JP3335634B2 - Pna−dna−pnaキメラ高分子 - Google Patents
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Description
(“Gapped 2' Modified Oligonucleotides")と称する
前出願である出願番号US92/11339(1992年12月23日提
出)の一部継続出願であり、この前出願US92/11339は、
「ギャップ2'修飾/オリゴヌクレオチド」(“Gapped
2' Modified/Oligonucleotides")と称する前出願であ
る出願番号第814,961号(1991年12月24日提出)の一部
継続出願であり、両出願は、共に本出願に譲渡される。
さらに、本出願は、「ペプチド核酸の高次構造および結
合」(“Higher Order Structure and Binding of Pept
ide Nucleic Acids")と称する出願番号第088,658号(1
993年7月2日提出)に関連し、共に本出願に一部分譲
渡される。この出願第088,658号は、「新しいペプチド
核酸」(“Novel peptide Nucleic Acids")と称する出
願番号第054,363号(1993年4月26日提出)の一部継続
出願であり、第054,363号はPCT EP/91/01219(1992年
5月19日提出)の一部継続出願である。これらの出願の
それぞれの開示は、参照としてここに取り入れられる。 発明の分野 本発明は、PNA−DNA−PNA構造を持つキメラ分子の合
成および使用に関し、ここで、各々の“PNA"はペプチド
核酸であり、“DNA"はホスホジエステル、ホスホロチオ
エートまたはホスホロジチオエート2'−デオキシオリゴ
ヌクレオチドである。細胞、細胞抽出物またはRNアーゼ
Hを含む診断試験システム中では、RNA標的分子とハイ
ブリダイズ可能な塩基配列を持つ本発明のキメラ高分子
は、その標的RNA分子と結合でき、そのRNA標的分子のRN
アーゼHによる鎖切断を容易にする。 発明の背景 大抵の疾病状態を含む哺乳類の健康状態のほとんど
が、タンパク質に影響されていることは、良く知られて
いる。その様なタンパク質は、直接作用するかまたはそ
れらの酵素機能を通してかのいずれかによって、動物お
よびヒトの多くの病気の主要な一因となっている。古典
的治療学は、一般的に、病気の原因または病気の強化機
能を和らげるために、その様なタンパク質との相互作用
に焦点が当てられてきた。しかしながら、最近では、メ
ッセンジャーRNA(mRNA)またはタンパク質の合成を指
示するその他の細胞内RNAとの相互作用によってそれら
のタンパク質の実際の生成を緩和する試みがなされてい
る。一般的に、望ましくないタンパク質形成を導く遺伝
子発現を干渉する、あるいは調整する事が、その様な治
療学的研究の目的である。 アンチセンス方法論は、これら細胞内核酸の正常かつ
重要な機能を崩壊するように、比較的短いオリゴヌクレ
オチドを一本鎖RNAまたは一本鎖DNAに相補的にハイブリ
ダイズさせることである。ハイブリダイゼーションは、
RNAまたはDNAとオリゴヌクレオチドの複素環式塩基との
ワトソン−クリック塩基対を介しての配列特異的水素結
合である。その様な塩基対は、互いに相補的であると言
われる。 Cohen、オリゴヌクレオチド:遺伝子発現のアンチセ
ンス阻害剤(Oligonucleotides:Antisense Inhibitors
of Gene Expression)、CRC Press,Inc.,Boca Ra
ton,F1(1989)に記載の通り、核酸機能の崩壊を提供す
るような自然発生的事件には、少なくとも二つの型があ
ると考えられる。第一の型は、ハイブリダイゼーション
停止である。これは、オリゴヌクレオチド阻害剤が標的
核酸に結合して、その結果、単純な立体障害によって、
重要なタンパク質、たいていはリボゾームの核酸との結
合を妨害するという終結反応(terminating event)を
意味する。メチルホスフェートオリゴヌクレオチド(例
えば、Millerら、Anti−Cancer Drug Design,1987,2,
117を参照の事)とα−アノマーオリゴヌクレオチド
は、ハイブリダイゼーション停止によって核酸機能を崩
壊させると考えられる最も広範囲にわたって研究されて
いる2つのアンチセンス剤である。 オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーション停止の
能力を決定するために、相補的核酸と結合するオリゴヌ
クレオチドの相対能力を、特定のハイブリダイゼーショ
ン複合体の融解温度を測定することによって比較するこ
とができる。融解温度(Tm)は、二重らせんの特徴的物
理学的性質であり、これは、らせん形(ハイブリダイズ
している)対コイル形(ハイブリダイズしていない)が
50%の比率で存在する摂氏温度を意味している。Tmは、
UVスペクトルを用いてハイブリダイゼーションの形成お
よび崩壊(融解)を測定することによって測定される。
ハイブリダイゼーションの間に生ずる塩基のスタッキン
グは、UV吸収の減少(淡色化)を伴う。結果的に、UV吸
収の減少はより高いTmを示す。Tmがより高くなると、鎖
の結合強度はより大きくなる。非ワトソン−クリック塩
基対、すなわち塩基の誤対合は、Tmに強い不安定化影響
を持つ。 アンチセンスオリゴヌクレオチドが終結反応を起こす
第2の型には、細胞内RNアーゼによる標的RNAの酵素切
断が関与する。その様なRNアーゼHによる切断機構は、
2'−デオキシリボフラノシルオリゴヌクレオチドが標的
RNAにハイブリダイズすることが必要である。その結果
生じたDNA−RNAデュープレックスは、RNアーゼH酵素を
活性化し;活性化された酵素はRNA鎖を切断する。RNA鎖
切断は、RNAの正常な機能を破壊する。ホスホロチオエ
ートオリゴヌクレオチドは、この型の終結反応により作
用する卓越したアンチセンス剤の一つである。DNAオリ
ゴヌクレオチドがRNアーゼHの活性化に有効であるため
には、オリゴヌクレオチドは、RNアーゼHを活性化する
ために十分な時間、細胞内で生き残るためには、ヌクレ
アーゼに対して適度に安定でなければならない。 Walderらは、最近の数報の発表で、RNアーゼHとオリ
ゴヌクレオチドの相互作用についてさらに記載してい
る。そのうち特に興味深いものには、(1)Dagleら、N
ucleic Acids Research,1990,18,4751;(2)Dagle
ら、Antisense Research And Development,1991,1,1
1;(3)Ederら、J.Biol.Chm.,1991,266,6472;および
(4)Dagleら、Nucleic Acids Research,1991,19,18
05:がある。これらの報告の中で、Walderらは、修飾さ
れていないホスホジエステル−ヌクレオシド間結合と、
修飾されたホスホロチオエート−ヌクレオシド間結合の
両方を持つDNAオリゴヌクレオチドが、細胞内RNアーゼ
Hの基質になることに注目している。それらは基質であ
るので、それらはRNアーゼHによる標的RNAの切断を活
性化する。しかしながら、さらに、著者らは、アフリカ
ツメガエルの胚では、ホスホジエステル結合およびホス
ホロチオエート結合の両方は、また、エキソヌクレアー
ゼ分解の対象でもあることに注目している。その様なヌ
クレアーゼ分解は、それがRNアーゼH活性化に有効なヌ
クレオチドを急速に涸渇させるために、好ましくない。
参考文献(1)、(2)および(4)に記載されている
ように、RNアーゼHの活性化を提供しつつヌクレアーゼ
分解に対してそれらのオリゴヌクレオチドを安定化させ
るために、Walderらは、ホスホロアミダイト、アルキル
ホスホネートまたはホスホトリエステル結合の区画の間
に短い区画のホスホジエステル結合ヌクレオチドを配置
した2'−デオキシオリゴヌクレオチドを構築した。ホス
ホロアミダイトを含むオリゴヌクレオチドは、エキソヌ
クレアーゼに対して安定化されるが、参考文献(4)に
記載するように、著者らは、それぞれのホスホロアミダ
イト結合が、ホスホロアミダイトを含むオリゴヌクレオ
チドのTm測定値を1.6℃減少させることに注目してい
る。その様なTm値の減少は、オリゴヌクレオチドとその
標的鎖との間のハイブリダイゼーションにとって、望ま
しくない減少を示している。 他の著者らは、アンチセンスオリゴヌクレオチドとそ
の標的鎖との間のハイブリダイゼーションのその様な損
失がもたらす影響について注釈している。Saison−Behm
oarasら、EMBO Journal,1991,10,1111、は、オリゴヌ
クレオチドはRNアーゼHの基質になりうるが、mRNAへの
ハイブリダイゼーションが弱いため、RNアーゼHによる
切断効率は低いことを見出だした。また、著者らは、オ
リゴヌクレオチドの3'末端にアクリジン置換が含まれる
と、オリゴヌクレオチドがエキソヌクレアーゼから保護
されることに注目した。 さらにまた、米国特許第5,149,797号(Pedersonら、1
992年9月22日発行)は、RNアーゼH機構によって作用
するオリゴヌクレオチドについて記載している。この特
許の請求の範囲のオリゴヌクレオチドは、メチルホスホ
ネート、ホスホロモルホリデート、ホスホロピペラジデ
ートまたはホスホロアミデートに隣接するホスホロチオ
エートヌクレオチドから構成される内部セグメントから
なる。これらのオリゴヌクレオチドの成分、すなわち、
ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ホスホロモ
ルホリデート、ホスホロピペラジデートまたはホスホロ
アミデートはすべて、オリゴヌクレオチド結合として個
々に用いられた場合には、オリゴヌクレオチドとその標
的鎖との間のハイブリダイゼーションを減少させるの
で、Saison−Behmoarasらの説明は、この特許に記載さ
れているオリゴヌクレオチドにも等しく当てはまる。 アンチセンスオリゴヌクレオチドおよびRNアーゼHを
用いての標的RNA鎖の切断が有効であろう事は認識され
ているが、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性およ
びハイブリダイゼーションの忠実度もまた非常に重要で
ある。ハイブリダイゼーションの性質を維持または改良
し、かつヌクレアーゼ耐性を提供すると同時にRNアーゼ
Hを活性化することの出来る方法または物質は長い間必
要とされてきたが、これまで当該技術分野においては、
その様な方法および物質は示唆されていない。従って、
その様な方法および物質が切望される。 発明の目的 本発明の目的は、結合親和性の改善された状態で標的
鎖とハイブリダイズする、キメラ高分子を提供すること
である。 さらなる目的は、ヌクレアーゼ分解に対する安定性を
持つキメラ高分子を提供することである。 さらに、本発明の目的は、標的鎖を切断するためにRN
アーゼHを活性化するキメラ高分子を提供することであ
る。 さらに、本発明の目的は、インビトロでの細胞の状態
および動物の健康状態、特に疾病状態をアッセイするた
めの、研究および診断の方法ならびに物質を提供するこ
とである。 他の目的は、標的RNAの活性を調節することを通して
病気を治療するための治療および研究方法ならびに物質
を提供することである。 発明の簡単な説明 本発明では、ペプチド核酸および2'−デオキシオリゴ
ヌクレオチドから形成される高分子が提供される。その
様な高分子は、次の構造:PNA−DNA−PNA[式中、PNA部
分はペプチド核酸配列であり、DNA部分はホスホジエス
テル、ホスホロチオエートまたはホスホロジチオエート
2'−デオキシオリゴヌクレオチド配列である]をもつ。
高分子のPNA部分は、ヌクレアーゼ耐性を増加させ、標
的RNAへの高分子の結合親和性を増加させると考えられ
る。2'−デデオキシオリゴヌクレオチド部分は、RNアー
ゼH応答およびRNA標的鎖の切断を誘発すると考えられ
る。 本発明の高分子の2'−デオキシオリゴヌクレオチド
(即ちDNA)部分は、2'−デオキシ−エリスロ−ベント
フラノシル糖部分を持つヌクレオチド単位から形成され
るオリゴヌクレオチドセグメントである。それぞれのヌ
クレオチドは、ヌクレオチドの2'−デオキシ−エリスロ
−ペントフラノシル糖部分に結合したヌクレオベース
(nucleobase)を含む。ヌクレオチドは、ホスホジエス
テル結合、ホスホロチオエート結合および/またはホス
ホロジチオエート結合によって、互いにおよび/または
他の部分と結合している。本発明のある望ましい高分子
では、高分子の2'−デオキシオリゴヌクレオチド部分の
ヌクレオチドのそれぞれが、ホスホロチオエート結合に
よって互いに結合している。他の望ましい実施態様で
は、2'−デオキシオリゴヌクレオチド部分のヌクレオチ
ドは、ホスホジエステル結合によって互いに結合してお
り、さらに望ましい実施態様では、ホスホジエステルお
よびホスホロチオエート結合の混合物が、2'−デオキシ
オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位を互いに結合し
ている。 高分子のペプチド核酸部分は、核酸の相補鎖への高分
子の結合親和性を増加させる。さらに、細胞ヌクレアー
ゼによる分解に対する高分子のヌクレアーゼ安定性を提
供する。1つのまたはそれより多くのまたはそのすべて
がホスホロチオエートまたはホスホロジチオエート結合
からなる高分子の2'−デオキシオリゴヌクレオチド部分
を選択することにより、本発明の高分子にさらなるヌク
レアーゼ安定性が与えられる。 本発明の高分子のPNA部分は、N−(2−アミノエチ
ル)−グリシンからなるユニット、またはそのユニット
のグリシン部分の窒素原子に、カルボキシメチル部分ま
たはその類似体のようなリンカーを通してそれに結合す
るヌクレオベースをもつ上記のN−(2−アミノエチ
ル)−グリシンの類似体からなるユニットから構成され
る。ユニットは、グリシン部分のカルボキシル基とアミ
ノエチル部分のアミン基との間に形成されるアミド結合
を通して互いに連結されている。ヌクレオベースは、核
酸の4つの一般的なヌクレオベースの一つであることが
でき、また、それらは、その他の天然のまたは合成のヌ
クレオベースを含むこともできる。 本発明の望ましい高分子では、PNA−DNA−PNA構造
は、それぞれのN−(2−アミノエチル)グリシンPNA
ユニットとそれぞれの2'−デオキシ−エリスロ−ペント
フラノシル糖ホスフェートDNAユニットを互いに繋ぎ合
わせることによって形成される。この様に、本発明の高
分子のPNA部分のヌクレオベースは、N−(2−アミノ
エチル)グリシンPNAユニットからなる骨格上に連な
り、本発明の高分子のDNA部分のヌクレオベースは、2'
−デオキシ−エリスロ−ペントフラノシル糖ホスフェー
トユニットからなる骨格上に連なっている。本発明の高
分子のPNA部分のヌクレオベースおよびDNA部分のヌクレ
オベースは、共に、それらのそれぞれの骨格ユニットに
よって、例えば標的RNA鎖のような相補的核酸にハイブ
リダイズできる順序(配列)に接続される。 本発明の望ましい高分子では、PNAおよびDNA部分は互
いにアミド結合でつながっている。本発明のその様な望
ましい高分子では、構造: PNA−(アミド結合)−DNA−(アミド結合)−PNA: の高分子である。PNAとDNA部分をつなぐのに用いること
ができる他の結合には、アミン結合およびエステル結合
が含まれる。 本発明の高分子は、望ましくは、総数約9から約30の
ヌクレオベースを含有するサブユニットからなる。より
望ましくは、高分子は、約15から約25のヌクレオベース
を含有するサブユニットからなる。上記のように、RNア
ーゼH応答を誘発するための、この全体配列のうちの高
分子の長さは、3より大きく望ましくは5またはそれよ
り大きい連続する2'−デオキシ−エリスロ−ペントフラ
ノシル含有ヌクレオチドサブユニットのサブ配列であろ
う。 ペプチド核酸と2'−デオキシヌクレオチドサブユニッ
トの両者にとって望ましい本発明のヌクレオベースとし
ては、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、チミ
ン、キサンチン、ヒポキサンチン、2−アミノアデニ
ン、6−メチルおよびその他のアルキルアデニン、2−
プロピルおよびその他のアルキルアデニン、5−ハロウ
ラシル、5−ハロシトシン、5−プロピニルウラシル、
5−プロピニルシトシン、7−デアザアデニン、7−デ
アザグアニン、7−デアザ−7−メチル−アデニン、7
−デアザ−7−メチル−グアニン、7−デアザ−7−プ
ロピニル−アデニン、7−デアザ−7−プロピニル−グ
アニンおよびその他の7−デアザ−7−アルキルまたは
7−アリールプリン、N2−アルキル−グアニン、N2−ア
ルキル−2−アミノ−アデニン、プリン6−アザウラシ
ル、6−アザシトシンおよび6−アザチミン、5−ウラ
シル(シュードウラシル)、4−チオウラシル、8−ハ
ロアデニン、8−アミノ−アデミン、8−チオールアデ
ニン、8−チオールアルキルアデニン、8−ヒドロキシ
ルアデニンおよびその他の8−置換アデニンならびに8
−ハログアニン、8−アミノグアニン、8−チオールグ
アニン、8−チオールアルキルグアニン、8−ヒドロキ
シルグアニンおよびその他の8−置換グアニン、その他
のアザおよびデアザ−ウラシル、その他のアザおよびデ
アザ−チミジン、その他のアザおよびデアザ−シトシ
ン、アザおよびデアザ−アデニン、アザおよびデアザ−
グアニンまたは5−トリフルオロメチルウラシルおよび
5−トリフルオロシトシンが挙げられる。 また、本発明は、望ましくないタンパク質の生成を特
徴とする病気をもつ生物を治療する方法を提供する。こ
れらの方法は、生物を、核酸の相補鎖に特異的にハイブ
リダイズする能力を持つヌクレオベースの配列を持つ高
分子と接触させることを含む。さらに、その方法は、ヌ
クレオベースの一部分がペプチド核酸サブユニット(PN
Aユニット)からなり、その残りのヌクレオベースは2'
−デオキシヌクレオチドサブユニット(DNAユニット)
からなることを含む。ペプチド核酸サブユニットおよび
デオキシヌクレオチドサブユニットは互いに結合して、
PNA−DNA−PNA(PNAはペプチド核酸であり、DNAは2'−
デオキシオリゴヌクレオチドである)の構造を持つ高分
子を形成する。 さらに、本発明では、核酸の相補鎖に特異的にハイブ
リダイズする能力を持つヌクレオベース配列をもつ薬学
上有効な量の高分子を含む組成物が提供される。さら
に、方法は、ヌクレオベースの一部分がペプチド核酸サ
ブユニット(PNAユニット)からなり、残りのヌクレオ
ベースは2'−デオキシヌクレオチドサブユニット(DNA
ユニット)からなる事を含む。ペプチド核酸サブユニッ
ト(PNA)およびデオキシヌクレオチドサブユニット(D
NA)は互いに結合されて、PNA−DNA−PNA構造の高分子
を形成する。さらに、組成物は、薬剤として許容しうる
希釈剤または担体を含む。 さらに、本発明では、上記のように、RNアーゼH酵素
および核酸を含む試験溶液をPNA−DNA−PNA高分子と接
触させることを含む、特定の核酸の配列をインビトロで
修飾する方法が提供される。 また、上記のように、生物をPNA−DNA−PNA高分子と
接触させることを含む、生物中でのハイブリダイゼーシ
ョンおよびRNアーゼH酵素の活性化を同時に増強する方
法が提供される。 図面の簡単な説明 図1は、本発明のある化合物の固相合成法を図解する
化学スキームである。 図2は、本発明のある化合物の固相合成法を図解する
化学スキームである。 図3は、本発明のある化合物の液相合成法を図解する
化学スキームである。 図4は、本発明のある化合物の液相合成法を図解する
化学スキームである。 図5は、本発明のある化合物の固相合成法を図解する
化学スキームである。 図6は、本発明のある化合物の液相合成法を図解する
化学スキームである。 本発明の詳細な説明 本発明の目的に従って、ヌクレアーゼ耐性を増加さ
せ、同時に、相補鎖への結合親和性を増加させ、また、
RNアーゼHの基質でもある、新規の高分子が提供され
る。本発明の高分子は、複数のペプチド核酸サブユニッ
ト(PNAサブユニット)と複数の2'−デオキシヌクレオ
チドサブユニット(DNAサブユニット)から組み立てら
れている。それらを組み立てて、構造:PNA−DNA−PNAの
高分子とする。それぞれのペプチド核酸サブユニットお
よびそれぞれの2'−デオキシヌクレオチドサブユニット
は、標的RNA分子上、またはDNA分子およびタンパク質を
含むその他の標的分子上の同様のヌクレオベースと特異
的にハイブリダイズする能力を持つヌクレオベースを含
む。 本発明の高分子のペプチド核酸部分は、本発明の高分
子のヌクレアーゼ耐性を増加させる。さらに、これらの
同一のペプチド核酸部分は、核酸の相補鎖への、本発明
の高分子の結合親和性をも増加させる。本発明の高分子
の2'−デオキシヌクレオチド部分は、それぞれ、その糖
部分として2'−デオキシ−エリスロ−ペントフラノシル
基を含む。 上記のガイドラインに関連して、2'−デオキシヌクレ
オチドサブユニットの各々は、“天然”または“合成”
の部分であることができる。従って、本発明の文脈で
は、“オリゴヌクレオチド”という用語は、第一に、複
数の連結ししたヌクレオチドユニットから形成されるポ
リヌクレオチドをさす。ヌクレオチドユニットは、天然
のヌクレオシド間ホスホジエステル結合を通して互いに
連結される。ヌクレオチドユニットは、天然型の塩基お
よび2'−デオキシ−エリスロ−ペントフラノシル糖基か
ら形成される。従って、“オリゴヌクレオチド”という
用語は、実質上、天然型の種または天然型ヌクレオチド
ユニットから形成される合成種を含む。 オリゴヌクレオチドという用語は、天然型の構造なら
びに(天然塩基と同様に機能する修飾塩基部分を含む)
非天然型または“修飾された”構造を含むことを意味し
ている。高分子の2'−デオキシオリゴヌクレオチド部分
のヌクレオチドは、天然のホスホジエステル結合に加え
て、その他の選ばれた合成結合で互いに連結されうる。
これらのその他の結合には、ホスホロチオエートおよび
ホスホロジチオエート糖間結合が含まれる。更に、適当
な結合として考えられるものは、ホスホロセレネートお
よびホスホロジセレネート結合である。塩基部分、すな
わち、2'−デオキシヌクレオチドのヌクレオベースは、
天然の塩基、すなわちアデニン、グアニン、シトシン、
ウラシルまたはチミジンを含みうる。あるいは、これら
は、天然のプリンおよびピリミジン塩基の代わりに用い
られるデアザまたはアザープリンおよびピリミジン;5ま
たは6位に置換基を持つピリミジン塩基;2、6または8
位に改変されたまたは置き換えられた置換基を持つプリ
ン塩基;を含みうる。それらは、また、本発明の精神に
一致するその他の修飾を含んでも良い。その様な2'−デ
オキシオリゴヌクレオチドは、天然のオリゴヌクレオチ
ド(または天然系に沿って合成されたオリゴヌクレオチ
ド)と機能的に交換できるが、天然構造から一つまたは
それより多くの違いを持つものとして最もよく記載され
る。その様な2'−デオキシオリゴヌクレオチドは、高分
子中で有効に機能して標的RNA鎖のRNアーゼH切断を誘
発するかぎり、すべて、本発明に包含される。 本発明の一つの好ましい実施態様では、高分子のペプ
チド核酸部分によって確立される以上のヌクレアーゼ耐
性が、ホスホロチオエート−ヌクレオチド間結合を用い
ることによって得られる。Walderらの報告(上記)に反
して、種々の3'−エキソヌクレアーゼを含むウシ胎児血
清の様な系の中では、ヌクレオシド間結合をホスホジエ
ステル結合からホスホロチオエート結合に修飾すること
はヌクレアーゼ耐性を与えることが認められた。 最近、Brillら、J.Am.Chem.Soc.,1991,113,3972,は、
ホスホロジチオエートオリゴヌクレオチドもまたヌクレ
アーゼ耐性を示すと報告している。これらの著者らは、
また、ホスホロジチオエートオリゴヌクレオチドは、相
補的デオキシオリゴヌクレオチドと結合し、RNアーゼH
を刺激し、かつlacリプレッサーおよびcroリプレッサー
の結合を刺激することを報告している。この様な性質故
に、本発明の高分子の2'−デオキシオリゴヌクレオチド
部分にホスホロジチオエート結合を用いても良い。ホス
ホロジチオエートの合成方法は、Beatonら、“オリゴヌ
クレオチドホスホロジチオエートの合成(Synthesis o
f oligonucleotides phosphorodithioates)”、第5
章、109頁、「オリゴヌクレオチドおよびその類似体(O
ligonucleotides and Analogs)、実用研究法(A P
ractical Approach Series)」、Eckstein,F.編;The
Ptactical Approach Series,IRL Press、New Yor
k、1991、に記載されている。 ホスホロチオエートまたはホスホロジチオエート−ヌ
クレオチド間結合を用いることによって、本発明の高分
子にヌクレアーゼ耐性の増加が与えられる場合、その様
な結合は、それぞれのヌクレオチド間の部位に存在する
であろう。その他の実施態様では、すべてより少ないヌ
クレオチド間結合が、ホスホロチオエートまたはホスホ
ロジチオエート結合で修飾されるであろう。 本発明の高分子の結合親和性は、高分子のペプチド核
酸部分によって増加することが見いだされた。例えば、
10merのホモチミジンPNAをそれに相補的な10merのホモ
アデノシンDNAに結合させた場合のTmは73℃であるのに
対して、これに対応する10merのホノチミジンDNAを同様
に相補的である10merのホモアデノシンDNAに結合させた
場合のTmはわずか23℃である。 結合親和性はまた、本発明の2'−デオキシオリゴヌク
レオチドを構成するヌクレオチドサブユニットおよびペ
プチド核酸サブユニットの両方にある種の修飾塩基を用
いることによって増加させることもできる。その様な修
飾塩基は、5−プロピニルピリミジン、6−アザピリミ
ジン、およびN−2、N−6、および2−アミノプロピ
ルアデニンを含むO−6位の置換されたプリンを含むで
あろう。その他の修飾されたピリミジンおよびプリン塩
基もまた、核酸相補鎖への高分子の結合親和性を増加さ
せることが予測される。 その様な構造ユニットの製造に用いるための、適当な
ヌクレオベースには、アデニン、グアニン、シトシン、
ウラシル、チミン、キサンチン、ヒポキサンチン、2−
アミノアデニン、アデニンおよびグアニンの6−メチル
ならびにその他のアルキル誘導体、アデニンおよびグア
ニンの2−プロピルならびにその他のアルキル誘導体、
5−ハロ−ウラシルおよびシトシン、6−アゾ−ウラシ
ル、シトシンおよびチミン、5−ウラシル(シュードウ
ラシル)、4−チオウラシル、8−ハロ、アミノ、チオ
ール、チオールアルキル、ヒドロキシルならびにその他
の8位置換のアデニンおよびグアニン、5−トリフルオ
ロメチルおよびその他の5位置換のウラシルおよびシト
シン、7−メチルグアニンおよびその他のヌクレオベー
スが含まれ、それらには、例えば米国特許第3,687,808
号、“The Concise Encyclopedia Of Polymer Sci
ence And Engineering",J.I.Kroschwitz編、John Wi
ley & Sons,1990,858−859、およびEnglisch,U.およ
びGauss,D.H.,Angewandte Chemie、International Ed
ition 1991、30、613に開示されるものがある。 標的RNAのRNアーゼH酵素切断を誘発させるために、
本発明の高分子は、その中にDNA型セグメントであるセ
グメントまたはサブ配列を含んでいなくてはならない。
他の点から言うと、本発明の高分子の少なくとも一部分
は、2'−デオキシ−エリスロ−ペントフラノシル糖部分
を持つヌクレオチドサブユニットでなくてはならない。
3つより多くの連続して結合した2'−デオキシ−エリス
ロ−ペントフラノシル含有ヌクレオチドサブユニットを
持つサブ配列は、標的RNAと本発明の高分子のハイブリ
ダイゼーションによるRNアーゼH活性を誘発するために
必要であるらしいことが認められた。現在のところ、本
発明の高分子中には、5またはそれより多くの連続した
2'−デオキシ−エリスロ−ペントフラノシル含有ヌクレ
オチドサブユニットのサブ配列を持つことが望ましい。
少なくとも7つの連続する2'−デオキシ−エリスロ−ペ
ントフラノシル含有ヌクレオチドサブユニットが特に望
ましい。 本発明の高分子の全長は、長さ3から何百のサブユニ
ットであることができるが、標的特異性はもっと短い分
子で得る事ができるので、より実用的な最大の長さは、
長さ約30から約50のサブユニットであろう。より望まし
い最大の長さは、長さ約25サブユニットであろう。 標的によって、高分子の最小の長さは、3から約15の
総サブユニットといろいろであろう。実際には、アンチ
センスオリゴヌクレオチドを用いるに当たって、一般的
には、ハイブリダイゼーションにおける適当な親和性を
保証するためには、約15ヌクレオチドの最小の長さが必
要であることが分かった。しかし、上に記載したよう
に、ペプチド核酸サブユニットは、標的分子に対して、
ホスホロチオエート−オリゴヌクレオチドより良い親和
性を持つ正常なホスホジエステル−オリゴヌクレオチド
と比較してより大きいハイブリダイゼーション親和性を
持つので、本発明の高分子を用いる場合には、最小の長
さは通常アンチセンスオリゴヌクレオチドとのアンチセ
ンス結合に用いられるより小さいと予測することができ
る。これらの因子を考慮にいれると、高分子の望ましい
長さは、総数約3から約30のサブユニットであり、より
望ましい範囲は長さ約9から約25のサブユニットであろ
う。 本発明の高分子では、PNAユニットの間に一つあるい
はそれ以上の連続するDNAユニットが配置されるであろ
う。RNアーゼH応答を誘発させるためには、上記のよう
に、望ましくは、高分子のDNA部分は、少なくとも3つ
の2'−デオキシヌクレオチドユニットを持つであろう。
DNAユニットの数の上限を決定するために、高分子の全
長、用いるホスフェート結合、標的配列に対する望まし
い忠実度およびその他の因子を含む幾つかの因子が考慮
される。通常は、経済的考慮により、本発明の高分子で
は、標的分子に特異的に結合するために、また、所望す
るならば、RNアーゼH応答を引き出すために必要である
よりも多いヌクレオベースを持たないことが望ましい。
RNアーゼHの機能を利用するためにはこの数は一般的に
約5ヌクレオチドである。さらに、ホスホロチオエート
およびホスホロジチオエート−リン酸結合はそれ自身ヌ
クレアーゼ耐性を示すので、これらの2つのリン酸結合
を用いると、ヌクレアーゼ耐性のために高分子のPNA部
分に頼らなくてはならないホスホジエステルサブユニッ
トと比較して、より長くのびるDNAサブユニットを用い
ることができる。これらの要素を考慮に入れると、本発
明の高分子を含む特に望ましい範囲は、長さ9から約28
のサブユニットであり、2'−デオキシヌクレオチドサブ
ユニットに続いて位置する約5から約8のその様なサブ
ユニットを持つ。 RNアーゼHの作用機構は、DNA−RNAデュープレックス
を認識し、それに次いでこのデュープレックスのRNA鎖
を切断する。発明の背景の項に上記したように、この技
術分野でのその他の者は、DNA鎖にヌクレアーゼ安定性
を与えるために修飾したDNA鎖を用いてきた。これを行
うために、彼らは、ヌクレアーゼ安定性を増加させる
が、同時にハイブリダイゼーション特性を減少させるよ
うな修飾されたリン酸結合を用いてきた。 本発明者は、理論に拘束されることを望むものではな
いが、本発明の高分子においては、ペプチド核酸ユニッ
トを高分子の2'−デオキシオリゴヌクレオチド部分の両
端に置くことによって、高分子にヌクレアーゼ安定性を
与えるであろうことを認識している。さらに、この事
は、相補鎖への結合および特異性を増加させるであろ
う。 再度、特定の理論に拘束されることを望むものではな
いが、本発明者は、RNA鎖の切断を認識い誘発させるた
めにRNアーゼHが満たさなくてはならないある種の規準
を認識している。これらの第一は、RNA鎖は切断部位
で、リン酸結合を通して連結された負電荷を帯びたヌク
レオシドを持っていなければならない事である。さら
に、切断部位のヌクレオシドの糖は、β−ペントフラノ
シル糖でなければならず、また、2'エンドコンフォメー
ションでなくてはならない。この規準を満たすヌクレオ
シド(ヌクレオチド)は、2'−デオキシ−エリスロ−ペ
ントフラノシル β−ヌクレオシドのホスホジエステ
ル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホス
ホロセレネートおよびホスホロジセレネート−ヌクレオ
チドのみである。 上記の規準の観点から、2'エンドコンフォーメーショ
ン(例えば、シクロペンチルヌクレオシド)で存在する
ことが示されたある種のヌクレオシドでさえ、ペントフ
ランノシル糖を結合していないので、RNアーゼH活性を
誘発しないであろう。モデルは、オリゴヌクレオチド4'
−チオヌクレオシドはエンベロープコンフォメーション
で存在するが、2'エンドコンフォメーションで存在しな
いので、その様なヌクレオシド残基もまたRNアーゼH活
性を誘発しないであろうことを示している。さらに、α
−ヌクレオシドは、β−ペントフラノシル糖とは逆の立
体配座であるため、それらもまた、RNアーゼH活性を誘
発しないであろう。 非糖のテザー基を通して、または非リン酸結合を通し
てリン酸結合に連結されるヌクレオベースもまた、2'エ
ンドコンフォメーションでβ−ペントフラノシル糖を持
つと言う規準に合わない。従って、それらは、恐らく、
RNアーゼH活性を誘発しないであろう。 本発明の高分子の2'−デオキシオリゴヌクレオチド部
分に取り込ませるために、ヌクレオシドは、ジメトキシ
トリチル基で5'位をブロックし、次いで、3'位をホスフ
ィチル化(phosphitylation)されるであろう。トリチ
ル化およびホスフィチル化の方法は、「オリゴヌクレオ
チドおよびその類似体、実用的研究法(Oligonucleotid
es and Analogs,A practical Approach)」、Eckst
ein,F.編、実用的研究法シリーズ(The Practical Ap
proach Series)、IRL Press,New Youk,1991、に報
告されている。オリゴヌクレオチド中への取り込みは、
ABI380BモデルシンセサイザーのようなDNAシンセサイザ
ーを用いて、ホスホジエステル、ホスホロチオエートま
たはホスホロジチオエート−リン酸結合を形成するため
に適当な化学を用いて、Echsteinの前掲引用書中に説明
されている合成のプロトコールにしたがって行われるで
あろう。 本発明の高分子の2'−デオキシヌクレオチドサブユニ
ットおよびペプチド核酸サブユニットは、共有結合で結
び付けられ、高分子のサブユニットを望ましいヌクレオ
ベース配列に固定する。望ましい長さに結び付けられた
共有結合連結(covalent interconnection)は、高分
子の2つの隣り合った領域のそれぞれの間で形成され
る。望ましくは、共有結合連結は、隣り合う領域を形成
する異なる型のサブユニット部分の両方に共有結合を形
成できる連結部分を選択することによって成し遂げられ
る。望ましくは、連結部分は、連結部分と異なる型の部
分の間に得られる原子鎖が同じ長さであるように選択さ
れる。本発明の一つの望ましい実施態様では、2'−デオ
キシヌクレオチドとペプチド核酸サブユニットを相互連
結する連結基として特に有用なものはアミド結合であ
る。その他の実施態様では、アミンおよびエステル結合
を用いることができる。 本発明の高分子のペプチド核酸サブユニット部分(PN
A部分)は、一般式(I): [式中: nは少なくとも2であり、 L1−Lnはそれぞれ、水素、ヒドロキシ、(C1−C4)ア
ルカノイル、天然型のヌクレオベース、非天然型のヌク
レオベース、芳香族部分、DNAインターカレーター、ヌ
クレオベース結合基、複素環式部分、およびレポーター
リガンドからなる群より独立的に選択され、L1−Lnの少
なくとも1つは、天然型ヌクレオベース、非天然型ヌク
レオベース、DNAインターカレーター、またはヌクレオ
ベース結合基であり; C1−Cnはそれぞれ、(CR6R7)yであり、ここでR6は
水素であり、R7は天然型のα−アミノ酸の側鎖からなる
群より選択されるか、またはR6およびR7は、水素、(C2
−C6)アルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリー
ル、ヒドロキシ、(C1−C6)アルコキシ、(C1−C6)ア
ルキルチオ、NR3R4およびSR5[ここで、R3およびR4は上
に定義した通りであり、R5は水素、(C1−C6)アルキ
ル、ヒドロキシ−、アルコキシ−もしくはアルキルチオ
−置換(C1−C6)アルキルである]からなる群より独立
的に選択されるか、またはR6およびR7が一緒になって脂
環式または複素環式系を作り上げ; D1−Dnはそれぞれ(CR6R7)zであり、R6およびR7は
上記の通りであり; yおよびzはそれぞれ0または1から10までの整数で
あり、y+zの和は2より大きいが10以下であり; G1−Gn-1のそれぞれは、いずれの向きでもよい−NR3C
O−、−NR3CS−、−NR3SO−、または−NR3SO2−であ
り、R3は上記の通りであり; A1−AnおよびB1−Bnの組み合わせは、それぞれ: (a)Aは式(II a)、(II b)または(II c)の基の
一つであり、 BはNまたはR3N+である;または (b)Aは式(II d)の基であり、BはCHである; [式中: Xは、O、S、Se、NR3、CH2またはC(CH3)2であ
り; Yは、単結合、O、SまたはNR4であり; pおよびqはそれぞれ、0または1から5までの整数
であり、p+qの和は10以下であり; rおよびsはそれぞれ、0または1から5までの整数
であり、r+sの和は10以下であり; R1およびR2のそれぞれは、水素、またはヒドロキシ−
もしくはアルコキシ−もしくはアルキルチオで置換され
ていてもよい(C1−C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコ
キシ、アルキルチオ、アミノおよびハロゲンからなる群
より独立的に選択され; G1−Gn-1はそれぞれ、いずれの向きでもよい−NR3CO
−、−NR3CS−、−NR3SO−または−NR3SO2−であり、こ
こでR3は上記の通りであり; Qは、−CO2H−、−CONR'R''、−SO3Hもしくは−SO2N
R'R''または−CO2Hもしくは−SO3Hの活性化誘導体であ
り;そして Iは、−NHR'''R''''または−NR'''C(O)R''''であ
り、ここでR'、R''、R'''およびR''''は、水素、アルキ
ル、アミノ保護基、レポーターリガンド、インターカレ
ーター、キレーター、ペプチド、タンパク質、炭水化
物、脂質、ステロイド、ヌクレオシド、ヌクレオチド、
ヌクレオチドジホスフェート、ヌクレオチドトリホスフ
ェート、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシドなら
びに可溶性および不溶性ポリマーからなる群より独立的
に選択される]である。 望ましいペプチド核酸は、一般式(III a)−(III
c): [式中: Lはそれぞれ、水素、フェニル、複素環式部分、天然
型のヌクレオベース、および非天然型のヌクレオベース
からなる基より独立的に選択され; R7'は、水素および天然型α−アミノ酸の側鎖からな
る群より独立的に選択され; nは、1から60の整数であり; k、l、およびmはそれぞれ、独立的に0または1か
ら5の整数であり; pは、0または1であり; Rhは、OH、NH2または−NHLysNH2であり; Riは、HまたはCOCH3である: を持つ。 特に望ましいものは、式(III a)−(III c)を持つ
化合物であり、式中、Lはそれぞれ、ヌクレオベースで
あるチミン(T)、アデニン(A)、シトシン(C)、
グアニン(G)およびウラシル(U)からなる群より独
立的に選択され、kおよびmは、0または1であり、n
は1から30、特に4から20の整数である。 本発明の高分子のペプチド核酸部分は、溶液中かまた
は固相上のどちらかで、一般的には、特許出願PCT/EP/0
1219(WO92/20702として1992年11月26に公開)または米
国特許出願08/088,658(1993年7月2日出願)、または
同等の方法にしたがって合成される。これらの特許出願
の内容は、参照としてここに取り入れられる。 用いられたシントン(synthon)は、モノマーのアミ
ノ酸またはその活性化誘導体であり、標準的な保護基に
よって保護されている。PNAもまた、関連するジ酸およ
びジアミンを用いることによって合成することができ
る。 本発明の新規のモノマーシントンは、一般式(IV)、
(V)、(VI): [式中、L、A、B、CおよびDは上記の通りである
が、ただしその中の任意のアミノ基がアミノ保護基で保
護されていても良く;Eは、COOH、CSOH、SOOH、SO2OHま
たはその活性化誘導体であり;かつFは、NHR3またはNP
gR3であり、ここでR3は上記の通りであり、かつPgはア
ミノ保護基である] をもつアミノ酸、ジ酸およびジアミンからなる群より選
択される。 本発明の望ましいモノマーシントンは、式(VIII a)
−(VIII c): [式中、Lは、水素、フェニル、複素環式部分、天然型
ヌクレオベース、および非天然型ヌクレオベースからな
る基より選択され;かつR7'は、水素および天然型α−
アミノ酸側鎖よりなる群より選択される] またはそのアミノ保護および/または酸末端活性化誘導
体をもつ。 本発明の化合物は、診断、治療に、ならびに研究用試
薬およびキットとして用いることができる。さらに、い
ったん試験システムで活性であると確認されれば、化学
療法薬を含む他の活性化合物の試験システムにおいて標
準として用いることができる。薬剤として許容しうる適
当な希釈剤または担体とともに混合した本発明の高分子
を有効量含有させることにより、薬剤組成物としても利
用できる。さらに、望ましくないタンパク質生成を特徴
とする疾患を持つ生物を治療するために用いることもで
きる。生物を、望ましくないタンパク質をコードする核
酸の鎖と特異的にハイブリダイズできる配列を持つ本発
明の高分子と接触させることができる。 その様な治療的処置は、単細胞原核生物および真核生
物から多細胞真核生物までの範囲のいろいろな生物で実
施することができる。その遺伝、代謝または細胞の制御
の基本部分としてDNA−RNA転写またはRNA−タンパク質
翻訳を用いるいずれの生物も、その様な治療的および/
または予防的処置が可能である。細菌、酵母、原生生
物、藻類、全植物および温血動物を含むすべての高等動
物のように外見上は異なった生物を、この治療法で処置
できる。さらに、多核真核生物の細胞の各々は、それら
の細胞活性に不可欠な部分としてDNA−RNA転写およびRN
A−タンパク質翻訳の両方を含むので、その様な治療お
よび/または診断もまた、その様な細胞集団で実施する
ことができる。さらに、真核生物細胞の多くのオルガネ
ラ、例えばミトコンドリアおよびクロロプラストもま
た、転写および翻訳の機構を含んでいる。このように、
単一の細胞、細胞集団またはオルガネラもまた、本発明
の治療的または診断的オリゴヌクレオチドで治療するこ
とのできる生物の定義の内に含まれうる。ここで用いる
ように、“治療”とは、疾病状態の根絶、例えば細菌、
原生動物類あるいはその他の伝染病の生物の殺傷、また
は遊走性あるいは有害な細胞の増殖または発現の制御の
両方を含むことを意味する。 例証の目的で、本発明の化合物を、ras−ルシフェラ
ーゼ−トランス活性化を用いるras−ルシフェラーゼ融
合システム中で用いた。「ras−オンコジンのアンチセ
ンス阻害(Antisense Inhibition of RAS Oncogen
e)」と称し、本出願と共に譲受された米国特許出願番
号07/715,196(1991年6月14日提出)に記載されている
(その全体の内容をここに参照として取り入れる)よう
に、ras−オンコジンは、原形質膜の内側表面に位置す
る関連タンパク質をコードする遺伝子ファミリーの構成
員である。ras−タンパク質は、アミノ酸レベルで高い
保存性を持ち、高い親和性および特異性でGTPに結合
し、かつGTPアーゼ活性を持つことが示されている。ras
遺伝子生成物の細胞性機能は未知であるが、それらの生
化学的性質は、GTP結合タンパク質またはGタンパク質
として知られているシグナル伝達タンパク質の一種との
明らかな配列相同性と共に、ras遺伝子生成物は、原形
質膜を通る細胞外シグナルの伝達に関する基礎的な細胞
制御機能に重要な役割を演じていることを示唆する。 H−ras、K−rasおよびN−rasと名付けられた3種
のras遺伝子が、哺乳動物のゲノム中で同定された。哺
乳類のras遺伝子は、コード配列内の単一の点突然変異
によってトランスフォーメーションを誘導する性質を獲
得する。天然型ras−オンコジンの突然変異は、コドン1
2、13および61に位置することが見いだされている。H
−ras、K−rasおよびN−rasの配列は既知である。Cap
onら、Nature,302、1983,33−37;Kahnら、Anticancer R
es.,1987,7,639−652;HallおよびBrown、Nucleic Acid
s Res.,1985,13,5255−5268。ヒトの腫瘍中に認められ
る最も共通に検出される活性化rasの突然変異は、H−r
as遺伝子のコドン12中にあり、そこでは、GGCからGTCへ
の塩基の変化が、結果として、rasタンパク質産物のGTP
アーゼ制御ドメイン中にグリシンからバリンへの置換を
生ずる。Tabin,C.J.ら、Nature,1982,300,143−149;Red
dy,P.E.ら、Nature,1982,300,149−152;Taparowsky,E.
ら、Nature,1982,300,762−765。この単独のアミノ酸変
化は、ras−タンパク質機能の正常な制御を妨害し、そ
れ故、正常に制御されていた細胞タンパク質を連続的に
活性なタンパク質に変えると考えられる。正常なras−
タンパク質機能のその様な脱制御は、正常な増殖から悪
性増殖へのトランスフォーメーションの原因であると考
えられている。Moniaら、J.Bio.Chem.,1993,268,14514
−14522は、最近、トランス活性化レポーター遺伝子シ
ステムにより、キメラ“Gap"(非デオキシオリゴヌクレ
オチドに隣接される2'−デオキシオリゴヌクレオチドを
持つ構造)が、インビトロでHa−ras オンコジンに対
して活性であることを示している。上記のアッセイで活
性である本発明の化合物は、インビトロでの化学療法薬
スクリーニングテストの標準として用いることができ
る。 本発明の化合物は、固相合成または液相合成の両方に
より製造することができる。両方法は、実施例に示され
ている。実施例に示すように、実施例1は、本発明の高
分子の2'−デオキシオリゴヌクレオチド部分の一般的な
合成法である。実施例2、3および4のスキームは、図
1に図解している。実施例2は、固相支持体樹脂への高
分子の右側PNA部分のカルボキシ末端の固定を図解して
記載している。実施例3は、高分子のこの右側PNA部分
の伸長、および3'−カルボキシヌクレオチドを通しての
最初の2'−デオキシヌクレオチドへのアミド結合の形成
について記載している。実施例4は、高分子の第2のPN
A(左側)部分へアミド結合をもたらすための、5'−ア
ミノヌクレオチドの付加を含む高分子の中央の2'−デオ
キシオリゴヌクレオチド部分の伸長を図解している。実
施例5および6のスキームは、図2に示されている。実
施例5は、左側PNA部分の完成を示している。実施例6
は、ブロック基の除去および樹脂からの除去を説明して
いる。実施例7のスキームは、図3に示されている。実
施例7は、5'−アミノ−3'−ヌクレオチドを5'−末端ヌ
クレオチドとして位置させるための液相DNA結合の形成
について説明している。実施例8および9のスキーム
は、それぞれ図4および5に示されている。実施例8
は、本発明の高分子のPNA部分の、DNA部分への液相結合
について説明している。この実施例では、実施例7のオ
リゴヌクレオチドを第1の“T"PNAサブユニットと結合
させ;これに対して、実施例9では、第1の“A"PNAサ
ブユニットを、高分子の2'−デオキシオリゴヌクレオチ
ド部分に結合させる。実施例10、11および12のスキーム
は、図6に示されている。実施例10、11および12は、本
発明の高分子のDNA部分のPNA部分への液相結合について
説明している。 以下の実施例では、サブユニットがペプチド核酸(PN
A)グループかまたは2'−デオキシヌクレオチド(DNA)
グループのどちらであるかには関係なく、サブユニット
を、標準的な大文字による一文字表記、即ちA、G、C
またはT、を用いて表示する。その様な表記は、サブユ
ニット中に取り込まれたヌクレオベースを示している。
すなわち、“A"は、2'−デオキシアデノシンヌクレオチ
ド、並びにアデニン塩基を含むペプチド核酸サブユニッ
トの両方を表示するために用いられる。ペプチド核酸サ
ブユニットでは、アデニン塩基はカルボキシメチル連結
基を通してN−(2−アミノエチル)グリシン骨格と結
合する。標準的ヌクレオチド結合、即ち、ホスホジエス
テル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートまた
はホスホロセレネートは、2つの隣合う表示文字の間の
ハイフォン(−)で示い、例えばA−Tは、チミジンヌ
クレオチドに連結したアデノシンヌクレオチドを示して
いる。ペプチド核酸結合を示すために、(p)または
(pna)のどちらかが用いられ、例えば、A(p)−T
は、チミンペプチド核酸ユニットに連結したアデニンペ
プチド核酸ユニットを示す。 2'−デオキシヌクレオチドとペプチド核酸ユニットの
間の結合の変換は、括弧( )で示される。したがっ
て、“T−(3'−カルボキシ)−A"は、アデニン−ペプ
チド核酸サブユニットの2−アミノエチル部分のアミン
部分に結合したカルボキシ基をその3'位にもつチミジン
ヌクレオシドを示している。これに対して、“A−(5'
−アミノ)−T"は、隣り合ったチミン−ペプチド核酸サ
ブユニットのグリシン部分のカルボキシ部分に結合した
アミンを5'位に持つチミジンヌクレオチドを示してい
る。末端基、例えば、カルボキシ、ヒドロキシル、N−
アセチルグリシンおよびその類似体は、適当なシンボル
表記法を用いて示される。 カルボベンゾキシブロッキング基は、肩文字Z、例え
ばZとして示される。フェノキシアセチル保護基は、肩
文字PAC、例えばPACとして示される。記載した標準的な
ポリスチレン−メリフィールド(Merrifield)樹脂の代
わりとして、ファルマシア(Pharmacia)から購入した
高架橋ポリスチレン、またはラップポリメレ(Rapp Po
lymere)から購入したテンタゲル(Tentagel)と呼ばれ
るポリエチレングリコール/ポリスチレングラフト共重
合体を用いてもよい。本発明の高分子を都合よく除去す
るためには、グリシンをエステル結合を通して樹脂に結
合させるべきである。 以下の実施例および方法は、本発明を説明するための
ものであって、制限するものではない。 実施例1 オリゴヌクレオチドの合成: 本発明の高分子のオリゴヌクレオチド部分は、ヨウ素
による酸化を用いた標準的ホスホロアミデートの化学を
用いて、自動DNAシンセサイザー(Applied Biosystems
model 380B)で合成される。ホスホロチオエートオ
リゴヌクレオチドのためには、標準酸化瓶を、ホスファ
イト結合を段階的にチエーションするために、0.2Mの3H
−1,2−ベンゾジチオール−3−オン 1,1−ジオキシド
/アセトニトリル溶液に置き換える。チエーションの待
ち段階は、68秒に増加させ、次いでキャッピング段階を
行った。別に指示しないかぎり、CPGカラムから切断
し、濃水酸化アンモニウム中55℃(18時間)で脱ブロッ
キングした後、オリゴヌクレオチドは、2.5倍容量のエ
タノールで、0.5M−NaCl溶液から2度沈殿させることに
よって精製する。分析用ゲル電気泳動は、20%アクリル
アミド、8M尿素、454mMトリス−ホウ酸緩衝液、pH7.0で
行った。ホスホジエステルおよびホスホロチオエートオ
リゴヌクレオチドは、ポリアクリルアミドゲル電気泳動
からその物質の長さを判定する。 実施例2 低充填のt−ブチルオキシカルボニルグリシルメリフィ
ールド樹脂 ヒドロキシメチルポリスチレン樹脂(1g、650μMヒ
ドロキシ/g)は、固相のペプチド合成用容器に入れ、ジ
クロロメタン(DCM、2回 10ml)、N,N−ジメチルホル
ムアミド(DMF、2回 10ml)およびアセトニトリル
(2回 40ml)で順番に(それぞれの洗浄について1分
間振とうして)洗浄した。丸底フラスコに、N−t−ブ
チロキシカルボニルグリシン(701mg、4mM)およびO−
(ベンゾトリアゾール−1−イル)−1、1、3、3−
テトラメチルウロニウム テトラフルオロホウ酸塩(1.
156g、3.6mM)を加えた。無水アセトニトリル(40ml)
をバイアルに加え、次いでN,N−ジイソプロピルエチル
アミン(1.392ml、8mM)を加えた。フラスコは、すべて
の固体が溶解するまで振とうした。1分後、バイアルの
内容物をペプチド合成用容器に加え、125分間振とうし
た。次いで、反応溶液を流し、支持体をアセトニトリル
(1回 40ml)、ピリジン(2回 40ml)およびDMF
(2回 40ml)で洗浄した。DMF中の10%(v/v)無水酢
酸溶液(全40ml)を樹脂に加え、反応は40分間振とうし
て行った。反応溶液を流した後、無水酢酸キャップを上
記のように繰り返した。2回目のキャッピング反応の最
後に、樹脂を、DMF(2回 40ml)、ピリジン(1回 4
0ml)、およびDCM(3回 40ml)で洗浄した。次いで、
樹脂はアルゴンを吹き付けることによって乾燥させた。 グリシン誘導体化の程度は、ニンヒドリン定量アッセ
イによって測定した。上の樹脂(50mg)のアリコート
を、固相ペプチド合成容器中に置き、DCM(2回 3ml)
で洗浄した。次いで、樹脂は、トリフルオロ酢酸中の5
%(v/v)のm−クレゾール溶液(3ml)で3回、それぞ
れ2分ずつ振とうして、処理した。3回目の反応溶液を
流し去った後、樹脂は、DCM(3回 3ml)、ピリジン
(3回 3ml)およびDCM(3回 3ml)で洗浄した。次
いで、樹脂はアルゴンを吹き付けることによって乾燥さ
せた。 脱保護した乾燥させた樹脂のアリコート(5mg)を試
験管に入れた。この樹脂に、70%(v/v)水/ピリジン
(80μl)の溶液、カイザー試薬1(100μl、2%のH
2O/ピリジン中の200μM−KCN)、試薬2(40μl、n
−BuOH中の5%(w/v)ニンヒドリン)、および試薬3
(50μl、n−BuOH中の80%(w/v)フェノール)を加
えた。反応は100℃で10分間加熱して行い、冷却し、60
%(V/V)EtOH(7ml)で希釈した。次いで、570nmの吸
光度は、樹脂を含まない対照反応液、およびグリシンエ
チルエステルの定量を元にした標準曲線と比較した。1g
の樹脂当たり100μMのグリシンの誘導体化レベルが得
られた。 実施例3 5'−ヒドロキシ−T(3'−カルボキシ)−T(P)−CZ
(p)−AZ(p)−GZ(p)−Gly− −O−樹脂 t−ブチルオキシカルボニルグリシルメリフィールド
樹脂(200mg、10マイクロ当量、実施例1)は、固相ペ
プチド合成用容器に入れる。支持体は、50%DMF/DCM
(4回 5ml)で洗浄し、次いで、5%のm−クレゾー
ル/トリフルオロ酢酸(4ml)で2回、それぞれ2分間
ずつ振とうして処理する。支持体は、再び50%DMF/DCM
(4回 5ml)で、次いでピリジン(5回 5ml)で洗浄
する。バイアルに、N2−ベンジルオキシカルボニル−1
−(t−ブチルオキシカルボニル−アミノエチルグリシ
ル)グアニン(80μM)およびO−(ベンゾトリアゾー
ル−1−イル)−1,1,3,3−テトラメチルウロニウム−
テトラフルオロホウ酸塩(72μM)を加える。N,N−ジ
メチルホルムアミド(0.4ml)およびピリジン(0.4ml)
を、次いで、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(160μ
M)をバイアルに加える。バイアルは、すべての固体が
溶解するまで、振とうする。1分後、バイアルの内容物
をペプチド合成用容器に加え、20分間振とうする。次い
で、反応溶液を流し、支持体をピリジン(4回 5ml)
で洗浄する。残った結合していないアミンは、N,N−ジ
メチルホルムアミド中のN−ベンジルオキシカルボニル
−N'−メチルイミダゾールトリフレートの10%溶液(0.
8ml)を加えることによってキャップする。5分間振と
う後、キャッピング溶液を流し、支持体を再びピリジン
(4回 5ml)で洗浄する。 上の段落に記載した通り、脱保護、カップリングおよ
びキャッピングは、さらに3種のPNAモノマー:N6−ベン
ジルオキシカルボニル−1−(t−ブチルオキシカルボ
ニル−アミノエチルグリシル)アデニン、N4−ベンジル
オキシカルボニル−1−(t−ブチルオキシカルボニル
−アミノエチルグリシル)シトシン、および1−(t−
ブチルオキシカルボニル−アミノエチルグリシン)チミ
ン:について繰り返す。 次に、脱保護、カップリングおよびキャッピングはも
う一度繰り返すが、この場合に用いたモノマーは、5'−
(t−ブチルジフェニルシリル)−3'−カルボキシメチ
ルチミジンである。キャッピング反応後、樹脂をピリジ
ン(3回 3ml)およびDMF(3回 3ml)で洗浄する、
無水THF(3ml)をフラスコに加え、次いで45μlの70%
(v/v)HF/ピリジンを加える。一晩振とう後、樹脂はTH
F(5回 3ml)、DMF(3回、3ml)、アセトニトリル
(5回 3ml)およびDCM(5回 3ml)で洗浄する。次
いで、アルゴンを吹き付けることにより樹脂を乾燥す
る。 実施例4 T(5'−アミノ)−GPAC−CPAC−APAC−T−T(3'−カ
ルボキシ)− −T(p)−CZ(p)−AZ(p)−GZ(p)−Gly−O
−樹脂 5'−ヒドロキシ−T(3'−カルボキシ)−GZ(p)−
CZ(p)−AZ(p)−T(p)−Gly−O−樹脂(10マ
イクロ当量、実施例3)をDNA合成カラムに入れる。標
準的なDNA合成(実施例1)を、環外アミン上にはフェ
ノキシアセチル保護基、リン上には2−シアノエチル
基、および5'−ヒドロキシル上には4,4'−ジメトキシト
リチル基を含むホスホルアミダイトを用いて行う。結合
させた5'−末端ホスホロアミダイトは、5'−(モノメト
キシトリチルアミノ)チミジン−3'−(N,N−ジイソプ
ロピルアミノ−2−シアノエチル)ホスホルアミダイト
である。モノメトキシトリチル基は、DCM中のジクロロ
酢酸を用いて標準的自動処理によって除去する。DCMで
洗浄後、樹脂は減圧下で乾燥させる。 実施例5 N−アセチルグリシル−T(p)−T(p)−CZ(p)
−T(p)−CZ(p)−GZ(p)−CZ(p)−COOH ヒドロキシメチルポリスチレン樹脂(115mg、74マイ
クロ当量)を、固相ペプチド合成用容器に入れた。支持
体をDCM(3回3ml)、DMF(3回3ml)、ピリジン(3回
3ml)、さらに再びDMF(2回3ml)で洗浄した。バイア
ルにN4−ベンジルオキシカルボニル−1−(t−ブチル
オキシカルボニル−アミノエチルグリシル)シトシン
(151mg、300μM)およびO−(ベンゾトリアゾール−
1−イル)−1,1,3,3−テトラメチルウロニウム−テト
ラフルオロホウ酸塩(87mg、270μM)を加えた。N,N−
ジメチルホルムアミド(1.25ml)およびピリジン(1.25
ml)をバイアルに加え、次いで、N,N−ジイソプロピル
エチルアミン(105μl、600μM)を加えた。バイアル
は、すべての固体が溶解されるまで振とうした。1分
後、バイアルの内容物をペプチド合成容器に加え、30分
間振とうした。次いで、反応溶液を流し去り、支持体を
DMF(4回3ml)で洗浄した。Cモノマーのカップリング
は上記のように繰り返した。次いで、樹脂は、N,N−ジ
メチルホルムアミド中の10%N−ベンジルオキシカルボ
ニル−N'−メチル−イミダゾールトリフレート(2.25m
l)を加え、次いで5分間振とうすることによってキャ
ップした。最後に、樹脂は、ピリジン(4回3ml)で洗
浄し、次いで鎖伸長用に準備した。 支持体は、50%DMF/DCM(4回3ml)で洗浄し、次い
で、トリフルオロ酢酸中の5%m−クレゾール(3ml)
で2回、それぞれ2分間振とうして、処理した。支持体
は、再び50%DMF/DCM(4回3ml)で、次いで、ピリジン
(5回3ml)で洗浄した。バイアルに、N2−ベンジルオ
キシカルボニル−1−(t−ブチルオキシカルボニル−
アミノエチルグリシル)グアニン(163mg、300μM)お
よびO−(ベンゾトリアゾ−1−リル)−1,1,3,3−テ
トラメチルウロニウム−テトラフルオロホウ酸塩(87m
g、270μM)を加えた。N,N−ジメチルホルムアミド
(1.25ml)およびピリジン(1.25ml)をバイアルに加
え、次いで、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(105μ
l、600μM)を加えた。バイアルは、すべての固体が
溶解するまで振とうした。1分後、バイアルの内容物を
ペプチド合成用容器に加え、20分間振とうした。次い
で、反応溶液を流し、支持体をピリジン(5回3ml)で
洗浄した。残った非結合のアミンは、N,N−ジメチルホ
ルムアミド中のN−ベンジルオキシカルボニル−N'−メ
チルイミダゾール−トリフレートの10%溶液(2.25ml)
を加えることによってキャップした。5分間振とうした
後、キャッピング溶液を流し、支持体を再びピリジン
(4回3ml)で洗浄した。 上の段落に記載したように、脱保護、カップリングお
よびキャッピングは、次のような順序で、PNAモノマー:
N4−ベンジルオキシカルボニル−1−(t−ブチルオキ
シカルボニル−アミノエチルグリシル)シトシン、およ
び1−(t−ブチルオキシカルボニル−アミノエチルグ
リシル)チミン、N4−ベンジルオキシカルボニル−1−
(t−ブチルオキシカルボニルアミノエチルグリシル)
シトシン、1−(t−ブチルオキシカルボニル−アミノ
エチルグリシル)チミン、1−(t−ブチルオキシカル
ボニルアミノエチルグリシル)−チミン,さらに次にN
−アセチルグリシン;で繰り返した。最後のカップリン
グ反応を行った後、樹脂をピリジン(5回3ml)およびD
CM(4回3ml)で洗浄した。次いで、樹脂は、アルゴン
を吹き付けることによって乾燥させた。 樹脂の一部分(29mg、10マイクロ当量)を固相ペプチ
ド合成用容器に入れ、テトラヒドロフラン(2.5ml)を
加え、次いで、飽和水性炭酸水素カリウム(0.25ml)お
よび硫酸水素テトラブチルアンモニウム(34mg、100μ
M)の水溶液を加えた。次いで、反応は、14時間、室温
で振とうして行った。水(1ml)を反応液に加え、その
結果、白色固体の沈殿物を得た。液体を濾過で除去し、
保存した。次いで、樹脂および白色固体に、第一回目の
洗浄で加えた水(1ml)をさらに加えて洗浄した。減圧
下で乾燥状態にまで濃縮すると、その結果、ピンクの油
の混じった白色固体が得られた。水(6ml)を加え、pH
を固体KHSO4で2に調整した。次いで、液体および懸濁
した黄色固体をエッペンドルフ(Eppendorf)チューブ
に移し、固体を遠沈した。溶媒を除去し、残った黄色固
体は、0.1%TFAを含む水中の30%アセトニトリルに再溶
解した。逆層クロマトグラフィーを行った結果、所望の
生成物(2.6mg,1μM)を得た:分子質量=2498[電気
噴霧(electrospray)マススペクトロメトリ]。 実施例6 N−アセチルグリシル−T(p)−T(p)−C(p)
−T(p)−C(p)−G(p)−C(p)−T(5'−
アミノ)−G−C−A−T−T(3'−カルボキシ)−T
(p)−C(p)−A(p)−G(p)−Gly−COOH T(5'−アミノ)−GPAC−CPAC−APAC−T−T(3'−
カルボキシ)−T(p)−CZ(p)−AZ(p)−G
Z(p)−Gly−O−樹脂(5マイクロ当量、実施例3)
を固相ペプチド合成用容器にいれる。樹脂は、DCM(3
回3ml)、DMF(3回3ml)、およびピリジン(3回3ml)
で洗浄する。バイアルにN−アセチルグリシル−T
(p)−T(p)−CZ(p)−T(p)−CZ(p)−GZ
(p)−CZ(p)−COOH(10μM、実施例5の様に調製
される)およびO−(ベンソトリアゾール−1−イル)
−1,1,3,3−テトラメチルウロニウム−テトラフルオロ
ホウ酸塩(9μM)を加える。N,N−ジメチルホルムア
ミド(0.3ml)およびピリジン(0.3ml)をバイアルに加
え、次いで、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(20μ
M)を加える。バイアルは、すべての固体が溶解するま
で、振とうする。1分後、バイアルの内容物を、ペプチ
ド合成用容器に加え、4時間振とうする。次いで、反応
溶液を流し、支持体をピリジンで5回洗浄する。 テトラヒドロフラン(2ml)を樹脂に加え、次いで、
飽和水性炭酸水素カリウム溶液(0.2ml)および硫酸水
素テトラブチルアンモニウム(27mg、80μM)を加え
る。反応は、14時間、室温で振とうして行った。次い
で、溶液を流し、保持する。樹脂を50%テトラヒドロフ
ラン/水(3回1ml)および水(3回2ml)で洗浄する。
洗浄溶液を反応溶液に加え、減圧下で濃縮して、有機溶
媒を除去する−濃縮は最終容量が2mlになった時点で停
止する。無機物はゲル濾過によって除去する。粗物質を
15mMの酢酸水溶液(10ml)に溶解し、真空下での脱ガス
化および窒素の逆充填を交互に4回行う。BaSO4上のパ
ラジウム(5%,30mg)を加え、溶液を室温で2時間攪
拌する。触媒は濾過によって除去し、次いで、生成物は
逆層HPLCによって精製する。 実施例7 5'−アミノ−デオキシチミジリル−(3'−5')−3'−O
−t−ブチルジフェニルシリル−デオキシチミジン(H2
N−T−T) 3'−t−ブチルジフェニルシリルデオキシチミジン
(58mg、120μM)および5'−(p−メトキシトリフェ
ニルメチルアミノ)−3'−[O−(2−シアノエチル)
−N,N−ジイソプロピルアミノホスホルアミジル]デオ
キシチミジン(71mg、100μM)を別々の10ml丸底フラ
スコにいれ、それぞれ無水ピリジン(2ml)で一度、無
水アセトニトリル(1.5ml)で2度、共蒸発させた。次
いで、化合物はそれぞれ無水アセトニトリル(0.75ml)
中に溶解し、合わせた。反応は、無水アセトニトリル中
の0.4M 1H−テトラゾール溶液(1ml,400μMテトラゾ
ール)を加えることによって開始した。50分間室温で撹
拌した後、反応は、酸化溶液(10mlの0.43%I2/90.54%
THF、0.41%ピリジンおよび9.05%水)中に注ぐことに
よって急冷した。 酸化反応は、さらに40分間攪拌し、ジクロロメタン
(50ml)および水(20ml)を含む分離用漏斗に注いだ。
残ったヨウ素は、有機層を0.3%ピロ亜硫酸ナトリウム
水溶液(95ml)で洗浄することによって除去した。次い
で、有機層は、減圧下で回転蒸発させることによって濃
縮して黄色油状物とした。黄色油状物は、減圧下、トル
エン(2×15ml)で共蒸発させ、残留ピリジンを除去し
た。 次いで、粗物質はジクロロメタン(6ml)に溶解し、
トリチル基は、3%トリクロロ酢酸/ジクロロメタン溶
液(3ml)を加えることによって除去した。15分間、室
温で攪拌した後、反応は、飽和水性冷(4℃)炭酸水素
ナトリウム(10ml)を含む分離用漏斗に注ぐことによっ
て急冷した。さらに、ジクロロメタン(20ml)を加え、
有機層を分離した。水層に残留した乳濁液は、さらにジ
クロロメタン(20ml)を加えることによって溶かした。
次いで、2つの有機層を合わせて、減圧下で乾燥するま
で濃縮した。所望の生成物は、得られた黄褐色の粗固体
から、20%(v/v)エタノール/クロロホルム、0.2%N,
N−ジイソプロピルエチルアミン(49mg、63μM,63%)
中で分離用シリカTLCによって、精製した。Rf[20%(v
/v)エタノール/クロロホルム、0.2%N,N−ジイソプロ
ピルエチルアミン]=0.05;1H NMR(200MHz,MeOH−d
4) d 7.65(m,4H),7.4(m,8H),6.45(m,1H),5.9
5(m,1H),4.6(m,1H),4.1(m,2H),3.9(m,1H),3.6
(m,1H),3.2(m,1H),2.9(m,2H),2.5−2.0(m,4H),
1.89(s,6H),1.1(s,9H);31P NMR(MeOH−d4)d
0.85;ESMS m/e 782。 実施例8 DMT−O−T(pna)−CONH−T−TのN,N−ジイソプロ
ピルエチルアンモニウム塩 H2N−TpT(25mg、30μM)を1:1のDMF/ピリジン(0.8
ml)に溶解した。分離用バイアルに1−(O−4,4'−ジ
メトキシトリチル−ヒドロキシエチルグリシル)チミン
(23.5mg、40μM)およびO−(ベンゾトリアゾール−
1−イル)−1,1,3,3−テトラメチルウロニウム テト
ラフルオロホウ酸塩(11.6mg、36μM)を加えた。バイ
アルの内容物は、1:1のDMF/ピリジン(0.8ml)およびN,
N−ジイソプロピルエチルアミン(14μl、80μM)中
に溶解した。5分後、活性化したエステル溶液を、H2N
−TpT溶液に加えた。反応は、室温で80分間攪拌して行
い、エチルアルコール(0.5ml)を加えて急冷した。さ
らに150分後、反応混合液は、減圧下で濃縮し、乾燥さ
せた。得られた固体は、分離用シリカTLCを用いて、20
%(v/v)エタノール/クロロホルム、0.2%N,N−ジイ
ソプロピルエチルアミン(27mg、20μM、67%)で展開
することによって、精製した。Rf[20%(v/v)エタノ
ール/クロロホルム、0.2%N,N−ジイソプロピルエチル
アミン)=0.18;1H NMR(200MHz,DMSO−d6) d 11.
35(m,3H),8.95(brs,0.3H),8.72(brs,0.7H),7.79
(m,2H),7.61−7.19(m,22H),6.91(m,4H),6.36(m,
1H),6.03(m,1H),4.78(m,2H),4.59(s,1H),4.41
(m,3H),4.20(s,1H),3.93(m,2H),3.65(s,2H),3.
18(brs,3H),2.97(m,2H),3.74(s,6H),3.42(m,4
H),2.01(brs,4H),1.77(m,7H),1.62(s,2H),1.03
(m,15H);13C NMR(DMSO−d6):167.9,164.6,163.8,1
58.2,150.5,144.9,143.0,136.1,135.7,132.9,130.2,12
9.8,128.1,127.8,126.8,123.4,118.6,113.4,110.7,110.
1,107.9,86.3,84.0,83.0,74.8,74.5,61.3,56.2,55.1,4
7.5,26.8,18.7,12.1:31P NMR(DMSO−d6) d −0.
2,−1.05;ESMS m/e 1351. 実施例9 tBOC−AZ(pna)−CONH−T−TのN,N−ジイソプロピル
エチルアンモニウム塩 H2N−TpT(19mg、24μM)を1:1のDMF/ピリジン(0.6
5ml)に溶解した。別のバイアルに、N6−ベンジルオキ
シカルボニル−1−(t−ブチルオキシカルボニル−ア
ミノエチルグリシル)−アデニン(12.7mg、24μM)お
よびO−(ベンゾトリアゾール−1−イル)−1,1,3,3
−テトラメチルウロニウム テトラフルオロホウ酸塩
(7.1mg、22μM)を加えた。バイアルの内容物は、1:1
のDMF/ピリジン(0.65ml)およびN,N−ジイソプロピル
エチルアミン(8.4μl、48μM)に溶解した。2分
後、活性化されたエステル溶液を、H2N−TpT溶液に加え
た。反応は、室温で105分間、攪拌して行い、エチルア
ルコール(0.5ml)を加えることによって急冷した。さ
らに120分後、反応混合物は、減圧下で濃縮し乾燥させ
た。得られた固体は、分離用シリカTLCを用い、20%(v
/v)エタノール/クロロホルム、0.2%N,N−ジイソプロ
ピルエチルアミン(6mg、5μM、21%)で展開するこ
とによって精製した。Rf[20%(v/v)エタノール/ク
ロロホルム、0.2%N,N−ジイソプロピルエチルアミン)
=0.07;1H NMR(200MHz,DMSO−d6) d 11.37(s,1
H),11.22(s,1H),10.64(brs,1H),9.17(brs,0.3
H),8.90(brs,0.7H),8.59(m,2H),8.30(m,1H),7.8
0(M,1H),7.58(S,3H),7.38(m,12H),7.16(m,1H),
6.36(m,1H),6.04(m,1H),5.43(m,1H),5.32(s,1
H),5.23(s,2H),5.1(s,1H),4.42(m,3H),4.19(m,
1H),3.98(s,1H),3.87(m,3H),3.77(m,1H),3.66
(m,1H),3.02(m,2H),22.68(m,1H),2.03(m,4H),
1.74(m,6H),1.02(m,30H);13P NMR(DMSO−d6)
d −0.01,−0.8。 実施例10 1−(t−ブチルオキシカルボニル−アミノエチルグリ
シル)チアミン、エチルエステル 1−(t−ブチルオキシカルボニル−アミノエチルグ
リシル)チミン(300mg、780μM)は、50%のDMF/ピリ
ジン(3.0ml)に溶解し、N,N−ジイソプロピルエチルア
ミン(0.25ml、1.44mM)を加えた。5分間撹拌した後、
O−(ベンゾトリアゾール−1−イル)−1,1,3,3−テ
トラメチルウロニウム テトラフルオロホウ酸塩(350m
g、1.1mM)を加えて、薄オレンジ色の溶液を得た。反応
は30分間攪拌して行った。その後、無水エタノール(0.
75ml、4.26mM)を加えた。さらに90分間撹拌した後、反
応混合物を減圧下で濃縮して油状物を得た。油状物は、
酢酸エチル(30ml)中に溶解し、5℃に冷却した。精製
生成物は、白色固体として沈殿し、濾過によって集め
た。(289mg、701μM、90%):1H NMR(200MHz,CDC
l3) d 8.33(brs,1H),7.02(s,0.3H),6.97(s,0.
7H),5.58(m,1H),4.59(s,1.4H),4.43(s,0.6H),4.
1(s,2H),3.54(m,2H),3.33(m,2H),1.92(s,3H),
1.47(s,9H)。 実施例11 TBDPS−T−CONH−T(pna)−OEt 1−(t−ブチルオキシカルボニル−アミノエチルグ
リシル)チミン(30mg、72μM)のエチルエステルを1.
0mlのトリフルオロ酢酸中に溶解し、室温で30分間攪拌
した。これを真空下で濃縮し、次いで、5mlのトルエン
で2回、共蒸発させた。5'−O−t−ブチルジフェニル
シリル−3'−カルボキシメチルデオキシリボチミジン
(25mg、48μM)は、0.400mlの1:1のDMF/ピリジン溶液
中に溶解した。この溶液に、TBTU(21mg、65μM)およ
びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(25μl、144μ
M)を加えた。反応液は、薄いオレンジ色になり、これ
を30分間攪拌した。TFA脱保護段階からのアミンを0.6ml
のDMF/ピリジンに溶解し、活性化カルボキシチミジン溶
液に加え、室温で1時間攪拌した。TLC分析(20%MeOH/
DCM)は、すべての活性化酸が消費されたことを示し
た。溶液を真空下で濃縮して油状物とした。油状物は、
2mmの分離用TLCプレート(20mm×20mm)上で、溶出溶媒
として20%のMeOH/DCMを用いて精製した。最も極性の低
いフラクションが、PNA−DNAキメラを含み、所望の生成
物を白色固体(25mg、36μM、50%)として得た。1 H NMR(200MHz,CDCl3) d 9.8(brs,1H),9.6(br
s,1H),7.7(m,4H),7.3(m,9H),7.0(dd,1H),6.2
(m,1H),4.5−3.4(12H),2.9(m,1H),2.5−2.1(m,4
H),1.5(s,3H),1.3(d,6H),1.1(s,9H);13CNMR(CD
Cl3):d 11.764,12.083,12.391,14.144,26.796,27.05
5,29.708,35.232,37.177,37.788,38.932,48.298,61.48
6,64.854,84.476,85.018,111.110,127.711,129.980,13
5.407,135.654,140.976,150.835,151.555,167.416,172.
192;ESMS m/e 817. 実施例12 T−CONH−T(pna)−OEt 上記のダイマー(30mg、0.058mM)は、1mlの乾燥THF
中に溶解することによって脱シリル化し、0℃に冷却し
た。これに、20mlの70%のHF/ピリジンを加え、10mlの1
Mフッ化テトラブチルアンモニウム溶液を加え、反応混
合液を一晩攪拌した。TLC(10%MeOH/DCM)は、反応が
完了したことを示した。溶液は、1mlの飽和NaHCO3を加
えて急冷し、ガス蒸発が終わるまで攪拌した。水層は、
さらに5mlの水を加えて希釈し、3mlの酢酸エチルで2回
抽出した。有機層は、集めて捨てた。水層は、乾燥する
まで蒸発させ、脱保護したダイマーおよびNaHCO3の混合
物を得た。混合物をメタノール中に懸濁し、20×20cm、
0.5mmの分離用TLCプレートを2枚用い、クロロホルム中
30%エタノールで溶離することによって精製した。プレ
ートは溶離を終えた後、乾燥させ、蛍光帯をかきとり、
抽出した。抽出物を濾過し、蒸発させると、少量のフッ
化テトラブチルアンモニウムの混濁した12mgの脱保護ダ
イマー(収率56%)を得た。1 H(CD4OD):1.0−1.5(mm,10H);1.5(m,2H);1.9(s,
6H);2.1−2.8(mm,6H);3.2−4.0(mm,15H);4.1−4.4
(m,4H);4.7(s,1H);6.1(m,1H);7.3(s,1H);8.0
(s,1H)。 実施例13 (5'−DMT)−AZ−T−(3'−カルボキシ)−T(pna)
(シアノエトキシ保護ホスホジエステル結合を含む) 実施例12の脱保護ダイマー(12mg、0.0207mM)を無水
ピリジンで2回、無水アセトニトリルで2回、共蒸発さ
せた。得られた白色固体を1:1のアセトニトリル:DMF3ml
中に溶解した。この溶液に、1mlの0.1M−アデノシンホ
スホルアミダイトおよび1mlの0.4M 1H−テトラゾール
溶液を加えた。これを、周囲温度で1時間攪拌し、次い
で、さらに1mlのアミダイトを加え、攪拌をさらに1時
間続けた。終了時に10mlの酸化溶液(90.54%THF、0.41
%ピリジンおよび9.05%水中の0.43%I2)を加え、反応
液を1時間攪拌した。反応液は25mlの1M−亜硫酸水素ナ
トリウム溶液を加えて急冷した。この溶液は、クロロホ
ルム2×20mlで抽出し、集めた抽出物を別の亜硫酸水素
溶液の一部分25mlで洗浄し、僅かに黄色の有機層を得
た。クロロホルム溶液は、硫酸マグネシウム上で乾燥さ
せ、濃縮して黄色油状物とした。混合物は、20×20cmの
分離用TLCプレート(2枚、0.5mmコーティング)を用
い、ジクロロメタン中の20%アセトンで溶離して精製し
た。トリマーのジアステレオマー混合物は、93%の収率
で25mgの油状物として単離した。1 H(CDCl3):1.2(m,13H);2.5−3.2(mm,5H);3.4(m,
4H);3.7(s,6H);4.1(m,1H);4.4(m,1H);5.2(m,1
H);6.5(m,1H);6.8(m,4H);7.3(m,10H);7.5(m,3
H);8.0(d,2H);8.2(d,2H);8.7(s,1H);9.1(s,1
H);31P(CDCl3):8.247,8.116。 実施例14 NH4OH脱保護条件下でのPNAオリゴマーの安定性 第一の場合、遊離のアミノ末端を含むPNAオリゴマー
(H−TAT−TCC−GTC−ATC−GCT−CCT−CA−Lys−NH2)
(すべてPNA)を、70%の濃NH4OH中に溶解した。反応液
は23℃でインキュベートし、アリコートは以下に示す時
間点に逆層HPLCで試験した。第二の実験では、グリシル
でキャップしたアミノ末端を持つPNAオリゴマー(H−G
ly−TGT−ACG−TCA−CAA−CTA−Lys−NH2)(すべてPN
A)を、90%濃NH4OH中に溶解し、シールしたフラスコ
中、55℃に加熱した。 遊離のアミノ末端を含むPNAオリゴマーのNH4OH安定性
は、PNA/DNAキメラから塩基保護基を除去するには不十
分であった。グリシル基でアミノ末端をキャッピングす
ると、水性塩基に対するPNAの安定性が大きく増加し
た。グリシル−キャップPNAは、11時間点でほんの少し
分解され、23時間後15%が分解された。グリシン−キャ
ップPNAは、フェノキシアセチル保護基を除去するため
に用いる条件下では完全に安定であり、標準的DNA塩基
保護基(ベンゾイルおよびイソブチリルアミド)に用い
る条件にも比較的安定である。結果を表1に示す。 実施例15 アミンおよびエステル結合を通して結合した中央の2'−
デオキシホスホロチオエートオリゴヌクレオチド領域に
隣接するペプチド核酸領域を持つ高分子 ペプチド核酸の第一領域は、上記の実施例2により調
製される。ペプチド核酸領域は、アミン基保護モノマー
を用いてC末端からN末端へ向かって調製される。第一
のペプチド領域が完成した後、末端アミンのブロック基
を除去し、得られたアミンは、Vasseurら、J.Am.Chem.S
oc.,1992,114,4006、の方法に従って調製した3'−C−
(ホルミル)−2',3'−ジデオキシ−5'−トリチルヌク
レオチドと反応させる。C−ホルミルヌクレオシドのア
ルデヒド部分とアミンとの縮合は、Vasseur、同上、の
条件により行われ、イミン結合中間体を得た。イミン結
合は、Vasseur、同上、の還元アルキル化条件下、HCHO/
NaBH3CN/AcOHで還元して、メチルアルキル化アミン結合
を通してペプチド核酸に結合させたヌクレオシドを得
た。次いで、中央になる2'−デオキシホスホロチオエー
トヌクレオチド領域は、実施例1のプロトコールに従っ
て、このヌクレオシドに続けて伸長した。第二のペプチ
ド領域のためのペプチド合成は、ヌクレオチドのジメト
キシトリチルブロッキング基を除去した後、DNA領域の
最後のヌクレオチドの5'ヒドロキシと、第二領域の最初
のペプチド核酸のカルボキシ末端とを反応させることに
よって開始する。カップリングは、ピリジン中のEDCを
通して行われ、ペプチドとヌクレオシドの間にエステル
結合が形成される。次いで、ペプチド合成が続けられ、
第二のペプチド核酸領域が完成する。 実施例16 中央の2'−デオキシホスホロセレネートオリゴヌクレオ
チド領域に隣接するペプチド核酸領域を持つ高分子 高分子の2'−デオキシヌクレオチド部分にホスホロセ
レネート結合を導入することを除いて、実施例15の合成
を繰り返し、酸化は、Stawinskiら、Tenth Internatio
nal Roundtable:Nucleosides,Nucleotides and Thei
r Biological Evaluation,September16−20、1992、A
bstracts of Papers,Abstract80に報告されている方
法にしたがって、3H−1,2−ベンゾチアセレノ−3−オ
ールを用いて行った。 実施例17 中央の2'−デオキシホスホロジチオエートオリゴヌクレ
オチド領域に隣接するペプチド核酸領域をもつ高分子 高分子の2'−デオキシヌクレオチド部分へホスホロジ
チオエート結合を導入することを除いて、実施例15の合
成を繰り返し、酸化は、Beatonら、「オリゴヌクレオチ
ドおよびその類似体」、第5章、「オリゴヌクレオチド
ホスホロジチオエートの合成」、109頁、A Practical
Approach,Eckstein,F.編;The Practical Approach
Series,IRL Press,New York 1991、の方法を用い
て行う。 方法1 ras−ルシフェラーゼレポーター遺伝子の組み立て ras−ルシフェラーゼレポーター遺伝子はPCR法を用い
て組み立てた。オリゴヌクレオチドプライマーは、ヒト
のH−ras遺伝子の変異体(コドン12)および非変異体
(野生型)の両方のエキソン1の5'領域のPCRクローニ
ングのためのプライマーとして用いるために合成した。
c−H−ras1活性化オンコジン(コドン12、GGC→GTC)
を含むプラスミドpT24−C3、およびc−H−ras プロ
トオンコジンを含むpbc−N1は、American Type Cultu
re Collection(Bethesda MD)から得た。1.9kbのホ
タルのルシフェラーゼ遺伝子を含むプラスミドpT3/T7lu
cは、Clontech Laboratories(Palo Alto,CA)より得
た。オリゴヌクレオチドPCRプライマーは、鋳型として
変異体および非変異体のH−ras遺伝子を用いる標準的P
CR反応に用いた。これらのプライマーは、正常および変
異体のH−rasの(翻訳開始部位と比較して)配列−53
から+65に相当し、Nhe IおよびHind IIIの制限エンド
ヌクレアーゼ部位に隣接する、145塩基対のDNA生成物を
生成する。PCR生成物は、標準法に従って、ゲル精製
し、沈殿し、洗浄して、水中に再懸濁した。 P.pyralis(ホタル)のルシフェラーゼ遺伝子のクロ
ーニング用PCRプライマーは、PCR生成物がアミノ末端メ
チオニン残基を除いて全長のルシフェラーゼタンパク質
をコードするように、かつアミノ末端メチオニン残基を
2つのアミノ酸、すなわちアミノ末端のリジン残基およ
び強くロイシン残基に置き換えるように設計した。ルシ
フェラーゼ遺伝子のクローニングに用いるオリゴヌクレ
オチドPCRプライマーは、ルシフェラーゼレポーター遺
伝子を含む商品として入手できるプラスミド(pT3/T7−
Luc)(Clontech)を鋳型として用いる標準PCR法に用い
た。これらのプライマーは、ルシフェラーゼ遺伝子に対
応し、唯一のHind IIIおよびBssH II制限エンドヌクレ
アーゼ部位を両端に持つ、おおよそ1.9kbの生成物を生
ずる。このフラグメントは、標準法に従って、ゲル精製
し、沈殿させ、洗浄し、さらに水中に再懸濁した。 ras−ルシフェラーゼ融合レポーター遺伝子の組み立
てを完成させるために、rasおよびルシフェラーゼのPCR
生成物を、適当な制限エンドヌクレアーゼで消化し、制
限エンドヌクレアーゼNhe I、Hind IIIおよびBssH IIを
用いてステロイド誘導性マウス乳房腫瘍ウイルスプロモ
ーターMMTVを含む発現ベクター中に3部分連結反応によ
ってクローン化した。得られたクローンは、ホタルルシ
フェラーゼ遺伝子とフレームが合うように融合されたH
−ras5'配列(−53から+65)が挿入されていた。得ら
れた発現ベクターは、ステロイド−誘導性MMTVプロモー
ターの制御下で発現するras−ルシフェラーゼ融合生成
物をコードする。これらのプラスミド構築物は、ホタル
のルシフェラーゼをコードする配列とフレームが合うよ
うに融合された活性化型(RA2)または正常型(RA4)H
−rasタンパク質のアミノ酸1−22をコードする配列を
含む。ras−ルシフェラーゼ融合mRNAの翻訳開始は、天
然のH−rasのAUGコドンに依存する。変異体および正常
型のH−rasルシフェラーゼ融合構築物の両方を、標準
法によるDNA配列分析によって確認した。 方法2 プラスミドDNAの細胞へのトランスフェクション トランスフェクションは、Greenberg,M.E.,Current
Protocols in Molecular Biology,(F.M.Ausubel,R.
Brent,R.E.Kingston,D.D.Moore,J.A.Smith,J.G.Seidman
およびK.Strahl編、John Wiley and Sons,NY,)に記
載の方法を次のように変更して行った。HeLa細胞は、60
mmの皿に5×105細胞/皿で塗布した。全量で10μgま
たは12μgのDNAをそれぞれの皿に加えた。この内、1
μgは、構成的ラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモータ
ーの制御下でラットのグルココルチコイド受容体を発現
するベクターであり、残りはras−ルシフェラーゼレポ
ータープラスミドである。リン酸カルシウム−DNA共沈
殿物は、16−20時間後に3mM−EGTAを含むトリス緩衝食
塩水[50mMトリス−塩酸(pH7.5)、150mM−NaCl]で洗
浄することによって除去した。次いで、10%ウシ胎児血
清を補充した新鮮な培養液を細胞に加えた。この時点
で、細胞を本発明の高分子で前処理し、その後デキサメ
タゾンによってレポーター遺伝子の発現を活性化した。 方法3 細胞の処理 プラスミドのトランスフェクションに次いで、細胞
は、前もって37℃に暖めておいたリン酸緩衝食塩水で洗
浄し、5μg/mlのN−[1−(2,3−ジオレイルオキ
シ)プロピル]−N,N,N−トリメチルアンモニウムクロ
リド(DOTMA)を含むOpti−MEMを、それぞれのプレート
に(1.0ml/穴で)加える。試験化合物は、それぞれのプ
レートに50μMのストックから加え、4時間37℃でイン
キュベートする。培養液を除去し、10%のウシ胎児血清
を含むDMEMおよび指示濃度の適当な試験化合物で置き換
え、細胞をさらに2時間37℃でインキュベートし、その
後、最終濃度0.2μMのデキサメタゾンで細胞を処理す
ることによってレポーター遺伝子の発現を活性化する。
細胞を収集し、デキサメタゾン刺激後15時間で、ルシフ
ェラーゼ活性についてアッセイする。 方法4 ルシフェラーゼアッセイ ルシフェラーゼは、Greenberg,M.E.,Current Protoc
ols in Molecular Biology,(F.M.Ausubel,R.Brent,
R.E.Kingston,D.D.Moore,J.A.Smith,J.G.Seidmanおよび
K.Strahl編)、John Wiley and Sons,NY、に記載の
方法に従って、界面活性剤トリトンX−100で溶菌する
ことによって、細胞から抽出する。Dynatech ML1000ル
ミノメーターを用いて、ルシフェリン(Sigma)を625μ
Mになるように加えたときのピークの蛍光を測定した。
それぞれの抽出物について、ルシフェラーゼアッセイは
いろいろな時間に行い、異なる量の抽出物を用いて、デ
ータがアッセイの直線の範囲に集まることを確かめた。 方法5 融解曲線 吸光度対温度曲線は、IBM PCコンピューターに接続
したGilford260分光光度計およびGilford Response I
I分光光度計を用いて260nmで測定する。緩衝液は、100m
M Na+、10mMホスフェートおよび0.1mM−EDTA、pH7を含
んでいた。試験化合物濃度は、85℃の吸光度、ならびに
PuglisiおよびTinoco,Mechods in Enzymol.,1989,18
0,304−325に記載の方法に従って計算した吸光係数から
測定して、それぞれの鎖あたり4μMである。Tm値、デ
ュープレックス形成の自由エネルギーおよび会合定数
は、直線傾斜基本線を持つ二状態モデルにデータを合わ
せることから得られる。Petersheim,M.およびTurner,D.
H.,Biochemistry 1983,22,256−263。報告されるパラ
メーターは、少なくとも3回の実験の平均である。幾つ
かの試験化合物では、デュープレックス形成の自由エネ
ルギーもまた、Tm-1対log10(濃度)のプロットから得
られる。Borer,P.N.,Dengler,B.,Tinoco,I.,Jr.,および
Uhlenbeck,O.C.,J.Mol.Biol.,1974,86,843−853。 方法6 ゲルシフトアッセイ 構築したras標的転写産物である、変異コドン12を含
む47ヌクレオチドヘアピンは、Limaら、Biochemistry,1
991,31,12055−12061に記載の方法に従って、調製しマ
ッピングした。ハイブリダイゼーション反応は、100mM
ナトリウム、10mMリン酸塩、0.1mM−EDTA、100CPMのT7
−生成RNA(おおよそ10pM)、および1pMから10μMの濃
度範囲の試験化合物を含む20μl中で調製される。反応
は、24時間37℃でインキュベートして行われる。ハイブ
リダイゼーションに次いで、負荷緩衝液を反応物に加
え、反応生成物は、45mMのトリス−ホウ酸および1mM−M
gCl2(TBM)を用いて調製した20%ポリアクリルアミド
ゲル上、未変性で解析する。電気泳動は10℃で行い、ゲ
ルはMolecular Dynamics Phosphorimagerを用いて定
量した。 方法7 RNアーゼH分析 RNアーゼH分析は、活性化された(コドン12、G→
U)H−ras mRNAの塩基+23から+47に対応する25塩
基のオリゴリボヌクレオチドの化学合成物を用いて行っ
た。5'−末端を標識したRNAは、濃度20nMで用い、10倍
モル過剰の試験化合物と共に、20mMトリス−Cl、pH7.
5、100mM−KCl、10mM−MgCl2、1mMジチオスレイトー
ル、10μg−tRNAおよび4U−RNsinを含む反応溶液中
で、最終容量10μlでインキュベートする。反応成分
は、37℃で15分間、プレアニールし、次いで、ゆっくり
室温に冷却する。HeLa細胞核抽出物は、哺乳動物RNアー
ゼHの源として用いられる。反応は、2μgの核抽出物
(5μL)を加えることによって開始し、37℃で10分
間、反応を進行させる。反応は、フェノール/クロロホ
ルム抽出によって停止させ、RNA成分をエタノールで沈
殿させる。同量のCPMを、7M尿素を含む20%ポリアクリ
ルアミドゲルに負荷し、RNA切断生成物を電気泳動によ
って解析し、視覚化し、次いで、オートラジオグラフす
る。切断生成物の定量は、Molecular Dynamics Densi
tometerを用いて行う。 方法8 rasトランス活性化レポーター遺伝子システム 発現プラスミドpSV−oliは、構成的SV40プロモーター
制御下の活性化(コドン12、GGC→GTC)H−ras cDNA
挿入物を含み、Bruno Tocque博士(Rhone−Poulenc S
ante Vitry France)より頂いた。このプラスミド
は、鋳型として用いられ、PCRによって、ステロイド誘
導性マウス乳房腫瘍ウイルス(MMTV)プロモーターの制
御下のH−ras発現プラスミドを構築する。H−rasコー
ド配列を得るために、H−ras遺伝子の570bpのコード領
域をPCRによって増幅させる。PCRプライマーは、クロー
ニングを容易にするためにその5'−領域に唯一の制限エ
ンドヌクレアーゼ部位を持つようにデザインされる。H
−rasコドン12突然変異オンコジンのコード領域を含むP
CR生成物は、ゲル精製し、消化し、クローニングする前
にもう一度ゲル精製する。この構築物は、発現プラスミ
ドpMAMneo(Clontech Laboratories,CA)中に挿入物を
クローニングすることによって完成される。 ras−応答性レポーター遺伝子pRDO53は、ras発現を検
出するために用いられる。Owenら、Proc.Natl.Acad.Sc
i.,U.S.A.,1990,87,3866−3870。 方法9 インビボでのras発現のノーザンブロット分析 ヒト泌尿器膀胱癌細胞株系T24は、American Type C
ulture Collection(Rockville MD)より得た。細胞
は,L−グルタミン(Gibco BRL,Gaithersburg MD)と
共に、10%熱不活性化ウシ胎児血清およびそれぞれ50U/
mlのペニシリンおよびストレプトマイシンを補充した、
McCoy's 5A培地中で増殖させる。細胞は、100mmプレー
トに接種した。細胞は、集密度が70%達したときに、試
験化合物で処理される。プレートは、10mlの前もって暖
めておいたPBS、および2.5μl−DOTMAを含むOpti−MEM
還元血清培地5mlで洗浄する。次いで、試験化合物を所
望の濃度で加える。4時間処理した後、培地はMcCoy's
培地で置き換える。細胞は試験化合物処理後48時間で収
集し、RNAを標準CsCl沈殿法で分離する。Kingston,R.
E.、Current Protocols in Molecular Biology(F.
M.Ausubel,R.Brent,R.E.Kingston,D.D.Moore,J.A.Smit
h,J.G.SeidmanおよびK.Strahl編)、John Wiley and
Sons,NY。 ヒトの上皮癌細胞株HeLa229は、American Type Cul
ture Collection(Bethesda,MD)から得た。HeLa細胞
は、10%ウシ胎児血清および100U/mlペニシリンを補充
したDulbecco's Modified Eagle's培地(DMEM)中、
6穴プレート上に単層で維持される。試験化合物での処
理およびRNAの分離は、本質的に、上記のT24細胞の所に
記載した通りである。 ノーザンハイブリダイゼーション:それぞれ10μgの
RNAは、1.2%アガロース/ホルムアミドゲルで電気泳動
し、標準法で、一晩、GeneBind45ナイロン膜(Pharmaci
a LKB,Piscataway,NJ)に移した。Kingston,R.E.、Cur
rent Protocols in Molecular Biology,(F.M.Ausu
bel,R.Brent,R.E.Kingston,D.D.Moore,J.A.Smith,J.G.S
eidmanおよびK.Strahl編),John Wiley and Sons,N
Y.。RNAは、膜にUV架橋する。二本鎖の32P−標識プロー
ブは、the Prime a Gene labeling kit(Promeg
a,Madison WI)を用いて合成する。rasプローブは、コ
ドン12にGGCからGTCへの突然変異を持つ活性化(変異
体)H−ras mRNAのcDNAクローンのSal I−Nhe Iフラ
グメントである。対照プローブは、G3PDHである。ブロ
ットは、QuickHybハイブリダイゼーション溶液(Strata
gene,La Jolla,CA)で15分間68℃で前ハイブリダイズ
する。10mg/mlのサケ精液DNAを100μl混合した熱変性
放射性プローブ(2.5×106カウント/2mlハイブリダイゼ
ーション溶液)を加え、膜を1時間68℃でハイブリダイ
ズする。ブロットは、2×SSC/0.1%SDS中、室温で15分
間、2度、さらに0.1×SSC/0.1%SDS中、60℃で30分
間、一度洗浄する。ブロットは、オートラジオグラフ
し、シグナルの強度を、ImageQuant Phosphorlmager
(Molecular Dynamics,SunnyvaIe,CA)を用いて定量す
る。ノーザンブロットは、最初、rasプローブとハイブ
リダイズさせ、次いで、0.1×SSC/0.1%SDS中で15分間
沸騰させることによって取り除き、対照としてのG3PDH
プローブと再度ハイブリダイズさせて試料の負荷の適性
を照合する。 方法10 癌細胞増殖の阻害および化学療法剤試験の対照としての
利用 細胞は、本質的には、実施例9に記載の方法に従っ
て、培養し、試験化合物で処理される。細胞は、60mmプ
レート上に接種し、集密度が70%に達した時にDOTMA存
在下、試験化合物で処理する。時間経過実験:第1日、
細胞は、最終濃度100nMの単一用量の試験化合物で処理
する。増殖培地は、3日目に一度、取り替え、細胞は、
計数容器を用いて、5日間、毎日計数する。投与量応答
実験:さまざまな濃度(10,25,50,100または250nM)の
試験化合物を細胞に加え、細胞を収集し、3日後に計数
する。次いで、本発明の活性な化合物は、他の化学療法
剤のスクリーニングのための同様のスクリーンの標準と
して用いることができる。
Claims (25)
- 【請求項1】構造: PNA−DNA−PNA [式中: 前記DNAは、少なくとも1つの2′−デオキシオリゴヌ
クレオチドを含み; かつ前記PNAのそれぞれは、式(I): 【化1】 [式中: nは少なくとも2であり、 L1〜Lnはそれぞれ、水素、ヒドロキシ、(C1〜C4)アル
カノイル、天然型のヌクレオベース、非天然型のヌクレ
オベース、芳香族部分、DNAインターカレーター、ヌク
レオベース結合基、複素環式部分、およびレポーターリ
ガンドからなる群より独立的に選択され、L1〜Lnの少な
くとも1つは、天然型ヌクレオベース、非天然型ヌクレ
オベース、DNAインターカレーター、またはヌクレオベ
ース結合基であり; C1〜Cnはそれぞれ、(CR6R7)yであり、ここでR6は水
素であり、R7は天然型のα−アミノ酸の側鎖からなる群
より選択されるか、またはR6およびR7は、水素、(C2〜
C6)アルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリー
ル、ヒドロキシ、(C1〜C6)アルコキシ、(C1〜C6)ア
ルキルチオ、NR3R4およびSR5[ここで、R3およびR4はそ
れぞれ、水素、(C1〜C4)アルキル、ヒドロキシ−また
はアルコキシ−またはアルキルチオ−置換された(C1〜
C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルキルチオ
およびアミノよりなる群から別個に選ばれ、R5は水素、
(C1〜C6)アルキル、ヒドロキシ−、アルコキシ−もし
くはアルキルチオ−置換(C1〜C6)アルキルである]か
らなる群より独立的に選択されるか、またはR6およびR7
が一緒になって脂環式または複素環式系を作り上げ; D1〜Dnはそれぞれ(CR6R7)zであり、R6およびR7は上
記の通りであり; yおよびzはそれぞれ0または1から10までの整数であ
り、y+zの和は2より大きいが10以下であり; G1〜Gn-1のそれぞれは、いずれの向きでもよい−NR3CO
−、−NR3CS−、−NR3SO−、または−NR3SO2−であり、
R3は上記の通りであり; A1〜AnおよびB1〜Bnの組み合わせは、それぞれ: (a)Aは式(II a)、(II b)または(II c)の基の
1つであり、 BはNまたはR3N+である;または (b)Aは式(II d)の基であり、BはCHである; 【化2】 [式中: Xは、O、S、Se、NR3、CH2またはC(CH3)2であ
り; Yは、単結合、O、SまたはNR4であり; pおよびqはそれぞれ、0または1から5までの整数で
あり、p+qの和は10以下であり; rおよびsはそれぞれ、0または1から5までの整数で
あり、r+sの和は10以下であり; R1およびR2のそれぞれは、水素、ヒドロキシもしくはア
ルコキシもしくはアルキルチオで置換されていてもよい
(C1〜C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルキ
ルチオ、アミノおよびハロゲンからなる群より独立的に
選択され; G1〜Gn-1はそれぞれ、いずれの向きでもよい−NR3CO
−、−NR3CS−、−NR3SO−または−NR3SO2−であり、こ
こでR3は上記の通りであり; Qは、−CO2H、−CONR′R″、−SO3Hもしくは−SO2N
R′R″または−CO2Hもしくは−SO3Hの活性化誘導体で
あり;そして Iは、−NHRR′または−NRC(O)R′であ
り、ここでR′、R″、RおよびR′は、水素、ア
ルキル、アミノ保護基、レポーターリガンド、インター
カレーター、キレーター、ペプチド、タンパク質、炭水
化物、脂質、ステロイド、ヌクレオシド、ヌクレオチ
ド、ヌクレオチドジホスフェート、ヌクレオチドトリホ
スフェート、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド
ならびに可溶性および不溶性ポリマーからなる群より独
立的に選択される;ただし、少なくとも1つのR′は前
記DNAであり、少なくとも1つのR′は前記DNAであ
る] を有する少なくとも1つのペプチド核酸サブユニットを
ふくむ] の高分子。 - 【請求項2】前記PNA−DNA−PNAの高分子が、核酸鎖に
特異的にハイブリダイズする能力を有する、請求項1記
載の高分子。 - 【請求項3】前記核酸鎖が、RNA鎖である、請求項2記
載の高分子。 - 【請求項4】前記DNAが、互いに結合する一連の少なく
とも3つの2′−デオキシヌクレオチドを含み;かつ それぞれのPNAが、少なくとも2つのペプチド核酸サブ
ユニットを含む; 請求項1記載の高分子。 - 【請求項5】前記2′−デオキシヌクレオチドが、ホス
ホジエステル、ホスホロチオエートまたはホスホロジチ
オエート−ヌクレオチドである、請求項1記載の高分
子。 - 【請求項6】前記DNAが、ホスホジエステル、ホスホロ
チオエートまたはホスホロジチオエート結合によって互
いに結合する一連の少なくとも3つの2′−デオキシヌ
クレオチドを含む、請求項1記載の高分子。 - 【請求項7】前記PNAのそれぞれが、式III a、III bま
たはIII c: 【化3】 [式中: Lはそれぞれ、水素、フェニル、複素環式部分、天然型
のヌクレオベース、および非天然型のヌクレオベースか
らなる群より独立的に選択され; R7′はそれぞれ、水素および天然型α−アミノ酸の側鎖
からなる群より独立的に選択され; nは、1から60の整数であり; k、l、およびmはそれぞれ、独立的に0または1から
5の整数であり; pは、0または1であり; Rhは、OH、NH2または−NHLysNH2であり; Riは、HまたはCOCH3である] の化合物を含む、請求項1記載の高分子。 - 【請求項8】前記PNAのそれぞれが、式(III a)〜(II
I c)を有する化合物を含み、式中、各々のLはヌクレ
オベースであるチミン(T)、アデニン(A)、シトシ
ン(C)、グアニン(G)およびウラシル(U)からな
る群より独立的に選択され、kおよびmは0または1で
あり、nは1から30の整数である、請求項7記載の高分
子。 - 【請求項9】前記DNAが、互いに結合した一連の少なく
とも3つの前記2′−デオキシヌクレオチドを含み: PNAのそれぞれが少なくとも2つのペプチド核酸サブユ
ニットを含み;かつ 前記2′−デオキシヌクレオチドが、ホスホジエステ
ル、ホスホロチオエートまたはホスホロジチオエート結
合を通して結合している; 請求項8記載の高分子。 - 【請求項10】前記PNAのそれぞれが、アミド、アミン
またはエステル結合で前記DNAに共有結合している、請
求項1記載の高分子。 - 【請求項11】構造: 【化4】 PNA−(アミド結合基)−DNA−(アミド結合基)−PNA [式中: 前記DNAは、少なくとも1つの2′−デオキシヌクレオ
チドを含み; 前記PNAはそれぞれ、少なくとも1つのペプチド核酸サ
ブユニットを含み;かつ、 前記アミド結合基はそれぞれ、構造: −C(=O)−NH− または −NH−C(=O)− のアミド結合を含む] の構造の高分子。 - 【請求項12】インビトロで配列特異的核酸を修飾する
方法であって、RNアーゼHおよび前記核酸を含む試験溶
液を請求項1記載の高分子と接触させることを含む方
法。 - 【請求項13】インビトロで配列特異的核酸を修飾する
方法であって、RNアーゼHおよび前記核酸を含む試験溶
液を請求項9記載の化合物と接触させることを含む方
法。 - 【請求項14】構造: PNA−DNA または DNA−PNA [式中: 前記DNAは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を
通して結合している複数のヌクレオシドを含み、少なく
とも1つの前記ヌクレオシドは2′−デオキシヌクレオ
チドであり;かつ 前記PNAは、式(I): 【化5】 [式中: nは少なくとも2であり、 L1〜Lnはそれぞれ、水素、ヒドロキシ、(C1〜C4)アル
カノイル、天然型のヌクレオベース、非天然型のヌクレ
オベース、芳香族部分、DNAインターカレーター、ヌク
レオベース結合基、複素環式部分、およびレポーターリ
ガンドからなる群より独立的に選択され、L1〜Lnの少な
くとも1つは、天然型ヌクレオベース、非天然型ヌクレ
オベース、DNAインターカレーター、またはヌクレオベ
ース結合基であり; C1〜Cnはそれぞれ、(CR6R7)yであり、ここでR6は水
素であり、R7は天然型のα−アミノ酸の側鎖からなる群
より選択されるか、またはR6およびR7は、水素、(C2〜
C6)アルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリー
ル、ヒドロキシ、(C1〜C6)アルコキシ、(C1〜C6)ア
ルキルチオ、NR3R4およびSR5[ここで、R3およびR4はそ
れぞれ、水素、(C1〜C4)アルキル、ヒドロキシ−また
はアルコキシ−またはアルキルチオ−置換された(C1〜
C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルキルチオ
およびアミノよりなる群から別個に選ばれ、R5は水素、
(C1〜C6)アルキル、ヒドロキシ−、アルコキシ−もし
くはアルキルチオ−置換(C1〜C6)アルキルである]か
らなる群より独立的に選択されるか、またはR6およびR7
が一緒になって脂環式または複素環式系を作り上げ; D1〜Dnはそれぞれ(CR6R7)zであり、R6およびR7は上
記の通りであり; yおよびzはそれぞれ0または1から10までの整数であ
り、y+zの和は2より大きいが10以下であり; G1〜Gn-1のそれぞれは、いずれの向きでもよい−NR3CO
−、−NR3CS−、−NR3SO−、または−NR3SO2−であり、
R3は上記の通りであり; A1〜AnおよびB1〜Bnの組み合わせは、それぞれ: (a)Aは式(II a)、(II b)または(II c)の基で
あり、 BはNまたはR3N+である;または (b)Aは式(II d)の基であり、BはCHである; 【化6】 [式中: Xは、O、S、Se、NR3、CH2またはC(CH3)2であ
り; Yは、単結合、O、SまたはNR4であり; pおよびqはそれぞれ、0または1から5までの整数で
あり、p+qの和は10以下であり; rおよびsはそれぞれ、0または1から5までの整数で
あり、r+sの和は10以下であり; R1およびR2のそれぞれは、水素、ヒドロキシもしくはア
ルコキシもしくはアルキルチオで置換されていてもよい
(C1〜C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルキ
ルチオ、アミノおよびハロゲンからなる群より独立的に
選択され; G1〜Gn-1はそれぞれ、いずれの向きでもよい−NR3CO
−、−NR3CS−、−NR3SO−または−NR3SO2−であり、こ
こでR3は上記の通りであり; Qは、−CO2H、−CONR′R″、−SO3Hもしくは−SO2N
R′R″、または−CO2Hもしくは−SO3Hの活性化誘導体
であり;そして Iは、−NHRR′または−NRC(O)R′であ
り、ここでR′、R″、RおよびR′は、水素、ア
ルキル、アミノ保護基、レポーターリガンド、インター
カレーター、キレーター、ペプチド、タンパク質、炭水
化物、脂質、ステロイド、ヌクレオシド、ヌクレオチ
ド、ヌクレオチドジホスフェート、ヌクレオチドトリホ
スフェート、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド
ならびに可溶性および不溶性ポリマーからなる群より独
立的に選択される;ただし、少なくとも1つのR′は前
記DNAであり、少なくとも1つのR′は前記DNAであ
る] を有する少なくとも1つのペプチド核酸サブユニットを
ふくむ] の高分子。 - 【請求項15】構造PNA−DNAを有する、請求項14記載の
高分子。 - 【請求項16】構造DNA−PNAを有する、請求項14記載の
高分子。 - 【請求項17】前記PNA−DNAまたはDNA−PNAの高分子
が、核酸鎖に特異的にハイブリダイズする能力を有す
る、請求項14記載の高分子。 - 【請求項18】前記核酸鎖が、RNA鎖である、請求項17
記載の高分子。 - 【請求項19】前記DNAが、互いに結合する一連の少な
くとも3つの2′−デオキシヌクレオチドを含み;かつ それぞれのPNAが、少なくとも2つのペプチド核酸サブ
ユニットを含む; 請求項14記載の高分子。 - 【請求項20】前記2′−デオキシヌクレオチドが、ホ
スホジエステル、ホスホロチオエートまたはホスホロジ
チオエート2′−デオキシヌクレオチドである、請求項
14記載の高分子。 - 【請求項21】前記DNAが、ホスホジエステル、ホスホ
ロチオエートまたはホスホロジチオエート結合によって
互いに結合する一連の少なくとも3つの2′−デオキシ
ヌクレオチドを含む、請求項14記載の高分子。 - 【請求項22】前記PNAが、式III a、III bまたはIII
c: 【化7】 [式中: Lはそれぞれ、水素、フェニル、複素環式部分、天然型
のヌクレオベース、および非天然型のヌクレオベースか
らなる群より独立的に選択され; R7′はそれぞれ、水素および天然型α−アミノ酸の側鎖
からなる群より独立的に選択され; nは、1から60の整数であり; k、l、およびmはそれぞれ、独立的に、0または1か
ら5の整数であり; pは、0または1であり; Rhは、OH、NH2または−NHLysNH2であり;そして Riは、HまたはCOCH3である] からなる群より選択される式を有する化合物を含む、請
求項14記載の高分子。 - 【請求項23】前記PNAが、式(III a)、(III b)お
よび(III c)からなる群より選択される式を有する化
合物を含み、式中、各々のLは、ヌクレオベースである
チミン(T)、アデニン(A)、シトシン(S)、グア
ニン(G)およびウラシル(U)からなる群より独立的
に選択され、kおよびmは0または1であり、nは1か
ら30の整数である、請求項22記載の高分子。 - 【請求項24】前記DNAが、互いに結合した一連の少な
くとも3つの前記2′−デオキシヌクレオチドを含み; 前記PNAが、少なくとも2つのペプチド核酸サブユニッ
トを含み;かつ 前記2′−デオキシヌクレオチドが、ホスホジエステ
ル、ホスホロチオエートまたはホスホロジチオエート結
合を通して結合している; 請求項23記載の高分子。 - 【請求項25】前記PNAが、アミド、アミンまたはエス
テル結合で前記DNAに共有結合している、請求項14記載
の高分子。
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