JP2019533443A - IL15/IL15Rαヘテロ二量体FC−融合タンパク質 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2016年10月14日に出願された米国特許出願第62/408,655号、2016年11月1日に出願された同第62/416,087号、2017年1月6日に出願された同第62/443,465号、および2017年3月28日に出願された同第62/477,926号の優先権を主張し、これらは、その中の図面、説明文、および特許請求の範囲を特に参照して、それらの全体が参照により本明細書に明示的に組み込まれる。
本発明をより完全に理解できるようにするため、いくつかの定義を以下に示す。かかる定義は、文法的同等物を包含することを意図する。
本発明は、異なる方向でIL−15およびIL−15受容体アルファ(IL−15Rα)タンパク質ドメインを含むヘテロ二量体Fc融合タンパク質に関する。Fcドメインは、IgG Fcドメイン、例えば、IgG1、IgG2、IgG3またはIgG4Fcドメインから誘導することができ、IgG1Fcドメインが本発明において特に使用される。
本発明は、ヘテロ二量体形成および/またはホモ二量体からの精製を可能にするためにヘテロ二量体化変異を利用する、様々なフォーマットのヘテロ二量体Fc融合タンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質を提供する。ヘテロ二量体融合コンストラクトは、2つのFcドメイン、例えば、「二量体」に組み立てられる2つの「単量体」の自己集合の性質に基づく。
いくつかの実施形態において、ヘテロ二量体の形成は、立体変異の付加によって促進され得る。すなわち、各重鎖中のアミノ酸を変えることによって、異なる重鎖が会合して同一のFcアミノ酸配列を有するホモ二量体を形成するよりもヘテロ二量体構造を形成する可能性が高い。適切な立体変異は、USSN15/141,350の図29に含まれており、それらの全ては、参照によりその全体が本明細書に組み込まれ、同様に図84にも含まれる。
一般に、当業者には理解されるように、pI変異には2つの一般的なカテゴリーがある:タンパク質のpIを増加させるもの(塩基性変化)とタンパク質のpIを減少させるもの(酸性変化)。本明細書中に記載されるように、これらの変異の全ての組み合わせがなされ得る:一方の単量体は野生型、または野生型と顕著に異なるpIを示さない変異であり得、他方がより塩基性またはより酸性のいずれかであり得る。代替的に、各単量体は、1つがより塩基性に、1つがより酸性へと変化する。
さらに、本発明の多くの実施形態は、あるIgGアイソタイプから別のIgGアイソタイプへの特定の位置でのpIアミノ酸の「移入」に依存し、したがって、変異体に望ましくない免疫原性が導入される可能性を低減または排除する。これらのいくつかは、参照により本明細書に組み込まれている、米国特許出願公開第2014/0370013号の図21に示されている。すなわち、IgG1は、高いエフェクター機能を含む様々な理由から治療用抗体の一般的なアイソタイプである。しかしながら、IgG1の重鎖定常領域は、IgG2のそれよりも高いpIを有する(8.10対7.31)。特定の位置でIgG2残基をIgG1骨格に導入することによって、得られる単量体のpIは低下(または上昇)し、さらにより長い血清半減期を示す。例えば、IgG1は137位にグリシン(pI5.97)を有し、IgG2はグルタミン酸(pI3.22)を有し、グルタミン酸を移入すると、得られるタンパク質のpIに影響を与える。以下に記載されるように、変異型Fc融合タンパク質のpIに顕著な影響を与えるためには、一般にいくつかのアミノ酸置換が必要とされる。しかしながら、IgG2分子中の変化でさえも血清半減期の増加を可能にすることが以下に論じられるように留意されるべきである。
各単量体のpIは、変異型重鎖定常ドメインのpIならびに変異型重鎖定常ドメインおよび融合パートナーを含む単量体全体のpIに依存し得る。したがって、いくつかの実施形態において、pIの変化は、米国特許出願公開第2014/0370013号の図19のチャートを用いて、変異型重鎖定常ドメインに基づいて計算される。本明細書で論じるように、どの単量体を操作するかは、一般に、各単量体の固有のpIによって決定される。
pI変異が単量体のpIを減少させる場合、それらはインビボでの血清保持を改善するというさらなる利点を有することができる。
pIアミノ酸変異に加えて、1つ以上のFcγR受容体への連結の改変、FcRn受容体への連結の改変等を含むがこれらに限定されない、様々な理由で実施することができるいくつかの有用なFcアミノ酸修飾が存在する。
FcγR受容体のうちの1つ以上への連結を改変するために実施され得るいくつかの有用なFc置換が存在する。結合の増加ならびに結合の減少をもたらす置換が有用であり得る。例えば、FcγRIIIaへの連結の増加は、一般に、ADCC(抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性、すなわち、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の連結抗体を認識し、その後、標的細胞の溶解を引き起こす細胞媒介性反応)の増加をもたらすことが知られている。同様に、いくつかの状況下では、FcγRIIb(抑制性受容体)への結合の減少も有益であり得る。本発明で有用なアミノ酸置換には、USSN11/124,620(特に図41)、USSN11/174,287、USSN11/396,495、USSN11/538,406に列挙されるものが含まれ、それらの全ては、それらの全体が、具体的にはその中に開示される変異が参照により、明示的に本明細書に組み込まれる。使用される特定の変異には、236A、239D、239E、332E、332D、239D/332E、267D、267E、328F、267E/328F、236A/332E、239D/332E/330Y、239D、332E/330L、243A、243L、264A、264V、および299Tが含まれるがこれらに限定されない。
同様に、機能的変異の別のカテゴリーは「FcγR除去変異」または「Fcノックアウト(FcKOまたはKO)変異である。これらの実施形態では、いくつかの治療用途のために、さらなる作用機序を回避するために、1つ以上または全てのFcγ受容体(例えば、FcγR1、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIIaなど)へのFcドメインの正常な結合を低減または除去することが望ましい。これは、例えば、多くの実施形態において、特に、Fcドメインのうちの1つが1つ以上のFcγ受容体除去変異を含むように、FCγRIIIa連結を除去してADCC活性を除去または顕著に減少させることが望ましい二重特異性免疫調節抗体の使用においてである。これらの除去変異は、それらの全ては参照によりその全体が本明細書に組み込まれるUSSN15/141,350の図31に示されており、EUインデックスに従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択される除去変異を用いる好ましい態様で、各々が独立して任意選択で含まれるか除外することができる。本明細書で言及される除去変異は、FcγR連結を除去するが、一般にはFcRn連結を除去しないことに留意されたい。
当業者には理解されるように、列挙されたヘテロ二量体化変異(スキューおよび/またはpI変異を含む)は全て、それらの「撚り度」または「単量体分配」を保持する限り任意の方法で任意選択で独立して組み合わせることができる。さらに、これらの変異は全て、ヘテロ二量体化フォーマットのいずれにも組み合わせることができる。
本発明は、IL−15およびIL−15Rαタンパク質を含むヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供する。図に示すように、IL−15複合体はいくつかの形態をとることができる。上述のように、IL−15タンパク質それ自体は、IL−15Rαタンパク質と複合体を形成するときよりも安定性が低い。当該技術分野において既知であるように、IL−15Rαタンパク質は「sushiドメイン」を含み、これはIL−15結合活性を保持する受容体の最も短い領域である。したがって、全IL−15Rαタンパク質を含むヘテロ二量体融合タンパク質を作製することができるが、本明細書における好ましい実施形態は、sushiドメインのみを使用する複合体を含み、その配列を図に示す。
いくつかの実施形態において、IL−15タンパク質およびIL−15Rαタンパク質はリンカーを介して共に結合している。場合により、タンパク質はリンカーを介して結合していない。他の実施形態において、IL−15タンパク質およびIL−15Rαタンパク質は非共有結合的に付着している。いくつかの実施形態において、IL−15タンパク質はリンカーを介してFcドメインに結合している。いくつかの実施形態において、IL−15タンパク質は、例えばリンカーを有さずに直接Fcドメインに結合している。他の実施形態では、IL−15Rαタンパク質はリンカーを介してFcドメインに結合している。他の実施形態では、IL−15Rαタンパク質は直接Fcドメインに結合している。いくつかの場合には、リンカーは、IL−15タンパク質またはIL−15Rαタンパク質をFcドメインに結合するためには使用されない。
図9A〜9Gおよび39A〜39Dに示すように、本発明の二重特異性ヘテロ二量体融合タンパク質のいくつかの有用なフォーマットが存在する。一般に、本発明のヘテロ二量体融合タンパク質は、2つの機能的構成要素:IL−15/IL−15Rα(sushi)構成要素およびFc構成要素を有し、本明細書で概説されるようにその両方は異なる形態をとることができ、その両方が任意の構成で他の構成要素と組み合わせることができる。
この実施形態では、図9Aに示すように、ヘテロ二量体融合タンパク質は2つの単量体を含む。第1の単量体は(N末端からC末端に向けて)IL−15−任意選択のドメインリンカー−CH2−CH3を含み、ドメインリンカーはヒンジの全部または一部をしばしば含む。第2の単量体は、IL−15/Rα(sushi)−任意選択のドメインリンカー−CH2−CH3を含み、ドメインリンカーはヒンジの全部または一部をしばしば含む。
この実施形態では、図9Bに示すように、ヘテロ二量体融合タンパク質は2つの単量体を含む。第1の単量体は(N末端からC末端に向けて)IL−15/Rα(sushi)−ドメインリンカー−IL−15−任意選択のドメインリンカー−CH2−CH3を含み、ドメインリンカーはヒンジの全部または一部をしばしば含む。第2の単量体は、ヒンジ−CH2−CH3の全部または一部を含む、「空の」Fcを含む。これは「scIL−15/Rα−Fc」と呼ばれ、「sc」は「単鎖」(例えば、IL−15/sushi複合体)を表す。
この実施形態では、図9Cに示すように、ヘテロ二量体融合タンパク質は3つの単量体を含む。第1の単量体は(N末端からC末端に向けて)IL−15/Rα(sushi)−ドメインリンカー−CH2−CH3を含み、ドメインリンカーはヒンジの全部または一部をしばしば含む。第2の単量体は、ヒンジ−CH2−CH3の全部または一部を含む、「空の」Fcを含む。第3の単量体はIL−15である。これは「ncIL−15/Rα−Fc」と呼ばれ、「nc」は「非共有結合」を表す。
この実施形態では、図9Dに示すように、ヘテロ二量体融合タンパク質は4つの単量体を含む。第1および第2の単量体は、(N末端からC末端に向けて)IL−15/Rα(sushi)−ドメインリンカー−CH2−CH3を含み、ドメインリンカーはヒンジの全部または一部をしばしば含む。第3および第4の単量体はIL−15を含む。これは「二価ncIL−15/Rα−Fc」と呼ばれ、「nc」は「非共有結合」を表す。
当業者によって理解および以下でより完全に説明するように、一般的に図9A〜9Gおよび図39A〜39Dに示されているように、本発明のヘテロ二量体融合タンパク質は、多種多様な構成をとることができる。例示的な融合タンパク質のアミノ酸配列は、8A〜8E、10、11、12A、12B、13〜15、40A、40B、41A、41B、42、43、48A〜48D、49A〜49C、50A、50B、51、52、53、および94A〜94Dに提示される。
本発明はさらに、本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質をコードする核酸組成物(または、単量体Fcドメインタンパク質の場合はそれらをコードする核酸)も提供する。
一般に、本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、癌を有する患者に投与され、そして有効性は、本明細書中に記載されるようないくつかの方法で評価される。このため、癌量、腫瘍のサイズ、転移の存在または程度の評価等の、有効性の標準的なアッセイを実行し得るが、免疫腫瘍学的治療もまた免疫状態評価に基づいて評価され得る。これは、インビトロアッセイおよびインビボアッセイの両方を含むいくつかの方法で行うことができる。例えば、腫瘍量、サイズ、侵襲性、LN関与、転移等といった「古典的な」測定と併せて、免疫状態(例えば、ipi治療後のICOS+CD4+T細胞の存在)の変化の評価を実施することができる。このため、以下のいずれかまたは全てを評価することができる:CD4+T細胞活性化もしくは増殖、CD8+T(CTL)細胞活性化もしくは増殖、CD8+T細胞媒介性細胞傷害性活性および/もしくはCTL媒介性細胞枯渇、NK細胞活性およびNK媒介性細胞枯渇に対するPVRIGの抑制効果、Treg細胞分化および増殖ならびにTreg細胞もしくは骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)媒介性免疫抑制もしくは免疫耐性に対するPVRIGの増強効果、ならびに/または免疫細胞による炎症性サイトカイン産生、例えば、T細胞もしくは他の免疫細胞によるIL−2、IFN−γもしくはTNF−α産生に対するPVRIGの影響。
いくつかの実施形態では、T細胞活性化は、当該技術分野において既知のように、混合リンパ球反応(MLR)アッセイを使用して評価される。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一旦製造されると、本発明の組成物は、一般に本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質の結合によって、一般にT細胞活性化を促進すること(例えば、T細胞はもはや抑制されない)によって癌を治療することによって、いくつかの腫瘍学用途に使用される。
本発明に従って使用される抗体の製剤は、所望の純度の抗体を任意選択の薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定化剤(Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A.Ed.[1980]に一般に概説されるような)と混合することによって、保存のために、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で調製される(Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed.[1980]に概説されるように)。許容される担体、緩衝剤、賦形剤、または安定剤は、使用される投薬量および濃度において、レシピエントに対して非毒性であり、リン酸、クエン酸、および他の有機酸などの緩衝液;アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤;防腐剤(塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム;塩化ヘキサメトニウム;塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム;フェノール、ブチル、またはベンジルアルコール;メチルまたはプロピルパラベン等のアルキルパラベン;カテコール;レゾルシノール;シクロヘキサノール;3−ペンタノール;およびm−クレゾール);低分子量(約10残基未満)ポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリン等のタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、リジン等のアミノ酸;単糖類、二糖類、およびグルコース、マンノース、またはデキストリンを含む他の炭水化物;EDTA等のキレート剤;スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトール等の糖類;ナトリウム等の塩形成対イオン;金属錯体(例えば、Zn−タンパク質錯体);および/またはTWEEN(商標)、PLURONICS(商標)またはポリエチレングリコール(PEG)等の非イオン性界面活性剤を含む。
本発明のヘテロ二量体タンパク質および化学療法剤は、ボーラスとしての静脈内投与またはある期間にわたる持続注入などの既知の方法に従って対象に投与される。
本発明の方法において、治療は、疾患または病状に関して肯定的な治療応答を提供するために使用される。「肯定的な治療応答」は、疾患もしくは病状の改善、および/または疾患または病状に関連する症状の改善を意図する。例えば、肯定的な治療応答は、疾患における以下の改善のうちの1つ以上を指し得る:(1)腫瘍細胞の数の減少、(2)腫瘍細胞死の増加、(3)腫瘍細胞の生存の阻害、(5)腫瘍増殖の阻害(すなわち、ある程度の減速、好ましくは停止)、(6)患者生存率の増加、および(7)疾患または病状に関連する1つ以上の症状からのいくらかの解放。
IL−15/IL−15Rαヘテロ二量体の短い半減期に対処するために、本発明者らは、産生の促進および複合体のFcRn媒介リサイクルの促進および半減期の延長を目的として、Fc融合体としてIL−15/IL−15Rα(sushi)複合体(以下、IL−15/Rα−Fc融合体と呼ぶ)を生成した。
IL−15またはIL−15Rαsushiドメインをコードするプラスミドを、標準的な遺伝子合成、続いてFc融合パートナー(例えば、図8に示す定常領域)を含むpTT5発現ベクターへのサブクローニングによって構築した。例示的なIL−15/Rα−Fc融合タンパク質フォーマットの漫画の概略図を図9A〜9Gに示す。
上記のようないくつかのフォーマットで産生されたIL−15/Rα−Fc融合タンパク質は、以下に一般的に記載されるように、純度および均一性についてサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)およびキャピラリー等電点電気泳動(CEF)によって分析された。
IL−15/Rα−Fc融合タンパク質の親和性スクリーニングは、Octet、BioLayer Interferometry(BLI)に基づく方法を用いて実施した。Octetの実験工程は、一般的に以下を含んでいた:固定化(バイオセンサー上へのリガンドまたは試験試料の捕捉)、会合(対応する試験試料またはリガンドの連続希釈物を含むウェルへのリガンドまたは試験試料をコーティングしたバイオセンサーの浸漬)、試験試料の親和性を決定するための解離(緩衝液を含むウェルにバイオセンサーを戻すこと)。緩衝液のみを含む基準ウェルもまた、データ処理中のバックグラウンド補正のための方法に含まれた。特に、抗ヒトFc(AHC)バイオセンサーを使用して試験試料を捕捉し、次いでKD決定のために複数濃度のIL−2Rβ(R&D Systems, Minneapolis, Minn.)に浸漬した。親和性の結果および対応するセンサーグラムを図17D、18D、および19Dに示す。3つの構築物の各々は、IL−1Rβに対して高い親和性結合(3〜8nM)を示した。
上述のような様々なフォーマットのIL−15/Rα−Fc融合タンパク質を細胞増殖アッセイで試験した。ヒトPBMCを示された濃度で試験試料で処理した。処理の4日後、PBMCを抗CD8−FITC(RPA−T8)、抗CD4−PerCP/Cy5.5(OKT4)、抗CD27−PE(M−T271)、抗CD56−BV421(5.1H11)、抗CD16−BV421(3G8)、および抗CD45RA−BV605(Hi100)で染色し、以下の細胞型についてゲートした:CD4+T細胞、CD8+T細胞、およびNK細胞(CD56+/CD16+)。Ki67は細胞増殖と厳密に関連するタンパク質であり、そして細胞内Ki67についての染色は抗Ki67−APC(Ki−67)およびFoxp3/転写因子染色緩衝液セット(Thermo Fisher Scientific, Waltham, Mass)を使用して実施された。上述の細胞型に対するKi67の割合は、FACSを使用して測定された(図20A〜20Cおよび図21A〜21Cに示す)。
上述のように、IL−15/Rαヘテロ二量体はT細胞を強力に活性化することができる。上述のような様々なフォーマットのIL−15/Rα−Fc融合タンパク質をSEB刺激PBMCアッセイで試験した。ブドウ球菌エンテロトキシンB(SEB)は、T細胞受容体(TCR)を介した活性化によって達成されるのと同様にT細胞の活性化および増殖を引き起こす超抗原である。SEBを用いたヒトPBMCの刺激は、T細胞活性化および増殖をアッセイするための一般的な方法である。
IL−15/Rα−Fc融合タンパク質XENP20818を、メスのNSG(NOD−SCID−ガンマ)免疫不全マウスにおいて実施された移植片対宿主病(GVHD)モデルにおいて評価した。NSGマウスにヒトPBMCを注射したとき、ヒトPBMCはマウス細胞に対して自己免疫応答を引き起こす。ヒトPBMCを注射したNSGマウスに続くIL−15/Rα−Fc融合タンパク質による処理は、移植されたT細胞の増殖を増強する。
IL−15/Rα−Fc融合タンパク質の安定性をさらに向上させ、半減期を延ばすために、IL−15/Rα界面においてジスルフィド結合を操作した。
IL−15/Rα複合体の結晶構造を調べることによって、およびMolecular Operating Environment(MOE、Chemical Computing Group, Montreal, Quebec, Canada)ソフトウェアを用いてモデリングすることによって、図26に示されるように、共有ジスルフィド結合を形成するためにシステインで置換し得るIL−15/Rα界面の残基を予測した。
上述の変異を有する、IL−15またはIL−15Rαsushiドメインをコードするプラスミドを、Fc融合パートナー(例えば、図8に示す定常領域)を含むpTT5発現ベクターへとサブクローニングした。操作されたジスルフィド結合を有するIL−15/Rα−Fc融合タンパク質の漫画の概略図を図39A〜Dに示す。
PKをさらに改善しそして半減期を延長するために、我々はIL−15の効力を減少させることが抗原シンクを減少させ、そしてそれ故、半減期を増加させるであろうと推論した。
IL−15:IL−2Rβ βおよびIL−15:共通のガンマ鎖界面の結晶構造を調べることによって、ならびにMOEソフトウェアを使用してモデリングすることによって、効力を低減するために置換され得るこれらの界面における残基を予測した。図46は、(免疫原性のリスクを低減するために)等価置換を操作した予測された残基の位置を示すIL−15:受容体複合体の構造モデルを示す。効力を低減するために操作された例示的なIL−15変異体の配列を図47に示す。
変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質をいくつかの細胞増殖アッセイで試験した。
上述の置換のいくつかを有し、さらにIL−15とIL−15Rαとの間に種々の長さのリンカーを有するIL−15/Rα−Fc融合タンパク質(表3に示す)を、示された濃度でヒトPBMCと共に37℃で3日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3−PE(OKT3)、抗CD4−FITC(RPA−T4)、抗CD8−APC(RPA−T8)、抗CD16−BV605(3G8)、抗CD25−PerCP/Cy5.5(M−A251)、抗CD45RA−APC/Fire750(HI100)および抗Ki67−PE/Cy7(Ki−67)で染色し、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。CD8+T細胞、CD4+T細胞、γδT細胞、およびNK(CD16+)細胞に対するKi67の割合を図64A〜Dに示す。データは、ncIL−15/Rα−Fc融合タンパク質XENP21479がCD8+T細胞、CD4+T細胞、NK(CD16+)細胞、およびγδT細胞の増殖の最も強力な誘導因子であることを示している。各scIL−15/Rα−Fc融合タンパク質は、増殖を誘導することにおいてXENP21479よりも効力が弱かったが、差異はリンカーの長さと特定の操作された置換の両方に依存していた。
異なるフォーマットの変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質(表4に示す通り)を、示された濃度でヒトPBMCと共に37℃で3日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3−PE(OKT3)、抗CD4−FITC(RPA−T4)、抗CD8−APC(RPA−T8)、抗CD16−BV605(3G8)、抗CD25−PerCP/Cy5.5(M−A251)、抗CD45RA−APC/Fire750(HI100)および抗Ki67−PE/Cy7(Ki−67)で染色し、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。CD8+T細胞、CD4+T細胞、γδT細胞、およびNK(CD16+)細胞に対するKi67の割合を、それぞれ図65A〜Dに示す。上述のように、データは、ncIL−15/Rα−Fc融合タンパク質XENP21479がCD8+T細胞、CD4+T細胞、NK(CD16+)細胞、およびγδT細胞の増殖の最も強力な誘導因子であることを示している。特に、ncIL−15/Rα−Fcフォーマット(XENP24349)へのQ108E置換の導入は、野生型(XENP21479)と比較してその増殖活性を劇的に減少させる。
IL−15およびIL−15Rαのトランス提示は、STAT5のリン酸化およびそれに続くNK細胞およびT細胞(CD4+およびCD8+)の増殖を促進する。したがって、CD8+およびCD4+T細胞を、示されたIL−15/Rα−Fc試験試料と共に15分間インキュベートした後のSTAT5リン酸化について分析した。PBMCを抗CD4−BV421(RPA−T4)および抗CD8−A700(SK1)で室温で30〜45分間染色した。細胞を洗浄し、予め冷却した(−20℃)90%メタノールと共に20〜60分間インキュベートした。メタノールと共にインキュベートした後、細胞を再度洗浄し、抗CD45RA−BV510(HI100)、抗CD27−BV605(L128)、抗CD25−PE(M−A251)、抗pSTAT5−Alexa647(pY687)、および抗FoxP3−Alexa488(259D)で染色し、様々な細胞集団およびSTAT5リン酸化をマークした。図66A〜Dは、XENP22821と共にインキュベートした後の様々な細胞集団の選択を示す。リンパ球を最初にSSCおよびFSCに基づいてゲートした(図66A)。次いでリンパ球をCD4およびCD8発現に基づいてゲートしてCD4+およびCD8+T細胞を同定した(図66B)。次いで、CD4+およびCD8+T細胞をさらにCD45RAおよびCD27の発現に基づいてゲートして、それぞれ図66C〜Dに示すさらなる亜集団を同定した。最後に、様々な細胞集団におけるSTAT5のリン酸化を判定し、そしてデータを図67A〜Cに示す。T細胞におけるSTAT5リン酸化は用量依存的に誘導され、そしてまた特定の操作された置換に応じて変動した。図67Cは、対照と比較した変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質のSTAT5リン酸化についてのEC50の変化倍率を示す。
効力を低減するために操作されたIL−15/Rα−Fc融合タンパク質が半減期およびPKを改善したかどうかを調べるために、我々はC57BL/6マウスにおけるPK研究においてこれらの変異体を調べた。0日目に、2コホートのマウス(1コホートあたり試験試料あたり5匹のマウス)にIV−TVによって0.1mg/kgの示された試験試料を投与した。投与60分後に、次いでコホート1では2、4、および7日目、そしてコホート2では1、3、および8日目に血清を採取した。IL−15/Rα−Fc融合タンパク質の血清レベルは、サンドイッチELISAにおいて抗IL−15および抗IL−15Rα抗体を用いて決定した。結果を図68に示す。図69は、試験試料の効力と半減期の間の相関関係を示す。
変異型IL−15/Rα−Fc融合タンパク質を、概して実施例1Fに記載されているように、メスのNSG免疫不全マウスにおいて実施されたGVHDモデルにおいて評価した。
カニクイザルに、XENP20818(n=3)、XENP22819(n=1)、XENP22821(n=3)、XENP22822(n=3)、XENP22834(n=3)、およびXENP23343(n=3)の単回静脈内(i.v.)投与を投与した。リンパ球数(図82、84、86、88、90、および92)ならびに増殖(図83、85、87、89、91、および93)を経時的に評価した。データは、6日目にピークに達し、その後に回復および正常化するXENP22821による処理後の、CD56+NK細胞(図86A)、CD16+NK細胞(図86B)、γδT細胞(図86C)、CD8+T細胞(CD45RA+)(図86D)、CD8+T細胞(CD45RA−)(図86E)、およびおよびCD4+T細胞(図86F)における顕著な変化を示す。最後に、図は、CD56+NK細胞(図87A)、CD16+NK細胞(図87B)、CD8+T細胞(CD45RA+)(図87C)、CD8+T細胞(CD45RA−)(図87D)、およびCD4+T細胞(図87E)におけるKi67の顕著な発現を示し、XENP22821による処理後の増殖活性を示す。XENP20818、XENP22819、XENP22822、およびXENP23343による処理後に同様の増殖活性が観察され、本発明のほとんどのIL−15/Rα−Fc融合タンパク質がカニクイザルにおいて活性であることを実証している。
上述のように効力を低減するように操作されたIL−15/Rα−Fc変異体を、IL−15および/またはIL−15Rα(sushi)をコードするプラスミドをM428L/N434S置換を有するFc融合パートナーを含むpTT5発現ベクター(図8、骨格11参照)へとサブクローニングすることによって、半減期をさらに増加させるためにXtend Fcでさらに操作した(本明細書では「IL−15/Rα−XtendFc」融合タンパク質と呼ぶ)。例示的なIL−15/Rα−XtendFcの配列を図94〜96に示す(表5も参照)。
ヒトPBMCを示された濃度のIL−15/Rα−XtendFc変異体と共に3日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3−FITC(OKT3)、抗CD4−PE(RPA−T4)、抗CD8−eFluor450(SK−1)、抗CD45RA−PE/Cy7(HI100)、抗CD16−PerCP/Cy5.5(3G8)、抗CD25−APC/Fire750(M−A251)、および抗Ki67−APC(Ki−67)で染色して様々な細胞集団をマークし、概して実施例1Dに記載されるようにFACSによって分析した。処理後の、Ki67発現によって示されるようなCD8+T細胞、CD4+T細胞、およびNK細胞の増殖を図97に示す。
−7日目に1000万個のヒトPBMCをIV−OSPによってNSGマウスに移植し、続いて0日目に示された試験試料(0.3mg/kg)を投与した。全血を4日目および7日目に採取し、マウスを5〜8日目または11日目に脾臓のために屠殺して、FACSを使用してCD4+T細胞、CD8+T細胞、およびCD45+細胞の数を測定した。図99A〜Cはそれぞれ、4および7日目の全血における、ならびに8日目の脾臓における、CD4+T細胞数を示す。図100A〜Cはそれぞれ、4および7日目の全血における、ならびに8日目の脾臓における、CD8+T細胞数を示す。図101A〜Cはそれぞれ、4および7日目の全血における、ならびに8日目の脾臓における、CD4+T細胞数を示す。マウスの体重もまた、−8、−2、1、5、8、および11日目に測定し、図102A〜102Fに示す。各点は1匹のメスのNSGマウスを表す。
サル(n=3)に示された試験試料の単回静脈内(i.v.)投与を投与し(1日目)、そして血液を毎日採血した。血液中のCD8+T細胞、CD4+T細胞およびNK細胞の数は、図103A〜Cにそれぞれ示されるように経時的に評価された。各点は3匹のカニクイザルの平均である。データは、変異体の各々が増殖性免疫細胞において活性であることを示し、これは本発明のIL−15/Rα−Fc融合タンパク質がヒトの癌の治療薬として有用であり得ることを示している。
Claims (81)
- ヘテロ二量体タンパク質であって、
a)第1のタンパク質ドメインおよび第1のFcドメインを含む第1の融合タンパク質であって、前記第1のタンパク質ドメインが、第1のドメインリンカーを用いて前記第1のFcドメインのN末端に共有結合的に付着している、第1の融合タンパク質と、
b)第2のタンパク質ドメインおよび第2のFcドメインを含む第2の融合タンパク質であって、前記第2のタンパク質ドメインが、第2のドメインリンカーを用いて前記FcドメインのN末端に共有結合的に付着している、第2の融合タンパク質と、を含み、
前記第1のFcドメインおよび前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、前記第1のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含み、前記第2のタンパク質ドメインがIL15Rαタンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質。 - 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項1に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項1または2に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記IL15タンパク質が、配列番号1(全長ヒトIL15)および配列番号2(短縮化ヒトIL15)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有し、前記IL15Rαタンパク質が、配列番号3(全長ヒトIL15Rα)および配列番号4(ヒトIL15Rαのsushiドメイン)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項1〜3のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記IL15タンパク質が、N1D、N4D、D8N、D30N、D61N、E64Q、N65D、およびQ108Eからなる群から選択される1つ以上のアミノ酸置換を有する、請求項1〜4のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記IL15タンパク質および前記IL15Rαタンパク質が、それぞれ、E87C:D96/P97/C98、E87C:D96/C97/A98、V49C:S40C、L52C:S40C、E89C:K34C、Q48C:G38C、E53C:L42C、C42S:A37C、およびL45C:A37Cからなる群から選択される一組のアミノ酸置換または付加を有する、請求項1〜5のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記ヘテロ二量体タンパク質が、
i)配列番号XX(XENP15902)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
ii)配列番号XX(XENP15902)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15909)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
iii)配列番号XX(XENP16479)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
iv)配列番号XX(XENP15902)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP16481)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
v)配列番号XX(XENP15902)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP16483)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
vi)配列番号XX(XENP16479)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15909)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
vii)配列番号XX(XENP16479)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP16481)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
viii)配列番号XX(XENP16480)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP16482)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
ix)配列番号XX(XENP16480)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15909)のポリペプチド配列として有する前記第2の融合タンパク質h、
x)配列番号XX(XENP17064)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP17038)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xi)配列番号XX(XENP17064)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP17040)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、または
xii)配列番号XX(17062)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(17044)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xiii)配列番号XX(XENP17686)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xiv)配列番号XX(XENP17687)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xv)配列番号XX(XENP17688)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xvi)配列番号XX(XENP17689)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xvii)配列番号XX(XENP17690)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xviii)配列番号XX(XENP17691)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xix)配列番号XX(XENP17692)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xx)配列番号XX(XENP17693)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxi)配列番号XX(XENP17694)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxii)配列番号XX(XENP17695)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxiii)配列番号XX(XENP17696)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxiv)配列番号XX(XENP17697)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxv)配列番号XX(XENP17698)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxvi)配列番号XX(XENP17699)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxvii)配列番号XX(XENP17701)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxviii)配列番号XX(XENP17691)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxix)配列番号XX(XENP17702)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxx)配列番号XX(XENP17703)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxxi)配列番号XX(XENP17704)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxxii)配列番号XX(XENP17705)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxxiii)配列番号XX(XENP18295)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP17761)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxxiv)配列番号XX(XENP18783)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxxv)配列番号XX(XENP18784)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxxvi)配列番号XX(XENP18786)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxxvii)配列番号XX(XENP18788)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP15908)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、
xxxviii)配列番号XX(XENP19242)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP16481)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、または
xxxix)配列番号XX(XENP19243)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、および配列番号XX(XENP16481)のポリペプチド配列を有する前記第2の融合タンパク質、を含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。 - 前記第1のタンパク質ドメインが、前記第1のドメインリンカーを用いずに前記第1のFcドメインのN末端に直接共有結合的に付着する、および/または、前記第2のタンパク質ドメインが、前記第2のドメインリンカーを用いずに前記第2のFcドメインのN末端に直接共有結合的に付着する、請求項1〜7のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記ヘテロ二量体タンパク質が、XENP20818、XENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21475、XENP21476、XENP21477、XENP22013、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22821、XENP22822、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP23343、XENP23504、XENP23554、XENP23555、XENP23557、XENP23559、XENP24019、XENP24020、XENP24045、XENP24051、XENP24052、XENP24113、XENP24301、XENP24306、およびXENP24341からなる群から選択される、請求項1〜6のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 請求項1〜9のいずれか1項に記載の第1の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
- 請求項1〜10のいずれか1項に記載の第2の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
- 請求項10に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
- 請求項11に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
- 請求項10に記載の核酸組成物をさらに含む、請求項13に記載の発現ベクター。
- 請求項12〜14のいずれか1項に記載の1つ以上の発現ベクターを含む宿主細胞。
- ヘテロ二量体タンパク質であって、
a)第1のタンパク質ドメイン、第2のタンパク質ドメイン、および第1のFcドメインを含む融合タンパク質であって、前記第1のタンパク質ドメインが、第1のドメインリンカーを用いて前記第2のタンパク質ドメインのN末端に共有結合的に付着し、前記第2のタンパク質ドメインが、第2のドメインリンカーを用いて前記第1のFcドメインのN末端に共有結合的に付着している、融合タンパク質と、
b)第2のFcドメインと、を含み、
前記第1のFcドメインおよび前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、前記第1のタンパク質ドメインがIL15Rαタンパク質を含み、前記第2のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質。 - 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項16に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項16または17に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記IL15タンパク質が、配列番号1(全長ヒトIL15)および配列番号2(短縮化ヒトIL15)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有し、前記IL15Rαタンパク質が、配列番号3(全長ヒトIL15Rα)および配列番号4(ヒトIL15Rαのsushiドメイン)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項16〜18のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記IL15タンパク質および前記IL15Rαタンパク質が、それぞれ、E87C:D96/P97/C98、E87C:D96/C97/A98、V49C:S40C、L52C:S40C、E89C:K34C、Q48C:G38C、E53C:L42C、C42S:A37C、およびL45C:A37Cからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有する、請求項16〜19のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記第1の融合タンパク質が配列番号XX(16478)のポリペプチド配列を有し、前記Fcドメインが配列番号XX(8924)のポリペプチド配列を有する、請求項16〜20のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記ヘテロ二量体タンパク質がXENP21478である、請求項16〜21のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 請求項16〜22のいずれか1項に記載の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
- 請求項16〜22のいずれか1項に記載の第2のFcドメインをコードする核酸組成物。
- 請求項23に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
- 請求項24に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
- 請求項23に記載の核酸組成物をさらに含む、請求項26に記載の発現ベクター。
- 請求項25〜27のいずれか1項に記載の1つまたは2つの発現ベクターを含む宿主細胞。
- ヘテロ二量体タンパク質であって、
a)第1のタンパク質ドメインおよび第1のFcドメインを含む融合タンパク質であって、前記第1のタンパク質ドメインが、ドメインリンカーを用いて前記第1のFcドメインのN末端に共有結合的に付着している、融合タンパク質と、
b)第2のFcドメインと、
c)前記第1のタンパク質ドメインに非共有結合的に付着している第2のタンパク質ドメインと、を含み、
前記第1のFcドメインおよび前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、前記第1のタンパク質ドメインがIL15Rαを含み、前記第2のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質。 - 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項29に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項29または30に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記IL15タンパク質が、配列番号1(全長ヒトIL15)および配列番号2(短縮化ヒトIL15)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有し、前記IL15Rαタンパク質が、配列番号3(全長ヒトIL15Rα)および配列番号4(ヒトIL15Rαのsushiドメイン)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項29〜31のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記IL15タンパク質および前記IL15Rαタンパク質が、それぞれ、E87C:D96/P97/C98、E87C:D96/C97/A98、V49C:S40C、L52C:S40C、E89C:K34C、Q48C:G38C、E53C:L42C、C42S:A37C、およびL45C:A37Cからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有する、請求項29〜32のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記融合タンパク質が、配列番号XX(16481)、配列番号XX(17034)、配列番号XX(17038)、配列番号XX(17036)、配列番号XX(17039)、配列番号XX(17040)、配列番号XX(17044)、配列番号XX(17041)、配列番号XX(17043)、配列番号XX(17045)、配列番号XX(17042)、配列番号XX(15908)、および配列番号XX(17603)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項29〜33のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記第2のFcドメインが配列番号XX(8793)または配列番号XX(8927)のポリペプチド配列を有する、請求項29〜34のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記融合タンパク質が、配列番号XX(16484)、配列番号(17074)、配列番号(17071)、配列番号(17072)、配列番号(17075)、配列番号(17070)、配列番号(17073)、および配列番号(17083)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項29〜35のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記ヘテロ二量体タンパク質が、
i)配列番号XX(16481)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
ii)配列番号XX(17034)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
iii)配列番号XX(17038)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
iv)配列番号XX(17036)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
v)配列番号XX(17038)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
vi)配列番号XX(17039)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
vii)配列番号XX(17040)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
viii)配列番号XX(17044)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17071)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
ix)配列番号XX(17044)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17072)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
x)配列番号XX(17075)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17041)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
xi)配列番号XX(17043)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17070)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
xii)配列番号XX(17045)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17073)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、
xiii)配列番号XX(17042)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17083)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、または
xiv)配列番号XX(15908)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8793)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する第2のタンパク質ドメイン、を含む、請求項29〜36のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記ヘテロ二量体タンパク質が、XENP21479、XENP22357、XENP22354、XENP22355、XENP22356、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22360、XENP22361、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365、XENP22366、XENP22637、XENP24349、およびXENP24383からなる群から選択される、請求項29〜37のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 請求項29〜38のいずれか1項に記載の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
- 請求項29〜37のいずれか1項に記載の第2のFcドメインをコードする核酸組成物。
- 請求項39に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
- 請求項40に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
- 請求項39に記載の核酸組成物をさらに含む、請求項42に記載の発現ベクター。
- 前記第2のタンパク質ドメインをコードする核酸組成物をさらに含む、請求項41〜43のいずれか1項に記載の発現ベクター。
- 請求項41〜44のいずれか1項に記載の1つ以上の発現ベクターを含む宿主細胞。
- ヘテロ二量体タンパク質であって、
a)第1のタンパク質ドメインおよび第1のFcドメインを含む第1の融合タンパク質であって、前記第1のタンパク質ドメインが、ドメインリンカーを用いて前記第1のFcドメインのN末端に共有結合的に付着している、第1の融合タンパク質と、
b)第2のタンパク質ドメインを含む第2の重鎖および第2のFcドメインを含む第1の第2の重鎖を含む第2の融合タンパク質であって、前記第2のタンパク質ドメインが、ドメインリンカーを用いて前記第2のFcドメインのC末端に共有結合的に付着している、第2の融合タンパク質と、
c)前記第1の融合タンパク質の前記第1のタンパク質ドメインに非共有結合的に付着している、第3のタンパク質ドメインと、
d)前記第2の融合タンパク質の前記第2のタンパク質ドメインに非共有結合的に付着している、第4のタンパク質ドメインと、を含み、
前記第1のFcドメインおよび前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、前記第1のタンパク質ドメインおよび前記第2のタンパク質ドメインがIL15Rαタンパク質を含み、前記第3のタンパク質ドメインおよび前記第4のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質。 - 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項46に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項46または47に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記IL15タンパク質が、配列番号1(全長ヒトIL15)および配列番号2(短縮化ヒトIL15)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有し、前記IL15Rαタンパク質が、配列番号3(全長ヒトIL15Rα)および配列番号4(ヒトIL15Rαのsushiドメイン)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項46〜48のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記IL15タンパク質および前記IL15Rαタンパク質が、それぞれ、E87C:D96/P97/C98、E87C:D96/C97/A98、V49C:S40C、L52C:S40C、E89C:K34C、Q48C:G38C、E53C:L42C、C42S:A37C、およびL45C:A37Cからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有する、請求項46〜49のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記ヘテロ二量体タンパク質が、
i)前記第1の融合タンパク質が配列番号XX(17023)のポリペプチド配列を有し、前記第2の融合タンパク質が配列番号XX(17023)のポリペプチド配列を有し、前記第3のタンパク質ドメインが配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有し、前記第4のタンパク質ドメインが配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有すること、または
ii)前記第1の融合タンパク質が配列番号XX(17581)のポリペプチド配列を有し、前記第2の融合タンパク質が配列番号XX(17581)のポリペプチド配列を有し、前記第3のタンパク質ドメインが配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有し、前記第4のタンパク質ドメインが配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有すること、を含む、請求項46〜50のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。 - 前記ヘテロ二量体タンパク質が、XENP21978、XENP22634、XENP24342、およびXENP24306である、請求項46〜51のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 請求項46〜52のいずれか1項に記載の第1の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
- 請求項46〜53のいずれか1項に記載の第2の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
- 請求項39に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
- 請求項55に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
- 請求項53に記載の核酸組成物をさらに含む、請求項56に記載の発現ベクター。
- 前記第3のタンパク質ドメインをコードする核酸組成物をさらに含む、請求項55〜57のいずれか1項に記載の発現ベクター。
- 前記第4のタンパク質ドメインをコードする核酸組成物をさらに含む、請求項55〜58のいずれか1項に記載の発現ベクター。
- 請求項56〜59のいずれか1項に記載の1つ以上の発現ベクターを含む宿主細胞。
- ヘテロ二量体タンパク質であって、
a)第1のFcドメインおよび第1のタンパク質ドメインを含む第1の融合タンパク質であって、前記第1のFcドメインが、ドメインリンカーを用いて前記第1のタンパク質ドメインのN末端に共有結合的に付着している、第1の融合タンパク質と、
b)第2のFcドメインと、
c)前記第1の融合タンパク質の前記第1のタンパク質ドメインに非共有結合的に付着している、第2のタンパク質ドメイン、とを含み、
前記第1のFcドメインおよび前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、S267K/L368D/K370S:S267K/LS364K/E357Q、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、およびK370S:S364K/E357Qからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有し、前記第1のタンパク質ドメインがIL15Rαタンパク質を含み、前記第2のタンパク質ドメインがIL15タンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質。 - 前記第1のFcドメインおよび/または前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項61に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記第1のFcドメインおよび前記第2のFcドメインが、EU付番に従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる追加の一組のアミノ酸置換を有する、請求項61または62に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記IL15タンパク質が、配列番号1(全長ヒトIL15)および配列番号2(短縮化ヒトIL15)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有し、前記IL15Rαタンパク質が、配列番号3(全長ヒトIL15Rα)および配列番号4(ヒトIL15Rαのsushiドメイン)からなる群から選択されるポリペプチド配列を有する、請求項61〜63のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記IL15タンパク質および前記IL15Rαタンパク質が、それぞれ、E87C:D96/P97/C98、E87C:D96/C97/A98、V49C:S40C、L52C:S40C、E89C:K34C、Q48C:G38C、E53C:L42C、C42S:A37C、およびL45C:A37Cからなる群から選択される一組のアミノ酸置換を有する、請求項61〜64のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記ヘテロ二量体タンパク質が、
i)配列番号XX(17603)のポリペプチド配列を有する前記融合タンパク質、配列番号XX(8927)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(16484)のポリペプチド配列を有する前記第2のタンパク質ドメイン、または
ii)配列番号XX(17605)のポリペプチド配列を有する前記第1の融合タンパク質、配列番号XX(8927)のポリペプチド配列を有する前記第2のFcドメイン、および配列番号XX(17074)のポリペプチド配列を有する前記第2のタンパク質ドメイン、を含む、請求項61〜65のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 前記ヘテロ二量体タンパク質がXENP22637またはXENP22639である、請求項61〜66のいずれか1項に記載のヘテロ二量体タンパク質。
- 請求項61〜67のいずれか1項に記載の第1の融合タンパク質をコードする核酸組成物。
- 請求項61〜67のいずれか1項に記載の第2のFcドメインをコードする核酸組成物。
- 請求項68に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
- 請求項69に記載の核酸組成物を含む発現ベクター。
- 請求項68に記載の核酸組成物をさらに含む、請求項71に記載の発現ベクター。
- 前記第2のタンパク質ドメインをコードする核酸組成物をさらに含む、請求項70〜72のいずれか1項に記載の発現ベクター。
- 請求項70〜73のいずれか1項に記載の1つ以上の発現ベクターを含む宿主細胞。
- XENP20818、XENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21475、XENP21476、XENP21477、XENP22013、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22821、XENP22822、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP23343、XENP23504、XENP23554、XENP23555、XENP23557、XENP23559、XENP24019、XENP24020、XENP24045、XENP24051、XENP24052、XENP24113、XENP24301、XENP24306、XENP24341、XENP21478、XENP21479、XENP22357、XENP22354、XENP22355、XENP22356、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22360、XENP22361、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365、XENP22366、XENP22637、XENP24349、XENP24383、XENP21978、XENP22634、XENP24342、XENP24306、XENP22637、およびXENP22639からなる群から選択される、ヘテロ二量体タンパク質。
- XENP20818、XENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21475、XENP21476、XENP21477、XENP22013、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22821、XENP22822、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP23343、XENP23504、XENP23554、XENP23555、XENP23557、XENP23559、XENP24019、XENP24020、XENP24045、XENP24051、XENP24052、XENP24113、XENP24301、XENP24306、XENP24341、XENP21478、XENP21479、XENP22357、XENP22354、XENP22355、XENP22356、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22360、XENP22361、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365、XENP22366、XENP22637、XENP24349、XENP24383、XENP21978、XENP22634、XENP24342、XENP24306、XENP22637、およびXENP22639からなる群から選択されるヘテロ二量体タンパク質をコードする1つ以上の核酸を含む、核酸組成物。
- 1つ以上の発現ベクターを含む発現ベクター組成物であって、前記1つ以上の発現ベクターが、XENP20818、XENP20819、XENP21471、XENP21472、XENP21473、XENP21474、XENP21475、XENP21476、XENP21477、XENP22013、XENP22815、XENP22816、XENP22817、XENP22818、XENP22819、XENP22820、XENP22821、XENP22822、XENP22823、XENP22824、XENP22825、XENP22826、XENP22827、XENP22828、XENP22829、XENP22830、XENP22831、XENP22832、XENP22833、XENP22834、XENP23343、XENP23504、XENP23554、XENP23555、XENP23557、XENP23559、XENP24019、XENP24020、XENP24045、XENP24051、XENP24052、XENP24113、XENP24301、XENP24306、XENP24341、XENP21478、XENP21479、XENP22357、XENP22354、XENP22355、XENP22356、XENP22357、XENP22358、XENP22359、XENP22360、XENP22361、XENP22362、XENP22363、XENP22364、XENP22365、XENP22366、XENP22637、XENP24349、XENP24383、XENP21978、XENP22634、XENP24342、XENP24306、XENP22637、およびXENP22639からなる群から選択されるヘテロ二量体タンパク質をコードするように、各々が核酸を含む、発現ベクター組成物。
- 請求項76に記載の核酸組成物を含む宿主細胞。
- 請求項77に記載の発現ベクター組成物を含む宿主細胞。
- 前記ヘテロ二量体タンパク質が発現される適切な条件下で、請求項78または79に記載の宿主細胞を培養することと、前記タンパク質を回収することと、を含む、請求項75に記載のヘテロ二量体タンパク質を製造する方法。
- 癌を治療することを必要とする患者において癌を治療する方法であって、治療有効量の請求項75に記載のヘテロ二量体タンパク質を前記患者に投与することを含む、方法。
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