JP7084138B2 - 癌処置に使用するための抗cd123キメラ抗原受容体(car) - Google Patents

癌処置に使用するための抗cd123キメラ抗原受容体(car) Download PDF

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Description

関連出願
本出願は、PCT出願番号PCT/CN2014/084696(2014年8月19日出願)およびPCT出願番号PCT/CN2014/090508(2014年11月6日出願)に基づく優先権を主張する。これらの出願の各々の全内容を、引用により本明細書に包含させる。
配列表
本出願は、ASCII形式で電子的に提出している配列表を含み、その全体を引用により本明細書に包含させる。2015年8月18日作製の該ASCIIコピーはN2067-7064WO5_SL.txtなる名称であり、625,588バイトサイズである。
発明の分野
本発明は、一般に、表面抗原分類123タンパク質(CD123)の発現と関係する疾患の処置のための、キメラ抗原受容体(CAR)を発現するように操作した免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)の使用に関する。
発明の背景
急性骨髄白血病(AML)を有する大部分の患者は、標準治療を使用して不治であり(Mrozek et al, 2012, J Clin Oncol, 30:4515-23)、再発性または難治性AML(RR-AML)の患者は、特に予後不良である(Kern et al, 2003, Blood 2003, 101:64-70; Wheatley et al, 1999, Br J Haematol, 107:69-79)。
遺伝子工学は、選択した標的に対するT細胞特異性を付与できる。T細胞を、シグナル伝達分子と共に、それにより相補性決定領域(CDR)を、非MHC制限的方法で細胞表面抗原を認識するように使用して、抗体の一本鎖可変フラグメント(scFv)をコードする遺伝子材料で形質導入できる。これらの細胞は、キメラ抗原受容体(CAR)T細胞と呼ばれる。多種多様な悪性腫瘍における少なくとも20の異なる表面分子を標的とする前臨床的および臨床的試みは、ある程度の活性を示すもの、融合CAR T細胞産物の乏しい残留性によりしばしば制限された(Sadelain et al, 2009, Curr Opin Immunol 2009, 21:215-23)。進行型CLLおよびALLを有する患者における抗CD19再指向T細胞での最近の成功(Porter et al, 2011, N Engl J Med, 365:725-33; Kalos et al, 2011, Science Transl Med, 3:95ra73; Grupp and Kalos, 2013, N Engl J Med, 368:1509-18)は、これらの細胞が、1回注入後巨大な腫瘍負荷を根絶でき、寛解は今日まで3年継続することを示し、CAR T細胞治療の劇的能力を強調する。動物モデルにおいてAMLを標的とする数種の前臨床的試みがあるが(Marin et al, 2010, Haematologica, 95:2144-52; Tettamanti et al, 2013, Br J Haematol, 161:389-401)、最近公開された小臨床試験は、T細胞を産生し、侵襲性悪性腫瘍を有する患者に注入することが実行可能であることを示した(Ritchie et al, 2013, Mol Ther, 21:2122-9)。遺伝子修飾T細胞上のキメラ抗原受容体が標的細胞を認識し、破壊する能力以外に、治療的T細胞治療の成功は、長時間増殖し、持続する能力および再発のためのさらなるモニターを必要とする。T細胞は、アネルギー、抑制または疲弊により効果が多様であり得るが、当業者は現時点ではこれらの特性の限定的な制御を有する。有効であるために、CAR形質転換患者T細胞は、存続し、抗原に応答して増殖する能力を維持することが必要である。ALL患者T細胞は、マウスscFvを含むCART19で、これを実施できることが示されている(例えば、Grupp et al., NEJM 368:1509-1518 (2013)参照)。
発明の概要
第一の面において、本発明は、キメラ抗原受容体(CAR)をコードする単離核酸分子に関し、ここで、CARはCD123結合ドメイン(例えば、ヒトまたはヒト化CD123結合ドメイン)、膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、共刺激性ドメインおよび/または一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメイン)を含む。ある態様において、CARはここに記載するCD123結合ドメイン(例えば、ここに記載するヒトまたはヒト化CD123結合ドメイン)、ここに記載する膜貫通ドメインおよびここに記載する細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、共刺激性ドメインおよび/または一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメイン)を含む。
ある態様において、コード化CD123結合ドメインは、ここに記載するCD123結合ドメインの軽鎖相補性決定領域1(LC CDR1)、軽鎖相補性決定領域2(LC CDR2)および軽鎖相補性決定領域3(LC CDR3)の1以上(例えば、全3)および/またはここに記載するCD123結合ドメインの重鎖相補性決定領域1(HC CDR1)、重鎖相補性決定領域2(HC CDR2)および重鎖相補性決定領域3(HC CDR3)の1以上(例えば、全3)を含み、例えば、CD123結合ドメインはLC CDRの1以上、例えば、全3およびHC CDRの1以上、例えば、全3を含む。ある態様において、コード化CD123結合ドメイン(例えば、ヒトまたはヒト化CD123結合ドメイン)は、ここに(例えば、表2、6または9に)記載する軽鎖可変領域および/またはここに(例えば、表2、6または9に)記載する重鎖可変領域を含む。ある態様において、コード化CD123結合ドメインは、表2、6または9のアミノ酸配列の軽鎖および重鎖を含むscFvである。ある態様において、CD123結合ドメイン(例えば、scFv)は、表2、6または9に提供する軽鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または表2、6または9のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む軽鎖可変領域;および/または表2、6または9に提供する重鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または表2、6または9のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む重鎖可変領域を含む。
他の態様において、コード化CD123結合ドメインは、表2、6または9に記載するCD123重鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのHC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3を含む。ある態様において、CD33結合ドメインは、さらにLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、表2、6または9に記載するCD123軽鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3を含む。
ある態様において、コード化CD123結合ドメインは、表2または9に記載するCD123軽鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3の1、2または全ておよび表2、6または9に記載するCD123重鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのHC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3の1、2または全てを含む。
ある態様において、コード化CD123結合ドメインは、配列番号157~160、184~215、478、480、483および485からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。ある態様において、コード化CD123結合ドメイン(例えば、scFv)は、配列番号157~160、184~215、478、480、483のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列および485または配列番号157~160、184~215、478、480、483および485のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。
他の態様において、コード化CD123結合ドメインは、配列番号216~219または243~274からなる群から選択されるアミノ酸配列または配列番号216~219または243~274に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または配列番号216~219または243~274と95~99%同一性を有する配列を含む重鎖可変領域を含む。他の態様において、コード化CD123結合ドメインは、配列番号478、480、483または485の重鎖可変領域に対応するアミノ酸配列または配列番号478、480、483または485の対応する部分に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または配列番号478、480、483または485の対応する部分と95~99%同一性を有する配列を含む重鎖可変領域を含む。
他の態様において、コード化CD123結合ドメインは、配列番号275~278または302~333からなる群から選択されるアミノ酸配列または配列番号275~278または302~333に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または配列番号275~278または302~333と95~99%同一性を有する配列を含む軽鎖可変領域を含む。他の態様において、コード化CD123結合ドメインは、配列番号478、480、483または485の軽鎖可変領域に対応するアミノ酸配列または配列番号478、480、483または485の対応する部分に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または配列番号478、480、483または485の対応する部分と95~99%同一性を有する配列を含む、軽鎖可変領域を含む。
ある態様において、scFvをコードする核酸分子は、配列番号479、481、482、484からなる群から選択されるヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、核酸分子は、重鎖可変領域および/または軽鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列を含み、ここで、該ヌクレオチド配列は、重鎖可変領域および/または軽鎖可変領域に対応する、配列番号479、481、482および484からなる群から選択されるヌクレオチド配列の一部またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、核酸分子は、重鎖可変領域および/または軽鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列を含み、ここで、コード化アミノ酸配列は配列番号157~160からなる群またはそれと95~99%同一性を有する配列から選択される。ある態様において、核酸分子は、配列番号184~215からなる群から選択されるアミノ酸配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含むscFvをコードする。ある態様において、核酸分子は、重鎖可変領域および/または軽鎖可変領域をコードする配列を含み、ここで、コード化アミノ酸配列は、配列番号184~215からなる群またはそれと95~99%同一性を有する配列から選択される。
ある態様において、コード化CD123結合ドメインは、(Gly-Ser)リンカー(ここで、nは1、2、3、4、5または6、好ましくは3または4である)(配列番号26)を含む。scFvの軽鎖可変領域および重鎖可変領域は、例えば、下記方向のいずれであってもよい:軽鎖可変領域-リンカー-重鎖可変領域または重鎖可変領域-リンカー-軽鎖可変領域。
ある態様において、コード化CARは、タンパク質、例えば、T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137およびCD154からなる群から選択される、例えば、ここに記載するタンパク質の膜貫通ドメインを含む膜貫通ドメインを含む。ある態様において、コード化膜貫通ドメインは配列番号6の配列を含む。ある態様において、コード化膜貫通ドメインは、配列番号6のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を含むが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号6のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、膜貫通ドメインをコードする核酸配列は、配列番号17のヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。
ある態様において、コード化CD123結合ドメインは、ヒンジ領域、例えば、ここに記載するヒンジ領域により、膜貫通ドメインに連結される。ある態様において、コード化ヒンジ領域は、配列番号2またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、ヒンジ領域をコードする核酸配列は、配列番号13のヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。
ある態様において、単離核酸分子は、さらに、共刺激性ドメイン、例えば、ここに記載する共刺激性ドメインをコードする配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激性ドメインを含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激性ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む。
ある態様において、コード化共刺激性ドメインは、例えば、ここに記載する、例えば、MHCクラスI分子、TNF受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ性活性化分子(SLAMタンパク質)、活性化NK細胞受容体、BTLA、Tollリガンド受容体、OX40、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、4-1BB(CD137)、B7-H3、CDS、ICAM-1、ICOS(CD278)、GITR、BAFFR、LIGHT、HVEM(LIGHTR)、KIRDS2、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD19、CD4、CD8アルファ、CD8ベータ、IL2Rベータ、IL2Rガンマ、IL7Rアルファ、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19aおよびCD83と特異的に結合するリガンドからなる群から選択される、タンパク質からの機能的シグナル伝達ドメインである。
ある態様において、4-1BBのコード化共刺激性ドメインは、配列番号7のアミノ酸配列を含む。ある態様において、コード化共刺激性ドメインは、配列番号7に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号7と95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、共刺激性ドメインをコードする核酸配列は、配列番号18のヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。他の態様において、CD28のコード化共刺激性ドメインは、配列番号43のアミノ酸配列を含む。ある態様において、コード化共刺激性ドメインは、配列番号43に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号43と95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、CD28の共刺激性ドメインをコードする核酸配列は、配列番号44のヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。他の態様において、CD27のコード化共刺激性ドメインは、配列番号8のアミノ酸配列を含む。ある態様において、コード化共刺激性ドメインは、配列番号8に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号8と95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、CD27の共刺激性ドメインをコードする核酸配列は、配列番号19のヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。他の態様において、ICOSのコード化共刺激性ドメインは、配列番号45のアミノ酸配列を含む。ある態様において、コード化共刺激性ドメインは、配列番号45に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号45と95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、ICOSの共刺激性ドメインをコードする核酸配列は、配列番号46のヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。
ある態様において、単離核酸分子は、さらに細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、ここに記載する細胞内シグナル伝達ドメインをコードする配列を含む。
ある態様において、コード化一次シグナル伝達ドメインは、CD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、CD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインは、配列番号9(変異体CD3ゼータ)または配列番号10(野生型ヒトCD3ゼータ)のアミノ酸配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。
ある態様において、コード化細胞内シグナル伝達ドメインは、4-1BBの機能的シグナル伝達ドメインおよび/またはCD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、4-1BBのコード化細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号7の配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のCD3ゼータアミノ酸配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号7のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号7のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、コード化細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号7の配列および配列番号9または配列番号10の配列を含み、ここで、細胞内シグナル伝達ドメインを含む配列は、同じフレームにかつ単一ポリペプチド鎖として発現される。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインをコードする核酸配列は、配列番号18のヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列および/または配列番号20もしくは配列番号21のCD3ゼータヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。
ある態様において、コード化細胞内シグナル伝達ドメインは、CD27の機能的シグナル伝達ドメインおよび/またはCD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、CD27のコード化細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号8のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のCD3ゼータアミノ酸配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号8のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号8のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、コード化細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号8の配列および配列番号9または配列番号10の配列を含み、ここで、細胞内シグナル伝達ドメインを含む配列は、同じフレームにかつ単一ポリペプチド鎖として発現される。ある態様において、CD27の細胞内シグナル伝達ドメインをコードする核酸配列は、配列番号19のヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列および/または配列番号20もしくは配列番号21のCD3ゼータヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。
ある態様において、コード化細胞内シグナル伝達ドメインは、CD28の機能的シグナル伝達ドメインおよび/またはCD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、CD28のコード化細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号43のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のCD3ゼータアミノ酸配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号43のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号43のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、コード化細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号43の配列および配列番号9または配列番号10の配列を含み、ここで、細胞内シグナル伝達ドメインを含む配列は、同じフレームにかつ単一ポリペプチド鎖として発現される。ある態様において、CD28の細胞内シグナル伝達ドメインをコードする核酸配列は、配列番号44のヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列および/または配列番号20もしくは配列番号21のCD3ゼータヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。
ある態様において、コード化細胞内シグナル伝達ドメインは、ICOSの機能的シグナル伝達ドメインおよび/またはCD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、ICOSのコード化細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号45のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のCD3ゼータアミノ酸配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号45のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号45のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列に95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、コード化細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号45の配列および配列番号9または配列番号10の配列を含み、ここで、細胞内シグナル伝達ドメインを含む配列は、同じフレームにかつ単一ポリペプチド鎖として発現される。ある態様において、ICOSの細胞内シグナル伝達ドメインをコードする核酸配列は、配列番号46のヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列および/または配列番号20もしくは配列番号21のCD3ゼータヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。
他の面において、本発明は、リーダー配列、例えば、ここに記載のリーダー配列、例えば、配列番号1のアミノ酸配列;ここに記載するCD123結合ドメイン、例えば、ここに記載するLC CDR1、LC CDR2、LC CDR3、HC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3を含むCD123結合ドメイン、例えば、表2、6または9に記載するヒトまたはヒト化CD123結合ドメインまたはそれと95~99%同一性を有する配列;ここに記載するヒンジ領域、例えば、配列番号2のアミノ酸配列を含むヒンジ領域;ここに記載する膜貫通ドメイン、例えば、配列番号6のアミノ酸配列を含む膜貫通ドメイン;および細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、ここに記載する細胞内シグナル伝達ドメインを含む、CAR構築物をコードする単離核酸分子に関する。ある態様において、コード化細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激性ドメイン、例えば、ここに記載する共刺激性ドメイン(例えば、配列番号7のアミノ酸配列を含む4-1BB共刺激性ドメインまたは配列番号8のアミノ酸配列を含むCD27共刺激性ドメイン)および/または一次シグナル伝達ドメイン、例えば、ここに記載の一次シグナル伝達ドメイン(例えば、配列番号9または配列番号10の配列を含むCD3ゼータ刺激性ドメイン)を含む。ある態様において、CAR構築物をコードする単離核酸分子は、配列番号12の核酸配列またはそれと95~99%同一性を有する配列によりコードされるリーダー配列を含む。
ある態様において、単離核酸分子は、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号142、配列番号143、配列番号144、配列番号145、配列番号146、配列番号147、配列番号148、配列番号149、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155または配列番号156のCARアミノ酸配列をコードする核酸;または酸配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号142、配列番号143、配列番号144、配列番号145、配列番号146、配列番号147、配列番号148、配列番号149、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155または配列番号156のアミノ酸に1、2または3修飾(例えば、置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ;または配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号142、配列番号143、配列番号144、配列番号145、配列番号146、配列番号147、配列番号148、配列番号149、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155または配列番号156のアミノ酸配列と85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一性を有するアミノ酸配列を含む(例えば、これらからなる)。
ある態様において、単離核酸分子は、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号81、配列番号82、配列番号83、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96または配列番号97の核酸配列または配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号81、配列番号82、配列番号83、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96または配列番号97の核酸配列と85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一性を有する核酸配列を含む(例えば、これらからなる)。
ある面において、本発明は、CD123結合ドメインをコードする単離核酸分子に関し、ここで、CD123結合ドメインは、ここに記載するCD123結合ドメインの軽鎖相補性決定領域1(LC CDR1)、軽鎖相補性決定領域2(LC CDR2)および軽鎖相補性決定領域3(LC CDR3)の1以上(例えば、全3)および/またはここに記載するCD123結合ドメインの重鎖相補性決定領域1(HC CDR1)、重鎖相補性決定領域2(HC CDR2)および重鎖相補性決定領域3(HC CDR3)の1以上(例えば、全3)、例えば、LC CDRの1以上、例えば、全3およびHC CDRの1以上、例えば、全3を含むヒトまたはヒト化CD123結合ドメインを含む。
他の態様において、コード化CD123結合ドメインは、表2、6または9に記載するCD123重鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのHC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、さらにLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、表2、6または9に記載するCD123軽鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3を含む。
ある態様において、コード化CD123結合ドメインは、表2、6または9に記載するCD123軽鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3の1、2または全ておよび表2、6または9に記載するCD123重鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのHC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3の1、2または全てを含む。
ある態様において、コード化CD123結合ドメインは、ここに(例えば、配列番号275~278または302~333に)記載する軽鎖可変領域および/またはここに(例えば、配列番号216~219または243~274に)記載する重鎖可変領域を含む。ある態様において、コード化CD123結合ドメインは、配列番号157~160、184~215、478、480、483または485のアミノ酸配列の軽鎖および重鎖を含むscFvである。ある態様において、CD123結合ドメイン(例えば、scFv)は、配列番号275~278または302~333に提供される軽鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または配列番号275~278または302~333のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む軽鎖可変領域;および/または配列番号216~219または243~274に提供する重鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または配列番号216~219または243~274のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む重鎖可変領域を含む。
ある態様において、コード化CD123結合ドメインは、配列番号157、配列番号158、配列番号159、配列番号160、配列番号184、配列番号185、配列番号186、配列番号187、配列番号188、配列番号189、配列番号190、配列番号191、配列番号192、配列番号193、配列番号194、配列番号195、配列番号196、配列番号197、配列番号198、配列番号199、配列番号200、配列番号201、配列番号202、配列番号203、配列番号204、配列番号205、配列番号206、配列番号207、配列番号208、配列番号209、配列番号210、配列番号211、配列番号212、配列番号213、配列番号214、配列番号215、配列番号478、配列番号480、配列番号483および配列番号485またはそれと95~99%同一性を有する配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。ある態様において、コード化CD123結合ドメインはscFvであり、ここに、例えば、表2、6または9に記載するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域が、リンカー、例えば、ここに記載するリンカーを経て、ここに、例えば、表2、6または9に記載するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域に結合する。ある態様において、コード化CD123結合ドメインは、(Gly-Ser)リンカー(ここで、nは1、2、3、4、5または6、好ましくは4である)(配列番号26)を含む。scFvの軽鎖可変領域および重鎖可変領域は、例えば、下記方向のいずれであってもよい:軽鎖可変領域-リンカー-重鎖可変領域または重鎖可変領域-リンカー-軽鎖可変領域。
ポリペプチド
他の面において、本発明は、核酸分子によりコードされる単離ポリペプチド分子に関する。ある態様において、単離ポリペプチド分子は、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号142、配列番号143、配列番号144、配列番号145、配列番号146、配列番号147、配列番号148、配列番号149、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155および配列番号156からなる群から選択される配列または前記配列のいずれかに少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または前記配列のいずれかと95~99%同一性を有する配列を含む。
他の面において、本発明は、CD123結合ドメイン(例えば、CD123に特異的に結合するヒトまたはヒト化抗体または抗体フラグメント)、膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、共刺激性ドメインおよび/または一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメイン)を含む単離キメラ抗原受容体(CAR)分子(例えば、ポリペプチド)に関する。ある態様において、CARは、ここに記載するCD123結合ドメイン(例えば、ここに記載するようなCD123に特異的に結合するヒトまたはヒト化抗体または抗体フラグメント)、ここに記載する膜貫通ドメインおよびここに記載する細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、共刺激性ドメインおよび/または一次シグナル伝達ドメインを含むここに記載する細胞内シグナル伝達ドメイン)を含む抗体または抗体フラグメントを含む。
ある態様において、CD123結合ドメインは、ここに記載するCD123結合ドメインの軽鎖相補性決定領域1(LC CDR1)、軽鎖相補性決定領域2(LC CDR2)および軽鎖相補性決定領域3(LC CDR3)の1以上(例えば、全3)および/またはここに記載するCD123結合ドメインの重鎖相補性決定領域1(HC CDR1)、重鎖相補性決定領域2(HC CDR2)および重鎖相補性決定領域3(HC CDR3)の1以上(例えば、全3)、例えばLC CDRの1以上、例えば、全3およびHC CDRの1以上、例えば、全3を含むCD123結合ドメインを含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、ここに(例えば、表2、6または9に)記載する軽鎖可変領域および/またはここに(例えば、表2、6または9に)記載する重鎖可変領域を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、表2、6または9に記載するアミノ酸配列の軽鎖および重鎖を含むscFvである。ある態様において、CD123結合ドメイン(例えば、scFv)は、表2、6または9に提供する軽鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または表2、6または9に提供するアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む軽鎖可変領域;および/または表2、6または9に提供する重鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または表2、6または9に提供するアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む重鎖可変領域を含む。
他の態様において、CD123結合ドメインは、表2、6または9に提供されるCD123重鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのHC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、さらにLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、表2、6または9に記載するCD123軽鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3を含む。
ある態様において、CD123結合ドメインは、表2、6または9に記載するCD123軽鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3の1、2または全ておよび表2、6または9に記載するCD123重鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのHC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3の1、2または全てを含む。
ある態様において、CD123結合ドメインは、配列番号157、配列番号158、配列番号159、配列番号160、配列番号184、配列番号185、配列番号186、配列番号187、配列番号188、配列番号189、配列番号190、配列番号191、配列番号192、配列番号193、配列番号194、配列番号195、配列番号196、配列番号197、配列番号198、配列番号199、配列番号200、配列番号201、配列番号202、配列番号203、配列番号204、配列番号205、配列番号206、配列番号207、配列番号208、配列番号209、配列番号210、配列番号211、配列番号212、配列番号213、配列番号214、配列番号215、配列番号478、配列番号480、配列番号483および配列番号485からなる群から選択されるアミノ酸配列;または前記配列のいずれかに少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列;または前記配列のいずれかと95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、CD123結合ドメインはscFvであり、ここに、例えば、表2、6または9に記載するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域が、リンカー、例えば、ここに記載するリンカーを経て、ここに、例えば、表2、6または9に記載するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域に結合する。ある態様において、CD123結合ドメインは、(Gly-Ser)リンカー(ここで、nは1、2、3、4、5または6、好ましくは4である)(配列番号26)を含む。scFvの軽鎖可変領域および重鎖可変領域は、例えば、下記方向のいずれであってもよい:軽鎖可変領域-リンカー-重鎖可変領域または重鎖可変領域-リンカー-軽鎖可変領域。
ある態様において、単離CAR分子は、タンパク質、例えば、T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137およびCD154からなる群から選択される、例えば、ここに記載するタンパク質の膜貫通ドメインを含む。ある態様において、膜貫通ドメインは、配列番号6の配列を含む。ある態様において、膜貫通ドメインは、配列番号6のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号6のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。
ある態様において、CD123結合ドメインは、ヒンジ領域、例えば、ここに記載するヒンジ領域により膜貫通ドメインに接続される。ある態様において、コード化ヒンジ領域は、配列番号2またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。
ある態様において、単離CAR分子は、さらに、共刺激性ドメイン、例えば、ここに記載する共刺激性ドメインをコードする配列を含む。
ある態様において、単離CAR分子の細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激性ドメインを含む。ある態様において、単離CAR分子の細胞内シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、単離CAR分子の細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激性ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む。
ある態様において、共刺激性ドメインは、MHCクラスI分子、TNF受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ性活性化分子(SLAMタンパク質)、活性化NK細胞受容体、BTLA、Tollリガンド受容体、OX40、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、4-1BB(CD137)、B7-H3、CDS、ICAM-1、ICOS(CD278)、GITR、BAFFR、LIGHT、HVEM(LIGHTR)、KIRDS2、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD19、CD4、CD8アルファ、CD8ベータ、IL2Rベータ、IL2Rガンマ、IL7Rアルファ、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19aおよびCD83と特異的に結合するリガンドからなる群から選択されるタンパク質の機能的シグナル伝達ドメインを含む。
ある態様において、4-1BBの共刺激性ドメインは、配列番号7の配列を含む。ある態様において、共刺激性ドメインは、配列番号7のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号7のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。他の態様において、CD28の共刺激性ドメインは、配列番号43のアミノ酸配列を含む。ある態様において、共刺激性ドメインは、配列番号43のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号43のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。他の態様において、CD27の共刺激性ドメインは、配列番号8のアミノ酸配列を含む。ある態様において、共刺激性ドメインは、配列番号8のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号8のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。他の態様において、ICOSの共刺激性ドメインは、配列番号45のアミノ酸配列を含む。ある態様において、共刺激性ドメインは、配列番号45のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号45のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。
ある態様において、一次シグナル伝達ドメインは、CD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、CD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインは、配列番号9(変異体CD3ゼータ)または配列番号10(野生型ヒトCD3ゼータ)またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。
ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、4-1BBの機能的シグナル伝達ドメインおよび/またはCD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号7のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号7のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号7のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号7のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列を含み、ここで、細胞内シグナル伝達ドメインを含む配列は、同じフレームにかつ単一ポリペプチド鎖として発現される。
ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD27の機能的シグナル伝達ドメインおよび/またはCD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、CD27の細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号8のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のCD3ゼータアミノ酸配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号8のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号8のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号8の配列および配列番号9または配列番号10の配列を含み、ここで、細胞内シグナル伝達ドメインを含む配列は、同じフレームにかつ単一ポリペプチド鎖として発現される。
ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD28の機能的シグナル伝達ドメインおよび/またはCD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、CD28のコード化細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号43のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のCD3ゼータアミノ酸配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号43のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号43のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号43の配列および配列番号9または配列番号10の配列を含み、ここで、細胞内シグナル伝達ドメインを含む配列は、同じフレームにかつ単一ポリペプチド鎖として発現される。
ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、ICOSの機能的シグナル伝達ドメインおよび/またはCD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、ICOSの細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号45のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のCD3ゼータアミノ酸配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号45のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が20、10または5を超えないアミノ酸配列または配列番号381のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、コード化細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号45の配列および配列番号9または配列番号10の配列を含み、ここで、細胞内シグナル伝達ドメインを含む配列は、同じフレームにかつ単一ポリペプチド鎖として発現される。
ある態様において、単離CAR分子は、さらに、リーダー配列、例えば、ここに記載のリーダー配列を含む。ある態様において、リーダー配列は、配列番号1のアミノ酸配列または配列番号1のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む。
他の面において、本発明は、リーダー配列、例えば、ここに記載のリーダー配列、例えば、配列番号1のまたはそれと95~99%同一性を有するリーダー配列、ここに記載するCD123結合ドメイン、例えば、ここに記載するLC CDR1、LC CDR2、LC CDR3、HC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3を含むCD123結合ドメイン、例えば、表2または6に記載するCD123結合ドメインまたはそれと95~99%同一性を有する配列、ヒンジ領域、例えば、ここに記載するヒンジ領域、例えば、配列番号2のまたはそれと95~99%同一性を有するヒンジ領域、膜貫通ドメイン、例えば、ここに記載する膜貫通ドメイン、例えば、配列番号6の配列またはそれと95~99%同一性を有する配列の膜貫通ドメイン、細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、ここに記載する細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、共刺激性ドメインおよび/または一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメイン)を含む、単離CAR分子に関する。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激性ドメイン、例えば、ここに記載する共刺激性ドメイン、例えば、配列番号7の配列を有するまたはそれと95~99%同一性を有する4-1BB共刺激性ドメインおよび/または一次シグナル伝達ドメイン、例えば、ここに記載の一次シグナル伝達ドメイン、例えば、配列番号9または配列番号10の配列を有するまたはそれと95~99%同一性を有するCD3ゼータ刺激性ドメインを含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激性ドメイン、例えば、ここに記載する共刺激性ドメイン、例えば、配列番号7の配列を有する4-1BB共刺激性ドメインおよび/または一次シグナル伝達ドメイン、例えば、ここに記載の一次シグナル伝達ドメイン、例えば、配列番号9または配列番号10の配列を有するCD3ゼータ刺激性ドメインを含む。
ある態様において、単離CAR分子は、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号142、配列番号143、配列番号144、配列番号145、配列番号146、配列番号147、配列番号148、配列番号149、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155および配列番号156のアミノ酸配列または配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号142、配列番号143、配列番号144、配列番号145、配列番号146、配列番号147、配列番号148、配列番号149、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155および配列番号156に少なくとも1、2、3、4、5、10、15、20または30修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が60、50または40を超えないアミノ酸配列または配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号142、配列番号143、配列番号144、配列番号145、配列番号146、配列番号147、配列番号148、配列番号149、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155および配列番号156のアミノ酸配列と85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一性を有するアミノ酸配列を含む(例えば、これらからなる)。
ある面において、本発明は、ここに記載するCD123結合ドメインの軽鎖相補性決定領域1(LC CDR1)、軽鎖相補性決定領域2(LC CDR2)および軽鎖相補性決定領域3(LC CDR3)の1以上(例えば、全3)および/またはここに記載するCD123結合ドメインの重鎖相補性決定領域1(HC CDR1)、重鎖相補性決定領域2(HC CDR2)および重鎖相補性決定領域3(HC CDR3)の1以上(例えば、全3)を含むCD123結合ドメイン、例えばLC CDRの1以上、例えば、全3およびHC CDRの1以上、例えば、全3を含むCD123結合ドメイン(例えば、表3、7、10または12による1、2または3HC CDR;および/または表4、8、11または13による1、2または3LC CDR)に関する。
他の態様において、CD123結合ドメインは、表2、6または9に記載するCD123重鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのHC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、さらにLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、表2、6または9に記載するCD123軽鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3を含む。
ある態様において、CD123結合ドメインは、表2、6または9に記載するCD123軽鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3の1、2または全ておよび表2、6または9に記載するCD123重鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのHC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3の1、2または全てを含む。
ある態様において、CD123結合ドメインは、ここに(例えば、配列番号275~278または302~333に)記載する軽鎖可変領域および/またはここに(例えば配列番号216~219または243~274に)記載する重鎖可変領域を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、配列番号157~160、184~215、478、480、483または485軽鎖および重鎖のアミノ酸配列の軽鎖および重鎖を含むscFvである。ある態様において、CD123結合ドメイン(例えば、scFv)は、配列番号275~278または302~333に提供する軽鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または配列番号275~278または302~333のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む軽鎖可変領域;および/または配列番号216~219または243~274に提供する重鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)を有するが、修飾(例えば、置換、例えば、保存的置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または配列番号216~219または243~274のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む重鎖可変領域を含む。
ある態様において、CD123結合ドメインは、配列番号157、配列番号158、配列番号159、配列番号160、配列番号184、配列番号185、配列番号186、配列番号187、配列番号188、配列番号189、配列番号190、配列番号191、配列番号192、配列番号193、配列番号194、配列番号195、配列番号196、配列番号197、配列番号198、配列番号199、配列番号200、配列番号201、配列番号202、配列番号203、配列番号204、配列番号205、配列番号206、配列番号207、配列番号208、配列番号209、配列番号210、配列番号211、配列番号212、配列番号213、配列番号214、配列番号215、配列番号478、配列番号480、配列番号483および配列番号485からなる群から選択される配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、CD123結合ドメインはscFvであり、ここに、例えば、表2、6または9に記載するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域が、リンカー、例えば、ここに記載するリンカーを経て、ここに、例えば、表2、6または9に記載するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域に結合する。ある態様において、CD123結合ドメインは、(Gly-Ser)リンカー(ここで、nは1、2、3、4、5または6、好ましくは4である)(配列番号26)を含む。scFvの軽鎖可変領域および重鎖可変領域は、例えば、下記方向のいずれであってもよい:軽鎖可変領域-リンカー-重鎖可変領域または重鎖可変領域-リンカー-軽鎖可変領域。
核酸、ベクターおよび細胞
ここに記載する核酸分子は、DNA分子、RNA分子またはこれらの組み合わせであり得る。ある態様において、核酸分子は、ここに記載するようなCAR ポリペプチドをコードするmRNAである。他の態様において、核酸分子は、前記核酸分子のいずれかを含むベクターである。
他の面において、本発明は、ここに記載する核酸分子、例えば、ここに記載するCARをコードする核酸分子を含むベクターに関する。ある態様において、ベクターは、DNA分子またはRNA分子(例えば、プラスミド、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター)からなる群から選択される。
ある態様において、ベクターは、レンチウイルスベクターである。ある態様において、ベクターは、さらに、プロモーターを含む。ある態様において、プロモーターはEF-1プロモーターである。ある態様において、EF-1プロモーターは、配列番号11の配列を含む。他の態様において、プロモーターは、PGKプロモーター、例えば、ここに記載するような切断型PGK切断型PGKプロモーターである。
ある態様において、ベクターは、インビトロ転写ベクター、例えば、ここに記載する核酸分子のRNAを転写するベクターである。ある態様において、ベクターにおける核酸配列は、さらに、ポリ(A)テイル、例えば、ここに記載するポリAテイル(例えば、約150アデノシンを含む(配列番号705))を含む。ある態様において、ベクターにおける核酸配列は、さらに、例えば、ヒトベータ-グロブリン由来の3’UTRの少なくとも1反復を含む、3’UTR、例えば、ここに記載する3’UTRを含む。ある態様において、ベクターにおける核酸配列は、さらに、プロモーター、例えば、T2Aプロモーターを含む。
他の面において、本発明は、ここに記載するような核酸分子もしくはベクターを含むまたはCARポリペプチドを発現する細胞に関する。ある態様において、細胞は、ここに記載する細胞、例えば、免疫エフェクター細胞(例えば、ヒトT細胞またはNK細胞、例えば、ここに記載するようなヒトT細胞またはNK細胞またはその細胞集団)である。ある態様において、ヒトT細胞は、CD8 T細胞である。ある態様において、細胞はCAR核酸またはポリペプチドを発現するかまたはある時点でCAR核酸またはポリペプチドを発現した(例えば、一活性に発現されたCAR分子)。
ある態様において、ここに記載する細胞(例えば、CAR発現細胞)は、さらに、他の薬剤、例えば、CAR発現細胞の活性を増強できる薬剤を発現できる。例えば、ある態様において、薬剤は、阻害性分子またはそのドメインを含むキメラ分子であり得る。阻害性分子の例は、例えば、ここに記載するような、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFR(例えば、TGFRベータ)を含む。ある態様において、キメラ分子は、細胞に正のシグナルを提供する第二ポリペプチド、例えば、ここに記載する細胞内シグナル伝達ドメインと結合した、第一ポリペプチド、例えば、阻害性分子を含む。ある態様において、薬剤は、例えば、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFR(例えば、TGFRベータ)のような阻害性分子またはこれらのいずれかのフラグメント(例えば、これらのいずれかの少なくとも細胞外ドメインの部分)の第一ポリペプチドおよびここに記載する細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、共刺激性ドメイン(例えば、ここに記載するような、例えば、41BB、CD27またはCD28)および/または一次シグナル伝達ドメイン(例えば、ここに記載するCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む)である第二ポリペプチドを含む。ある態様において、薬剤は、PD1またはそのフラグメント(例えば、PD1の少なくとも細胞外ドメインの部分)の第一ポリペプチドおよびここに記載する細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、ここに記載するCD28シグナル伝達ドメインおよび/またはここに記載するCD3ゼータシグナル伝達ドメイン)の第二ポリペプチドを含む。
他の面において、本発明は、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞を製造する方法に関する。方法は、ここに記載する核酸分子(例えば、RNA分子、例えば、mRNA)またはCAR、例えば、ここに記載するCARをコードする核酸分子を含むベクターを、免疫エフェクター細胞に導入する、例えば、形質導入することを含む。
本発明はまた、細胞の集団(例えば、外来性RNAを一過性に発現するRNA操作細胞)を産生する方法も提供する。方法は、細胞に、ここに記載するようなRNA(例えば、インビトロ転写RNAまたは合成RNA;ここに記載するようなCARポリペプチドをコードするmRNA配列)を産生する方法も提供する。ある態様において、RNAは、CARポリペプチドを一過性に発現する。ある態様において、細胞は、ここに記載するような細胞、例えば、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞または細胞集団)である。
治療用途
他の面において、本発明は、哺乳動物に、有効量のCAR分子を発現する細胞、例えば、ここに記載するCAR分子を発現する細胞を投与することを含む、哺乳動物に抗腫瘍免疫を提供する方法に関する。ある態様において、細胞は、自己免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞である。ある態様において、細胞は、同種免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞である。ある態様において、哺乳動物は、ヒト、例えば、血液癌を有する患者である。
他の面において、本発明は、CD123の発現と関係する疾患(例えば、CD123の発現と関係する増殖性疾患、前癌状態または非癌関連徴候)を有する哺乳動物を処置する方法に関する。方法は、哺乳動物に、有効量のCAR分子、例えば、ここに記載するCAR分子を発現する細胞を投与することを含む。ある態様において、哺乳動物は、ヒト、例えば、血液癌を有する患者である。
ある態様において、疾患は、ここに記載する疾患である。ある態様において、CD123発現と関係する疾患は、癌または悪性腫瘍のような増殖性疾患;脊髄形成異常症、骨髄異形成症候群または前白血病状態のような前癌状態;またはCD123の発現と関係する非癌関連徴候から選択される。ある態様において、疾患は、血液癌である。他の態様において、疾患は、急性骨髄白血病(AML)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性リンパ芽球性B細胞白血病(B細胞急性リンパ様白血病、BALL)および急性リンパ芽球性T細胞白血病(T細胞急性リンパ様白血病(TALL)を含むが、これらに限定されない急性白血病;骨髄異形成症候群;骨髄増殖性新生物;組織球性障害(例えば、肥満細胞障害または芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物);肥満細胞障害、例えば、全身性肥満細胞症または肥満細胞白血病;慢性骨髄白血病(CML);および芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物の1以上から選択される。他の態様において、CD123発現と関係する疾患は、CD123を発現する非定型および/または非古典的癌、悪性腫瘍、前癌状態または増殖性疾患;およびこれらの組み合わせを含むが、これらに限定されない。
ある態様において、疾患は、急性骨髄白血病(AML)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性リンパ芽球性B細胞白血病(B細胞急性リンパ様白血病、BALL)、急性リンパ芽球性T細胞白血病(T細胞急性リンパ様白血病(TALL)、B細胞前リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄白血病(CML)、ヘアリー細胞白血病、ホジキンリンパ腫、肥満細胞障害、組織球性障害、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性新生物、形質細胞骨髄腫、芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物またはこれらの組み合わせの1以上から選択される。ある態様において、疾患は、白血病、例えば、ALL(例えば、再発性および難治性ALL)またはAMLである。他の態様において、疾患は、CD19陰性癌、例えば、CD19陰性再発癌である。
前記方法のいずれかのある態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団は、ここに記載のようなCARポリペプチドをコードする核酸分子を含むベクター、例えば、レンチウイルスベクターを含む。
前記方法のいずれかの他の態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団は、ここに記載するようなCARポリペプチドをコードするmRNAを含む。ある態様において、細胞は、RNA操作細胞のCAR発現集団、例えば、一過性に発現する細胞の集団である。
前記方法のいずれかのある態様において、方法は、さらに、1以上の用量の細胞(例えば、ここに記載するようなCAR核酸またはCARポリペプチドを含む免疫細胞)を、哺乳動物(例えば、癌、例えば、ここに記載するような血液癌(例えば、AMLまたはALL)を有する哺乳動物)に投与することを含む。ある態様において、1以上の用量のCAR細胞(例えば、CD123 CAR細胞)は、少なくとも約1×10、5×10、1×10、2×10、5×10、1×10、2×10、5×10、1×10、2×10または5×10細胞を含む。
ある態様において、10、9、8、7、6、5、4、3または2用量までの細胞を投与する。他の態様において、1、2、3、4、5または6用量の細胞を、例えば、1週、2週、3週、4週またはそれ以上の処置間隔で、哺乳動物に投与する。ある態様において、6用量までを2週間で投与する。用量は同一でも異なってもよい。ある態様において、最初に低用量で投与し、その後1回以上高用量で投与する。ある例示的態様において、低用量は約1×10~1×10細胞/kgまたは1×10~1×10細胞/kgであり、高用量は約2×10~2×10細胞/kgまたは2×10~2×10細胞/kg、続く3~6用量の約4×10~4×10細胞/kgまたは4×10~4×10細胞/kgである。
ある態様において、1以上の用量の細胞を、1以上のリンパ球除去療法、例えば、リンパ球除去化学療法後に投与する。ある態様において、リンパ球除去治療は、化学療法(例えば、シクロホスファミド)を含む。
ある態様において、1以上の用量の後、細胞移植、例えば、同種造血幹細胞移植がある。例えば、同種造血幹細胞移植は、約20~約35日、例えば、約23~33日で行う。
ある態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団(例えば、ここに記載するCAR分子を発現する細胞)を、ここに記載するような1以上の治療剤または方法と組み合わせて投与する。
ある態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団(例えば、ここに記載するCAR分子を発現する細胞)を、CAR分子を発現する細胞の有効性を高める薬剤、例えば、ここに記載する薬剤と組み合わせて投与する。
ある態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団(例えば、ここに記載するCAR分子を発現する細胞)を、低い、免疫増強用量のmTOR阻害剤と組み合わせて投与する。理論に縛られることを望まないが、低い、免疫増強用量(例えば、免疫系を完全に抑制するには不十分であるが、免疫機能を改善するには十分である用量)での処置は、PD-1陽性T細胞減少またはPD-1陰性細胞増加を伴うと考えられる。PD-1陰性T細胞ではなく、PD-1陽性T細胞が、PD-1リガンド、例えば、PD-L1またはPD-L2を発現する細胞との結合により疲弊され得る。
ある態様において、この試みを使用して、対象におけるここに記載するCAR細胞の性能を最適化できる。理論に縛られることを望まないが、ある態様において、内在性、非修飾免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞の性能が改善されると考えられる。理論に縛られることを望まないが、ある態様において、CD123 CAR発現細胞の性能が改善されると考えられる。他の態様において、CARを発現するように操作されているまたは操作される細胞、例えば、T細胞を、PD1陰性免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)数を増加させるまたはPD1陰性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞/PD1陽性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞比を増加させる量のmTOR阻害剤と接触させることにより、エクスビボで処置できる。
ある態様において、mTOR阻害剤、例えば、アロステリック阻害剤、例えば、RAD001または触媒的阻害剤の投与を、ここに記載するCAR発現細胞、例えば、T細胞またはNK細胞の投与前に開始する。ある態様において、CAR細胞を、PD1陰性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞のレベルまたはPD1陰性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞/PD1陽性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞の比が、少なくとも一過性に、増加するように、mTOR阻害剤の十分な時間または十分な投与の後に投与する。
ある態様において、CARを発現するように操作する細胞、例えば、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)を、対象におけるまたは対象から採取したPD1陰性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞のレベルまたはNK細胞またはPD1陰性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞/PD1陽性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞の比が、少なくとも一過性に、増加するように、低い、免疫増強用量のmTOR阻害剤の十分な時間または十分な投与の後、採取する。
ある態様において、本発明は、対象の処置に使用するためのmTOR阻害剤を提供し、ここで、該mTOR阻害剤は該対象の免疫応答を増強し、ここで、該対象は、ここに記載するような、CD123 CARを発現する免疫エフェクター細胞を既に受けている、受けているまたは受けようとしている。
他の態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団(例えば、ここに記載するCAR分子を発現する細胞)を、CAR分子を発現する細胞の投与と関係する1以上の副作用を軽減する薬剤、例えば、ここに記載する薬剤と組み合わせて投与する。
ある態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団(例えば、ここに記載するCAR分子を発現する細胞)を、CD123と関係する疾患を処置する薬剤、例えば、ここに記載する薬剤と組み合わせて投与する。
ある態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団(例えば、ここに記載するCAR分子を発現する細胞)を、化学療法、標的化抗癌治療、腫瘍溶解剤、細胞毒性剤、サイトカイン、外科手技、放射線法、共刺激性分子のアゴニスト、免疫チェックポイント分子の阻害剤、ワクチンまたは第二CARベースの免疫療法の1以上から選択される第二の治療剤または方法と組み合わせて投与する。
ある態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団(例えば、ここに記載するCAR分子を発現する細胞)を、共刺激性分子のアゴニスト、例えば、MHCクラスI分子、TNF受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ性活性化分子(SLAMタンパク質)、活性化NK細胞受容体、BTLA、Tollリガンド受容体、OX40、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、4-1BB(CD137)、B7-H3、CDS、ICAM-1、ICOS(CD278)、GITR、BAFFR、LIGHT、HVEM(LIGHTR)、KIRDS2、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD19、CD4、CD8アルファ、CD8ベータ、IL2Rベータ、IL2Rガンマ、IL7Rアルファ、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19aおよびCD83と特異的に結合するリガンドの1以上から選択される共刺激性分子のアゴニストと組み合わせて投与する。
他の態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団(例えば、ここに記載するCAR分子を発現する細胞)を、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシン、TGFR(例えば、TGFRベータ)の1以上またはこれらの組み合わせから選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤と組み合わせて投与する。
ある態様において、免疫チェックポイント分子の阻害剤または共刺激性分子のアゴニストは、抗体分子、例えば、単一特異性抗体分子または二重特異性抗体分子である。例えば、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団を、PD-1阻害剤、TIM-3阻害剤、CEACAM-1阻害剤またはこれらの組み合わせと組み合わせて投与できる。ある態様において、PD-1阻害剤およびTIM-3阻害剤を組み合わせて投与する。他の態様において、TIM-3阻害剤およびCEACAM-1阻害剤を組み合わせて投与する。
ある態様において、免疫チェックポイント分子の阻害剤を、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団の投与に続いて、例えば、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団の投与約3~7日後投与する。
ここでの実施例に記載するように、CAR123発現免疫エフェクター細胞は、CD19陰性再発(例えば、CD19陰性B-ALL)の有効な処置であることが示されている。理論に縛られないが、CAR123-およびCD19阻害(例えば、CAR19発現免疫エフェクター細胞)の組み合わせアプローチは、抗原喪失再発を遅延または予防しながら、CD19陽性疾患の処置に使用できる。
よって、前記方法のいずれかのさらに他の態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団を、CD19阻害剤、例えば、ここに記載するようなCD19阻害剤と組み合わせて投与する。
ある態様において、CD19阻害剤は、CD19 CAR発現細胞または抗CD19抗体分子である。ある態様において、疾患は、白血病、例えば、ALL(例えば、再発性および難治性ALL)である。他の態様において、疾患はAMLである。他の態様において、疾患は、CD19陰性癌、例えば、CD19陰性再発癌である。
前記方法のいずれかとは別にまたは組み合わせて、哺乳動物、例えば、ヒトにおいてCD19陰性再発を予防する方法が提供される。方法は、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団(例えば、ここに記載するCAR分子を発現する細胞)の有効量を投与することを含む。ある態様において、方法は、さらに、CD19阻害剤、例えば、CD19 CAR発現細胞の投与を含む。ある態様において、疾患は白血病、例えば、急性リンパ芽球性白血病(例えば、再発性および難治性ALL)またはAMLである。
ある態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団を、CD19阻害剤の前に一緒にもしくは同時にまたは後に投与する。ある態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団を、CD19の投与後に投与する。他の態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団を、CD19阻害剤の投与と同時に投与する。
ある態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団は、CD19 CARおよびCD123 CAR(例えば、ここに記載するようなCAR)を発現する。
理論に縛られることを望まないが、ある白血病性細胞(例えば、B-ALL芽細胞)はCD19およびCD123を共発現することが判明しているが、造血性幹細胞(HSC)は、一般にCD123陽性(CD123+)であるが、CD19陰性(CD19-)である。CD19およびCD123(例えば、B-ALL芽細胞)を共発現するが、HSCを温存する白血病性細胞を標的とするために、機能的細胞内ドメインが、CAR19とCAR123の間で離れているスプリットCARを使用できる。このようなCAR分子は、CD19またはCD123の一方を発現する細胞(例えばHSC)とは逆に、標的細胞がCD19およびCD123を共発現するとき(例えば、B-ALL芽細胞)、優先的に免疫細胞の完全活性化を引き起こす。
よって、ある態様において、CD19 CARまたはCD123 CARは、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団の完全活性化が、CD19 CARおよびCD123 CARがCD19またはCD123の一方を発現する標的細胞に結合したときの活性化と比較して、CD19 CARおよびCD123 CARの両者が標的細胞、例えば、標的CD19+CD123+細胞(例えば、B-ALL芽細胞)に結合したとき生じるように、スプリット細胞内シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、CD123CARは共刺激性ドメイン、例えば、4-1BBシグナル伝達ドメインを含み、CD19 CARは一次シグナル伝達ドメイン、例えば、CD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。他の態様において、CD123CARは一次シグナル伝達ドメイン、例えば、CD3ゼータシグナル伝達ドメインを含み、CD19 CARは共刺激性ドメイン、例えば、4-1BBシグナル伝達ドメインを含む。CD123CARおよびCD19 CARは、例えば、P2Aのような、1以上のペプチド開裂部位に、場合により結合し得る。
さらに他の態様において、ここに開示する方法は、さらに、細胞(例えば、ここに記載するような免疫エフェクター細胞)での処置後T細胞除去剤の投与を含み、それによりCAR発現細胞(例えば、CD123CAR発現細胞)を減少(例えば、枯渇)させる。このようなT細胞除去剤を使用して、毒性を軽減するためにCAR発現細胞(例えば、CD123CAR発現細胞)を効率的に枯渇できる。
例えば、ここに開示する方法とは別にまたはそれと組み合わせて、CAR治療(例えば、ここに開示するCAR123治療)後にCAR発現細胞を減少(例えば、枯渇)させる方法を開示する。方法は、哺乳動物に、CAR発現細胞を減少(例えば、枯渇)させる量で、T細胞除去剤を投与することを含む。ある態様において、T細胞除去剤を、哺乳動物の細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団(例えば、細胞のCAR発現集団)での処置後に投与し、それにより細胞(例えば、CAR発現細胞)を減少(例えば、枯渇)させる。
ある態様において、方法は、さらに、哺乳動物に細胞、例えば、造血幹細胞または骨髄を移植することを含む。
ある態様において、哺乳動物は、白血病、例えば、急性リンパ芽球性白血病を有する。
ある態様において、T細胞除去剤を、ここに記載する、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団の投与1週、2週、3週、4週または5週後に投与する。
ある態様において、T細胞除去剤は、例えば、抗体依存性細胞傷害(ADCC)および/または補体誘発細胞死を誘発することにより、CAR発現細胞を枯渇させる薬剤である。例えば、ここに記載するCAR発現細胞は、細胞死、例えば、ADCCまたは補体誘発細胞死を誘発できる分子により認識される抗原(例えば、標的抗原)も発現し得る。例えば、ここに記載するCAR発現細胞は、抗体または抗体フラグメントにより標的化され得る標的タンパク質(例えば、受容体)も発現し得る。このような標的タンパク質の例は、EpCAM、VEGFR、インテグリン(例えば、インテグリンανβ3、α4、αΙ3/4β3、α4β7、α5β1、ανβ3、αν)、TNF受容体スーパーファミリーのメンバー(例えば、TRAIL-R1、TRAIL-R2)、PDGF受容体、インターフェロン受容体、葉酸受容体、GPNMB、ICAM-1、HLA-DR、CEA、CA-125、MUC1、TAG-72、IL-6受容体、5T4、GD2、GD3、CD2、CD3、CD4、CD5、CD11、CD11a/LFA-1、CD15、CD18/ITGB2、CD19、CD20、CD22、CD23/lgE受容体、CD25、CD28、CD30、CD33、CD38、CD40、CD41、CD44、CD51、CD52、CD62L、CD74、CD80、CD125、CD147/ベイシジン、CD152/CTLA-4、CD154/CD40L、CD195/CCR5、CD319/SLAMF7およびEGFRおよびその切断バージョン(例えば、1以上の細胞外エピトープを保持するが、細胞質ドメイン内の1以上の領域を欠くバージョン)を含むが、これらに限定されない。
ある態様において、CAR発現細胞は、CARおよび標的タンパク質を共発現する、例えば、標的タンパク質を天然に発現するまたは標的タンパク質を発現するように操作される。例えば、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団は、CAR核酸(例えば、ここに記載するようなCAR核酸)および標的タンパク質をコードする核酸を含む核酸(例えば、ベクター)を含み得る。
ある態様において、T細胞除去剤は、CD52阻害剤、例えば、抗CD52抗体分子、例えば、アレムツズマブである。
他の態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団は、ここに記載するようなCAR分子(例えば、CD123CAR)およびT細胞除去剤により認識される標的タンパク質を発言する。ある態様において、標的タンパク質はCD20である。標的タンパク質がCD20である態様において、T細胞除去剤は抗CD20抗体、例えば、リツキシマブである。
前記方法のいずれかのさらなる態様において、方法は、さらに、哺乳動物に細胞、例えば、造血幹細胞または骨髄を移植することを含む。
他の面において、本発明は、細胞移植前に哺乳動物をコンディショニングする方法に関する。方法は、哺乳動物に有効量のここに記載するようなCAR核酸またはここに記載するようなポリペプチドを含む細胞を投与することを含む。ある態様において、細胞移植は、幹細胞移植、例えば、造血幹細胞移植または骨髄移植である。他の態様において、細胞移植前の対象のコンディショニングは、対象におけるCD123発現細胞、例えば、CD123発現正常細胞またはCD123発現癌細胞の数を減らすことを含む。
他の面において、本発明は、例えば、ここに記載するような(例えば、CD123の発現と関係する疾患の処置において使用するための)、医薬として使用するための、本発明のCARをコードする単離核酸分子、本発明のCARの単離ポリペプチド分子、本発明のCARを含むベクターおよび本発明のCARを含む細胞に関する。
他の面において、本発明は、CD123を発現する疾患、例えば、ここに記載するようなCD123を発現する疾患の処置に使用するための、本発明のCARをコードする単離核酸分子、本発明のCARの単離ポリペプチド分子、本発明のCARを含むベクターおよび本発明のCARを含む細胞に関する。ある態様において、疾患は、例えば、ここに記載するような、血液癌である。ある態様において、疾患は、急性骨髄白血病(AML)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性リンパ芽球性B細胞白血病(B細胞急性リンパ様白血病、BALL)および急性リンパ芽球性T細胞白血病(T細胞急性リンパ様白血病(TALL)を含むが、これらに限定されない急性白血病;骨髄異形成症候群;骨髄増殖性新生物;組織球性障害(例えば、肥満細胞障害または芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物);肥満細胞障害、例えば、全身性肥満細胞症または肥満細胞白血病;慢性骨髄白血病(CML);または芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物から選択される。
前記組成物および方法のさらなる性質および態様は、次の1以上を含む。
ある態様において、CD123 CAR分子(例えば、ここに記載するようなCD123 CAR核酸またはCD123 CARポリペプチド)またはここに記載するようなCD123結合ドメインは、表3に提供される重鎖可変領域からの1、2または3CDR(例えば、HC CDR1、HC CDR2および/またはHC CDR3);および/または表4に提供される軽鎖可変領域からの1、2または3CDR(例えば、LC CDR1、LC CDR2および/またはLC CDR3)(例えば、表3または4に提供されるCAR123-1、CAR123-2、CAR123-3、CAR123-4の1、2または3HC CDR1、HC CDR2またはHC CDR3および/または1、2または3LC CDR1、LC CDR2またはLC CDR3);または前記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、95~99%同一または最大5、4、3、2または1アミノ酸変化、例えば、置換(例えば、保存的置換))である配列を含む。
ある態様において、CD123 CAR分子(例えば、ここに記載するようなCD123 CAR核酸またはCD123 CARポリペプチド)またはここに記載するような抗CD123抗原結合ドメインは、表10に提供される重鎖可変領域からの1、2または3CDR(例えば、HC CDR1、HC CDR2および/またはHC CDR3);および/または表11に提供される軽鎖可変領域からの1、2または3CDR(例えば、LC CDR1、LC CDR2および/またはLC CDR3)(例えば、表10または11に提供される、CAR123-1、CAR123-2、CAR123-3、CAR123-4の1、2または3HC CDR1、HC CDR2またはHC CDR3および/または1、2または3LC CDR1、LC CDR2またはLC CDR3);または前記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、95~99%同一または最大5、4、3、2または1アミノ酸変化、例えば、置換(例えば、保存的置換))である配列を含む。
ある態様において、CD123 CAR分子または抗CD123抗原結合ドメインは、表12に提供される重鎖可変領域からの1、2または3CDR(例えば、HC CDR1、HC CDR2および/またはHC CDR3);および/または表13に提供される軽鎖可変領域からの1、2または3CDR(例えば、LC CDR1、LC CDR2および/またはLC CDR3)(例えば、表12または13に提供される、CAR123-1、CAR123-2、CAR123-3、CAR123-4の、1、2または3HC CDR1、HC CDR2またはHC CDR3および/または1、2または3LC CDR1、LC CDR2またはLC CDR3);または前記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、95~99%同一または最大5、4、3、2または1アミノ酸変化、例えば、置換(例えば、保存的置換))である配列を含む。
ある態様において、CD123 CAR分子または抗CD123抗原結合ドメインは、
(i)表2、6または9に記載するCD123軽鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのLC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3または表4、8、11または13のLC CDR;および/または
(ii)表2、6または9に記載するCD123重鎖結合ドメインアミノ酸配列のいずれかのHC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3または表3、7、10または12のHC CDR
を含む。
ある態様において、CD123 CAR分子(例えば、ここに記載するようなCD123 CAR核酸またはCD123 CARポリペプチド)またはここに記載するような抗CD123抗原結合ドメインは、
(1)次のものから選択される、1、2または3軽鎖(LC)CDR:
(i)CAR123-1の配列番号418のLC CDR1、配列番号446のLC CDR2および配列番号474のLC CDR3;
(ii)CAR123-2の配列番号419のLC CDR1、配列番号447のLC CDR2および配列番号475のLC CDR3;
(iii)CAR123-3の配列番号420のLC CDR1、配列番号448のLC CDR2および配列番号476のLC CDR3;
(iv)CAR123-4の配列番号421のLC CDR1、配列番号449のLC CDR2および配列番号477のLC CDR3;および/または
(2)次のものから選択される、1、2または3重鎖(HC)CDR:
(i)CAR123-1の配列番号334のHC CDR1、配列番号362のHC CDR2および配列番号390のHC CDR3;
(ii)CAR123-2の配列番号335のHC CDR1、配列番号363のHC CDR2および配列番号391のHC CDR3;
(iii)CAR123-3の配列番号336のHC CDR1、配列番号364のHC CDR2および配列番号392のHC CDR3;
(iv)CAR123-4の配列番号337のHC CDR1、配列番号365のHC CDR2および配列番号393のHC CDR3
を含む。
ある態様において、CD123 CAR分子(例えば、ここに記載するようなCD123 CAR核酸またはCD123 CARポリペプチド)またはここに記載するような抗CD123抗原結合ドメインは、
(1)次のものから選択される、1、2または3軽鎖(LC)CDR:
(i)CAR123-1の配列番号501のLC CDR1、配列番号506のLC CDR2および配列番号511のLC CDR3;
(ii)CAR123-2の配列番号502のLC CDR1、配列番号507のLC CDR2および配列番号512のLC CDR3;
(iii)CAR123-3の配列番号503のLC CDR1、配列番号508のLC CDR2および配列番号513のLC CDR3;
(iv)CAR123-4の配列番号504のLC CDR1、配列番号509のLC CDR2および配列番号514のLC CDR3;および/または
(2)次のものから選択される、1、2または3重鎖(HC)CDR:
(i)CAR123-1の配列番号486のHC CDR1、配列番号491のHC CDR2および配列番号496のHC CDR3;
(ii)CAR123-2の配列番号487のHC CDR1、配列番号492のHC CDR2および配列番号497のHC CDR3;
(iii)CAR123-3の配列番号488のHC CDR1、配列番号493のHC CDR2および配列番号498のHC CDR3;
(iv)CAR123-4の配列番号489のHC CDR1、配列番号494のHC CDR2および配列番号499のHC CDR3
を含む。
ある態様において、CD123 CAR分子(例えば、ここに記載するようなCD123 CAR核酸またはCD123 CARポリペプチド)またはここに記載するような抗CD123抗原結合ドメインは、
(1)次のものから選択される、1、2または3軽鎖(LC)CDR:
(i)CAR123-1の配列番号531のLC CDR1、配列番号536のLC CDR2および配列番号541のLC CDR3;
(ii)CAR123-2の配列番号532のLC CDR1、配列番号537のLC CDR2および配列番号542のLC CDR3;
(iii)CAR123-3の配列番号533のLC CDR1、配列番号538のLC CDR2および配列番号543のLC CDR3;
(iv)CAR123-4の配列番号534のLC CDR1、配列番号539のLC CDR2および配列番号544のLC CDR3;および/または
(2)次のものから選択される、1、2または3重鎖(HC)CDR:
(i)CAR123-1の配列番号516のHC CDR1、配列番号521のHC CDR2および配列番号526のHC CDR3;
(ii)CAR123-2の配列番号517のHC CDR1、配列番号522のHC CDR2および配列番号527のHC CDR3;
(iii)CAR123-3の配列番号518のHC CDR1、配列番号523のHC CDR2および配列番号528のHC CDR3;
(iv)CAR123-4の配列番号519のHC CDR1、配列番号524のHC CDR2および配列番号529のHC CDR3
を含む。
特記しない限り、ここで使用する全ての技術的および科学的用語は、本発明が属する技術分野の当業者により共通して理解される意味を有する。本発明の実施または試験にここに記載するものに類似するまたは同等な方法および材料を使用できるが、適当な方法および材料を下に記載する。ここに記載するすべての刊行物、特許出願、特許および他の参考文献は、その全体を引用により本明細書に包含させる。加えて材料、方法および実施例は説明のためのみであり、限定する意図はない。タイトル、サブタイトルまたは番号または文字表記、例えば、(a)、(b)、(i)などは、読みやすくするためだけのものである。本明細書におけるタイトルまたは番号または文字表記の使用は、当該工程または要素がアルファベット順で実施すべきであることまたは工程もしくは要素が必ず互いに分離していることを必要とするものではない。本発明の他の特性、目的および利点は、明細書および図面ならびに特許請求の範囲から明らかである。
図面の簡単な説明
好ましい本発明の態様の次の詳細な記載は、添付する図面と組み合わせてみたとき、よりよく理解される。本発明の説明の目的で、現在好ましい態様を図に示す。しかしながら、本発明は図面に示す厳密な配置および装置に限定されないことは理解すべきである。
図1は、FACSにより評価したCD123 CAR構築物で形質導入したJNL細胞におけるCAR発現のグラフ表示であり、検出試薬としてプロテインLを使用する非形質導入(CAR陰性)細胞におけるシグナルのレベルを超えるシグナルを示す細胞のパーセントとして記載する。
図2A、2Bおよび2Cを含む図2は、JNL細胞におけるCD123 CAR活性のグラフ表示である。抗CD123 CAR構築物を、NFATプロモーターにより駆動されるルシフェラーゼレポーターを含むJurkat細胞株(命名JNL細胞)を使用して活性について評価した。CAR活性を、このNFAT駆動レポーターの活性化として測定する。
図3は、初代T細胞におけるCD123 CAR発現のグラフ表示である。形質導入細胞のパーセンテージ(細胞表面に抗CD123 CARを発現)およびそれらの発現の相対的蛍光強度を、検出試薬としてプロテインLを使用するBD LSRFortessaまたはBD-FACSCantoでのフローサイトメトリー分析により決定した。このFACSからの非染色細胞を超えるシグナルの相対的蛍光強度のゲーティングヒストグラムプロットは、形質導入T細胞のパーセンテージを示す。形質導入は、12~42%の範囲のCAR陽性細胞をもたらした。
図4は、CD123-CART介在細胞致死のグラフ表示である。T細胞致死は、ルシフェラーゼを安定に発現するCD123発現MOLM13急性骨髄性白血病細胞に向けられた。非形質導入T細胞を使用して、非特異的背景致死レベルを決定した。CART-CD123の細胞溶解活性を、エフェクター:標的細胞比の4:1およびT細胞の2倍下方希釈の範囲で測定し、ここで、エフェクターを、抗CD123キメラ受容体発現T細胞として定義した。アッセイを、適切な数のT細胞と一定数の標的細胞の混合により開始した。20時間後、ルシフェラーゼシグナルを、EnVision装置でBright-GloTMルシフェラーゼアッセイを使用して測定した。
図5Aおよび5Bは、T細胞のCD123-CARでの形質導入効率を示す。図5Aは、1172および1176でのT細胞の形質導入効率を示す。図5Bは、CD123 CAR2~4でのT細胞の形質導入効率を示す。
図6は、CD4:CD8比を決定するためのCD123 CAR2~4および1172および1176のフローサイトメトリーを示す。
図7(図7-1、7-2および7-3に提供)は、CD123+腫瘍細胞暴露によるCD123 CAR2~4および1172および1176の脱顆粒を示す。
図8は、CART細胞(NVS 2-4、1172および1176クローン)の腫瘍標的細胞(MOLM14)に対する細胞毒性を評価するための、ルシフェラーゼアッセイのグラフ表示である。
図9は、ルシフェラーゼ発現MOLM14細胞を注射したNSGマウスにおける、D6(CART注射前)および13日目(NVS 2-4、1172または1176クローン注射6日後)または20日目の腫瘍負荷の比較を示す。
図10は、ホジキンリンパ腫細胞株HDLM-2におけるCD30およびCD123の発現を示す。
図11Aおよび11Bは、T2A共発現によるCD123のサロゲートマーカーであるdsRedの検出による、PELNS抗CD123-41BB-CD3ζを形質導入したT細胞におけるCD123 CAR発現を示す。dsRedは、フローサイトメトリーにより検出した。
図12は、4ホジキンリンパ腫細胞株(HDLM2、KMH2、L428、SUPHD1)、CD123+ MOLM14(陽性対照)およびA375(陰性対照)におけるCD123発現のQ-PCRを示す。GUSBをハウスキーピング遺伝子として使用した。Ct閾値は40であった。
図13は、ホジキンリンパ腫のインビボモデルに対するIL-3抗体の効果を示す。IL-3を含むヒトサイトカインを過発現するNOD-SCID-γ-鎖KOマウス(NSG-Sマウス)に、ルシフェラーゼ発現HDLM-2細胞株を移植した。I.v.注射後、新生物細胞は、播種性軟組織塊を進行性に形成した。中和抗IL-3抗体の連続注射は、腫瘍の増殖を減速させた。
図14CD107a脱顆粒アッセイを示す。非形質導入T細胞(UTD)またはCART123を、HDLM-2(CD123+ HL細胞株)と、抗CD28、抗CD49d抗体およびモネンシン存在下、5標的細胞対1T細胞比で、4時間インキュベートした。抗CD30 CAR T細胞を付加的対照として使用した。フローサイトメトリーにより検出して、CART123はCD107a脱顆粒の増加を示したが、UTDは示さなかった。
図15は、図20に示す脱顆粒アッセイのグラフ表示である。
図16は、CD123 CAR発現T細胞が細胞質内サイトカイン産生(IL-2、TNF)の顕著な増加を示すことを示す。
図17は、CART123がルシフェラーゼベースの24時間致死アッセイにおけるバイオルミネセンス発光の減少により示される用量依存的致死を示すが、UTDは示さないことを示す。T細胞を、種々の比(0.3:1~10:1)でルシフェラーゼ+ HDML-2細胞と共インキュベートした。
図18は、CART123およびCART30細胞が増殖アッセイにおいてホジキンリンパ腫細胞株と共培養したとき、強固な増殖を示すが、UTDは示さないことを示す。T細胞を、5日T細胞増殖アッセイにおいてHL細胞株(CD123+)または対照(Jurkat CD123-、MOLM-14 CD123+)またはPMA/イオノマイシン(陽性対照)または細胞培地(陰性対照)とインキュベートした。
図19A、19B、19Cおよび19Dを含む図19は、CART123がIFNg(図19A)、IL-2(図19B)、TNFa(図19C)およびMIP1b(図19D) luminex MFIの強固な産生を誘発することを示す。
図20は、ホジキンリンパ腫のインビボモデルの略図を示す。100万ルシフェラーゼ+ HDLM-2細胞を0日にi.v.注射した。示す連続的生物発光造影(BLI)を次いで実施して腫瘍レベルを観察した。低レベルの腫瘍を7日目に観察し、これは、その後、ヒト疾患の緩徐進行性性質を再現して、約6週にわたり腫瘍負荷が徐々に増加した。腫瘍負荷がベースラインより20倍高かった43日目に、マウスを150万CART123細胞または対照T細胞で処置した。
図21は、図28におけるスキームに従い、CART123細胞、対照T細胞処置または未処置マウスにおける注射後日数でのHDLM-2を検出するBLIを示す。
図22は図28において示すスキームより処置したマウスの生存を示し、CART123は14日以内に播種性腫瘍の完全かつ持続性の根絶を誘発し、6ヶ月での100%無再発および100%全生存に至った。
図23は、連続的末梢血採血におけるフローサイトメトリーにより検出して、腫瘍消失と広範なCAR T細胞拡張の間の関係を示す。拡張T細胞は約50%CD8および50%CD4細胞であった。T細胞数は、腫瘍負荷が減少するに連れて減少した。
図24A、24Bおよび24Cを含む図24は、記載する比で標的細胞MOLM13、PL21およびU87と培養したときの、CAR123構築物(CD123-2、CD123-3およびCD123-4)を発現するT細胞からのサイトカイン産生を示す棒グラフである。図24AはIL-2の産生を示す;図24BはIFN-ガンマの産生を示す;および図24CはTNF-アルファ産生を示す。
図25は、標的細胞MOLM13(CD123を発現)、K562-ヒトCD123(ヒトCD123を発現)またはK562(CD123を発現しない)存在か、培養したとき、レンチウイルスにより形質導入したCAR123-2を発現するT細胞(LV CAR123-2)または対照抗GHの増殖能を示す、棒グラフを示す。
図26A、26Bおよび26Cを示す図26は、種々の標的細胞:エフェクター細胞比で標的細胞を殺すレンチウイルスにより形質導入したCAR123 CARを発現するT細胞(LV CAR123-2)または対照(抗GH)または非形質導入細胞(UTD)の能力を示し、ここで、標的細胞はCD123発現MOLM13(図26A)またはPL21(図26B)細胞またはCD123陰性U87細胞(図26C)である。
図27Aおよび27Bを含む図27は、標的細胞MOLM13(CD123を発現)およびU87(CD123を発現しない)存在下で培養したときの、レンチウイルスにより形質導入したCAR123(LV CAR123-2)または対照(抗GH)のいずれかを発現するT細胞からのサイトカイン産生を示すグラフである。図27Aは、IFNγおよびTNFαのサイトカイン産生を示す;図27Bは、IL-2のサイトカイン産生を示す。
図28は、ホジキンリンパ腫のインビボマウスモデルにおける腫瘍負荷を示し、ここで、腫瘍担持マウスに、種々のCAR123構築物を発現するT細胞を投与した:1172、1176、NVS2(ここでは、CAR123-2とも称する)、NVS3(ここでは、CAR123-3とも称する)およびNVS4(ここでは、CAR123-4とも称する)。6日目、14日目、20日目および27日目の腫瘍負荷を生物発光造影(BLI)により測定し、表した。
図29は、インビボマウスモデルにおける腫瘍負荷を示し、ここで、腫瘍担持マウスに、レンチウイルスベクターから導入したCAR123-2(CART123 LV)、RNAから導入したCAR123-2(CART123 RNA(NVS))およびRNAとして導入したツールCAR123(CART123 RNA(Penn))を発現するT細胞を投与した。非形質導入T細胞を対照(UTD)として使用した。腫瘍負荷を生物発光造影(BLI)単位により表す。
図30A、30B、30Cおよび30Dを示す図30は、インビボマウスモデルにおける腫瘍の生物発光造影を示す。図30Aは、非形質導入細胞を投与したマウスを示す;図30Bは、RNA CAR123-2を発現するT細胞を投与したマウスを示す;図30Cは、レンチウイルスにより形質導入したCAR123-2を発現するT細胞を投与したマウスを示す;図30Dは、RNAツールCAR123を発現するT細胞を投与したマウスを示す。
図31A、31B、31C、31D、31Eおよび31Fを含む図31は、CART19処置後に生じるCD19-neg B細胞急性リンパ芽球性白血病再発においてCD123が高度に発現されることを示す。図31Aは、42再発性/難治性ALLサンプルにおけるCD19と比較したCD123の発現を示す。図31Bは、B-ALL芽細胞におけるCD123およびCD19共発現を示す。芽細胞でのゲーティング(SSC低、シングレット、生存、CD45dim)。図31Cは、白血病幹細胞(LSC)のゲーティング戦略を示す。CD123は、このサブセットで高度に発現される。図32Dは、CD123およびCD19共発現およびFISH分析の結果を示す。図31Eおよび31Fは、ベースラインまたは再発後のCD19およびCD123発現の比較を示す。
図32A、32B、32C、32D、32Eおよび32Fを含む図32は、CD19 CAR(CAR19)またはCD123 CAR(CAR123)を発現するT細胞を使用した種々のインビトロアッセイの結果を示す。図32AはCD19およびCD123発現を示す;図32BCD107a脱顆粒アッセイを示す;図32Cは、標的化細胞を殺す能力を示す;図32DおよびEは増殖能を示す;図32Fは、記載するサイトカインについてのサイトカイン産生を示す。
図33A、33Bおよび33Cを示す図33は、CD19 CAR(CAR19)またはCD123 CAR(CAR123)を発現するCART細胞インビボマウスモデルにおいて抗腫瘍効果を有したことを示す。図33Aは、生物発光造影により表す腫瘍負荷を示す;図33Bは、CART治療を受けたマウスの全生存曲線を示す;および図33Cは、末梢血におけるCART123細胞の拡張を示す。
図34A、34B、34C、34D、34Eおよび34Fを含む図34は、CART123が抗原喪失再発のインビボマウスモデルで活性化することを示す。図34Aは実験計画を示す;図34Bは、CD19発現に関するベースラインおよび再発疾患(上部グラフ)およびCART19治療での処置の応答(下部グラフ)における生物発光造影により表す疾患進行を示す;図34Cは、非形質導入T細胞またはCART19細胞を投与したマウスの生物発光造影を示す;図34DはCART19またはCART123で処置するための実験計画を示す;図34Eは疾患進行を示す;および図34Fは処置マウスの全生存を示す。
図35A、35Bおよび35Cを含む図35は、異種移植マウスの頭蓋骨髄におけるALL-CART相互作用を示す。図35Aは実験計画を示す;図35Bは、CD19とCD123またはCD123単独を発現するように操作したALL腫瘍と相互作用するCART19細胞およびCART123細胞の代表的多光子XY平面画像を示す(運動性細胞を点線の丸で示し、非運動性細胞を矢印で示す);および図35Cは顕微鏡像のグラフ表示である。
図36A、36Bおよび36Cを含む図36は、CART19およびCART123を使用するCD19-neg再発の予防を示す。図36Aは実験計画を示す;図36Bは非形質導入T細胞(上部グラフ)、CART19(中部グラフ)またはCART19とCART123の組み合わせ(下部グラフ)で処置したマウスの疾患進行を示す(BLIにより表す腫瘍負荷);および図36Cは、本実験の全生存を示す。
図37Aおよび37Bを含む図37は、CAR19およびCAR123の両者を発現するT細胞(図37A)および脱顆粒アッセイの結果(図37B)を示す。
図38Aおよび38Bを含む図38は、ALL芽細胞の特徴づけを示す。図38Aは、種々のマーカーCD19、CD123、CD10、CD34およびCD20の発現を示す;および図38Bは、CD19-CD123+細胞をソートするためのゲーティング戦略を示す。
図39A、39B、39Cおよび39Dを含む図39は、CART123の抗白血病活性を示す。図39Aは、NALM6細胞におけるCD19およびCD123の発現を示す;図39Bは、CART19またはCART123治療に応答した腫瘍負荷(BLIにより表して)を示す;図39CはCART19またはCART123を投与したマウスの全生存を示す;および図39Dは、種々の用量のCART123を投与したマウスの全生存を示す。
図40Aおよび40Bを含む図40は、抗原喪失再発のインビボモデルの特徴づけを示す。図40Aは、CD19陰性再発疾患におけるCD123の発現を示す;および図40Bは、インビトロでベースラインまたは再発細胞と培養したときのCART19またはCART123細胞の脱顆粒アッセイを示す。
図41A、41Bおよび41Cを含む図41は、初代AML細胞におけるPD1 L1の発現(図41A)およびT細胞におけるPD1(図41B)およびTIM3(図41C)を示す。
図42A、42B、42Cおよび42Dを含む図42は、CD8 T細胞における免疫チェックポイントPD1(図42A)、TIM3(図42B)、LAG3(図42C)およびCTLA4(図42D)の発現を示す。
図43は、AMLベースライン(左)および再発(右)サンプルにおけるTIM3発現のフローサイトメトリー分析を示す。
図44は、非形質導入(UTD)細胞処置と比較した、CART123処置後の腫瘍負荷(生物発光造影、光子/秒で表す)を示す。
図45は、寛解または再発後のCD123処置後の異種移植におけるT細胞のTIM3およびPD1発現を示す。
図46Aおよび46Bを含む図46は、チェックポイント阻害剤、例えば、PD1、TIM3の阻害剤、PD1およびTIM3阻害剤の組み合わせまたはTIM3およびCEACAM-1阻害剤の組み合わせと共培養後の再発マウスからの骨髄を示す。GMCSF、IFNg、Ki67およびMIP1bを発現するT細胞のパーセンテージをPMA/IONO非存在下(図46A)または存在下(図46B)検出した。
図47は、AML異種移植の非形質導入細胞およびPD1阻害剤またはTIM3阻害剤での処置の実験計画を示す。
図48は、図47に記載する実験の腫瘍負荷(BLI、光子/秒により表す)を示す。
図49は、AML異種移植のTIM3および/またはPD1阻害剤と組み合わせたCART123での処置のための実験計画を示す。
図50A、50B、50Cおよび50Dを含む図50は、図49に記載する実験の腫瘍負荷(BLI、光子/秒により表す)を示す。図50Aは、CART123と組み合わせたCART123およびPD1阻害剤を比較する;図50Bは、CART123と組み合わせたCART123およびPD1阻害剤およびTIM3阻害剤を比較する;図50CはCART123と組み合わせたCART123およびTIM3阻害剤を比較し、図50Dは、図50A~Cにおいて示すデータの代表的プロットを示す。
図51A、51B、51C、51Dおよび51Eを含む図51は、例えば、U6制御shRNAは、EF1アルファ制御CARコード配列の上流または下流にあるときの、単一ベクター上の多様な配置を示す。図51Aおよび51Bに記載する例示的構築物において、転写は、U6とEF1アルファプロモーターが同じ方向にあるときに生じる。図51Cおよび51Dに記載する例示的構築物において、転写は、U6とEF1アルファプロモーターが異なる方向にあるときに生じる。図51Eにおいて、shRNA(および対応するU6プロモーター)は第一ベクターにあり、CAR(および対応するEF1アルファプロモーター)は第二ベクターにある。
図52は、2つの例示的RCAR配置の構造を記載する。抗原結合メンバーは抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよびスイッチドメインを含む。細胞内結合メンバーは、スイッチドメイン、共刺激性シグナル伝達ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む。2配置は、ここに記載する第一および第二スイッチドメインが、抗原結合メンバーおよび細胞内結合メンバーに関して異なる方向であり得ることを示す。他のRCAR配置をさらにここに記載する。
図53は、CAR発現、形質導入T細胞の増殖は、細胞培養系において低用量のRAD001により増強されることを示す。CARTを、種々の濃度のRAD001存在下、Nalm-6細胞と共培養した。CAR陽性CD3陽性T細胞数(黒色)および総T細胞(灰色)を、共培養4日後評価した。
図54は、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kgおよび10mg/kg(mpk)連日RAD001投薬または媒体投薬のNALM6-luc細胞の腫瘍増殖測定を示す。円は媒体を示す;四角は10mg/kg用量のRAD001を示す;三角は3mg/kg用量のRAD001を示す、逆三角は1mg/kg用量のRAD001を示す;そして菱形は0.3mg/kg用量のRAD001を示す。
図55Aおよび55Bを含む図55は、NALM6腫瘍を有するNSGマウスの血中RAD001量を示す薬物動態曲線を示す。図55Aは、RAD001の最初の投与後の0日目PKを示す。図55Bは、最終RAD001投与後14日目PKを示す。菱形は10mg/kg用量のRAD001を示す;四角は1mg/kg用量のRAD001を示す;三角は3mg/kg用量のRAD001を示す;そして×は10mg/kg用量のRAD001を示す。
図56Aおよび56Bを含む図56は、RAD001投薬をしたときおよびしないときのヒト化CD19 CART細胞のインビボ増殖を示す。低用量のRAD001(0.003mg/kg)連日は、huCAR19増殖の正常レベルを超える、CAR T細胞増殖における増強をもたらす。図56AはCD4 CAR T細胞を示す;図56BはCD8 CAR T細胞を示す。丸はPBSを示す;四角はhuCTL019を示す;三角は3mg/kg RAD001でのhuCTL019を示す;逆三角は0.3mg/kg RAD001でのhuCTL019を示す;菱形は0.03mg/kg RAD001でのhuCTL019を示す;そして丸は0.003mg/kg RAD001でのhuCTL019を示す。
図57は、CART123活性を停止されるための戦略におけるCAR123およびCD20の発現のためのレンチウイルスベクターのベクター地図であり、ここで、CAR123配列およびCD20配列を、P2A配列により連結する。
図58は、CART123対CART123 P2A CD20細胞を比較するCD107脱顆粒アッセイの結果を示す。
図59A、59B、59Cおよび59Dを含む図59は、CART123 P2A CD20細胞と比較したCART123細胞によるGM-CSF(図59A)、TNFアルファ(図59B)、IFNガンマ(図59C)およびIL-2(図59D)の産生を示す。
図60は、記載するエフェクター:標的細胞比でインキュベートしたとき、CART123 P2A CD20細胞と比較したCART123細胞の細胞毒性能(特異的溶解%により表して)を示す。
図61Aおよび61Bを含む図61は、記載する用量のリツキシマブ処置後の、CART123細胞(図61A)およびCART123 P2A CD20細胞(図61B)のT細胞枯渇を示す。
図62は、15%補体存在下、記載する用量のリツキシマブで処置後のCART123 P2A CD20細胞のT細胞枯渇を示す。
図63Aおよび63Bを含む図63は、CAR19およびCAR123の両者を発現するデュアルCART細胞のための戦略を示す。図63Aは、P2A配列を経て連結したCAR19およびCAR123を含むベクター地図を示す。図63Bは、CAR19、CAR123(Q3)およびCAR19(Q1)とCAR123(Q2)の両者を発現する細胞のパーセンテージを示す。
図64Aおよび64Bを含む図64は、CAR19およびCAR123の両者を発現するスプリットCART細胞の戦略を示す。図64Aは、P2A配列を経て連結したCAR19およびCAR123を含むベクター地図である。CAR19はCD3ゼータドメインを含み、一方CAR123は4-1BBドメインを含む。図64Bは、CAR19、CAR123(Q3)およびCAR19(Q1)およびCAR123(Q2)の両者を発現する細胞のパーセンテージを示す。
図65は、初代HSC、AMLおよびBPDCNサンプルのCD123発現を示す。
図66Aおよび66Bを含む図66は、記載するエフェクター:標的比でのCD123発現標的細胞存在下でインキュベートしたときのCART123クローン32716(図66A)および26292(図66A)の細胞毒性アッセイを示す。
図67は、BPDCNと比較したHSCとインキュベートしたときのCART123細胞のCD107脱顆粒アッセイを示す。
図68Aおよび68Bを含む図68は、対照としてのアイソタイプ抗体(図68A)またはCD123抗体(図68B)で染色した、肥満細胞白血病/全身性肥満細胞症の患者の血液からの単核細胞のCD123発現を示す。
図69Aおよび69Bを含む図69はCD107脱顆粒アッセイを示し、ここで、CART123細胞を単独でPMAおよびイオノマイシン(図69A)または肥満細胞白血病/全身性肥満細胞症の患者の血液からの単核細胞(図69B)とインキュベートした。
図70は、難治性または再発性を有する対象におけるRNA CART123投与のための臨床試験における対象コホート1の実験計画を示す。
図71は、難治性または再発性を有する対象におけるRNA CART123を投与するための臨床試験における対象コホート2の実験計画を示す。これらの患者は、CART治療に加えて数回のリンパ球除去化学療法を受けた。
図72A、72Bおよび72Cを含む図72は、MOLM14異種移植モデルにおけるレンチウイルスにより形質導入したCART123細胞で処置後の抗CD52抗体アレムツズマブを使用するT細胞除去の結果を示す。CART123細胞または非形質導入(UTD)細胞を、1週目にマウスに投与した。アレムツズマブを、CART123細胞を受けているマウスに3週目または4週目に投与し、腫瘍負荷を24週評価した。“MOLM14”再免疫を12週目に導入した。図72Aは、生物発光造影(光子/秒)により検出した腫瘍負荷を示す;図72Bは末梢血で検出されるCART細胞の存在を示す;および図72Cは全生存を示す。
図73Aおよび73Bを示す図73は、小児AML異種移植モデルにおけるレンチウイルスにより形質導入したCART123細胞で処置後のアレムツズマブを使用するT細胞除去の結果を示す。CART123細胞または非形質導入(UTD)細胞を、初代AML細胞移植(0週)6週後にマウスに投与した。アレムツズマブを、CART123処置を受けているマウスに4週目に投与した。図73Aは、生物発光造影(光子/秒)により検出した腫瘍負荷を示す;図73Bは末梢血で検出されるCART細胞の存在を示す。
図74Aおよび74Bを含む図74は、図73で実施したCART123およびアレムツズマブ処置後の脾臓(図74A)および骨髄(図74B)におけるAML細胞の分析を示す。
図75は、AML異種移植モデルにおける腫瘍負荷(生物発光造影;光子/秒により表す)に対する3停止戦略の比較を示す:(1)アレムツズマブ処置によるCART細胞除去;(2)T細胞におけるCAR/CD20共発現およびリツキシマブによる除去;および(3)RNA電気穿孔CART細胞。
詳細な記載
定義
特記しない限り、ここで使用する全ての技術的および科学的用語は、本発明が属する技術分野の当業者により共通して理解される意味を有する。
単数表現は、文法上の目的が1個以上(すなわち、少なくとも1)をいう。例として、“要素”は、1個の要素または1を超える要素を意味する。
用語“約”は、量、期間などのような測定可能な値をいうとき、特定した値からの±20%またはある場合±10%またはある場合±5%またはある場合±1%またはある場合±0.1%のばらつきを、このようなばらつきが開示された方法の実施において妥当であるとして、包含することを意味する。
用語“キメラ抗原受容体”または代替的に“CAR”は、少なくとも細胞外抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび下に定義するような刺激性分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞質シグナル伝達ドメイン(ここでは“細胞内シグナル伝達ドメイン”とも呼ぶ)を含む、組み換えポリペプチド構築物をいう。ある態様において、CARポリペプチド構築物におけるドメインは、同じポリペプチド鎖にあり、例えば、キメラ融合タンパク質を含む。ある態様において、CARポリペプチド構築物におけるドメインは互いに隣接しておらず、例えば、ここに記載するようなRCARにおいて提供されるように、例えば、異なるポリペプチド鎖にある。
ある面において、CARの刺激性分子は、T細胞受容体複合体と関係するゼータ鎖である。ある面において、細胞質シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン(例えば、CD3ゼータの一次シグナル伝達ドメイン)を含む。ある面において、細胞質シグナル伝達ドメインは、さらに、下に定義するような少なくとも1つの共刺激性分子に由来する1以上の機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある面において、共刺激性分子は、41BB(すなわち、CD137)、CD27、ICOSおよび/またはCD28から選択される。ある面において、CARは、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメインおよび刺激性分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。ある面において、CARは、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメインならびに共刺激性分子由来の機能的シグナル伝達ドメインおよび刺激性分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。ある面において、CARは、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメインおよび1以上の共刺激性分子および刺激性分子由来の2つの機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。ある面において、CARは、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメインおよび1以上の共刺激性分子および刺激性分子由来の機能的シグナル伝達ドメイン由来の少なくとも2つの機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。ある面において、CARは、CAR融合タンパク質のアミノ末端(N-ter)に任意のリーダー配列を含む。ある面において、CARは、細胞外抗原認識ドメインのN末端にさらにリーダー配列を含み、ここで、リーダー配列は、場合により細胞プロセシングおよび細胞膜へのCAR局在化の間に抗原認識ドメイン(例えば、aa scFv)から開裂される。
特異的腫瘍マーカーX(ここで、Xはここに記載するような腫瘍マーカーであり得る)と特異的に結合する抗原結合ドメイン(例えば、scFv、単一ドメイン抗体またはTCR(例えば、TCRアルファ結合ドメインまたはTCRベータ結合ドメイン))を含むCARを、XCARとも呼ぶ。例えば、CD123と特異的に結合する抗原結合ドメインを含むCARを、CD123 CARと称する。CARはあらゆる細胞、例えば、ここに記載するような免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)に発現され得る。
用語“シグナル伝達ドメイン”は、第二メッセンジャーの産生によりまたはこのようなメッセンジャーに応答することによりエフェクターとして機能することにより、規定されたシグナル伝達経路を経て細胞活性を制御するために、細胞内で情報を伝達することにより作用する、タンパク質の機能的部分をいう。
ここで使用する用語“IL-3受容体のアルファサブユニット”、“IL3Rα”、“CD123”、“IL3Rα鎖”および“IL3Rαサブユニット”は、相互交換可能であり、白血病前駆体細胞上に検出され得ることが知られる抗原決定基をいう。ヒトおよびマウスアミノ酸および核酸配列は、GenBank、UniProtおよびSwiss-Protのような公的データベースに見ることができる。例えば、ヒトIL3Rαのアミノ酸配列は受託番号NP 002174およびヒトIL3Rαをコードするヌクレオチド配列は、受託番号NM 005191に見ることができる。ある面において、CARの抗原結合部分は、CD123タンパク質の細胞外ドメイン内のエピトープを認識し、結合する。ある面において、CD123タンパク質は癌細胞に発現される。ここで使用する“CD123”は、完全長野生型CD123の変異、例えば、点変異、フラグメント、挿入、欠失およびスプライスバリアントを含むタンパク質を含む。
ここで使用する用語“抗体”は、抗原に特異的に結合する免疫グロブリン分子由来のタンパク質またはポリペプチド配列をいう。抗体は、ポリクローナルまたはモノクローナル、複数または一本鎖または完全免疫グロブリンであってよく、天然源由来でも組み換え源由来でもよい。抗体は、免疫グロブリン分子の四量体であり得る。
用語“抗体フラグメント”は、完全抗体またはその組み換えバリアントの少なくとも一つの部分をいい、抗原のような標的に対する抗体フラグメントの認識および特異的結合を与えるのに十分である、抗原結合ドメイン、例えば、完全抗体の抗原性決定可変領域をいう。抗体フラグメントの例は、Fab、Fab’、F(ab’)およびFvフラグメント、scFv抗体フラグメント、線形抗体、sdAbのような単一ドメイン抗体(VLまたはVHのいずれか)、ラクダ科VHHドメインおよびヒンジ領域でジスルフィド架橋により連結した2個以上、例えば、2個のFabフラグメントまたは単離CDRを含む二価フラグメントのような抗体フラグメントから形成される多特異性分子または抗体の他のエピトープ結合フラグメントを含むが、これらに限定されない。抗原結合フラグメントは、単一ドメイン抗体、マキシボディ、ミニボディ、ナノボディ、イントラボディ、二重特異性抗体、トリアボディ、テトラボディ、v-NARおよびビス-scFvにも取り込まれ得る(例えば、Hollinger and Hudson, Nature Biotechnology 23:1126-1136, 2005参照)。抗体フラグメントは、フィブロネクチンIII型(Fn3)のようなポリペプチドに基づくスキャフォールドに移植もできる(フィブロネクチンポリペプチドミニボディを記載する米国特許6,703,199号参照)。
用語“scFv”は、軽鎖の可変領域を含む少なくとも1抗体フラグメントおよび重鎖の可変領域を含む少なくとも1抗体フラグメントを含む融合タンパク質をいい、ここで、軽鎖および重鎖可変領域は、短可動性ポリペプチドリンカーにより隣接して連結され、単一鎖ポリペプチドとして発現されることが可能であり、scFvはそれが由来する完全抗体の特異性を保持する。特記しない限り、ここで使用するscFvは、いずれの順番でVLおよびVH可変領域を含んでもよく、例えば、ポリペプチドのN末端およびC末端に関してscFvはVL-リンカー-VHを含んでも、VH-リンカー-VLを含んでもよい。
ここで使用する用語“相補性決定領域”または“CDR”は、抗原特異性および結合親和性を与える、抗体可変領域内のアミノ酸の配列をいう。例えば、一般に、各重鎖可変領域に3CDR(例えば、HCDR1、HCDR2およびHCDR3)および各軽鎖可変領域に3CDR(LCDR1、LCDR2およびLCDR3)が存在する。あるCDRの厳密なアミノ酸配列境界は、Kabat et al. (1991), “Sequences of Proteins of Immunological Interest”, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD(“Kabat”番号付けスキーム)、Al-Lazikani et al., (1997) JMB 273, 927-948(“Chothia”番号付けスキーム)またはこれらの組み合わせにより記載のものを含む多くの周知のスキームのいずれかを使用して決定できる。Kabat番号付けスキーム下、ある態様において、重鎖可変ドメイン(VH)のCDRアミノ酸残基は31~35(HCDR1)、50~65(HCDR2)および95~102(HCDR3)と番号付けされ;そして軽鎖可変ドメイン(VL)におけるCDRアミノ酸残基は24~34(LCDR1)、50~56(LCDR2)および89~97(LCDR3)と番号付けされる。Chothia番号付けスキーム下、ある態様において、VHにおけるCDRアミノ酸は26~32(HCDR1)、52~56(HCDR2)および95~102(HCDR3)と番号付けされ;そしてVLにおけるCDRアミノ酸残基は26~32(LCDR1)、50~52(LCDR2)および91~96(LCDR3)と番号付けされる。複合KabatおよびChothia番号付けスキームにおいて、ある態様において、CDRは、Kabat CDR、Chothia CDRまたは両者の一部であるアミノ酸残基に対応する。例えば、ある態様において、CDRは、VH、例えば、哺乳動物VH、例えば、ヒトVHにおけるアミノ酸残基26~35(HCDR1)、50~65(HCDR2)および95~102(HCDR3);およびVL、例えば、哺乳動物VL、例えば、ヒトVLにおけるアミノ酸残基24~34(LCDR1)、50~56(LCDR2)および89~97(LCDR3)に対応する。
本発明のCAR組成物の抗体または抗体そのフラグメントを含む部分は、例えば、単一ドメイン抗体フラグメント(sdAb)、一本鎖抗体(scFv)およびヒト化またはヒト抗体を含む、抗原結合ドメインが連続的ポリペプチド鎖の一部として発現される、多種多様な形態で存在し得る(Harlowet al., 1999, In: Using Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY; Har低et al., 1989, In: Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, New York; Houston et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883; Bird et al., 1988, Science 242:423-426)。ある面において、本発明のCAR組成物の抗原結合ドメインは、抗体フラグメントを含む。さらなる面において、CARは、scFvを含む抗体フラグメントを含む。
ここで使用する用語“結合ドメイン”または“抗体分子”(ここでは“抗標的(例えば、CD123)結合ドメイン”とも称する)は、少なくとも1つの免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む、タンパク質、例えば、免疫グロブリン鎖またはそのフラグメントをいう。用語“結合ドメイン”または“抗体分子”は、抗体および抗体フラグメントを包含する。ある態様において、抗体分子は多特異性抗体分子であり、例えば、複数の免疫グロブリン可変ドメイン配列を含み、ここで、複数の中の第一免疫グロブリン可変ドメイン配列は第一エピトープに対する結合特異性を有し、複数の中の第二免疫グロブリン可変ドメイン配列は第二エピトープに対する結合特性を有する。ある態様において、多特異性抗体分子は二特異性抗体分子である。二特異性抗体は、2以下の抗原に特異性を有する。二特異性抗体分子は、第一エピトープに対する結合特異性を有する第一免疫グロブリン可変ドメイン配列および第二エピトープに対する結合特異性を有する第二免疫グロブリン可変ドメイン配列により特徴付けられる。
用語“抗体重鎖”は、天然に存在する立体構造の抗体分子に存在する2タイプのポリペプチド鎖の大きいほうをいい、通常、当該抗体が属するクラスを決定する。
用語“抗体軽鎖”は、天然に存在する立体構造の抗体分子に存在する2タイプのポリペプチド鎖の小さいほうをいう。カッパ(κ)およびラムダ(λ)軽鎖は、2つの主用抗体軽鎖アイソタイプをいう。
用語“組み換え抗体”は、例えば、バクテリオファージまたは酵母発現系により発現させた抗体のような、組み換えDNAテクノロジーを使用して産生させる抗体をいう。本用語はまた抗体をコードするDNA分子の合成により産生され、そのDNA分子が抗体タンパク質または抗体を特定するアミノ酸配列を発現するものである抗体を意味するとも解釈すべきであり、ここで、DNAまたはアミノ酸配列は、当分野で利用可能であり、周知である組み換えDNAまたはアミノ酸配列テクノロジーを使用して得られている。
用語“抗原”または“Ag”は、免疫応答を惹起する分子をいう。この免疫応答は、抗体産生または特異的免疫適格細胞の活性化または両者が関与し得る。当業者は、実質的に全タンパク質またはペプチドを含むあらゆる巨大分子が抗原として働き得ることを理解する。さらに、抗原は組み換えまたはゲノムDNAに由来し得る。当業者は、免疫応答を惹起するタンパク質をコードするヌクレオチド配列または部分的ヌクレオチド配列を含むあらゆるDNAが、それゆえに、“抗原”を、当該用語がここで使用される限り、コードすることを理解する。さらに、当業者は、抗原が遺伝子の完全長ヌクレオチド配列によってのみコードされる必要がないことを理解する。本発明が、1を超える遺伝子の部分的ヌクレオチド配列の使用を含むが、これらに限定されず、これらのヌクレオチド配列が所望の免疫応答を惹起するポリペプチドをコードするように種々の組み合わせで配置されることが容易に明らかである。さらに、当業者は、抗原が全く“遺伝子”によりコードされる必要がないことを理解する。抗原を合成により製造できるかまたは生体サンプルに由来し得るかまたはポリペプチド以外の巨大分子であるかもしれないことは容易に明らかである。このような生体サンプルは、組織サンプル、腫瘍サンプル、細胞または他の生物学的成分を伴う液体を含み得るが、これらに限定されない。
用語“抗腫瘍効果”は、例えば、腫瘍体積減少、腫瘍細胞数減少、転移数減少、余命延長、腫瘍細胞増殖減少、腫瘍細胞生存減少または癌性状態に付随する種々の生理学的症状改善を含むが、これらに限定されない種々の手段により顕在化され得る生物学的効果をいう。“抗腫瘍効果”はまたそもそも腫瘍の発生の予防における本発明のペプチド、ポリヌクレオチド、細胞および抗体の能力によっても顕在化され得る。
用語“抗癌効果”は、例えば、腫瘍体積減少、癌細胞数減少、転移数減少、余命延長、癌細胞増殖減少、癌細胞生存減少または癌性状態に付随する種々の生理学的症状改善を含むが、これらに限定されない、種々の手段により顕在化され得る生物学的効果をいう。“抗癌効果”は、ペプチド、ポリヌクレオチド、細胞および抗体が、そもそも癌の発生を予防する能力によっても顕在化され得る。
用語“抗腫瘍効果”は、例えば、腫瘍体積減少、腫瘍細胞数減少、腫瘍細胞増殖減少または腫瘍細胞生存減少を含むが、これらに限定されない種々の手段により顕在化され得る生物学的効果をいう。
用語“自己”は、後に再導入される個体と同じ個体由来のあらゆる物質をいう。
用語“同種”は、物質が導入される個体と同じ主の異なる動物に由来する何らかの物質をいう。2以上の個体は、1以上の座位の遺伝子が同一でないとき、互いに同種異系といわれる。ある面において、同じ種の個体由来の同種異系物質は、抗原性に相互作用するのに十分遺伝的に似ていない可能性がある。
用語“異種”は、異なる種の動物由来の移植片をいう。
ここで使用する用語“アフェレーシス”は、ドナーまたは患者の血液をドナーまたは患者から採り、選択した特定の成分を分ける装置を通し、残りをドナーまたは患者の循環に、例えば、輸血により戻す、当分野で認められている体外過程をいう。それゆえに、“アフェレーシスサンプル”の文脈においては、アフェレーシスを使用して得たサンプルをいう。
用語“組み合わせ剤”は、一投与単位形態の固定された組み合わせまたは本発明の化合物および組み合わせパートナー(例えば“治療剤”または“併用剤”とも称する下記のような他の薬剤)を、独立して同時にまたは一定間隔で、特に組み合わせパートナーが協調的、例えば相乗効果を示すことを可能にする間隔で別々に投与し得る組み合わせ投与をいう。単一成分をキットに包装してもまたは別々でもよい。要素の一方または両方(例えば、粉末または液体)を、投与前に所望の用量に再構成または希釈し得る。ここに使用する用語“共投与”または“組み合わせ投与”などは、選択した組み合わせパートナーを、それを必要とする一対象(例えば患者)に投与することを包含することを意図し、これら薬剤が必ずしも同じ投与経路でまたは同時に投与されるものではない処置レジメンを包含することを意図する。ここで使用する用語“医薬組み合わせ”は、1を超える活性成分の混合または組み合わせに由来する産物を意味し、活性成分の固定されたおよび固定されていない組み合わせの両者を含む。用語“固定された組み合わせ”は、複数活性成分、例えば本発明の化合物および組み合わせパートナーが、両者とも患者に、同時に一個の物または投与量として投与されることを意味する。用語“非固定されていない組み合わせ”は、複数活性成分、例えば本発明の化合物および組み合わせパートナーを、別々の物として、同時に、一緒にまたは別々に具体的時間制限なく患者に投与し、ここで、このような投与が、患者の体内で2化合物の治療的有効レベルを提供することを意味する。後者はまたカクテル療法、例えば3種以上の活性成分の投与にも適用される。
用語“癌”は、異常細胞の急速かつ未制御の増殖により特徴付けられる疾患をいう。癌細胞は、局所的にまたは血流およびリンパ系により体の他の部分に拡散できる。種々の癌の例はここに記載され、乳癌、前立腺癌、卵巣癌、子宮頸癌、皮膚癌、膵臓癌、結腸直腸癌、腎癌、肝癌、脳腫瘍、リンパ腫、白血病、肺癌などを含むが、これらに限定されない。用語“腫瘍”および“癌”は、ここでは交換可能に使用し、例えば、両用語は固形および液性、例えば、拡散もしくは循環腫瘍を含む。ここで使用する用語“癌”または“腫瘍”は、前悪性、ならびに悪性癌および腫瘍を含む。
ここで使用する用語“由来する”は、第一分子と第二分子の関係を示す。一般に第一分子と第二分子の構造的類似性をいい、第二分子に由来する第一分子の過程または源限定を暗示または包含しない。例えば、CD3ゼータ分子に由来する細胞内シグナル伝達ドメインの場合、細胞内シグナル伝達ドメインは、必要な機能、すなわち、適切な条件下でシグナルを産生する能力を有するように、十分なCD3ゼータ構造を保持する。細胞内シグナル伝達ドメインを産生する特定の過程の限定を暗示または包含しない、例えば、細胞内シグナル伝達ドメインを提供するために、CD3ゼータ配列から出発し、細胞内シグナル伝達ドメインに到達するために望まない配列を削除するかまたは変異させなければならないことを意味しない。
ここで使用する用語“CD123の発現と関係する疾患”は、例えば、癌または悪性腫瘍のような増殖性疾患;脊髄形成異常症、骨髄異形成症候群または前白血病状態のような前癌状態;またはCD123(例えば、野生型または変異体CD123)を発現する細胞と関係する非癌関連徴候を含む、CD123の発現と関係する疾患またはCD123(例えば、野生型または変異体CD123)を発現する細胞と関係する状態を含むが、これらに限定されない。ある面において、CD123(例えば、野生型または変異体CD123)の発現と関係する癌は、血液癌である。ある面において、疾患は、AML、ALL、ヘアリー細胞白血病、前リンパ性白血病、慢性骨髄白血病(CML)、ホジキンリンパ腫、芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物、リンパ芽球性B細胞白血病(B細胞急性リンパ様白血病、BALL)、急性リンパ芽球性T細胞白血病(T細胞急性リンパ様白血病(TALL);骨髄異形成症候群;骨髄増殖性新生物;組織球性障害(例えば、肥満細胞障害または芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物);肥満細胞障害、例えば、全身性肥満細胞症または肥満細胞白血病などを含む。さらにCD123の発現と関係する疾患は、例えば、非定型および/または非古典的癌、悪性腫瘍、前癌状態またはCD123の発現と関係する増殖性疾患を含むが、これらに限定されない。CD123の発現と関係する非癌関連徴候も包含され得る。
ある態様において、腫瘍抗原(例えば、CD123-またはCD19-)発現細胞は、腫瘍抗原をコードするmRNAを発現するまたは何れかの時点で発現した。ある態様において、腫瘍抗原(例えば、CD123-またはCD19-)発現細胞は、腫瘍抗原タンパク質(例えば、野生型または変異体)を産生し、腫瘍抗原タンパク質は正常レベルまたは減少したレベルで存在し得る。ある態様において、腫瘍抗原(例えば、CD123-またはCD19-)発現細胞は、検出可能なレベルの腫瘍抗原タンパク質をある時点で産生しており、その後、実質的に検出可能な腫瘍抗原タンパク質を産生していない。
用語“保存的配列修飾”は、当該アミノ酸配列を含む抗体または抗体フラグメントの結合特性に顕著に影響しないまたは変えないアミノ酸修飾をいう。このような保存的修飾は、アミノ酸置換、付加および欠失を含む。部位特異的変異誘発およびPCR介在変異誘発のような当分野で知られる標準技術により、本発明の抗体または抗体フラグメントに修飾を導入できる。保存的置換は、アミノ酸残基が類似側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられているものである。類似側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当分野で定義されている。これらのファミリーは、塩基性側鎖(例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、非電荷極性側鎖(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、トリプトファン)、非極性側鎖(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン)、ベータ分枝側鎖(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)および芳香族側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を有するアミノ酸を含む。それゆえに、本発明のCAR内の1以上のアミノ酸残基を、同じ側鎖ファミリーからの他のアミノ酸残基で置き換えてよく、改変したCARを、ここに記載する機能的アッセイを使用して試験できる。
用語“刺激”は、刺激性分子(例えば、TCR/CD3複合体)とその同族リガンドの結合により誘発され、それによりTCR/CD3複合体によるシグナル伝達のような、しかし、これに限定されない、シグナル伝達事象を介在する、一次応答をいう。刺激は、TGF-βの下方制御および/または細胞骨格構造再構築などのような、ある分子の発現改変も仲介する。
用語“刺激性分子”は、T細胞シグナル伝達経路の少なくともある面では刺激性方向にTCR複合体の一次活性化を制御する、初代細胞質シグナル伝達配列を提供するT細胞により発現される分子をいう。ある面において、一次シグナルは、例えば、TCR/CD3複合体と、ペプチドを載せたMHC分子の結合により開始され、これは、増殖、活性化、分化などを含むが、これらに限定されないT細胞応答の仲介に至る。刺激性方向に作用する初代細胞質シグナル伝達配列(“一次シグナル伝達ドメイン”とも呼ばれる)は、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフまたはITAMとして知られるシグナル伝達モチーフを含み得る。本発明において特に有用であるITAM含有初代細胞質シグナル伝達配列の例は、TCRゼータ、FcRガンマ、FcRベータ、CD3ガンマ、CD3デルタ、CD3イプシロン、CD5、CD22、CD79a、CD79b、CD278(“ICOS”としても知られる)、FcεRIおよびCD66d、DAP10およびDAP12由来のものを含むが、これらに限定されない。本発明の特定のCARにおいて、任意の1以上の本発明のCARにおける細胞内シグナル伝達ドメインは、細胞内シグナル伝達配列、例えば、CD3ゼータの一次シグナル伝達配列を含む。本発明の特定のCARにおいて、CD3ゼータの一次シグナル伝達配列は、配列番号9として提供される配列または非ヒト種、例えば、マウス、齧歯類、サル、類人猿などからの等価な残基である。本発明の特定のCARにおいて、CD3ゼータの一次シグナル伝達配列は、配列番号10として提供される配列または非ヒト種、例えば、マウス、齧歯類、サル、類人猿などからの等価な残基である。
用語“抗原提示細胞”または“APC”は、表面に主要組織適合抗原(MHC)と複合体化した外来抗原を呈示するアクセサリー細胞(例えば、B細胞、樹状細胞など)のような免疫系細胞をいう。T細胞は、そのT細胞受容体(TCR)を使用してこれらの複合体を認識し得る。APCは抗原を処理し、それらをT細胞に提示する。
ここで使用する用語“細胞内シグナル伝達ドメイン”は、分子の細胞内部分をいう。細胞内シグナル伝達ドメインは、CAR含有細胞、例えば、CART細胞またはCAR発現NK細胞の免疫エフェクター機能を促進するシグナルを産生できる。例えば、CART細胞またはCAR発現NK細胞における免疫エフェクター機能の例は、サイトカイン分泌を含む、細胞溶解活性およびヘルパー活性を含む。ある態様において、細胞内シグナルドメインは、エフェクター機能シグナルを伝達し、細胞に特殊化された機能の実施を指示する。細胞内シグナル伝達ドメイン全体を用いることができるが、多くの場合、鎖全体を使用する必要はない。細胞内シグナル伝達の切断された一部を使用する範囲内で、このような切断された一部を、それがエフェクター機能シグナルを伝達する限り、完全鎖の代わりに使用してよい。用語細胞内シグナル伝達ドメインは、それゆえに、エフェクター機能シグナルの伝達に十分な細胞内シグナル伝達ドメインのあらゆる切断された一部を含むことを意図する。
ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは初代細胞内シグナル伝達ドメインを含み得る。初代細胞内シグナル伝達ドメインの例は、一次刺激または抗原依存的刺激を担う分子に由来するものを含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激性細胞内ドメインを含み得る。共刺激性細胞内シグナル伝達ドメインの例は、共刺激性シグナルまたは抗原非依存的刺激を担う分子に由来するものを含む。例えば、CAR発現免疫エフェクター細胞、例えば、CART細胞またはCAR発現NK細胞の場合、初代細胞内シグナル伝達ドメインはT細胞受容体の細胞質配列を含むことができ、共刺激性細胞内シグナル伝達ドメインは共受容体または共刺激性分子の細胞質配列を含むことができる。
初代細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフまたはITAMとして知られるシグナル伝達モチーフを含み得る。ITAM含有初代細胞質シグナル伝達配列の例は、CD3ゼータ、FcRガンマ、FcRベータ、CD3ガンマ、CD3デルタ、CD3イプシロン、CD5、CD22、CD79a、CD79b、CD278(“ICOS”)、FcεRI、CD66d、DAP10およびDAP12由来のものを含むが、これらに限定されない。
用語“ゼータ”または代替的にゼータ鎖”、“CD3ゼータ”または“TCRゼータ”は、GenBank受託番号BAG36664.1として提供されるタンパク質または非ヒト種、例えば、マウス、齧歯類、サル、類人猿などからの等価な塩基として定義され、“ゼータ刺激性ドメイン”または代替的に“CD3ゼータ刺激性ドメイン”または“TCRゼータ刺激性ドメイン”は、T細胞活性化に必要な初期シグナルを機能的に伝達するのに十分であるゼータ鎖の細胞質ドメイン由来のアミノ酸残基として定義する。ある面において、ゼータの細胞質ドメインは、GenBank受託番号BAG36664.1の残基52~164または、その機能的オルソログである非ヒト種、例えば、マウス、齧歯類、サル、類人猿などからの等価な残基を含む。ある面において、“ゼータ刺激性ドメイン”または“CD3ゼータ刺激性ドメインは、配列番号9。ある面において、“ゼータ刺激性ドメイン”または“CD3ゼータ刺激性ドメインは配列番号10として提供される配列である。
用語“共刺激性分子”は、共刺激性リガンドと特異的に結合するT細胞上の同族結合パートナーをいい、それにより、増殖のような、しかし、それに限定されないT細胞による共刺激性応答が仲介される。共刺激性分子は、効率的免疫応答に必要な抗原受容体またはそのリガンド以外の細胞表面分子である。共刺激性分子は、MHCクラスI分子、TNF受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ性活性化分子(SLAMタンパク質)、活性化NK細胞受容体、BTLA、Tollリガンド受容体、OX40、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、4-1BB(CD137)、B7-H3、CDS、ICAM-1、ICOS(CD278)、GITR、BAFFR、LIGHT、HVEM(LIGHTR)、KIRDS2、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD19、CD4、CD8アルファ、CD8ベータ、IL2Rベータ、IL2Rガンマ、IL7Rアルファ、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19aおよびCD83と特異的に結合するリガンドを含むが、これらに限定されない。
共刺激性細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激性分子の細胞内部分をいう。細胞内シグナル伝達ドメインは、それが由来する分子の細胞内部分全体または天然細胞内シグナル伝達ドメイン全体またはその機能的フラグメントを含み得る。
用語“4-1BB”は、GenBank受託番号AAA62478.2として提供されるアミノ酸配列または非ヒト種、例えば、マウス、齧歯類、サル、類人猿などからの等価な残基を有するTNFRスーパーファミリーのメンバーをいう;そして“4-1BB共刺激ドメイン”は、GenBank受託番号AAA62478.2のアミノ酸残基214~255または非ヒト種、例えば、マウス、齧歯類、サル、類人猿などからの等価な残基として定義される。ある面において、“4-1BB共刺激ドメインは、配列番号7として提供される配列または非ヒト種、例えば、マウス、齧歯類、サル、類人猿などからの等価な残基である。
ここで使用する用語“免疫エフェクター細胞”は、免疫応答、例えば、免疫エフェクター応答の増強に関与する細胞をいう。免疫エフェクター細胞の例は、T細胞、例えば、アルファ/ベータT細胞およびガンマ/デルタT細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、肥満細胞および骨髄由来貪食細胞を含む。
ここで使用する用語“免疫エフェクター機能または免疫エフェクター応答”は、標的細胞の免疫攻撃を増強または促進する、例えば、免疫エフェクター細胞の、機能または応答をいう。例えば、免疫エフェクター機能または応答は、標的細胞の死滅を促進するまたは成長もしくは増殖を阻害するT細胞またはNK細胞の特性をいう。T細胞の場合、一次刺激および共刺激は免疫エフェクター機能または応答の例である。
用語“エフェクター機能”は、細胞の特殊化された機能をいう。T細胞のエフェクター機能は、例えば、細胞溶解活性またはサイトカインの分泌を含むヘルパー活性であり得る。
用語“コードする”は、ヌクレオチドの規定された配列(例えば、rRNA、tRNAおよびmRNA)またはアミノ酸の規定された配列のいずれかを有する生物学的過程において他のポリマーおよび巨大分子の合成の鋳型として役立つ、遺伝子、cDNAまたはmRNAのようなポリヌクレオチドにおけるヌクレオチドの特定の配列の固有の特性およびそれ由来の生物学的特性をいう。それゆえに、遺伝子、cDNAまたはRNAは、その遺伝子に対応するmRNAの転写および翻訳が、細胞または他の生物系においてタンパク質を産生するならば、タンパク質をコードする。遺伝子またはcDNAの転写の鋳型として使用される、ヌクレオチド配列がmRNA配列と同一であり、通常配列表に提供されるコード鎖および非コード鎖の両者を、タンパク質または該遺伝子またはcDNAの他の産物をコードするとしていうことができる。
特に断らない限り、“アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列”は、互いの縮重バージョンであり、同じアミノ酸配列をコードする全ヌクレオチド配列を含む。用語タンパク質またはRNAをコードするヌクレオチド配列はまた、タンパク質をコードするヌクレオチド配列が、あるバージョンにおいて、イントロンを含み得る限り、イントロンも含み得る。
用語“有効量”または“治療有効量”は、ここでは相互交換可能に使用し、特定の生物学的結果を達成するのに有効な、ここに記載するような化合物、製剤、物質または組成物の量をいう。
用語“内在性”は、生物、細胞、組織または系に由来するまたはそれらの中で産生されるあらゆる物質をいう。
用語“外来性”は、生物、細胞、組織または系の外から導入されたまたはそれらの外で産生されるあらゆる物質をいう。
用語“発現”は、プロモーターにより駆動される特定のヌクレオチド配列の転写および/または翻訳をいう。
用語“転移ベクター”は、単離核酸を含み、単離核酸の細胞内部への送達に使用できる組成物をいう。多数のベクターが当分野で知られ、直鎖状ポリヌクレオチド、イオン性または両親媒性化合物と結合したポリヌクレオチド、プラスミドおよびウイルスを含むが、これらに限定されない。それゆえに、用語“転移ベクター”は、自律的に複製するプラスミドまたはウイルスを含む。本用語はまた、例えば、ポリリシン化合物、リポソームなどのような、核酸の細胞への転移を促進する非プラスミドおよび非ウイルス化合物をさらに含むとも解釈すべきである。ウイルス転移ベクターの例は、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクターなどを含むが、これらに限定されない。
用語“発現ベクター”は、発現するヌクレオチド配列に操作可能に連結した発現制御配列を含む組み換えポリヌクレオチドを含む、ベクターをいう。発現ベクターは、発現のための十分なシス作用領域を含み、発現のための他の要素は宿主により細胞またはインビトロ発現系において供給され得る。発現ベクターは、組み換えポリヌクレオチドを取り込むコスミド、プラスミド(例えば、裸のまたはリポソームに含まれた)およびウイルス(例えば、レンチウイルス、レトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス)を含む、当分野で知られる全てのこのようなものを含む。
ここで使用する用語“ベクター”は、核酸分子送達および/または発現のために使用できるあらゆる媒体をいう。ここに記載のような転移ベクターでも発現ベクターでもよい。
用語“レンチウイルス”は、レトロウイルス科ファミリーの属をいう。レンチウイルスは、非分裂細胞に感染できるという点で、レトロウイルスの中でも独特である;それらは、相当量の遺伝情報を宿主細胞のDNAに送達でき、それゆえに、それらは遺伝子送達ベクターの最も効率的な方法の一つである。HIV、SIVおよびFIVは、全てレンチウイルスの例である。
用語“レンチウイルスベクター”は、少なくとも一部レンチウイルスゲノムに由来するベクターをいい、特に、Milone et al., Mol. Ther. 17(8): 1453-1464(2009)において提供されるような自己不活性化レンチウイルスベクターを含む。臨床で使用し得るレンチウイルスベクターの他の例は、Oxford BioMedicaからのLENTIVECTOR(登録商標)遺伝子送達テクノロジー、LentigenからのLENTIMAXTMを含むが、これらに限定されない。非臨床タイプのレンチウイルスベクターも利用可能であり、当業者に知られる。
用語“相同”または“同一性”は、2ポリマー分子間、例えば、2核酸分子間、例えば、2DNA分子または2RNA分子間または2ポリペプチド分子間のブユニット配列同一性をいう。2分子の両者におけるサブユニットが同じモノマーサブユニットで占拠されているとき;例えば、2DNAの各々におけるある位置がアデニンで占拠されているならば、それらは、その位置で相同または同一である。2配列間の相同性は、マッチしたまたは相同な位置の数の直接関数である;例えば、2配列の位置の半分(例えば、10サブユニット長ポリマー中5位置)が相同であるならば、2配列は50%相同である;位置の90%(例えば、10中9)がマッチするまたは相同であるならば、2配列は90%相同である。
非ヒト(例えば、マウス)抗体の“ヒト化”形態は、非ヒト免疫グロブリン由来の最少配列を含む、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそのフラグメント(例えばFv、Fab、Fab’、F(ab’)または抗体の他の抗原結合部分配列)である。大部分について、ヒト化抗体および抗体そのフラグメントは、レシピエントの相補性決定領域(CDR)からの残基が、所望の特異性、親和性および能力を有するマウス、ラットまたはウサギのような非ヒト種(ドナー抗体)のCDRからの残基で置き換えられているヒト免疫グロブリン(レシピエント抗体または抗体フラグメント)である。ある例において、ヒト免疫グロブリンのFvフレームワーク領域(FR)残基は、対応する非ヒト残基により置き換えられる。さらに、ヒト化抗体/抗体フラグメントは、レシピエント抗体にも移入されたCDRまたはフレームワーク配列にも見られない残基を含み得る。これらの修飾は、抗体または抗体フラグメント性能をさらに精錬および最適化できる。一般に、ヒト化抗体または抗体そのフラグメントは、CDR領域の全てまたは実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンものに対応し、FR領域の全てまたは相当部分がヒト免疫グロブリン配列のものである、少なくとも1および一般に2可変ドメインの実質的に全てを含む。ヒト化抗体または抗体フラグメントは、一般にヒト免疫グロブリンのものである、免疫グロブリン定常領域(Fc)の少なくとも一部も含み得る。さらなる詳細に関して、Jones et al., Nature, 321: 522-525, 1986; Reichmann et al., Nature, 332: 323-329, 1988; Presta, Curr. Op. Struct. Biol., 2: 593-596, 1992を参照のこと。
“完全ヒト”は、分子全体がヒト起源または抗体もしくは免疫グロブリンのヒト形態と同一のアミノ酸配列からなる、抗体または抗体フラグメントのような免疫グロブリンをいう。
用語“単離”は、自然な状態から変えられたまたは除かれたことを意味する。例えば、生存動物に天然に存在する核酸またはペプチドは“単離”されていないが、その自然な状態の併存物質から部分的にまたは完全に離された同じ核酸またはペプチドは、“単離”されている。単離核酸またはタンパク質は、実質的に精製された形態で存在できまたは、例えば、宿主細胞のような、非天然環境で存在できる。
本発明の文脈において、一般的に生じる核酸塩基について次の略語を使用する。“A”はアデノシンをいい、“C”はシトシンをいい、“G”はグアノシンをいい、“T”はチミジンをいい、そして“U”はウリジンをいう。
用語“操作可能に連結”または“転写制御”は、制御配列と異種核酸配列の間の、後者の発現を生じる機能的連結をいう。例えば、第一核酸配列は、第一核酸配列が第二核酸配列と機能的関係におかれたとき、操作可能に連結している。例えば、プロモーターは、プロモーターがコーディング配列の転写または発現に影響するならば、コーディング配列に操作可能に連結する。操作可能に連結したDNA配列は互いに隣接してよく、そして、例えば、2タンパク質コーディング領域を合わせる必要があるとき、同じリーディングフレーム内にある。
免疫原性組成物の“非経腸”投与なる用語は、例えば、皮下(s.c.)、静脈内(i.v.)、筋肉内(i.m.)または胸骨内、腫瘍内注射または点滴技術を含む。
用語“核酸”、“ポリヌクレオチド”または“核酸分子”は、単鎖または二本鎖形態のデオキシリボ核酸(DNA)またはリボ核酸(RNA)またはDNAまたはそのRNAおよびそのポリマーの組み合わせをいう。用語“核酸”は、遺伝子、cDNAまたはmRNAを含む。ある態様において、核酸分子は合成(例えば、化学合成)または組み換えである。特に限定しない限り、本用語は、対照核酸と類似の結合性質を有し、天然に存在するヌクレオチドと類似の方法で代謝される天然ヌクレオチドのアナログまたは誘導体を含む核酸を含む。特に断らない限り、特定の核酸配列はまた、黙示的に保存的に修飾されたそのバリアント(例えば、縮重コドン置換)、アレル、オルソログ、SNPおよび相補的配列ならびに明示的に示される配列も包含する。具体的に、縮重コドン置換は、1以上の選択した(または全)コドンの3位が混合塩基および/またはデオキシイノシン残基で置換されている配列を賛成することにより達成し得る(Batzer et al., Nucleic Acid Res. 19:5081 (1991); Ohtsuka et al., J. Biol. Chem. 260:2605-2608 (1985); およびRossolini et al., Mol. Cell. Probes 8:91-98 (1994))。
用語“ペプチド”、“ポリペプチド”および“タンパク質”は相互交換可能に使用し、ペプチド結合により共有結合したアミノ酸残基からなる化合物をいう。タンパク質またはペプチドは少なくとも2アミノ酸を含まなければならず、タンパク質またはペプチドの配列を構成し得るアミノ酸数の上限の設定はない。ポリペプチドは、互いにペプチド結合により連結した2以上のアミノ酸を含むあらゆるペプチドまたはタンパク質を含む。ここで使用する本用語は、例えば、ペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとしても一般に呼ばれる短鎖および一般にタンパク質として当分野で呼ばれ、多くのタイプが存在する長鎖の両者をいう。“ポリペプチド”は、とりわけ、例えば、生物学的に活性なフラグメント、実質的に相同ポリペプチド、オリゴペプチド、ホモ二量体、ヘテロ二量体、ポリペプチドのバリアント、修飾ポリペプチド、誘導体、アナログ、融合タンパク質を含む。ポリペプチドは天然ペプチド、組み換えペプチドまたはこれらの組み合わせを含む。
用語“プロモーター”は、ポリヌクレオチド配列の特定の転写の開始に必要な、細胞の合成装置または導入された合成装置により認識されるDNA配列をいう。
用語“プロモーター/制御配列”は、該プロモーター/制御配列に操作可能に連結した遺伝子産物の発現に必要な核酸配列をいう。ある例において、この配列はコアプロモーター配列であってよく、他の例において、この配列はまた遺伝子産物の発現に必要なエンハンサー配列および他の制御要素も含んでよい。プロモーター/制御配列は、例えば、組織特異的方法で遺伝子産物を発現するものであり得る。
用語“構成的”プロモーターは、遺伝子産物をコードまたは特定するポリヌクレオチドと操作可能に連結したとき、細胞のほとんどのまたは全ての生理学的条件下で、当該細胞内で遺伝子産物の産生を誘発するヌクレオチド配列をいう。
用語“誘導性”プロモーターは、遺伝子産物をコードするまたは特定するポリヌクレオチドと操作可能に連結したとき、遺伝子産物を、実質的に細胞にプロモーターに対応するインデューサーが存在するときのみ細胞において産生させる、ヌクレオチド配列をいう。
用語“組織特異的”プロモーターは、遺伝子によりコードされるまたは特定化されるポリヌクレオチドと操作可能に連結したとき、実質的に、細胞がプロモーターに対応する組織タイプの細胞であるときにのみ、細胞において遺伝子産物を産生させる、ヌクレオチド配列をいう。
用語“癌関連抗原”または“腫瘍抗原”は、交換可能に、正常細胞と比較して、癌細胞の表面上に、全体的であれフラグメンとしてであれ(例えば、MHC/ペプチド)、優勢に発現される分子(一般にタンパク質、炭水化物または脂質)をいい、これは、薬物の癌細胞への優先的ターゲティングに有用である。ある態様において、腫瘍抗原は、正常細胞および癌細胞両者から発現されるマーカー、例えば、細胞系譜マーカー、例えば、B細胞のCD19またはCD123である。ある態様において、腫瘍抗原は、正常細胞と比較して癌細胞で過発現されている、例えば、正常細胞と比較して1倍過発現、2倍過発現、3倍過発現またはそれ以上過発現されている、細胞表面分子である。ある態様において、腫瘍抗原は、正常細胞で発現される分子と比較して、癌細胞で不適切に合成される細胞表面分子、例えば、欠失、付加または変異を含む分子である。ある態様において、腫瘍抗原は、癌細胞の表面上に、全体的であれフラグメンとしてであれ(例えば、MHC/ペプチド)、排他的に発現され、正常細胞の表面には合成または発現されない。ある態様において、本発明のCARは、MHC提示ペプチドに結合する抗原結合ドメイン(例えば、抗体または抗体フラグメント)を含むCARを含む。通常、内在性タンパク質由来のペプチドは主要組織適合遺伝子複合体(MHC)クラスI分子のポケットを満たし、CD8 Tリンパ球のT細胞受容体(TCR)により認識される。MHCクラスI複合体は、全有核細胞により構成的に発現される。癌において、ウイルス特異的および/または腫瘍特異的ペプチド/MHC複合体は、免疫療法のための細胞表面標的の独特なクラスを表す。ヒト白血球抗原(HLA)-A1またはHLA-A2の状況におけるウイルスまたは腫瘍抗原由来のペプチドを標的とするTCR様抗体は記載されている(例えば、Sastry et al., J Virol. 2011 85(5):1935-1942; Sergeeva et al., Blood, 2011 117(16):4262-4272; Verma et al., J Immunol 2010 184(4):2156-2165; Willemsen et al., Gene Ther 2001 8(21) :1601-1608 ; Dao et al., Sci Transl Med 2013 5(176) :176ra33 ; Tassev et al., Cancer Gene Ther 2012 19(2):84-100参照)。例えば、TCR様抗体は、ヒトscFvファージ提示ライブラリーのようなライブラリーのスクリーニングにより特定できる。
scFvの文脈においてここで使用する用語“可動性ポリペプチドリンカー”または“リンカー”は、可変重鎖領域と可変軽鎖領域を一緒に連結するために、単独でまたは組み合わせで使用されるグリシンおよび/またはセリン残基のようなアミノ酸からなるペプチドリンカーをいう。ある態様において、可動性ポリペプチドリンカーはGly/Serリンカーであり、アミノ酸配列(Gly-Gly-Gly-Ser)(配列番号38)(ここで、nは1以上の正の整数である)を含む。例えば、n=1、n=2、n=3。n=4、n=5およびn=6、n=7、n=8、n=9およびn=10。ある態様において、可動性ポリペプチドリンカーは、(GlySer)(配列番号27)または(GlySer)(配列番号28)を含むが、これらに限定されない。他の態様において、リンカーは、(GlySer)、(GlySer)または(GlySer)(配列番号29)の複数反復を含む。WO2012/138475号(引用により本明細書に包含させる)に記載のリンカーも本発明の範囲内に含まれる。
ここで使用する5’キャップ(別名RNAキャップ、RNA 7-メチルグアノシンキャップまたはRNA mGキャップ)は、転写開始直後に真核メッセンジャーRNAの“前面”または5’末端に付加されている修飾グアニンヌクレオチドである。5’キャップは、第一転写ヌクレオチドに連結した末端基からなる。その存在は、リボゾームによる認識およびRNaseからの保護に重要である。キャップ付加は転写と結びつき、互いに影響し合うように共転写的に生じる。転写開始直後、合成中のmRNAの5’末端は、RNAポリメラーゼと結合したキャップ合成複合体により結合される。この酵素複合体は、mRNAキャッピングに必要な化学反応を触媒する。合成は、多工程生化学反応として進行する。キャッピング部分は、安定性または翻訳効率のようなmRNAの機能性を調節するために修飾できる。
ここで使用する“インビトロ転写RNA”は、インビトロで合成されている、RNA、好ましくはmRNAをいう。一般に、インビトロ転写RNAは、インビトロ転写ベクターから産生される。インビトロ転写ベクターは、インビトロ転写RNAを産生するために使用する鋳型を含む。
ここで使用する“ポリ(A)”は、ポリアデニル化によりmRNAに結合した一連のアデノシンである。一過性発現のための構築物の好ましい態様において、ポリAは50~5000(配列番号30)、好ましくは64を超え、より好ましくは100を超え、最も好ましくは300または400を超える。ポリ(A)配列は、局在化、安定性または翻訳効率のようなmRNA機能性を調節するために、化学的にまたは酵素的に修飾できる。
ここで使用する“ポリアデニル化”は、メッセンジャーRNA分子への、ポリアデニリル部分またはその修飾バリアントの供給結合をいう。真核生物において、ほとんどのメッセンジャーRNA(mRNA)分子は、3’末端でポリアデニル化されている。3’ポリ(A)テイルは、酵素、ポリアデニル酸ポリメラーゼの作用によりプレmRNAに添加されたアデニンヌクレオチドの長い配列(しばしば数百)である。高等真核生物において、ポリ(A)テイルは、特異的配列、ポリアデニル化シグナルを含む転写物に添加される。ポリ(A)テイルおよびそれに結合したタンパク質は、mRNAをエキソヌクレアーゼによる分解から守るのに役立つ。ポリアデニル化は、転写終結、mRNAの核からの排出および翻訳にも重要である。ポリアデニル化は、核でDNAのRNAへの転写直後だけでなく、さらに、細胞質で後に起こり得る。転写が終結された後、mRNA鎖は、RNAポリメラーゼと結合したエンドヌクレアーゼ複合体の作用により開裂される。開裂部位は、通常、開裂部位近くの塩基配列AAUAAAの存在により特徴付けられる。MRNAが開裂された後、アデノシン残基は、開裂部位の遊離3’末端に付加される。
ここで使用する“一過性”は、数時間、数日または数週間の期間の非統合導入遺伝子の発現をいい、ここで、発現の期間は、宿主細胞におけるゲノムに統合されたときまたは安定プラスミドレプリコン内に含まれるときの遺伝子の発現期間より短い。
ここで使用する用語“処置”および“処置する”は、1以上の治療剤(例えば、本発明のCARのような1以上の治療剤)の投与に起因する、増殖性障害の進行、重症度および/または期間の減少または改善または増殖性障害の1以上の症状(好ましくは、1以上の認識できる症状)の改善をいう。特定の態様において、用語“処置”および“処置する”は、患者により必ずしも認識できるものではない、腫瘍増殖のような増殖性障害の少なくとも一つの測定可能な身体的パラメータの改善をいう。他の態様において、用語“処置”および“処置する”は、身体的な、例えば、認識できる症状の安定化、生理学的な、例えば、身体的パラメータの安定化のいずれかまたは両者の、増殖性障害の進行阻害をいう。他の態様において、用語“処置”および“処置する”は、腫瘍サイズまたは癌性細胞数の減少または安定化をいう。
用語“シグナル伝達経路”は、細胞のある部分から細胞の他の部分へのシグナルの伝達に役割を有する多様なシグナル伝達分子間の生化学的関係をいう。用語“細胞表面受容体”は、シグナルを受け、細胞膜を通ってシグナルを伝達できる分子および分子複合体を含む。
用語“対象”は、免疫応答が惹起できる生存生物(例えば、哺乳動物、ヒト)を含むことを意図する。
用語“実質的に精製された”細胞は、他の細胞型を本質的に含まない細胞をいう。実質的に精製された細胞はまた、天然に存在する状態では通常関係している他の細胞型から離されている細胞もいう。ある例において、実質的に精製された細胞の集団は、細胞の均一集団をいう。他の例において、この用語は、単に、その天然の状態で本来関係している細胞から離されている細胞をいう。ある面において、細胞は、インビトロで培養される。他の面において、細胞は、インビトロで培養されない。
ここで使用する用語“治療”は、処置を意味する。治療効果は、疾患状態の軽減、抑制、寛解または消失により得られる。
ここで使用する用語“予防”は、疾患または疾患状態に対する予防または防御的処置を意味する。
本発明の文脈において、“腫瘍抗原”または“過増殖性障害抗原”または“過増殖性障害と関係する抗原”は、特定の過増殖性障害に共通する抗原をいう。ある面において、本発明の過増殖性障害抗原は、原発性または転移黒色腫、胸腺腫、リンパ腫、肉腫、肺癌、肝癌、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、白血病、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、腎癌および乳癌、前立腺癌、卵巣癌、膵臓癌などのような腺癌を含むが、これらに限定されない癌由来である。
用語“遺伝子導入”または“形質転換”または“形質導入”は、外来性核酸が宿主細胞に伝達または導入される過程をいう。“遺伝子導入”または“形質転換”または“形質導入”細胞は、外来性核酸が遺伝子導入、形質転換または形質導入されているものである。細胞は、初代対象細胞およびその子孫を含む。
用語“特異的に結合”は、サンプルに存在する同族結合パートナー(例えば、T細胞に存在する刺激性および/または共刺激性分子)タンパク質を認識し、結合する抗体またはリガンドをいうが、その抗体またはリガンドはサンプルにおける他の分子を実質的に認識または結合しない。
ここで使用する用語“制御可能キメラ抗原受容体(RCAR)”は、一連のポリペプチド、一般に最も単純な態様で2ポリペプチドをいい、免疫エフェクター細胞にあるとき、細胞に標的細胞、一般に癌細胞に対する特異性および制御可能な細胞内シグナル産生を与える。ある態様において、RCARは、CAR分子の文脈において定義したような、少なくとも細胞外抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび刺激性分子由来の機能的シグナル伝達ドメインおよび/または共刺激性分子を含む細胞質シグナル伝達ドメイン(ここでは“細胞内シグナル伝達ドメイン”とも呼ぶ)を含む。ある態様において、RCARにおける一連のポリペプチドは互いに隣接しておらず、例えば、異なるポリペプチド鎖にある。ある態様において、RCARは、二量体化分子の存在下、ポリペプチドを互いに結合できる、例えば、抗原結合ドメインを細胞内シグナル伝達ドメインに結合できる、二量体化スイッチを含む。ある態様において、RCARは、ここに記載するような細胞(例えば、免疫エフェクター細胞)、例えば、RCAR発現細胞(ここでは“RCARX細胞”とも呼ぶ)で発現される。ある態様において、RCARX細胞はT細胞であり、RCART細胞と称する。ある態様において、RCARX細胞はNK細胞であり、RCARN細胞と称する。RCARは、RCAR発現細胞に、標的細胞、一般に癌細胞に対する特異性および、RCAR発現細胞の免疫エフェクター特性を最適化できる制御可能細胞内シグナル産生または増殖を提供する。ある態様において、RCAR細胞は、少なくとも一部、抗原結合ドメインにより結合される抗原を含む標的細胞に対する特性を提供するのを抗原結合ドメインに頼る。
ここで使用する用語“膜アンカー”または“膜繋留ドメイン”は、細胞外または細胞内ドメインを原形質膜に繋留するのに十分なポリペプチドまたは部分、例えば、ミリストイル基をいう。
ここで使用する“スイッチドメイン”は、例えば、RCARをいうとき、二量体化分子の存在下、他のスイッチドメインと結合する物、一般にポリペプチドベースの物をいう。結合は、第一スイッチドメインに結合、例えば融合した第一の物と、第二スイッチドメインに結合、例えば融合した第二の物の機能的カップリングをもたらす。第一および第二スイッチドメインは、まとめて二量体化スイッチとして呼ばれる。ある態様において、第一および第二スイッチドメインは互いに同一であり、例えば、同じ一次アミノ酸配列を有するポリペプチドであり、集合的にホモ二量体化スイッチと呼ばれる。ある態様において、第一および第二スイッチドメインは互いに異なり、例えば、異なる一次アミノ酸配列を有するポリペプチドであり、集合的にヘテロ二量体化スイッチと呼ばれる。ある態様において、スイッチは細胞内である。ある態様において、スイッチは細胞外である。ある態様において、スイッチドメインはポリペプチドベースの物、例えば、FKBPまたはFRBベースの物であり、二量体化分子は小分子、例えば、ラパログである。ある態様において、スイッチドメインはポリペプチドベースの物、例えば、mycペプチドに結合するscFvであり、二量体化分子は、1以上のmyc scFvと結合するポリペプチド、そのフラグメントまたはポリペプチドの多量体、例えば、mycリガンドまたはmycリガンドの多量体である。ある態様において、スイッチドメインはポリペプチドベースの物、例えば、myc受容体であり、二量体化分子は抗体またはそのフラグメント、例えば、myc抗体である。
ここで使用する用語“二量体化分子”は、例えば、RCARをいうとき、第一スイッチドメインと第二スイッチドメインの結合を促進する分子をいう。ある態様において、二量体化分子は対象に天然に存在しないかまたは顕著な二量体化をもたらす濃度で生じない。ある態様において、二量体化分子は小分子、例えば、ラパマイシンまたはラパログ、例えば、RAD001である。
用語“生物学的同等”は、対照化合物(例えば、RAD001)の対照用量または対照量により産生される効果と同等な効果を産生するのに必要な対照化合物(例えば、RAD001)以外の薬剤の量をいう。ある態様において、効果は、例えば、インビボまたはインビトロアッセイにおいて評価した、例えば、ここに記載するアッセイ、例えば、Boulayアッセイで測定した、例えば、P70 S6キナーゼ阻害により測定した、mTOR阻害のレベルまたはウェスタンブロットによるリン酸化S6レベルの測定である。ある態様において、効果は、細胞選別により測定して、PD-1陽性/PD-1陰性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞比の改変である。ある態様において、mTOR阻害剤の生物学的同等量または用量は、対照化合物の対照用量または対照量と同じレベルのP70 S6キナーゼ阻害を達成する量または用量である。ある態様において、mTOR阻害剤の生物学的同等量または用量は、対照化合物の対照用量または対照量と同じレベルのPD-1陽性/PD-1陰性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞比を達成する量または用量である。
用語“低い免疫増強用量”はmTOR阻害剤、例えば、アロステリックmTOR阻害剤、例えば、RAD001またはラパマイシンまたは触媒的mTOR阻害剤と組み合わせて使用したとき、例えば、P70 S6キナーゼ活性の阻害により測定して、mTOR活性を一部、しかし完全ではなく、阻害するmTOR阻害剤の用量をいう。例えば、P70 S6キナーゼの阻害により、mTOR活性を評価する方法は、ここに記載する。本用量は、完全な免疫抑制を生じるには不十分であるが、免疫応答の増強に十分である。ある態様において、低い、免疫増強用量のmTOR阻害剤は、PD-1陽性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞数減少および/またはPD-1陰性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞数増加またはPD-1陰性T細胞/PD-1陽性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞比増加をもたらす。
ある態様において、低い、免疫増強用量のmTOR阻害剤は、未処理免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞数増加をもたらす。ある態様において、低い、免疫増強用量のmTOR阻害剤は、次の1以上をもたらす:
1以上の次のマーカーの発現の増加:例えば、記憶T細胞、例えば、記憶T細胞前駆体の、CD62L、CD127、CD27およびBCL2;
例えば、記憶T細胞、例えば、記憶T細胞前駆体の、KLRG1の発現減少;および
次の特徴のいずれか一つまたは組み合わせを有する記憶T細胞前駆体、例えば、細胞の数の増加:増加したCD62L、増加したCD127、増加したCD27、減少したKLRG1および増加したBCL2;
ここで、上記の何れかの変化は、例えば、非処置対象と比較して、例えば、少なくとも一過性に、生じる。
ここで使用する“難治性”は、処置に応答しない疾患、例えば、癌をいう。ある態様において、難治性癌は、処置前または開始時点で処置に耐性であり得る。他の態様において、難治性癌は、処置中に耐性になり得る。難治性癌は、耐性癌とも呼ばれる。
ここで使用する“再発性”または“再発”は、改善または応答した期間の後、例えば、治療、例えば、癌治療の先の処置後の、疾患(例えば、癌)または癌のような疾患の徴候および症状の再開または再出現をいう。応答性の最初の期間は、癌細胞のレベルの、ある閾値未満、例えば、20%、1%、10%、5%、4%、3%、2%または1%未満への低下を含み得る。再出現は、癌細胞のレベルの、ある閾値を越える、例えば20%、1%、10%、5%、4%、3%、2%または1%を超える増加を含み得る。例えば、例えば、B-ALLの状況において、再出現は、例えば、完全応答後の血液、骨髄(>5%)またはあらゆる髄外部位への芽細胞の再出現をいう。完全応答は、この文脈において、<5%BM芽細胞を含む。より一般に、ある態様において、応答(例えば、完全応答または部分応答)は、検出可能なMRD(最小残存疾患)の不在を含み得る。ある態様において、応答性の初期期間は、少なくとも1日、2日、3日、4日、5日または6日;少なくとも1週、2週、3週または4週;少なくとも1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、6ヶ月、8ヶ月、10ヶ月または12ヶ月;または少なくとも1年、2年、3年、4年または5年継続する。
ある態様において、CD19阻害剤、例えば、CD19 CAR治療を含む治療は、再発または処置に難治性であり得る。再発または耐性は、CD19喪失(例えば、抗原喪失変異)またはCD19レベルを低減させる他のD19改変(例えば、CD19陰性クローンのクローン選択による)によるものであり得る。このようなCD19喪失または改変を担持する癌は、ここでは、“CD19陰性癌”または“CD19陰性再発癌”と称する。CD19陰性癌は、CD19が100%喪失している必要はないが、癌再発または難治性となるようなCD19治療の有効性を低減させるのに十分減少していると理解すべきである。ある態様において、CD19陰性癌はCD19 CAR治療によりもたらされる。
範囲:本開示をとおして、本発明の種々の面は、範囲形式で示され得る。範囲形式での記載は単に便宜さおよび簡潔さのためであり、本発明の範囲上の確固たる限定として解釈してはならないと理解されるべきである。よって、範囲の記載は、具体的に記載された全ての可能な下位範囲ならびにその範囲内の個々の数値を有すると考慮すべきである。例えば、1~6のような範囲の記載は、1~3、1~4、1~5、2~4、2~6、3~6などのような具体的に開示された下位範囲、ならびにその範囲内の個々の数値、例えば、1、2、2.7、3、4、5、5.3および6を有すると解釈すべきである。他の例として、95~99%同一性のような範囲は、95%、96%、97%、98%または99%同一性を有する何かを含み、96~99%、96~98%、96~97%、97~99%、97~98%および98~99%同一性のような下位範囲を含む。これは、範囲の広さと無関係に適用される。
記載
ここに提供されるのは、CD123キメラ抗原受容体(CAR)を使用する癌のような疾患の処置または予防のための組成物および使用方法である。
ある面において、本発明は、CD123タンパク質またはそのフラグメントへの特異的結合のために操作した抗体または抗体フラグメントを含む、多数のキメラ抗原受容体(CAR)を提供する。ある面において、本発明は、CARを発現するように操作した細胞(例えば、免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞)を提供し、ここで、CAR発現細胞(例えば、“CART”またはCAR発現NK細胞)は、抗腫瘍性質を示す。ある面において、細胞はCARで形質転換され、CARまたは少なくともその一部は細胞表面に発現される。ある態様において、細胞(例えば、免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞)は、CARをコードするウイルスベクターで形質導入される。ある態様において、ウイルスベクターは、レトロウイルスベクターである。ある態様において、ウイルスベクターはレンチウイルスベクターである。あるこのような態様において、細胞はCARを安定に発現し得る。他の態様において、細胞(例えば、免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞)は、CARをコードする核酸、例えば、mRNA、cDNA、DNAで遺伝子導入される。あるこのような態様において、細胞は、CARを一過性に発現し得る。
ある面において、CARのCD123結合ドメイン、例えば、ヒトまたはヒト化CD123結合ドメインは、scFv抗体フラグメントである。ある面において、このような抗体フラグメントは、同じ重鎖および軽鎖可変領域を有するIgG抗体と等価な結合親和性を保持する例えば、同等な有効性で同じ抗原に結合する点で、機能的である。ある面において、このような抗体フラグメントは、当業者に理解されるように、免疫応答活性化、その標的抗原からのシグナル伝達開始阻害を含むが、これらに限定されない生物学的応答を提供する点で、機能的である。
ある面において、本発明の抗体は、キメラ抗原受容体(CAR)に取り込まれる。ある面において、CARは、配列番号98~101および125~156としてここに提供されるポリペプチド配列を含む。
ある面において、CD123結合ドメイン、例えば、ヒト化またはヒトCD123結合ドメイン、本発明のCARの部分は、配列が哺乳動物細胞における発現のためにコドン最適化されている導入遺伝子によりコードされる。ある面において、本発明のCAR構築物全体は、配列全体が哺乳動物細胞における発現のためにコドン最適化されている導入遺伝子によりコードされる。コドン最適化は、コーディングDNAにおける同義コドン(すなわち、同じアミノ酸をコードするコドン)の出現頻度が、種によって偏っているとの発見をいう。このようなコドン縮退は、同一ポリペプチドが多様なヌクレオチド配列によりコードされることを可能にする。種々のコドン最適化方法が当分野で知られ、例えば、少なくとも米国特許5,786,464号および6,114,148号に開示された方法を含む。
ある面において、CARの抗原結合ドメインは、ヒトCD123抗体または抗体フラグメントを含む。ある面において、CARの抗原結合ドメインはヒト化CD123抗体または抗体フラグメントを含む。ある面において、CARの抗原結合ドメインは、scFvを含むヒトCD123抗体フラグメントを含む。ある面において、CARの抗原結合ドメインは、ヒトCD123 scFvである。ある面において、CARの抗原結合ドメインは、scFvを含むヒト化CD123抗体フラグメントを含む。ある面において、CARの抗原結合ドメインはヒト化CD123 scFvである。
ある面において、CAR123結合ドメインは、配列番号157~160および184~215に提供するscFv部分を含む。ある面において、scFv部分はヒトである。ある面において、ヒトCAR123結合ドメインは、配列番号157~160に提供するscFv部分を含むに提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒトCD123結合ドメインは、配列番号157に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒトCD123結合ドメインは、配列番号158に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒトCD123結合ドメインは、配列番号159に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒトCD123結合ドメインは、配列番号160に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒトCD123結合ドメインは、配列番号478に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒトCD123結合ドメインは、配列番号480に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒトCD123結合ドメインは、配列番号483に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒトCD123結合ドメインは、配列番号485に提供するscFv部分を含む。
ある面において、scFv部分はヒト化されている。ある面において、ヒト化CAR123結合ドメインは、配列番号184~215に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号184に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号185に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号186に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号187に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号188に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号189に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号190に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号191に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号192に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号193に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号194に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号195に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号196に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号197に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号198に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号199に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号200に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号201に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号202に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号203に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号204に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号205に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号206に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号207に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号208に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号209に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号210に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号211に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号212に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号213に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号214に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号215に提供するscFv部分を含む。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号556~587に提供するscFv部分を含む。
さらに、本発明は、CD123 CAR組成物および数ある疾患の中で、癌またはCD123を発現する細胞または組織が関与するあらゆる悪性腫瘍または自己免疫性疾患を処置するための医薬または方法におけるそれらの使用を提供する。
ある面において、本発明のCARをCD123発現正常細胞の根絶に使用でき、それにより細胞移植前の細胞コンディショニング治療としての使用が適用可能である。ある面において、CD123発現正常細胞はCD123発現骨髄前駆細胞であり、細胞移植は幹細胞移植である。
ある面において、本発明は、本発明のキメラ抗原受容体(例えば、CAR発現免疫エフェクター細胞、例えば、CARTまたはCAR発現NK細胞)を発現するように操作された細胞(例えば、免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞)を提供し、ここで、細胞(例えば、“CART”)は、抗腫瘍性質を示す。よって、本発明は、CD123結合ドメインを含み、免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞に操作されたCD123-CARおよび養子治療のためのその使用方法を提供する。
ある面において、CD123-CARは、例えば、ここに記載する、例えば、CD137(4-1BB)シグナル伝達ドメイン、CD28シグナル伝達ドメイン、CD3ゼータシグナルドメインおよび任意のこれらの組み合わせからなる群から選択される、少なくとも1細胞内ドメインを含む。ある面において、CD123-CARは、少なくとも1細胞内シグナル伝達ドメインを含み、CD137(4-1BB)またはCD28以外の1以上の共刺激性分子である。
キメラ抗原受容体(CAR)
本発明は、CARをコードする配列を含む組み換えDNA構築物に関し、ここで、CARは、CD123またはそのフラグメント、例えば、ヒトCD123に特異的に結合する抗原結合ドメイン(例えば、抗体、抗体フラグメント)を含み、ここで、CD123結合ドメイン(例えば、抗体または抗体フラグメント)の配列は、例えば、細胞内シグナル伝達ドメインをコードする核酸配列と連続しており、かつ同じリーディングフレーム内にある。細胞内シグナル伝達ドメインは共刺激性シグナル伝達ドメインおよび/または一次シグナル伝達ドメイン、例えば、ゼータ鎖を含み得る。共刺激性シグナル伝達ドメインは、共刺激性分子の細胞内ドメインの少なくとも一部を含むCARの部分をいう。
具体的な面において、本発明のCAR構築物は、配列番号157~160、184~215、478、480、483、485および556~587からなる群から選択されるscFvドメインを含み、ここで、scFvの前に配列番号1に提供するような任意のリーダー配列があり、後に配列番号2または配列番号3または配列番号4または配列番号5に提供するような任意のヒンジ配列、配列番号6に提供するような膜貫通領域、配列番号7または配列番号8を含む細胞内シグナル伝達ドメインおよび配列番号9または配列番号10を含むCD3ゼータ配列があってよく、例えば、ここで、ドメインは、単一融合タンパク質を形成するために連続し、同じリーディングフレームにある。ある態様において、scFvドメインは、配列番号157~160、478、480、483および485ある。ある態様において、scFvドメインは、配列番号184~215および556~587からなる群から選択されるヒト化scFvドメインである。本発明にまた包含されるのは、配列番号157~160、184~215、478、480、483、485および556~587からなる群から選択されるscFvフラグメントの各々のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。本発明にまた包含されるのは、配列番号157~160、184~215、478、480、483、485および556~587からなる群から選択されるscFvフラグメントの各々のポリペプチドをコードするおよび配列番号1、2および6~9のドメインの各々と本発明のCD123 CARをコードするヌクレオチド配列である。
ある面においてCD123CAR構築物の例は、任意のリーダー配列、細胞外抗原結合ドメイン、ヒンジ、膜貫通ドメインおよび細胞内刺激性ドメインを含む。ある面においてCD123CAR構築物の例は、任意のリーダー配列、細胞外抗原結合ドメイン、ヒンジ、膜貫通ドメイン、細胞内共刺激性ドメインおよび細胞内刺激性ドメインを含む。
ある態様において、完全長CD123 CAR配列も、表2または6に示すように、ここで配列番号98~101および125~156として提供される。
リーダー配列の例は、配列番号1として提供される。ヒンジ/スペーサー配列の例は、配列番号2または配列番号3または配列番号4または配列番号5として提供される。膜貫通ドメイン配列の例は、配列番号6として提供される。4-1BBタンパク質の細胞内シグナル伝達ドメインの配列の例は、配列番号7として提供される。CD27の細胞内シグナル伝達ドメインの配列の例は、配列番号8として提供される。CD3ゼータドメイン配列の例は、配列番号9または配列番号10として提供される。CD28の細胞内シグナル伝達ドメインの配列の例は、配列番号43として提供される。ICOSの細胞内シグナル伝達ドメインの配列の例は、配列番号45として提供される。
ある面において、本発明は、CARをコードする核酸分子を含む組み換え核酸構築物を包含し、ここで、核酸分子は、例えば、細胞内シグナル伝達ドメインをコードする核酸配列と連続しており、かつ同じリーディングフレーム内にある、例えば、ここに記載するような、CD123結合ドメインをコードする核酸配列を含む。ある面において、CD123結合ドメインは、配列番号157~160、184~215、478、480、483、485および556~587の1以上から選択される。ある態様において、CD123結合ドメインは、配列番号157~160、478、480、483および485からなる群から選択されるヒトCD123結合ドメインである。ある態様において、CD123結合ドメインは、配列番号184~215および556~587からなる群から選択されるヒト化CD123結合ドメインである。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号157である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号158である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号159である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号160である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号184である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号185である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号186である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号187である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号188である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号189である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号190である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号191である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号192である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号193である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号194である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号195である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号196である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号197である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号198である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号199である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号200である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号201である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号202である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号203である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号204である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号205である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号206である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号207である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号208である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号209である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号210である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号211である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号212である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号213である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号213である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号215である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号478である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号480である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号483である。ある面において、CD123結合ドメインは配列番号485である。
ある面において、本発明は、CARをコードする核酸分子を含む組み換え核酸構築物を含み、ここで、核酸分子はCD123結合ドメインをコードする核酸配列を含み、例えば、ここで、配列細胞内シグナル伝達ドメインをコードする核酸配列と連続し、かつ同じリーディングフレーム内にある。CARにおいて使用できる細胞内シグナル伝達ドメインの例は、例えば、CD3-ゼータ、CD28、4-1BB、ICOSなどの1以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含むが、これらに限定されない。ある例において、CARはCD3-ゼータ、CD28、4-1BB、ICOSなどの任意の組合せを含み得る。
ある面において、本発明のCAR構築物の核酸配列は、配列番号39~42および66~97の1以上から選択される。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号39を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号40を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号41を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号42を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号66を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号67を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号68を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号69を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号70を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号71を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号72を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号73を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号74を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号75を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号76を含む(例えば、これからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号77を含む(例えば、これからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号78を含む(例えば、これからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号79を含む(例えば、これからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号80を含む(例えば、これからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号81を含む(例えば、これからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号82を含む(例えば、これからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号83を含む(例えば、これからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号84を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号85を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号86を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号87を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号88を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号89を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号90を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号91を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号92を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号93を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号94を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号95を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号96を含む(例えば、これらからなる)。ある面において、CAR構築物の核酸配列は、配列番号97を含む(例えば、これらからなる)。所望の分子をコードする核酸配列は、標準技術を使用して、例えば遺伝子を発現する細胞からのライブラリーのスクリーニングにより、それを含むことが知られるベクターからの遺伝子を誘導化することによりまたはそれを含むことが知られる細胞および組織から直接単離することによるような、組み換え当分野で知られる方法を使用して得ることができる。あるいは、目的の核酸を、クローン化より合成により産生できる。
本発明は、細胞に直接形質導入できるCARを発現するレトロウイルスおよびレンチウイルスベクター構築物を含む。
本発明はまた細胞に直接遺伝子導入できるRNA構築物を含む。トランスフェクションに使用するためのmRNAを産生する方法は、特異的に設計したプライマーの鋳型のインビトロ転写(IVT)、続くポリA付加を含み、3’および5’非翻訳配列(“UTR”)、5’キャップおよび/または配列内リボソーム進入部位(IRES)、発現させる核酸およびポリAテイル、一般に50~2000塩基長を含む構築物を産生する(配列番号35)。このように産生されたRNAは、異なる種の細胞において効率的に翻訳され得る。ある態様において、鋳型は、CARの配列を含む。ある態様において、RNA CARベクターを、電気穿孔法によりT細胞に形質導入する。
抗原結合ドメイン
ある面において、本発明のCARは、別に抗原結合ドメインとも呼ぶ標的特異的結合要素を含む。分子の選択は、標的細胞の表面を規定するリガンドのタイプおよび数による。例えば、抗原結合ドメインは、特定の疾患状態と関係する標的細胞の細胞表面マーカーとして作用するリガンドを認識するよう選択し得る。
ある面において、CAR介在T細胞応答は、所望の抗原と特異的に結合する抗原結合ドメインをCARに操作する目的で、目的の抗原に指向させ得る。
ある面において、CARの抗原結合ドメインを含む部分は、CD123またはそのフラグメントを標的とする抗原結合ドメインを含む。ある面において、抗原結合ドメインは、ヒトCD123またはそのフラグメントを標的とする。
抗原結合ドメインは、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組み換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体および重鎖可変ドメイン(VH)、軽鎖可変ドメイン(VL)およびラクダ科由来ナノボディの可変ドメイン(VHH)のような単一ドメイン抗体を含むが、これらに限定されないその機能的フラグメントならびに組み換えフィブロネクチンドメインなどのような、当分野で抗原結合ドメインとして機能することが知られる代替天然スキャフォールドを含むが、これらに限定されない、抗原に結合するあらゆるドメインであり得る。ある例において、抗原結合ドメインがCARを最終的に使用するのと同じ種由来であることは有利である。例えば、ヒトにおける使用のために、CARの抗原結合ドメインが、抗体または抗体フラグメントの抗原結合ドメインについてヒトまたはヒト化残基を含むことが有利であり得る。
ある例において、抗原結合ドメインがCARを最終的に使用するのと同じ種由来であることは有利である。例えば、ヒトにおける使用のために、CARの抗原結合ドメインが、抗体または抗体フラグメントの抗原結合ドメインについてヒトまたはヒト化残基を含むことが有利であり得る。それゆえに、ある面において、抗原結合ドメインは、ヒト抗体または抗体フラグメントを含む。ある態様において、ヒトCD123結合ドメインは、ここに記載するヒトCD123結合ドメインの軽鎖相補性決定領域1(LC CDR1)、軽鎖相補性決定領域2(LC CDR2)および軽鎖相補性決定領域3(LC CDR3)の1以上(例えば、全3)および/またはここに記載するヒトCD123結合ドメインの重鎖相補性決定領域1(HC CDR1)、重鎖相補性決定領域2(HC CDR2)および重鎖相補性決定領域3(HC CDR3)の1以上(例えば、全3)、例えば、LC CDRの1以上、例えば、全3およびHC CDRの1以上、例えば、全3を含むヒトCD123結合ドメインを含む。ある態様において、ヒトCD123結合ドメインは、ここに記載するヒトCD123結合ドメインの重鎖相補性決定領域1(HC CDR1)、重鎖相補性決定領域2(HC CDR2)および重鎖相補性決定領域3(HC CDR3)の1以上(例えば、全3)を含み、例えば、ヒトCD123結合ドメインは2個の可変重鎖領域を含み、各々、ここに記載するHC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3を含む。ある態様において、ヒトCD123結合ドメインは、ここに(例えば、表2または9に)記載するヒト軽鎖可変領域および/またはここに(例えば、表2または9に)記載するヒト重鎖可変領域を含む。ある態様において、ヒトCD123結合ドメインは、ここに(例えば、表2または9に)記載するヒト重鎖可変領域、例えば、少なくとも2のここに(例えば、表2または9に)記載するヒト重鎖可変領域を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、表2または9のアミノ酸配列の軽鎖および重鎖を含むscFvを含む。ある態様において、CD123結合ドメイン(例えば、scFv)は、表2または9に提供する軽鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換)を有するが、修飾(例えば、置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または表2のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む軽鎖可変領域;および/または表2または9に提供する重鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換)を有するが、修飾(例えば、置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または表2または9のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む重鎖可変領域を含む。ある態様において、ヒトCD123結合ドメインは、配列番号157~160、478、480、483および485からなる群から選択される配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、ヒトCD123結合ドメインはscFvであり、ここに、例えば、表2または9に記載したアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域が、ここに、例えば、表2に記載したアミノ酸配列を含む重鎖可変領域に、リンカー、例えば、ここに記載するリンカーにより連結している。ある態様において、ヒトCD123結合ドメインは、(Gly-Ser)リンカー(ここで、nは1、2、3、4、5または6、好ましくは3または4である)(配列番号26)を含む。scFvの軽鎖可変領域および重鎖可変領域は、例えば、下記方向のいずれであってもよい:軽鎖可変領域-リンカー-重鎖可変領域または重鎖可変領域-リンカー-軽鎖可変領域。
ある面において、非ヒト抗体は抗体の特定の配列または領域がヒトにおいて天然に産生される抗体またはそのフラグメントに対する類似性を高めるために修飾されるものである、ヒト化される。それゆえに、ある面において、抗原結合ドメインは、ヒト化抗体または抗体フラグメントを含む。ある態様において、ヒト化CD123結合ドメインは、ここに記載するヒト化CD123結合ドメインの軽鎖相補性決定領域1(LC CDR1)、軽鎖相補性決定領域2(LC CDR2)および軽鎖相補性決定領域3(LC CDR3)の1以上(例えば、全3)および/またはここに記載するヒト化CD123結合ドメインの重鎖相補性決定領域1(HC CDR1)、重鎖相補性決定領域2(HC CDR2)および重鎖相補性決定領域3(HC CDR3)の1以上(例えば、全3)、例えば、LC CDRの1以上、例えば、全3およびHC CDRの1以上、例えば、全3を含むヒト化CD123結合ドメインを含む。ある態様において、ヒト化CD123結合ドメインcomprises ここに記載するヒト化CD123結合ドメインの重鎖相補性決定領域1(HC CDR1)、重鎖相補性決定領域2(HC CDR2)および重鎖相補性決定領域3(HC CDR3)の1以上(例えば、全3)、例えば、ヒト化CD123結合ドメインは2可変重鎖領域を有し、各々、ここに記載するHC CDR1、HC CDR2およびHC CDR3を含む。ある態様において、ヒト化CD123結合ドメインは、ここに(例えば、表6に)記載するヒト化軽鎖可変領域および/またはここに(例えば、表6に)記載するヒト化重鎖可変領域を含む。ある態様において、ヒト化CD123結合ドメインは、ここに(例えば、表6に)記載するヒト化重鎖可変領域、例えば、少なくとも2のここに(例えば、表6に)記載するヒト化重鎖可変領域を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、表6のアミノ酸配列の軽鎖および重鎖を含むscFvである。ある態様において、CD123結合ドメイン(例えば、scFv)は、表4に提供する軽鎖可変領域に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換)を有するが、修飾(例えば、置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または表6のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む軽鎖可変領域;および/または表6提供する重鎖可変領域に少なくとも1、2または3修飾(例えば、置換)を有するが、修飾(例えば、置換)が30、20または10を超えないアミノ酸配列または表6のアミノ酸配列と95~99%同一性を有する配列を含む重鎖可変領域を含む。ある態様において、ヒト化CD123結合ドメインは、配列番号184~215および302~333からなる群から選択される配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、ヒト化CD123結合ドメインはscFvであり、aここに、例えば、表6に、記載するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域が、ここに、例えば、表6に、記載するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域に、リンカー、例えば、ここに記載するリンカーにより結合している。ある態様において、ヒト化CD123結合ドメインは、(Gly-Ser)リンカー(ここで、nは1、2、3、4、5または6、好ましくは3または4である)(配列番号26)を含む。scFvの軽鎖可変領域および重鎖可変領域は、例えば、下記方向のいずれであってもよい:軽鎖可変領域-リンカー-重鎖可変領域または重鎖可変領域-リンカー-軽鎖可変領域。
ヒト化抗体は、CDR移植(例えば、各々をその全体を引用により本明細書に包含させる、欧州特許EP239,400号;国際公開WO91/09967号;および米国特許5,225,539号、5,530,101号および5,585,089号参照)、ベニアリングまたはリサーフェシング(例えば、各々をその全体を引用により本明細書に包含させる欧州特許EP592,106号およびEP519,596号;Padlan, 1991, Molecular Immunology, 28(4/5):489-498; Studnicka et al., 1994, Protein Engineering, 7(6):805-814; およびRoguska et al., 1994, PNAS, 91:969-973参照)、鎖シャッフリング(例えば、その全体を引用により本明細書に包含させる米国特許5,565,332号参照)および、例えば、各々引用によりその全体を本明細書に包含させる米国特許出願公開US2005/0042664号、米国特許出願公開US2005/0048617、米国特許6,407,213号、米国特許5,766,886号、国際公開WO9317105号、Tan et al., J. Immunol., 169:1119-25 (2002), Caldas et al., Protein Eng., 13(5):353-60 (2000), Morea et al., Methods, 20(3):267-79 (2000), Baca et al., J. Biol. Chem., 272(16):10678-84 (1997), Roguska et al., Protein Eng., 9(10):895-904 (1996), Couto et al., Cancer Res., 55 (23 Supp):5973s-5977s (1995), Couto et al., Cancer Res., 55(8):1717-22 (1995), Sandhu J S, Gene, 150(2):409-10 (1994)およびPedersen et al., J. Mol. Biol., 235(3):959-73 (1994)に記載の技術を含むが、これらに限定されない、当分野で知られる多様な方法を使用して産生できる。しばしば、フレームワーク領域におけるフレームワーク残基を、抗原結合を変える、例えば改善するために、CDRドナー抗体からの対応する残基で置換する。これらのフレームワーク置換は、当分野で周知の方法、例えば、抗原結合に重要なフレームワーク残基を同定するためのCDRとフレームワーク残基の相互作用のモデリングおよび特定の位置の異常フレームワーク残基を同定するための配列比較により、同定される(例えば、引用により本明細書に包含させるQueen et al.、米国特許5,585,089号;およびRiechmann et al., 1988, Nature, 332:323参照)。
ヒト化抗体または抗体フラグメントは、非ヒトである源から残留している1以上のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基は、しばしば、一般に“インポート”可変ドメインからとられる、“インポート”残基という。ここに提供されるように、ヒト化抗体または抗体フラグメントは、フレームワークが完全にまたは大部分ヒト生殖細胞系に由来する、非ヒト免疫グロブリン分子およびフレームワーク領域からの1以上のCDRを含む。抗体または抗体フラグメントのヒト化のための多数の技術が当分野で知られ、本質的に、Winter and co-workers (Jones et al., Nature, 321:522-525 (1986); Riechmann et al., Nature, 332:323-327 (1988); Verhoeyen et al., Science, 239:1534-1536 (1988))の方法に従い、齧歯類CDRまたはCDR配列をヒト抗体の対応する配列に置換することにより、すなわち、CDR移植(内容を引用によりその全体を本明細書に包含させるEP239,400号;PCT公開WO91/09967号;および米国特許4,816,567号;6,331,415号;5,225,539号;5,530,101号;5,585,089号;6,548,640号)により実施できる。このようなヒト化抗体および抗体フラグメントにおいて、非ヒト種からの対応する配列により置換されるのは実質的に完全より少ないヒト可変ドメインである。ヒト化抗体は、しばしば、あるCDR残基およびおそらくあるフレームワーク(FR)残基が、齧歯類抗体における類似部位からの残基により置換される、ヒト抗体である。抗体および抗体フラグメントのヒト化は、ベニアリングまたはリサーフェシング(EP592,106号;EP519,596号;Padlan, 1991, Molecular Immunology, 28(4/5):489-498; Studnicka et al., Protein Engineering, 7(6):805-814 (1994); およびRoguska et al., PNAS, 91:969-973 (1994)))または鎖シャッフリング(米国特許5,565,332号)によっても達成でき、その内容は、引用によりその全体を本明細書に包含させる。
ヒト化抗体を製造するために使用する軽および重両者のヒト可変ドメインの選択は、抗原性を減少するためである。いわゆる“ベストフィット”法により、齧歯類抗体の可変ドメインの配列を、既知ヒト可変ドメイン配列のライブラリー全体に対してスクリーニングする。齧歯類に最も近いヒト配列を、その後、ヒト化抗体のためのヒトフレームワーク(FR)として受け入れる(その内容を引用によりその全体を本明細書に包含させるSims et al., J. Immunol., 151:2296 (1993); Chothia et al., J. Mol. Biol., 196:901 (1987)参照)。他の使用は、特定のサブグループの軽鎖または重鎖の全抗体のコンセンサス配列由来の特定のフレームワークを使用する。同じフレームワークは、数種の異なるヒト化抗体のために使用し得る(例えば、その内容を引用によりその全体を本明細書に包含させる、Nicholson et al. Mol. Immun. 34 (16-17): 1157-1165 (1997); Carter et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992); Presta et al., J. Immunol., 151:2623 (1993)参照)。ある態様において、重鎖可変領域のフレームワーク領域、例えば、全4フレームワーク領域は、VH4_4-59生殖細胞系配列由来である。ある態様において、フレームワーク領域は、例えば、対応するマウス配列のアミノ酸から、1、2、3、4または5修飾、例えば、置換を含み得る。ある態様において、軽鎖可変領域のフレームワーク領域、例えば、全4フレームワーク領域は、VK3_1.25生殖細胞系配列由来である。ある態様において、フレームワーク領域は、例えば、対応するマウス配列のアミノ酸から、1、2、3、4または5修飾、例えば、置換を含み得る。
ある面において、本発明のCAR組成物の抗体フラグメントを含む部分は、標的抗原に対する高親和性および他の有利な生物学的特性を維持しながらヒト化される。本発明のある面によって、ヒト化抗体および抗体フラグメントは、親およびヒト化配列の三次元モデルを使用して、親配列および種々の概念的ヒト化産物の分析の過程により製造される。三次元免疫グロブリンモデルは一般に利用可能であり、当業者は熟知している。選択した候補免疫グロブリン配列の可能性のある三次元立体構造的構造を説明および提示するコンピュータープログラムは利用可能である。これらのディスプレイの検査は、候補免疫グロブリン配列の機能における残基の可能性のある役割の分析、例えば、候補免疫グロブリンの標的抗原への結合能に影響する残基の分析を可能にする。この方法で、FR残基は、標的抗原に対する親和性増加のような、所望の抗体または抗体フラグメント時調が達成されるように、レシピエントおよびインポート配列から選択および組み合わせできる。一般に、CDR残基は、抗原結合の直接的かつ最も実質的な影響に関与する。
ヒト化抗体または抗体フラグメントは、例えば、本発明における、元の抗体と類似の抗原性特異性、ヒトCD123またはそのフラグメントに結合する能力を維持し得る。ある態様において、ヒト化抗体または抗体フラグメントは、ヒトCD123またはそのフラグメントに対する結合親和性および/または特異性が改善され得る。
ある面において、抗原結合ドメイン部分は、配列番号157~160、184~215、478、480、483、485および556~587から選択される1以上の配列を含む。ある面において、ヒトCD123結合ドメインを含むCD123 CARは、配列番号157~160、478、480、483および485からなる群から選択される1以上の配列から選択される。ある面において、ヒト化CD123結合ドメインを含むCD123 CARは、配列番号184~215および556~587から選択される1以上の配列から選択される。
ある面において、CD123結合ドメインは、抗体または抗体フラグメントの特定の機能的特性または性質により特徴付けられる。例えば、ある面において、本発明のCAR組成物の抗原結合ドメインを含む部分は、ヒトCD123またはそのフラグメントと特異的に結合する。ある面において、本発明は、抗体または抗体フラグメントを構成する抗原結合ドメインに関し、ここで、抗体結合ドメインはCD123タンパク質またはそのフラグメントに特異的に結合し、ここで、抗体または抗体フラグメントは、配列番号157~160、184~215、478、480、483、485および556~587のアミノ酸配列を含む可変軽鎖および/または可変重鎖を含む。ある面において、抗原結合ドメインは、配列番号157~160、184~215、478、480、483、485および556~587から選択されるscFvのアミノ酸配列を含む。ある面において、scFvは、リーダー配列と連続し、かつ同じリーディングフレーム内にある。ある面において、リーダー配列は、配列番号1として提供されるポリペプチド配列である。
ある面において、CD123結合ドメインは、フラグメント、例えば、一本鎖可変フラグメント(scFv)である。ある面において、CD123結合ドメインは、Fv、Fab、(Fab’)または二機能性(例えば二特異性)ハイブリッド抗体である(例えば、Lanzavecchia et al., Eur. J. Immunol. 17, 105(1987))。ある面において、本発明の抗体およびそのフラグメントは、野生型のまたは増強した親和性でCD123タンパク質またはそのフラグメントに結合する。
ある例において、ヒトscFvは、ディスプレイライブラリー由来であり得る。ディスプレイライブラリーは、エンティティのコレクションである;各エンティティはポリペプチド成分をコードまたは特定する、アクセス可能ポリペプチド成分および回復可能成分を含む。ポリペプチド成分は、異なるアミノ酸配列が表されるように変わる。ポリペプチド成分は任意の長さ、例えば3アミノ酸から300超アミノ酸までであり得る。ディスプレイライブラリーエンティティは、Fabの1を超えるポリペプチド成分、例えば、2ポリペプチド鎖を含み得る。一つの例示的態様において、ディスプレイライブラリーを使用して、ヒトCD123結合ドメインを同定できる。選択において、ライブラリーの各メンバーのポリペプチド成分をCD123またはそのフラグメントでプローブし、ポリペプチド成分がCD123に結合するならば、ディスプレイライブラリーメンバーを、一般に支持体上への保持により同定する。
保持されたディスプレイライブラリーメンバーを支持体から改修し、分析する。分析は、増幅および続く類似または非類似条件下での選択を含み得る。例えば、陽性および陰性選択が交互であり得る。分析はまたポリペプチド成分、すなわち、抗CD123結合ドメインのアミノ酸配列の決定および詳細な特徴付けのためのポリペプチド成分の精製も含み得る。
ディスプレイライブラリーについて多様な形式が使用され得る。例はファージディスプレイを含む。ファージディスプレイにおいて、タンパク質成分を、一般に共有的にバクテリオファージコートタンパク質に結合させる。結合は、コートタンパク質に融合したタンパク質成分をコードする核酸の翻訳に由来する。結合は、可動性ペプチドリンカー、プロテアーゼ部位または停止コドンの抑制の結果として取り込まれたアミノ酸を含む。ファージディスプレイは、例えば、U.S.5,223,409号; Smith(1985) Science 228:1315-1317;WO92/18619号;WO91/17271号;WO92/20791号;WO92/15679号;WO93/01288号;WO92/01047号;WO92/09690号;WO90/02809号;de Haard et al. (1999) J. Biol. Chem 274:18218-30; Hoogenboom et al. (1998) Immunotechnology 4:1-20; Hoogenboom et al. (2000) Immunol Today 2:371-8 and Hoet et al. (2005) Nat Biotechnol. 23(3)344-8に記載されている。タンパク質成分をディスプレイするバクテリオファージを、標準ファージ分取法、例えば増殖培地からのPEG沈降を使用して増殖および採取できる。個々のディスプレイファージ選択後、選択タンパク質成分をコードする核酸を、増幅後、選択したファージで感染させた細胞またはファージ自体から単離できる。個々のコロニーまたはプラークを採り、核酸を単離および配列決定できる。
他のディスプレイ形式は、細胞ベースのディスプレイ(例えば、WO03/029456号参照)、タンパク質-核酸融合(例えば、US6,207,446号参照)、リボソームディスプレイ(例えば、Mattheakis et al. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:9022 and Hanes et al. (2000) Nat Biotechnol. 18:1287-92; Hanes et al. (2000) Methods Enzymol. 328:404-30; and Schaffitzel et al. (1999) J Immunol Methods. 231(1-2):119-35参照)および大腸菌ペリプラズムディスプレイ(2005 Nov 22;PMID: 16337958)を含む。
ある例において、scFvsは、当分野で知られる方法により製造できる(例えば、Bird et al., (1988) Science 242:423-426およびHuston et al., (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883参照)。ScFv分子は、可動性ポリペプチドリンカーを使用して、VH領域とVL領域を一緒に連結することにより産生できる。scFv分子は、最適長および/またはアミノ酸組成を有するリンカー(例えば、Ser-Glyリンカー)を含む。リンカー長は、scFvの可変領域がどのように折りたたまれ、相互作用するかに大きく影響し得る。実際、短ポリペプチドリンカーを用いるならば、(例えば、5~10アミノ酸)、鎖内折りたたみは阻止される。鎖内折りたたみは、2可変領域が一体となって機能的エピトープ結合部位を形成させるためにも必要である。リンカー方向およびサイズの例は、例えば、引用により本明細書に包含させるHollinger et al. 1993 Proc Natl Acad. Sci. U.S.A. 90:6444-6448、米国特許出願公開2005/0100543号、2005/0175606号、2007/0014794号およびPCT公開WO2006/020258号およびWO2007/024715号参照。
scFvは、そのVL領域とVH領域の間に少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50またはそれ以上のアミノ酸残基のリンカーを含み得る。リンカー配列は、あらゆる天然に存在するアミノ酸を含み得る。ある態様において、リンカー配列は、アミノ酸グリシンおよびセリンを含む。他の態様において、リンカー配列は、(GlySer)(ここで、nは1以上の正の整数である)のような、一連のグリシンおよびセリン反復を含む(配列番号25)。ある態様において、リンカーは(GlySer)(配列番号27)または(GlySer)(配列番号28)であり得る。リンカー長の変動は、活性を維持または増強し、活性試験において優れた有効性を生じ得る。
CD123 CAR構築物および抗原結合ドメインの例
ここに開示するCD123 CAR構築物の例は、scFv(例えば、ここでの表2、6および9に開示するようなヒトscFv、場合により任意のリーダー配列(例えば、それぞれリーダーアミノ酸およびヌクレオチド配列の例として配列番号1および配列番号12)が前にあってよい)を含む。ヒトscFvフラグメントの配列(配列番号157~160のアミノ酸配列)を、ここに表2に提供する。リーダー配列を伴わないヒトscFvフラグメントの配列を、ここに表9に提供する(ヌクレオチド配列について配列番号479、481、482および484およびアミノ酸配列について配列番号478、480、483および485)。CD123 CAR構築物は、さらに任意のヒンジドメイン、例えば、CD8ヒンジドメイン(例えば、配列番号2のまたは配列番号13の核酸配列によりコードされたアミノ酸配列を含む);膜貫通ドメイン、例えば、CD8膜貫通ドメイン(例えば、配列番号6のまたは配列番号17のヌクレオチド配列によりコードされたアミノ酸配列を含む);細胞内ドメイン、例えば、4-1BB細胞内ドメイン(例えば、配列番号7のまたは配列番号18のヌクレオチド配列によりコードされたアミノ酸配列を含む;および機能的シグナル伝達ドメイン、例えば、CD3ゼータドメイン(例えば、配列番号9または10のまたは配列番号20または21のヌクレオチド配列によりコードされたアミノ酸配列を含む)を含む。ある態様において、ドメインは、単一融合タンパク質を形成するように同じリーディングフレームに隣接するかその中にある。他の態様において、ドメインは、例えば、ここに記載するようなRCAR分子におけるような、別々のポリペプチドにある。
ある態様において、完全長CD123 CAR分子は、表2、6または9に提供されたまたはこれと実質的に(例えば、95~99%)同一である配列である、CD123-1、CD123-2、CD123-3、CD123-4、hzCD123-1、hzCD123-2、hzCD123-3、hzCD123-4、hzCD123-5、hzCD123-6、hzCD123-7、hzCD123-8、hzCD123-9、hzCD123-10、hzCD123-11、hzCD123-12、hzCD123-13、hzCD123-14、hzCD123-15、hzCD123-16、hzCD123-17、hzCD123-18、hzCD123-19、hzCD123-20、hzCD123-21、hzCD123-22、hzCD123-23、hzCD123-24、hzCD123-25、hzCD123-26、hzCD123-27、hzCD123-28、hzCD123-29、hzCD123-30、hzCD123-31またはhzCD123-32のアミノ酸配列を含むまたはヌクレオチド配列によりコード化される。
ある態様において、CD123 CAR分子またはCD123抗原結合ドメインは、表2、6または9に提供するCD123-1、CD123-2、CD123-3、CD123-4、hzCD123-1、hzCD123-2、hzCD123-3、hzCD123-4、hzCD123-5、hzCD123-6、hzCD123-7、hzCD123-8、hzCD123-9、hzCD123-10、hzCD123-11、hzCD123-12、hzCD123-13、hzCD123-14、hzCD123-15、hzCD123-16、hzCD123-17、hzCD123-18、hzCD123-19、hzCD123-20、hzCD123-21、hzCD123-22、hzCD123-23、hzCD123-24、hzCD123-25、hzCD123-26、hzCD123-27、hzCD123-28、hzCD123-29、hzCD123-30、hzCD123-31またはhzCD123-32のscFvアミノ酸配列を含む;またはCD123-1、CD123-2、CD123-3、CD123-4、hzCD123-1、hzCD123-2、hzCD123-3、hzCD123-4、hzCD123-5、hzCD123-6、hzCD123-7、hzCD123-8、hzCD123-9、hzCD123-10、hzCD123-11、hzCD123-12、hzCD123-13、hzCD123-14、hzCD123-15、hzCD123-16、hzCD123-17、hzCD123-18、hzCD123-19、hzCD123-20、hzCD123-21、hzCD123-22、hzCD123-23、hzCD123-24、hzCD123-25、hzCD123-26、hzCD123-27、hzCD123-28、hzCD123-29、hzCD123-30、hzCD123-31またはhzCD123-32または前記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、95~99%同一または最大20、15、10、8、6、5、4、3、2または1アミノ酸変化)である配列のscFvアミノ酸配列を含むまたはヌクレオチド配列によりコード化される。
ある態様において、CD123 CAR分子またはCD123抗原結合ドメインは、表2または6に提供されるCD123-1、CD123-2、CD123-3、CD123-4、hzCD123-1、hzCD123-2、hzCD123-3、hzCD123-4、hzCD123-5、hzCD123-6、hzCD123-7、hzCD123-8、hzCD123-9、hzCD123-10、hzCD123-11、hzCD123-12、hzCD123-13、hzCD123-14、hzCD123-15、hzCD123-16、hzCD123-17、hzCD123-18、hzCD123-19、hzCD123-20、hzCD123-21、hzCD123-22、hzCD123-23、hzCD123-24、hzCD123-25、hzCD123-26、hzCD123-27、hzCD123-28、hzCD123-29、hzCD123-30、hzCD123-31またはhzCD123-32の重鎖可変領域および/または軽鎖可変領域または前記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、95~99%同一または最大20、15、10、8、6、5、4、3、2または1アミノ酸変化)である配列を含む。
ある態様において、CD123 CAR分子またはCD123抗原結合ドメインは、表3または7に提供する重鎖可変領域からの1、2または3CDR(例えば、HCDR1、HCDR2および/またはHCDR3);および/または表4または8に提供するCD123-1、CD123-2、CD123-3、CD123-4、hzCD123-1、hzCD123-2、hzCD123-3、hzCD123-4、hzCD123-5、hzCD123-6、hzCD123-7、hzCD123-8、hzCD123-9、hzCD123-10、hzCD123-11、hzCD123-12、hzCD123-13、hzCD123-14、hzCD123-15、hzCD123-16、hzCD123-17、hzCD123-18、hzCD123-19、hzCD123-20、hzCD123-21、hzCD123-22、hzCD123-23、hzCD123-24、hzCD123-25、hzCD123-26、hzCD123-27、hzCD123-28、hzCD123-29、hzCD123-30、hzCD123-31またはhzCD123-32の軽鎖可変領域の1、2または3CDR(例えば、LCDR1、LCDR2および/またはLCDR3);または前記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、95~99%同一または最大5、4、3、2またはアミノ酸変化)である配列を含む。
ある態様において、CD123 CAR分子またはCD123抗原結合ドメインは、表10に提供する重鎖可変領域からの1、2または3CDR(例えば、HCDR1、HCDR2および/またはHCDR3);および/または表11に提供するCD123-1、CD123-2、CD123-3、CD123-4、hzCD123-1、hzCD123-2、hzCD123-3、hzCD123-4、hzCD123-5、hzCD123-6、hzCD123-7、hzCD123-8、hzCD123-9、hzCD123-10、hzCD123-11、hzCD123-12、hzCD123-13、hzCD123-14、hzCD123-15、hzCD123-16、hzCD123-17、hzCD123-18、hzCD123-19、hzCD123-20、hzCD123-21、hzCD123-22、hzCD123-23、hzCD123-24、hzCD123-25、hzCD123-26、hzCD123-27、hzCD123-28、hzCD123-29、hzCD123-30、hzCD123-31またはhzCD123-32の軽鎖可変領域からの1、2または3CDR(例えば、LCDR1、LCDR2および/またはLCDR3);または前記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、95~99%同一または最大5、4、3、2またはアミノ酸変化)である配列を含む。
ある態様において、CD123分子またはCD123抗原結合ドメインは、表12に提供する重鎖可変領域からの1、2または3CDR(例えば、HCDR1、HCDR2および/またはHCDR3);および/または表13に提供するCD123-1、CD123-2、CD123-3、CD123-4、hzCD123-1、hzCD123-2、hzCD123-3、hzCD123-4、hzCD123-5、hzCD123-6、hzCD123-7、hzCD123-8、hzCD123-9、hzCD123-10、hzCD123-11、hzCD123-12、hzCD123-13、hzCD123-14、hzCD123-15、hzCD123-16、hzCD123-17、hzCD123-18、hzCD123-19、hzCD123-20、hzCD123-21、hzCD123-22、hzCD123-23、hzCD123-24、hzCD123-25、hzCD123-26、hzCD123-27、hzCD123-28、hzCD123-29、hzCD123-30、hzCD123-31またはhzCD123-32の軽鎖可変領域からの1、2または3CDR(例えば、LCDR1、LCDR2および/またはLCDR3);または前記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、95~99%同一または最大5、4、3、2またはアミノ酸変化)である配列を含む。
scFvドメインのCDR配列の配列を重鎖可変ドメインについて表3、7、10および12および軽鎖可変ドメインについて表4、8、11および13に示す。“ID”は、各CDRの各配列番号を意味する。
表3、4、7および8に提供するCDRは、KabatおよびChothia番号付けスキームの組み合わせに従う。
Figure 0007084138000001
Figure 0007084138000002
Figure 0007084138000003
Figure 0007084138000004
Figure 0007084138000005
Figure 0007084138000006
Figure 0007084138000007
Figure 0007084138000008
Figure 0007084138000009

Figure 0007084138000010
ある態様において、CD123単鎖可変フラグメントを産生し、細胞内CD3ゼータドメインおよび4-1BBの細胞内共刺激性ドメインを有するレンチウイルスCAR発現ベクターにクローン化する。完全ヒトCD123 scFvの例の名前を表1に示す。ヒト化CD123 scFvの例の名前を表5に示す。
Figure 0007084138000011
Figure 0007084138000012
ある態様において、VLおよびVHドメインがscFvにおいて現れる順番は変わり(すなわち、VL-VHまたはVH-VL方向)、各サブユニットが配列GGGGS(配列番号25)(例えば、(G4S)(配列番号28)または(G4S)(配列番号27))を含む3または4コピーの“G4S”(配列番号25)サブユニットは、表2、表6および表9に示すように、可変ドメインに結合して、scFvドメイン全体を作る。
CD123 scFvドメインおよびCD123 CAR分子のアミノ酸および核酸配列を表2、表6および表9に提供する。各scFvの可変重鎖および可変軽鎖のアミノ酸配列も表2および表6に提供する。リーダー配列(例えば、配列番号1のアミノ酸配列または配列番号12のヌクレオチド配列)を伴うscFvフラグメント(配列番号157~160および184~215)およびリーダー配列を伴わないscFvフラグメント(配列番号478、480、483、485および556~587)も、本発明に包含されることは注意すべきである。
リーダー(アミノ酸配列)(配列番号1)
MALPVTALLLPLALLLHAARP
リーダー(核酸配列)(配列番号12)
ATGGCCCTGCCTGTGACAGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCTCTGCTGCTGCATGCCGCTAGACCC
CD8ヒンジ(アミノ酸配列)(配列番号2)
TTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACD
CD8ヒンジ(核酸配列)(配列番号13)
ACCACGACGCCAGCGCCGCGACCACCAACACCGGCGCCCACCATCGCGTCGCAGCCCCTGTCCCTGCGCCCAGAGGCGTGCCGGCCAGCGGCGGGGGGCGCAGTGCACACGAGGGGGCTGGACTTCGCCTGTGAT
CD8膜貫通(アミノ酸配列)(配列番号6)
IYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYC
CD8膜貫通(核酸配列)(配列番号17)
ATCTACATCTGGGCGCCCTTGGCCGGGACTTGTGGGGTCCTTCTCCTGTCACTGGTTATCACCCTTTACTGC
4-1BB細胞内ドメイン(アミノ酸配列)(配列番号7)
KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCEL
4-1BB細胞内ドメイン(核酸配列)(配列番号18)
AAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTG
CD28細胞内ドメイン(アミノ酸配列)(配列番号43)
RSKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRS(配列番号43)
CD28細胞内ドメイン(ヌクレオチド配列)(配列番号44)
AGGAGTAAGAGGAGCAGGCTCCTGCACAGTGACTACATGAACATGACTCCCCGCCGCCCCGGGCCCACCCGCAAGCATTACCAGCCCTATGCCCCACCACGCGACTTCGCAGCCTATCGCTCC(配列番号44)
ICOS細胞内ドメイン(アミノ酸配列)(配列番号45)
T K K K Y S S S V H D P N G E Y M F M R A V N T A K K S R L T D V T L(配列番号45)
ICOS細胞内ドメイン(ヌクレオチド配列)(配列番号46)
ACAAAAAAGAAGTATTCATCCAGTGTGCACGACCCTAACGGTGAATACATGTTCATGAGAGCAGTGAACACAGCCAAAAAATCCAGACTCACAGATGTGACCCTA(配列番号46)
CD3ゼータドメイン(アミノ酸配列)(配列番号9)
RVKFSRSADAPAYKQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR
CD3ゼータ(核酸配列)(配列番号20)
AGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACAAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGC
CD3ゼータドメイン(アミノ酸配列;NCBI対照配列NM_000734.3)(配列番号10)
RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR
CD3ゼータ(核酸配列;NCBI対照配列NM_000734.3);(配列番号21)
AGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAG
AACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTT
TGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGA
AGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGG
AGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGC
ACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGC
CCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGC
IgG4ヒンジ(アミノ酸配列)(配列番号36)
ESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKM
IgG4ヒンジ(ヌクレオチド配列)(配列番号37)
GAGAGCAAGTACGGCCCTCCCTGCCCCCCTTGCCCTGCCCCCGAGTTCCTGGGCGGACCCAGCGTGTTCCTGTTCCCCCCCAAGCCCAAGGACACCCTGATGATCAGCCGGACCCCCGAGGTGACCTGTGTGGTGGTGGACGTGTCCCAGGAGGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCACAACGCCAAGACCAAGCCCCGGGAGGAGCAGTTCAATAGCACCTACCGGGTGGTGTCCGTGCTGACCGTGCTGCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAATACAAGTGTAAGGTGTCCAACAAGGGCCTGCCCAGCAGCATCGAGAAAACCATCAGCAAGGCCAAGGGCCAGCCTCGGGAGCCCCAGGTGTACACCCTGCCCCCTAGCCAAGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTGTCCCTGACCTGCCTGGTGAAGGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAACGGCCAGCCCGAGAACAACTACAAGACCACCCCCCCTGTGCTGGACAGCGACGGCAGCTTCTTCCTGTACAGCCGGCTGACCGTGGACAAGAGCCGGTGGCAGGAGGGCAACGTCTTTAGCTGCTCCGTGATGCACGAGGCCCTGCACAACCACTACACCCAGAAGAGCCTGAGCCTGTCCCTGGGCAAGATG
ある態様において、表2および6におけるこれらのクローンは、全て、CD3ゼータ鎖由来の共刺激性ドメインのシグナルドメインにQ/K残基変化を含む。
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ある態様において、ここに記載するCAR分子は、CD123に特異的に結合し、リーダー配列、例えば、配列番号1のアミノ酸を含まないscFvを含む。下記表9は、リーダー配列番号1を含まないCD123 scFv配列のアミノ酸およびヌクレオチド配列を提供する。

Figure 0007084138000059
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ある態様において、CAR scFvフラグメントを、次いで、レンチウイルスベクターにクローン化して、単一コーディングフレームに完全長CAR構築物を作り、発現のためにEF1アルファプロモーター(配列番号11)を使用した。
EF1アルファプロモーター
CGTGAGGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAGGTAAGTGCCGTGTGTGGTTCCCGCGGGCCTGGCCTCTTTACGGGTTATGGCCCTTGCGTGCCTTGAATTACTTCCACCTGGCTGCAGTACGTGATTCTTGATCCCGAGCTTCGGGTTGGAAGTGGGTGGGAGAGTTCGAGGCCTTGCGCTTAAGGAGCCCCTTCGCCTCGTGCTTGAGTTGAGGCCTGGCCTGGGCGCTGGGGCCGCCGCGTGCGAATCTGGTGGCACCTTCGCGCCTGTCTCGCTGCTTTCGATAAGTCTCTAGCCATTTAAAATTTTTGATGACCTGCTGCGACGCTTTTTTTCTGGCAAGATAGTCTTGTAAATGCGGGCCAAGATCTGCACACTGGTATTTCGGTTTTTGGGGCCGCGGGCGGCGACGGGGCCCGTGCGTCCCAGCGCACATGTTCGGCGAGGCGGGGCCTGCGAGCGCGGCCACCGAGAATCGGACGGGGGTAGTCTCAAGCTGGCCGGCCTGCTCTGGTGCCTGGCCTCGCGCCGCCGTGTATCGCCCCGCCCTGGGCGGCAAGGCTGGCCCGGTCGGCACCAGTTGCGTGAGCGGAAAGATGGCCGCTTCCCGGCCCTGCTGCAGGGAGCTCAAAATGGAGGACGCGGCGCTCGGGAGAGCGGGCGGGTGAGTCACCCACACAAAGGAAAAGGGCCTTTCCGTCCTCAGCCGTCGCTTCATGTGACTCCACGGAGTACCGGGCGCCGTCCAGGCACCTCGATTAGTTCTCGAGCTTTTGGAGTACGTCGTCTTTAGGTTGGGGGGAGGGGTTTTATGCGATGGAGTTTCCCCACACTGAGTGGGTGGAGACTGAAGTTAGGCCAGCTTGGCACTTGATGTAATTCTCCTTGGAATTTGCCCTTTTTGAGTTTGGATCTTGGTTCATTCTCAAGCCTCAGACAGTGGTTCAAAGTTTTTTTCTTCCATTTCAGGTGTCGTGA
Gly/Ser(配列番号25)
GGGGS
Gly/Ser(配列番号26):この配列は、1~6“Gly Gly Gly Gly Ser”反復単位を含み得る
GGGGSGGGGS GGGGSGGGGS GGGGSGGGGS
Gly/Ser(配列番号27)
GGGGSGGGGS GGGGSGGGGS
Gly/Ser(配列番号28)
GGGGSGGGGS GGGGS
Gly/Ser(配列番号29)
GGGS
ポリA:(A)5000(配列番号30)
この配列は、50~5000アデニンを含み得る。
ポリA:(T)100(配列番号31)
ポリA:(T)5000(配列番号32)
この配列は、50~5000チミンを含み得る。
ポリA:(A)5000(配列番号33)
この配列は、100~5000アデニンを含み得る。
ポリA:(A)400(配列番号34)
この配列は、100~400アデニンを含み得る。
ポリA:(A)2000(配列番号35)
この配列は、50~2000アデニンを含み得る。
Gly/Ser(配列番号709):この配列は、1~10“Gly Gly Gly Ser”反復単位を含み得る
GGGSGGGSGG GSGGGSGGGS GGGSGGGSGG GSGGGSGGGS
CAR scFvフラグメントを、単一コーディングフレーム中の完全長CAR構築物の製造のためにレンチウイルスベクターにクローン化でき、EF1アルファプロモーターを発現のために使用する(配列番号11)。
CAR構築物は、次の配列の1以上を有するGly/Serリンカーを含み得る:GGGGS(配列番号25);1~6“Gly Gly Gly Gly Ser”反復単位を含む、例えば、GGGGSGGGGS GGGGSGGGGS GGGGSGGGGS(配列番号26);GGGGSGGGGS GGGGSGGGGS(配列番号27); GGGGSGGGGS GGGGS(配列番号28);GGGS(配列番号29);または1~10“Gly Gly Gly Ser”反復単位を含む、例えば、GGGSGGGSGG GSGGGSGGGS GGGSGGGSGG GSGGGSGGGS(配列番号709)。ある態様において、CAR構築物は、ポリA配列、例えば、50~5000または100~5000アデニンを含む配列(例えば、配列番号30、配列番号33、配列番号34または配列番号35)または50~5000チミンを含む配列(例えば、配列番号31、配列番号32)を含む。あるいは、CAR構築物は、例えば、配列GSTSGSGKPGSGEGSTKGを含むリンカーを含み得る(配列番号704)。
二特異性CAR
ある態様において、多特異性抗体分子は二特異性抗体分子である。二特異性抗体は、2以下の抗原に特異性を有する。二特異性抗体分子は、第一エピトープに対する結合特異性を有する第一免疫グロブリン可変ドメイン配列および第二エピトープに対する結合特異性を有する第二免疫グロブリン可変ドメイン配列により特徴付けられる。ある態様において、第一および第二エピトープは同じ抗原、例えば、同じタンパク質(または多量体タンパク質のサブユニット)である。ある態様において、第一および第二エピトープは重複する。ある態様において、第一および第二エピトープは重複しない。ある態様において、第一および第二エピトープは、異なる抗原、例えば、異なるタンパク質(または多量体タンパク質の異なるサブユニット)にある。ある態様において、二特異性抗体分子は、第一エピトープに結合特異性を有する重鎖可変ドメイン配列および軽鎖可変ドメイン配列ならびに第二エピトープに結合特異性を有する重鎖可変ドメイン配列および軽鎖可変ドメイン配列を含む。ある態様において、二特異性抗体分子は、第一エピトープに結合特異性を有する半抗体および第二エピトープに結合特異性を有する半抗体を含む。ある態様において、二特異性抗体分子は、第一エピトープに結合特異性を有する半抗体またはそのフラグメントおよび第二エピトープに結合特異性を有する半抗体またはそのフラグメントを含む。ある態様において、二特異性抗体分子は、第一エピトープに結合特異性を有するscFvまたはそのフラグメントおよび第二エピトープに結合特異性を有するscFvまたはそのフラグメントを含む。
ある態様において、抗体分子は、多特異性(例えば、二特異性または三特異性)抗体分子である。二特異性またはヘテロ二量体抗体分子を産生するためのプロトコールは当分野で知られる;例えば、US5731168号に記載の、“ノブ・イン・ア・ホール”アプローチ;例えば、WO09/089004号、WO06/106905号およびWO2010/129304号に記載のような静電的ステアリングFc対形成;例えば、WO07/110205号に記載のような鎖交換操作ドメイン(SEED)ヘテロ二量体形成;例えば、WO08/119353号、WO2011/131746号およびWO2013/060867号に記載のようなFabアーム交換;例えば、US4433059号に記載のような、例えば、アミン反応性基とスルフヒドリル反応性基を有するヘテロ二官能性試薬を使用して二特異性構造を製造するための、抗体架橋結合による、二重抗体コンジュゲート;例えば、US4444878号に記載のような、2重鎖間のジスルフィド結合の還元および酸化のサイクルを経る異なる抗体からの半抗体(重-軽鎖対またはFab)の組み換えにより産生する二特異性抗体決定基;例えば、US5273743号に記載のような、3機能性抗体、スルフヒドリル反応性基により架橋された3Fab’フラグメント;例えば、US5534254号に記載のような、生合成結合タンパク質、例えば、C末端テイル、好ましくはジスルフィドまたはアミン反応性化学架橋結合により架橋されたscFvの対;例えば、US5582996号に記載のような、二機能性抗体、例えば、置換された定常ドメインを有する、ロイシンジッパー(例えば、c-fosおよびc-jun)により二量体化された異なる結合特性を有するFabフラグメント;例えば、US5591828号に記載のような、二特異性およびオリゴ特異性一価およびオリゴ価受容体、例えば、一方の抗体のCH1領域と他方の一般に軽鎖を伴う抗体のVH領域の間のポリペプチドスペーサーを経て連結した2抗体(2Fabフラグメント)のVH-CH1領域;例えば、US5635602号に記載のような、二特異性DNA-抗体コンジュゲート、例えば、二本鎖切片のDNAを経た抗体またはFabフラグメントの架橋;例えば、US5637481号に記載のような、二特異性融合タンパク質、例えば、親水性らせん状ペプチドリンカーを間に含み、完全定常領域を含む、2scFvを含む発現構築物;例えば、US5837242号に記載のような、多価および多特異性結合タンパク質、例えば、Ig重鎖可変領域の結合領域を有する第一ドメインおよびIg軽鎖可変領域の結合領域を有する第二ドメインを有し、一般に二重特異性抗体(二特異性、三特異性、四特異性の分子を作るための高次構造も包含される)と呼ばれるポリペプチドの二量体;例えば、US5837821号に記載のような、二特異性/多価分子を形成するように二量体できる、ペプチドスペーサーでさらに抗体ヒンジ領域およびCH3領域に結合した、連結VL鎖およびVH鎖を有するミニボディ構築物;二特異性二重特異性抗体を形成するように二量体を形成できる、いずれかの方向で短ペプチドリンカー(例えば、5または10アミノ酸)またはによりまたはリンカー無しで連結されたVHおよびVLドメイン;例えば、US5844094号に記載のような、三量体および四量体;例えば、US5864019号に記載のような、一連のFV(またはscFv)を形成するようにさらにVLドメインと結合した、C末端で架橋可能基とのペプチド結合により連結した一連のVHドメイン(またはファミリーメンバーにおけるVLドメイン);および、例えば、US5869620号に記載のような、scFVまたは二重特異性抗体形態の両者を使用して、例えば、ホモ二価、ヘテロ二価、三価および四価構造を形成するように、非共有または化学架橋により多価構造に合わさっている、ペプチドリンカーにより連結してVHドメインおよびVLドメインの両者を有する一本鎖結合ポリペプチドを、例えば、含むが、これらに限定されない。多特異性および二特異性分子およびそれを製造するためのさらなる例は、例えば、US5910573号、US5932448号、US5959083号、US5989830号、US6005079号、US6239259号、US6294353号、US6333396号、US6476198号、US6511663号、US6670453号、US6743896号、US6809185号、US6833441号、US7129330号、US7183076号、US7521056号、US7527787号、US7534866号、US7612181号、US2002004587A1号、US2002076406A1号、US2002103345A1号、US2003207346A1号、US2003211078A1号、US2004219643A1号、US2004220388A1号、US2004242847A1号、US2005003403A1号、US2005004352A1号、US2005069552A1号、US2005079170A1号、US2005100543A1号、US2005136049A1号、US2005136051A1号、US2005163782A1号、US2005266425A1号、US2006083747A1号、US2006120960A1号、US2006204493A1号、US2006263367A1号、US2007004909A1号、US2007087381A1号、US2007128150A1号、US2007141049A1号、US2007154901A1号、US2007274985A1号、US2008050370A1号、US2008069820A1号、US2008152645A1号、US2008171855A1号、US2008241884A1号、US2008254512A1号、US2008260738A1号、US2009130106A1号、US2009148905A1号、US2009155275A1号、US2009162359A1号、US2009162360A1号、US2009175851A1号、US2009175867A1号、US2009232811A1号、US2009234105A1号、US2009263392A1号、US2009274649A1号、EP346087A2号、WO0006605A2号、WO02072635A2号、WO04081051A1号、WO06020258A2号、WO2007044887A2号、WO2007095338A2号、WO2007137760A2号、WO2008119353A1号、WO2009021754A2号、WO2009068630A1号、WO9103493A1号、WO9323537A1号、WO9409131A1号、WO9412625A2号、WO9509917A1号、WO9637621A2号、WO9964460A1号に見ることができる。上に引用した出願の内容は、引用によりその全体を本明細書に包含させる。
二特異性抗体分子の各抗体または抗体フラグメント(例えば、scFv)内で、VHは、VLの上流でも下流でもよい。ある態様において、上流抗体または抗体フラグメント(例えば、scFv)は、そのVL(VL)の上流のそのVH(VH)と共に配置され、下流抗体または抗体フラグメント(例えば、scFv)は、そのVL(VL)の上流のそのVH(VH)と共に配置され、その結果全体的二特異性抗体分子は、配置VH-VL-VL-VHを有する。他の態様において、上流抗体または抗体フラグメント(例えば、scFv)は、そのVH(VH)の上流のそのVL(VL)と共に配置され、下流抗体または抗体フラグメント(例えば、scFv)は、そのVH(VH)の上流のそのVL(VL)と共に配置され、その結果、全体的二特異性抗体分子は配置VL-VH-VH-VLを有する。場合により、リンカーは、2抗体または抗体フラグメント(例えば、scFv)の間、例えば、構築物がVH-VL-VL-VHとして配列されるならば、VLとVLの間または構築物がVL-VH-VH-VLとして配置されるならばVHとVHの間に配置される。リンカーは、ここに記載するリンカー、例えば、(Gly-Ser)リンカー(ここで、nは1、2、3、4、5または6、好ましくは4である)であってよい(配列番号64)。一般に、2scFv間のリンカーは、2scFvのドメイン間の誤対合を避けるのに十分長くなければならない。場合により、リンカーは、第一scFvのVLとVHの間に配置される。場合により、リンカーは、第二scFvのVLとVHの間に配置される。複数リンカーを有する構築物において、リンカーの任意の2以上は同一でも異なってもよい。よって、ある態様において、二特異性CARは、ここに記載するような配置で、VL、VHおよび場合により1以上のリンカーを含む。
ある面において、二特異性抗体分子は、第一免疫グロブリン可変ドメイン配列、例えば、scFvにより特徴付けられ、これは、CD123に結合特異性を有し、例えば、ここに記載するような、例えば、表2、表6または表9に記載するようなscFvを含むかまたはここに記載するCD123からの軽鎖CDRおよび/または重鎖CDRおよび第二エピトープに対する結合特異性を有する第二免疫グロブリン可変ドメイン配列を異なる抗原に含む。ある面において、第二免疫グロブリン可変ドメイン配列は、AML細胞上に発現された抗原、例えば、CD123以外の抗原に結合特異性を有する。例えば、第二免疫グロブリン可変ドメイン配列は、CLL-1に対する結合特異性を有する。他の例として、第二免疫グロブリン可変ドメイン配列は、CD33に対する結合特異性を有する。他の例として、第二免疫グロブリン可変ドメイン配列は、CD34に対する結合特異性を有する。他の例として、第二免疫グロブリン可変ドメイン配列は、FLT3に対する結合特異性を有する。例えば、第二免疫グロブリン可変ドメイン配列は、葉酸受容体ベータに対する結合特異性を有する。ある面において、第二免疫グロブリン可変ドメイン配列は、B細胞に発現される抗原、例えば、CD19、CD20、CD22またはROR1に対する結合特異性を有する。
キメラTCR
ある面において、本発明のCD123抗体および抗体フラグメント(例えば、表2、6または9に開示のもの)を、CD123に特異的に結合するキメラTCRを作るために、T細胞受容体(“TCR”)鎖の1以上の定常ドメイン、例えば、TCRアルファまたはTCRベータ鎖に移植できる。理論に縛られないが、キメラTCRは、抗原結合によりTCR複合体を経てシグナル伝達すると考えられる。例えば、ここに記載するようなCD123 scFvを、TCR鎖、例えば、TCRアルファ鎖および/またはTCRベータ鎖の定常ドメイン、例えば、少なくとも細胞外定常ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの部分に移植できる。他の例として、CD123抗体フラグメント、例えばここに記載するようなVLドメインを、TCRアルファ鎖の定常ドメインに移植でき、CD123抗体フラグメント、例えばここに記載するようなVHドメインを、TCRベータ鎖の定常ドメインに移植できる(または代替的に、VLドメインを、TCRベータ鎖の定常ドメインに移植してよく、VHドメインを、TCRアルファ鎖に移植してよい)。他の例として、CD123抗体または抗体フラグメントのCDR、例えば、表3、4、5、6、7、8、10、11、12または13に記載のようなCD123抗体または抗体フラグメントのCDRをTCRアルファおよび/またはベータ鎖に移植して、CD123に特異的に結合するキメラTCRを作り得る。例えば、ここに記載するLCDRをTCRアルファ鎖の可変ドメインに移植してよく、ここに記載するHCDRをTCRベータ鎖の可変ドメインに移植してよくまたはその逆も可能である。このようなキメラTCRは、当分野で知られる方法により産生し得る(例えば、Willemsen RA et al, Gene Therapy 2000; 7: 1369-1377; Zhang T et al, Cancer Gene Ther 2004; 11: 487-496; Aggen et al, Gene Ther. 2012 Apr;19(4):365-74)。
安定性および変異
CD123結合ドメイン、例えば、scFv分子(例えば、可溶性scFv)の安定性を、慣用の対照scFv分子または完全長抗体の生物物理学的特性(例えば、熱安定性)を参照して評価できる。ある態様において、ヒトscFvは、記載するアッセイにおいて、対照結合分子(例えば慣用のscFv分子)より、約0.1℃、約0.25℃、約0.5℃、約0.75℃、約1℃、約1.25℃、約1.5℃、約1.75℃、約2℃、約2.5℃、約3℃、約3.5℃、約4℃、約4.5℃、約5℃、約5.5℃、約6℃、約6.5℃、約7℃、約7.5℃、約8℃、約8.5℃、約9℃、約9.5℃、約10℃、約11℃、約12℃、約13℃、約14℃または約15℃高い熱安定性を有する。
CD123結合ドメイン、例えば、scFvの改善した熱安定性は、続いて、CART123構築物全体に貢献し、CART123構築物の治療的性質の改善に至る。CD123結合ドメイン、例えば、scFvの熱安定性は、慣用の抗体と比較して、少なくとも約2℃または3℃改善され得る。ある態様において、CD123結合ドメイン、例えば、scFvは、慣用の抗体と比較して、1℃改善した熱安定性を有する。他の態様において、scFvは、慣用の抗体に対して4℃、5℃、6℃、7℃、8℃、9℃、10℃、11℃、12℃、13℃、14℃、15℃改善された熱安定性を有する。比較は、例えば、ここに記載するscFv分子と完全長抗体の間でなし得る。熱安定性を、当分野で知られる方法を使用して測定できる。例えば、ある態様において、Tmを測定できる。Tmを測定する方法およびタンパク質安定性を決定する他の方法は、下にさらに詳細に記載する。
scFvの変異は、scFvの安定性を変え、scFvおよびCART123構築物の全体的安定性を改善する。ヒト化またはヒトscFvの安定性を、Tm、変性温度および凝集温度のような測定値を使用して決定する。
変異体scFvの結合能を、実施例に記載するアッセイを使用して決定できる。
ある態様において、CD123結合ドメイン、例えば、scFvは、変異scFvがCART123構築物の安定性改善を提供するように、少なくとも1変異を含む。他の態様において、CD123結合ドメイン、例えば、scFvは、変異scFvがCART123構築物の安定性改善を提供するように、ヒト化過程に由来する、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10変異を含む。
タンパク質安定性を評価する方法
抗原結合ドメインの安定性は、例えば、下記の方法を使用して、評価し得る。このような方法は、最小安定ドメインが最初に変性するまたは協調的に変性する多ドメイン単位(例えば、単一変性遷移を示す多ドメインタンパク質)の全体的安定性閾値を制限する、複数熱的変性遷移の決定を可能にする。最小安定ドメインを、多数のさらなる方法で同定できる。変異誘発を、どのドメインが全体的安定性を制限するか探索するために実施できる。さらに、多ドメインタンパク質のプロテアーゼ抵抗性を、最小安定ドメインが本質的に変性することが知られる条件下、DSCまたは他のスペクトル方法により実施できる(Fontana, et al., (1997) Fold. Des., 2: R17-26; Dimasi et al. (2009) J. Mol. Biol. 393: 672-692)。最小安定ドメインが同定されたら、このドメインをコードする配列(またはその部分)を、本方法における試験配列として用い得る。
a)熱安定性
組成物の熱安定性を、当分野で知られる、多数の非限定的生物物理学的または生化学的技術を使用して分析し得る。ある態様において、熱安定性を、分析的スペクトロスコピーにより評価する。
分析的スペクトロスコピー法の例は示差走査熱量測定(DSC)である。DSCは、大部分のタンパク質またはタンパク質ドメインの変性に付随する熱熱吸収性に感受性である熱量計を用いる(例えばSanchez-Ruiz, et al., Biochemistry, 27: 1648-52, 1988参照)。タンパク質の熱安定性を決定するために、タンパク質サンプルを熱量計に入れ、FabまたはscFvが変性するまで温度を上げる。タンパク質が変性する温度が、全体的タンパク質安定性の指標である。
分析的スペクトロスコピー法の他の例は、円二色性(CD)スペクトロスコピーである。CDスペクトロメトリーは、組成物の光学活性を温度上昇の関数として測定する。円二色性(CD)スペクトロスコピーは、構造的不斉に起因する左手側偏光対右手側偏光の吸収の差異を測定する。障害されたまたは変性した構造は、規則正しいまたは折りたたまれた構造と極めて異なるCDスペクトルをもたらす。CDスペクトルは、温度上昇の変性効果に対するタンパク質の感受性を反映し、それゆえに、タンパク質熱安定性の指標である(van Mierlo and Steemsma, J. Biotechnol., 79(3):281-98, 2000参照)。
熱安定性を測定するための分析的スペクトロスコピー法の他の例は、蛍光発光スペクトロスコピーである(van Mierlo and Steemsma, supra参照)。熱安定性を測定するための分析的スペクトロスコピー法のさらに他の例は、核磁気共鳴(NMR)スペクトロスコピーである(例えば、van Mierlo and Steemsma, supra参照)。
組成物の熱安定性は、生化学的に測定できる。熱安定性を評価するための生化学的方法の例は、熱負荷アッセイである。“熱負荷アッセイ”において、組成物を、設定した一定期間、一定範囲の高温に付す。例えば、ある態様において、試験scFv分子またはscFv分子を含む分子を、例えば、1~1.5時間、一定範囲の温度上昇に付す。その後、タンパク質の活性を、関連する生化学的アッセイによりアッセイする。例えば、タンパク質が結合タンパク質(例えばscFvまたはscFv含有ポリペプチド)であるならば、結合タンパク質の結合活性を、機能的または定量的ELISAにより決定できる。
このようなアッセイはハイスループット形式で実施でき、大腸菌およびハイスループットスクリーニングを使用する実施例に記載のものである。CD123結合ドメイン、例えば、scFvバリアントのライブラリーを、当分野で知られる方法を使用して作り得る。CD123結合ドメイン、例えば、scFv発現、例えば、scFv発現を誘発し、CD123結合ドメイン、例えば、scFvを熱負荷に付し得る。負荷試験サンプルを結合についてアッセイでき、安定であるCD123結合ドメイン、例えば、scFvをスケールアップし、さらに特徴付けしてよい。
熱安定性を、上記技術のいずれかを使用して、組成物の融解温度(Tm)を測定することにより評価する(例えば分析的スペクトロスコピー技術)。融解温度は、組成物の分子の50%が折りたたまれた状態である、温度遷移曲線の中点の温度である(例えば、Dimasi et al. (2009) J. Mol Biol. 393: 672-692参照)。ある態様において、CD123結合ドメイン、例えば、scFv、例えば、scFvのTm値は、約40℃、41℃、42℃、43℃、44℃、45℃、46℃、47℃、48℃、49℃、50℃、51℃、52℃、53℃、54℃、55℃、56℃、57℃、58℃、59℃、60℃、61℃、62℃、63℃、64℃、65℃、66℃、67℃、68℃、69℃、70℃、71℃、72℃、73℃、74℃、75℃、76℃、77℃、78℃、79℃、80℃、81℃、82℃、83℃、84℃、85℃、86℃、87℃、88℃、89℃、90℃、91℃、92℃、93℃、94℃、95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、100℃である。ある態様において、IgGのTm値は、約40℃、41℃、42℃、43℃、44℃、45℃、46℃、47℃、48℃、49℃、50℃、51℃、52℃、53℃、54℃、55℃、56℃、57℃、58℃、59℃、60℃、61℃、62℃、63℃、64℃、65℃、66℃、67℃、68℃、69℃、70℃、71℃、72℃、73℃、74℃、75℃、76℃、77℃、78℃、79℃、80℃、81℃、82℃、83℃、84℃、85℃、86℃、87℃、88℃、89℃、90℃、91℃、92℃、93℃、94℃、95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、100℃である。ある態様において、多価抗体のTm値は、約40℃、41℃、42℃、43℃、44℃、45℃、46℃、47℃、48℃、49℃、50℃、51℃、52℃、53℃、54℃、55℃、56℃、57℃、58℃、59℃、60℃、61℃、62℃、63℃、64℃、65℃、66℃、67℃、68℃、69℃、70℃、71℃、72℃、73℃、74℃、75℃、76℃、77℃、78℃、79℃、80℃、81℃、82℃、83℃、84℃、85℃、86℃、87℃、88℃、89℃、90℃、91℃、92℃、93℃、94℃、95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、100℃である。
熱安定性はまた、分析的熱量測定技術(例えばDSC)を使用して組成物の比熱または熱容量(Cp)を測定することによっても評価する。組成物の比熱は、1molの水の温度を1℃上げるのに必要なエネルギー(例えばkcal/molで)である。大きなCpは、変性または不活性タンパク質組成物の特徴である。組成物の熱容量(ΔCp)の変化を、温度遷移前後の組成物の比熱の決定により測定する。熱安定性は、変性のギブズ自由エネルギー(ΔG)、変性のエンタルピー(ΔH)または変性のエントロピー(ΔS)を含む、熱力学的安定性の他のパラメータの測定または決定によっても評価し得る。上記生化学的アッセイ(例えば熱負荷アッセイ)の1以上を使用して、組成物の50%がその活性(例えば結合活性)を保持する温度(すなわちT値)を決定する。
さらに、CD123結合ドメイン、例えば、scFvの変異は、未変異CD123結合ドメイン、例えば、scFvと比較して、CD123結合ドメイン、例えば、scFvの熱安定性を変える。ヒト化またはヒトCD123結合ドメイン、例えば、scFvがCART123構築物に取り込まれたとき、CD123結合ドメイン、例えば、ヒト化またはヒトscFvは、CD123 CART構築物全体に熱安定性を提供する。ある態様において、CD123結合ドメイン、例えば、scFvは、CD123結合ドメイン、例えば、scFvに熱安定性を与える一変異を含む。他の態様において、CD123結合ドメイン、例えば、scFvは、CD123結合ドメイン、例えば、scFvに熱安定性を与える複数変異を含む。ある態様において、CD123結合ドメイン、例えば、scFvにおける複数変異は、CD123結合ドメイン、例えば、scFvの熱安定性にさらなる効果を有する。
b)凝集%
組成物の安定性は、その凝集傾向の測定により決定できる。凝集は、多数の非限定的生化学的または生物物理学的技術により測定できる。例えば、組成物の凝集は、クロマトグラフィー、例えばサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)を使用して評価し得る。SECは、サイズに基づき分子を分ける。カラムを、イオンおよび小分子を内側に入れるが、大きいものは入れないポリマーゲルの半固体ビーズで満たす。タンパク質組成物をカラムの上部に適用したとき、小型の折りたたまれたタンパク質(すなわち非凝集タンパク質)は、大タンパク質凝集が利用可能であるより大量の溶媒に分散される。その結果、大きな凝集体はカラムをより速く移動し、この方法で混合物をその要素に分離または分画できる。各フラクションは、ゲルから溶出するに連れて別々に定量できる(例えば、光散乱による)。よって、組成物の凝集%を、フラクションの濃度と、ゲルに適用したタンパク質の総濃度の比較により決定できる。安定組成物は、本質的に単一フラクションとしてカラムから溶出し、溶出プロファイルまたはクロマトグラムにおいて本質的に単一ピークとして見える。
c)結合親和性
組成物の安定性を、その標的結合親和性の決定により評価できる。決定結合親和性のための広範な方法が当分野で知られる。結合親和性を決定するための方法の例は、表面プラズモン共鳴を用いる。表面プラズモン共鳴は、例えば、BIAcoreシステム(Pharmacia Biosensor AB, Uppsala, Sweden and Piscataway, N.J.)を使用する、バイオセンサーマトリックス内のタンパク質濃度の変更の検出により実時間生体分子特異的相互作用の分析を可能にする、光学的現象である。さらなる記載については、U., et al. (1993) Ann. Biol. Clin. 51:19-26; Jonsson, U., i (1991) Biotechniques 11:620-627; Johnsson, B., et al. (1995) J. Mol. Recognit. 8:125-131; およびJohnnson, B., et al. (1991) Anal. Biochem. 198:268-277を参照のこと。
ある面において、CARの抗原結合ドメインは、ここに記載する抗原結合ドメインアミノ酸配列と相同であるアミノ酸配列を含み、抗原結合ドメインは、ここに記載するCD123抗体フラグメントの所望の機能的特性を保持する。ある特定の面において、本発明のCAR組成物は、抗体フラグメントを含む。さらなる面において、その抗体フラグメントcFvを含む。
種々の面において、CARの抗原結合ドメインは、一方または両方の可変領域(例えば、VHおよび/またはVL)内、例えば1以上のCDR領域内および/または1以上のフレームワーク領域の、1以上のアミノ酸の修飾により操作される。ある特定の面において、本発明のCAR組成物は、抗体フラグメントを含む。さらなる面において、その抗体フラグメントcFvを含む。
本発明の抗体または抗体フラグメントが、アミノ酸配列が(例えば、野生型から)違うようにさらに修飾されてよいが、所望の活性は修飾されないことは、当業者には理解される。例えば、“非必須”アミノ酸残基でのアミノ酸置換を生じるさらなるヌクレオチド置換を、タンパク質に行ってよい。例えば、分子における非必須アミノ酸残基を同じ側鎖ファミリーからの他のアミノ酸残基で置き換えてよい。他の態様において、一連のアミノ酸を、側鎖ファミリーメンバーの順番および/または組成が異なる構造的に類似する一連のもので置き換えることができ、例えば、アミノ酸残基が類似側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられた保存的置換をなし得る。
塩基性側鎖(例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、非電荷極性側鎖(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、ベータ分枝側鎖(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)および芳香族側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を含む、類似側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当分野で定義されている。
2以上の核酸またはポリペプチド配列の状況における同一性パーセントは、同じである、2以上の配列をいう。2配列は、次の配列比較アルゴリズムの一つを使用してまたは手動アラインメントおよび目視により、比較窓または指定領域にわたり、最大対応を比較およびアラインしたとき、同じであるアミノ酸残基またはヌクレオチドを特定パーセント有するならば、“実質的に同一”である(特定領域または、特定されていないとき、配列全体にわたり、例えば、60%同一性、場合により70%、71%。72%。73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一性)。場合により、同一性は、少なくとも約50ヌクレオチド(または10アミノ酸)長の領域またはより好ましくは100~500または1000またはそれ以上のヌクレオチド(または20、50、200またはそれ以上のアミノ酸)長の領域にわたり、同一性が存在する。
配列比較のために、一般に1配列が対照配列として働き、それに対して試験配列を比較する。配列比較アルゴリズムを使用するとき、試験および対照配列をコンピューターに入力し、必要であれば、部分配列座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムパラメータを指定する。デフォルトプログラムパラメータを使用できまたは代替パラメータを指定できる。次いで、配列比較アルゴリズムは、プログラムパラメータに基づき、対照配列に対する試験配列の配列同一性パーセントを計算する。比較のために配列をアラインメントする方法は、当分野で周知である。比較のための配列の最適アラインメントは、例えば、Smith and Waterman, (1970) Adv. Appl. Math. 2:482cの局所相同性アルゴリズム、Needleman and Wunsch, (1970) J. Mol. Biol. 48:443の相同性アラインメントアルゴリズム、Pearson and Lipman, (1988) Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 85:2444のサーチのための類似法、これらのアルゴリズムのコンピューターによる実行(Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WIにおけるGAP、BESTFIT、FASTAおよびTFASTA)または手動アラインメントおよび目視(例えば、Brent et al., (2003) Current Protocols in Molecular Biology参照)により実施できる。
配列同一性および配列類似性パーセントの決定に適するアルゴリズムの例はBLASTおよびBLAST 2.0アルゴリズムであり、これらはそれぞれAltschul et al., (1977) Nuc. Acids Res. 25:3389-3402; およびAltschul et al., (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410に記載されている。BLAST解析を実施するためのソフトウエアは、National Center for Biotechnology Informationから公的に入手可能である。
2アミノ酸配列間の同一性パーセントは、PAM120荷重残基表、ギャップ長ペナルティ2およびギャップペナルティ4を使用して、ALIGNEプログラム(バージョン2.0)に取り込まれている、Meyers and W. Miller( (1988) Comput. Appl. Biosci. 4:11-17)アルゴリズムを使用しても決定できる。加えて、2アミノ酸配列間の同一性パーセントは、Blossom 62マトリックスまたはPAM250マトリックスおよびギャップ荷重16、14、12、10、8、6または4および長さ荷重1、2、3、4、5または6を使用する、GCGソフトウエアパッケージ(www.gcg.comで利用可能)のGAPプログラムに取り込まれているNeedleman and Wunsch ((1970) J. Mol. Biol. 48:444-453)アルゴリズムを使用して決定できる。
ある面において、本発明は、機能的に等価な分子を産生する、出発抗体またはフラグメント(例えば、scFv)アミノ酸配列の修飾を企図する。例えば、CARを構成するCD123結合ドメイン、例えば、scFvのVHまたはVLを、CD123結合ドメイン、例えば、scFvの出発VHまたはVLフレームワーク領域の少なくとも約70%、71%。72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一性を保持するように修飾できる。本発明は、機能的に等価な分子を産生するための、CAR構築物全体の修飾、例えば、CAR構築物における種々のドメインの1以上のアミノ酸配列における修飾を企図する。CAR構築物は、出発CAR構築物の少なくとも約70%、71%。72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一性を保持するように修飾され得る。
膜貫通ドメイン
膜貫通ドメインに関して、種々の態様において、CARは、CARの細胞外ドメインに結合する膜貫通ドメインを含むように設計できる。膜貫通ドメインは、膜貫通領域に隣接した1以上のさらなるアミノ酸、例えば、膜貫通が由来するタンパク質の細胞外領域と関係する1以上のアミノ酸(例えば、細胞外領域の1、2、3、4、5、6、7、8、9、10から最大15アミノ酸)および/または膜貫通タンパク質が由来するタンパク質の細胞内領域と関係する1以上のアミノ酸(例えば、細胞内領域の1、2、3、4、5、6、7、8、9、10から最大15アミノ酸)を含み得る。ある面において、膜貫通ドメインは、CARの他のドメインと結合するものである。ある例において、膜貫通ドメインは、このようなドメインが、同一または異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインと結合するのを避けるように、例えば、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小化するように選択またはアミノ酸置換による修飾ができる。ある面において、膜貫通ドメインは、CAR発現細胞、例えば、CART細胞、表面上の他のCARとホモ二量体化できる。異なる面において、膜貫通ドメインのアミノ酸配列は、同じCAR発現細胞、例えば、CART細胞に存在する天然結合パートナーの結合ドメインとの相互作用を最小化するように修飾または置換され得る。
膜貫通ドメインは、天然由来でも組み換え源由来でもよい。源が天然であるとき、ドメインは、あらゆる膜結合または膜貫通タンパク質由来であり得る。ある面において、膜貫通ドメインは、CARが標的に結合したときは常に細胞内ドメインにシグナル伝達できる。本発明において特に有用な膜貫通ドメインは、例えば、T細胞受容体のアルファ鎖、ベータ鎖またはゼータ鎖、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8(例えば、CD8アルファ、CD8ベータ)、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154の少なくとも膜貫通領域を含み得る。ある態様において、膜貫通ドメインは、例えば、KIRDS2、OX40、CD2、CD27、LFA-1(CD11a、CD18)、ICOS(CD278)、4-1BB(CD137)、GITR、CD40、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD160、CD19、IL2Rベータ、IL2Rガンマ、IL7Rα、ITGA1、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、PAG/Cbp、NKG2D、NKG2CおよびCD19の少なくとも膜貫通領域を含み得る。
ある例において、膜貫通ドメインは、ヒンジ、例えば、ヒトタンパク質からのヒンジを介して、CARの細胞外領域、例えば、CARの抗原結合ドメインに結合できる。例えば、ある態様において、ヒンジは、ヒトIg(免疫グロブリン)ヒンジ、例えば、IgG4ヒンジまたはCD8aヒンジであり得る。ある態様において、ヒンジまたはスペーサーを含む(例えば、これからなる)配列番号2のアミノ酸配列。ある面において、膜貫通ドメインは、配列番号6の膜貫通ドメインを含む(例えば、これからなる)。
ある面において、ヒンジまたはスペーサーは、IgG4ヒンジを含む。例えば、ある態様において、ヒンジまたはスペーサーは、アミノ酸配列ESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKM(配列番号3)のヒンジを含む。ある態様において、ヒンジまたはスペーサーは、GAGAGCAAGTACGGCCCTCCCTGCCCCCCTTGCCCTGCCCCCGAGTTCCTGGGCGGACCCAGCGTGTTCCTGTTCCCCCCCAAGCCCAAGGACACCCTGATGATCAGCCGGACCCCCGAGGTGACCTGTGTGGTGGTGGACGTGTCCCAGGAGGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCACAACGCCAAGACCAAGCCCCGGGAGGAGCAGTTCAATAGCACCTACCGGGTGGTGTCCGTGCTGACCGTGCTGCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAATACAAGTGTAAGGTGTCCAACAAGGGCCTGCCCAGCAGCATCGAGAAAACCATCAGCAAGGCCAAGGGCCAGCCTCGGGAGCCCCAGGTGTACACCCTGCCCCCTAGCCAAGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTGTCCCTGACCTGCCTGGTGAAGGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAACGGCCAGCCCGAGAACAACTACAAGACCACCCCCCCTGTGCTGGACAGCGACGGCAGCTTCTTCCTGTACAGCCGGCTGACCGTGGACAAGAGCCGGTGGCAGGAGGGCAACGTCTTTAGCTGCTCCGTGATGCACGAGGCCCTGCACAACCACTACACCCAGAAGAGCCTGAGCCTGTCCCTGGGCAAGATG(配列番号14)のヌクレオチド配列によりコードされたヒンジを含む。
ある面において、ヒンジまたはスペーサーは、IgDヒンジを含む。例えば、ある態様において、ヒンジまたはスペーサーは、アミノ酸配列RWPESPKAQASSVPTAQPQAEGSLAKATTAPATTRNTGRGGEEKKKEKEKEEQEERETKTPECPSHTQPLGVYLLTPAVQDLWLRDKATFTCFVVGSDLKDAHLTWEVAGKVPTGGVEEGLLERHSNGSQSQHSRLTLPRSLWNAGTSVTCTLNHPSLPPQRLMALREPAAQAPVKLSLNLLASSDPPEAASWLLCEVSGFSPPNILLMWLEDQREVNTSGFAPARPPPQPGSTTFWAWSVLRVPAPPSPQPATYTCVVSHEDSRTLLNASRSLEVSYVTDH(配列番号4)のヒンジを含む。ある態様において、ヒンジまたはスペーサーは、AGGTGGCCCGAAAGTCCCAAGGCCCAGGCATCTAGTGTTCCTACTGCACAGCCCCAGGCAGAAGGCAGCCTAGCCAAAGCTACTACTGCACCTGCCACTACGCGCAATACTGGCCGTGGCGGGGAGGAGAAGAAAAAGGAGAAAGAGAAAGAAGAACAGGAAGAGAGGGAGACCAAGACCCCTGAATGTCCATCCCATACCCAGCCGCTGGGCGTCTATCTCTTGACTCCCGCAGTACAGGACTTGTGGCTTAGAGATAAGGCCACCTTTACATGTTTCGTCGTGGGCTCTGACCTGAAGGATGCCCATTTGACTTGGGAGGTTGCCGGAAAGGTACCCACAGGGGGGGTTGAGGAAGGGTTGCTGGAGCGCCATTCCAATGGCTCTCAGAGCCAGCACTCAAGACTCACCCTTCCGAGATCCCTGTGGAACGCCGGGACCTCTGTCACATGTACTCTAAATCATCCTAGCCTGCCCCCACAGCGTCTGATGGCCCTTAGAGAGCCAGCCGCCCAGGCACCAGTTAAGCTTAGCCTGAATCTGCTCGCCAGTAGTGATCCCCCAGAGGCCGCCAGCTGGCTCTTATGCGAAGTGTCCGGCTTTAGCCCGCCCAACATCTTGCTCATGTGGCTGGAGGACCAGCGAGAAGTGAACACCAGCGGCTTCGCTCCAGCCCGGCCCCCACCCCAGCCGGGTTCTACCACATTCTGGGCCTGGAGTGTCTTAAGGGTCCCAGCACCACCTAGCCCCCAGCCAGCCACATACACCTGTGTTGTGTCCCATGAAGATAGCAGGACCCTGCTAAATGCTTCTAGGAGTCTGGAGGTTTCCTACGTGACTGACCATT(配列番号15)のヌクレオチド配列によりコードされたヒンジを含む。
ある面において、膜貫通ドメインは組み換えであってよく、その場合、ロイシンおよびバリンのような疎水性残基を優勢に含む。ある面において、フェニルアラニン、トリプトファンおよびバリンのトリプレットを、組み換え膜貫通ドメインの各末端に見ることができる。
場合により、2~10アミノ酸長の短オリゴまたはポリペプチドリンカーが、CARの膜貫通ドメインと細胞質領域の間に結合を形成し得る。グリシン-セリンダブレットは特に適当なリンカーを提供する。例えば、ある面において、リンカーは、GGGGSGGGGSのアミノ酸配列を含む(配列番号5)。ある態様において、リンカーは、GGTGGCGGAGGTTCTGGAGGTGGAGGTTCCのヌクレオチド配列によりコードされる(配列番号16)。
ある面において、ヒンジまたはスペーサーは、KIR2DS2ヒンジを含む。
細胞質ドメイン
本CARの細胞質ドメインまたは領域は、細胞内シグナル伝達ドメインを含む。細胞内シグナル伝達ドメインは、CARが導入されている免疫細胞の正常エフェクター機能の少なくとも一つの活性化ができる。
本発明のCARにおいて使用する細胞内シグナル伝達ドメインの例は、T細胞受容体(TCR)および抗原受容体結合後にシグナル伝達を開始するために協調して働く共受容体の細胞質配列ならびにこれらのあらゆる誘導体またはバリアントおよび同じ機能的能力を有するあらゆる組み換え配列を含む。
TCR単独により産生されたシグナルはT細胞の完全活性化には不十分であり、二次および/または共刺激性シグナルも必要であることが知られる。それゆえに、T細胞活性化は、2つの異なるクラスの細胞質シグナル伝達配列が介在するということができる:TCR(初代細胞内シグナル伝達ドメイン)を介して抗原依存性一次活性化を開始するものおよび二次または共刺激性シグナル(二次細胞質ドメイン、例えば、共刺激ドメイン)を提供するように抗原非依存的方法で作用するもの。
一次シグナル伝達ドメインは、TCR複合体の一次活性化を刺激性方向または阻害性方向のいずれかで制御する。刺激性方向で作用する初代細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフまたはITAMとして知られるシグナル伝達モチーフを含み得る。
本発明において特に有用であるITAM含有初代細胞内シグナル伝達ドメインの例は、TCRゼータ、FcRガンマ、FcRベータ、CD3ガンマ、CD3デルタ、CD3イプシロン、CD5、CD22、CD79a、CD79b、CD278(“ICOS”としても知られる)、FcεRI、DAP10、DAP12およびCD66dのものを含む。ある態様において、本発明のCARは、細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、CD3ゼータの一次シグナル伝達ドメインを含む。
ある態様において、一次シグナル伝達ドメインは、天然ITAMドメインと比較して改変された(例えば、増加または減少した)活性を有する、修飾ITAMドメイン、例えば、変異ITAMドメインを含む。ある態様において、一次シグナル伝達ドメイン修飾ITAM含有初代細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、最適化および/または切断されたITAM含有初代細胞内シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、一次シグナル伝達ドメインは、1、2、3、4またはそれ以上のITAMモチーフを含む。
本発明で特に有用である初代細胞内シグナル伝達ドメインを含む分子のさらなる例は、DAP10、DAP12およびCD32のものを含む。
CARの細胞内シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン、例えば、CD3ゼータシグナル伝達ドメインをそれ自体で含むことができまたは本発明のCARの状況において有用な任意の他の所望の細胞内シグナル伝達ドメインと組み合わせ得る。例えば、CARの細胞内シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン、例えば、CD3ゼータ鎖部分および共刺激性シグナル伝達ドメインを含み得る。共刺激性シグナル伝達ドメインは、共刺激性分子の細胞内ドメインを含むCARの部分をいう。共刺激性分子は、リンパ球の抗原に対する効率的応答に必要な、抗原受容体またはそのリガンド以外の細胞表面分子である。このような分子の例は、HCクラスI分子、TNF受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ性活性化分子(SLAMタンパク質)、活性化NK細胞受容体、BTLA、Tollリガンド受容体、OX40、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、4-1BB(CD137)、B7-H3、CDS、ICAM-1、ICOS(CD278)、GITR、BAFFR、LIGHT、HVEM(LIGHTR)、KIRDS2、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD19、CD4、CD8アルファ、CD8ベータ、IL2Rベータ、IL2Rガンマ、IL7Rアルファ、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19aおよびCD83と特異的に結合するリガンドを含む。例えば、CD27共刺激は、インビトロでヒトCART細胞の拡張、エフェクター機能および生存を増強し、インビボでヒトT細胞残留性および抗腫瘍活性を増強することが示されている(Song et al. Blood. 2012; 119(3):696-706)。
本発明のCARの細胞質部分内の細胞内シグナル伝達配列は、互いに無作為にまたは特定の順序で連結し得る。場合により、例えば、2~10アミノ酸(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9または10アミノ酸)長の短オリゴまたはポリペプチドリンカーは、細胞内シグナル伝達配列間に結合を形成し得る。ある態様において、グリシン-セリンダブレットを適当なリンカーとして使用できる。ある態様において、単一アミノ酸、例えば、アラニン、グリシンを適当なリンカーとして使用できる。
ある面において、細胞内シグナル伝達ドメインは、2以上、例えば、2、3、4、5またはそれ以上の共刺激性シグナル伝達ドメインを含むように設計される。ある態様において、2以上、例えば、2、3、4、5または以上の共刺激性シグナル伝達ドメインは、リンカー分子、例えば、ここに記載するリンカー分子により分けられる。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、2つの共刺激性シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、リンカー分子はグリシン残基である。ある態様において、リンカー分子はアラニン残基である。
ある面において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ゼータのシグナル伝達ドメインおよびCD28のシグナル伝達ドメインを含むように設計される。ある面において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ゼータのシグナル伝達ドメインおよび4-1BBのシグナル伝達ドメインを含むように設計される。ある面において、4-1BBのシグナル伝達ドメインは、配列番号7のシグナル伝達ドメインである。ある面において、CD3ゼータのシグナル伝達ドメインは、配列番号9(変異体CD3ゼータ)または配列番号10(野生型ヒトCD3ゼータ)のシグナル伝達ドメインである。
ある面において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ゼータのシグナル伝達ドメインおよびCD27のシグナル伝達ドメインを含むように設計される。ある面において、CD27のシグナル伝達ドメインは、QRRKYRSNKGESPVEPAEPCRYSCPREEEGSTIPIQEDYRKPEPACSP(配列番号8)のアミノ酸配列を含む。ある面において、CD27のシグナル伝達ドメインは、AGGAGTAAGAGGAGCAGGCTCCTGCACAGTGACTACATGAACATGACTCCCCGCCGCCCCGGGCCCACCCGCAAGCATTACCAGCCCTATGCCCCACCACGCGACTTCGCAGCCTATCGCTCC(配列番号19)の核酸配列によりコードされる。
ある面において、CD27のシグナル伝達ドメインは、QRRKYRSNKGESPVEPAEPCRYSCPREEEGSTIPIQEDYRKPEPACSP(配列番号8)のアミノ酸配列を含む。
ある面において、CD27のシグナル伝達ドメインは、AGGAGTAAGAGGAGCAGGCTCCTGCACAGTGACTACATGAACATGACTCCCCGCCGCCCCGGGCCCACCCGCAAGCATTACCAGCCCTATGCCCCACCACGCGACTTCGCAGCCTATCGCTCC(配列番号19)の核酸配列によりコード化される。
ある面において、細胞内は、CD3ゼータのシグナル伝達ドメインおよびCD28のシグナル伝達ドメインを含むように設計される。ある面において、CD28のシグナル伝達ドメインは、配列番号379のアミノ酸配列を含む。ある面において、CD28のシグナル伝達ドメインは、配列番号380の核酸配列によりコードされる。
ある面において、細胞内は、CD3ゼータのシグナル伝達ドメインおよびICOSのシグナル伝達ドメインを含むように設計される。ある面において、CD28のシグナル伝達ドメインは、配列番号381のアミノ酸配列を含む。ある面において、ICOSのシグナル伝達ドメインは、配列番号382の核酸配列によりコードされる。
ある面において、ここに記載するCAR発現細胞は、さらに第二CAR、例えば、同じ標的(CD123)または異なる標的(例えば、CD19、CD33、CLL-1、CD34、FLT3または葉酸受容体ベータ)に対する、例えば、第二CARの異なる抗原結合ドメインを含み得る。ある態様において、第二CARは、例えば、CD19、CD33、CLL-1、CD34、FLT3または葉酸受容体ベータのような、急性骨髄性白血病細胞に発現される標的に対する抗原結合ドメインを含む。ある態様において、CAR発現細胞は、第一抗原を標的とし、共刺激性シグナル伝達ドメインを有するが、一次シグナル伝達ドメインを有しない細胞内シグナル伝達ドメインを含む第一CARおよび第二の、異なる、抗原を標的とし、一次シグナル伝達ドメインを有するが、共刺激性シグナル伝達ドメインを有しない細胞内シグナル伝達ドメインを含む第二CARを含む。理論に縛られることを望まないが、第一CARへの共刺激性シグナル伝達ドメイン、例えば、4-1BB、CD28、CD27、ICOSまたはOX-40および一次シグナル伝達ドメイン、例えば、CD3ゼータの第二CARへの配置は、両標的が発現される細胞に対してCAR活性を制限する。ある態様において、CAR発現細胞は、CD123結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび共刺激性ドメインを含む第一CD123 CARおよびCD123以外の抗原(例えば、AML細胞に発現される抗原、例えば、CD19、CD33、CLL-1、CD34、FLT3または葉酸受容体ベータ)を標的とし、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む第二CARを含む。他の態様において、CAR発現細胞は、CD123結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む第一CD123 CARおよびCD123以外の抗原(例えば、AML細胞に発現される抗原、例えば、CD19、CD33、CLL-1、CD34、FLT3または葉酸受容体ベータ)を標的とし、抗原に対する抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび共刺激性シグナル伝達ドメインを含む第二CARを含む。
ある態様において、CAR発現細胞は、ここに記載するCD123および阻害性CARを含む。ある態様において、阻害性CARは、正常細胞、例えば、CD123をまた発現する正常細胞に見られるが、癌細胞に見られない抗原に結抗原結合ドメイン合する抗原結合ドメインを含む。ある態様において、阻害性CARは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび阻害分子の細胞内ドメインを含む。例えば、阻害性CARの細胞内ドメインは、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFR(例えば、TGFRベータ)の細胞内ドメインであり得る。
ある態様において、CAR発現細胞が2以上の異なるCARを含むとき、種々のCARの抗原結合ドメインは、抗原結合ドメインが互いに相互作用しないようなものである。例えば、第一および第二CARを発現する細胞は、第二CARの抗原結合ドメイン、例えば、VHHである第二CARの抗原結合ドメインと結合を形成しない、例えば、フラグメント、例えば、scFvとしての第一CARの抗原結合ドメインを有し得る。
ある態様において、抗原結合ドメインは、単一ドメイン抗原結合(SDAB)分子を含み、相補的決定領域が単一ドメインポリペプチドの一部である分子を含む。例は、重鎖可変ドメイン、軽鎖を天然に欠く結合分子、慣用の4鎖抗体由来の単一ドメイン、操作されたドメインおよび抗体由来のもの以外の単一ドメインスキャフォールドを含むが、これらに限定されない。SDAB分子は、当分野のまたは将来的な単一ドメイン分子であり得る。SDAB分子は、マウス、ヒト、ラクダ、ラマ、ヤツメウナギ、魚類、サメ、ヤギ、ウサギおよびウシを含むが、これらに限定されない任意の種由来であり得る。この用語はまたラクダ科およびサメ以外の種由来の天然に存在する単一ドメイン抗体分子も含む
ある面において、SDAB分子は、例えば、サメの血清に見られる新規抗原受容体(NAR)として知られる免疫グロブリンアイソタイプ由来であるような、魚類で見られる免疫グロブリンの可変領域に由来し得る。NAR(“IgNAR”)の可変領域由来の単一ドメイン分子を製造する方法は、WO03/014161号およびStreltsov (2005) Protein Sci. 14:2901-2909に記載されている。
他の面によって、SDAB分子は、軽鎖を欠く重鎖として知られる天然に存在する単一ドメイン抗原結合分子である。このような単一ドメイン分子は、例えば、WO9404678号およびHamers-Casterman, C. et al. (1993) Nature 363:446-448に記載されている。明確化するために、天然に軽鎖を欠く重鎖分子由来のこの可変ドメインは、ここでは、4鎖免疫グロブリンの慣用のVHと区別するために、VHHまたはナノボディとして知られる。このようなVHH分子は、ラクダ科種、例えばラクダ、ラマ、ヒトコブラクダ、アルパカおよびグアナコ由来であり得る。ラクダ科以外の他の種は天然に軽鎖を欠く重鎖分子を産生し得、このようなVHHは本発明の範囲内である。
SDAB分子は、組み換え、CDR移植、ヒト化、ラクダ化、脱免疫化および/またはインビトロ産生され得る(例えば、ファージディスプレーにより選択)。
受容体の抗原結合ドメイン間を相互作用する抗原結合ドメインを含む複数のキメラ膜包埋受容体を有する細胞は、例えば、抗原結合ドメインの1以上がその同族抗原に結合することを阻止するため、望ましくない可能性があることも判明した。よって、ここに開示されるのは、このような相互作用を最小化する、抗原結合ドメインを含む第一および第二の天然に存在しないキメラ膜包埋受容体を有する細胞である。またここに開示されるのは、このような相互作用を最小化する抗原結合ドメインを含む第一および第二の天然に存在しないキメラ膜包埋受容体をコードする核酸ならびにこのような細胞および核酸を製造および使用する方法である。ある態様において、該第一および第二の天然に存在しないキメラ膜包埋受容体の抗原結合ドメインの一方はscFvを含み、他方は単一VHドメイン、例えば、ラクダ科、サメもしくはヤツメウナギ単一VHドメインまたはヒトもしくはマウス配列由来の単一VHドメインを含む。
ある態様において、本発明は第一および第二CARを含み、ここで、該第一CARおよび該第二CARの一方の抗原結合ドメインは、可変軽ドメインおよび可変重ドメインを含まない。ある態様において、該第一CARおよび該第二CARの一方の抗原結合ドメインはscFvであり、他方はscFvではない。ある態様において、該第一CARおよび該第二CARの一方の抗原結合ドメインは、単一VHドメイン、例えば、ラクダ科、サメもしくはヤツメウナギ単一VHドメインまたはヒトもしくはマウス配列由来の単一VHドメインを含む。ある態様において、該第一CARおよび該第二CARの一方の抗原結合ドメインは、ナノボディを含む。ある態様において、該第一CARおよび該第二CARの一方の抗原結合ドメインは、ラクダ科VHHドメインを含む。
ある態様において、該第一CARおよび該第二CARの一方の抗原結合ドメインはscFvを含み、他方は単一VHドメイン、例えば、ラクダ科、サメもしくはヤツメウナギ単一VHドメインまたはヒトもしくはマウス配列由来の単一VHドメインを含む。ある態様において、該第一CARおよび該第二CARの一方の抗原結合ドメインはscFvを含み、他方はナノボディを含む。ある態様において、該第一CARおよび該第二CARの一方の抗原結合ドメインはscFvを含み、他方はラクダ科VHHドメインを含む。
ある態様において、細胞の表面上に存在するとき、該第一CARの抗原結合ドメインのその同族抗原への結合は、該第二CARの存在により実質的に低減されない。ある態様において、該第二CAR存在下の該第一CARの抗原結合ドメインのその同族抗原への結合は、該第二CAR非存在下の該第一CARの抗原結合ドメインのその同族抗原への結合の85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%である。
ある態様において、細胞の表面上に存在するとき、該第一CARおよび該第二CARの抗原結合ドメインは、両者がscFv抗原結合ドメインである場合より少なく互いに結合する。ある態様において、該第一CARおよび該第二CARの抗原結合ドメインは、両者がscFv抗原結合ドメインである場合より85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%少なく互いに結合する。
他の面において、ここに記載するCAR発現細胞は、他の薬剤、例えば、CAR発現細胞の活性を増強する薬剤をさらに発現できる。例えば、ある態様において、薬剤は、阻害分子を阻害する薬剤であり得る。阻害分子、例えば、PD1は、CAR発現細胞が免疫エフェクター応答を開始する能力を減少させ得る。阻害分子の例は、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFR(例えば、TGFRベータ)を含む。ある態様において、阻害分子を阻害する薬剤は、例えば、ここに記載する分子、例えば、細胞に正のシグナルを提供する第二ポリペプチド、例えば、ここに記載する細胞内シグナル伝達ドメインに結合した、第一ポリペプチド、例えば、阻害分子を含む薬剤である。ある態様において、薬剤は、例えば、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFR(例えば、TGFRベータ)タまたはこれらのいずれかのフラグメント(例えば、これらのいずれかの少なくとも細胞外ドメインの部分)のような阻害分子の第一ポリペプチドおよびここに記載する細胞内シグナル伝達ドメインである第二ポリペプチド(例えば、共刺激ドメイン(例えば、ここに記載するような、例えば、41BB、CD27またはCD28)および/または一次シグナル伝達ドメイン(例えば、ここに記載するCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む)である第二ポリペプチドを含む。ある態様において、薬剤は、PD1またはそのフラグメント(例えば、PD1の少なくとも細胞外ドメインの部分)の第一ポリペプチドならびにここに記載する細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、ここに記載するCD28シグナル伝達ドメインおよび/またはここに記載するCD3ゼータシグナル伝達ドメイン)の第二ポリペプチドを含む。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞は、例えば、引用によりその全体を本明細書に包含させるWO2013/019615号に記載のような、スイッチ共刺激性受容体を含む。PD1は、CD28、CTLA-4、ICOSおよびBTLAも含む受容体のCD28ファミリーの阻害性メンバーである。PD-1は、活性化B細胞、T細胞および骨髄細胞に発現される(Agata et al. 1996 Int. Immunol 8:765-75)。PD1に対する2リガンド、PD-L1およびPD-L2は、PD1への結合によりT細胞活性化を下方制御することが示されている(Freeman et al. 2000 J Exp Med 192:1027-34; Latchman et al. 2001 Nat Immunol 2:261-8; Carter et al. 2002 Eur J Immunol 32:634-43)。PD-L1は、ヒト癌において豊富である(Dong et al. 2003 J Mol Med 81:281-7; Blank et al. 2005 Cancer Immunol. Immunother 54:307-314; Konishi et al. 2004 Clin Cancer Res 10:5094)。免疫抑制は、PD1とPD-L1の局所相互作用の阻害により逆転できる。
ある態様において、阻害分子、例えば、プログラム細胞死1(PD1)の細胞外ドメイン(ECD)を含む薬剤を、膜貫通ドメインおよび41BBおよびCD3ゼータのような細胞内シグナル伝達ドメインに融合できる(ここでは、PD1 CARと称する)。ある態様において、PD1 CARは、ここに記載するCD123と組み合わせで使用したとき、CAR発現細胞、例えば、T細胞またはNK細胞の残留性を改善する。ある態様において、CARは、配列番号24において下線で示すPD1の細胞外ドメインを含むPD1 CARである。ある態様において、PD1 CARは、配列番号24のアミノ酸配列を含む。
Malpvtalllplalllhaarppgwfldspdrpwnpptfspallvvtegdnatftcsfsntsesfvlnwyrmspsnqtdklaafpedrsqpgqdcrfrvtqlpngrdfhmsvvrarrndsgtylcgaislapkaqikeslraelrvterraevptahpspsprpagqfqtlvtttpaprpptpaptiasqplslrpeacrpaaggavhtrgldfacdiyiwaplagtcgvlllslvitlyckrgrkkllyifkqpfmrpvqttqeedgcscrfpeeeeggcelrvkfsrsadapaykqgqnqlynelnlgrreeydvldkrrgrdpemggkprrknpqeglynelqkdkmaeayseigmkgerrrgkghdglyqglstatkdtydalhmqalppr(配列番号24)。
ある態様において、PD1 CARは、下記アミノ酸配列を含む(配列番号22)。
pgwfldspdrpwnpptfspallvvtegdnatftcsfsntsesfvlnwyrmspsnqtdklaafpedrsqpgqdcrfrvtqlpngrdfhmsvvrarrndsgtylcgaislapkaqikeslraelrvterraevptahpspsprpagqfqtlvtttpaprpptpaptiasqplslrpeacrpaaggavhtrgldfacdiyiwaplagtcgvlllslvitlyckrgrkkllyifkqpfmrpvqttqeedgcscrfpeeeeggcelrvkfsrsadapaykqgqnqlynelnlgrreeydvldkrrgrdpemggkprrknpqeglynelqkdkmaeayseigmkgerrrgkghdglyqglstatkdtydalhmqalppr(配列番号22)。
ある態様において、薬剤は、PD1 CAR、例えば、ここに記載するPD1 CARをコードする核酸配列を含む。ある態様において、PD1 CARの核酸配列を下に示し、PD1 ECDを下記配列番号23で下線を引く。
atggccctccctgtcactgccctgcttctccccctcgcactcctgctccacgccgctagaccacccggatggtttctggactctccggatcgcccgtggaatcccccaaccttctcaccggcactcttggttgtgactgagggcgataatgcgaccttcacgtgctcgttctccaacacctccgaatcattcgtgctgaactggtaccgcatgagcccgtcaaaccagaccgacaagctcgccgcgtttccggaagatcggtcgcaaccgggacaggattgtcggttccgcgtgactcaactgccgaatggcagagacttccacatgagcgtggtccgcgctaggcgaaacgactccgggacctacctgtgcggagccatctcgctggcgcctaaggcccaaatcaaagagagcttgagggccgaactgagagtgaccgagcgcagagctgaggtgccaactgcacatccatccccatcgcctcggcctgcggggcagtttcagaccctggtcacgaccactccggcgccgcgcccaccgactccggccccaactatcgcgagccagcccctgtcgctgaggccggaagcatgccgccctgccgccggaggtgctgtgcatacccggggattggacttcgcatgcgacatctacatttgggctcctctcgccggaacttgtggcgtgctccttctgtccctggtcatcaccctgtactgcaagcggggtcggaaaaagcttctgtacattttcaagcagcccttcatgaggcccgtgcaaaccacccaggaggaggacggttgctcctgccggttccccgaagaggaagaaggaggttgcgagctgcgcgtgaagttctcccggagcgccgacgcccccgcctataagcagggccagaaccagctgtacaacgaactgaacctgggacggcgggaagagtacgatgtgctggacaagcggcgcggccgggaccccgaaatgggcgggaagcctagaagaaagaaccctcaggaaggcctgtataacgagctgcagaaggacaagatggccgaggcctactccgaaattgggatgaagggagagcggcggaggggaaaggggcacgacggcctgtaccaaggactgtccaccgccaccaaggacacatacgatgccctgcacatgcaggcccttccccctcgc(配列番号23)。
他の面において、本発明は、CAR発現細胞、例えば、CART細胞またはCAR発現NK細胞の集団を提供する。ある態様において、CAR発現細胞の集団は、種々のCARを発現する細胞の混合物を含む。例えば、ある態様において、CAR発現細胞の集団(例えば、CART細胞またはCAR発現NK細胞)は、ここに記載するCD123結合ドメインを有するCARを発現する第一細胞および異なるCD123結合ドメイン、例えば、第一細胞により発現されるCARにおけるCD123結合ドメインと異なるここに記載するCD123結合ドメインを有するCARを発現する第二細胞を含み得る。他の例として、CAR発現細胞の集団は、例えば、ここに記載するような、CD123結合ドメインを含むCARを発現する第一細胞およびCD123以外の標的(例えば、CD33、CD34、CLL-1、FLT3または葉酸受容体ベータ)に対する抗原結合ドメインを含むCARを発現する第二細胞を含み得る。ある態様において、CAR発現細胞の集団は、例えば、初代細胞内シグナル伝達ドメインを含むCARを発現する第一細胞および二次シグナル伝達ドメインを含むCARを発現する第二細胞、例えば、共刺激性シグナル伝達ドメインを含む。
他の面において、本発明は細胞の集団を提供し、ここで、集団内の少なくとも1細胞は、ここに記載するCD123ドメインを有するCARを発現し、第二細胞は他の薬剤、例えば、CAR発現細胞の活性を増強する薬剤を発現する。例えば、ある態様において、薬剤は、阻害分子を阻害する薬剤であり得る。阻害分子は、例えば、CAR発現細胞が免疫エフェクター応答を開始する能力を減少させ得る。阻害分子の例は、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFR(例えば、TGFRベータ)を含む。ある態様において、阻害分子を阻害する薬剤は、例えば、ここに記載される分子、例えば、薬剤は、細胞に正のシグナルを提供する第二ポリペプチド、例えば、ここに記載する細胞内シグナル伝達ドメインに結合した、第一ポリペプチド、例えば、阻害分子を含む。ある態様において、薬剤は、例えば、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFR(例えば、TGFRベータ)のような阻害性分子またはこれらのいずれかのフラグメント(例えば、これらのいずれかの少なくとも細胞外ドメインの部分)のような阻害分子の第一ポリペプチドおよびここに記載する細胞内シグナル伝達ドメインである第二ポリペプチド(例えば、共刺激ドメイン(例えば、ここに記載するような、例えば、41BB、CD27またはCD28)および/または一次シグナル伝達ドメイン(例えば、ここに記載するCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む)である第二ポリペプチドを含む。ある態様において、薬剤は、PD1またはそのフラグメント(例えば、PD1の少なくとも細胞外ドメインの部分)の第一ポリペプチドおよびここに記載する細胞内シグナル伝達ドメインの第二ポリペプチド(例えば、ここに記載するCD28シグナル伝達ドメインおよび/またはここに記載するCD3ゼータシグナル伝達ドメイン)を含む。
ある面において、本発明は、他の薬剤、例えば、ここに記載するキナーゼ阻害剤のようなキナーゼ阻害剤と組み合わせて、CAR発現細胞の集団、例えば、CART細胞またはCAR発現NK細胞、例えば、種々のCARを発現する細胞の混合物を投与することを含む、方法を提供する。他の面において、本発明は、集団内の少なくとも1細胞がここに記載するような抗癌関連抗原結合ドメインを有するCARを発現し、第二細胞が他の薬剤、例えば、CAR発現細胞の活性を増強する薬剤を発現する細胞の集団を、他の薬剤、例えば、ここに記載するキナーゼ阻害剤のようなキナーゼ阻害剤と組み合わせて投与することを含む、方法を提供する。
ナチュラルキラー細胞受容体(NKR)CAR
ある態様において、ここに記載するCAR分子はナチュラルキラー細胞受容体(NKR)の1以上の成分を含み、それによりNKR-CARを形成する。NKR成分は、次のナチュラルキラー細胞受容体のいずれか由来の膜貫通ドメイン、ヒンジドメインまたは細胞質ドメインであり得る:キラー細胞免疫グロブリン様受容体(KIR)、例えば、KIR2DL1、KIR2DL2/L3、KIR2DL4、KIR2DL5A、KIR2DL5B、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、DIR2DS5、KIR3DL1/S1、KIR3DL2、KIR3DL3、KIR2DP1およびKIR3DP1;天然細胞傷害性受容体(NCR)、例えば、NKp30、NKp44、NKp46;免疫細胞受容体のシグナル伝達リンパ球活性化分子(SLAM)ファミリー、例えば、CD48、CD229、2B4、CD84、NTB-A、CRACC、BLAMEおよびCD2F-10;Fc受容体(FcR)、例えば、CD16およびCD64;およびLy49受容体、例えば、LY49A、LY49C。ここに記載するNKR-CAR分子は、アダプター分子または細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、DAP12と相互作用し得る。NKR要素を含むCAR分子の配置および配列の例は国際公開WO2014/145252号に記載され、その内容を引用により本明細書に包含させる。
スプリットCAR
ある態様において、CAR発現細胞は、スプリットCARを使用する。スプリットCARアプローチは、引用により本明細書に包含させる公報WO2014/055442号およびWO2014/055657号により詳細に記載されている。簡潔には、スプリットCAR系は、第一抗原結合ドメインおよび共刺激ドメイン(例えば、41BB)を有する第一CARを発現する細胞を含み、細胞はまた第二抗原結合ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、CD3ゼータ)を有する第二CARも発現する。細胞が第一抗原に遭遇したとき、共刺激ドメインが活性化され、細胞が増殖する。細胞が第二抗原に遭遇したとき、細胞内シグナル伝達ドメインが活性化され、殺細胞活性が開始される。それゆえに、CAR発現細胞は、両抗原存在下でのみ完全活性化される。ある態様において、第一抗原結合ドメインCD123を認識し、例えば、ここに記載する抗原結合ドメインを含み、第二抗原結合ドメインは、急性骨髄白血病細胞で発現される抗原、例えば、CLL-1、CD33、CD34、FLT3または葉酸受容体ベータを認識する。ある態様において、第一抗原結合ドメインCD123を認識し、例えば、ここに記載する抗原結合ドメインを含み、第二抗原結合ドメインは、B細胞で発現される抗原、例えば、CD19、CD20、CD22またはROR1を認識する。
キメラ抗原受容体を制御するための戦略
CAR活性が制御され得る多くの方法がある。ある態様において、CAR活性が制御できる制御可能CAR(RCAR)は、CAR治療の安全性および有効性を最適化するために望ましい。例えば、例えば、二量体化ドメインに融合した、カスパーゼを使用するアポトーシスの誘導(例えば、Di et al., N Engl. J. Med. 2011 Nov. 3; 365(18):1673-1683参照)を、本発明のCAR治療における安全スイッチとして使用できる。他の例において、CAR発現細胞はまた誘導性カスパーゼ-9(iCaspase-9)分子も発現でき、これは、二量体化因子薬物(例えば、rimiducid(AP1903(Bellicum Pharmaceuticals)またはAP20187(Ariad)とも呼ばれる)の投与により、細胞のカスパーゼ-9活性化およびアポトーシスに至る。iCaspase-9分子は、二量体化(CID)結合ドメインの化学誘導因子を含み、これは、CID存在下で二量体化に介在する。これは、CAR発現細胞の誘導的および選択的枯渇に至る。ある場合、iCaspase-9分子は、CARコードベクターと別の核酸分子によりコードされる。ある場合、iCaspase-9分子は、CARコードベクターと同じ核酸分子によりコードされる。iCaspase-9は、CAR発現細胞の何らかの毒性を避けるための安全スイッチを提供できる。例えば、Song et al. Cancer Gene Ther. 2008; 15(10):667-75; Clinical Trial Id. No. NCT02107963; およびDi Stasi et al. N. Engl. J. Med. 2011; 365:1673-83参照。
本発明のCAR治療を制御するための代替的戦略は、例えば、抗体依存性細胞傷害(ADCC)の誘発により、例えば、CAR発現細胞を消失させることにより、CAR活性の脱活性化または遮断する小分子または抗体の利用を含む。例えば、ここに記載するCAR発現細胞は、細胞死、例えば、ADCCまたは補体誘導性細胞死を誘発できる分子により認識される抗原も発現し得る。例えば、ここに記載するCAR発現細胞はまた抗体または抗体フラグメントにより標的化され得る受容体も発現し得る。このような受容体の例は、EpCAM、VEGFR、インテグリン(例えば、インテグリンανβ3、α4、αΙ3/4β3、α4β7、α5β1、ανβ3、αν)、TNF受容体スーパーファミリーのメンバー(例えば、TRAIL-R1、TRAIL-R2)、PDGF受容体、インターフェロン受容体、葉酸受容体、GPNMB、ICAM-1、HLA-DR、CEA、CA-125、MUC1、TAG-72、IL-6受容体、5T4、GD2、GD3、CD2、CD3、CD4、CD5、CD11、CD11a/LFA-1、CD15、CD18/ITGB2、CD19、CD20、CD22、CD23/lgE受容体、CD25、CD28、CD30、CD33、CD38、CD40、CD41、CD44、CD51、CD52、CD62L、CD74、CD80、CD125、CD147/ベイシジン、CD152/CTLA-4、CD154/CD40L、CD195/CCR5、CD319/SLAMF7およびEGFRおよびその切断バージョン(例えば、1以上の細胞外エピトープを保持するが、細胞質ドメイン内の1以上の領域を欠くバージョン)を含む。
例えば、ここに記載するCAR発現細胞は、シグナル伝達能力を欠くが、ADCCを誘発できる分子、例えば、セツキシマブ(アービタックス(登録商標))により認識されるエピトープを保持する切断型上皮細胞増殖因子受容体(EGFR)も発現し、その結果、セツキシマブの投与がADCCおよび続くCAR発現細胞の枯渇を誘発する(例えば、WO2011/056894号およびJonnalagadda et al., Gene Ther. 2013; 20(8)853-860参照)。他の戦略は、例えば、ADCCによりCAR発現細胞の選択的枯渇をもたらす、リツキシマブに結合する、ここに記載するCAR発現細胞におけるCD32およびCD20抗原両者からの標的エピトープをあわせる、高度に小型のマーカー/自殺遺伝子の発現を含む(例えば、Philip et al., Blood. 2014; 124(8)1277-1287参照)。ここに記載するCAR発現細胞を枯渇させる他の方法は、例えば、ADCC誘発により、破壊するために、成熟リンパ球、例えば、CAR発現細胞に選択的に結合し、標的とするモノクローナル抗CD52抗体であるキャンパス(登録商標)の投与を含む。他の態様において、CAR発現細胞は、CARリガンド、例えば、抗イディオタイプ抗体を使用して選択的に標的化され得る。ある態様において、抗イディオタイプ抗体は、エフェクター細胞活性、例えば、ADCCまたはADC活性を引き起こし、それによりCAR発現細胞数を減らすことができる。他の態様において、CARリガンド、例えば、抗イディオタイプ抗体は、細胞致死を誘発する薬剤、例えば、トキシンに結合させ、それによりCAR発現細胞数を減らすことができる。あるいは、CAR分子自体、下記のように、活性が制御され得る、例えば、活性化または遮断され得るように配置できる。
他の態様において、ここに記載するCAR発現細胞はまたT細胞除去剤により認識される標的タンパク質も発現し得る。ある態様において、標的タンパク質はCD20であり、T細胞除去剤は抗CD20抗体、例えば、リツキシマブである。このような態様において、T細胞除去剤を、CAR発現細胞を減少または除去する、例えば、CAR誘発毒性を軽減することが望まれるとき、投与する。他の態様において、T細胞除去剤は、抗CD52抗体、例えば、ここでの実施例に記載するように、アレムツズマブである。
他の態様において、RCARは、ここに記載する標準的CARの要素、例えば、抗原結合ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインが、別々のポリペプチドまたはメンバーに配置された、一連の、一般に最も単純な態様において2つの、ポリペプチドを含む。ある態様において、一連のポリペプチドは、二量体化分子存在下、互いにポリペプチドを結合できる、例えば、抗原結合ドメインを細胞内シグナル伝達ドメインに結合できる、二量体化スイッチを含む。このような制御可能CARのさらなる記載および例示定期配置は、ここにおよび、引用により本明細書にその全体を包含させる国際公開WO2015/090229号に提供される
ある面において、RCARは、2ポリペプチドまたはメンバーを含む:1)例えば、ここに記載する初代細胞内シグナル伝達ドメインおよび第一スイッチドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメイン2)例えば、ここに記載のような腫瘍抗原と特異的に結合する抗原結合ドメインおよび第二スイッチドメインを含む抗原結合メンバー。場合により、RCARは、ここに記載する膜貫通ドメインを含む。ある態様において、膜貫通ドメインは、細胞内シグナル伝達メンバー上、抗原結合メンバー上または両者の上に配置できる。(特に断らない限り、RCARのメンバーまたは要素がここに記載されるものであるとき、順番は記載したとおりであり得るが、他の順番も同様に含まれる。換言すると、ある態様において、順番は本書に記載のとおりであるが、他の態様において、順番は異なり得る。例えば、膜貫通領域の一端の要素の順番は例と異なってよく、例えば、細胞内シグナル伝達ドメインに対するスイッチドメインの配置は異なって、例えば逆でよい)。
ある態様において、第一および第二スイッチドメインは、細胞内または細胞外二量体化スイッチを形成できる。ある態様において、二量体化スイッチは、例えば、第一および第二スイッチドメインが同一であるホモ二量体化スイッチでも、例えば、第一および第二スイッチドメインが互いに異なるヘテロ二量体化スイッチでもよい。
ある態様において、RCARは、“多スイッチ”を含み得る。多スイッチは、ヘテロ二量体化スイッチドメインまたはホモ二量体化スイッチドメインを含み得る。多スイッチは、複数の、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9または10のスイッチドメインを、独立して、第一メンバー、例えば、抗原結合メンバーおよび第二メンバー、例えば、細胞内シグナル伝達メンバー上に含む。ある態様において、第一メンバーは複数の第一スイッチドメイン、例えば、FKBPベースのスイッチドメインを含んでよく、第二メンバーは複数の第二スイッチドメイン、例えば、FRBベースのスイッチドメインを含んでよい。ある態様において、第一メンバーは第一および第二スイッチドメイン、例えば、FKBPベースのスイッチドメインおよびFRBベースのスイッチドメインを含んでよく、第二メンバーは第一および第二スイッチドメイン、例えば、FKBPベースのスイッチドメインおよびFRBベースのスイッチドメインを含んでよい。
ある態様において、細胞内シグナル伝達メンバーは、1以上の細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、初代細胞内シグナル伝達ドメインおよび1以上の共刺激性シグナル伝達ドメインを含む。
ある態様において、抗原結合メンバーは、1以上の細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、1以上の共刺激性シグナル伝達ドメインを含み得る。ある態様において、抗原結合メンバーは、複数の、例えば、2または3の、例えば、4-1BB、CD28、CD27、ICOSおよびOX40から選択される、ここに記載する共刺激性シグナル伝達ドメインを含み、ある態様において、初代細胞内シグナル伝達ドメインを含まない。ある態様において、抗原結合メンバーは、細胞外から細胞内方向で、次の共刺激性シグナル伝達ドメインを含む:4-1BB-CD27;41BB-CD27;CD27-4-1BB;4-1BB-CD28;CD28-4-1BB;OX40-CD28;CD28-OX40;CD28-4-1BB;または4-1BB-CD28。このような態様において、細胞内結合メンバーはCD3ゼータドメインを含む。このような態様において、RCARは、(1)抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび2共刺激ドメインおよび第一スイッチドメインを含む抗原結合メンバー;および(2)膜貫通ドメインまたは膜繋留ドメインおよび少なくとも一つの初代細胞内シグナル伝達ドメインおよび第二スイッチドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含む。
ある態様は、抗原結合メンバーがCAR細胞表面に繋留されていないRCARを提供する。これは、細胞内シグナル伝達メンバーを有する細胞が、細胞を抗原結合メンバーをコードする配列で形質転換する必要なく、1以上の抗原結合ドメインと好都合に対合することを可能とする。このような態様において、RCARは1)第一スイッチドメイン、膜貫通ドメイン、細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、初代細胞内シグナル伝達ドメインおよび第一スイッチドメインを含む細胞内シグナル伝達メンバー;および2)抗原結合ドメインおよび第二スイッチドメインを含む抗原結合メンバーを含み、ここで、抗原結合メンバーは膜貫通ドメインまたは膜繋留ドメインを含まず、場合により細胞内シグナル伝達ドメインを含まない。ある態様において、RCARは、3)第二抗原結合ドメイン、例えば、抗原結合ドメインにより結合されるのと異なる抗原に結合する第二抗原結合ドメイン;および第二スイッチドメインを含む第二抗原結合メンバーをさらに含み得る。
またここで提供されるのは、抗原結合メンバーが二特異性活性化およびターゲティング能を含む、RCARである。この態様において、抗原結合メンバーは、複数の、例えば、2、3、4または5抗原結合ドメイン、例えば、scFvを含んでよく、ここで、各原結合ドメインは、標的抗原、例えば異なる抗原または同じ抗原、例えば、同じ抗原の同一または異なるエピトープに結合する。ある態様において、複数の抗原結合ドメインはタンデムであり、場合により、リンカーまたはヒンジ領域が抗原結合ドメインの各々の間に配置される。適当なリンカーおよびヒンジ領域は、ここに記載される。
ある態様は、増殖のスイッチングが可能な配置を有するRCARを提供する。この態様において、RCARは1)場合により、膜貫通ドメインまたは膜繋留ドメイン;例えば、4-1BB、CD28、CD27、ICOSおよびOX40およびスイッチドメインから選択される1以上の共刺激性シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達メンバー;および2)抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび初代細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、CD3ゼータドメインを含む抗原結合メンバーを含み、ここで、抗原結合メンバーはスイッチドメインを含まないまたは細胞内シグナル伝達メンバー上のスイッチドメインと二量体化するスイッチドメインを含まない。ある態様において、抗原結合メンバーは、共刺激性シグナル伝達ドメインを含まない。ある態様において、細胞内シグナル伝達メンバーは、ホモ二量体化スイッチからのスイッチドメインを含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達メンバーは、ヘテロ二量体化スイッチの第一スイッチドメインを含み、RCARは、ヘテロ二量体化スイッチの第二スイッチドメインを含む第二細胞内シグナル伝達メンバーを含む。このような態様において、第二細胞内シグナル伝達メンバーは、細胞内シグナル伝達メンバーと同じ細胞内シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、二量体化スイッチは細胞内である。ある態様において、二量体化スイッチは細胞外である。
ここに記載するRCAR配置のいずれかにおいて、第一および第二スイッチドメインは、ここに記載するようなFKBP-FRBベースのスイッチを含む。
またここで提供されるのは、ここに記載するRCARを含む細胞である。RCARを発現するように操作したあらゆる細胞を、RCARX細胞として使用できる。ある態様において、RCARX細胞はT細胞であり、RCART細胞と称する。ある態様において、RCARX細胞はNK細胞であり、RCARN細胞と称する。
またここで提供されるのは、RCARコード化配列を含む核酸およびベクターである。RCARの種々の要素をコードする配列は、同じ核酸分子、例えば、同じプラスミドまたはベクター、例えば、ウイルスベクター、例えば、レンチウイルスベクターに配置できる。ある態様において、(i)抗原結合メンバーをコードする配列および(ii)細胞内シグナル伝達メンバーをコードする配列は、同じ核酸、例えば、ベクターに存在できる。対応するタンパク質の産生は、例えば、別々のプロモーターの使用によりまたはバイシストロニック転写産物(これは、単一翻訳産物の開裂または2つの別々のタンパク質産物の翻訳により2タンパク質の産生を生じ得る)の使用により、達成できる。ある態様において、開裂可能ペプチドをコードする配列、例えば、P2AまたはF2A配列を、(i)と(ii)の間に配置する。ある態様において、IRES、例えば、EMCVまたはEV71 IRESをコードする配列を、(i)と(ii)の間に配置する。これらの態様において、(i)および(ii)は、単一RNAとして転写される。ある態様において、は、(i)および(ii)が別々のmRNAとして転写されるように、第一プロモーターは(i)に操作可能に連結し、第二プロモーターは(ii)に操作可能に連結する。
あるいは、RCARの種々の要素をコードする配列を、種々の核酸分子、例えば、異なるプラスミドまたはベクター、例えば、ウイルスベクター、例えば、レンチウイルスベクターに配置できる。例えば、(i)抗原結合メンバーをコードする配列を第一核酸、例えば、第一ベクターに配置でき、(ii)細胞内シグナル伝達メンバーをコードする配列は、第二核酸、例えば、第二ベクターに存在できる。
二量体化スイッチ
二量体化スイッチは非共有でも共有でもよい。非共有二量体化スイッチにおいて、二量体化分子は、スイッチドメイン間の非共有相互作用を促進する。共有二量体化スイッチにおいて、二量体化分子は、スイッチドメイン間の共有相互作用を促進する。
ある態様において、RCARは、FKBP/FRAPまたはFKBP/FRBベースの二量体化スイッチを含む。FKBP12(FKBPまたはFK506結合タンパク質)は、天然産物免疫抑制剤、ラパマイシンのための最初の細胞内標的として働く、豊富な細胞質タンパク質である。ラパマイシンは、FKBPおよび大PI3KホモログFRAP(RAFT、mTOR)に結合する。FRBは、FKBP-ラパマイシン複合体の結合のために十分であるFRAPの93アミノ酸部分である(Chen, J., Zheng, X. F., Brown, E. J. & Schreiber, S. L. (1995) Identification of an 11-kDa FKBP12-rapamycin-binding domain within the 289-kDa FKBP12-rapamycin-associated protein and characterization of a critical serine residue. Proc Natl Acad Sci U S A 92: 4947-51.)
ある態様において、FKBP/FRAP、例えば、FKBP/FRBベースのスイッチは、二量体化分子、例えば、ラパマイシンまたはラパマイシンアナログを使用できる。
FKBPのアミノ酸配列は次のとおりである。
D V P D Y A S L G G P S S P K K K R K V S R G V Q V E T I S P G D G R T F P K R G Q T C V V H Y T G M L E D G K K F D S S R D R N K P F K F M L G K Q E V I R G W E E G V A Q M S V G Q R A K L T I S P D Y A Y G A T G H P G I I P P H A T L V F D V E L L K L E T S Y(配列番号588)
ある態様において、FKBPスイッチドメインは、ラパマイシンまたはラパログ、例えば、配列番号配列番号588の下線部分の存在下、FRBまたはそのフラグメントまたはアナログと結合する能力を有するFKBPのフラグメントを含み、これは次のとおりである。
V Q V E T I S P G D G R T F P K R G Q T C V V H Y T G M L E D G K K F D S S R D R N K P F K F M L G K Q E V I R G W E E G V A Q M S V G Q R A K L T I S P D Y A Y G A T G H P G I I P P H A T L V F D V E L L K L E T S(配列番号589)
FRBのアミノ酸配列は次のとおりである。
ILWHEMWHEG LEEASRLYFG ERNVKGMFEV LEPLHAMMER GPQTLKETSF NQAYGRDLME AQEWCRKYMK SGNVKDLTQA WDLYYHVFRR ISK(配列番号590)
ここで使用する用語“FKBP/FRAP、例えば、FKBP/FRBベースのスイッチ”は、ラパマイシンまたはラパログ、例えば、RAD001の存在下、FRBまたはそのフラグメントまたはアナログと結合する能力を有するFKBPフラグメントまたはそのアナログを含み、配列番号配列番号54または55のFKBP配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一性を有するかまたは30、25、20、15、10、5、4、3、2または1アミノ酸残基を超えて異ならない第一スイッチドメイン;およびラパマイシンまたはラパログの存在下に、FRBまたはそのフラグメントまたはアナログと結合する能力を有するFRBフラグメントまたはそのアナログを含み、配列番号56のFRB配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一性を有するかまたは30、25、20、15、10、5、4、3、2または1アミノ酸残基を超えて異ならない第二スイッチドメインを含む、二量体化スイッチをいう。ある態様において、ここに記載するRCARは、配列番号588(または配列番号589)に開示するアミノ酸残基を含む1スイッチドメインおよび配列番号590に開示するアミノ酸残基を含む1スイッチドメインを含む。
ある態様において、FKBP/FRB二量体化スイッチは、FRBベースのスイッチドメイン、例えば、修飾FRBスイッチドメイン、FKBPベースのスイッチドメインおよび二量体化分子、例えば、ラパマイシンまたはラパログ、例えば、RAD001の間の複合体形成が変えられた、例えば、増強された、修飾FRBスイッチドメインを含む。ある態様において、修飾FRBスイッチドメインは、アミノ酸位置L2031、E2032、S2035、R2036、F2039、G2040、T2098、W2101、D2102、Y2105およびF2108から選択される、1以上の、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10またはそれ以上の変異を含み、ここで、野生型アミノ酸は、任意の他の天然に存在するアミノ酸への変異されている。ある態様において、変異体FRBはE2032に変異を含み、ここで、E2032は、フェニルアラニン(E2032F)、メチオニン(E2032M)、アルギニン(E2032R)、バリン(E2032V)、チロシン(E2032Y)、イソロイシン(E2032I)、例えば、配列番号591またはロイシン(E2032L)、例えば、配列番号592に変異されている。ある態様において、変異体FRBはT2098に変異を含み、ここで、T2098は、フェニルアラニン(T2098F)またはロイシン(T2098L)、例えば、配列番号593に変異されている。ある態様において、変異体FRBはE2032およびT2098に変異を含み、ここで、E2032は任意のアミノ酸に変異され、T2098は任意のアミノ酸に変異され、例えば、配列番号594である。ある態様において、変異体FRBはE2032IおよびT2098L変異を含み、例えば、配列番号595である。ある態様において、変異体FRBはE2032LおよびT2098L変異を含み、例えば、配列番号596である。
Figure 0007084138000066
他の適当な二量体化スイッチは、GyrB-GyrBベースの二量体化スイッチ、ジベレリンベースの二量体化スイッチ、タグ/バインダー二量体化スイッチおよびハロタグ/snapタグ二量体化スイッチを含む。ここに提供する手引きに従い、このようなスイッチおよび関連する二量体化分子は、当業者に明らかである。
二量体化分子
スイッチドメイン間の結合は、二量体化分子により促進される。二量体化分子存在下、スイッチドメイン間の相互作用または結合は、第一スイッチドメインに結合、例えば融合したポリペプチドと、第二スイッチドメインに結合、例えば融合したポリペプチドの間のシグナル伝達を可能にする。非律速レベルの二量体化分子存在下、ここに記載するシステムにおいて測定して、シグナル伝達は1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、5倍、10倍、50倍、100倍増加する。
ラパマイシンおよびラパマイシンアナログ(ラパログと呼ぶこともある)、例えば、RAD001は、ここに記載するFKBP/FRBベースの二量体化スイッチにおける二量体化分子として使用できる。ある態様において、二量体化分子は、ラパマイシン(シロリムス)、RAD001(エベロリムス)、ゾタロリムス、テムシロリムス、AP-23573(リダフォロリムス)、バイオリムスおよびAP21967から選択できる。FKBP/FRBベースの二量体化スイッチで使用するのに適するさらなるラパマイシンアナログは、“組み合わせ治療”なる表題の部分または“低用量mTOR阻害剤との組み合わせ”なる表題の小部分にさらに記載する。
CARとケモカイン受容体の共発現
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞は、さらに、ケモカイン受容体分子を含む。T細胞におけるケモカイン受容体CCR2bまたはCXCR2のトランスジェニック発現は、黒色腫および神経芽腫を含むCCL2-またはCXCL1分泌固形腫瘍への輸送を促進する(Craddock et al., J Immunother. 2010 Oct; 33(8):780-8およびKershaw et al., Hum Gene Ther. 2002 Nov 1; 13(16):1971-80)。それゆえに、理論に縛られることを望まないが、腫瘍、例えば、固形腫瘍により分泌されるケモカインを認識するCAR発現細胞で発現されるケモカイン受容体は、CAR発現細胞の腫瘍への帰巣を改善し、CAR発現細胞の腫瘍への浸潤を促進し、そしてCAR発現細胞の抗腫瘍効果を増強すると考えられる。ケモカイン受容体分子は、天然に存在するまたは組み換えケモカイン受容体またはそのケモカイン結合フラグメントを含む。ここに記載するCAR発現細胞における発現に適するケモカイン受容体分子は、CXCケモカイン受容体(例えば、CXCR1、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR5、CXCR6またはCXCR7)、CCケモカイン受容体(例えば、CCR1、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CCR8、CCR9、CCR10またはCCR11)、CX3Cケモカイン受容体(例えば、CX3CR1)、XCケモカイン受容体(例えば、XCR1)またはそのケモカイン結合フラグメントを含む。ある態様において、ここに記載するCARと共に発現するケモカイン受容体分子は、腫瘍により発現されるケモカインに基づき選択する。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞は、さらに、CCR2b受容体またはCXCR2受容体を含む、例えば、発現する。ある態様において、ここに記載するCARおよびケモカイン受容体分子は、同じベクターにあるまたは2つの異なるベクターにある。ここに記載するCARおよびケモカイン受容体分子が同じベクターにある態様において、CARおよびケモカイン受容体分子は、各々、2つの異なるプロモーターの制御下にあるかまたは同じプロモーターの制御下にある。
RNAトランスフェクション
ここに開示されるのは、インビトロで転写されたRNA CARを産生する方法である。本発明はまた、細胞に直接遺伝子導入できるRNA構築物をコードするCARも含む。トランスフェクションに使用するためのmRNAを産生する方法は、特異的に設計したプライマーを用いる鋳型のインビトロ転写(IVT)、続くポリA付加を含み、3’および5’非翻訳配列(“UTR”)、5’キャップおよび/または配列内リボソーム進入部位(IRES)、発現させる核酸およびポリAテイルを含む構築物、一般に50~2000塩基長(配列番号35)を産生し得る。このように産生されたRNAは、異なる種の細胞において効率的に翻訳され得る。ある面において、鋳型は、CARの配列を含む。
ある面において、CD123 CARは、メッセンジャーRNA(mRNA)によりコード化される。ある面において、CD123 CARをコードするmRNAを、CART細胞産生のためにT細胞に導入する。
ある態様において、インビトロ転写RNA CARを、一過性トランスフェクションの形として細胞に導入できる。RNAは、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)産生鋳型を使用するインビトロ転写により産生される。任意の源からの目的のDNAを、適切なプライマーおよびRNAポリメラーゼを使用してインビトロmRNA合成のための鋳型にPCRにより直接変換できる。DNAの源は、例えば、ゲノムDNA、プラスミドDNA、ファージDNA、cDNA、合成DNA配列またはDNAのあらゆる他の適切な源であり得る。インビトロ転写のための望ましい鋳型は、本発明のCARである。例えば、RNA CARのための鋳型は、抗腫瘍抗体の単一鎖可変ドメインを含む細胞外領域;ヒンジ領域、膜貫通ドメイン(例えば、CD8aの膜貫通ドメイン);および例えば、CD3ゼータのシグナル伝達ドメインおよび4-1BBのシグナル伝達ドメインを含む、細胞内シグナル伝達ドメインを含む、細胞質領域を含む。
ある態様において、PCRに使用するDNAはオープンリーディングフレームを含む。DNAは、生物のゲノムからの天然に存在するDNA配列由来であり得る。ある態様において、核酸は、5’および/または3’非翻訳領域(UTR)のいくぶんかまたは全てを含み得る。核酸はエクソンおよびイントロンを含み得る。ある態様において、PCRに使用するDNAはヒト核酸配列である。他の態様において、PCRに使用するDNAは、5’および3’UTRを含むヒト核酸配列である。DNAは、あるいは、天然に存在する生物で通常発現されない人工DNA配列であり得る。人工DNA配列の例は、融合タンパク質をコードするオープンリーディングフレームを形成するようにライゲートされた遺伝子の部分を含むものである。ライゲートされたDNAの部分は、単一生物由来でも1を超える生物由来でもよい。
PCRを使用して、トランスフェクションに使用するmRNAのインビトロ転写のための鋳型を産生する。PCRを実施する方法は、当分野で周知である。PCRにおいて使用するプライマーは、PCRのための鋳型として使用するDNAの領域に実質的に相補的である領域を有するように設計する。ここで使用する“実質的に相補的”は、プライマー配列の残基の大部分または全てが相補的であるまたは1以上の塩基が非相補的またはミスマッチである、ヌクレオチドの配列をいう。実質的に相補的配列は、PCRに使用するアニーリング条件下で、DNA標的とアニールまたはハイブリダイズできる。プライマーは、DNA鋳型の任意の部分と実質的に相補的であるように設計できる。例えば、プライマーは、5’および3’UTRを含む、細胞において通常転写される(オープンリーディングフレーム)核酸の部分を増幅するように設計できる。プライマーは、目的の特定のドメインをコードする核酸の部分を増幅するようにも設計できる。ある態様において、プライマーは、5’および3’UTRの全てまたは一部を含む、ヒトcDNAのコーディング領域を増幅するように設計する。PCRに有用なプライマーは、当分野で周知である合成法により産生できる。“順方向プライマー”は、増幅するDNA配列の上流であるDNA鋳型上にヌクレオチドに対して実質的に相補的であるヌクレオチドの領域を含むプライマーである。“上流”は、コード鎖に対して、増幅するDNA配に対する5位をいうためにここで使用する。“逆方向プライマー”は、増幅するDNA配列の下流である、二本鎖DNA鋳型に対して実質的に相補的なヌクレオチドの領域を含むプライマーである。“下流”は、コード鎖に対して、増幅するDNA配列に対する3’位をいうためにここで使用する。
PCRに有用なあらゆるDNAポリメラーゼをここに開示する方法で使用できる。試薬およびポリメラーゼは、多数の業者から市販されている。
安定性および/または翻訳効率を促進する能力を有する化学構造も使用し得る。RNAは、好ましくは5’および3’UTRを有する。ある態様において、5’UTRは、1~3000ヌクレオチド長である。コーディング領域に付加する5’および3’UTR配列の長さは、UTRの異なる領域をアニールするPCRのためのプライマーの設計を含むが、これに限定されない、異なる方法により変わり得る。この試みを使用して、当業者は、転写RNAのトランスフェクション後、最適翻訳効率を達成するのに必要な5’および3’UTR長を修飾できる。
5’および3’UTRは、目的の核酸のための天然に存在する、内在性5’および3’UTRであり得る。あるいは、目的の核酸に対して内在性ではないUTR配列を、順方向および逆方向プライマーへのUTR配列の取り込みによりまたは鋳型の任意の他の修飾により付加できる。目的の核酸に対して内在性ではないUTR配列の使用は、RNAの安定性および/または翻訳効率の修飾のために有用であり得る。例えば、3’UTR配列のAUリッチ要素は、mRNAの安定性を低下させることが知られる。それゆえに、3’UTRを、当分野で周知であるUTRの特性に基づき、転写されたRNAの安定性を増加するように選択および設計できる。
ある態様において、5’UTRは、内在性核酸のKozak配列を含み得る。あるいは、目的の核酸に対して内在性ではない5’UTRを上記のようにPCRにより付加するとき、コンセンサスKozak配列を、5’UTR配列の付加により再設計できる。Kozak配列は、あるRNA転写物の翻訳効率を上げることはできるが、効率的翻訳を可能とするために全RNAで必要であるようには見えない。多くのmRNAについてのKozak配列に対する必要性は、当分野で知られる。他の態様において、5’UTRは、RNAゲノムが細胞で安定であるRNAウイルスの5’UTRであり得る。他の態様において、種々のヌクレオチドアナログを、mRNAのエキソヌクレアーゼ分解を妨害するために、3’または5’UTRにおいて使用できる。
遺伝子クローニングの必要性なしにDNA鋳型からのRNAの合成を可能にするために、転写のプロモーターは、転写する配列の上流のDNA鋳型に結合すべきである。RNAポリメラーゼのプロモーターとして機能する配列が順方向プライマーの5’末端に結合されたとき、RNAポリメラーゼプロモーターは、転写されるオープンリーディングフレームの上流のPCR産物に取り込まれる。ある好ましい態様において、プロモーターは、本明細書の他の箇所に記載するような、T7ポリメラーゼプロモーターである。他の有用なプロモーターは、T3およびSP6 RNAポリメラーゼプロモーターを含むが、これらに限定されない。T7、T3およびSP6プロモーターのコンセンサスヌクレオチド配列が当分野で知られる。
好ましい態様において、mRNAは、リボソーム結合、翻訳開始および細胞におけるmRNAの安定性を決定する、5’末端および3’ポリ(A)テイルの両者にキャップを有する。環状DNA鋳型、例えば、プラスミドDNA上で、RNAポリメラーゼは真核細胞における発現に適しない長いコンカテマー産物を産生する。3’UTRの末端で直線化されたプラスミドDNAの転写は、転写後ポリアデニル化されても、真核トランスフェクションに有効ではない正常サイズのmRNAを生じる。
直鎖状DNA鋳型で、ファージT7 RNAポリメラーゼは鋳型の最後の塩基を越えて転写物の3’末端を伸長できる(Schenborn and Mierendorf, Nuc Acids Res., 13:6223-36 (1985); Nacheva and Berzal-Herranz, Eur. J. Biochem., 270:1485-65 (2003))。
DNA鋳型に伸びるポリA/Tの組込みの慣用法は分子クローニングである。しかしながらプラスミドDNAに統合されたポリA/T配列は、プラスミド不安定性を生じ得て、これが、なぜ細菌細胞から得たプラスミドDNA鋳型がしばしば欠失および他の異常で高度に汚染されているかの理由である。これによりクローニング工程が骨がおれ、時間かかかるだけでなく、しばしば信頼できないものとなる。これが、クローニングを伴わないポリA/T 3’ストレッチを有するDNA鋳型の産生を可能にする方法が非常に望まれているかの理由である。
転写DNA鋳型のポリA/Tセグメントは、100TテイルのようなポリTテイルを含む逆方向プライマーを使用するPCR中(配列番号31)(サイズは50~5000Tであり得る(配列番号32))またはDNAライゲーションまたはインビトロ組み換えを含むが、これらに限定されない任意の他の方法によりPCR後に産生できる。ポリ(A)テイルはまたRNAに安定性を提供し、その分解を減らす。一般に、ポリ(A)テイルの長さは、転写されたRNAの安定性と正に相関する。ある態様において、ポリ(A)テイルは、100~5000アデノシンである(配列番号33)。
RNAのポリ(A)テイルは、大腸菌ポリAポリメラーゼ(E-PAP)のようなポリ(A)ポリメラーゼの使用により、インビトロ転写後さらに伸長できる。ある態様において、ポリ(A)テイルの100ヌクレオチドから300~400ヌクレオチドへの長さの延長(配列番号34)は、RNAの翻訳効率の約2倍増加を生じる。さらに、3’末端への異なる化学基の付加は、mRNA安定性を増加させ得る。このような結合は、修飾/人工ヌクレオチド、アプタマーおよび他の化合物を含み得る。例えば、ATPアナログは、ポリ(A)ポリメラーゼを使用してポリ(A)テイルに取り込まれ得る。ATPアナログは、RNAの安定性をさらに高め得る。
5’キャップもRNA分子に安定性を提供する。好ましい態様において、ここに開示する方法により産生されたRNAは、5’キャップを含む。5’キャップは当分野で知られ、ここに記載する技術を使用して提供される(Cougot, et al., Trends in Biochem. Sci., 29:436-444 (2001); Stepinski, et al., RNA, 7:1468-95 (2001); Elango, et al., Biochim. Biophys. Res. Commun., 330:958-966 (2005))。
ここに開示する方法により産生されたRNAは配列内リボソーム進入部位(IRES)配列も含み得る。IRES配列は、mRNAへのキャップ非依存的リボソーム結合を開始し、翻訳開始を促進する、あらゆるイルス、染色体または人工設計配列であり得る。糖、ペプチド、脂質、タンパク質、抗酸化剤および界面活性剤のような細胞透過性および生存能を促進する因子を含み得る、細胞電気穿孔法に適する任意の溶質を包含できる。
RNAを、多数の異なる方法、例えば、商業的に利用可能な方法のいずれかを使用して、標的細胞に導入でき、これは、電気穿孔法(Amaxa Nucleofector-II (Amaxa Biosystems, Cologne, Germany))、(ECM 830 (BTX) (Harvard Instruments, Boston, Mass.)またはGene Pulser II (BioRad, Denver, Colo.)、Multiporator (Eppendort, Hamburg Germany)、リポフェクションを使用するカチオン性リポソーム介在トランスフェクション、ポリマー封入、ペプチド介在トランスフェクションまたは“遺伝子銃”のような微粒子銃粒子送達系(例えば、Nishikawa, et al. Hum Gene Ther., 12(8):861-70 (2001)参照)を含むが、これらに限定されない。
非ウイルス送達方法
ある面において、非ウイルス方法を使用して、ここに記載するCARをコードする核酸を細胞または組織または対象に送達できる。
ある態様において、非ウイルス方法は、トランスポゾン(転位因子とも呼ばれる)の使用を含む。ある態様において、トランスポゾンは、ゲノムの位置にそれ自体挿入できるDNAの断片、例えば、自己複製性であり、そのコピーをゲノムに挿入することができるDNAの断片または長い核酸の外にスプライシングされ、ゲノムの他の場所に挿入されることができるDNAの断片である。例えば、トランスポゾンは、転位のための逆位反復フランキング遺伝子からなるDNA配列を含む
トランスポゾンを使用する核酸送達法の例は、Sleeping Beautyトランスポゾン系(SBTS)およびpiggyBac(PB)トランスポゾン系を含む。例えば、Aronovich et al. Hum. Mol. Genet. 20.R1(2011):R14-20; Singh et al. Cancer Res. 15(2008):2961-2971; Huang et al. Mol. Ther. 16(2008):580-589; Grabundzija et al. Mol. Ther. 18(2010):1200-1209; Kebriaei et al. Blood. 122.21(2013):166; Williams. Molecular Therapy 16.9(2008):1515-16; Bell et al. Nat. Protoc. 2.12(2007):3153-65; およびDing et al. Cell. 122.3(2005):473-83(これらは全て引用により本明細書に包含させる)を参照のこと。
SBTSは2要素を含む:1)導入遺伝子を含むトランスポゾンおよび2)トランスポサーゼ酵素の源。トランスポサーゼは、担体プラスミド(または他のドナーDNA)から、宿主細胞染色体/ゲノムのような標的DNAにトランスポゾンを転位できる。例えば、トランスポサーゼは、担体プラスミド/ドナーDNAに結合し、トランスポゾン(導入遺伝子含有)をプラスミドの外に切り出し、宿主細胞のゲノムに入れる。例えば、Aronovich et al. supra参照。
トランスポゾンの例は、pT2ベースのトランスポゾンを含む。例えば、その全てを引用により本明細書に包含させるGrabundzija et al. Nucleic Acids Res. 41.3(2013):1829-47; およびSingh et al. Cancer Res. 68.8(2008): 2961-2971参照。トランスポサーゼの例は、Tc1/mariner型トランスポサーゼ、例えば、SB10トランスポサーゼまたはSB11トランスポサーゼを含む(例えば、サイトメガロウイルスプロモーターから発現できる、機能亢進トランスポサーゼ)。例えば、全て引用により本明細書に包含させるAronovich et al.; Kebriaei et al.; およびGrabundzija et al.参照。
SBTSの使用は、導入遺伝子、ここに記載するCARをコードする核酸の効率的組込みおよび発現を可能にする。ここに提供されるのは、例えば、SBTSのようなトランスポゾン系を使用する、ここに記載するCARを安定に発現する細胞、例えば、T細胞またはNK細胞を産生する方法である。
ここに記載する方法によって、ある態様において、SBTS要素を含む1以上の核酸、例えば、プラスミドが細胞に送達される(例えば、T細胞またはNK細胞)。例えば、核酸は、核酸(例えば、プラスミドDNA)送達の標準法、例えば、ここに記載する方法、例えば、電気穿孔法、トランスフェクションまたはリポフェクションにより送達される。ある態様において、核酸は、導入遺伝子、例えば、ここに記載するCARをコードする核酸を含むトランスポゾンを含む。ある態様において、核酸は、導入遺伝子(例えば、ここに記載するCARをコードする核酸)を含むトランスポゾンならびにトランスポサーゼ酵素をコードする核酸配列を含む。他の態様において、例えば、デュアルプラスミド系、例えば、第一プラスミドが導入遺伝子を含むトランスポゾンを含み、第二プラスミドがトランスポサーゼ酵素をコードする核酸配列を含む、2核酸の系が提供される。例えば、第一および第二核酸は、宿主細胞に共送達される。
ある態様において、ここに記載するCARを発現する細胞、例えば、T細胞またはNK細胞が、ヌクレアーゼ(例えば、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、転写アクティベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、CRISPR/Cas系または操作されたメガヌクレアーゼ再操作ホーミングエンドヌクレアーゼ)を使用する、SBTSおよび遺伝子編集の遺伝子挿入の組合せを使用して産生される。
ある態様において、非ウイルス送達方法の使用は、細胞、例えば、T細胞またはNK細胞の再プログラミングおよび対照への細胞の直接注入を可能にする。非ウイルスベクターの利点は、患者集団に見合うために必要な十分量の産生が容易かつ比較的安価であること、保存中の安定性および免疫原性の欠如を含むが、これらに限定されない。
CARをコードする核酸構築物
本発明はまたここに記載する1以上のCAR構築物をコードする核酸分子を提供する。ある面において、核酸分子は、メッセンジャーRNA転写物として提供される。ある面において、核酸分子は、DNA構築物として提供される。
よって、ある面において、本発明は、キメラ抗原受容体(CAR)をコードする単離核酸分子に関し、ここで、CARは、CD123結合ドメイン(例えば、ヒト化またはヒトCD123結合ドメイン)、膜貫通ドメインならびに刺激性ドメイン、例えば、共刺激性シグナル伝達ドメインおよび/または一次シグナル伝達ドメイン、例えば、ゼータ鎖を含む細胞内シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、ここに記載するCD123結合ドメイン、例えば、配列番号157~160、184~215、478、480、483、485および556~587からなる群から選択される配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含むCD123結合ドメインである。ある態様において、CD123結合ドメインは、配列番号157~160、478、480、483および485からなる群から選択される配列を含むヒトCD123結合ドメインを含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、配列番号184~215および556~587からなる群から選択される配列を含むヒト化CD123結合ドメインを含む。ある態様において、膜貫通ドメインは、例えば、T細胞受容体のアルファ鎖、ベータ鎖またはゼータ鎖、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137およびCD154からなる群から選択される、例えば、ここに記載する、タンパク質の膜貫通ドメインである。ある態様において、膜貫通ドメインは、配列番号6の配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、膜貫通ドメインに、ヒンジ領域、例えば、ここに記載するヒンジにより接続される。ある態様において、ヒンジ領域は、配列番号2または配列番号3または配列番号4または配列番号5またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、単離核酸分子は、さらに、共刺激性ドメインをコードする配列を含む。ある態様において、共刺激性ドメインは、例えば、MHCクラスI分子、TNF受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ性活性化分子(SLAMタンパク質)、活性化NK細胞受容体、BTLA、Tollリガンド受容体、OX40、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、4-1BB(CD137)、B7-H3、CDS、ICAM-1、ICOS(CD278)、GITR、BAFFR、LIGHT、HVEM(LIGHTR)、KIRDS2、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD19、CD4、CD8アルファ、CD8ベータ、IL2Rベータ、IL2Rガンマ、IL7Rアルファ、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19aおよびCD83と特異的に結合するリガンドからなる群から選択される、例えば、ここに記載する、タンパク質の機能的シグナル伝達ドメインである。
ある態様において、共刺激ドメインは、配列番号7の配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、4-1BBの機能的シグナル伝達ドメインおよびCD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号7の配列または配列番号8またはそれと95~99%同一性を有する配列および配列番号9または配列番号10の配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含み、ここで、細胞内シグナル伝達ドメインを含む配列は、同じフレームにおよび単一ポリペプチド鎖として発現される。
他の面において、本発明は、配列番号1のリーダー配列、配列番号157~160、184~215、478、480、483、485および556~587(またはそれと95~99%同一性を有する配列)からなる群から選択される配列を有するscFvドメイン、配列番号2または配列番号3または配列番号4または配列番号5(またはそれと95~99%同一性を有する配列)のヒンジ領域、配列番号6の配列(またはそれと95~99%同一性を有する配列)を有する膜貫通ドメイン、配列番号7の配列を有する4-1BB共刺激性ドメインまたは配列番号8の配列(またはそれと95~99%同一性を有する配列)を有するCD27共刺激性ドメインまたは配列番号43の配列(またはそれと95~99%同一性を有する配列)を有するCD28共刺激性ドメインまたは配列番号45の配列(またはそれと95~99%同一性を有する配列)を有するICOS共刺激性ドメイン)および配列番号9または配列番号10の配列を有するCD3ゼータ刺激性ドメイン(またはそれと95~99%同一性を有する配列)を含む、CAR構築物をコードする単離核酸分子に関する。
他の面において、本発明は、核酸分子によりコードされる単離ポリペプチド分子に関する。ある態様において、単離ポリペプチド分子は、配列番号98~101および125~156からなる群から選択される配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。
他の面において、本発明は、CD123結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび刺激性ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ抗原受容体(CAR)分子をコードする核酸分子に関し、ここで、該CD123結合ドメインは、配列番号157~160、184~215、478、480、483、485および556~587からなる群から選択される配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、配列番号157~160、478、480、483および485からなる群から選択される配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む、ヒトCD123結合ドメインを含む。ある態様において、CD123結合ドメインは、配列番号184~215および556~587からなる群から選択される配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含むヒト化CD123結合ドメインを含む。
ある態様において、コード化CAR分子は、さらに、共刺激性ドメインをコードする配列を含む。ある態様において、共刺激性ドメインは、MHCクラスI分子、TNF受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ性活性化分子(SLAMタンパク質)、活性化NK細胞受容体、BTLA、Tollリガンド受容体、OX40、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、4-1BB(CD137)、B7-H3、CDS、ICAM-1、ICOS(CD278)、GITR、BAFFR、LIGHT、HVEM(LIGHTR)、KIRDS2、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD19、CD4、CD8アルファ、CD8ベータ、IL2Rベータ、IL2Rガンマ、IL7Rアルファ、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19aおよびCD83と特異的に結合するリガンドからなる群から選択されるタンパク質の機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、共刺激性ドメインは、配列番号7の配列を含む。
ある態様において、膜貫通ドメインは、T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154、MHCクラスI分子、TNF受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ性活性化分子(SLAMタンパク質)、活性化NK細胞受容体、BTLA、Tollリガンド受容体、OX40、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、4-1BB(CD137)、B7-H3、CDS、ICAM-1、ICOS(CD278)、GITR、BAFFR、LIGHT、HVEM(LIGHTR)、KIRDS2、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD19、CD4、CD8アルファ、CD8ベータ、IL2Rベータ、IL2Rガンマ、IL7Rアルファ、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19aおよびCD83と特異的に結合するリガンドからなる群から選択されるタンパク質の膜貫通ドメインである。
ある態様において、膜貫通ドメインは、配列番号6の配列を含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、4-1BBの機能的シグナル伝達ドメインおよびゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号7の配列および配列番号9の配列を含み、ここで、細胞内シグナル伝達ドメインを含む配列は、同じフレームにかつ単一ポリペプチド鎖として発現される。ある態様において、CD123結合ドメインは、膜貫通ドメインにヒンジ領域により連結される。ある態様において、ヒンジ領域は配列番号2を含む。ある態様において、ヒンジ領域は配列番号3または配列番号4または配列番号5を含む。
他の面において、本発明は、配列番号1のリーダー配列、配列番号157~160、184~215、478、480、483、485、556~587からなる群から選択される配列を有するscFvドメインまたはそれと95~99%同一性を有する配列、配列番号2または配列番号3または配列番号4または配列番号5のヒンジ領域、配列番号6の配列を有する膜貫通ドメイン、配列番号7の配列を有する4-1BB共刺激性ドメインまたは配列番号8の配列を有するCD27共刺激性ドメインまたは配列番号43の配列を有するCD28共刺激性ドメインまたは配列番号45の配列を有するICOS共刺激性ドメインおよび配列番号9または配列番号10の配列を有するCD3ゼータ刺激性ドメインを含む、コード化CAR分子に関する。ある態様において、コード化CAR分子は、配列番号98~101および125~156からなる群から選択される配列またはそれと95~99%同一性を有する配列を含む。
所望の分子をコードする核酸配列は、標準技術を使用して、例えば遺伝子を発現する細胞からのライブラリーのスクリーニングにより、それを含むことが知られるベクターからの遺伝子を誘導化することによりまたはそれを含むことが知られる細胞および組織から直接単離することによるような、組み換え当分野で知られる方法を使用して得ることができる。あるいは、目的の遺伝子を、クローン化ではなく、合成により産生できる。
本発明はまた本発明のDNAが挿入されているベクターも提供する。レンチウイルスのようなレトロウイルス由来のベクターは、それらが導入遺伝子の長期の安定した組み込みおよび娘細胞への伝播を可能にするため、長期遺伝子導入を達成するのに適するツールである。レンチウイルスベクターは、肝細胞のような非増殖細胞を形質導入できる点で、マウス白血病ウイルスのようなオンコ-レトロウイルス由来のベクターを超えるさらなる利点を有する。さらに低免疫原性であるという付加的利点も有する。レトロウイルスベクターは、例えば、ガンマレトロウイルスベクターでもあり得る。ガンマレトロウイルスベクターは、例えば、プロモーター、パッケージングシグナル(ψ)、プライマー結合部位(PBS)、1以上の(例えば、2)末端反復配列(LTR)および目的の導入遺伝子、例えば、CARをコードする遺伝子を含み得る。ガンマレトロウイルスベクターは、gag、polおよびenvのようなウイルス構造的遺伝子を欠き得る。ガンマレトロウイルスベクターの例は、マウス白血病ウイルス(MLV)、脾フォーカス形成ウイルス(SFFV)および骨髄増殖性肉腫ウイルス(MPSV)およびそれら由来のベクターを含む。他のガンマレトロウイルスベクターは、例えば、Tobias Maetzig et al., “Gammaretroviral Vectors: Biology, Technology and Application” Viruses. 2011 Jun; 3(6): 677-713に記載される。
他の態様において、所望の本発明のCARをコードする核酸を含むベクターは、アデノウイルスベクター(A5/35)である。他の態様において、CARをコードする核酸の発現は、sleeping beauty、crisper、CAS9および亜鉛フィンガーヌクレアーゼのようなトランスポゾンを使用して達成できる。引用により本明細書に包含する、下記June et al. 2009 Nature Reviews Immunology 9.10: 704-716参照。
概説すると、CARをコードする天然または合成核酸の発現は、一般に、CARポリペプチドをコードする核酸またはその一部をプロモーターに操作可能に連結させ、当該構築物を発現ベクターに取り込むことにより達成される。ベクターは、真核生物での複製および組込みに適し得る。典型的クローニングベクターは、所望の核酸配列の発現の制御に有用な転写および翻訳ターミネーター、開始配列およびプロモーターを含む。
本発明の構築物の発現はまた、標準遺伝子送達プロトコールを使用する、核酸免疫化および遺伝子治療にも使用し得る。遺伝子送達のための方法が当分野で知られる。例えば、引用によりその全体を本明細書に包含させる、米国特許5,399,346号、5,580,859号、5,589,466号参照。他の態様において、本発明は、遺伝子治療ベクターを提供する。
核酸は、多数のタイプのベクターにクローン化できる。例えば、核酸は、プラスミド、ファージミド、ファージ誘導体、動物ウイルスおよびコスミドを含むが、これらに限定されないベクターにクローン化できる。特に興味深いベクターは、発現ベクター、複製ベクター、プローブ産生ベクターおよびシークエンシングベクターを含む。
さらに、発現ベクターは、ウイルスベクターの形で細胞に提供され得る。ウイルスベクターテクノロジーは当分野で周知であり、例えば、Sambrook et al., 2012, MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, volumes 1 -4, Cold Spring Harbor Press, NYおよび他のウイルス学および分子生物学マニュアルに記載されている。ベクターとして有用なウイルスは、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルスおよびレンチウイルスを含むが、これらに限定されない。一般に、適当なベクターは、少なくとも1生物で機能的な複製起点、プロモーター配列、便利な制限エンドヌクレアーゼ部位および1以上の選択可能マーカーを含む(例えば、WO01/96584号;WO01/29058号;および米国特許6,326,193号)。
多数のウイルスベースの系が、哺乳動物細胞への遺伝子移入のために開発されている。例えば、レトロウイルスは、遺伝子送達系のための簡便なプラットフォームを提供する。選択した遺伝子を、当分野で知られる技術を使用して、ベクターに挿入し、レトロウイルス粒子に包装できる。次いで、組み換えウイルスが単離され、対象の細胞にインビボまたはエクスビボで送達され得る。多数のレトロウイルス系が当分野で知られる。ある態様において、アデノウイルスベクターを使用する。多数のアデノウイルスベクターが当分野で知られる。ある態様において、レンチウイルスベクターを使用する。
さらなるプロモーター要素、例えば、エンハンサーは、転写開始の頻度を制御する。一般に、これらは、開始部位の上流30~110bpの領域に位置するが、多数のプロモーターが、同様に開始部位の下流に機能的要素を含むことが示されている。プロモーター要素間の空間はしばしば可動性であり、それゆえに、要素が互いに逆になったり移動したときにプロモーター機能が保持される。チミジンキナーゼ(tk)プロモーターにおいて、プロモーター要素間の空間は、活性が落ち始める前、50bp離れるまで増加し得る。プロモーターによって、個々の要素は、転写を活性化するために協調的または独立的に機能できるように見える。
哺乳動物T細胞においてCAR導入遺伝子の発現ができるプロモーターの例は、EF1aプロモーターである。天然EF1aプロモーターは、アミノアシルtRNAのリボソームへの酵素送達を担う、伸長因子-1複合体のアルファサブユニットの発現を駆動する。EF1aプロモーターは哺乳動物発現プラスミドで広く使用されており、レンチウイルスベクターにクローン化された導入遺伝子からCAR発現を駆動するのに有効であることが示されている。例えば、Milone et al., Mol. Ther. 17(8): 1453-1464(2009)参照。ある面において、EF1aプロモーターは、配列番号11として提供される配列を含む。
プロモーターの他の例は、最初期サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター配列である。このプロモーター配列は、それに操作可能に連結したあらゆるポリヌクレオチド配列の高レベルの発現を駆動できる、強い構成的プロモーター配列である。しかしながら、サルウイルス40(SV40)初期プロモーター、マウス乳房腫瘍ウイルス(MMTV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)末端反復配列(LTR)プロモーター、MoMuLVプロモーター、トリ白血病ウイルスプロモーター、エプスタイン・バーウイルス最初期プロモーター、ラウス肉腫ウイルスプロモーターを含むが、これらに限定されない他の構成的プロモーター配列ならびにアクチンプロモーター、ミオシンプロモーター、伸長因子-1aプロモーター、ヘモグロビンプロモーターおよびクレアチンキナーゼプロモーターのような、しかしこれらに限定されないヒト遺伝子プロモーターも使用し得る。さらに、本発明は、構成的プロモーターの使用に限定すべきではない。誘導性プロモーターも本発明の一部であるとして意図される。誘導性プロモーターの使用は、操作可能に連結したポリヌクレオチド配列の発現を、発現が望まれるときに発現を活性化し、発現が望まれないときに発現を遮断することができる分子スイッチを提供する。誘導性プロモーターの例は、メタロチオネインプロモーター、グルココルチコイドプロモーター、プロゲステロンプロモーターおよびテトラサイクリンプロモーターを含むが、これらに限定されない。
プロモーターの他の例は、ホスホグリセラートキナーゼ(PGK)プロモーターである。ある態様において、切断PGKプロモーター(例えば、野生型PGKプロモーター配列と比較したとき、1以上の、例えば、1、2、5、10、100、200、300または400ヌクレオチド欠失を有するPGKプロモーター)が望ましいことがある。PGKプロモーター例のヌクレオチド配列を下に提供する。
WT PGKプロモーター
ACCCCTCTCTCCAGCCACTAAGCCAGTTGCTCCCTCGGCTGACGGCTGCACGCGAGGCCTCCGAACGTCTTACGCCTTGTGGCGCGCCCGTCCTTGTCCCGGGTGTGATGGCGGGGTGTGGGGCGGAGGGCGTGGCGGGGAAGGGCCGGCGACGAGAGCCGCGCGGGACGACTCGTCGGCGATAACCGGTGTCGGGTAGCGCCAGCCGCGCGACGGTAACGAGGGACCGCGACAGGCAGACGCTCCCATGATCACTCTGCACGCCGAAGGCAAATAGTGCAGGCCGTGCGGCGCTTGGCGTTCCTTGGAAGGGCTGAATCCCCGCCTCGTCCTTCGCAGCGGCCCCCCGGGTGTTCCCATCGCCGCTTCTAGGCCCACTGCGACGCTTGCCTGCACTTCTTACACGCTCTGGGTCCCAGCCGCGGCGACGCAAAGGGCCTTGGTGCGGGTCTCGTCGGCGCAGGGACGCGTTTGGGTCCCGACGGAACCTTTTCCGCGTTGGGGTTGGGGCACCATAAGCT
(配列番号597)
切断型PGKプロモーターの例:
PGK100:
ACCCCTCTCTCCAGCCACTAAGCCAGTTGCTCCCTCGGCTGACGGCTGCACGCGAGGCCTCCGAACGTCTTACGCCTTGTGGCGCGCCCGTCCTTGTCCCGGGTGTGATGGCGGGGTG
(配列番号598)
PGK200:
ACCCCTCTCTCCAGCCACTAAGCCAGTTGCTCCCTCGGCTGACGGCTGCACGCGAGGCCTCCGAACGTCTTACGCCTTGTGGCGCGCCCGTCCTTGTCCCGGGTGTGATGGCGGGGTGTGGGGCGGAGGGCGTGGCGGGGAAGGGCCGGCGACGAGAGCCGCGCGGGACGACTCGTCGGCGATAACCGGTGTCGGGTAGCGCCAGCCGCGCGACGGTAACG
(配列番号599)
PGK300:
ACCCCTCTCTCCAGCCACTAAGCCAGTTGCTCCCTCGGCTGACGGCTGCACGCGAGGCCTCCGAACGTCTTACGCCTTGTGGCGCGCCCGTCCTTGTCCCGGGTGTGATGGCGGGGTGTGGGGCGGAGGGCGTGGCGGGGAAGGGCCGGCGACGAGAGCCGCGCGGGACGACTCGTCGGCGATAACCGGTGTCGGGTAGCGCCAGCCGCGCGACGGTAACGAGGGACCGCGACAGGCAGACGCTCCCATGATCACTCTGCACGCCGAAGGCAAATAGTGCAGGCCGTGCGGCGCTTGGCGTTCCTTGGAAGGGCTGAATCCCCG
(配列番号600)
PGK400:
ACCCCTCTCTCCAGCCACTAAGCCAGTTGCTCCCTCGGCTGACGGCTGCACGCGAGGCCTCCGAACGTCTTACGCCTTGTGGCGCGCCCGTCCTTGTCCCGGGTGTGATGGCGGGGTGTGGGGCGGAGGGCGTGGCGGGGAAGGGCCGGCGACGAGAGCCGCGCGGGACGACTCGTCGGCGATAACCGGTGTCGGGTAGCGCCAGCCGCGCGACGGTAACGAGGGACCGCGACAGGCAGACGCTCCCATGATCACTCTGCACGCCGAAGGCAAATAGTGCAGGCCGTGCGGCGCTTGGCGTTCCTTGGAAGGGCTGAATCCCCGCCTCGTCCTTCGCAGCGGCCCCCCGGGTGTTCCCATCGCCGCTTCTAGGCCCACTGCGACGCTTGCCTGCACTTCTTACACGCTCTGGGTCCCAGCCG
(配列番号601)
ベクターは、例えば、分泌を促進するためのシグナル配列、ポリアデニル化シグナルおよび転写ターミネーター(例えば、ウシ成長ホルモン(BGH)遺伝子から)、エピソーム複製および原核生物における複製を可能にする要素(例えばSV40起源およびColE1または当分野で知られるその他)および/または選択を可能にする要素(例えば、アンピシリン耐性遺伝子および/またはゼオシンマーカー)も含み得る。
CARポリペプチドまたはその一部の発現を評価するために、細胞に導入する発現ベクター遺伝子導入またはウイルスベクターによる感染が探求される細胞の集団から発現細胞から発現細胞の同定および選択を容易にするために、選択可能マーカー遺伝子またはレポーター遺伝子または両者も含んでよい。他の面において、選択可能マーカーは、DNAの別の断面に担持され、共トランスフェクション法において使用される。選択可能マーカーおよびレポーター遺伝子のいずれも、宿主細胞における発現が可能であるように、適切な制御配列が隣接し得る。有用な選択可能マーカーは、例えば、neoなどの、抗生物質耐性遺伝子を含む。
レポーター遺伝子は、恐らく遺伝子導入されている細胞を同定し、制御配列の機能性を評価するために使用される。一般に、レポーター遺伝子は、レシピエント生物または組織に存在または発現されず、発現がある容易に検出可能な特性、例えば、酵素活性により顕在化されるポリペプチドをコードする、遺伝子である。レポーター遺伝子の発現を、DNAがレシピエント細胞に導入されてから適当な時間後にアッセイする。適当なレポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ、ベータ-ガラクトシダーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、分泌型アルカリホスファターゼまたは緑色蛍光タンパク質遺伝子をコードする遺伝子を含み得る(例えば、Ui-Tei et al., 2000 FEBS Letters 479: 79-82)。適当な発現系は周知であり、既知技術により製造できまたは商業的に入手できる。一般に、レポーター遺伝子の最高レベルの発現を示す最小5’フランキング領域を有する構築物をプロモーターとして同定する。このようなプロモーター領域は、レポーター遺伝子に連結し、プロモーター駆動転写を調節する能力について薬剤を評価するのに使用し得る。
ある態様において、ベクターは、さらに、第二CARをコードする核酸を含み得る。ある態様において、第二CARは、例えば、CD33、CD34、CLL-1、FLT3または葉酸受容体ベータのような、急性骨髄白血病細胞に発現される標的に対する抗原結合ドメインを含む。ある態様において、ベクターは、第一抗原を標的とし、共刺激性シグナル伝達ドメインを有するが、一次シグナル伝達ドメインを有しない細胞内シグナル伝達ドメインを含む、第一CARをコードする核酸配列を含み、第二の、異なる、抗原を標的とし、一次シグナル伝達ドメインを有するが、共刺激性シグナル伝達ドメインを有しない細胞内シグナル伝達ドメインを含む第二CARをコードする核酸配列を含む。ある態様において、ベクターは、CD123結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび共刺激性ドメインを含む第一CD123 CARをコードする核酸およびCD123以外の抗原(例えば、AML細胞に発現される抗原、例えば、CD33、CD34、CLL-1、FLT3または葉酸受容体ベータ)を標的とし、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む第二CARをコードする核酸配列を含む。他の態様において、ベクターは、CD123結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む第一CD123 CARをコードする核酸およびCD123以外の抗原(例えば、AML細胞に発現する抗原、例えば、CD33、CLL-1、CD34、FLT3または葉酸受容体ベータ)を標的とし、該抗原に対する抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび共刺激性シグナル伝達ドメインを含む第二CARをコードする核酸配列を含む。
ある態様において、ベクターは、ここに記載するCD123 CARをコードする核酸および阻害性CARをコードする核酸を含む。ある態様において、阻害性CARは、正常細胞、例えば、またCD123を発現する正常細胞で見られるが、癌細胞で見られない抗原と結合する抗原結合ドメインを含む。ある態様において、阻害性CARは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび阻害性分子の細胞内ドメインを含む。例えば、阻害性CARの細胞内ドメインは、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFRベータの細胞内ドメインであり得る。
ある態様において、ベクターは、2以上の核酸CARをコードする配列、例えば、ここに記載するCD123 CARおよび第二CAR、例えば、阻害性CARまたはCD123以外の抗原(例えば、AML細胞に発現する抗原、例えば、CLL-1、CD33、CD34、FLT3または葉酸受容体ベータ)に特異的に結合するCARを含み得る。このような態様において、2以上のCARをコードする核酸配列は、同じフレームにおいて単一核分子によりかつ単一ポリペプチド鎖としてコード化される。この面において、2以上のCARは、例えば、1以上のペプチド開裂部位により分けられ得る。(例えば、自己開裂部位または細胞内プロテアーゼのための基質)。ペプチド開裂部位の例は次のものを含み、ここで、GSG残基は任意である。
T2A:(GSG) E G R G S L L T C G D V E E N P G P(配列番号602)
P2A:(GSG) A T N F S L L K Q A G D V E E N P G P(配列番号603)
E2A:(GSG) Q C T N Y A L L K L A G D V E S N P G P(配列番号604)
F2A:(GSG) V K Q T L N F D L L K L A G D V E S N P G P(配列番号605)
細胞に遺伝子を導入し、発現させる方法は当分野で知られる。発現ベクターの状況において、ベクターは、宿主細胞、例えば、哺乳動物、細菌、酵母または昆虫細胞に、当分野の任意の方法により容易に導入できる。例えば、例えば、発現ベクターは、物理的、化学的または生物学的手段により、宿主細胞に移入される。
宿主細胞にポリヌクレオチドを導入するための物理的方法は、リン酸カルシウム沈殿、リポフェクション、微粒子銃、微量注入、エレクトロポレーションなどを含む。ベクターおよび/または外来性核酸を含む細胞を産生する方法は、当分野で周知である。例えば、Sambrook et al., 2012, MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, volumes 1-4, Cold Spring Harbor Press, NY参照)。宿主細胞へのポリヌクレオチドの導入に好ましい方法は、リン酸カルシウムトランスフェクションである。
宿主細胞に目的のポリヌクレオチドを導入するための生物学的方法は、DNAおよびRNAベクターの使用を含む。ウイルスベクター、特にレトロウイルスベクターは、哺乳動物、例えば、ヒト細胞への遺伝子挿入に最も広く使用される方法となってきている。他のウイルスベクターは、レンチウイルス、ポックスウイルス、単純ヘルペスウイルスI、アデノウイルスおよびアデノ関連ウイルスなどに由来し得る。例えば、米国特許5,350,674号および5,585,362号参照。
宿主細胞にポリヌクレオチドを導入するための化学的手段は、巨大分子複合体、ナノカプセル、マイクロスフェア、ビーズおよび水中油型エマルジョン、ミセル、混合ミセルおよびリポソームを含む脂質ベースの系のようなコロイド分散体系を含む。インビトロおよびインビボで送達媒体として使用するための代表的コロイド系は、リポソーム(例えば、人工膜小胞)である。標的化ナノ粒子または他の適当なサブミクロンサイズの送達系を用いるポリヌクレオチドの送達のような、最新式の核酸の標的化送達の他の方法が利用可能である。
非ウイルス送達系を利用する場合、代表的送達媒体はリポソームである。脂質製剤の使用は、宿主細胞への核酸の導入のために意図される(インビトロ、エクスビボまたはインビボ)。他の面において、核酸は、脂質と結合され得る。脂質と結合した核酸は、リポソームの水性内部への被包、リポソームの脂質二重層内への分散、リポソームとオリゴヌクレオチドの両者と結合する連結分子を介するリポソームへの結合、リポソームへの封入、リポソームとの複合体化、脂質含有溶液への分散、脂質との混合、脂質との組み合わせ、脂質中の懸濁液としての包含、ミセル内への包含または複合体化または他の方法で脂質と結合する。脂質、脂質/DNAまたは脂質/発現ベクター結合組成物は、溶液中の何らかの特定の構造に限定されない。例えば、それらは、二重層構造において、ミセルとしてまたは“崩壊”構造を有して存在し得る。それらはまた単に溶液に分散され、恐らく、サイズまたは形が均一ではない凝集体を形成し得る。脂質は、天然に存在するまたは合成脂質であり得る脂肪物質である。例えば、例えば、脂質は、細胞質に天然に生じる脂肪滴ならびに脂肪酸、アルコール、アミン、アミノアルコールおよびアルデヒドのような長鎖脂肪族炭化水素を含む化合物群およびその誘導体を含む。
使用に適する脂質は、商業的供給源から得ることができる。例えば、ジミリスチルホスファチジルコリン(“DMPC”)は、Sigma, St. Louis, MOから得ることができ、リン酸ジセチル(“DCP”)はK & K Laboratories(Plainview, NY)から得ることができ;コレステロール(“Choi”)はCalbiochem-Behringから得ることができ、ジミリスチルホスファチジルグリセロール(“DMPG”)および他の脂質は、Avanti Polar Lipids, Inc.(Birmingham, AL.)から得ることができる。クロロホルムまたはクロロホルム/メタノール中の脂質の原液を、約-20℃で保存できる。クロロホルムを、メタノールよりも容易に揮発するために、唯一の溶媒として使用する。“リポソーム”は、封入された脂質二重層または凝集体の産生により形成される多様な単および多層状脂質媒体を包含する一般的用語である。リポソームは、リン脂質二重層膜および内部水性媒体を伴う小胞構造を有することにより特徴付けられる。多層状リポソームは、水性媒体により分離された、複数の脂質層を有する。それらは、リン脂質が過剰の水溶液に懸濁されたときに自然に形成される。脂質要素は、閉構造形成前に自己凝集し、水および溶解した溶質を脂質二重層の間に封入する(Ghosh et al., 1991 Glycobiology 5: 505-10)。しかしながら、通常の小胞構造と異なる構造を溶液で有する組成物も包含される。例えば、脂質は、ミセル構造であるかまたは単に脂質分子の不均一凝集体として存在すると考えられ得る。リポフェクタミン-核酸複合体もまた考慮される。
外来性核酸を宿主細胞に導入するまたはそうでなければ細胞を本発明の阻害剤に曝す方法に関係なく、宿主細胞における組み換えDNA配列の存在を確認するために、多様なアッセイを行い得る。このようなアッセイは、例えば、サザンおよびノーザンブロッティング、RT-PCRおよびPCRのような当業者に周知の“分子生物学的”アッセイ、薬剤の同定に使用するための、例えば、免疫学的手段(ELISAsおよびウェスタンブロット)により、特定のペプチドの存在または不在を検出するような“生化学的”アッセイまたは本発明の範囲内に入るここに記載するアッセイを含む。
本発明は、さらに、CARコード化核酸分子を含むベクターを提供する。ある面において、CARベクターを、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞に直接形質導入し得る。ある面において、ベクターは、クローニングまたは発現ベクター、例えば、1以上のプラスミド(例えば、発現プラスミド、クローニングベクター、ミニサークル、ミニベクター、二重微小染色体)、レトロウイルスおよびレンチウイルスベクター構築物を含むが、これらに限定されないベクターである。ある面において、ベクターは、哺乳動物免疫エフェクター細胞、例えば、哺乳動物T細胞または哺乳動物NK細胞においてCAR構築物の発現ができる。ある面において、哺乳動物T細胞はヒトT細胞である。
細胞の供給源
増殖および遺伝的修飾または他の修飾の前に、細胞(例えば、免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞)の供給源を、対象から得ることができる。用語“対象”は、免疫応答が惹起できる生存生物(例えば、哺乳動物)を含むことを意図する。対象の例は、ヒト、イヌ、ネコ、マウス、ラットおよびそれらのトランスジェニック種を含む。T細胞は、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位からの組織、腹水、胸水、脾臓組織および腫瘍を含む、多数の供給源から得ることができる。
本発明のある面において、当分野で利用可能な任意の数の免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)系を使用し得る。本発明のある面において、T細胞を、FicollTM分離のような、当業者に知られるあらゆる技術を使用して、対象から採取した血液の単位から得ることができる。ある好ましい面において、個体の循環血液からの細胞をアフェレーシスにより得る。アフェレーシス産物は、一般にT細胞、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球を含む、リンパ球、赤血球および血小板を含む。ある面において、アフェレーシスにより採取した細胞は血漿画分を除去するために洗浄し、細胞を続くプロセシング過程のために適切な緩衝液または媒体に入れる。本発明のある面において、細胞を、リン酸緩衝化食塩水(PBS)で洗浄する。別の面において、洗浄溶液はカルシウムを欠き、マグネシウムを欠いてよくまたは全てではないにしても多くの二価カチオンを欠いてよい。カルシウム非存在下の初期活性化過程は、活性化の増強に至り得る。当業者には容易に認識されるように、洗浄工程は、製造業者の指示に従う、半自動化“フロースルー”遠心分離(例えば、Cobe 2991 cell processor、Baxter CytoMateまたはHaemonetics Cell Saver 5)により達成され得る。洗浄後、細胞を、例えば、無Ca、無MgPBS、PlasmaLyte Aまたは他の緩衝剤を含むまたは含まない食塩水溶液のような、多様な生体適合性緩衝液に再懸濁し得る。あるいは、アフェレーシスサンプルの望ましくない要素を除去し、細胞を培養培地に直接再懸濁し得る。
本出願の方法は、5%以下、例えば2%の、ヒトAB血清を含む培養培地条件を利用でき、既知培養培地条件および組成物、例えばSmith et al., “Ex vivo expansion of human T cells for adoptive immunotherapy using the novel Xeno-free CTS Immune Cell Serum Replacement” Clinical & Translational Immunology (2015) 4, e31; doi:10.1038/cti.2014.31に記載のものを用いることができることは認識される。
ある面において、T細胞は、赤血球を溶解し、例えば、PERCOLLTM勾配による遠心分離または向流遠心溶出法により単球を枯渇させることにより、末梢血リンパ球から単離する。CD3、CD28、CD4、CD8、CD45RAおよびCD45ROT細胞のようなT細胞の特異的下位集団を、陽性または陰性選択技術によりさらに単離し得る。例えば、ある面において、T細胞を、所望のT細胞の陽性選択に十分な時間、DYNABEADS(登録商標)M-450 CD3/CD28 Tのような抗CD3/抗CD28(例えば、3x28)コンジュゲートビーズとインキュベーションすることにより単離する。ある面において、時間は約30分である。さらなる面において、時間は30分~36時間またはそれより長い範囲およびその間の任意の整数値である。さらなる面において、時間は少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間または6時間である。他の好ましい面において、時間は10~24時間である。ある面において、インキュベーション時間は24時間である。腫瘍組織または免疫不全状態個体から腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)を単離するような、他の細胞型と比較してT細胞が少ないあらゆる状況において、T細胞を単離するために長いインキュベーション時間が使用され得る。さらに、長いインキュベーション時間の使用は、CD8 T細胞の捕獲効率を高め得る。それゆえに、単にT細胞をCD3/CD28ビーズと結合させる時間を短くするまたは長くするおよび/またはビーズ対T細胞比を増加または減少させる(さらにここに記載するとおり)ことにより、T細胞の亜集団が、培養開始時または工程中の他の時点で優先的に選択される。さらに、ビーズまたは他の表面上の抗CD3および/または抗CD28抗体比を増加または減少させることにより、T細胞の亜集団が、培養開始時または工程中の他の時点で優先的に選択される。複数回の選択も本発明で使用できることを当業者は認識する。ある面において、選択過程を実施し、“未選択”細胞を活性化および増殖過程で使用することが望ましいことがある。“未選択”細胞もさらなる選択に付し得る。
陰性選択によるT細胞集団富化は、陰性に選択される細胞に独特な表面マーカーを指向する抗体の組み合わせにより達成できる。一つの方法は、陰性に選択される細胞に存在する細胞表面マーカーを指向するモノクローナル抗体のカクテルを使用する陰性磁気免疫粘着またはフローサイトメトリーによる細胞選別および/または選択である。例えば、陰性選択によりCD4細胞を富化するために、モノクローナル抗体カクテルは、一般にCD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DRおよびCD8に対する抗体を含む。ある面において、一般にCD4、CD25、CD62Lhi、GITRおよびFoxP3を発現する制御性T細胞について富化または陽性選択することが望ましいことがある。あるいは、ある面において、T制御性細胞を、抗C25コンジュゲートビーズまたは他の類似選択法により枯渇させる。
ここに記載する方法は、例えば、ここに記載する、例えば、陰性選択技術を使用する、例えば、T制御性細胞枯渇集団、CD25枯渇細胞である、免疫エフェクター細胞の特異的亜集団、例えば、T細胞の選択を含み得る。好ましくは、T制御性枯渇細胞の集団は30%、25%、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満のCD25細胞を含む。
ある態様において、T制御性細胞、例えば、CD25 T細胞を、抗CD25抗体またはそのフラグメントまたはCD25結合リガンド、IL-2を使用して集団から除去する。ある態様において、抗CD25抗体またはそのフラグメントまたはCD25結合リガンドを、基質、例えば、ビーズにコンジュゲートするかまたは他に基質、例えば、ビーズ上に被覆させる。ある態様において、抗CD25抗体またはそのフラグメントを、ここに記載の基質にコンジュゲートさせる。
ある態様において、T制御性細胞、例えば、CD25 T細胞を、MiltenyiTMからのCD25枯渇剤を使用して集団から除去する。ある態様において、細胞対CD25枯渇剤の比は1e7細胞対20μLまたは1e7細胞対15μLまたは1e7細胞対10μLまたは1e7細胞対5μLまたは1e7細胞対2.5μLまたは1e7細胞対1.25μLである。ある態様において、例えば、T制御性細胞、例えば、CD25枯渇のために、5億細胞/mlを使用する。さらなる面において、6億、7億、8億または9億細胞/mlの細胞濃度を使用する。
ある態様において、枯渇すべき免疫エフェクター細胞の集団は、約6×10 CD25 T細胞を含む。他の面において、枯渇すべき免疫エフェクター細胞の集団は、約1×10~1×1010(およびその間の任意の整数値)CD25 T細胞を含む。ある態様において、得られたT制御性枯渇細胞集団は、2×10 T制御性細胞、例えば、CD25細胞またはそれ以下(例えば、1×10、5×10、1×10、5×10、1×10またはそれ以下のCD25細胞)を含む。
ある態様において、T制御性細胞、例えば、CD25細胞を、例えば、チュービング162-01のような、枯渇チュービングセットと共にCliniMAC系を使用して集団から除去する。ある態様において、CliniMAC系を、例えば、DEPLETION2.1のような、枯渇設定において動かす。
特定の理論に縛られることを望まないが、アフェレーシス前またはCAR発現細胞産物の製造中の対象における免疫細胞の負のレギュレーターのレベルの減少(例えば、望まない免疫細胞、例えば、TREG細胞の数の減少)は、対象の再発リスクを減らし得る。例えば、TREG細胞を枯渇する方法は当分野で知られる。例えば、TREG細胞を減少させる方法は、シクロホスファミド、抗GITR抗体(抗GITRここに記載する抗体)、CD25枯渇およびそれらの組み合わせを含むが、これらに限定されない。
ある態様において、製造法は、CAR発現細胞製造前のTREG細胞の数の減少(例えば、枯渇)を含む。例えば、製造法は、例えば、サンプル、例えば、アフェレーシスサンプルと抗GITR抗体および/または抗CD25抗体(またはそのフラグメントまたはCD25結合リガンド)を接触させ、CAR発現細胞(例えば、T細胞、NK細胞)産物の製造前にTREG細胞を枯渇させることを含む。
ある態様において、対象は、CAR発現細胞産物製造のための細胞採取前にTREG細胞を減らす1以上の治療で前処置されており、それにより対象がCAR発現細胞処置を再び必要とするリスクを軽減する。ある態様において、ある態様において、TREG細胞を低減する方法は、対象へのシクロホスファミド、抗GITR抗体、CD25枯渇またはこれらの組み合わせの1以上の投与を含むが、これらに限定されない。シクロホスファミド、抗GITR抗体、CD25枯渇またはこれらの組み合わせの1以上の投与は、CAR発現細胞産物注入前、注入中または注入後に行い得る。
ある態様において、対象は、CAR発現細胞産物製造のための細胞の採取前にシクロホスファミドで前処置され、それにより対象がCAR発現細胞処置を再発するリスクを軽減する。ある態様において、対象は、CAR発現細胞産物製造のための細胞の採取前に抗GITR抗体で前処置され、それにより対象がCAR発現細胞処置を再発するリスクを軽減する。
ある態様において、除去すべき細胞の集団は、制御性T細胞または腫瘍細胞ではなく、CART細胞の増殖および/または機能に他に負に影響する細胞、例えばCD14、CD11b、CD33、CD15または潜在的免疫抑制性細胞により発現される他のマーカーを発現する細胞である。ある態様において、このような細胞は、制御性T細胞および/または腫瘍細胞と同時にまたは該枯渇後にまたは他の順番で除去することが意図される。
ここに記載する方法は、1を超える選択工程、例えば、1を超える枯渇工程を含み得る。陰性選択によるT細胞集団の富化は、例えば、陰性に選択される細胞に独特な表面マーカーを指向する抗体の組み合わせにより達成できる。一つの方法は、陰性に選択される細胞に存在する細胞表面マーカーを指向するモノクローナル抗体のカクテルを使用する、陰性磁気免疫付着またはフローサイトメトリーを経る細胞選別および/または選択である。例えば、陰性選択によりCD4細胞を富化するために、モノクローナル抗体カクテルはCD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DRおよびCD8に対する抗体を含み得る。
ここに記載する方法は、さらに腫瘍抗原、例えば、CD25を含まない腫瘍抗原、例えば、CD19、CD30、CD38、CD123、CD20、CD14またはCD11bを発現する細胞の集団からの除去を含み、それによりCAR、例えば、ここに記載するCARの発現に適するT制御性枯渇、例えば、CD25枯渇および腫瘍抗原枯渇細胞の集団を提供する。ある態様において、腫瘍抗原発現細胞は、T制御性、例えば、CD25細胞と同時に除去される。例えば、抗CD25抗体またはそのフラグメントおよび抗腫瘍抗原抗体またはそのフラグメントを同じ基質、例えば、ビーズに結合でき、これを、細胞の除去に使用できまたは抗CD25抗体またはそのフラグメントおよび抗腫瘍抗原抗体またはそのフラグメントを別のビーズに結合でき、その混合物を細胞の除去に使用できる。他の態様において、T制御性細胞、例えば、CD25細胞の除去および腫瘍抗原発現細胞の除去は逐次的であり、例えば、いずれの順番で生じてもよい。
チェックポイント阻害剤、例えば、ここに記載するチェックポイント阻害剤を発現する細胞、例えば、PD1細胞、LAG3細胞およびTIM3細胞の1以上の集団からの除去を含み、それによりT制御性枯渇、例えば、CD25枯渇細胞およびチェックポイント阻害剤枯渇細胞、例えば、PD1、LAG3および/またはTIM3枯渇細胞の集団を提供する方法も提供される。チェックポイント阻害剤の例は、B7-H1、B7-1、CD160、P1H、2B4、PD1、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、TIGIT、CTLA-4、BTLAおよびLAIR1を含む。ある態様において、チェックポイント阻害剤発現細胞は、T制御性、例えば、CD25細胞と同時に除去される。例えば、抗CD25抗体またはそのフラグメントおよび抗チェックポイント阻害剤抗体またはそのフラグメントを同じビーズに結合でき、それを細胞の除去に使用できまたは抗CD25抗体またはそのフラグメントおよび抗チェックポイント阻害剤抗体またはそのフラグメントを別のビーズに結合でき、その混合物を細胞の除去に使用できる。他の態様において、T制御性細胞、例えば、CD25細胞の除去およびチェックポイント阻害剤発現細胞の除去は逐次的であり、例えば、いずれ順序の順番で生じてもよい。
ある態様において、T細胞IFN-γ、TNFα、IL-17A、IL-2、IL-3、IL-4、GM-CSF、IL-10、IL-13、グランザイムBおよびパーフォリンまたは他の適切な分子、例えば、他のサイトカインの1以上を発現するT細胞集団を選択できる。細胞発現についてスクリーニングする方法は、例えば、PCT公開WO2013/126712号に記載する方法により決定できる。
陽性または陰性選択により所望の細胞の集団を単離するために、細胞および表面(例えば、ビーズのような粒子)の濃度は変わり得る。ある面において、細胞とビーズの最大接触を確実にするために、ビーズと細胞を一緒に混合する体積を顕著に低下させる(例えば、細胞濃度を増加させる)ことが望まれ得る。例えば、ある面において、20億細胞/mlの濃度を使用する。ある面において、10億細胞/mlの濃度を使用する。さらなる面において、1億細胞/ml超を使用する。さらなる面において、1000万、1500万、2000万、2500万、3000万、3500万、4000万、4500万または5000万細胞/mlの細胞濃度を使用する。さらなる面において、細胞の7500万、8000万、8500万、9000万、9500万または1億細胞/mlの濃度を使用する。さらなる面において、1億2500万または1億5000万細胞/mlの濃度を使用できる。高濃度を使用して、細胞収率、細胞活性化および細胞増殖を増加できる。さらに、高細胞濃度の使用は、CD28陰性T細胞のような目的の標的抗原を弱く発現し得る細胞のまたは多くの腫瘍細胞が存在するサンプル(例えば、白血病性血液、腫瘍組織など)からのより効率的な捕獲を可能にする。このような細胞集団は、治療的価値を有しており、取得することが望ましい。例えば、高濃度細胞の使用は、通常CD28発現が弱いCD8 T細胞のより効率的な選択を可能にする。
関連する面において、低濃度の細胞を使用することが望ましいことがある。T細胞と表面(例えば、ビーズのような粒子)の混合物を顕著に希釈することにより、粒子と細胞の相互作用が最小化される。これは、粒子に結合する所望の抗原を高量で発現する細胞で選択する。例えば、CD4 T細胞は、高レベルのCD28を発現し、希釈濃度でCD8 T細胞より効率的に捕獲される。ある面において、使用する細胞の濃度は5×10e6/mlである。他の面において、使用する濃度は約1×10/ml~1×10/mlおよびその間の任意の整数値であり得る。
他の面において、細胞を、種々の長さの時間、種々の速度で、2~10℃または室温でローテータでインキュベートし得る。
刺激のためのT細胞はまた洗浄工程後凍結させ得る。理論に縛られることを望まないが、凍結と続く解凍工程は、細胞集団から顆粒球およびある程度単球を除去することにより、より均一な産物を提供する。血漿および血小板を除去する洗浄工程後、細胞を凍結溶液に懸濁し得る。多くの凍結溶液およびパラメータが当分野で知られ、この状況において有用であるが、ある方法は、20%DMSOおよび8%ヒト血清アルブミンを含むPBSまたは10%Dextran 40および5%デキストロース、20%ヒト血清アルブミンおよび7.5%DMSOまたは31.25%Plasmalyte-A、31.25%デキストロース5%、0.45%NaCl、10%Dextran 40および5%デキストロース、20%ヒト血清アルブミンおよび7.5%DMSOを含む培養培地または例えば、HespanおよびPlasmaLyte Aを含む他の適当な細胞凍結媒体を使用し、次いで細胞を1°/分の速度で-80℃に凍結し、気相の液体窒素貯蔵タンクに保存する制御凍結の他の方法ならびに直ぐに-20℃または液体窒素の非制御凍結も使用できる。
ある面において、凍結保存細胞をここに記載するように解凍し、洗浄し、本発明の方法を使用する活性化の前に室温で1時間休息させる。
本発明の文脈においてまた意図されるのは、ここに記載する増殖させた細胞が必要したがって、増殖する細胞の供給源を、必要な任意の時点で採取でき、免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞のような所望の細胞を、ここに記載するようなT細胞療法へのその後の使用のために単離および凍結できる。ある面において、血液サンプルまたはアフェレーシスを、一般に健常対象から採取する。ある面において、血液サンプルまたはアフェレーシスを、一般に、疾患を発症するリスクにあるが、まだ疾患を発症していない健常対象から採取し、目的の細胞をその後の使用のために単離および凍結する。ある面において、免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞を、その後の時点で増殖、凍結および使用し得る。ある面において、サンプルを、ここに記載する特定の疾患の診断の直後に、しかし、何らかの処置前に患者から採取する。さらなる面において、細胞を、ナタリズマブ、エファリズマブ、抗ウイルス剤、化学療法剤、放射線、シクロスポリン、アザチオプリン、メトトレキサート、ミコフェノレートおよびFK506のような免疫抑制剤、抗体またはキャンパス、抗CD3抗体、シトキサン、フルダラビン、シクロスポリン、FK506、ラパマイシン、ミコフェノール酸、ステロイド、FR901228および照射のような他の免疫除去剤のような、手段での処置を含むが、これらに限定されないあらゆる関連する処置モダリティーの前に、対象からの血液サンプルまたはアフェレーシスから単離する。
本発明のさらなる面において、T細胞を、対象に機能的T細胞を残す処置の後、患者から直接得る。ある癌処置、特に免疫系を損傷させる薬物での処置後、処置の直後、患者が通常該処置から回復するまでの間、得られるT細胞の品質がエクスビボで増殖する能力について最適であるまたは改善されていることが観察されている。同様に、ここに記載する方法を使用するエクスビボ操作後、これらの細胞は、生着およびインビボ増殖増強について好ましい状態であり得るボ。それゆえに、本発明の状況において、T細胞、樹状細胞または造血細胞系譜の他の細胞を含む血液細胞をこの回復期に採取することが企図される。さらに、ある面において、可動化(例えば、GM-CSFでの可動化)およびコンディショニングレジメンを使用して、特定の細胞型の再増殖、再循環、再生および/または増殖に好都合である条件を、特に、治療後の定められた時間枠中に、対象に形成できる。細胞型の例には、T細胞、B細胞、樹状細胞および免疫系の他の細胞を含む。
ある態様において、免疫エフェクターCAR分子を発現する細胞、例えば、ここに記載するCAR分子は、低い、免疫増強用量のmTOR阻害剤を受けた対象から得る。ある態様において、CARを発現するように操作される免疫エフェクター細胞の集団、例えば、T細胞を、対象または対象から採取したPD1陰性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞のレベルまたはPD1陰性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞/PD1陽性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞の比が少なくとも一過性に増加するように、低い、免疫増強用量のmTOR阻害剤の投薬から十分な時間後または十分な用量の後に、採取する。
他の態様において、CARを発現するように操作されているまたは操作する免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞の集団を、PD1陰性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞の数を増やすまたはPD1陰性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞/PD1陽性免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞の比を増やす量のmTOR阻害剤と接触させることにより、エクスビボで処理できる。
ある態様において、T細胞集団は、ジアシルグリセロールキナーゼ(DGK)欠損である。DGK欠損細胞は、DGK RNAまたはタンパク質を発現しないかまたはDGK活性が低下したまたは阻害された細胞である。DGK欠損細胞は、DGK発現を低減または阻止するための遺伝的方法、例えば、RNA干渉剤、例えば、siRNA、shRNA、miRNAの投与により産生できる。あるいは、DGK欠損細胞は、ここに記載するDGK阻害剤での処置により産生できる。
ある態様において、T細胞集団は、イカロス欠損である。イカロス欠損細胞は、イカロスRNAまたはタンパク質を発現しないかまたはイカロス活性が低下したまたは阻害された細胞を含み、イカロス欠損細胞は、イカロス発現を低減または阻止するための遺伝的方法、例えば、RNA干渉剤、例えば、siRNA、shRNA、miRNAの投与により産生できる。あるいは、イカロス欠損細胞は、イカロス阻害剤、例えば、レナリドマイドでの処置により産生できる。
ある態様において、T細胞集団は、DGK欠損およびイカロス欠損であり、例えば、DGKおよびイカロスを発現せずまたはDGKおよびイカロス活性が低下または阻害されている。このようなDGKおよびイカロス欠損細胞は、ここに記載する方法のいずれかにより産生できる。
ある態様において、NK細胞を対象から得る。他の態様において、NK細胞は、NK細胞株、例えば、NK-92細胞株(Conkwest)である。
同種CAR免疫エフェクター細胞
ここに記載するある態様において、免疫エフェクター細胞は、同種免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞であり得る。例えば、細胞は、同種T細胞、例えば、機能的T細胞受容体(TCR)および/またはヒト白血球抗原(HLA)、例えば、HLAクラスIおよび/またはHLAクラスIIの発現を欠く同種T細胞である。
機能的TCRを欠くT細胞は、例えば、その表面に何ら機能的TCRを発現しないように操作され、機能的TCRを含む1以上のサブユニットを発現しないように操作され(例えば、TCRアルファ、TCRベータ、TCRガンマ、TCRデルタ、TCRイプシロンおよび/またはTCRゼータの発現がない(または発現の減少を示す)ように操作される)またはその表面に微少の機能的TCRを産生するように操作され得る。あるいは、T細胞は、例えば、TCRのサブユニットの1以上の変異したまたは切断型の発現により、実質的に障害されたTCRを発現する。用語“実質的に障害されたTCR”は、このTCRが、宿主で有害な免疫反応を惹起しないことを意味する。
ここに記載するT細胞は、例えば、その表面に機能的HLAを発現しないように操作され得る。例えば、ここに記載するT細胞は、細胞表面発現HLA、例えば、HLAクラス1および/またはHLAクラスIIが下方制御されるように操作され得る。ある面において、HLAの下方制御は、ベータ-2ミクログロブリン(B2M)の発現の減少または排除を伴い得る。
ある態様において、T細胞は、機能的TCRおよび機能的HLA、例えば、HLAクラスIおよび/またはHLAクラスIIを欠き得る。
機能的TCRおよび/またはHLAの発現を欠く修飾T細胞は、TCRまたはHLAの1以上のサブユニットのノックアウトまたはノックダウンを含む、任意の適当な手段により得ることができる。例えば、T細胞は、siRNA、shRNA、群生性等間隔短回文反復配列(CRISPR)転写アクティベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)または亜鉛フィンガーエンドヌクレアーゼ(ZFN)を使用して、TCRおよび/またはHLAのノックダウンを含み得る。
ある態様において、同種細胞は、例えば、ここに記載する方法のいずれかにより、阻害性分子を発現しないまたは低レベルで発現する細胞であり得る。例えば、細胞は、例えば、CAR発現細胞が免疫エフェクター応答を開始する能力を低下できる、阻害分子を発現しないまたは阻害分子を低レベルで発現する細胞であり得る。阻害分子の例は、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFRベータを含む。DNA、RNAまたはタンパク質レベルでの阻害による、阻害分子の阻害はCAR発現細胞性能を最適化できる。ある態様において、例えば、ここに記載する、阻害性核酸、例えば、阻害性核酸、例えば、dsRNA、例えば、siRNAまたはshRNA、群生性等間隔短回文反復配列(CRISPR)、転写アクティベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)または亜鉛フィンガーエンドヌクレアーゼ(ZFN)を使用できる。
TCRまたはHLAを阻害するためのsiRNAおよびshRNA
ある態様において、TCR発現および/またはHLA発現を、T細胞におけるTCRおよび/またはHLAおよび/またはここに記載する阻害分子(例えば、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFRベータ)をコードする核酸を標的とするsiRNAまたはshRNAを使用して、阻害できる。
T細胞におけるsiRNAおよびshRNAの発現は、例えば、レンチウイルス発現系のような、任意の慣用の発現系を使用して達成できる。
TCRの1以上の要素の発現を下方制御する代表的shRNAは、例えば、米国公開2012/0321667号に開示されている。HLAクラスIおよび/またはHLAクラスII遺伝子の発現を下方制御する代表的siRNAおよびshRNAは、例えば、米国公開US2007/0036773号に開示されている。
TCRまたはHLAを阻害するためのCRISPR
ここで使用する“CRISPR”または“TCRおよび/またはHLAに対するCRISPR”または“TCRおよび/またはHLAを阻害するためのCRISPR”は、一連の群生性等間隔短回文反復配列またはこのような一連の反復を含む系をいう。ここで使用する“Cas”は、CRISPR関連タンパク質をいう。“CRISPR/Cas”系は、TCRおよび/またはHL遺伝子および/またはここに記載する阻害分子(例えば、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFRベータ)の発現抑制または変異に使用できる、CRISPRおよびCas由来の系をいう。
天然に存在するCRISPR/Cas系は、配列決定された真正細菌ゲノムの約40%および配列決定された古細菌の90%に見られる。Grissa et al. (2007) BMC Bioinformatics 8: 172。この系は、プラスミドおよびファージのような外来遺伝的要素に対する抵抗性を付与する1種の原核生物免疫系であり、後天性免疫の形態を提供する。Barrangou et al. (2007) Science 315: 1709-1712; Marragini et al. (2008) Science 322: 1843-1845。
CRISPR/Cas系は、マウスまたは霊長類のような真核生物における遺伝子エディティング(特定の遺伝子のサイレンシング、増強または変更)に使用するために修飾されている。Wiedenheft et al. (2012) Nature 482: 331-8。これは、真核細胞に、特別に設計したCRISPRおよび1以上の適切なCasを含むプラスミドを導入することにより達成される。
CRISPR座位と呼ばれることもあるCRISPR配列は、交互の反復およびスペーサーを含む。天然に存在するCRISPRにおいて、スペーサーは、通常細菌に対して外来であるプラスミドまたはファージ配列のような配列を含み、TCRおよび/またはHLA CRISPR/Cas系において、スペーサーはTCRまたはHLA遺伝子配列に由来する。
CRISPR座位からのRNAは構成的に発現され、Casタンパク質により小RNAに加工される。これらは、反復配列が隣接したスペーサーを含む。RNAは、他のCasタンパク質を、RNAまたはDNAレベルで外来性遺伝的要素に対して発現抑制するように導く。Horvath et al. (2010) Science 327: 167-170; Makarova et al. (2006) Biology Direct 1: 7。スペーサーは、それゆえに、siRNAに類似して、RNA分子の鋳型として働く。Pennisi (2013) Science 341: 833-836。
多くの異なるタイプの細菌で自然に生じるように、CRISPRの正確な配置および構造、Cas遺伝子の機能および数およびそれらの産物は種毎にいくぶん異なる。Haft et al. (2005) PLoS Comput. Biol. 1: e60; Kunin et al. (2007) Genome Biol. 8: R61; Mojica et al. (2005) J. Mol. Evol. 60: 174-182; Bolotin et al. (2005) Microbiol. 151: 2551-2561; Pourcel et al. (2005) Microbiol. 151: 653-663; and Stern et al. (2010) Trends. Genet. 28: 335-340。例えば、Cse(Casサブタイプ、大腸菌)タンパク質(例えば、CasA)は、機能的複合体、Cascadeを形成し、これは、CRISPR RNA転写物を、Cascadeが保持するスペーサー-反復単位に加工する。Brouns et al. (2008) Science 321: 960-964。他の原核生物において、Cas6は、CRISPR転写物を加工する。大腸菌におけるCRISPRベースのファージ不活性化はCascadeおよびCas3を必要とするが、Cas1またはCas2を必要としない。パイロコッカス・フリオサスおよび他の原核生物におけるCmr(Cas RAMPモジュール)タンパク質は、小CRISPR RNAと機能的複合体を形成し、これは相補的標的RNAを認識し、開裂する。より単純なCRISPR系は、二重らせんの各鎖のための2活性切断部位を有するヌクレアーゼであるタンパク質Cas9を頼る。Cas9と修飾CRISPR座位RNAの組み合わせを、遺伝子エディティングのための系に使用できる。Pennisi (2013) Science 341: 833-836。
CRISPR/Cas系を使用して、TCRおよび/またはHLA遺伝子を編集でき(塩基対の付加または欠失)または未成熟終止を導入でき、これは、そうしてTCRおよび/またはHLAの発現を減少させる。あるいはCRISPR/Cas系を、RNA干渉のように使用し、TCRおよび/またはHLA遺伝子を可逆性形式でオフにできる。哺乳動物細胞において、例えば、RNAは、Casタンパク質をTCRおよび/またはHLAプロモーターに導くことができ、RNAポリメラーゼを立体的に遮断する。
当分野で知られるテクノロジー、例えば、米国公開20140068797号およびCong (2013) Science 339: 819-823に記載のものを使用して、TCRおよび/またはHLAを阻害する人工CRISPR/Cas系を産生できる。例えば、Tsai (2014) Nature Biotechnol., 32:6 569-576、米国特許8,871,445号;8,865,406号;8,795,965号;8,771,945号;および8,697,359号に記載されるもののような、TCRおよび/またはHLAを阻害する当分野で知られる他の人工CRISPR/Cas系も産生できる。
TCRおよび/またはHLAを阻害するためのTALEN
“TALEN”または“HLAおよび/またはTCRに対するTALEN”または“HLAおよび/またはTCRを阻害するためのTALEN”は、HLAおよび/またはTCR遺伝子および/またはここに記載する阻害分子(例えば、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFRベータ)の編集に使用できる人工ヌクレアーゼである、転写アクティベーター様エフェクターヌクレアーゼをいう。
TALENは、TALエフェクターDNA結合ドメインとDNA開裂ドメインを融合することにより人工的に産生される。転写アクティベーター様効果(TALE)は、HLAまたはTCR遺伝子の部分を含む、任意の所望のDNA配列に結合するように操作できる。操作されたTALEとDNA開裂ドメインを合わせることにより、HLAまたはTCR配列を含む、任意の所望のDNA配列に特異的な、制限酵素を産生できる。次いで、これらを細胞に導入でき、そこで、それらはゲノムエディティングのために使用され得る。Boch (2011) Nature Biotech. 29: 135-6;およびBoch et al. (2009) Science 326: 1509-12; Moscou et al. (2009) Science 326: 3501。
TALEは、ザントモナス細菌により分泌されるタンパク質である。DNA結合ドメインは、12番目および13番目のアミノ酸以外、反復した、高度に保存的33~34アミノ酸配列を含む。これらの2箇所は高度に可変であり、特定のヌクレオチド認識と強い相関を示す。それらは、それゆえに、所望のDNA配列と結合するように操作され得る。
TALENを産生するために、TALEタンパク質を、野生型または変異FokIエンドヌクレアーゼであるヌクレアーゼ(N)と融合する。TALENにおいて使用するために、FokIについていくつかの変異が行われており、これらは、例えば、開裂特異性または活性の改善を含む。Cermak et al. (2011) Nucl. Acids Res. 39: e82; Miller et al. (2011) Nature Biotech. 29: 143-8; Hockemeyer et al. (2011) Nature Biotech. 29: 731-734; Wood et al. (2011) Science 333: 307; Doyon et al. (2010) Nature Methods 8: 74-79; Szczepek et al. (2007) Nature Biotech. 25: 786-793;およびGuo et al. (2010) J. Mol. Biol. 200: 96。
FokIドメインは、二量体として機能し、適切な配向および間隔を有する標的ゲノムにおける部位のための独特なDNA結合ドメインを有する2つの構築物を必要とする。TALE DNA結合ドメインとFokI開裂ドメインの間のアミノ酸残基数および2の個々のTALEN結合部位の間の塩基数の両者が、高レベルの活性を達成するために重要なパラメータであると考えられる。Miller et al. (2011) Nature Biotech. 29: 143-8。
HLAまたはTCR TALENを細胞内で使用して、二重鎖切断(DSB)を産生できる。変異は、修復機構が切断を非相同末端結合により不適切に修復するならば、切断部位に導入できる。例えば、不適切な修復は、フレームシフト変異を導入し得る。あるいは、外来DNAを、TALENと共に細胞に導入でき、外来DNAの配列および染色体配列により、この方法はHLAまたはTCR遺伝子における欠損の補正またはwt HLAまたはTCR遺伝子におけるこのような欠損の導入に使用でき、そうして、HLAまたはTCRの発現を減少させる。
HLAまたはTCRにおける配列に特異的なTALENは、モジュラー要素を使用する多様なスキームを含む、当分野で知られる任意の方法を使用して構築できる。Zhang et al. (2011) Nature Biotech. 29: 149-53; Geibler et al. (2011) PLoS ONE 6: e19509。
HLAおよび/またはTCRを阻害するための亜鉛フィンガーヌクレアーゼ
“ZFN”または“亜鉛フィンガーヌクレアーゼ”または“HLAおよび/またはTCRに対するZFN”または“HLAおよび/またはTCRを阻害するためのZFN”は、HLAおよび/またはTCR遺伝子および/またはここに記載する阻害分子(例えば、PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシンおよびTGFRベータ)の編集に使用できる人工ヌクレアーゼである、亜鉛フィンガーヌクレアーゼをいう。
TALENと同様、ZFNは、DNA結合ドメインに融合したFokIヌクレアーゼドメイン(またはその誘導体)を含む。ZFNの場合、DNA結合ドメインは、1以上の亜鉛フィンガーを含む。Carroll et al. (2011) Genetics Society of America 188: 773-782;およびKim et al. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 1156-1160。
亜鉛フィンガーは、1以上の亜鉛イオンにより安定化される小タンパク質構造モチーフである。亜鉛フィンガーは、例えば、Cys2His2を含むことができ、約3bp配列を認識できる。既知特異性の多様な亜鉛フィンガーを合わせて、約6bp、9bp、12bp、15bpまたは18bp配列を認識する多フィンガーポリペプチドを産生できる。ファージディスプレイ、酵母ワンハイブリッド系、細菌ワンハイブリッドおよびツーハイブリッド系および哺乳動物細胞を含む、特異的配列を認識する亜鉛フィンガー(およびそれらの組み合わせ)を産生するための多様な選択およびモジュラーアセンブリー技術が利用可能である。
TALENと同様、ZFNは、DNAを開裂するために二量体化しなければならない。それゆえに、ZFNの対が、非パリンドロームDNA部位を標的とすることが必要である。2の各々のZFNは、そのヌクレアーゼが適切に離れて、DNAの逆の鎖に結合しなければならない。Bitinaite et al. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95: 10570-5。
またTALENと同様、ZFNは、DNAに二重鎖切断を創製でき、これは、不適切に修復されたならばフレームシフト変異を創製でき、細胞におけるHLAおよび/またはTCRの発現および量の減少に至る。ZFNはまた、HLAまたはTCR遺伝子における変異のために相同組換えと使用もできる。
HLAおよび/またはTCRにおける配列に特異的なZFNは、当分野で知られる任意の方法を使用して構築できる。Cathomen et al. (2008) Mol. Ther. 16: 1200-7; Guo et al. (2010) J. Mol. Biol. 400: 96;米国特許公開2011/0158957号;および米国特許公開2012/0060230号参照。
テロメラーゼ発現
何らかの特定の理論に縛られることを望まないが、ある態様において、治療的T細胞は、T細胞における短縮されたテロメアのために、患者における残留性が短く、したがって、テロメラーゼ遺伝子を用いるトランスフェクションは、T細胞のテロメアを延長し、患者におけるT細胞の残留性を改善し得る。Carl June, “Adoptive T cell therapy for cancer in the clinic”, Journal of Clinical Investigation, 117:1466-1476 (2007)参照。それゆえに、ある態様において、免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞、異所性にテロメラーゼサブユニットを、例えば、テロメラーゼの触媒的サブユニット、例えば、TERT、例えば、hTERT発現する。ある面において、本開示は、細胞とテロメラーゼサブユニット、例えば、テロメラーゼの触媒的サブユニット、例えば、TERT、例えば、hTERTをコードする核酸を接触させることを含む、CAR発現細胞を産生する方法を提供する。細胞を、CARをコードする構築物と接触させる前に、同時にまたは後に核酸と接触させ得る。
ある面において、本開示は、免疫エフェクター細胞の集団(例えば、T細胞、NK細胞)を製造する方法に関する。ある態様において、本方法は、免疫エフェクター細胞の集団(例えば、T細胞またはNK細胞)を提供し、免疫エフェクター細胞の集団とCARをコードする核酸を接触させ、そして、免疫エフェクター細胞の集団とテロメラーゼサブユニット、例えば、hTERTをコードする核酸を、CARおよびテロメラーゼ発現を可能とする条件下に接触させることを含む。
ある態様において、テロメラーゼサブユニットをコードする核酸はDNAである。ある態様において、テロメラーゼサブユニットをコードする核酸は、テロメラーゼサブユニットの発現を駆動できるプロモーターを含む。
ある態様において、hTERTは、GenBank Protein ID AAC51724.1のアミノ酸配列を有し(Meyerson et al., “hEST2, the Putative Human Telomerase Catalytic Subunit Gene, Is Up-Regulated in Tumor Cells and during Immortalization” Cell Volume 90, Issue 4, 22 August 1997, Pages 785-795)、次のとおりである。
MPRAPRCRAVRSLLRSHYREVLPLATFVRRLGPQGWRLVQRGDPAAFRALVAQCLVCVPWDARPPPAAPSFRQVSCLKELVARVLQRLCERGAKNVLAFGFALLDGARGGPPEAFTTSVRSYLPNTVTDALRGSGAWGLLLRRVGDDVLVHLLARCALFVLVAPSCAYQVCGPPLYQLGAATQARPPPHASGPRRRLGCERAWNHSVREAGVPLGLPAPGARRRGGSASRSLPLPKRPRRGAAPEPERTPVGQGSWAHPGRTRGPSDRGFCVVSPARPAEEATSLEGALSGTRHSHPSVGRQHHAGPPSTSRPPRPWDTPCPPVYAETKHFLYSSGDKEQLRPSFLLSSLRPSLTGARRLVETIFLGSRPWMPGTPRRLPRLPQRYWQMRPLFLELLGNHAQCPYGVLLKTHCPLRAAVTPAAGVCAREKPQGSVAAPEEEDTDPRRLVQLLRQHSSPWQVYGFVRACLRRLVPPGLWGSRHNERRFLRNTKKFISLGKHAKLSLQELTWKMSVRGCAWLRRSPGVGCVPAAEHRLREEILAKFLHWLMSVYVVELLRSFFYVTETTFQKNRLFFYRKSVWSKLQSIGIRQHLKRVQLRELSEAEVRQHREARPALLTSRLRFIPKPDGLRPIVNMDYVVGARTFRREKRAERLTSRVKALFSVLNYERARRPGLLGASVLGLDDIHRAWRTFVLRVRAQDPPPELYFVKVDVTGAYDTIPQDRLTEVIASIIKPQNTYCVRRYAVVQKAAHGHVRKAFKSHVSTLTDLQPYMRQFVAHLQETSPLRDAVVIEQSSSLNEASSGLFDVFLRFMCHHAVRIRGKSYVQCQGIPQGSILSTLLCSLCYGDMENKLFAGIRRDGLLLRLVDDFLLVTPHLTHAKTFLRTLVRGVPEYGCVVNLRKTVVNFPVEDEALGGTAFVQMPAHGLFPWCGLLLDTRTLEVQSDYSSYARTSIRASLTFNRGFKAGRNMRRKLFGVLRLKCHSLFLDLQVNSLQTVCTNIYKILLLQAYRFHACVLQLPFHQQVWKNPTFFLRVISDTASLCYSILKAKNAGMSLGAKGAAGPLPSEAVQWLCHQAFLLKLTRHRVTYVPLLGSLRTAQTQLSRKLPGTTLTALEAAANPALPSDFKTILD(配列番号606)
ある態様において、hTERTは、配列番号606の配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一の配列を有する。ある態様において、hTERTは、配列番号606の配列を有する。ある態様において、hTERTは、N末端、C末端または両方に欠失(例えば、5、10、15、20または30アミノ酸を超えない)を含む。ある態様において、hTERTは、N末端、C末端または両方にトランスジェニックアミノ酸配列(例えば、5、10、15、20または30アミノ酸を超えない)を含む。
ある態様において、hTERTは、GenBank Accession No. AF018167の核酸配列によりコードされる(Meyerson et al., “hEST2, the Putative Human Telomerase Catalytic Subunit Gene, Is Up-Regulated in Tumor Cells and during Immortalization” Cell Volume 90, Issue 4, 22 August 1997, Pages 785-795)。
1 caggcagcgt ggtcctgctg cgcacgtggg aagccctggc cccggccacc cccgcgatgc
61 cgcgcgctcc ccgctgccga gccgtgcgct ccctgctgcg cagccactac cgcgaggtgc
121 tgccgctggc cacgttcgtg cggcgcctgg ggccccaggg ctggcggctg gtgcagcgcg
181 gggacccggc ggctttccgc gcgctggtgg cccagtgcct ggtgtgcgtg ccctgggacg
241 cacggccgcc ccccgccgcc ccctccttcc gccaggtgtc ctgcctgaag gagctggtgg
301 cccgagtgct gcagaggctg tgcgagcgcg gcgcgaagaa cgtgctggcc ttcggcttcg
361 cgctgctgga cggggcccgc gggggccccc ccgaggcctt caccaccagc gtgcgcagct
421 acctgcccaa cacggtgacc gacgcactgc gggggagcgg ggcgtggggg ctgctgttgc
481 gccgcgtggg cgacgacgtg ctggttcacc tgctggcacg ctgcgcgctc tttgtgctgg
541 tggctcccag ctgcgcctac caggtgtgcg ggccgccgct gtaccagctc ggcgctgcca
601 ctcaggcccg gcccccgcca cacgctagtg gaccccgaag gcgtctggga tgcgaacggg
661 cctggaacca tagcgtcagg gaggccgggg tccccctggg cctgccagcc ccgggtgcga
721 ggaggcgcgg gggcagtgcc agccgaagtc tgccgttgcc caagaggccc aggcgtggcg
781 ctgcccctga gccggagcgg acgcccgttg ggcaggggtc ctgggcccac ccgggcagga
841 cgcgtggacc gagtgaccgt ggtttctgtg tggtgtcacc tgccagaccc gccgaagaag
901 ccacctcttt ggagggtgcg ctctctggca cgcgccactc ccacccatcc gtgggccgcc
961 agcaccacgc gggcccccca tccacatcgc ggccaccacg tccctgggac acgccttgtc
1021 ccccggtgta cgccgagacc aagcacttcc tctactcctc aggcgacaag gagcagctgc
1081 ggccctcctt cctactcagc tctctgaggc ccagcctgac tggcgctcgg aggctcgtgg
1141 agaccatctt tctgggttcc aggccctgga tgccagggac tccccgcagg ttgccccgcc
1201 tgccccagcg ctactggcaa atgcggcccc tgtttctgga gctgcttggg aaccacgcgc
1261 agtgccccta cggggtgctc ctcaagacgc actgcccgct gcgagctgcg gtcaccccag
1321 cagccggtgt ctgtgcccgg gagaagcccc agggctctgt ggcggccccc gaggaggagg
1381 acacagaccc ccgtcgcctg gtgcagctgc tccgccagca cagcagcccc tggcaggtgt
1441 acggcttcgt gcgggcctgc ctgcgccggc tggtgccccc aggcctctgg ggctccaggc
1501 acaacgaacg ccgcttcctc aggaacacca agaagttcat ctccctgggg aagcatgcca
1561 agctctcgct gcaggagctg acgtggaaga tgagcgtgcg gggctgcgct tggctgcgca
1621 ggagcccagg ggttggctgt gttccggccg cagagcaccg tctgcgtgag gagatcctgg
1681 ccaagttcct gcactggctg atgagtgtgt acgtcgtcga gctgctcagg tctttctttt
1741 atgtcacgga gaccacgttt caaaagaaca ggctcttttt ctaccggaag agtgtctgga
1801 gcaagttgca aagcattgga atcagacagc acttgaagag ggtgcagctg cgggagctgt
1861 cggaagcaga ggtcaggcag catcgggaag ccaggcccgc cctgctgacg tccagactcc
1921 gcttcatccc caagcctgac gggctgcggc cgattgtgaa catggactac gtcgtgggag
1981 ccagaacgtt ccgcagagaa aagagggccg agcgtctcac ctcgagggtg aaggcactgt
2041 tcagcgtgct caactacgag cgggcgcggc gccccggcct cctgggcgcc tctgtgctgg
2101 gcctggacga tatccacagg gcctggcgca ccttcgtgct gcgtgtgcgg gcccaggacc
2161 cgccgcctga gctgtacttt gtcaaggtgg atgtgacggg cgcgtacgac accatccccc
2221 aggacaggct cacggaggtc atcgccagca tcatcaaacc ccagaacacg tactgcgtgc
2281 gtcggtatgc cgtggtccag aaggccgccc atgggcacgt ccgcaaggcc ttcaagagcc
2341 acgtctctac cttgacagac ctccagccgt acatgcgaca gttcgtggct cacctgcagg
2401 agaccagccc gctgagggat gccgtcgtca tcgagcagag ctcctccctg aatgaggcca
2461 gcagtggcct cttcgacgtc ttcctacgct tcatgtgcca ccacgccgtg cgcatcaggg
2521 gcaagtccta cgtccagtgc caggggatcc cgcagggctc catcctctcc acgctgctct
2581 gcagcctgtg ctacggcgac atggagaaca agctgtttgc ggggattcgg cgggacgggc
2641 tgctcctgcg tttggtggat gatttcttgt tggtgacacc tcacctcacc cacgcgaaaa
2701 ccttcctcag gaccctggtc cgaggtgtcc ctgagtatgg ctgcgtggtg aacttgcgga
2761 agacagtggt gaacttccct gtagaagacg aggccctggg tggcacggct tttgttcaga
2821 tgccggccca cggcctattc ccctggtgcg gcctgctgct ggatacccgg accctggagg
2881 tgcagagcga ctactccagc tatgcccgga cctccatcag agccagtctc accttcaacc
2941 gcggcttcaa ggctgggagg aacatgcgtc gcaaactctt tggggtcttg cggctgaagt
3001 gtcacagcct gtttctggat ttgcaggtga acagcctcca gacggtgtgc accaacatct
3061 acaagatcct cctgctgcag gcgtacaggt ttcacgcatg tgtgctgcag ctcccatttc
3121 atcagcaagt ttggaagaac cccacatttt tcctgcgcgt catctctgac acggcctccc
3181 tctgctactc catcctgaaa gccaagaacg cagggatgtc gctgggggcc aagggcgccg
3241 ccggccctct gccctccgag gccgtgcagt ggctgtgcca ccaagcattc ctgctcaagc
3301 tgactcgaca ccgtgtcacc tacgtgccac tcctggggtc actcaggaca gcccagacgc
3361 agctgagtcg gaagctcccg gggacgacgc tgactgccct ggaggccgca gccaacccgg
3421 cactgccctc agacttcaag accatcctgg actgatggcc acccgcccac agccaggccg
3481 agagcagaca ccagcagccc tgtcacgccg ggctctacgt cccagggagg gaggggcggc
3541 ccacacccag gcccgcaccg ctgggagtct gaggcctgag tgagtgtttg gccgaggcct
3601 gcatgtccgg ctgaaggctg agtgtccggc tgaggcctga gcgagtgtcc agccaagggc
3661 tgagtgtcca gcacacctgc cgtcttcact tccccacagg ctggcgctcg gctccacccc
3721 agggccagct tttcctcacc aggagcccgg cttccactcc ccacatagga atagtccatc
3781 cccagattcg ccattgttca cccctcgccc tgccctcctt tgccttccac ccccaccatc
3841 caggtggaga ccctgagaag gaccctggga gctctgggaa tttggagtga ccaaaggtgt
3901 gccctgtaca caggcgagga ccctgcacct ggatgggggt ccctgtgggt caaattgggg
3961 ggaggtgctg tgggagtaaa atactgaata tatgagtttt tcagttttga aaaaaaaaaa
4021 aaaaaaa(配列番号607)
ある態様において、hTERTは、配列番号607の配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96、97%、98%または99%同一である配列を有する核酸によりコードされる。ある態様において、hTERTは、配列番号607の核酸によりコードされる。
細胞の活性化および増殖
細胞は、例えば、米国特許6,352,694号;6,534,055号;6,905,680号;6,692,964号;5,858,358号;6,887,466号;6,905,681号;7,144,575号;7,067,318号;7,172,869号;7,232,566号;7,175,843号;5,883,223号;6,905,874号;6,797,514号;6,867,041号;および米国特許出願公開20060121005号に記載する方法を使用して、一般的に活性化および増殖できる。
一般に、本発明のT細胞を、CD3/TCR複合体結合シグナルを刺激する薬剤が結合したその表面とT細胞の表面上の共刺激性分子を刺激するリガンドを接触させることにより増殖できる。特に、T細胞集団は、表面上に固定された抗CD3抗体または抗原結合そのフラグメントまたは抗CD2抗体との接触またはカルシウムイオノフォアと組み合わせたタンパク質キナーゼCアクティベーター(例えば、ブリオスタチン)との接触により、ここに記載するように刺激し得る。T細胞表面上のアクセサリー分子の共刺激のために、アクセサリー分子と結合するリガンドを使用する。例えば、T細胞の集団を、T細胞の増殖刺激に適する条件下、抗CD3抗体および抗CD28抗体と接触させ得る。CD4 T細胞またはCD8 T細胞の増殖を刺激するために、抗CD3抗体および抗CD28抗体を使用できる。抗CD28抗体の例は9.3、B-T3、XR-CD28を含み(Diaclone, Besancon, France)、当分野で一般に知られる他の方法のように使用できる(Berg et al., Transplant Proc. 30(8):3975-3977, 1998; Haanen et al., J. Exp. Med. 190(9):13191328, 1999; Garland et al., J. Immunol Meth. 227(1-2):53-63, 1999)。
ある面において、T細胞のための一次刺激シグナルおよび共刺激シグナルは、異なるプロトコールにより提供し得る。例えば、例えば、各シグナルを提供する薬剤は溶液中でも、表面と結合していてよい。表面に結合しているとき、薬剤は同じ表面(すなわち、“cis”形態)または別の表面(すなわち、“trans”形態)に結合し得る。あるいは、あるいは、一方の薬剤が表面に結合し、他方のが溶液にあってよい。ある面において、共刺激シグナルを提供する薬剤は細胞表面に結合し、一次活性化シグナルを提供する薬剤は溶液中であるかまたは表面と結合する。ある面において、両剤は溶液中にあり得る。ある面において、ある面において、薬剤は不溶性形態であり、Fc受容体または抗体または薬剤と結合する他の結合剤を発現する細胞のような表面に架橋され得る。この点に関して、例えば、本発明におけるT細胞の活性化および増殖のために意図される人工抗原提示細胞(aAPC)について、米国特許出願公開20040101519号および20060034810号を参照のこと。
ある面において、2剤は、ビーズに、同じビーズ、すなわち、“cis”または別のビーズ、すなわち、“trans”で固定化される。例として、一次活性化シグナルを提供する薬剤は抗CD3抗体または抗原結合そのフラグメントであり、共刺激シグナルを提供する薬剤は抗CD28抗体または抗原結合そのフラグメントであり、両剤が、等価な分子量で同じビーズに共固定化される。ある面において、CD4 T細胞増殖およびT細胞増殖のためのビーズに結合した1:1比の各抗体を使用する。本発明のある面において、1:1比を使用して観察された増殖と比較して、T細胞増殖の増殖が観察されるように、ビーズに結合した抗CD3:CD28抗体の比を使用する。ある特定の面において、1:1比を使用して観察された増殖と比較して、約1~約3倍増加が観察される。ある面において、ビーズに結合したCD3:CD28抗体比は100:1~1:100およびその間の全ての整数値の範囲である。本発明のある面において、抗CD3抗体より多くの抗CD28抗体が粒子に結合している、すなわち、CD3:CD28比が1未満である。本発明のある面において、ビーズに結合した抗CD28抗体対抗CD3抗体比は2:1より大きい。ある特定の面において、ビーズに結合した1:100 CD3:CD28比の抗体を使用する。ある面において、ビーズに結合した1:75 CD3:CD28比の抗体を使用する。さらなる面において、ビーズに結合した1:50 CD3:CD28比の抗体を使用する。ある面において、ビーズに結合した1:30 CD3:CD28比の抗体を使用する。ある好ましい面において、ビーズに結合した1:10 CD3:CD28比の抗体を使用する。ある面において、ビーズに結合した1:3 CD3:CD28比の抗体を使用する。さらなる面において、ビーズに結合した3:1 CD3:CD28比の抗体を使用する。
1:500~500:1およびその間の任意の整数値の粒子対細胞比を、T細胞または他の標的細胞の刺激のために使用し得る。当業者には容易に認識され得るように、粒子対細胞比は、標的細胞に対する粒子径による。例えば、小さいサイズのビーズは少ない細胞しか結合できず、大きなビーズはたくさん結合できる。ある面において、細胞対粒子比は、1:100~100:1およびその間の任意の整数値の範囲であり、さらなる面において1:9~9:1およびその間の任意の整数値からなる比をT細胞刺激に使用し得る。T細胞刺激をもたらす抗CD3および抗CD28結合粒子対T細胞の比は、上記のように変わりうるが、しかしながらある好ましい値は1:100、1:50、1:40、1:30、1:20、1:10、1:9、1:8、1:7、1:6、1:5、1:4、1:3、1:2、1:1、2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1および15:1を含み、一つの好ましい比は少なくとも1:1粒子対T細胞である。ある面において、1:1以下の粒子対細胞比を使用する。ある特定の面において、好ましい粒子:細胞比は1:5である。さらなる面において、粒子対細胞比は、刺激の日により変わり得る。例えば、ある面において、粒子対細胞比は、1日目は1:1~10:1であり、さらなる粒子をその後10日目まで連日または隔日で細胞に添加し、最終比1:1~1:10である(添加の比の細胞数に基づく)。ある特定の面において、粒子対細胞比は刺激1日目に1:1であり、刺激3日目および5日目に1:5に調節する。ある面において、粒子を、1日目の1:1および刺激3日目および5日目の1:5の最終比に基づき、連日または隔日で添加する。ある面において、粒子対細胞比は、刺激1日目は2:1であり、刺激3日目および5日目に1:10に調節する。ある面において、粒子を、1日目の1:1および3日目および5日目の1:10の最終比に基づき、連日または隔日で添加する。当業者は、多様な他の比が本発明における使用に適し得ることを認識する。特に、比は、粒子径ならびに細胞サイズおよびタイプによる。ある面において、使用するための最も典型的な比は、1日目の1:1、2:1および3:1付近である。
本発明のさらなる面において、T細胞のような細胞を、薬剤被覆ビーズと組み合わせ、ビーズおよび細胞をその後分離し、次いで細胞を培養する。異なる面において、培養前に、薬剤被覆ビーズおよび細胞を分離するが、一緒に培養する。さらなる面において、ビーズおよび細胞を、磁気力のような力の適用によりまず濃縮し、細胞表面マーカーのライゲーションを増加させ、それにより細胞刺激を誘導する。
例として、細胞表面タンパク質を、抗CD3および抗CD28が結合した常磁性ビーズ(3x28ビーズ)とT細胞を接触させることにより、ライゲートし得る。ある面において、細胞(例えば、10~10 T細胞)およびビーズ(例えば、DYNAビーズS(登録商標)M-450 CD3/CD28 T常磁性ビーズを1:1比)を、緩衝液、例えばPBS(カルシウムおよびマグネシウムのような二価カチオン不含)中で合わせる。再び、任意の細胞濃度を使用し得ることは当業者には容易に認識され得る。例えば、標的細胞は、サンプル中に極めて稀であり、サンプルの0.01%しか含まれないかまたはサンプル全体(すなわち、100%)が目的の標的細胞で構成され得る。したがって、あらゆる細胞数が本発明の状況と一体となる。ある面において、細胞と粒子の最大接触を確実にするために、粒子および細胞を混合する体積を顕著に減少させる(すなわち、細胞の濃度を高める)ことが望ましいことがある。例えば、ある面において、約100億細胞/ml、90億/ml、80億/ml、70億/ml、60億/ml、50億/mlまたは20億細胞/mlの濃度を使用する。ある面において、1億細胞/ml超を使用する。さらなる面において、1000万、1500万、2000万、2500万、3000万、3500万、4000万、4500万または5000万細胞/mlの細胞濃度を使用する。さらなる面において、7500万、8000万、8500万、9000万、9500万または1億細胞/mlの細胞濃度を使用する。さらなる面において、1億2500万または1億5000万細胞/mlの濃度使用できる。高濃度を使用して、細胞収率、細胞活性化および細胞増殖を増加できる。さらに、高細胞濃度の使用はCD28陰性T細胞のような目的の標的抗原を弱く発現し得る細胞のより効率的な捕獲を可能にする。このような細胞の集団は、治療的価値を有し得て、得ることが望まれる。例えば、高濃度の細胞の使用は、通常CD28発現が弱いCD8 T細胞のより効率的な選択を可能にする。
ある態様において、CAR、例えば、ここに記載するCARをコードする核酸が形質導入された細胞を、例えば、ここに記載する方法により増殖する。ある態様において、細胞を、数時間(例えば、約2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時間、9時間、10時間、15時間、18時間、21時間)~約14日(例えば、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日または14日)の期間の培養により増殖する。ある態様において、細胞は、4~9日の期間増殖される。ある態様において、細胞は、8日以下、例えば、7日、6日または5日の期間増殖される。ある態様において、細胞、例えば、ここに記載するCD123 CAR細胞は、5日の培養により増殖され、得られた細胞は、同じ培養条件で、9日間培養で増殖された同じ細胞よりも強力である。効力は、例えば、多様なT細胞機能、例えば増殖、標的細胞死、サイトカイン産生、活性化、遊走またはそれらの組み合わせにより規定され得る。ある態様において、5日増殖された細胞、例えば、ここに記載するCD123 CAR細胞は、同じ培養条件下に9日間培養で増殖された同じ細胞と比較して、抗原刺激による細胞倍加の少なくとも1倍、2倍、3倍または4倍増加を示す。ある態様において、細胞、例えば、ここに記載するCD123 CARを発現する細胞は、5日の培養により増殖され、得られた細胞は、同じ培養条件下に9日間培養で増殖された同じ細胞と比較して、高い炎症誘発性サイトカイン産生、例えば、IFN-γおよび/またはGM-CSFレベルを示す。ある態様において、5日増殖された細胞、例えば、ここに記載するCD123 CAR細胞は、同じ培養条件下に9日間培養で増殖された同じ細胞と比較して、炎症誘発性サイトカイン産生、例えば、IFN-γおよび/またはGM-CSFレベルのpg/mlで、少なくとも1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍またはそれ以上増加する。
本発明のある面において、混合物を、数時間(約3時間)~約14日またはその間の任意の時間的整数値、培養してよい。ある面において、混合物を21日培養し得る。本発明のある面において、ビーズおよびT細胞を一緒に約8日培養する。ある面において、ビーズおよびT細胞を一緒に2~3日培養する。T細胞の培養期間が60日以上となるような、数サイクルの刺激も望まれ得る。T細胞培養に適する条件は、血清(例えば、胎児ウシまたはヒト血清)、インターロイキン-2(IL-2)、インスリン、IFN-γ、IL-4、IL-7、GM-CSF、IL-10、IL-12、IL-15、TGFβおよびTNF-αまたは当業者に知られる細胞増殖のための任意の他の添加剤を含む、増殖および生存能に必要な因子を含み得る、適切な培地(例えば、最小必須培地またはRPMI培地1640またはX-vivo 15(Lonza))を含む。細胞の増殖のための他の添加剤は、界面活性剤、プラスマネートおよびN-アセチル-システインおよび2-メルカプトエタノールのような還元剤を含むが、これらに限定されない。培地は、無血清または適切な量の血清(または血漿)が添加されたまたは規定されたセットのホルモンおよび/またはT細胞の増殖および拡大に十分な量のサイトカインが添加されたRPMI 1640、AIM-V、DMEM、MEM、α-MEM、F-12、X-Vivo 15およびX-Vivo 20、Optimizerを含み得る。抗生物質、例えば、ペニシリンおよびストレプトマイシンは実験的培養においてのみ包含され、対象に注入すべき細胞の培養には含まれない。標的細胞は、増殖を支持するのに必要な条件、例えば、適切な温度(例えば、37℃)および雰囲気(例えば、空気+5%CO)で維持される。
ある態様において、細胞は、例えば、フローサイトメトリーのようなここに記載する方法により測定して、14日の増殖期間にわたり、細胞の少なくとも200倍(例えば、200倍、250倍、300倍、350倍)増加をもたらす1以上のインターロイキンを含む、適切な培地(例えば、ここに記載する培地)で増殖させる。ある態様において、細胞は、IL-15および/またはIL-7(例えば、IL-15およびIL-7)の存在下増殖させる。
ある態様において、ここに記載する方法、例えば、CAR発現細胞製造法は、T制御性細胞、例えば、CD25 T細胞を、例えば、抗CD25抗体またはそのフラグメントまたはCD25結合リガンド、IL-2を使用して、細胞集団から除去することを含む。細胞集団からT制御性細胞、例えば、CD25 T細胞を除去する方法は、ここに記載される。ある態様において、方法、例えば、製造法は、さらに細胞集団(例えば、CD25 T細胞のようなT制御性細胞が枯渇されている細胞集団;または抗CD25抗体、そのフラグメントまたはCD25結合リガンドと前に接触された細胞集団)とIL-15および/またはIL-7の接触を含む。例えば、細胞集団(例えば、抗CD25抗体、そのフラグメントまたはCD25結合リガンドと先に接触されている)を、IL-15および/またはIL-7の存在下で増殖させる。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、インターロイキン-15(IL-15)ポリペプチド、インターロイキン-15受容体アルファ(IL-15Ra)ポリペプチドまたはIL-15ポリペプチドとIL-15Raポリペプチドの組み合わせ、例えば、hetIL-15を含む組成物を、CAR発現細胞の製造中、例えば、エクスビボで接触させることを含む。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、CAR発現細胞の製造中、例えば、エクスビボで、IL-15ポリペプチドを含む組成物と接触させる。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、CAR発現細胞の製造中、例えば、エクスビボで、IL-15ポリペプチドおよびIL-15Raポリペプチドの両者の組合せを含む組成物と接触させる。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、CAR発現細胞の製造中、例えば、エクスビボで、hetIL-15を含む組成物と接触させる。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、エクスビボ増殖中、hetIL-15を含む組成物と接触させる。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、エクスビボ増殖中、IL-15ポリペプチドを含む組成物と接触させる。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、エクスビボ増殖中、IL-15ポリペプチドおよびIL-15Raポリペプチドの両者を含む組成物と接触させる。ある態様において、接触は、リンパ球亜集団、例えば、CD8 T細胞の生存および増殖をもたらす。
種々の刺激時間に曝されているT細胞は、異なる特徴を示し得る。例えば、典型的な血液またはアフェレーシスした末梢血単核細胞産物は、細胞毒性またはサプレッサーT細胞集団(TC、CD8)より大きいヘルパーT細胞集団(TH、CD4)を有する。CD3およびCD28受容体での刺激によるT細胞のエクスビボ増殖は、約8~9日目前まで主にTH細胞からなるT細胞の集団を産生するが、約8~9日目後、T細胞の集団は、徐々に大きくなるTC細胞の集団を含む。したがって、処置の目的によって、対象に、主にTH細胞を含むT細胞集団を注入することは有利であり得る。同様に、TC細胞の抗原特異的サブセットが単離されているならば、このサブセットを大きな程度まで増殖させることが有利であり得る。
さらに、CD4およびCD8マーカーに加えて、他の表現型マーカーは、細胞増殖過程の経過中に、顕著に、しかし大部分、再現性よく変化する。そうして、このような再現性は、特定の目的のために活性化T細胞産物をあつらえる能力を可能とする。
CD123 CARが構築されたら、適切なインビトロおよび動物モデルにおける抗原刺激後にT細胞を増殖させる能力、再刺激の非存在下でのT細胞増殖の持続および抗癌活性のような、しかしこれらに限定されない分子の活性を評価するために、種々のアッセイが使用され得る。CD123 CARの効果を評価するためのアッセイは、下にさらに詳細に記載する。
初代T細胞におけるCAR発現のウェスタンブロット分析を、単量体および二量体の存在を検出するために使用できる。例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)参照。極めて簡潔には、CARを発現するT細胞(CD4およびCD8 T細胞の1:1混合物)をインビトロで10日超増殖させ、続いて溶解および還元条件下のSDS-PAGEを行う。完全長TCR-ζ細胞質ドメインおよび内因性TCR-ζ鎖を含むCARを、TCR-ζ鎖に対する抗体を使用するウェスタンブロッティングにより検出する。同じT細胞サブセットを、共有結合性二量体形成の評価を可能とするために非還元条件下のSDS-PAGE分析に使用する。
抗原刺激後のCAR T細胞のインビトロ増殖を、フローサイトメトリーにより測定できる。例えば、CD4およびCD8 T細胞の混合物をαCD3/αCD28 aAPCで刺激し、続いて分析すべきプロモーターの制御下に、GFPを発現するレンチウイルスベクターで形質導入する。代表的プロモーターは、CMV IE遺伝子、EF-1α、ユビキチンCまたはホスホグリセロキナーゼ(PGK)プロモーターを含む。GFP蛍光を、CD4および/またはCD8 T細胞サブセットの培養6日目に、フローサイトメトリーにより評価する。例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)参照。あるいは、CD4とCD8 T細胞の混合物を、0日目にαCD3/αCD28被覆磁気ビーズで刺激し、2Aリボソームスキッピング配列を使用するCARとeGFPを発現するバイシストロニックレンチウイルスベクターを使用して、1日目にCARを形質導入する。培養物を、洗浄後、CD19 K562細胞(K562-CD19)、野生型K562細胞(K562野生型)または抗CD3および抗CD28抗体存在下hCD32および4-1BBLを発現するK562細胞(K562-BBL-3/28)で、再刺激する。外来性IL-2を、100IU/mlを隔日で培養物に添加する。GFP T細胞を、ビーズベースの計数を使用するフローサイトメトリーにより数える。例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)参照。類似アッセイを、抗CD123 T細胞(例えばGill et al Blood 2014;123:2343参照)または抗CD123 CAR T細胞を用いて実施できる。
再刺激非存在下の持続するCAR T細胞増殖も測定できる。例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)参照。簡潔には、平均T細胞体積(fl)を、0日目のαCD3/αCD28被覆磁気ビーズでの刺激および1日目の記載するCARの形質導入後、培養8日目にCoulter Multisizer III粒子カウンター、Nexcelom Cellometer VisionまたはMillipore Scepterを使用して測定する。
動物モデルも、CART活性の測定に使用できる。例えば、免疫欠損マウスにおける初代ヒトプレB ALLを処置するための、ヒトCD19特異的CAR T細胞を使用する異種移植モデルを使用できる。例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)参照。極めて簡潔には、ALL確立後、マウスを処置群に無作為化する。αCD19-ζおよびαCD19-BB-ζ操作T細胞の異なる数を、1:1の等量比でB-ALLを担持するNOD-SCID-γ-/-マウスに共注射する。マウスからの脾臓DNAにおけるαCD19-ζおよびαCD19-BB-ζベクターのコピー数をT細胞注射後種々の時点で評価する。動物を、1週間間隔で白血病について評価する。末梢血CD19 B-ALL芽細胞数を、αCD19-ζ CAR T細胞または偽形質導入T細胞を注射したマウスで測定する。ログランク検定を使用して、群の生存曲線を比較する。さらに、NOD-SCID-γ-/-マウスへのT細胞注射4週間後の絶対的末梢血CD4およびCD8 T細胞数も分析する。マウスに、白血病性細胞を注射し、3週間後、eGFPに連結したCARをコードするバイシストロニックレンチウイルスベクターによりCARを発現するように操作されたT細胞を注射する。T細胞を、注入GFP T細胞の45~50%に、注射前に偽形質導入細胞と混合することにより標準化し、フローサイトメトリーにより確認する。動物を、1週間間隔で白血病について評価する。CAR T細胞群の生存曲線を、ログランク検定を使用して比較する。類似の実験をCD123 CARTSで実施できる。
用量依存的CAR処置応答を評価できる。例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)参照。例えば、21日目にCAR T細胞、等しい数の偽形質導入T細胞で処置したまたはT細胞処置なしの、マウスにおいて白血病が確立した後35~70日後に、末梢血を得る。各群からのマウスを、末梢血CD19 ALL芽細胞数の決定のために無作為に採血し、35日目および49日目に殺す。残りの動物を57日目および70日目に評価する。類似の実験をCD123 CARTSで実施できる。
細胞増殖およびサイトカイン産生の評価は、先に、例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)に記載されている。簡潔には、CAR介在増殖の評価を、洗浄したT細胞と、CD19(K19)またはCD32およびCD137(KT32-BBL)を発現するK562細胞と、最終T細胞:K562比2:1で混合することによりマイクロタイタープレートにおいて実施する。K562細胞を、使用前にガンマ線で照射する。抗CD3(クローンOKT3)および抗CD28(クローン9.3)モノクローナル抗体を、これらのシグナルがエクスビボでの長期CD8 T細胞増殖を支持するため、刺激T細胞増殖について陽性対照として役立つKT32-BBL細胞の培養物に添加する。T細胞を、製造者により記載のとおり、CountbrightTM蛍光ビーズ(Invitrogen, Carlsbad, CA)およびフローサイトメトリーを使用して、培養において数える。CAR T細胞を、eGFP-2A連結CAR発現レンチウイルスベクターで操作されたT細胞を使用するGFP発現により同定する。GFPを発現しないCAR T細胞について、CAR T細胞を、ビオチニル化組み換えCD123タンパク質および二次アビジン-PEコンジュゲートにより検出する。T細胞のCD4およびCD8発現も、特異的モノクローナル抗体(BD Biosciences)を使用して同時に検出する。サイトカイン測定を、製造業者の指示に従いヒトTH1/TH2サイトカイン細胞数測定ビーズアレイキット(BD Biosciences, San Diego, CA)を使用して再刺激24時間後に回収した上清でまたはLuminex 30-plexキット(Invitrogen)を使用して実施する。蛍光をBD Fortessaフローサイトメーターを使用して評価し、データを製造業者の指示に従い分析する。類似の実験をCD123 CARTで実施できる。
細胞毒性を、標準的51Cr放出アッセイにより評価できる。例えば、Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009)参照。簡潔には、標的細胞(K562株および初代プロB-ALL細胞)に、51Cr(NaCrOとして、New England Nuclear, Boston, MA)を、37℃で2時間、頻繁に撹拌しながら充填し、完全RPMIで2回洗浄し、マイクロタイタープレートに播種する。エフェクターT細胞を、ウェル中で完全RPMI中、標的細胞と種々のエフェクター細胞:標的細胞(E:T)比で混合する。さらなる培地のみ(自発的放出、SR)またはtriton-X 100洗剤1%溶液(全放出、TR)を含むウェルも調製する。37℃で4時間のインキュベーション後、各ウェルから上清を回収する。放出された51Crを、次いでガンマ粒子カウンター(Packard Instrument Co., Waltham, MA)を使用して測定する。各条件を少なくとも3回行い、溶解のパーセントを式:溶解%=(ER-SR)/(TR-SR)(式中、ERは各実験条件で放出された平均51Crを示す)を使用して計算する。
造影テクノロジーを使用して、腫瘍担持動物モデルにおけるCARの特異的輸送および増殖を評価できる。このようなアッセイは、例えば、Barrett et al., Human Gene Therapy 22:1575-1586 (2011)に記載されている。簡潔には、NOD/SCID/γc-/-(NSG)マウスに、Nalm-6細胞をIV注射し、7日後CAR構築物でエレクトロポレーション4時間後T細胞を注射する。T細胞は、ホタルルシフェラーゼを発現するようにレンチウイルス構築物で安定にトランスフェクトされ、マウスをバイオルミネセンスについて造影する。あるいは、Nalm-6異種移植モデルにおけるCAR T細胞の単回注射の治療有効性および特異性を、次のように測定できる。NSGマウスに、ホタルルシフェラーゼを安定に発現するように形質導入したNalm-6を注射し、続いて7日後にCD123 CARで電気穿孔したT細胞を1回尾静脈注射する。動物を、注射後種々の時点で造影する。例えば、5日目(処置2日前)および8日目(CAR PBL後24時間)に、代表的マウスにおけるホタルルシフェラーゼ陽性白血病の光子密度ヒートマップを作成できる。
ここでの実施例部分に記載のものならびに当分野で知られるものを含む、他のアッセイも、本発明のCD123 CAR構築物の評価に使用できる。
ここに開示する方法の代わりにまたはこれと組み合わせて、CARリガンドの使用を含む、CAR発現細胞(例えば、インビトロまたはインビボ(例えば、臨床モニタリング))、免疫細胞増殖および/または活性化および/またはCAR特異的選択の1以上の検出および/または定量のための方法および組成物が開示される。一つの例示的態様において、CARリガンドは、CAR分子に結合する、例えば、CARの細胞外抗原結合ドメインに結合する抗体である(例えば、抗原結合ドメインに結合する抗体、例えば、抗イディオタイプ抗体;または細胞外結合ドメインの定常領域に結合する抗体)。他の態様において、CARリガンドは、CAR抗原分子である(例えば、ここに記載のような)。
ある面において、CAR発現細胞を検出および/または定量する方法が開示される。例えば、CARリガンドは、インビトロまたはインビボでCAR発現細胞の検出および/または定量に使用できる(例えば、患者におけるCAR発現細胞の臨床モニタリングまたは患者への投薬)。方法は、
CARリガンド(場合により、標識CARリガンド、例えば、タグ、ビーズ、放射活性または蛍光標識を含むCARリガンド)を提供し;
CAR発現細胞を獲得し(例えば、製造サンプルまたは臨床サンプルのようなCAR発現細胞含有サンプルの獲得);
CAR発現細胞とCARリガンドを、結合が生じる条件下で接触させ、それにより、存在するCAR発現細胞のレベル(例えば、量)を検出することを含む。CAR発現細胞とCARリガンドの結合は、FACS、ELISAなどのような標準技術を使用して検出できる。
他の面において、増殖および/または活性化細胞(例えば、免疫エフェクター細胞)を増殖する方法が開示される。方法は、
CAR発現細胞(例えば、第一CAR発現細胞または一過性に発現されるCAR細胞)を提供し);
該CAR発現細胞とCARリガンド、例えば、ここに記載するようなCARリガンドを、免疫細胞拡張および/または増殖が生じる条件下で接触させ、それにより、活性化および/または増殖集団を産生することを含む。
ある態様において、CARリガンドは存在する(例えば、基質、例えば、天然に存在しない基質に固定化または結合される)。ある態様において、基質は、非細胞基質である。非細胞基質は、例えば、プレート(例えば、マイクロタイタープレート)、膜(例えば、ニトロセルロース膜)、マトリックス、チップまたはビーズから選択される固体支持体であり得る。ある態様において、CARリガンドは、基質に存在する(例えば、基質表面上)。CARリガンドを、基質に共有非共有(例えば、架橋)により固定、結合または会合させ得る。ある態様において、CARリガンドは、ビーズに結合(例えば、共有結合)する。前記態様において、免疫細胞集団をインビトロまたはエクスビボで増殖できる。方法は、さらに、例えば、ここに記載する方法のいずれかを使用して、CAR分子のリガンド存在下、免疫細胞の集団を培養することをさらに含む。
他の態様において、細胞を増殖および/または活性化する方法は、さらに第二刺激性分子、例えば、CD28の添加を含む。例えば、CARリガンドおよび第二刺激性分子を基質、例えば、1以上のビーズに固定し、それにより細胞増殖および/または活性化を増加させ得る。
さらに他の面において、CAR発現細胞を選択または富化する方法を提供する。方法は、CAR発現細胞とここに記載のようなCARリガンドを接触させ、CARリガンドの結合に基づき細胞を選択することを含む。
さらに他の態様において、CAR発現細胞を枯渇、減少および/または死滅する方法が提供される。方法は、CAR発現細胞とここに記載するようなCARリガンドを接触させ;そして細胞を、CARリガンドの結合に基づきターゲティングし、それによりCAR発現細胞の数を減らすおよび/または殺すことを含む。ある態様において、CARリガンドは、毒性剤と結合する(例えば、トキシンまたは細胞除去剤)。他の態様において、抗イディオタイプ抗体は、エフェクター細胞活性、例えば、ADCCまたはADC活性を生じ得る。
ここに開示する方法において使用できる抗CAR抗体の例は、例えば、WO2014/190273号およびJena et al., “Chimeric Antigen Receptor (CAR)-Specific Monoclonal Antibody to Detect CD19-Specific T cells in Clinical Trials”, PLOS March 2013 8:3 e57838に記載され、その内容を引用により本明細書に包含させる。ある態様において、抗イディオタイプ抗体分子は、抗CD19抗体分子、例えば、抗CD19 scFvを認識する。例えば、抗イディオタイプ抗体分子は、Jena et al., PLOS March 2013 8:3 e57838に記載のCD19特異的CAR mAbクローン番号136.20.1と結合について競合でき;CD19特異的CAR mAbクローン番号136.20.1と同じCDR(例えば、Kabat定義、Chothia定義またはKabatおよびChothia定義の組合せを使用して1以上の、例えば、全ての、VH CDR1、VH CDR2、CH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3)を有し得て;CD19特異的CAR mAbクローン番号136.20.1のような1以上の(例えば、2)可変領域を有し得るかまたはCD19特異的CAR mAbクローン番号136.20.1を含み得る。ある態様において、抗イディオタイプ抗体は、Jena et al.に記載の方法により製造した。他の態様において、抗イディオタイプ抗体分子は、WO2014/190273号に記載の抗イディオタイプ抗体分子である。ある態様において、抗イディオタイプ抗体分子は、136.20.1のようなWO2014/190273号に記載の抗体分子と同じCDR(例えば、1以上の、例えば、全ての、VH CDR1、VH CDR2、CH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3)を有し;WO2014/190273号の抗体分子の1以上の(例えば、2)可変領域を有してよくまたは136.20.1のようなWO2014/190273号に記載の抗体分子を含み得る。他の態様において、抗CAR抗体は、例えば、WO2014/190273号に記載のようなCAR分子の細胞外結合ドメインの定常領域に結合する。ある態様において、抗CAR抗体は、CAR分子の細胞外結合ドメインの定常領域、例えば、重鎖定常領域(例えば、CH-CH3ヒンジ領域)または軽鎖定常領域に結合する。例えば、ある態様において、抗CAR抗体は、WO2014/190273号に記載の2D3モノクローナル抗体と結合について競合し、2D3と同じCDR(例えば、1以上の、例えば、全ての、VH CDR1、VH CDR2、CH CDR3、VL CDR1、VL CDR2およびVL CDR3)を有しまたは2D3の1以上の(例えば、2)可変領域を有しまたはWO2014/190273に記載のような2D3を含む。
ある面および態様において、ここでの組成物および方法は、例えば、その全体を引用により本明細書に包含させる、2014年7月31日出願の米国特許出願号に記載のような、T細胞の特定のサブセットのために最適化される。ある態様において、T細胞の最適化サブセットは、対照T細胞、例えば、同じ構築物を発現する異なるタイプ(例えば、CD8またはCD4)のT細胞と比較して、残留性の増強を示す。
ある態様において、CD4 T細胞は、ここに記載するCARを含み、当該CARは、CD4 T細胞に適する(例えば、最適化、例えば、残留性の増強に至る)細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、ICOSドメインを含む。ある態様において、CD8 T細胞は、ここに記載するCARを含み、当該CARは、CD8 T細胞に適する(例えば、最適化、例えば、残留性の増強に至る)細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、4-1BBドメイン、CD28ドメインまたはICOSドメイン以外の共刺激ドメインを含む。ある態様において、ここに記載するCARは、ここに記載する抗原結合ドメインを含み、例えば、CD123に特異的に結合する抗原結合ドメインを含むCAR、例えば、表2または表6のCAR。
ある面において、ここに記載されるのは、対象、例えば、癌を有する対象を処置する方法である。方法は、該対象に、有効量の:
1)
抗原結合ドメイン、例えば、ここに記載する抗原結合ドメイン、例えば、CD123に特異的に結合する抗原結合ドメイン、例えば、表2、表6または表9の抗原結合ドメイン;
膜貫通ドメイン;および
細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、第一共刺激性ドメイン、例えば、ICOSドメイン
を含むCARを含むCD4 T細胞(CARCD4);および
2)
抗原結合ドメイン、例えば、ここに記載する抗原結合ドメイン、例えば、CD123に特異的に結合する抗原結合ドメイン、例えば、表2、表6または表9の抗原結合ドメイン;
膜貫通ドメイン;および
細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、第二共刺激性ドメイン、例えば、4-1BBドメイン、CD28ドメインまたはICOSドメイン以外の他の共刺激性ドメイン
を含むCARを含むCD8 T細胞(CARCD8+)
を投与することを含み、ここで、CARCD4およびCARCD8+は、互いに異なる。
場合により、方法は、さらに、
3)
抗原結合ドメイン、例えば、ここに記載する抗原結合ドメイン、例えば、CD123に特異的に結合する抗原結合ドメイン、例えば、表2、表6または表9の抗原結合ドメイン;
膜貫通ドメイン;および
細胞内シグナル伝達ドメイン
を含む
CARを含む第二CD8 T細胞(第二CARCD8+)を投与することを含み、
ここで、第二CARCD8+は、CARCD8+に存在しない細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、共刺激性シグナル伝達ドメインを含み、場合により、ICOSシグナル伝達ドメインを含まない。
治療適用
CD123関連疾患および/または障害
本発明は、数ある中で、例えば、癌または悪性腫瘍のような増殖性疾患または脊髄形成異常症、骨髄異形成症候群または前白血病状態のような前癌状態;またはCD123を発現する細胞が関係する非癌関連徴候を含む、CD123の発現と関係する疾患またはCD123を発現する細胞と関係する状態を処置するための組成物および方法を提供する。ある面において、CD123の発現と関係する癌は、血液癌である。ある面において、血液癌は、AML、骨髄異形成症候群、ALL、慢性骨髄白血病、芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物、骨髄増殖性新生物、ホジキンリンパ腫などを含むが、これらに限定されない。さらにCD123の発現と関係する疾患は、例えば、非定型および/または非古典的癌、悪性腫瘍、前癌状態または増殖性CD123の発現と関係する疾患を含むが、これらに限定されない。CD123の発現と関係する非癌関連徴候も包含され得る。
ある面において、本発明は、CD123発現と関係する疾患を処置する方法を提供する。ある面において、本発明は、疾患を処置する方法を提供し、ここで、腫瘍の一部がCD123陰性であり、腫瘍の一部がCD123陽性である。例えば、本発明のCARは、CD123の発現増加と関係する疾患の処置を受けている対象の処置に有用であり、ここで、CD123のレベル上昇について処置を受けている対象は、CD123の上昇したレベルと関係する疾患を有する。ある態様において、本発明のCARは、CD123の発現と関係する疾患の処置を受けている対象の処置に有用であり、ここで、CD123発現に関する処置を受けている対象は、CD123の発現と関係する疾患を示す。
ある面において、本発明は、哺乳動物免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞における発現のために、プロモーターと操作可能に連結したCD123 CARを含むベクターに関する。ある面において、本発明は、CD123発現腫瘍の処置に使用するためのCD123 CARを発現する組み換えT細胞を提供し、ここで、CD123 CARを発現する組み換え免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞は、CD123 CAR発現細胞(例えば、CD123 CARTまたはCD123 CAR発現NK細胞)と呼ぶ。ある面において、本発明のCD123 CARTは、CD123 CAR発現細胞(例えば、CD123 CARTまたはCD123 CAR発現NK細胞)が腫瘍細胞を標的とし、腫瘍の増殖が阻害されるように、腫瘍細胞と、その表面に発現される少なくとも1の本発明のCD123 CARを接触させ得る。
ある面において、本発明は、CD123 CAR発現細胞(例えば、CD123 CARTまたはCD123 CAR発現NK細胞)が、抗原に応答して活性化し、癌細胞を標的とし、ここで、腫瘍の増殖が阻害されるように、腫瘍細胞と、本発明のCD123 CAR発現細胞(例えば、CD123 CARTまたはCD123 CAR発現NK細胞)を接触させることを含む、CD123発現腫瘍細胞の増殖を阻害する方法に関する。
ある面において、本発明は、対象における癌を処置する方法に関する。方法は、癌が対象において処置されるように、対象に、本発明のCD123 CAR発現細胞(例えば、CD123 CARTまたはCD123 CAR発現NK細胞)を投与することを含む。本発明のCD123 CAR発現細胞(例えば、CD123 CARTまたはCD123 CAR発現NK細胞)により処置可能な癌の例は、CD123の発現と関係する癌である。本発明のCD123 CAR発現細胞(例えば、CD123 CARTまたはCD123 CAR発現NK細胞)により処置可能な癌の例は、AML、ホジキンリンパ腫、骨髄異形成症候群、慢性骨髄白血病および他の骨髄増殖性新生物または芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物などを含むが、これらに限定されない。
本発明は、ある種の細胞治療を含み、ここで、免疫エフェクター細胞、例えば、免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞が、キメラ抗原受容体(CAR)を発現するように遺伝子修飾され、CD123 CAR発現細胞(例えば、CD123 CARTまたはCD123 CAR発現NK細胞)が、それを必要とするレシピエントに注入される。注入された細胞は、レシピエントで腫瘍細胞を殺すことができる。抗体療法と異なり、CAR修飾免疫エフェクター細胞、例えば、CAR修飾T細胞またはCAR修飾NK細胞は、インビボで複製でき、持続した腫瘍制御をもたらし得る、長期残留性をもたらす。種々の面において、患者に投与された免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞またはその子孫は、患者で、患者に免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞投与後少なくとも4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、10ヶ月、11ヶ月、12ヶ月、13ヶ月、14ヶ月、15ヶ月、16ヶ月、17ヶ月、18ヶ月、19ヶ月、20ヶ月、21ヶ月、22ヶ月、23ヶ月、2年、3年、4年または5年持続する。
本発明はまた、ある種の細胞治療を含み、ここで、免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞は、キメラ抗原受容体(CAR)を一過性に発現するように、例えば、インビトロ転写RNAにより修飾され、CAR発現細胞、例えば、CAR T細胞またはCAR NK細胞)がそれを必要とするレシピエントに注入される。注入された細胞は、レシピエントで腫瘍細胞を殺すことができる。それゆえに、種々の面において、患者に投与した免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞は、患者に免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞投与後、1ヶ月、例えば、3週間、2週間、1週間未満持続する。
何らかの特定の理論に縛られないが、CAR修飾免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞により惹起される抗腫瘍免疫応答は、能動的または受動的免疫応答であり得るかまたはあるいは直接的対間接的免疫応答によるものであり得る。ある面において、CAR形質導入免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)は、CD123を発現するヒト癌細胞に応答して特定の炎症誘発性サイトカイン分泌および強力な細胞溶解性活性を示し、可溶性CD123阻害に抵抗し、バイスタンダー細胞死に介在し、確立されたヒト腫瘍の退縮に介在する。例えば、CD123発現腫瘍の不均一な場における抗原低腫瘍細胞は、近辺の抗原陽性癌細胞に対して先に反応している癌関連抗原の再指向免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)による間接的破壊を受け得る。
ある面において、本発明の完全ヒトCAR修飾免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)は、哺乳動物におけるエクスビボ免疫化および/またはインビボ治療のための1種のワクチンである。ある面において、哺乳動物は、ヒトである。
エクスビボ免疫化に関して、次の少なくとも1つが、哺乳動物に細胞、例えば、T細胞またはNK細胞を投与する前にインビトロで起こる。i)細胞の増殖、ii)細胞へのCARをコードする核酸の導入またはiii)細胞の凍結保存。
エクスビボ過程は当分野で周知であり、下によりより詳細に記載する。簡潔には、細胞を哺乳動物(例えば、ヒト)から単離し、ここに記載するCARを発現するベクターで遺伝子修飾(すなわち、インビトロで形質導入またはトランスフェクト)する。CAR修飾細胞を、哺乳動物レシピエントに投与して、治療効果を提供できる。哺乳動物レシピエントはヒトであってよく、CAR修飾細胞はレシピエントに対して自己であり得る。あるいは、細は、レシピエントに対して同種、同系または異種であり得る。
引用により本明細書に包含させる米国特許5,199,942号に記載する造血幹細胞および前駆細胞のエクスビボ増殖のための方法を、本発明の細胞に適用できる。他の適当な方法は当分野で知られ、それゆえに本発明は、細胞のエクスビボ増殖の特定の方法に制限されない。簡潔には、T細胞のエクスビボ培養および増殖は、(1)哺乳動物からの採取した末梢血または骨髄外植体からのCD34造血幹細胞および前駆細胞回収;および(2)エクスビボでのこのような細胞の増殖を含む。米国特許5,199,942号に記載される細胞増殖因子に加えて、flt3L、IL-1、IL-3およびc-kitリガンドのような他の因子を細胞の培養および増殖に使用できる。
エクスビボ免疫化の点で細胞ベースのワクチンを使用するのに加えて、本発明はまた患者における抗原に対する免疫応答を惹起するための、インビボ免疫化のための組成物および方法も提供する。
一般に、ここに記載するような細胞活性化および増殖は、免疫不全状態である個体で惹起する疾患の処置および予防に利用し得る。特に、本発明のCAR修飾免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)を、CD123の発現と関係する疾患、障害および状態の処置に使用する。ある面において、本発明の細胞を、CD123の発現と関係する疾患、障害および状態を発症するリスクのある患者の処置に使用する。それゆえに、本発明は、処置を必要とする対象に、本発明のCAR修飾免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)の治療有効量を投与することを含む、CD123の発現と関係する疾患、障害および状態の処置または予防のための方法を提供する。
ある面において、本発明のCAR発現細胞(CART細胞またはCAR発現NK細胞)を、癌または悪性腫瘍のような増殖性疾患または脊髄形成異常症、骨髄異形成症候群または前白血病状態のような前癌状態の処置に使用し得る。ある面において、CD123の発現と関係する癌は、血液癌、前白血病状態、過増殖性障害、過形成または細胞の異常増殖により特徴付けられる異形成である。
ある面において、本発明のCAR発現細胞(CART細胞またはCAR発現NK細胞)を癌の処置に使用し、ここで、癌は、血液癌である。血液癌状態は、白血病および血液、骨髄およびリンパ系に影響する悪性リンパ増殖状態のような癌である。
ある面において、組成物および本発明のCAR発現細胞(CART細胞またはCAR発現NK細胞)は、骨髄白血病、AMLおよびそのサブタイプ、慢性骨髄白血病(CML)、骨髄異形成症候群(MDS)、骨髄増殖性新生物(MPN)、組織球性障害および肥満細胞障害の処置に特に有用である。
白血病は急性白血病および慢性白血病に分類できる。急性白血病はさらに急性骨髄性白血病(AML)および急性リンパ性白血病(ALL)として分類され得る。慢性白血病は慢性骨髄性白血病(CML)および慢性リンパ系白血病(CLL)を含む。他の関連する状態は、骨髄球性血液細胞の産生不良(または異形成)によりまとめられる血液学的状態の多様なコレクションであり、AMLに癌化するリスクがある、骨髄異形成症候群(MDS、以前は“前白血病状態”として知られる)である。
リンパ腫は、リンパ球から生じる血液細胞腫瘍の群である。代表的リンパ腫は非ホジキンリンパ腫およびホジキンリンパ腫を含む。
AMLにおいて、悪性形質転換および異常に分化した、長命骨髄前駆細胞の未制御な増殖は、未熟血液形態の高循環数および正常骨髄の悪性細胞による置き換えに至る。症状は、疲労、蒼白、易皮下出血および出血、発熱および感染を含み、白血病性浸潤の症状は、患者の約5%にしか存在しない(しばしば皮膚所見として)。末梢血スメアおよび骨髄の試験は診断的である。既存の処置は、寛解を達成するための導入化学療法および再発を避けるための寛解後化学療法(幹細胞移植を伴うまたは伴わない)である。
AMLは、形態学、免疫表現型および細胞化学により互いに区別される多数のサブタイプがある。骨髄、骨髄-単球、単球、赤血球および巨核球を含む優勢細胞型に基づき、5タイプが記載される。
寛解導入率は50~85%の範囲である。長期無病生存は、患者の20~40%で生じ、幹細胞移植で処置した若い患者では40~50%と報告されている。
予後因子は処置プロトコールおよび強度の決定を助ける;極めて予後不良な性質を有する患者は、通常、利益の可能性が、処置毒性増加を正当化すると考えられるために、より強い形態の治療を与える。最も重要な予後因子は、白血病細胞核型である;有利な核型は、t(15;17)、t(8;21)およびinv16(p13;q22)を含む。陰性因子は、高齢、先行骨髄異形成相、二次性白血病、高WBC数およびアウエル小体不在である。
最初の治療は寛解の導入を試み、AMLに応答する薬剤が少ない点で、ALLと大きく異なる。基本的導入レジメンは、5~7日連続的IV注入または高用量によるシタラビン;ダウノルビシンまたはイダルビシンは、この間3日IVで与えられる。いくつかのレジメンは6-チオグアニン、エトポシド、ビンクリスチンおよびプレドニゾンを含むが、それらの貢献は不明確である。処置は、通常、感染または出血を伴う顕著な骨髄抑制をもたらす;骨髄回復前に相当な潜時がある。この間、注意深い予防的および支持的処置が重要である。
慢性骨髄性(または骨髄)白血病(CML)は慢性顆粒球性白血病としても知られ、白血球の癌である。CMLの一般的処置レジメンは、Bcr-Ablチロシンキナーゼ阻害剤、イマチニブ(グリーベック(登録商標))、ダサチニブおよびニロチニブを含む。Bcr-Ablチロシンキナーゼ阻害剤は、フィラデルフィア染色体転座を有するCML患者に特に有用である。
骨髄異形成症候群(MDS)は、障害されかつ無効な造血または血液産生により特徴付けられる血液学的医学的状態である。それゆえに、血液形成細胞の数および質が非可逆的に低下する。MDSを有する患者の一部は重度の貧血を発症するが、他は非症候性である。MDSの分類スキームは当分野で知られ、基準は特定の血液細胞型、例えば、骨髄芽細胞、単球および赤血球前駆体の比または頻度を特定する。MDSは、難治性貧血、環状鉄芽細胞を伴う難治性貧血、過剰の芽細胞を伴う難治性貧血、形質転換における過剰な芽細胞を伴う難治性貧血、慢性骨髄単球性白血病(CML)を含む。
MDSの処置は、症状の重症度で異なる。重篤な症状を経験している患者のための処置の積極的形態は、骨髄移植および血液産物支持(例えば、輸血)および造血増殖因子(例えば、エリスロポエチン)での支持的ケアを含む。他の薬剤は、MDSの処置に頻繁に使用される:5-アザシチジン、デシタビンおよびレナリドマイド。ある場合、鉄キレート剤デフェロキサミン(デスフェラール(登録商標))およびデフェラシロクス(エクジェイド(登録商標))も投与し得る。
他の態様において、本発明のCAR発現細胞(例えば、CART細胞またはCAR発現NK細胞)を使用して、白血病幹細胞を伴う癌または白血病を処置する。例えば、白血病幹細胞はCD34/CD38白血病細胞である。
本発明は、とりわけ、癌を処置するための組成物および方法を提供する。ある面において、癌は、白血病(例えば急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ様白血病、慢性リンパ様白血病および骨髄異形成症候群)およびリンパ腫(例えば多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫および小細胞および大細胞濾胞性リンパ腫)を含む悪性リンパ増殖状態を含むが、これらに限定されない。
ある面において、本発明のCAR発現細胞(例えば、CART細胞またはCAR発現NK細胞)は、例えば、B細胞急性リンパ様白血病(“B-ALL”)、T細胞急性リンパ様白血病(“T-ALL”)、急性リンパ様白血病(ALL)を含むが、これらに限定されない、例えば、急性白血病;例えば、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性リンパ性白血病(CLL)を含むが、これらに限定されない1以上の慢性白血病;例えば、B細胞前リンパ性白血病、芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物、バーキットリンパ腫、汎発性大B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリー細胞白血病、小細胞または大細胞濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖状態、MALTリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、周辺帯リンパ腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成および骨髄異形成症候群、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、形質芽細胞性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞新生物、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症および骨髄血細胞の産生不良(または異形成)によりまとめられる血液学的状態の多様なコレクションである“前白血病状態”などを含むが、これらに限定されない、さらなる血液癌または血液学的状態のような、しかし、これらに限定されない他の癌および悪性腫瘍の処置に使用し得る。本発明のCAR修飾免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞を、単独でまたは希釈剤および/またはIL-2または他のサイトカインまたは細胞集団のような他の成分と組み合わせて医薬組成物として投与し得る。
本発明はまたCD123発現細胞集団の増殖を阻止するまたは減らす方法も提供し、方法は、CD123発現細胞を含む細胞の集団と、CD123発現細胞に結合する本発明のCD123 CAR発現細胞(例えば、CD123CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)を接触させることを含む。特定の面において、本発明は、CD123を発現する癌細胞の集団の増殖を阻止するまたは減らす方法を提供し、方法は、CD123発現癌細胞集団と、CD123発現細胞に結合する本発明のCD123 CAR発現細胞(例えば、CD123CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)を接触させることを含む。ある面において、本発明CD123を発現する癌細胞の集団の増殖を阻止するまたは減らす方法を提供し、方法は、CD123発現癌細胞集団と、CD123発現細胞に結合する本発明のCD123 CAR発現細胞(例えば、CD123CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)を接触させることを含む。ある面において、本発明のCD123 CAR発現細胞(例えば、CD123CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)は、細胞および/または癌細胞の含量、数、量またはパーセンテージを、陰性対照と比較して、骨髄性白血病またはCD123発現細胞と関係する他の癌を有する対象または動物モデルで少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも65%、少なくとも75%、少なくとも85%、少なくとも95%または少なくとも99%減少させる。ある面において、対象は、ヒトである。
本発明はまた、CD123発現細胞と関係する疾患(例えば、CD123を発現する血液癌または非定型癌)を予防、処置および/または管理する方法も提供し、方法は、処置を必要とする対象に、CD123発現細胞と結合する本発明のCD123 CAR発現細胞(例えば、CD123CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)を投与することを含む。ある面において、対象は、ヒトである。CD123発現細胞と関係する障害の非限定的例は、自己免疫性障害(例えば狼瘡)、炎症性障害(例えばアレルギーおよび喘息)および癌(例えばCD123を発現する血液癌または非定型癌)を含む。
本発明はまた、CD123発現細胞と関係する疾患を予防、処置および/または管理する方法も提供し、方法は、処置を必要とする対象に、CD123発現細胞と結合する本発明のCD123 CAR発現細胞(例えば、CD123CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)を投与することを含む。ある面において、対象は、ヒトである。
本発明は、CD123発現細胞と関係する癌の再発を予防する方法を提供し、方法は、処置を必要とする対象に、CD123発現細胞に結合する本発明のCD123 CAR発現細胞(例えば、CD123CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)を投与することを含む。ある面において、方法は、処置を必要とする対象に、有効量のCD123発現細胞と結合するここに記載するCD123 CAR発現細胞(例えば、CD123CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)を、有効量の他の治療と組み合わせて投与することを含む。
骨髄除去
ある面において、本発明は、骨髄除去のための組成物および方法を提供する。例えば、ある面において、本発明は、対象において存在する骨髄の少なくとも一部を除去するための組成物および方法を提供する。ある状況において、本発明のCD123 CARを含むCART123細胞が、CD123陽性骨髄前駆細胞を根絶することがここに記載される。
ある面において、本発明は、骨髄除去を必要とする対象に、本発明のCAR発現細胞(例えば、CD123 CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)を投与することを含む、骨髄除去の方法を提供する。例えば、本方法は、骨髄移植または骨髄再コンディショニングが有益な処置戦略である、疾患または障害を有する対象の存在する骨髄の一部または全ての根絶に使用し得る。ある面において、本明細書の他の箇所に記載するCAR発現細胞(例えば、CD123 CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)の投与を含む、本発明の骨髄除去方法を、骨髄移植前に対象に実施する。それゆえに、ある面において、本発明の方法は、骨髄または幹細胞移植前の細胞コンディショニングレジメンを提供する。ある面において、骨髄移植は、幹細胞の移植を含む。骨髄移植は、自己または同種細胞の移植を含み得る。
本発明は、存在する骨髄の少なくとも一部を除去するための、本発明のCAR発現細胞(例えば、CD123 CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)を投与することを含む、疾患または障害を処置する方法を提供する。方法は、骨髄移植が有益である何らかの疾患または障害の処置レジメンの少なくとも一部として使用し得る。すなわち、本方法を、骨髄移植を必要とするあらゆる対象に使用し得る。ある面において、CAR発現細胞(例えば、CD123 CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)の投与を含む骨髄除去は、AMLの処置において有用である。ある面において、本方法による骨髄除去は、血液癌、固形腫瘍、血液学的疾患、代謝障害、HIV、HTLV、リソソーム蓄積障害および免疫不全の処置に有用である。
ここに開示する組成物および方法を使用して、存在する骨髄の少なくとも一部を除去し、白血病、リンパ腫、骨髄腫、ALL、AML、CLL、CML、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫および多発性骨髄腫を含むが、これらに限定されない血液癌を処置する。
ここに開示する組成物および方法を、とりわけ、骨髄異形成、貧血、発作性夜間ヘモグロビン尿症、再生不良性貧血、後天性赤芽球貧血、ダイアモンド・ブラックファン貧血、ファンコニー貧血、血球減少、無巨核球性血小板減少症、骨髄増殖性障害、真性多血症、本態性血小板増加症、骨髄線維症、異常ヘモグロビン症、鎌状赤血球疾患、重症型βサラセミアを含むが、これらに限定されない血液学的疾患の処置に使用し得る。
ここに開示する組成物および方法を、リピドーシス、スフィンゴリピドーシス、白質ジストロフィー、ムコ多糖症、糖タンパク代謝異常症、小児神経セロイドリポフスチン沈着症、ヤンスキー・ビールショースキー病、ニーマン・ピック病、ゴーシェ病、副腎白質ジストロフィー、異染性白質ジストロフィー、クラッベ病、ハーラー症候群、シャイエ症候群、ハーラー・シャイエ症候群、ハンター症候群、サンフィリポ症候群、モルキオ症候群、マロトー・ラミー症候群、スライ症候群、ムコリピドーシス、フコリピドーシス、アスパルチルグルコサミン尿症、アルファ-マンノース症およびウォルマン病を含むが、これらに限定されないリソソーム蓄積障害の処置に使用し得る。
ここに開示する組成物および方法を、T細胞欠損、複合型T細胞およびB細胞欠損、ファゴサイト障害、免疫調節不全疾患、生得的免疫欠損、毛細血管拡張性運動失調症、ディジョージ症候群、重症複合免疫不全(SCID)、ウィスコット・アルドリッチ症候群、コストマン症候群、シュワックマン・ダイアモンド症候群、グリシェリ症候群およびNF-カッパ-B必須モジュレーター(NEMO)欠損を含むが、これらに限定されない免疫不全の処置に使用し得る。
ある面において、本発明は、骨髄コンディショニングを含む癌を処置する方法を提供し、ここで、対象の骨髄の少なくとも一部が、本発明のCAR発現細胞(例えば、CD123 CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)により除去される。例えば、ある例において、対象の骨髄は、CAR発現細胞(例えば、CD123 CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)の活性により標的化され、除去され得る悪性前駆体細胞を含む。ある面において、骨髄コンディショニング治療は、天然骨髄の除去後、対象に骨髄または幹細胞移植を投与することを含む。ある面において、骨髄再コンディショニング治療を、抗腫瘍CAR療法、化学療法、放射線などを含むが、これらに限定されない1以上の他の抗癌療法と組み合わせる。
ある面において、投与したCAR発現細胞(例えば、CD123 CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)の根絶は、骨髄または幹細胞移植の注入前に必要であり得る。CAR発現細胞(例えば、CD123 CART細胞またはCD123 CAR発現NK細胞)の根絶を、自殺遺伝子、CARをコードするRNAを使用するCAR残留性の制限または抗体もしくは化学療法を含む抗T細胞モダリティを含むが、これらに限定されない、あらゆる適当な戦略または処置を使用して達成し得る。
組み合わせ治療
ここに記載するCAR発現細胞を、他の既知薬剤および治療と組み合わせて使用し得る。ここで使用する“組み合わせて”投与するは2(またはそれ以上)の異なる処置を、対象が障害に苦しんでいる過程の間に対象に送達することを意味し、例えば、2以上の処置を、対象が障害と診断された後にかつ障害が治癒または撲滅される前にまたは処置が他の理由で中止される前に送達される。ある態様において、投与期間の重複があるように、一方の処置の送達は、第二の処置の送達開始時にまだ行われている。これは、ここでは“同時の”または“一緒の送達”ということがある。他の態様において、他の態様において、一方の処置の送達は、他の処置の送達が始まる前に終わる。いずれかの場合のある態様において、処置は、組み合わせ投与のためにより有効である。例えば、第二処置剤はより有効である、例えば、等しい効果が少ない第二処置剤で見られるまたは第二処置剤が、第二処置剤を第一処置剤非存在下で投与したときに見られるよりも大きな程度で症状を軽減するまたは第一処置剤で同様な状況が見られる。ある態様において、送達、障害と関係する症状または他のパラメータの減少が、他方の処置剤の非存在下で一方の処置剤の送達で観察されるより大きい。2処置の効果は一部相加的、完全相加的または相加的より大きいものであり得る。送達は、送達した第一処置の効果が、第二剤の送達時になお検出可能であるようなものであり得る。
ここに記載するCAR発現細胞および少なくとも一つのさらなる治療剤を同時に、同じまたは別の組成物でまたは逐次的に投与できる。逐次投与について、ここに記載するCAR発現細胞をまず投与してよく、さらなる薬剤を次に投与してよくまたは投与の順番は逆でよい。
CAR治療および/または他の治療剤、方法またはモダリティーを、活動性障害の期間または寛解または低活動性疾患の期間に投与できる。CAR治療を、他の処置の処置前、処置と同時、処置後または障害の寛解中に投与できる。
組み合わせて投与するとき、CAR治療およびさらなる薬剤(例えば、第二または第三の薬剤)または全てを、個々に、例えば、単剤療法として使用する各薬剤の量または投与より高い、低いまたは同じ量または用量で投与できる。ある態様において、CAR治療、さらなる薬剤(例えば、第二または第三薬剤)または全ての投与される量または用量は、個々に、例えば、単剤療法として使用する各薬剤の量または用量より低い(例えば、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%または少なくとも50%)。他の態様において、所望の効果(例えば、癌の処置)を生じるCAR治療、さらなる薬剤(例えば、第二または第三薬剤)または全ての投与される量または用量は、同じ治療効果を達成するのに必要な、個々に、例えば、単剤療法として使用する各薬剤の量または用量より低い(例えば、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%または少なくとも50%低い)。
さらなる面において、ここに記載するCAR発現細胞を、手術、サイトカイン、放射線またはシトキサン、フルダラビン、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、デメチル化剤またはIzumoto et al. 2008 J Neurosurg 108:963-971に記載のようなペプチドワクチンのような化学療法剤と組み合わせて使用し得る。
ある例において、本発明の化合物を、他の抗癌剤、抗アレルギー剤、制吐剤(または鎮吐剤)、鎮痛剤、細胞保護剤およびこれらの組み合わせのような他の治療剤と組み合わせる。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、化学療法剤と組み合わせて使用できる。化学療法剤の例は、アントラサイクリン(例えば、ドキソルビシン(例えば、リポソームドキソルビシン))、ビンカアルカロイド(例えば、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、ビノレルビン)、アルキル化剤(例えば、シクロホスファミド、ダカルバジン、メルファラン、イホスファミド、テモゾロミド)、免疫細胞抗体(例えば、アレムツズマブ、ゲムツズマブ、リツキシマブ、オファツムマブ、トシツモマブ、ブレンツキシマブ)、代謝拮抗剤(例えば、葉酸アンタゴニスト、ピリミジンアナログ、プリンアナログおよびアデノシンデアミナーゼ阻害剤(例えば、フルダラビン))、mTOR阻害剤、TNFRグルココルチコイド誘発TNFR関連タンパク質(GITR)アゴニスト、プロテアソーム阻害剤(例えば、アクラシノマイシンA、グリオトキシンまたはボルテゾミブ)、サリドマイドまたはサリドマイド誘導体(例えば、レナリドマイド)のような免疫調節剤を含む。
組み合わせ治療における使用が企図される一般的化学療法剤は、アナストロゾール(アリミデックス(登録商標))、ビカルタミド(カソデックス(登録商標))、硫酸ブレオマイシン(Blenoxane(登録商標))、ブスルファン(マイレラン(登録商標))、ブスルファン注(ブスルフェクス(登録商標))、カペシタビン(ゼローダ(登録商標))、N4-ペントキシカルボニル-5-デオキシ-5-フルオロシチジン、カルボプラチン(パラプラチン(登録商標))、カルムスチン(BiCNU(登録商標))、クロラムブシル(リューケラン(登録商標))、シスプラチン(Platinol(登録商標))、クラドリビン(ロイスタチン(登録商標))、シクロホスファミド(シトキサン(登録商標)またはNeosar(登録商標))、シタラビン、シトシンアラビノシド(Cytosar-U(登録商標))、シタラビンリポソーム注射(DepoCyt(登録商標))、ダカルバジン(DTIC-Dome(登録商標))、ダクチノマイシン(アクチノマイシンD、Cosmegan)、塩酸ダウノルビシン(Cerubidine(登録商標))、クエン酸ダウノルビシンリポソーム注射(DaunoXome(登録商標))、デキサメサゾン、ドセタキセル(タキソテール(登録商標))、塩酸ドキソルビシン(アドリアマイシン(登録商標)、Rubex(登録商標))、エトポシド(ベプシド(登録商標))、リン酸フルダラビン(フルダラ(登録商標))、5-フルオロウラシル(アドルシル(登録商標)、エフデックス(登録商標))、フルタミド(Eulexin(登録商標))、テザシチビン、ゲムシタビン(ジフルオロデオキシシチジン)、ヒドロキシ尿素(ハイドレア(登録商標))、イダルビシン(イダマイシン(登録商標))、イホスファミド(IFEX(登録商標))、イリノテカン(Camptosar(登録商標))、L-アスパラギナーゼ(ELSPAR(登録商標))、ロイコボリンカルシウム、メルファラン(アルケラン(登録商標))、6-メルカプトプリン(ピュリネソール(登録商標))、メトトレキサート(Folex(登録商標))、ミトキサントロン(ノバントロン(登録商標))、マイロターグ、パクリタキセル(タキソール(登録商標))、phoenix(イットリウム90/MX-DTPA)、ペントスタチン、ポリフェプロザン20とカルムスチンインプラント(グリアデル(登録商標))、クエン酸タモキシフェン(ノルバデックス(登録商標))、テニポシド(Vumon(登録商標))、6-チオグアニン、チオテパ、チラパザミン(Tirazone(登録商標))、注射用塩酸トポテカン(ハイカムチン(登録商標))、ビンブラスチン(Velban(登録商標))、ビンクリスチン(オンコビン(登録商標))およびビノレルビン(ナベルビン(登録商標))を含む。
本発明の化合物と組み合わせるための特に興味深い抗癌剤は、アントラサイクリン;アルキル化剤;代謝拮抗剤;カルシウム依存性ホスファターゼカルシニューリンまたはp70S6キナーゼFK506)を阻害するまたはp70S6キナーゼを阻害する薬剤;mTOR阻害剤;免疫調節剤;アントラサイクリン;ビンカアルカロイド;プロテオソーム阻害剤;GITRアゴニストタンパク質チロシンホスファターゼ阻害剤;CDK4キナーゼ阻害剤;BTK阻害剤;MKNキナーゼ阻害剤;DGKキナーゼ阻害剤;または腫瘍溶解性ウイルスを含む。
代謝拮抗剤の例は、ピリミジンアナログ、プリンアナログおよびアデノシンデアミナーゼ阻害剤):メトトレキサート(リウマトレックス(登録商標)、Trexall(登録商標))、5-フルオロウラシル(Adrucil(登録商標)、エフデックス(登録商標)、フルオロプレクス(登録商標))、フロクスウリジン(FUDF(登録商標))、シタラビン(Cytosar-U(登録商標)、Tarabine PFS)、6-メルカプトプリン(プリントール(登録商標)))、6-チオグアニン(チオグアニンTabloid(登録商標))、リン酸フルダラビン(フルダラ(登録商標))、ペントスタチン(Nipent(登録商標))、ペメトレキセド(アリムタ(登録商標))、ラルチトレキセド(トムデックス(登録商標))、クラドリビン(ロイスタチン(登録商標))、クロファラビン(Clofarex(登録商標)、クロラール(登録商標))、アザシチジン(ビダーザ(登録商標))、デシタビンおよびゲムシタビン(ジェムザール(登録商標))を含むが、これらに限定されない。好ましい代謝拮抗剤は、シタラビン、クロファラビンおよびフルダラビンを含む。
アルキル化剤の例は、窒素マスタード、エチレンイミン誘導体、アルキルスルホネート、ニトロソウレア類およびトリアゼン):ウラシルマスタード(アミノウラシルマスタード(登録商標)、Chlorethaminacil(登録商標)、Demethyldopan(登録商標)、Desmethyldopan(登録商標)、Haemanthamine(登録商標)、Nordopan(登録商標)、Uracil nitrogen mustard(登録商標)、Uracillost(登録商標)、Uracilmostaza(登録商標)、ウラムスチン(登録商標)、ウラムスチン(登録商標))、クロルメチン(Mustargen(登録商標))、シクロホスファミド(シトキサン(登録商標)、Neosar(登録商標)、Clafen(登録商標)、エンドキサン(登録商標)、Procytox(登録商標)、RevimmuneTM)、イホスファミド(Mitoxana(登録商標))、メルファラン(アルケラン(登録商標))、クロラムブシル(リューケラン(登録商標))、ピポブロマン(Amedel(登録商標)、Vercyte(登録商標))、トリエチレンメラミン(ヘメル(登録商標)、Hexalen(登録商標)、Hexastat(登録商標))、トリエチレンチオホスホロアミン、テモゾロミド(テモダール(登録商標))、チオテパ(Thioplex(登録商標))、ブスルファン(Busilvex(登録商標)、マイレラン(登録商標))、カルムスチン(BiCNU(登録商標))、ロムスチン(CeeNU(登録商標))、ストレプトゾシン(Zanosar(登録商標))およびダカルバジン(DTIC-Dome(登録商標))を含むが、これらに限定されないロムスチン(CeeNU(登録商標))、ストレプトゾシン(Zanosar(登録商標))およびダカルバジン(DTIC-Dome(登録商標))。アルキル化剤のさらなる例は、オキサリプラチン(エロキサチン(登録商標));テモゾロミド(テモダール(登録商標)およびテモダール(登録商標));ダクチノマイシン(別名アクチノマイシン-D、Cosmegen(登録商標));メルファラン(別名L-PAM、L-サルコリシンおよびフェニルアラニンマスタード、アルケラン(登録商標));アルトレタミン(別名ヘキサメチルメラミン(HMM)、Hexalen(登録商標));カルムスチン(BiCNU(登録商標));ベンダムスチン(Treanda(登録商標));ブスルファン(ブスルフェクス(登録商標)およびマイレラン(登録商標));カルボプラチン(パラプラチン(登録商標));ロムスチン(別名CCNU、CeeNU(登録商標));シスプラチン(別名CDDP、Platinol(登録商標)およびPlatinol(登録商標)-AQ);クロラムブシル(リューケラン(登録商標));シクロホスファミド(シトキサン(登録商標)およびNeosar(登録商標));ダカルバジン(別名DTIC、DICおよびイミダゾールカルボキサミド、DTIC-Dome(登録商標));アルトレタミン(別名ヘキサメチルメラミン(HMM)、Hexalen(登録商標));イホスファミド(Ifex(登録商標));Prednumustine;プロカルバジン(Matulane(登録商標));メクロレタミン(別名窒素マスタード、ムスチンおよび塩酸メクロロエタミン、Mustargen(登録商標));ストレプトゾシン(Zanosar(登録商標));チオテパ(別名チオホスホアミド、TESPAおよびTSPA、Thioplex(登録商標));シクロホスファミド(エンドキサン(登録商標)、シトキサン(登録商標)、Neosar(登録商標)、Procytox(登録商標)、Revimmune(登録商標));およびベンダムスチンHCl(Treanda(登録商標))を含むが、これらに限定されない。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、フルダラビン、シクロホスファミドおよび/またはリツキシマブと組み合わせて対象に投与する。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、フルダラビン、シクロホスファミドおよびリツキシマブ(FCR)と組み合わせて対象に投与する。ある態様において、対象はCLLを有する。例えば、対象は、染色体17の短腕に欠失を有する(例えば、白血病性細胞におけるdel(17p))。他の例において、対象は、del(17p)を有しない。ある態様において、対象は、免疫グロブリン重鎖可変領域(IgV)遺伝子に変異を含む白血病性細胞を含む。他の態様において、対象は、免疫グロブリン重鎖可変領域(IgV)に変異を含む白血病性細胞を含まない。ある態様において、フルダラビンを、約10~50mg/m(例えば、約10~15mg/m、15~20mg/m、20~25mg/m、25~30mg/m、30~35mg/m、35~40mg/m、40~45mg/mまたは45~50mg/m)の用量で、例えば、静脈内に投与する。ある態様において、シクロホスファミドを、約200~300mg/m(例えば、約200~225mg/m、225~250mg/m、250~275mg/mまたは275~300mg/m)の用量で、例えば、静脈内に投与する。ある態様において、リツキシマブを、約400~600mg/m(例えば、400~450mg/m、450~500mg/m、500~550mg/mまたは550~600mg/m)の用量で、例えば、静脈内に投与する。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、ベンダムスチンおよびリツキシマブと組み合わせて対象に投与する。ある態様において、対象はCLLを有する。例えば、対象は、染色体17の短腕に欠失を有する(例えば、白血病性細胞におけるdel(17p))。他の例において、対象は、del(17p)を有しない。ある態様において、対象は、免疫グロブリン重鎖可変領域(IgV)遺伝子に変異を含む白血病性細胞を含む。他の態様において、対象は、免疫グロブリン重鎖可変領域(IgV)に変異を含む白血病性細胞を含まない。ある態様において、ベンダムスチンを、約70~110mg/m(例えば、70~80mg/m、80~90mg/m、90~100mg/mまたは100~110mg/m)の用量で、例えば、静脈内に投与する。ある態様において、リツキシマブを、約400~600mg/m(例えば、400~450mg/m、450~500mg/m、500~550mg/mまたは550~600mg/m)の用量で、例えば、静脈内に投与する。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、リツキシマブ、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチンおよび/またはコルチコステロイド(例えば、プレドニゾン)と組み合わせて対象に投与する。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、リツキシマブ、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチンおよびプレドニゾン(R-CHOP)と組み合わせて対象に投与する。ある態様において、対象は、びまん性大B細胞リンパ腫(DLBCL)を有する。ある態様において、対象は、巨大腫瘤がない限局したステージのDLBCL(例えば、7cm未満のサイズ/直径の腫瘍を含む)を有する。ある態様において、対象は、R-CHOPと組み合わせて放射線で処置される。例えば、対象に、R-CHOP(例えば、1~6サイクル、例えば、1、2、3、4、5または6サイクルのR-CHOP)、続いて放射線を投与する。ある場合、対象に、放射線後R-CHOP(例えば、1~6サイクル、例えば、1、2、3、4、5または6サイクルのR-CHOP)を投与する。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、エトポシド、プレドニゾン、ビンクリスチン、シクロホスファミド、ドキソルビシンおよび/またはリツキシマブと組み合わせて対象に投与する。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、エトポシド、プレドニゾン、ビンクリスチン、シクロホスファミド、ドキソルビシンおよびリツキシマブ(EPOCH-R)と組み合わせて対象に投与する。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、用量調節EPOCH-R(DA-EPOCH-R)と組み合わせて対象に投与する。ある態様において、対象は、B細胞リンパ腫、例えば、Myc再配列侵襲性B細胞リンパ腫を有する。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、リツキシマブおよび/またはレナリドマイドと組み合わせて対象に投与する。レナリドマイド((RS)-3-(4-アミノ-1-オキソ-1,3-ジヒドロ-2H-イソインドール-2-イル)ピペリジン-2,6-ジオン)は、免疫調節剤である。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、リツキシマブおよびレナリドマイドと組み合わせて対象に投与する。ある態様において、対象は濾胞性リンパ腫(FL)またはマントル細胞リンパ腫(MCL)を有する。ある態様において、対象はFLを有し、癌治療剤で先に処置されていない。ある態様において、レナリドマイドを、約10~20mg(例えば、10~15mgまたは15~20mg)、例えば、連日投与する。ある態様において、リツキシマブを、約350~550mg/m(例えば、350~375、375~400、400~425、425~450、450~475または475~500mg/m)の用量で、例えば、静脈内に投与する。
mTOR阻害剤の例は、例えば、テムシロリムス;リダフォロリムス(以前はデフェロリムスとして既知、(1R,2R,4S)-4-[(2R)-2-[(1R,9S,12S,15R,16E,18R,19R,21R、23S,24E,26E,28Z,30S,32S,35R)-1,18-ジヒドロキシ-19,30-ジメトキシ-15,17,21,23、29,35-ヘキサメチル-2,3,10,14,20-ペンタオキソ-11,36-ジオキサ-4-アザトリシクロ[30.3.1.04,9]ヘキサトリアコンタ-16,24,26,28-テトラエン-12-イル]プロピル]-2-メトキシシクロヘキシルジメチルホスフィネート、AP23573およびMK8669としても知られ、PCT公開WO03/064383に記載);エベロリムス(アフィニトール(登録商標)またはRAD001);ラパマイシン(AY22989、シロリムス(登録商標));セマピモド(CAS 164301-51-3);エムシロリムス、(5-{2,4-ビス[(3S)-3-メチルモルホリン-4-イル]ピリド[2,3-d]ピリミジン-7-イル}-2-メトキシフェニル)メタノール(AZD8055);2-アミノ-8-[trans-4-(2-ヒドロキシエトキシ)シクロヘキシル]-6-(6-メトキシ-3-ピリジニル)-4-メチル-ピリド[2,3-d]ピリミジン-7(8H)-オン(PF04691502、CAS 1013101-36-4);およびN-[1,4-ジオキソ-4-[[4-(4-オキソ-8-フェニル-4H-1-ベンゾピラン-2-イル)モルホリニウム-4-イル]メトキシ]ブチル]-L-アルギニルグリシル-L-α-アスパルチルL-セリン-(配列番号706)、分子内塩(SF1126、CAS 936487-67-1)およびXL765を含む。
免疫調節剤の例は、例えば、アフツズマブ(Roche(登録商標)から入手可能);ペグフィルグラスチム(Neulasta(登録商標));レナリドマイド(CC-5013、レブリミド(登録商標));サリドマイド(サロミド(登録商標))、actimid(CC4047);およびIRX-2(インターロイキン1、インターロイキン2およびインターフェロンγを含むヒトサイトカイン混合物、CAS 951209-71-5、IRX Therapeuticsから入手可能)を含む。
アントラサイクリンの例は、例えば、ドキソルビシン(アドリアマイシン(登録商標)およびRubex(登録商標));ブレオマイシン(lenoxane(登録商標));ダウノルビシン(塩酸ダウノルビシン、ダウノマイシンおよび塩酸ルビドマイシン、Cerubidine(登録商標));ダウノルビシンリポソーム(クエン酸ダウノルビシンリポソーム、DaunoXome(登録商標));ミトキサントロン(DHAD、ノバントロン(登録商標));エピルビシン(EllenceTM);イダルビシン(イダマイシン(登録商標)、イダマイシンPFS(登録商標));マイトマイシンC(ムタマイシン(登録商標));ゲルダナマイシン;ハービマイシン;ラビドマイシン;およびデスアセチルラビドマイシンを含む。
ビンカアルカロイドの例は、例えば、酒石酸ビノレルビン(ナベルビン(登録商標))、ビンクリスチン(オンコビン(登録商標))およびビンデシン(Eldisine(登録商標)));ビンブラスチン(別名硫酸ビンブラスチン、ビンカロイコブラスチンおよびVLB、Alkaban-AQ(登録商標)およびVelban(登録商標));およびビノレルビン(ナベルビン(登録商標))を含む。
プロテオソーム阻害剤の例は、ボルテゾミブ(ベルケイド(登録商標));カーフィルゾミブ(PX-171-007、(S)-4-メチル-N-((S)-1-(((S)-4-メチル-1-((R)-2-メチルオキシラン-2-イル)-1-オキソペンタン-2-イル)アミノ)-1-オキソ-3-フェニルプロパン-2-イル)-2-((S)-2-(2-モルホリノアセトアミド)-4-フェニルブタンアミド)-ペンタンアミド);マリゾミブ(NPI-0052);イキサゾミブクエン酸エステル(MLN-9708);デランゾミブ(CEP-18770);およびO-メチル-N-[(2-メチル-5-チアゾリル)カルボニル]-L-セリル-O-メチル-N-[(1S)-2-[(2R)-2-メチル-2-オキシラニル]-2-オキソ-1-(フェニルメチル)エチル]-L-セリンアミド(ONX-0912)を含む。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、ブレンツキシマブと組み合わせて対象に投与する。ブレンツキシマブは、抗CD30抗体およびモノメチルオーリスタチンEの抗体-薬物コンジュゲートである。ある態様において、対象は、ホジキンリンパ腫(HL)、例えば、再発性または難治性HLを有する。ある態様において、対象はCD30 HLを含む。ある態様において、対象は、自己幹細胞移植(ASCT)を受けている。ある態様において、対象は、ASCTを受けていない。ある態様において、ブレンツキシマブを、約1~3mg/kg(例えば、約1~1.5mg/kg、1.5~2mg/kg、2~2.5mg/kgまたは2.5~3mg/kg)を、例えば、静脈内に、例えば、3週間毎に投与する。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、ブレンツキシマブおよびダカルバジンまたはブレンツキシマブとベンダムスチンの組合せと組み合わせて対象に投与する。ダカルバジンは、化学名を5-(3,3-ジメチル-1-トリアゼニル)イミダゾール-4-カルボキサミド有するアルキル化剤である。ベンダムスチンは、化学名4-[5-[ビス(2-クロロエチル)アミノ]-1-メチルベンズイミダゾール-2-イル]ブタン酸を有するアルキル化剤である。ある態様において、対象はホジキンリンパ腫(HL)を有する。ある態様において、対象は、癌治療剤で先に処置されていない。ある態様において、対象は少なくとも60歳、例えば、60歳、65歳、70歳、75歳、80歳、85歳またはそれ以上である。ある態様において、ダカルバジンを、約300~450mg/m(例えば、約300~325mg/m、325~350mg/m、350~375mg/m、375~400mg/m、400~425mg/mまたは425~450mg/m)の用量で、例えば、静脈内に投与する。ある態様において、ベンダムスチンを、約75~125mg/m(例えば、75~100mg/mまたは100~125mg/m、例えば、約90mg/m)の用量で、例えば、静脈内に投与する。ある態様において、ブレンツキシマブを、約1~3mg/kg(例えば、約1~1.5mg/kg、1.5~2mg/kg、2~2.5mg/kgまたは2.5~3mg/kg)を、例えば、静脈内に、例えば、3週間毎に投与する。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、対象にCD20阻害剤、例えば、抗CD20抗体(例えば、抗CD20単-または二重特異的抗体)またはそのフラグメントと組み合わせて投与する。抗CD20抗体の例は、リツキシマブ、オファツムマブ、オクレリズマブ、ベルツズマブ、オビヌツズマブ、TRU-015(Trubion Pharmaceuticals)、オカラツズマブおよびPro131921(Genentech)を含むが、これらに限定されない。例えば、Lim et al. Haematologica. 95.1(2010):135-43参照。
ある態様において、抗CD20抗体は、リツキシマブを含む。リツキシマブは、例えば、www.accessdata.fda.gov/drugsatfda_docs/label/2010/103705s5311lbl.pdfに記載のように、CD20に結合し、CD20発現細胞の細胞溶解を起こすキメラマウス/ヒトモノクローナル抗体IgG1カッパである。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、リツキシマブと組み合わせて対象に投与する。ある態様において、対象はCLLまたはSLLを有する。
ある態様において、リツキシマブを、静脈内に、例えば、静脈内点滴として投与する。例えば、各点滴は、約500~2000mg(例えば、約500~550mg、550~600mg、600~650mg、650~700mg、700~750mg、750~800mg、800~850mg、850~900mg、900~950mg、950~1000mg、1000~1100mg、1100~1200mg、1200~1300mg、1300~1400mg、1400~1500mg、1500~1600mg、1600~1700mg、1700~1800mg、1800~1900mgまたは1900~2000mg)のリツキシマブを提供する。ある態様において、リツキシマブを、150mg/m~750mg/m、例えば、約150~175mg/m、175~200mg/m、200~225mg/m、225~250mg/m、250~300mg/m、300~325mg/m、325~350mg/m、350~375mg/m、375~400mg/m、400~425mg/m、425~450mg/m、450~475mg/m、475~500mg/m、500~525mg/m、525~550mg/m、550~575mg/m、575~600mg/m、600~625mg/m、625~650mg/m、650~675mg/mまたは675~700mg/mの用量で投与し、ここで、mは対象の体表面積を示す。ある態様において、リツキシマブを、少なくとも4日、例えば、4日、7日、14日、21日、28日、35日またはそれ以上の投薬間隔で投与する。例えば、リツキシマブを、少なくとも0.5週間、例えば、0.5週間、1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間またはそれ以上の投薬間隔で投与する。ある態様において、リツキシマブを、一定期間、例えば、少なくとも2週間、例えば、少なくとも2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、13週間、14週間、15週間、16週間、17週間、18週間、19週間、20週間またはそれより長く、ここに記載する用量および投薬間隔で投与する。例えば、リツキシマブを、ここに記載する用量および投薬間隔で、処置サイクルあたり計少なくとも4投与で投与する(例えば、処置サイクルあたり少なくとも4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16またはそれ以上の投与)。
ある態様において、抗CD20抗体はオファツムマブを含む。オファツムマブは、分子量約149kDaを有する抗CD20 IgG1κヒトモノクローナル抗体である。例えば、オファツムマブはトランスジェニックマウスおよびハイブリドーマテクノロジーを使用して産生し、組み換えマウス細胞株(NS0)から発現および精製する。例えば、www.accessdata.fda.gov/drugsatfda_docs/label/2009/125326lbl.pdf;およびClinical Trial Identifier number NCT01363128、NCT01515176、NCT01626352およびNCT01397591参照。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、オファツムマブと組み合わせて対象に投与する。ある態様において、対象はCLLまたはSLLを有する。
ある態様において、オファツムマブを、静脈内点滴として投与する。例えば、各点滴は、約150~3000mg(例えば、約150~200mg、200~250mg、250~300mg、300~350mg、350~400mg、400~450mg、450~500mg、500~550mg、550~600mg、600~650mg、650~700mg、700~750mg、750~800mg、800~850mg、850~900mg、900~950mg、950~1000mg、1000~1200mg、1200~1400mg、1400~1600mg、1600~1800mg、1800~2000mg、2000~2200mg、2200~2400mg、2400~2600mg、2600~2800mgまたは2800~3000mg)のオファツムマブを投与する。ある態様において、オファツムマブを約300mgの出発用量、続いて2000mg、例えば、約11用量、例えば、24週間投与する。ある態様において、オファツムマブを、少なくとも4日、例えば、4日、7日、14日、21日、28日、35日またはそれ以上の投薬間隔で投与する。例えば、オファツムマブを、少なくとも1週間、例えば、1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、24週間、26週間、28週間、20週間、22週間、24週間、26週間、28週間、30週間またはそれ以上の投薬間隔で投与する。ある態様において、オファツムマブを、一定期間、例えば、少なくとも1週間、例えば、1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、13週間、14週間、15週間、16週間、17週間、18週間、19週間、20週間、22週間、24週間、26週間、28週間、30週間、40週間、50週間、60週間またはそれ以上または1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、10ヶ月、11ヶ月、12ヶ月またはそれ以上または1年、2年、3年、4年、5年またはそれ以上、ここに記載する用量および投薬間隔で投与する。例えば、オファツムマブを、処置サイクルあたり計少なくとも2用量で、ここに記載する用量および投薬間隔で投与する(例えば、処置サイクルあたり少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、18、20またはそれ以上の用量)。
ある場合、抗CD20抗体は、オクレリズマブを含む。オクレリズマブは、例えば、Clinical Trials Identifier Nos. NCT00077870、NCT01412333、NCT00779220、NCT00673920、NCT01194570およびKappos et al. Lancet. 19.378(2011):1779-87に記載のような、ヒト化抗CD20モノクローナル抗体である。
ある場合、抗CD20抗体は、ベルツズマブを含む。ベルツズマブは、CD20に対するヒト化モノクローナル抗体である。例えば、Clinical Trial Identifier No. NCT00547066、NCT00546793、NCT01101581およびGoldenberg et al. Leuk Lymphoma. 51(5)(2010):747-55参照。
ある場合、抗CD20抗体は、GA101を含む。GA101(オビヌツズマブまたはRO5072759とも称する)は、ヒト化および糖鎖改変抗CD20モノクローナル抗体である。例えば、Robak. Curr. Opin. Investig. Drugs. 10.6(2009):588-96; Clinical Trial Identifier Numbers: NCT01995669、NCT01889797、NCT02229422およびNCT01414205; and www.accessdata.fda.gov/drugsatfda_docs/label/2013/125486s000lbl.pdf参照。
ある場合、抗CD20抗体は、AME-133vを含む。AME-133v(LY2469298またはオカラツズマブとも称する)は、リツキシマブと比較してFcγRIIIa受容体に対する親和性が増加し、抗体依存性細胞傷害(ADCC)活性が増強された、CD20に対するヒト化IgG1モノクローナル抗体である。例えば、Robak et al. BioDrugs 25.1(2011):13-25; and Forero-Torres et al. Clin Cancer Res. 18.5(2012):1395-403参照。
ある場合、抗CD20抗体は、PRO131921を含む。PRO131921は、リツキシマブと比較してFcγRIIIaへの結合が良好であり、ADCCが増強されるように操作された、ヒト化抗CD20モノクローナル抗体である。例えば、Robak et al. BioDrugs 25.1(2011):13-25; およびCasulo et al. Clin Immunol. 154.1(2014):37-46;およびClinical Trial Identifier No. NCT00452127参照。
ある場合、抗CD20抗体は、TRU-015を含む。TRU-015は、CD20に対する抗体のドメイン由来の抗CD20融合タンパク質である。TRU-015はモノクローナル抗体より小さいが、Fc介在エフェクター機能を保持する。例えば、Robak et al. BioDrugs 25.1(2011):13-25参照。TRU-015は、ヒトIgG1ヒンジ、CHおよびCH3ドメインに連結した抗CD20一本鎖可変フラグメント(scFv)を含むが、CH1およびCLドメインを欠く。
ある態様において、ここに記載する抗CD20抗体を、治療剤、例えば、ここに記載する化学療法剤(例えば、シトキサン、フルダラビン、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、デメチル化剤、ペプチドワクチン、抗腫瘍抗生物質、チロシンキナーゼ阻害剤、アルキル化剤、抗微小管または有糸分裂阻害剤)、抗アレルギー剤、制吐剤(または鎮吐剤)、鎮痛剤または細胞保護的薬剤にコンジュゲートまたは他の方法で結合する。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、B細胞リンパ腫2(BCL-2)阻害剤(例えば、ABT-199またはGDC-0199とも称されるベネトクラクス)および/またはリツキシマブと組み合わせて対象に投与する。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、ベネトクラクスおよびリツキシマブと組み合わせて対象に投与する。ベネトクラクスは、抗アポトーシスタンパク質、BCL-2を阻害する小分子である。ベネトクラクス(4-(4-{[2-(4-クロロフェニル)-4,4-ジメチルシクロhex-1-エン-1-イル]メチル}ピペラジン-1-イル)-N-({3-ニトロ-4-[(テトラヒドロ-2H-ピラン-4-イルメチル)アミノ]フェニル}スルホニル)-2-(1H-ピロロ[2,3-b]ピリジン-5-イルオキシ)ベンズアミド)の構造を下に示す。
Figure 0007084138000067
ある態様において、対象はCLLを有する。ある態様において、対象は再発したCLLを有し、例えば、対象は、先に癌治療を投与されている。ある態様において、ベネトクラクスを、約15~600mg(例えば、15~20mg、20~50mg、50~75mg、75~100mg、100~200mg、200~300mg、300~400mg、400~500mgまたは500~600mg)、例えば、連日投与する。ある態様において、リツキシマブを、約350~550mg/m(例えば、350~375mg/m、375~400mg/m、400~425mg/m、425~450mg/m、450~475mg/mまたは475~500mg/m)を、例えば、静脈内で、例えば、毎月投与する。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、腫瘍溶解性ウイルスと組み合わせて投与する。ある態様において、腫瘍溶解性ウイルスは、癌細胞内で選択的に複製し、その死を誘発するかまたは増殖を遅延することができる。ある場合、腫瘍溶解性ウイルスは、非癌細胞に効果を有しないか効果が最小である。腫瘍溶解性ウイルスは、腫瘍溶解性アデノウイルス、腫瘍溶解性単純ヘルペスウイルス、腫瘍溶解性レトロウイルス、腫瘍溶解性パルボウイルス、腫瘍溶解性ワクシニアウイルス、腫瘍溶解性シンドビスウイルス、腫瘍溶解性インフルエンザウイルスまたは腫瘍溶解性RNAウイルス(例えば、腫瘍溶解性レオウイルス、腫瘍溶解性ニューカッスル病ウイルス(NDV)、腫瘍溶解性麻疹ウイルスまたは腫瘍溶解性水疱性口内炎ウイルス(VSV))を含むが、これらに限定されない。
ある態様において、腫瘍溶解性ウイルスは、その全体を引用により本明細書に包含させるUS2010/0178684A1号に記載のウイルス、例えば、組み換え腫瘍溶解性ウイルスである。ある態様において、組み換え腫瘍溶解性ウイルスは、例えば、その全体を引用により本明細書に包含させるUS2010/0178684A1号に記載のような、免疫または炎症性応答の阻害剤をコードする核酸配列(例えば、異種核酸配列)を含む。ある態様において、組み換え腫瘍溶解性ウイルス、例えば、腫瘍溶解性NDVは、アポトーシス促進性タンパク質(例えば、アポプチン)、サイトカイン(例えば、GM-CSF、インターフェロン-ガンマ、インターロイキン-2(IL-2)、腫瘍壊死因子-アルファ)、免疫グロブリン(例えば、ED-Bフィブロネクチンに対する抗体)、腫瘍関連抗原、二特異性アダプタータンパク質(例えば、NDV HNタンパク質およびCD3またはCD28のようなT細胞共刺激性受容体に対する二特異性抗体または抗体フラグメント;またはヒトIL-2およびNDV HNタンパク質に対する一本鎖抗体の融合タンパク質)を含む。例えば、引用によりその全体を本明細書に包含させるZamarin et al. Future Microbiol. 7.3(2012):347-67参照。ある態様において、腫瘍溶解性ウイルスは、各々引用によりその全体を本明細書に包含させるUS8591881B2号、US2012/0122185A1号またはUS2014/0271677A1号に記載のキメラ腫瘍溶解性NDVである。
ある態様において、腫瘍溶解性ウイルスは、排他的に癌細胞において複製するよう設計された、条件的複製アデノウイルス(CRAd)である。例えば、Alemany et al. Nature Biotechnol. 18(2000):723-27参照。ある態様において、腫瘍溶解性アデノウイルスは、その全体を引用により本明細書に包含させるAlemany et al.の725頁の表1に記載のものを含む。
腫瘍溶解性ウイルスの例は、次のものを含むが、これらに限定されない。
B群腫瘍溶解性アデノウイルス(ColoAd1)(PsiOxus Therapeutics Ltd.)(例えば、Clinical Trial Identifier: NCT02053220参照);
顆粒球-マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)を含むアデノウイルスであるONCOS-102(以前はCGTG-102と呼ばれた)(Oncos Therapeutics)(例えば、 Clinical Trial Identifier: NCT01598129参照);
ヒトPH20ヒアルロニダーゼをコードする遺伝的に修飾された腫瘍溶解性ヒトアデノウイルスであるVCN-01(VCN Biosciences, S.L.)(例えば、Clinical Trial Identifiers: NCT02045602およびNCT02045589参照);
網膜芽細胞腫/E2F経路の脱制御を伴い癌細胞で選択的に複製するように修飾されている野生型ヒトアデノウイルス血清型5(Had5)由来のウイルスである条件的複製アデノウイルスICOVIR-5(Institut Catala d'Oncologia)(例えば、Clinical Trial Identifier: NCT01864759参照);
ICOVIR5、腫瘍溶解性アデノウイルスで感染させた骨髄由来自己間葉性幹細胞(MSC)を含むCelyvir(Hospital Infantil Universitario Nino Jesus, Madrid, Spain/Ramon Alemany)(例えば、Clinical Trial Identifier: NCT01844661参照);
ヒトE2F-1プロモーターが必須E1aウイルス遺伝子の発現を駆動し、それによりRb経路欠損腫瘍細ウイルス複製および細胞毒性を制限する、条件複製腫瘍溶解性血清型5アデノウイルス(Ad5)であるCG0070胞に対する(Cold Genesys, Inc.)(例えば、Clinical Trial Identifier: NCT02143804参照);または
路網膜芽細胞腫(Rb)経路欠損細胞で選択的に複製し、ある種のRGD結合インテグリンをより効率的に発現する細胞に感染するように操作されているアデノウイルスであるDNX-2401(以前の名前デルタ-24-RGD)(Clinica Universidad de Navarra, Universidad de Navarra/ DNAtrix, Inc.)(例えば、Clinical Trial Identifier: NCT01956734参照)。
ある態様において、ここに記載する腫瘍溶解性ウイルスを、注射、例えば、皮下、動脈内、静脈内、筋肉内、髄腔内または腹腔内注射により投与する。ある態様において、ここに記載する腫瘍溶解性ウイルスを、腫瘍内、経皮、経粘膜、経口、鼻腔内または肺投与により投与する。
ある態様において、ここに記載するCARを発現する細胞を、Treg細胞集団を減少させる分子と組み合わせて対象に投与する。Treg細胞数を減らす(例えば、枯渇させる)方法は当分野で知られ、例えば、CD25枯渇、シクロホスファミド投与、GITR機能修飾を含む。理論に縛られることを望まないが、アフェレーシス前またはここに記載するCAR発現細胞投与前に対象におけるTreg細胞数を減らすことは、腫瘍微小環境における望まない免疫細胞(例えば、Treg)の数を減らし、対象の再発のリスクを減らすと考えられる。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、対象に、制御性T細胞(Treg)を枯渇させるGITRアゴニストおよび/またはGITR抗体のようなGITRを標的とするおよび/またはGITR機能を調節する分子と組み合わせて投与する。ある態様において、ここに記載するCARを発現する細胞を、対象にシクロホスファミドと組み合わせて投与する。ある態様において、GITR結合分子および/またはGITR機能を調節する分子(例えば、GITRアゴニストおよび/またはTreg枯渇GITR抗体)を、CAR発現細胞の前に投与する。例えば、ある態様において、GITRアゴニストを、細胞のアフェレーシス前に投与できる。ある態様において、シクロホスファミドを、対象にCAR発現細胞の投与(例えば、注入または再注入)前または細胞のアフェレーシス前に投与する。ある態様において、シクロホスファミドおよび抗GITR抗体を、対象にCAR発現細胞の投与(例えば、注入または再注入)前または細胞のアフェレーシス前に投与する。ある態様において、対象は癌(例えば、固形癌またはALLまたはCLLのような血液癌)を有する。ある態様において、対象はCLLを有する。ある態様において、対象はALLを有する。ある態様において、対象は固形癌、例えば、ここに記載する固形癌を有する。GITRアゴニストの例は、例えば、米国特許6,111,090号、欧州特許090505B1号、米国特許8,586,023号、PCT公開WO2010/003118号および2011/090754号に記載のGITR融合タンパク質または、例えば、米国特許7,025,962号、欧州特許1947183B1号、米国特許7,812,135号、米国特許8,388,967号、米国特許8,591,886号、欧州特許EP1866339号、PCT公開WO2011/028683号、PCT公開WO2013/039954号、PCT公開WO2005/007190号、PCT公開WO2007/133822号、PCT公開WO2005/055808号、PCT公開WO99/40196号、PCT公開WO2001/03720号、PCT公開WO99/20758号、PCT公開WO2006/083289号、PCT公開WO2005/115451号、米国特許7,618,632号およびPCT公開WO2011/051726号に記載のような抗GITR抗体のような、例えば、GITR融合タンパク質および抗GITR抗体(例えば、二価抗GITR抗体)を含む。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、GITRアゴニスト、例えば、ここに記載するGITRアゴニストと組み合わせて対象に投与する。ある態様において、GITRアゴニストを、CAR発現細胞の前に投与する。例えば、ある態様において、GITRアゴニストを、細胞のアフェレーシスの前に投与できる。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、mTOR阻害剤、例えば、ここに記載するmTOR阻害剤、例えば、エベロリムスのようなラパログと組み合わせて対象に投与する。ある態様において、mTOR阻害剤を、CAR発現細胞の前に投与する。例えば、ある態様において、mTOR阻害剤を、細胞のアフェレーシスの前に投与できる。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、タンパク質チロシンホスファターゼ阻害剤、例えば、ここに記載するタンパク質チロシンホスファターゼ阻害剤と組み合わせて対象に投与する。ある態様において、タンパク質チロシンホスファターゼ阻害剤は、SHP-1阻害剤、例えば、スチボグルコン酸ナトリウムのような、例えば、ここに記載するSHP-1阻害剤である。ある態様において、タンパク質チロシンホスファターゼ阻害剤はSHP-2阻害剤である。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、キナーゼ阻害剤と組み合わせて使用できる。ある態様において、キナーゼ阻害剤は、CDK4阻害剤、例えば、ここに記載するCDK4阻害剤、例えば、6-アセチル-8-シクロペンチル-5-メチル-2-(5-ピペラジン-1-イル-ピリジン-2-イルアミノ)-8H-ピリド[2,3-d]ピリミジン-7-オン、ヒドロクロライド(パルボシクリブまたはPD0332991とも呼ばれる)のような、例えば、CD4/6阻害剤である。ある態様において、キナーゼ阻害剤は、BTK阻害剤、例えば、イブルチニブのような、例えば、ここに記載するBTK阻害剤である。ある態様において、キナーゼ阻害剤は、mTOR阻害剤、例えば、ラパマイシン、ラパマイシンアナログ、OSI-027のような、例えば、ここに記載するmTOR阻害剤である。mTOR阻害剤は、例えば、mTORC1阻害剤および/またはmTORC2阻害剤、例えば、ここに記載するmTORC1阻害剤および/またはmTORC2阻害剤であり売る。ある態様において、キナーゼ阻害剤は、MNK阻害剤、例えば、4-アミノ-5-(4-フルオロアニリノ)-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジンのような、例えば、ここに記載するMNK阻害剤である。MNK阻害剤は、例えば、MNK1a、MNK1b、MNK2aおよび/またはMNK2b阻害剤であり得る。ある態様において、キナーゼ阻害剤は、DGK阻害剤、例えば、DGKinh1(D5919)またはDGKinh2(D5794)のような、例えば、ここに記載するDGK阻害剤である。
ある態様において、キナーゼ阻害剤は、アロイシンA;フラボピリドールまたはHMR-1275、2-(2-クロロフェニル)-5,7-ジヒドロキシ-8-[(3S,4R)-3-ヒドロキシ-1-メチル-4-ピペリジニル]-4-クロメノン;クリゾチニブ(PF-02341066;2-(2-クロロフェニル)-5,7-ジヒドロキシ-8-[(2R,3S)-2-(ヒドロキシメチル)-1-メチル-3-ピロリジニル]-4H-1-ベンゾピラン-4-オン、ヒドロクロライド(P276-00);1-メチル-5-[[2-[5-(トリフルオロメチル)-1H-イミダゾール-2-イル]-4-ピリジニル]オキシ]-N-[4-(トリフルオロメチル)フェニル]-1H-ベンズイミダゾール-2-アミン(RAF265);インジスラム(E7070);ロスコビチン(CYC202);パルボシクリブ(PD0332991);ジナシクリブ(SCH727965);N-[5-[[(5-tert-ブチルオキサゾール-2-イル)メチル]チオ]チアゾール-2-イル]ピペリジン-4-カルボキサミド(BMS 387032);4-[[9-クロロ-7-(2,6-ジフルオロフェニル)-5H-ピリミド[5,4-d][2]ベンズアゼピン-2-イル]アミノ]-安息香酸(MLN8054);5-[3-(4,6-ジフルオロ-1H-ベンズイミダゾール-2-イル)-1H-インダゾール-5-イル]-N-エチル-4-メチル-3-ピリジンメタンアミン(AG-024322);4-(2,6-ジクロロベンゾイルアミノ)-1H-ピラゾール-3-カルボン酸N-(ピペリジン-4-イル)アミド(AT7519);4-[2-メチル-1-(1-メチルエチル)-1H-イミダゾール-5-イル]-N-[4-(メチルスルホニル)フェニル]-2-ピリミジンアミン(AZD5438);およびXL281(BMS908662)から選択されるCDK4阻害剤である。
ある態様において、キナーゼ阻害剤はCDK4阻害剤、例えば、パルボシクリブ(PD0332991)であり、パルボシクリブを、一定期間、1日約50mg、60mg、70mg、75mg、80mg、90mg、100mg、105mg、110mg、115mg、120mg、125mg、130mg、135mg(例えば、75mg、100mgまたは125mg)の用量で、例えば、28日サイクルの14~21日間連日または21日サイクルの7~12日間連日投与する。ある態様において、1サイクル、2サイクル、3サイクル、4サイクル、5サイクル、6サイクル、7サイクル、8サイクル、9サイクル、10サイクル、11サイクル、12サイクルまたはそれ以上のパルボシクリブを投与する。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、サイクリン依存性キナーゼ(CDK)4または6阻害剤、例えば、ここに記載するCDK4阻害剤またはCDK6阻害剤と組み合わせて対象に投与する。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、CDK4/6阻害剤(例えば、CDK4およびCDK6の両者を標的とする阻害剤)、例えば、ここに記載するCDK4/6阻害剤と組み合わせて対象に投与する。ある態様において、対象は、MCLを有する。MCLは、現在利用可能な治療にはほとんど応答しない、すなわち、本質的に不治の侵襲性癌である。MCLの多くの症例で、サイクリンD1(CDK4/6のレギュレーター)が、MCL細胞で発現される(例えば、免疫グロブリンおよびサイクリンD1遺伝子が関与する染色体転座のため)。それゆえに、理論に縛られないが、MCL細胞は、高特異性(すなわち、正常免疫細胞に対する最小限の影響)でCDK4/6阻害に高度に感受性であると考えられる。CDK4/6阻害剤単独で、MCLの処置にいくぶん有効性を有しているが、部分的寛解しか達成されず、高再発率である。CDK4/6阻害剤の例はLEE011(リボシクリブ)であり、その構造を下に示す。
Figure 0007084138000068
理論に縛られないが、ここに記載するCAR発現細胞とCDK4/6阻害剤(例えば、LEE011または他のここに記載するCDK4/6阻害剤)の投与は、例えば、CDK4/6阻害剤単独と比較して、高い応答性、例えば、高い寛解率および/または低い再発率を達成すると考えられる。
ある態様において、キナーゼ阻害剤は、イブルチニブ(PCI-32765);GDC-0834;RN-486;CGI-560;CGI-1764;HM-71224;CC-292;ONO-4059;CNX-774;およびLFM-A13から選択されるBTK阻害剤である。好ましい態様において、BTK阻害剤はインターロイキン-2-誘導性キナーゼ(ITK)のキナーゼ活性を低減または阻害せず、GDC-0834;RN-486;CGI-560;CGI-1764;HM-71224;CC-292;ONO-4059;CNX-774;およびLFM-A13から選択される。
ある態様において、キナーゼ阻害剤は、BTK阻害剤、例えば、イブルチニブ(PCI-32765)である。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、BTK阻害剤(例えば、イブルチニブ)と組み合わせて対象に投与する。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、イブルチニブ(PCI-32765とも称す)と組み合わせて対象に投与する。イブルチニブ(1-[(3R)-3-[4-アミノ-3-(4-フェノキシフェニル)-1H-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジン-1-イル]ピペリジン-1-イル]プロプ-2-エン-1-オン)の構造を下に示す。
Figure 0007084138000069
ある態様において、対象はCLL、マントル細胞リンパ腫(MCL)または小リンパ球性リンパ腫(SLL)を有する。例えば、対象は、染色体17の短腕に欠失を有する(例えば、白血病性細胞におけるdel(17p))。他の例において、対象は、del(17p)を有しない。ある態様において、対象は再発したCLLまたはSLLを有し、例えば、対象は、先に癌治療を投与されている(例えば、先に1、2、3または4癌治療を投与されている)。ある態様において、対象は、難治性CLLまたはSLLを有する。他の態様において、対象は、濾胞性リンパ腫、例えば、再発性または難治性濾胞性リンパ腫を有する。ある態様において、イブルチニブを、約300~600mg/日(例えば、約300~350、350~400、400~450、450~500、500~550または550~600mg/日、例えば、約420mg/日または約560mg/日)、例えば、経口。ある態様において、イブルチニブを、約250mg、300mg、350mg、400mg、420mg、440mg、460mg、480mg、500mg、520mg、540mg、560mg、580mg、600mg(例えば、250mg、420mgまたは560mg)の用量で、連日一定期間、例えば、21日サイクルで連日または28日サイクルで連日投与する。ある態様において、1サイクル、2サイクル、3サイクル、4サイクル、5サイクル、6サイクル、7サイクル、8サイクル、9サイクル、10サイクル、11サイクル、12サイクルまたはそれ以上のイブルチニブを投与する。ある態様において、イブルチニブを、リツキシマブと組み合わせて投与する。例えば、Burger et al. (2013) Ibrutinib In Combination With Rituximab (iR) Is Well Tolerated and Induces a High Rate Of Durable Remissions In Patients With High-Risk Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL): New, Updated Results Of a Phase II Trial In 40 Patients, Abstract 675 presented at 55th ASH Annual Meeting and Exposition, New Orleans, LA 7-10 Dec参照。理論に縛られないが、イブルチニブの添加はT細胞増殖性応答を増強し、T細胞をT-ヘルパー-2(Th2)からT-ヘルパー-1(Th1)表現型にシフトさせると考えられる。Th1およびTh2は、ヘルパーT細胞の表現型であり、Th1とTh2で異なる免疫応答経路を指向する。Th1表現型は、例えば、細胞内病原体/ウイルスまたは癌性細胞のような細胞を殺すための、炎症誘発性応答または自己免疫性応答永続化と関係する。Th2表現型は、好酸球蓄積および抗炎症性応答と関係する。
ここでの方法、使用および組成物のある態様において、BTK阻害剤は、引用によりその全体を本明細書に包含させる国際出願WO/2015/079417号に記載のBTK阻害剤である。例えば、ある態様において、BTK阻害剤は、式(I)の化合物またはその薬学的に許容される塩である。
Figure 0007084138000070
〔式中、
R1は水素、場合によりヒドロキシで置換されていてよいC-Cアルキルであり;
R2は水素またはハロゲンであり;
R3は水素またはハロゲンであり;
R4は水素であり、
R5は水素またはハロゲンであり;
またはR4とR5は互いに結合し、結合、-CH-、-CH-CH-、-CH=CH-、-CH=CH-CH-;-CH-CH=CH-;または-CH-CH-CH-を意味し;
R6およびR7は互いに独立してH、場合によりヒドロキシで置換されていてよいC-Cアルキル、場合によりハロゲンまたはヒドロキシまたはハロゲンで置換されていてよいC3-C6シクロアルキルであり;
R8、R9、R、R’、R10およびR11は互いに独立してHまたは場合によりC-Cアルコキシで置換されていてよいC-Cアルキルであり;またはR8、R9、R、R’、R10およびR11の任意の2個は、それらが結合している炭素原子と一体となって3~6員飽和炭素環式環を形成してよく;
R12は水素または場合によりハロゲンもしくはC-Cアルコキシで置換されていてよいC-Cアルキルであり;
またはR12とR8、R9、R、R’、R10またはR11のいずれか一つは、それらが結合している原子と一体となって、4員、5員、6員または7員アザシクロ環を形成してよく、該環は場合によりハロゲン、シアノ、ヒドロキシル、C-CアルキルまたはC-Cアルコキシで置換されていてよく;
nは0または1であり;
R13は場合によりC-Cアルキルで置換されていてよいC-Cアルケニル、C-Cアルコキシまたは場合によりC-CアルキルもしくはC-Cアルコキシで置換されていてよいN,N-ジ-C-CアルキルアミノC-Cアルキニル;または場合によりC-Cアルキルで置換されていてよいC-Cアルキレニルオキシドである。〕。
ある態様において、式IのBTK阻害剤は、N-(3-(5-((1-アクリロイルアゼチジン-3-イル)オキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(E)-N-(3-(6-アミノ-5-((1-(ブト-2-エノイル)アゼチジン-3-イル)オキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(6-アミノ-5-((1-プロピオロイルアゼチジン-3-イル)オキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(6-アミノ-5-((1-(ブト-2-イノイル)アゼチジン-3-イル)オキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(5-((1-アクリロイルピペリジン-4-イル)オキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(6-アミノ-5-(2-(N-メチルアクリルアミド)エトキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(E)-N-(3-(6-アミノ-5-(2-(N-メチルブト-2-エンアミド)エトキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(6-アミノ-5-(2-(N-メチルプロピオlアミド)エトキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(E)-N-(3-(6-アミノ-5-(2-(4-メトキシ-N-メチルブト-2-エンアミド)エトキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(6-アミノ-5-(2-(N-メチルブト-2-インアミド)エトキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(2-((4-アミノ-6-(3-(4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)ピリミジン-5-イル)オキシ)エチル)-N-メチルオキシラン-2-カルボキサミド;N-(2-((4-アミノ-6-(3-(6-シクロプロピル-8-フルオロ-1-オキソイソキノリン-2(1H)-イル)フェニル)ピリミジン-5-イル)オキシ)エチル)-N-メチルアクリルアミド;N-(3-(5-(2-アクリルアミドエトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(6-アミノ-5-(2-(N-エチルアクリルアミド)エトキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(6-アミノ-5-(2-(N-(2-フルオロエチル)アクリルアミド)エトキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(5-((1-アクリルアミドシクロプロピル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(S)-N-(3-(5-(2-アクリルアミドプロポキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(S)-N-(3-(6-アミノ-5-(2-(ブト-2-インアミド)プロポキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(S)-N-(3-(6-アミノ-5-(2-(N-メチルアクリルアミド)プロポキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(S)-N-(3-(6-アミノ-5-(2-(N-メチルブト-2-インアミド)プロポキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(6-アミノ-5-(3-(N-メチルアクリルアミド)プロポキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(S)-N-(3-(5-((1-アクリロイルピロリジン-2-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(S)-N-(3-(6-アミノ-5-((1-(ブト-2-イノイル)ピロリジン-2-イル)メトキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(S)-2-(3-(5-((1-アクリロイルピロリジン-2-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-(ヒドロキシメチル)フェニル)-6-シクロプロピル-3,4-ジヒドロイソキノリン-1(2H)-オンN-(2-((4-アミノ-6-(3-(6-シクロプロピル-1-オキソ-3,4-ジヒドロイソキノリン-2(1H)-イル)-5-フルオロ-2-(ヒドロキシメチル)フェニル)ピリミジン-5-イル)オキシ)エチル)-N-メチルアクリルアミド;N-(3-(5-(((2S,4R)-1-アクリロイル-4-メトキシピロリジン-2-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(6-アミノ-5-(((2S,4R)-1-(ブト-2-イノイル)-4-メトキシピロリジン-2-イル)メトキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;2-(3-(5-(((2S,4R)-1-アクリロイル-4-メトキシピロリジン-2-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-(ヒドロキシメチル)フェニル)-6-シクロプロピル-3,4-ジヒドロイソキノリン-1(2H)-オンN-(3-(5-(((2S,4S)-1-アクリロイル-4-メトキシピロリジン-2-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(6-アミノ-5-(((2S,4S)-1-(ブト-2-イノイル)-4-メトキシピロリジン-2-イル)メトキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(5-(((2S,4R)-1-アクリロイル-4-フルオロピロリジン-2-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(6-アミノ-5-(((2S,4R)-1-(ブト-2-イノイル)-4-フルオロピロリジン-2-イル)メトキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(S)-N-(3-(5-((1-アクリロイルアゼチジン-2-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(S)-N-(3-(6-アミノ-5-((1-プロピオロイルアゼチジン-2-イル)メトキシ)ピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(S)-2-(3-(5-((1-アクリロイルアゼチジン-2-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-(ヒドロキシメチル)フェニル)-6-シクロプロピル-3,4-ジヒドロイソキノリン-1(2H)-オン;(R)-N-(3-(5-((1-アクリロイルアゼチジン-2-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;(R)-N-(3-(5-((1-アクリロイルピペリジン-3-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(5-(((2R,3S)-1-アクリロイル-3-メトキシピロリジン-2-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;N-(3-(5-(((2S,4R)-1-アクリロイル-4-シアノピロリジン-2-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミド;またはN-(3-(5-(((2S,4S)-1-アクリロイル-4-シアノピロリジン-2-イル)メトキシ)-6-アミノピリミジン-4-イル)-5-フルオロ-2-メチルフェニル)-4-シクロプロピル-2-フルオロベンズアミドから選択される。
特に断らない限り、上記式IのBTK阻害剤で使用した化学的用語は、引用によりその全体を本明細書に包含させる国際出願WO/2015/079417号に示す意味に従い使用する。
ある態様において、キナーゼ阻害剤は、テムシロリムス;リダフォロリムス(1R,2R,4S)-4-[(2R)-2-[(1R,9S,12S,15R,16E,18R,19R,21R、23S,24E,26E,28Z,30S,32S,35R)-1,18-ジヒドロキシ-19,30-ジメトキシ-15,17,21,23、29,35-ヘキサメチル-2,3,10,14,20-ペンタオキソ-11,36-ジオキサ-4-アザトリシクロ[30.3.1.04,9]ヘキサトリアコンタ-16,24,26,28-テトラエン-12-イル]プロピル]-2-メトキシシクロヘキシルジメチルホスフィネート、AP23573およびMK8669としても知られる;エベロリムス(RAD001);ラパマイシン(AY22989);セマピモド;(5-{2,4-ビス[(3S)-3-メチルモルホリン-4-イル]ピリド[2,3-d]ピリミジン-7-イル}-2-メトキシフェニル)メタノール(AZD8055);2-アミノ-8-[trans-4-(2-ヒドロキシエトキシ)シクロヘキシル]-6-(6-メトキシ-3-ピリジニル)-4-メチル-ピリド[2,3-d]ピリミジン-7(8H)-オン(PF04691502);およびN-[1,4-ジオキソ-4-[[4-(4-オキソ-8-フェニル-4H-1-ベンゾピラン-2-イル)モルホリニウム-4-イル]メトキシ]ブチル]-L-アルギニルグリシル-L-α-アスパルチルL-セリン-(配列番号378)、分子内塩(SF1126);およびXL765から選択されるmTOR阻害剤である。
ある態様において、キナーゼ阻害剤はmTOR阻害剤、例えば、ラパマイシンであり、ラパマイシンを、約3mg、4mg、5mg、6mg、7mg、8mg、9mg、10mg(例えば、6mg)の用量で連日、一定期間、例えば、21日サイクルで連日または28日サイクルで連日投与する。ある態様において、1サイクル、2サイクル、3サイクル、4サイクル、5サイクル、6サイクル、7サイクル、8サイクル、9サイクル、10サイクル、11サイクル、12サイクルまたはそれ以上のラパマイシンを投与する。ある態様において、キナーゼ阻害剤はmTOR阻害剤、例えば、エベロリムスであり、エベロリムスを、一定期間、1日約2mg、2.5mg、3mg、4mg、5mg、6mg、7mg、8mg、9mg、10mg、11mg、12mg、13mg、14mg、15mg(例えば、10mg)の用量で、例えば、28日サイクルで連日投与する。ある態様において、1サイクル、2サイクル、3サイクル、4サイクル、5サイクル、6サイクル、7サイクル、8サイクル、9サイクル、10サイクル、11サイクル、12サイクルまたはそれ以上のエベロリムスを投与する。
ある態様において、キナーゼ阻害剤は、CGP052088;4-アミノ-3-(p-フルオロフェニルアミノ)-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジン(CGP57380);セルコスポラミド;ETC-1780445~2;および4-アミノ-5-(4-フルオロアニリノ)-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジンから選択されるMNK阻害剤である。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、ホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)阻害剤(例えば、ここに記載するPI3K阻害剤、例えば、イデラリシブまたはドゥベリシブ)および/またはリツキシマブと組み合わせて対象に投与する。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、イデラリシブおよびリツキシマブと組み合わせて対象に投与する。ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、ドゥベリシブおよびリツキシマブと組み合わせて対象に投与する。イデラリシブ(GS-1101またはCAL-101とも呼ばれる;Gilead)は、PI3Kのデルタアイソフォームを遮断する小分子である。イデラリシブ(5-フルオロ-3-フェニル-2-[(1S)-1-(7H-プリン-6-イルアミノ)プロピル]-4(3H)-キナゾリノン)の構造を下に示す。
Figure 0007084138000071
ドゥベリシブ(IPI-145とも呼ばれる;Infinity PharmaceuticalsおよびAbbvie)は、PI3K-δ,γを遮断する小分子である。ドゥベリシブ(8-クロロ-2-フェニル-3-[(1S)-1-(9H-プリン-6-イルアミノ)エチル]-1(2H)-イソキノリノン)の構造を下に示す。
Figure 0007084138000072
ある態様において、対象はCLLを有する。ある態様において、対象は再発したCLLを有し、例えば、対象は、先に癌治療を投与されている(例えば、先に抗CD20抗体を投与されているかまたは先にイブルチニブを投与されている)。例えば、対象は、染色体17の短腕に欠失を有する(例えば、白血病性細胞におけるdel(17p))。他の例において、対象は、del(17p)を有しない。ある態様において、対象は、免疫グロブリン重鎖可変領域(IgV)遺伝子に変異を含む白血病性細胞を含む。他の態様において、対象は、免疫グロブリン重鎖可変領域(IgV)に変異を含む白血病性細胞を含まない。ある態様において、対象は、染色体11の長腕に欠失を有する(del(11q))。他の態様において、対象はdel(11q)を有しない。ある態様において、イデラリシブを、約100~400mg(例えば、100~125mg、125~150mg、150~175mg、175~200mg、200~225mg、225~250mg、250~275mg、275~300mg、325~350mg、350~375mgまたは375~400mg)、例えば、BID投与する。ある態様において、ドゥベリシブを、約15~100mg(例えば、約15~25、25~50、50~75または75~100mg)、例えば、1日2回投与する。ある態様において、リツキシマブを、約350~550mg/m(例えば、350~375mg/m、375~400mg/m、400~425mg/m、425~450mg/m、450~475mg/mまたは475~500mg/m)の用量で、例えば、静脈内に投与する。
ある態様において、キナーゼ阻害剤は、2-アミノ-8-[trans-4-(2-ヒドロキシエトキシ)シクロヘキシル]-6-(6-メトキシ-3-ピリジニル)-4-メチル-ピリド[2,3-d]ピリミジン-7(8H)-オン(PF-04691502);N-[4-[[4-(ジメチルアミノ)-1-ピペリジニル]カルボニル]フェニル]-N’-[4-(4,6-ジ-4-モルホリニル-1,3,5-トリアジン-2-イル)フェニル]尿素(PF-05212384、PKI-587);2-メチル-2-{4-[3-メチル-2-オキソ-8-(キノリン-3-イル)-2,3-ジヒドロ-1H-イミダゾ[4,5-c]キノリン-1-イル]フェニル}プロパンニトリル(BEZ-235);アピトリシブ(GDC-0980、RG7422);2,4-ジフルオロ-N-{2-(メチルオキシ)-5-[4-(4-ピリダジニル)-6-キノリニル]-3-ピリジニル}ベンゼンスルホンアミド(GSK2126458);8-(6-メトキシピリジン-3-イル)-3-メチル-1-(4-(ピペラジン-1-イル)-3-(トリフルオロメチル)フェニル)-1H-イミダゾ[4,5-c]キノリン-2(3H)-オンマレイン酸(NVP-BGT226);3-[4-(4-モルホリニルピリド[3’,2’:4,5]フロ[3,2-d]ピリミジン-2-イル]フェノール(PI-103);5-(9-イソプロピル-8-メチル-2-モルホリノ-9H-プリン-6-イル)ピリミジン-2-アミン(VS-5584、SB2343);およびN-[2-[(3,5-ジメトキシフェニル)アミノ]キノキサリン-3-イル]-4-[(4-メチル-3-メトキシフェニル)カルボニル]アミノフェニルスルホンアミド(XL765)から選択されるデュアルホスファチジルイノシトール3-キナーゼ(PI3K)およびmTOR阻害剤である。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、未分化リンパ腫キナーゼ(ALK)阻害剤と組み合わせて対象に投与する。ALKキナーゼの例は、クリゾチニブ(Pfizer)、セリチニブ(Novartis)、アレクチニブ(中外)、ブリガチニブ(AP26113とも呼ばれる;Ariad)、エントレクチニブ(Ignyta)、PF-06463922(Pfizer)、TSR-011(Tesaro)(例えば、Clinical Trial Identifier No. NCT02048488参照)、CEP-37440(Teva)およびX-396(Xcovery)を含む。ある態様において、対象は固形癌、例えば、ここに記載する固形癌、例えば、肺癌を有する。
クリゾチニブの化学名は3-[(1R)-1-(2,6-ジクロロ-3-フルオロフェニル)エトキシ]-5-(1-ピペリジン-4-イルピラゾール-4-イル)ピリジン-2-アミンである。セリチニブの化学名は5-クロロ-N-[2-イソプロポキシ-5-メチル-4-(4-ピペリジニル)フェニル]-N-[2-(イソプロピルスルホニル)フェニル]-2,4-ピリミジンジアミンである。アレクチニブの化学名は9-エチル-6,6-ジメチル-8-(4-モルホリノピペリジン-1-イル)-11-オキソ-6,11-ジヒドロ-5H-ベンゾ[b]カルバゾール-3-カルボニトリルである。ブリガチニブの化学名は5-クロロ-N-{4-[4-(ジメチルアミノ)-1-ピペリジニル]-2-メトキシフェニル}-N-[2-(ジメチルホスホリル)フェニル]-2,4-ピリミジンジアミンである。エントレクチニブの化学名はN-(5-(3,5-ジフルオロベンジル)-1H-インダゾール-3-イル)-4-(4-メチルピペラジン-1-イル)-2-((テトラヒドロ-2H-ピラン-4-イル)アミノ)ベンズアミドである。PF-06463922の化学名は(10R)-7-アミノ-12-フルオロ-2,10,16-トリメチル-15-オキソ-10,15,16,17-テトラヒドロ-2H-8,4-(メテノ)ピラゾロ[4,3-h][2,5,11]-ベンズオキサジアザシクロテトラデシン-3-カルボニトリルである。CEP-37440の化学名は(S)-2-((5-クロロ-2-((6-(4-(2-ヒドロキシエチル)ピペラジン-1-イル)-1-メトキシ-6,7,8,9-テトラヒドロ-5H-ベンゾ[7]アヌレン-2-イル)アミノ)ピリミジン-4-イル)アミノ)-N-メチルベンズアミドである。X-396の化学名は(R)-6-アミノ-5-(1-(2,6-ジクロロ-3-フルオロフェニル)エトキシ)-N-(4-(4-メチルピペラジン-1-カルボニル)フェニル)ピリダジン-3-カルボキサミドである。
カルシウム依存的ホスファターゼカルシニューリンを阻害する(シクロスポリンおよびFK506)または増殖因子誘発シグナル伝達に重要であるp70S6キナーゼを阻害する薬物(ラパマイシン)(Liu et al., Cell 66:807-815, 1991; Henderson et al., Immun. 73:316-321, 1991; Bierer et al., Curr. Opin. Immun. 5:763-773, 1993)も使用できる。さらなる面において、本発明の細胞組成物を、患者に骨髄移植、フルダラビンのような化学療法剤、体外照射療法(XRT)、シクロホスファミドおよび/またはOKT3またはキャンパスのような抗体を使用するT細胞除去療法と組み合わせて(例えば、前に、同時にまたは後に)投与し得る。ある面において、本発明の細胞組成物を、CD20と反応する薬剤、例えば、リツキサンのようなB細胞除去療法後に投与する。例えば、ある態様において、対象を、高用量化学療法剤と続く末梢血幹細胞移植の標準的処置に付す。ある態様において、移植後、対象は、本発明の増殖した免疫細胞の注入を受ける。さらなる態様において、増殖細胞を手術の前または後に投与する。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、インドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ(IDO)阻害剤と組み合わせて対象に投与する。IDOは、アミノ酸、L-トリプトファンのキヌレニンへの分解を触媒する酵素である。多くの癌、例えば、前立腺癌、結腸直腸癌、膵臓癌、子宮頸癌、胃癌、卵巣癌、頭部癌および肺癌がIDOを過発現する。pDC、マクロファージおよび樹状細胞(DC)がIDOを発現できる。理論に縛られないが、L-トリプトファンの減少(例えば、IDOによる触媒)が、T細胞アネルギーおよびアポトーシスの誘発による免疫抑制性環境をもたらすと考えられる。それゆえに、理論に縛られないが、IDO阻害剤が、例えば、CAR発現免疫細胞の抑制または死を減少させることによりここに記載するCAR発現細胞の効果を増強できると考えられる。ある態様において、対象は、固形腫瘍、例えば、ここに記載する固形腫瘍、例えば、前立腺癌、結腸直腸癌、膵臓癌、子宮頸癌、胃癌、卵巣癌、頭部癌または肺癌を有する。IDO阻害剤の例は、1-メチル-トリプトファン、インドキシモド(NewLink Genetics)(例えば、Clinical Trial Identifier Nos. NCT01191216; NCT01792050参照)およびINCB024360(Incyte Corp.)(例えば、Clinical Trial Identifier Nos. NCT01604889; NCT01685255参照)を含むが、これらに限定されない。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)のモジュレーターと組み合わせて対象に投与する。MDSCは、末梢および多くの固形腫瘍の腫瘍部位に蓄積する。これらの細胞はT細胞応答を抑制し、それによりCAR発現細胞療法の効果を障害する。理論に縛られないが、MDSCモジュレーター投与は、ここに記載するCAR発現細胞の効果を増強すると考えられる。ある態様において、対象は、固形腫瘍、例えば、ここに記載する固形腫瘍、例えば、神経膠芽腫を有する。MDSCのモジュレーターの例は、MCS110およびBLZ945を含むが、これらに限定されない。MCS110は、マクロファージコロニー刺激因子(M-CSF)に対するモノクローナル抗体(mAb)である。例えば、Clinical Trial Identifier No. NCT00757757参照。BLZ945は、コロニー刺激因子1受容体(CSF1R)の小分子阻害剤である。例えば、Pyonteck et al. Nat. Med. 19(2013):1264-72参照。BLZ945の構造を下に示す。
Figure 0007084138000073
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、と組み合わせて対象に投与する薬剤は、免疫抑制性形質細胞の活性を阻害または低減する。免疫抑制性形質細胞は、オキサリプラチンのようなT細胞依存性免疫原性化学療法を妨害することが示されている(Shalapour et al., Nature 2015, 521:94- 101)。ある態様において、免疫抑制性形質細胞は、IgA、インターロイキン(IL)-10およびPD-L1の1以上を発言できる。ある態様において、薬剤はCD19 CAR発現細胞またはBCMA CAR発現細胞である。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、インターロイキン-15(IL-15)ポリペプチド、インターロイキン-15受容体アルファ(IL-15Ra)ポリペプチドまたは両者の組み合わせ、例えば、hetIL-15(Admune Therapeutics, LLC)と組み合わせて対象に投与する。hetIL-15は、IL-15およびIL-15Raのヘテロ二量体非共有複合体である。hetIL-15は、例えば、引用により本明細書に包含させる米国8,124,084、米国2012/0177598号、米国2009/0082299号、米国2012/0141413号および米国2011/0081311号に記載されている。ある態様において、het-IL-15を皮下投与する。ある態様において、対象は、癌、例えば、固形癌、例えば、黒色腫または結腸癌を有する。ある態様において、対象は、転移癌を有する。
ある態様において、ここに記載する疾患、例えば、血液学的障害、例えば、AMLまたはMDSを有する対象に、ここに記載するCAR発現細胞を、薬剤、例えば、細胞毒性または化学療法剤、生物学的治療(例えば、抗体、例えば、モノクローナル抗体または細胞治療)または阻害剤(例えば、キナーゼ阻害剤)と組み合わせて投与する。ある態様において、対象は、ここに記載するCAR発現細胞を、細胞毒性剤、例えば、CPX-351(Celator Pharmaceuticals)、シタラビン、ダウノルビシン、ボサロキシン(Sunesis Pharmaceuticals)、サパシタビン(Cyclacel Pharmaceuticals)、イダルビシンまたはミトキサントロンと組み合わせて投与される。CPX-351は、シタラビンおよびダウノルビシンを5:1モル比で含むリポソーム製剤である。ある態様において、対象に、ここに記載するCAR発現細胞を、低メチル化剤、例えば、DNAメチルトランスフェラーゼ阻害剤、例えば、アザシチジンまたはデシタビンと組み合わせて投与する。ある態様において、対象に、ここに記載するCAR発現細胞を、生物学的治療、例えば、抗体または細胞治療、例えば、225Acリンツズマブ(Actimab-A; Actinium Pharmaceuticals)、IPH2102(Innate Pharma/Bristol Myers Squibb)、SGN-CD33A(Seattle Genetics)またはゲムツズマブオゾガマイシン(マイロターグ;Pfizer)と組み合わせて投与する。SGN-CD33Aは、抗CD33抗体に結合するピロロベンゾジアゼピン二量体を含む抗体-薬物コンジュゲート(ADC)である。Actimab-Aは、アクチニウムで標識された抗CD33抗体(リンツズマブ)である。IPH2102は、キラー免疫グロブリン様受容体(KIR)を標的とするモノクローナル抗体である。ある態様において、対象に、ここに記載するCAR発現細胞を、FLT3阻害剤、例えば、ソラフェニブ(Bayer)、ミドスタウリン(Novartis)、キザルチニブ(第一三共)、クレノラニブ(Arog Pharmaceuticals)、PLX3397(第一三共)、AKN-028(Akinion Pharmaceuticals)またはASP2215(アステラス)と組み合わせて投与する。ある態様において、対象に、ここに記載するCAR発現細胞を、イソシトレートデヒドロゲナーゼ(IDH)阻害剤、例えば、AG-221(Celgene/Agios)またはAG-120(Agios/Celgene)と組み合わせて投与する。ある態様において、対象に、ここに記載するCAR発現細胞を、細胞サイクルレギュレーター、例えば、ポロ様キナーゼ1(Plk1)阻害剤、例えば、ボラセルチブ(Boehringer Ingelheim);またはサイクリン依存性キナーゼ9(Cdk9)阻害剤、例えば、アルボシジブ(Tolero Pharmaceuticals/Sanofi Aventis)と組み合わせて投与する。ある態様において、対象に、ここに記載するCAR発現細胞を、B細胞受容体シグナル伝達ネットワーク阻害剤、例えば、B細胞リンパ腫2(Bcl-2)阻害剤、例えば、ベネトクラクス(Abbvie/Roche);またはブルトン型チロシンキナーゼ(Btk)阻害剤、例えば、イブルチニブ(Pharmacyclics/Johnson & Johnson Janssen Pharmaceutical)と組み合わせて投与する。ある態様において、対象に、ここに記載するCAR発現細胞を、M1アミノペプチダーゼ阻害剤、例えば、トセドスタット(CTI BioPharma/Vernalis);ヒストンデアセチラーゼ(HDAC)阻害剤、例えば、pracinostat(MEI Pharma);多キナーゼ阻害剤、例えば、リゴサチブ(Onconova Therapeutics/Baxter/SymBio);またはペプチド性CXCR4逆アゴニスト、例えば、BL-8040(BioLineRx)と組み合わせて投与する。ある態様において、対象に、CD123標的CAR発現細胞を、CD123以外の抗原、例えば、CLL-1、BCMA、CD33、CD19、FLT-3または葉酸受容体ベータ標的とするCAR発現細胞と組み合わせて投与する。
他の態様において、対象は、細胞の移植、例えば、同種幹細胞移植前に、本発明のCD123 CAR発現細胞組成物の注入を受ける。好ましい態様において、CD123-CAR発現細胞は、例えば、mRNA CD123 CARのエレクトロポレーションにより一過性にCD123 CARを発言し、それにより、CD123の発現を、移植失敗を避けるためにドナー幹細胞の中ny風前に停止させる。
投与中または後に本発明の化合物および/または他の抗癌剤に対するアレルギー反応を経験する患者がいるかもしれない;それゆえに、抗アレルギー剤を、アレルギー反応のリスクを最小化するためにしばしば投与する。適当な抗アレルギー剤はデキサメサゾン(例えば、デカドロン(登録商標))、ベクロメタゾン(例えば、Beclovent(登録商標))、ヒドロコルチゾン(コルチゾン、ヒドロコルチゾンナトリウムスクシネート、ヒドロコルチゾンナトリウムホスフェートとしても知られ、商品名Ala-Cort(登録商標)、ヒドロコルチゾンホスフェート、Solu-Cortef(登録商標)、Hydrocort Acetate(登録商標)およびLanacort(登録商標)として販売)、プレドニゾロン(商品名Delta-Cortel(登録商標)、Orapred(登録商標)、Pediapred(登録商標)およびPrelone(登録商標)として販売)、プレドニゾン(商品名Deltasone(登録商標)、Liquid Red(登録商標)、Meticorten(登録商標)およびOrasone(登録商標)として販売)、メチルプレドニゾロン(6-メチルプレドニゾロン、メチルプレドニゾロンアセテート、メチルプレドニゾロンナトリウムスクシネートとしても知られ、商品名Dur単独(登録商標)、Medr単独(登録商標)、Medrol(登録商標)、M-Prednisol(登録商標)およびSolu-Medrol(登録商標)として販売)のようなコルチコステロイド;ジフェンヒドラミン(例えば、Benadryl(登録商標))、ヒドロキシジンおよびシプロヘプタジンのような抗ヒスタミン剤;およびベータ-アドレナリン受容体アゴニスト、アルブテロール(例えば、Proventil(登録商標))およびテルブタリン(Brethine(登録商標))のような気管支拡張剤を含む。
本発明の化合物および/または他の抗癌剤の投与中および後に悪心を経験する患者がいるかもしれない;それゆえに、鎮吐剤を、悪心(胃上部)および嘔吐の予防に使用する。適当な鎮吐剤は、アプレピタント(Emend(登録商標))、オンダンセトロン(Zofran(登録商標))、グラニセトロンHCl(Kytril(登録商標))、ロラゼパム(Ativan(登録商標)。デキサメサゾン(デカドロン(登録商標))、プロクロルペラジン(Compazine(登録商標))、カソピタント(Rezonic(登録商標)およびZunrisa(登録商標))およびこれらの組み合わせを含む。
処置中に経験する疼痛を軽減する投薬も、患者がより快適になるようにしばしば処方される。タイレノール(登録商標)のような、一般的非処方鎮痛剤がしばしば使用される。しかしながら、ヒドロコドン/パラセタモールまたはヒドロコドン/アセトアミノフェン(例えば、Vicodin(登録商標))、モルヒネ(例えば、Astramorph(登録商標)またはAvinza(登録商標))、オキシコドン(例えば、OxyContin(登録商標)またはPercocet(登録商標))、塩酸オキシモルホン(Opana(登録商標))およびフェンタニル(例えば、Duragesic(登録商標))のようなオピオイド鎮痛剤剤も、軽度または重度疼痛に有用である。
正常細胞を処置毒性から保護するおよび臓器毒性を制限する試みの中で、細胞保護剤(例えば神経保護剤、フリーラジカルスカベンジャー、心保護剤、アントラサイクリン溢血中和剤、栄養素など)を補助剤治療として使用し得る。適当な細胞保護剤は、アミホスチン(Ethyol(登録商標))、グルタミン、ジメスナ(Tavocept(登録商標))、メスナ(Mesnex(登録商標))、デクスラゾキサン(Zinecard(登録商標)またはTotect(登録商標))、キサリプロデン(Xaprila(登録商標))およびロイコボリン(カルシウムロイコボリン、シトロボラム因子およびフォリン酸としても既知)を含む。
コード番号、一般名または商品名により同定した活性化合物の構造は、標準参考書“The Merck Index”の現行版またはデータベース、例えばPatents International(例えばIMS World Publications)から取り得る。
本発明の化合物と組み合わせて使用できる上記化合物を、上に引用した文献に記載のような、当分野で記載されるように製造し、投与できる。
ある態様において、本発明は、少なくとも一つの本発明の化合物(例えば、本発明の化合物)またはその薬学的に許容される塩を、ヒトまたは動物対象の投与に適する薬学的に許容される担体適当なと共に、単独でまたは他の抗癌剤と組み合わせて含む、医薬組成物を提供する。
ある態様において、本発明は、癌のような細胞増殖性疾患を有するヒトまたは動物対象を処置する方法を提供する。本発明は、治療有効量の本発明の化合物(例えば、本発明の化合物)またはその薬学的に許容される塩を、単独でまたは他の抗癌剤と組み合わせて対象に投与することを含む、処置を必要とするヒトまたは動物対象を処置する方法を提供する。
特に、組成物は、組み合わせ治療として製剤してもまたは別々に投与してもよい。
組み合わせ治療において、本発明の化合物および他の抗癌剤を、同時に、一緒にまたは逐次的に特定の時間制限なく投与してよく、ここで、このような投与が、患者体内で2化合物の治療的有効なレベルを提供する。
好ましい態様において、本発明の化合物および他の抗癌剤を、一般に任意の順番で注入または経口により逐次的に投与する。投薬レジメンは、疾患ステージ、患者の体力、個々の薬物の安全性プロファイルおよび個々の薬物の耐容性、ならびに組み合わせを投与する処置医および医療従事者には周知の他の基準により代わり得る。本発明の化合物および他の抗癌剤を、処置に使用する特定のサイクルにより、互いに数分、数時間、数日または数週間離れて投与する。加えて、サイクルは、処置サイクル中、一方の薬剤の他方より多い投与および薬物投与あたりの異なる用量を含む。
本発明の他の面において、ここに開示されるような1以上の本発明の化合物および組み合わせパートナを含むキットが提供される。代表的キットは、本発明の化合物またはその薬学的に許容される塩、(b)例えば、上記のような少なくとも一つの組み合わせパートナーを含み、それによってこのようなキットは、投与指示を含む添付文書または他のラベリングを含み得る。
本発明の化合物はまた既知治療法、例えば、ホルモン投与または特に放射線と組み合わせても遊離に使用し得る。本発明の化合物は、特に放射線療法に低感受性を示す腫瘍の処置のために、特に、放射線増感剤として使用され得る。
ある態様において、対象は、CAR発現細胞の投与に関連する副作用を低減または緩和する薬剤を投与することができる。CAR発現細胞の投与に付随する副作用は、CRSおよびマクロファージ活性化症候群(MAS)とも呼ばれる血液貪食リンパ組織球増多症(HLH)を含むが、これらに限定されない。CRSの症状は、高熱、悪心、一過性低血圧、低酸素症などを含む。CRSは、発熱、疲労、食欲不振、筋肉痛、関節痛(arthalgias)、悪心、嘔吐、頭痛などの臨床的体質的徴候および症状を含み得る。CRSは、発疹などの臨床皮膚徴候および症状を含み得る。CRSは、悪心、嘔吐および下痢のような臨床的消化器徴候および症状を含み得る。CRSは、頻呼吸および低酸素血症のような臨床的呼吸器徴候および症状を含み得る。CRSは、頻脈、脈圧の増大、低血圧、心拍出量の増加(早期)および心拍出量の低下(後期)などの臨床的心血管徴候および症状を含み得る。CRSは、凝固兆候およびd-二量体増加、出血の有無にかかわらず低フィブリノーゲン血などの症状を含み得る。CRSは、高窒素血症などの臨床腎徴候および症状を含み得る。CRSは、高トランスアミナーゼ血症および高ビリルビン血症などの臨床肝徴候および症状を含み得る。CRSは、頭痛、精神状態の変化、混乱、せん妄、単語発見困難またはフランク失語、幻覚、振戦、ジメトリア、異常歩行、発作などの臨床的神経徴候および症状を含み得る。
よって、ここに記載する方法は、対象にここに記載するCAR発現細胞を投与し、さらに、CAR発現細胞処置に由来する可溶性因子のレベル増加を管理する1以上の薬剤の投与を含み得る。ある態様において、対象で増加し得る可溶性因子は、IFN-γ、TNFα、IL-2およびIL-6の1以上である。ある態様において、対象において増加する因子は、IL-1、GM-CSF、IL-10、IL-8、IL-5およびフラクタルカインの1以上である。それゆえに、これらの副作用を処置するために投与する薬剤は、これらの可溶性因子の1以上を中和する薬剤であり得る。ある態様において、これらの可溶性形態の1以上を中和する薬剤は、抗体または抗原結合そのフラグメントである、このような薬剤の例は、ステロイド(例えば、コルチコステロイド)、TNFα阻害剤およびIL-6阻害剤を含むが、これらに限定されない。TNFα阻害剤の例は、インフリキシマブ、アダリムマブ、セルトリズマブペゴールおよびゴリムマブのような抗TNFα抗体分子である。TNFα阻害剤の他の例は、エタネルセプトのような融合タンパク質である。小分子TNFα阻害剤は、キサンチン誘導体(例えばペントキシフィリン)およびブプロピオンを含むが、これらに限定されない。IL-6阻害剤の例は、トシリズマブ(toc)、サリルマブ、エルシリモマブ、CNTO 328、ALD518/BMS-945429、CNTO 136、CPSI-2364、CDP6038、VX30、ARGX-109、FE301およびFM101のような抗IL-6抗体分子である。ある態様において、抗IL-6抗体分子は、トシリズマブである。IL-1Rベースの阻害剤の例は、アナキンラである。
ある態様において、対象に、とりわけ、例えば、メチルプレドニゾロン、ヒドロコルチゾンのような、コルチコステロイドを投与する。
ある態様において、対象に、例えば、ノルエピネフリン、ドーパミン、フェニレフリン、エピネフリン、バソプレシンまたはこれらの組み合わせのような、昇圧剤を投与する。
ある態様において、対象に解熱剤を投与できる。ある態様において、対象に鎮痛剤を投与できる。
ある態様において、対象を、CAR発現細胞の活性を増強する薬剤と投与できる。例えば、ある態様において、薬剤は、阻害分子を阻害する薬剤であり得る、例えば、薬剤は、チェックポイント阻害剤である。阻害分子、例えば、プログラム細胞死1(PD1)は、CAR発現細胞が免疫エフェクター応答を開始する能力を減少させ得る。阻害分子の例は、PD1、PD-L1、CTLA4、TIM3、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4およびTGFRベータを含む。DNA、RNAまたはタンパク質レベルでの阻害による、阻害分子の阻害はCAR発現細胞性能を最適化できる。ある態様において、例えば、ここに記載のような、阻害性核酸、例えば、阻害性核酸、例えば、dsRNA、例えば、siRNAまたはshRNA、群生性等間隔短回文反復配列(CRISPR)、転写-アクティベータ様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)または亜鉛フィンガーエンドヌクレアーゼ(ZFN)を使用して、CAR発現細胞の阻害分子の発現を阻害できる。ある態様において、阻害剤はshRNAである。ある態様において、阻害分子はCAR発現細胞内で阻害される。これらの態様において、阻害分子の発現を阻害するdsRNA分子を、CARの要素、例えば、要素全部をコードする核酸と連結する。
ある態様において、T細胞機能を調節または制御、例えば阻害する分子の発現を阻害するdsRNA分子をコードする核酸分子を、T細胞機能を調節または制御、例えば阻害する分子の発現を阻害するdsRNA分子が、発現、例えば、CAR発現細胞内で発現されるようにプロモーター、例えば、H1またはU6駆動プロモーターに操作可能に連結する。例えば、Tiscornia G., “Development of Lentiviral Vectors Expressing siRNA,” Chapter 3, in Gene Transfer: Delivery and Expression of DNA and RNA (eds. Friedmann and Rossi)参照。Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, USA, 2007; Brummelkamp TR, et al. (2002) Science 296: 550-553; Miyagishi M, et al. (2002) Nat. Biotechnol. 19: 497-500。ある態様において、T細胞機能を調節または制御、例えば阻害する分子の発現を阻害するdsRNA分子をコードする核酸分子は、CARの成分、例えば、要素の全てをコードする核酸分子を含む、同じベクター、例えば、レンチウイルスベクター上に存在する。このような態様において、T細胞機能を調節または制御、例えば阻害する分子の発現を阻害するdsRNA分子をコードする核酸分子は、CARの成分、例えば、要素の全てをコードする核酸に5’または3’に位置するベクター、例えば、レンチウイルスベクターに位置する。T細胞機能を調節または制御、例えば阻害する分子の発現を阻害するdsRNA分子をコードする核酸分子は、CARの成分、例えば、要素の全てをコードする核酸と同一または異なる方向で転写され得る。
ある態様において、T細胞機能を調節または制御、例えば阻害する分子の発現を阻害するdsRNA分子をコードする核酸分子は、CARの成分、例えば、要素の全てをコードする核酸分子を含むベクター以外のベクターに存在する。ある態様において、T細胞機能を調節または制御、例えば阻害する分子の発現を阻害するdsRNA分子をコードする核酸分子は、CAR発現細胞内で一過性に発現される。ある態様において、T細胞機能を調節または制御、例えば阻害する分子の発現を阻害するdsRNA分子をコードする核酸分子は、CAR発現細胞のゲノムに安定に統合される。図51A~51Eは、T細胞機能を調節または制御、例えば阻害する分子の発現を阻害するdsRNA分子を有するCARの成分、例えば、全要素を発現するベクターの例を記載する。
T細胞機能を調節または制御、例えば阻害する分子の発現の阻害に有用なdsRNA分子の例であって、ここで、T細胞機能を調節または制御、例えば阻害する分子がPD-1であるものを下に提供する。
下記表16に、DNA配列を表す配列番号配列番号216~263と共に、PDCD1(PD1) RNAi剤の名称(マウスPDCD1遺伝子NM_008798.2におけるそれらの位置由来)を提供する。センス(S)およびアンチセンス(AS)配列の両者を、本表では19merおよび21mer配列として提供する。位置(PoS、例えば、176)は、マウスPDCD1遺伝子NM_008798.2における位置番号由来であることに注意すべきである。配列番号を、“センス19”配列番号608~619;;“センス21”配列番号620~631;“アセンス21”配列番号632~643;“アセンス19”配列番号644~655に対応する12群で示す。
Figure 0007084138000074
下記表17に、DNA配列を表す配列番号264~311と共に、PDCD1(PD1)RNAi剤(ヒトPDCD1遺伝子におけるそれらの位置由来)を提供する。センス(S)およびアンチセンス(AS)配列の両者を、本表では19merおよび21mer配列として提供する。配列番号を、“センス19”配列番号“センス19”配列番号656~667;“センス21”配列番号668~679;“アセンス21”配列番号680~691;“アセンス19”配列番号692~703に対応する12群で示す。
Figure 0007084138000075
ある態様において、阻害シグナルの阻害剤は、例えば、阻害分子と結合する抗体または抗体フラグメントであり得る。例えば、薬剤は、PD1、PD-L1、PD-L2またはCTLA4に結合する抗体または抗体フラグメントであり得る(例えば、イピリムマブ(MDX-010およびMDX-101とも称し、ヤーボイ(登録商標)として市販;Bristol-Myers Squibb;トレメリムマブ(Pfizerから入手可能なIgG2モノクローナル抗体、以前はチシリムマブ、CP-675,206として既知。))。ある態様において、ある態様において、薬剤は、TIM3に結合する抗体または抗体フラグメントである。ある態様において、薬剤は、LAG3に結合する抗体または抗体フラグメントである。ある態様において、CAR発現細胞の活性を増強する薬剤、例えば、阻害分子の阻害剤を、同種異系CAR、例えば、同種異系ここに記載するCARと組み合わせて投与する(例えば、ここでの同種異系CARにおいて記載)。
PD1は、CD28、CTLA-4、ICOSおよびBTLAも含む受容体のCD28ファミリーの阻害性メンバーである。PD1は、活性化B細胞、T細胞および骨髄細胞に発現される(Agata et al. 1996 Int. Immunol 8:765-75)。PD1に対する2リガンド、PD-L1およびPD-L2は、PD1への結合によりT細胞活性化を下方制御することが示されている(Freeman et al. 2000 J Exp Med 192:1027-34; Latchman et al. 2001 Nat Immunol 2:261-8; Carter et al. 2002 Eur J Immunol 32:634-43)。PD-L1は、ヒト癌において豊富である(Dong et al. 2003 J Mol Med 81:281-7; Blank et al. 2005 Cancer Immunol. Immunother 54:307-314; Konishi et al. 2004 Clin Cancer Res 10:5094)。免疫抑制は、PD1とPD-L1の局所相互作用の阻害により逆転できる。
PD1、PD-L1およびPD-L2の抗体、抗体フラグメントおよび他の阻害剤は当分野で入手可能であり、本発明のCARと組み合わせて使用し得る。例えば、ニボルマブ(BMS-936558またはMDX1106とも称す;Bristol-Myers Squibb)は、PD1を特異的に遮断する完全ヒトIgG4モノクローナル抗体である。PD1に特異的に結合するニボルマブ(クローン5C4)および他のヒトモノクローナル抗体は、US8,008,449号およびWO2006/121168号に開示されている。ピディリズマブ(CT-011;Cure Tech)は、PD1に結合するヒト化IgG1kモノクローナル抗体である。ピディリズマブおよび他のヒト化抗PD1モノクローナル抗体は、WO2009/101611号に開示されている。ペンブロリズマブ(以前はランブロリズマブとして知られ、MK03475とも称される;Merck)は、PD1に結合するヒト化IgG4モノクローナル抗体である。ペンブロリズマブおよび他のヒト化抗PD1抗体は、US8,354,509号およびWO2009/114335号に開示される。MEDI4736(Medimmune)は、PDL1と結合し、リガンドとPD1の相互作用を阻害するヒトモノクローナル抗体である。MDPL3280A(Genentech/Roche)は、PD-L1に結合するヒトFc最適化IgG1モノクローナル抗体である。PD-L1に対するMDPL3280Aおよび他のヒトモノクローナル抗体は、米国特許7,943,743号およびU.S公開20120039906号に記載されている。他の抗PD-L1結合剤は、YW243.55.S70(重鎖および軽鎖可変領域は、WO2010/077634号の配列番号20および21に示される)およびMDX-1 105(別名BMS-936559および例えば、WO2007/005874号に開示される抗PD-L1結合剤)である。AMP-224(B7-DCIg;Amplimmune;例えば、WO2010/027827号およびWO2011/066342号に開示)は、PD1とB7-H1の相互作用を遮断するPD-L2 Fc融合可溶性受容体である。他の抗PD1抗体は、とりわけ、AMP 514(Amplimmune)、例えば、US8,609,089号、US2010028330号および/またはUS20120114649号に開示の抗PD1抗体を含む。
ある態様において、抗PD-1抗体またはそのフラグメントは、引用によりその全体を本明細書に包含させる、“PD-1に対する抗体分子およびその使用”なる名称のUS2015/0210769号に記載のような抗PD-1抗体分子である。ある態様において、抗PD-1抗体分子は、BAP049-hum01、BAP049-hum02、BAP049-hum03、BAP049-hum04、BAP049-hum05、BAP049-hum06、BAP049-hum07、BAP049-hum08、BAP049-hum09、BAP049-hum10、BAP049-hum11、BAP049-hum12、BAP049-hum13、BAP049-hum14、BAP049-hum15、BAP049-hum16、BAP049-Clone-A、BAP049-Clone-B、BAP049-Clone-C、BAP049-Clone-DまたはBAP049-Clone-Eのいずれかから選択される抗体からの重鎖および軽鎖可変領域の少なくとも1、2、3、4、5または6CDR(または集合的にCDR全部);またはUS2015/0210769号の表1に記載されるまたは表1におけるヌクレオチド配列によりコード化されるまたは前記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、少なくとも80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%、99%またはそれ以上同一)である配列;または密接に関係するCDR、例えば、少なくとも1アミノ酸改変を有するが、改変(例えば、置換、欠失または挿入、例えば、保存的置換)が2、3または4を超えないCDRを含む。
さらに他の態様において、抗PD-1抗体分子は、ここに記載する抗体、例えば、BAP049-hum01、BAP049-hum02、BAP049-hum03、BAP049-hum04、BAP049-hum05、BAP049-hum06、BAP049-hum07、BAP049-hum08、BAP049-hum09、BAP049-hum10、BAP049-hum11、BAP049-hum12、BAP049-hum13、BAP049-hum14、BAP049-hum15、BAP049-hum16、BAP049-Clone-A、BAP049-Clone-B、BAP049-Clone-C、BAP049-Clone-DまたはBAP049-Clone-Eのいずれかから選択される抗体の少なくとも1、2、3または4可変領域;またはUS2015/0210769号の表1に記載されるまたは表1におけるヌクレオチド配列によりコード化されるような;または前記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、少なくとも80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%、99%またはそれ以上同一)である配列を含む。
TIM3(T細胞免疫グロブリン-3)も、特にIFN-g分泌CD4 Tヘルパー1およびCD8 T細胞毒性1細胞において、T細胞機能を負に制御し、T細胞疲弊に重要な役割を有する。TIM3とそのリガンド、例えば、ガレクチン-9(Gal9)、ホスファチジルセリン(PS)およびHMGB1の相互作用の阻害は免疫応答を高め得る。TIM3およびそのリガンドの抗体、抗体フラグメントおよび他の阻害剤は当分野で利用可能であり、ここに記載するCD19 CARと組み合わせて使用し得る。例えば、TIM3を標的とする抗体、抗体フラグメント、小分子またはペプチド阻害剤は、そのリガンドとの相互作用を阻害するためにTIM3のIgVドメインに結合する。TIM3を阻害する抗体およびペプチドは、WO2013/006490号およびUS20100247521号に開示されている。他の抗TIM3抗体は、RMT3-23のヒト化バージョン(Ngiow et al., 2011, Cancer Res, 71:3540-3551に開示)およびクローン8B.2C12(Monney et al., 2002, Nature, 415:536-541に開示)を含む。TIM3およびPD-1を阻害する二特異性抗体はUS20130156774号に開示されている。
ある態様において、抗TIM3抗体またはそのフラグメントは、引用によりその全体を本明細書に包含させる、“TIM3に対する抗体分子およびその使用”なる名称のUS2015/0218274号に記載のような抗TIM3抗体である。ある態様において、抗TIM3抗体分子は、ABTIM3、ABTIM3-hum01、ABTIM3-hum02、ABTIM3-hum03、ABTIM3-hum04、ABTIM3-hum05、ABTIM3-hum06、ABTIM3-hum07、ABTIM3-hum08、ABTIM3-hum09、ABTIM3-hum10、ABTIM3-hum11、ABTIM3-hum12、ABTIM3-hum13、ABTIM3-hum14、ABTIM3-hum15、ABTIM3-hum16、ABTIM3-hum17、ABTIM3-hum18、ABTIM3-hum19、ABTIM3-hum20、ABTIM3-hum21、ABTIM3-hum22、ABTIM3-hum23のいずれかから選択される抗体からの重鎖および軽鎖可変領域の少なくとも1、2、3、4、5または6CDR(または集合的にCDR全部);またはUS2015/0218274号の表1~4に記載されるような;または表1~4のヌクレオチド配列によりコード化される;または前記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、少なくとも80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%、99%またはそれ以上同一)である配列または密接に関係するCDR、例えば、少なくとも1アミノ酸改変を有するが、改変(例えば、置換、欠失または挿入、例えば、保存的置換)が2、3または4を超えないCDRを含む。
さらに他の態様において、抗TIM3抗体分子は、ここに記載する抗体、例えば、ABTIM3、ABTIM3-hum01、ABTIM3-hum02、ABTIM3-hum03、ABTIM3-hum04、ABTIM3-hum05、ABTIM3-hum06、ABTIM3-hum07、ABTIM3-hum08、ABTIM3-hum09、ABTIM3-hum10、ABTIM3-hum11、ABTIM3-hum12、ABTIM3-hum13、ABTIM3-hum14、ABTIM3-hum15、ABTIM3-hum16、ABTIM3-hum17、ABTIM3-hum18、ABTIM3-hum19、ABTIM3-hum20、ABTIM3-hum21、ABTIM3-hum22、ABTIM3-hum23のいずれかから選択される抗体の少なくとも1、2、3または4可変領域;またはUS2015/0218274号の表1~4に記載のような;または表1~4のヌクレオチド配列によりコード化される;または前記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、少なくとも80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%、99%またはそれ以上同一)である配列を含む。
他の態様において、CAR発現細胞の活性を増強する薬剤は、CEACAM阻害剤(例えば、CEACAM-1、CEACAM-3および/またはCEACAM-5阻害剤)である。ある態様において、CEACAMの阻害剤は、抗CEACAM抗体分子である。抗CEACAM-1抗体の例は、WO2010/125571号、WO2013/082366号、WO2014/059251およびWO2014/022332号に開示され、例えば、モノクローナル抗体34B1、26H7および5F4;または例えば、US2004/0047858号、US7,132,255号およびWO99/052552号に開示のようなその組み換え形態である。他の態様において、抗CEACAM抗体は、例えば、Zheng et al. PLoS One. 2010 Sep 2;5(9). pii: e12529 (DOI:10:1371/journal.pone.0021146)に記載のようにCEACAM-5と結合するかまたは例えば、WO2013/054331号およびUS2014/0271618号に記載のようにCEACAM-1およびCEACAM-5と交差反応する。
理論に縛られることを望まないが、CEACAM-1およびCEACAM-5のような癌胎児性抗原細胞接着分子(CEACAM)は、少なくとも一部、抗腫瘍免疫応答の阻害を仲介すると考えられる(例えば、Markel et al. J Immunol. 2002 Mar 15;168(6):2803-10; Markel et al. J Immunol. 2006 Nov 1;177(9):6062-71; Markel et al. Immunology. 2009 Feb;126(2):186-200; Markel et al. Cancer Immunol Immunother. 2010 Feb;59(2):215-30; Ortenberg et al. Mol Cancer Ther. 2012 Jun;11(6):1300-10; Stern et al. J Immunol. 2005 Jun 1;174(11):6692-701; Zheng et al. PLoS One. 2010 Sep 2;5(9). pii: e12529参照)。例えば、CEACAM-1は、TIM-3のヘテロ親和性リガンドとして、そしてTIM-3介在T細胞耐容性および疲弊に役割を有するとしてが記載されている(例えば、WO2014/022332号;Huang, et al. (2014) Nature doi:10.1038/nature13848)。ある態様において、CEACAM-1およびTIM-3の共遮断が、異種移植結腸直腸癌モデルにおいて抗腫瘍免疫応答を増強することが示されている(例えば、WO2014/022332号;Huang, et al. (2014), supra参照)。他の態様において、CEACAM-1およびPD-1の共遮断は、例えば、WO2014/059251号に記載されるようにT細胞耐容性を減少させる。それゆえに、CEACAM阻害剤を、ここに記載する他の免疫調節剤(例えば、抗PD-1および/または抗TIM-3阻害剤)と使用して、癌、例えば、黒色腫、肺癌(例えば、NSCLC)、膀胱癌、結腸癌、卵巣癌およびここに記載の他の癌に対する免疫応答を増強させ得る。
LAG-3(リンパ球活性化遺伝子-3またはCD223)は、CD8 T細胞疲弊に役割を有することが示されている、活性化T細胞およびB細胞に発現される細胞表面分子である。LAG-3およびそのリガンドの抗体、抗体フラグメントおよび他の阻害剤は当分野で入手可能であり、ここに記載するCD19 CARと組み合わせて使用し得る。例えば、BMS-986016(Bristol-Myers Squib)は、LAG3を標的とするモノクローナル抗体である。IMP701(Immutep)は、アンタゴニストLAG-3抗体であり、IMP731(ImmutepおよびGlaxoSmithKline)は枯渇性LAG-3抗体である。他のLAG-3阻害剤は、LAG3の可溶性部分とMHCクラスII分子のIgの組み換え融合タンパク質であり、抗原提示細胞(APC)を活性化するIMP321(Immutep)である。他の抗体は、例えば、WO2010/019570号に開示されている。
ある態様において、CAR発現細胞の活性を増強する薬剤は、例えば、第一ドメインおよび第二ドメインを含む融合タンパク質であってよく、ここで、第一ドメインは阻害分子またはそのフラグメントであり、第二ドメインは陽性シグナルと関係するポリペプチド、例えば、ここに記載の細胞内シグナル伝達ドメインを含むポリペプチドである。ある態様において、陽性シグナルと結合するポリペプチドは、CD28、CD27、ICOSの共刺激ドメイン、例えば、CD28、CD27および/またはICOSの細胞内シグナル伝達ドメインおよび/または例えば、ここに記載する、例えば、CD3ゼータの一次シグナル伝達ドメインを含み得る。ある態様において、融合タンパク質は、CARを発現するのと同じ細胞により発現される。他の態様において、融合タンパク質は、CD123 CARを発現しない細胞、例えば、T細胞により発現される。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞の活性を増強する薬剤はmiR-17-92である。
ある態様において、ここに記載するCARの活性を増強する薬剤はサイトカインである。サイトカインは、T細胞増殖、分化、生存および恒常性に関連する重要な機能を有する。ここに記載するCAR発現細胞を受ける対象に投与できるサイトカインは、IL-2、IL-4、IL-7、IL-9、IL-15、IL-18およびIL-21またはこれらの組み合わせを含む。好ましい態様において、投与するサイトカインはIL-7、IL-15またはIL-21またはこれらの組み合わせである。サイトカインを、1日1回または1日1回以上、例えば、1日2回、1日3回または1日4回投与できる。サイトカインを、1日以上投与でき、例えば、サイトカインを2日、3日、4日、5日、6日、1週間、2週間、3週間または4週間投与する。例えば、サイトカインを1日1回、7日間投与する。
ある態様において、サイトカインをCAR発現T細胞と組み合わせて投与する。サイトカインを、CAR発現T細胞と同時にまたは一緒に投与でき、例えば、同じ日に投与する。サイトカインをCAR発現T細胞と同じ医薬組成物に製剤しても、別の医薬組成物に製剤してもよい。あるいは、サイトカインを、CAR発現T細胞の投与後間もなく、例えば、CAR発現T細胞投与1日、2日、3日、4日、5日、6日または7日後に投与してよい。サイトカインを1日を超える投薬レジメンで投与する態様において、サイトカイン投薬レジメンの1日目はCAR発現T細胞の投与と同じ日でよくまたはサイトカイン投薬レジメンの1日目は、CAR発現T細胞の投与1日、2日、3日、4日、5日、6日または7日後であってよい。ある態様において、1日目に、CAR発現T細胞を対象に投与し、2日目に、サイトカインを1日1回、翌7日間投与する。好ましい態様において、CAR発現T細胞と組み合わせて投与するサイトカインはIL-7、IL-15またはIL-21である。
他の態様において、サイトカインを、CAR発現細胞の投与から一定期間後、例えば、CAR発現細胞の投与から少なくとも2週間、3週間、4週間、6週間、8週間、10週間、12週間、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、10ヶ月、11ヶ月または1年またはそれ以上の後に投与する。ある態様において、サイトカインを、CAR発現細胞に対する対象の応答の評価後に投与する。例えば、対象にここに記載する用量およびレジメンに従い、CAR発現細胞を投与する。CAR発現細胞治療に対する対象の応答を、腫瘍増殖阻止、循環腫瘍細胞減少または腫瘍退縮を含む、ここに記載する方法のいずれかを使用して、CAR発現細胞の投与2週間、3週間、4週間、6週間、8週間、10週間、12週間、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、10ヶ月、11ヶ月または1年またはそれ以上後に評価する。CAR発現細胞治療に対して十分な応答を示さない対象にサイトカインを投与し得る。CAR発現細胞治療に対して応答が最適以下である対象へのサイトカインの投与は、CAR発現細胞有効性または抗癌活性を改善する。好ましい態様において、CAR発現細胞の投与後に投与するサイトカインはIL-7である。
CD19阻害剤との組み合わせ
ここに開示する方法および組成物をCD19阻害剤と組み合わせて使用できる。ある態様において、CD123CAR含有細胞およびCD19阻害剤(例えば、CD19と結合するCAR分子、例えば、ここに記載するCD19と結合するCAR分子を発現する1以上の細胞)を、同時にまたは一緒にまたは逐次的に投与する。
ある態様において、CD123CAR含有細胞およびCD19阻害剤を、対象に同時にまたは一緒に注入し、例えば同じ注入液に混合する。例えば、CD123CAR含有細胞およびCD19CAR含有細胞の集団を一緒に混合する。あるいは、CD123CARおよびCD19CARを共発現する細胞の集団を投与する。他の態様において、同時の投与は、例えば、予定した間隔内(例えば、互いに15分、30分または45分以内)のCD123CAR含有細胞およびCD19阻害剤の別々の投与を含む。
ある態様において、CD123CAR含有細胞の開始およびCD19阻害剤の開始は互いに1時間、2時間、3時間、4時間、6時間、12時間、18時間または24時間以内または互いに1日、2日、3日、4日、5日、10日、15日、20日、25日、30日、35日、40日、60日、80日または100日以内である。ある態様において、CD123CAR含有細胞送達終了およびCD19阻害剤送達終了は互いに1時間、2時間、3時間、4時間、6時間、12時間、18時間または24時間以内または互いに1日、2日、3日、4日、5日、10日、15日、20日、25日、30日、35日、40日、60日、80日または100日以内である。ある態様において、CD123CAR含有細胞送達(例えば、注入)終了とCD19阻害剤送達(例えば、注入)終了の間の重複は少なくとも1分、2分、3分、4分、5分、10分、15分、20分、25分、30分である。ある態様において、CD19阻害剤をCD123CAR含有細胞の前に投与する。他の態様において、CD123CAR含有細胞をCD19阻害剤の前に投与する。
ある態様において、CD123CAR含有細胞を、CD19阻害剤(例えば、CD19CAR分子を発現する1以上の細胞)が対象に存在している間(例えば、増殖中の細胞)投与する。他の態様において、CD19阻害剤(例えば、CD19CAR分子を発現する1以上の細胞)を、CD123CAR含有細胞が対象に存在している間(例えば、増殖中の細胞)投与する。
CD19阻害剤は、CD19 CAR発現細胞、例えば、CD19 CART細胞または抗CD19抗体(例えば、抗CD19単または二重特異性抗体)またはそのフラグメントまたはコンジュゲートを含むが、これらに限定されない。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、CD19 CAR細胞(例えば、CART細胞)(例えば、引用により本明細書に包含させるWO2012/079000号に記載のような、例えば、CTL019)と組み合わせて対象に投与する。
他の態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、引用により本明細書に包含させるWO2014/153270号(例えば、WO2014/153270号の表3)に記載のようなヒト化抗原結合ドメインを含むCD19 CAR細胞(例えば、CART細胞と組み合わせて対象に投与する。
CD19阻害剤(例えば、第一CD19 CAR発現細胞)および第二CD123 CAR発現細胞は、同じ細胞型または異なる細胞型により発現され得る。例えば、ある態様において、CD19 CARを発現する細胞はCD4 T細胞であり、CD123 CARを発現する細胞はCD8 T細胞であるかまたはCD19 CARを発現する細胞はCD8 T細胞であり、CD123 CARを発現する細胞はCD4 T細胞である。他の態様において、CD19 CARを発現する細胞はT細胞であり、CD123 CARを発現する細胞はNK細胞であるかまたはCD19 CARを発現する細胞はNK細胞であり、CD123 CARを発現する細胞はT細胞である。他の態様において、CD19 CARを発現する細胞およびCD123 CARを発現する細胞は両者ともNK細胞であるかまたは両者ともT細胞、例えば、両者ともCD4 T細胞または両者ともCD8 T細胞である。さらに他の態様において、単一細胞がCD19 CARおよびCD123 CARを発現し、この細胞は、例えば、NK細胞またはCD4 T細胞もしくはCD8 T細胞のようなT細胞である。
第一CARおよび第二CARは同一または異なる細胞内シグナル伝達ドメインを含み得る。例えば、ある態様において、CD19 CARはCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含み、CD123 CARは共刺激性ドメイン、例えば、41BB、CD27またはCD28共刺激性ドメインを含むか、ある態様において、CD19 CARは共刺激性ドメイン、例えば、41BB、CD27またはCD28共刺激性ドメインを含み、CD123 CARはCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。他の態様において、CD19 CARおよびCD123 CARの各々は、同じタイプの一次シグナル伝達ドメイン、例えば、CD3ゼータシグナル伝達ドメインを含むが、CD19 CARおよびCD123 CARは異なる共刺激性ドメインを含み、例えば、(1)CD19 CARは41BB共刺激性ドメインを含み、CD123 CARは異なる共刺激性ドメイン、例えば、CD27共刺激性ドメインを含む、(2)CD19 CARはCD27共刺激性ドメインを含み、CD123 CARは異なる共刺激性ドメイン、例えば、41BB共刺激性ドメインを含む、(3)CD19 CARは41BB共刺激性ドメインを含み、CD123 CARはCD28共刺激性ドメインを含む、(4)CD19 CARはCD28共刺激性ドメインを含むおよびCD123 CARは異なる共刺激性ドメイン、例えば、41BB共刺激性ドメインを含む、(5)CD19 CARはCD27共刺激性ドメインを含み、CD123 CARはCD28共刺激性ドメインを含むまたは(6)CD19 CARはCD28共刺激性ドメインを含み、CD123 CARはCD27共刺激性ドメインを含む。他の態様において、細胞は、CD19抗原結合ドメインおよびCD123抗原結合ドメインの両者を含むCAR、例えば、二重特異性抗体を含む。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、CD19 CART細胞(例えば、引用により本明細書に包含するWO2012/079000号に記載のような、例えば、CTL019)と組み合わせて対象に投与する。ある態様において、対象は急性骨髄性白血病(AML)、例えば、CD19陽性AMLまたはCD19陰性AMLを有する。ある態様において、対象は、CD19リンパ腫、例えば、CD19非ホジキンリンパ腫(NHL)、CD19 FLまたはCD19 DLBCLを有する。ある態様において、対象は再発性または難治性CD19リンパ腫を有する。ある態様において、リンパ球枯渇性化学療法剤を、CD19 CART細胞の投与前、同時または後に投与(例えば、注入)する。一例において、リンパ球枯渇性化学療法剤を、CD19 CART細胞の投与前に対象に投与する。例えば、リンパ球枯渇性化学療法剤は、CD19 CART細胞注入1~4日(例えば1日、2日、3日または4日)前に終わる。ある態様において、複数用量のCD19 CART細胞を、例えば、ここに記載するように、投与する。例えば、単一用量は、約5×10 CD19 CART細胞を含む。ある態様において、リンパ球枯渇性化学療法剤を、ここに記載するCAR発現細胞、例えば、非CD19 CAR発現細胞の投与(例えば、注入)前、同時または後に対象に投与する。ある態様において、CD19 CARTを、非CD19 CAR発現細胞、例えば、ここに記載する非CD19 CAR発現細胞の投与(例えば、注入)前、同時または後に対象に投与する。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、CD123の発現と関係する疾患、例えば、ここに記載する癌の処置のために、CD19 CAR発現細胞、例えば、引用により本明細書に包含させるWO2012/079000号に記載のような、例えば、CTL019と組み合わせて対象に投与する。理論に縛られないが、CAR発現細胞と組み合わせたCD19 CAR発現細胞の投与は、初期細胞系譜癌細胞、例えば、癌幹細胞を標的とすることにより、免疫応答を調節することにより、制御性B細胞を枯渇することによりおよび/または腫瘍微小環境を改善することにより、ここに記載するCAR発現細胞の効果を改善すると考えられる。例えば、CD19 CAR発現細胞は、初期細胞系譜マーカー、例えば、癌幹細胞およびCD19発現細胞を発現する癌細胞を標的とするのに対し、ここに記載するCAR発現細胞は、後期細胞系譜マーカー、例えば、CD123を発現する癌細胞を標的とする。この前処理アプローチは、ここに記載するCAR発現細胞の効果を改善できる。このプレコンディショニングアプローチは、ここに記載するCAR発現細胞の効力を改善できる。このような態様において、CD19 CAR発現細胞を、ここに記載するCAR発現細胞の投与(例えば、注入)前、同時または後に投与する。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞は、CD19を標的とするCAR、例えば、CD19 CARも発現する。ある態様において、ここに記載するCARを発現する細胞およびCD19 CARを、ここに記載する癌、例えば、AMLの処置ために対象に投与する。ある態様において、一方または両方のCAR分子の配置は、初代細胞内シグナル伝達ドメインおよび共刺激性シグナル伝達ドメインを含む。他の態様において、一方または両方のCAR分子の配置は、初代細胞内シグナル伝達ドメインおよび2以上、例えば、2、3、4または5またはそれ以上の共刺激性シグナル伝達ドメインを含む。このような態様において、ここに記載するCAR分子およびCD19 CARは、同一または異なる初代細胞内シグナル伝達ドメイン、同一または異なる共刺激性シグナル伝達ドメインまたは同数または異なる数の共刺激性シグナル伝達ドメインを有し得る。あるいは、ここに記載するCARおよびCD19 CARは、スプリットCARとして配置され、そこで、CAR分子の一方は抗原結合ドメインおよび共刺激ドメイン(例えば、4-1BB)を含み、他のCAR分子は抗原結合ドメインおよび初代細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、CD3ゼータ)を含む。
ある態様において、ここに記載するCARおよび第二CAR、例えば、CD19 CARは、同じベクターにあるかまたは2つの異なるベクターにある。ここに記載するCARおよび第二CAR、例えば、CD19 CARが同じベクターにある態様において、ここに記載するCARおよび第二CAR、例えば、CD19 CARをコードする核酸配列は同じフレーム内であり、1以上のペプチド開裂部位、例えば、P2Aにより分離される。
他の態様において、ここに開示するCAR発現細胞を、抗CD19抗体阻害剤と組み合わせて投与する。ある態様において、抗CD19抗体は、引用により本明細書に包含させるWO2014/153270号(例えば、WO2014/153270号の表3)に記載のヒト化抗原結合ドメインまたはそのコンジュゲートである。他の例示的抗CD19抗体またはフラグメントまたはそのコンジュゲートは、ブリナツモマブ、SAR3419(Sanofi)、MEDI-551(MedImmune LLC)、Combotox、DT2219ARL(Masonic Cancer Center)、MOR-208(別名XmAb-5574;MorphoSys)、XmAb-5871(Xencor)、MDX-1342(Bristol-Myers Squibb)、SGN-CD19A(Seattle Genetics)およびAFM11(Affimed Therapeutics)を含むが、これらに限定されない。例えば、Hammer. MAbs. 4.5(2012): 571-77参照。ブリナツモマブは、2つのscFvを含む二重特異性抗体である - CD19に結合するものおよびCD3に結合するもの。ブリナツモマブはT細胞を指向し、癌細胞を攻撃する。例えば、Hammer et al.; Clinical Trial Identifier No. NCT00274742およびNCT01209286参照。MEDI-551は、増強した抗体依存性細胞介在細胞毒性(ADCC)を有するように操作されたFcを有するヒト化抗CD19抗体wである。例えば、Hammer et al.; and Clinical Trial Identifier No. NCT01957579参照。Combotoxは、CD19およびCD22に結合する免疫毒素の混合物である。免疫毒素は、脱グリコシル化リシンA鎖に融合したscFv抗体フラグメントからなる。例えば、 Hammer et al.; およびHerrera et al. J. Pediatr. Hematol. Oncol. 31.12(2009):936-41; Schindler et al. Br. J. Haematol. 154.4(2011):471-6参照。DT2219ARLは、CD19およびCD22を標的化し、2scFvsおよび切断型ジフテリア毒素を含む、二重特異性免疫毒素である。例えば、Hammer et al.;およびClinical Trial Identifier No. NCT00889408参照。SGN-CD19Aは、合成細胞毒性細胞致死剤、モノメチルオーリスタチンF(MMAF)と連結した抗CD19ヒト化モノクローナル抗体からなる抗体-薬物コンジュゲート(ADC)である。例えば、Hammer et al.;およびClinical Trial Identifier Nos. NCT01786096 and NCT01786135参照。SAR3419は、開裂可能リンカーによりメイタンシン誘導体にコンジュゲートした抗CD19ヒト化モノクローナル抗体を含む抗CD19抗体-薬物コンジュゲート(ADC)である。例えば、Younes et al. J. Clin. Oncol. 30.2(2012): 2776-82; Hammer et al.; Clinical Trial Identifier No. NCT00549185;およびBlanc et al. Clin Cancer Res. 2011;17:6448-58参照。XmAb-5871は、Fc操作、ヒト化抗CD19抗体である。例えば、Hammer et al.参照。MDX-1342は、ADCCが増強されたヒトFc操作抗CD19抗体である。例えば、Hammer et al.参照。ある態様において、抗体分子は、二重特異性抗CD19および抗CD3分子である。例えば、AFM11は、CD19およびCD3を標的とする二重特異性抗体である。例えば、Hammer et al.;およびClinical Trial Identifier No. NCT02106091参照。ある態様において、ここに記載する抗CD19抗体を、治療剤、例えば、化学療法剤、ペプチドワクチン(例えばIzumoto et al. 2008 J Neurosurg 108:963-971に記載のもの)、免疫抑制剤または免疫除去剤、例えば、シクロスポリン、アザチオプリン、メトトレキサート、ミコフェノール酸、FK506、CAMPATH、抗CD3抗体、cytoxin、フルダラビン、ラパマイシン、ミコフェノール酸、ステロイド、FR901228またはサイトカインとコンジュゲートまたは他の方法で結合させる。
低用量のmTOR阻害剤との組み合わせ
ここに記載する方法は、低い免疫増強用量のmTOR阻害剤、例えば、RAD001のようなラパログを含むアロステリックmTOR阻害剤を使用する。低い免疫増強用量のmTOR阻害剤の投与(例えば、それ自体、免疫系を完全に抑制するには不十分であるが、免疫機能の改善に十分である用量)は、対象における免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはCAR発現細胞の性能を最適化できる。mTOR阻害を測定する方法、用量、処置レジメンおよび適当な医薬組成物は、引用により本明細書に包含させる米国特許出願2015/01240036号に記載される。
ある態様において、低い免疫増強用量のmTOR阻害剤の投与は、次の1以上をもたらし得る。
i)PD-1陽性免疫エフェクター細胞の数の減少;
ii)PD-1陰性免疫エフェクター細胞の数の増加;
iii)PD-1陰性免疫エフェクター細胞/PD-1陽性免疫エフェクター細胞比の増加;
iv)ナイーブT細胞の数の増加;
v)1以上の次のマーカーの発現の増加:例えば、記憶T細胞、例えば、記憶T細胞前駆体の、CD62L、CD127、CD27およびBCL2;
vi)例えば、記憶T細胞、例えば、記憶T細胞前駆体の、KLRG1の発現減少;または
vii)次の特徴のいずれか一つまたは組み合わせを有する記憶T細胞前駆体、例えば、細胞の数の増加:増加したCD62L、増加したCD127、増加したCD27、減少したKLRG1および増加したBCL2;
ここで、前記、例えば、i)、ii)、iii)、iv)、v)、vi)またはvii)のいずれかは、例えば、非処置対象と比較して、例えば、少なくとも一過性に生じる。
他の態様において、低い免疫増強用量のmTOR阻害剤の投与は、例えば、非処置CAR発現細胞または非処置対象と比較して、例えば、培養または対象における、CAR発現細胞の増殖の増加もしくは延長または持続をもたらす。ある態様において、増殖の増加または持続は、CAR発現細胞の数の増加と関係する。増殖の増加または持続を測定する方法は、実施例9および10に記載する。他の態様において、低い免疫増強用量のmTOR阻害剤の投与は、例えば、非処置CAR発現細胞または非処置対象と比較して、例えば、培養または対象における、CAR発現細胞による癌細胞死を増加させる。ある態様において、癌細胞死増加は、腫瘍体積減少と相関する。癌細胞死増加を測定する方は実施例2に記載する。
ある態様において、CAR分子、例えば、ここに記載するCAR分子を発現する細胞を、低い免疫増強用量のmTOR阻害剤、例えば、アロステリックmTOR阻害剤、例えば、RAD001または触媒的mTOR阻害剤と組み合わせて投与する。例えば、低い免疫増強用量のmTOR阻害剤の投与は、ここに記載するCAR発現細胞の投与前に解しでき;ここに記載するCAR発現細胞の投与前に終了でき;ここに記載するCAR発現細胞の投与と同時に介しでき;ここに記載するCAR発現細胞の投与と重複でき;またはここに記載するCAR発現細胞の投与後継続できる。
これとは別にまたはこれに加えて、低い免疫増強用量のmTOR阻害剤の投与は、ここに記載するCAR分子を発現するよう操作した免疫エフェクター細胞を最適化できる。このような態様において、低い免疫増強用量のmTOR阻害剤、例えば、アロステリック阻害剤、例えば、RAD001または触媒的阻害剤の投与を、ここに記載するCAR分子を発現するように操作する免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞の対象からの採取前に開始または完了する。
他の態様において、ここに記載するCAR分子を発現するように操作する免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞は、例えば、対象から採取後またはCAR発現免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞またはNK細胞の、例えば、対象への投与前、低い免疫増強用量のmTOR阻害剤存在下で培養できる。
ある態様において、対象への低い免疫増強用量のmTOR阻害剤の投与は、例えば、週に1回、例えば、即時放出剤形で、0.1~20mg、0.5~10mg、2.5~7.5mg、3~6mgまたは約5mgのRAD001またはそれと生物学的同等用量で投与することを含む。ある態様において、対象への低い免疫増強用量のmTOR阻害剤の投与は、例えば、週に1回、例えば、持続放出性剤形で、0.3~60mg、1.5~30mg、7.5~22.5mg、9~18mgまたは約15mgのRAD001またはそれと生物学的同等用量の投与を含む。
ある態様において、mTOR阻害剤の用量は、少なくとも5%であるが、90%を超えない、少なくとも10%であるが、90%を超えない、少なくとも15%であるが、90%を超えない、少なくとも20%であるが、90%を超えない、少なくとも30%であるが、90%を超えない、少なくとも40%であるが、90%を超えない、少なくとも少なくとも50%であるが、90%を超えない、少なくとも60%であるが、90%を超えない、少なくとも少なくとも70%であるが、90%を超えない、少なくとも5%であるが、80%を超えない、少なくとも10%であるが、80%を超えない、少なくとも15%であるが、80%を超えない、少なくとも20%であるが、80%を超えない、少なくとも30%であるが、80%を超えない、少なくとも40%であるが、80%を超えない、少なくとも50%であるが、80%を超えない、少なくとも60%であるが、80%を超えない、少なくとも5%であるが、70%を超えない、少なくとも10%であるが、70%を超えない、少なくとも15%であるが、70%を超えない、少なくとも20%であるが、70%を超えない、少なくとも30%であるが、70%を超えない、少なくとも40%であるが、70%を超えない、少なくとも50%であるが、70%を超えない、少なくとも5%であるが、60%を超えない、少なくとも10%であるが、60%を超えない、少なくとも15%であるが、60%を超えない、少なくとも20%であるが、60%を超えない、少なくとも30%であるが、60%を超えない、少なくとも40%であるが、60%を超えない、少なくとも5%であるが、50%を超えない、少なくとも10%であるが、50%を超えない、少なくとも15%であるが、50%を超えない、少なくとも20%であるが、50%を超えない、少なくとも30%であるが、50%を超えない、少なくとも40%であるが、50%を超えない、少なくとも5%であるが、40%を超えない、少なくとも10%であるが、40%を超えない、少なくとも15%であるが、40%を超えない、少なくとも20%であるが、40%を超えない、少なくとも30%であるが、40%を超えない、少なくとも35%であるが、40%を超えない、少なくとも5%であるが、30%を超えない、少なくとも10%であるが、30%を超えない、少なくとも15%であるが、30%を超えない、少なくとも20%であるが、30%を超えないまたは少なくとも25%であるが、30%を超えないmTOR阻害と関係するまたは提供する。
mTOR阻害の程度は、P70 S6キナーゼ阻害の程度により伝達または対応されえて、例えば、mTOR阻害の程度は、P70 S6キナーゼ活性における低下レベルにより、例えば、P70 S6キナーゼ基質のリン酸化の減少により決定できる。mTOR阻害のレベルは、引用により本明細書に包含させる米国特許出願2015/01240036号にまたは引用により本明細書に包含させる米国特許7,727,950号に記載のようなBoulayアッセイによるP70 S6キナーゼ活性の測定;ウェスタンブロットによるリン酸化S6レベルの測定;またはPD1陰性免疫エフェクター細胞対PD1陽性免疫エフェクター細胞比の変化の評価のような種々の方法により評価できる。
ここで使用する用語“mTOR阻害剤”は、細胞におけるmTORキナーゼを阻害する、化合物またはリガンドまたはその薬学的に許容される塩をいう。ある態様において、mTOR阻害剤は、アロステリック阻害剤である。アロステリックmTOR阻害剤は、中性三環式化合物ラパマイシン(シロリムス)、例えば、ラパマイシン誘導体、ラパマイシンアナログ(ラパログとも称する)およびmTOR活性を阻害する他のマクロライド化合物を含む、ラパマイシンと構造的および機能的類似性を有する化合物であるラパマイシン関連化合物を含む。ある態様において、mTOR阻害剤は、触媒的阻害剤である。
ラパマイシンは、式Aに示す構造を有する、ストレプトミセス・ハイグロスコピクスにより産生されるマクロライド抗生物質である。
Figure 0007084138000076
例えば、McAlpine, J.B., et al., J. Antibiotics (1991) 44: 688; Schreiber, S.L., et al., J. Am. Chem. Soc. (1991) 113: 7433; 米国特許3,929,992号参照。ラパマイシンについて種々のナンバリングスキームが提唱されている。混乱を避けるため、特定のラパマイシンアナログをここで命名するとき、名称は、式Aのナンバリングスキームを使用したラパマイシンを参照して付与する。
本発明において有用なラパマイシンアナログは、例えば、本発明において有用なラパマイシンアナログは、例えば、ラパマイシンのシクロヘキシル環上のヒドロキシ基がOR(ここで、Rはヒドロキシアルキル、ヒドロキシアルコキシアルキル、アシルアミノアルキルまたはアミノアルキルである)で置き換えられているO-置換アナログ;例えば引用により本明細書に包含させる、US5,665,772号およびWO94/09010号に記載のような、エベロリムスとして知られるRAD001である。他の適当なラパマイシンアナログは、26位または28位が置換されたものを含む。ラパマイシンアナログは、例えば、内容を引用により本明細書に包含させるUS6,015,815号、WO95/14023号およびWO99/15530号に記載のような、上記アナログのエピマー、特に40位、28位または26位が置換され、場合によりさらに水素化されていてよいアナログのエピマーであってよく、例えばゾタロリムスとしても知られるABT578またはその内容を引用により本明細書に包含させるUS7,091,213号、WO98/02441号およびWO01/14387号に記載のラパマイシンアナログ、例えばリダフォロリムスとしても知られるAP23573である。
US5,665,772号からの、本発明における使用に適するラパマイシンアナログの例は、40-O-ベンジル-ラパマイシン、40-O-(4’-ヒドロキシメチル)ベンジル-ラパマイシン、40-O-[4’-(1,2-ジヒドロキシエチル)]ベンジル-ラパマイシン、40-O-アリル-ラパマイシン、40-O-[3’-(2,2-ジメチル-1,3-ジオキソラン-4(S)-イル)-プロプ-2’-エン-1’-イル]-ラパマイシン、(2’E,4’S)-40-O-(4’,5’-ジヒドロキシペント-2’-エン-1’-イル)-ラパマイシン、40-O-(2-ヒドロキシ)エトキシカルボニルメチル-ラパマイシン、40-O-(2-ヒドロキシ)エチル-ラパマイシン、40-O-(3-ヒドロキシ)プロピル-ラパマイシン、40-O-(6-ヒドロキシ)ヘキシル-ラパマイシン、40-O-[2-(2-ヒドロキシ)エトキシ]エチル-ラパマイシン、40-O-[(3S)-2,2-ジメチルジオキソラン-3-イル]メチル-ラパマイシン、40-O-[(2S)-2,3-ジヒドロキシプロプ-1-イル]-ラパマイシン、40-O-(2-アセトキシ)エチル-ラパマイシン、40-O-(2-ニコチノイルオキシ)エチル-ラパマイシン、40-O-[2-(N-モルホリノ)アセトキシ]エチル-ラパマイシン、40-O-(2-N-イミダゾリルアセトキシ)エチル-ラパマイシン、40-O-[2-(N-メチル-N’-ピペラジニル)アセトキシ]エチル-ラパマイシン、39-O-デスメチル-39,40-O,O-エチレン-ラパマイシン、(26R)-26-ジヒドロ-40-O-(2-ヒドロキシ)エチル-ラパマイシン、40-O-(2-アミノエチル)-ラパマイシン、40-O-(2-アセトアミノエチル)-ラパマイシン、40-O-(2-ニコチンアミドエチル)-ラパマイシン、40-O-(2-(N-メチル-イミダゾ-2’-イルカルベトキサミド)エチル)-ラパマイシン、40-O-(2-エトキシカルボニルアミノエチル)-ラパマイシン、40-O-(2-トリルスルホンアミドエチル)-ラパマイシンおよび40-O-[2-(4’,5’-ジカルボエトキシ-1’,2’,3’-トリアゾール-1’-イル)-エチル]-ラパマイシンを含むが、これらに限定されない。
本発明において有用な他のラパマイシンアナログは、ラパマイシンのシクロヘキシル環上のヒドロキシ基および/または28位のヒドロキシ基がヒドロキシエステル基で置き換えられたアナログが知られ、例えば、USRE44,768号に見られるラパマイシンアナログ、例えばテムシロリムスである。
本発明において有用な他のラパマイシンアナログは、16位のメトキシ基が他の置換基、好ましくは(場合によりヒドロキシ置換)アルキニルオキシ、ベンジル、オルトメトキシベンジルまたはクロロベンジルにより置き換えられているおよび/または39位のメトキシ基が39炭素と共に除去され、ラパマイシンのシクロヘキシル環が39位のメトキシ基を欠くシクロペンチル環になるものを含む;例えばその内容を引用により本明細書に包含するWO95/16691号およびWO96/41807号に記載のような。アナログは、ラパマイシンの40位のヒドロキシがアルキル化されおよび/または32-カルボニルが還元されるようにさらに修飾され得る。
WO95/16691号からのラパマイシンアナログは、16-デメトキシ-16-(ペント-2-イニル)オキシ-ラパマイシン、16-デメトキシ-16-(ブト-2-イニル)オキシ-ラパマイシン、16-デメトキシ-16-(プロパルギル)オキシ-ラパマイシン、16-デメトキシ-16-(4-ヒドロキシ-ブト-2-イニル)オキシ-ラパマイシン、16-デメトキシ-16-ベンジルオキシ-40-O-(2-ヒドロキシエチル)-ラパマイシン、16-デメトキシ-16-ベンジルオキシ-ラパマイシン、16-デメトキシ-16-オルト-メトキシベンジル-ラパマイシン、16-デメトキシ-40-O-(2-メトキシエチル)-16-ペント-2-イニル)オキシ-ラパマイシン、39-デメトキシ-40-デスオキシ-39-ホルミル-42-ノル-ラパマイシン、39-デメトキシ-40-デスオキシ-39-ヒドロキシメチル-42-ノル-ラパマイシン、39-デメトキシ-40-デスオキシ-39-カルボキシ-42-ノル-ラパマイシン、39-デメトキシ-40-デスオキシ-39-(4-メチル-ピペラジン-1-イル)カルボニル-42-ノル-ラパマイシン、39-デメトキシ-40-デスオキシ-39-(モルホリン-4-イル)カルボニル-42-ノル-ラパマイシン、39-デメトキシ-40-デスオキシ-39-[N-メチル、N-(2-ピリジン-2-イル-エチル)]カルバモイル-42-ノル-ラパマイシンおよび39-デメトキシ-40-デスオキシ-39-(p-トルエンスルホニルヒドラゾノメチル)-42-ノル-ラパマイシンを含むが、これらに限定されない。
WO96/41807号からのラパマイシンアナログは、32-デオキソ-ラパマイシン、16-O-ペント-2-イニル-32-デオキソ-ラパマイシン、16-O-ペント-2-イニル-32-デオキソ-40-O-(2-ヒドロキシ-エチル)-ラパマイシン、16-O-ペント-2-イニル-32-(S)-ジヒドロ-40-O-(2-ヒドロキシエチル)-ラパマイシン、32(S)-ジヒドロ-40-O-(2-メトキシ)エチル-ラパマイシンおよび32(S)-ジヒドロ-40-O-(2-ヒドロキシエチル)-ラパマイシンを含むが、これらに限定されない。
他の適当なラパマイシンアナログは、その内容を引用により本明細書に包含させるUS2005/0101624号に記載のようなウミロリムスである。
エベロリムス(アフィニトール(登録商標))としても知られるRAD001は、化学名(1R,9S,12S,15R,16E,18R,19R,21R,23S,24E,26E,28E,30S,32S,35R)-1,18-ジヒドロキシ-12-{(1R)-2-[(1S,3R,4R)-4-(2-ヒドロキシエトキシ)-3-メトキシシクロヘキシル]-1-メチルエチル}-19,30-ジメトキシ-15,17,21,23,29,35-ヘキサメチル-11,36-ジオキサ-4-アザ-トリシクロ[30.3.1.04,9]ヘキサトリアコンタ-16,24,26,28-テトラエン-2,3,10,14,20-ペンタオンを有する。
アロステリックmTOR阻害剤のさらなる例は、シロリムス(ラパマイシン、AY-22989)、40-[3-ヒドロキシ-2-(ヒドロキシメチル)-2-メチルプロパノエート]-ラパマイシン(テムシロリムスまたはCCI-779とも呼ばれる)およびリダフォロリムス(AP-23573/MK-8669)を含む。アロステリックmTOR阻害剤のさらなる例は、ゾタロリムス(ABT578)およびウミロリムスを含む。
これとは別にまたはこれに加えて、触媒的、ATP競合的mTOR阻害剤が、mTORキナーゼドメインを直接標的とし、かつmTORC1およびmTORC2の両者を標的とすることが判明している。これらはまた、4EBP1-T37/46リン酸化およびキャップ依存性翻訳のようなラパマイシン耐性mTORC1アウトプットを調節するために、ラパマイシンのようなアロステリックmTOR阻害剤よりもmTORC1の効果的な阻害剤である。
触媒的阻害剤は、BEZ235または2-メチル-2-[4-(3-メチル-2-オキソ-8-キノリン-3-イル-2,3-ジヒドロ-イミダゾ[4,5-c]キノリン-1-イル)-フェニル]-プロピオニトリルまたはモノトシル酸塩形態(BEZ235の合成はWO2006/122806号に記載);CCG168(AZD-8055としても知られる、Chresta, C.M., et al., Cancer Res, 2010, 70(1), 288-298)であり、これは、化学名{5-[2,4-ビス-((S)-3-メチル-モルホリン-4-イル)-ピリド[2,3d]ピリミジン-7-イル]-2-メトキシ-フェニル}-メタノール;3-[2,4-ビス[(3S)-3-メチルモルホリン-4-イル]ピリド[2,3-d]ピリミジン-7-イル]-N-メチルベンズアミド(WO09104019号);3-(2-アミノベンゾ[d]オキサゾール-5-イル)-1-イソプロピル-1H-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジン-4-アミン(WO10051043号およびWO2013023184号);N-(3-(N-(3-((3,5-ジメトキシフェニル)アミノ)キノキサリン-2-イル)スルファモイル)フェニル)-3-メトキシ-4-メチルベンズアミド(WO07044729号およびWO12006552号);PKI-587(Venkatesan, A.M., J. Med. Chem., 2010, 53, 2636-2645)であり、これは、化学名1-[4-[4-(ジメチルアミノ)ピペリジン-1-カルボニル]フェニル]-3-[4-(4,6-ジモルホリノ-1,3,5-トリアジン-2-イル)フェニル]尿素;GSK-2126458(ACS Med. Chem. Lett., 2010, 1, 39-43)であり、これは、化学名2,4-ジフルオロ-N-{2-メトキシ-5-[4-(4-ピリダジニル)-6-キノリニル]-3-ピリジニル}ベンゼンスルホンアミド;5-(9-イソプロピル-8-メチル-2-モルホリノ-9H-プリン-6-イル)ピリミジン-2-アミン(WO10114484号);(E)-N-(8-(6-アミノ-5-(トリフルオロメチル)ピリジン-3-イル)-1-(6-(2-シアノプロパン-2-イル)ピリジン-3-イル)-3-メチル-1H-イミダゾ[4,5-c]キノリン-2(3H)-イリデン)シアナミド(WO12007926号)を含む。
触媒的mTOR阻害剤のさらなる例は、8-(6-メトキシ-ピリジン-3-イル)-3-メチル-1-(4-ピペラジン-1-イル-3-トリフルオロメチル-フェニル)-1,3-ジヒドロ-イミダゾ[4,5-c]キノリン-2-オン(WO2006/122806号)およびKu-0063794(Garcia-Martinez JM, et al., Biochem J., 2009, 421(1), 29-42)を含む。Ku-0063794は、哺乳動物ラパマイシンの標的(mTOR)の特異的阻害剤である。WYE-354は、触媒的mTor阻害剤の他の例である(Yu K, et al. (2009). Biochemical, Cellular, and In vivo Activity of Novel ATP-Competitive and Selective Inhibitors of the Mammalian Target of Rapamycin. Cancer Res. 69(15): 6232-6240)。
本発明によって有用なmTOR阻害剤はまた、前記のいずれかのプロドラッグ、誘導体、薬学的に許容される塩そのアナログも含む。
RAD001のようなmTOR阻害剤は、ここに記載する特定の用量に基づき、当分野で十分に確立された方法に基づき送達用に製剤され得る。特に、US特許6,004,973号(引用により本明細書に包含させる)は、ここに記載するmTOR阻害剤で使用できる製剤例を提供する。
CAR有効性またはサンプル適性を評価するための方法およびバイオマーカー
他の面において、本発明は、対象(例えば、癌を有する対象、例えば、血液癌)におけるCAR発現細胞療法(例えば、CD123 CAR治療)の有効性またはCAR治療(例えば、CD123 CAR治療)のためのサンプル(例えば、アフェレーシスサンプル)の適性を評価またはモニタリングする方法に関する。方法は、CAR治療またはサンプル適性に対する有効性の値を得て、ここで、該値はCAR発現細胞療法の有効性または適性の指標である。
ある態様において、CAR治療またはサンプル適性の有効性の値は、次の1、2、3、4、5、6またはそれ以上(全て)の測定を含む。
(i)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造CAR発現細胞産物サンプル)における休止TEFF細胞、休止TREG細胞、若いT細胞(例えば、若いCD4またはCD8細胞またはガンマ/デルタT細胞)または早期記憶T細胞またはこれらの組み合わせの1、2、3またはそれ以上(例えば全)のレベルまたは活性;
(ii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造CAR発現細胞産物サンプル)における活性化TEFF細胞、活性化TREG細胞、古いT細胞(例えば、古いCD4またはCD8細胞)または後期記憶T細胞またはこれらの組み合わせの1、2、3またはそれ以上(例えば全)のレベルまたは活性;
(iii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造CAR発現細胞産物サンプル)における免疫細胞疲弊マーカー、例えば、免疫チェックポイント阻害剤(例えば、PD-1、PD-L1、TIM-3および/またはLAG-3)の1、2以上のレベルまたは活性。ある態様において、免疫細胞は、疲弊表現型を有し、例えば、少なくとも2疲弊マーカーを共発現し、例えば、PD-1およびTIM-3を共発現する。他の態様において、免疫細胞は、疲弊表現型を有し、例えば、少なくとも2疲弊マーカーを共発現し、例えば、PD-1およびLAG-3を共発現する;
(iv)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造CAR発現細胞産物サンプル)における、CD27および/またはCD45RO(例えば、CD27 CD45RO)免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性;
(v)CCL20、IL-17aおよび/またはIL-6、PD-1、PD-L1、LAG-3、TIM-3、CD57、CD27、CD122、CD62L、KLRG1から選択されるバイオマーカーの1、2、3、4、5、10、20またはそれ以上のレベルまたは活性;
(vi)CAR発現細胞産物サンプルにおけるサイトカインレベルまたは活性(例えば、サイトカインレパートリーの質)、例えば、CD123発現細胞産物サンプル;または
(vii)製造CAR発現細胞産物サンプルにおけるCAR発現細胞の形質導入効率。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、CAR発現細胞療法は、複数(例えば、集団)のCAR発現免疫エフェクター細胞、例えば、複数(例えば、集団)のT細胞またはNK細胞またはこれらの組み合わせを含む。ある態様において、CAR発現細胞療法はCD123 CAR治療である。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、(i)~(vii)の1以上の測定は、対象から得たアフェレーシスサンプルから得る。アフェレーシスサンプルは、注入または再注入前に評価できる。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、(i)~(vii)の1以上の測定は、製造CAR発現細胞産物サンプル、例えば、CD123 CAR発現細胞産物サンプルから得る。製造したCAR発現細胞産物は、注入または再注入前に評価できる。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、対象を、CAR発現細胞療法を受ける前、途中または後に評価する。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、(i)~(vii)の1以上の測定は、遺伝子発現、フローサイトメトリーまたはタンパク質発現の1以上のプロファイルを評価する。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、方法は、さらに、(i)~(vii)の1以上の測定に基づき対象を応答者、非応答者、再発者または非再発者として特定することを含む。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、応答者(例えば、完全応答者)は、非応答者と比較して、GZMK、PPF1BP2またはナイーブT細胞の1、2以上(全て)のレベルまたは活性が高いかまたは高いとして同定される。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、非応答者は、応答者と比較して、IL22、IL-2RA、IL-21、IRF8、IL8、CCL17、CCL22、エフェクターT細胞または制御性T細胞の1、2、3、4、5、6、7またはそれ以上(例えば、全)のレベルまたは活性が高いかまたは高いとして同定される。
ある態様において、再発者は、非再発者と比較して、次の遺伝子の1以上(例えば、2、3、4または全)の発現レベルが高いかまたは高いとして同定される患者である:MIR199A1、MIR1203、uc021ovp、ITM2CおよびHLA-DQB1;および/または非再発者と比較して、次の遺伝子の1以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または全)の発現レベルが減少している患者である:PPIAL4D、TTTY10、TXLNG2P、MIR4650-1、KDM5D、USP9Y、PRKY、RPS4Y2、RPS4Y1、NCRNA00185、SULT1E1およびEIF1AY。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、完全応答者は、対照値、例えば、非応答者のCD8 T細胞パーセンテージと比較して、大きい、例えば、統計学的に有意に大きい、CD8 T細胞パーセンテージを有するかまたは有するとして同定される。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、完全応答者は、対照値、例えば、非応答者のCD27 CD45RO免疫エフェクター細胞数と比較して、大きなパーセンテージのCD27 CD45RO免疫エフェクター細胞を有するかまたは有するとして同定される。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、完全応答者または部分的応答者は、対照値、例えば、非応答者CD4 T細胞パーセンテージと比較して、大きい、例えば、統計学的に有意に大きい、CD4 T細胞パーセンテージを有するかまたは有するとして同定される。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、完全応答者は、対照値、例えば、非応答者の休止TEFF細胞、休止TREG細胞、若いT細胞(例えば、若いCD4またはCD8細胞)または早期記憶T細胞数と比較して、大きなパーセンテージの休止TEFF細胞、休止TREG細胞、若いT細胞(例えば、若いCD4またはCD8細胞またはガンマ/デルタT細胞)または早期記憶T細胞またはこれらの組み合わせの1、2、3またはそれ以上(例えば全)を有するまたは有すると同定される。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、非応答者は、対照値、例えば、応答者の活性化TEFF細胞、活性化TREG細胞、古いT細胞(例えば、古いCD4またはCD8細胞)または後期記憶T細胞活性化TEFF細胞、活性化TREG細胞、古いT細胞(例えば、古いCD4またはCD8細胞)または後期記憶T細胞数と比較して大きなパーセンテージの活性化TEFF細胞、活性化TREG細胞、古いT細胞(例えば、古いCD4またはCD8細胞)または後期記憶T細胞またはこれらの組み合わせの1、2、3またはそれ以上(例えば全)を有するかまたは有するとして同定される。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、非応答者は、免疫細胞疲弊マーカー、例えば、1、2以上の免疫チェックポイント阻害剤(例えば、PD-1、PD-L1、TIM-3および/またはLAG-3)の大きなパーセンテージを有するかまたは有するとして同定される。ある態様において、非応答者は、応答者からのPD-1またはLAG-3発現免疫エフェクター細胞のパーセンテージと比較して、大きなパーセンテージのPD-1、PD-L1またはLAG-3発現免疫エフェクター細胞(例えば、CD4 T細胞および/またはCD8 T細胞)(例えば、CAR発現CD4細胞および/またはCD8 T細胞)を有するかまたは有するとして同定される。
ある態様において、非応答者は、大きなパーセンテージの疲弊表現型を有する免疫細胞、例えば、少なくとも2疲弊マーカーを共発現する、例えば、PD-1、PD-L1および/またはTIM-3を共発現する免疫細胞を有するかまたは有するとして同定される。他の態様において、非応答者は、大きなパーセンテージの疲弊表現型を有する免疫細胞、例えば、少なくとも2疲弊マーカーを共発現する、例えば、PD-1およびLAG-3を共発現する免疫細胞を有するかまたは有するとして同定される。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、非応答者は、CAR発現細胞療法への応答者(例えば、完全応答者)と比較して、CAR発現細胞集団(例えば、CD123 CAR細胞集団)における大きなパーセンテージのPD-1/PD-L1/LAG-3細胞を有するかまたは有するとして同定される。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、部分的応答者は、CAR発現細胞集団において、応答者よりも高いパーセンテージのPD-1/PD-L1/LAG-3細胞を有するかまたは有するとして同定される(例えば、CD123 CAR細胞集団)。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、非応答者は、CAR発現細胞集団(例えば、CD123 CAR細胞集団)においてPD1/PD-L1 CARの疲弊表現型およびLAG3共発現を有するかまたは有するとして同定される。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、非応答者は、応答者(例えば、完全応答者)と比較して、CAR発現細胞集団(例えば、CD123 CAR細胞集団)における大きなパーセンテージのPD-1/PD-L1/TIM-3細胞を有するかまたは有するとして同定される。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、部分的応答者は、CAR発現細胞集団(例えば、CD123 CAR細胞集団)細胞集団)において、応答者より高いパーセンテージのPD-1/PD-L1/TIM-3細胞を有するかまたは有するとして同定される。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、アフェレーシスサンプルにおけるCD8 CD27 CD45RO T細胞の存在は、CAR発現細胞療法(例えば、、CD123 CAR治療)に対する対象の応答の正の予測因子である。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、アフェレーシスサンプルにおける高いパーセンテージのPD1 CARおよびLAG3またはTIM3 T細胞は、CAR発現細胞療法(例えば、CD123 CAR治療)に対する対象の応答が不良である負の予測因子である。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、応答者(例えば、完全または部分的応答者)は、次のプロファイルの1、2、3またはそれ以上(または全)を有する。
(i)対照値、例えば、非応答者のCD27免疫エフェクター細胞数と比較して、CD27免疫エフェクター細胞数が多い;
(ii)(i)対照値、例えば、非応答者のCD8 T細胞数と比較して、CD8 T細胞数が多い;
(iii)対照値、例えば、非応答者の1以上のチェックポイント阻害剤を発現する細胞数と比較して、PD-1、PD-L1、LAG-3、TIM-3またはKLRG-1または組み合わせから選択される1以上のチェックポイント阻害剤、例えば、チェックポイント阻害剤を発現する免疫細胞数が少ない;または
(iv)対照値、例えば、非応答者の休止TEFF細胞、休止TREG細胞、ナイーブCD4細胞、非刺激記憶細胞または早期記憶T細胞数と比較して、休止TEFF細胞、休止TREG細胞、ナイーブCD4細胞、非刺激記憶細胞または早期記憶T細胞またはこれらの組み合わせの1、2、3、4またはそれ以上(全て)の数が多い。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、(vi)のサイトカインレベルまたは活性は、サイトカインCCL20/MIP3a、IL17A、IL6、GM-CSF、IFNγ、IL10、IL13、IL2、IL21、IL4、IL5、IL9またはTNFαまたはこれらの組み合わせの1、2、3、4、5、6、7、8またはそれ以上(全て)から選択される。サイトカインは、IL-17a、CCL20、IL2、IL6またはTNFaの1、2、3、4またはそれ以上(全て)から選択できる。ある態様において、IL-17aおよびCCL20から選択される一方または両方のサイトカインのレベルまたは活性の増加は、増加した応答性または減少した再発の指標である。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、(vii)における15%以上の形質導入効率は、増加した応答性または減少した再発の指標である。
ここに開示する方法のいずれかのある態様において、(vii)における15%未満の形質導入効率は、低下した応答性または増加した再発の指標である。
ある態様において、ここの方法で同定した応答者、非応答者、再発者または非再発者は、臨床基準によりさらに評価できる。例えば、完全応答者は、処置に対する完全応答、例えば、完全寛解を示す、疾患、例えば、癌を有する対象であるまたはそう同定される。完全応答は、ここに記載するように、例えば、NCCN Guidelines(登録商標)またはCheson et al, J Clin Oncol 17:1244 (1999) and Cheson et al., “Revised Response Criteria for Malignant Lymphoma”, J Clin Oncol 25:579-586 (2007)(両者ともこれは引用により本明細書に包含させる)を使用して同定し得る。部分的応答者は、処置に対する部分的応答、例えば、部分的寛解を示す、疾患、例えば、癌を有する対象であるまたはそう同定される。部分的応答は、ここに記載するように、例えば、NCCN Guidelines(登録商標)またはCheson基準を使用して同定され得る。非応答者は、処置に応答を示さない、例えば、疾患が安定したまたは疾患が進行した、疾患、例えば、癌を有する対象であるまたはそう同定される。非応答者は、ここに記載するように、例えば、NCCN Guidelines(登録商標)またはCheson基準を使用して同定され得る。
ここに開示する方法とは別にまたはそれと組み合わせて、該値に対する応答は、次の1、2、3、4またはそれ以上を実施する。
例えば、応答者または非再発者に、CAR発現細胞療法を投与する;
CAR発現細胞療法の別の用量を投与する;
CAR発現細胞療法のスケジュールまたはタイムコースを変更する;
例えば、非応答者または部分的応答者に、CAR発現細胞療法に加えて、さらなる薬剤、例えば、チェックポイント阻害剤、例えば、ここに記載するチェックポイント阻害剤を投与する;
非応答者または部分的応答者に、CAR発現細胞療法での処置前に対象の若いT細胞の数を増加させる治療を投与する;
例えば、非応答者または部分的応答者として同定された対象について、CAR発現細胞療法の製造法を修飾する、例えば、CARをコードする核酸導入前に若いT細胞を富化するまたは形質導入効率を増加する;
例えば、非応答者または部分的応答者または再発者に対して、別の治療を投与する;または
対象が非応答者または再発者であるまたはそうであると同定されたならば、例えば、CD25枯渇、シクロホスファミド、抗GITR抗体またはこれらの組み合わせ投与の1以上により、TREG細胞集団および/またはTREG遺伝子サインを減少させる。
ある態様において、対象は抗GITR抗体で前処置される。ある態様において、対象は、注入または再注入前に抗GITR抗体で処置される。
バイオポリマー送達方法
ある態様において、ここに開示する1以上のCAR発現細胞を、バイオポリマー足場、例えば、バイオポリマーインプラントにより対象に投与または送達し得る。バイオポリマーを、バイオポリマー足場、例えば、バイオポリマーインプラントにより対象に投与または送達し得る。
適当なバイオポリマーの例は、寒天、アガロース、アルギン酸、アルギン酸/リン酸カルシウムセメント(CPC)、ベータ-ガラクトシダーゼ(β-GAL)、(1,2,3,4,6-ペンタアセチルa-D-ガラクトース)、セルロース、キチン、キトサン、コラーゲン、エラスチン、ゼラチン、ヒアルロン酸コラーゲン、ヒドロキシアパタイト、ポリ(3-ヒドロキシブチレート-コ-3-ヒドロキシ-ヘキサノエート)(PHBHHx)、ポリ(ラクチド)、ポリ(カプロラクトン)(PCL)、ポリ(ラクチド-コ-グリコリド)(PLG)、ポリエチレンオキシド(PEO)、ポリ(乳酸-コ-グリコール酸)(PLGA)、ポリプロピレンオキシド(PPO)、ポリビニルアルコール)(PVA)、絹、大豆タンパク質および大豆タンパク質単離体の、単独でまたは任意の他のポリマー組成物との、あらゆる濃度およびあらゆる比での混合物を含むが、これらに限定されない。バイオポリマーは、接着または遊走促進分子、例えば、リンパ球のコラーゲン受容体に結合するコラーゲン模倣ペプチドおよび/または送達する細胞の送達、増殖または機能、例えば、抗癌活性を増強する刺激分子で増強または修飾され得る。バイオポリマー足場は、注射可能な、例えば、ゲルまたは半固体または固体組成物であり得る。
ある態様において、ここに記載するCAR発現細胞を、対象への送達前にバイオポリマー足場上に播種する。ある態様において、バイオポリマー足場は、例えば、足場のバイオポリマーに取り込まれたまたはコンジュゲートされた、さらにここに記載する1以上のさらなる治療剤(例えば、他のCAR発現細胞、抗体または小分子)またはCAR発現細胞の活性を増強する薬剤を含む。ある態様において、バイオポリマー足場を、例えば、腫瘍内に注射するかまたは腫瘍にまたは抗腫瘍効果を仲介するのに十分に腫瘍に近位に外科的にインプラントする。バイオポリマー組成物およびその送達のための方法さらなる例は、Stephan et al., Nature Biotechnology, 2015, 33:97-101;およびWO2014/110591号に記載される。
医薬組成物および処置
本発明の医薬組成物は、ここに記載のように、CAR発現細胞、例えば、複数のCAR発現細胞を、1以上の薬学的にまたは生理学的に許容される担体、希釈剤または添加物と組み合わせて含む。このような組成物は、中性緩衝化食塩水、リン酸緩衝化食塩水などのような緩衝液;グルコース、マンノース、スクロースまたはデキストラン、マンニトールのような炭水化物;タンパク質;グリシンのようなポリペプチドまたはアミノ酸;抗酸化剤;EDTAまたはグルタチオンのようなキレート剤;アジュバント(例えば、水酸化アルミニウム);および防腐剤を含み得る。本発明の組成物は、一つの面において静脈内投与用に製剤される。
本発明の医薬組成物を、処置する(または予防する)疾患に適する方法で投与し得る。投与の量および頻度は、患者の状態および患者の疾患のタイプおよび重症度のような因子により決定されるが、適切な用量は、臨床試験により決定され得る。
ある態様において、医薬組成物は、例えば、エンドトキシン、マイコプラズマ、複製可能レンチウイルス(RCL)、p24、VSV-G核酸、HIV gag、残留抗CD3/抗CD28被覆ビーズ、マウス抗体、貯留ヒト血清、ウシ血清アルブミン、ウシ血清、培養培地要素、ベクターパッケージング細胞またはプラスミド成分、細菌および真菌からなる群から選択される汚染物が実質的にない、例えば、検出可能なレベルで存在しない。ある態様において、細菌は、アルガリゲネス・フェカリス、カンジダ・アルビカンス、エシェリキア・コリ、ヘモフィルス・インフルエンザエ、ナイセリア・メニンギティディス、シュードモナス・エルジノーサ、スタフィロコッカス・アウレウス、ストレプトコッカス・ニューモニエおよびストレプトコッカス・ピオゲネスA群からなる群から選択される少なくとも1つである。
“免疫学的に有効量”、“抗腫瘍有効量”、“腫瘍阻害有効量”または“治療量”が示されるとき、本発明の組成物の投与すべき正確な量は、年齢、体重、腫瘍サイズ、感染の程度または転移および患者(対象)の状態の個体差を考慮して医師が決定できる。ここに記載する免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)を含む医薬組成物を、10~10細胞/kg体重、いくつかの例において10~10細胞/kg体重の範囲の用量で、これらの範囲内の全整数値を含み、投与し得ると一般に述べることができる。T細胞組成物を、また、この用量で複数回投与し得る。
ある態様において、CAR細胞(例えば、CD123 CAR細胞)の用量は、約1×10、1.1×10、2×10、3.6×10、5×10、1×10、1.8×10、2×10、5×10、1×10、2×10または5×10細胞/kgを含む。ある態様において、CAR細胞(例えば、CD123 CAR細胞)の用量は、少なくとも約1×10、1.1×10、2×10、3.6×10、5×10、1×10、1.8×10、2×10、5×10、1×10、2×10または5×10細胞/kgを含む。ある態様において、CAR細胞(例えば、CD123 CAR細胞)の用量は、最大約1×10、1.1×10、2×10、3.6×10、5×10、1×10、1.8×10、2×10、5×10、1×10、2×10または5×10細胞/kgを含む。ある態様において、CAR細胞(例えば、CD123 CAR細胞)の用量は、約1.1×10~1.8×10細胞/kgを含む。ある態様において、CAR細胞(例えば、CD123 CAR細胞)の用量は、約1×10、2×10、5×10、1×10、2×10、5×10、1×10、2×10または5×10細胞を含む。ある態様において、CAR細胞(例えば、CD123 CAR細胞)の用量は、少なくとも約1×10、2×10、5×10、1×10、2×10、5×10、1×10、2×10または5×10細胞を含む。ある態様において、CAR細胞(例えば、CD123 CAR細胞)の用量は、up to 約1×10、2×10、5×10、1×10、2×10、5×10、1×10、2×10または5×10細胞を含む。
細胞を、免疫療法において一般に知られる注入技術を使用して投与できる(例えば、Rosenberg et al., New Eng. J. of Med. 319:1676, 1988参照)。。
ある面において、活性化免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)を対象に投与し、続いて血液を採り(またはアフェレーシスを実施し)、本発明に従いそこからの免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)を活性化し、これらの活性化し、かつ増殖させた免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)を患者に再注入することが望ましいことがある。この過程を数週間毎に複数回実施できる。ある面において、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)を、10cc~400ccの採血した血液から活性化できる。ある面において、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)を、20cc、30cc、40cc、50cc、60cc、70cc、80cc、90ccまたは100ccの採血した血液から活性化する。
対象組成物の投与は、エアロゾル吸入、注射、摂取、輸注、留置または移植を含む、任意の簡便な方法により実施し得る。ここに記載する組成物を、患者に経動脈的に、皮下に、皮内に、腫瘍内に、節内に、髄内に、筋肉内に、静脈内(i.v.)注射によりまたは腹腔内に投与し得る。一つの面において、本発明のT細胞組成物を、患者に皮内または皮下注射により投与するする。一つの面において、本発明のCAR発現細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)組成物組成物を、i.v.注射により投与する。CAR発現細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)の組成物を、腫瘍、リンパ節または感染部位に直接注射し得る。
特定の例示的面において、対象は、白血球を採取し、エクスビボで富化または枯渇させて、目的の細胞、例えば、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)を選択および/または単離する、白血球除去を受け得る。これらの免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)単離体を、当分野で知られる方法により増殖させ、1以上の本発明のCAR構築物が導入され、それにより1以上の本発明のCAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)が創製されるように処理し得る。処置を必要とする対象を、その後高用量の化学療法剤と続く末梢血幹細胞移植の標準的処置に付し得る。ある面において、移植後または移植と同時に、対象は、増殖させた本発明のCAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)の注入を受ける。さらなる面において、増殖細胞を手術の前または後に投与する。
患者に投与すべき上記処置の用量は、処置する状態の正確な性質および処置の受け手により変わる。ヒト投与のためのスケーリングは、当分野で認識されている習慣に従い実施できる。キャンパスの用量は、例えば、概して成人患者に1~約100mgの範囲であり、通常連日、1~30日の期間投与する。好ましい1日用量は1~10mg/日であるが、いくつかの例において最大40mg/日までの高用量を使用し得る(米国特許6,120,766号に記載)。
ある態様において、CARを、例えば、インビトロ転写を使用して免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)に導入し、対象(例えば、ヒト)は、本発明のCAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)の初期投与と、その後の本発明のCAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)の1回以上の投与を受け、ここで、その後の1回以上の投与は、先の投与の後、15日、例えば、14日、13日、12日、11日、10日、9日、8日、7日、6日、5日、4日、3日または2日以内に行う。ある態様において、本発明のCAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)の1回を超える投与を、対象(例えば、ヒト)に1週間当たりに行い、例えば、本発明のCAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)の2、3または4投与を週あたりに投与する。ある態様において、対象(例えば、ヒト対象)は、CAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)の週あたり1回を超える投与を受け(例えば、1週間当たり2回、3回または4回投与)(ここではサイクルとも呼ぶ)、続いて1週間、CAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)を投与されず、その後さらにCAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)の1回以上のさらなる投与(例えば、週あたりCAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)の1回を超える投与)を対象に投与する。他の態様において、対象(例えば、ヒト対象)は、CAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)の1回を超えるサイクルの投与を受け、各サイクル間の期間は10日、9日、8日、7日、6日、5日、4日または3日より短い。ある態様において、CAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)を、隔日で1週間3回投与する。ある態様において、本発明のCAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)を、少なくとも2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間またはそれ以上投与する。
ある面において、CD123 CAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)を、レンチウイルスのようなレンチウイルスウイルスベクターを使用して産生する。この方法で産生したCAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)は、安定なCAR発現を有する。
ある面において、CAR発現細胞、例えば、CARTまたはCAR発現NK細胞を、ガンマレトロウイルスベクター、例えば、ここに記載するガンマレトロウイルスベクターのようなウイルスベクターを使用して産生する。これらのベクターを使用して産生されたCAR発現細胞、CARTたはCAR発現NK細胞は、安定なCAR発現を有する。
ある面において、CAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)は、形質導入4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日、14日、15日後、CARベクターを一過性に発現する。CARの一過性発現は、RNA CARベクター送達により行われ得る。ある面において、CAR RNAを、電気穿孔法により、細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)に形質導入する。
一過性に発現されるCAR細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)(特にマウスscFv担持CARを伴う)を使用して処置される患者で生じ得る可能性のある問題は、複数処置後のアナフィラキシーである。
この理論に縛られることを望まないが、このようなアナフィラキシー応答は、液性抗CAR応答を発達させる患者、すなわち、抗IgEアイソタイプを有する抗CAR抗体が原因であると考えられる。細胞を産生する患者の抗体が、抗原への暴露の10~14日の中断があるとき、IgGアイソタイプ(これはアナフィラキシーを生じない)からIgEアイソタイプへのクラススイッチを受けると考えられる。
患者が一過性CAR治療(例えばRNA形質導入により完成されたもののような)中に抗CAR抗体応答を産生する高リスクにあるならば、CAR発現細胞(例えば、CAR T細胞またはCAR発現NK細胞)注入中断は10~14日を超えて継続してはならない。
本発明を、次の実験的実施例を参照してさらに詳細に記載する。これらの実施例は、説明のみを目的として提供し、特に断らない限り限定を意図しない。そうして、本発明は、決して次の実施例に限定されると解釈してはならず、むしろ、ここに提供する教示の結果として明らかとなる任意かつ全ての異形を含むと解釈すべきである。
さらに記載せずとも、当業者は、前の記載および次の説明的実施例を使用して、本発明の化合物を製造および利用し、本願発明方法を実施できると考える。次の作業実施例は、本発明の多様な面を特に示すものであり、本開示を限定するものと解釈されるべきでない。
実施例1:ヒトCAR構築物
完全ヒト抗CD123単鎖可変フラグメントを単離した。抗CD123 ScFvsを、CD3ゼータ鎖および4-1BB共刺激性分子と共にレンチウイルスCAR発現ベクターにクローン化した。CAR含有プラスミド(詳細な記載に提供する表1)を、STBL3細胞における細菌形質転換、続いて無エンドトキシンQiagen Plasmid Makiキットを使用するMaxiprepにより増幅した。レンチウイルス上清を、標準技術を使用して、293T細胞において産生した。
scFvにおいてVLおよびVHドメインが現れる順番は変わり(すなわち、VL-VHまたはVH-VL配向)、ここで、3または4コピーの、各サブユニットが配列GGGGS(配列番号25)(例えば、(G4S)(配列番号28)または(G4S)(配列番号27))を含む“G4S”(配列番号25)サブユニットが、表2(詳細な記載に提供)に示すように、scFvドメイン全体を作るように可変ドメインを接続する。
CAR構築物の配列およびそれらのドメイン配列を詳細な記載に記載する。ヒトCAR構築物の分析を、例えば実施例2、3および6に記載するように実施した。
実施例2:CART担持ヒトscFvの分析およびインビトロ活性
ヒト抗CD123 CAR構築物を、NFATプロモーターにより駆動されるルシフェラーゼレポーターを含むJurkat細胞株(命名JNL細胞)を使用して活性について評価した。CD123 CAR活性を、ここに記載する4ヒトCAR構築物(CD123 CAR1-4)およびマウスCD123 CAR構築物1172および1176で測定した。1172および1176構築物のアミノ酸配列を下に提供し、PCT/US2014/017328号にさらに記載され、特徴付けされる。
1172構築物:CD123 4-1BBCD3z-CAR(アミノ酸配列)(配列番号707)
MALPVTALLLPLALLLHAARPGSDIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDNYGNTFMHWYQQKPGQPPKLLIYRASNLESGIPARFSGSGSRTDFTLTINPVEADDVATYYCQQSNEDPPTFGAGTKLELKGGGGSGGGGSSGGGSQIQLVQSGPELKKPGETVKISCKASGYIFTNYGMNWVKQAPGKSFKWMGWINTYTGESTYSADFKGRFAFSLETSASTAYLHINDLKNEDTATYFCARSGGYDPMDYWGQGTSVTVSSASSGTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYKQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR
1176構築物:CD123 4-1BBCD3z-CAR(26292)(アミノ酸配列)(配列番号708)
MALPVTALLLPLALLLHAARPGSDVQITQSPSYLAASPGETITINCRASKSISKDLAWYQEKPGKTNKLLIYSGSTLQSGIPSRFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAMYYCQQHNKYPYTFGGGTKLEIKGGGGSGGGGSSGGGSQVQLQQPGAELVRPGASVKLSCKASGYTFTSYWMNWVKQRPDQGLEWIGRIDPYDSETHYNQKFKDKAILTVDKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARGNWDDYWGQGTTLTVSSASSGTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYKQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR
CAR活性を、このNFAT駆動レポーターの活性化として測定した。CART構築物を含むレンチウイルス上清を、形質導入のためにJNL細胞に添加した。形質導入4~6日後、JNL細胞を、下記のようにFACSによりCAR発現について評価するかまたは標的陽性(MOLM3、CD123を発現するように操作したK562細胞(CD123-K562))または標的陰性(K562)細胞株と、エフェクター(JNL)対標的細胞株(E:T)比3:1で混合して、活性化を惹起した(図1)。共インキュベーション20時間後、ルシフェラーゼシグナルを、図2に示すように、EnVision装置でBright-GloTMルシフェラーゼアッセイを使用して測定した。
最適抗CD123 CAR構築物を、CD123発現(“CD123”)標的に応答するCD123 CAR形質導入T細胞(“CART-CD123”または“CART-CD123 T細胞”)のエフェクターT細胞応答の量および質に基づき選択した。エフェクターT細胞応答は、細胞拡張、増殖、倍加、サイトカイン産生および標的細胞致死または細胞溶解性活性(脱顆粒)を含むが、これらに限定されない。
CART-CD123の産生
ヒトscFvコード化レンチウイルス導入ベクターを使用して、VSVg偽型レンチウイルス粒子に封入されたゲノム材料を産生した。レンチウイルス導入ベクターDNAを、Lenti-X 293T細胞(Clontech)に一緒に同ニュするために、リポフェクタミン試薬と組み合わせたVSVg、gag/polおよびrevの3パッケージング成分と混合した。
30時間後、培地を回収し、濾過し、-80℃で保存した。治療的CART-CD123を、正常アフェレーシスドナーの血液から開始し、その未処理T細胞を、T細胞、CD4およびCD8リンパ球の陰性選択により得た。これらの細胞を、RPMI 1640、10%熱不活性化ウシ胎児血清(FCS)、2mM L-グルタミン、1x ペニシリン/ストレプトマイシン、100μM 非必須アミノ酸、1mM ピルビン酸Na、10mM Hepesおよび55μM 2-メルカプトエタノール中、1:3比でCD3x28ビーズ(Dynabeads(登録商標)ヒトTエクスパンダーCD3/CD28、Invitrogen)により、37℃、5%COで活性化したT細胞を、24ウェルプレートのウェルあたり0.5mL培地中1×10 T細胞で培養した。24時間後、T細胞はブラスティングし、0.5mLのウイルス上清を添加した。T細胞は次いで対数増殖パターンで分裂し始め、これを1mLあたりの細胞の測定によりモニターし、T細胞を2日毎に新鮮培地で希釈した。約10日後にT細胞が休止し始めるため、対数増殖は減衰した。増殖速度の減速および300flに近づくT細胞サイズの組み合わせが、T細胞を後の分析のために凍結保存する状態を決定した。
凍結保存前に、形質導入細胞のパーセンテージ(細胞表面に抗CD123 CARを発現)およびそれらの発現の相対的蛍光強度を、検出試薬としてプロテインLを使用するBD LSRFortessaまたはBD-FACSCantoでのフローサイトメトリー分析により決定した。非染色細胞を超えるシグナルについてこのFACSからの相対的蛍光強度のゲーティングヒストグラムプロットは、形質導入T細胞パーセンテージを示した。形質導入は、図2に示すように、CART陽性細胞12~42%の範囲となった。
CART-CD123再指向T細胞の細胞溶解性活性評価
CART-CD123 T細胞が標的発現細胞を殺す機能的能力を評価するために、細胞を融解し、一夜回復させた。
T細胞致死は、ルシフェラーゼを安定に発現するCD123発現MOLM13急性骨髄性白血病細胞株に向けられた。非形質導入T細胞を使用して、非特異的背景致死レベルを決定した。CART-CD123の細胞溶解活性を、4:1のエフェクター:標的細胞比のタイトレーションおよびT細胞の2倍下方希釈として測定し、ここで、エフェクターを、抗CD123キメラ受容体発現T細胞として定義した。アッセイを、適切な数のT細胞と一定数の標的細胞の混合により開始した。20時間後、ルシフェラーゼシグナルを、EnVision装置でBright-GloTMルシフェラーゼアッセイを使用して測定した。CD123-CART発現細胞対非形質導入T細胞比の割合が増加するに連れ、CD123細胞の致死も同様に増加した。ここに提供するデータは、これらのCD123発現細胞がCD123-CART発現細胞によってのみ破壊され、非形質導入T細胞によって破壊されないことを示す。図3。
サイトカイン産生
CD123 CART細胞のサイトカイン産生を測定するために、CD123発現細胞-2、CD123-3またはCD123-4を融解し、一夜回復させた。アイソタイプ対照発現T細胞(“アイソタイプ”と称する)を、背景T細胞効果の非特異的対照として使用した。T細胞はMOLM13、PL21またはU87細胞(標的細胞と称する)に向けた。本アッセイは、記載するようにエフェクター:標的比1.25:1または20:1で試験し、ここで、エフェクターはCD123 CAR発現T細胞として定義された。アッセイを細胞混合後24時間行い、その時点で、培地をヒトサイトカイン検出用CBA-Flexキットを使用するサイトカインIL-2(図24A)、IFN-ガンマ(図24B)およびTNF-アルファ(図24C)分析のために採る。CD123 CAR発現T細胞を癌CD123発現細胞と共培養したとき、全CD123-CARTは、標的発現細胞に応答してサイトカインを産生した。
実施例3:AMLにおけるCART123
T細胞形質導入
ヒト抗ヒトCD123クローンNVS 2(CAR123-2発現)、NVS 3(CAR123-3発現)、NVS 4(CAR123-4発現)をさらなる試験のために選択した。これらのクローンは、全て、カニクイザルCD123と交差反応性であった。それらの活性を、軽-重配向のVHおよびVLドメインとCD8ヒンジドメイン、CD8膜貫通ドメインおよび41BB-共刺激性ドメインを含むマウスクローン1172および1176と比較した。1176はカニクイザルCD123に交差反応性である。1172は違う。
プラスミドを、コンピテント細胞に形質転換し、500ccブロスで増殖させ、maxiprepで単離し、293T細胞に標準法を使用して形質導入した。レンチウイルス上清を24時間および48時間に採取し、超遠心を使用して濃縮し、凍結した。
レンチウイルスをSupT1細胞で力価測定し、適切な量のウイルスを、MOI3で初代T細胞を形質導入するために決定した。初代正常ドナーCD4CD8細胞を抗CD3/CD28ビーズ(Dynal、Invitrogen)およびインターロイキン-2 100U/mlを使用して6日刺激し、続いて脱ビーズし、一度凍結した。T細胞体積は<300fLに減少した(約10~12日後)。
T細胞形質導入効率は、全クローンで事実上100%であった(図5Aおよび5B)。CD4:CD8比はNVSクローンで約1:1であり、1172および1176クローンで3:2であった(図6)。
脱顆粒
脱顆粒を評価するために、CART細胞(NVS 2~4、1172および1176クローン)を融解し、T細胞培地で2e細胞/ml濃度で一夜休息させた。細胞を次いで計数し、翌日1e細胞/mlで再懸濁した。腫瘍標的細胞(TCM、PMA/iono、MOLM14またはJURKAT)を、5e細胞/mlで再懸濁した。細胞を、48ウェルプレートに1e T細胞:5e腫瘍細胞比で播種し、抗CD107a PECy7、抗CD49d精製および抗CD28精製抗体存在下、2時間インキュベートした。細胞を次いで採取し、抗CD3 APCで染色し、BD LSR Fortessaを使用して獲得した(図7)。
T細胞脱顆粒を、図7の各プロットの上部右四分円に示す。ここに示す結果は、2時間インビトロアッセイ中に類似の脱顆粒により顕在化した、CD123標的の類似のT細胞認識を示す。C1176は、他のクローンの約80%と比較して、65%の低い脱顆粒であった。
細胞毒性
細胞毒性を評価するために、CART細胞(NVS 2~4、1172および1176クローン)を融解し、T細胞培地で2e細胞/ml濃度で一夜休息させた。細胞を次いで計数し、翌日1e細胞/mlで再懸濁した。腫瘍標的細胞(MOLM14)を1e細胞/mlで再懸濁した。細胞を、デュプリケートで、記載するように(図8)E:T比を減らしながら、黒色、平底96ウェルプレートに播種した。インキュベーション20時間後、ルシフェリンを添加し、プレートを造影して、残存生存細胞の指標として光子束を決定した。MOLM14細胞の致死は、20時間で最大エフェクター:標的比で全クローンで同等であった。
インビボマウスモデル
NSGマウスに、1eルシフェラーゼ発現MOLM14細胞をD0に注射した。D6に、マウスを腫瘍負荷について造影し(IVIS Spectrum)、処置群に無作為化した。最低腫瘍負荷を有するマウスを、対照群(非形質導入T細胞、UTD)に割り当てた。CART細胞(NVS 2~4、1172および1176クローン)または対照T細胞(1e6)をi.v.でD7に注射した。D13に実施した造影のデータを図9に示す。注射6日後、インビトロデータと一致して、全抗CD123構築物は等しい抗腫瘍効果を提供する。
実施例4:ヒト化CAR構築物
カニクイザルCD123と交差反応性であるマウス1176に基づくヒト化抗CD123単鎖可変フラグメント(scFv)を産生し、細胞内CD3ゼータ鎖および4-1BBの細胞内共刺激性ドメインと共にレンチウイルス発現ベクターにクローン化し、表5に記載する名前をつけた(詳細な記載に提供)。
scFvにおいてVLおよびVHドメインが現れる順番は変わり(すなわち、VL-VHまたはVH-VL配向)およびここで、3または4コピーの、各サブユニットが配列GGGGS(配列番号25)(例えば、(G4S)(配列番号28)または(G4S)(配列番号27))を含む“G4S”(配列番号25)サブユニットが、表6(詳細な記載に提供)に示すように、scFvドメイン全体を作るように可変ドメインを接続する。
ヒト化scFvフラグメント(配列番号184~215)CARの配列をここに表6に提供する。これらのクローンは、全て、CD3ゼータ鎖由来の共刺激性ドメインのシグナルドメインにQ/K残基変化を含んだ。CAR scFvフラグメントを次いでレンチウイルスベクターにクローン化して、単一コーディングフレームに完全長CAR構築物を作り、発現にEF1アルファプロモーターを使用した(配列番号11)。
実施例5:ホジキンリンパ腫におけるCART123
CD123は、フローサイトメトリーにより古典的ホジキンリンパ腫(HL)の約50%で発現されることが知られている。ホジキンリンパ腫細胞株培養へのIL-3の外来性投与は増殖を促進し、血清欠乏によるアポトーシスから細胞を一部救済できることが知られている。SL-401によるCD123(IL-3Ra)阻害は、CD123+ HL細胞株(HDLM-2、L428)の生存能を低減することが知られている。
HLを有する8患者を、免疫組織化学によりCD123発現について分析した。表15に示すように、4/8サンプルは、リード・シュテルンベルク細胞および/または微小環境の免疫細胞に陽性を示した。
Figure 0007084138000077
フローサイトメトリーは、周知のホジキンリンパ腫細胞株HDLM-2でCD30およびCD123の発現を示した(図10)。B細胞マーカーCD19およびCD20は不在であった。
下記実験は、マウス抗ヒトCD123 scFvの軽-重または重-軽鎖配向でpELNS抗CD123-41BB-CD3ζ(CAR123)プラスミドDNAを使用した。T細胞を正常ドナーから得て(ND052、Human Immunology Core)、CD3/CD28磁気ビーズ(Invitrogen)を使用して拡張し、CAR123レンチウイルスで2日目に形質導入した。6日目にCD123を、T2A共発現により、CD123のサロゲートマーカーであるdsRedを検出することにより検出した。dsRedをフローサイトメトリーにより検出した(図11A~B)。
Q-PCRを、次いで、4ホジキンリンパ腫細胞株(HDLM2、KMH2、L428、SUPHD1)、CD123 MOLM14(陽性対照)およびA375(陰性対照)におけるCD123発現について実施した。CD123は全ホジキンリンパ腫細胞株で発現された(図12)。GUSBをハウスキーピング遺伝子として使用した。Ct閾値は40であった。
HL細胞増殖におけるIL-3の役割
CD123がIL-3受容体α鎖であり、IL-3が造血増殖および分化に重要な役割を有するため、IL-3シグナル伝達がホジキンリンパ腫細胞株増殖に重要であるか否かを探索した。IL-3を含むヒトサイトカインを過発現するNOD-SCID-γ-鎖KOマウス(NSG-Sマウス)に、ルシフェラーゼ発現HDLM-2細胞株を移植した。I.v.注射後、新生物細胞は、播種性軟組織塊を進行性に形成した。中和抗IL-3抗体の連続注射は、腫瘍の増殖を減速させた。ここに示す結果は、CD123が、ホジキンリンパ腫における特に関係する標的であり得ることを示す。腫瘍負荷をBLIにより示す(図13)。
CD107a脱顆粒アッセイ
非形質導入T細胞(UTD)またはCART123を、HDLM-2(CD123 HL細胞株)と、抗CD28、抗CD49d抗体およびモネンシン存在下、5標的細胞対1T細胞比で、4時間インキュベートした。抗CD30 CAR T細胞を付加的対照として使用した。
フローサイトメトリーにより検出して、CART123はCD107a脱顆粒の増加を示したが、UTDは示さなかった(図14および15)。さらにCART123は、細胞質内サイトカイン産生(IL-2、TNF)の顕著な増加を示した(図16)。
CART123はHDLM-2細胞を殺す
ルシフェラーゼベースの24時間致死アッセイを実施した。T細胞を、種々の比(0.3:1~10:1)でルシフェラーゼ+ HDML-2細胞と共インキュベートした。CART123は、バイオルミネセンス発光の現象により示される、用量依存的致死を示したが、UTDは示さなかった。興味深いことに、CD30特異的CAR T細胞は最小活性を示した(図17)。
HL細胞株存在下のCART123増殖
T細胞を、5日T細胞増殖アッセイにおいてHL細胞株(CD123)または対照(Jurkat CD123-、MOLM-14 CD123)またはPMA/イオノマイシン(陽性対照)または細胞培地(陰性対照)とインキュベートした。CART123およびCART30細胞は、HL細胞株と共培養したとき、強固な増殖を示したが、UTDは示さなかった(図18)。
増殖アッセイの上清を72時間後に採取し、30サイトカインの存在をLuminexアッセイにより分析した。CART123は、複数サイトカインの強固な産生を示した(IFNg、IL-2、TNFaおよびMIP1b luminex MFIをそれぞれ図19A~19Dに示す)。
ホジキンリンパ腫細胞株(HDLM-2)に対するCART123のインビボ有効性
ここに提供するインビトロデータを確認するために、インビボモデルを開発した。100万ルシフェラーゼ+ HDLM-2細胞を0日にi.v.注射した。示す連続的生物発光造影(BLI)を次いで実施して腫瘍レベルを観察した(図20)。低レベルの腫瘍を7日目に観察し、これは、その後、ヒト疾患の緩徐進行性性質を再現して、約6週にわたり腫瘍負荷が徐々に増加した。腫瘍負荷がベースラインより20倍高かった43日目に、マウスを150万CART123細胞または対照T細胞で処置した。
CART123は14日以内に播種性腫瘍の完全かつ持続性の根絶を誘発し、6ヶ月での100%無再発および100%全生存に至った(図21および22)。
腫瘍消失は、連続的末梢血採血におけるフローサイトメトリーにより検出される広範なCAR T細胞拡張と関係した(図23)。拡張T細胞は約50%CD8および50%CD4細胞であった。T細胞数は、腫瘍負荷が減少するに連れて減少した。
実施例6:CD123-2 CARのさらなる特徴付け
さらなるインビトロアッセイを実施して、CAR123-2構築物を発現するようにレンチウイルスにより形質導入した初代T細胞(ここではLV CAR123-2とも称する)を評価した。CAR発現T細胞(LV CAR123-2)を、陰性対照として働くサイトメガロウイルス(hCMV)糖タンパク質H(gH)に対するscFvを発現するT細胞(ここでは抗GHとも称する)と比較した。重要なインビトロアッセイは、サイトカイン産生、増殖および細胞致死アッセイを含んだ。増殖アッセイを、T細胞(LV CAR123-2または抗GH)と、CD123発現(抗原+)細胞株、例えば、MOLM13またはK562発現ヒトCD123またはCD123陰性(抗原-)対照細胞株、例えば、K562のインキュベートにより実施した。T細胞を4日間増殖させた。図25に示すように、CAR発現細胞は、CD123発現細胞存在下で培養したとき、陰性対照と比較して強固な増殖を示した。
CAR123-2発現T細胞が標的細胞を殺す能力を、1:20からの範囲の標的:エフェクター細胞比のタイトレーションおよび1:0.3125への2倍希釈として測定した。試験した標的細胞は、ルシフェラーゼを安定に発現するCD123発現MOLM13細胞株、ルシフェラーゼを安定に発現するPL21細胞およびルシフェラーゼを安定に発現するU87細胞であった。図26Aおよび26Bに示すように、CD123-CAR発現細胞は、CD123発現癌細胞(MOLM13およびPL21)の標的化致死を示し、一方、陰性対照(抗GH発現細胞)および非形質導入細胞(UTD)は標的化致死を示さなかった。図26Cにおいて、UTD、陰性対照(抗GH)およびCD123 CAR発現細胞は、U87細胞(CD123を発現しない)の特異的致死を示さなかった。
サイトカイン産生アッセイを、T細胞(CAR123-2または抗GHのいずれかを発現)と抗原陽性(MOLM13)または抗原陰性(U87)細胞を含む共培養からの上清の分析により実施した。CD123-CAR T細胞は、IFN-ガンマ(図27A)およびIL-2(図27B)の強固なサイトカイン産生を示した。
実施例7:抗原喪失再発の処置および予防のための抗CD123および抗CD19 CAR T細胞の組み合わせ
化学療法難治性または再発性(r/r)B細胞急性リンパ芽球性白血病(B-ALL)は予後不良と関係するが、最近示されたように、精巧に免疫系に対する感受性を残す。特に、抗CD19キメラ抗原受容体T細胞(CART19、CTL019)および二特異的抗CD19/CD3抗体(ブリナツモマブ)は、この患者集団で前例のない45~90%の完全応答率を示す。両アプローチとも、自己T細胞をCD19発現細胞を認識するように再指向させる。ブリナツモマブは、抗CD19単鎖可変フラグメント(scFv)と抗CD3 scFvを組み合わせる、二特異的構築物の連続的長期注入を使用する;CART19 T細胞が、一体型共刺激性ドメインを伴うT細胞受容体シグナル伝達に融合した抗CD19 scFvを発言するように修飾された場合。最近の研究は、CTL019で処置したr/r B-ALLの患者の90%が完全寛解(CR)に到達し、78%の全生存(OS)が6ヶ月であったことを示した。CART19での励みになる結果は、慢性リンパ性白血病および非ホジキンリンパ腫のような他のB細胞新生物の患者でも得られた。
しかしながら、CART19またはブリナツモマブで処置した患者のサブセットは再発を発症し、これらの再発の相当部分はCD19喪失により特徴付けられる。B-ALLにおいて、CD19陰性再発は、CART19またはブリナツモマブ治療後患者の10~20%で報告されており、他の処置の状況では記載されていない;ブリナツモマブ後の約30%の全体的再発およびCART19後の50%までがCD19陰性である。CD19は、成熟B細胞に成長するB細胞の極めて初期段階で発現されるプロトタイプB細胞マーカーである。CD19は、CD19欠損B細胞が選択的増殖不利であるため、B細胞生物学に重要な役割を有する。それゆえに、CD19不在はB-ALLで極めて稀な知見であり、強力なCD19指向免疫療法の時代の前に、ごくわずかな患者でしか報告されなかった。抗原喪失の可能性のある機構は、現在調査中であり、これらの強力な抗CD19剤による白血病サブクローンに対する選択圧により引き起こされる可能性が最も高い。FDAによるブリナツモマブの最近の承認およびCTL019を賞賛するブレークスルー状態のため、これらの薬剤で処置されるr/r B-ALLを有する患者数が増える可能性がある。それゆえに、新規な効果的戦略が、CART19またはブリナツモマブ後CD19陰性芽細胞で再発するであろう患者を処置可能とするために必要である。理想的に新規アプローチは、活動性抗原喪失再発の患者だけでなく、先行して使用されたとき、その発生を予防する可能性がある。
インターロイキン-3受容体アルファ(またはCD123)は造血発生に関与し、急性骨髄白血病(AML)、急性リンパ様白血病(ALL)、形質細胞様樹状細胞新生物、ヘアリー細胞白血病およびホジキンリンパ腫を含むいくつかの血液学的新生物で発現が示されている。CD33(骨髄)またはCD19(Bリンパ系)のような細胞系譜関連表面抗原と異なり、CD123は、造血前駆細胞に階層的に発現され、AMLにおいて、CD123は、化学療法に対する耐性および最初の処置後の再発に関係する白血病性幹細胞に発現される。これらの特徴のため、CD123は、標的化治療のための大きな興味の対象となり、IL-3-ジフテリア毒素融合タンパク質(SL-401、DT388IL-3)、ネイキッド抗CD123モノクローナル抗体(CSL-360、CSL-362)、抗体-薬物コンジュゲート、二特異的抗体またはCD3Fv-IL-3融合構築物およびより最近、抗CD123キメラ抗原受容体T細胞のような複数の薬剤が開発されている。これらのアプローチのいくつかは現在臨床試験で評価中であり、さらに多くが数年以内に臨床で試験される。キメラ抗原受容体T細胞(CART123)でのCD123のターゲティングは、ヒト初代AML異種移植における深くかつ長期の応答をもたらし、抗白血病T細胞記憶を確立できる。ここで、CD123は、CD19指向治療後に生じるCD19陰性B-ALL再発で発現され、CART19(CTL019)と組み合わせたCAR-123 T細胞は、B-ALL異種移植における抗原喪失再発の処置および予防のための有効な治療である。
材料および方法
細胞株および初代サンプル。細胞株は、元々ATCC(Manassas, VA)(K-562)またはDSMZ(Braunschweig, Germany)(MOLM-14およびNALM-6)から得た。全細胞株を、マイコプラズマ汚染について試験した(MycoAlertTM Mycoplasma Detection Kit, LT07-318, Lonza, Basel, Switzerland)。いくつかの実験について、細胞株をホタルルシフェラーゼ/eGFPで形質導入し、次いでソートして>99%陽性集団を得た。ルシフェラーゼ陽性K-562細胞株も、切断型CD19または切断型CD123で形質導入して、両者のいずれも発現しない、CD19のみまたはCD123のみを発現する細胞株を得た。MOLM-14およびK562を、関連する図面に示すように対照として使用した。細胞株を、10%ウシ胎児血清(FBS、Gemini, 100-106, West Sacramento, CA)および50UI/ml ペニシリン/ストレプトマイシン(Gibco, LifeTechnologies, 15070-063)添加RPMI培地1640(Gibco, 11875-085, LifeTechnologies, Grand Island, NY)での培養により維持した。非特定化初代ヒトALL骨髄(BM)および末梢血(PB)検体を、Institutional Review Board(IRB)プロトコールの下、University of Pennsylvania/Children’s Hospital of Philadelphiaでの診療から得るか、Stem Cells and Xenograft Core of the University of Pennsylvaniaから購入するかまたは現在のCTL019臨床試験の試験サンプルから得た(Translation and Correlative Study Laboratory, at the University of Pennsylvania)。全機能的試験のために、初代細胞を実験の少なくとも12時間前に融解し、37℃で休息させた。
初代B-ALL芽細胞のインビボ拡張。D. M. Barrett, A. E. Seif, C. Carpenito, D. T. Teachey, J. D. Fish, C. H. June, S. A. Grupp, G. S. Reid, Noninvasive bioluminescent imaging of primary patient acute lymphoblastic leukemia: a strategy for preclinical modeling. Blood 118, e112-117 (2011)に開示の方法。
蛍光インサイチュ・ハイブリダイゼーション(FISH)および免疫組織化学。FISH分析および免疫組織化学を標準法にしたがい、かつ記載のように実施した(M. A. Belaud-Rotureau, M. Parrens, P. Dubus, J. C. Garroste, A. de Mascarel, J. P. Merlio, A comparative analysis of FISH, RT-PCR, PCR, and immunohistochemistry for the diagnosis of mantle cell lymphomas. Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc 15, 517-525 (2002))。FISH分析を標準法により実施した。簡潔にいうと、採取したALL細胞を固定液(酢酸およびメタノール)に懸濁し、スライドに沈着させ、乾燥させた。デュアルカラー遺伝子融合プローブBCR/ABL(Abbott Molecular)をハイブリダイゼーション緩衝液に適用した。スライドにカバースリップを載せ、密封し、37℃で6時間、HYBriteチャンバー内に入れた。シーラントおよびカバースリップ除去後、スライドを2回洗浄し、ブロットし、乾燥させ。DAPIで対比染色した。スライドを蛍光顕微鏡下に試験し、各検体で最小200核を評価した
CAR構築物およびCAR T細胞の産生。マウス抗CD19キメラ-抗原受容体(CD8ヒンジ、4-1BB共刺激性ドメインおよびCD3ゼータシグナル伝達ドメイン)を先に記載されたように産生した。(Milone, et al., Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy 17, 1453-1464 (2009) and Imai, et al., Leukemia 18, 676-684 (2004))。これは、現在University of PennsylvaniaででのCTL019臨床試験で使用されるものと同じ構築物である。CAR123について、scFv抗CD123(1172構築物(配列番号707およびPCT/US2014/017328号に記載)を使用し、CAR19の同じ骨格構築物であった。CAR発現T細胞の産生を先に記載のように実施した。(Gill, et al., Blood 123, 2343-2354 (2014))。正常ドナーCD4およびCD8 T細胞またはPB単核細胞(PBMC)Human Immunology Core of the University of Pennsylvaniaから得た。T細胞を、1×10/mlでCD4:CD8比1:1で播種し、ヒトAB血清5%(Gemini、100-512)、ペニシリン/ストレプトマイシン(Gibco、15070063)およびGlutamax(Gibco、35050061)を添加したX-vivo 15培地(Lonza、04-418Q)で、抗CD3/CD28 Dynabeads(Life Technologies、11161D)を使用して培養1日に添加し、6日目に除去して、拡張した。T細胞を、2日目にレンチウイルスで形質導入した。T細胞を8~15日の培養で拡張し、中央細胞体積が300flを下回るときに採取した。T細胞を、その後の実験のために、10%DMSO添加FBSで凍結保存した。全実験前に、T細胞を融解し、一夜、37℃で休息させた。
多変数フローサイトメトリー。フローサイトメトをBiolegend、eBioscienceまたはBecton Dickinsonから購入した。細胞をインビトロ培養物または動物から単離し、2%ウシ胎児血清添加PBSで1回洗浄し、15分、室温で染色した。細胞数定量のために、Countbright(Invitrogen)ビーズを製造業者の指示に従い使用した。全検体において、目的の集団を前方対側方散乱光特徴に基づき、続いて一重項ゲーティングによりゲーティングし、生存細胞をLive Dead Fixable Aqua(Invitrogen)を使用してゲーティングした。時間ゲーティングを品質管理のために含ませた。CAR19の表面発現を、先に記載のように、抗イディオタイプ抗体を使用して検出した。CAR123の検出を、ヤギ-抗マウス抗体(Jackson Laboratories)またはCD123-Fc/His(Sino Biologicals)および抗His-APC(R&D)またはPE(AbCam)を使用して実施した。フローサイトメトリーを、4レーザーFortessa-LSR IIサイトメーター(Becton-Dickinson)で実施し、FlowJo×10.0.7r2(Tree Star)で分析した。
インビトロT細胞エフェクター機能アッセイ。脱顆粒、CFSE増殖、細胞毒性アッセイおよびサイトカイン測定を先に記載のように実施した。(Gill, et al., Blood 123, 2343-2354 (2014) and Kalos, et al., Science translational medicine 3, 95ra73 (2011)))。
脱顆粒アッセイ。簡潔にいうと、T細胞を、標的細胞と1:5比でT細胞培地で培養した。抗CD107a-PECY7(Biolegend)、抗CD28(BD Biosciences)、抗CD49d(BD Biosciences)抗体およびモネンシン(BD Biosciences)を共培に添加した養。4時間後、細胞を採取し、CAR発現、CD3、CD8およびLive Dead aqua染色(Invitrogen)について染色した。細胞を固定し、透過性処理し(Invitrogen Fix/Perm緩衝液)、細胞内染色を次いで実施して複数サイトカイン(IFN、TNFα、IL-2、GM-CSF、MIP1β)を検出した。
増殖アッセイ。T細胞を洗浄し、1×10/mlで100μlのPBSに再懸濁し、100μlのCFSE 2.5μM(Invitrogen)で5分、37℃で染色した。次いで冷培地で反応停止させ、細胞を3回洗浄した。標的を100Gy線量で照射した。T細胞を、1:1比で照射標的細胞と120時間インキュベートし、培地を24時間に添加した。細胞を次いで採取し、CD3、CARおよびLive Dead aqua(Invitrogen)で染色し、Countbrightビーズ(Invitrogen)を添加して、絶対定量のためにフローサイトメトリー分析を行った。
細胞毒性アッセイ。ルシフェラーゼ/eGFP+細胞株を、先に記載のように細胞毒性アッセイのために実施した。簡潔にいうと、標的を、記載する比でエフェクターT細胞と24時間インキュベートした。致死を、Xenogen IVIS-200 Spectrumカメラでの生物発光造影により計算した。
サイトカイン測定。エフェクターおよび標的細胞を、1:1比でT細胞培地中、24時間共インキュベートした。上清を採取し、製造業者(Invitrogen)のプロトコールに従い、30-plex Luminexアレイ(Luminex Corp、FLEXMAP 3D)により分析した
動物実験。インビボ実験を、先に記載のように実施した(Kenderian, et al., Leukemia, (2015)))。利用した異種移植モデルのスキームは、関連する図面、結果に詳述する。Jackson Laboratoriesから元々得たNOD-SCID-γ鎖-/-(NSG)を、Stem Cell and Xenograft Core of the University of Pennsylvaniaから購入した。全実験は、NIH Guide for the Care and Use of Laboratory Animalsに取り組むInstitutional Animal Care and Use Committee (IACUC)により承認されたプロトコール(#803230)に従い実施した。細胞(白血病細胞株またはT細胞)を、200μlのPBS中、記載する濃度でマウスの尾静脈に注射した。生物発光造影をXenogen IVIS-200 Spectrumカメラを使用して行い、LivingImageソフトウェアv. 4.3.1(Caliper LifeSciencies)で分析した。動物を実験の最後にまたはIACUCぷy路とコールの予め特定されたエンドポイントを充足したとき屠殺した
多光子顕微鏡。マウスを麻酔し、37℃のコア温度に維持した。骨髄頭皮を除き、頭蓋を固定化した後、造影した。造影を、ピコ秒レーザー(Coherent)を備えたLeica SP5 2光子顕微鏡システム(Leica Microsystems)を使用して実施した。各画像獲得は20秒続き、続いてマウス鎮静を評価した。CellTrace Violet、GFPおよびCellTrace Orange(またはTRITC)を、850nmのレーザー光を使用して励起させた。画像を20×水浸レンズを使用して得た。得られた画像をVolocityソフトウェア(PerkinElmer)で分析した。
統計分析。全統計学を、GraphPad Prism 6 for Windows、version 6.04(La Jolla、CA)を使用して、示すとおりに実施した。スチューデントt検定を2群の比較に使用した;複数群を比較する分析において、一元分散分析(ANOVA)を、複数比較のためのHolm-Sida補正と共に実施した。複数時点での複数群/比を比較するとき、各時点/比のスチューデントt検定またはANOVAを使用した。生存曲線を、log-rank検定を使用して比較した。図において、アスタリスクをp値を表すために使用し(*=<0.05、**=<0.01、***=<0.001、****=<0.0001)、“ns”は“非有意”(p>0.05)を示す。各実験の統計についてのさらなる詳細は、図の説明文に記載する。
結果
CD123は、B-ALL、白血病幹細胞およびCD19陰性再発において発現される
B細胞急性リンパ芽球性白血病におけるCD123の発現を評価するために、成人および小児ALL患者からの42サンプルを分析し、我々の現在のCTL019臨床試験に参加する14対象を含む。図31A、31Bおよび38Aに示すように、CD123は、大部分のALL芽細胞の表面に高度かつ均一に発現され、標的化治療の理想的候補を表す。さらに、CD123はまたCD34 CD38-として同定される推定白血病幹細胞(LSC)に発現されることも示される(図31C)。CD19陰性芽細胞の小サブセットを、あるB-ALL患者で同定でき、これらの細胞が、悪性表現型を有する細胞に含まれるならば、抗原喪失再発に寄与する。CD19陰性サブセットにおける疾患の存在を評価するために、フィラデルフィア染色体陽性B-ALLバルク集団からのCD19CD123細胞をソートした(CD45dim、図38Bに示すゲーティング戦略)。これらの細胞は、CD19芽細胞の低い頻度に関わらず、BCR-ABL転座についてクローナルであることが判明した(図31D)。この知見は、CD19単独ターゲティングは、ある場合において、CD19CD123細胞由来のサブクローナル再発にいたることを示唆する。さらに、この知見は、CD123ターゲティングが、LSCの消失および恐らくCD19-neg 白血病クローンにより深い応答にいたることを示唆する。
最後に、CD123の発現も、CD19喪失によるCTL019後のB-ALL患者再発性のサンプルで評価した。重要なことに、CD19の完全喪失とは対照的に、患者の大部分は、再発時CD123発現を維持した(図31E、31Fおよび38C)。これらの知見は、CD123が、CART19またはブリナツモマブ後に生じるCD19-neg ALL芽細胞を標的とする理想的マーカーであることを表す。
抗CD123キメラ抗原受容体T細胞は、インビトロおよびインビボでヒトB-ALLに対して活性である
抗CD123キメラ抗原受容体T細胞(CART123)を、レンチウイルスにより形質導入し、抗CD3/CD28磁気ビーズで拡張して産生した(37)。B急性リンパ芽球性白血病に対するCART123のインビトロおよびインビボ活性を、ここで、記載のように評価した。
CD19+およびCD123であるB-ALL細胞株NALM-6(図32Aおよび39A)および初代B-ALLサンプルを使用した。CART123とCART19の一対一インビトロ比較は、T細胞をNALM-6または初代ALLと共培養したとき、CD107a脱顆粒の類似の速度を確認した(図32B)。CART123はまた用量依存的方式で、CART19と類似の有効性でNALM-6細胞を殺すことができた(図32C)。より長期の実験において、CART123は、NALM-6または初代ALLと3~5日共培養したとき、増殖し(図32Dおよび32E)、複数サイトカインを産生した(図32F)。これらの結果は、CART123が複数B-ALL標的に対してCART-19と同等な効力を示すことを示す。
インビボモデルでこれらのデータを確認するために、初代ALLモデルを利用した。このモデルにおいて、B-ALL患者から得た初代芽細胞をNOD-SCID-γ鎖ノックアウト(NSG)マウスで継代し、eGFPおよびクリックビートルルシフェラーゼ含有レポーター構築物(GFP/Luc)で形質導入した。NSGマウスに、GFP/Luc+初代ALL芽細胞をi.v.(JH331、CD19、CD123、付加表現型)を注射し、生着後、マウスをCART19、CART123または対照非形質導入T細胞(UTD)を受けるよう無作為化した。対照T細胞で処置したマウスは疾患に直ぐに屈し、一方CART19またはCART123のいずれかで処置したマウスは腫瘍根絶および長期生存を示した(図33Aおよび33B)。CAR123 T細胞は、対照T細胞と比較してマウスの末梢血(PB)で顕著に拡張し、高レベルのCAR123を発現した(図33C)。CART123の抗白血病活性は、我々が、マウスにCD123- CD19 白血病(AV576)を移植したとき、CART19のみ抗白血病活性を示し、CART123は対照UTDと比較して効果を有しなかったことから、特異的であり、芽細胞の表面のCD123の認識に基づいた(図39Bおよび39C)。
CART123用量と抗腫瘍活性の可能性のある相関を検出するために、高白血病負荷担持マウスのインビボモデル(NALM-6細胞株を使用)を開発した。このモデルにおいて、標準用量のCART123(200万CAR+細胞)は腫瘍を浄化できない。これらのマウスに、種々の用量のCART123(125万、200万および500万CAR+細胞)を注射し、用量関連抗白血病活性を観察した(図39D)。
CART123は、抗原喪失再発の新規前臨床的モデルで高度に活性であるが、CART19は活性ではない
CD19陰性再発を標的とする新規の新規ストラテジーを試験するために、抗原喪失再発のインビボモデルを開発した。我々のCTL019臨床試験に参加した患者(CHP101)から得たB細胞芽細胞を、疾患がCD19+およびCD123であった、ベースライン(CTL019治療前)および患者がCD19陰性疾患を発症したCTL019後再発(CD123はなお発現、図40A)に採取した。芽細胞を次いでNSGマウスで拡張させ、ベースライン疾患(CD19)についてクリックビートル緑色ルシフェラーゼ(CBG)または再発(CD19-)についてクリックビートル赤色ルシフェラーゼ(CBR)と形質導入した(方法の部分参照)。重要なことに、インビボ拡張中、芽細胞は、CD19以外のB細胞アイデンティティのマーカーを維持した(データは示していない)。第一の実験において、NSGマウスに、ベースライン疾患CD19(CBG、緑色)またはCD19-neg(CBR、赤色)白血病を移植した。両群を、CART19または対照T細胞(UTD)を受けるよう無作為化した(図34A)。図34Bに示すように、両群において、UTDで処置したマウスは、CD19発現と無関係に、ベースラインおよび再発疾患の両者の急速な進行を示した。逆に、CART19で処置したマウスの群において、ベースライン疾患(CD19陽性)を移植したマウスのみがCART19処置に応答し、再発疾患(CD19陰性)を移植したマウスは、予想どおり不応性を示した。これはまたインビトロでCD107a脱顆粒アッセイでも再現された(図40B)。インビボを模倣するために、種々のクローン発現CD19存在下またはその不在下、NSGマウスに、ベースラインおよび再発疾患の1:1混合物を移植した;8日目マウスを、CART19または対照T細胞を受けるように無作為化した。腫瘍負荷を、インビボでCD19(CBG、緑色)/CD19-(CBR、赤色)白血病相対的増殖を区別できる生物発光造影でモニターした。図43Cに示すように、CD19(緑色)およびCD19-(赤色)の両者のUTDを受けたマウスにおいて、6日目に存在した白血病は、11日目に同様に増殖したが、ベースライン疾患(緑色)を有するCART19で処置したマウスにおいて、完全に消失し、再発疾患(赤色)は進行を示した。
初代CD19陰性B-ALLおよびCART19のこの独特の異種移植モデルは、抗原喪失再発の処置におけるCART123の役割を評価できなかった。初代CD19陰性芽細胞(CBR陽性)をNSGマウスに注射し(図34D)、マウスをCART19、CART123または対照T細胞を受けるように無作為化した。CART19および対照T細胞は、抗腫瘍活性の完全な欠如を示し、一方CART123はこれらのマウスにおいて疾患の完全根絶および長期生存に到った(図34Eおよび34F)。実際、CART19に難治性の初代B-ALLの前臨床モデルにおいて、新規CART123は疾患を根絶でき、長期生存に寄与する。
単一細胞レベルでこのインビボモデルにおけるCART19およびCART123の差示的行動を理解するために、CD19陽性原発芽マウスに細胞(GFP)またはCD19陰性再発芽細胞(GFP)担持種々に標識したCART19(CellTrace Violet、青色)およびCART123(CellTracker OrangeまたはTRITC、赤色)の混合物を注射し、注射約24時間後頭頂骨髄の生体内2光子顕微鏡を使用して、その行動を追跡することにより、一連の実験を実施した(実験スキーム、図35A)。これらの試験は、CART19およびCART123が、白血病を含む髄腔に輸送され、同属抗原のCART細胞認識が運動性抑止と相関することを示した。具体的に、ベースラインCD19CD123白血病を移植したマウスにおいて、62.9%±3.8のCART19および81.1%±1.2のCART123が、芽細胞に近い円形形態学で失速することが判明し、一方、再発CD19CD123白血病を移植したマウスにおいて、CART123細胞のみが腫瘍細胞に隣接して抑止された(CART123 80.9%±5.1対CART19 12.4%±2.2)(図35Bおよび35C)。これらの知見は、CD19陰性再発ALLにおいて、CART123のみが、白血病細胞(GFP)と生産的シナプスを確立でき、それゆえに運動性を低減させるが、CART19細胞は、白血病芽細胞を認識することなく環境内でサンプリングおよび移動を続けることを示唆する。
CART123とCART19の組み合わせはCD19陰性再発を予防できる
CART123は、CART19耐性前臨床的モデルにおけるCD19指向治療後に生じるCD19陰性再発の処置に有効であることが示された。しかしながら、組み合わせアプローチは、抗原喪失再発を同時に予防しながら、活動性CD19陽性疾患を処置できるはずである。この仮説を試験するために、CD19陰性エスケープの可能性を有するB-ALLの発生する臨床問題を、NSGマウスに初代CD19-およびCD19疾患を一緒に注射することによりモデル化した。次いで、マウスを対照T細胞(UTD)、CART19またはCART19とCART123の組み合わせを、同じT細胞の総用量で受けるように無作為化した(図36A)。図36Bに示すように、対照T細胞で処置したマウスは、両白血病クローンの急速な進行を示し、CART19は、大部分CD19-neg疾患(赤色)の急速な進行を示した。対照的に、図36Cに示すように、CART123とCART19の組み合わせで処置したマウスは疾患の浄化および全生存改善を示した。実験の最後に屠殺したマウスの分析で、貯留CAR T細胞群で白血病残存の証拠は示されなかった。対照的に、CART19単剤療法後疾患進行したマウスは、予測したCD19陰性表現型を維持した(図36D)。
最後に、T細胞を、CD19および/またはCD123の両者により活性化され得るCARTを発生させるために、一方はCAR19を担持し、他方はCAR123を担持する2レンチウイルスで形質導した。図37Aに示すように、4つの異なって形質導入されたT細胞サブセットが検出された:CAR19およびCAR123二重陰性、CAR19単一陽性、CAR123単一陽性および二重陽性CAR19/CAR123 T細胞。これらの4サブセットをソーとし、それらの機能性および特異性を、K562-WT、K562 CD19またはK562 CD123に対して試験した。図37Bは、CD107a脱顆粒アッセイの結果を示し、ここで、単一陽性サブセットはその特異的標的に応答するが、二重陽性集団のみが、CD19およびCD123両者を発現するK562存在下で脱顆粒できた。さらに、二重刺激CART細胞は、等数の単一刺激CART細胞と比較して、二重陽性標的に対するより強力な細胞毒性を示し、2つの異なる抗原により誘発されるCARの使用による有効性増加の可能性を示唆する(図37C)。
考察
CD19指向免疫療法は、再発性および難治性急性リンパ芽球性白血病の処置パラダイムを変える。以前は悲惨な結果であった患者が、今や、完全応答および長期疾患寛解を達成する現実的な可能性がある。しかしながら、他の形態の強力な標的化治療で処置される白血病のある状況下で示されるように、白血病細胞は、耐性および再発に至る抗原喪失変異を発達できる。CART19の場合、再発の2つの大きなパターンが観察されている。残留性の失敗よりCART19の早期喪失を有する患者は、元のクローンでの再発のリスクがある;実際、最小残存疾患分析は、CART活性の1~6ヶ月の持続が悪性腫瘍の完全根絶に必要であり得ることを示す。対照的に、再発の約50%は、CART19残留性に関わらず生じ、aCD19陰性白血病の発生により特徴付けられる。後者の観察は、CART19による強力な選択圧を含意する。顕著なことに、CD19陰性再発はまたブリナツモマブ治療後も生じ得るが、これらはこのほぼ間違いなくあまり強力ではない治療の後に生じる再発の少数をあらわす。(5)CD19陰性疾患の発症の機構は複数の可能性がある。これらの一つは、ベースラインで極めて低頻度で存在し、これが、最初CD19陰性再発の最も可能性の高い因子と考えられていたCD19陰性クローンの選択および相対的生存優位性である。より最近、CD19のスプライシングの調節不全のような他の機構も重要であると見なされている。本発明は、始めて、B-ALLにおける稀なCD19-ve芽細胞が、より一般的なCD19陽性白血病芽細胞に見られるホールマーク細胞遺伝学的異常を含み得ることを示し、これを、CD19陰性再発の可能性のある機序として確認する。我々は、これらの知見を、CD123CD19-ve芽細胞が免疫欠損マウスに移植でき、CD123が、AMLにあるため、B-ALLにおける白血病性幹細胞のマーカーであり得ることを示すことにより確認した。
この研究の目的は、CD19指向治療後の抗原喪失を有する再発性の患者を処置する新規戦略を規定することであった。CD123は、B-ALLの大部分で高度に発現され、特にCD123は、CD19陰性疾患で再発したもので発現し続けた。CD19CD123集団におけるクローナル白血病性細胞の存在を証明し、CART19と組み合わせたCD123のターゲティングが、CART19圧により選択的優位性のために増殖するサブクローンの根絶の可能性を増加できる。CD123は、AMLにおける白血病性幹細胞のマーカーとして先に確認されている。ここで、CD123がALLにおいて免疫表現型的に定義される白血病性幹細胞(LSC)に発現され、LSCにおけるCD123のターゲティングがALL根絶を促進することが示された。
抗原喪失再発におけるCART 123の役割を試験するために、CD19陰性再発の新規異種移植モデルを、University of Pennsylvania/Children’s Hospital of PhiladelphiaのCTL019治験に参加したB-ALL患者(CHP101)由来の初代芽細胞から開発した。この患者は、ベースラインで、古典的CD19CD123表現型を有したが、CART19処置後CD19CD123疾患で再発した。このモデルを使用して、CART123が再発疾患を根絶でき、CART19と組み合わせて、抗原喪失再発を呼ぼうできることが示された。これは、臨床的に関連する、患者由来モデルにおけるデュアルCART組み合わせを証明した初めてである。さらに、生体内造影を使用して、CART細胞が静脈内注射24時間以内に骨髄に入り、その標的を探し、同属抗原担持細胞と相互作用するために減速することが示された。さらに、先に公開した結果と一致して、デュアルシグナル伝達CART123/19は、CART単独または両CARのプールより有効であることが示された。
先に、抗CD123キメラ抗原受容体の急性骨髄白血病の処置における前臨床有効性が示された。CART123は、造血幹および前駆細胞のCD123の認識により造血毒性を起こし、恐らく、重度の幹細胞毒性が長期骨髄枯渇にいたるため、臨床翻訳の大きな課題である。造血毒性を最小化するために、CD19およびCD123の同時の共結合によってのみT細胞を活性化する新規構築物は、この造血毒性を取り除くはずであると仮説だてられた。ここで、 CD19認識からの活性化シグナルおよびCD123認識からの刺激性シグナルを受けたCART細胞はB-ALL細胞を殺し、同時に我々が先に述べている重度の造血毒性を避ける。この概念はCD19/PSMA認識の人工システムを使用して以前公開されたが、この臨床的に関連する構築物は、臨床翻訳への相対的に明らかな道を提供して当分野の大きな進歩を表す。顕著なことに、このゆなデュアルCARデザインは低毒性と関係する可能性が高いが、CAR認識を、より弱くではなく、より強く制限することにより、抗原喪失再発の問題が取り組まれないままになり得る。しかしながら、CD123のターゲティングでALL幹細胞の根絶が成功するならば、この試みは安全かつ効果的である。
要約すると、ここで照明されるのは、CD123のターゲティングによるB-ALLを処置するための新規かつ有効な効果的な戦略である。この試みは、CD123がB-ALLの一部の患者で稀なCD19陰性悪性細胞に発現され、CD19指向免疫療法後に生じる抗原喪失再発で維持されるため、特に魅力的である。さらに、CART19とCART123の組み合わせは、CD19陰性再発を予防できる。
実施例8:チェックポイント阻害剤と組み合わせたCART機能および治療指数の増強
キメラ抗原受容体T細胞(CART)治療は、ここ数年、血液系腫瘍の強力かつ潜在的に治癒的な治療として開発されている。CD19指向CART細胞は、急性リンパ芽球性白血病において約90%の素晴らしい完全応答率をもたらしており、これは患者の大部分で持続性である。しかしながら、慢性リンパ性白血病のような他の悪性腫瘍における全体的応答率は、約50%である。これは、白血病細胞により誘発されるCART疲弊および機能不全と一部関係する。本実施例において、阻害性受容体/経路の役割を、血液系腫瘍におけるCART細胞機能不全および疲弊の誘導において評価した。
腫瘍モデルとして、急性骨髄白血病(AML)細胞株(MOLM14)および初代AMLサンプルを、CD33またはCD123指向CART細胞(41BBおよびCD3z刺激性ドメインおよびレンチウイルスベクターを含む、1172構築物(配列番号707))で処置した。
初代AMLサンプルまたはMOLM14細胞株とCD33またはCD123指向CARTのインキュベーションは、インキュベーション24時間後の腫瘍細胞のPDL1の顕著な上方制御(0日目0%対1日目80%、P<0.001)および共培養3~7日後のT細胞におけるPD1およびTIM3の上方制御(0日目T細胞の8%がPD1発現対3日目の43%、P=0.03および0日目13%のT細胞がTIM3発現対3日目71%、p=0.001、図41A、41Bおよび41C)をもたらした。さらなるフローサイトメトリー分析は、CD8 T細胞およびCD4 T細胞におけるチェックポイント阻害剤PD1、TIM3およびさらなるチェックポイント阻害剤LAG3およびCTLA4の情報制御を示した(図42A、42B、42Cおよび42D)。重要なことに、最大発現は、標的細胞(初代AMLまたはMOLM14細胞)暴露3~7日後に見られた。
インビボ実験について、NSG(NOD-SCID-g-/-)マウにMOLM14細胞株を移植した。これらのAML異種移植の最適以下の用量のCD33またはCD123 CARTでの処置は、最初の抗腫瘍応答、続いてマウスの40~60%での疾患再発をもたらした(図44)。
T細胞をこれらのマウスの骨髄から単離し、阻害性受容体の差次的発現について分析した。CART細胞治療後寛解したマウスから単離したT細胞と比較して、再発疾患を有するマウスから単離したT細胞でPD1およびTIM-3受容体の有意な上方制御があった(図43および45)。
次に、CART細胞治療後のエキソビボでのT細胞機能改善のためのチェックポイント阻害剤添加の役割を試験した。CART細胞治療後再発したマウスの骨髄から単離したT細胞を、腫瘍存在下、PD-1阻害剤(BioXcell, Catalog No.はBE0193およびクローン番号はJ110)、TIM3阻害剤(Biolegend、クローンF38-2E2、Catalog No. 345010)、CEACAM阻害剤(Sigma-Aldrich、Catalog No. SAB1403604-100UG)またはPD1阻害剤とTIM3阻害剤の組み合わせまたはPD1阻害剤とCEACAM1阻害剤の組み合わせの存在下、共培養した。チェックポイント阻害剤を、10μg/mlの濃度で投与した。チェックポイント阻害剤の存在下、サイトカイン産生(例えば、IFN-ガンマ)およびKi-67増殖マーカーにより測定して、CART細胞エフェクター機能の改善があった。CART細胞エフェクター機能の改善は、PD1阻害剤およびTIM3阻害剤の両者が合わさったとき、より顕著であった(図46Aおよび46B)。
最後に、どのチェックポイント阻害剤とCARTの組み合わせが抗腫瘍活性を改善するか、例えば、AML異種移植における治療指数を増強し、再発を予防するかについて試験した。この試みにおいて、MOLM14異種移植を、最適以下の用量のCD33またはCD123指向CARTまたは対照非形質導入T細胞(UTD)で、種々のチェックポイント阻害剤と組み合わせてまたは組み合わせずに処置した。NSGマウスに、MOLM14 AML細胞株を移植した。移植を生物発光造影により確認した。次いで、AML異種移植片を、最適以下の用量(0.25~0.5×10総T細胞I.V)のCD33またはCD123指向CARTまたは対照非形質導入T細胞(UTD)で処置した。マウスはまたPD-1遮断、TIM3遮断または両者の組合せを、T細胞3日、6日、9日および12日後に受けた。マウスを、疾患負荷を評価するための連続的造影で追跡した。実験スキームは図47および49に漸くする。
チェックポイント阻害剤の非形質導入T細胞への添加は、抗白血病性効果に至らなかった(図48)。しかしながら、PD1またはTIM3遮断の添加は、図50A、50B、50Cおよび50Dに示されるように、相乗的抗腫瘍活性をもたらした。持続性の完全応答率は、CART123単独処置で45%(図50A、50Bおよび50C)、CART123+PD1阻害処置で80%(図50A)、CART123+TIM3阻害処置で100%(図50B)およびCART123+PD1およびTIM3両者の阻害処置で80%(図50C)であった。
それゆえに、チェックポイント阻害剤と組み合わせたCART123での処置は、いずれかのチェックポイント阻害剤単独を投与したときに見られる抗腫瘍効果と組み合わせた、CART123を投与したときに見られる抗腫瘍効果より大きな抗腫瘍活性を生じた。これらの結果は、PD1およびTIM3経路が、AMLにおけるCART疲弊および機能不全に関与することを示す。チェックポイント阻害剤とCART細胞の組み合わせは、AMLおよび他の血液系腫瘍における機能増強に至り得る。
実施例9:低用量RAD001は、細胞培養モデルにおけるCART増殖を刺激する
インビトロでのCAR T細胞増殖に対するRAD001の低用量の効果を、CART発現細胞と標的細胞を種々の濃度のRAD001存在下で共培養することにより評価した。
材料および方法
CAR形質導入T細胞の産生
ヒト化、抗ヒトCD19 CAR(huCART19)レンチウイルス転移ベクターを、VSVg偽型レンチウイルス粒子に封入されたゲノム材料を産生するために使用した。ヒト化抗ヒトCD19 CAR(huCART19)のアミノ酸およびヌクレオチド配列は、2014年3月15日に出願されたPCT出願、WO2014/153270号に記載されたCAR 1、ID 104875であり、そこで配列番号85および31とされている。
レンチウイルス転移ベクターDNAを、3パッケージング要素VSVg env、gag/polおよびrevと、リポフェクタミン試薬と組み合わせて混合し、レンチ-X 293T細胞をトランスフェクトする。培地をその後24時間および30時間に交換し、ウイルス含有培地を採取し、濾過し、-80℃で保存する。CARTを、健常ドナー血液またはleukopakの陰性磁気選択により得た新鮮または凍結ナイーブT細胞の形質導入により産生する。T細胞を、抗CD3/抗CD28ビーズと24時間インキュベーションすることにより活性化し、ウイルス上清または濃縮ウイルス(それぞれ、MOI=2または10)を培養に添加する。修飾T細胞を約10日増殖させる。細胞形質導入のパーセンテージ(細胞表面のCARを発現)およびCAR発現レベル(相対蛍光強度、Geo Mean)を、7~9日目にフローサイトメトリー分析で決定する。増殖速度遅延および約350fLに近づくT細胞サイズの組み合わせが、T細胞をその後の分析のために凍結保存する状態を決定する。
CART増殖評価
CARTの機能性を評価するために、T細胞を融解し、計数し、生存能をCellometerで評価する。各培養における多数のCAR陽性細胞を、非形質導入T細胞(UTD)を使用して標準化する。CARTに対するRAD001の影響を、50nMから開始してRAD001のタイトレーションにより試験した。全共培養実験において使用する標的細胞株は、CD19を発現し、ルシフェラーゼを発現するように形質導入されたヒト前B細胞急性リンパ芽球性白血病(ALL)細胞株であるNalm-6である。
CARTの増殖を測定するために、T細胞を標的細胞と1:1比で培養する。アッセイを4日行い、細胞をCD3、CD4、CD8およびCAR発現について染色する。多数のT細胞を、対照としてカウンティングビーズを使用するフローサイトメトリーにより評価する。
結果
CART細胞の増殖能力を、4日共培養アッセイで試験した。多数のCAR陽性CD3陽性T細胞(濃色棒)および総CD3陽性T細胞(薄色棒)を、CAR形質導入および非形質導入T細胞とNalm-6の培養後評価した(図53)。huCART19細胞は、0.016nM未満のRAD001の存在下で培養したとき増殖し、化合物が高濃度ではそれより少なく増殖した。重要なことに、0.0032および0.016nM RAD001両者で、増殖はRAD001非添加で観察されるより高かった。非形質導入T細胞(UTD)は検出可能な増殖を示さなかった。
実施例10:低用量RAD001はインビボでCART増殖を刺激する
本実施例は、huCAR19細胞が種々の濃度のRAD001存在下でインビボで増殖する能力を評価する。
材料および方法:
NALM6-luc細胞:NALM6ヒト急性リンパ芽球性白血病(ALL)細胞株は、再発ALL患者の末梢血から展開された。その後、細胞はホタルルシフェラーゼでタグ付けされた。これらの懸濁細胞を、10%熱不活性化ウシ胎児血清添加RPMIで増殖させた。
マウス:6週齢NSG(NOD.Cg-PrkdcscidIl2rgtm1Wjl/SzJ)マウスを、Jackson Laboratory(stock number 005557)から得た。
腫瘍インプラント:NALM6-luc細胞を、インビトロで10%熱不活性化ウシ胎児血清添加RPMIで増殖および拡張した。次いで、細胞を15mlコニカルチューブに移し、2回冷滅菌PBSで洗浄した。NALM6-luc細胞を、次いで、計数し、PBS1ミリリットルあたり10×10細胞濃度で再懸濁した。細胞を氷上に置き、直ぐに(1時間以内に)マウスにインプラントした。NALM6-luc細胞を、100μl体積で、合計マウスあたり1×10細胞で尾静脈に静脈注射した。
CAR T細胞投薬:マウスに、腫瘍インプラント7日後5×10 CAR T細胞を投与した。細胞を、37℃水浴で一部溶かし、その後、1mlの冷滅菌PBSを細胞を含むチューブに添加しながら完全に融解した。融解細胞を15mlファルコンチューブに移し、PBSで最終体積10mlに合わせた。細胞を、各1000rpmで10分、2回洗浄し、次いで、血球計数器で計数した。T細胞を、次いで、冷PBS1mlあたり50×10 CAR T細胞濃度で懸濁し、マウスに投薬するまで氷上に維持した。マウスに、100μlのCAR T細胞を、マウスあたり5×10 CAR T細胞の用量で、尾静脈から静脈注射した。群あたり8マウスが、100μlのPBS単独(PBS)またはヒト化CD19 CAR T細胞で処置された。
RAD001投薬:1mg RAD001に相当する50mg濃縮マイクロエマルジョンを製剤し、投薬時にD5W(デキストロース5%水溶液)に再懸濁した。マウスに、200μlの所望の用量のRAD001を連日経口投与(強制喫食)した。
PK分析:マウスに、腫瘍インプラント7日後から開始して、連日RAD001を投薬した。投薬群は次のとおりであった:0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kgおよび10mg/kg。マウスは最初のおよび最後のRAD001投与0日目および14日後、PK分析のために次の時点で採血した:15分、30分、1時間、2時間、4時間、8時間、12時間および24時間。
結果:
RAD001の増殖および薬物動態を、NALM6-luc腫瘍担持NSGマウスで試験した。RAD001単独の連日経口投与は、NALM6-luc腫瘍増殖に影響を有しなかった(図54)。RAD001の薬物動態分析は、腫瘍担持マウスの血中でかなり安定であることを示した(図55Aおよび55B)。0日目および14日目両者のPK分析は、血中のRAD001濃度が、試験した最低用量(0.3mg/kg)の投薬の24時間後でも10nm以上であることを示す。
これらの用量に基づき、huCAR19 CAR T細胞を、これらの細胞の増殖能を決定するために、RAD001を伴いまたは伴わずに投薬した。使用した最高用量は、投薬24時間後の血中のRAD001のレベルに基づき、3mg/kgであった。最後のRAD001の投与の24時間後RAD001濃度が10nMを超えていたため、いくつかのRAD001の低用量を、CAR T細胞でのインビボ研究に使用した。CAR T細胞を、連日経口RAD001投薬開始1日前にIV投与した。マウスを、T細胞増殖についてFACSでモニターした。
最低用量のRAD001は、CAR T細胞の増殖増加を示す(図56)。この増殖増加は、CD8 CAR T細胞よりもCD4 CAR T細胞でより明白であり、長い。しかしながら、CD8 CAR T細胞で、増殖増加は、CAR T細胞投与後最初の時点でしか見ることができない。ある態様において、RNA CART細胞を、チェックポイント阻害剤と組み合わせも使用できる。
実施例11:CART123停止戦略のインビトロ特徴付け
停止戦略は、CART123治療の毒性を最小化するために特に興味深い。CART123活性を低減する一つの戦略は、CAR123とCD20を共発現させ、破壊のためにCART123細胞を標的する抗CD20抗体リツキシマブを使用することによる、CD123 CAR発現T細胞の除去である。本実施例において、CD20を共発現するCART123細胞を産生し、脱顆粒およびサイトカイン産生能のような種々のインビトロアッセイにより特徴付けする。
CD123 CARおよびCD20発現のための発現ベクターを構築した。ベクターの地図を図57に示す。NVS2 CAR123(ここでは、CAR123-2とも称する)は、CD123に対するヒト化単一鎖可変フラグメント、CD8ヒンジ、CD8膜貫通ドメイン、41BBおよびCD3刺激性ドメインを含む。NVS2 CAR123はEF1アルファプロモーター下にあり、P2Aタンパク質を伴う完全CD20分子と操作可能に連結している。CAR123のみを発現する細胞をここでCART123細胞と称し、CAR123およびCD20を共発現する細胞をここでCART123P2ACD20細胞と称する。
CD107脱顆粒アッセイのために、CART123およびCART123P2A CD20細胞を単独で、CD123陽性細胞株MOLM14、CD123陰性対照細胞株Jurkatおよび陽性対照としてPMA/イオノマイシンと共に、CD28、CD49d共刺激性分子およびモネンシン存在下で培養した。CD107aを、インキュベーション4時間後フローサイトメトリーにより測定した。CART123 P2A CD20細胞は、CART123細胞に類似する、CD123陽性標的に応答した強固な特異的CD107a脱顆粒を受け(図58)、それによりCD20分子の導入は、CART123細胞の脱顆粒に不利に影響しないことが示される。
CART123P2A CD20細胞のサイトカイン産生も評価した。CART123およびCART123P2A CD20細胞を単独で、CD123陽性細胞株MOLM14、CD123陰性対照細胞株Jurkatおよび陽性対照としてのPMA/イオノマイシンとともに、CD28、CD49d共刺激性分子およびモネンシン存在下培養した。細胞を4時間後採取し、固定し、透過性処理し、サイトカインGM-CSF、TNFα、IFNγまたはIL-2について染色し、フローサイトメトリー分析を行った。これらのアッセイの結果は、CART123 P2A CD20細胞の大部分が、CART123細胞に類似して、CD123陽性標的に応答してGM-CSF(図59A)、TNFα(図59B)、IFNγ(図59C)およびIL-2(図59D)を産生することを示した。
細胞毒性アッセイにおいて、CART123およびCART123P2A CD20細胞を、記載する種々のE:T比でMOLM14-lucと24時間インキュベートし、次いで残存生存細胞の指標として生物発光造影を実施した。結果は、CART123 P2A CD20細胞が、CD123陽性標的MOLM14の特異的致死をもたらし、CART123細胞と同等であることを示す(図60)。
リツキシマブ介在細胞毒性を、次に、CART123 P2A CD20細胞に対して評価した。CART123およびCART123 P2A CD20を、リツキシマブと、種々の濃度0μg/ml、1μg/ml、10μg/mlおよび100μg/mlでインキュベートした。細胞を0時間、4時間、12時間および48時間に採取し、CD3について染色した。T細胞枯渇パーセンテージを計算した。リツキシマブは、CART123P2A CD20細胞において100μg/ml濃度および48時間インキュベーションで直接細胞毒性をもたらしたが(図61B)、CART123細胞においてはもたらさなかった(図61A)。
CART123P2ACD20細胞枯渇が仲介される機構を試験した。CART123 P2A CD20細胞を、15%ウサギ補体存在下、種々の濃度0μg/ml、1μg/ml、10μg/mlおよび100μg/mlのリツキシマブとインキュベートした。図62に示すように、リツキシマブ1μg/mlまたは10μg/mlは、12時間インキュベーション後、CART123 P2A CD20細胞の大多数を枯渇させた。リツキシマブ100μg/mlは、4時間インキュベーション後、CART123 P2A CD20細胞の体打数を枯渇させた。CART123 P2A CD20細胞枯渇は、補体依存的細胞毒性を介在する。
実施例12:CD123 CARTの効率的停止戦略
急性骨髄白血病(AML)再発または現在の処置モダリティで不治の多くの小児および成人は、代替的治療剤の必要性を強調する。CD123(CART123)を標的とするキメラ抗原受容体T細胞は、ヒトAMLのマウス異種移植モデルにおいて強力な抗白血病活性を示している。しかしながら、正常ヒト造血細胞を移植したマウスのCART123処置は重度の骨髄除去をもたらし、このような治療で処置し得るAML患者における重度の血液学的毒性の懸念を生じさせ得る。ここで、CART123誘発AML根絶後のT細胞欠失が、白血病制御を損なうことなくバイスタンダー毒性を最小かし、それにより抗AML CAR T細胞免疫療法の治療窓を増加するかを評価した。
方法
ヒトAML異種移植モデルにおける3停止戦略を試験した:(1)1×10~1×10の抗CD123-41BB-CD3ゼータCART123をレンチウイルスにより形質導入したT細胞で処置後の抗CD52抗体アレムツズマブによるT細胞除去、(2)1×10~1×10のCD20を共発現するように操作したCART123(CART123/CD20)で処置後の抗CD20抗体リツキシマブによるT細胞除去および(3)“生分解性”抗CD123 mRNA電気穿孔CAR T細胞(RNA-CART123)での処置。ルシフェラーゼ発現ヒトAML細胞株(MOLM14、MOLM13、U937)または初代AML検体(n=3)を移植したマウスを、上記CD123再指向CAR T細胞で処置した。この実験に利用したCD123 CAR構築物は1172構築物(配列番号707)であり、マウスに1週目に投与した。T細胞枯渇試験のために、アレムツズマブ1または5mg/kgを、2週目、3週目または4週目(例えば、CART123後1週目、2週目または3週目)に腹腔内(IP)注射し、T細胞除去の最適投薬およびタイミングを決定した。続く試験において、リツキシマブ10mg/kgを、CART123/CD204週後IP注射するか、または1×10 RNA-CART123を、AML移植5日、9日および16日後に静脈内注射した。マウスを、血液、脾臓および/または骨髄の毎週の生物発光造影および/または定量的フローサイトメトリー分析により追跡した。
結果
CD123 AML異種移植のCART123処置は、インビボで顕著なT細胞拡張および白血病根絶を誘発し、長期動物生存をもたらした(非形質導入T細胞処置対照に対してp<0.0001)。最小異種間移植片対宿主効果が観察された。
アレムツズマブ投与による異種移植モデルにおけるCART123の連続的除去の結果を図72Aに示す。CART123細胞の定量を対応する時点で実施し(図72B)、単一用量のアレムツズマブがCART123細胞を迅速に除去することを示す。一用量のアレムツズマブは全試験モデルでT細胞を迅速に除去し、最良有効性は4週目(例えば、CART123後3週)の5mg/kg投薬である。全生存の分析を図72Cに示し、3週目または4週目にアレムツズマブを受けたマウスは、2週目にアレムツズマブを受けたマウスより生存が改善されることが示された。
CART123/CD20は、AMLを、CART123と類似の動態で根絶し、CART123/CD20注入後1用量の4週目のリツキシマブは、白血病寛解を維持しながら、T細胞を迅速に除去した。アレムツズマブまたはリツキシマブ投与時CART123-またはCART123/CD20誘発AML寛解であったマウスは、≧12週無白血病のままであり(図72A)、動物生存はT細胞枯渇を受けなかったCD123再指向CAR T細胞処置マウスと異ならなかった(p=1.00)。逆に、先のアレムツズマブ投与時残存AMLを有したCART123処置マウスは、有効な先のT細胞消失に一致する、急速なAML進行を経験した(図72A)。
さらに、動物の先にアレムツズマブまたはリツキシマブ除去したT細胞でのAML再免疫(“再発”)は、T細胞再出現無しの急速なAML増殖を生じ、T細胞枯渇の完全性を確認した。非除去マウスは、CD123再免疫の注射でCAR T細胞再拡張を示した(p<0.0001)(図72A)。
アレムツズマブ処置を第二インビボモデル、小児科患者由来異種移植モデルでも試験した。このモデルにおいて、マウスにAML290細胞を注射した。AML移植6週後、マウスに食塩水、非形質導入T細胞またはCART123細胞(0週を表す)を投与した。アレムツズマブを、CART123細胞を受けているマウスのサブセットに4週目に5mg/kgで投与した。アレムツズマブ処置は、末梢血におけるCART123 T細胞の完全除去を示した(図73B)。腫瘍進行の分析は、CART123を受けたマウスが、CART123処置後8週までに寛解を示したことを示した。アレムツズマブでの処置およびCART123細胞の4週目の除去を受けたマウスは寛解のままであった(図73A)。CART123投薬後の異種移植の種々の臓器に存在するAMLの分析を、フローサイトメトリーにより行った。CART123細胞での処置は、脾臓(図74A)および骨髄(図74B)両者でのAML細胞除去をもたらした。CART123投薬4週後のアレムツズマブでの
処置は、脾臓(図74A)および骨髄(図74B)におけるAML細胞の持続した除去により証明されるように、寛解を維持した。
RNA-CART123は最も迅速にAMLを除去し、長期動物生存を促進したが、RNA-CART123は予想通り、CART123またはCART123/CD20よりインビボで残留性が短かった。アレムツズマブまたはリツキシマブ単独は、AMLのみ対象と比較して、非CART123処置異種移植モデルにおけるAML増殖を阻害しなかった(p=1.00)。
本実施例に記載した3停止アプローチの比較を図75に示す。
結論:
アレムツズマブおよびリツキシマブは、ヒトAML異種移植モデルにおけるCD123再指向CAR T細胞を完全に除去した。持続した白血病寛解は、それぞれ、CART123後またはCART123/CD20後アレムツズマブ5mg/kgまたはリツキシマブ10mg/kgによるT細胞停止前、4週のCART123またはCART123/CD20残留性を必要とした。進行中の試験は、さらなる初代AML異種移植モデルおよび他の抗AML CAR T細胞免疫療法に対するT細胞消失の有効性を試験している。これらのT細胞停止戦略は、AMLを有する患者の、特に潜在的造血幹細胞移植前の、CAR T細胞治療の有効性を増強し得る。
実施例13:CAR19およびCAR123組み合わせ
B急性リンパ芽球性白血病(B-ALL)芽細胞の大部分は、CD19およびCD123を共発現する。同時の両抗原のターゲティングは、抗腫瘍活性増加および再発率減少に至る。実施例8に記載したように、CAR19とCAR123の組み合わせは、治療的有効性が増加している。本実施例において、CAR19とCAR123の組み合わせを投与するための種々の構築物を試験する。
CAR19とCAR123の組み合わせを投与する1戦略はデュアルCARTを介するものであり、ここで、T細胞は、CAR19およびCAR123両者の構築物を発言する。CAR19およびCAR123の両配列を担持する単一レンチウイルスベクター(2つの別々のベクターの代わり)を構築して、臨床使用のためのデュアルCART産生を促進した(図63A)。このレンチウイルス構築物は、EF1プロモーター下にP2Aドメインを経て連結したCAR19およびCAR123の両者を含む。T細胞を、レンチウイルス構築物を使用して形質導入し、6日培養し、次いでフローサイトメトリー分析のためにCD19 scFv特異的抗体およびCD123-Hisペプチドおよび抗His-PE抗体について染色した。結果は、CAR19およびCAR123の両者を発現するT細胞が検出されたことを示す(図63B)。
他の戦略において、スプリットCAR戦略を使用して、CAR19およびCAR123を発現させた。この戦略において、共刺激性ドメイン4-1BBを含むCAR123が、P2Aドメインを経て、一次シグナル伝達ドメインCD3ゼータを含むCAR19に連結したベクターを構築した(図64A)。具体的に、CAR123は、CD123 scFv、CD8ヒンジおよびCD8膜貫通ドメインおよび4-1BBドメインからなった。CAR19は、CD19 scFv、CD8ヒンジおよびCD8膜貫通ドメインおよびCD3ゼータドメインからなった。この戦略において、CARの各scFv部分によるCD19およびCD123両者の認識のみがスプリットCART細胞の活性化を起こす。T細胞を、eレンチウイルス構築物で形質導入し、6日培養し、次いで、フローサイトメトリー分析のためにCD19 scFv特異的抗体およびCD123-Hisペプチドおよび抗His-PE抗体について染色した。結果は、CAR19およびCAR123の両者を発現するT細胞が検出されたことを示す(図64B)。
実施例14:組織球性障害におけるCD123 CART治療
CD123 CART治療は、BPDCNまたは肥満細胞障害のような組織球性障害に有用であり得る。本実施例において、芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物(BPDCN)および肥満細胞障害(例えば全身性肥満細胞症および肥満細胞白血病)の状況におけるCART123機能を評価するために実験を行った。
BPDCNは、pDCの前駆体から生じる、稀で侵襲性の血液学的新生物であり、組織球/樹状細胞新生物として分類される。全BPDCNがCD123を発現する。CD123は、BPDCN芽細胞のエクスビボ増殖成功にIL-3が必要であるため、BPDCN生存に重要であると考えられる。化学療法への最初の高い応答率にも関わらず、長期生存は通常極めて悪く、中央生存は、最初の症状に関係なく9~13ヶ月である。
CD123発現は、造血幹細胞(HSC)、急性骨髄白血病細胞株(AML)または2つの異なるBPDCNにおけるフローサイトメトリーで決定された。中央蛍光強度を示す。AML、正常骨髄CD34細胞およびBPDCNの2例におけるCD123の発現を図65に示す。これらのデータは、正常骨髄と比較してBPDCNでCD123が10~20倍高レベルで発現していることを示す。
さらなるCART123構築物を、代替的抗CD123クローン(32716(ここでは1172構築物とも称する)および26292(ここでは1176構築物とも称する)を使用して産生し、両構築物はPCT/US2014/017328号に記載され、特徴付けされている。細胞致死アッセイを、実施例2または3に準じて行った。クローン26292は、陽性対照AMLまたはBPDCNと比較して正常CD34細胞の致死の低減をもたらし、増強された治療窓を賛成するはずである減弱した活性を有するCART-123産生が実行可能であることを示す(図66B)。対照的に、クローン32716は、CD34細胞およびBPDCNの類似の致死を示した(図66A)。
脱顆粒およびサイトカイン産生のようなT細胞機能の感受性分析を、実施例2または3の記載に準じて行った。クローン26292 CART123をCD34 HSC(図67、上部列)またはBPDCN(図67、下部列)と4時間インキュベートした。CD107脱顆粒を評価した。脱顆粒アッセイの結果は、クローン26292のエフェクター機能がCD34 HSCにより惹起されることを示した(図67、上部列)。
全身性肥満細胞症および肥満細胞白血病を含む肥満細胞障害は、稀な組織球性悪性腫瘍であり、予後不良と関係する。肥満細胞は、高レベルでCD123を発現し、それゆえに、肥満細胞障害はCART123で処置される。
肥満細胞障害におけるCD123発現の分析を実施した。肥満細胞白血病/全身性肥満細胞症の患者の血液からの単核細胞を生存/死aqua(LDAQ、図68Aおよび68Bのx軸)およびアイソタイプ(図68A)またはCD123 PE(図68B)で染色した。大部分のSM細胞はCD123を発現する。
CD107脱顆粒アッセイを実施して、肥満細胞白血病細胞の存在下のCART123活性を評価した。CART123細胞を単独で、PMAおよびイオノマイシン(図69A)または肥満細胞白血病/全身性肥満細胞症の患者の血液からの単核細胞(図69B)と共に2時間、抗CD107a抗体の存在下、インキュベートした。T細胞を、抗CD3を使用してゲーティングした。CD107a陽性を、CART123単独チューブを使用してゲーティングした。SM細胞に対するCART123の応答は、陽性対照PMA+イオノマイシンで産生されたものと同等である。
実施例15:腫瘍微小環境に対するCART123の効果
本実施例において、アッセイを実施して、腫瘍微小環境に対するCD123 CAR発現細胞の効果を試験する。これらのアッセイを、ホジキンリンパ腫における腫瘍微小環境に対するCART123の効果の評価に使用できる。
第一アッセイを実施し、悪性細胞、例えば、ホジキンリンパ腫細胞(HL細胞)が、腫瘍微小環境における細胞、例えば、単球の免疫抑制性表現型を生じるか否かを決定する。単球細胞およびHL細胞を、上部および下部チャンバーを含むトランズウェルプレートで増殖させる。単球および悪性細胞を次の配置で培養する:(1)単球細胞を1チャンバー、例えば、下部チャンバーで増殖させ、HL細胞を他方のチャンバー、例えば、上部チャンバーで増殖させる、(2)単球細胞およびHL細胞を一緒にトランズウェルプレートの同じ側で増殖させるまたは(3)単球細胞を単独で増殖させる(対照)。細胞を所望の時間培養し、次いで、細胞をフローサイトメトリー分析または実時間定量的PCRのために採取して、CD14およびHLADRのようなマーカーのレベルを評価することにより、単球表現型、例えば、免疫抑制性表現型を検出する。
第二アッセイを実施して、免疫抑制性腫瘍微小環境細胞、例えば、単球がCART細胞が介在する抗腫瘍T細胞免疫を阻害するか否かを決定する。このアッセイを、抗腫瘍T細胞免疫の阻害が可溶性因子を経ることが疑われるならばトランズウェルプレートを使用して、または抗腫瘍T細胞免疫の阻害が接触介在であることが疑われるならば、標準細胞培養容器を使用して、2つの異なる方法で実施できる。抗腫瘍T細胞免疫の阻害が可溶性因子を経るものであり得るアッセイについて、細胞を上部および下部チャンバーを含むトランズウェルプレートで増殖させる。細胞を次の配置で培養する:(1)HL細胞を1チャンバー、例えば、上部チャンバーおよびCART19細胞およびCD19発現腫瘍細胞、例えば、B細胞腫瘍を、他方のチャンバー、例えば、下部チャンバー;(2)単球を1チャンバー、例えば、上部チャンバーおよびCART19細胞およびCD19発現腫瘍細胞、例えば、B細胞腫瘍を、他方のチャンバー;および(3)HL細胞および単球を1チャンバー、例えば、上部チャンバーおよびCART19細胞およびCD19発現腫瘍細胞、例えば、B細胞腫瘍を他のチャンバー。抗腫瘍T細胞免疫の阻害が接触介在であり得るアッセイについて、細胞を次の配置で培養する:(1)HL細胞、CART19細胞およびCD19発現腫瘍細胞;(2)単球、CART19細胞およびCD19発現腫瘍細胞;および(3)HL細胞、単球、CART19細胞およびCD19発現腫瘍細胞。細胞を所望の時間培養し、次いでCART19機能を評価する。CART19機能を評価するアッセイは、例えば、実施例2および3に記載のような増殖および致死アッセイを含む。
第三アッセイを実施して、CART123が腫瘍微小環境における免疫抑制性細胞を標的とすることを決定する。このアッセイを、抗腫瘍T細胞免疫の阻害が可溶性因子を経ることが疑われるならばトランズウェルプレートを使用して、または抗腫瘍T細胞免疫の阻害が接触介在であることが疑われるならば、標準細胞培養容器を使用して、2つの異なる方法で実施できる。抗腫瘍T細胞免疫の阻害が可溶性因子を経るものであり得るアッセイについて、細胞を上部および下部チャンバーを含むトランズウェルプレートで増殖させる。細胞を上記の第二アッセイの3トランズウェルプレート配置と、さらに、CART123細胞を含む次の配置で培養する:(4)HL細胞およびCART123細胞in one チャンバー、例えば、上部チャンバーおよびCART19細胞およびCD19CD123腫瘍細胞、例えば、B細胞腫瘍、他方のチャンバー、例えば、下部チャンバー;(5)単球およびCART123細胞を1チャンバー、例えば、上部チャンバーおよびCART19細胞およびCD19CD123腫瘍細胞、例えば、B細胞腫瘍を他方のチャンバー;および(6)HL細胞、単球およびCART123細胞を1チャンバー、例えば、上部チャンバーおよびCART19細胞およびCD19CD123腫瘍細胞、例えば、B細胞腫瘍を他方のチャンバー。抗腫瘍T細胞免疫の阻害が接触介在であり得るアッセイについて、細胞を上記の第二アッセイの3標準細胞培養容器、およびさらに、CART123細胞を含む次の配置で培養する:(4)HL細胞、CART19細胞、CART123細胞およびCD19CD123腫瘍細胞;(5)単球、CART19細胞、CART123細胞およびCD19CD123腫瘍細胞;および(6)HL細胞、単球、CART19細胞、CART123細胞およびCD19CD123腫瘍細胞。細胞を所望の時間培養し、次いでCART19機能を評価する。CART19機能を評価するアッセイは、例えば、実施例2および3に記載のような増殖および致死アッセイを含む。
実施例16:難治性または再発性AMLにおけるRNA CART123の臨床試験
この治験は、急性骨髄白血病(AML)対象における、静脈内投与したタンデムTCRζおよび4-1BB(TCRζ/4-1BB)共刺激性ドメインを発現する抗CD123キメラ抗原受容体を発現するRNA電気穿孔自己T細胞(“RNA CART123”と称する)の実現可能性、安全性および有効性に取り組む。この治験は、15対象を評価する。評価可能対象は、少なくとも1用量のRNA CART123細胞を受けた対照である。積極的プロトコール介入の期間は、スクリーニング来院から約2ヶ月である。対象を、その最初の注入から6ヶ月追跡する。
この治験の主目標は、CRS(サイトカイン放出症候群)およびMAS(マクロファージ活性化症候群)のヒントの概算を含むが、これに限定されない、有害事象の頻度および重症度の記録による、AML対象におけるRNA CART123の安全性評価である。この治験の副次目標は、(1)RNA CART123細胞の残留性および輸送決定;(2)末梢血および骨髄における芽細胞数減少の測定による、AML対象における少なくとも1用量のRNA CART123細胞の有効性の概算;(3)(i)標準形態学完全応答基準(数の回復を伴う悪性芽細胞<5%)、(ii)数の回復を伴わない悪性芽細胞<5%および(iii)最小残存疾患評価を使用する、28±5日の全体的応答率(ORR)の測定による、AML対象における少なくとも1用量のRNA CART123細胞の有効性の概算;(4)全生存(OS)および無増悪生存(PFS)の決定およびRNA CART123細胞注入後6ヶ月までの全対象の死亡原因決定;(5)RNA CART123細胞注入後6ヶ月までの対象の応答期間(DOR)の決定;および(6)同種HCT(または第二同種HCT)に進む対象のパーセンテージの決定。
適格対象は、18歳を越える、現在利用可能な治療を使用して、利用可能な治癒的処置選択がないAMLまたは骨髄異形成症候群を有する男女である。第二のまたは引き続く再発、サルベージに難治性の何らかの再発を有するまたは少なくとも2ラインの治療後疾患が持続する対象。対象は、スクリーニング前2週以内に、骨髄吸引液または生検で評価可能疾患>5%芽細胞または骨髄外疾患(CNS関与は禁止)を有しなければならない。
対象を、2週にわたり計6投与のRNA抗CD123 CAR T細胞IV投与で処置する。用量は、対象の体重により、対象内用量漸増を行う。対象を2コホートに分ける。コホート1は、まず、RNA CART123細胞を受け、3漸増用量のRNA CART123細胞を受け、注入前リンパ球除去化学療法を行わない3対象を含む(図70)。コホート2は、治験の残り12対象を含み、最大6IV用量のRNA CART123細胞を漸増用量で受ける(図71)。コホート2は、リンパ球除去化学療法を、第一CART123細胞注入の4日(±1日)前に受けてよい(ALC>500/μLであるならば)。リンパ球除去化学療法を、4回目のRNA CART123細胞の前に繰り返してよい(ALC>500/μLであるならば)。リンパ球除去化学療法は単一一用量のシクロホスファミド(1mg/m)を含む。RNA CART123処置レジメン内のリンパ球除去化学療法用量は、ホメオスタシス空間を増強することによる、引き続くT細胞投与の生着を増強する。
体重によるCART細胞を下記表に示す。
Figure 0007084138000078
投薬に使用する体重は、アフェレーシス過程前に得た体重であり得る。細胞数は、フローサイトメトリーにより決定したCAR発現を伴うCAR+細胞に基づく。用量は、対象の体重が変わっても変わらない。記載する用量は、製造のバラツキを考慮して±20%である。
サンプルRNA CART123投薬スケジュールを下に提供する。
Figure 0007084138000079
ベースラインおよび引き続く腫瘍評価を、AMLの標準治療診療に従い実施する。ベースラインAML骨髄評価を、対象の最後の骨髄評価を、最初のシクロホスファミド投与の2週より前に実施していたならば、実施してよい。対象は、16±2日(または最後にRNA CART123注入を受けて7日以内)、28±5日ならびに3ヶ月および6の両者(alloHCTに進行しなかった対象について)に白血病応答について骨髄評価される。CART細胞レベルおよびサイトカインを、TCSL研究所での適切な試験により決定する。疾患応答定義は、AMLについて標準のものである。
D28±5(または最後のT細胞注入14日後、これは早期に生じ得る)に骨髄形成不全を有する全対象は、救済戦略として同種造血細胞移植(alloHCT)を行う。それゆえに、全対象には、予め特定された幹細胞ドナーがいる。骨髄形成不全は、年齢の正常からの細胞充実性の>75%と、ANC<0.5k/μlまたは血小板<50k/μlの組み合わせとして定義する。
処置制限毒性(TLT)は、セクション5.5に定義する、非血液学的グレード3以上の有害事象およびあらゆるグレード3以上の過敏症反応および自己免疫性応答を含む、T細胞注入と、ひょっとして、恐らくまたは確実に関係するあらゆる予測されない事象として定義する。次の事象はTLTを構成しない:7日以内にグレード2以下で解消する発熱および感染、あらゆるグレードの血球減少、腫瘍溶解症候群、サイトカイン放出症候群またはあらゆる代謝または検査値異常。
有害事象報告は、RNA CART123細胞の最初の投与から開始し、4ヶ月目またはHCTのためのコンディショニングまたは他の代替治療が開始するまでのいずれか早いほうまで、続く。対象は、急性および累積的毒性の証拠について、継続的に再評価し得る。
均等物
ここに引用する各および全ての特許、特許出願および刊行物の開示は、その全体を引用により本明細書に包含させる。本発明は、具体的面を参照して開示しているが、本発明の他の面および異形が、本発明の真の精神および範囲から逸脱することなく他の当業者により考案され得ることは明らかである。下記特許請求の範囲は、全てのこのような面および等価な異形を含むと解釈されることを意図する。

Claims (46)

  1. キメラ抗原受容体(CAR)をコードする単離核酸分子であって、CARがCD123結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインを含み、該CD123結合ドメインが、重鎖相補性決定領域1(HC CDR1)、重鎖相補性決定領域2(HC CDR2)および重鎖相補性決定領域3(HC CDR3)を含み、さらに、該CD123結合ドメインが、軽鎖相補性決定領域1(LC CDR1)、軽鎖相補性決定領域2(LC CDR2)および軽鎖相補性決定領域3(LC CDR3)を含み、
    (a)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号487、492、497、502、507および512のアミノ酸配列をそれぞれ含む;
    (b)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号517、522、527、532、537および542のアミノ酸配列をそれぞれ含む;
    (c)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号486、491、496、501、506および511のアミノ酸配列をそれぞれ含む;
    (d)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号516、521、526、531、536および541のアミノ酸配列をそれぞれ含む;
    (e)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号488、493、498、503、508および513のアミノ酸配列をそれぞれ含む;
    (f)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号518、523、528、533、538および543のアミノ酸配列をそれぞれ含む;
    (g)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号489、494、499、504、509および514のアミノ酸配列をそれぞれ含む;または
    (h)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号519、524、529、534、539および544のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
    単離核酸分子。
  2. (a)該核酸分子が、
    (i)配列番号276、275、277または278の軽鎖可変領域のアミノ酸配列;
    (ii)配列番号276、275、277または278の軽鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が10を超えないアミノ酸配列;または
    (iii)配列番号276、275、277または278の軽鎖可変領域のアミノ酸配列と95~99%同一性を有するアミノ酸配列
    を含むCARをコードする;
    (b)該核酸分子が、
    (i)配列番号217、216、218または219の重鎖可変領域のアミノ酸配列;
    (ii)配列番号217、216、218または219の重鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が10を超えないアミノ酸配列:または
    (iii)配列番号217、216、218または219の重鎖可変領域のアミノ酸配列と95~99%同一性を有するアミノ酸配列
    を含むCARをコードする;
    (c)該核酸分子が、配列番号276のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域および配列番号217のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含むCARをコードする;
    (d)CD123結合ドメインが、
    (i)配列番号480、483、485または478のアミノ酸配列;
    (ii)配列番号480、483、485または478に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が10を超えないアミノ酸配列;または
    (iii)配列番号480、483、485または478と95~99%同一性を有するアミノ酸配列
    を含む;
    (e)CD123結合ドメインが配列番号479、481、482および484からなる群から選択されるヌクレオチド配列またはそれと95~99%同一性を有するヌクレオチド配列を含む;
    (f)該核酸分子が、
    (i)配列番号99、100、101または98のいずれかのアミノ酸配列;
    (ii)配列番号99、100、101または98のいずれかに少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が30、20または10を超えないアミノ酸配列;または
    (iii)配列番号99、100、101または98のいずれかと95~99%同一性を有するアミノ酸配列;
    を含むCARをコードする;
    (g)CD123結合ドメインが配列番号160または485のアミノ酸配列を含み、ヒンジドメインが配列番号2のアミノ酸配列を含み、膜貫通ドメインが配列番号6のアミノ酸配列を含み、細胞内シグナル伝達ドメインが配列番号7のアミノ酸配列を含む共刺激性ドメインを含み、そして細胞内シグナル伝達ドメインが配列番号9のアミノ酸配列を含む;
    (h)CAR ポリペプチドが配列番号42の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含む;または
    (i)該核酸分子が配列番号40、39、41または42のいずれかのヌクレオチド配列または配列番号40、39、41または42のいずれかと95~99%同一性を有するヌクレオチド配列を含む、
    請求項1に記載の単離核酸分子。
  3. (i)CARがT細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137およびCD154からなる群から選択されるタンパク質の膜貫通ドメインを含む;
    (ii)膜貫通ドメインが配列番号6のアミノ酸配列を含む;
    (iii)膜貫通ドメインをコードする核酸配列が配列番号17のヌクレオチド配列を含む;または
    (iv)CD123結合ドメインが膜貫通ドメインにヒンジ領域により連結される、
    請求項1または2に記載の単離核酸分子。
  4. (a)ヒンジ領域が配列番号2のアミノ酸配列を含む;または
    (b)ヒンジ領域をコードする核酸配列が配列番号13のヌクレオチド配列を含む、
    請求項1~3のいずれかに記載の単離核酸分子。
  5. (i)細胞内シグナル伝達ドメインが、MHCクラスI分子、TNF受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ性活性化分子(SLAMタンパク質)、活性化NK細胞受容体、BTLA、Tollリガンド受容体、OX40、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、4-1BB(CD137)、B7-H3、CDS、ICAM-1、ICOS(CD278)、GITR、BAFFR、LIGHT、HVEM(LIGHTR)、KIRDS2、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD19、CD4、CD8アルファ、CD8ベータ、IL2Rベータ、IL2Rガンマ、IL7Rアルファ、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19aおよびCD83と特異的に結合するリガンドからなる群から選択されるタンパク質から得られる機能的シグナル伝達ドメインである共刺激性ドメインを含む;
    (ii)細胞内シグナル伝達ドメインが共刺激性ドメインを含み、共刺激性ドメインが配列番号7のアミノ酸配列を含む;または
    (iii)共刺激性ドメインをコードする核酸配列が配列番号18のヌクレオチド配列を含む、
    請求項1~4のいずれかに記載の単離核酸分子。
  6. (i)細胞内シグナル伝達ドメインが4-1BBの機能的シグナル伝達ドメインおよび/またはCD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む;
    (ii)細胞内シグナル伝達ドメインが配列番号7のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列を含む;
    (iii)細胞内シグナル伝達ドメインが配列番号7のアミノ酸配列および配列番号9または配列番号10のアミノ酸配列を含み、ここで、細胞内シグナル伝達ドメインを含む配列が同じフレームにかつ単一ポリペプチド鎖として発現される;
    (iv)細胞内シグナル伝達ドメインをコードする核酸配列が配列番号18のヌクレオチド配列および/または配列番号20または配列番号21のヌクレオチド配列を含む;および/または
    (v)単離核酸分子がさらに配列番号1のアミノ酸配列をコードするリーダー配列を含む、
    請求項1~5のいずれかに記載の単離核酸分子。
  7. 請求項1~6のいずれかに記載の核酸分子によりコードされる単離ポリペプチド分子。
  8. 単離キメラ抗原受容体(CAR)ポリペプチドであり、CARポリペプチドがCD123結合ドメインを含む抗体または抗体フラグメント、膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインを含み、ここで、該CD123結合ドメインが、重鎖相補性決定領域1(HC CDR1)、重鎖相補性決定領域2(HC CDR2)および重鎖相補性決定領域3(HC CDR3)を含み、さらに、該CD123結合ドメインが、軽鎖相補性決定領域1(LC CDR1)、軽鎖相補性決定領域2(LC CDR2)および軽鎖相補性決定領域3(LC CDR3)を含み、
    (a)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号487、492、497、502、507および512のアミノ酸配列をそれぞれ含む;
    (b)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号517、522、527、532、537および542のアミノ酸配列をそれぞれ含む;
    (c)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号486、491、496、501、506および511のアミノ酸配列をそれぞれ含む;
    (d)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号516、521、526、531、536および541のアミノ酸配列をそれぞれ含む;
    (e)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号488、493、498、503、508および513のアミノ酸配列をそれぞれ含む;
    (f)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号518、523、528、533、538および543のアミノ酸配列をそれぞれ含む;
    (g)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号489、494、499、504、509および514のアミノ酸配列をそれぞれ含む;または
    (h)該HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2およびLC CDR3配列が、配列番号519、524、529、534、539および544のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
    単離CARポリペプチド。
  9. 細胞内シグナル伝達ドメインが共刺激性ドメインおよび/または一次シグナル伝達ドメインを含む、請求項8に記載の単離CARポリペプチド。
  10. (a)該CARポリペプチドが、
    (i)配列番号276、275、277または278の軽鎖可変領域のアミノ酸配列;
    (ii)配列番号276、275、277または278の軽鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が10を超えないアミノ酸配列;または
    (iii)配列番号276、275、277または278の軽鎖可変領域のアミノ酸配列と95~99%同一性を有するアミノ酸配列
    を含む;
    (b)該CARポリペプチドが、
    (i)配列番号217、216、218または219の重鎖可変領域のアミノ酸配列;
    (ii)配列番号217、216、218または219の重鎖可変領域のアミノ酸配列に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が10を超えないアミノ酸配列:または
    (iii)配列番号217、216、218または219の重鎖可変領域のアミノ酸配列と95~99%同一性を有するアミノ酸配列
    を含む;
    (c)該CARポリペプチドが配列番号276のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域および配列番号217のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む;
    (d)該CARポリペプチドが、
    (i)配列番号480、483、485または478のアミノ酸配列;
    (ii)配列番号480、483、485または478に少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が10を超えないアミノ酸配列;または
    (iii)配列番号480、483、485または478と95~99%同一性を有するアミノ酸配列
    を含む;または
    (e)単離CARポリペプチドが、
    (i)配列番号99、100、101または98のいずれかのアミノ酸配列;
    (ii)配列番号99、100、101または98のいずれかに少なくとも1、2または3修飾を有するが、修飾が30、20または10を超えないアミノ酸配列;
    (iii)配列番号99、100、101または98のいずれかと95~99%同一性を有するアミノ酸配列;または
    (iv)配列番号1のアミノ酸を含むリーダー配列を含まない、配列番号99、100、101または98のいずれかのアミノ酸配列
    を含む、
    請求項8または9に記載の単離CARポリペプチド。
  11. (i)CD123結合ドメインが配列番号160または485のアミノ酸配列を含み、CAR ポリペプチドが配列番号2のアミノ酸配列を含むヒンジドメイン含み、膜貫通ドメインが配列番号6のアミノ酸配列を含み、細胞内シグナル伝達ドメインが配列番号7のアミノ酸配列を含む共刺激性ドメインを含み、そして細胞内シグナル伝達ドメインが配列番号9のアミノ酸配列を含む;
    (ii)CARポリペプチドが配列番号42の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、
    請求項8または9に記載の単離CARポリペプチド。
  12. (a)膜貫通ドメインがT細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137およびCD154からなる群から選択されるタンパク質の膜貫通ドメインを含む;
    (b)膜貫通ドメインが、配列番号6のアミノ酸配列を含む、または
    (c)CD123結合ドメインが膜貫通ドメインにヒンジ領域により連結され、ヒンジ領域が配列番号2のアミノ酸配列を含む、
    請求項8~11のいずれかに記載の単離CARポリペプチド。
  13. (i)共刺激性ドメインがMHCクラスI分子、TNF受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ性活性化分子(SLAMタンパク質)、活性化NK細胞受容体、BTLA、Tollリガンド受容体、OX40、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、4-1BB(CD137)、B7-H3、CDS、ICAM-1、ICOS(CD278)、GITR、BAFFR、LIGHT、HVEM(LIGHTR)、KIRDS2、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD19、CD4、CD8アルファ、CD8ベータ、IL2Rベータ、IL2Rガンマ、IL7Rアルファ、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19aおよびCD83と特異的に結合するリガンドからなる群から選択されるタンパク質に由来する機能的シグナル伝達ドメインである;または
    (ii)共刺激性ドメインが配列番号7のアミノ酸配列を含む、
    請求項8~12のいずれかに記載の単離CARポリペプチド。
  14. (i)細胞内シグナル伝達ドメインが4-1BBの機能的シグナル伝達ドメインおよび/またはCD3ゼータの機能的シグナル伝達ドメインを含む;
    (ii)細胞内シグナル伝達ドメインが配列番号7のアミノ酸配列および/または配列番号9もしくは配列番号10のアミノ酸配列を含む;
    (iii)細胞内シグナル伝達ドメインが配列番号7のアミノ酸配列および配列番号9または配列番号10のアミノ酸配列を含み、ここで、細胞内シグナル伝達ドメインを含むアミノ酸配列は、同じフレームにかつ単一ポリペプチド鎖として発現される;または
    (iv)単離CARポリペプチドが配列番号1のアミノ酸配列を含むリーダー配列を含む、
    請求項8~13のいずれかに記載の単離CARポリペプチド。
  15. 請求項1~14のいずれかに記載のCD123結合ドメイン。
  16. DNA分子、RNA分子またはこれらの組み合わせである請求項1~6のいずれかに記載されている核酸分子、または、請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチドをコードするmRNAである、核酸分子。
  17. 請求項1~6のいずれかに記載の核酸分子または請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチドをコードする核酸を含むベクターであって、ベクターはDNAベクターまたはRNAベクターであるか、または
    (a)ベクターがプラスミド、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクターおよびレトロウイルスベクターからなる群から選択される;および/または
    (b)ベクターが配列番号11の配列を含むEF-1プロモーターをさらに含む、
    ベクター。
  18. 請求項1~6または16のいずれかに記載の核酸分子、請求項7に記載のポリペプチド分子、請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチドまたは請求項17に記載のベクターを含む、免疫エフェクター細胞。
  19. (i)該細胞が1以上の薬学的にまたは生理学的に許容される担体、希釈剤または添加物と組み合わせて医薬組成物内で存在する、
    (ii)細胞が、細胞内シグナル伝達ドメインからの正のシグナルを提供する第二ポリペプチドと結合した、阻害性分子の少なくとも一部を含む第一ポリペプチドを含むキメラ分子をさらに発現する;および/または
    (iii)細胞が、PD1の細胞外ドメインの少なくとも一部を含む第一ポリペプチドならびに共刺激性ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む第二ポリペプチドを含む、キメラ分子をさらに発現する、
    請求項18に記載の免疫エフェクター細胞。
  20. 免疫エフェクター細胞を産生する、または細胞の集団を産生する方法であって、細胞を産生する方法が、免疫エフェクター細胞に、請求項1~6または16のいずれかに記載の核酸分子または請求項17に記載のベクターを導入または形質導入することを含み、該細胞の集団を産生する方法が、細胞にRNAを導入することを含み、RNAが請求項1~6または16のいずれかに記載の核酸分子または請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチドをコードする核酸を含む、方法。
  21. 哺乳動物に抗腫瘍免疫を提供する方法において使用するための、請求項1~6または16のいずれかに記載の核酸分子、請求項7に記載のポリペプチド、請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチド、請求項15に記載のCD123結合ドメイン、または請求項17に記載のベクターを含む免疫エフェクター細胞の集団を含む組成物であって、該方法が哺乳動物に有効量の細胞を投与することを含む、組成物。
  22. 細胞が自己T細胞または同種T細胞である、請求項21に記載の組成物。
  23. CD123の発現と関係する疾患を有する哺乳動物を処置する方法において使用するための、請求項1~6または16のいずれかに記載の核酸分子、請求項7に記載のポリペプチド、請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチド、請求項15に記載のCD123結合ドメイン、または請求項17に記載のベクターを含む免疫エフェクター細胞の集団を含む組成物であって、該方法が哺乳動物に有効量の細胞を投与することを含む、組成物。
  24. (a)CD123発現と関係する疾患が、
    (i)癌または悪性腫瘍、
    (ii)前癌状態、または
    (iii)CD123の発現と関係する非癌関連徴候
    である;
    (b)疾患が血液癌または前白血病状態である;
    (c)疾患が急性骨髄白血病(AML)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性リンパ芽球性B細胞白血病(B細胞急性リンパ様白血病、BALL)、急性リンパ芽球性T細胞白血病(T細胞急性リンパ様白血病(TALL)、B細胞前リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄白血病(CML)、ヘアリー細胞白血病、ホジキンリンパ腫、組織球性障害、肥満細胞障害、骨髄異形成、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性新生物、形質細胞骨髄腫、形質細胞様樹状細胞新生物またはこれらの組み合わせの1以上から選択される;および/または
    (d)疾患がCD19陰性癌またはCD19陰性再発癌である、
    請求項23に記載の組成物。
  25. (a)免疫エフェクター細胞の集団を、
    (i)核酸分子またはCARポリペプチドを含む細胞の有効性を高める薬剤;
    (ii)核酸分子またはCARポリペプチドを含む細胞の投与と関係する1以上の副作用を軽減する薬剤;または
    (iii)CD123の発現と関係する疾患を処置する薬剤
    の1以上と組み合わせて投与される;および/または
    (b)免疫エフェクター細胞の集団が、
    (i)請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチドをコードするmRNA;または
    (ii)請求項1~6または16のいずれかに記載の核酸分子または請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチドをコードする核酸分子を含むレンチウイルスベクター
    を含む、
    請求項21~24のいずれかに記載の組成物。
  26. (i)該薬剤がmTOR阻害剤であり、対象が低い、免疫増強用量のmTOR阻害剤を投与されるか、または
    (ii)該薬剤がmTOR阻害剤であり、該mTOR阻害剤を、対象の末梢血または対象から単離したT細胞の調製物においてPD-1陽性T細胞の割合を低減する、PD-1陰性T細胞の割合を増加するまたはPD-1陰性T細胞/PD-1陽性T細胞比を増加するのに十分な時間投与される、
    請求項25に記載の組成物。
  27. 免疫エフェクター細胞の集団を化学療法、標的化抗癌治療、腫瘍溶解剤、細胞毒性剤、サイトカイン、外科手技、放射線法、共刺激性分子のアゴニスト、免疫チェックポイント分子の阻害剤、ワクチンまたは第二CARベースの免疫療法の1以上から選択される第二の治療剤または方法と組み合わせて投与される、請求項21~26のいずれかに記載の組成物。
  28. 免疫エフェクター細胞の集団を、
    (i)OX40、CD2、CD27、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、ICOS(CD278)、4-1BB(CD137)、GITR、CD30、CD40、BAFFR、HVEM、CD7、LIGHT、NKG2C、SLAMF7、NKp80、CD160、B7-H3またはCD83リガンドの1以上から選択される共刺激性分子のアゴニスト;または
    (ii)PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、CEACAM-1、CEACAM-3、CEACAM-5、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14またはCD270)、KIR、A2aR、MHCクラスI、MHCクラスII、GAL9、アデノシン、TGFR、またはTGFRベータの1以上から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤
    のいずれかと組み合わせて投与される、請求項21~27のいずれかに記載の組成物。
  29. (a)免疫エフェクター細胞の集団をPD-1阻害剤、TIM-3阻害剤、CEACAM-1阻害剤またはこれらの組み合わせと組み合わせて投与されるか、または、PD-1阻害剤およびTIM-3阻害剤、または、TIM-3阻害剤およびCEACAM-1阻害剤を組み合わせて投与される、
    (b)アゴニストまたは阻害剤が抗体分子である;および/または
    (c)阻害剤が免疫エフェクター細胞の集団の投与の後に投与されるか、または、阻害剤が免疫エフェクター細胞の集団の投与の約3~7日後に投与される、
    請求項27に記載の組成物。
  30. 免疫エフェクター細胞の集団をCD19阻害剤と組み合わせて投与され、CD19阻害剤がCD19 CAR発現細胞または抗CD19抗体分子である、請求項21~24のいずれかに記載の組成物。
  31. 哺乳動物におけるCD19陰性再発を予防する方法において使用するための、請求項1~6または16のいずれかに記載の核酸分子、請求項7に記載のポリペプチド分子、請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチド、請求項15に記載のCD123結合ドメイン、または請求項17に記載のベクターを含む免疫エフェクター細胞の集団を含む組成物であって、該方法が哺乳動物に有効量の細胞を投与することを含む、組成物。
  32. 該方法が、さらに哺乳動物にCD19阻害剤を投与することを含む、請求項31に記載の組成物。
  33. (a)疾患が白血病、急性リンパ芽球性白血病、再発性および難治性ALLまたはAMLである;および/または
    (b)免疫エフェクター細胞の集団がCD19 CARおよびCD123 CARを発現する、
    請求項23~32のいずれかに記載の組成物。
  34. 免疫エフェクター細胞の集団の完全活性化が、CD19 CARおよびCD123 CARがCD19またはCD123の一方を発現する標的細胞に結合したときの活性化と比較して、CD19 CARおよびCD123 CARの両者が標的細胞に結合したときに生じるように、CD19 CARおよびCD123 CARはスプリット細胞内シグナル伝達ドメインを含む、請求項33に記載の組成物。
  35. CD123 CARが共刺激性ドメインを含み、CD19 CARが一次シグナル伝達ドメインを含む、請求項33または34に記載の組成物。
  36. 免疫エフェクター細胞の集団がCD19阻害剤の投与後または投与と同時に投与される、請求項30~35のいずれかに記載の組成物。
  37. 方法が、免疫エフェクター細胞の集団での処置後にT細胞除去剤を投与し、それにより細胞を減少または枯渇させることをさらに含む、請求項21~26のいずれかに記載の組成物。
  38. CAR治療後にCD123CAR発現細胞を減少または枯渇させる方法において使用するための、T細胞除去剤を含む組成物であって、該方法が、請求項1~6または16のいずれかに記載の核酸分子、請求項7に記載のポリペプチド分子、請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチド、請求項15に記載のCD123結合ドメイン、または請求項17に記載のベクターを含む免疫エフェクター細胞の集団での哺乳動物の処置後に該T細胞除去剤を哺乳動物に投与し、それによりCD123CAR発現細胞を減少または枯渇させることを含む、組成物。
  39. (a)T細胞除去剤が免疫エフェクター細胞の集団の投与1週、2週、3週、4週または5週後に投与される;
    (b)哺乳動物が白血病、ALLまたはAMLを有する;
    (c)T細胞除去剤がCD52阻害剤であり、CD52阻害剤が抗CD52抗体分子である;および/または
    (d)免疫エフェクター細胞の集団がCD123CARポリペプチドおよびT細胞除去剤により認識される標的タンパク質を発現し、
    (i)標的タンパク質がCD20であり、T細胞除去剤が抗CD20抗体である;および/または
    (ii)免疫エフェクター細胞の集団がCD123CAR核酸および標的タンパク質をコードする核酸を含む核酸を含む、
    請求項37または38に記載の組成物。
  40. 使用が、細胞を哺乳動物に移植することをさらに含む、請求項21~39のいずれかに記載の組成物。
  41. 医薬として使用するための、請求項1~6または16のいずれかに記載の単離核酸分子、請求項7に記載のポリペプチド分子、請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチド、請求項15に記載のCD123結合ドメイン、請求項17に記載のベクターまたは請求項18に記載の細胞。
  42. (a)CD123の発現と関係する疾患、または
    (b)癌
    の処置において使用するための、請求項1~6または16のいずれかに記載の単離核酸分子、請求項7に記載のポリペプチド分子、請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチド、請求項15に記載のCD123結合ドメイン、請求項17に記載のベクターまたは請求項18に記載の細胞。
  43. CD123の発現と関係する疾患がAML、ALL、B-ALL、T-ALL、B細胞前リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、CML、ヘアリー細胞白血病、ホジキンリンパ腫、肥満細胞障害、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性新生物、形質細胞骨髄腫、形質細胞様樹状細胞新生物またはこれらの組み合わせから選択される、請求項42に記載の単離核酸分子、ポリペプチド分子、CARポリペプチド、CD123結合ドメイン、ベクター、または細胞。
  44. 細胞移植前に対象をコンディショニングする方法において使用するための、請求項1~6または16のいずれかに記載のCAR核酸分子、請求項7に記載のポリペプチド分子、請求項8~14のいずれかに記載のCARポリペプチドまたは請求項15に記載のCD123結合ドメインを含む細胞を含む組成物であって、該方法が対象に有効量の細胞を投与することを含み、
    (i)細胞移植が、造血幹細胞移植または骨髄移植から選択される幹細胞移植である、および/または
    (ii)細胞移植前の対象のコンディショニングが対象におけるCD123発現細胞の数を減らすことを含む、ここで、CD123発現細胞はCD123発現正常細胞またはCD123発現癌細胞から選択される、
    組成物。
  45. 細胞の集団を1以上の薬学的にまたは生理学的に許容される担体、希釈剤または添加物と組み合わせて含む医薬組成物であって、細胞の集団が請求項18に記載の細胞を含む、医薬組成物。
  46. CD123の発現と関係する疾患の処置のための組成物または医薬の製造のための、請求項1~6または16のいずれかに記載の単離核酸分子、請求項7に記載のポリペプチド分子、請求項8~14のいずれかに記載の単離CARポリペプチド分子、請求項15に記載のCD123結合ドメイン、請求項17に記載のベクター、または請求項18に記載の細胞、の使用。
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