JP2023159173A - 改変されたil-2 fc融合タンパク質 - Google Patents
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Abstract
【課題】IL-2-Fc融合タンパク質、及びIL-2-Fc融合タンパク質の製造方法を提供する。【解決手段】IL-2-Fc融合タンパク質であって、a)特定の配列を有する第1の単量体と、b)特定の配列を有する第2の単量体と、を含むIL-2-Fc融合タンパク質、a)前記第1の単量体をコードする第1の核酸と、b)前記第2の単量体をコードする第2の核酸と、をそれぞれ含む核酸組成物、前記第1の核酸を含む第1の発現ベクターと、b)前記第2の核酸を含む第2の発現ベクターと、を含む発現ベクター組成物、前記発現ベクター組成物を含む宿主細胞、及びIL-2-Fc融合タンパク質を製造する条件下で前記宿主細胞を培養することと、IL-2-Fc融合タンパク質を回収することとを含む、IL-2-Fc融合タンパク質の製造方法を提供する。【選択図】なし
Description
I.優先権主張
この出願は、参照によりその全体が図、凡例および特許請求の範囲に特に言及して本明細書に明示的に組み込まれる、2017年12月19日に提出された米国仮出願第62/607,850号および2018年5月22日に提出された米国仮出願第62/675,070号の利益を主張する。
この出願は、参照によりその全体が図、凡例および特許請求の範囲に特に言及して本明細書に明示的に組み込まれる、2017年12月19日に提出された米国仮出願第62/607,850号および2018年5月22日に提出された米国仮出願第62/675,070号の利益を主張する。
II.配列表
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる配列表を含む。該ASCIIコピーは、2018年11月30日に作成され、067461-5217-WO_ST25.txtという名称で605,038バイトのサイズである。
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる配列表を含む。該ASCIIコピーは、2018年11月30日に作成され、067461-5217-WO_ST25.txtという名称で605,038バイトのサイズである。
免疫系のホメオスタシスは、CD8+およびCD4+T細胞(CD3+CD25-FOXP3-)と制御性T細胞(Treg;CD3+CD4+CD25+FOXP3+)を含む、様々な免疫細胞集団間の微妙なバランスに依存する。このバランスが崩れると、自己免疫疾患などの疾患が発生する可能性があり、T細胞は調節されないままで、身体自身の組織を攻撃する。通常の状態では、TregはT細胞の分化とエフェクターおよび細胞毒性機能を調節する。したがって、この点に関する主な前提は、Tregの細胞数および/または機能の欠陥が病態の要因であるということである。このように、T細胞応答を微調整することにより細胞毒性と調節のバランスを変える能力は、自己免疫疾患や他の疾患の治療に大きな可能性を秘めている。
IL-2は、B細胞、T細胞、およびNK細胞の増殖および分化を補助する機能を持つ。IL-2はまた、制御性T細胞(Treg)の機能および生存に必須である。IL-2は、3つの異なるタンパク質、IL-15と共有される共通のガンマ鎖(γc;CD132)およびIL-2受容体B-鎖(IL-2Rβ;CD122)、ならびにユニークなアルファ鎖受容体(IL-2Rγ;CD25)からなる高親和性三量体受容体複合体への結合を介してその細胞シグナル伝達機能を発揮。IL-2は、IL-2Rβとγc(IL-2Rβγ)のみからなる中親和性二量体受容体複合体への結合を介して、その細胞シグナル伝達機能を発揮することもできる。
IL-2は通常組織に存在する低濃度のIL-2のため、高親和性受容体複合体(CD25:CD122:CD132;IL-2Rγβγ)を発現する細胞を優先的に活性化し、CD25を構成的に発現するFOXP3+Tregsを優先する。しかしながら、IL-2は、中間親和性受容体複合体(CD122:CD132;IL-2Rβγ)を発現するFOXP3-T細胞の活性化と増殖を誘導することもできる。CD4+またはCD8+T細胞などのFOXP3-T細胞は、炎症、自己免疫、臓器移植片拒絶、または移植片対宿主病の一因となる可能性がある。IL-2はT細胞とTregの両方を限られた選択性で促進または低減する可能性があるため、より選択的なTregモジュレーターを作成することが強く求められている。さらに、潜在的な薬剤として、IL-2はクリアランスが非常に速く、半減期が分単位で測定されるため、好ましい投薬が妨げられる。本発明は、新規のIL-2-Fc融合タンパク質を提供することにより、これらの両方の問題を解決する。
したがって、有用なIL-2変異体およびFc融合タンパク質を提供する必要がある。
したがって、ある態様では、本開示は、(配列番号2と比較して)変異型ヒトIL-2タンパク質を含む組成物であって、当該変異型IL-2タンパク質は、T3A、R38A;R38D;R38E;R38F;R38G;R38H;R38I;R38K;R38L;R38M;R38N;R38P;R38Q;R38S;R38T;R38V;R38W;R38Y;T41A;T41D;T41E;T41F;T41G;T41H;T41I;T41K;T41L;T41M;T41N;T41P;T41Q;T41R;T41S;T41V;T41W;T41Y;F42A;F42D;F42E;F42G;F42H;F42I;F42K;F42L;F42M;F42N;F42P;F42Q;F42R;F42S;F42T;F42V;F42W;F42Y;R38Q/T41K;R38Q/T41Q;R38E/T41K;R38Q/T41R;R38N/T41Q;R38Q/T41V;R38N/T41V;R38Q/T41M;R38Q/T41S;R38Q/T41L;R38N/T41M;T41I/F42Y;T41E/F42Y’T41D/F42Y;T41M/F42Y;41Q/F42Y;T41E/F42H;T41E/F42L;T41E/F42P;R38Q/F42Y;R38N/T41R;R38N/T41K;R38V/T41R;R38P/T41R;T41E/F42K;T41D/F42K;T41M/F42K;T41Q/F42K;R38Q/F42K;T41I/F42K;R38N/F42K;T41H/F42K;R38Q/T41K/F42Y;R38Q/T41R/F42Y;R38Q/T41Q/F42Y;R38Q/T41V/F42Y;R38N/T41K/F42K;R38Q/T41H/F42K;R38Q/T41K/F42K;R38Q/T41Q/F42K;38Q/T41V/F42K;R38Q/T41R/F42K;Q11E;L12D;Q13E;E15Q;H16Y;L19D;D20N;N29S/Y31H/K35R/T37A/R38L/K48E/V69A/N71R/Q74P/N88D/I89V/Q126T;Q22E;K35R;T37S;K43R;F44Y;Y45F;K48R;K49E;E61Q;E62Q;K64R;E68Q;V69L;L72I;R81D;D84N;S87T;N88D;V91L;I92L;E95Q;Y107F;E116R;N119D;R120D;T123S;C125S/Q126E;C125S/S127T;C125S/I129L;C125S/S130T;C125S/T133S;T3A;F42A/Y45A/L72G;N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/V69A/N71R/Q74P/N88D/I89V;V69A/Q74P/I128T;N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/V69A/N71R/Q74P/N88D/I89V/Q126T;C125S/Q126T;N88R;R38I;L80F/R81D/L85V/I92F;L18R/L80F/R81D/L85V/I92F/Q126T;L18R/L80F/R81D/L85V/I92F/Q126T/S130R;F42A/Y45A/L72G/N88R;F42A/Y45A/L72G/Q126T;F42A/Y45A/L72G/N88R/Q126T;L19D;D20N;N88D;N88K;N88R;N88R;N88R;F42A/Y45A/L72G;N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/N71R/N88D/I89V;L19D/N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/N71R;D20N/N29S/Y31H/K35R/T37A;K48E/N71R;L19D/N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E;D20N/N29S/Y31H/K35R/T37A;K48E;L19D 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T41D/F42Y/C125S;T41M/F42Y/C125S;41Q/F42Y/C125S;T41E/F42H/C125S;T41E/F42L/C125S;T41E/F42P/C125S;R38Q/F42Y/C125S;R38N/T41R/C125S;R38N/T41K/C125S;R38V/T41R/C125S;R38P/T41R/C125S;T41E/F42K/C125S;T41D/F42K/C125S;T41M/F42K/C125S;T41Q/F42K/C125S;R38Q/F42K/C125S;T41I/F42K/C125S;R38N/F42K/C125S;T41H/F42K/C125S;R38Q/T41K/F42Y/C125S;R38Q/T41R/F42Y/C125S;R38Q/T41Q/F42Y/C125S;R38Q/T41V/F42Y/C125S;R38N/T41K/F42K/C125S;R38Q/T41H/F42K/C125S;R38Q/T41K/F42K/C125S;R38Q/T41Q/F42K/C125S;38Q/T41V/F42K/C125S;R38Q/T41R/F42K/C125S;N29S/Y31H/K35R/T37A/R38L/K48E/V69A/N71R/Q74P/N88D/I89V/C125S/Q126T;Q11E/C125S;L12D/C125S;Q13E/C125S;E15Q/C125S;H16Y/C125S;L19D/C125S;D20N/C125S;Q22E/C125S;K35R/C125S;T37S/C125S;K43R/C125S;F44Y/C125S;Y45F/C125S;K48R/C125S;K49E/C125S;E61Q/C125S;E62Q/C125S;K64R/C125S;E68Q/C125S;V69L/C125S;L72I/C125S;R81D/C125S;D84N/C125S;S87T/C125S;N88D/C125S;V91L/C125S;I92L/C125S;E95Q/C125S;Y107F/C125S;E116R/C125S;N119D/C125S;R120D/C125S;T123S/C125S;C125S/Q126E;C125S/S127T;C125S/I129L;C125S/S130T;C125S/T133S;T3A/C125S;T3A/F42A/Y45A/L72G/C125A;N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/V69A/N71R/Q74P/N88D/I89V/C125S;V69A/Q74P/I128T/C125S;N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/V69A/N71R/Q74P/N88D/I89V/C125S/Q126T;C125S/Q126T;N88R/C125S;R38I/C125S;L80F/R81D/L85V/I92F/C125S;L18R/L80F/R81D/L85V/I92F/C125S/Q126T;L18R/L80F/R81D/L85V/I92F/C125S/Q126T/S130R;T3A/F42A/Y45A/L72G/N88R/C125A;T3A/F42A/Y45A/L72G/C125A/Q126T;T3A/F42A/Y45A/L72G/N88R/C125A/Q126T;T3A/L19D/C125S;T3A/D20N/C125S;T3A/N88D/C125S;T3A/N88K/C125S;N88R/C125S;N88R/C125S;N88R/C125S;T3A/F42A/Y45A/L72G/C125A;N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/N71R/N88D/I89V/C125S;L19D/N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/N71R/C125S;D20N/N29S/Y31H/K35R/T37A;K48E/N71R/C125S;L19D/N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/C125S;D20N/N29S/Y31H/K35R/T37A;K48E/C125S;T3A/L19D K35R/C125S;T3A/L19D/T37R/C125S;T3A/D20N/T37R/C125S;T3A/L19D/N71K/C125S;T3A/D20N/N71K/C125S;T3A/D20N/R38I/C125S;T3A/D20N/T37R;38I/C125S;T3A/D20N/R38I/N71K/C125S;T3A/D20N/N71K/C125S;T3A/D20N/C125S;T3A/D20N/T37R/C125S;T3A/D20N/R38I/C125S;T3A/D20N/T37R R38I/C125S;T3A/D20N/R38I/N71K/C125S;T3A/D20N/C125S;T3A/D20N/T37R/C125S;T3A/D20N/N71K/C125S;T3A/D20N/R38I/C125S;T3A/D20N/T37R R38I/C125S;T3A/D20N/R38I/N71K/C125S;T3A/D20N/C125S;T3A/D20N/T37R/C125S;T3A/D20N/N71K/C125S;T3A/D20N/R38I/C125S;T3A/D20N/T37R/R38I/C125S;T3A/D20N/R38I/N71K/C125S、およびN29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/V69A/N71R/Q74P/N88D/I89V/C
125S/Q126Tの群から選択されるアミノ酸置換(複数可)を含む、組成物を提供する。
125S/Q126Tの群から選択されるアミノ酸置換(複数可)を含む、組成物を提供する。
さらなる態様では、本開示は、a)N末端からC末端まで、i)請求項A1~A4のいずれかの変異型IL-2タンパク質、ii)第1のドメインリンカー、およびiii)第1の変異体Fcドメインを含む第1の単量体、ならびにb)第2の変異型Fcドメインを含む第2の単量体を含む、IL-2-Fc融合二量体タンパク質を提供する。
さらなる局面において、本発明は、IL-2-Fc融合体二量体タンパク質を提供し、第2の単量体は、N末端からC末端まで、a)A1~A4のいずれかの変異型IL-2タンパク質、b)第2のドメインリンカー、および)第2の変異型Fcドメインを含む。
さらなる態様では、IL-2-Fc融合体二量体タンパク質は、L368D/K370S:S364K/E357Q;L368D/K370S;S364K;L368E/K370S:S364K;/T411E/K360E/Q362E:D401K;およびT366S/L368A/Y407V:T366Wからなる群から選択されるヘテロ二量体化変異体を含む、第1および第2の変異型Fcドメインを有する。ある場合において、IL-2-Fc融合体タンパク質は、P233P/L234V/L235A/G236_/S267Kを含む切除変異体をさらに含む。ある局面において、融合タンパク質はまた、アミノ酸置換M428L/N434SまたはM428L/N434Aを有するFcドメインを含む。ある局面では、ドメインリンカーはIGG1ヒンジであり、他の局面では、(GS)n、(GSGGS)n、(GGGGS)n、および(GGGS)nから選択されるリンカーを含み得、nは少なくとも1つの整数である。
さらなる態様において、本発明は、変異型ヒトIL-2タンパク質を含むポリペプチド組成物を含み、ここで、変異型IL-2タンパク質は、T3A/D20N/T37RおよびT3A/D20N/N71Kの群から選択される配列番号2と比較してアミノ酸置換(複数可)を含む。場合によっては、変異型IL-2タンパク質は、C125S変異体またはC125A変異体をさらに含む。
さらなる態様では、ポリペプチド組成物はホモ二量体タンパク質複合体であり、各タンパク質単量体は、Fcドメインに共有結合された変異型IL-2タンパク質を含む。ある態様では、Fcドメインのそれぞれは、変異型Fcドメインである。
さらなる態様において、ポリペプチド組成物は、第1の変異型Fcドメインに共有結合している変異型IL-2タンパク質を含む第1のタンパク質単量体と、第2の変異型Fcドメインを含む第2のタンパク質単量体とを含むヘテロ二量体タンパク質複合体である。
さらなる態様では、ポリペプチド組成物は、アミノ酸置換M428L/N434Sを含む変異型ヒトIgG1 Fcドメインである変異型Fcドメインを有する。
さらなる態様では、ポリペプチド組成物は、アミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む変異型ヒトIgG1 Fcドメインである変異型Fcドメインを有する。
追加の態様では、ポリペプチド組成物は、図2に示されるものからなる群から選択されるヘテロ二量体化変異体のセットを含む第1および第2の変異型Fcドメインを有する。ある実施形態では、ヘテロ二量体化変異体のセットは、L368D/K370S:S364K/E357Q、L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K、およびT366S/L368A/Y407V:T366Wからなる群から選択される。
さらなる態様では、ポリペプチド組成物は、XENP27564(配列番号297および298)、XENP27563(配列番号295および296)、XENP26105(配列番号245および246)、およびXENP26109(配列番号249および250)からなる群から選択される。
また、a)請求項6~13のいずれかに記載の第1のタンパク質単量体をコードする第1の核酸と、b)請求項6~13のいずれかに記載の第2のタンパク質単量体をコードする第2の核酸とをそれぞれ含む核酸組成物も提供される。さらに、a)第1の核酸を含む第1の発現ベクター、およびb)第2の核酸を含む第2の発現ベクター、ならびに核酸組成物および/または発現ベクター組成物を含む宿主細胞を含む発現ベクター組成物が提供される。さらに、ポリペプチド組成物の製造方法であって、組成物が産生される条件下で本発明の宿主細胞を培養することと、組成物を回収することとを含む、製造方法が提供される。
さらなる態様では、IL-2 Fc融合二量体タンパク質は、XENP24635;XENP24636;XENP24637;XENP24638;XENP24639;XENP24640;XENP24641;XENP24642;XENP24643;XENP24725;XENP24728;XENP24729;XENP24730;XENP24731;XENP24732;XENP25717;XENP25720;XENP25725;XENP25727;XENP25910;XENP25911;XENP25912;XENP26086;XENP26088;XENP26089;XENP26092;XENP26093;XENP26096;XENP26104;XENP26105;XENP26108;XENP26109;XENP26835;XENP26839;XENP26840;XENP26841;XENP26986;XENP26987;XENP26989;XENP26990,XENP26991,XENP25906,XENP25907;XENP25908;XENP25909;XENP26992;XENP26993;XENP26994;XENP26995;XENP26996;XENP27001;XENP27002;XENP27003;XENP27004;XENP27005;XENP27006、およびXENP27007から選択される。
さらなる態様は、CD25+細胞を本発明のIL-2-Fc融合体二量体タンパク質と接触させることを含むCD25+細胞を活性化する方法、および、本明細書のタンパク質組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む自己免疫疾患を治療する方法を提供する。
当業者によって理解され、以下に概説されるように、任意のIL-2変異体は、任意の組み合わせでこれらの図6のバックボーンに組み込むことができる。これらのバックボーンのそれぞれに含まれるのは、列挙された配列に対して(本明細書で定義されるように)90、95、98、および99%同一である配列であり、かつ/または(当業者には理解されるように、親ヒトIgG1(またはバックボーンに応じたIgG2もしくはIgG4)と比べていくつかのアミノ酸修飾をすでに含む、図の「親」と比べて)1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10の追加のアミノ酸置換を含む。すなわち、列挙されたバックボーンは、この図のバックボーン内に含まれるスキュー変異体、pI変異体および切除変異体に加えて、さらなるアミノ酸修飾(一般にアミノ酸置換)を含み得る。特に、M428L/N434SなどのFcRn変異体も含めることができる。
A.序論
本発明は、自己免疫疾患の治療のための操作されたIL-2 Fc融合体を対象とする組成物および方法を対象とする。自己免疫疾患は、一般に「Treg細胞」または「Treg」と呼ばれる制御性T細胞を優先的に活性化するメカニズムを使用して治療できる。Tregは、免疫抑制性であり、自己抗原に対する耐性を維持して自己免疫疾患を予防することにより免疫系を調節する免疫T細胞の亜集団である。Tregは、一般的にエフェクターT細胞の増殖をダウンレギュレートする。Tregsは、CD4、FOXP3、CD25(CD25はIL-2Rαタンパク質としても知られている)などのバイオマーカーを発現する。
本発明は、自己免疫疾患の治療のための操作されたIL-2 Fc融合体を対象とする組成物および方法を対象とする。自己免疫疾患は、一般に「Treg細胞」または「Treg」と呼ばれる制御性T細胞を優先的に活性化するメカニズムを使用して治療できる。Tregは、免疫抑制性であり、自己抗原に対する耐性を維持して自己免疫疾患を予防することにより免疫系を調節する免疫T細胞の亜集団である。Tregは、一般的にエフェクターT細胞の増殖をダウンレギュレートする。Tregsは、CD4、FOXP3、CD25(CD25はIL-2Rαタンパク質としても知られている)などのバイオマーカーを発現する。
Tregは、Tregの機能と生存に不可欠なIL-2によって調節できる。IL-2はT細胞とTregの両方を限られた選択性で促進または低減する可能性があるため、より選択的なTregモジュレーターを作成することが強く求められている。さらに、潜在的な薬剤として、IL-2はクリアランスが非常に速く、半減期が分単位で測定されるため、好ましい投薬が妨げられる。本発明は、新規のIL-2-Fc融合体タンパク質を提供することにより、これらの両方の問題を解決する。
したがって、本発明は、2つの異なる方法で操作されるIL-2タンパク質を提供する。第1は、本発明のIL-2変異体は、CD25-である他のT細胞よりもTregなどのCD25+細胞を優先的に活性化し、他のT細胞よりもTreg選択性を高め、したがって、免疫機能を抑制して、自己免疫疾患の治療を可能にする組成物をもたらす。これは一般に、IL-2Rαへの結合を増加させるか、あるいは、IL-2Rβ(および/もしくはIL-2Rγ)またはIL-2Rβγの界面への結合、またはその両方を減少させることによって行われる。
上記の選択性工学に加えて、本発明はまた、Fc融合体を使用して行われる、血清半減期が増加したIL-2タンパク質を提供する。この場合、当技術分野で一般に知られているように、Fcドメインを追加すると、IL-2分子の半減期が長くなる。しかしながら、本発明は、血清半減期を増加させるための2つの追加の方法を提供する。
第1はFcRn受容体に関連する。IgGでは、Cγ2ドメインとCγ3ドメイン間のFc上の部位が新生児受容体FcRnとの相互作用を仲介する。FcRnへの結合はエンドサイトーシスされた抗体をエンドソームから血流にリサイクルする(Raghavan et al、1996、Annu Rev Cell Dev Biol 12:181-220、Ghetie et al、2000、Annu Rev Immunol 18:739-766、両方とも完全に参照により組み込まれる)。このプロセスは、全長分子のサイズが大きいために腎濾過が排除されることと相まって、1~3週間の範囲の好ましい抗体血清半減期をもたらす。生体内でのFcタンパク質の保持を高めるためには、pH7.4で低い親和性を維持しながら、結合親和性をpH6付近で高める必要がある。まだ検討中ではあるが、エンドソーム内のpH6でFcRnに結合するとFcが隔離されるため、Fc領域はインビボでより長い半減期を有すると考えられている(Ghetie and Ward,1997 Immunol Today18(12):592-598、全体が参照により組み込まれる)。次いでエンドソーム区画はFcを細胞表面にリサイクルする。区画が細胞外空間に開くと、約7.4のより高いpHが、血中へのFcの放出を誘導する。
したがって、血清半減期の増加は、FcRnへの結合を増加させるFc変異体を利用することができ、多くの場合、半減期の増加をもたらす。
IL-2 Fc融合分子の血清半減期を延長する追加の方法は、エンドソームの選別経路からリサイクルするためのpH設計に基づく。当技術分野で知られているように、IL-2などのサイトカインのエンドソームへのエンドサイトーシスは、サイトカインが分解されるか血流にリサイクルされるエンドサイトーシスソーティングをもたらす(参照によりその全体が本明細書に組み込まれるFallon et al、JBC 275(10):6790、2000を参照)。エンドソームへの内在化に続いて、IL-2、IL-2Rβ、およびγcは分解され、IL-2Rαは構成的に細胞表面にリサイクルされる。血液のpHは約7.2~7.4であり、エンドソームのpHは約pH6であるため、IL-2を操作してpH6でIL-2Rαリガンドへの結合を増加させると、IL-2/IL-2Rαは分解されるのではなくリサイクルされ、血清半減期が長くなる。
さらに、本発明のIL-2 Fc融合分子の効力は、他の因子にも依存し得る。例えば、本発明は、変異体IL-2-Fc融合体のホモ二量体が作製され、それにより受容体への二価結合を提供する、図19Bに示されるような二価IL-2構築物を提供する。あるいは、本発明は、ヘテロ二量体が生成される、図19Aに示されるような一価IL-2構築物を提供し、その一方の単量体は、変異体IL-2-Fc融合体であり、他方は、「空のアーム」Fc単量体である。さらに、追加の柔軟なリンカーの存在は、一価の構築物については図19Cに、二価の構築物については図19Dに示すように、場合によっては効力を高めることができる。
したがって、本発明は、CD25-T細胞よりもTregなどのCD25+細胞の優先的活性化を示し、血清半減期の増加を示す、操作されたIL-2変異体および操作されたIL-2 Fc融合タンパク質を提供する。
B.定義
本出願をより完全に理解できるようにするために、いくつかの定義を以下に示す。そのような定義は、文法的同等物を包含することを意図する。
本出願をより完全に理解できるようにするために、いくつかの定義を以下に示す。そのような定義は、文法的同等物を包含することを意図する。
本明細書において「除去」とは、活性の低下または排除を意味する。したがって、例えば、「FcγR結合を切除する」とは、Fc領域アミノ酸変異体が、その特定の変異体を含まないFc領域と比較して50%未満の開始結合を有することを意味し、70-80-90-95-98%未満の活性喪失が好ましく、一般に、活性はBiacoreアッセイにおいて検出可能な活性のレベル未満である。FcγR結合の除去において特に有用なものは、図4に示すものである。
本明細書で使用される「ADCC」または「抗体依存性細胞介在性細胞傷害」とは、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の連結抗体を認識し、続いて標的細胞の溶解を引き起こす細胞介在反応を意味する。ADCCは、FcγRIIIaへの結合と相関し、FcγRIIIaへの結合の増加はADCC活性の増加をもたらす。本明細書で論じるように、本発明の多くの実施形態はADCC活性を完全に除去する。
本明細書における「修飾」とは、ポリペプチド配列におけるアミノ酸の置換、挿入、および/もしくは欠失、またはタンパク質に化学的に連結された部分への改変を意味する。例えば、修飾は、タンパク質に結合した改変された炭水化物またはPEG構造であってもよい。本明細書における「アミノ酸修飾」は、ポリペプチド配列中のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を意味する。明確にするために、別段の記載がない限り、アミノ酸修飾は常に、DNAによってコードされるアミノ酸、例えばDNAおよびRNA中にコドンを有する20個のアミノ酸に対するものである。
本明細書における「アミノ酸置換」または「置換」は、親ポリペプチド配列中の特定の位置のアミノ酸を異なるアミノ酸で置換することを意味する。特に、ある実施形態では、置換は、特定の位置で天然に存在しない(生物内で天然に存在しないか、またはいずれの生物中にも存在しないかのいずれか)アミノ酸に対するものである。例えば、置換S364Kは、364位のセリンがリジンで置換されている変異体ポリペプチド(この場合はFc変異体)を指す。番号付けは、親ポリペプチドの番号付けに基づく。たとえば、IL-2番号付けの文脈ではR38W。明確にするために、核酸コード配列を変化させるが、開始アミノ酸を変化させない(例えば、宿主生物発現レベルを増加させるためにCGG(アルギニンをコードする)をCGA(アルギニンをなおコードする)に交換する)ように操作されたタンパク質は、「アミノ酸置換」ではない。すなわち、同じタンパク質をコードする新たな遺伝子の創出にもかかわらず、タンパク質は、それが開始される特定の位置に同じアミノ酸を有する場合、それはアミノ酸置換ではない。
本明細書で使用される「アミノ酸挿入」または「挿入」は、親ポリペプチド配列の特定の位置にアミノ酸配列を付加することを意味する。例えば、-233Eまたは233Eは、233位の後、および234位の前のグルタミン酸の挿入を示す。さらに、-233ADEまたはA233ADEは、233位の後、かつ234位の前のAlaAspGluの挿入を示す。
本明細書で使用される「アミノ酸欠失」または「欠失」は、親ポリペプチド配列中の特定の位置でアミノ酸配列を除去することを意味する。例えば、E233-またはE233#、E233()またはE233delは、233位のグルタミン酸の欠失を示す。さらに、EDA233-またはEDA233#は、233位で始まる配列GluAspAlaの欠失を示す。
本明細書で使用される場合、本明細書における「タンパク質」は、タンパク質、ポリペプチド、オリゴペプチド、およびペプチドを含む、少なくとも2つの共有結合したアミノ酸を意味する。ペプチジル基は、天然に存在するアミノ酸およびペプチド結合、または合成ペプチド模倣構造、すなわち、ペプトイド(全体が参照により組み込まれるSimon et al.,PNAS USA89(20):9367(1992)を参照)等の「類似体」を含んでよい。アミノ酸は、当業者には理解されるであろうとおり、天然に存在するものでもまたは合成物(例えば、DNAによってコードされるアミノ酸ではないもの)のいずれかでよい。一般に、本発明のタンパク質は、天然に存在するアミノ酸を利用する。さらに、変異型ポリペプチドには、1つ以上の側鎖または末端の合成誘導体化、グリコシル化、PEG化、円順列、環化、他の分子へのリンカー、タンパク質またはタンパク質ドメインへの融合、およびペプチドタグまたは標識の付加が含まれ得る。
「残基」とは、本明細書で使用されるとき、タンパク質における位置およびその関連するアミノ酸素性を意味する。例えば、アルギニン38(Arg38またはR38とも呼ばれる)は、ヒトIL-2タンパク質の38位(成熟配列から番号付け)の残基である。
本明細書で使用される「変異型タンパク質」または「タンパク質変異体」または「変異体」とは、少なくとも1つのアミノ酸修飾に基づいて親タンパク質のそれとは異なるタンパク質を意味する。タンパク質変異体は、タンパク質自体、タンパク質を含む組成物、またはそれをコードするアミノ配列を指し得る。好ましくは、タンパク質変異体は、親タンパク質と比較して少なくとも1つのアミノ酸修飾、例えば、親と比較して約1~約70個のアミノ酸修飾、好ましくは約1~約5個のアミノ酸修飾を有する。以下に記載するように、ある実施形態では、親ポリペプチド、例えばFc親ポリペプチドは、IgG1、IgG2、IgG3またはIgG4由来のFc領域等のヒト野生型配列である。IL-2変異体との関連で、親ポリペプチドはヒトIL-2であり、その成熟配列は図1に示されている。本明細書のタンパク質変異体の配列は、好ましくは、親タンパク質配列と少なくとも約80%の同一性、最も好ましくは少なくとも約90%の同一性、より好ましくは少なくとも約95-98-99%の同一性を有する。変異型タンパク質は、変異型タンパク質それ自体、タンパク質変異体を含む組成物、またはそれをコードするDNA配列を指すことができる。
本明細書で使用される「Fc」または「Fc領域」または「Fcドメイン」とは、第1の定常領域免疫グロブリンドメインを除くIgG抗体の定常領域、および場合によってはヒンジの全部または一部を含む、ポリペプチドを意味する。IgGの場合、Fcドメインは免疫グロブリンドメインCγ2およびCγ3(CH2およびCH3)、およびCγ1(CH1)とCγ2(CH2)の間のヒンジ領域を含む。IgG抗体の関連において、IgGアイソタイプは、それぞれ3つのCH領域を有する。したがって、IgGの関連における「CH」ドメインは以下の通りである。「CH1」は、KabatにあるようなEUインデックスに従う118~220位を指す。「CH2」は、KabatにあるようなEUインデックスに従う237~340位を指し、「CH3」は、KabatにあるようなEUインデックスに従う341~447位を指す。他に記載しない限り、本発明のFcドメインは、216位(EU付番)に始まるヒンジ、および447位のCH3ドメインのC末端に末端を含み、これはIgGの「ヒンジ-CH2-CH3」と称される。本明細書のFc融合などのいくつかの場合では、ヒンジは、本明細書で論じられるようにドメインリンカーとして機能する。ある実施形態では、以下により完全に記載されるように、例えば1つ以上のFcγR受容体またはFcRn受容体への結合を変化させるためにまたはFcドメインのヘテロ二量化を促進するために、Fc領域に対してアミノ酸修飾が行われる。
したがって、本明細書で使用される「Fc変異体」または「変異体Fc」は、Fcドメインにアミノ酸修飾を含むタンパク質を意味する。本発明のFc変異体は、それらを構成するアミノ酸修飾に従って定義される。したがって、例えば、N434Sまたは434Sは、親Fcポリペプチドに対して434位に置換セリンを有するFc変異であり、ここで付番はEUインデックスに従う。同様に、M428L/N434Sは、親Fcポリペプチドに対して置換M428LおよびN434Sを有するFc変異体を定義する。WTアミノ酸の同一性は特定されていなくてもよく、その場合、前述の変異体は428L/434Sと呼ばれる。置換が提供される順序は任意であり、すなわち、例えば428L/434SはM428L/N434Sと同一のFc変異体などである。抗体に関連する本発明において論じられる全ての位置について、特に明記しない限り、アミノ酸位置の付番はEUインデックスに従う。EUインデックス、またはKabatもしくはEU付番スキームと同様のEUインデックスは、EU抗体の付番を指す(Edelman et al,1969,Proc Natl Acad Sci USA 63:78-85、参照により全体が本明細書に組み込まれる)。修飾は、付加、欠失、または置換でよい。置換には、天然に存在するアミノ酸および場合によっては合成アミノ酸が含まれ得る。例としては、米国特許第6,586,207号、WO98/48032、WO03/073238、US2004/0214988A1、WO05/35727A2、WO05/74524A2、J.W.Chin et al.,(2002),Journal of the American Chemical Society 124:9026-9027、J.W.Chin,& P.G.Schultz,(2002),ChemBioChem 11:1135-1137、J.W.Chin,et al.,(2002),PICAS United States of America 99:11020-11024、およびL.Wang,&P.G.Schultz,(2002),Chem.1-10が含まれ、参照により全体が組み込まれる。
本明細書における「インターロイキン-2」または「IL-2」とは、図1に示される配列を有するヒトIL-2を意味する。
本明細書における「IL-2変異体」または「変異体IL-2」とは、図1に示される成熟ヒトIL-2配列においてアミノ酸修飾を含むタンパク質を意味する。本発明のIL-2変異体は、上記のように、成熟ヒト型の番号付けを使用してそれらを構成するアミノ酸修飾に従って定義される。
本明細書における「Fc融合タンパク質」または「イムノアドヘシン」とは、一般に(任意選択で、IgG1のようなIgGのヒンジ領域でもよい、本明細書に記載されるようなリンカー部分を介して)IL-2などの異なるタンパク質に連結しているFc領域を含むタンパク質を意味する。したがって、IL-2 Fc融合タンパク質は、本明細書に概説されるIL-2(この場合、変異体IL-2)およびFcドメイン(やはり、一般にFc変異体)を含むタンパク質である。これらは一般的にIL-2-ヒンジ-CH2-CH3の構造を持っている。当技術分野で理解されるように、2つのFcドメインが自己集合して、本明細書で概説される二量体Fc融合タンパク質を提供する。
本明細書で使用される「位置」は、タンパク質の配列中の場所を意味する。位置は、順番に付番されるか、または確立されたフォーマット、例えば、抗体の付番のためのEUインデックスによって付番されてもよい。
本明細書で使用される「天然に存在しない修飾」とは、アイソタイプ性ではないアミノ酸修飾を意味する。例えば、IgGのうちのいずれも434位にセリンを含まないので、IgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4(またはそれらのハイブリッド)における置換434Sは、天然に生じない修飾であると見なされる。
本明細書で使用される「アミノ酸」および「アミノ酸同一性」は、DNAおよびRNAによってコードされている20種の天然に存在するアミノ酸のうちの1つを意味する。
本明細書で使用される「エフェクター機能」とは、抗体Fc領域とFc受容体またはリガンドとの相互作用から生じる生化学的事象を意味する。エフェクター機能には、ADCC、ADCP、およびCDCが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「Fcガンマ受容体」、「FcγR」、または「FcガンマR」とは、IgG抗体Fc領域に結合し、かつFcγR遺伝子によってコードされるタンパク質ファミリーの任意のメンバーを意味する。ヒトにおいて、このファミリーには、アイソフォームであるFcγRIa、FcγRIb、およびFcγRIcを含むFcγRI(CD64);アイソフォームであるFcγRIIa(アロタイプであるH131およびR131を含む)、FcγRIIb(FcγRIIb-1およびFcγRIIb-2を含む)、ならびにFcγRIIcを含むFcγRII(CD32);ならびにアイソフォームであるFcγRIIIa(アロタイプであるV158およびF158を含む)、ならびにFcγRIIIb(アロタイプであるFcγRIIb-NA1およびFcγRIIb-NA2を含む)を含むFcγRIII(CD16)(参照により全体が組み込まれるJefferis et al.,2002,Immunol Lett 82:57-65)、ならびに任意の発見されていないヒトFcγRまたはFcγRアイソフォームもしくはアロタイプが含まれるが、これらに限定されない。FcγRは、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、およびサルを含むが、これらに限定されない任意の生物由来でよい。マウスFcγRには、FcγRI(CD64)、FcγRII(CD32)、FcγRIII(CD16)、およびFcγRIII-2(CD16-2)、ならびに任意の未発見のマウスFcγRまたはFcγRアイソフォームもしくはアロタイプが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「FcRn」または「新生児Fc受容体」とは、IgG抗体のFc領域に連結し、少なくとも部分的にFcRn遺伝子によってコードされるタンパク質を意味する。
本明細書で使用される「親ポリペプチド」とは、変異体を生成するようにその後修飾される出発ポリペプチドを意味する。親ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド、または天然に存在するポリペプチドの変異体もしくは改変されたバージョンであってもよい。親ポリペプチドは、ポリペプチド自体、親ポリペプチドを含む組成物、またはそれをコードするアミノ酸配列を指してもよい。したがって、本明細書で使用される「親IL-2」とは、変異体を生成するように改変された非改変ヒトIL-2タンパク質を意味し、本明細書で使用される「親Fc」または「親Fcドメイン」とは、変異体Fcドメインを生成するように改変された非改変ヒトIgG Fcドメインを意味する。
本明細書中の本発明のヘテロ二量体抗体の単量体に牽連して「鎖性(strandedness)」は、「マッチ」する2本鎖DNAと同様に、「マッチ」してヘテロ二量体を形成する能力を保持するようにヘテロ二量体化変異体を各単量体に組み込むことを意味する。例えば、いくつかのpI変異体が単量体Aへと改変される(例えば、pIをより高くする)場合、同様に利用され得る「電荷対」である立体変異体はpI変異体を妨害せず、例えば、pIを高くした電荷変異体は同一の「鎖」または「単量体」に置かれ、両方の機能を保持する。同様に、以下により詳細に概説されるように、対のセットになる「スキュー」変異体について、当業者は、対の1つのセットを組み入れる鎖または単量体がどちらに入るかを決定する際にpIを考慮し、同様にスキューのpIを使用してpI分離を最大化するようにする。
本明細書における「野生型またはWT」とは、対立遺伝子変異を含む、天然に見出されるアミノ酸配列またはヌクレオチド配列を意味する。WTタンパク質は、意図的に修飾されていないアミノ酸配列またはヌクレオチド配列を有する。
本発明のヘテロ二量体タンパク質は一般に、単離されているか、または組換え体である。本明細書に開示される様々なポリペプチドを説明するために使用される場合、「単離された」とは、それが発現された細胞または細胞培養物から特定および分離および/または回収されたポリペプチドを意味する。通常、単離されたポリペプチドは、少なくとも1つの精製工程によって調製される。「組換え」とは、外来性宿主細胞において組換え核酸技術を用いて抗体が生成されることを意味する。
タンパク質配列に関する「アミノ酸配列同一性パーセント(%)」は、最大の配列同一性パーセントを達成するために配列を整合し、必要ならギャップを導入した後の、特定の(親)配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義され、そして配列同一性の一部としていかなる保存的置換も考慮しない。アミノ酸配列同一性パーセントを決定するためのアラインメントは、例えば、BLAST、BLAST-2、ALIGN、またはMegalign(DNASTAR)ソフトウェアなどの公的に利用可能なコンピューターソフトウェアを使用して、当技術分野の範囲内である様々な方法で達成できる。当業者は、比較される配列の全長にわたって最大の整合を達成するために必要とされる任意のアルゴリズムを含む、整合を測定するための適切なパラメーターを決定することができる。1つの特定のプログラムは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第20160244525号の段落番号[0279]~[0280]に概説されているALIGN-2プログラムである。
本発明のアミノ酸配列(「本発明の配列」)と親アミノ酸配列との間の同一性の程度は、「本発明の配列」の長さまたは親配列の長さのうちの短い方で割った、2つの配列の整合における正確な一致の数として計算される。結果は同一性パーセントで表される。
ある実施形態では、2つ以上のアミノ酸配列は少なくとも50%、60%、70%、80%、または90%同一である。ある実施形態では、2つ以上のアミノ酸配列は少なくとも95%、97%、98%、99%、さらには100%まで同一である。
本明細書における「リンカー」とは、2つの他のタンパク質ドメイン(例えば、変異体IL-2ドメインおよび変異体Fcドメイン)を結合するために使用されるタンパク質性リンカーを意味する。ある実施形態では、リンカーは、本明細書に概説される任意の2つのドメインをともに連結するために使用される「ドメインリンカー」である。任意の適切なリンカーを使用することができるが、多くの実施形態は、例えば、nが少なくとも1(および一般に3~4~5)である、(GS)n、(GSGGS)n、(GGGGS)n、および(GGGS)nを含むグリシン-セリンポリマー、ならびに各ドメインがその生物学的機能を保持できるように十分な長さおよび柔軟性を有する2つのドメインの組換え結合を可能にする任意のペプチド配列を利用する。ある場合において、以下に概説するように、「鎖性」(strandedness)に注意を払って、荷電ドメインリンカーである。さらに、ヒトIgG1タンパク質のヒンジドメインもドメインリンカーにすることができる。
本明細書における「調節性T細胞」または「Treg」とは、CD3+/CD4+/CD8-/CD25+/FOXP3+であるT細胞を意味する。
VII.本発明のIL-2 Fc融合タンパク質
本発明は、本明細書および一般的に図19に示されるような(IL-2)-(Fcドメイン)融合タンパク質を提供する。当業者に理解されるように、本発明の融合タンパク質は、実際には、Fcドメインがホモ二量体タンパク質(図19B)またはヘテロ二量体タンパク質(図19A)のいずれかに存在するために自己集合する2つの異なるポリペプチドである。本発明のタンパク質は、一般に、3つの異なるドメインであるFcドメイン、1つ以上のドメインリンカー、およびIL-2ドメインを有する。
本発明は、本明細書および一般的に図19に示されるような(IL-2)-(Fcドメイン)融合タンパク質を提供する。当業者に理解されるように、本発明の融合タンパク質は、実際には、Fcドメインがホモ二量体タンパク質(図19B)またはヘテロ二量体タンパク質(図19A)のいずれかに存在するために自己集合する2つの異なるポリペプチドである。本発明のタンパク質は、一般に、3つの異なるドメインであるFcドメイン、1つ以上のドメインリンカー、およびIL-2ドメインを有する。
A.本発明のIL-2ドメイン
本発明のIL-2 Fc融合タンパク質は、変異型ヒトIL-2ドメインであるIL-2ドメインを含む。本明細書で説明するように、これらのドメインは、CD25-T細胞集団と比較して、TregなどのCD25+であるT細胞の活性化を高める特異性変異体を含むように設計されており、また、必要に応じて、IL-2変異型Fc融合タンパク質が分解されるのではなく、エンドサイトーシス経路を通じてリサイクルされるように、pH6でIL-2からIL-2Rαへの結合を増加するよう設計されたアミノ酸置換を含む。
本発明のIL-2 Fc融合タンパク質は、変異型ヒトIL-2ドメインであるIL-2ドメインを含む。本明細書で説明するように、これらのドメインは、CD25-T細胞集団と比較して、TregなどのCD25+であるT細胞の活性化を高める特異性変異体を含むように設計されており、また、必要に応じて、IL-2変異型Fc融合タンパク質が分解されるのではなく、エンドサイトーシス経路を通じてリサイクルされるように、pH6でIL-2からIL-2Rαへの結合を増加するよう設計されたアミノ酸置換を含む。
1.発現変異体
予備的事項として、本発明のIL-2変異体は、ヒトIl-2の発現を増加させることが以前に示されているC125S変異体も含む。したがって、特に明記しない限り、本明細書に記載されているすべての変異体にはC125S変異体が含まれる。場合によっては、C125A変異体も使用できる。
予備的事項として、本発明のIL-2変異体は、ヒトIl-2の発現を増加させることが以前に示されているC125S変異体も含む。したがって、特に明記しない限り、本明細書に記載されているすべての変異体にはC125S変異体が含まれる。場合によっては、C125A変異体も使用できる。
さらに、場合によっては、本発明のIL-2変異体は、複雑さを低減するために、O-グリコシル化部位を除去するT3A変異体を含む。
さらに、本発明のIL-2変異体は、追加の変異を含む。
2.特異性変異体
したがって、本発明は、Tregを含むCD25+T細胞に対する特異性が増加したIL-2変異タンパク質を提供する。これは一般に、IL-2Rαへの結合を増加させるか、IL-2RβおよびIL-2RγまたはIL-2Rβγの界面への結合、またはその両方を減少させることによって行われる。
したがって、本発明は、Tregを含むCD25+T細胞に対する特異性が増加したIL-2変異タンパク質を提供する。これは一般に、IL-2Rαへの結合を増加させるか、IL-2RβおよびIL-2RγまたはIL-2Rβγの界面への結合、またはその両方を減少させることによって行われる。
1つの実施形態では、変異体IL-2は、C125S発現変異体に加えてD20Nアミノ酸置換を含み、したがって、アミノ酸セットD20N/C125Sを有する。D20N変異体は、高親和性受容体(IL-2Rαβ)と中間親和性受容体(IL-2Rβ)の両方の結合が失われると以前に報告されていることに注意されたい。「IL-2RβγまたはIL-2Rαβγ間の差動結合または活性化は、20位のAspの置換によっては達成できない」と述べているCollins et al、PNAS USA 85:7709-7713(1988)を参照されたい。米国特許第6,955,807号の関連技術の説明を参照されたい。
1つの実施形態では、変異体IL-2は、D20Nアミノ酸置換およびC125S発現変異体に加えてT3Aアミノ酸変異体を含み、したがって、アミノ酸セットT3A/D20N/C125Sを有する。
1つの実施形態では、変異体IL-2は、T3Aアミノ酸変異体、D20Nアミノ酸置換およびC125S発現変異体に加えてT37Rアミノ酸変異体を含み、したがって、アミノ酸セットT3A/D20N/T37R/C125Sを有する。
1つの実施形態では、変異体IL-2は、T3Aアミノ酸変異体、D20Nアミノ酸置換およびC125S発現変異体に加えてN71Kアミノ酸変異体を含み、したがって、アミノ酸セットT3A/D20N/N71K/C125Sを有する。
1つの実施形態では、変異体IL-2は、C125S発現変異体に加えてアミノ酸変異体N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/N71R/N88D/I89Vを含み、したがって、どうなったのかアミノ酸セットN29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/N71R/N88D/I89V/C125Sを有する。
a.Treg特異性のアッセイ
当技術分野で知られているように、リン酸化によるSTAT5タンパク質(STAT5aおよびSTAT5b)の活性化は、IL-2によって介在される初期のシグナル伝達事象の1つである。したがって、本発明の構築物を使用して異なるT細胞集団のSTAT5リン酸化を調べることにより、特異性を評価することができる。
当技術分野で知られているように、リン酸化によるSTAT5タンパク質(STAT5aおよびSTAT5b)の活性化は、IL-2によって介在される初期のシグナル伝達事象の1つである。したがって、本発明の構築物を使用して異なるT細胞集団のSTAT5リン酸化を調べることにより、特異性を評価することができる。
一般に、実施例に記載されるように、STAT5リン酸化のアッセイは、実施例に概説される方法を使用して行われる。実施例に記載されているように、CD4+/CD45RA+、CD4+/CD45RA-、CD8+CD45RA+、CD8+CD45RA-、Tregs(CD3+/CD4+/CD8-/CD25+/FOXP3+)など、一般的に5つの異なるセルタイプが試験されて、他のT細胞型(例えば、CD45RAはメモリーT細胞で発現し、ナイーブT細胞では発現しない)のサンプリングが提供される。
一般に、増加した活性は、ヒト野生型IL-2と比較したものである。
3.pH変異体
さらに、本発明は、pH6(エンドソームのpH)での結合が増加する、増加したpH特異性を有するIL-2変異型タンパク質を提供する。
さらに、本発明は、pH6(エンドソームのpH)での結合が増加する、増加したpH特異性を有するIL-2変異型タンパク質を提供する。
この実施形態では、IL-2変異体は、R38A、R38D、R38E、R38F、R38G、R38H、R38I、R38K,R38L,R38M、R38N、R38P、R38Q、R38S、R38T、R38V、R38W、R38Y、T41A、T41D、T41E、T41F、T41G、T41H、T41I、T41K、T41L、T41M、T41N、T41P、T41Q、T41R、T41S、T41V、T41W、T41Y、F42A、F42D、F42E、F42G、F42H、F42I、F42K、F42L、F42M、F42N、F42P、F42Q、F42R、F42S、F42T、F42V、F42WおよびF42Yから選択される1個以上のアミノ酸置換を有することができる。さらに、これらの変異はC125Sと組み合わせることができる。
この実施形態では、IL-2変異体は、R38Q/T41K、R38Q/41Q、R38E/T41K、R38Q/T41R、R38N/T41Q、R38Q/T41V、R38N/T41V、R38Q/T41M、R38Q/T41S、R38Q/T41L、R38N/T41M、T41I/F42Y、T41E/F42Y、T41D/F42Y、T41M/F42Y、T41Q/F42Y、T41E/F42H、T41E/F42L、T41E/F42P、R38Q/F42Y/T41R、R38N/T41K、R38V/T41R、R38P/T41R、T41E/F42K、T41D/F42K、T41M/F42K、T41Q/F42K、R38Q/F42K、T41I/F42K、R38N/F42K、T41H/F42K、R38Q/T41K/F42Y、R38Q/T41R/F42Y、R38Q/T41Q/F42Y、R38Q/T41V/F42Y、R38N/T41K/F42K、R38Q/T41H/F42K、R38Q/T41K/F42K、R38Q/T41Q/F42K、R38Q/T41V/F41KおよびR38Q/T41R/F42Kから選択されるアミノ酸置換(複数可)を有することができる。さらに、これらの変異はC125Sと組み合わせることができる。
4.有用なIL-2変異体
本発明は、本明細書に概説される野生型Fcドメインおよび変異型Fcドメインの両方を含む、単独およびFcドメインに融合された場合の両方で所望の活性を有する多くの特に有用なIL-2変異体を提供する。さらに、これらのIL-2変異体は、一価の構築物(例えば図19A)または二価の構築物(例えば図19B)で使用されてもよい。
本発明は、本明細書に概説される野生型Fcドメインおよび変異型Fcドメインの両方を含む、単独およびFcドメインに融合された場合の両方で所望の活性を有する多くの特に有用なIL-2変異体を提供する。さらに、これらのIL-2変異体は、一価の構築物(例えば図19A)または二価の構築物(例えば図19B)で使用されてもよい。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換R38I/C125Sを有し、二価構築物で使用される。この実施形態では、変異体IL-2ドメインは、例えば、IgG2またはIgG4からの野生Fcドメインに融合され得る。あるいは、変異体IL-2ドメインは、変異体Fcドメイン、例えば、切除およびFcRn変異体を含むものに融合されてもよい。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換R38I/C125Sを有し、一価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換R38L/C125Sを有し、一価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換R38L/C125Sを有し、二価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換D20N/C125Sを有し、二価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換D20N/C125Sを有し、一価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換T3A/D20N/C125Sを有し、二価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換T3A/D20N/C125Sを有し、一価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/N71R/N88D/I89V/C125Sを有し、二価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換N29S/Y31H/K35R/T37A/K48E/N71R/N88D/I89V/C125Sを有し、一価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換T3A/D20N/T37R/C125Sを有し、二価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換T3A/D20N/T37R/C125Sを有し、一価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換T3A/D20N/N71K/C125Sを有し、二価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換T3A/D20N/N71K/C125Sを有し、一価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換T3A/D20N/T37R/R38I/C125Sを有し、二価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換T3A/D20N/T37R/R38I/C125Sを有し、一価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換T3A/D20N/R38I/N71K/C125Sを有し、二価構築物で使用される。
1つの実施形態では、変異体IL-2ドメインは、アミノ酸置換T3A/D20N/R38I/N71K/C125Sを有し、一価構築物で使用される。
特に好ましいたんぱく質は、XENP14142、XENP14144、XENP23833、XENP25720、XENP26086、XENP26105、XENP26987、XENP27003、XENP26109、XENP26994、XENP26841、XENP27004、XENP26839、XENP26996、XENP26990、XENP27006、XENP26840、XENP27001、XENP26991、XENP27007、XENP27563、XENP26105、XENP27564およびXENP26109を含む。
B.本発明のFcドメイン
本明細書で論じられるように、本発明は、任意にドメインリンカーを含む、融合されたIl-2変異体を含む少なくとも1つのFcドメインを有する2つのFcドメインを含むFc融合タンパク質を提供する。図19に示すように、本発明の二量体タンパク質は、図19Aに示すように本明細書で「一価IL-2」と呼ばれることもある1つのIL-2変異体を有するように構成でき、Fcドメインの1つはIL-2変異型タンパク質およびその他は「空」または「Fcのみ」である。この実施形態は、以下で論じられるように、ヘテロ二量体Fcドメインに依存する。あるいは、図19Bに示されるような「二価」IL-2構築物が使用され、各FcドメインはIL-2変異体に融合される。これらの実施形態は、上述のように、ホモ二量体Fcドメインを利用する。
本明細書で論じられるように、本発明は、任意にドメインリンカーを含む、融合されたIl-2変異体を含む少なくとも1つのFcドメインを有する2つのFcドメインを含むFc融合タンパク質を提供する。図19に示すように、本発明の二量体タンパク質は、図19Aに示すように本明細書で「一価IL-2」と呼ばれることもある1つのIL-2変異体を有するように構成でき、Fcドメインの1つはIL-2変異型タンパク質およびその他は「空」または「Fcのみ」である。この実施形態は、以下で論じられるように、ヘテロ二量体Fcドメインに依存する。あるいは、図19Bに示されるような「二価」IL-2構築物が使用され、各FcドメインはIL-2変異体に融合される。これらの実施形態は、上述のように、ホモ二量体Fcドメインを利用する。
両方の実施形態において、ホモ二量体またはヘテロ二量体のFc融合構築物が使用されるかどうかにかかわらず、Fcドメインは一般に、いくつかの機能のためのいくつかの特定のアミノ酸変異体を含む。
1.追加の機能性のためのFc変異体
pIアミノ酸変異に加えて、1つ以上のFcγR受容体への連結の改変、FcRn受容体への連結の改変等を含むがこれらに限定されない、様々な理由で実施することができるいくつかの有用なFcアミノ酸修飾が存在する。
pIアミノ酸変異に加えて、1つ以上のFcγR受容体への連結の改変、FcRn受容体への連結の改変等を含むがこれらに限定されない、様々な理由で実施することができるいくつかの有用なFcアミノ酸修飾が存在する。
したがって、本発明のタンパク質は、pI変異体および立体変異体を含む、本明細書に概説したヘテロ二量体化変異体を含むアミノ酸修飾を含むことができる。変異体の各セットは独立して任意選択的に特定のヘテロ二量体タンパク質に含み得るかまたはそれから除外し得る。
(i)FcγR変異体
FcγR受容体のうちの1つ以上への連結を改変するために実施され得るいくつかの有用なFc置換が存在する。結合の増加ならびに結合の減少をもたらす置換が有用であり得る。例えば、FcγRIIIaへの結合の増加は、一般に、ADCC(抗体依存性細胞介在性細胞傷害性、すなわち、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の結合抗体を認識し、その後、標的細胞の溶解を引き起こす細胞介在性反応)の増加をもたらすことが知られている。同様に、いくつかの状況下では、FcγRIIb(抑制性受容体)への結合の減少も有益であり得る。本発明で使用されるアミノ酸置換には、USSN11/124,620(特に図41)、USSN11/174,287、USSN11/396,495、USSN11/538,406に列挙されるものが含まれ、それらのすべてはその全体が、具体的にはそこで開示される変異体が参照により、明示的に本明細書に組み込まれる。使用される特定の変異体には、236A、239D、239E、332E、332D、239D/332E、267D、267E、328F、267E/328F、236A/332E、239D/332E/330Y、239D、332E/330L、243A、243L、264A、264V、および299Tが含まれるがこれらに限定されない。
FcγR受容体のうちの1つ以上への連結を改変するために実施され得るいくつかの有用なFc置換が存在する。結合の増加ならびに結合の減少をもたらす置換が有用であり得る。例えば、FcγRIIIaへの結合の増加は、一般に、ADCC(抗体依存性細胞介在性細胞傷害性、すなわち、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の結合抗体を認識し、その後、標的細胞の溶解を引き起こす細胞介在性反応)の増加をもたらすことが知られている。同様に、いくつかの状況下では、FcγRIIb(抑制性受容体)への結合の減少も有益であり得る。本発明で使用されるアミノ酸置換には、USSN11/124,620(特に図41)、USSN11/174,287、USSN11/396,495、USSN11/538,406に列挙されるものが含まれ、それらのすべてはその全体が、具体的にはそこで開示される変異体が参照により、明示的に本明細書に組み込まれる。使用される特定の変異体には、236A、239D、239E、332E、332D、239D/332E、267D、267E、328F、267E/328F、236A/332E、239D/332E/330Y、239D、332E/330L、243A、243L、264A、264V、および299Tが含まれるがこれらに限定されない。
さらに、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるUSSN12/341,769に具体的に開示されているように、434S、434A、428L、308F、259I、428L/434S、428L/434A、259I/308F、436I/428L、436IまたはV/434S、436V/428L、および259I/308F/428Lを含むがこれらに限定されない、FcRn受容体への結合の増加および血清半減期の増加に使用される追加のFc置換が存在する。
(ii)切除変異体
同様に、機能性変異体の別のカテゴリーは「FcγR切除変異体」または「Fcノックアウト(FcKOまたはKO)」変異体である。これらの実施形態では、いくつかの治療用途のために、1つ以上またはすべてのFcγ受容体(例えば、FcγR1、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIIaなど)へのFcドメインの正常な結合を低減または除去して、追加の作用機序を回避することが望ましい。つまり、例えば、多くの実施形態において、特に二機能性免疫調節性タンパク質の使用において、Fcドメインのうちの1つが、1つ以上のFcγ受容体切除変異体を含むように、FCγRIIIa結合を切除してADCC活性を除去または顕著に減少させることが望ましい。これらの切除変異体は、図4に示されており、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択される切除変異体を用いる好ましい態様で、それぞれが独立して任意選択的に含まれるかまたは除外することができる。本明細書で言及される切除変異体は、FcγR結合を切除するが、FcRn結合を切除しないことに留意されたい。
同様に、機能性変異体の別のカテゴリーは「FcγR切除変異体」または「Fcノックアウト(FcKOまたはKO)」変異体である。これらの実施形態では、いくつかの治療用途のために、1つ以上またはすべてのFcγ受容体(例えば、FcγR1、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIIaなど)へのFcドメインの正常な結合を低減または除去して、追加の作用機序を回避することが望ましい。つまり、例えば、多くの実施形態において、特に二機能性免疫調節性タンパク質の使用において、Fcドメインのうちの1つが、1つ以上のFcγ受容体切除変異体を含むように、FCγRIIIa結合を切除してADCC活性を除去または顕著に減少させることが望ましい。これらの切除変異体は、図4に示されており、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択される切除変異体を用いる好ましい態様で、それぞれが独立して任意選択的に含まれるかまたは除外することができる。本明細書で言及される切除変異体は、FcγR結合を切除するが、FcRn結合を切除しないことに留意されたい。
2.ホモ二量体Fcドメイン
ある実施形態では、本発明は、図19Bに一般的に示されるように、ホモ二量体Fcドメインを含む二価のホモ二量体タンパク質を提供する。この実施形態では、各単量体は同一であり、一般に、変異体-IL-2-リンカー-Fcドメインを含み、リンカーは一般にIgG1からのヒンジである。
ある実施形態では、本発明は、図19Bに一般的に示されるように、ホモ二量体Fcドメインを含む二価のホモ二量体タンパク質を提供する。この実施形態では、各単量体は同一であり、一般に、変異体-IL-2-リンカー-Fcドメインを含み、リンカーは一般にIgG1からのヒンジである。
この実施形態では、Fcドメインは、図4に一般的に示されているように切除変異体を有することができる。一般にFcγRI、FcγRIIbおよびFcγRIIIaへの結合を除去する適切な切除変異体が図4に示されている。このIgG1の実施形態で特に有用なのは、E233P/L234V/L235A/G236_/S267Kの切除アミノ酸セットである(「G236_」は、本明細書に記載されるような欠失である)。
さらに、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるUSSN12/341,769に具体的に開示されているように、434S、434A、428L、308F、259I、428L/434S、428L/434A、259I/308F、436I/428L、436IまたはV/434S、436V/428L、および259I/308F/428Lを含むがこれらに限定されない、FcRn受容体への結合の増加および血清半減期の増加に使用される追加のFc置換が存在する。
3.ヘテロ二量体Fcドメイン
図19Bに示されるように、ホモ二量体の二価のIL-2融合タンパク質に加えて、代替の実施形態は一価のIL-2融合タンパク質を利用し、Fcドメインの1つは「空」であり、本発明はヘテロ二量体化変異体に依存して、2つのFcドメインを一緒にする。これらの実施形態は、自己集合してヘテロ二量体Fcドメインおよびヘテロ二量体Fc融合タンパク質を形成する2つの異なる変異型Fc配列の使用に依存する。
図19Bに示されるように、ホモ二量体の二価のIL-2融合タンパク質に加えて、代替の実施形態は一価のIL-2融合タンパク質を利用し、Fcドメインの1つは「空」であり、本発明はヘテロ二量体化変異体に依存して、2つのFcドメインを一緒にする。これらの実施形態は、自己集合してヘテロ二量体Fcドメインおよびヘテロ二量体Fc融合タンパク質を形成する2つの異なる変異型Fc配列の使用に依存する。
二機能性ヘテロ二量体Fc融合タンパク質構築物は、抗体の重鎖の2つのFcドメイン、例えば、集合して「二量体」を構築する2つの「単量体」の自己組織化の性質に基づく。ヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、以下でさらに詳しく説明するとおり、各単量体のアミノ酸配列を変えることによって作製される。したがって、本発明は概して、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質の生成に関し、ヘテロ二量体形成を促進するために、かつ/またはホモ二量体よりもヘテロ二量体の精製を容易にするために、各鎖で異なる定常領域中のアミノ酸変異体に応じて、抗原をいくつかの方法で共結合することができる。
本発明のヘテロ二量体を生成するために使用することができるいくつかのメカニズムが存在する。さらに、当業者には理解されるように、これらのメカニズムを組み合わせて高いヘテロ二量体化を確実にすることができる。したがって、ヘテロ二量体の産生をもたらすアミノ酸変異体は、「ヘテロ二量体化変異体」と呼ばれる。後述するように、ヘテロ二量体化変異体は、ヘテロ二量体からのホモ二量体の精製を可能にする立体変異体(例えば、後述の「ノブアンドホール(knobs and holes)」または「スキュー」変異体および「電荷対」変異体)ならびに「pI変異体」を含んでよい。その全体が参照により本明細書に組み込まれ、具体的には以下で「ヘテロ二量体化変異」の議論について本明細書に援用されるように、ヘテロ二量体化の有用な機構には「ノブアンドホール」(「KIH」、本明細書においてしばしば「スキュー」変異体として(国際公開第WO2014/145806号中の議論を参照)、「国際公開第WO2014/145806号に記載されているような「静電ステアリング」または「電荷対」、WO2014/145806に記載されるようなpI変異体、および国際公開第WO2014/145806号および以下に概説されているような一般的なさらなるFc変異体が含まれる。
本発明において、ヘテロ二量体タンパク質の精製を容易に引き起こすことができるいくつかの基本的メカニズムが存在し、その1つは、各単量体が異なるpIを有することによって、A-A、A-B、およびB-B二量体タンパク質の等電精製が可能になるように、pI変異体の使用に依存する。さらに、本発明のヘテロ二量体タンパク質は、サイズに基づく分離も可能にする。以下にさらに概説するように、ホモ二量体よりもヘテロ二量体の形成を「スキューさせる」ことも可能である。したがって、立体的ヘテロ二量体化変異体およびpI変異体または電荷対変異体の組み合わせは、本発明において特に使用される。
一般に、本発明において特に使用される実施形態は、2つの単量体間のpI差を増加させる、pI変異体と組み合わせた、ホモ二量体形成に対するヘテロ二量体形成を促進するスキュー変異体を含む変異のセットに依存する。
さらに、以下により完全に概説されるように、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質のフォーマットに応じて、pI変異体は単量体の定常ドメインおよび/またはFcドメイン内に含まれるか、またはドメインリンカーが使用されるかのいずれかでよい。
ヘテロ二量体タンパク質の精製を可能にするための分離機構としてpIを利用する本発明においては、アミノ酸変異を一方または両方の単量体のポリペプチドに導入することができ、すなわち、単量体の一方(本明細書では簡単のために「単量体A」と呼ぶ)のpIを単量体Bと異なるように操作でき、または、単量体AとBの両方の変化を、単量体AのpIを増加させ、単量体BのpIを減少させるように改変できる。論じられるように、いずれかまたは両方の単量体のpI変化は、荷電残基を除去または付加することによって(例えば中性アミノ酸を正または負に荷電したアミノ酸残基で置換する、例えばグリシンからグルタミン酸)、正または負から反対の電荷への荷電残基の変更によって(例えばアスパラギン酸からリジンへ)、または荷電残基の中性残基への変更によって(例えば電荷の消失、リジンからセリン)、実施することができる。多数のこれらの変異体を図に示す。
したがって、本発明のこの実施形態は、ヘテロ二量体をホモ二量体から分離することができるように、少なくとも1つの単量体に十分なpIの変化を生じさせることを提供する。当業者には理解されるように、そして以下にさらに論じるように、これは、「野生型」重鎖定常領域およびそのpI(wt A-+Bまたはwt A--B)を増加または減少させるように操作された変異領域を使用することによって、または一方の領域を増加して他方の領域を減少させることによって(A+-B-またはA-B+)、実施できる。
したがって、一般に、本発明のある実施形態の構成要素は、二量体タンパク質の単量体の両方ではないにしても少なくとも1つの等電点(pI)を、アミノ酸置換(「pI変異体」または「pI置換」)を単量体の一方または両方に組み込むことによって変化させることを目的とする定常領域におけるアミノ酸変異体である。本明細書中に示されるように、2つのホモ二量体からのヘテロ二量体の分離は、2つの単量体のpIが0.1pH単位とわずかに異なる場合に達成でき、0.2、0.3、0.4、および0.5またはそれ以上異なるものがすべて本発明において使用される。
a.ヘテロ二量体化変異体
本発明は、ヘテロ二量体形成および/またはホモ二量体からの精製を可能にするためにヘテロ二量体化変異体を利用する、様々なフォーマットのヘテロ二量体抗体を含む、ヘテロ二量体タンパク質を提供する。多数のヘテロ二量体化のバリエーションを図2に示す。
本発明は、ヘテロ二量体形成および/またはホモ二量体からの精製を可能にするためにヘテロ二量体化変異体を利用する、様々なフォーマットのヘテロ二量体抗体を含む、ヘテロ二量体タンパク質を提供する。多数のヘテロ二量体化のバリエーションを図2に示す。
ヘテロ二量体化スキュー変異体のセットのいくつかの好適な対がある。これらの変異体は、「セット」の「対」になる。すなわち、一方のセットの対が第1の単量体に組み込まれ、他のセットの対が第2の単量体に組み込まれる。注目すべきは、これらのセットは、一方の単量体上の残基と他方の単量体上の残基との間で一対一の対応関係を有する「ノブインホール」変異体として必ずしも振舞わないことであり、すなわち、これらのセットの対は、ヘテロ二量体形成を促進し、ホモ二量体形成を妨げる2つの単量体間の境界面を形成し、生物学的条件下で自発的に形成するヘテロ二量体の割合を予想の50%(25%ホモ二量体A/A:50%ヘテロ二量体A/B:25%ホモ二量体B/B)ではなく90%以上にする。
b.立体変異体
ある実施形態において、ヘテロ二量体の形成は、立体変異体の付加によって促進され得る。すなわち、各重鎖中のアミノ酸を変えることによって、異なる重鎖が会合して同一のFcアミノ酸配列を有するホモ二量体を形成するよりもヘテロ二量体構造を形成する可能性が高い。図には、適切な立体変異体が含まれている。
ある実施形態において、ヘテロ二量体の形成は、立体変異体の付加によって促進され得る。すなわち、各重鎖中のアミノ酸を変えることによって、異なる重鎖が会合して同一のFcアミノ酸配列を有するホモ二量体を形成するよりもヘテロ二量体構造を形成する可能性が高い。図には、適切な立体変異体が含まれている。
1つの機構は、当該技術分野において一般的に「ノブアンドホール」と呼ばれ、ヘテロ二量体形成を有利にし、ホモ二量体形成を不利にする立体効果をもたらすアミノ酸操作を指し、任意選択で使用することもでき、これはしばしば、「ノブアンドホール」と呼ばれ、USSN61/596,846、Ridgway et al.,Protein Engineering 9(7):617(1996)、Atwell et al.,J.Mol.Biol.1997 270:26、米国特許第8,216,805号に記載されるようなものであり、それらの全ては参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。これらの図は、「ノブアンドホール」に依存するいくつかの「単量体A-単量体B」対を特定する。さらに、Merchant et al.,Nature Biotech.16:677(1998)に記載されているように、これらの「ノブアンドホール」変異は、ヘテロ二量体化に対するスキュー形成へのジスルフィド結合と組み合わせることができる。
ヘテロ二量体の生成に使用される追加のメカニズムは、その全体が参照により本明細書に組み込まれるGunasekaran et al.,J.Biol.Chem.285(25):19637(2010)に記載されているように、しばしば「静電ステアリング」と呼ばれる。これは、本明細書において、しばしば「電荷対」と呼ばれる。この実施形態では、静電学を使用して、ヘテロ二量体化に向けて形成をスキューさせる。当業者には理解されるように、これらは、pI、すなわち精製にも影響を及ぼす可能性があり、したがって場合によってはpI変異体と見なすこともできる。しかしながら、これらはヘテロ二量体化を強制するために生成され、精製手段として使用されなかったので、それらは「立体変異体」として分類される。これらには、D221R/P228R/K409Rと対になったD221E/P228E/L368E(例えば、これらは「単量体の対応セット」である)、およびC220R/E224R/P228R/K409Rと対になったC220E/P228E/368Eが含まれるがこれらに限定されない。
さらなる単量体Aおよび単量体Bの変異体は、本明細書に概説されるpI変異体または参照によりそれらの全てが本明細書に明示的に組み込まれるUS2012/0149876の図37に示される他の立体変異体などの他の変異体と、任意の量で任意選択で独立して組み合わせることができる。
ある実施形態では、本明細書に概説される立体変異体は、任意のpI変異体(またはFc変異体、FcRn変異体等の他の変異体)を一方または両方の単量体に任意選択的に独立して組み込むことができ、本発明のタンパク質に独立して任意選択的に含むかまたは除外することができる。
多くの実施形態における特定の有用性のいくつかのペアを示す、適切なスキュー変形のリストが図2に見られる。多くの実施形態において特に有用であるのは、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、およびT366S/L368A/Y407V:T366W(任意選択で架橋ジスルフィドT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cを含む)を含むが、これらに限定されないセットの対である。命名法に関して、対「S364K/E357Q:L368D/K370S」は、一方の単量体が二重変異体セットS364K/E357Qを有し、他方が二重変異体セットL368D/K370Sを有することを意味し、上述のように、これらの対の「鎖性(strandedness)」は出発pIに依存する。
c.ヘテロ二量体のためのpI(等電点)変異体
一般に、当業者には理解されるように、pI変異体には2つの一般的なカテゴリー:タンパク質のpIを増加させるもの(塩基性変化)とタンパク質のpIを減少させるもの(酸性変化)がある。本明細書中に記載されるように、これらの変異体の全ての組み合わせがなされ得る:一方の単量体は野生型、または野生型と顕著に異なるpIを示さない変異体であり得、他方がより塩基性またはより酸性のいずれかであり得る。代替的に、各単量体は、1つがより塩基性に、1つがより酸性へと変化する。
一般に、当業者には理解されるように、pI変異体には2つの一般的なカテゴリー:タンパク質のpIを増加させるもの(塩基性変化)とタンパク質のpIを減少させるもの(酸性変化)がある。本明細書中に記載されるように、これらの変異体の全ての組み合わせがなされ得る:一方の単量体は野生型、または野生型と顕著に異なるpIを示さない変異体であり得、他方がより塩基性またはより酸性のいずれかであり得る。代替的に、各単量体は、1つがより塩基性に、1つがより酸性へと変化する。
pI変異体の好ましい組み合わせを図5に示す。本明細書に概説し、図に示すように、これらの変化はIgG1と比較して示されているが、すべてのアイソタイプをこのように変更することができ、アイソタイプハイブリッドも同様である。重鎖定常ドメインがIgG2~4に由来する場合、R133EおよびR133Qもまた使用され得る。
1つの実施形態において、pI変異体の好ましい組み合わせは、295E/384D/418E/421D変異体(ヒトIgG1に対して、Q295E/N384D/Q418E/N421D)を含む1つの単量体(負側)と、(GKPGS)4を含む正に帯電したscFvリンカーを含む第2単量体(正側)とを有する。
d.アイソタイプ変異体
さらに、本発明の多くの実施形態は、あるIgGアイソタイプから別のIgGアイソタイプへの特定の位置でのpIアミノ酸の「移入」に依存し、したがって、変異体に望ましくない免疫原性が導入される可能性を低減または排除する。これらのうちの多数は、本明細書に参照によって組み込まれる米国特許出願公開第2014/0370013号の図21に示される。すなわち、IgG1は、高いエフェクター機能を含む様々な理由から治療用抗体の一般的なアイソタイプである。しかしながら、IgG1の重定常領域は、IgG2のそれよりも高いpIを有する(8.10対7.31)。特定の位置でIgG2残基をIgG1バックボーンに導入することによって、得られる単量体のpIは低下(または上昇)し、さらにより長い血清半減期を示す。例えば、IgG1は137位にグリシン(pI5.97)を有し、IgG2はグルタミン酸(pI3.22)を有し、グルタミン酸を移入すると、得られるタンパク質のpIに影響を与える。以下に記載されるように、変異型Fc融合タンパク質のpIに顕著な影響を与えるためには、一般にいくつかのアミノ酸置換が必要とされる。しかしながら、IgG2分子中の変化でさえも血清半減期の増加を可能にすることが以下に論じられるように留意されたい。
さらに、本発明の多くの実施形態は、あるIgGアイソタイプから別のIgGアイソタイプへの特定の位置でのpIアミノ酸の「移入」に依存し、したがって、変異体に望ましくない免疫原性が導入される可能性を低減または排除する。これらのうちの多数は、本明細書に参照によって組み込まれる米国特許出願公開第2014/0370013号の図21に示される。すなわち、IgG1は、高いエフェクター機能を含む様々な理由から治療用抗体の一般的なアイソタイプである。しかしながら、IgG1の重定常領域は、IgG2のそれよりも高いpIを有する(8.10対7.31)。特定の位置でIgG2残基をIgG1バックボーンに導入することによって、得られる単量体のpIは低下(または上昇)し、さらにより長い血清半減期を示す。例えば、IgG1は137位にグリシン(pI5.97)を有し、IgG2はグルタミン酸(pI3.22)を有し、グルタミン酸を移入すると、得られるタンパク質のpIに影響を与える。以下に記載されるように、変異型Fc融合タンパク質のpIに顕著な影響を与えるためには、一般にいくつかのアミノ酸置換が必要とされる。しかしながら、IgG2分子中の変化でさえも血清半減期の増加を可能にすることが以下に論じられるように留意されたい。
他の実施形態では、非アイソタイプのアミノ酸変化を行って、(例えば、高pIのアミノ酸から低pIのアミノ酸へと変化させることによって)得られるタンパク質の全体的な荷電状態を低下させるか、または以下でさらに詳細に説明する安定性等のための構造の調整を可能にする。
さらに、重定常ドメインと軽定常ドメインの両方をpI操作することによって、ヘテロ二量体の各単量体における顕著な変化を見ることができる。本明細書で考察されるように、2つの単量体のpIが少なくとも0.5だけ異なることが、イオン交換クロマトグラフィーもしくは等電点電気泳動、または等電点に高感度な他の方法による分離を可能する。
e.pIを計算する
本明細書に概説されるように、各単量体のpIは、変異体IL-2ドメインおよびFcドメインのpIに依存することがある。したがって、ある実施形態において、pIの変化は、米国特許出願公開第2014/0370013号の図19のチャートを用いて、変異体重鎖定常ドメインに基づいて計算される。本明細書で論じるように、どの単量体を操作するかは概して、各単量体の固有のpIによって決定される。あるいは、各単量体のpIを比較することができる。
本明細書に概説されるように、各単量体のpIは、変異体IL-2ドメインおよびFcドメインのpIに依存することがある。したがって、ある実施形態において、pIの変化は、米国特許出願公開第2014/0370013号の図19のチャートを用いて、変異体重鎖定常ドメインに基づいて計算される。本明細書で論じるように、どの単量体を操作するかは概して、各単量体の固有のpIによって決定される。あるいは、各単量体のpIを比較することができる。
f.ヘテロ二量体とFc変異体との組み合わせ
当業者には理解されるように、列挙されたヘテロ二量体化変異体(スキュー変異体および/またはpI変異体を含む)はすべて、それらの「鎖性(strandedness)」または「単量体分割」を保持する限り、任意の方法で任意選択的に独立して組み合わせることができる。さらに、これらの変異体はすべて、ヘテロ二量体化フォーマットのいずれにも組み合わせることができる。
当業者には理解されるように、列挙されたヘテロ二量体化変異体(スキュー変異体および/またはpI変異体を含む)はすべて、それらの「鎖性(strandedness)」または「単量体分割」を保持する限り、任意の方法で任意選択的に独立して組み合わせることができる。さらに、これらの変異体はすべて、ヘテロ二量体化フォーマットのいずれにも組み合わせることができる。
pI変異体の場合、特に使用される実施形態が図面に示されているが、精製を促進するために2つの単量体間のpIの差異を変えるという基本的な規則に従って、他の組み合わせを生成できる。
さらに、ヘテロ二量体化変異体、スキュー、およびpIのいずれも、本明細書で一般的に概説されるように、Fc除去変異体、Fc変異体、FcRn変異体と独立して任意選択で組み合わせることができる。
切除変異体に加えて、Fcドメインには、一般に、本明細書では軽鎖は存在しないので削除されている、C220S変異体も含まれ(たとえば、本発明のFcドメインにはEU付番216位から始まるヒンジ領域が含まれる)、このシステインは軽鎖とのジスルフィド形成に使用される。
さらに、本発明の融合タンパク質のFcドメインは、必要に応じて半減期延長アミノ酸置換を含んでよい。
最近、等電点が低い可変領域を持つ抗体は、血清半減期も長くなる可能性があることが示唆されている(Igawa et al、2010 PEDS、23(5):385-392、全体が参照により組み込まれる)。ただし、このメカニズムはまだよくわかっていない。さらに、可変領域は抗体ごとに異なる。本明細書に記載されるように、pIが減少し半減期が延長された定常領域変異体は、抗体の薬物動態特性を改善するためのよりモジュール化されたアプローチを提供するであろう。
VIII.本発明の有用な構成
本明細書で概説するように、本発明は、いくつかの有用な一価および二価の構築物を提供する。
本明細書で概説するように、本発明は、いくつかの有用な一価および二価の構築物を提供する。
A.ヘテロ二量体一価構築物
ある実施形態では、本発明のIL-2-Fc融合体タンパク質は、図19Aおよび19Cに示されるものなどのヘテロ二量体一価構築物である。この実施形態では、変異型IL-2ドメインは一般に、ヒンジをドメインリンカー(一般にC220S変異体を含む)として使用するか、またはヒンジに接続された追加のリンカーを使用して、変異型ヒトIgG1 Fcドメインに融合され、他のFcドメイン(ヒンジを含む)は「空」のままである。
ある実施形態では、本発明のIL-2-Fc融合体タンパク質は、図19Aおよび19Cに示されるものなどのヘテロ二量体一価構築物である。この実施形態では、変異型IL-2ドメインは一般に、ヒンジをドメインリンカー(一般にC220S変異体を含む)として使用するか、またはヒンジに接続された追加のリンカーを使用して、変異型ヒトIgG1 Fcドメインに融合され、他のFcドメイン(ヒンジを含む)は「空」のままである。
ある実施形態では、変異型IL-2ドメインは、変異型ヒトIgG1 Fcドメイン(C220S変異体とのヒンジを含む)、S364K/E357Q「スキュー変異体」および切除変異体E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む「+」単量体側(図5Aを参照)に接続され、「空のFc側」は、変異型ヒトIgG1 Fcドメイン(C220S変異体のヒンジを含む)、L368D/K370S「スキュー変異体」および切除変異体E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kである。この実施形態では、好ましい構築物は、T3A/D20N/T37R、T3A/D20N/T37R/C125S、T3A/D20N/T37R/C125A、T3A/D20N/N71K、T3A/D20N/N71K/C125SおよびT3A/D20N/N71K/C125Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を有する変異IL-2ドメインを含む。
ある実施形態では、変異体IL-2ドメインは、変異型ヒトIgG1 Fcドメイン(C220S変異体とのヒンジを含む)、S364K/E357Q「スキュー変異体」および切除変異体E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、およびFcRn変異体M428L/N434Sを含む「+」単量体側(図5Aを参照)に接続され、「空のFc側」は変異型ヒトIgG1 Fcドメイン(C220S変異体のヒンジを含む)、L368D/K370S「スキュー変異体」および切除変異体E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、およびFcRn変異体M428L/N434Sである。この実施形態では、好ましい構築物は、T3A/D20N/T37R、T3A/D20N/T37R/C125S、T3A/D20N/T37R/C125A、T3A/D20N/N71K、T3A/D20N/N71K/C125SおよびT3A/D20N/N71K/C125Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を有する変異IL-2ドメインを含む。
1つの実施形態では、「単量体1」は、アミノ酸置換T3A/D20N/N71K/C125S(野生型IL-2と比較して、配列番号2)を含む変異IL-2ドメイン、および配列番号9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31または33を含む、図6のものから選択された「単量体1Fcバックボーン」を含む。この実施形態では、「単量体2」は、配列番号10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32および34の「単量体2 Fcバックボーン」から選択される「空のFc」を含む。
1つの実施形態では、「単量体1」は、アミノ酸置換T3A/D20N/N71K/C125S(野生型IL-2と比較して、配列番号2)を含む変異IL-2ドメイン、および配列番号9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31または33を含む図6のものから選択される「単量体1Fcバックボーン」を含むが、FcRn変異体M428L/N434Sを伴う。この実施形態では、「単量体2」は、配列番号10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32および34の「単量体2 Fcバックボーン」から選択される「空のFc」を含むが、FcRn変異体M428L/N434Sを伴う。
1つの実施形態では、「単量体1」は、アミノ酸置換T3A/D20N/T37R/C125S(野生型IL-2と比較して、配列番号2)を含む変異IL-2ドメイン、および配列番号9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31または33を含む、図6のものから選択された「単量体1Fcバックボーン」を含む。この実施形態では、「単量体2」は、配列番号10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32および34の「単量体2 Fcバックボーン」から選択される「空のFc」を含む。
1つの実施形態では、「単量体1」は、アミノ酸置換T3A/D20N/T37R/C125S(野生型IL-2、配列番号2と比較して)、および配列番号9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31または33を含む図6のものから選択される「Fcバックボーン」を含むが、FcRn変異体M428L/N434Sを伴う。この実施形態では、「単量体2」は、配列番号10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32および34の「単量体2 Fcバックボーン」から選択される「空のFc」を含むが、FcRn変異体M428L/N434Sを伴う。
これらの実施形態では、好ましい構築物には、XENP26105、XENP27563、XENP26109およびXENP27564が含まれる。
B.ホモ二量体二価構築物
ある実施形態では、本発明のIL-2-Fc融合体タンパク質は、図19Bおよび19Dに示されるものなどのホモ二量体二価構築物である。この実施形態では、変異体IL-2ドメインは一般に、ヒンジをドメインリンカー(一般にC220S変異体を含む)として、またはヒンジに取り付けられた追加のリンカーを使用して、変異型ヒトIgG1 Fcドメインにそれぞれ融合される。
ある実施形態では、本発明のIL-2-Fc融合体タンパク質は、図19Bおよび19Dに示されるものなどのホモ二量体二価構築物である。この実施形態では、変異体IL-2ドメインは一般に、ヒンジをドメインリンカー(一般にC220S変異体を含む)として、またはヒンジに取り付けられた追加のリンカーを使用して、変異型ヒトIgG1 Fcドメインにそれぞれ融合される。
ある実施形態では、変異型IL-2ドメインは、変異型ヒトIgG1 Fcドメイン(C220S変異体とのヒンジを含む)および切除変異型E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kに取り付けられている。この実施形態では、好ましい構築物は、T3A/D20N/T37R、T3A/D20N/T37R/C125S、T3A/D20N/T37R/C125A、T3A/D20N/N71K、T3A/D20N/N71K/C125SおよびT3A/D20N/N71K/C125Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を有する変異型IL-2ドメインを含む。
ある実施形態では、変異型IL-2ドメインは、変異型ヒトIgG1 Fcドメイン(C220S変異体とのヒンジを含む)、切除変異型E233P/L234V/L235A/G236del/S267KおよびFcRn変異型M428L/N434Sが取り付けられている。この実施形態では、好ましい構築物は、T3A/D20N/T37R、T3A/D20N/T37R/C125S、T3A/D20N/T37R/C125A、T3A/D20N/N71K、T3A/D20N/N71K/C125SおよびT3A/D20N/N71K/C125Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を有する変異型IL-2ドメインを含む。
IX.本発明の核酸
本発明はさらに、ホモ二量体二価IL-2-Fc融合体タンパク質およびヘテロ二量体一価IL-2融合タンパク質をコードする核酸組成物を提供する。
本発明はさらに、ホモ二量体二価IL-2-Fc融合体タンパク質およびヘテロ二量体一価IL-2融合タンパク質をコードする核酸組成物を提供する。
当業者には理解されるように、核酸組成物はヘテロ二量体タンパク質のフォーマットに依存するであろう。したがって、例えば、フォーマットが例えば図19Aのヘテロ二量体一価フォーマットのために2つのアミノ酸配列を必要とするとき、発現のために1つ以上の発現ベクターに2つの核酸配列を組み込むことができる。
あるいは、図19Bに示されるようなホモ二量体二価フォーマットの場合、単一の核酸構築物および単一の発現ベクターが使用される。
当該技術分野において既知であるように、本発明の構成要素をコードする核酸は、当該技術分野において既知であるように、そして本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質を産生するために使用される宿主細胞に応じた発現ベクターに組み込まれ得る。一般に、核酸は任意の数の調節エレメント(プロモーター、複製起点、選択可能マーカー、リボソーム結合部位、インデューサーなど)に作動可能に連結されている。発現ベクターは、染色体外ベクターまたは組み込みベクターであり得る。
次いで、本発明の核酸および/または発現ベクターを、哺乳動物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞および/または真菌細胞を含む当該技術分野で周知の任意の数の異なる種類の宿主細胞に形質転換するが、哺乳動物細胞(例えばCHO細胞)が、多くの実施形態において使用される。
ある実施形態では、各単量体をコードする核酸は、フォーマットに応じて適用可能なように、それぞれ一般に異なるまたは同じプロモーター制御下で単一の発現ベクター内に含まれる。本発明において特に使用される実施形態では、これら2つまたは3つの核酸の各々は異なる発現ベクターに含まれる。
本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、当該技術分野において周知のように、発現ベクターを含む宿主細胞を培養することによって作製される。一旦製造されると、イオン交換クロマトグラフィー工程を含む従来の融合タンパク質または抗体精製工程が実施される。本明細書で論じるように、2つの単量体のpIが少なくとも0.5だけ異なることは、イオン交換クロマトグラフィーもしくは等電点電気泳動、または等電点に感受性の他の方法による分離を可能にし得る。すなわち、各単量体の等電点(pI)が異なるpIを有し、かつヘテロ二量体も異なるpIを有するようになるように各単量体の等電点(pI)を変化させるpI置換を含むことによって、ヘテロ二量体の等電点精製(例えば、陰イオン交換カラム、陽イオン交換カラム)を促進する。これらの置換はまた、精製後の任意の混入したホモ二量体の特定およびモニタリングにも役立つ(例えば、IEFゲル、cIEF、および分析用IEXカラム)。
X.製剤
本発明に従って使用される抗体の製剤は、所望の純度の抗体を任意選択の薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定化剤(Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.[1980]に一般に概説されるような)と混合することによって、保存のために、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で調製される(Remington’s Pharmaceutical Sciences 第16版,Osol,A.Ed.¥[1980]に概説されるように)。
本発明に従って使用される抗体の製剤は、所望の純度の抗体を任意選択の薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定化剤(Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.[1980]に一般に概説されるような)と混合することによって、保存のために、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で調製される(Remington’s Pharmaceutical Sciences 第16版,Osol,A.Ed.¥[1980]に概説されるように)。
XI.処置
本発明のIL-2-Fc融合体タンパク質の組成物は、例えば本発明の二量体タンパク質を使用して患者のCD25+細胞を活性化することにより、自己免疫疾患の治療に用途を見出す。
本発明のIL-2-Fc融合体タンパク質の組成物は、例えば本発明の二量体タンパク質を使用して患者のCD25+細胞を活性化することにより、自己免疫疾患の治療に用途を見出す。
A.例1:半減期を延長するためのIL-2の作製
上記のように、IL-2は非常に速いクリアランスに悩まされている。この急速なクリアランスは、一部にはIL-2:IL-2R複合体の内部移行によるものである。エンドソームへの内在化に続いて、IL-2、IL-2Rβ、およびγcは分解され、IL-2Rαは構成的に細胞表面にリサイクルされる。L18M/L19S変異を持つIL-2変異体2D1は、野生型IL-2よりも長い半減期を示す。Fallonらは、野生型IL-2はエンドソームpHでIL-2Rαに対する親和性が低く、IL-2とIL-2Rαの間のpH依存性結合を示唆していると報告している。このグループはさらに、2D1がエンドソームpHでWT IL-2よりもIL-2Rαに対して高い親和性を持つため、2D1の延長された半減期がIL-2Rαによるリサイクルから生じることを発見した。特に、IL-2上の残基L18およびL19は、IL-2Rβおよびγcと接触すると記載されている。対照的に、我々は、IL-2:IL-2Rαインターフェースでの残基の変更は、pH依存性結合の減衰、IL-2RαによるIL-2のリサイクルの増加、さらには半減期の増加に適していると仮定した。
上記のように、IL-2は非常に速いクリアランスに悩まされている。この急速なクリアランスは、一部にはIL-2:IL-2R複合体の内部移行によるものである。エンドソームへの内在化に続いて、IL-2、IL-2Rβ、およびγcは分解され、IL-2Rαは構成的に細胞表面にリサイクルされる。L18M/L19S変異を持つIL-2変異体2D1は、野生型IL-2よりも長い半減期を示す。Fallonらは、野生型IL-2はエンドソームpHでIL-2Rαに対する親和性が低く、IL-2とIL-2Rαの間のpH依存性結合を示唆していると報告している。このグループはさらに、2D1がエンドソームpHでWT IL-2よりもIL-2Rαに対して高い親和性を持つため、2D1の延長された半減期がIL-2Rαによるリサイクルから生じることを発見した。特に、IL-2上の残基L18およびL19は、IL-2Rβおよびγcと接触すると記載されている。対照的に、我々は、IL-2:IL-2Rαインターフェースでの残基の変更は、pH依存性結合の減衰、IL-2RαによるIL-2のリサイクルの増加、さらには半減期の増加に適していると仮定した。
1.pH依存性結合を減衰するためのIL-2/IL-2RαインターフェースでのIL-2作製
IL-2およびIL-2Rαインターフェース(PDBコード2ERJ)の結晶構造を調べることにより、我々は、Arg38、Thr41、および/またはIL-2のPhe42およびIL-2RαのHis120間の相互作用からなるIL-2/IL-2Rαインターフェースでの可能な自然の「pHスイッチ」を特定した(図8を参照)。我々は、IL-2:IL-2Rαβγ複合体の内在化後のエンドソームの低pHでは、His20がプロトン化され、IL-2RαからのIL-2の放出、およびその後の残りのIL-2:IL-2Rβγ複合体のリソソーム分解が起こると仮定した。IL-2Rαは細胞表面にリサイクルされることが知られており、これらの相互作用する残基の1つ以上を置換することにより、pH6.0でIL-2とIL-2Rαとのの結合親和性を高めると、IL-2のリサイクルが改善され、半減期が延長される。Protein Design Automationテクノロジーによる計算予測(たとえば、1998年10月22日公開のWO1998/047089を参照)を使用して、我々は、これら3つの接触残基を飽和させる変異体を作製した。
IL-2およびIL-2Rαインターフェース(PDBコード2ERJ)の結晶構造を調べることにより、我々は、Arg38、Thr41、および/またはIL-2のPhe42およびIL-2RαのHis120間の相互作用からなるIL-2/IL-2Rαインターフェースでの可能な自然の「pHスイッチ」を特定した(図8を参照)。我々は、IL-2:IL-2Rαβγ複合体の内在化後のエンドソームの低pHでは、His20がプロトン化され、IL-2RαからのIL-2の放出、およびその後の残りのIL-2:IL-2Rβγ複合体のリソソーム分解が起こると仮定した。IL-2Rαは細胞表面にリサイクルされることが知られており、これらの相互作用する残基の1つ以上を置換することにより、pH6.0でIL-2とIL-2Rαとのの結合親和性を高めると、IL-2のリサイクルが改善され、半減期が延長される。Protein Design Automationテクノロジーによる計算予測(たとえば、1998年10月22日公開のWO1998/047089を参照)を使用して、我々は、これら3つの接触残基を飽和させる変異体を作製した。
IL-2をコードするプラスミドを、標準的な遺伝子合成、続いてpTT5発現ベクターへのサブクローニングによって構築した。IL-2には、精製のためのC末端ポリヒスチジンタグ(8xHis)と、発現を改善するためのC125S置換が含まれていた。上記で予測された置換は、標準的な突然変異誘発技術によって導入された。タンパク質をHEK293E細胞における一過性トランスフェクションによって産生し、そしてNi-NTAクロマトグラフィーによって精製した。ポリヒスチジンタグを取り除いた、例示的な変異体の配列を図9に示す。
pH7.4およびpH6.0でのIL-2Rαに対するIL-2の親和性は、表面プラズモン共鳴(SPR)ベースのテクノロジーであるBiacoreを使用して決定された。Biacoreの実験手順には、一般的に次のものが含まれる。固定化(センサーチップへのリガンドの捕捉)。関連付け(センサーチップ上での様々な濃度の検体の流れ)、および試験物品の親和性を決定するための解離(センサーチップ上を流れる緩衝液)。緩衝液のみを含む参照ウェルもまた、データ処理中のバックグラウンド補正のための方法に含まれた。この特定の画面では、最初にヒトCD25(IL-2Rα)がセンサーチップ上にキャプチャされ、次に様々な濃度のIL-2変異体がセンサーチップ上に流された。細胞表面の条件をシミュレートするためにpH7.4の緩衝液を使用し、エンドソーム条件をシミュレートするためにpH6.0の緩衝液を使用して別の実験を行った。得られた解離定数(KD)、会合速度(ka)、および解離速度(kd)を図10および11に示す。結合親和性と速度定数は、1:1結合モデルを使用して処理されたデータを分析することで得られた。図12はpH6.0での解離速度の倍改善を示し、図13はpH7.4での解離速度の倍改善を示す。
R38、T41、およびF42で様々な置換が行われた多数の変異体は、WT IL-2と比較して、pH6.0での解離速度が劣るかまたは類似していたが、大幅に改善されたオフレートを持ついくつかの変異体(つまり、IL-2Rαでリサイクルされる可能性が高いIL-2変異体)を特定した。好ましい変異体には、XENP14142(R38I)とXENP14144(R38L)がある。図14は、XENP14135(C125S変異を持つ野生型IL-2)およびXENP14142(R38IおよびC125Sを持つ変異体IL-2)のBiacoreセンサーグラムを示す。pH7.4およびpH6.0でのXENP14142の同様の解離曲線は、pH依存性結合の減衰が成功したことを示す。
2.他のIL-2変異体との関連でのpH依存性結合の減衰
次に、R38Lを従来のIL-2変異体と組み合わせて(2009年5月14日公開のWO2009/061853に記載されているQ126Tの変異体2-4)他のIL-2変異体との関連でオフレートが改善されたかどうかを調査した。
次に、R38Lを従来のIL-2変異体と組み合わせて(2009年5月14日公開のWO2009/061853に記載されているQ126Tの変異体2-4)他のIL-2変異体との関連でオフレートが改善されたかどうかを調査した。
上記のように、置換は標準的な突然変異誘発技術によって導入された。タンパク質をHEK293E細胞における一過性トランスフェクションによって産生し、そしてNi-NTAクロマトグラフィーによって精製した。R38LありおよびR38Lなしの上記の先行技術変異体の配列を、ポリヒスチジンタグを除いて図15に示す。
実施例1Aに記載されるように、Biacoreを使用して、pH7.4およびpH6.0でのIL-2Rαに対するIL-2の親和性を決定した。得られた解離定数(KD)、会合速度(ka)、および解離速度(kd)、およびpH7.4での親和性とpH6.0での親和性の比を図16に示す。データは、R38L置換を含めると親和性の比率が増加することを示しており、pH依存性結合の減衰が成功したことを示す。
B.例2:Treg選択性のためのIL-2の作製
IL-2による増殖性シグナル伝達は、IL-2中間親和性受容体複合体(IL-2Rβγ)の一部として、またはIL-2高親和性受容体複合体(IL-2Rαβγ)の一部として、IL-2Rβおよびγcによって介在される。CD25は、IL-2Rαβγ複合体のIL-2への高親和性結合を付与するが、それ以外ではそれ自体がシグナル伝達を欠いている。IL-2Rαβγ複合体への高親和性結合により、IL-2はIL-2Rαを構成的に発現するTregを支持する。したがって、IL-2Rαに対するIL-2の親和性を増加させると、Treg上のIL-2Rαβγ複合体に有利に結合をさらに歪めることができると仮定された。あるいは、IL-2Rβ、γc、またはIL-2Rβγに対するIL-2の親和性を低下させると、CD25陰性T細胞およびNK細胞からの結合をゆがめる可能性がある。
IL-2による増殖性シグナル伝達は、IL-2中間親和性受容体複合体(IL-2Rβγ)の一部として、またはIL-2高親和性受容体複合体(IL-2Rαβγ)の一部として、IL-2Rβおよびγcによって介在される。CD25は、IL-2Rαβγ複合体のIL-2への高親和性結合を付与するが、それ以外ではそれ自体がシグナル伝達を欠いている。IL-2Rαβγ複合体への高親和性結合により、IL-2はIL-2Rαを構成的に発現するTregを支持する。したがって、IL-2Rαに対するIL-2の親和性を増加させると、Treg上のIL-2Rαβγ複合体に有利に結合をさらに歪めることができると仮定された。あるいは、IL-2Rβ、γc、またはIL-2Rβγに対するIL-2の親和性を低下させると、CD25陰性T細胞およびNK細胞からの結合をゆがめる可能性がある。
IL-2とその受容体の間の界面の結晶構造を調べ、MOEソフトウェアを使用してモデリングすることにより、IL-2Rαに対するIL-2親和性を増加させるまたはIL-2Rβ、γc、および/またはIL-2Rβγに対するIL-2親和性を減少させるために置換できる残基を予測した。
IL-2をコードするプラスミドを、標準的な遺伝子合成、続いてpTT5発現ベクターへのサブクローニングによって構築した。IL-2には、精製のためのC末端ポリヒスチジンタグ(8xHis)と、発現を改善するためのC125S置換が含まれていた。上記で予測された置換は、標準的な突然変異誘発技術によって導入された。タンパク質をHEK293E細胞における一過性トランスフェクションによって産生し、そしてNi-NTAクロマトグラフィーによって精製した。ポリヒスチジンタグを除いた、例示的な変異体の配列を図17に示す。
IL-2とその受容体コンポーネントとの結合は、BioLayer Interferometry(BLI)ベースの方法であるオクテットを使用して決定された。オクテットの実験工程は、一般的に以下を含んでいた。試験物質の親和性を決定するための、固定化(バイオセンサー上へのリガンドの捕捉)、会合(分析物の連続希釈物を含むウェルにリガンドコーティングしたバイオセンサーの浸漬)、解離(緩衝液を含むウェルにバイオセンサーを戻すこと)。緩衝液のみを含む参照ウェルもまた、データ処理中のバックグラウンド補正のための方法に含まれた。特に、抗ヒトFc(AHC)バイオセンサーは、二価CD25(IL-2Rα)-Fc融合、二価CD122(IL-2Rβ)-Fc融合、またはヘテロ二量体CD122:CD132(IL-2Rβγ)-Fcのいずれかをキャプチャするために使用された融合し、IL-2変異体の複数の濃度に浸した。IL-2変異体の結果として得られたBLI応答は、XENP14135(C125Sを含む野生型IL-2)のBLI応答に対して正規化され、図18に示されている。特に、D20NやN88DなどのIL-2:IL-2Rβインターフェースでのいくつかの置換は、IL-2RβへのIL-2の結合を大幅に減少または排除した。
C.例3:IL-2-Fc融合タンパク質
IL-2の短い半減期にさらに取り組むために、我々は、生産を促進し、FcRnを介したリサイクルを促進しおよび半減期を長くすることを目的として、Fc融合体(以下、IL-2-Fc融合体と呼ぶ)としてIL-2を作製した。
IL-2の短い半減期にさらに取り組むために、我々は、生産を促進し、FcRnを介したリサイクルを促進しおよび半減期を長くすることを目的として、Fc融合体(以下、IL-2-Fc融合体と呼ぶ)としてIL-2を作製した。
1.IL-2-Fc融合体の製造
IL-2をコードするプラスミドを、標準的な遺伝子合成、続いてFc融合体パートナー(例えば、図6に示す定常領域)を含むpTT5発現ベクターへのサブクローニングによって構築した。IL-2には、発現を改善するためのC125S置換と、O-グリコシル化部位を除去するためのT3A置換が含まれる場合がある。例示的なIL-2-Fc融合体フォーマットの概略図を図19に示す。選択された置換は、標準的な突然変異誘発技術によって導入された。
IL-2をコードするプラスミドを、標準的な遺伝子合成、続いてFc融合体パートナー(例えば、図6に示す定常領域)を含むpTT5発現ベクターへのサブクローニングによって構築した。IL-2には、発現を改善するためのC125S置換と、O-グリコシル化部位を除去するためのT3A置換が含まれる場合がある。例示的なIL-2-Fc融合体フォーマットの概略図を図19に示す。選択された置換は、標準的な突然変異誘発技術によって導入された。
一価のIL-2-Fcまたは「monovIL-2-Fc」フォーマット(図19A)は、最初のヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合したIL-2を含み(たとえば、IL-2-Fcバックボーン1-単量体2、図6)、分子の反対側は「Fcのみ」または「空のFc」ヘテロ二量体Fc(たとえば、図6のIL-2-Fcバックボーン1-単量体1を参照)である。例示的なmonovIL-2-Fc融合体の配列を図20に示す。二価のIL-2-Fcまたは「bivIL-2-Fc」フォーマット(図19B)は、ホモ二量体Fc領域のN末端に融合したIL-2を含む(たとえば、図6のIL-2-Fcバックボーン12を参照)。例示的なbivIL-2-Fc融合体の配列を図23に示す。monovIL-2-Fc融合体およびbivIL-2-Fc融合体には、IL-2のC末端とFc領域のN末端の間に可変長リンカーが含まれる場合がある(IL-2-Fc融合体での使用が見出される可能性のあるドメインリンカーの非限定的な例については、図7を参照、およびフォーマット画像については図19C-D参照)。可変長リンカーとの例示的なIL-2-Fc融合体の配列を図25に示す。
タンパク質は、HEK293E細胞での一過性トランスフェクションによって生成され、プロテインAクロマトグラフィーとそれに続くイオン交換クロマトグラフィーを含む2段階精製プロセスによって精製された。
2.monovIL-2-Fc融合体として作製された先行技術のIL-2変異体の調査
monovIL-2-Fc融合体フォーマットの堅牢性と有効性を調査するために、多くの先行技術のIL-2変異体がこのフォーマットで生成された。これらのIL-2-Fc融合体には、XENP24637(2012年8月16日公開のWO2012/107417に記載された変異体に基づく)、XENP24638(WO2005/007121、2005年1月27日公開に記載の変異体2-4に基づく)、XENP24639(2005年1月27日公開、WO2005/007121に記載の変異M1に基づく)、XENP24640(2009年5月14日公開、WO2009/061853に記載のQ126Tを伴う変異2-4に基づく)、XENP24642(基盤1999年11月25日に公開されたWO1999/060128に記載された変種)、XENP24728(Mitra et al.2015に記載されたH9-RETに基づく)、およびXENP24729(Mitra et al.2015に記載されたH9-RETRに基づく)が含まれる。XENP24641、XENP24730、XENP24731、およびXENP24732などの追加の変異体は、従来技術で説明されている個々の置換または置換の組み合わせに基づいていた。配列は、図20に示される。
monovIL-2-Fc融合体フォーマットの堅牢性と有効性を調査するために、多くの先行技術のIL-2変異体がこのフォーマットで生成された。これらのIL-2-Fc融合体には、XENP24637(2012年8月16日公開のWO2012/107417に記載された変異体に基づく)、XENP24638(WO2005/007121、2005年1月27日公開に記載の変異体2-4に基づく)、XENP24639(2005年1月27日公開、WO2005/007121に記載の変異M1に基づく)、XENP24640(2009年5月14日公開、WO2009/061853に記載のQ126Tを伴う変異2-4に基づく)、XENP24642(基盤1999年11月25日に公開されたWO1999/060128に記載された変種)、XENP24728(Mitra et al.2015に記載されたH9-RETに基づく)、およびXENP24729(Mitra et al.2015に記載されたH9-RETRに基づく)が含まれる。XENP24641、XENP24730、XENP24731、およびXENP24732などの追加の変異体は、従来技術で説明されている個々の置換または置換の組み合わせに基づいていた。配列は、図20に示される。
a.monovIL-2-Fc融合体のアフィニティスクリーン
様々なIL-2受容体に対する上記のmonovIL-2-Fc融合体の親和性は、実施例2に一般的に記載されているようにオクテットを使用して決定された。特に、IL-2Rαの親和性を決定するために、CD25(IL-2Rα)-Fc融合体(R&D Systems、ミネアポリス、ミネソタ州)をAR2Gバイオセンサーにロードし、複数の濃度のIL-2-Fc融合体に浸した。IL-2RβおよびIL-2Rβγの親和性を決定するには、二価CD122(IL-2Rβ)-Fc-His融合体またはヘテロ二量体CD122:CD132(IL-2Rβγ)-Fc-His融合体をHIS1Kバイオセンサーにロードし、IL-2-Fc融合体の複数の濃度に浸した。得られた解離定数(KD)、会合速度(ka)、および解離速度(kd)を図21に示す。
様々なIL-2受容体に対する上記のmonovIL-2-Fc融合体の親和性は、実施例2に一般的に記載されているようにオクテットを使用して決定された。特に、IL-2Rαの親和性を決定するために、CD25(IL-2Rα)-Fc融合体(R&D Systems、ミネアポリス、ミネソタ州)をAR2Gバイオセンサーにロードし、複数の濃度のIL-2-Fc融合体に浸した。IL-2RβおよびIL-2Rβγの親和性を決定するには、二価CD122(IL-2Rβ)-Fc-His融合体またはヘテロ二量体CD122:CD132(IL-2Rβγ)-Fc-His融合体をHIS1Kバイオセンサーにロードし、IL-2-Fc融合体の複数の濃度に浸した。得られた解離定数(KD)、会合速度(ka)、および解離速度(kd)を図21に示す。
b.monovIL-2-Fc融合体によるSTAT5リン酸化の誘導
サイトカインがその受容体に結合した後、受容体に関連するヤヌスキナーゼ(JAK)がSTATタンパク質をリン酸化し、STATタンパク質が核に移行してさらに下流のプロセスを調節する。したがって、STATタンパク質(特に、STAT5aおよびSTAT5bを含むSTAT5)のリン酸化は、IL-2が高または中親和性IL-2受容体に結合することによって引き起こされる最も初期のシグナル伝達現象の1つである((Lin and Leonard(2000);Wuest et al.(2008))。したがって、上記のmonovIL-2-Fc融合体が、CD8+およびCD4+T細胞およびTregなどの様々な細胞型においてSTAT5リン酸化を誘導する能力を調べた。
サイトカインがその受容体に結合した後、受容体に関連するヤヌスキナーゼ(JAK)がSTATタンパク質をリン酸化し、STATタンパク質が核に移行してさらに下流のプロセスを調節する。したがって、STATタンパク質(特に、STAT5aおよびSTAT5bを含むSTAT5)のリン酸化は、IL-2が高または中親和性IL-2受容体に結合することによって引き起こされる最も初期のシグナル伝達現象の1つである((Lin and Leonard(2000);Wuest et al.(2008))。したがって、上記のmonovIL-2-Fc融合体が、CD8+およびCD4+T細胞およびTregなどの様々な細胞型においてSTAT5リン酸化を誘導する能力を調べた。
別の実験では、新鮮なPBMCを、指定の試験物質とともに指定濃度で15分間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3-BUV395(UCHT1)、抗CD4-BV605(RPA-T4)、および抗CD8-Alexa700(SK1)で、室温で、30~45分間染色した。細胞を洗浄し、予め冷却した(-20℃)90%メタノールとともに20~60分間インキュベートした。メタノールインキュベーション後、細胞を再度洗浄し、抗CD25-BV421(M-A251)、抗CD45RA-PE(HI100)、抗FOXP3-Alexa488(259D)、および抗pSTAT5-Alexa647(pY687)で染色し、様々な細胞集団およびSTAT5リン酸化を標識した。CD8+T細胞(CD3+CD8+CD25-)にSTAT5リン酸化のデータを示す誘導は、CD4+T細胞(CD3+CD4+CD25-)およびTregの(CD3+CD4+CD25+FOXP3+)は、図22に示す。特に、IL-2-Fc融合体XENP24638およびXENP24642は、Tregの強力な活性化因子であり(STAT5リン酸化により示される)、CD8+およびCD4+T細胞の最小限の活性化を伴い、これは、IL-2-Fc融合体を構成するIL-2変異体について報告された活性と一致する。
3.bivIL-2-Fc融合体として作製された先行技術のIL-2変異体の調査
bivIL-2-Fc融合体フォーマットの堅牢性と有効性を調査するには、先行技術のIL-2変異体(1999年11月25日公開のWO1999/060128に記載)とコントロールIL-2(C125SとT3A置換を併用)はこのフォーマットで生成され、その配列は図23に示されている。
bivIL-2-Fc融合体フォーマットの堅牢性と有効性を調査するには、先行技術のIL-2変異体(1999年11月25日公開のWO1999/060128に記載)とコントロールIL-2(C125SとT3A置換を併用)はこのフォーマットで生成され、その配列は図23に示されている。
a.bivIL-2-Fc融合体によるSTAT5リン酸化の誘導
別の実験では、新鮮なPBMCを、指定の試験物質とともに指定濃度で15分間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3-BUV395(UCHT1)、抗CD4-BV605(RPA-T4)、および抗CD8-Alexa700(SK1)で、室温で、30~45分間染色した。細胞を洗浄し、予め冷却した(-20℃)90%メタノールとともに20~60分間インキュベートした。メタノールインキュベーション後、細胞を再度洗浄し、抗CD25-BV510(M-A251)、抗CD45RA-PE(HI100)、抗FOXP3-Alexa488(259D)、および抗pSTAT5-Alexa647(pY694)で染色し、様々な細胞集団およびSTAT5リン酸化を標識した。CD8+T細胞、CD4+T細胞、TregでのSTAT5リン酸化の誘導を示すデータを図24に示す。
別の実験では、新鮮なPBMCを、指定の試験物質とともに指定濃度で15分間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3-BUV395(UCHT1)、抗CD4-BV605(RPA-T4)、および抗CD8-Alexa700(SK1)で、室温で、30~45分間染色した。細胞を洗浄し、予め冷却した(-20℃)90%メタノールとともに20~60分間インキュベートした。メタノールインキュベーション後、細胞を再度洗浄し、抗CD25-BV510(M-A251)、抗CD45RA-PE(HI100)、抗FOXP3-Alexa488(259D)、および抗pSTAT5-Alexa647(pY694)で染色し、様々な細胞集団およびSTAT5リン酸化を標識した。CD8+T細胞、CD4+T細胞、TregでのSTAT5リン酸化の誘導を示すデータを図24に示す。
4.ドメインリンカーとのIL-2-Fc融合体として設計された先行技術のIL-2変異体の調査
IL-2とFc領域の間にリンカーを含めることの影響を調査するために、先行技術のIL-2変異体(1999年11月25日公開のWO1999/060128および2012年8月16日公開のWO2012/107417に記載)は、Gly-SerリンカーとのmonovIL-2-Fc融合体またはbivIL-2-Fc融合体として生成された。これらのIL-2-Fc融合体の配列は図25に示されている。
IL-2とFc領域の間にリンカーを含めることの影響を調査するために、先行技術のIL-2変異体(1999年11月25日公開のWO1999/060128および2012年8月16日公開のWO2012/107417に記載)は、Gly-SerリンカーとのmonovIL-2-Fc融合体またはbivIL-2-Fc融合体として生成された。これらのIL-2-Fc融合体の配列は図25に示されている。
a.ドメインリンカーとのIL-2-Fc融合体によるSTAT5リン酸化の誘導
別の実験では、新鮮なPBMCを、指定の試験物質とともに指定濃度で15分間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3-BUV395(UCHT1)、抗CD4-BV605(RPA-T4)、および抗CD8-Alexa700(SK1)で、室温で、30~45分間染色した。細胞を洗浄し、予め冷却した(-20℃)90%メタノールとともに20~60分間インキュベートした。メタノールインキュベーション後、細胞を再度洗浄し、抗CD25-BV510(M-A251)、抗CD45RA-PE(HI100)、抗FOXP3-Alexa488(259D)、および抗pSTAT5-Alexa647(pY694)で染色し、様々な細胞集団およびSTAT5リン酸化を標識した。CD8+T細胞、CD4+T細胞、TregでのSTAT5リン酸化の誘導を示すデータを図26に示す。
別の実験では、新鮮なPBMCを、指定の試験物質とともに指定濃度で15分間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3-BUV395(UCHT1)、抗CD4-BV605(RPA-T4)、および抗CD8-Alexa700(SK1)で、室温で、30~45分間染色した。細胞を洗浄し、予め冷却した(-20℃)90%メタノールとともに20~60分間インキュベートした。メタノールインキュベーション後、細胞を再度洗浄し、抗CD25-BV510(M-A251)、抗CD45RA-PE(HI100)、抗FOXP3-Alexa488(259D)、および抗pSTAT5-Alexa647(pY694)で染色し、様々な細胞集団およびSTAT5リン酸化を標識した。CD8+T細胞、CD4+T細胞、TregでのSTAT5リン酸化の誘導を示すデータを図26に示す。
D.例4:CD25に対する親和性が増加し、CD122に対する親和性が減少した変異体IL-2-Fc融合体の作製
実施例2で論じたように、IL-2RのIL-2Rβに対する親和性を増加させると、Treg上のIL-2Rαβγ複合体に有利に結合をさらにゆがめ、一方で、IL-2Rβ、γc、またはIL-2Rβγに対するIL-2の親和性を減少させると、CD25陰性T細胞およびNK細胞からの結合をゆがめる可能性がある。ここでは、IL-2Rα結合を増加させる置換を、Treg選択性を高める目的で、IL-2-Fc融合体との関連でIL-2Rβ結合を減少させる置換と組み合わせた。
実施例2で論じたように、IL-2RのIL-2Rβに対する親和性を増加させると、Treg上のIL-2Rαβγ複合体に有利に結合をさらにゆがめ、一方で、IL-2Rβ、γc、またはIL-2Rβγに対するIL-2の親和性を減少させると、CD25陰性T細胞およびNK細胞からの結合をゆがめる可能性がある。ここでは、IL-2Rα結合を増加させる置換を、Treg選択性を高める目的で、IL-2-Fc融合体との関連でIL-2Rβ結合を減少させる置換と組み合わせた。
IL-2をコードするプラスミドを、標準的な遺伝子合成、続いてFc融合体パートナー(例えば、図6に示す定常領域)を含むpTT5発現ベクターへのサブクローニングによって構築した。IL-2には、改善された発現のためのC125S置換と、Oグリコシル化部位を除去するためのT3A置換が含まれている。実施例2に記載される選択された置換は、標準的な突然変異誘発技術によって導入された。タンパク質は、HEK293E細胞での一過性トランスフェクションによって生成され、プロテインAクロマトグラフィーとそれに続くイオン交換クロマトグラフィーを含む2段階精製プロセスによって精製された。CD25親和性の増加および/またはCD122親和性の減少のために設計された例示的なIL-2-Fc融合体の配列を図27に示す。
1.CD25親和性の増加とCD122親和性の減少のために作製された変異体IL-2-Fc融合体の親和性分別
様々なIL-2受容体に対する上記の変異体IL-2-Fc融合体の親和性は、実施例3B(a)に一般的に記載されているようにオクテットを使用して決定された。特に、IL-2Rαの親和性を決定するために、CD25(IL-2Rα)-Fc融合体(R&D Systems、ミネアポリス、ミネソタ州)をAR2Gバイオセンサーにロードし、複数の濃度のIL-2-Fc融合体に浸した。IL-2RβおよびIL-2Rβγの親和性を決定するには、二価CD122(IL-2Rβ)-Fc-His融合体またはヘテロ二量体CD122:CD132(IL-2Rβγ)-Fc-His融合体をHIS1Kバイオセンサーにロードし、IL-2-Fc融合体の複数の濃度に浸した。得られた解離定数(KD)、会合速度(ka)、および解離速度(kd)を図33に示す。
様々なIL-2受容体に対する上記の変異体IL-2-Fc融合体の親和性は、実施例3B(a)に一般的に記載されているようにオクテットを使用して決定された。特に、IL-2Rαの親和性を決定するために、CD25(IL-2Rα)-Fc融合体(R&D Systems、ミネアポリス、ミネソタ州)をAR2Gバイオセンサーにロードし、複数の濃度のIL-2-Fc融合体に浸した。IL-2RβおよびIL-2Rβγの親和性を決定するには、二価CD122(IL-2Rβ)-Fc-His融合体またはヘテロ二量体CD122:CD132(IL-2Rβγ)-Fc-His融合体をHIS1Kバイオセンサーにロードし、IL-2-Fc融合体の複数の濃度に浸した。得られた解離定数(KD)、会合速度(ka)、および解離速度(kd)を図33に示す。
2.様々な細胞集団におけるCD25親和性の増加およびCD122親和性の減少のために設計された変異体IL-2-Fc融合体によるSTAT5リン酸化
別の実験では、新鮮なPBMCを、指定の試験物質とともに指定濃度で15分間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3-BV396(UCHT1)、抗CD4-BV605(RPA-T4)、および抗CD8-Alexa700(SK1)で、室温で、30~45分間染色した。細胞を洗浄し、予め冷却した(-20℃)90%メタノールとともに20~60分間インキュベートした。メタノールインキュベーション後、細胞を再度洗浄し、抗CD25-BV421(M-A251)、抗CD45RA-PE(HI100)、抗FOXP3-Alexa488(259D)、および抗pSTAT5-Alexa647(pY687)で染色し、様々な細胞集団およびSTAT5リン酸化を標識した。様々な細胞集団におけるSTAT5リン酸化の誘導を示すデータは、図28~29に示されている。
別の実験では、新鮮なPBMCを、指定の試験物質とともに指定濃度で15分間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3-BV396(UCHT1)、抗CD4-BV605(RPA-T4)、および抗CD8-Alexa700(SK1)で、室温で、30~45分間染色した。細胞を洗浄し、予め冷却した(-20℃)90%メタノールとともに20~60分間インキュベートした。メタノールインキュベーション後、細胞を再度洗浄し、抗CD25-BV421(M-A251)、抗CD45RA-PE(HI100)、抗FOXP3-Alexa488(259D)、および抗pSTAT5-Alexa647(pY687)で染色し、様々な細胞集団およびSTAT5リン酸化を標識した。様々な細胞集団におけるSTAT5リン酸化の誘導を示すデータは、図28~29に示されている。
データは、コントロールXENP24635(C125SのみのIL-2-Fc)および組換えヒトIL-2(rhIL-2)と比較して、CD25-陰性T細胞(CD8+およびCD4+)のSTAT5リン酸化の誘導が最小限の、Tregの強力な活性化因子であったことを示す。
E.例5:追加の変異体IL-2-Fc融合体の作製
価数、ドメインリンカー、pHスイッチ、Treg選択性など、前の例で説明した特性を組み合わせて、追加のIL-2-Fc融合体を設計し、例2で一般的に説明したように作製した。例示的な配列が、図30に示される。さらに、WO2014/153111に記載されているように非制御性T細胞に対するTregの比率を高めるように設計されたFc-IL-2(V91K/C125A)融合体は、コンパレータ(ここではXENP27193と呼ばれる。配列は図34に示される)として生成された。
価数、ドメインリンカー、pHスイッチ、Treg選択性など、前の例で説明した特性を組み合わせて、追加のIL-2-Fc融合体を設計し、例2で一般的に説明したように作製した。例示的な配列が、図30に示される。さらに、WO2014/153111に記載されているように非制御性T細胞に対するTregの比率を高めるように設計されたFc-IL-2(V91K/C125A)融合体は、コンパレータ(ここではXENP27193と呼ばれる。配列は図34に示される)として生成された。
1.追加の一価IL-2-Fc融合体によるSTAT5リン酸化の誘導
別の実験では、新鮮なPBMCを、指定のIL-2-Fc試験物質とともに指定濃度で37℃で15分間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCはまず抗CD3-BUV395(UCHT1)、抗CD4-BV605(RPA-T4)、抗CD8-AF700(SK1)、および抗CD56-PE抗体で染色された。最初の染色後、PerFix EXPOSE(Beckman Coulter、インディアナポリス、インディアナ州)を使用して細胞を透過処理した。透過処理後、細胞は抗CD25-BV421(M-A251)、抗CD45RA-BV510(HI100)、抗FoxP3-AF488(259D)、および抗pSTAT5-AF647(47/Stat5(pY694))抗体で染色された。第2の染色後、細胞をフローサイトメトリーで分析して、様々なリンパ球集団のSTAT5リン酸化を調べた。IL-2受容体を介したIL-2-Fc融合体によるシグナル伝達を示す、様々なリンパ球集団のpSTAT5 MFIを示すデータを図35に示す。
別の実験では、新鮮なPBMCを、指定のIL-2-Fc試験物質とともに指定濃度で37℃で15分間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCはまず抗CD3-BUV395(UCHT1)、抗CD4-BV605(RPA-T4)、抗CD8-AF700(SK1)、および抗CD56-PE抗体で染色された。最初の染色後、PerFix EXPOSE(Beckman Coulter、インディアナポリス、インディアナ州)を使用して細胞を透過処理した。透過処理後、細胞は抗CD25-BV421(M-A251)、抗CD45RA-BV510(HI100)、抗FoxP3-AF488(259D)、および抗pSTAT5-AF647(47/Stat5(pY694))抗体で染色された。第2の染色後、細胞をフローサイトメトリーで分析して、様々なリンパ球集団のSTAT5リン酸化を調べた。IL-2受容体を介したIL-2-Fc融合体によるシグナル伝達を示す、様々なリンパ球集団のpSTAT5 MFIを示すデータを図35に示す。
データは、変異体のそれぞれがTreg上でSTAT5リン酸化を誘導したことを示す。特に、変異体IL-2-Fc融合体が、両方の組換えIL-2およびWT一価IL-2-Fc融合体(XENP24635)と比較して、CD4+メモリーT細胞(CD45RA-)、CD8+メモリーT細胞(CD45RA-)、NK細胞、及びγδT細胞よりも優先的にTregを誘導した。比較すると、先行技術の変異型Fc-IL-2融合XENP27193は、Treg選択性が比較的低かった。
2.二価のIL-2-Fc融合体は一価の対応物よりも強力である
様々なIL-2-Fc試験物品によるSTAT5リン酸化の誘導を、実施例5Aに記載されているように調査した。TregとCD4+メモリーT細胞(CD45RA-)でpSTAT5 MFIを示すデータは、IL-2受容体を介してIL-2-Fc融合体によるシグナル伝達を示し、図36~42に示されている。
様々なIL-2-Fc試験物品によるSTAT5リン酸化の誘導を、実施例5Aに記載されているように調査した。TregとCD4+メモリーT細胞(CD45RA-)でpSTAT5 MFIを示すデータは、IL-2受容体を介してIL-2-Fc融合体によるシグナル伝達を示し、図36~42に示されている。
データは、各IL-2変異体について、2価のIL-2-Fc変異体が、対応する1価のIL-2-Fcバージョンよりも、TregのSTAT5リン酸化の誘導においてより強力であることを示す。特に、IL-2コンポーネントとFcコンポーネント間のドメインリンカー(たとえば、XENP27002、XENP27003、XENP27004、XENP27005、XENP27006、およびXENP27007)を作製することは、2価のIL-2-Fc融合体の効力をさらに高める。特に、2価のIL-2-Fc融合体構築物(リンカー付きとリンカーなし)のそれぞれは、CD4+CD45RA-T細胞などの他のリンパ球集団よりもTregの選択性を保持していた。
F.例6:IL-2-Fc融合体の曝露を最大化する
1.Xtend Fcの組み込み
上記のIL-2-Fc融合体は、FcRnへの結合が強化されたXtend Fc(M428L/N434S)で設計され、融合のFcRnを介したリサイクルを促進し、その後循環半減期を延長した。Xtend Fcとの例示的な二価IL-2-Fc融合体の配列を図43に示し、Xtend Fcとの例示的な一価IL-2-Fc融合体の配列を図44に示す。
1.Xtend Fcの組み込み
上記のIL-2-Fc融合体は、FcRnへの結合が強化されたXtend Fc(M428L/N434S)で設計され、融合のFcRnを介したリサイクルを促進し、その後循環半減期を延長した。Xtend Fcとの例示的な二価IL-2-Fc融合体の配列を図43に示し、Xtend Fcとの例示的な一価IL-2-Fc融合体の配列を図44に示す。
2.Treg選択性と効力のバランスがとれたIL-2-Fc融合体の選択
我々は、また、効力の低いIL-2-Fc融合体は抗原シンクを減少させ、それにより循環中の半減期を増加させると推論した。実施例5Bのデータを考慮して、二価のIL-2-Fc融合体およびドメインリンカーを有するIL-2-Fc融合体が効力を増強したことを示して、我々はドメインリンカーを欠く一価のIL-2-Fc融合体に特に興味があった。したがって、選択性と効力の最適なバランスでIL-2-Fc融合体を特定するために、我々は、XENP24635(C125S変異を伴う一価のIL-2-Fc融合体)を伴う、一価のIL-2融合体(それぞれD20N/T37RおよびD20N/N71K変異体を含むXENP26105およびXENP26109)、ならびにXENP25908およびXENP27193(自己免疫疾患の治療に適応されるコンパレータIL-2-Fc融合体)のインビトロ効力(様々なリンパ球集団に対するSTAT5リン酸化の誘導によって示される)をSTAT5リン酸化アッセイで比較した。データは図45に示されている。
我々は、また、効力の低いIL-2-Fc融合体は抗原シンクを減少させ、それにより循環中の半減期を増加させると推論した。実施例5Bのデータを考慮して、二価のIL-2-Fc融合体およびドメインリンカーを有するIL-2-Fc融合体が効力を増強したことを示して、我々はドメインリンカーを欠く一価のIL-2-Fc融合体に特に興味があった。したがって、選択性と効力の最適なバランスでIL-2-Fc融合体を特定するために、我々は、XENP24635(C125S変異を伴う一価のIL-2-Fc融合体)を伴う、一価のIL-2融合体(それぞれD20N/T37RおよびD20N/N71K変異体を含むXENP26105およびXENP26109)、ならびにXENP25908およびXENP27193(自己免疫疾患の治療に適応されるコンパレータIL-2-Fc融合体)のインビトロ効力(様々なリンパ球集団に対するSTAT5リン酸化の誘導によって示される)をSTAT5リン酸化アッセイで比較した。データは図45に示されている。
特に、XENP26105とXENP26109はどちらもXENP24635とXENP27193(それぞれ1nMと5nMのEC50対0.02nMと0.01nM)より強力ではなかったが、Tregの選択性を維持しながら、より高用量でTregに対して同様のレベルの活性を達成できた。XENP26105の効力はXENP25908に匹敵するが(それぞれEC50が1nM対0.7nM)、XENP26105とXENP26109は、XENP25908よりもはるかに高いレベルの活動を達成できた。XENP26105とXENP26109で観察された効力と選択性の低下は、それらが臨床環境での選択的かつ持続的なTreg拡大に役立つことを示唆している。したがって、XENP26105およびXENP26109のXtend FcアナログであるXENP27563およびXENP27564の可能性をさらに調査した。
G.例7:XENP27563およびXENP27564のインビトロ特性付け
1.CD25選択的IL-2-Fc融合体で処理されたTreg培養物は、より優れたCD25発現を示す
ラパマイシンは、インビトロでCD4+CD25+FOXP3+Tregの増殖を促進し、その結果生じる拡大したTregはCD4+およびCD8+T細胞の増殖を抑制することが以前に報告されている(例えば、Battaglia et al.(2006)Rapamycin promotes expansion of functional CD4+CD25+FOXP3+regulatory T cells of both healthy subjects and type 1 diabetic patients.J Immunol. 177(12)8338-8347、およびStrauss et al.(2007)Selective survival of naturally occurring human CD4+CD25+Foxp3+regulatory T cells cultured with rapamycin.J Immunol.178(1)320-329)。
1.CD25選択的IL-2-Fc融合体で処理されたTreg培養物は、より優れたCD25発現を示す
ラパマイシンは、インビトロでCD4+CD25+FOXP3+Tregの増殖を促進し、その結果生じる拡大したTregはCD4+およびCD8+T細胞の増殖を抑制することが以前に報告されている(例えば、Battaglia et al.(2006)Rapamycin promotes expansion of functional CD4+CD25+FOXP3+regulatory T cells of both healthy subjects and type 1 diabetic patients.J Immunol. 177(12)8338-8347、およびStrauss et al.(2007)Selective survival of naturally occurring human CD4+CD25+Foxp3+regulatory T cells cultured with rapamycin.J Immunol.178(1)320-329)。
したがって、CD4+細胞は、EasySep(商標)Human CD4+ T Cell Enrichment Kit(STEMCELL Technologies,Vancouver,Canada)を使用したネガティブ選択により、ヒトPBMCから濃縮した。Tregを、RPMI1640+10%ウシ胎仔血清+0.1μg/mlラパマイシン+500U/ml IL-2で、Dynabeads(商標)Human Treg Expander(Thermo Fisher Scientific,Waltham,Mass.)を使用して1~4日間拡大させた。Tregを0.5μg/mlの抗CD3(OKT3,Biolegend,San Diego,Calif.)でコーティングしたT75フラスコに移し、RPMI1640+10%ウシ胎児血清+0.1μg/mlラパマイシン+100U/ml IL-2+0.5μg/ml抗CD28 mAbで培養した。実験は、PBMC由来のCD4+T細胞の初回の濃縮から少なくとも8日後に行われた。このように濃縮および培養されたTregは、本明細書ではラパマイシンTregと呼ばれる。
ラパマイシンTregは、10%FBS、0.5μg/ml抗CD28 mAb、100ng/mlラパマイシン、および10ng/ml組換えIL-2または10μg/lのXENP27564(IL-2(D20N/N71K/C125S)変異体を持つIL-2-Fc融合体)のいずれかを含むRPMI1640培地で、0.5μg/mlプレート結合抗CD3(OKT3)でさらに培養した。培養の14日後、Tregを、抗CD25-FITC(M-A251)、抗FoxP3-PE(PCH101)、抗CTLA-4-PE-Dazzle594(L3D10)、抗PD-1-BB700(EH12.1)、anti-GITR-PE-Cy7(108-17)、anti-Ki67-Alexa647、anti-ICOS-Alexa700(C398.4a)、anti-TIGIT-BV421(A15153G)、anti-LAG-3(11C3C65)、抗CCR4-BV605(L291H4)、抗CD8-BV650(SK1)、抗CD39-BV711(A1)、抗TIM-3-BV785(F38-2E2)、抗CD40BUV396(SK3)、抗CD3-BUV496(UCHT1)、抗CD45-BUV805(HI30)、抗CD45RA-BUV737(HI100)、およびゾンビNIR(APC-Cy7)で染色し、フローサイトメトリーを使用して分析した。そのデータを図46~47に示す。データは、CD25選択的XENP27564で処理されたTregが、より大きなCD25発現を示すことを示す。さらに、図48に示されているように、XENP27564はエフェクターTreg(CD45RA-FoxP3中高)集団のより大きな拡大を示した。
2.7B:CD25選択的IL-2-Fc融合体で処理されたTreg培養物は、より優れた抑制機能を示す
実施例7Aに記載されるようにIL-2またはXENP27564のいずれかでさらに培養されたラパマイシンTregは、15日目にそれらの抑制機能について評価された。1x105のCFSE標識PBMCを、示された数のTag-itバイオレット標識Tregと4日間インキュベートし、CD8+レスポンダーとCD4+レスポンダーの拡大をCFSE希釈で測定した。リンパ球集団は次のように染色された:抗CD8-PerCp-By5.5(SK1)、抗CD3-PE-Cy7(OKT3)、抗CD127-APC(A019D5)、抗CD25-APC-Fire750(M-A251)、抗CD45RO-Alexa700(UCHL1)、抗CD16-BV605(3G6)、抗CD56-BV605(HCD56)、抗CD45RA-BV785(HI100)、抗CD4-BUV395(SK3)、およびゾンビアクア(BV510)。特に、図49に示されているデータは、Treg選択的IL-2-Fc融合体によって拡張されたTregが抑制機能を強化している可能性があることを示す。
実施例7Aに記載されるようにIL-2またはXENP27564のいずれかでさらに培養されたラパマイシンTregは、15日目にそれらの抑制機能について評価された。1x105のCFSE標識PBMCを、示された数のTag-itバイオレット標識Tregと4日間インキュベートし、CD8+レスポンダーとCD4+レスポンダーの拡大をCFSE希釈で測定した。リンパ球集団は次のように染色された:抗CD8-PerCp-By5.5(SK1)、抗CD3-PE-Cy7(OKT3)、抗CD127-APC(A019D5)、抗CD25-APC-Fire750(M-A251)、抗CD45RO-Alexa700(UCHL1)、抗CD16-BV605(3G6)、抗CD56-BV605(HCD56)、抗CD45RA-BV785(HI100)、抗CD4-BUV395(SK3)、およびゾンビアクア(BV510)。特に、図49に示されているデータは、Treg選択的IL-2-Fc融合体によって拡張されたTregが抑制機能を強化している可能性があることを示す。
さらに、抑制アッセイにおけるTreg上のCD25およびCD127の発現を調査した。そのデータは図50~51に示されている。上記のデータと一致して、XENP27564で拡張されたTregは、より高いレベルのCD25発現を示した。特に、XENP27564で拡張されたTregは、Tregの抑制機能と逆相関することが以前に判明しているマーカーであるCD127の発現が低いことを示した(Liu et al(2006)、CD127の発現は、FoxP3およびヒトCD4+Treg細胞の抑制機能と逆相関する。J Exp Med.203(7):1701-1711)。これは、XENP27564で拡張されたTregで観察された抑制機能の強化を説明している可能性がある。
3.CD25選択的IL-2-Fc融合体は、抗CD3による活性化後にTreg選択性と他のリンパ球集団に対する抑制効果を示す
抑制アッセイでは、CFSE標識PBMCおよびTag-it Violet標識ラパマイシンTregを、指示された濃度の指示された被験物質とともに、100ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)とともに4日間インキュベートした。リンパ球集団は次のように染色された:抗CD8-PerCp-Cy5.5(SK1)、抗CD3-PE-Cy7(OKT3)、抗CD25-APC-Cy7(M-A251)、抗CD45RO-Alexa700(UCHL1)、抗CD16-BV605(3G6)、抗CD56-BV605(HCD56)、抗CD45RA-BV785(HI100)、抗CD4-BUV395(SK3)、およびゾンビアクア(BV510)。試験品での処理後の様々なリンパ球集団の増殖(CFSEまたはTag-itバイオレット希釈で測定、ゾンビ色素は死細胞を除外するために使用)を図52に示す。データは、CD25選択的IL-2-Fc融合体XENP27563とXENP27564が、XENP24635(C125SのみのIL-2-Fc)、組換えIL-2、および組換えIL-15と比較して、Tregを選択的に拡大したことを示す。実際、図53および54に示されているデータは、CD25選択的IL-2-Fc融合体が、XENP24635、組換えIL-2、および組換えIL-15と比べて、CD8+およびCD4+T細胞の増殖を誘導する効果を実質的に減少させたことを示している。
抑制アッセイでは、CFSE標識PBMCおよびTag-it Violet標識ラパマイシンTregを、指示された濃度の指示された被験物質とともに、100ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)とともに4日間インキュベートした。リンパ球集団は次のように染色された:抗CD8-PerCp-Cy5.5(SK1)、抗CD3-PE-Cy7(OKT3)、抗CD25-APC-Cy7(M-A251)、抗CD45RO-Alexa700(UCHL1)、抗CD16-BV605(3G6)、抗CD56-BV605(HCD56)、抗CD45RA-BV785(HI100)、抗CD4-BUV395(SK3)、およびゾンビアクア(BV510)。試験品での処理後の様々なリンパ球集団の増殖(CFSEまたはTag-itバイオレット希釈で測定、ゾンビ色素は死細胞を除外するために使用)を図52に示す。データは、CD25選択的IL-2-Fc融合体XENP27563とXENP27564が、XENP24635(C125SのみのIL-2-Fc)、組換えIL-2、および組換えIL-15と比較して、Tregを選択的に拡大したことを示す。実際、図53および54に示されているデータは、CD25選択的IL-2-Fc融合体が、XENP24635、組換えIL-2、および組換えIL-15と比べて、CD8+およびCD4+T細胞の増殖を誘導する効果を実質的に減少させたことを示している。
増殖アッセイでは、PBMCを、示された濃度の示された濃度の示された試験品とともに、示された濃度のプレート結合抗CD3 mAb(OKT3)とともにインキュベートした。リンパ球集団は次のように染色された:抗FoxP3-PE(PCH101)、抗CD8-PerCP-Cy5.5(SK1)、抗CD3-PE-Cy7(OKT3)、抗Ki67-APC、抗CD45RO- Alexa700(UCHL1)、抗CD25-BV421(M-A251)、抗CD16-BV605(3G6)、抗CD56-BV605(HCD56)、抗CD45RA-BV785(HI100)、抗CD4-BUV396(SK3)、およびゾンビNIR(APC-Cy7)。様々なリンパ球集団の増殖は、増殖マーカーであるKi67を発現するパーセンテージに基づいて決定され、そのデータは図55~65に示される。上記の抑制アッセイのデータと一致して、図55~61に示す増殖アッセイのデータは、XENP27563およびXENP27564(CD25選択性のために設計されたIL-2-Fc融合体)がCD8+T細胞、CD8+CD45RA-T細胞、CD8+CD45RA+T細胞、CD4+T細胞、CD4+CD45RA-T細胞、CD4+CD45RA+T細胞、NK細胞の増殖誘導の機能を損傷したことを示し、図63~65に示すデータは、XENP27563およびXENP27564が他のリンパ球集団よりもTregを選択的に拡大することを示す。
H.例8:IL-2-Fc融合体はカニクイザルの選択的かつ持続的なTreg増殖を促進する
XENP27563およびXENP27564の臨床的可能性を調査するために、カニクイザルにおけるそれらの活動を調査した。動物に投薬する前に、カニクイザルのリンパ球に対するIL-2-Fc融合体の活性を確認した。以下のように、2つのアッセイを実施した。
XENP27563およびXENP27564の臨床的可能性を調査するために、カニクイザルにおけるそれらの活動を調査した。動物に投薬する前に、カニクイザルのリンパ球に対するIL-2-Fc融合体の活性を確認した。以下のように、2つのアッセイを実施した。
第1のアッセイでは、ヒトPBMCを様々な濃度のXENP27563またはXENP27564で、37℃で15分間刺激した。次に、PBMCをanti_CD3-BUV395(UCHT1)、抗CD4-BV605(RPA-T4)、抗CD8-BV711(RPA-T8)、抗CD25-BV421(M-A251)、抗CD45RA-BV510(HI100)、および抗CD56-PEで染色した。次に、細胞をPerFix EXPOSE(Beckman Coulter、インディアナポリス、インディアナ州)を使用して透過処理した。透過処理後、細胞を抗CD16-AF700(DJ130C)、抗FoxP3-AF488(259D)、およびpSTAT5(pY694)で染色し、様々なリンパ球集団のSTAT5リン酸化についてフローサイトメトリーで分析した(図78にデータを示す)。
2番目のアッセイでは、カニクイザルのPBMCを様々な濃度のXENP27563またはXENP27564で、37℃で15分間刺激した。次に、PBMCを抗CD3-BV421(SP34)、抗CD4-BV785(OKT4)、抗CD8-BUV395(RPA-T8)、抗CD25-BV510(M-A251)、抗CD45RA-APC/H7(HI100)、および抗CD56-PEで染色した。次に、細胞をPerFix EXPOSE(Beckman Coulter、インディアナポリス、インディアナ州)を使用して透過処理した。透過処理後、細胞を抗CD16-AF700(DJ130C)、抗FoxP3-AF488(259D)、およびpSTAT5(pY694)で染色し、様々なリンパ球集団のSTAT5リン酸化についてフローサイトメトリーで分析した(図79にデータを示す)。
データは、XENP27563とXENP27564が人間とカニクイザルの両方に対して同等に選択的で強力であることを示す。
1.8A:XENP27563とXENP27564のPDとPKの比較
カニクイザルの最初の研究では、動物(n=2)に3倍量のXENP27563または3倍量のXENP27564を0日目と15日目に静脈内投与した。血液を経時的に収集して、様々なリンパ球集団の拡大を調査し、被験物質の血清濃度を調査した。動物の血清アルブミン濃度と血圧も、試験品の耐容性を調査するために採取された。
カニクイザルの最初の研究では、動物(n=2)に3倍量のXENP27563または3倍量のXENP27564を0日目と15日目に静脈内投与した。血液を経時的に収集して、様々なリンパ球集団の拡大を調査し、被験物質の血清濃度を調査した。動物の血清アルブミン濃度と血圧も、試験品の耐容性を調査するために採取された。
図66は、様々なリンパ球集団の経時的な拡大を示す。データは、CD8+CD45RA-T細胞、CD4+CD45RA-T細胞、およびCD16+NK細胞のベースラインレベルに近い状態を維持しながら、両方のテスト記事がTregを拡張できたことを示す。さらに、データは、2つのテスト記事がサルで同様の薬理学を促進することを示す。図67は、被験物質の血清濃度を示す。データは、2つの試験論文が同様の薬物動態プロファイルを示し、XENP27564の半減期が1.5日であることを示す。まとめると、これは、CD25の選択性と効力の低下のために設計されたIL-2-Fc融合体が、選択的で持続的なTreg拡張を提供することを支持する。
血管漏出症候群は、IL-2などのサイトカインによる治療に関連する特徴的な毒性副作用である。血管漏出の1つの兆候は低アルブミン血症、血清アルブミン濃度の低下である。したがって、動物の血清アルブミン濃度の変化を調査した。そのデータを図68に示す。特に、XENP27563を投与された1匹の動物では、1回目と2回目の両方の投与後に長期アルブミンドロップが検出された。XENP27564を投与した1匹の動物では、2回目の投与後にアルブミンの低下が検出されたが、濃度はすぐにベースラインレベルに回復した。このデータは、XENP27563よりも効力が低いXENP27564が優れた忍容性と治療指数を促進する可能性があることを示唆している。
血管漏出の別の指標は、血圧の急激な低下である。したがって、0、1、3、5、9、16、18、20、および24日目の動物の血圧を記録した。そのデータを図69に示す。特に、XENP27563を投与した最初のサルは1日目(最初の投与の1日後)に血圧が低下し、XENP27563を投与した2番目のサルは16日目(2回目の投与の1日後)に血圧が低下したが、安定した血圧はXENP27564を投与したサルのすべての日で観察された(テレメトリデータは、XENP27564を投与した2番目のサルでは破損していた)。これは、効力の低いIL-2-Fc融合体が優れた忍容性と治療指数を促進する可能性があるという考えをさらに裏付けている。
最後に、耐容性の追加の指標として好酸球数と好塩基球数も調査した。そのデータを図76に示す。集合的に、データはXENP27564で繰り返し投与することを示す。
2.8B:XENP27564用量漸増試験
カニクイザルの最初の研究では、動物(n=3)に1X、3X、または10Xのいずれかの用量でXENP27564を静脈内投与した。様々なリンパ球集団の拡大、ならびに血清アルブミンとC反応性タンパク質(CRP)の濃度を調査するために、時間の経過とともに血液が収集された。
カニクイザルの最初の研究では、動物(n=3)に1X、3X、または10Xのいずれかの用量でXENP27564を静脈内投与した。様々なリンパ球集団の拡大、ならびに血清アルブミンとC反応性タンパク質(CRP)の濃度を調査するために、時間の経過とともに血液が収集された。
様々なリンパ球集団の拡大が図70~71に示されている。最初のカニクイザル研究からのデータと一致して、XENP27564は選択的かつ持続的なTreg拡大を提供する。さらに、データは、1Xと3Xの用量がサルで同様の薬理学を促進することを示す(Tregの拡大で示されている)。特に、XENP27564の高用量(10倍用量)は薬力学を向上させなかった。上記のデータと一致して、図75は、XENP27564のすべてのテストされた用量でのカニクイザルにおける数日までの持続的な薬物動態を示す。
最初の研究と同様に、血管漏出と忍容性の指標としてアルブミンドロップを調査した。そのデータを図72に示す。さらに、忍容性のもう1つの指標として、炎症に関連する急性期タンパク質であるCRPの血清濃度を調査した。そのデータを図73に示す。忍容性の追加の指標として、ナトリウム濃度、塩化物濃度、好酸球数、および好塩基球数も調査した(データは図74に示されている)。特に、データは、高用量のXENP27564がアルブミンの低下と血清CRP濃度(およびナトリウム濃度、塩化物濃度、好酸球数、および好塩基球数)の増加の両方によって示されるように毒性を増加させたが、それでもなお低用量であったことを示すTregsの大幅な増加はより許容された。
I.例9:IL-2-Fc融合体はマウスのTregに対して同様に選択的である
B6マウスの脾細胞をIL-2-Fc融合体および組換えヒトIL-2と15分間インキュベートした。インキュベーション後、細胞を抗CD4-PE(GK1.5)、抗CD25-BV605(PC61)、および抗CD44-BV510(IM7)で染色した。次に、細胞をPerFix EXPOSE(Beckman Coulter、インディアナポリス、インディアナ州)を使用して透過処理した。透過処理後、細胞を抗CD3-AF700(2C11)、抗CD8-AF488(53-6.7)、抗FoxP3-eF450(FJK-16S)、および抗pSTAT5(pY694)で染色し、STAT5のフローサイトメトリーで分析した様々なリンパ球集団のリン酸化。データは図77に示されている。データは、操作されたIL-2-Fc融合体がマウスのTregに対して等しく選択的かつ強力であることを示し、前臨床マウスモデルを使用して自己免疫疾患を調査するのに適している。
B6マウスの脾細胞をIL-2-Fc融合体および組換えヒトIL-2と15分間インキュベートした。インキュベーション後、細胞を抗CD4-PE(GK1.5)、抗CD25-BV605(PC61)、および抗CD44-BV510(IM7)で染色した。次に、細胞をPerFix EXPOSE(Beckman Coulter、インディアナポリス、インディアナ州)を使用して透過処理した。透過処理後、細胞を抗CD3-AF700(2C11)、抗CD8-AF488(53-6.7)、抗FoxP3-eF450(FJK-16S)、および抗pSTAT5(pY694)で染色し、STAT5のフローサイトメトリーで分析した様々なリンパ球集団のリン酸化。データは図77に示されている。データは、操作されたIL-2-Fc融合体がマウスのTregに対して等しく選択的かつ強力であることを示し、前臨床マウスモデルを使用して自己免疫疾患を調査するのに適している。
Claims (18)
- 変異型ヒトIL-2タンパク質を含むポリペプチド組成物であって、前記変異型IL-2タンパク質は、配列番号2と比較してT3A/D20N/T37RおよびT3A/D20N/N71Kの群から選択されるアミノ酸置換を含む、ポリペプチド組成物。
- 前記変異型IL-2タンパク質がC125S変異体をさらに含む、請求項1に記載のポリペプチド組成物。
- 前記IL-2変異体がC125A変異体をさらに含む、請求項1に記載のポリペプチド組成物。
- 前記ポリペプチド組成物が、ホモ二量体タンパク質複合体であり、各タンパク質単量体が、Fcドメインに共有結合した前記変異型IL-2タンパク質を含む、請求項1、2または3に記載のポリペプチド組成物。
- 前記Fcドメインのそれぞれが変異型Fcドメインである、請求項4に記載のポリペプチド組成物。
- 前記ポリペプチド組成物が、第1の変異型Fcドメインに共有結合している前記変異型IL-2タンパク質を含む第1のタンパク質単量体と、第2の変異型Fcドメインを含む第2のタンパク質単量体とを含むヘテロ二量体タンパク質複合体である、請求項1、2または3に記載のポリペプチド組成物。
- 前記変異型Fcドメインが、アミノ酸置換M428L/N434Sを含む変異型ヒトIgG1 Fcドメインである、請求項5または6に記載のポリペプチド組成物。
- 前記変異型Fcドメインが、アミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む変異型ヒトIgG1 Fcドメインである、請求項5または6に記載のポリペプチド組成物。
- 前記第1および第2の変異型Fcドメインが、図2に示されるものからなる群から選択されるヘテロ二量化変異体のセットを含む、請求項6、7または8に記載のポリペプチド組成物。
- 前記ヘテロ二量化変異体のセットが、L368D/K370S:S364K/E357Q;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;およびT366S/L368A/Y407V:T366Wからなる群から選択される、請求項9に記載のポリペプチド組成物。
- 前記変異型Fcドメインの1つが、図3に示されるものからなる群から選択されるpI変異体のセットを含む、請求項6、7、8、9または10に記載のポリペプチド組成物。
- 前記pI変異体セットが、A295E/N384D/Q418/N421Dである、請求項11に記載のポリペプチド組成物。
- 前記ポリペプチド組成物が、XENP27564(配列番号297および298)、XENP27563(配列番号295および296)、XENP26105(配列番号245および246)、およびXENP26109(配列番号249および250)からなる群から選択される、請求項6に記載のポリペプチド組成物。
- 請求項1に記載の変異型ヒトIL-2タンパク質をコードする核酸を含む核酸組成物。
- 核酸組成物であって、
a)請求項6~13のいずれか1項に記載の第1のタンパク質単量体をコードする第1の核酸と、
b)請求項6~13のいずれか1項に記載の第2のタンパク質単量体をコードする第2の核酸と、をそれぞれ含む、核酸組成物。 - 発現ベクター組成物であって、
a)請求項15に記載の第1の核酸を含む第1の発現ベクターと、
b)請求項15に記載の第2の核酸を含む第2の発現ベクターと、を含む、発現ベクター組成物。 - 請求項16に記載の発現ベクター組成物を含む、宿主細胞。
- ポリペプチド組成物の製造方法であって、前記組成物を製造する条件下で請求項1に記載の宿主細胞を培養することと、前記組成物を回収することとを含む、製造方法。
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