JP2019533443A - IL15/IL15Rαヘテロ二量体FC−融合タンパク質 - Google Patents

IL15/IL15Rαヘテロ二量体FC−融合タンパク質 Download PDF

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Abstract

本開示は、いくつかのIL15/IL15Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質に関する。【選択図】図1

Description

優先権主張
本出願は、2016年10月14日に出願された米国特許出願第62/408,655号、2016年11月1日に出願された同第62/416,087号、2017年1月6日に出願された同第62/443,465号、および2017年3月28日に出願された同第62/477,926号の優先権を主張し、これらは、その中の図面、説明文、および特許請求の範囲を特に参照して、それらの全体が参照により本明細書に明示的に組み込まれる。
IL−2およびIL−15は、B細胞、T細胞、およびNK細胞の増殖および分化を助けるように機能する。IL−2はまた、制御性T細胞(Treg)の機能および生存に必須である。両方のサイトカインは、2つの共有の受容体、共通のガンマ鎖(γc、CD132)、およびIL−2受容体B鎖(IL−2Rβ、CD122)、ならびに各々のサイトカインに固有のアルファ鎖、すなわちIL−2受容体アルファ(IL−2Rα、CD25)またはIL−15受容体アルファ(IL−15Rα、CD215)からなる三量体複合体への結合を通してそれらの細胞シグナル伝達機能を発揮する。両方のサイトカインは腫瘍学において潜在的に価値のある治療薬と考えられており、IL−2は転移性腎細胞癌および悪性黒色腫の患者に使用することが承認されている。現在、いくつかの臨床試験が進行中であるが、組換えIL−15の承認された使用はない。
IL−2は治療薬としていくつかの課題を提示する。第1に、IL−2は、CD25発現に依存する高親和性受容体複合体を発現するT細胞を優先的に活性化する。Treg細胞は構成的にCD25を発現するので、それらはIL−2供給についてエフェクターT細胞と競合し、その活性化は腫瘍学的治療にとって好ましい。この不均衡は、高用量IL−2の概念を導く。しかしながら、このアプローチは血管漏出症候群のようなIL−2媒介性の毒性のためにさらなる問題を引き起こす。
IL−2は主に活性化T細胞から分泌され、その受容体は活性化T細胞、Treg、NK細胞、およびB細胞に存在する。対照的に、IL−15は単球および樹状細胞で産生され、そして主に同じ細胞上に存在するIL−15Rαとの膜結合ヘテロ二量体複合体として提示される。その効果は、IL−15/IL−15Rα複合体を、IL−2Rβおよび共通のガンマ鎖を発現するNK細胞およびCD8+T細胞にトランス提示することによって実現される。
有望な薬物として、両方のサイトカインは、数分単位で測定される半減期で、非常に速いクリアランスに悩まされている。さらに、IL−15それ自体は、IL−15Rα関連複合体に対するその選好性のために安定性が低い。組換え的に産生されたIL−15/IL−15Rαヘテロ二量体はT細胞を強力に活性化し得ることもまた示されている。それにもかかわらず、短い半減期は好ましい投薬を妨げる。本発明は、新規のIL15/IL15Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供することによってこの課題を解決する。
したがって、一態様では、本発明は、a)第1のタンパク質ドメインおよび第1のFcドメインを含む第1の融合タンパク質であって、第1のタンパク質ドメインが、第1のドメインリンカーを用いて第1のFcドメインのN末端に共有結合する第1の融合タンパク質、b)第2のタンパク質ドメインおよび第2のFcドメインを含む第2の融合タンパク質であって、第2のタンパク質ドメインは、第2のドメインリンカーを用いてFcドメインのN末端に共有結合的に付着している第2の融合タンパク質を含むヘテロ二量体タンパク質を提供し、ここで第1および第2のFcドメインは、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、第1のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含み、第2のタンパク質ドメインがIL15Rαタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、第1のタンパク質ドメインは、第1のドメインリンカーを用いずに第1のFcドメインのN末端に直接共有結合し、および/または、第2のタンパク質ドメインは、第2のドメインリンカーを用いずに第2のFcドメインのN末端に直接共有結合する。
いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体タンパク質は(i)配列番号XX(XENP15902)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP5908)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(ii)配列番号XX(XENP15902)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15909)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(iii)配列番号XX(XENP16479)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(iv)配列番号XX(XENP15902)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP16481)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(v)配列番号XX(XENP15902)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP16483)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(vi)配列番号XX(XENP16479)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15909)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(vii)配列番号XX(XENP16479)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP16481)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(viii)配列番号XX(XENP16480)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP16482)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(ix)配列番号XX(XENP16480)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15909)のポリペプチド配列として有する第2の融合タンパク質h、(x)配列番号XX(XENP17064)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP17038)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(xi)配列番号XX(XENP17064)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP17040)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(xii)配列番号XXのポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質(XENP17062)および配列番号XX(V17044)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(xiii)配列番号XX(XENP17686)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(xiv)配列番号XX(XENP17687)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(xv)配列番号XX(17688)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(xvi)配列番号XX(XENP17689)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(xvii)配列番号XX(XENP17690)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(xviii)配列番号XX(XENP17691)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(xix)配列番号XX(XENP17692)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(xx)第1の融合配列番号XX(XENP17693)のポリペプチド配列を有するタンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(xxi)配列番号XX(XENP17694)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する第2の融合タンパク質、(xxii)配列番号XX(XENP17695)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する第2の融合タンパク質、(xxiii)配列番号XX(XENP17696)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する第2の融合タンパク質、(xxiv)配列番号XX(17697)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する第2の融合タンパク質、(xxv)配列番号XX(XENP17698)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する第2の融合タンパク質、(xxvi)配列番号XX(XENP17699)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する第2の融合タンパク質、(xxvii)配列番号XX(XENP17701)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する第2の融合タンパク質、(xxviii)配列番号XX(XENP17691)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する第2の融合タンパク質、(xxix)配列番号XX(XENP17702)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する第2の融合タンパク質、(xxx)配列番号XX(XENP17703)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する第2の融合タンパク質、(xxxi)配列番号XX(XENP17704)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する第2の融合タンパク質、(xxxii)配列番号XX(XENP17705)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する第2の融合タンパク質、(xxxiii)配列番号XX(XENP18295)のポリペプチド配列を有する上記第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP17761)のポリペプチドを配列有する上記第2の融合タンパク質、(xxxiv)配列番号XX(XENP18783)のポリペプチド配列を有する上記第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する上記第2の融合タンパク質、(xxxv)配列番号XX(XENP18784)のポリペプチド配列を有する上記第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する上記第2の融合タンパク質、(xxxvi)配列番号XX(XENP18786)のポリペプチド配列を有する上記第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する上記第2の融合タンパク質、(xxxvii)配列番号XX(XENP18788)のポリペプチド配列を有する上記第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチドを配列有する上記第2の融合タンパク質、(xxxviii)配列番号XX(XENP19242)のポリペプチド配列を有する上記第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP16481)のポリペプチドを配列有する上記第2の融合タンパク質、または(xxxix)配列番号XX(XENP19243)のポリペプチド配列を有する上記第1の融合タンパク質および配列番号XX(XENP16481)のポリペプチドを配列有する上記第2の融合タンパク質、を含む。
いくつかの例では、ヘテロ二量体タンパク質は、XENP20818、XENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21475、XENP21476、XENP21477、XENP22013、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22821、XENP22822、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP23343、XENP23554、XENP23555、XENP23557、XENP23559、XENP24019、およびXENP24020からなる群から選択される。
さらなる態様では、本発明は、a)第1のタンパク質ドメイン、第2のタンパク質ドメイン、および第1のFcドメインを含む融合タンパク質であって、第1のタンパク質ドメインが、第1のドメインリンカーを用いて第2のタンパク質ドメインのN末端に共有結合し、第2のタンパク質ドメインが第2のドメインリンカーを用いて第1のFcドメインのN末端に共有結合する融合タンパク質、b)第2のFcドメインを含むヘテロ二量体タンパク質を提供し、ここで第1および第2のFcドメインがEU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、第1のタンパク質ドメインがIL15Rαタンパク質を含み、第2のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含む。
いくつかの実施形態では、第1の融合タンパク質が配列番号XX(16478)のポリペプチド配列を有し、Fcドメインが配列番号XX(8924)のポリペプチド配列を有する。ヘテロ二量体タンパク質は、XENP21478であり得る。
別の態様では、本発明は、a)第1のタンパク質ドメインおよび第1のFcドメインを含む融合タンパク質であって、第1のタンパク質ドメインが、ドメインリンカーを用いて第1のFcドメインのN末端に共有結合する第1の融合タンパク質、b)第2のFcドメイン、およびc)第1のタンパク質ドメインに非共有結合する第2のタンパク質ドメインを含むヘテロ二量体タンパク質を提供し、ここで第1および第2のFcドメインは、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、第1のタンパク質ドメインがIL15Rαを含み、第2のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含む。
いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体タンパク質は、(i)配列番号XX(XENP16481)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、(ii)配列番号XX(17034)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、(iii)配列番号XX(17038)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、(iv)配列番号XX(17036)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、(v)配列番号XX(17038)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、(vi)配列番号XX(17039)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、(vii)配列番号XX(17040)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、(viii)配列番号XX(17044)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(17071)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、(ix)配列番号XX(17044)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(17072)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、(x)配列番号XX(17075)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(17041)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、(xi)配列番号XX(17043)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(17070)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、(xii)配列番号XX(17045)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(17073)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、(xiii)配列番号XX(17042)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(17083)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、または(xiv)配列番号XX(15908)のポリペプチド配列を有する融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)を含む。ヘテロ二量体タンパク質は、XENP21479、XENP22357、XENP22354、XENP22355、XENP22356、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22360、XENP22361、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365、XENP22366、およびXENP22637からなる群から選択することができる。
さらなる態様では、本発明は、a)第1のタンパク質ドメインおよび第1のFcドメインを含む第1の融合タンパク質であって、第1のタンパク質ドメインが、ドメインリンカーを用いて上記第1のFcドメインのN末端に共有結合する第1の融合タンパク質、b)第2のタンパク質ドメインを含む第2の重鎖および第2のFcドメインを含む第1の第2の重鎖を含む第2の融合タンパク質であって、第2のタンパク質ドメインは、ドメインリンカーを用いて第2のFcドメインのC末端に共有結合的に付着している第2の融合タンパク質、c)第1の融合タンパク質の第1タンパク質ドメインに非共有結合する第3の融合タンパク質、ならびにd)第2の融合タンパク質の第2タンパク質ドメインに非共有結合する第4の融合タンパク質を含むヘテロ二量体タンパク質を提供し、ここで第1および第2のFcドメインは、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、第1のタンパク質ドメインおよび第2のタンパク質ドメインがIL15Rαタンパク質を含み、第3のタンパク質ドメインおよび第4のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含む。
いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体タンパク質は、(i)第1の融合タンパク質が配列番号XX(17023)のポリペプチド配列を有し、第2の融合タンパク質が配列番号XX(17023)のポリペプチド配列を有し、第3のタンパク質ドメインが配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有し、第4のタンパク質ドメインが配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有するか、または(ii)第1の融合タンパク質が配列番号XX(17581)のポリペプチド配列を有し、第2の融合タンパク質が配列番号XX(17581)のポリペプチド配列を有し、第3のタンパク質ドメインが配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有し、第4のタンパク質ドメインが配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有するものを含む。ヘテロ二量体タンパク質は、XENP21978またはXENP22634であり得る。
さらなる態様では、本発明は、a)第1のFcドメインおよび第1のタンパク質ドメインを含む第1の融合タンパク質であって、第1のFcドメインが、ドメインリンカーを用いて第1のタンパク質ドメインのN末端に共有結合する第1の融合タンパク質、b)第2のFcドメイン、およびc)第1の融合タンパク質の第1のタンパク質ドメインに非共有結合する第2のタンパク質ドメインを含むヘテロ二量体タンパク質を提供し、ここで第1および第2のFcドメインは、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、第1のタンパク質ドメインがIL15Rαタンパク質を含み、第2のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含む。
いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体タンパク質は、(i)配列番号XX(17603)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質、配列番号XX(8927)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、またはii)配列番号XX(17605)のポリペプチド配列を有する第1の融合タンパク質、配列番号XX(8927)のポリペプチド配列を有する第2のFcドメイン、および配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、を含む。
本発明の実施形態のいずれかでは、第1および/または第2のFcドメインは、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む追加の一組のアミノ酸置換を有し得る。いくつかの場合では、第1および/または第2のFcドメインは、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327GおよびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する。
本発明の実施形態のいずれかでは、IL15タンパク質は、配列番号1(全長ヒトIL15)および配列番号2(短縮化ヒトIL15)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有し、IL15Rαタンパク質が、配列番号3(全長ヒトIL15Rα)および配列番号4(ヒトIL15Rαのsushiドメイン)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する。いくつかの場合では、IL15タンパク質およびIL15Rαタンパク質が、それぞれ、E87C:D96/P97/C98、E87C:D96/C97/A98、V49C:S40C、L52C:S40C、E89C:K34C、Q48C:G38C、E53C:L42C、C42S:A37C、およびL45C:A37Cからなる群から選択される一組のアミノ酸置換または付加を有する。
さらなる態様において、本発明は、XENP20818、XENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21475、XENP21476、XENP21477、XENP21478、XENP21479、XENP21978、XENP22013、XENP22015、XENP22017、XENP22354、XENP22355、XENP22356、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22360、XENP22361、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365、XENP22366、XENP22637、およびXENP22639からなる群から選択されるヘテロ二量体タンパク質を提供する。いくつかの態様では、本発明は、XENP20818、XENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21475、XENP21476、XENP21477、XENP22013、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22821、XENP22822、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP23343、XENP23554、XENP23555、XENP23557、XENP23559、XENP24019、およびXENP24020からなる群から選択されるヘテロ二量体タンパク質を提供する。これらのタンパク質を作製する方法および本タンパク質を用いて患者を治療する方法に加えて、核酸、発現ベクター、および宿主細胞も全て同様に提供される。
IL−15とその受容体であるIL−15Rα(CD215)、IL−15Rβ(CD122)、および共通のガンマ鎖(CD132)との複合体の構造を示す。 IL−15とその受容体の配列を示す。図2Aは、ヒトIL−15、ヒトIL−15RαおよびヒトIL−15Rβの配列を示す。図2Aは、ヒト共通ガンマ受容体の配列を示す。 (スキューおよびPI変異を含む)Fcヘテロ二量体変異の組の有用な対を示す。図3Dおよび3Eにおいて、対応する「単量体2」の変異が存在しない変異体があり、これらはどちらの単量体でも単独で用いることのできるpI変異体である。 等価変異型抗体定常領域とそれらの置換の一覧を示す。pI_(−)は低pI変異を示し、pI_(+)は高pI変異を示す。これらは、任意選択でかつ独立して、本発明の他のヘテロ二量体化変異(および本明細書に概説されているように他の変異の種類)と組み合わせることができる。 FcγR結合を除去した有用な除去変異を示す(しばしば「ノックアウト」または「KO」変異と呼ばれる)。一般に、除去変異は両方の単量体に見られるが、いくつかの場合においてはそれらは一方の単量体のみにあってもよい。 本発明の「非サイトカイン」構成要素の特に有用な実施形態を示す。 いくつかの例示的な可変長リンカーを示す。いくつかの実施形態では、これらのリンカーは、IL−15および/またはIL−15Rα(sushi)のC末端をFc領域のN末端に連結するのに使用される。いくつかの実施形態では、これらのリンカーは、IL−15をIL−15Rα(sushi)に融合するのに使用される。 サイトカイン配列(例えば、Il−15および/またはIL−15Rα(sushi))を含まない、ヒトIgG1に基づくいくつかの有用なIL−15/Rα−Fcフォーマット骨格の配列を示す。骨格1はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、両方の鎖にC220S、鎖にS364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、Q295E/N384D/Q418E/N421DのpI変異を含み、両方の鎖にL368D/K370Sのスキュー変異およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの除去変異を有する。骨格2はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、両方の鎖にC220S、鎖にS364K:L368D/K370Sのスキュー変異、Q295E/N384D/Q418E/N421DのpI変異を含み、両方の鎖にL368D/K370Sのスキュー変異およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの除去変異を有する。骨格3はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、両方の鎖にC220S、鎖にS364K:L368E/K370Sのスキュー変異、Q295E/N384D/Q418E/N421DのpI変異を含み、両方の鎖にL368E/K370Sのスキュー変異およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの除去変異を有する。骨格4はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、両方の鎖にC220S、鎖にD401K:K360E/Q362E/T411Eのスキュー変異、Q295E/N384D/Q418E/N421DのpI変異を含み、両方の鎖にK360E/Q362E/T411Eのスキュー変異およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの除去変異を有する。骨格5はヒトIgG1(356D/358Lアロタイプ)に基づき、両方の鎖にC220S、鎖にS364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、Q295E/N384D/Q418E/N421DのpI変異を含み、両方の鎖にL368D/K370Sのスキュー変異およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの除去変異を有する。骨格6はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、両方の鎖にC220S、鎖にS364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、Q295E/N384D/Q418E/N421DのpI変異を含み、両方の鎖にL368D/K370Sのスキュー変異、E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの除去変異を有し、さらに両方の鎖にN297A変異を有する。骨格7は、変異がN297Sであることを除いて6と同一である。骨格6および7の代替フォーマットは、両方の鎖において除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを除外することができる。骨格8はヒトIgG4に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、鎖にQ295E/N384D/Q418E/N421DのpI変異を含み、両方の鎖にL368D/K370Sのスキュー変異およびS228P(EU付番によるもので、これはKabatではS241Pである)変異を有し、これは当該技術分野で既知なように、Fabアーム交換を除去する。骨格9はヒトIgG2に基づき、鎖にS364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、Q295E/N384D/Q418E/N421DのpI変異を含み、L368D/K370Sのスキュー変異を有する。骨格10はヒトIgG2に基づき、鎖にS364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、Q295E/N384D/Q418E/N421DのpI変異を含み、両方の鎖にL368D/K370Sスキュー変異、およびS267Kの変異を含む。骨格11は、M428L/N434SのXtend変異を含むことを除いて、骨格1と同一である。骨格12はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、そして両方の同一の鎖にC220S、両方の同一の鎖にE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの除去変異を含む。骨格13はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、両方の鎖にC220S、鎖にS364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、P217R/P229R/N276KのpI変異を含み、両方の鎖にS364K/E357Qのスキュー変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの除去変異を有する。 当業者には理解され、以下に概説されるように、これらの配列は、図9A〜9G、および39A〜39Dに概略的に示されるように、IL−15/Rα−ヘテロFc、ncIL−15/Rα、scIL−15/Rα、およびdsIL−15/Rαを含むがこれらに限定されない、本明細書に概説される任意のIL−15およびIL−15Rα(sushi)対と共に用いられ得る。さらに、任意のIL−15および/またはIL−15Rα(sushi)変異を、任意の組み合わせでこれらの図8A〜8Eの骨格に組み込むことができる。 これらの骨格の各々内に含まれるのは、列挙された配列に対して(本明細書で定義されるように)90%、95%、98%、および99%同一であり、および/または(当業者には理解されるように、親のヒトIgG1(または骨格に基づいてIgG2もしくはIgG4)と比べていくつかのアミノ酸修飾を既に含む図の「親」と比べて、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10の追加のアミノ酸置換を含む配列である。すなわち、列挙された骨格は、この図(図8)の骨格内に含まれるスキュー、pIおよび除去変異に加えて、さらなるアミノ酸修飾(一般にアミノ酸置換)を含み得る。 本発明のIL−15/Rα−Fc融合タンパク質のいくつかのフォーマットを示す。IL−15Rαヘテロ二量体Fc融合体または「IL−15/Rα−ヘテロFc」(図9A)は、ヘテロ二量体Fcの一方の側に組み換え的に融合されたIL−15およびヘテロ二量体Fcの他方の側に組み換え的に融合されたIL−15Rα(sushi)を含む。IL−15およびIL−15Rα(sushi)は、Fc領域のC末端とN末端との間に可変長Gly−Serリンカーを有し得る。単鎖IL−15/Rα−Fc融合体または「scIL−15/Rα−Fc」(図9B)は、可変長リンカーによってIL−15に融合しているIL−15Rα(sushi)を含み(「単鎖」IL−15/IL−15Rα(sushi)複合体または「scIL−15/Rα」と呼ばれる)、これは次いでヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合され、分子の反対側は「Fcのみ」または「空のFc」である。非共有結合のIL−15/Rα−Fcまたは「ncIL−15/Rα−Fc」(図9C)はヘテロ二量体Fc領域に融合しているIL−15Rα(sushi)を含み、一方、IL−15は別々にトランスフェクトされて非共有結合のIL−15/Rα複合体が形成され、分子の反対側は「Fcのみ」または「空のFc」である。二価非共有結合のIL−15/Rα−Fc融合体または「二価ncIL−15/Rα−Fc」(図9D)はホモ二量体Fc領域のN末端に融合しているIL−15Rα(sushi)を含み、一方IL−15は別々にトランスフェクトされて非共有結合のIL−15/Rα複合体が形成される。二価単鎖IL−15/Rα−Fc融合体または「二価scIL−15/Rα−Fc」(図9E)は、可変長リンカーによってIL−15Rα(sushi)に融合されたIL−15を含み(「単鎖」IL−15/IL−15Rα(sushi)複合体または「scIL−15/Rα」と呼ばれる)、次いでこれをホモ二量体Fc領域のN末端に融合させる。Fc非共有結合のIL−15/Rα融合体または「Fc−ncIL−15/Rα」(図9F)はヘテロ二量体Fc領域のC末端に融合しているIL−15Rα(sushi)を含み、一方IL−15は別々にトランスフェクトされて非共有結合のIL−15/Rα複合体が形成され、分子の反対側は「Fcのみ」または「空のFc」である。Fc−単鎖IL−15/Rα融合体または「Fc−scIL−15/Rα」(図9G)は、可変長リンカーによってIL−15Rα(sushi)に融合しているIL−15を含み(「単鎖」IL−15/IL−15Rα(sushi)複合体または「scIL−15/Rα」と呼ばれる)、これは次いでヘテロ二量体Fc領域のC末端に融合され、分子の反対側は「Fcのみ」または「空のFc」である。 「IL−15/Rα−ヘテロFc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質であるXENP20818およびXENP21475の配列を示し、さらなる配列はXENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21476、およびXENP21477として配列表に列挙されている。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 「scIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質であるXENP21478の配列を示し、さらなる配列は、配列表に、XENP21993、XENP21994、XENP21995、XENP23174、XENP23175、XENP24477、およびXENP24480として列挙されている。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 「ncIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP21479、XENP22366、およびXENP24348の配列を示す。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 「二価ncIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質であるXENP21978の配列を示し、さらなる配列は配列表に、XENP21979として列挙されている。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 「二価scIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の配列を示す。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 「Fc−ncIL−15/Rα」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質であるXENP22637の配列を示し、さらなる配列は配列表に、XENP22638として列挙されている。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 「Fc−scIL−15/Rα」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の配列を示す。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 A)XENP20818のIL−15/Rα−Fc融合タンパク質のフォーマット、B)SECおよびC)CEFによって決定されるときのXENP20818の純度および均質性、D)Octetによって決定されるときのIL−2Rβに対するXENP20818の親和性、ならびにE)DSFによって決定されるときのXENP20818の安定性を示す。 A)XENP21478のIL−15/Rα−Fc融合タンパク質のフォーマット、B)SECおよびC)CEFによって決定されるときのXENP21478の純度および均質性、D)Octetによって決定されるときのIL−2Rβに対するXENP21478の親和性、ならびにE)DSFによって決定されるときのXENP21478の安定性を示す。 A)XENP21479のIL−15/Rα−Fc融合タンパク質のフォーマット、B)SECおよびC)CEFによって決定されるときのXENP21479の純度および均質性、ならびにD)Octetによって決定されるときのIL−2Rβに対するXENP21479の親和性、ならびにE)DSFによって決定されるときのXENP21479の安定性を示す。 種々のリンカー長を有するIL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質によるA)NK(CD56+/CD16+)細胞、B)CD4+T細胞、およびC)CD8+細胞の、FACSにより測定したKi67発現に基づく増殖の誘導を示す。 scIL−15/Rα−Fcフォーマット(XENP21478)およびncIL−15/Rα−Fcフォーマット(XENP21479)の例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質によるA)NK(CD56+/CD16+)細胞、B)CD4+T細胞、およびC)CD8+細胞の、FACSにより測定したKi67発現に基づく増殖の誘導を示す。 SEB刺激PBMCアッセイにおける例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質、アイソタイプ対照、およびPBS対照に対する二価抗PD−1抗体によるIL−2分泌の増強を示す。 XENP20818および組換えIL−15による処理後のPBMC移植NSGマウスの生存曲線を示す。 ヒトPBMCの生着、および示された濃度のXENP20818による処理後7日目のNSGマウスの血清中のIFNγの濃度を示す。 示された濃度のXENP20818による処理後7日目のヒトPBMC移植NSGマウスの全血におけるA)CD4+T細胞、B)CD8+T細胞、およびC)CD45+細胞の数を示す。 操作されたジスルフィド結合対の位置を示すIL−15/Rαヘテロ二量体の構造モデルを示す。 システイン残基を操作するための足場として役立つようにC末端におけるさらなる残基によって操作された例示的なIL−15Rα(sushi)変異体の配列を示す。 システインによって操作されたIL−15Rα(sushi)変異体と共有ジスルフィド結合を形成するためにシステインによって操作された例示的なIL−15変異体の配列を示す。 システインによって操作されたIL−15変異体と共有ジスルフィド結合を形成するためにシステインによって操作された例示的なIL−15Rα(sushi)変異体の配列を示す。 IL−15(sushi)とIL−15Rαとの間に操作されたジスルフィド結合を有するかまたは有さないIL−15/Rαヘテロ二量体を示す。非共有結合のIL−15/Rαヘテロ二量体または「ncIL−15/Rαヘテロ二量体」(図30A)は、別々にトランスフェクトされ、非共有結合するIL−15Rα(sushi)およびIL−15を含む。ジスルフィド結合しているIL−15/Rαヘテロ二量体または「dsIL−15/Rαヘテロ二量体」(図30B)は、別々にトランスフェクトされ、操作されたシステインの結果として共有結合するIL−15Rα(sushi)およびIL−15を含む。単鎖IL−15/Rαヘテロ二量体または「scIL−15/Rαヘテロ二量体」(図30C)は、可変長Gly−SerリンカーによってIL−15に融合しているIL−15Rα(sushi)を含む。 例示的なncIL−15/Rαヘテロ二量体であるXENP21996の配列を示す。これらの配列は、IL−15Rα(sushi)のC末端におけるポリヒスチジン(His×6またはHHHHHH)C末端タグを使用して生成されたことに注目することが重要である。 例示的なdsIL−15/Rαヘテロ二量体である、XENP22004、XENP22005、XENP22006、XENP22008、およびXENP22494の配列を示し、さらなる配列は配列表に、XENP22007、XENP22009、XENP22010、XENP22011、XENP22012、およびXENP22493として示されいる。これらの配列は、IL−15Rα(sushi)のC末端におけるポリヒスチジン(His×6またはHHHHHH)C末端タグを使用して生成されたことに注目することが重要である。 例示的なscIL−15/Rαヘテロ二量体であるXENP22049の配列を示す。これらの配列は、IL−15のC末端におけるポリヒスチジン(His×6またはHHHHHH)C末端タグを使用して生成されたことに注目することが重要である。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、およびリンカーの間の境界を示す。 CEFによって決定されるときの、操作されたジスルフィド結合を有するかまたは有さない例示的なIL−15/Rαヘテロ二量体の純度および均質性を示す。 CEFによって決定されるときの、操作されたジスルフィド結合を有するかまたは有さない例示的なIL−15/Rα−Fcヘテロ二量体の純度および均質性を示す。 は、DSFからの融解曲線によって示されるときの、操作されたジスルフィド結合を有するかまたは有さない例示的なIL−15/Rαヘテロ二量体の安定性および融解温度を示す。 DSFからの融解曲線によって示されるときの、操作されたジスルフィド結合を有するかまたは有さない例示的なIL−15/Rαヘテロ二量体の安定性および融解温度を示す。 発現収率、分子量、MOEソフトウェアにより算出されるときのIL−15とIL−15Rα(sushi)の間の親和性の予測された変化、融解温度、および操作されたジスルフィド結合を有するかまたは有さないIL−15/Rαヘテロ二量体についてのIL−2Rβに対する親和性を示す。変異を関連単量体の後の括弧内に示す。 操作されたジスルフィド結合を有する本発明のIL−15/Rα−Fc融合タンパク質のさらなるフォーマットを示す。ジスルフィド結合しているIL−15ヘテロ二量体Fc融合体または「dsIL−15/Rα−ヘテロFc」)(図39A)は「IL−15/Rα−ヘテロFc」と同一であるが、IL−15Rα(sushi)およびIL−15は操作されたシステインの結果としてさらに共有結合的に付着している。ジスルフィド結合しているIL−15/Rαfc融合体または「dsIL−15/Rα−Fc」(図39B)は「ncIL−15/Rα−Fc」と同一であるが、IL−15Rα(sushi)およびIL−15は操作されたシステインの結果としてさらに共有結合的に付着している。二価ジスルフィド結合しているIL−15/Rα−Fcまたは「二価dsIL−15/Rα−Fc」(図39C)は「二価ncIL−15/Rα−Fc」と同一であるが、操作されたシステインの結果としてIL−15Rα(sushi)およびIL−15はさらに共有結合的に付着している。Fc−ジスルフィド結合しているIL−15/Rα融合体または「Fc−dsIL−15/Rα」(図39D)は「Fc−ncIL−15/Rα」と同一であるが、操作されたシステインの結果としてIL−15Rα(sushi)およびIL−15がさらに共有結合的に付着している。 「dsIL−15/Rα−ヘテロFc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP22013、XENP22014、XENP22015、およびXENP22017の配列を示す。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 「dsIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22684、およびXENP22361の配列を示す。さらなる配列は、配列表に、XENP22360、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365、およびXENP22366として示されている。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 「二価dsIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP22634、XENP22635、およびXENP22636の配列を示す。さらなる配列は、配列表にXENP22687として示されている。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 「Fc−dsIL−15/Rα」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP22639およびXENP22640の配列を示す。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 CEFによって決定されるときの、操作されたジスルフィド結合を有するかまたは有さない例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の純度および均質性を示す。 操作されたジスルフィド結合を有するかまたは有さない例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質によるA)NK(CD56+/CD16+)細胞、B)CD8+T細胞、およびC)CD4+T細胞の、FACSにより測定されるKi67発現に基づく増殖の誘導を示す。 IL−15Rα、IL−2Rβ、および共通のγ鎖と複合体を形成したIL−15の構造を示す。効力を低減するために設計された置換の位置が示されている。 効力を低減するために操作された例示的なIL−15変異体の配列を示す。列挙された配列と(本明細書で定義されるように)90%、95%、98%、および99%同一である、および/または1、2、3、4、5、6、7、8、9または10個のさらなるアミノ酸置換を含む配列がこれらの変異型IL−15配列の各々内に含まれる。非限定的な例において、列挙された配列は、実施例2に記載されるように共有ジスルフィド結合の形成に寄与するものなどのさらなるアミノ酸修飾を含み得る。 低い効力のために操作された「IL−15/Rα−R/R」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP22821、XENP22822、XENP23554、XENP23557、XENP23561、XENP24018、XENP24019、XENP24045、XENP24051、およびXENP24052の配列を示す。さらなる配列は、配列表に、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP23555、XENP23559、XENP23560、XENP24017、XENP24020、XENP24043、およびXENP24048として示される。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 低い効力のために操作された「SCIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP24015、XENP24050、XENP24475、XENP24476、XENP24478、XENP24479、およびXENP24481の配列を示す。さらなる配列は、配列表に、XENP24013、XENP24014、およびXENP24016として示されている。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 低い効力のために操作された「ncIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP24349、XENP24890、およびXENP25138の配列を示す。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 低い効力を低減のために操作された例示的なncIL−15/Rαヘテロ二量体である、XENP22801およびXENP22802の配列を示す。さらなる配列は、配列表に、XENP22791、XENP22792、XENP22793、XENP22794、XENP22795、XENP22796、XENP22803、XENP22804、XENP22805、XENP22806、XENP22807、XENP22808、XENP22809、XENP22810、XENP22811、XENP22812、XENP22813、およびXENP22814として示される。これらの配列は、IL−15Rα(sushi)のC末端におけるポリヒスチジン(His×6またはHHHHHH)C末端タグを使用して生成されたことに注目することが重要である。 低い効力のために操作された「二価ncIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP24342の配列を示す。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 低い効力のために操作された「dsIL−15/Rα−Fc」フォーマットの、例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP23472およびXENP23473の配列を示す。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質によるA)NK細胞、B)CD8+(CD45RA−)T細胞、およびC)CD4+(CD45RA−)T細胞の、FACSにより測定されるKi67発現に基づく増殖の誘導を示す。 変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質によるNK細胞およびCD8+T細胞の増殖の誘導のEC50、およびXENP20818と比較したEC50の減少の倍率を示す。 図59A〜59Dに示されている実験におけるリンパ球と亜集団のゲーティングを示す。図56Aは、ゲートされたリンパ球集団を示す。図56BはCD3陰性およびCD3陽性亜集団を示す。図56Cは、CD3陰性細胞のCD16陰性およびCD16陽性の亜集団を示す。 図59A〜59Dに示されている実験におけるCD3+リンパ球亜集団のゲーティングを示す。図57AはCD3+T細胞のCD4+、CD8+およびγδT細胞の亜集団を示す。図57Bは、CD4+T細胞のCD45RA(−)およびCD45RA(+)の亜集団を示す。図57Cは、CD8+T細胞のCD45RA(−)およびCD45RA(+)の亜集団を示す。 ヒトPBMCとXENP22821とのインキュベーション前(図58A)および後(図58B)のCD69およびCD25の発現を示す。 示された変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質と共に4日間インキュベートしたヒトPBMCにおける細胞増殖を示す。図59A〜Cは、増殖しているNK細胞(CD3−CD16+)(図59A)、CD8+T細胞(CD3+CD8+CD45RA−)(図59B)、およびCD4+T細胞(CD3+CD4+CD45RA−)の割合を示す(図59C)。図59Dは、対照(XENP20818)と比較した、様々なIL15/IL15Rα Fcヘテロ二量体のEC50の変化倍率を示す。 示された変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質と共に3日間インキュベートしたヒトPBMCにおける細胞増殖を示す。図60A〜Cは、増殖中のCD8+(CD45RA−)T細胞(図A)、CD4+(CD45RA−)T細胞(図60B)、γδT細胞(図60C)、およびNK細胞(図60D)の割合を示す。 さらなるIL−15/Rα変異体による処理後の、(A)CD8+T細胞、(B)CD4+T細胞、および(C)NK細胞におけるKi67発現の割合を示す。 IL−15/Rα変異体による処理後の、(A)CD8+(CD45RA−)T細胞、(B)CD4+(CD45RA−)T細胞、(C)γδT細胞、(D)NK(CD16+CD8α−)細胞、および(E)NK(CD56+CD8α−)細胞におけるKi67発現の割合を示す。 IL−15/Rα変異体による処理後の、(A)CD8+(CD45RA−)T細胞、(B)CD4+(CD45RA−)T細胞、(C)γδT細胞、(D)NK(CD16+CD8α−)細胞、および(E)NK(CD56+CD8α−)細胞におけるKi67発現の割合を示す。 種々のリンカー長を有する、低減した効力のための、さらなる操作されたIL−15/Rα変異体で処理した後の、(A)CD8+T細胞、(B)CD4+T細胞、(C)γδT細胞、および(D)NK(CD16+)細胞におけるKi67発現の割合を示す。 さらなるIL−15/Rα変異体で処理した後の、(A)CD8+T細胞、(B)CD4+T細胞、(C)γδT細胞、および(D)NK(CD16+)細胞におけるKi67発現の割合を示す。 図67に示されている実験におけるリンパ球と亜集団のゲーティングを示す。図66Aは、リンパ球集団のゲーティングを示す。図66Bは、CD4+およびCD8+のT細胞を示す。図66Cは、CD4+T細胞の、CD45RAおよびCD27を発現する亜集団を示す。図66Dは、CD8+T細胞のCD45RAおよびCD27発現亜集団を示す。 PBMCを示された濃度の変異型IL15/IL15Rα−Fc融合体と4日間インキュベートした後のA)CD8+T細胞(CD45RA−CD27−)およびB)CD4+T細胞(CD45RA−CD27−)におけるSTAT5リン酸化を示す。図67Cは、対照(XENP20818)と比較した、様々なIL15/IL15Rα Fcヘテロ二量体のEC50の変化倍率を示す。 0.1mg/kgの単回投与でのC57BL/6マウスにおけるさまざまなIL−15/RαFc融合タンパク質または対照のIV−TV投与時のPKを示す。 半減期とNK細胞活性の相関を示す。 CD45+細胞レベルが疾患を予測する指標であることを示す。 A)4日目およびB)8日目のCD45+細胞数によって示される、変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質による生着の増強を示す。 は、示された変異型IL15/Rα−Fc融合タンパク質または対照による、ヒトPBMCを移植したNSGマウスの処理後(A)4、(B)7、および(C)11日目のIFNγレベルを示す。 示された変異型IL15/Rα−Fc融合タンパク質または対照による、ヒトPBMCを移植したNSGマウスの処理後の(A)4、(B)7、および(C)11日目のCD45+リンパ球細胞数を示す。 示されたIL15/Rα−Fc融合タンパク質または対照による、ヒトPBMCを移植したNSGマウスの処理後(A)4、(B)7および(C)11日目のNK細胞(CD16+CD56+CD45RA+)数を示す。 示されたIL15/Rα−Fc融合タンパク質または対照による、ヒトPBMCを移植したNSGマウスの処理後(A)7および(B)11日目のCD8+T細胞(CD8+CD45RA+)数を示す。 示されたIL15/Rα−Fc融合タンパク質または対照による、ヒトPBMCを移植したNSGマウスの処理後(A)7および(B)11日目のCD4+T細胞(CD4+CD45RA+)数を示す。 さらなる変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質による、huPBMCを移植したマウスの処理後の血清中の4、7および11日目のIFNγレベルを示す。 さらなる変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質による、huPBMCを移植したマウスの処理後の全血におけるA)4、B)7、およびC)11日目のCD8+T細胞数を示す。 さらなる変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質による、huPBMCを移植したマウスの処理後の全血におけるA)4、B)7、およびC)11日目のCD4+T細胞数を示す。 さらなる変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質による、huPBMCを移植したマウスの処理後の全血におけるA)4、B)7、およびC)11日目のCD45+細胞数を示す。 さらなるIL−15/Rα変異体による処理後の、A)4、B)7、およびC)11日目のhuPBMCを移植したマウスの初期体重の割合としての体重を示す。各点は単一のNSGマウスを表す。体重が初期体重の70%を下回ったマウスを安楽死させた。死亡したマウスは70%として表される。 XENP20818を投与した後のカニクイザルのリンパ球数を示す。図82A〜Eは、それぞれ、CD56+NK細胞(図82A)、CD16+NK細胞(図82B)、γδT細胞(CD45RA+CD3+CD4−CD8−)(図82C)、CD8+T細胞(図82D)、およびCD4+T細胞(図82E)の絶対数の変化倍率を示す。 XENP20818を投与した後のカニクイザルの、CD56+NK細胞(図83A)、CD16+NK細胞(図83B)、CD8+T細胞(CD45RA+)(図83C)、CD8+T細胞(CD45RA−)(図83D)、およびCD4+T細胞(CD45RA−)(図83E)の増殖を示す。 XENP22819を投与した後のカニクイザルのリンパ球数を示す。図84A〜Eは、それぞれ、CD56+NK細胞(図84A)、CD16+NK細胞(図84B)、γδT細胞(CD45RA+CD3+CD4−CD8−)(図84C)、CD8+T細胞(図84D)、およびCD4+T細胞(図84E)の絶対数の変化倍率を示す。 XENP22819を投与した後のカニクイザルの、CD56+NK細胞(図85A)、CD16+NK細胞(図85B)、CD8+T細胞(CD45RA+)(図85C)、CD8+T細胞(CD45RA−)(図85D)、およびCD4+T細胞(CD45RA−)(図85E)の増殖を示す。 XENP22821を投与した後のカニクイザルのリンパ球数を示す。図86A〜Eは、それぞれ、CD56+NK細胞(図86A)、CD16+NK細胞(図86B)、γδT細胞(CD45RA+CD3+CD4−CD8−)(図86C)、CD8+T細胞(図86D)、およびCD4+T細胞(図86E)の絶対数の変化倍率を示す。 XENP22821を投与した後のカニクイザルの、CD56+NK細胞(図87A)、CD16+NK細胞(図87B)、CD8+T細胞(CD45RA+)(図87C)、CD8+T細胞(CD45RA−)(図87D)、およびCD4+T細胞(CD45RA−)(図87E)の増殖を示す。 XENP22822を投与した後のカニクイザルのリンパ球数を示す。図88A〜Eは、それぞれ、CD56+NK細胞(図88A)、CD16+NK細胞(図88B)、γδT細胞(CD45RA+CD3+CD4−CD8−)(図88C)、CD8+T細胞(図88D)、およびCD4+T細胞(図88E)の絶対数の変化倍率を示す。 XENP22822を投与した後のカニクイザルの、CD56+NK細胞(図89A)、CD16+NK細胞(図89B)、CD8+T細胞(CD45RA+)(図89C)、CD8+T細胞(CD45RA−)(図89D)、およびCD4+T細胞(CD45RA−)(図89E)の増殖を示す。 XENP22834を投与した後のカニクイザルのリンパ球数を示す。図90A〜Eは、それぞれ、CD56+NK細胞(図90A)、CD16+NK細胞(図90B)、γδT細胞(CD45RA+CD3+CD4−CD8−)(図90C)、CD8+T細胞(図90D)、およびCD4+T細胞(図90E)の絶対数の変化倍率を示す。 XENP22834を投与した後のカニクイザルの、CD56+NK細胞(図91A)、CD16+NK細胞(図91B)、CD8+T細胞(CD45RA+)(図91C)、CD8+T細胞(CD45RA−)(図91D)、およびCD4+T細胞(CD45RA−)(図91E)の増殖を示す。 XENP23343を投与した後のカニクイザルのリンパ球数を示す。図92A〜Eは、それぞれ、CD56+NK細胞(図92A)、CD16+NK細胞(図92B)、γδT細胞(CD45RA+CD3+CD4−CD8−)(図92C)、CD8+T細胞(図92D)、およびCD4+T細胞(図92E)の絶対数の変化倍率を示す。 XENP23343を投与した後のカニクイザルの、CD56+NK細胞(図93A)、CD16+NK細胞(図93B)、CD8+T細胞(CD45RA+)(図93C)、CD8+T細胞(CD45RA−)(図93D)、およびCD4+T細胞(CD45RA−)(図93E)の増殖を示す。 M428L/N434S置換を有する「IL−15/Rα−ヘテロFc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP23343、XENP23504、XENP24113、XENP24301、XENP24306、およびXENP24341の配列を示す。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。図94Dは、M428L/N434S置換を有する「scIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP25938の配列を示す。 M428L/N434S置換を有する「ncIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP24383の配列を示す。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 M428L/N434S置換を有する「二価ncIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質である、XENP24346およびXENP24351の配列を示す。IL−15およびIL−15Rα(sushi)には下線が付され、リンカーには二重下線が付され(当業者には理解されるように、リンカーは、その一部が図7に示される他のリンカーで置き換えられ得る)、スラッシュ(/)は、IL−15、IL−15Rα、リンカー、およびFc領域の間の境界を示す。 M428L/N434SのFc変異を有するIL−15/Rα変異体による処理後の、(A)ヒトCD8+T細胞、(B)ヒトCD4+T細胞、および(C)ヒトNK細胞におけるKi67発現の割合を示す。 M428L/N434SのFc変異を有するIL−15/Rα変異体による処理後の、(A)cyno CD8+T細胞、(B)cyno CD4+T細胞、および(C)cyno NK細胞におけるKi67発現の割合を示す。 さらなる変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質による、huPBMCを移植したマウスの処理後の、(A)4日目および(B)7日目の全血におけるCD4+T細胞数ならびに(C)8日目の脾臓におけるCD4+T細胞数を示す。 さらなる変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質による、huPBMCを移植したマウスの処理後の、A)4日目および(B)7日目の全血におけるCD8+T細胞数ならびに(C)8日目の脾臓におけるCD8+T細胞数を示す。 さらなる変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質による、huPBMCを移植したマウスの処理後の、A)4日目および(B)7日目の全血におけるCD8+T細胞数ならびに(C)8日目の脾臓におけるCD8+T細胞数を示す。 さらなるIL−15/Rα変異体による処理後の、(A)−2、(B)1、(C)5、(D)8、および(E)11日目のhuPBMCを移植したマウスの初期体重の割合としての体重を示す。各点は単一のNSGマウスを表す。図102Fは、IL−15/Rα変異体による処理後のhuPBMCを移植したマウスにおける体重の時間経過を示す。 1日目のIL−15/Rα変異体による処理後のカニクイザルにおける(A)CD8+T細胞、(B)CD4+T細胞、および(C)NK細胞の数を示す。 本発明の配列を示す。CDRは太字で示され、IL−15およびIL15−Rα(sushi)は下線が付され、リンカーは二重下線が付され、そしてスラッシュ(/)はIL−15、IL15−Rα(sushi)、リンカー、およびFcドメインの間にある。 本発明のいくつかの好ましい実施形態を示す。「Xtend」バージョンは、各単量体のFcドメインに428L/434S変異を含む。 ヘテロ二量体の収量(HPLC−CIEXにより決定)および熱安定性(DSCにより決定)を有する操作されたヘテロ二量体スキュー(例えば「立体ヘテロ二量体化」)Fc変異の一覧を示す。決定されていない熱安定性は「n.d.」によって示される。
I.定義
本発明をより完全に理解できるようにするため、いくつかの定義を以下に示す。かかる定義は、文法的同等物を包含することを意図する。
本明細書において「切除」とは、活性の低下または除去を意味する。したがって、例えば、「FcγR連結を除去する」とは、Fc領域アミノ酸変異が、その特定の変異を含まないFc領域と比較して50%未満の出発連結を有することを意味し、70−80−90−95−98%未満の活性喪失が好ましく、一般に、活性はBiacoreアッセイにおいて検出可能な活性のレベル未満である。FcγR連結の除去において特に有用なものを、図86に示す。しかしながら、他に断らない限り、本発明のFc単量体はFcRn受容体への結合を保持している。
本明細書で使用される「ADCC」または「抗体依存性細胞媒介性細胞傷害」とは、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の連結抗体を認識し、続いて標的細胞の溶解を引き起こす細胞媒介反応を意味する。ADCCは、FcγRIIIaへの連結と相関し、FcγRIIIaへの連結の増加はADCC活性の増加をもたらす。本明細書で論じるように、本発明の多くの実施形態はADCC活性を完全に除去する。
本明細書で用いられる「ADCP」または抗体依存性細胞媒介食作用とは、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の連結抗体を認識し、続いて標的細胞の食作用を引き起こす細胞媒介反応を意味する。
本明細書における「修飾」とは、ポリペプチド配列におけるアミノ酸の置換、挿入、および/もしくは欠失、またはタンパク質に化学的に連結された部分への改変を意味する。例えば、修飾は、タンパク質に結合した改変された炭水化物またはPEG構造であってもよい。本明細書における「アミノ酸修飾」は、ポリペプチド配列中のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を意味する。明確にするために、別段の記載がない限り、アミノ酸修飾は常に、DNAによってコードされるアミノ酸、例えばDNAおよびRNA中にコドンを有する20個のアミノ酸に対するものである。
本明細書における「アミノ酸置換」または「置換」は、親ポリペプチド配列中の特定の位置のアミノ酸を異なるアミノ酸で置換することを意味する。特に、いくつかの実施形態では、置換は、特定の位置で天然に存在しない(生物内で天然に存在しないか、またはいずれの生物中にも存在しないかのいずれか)アミノ酸に対するものである。例えば、置換E272Yは、272位のグルタミン酸がチロシンで置換されている変異体ポリペプチド、この場合はFc変異体を指す。明確にするために、核酸コード配列を変化させるが、出発アミノ酸を変化させない(例えば、宿主生物発現レベルを上昇させるためにCGG(アルギニンをコードする)をCGA(アルギニンをなおコードする)に交換する)ように操作されたタンパク質は、「アミノ酸置換」ではない。すなわち、同じタンパク質をコードする新たな遺伝子の創出にもかかわらず、タンパク質は、それが開始する特定の位置に同じアミノ酸を有する場合、それはアミノ酸置換ではない。
「アミノ酸挿入」または「挿入」は、本明細書で使用されるとき、親ポリペプチド配列の特定の位置にアミノ酸配列を付加することを意味する。例えば、−233Eまたは233Eは、233位の後、かつ234位の前のグルタミン酸の挿入を示す。さらに、−233ADEまたはA233ADEは、233位の後、かつ234位の前のAlaAspGluの挿入を示す。
「アミノ酸欠失」または「欠失」は、本明細書で使用されるとき、親ポリペプチド配列中の特定の位置でアミノ酸配列を除去することを意味する。例えば、E233−またはE233#、E233()またはE233delは、233位のグルタミン酸の欠失を示す。さらに、EDA233−またはEDA233#は、233位で始まる配列GluAspAlaの欠失を示す。
本明細書で使用される「バリアントタンパク質」または「タンパク質バリアント」または「バリアント」とは、少なくとも1つのアミノ酸修飾に基づいて親タンパク質のそれとは異なるタンパク質を意味する。タンパク質バリアントは、タンパク質自体、タンパク質を含む組成物、またはそれをコードするアミノ配列を指し得る。好ましくは、タンパク質変異体は、親タンパク質と比較して少なくとも1つのアミノ酸修飾、例えば、親と比較して約1〜約70個のアミノ酸修飾、好ましくは約1〜約5個のアミノ酸修飾を有する。以下に記載するように、いくつかの実施形態では、親ポリペプチド、例えばFc親ポリペプチドは、IgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4由来のFc領域等のヒト野生型配列であるが、変異を有するヒト配列もまた、「親ポリペプチド」としての役割を果たすことができ、例えば、IgG1/2ハイブリッドを含めることができる。本明細書のタンパク質変異体の配列は、好ましくは、親タンパク質配列と少なくとも約80%の同一性、最も好ましくは少なくとも約90%の同一性、より好ましくは少なくとも約95−98−99%の同一性を有する。バリアントタンパク質は、バリアントタンパク質それ自体、タンパク質バリアントを含む組成物、またはそれをコードするDNA配列を指すことができる。
したがって、本明細書で使用される「抗体バリアント」または「バリアント抗体」とは、少なくとも1つのアミノ酸修飾に基づいて親抗体とは異なる抗体を意味し、本明細書で使用される「IgGバリアント」または「バリアントIgG」とは、少なくとも1つのアミノ酸修飾に基づいて親IgG(ここでも、多くの場合はヒトIgGに由来)とは異なる抗体を意味し、本明細書で使用される「免疫グロブリンバリアント」または「バリアント免疫グロブリン」とは、少なくとも1つのアミノ酸修飾に基づいて親免疫グロブリン配列のそれとは異なる免疫グロブリン配列を意味する。本明細書で使用される「Fc変異体」または「変異体Fc」は、Fcドメインにアミノ酸修飾を含むタンパク質を意味する。本発明のFcバリアントは、それらを構成するアミノ酸修飾に従って定義される。したがって、例えば、N434Sまたは434Sは、親Fcポリペプチドに対して434位に置換セリンを有するFc変異であり、ここで付番はEUインデックスに従う。同様に、M428L/N434Sは、親Fcポリペプチドに対して置換M428LおよびN434Sを有するFc変異を定義する。WTアミノ酸の同一性は特定されていなくてもよく、その場合、前述の変異は428L/434Sと呼ばれる。置換が提供される順序は任意であり、すなわち、例えば428L/434SはM428L/N434Sと同一のFc変異などである。抗体に関連する本発明において論じられる全ての位置について、特に明記しない限り、アミノ酸位置の付番はEUインデックスに従う。EUインデックス、またはKabatもしくはEU付番スキームと同様のEUインデックスは、EU抗体の付番を指す(Edelman et al.,1969,Proc Natl Acad Sci USA 63:78−85、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)。修飾は、付加、欠失、または置換であり得る。置換には、天然に存在するアミノ酸および場合によっては合成アミノ酸が含まれ得る。例としては、米国特許第6,586,207号、WO98/48032、WO03/073238、US2004−0214988A1、WO05/35727A2、WO05/74524A2、J.W. Chin et al.,(2002),Journal of the American Chemical Society 124:9026−9027、J.W. Chin, & P. G. Schultz,(2002),ChemBioChem 11:1135−1137、J.W. Chin, et al.,(2002),PICAS United States of America 99:11020−11024、およびL. Wang, & P. G. Schultz,(2002),Chem.1−10が含まれ、参照により全体が組み込まれる。
本明細書で使用されるとき、本明細書における「タンパク質」は、タンパク質、ポリペプチド、オリゴペプチド、およびペプチドを含む、少なくとも2つの共有結合したアミノ酸を意味する。ペプチジル基は、天然に存在するアミノ酸およびペプチド結合、または合成ペプチド模倣構造、すなわち、ペプトイド(全体が参照により組み込まれるSimon et al.,PNAS USA89(20):9367(1992)を参照)等の「類似体」を含んでもよい。アミノ酸は、当業者には理解されようが、天然に存在するものでも合成物(例えば、DNAによってコードされるアミノ酸ではないもの)のいずれかであってもよい。例えば、ホモフェニルアラニン、シトルリン、オルニチン、およびノレオロイシンは、本発明の目的では合成アミノ酸と考えられ、D−およびL−(RまたはS)立体配置のアミノ酸の両方を利用することができる。本発明の変異体は、Cropp&Shultz,2004,Trends Genet.20(12):625−30、Anderson et al.,2004,Proc Natl Acad Sci USA101(2):7566−71、Zhang et al.,2003,303(5656):371−3、およびChin et al.,2003,Science301(5635):964−7(全体が参照によって組み込まれる)によって説明されている方法が挙げられるがこれらに限定されない、Schultzおよび共同研究者らによって開発された技術を使用して組み込まれた合成アミノ酸の使用を含む修飾を含み得る。さらに、ポリペプチドには、1つ以上の側鎖または末端の合成誘導体化、グリコシル化、PEG化、円順列、環化、他の分子へのリンカー、タンパク質またはタンパク質ドメインへの融合、およびペプチドタグまたは標識の付加が含まれ得る。
「残基」とは、本明細書で使用されるとき、タンパク質における位置およびその関連するアミノ酸素性を意味する。例えば、アスパラギン297(Asn297またはN297とも称される)は、ヒト抗体IgG1中の297位の残基である。
本明細書で使用されるとき、「IgGサブクラス修飾」または「アイソタイプ修飾」とは、1つのIgGアイソタイプの1つのアミノ酸を、異なる、整合したIgGアイソタイプの対応するアミノ酸に変換するアミノ酸修飾を意味する。例えば、EU位置296においてIgG1はチロシンを含み、IgG2はフェニルアラニンを含むので、IgG2におけるF296Y置換は、IgGサブクラス修飾であると考えられる。
本明細書で使用される「天然に存在しない修飾」とは、アイソタイプ性ではないアミノ酸修飾を意味する。例えば、IgGのうちのいずれも434位にセリンを含まないので、IgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4(またはそれらのハイブリッド)における置換434Sは、天然に存在しない修飾であると見なされる。
本明細書で使用される「アミノ酸」および「アミノ酸同一性」は、DNAおよびRNAによってコードされている20種の天然に存在するアミノ酸のうちの1つを意味する。
本明細書で使用される「エフェクター機能」とは、抗体Fc領域とFc受容体またはリガンドとの相互作用から生じる生化学的事象を意味する。エフェクター機能には、ADCC、ADCP、およびCDCが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「IgG Fcリガンド」とは、IgG抗体のFc領域に結合してFc/Fcリガンド複合体を形成する任意の生物由来の分子、好ましくはポリペプチドを意味する。Fcリガンドには、FcγRI、FcγRII、FcγRIII、FcRn、C1q、C3、マンナン結合レクチン、マンノース受容体、staphylococcalプロテインA、streptococcalプロテインG、およびウイルスFcγRが含まれるが、これらに限定されない。Fcリガンドにはまた、FcγRと同種であるFc受容体のファミリーである、Fc受容体ホモログ(FcRH)が含まれる(Davis et al., 2002, Immunological Reviews 190:123−136、参照により全体が組み込まれる)。Fcリガンドは、Fcに結合する未発見の分子を含み得る。特定のIgG Fcリガンドは、FcRnおよびFcガンマ受容体である。本明細書で使用される「Fcリガンド」とは、抗体のFc領域に結合してFc/Fcリガンド複合体を形成する任意の生物由来の分子、好ましくはポリペプチドを意味する。
本明細書で使用される「Fcガンマ受容体」、「FcγR」、または「FcガンマR」とは、IgG抗体Fc領域に結合し、かつFcγR遺伝子によってコードされるタンパク質ファミリーの任意のメンバーを意味する。ヒトにおいて、このファミリーには、アイソフォームであるFcγRIa、FcγRIb、およびFcγRIcを含むFcγRI(CD64);アイソフォームであるFcγRIIa(アロタイプであるH131およびR131を含む)、FcγRIIb(FcγRIIb−1およびFcγRIIb−2を含む)、ならびにFcγRIIcを含むFcγRII(CD32);ならびにアイソフォームであるFcγRIIIa(アロタイプであるV158およびF158を含む)、ならびにFcγRIIIb(アロタイプであるFcγRIIb−NA1およびFcγRIIb−NA2を含む)を含むFcγRIII(CD16)(参照により全体が組み込まれるJefferis et al.,2002,Immunol Lett 82:57−65)、ならびに任意の発見されていないヒトFcγRまたはFcγRアイソフォームもしくはアロタイプが含まれるが、これらに限定されない。FcγRは、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、およびサルを含むが、これらに限定されない任意の生物由来であり得る。マウスFcγRには、FcγRI(CD64)、FcγRII(CD32)、FcγRIII(CD16)、およびFcγRIII−2(CD16−2)、ならびに任意の発見されていないマウスFcγRまたはFcγRアイソフォームもしくはアロタイプが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「FcRn」または「新生児Fc受容体」とは、IgG抗体のFc領域に連結し、少なくとも部分的にFcRn遺伝子によってコードされるタンパク質を意味する。FcRnは、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、およびサルを含むが、これらに限定されない任意の生物由来であり得る。当該技術分野において既知のように、機能的FcRnタンパク質は、しばしば重鎖および軽鎖と呼ばれる2つのポリペプチドを含む。軽鎖はβ−2−ミクログロブリンであり、重鎖はFcRn遺伝子によってコードされている。本明細書において別段の記載がない限り、FcRnまたはFcRnタンパク質は、FcRn重鎖とβ−2−ミクログロブリンとの複合体を指す。FcRn受容体への結合を増加させるために、そしていくつかの場合には血清半減期を増加させるために使用される様々なFcRn変異が使用できる。一般に、別段の記載がない限り、本発明のFc単量体は、FcRn受容体への結合を保持する(そして、下記のように、FcRn受容体への結合を増大させるためのアミノ酸変異を含み得る)。
本明細書で使用される「親ポリペプチド」とは、バリアントを生成するようにその後修飾される出発ポリペプチドを意味する。親ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド、または天然に存在するポリペプチドのバリアントもしくは操作されたバージョンであってもよい。親ポリペプチドは、ポリペプチド自体、親ポリペプチドを含む組成物、またはそれをコードするアミノ酸配列を指してもよい。したがって、本明細書で使用される「親免疫グロブリン」は、バリアントを生成するように修飾される非修飾免疫グロブリンポリペプチドを意味し、本明細書で使用される「親抗体」は、バリアント抗体を生成するように修飾される非修飾抗体を意味する。「親抗体」には、以下に概説されるように、既知の市販の組換え産生抗体が含まれることに留意すべきである。
本明細書で使用されるとき、「Fc」または「Fc領域」または「Fcドメイン」とは、場合によっては第1の定常領域免疫グロブリンドメイン(例えば、CH1)またはその一部を除く抗体の定常領域、および場合によってはヒンジの一部を含む、ポリペプチドを意味する。このため、Fcは、IgA、IgD、およびIgGの最後の2つの定常領域免疫グロブリンドメイン(例えば、CH2とCH3)、IgEおよびIgMの最後の3つの定常領域免疫グロブリンドメイン、およびこれらのドメインに対する可動性ヒンジN末端を指し得る。IgAおよびIgMの場合、FcはJ鎖を含んでもよい。IgGの場合、Fcドメインは、免疫グロブリンドメインCγ2およびCγ3(Cγ2およびCγ3)、ならびにCγ1(Cγ1)とCγ2(Cγ2)との間の下部ヒンジ領域を含む。いくつかの実施形態では、Fcは、免疫グロブリンの、短縮化CH1ドメイン、ならびにCH2およびCH3を指す。Fc領域の境界は異なり得るが、ヒトIgG重鎖Fc領域は、通常、そのカルボキシ末端に残基E216またはC226またはP230を含むものと定義され、ここでの付番はKabatと同様のEUインデックスに従う。いくつかの実施形態では、以下でより詳細に説明されるように、例えば、1つ以上のFcγR受容体またはFcRn受容体への結合を変化させるために、Fc領域に対してアミノ酸修飾が行われる。
本明細書における「Fc融合タンパク質」または「イムノアドヘシン」とは、一般に(任意選択で本明細書に記載されるようなリンカー部分を介して)異なるタンパク質、例えば本明細書に記載されるようなIL−15および/またはIL−15Rに連結しているFc領域を含むタンパク質を意味する。いくつの場合では、2つのFc融合タンパク質がホモ二量体Fc融合タンパク質またはヘテロ二量体Fc融合タンパク質を形成することができ、後者が好ましい。いくつの場合では、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質の一方の単量体は、Fcドメインのみ(例えば、空のFcドメイン)を含み、他方の単量体は、変異型Fcドメインおよび受容体、リガンド、または他の結合パートナーなどのタンパク質ドメインを含むFc融合体である。
本明細書で使用される「位置」は、タンパク質の配列中の場所を意味する。位置は、順次に、または確立されているフォーマット、例えば、抗体付番のためのEUインデックスに従って、付番されてもよい。
本明細書中の本発明のヘテロ二量体抗体の単量体に牽連して「撚り度(strandedness)」は、「マッチ」する2本鎖DNAと同様に、「マッチ」してヘテロ二量体を形成する能力を保持するようにヘテロ二量体化変異を各単量体に組み込むことを意味する。例えば、いくつかのpI変異が単量体Aへと操作される(例えば、pIをより高くする)場合、同様に利用され得る「電荷対」である立体変異はpI変異を妨害せず、例えば、pIを高くした電荷変異が同一の「鎖」または「単量体」に置かれ、両方の機能を保持する。同様に、以下により詳細に概説されるように、対のセットになる「スキュー」変異について、当業者は、対の1つのセットを組み入れる鎖または単量体がどちらに入るかを決定する際にpIを考慮し、同様にスキューのpIを使用してpI分離を最大化するようにする。
本明細書における「野生型またはWT」は、対立遺伝子変異を含む、自然界に見出されるアミノ酸配列またはヌクレオチド配列を意味する。WTタンパク質は、意図的に修飾されていないアミノ酸配列またはヌクレオチド配列を有する。
本発明のヘテロ二量体タンパク質は一般に、単離されているか、または組換え体である。本明細書に開示される様々なポリペプチドを説明するために使用される場合、「単離された」とは、それが発現された細胞または細胞培養物から特定および分離および/または回収されたポリペプチドを意味する。通常、単離されたポリペプチドは、少なくとも1つの精製工程によって調製される。「単離されたタンパク質」とは、異なる抗原特異性を有する他の抗体を実質的に含まないタンパク質を指す。「組換え体」は、外来性宿主細胞において組換え核酸技術を用いてタンパク質が生成されることを意味する。
タンパク質配列に関する「アミノ酸配列同一性パーセント(%)」は、最大の配列同一性パーセントを達成するために配列を整合し、必要ならギャップを導入した後の、特定の(親)配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義され、そして配列同一性の一部としていかなる保存的置換も考慮しない。アミノ酸配列同一性パーセントを決定する目的のための整合は、例えばBLAST、BLAST−2、ALIGNまたはMegalign(DNASTAR)ソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピューターソフトウェアを使用して、当該技術分野の範囲内である様々な方法で達成できる。当業者は、比較される配列の全長にわたって最大の整合を達成するために必要とされる任意のアルゴリズムを含む、整合を測定するための適切なパラメータを決定することができる。1つの特定のプログラムは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2016/0244525号の段落番号[0279]〜[0280]に概説されているALIGN−2プログラムである。
本発明のアミノ酸配列(「本発明の配列」)と親アミノ酸配列との間の同一性の程度は、「本発明の配列」の長さまたは親配列の長さの長さのうちの短い方で割った、2つの配列の整合における正確な一致の数として計算される。結果は同一性パーセントで表される。
いくつかの実施形態において、2つ以上のアミノ酸配列は少なくとも50%、60%、70%、80%、または90%同一である。いくつかの実施形態では、2つ以上のアミノ酸配列は少なくとも95%、97%、98%、99%、さらには100%まで同一である。
特定の抗原またはエピトープへの「特異的結合」もしくは「〜に特異的に結合する」または特定の抗原またはエピトープ「〜に対して特異的である」とは、非特異的相互作用とは測定できるほどに異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、一般に結合活性を有しない同様の構造の分子である対照分子の結合と比較した分子の結合を決定することによって、測定することができる。例えば、特異的結合は、標的と同様である対照分子との競合によって決定することができる。
本発明をさらに説明する前に、本発明は記載された特定の実施形態に限定されず、よって当然のことながら変化し得ることが理解されるべきである。本発明の範囲が添付の特許請求の範囲によってのみ限定されるため、本明細書で使用する用語は、特定の実施形態のみを説明するためのものであり、限定することを目的とするものではないことも理解されるべきである。
II.ヘテロ二量体Fc融合タンパク質
本発明は、異なる方向でIL−15およびIL−15受容体アルファ(IL−15Rα)タンパク質ドメインを含むヘテロ二量体Fc融合タンパク質に関する。Fcドメインは、IgG Fcドメイン、例えば、IgG1、IgG2、IgG3またはIgG4Fcドメインから誘導することができ、IgG1Fcドメインが本発明において特に使用される。
各鎖のカルボキシ末端部分は、エフェクター機能に主に関与する定常領域を定める。Kabatらは、重鎖および軽鎖の可変領域の多数の一次配列を収集した。配列の保存の程度に基づき、Kabatらは、個々の一次配列をCDRおよびフレームワークに分類し、そのリストを作成した(参照により全体が組み込まれるSEQUENCES OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5th edition, NIH publication, No.91−3242, E.A. Kabat et al.を参照されたい)。本明細書全体を通して、Kabat付番系は一般に、可変ドメイン内の残基(およそ、軽鎖可変領域の残基1〜107および重鎖可変領域の残基1〜113)を参照するときに使用され、EU付番系は、Fc領域に対するものである(例えば、Kabat et al.、上述(1991)を参照)。
免疫グロブリンのIgGサブクラスには、重鎖においていくつかの免疫グロブリンドメインがある。本明細書の「免疫グロブリン(Ig)ドメイン」とは、明確に異なる三次構造を有する免疫グロブリンの領域を意味する。定常重(CH)ドメインおよびヒンジドメインを含む重鎖ドメインが本発明における関心対象である。IgG抗体の関連において、IgGアイソタイプは、各々、3つのCH領域を有する。したがって、IgGと関連して「CH」ドメインは以下の通りである。「CH1」は、Kabatと同様のEUインデックスに従って118〜220位を指す。「CH2」は、Kabatと同様のEUインデックスに従って237〜340位を指し、「CH3」は、Kabatと同様のEUインデックスに従って341〜447位を指す。本明細書において示され、以下に記載されるように、pI変異は、CH領域、および以下に論じられるように、ヒンジ領域のうちの1つ以上に存在し得る。
重鎖のIgドメインの別の種類は、ヒンジ領域である。本明細書において、「ヒンジ」または「ヒンジ領域」または「抗体ヒンジ領域」または「免疫グロブリンヒンジ領域」とは、抗体の第1および第2の定常ドメイン間のアミノ酸を含む可動性ポリペプチドを意味する。構造的に、IgG CH1ドメインはEU位置220で終わり、IgG CH2ドメインは残基EU位置237で始まる。したがって、IgGについては、抗体ヒンジは、位置221(IgG1中のD221)から236(IgG1中のG236)を含むように本明細書で定義され、付番は、Kabatと同様にEUインデックスに従う。いくつかの実施形態では、Fc領域に関連して、下側ヒンジが含まれ、「下側ヒンジ」は一般に位置226または230を指す。本明細書に記載のように、pI変異はヒンジ領域にも同様に作製することができる。
したがって、本発明は異なる抗体ドメインを提供する。本明細書中に記載され、そして当該技術分野において既知であるように、本発明のヘテロ二量体タンパク質は異なるドメインを含み、これもまた重複し得る。これらのドメインは、Fcドメイン、CH1ドメイン、CH2ドメイン、CH3ドメイン、ヒンジドメイン、重鎖定常ドメイン(CH1−ヒンジ−FcドメインまたはCH1−ヒンジ−CH2−CH3)を含むが、これらに限定されない。
したがって、「Fcドメイン」は、−CH2−CH3ドメイン、および場合によりヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、Fcドメインはまた、短縮化CH1ドメインも含む。本明細書の実施形態では、タンパク質断片、例えばIL−15またはIL−15RαがFcドメインに結合しているとき、Fcドメインのヒンジの全部または一部に結合しているのはIL−15またはIL−15RαコンストラクトのC末端であり、例えば、それは一般にヒンジの始まりである配列EPKSSに結合している。他の実施形態では、タンパク質断片、例えば、IL−15またはIL−15RαがFcドメインに結合しているとき、それは、IL−15またはIL15RαコンストラクトのC末端であり、FcドメインのCH1ドメインに結合している。
本明細書に概説したFcドメインタンパク質のコンストラクトおよび配列のいくつかにおいて、IL−15またはIL−15RαのC末端はドメインリンカーのN末端に結合し、そのC末端は定常FcドメインのN末端に結合している(N−IL−15またはIL−15Rαタンパク質断片−リンカー−Fcドメイン−C)が、これは切り替えることができる(N−Fcドメイン−リンカー−IL−15またはIL−15Rαタンパク質ドメイン−C)。本明細書に概説される他のコンストラクトおよび配列において、第1のタンパク質断片のC末端は、場合によりドメインリンカーを介して、第2のタンパク質断片のN末端に結合し、第2のタンパク質断片のC末端は、場合によりドメインリンカーを介して定常FcドメインのN末端に結合する。本明細書に概説されるさらに他のコンストラクトおよび配列において、第1のタンパク質断片または第2のタンパク質断片に結合していない定常Fcドメインが提供される。ヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、本明細書に記載の2つ以上の例示的な単量体Fcドメインタンパク質を含み得る。
いくつかの実施形態では、リンカーは、本明細書に概説される任意の2つのドメインを共に連結するために使用される「ドメインリンカー」であり、そのいくつかは図87に示されている。任意の適切なリンカーを用いることができるが、多くの実施形態は、例えば、nが少なくとも1(および一般に0〜1〜2〜3〜4〜5)である、(GS)n、(GSGGS)n、(GGGGS)n、および(GGGS)nを含むグリシン−セリンポリマー、ならびに各ドメインがその生物学的機能を保持できるように十分な長さおよび柔軟性を有する2つのドメインの組換え結合を可能にする任意のペプチド配列を利用する。いくつかの場合において、以下に概説するように、「撚り度」に注意を払って、荷電ドメインリンカーである。
一実施形態では、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、それがpI操作などのヘテロ二量体を生成するように操作することができる少なくとも2つの定常ドメインを含む。使用され得る他のFcドメインは、pI操作された本発明のCH1、CH2、CH3、およびヒンジドメインのうちの1つ以上を含む断片を含む。特に、図9A〜9Gおよび図39A〜39Dに示すフォーマットは、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質であり、これは、このタンパク質が、ヘテロ二量体Fcドメインに自己集合した2つの結合したFc配列および少なくとも1つのタンパク質断片(例えば、1、2またはそれ以上のタンパク質断片)を有することを意味する。いくつかの場合において、第1のタンパク質断片は第1のFc配列に連結し、そして第2のタンパク質断片は第2のFc配列に連結する。他の場合では、第1のタンパク質断片は第1のFc配列に連結しており、第1のタンパク質断片はFc配列に連結していない第2のタンパク質断片に非共有結合的に付着している。いくつかの場合では、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、第1のFc配列に連結している第2のタンパク質断片に連結している第1のタンパク質断片、および第1または第2のタンパク質断片のいずれにも連結していない第2のFc配列を含む。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明は、自己集合してヘテロ二量体Fcドメイン融合ポリペプチドを形成する、2つの異なる重鎖変異型Fc配列の使用に依存するヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供する。
本発明は、1つ以上の結合パートナー、リガンド、または受容体への結合を可能にするヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供するための新規コンストラクトに関する。ヘテロ二量体Fc融合コンストラクトは、抗体の重鎖の2つのFcドメイン、例えば、「二量体」に組み立てられる2つの「単量体」の自己集合の性質に基づく。ヘテロ二量体Fc融合体は、以下により完全に論じられるように各単量体のアミノ酸配列を変えることによって作製される。したがって、本発明は概して、ヘテロ二量体形成を促進するためにおよび/またはホモ二量体よりもヘテロ二量体の精製を容易にするために、各鎖上で異なる定常領域中のアミノ酸変異に依存して、結合パートナーまたはリガンドまたは受容体をいくつかの方法で共結合することができるヘテロ二量体Fc融合タンパク質の作成に関する。
本発明のヘテロ二量体を生成するために使用することができる多くの機構が存在する。さらに、当業者には理解されるように、これらの機構を組み合わせて高いヘテロ二量体化を確実にすることができる。したがって、ヘテロ二量体の産生をもたらすアミノ酸変異は、「ヘテロ二量体化変異」と呼ばれる。後述するように、ヘテロ二量体化変異は、ヘテロ二量体からのホモ二量体の精製を可能にする立体変異(例えば、後述の「ノブアンドホール」または「スキュー」変異および「電荷対」変異)ならびに「pI変異」を含み得る。その全体が参照により本明細書に組み込まれ、具体的には以下で「ヘテロ二量体化変異」の議論について本明細書に援用されるように、ヘテロ二量体化の有用な機構には「ノブアンドホール」(「KIH」、本明細書においてしばしば「スキュー」変異として(WO2014/145806中の議論を参照)、「WO2014/145806に記載されているような「静電ステアリング」または「電荷対」、WO2014/145806に記載されるようなpI変異、およびWO2014/145806および以下に概説されているような一般的なさらなるFc変異が含まれる。
本発明において、ヘテロ二量体抗体の精製を容易にすることができるいくつかの基本的な機構が存在し、その1つは、各単量体が異なるpIを有することによって、A−A、A−BおよびB−B二量体タンパク質の等電点精製が可能になるpI変異の使用に依存する。代替的に、いくつかのフォーマットはまた、サイズに基づいて分離することも可能にする。以下にさらに概説するように、ホモ二量体よりもヘテロ二量体の形成を「スキュー」することも可能である。したがって、立体的ヘテロ二量体化変異とpIまたは電荷対変異の組み合わせは、本発明において特に使用される。
一般に、本発明において特に使用される実施形態は、2つの単量体間のpI差を増加させる、pI変異と組み合わせた、ホモ二量体形成に対するヘテロ二量体形成を促進するスキュー変異を含む変異のセットに依存する。
さらに、以下により完全に概説されるように、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質のフォーマットに応じて、pI変異は単量体の定常および/またはFcドメイン内に含まれるか、またはドメインリンカーが使用され得るかのいずれかであってもよい。すなわち、本発明は、一方または両方の単量体上にあるpI変異体、および/または荷電ドメインリンカーも提供する。さらに、代替の機能性のためのさらなるアミノ酸操作もまた、Fc、FcRn、およびKO変異などのpI変化を付与し得る。
ヘテロ二量体タンパク質の精製を可能にするための分離機構としてpIを利用する本発明においては、アミノ酸変異を一方または両方の単量体のポリペプチドに導入することができ、すなわち、単量体の一方(本明細書では簡単のために「単量体A」と呼ぶ)のpIを単量体Bと異なるように操作でき、または、単量体AとBの両方の変化を、単量体AのpIを増加させ、単量体BのpIを減少させるように改変できる。論じられるように、いずれかまたは両方の単量体のpI変化は、荷電残基を除去または付加することによって(例えば中性アミノ酸を正または負に荷電したアミノ酸残基で置換する、例えばグリシンからグルタミン酸)、正または負から反対の電荷への荷電残基の変更によって(例えばアスパラギン酸からリジンへ)、または荷電残基の中性残基への変更によって(例えば電荷の消失、リジンからセリン)、実施することができる。いくつかのこれらの変異を図に示す。
したがって、本発明のこの実施形態は、ヘテロ二量体をホモ二量体から分離することができるように、少なくとも1つの単量体に十分なpIの変化を生じさせることを提供する。当業者には理解されるように、そして以下にさらに論じるように、これは、「野生型」重鎖定常領域およびそのpI(wtA−+BまたはwtA−−B)を増加または減少させるように操作された変異領域を使用することによって、または一方の領域を増加して他方の領域を減少させることによって(A+−B−またはA−B+)、実施できる。
したがって、一般に、本発明のいくつかの実施形態の構成要素は、二量体タンパク質の単量体の両方ではないにしても少なくとも1つの等電点(pI)を、アミノ酸置換(「pI変異」または「pI置換」)を単量体の一方または両方に組み込むことによって変化させることを目的とする定常領域におけるアミノ酸変異である。本明細書中に示されるように、2つのホモ二量体からのヘテロ二量体の分離は、2つの単量体のpIが0.1pH単位とわずかに異なる場合に達成でき、0.2、0.3、0.4、および0.5以上異なるものが全て本発明において使用される。
当業者には理解されるように、良好な分離を得るために各単量体または両方の単量体に含まれるべきpI変異の数は、構成要素の出発pIに部分的に依存するであろう。当該技術分野において知られているように、異なるFcは、本発明において利用される異なる出発pIを有するであろう。概して、本明細書に概説されるように、pIは、少なくとも約0.1logの各単量体の総pIの差異を生じるように操作され、本明細書に概説されるように0.2〜0.5が好ましい。
当業者には理解されるように、良好な分離を得るために各単量体または両方の単量体に含まれるべきpI変異の数は、構成要素の出発pIに部分的に依存するであろう。すなわち、どの単量体を操作するか、またはどの「方向」(例えば、より陽性またはより陰性)かを決定するために、Fcドメインの配列、およびいくつかの場合において、Fcドメインに連結するタンパク質ドメインが計算され、そしてそこから決定がなされる。当該技術分野において知られているように、異なるFcドメインおよび/またはタンパク質ドメインは、本発明において利用される異なる出発pIを有するであろう。概して、本明細書に概説されるように、pIは、少なくとも約0.1logの各単量体の総pIの差異を生じるように操作され、本明細書に概説されるように0.2〜0.5が好ましい。
さらに、当業者には理解され、本明細書に概説されるように、いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体はサイズに基づいてホモ二量体から分離することができる。図に示すように、例えば、フォーマットのいくつかは、サイズに基づいてヘテロ二量体およびホモ二量体の分離を可能にする。
Fcドメインの定常領域を使用することによって、pI変異を使用してヘテロ二量体化を達成する場合、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質を設計および精製するためのよりモジュール方式のアプローチが提供される。したがって、いくつかの実施形態において、ヘテロ二量体化変異(スキューおよび精製ヘテロ二量体化変異を含む)を操作しなければならない。さらに、いくつかの実施形態において、pI変異から生じる免疫原性の可能性は、顕著な免疫原性を導入することなくpIが変化するように、異なるIgGアイソタイプからのpI変異を移入することによって顕著に低下する。したがって、解決されるべきさらなる問題は、高いヒト配列含有量を有する低pIの定常ドメインの解明、例えば、任意の特定の位置における非ヒト残基の最小化または回避である。
このpI操作で起こり得る副次的な利益はまた、血清半減期の延長およびFcRn連結の増加である。すなわち、USSN13/194,904(その全体が参照により本明細書に組み込まれる)に記載されているように、抗体定常ドメイン(抗体およびFc融合体に見られるものを含む)のpIを低下させるとインビボでより長い血清保持をもたらし得る。血清半減期を延長するためのこれらのpI変異はまた、精製のためのpI変化を促進する。
さらに、ヘテロ二量体化変異のpI変異は、ホモ二量体が存在するときを排除、最小化、および区別する能力が顕著であるので、Fc融合タンパク質の分析および品質管理プロセスにさらなる利益を与える。同様に、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質産生の再現性を確実に試験する能力は重要である。
A.ヘテロ二量体化変異
本発明は、ヘテロ二量体形成および/またはホモ二量体からの精製を可能にするためにヘテロ二量体化変異を利用する、様々なフォーマットのヘテロ二量体Fc融合タンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質を提供する。ヘテロ二量体融合コンストラクトは、2つのFcドメイン、例えば、「二量体」に組み立てられる2つの「単量体」の自己集合の性質に基づく。
ヘテロ二量体化スキュー変異のセットのいくつかの適切な対がある。これらの変異は、「セット」の「対」になる。すなわち、一方のセットの対が第1の単量体に組み込まれ、他のセットの対が第2の単量体に組み込まれる。注目すべきは、これらのセットは、一方の単量体上の残基と他方の単量体上の残基との間で一対一の対応関係を有する「ノブインホール」変異として必ずしも振舞わないことであり、すなわち、これらのセットの対は、ヘテロ二量体形成を促進し、ホモ二量体形成を妨げる2つの単量体間の界面を形成し、生物学的条件下で自発的に形成するヘテロ二量体の割合を予想される50%(25%ホモ二量体A/A:50%ヘテロ二量体A/B:25%ホモ二量体B/B)ではなく90%以上にする。
B.立体変異
いくつかの実施形態において、ヘテロ二量体の形成は、立体変異の付加によって促進され得る。すなわち、各重鎖中のアミノ酸を変えることによって、異なる重鎖が会合して同一のFcアミノ酸配列を有するホモ二量体を形成するよりもヘテロ二量体構造を形成する可能性が高い。適切な立体変異は、USSN15/141,350の図29に含まれており、それらの全ては、参照によりその全体が本明細書に組み込まれ、同様に図84にも含まれる。
1つの機構は、当該技術分野において一般的に「ノブアンドホール」と呼ばれ、ヘテロ二量体形成を有利にし、ホモ二量体形成を不利にする立体効果をもたらすアミノ酸操作を指し、任意選択で使用することもできる;これはしばしば、「ノブアンドホール」と呼ばれ、USSN61/596,846、Ridgway et al.,Protein Engineering9(7):617(1996)、Atwell et al.,J.Mol.Biol.1997270:26、米国特許第8,216,805号に記載されるようなものであり、それらの全ては参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。これらの図は、「ノブアンドホール」に依存するいくつかの「単量体A−単量体B」対を特定する。さらに、Merchant et al.,Nature Biotech.16:677(1998)に記載されているように、これらの「ノブアンドホール」変異は、ヘテロ二量体化に対するスキュー形成のためのジスルフィド連結と組み合わせることができる。
ヘテロ二量体の生成に使用されるさらなる機構は、参照によりその全てが本明細書に組み込まれるGunasekaran et al.,J.Biol.Chem.285(25):19637(2010)に記載されているように、しばしば「静電ステアリング」と呼ばれる。これは、本明細書において、しばしば「電荷対」と呼ばれる。この実施形態では、静電学を使用して、ヘテロ二量体化に向けて形成をスキューさせる。当業者には理解されるように、これらはまた、pI、したがって精製に影響を及ぼす可能性があり、したがって場合によってはpI変異と見なすこともできる。しかしながら、これらはヘテロ二量体化を強制するために生成され、精製手段として使用されなかったので、それらは「立体変異」として分類される。これらには、D221R/P228R/K409Rと対になったD221E/P228E/L368E(例えば、これらは「単量体の対応セット」である)、およびC220R/E224R/P228R/K409Rと対になったC220E/P228E/368Eが含まれるがこれらに限定されない。
さらなる単量体Aおよび単量体Bの変異は、本明細書に概説されるpI変異または参照によりそれらの全てが本明細書に明示的に組み込まれるUS2012/0149876の図37に示される他の立体変異などの他の変異と、任意の量で任意選択で独立して組み合わせることができる。
いくつかの実施形態において、本明細書に概説される立体変異は、任意選択で独立していずれかのpI変異(またはFc変異、FcRn変異などの他の変異)を一方または両方の単量体に組み込むことができ、独立して任意選択で本発明のタンパク質に含めるかまたは除外することができる。
適切なスキューバリアントの一覧は図84に示す。多くの実施形態において特に有用であるのは、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、およびT366S/L368A/Y407V:T366W(任意選択で架橋ジスルフィドT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cを含む)を含むがこれらに限定されないセットの対である。命名法に関して、対「S364K/E357Q:L368D/K370S」は、一方の単量体が二重変異セットS364K/E357Qを有し、他方が二重変異セットL368D/K370Sを有することを意味し、上述のように、これらの対の「撚り度」は出発pIに依存する。
C.ヘテロ二量体のpI(等電点)変異
一般に、当業者には理解されるように、pI変異には2つの一般的なカテゴリーがある:タンパク質のpIを増加させるもの(塩基性変化)とタンパク質のpIを減少させるもの(酸性変化)。本明細書中に記載されるように、これらの変異の全ての組み合わせがなされ得る:一方の単量体は野生型、または野生型と顕著に異なるpIを示さない変異であり得、他方がより塩基性またはより酸性のいずれかであり得る。代替的に、各単量体は、1つがより塩基性に、1つがより酸性へと変化する。
pI変異体の好ましい組み合わせはUSSN15/141,350の図30に示されており、それらの全てはその全体が参照により本明細書に組み込まれる。本明細書に概説し、図に示すように、これらの変化はIgG1と比較して示されているが、全てのアイソタイプをこのように変更することができ、アイソタイプハイブリッドも同様である。重鎖定常ドメインがIgG2〜4に由来する場合、R133EおよびR133Qもまた使用され得る。
一実施形態では、Fc単量体の1つがCH1ドメインを含む場合、pI変異の好ましい組み合わせは、208D/295E/384D/418E/421D変異(ヒトIgG1と比較するときN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D)を含む1つの単量体を有する。いくつかの場合では、第2の単量体は、(GKPGS)を含む、正に荷電したドメインリンカーを含む。いくつかの場合では、第1の単量体は208位を含むCH1ドメインを含む。したがって、CH1ドメインを含まないコンストラクト(例えば、ドメインの1つにCH1ドメインを利用しないヘテロ二量体Fc融合タンパク質の場合)において、好ましい負のpI変異Fcセットは、295E/384D/418E/421D変異(ヒトIgG1と比較するときQ295E/N384D/Q418E/N421D)を含む。
いくつかの実施形態では、変異は、位置221、222、223、224、225、233、234、235、および236を含む、Fcドメインのヒンジドメインでなされる。233〜236における変化は、IgG2骨格における(327Aと共に)エフェクター機能を増加させるためになされ得ることに留意されたい。したがって、pI変異、特に置換は、本発明で使用されている1、2、3、4または5個の変異によって位置221〜225の1つ以上で行うことができる。同様に、全ての可能な組み合わせが、単独で、または他のドメイン中の他のpI変異と共に企図されている。
ヒンジドメインのpIを低下させるのに使用される具体的な置換としては、221位の欠失、222位の非天然バリンまたはトレオニン、223位の欠失、224位の非天然グルタミン酸、225位の欠失、235位の欠失、および236位の欠失または非天然アラニンが含まれるがこれらに限定されない。いくつかの場合では、ヒンジドメインにおいてはpI置換のみが行われ、他の場合では、これらの置換は他のドメイン内の他のpI変異に任意の組み合わせで加えられる。
いくつかの実施形態では、位置274、296、300、309、320、322、326、327、334、および339を含む変異をCH2領域内に生じさせることができる。同様に、これら10個の位置の全ての可能な組み合わせを作ることができ、例えば、pI抗体は、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10個のCH2のpI置換を有していてもよい。
CH2ドメインのpIを低下させるのに使用される具体的な置換としては、274位の非天然グルタミンまたはグルタミン酸、296位の非天然フェニルアラニン、300位の非天然フェニルアラニン、309位の非天然バリン、320位の非天然グルタミン酸、322位の非天然グルタミン酸、326位の非天然グルタミン酸、327位の非天然グリシン、334位の天然グルタミン酸、339位の非天然トレオニン、およびCH2内および他のドメインとの全ての可能な組み合わせが含まれるがこれらに限定されない。
この実施形態では、変異は位置355、359、362、384、389、392、397、418、419、444および447から独立してかつ任意選択で選択され得る。CH3ドメインのpIを低下させるのに使用される具体的な置換としては、355位の非天然グルタミンまたはグルタミン酸、384位の非天然セリン、392位の非天然アスパラギンまたはグルタミン酸、397位の非天然メチオニン、419位の非天然グルタミン酸、359位の非天然グルタミン酸、362位の非天然グルタミン酸、389位の非天然グルタミン酸、418位の非天然グルタミン酸、444位の非天然グルタミン酸、および447位の欠失または非天然アスパラギン酸が含まれるがこれらに限定されない。
D.アイソタイプ変異
さらに、本発明の多くの実施形態は、あるIgGアイソタイプから別のIgGアイソタイプへの特定の位置でのpIアミノ酸の「移入」に依存し、したがって、変異体に望ましくない免疫原性が導入される可能性を低減または排除する。これらのいくつかは、参照により本明細書に組み込まれている、米国特許出願公開第2014/0370013号の図21に示されている。すなわち、IgG1は、高いエフェクター機能を含む様々な理由から治療用抗体の一般的なアイソタイプである。しかしながら、IgG1の重鎖定常領域は、IgG2のそれよりも高いpIを有する(8.10対7.31)。特定の位置でIgG2残基をIgG1骨格に導入することによって、得られる単量体のpIは低下(または上昇)し、さらにより長い血清半減期を示す。例えば、IgG1は137位にグリシン(pI5.97)を有し、IgG2はグルタミン酸(pI3.22)を有し、グルタミン酸を移入すると、得られるタンパク質のpIに影響を与える。以下に記載されるように、変異型Fc融合タンパク質のpIに顕著な影響を与えるためには、一般にいくつかのアミノ酸置換が必要とされる。しかしながら、IgG2分子中の変化でさえも血清半減期の増加を可能にすることが以下に論じられるように留意されるべきである。
他の実施形態では、得られるタンパク質の全体的な荷電状態を低下させるため(例えば、より高いpIアミノ酸からより低いpIアミノ酸へと変化させることによる)、または以下でより詳細に説明するように、安定性などのための構造調整を可能にするため、非アイソタイプのアミノ酸変化をなす。
さらに、重鎖定常ドメインと軽鎖定常ドメインの両方をpI操作することによって、ヘテロ二量体の各単量体における顕著な変化を見ることができる。本明細書で論じるように、2つの単量体のpIが少なくとも0.5だけ異なることは、イオン交換クロマトグラフィーもしくは等電点電気泳動、または等電点に感受性の他の方法による分離を可能にし得る。
E.pIの計算
各単量体のpIは、変異型重鎖定常ドメインのpIならびに変異型重鎖定常ドメインおよび融合パートナーを含む単量体全体のpIに依存し得る。したがって、いくつかの実施形態において、pIの変化は、米国特許出願公開第2014/0370013号の図19のチャートを用いて、変異型重鎖定常ドメインに基づいて計算される。本明細書で論じるように、どの単量体を操作するかは、一般に、各単量体の固有のpIによって決定される。
F.pI変異もまたインビボ結合により良好なFcRnを付与する。
pI変異が単量体のpIを減少させる場合、それらはインビボでの血清保持を改善するというさらなる利点を有することができる。
まだ検討中ではあるが、エンドソーム内のpH6でFcRnに結合するとFcが隔離されるため、Fc領域はインビボでより長い半減期を有すると考えられている(Ghetie and Ward,1997 Immunol Today.18(12):592−598、全体が参照により組み込まれる)。次いでエンドソーム区画はFcを細胞表面にリサイクルする。区画が細胞外空間に開くと、約7.4のより高いpHが、血中へのFcの放出を誘導する。マウスにおいて、Dall’Acquaらは、pH6およびpH7.4でのFcRn結合が増加したFc変異は実際に低下した血清濃度および野生型Fcと同一の半減期を有することを示した(Dall’ Acqua et al.2002,J.Immunol.169:5171−5180、参照によりその全体が組み込まれる)。pH7.4でのFcRnに対するFcの親和性の増加は、血中へのFcの放出を妨げると考えられる。したがって、インビボでのFcの半減期を増加させるFc変異は、理想的には、より高いpHでのFcの放出をなお可能にしながら、より低いpHでのFcRn連結を増加させる。アミノ酸ヒスチジンは、6.0〜7.4のpH範囲でその荷電状態を変化させる。それ故、Fc/FcRn複合体中の重要な位置にHis残基を見出すことは驚くべきことではない。
G.追加の機能性のための追加のFc変異
pIアミノ酸変異に加えて、1つ以上のFcγR受容体への連結の改変、FcRn受容体への連結の改変等を含むがこれらに限定されない、様々な理由で実施することができるいくつかの有用なFcアミノ酸修飾が存在する。
したがって、本発明のタンパク質は、pI変異および立体変異を含む、本明細書に概説したヘテロ二量体化変異を含むアミノ酸修飾を含むことができる。各組の変異は独立してそして任意選択で特定のヘテロ二量体タンパク質に含み得るかまたはそれから除外し得る。
H.FcγR変異
FcγR受容体のうちの1つ以上への連結を改変するために実施され得るいくつかの有用なFc置換が存在する。結合の増加ならびに結合の減少をもたらす置換が有用であり得る。例えば、FcγRIIIaへの連結の増加は、一般に、ADCC(抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性、すなわち、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の連結抗体を認識し、その後、標的細胞の溶解を引き起こす細胞媒介性反応)の増加をもたらすことが知られている。同様に、いくつかの状況下では、FcγRIIb(抑制性受容体)への結合の減少も有益であり得る。本発明で有用なアミノ酸置換には、USSN11/124,620(特に図41)、USSN11/174,287、USSN11/396,495、USSN11/538,406に列挙されるものが含まれ、それらの全ては、それらの全体が、具体的にはその中に開示される変異が参照により、明示的に本明細書に組み込まれる。使用される特定の変異には、236A、239D、239E、332E、332D、239D/332E、267D、267E、328F、267E/328F、236A/332E、239D/332E/330Y、239D、332E/330L、243A、243L、264A、264V、および299Tが含まれるがこれらに限定されない。
さらに、FcγRIIcに対する親和性を増加させるアミノ酸置換もまた、本明細書に概説されるFcドメイン変異に含まれ得る。例えば、USSN11/124,620およびUSSN14/578,305に記載されている置換は有用である。
さらに、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるUSSN12/341,769に具体的に開示されているように、434S、434A、428L、308F、259I、428L/434S、259I/308F、436I/428L、436IまたはV/434S、436V/428L、および259I/308F/428Lを含むがこれらに限定されない、FcRn受容体への結合の増加および血清半減期の増加に使用される追加のFc置換が存在する。
I.除去変異
同様に、機能的変異の別のカテゴリーは「FcγR除去変異」または「Fcノックアウト(FcKOまたはKO)変異である。これらの実施形態では、いくつかの治療用途のために、さらなる作用機序を回避するために、1つ以上または全てのFcγ受容体(例えば、FcγR1、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIIaなど)へのFcドメインの正常な結合を低減または除去することが望ましい。これは、例えば、多くの実施形態において、特に、Fcドメインのうちの1つが1つ以上のFcγ受容体除去変異を含むように、FCγRIIIa連結を除去してADCC活性を除去または顕著に減少させることが望ましい二重特異性免疫調節抗体の使用においてである。これらの除去変異は、それらの全ては参照によりその全体が本明細書に組み込まれるUSSN15/141,350の図31に示されており、EUインデックスに従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択される除去変異を用いる好ましい態様で、各々が独立して任意選択で含まれるか除外することができる。本明細書で言及される除去変異は、FcγR連結を除去するが、一般にはFcRn連結を除去しないことに留意されたい。
J.ヘテロ二量体とFc変異の組み合わせ
当業者には理解されるように、列挙されたヘテロ二量体化変異(スキューおよび/またはpI変異を含む)は全て、それらの「撚り度」または「単量体分配」を保持する限り任意の方法で任意選択で独立して組み合わせることができる。さらに、これらの変異は全て、ヘテロ二量体化フォーマットのいずれにも組み合わせることができる。
pI変異の場合、特に使用される実施形態が図面に示されているが、精製を促進するために2つの単量体間のpIの差異を変えるという基本的な規則に従って、他の組み合わせを生成できる。
さらに、ヘテロ二量体化変異、スキュー、およびpIのいずれも、本明細書で一般的に概説されるように、Fc除去変異、Fc変異、FcRn変異と独立して任意選択で組み合わせることができる。
さらに、単量体Fcドメインは、C220S/S267K/L368D/K370SまたはC220S/S267K/S364K/E357Qを含む一組のアミノ酸置換を含み得る。
さらに、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、スキュー変異(例えば、USSN15/141,350号の図1A〜1Cに示されるアミノ酸置換の組、それらの全ては参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)を含むことができ、特に有用なスキュー変異は、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、T366S/L368A/Y407V:T366WおよびT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意選択で除去変異、任意選択で荷電したドメインリンカーを含むことができ、重鎖はpI変異を含む。
いくつかの実施形態において、Fcドメインは、236R、239D、239E、243L、M252Y、V259I、267D、267E、298A、V308F、328F、328R、330L、332D、332E、M428L、N434A、N434S、236R/328R、239D/332E、M428L、236R/328F、V259I/V308F、267E/328F、M428L/N434S、Y436I/M428L、Y436V/M428L、Y436I/N434S、Y436V/N434S、239D/332E/330L、M252Y/S254T/T256E、V259I/V308F/M428L、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、G236R/L328R、およびPVA/S267Kからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。いくつかの場合では、Fcドメインはアミノ酸置換239D/332Eを含む。他の場合において、Fcドメインはアミノ酸置換G236R/L328RまたはPVA/S267Kを含む。
一実施形態では、本発明で使用されるスキューおよびpI変異の特定の組み合わせは、T366S/L368A/Y407V:T366W(任意選択で、架橋ジスルフィドT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cを含む)であり、一方の単量体がQ295E/N384D/Q418E/N481Dを含み他方が正に荷電したドメインリンカーである。当該技術分野において理解されるように、「ノブインホール」変異はpIを変化させず、したがってどちらの単量体にも使用することができる。
III.IL−15およびIL15Rαタンパク質ドメイン
本発明は、IL−15およびIL−15Rαタンパク質を含むヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供する。図に示すように、IL−15複合体はいくつかの形態をとることができる。上述のように、IL−15タンパク質それ自体は、IL−15Rαタンパク質と複合体を形成するときよりも安定性が低い。当該技術分野において既知であるように、IL−15Rαタンパク質は「sushiドメイン」を含み、これはIL−15結合活性を保持する受容体の最も短い領域である。したがって、全IL−15Rαタンパク質を含むヘテロ二量体融合タンパク質を作製することができるが、本明細書における好ましい実施形態は、sushiドメインのみを使用する複合体を含み、その配列を図に示す。
したがって、IL−15複合体は一般に、IL−15タンパク質およびIL IL−15Rαのsushiドメイン(全長配列が使用されるという別段の記載がない限り、「IL−15Rα」、「IL−15Rα(sushi)」および「sushi」は全体を通じて交換可能に使用される)を含む。この複合体は3つの異なるフォーマットで使用できる。図9Aに示されるように、IL−15タンパク質およびIL−15Rα(sushi)は、共有結合的に付着しているのではなく、むしろ通常のリガンド−リガンド相互作用によって自己集合している。本明細書でより十分に説明されるように、Fcドメインに共有結合的に連結されるのはIL−15ドメインまたはsushiドメインのいずれかであり得る(一般に任意選択のドメインリンカーを使用する)。代替的に、それらは、概して図9B、9E、9Gに示されるように、ドメインリンカーを用いて共有結合することができる。図9Bは、sushiドメインをN末端ドメインとして示すが、これは逆にすることもできる。最後に、IL−15ドメインまたはsushiドメインの各々は、システインアミノ酸を含むよう操作でき、同様に、概して図39A〜39Dに示されるように、Fcドメインに(任意選択のドメインリンカーを用いて)共有結合的に付着しているIL−15ドメインまたはsushiドメインのいずれかと共に複合体を形成するようにできる。
いくつかの実施形態において、ヒトIL−15タンパク質は、NCBI基準配列番号NP_000576.1または配列番号1。いくつかの場合では、ヒトIL−15のコード配列は、NCBI基準配列番号No.NM_000585に示される。本明細書に概説されるFc融合ヘテロ二量体タンパク質の例示的なIL−15タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列または配列番号1のアミノ酸49〜162を有し得る。いくつかの態様において、IL−15タンパク質は、配列番号2に対して少なくとも90%、例えば90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、またはそれ以上の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、IL−15タンパク質は、配列番号2に記載のアミノ酸配列およびアミノ酸置換N72Dを有する。他の実施形態では、IL−15タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列ならびにC42S、L45C、Q48C、V49C、L52C、E53C、E87C、およびE89Cからなる群から選択される1つ以上のアミノ酸置換を有する。場合により、IL−15タンパク質はまたN72D置換を有する。Fc融合タンパク質のIL−15タンパク質は、1、2、3、4、5、6、7、8、または9個のアミノ酸置換を有することができる。
アミノ酸置換は、IL−15:IL−2βおよびIL−15:共通ガンマ鎖の界面での等価置換であり得る。いくつかの実施形態において、ヒトIL−15タンパク質は、N1D、N4D、D8N、D30N、D61N、E64Q、N65D、およびQ108Eからなる群から選択される1つ以上のアミノ酸置換を有する。いくつかの場合では、IL−15タンパク質はアミノ酸置換Q108Eを有する。いくつかの場合では、IL−15タンパク質は、1、2、3、4、5、6、7、8、またはそれ以上のアミノ酸置換を有する。IL−15タンパク質は、N1D、N4D、D8N、D30N、D61N、E64Q、N65D、またはQ108E置換を有することができる。いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、N1D/D61N、N1D/E64Q、N4D/D61N、N4D/E64Q、D8N/D61N、D8N/E64Q、D61N/E64Q、E64Q/Q108E、N1D/N4D/D8N、D61N/E64Q/N65D、N1D/D61N/E64Q、N1D/D61N/E64Q/Q108E、またはN4D/D61N/E64Q/Q108Eを含み得る。いくつかの場合では、IL−15タンパク質はアミノ酸置換D30N/E64Q/N65Dを有する。
いくつかの実施形態において、ヒトIL−15受容体α(IL−15Rα)タンパク質は、NCBI基準配列番号NP_002180.1または配列番号3に示されるアミノ酸配列を有する。いくつかの場合では、ヒトIL−15Rαのコード配列は、NCBI基準配列番号NM_002189.3に示される。本明細書に概説されるFc融合ヘテロ二量体タンパク質の例示的なIL−15Rαタンパク質は、配列番号3のsushiドメイン(例えば、配列番号3のアミノ酸31〜95)、換言すると配列番号4のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなることができる。いくつかの実施形態において、IL−15Rαタンパク質は、配列番号4のアミノ酸配列ならびにD96、P97、A98、D96/P97、D96/C97、D96/P97/A98、D96/P97/C98、およびD96/C97/A98からなる群から選択されるアミノ酸挿入を有し、ここで、アミノ酸位置は全長ヒトIL−15Rαタンパク質または配列番号3に対するものである。例えば、D(例えばAsp)、P(例えばPro)、A(例えばAla)、DP(例えばAsp−Pro)、DC(例えばAsp−Cys)、DPA(例えば、Asp−Pro−Ala)、DPC(例えば、Asp−Pro−Cys)、またはDCA(例えば、Asp−Cys−Ala)のようなアミノ酸は、配列番号4のIL−15Rαタンパク質のC末端に付加され得る。いくつかの実施形態では、IL−15Rαタンパク質は、配列番号4のアミノ酸配列ならびにK34C、A37C、G38C、S40C、およびL42Cからなる群から選択される1つ以上のアミノ酸置換を有し、ここでアミノ酸位置は配列番号4に対するものである。IL−15Rαタンパク質は、1、2、3、4、5、6、7、8、またはそれ以上のアミノ酸変異(例えば、置換、挿入および/または欠失)を有することができる。
IV.ドメインリンカー
いくつかの実施形態において、IL−15タンパク質およびIL−15Rαタンパク質はリンカーを介して共に結合している。場合により、タンパク質はリンカーを介して結合していない。他の実施形態において、IL−15タンパク質およびIL−15Rαタンパク質は非共有結合的に付着している。いくつかの実施形態において、IL−15タンパク質はリンカーを介してFcドメインに結合している。いくつかの実施形態において、IL−15タンパク質は、例えばリンカーを有さずに直接Fcドメインに結合している。他の実施形態では、IL−15Rαタンパク質はリンカーを介してFcドメインに結合している。他の実施形態では、IL−15Rαタンパク質は直接Fcドメインに結合している。いくつかの場合には、リンカーは、IL−15タンパク質またはIL−15Rαタンパク質をFcドメインに結合するためには使用されない。
いくつかの実施形態では、リンカーは、本明細書に概説される任意の2つのドメインを共に連結するために使用される「ドメインリンカー」である。任意の適切なリンカーを使用することができるが、多くの実施形態は、例えば、nが少なくとも0(および一般に0〜1〜2〜3〜4〜5)である、(GS)n、(GSGGS)n、(GGGGS)n、および(GGGS)nを含むグリシン−セリンポリマー、ならびに各ドメインがその生物学的機能を保持できるように十分な長さおよび柔軟性を有する2つのドメインの組換え結合を可能にする任意のペプチド配列を利用する。ある場合には、有用なリンカーは(GGGGS)または(GGGGS)または(GGGGS)を含む。いくつかの場合において、以下に概説するように「撚り度」に注意が払われて、荷電ドメインリンカーは、本明細書において論議されそして図7に示されるように使用され得る。
V.本発明の有用なフォーマット
図9A〜9Gおよび39A〜39Dに示すように、本発明の二重特異性ヘテロ二量体融合タンパク質のいくつかの有用なフォーマットが存在する。一般に、本発明のヘテロ二量体融合タンパク質は、2つの機能的構成要素:IL−15/IL−15Rα(sushi)構成要素およびFc構成要素を有し、本明細書で概説されるようにその両方は異なる形態をとることができ、その両方が任意の構成で他の構成要素と組み合わせることができる。
第1および第2のFcドメインは、EU付番に従って、a)S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、b)S364K/E357Q:L368D/K370S、c)L368D/K370S:S364K、d)L368E/K370S:S364K、e)T411T/E360E/Q362E:D401K、f)L368D/K370S:S364K/E357L、およびg)K370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有することができる。
いくつかの実施形態では、第1および/または第2のFcドメインは、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む追加の一組のアミノ酸置換を有する。
任意選択で、第1および/または第2のFcドメインは、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する。
場合により、第1および/または第2のFcドメインは、半減期延長のために428L/434S変異体を有する。
A.IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマット
この実施形態では、図9Aに示すように、ヘテロ二量体融合タンパク質は2つの単量体を含む。第1の単量体は(N末端からC末端に向けて)IL−15−任意選択のドメインリンカー−CH2−CH3を含み、ドメインリンカーはヒンジの全部または一部をしばしば含む。第2の単量体は、IL−15/Rα(sushi)−任意選択のドメインリンカー−CH2−CH3を含み、ドメインリンカーはヒンジの全部または一部をしばしば含む。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15変異Q108Eを利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15変異Q108Eおよびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15変異Q108Eおよびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、ならびに両方の単量体において428L/434S変異を利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のD30N/E64Q/N65D変異を利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のD30N/E64Q/N65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のD30N/E64Q/N65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のN65D変異を利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のN4D/N65D変異を利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN4D/N65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN4D/N65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のN1D/N65D変異を利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN1D/N65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN1D/N65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、図48A(鎖1(17693)および鎖2(15908)を含むXENP22822)、図94A(鎖1および鎖2を含むXENP23504)、図104AO(鎖1および鎖2を含むXENP24045)、図104AQ(鎖1および鎖2を含むXENP24306)、図48A(鎖1および鎖2を含むXENP22821)、図94A(鎖1および鎖2を含むXENP23343)、図104AJ(鎖1および鎖2を含むXENP23557)図104AP(鎖1および鎖2を含むXENP24113)、図104AP(鎖1および鎖2を含むXENP24051)、図104AR(鎖1および鎖2を含むXENP24341)、図104AP(鎖1および鎖2を含むXENP24052)、ならびに図104AP(鎖1および鎖2を含むXENP24301)に示される。
B.scIL−15−Rα−Fc
この実施形態では、図9Bに示すように、ヘテロ二量体融合タンパク質は2つの単量体を含む。第1の単量体は(N末端からC末端に向けて)IL−15/Rα(sushi)−ドメインリンカー−IL−15−任意選択のドメインリンカー−CH2−CH3を含み、ドメインリンカーはヒンジの全部または一部をしばしば含む。第2の単量体は、ヒンジ−CH2−CH3の全部または一部を含む、「空の」Fcを含む。これは「scIL−15/Rα−Fc」と呼ばれ、「sc」は「単鎖」(例えば、IL−15/sushi複合体)を表す。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15変異Q108Eを利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15変異Q108Eおよびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15変異Q108Eおよびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、ならびに両方の単量体において428L/434S変異を利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のD30N/E64Q/N65D変異を利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のD30N/E64Q/N65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のD30N/E64Q/N65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のN65D変異を利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のN4D/N65D変異を利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN4D/N65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN4D/N65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のN1D/N65D変異を利用する。
scIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN1D/N65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
IL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN1D/N65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
C.ncIL−15/Rα−Fc
この実施形態では、図9Cに示すように、ヘテロ二量体融合タンパク質は3つの単量体を含む。第1の単量体は(N末端からC末端に向けて)IL−15/Rα(sushi)−ドメインリンカー−CH2−CH3を含み、ドメインリンカーはヒンジの全部または一部をしばしば含む。第2の単量体は、ヒンジ−CH2−CH3の全部または一部を含む、「空の」Fcを含む。第3の単量体はIL−15である。これは「ncIL−15/Rα−Fc」と呼ばれ、「nc」は「非共有結合」を表す。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15変異Q108Eを利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15変異Q108Eおよびスキュー変異体S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15変異Q108Eおよびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、ならびに両方の単量体において428L/434S変異を利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のD30N/E64Q/N65D変異を利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のD30N/E64Q/N65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のD30N/E64Q/N65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のN65D変異を利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のN4D/N65D変異を利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN4D/N65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN4D/N65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のN1D/N65D変異を利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN1D/N65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN1D/N65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
ncIL−15/Rα−ヘテロFcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は図104AS(鎖1および鎖2を含むXENP24349)ならびに図104AT(鎖1および鎖2を含むXENP24383)に示される。
D.二価ncIL−15/Rα−Fc
この実施形態では、図9Dに示すように、ヘテロ二量体融合タンパク質は4つの単量体を含む。第1および第2の単量体は、(N末端からC末端に向けて)IL−15/Rα(sushi)−ドメインリンカー−CH2−CH3を含み、ドメインリンカーはヒンジの全部または一部をしばしば含む。第3および第4の単量体はIL−15を含む。これは「二価ncIL−15/Rα−Fc」と呼ばれ、「nc」は「非共有結合」を表す。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15変異Q108Eを利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15変異Q108Eおよびスキュー変異体S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15変異Q108Eおよびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、ならびに両方の単量体において428L/434S変異を利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のD30N/E64Q/N65D変異を利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のD30N/E64Q/N65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のD30N/E64Q/N65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のN65D変異を利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のN4D/N65D変異を利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN4D/N65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN4D/N65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットでは、好ましい実施形態はIL−15のN1D/N65D変異を利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN1D/N65D変異およびスキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は、IL−15のN1D/N65D変異、スキュー変異対S364K/E357Q:L368D/K370S、および各々のFc単量体において428L/434S変異を利用する。
二価ncIL−15/Rα−Fcフォーマットにおいて、好ましい実施形態は図104AR(鎖1および鎖2を含むXENP24342)ならびに(鎖1および鎖2を含むXENP24346)に示される。
VI.本発明の有用な実施形態
当業者によって理解および以下でより完全に説明するように、一般的に図9A〜9Gおよび図39A〜39Dに示されているように、本発明のヘテロ二量体融合タンパク質は、多種多様な構成をとることができる。例示的な融合タンパク質のアミノ酸配列は、8A〜8E、10、11、12A、12B、13〜15、40A、40B、41A、41B、42、43、48A〜48D、49A〜49C、50A、50B、51、52、53、および94A〜94Dに提示される。
本明細書に概説した実施形態の多くは、一般に、第1のドメインリンカーを用いて第1のFcドメインのN末端に共有結合したIL−15タンパク質ドメインを含む第1の単量体(第1の融合タンパク質)、および第2のドメインリンカーを用いて第2のFcドメインのN末端に共有結合したIL−15Rαタンパク質ドメインを含む第2の単量体(第2の融合タンパク質)を含むフォーマットに依存する。このフォーマット(「IL−15/RαヘテロFc」および「dsIL−15/RαヘテロFc」)の例示的な実施形態には、XENP20818、XENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21475、XENP21476、XENP21477、XENP22013、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22821、XENP22822、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22821、XENP23343、XENP23554、XENP23555、XENP23557、XENP23559,XENP23561,XENP24018、XENP24019、XENP24020、XENP24051、XENP24052、XENP23504、XENP24306、XENP24306、XENP23343、XENO24113、XENP24341、およびXENP24301が含まれるがこれらに限定されない。
ヘテロ二量体Fc融合タンパク質の有用なフォーマットは、第1のFcドメインのN末端に第2のドメインリンカーを介して共有結合的に付着している第2のタンパク質ドメインのN末端に第1のドメインリンカーを介して共有結合的に付着している第1タンパク質ドメイン、および第2のFcドメイン(例えば、空のFcドメイン)を含む融合タンパク質を含む。いくつかの場合において、第1のタンパク質ドメインはIL−15Rαタンパク質ドメインであり、そして第2のタンパク質ドメインはIL−15タンパク質ドメインである。このフォーマット(「scIL−15/Rα−Fc」)の例示的実施形態は、XENP21478を含むがこれに限定されない。
本明細書に概説されるヘテロ二量体Fc融合タンパク質のさらに別の有用なものは、ドメインリンカーを介して第1のFcドメインのN末端に共有結合的に付着している第1のタンパク質ドメイン、第2のFcドメイン(例えば、空のFcドメイン)、および第1のタンパク質ドメインに非共有結合的に付着している第2のタンパク質ドメインを含む融合タンパク質を含む。いくつかの場合において、第1のタンパク質ドメインはIL−15タンパク質ドメインであり、そして第2のタンパク質ドメインはIL−15Rαタンパク質ドメインである。このフォーマット(「ncIL−15/Rα−Fc」または「dsIL−15/Rα−Fc」)の例示的実施形態には、XENP21479、XENP22357、XENP22354、XENP22355、XENP22356、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22360、XENP22361、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365、XENP22366、XENP22637、XENP24348、XENP24349、およびXENP24383が含まれるがこれらに限定されない。
本明細書に概説されるヘテロ二量体Fc融合タンパク質の別の有用なフォーマットは、第1のドメインリンカーを介して上記第1のFcドメインのN末端に共有結合的に付着している第1のタンパク質ドメインを含む第1の融合タンパク質、第2のドメインリンカーを介して上記第2のFcドメインのN末端に共有結合的に付着している第2のタンパク質ドメインを含む第2の融合タンパク質、上記第1の融合タンパク質の上記第1のタンパク質ドメインに非共有結合的に付着している第3のタンパク質ドメインおよび上記第2の融合タンパク質の上記第2のタンパク質ドメインに非共有結合的に付着している第4のタンパク質ドメインを含む。いくつかの場合において、第1および第2のタンパク質ドメインはIL−15Rαタンパク質ドメインであり、そして第3および第4のタンパク質ドメインはIL−15タンパク質ドメインである。このフォーマット(「二価ncIL−15/Rα−Fc」または「二価dsIL−15/Rα−Fc」)の例示的実施形態には、XENP21978、XENP22634、XENP24342、およびXENP24346が含まれるがこれらに限定されない。
別の有用なフォーマット(「二価scIL−15/Rα−Fc」)は、本明細書中で図14に概説されている。
本明細書に概説されるヘテロ二量体Fc融合タンパク質のさらに別の有用なフォーマットは、ドメインリンカーを用いて第1のタンパク質ドメインのN末端に共有結合的に付着している第1のFcドメイン、第2のFcドメイン(例えば、空のFcドメイン)、および上記第1のタンパク質ドメインに非共有結合的に付着している第2のタンパク質ドメインを含む融合タンパク質を含む。このフォーマット(「Fc−ncIL−15/Rα」または「Fc−dsIL−15/Rα」)の例示的な実施形態には、XENP22637およびXENP22639、ならびに図16に示すものが含まれるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態において、第1のタンパク質および第2のタンパク質はリンカーを介して結合している(図9G)。
本明細書に概説したヘテロ二量体Fc融合タンパク質のいずれについても、第1のドメインリンカーと第2のドメインリンカーは同一でも異なっていてもよい。さらに、ヘテロ二量体タンパク質の第1のFcドメインおよび第2のFcドメインは、異なるアミノ酸配列を有し得る。
本発明のFcドメインは、IgG Fcドメイン、例えばIgG1Fcドメインを含む。いくつかの実施形態において、第1および第2のFcドメインは、EU付番に従って、L368D/K370SおよびS364K、L368D/K370SおよびS364K/E357L、L368D/K370SおよびS364K/E357Q、T411E/K360E/Q362EおよびD401K、L368E/K370SおよびS364K、K370SおよびS364K/E357Q、K370SおよびS364K/E357Q、S267K/L368D/K370SおよびS267K/S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有する。いくつかの例では、本明細書に概説されるヘテロ二量体Fc融合体のフォーマットのいずれかの第1および/または第2のFcドメインは、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含むさらなるアミノ酸置換の組を有し得る。いくつかの実施形態では、第1および/または第2のFcドメインは、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327GおよびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する。
追加のヘテロ二量体化変異は、独立してそして場合により含まれ、図に概説された変異から選択され得る。これらの組成物は、除去変異、pI変異、荷電変異体、アイソタイプ変異などをさらに含み得る。
VII.本発明の核酸
本発明はさらに、本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質をコードする核酸組成物(または、単量体Fcドメインタンパク質の場合はそれらをコードする核酸)も提供する。
当業者には理解されるように、核酸組成物はヘテロ二量体タンパク質のフォーマットに依存するであろう。したがって、例えば、フォーマットが3つのアミノ酸配列を必要とするとき、3つの核酸配列を発現のために1つ以上の発現ベクターに組み込むことができる。同様に、いくつかのフォーマットは2つの核酸のみを必要とし、同様に、それらを1つまたは2つの発現ベクターに組み込むことができる。
当該技術分野において既知であるように、本発明の構成要素をコードする核酸は、当該技術分野において既知であるように、そして本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質を産生するために使用される宿主細胞に応じた発現ベクターに組み込まれ得る。一般に、核酸は任意の数の調節エレメント(プロモーター、複製起点、選択可能マーカー、リボソーム結合部位、インデューサーなど)に作動可能に連結されている。発現ベクターは、染色体外ベクターまたは組み込みベクターであり得る。
次いで、本発明の核酸および/または発現ベクターを、哺乳動物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞および/または真菌細胞を含む当該技術分野で周知の任意の数の異なる種類の宿主細胞に形質転換するが、哺乳動物細胞(例えばCHO細胞)が、多くの実施形態において使用される。
いくつかの実施形態では、各単量体をコードする核酸は、フォーマットに応じて適用可能なように、それぞれ一般に異なるまたは同じプロモーター制御下で単一の発現ベクター内に含まれる。本発明において特に使用される実施形態では、これら2つまたは3つの核酸の各々は異なる発現ベクターに含まれる。
本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、当該技術分野において周知のように、発現ベクターを含む宿主細胞を培養することによって作製される。一旦製造されると、イオン交換クロマトグラフィー工程を含む従来の融合タンパク質または抗体精製工程が実施される。本明細書で論じるように、2つの単量体のpIが少なくとも0.5だけ異なることは、イオン交換クロマトグラフィーもしくは等電点電気泳動、または等電点に感受性の他の方法による分離を可能にし得る。すなわち、各単量体の等電点(pI)が異なるpIを有し、かつヘテロ二量体も異なるpIを有するようになるように各単量体の等電点(pI)を変化させるpI置換を含むことによって、ヘテロ二量体の等電点精製(例えば、陰イオン交換カラム、陽イオン交換カラム)を促進する。これらの置換はまた、精製後の任意の混入したホモ二量体の特定およびモニタリングにも役立つ(例えば、IEFゲル、cIEF、および分析用IEXカラム)。
VIII.IL−15/IL15Rαヘテロ二量体免疫調節Fc融合タンパク質の生物学的および生化学的機能性
一般に、本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、癌を有する患者に投与され、そして有効性は、本明細書中に記載されるようないくつかの方法で評価される。このため、癌量、腫瘍のサイズ、転移の存在または程度の評価等の、有効性の標準的なアッセイを実行し得るが、免疫腫瘍学的治療もまた免疫状態評価に基づいて評価され得る。これは、インビトロアッセイおよびインビボアッセイの両方を含むいくつかの方法で行うことができる。例えば、腫瘍量、サイズ、侵襲性、LN関与、転移等といった「古典的な」測定と併せて、免疫状態(例えば、ipi治療後のICOS+CD4+T細胞の存在)の変化の評価を実施することができる。このため、以下のいずれかまたは全てを評価することができる:CD4T細胞活性化もしくは増殖、CD8T(CTL)細胞活性化もしくは増殖、CD8T細胞媒介性細胞傷害性活性および/もしくはCTL媒介性細胞枯渇、NK細胞活性およびNK媒介性細胞枯渇に対するPVRIGの抑制効果、Treg細胞分化および増殖ならびにTreg細胞もしくは骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)媒介性免疫抑制もしくは免疫耐性に対するPVRIGの増強効果、ならびに/または免疫細胞による炎症性サイトカイン産生、例えば、T細胞もしくは他の免疫細胞によるIL−2、IFN−γもしくはTNF−α産生に対するPVRIGの影響。
いくつかの実施形態では、治療の評価は、例えば、CFSE希釈法、免疫エフェクター細胞のKi67細胞内染色、およびH−チミジン取り込み法を使用して、免疫細胞増殖を評価することによって実施される。
いくつかの実施形態では、治療の評価は、CD25、CD69、CD137、ICOS、PD1、GITR、OX40、およびCD107Aの表面発現によって測定される細胞脱顆粒のうちの1つ以上を含む、遺伝子発現の増加または活性化関連マーカーの増加したタンパク質レベルを評価することによって行われる。
一般に、遺伝子発現アッセイは、当該技術分野で知られているように行われる。
一般に、タンパク質発現測定も同様に、当該技術分野で知られているように実施される。
いくつかの実施形態では、治療の評価は、酵素活性(プロテアーゼ活性を含む)、細胞膜透過性、細胞接着、ATP産生、補酵素産生、およびヌクレオチド取り込み活性等の多数の細胞パラメータを推測することを通した標的細胞生存検出によって測定される細胞傷害性活性を評価することによって行われる。これらのアッセイの具体的な例としては、トリパンブルーまたはPI染色、51Crまたは35S放出法、LDH活性、MTTおよび/またはWSTアッセイ、カルセイン−AMアッセイ、発光系アッセイ、ならびに他のものが挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、治療の評価は、サイトカイン産生によって測定されるT細胞活性を評価することによって行われ、周知の技法を使用して、IFNγ、TNFα、GM−CSF、IL2、IL6、IL4、IL5、IL10、IL13を含むがこれらに限定されないサイトカインを使用して、培養上清液中で細胞内のいずれかで測定する。
したがって、治療の評価は、以下のうちの1つ以上を評価するアッセイを使用して実施することができる:(i)免疫応答を増加させること、(ii)αβおよび/またはγδのT細胞の活性化を増加させること、(iii)細胞傷害性T細胞活性を増加させること、(iv)NKおよび/またはNKT細胞活性を増加させること、(v)αβおよび/またはγδのT細胞抑制を軽減させること、(vi)炎症誘発性サイトカイン分泌を増加させること、(vii)IL−2分泌を増加させること、(viii)インターフェロン−γ産生を増加させること、(ix)Th1応答を増加させること、(x)Th2応答を減少させること、(xi)制御性T細胞(Treg)の少なくとも1つの細胞数および/または活性を減少させるかまたは排除すること。
A.有効性を測定するためのアッセイ
いくつかの実施形態では、T細胞活性化は、当該技術分野において既知のように、混合リンパ球反応(MLR)アッセイを使用して評価される。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、異なる因子のリン酸化または脱リン酸化によって、または他の翻訳後修飾を測定することによって測定される免疫応答の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、αβおよび/またはγδ T細胞の活性化の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、例えば癌細胞のような標的細胞の直接的な殺傷によって、またはサイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、細胞傷害性T細胞活性の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、例えば癌細胞のような標的細胞の直接的な殺傷によって、またはサイトカイン分泌によって、または例えば、CD107a等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、NKおよび/またはNKT細胞活性の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、αβおよび/またはγδ T細胞抑制の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、ELISAによって、またはLuminexによって、またはMultiplexビーズ系方法によって、または細胞内染色およびFACS解析によって、またはAlispot等によって測定される炎症促進性サイトカイン分泌の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、ELISAによって、またはLuminexによって、またはMultiplexビーズ系方法によって、または細胞内染色およびFACS解析によって、またはAlispot等によって測定されるIL−2分泌の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、ELISAによって、またはLuminexによって、またはMultiplexビーズ系方法によって、または細胞内染色およびFACS解析によって、またはAlispot等によって測定されるインターフェロン−γ産生の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定されるTh1応答の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定されるTh2応答の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、フローサイトメトリーによって、またはIHCによって測定される調節T細胞(Treg)の少なくとも1つの細胞数および/または活性の増加または減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加の場合と同じである。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、フローサイトメトリーによって、またはIHCによって測定されるM2マクロファージ細胞数の増加または減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加の場合と同じである。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定されるM2マクロファージ腫瘍形成促進活性の増加または減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加の場合と同じである。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、フローサイトメトリーによって、またはIHCによって測定されるN2好中球増加の増加または減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加の場合と同じである。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定されるN2好中球腫瘍形成促進活性の増加または減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加の場合と同じである。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、T細胞活性化の抑制の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、例えば癌細胞のような標的細胞の直接的な殺傷によって、またはサイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、CTL活性化の阻害の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例として活性化マーカーの発現の変化によって測定されるαβおよび/またはγδ T細胞枯渇の増加または減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加の場合と同じである。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、αβおよび/またはγδ T細胞応答の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD45RA、CCR7等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、抗原特異的メモリー応答の刺激の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、例えばMTT、Cr放出、カルサインAM等の細胞傷害性アッセイによって、または例えばCFSE希釈もしくはヨウ化プロピジウム染色等のようなフローサイトメトリー系アッセイによって測定される、癌細胞のアポトーシスまたは溶解の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、例えばMTT、Cr放出、カルサインAM等の細胞傷害性アッセイによって、または例えばCFSE希釈もしくはヨウ化プロピジウム染色等のようなフローサイトメトリーに基づくアッセイによって測定される、癌細胞の細胞傷害性または細胞増殖抑制性の効果の刺激の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、例えばMTT、Cr放出、カルサインAM等の細胞傷害性アッセイによって、または例えばCFSE希釈もしくはヨウ化プロピジウム染色等のようなフローサイトメトリー系アッセイによって測定される、癌細胞の直接殺傷の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイ測定は、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定されるTh17活性の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、例えばMTT、Cr放出、カルサインAM等の細胞傷害性アッセイによって、または例えばCFSE希釈もしくはヨウ化プロピジウム染色等のようなフローサイトメトリー系アッセイによって測定される、補体依存性細胞傷害性および/または抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性の誘導の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、T細胞活性化は、例えば、標的細胞、例えば癌細胞の直接的な殺傷によって、またはサイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される。T細胞については、増殖、活性化の細胞表面マーカー(例えば、CD25、CD69、CD137、PD1)、細胞傷害性(標的細胞を殺傷する能力)、およびサイトカイン産生(例えば、IL−2、IL−4、IL−6、IFNγ、TNF−a、IL−10、IL−17A)の増加が、癌細胞の強化された殺傷と一致する免疫調節の指標となり得る。
一実施形態では、NK細胞活性化は、例えば、標的細胞、例えば癌細胞の直接的な殺傷によって、またはサイトカイン分泌によって、または例えばCD107a等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される。NK細胞については、増殖、細胞傷害性(標的細胞を殺傷し、CD107a、グランザイム、およびパーフォリン発現を増加させる能力)、サイトカイン産生(例えば、IFNγおよびTNF)、および細胞表面受容体発現(例えば、CD25)の増加が、癌細胞の強化された殺傷と一致する免疫調節の指標となり得る。
一実施形態では、γδ T細胞活性化は、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定される。
一実施形態では、Th1細胞活性化は、例えば、サイトカイン分泌によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定される。
活性または応答の適切な増加(または減少、上で概説したように適切なもの)は、基準試料または対照試料のいずれか、例えば、本発明の抗PVRIG抗体を含まない試験試料におけるシグナルと比べて、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、または98〜99%パーセントの増加である。同様に、参照対象または対照試料と比較して、少なくとも1倍、2倍、3倍、4倍または5倍の増加が有効性を示す。
IX.治療
一旦製造されると、本発明の組成物は、一般に本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質の結合によって、一般にT細胞活性化を促進すること(例えば、T細胞はもはや抑制されない)によって癌を治療することによって、いくつかの腫瘍学用途に使用される。
したがって、本発明のヘテロ二量体組成物はこれらの癌の治療に使用される。
A.インビボ投与のためのヘテロ二量体タンパク質組成物
本発明に従って使用される抗体の製剤は、所望の純度の抗体を任意選択の薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定化剤(Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A.Ed.[1980]に一般に概説されるような)と混合することによって、保存のために、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で調製される(Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed.[1980]に概説されるように)。許容される担体、緩衝剤、賦形剤、または安定剤は、使用される投薬量および濃度において、レシピエントに対して非毒性であり、リン酸、クエン酸、および他の有機酸などの緩衝液;アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤;防腐剤(塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム;塩化ヘキサメトニウム;塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム;フェノール、ブチル、またはベンジルアルコール;メチルまたはプロピルパラベン等のアルキルパラベン;カテコール;レゾルシノール;シクロヘキサノール;3−ペンタノール;およびm−クレゾール);低分子量(約10残基未満)ポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリン等のタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、リジン等のアミノ酸;単糖類、二糖類、およびグルコース、マンノース、またはデキストリンを含む他の炭水化物;EDTA等のキレート剤;スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトール等の糖類;ナトリウム等の塩形成対イオン;金属錯体(例えば、Zn−タンパク質錯体);および/またはTWEEN(商標)、PLURONICS(商標)またはポリエチレングリコール(PEG)等の非イオン性界面活性剤を含む。
B.投与様式
本発明のヘテロ二量体タンパク質および化学療法剤は、ボーラスとしての静脈内投与またはある期間にわたる持続注入などの既知の方法に従って対象に投与される。
C.治療法
本発明の方法において、治療は、疾患または病状に関して肯定的な治療応答を提供するために使用される。「肯定的な治療応答」は、疾患もしくは病状の改善、および/または疾患または病状に関連する症状の改善を意図する。例えば、肯定的な治療応答は、疾患における以下の改善のうちの1つ以上を指し得る:(1)腫瘍細胞の数の減少、(2)腫瘍細胞死の増加、(3)腫瘍細胞の生存の阻害、(5)腫瘍増殖の阻害(すなわち、ある程度の減速、好ましくは停止)、(6)患者生存率の増加、および(7)疾患または病状に関連する1つ以上の症状からのいくらかの解放。
任意の所与の疾患または病状における肯定的な治療応答は、その疾患または病状に特有の標準化された応答基準によって決定され得る。腫瘍応答は、磁気共鳴画像(MRI)スキャン、X線撮影、コンピューター断層撮影(CT)スキャン、骨スキャン撮影、内視鏡検査、ならびに骨髄穿刺(BMA)および循環中の腫瘍細胞の計数を含む腫瘍生検サンプリングなどのスクリーニング技法を使用して、腫瘍形態(すなわち、全身腫瘍組織量、腫瘍サイズなど)の変化について評価され得る。
これらの肯定的な治療応答に加えて、治療を受けている対象は、疾患に関連する症状の改善の有益な効果を経験し得る。
本発明に従う治療には、使用される医薬品の「治療有効量」が含まれる。「治療有効量」は、所望の治療結果を達成するために、必要な投薬量および期間で有効な量をいう。
治療有効量は、個体の疾患状態、年齢、性別、および体重、ならびに個体において所望の応答を誘発する薬剤の能力などの因子によって異なり得る。治療有効量はまた、抗体または抗体部分のいずれの毒性または有害な効果よりも治療上有益な効果が勝る量である。
腫瘍療法のための「治療有効量」は、疾患の進行を安定化する能力によっても測定することができる。癌を阻害する化合物の能力は、ヒト腫瘍における有効性を予測する動物モデル系において評価してもよい。
あるいは、組成物のこの特性は、当業者に知られているインビトロアッセイによって、化合物が細胞増殖を阻害するか、またはアポトーシスを誘導する能力を検査することによって評価してもよい。治療有効量の治療用化合物は、腫瘍サイズを減少させるか、さもなければ対象の症状を軽減し得る。当業者であれば、対象のサイズ、対象の症状の重症度、および選択される特定の組成物または投与経路などの因子に基づいて、そのような量を決定することができるであろう。
投薬レジメンは、最適な所望の応答(例えば、治療応答)を提供するように調節される。例えば、単回のボーラスを投与してもよく、いくつかの分割用量を経時的に投与してもよく、または治療状況の緊急性によって示されるように用量を比例して減少または増加させてもよい。非経口組成物は、投与の容易性および投薬量の均一性のために、単位剤形で処方され得る。本明細書で使用される単位剤形は、治療される対象のための単一投薬量として好適な物理的に別個の単位を指し、各単位は、必要とされる薬学的担体に関連して所望の治療効果を生じるように計算された所定量の活性化合物を含有する。
本発明の単位剤形形態の仕様は、(a)活性化合物の固有の特徴および達成すべき特定の治療効果、ならびに(b)個体における感受性の治療に対してそのような活性化合物を調合する分野に付いて回る制限に影響され、またそれらに直接的に依存する。
本発明で使用される二重特異性抗体の効率的な投薬量および投薬レジメンは、治療される疾患または病状に依存し、当業者によって決定され得る。
本発明で使用される二重特異性抗体の治療有効量の例示的かつ非限定的な範囲は、約0.1〜100mg/kgである。
全ての引用文献は、本明細書にそれらの全体が参照により明示的に組み込まれる。
本発明の特定の実施形態を例示の目的で上述のように説明してきたが、添付の特許請求の範囲に記載の本発明から逸脱することなく詳細の多数の変形をなし得ることが当業者には理解されよう。
本発明を説明するために実施例を以下に提供する。これらの実施例は、本発明を任意の特定の用途または動作理論に限定することを意味するものではない。本発明で論じられる全ての定常領域位置について、付番は、Kabat(Kabat et al.,1991,Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed., United States Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda、参照により全体が組み込まれる)と同様のEUインデックスに従う。抗体の技術分野の当業者は、この規則が免疫グロブリン配列の特定の領域における非連続的な付番からなり、免疫グロブリンファミリーにおける保存された位置への標準的な基準を可能にすることを理解するであろう。したがって、EUインデックスによって定義されるような任意の所与の免疫グロブリンの位置は必ずしもその連続配列に対応しない。
一般的および具体的な科学技術は、米国特許出願公開第2015/0307629号、同第2014/0288275号、およびWO2014/145806に概説されており、それらは全て、特にその中に概説されている技術に関して、参照によりそれらの全体が明示的に組み込まれる。
実施例1:IL−15/IL−15Rα(sushi)Fc融合タンパク質
IL−15/IL−15Rαヘテロ二量体の短い半減期に対処するために、本発明者らは、産生の促進および複合体のFcRn媒介リサイクルの促進および半減期の延長を目的として、Fc融合体としてIL−15/IL−15Rα(sushi)複合体(以下、IL−15/Rα−Fc融合体と呼ぶ)を生成した。
A.実施例1A:IL−15/Rα−Fc融合タンパク質の操作
IL−15またはIL−15Rαsushiドメインをコードするプラスミドを、標準的な遺伝子合成、続いてFc融合パートナー(例えば、図8に示す定常領域)を含むpTT5発現ベクターへのサブクローニングによって構築した。例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質フォーマットの漫画の概略図を図9A〜9Gに示す。
IL−15Rαヘテロ二量体Fc融合体または「IL−15/Rα−ヘテロFc」フォーマットは、ヘテロ二量体Fcの一方の側に組み換え的に融合されたIL−15およびヘテロ二量体Fcの他方の側に組み換え的に融合されたIL−15Rαsushiドメインを含む(図9A)。IL−15およびIL−15Rαは、それらのそれぞれの、Fc領域のC末端とN末端との間に可変長リンカー(図7を参照)を有し得る。このフォーマットの例示的なタンパク質は、XENP20818およびXENP21475を含み、それらの配列は図10に示されている(表1も参照)。このフォーマットのさらなるタンパク質の配列は、図および配列表においてXENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21476、およびXENP21477として列挙されている。
単鎖IL−15/Rα−Fc融合体または「scIL−15/Rα−Fc」フォーマットは、可変長リンカーによってIL−15に融合しているIL−15Rαsushiドメインを含み(「単鎖」IL−15/IL−15Rα複合体または「scIL−15/Rα」と呼ばれる)、これは次いでヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合され、分子の反対側は「Fcのみ」または「空のFc」のヘテロ二量体Fcである(図9B)。例示的なリンカーの配列を図7に示す。このフォーマットの例示的なタンパク質はXENP21478であり、その配列は図11に示されている(表2も参照)。このフォーマットのさらなるタンパク質の配列は、図および配列表においてXENP21993、XENP21994、XENP21995、XENP23174、XENP23175、XENP24477、およびXENP24480として列挙されている。
非共有結合のIL−15/Rα−Fc融合体または「ncIL−15/Rα−Fc」フォーマットはヘテロ二量体Fc領域に融合しているIL−15Rαsushiドメインを含み、一方、IL−15は別々にトランスフェクトされて非共有結合のIL−15/IL−15Rα複合体が形成され、分子の反対側は「Fcのみ」または「空のFc」のヘテロ二量体Fcである(図9C)。このフォーマットの例示的なタンパク質は、XENP21479、XENP22366、およびXENP24348を含み、それらの配列は図12に示されている。
二価非共有結合のIL−15/Rα−Fc融合体または「二価ncIL−15/Rα−Fc」フォーマット(図9D)はホモ二量体Fc領域のN末端に融合しているIL−15Rα(sushi)を含み、一方IL−15は別々にトランスフェクトされて非共有結合のIL−15/Rα複合体が形成される。このフォーマットの例示的なタンパク質はXENP21978であり、その配列は図13に示されている。このフォーマットのさらなるタンパク質の配列は、図および配列表においてXENP21979として列挙されている。
二価単鎖IL−15/Rα−Fc融合体または「二価scIL−15/Rα−Fc」フォーマット(図9E)は、可変長リンカーによってIL−15Rα(sushi)に融合されたIL−15を含み(「単鎖」IL−15/IL−15Rα(sushi)複合体または「scIL−15/Rα」と呼ばれる)、次いでこれをホモ二量体Fc領域のN末端に融合させる。例示的なリンカーの配列を図7に示す。このフォーマットの例示的なタンパク質の配列を図14に示す。
Fc非共有結合のIL−15/Rα融合体または「Fc−ncIL−15/Rα」フォーマット(図9E)はヘテロ二量体Fc領域のC末端に融合しているIL−15Rα(sushi)を含み、一方IL−15は別々にトランスフェクトされて非共有結合のIL−15/Rα複合体が形成され、分子の反対側は「Fcのみ」または「空のFc」である。このフォーマットの例示的なタンパク質はXENP22637であり、その配列は図15に示されている。このフォーマットのさらなるタンパク質の配列は、図および配列表においてXENP22638として列挙されている。
Fc−単鎖IL−15/Rα融合体または「Fc−scIL−15/Rα」フォーマット(図9G)は、可変長リンカーによってIL−15Rα(sushi)に融合しているIL−15を含み(「scIL−15/Rα」)、これは次いでヘテロ二量体Fc領域のC末端に融合され、分子の反対側は「Fcのみ」または「空のFc」である。例示的なリンカーの配列を図7に示す。このフォーマットの例示的なタンパク質の配列を図16に示す。
タンパク質は、HEK293E細胞における一過性トランスフェクションによって産生され、プロテインAクロマトグラフィー(GE Healthcare)および陰イオン交換クロマトグラフィー(50mM Tris pH8.5と1M NaClを含む50mM Tris pH8.5との5〜40%勾配によるHiTrapQ5mLカラム)を含む二段階精製プロセスによって精製された。
B.実施例1B:IL−15/Rα−Fc融合タンパク質の操作
上記のようないくつかのフォーマットで産生されたIL−15/Rα−Fc融合タンパク質は、以下に一般的に記載されるように、純度および均一性についてサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)およびキャピラリー等電点電気泳動(CEF)によって分析された。
タンパク質をSECを用いて分析してそれらのサイズ(すなわち流体力学的容積)を測定し、精製試料の非変性の挙動を決定する。分析は、Agilent1200高速液体クロマトグラフィー(HPLC)システムで実施した。4℃で25分間、移動相として1×PBS、pH7.4を1.0mL/分で用いて、280nMのUV検出波長で、Superdex(商標)200 10/300GLカラム(GE Healthcare Life Sciences)に試料を注入した。Agilent OpenLabクロマトグラフィーデータシステム(CDS)ChemStation Edition AICバージョンC.01.07を使用して分析を実施した。選択したIL−15/Rα−Fc融合タンパク質のクロマトグラムを図17B、18B、および19Bに示す。
製造者の使用説明書を使用して実施したProtein Express Assay LabChipおよびProtein Express Assay Reagent Kitを使用するLabChip GXII Touch HT(PerkinElmer, Waltham, Mass)を使用するCEFによってタンパク質を電気泳動的に分析した。試料は、一方を還元下(ジチオトレイトールを用いて)、他方を非還元条件下で二重に試験した。選択されたIL−15/Rα−Fc融合タンパク質についてのゲル画像を図17C、18C、および19Cに示す。
各融合タンパク質について、ピークの対称性および比較的少ない他の種の集団は、様々なフォーマットが堅牢であったことを示している。
C.実施例1C:親和性および安定性についてのIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の分析
IL−15/Rα−Fc融合タンパク質の親和性スクリーニングは、Octet、BioLayer Interferometry(BLI)に基づく方法を用いて実施した。Octetの実験工程は、一般的に以下を含んでいた:固定化(バイオセンサー上へのリガンドまたは試験試料の捕捉)、会合(対応する試験試料またはリガンドの連続希釈物を含むウェルへのリガンドまたは試験試料をコーティングしたバイオセンサーの浸漬)、試験試料の親和性を決定するための解離(緩衝液を含むウェルにバイオセンサーを戻すこと)。緩衝液のみを含む基準ウェルもまた、データ処理中のバックグラウンド補正のための方法に含まれた。特に、抗ヒトFc(AHC)バイオセンサーを使用して試験試料を捕捉し、次いでKD決定のために複数濃度のIL−2Rβ(R&D Systems, Minneapolis, Minn.)に浸漬した。親和性の結果および対応するセンサーグラムを図17D、18D、および19Dに示す。3つの構築物の各々は、IL−1Rβに対して高い親和性結合(3〜8nM)を示した。
IL−15/Rα−Fc融合タンパク質の安定性は、示差走査蛍光光度法(DSF)を用いて評価した。DSF実験は、Bio−Rad CFX Connect Real−Time PCR Detection Systemを用いて実施した。タンパク質をSYPROオレンジ蛍光色素と混合し、PBSで0.2mg/mLに希釈した。SYPROオレンジの最終濃度は10倍であった。25℃で最初の10分間のインキュベーション期間の後、タンパク質を1℃/分の加熱速度で25℃〜95℃に加熱した溶融温度(Tm)は機器のソフトウェアを用いて計算した。安定性の結果および対応する融解曲線を図17E、18E、および19Eに示す。各コンストラクトは、Tmが約68℃で良好な全体的な安定性を示した。
D.実施例1D:細胞増殖アッセイにおけるIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の活性
上述のような様々なフォーマットのIL−15/Rα−Fc融合タンパク質を細胞増殖アッセイで試験した。ヒトPBMCを示された濃度で試験試料で処理した。処理の4日後、PBMCを抗CD8−FITC(RPA−T8)、抗CD4−PerCP/Cy5.5(OKT4)、抗CD27−PE(M−T271)、抗CD56−BV421(5.1H11)、抗CD16−BV421(3G8)、および抗CD45RA−BV605(Hi100)で染色し、以下の細胞型についてゲートした:CD4+T細胞、CD8+T細胞、およびNK細胞(CD56+/CD16+)。Ki67は細胞増殖と厳密に関連するタンパク質であり、そして細胞内Ki67についての染色は抗Ki67−APC(Ki−67)およびFoxp3/転写因子染色緩衝液セット(Thermo Fisher Scientific, Waltham, Mass)を使用して実施された。上述の細胞型に対するKi67の割合は、FACSを使用して測定された(図20A〜20Cおよび図21A〜21Cに示す)。
様々なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質はCD8+T細胞およびNK細胞の強い増殖を誘導した。特に、増殖活性の差異は、IL−15−Fc側のリンカーの長さに依存していた。特に、XENP21471、XENP21474、およびXENP21475を含む、リンカーを有さない(ヒンジのみ)コンストラクトは、より弱い増殖活性を示した。
E.実施例1E:SEB刺激PBMCアッセイにおけるIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の活性
上述のように、IL−15/Rαヘテロ二量体はT細胞を強力に活性化することができる。上述のような様々なフォーマットのIL−15/Rα−Fc融合タンパク質をSEB刺激PBMCアッセイで試験した。ブドウ球菌エンテロトキシンB(SEB)は、T細胞受容体(TCR)を介した活性化によって達成されるのと同様にT細胞の活性化および増殖を引き起こす超抗原である。SEBを用いたヒトPBMCの刺激は、T細胞活性化および増殖をアッセイするための一般的な方法である。
複数のドナーからのヒトPBMCを、20μg/mLの様々なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質または対照(PBS、アイソタイプ対照、および二価抗PD−1抗体)と組み合わせて10ng/mLのSEBで72時間刺激した。処理後、上清を回収してIL−2についてアッセイし、そのデータを図22に示す。データは、IL−15/Rα−Fc融合タンパク質が、PBSおよびアイソタイプコントロールよりもIL−2分泌を増強したことを明らかに示している。特に、いくつかのIL−15/Rα−Fc融合タンパク質は、抗PD−1抗体と同等またはそれ以上の活性を有する。
F.実施例1F:IL−15/Rα−Fc融合タンパク質は、ヒトPBMCを移植したNSGマウスにおける生着および疾患活動性を増強する
IL−15/Rα−Fc融合タンパク質XENP20818を、メスのNSG(NOD−SCID−ガンマ)免疫不全マウスにおいて実施された移植片対宿主病(GVHD)モデルにおいて評価した。NSGマウスにヒトPBMCを注射したとき、ヒトPBMCはマウス細胞に対して自己免疫応答を引き起こす。ヒトPBMCを注射したNSGマウスに続くIL−15/Rα−Fc融合タンパク質による処理は、移植されたT細胞の増殖を増強する。
1000万のヒトPBMCを0日目にIV−OSPを介してNSGマウスに移植し、続いてXENP20818(1日目に1mg/kg、その後は毎週)および組換えIL−15(Biolegend、1日目に0.17mg/kg、その後は毎週)を投与した。生存曲線を図23に示す。データは、IL−15/Rα−Fc融合タンパク質を投与されたマウスが、組換えIL−15を投与されたマウス(14日目まで全て生存)と比較して急速な罹患率および死亡率(10日目までに全て死亡)を実証したことを示す。これはおそらくIL−15/Rα−Fc融合タンパク質で予測された、より長い半減期によるものである。
別の実験では、0日目にIV−OSPを介して1000万のヒトPBMCをNSGマウスに移植し、続いて1日目にXENP20818(1mg/kg、0.3mg/kg、0.1mg/kg、または0.03mg/kg、その後毎週)またはPBSを投与した。マウスにPBMCを移植しなかった対照群を含めて、野生型NSGマウスに対するXENP20818の効果を調べた。7日目に採血して、IFNγを測定し、そのデータを図24に示し、CD4+T細胞、CD8+T細胞、およびCD45+細胞の数を測定し、そのデータを図25に示す。データはXENP20818に対する明らかな用量反応を示している。
XI.実施例2:操作されたジスルフィド結合を有するIL−15/Rα−Fcヘテロ二量体融合タンパク質
IL−15/Rα−Fc融合タンパク質の安定性をさらに向上させ、半減期を延ばすために、IL−15/Rα界面においてジスルフィド結合を操作した。
A.実施例2A:操作されたジスルフィド結合を有するIL−15/Rαヘテロ二量体の操作および分析
IL−15/Rα複合体の結晶構造を調べることによって、およびMolecular Operating Environment(MOE、Chemical Computing Group, Montreal, Quebec, Canada)ソフトウェアを用いてモデリングすることによって、図26に示されるように、共有ジスルフィド結合を形成するためにシステインで置換し得るIL−15/Rα界面の残基を予測した。
IL−15またはIL−15Rα(sushi)をコードするプラスミドを、標準的な遺伝子合成、続いてpTT5発現ベクターへのサブクローニングによって構築した。IL−15Rα(sushi)鎖は、C末端ポリヒスチジンタグを含んでいた。上述のように同定された残基を、標準的な変異導入技術によってシステインで置換した。さらに、IL−15Rαのsushiドメインに続く3個までのアミノ酸を、操作するシステインの足場としてIL−15Rα(sushi)のC末端に付加した(その例示的な配列を図27に示す)。システインで操作された例示的なIL−15およびIL−15Rα(sushi)変異体の配列をそれぞれ図28および29に示す。
操作されたジスルフィドを有するかまたは有さないIL−15/Rαヘテロ二量体の漫画の概略図を図30A〜Cに示す。例示的なncIL−15/Rαヘテロ二量体XENP21996の配列を図31に示す。例示的なdsIL−15/Rαヘテロ二量体XENP22004、XENP22005、XENP22006、XENP22008、およびXENP22494の配列を図32に示す。例示的なscIL−15/Rαヘテロ二量体の配列を図33に示す。C末端に追加の残基を有するが操作されたシステインを有さない「野生型」IL−15/Rαヘテロ二量体を対照として生成した。これらの対照のIL−15/Rαヘテロ二量体の配列は、図および配列表においてXENP22001、XENP22002、およびXENP22003として列挙されている。タンパク質をHEK293E細胞における一過性トランスフェクションによって産生し、そしてNi−NTAクロマトグラフィーによって精製した。
概して実施例1Bに記載されるように、タンパク質が精製された後、それらは純度および均質性についてキャピラリー等電点電気泳動(CEF)によって分析され、そのゲル画像を図34〜35に示す。次いで、概して実施例1Cに記載されているように、DSFを用いてタンパク質を安定性についてスクリーニングし、そのデータを図36〜38に示す。最後に、概して実施例1Cに記載されているように、Octetによりタンパク質をIL−2Rβに対する結合についてスクリーニングし、そのデータを図38に示す。
変性非還元CEFによって示されるように、多くのジスルフィド結合が正しく形成され、ここで、操作されたジスルフィド結合を含まない対照と比較したとき、共有結合複合体のより大きい分子量が観察され得る(図34〜35)。ジスルフィド結合しているIL−15/Rαヘテロ二量体は、+13℃までの高い熱安定性を有した(図38)。IL−2Rβに対する結合は、操作されたジスルフィド結合を含むことによって影響されなかった(図38)。好ましいジスルフィド結合対は、XENP22005、XENP22006、XENP22008、およびXENP22494であり、後述するようにFc融合タンパク質として構築した。
B.実施例2B:操作されたジスルフィド結合を有するIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の分析
上述の変異を有する、IL−15またはIL−15Rαsushiドメインをコードするプラスミドを、Fc融合パートナー(例えば、図8に示す定常領域)を含むpTT5発現ベクターへとサブクローニングした。操作されたジスルフィド結合を有するIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の漫画の概略図を図39A〜Dに示す。
ジスルフィド結合したIL−15ヘテロ二量体Fc融合体または「dsIL−15/Rα−ヘテロFc」)(図39A)は「IL−15/Rα−ヘテロFc」と同一であるが、IL−15Rα(sushi)およびIL−15は操作されたシステインの結果としてさらに共有結合的に付着している。このフォーマットの例示的なタンパク質は、XENP22013、XENP22014、XENP22015、およびXENP22017を含み、それらの配列は図40に示されている。
ジスルフィド結合したIL−15/Rαfc融合体または「dsIL−15/Rα−Fc」(図39B)は「ncIL−15/Rα−Fc」と同一であるが、IL−15Rα(sushi)およびIL−15は操作されたシステインの結果としてさらに共有結合的に付着している。このフォーマットの例示的なタンパク質は、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22684、およびXENP22361を含み、それらの配列は図41に示されている。このフォーマットのさらなるタンパク質の配列は、図および配列表においてXENP22360、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365およびXENP22366として列挙されている。
二価ジスルフィド結合したIL−15/Rα−Fcまたは「二価dsIL−15/Rα−Fc」(図39C)は「二価ncIL−15/Rα−Fc」と同一であるが、操作されたシステインの結果としてIL−15Rα(sushi)およびIL−15はさらに共有結合的に付着している。このフォーマットの例示的なタンパク質は、XENP22634、XENP22635、およびXENP22636を含み、それらの配列は図42に示されている。このフォーマットのさらなるタンパク質の配列は、図および配列表においてXENP22687として列挙されている。
Fc−ジスルフィド結合したIL−15/Rα融合体または「Fc−dsIL−15/Rα」(図39D)は「Fc−ncIL−15/Rα」と同一であるが、操作されたシステインの結果としてIL−15Rα(sushi)およびIL−15がさらに共有結合的に付着している。このフォーマットの例示的なタンパク質は、XENP22639およびXENP22640を含み、それらの配列は図43に示されている。
C末端に追加の残基を有するが操作されたシステインを有さない「野生型」IL−15/Rα−Fc融合タンパク質を対照として生成した。これらの対照のIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の配列は、図および配列表においてXENP21988、XENP21989、XENP21990、XENP21991、XENP21992、XENP22354、XENP22355、およびXENP22356として列挙されている。
タンパク質は、HEK293E細胞における一過性トランスフェクションによって産生され、プロテインAクロマトグラフィー(GE Healthcare)および陰イオン交換クロマトグラフィー(50mM Tris pH8.5と1M NaClを含む50mM Tris pH8.5との5〜40%勾配によるHiTrapQ 5mLカラム)を含む二段階精製プロセスによって精製された。
概して実施例1Bに記載されるように、タンパク質が精製された後、それらは純度および均質性についてキャピラリー等電点電気泳動(CEF)によって分析された。上述のように、変性非還元CEFによって示されるように、多くのジスルフィド結合が正しく形成され、ここで、操作されたジスルフィド結合を含まない対照と比較したとき、共有結合複合体のより大きい分子量が観察され得る(図44)。
次いでタンパク質を細胞増殖アッセイで試験した。IL−15/Rα−Fc融合タンパク質(操作されたジスルフィド結合を有するかまたは有さない)または対照をPBMCと共に4日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD4−PerCP/Cy5.5(RPA−T4)、抗CD8−FITC(RPA−T8)、抗CD45RA−BV510(HI100)、抗CD16−BV421(3G8)、抗CD56−BV421(HCD56)、抗CD27−PE(O323)、および抗Ki67−APC(Ki−67)で染色して様々な細胞集団をマークし、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。Ki67発現によって示されるNK細胞、CD4+T細胞、およびCD8+T細胞の増殖を図45A〜Cに示す。IL−15/Rα−Fc融合タンパク質およびIL−15対照は各々、NK細胞、CD8+T細胞、およびCD4+T細胞の強い増殖を誘導した。
XII.実施例3:より低い効力ならびにPKおよび半減期の増加のために操作されたIL−15/Rα−Fc融合タンパク質
PKをさらに改善しそして半減期を延長するために、我々はIL−15の効力を減少させることが抗原シンクを減少させ、そしてそれ故、半減期を増加させるであろうと推論した。
A.実施例3A:変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質の操作および産生
IL−15:IL−2Rβ βおよびIL−15:共通のガンマ鎖界面の結晶構造を調べることによって、ならびにMOEソフトウェアを使用してモデリングすることによって、効力を低減するために置換され得るこれらの界面における残基を予測した。図46は、(免疫原性のリスクを低減するために)等価置換を操作した予測された残基の位置を示すIL−15:受容体複合体の構造モデルを示す。効力を低減するために操作された例示的なIL−15変異体の配列を図47に示す。
IL−15またはIL−15Rα(sushi)をコードするプラスミドを、標準的な遺伝子合成、続いてFc融合パートナー(例えば、図8に示す定常領域)を含むpTT5発現ベクターへのサブクローニングによって構築した。上述のように同定された置換を、標準的な変異導入技術によって組み込んだ。効力を低減するために操作された「IL−15/Rα−ヘテロFc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の配列を図48に示し、追加の配列を、図および配列表中の、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP23555、XENP23559、XENP23560、XENP24017、XENP24020、XENP24043、およびXENP24048として列挙する。
低下した効力のために操作された「scIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の配列を図49に示し、さらなる配列を図および配列表中のXENP24013、XENP24014、およびXENP24016として列挙する。低下した効力のために操作された「ncIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の配列を図50に示す。低下した効力のために操作された例示的なncIL−15/Rαヘテロ二量体の配列を図51に示し、追加の配列を図および配列表中のXENP22791、XENP22792、XENP22793、XENP22794、XENP22795、XENP22796、XENP22803、XENP22804、XENP22805、XENP22806、XENP22807、XENP22808、XENP22809、XENP22810、XENP22811、XENP22812、XENP22813、およびXENP22814として列挙する。低下した効力のために操作された「二価のncIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の配列を図52に示す。低下した効力のために操作された「dsIL−15/Rα−Fc」フォーマットの例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の配列を図53に示す。
タンパク質は、HEK293E細胞における一過性トランスフェクションによって産生され、プロテインAクロマトグラフィー(GE Healthcare)および陰イオン交換クロマトグラフィー(50mM Tris pH8.5と1M NaClを含む50mM Tris pH8.5との5〜40%勾配によるHiTrapQ5mLカラム)を含む二段階精製プロセスによって精製された。
B.実施例3B:効力を低減するために操作された変異型IL−15/Rα−ヘテロFcおよびscIL−15/Rα−Fc融合タンパク質のインビトロ活性
変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質をいくつかの細胞増殖アッセイで試験した。
最初の細胞増殖アッセイでは、IL−15/Rα−Fc融合タンパク質(操作された置換を有するかまたは有さない)または対照をPBMCと共に4日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD4−Evolve605(SK−3)、抗CD8−PerCP/Cy5.5(RPA−T8)、抗CD45RA−APC/Cy7(HI100)、抗CD16−eFluor450(CB16)、抗CD56−eFluor450(TULY56)、抗CD3−FITC(OKT3)、および抗Ki67−APC(Ki−67)で染色して様々な細胞集団をマークし、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。Ki67発現によって示されるNK細胞、CD8+T細胞、およびCD4+T細胞の増殖を図54〜55に示す。ほとんどのIL−15/Rα−Fc融合タンパク質は各細胞集団の増殖を誘導したが、活性は特定の操作された置換に依存して変化した。
第2の細胞増殖アッセイでは、IL−15/Rα−Fc融合タンパク質(操作された置換を有するかまたは有さない)をPBMCと共に3日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3−FITC(OKT3)、抗CD4−Evolve604(SK−3)、抗CD8−PerCP/Cy5.5(RPA−T8)、抗CD16−eFluor450(CB16)、抗CD56−eFluor450(TULY56)、抗CD27−PE(O323)、抗CD45RA−APC/Cy7(Hl100)および抗Ki67−APC(20Raj1)抗体で染色して様々な細胞集団をマークした。図56〜57は、FACSによるXENP22821とのインキュベーション後の様々な細胞集団の選択を表す。リンパ球を最初に側方散乱(SSC)および前方散乱(FSC)に基づいてゲートした(図56A)。次にリンパ球をCD3発現に基づいてゲートした(図56B)。CD3発現について陰性の細胞をさらにCD16発現に基づいてゲートしてNK細胞(CD16+)を同定した(図56C)。CD4+T細胞、CD8+T細胞、およびγδT細胞(CD3+CD4−CD8−)を同定するために、CD3+T細胞をCD4およびCD8発現に基づいてさらにゲートした(図57A)。図57B〜Cにそれぞれ示すように、CD4+およびCD8+T細胞をCD45RA発現についてゲートした。最後に、様々な細胞集団の増殖を、Ki67発現の割合に基づいて決定し、データを図59A〜Dに示す。NKおよびCD8+T細胞は、IL−15/Rα−Fc融合タンパク質に対してCD4+T細胞よりも感受性であり、そして上述のように、増殖活性は特定の操作された置換に応じて変化した。図59Dは、対照XENP20818と比較した様々なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質のEC50の変化倍率を示す。図58AおよびBは、PBMCとXENP22821とのインキュベーション前後のCD69およびCD25(T細胞活性化マーカー)の発現についてゲートすることによって、IL−15/Rα−Fc融合タンパク質による処理後のリンパ球の活性化をさらに示す。
第3の実験において、追加の変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質をヒトPBMCと共に37℃で3日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3−FITC(OKT3)、抗CD4−SB600(SK−3)、抗CD8−PerCP/Cy5.5(RPA−T8)、抗CD45RA−APC/Cy7(HI100)、抗CD16−eFluor450(CB16)、抗CD25−PE(M−A251)、および抗Ki67−APC(Ki−67)で染色して様々な細胞集団をマークし、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。Ki67発現によって示されるCD8+(CD45RA−)T細胞、CD4+(CD45RA−)T細胞、γδT細胞、およびNK細胞の増殖を図60A〜Dに示す。
第4の実験において、ヒトPBMCを示された濃度の追加のIL−15/Rα−Fc変異体と共に3日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3−FITC(OKT3)、抗CD4(SB600)、抗CD8−PerCP/Cy5.5(RPA−T8)、抗CD16−eFluor450(CB16)、抗CD25−PE(M−A251)、抗CD45RA−APC/Cy7(Hl100)、および抗Ki67−APC(Ki67)で染色し、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。処理後のCD8+T細胞、CD4+T細胞、およびNK細胞に対するKi67の割合を図61に示す。
第5の実験において、変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質をヒトPBMCと共に37℃で3日間インキュベートした。インキュベーション後、細胞を抗CD3−PE(OKT3)、抗CD4−FITC(RPA−T4)、抗CD8α−BV510(SK1)、抗CD8β−APC(2ST8.5H7)、抗CD16−BV421(3G8)、抗CD25−PerCP/Cy5.5(M−A251)、抗CD45RA−APC/Cy7(HI100)、抗CD56−BV605(NCAM16.2)、および抗Ki67−PE/Cy7(Ki−67)で染色し、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。CD8+T細胞、CD4+T細胞、γδT細胞、およびNK細胞に対するKi67の割合を図62A〜Eに示す。
第6の実験において、変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質をヒトPBMCと共に37℃で3日間インキュベートした。インキュベーション後、細胞を抗CD3−PE(OKT3)、抗CD4−FITC(RPA−T4)、抗CD8α−BV510(SK1)、抗CD8β−APC(SIDI8BEE)、抗CD16−BV421(3G8)、抗CD25−PerCP/Cy5.5(M−A251)、抗CD45RA−APC/Cy7(HI100)、抗CD56−BV605(NCAM16.2)、および抗Ki67−PE/Cy7(Ki−67)で染色し、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。CD8+T細胞、CD4+T細胞、γδT細胞、およびNK細胞に対するKi67の割合を図63A〜Eに示す。
C.実施例3C:IL−15とIL−15Rαとの間の種々のリンカー長を有する、効力を低減するために操作された変異体scIL−15/Rα−Fc融合タンパク質のインビトロ活性
上述の置換のいくつかを有し、さらにIL−15とIL−15Rαとの間に種々の長さのリンカーを有するIL−15/Rα−Fc融合タンパク質(表3に示す)を、示された濃度でヒトPBMCと共に37℃で3日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3−PE(OKT3)、抗CD4−FITC(RPA−T4)、抗CD8−APC(RPA−T8)、抗CD16−BV605(3G8)、抗CD25−PerCP/Cy5.5(M−A251)、抗CD45RA−APC/Fire750(HI100)および抗Ki67−PE/Cy7(Ki−67)で染色し、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。CD8+T細胞、CD4+T細胞、γδT細胞、およびNK(CD16+)細胞に対するKi67の割合を図64A〜Dに示す。データは、ncIL−15/Rα−Fc融合タンパク質XENP21479がCD8+T細胞、CD4+T細胞、NK(CD16+)細胞、およびγδT細胞の増殖の最も強力な誘導因子であることを示している。各scIL−15/Rα−Fc融合タンパク質は、増殖を誘導することにおいてXENP21479よりも効力が弱かったが、差異はリンカーの長さと特定の操作された置換の両方に依存していた。
D.実施例3D:さらなるフォーマットの効力を低減するために操作された変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質のインビトロ活性
異なるフォーマットの変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質(表4に示す通り)を、示された濃度でヒトPBMCと共に37℃で3日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3−PE(OKT3)、抗CD4−FITC(RPA−T4)、抗CD8−APC(RPA−T8)、抗CD16−BV605(3G8)、抗CD25−PerCP/Cy5.5(M−A251)、抗CD45RA−APC/Fire750(HI100)および抗Ki67−PE/Cy7(Ki−67)で染色し、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。CD8+T細胞、CD4+T細胞、γδT細胞、およびNK(CD16+)細胞に対するKi67の割合を、それぞれ図65A〜Dに示す。上述のように、データは、ncIL−15/Rα−Fc融合タンパク質XENP21479がCD8+T細胞、CD4+T細胞、NK(CD16+)細胞、およびγδT細胞の増殖の最も強力な誘導因子であることを示している。特に、ncIL−15/Rα−Fcフォーマット(XENP24349)へのQ108E置換の導入は、野生型(XENP21479)と比較してその増殖活性を劇的に減少させる。
E.実施例3E:変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質によるSTAT5リン酸化
IL−15およびIL−15Rαのトランス提示は、STAT5のリン酸化およびそれに続くNK細胞およびT細胞(CD4+およびCD8+)の増殖を促進する。したがって、CD8+およびCD4+T細胞を、示されたIL−15/Rα−Fc試験試料と共に15分間インキュベートした後のSTAT5リン酸化について分析した。PBMCを抗CD4−BV421(RPA−T4)および抗CD8−A700(SK1)で室温で30〜45分間染色した。細胞を洗浄し、予め冷却した(−20℃)90%メタノールと共に20〜60分間インキュベートした。メタノールと共にインキュベートした後、細胞を再度洗浄し、抗CD45RA−BV510(HI100)、抗CD27−BV605(L128)、抗CD25−PE(M−A251)、抗pSTAT5−Alexa647(pY687)、および抗FoxP3−Alexa488(259D)で染色し、様々な細胞集団およびSTAT5リン酸化をマークした。図66A〜Dは、XENP22821と共にインキュベートした後の様々な細胞集団の選択を示す。リンパ球を最初にSSCおよびFSCに基づいてゲートした(図66A)。次いでリンパ球をCD4およびCD8発現に基づいてゲートしてCD4+およびCD8+T細胞を同定した(図66B)。次いで、CD4+およびCD8+T細胞をさらにCD45RAおよびCD27の発現に基づいてゲートして、それぞれ図66C〜Dに示すさらなる亜集団を同定した。最後に、様々な細胞集団におけるSTAT5のリン酸化を判定し、そしてデータを図67A〜Cに示す。T細胞におけるSTAT5リン酸化は用量依存的に誘導され、そしてまた特定の操作された置換に応じて変動した。図67Cは、対照と比較した変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質のSTAT5リン酸化についてのEC50の変化倍率を示す。
F.実施例3F:低下した効力のために操作された変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質のPK
効力を低減するために操作されたIL−15/Rα−Fc融合タンパク質が半減期およびPKを改善したかどうかを調べるために、我々はC57BL/6マウスにおけるPK研究においてこれらの変異体を調べた。0日目に、2コホートのマウス(1コホートあたり試験試料あたり5匹のマウス)にIV−TVによって0.1mg/kgの示された試験試料を投与した。投与60分後に、次いでコホート1では2、4、および7日目、そしてコホート2では1、3、および8日目に血清を採取した。IL−15/Rα−Fc融合タンパク質の血清レベルは、サンドイッチELISAにおいて抗IL−15および抗IL−15Rα抗体を用いて決定した。結果を図68に示す。図69は、試験試料の効力と半減期の間の相関関係を示す。
予想通り、効力が低下した変異体は実質的により長い半減期を示した。特に、半減期は、野生型対照XENP20818の0.5日と比較して、約9日まで改善された(XENP22821およびXENP22822を参照)。
G.実施例3G:IL−15/Rα−Fc融合タンパク質は、ヒトPBMCを移植したNSGマウスにおける生着および疾患活動性を増強する
変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質を、概して実施例1Fに記載されているように、メスのNSG免疫不全マウスにおいて実施されたGVHDモデルにおいて評価した。
最初の試験では、1000万個のヒトPBMCを、0日目にIV−OSPを介してNSGマウスに移植し、続いて1日目に示された濃度でIL−15/Rα−Fc融合タンパク質を投与した。CD45+の増殖は体重減少と相関し(図70に示すように)、そのため、この研究における疾患活動性の指標としてCD45+細胞を4日目および8日目に測定した(図71A〜B)。データは、各IL−15/Rα−Fc融合タンパク質が、対照(PBS)と比較して、ヒトPBMC移植NSGマウスにおいてCD45+細胞の増殖を増強することを示す。
別の試験では、1000万個のヒトPBMCを、0日目にIV−OSPを介してNSGマウスに移植し、続いて1日目に示された濃度でIL−15/Rα−Fc融合タンパク質を投与した。IFNγレベルならびにヒトNK細胞、CD45+リンパ球、CD8+T細胞およびCD4+T細胞の数を4、7および11日目に測定した(図72〜76)。データは、変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質がIFNγ分泌およびヒトNK細胞およびT細胞の増殖を用量依存的に増強することを示している。注目すべきことに、観察された活性は各変異のインビトロ効力と相関している。
さらに別の試験において、−8日目に1000万個のヒトPBMCをIV−OSPによってNSGマウスに移植し、続いて0日目に示された濃度で示された試験試料を投与した。IFNγレベルならびにヒトNK細胞、CD45+リンパ球、CD8+T細胞およびCD4+T細胞の数を4、7および11日目に測定した。図77は、4、7、および11日目のマウス血清中のIFNγレベルを示す。図78A〜Cはそれぞれ、4、7、および11日目のCD8+T細胞数を示す。図79A〜Cはそれぞれ、4、7、および11日目のCD4+T細胞数を示す。図80A〜Cはそれぞれ、4、7、および11日目のCD45+細胞数を示す。マウスの体重も4、7、および11日目に測定し、図81に初期体重の割合として示した。
H.実施例3H:IL−15/Rα−Fc融合タンパク質はカニクイザルにおいて活性である
カニクイザルに、XENP20818(n=3)、XENP22819(n=1)、XENP22821(n=3)、XENP22822(n=3)、XENP22834(n=3)、およびXENP23343(n=3)の単回静脈内(i.v.)投与を投与した。リンパ球数(図82、84、86、88、90、および92)ならびに増殖(図83、85、87、89、91、および93)を経時的に評価した。データは、6日目にピークに達し、その後に回復および正常化するXENP22821による処理後の、CD56+NK細胞(図86A)、CD16+NK細胞(図86B)、γδT細胞(図86C)、CD8+T細胞(CD45RA+)(図86D)、CD8+T細胞(CD45RA−)(図86E)、およびおよびCD4+T細胞(図86F)における顕著な変化を示す。最後に、図は、CD56+NK細胞(図87A)、CD16+NK細胞(図87B)、CD8+T細胞(CD45RA+)(図87C)、CD8+T細胞(CD45RA−)(図87D)、およびCD4+T細胞(図87E)におけるKi67の顕著な発現を示し、XENP22821による処理後の増殖活性を示す。XENP20818、XENP22819、XENP22822、およびXENP23343による処理後に同様の増殖活性が観察され、本発明のほとんどのIL−15/Rα−Fc融合タンパク質がカニクイザルにおいて活性であることを実証している。
XIII.実施例4:Xtend Fcで操作されたIL−15/Rα−Fc融合タンパク質
上述のように効力を低減するように操作されたIL−15/Rα−Fc変異体を、IL−15および/またはIL−15Rα(sushi)をコードするプラスミドをM428L/N434S置換を有するFc融合パートナーを含むpTT5発現ベクター(図8、骨格11参照)へとサブクローニングすることによって、半減期をさらに増加させるためにXtend Fcでさらに操作した(本明細書では「IL−15/Rα−XtendFc」融合タンパク質と呼ぶ)。例示的なIL−15/Rα−XtendFcの配列を図94〜96に示す(表5も参照)。
A.実施例4A:さらなるIL−15/Rα−Fc変異体のインビトロ活性
ヒトPBMCを示された濃度のIL−15/Rα−XtendFc変異体と共に3日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3−FITC(OKT3)、抗CD4−PE(RPA−T4)、抗CD8−eFluor450(SK−1)、抗CD45RA−PE/Cy7(HI100)、抗CD16−PerCP/Cy5.5(3G8)、抗CD25−APC/Fire750(M−A251)、および抗Ki67−APC(Ki−67)で染色して様々な細胞集団をマークし、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。処理後の、Ki67発現によって示されるようなCD8+T細胞、CD4+T細胞、およびNK細胞の増殖を図97に示す。
Xtend変異体がカニクイザルにおける活性を調べるために選択されたので、カニクイザルT細胞を増殖させるそれらの能力を調べた。Cyno PBMCを示された濃度の選択された試験試料と共に3日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3−FITC(SP34)、抗CD4−PE/Cy7(OKT4)、抗CD8−APC(RPA−T8)、抗CD45RA−APC/Fire750(HI100)、抗CD16−BV605(3G8)、抗CD25−BV421(M−A251)、および抗Ki67−PerCP/Cy5.5(Ki−67)で染色して様々な細胞集団をマークし、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。処理後の、Ki67発現によって示されるようなCD8+T細胞、CD4+T細胞、およびNK細胞の増殖を図98に示す。
B.実施例4B:GVHDモデルにおけるIL−15/Rα−XtendFc変異体のインビボ活性
−7日目に1000万個のヒトPBMCをIV−OSPによってNSGマウスに移植し、続いて0日目に示された試験試料(0.3mg/kg)を投与した。全血を4日目および7日目に採取し、マウスを5〜8日目または11日目に脾臓のために屠殺して、FACSを使用してCD4+T細胞、CD8+T細胞、およびCD45+細胞の数を測定した。図99A〜Cはそれぞれ、4および7日目の全血における、ならびに8日目の脾臓における、CD4+T細胞数を示す。図100A〜Cはそれぞれ、4および7日目の全血における、ならびに8日目の脾臓における、CD8+T細胞数を示す。図101A〜Cはそれぞれ、4および7日目の全血における、ならびに8日目の脾臓における、CD4+T細胞数を示す。マウスの体重もまた、−8、−2、1、5、8、および11日目に測定し、図102A〜102Fに示す。各点は1匹のメスのNSGマウスを表す。
C.実施例4C:カニクイザルにおける変異型IL−15/Rα−XtendFc融合タンパク質のインビボ活性
サル(n=3)に示された試験試料の単回静脈内(i.v.)投与を投与し(1日目)、そして血液を毎日採血した。血液中のCD8+T細胞、CD4+T細胞およびNK細胞の数は、図103A〜Cにそれぞれ示されるように経時的に評価された。各点は3匹のカニクイザルの平均である。データは、変異体の各々が増殖性免疫細胞において活性であることを示し、これは本発明のIL−15/Rα−Fc融合タンパク質がヒトの癌の治療薬として有用であり得ることを示している。
上記の実施例は、当業者に本発明の組成物、システム、および方法の実施形態をどのように作製および使用するかについての完全な開示および説明を与えるために提供されており、そして本発明者らが自分たちの発明とみなすものの範囲を限定することは意図されていない。当業者に明らかである本発明を実施するための上記の様式の修正は、添付の特許請求の範囲の範囲内にあることが意図される。本明細書中で言及されている全ての特許および刊行物は、本発明が関係する当業者の技術水準を示している。本開示において引用された全ての参考文献は、あたかも各参考文献が参照によりその全体が個別に組み込まれているのと同程度に参照により組み込まれる。
全ての見出しおよびセクションの指定は、明確さおよび参照目的のためだけに使用されているにすぎず、決して限定的であるとみなされるべきではない。例えば、当業者は、本明細書に記載の本発明の趣旨および範囲に従って、必要に応じて異なる見出しおよびセクションからの様々な態様を組み合わせることの有用性を認識するであろう。
本明細書に引用された全ての参考文献は、あたかも各個々の刊行物または特許または特許出願が全ての目的のためにその全体が参照により組み込まれるように具体的かつ個別に示されるのと同程度にそれらの全体が全ての目的のために本明細書に参照により組み込まれる。
当業者には明らかなように、本出願の趣旨および範囲から逸脱することなく、本出願の多くの修正および変形をなすことができる。本明細書に記載された特定の実施形態および実施例は例としてのみ提供され、特許請求の範囲が権利を与えられる同等物の全範囲と共に、添付の特許請求の範囲の用語によってのみ限定されるべきである。

Claims (81)

  1. ヘテロ二量体タンパク質であって、
    a)第1のタンパク質ドメインおよび第1のFcドメインを含む第1の融合タンパク質であって、前記第1のタンパク質ドメインが、第1のドメインリンカーを用いて前記第1のFcドメインのN末端に共有結合的に付着している、第1の融合タンパク質と、
    b)第2のタンパク質ドメインおよび第2のFcドメインを含む第2の融合タンパク質であって、前記第2のタンパク質ドメインが、第2のドメインリンカーを用いて前記FcドメインのN末端に共有結合的に付着している、第2の融合タンパク質と、を含み、
    前記第1のFcドメインおよび前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、前記第1のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含み、前記第2のタンパク質ドメインがIL15Rαタンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質。
  2. 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項1に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  3. 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項1または2に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  4. 前記IL15タンパク質が、配列番号1(全長ヒトIL15)および配列番号2(短縮化ヒトIL15)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有し、前記IL15Rαタンパク質が、配列番号3(全長ヒトIL15Rα)および配列番号4(ヒトIL15Rαのsushiドメイン)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項1〜3のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  5. 前記IL15タンパク質が、N1D、N4D、D8N、D30N、D61N、E64Q、N65D、およびQ108Eからなる群から選択される1つ以上のアミノ酸置換を有する、請求項1〜4のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  6. 前記IL15タンパク質および前記IL15Rαタンパク質が、それぞれ、E87C:D96/P97/C98、E87C:D96/C97/A98、V49C:S40C、L52C:S40C、E89C:K34C、Q48C:G38C、E53C:L42C、C42S:A37C、およびL45C:A37Cからなる群から選択される一組のアミノ酸置換または付加を有する、請求項1〜5のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  7. 前記ヘテロ二量体タンパク質が、
    i)配列番号XX(XENP15902)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    ii)配列番号XX(XENP15902)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15909)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    iii)配列番号XX(XENP16479)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    iv)配列番号XX(XENP15902)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP16481)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    v)配列番号XX(XENP15902)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP16483)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    vi)配列番号XX(XENP16479)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15909)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    vii)配列番号XX(XENP16479)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP16481)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    viii)配列番号XX(XENP16480)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP16482)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    ix)配列番号XX(XENP16480)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15909)のポリペプチド配列として有する前記第2の融合タンパク質h、
    x)配列番号XX(XENP17064)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP17038)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xi)配列番号XX(XENP17064)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP17040)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、または
    xii)配列番号XX(17062)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(17044)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xiii)配列番号XX(XENP17686)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xiv)配列番号XX(XENP17687)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xv)配列番号XX(XENP17688)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xvi)配列番号XX(XENP17689)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xvii)配列番号XX(XENP17690)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xviii)配列番号XX(XENP17691)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xix)配列番号XX(XENP17692)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xx)配列番号XX(XENP17693)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxi)配列番号XX(XENP17694)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxii)配列番号XX(XENP17695)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxiii)配列番号XX(XENP17696)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxiv)配列番号XX(XENP17697)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxv)配列番号XX(XENP17698)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxvi)配列番号XX(XENP17699)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxvii)配列番号XX(XENP17701)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxviii)配列番号XX(XENP17691)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxix)配列番号XX(XENP17702)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxx)配列番号XX(XENP17703)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxxi)配列番号XX(XENP17704)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxxii)配列番号XX(XENP17705)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxxiii)配列番号XX(XENP18295)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP17761)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxxiv)配列番号XX(XENP18783)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxxv)配列番号XX(XENP18784)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxxvi)配列番号XX(XENP18786)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxxvii)配列番号XX(XENP18788)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
    xxxviii)配列番号XX(XENP19242)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP16481)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、または
    xxxix)配列番号XX(XENP19243)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP16481)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、を含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  8. 前記第1のタンパク質ドメインが、前記第1のドメインリンカーを用いずに前記第1のFcドメインのN末端に直接共有結合的に付着する、および/または、前記第2のタンパク質ドメインが、前記第2のドメインリンカーを用いずに前記第2のFcドメインのN末端に直接共有結合的に付着する、請求項1〜7のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  9. 前記ヘテロ二量体タンパク質が、XENP20818、XENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21475、XENP21476、XENP21477、XENP22013、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22821、XENP22822、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP23343、XENP23504、XENP23554、XENP23555、XENP23557、XENP23559、XENP24019、XENP24020、XENP24045、XENP24051、XENP24052、XENP24113、XENP24301、XENP24306、およびXENP24341からなる群から選択される、請求項1〜6のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  10. 請求項1〜9のいずれか1項に記載の第1の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
  11. 請求項1〜10のいずれか1項に記載の第2の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
  12. 請求項10に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
  13. 請求項11に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
  14. 請求項10に記載の核酸組成物をさらに含む、請求項13に記載の発現ベクター。
  15. 請求項12〜14のいずれか1項に記載の1つ以上の発現ベクターを含む宿主細胞。
  16. ヘテロ二量体タンパク質であって、
    a)第1のタンパク質ドメイン、第2のタンパク質ドメイン、および第1のFcドメインを含む融合タンパク質であって、前記第1のタンパク質ドメインが、第1のドメインリンカーを用いて前記第2のタンパク質ドメインのN末端に共有結合的に付着し、前記第2のタンパク質ドメインが、第2のドメインリンカーを用いて前記第1のFcドメインのN末端に共有結合的に付着している、融合タンパク質と、
    b)第2のFcドメインと、を含み、
    前記第1のFcドメインおよび前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、前記第1のタンパク質ドメインがIL15Rαタンパク質を含み、前記第2のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質。
  17. 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項16に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  18. 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項16または17に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  19. 前記IL15タンパク質が、配列番号1(全長ヒトIL15)および配列番号2(短縮化ヒトIL15)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有し、前記IL15Rαタンパク質が、配列番号3(全長ヒトIL15Rα)および配列番号4(ヒトIL15Rαのsushiドメイン)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項16〜18のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  20. 前記IL15タンパク質および前記IL15Rαタンパク質が、それぞれ、E87C:D96/P97/C98、E87C:D96/C97/A98、V49C:S40C、L52C:S40C、E89C:K34C、Q48C:G38C、E53C:L42C、C42S:A37C、およびL45C:A37Cからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有する、請求項16〜19のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  21. 前記第1の融合タンパク質が配列番号XX(16478)のポリペプチド配列を有し、前記Fcドメインが配列番号XX(8924)のポリペプチド配列を有する、請求項16〜20のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  22. 前記ヘテロ二量体タンパク質がXENP21478である、請求項16〜21のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  23. 請求項16〜22のいずれか1項に記載の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
  24. 請求項16〜22のいずれか1項に記載の第2のFcドメインをコードする核酸組成物。
  25. 請求項23に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
  26. 請求項24に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
  27. 請求項23に記載の核酸組成物をさらに含む、請求項26に記載の発現ベクター。
  28. 請求項25〜27のいずれか1項に記載の1つまたは2つの発現ベクターを含む宿主細胞。
  29. ヘテロ二量体タンパク質であって、
    a)第1のタンパク質ドメインおよび第1のFcドメインを含む融合タンパク質であって、前記第1のタンパク質ドメインが、ドメインリンカーを用いて前記第1のFcドメインのN末端に共有結合的に付着している、融合タンパク質と、
    b)第2のFcドメインと、
    c)前記第1のタンパク質ドメインに非共有結合的に付着している第2のタンパク質ドメインと、を含み、
    前記第1のFcドメインおよび前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、前記第1のタンパク質ドメインがIL15Rαを含み、前記第2のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質。
  30. 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項29に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  31. 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項29または30に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  32. 前記IL15タンパク質が、配列番号1(全長ヒトIL15)および配列番号2(短縮化ヒトIL15)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有し、前記IL15Rαタンパク質が、配列番号3(全長ヒトIL15Rα)および配列番号4(ヒトIL15Rαのsushiドメイン)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項29〜31のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  33. 前記IL15タンパク質および前記IL15Rαタンパク質が、それぞれ、E87C:D96/P97/C98、E87C:D96/C97/A98、V49C:S40C、L52C:S40C、E89C:K34C、Q48C:G38C、E53C:L42C、C42S:A37C、およびL45C:A37Cからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有する、請求項29〜32のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  34. 前記融合タンパク質が、配列番号XX(16481)、配列番号XX(17034)、配列番号XX(17038)、配列番号XX(17036)、配列番号XX(17039)、配列番号XX(17040)、配列番号XX(17044)、配列番号XX(17041)、配列番号XX(17043)、配列番号XX(17045)、配列番号XX(17042)、配列番号XX(15908)、および配列番号XX(17603)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項29〜33のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  35. 前記第2のFcドメインが配列番号XX(8793)または配列番号XX(8927)のポリペプチド配列を有する、請求項29〜34のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  36. 前記融合タンパク質が、配列番号XX(16484)、配列番号(17074)、配列番号(17071)、配列番号(17072)、配列番号(17075)、配列番号(17070)、配列番号(17073)、および配列番号(17083)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項29〜35のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  37. 前記ヘテロ二量体タンパク質が、
    i)配列番号XX(16481)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
    ii)配列番号XX(17034)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
    iii)配列番号XX(17038)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
    iv)配列番号XX(17036)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
    v)配列番号XX(17038)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
    vi)配列番号XX(17039)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
    vii)配列番号XX(17040)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
    viii)配列番号XX(17044)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17071)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
    ix)配列番号XX(17044)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17072)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
    x)配列番号XX(17075)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17041)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
    xi)配列番号XX(17043)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17070)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
    xii)配列番号XX(17045)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17073)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
    xiii)配列番号XX(17042)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17083)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、または
    xiv)配列番号XX(15908)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、を含む、請求項29〜36のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  38. 前記ヘテロ二量体タンパク質が、XENP21479、XENP22357、XENP22354、XENP22355、XENP22356、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22360、XENP22361、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365、XENP22366、XENP22637、XENP24349、およびXENP24383からなる群から選択される、請求項29〜37のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  39. 請求項29〜38のいずれか1項に記載の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
  40. 請求項29〜37のいずれか1項に記載の第2のFcドメインをコードする核酸組成物。
  41. 請求項39に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
  42. 請求項40に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
  43. 請求項39に記載の核酸組成物をさらに含む、請求項42に記載の発現ベクター。
  44. 前記第2のタンパク質ドメインをコードする核酸組成物をさらに含む、請求項41〜43のいずれか1項に記載の発現ベクター。
  45. 請求項41〜44のいずれか1項に記載の1つ以上の発現ベクターを含む宿主細胞。
  46. ヘテロ二量体タンパク質であって、
    a)第1のタンパク質ドメインおよび第1のFcドメインを含む第1の融合タンパク質であって、前記第1のタンパク質ドメインが、ドメインリンカーを用いて前記第1のFcドメインのN末端に共有結合的に付着している、第1の融合タンパク質と、
    b)第2のタンパク質ドメインを含む第2の重鎖および第2のFcドメインを含む第1の第2の重鎖を含む第2の融合タンパク質であって、前記第2のタンパク質ドメインが、ドメインリンカーを用いて前記第2のFcドメインのC末端に共有結合的に付着している、第2の融合タンパク質と、
    c)前記第1の融合タンパク質の前記第1のタンパク質ドメインに非共有結合的に付着している、第3のタンパク質ドメインと、
    d)前記第2の融合タンパク質の前記第2のタンパク質ドメインに非共有結合的に付着している、第4のタンパク質ドメインと、を含み、
    前記第1のFcドメインおよび前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、前記第1のタンパク質ドメインおよび前記第2のタンパク質ドメインがIL15Rαタンパク質を含み、前記第3のタンパク質ドメインおよび前記第4のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質。
  47. 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項46に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  48. 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項46または47に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  49. 前記IL15タンパク質が、配列番号1(全長ヒトIL15)および配列番号2(短縮化ヒトIL15)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有し、前記IL15Rαタンパク質が、配列番号3(全長ヒトIL15Rα)および配列番号4(ヒトIL15Rαのsushiドメイン)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項46〜48のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  50. 前記IL15タンパク質および前記IL15Rαタンパク質が、それぞれ、E87C:D96/P97/C98、E87C:D96/C97/A98、V49C:S40C、L52C:S40C、E89C:K34C、Q48C:G38C、E53C:L42C、C42S:A37C、およびL45C:A37Cからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有する、請求項46〜49のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  51. 前記ヘテロ二量体タンパク質が、
    i)前記第1の融合タンパク質が配列番号XX(17023)のポリペプチド配列を有し、前記第2の融合タンパク質が配列番号XX(17023)のポリペプチド配列を有し、前記第3のタンパク質ドメインが配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有し、前記第4のタンパク質ドメインが配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有すること、または
    ii)前記第1の融合タンパク質が配列番号XX(17581)のポリペプチド配列を有し、前記第2の融合タンパク質が配列番号XX(17581)のポリペプチド配列を有し、前記第3のタンパク質ドメインが配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有し、前記第4のタンパク質ドメインが配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有すること、を含む、請求項46〜50のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  52. 前記ヘテロ二量体タンパク質が、XENP21978、XENP22634、XENP24342、およびXENP24306である、請求項46〜51のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  53. 請求項46〜52のいずれか1項に記載の第1の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
  54. 請求項46〜53のいずれか1項に記載の第2の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
  55. 請求項39に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
  56. 請求項55に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
  57. 請求項53に記載の核酸組成物をさらに含む、請求項56に記載の発現ベクター。
  58. 前記第3のタンパク質ドメインをコードする核酸組成物をさらに含む、請求項55〜57のいずれか1項に記載の発現ベクター。
  59. 前記第4のタンパク質ドメインをコードする核酸組成物をさらに含む、請求項55〜58のいずれか1項に記載の発現ベクター。
  60. 請求項56〜59のいずれか1項に記載の1つ以上の発現ベクターを含む宿主細胞。
  61. ヘテロ二量体タンパク質であって、
    a)第1のFcドメインおよび第1のタンパク質ドメインを含む第1の融合タンパク質であって、前記第1のFcドメインが、ドメインリンカーを用いて前記第1のタンパク質ドメインのN末端に共有結合的に付着している、第1の融合タンパク質と、
    b)第2のFcドメインと、
    c)前記第1の融合タンパク質の前記第1のタンパク質ドメインに非共有結合的に付着している、第2のタンパク質ドメイン、とを含み、
    前記第1のFcドメインおよび前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、前記第1のタンパク質ドメインがIL15Rαタンパク質を含み、前記第2のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質。
  62. 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項61に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  63. 前記第1のFcドメインおよび前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項61または62に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  64. 前記IL15タンパク質が、配列番号1(全長ヒトIL15)および配列番号2(短縮化ヒトIL15)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有し、前記IL15Rαタンパク質が、配列番号3(全長ヒトIL15Rα)および配列番号4(ヒトIL15Rαのsushiドメイン)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項61〜63のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  65. 前記IL15タンパク質および前記IL15Rαタンパク質が、それぞれ、E87C:D96/P97/C98、E87C:D96/C97/A98、V49C:S40C、L52C:S40C、E89C:K34C、Q48C:G38C、E53C:L42C、C42S:A37C、およびL45C:A37Cからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有する、請求項61〜64のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  66. 前記ヘテロ二量体タンパク質が、
    i)配列番号XX(17603)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8927)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する前記第2のタンパク質ドメイン、または
    ii)配列番号XX(17605)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、配列番号XX(8927)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有する前記第2のタンパク質ドメイン、を含む、請求項61〜65のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  67. 前記ヘテロ二量体タンパク質がXENP22637またはXENP22639である、請求項61〜66のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  68. 請求項61〜67のいずれか1項に記載の第1の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
  69. 請求項61〜67のいずれか1項に記載の第2のFcドメインをコードする核酸組成物。
  70. 請求項68に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
  71. 請求項69に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
  72. 請求項68に記載の核酸組成物をさらに含む、請求項71に記載の発現ベクター。
  73. 前記第2のタンパク質ドメインをコードする核酸組成物をさらに含む、請求項70〜72のいずれか1項に記載の発現ベクター。
  74. 請求項70〜73のいずれか1項に記載の1つ以上の発現ベクターを含む宿主細胞。
  75. XENP20818、XENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21475、XENP21476、XENP21477、XENP22013、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22821、XENP22822、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP23343、XENP23504、XENP23554、XENP23555、XENP23557、XENP23559、XENP24019、XENP24020、XENP24045、XENP24051、XENP24052、XENP24113、XENP24301、XENP24306、XENP24341、XENP21478、XENP21479、XENP22357、XENP22354、XENP22355、XENP22356、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22360、XENP22361、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365、XENP22366、XENP22637、XENP24349、XENP24383、XENP21978、XENP22634、XENP24342、XENP24306、XENP22637、およびXENP22639からなる群から選択される、ヘテロ二量体タンパク質。
  76. XENP20818、XENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21475、XENP21476、XENP21477、XENP22013、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22821、XENP22822、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP23343、XENP23504、XENP23554、XENP23555、XENP23557、XENP23559、XENP24019、XENP24020、XENP24045、XENP24051、XENP24052、XENP24113、XENP24301、XENP24306、XENP24341、XENP21478、XENP21479、XENP22357、XENP22354、XENP22355、XENP22356、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22360、XENP22361、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365、XENP22366、XENP22637、XENP24349、XENP24383、XENP21978、XENP22634、XENP24342、XENP24306、XENP22637、およびXENP22639からなる群から選択されるヘテロ二量体タンパク質をコードする1つ以上の核酸を含む、核酸組成物。
  77. 1つ以上の発現ベクターを含む発現ベクター組成物であって、前記1つ以上の発現ベクターが、XENP20818、XENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21475、XENP21476、XENP21477、XENP22013、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22821、XENP22822、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP23343、XENP23504、XENP23554、XENP23555、XENP23557、XENP23559、XENP24019、XENP24020、XENP24045、XENP24051、XENP24052、XENP24113、XENP24301、XENP24306、XENP24341、XENP21478、XENP21479、XENP22357、XENP22354、XENP22355、XENP22356、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22360、XENP22361、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365、XENP22366、XENP22637、XENP24349、XENP24383、XENP21978、XENP22634、XENP24342、XENP24306、XENP22637、およびXENP22639からなる群から選択されるヘテロ二量体タンパク質をコードするように、各々が核酸を含む、発現ベクター組成物。
  78. 請求項76に記載の核酸組成物を含む宿主細胞。
  79. 請求項77に記載の発現ベクター組成物を含む宿主細胞。
  80. 前記ヘテロ二量体タンパク質が発現される適切な条件下で、請求項78または79に記載の宿主細胞を培養することと、前記タンパク質を回収することと、を含む、請求項75に記載のヘテロ二量体タンパク質を製造する方法。
  81. 癌を治療することを必要とする患者において癌を治療する方法であって、治療有効量の請求項75に記載のヘテロ二量体タンパク質を前記患者に投与することを含む、方法。
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