CN104372004A - 一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法及其应用 - Google Patents
一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN104372004A CN104372004A CN201410727067.5A CN201410727067A CN104372004A CN 104372004 A CN104372004 A CN 104372004A CN 201410727067 A CN201410727067 A CN 201410727067A CN 104372004 A CN104372004 A CN 104372004A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- myocardial infarction
- mir
- gene
- susceptible
- seq
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及生物技术中心肌梗死相关基因技术领域,具体涉及一个与心肌梗死易感相关的 miR-27a 基因及其单核苷酸多态位点的检测方法及引物、特异性探针、试剂盒和应用。本发明提供了一种与心肌梗死相关的基因 miR-27a 及其多态位点(rs895819)及检测该多态的方法,以及在心肌梗死的预防、辅助诊断与治疗等方面的用途。利用本发明提供的与心肌梗死相关的基因及其多态位点的核酸序列,构建对心肌梗死进行遗传学诊断的试剂盒,可应用于对心肌梗死的辅助诊断和对个体是否具有心肌梗死的易感性进行评判,有利于心肌梗死的预防、早期诊断和治疗。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术中心肌梗死相关基因技术领域,具体涉及一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法及其应用。
背景技术
心肌梗死(coronary artery disease)是目前我国成人心脏病住院和死亡的第一位原因,其发病率和死亡率依然呈上升趋势。一项大规模的回顾性研究预计2030年我国心肌梗死病人将增至2300万。随着我国人口老龄化趋势的加快,人们生活方式的改变以及动脉粥样硬化相关危险因素持续增加,心肌梗死等老年性心血管疾病还将呈持续上升趋势,并成为威胁我国公众健康的重要疾病之一。目前已经证实的心肌梗死主要危险因素包括:高血压、吸烟、血脂异常、糖尿病、超重和肥胖、年龄和性别等。近年来的研究发现,在一些个体中常表现出明显的家族史,提示遗传因素在诱发心肌梗死的过程中发挥重要作用。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是影响个体对疾病遗传易感的重要遗传因素。
SNP是指基因组水平上由单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性。SNP是人种之间、个体之间差异的遗传物质基础之一。SNP研究的理论基础是等位基因关联,它是指疾病性状的标记等位基因发生率的显著性改变,代表与疾病性状相关的等位基因在随机发生中的偏差。当一个遗传标记的频率在患者中明显超过非患者时,即表明该标记与疾病关联。SNP在疾病基因定位中所发挥的作用主要包括:一是在疾病定位区域中寻找致病SNP,这种SNP的出现可能直接导致了基因在转录水平和翻译水平上的变化,即改变了基因表达量或者基因产物蛋白质的组成结构,从而导致某种疾病发生或使得个体对某种特殊的环境易感。二是SNP作为一个遗传标记,与疾病或表型紧密连锁。
miRNAs(microRNAs,微小RNA)是一类真核生物内源性的小分子单链RNA,能够通过与靶基因mRNA特异性的碱基配对,引起靶基因mRNA的降解或者抑制其翻译,从而对靶基因的表达进行负调控。miRNAs基因的多态性会影响到miRNAs的加工过程(位于pri-miRNAs或pre-miRNA序列中的SNPs),继而影响成熟miRNAs的表达;或者影响miRNAs与靶基因的互补情况(位于miRNAs成熟体序列中的SNPs),最终引起靶基因表达的改变。而这种靶基因表达的变化与细胞功能紊乱,甚至疾病的发生密切相关。研究表明,miRNAs在心肌梗死的发生过程中扮演着重要的角色。因此,推测miRNAs基因的SNPs可能通过影响自身的加工成熟,或者影响与靶基因的碱基互补,引起其靶基因的表达发生变化,进而导致冠状动脉内皮细胞、单核细胞等细胞的功能紊乱,最终在其他各种环境及遗传因素的共同作用下诱发心肌梗死,即影响个体对心肌梗死的发病风险。研究发现,miR-27a可以靶向调控脂肪形成的两个主要因子PPARγ和C/EBP α的表达,过表达miR-27a能抑制脂肪细胞的形成。此外,miR-27a还可以靶向调控血管抑制因子semaphorin 6A,促进血管成长。肾素-血管紧张素系统(RAS)是人体内重要的体液调节系统,与动脉粥样硬化的发生密切相关。最近研究表明,miR-27a在抑制肾素-血管紧张素系统中扮演重要的角色。
经对现有技术的国内外文献和专利检索,至今未见有任何miR-27a基因多态位点与心肌梗死易感性相关的报道。
发明内容
本发明的目的之一在于针对现有技术的不足,提供与心肌梗死易感相关的miR-27a基因。
本发明的目的之二在于针对现有技术的不足,提供一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法。
本发明的目的之三在于针对现有技术的不足,提供用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的引物。
本发明的目的之四在于针对现有技术的不足,提供用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的特异性探针。
本发明的目的之五在于针对现有技术的不足,提供用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的试剂盒。
本发明的目的之六在于针对现有技术的不足,提供与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点在对心肌梗死的辅助诊断和对个体是否具有心肌梗死易感性进行判断的应用。
为了实现上述目的之一,本发明采用如下技术方案:
提供与心肌梗死易感相关的miR-27a基因,所述miR-27a基因的核苷酸序列具有SEQ ID NO: 1所示的序列;
其中,SEQ ID NO: 1所示的序列中,第295位为T。
所述miR-27a基因的单核苷酸多态位点为:rs895819,等位基因点对为T/C(即SEQ ID NO: 1所示的序列中第295位的核苷酸);
所述单核苷酸多态位点rs895819与心肌梗死易感程度相关。
为了实现上述目的之二,本发明采用如下技术方案:
提供上述所述的一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法,它包括以下步骤:
步骤一,确定miR-27a基因的单核苷酸多态位点(rs895819),即SEQ ID NO: 1所示的序列中第295位的核苷酸;
步骤二,采用聚合酶链式反应-连接酶链式反应(PCR-LDR)的分子生物学技术检测所检测样品中的miR-27a基因是否存在单核苷酸多态性以及单核苷酸多态的类型。
上述技术方案中,所述步骤二中,所述聚合酶链式反应体系为:每个所述样品进行一个总体积为20ul体系的扩增反应,体系中包含制备的基因组DNA稀释液1ul,2mM dNTP 2ul,3mM MgCl2 0.6ul,扩增引物各0.5ul,1×Buffer 2ul,1个单位的Taq DNA聚合酶0.5ul,1×Q solution 4ul,最后加入ddH2O将总体积配为20ul;
所述聚合酶链式反应程序为:反应在95℃预变性15分钟后,进行35个94℃变性30秒,59℃退火1分30秒,72℃延伸1分钟的扩增循环,最后进行72℃10分钟的补平。
上述技术方案中,所述步骤二中,所述连接酶链式反应体系以总量10μL计包括:PCR 产物1ul,特异性探针1ul,1×Buffer 1ul,2个单位的连接酶0.05ul,最后加ddH2O 补足10ul;
所述连接酶链式反应程序为:反应在95℃预变性2分钟后,进行30个94℃变性15s,50℃反应25s的循环反应。
为了实现上述目的之三,本发明采用如下技术方案:
提供用于检测上述所述的与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的引物,所述引物如下:
SEQ ID NO: 1所示序列的扩增引物:
正向引物:5’-AGGATGGCAGGCAGACAG-3’(SEQ ID NO: 2)
反向引物:5’-ATCACATTGCCAGGGATTTC-3’(SEQ ID NO: 3)。
为了实现上述目的之四,本发明采用如下技术方案:
提供用于检测上述所述的与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的特异性探针,所述特异性探针如下:
FAM探针:
5’-CCAAGTCGTGTTCACAGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGCAAACCTGTACTC-3’ (SEQ ID NO: 4)
T探针:
5’- TTTTTTTTTTTTTTTTTGCTGCTTGTGAGCAGGGTCCACA -3’ (SEQ ID NO: 5)
C探针:
5’- TTTTTTTTTTTTTTTGCTGCTTGTGAGCAGGGTCCACG -3’ (SEQ ID NO: 6)。
为了实现上述目的之五,本发明采用如下技术方案:
提供用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的试剂盒,它包括上述所述的用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的引物,以及上述所述的用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的特异性探针。
为了实现上述目的之六,本发明采用如下技术方案:
提供与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点在对心肌梗死的辅助诊断和对个体是否具有心肌梗死易感性进行判断的应用,所述miR-27a基因的单核苷酸多态位点为上述所述的rs895819。
本发明与现有技术相比较,有益效果在于:
(1)本发明揭示了miR-27a基因的一个单核苷酸多态位点(rs895819)与心肌梗死易感程度的相关性,以及该多态性在筛选心肌梗死易感人群方面的用途。其中,rs895819的等位位点T能增加个体心肌梗死的发病风险。
(2)利用本发明所提供的与心肌梗死易感相关的miR-27a基因及其多态位点的核酸序列,构建对心肌梗死易感人群进行遗传学筛选的试剂盒;该试剂盒能够应用于对心肌梗死病人的辅助诊断,对个体是否具有心肌梗死易感性进行评估。
(3)本发明能够筛选以rs895819多态位点为靶标的有效药物,即将miR-27a基因的单核苷酸多态位点rs895819作为药物的潜在靶点来筛选和设计药物,找出具有调节miR-27a基因表达的活性分子,促进新的治疗心肌梗死药物的发现,从而有利于心肌梗死的预防、早期诊断和治疗。
(4)本发明所建立的方法可用于分析人的miR-27a基因序列上的单核苷酸多态位点rs895819的T/C等位基因型,来应用于对心肌梗死的辅助诊断和对个体是否具有心肌梗死易感性进行判断,从而有利于心肌梗死的预防和治疗。
(5)利用本发明提供的引物和特异性探针能够特异、高效地检测出SEQ ID NO: 1所示的序列中第295位的多态位点。
(6)利用本发明提供的与心肌梗死易感相关的miR-27a基因及其多态位点的序列和基因分型方法,能够构建对心肌梗死进行分子遗传学诊断的检测试剂盒。
(7)由于本发明提供的与心肌梗死易感相关的miR-27a基因很可能还参与了其他与增殖、凋亡等细胞活动失调相关的病理过程,包括肿瘤等,因此,本发明对今后深入研究miR-27a基因与其他疾病的关系提供了经验和应用基础。
附图说明
图1是miR-27a基因的多态位点 rs895819的LDR测序电泳图。
具体实施方式
为了使本发明所解决的技术问题、技术方案及有益效果更加清楚明白,以下结合附图和实施例,对本发明进行进一步详细说明。应当理解,此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本发明,并不用于限定本发明。
实施例1。
与心肌梗死易感相关的miR-27a基因,该miR-27a基因的核苷酸序列具有SEQ ID NO: 1所示的序列;
其中,SEQ ID NO: 1所示的序列中,第295位为T。
该miR-27a基因的单核苷酸多态位点为:rs895819,等位基因点对为T/C(即SEQ ID NO: 1所示的序列中第295位的核苷酸);
所述单核苷酸多态位点rs895819与心肌梗死易感程度相关。
实施例2。
一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法,它包括以下步骤:
步骤一,确定miR-27a基因的单核苷酸多态位点(rs895819),即SEQ ID NO: 1所示的序列中第295位的核苷酸;
步骤二,采用聚合酶链式反应-连接酶链式反应(PCR-LDR)的分子生物学技术检测所检测样品中的miR-27a基因是否存在单核苷酸多态性以及单核苷酸多态的类型。
其中,步骤二中,聚合酶链式反应体系为:每个样品进行一个总体积为20ul体系的扩增反应,体系中包含制备的基因组DNA稀释液1ul,2mM dNTP 2ul,3mM MgCl2 0.6ul,扩增引物各0.5ul,1×Buffer 2ul,1个单位的Taq DNA聚合酶0.5ul,1×Q solution 4ul,最后加入ddH2O将总体积配为20ul;
聚合酶链式反应程序为:反应在95℃预变性15分钟后,进行35个94℃变性30秒,59℃退火1分30秒,72℃延伸1分钟的扩增循环,最后进行72℃10分钟的补平。
其中,步骤二中,连接酶链式反应体系以总量10μL计包括:PCR 产物1ul,特异性探针1ul,1×Buffer 1ul,2个单位的连接酶0.05ul,最后加ddH2O 补足10ul;
连接酶链式反应程序为:反应在95℃预变性2分钟后,进行30个94℃变性15s,50℃反应25s的循环反应。
实施例3。
用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的引物,该引物如下:
SEQ ID NO: 1所示序列的扩增引物:
正向引物:5’-AGGATGGCAGGCAGACAG-3’(SEQ ID NO: 2)
反向引物:5’-ATCACATTGCCAGGGATTTC-3’(SEQ ID NO: 3)。
实施例4。
用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的特异性探针,该特异性探针如下:
FAM探针:
5’-CCAAGTCGTGTTCACAGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGCAAACCTGTACTC-3’ (SEQ ID NO: 4)
T探针:
5’- TTTTTTTTTTTTTTTTTGCTGCTTGTGAGCAGGGTCCACA -3’ (SEQ ID NO: 5)
C探针:
5’- TTTTTTTTTTTTTTTGCTGCTTGTGAGCAGGGTCCACG -3’ (SEQ ID NO: 6)。
实施例5。
用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的试剂盒,它包括实施例3的用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的引物,以及实施例4的用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的特异性探针。
实施例6。
与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点在对心肌梗死的辅助诊断和对个体是否具有心肌梗死易感性进行判断的应用,该miR-27a基因的单核苷酸多态位点为实施例1的rs895819。
实验
一、血液样本的收集和基因组DNA的提取
从佛山市第一人民医院和广东医学院附属医院采集到的286份心肌梗死标本,平均年龄61.82 ± 11.98岁(标准差),其中222例为男性。心肌梗死诊断标准参照国际心脏病学会及WHO临床命名《缺血性心脏病的命名及诊断标准》,所有患者均根据典型的临床表现,特异性的心电图改变以及心肌酶浓度测量发现,并全部经冠状动脉造影证实。对照组是经心脏ECT(心脏核素扫描)、冠脉CTA(CT冠脉成像)或冠状动脉造影等检查排除冠心病的个体,有646份,平均年龄61.44 ± 12.28岁(标准差),其中374例为男性。所有心肌梗死患者和正常对照个体均为无血缘关系的华南地区汉族人群,排除先天性心脏病、心肌病、严重肝脏和肾脏疾病,其基本特征见表1。
用TIANamp血液基因组提取试剂盒(TIANGEN)从上述收集到的血液标本提取基因组DNA后,将样品DNA统一稀释为20ng/ul,作为DNA模板。
表1 对照组和心肌梗死组的基本特征
其中, 表1中a为校正年龄、性别、吸烟、喝酒、高血压、糖尿病和高血脂等变量。
二、单核苷酸多态位点的分型
本发明采用基于聚合酶链式反应的单核苷酸多态性技术(PCR-LDR),对miR-27a基因中存在的多态位点rs895819(其等位基因点对为T/C)在病例组和对照组中进行了基因分型。
PCR反应在MJ PTC-200仪器上进行。
PCR反应体系及程序如下:
每个样品进行一个总体积为20ul体系的扩增反应,体系中包含制备的基因组DNA稀释液1ul,2mM dNTP 2ul,3mM MgCl2 0.6ul,扩增引物各0.5ul,1×Buffer 2ul,1个单位的Taq DNA聚合酶0.5ul,1×Q solution 4ul,最后加入ddH2O将总体积配为20ul。反应在95℃预变性15分钟后,进行35个94℃变性30秒,59℃退火1分30秒,72℃延伸1分钟的扩增循环,最后进行72℃10分钟的补平。
扩增引物如下:
正向引物:5’-AGGATGGCAGGCAGACAG-3’(SEQ ID NO: 2)
反向引物:5’-ATCACATTGCCAGGGATTTC-3’(SEQ ID NO: 3)
用连接酶检测反应(LDR)方法对扩增得到的长度为239bp的包含有miR-27a的DNA片段中的多态位点进行基因分型。反应体系为10ul,包含PCR 产物1ul,特异性探针1ul,1×Buffer 1ul,2个单位的连接酶0.05ul,最后加ddH2O 补足10ul。反应在95℃预变性2分钟后,进行30个94℃变性15s,50℃反应25s的循环反应。LDR片段长度分别为112bp和114bp。产物经ABI 377电泳测序,结果运用GeneMapper 4.0软件进行数据分析。如图1所示,miR-27a基因的多态位点 rs895819的LDR测序电泳图显示CT基因型为双峰,CC和TT基因型为单峰。
特异性探针如下:
FAM探针:
5’-CCAAGTCGTGTTCACAGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGCAAACCTGTACTC-3’ (SEQ ID NO: 4)
T探针:
5’- TTTTTTTTTTTTTTTTTGCTGCTTGTGAGCAGGGTCCACA -3’ (SEQ ID NO: 5)
C探针:
5’- TTTTTTTTTTTTTTTGCTGCTTGTGAGCAGGGTCCACG -3’ (SEQ ID NO: 6)。
三、miR-27a基因单核苷酸多态位点rs895819与心肌梗死的相关性分析
统计方法:利用goodness-of-fit χ2检验多态位点的基因型分布是否符合Hardy-Weinberg平衡。运用SPSS专业统计学软件,选用卡方检验对病人组和对照组标本中多态位点的基因型分布频率进行统计学分析。用非条件逻辑回归分析统计各多态位点与心肌梗死的相关性,并用高血压、吸烟等心肌梗死危险因素进行校正,计算相对危险度的比值比(OR)及95%置信区间(CI)。统计学的显著性差异水平设定为P <0.05。
统计结果:健康对照组标本和心肌梗死病人组的rs895819多态位点基因型及等位位点分布频率如表2所示:
表2 健康对照组标本和心肌梗死病人组的rs895819多态位点基因型及等位位点分布频率
其中, 表2中a校正年龄、性别、吸烟、喝酒、高血压、糖尿病和高血脂等变量。
根据表2的分布频率,对照组标本的基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。从表2可见,miR-27a基因单核苷酸多态位点rs895819的CC基因型和CT基因型在心肌梗死患者群体中的分布频率(P=0.005和P=0.004)小于其在对照组群体中的分布频率。用隐性模型进一步分析发现,相对CC基因型个体,CT/TT基因型个体的分布在对照组和病例组中有显著差别(P=0.003),其中CT/TT基因型个体患心肌梗死的危险性是CC基因型个体的40%。
四、检测试剂盒
制备检测心肌梗死易感性的试剂盒,其中含有下列寡聚核苷酸引物对,用于从检测对象的基因组样本中特异性扩增包含有miR-27a序列的基因组片断。
正向引物:5’-AGGATGGCAGGCAGACAG-3’(SEQ ID NO: 2)
反向引物:5’-ATCACATTGCCAGGGATTTC-3’(SEQ ID NO: 3)
该试剂盒还包含一组特异性探针,用于检测标本中rs895819多态位点的T/C等位基因型。
FAM探针:
5’-CCAAGTCGTGTTCACAGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGCAAACCTGTACTC-3’ (SEQ ID NO: 4)
T探针:
5’- TTTTTTTTTTTTTTTTTGCTGCTTGTGAGCAGGGTCCACA -3’ (SEQ ID NO: 5)
C探针:
5’- TTTTTTTTTTTTTTTGCTGCTTGTGAGCAGGGTCCACG -3’ (SEQ ID NO: 6)。
最后应当说明的是,以上实施例仅用以说明本发明的技术方案,而非对本发明保护范围的限制,尽管参照较佳实施例对本发明作了详细地说明,本领域的普通技术人员应当理解,可以对本发明的技术方案进行修改或者等同替换,而不脱离本发明技术方案的实质和范围。
基因序列表
<110> 广东医学院
<120> 一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法及其应用
<160> 1
<210> SEQ ID NO: 1
<211> 630
<212> DNA
<213>miR-27a
<400> SEQ ID NO: 1
CATCCCTCCTCCAGACACAGGTCTGATTCTGAGTCCTCATCTCTGCTCCAAGCATCAGCCCACCCAGGGAAGGCAGGGGCTGCAGGCTCCAAGGGGGCTTGACCCCTGTTCCTGCTGAACTGAGCCAGTGTACACAAACCAACTGTGTTTCAGCTCAGTAGGCACGGGAGGCAGAGCCCAGGGAGGCCAGGCAGCAGGATGGCAGGCAGACAGGCGGCAGCAGGGGACAGGCGGCAAGGCCAGAGGAGGTGAGGGCCTGGGGGGCGGAACTTAGCCACTGTGAACACGACTTGGTGTGGACCCTGCTCACAAGCAGCTAAGCCCTGCTCCTCAGGCCAGGCACAGGCTTCGGGGCCTCTCTGCCACCCCGTCCCCGGGCAGCATCCTCGGTGGCAGAGCTCAGGGTCGGTTGGAAATCCCTGGCAATGTGATTTGTGACAGGAAGCAAATCCCATCCCCAGGAACCCCAGCCGGCCGTGGCACAGGGGTGAGGGGGGCACCGGGCGGGGCCAGAGGCTGGCACCTGGAGGGGAGAAAGAGAGAGAGAGCAAAGGAGGTAATGAGATTTGGGGACACCTCCCCTCCAGGTCCCCAGATGCTTCCTTTGATCACAGGGAAGCTCTTTTCTCA
Claims (9)
1.与心肌梗死易感相关的miR-27a基因,其特征在于:所述miR-27a基因的核苷酸序列具有SEQ ID NO: 1所示的序列;
其中,SEQ ID NO: 1所示的序列中,第295位为T。
2.根据权利要求1所述的与心肌梗死易感相关的miR-27a基因,其特征在于:所述miR-27a基因的单核苷酸多态位点为:rs895819,等位基因点对为T/C(即SEQ ID NO: 1所示的序列中第295位的核苷酸);
所述单核苷酸多态位点rs895819与心肌梗死易感程度相关。
3.权利要求1-2任意一项所述的一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法,其特征在于:它包括以下步骤:
步骤一,确定miR-27a基因的单核苷酸多态位点(rs895819),即SEQ ID NO: 1所示的序列中第295位的核苷酸;
步骤二,采用聚合酶链式反应-连接酶链式反应(PCR-LDR)的分子生物学技术检测所检测样品中的miR-27a基因是否存在单核苷酸多态性以及单核苷酸多态的类型。
4.根据权利要求3所述的一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法,其特征在于:所述步骤二中,所述聚合酶链式反应体系为:每个所述样品进行一个总体积为20ul体系的扩增反应,体系中包含制备的基因组DNA稀释液1ul,2mM dNTP 2ul,3mM MgCl2 0.6ul,扩增引物各0.5ul,1×Buffer 2ul,1个单位的Taq DNA聚合酶0.5ul,1×Q solution 4ul,最后加入ddH2O将总体积配为20ul;
所述聚合酶链式反应程序为:反应在95℃预变性15分钟后,进行35个94℃变性30秒,59℃退火1分30秒,72℃延伸1分钟的扩增循环,最后进行72℃10分钟的补平。
5.根据权利要求3所述的一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法,其特征在于:所述步骤二中,所述连接酶链式反应体系以总量10μL计包括:PCR 产物1ul,特异性探针1ul,1×Buffer 1ul,2个单位的连接酶0.05ul,最后加ddH2O 补足10ul;
所述连接酶链式反应程序为:反应在95℃预变性2分钟后,进行30个94℃变性15s,50℃反应25s的循环反应。
6.用于检测权利要求1-2任意一项所述的与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的引物,其特征在于:所述引物如下:
SEQ ID NO: 1所示序列的扩增引物:
正向引物:5’-AGGATGGCAGGCAGACAG-3’(SEQ ID NO: 2)
反向引物:5’-ATCACATTGCCAGGGATTTC-3’(SEQ ID NO: 3)。
7.用于检测权利要求1-2任意一项所述的与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的特异性探针,其特征在于:所述特异性探针如下:
FAM探针:
5’-CCAAGTCGTGTTCACAGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGCAAACCTGTACTC-3’ (SEQ ID NO: 4)
T探针:
5’- TTTTTTTTTTTTTTTTTGCTGCTTGTGAGCAGGGTCCACA -3’ (SEQ ID NO: 5)
C探针:
5’- TTTTTTTTTTTTTTTGCTGCTTGTGAGCAGGGTCCACG -3’ (SEQ ID NO: 6)。
8.用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的试剂盒,其特征在于:它包括权利要求6所述的用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的引物,以及权利要求7所述的用于检测与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点的特异性探针。
9.与心肌梗死易感相关的miR-27a基因的单核苷酸多态位点在对心肌梗死的辅助诊断和对个体是否具有心肌梗死易感性进行判断的应用,其特征在于:所述miR-27a基因的单核苷酸多态位点为权利要求2所述的rs895819。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201410727067.5A CN104372004B (zh) | 2014-12-04 | 2014-12-04 | 一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201410727067.5A CN104372004B (zh) | 2014-12-04 | 2014-12-04 | 一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法及其应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN104372004A true CN104372004A (zh) | 2015-02-25 |
CN104372004B CN104372004B (zh) | 2018-04-27 |
Family
ID=52551200
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201410727067.5A Expired - Fee Related CN104372004B (zh) | 2014-12-04 | 2014-12-04 | 一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN104372004B (zh) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN105755128A (zh) * | 2016-03-29 | 2016-07-13 | 新疆医科大学第附属医院 | 心肌梗死易感基因的rs7832767位点多态性的检测方法和检测试剂盒 |
Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101041854A (zh) * | 2006-09-15 | 2007-09-26 | 中山大学 | 一种原发性肝癌相关非编码小分子rna的多态性位点及其应用 |
WO2009100029A1 (en) * | 2008-02-01 | 2009-08-13 | The General Hospital Corporation | Use of microvesicles in diagnosis, prognosis and treatment of medical diseases and conditions |
CN101818195A (zh) * | 2009-11-02 | 2010-09-01 | 华中农业大学 | 猪miR-27a前体侧翼序列SNP作为猪产仔数性状的遗传标记及应用 |
CN102301002A (zh) * | 2008-11-12 | 2011-12-28 | 卡里斯生命科学卢森堡控股有限责任公司 | 使用外来体来确定表现型的方法和系统 |
CN102770561A (zh) * | 2009-12-24 | 2012-11-07 | 复旦大学 | 用于诊断不同亚型肺癌的基于组织的微-rna方法 |
CN103243163A (zh) * | 2013-05-09 | 2013-08-14 | 江苏省中医院 | miR-27a的新用途 |
CN103966327A (zh) * | 2014-05-07 | 2014-08-06 | 新乡医学院 | 一种miR-27a的应用及其诊断试剂盒 |
CN104145024A (zh) * | 2011-10-21 | 2014-11-12 | 巴塞罗那临床医院 | 用于早期结直肠癌检测的血浆微小rna |
-
2014
- 2014-12-04 CN CN201410727067.5A patent/CN104372004B/zh not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101041854A (zh) * | 2006-09-15 | 2007-09-26 | 中山大学 | 一种原发性肝癌相关非编码小分子rna的多态性位点及其应用 |
WO2009100029A1 (en) * | 2008-02-01 | 2009-08-13 | The General Hospital Corporation | Use of microvesicles in diagnosis, prognosis and treatment of medical diseases and conditions |
CN102301002A (zh) * | 2008-11-12 | 2011-12-28 | 卡里斯生命科学卢森堡控股有限责任公司 | 使用外来体来确定表现型的方法和系统 |
CN101818195A (zh) * | 2009-11-02 | 2010-09-01 | 华中农业大学 | 猪miR-27a前体侧翼序列SNP作为猪产仔数性状的遗传标记及应用 |
CN102770561A (zh) * | 2009-12-24 | 2012-11-07 | 复旦大学 | 用于诊断不同亚型肺癌的基于组织的微-rna方法 |
CN104145024A (zh) * | 2011-10-21 | 2014-11-12 | 巴塞罗那临床医院 | 用于早期结直肠癌检测的血浆微小rna |
CN103243163A (zh) * | 2013-05-09 | 2013-08-14 | 江苏省中医院 | miR-27a的新用途 |
CN103966327A (zh) * | 2014-05-07 | 2014-08-06 | 新乡医学院 | 一种miR-27a的应用及其诊断试剂盒 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
GENBANK: "Homo sapiens chromosome 19,alternate assembly CHM1_1.1", 《GENBANK》 * |
未知: "Submitted SNP(ss) Detail:ss1326250", 《NCBI DBSNP》 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN105755128A (zh) * | 2016-03-29 | 2016-07-13 | 新疆医科大学第附属医院 | 心肌梗死易感基因的rs7832767位点多态性的检测方法和检测试剂盒 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN104372004B (zh) | 2018-04-27 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Jin et al. | Association of endothelin-1 gene variant with hypertension | |
CN105803099A (zh) | 一种同时检测slco1b1、apoe和ldlr基因多位点突变的试剂盒 | |
Ahmed et al. | Association of ANRIL polymorphism (rs1333049: C> G) with myocardial infarction and its pharmacogenomic role in hypercholesterolemia | |
CN104059990B (zh) | 冠心病易感位点rs1801133的检测方法及试剂盒 | |
KR101220806B1 (ko) | 고혈압 감수성 유전자군의 동정 | |
CN104711344A (zh) | 华法林个体化用药基因检测试剂盒及应用 | |
Gutiérrez-Malacatt et al. | The rs61764370 functional variant in the KRAS oncogene is associated with chronic myeloid leukemia risk in women | |
CN104404044A (zh) | 与心肌梗死易感相关的anril基因外显子区单核苷酸多态位点的检测方法及其应用 | |
JP2008529524A (ja) | 多座マーカを利用した2型糖尿病の診断方法、2型糖尿病に関連したマーカを含むポリヌクレオチド、それを含むマイクロアレイ及び2型糖尿病診断用キット | |
CN104372004A (zh) | 一个与心肌梗死易感相关的miR-27a基因单核苷酸多态位点的检测方法及其应用 | |
Iqbal et al. | Genetic association of lipid metabolism related SNPs with myocardial infarction in the Pakistani population | |
Andreassen et al. | Optimisation and validation of methods to assess single nucleotide polymorphisms (SNPs) in archival histological material | |
CN110484619A (zh) | 一种利用rs11249454检测氯吡格雷药效试剂盒 | |
KR101617612B1 (ko) | 한국인의 고혈압 예측용 snp 마커 | |
KR20190052890A (ko) | 콜레스테롤 유출능과 관련된 심혈관질환의 발병 위험을 예측하기 위한 조성물, 키트, 및 이를 이용한 방법 | |
CN104293958B (zh) | 一种预测强直性脊柱炎易感性的试剂盒和方法 | |
CN113637738B (zh) | 与冠心病相关的snp位点及其应用 | |
Ahmeda et al. | Association of Genetic Polymorphisms of Dipeptidyl Peptidase-4 with Metabolic Syndrome Parameters in Malaysian Subjects | |
WO2019153241A1 (zh) | 与主要不良心血管事件相关的单核苷酸多态性位点及其应用 | |
CN104313140B (zh) | 一种预测强直性脊柱炎易感性的试剂和方法 | |
Haq et al. | The potential impact of microRNA-related functional polymorphisms in the pathogenesis of coronary heart disease | |
CN110205380A (zh) | 一种与心血管疾病相关的snp分子标记及其应用 | |
KR20150092937A (ko) | 한국인의 고혈압 예측용 snp 마커 | |
CN104946738B (zh) | 内脏脂肪蓄积易感性的判定方法 | |
KR101290059B1 (ko) | 비만인 개체의 대사증후군의 발병 위험을 진단하기 위한 폴리뉴클레오티드 및 그의 용도 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
CB02 | Change of applicant information | ||
CB02 | Change of applicant information |
Address after: 523000 Guangdong Medical University, Songshan Avenue, Xincheng Road, Dongguan, Guangdong Applicant after: GUANGDONG MEDICAL College Address before: 524023 Zhanjiang, Guangdong Province, East Road, Xiashan District, No. 2 Applicant before: Guangdong Medical College |
|
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant | ||
CF01 | Termination of patent right due to non-payment of annual fee | ||
CF01 | Termination of patent right due to non-payment of annual fee |
Granted publication date: 20180427 Termination date: 20211204 |