al.，J.Cell.Biochem.51：249-251，1993，Goodwin，T J，et al.，Proc.Soc.Exp.Biol.Med.202：181-192，1993；Freed，LE et al.，In Vitro Cell.Dev.Biol.33：381-385，1997，Clejan，S.et al，Biotechnol.Bioeng.50：587-597，1996).Khaoustov，VI，et al.，In Vitro Cell.Dev.Biol.35：501-509.1999，所述的每一份文献均以引用方式全文并入本文)。
备选地，可以按照在美国专利No.6,911,201以及美国申请公开No.20050181504，20050180958，20050176143和20050176137中常规描述的方法，在固定相活塞流生物反应器中培养已经分离的所关注的细胞或细胞源特异性的外来体，其中所述的每一份文献均以引用方式全文并入本文。备选地，还可以按照在美国专利No.5,486,359中常规描述的方法来分离和培养所关注的细胞或细胞源特异性的外来体。
如美国专利No.5,486,359中常规描述的那样，一个实施方案可以包括多个步骤：提供包含所关注的细胞或细胞源特异性的外来体的组织样本；将组织样本中的细胞或外来体加入到培养基中，当进行培养时，所述的培养基仅使得所关注的细胞或细胞源特异性的外来体选择性地粘附在基底表面上；培养样本-培养基的混合物；并除去由基底表面上除去未粘附的物质，所述的文献以引用的方式全文并入本文。
作为成像工具的外来体
在其他实施方案中，外来体可以用作成像工具。当经标记的循环肿瘤细胞(CTC)流动通过外周脉管系统时，想象它们在体内是非入侵性的(He，W et al.(2007)PNAS 104(28)11760-11765)。所述的方法可以涉及(即)注射肿瘤特异性的荧光配基，然后通过对浅表血管进行多光子荧光成像来定量流动的CTC。在患有转移性肿瘤的小鼠中的研究证明在通过其他手段检测到转移性疾病之前的几个星期就可以定量CTC。相似的方法也同样用于并适用于循环细胞源特异性的外来体。在肿瘤切除后给予化学疗法的决策通常取决于肿瘤医生对微小转移性疾病存在的评估。虽然X射线电子计算机断层摄影术、MRI、组织/前哨淋巴结活检术或血清癌症标志物分子均可以检测一定水平的残留疾病，但是循环肿瘤衍生的外来体的存在可以以最高的敏感性与癌症的进程和转移有关。当所述的外来体流动通过外周脉管系统时对该外来体进行实时非入侵性成像可以通过能够分析相当大量的血液(可能为患者的全血量)而改善检测敏感性。由体液分离得到的、经纯化、标记然后被再次引入到所述系统中的外来体可以用于鉴定通过传统方法尚未可见的早期肿瘤(例如早期乳腺肿瘤或早期卵巢肿瘤细胞)。此外，经标记的外来体可以用作用于鉴定具有转移可能性的肿瘤的信号。
在一个实施方案中，可以通过肽/抗原的靶向来在体内或体外标记外来体，从而标记所述的外来体，然后被再次引入到循环系统中以达到诊断成像的目的。合适的标记物可以包括可以通过活体流式细胞计数仪，X射线照相术，NMR，PET/SPECT或MRI检测的那些。例如，对于X射线照相技术而言，合适的标记物包括可以放射可检测的射线、但不会明显损害患者的任何放射性同位素，例如钡或铯。适用于NMR或MRI的标记物通常包括具有可检测的特征性旋转的那些，例如氘。合适的成像系统可以用于检测循环系统中的经标记的外来体。
可以通过动脉或静脉注射给予经标记的外来体，并且可以配制为无菌无热原的肠胃外可接受的水性溶液。这种肠胃外可接受的溶液(适当考虑了pH、等渗性、稳定性等)的制备在本领域的技术范围内。用于静脉注射的优选的配制物除了包含经标记的外来体以外，还包括等张媒介物，例如氯化钠注射液、Ringer注射液、葡萄糖注射液、葡萄糖及氯化钠注射液、乳酸Ringer注射液或其他媒介物。标记外来体的有效量可以为使用临床上可用的设备足以产生可接受的图像的量。标记外来体的有效量可以以多于一次的注射而给予。标记外来体的有效量可以根据多种因素变化，所述的因素例如为个体的感受度，个体年龄、性别和体重，个体的特殊应答，以及剂量测定方法。此外，标记外来体的有效量还可以根据装置和薄膜相关因素而变化。
在另一个实施方案中，活体流式细胞计数仪可以在标记的外来体流动通过外周脉管系统时用于以非入侵的方式计数体内标记的外来体。所述的方法可以包括(即)注射肿瘤特异性的荧光配基，然后通过对浅表血管进行多光子荧光成像来定量流动的外来体。在患有转移性肿瘤的小鼠中的研究证明在通过其他手段检测到转移性疾病之前的几个星期就可以定量CTC。用于检测外来体的活体流式细胞计数仪避免了样品的限制，并通过能够分析大量的患者的血液量(≈5升)而使得稀少事件的定量具有统计学意义。
很多人类的癌症都过表达了维生素叶酸的受体(卵巢癌和子宫内膜癌＞90％，肾癌＞86％，非小细胞肺癌＞78％等)。备选地，正常组织或者缺少可测量的叶酸受体(FR)，或者在肠胃外给药的药剂不可接近的位点处表达FR。由于可以通过注射与FR以纳摩尔亲和性相结合的放射性或荧光叶酸缀合物来选择性地标记表达FR的癌症团块，所以对于单一的外来体而言，可以结合足量的叶酸缀合物，从而使得当它们通过患者的外周脉管系统时能够进行体内检测。为了增大信号与背景的比例，可以使用能够快速清除循环系统(如果未被外来体捕获)的肿瘤特异性探针。就这一目的而言，由于发现肿瘤特异性抗体会促进吞噬细胞清除这些细胞所结合外来体，从而导致显著地低估外来体的数量，所以可以使用叶酸-染料缀合物(例如叶酸-AlexaFluor488缀合物)。为了进一步确保使用叶酸-AlexaFluor 488标记的细胞确实是恶性的，可以使用单克隆抗人抗体(例如就卵巢癌而言为CA125)加上与玫瑰精-X缀合的合适的二级抗体。
在另一个实施方案中，可以通过以静脉内的方式引入特异性地靶向外来体以用于下游成像应用(与上文所述的那些相似)的标记试剂，来在体内标记所述的外来体。
补偿密码
在一个实施方案中，在疾病、疾病阶段、进程或治疗的鉴定中，将外来体用作诊断、治疗相关性或预后的标志物可以指定为特定的美国医疗保险补充密码。在一个实施方案中，利用细胞源特异性的外来体的分离和使用。所述的补偿密码可以为在处方药物程序职业制药服务(PrescriptionDrug Programs Professional Pharmacy Services)的国家理事会下发展形成的密码(NCPDP/PPS密码)。例如，补偿密码可以为保险公司所使用或识别的诊断密码。根据第三方的补偿需要，所述的诊断密码是可指定的。备选地，根据分析医学资源的用途的需要，所述的诊断密码是可指定的。一套诊断密码可以符合和/或与(例如)ICD(International Classification ofDiseases)codes，9th版，Clinical Modification，(ICD-9-CM)，卷1，2和3；ICD-10，其被保持并分配在U.S.Health and Human Services department中；HCPCS(Health Care Financing Administration Common Procedure CodingSystem)；NDC(National Drug Codes)；CPT-4(Current ProceduralTerminology)；第四版CDPN(Code on Dental Procedures and Nomenclature)；SNOMED-RT″Systematicized Nomenclature of Medicine，ReferenceTerminology″，College of American Pathologists；UMLS(Unified MedicalLanguage System)，by the National Library of Medicine；LOINC LogicalObservation Identifiers，Names，and Codes；Regenstrief Institute and theLogical Observation Identifiers Names and Codes(LOINC
Figure BPA00001397863901801
)Committee；临床术语还称为″Read Codes″；DIN Drug Identification Numbers；Reimbursement Classifications including DRGs(Diagnosis Related Groups)；CDT Current Dental Terminology；NIC(Nursing intervention codes)；或Commercial Vocabulary Services(例如HealthLanguage by HealthLanguageInc.)相容，这些文献的每一份均以引用方式全文并入本文。
在一个实施方案中，本文所述的外来体的各种分离方法可以指定为特定的补偿密码。例如，本文所述的细胞源特异性外来体的各种分离方法可以指定为特定的补偿密码。在另一个实施方案中，由外来体的分析所得到的特异性生物学特征可以指定为特定的补偿密码。在另一个实施方案中，由细胞源特异性的外来体的分析所得到的特异性生物学特征可以指定为特定的补偿密码。备选地，用于检测生物学样品中外来体的特定生物学特征的试剂盒可以指定为特定的补偿密码。备选地，用于检测生物学样品中特异性细胞源外来体的特定生物学特征的试剂盒可以指定为特定的补偿密码。
虽然本文已经显示并描述本发明的优选实施方案，但是对于本领域的技术人员显而易见的是这些实施方案仅以实例的方式提供。目前，在不脱离本发明的情况下，本领域的技术人员可以进行多种变化、改变和替代。应该理解的是在实施本发明的过程中，可以使用本文所述的本发明的实施方案的多种候选方案。应该想到的是，以下权利要求书定义了本发明的范围，并由此涵盖了在所述的权利要求书范围内的方法和结构、以及它们的等价物。
实施例
实施例1：得自前列腺癌细胞系的外来体的纯化
在包含20％FBS(胎牛血清)和1％P/S/G的培养基中，将前列腺癌细胞系培养3-4天。然后在4℃下，将所述的细胞在400xg下预离心10分钟。保留上清液，并在4℃下在2000xg下离心20分钟。可以使用MilliporeCentricon Plus-70(编号#UFC710008 Fisher)离心包含外来体的上清液。
在室温下，在1000xg下，将离心超滤管用30ml的PBS预洗涤3分钟。然后，将15-70ml的预离心细胞培养物上清液倒入到浓缩杯(ConcentrateCup)中，并在室温下在1000xg下在Swing Bucket Adapter(Fisher编号#75-008-144)中离心30分钟。
将通过收集杯(Collection Cup)中的流体倒出。使用任何其他的上清液，将浓缩杯中的体积调至60ml。在室温下在1000xg下，将浓缩杯离心30分钟，直到所有的细胞上清液被浓缩。
通过加入70ml PBS洗涤浓缩杯，并在1000xg下离心30-60分钟，直到剩余大约2ml。通过将浓缩物倒置于小的样品杯中来除去过滤器上的外来体，并在4℃下离心1分钟。使用PBS将体积调至25ml。现在，浓缩外来体并将其加入到30％蔗糖垫上。
为了制作垫，将4ml Tris/30％蔗糖/D2O溶液(30g无蛋白酶的蔗糖、2.4g Tris碱、50ml D2O，滴加10N NCL将pH调节至7.4，使用D2O将体积调节至100ml，通过0.22um过滤器进行灭菌)加入到30ml V底薄壁超离心管的底部。在上述蔗糖垫上方，温和地加入稀释的25ml浓缩外来体而未搅乱界面，并在4℃下在100000xg下离心75分钟。使用10ml吸管小心地除去蔗糖垫上方的～25ml浓缩外来体，并用细尖转移管(SAMCO 233)收集～3.5ml的外来体，然后转移至新的超离心管中，其中加有30ml PBS。在4℃下在100000xg下将所述的管离心70分钟。小心地倒出上清液。将团块再次悬浮于200ul PBS中，并可以储存在4℃下或者用于测定。BCA测定(1∶2)可以用于确定蛋白质的含量，Western印记和电子显微镜可以用于确定外来体的纯化情况。
实施例2：得自VCaP和22Rv1的外来体的纯化
通过首先用等体积的PBS(1ml)稀释血浆，再通过超离心收集得自前列腺(VCaP)和22Rv1(其为人类前列腺癌细胞系，衍生自人类前列腺癌异种移植物(CWR22R))的椎体癌症的外来体。将稀释的流体转移至15mlFalcon离心管中，并在4℃下在2000xg下离心30分钟。将上清液(～2ml)转移至超离心管5.0ml PA薄壁管(Sorvall#03127)中，并在4℃下在12000xg下离心45分钟。
将上清液(～2ml)转移至新的5.0ml超离心管中，并加入2.5ml PBS而填加至最大体积，然后在4℃下在110000xg下离心90分钟。倒出上清液而未搅乱团块，再将团块再次悬浮于1ml PBS中。加入4.5ml PBS而将所述的管填加至最大的体积，并在4℃下在110000xg下离心70分钟。
倒出上清液而未搅乱团块，另外加入1ml PBS以洗涤所述的团块。加入4.5ml PBS而将体积增大至最大体积，并在4℃下在110000xg下离心70分钟。使用P-1000移液管除去上清液，直到管底为～100μl的PBS。使用P-200移液管除去～90μl剩余物，并将使用～10μl PBS收集的团块通过使用P-20移液管温和地吸取到微离心管中。通过加入5μl新的PBS而由干燥管的底部洗涤残留的团块，并收集到微离心管中，然后悬浮于磷酸盐缓冲盐水(PBS)中直到浓度为500μg/ml。
实施例3：血浆的收集和外来体的纯化
通过标准的穿刺将血液收集到7ml K2-EDTA管中。在4℃的离心机(SORVALL Legend RT+离心机)中，在400g下将样品离心10分钟，从而由血细胞中分离出血浆。通过小心地吸取，将上清液(血浆)转移至15ml Falcon离心管中。在2000g下将血浆离心20分钟，并收集上清液。
就存储而言，将大约1ml的血浆(上清液)等分到冷冻管中，放置于干冰中以使它们冻结，在储存在-80℃下。在纯化外来体之前，如果样品被储存在-80℃下，则在冷水浴中缓和5分钟。通过手工操作将样品颠倒混合，从而使未溶解的材料消失。
在第一次预离心中，使用等体积的PBS(例如，使用2ml PBS稀释大约2ml的血浆)稀释血浆。将稀释液转移至15ml Falcon管中，并在4℃下在2000xg下离心30分钟。
对于第二次离心而言，将上清液(大约4ml)小心地转移至50ml Falcon管中，并在Sorval离心机中在4℃下，在12000xg下离心45分钟。
在分离步骤中，使用P1000移液管将上清液(大约2ml)小心地转移至5.0ml超离心PA薄壁管(Sorvall#03127)中，并加入0.5ml PBS填加至最大的体积。在4℃下，在110000xg下将离心管离心90分钟。
在第一次洗涤中，倒出上清液而未搅乱团块。将该团块再次悬浮或者用1ml PBS洗涤，并加入4.5ml PBS将离心管填加至最大的体积。在4℃下在110000下将离心管离心70分钟。通过重复相同的步骤进行第二次洗涤。
通过使用P-1000移液管除去上清液直到管底为大约100μl PBS来收集外来体。除去大约90μl BPS，并用P-200移液管废弃。通过使用P-20移液管温和地吸取来收集团块和剩余的PBS。加入5μl新的PBS来由干燥管的底部洗涤残留的团块，并收集到微离心管中。
实施例4：使用抗体偶联的微球和直接缀合的抗体来分析外来体
本实施例举例说明与抗体偶联的粒子的使用，其中所述的抗体捕获了外来体(例如参见图64A)。抗体(检测剂抗体)与标记物直接偶联，并用于检测捕获外来体上的生物标志物。
首先，选择一套抗体偶联的微球(Luminex，Austin，TX)。所述的这套微球可以包括多种抗体，并因此可以进行倍增。通过涡流和超声处理大约20秒使微球再次悬浮。通过在Startblock(Pierce(37538))中将偶联的微球原液稀释至最终浓度为每套100个微球/μL来制备工作微球混合物。(注：每个孔中需要50μL工作微球混合物)。PBS-1％BSA或PBS-BN(PBS，1％BSA，0.05％叠氮化物，pH 7.4)可以用作测定缓冲剂。
将1.2μm微孔滤板用100μL/孔的PBS-1％BSA(Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))预润湿，并通过真空岐管吸取。将50μL等分的工作微球混合物分配于滤板(Millipore Multiscreen HTS(MSBVN1250))的合适的孔中。将50μl等分的标准品或样品分配到合适的孔中。覆盖滤板，并在室温下在滤板混合器上温育60分钟。用密封剂覆盖所述的滤板，放置在回旋混合器上，并设定在900下持续15-30秒，从而使珠再次悬浮。之后，将速度设定在550下并持续温育的时间。
通过真空岐管对上清液进行吸取(在所有的吸取步骤中都低于5英寸Hg)。将各孔用100μl的PBS-1％BSA(Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))洗涤2次，并通过真空岐管吸取。将微球再次悬浮于50μL的PBS-1％BSA(Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))中。将PE缀合的检测抗体在PBS-1％BSA(Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))中稀释至4μg/mL(或适当的浓度)。(注：各反应需要50μL稀释的检测抗体)。将50μl等分的经稀释的检测抗体加入到各孔中。覆盖滤板，并在滤板混合器上在室温下温育60分钟。用密封剂覆盖所述的滤板，放置在回旋混合器上，并设定在900下持续15-30秒，从而使珠再次悬浮。之后，将速度设定在550下并持续温育的时间。通过真空岐管对上清液进行吸取。将各孔用100μl的PBS-1％BSA(Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))洗涤2次，并通过真空岐管吸取。将微球再次悬浮于100μL的PBS-1％BSA(Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))中。根据所述系统的操作指南在Luminex分析仪上分析所述的微球。
实施例5：使用抗体偶联的微球和生物素化的抗体来分析外来体
本实施例举例说明与抗体偶联的粒子的使用，其中所述的抗体捕获了外来体。抗体(检测剂抗体)为生物素标记的。与链霉亲和素偶联的标记物用于检测所述的生物标志物。
首选，选择一组合适的抗体偶联的微球(Luminex，Austin，TX)。通过涡流和超声处理大约20秒使微球再次悬浮。通过在Startblock(Pierce(37538))中将偶联的微球原液稀释至最终浓度为每套50个微球/μL来制备工作微球混合物。(注：每个孔中需要50μL工作微球混合物)。Start Block中的珠应该封闭30分钟但不超过1小时。
将1.2μm微孔滤板用100μl/孔的PBS-1％BSA+叠氮化物(PBS-BN)((Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))预润湿，并通过真空岐管吸取。将50μl等分的工作微球混合物分配于滤板(Millipore MultiscreenHTS(MSBVN1250))的合适的孔中。将50μl等分的标准品或样品分配到合适的孔中。覆盖滤板，并在室温下在滤板混合器上温育60分钟。将覆盖的滤板放置在回旋混合器上，并设定在900下持续15-30秒，从而使珠再次悬浮。之后，将速度设定在550下并持续温育的时间。
通过真空岐管对上清液进行吸取(在所有的吸取步骤中都低于5英寸Hg)。可以使用Pall真空岐管完成吸取。当将滤板放置在岐管上时，将阀门放置在充满的位置处。为了缓慢地吸取，将阀门开放，从而吸取所述孔中的流体，为了将100μl的样品和珠完全由孔中吸出，需要大约3秒。一旦所有的样品被排光，便挤压岐管上的清洗按钮，从而释放滤板中的残余真空压力。
将各孔用100μl的PBS-1％BSA+叠氮化物(PBS-BN)(Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))洗涤2次，并通过真空岐管吸取。将微球再次悬浮于50μL的PBS-1％BSA+叠氮化物(PBS-BN)((Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))中。
将生物素化的检测抗体在PBS-1％BSA+叠氮化物(PBS-BN)((Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))中稀释至4μg/mL。(注：各反应需要50μL稀释的检测抗体)。将50μl等分的经稀释的检测抗体加入到各孔中。
覆盖滤板，并在室温下在滤板混合器上温育60分钟。将滤板放置在回旋混合器上，并设定在900下持续15-30秒，从而使珠再次悬浮。之后，将速度设定在550下并持续温育的时间。
通过真空岐管对上清液进行吸取。可以使用Pall真空岐管完成吸取。当将滤板放置在岐管上时，在充满的位置中放置阀门。为了缓慢地吸取，将阀门开放，从而吸取所述孔中的流体，为了将100μl的样品和珠完全由孔中吸出，需要大约3秒。一旦所有的样品被排光，便挤压岐管上的清洗按钮，从而释放滤板中的残余真空压力。
将各孔用100μl的PBS-1％BSA+叠氮化物(PBS-BN)((Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))洗涤2次，并通过真空岐管吸取。将微球再次悬浮于50μL的PBS-1％BSA(Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))中。
将链霉亲和素-R-藻红蛋白受体(分子探针1mg/ml)在PBS-1％BSA+叠氮化物(PBS-BN)中稀释至4μg/mL。(注：各反应需要50μL稀释的链霉亲和素-R-藻红蛋白)。将50μl等分的经稀释的链霉亲和素-R-藻红蛋白加入到各孔中。
用密封剂覆盖滤板，并在室温下在滤板混合器上温育60分钟。将滤板放置在回旋混合器上，并设定在900下持续15-30秒，从而使珠再次悬浮。之后，将速度设定在550下并持续温育的时间。
通过真空岐管对上清液进行吸取。可以使用Pall真空岐管完成吸取。当将滤板放置在岐管上时，在充满的位置中放置阀门。为了缓慢地吸取，将阀门开放，从而吸取所述孔中的流体，为了将100μl的样品和珠完全由孔中吸出，需要大约3秒。一旦所有的样品被排光，便挤压岐管上的清洗按钮，从而释放滤板中的残余真空压力。
将各孔用100μl的PBS-1％BSA+叠氮化物(PBS-BN)((Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))洗涤2次，并通过真空岐管吸取。将微球再次悬浮于100μL的PBS-1％BSA+叠氮化物(PBS-BN)((Sigma(P3688-10PAK+0.05％叠氮化钠(S8032)))中，并根据所述系统的操作指南在Luminex分析仪上进行分析。
实施例6：使用倍增方法来确定前列腺癌的生物学特征
按照实施例4和5所述，将使用实施例1-3中所述的方法得到的外来体样品用于倍增测定。所用的检测抗体为CD63，CD9，CD81，B7H3和EpCam。所用的捕获抗体为CD9，PSCA，TNFR，CD63 2X，B7H3，MFG-E8，EpCam 2X，CD63，Rab，CD81，SETAP，PCSA，PSMA，5T4，Rab IgG(对照)和IgG(对照)，从而得到100种待筛选的组合(图64B)。
筛选10名前列腺癌患者和12名正常对照患者。结果示于图68和图70A中。图70B示出了使用PCSA捕获抗体(FIG.70B，左侧的图)或EpCam捕获抗体(FIG.70B，右侧的图)的结果，以及使用一种或多种检测剂抗体的检测。不同组合的敏感性和特异性示于图73中。
实施例7：使用倍增法确定结肠癌的生物学特征
按照实施例4和5所述，将使用实施例3中所述的方法得到的外来体样品用于倍增测定。所用的检测抗体为CD63，CD9，CD81，B7H3和EpCam。所用的捕获抗体为CD9，PSCA，TNFR，CD632X，B7H3，MFG-E8，EpCam2X，CD63，Rab，CD81，SETAP，PCSA，PSMA，5T4，Rab IgG(对照)和IgG(对照)，从而得到100种待筛选的组合。
所得结果示于图69、71和72中。不同组合物的敏感性示于图74中。
实施例9：使用磁珠捕获外来体
使用按照实施例2所述的方法分离的外来体。将大约40ul的外来体与大约5ug(～50μl)EpCam抗体涂敷的Dynal珠(Invitrogen，Carlsbad，CA)和50μl起始材料块(Block)一起温育。在45℃下，将外来体和珠在摇动温育器中在摇动条件下温育2小时。将装有Dynal珠的管在磁力分离器上放置1分钟，并除去上清液。将所述的珠洗涤2次，并且每次都除去上清液。将所述的珠洗涤2次，并且每次都废弃上清液。
实施例10：外来体中TMPRSS2:ERG的检测
使用Qiagen miRneasyTM试剂盒(编号No.217061)，根据制造商提供的说明书分离得自实施例9的珠结合外来体的RNA。
将所述的外来体在QIAzolTM裂解试剂(编号No.79306)中均化。在加入氯仿之后，通过离心，均匀的混合物分离成水相和有机相。RNA分隔在上层水相中，DNA分隔在中间相中，而蛋白质分隔在下层、有机相或中间相中。对上层水相进行萃取，并加入乙醇从而提供合适的结合条件以用于来自正向18核苷酸(nt)的所有RNA分子。然后，将样品施加到RNeasyTMMini离心柱上，其中全部的RNA都与所述的膜结合，并有效地洗脱苯酚和其他污染物。然后，在不含RNase的水中稀释高质量的RNA。
使用Taqman TMPRSS:ERG融合转录物测定法(Kirsten D.Mertz et al.Neoplasia.2007March；9(3)：200-206.)来测量VCAP珠捕获的外来体的RNA。使用Taqman SPINK1转录物测定法(Scott A.Tomlins et al.Cancer Cell2008 June 13(6)：519-528)来测量22Rv1珠捕获的外来体的RNA。此外，针对两套外来体RNA来测量GAPDH转录物(对照转录物)。
较高的CT值表示转录物的表达较低。循环阈值(CT)的1个变化相当于2个倍数变化，3CT差异相当于4个倍数变化等等，其可以通过下式计算：2^CT1-CT2。本试验显示出融合转录物TMPRSS:ERG表达CT中的差异以及使用IgG2阴性对照珠捕获的当量(图75)。22RV1外来体中SPINK1转录物的相同比较示出，CT差异6.14相当于倍数变化70.5(图75C)。
实施例11：外来体中微小RNA概况
按照实施例1和2所述，通过超离心由22Rv1，LNCaP，Vcap和正常血浆(由16名提供者收集得到)收集外来体。使用Exiqon miR分离试剂盒(编码No.300110，300111)来提取RNA。按照BCA测定方法确定的那样，使用等量的外来体(30μg)。
将用于微小RNA的逆转录反应物处于等体积(5μl)下。将逆转录酶反应物在81μl的不含核酸酶的水中稀释，然后向各单独的miR测定中加入9μl所述的溶液。发现，MiR-629只在PCa(前列腺癌)外来体中表达，并且事实上在正常的血浆外来体中是不可检测的。发现，MiR-9在所有的PCa细胞系中都是高度过表达的(通过拷贝数测量，超出正常情况～704倍)，而在正常的血浆外来体中具有极低的表达。前10名差异表达的miRNA示于图76中。
实施例12：磁性EpCam捕获的外来体的微小RNA概况
将实施例9的珠结合外来体放置于QIAzolTM裂解试剂(编号#79306)中。加入等分的125fmol秀丽隐杆线虫(c.elegans)miR-39。使用QiagenmiRneasyTM试剂盒(编号#217061)，根据制造商提供的说明书来分离得自外来体的RNA，并在30ul不含RNAse的水中稀释。
使用Veriti 96孔热循环仪，将10μl纯化的RNA放置到用于miR-9，miR-141和miR-629的预扩增反应器中。使用1∶5稀释的预扩增溶液来建立用于miR9(ABI 4373285)，miR-141(ABI 4373137)和miR-629(ABI4380969)以及c.elegans miR-39(ABI 4373455)的qRT-PCR反应。将各样品的结果归一化为c.elegans的结果。
实施例13：CD9-捕获的外来体的微小RNA
按照实施例12所述，使用CD9涂敷的Dynal珠(Invitrogen，Carlsbad，CA)，而并非使用EpCam涂敷的珠。将得自前列腺癌患者的外来体，LNCaP或正常的纯化的外来体与CD9涂敷的珠一起温育，并按照实施例12所述分离RNA。通过qRT-PCR检测miR-21和miR-141的表达，结果示于图77和78中。
实施例14：前列腺癌的参照值
对14名3期前列腺癌受试者、11名良性前列腺肥大(BPH)样品以及15名正常的样品进行测试。使用实施例3中所述的方法得到外来体样品，并用于倍增测试，例如实施例4和5中所述。对样品进行测试以确定4个标准：1)样品是否过表达外来体；2)样品是否过表达前列腺外来体；3)样品是否过表达癌症外来体；以及4)样品是否可靠。如果样品满足所有的4个标准，则根据以下所述(癌症-1、癌症-2和癌症-3，图79)的样品所存在的不同生物学特征，作为阳性前列腺癌的样品的分类具有不同的敏感性和特异性。4个标准如下：
外来体的过表达
在三次测定中得到的样品的平均荧光强度(MFI)取平均值，以确定所述样品的值。各次测定使用了不同的捕获抗体。第一次测定使用了CD9捕获抗体，第二次测定使用了CD81捕获抗体，而第三次测定使用CD63抗体。检测抗体(针对CD9，CD81和CD63的抗体)的相同的组合用于各次测定中。如果三次测定所得的平均值大于3000，则样品被归类为具有过表达的外来体(图79，外来体)。
前列腺外来体的表达
对两次测定样品的MFI取平均值，以确定所述样品的值。各次测定都使用了不同的捕获抗体。第一次使用了PCSA捕获抗体，而第二次使用了PSMA捕获抗体。检测抗体(针对CD9，CD81和CD63的抗体)的相同的组合用于各次测定中。如果两次次测定所得的平均值大于100，则样品被归类为具有过表达的前列腺外来体(图79，外来体)。
癌症外来体的表达
使用3种不同的癌症生物学特征来确定样品中的癌症外来体是否过表达。第一次(癌症-1)使用了EpCam捕获抗体，并检测针对CD81，CD9和CD63的抗体。第二次(癌症-2)使用了CD9捕获抗体以及针对EpCam和B7H3的检测抗体。如果三个癌症生物学特征的任何两个样品的MFI值高于参照值，则样品被归类为具有过表达的癌症(图79，癌症-1、癌症-2和癌症-3)。
样品的可靠性
针对各样品，确定两个定性对照测量，QC-1和QC-2。如果所述的样品满足其中之一，则该样品被归类为是可靠的。
对于QC-1而言，确定7次测定的所有MFI的总和。7次测定的每一次都使用了针对CD59和PSMA的检测抗体。用于各次测定的捕获抗体为CD63，CD81，PCSA，PSMA，STEAP，B7H3和EpCam。如果总和大于4000，则该样品是不可靠的并且不被包含在内。
对于QC-2而言，确定5次测定的所有MFI的总和。5次测定的每一次都使用了针对CD9，CD81和CD63的检测抗体。用于各次测定的捕获抗体为PCSA，PSMA，STEAP，B7H3和EpCam。如果总和大于8000，则该样品是不可靠的并且不被包含在内。
在样品满足本文所述的标准之后，患有BPH的样品和未患有BPH的样品的敏感性和特异性示于图79中。
此外，应该理解的是，之前的描述为本发明的示例性实施方案，并且本发明不限于本文所示的或所描述的特定形式。在本文所公开的元件的设计、排布和类型，以及使用本发明的步骤在不脱离如所述的权利要求书中表达的本文所述的范围的条件下可以进行各种修改。

Claims (190)

1.一种表征受试者中的表现型的方法，该方法包括：
i)确定得自所述的受试者的生物学样品中的一种或多种外来体的生物学特征；以及
ii)根据所述的生物学特征来表征所述受试者中的表现型，
其中根据所述的生物学特征的所述表现型的所述表征具有至少70％敏感性。
2.一种表征受试者中的表现型的方法，该方法包括：
i)确定得自所述的受试者的生物学样品中的一种或多种外来体的生物学特征；
ii)确定具有所述的生物学特征的所述的一种或多种外来体的量；以及
iii)根据所述的量来表征所述的受试者中的表现型，
其中所述的表征具有至少70％敏感性。
3.权利要求1或2所述的方法，其中所述的敏感性为至少80％。
4.权利要求1或2所述的方法，其中所述的敏感性为至少90％。
5.权利要求1或2所述的方法，其中所述的特异性为至少80％。
6.权利要求1或2所述的方法，其中所述的特异性为至少100％。
7.权利要求1或2所述的方法，其中所述的生物学样品为体液样品。
8.权利要求7所述的方法，其中所述样品的体积少于2mL。
9.权利要求7所述的方法，其中所述的体液为外周血，血清，血浆，腹水，尿，脑脊液(CSF)，痰，唾液，骨髓，滑液，水样液，羊膜液，耳垢，乳汁，支气管肺泡灌洗液，精液，前列腺液，考珀液或预射精液，女性射出液，汗液，排泄物，头发，泪液，囊液，胸腔积液和腹水液，心包液，淋巴液，食物糜，乳糜，胆汁，组织液，月经，脓，皮脂，呕吐物，阴道分泌物，黏膜分泌物，稀便，胰液，鼻腔灌洗液，支气管抽吸液，囊胚腔液或脐带血。
10.权利要求1或2所述的方法，其中所述的外来体的直径为大约30nm至大约80nm。
11.权利要求9所述的方法，其中所述的外来体的直径为大约30nm至大约200nm。
12.权利要求1或2所述的方法，其中通过体积排阻色谱、密度梯度离心、差速离心、纳米膜超滤、免疫吸附捕获、亲和纯化、微流体分离或它们的组合物来分离所述的外来体。
13.权利要求1或2所述的方法，其中所述的生物学样品在确定所述的生物学特征之前并非富集用于外来体。
14.权利要求1或2所述的方法，其中所述的外来体为细胞源特异性的外来体。
15.权利要求14所述的方法，其中所述的细胞源为肿瘤或癌症细胞。
16.权利要求14所述的方法，其中所述的细胞源为肺、胰腺、胃、肠、膀胱、肾、卵巢、睾丸、皮肤、结肠直肠、乳腺、前列腺、脑、食道、肝脏、胎盘或胚胎细胞。
17.权利要求1或2所述的方法，其中所述的外来体为尿的外来体。
18.权利要求1或2所述的方法，其中所述的生物学特征包括表达的水平、存在情况、缺乏情况、突变情况、拷贝数的变化、截短的情况、复制、插入、修饰、序列的变化或者生物标志物的分子结合情况。
19.权利要求1或2所述的方法，其中所述的生物学特征包括分离的外来体的定量、外来体半衰期变化的临时评价、循环外来体的半衰期、外来体新陈代谢的半衰期或者外来体的活性。
20.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物选自：核酸、肽、蛋白质、脂质、抗原、碳水化合物和蛋白聚糖。
21.权利要求20所述的方法，其中所述的核酸为DNA或RNA。
22.权利要求20所述的方法，其中所述的核酸为扩增的。
23.权利要求21所述的方法，其中所述的DNA选自：双链DNA、单链DNA、互补DNA和非编码DNA。
24.权利要求21所述的方法，其中所述的RNA选自：mRNA，miRNA，snoRNA，snRNA，rRNAs，tRNAs，siRNA，hnRNA和shRNA。
25.权利要求20所述的方法，其中所述的生物标志物为选自图1中的抗原。
26.权利要求20所述的方法，其中所述的生物标志物选自图3-60中所列的表格。
27.权利要求20所述的方法，其中所述的生物标志物与肿瘤的临床上截然不同的类型或亚类有关。
28.权利要求24所述的方法，其中所述的miRNA选自：let-7a；miR-15b；miR-16；miR-19b；miR-21；miR-26a；miR-27a；miR-92；miR-93；miR-320和miR-20。
29.权利要求24所述的方法，其中所述的miRNA选自：miR-9，miR-629，miR-141，miR-671-3p，miR-491，miR-182，miR-125a-3p，miR-324-5p，miR-148b和miR-222。
30.权利要求29所述的方法，其中所述的表现型为前列腺癌。
31.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物选自：EGFR，BRAF，KRas，TMPRSS2-ERG，PCA-3，PSA，铁调素以及它们变体。
32.权利要求31所述的方法，其中所述的EGFR变体为EGFRvIII。
33.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物选自：CD9，PSCA，TNFR，CD63，MFG-E8，EpCam，Rab，CD81，STEAP，PCSA，5T4，EpCam，PSMA，CD59，CD66和B7H3。
34.权利要求1或2所述的方法，其中所述的生物学特征包括至少2种生物标志物。
35.权利要求34所述的方法，其中所述的至少2种生物标志物选自：EpCam，CD9，PSCA，CD63，CD81，PSMA和B7H3。
36.权利要求35所述的方法，其中选择至少3种生物标志物。
37.权利要求33、35或36所述的方法，其中所述的表现型为前列腺癌。
38.权利要求34所述的方法，其中所述的至少2种生物标志物选自：EpCam，CD9，CD63和CD66。
39.权利要求33或38所述的方法，其中所述的表现型为结肠癌。
40.权利要求1或2所述的方法，其中所述的生物学特征包括结合剂。
41.权利要求40所述的方法，其中所述的结合剂为抗原、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体片段、适配体、拟肽、zDNA、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、外源凝集素、肽、枝状物或化学化合物。
42.权利要求40所述的方法，其中所述的结合剂选自图2。
43.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物选自：HIV蛋白质、HCV蛋白质、朊病毒蛋白质或它们的片段。
44.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物通过微阵列分析，PCR，与等位基因特异性探针杂交，酶的突变检测，连接酶链反应(LCR)，寡核苷酸连接的测定(OLA)，流式细胞计数异源双链核酸分子分析，错配的化学断裂，质谱，核酸测序，单链构象多态性(SSCP)，变性梯度凝胶电泳(DGGE)，温度梯度凝胶电泳(TGGE)，限制片段长度多态性，基因表达的系列分析(SAGE)或它们的组合来检测。
45.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物通过成像细胞计数仪，qRT-PCR，实时PCR，PCR，流式细胞计数仪，质谱或它们的组合来检测。
46.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物通过以下过程检测，该过程如下：
i)使用一级抗体捕获所述的外来体；
ii)使用检测抗体检测所述的被捕获的外来体；
iii)使酶连二级抗体与所述的检测抗体反应；
iv)加入检测试剂；以及
v)检测所述的试剂与所述的酶连二级抗体之间的反应。
47.权利要求18所述的方法，其中所述的生物标志物通过以下过程检测，该过程如下：
i)使用一级抗体捕获所述的外来体；以及
ii)使用检测抗体检测所述的被捕获的外来体，
其中所述的检测抗体是直接标记的。
48.权利要求46或47所述的方法，其中所述的一级抗体为针对蛋白质或抗原的抗体，其中所述的蛋白质或抗原选自：Rab 5b，CD63，小窝蛋白-1，CD9，PSCA，TNFR，CD63，MFG-E8，EpCam，Rab，CD81，STEAP，PCSA，5T4，EpCam，PSMA，CD59，CD66，B7H3以及它们的片段。
49.权利要求46或47所述的方法，其中所述的检测抗体为针对蛋白质或抗原的抗体，其中所述的蛋白质或抗原选自：Rab 5b，CD63，小窝蛋白-1，CD9，PSCA，TNFR，CD63，MFG-E8，EpCam，Rab，CD81，STEAP，PCSA，5T4，EpCam，PSMA，CD59，CD66，B7H3以及它们的片段。
50.权利要求46或47所述的方法，其中所述的一级抗体与基底连接。
51.权利要求50所述的方法，其中所述的基底为阵列、孔或粒子。
52.权利要求51所述的方法，其中所述的粒子是磁性的。
53.权利要求51所述的方法，其中所述的粒子为在内部标记的。
54.权利要求51所述的方法，其中所述的粒子是使用多于一种的标记物标记的。
55.权利要求46或47所述的方法，其中所述的表现型为黑素瘤，所述的一级抗体为抗Rab5b，而所述的检测抗体为抗CD63或抗小窝蛋白-1。
56.权利要求1或2所述的方法，其中所述的表现型为癌症，炎性疾病，免疫疾病，自身免疫疾病，心血管疾病，神经学疾病，感染性疾病或妊娠相关的状况。
57.权利要求1或2所述的方法，其中所述的表现型选自图3-60中所列的表格。
58.权利要求1或2所述的方法，其中所述的表现型为肿瘤或癌症。
59.权利要求58所述的方法，其中所述的表现型为成胶质细胞瘤，前列腺癌，黑素瘤或结肠癌。
60.权利要求1或2所述的方法，其中所述的表现型为新陈代谢的疾病或状况。
61.权利要求60所述的方法，其中所述的新陈代谢的疾病或状况为糖尿病、炎症、围产期状况或与铁的新陈代谢有关的状况。
62.权利要求1或2所述的方法，其中所述的表现型为器官排斥、器官窘迫或移植后的状况的评估。
63.权利要求1或2所述的方法，其中所述的表征为诊断，预后，药剂效力的确定，针对所述表现型的状态的监测，或者针对所述表现型的治疗的选择。
64.权利要求1或2所述的方法，其中所述的受试者对当前的治疗是非应答性的。
65.权利要求64所述的方法，其中所述的当前的治疗为癌症的治疗。
66.一种用于表征受试者中的表现型的方法，该方法包括：
i)确定生物学样品中外来体的生物学特征；以及
ii)根据所述的生物学特征表征所述受试者中的表现型，
其中所述的生物学特征包括多种生物标志物，并且所述的生物学特征与少于多种生物标志物的检测相比，在表征所述的表现型方面提供了更高的敏感性或特异性。
67.权利要求66所述的方法，其中所述的生物学样品为体液的样品。
68.权利要求67所述的方法，其中所述的体积少于2mL。
69.权利要求66所述的方法，其中所述的体液为外周血，血清，血浆，腹水，尿，脑脊液(CSF)，痰，唾液，骨髓，滑液，水样液，羊膜液，耳垢，乳汁，支气管肺泡灌洗液，精液，前列腺液，考珀液或预射精液，女性射出液，汗液，排泄物，头发，泪液，囊液，胸腔积液和腹水液，心包液，淋巴液，食物糜，乳糜，胆汁，组织液，月经，脓，皮脂，呕吐物，阴道分泌物，黏膜分泌物，稀便，胰液，鼻腔灌洗液，支气管抽吸液，囊胚腔液或脐带血。
70.权利要求66所述的方法，其中所述的外来体的直径为大约30nm至大约80nm。
71.权利要求66所述的方法，其中所述的外来体的直径为大约30nm至大约200nm。
72.权利要求66所述的方法，其中通过体积排阻色谱、密度梯度离心、差速离心、纳米膜超滤、免疫吸附捕获、亲和纯化、微流体分离或它们的组合物来分离所述的外来体。
73.权利要求66所述的方法，其中所述的生物学样品在确定所述的生物学特征之前并非富集用于外来体。
74.权利要求66所述的方法，其中所述的外来体为细胞源特异性的外来体。
75.权利要求74所述的方法，其中所述的细胞源为肿瘤或癌症细胞。
76.权利要求74所述的方法，其中所述的细胞源为肺、胰腺、胃、肠、膀胱、肾、卵巢、睾丸、皮肤、结肠直肠、乳腺、前列腺、脑、食道、肝脏、胎盘或胚胎细胞。
77.权利要求66所述的方法，其中所述的外来体为尿的外来体。
78.权利要求66所述的方法，其中所述的多种生物标志物的至少一个子集选自：核酸、肽、蛋白质、脂质、抗原、碳水化合物和蛋白聚糖。
79.权利要求78所述的方法，其中所述的核酸为DNA或RNA。
80.权利要求78所述的方法，其中所述的核酸为扩增的。
81.权利要求79所述的方法，其中所述的DNA选自：双链DNA、单链DNA、互补DNA和非编码DNA。
82.权利要求79所述的方法，其中所述的RNA选自：mRNA，miRNA，snoRNA，snRNA，rRNAs，tRNAs，siRNA，hnRNA和shRNA。
83.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物为选自图1中的抗原。
84.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物选自图3-60中所列的表格。
85.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物与肿瘤的临床上截然不同的类型或亚类有关。
86.权利要求82所述的方法，其中所述的miRNA选自：let-7a；miR-15b；miR-16；miR-19b；miR-21；miR-26a；miR-27a；miR-92；miR-93；miR-320和miR-20。
87.权利要求82所述的方法，其中所述的miRNA选自：miR-9，miR-629，miR-141，miR-671-3p，miR-491，miR-182，miR-125a-3p，miR-324-5p，miR-148b和miR-222。
88.权利要求87所述的方法，其中所述的表现型为前列腺癌。
89.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物选自：EGFR，BRAF，KRas，TMPRSS2-ERG，PCA-3，PSA，铁调素以及它们变体。
90.权利要求89所述的方法，其中所述的EGFR变体为EGFRvIII。
91.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物的至少一个子集选自：CD9，PSCA，TNFR，CD63，MFG-E8，EpCam，Rab，CD81，STEAP，PCSA，5T4，EpCam，PSMA，CD59，CD66和B7H3。
92.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物的至少一个子集选自：HIV蛋白质、HCV蛋白质、朊病毒蛋白质或它们的片段。
93.权利要求66所述的方法，其中所述的多种包括2种生物标志物。
94.权利要求66所述的方法，其中所述的多种包括至少3种生物标志物。
95.权利要求66所述的方法，其中所述的生物标志物的至少一个子集包括选自EpCam，CD9，PSCA，CD63，CD81，PSMA和B7H3中的至少2种生物标志物。
96.权利要求91或95所述的方法，其中所述的表现型为前列腺癌。
97.权利要求66所述的方法，其中所述的生物标志物的至少一个子集包括选自EpCam，CD9，CD63和CD66中的至少2种生物标志物。
98.权利要求91或97所述的方法，其中所述的表现型为结肠癌。
99.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物通过微阵列分析，PCR，与等位基因特异性探针杂交，酶的突变检测，连接酶链反应(LCR)，寡核苷酸连接的测定(OLA)，流式细胞计数异源双链核酸分子分析，错配的化学断裂，质谱，核酸测序，单链构象多态性(SSCP)，变性梯度凝胶电泳(DGGE)，温度梯度凝胶电泳(TGGE)，限制片段长度多态性，基因表达的系列分析(SAGE)或它们的组合来检测。
100.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物通过成像细胞计数仪，qRT-PCR，实时PCR，PCR，流式细胞计数仪，质谱或它们的组合来检测。
101.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物通过以下过程检测，该过程如下：
i)使用一级抗体捕获所述的外来体；
ii)使用检测抗体检测所述的被捕获的外来体；
iii)使酶连二级抗体与所述的检测抗体反应；
iv)加入检测试剂；以及
v)检测所述的试剂与所述的酶连二级抗体之间的反应。
102.权利要求78所述的方法，其中所述的生物标志物通过以下过程检测，该过程如下：
i)使用一级抗体捕获所述的外来体；以及
ii)使用检测抗体检测所述的被捕获的外来体，
其中所述的检测抗体是直接标记的。
103.权利要求101或102所述的方法，其中所述的一级抗体为针对蛋白质或抗原的抗体，其中所述的蛋白质或抗原选自：Rab 5b，CD63，小窝蛋白-1，CD9，PSCA，TNFR，CD63，MFG-E8，EpCam，Rab，CD81，STEAP，PCSA，5T4，EpCam，PSMA，CD59，B7H3以及它们的片段。
104.权利要求101或102所述的方法，其中所述的检测抗体为针对蛋白质或抗原的抗体，其中所述的蛋白质或抗原选自：Rab 5b，CD63，小窝蛋白-1，CD9，PSCA，TNFR，CD63，MFG-E8，EpCam，Rab，CD81，STEAP，PCSA，5T4，EpCam，PSMA，CD59，B7H3以及它们的片段。
105.权利要求101或102所述的方法，其中所述的一级抗体与基底连接。
106.权利要求105所述的方法，其中所述的基底为阵列、孔或粒子。
107.权利要求105所述的方法，其中所述的粒子是磁性的。
108.权利要求105所述的方法，其中所述的粒子为在内部标记的。
109.权利要求105所述的方法，其中所述的粒子是使用多于一种的标记物标记的。
110.权利要求101或102所述的方法，其中所述的表现型为黑素瘤，所述的一级抗体为抗Rab5b，而所述的检测抗体为抗CD63或抗小窝蛋白-1。
111.权利要求66所述的方法，其中所述的表现型为癌症，炎性疾病，免疫疾病，自身免疫疾病，心血管疾病，神经学疾病，感染性疾病或妊娠相关的状况。
112.权利要求66所述的方法，其中所述的表现型选自图3-60中所列的表格。
113.权利要求66所述的方法，其中所述的表现型为肿瘤或癌症。
114.权利要求113所述的方法，其中所述的表现型为成胶质细胞瘤，前列腺癌，黑素瘤或结肠癌。
115.权利要求66所述的方法，其中所述的表现型为新陈代谢的疾病或状况。
116.权利要求115所述的方法，其中所述的新陈代谢的疾病或状况为糖尿病、炎症、围产期状况或与铁的新陈代谢有关的状况。
117.权利要求66所述的方法，其中所述的表现型为器官排斥、器官窘迫或移植后的状况的评估。
118.权利要求66所述的方法，其中所述的表征为诊断，预后，药剂效力的确定，针对所述表现型的状态的监测，或者针对所述表现型的治疗的选择。
119.权利要求66所述的方法，其中所述的受试者对当前的治疗是非应答性的。
120.权利要求119所述的方法，其中所述的当前的治疗为癌症的治疗。
121.一种用于多种外来体的倍增分析的方法，该方法包括：
i)将所述的多种外来体施加到多个基底上，其中每个都与一种或多种捕获剂偶联，并且所述的多个基底的每一个子集都包含不同于所述的多个基底的另一个子集的捕获剂或捕获剂的组合；
ii)捕获所述的多种外来体的至少一个子集；并且
iii)检测所述的捕获外来体的一种或多种生物标志物。
122.权利要求121所述的方法，其中所述的多个基底的每一个子集与所述的多个基底的另一个子集是差异性标记的。
123.权利要求121所述的方法，其中所述的多个基底的至少一个子集是在内部标记的。
124.权利要求121所述的方法，其中所述的多个基底的至少一个子集包括多于一种的标记物。
125.权利要求121所述的方法，其中所述的基底为粒子或珠。
126.一种用于多种外来体的倍增分析的方法，该方法包括：
i)将所述的多种外来体施加到平坦基底上，其中所述的基底包括多种捕获剂；
ii)捕获所述的多种外来体的至少一个子集；并且
iii)检测所述的捕获外来体的一种或多种生物标志物。
127.权利要求121或126所述的方法，其中外来体的至少2种不同的群体被捕获。
128.权利要求121或126所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物的检测用于表征表现型。
129.权利要求128所述的方法，其中所述的表现型为癌症，炎性疾病，免疫疾病，自身免疫疾病，心血管疾病，神经学疾病，感染性疾病或妊娠相关的状况。
130.权利要求128所述的方法，其中所述的表现型选自图3-60中所列的表格。
131.权利要求128所述的方法，其中所述的表现型为肿瘤或癌症。
132.权利要求131所述的方法，其中所述的表现型为成胶质细胞瘤，前列腺癌，黑素瘤或结肠癌。
133.权利要求128所述的方法，其中所述的表现型为新陈代谢的疾病或状况。
134.权利要求133所述的方法，其中所述的新陈代谢的疾病或状况为糖尿病、炎症、围产期状况或与铁的新陈代谢有关的状况。
135.权利要求128所述的方法，其中所述的表现型为器官排斥、器官窘迫或移植后的状况的评估。
136.权利要求128所述的方法，其中所述的表征为诊断，预后，药剂效力的确定，针对所述表现型的状态的监测，或者针对所述表现型的治疗的选择。
137.权利要求121或126所述的方法，其中使用至少5、10、15或20种不同的捕获剂。
138.权利要求121或126所述的方法，其中所述的一种或多种捕获剂与靶物结合，其中所述的靶物选自：Rab 5b，CD63，小窝蛋白-1，CD9，PSCA，TNFR，CD63，MFG-E8，EpCam，Rab，CD81，STEAP，PCSA，5T4，EpCam，PSMA，CD59，CD66，B7H3以及它们的片段。
139.权利要求121或126所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物选自：核酸、肽、蛋白质、脂质、抗原、碳水化合物以及蛋白聚糖。
140.权利要求138所述的方法，其中所述的核酸为DNA或RNA。
141.权利要求138所述的方法，其中所述的核酸为扩增的。
142.权利要求140所述的方法，其中所述的DNA选自：双链DNA、单链DNA、互补DNA和非编码DNA。
143.权利要求140所述的方法，其中所述的RNA选自：mRNA，miRNA，snoRNA，snRNA，rRNAs，tRNAs，siRNA，hnRNA和shRNA。
144.权利要求121或126所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物为选自图1中的抗原。
145.权利要求121或126所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物选自图3-60中所列的表格。
146.权利要求121或126所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物与肿瘤的临床上截然不同的类型或亚类有关。
147.权利要求143所述的方法，其中所述的miRNA选自：let-7a；miR-15b；miR-16；miR-19b；miR-21；miR-26a；miR-27a；miR-92；miR-93；miR-320和miR-20。
148.权利要求143所述的方法，其中所述的miRNA选自：miR-9，miR-629，miR-141，miR-671-3p，miR-491，miR-182，miR-125a-3p，miR-324-5p，miR-148b和miR-222。
149.权利要求148所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物的检测用于表征前列腺癌。
150.权利要求121或126所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物选自：EGFR，BRAF，KRAS，TMPRSS2-ERG，PCA-3，PSA，铁调素以及它们的变体。
151.权利要求150所述的方法，其中所述的EGFR变体为EGFRvIII。
152.权利要求121或126所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物选自：Rab 5b，CD63，小窝蛋白-1，CD9，PSCA，TNFR，CD63，MFG-E8，EpCam，Rab，CD81，STEAP，PCSA，PSM，5T4，EpCam，PSMA，CD59，B7H3，CD66和它们的片段。
153.权利要求121或126所述的方法，其中检测至少2、3、4或5种生物标志物。
154.权利要求153所述的方法，其中所述的至少2种生物标志物选自：EpCam，CD9，PSCA，CD63，CD81，PSMA和B7H3。
155.权利要求121或126所述的方法，其中所述的一种或多种捕获剂靶向EpCam，而所述的一种或多种生物标志物为CD9和CD63。
156.权利要求121或126所述的方法，其中所述的一种或多种捕获剂靶向PCSA，而所述的一种或多种生物标志物为B7H3和PSMA。
157.权利要求121或126所述的方法，其中所述的一种或多种捕获剂靶向CD63，而所述的一种或多种生物标志物为CD81，CD83或CD9。
158.权利要求157所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物为CD81。
159.权利要求157所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物为CD63或CD9。
160.权利要求155、156、157或158所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物的检测用于表征前列腺癌。
161.权利要求157或159所述的方法，其中所述的一种或多种生物标志物的检测用于表征结肠癌。
162.权利要求121或126所述的方法，其中所述的多个外来体得自生物学样品。
163.权利要求162所述的方法，其中所述的生物学样品为体液。
164.权利要求163所述的方法，其中所述样品的体积少于2mL。
165.权利要求163所述的方法，其中所述的体液为外周血，血清，血浆，腹水，尿，脑脊液(CSF)，痰，唾液，骨髓，滑液，水样液，羊膜液，耳垢，乳汁，支气管肺泡灌洗液，精液，前列腺液，考珀液或预射精液，女性射出液，汗液，排泄物，头发，泪液，囊液，胸腔积液和腹水液，心包液，淋巴液，食物糜，乳糜，胆汁，组织液，月经，脓，皮脂，呕吐物，阴道分泌物，黏膜分泌物，稀便，胰液，鼻腔灌洗液，支气管抽吸液，囊胚腔液或脐带血。
166.权利要求121或126所述的方法，其中所述的多种外来体的至少一个子集具有大约30nm至大约800nm的直径。
167.权利要求166所述的方法，其中所述的外来体的直径为大约30nm至大约200nm。
168.权利要求121或126所述的方法，其中通过体积排阻色谱、密度梯度离心、差速离心、纳米膜超滤、免疫吸附捕获、亲和纯化、微流体分离或它们的组合物来分离所述的多种外来体。
169.权利要求162所述的方法，其中所述的生物学样品在确定所述的生物学特征之前并非具有富集的外来体。
170.权利要求121或126所述的方法，其中所述的多种外来体的至少一个子集包括细胞源特异性的外来体。
171.权利要求170所述的方法，其中所述的细胞源为肿瘤或癌症细胞。
172.权利要求170所述的方法，其中所述的细胞源为肺、胰腺、胃、肠、膀胱、肾、卵巢、睾丸、皮肤、结肠直肠、乳腺、前列腺、脑、食道、肝脏、胎盘或胚胎细胞。
173.权利要求121或126所述的方法，其中所述的多个外来体的至少一个子集包括尿的外来体。
174.一种表征表现型的方法，该方法包括：
i)确定得自受试者的生物学样品中的外来体的量；
ii)确定在所述的样品中细胞源特异性的外来体的量；以及
iii)通过将所述的外来体的量和所述的细胞源特异性的外来体的量与参照值相比来表征所述的表现型。
175.权利要求174所述的方法，其中通过检测一种或多种外来体的生物标志物来确定各步骤中所述的外来体的量。
176.权利要求174所述的方法，其中通过检测一种或多种细胞源特异性的生物标志物来确定各步骤中所述的细胞源的外来体的量。
177.权利要求174所述的方法，其中所述的表现型为癌症。
178.权利要求177所述的方法，该方法进一步包括检测包含一种或多种癌症特异性生物标志物的外来体的量。
179.一种包含一种或多种生物标志物的经分离的外来体，其中所述的外来体：
i)衍生自乳腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：ETV6-NTRK3；以及图3和图1中所示的乳腺癌的那些生物标志物；
ii)衍生自卵巢细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：CD24；以及图4和图1中所示的卵巢癌的那些生物标志物；
iii)衍生自肺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：肝素结合细胞因子，RLF-MYCL1，TGF-ALK，CD74-ROS1；以及图5和图1中所示的肺癌的那些生物标志物；
iv)衍生自结肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图6和图1中所示的结肠癌的那些生物标志物；
v)衍生自腺瘤，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图7、图9[结肠直肠癌或CRC]或图10中所示的生物标志物；
vi)衍生自肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图8[肠易激综合症或IBD与正常情况]或图10[IBD与CRC]中所示的生物标志物；
vii)衍生自结肠、直肠或阑尾的细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图11[CRC Dukes B和CRC Dukes C-D]中所示的生物标志物；
viii)衍生自肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图12[具有低级发育异常的腺瘤及具有高级发育异常的腺瘤]中所示的生物标志物；
ix)衍生自肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图13[溃疡性结肠炎(UC)与Crohn疾病(CD)]中所示的生物标志物；
x)衍生自增生性息肉，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图14中所示的生物标志物；
xi)衍生自肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图15[在具有低级发育异常的腺瘤与正常情况之间]或图16[在腺瘤与正常情况之间区分]中所示的生物标志物；
xii)衍生自肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图17[在CRC与正常情况之间区分]中所示的生物标志物；
xiii)衍生自前列腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图18和图1中所示的BPH的那些生物标志物；
xiv)衍生自前列腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：ACSL3-ETV1，C15ORF21-ETV1，FLJ35294-ETV1，HERV-ETV1，TMPRSS2-ERG，TMPRSS2-ETV1/4/5，TMPRSS2-ETV4/5，SLC5A3-ERG，SLC5A3-ETV1，SLC5A3-ETV5或KLK2-ETV4；以及图19、60和图1中所示的前列腺癌的那些生物标志物；
xv)衍生自黑素瘤细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图20和图1中所示的黑素瘤的那些生物标志物；
xvi)衍生自胰腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图21和图1中所示的胰腺癌的那些生物标志物；
xvii)衍生自神经细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：GOPC-ROS1；以及图22和图1中所示的脑癌的那些生物标志物；
xviii)用于表征银屑病，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图23和图1中所示的银屑病的那些生物标志物；
xix)衍生自心脏细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图24中所示的生物标志物；
xx)衍生自血细胞癌，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：TTL-ETV6，CDK6-MLL，CDK6-TLX3，ETV6-FLT3，ETV6-RUNX1，ETV6-TTL，MLL-AFF1，MLL-AFF3，MLL-AFF4，MLL-GAS7，TCBA1-ETV6，TCF3-PBX1，TCF3-TFPT，BCL11B-TLX3，IL2-TNFRFS17，NUP214-ABL1，NUP98-CCDC28A，TAL1-STIL或ETV6-ABL2，ATIC-ALK，KIAA1618-ALK，MSN-ALK，MYH9-ALK，NPM1-ALK，TGF-ALK或TPM3-ALK，BCR-ABL1，BCR-JAK2，ETV6-EVI1，ETV6-MN1，ETV6-TCBA1，CBFB-MYH11，CHIC2-ETV6，ETV6-ABL1，ETV6-ABL2，ETV6-ARNT，ETV6-CDX2，ETV6-HLXB9，ETV6-PER1，MEF2D-DAZAP1，AML-AFF1，MLL-ARHGAP26，MLL-ARHGEF12，MLL-CASC5，MLL-CBL，MLL-CREBBP，MLL-DAB21P，MLL-ELL，MLL-EP300，MLL-EPS15，MLL-FNBP1，MLL-FOXO3A，MLL-GMPS，MLL-GPHN，MLL-MLLT1，MLL-MLLT11，MLL-MLLT3，MLL-MLLT6，MLL-MYO1F，MLL-PICALM，MLL-SEPT2，MLL-SEPT6，MLL-SORBS2，MYST3-SORBS2，MYST-CREBBP，NPM1-MLF1，NUP98-HOXA13，PRDM16-EVI1，RABEP1-PDGFRB，RUNX1-EVI1，RUNX1-MDS1，RUNX1-RPL22，RUNX1-RUNX1T1，RUNX1-SH3D19，RUNX1-USP42，RUNX1-YTHDF2，RUNX1-ZNF687，TAF15-ZNF-384，CCND1-FSTL3，FLIP1-PDGFRA，FLT3-ETV6，KIAA1509-PDGFRA，PDE4DIP-PDGFRB，NIN-PDGFRB，TP53BP1-PDGFRB或TPM3-PDGFRB；以及图25和图1中所示的血细胞癌的那些生物标志物；
xxi)衍生自血细胞癌，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：BCL3-MYC，MYC-BTG1，BCL7A-MYC，BRWD3-ARHGAP20或BTG1-MYC；以及图26中所述的生物标志物；
xxii)衍生自B细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图27中所示的生物标志物；
xxiii)衍生自B细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：CITTA-BCL6，CLTC-ALK，IL21R-BCL6，PIM 1-BCL6，TFCR-BCL6，IKZF1-BCL6，SEC31A-ALK；以及图28中所示的生物标志物；
xxiv)衍生自Burkitt淋巴瘤细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：IGH-MYC，LCP1-BCL6；以及图29中所示的生物标志物；
xxv)衍生自肝细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图30和图1中所示的肝细胞癌的那些生物标志物；
xxvi)衍生自宫颈细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图31和图1中所示的宫颈癌的那些生物标志物；
xxvii)衍生自子宫内膜细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图32和图1中所示的子宫内膜癌的那些生物标志物；
xxviii)衍生自头和颈部细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：CHCHD7-PLAG1，CTNNB1-PLAG1，FHIT-HMGA2，HMGA2-NFIB，LIFR-PLAG1，TCEA1-PLAG1；以及图33和图1中所示的头和颈部的癌症的那些生物标志物；
xxix)衍生自肠细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图34和图1中所示的IBD的那些生物标志物；
xxx)衍生自胰腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图35和图1中所示的糖尿病的那些生物标志物；
xxxi)衍生自食管细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图36和图1中所示的Barrett食管的那些生物标志物；
xxxii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图37和图1中所示的纤维肌痛的那些生物标志物；
xxxiii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图38和图1中所示的中风的那些生物标志物；
xxxiv)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图39和图1中所示的多发性硬化症的那些生物标志物；
xxxv)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图40和图1中所示的帕金森氏病的那些生物标志物；
xxxvi)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图41和图1中所示的风湿病的那些生物标志物；
xxxvii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图42和图1中所示的阿尔茨海默氏病的那些生物标志物；
xxxviii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图43和图1中所示的朊病毒疾病的那些生物标志物；
xxxix)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图44中所示的脓毒症的那些生物标志物；
xl)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图45和图1中所示的慢性神经病理性疼痛的那些生物标志物；
xli)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图46和图1中所示的周围神经病理性疼痛的那些生物标志物；
xlii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图47和图1中所示的精神分裂症的那些生物标志物；
xliii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图48中所示的双相情感紊乱的那些生物标志物；
xliv)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图49中所示的抑郁症的那些生物标志物；
xlv)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图50和图1中所示的胃肠道间质瘤(GIST)的那些生物标志物；
xlvi)衍生自肾细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：ALPHA-TFEB，NONO-TFE3，PRCC-TFE3，SFPQ-TFE3，CLTC-TFE3，MALAT1-TFEB；以及图51和图1中所示的肾细胞癌的那些生物标志物；
xlvii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图52和图1中所示的肝硬化的那些生物标志物；
xlviii)衍生自食管细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图53和图1中所示的食管癌的那些生物标志物；
xlix)衍生自胃肠道细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图54中所示的胃癌的那些生物标志物；
l)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图55和图1中所示的孤独症的那些生物标志物；
li)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图56中所示的器官移植排斥的那些生物标志物；
lii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图57中所示的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的那些生物标志物；
liii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图58和图1中所示的易损斑块的那些生物标志物；
liv)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图1中所示的自身免疫疾病的那些生物标志物；
lv)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图1中所示的肺结核(TB)的那些生物标志物；
lvi)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图1中所示的HIV的那些生物标志物；
lvii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图1中所示的哮喘的那些生物标志物；
lviii)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图1中所示的狼疮的那些生物标志物；
lix)衍生自甲状腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：AKAP9-BRAF，CCDC6-RET，ERC1-RETM，GOLGA5-RET，HOOK3-RET，HRH4-RET，KTN1-RET，NCOA4-RET，PCM1-RET，PRKARA1A-RET，RFG-RET，RFG9-RET，Ria-RET，TGF-NTRK1，TPM3-NTRK1，TPM3-TPR，TPR-MET，TPR-NTRK1，TRIM24-RET，TRIM27-RET或TRIM33-RET，PAX8-PPARy；以及图1中所示的甲状腺癌的那些生物标志物；
lx)包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图59中所示的致癌基因的那些生物标志物；
lxi)衍生自前列腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：PFKFB3，RHAMM(HMMR)，cDNA FLJ42103，ASPM，CENPF，NCAPG，雄性激素受体，EGFR，HSP90，SPARC，DNMT3B，GART，MGMT，SSTR3和TOP2B；或者
lxii)衍生自前列腺细胞，并包括一种或多种生物标志物，所述的标志物选自：图60中所示的生物标志物。
180.权利要求179所述的经分离的外来体，其进一步包括一种或多种选自CD9，PSCA，TNFR，CD63，MFG-E8，EpCAM，Rab，CD81，STEAP，PCSA，5T4，EpCAM，PSMA，CD59，CD66，CD24和B7H3中的生物标志物。
181.一种包括生物标志物的经分离的外来体，其中所述的生物标志物选自：B7H3，PSCA，MFG-E8，Rab，STEAP，PSMA，PCSA，5T4，miR-9，miR-629，miR-141，miR-671-3p，miR-491，miR-182，miR-125a-3p，miR-324-5p，miR-148b和miR-222。
182.一种包括一种或多种生物标志物的经分离的外来体，其中所述的生物标志物选自：Bcl-XL，ERCC1，角蛋白15，上皮特异性抗原(ESA)和肥大细胞胰凝乳蛋白酶。
183.一种包含基本富集的外来体群体的组合物，其中所述的富集的外来体群体就一种或多种特征而言为至少30％均质的。
184.权利要求183所述的组合物，其中所述的一种或多种特征选自：一种或多种相同的生物标志物；基本相似或抑制的生物学特征；衍生自相同的细胞类型；存在特定尺寸的外来体以及它们的组合。
185.权利要求183所述的组合物，其中所述的外来体为权利要求179、180、181或182所述的经分离的外来体。
186.权利要求183所述的组合物，其进一步包括第二富集的外来体群体，其中所述的第二富集的外来体群体就一种或多种特征而言为至少30％均质的。
187.权利要求186所述的组合物，其中所述的外来体是通过使用靶向两种或多种生物标志物的两种或多种结合剂来获得的。
188.权利要求183所述的组合物，其中所述的富集的外来体群体占所述组合物的全部外来体群体的至少30％。
189.权利要求183所述的组合物，其中与衍生有所述组合物的生物学样品中外来体的浓度相比，所述的组合物包含至少2倍浓度的外来体。
190.权利要求183所述的组合物，其中所述的组合物基本缺乏细胞残余物、细胞、非外来体蛋白质、肽、核酸以及它们的任何组合。
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