JP2017533889A - ペプチド模倣大環状分子およびその使用 - Google Patents

ペプチド模倣大環状分子およびその使用 Download PDF

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Abstract

被験体においてｐ５３不活性化変異を欠いていると決定された固形腫瘍を処置する方法を提供する。被験体においてｐ５３不活性化変異を欠いていると決定された固形腫瘍の処置において使用するためのペプチド模倣大環状分子をまた提供する。本発明は、例えば、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定された固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体においてｐ５３不活性化変異を欠いていると決定された固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、該ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する、方法を提供する。

Description

相互参照
本願は、２０１４年９月２４日に出願された米国仮出願第６２／０５４，８６１号、２０１５年９月３日に出願された米国仮出願第６２／２１３，８３１号、および２０１５年９月１０日に出願された米国仮出願第６２／２１６，６７０号の優先権を主張し、それらの各々は、その全体が本明細書中に参照によって組み込まれる。
ヒト転写因子タンパク質ｐ５３は、ＤＮＡ損傷および細胞ストレスに応答して、細胞周期の停止およびアポトーシスを誘導し、それによって悪性形質転換から細胞を保護するのに非常に重要な役割を果たしている。Ｅ３ユビキチンリガーゼＭＤＭ２（ＨＤＭ２またはヒト二重微小染色体２としても公知）は、ｐ５３トランス活性化活性を中和する直接結合の相互作用を介してｐ５３機能を負に制御し、核からｐ５３タンパク質を輸出し、ユビキチン化−プロテアソーム経路を介してｐ５３を分解の標的とする。欠失、変異、またはＭＤＭ２過剰発現のいずれかによるｐ５３活性の喪失は、ヒトのがんにおいて最も一般的な欠損である。野生型ｐ５３を発現する腫瘍は、活性ｐ５３の濃度を安定化または増大する薬理学的薬剤に対して脆弱である。この文脈において、ＭＤＭ２活性の阻害は、ｐ５３活性を修復し、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏでがん細胞をアポトーシスに再感受性にするのに妥当な手法として浮上した。最近になって、ＭＤＭＸ（ＭＤＭ４、ＨＤＭ４またはヒト二重微小染色体４としても公知）は、ｐ５３の類似の負の制御因子として同定されており、その研究では、ＭＤＭ２およびＭＤＭＸのｐ５３結合界面間の有意な構造的相同性が明らかになっている。またＭＤＭＸは、ヒトの腫瘍において過剰発現することが観察されている。ｐ５３−ＭＤＭ２およびｐ５３−ＭＤＭＸのタンパク質−タンパク質相互作用は、ｐ５３の同じ１５残基のアルファヘリカルトランス活性化ドメインによって媒介され、そのドメインは、ＭＤＭ２およびＭＤＭＸの表面上の疎水性間隙に挿入される。ＷＴ ｐ５３のこのドメインにおける３つの残基（Ｆ１９、Ｗ２３、およびＬ２６）は、ＭＤＭ２およびＭＤＭＸとの結合に必須である。
固形腫瘍を処置する方法は依然としてかなり必要とされている。本明細書において提供されるのは、ｐ５３、ＭＤＭ２および／またはＭＤＭＸに結合し、かつｐ５３、ＭＤＭ２および／またはＭＤＭＸの活性をモジュレートすることができる化合物である。本明細書においてまた提供されるのは、ｐ５３の活性をモジュレートする、ｐ５３をベースとするペプチド模倣大環状分子を含む医薬製剤である。本明細書においてまた提供されるのは、ｐ５３、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質の間の相互作用を阻害するｐ５３をベースとするペプチド模倣大環状分子を含む医薬製剤である。さらに、本明細書において提供されるのは、これらに限定されないが、固形腫瘍および他の過剰増殖性疾患を含めた疾患を処置するための方法である。
一態様において、本開示は、ヒト被験体においてｐ５３不活性化変異を欠いていると決定された固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、ｐ５３およびＭＤＭ２およびＭＤＭＸの間の相互作用を妨げる。
別の態様において、本開示は、ｐ５３不活性化変異を欠いている固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体においてｐ５３不活性化変異を欠いている固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。
別の態様において、本開示は、ｐ５３遺伝子においてｐ５３不活性化変異を有する固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体においてｐ５３遺伝子においてｐ５３不活性化変異を有する固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。
別の態様において、本開示は、固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、固形腫瘍は、ｐ５３タンパク質発現について陰性ではない（例えば、野生型ｐ５３タンパク質、または部分的機能性を有する変異ｐ５３タンパク質を発現している固形腫瘍）。
別の態様において、本開示は、固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、固形腫瘍は、機能獲得型変異を有するｐ５３タンパク質（例えば、スーパーアポトーシス性ｐ５３）を発現している。
別の態様において、本開示は、固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、固形腫瘍は、機能の部分的な喪失をもたらす変異を有するｐ５３タンパク質を発現している。
別の態様において、本開示は、固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、固形腫瘍中の細胞は、ｐ５３遺伝子の単一のゲノムコピーのみからのｐ５３を発現している（例えば、細胞は、コピー喪失変異を有し、例えば、ハプロ不全である）。
別の態様において、本開示は、固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、固形腫瘍は、１つもしくは複数のサイレント変異を有するｐ５３タンパク質を発現している。
別の態様において、本開示は、固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、固形腫瘍中の細胞は、ｐ５３発現について陰性である。
別の態様において、本開示は、ｐ５３遺伝子におけるｐ５３不活性化変異を有する固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において、ｐ５３遺伝子におけるｐ５３不活性化変異を有する固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、固形腫瘍中の細胞は、ｐ５３遺伝子の１コピーにおいてｐ５３不活性化変異を有する。一部の実施形態では、固形腫瘍中の細胞は、ｐ５３遺伝子の第２のコピーにおける第２のｐ５３不活性化変異を有する。一部の実施形態では、ｐ５３遺伝子の１コピーにおけるｐ５３不活性化変異は、ｐ５３遺伝子の第２のコピーにおける第２のｐ５３不活性化変異と同じである。一部の実施形態では、ｐ５３遺伝子の１コピーにおけるｐ５３不活性化変異は、ｐ５３遺伝子の第２のコピーにおける第２のｐ５３不活性化変異と異なる。
一部の実施形態では、ｐ５３遺伝子におけるｐ５３不活性化変異は、ｐ５３遺伝子からのｐ５３タンパク質発現の欠如、または機能の部分的な喪失を有する部分的なｐ５３タンパク質の発現をもたらす。一部の実施形態では、ｐ５３遺伝子の第２のコピーにおける第２のｐ５３不活性化変異は、ｐ５３遺伝子からのｐ５３タンパク質発現の欠如、または機能の部分的な喪失を有する部分的なｐ５３タンパク質の発現をもたらす。
本明細書に記載の方法の一部の実施形態では、固形腫瘍の細胞は、ｐ５３遺伝子のコピーにおける少なくとも１つの変異を有し、非変異ｐ５３遺伝子のコピーから発現した野生型ｐ５３と比較して、変異は、ｐ５３遺伝子のコピーから発現したｐ５３タンパク質の活性を除去または低減させる。
別の態様において、本開示は、固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。
一部の実施形態では、本明細書に記載されている様々な方法において使用されるペプチド模倣大環状分子は、ｐ５３およびＭＤＭ２およびＭＤＭＸの間の相互作用を妨げるペプチド模倣大環状分子である。
一部の実施形態では、本明細書に記載されている様々な方法は、医薬組成物の投与の前に、固形腫瘍におけるｐ５３不活性化変異の欠如を決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、ｐ５３不活性化変異の欠如を決定するステップは、固形腫瘍における野生型ｐ５３の存在を確認することを含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載されている様々な方法は、固形腫瘍におけるｐ５３機能獲得型変異の存在を決定するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載されている様々な方法は、固形腫瘍におけるｐ５３の不活性化変異の存在を決定するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載されている様々な方法は、固形腫瘍におけるｐ５３のコピー喪失変異の存在を決定するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載されている様々な方法は、固形腫瘍におけるＰ５３の部分的な機能喪失型変異の存在を決定するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、ペプチド模倣大環状分子の投与の前に、固形腫瘍におけるｐ５３不活性化変異の欠如を確認するステップをさらに含むことができる。例えば、固形腫瘍における野生型ｐ５３の存在を確認すること。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、固形腫瘍におけるｐ５３機能獲得型変異の存在を確認するステップをさらに含むことができる。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、固形腫瘍におけるｐ５３の不活性化変異の存在を確認するステップをさらに含むことができる。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、固形腫瘍におけるｐ５３のコピー喪失変異の存在を確認するステップをさらに含むことができる。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、固形腫瘍におけるＰ５３の部分的な機能喪失型変異の存在を確認するステップをさらに含むことができる。
様々な実施形態では、この決定するステップまたは確認するステップは、ペプチド模倣大環状分子の投与の前の、３年以内、２年、１年以内、１〜１２カ月以内、１〜３カ月以内、１カ月以内、または２１日以内に行われる。
様々な実施形態では、本明細書において提供される処置方法は、ヒト被験体においてｐ５３経路の再活性化、腫瘍細胞増殖の減少、ｐ５３タンパク質の増加、ｐ２１の増加、および／またはアポトーシスの増加をもたらすことができる。
ペプチド模倣大環状分子は、週２回または３回、例えば、週２回投与することができる。いくつかの例では、ペプチド模倣大環状分子は、２週間または３週間毎に１回投与される。他の例では、ペプチド模倣大環状分子は、１週間または２週間毎に１回投与される。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、２８日サイクルの１日目、８日目および１５日目に投与される。他の例では、ペプチド模倣大環状分子は、毎週１回投与される。いくつかの例では、ある用量の医薬組成物が、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目に投与される。
投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．５〜２０ｍｇ、例えば、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、０．５〜１０ｍｇである。一部の実施形態では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．０４ｍｇ、０．０８ｍｇ、０．１６ｍｇ、０．３２ｍｇ、０．６４ｍｇ、１．２８ｍｇ、３．５６ｍｇ、７．１２ｍｇ、または１４．２４ｍｇである。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、１０．０ｍｇ、または２０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、週２回投与される。他の例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇまたは１０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、週２回投与される。他の例では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、０．３２ｍｇ、０．６４ｍｇ、１．２５ｍｇ、２．５ｍｇまたは５．０ｍｇであり、医薬組成物は、週２回投与される。いくつかの例では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．３２ｍｇ、０．６４ｍｇ、１．２５ｍｇ、２．５ｍｇまたは５．０ｍｇであり、医薬組成物は、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目、１１日目に投与される。いくつかの例では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．１６ｍｇ、０．３２ｍｇ、０．６４ｍｇ、１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇまたは１０ｍｇであり、医薬組成物は、２８日サイクルの１日目、８日目、および１５日目に投与される。
他の例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、１０．０ｍｇ、または２０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、週１回投与される。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇまたは１０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、週１回投与される。
いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、１０．０ｍｇ、または２０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、１日１回、７日の期間において３回、５回または７回投与される。例えば、ペプチド模倣大環状分子は、１日１回、７日の期間において７回静脈内に投与される。
いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、または１０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、１日１回、７日の期間において３回、５回または７回投与される。例えば、ペプチド模倣大環状分子は、１日１回、７日の期間において７回静脈内に投与される。
ペプチド模倣大環状分子は、０．２５〜１２時間の期間に亘り、例えば、０．２５時間、０．５時間、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、または１２時間の期間に亘り徐々に投与することができる。いくつかの例では、ペプチド模倣大環状分子は、０．２５〜２．０時間の期間に亘り投与される。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、１時間の期間に亘り徐々に投与される。他の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、２時間の期間に亘り徐々に投与される。
本明細書において提供される方法は、腫瘍体積の低減をもたらすことができる。例えば、本明細書において提供される方法による処置は、処置の開始の後１カ月の期間以内に、約９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％の腫瘍体積の低減をもたらすことができる。いくつかの例では、処置は、処置の開始の後１カ月の期間以内に、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の腫瘍体積の低減をもたらす。いくつかの例では、処置は、処置の開始の後１年の期間以内に、約９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％の腫瘍体積の低減をもたらす。一部の実施形態では、処置は、処置の開始の後１年の期間以内に、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の腫瘍体積の低減をもたらす。いくつかの例では、処置は、処置の開始の後６カ月の期間以内に、約９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％の腫瘍体積の低減をもたらす。いくつかの例では、処置は、処置の開始の後６カ月の期間以内に、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の腫瘍体積の低減をもたらす。いくつかの例では、処置は、処置の開始の後３カ月の期間以内に、約９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％の腫瘍体積の低減をもたらす。いくつかの例では、処置は、処置の開始の後３カ月の期間以内に、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の腫瘍体積の低減をもたらす。一部の実施形態では、固形腫瘍は、安定的な疾患である。一部の実施形態では、固形腫瘍は、進行性疾患である。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法は、ヒト被験体がペプチド模倣大環状分子で処置されなかった場合のヒト被験体の予想される生存時間と比較して、ヒト被験体の生存時間の増加をもたらすことができる。いくつかの例では、ヒト被験体の生存時間の増加は、少なくとも３０日、少なくとも３カ月、少なくとも６カ月または少なくとも１年である。
ペプチド模倣大環状分子のｉｎ ｖｉｖｏでの循環半減期は、約１時間〜１２時間、例えば、約１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間または１２時間である。いくつかの例では、ペプチド模倣大環状分子のｉｎ ｖｉｖｏでの循環半減期は、約４時間、約６時間である。
ペプチド模倣大環状分子の生物組織半減期は、約１時間〜１２時間、例えば、約１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間または１２時間である。いくつかの例では、ペプチド模倣大環状分子の生物組織半減期は、約１０時間である。
一部の実施形態では、本開示の方法によって処置されるヒト被験体は、固形腫瘍の１つもしくは複数の他の処置に対して難治性および／または不忍容性である。一部の実施形態では、ヒト被験体は、固形腫瘍の少なくとも１つの不成功である従前の処置および／または治療を受けている。
一部の実施形態では、固形腫瘍は、野生型ｐ５３タンパク質を発現している。
本開示の方法によって処置される固形腫瘍は、膵臓がん、膀胱がん、結腸がん、肝臓がん、結腸直腸がん、乳がん、前立腺がん、腎臓がん、肝細胞がん、肺がん、卵巣がん、子宮頸がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、黒色腫、神経内分泌がん、ＣＮＳがん、脳腫瘍、骨がん、皮膚がん、眼の腫瘍、直腸がん、絨毛癌（胎盤の腫瘍）、肉腫および軟部組織がん、精巣がん、胆嚢がん、および胆道がんからなる群から選択される。一部の実施形態では、固形腫瘍は、膀胱がん、骨がん、乳がん、子宮頸がん、ＣＮＳがん、結腸がん、眼の腫瘍、腎臓がん、肝臓がん、肺がん、膵臓がん、絨毛癌（胎盤の腫瘍）、前立腺がん、肉腫、皮膚がん、軟部組織がん、胃がん、胆嚢がん、胆道がん、腎臓がん、または神経内分泌がんからなる群から選択される。眼の腫瘍は、脈絡膜母斑、脈絡膜黒色腫、脈絡膜転移、脈絡膜血管種、脈絡膜骨腫、虹彩黒色腫、ブドウ膜黒色腫、黒色細胞腫、転移 網膜毛細血管腫、ＲＰＥの先天性肥大、ＲＰＥ腺腫または網膜芽細胞腫でよい。一部の実施形態では、固形腫瘍は、非小細胞肺がん、小細胞肺がん、結腸がん、ＣＮＳがん、黒色腫、卵巣がん、腎臓がん、前立腺がんおよび乳がんから選択される。一部の実施形態では、固形腫瘍は、乳がんである。一部の実施形態では、固形腫瘍は、胆嚢がんである。一部の実施形態では、固形腫瘍は、胆道がんである。一部の実施形態では、固形腫瘍は、神経内分泌がんである。一部の実施形態では、固形腫瘍は、骨がんである。一部の実施形態では、固形腫瘍は、骨肉腫である。一部の実施形態では、固形腫瘍は、皮膚がんである。一部の実施形態では、固形腫瘍は、黒色腫である。
いくつかの例では、本開示の方法によって処置される固形腫瘍は、ＨＰＶ陽性がんではない。
いくつかの例では、本開示の方法によって処置される固形腫瘍は、ＨＰＶ陽性子宮頸がん、ＨＰＶ陽性肛門がんまたはＨＰＶ陽性頭頸部がん、例えば、中咽頭がんではない。
一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、静脈内に投与される。
一部の実施形態では、本開示の方法は、ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩に加えて、ヒト被験体に治療有効量の少なくとも１種のさらなる治療剤および／または治療手順を投与するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、ヒト被験体は、処置に対して完全応答を示す。一部の実施形態では、ヒト被験体は、処置に対して部分応答を示す。
一部の実施形態では、本開示の方法は、投与されたペプチド模倣大環状分子の臨床活性を決定するステップをさらに含む。臨床活性は、コンピューター断層撮影法（ＣＴ）、磁気共鳴イメージング（ＭＲＩ）、および骨スキャニングからなる群から選択される画像処理方法によって決定することができる。
本開示の方法は、１つもしくは複数の特定の時点におけるヒト被験体からの生体試料を得て、分析手順で生体試料を分析するステップをさらに含むことができる。生体試料を、バイオマーカーアセスメント、薬物動態学的アセスメント、免疫原性アッセイおよび／または薬力学的アセスメントのために使用することができる。薬物動態学的アセスメントは、特定の時点での生体試料においてペプチド模倣大環状分子および／もしくはその代謝物のレベルを研究するステップを含むことができる。薬力学的アセスメントは、特定の時点での生体試料においてｐ５３、ＭＤＭ２、ＭＤＭＸ、ｐ２１および／またはカスパーゼのレベルを研究するステップを含むことができる。
分析手順は、血液化学分析、染色体転座分析、針生検、組織生検、蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、検査室バイオマーカー分析、免疫組織化学染色法、フローサイトメトリー、またはこれらの組合せを含む群から選択することができる。方法は、分析手順の結果を作表および／またはプロットするステップをさらに含むことができる。１つもしくは複数の特定の時点は、ヒト被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の前の時点を含むことができる。１つもしくは複数の特定の時点は、ヒト被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の後の時点を含むことができる。１つもしくは複数の特定の時点は、ヒト被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の前の時点および後の時点を含むことができる。１つもしくは複数の特定の時点は、ヒト被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の前および後の複数の時点を含む。方法は、ヒト被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の前および後に集めた生体試料を比較するステップ、または複数の時点において集めた生体試料を比較するステップをさらに含むことができる。生体試料は、血液試料または腫瘍標本でよい。
本開示の方法は、ヒト被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の前に、ヒト被験体における少なくとも１つの標的病変を選択および／または同定するステップをさらに含むことができる。方法はまた、１つもしくは複数の特定の時点における累積直径を測定するステップを含むことができ、累積直径は、特定の時点における少なくとも１つの標的病変の直径の合計である。１つもしくは複数の特定の時点は、処置の後の時点を含むことができる。方法はまた、ベースライン合計直径を測定するステップを含むことができ、ベースライン合計直径は、ヒト被験体への医薬組成物の投与の前の少なくとも１つの標的病変の直径の合計である。いくつかの例では、本開示の方法による処置は、少なくとも１つの標的病変の消失をもたらす。一部の実施形態では、処置の後、ヒト被験体におけるすべての病的なリンパ節は、１０ｍｍ未満までの短軸の低減を示す。いくつかの例では、処置の後の時点での累積直径は、ベースライン合計直径より少なくとも３０％小さい。いくつかの例では、処置は、ベースライン合計直径を参照として、１つもしくは複数の特定の時点において累積直径の十分な増加も、十分な減少ももたらさない。
いくつかの例では、ペプチド模倣大環状分子は、チトクロムＰ４５０アイソフォームの阻害剤ではない。いくつかの例では、処置は、本質的に用量制限的血小板減少をもたらさない。いくつかの例では、処置は、正常な造血器官および／または組織において本質的に有害作用をもたらさない。いくつかの例では、処置は、ヒト被験体において、ペプチド模倣大環状分子の投与とおそらく、ほぼ確実に、または明確に、関連し得る本質的に有害事象をもたらさない。いくつかの例では、処置は、ヒト被験体において、ペプチド模倣大環状分子の投与とほぼ確実に、ほぼ確実に、または明確に、関連し得る本質的に重篤な有害事象をもたらさない。
ｐ５３不活性化変異の欠如は、当技術分野において公知の任意の公知の方法によって決定することができる。いくつかの例では、ｐ５３不活性化変異の欠如は、ｐ５３タンパク質をコードする核酸のＤＮＡシークエンシングによって決定することができる。いくつかの例では、ｐ５３不活性化変異の欠如は、ＲＮＡアレイをベースとする試験によって決定することができる。いくつかの例では、ｐ５３不活性化変異の欠如は、ＲＮＡ分析によって決定することができる。いくつかの例では、ｐ５３不活性化変異の欠如は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって決定することができる。
一部の実施形態では、ｐ５３不活性化変異は、タンパク質のＤＮＡ結合ドメインにおける変異を含むことができる。一部の実施形態では、ｐ５３不活性化変異は、ミスセンス変異を含むことができる。一部の実施形態では、ｐ５３不活性化変異は、ドミナント不活性化変異である。一部の実施形態では、ｐ５３不活性化変異は、Ｖ１７３Ｌ、Ｒ１７５Ｈ、Ｇ２４５Ｃ、Ｒ２４８Ｗ、Ｒ２４９ＳおよびＲ２７３Ｈからなる群から選択される１つもしくは複数の変異を含む。一部の実施形態では、ｐ５３不活性化変異は、表１ａにおいて示す変異の１つもしくは複数を含む。一部の実施形態では、ｐ５３機能獲得型変異は、表１ｂにおいて示す変異の１つもしくは複数を含む。
別の態様において、本開示は、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定されたヒト被験体における固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、２８日サイクルの１日目、８日目および１５日目に、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、０．５〜２０ｍｇ、例えば、０．５〜１０ｍｇのペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩を投与するステップを含む。一部の実施形態では、８日目および／または１５日目に入ったペプチド模倣大環状分子の量は、１日目に入ったペプチド模倣大環状分子の量より多い。一部の実施形態では、８日目および／または１５日目に入ったペプチド模倣大環状分子は、１日目に入ったペプチド模倣大環状分子の量と等しい。一部の実施形態では、１日目および／または８日目に入ったペプチド模倣大環状分子は、１５日目に入ったペプチド模倣大環状分子の量より多い。一部の実施形態では、等しい量のペプチド模倣大環状分子が、１日目、８日目および１５日目に投与される。一部の実施形態では、２８日サイクルは、２回または３回繰り返される。
別の態様において、本開示は、ヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、ヒト被験体に、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目に、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、０．３２〜１０ｍｇのペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩を投与するステップを含む。一部の実施形態では、固形腫瘍は、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定されている。一部の実施形態では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、０．３２ｍｇのペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩は、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目にそれぞれ、投与される。一部の実施形態では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、０．６４ｍｇのペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩は、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目にそれぞれ、投与される。一部の実施形態では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、１．２５ｍｇのペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩は、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目にそれぞれ、投与される。一部の実施形態では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、２．５ｍｇのペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩は、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目にそれぞれ、投与される。一部の実施形態では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、５．０ｍｇのペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩は、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目にそれぞれ、投与される。
様々な実施形態では、本明細書に記載の方法において使用されるペプチド模倣大環状分子は、表３、表３ａ、表３ｂ、および表３ｃのいずれかにおけるアミノ酸配列と少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％同一であるアミノ酸配列を含み、ペプチド模倣大環状分子は、式：
（式中、
各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立に、アミノ酸であり、
各Ｂは、独立に、アミノ酸、
、［−ＮＨ−Ｌ３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ３−ＳＯ２−］、または［−ＮＨ−Ｌ３−］であり、
各Ｒ１およびＲ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルであるか（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、または該ＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に結合している大環状分子形成リンカーＬ’を形成し、
各Ｒ３は、独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり（Ｒ５により任意選択で置換されている）、
各ＬおよびＬ’は、独立に、式−Ｌ１−Ｌ２−の大環状分子形成リンカーであり、
各Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ４−Ｋ−Ｒ４−］ｎであり、それぞれＲ５により任意選択で置換されており、
各Ｒ４は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり、
各Ｋは、独立に、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、ＣＯ、ＣＯ２、またはＣＯＮＲ３であり、
各Ｒ５は、独立に、ハロゲン、アルキル、−ＯＲ６、−Ｎ（Ｒ６）２、−ＳＲ６、−ＳＯＲ６、−ＳＯ２Ｒ６、−ＣＯ２Ｒ６、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ６は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ７は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＤ残基を有する環状構造の一部であり、
各Ｒ８は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＥ残基を有する環状構造の一部であり、
各ｖは、独立に、整数であり、
各ｗは、独立に、３〜１０００の整数であり、
ｕは、１〜１０の整数であり、
各ｘ、ｙおよびｚは、独立に、０〜１０の整数であり、
各ｎは、独立に、１〜５の整数である）
を有する。
様々な実施形態では、本明細書に記載の方法において使用されるペプチド模倣大環状分子は、式
（式中、
Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０のそれぞれは、個々にアミノ酸であり、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも３つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｈｉｓ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０−Ｘ１１−Ｓｅｒ１２（配列番号８）またはＰｈｅ３−Ｘ４−Ｇｌｕ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０／Ｃｂａ１０−Ｘ１１−Ａｌａ１２（配列番号９）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸であり、各Ｘ４およびＸ１１は、独立に、アミノ酸であり、
各ＤおよびＥは、独立に、アミノ酸であり、
各Ｒ１およびＲ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルもしくはヘテロシクロアルキルであるか（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、またはＲ１およびＲ２の少なくとも１つは、前記ＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に結合している大環状分子を形成するリンカーＬ’を形成し、
各ＬまたはＬ’は、独立に、大環状分子を形成するリンカーであり、
各Ｒ５は、独立に、ハロゲン、アルキル、−ＯＲ６、−Ｎ（Ｒ６）２、−ＳＲ６、−ＳＯＲ６、−ＳＯ２Ｒ６、−ＣＯ２Ｒ６、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ６は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ７は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＤ残基を有する環式構造の一部であり、
各Ｒ８は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＥ残基を有する環式構造の一部であり、
ｖは、１〜１０００の整数であり、
ｗは、０〜１０００の整数である）
を有する。
いくつかの実施形態では、本明細書中で記載される式における大環状分子を形成するリンカーの少なくとも１つは、式−Ｌ１−Ｌ２−
（式中、
各Ｌ１およびＬ２は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ４−Ｋ−Ｒ４−］ｎであり、それぞれＲ５により任意選択で置換されており、
各Ｒ４は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり、
各Ｋは、独立に、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、ＣＯ、ＣＯ２、またはＣＯＮＲ３であり、
各Ｒ３は、独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり（Ｒ５により任意選択で置換されている）、
ｎは、１〜５の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、本明細書に記載の式における大環状分子形成リンカーの少なくとも１つにおいて、ｗは、独立に、３〜１０００、例えば、３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数である。
一部の実施形態では、Ｘａａ５は、Ｇｌｕまたはそのアミノ酸類似体である。
一部の実施形態では、各Ｅは、独立に、Ａｌａ（アラニン）、Ｓｅｒ（セリン）またはその類似体である。
一部の実施形態では、［Ｄ］ｖは、−Ｌｅｕ１−Ｔｈｒ２である。
一部の実施形態では、ｗは、３〜１０である。一部の実施形態では、ｗは、３〜６である。一部の実施形態では、ｗは、６〜１０である。一部の実施形態では、ｗは、６である。
一部の実施形態では、ｖは、１〜１０である。一部の実施形態では、ｖは、２〜１０である。一部の実施形態では、ｖは、２〜５である。一部の実施形態では、ｖは、２である。
一部の実施形態では、本明細書に記載の式における各Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、またはヘテロシクロアリーレンである（それぞれＲ５により任意選択で置換されている）。
一部の実施形態では、各Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、独立に、アルキレンまたはアルケニレンである。
一部の実施形態では、Ｌは、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンである。一部の実施形態では、Ｌは、アルキレンである。一部の実施形態では、Ｌは、Ｃ３〜Ｃ１６アルキレンである。一部の実施形態では、Ｌは、Ｃ１０〜Ｃ１４アルキレンである。
一部の実施形態では、本明細書に記載の式における各Ｒ１およびＲ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルである（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）。一部の実施形態では、Ｒ１およびＲ２は、Ｈである。一部の実施形態では、各Ｒ１およびＲ２は、独立に、アルキルである。一部の実施形態では、Ｒ１およびＲ２は、メチルである。
一部の実施形態では、本明細書に記載の式におけるｘ＋ｙ＋ｚは、６である。
一部の実施形態では、本明細書に記載の式におけるｕは、１である。
いくつかの実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、アミノ酸類似体である少なくとも１個のアミノ酸を含む。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、表３ｃにおいて示されるペプチド模倣大環状分子から選択される。
一態様において、本開示は、ヒト被験体に、治療有効量の本明細書に記載されているペプチド模倣大環状分子を投与するステップを含む、ヒト被験体においてｐ５３不活性化変異を欠いている１つもしくは複数の固形腫瘍バイオマーカーを同定する方法を提供する。いくつかの例では、バイオマーカーは、ｐ５３ステータス、ＭＤＭ２発現レベルおよびＭＤＭＸ発現レベルを含む群から選択される。
様々な実施形態では、医薬組成物は、ペプチド模倣大環状分子の薬学的に許容される塩を含む。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩、カリウム塩またはカルシウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩である。
参考文献の援用
本明細書で言及されているあらゆる刊行物、特許文書、および特許出願文書は、各個々の刊行物、特許文書、または特許出願文書が、あたかも具体的に個々に参照によって組み込まれることが示されているかのように、参照によって本明細書に組み込まれる。
本発明の新規な特徴を、添付の特許請求の範囲において詳細に示す。本発明の特徴および利点は、本発明の原理が利用される例示的な実施形態を記載する以下の詳細な説明および以下の添付の図を参照することによってより良好に理解されよう。
図１は、ヒト野生型Ｐ５３タンパク質配列を示す。
図２は、例示的な用量レベルおよび用量レジメンを示す。
図３は、例示的な投与の概要を示す。
図４は、各用量レベル（ＤＬ）および用量レジメンのために投与されるＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の量を示す。
図５は、本開示の例示的な用量漸増戦略を示す。
図６は、ＭＤＭＸおよびＭＤＭ２の両方を阻害し、ＷＴ ｐ５３を再活性化するように設計された一方向的なＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１を示す。
図７は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の可能性のある適応症を示す（オーファン適応症または大きな市場機会から）。
図８は、種々の異なるがんに亘るＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の効果を示す。
図９は、ＭＤＭＸによって誘起されるＭＣＦ−７乳がん異種移植片モデルにおける、静脈内、またはＩＶ、注射によって投与されたＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の効果を示す。
図１０は、「３＋３」用量漸増設計に基づいた用量漸増を示す。
図１１ａおよび１１ｂは、コホートについての用量レベルでの薬物濃度（測定または予測）を示す。
図１１ａおよび１１ｂは、コホートについての用量レベルでの薬物濃度（測定または予測）を示す。
図１２は、２コンパートメント、パラレル非線形ミカエリスメンテンクリアランスおよび線形除去を示す、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の薬物動態学的モデルを示す。
図１３は、ＭＩＣ−１の用量依存的な増加を示す。
図１４は、少なくとも２サイクルの処置を完了した患者が安定的な疾患を有することを示す。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、安定的な疾患率を示す。
図１５は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１が、患者の血液細胞中のｐ２１およびｐ５３のオンターゲット活性化を示すことを示す。
発明の詳細な説明
本開示の好ましい実施形態を、本明細書で示し記載するが、当業者には、このような実施形態が単に例示的に提示されることが明らかである。ここで当業者には、本開示から逸脱することなく、数々の変更、変化、および置換が想到される。本開示の実施には、本明細書に記載の本開示の実施形態に対して様々な代替形態を用い得ることを理解されたい。下記の特許請求の範囲は、本開示の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲に含まれる方法および構造、ならびにそれらの均等物は、特許請求の範囲によって保護されるものとする。
定義
本明細書で使用される用語「大環状分子」は、共有結合により結合している少なくとも９個の原子によって形成された環またはサイクルを含む化学的構造を有する分子を指す。
本明細書で使用される用語「ペプチド模倣大環状分子」または「架橋ポリペプチド」は、複数のペプチド結合および少なくとも１つの大環状分子を形成するリンカーによって連結した複数のアミノ酸残基を含み、それによって、第１の天然に存在するまたは天然に存在しないアミノ酸残基（または類似体）と、同じ分子内の第２の天然に存在するまたは天然に存在しないアミノ酸残基（または類似体）の間に大環状分子を形成する化合物を指す。ペプチド模倣大環状分子は、大環状分子を形成するリンカーが、第１のアミノ酸残基（または類似体）のα炭素を、第２のアミノ酸残基（または類似体）のα炭素に結合している実施形態を含む。ペプチド模倣大環状分子は、任意選択で、１つまたは複数のアミノ酸残基および／またはアミノ酸類似体残基の間に１つまたは複数の非ペプチド結合を含み、任意選択で、大環状分子を形成する任意のものに加えて、１つまたは複数の天然に存在しないアミノ酸残基またはアミノ酸類似体残基を含む。「対応する未架橋ポリペプチド」は、ペプチド模倣大環状分子の文脈で言及される場合、大環状分子と同じ長さであり、大環状分子に対応する野生型配列の等価な天然アミノ酸を含むポリペプチドに関すると理解される。
本明細書において使用する場合、用語「らせんの安定性」は、円二色性またはＮＭＲによって測定するような、ペプチド模倣大環状分子によるαらせん構造の維持を指す。例えば、一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、対応する架橋していない大環状分子と比較して、円二色性によって決定するようなα−ヘリシティにおいて少なくとも１．２５倍、１．５倍、１．７５倍または２倍の増加を示す。
用語「アミノ酸」は、アミノ基とカルボキシル基の両方を含有する分子を指す。適切なアミノ酸には、それらに限定されるものではないが、天然に存在するアミノ酸、および有機合成または他の代謝経路によって調製された天然に存在しないアミノ酸のＤ−異性体とＬ−異性体の両方が含まれる。本明細書で使用されるアミノ酸という用語には、α−アミノ酸、天然アミノ酸、非天然アミノ酸、およびアミノ酸類似体が含まれるが、それらに限定されない。
用語「α−アミノ酸」は、α−炭素と指定される炭素に結合したアミノ基とカルボキシル基の両方を含有する分子を指す。
用語「β−アミノ酸」は、β立体配置にアミノ基とカルボキシル基の両方を含有する分子を指す。
用語「天然に存在するアミノ酸」は、天然に合成されたペプチドに一般に見出され、一文字略語Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｃ、Ｄ、Ｑ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、ＹおよびＶによって公知の２０種のアミノ酸のいずれか１つを指す。
以下の表によって、天然アミノ酸の特性の概要を示す。
「疎水性アミノ酸」には、小さい疎水性アミノ酸および大きい疎水性アミノ酸が含まれる。「小さい疎水性アミノ酸」は、グリシン、アラニン、プロリン、およびそれらの類似体である。「大きい疎水性アミノ酸」は、バリン、ロイシン、イソロイシン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン、およびそれらの類似体である。「極性アミノ酸」は、セリン、スレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、チロシン、およびそれらの類似体である。「荷電アミノ酸」は、リシン、アルギニン、ヒスチジン、アスパラギン酸、グルタミン酸、およびそれらの類似体である。
用語「アミノ酸類似体」は、構造的にアミノ酸に類似しており、ペプチド模倣大環状分子の形成においてアミノ酸を置換することができる分子を指す。アミノ酸類似体には、β−アミノ酸、およびアミノ基またはカルボキシ基が同様に反応基によって置換されている（例えば第一級アミンが第二級もしくは第三級アミンで置換されている、またはカルボキシ基がエステルで置換されている）アミノ酸が含まれるが、それらに限定されない。
用語「非天然アミノ酸」は、天然に合成されたペプチドに一般に見出され、一文字略語Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｃ、Ｄ、Ｑ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、ＹおよびＶによって公知の２０種のアミノ酸の１つではないアミノ酸を指す。非天然アミノ酸またはアミノ酸類似体には、以下による構造が含まれるが、それらに限定されない。
アミノ酸類似体には、β−アミノ酸類似体が含まれる。β−アミノ酸類似体の例として、環式β−アミノ酸類似体；β−アラニン；（Ｒ）−β−フェニルアラニン；（Ｒ）−１，２，３，４−テトラヒドロ−イソキノリン−３−酢酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（１−ナフチル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２，４−ジクロロフェニル）酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−クロロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−シアノフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−フルオロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−フリル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−メチルフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−ナフチル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−チエニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−トリフルオロメチルフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３，４−ジクロロフェニル）酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３，４−ジフルオロフェニル）酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−ベンゾチエニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−クロロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−シアノフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−フルオロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−メチルフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−ピリジル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−チエニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−トリフルオロメチルフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−ブロモフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−クロロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−シアノフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−フルオロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−ヨードフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−メチルフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−ニトロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−ピリジル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−トリフルオロメチルフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−ペンタフルオロ−フェニル酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−５−ヘキセン酸；（Ｒ）−３−アミノ−５−ヘキシン酸；（Ｒ）−３−アミノ−５−フェニルペンタン酸；（Ｒ）−３−アミノ−６−フェニル−５−ヘキセン酸；（Ｓ）−１，２，３，４−テトラヒドロ−イソキノリン−３−酢酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（１−ナフチル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２，４−ジクロロフェニル）酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−クロロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−シアノフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−フルオロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−フリル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−メチルフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−ナフチル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−チエニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−トリフルオロメチルフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３，４−ジクロロフェニル）酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３，４−ジフルオロフェニル）酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−ベンゾチエニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−クロロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−シアノフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−フルオロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−メチルフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−ピリジル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−チエニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−トリフルオロメチルフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−ブロモフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−クロロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−シアノフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−フルオロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−ヨードフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−メチルフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−ニトロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−ピリジル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−トリフルオロメチルフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−ペンタフルオロ−フェニル酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−５−ヘキセン酸；（Ｓ）−３−アミノ−５−ヘキシン酸；（Ｓ）−３−アミノ−５−フェニルペンタン酸；（Ｓ）−３−アミノ−６−フェニル−５−ヘキセン酸；１，２，５，６−テトラヒドロピリジン−３−カルボン酸；１，２，５，６−テトラヒドロピリジン−４−カルボン酸；３−アミノ−３−（２−クロロフェニル）−プロピオン酸；３−アミノ−３−（２−チエニル）−プロピオン酸；３−アミノ−３−（３−ブロモフェニル）−プロピオン酸；３−アミノ−３−（４−クロロフェニル）−プロピオン酸；３−アミノ−３−（４−メトキシフェニル）−プロピオン酸；３−アミノ−４，４，４−トリフルオロ−酪酸；３−アミノアジピン酸；Ｄ−β−フェニルアラニン；β−ロイシン；Ｌ−β−ホモアラニン；Ｌ−β−ホモアスパラギン酸γ−ベンジルエステル；Ｌ−β−ホモグルタミン酸δ−ベンジルエステル；Ｌ−β−ホモイソロイシン；Ｌ−β−ホモロイシン；Ｌ−β−ホモメチオニン；Ｌ−β−ホモフェニルアラニン；Ｌ−β−ホモプロリン；Ｌ−β−ホモトリプトファン；Ｌ−β−ホモバリン；Ｌ−Ｎω−ベンジルオキシカルボニル−β−ホモリシン；Ｎω−Ｌ−β−ホモアルギニン；Ｏ−ベンジル−Ｌ−β−ホモヒドロキシプロリン；Ｏ−ベンジル−Ｌ−β−ホモセリン；Ｏ−ベンジル−Ｌ−β−ホモトレオニン；Ｏ−ベンジル−Ｌ−β−ホモチロシン；γ−トリチル−Ｌ−β−ホモアスパラギン；（Ｒ）−β−フェニルアラニン；Ｌ−β−ホモアスパラギン酸γ−ｔ−ブチルエステル；Ｌ−β−ホモグルタミン酸δ−ｔ−ブチルエステル；Ｌ−Ｎω−β−ホモリシン；Ｎδ−トリチル−Ｌ−β−ホモグルタミン；Ｎω−２，２，４，６，７−ペンタメチル−ジヒドロベンゾフラン−５−スルホニル−Ｌ−β−ホモアルギニン；Ｏ−ｔ−ブチル−Ｌ−β−ホモヒドロキシ−プロリン；Ｏ−ｔ−ブチル−Ｌ−β−ホモセリン；Ｏ−ｔ−ブチル−Ｌ−β−ホモトレオニン；Ｏ−ｔ−ブチル−Ｌ−β−ホモチロシン；２−アミノシクロペンタンカルボン酸；および２−アミノシクロヘキサンカルボン酸が挙げられるが、それらに限定されない。
アミノ酸類似体には、アラニン、バリン、グリシンまたはロイシンの類似体が含まれる。アラニン、バリン、グリシン、およびロイシンのアミノ酸類似体の例として、α−メトキシグリシン；α−アリル−Ｌ−アラニン；α−アミノイソ酪酸；α−メチル−ロイシン；β−（１−ナフチル）−Ｄ−アラニン；β−（１−ナフチル）−Ｌ−アラニン；β−（２−ナフチル）−Ｄ−アラニン；β−（２−ナフチル）−Ｌ−アラニン；β−（２−ピリジル）−Ｄ−アラニン；β−（２−ピリジル）−Ｌ−アラニン；β−（２−チエニル）−Ｄ−アラニン；β−（２−チエニル）−Ｌ−アラニン；β−（３−ベンゾチエニル）−Ｄ−アラニン；β−（３−ベンゾチエニル）−Ｌ−アラニン；β−（３−ピリジル）−Ｄ−アラニン；β−（３−ピリジル）−Ｌ−アラニン；β−（４−ピリジル）−Ｄ−アラニン；β−（４−ピリジル）−Ｌ−アラニン；β−クロロ−Ｌ−アラニン；β−シアノ−Ｌ−アラニン；β−シクロヘキシル−Ｄ−アラニン；β−シクロヘキシル−Ｌ−アラニン；β−シクロペンテン−１−イル−アラニン；β−シクロペンチル−アラニン；β−シクロプロピル−Ｌ−Ａｌａ−ＯＨ・ジシクロヘキシルアンモニウム塩；β−ｔ−ブチル−Ｄ−アラニン；β−ｔ−ブチル−Ｌ−アラニン；γ−アミノ酪酸；Ｌ−α，β−ジアミノプロピオン酸；２，４−ジニトロ−フェニルグリシン；２，５−ジヒドロ−Ｄ−フェニルグリシン；２−アミノ−４，４，４−トリフルオロ酪酸；２−フルオロ−フェニルグリシン；３−アミノ−４，４，４−トリフルオロ−酪酸；３−フルオロ−バリン；４，４，４−トリフルオロ−バリン；４，５−デヒドロ−Ｌ−ｌｅｕ−ＯＨ・ジシクロヘキシルアンモニウム塩；４−フルオロ−Ｄ−フェニルグリシン；４−フルオロ−Ｌ−フェニルグリシン；４−ヒドロキシ−Ｄ−フェニルグリシン；５，５，５−トリフルオロ−ロイシン；６−アミノヘキサン酸；シクロペンチル−Ｄ−Ｇｌｙ−ＯＨ・ジシクロヘキシルアンモニウム塩；シクロペンチル−Ｇｌｙ−ＯＨ・ジシクロヘキシルアンモニウム塩；Ｄ−α，β−ジアミノプロピオン酸；Ｄ−α−アミノ酪酸；Ｄ−α−ｔ−ブチルグリシン；Ｄ−（２−チエニル）グリシン；Ｄ−（３−チエニル）グリシン；Ｄ−２−アミノカプロン酸；Ｄ−２−インダニルグリシン；Ｄ−アリルグリシン・ジシクロヘキシルアンモニウム塩；Ｄ−シクロヘキシルグリシン；Ｄ−ノルバリン；Ｄ−フェニルグリシン；β−アミノ酪酸；β−アミノイソ酪酸；（２−ブロモフェニル）グリシン；（２−メトキシフェニル）グリシン；（２−メチルフェニル）グリシン；（２−チアゾイル）グリシン；（２−チエニル）グリシン；２−アミノ−３−（ジメチルアミノ）−プロピオン酸；Ｌ−α，β−ジアミノプロピオン酸；Ｌ−α−アミノ酪酸；Ｌ−α−ｔ−ブチルグリシン；Ｌ−（３−チエニル）グリシン；Ｌ−２−アミノ−３−（ジメチルアミノ）−プロピオン酸；Ｌ−２−アミノカプロン酸ジシクロヘキシル−アンモニウム塩；Ｌ−２−インダニルグリシン；Ｌ−アリルグリシン・ジシクロヘキシルアンモニウム塩；Ｌ−シクロヘキシルグリシン；Ｌ−フェニルグリシン；Ｌ−プロパルギルグリシン；Ｌ−ノルバリン；Ｎ−α−アミノメチル−Ｌ−アラニン；Ｄ−α，γ−ジアミノ酪酸；Ｌ−α，γ−ジアミノ酪酸；β−シクロプロピル−Ｌ−アラニン；（Ｎ−β−（２，４−ジニトロフェニル））−Ｌ−α，β−ジアミノプロピオン酸；（Ｎ−β−１−（４，４−ジメチル−２，６−ジオキソシクロヘキサ−１−イリデン）エチル）−Ｄ−α，β−ジアミノプロピオン酸；（Ｎ−β−１−（４，４−ジメチル−２，６−ジオキソシクロヘキサ−１−イリデン）エチル）−Ｌ−α，β−ジアミノプロピオン酸；（Ｎ−β−４−メチルトリチル）−Ｌ−α，β−ジアミノプロピオン酸；（Ｎ−β−アリルオキシカルボニル）−Ｌ−α，β−ジアミノプロピオン酸；（Ｎ−γ−１−（４，４−ジメチル−２，６−ジオキソシクロヘキサ−１−イリデン）エチル）−Ｄ−α，γ−ジアミノ酪酸；（Ｎ−γ−１−（４，４−ジメチル−２，６−ジオキソシクロヘキサ−１−イリデン）エチル）−Ｌ−α，γ−ジアミノ酪酸；（Ｎ−γ−４−メチルトリチル）−Ｄ−α，γ−ジアミノ酪酸；（Ｎ−γ−４−メチルトリチル）−Ｌ−α，γ−ジアミノ酪酸；（Ｎ−γ−アリルオキシカルボニル）−Ｌ−α，γ−ジアミノ酪酸；Ｄ−α，γ−ジアミノ酪酸；４，５−デヒドロ−Ｌ−ロイシン；シクロペンチル−Ｄ−Ｇｌｙ−ＯＨ；シクロペンチル−Ｇｌｙ−ＯＨ；Ｄ−アリルグリシン；Ｄ−ホモシクロヘキシルアラニン；Ｌ−１−ピレニルアラニン；Ｌ−２−アミノカプロン酸；Ｌ−アリルグリシン；Ｌ−ホモシクロヘキシルアラニン；およびＮ−（２−ヒドロキシ−４−メトキシ−Ｂｚｌ）−Ｇｌｙ−ＯＨが挙げられるが、それらに限定されない。
アミノ酸類似体には、アルギニンまたはリシンの類似体が含まれる。アルギニンおよびリシンのアミノ酸類似体の例として、シトルリン；Ｌ−２−アミノ−３−グアニジノプロピオン酸；Ｌ−２−アミノ−３−ウレイドプロピオン酸；Ｌ−シトルリン；Ｌｙｓ（Ｍｅ）２−ＯＨ；Ｌｙｓ（Ｎ３）−ＯＨ；Ｎδ−ベンジルオキシカルボニル−Ｌ−オルニチン；Ｎω−ニトロ−Ｄ−アルギニン；Ｎω−ニトロ−Ｌ−アルギニン；α−メチル−オルニチン；２，６−ジアミノヘプタン二酸；Ｌ−オルニチン；（Ｎδ−１−（４，４−ジメチル−２，６−ジオキソ−シクロヘキサ−１−イリデン）エチル）−Ｄ−オルニチン；（Ｎδ−１−（４，４−ジメチル−２，６−ジオキソ−シクロヘキサ−１−イリデン）エチル）−Ｌ−オルニチン；（Ｎδ−４−メチルトリチル）−Ｄ−オルニチン；（Ｎδ−４−メチルトリチル）−Ｌ−オルニチン；Ｄ−オルニチン；Ｌ−オルニチン；Ａｒｇ（Ｍｅ）（Ｐｂｆ）−ＯＨ；Ａｒｇ（Ｍｅ）２−ＯＨ（非対称）；Ａｒｇ（Ｍｅ）２−ＯＨ（対称）；Ｌｙｓ（ｉｖＤｄｅ）−ＯＨ；Ｌｙｓ（Ｍｅ）２−ＯＨ・ＨＣｌ；Ｌｙｓ（Ｍｅ３）−ＯＨクロリド；Ｎω−ニトロ−Ｄ−アルギニン；およびＮω−ニトロ−Ｌ−アルギニンが挙げられるが、それらに限定されない。
アミノ酸類似体には、アスパラギン酸またはグルタミン酸の類似体が含まれる。アスパラギン酸およびグルタミン酸のアミノ酸類似体の例として、α−メチル−Ｄ−アスパラギン酸；α−メチル−グルタミン酸；α−メチル−Ｌ−アスパラギン酸；γ−メチレン−グルタミン酸；（Ｎ−γ−エチル）−Ｌ−グルタミン；［Ｎ−α−（４−アミノベンゾイル）］−Ｌ−グルタミン酸；２，６−ジアミノピメリン酸；Ｌ−α−アミノスベリン酸；Ｄ−２−アミノアジピン酸；Ｄ−α−アミノスベリン酸；α−アミノピメリン酸；イミノ二酢酸；Ｌ−２−アミノアジピン酸；トレオ−β−メチル−アスパラギン酸；γ−カルボキシ−Ｄ−グルタミン酸γ，γ−ジ−ｔ−ブチルエステル；γ−カルボキシ−Ｌ−グルタミン酸γ，γ−ジ−ｔ−ブチルエステル；Ｇｌｕ（ＯＡｌｌ）−ＯＨ；Ｌ−Ａｓｕ（ＯｔＢｕ）−ＯＨ；およびピログルタミン酸が挙げられるが、それらに限定されない。
アミノ酸類似体には、システインおよびメチオニンの類似体が含まれる。システインおよびメチオニンのアミノ酸類似体の例として、Ｃｙｓ（ファルネシル）−ＯＨ、Ｃｙｓ（ファルネシル）−ＯＭｅ、α−メチル−メチオニン、Ｃｙｓ（２−ヒドロキシエチル）−ＯＨ、Ｃｙｓ（３−アミノプロピル）−ＯＨ、２−アミノ−４−（エチルチオ）酪酸、ブチオニン、ブチオニンスルホキシミン、エチオニン、メチオニンメチルスルホニウムクロリド、セレノメチオニン、システイン酸、［２−（４−ピリジル）エチル］−ＤＬ−ペニシラミン、［２−（４−ピリジル）エチル］−Ｌ−システイン、４−メトキシベンジル−Ｄ−ペニシラミン、４−メトキシベンジル−Ｌ−ペニシラミン、４−メチルベンジル−Ｄ−ペニシラミン、４−メチルベンジル−Ｌ−ペニシラミン、ベンジル−Ｄ−システイン、ベンジル−Ｌ−システイン、ベンジル−ＤＬ−ホモシステイン、カルバモイル−Ｌ−システイン、カルボキシエチル−Ｌ−システイン、カルボキシメチル−Ｌ−システイン、ジフェニルメチル−Ｌ−システイン、エチル−Ｌ−システイン、メチル−Ｌ−システイン、ｔ−ブチル−Ｄ−システイン、トリチル−Ｌ−ホモシステイン、トリチル−Ｄ−ペニシラミン、シスタチオニン、ホモシスチン、Ｌ−ホモシスチン、（２−アミノエチル）−Ｌ−システイン、セレノ−Ｌ−シスチン、シスタチオニン、Ｃｙｓ（ＳｔＢｕ）−ＯＨ、およびアセトアミドメチル−Ｄ−ペニシラミンが挙げられるが、それらに限定されない。
アミノ酸類似体には、フェニルアラニンおよびチロシンの類似体が含まれる。フェニルアラニンおよびチロシンのアミノ酸類似体の例として、β−メチル−フェニルアラニン、β−ヒドロキシフェニルアラニン、α−メチル−３−メトキシ−ＤＬ−フェニルアラニン、α−メチル−Ｄ−フェニルアラニン、α−メチル−Ｌ−フェニルアラニン、１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリン−３−カルボン酸、２，４−ジクロロ−フェニルアラニン、２−（トリフルオロメチル）−Ｄ−フェニルアラニン、２−（トリフルオロメチル）−Ｌ−フェニルアラニン、２−ブロモ−Ｄ−フェニルアラニン、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、２−クロロ−Ｄ−フェニルアラニン、２−クロロ−Ｌ−フェニルアラニン、２−シアノ−Ｄ−フェニルアラニン、２−シアノ−Ｌ−フェニルアラニン、２−フルオロ−Ｄ−フェニルアラニン、２−フルオロ−Ｌ−フェニルアラニン、２−メチル−Ｄ−フェニルアラニン、２−メチル−Ｌ−フェニルアラニン、２−ニトロ−Ｄ−フェニルアラニン、２−ニトロ−Ｌ−フェニルアラニン、２；４；５−トリヒドロキシ−フェニルアラニン、３，４，５−トリフルオロ−Ｄ−フェニルアラニン、３，４，５−トリフルオロ−Ｌ−フェニルアラニン、３，４−ジクロロ−Ｄ−フェニルアラニン、３，４−ジクロロ−Ｌ−フェニルアラニン、３，４−ジフルオロ−Ｄ−フェニルアラニン、３，４−ジフルオロ−Ｌ−フェニルアラニン、３，４−ジヒドロキシ−Ｌ−フェニルアラニン、３，４−ジメトキシ−Ｌ−フェニルアラニン、３，５，３’−トリヨード−Ｌ−チロニン、３，５−ジヨード−Ｄ−チロシン、３，５−ジヨード−Ｌ−チロシン、３，５−ジヨード−Ｌ−チロニン、３−（トリフルオロメチル）−Ｄ−フェニルアラニン、３−（トリフルオロメチル）−Ｌ−フェニルアラニン、３−アミノ−Ｌ−チロシン、３−ブロモ−Ｄ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−クロロ−Ｄ−フェニルアラニン、３−クロロ−Ｌ−フェニルアラニン、３−クロロ−Ｌ−チロシン、３−シアノ−Ｄ−フェニルアラニン、３−シアノ−Ｌ−フェニルアラニン、３−フルオロ−Ｄ−フェニルアラニン、３−フルオロ−Ｌ−フェニルアラニン、３−フルオロ−チロシン、３−ヨード−Ｄ−フェニルアラニン、３−ヨード−Ｌ−フェニルアラニン、３−ヨード−Ｌ−チロシン、３−メトキシ−Ｌ−チロシン、３−メチル−Ｄ−フェニルアラニン、３−メチル−Ｌ−フェニルアラニン、３−ニトロ−Ｄ−フェニルアラニン、３−ニトロ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ニトロ−Ｌ−チロシン、４−（トリフルオロメチル）−Ｄ−フェニルアラニン、４−（トリフルオロメチル）−Ｌ−フェニルアラニン、４−アミノ−Ｄ−フェニルアラニン、４−アミノ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ベンゾイル−Ｄ−フェニルアラニン、４−ベンゾイル−Ｌ−フェニルアラニン、４−ビス（２−クロロエチル）アミノ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｄ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−クロロ−Ｄ−フェニルアラニン、４−クロロ−Ｌ−フェニルアラニン、４−シアノ−Ｄ−フェニルアラニン、４−シアノ−Ｌ−フェニルアラニン、４−フルオロ−Ｄ−フェニルアラニン、４−フルオロ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ヨード−Ｄ−フェニルアラニン、４−ヨード−Ｌ−フェニルアラニン、ホモフェニルアラニン、チロキシン、３，３−ジフェニルアラニン、チロニン、エチル−チロシン、およびメチル−チロシンが挙げられる。
アミノ酸類似体には、プロリンの類似体が含まれる。プロリンのアミノ酸類似体の例として、３，４−デヒドロ−プロリン、４−フルオロ−プロリン、シス−４−ヒドロキシ−プロリン、チアゾリジン−２−カルボン酸、およびトランス−４−フルオロ−プロリンが挙げられるが、それらに限定されない。
アミノ酸類似体には、セリンおよびスレオニンの類似体が含まれる。セリンおよびスレオニンのアミノ酸類似体の例として、３−アミノ−２−ヒドロキシ−５−メチルヘキサン酸、２−アミノ−３−ヒドロキシ−４−メチルペンタン酸、２−アミノ−３−エトキシブタン酸、２−アミノ−３−メトキシブタン酸、４−アミノ−３−ヒドロキシ−６−メチルヘプタン酸、２−アミノ−３−ベンジルオキシプロピオン酸、２−アミノ−３−ベンジルオキシプロピオン酸、２−アミノ−３−エトキシプロピオン酸、４−アミノ−３−ヒドロキシブタン酸、およびα−メチルセリンが挙げられるが、それらに限定されない。
アミノ酸類似体には、トリプトファンの類似体が含まれる。トリプトファンのアミノ酸類似体の例として、α−メチル−トリプトファン；β−（３−ベンゾチエニル）−Ｄ−アラニン；β−（３−ベンゾチエニル）−Ｌ−アラニン；１−メチル−トリプトファン；４−メチル−トリプトファン；５−ベンジルオキシ−トリプトファン；５−ブロモ−トリプトファン；５−クロロ−トリプトファン；５−フルオロ−トリプトファン；５−ヒドロキシ−トリプトファン；５−ヒドロキシ−Ｌ−トリプトファン；５−メトキシ−トリプトファン；５−メトキシ−Ｌ−トリプトファン；５−メチル−トリプトファン；６−ブロモ−トリプトファン；６−クロロ−Ｄ−トリプトファン；６−クロロ−トリプトファン；６−フルオロ−トリプトファン；６−メチル−トリプトファン；７−ベンジルオキシ−トリプトファン；７−ブロモ−トリプトファン；７−メチル−−トリプトファン；Ｄ−１，２，３，４−テトラヒドロ−ノルハルマン−３−カルボン酸；６−メトキシ−１，２，３，４−テトラヒドロノルハルマン−１−カルボン酸；７−アザトリプトファン；Ｌ−１，２，３，４−テトラヒドロ−ノルハルマン−３−カルボン酸；５−メトキシ−２−メチル−トリプトファン；および６−クロロ−Ｌ−トリプトファンが挙げられるが、それらに限定されない。
一部の実施形態では、アミノ酸類似体は、ラセミである。一部の実施形態では、アミノ酸類似体のＤ異性体が使用される。一部の実施形態では、アミノ酸類似体のＬ異性体が使用される。他の実施形態では、アミノ酸類似体は、ＲまたはＳ立体配置中にあるキラル中心を含む。さらに他の実施形態では、β−アミノ酸類似体のアミノ基（複数可）は、保護基、例えばｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニル（ＢＯＣ基）、９−フルオレニルメチルオキシカルボニル（ＦＭＯＣ）、トシル等で置換されている。さらなる他の実施形態では、β−アミノ酸類似体のカルボン酸官能基は、例えばそのエステル誘導体として保護される。一部の実施形態では、アミノ酸類似体の塩が使用される。
「非必須」アミノ酸残基は、その必須の生物学的または生化学的な活性（例えば、受容体結合または活性化）を消失することなく、または実質的に変えることなく、ポリペプチドの野生型配列から変わり得る残基である。「必須」アミノ酸残基は、ポリペプチドの野生型配列から変わると、ポリペプチドの必須の生物学的または生化学的な活性を消失するか、または実質的に消失する残基である。
「保存アミノ酸の置換」は、アミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられているものである。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で定義されている。これらのファミリーには、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ｋ、Ｒ、Ｈ）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ｄ、Ｅ）、無電荷極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ｇ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｙ、Ｃ）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｐ、Ｆ、Ｍ、Ｗ）、ベータ−分岐側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ｔ、Ｖ、Ｉ）および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ｈ）が含まれる。したがって、例えばポリペプチドにおいて予測される非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖ファミリーの別のアミノ酸残基で置き換えられる。許容される置換の他の例は、等比体積的考察に基づく置換であるか（例えばメチオニンについてはノルロイシン）、または他の特性に基づく置換である（例えばフェニルアラニンについては２−チエニルアラニン、またはトリプトファンについては６−Ｃｌ−トリプトファン）。
用語「キャッピング基」は、主題であるペプチド模倣大環状分子のポリペプチド鎖のカルボキシ末端またはアミノ末端のいずれかに存在する化学的部分を指す。カルボキシ末端のキャッピング基には、非修飾カルボン酸（すなわち−ＣＯＯＨ）または置換基を有するカルボン酸が含まれる。例えば、カルボキシ末端は、アミノ基で置換されると、Ｃ末端にカルボキサミドをもたらすことができる。様々な置換基には、第一級アミンおよびペグ化第二級アミンを含めた第二級アミンが含まれるが、それらに限定されない。Ｃ末端の代表的な第二級アミンキャッピング基には、
が含まれる。
アミノ末端のキャッピング基には、非修飾アミン（すなわち−ＮＨ２）または置換基を有するアミンが含まれる。例えば、アミノ末端は、アシル基で置換されると、Ｎ末端にカルボキサミドをもたらすことができる。様々な置換基には、Ｃ１〜Ｃ６カルボニル、Ｃ７〜Ｃ３０カルボニル、およびペグ化カルバメートを含めた置換アシル基が含まれるが、それらに限定されない。Ｎ末端の代表的なキャッピング基には、４−ＦＢｚｌ（４−フルオロ−ベンジル）および以下：
が含まれるが、それらに限定されない。
大環状分子または大環状分子を形成するリンカーと共に本明細書で使用される用語「員」は、大環状分子を形成するか、または形成することができる原子を指し、置換基または側鎖原子を除外する。水素またはフルオロ置換基またはメチル側鎖は、大環状分子の形成には関与しないので、シクロデカン、１，２−ジフルオロ−デカンおよび１，３−ジメチルシクロデカンは、すべて類似性によって１０員の大環状分子とみなされる。
記号
は、分子構造の一部として使用される場合、単結合、またはトランスもしくはシス二重結合を指す。
用語「アミノ酸側鎖」は、アミノ酸のα−炭素（または別の骨格原子）に結合している部分を指す。例えば、アラニンのアミノ酸側鎖は、メチルであり、フェニルアラニンのアミノ酸側鎖は、フェニルメチルであり、システインのアミノ酸側鎖は、チオメチルであり、アスパラギン酸のアミノ酸側鎖は、カルボキシメチルであり、チロシンのアミノ酸側鎖は、４−ヒドロキシフェニルメチルである等である。また、他の天然に存在しないアミノ酸の側鎖、例えば天然に存在するもの（例えばアミノ酸代謝産物）または合成により作製されたもの（例えばα，α二置換アミノ酸）が含まれる。
用語「α，α二置換アミノ」酸は、２つの天然または非天然アミノ酸側鎖に結合している炭素（α−炭素）に結合したアミノ基とカルボキシル基の両方を含有する分子または部分を指す。
用語「ポリペプチド」は、共有結合（例えば、アミド結合）によって連結した２つまたはそれを超える数の天然に存在するまたは天然に存在しないアミノ酸を包含する。本明細書に記載のポリペプチドには、全長タンパク質（例えば完全にプロセシングされたタンパク質）ならびにより短いアミノ酸配列（例えば、天然に存在するタンパク質の断片または合成ポリペプチドの断片）が含まれる。
用語「第１のＣ末端アミノ酸」は、Ｃ末端に最も近接しているアミノ酸を指す。用語「第２のＣ末端アミノ酸」は、第１のＣ末端アミノ酸のＮ末端に結合しているアミノ酸を指す。
本明細書で使用される用語「大環状化試薬」または「大環状分子形成試薬」は、２つの反応基間の反応を媒介することによってペプチド模倣大環状分子を調製するために使用され得る任意の試薬を指す。反応基は、例えばアジドおよびアルキンであってよく、その場合、大環状化試薬には、それらに限定されるものではないが、Ｃｕ試薬、例えば反応性Ｃｕ（Ｉ）種をもたらす試薬、例えばＣｕＢｒ、ＣｕＩまたはＣｕＯＴｆ、ならびに還元剤、例えばアスコルビン酸またはアスコルビン酸ナトリウムを添加することによって活性なＣｕ（Ｉ）試薬にｉｎ ｓｉｔｕで変換することができるＣｕ（ＩＩ）塩、例えばＣｕ（ＣＯ２ＣＨ３）２、ＣｕＳＯ４、およびＣｕＣｌ２が含まれる。大環状化試薬には、さらに、例えば当技術分野で公知のＲｕ試薬、例えばＣｐ＊ＲｕＣｌ（ＰＰｈ３）２、［Ｃｐ＊ＲｕＣｌ］４または反応性Ｒｕ（ＩＩ）種をもたらすことができる他のＲｕ試薬が含まれ得る。他の場合には、反応基は、末端オレフィンである。このような実施形態では、大環状化試薬または大環状分子形成試薬は、それらに限定されるものではないが、安定化された後期遷移金属カルベン錯体触媒、例えばＶＩＩＩ群の遷移金属カルベン触媒を含めたメタセシス触媒である。例えば、このような触媒は、＋２酸化状態、電子計数１６を有し、五配位されているＲｕおよびＯｓ金属中心である。他の例では、触媒は、ＷまたはＭｏ中心を有する。様々な触媒が、Grubbsら、「Ring Closing Metathesis and RelatedProcesses in Organic Synthesis」Acc. Chem. Res. １９９５年、２８巻、４４６〜４５２頁、米国特許第５，８１１，５１５号；米国特許第７，９３２，３９７号；米国特許出願第２０１１／００６５９１５号；米国特許出願第２０１１／０２４５４７７号；Yuら、「Synthesis of Macrocyclic NaturalProducts by Catalyst-Controlled Stereoselective Ring-Closing Metathesis」、Nature ２０１１年、４７９巻、８８頁；およびPeryshkovら、「Z-Selective Olefin Metathesis Reactions Promoted by Tungsten OxoAlkylidene Complexes」、J. Am. Chem. Soc. ２０１１年、１３３巻、２０７５４頁に開示されている。さらに他の場合には、反応基は、チオール基である。このような実施形態では、大環状化試薬は、例えば２つのチオール反応基、例えばハロゲン基で官能化されているリンカーである。いくつかの例では、大環状化試薬には、パラジウム試薬、例えばＰｄ（ＰＰｈ３）４、Ｐｄ（ＰＰｈ３）２Ｃｌ２、Ｐｄ（ｄｐｐｅ）Ｃｌ、Ｐｄ（ｄｐｐｐ）Ｃｌ２、およびＰｄ（ｄｐｐｆ）Ｃｌ２が含まれる。
用語「ハロ」または「ハロゲン」は、フッ素、塩素、臭素もしくはヨウ素またはそれらのラジカルを指す。
用語「アルキル」は、指示数の炭素原子を含有する直鎖または分岐鎖である炭化水素鎖を指す。例えば、Ｃ１〜Ｃ１０は、その基が１〜１０個（両端を含む）の炭素原子を有することを示す。「アルキル」は、任意の数が指定されない場合、１〜２０個（両端を含む）の炭素原子を有する鎖（直鎖または分岐鎖）である。
用語「アルキレン」は、二価のアルキル（すなわち−Ｒ−）を指す。
用語「アルケニル」は、１つまたは複数の炭素−炭素二重結合を有する直鎖または分岐鎖である炭化水素鎖を指す。アルケニル部分は、指示数の炭素原子を含有する。例えば、Ｃ２〜Ｃ１０は、その基が２〜１０個（両端を含む）の炭素原子を有することを示す。用語「低級アルケニル」は、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル鎖を指す。「アルケニル」は、任意の数が指定されない場合、２〜２０個（両端を含む）の炭素原子を有する鎖（直鎖または分岐鎖）である。
用語「アルキニル」は、１つまたは複数の炭素−炭素三重結合を有する直鎖または分岐鎖である炭化水素鎖を指す。アルキニル部分は、指示数の炭素原子を含有する。例えば、Ｃ２〜Ｃ１０は、その基が２〜１０個（両端を含む）の炭素原子を有することを示す。用語「低級アルキニル」は、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル鎖を指す。「アルキニル」は、任意の数が指定されない場合、２〜２０個（両端を含む）の炭素原子を有する鎖（直鎖または分岐鎖）である。
用語「アリール」は、６個の炭素の単環式または１０個の炭素の二環式芳香族環系を指し、ここで各環の０、１、２、３、または４個の原子は、置換基によって置換されている。アリール基の例として、フェニル、ナフチル等が挙げられる。用語「アリールアルコキシ」は、アリールで置換されているアルコキシを指す。
「アリールアルキル」は、アリール基の水素原子の１つが、上で定義のＣ１〜Ｃ５アルキル基で置き換えられている、上で定義のアリール基を指す。アリールアルキル基の代表例として、２−メチルフェニル、３−メチルフェニル、４−メチルフェニル、２−エチルフェニル、３−エチルフェニル、４−エチルフェニル、２−プロピルフェニル、３−プロピルフェニル、４−プロピルフェニル、２−ブチルフェニル、３−ブチルフェニル、４−ブチルフェニル、２−ペンチルフェニル、３−ペンチルフェニル、４−ペンチルフェニル、２−イソプロピルフェニル、３−イソプロピルフェニル、４−イソプロピルフェニル、２−イソブチルフェニル、３−イソブチルフェニル、４−イソブチルフェニル、２−ｓｅｃ−ブチルフェニル、３−ｓｅｃ−ブチルフェニル、４−ｓｅｃ−ブチルフェニル、２−ｔ−ブチルフェニル、３−ｔ−ブチルフェニルおよび４−ｔ−ブチルフェニルが挙げられるが、それらに限定されない。
「アリールアミド」は、アリール基の水素原子の１つが、１つまたは複数の−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２基で置き換えられている、上で定義のアリール基を指す。アリールアミド基の代表例として、２−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２−フェニル、３−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２−フェニル、４−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２−フェニル、２−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２−ピリジル、３−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２−ピリジル、および４−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２−ピリジルが挙げられる。
「アルキル複素環」は、Ｃ１〜Ｃ５アルキル基の水素原子の１つが、複素環で置き換えられている、上で定義のＣ１〜Ｃ５アルキル基を指す。アルキル複素環基の代表例として、−ＣＨ２ＣＨ２−モルホリン、−ＣＨ２ＣＨ２−ピペリジン、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２−モルホリン、および−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２−イミダゾールが挙げられるが、それらに限定されない。
「アルキルアミド」は、Ｃ１〜Ｃ５アルキル基の水素原子の１つが、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２基で置き換えられている、上で定義のＣ１〜Ｃ５アルキル基を指す。アルキルアミド基の代表例として、−ＣＨ２−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＨ２ＣＨ２−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＨ２ＣＨ（Ｃ（Ｏ）ＮＨ２）ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ（Ｃ（Ｏ）ＮＨ２）ＣＨ２ＣＨ３、−ＣＨ（Ｃ（Ｏ）ＮＨ２）ＣＨ２ＣＨ３、−Ｃ（ＣＨ３）２ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−ＣＨ３−ＣＨ３、および−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−ＣＨ＝ＣＨ２が挙げられるが、それらに限定されない。
「アルカノール」は、Ｃ１〜Ｃ５アルキル基の水素原子の１つが、ヒドロキシル基で置き換えられている、上で定義のＣ１〜Ｃ５アルキル基を指す。アルカノール基の代表例として、−ＣＨ２ＯＨ、−ＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＣＨ２ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２ＣＨ３、−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ３および−Ｃ（ＣＨ３）２ＣＨ２ＯＨが挙げられるが、それらに限定されない。
「アルキルカルボキシ」は、Ｃ１〜Ｃ５アルキル基の水素原子の１つが、−−ＣＯＯＨ基で置き換えられている、上で定義のＣ１〜Ｃ５アルキル基を指す。アルキルカルボキシ基の代表例として、−ＣＨ２ＣＯＯＨ、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＯＯＨ、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＯＯＨ、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＯＯＨ、−ＣＨ２ＣＨ（ＣＯＯＨ）ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＯＯＨ、−ＣＨ２ＣＨ（ＣＯＯＨ）ＣＨ２ＣＨ３、−ＣＨ（ＣＯＯＨ）ＣＨ２ＣＨ３および−Ｃ（ＣＨ３）２ＣＨ２ＣＯＯＨが挙げられるが、それらに限定されない。
本明細書で用いられる用語「シクロアルキル」は、３〜１２個の炭素、好ましくは３〜８個の炭素、より好ましくは３〜６個の炭素を有する飽和および部分的に不飽和の環式炭化水素基を含み、ここでシクロアルキル基は、任意選択でさらに置換されている。いくつかのシクロアルキル基には、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、およびシクロオクチルが含まれるが、それらに限定されない。
用語「ヘテロアリール」は、単環式の場合は１〜３個のヘテロ原子を有し、二環式の場合は１〜６個のヘテロ原子を有し、または三環式の場合は１〜９個のヘテロ原子を有する、芳香族の５〜８員の単環式、８〜１２員の二環式、または１１〜１４員の三環式環系を指し、前記ヘテロ原子は、Ｏ、Ｎ、またはＳから選択され（例えば、炭素原子およびそれぞれ単環式、二環式または三環式の場合には、Ｏ、ＮまたはＳの１〜３個、１〜６個または１〜９個のヘテロ原子）、各環の０、１、２、３、または４個の原子は、置換基によって置換されている。ヘテロアリール基の例として、ピリジル、フリルまたはフラニル、イミダゾリル、ベンズイミダゾリル、ピリミジニル、チオフェニルまたはチエニル、キノリニル、インドリル、チアゾリル等が挙げられる。
用語「ヘテロアリールアルキル」または用語「ヘテロアラルキル」は、ヘテロアリールで置換されているアルキルを指す。用語「ヘテロアリールアルコキシ」は、ヘテロアリールで置換されているアルコキシを指す。
用語「ヘテロアリールアルキル」または用語「ヘテロアラルキル」は、ヘテロアリールで置換されているアルキルを指す。用語「ヘテロアリールアルコキシ」は、ヘテロアリールで置換されているアルコキシを指す。
用語「ヘテロシクリル」は、単環式の場合は１〜３個のヘテロ原子を有し、二環式の場合は１〜６個のヘテロ原子を有し、または三環式の場合は１〜９個のヘテロ原子を有する、非芳香族の５〜８員の単環式、８〜１２員の二環式、または１１〜１４員の三環式環系を指し、前記ヘテロ原子は、Ｏ、Ｎ、またはＳから選択され（例えば、炭素原子およびそれぞれ単環式、二環式または三環式の場合には、Ｏ、ＮまたはＳの１〜３個、１〜６個または１〜９個のヘテロ原子）、各環の０、１、２または３個の原子は、置換基によって置換されている。ヘテロシクリル基の例として、ピペラジニル、ピロリジニル、ジオキサニル、モルホリニル、テトラヒドロフラニル等が挙げられる。
用語「置換基」は、任意の分子、化合物または部分上の第２の原子または基、例えば水素原子を置き換える基を指す。適切な置換基には、ハロ、ヒドロキシ、メルカプト、オキソ、ニトロ、ハロアルキル、アルキル、アルカリール、アリール、アラルキル、アルコキシ、チオアルコキシ、アリールオキシ、アミノ、アルコキシカルボニル、アミド、カルボキシ、アルカンスルホニル、アルキルカルボニル、およびシアノ基が含まれるが、それらに限定されない。
一部の実施形態では、本明細書に開示の化合物は、１つまたは複数の不斉中心を含有し、したがってラセミ体およびラセミ混合物、単一エナンチオマー、個々のジアステレオマーおよびジアステレオマー混合物として生じる。別段明確に提示されない限り、これらの化合物のこのようなすべての異性体形態が含まれる。また一部の実施形態では、本明細書に開示の化合物は、複数の互変異性体の形態で表され、このような場合、化合物には、本明細書に記載の化合物のすべての互変異性体の形態が含まれる（例えば、環系のアルキル化が、複数部位においてアルキル化をもたらす場合、本開示は、このようなすべての反応生成物を含む）。別段明確に提示されない限り、このような化合物のこのようなすべての異性体形態が含まれる。別段明確に提示されない限り、本明細書に記載の化合物のすべての結晶形が含まれる。
本明細書で使用される用語「増加」および「低減」は、それぞれ、少なくとも５％の統計的に有意な（すなわちｐ＜０．１）増加または低減を引き起こすことを意味する。
本明細書で使用される、変数に関する数値範囲の記載は、その変数が、その範囲内の値のいずれかと等しいことを伝えるものである。したがって、本質的に別々の変数に関して、その変数は、範囲の終点を含めた数値範囲内の任意の整数値に等しい。同様に、本質的に連続している変数に関して、その変数は、範囲の終点を含めた数値範囲内の任意の真の値に等しい。一例として、限定されるものではないが、０と２の間の値を有すると記載される変数は、その変数が本質的に別々である場合には、０、１または２の値をとり、変数が本質的に連続している場合には、０．０、０．１、０．０１、０．００１の値もしくは≧０および≦２の任意の他の真の値をとる。
別段具体的に示されない限り、本明細書で使用される「または」という用語は、「および／または」の包括的な意味で使用され、「いずれか／または」の排他的意味では使用されない。
用語「平均で」は、データ点ごとに少なくとも３つの独立な反復を実施することから得られた平均値を表す。
用語「生物活性」は、大環状分子の構造的および機能的特性を包含する。生物活性は、例えば構造的安定性、アルファ−ヘリシティ、標的に対する親和性、タンパク分解による分解に対する抵抗性、細胞透過性、細胞内安定性、ｉｎ ｖｉｖｏ安定性、またはそれらの任意の組合せである。
用語「結合親和性」は、例えばペプチド模倣大環状分子と標的の間の結合相互作用の強度を指す。結合親和性は、例えば平衡解離定数（「ＫＤ」）として表すことができ、この定数は、濃度の尺度である単位（例えばＭ、ｍＭ、μＭ、ｎＭ等）で表される。数的には、結合親和性およびＫＤ値は反比例し、したがって、より低い結合親和性は、より高いＫＤ値に相当し、より高い結合親和性は、より低いＫＤ値に相当する。高い結合親和性が望ましい場合、「改善された」結合親和性は、より高い結合親和性を指し、したがってより低いＫＤ値を指す。
用語「ｉｎ ｖｉｔｒｏ有効性」は、ペプチド模倣大環状分子などの試験化合物が、ｉｎ ｖｉｔｒｏ試験系またはアッセイにおいて有益な結果をもたらす程度を指す。ｉｎ ｖｉｔｒｏ有効性は、例えば、試験系において最大効果の５０％をもたらす試験化合物の濃度を表す「ＩＣ５０」または「ＥＣ５０」値として測定され得る。
用語「ｉｎ ｖｉｔｒｏ有効性の比」または「ｉｎ ｖｉｔｒｏ有効率」は、第１のアッセイ（分子）対第２のアッセイ（分母）から得られたＩＣ５０またはＥＣ５０値の比を指す。結果的に、アッセイ１対アッセイ２の改善されたｉｎ ｖｉｔｒｏ有効率は、ＩＣ５０（アッセイ１）／ＩＣ５０（アッセイ２）または、あるいはＥＣ５０（アッセイ１）／ＥＣ５０（アッセイ２）として表される比に関するより低い値を指す。またこの概念は、アッセイ１対アッセイ２において「改善された選択性」と特徴付けることができ、標的１に関するＩＣ５０もしくはＥＣ５０値の低下、または標的２に関するＩＣ５０もしくはＥＣ５０値の増大のいずれかに起因し得る。
用語「固形腫瘍」または「固形がん」は、本明細書において使用する場合、嚢胞または液体領域を通常含有しない腫瘍を指す。固形腫瘍は、本明細書において使用する場合、肉腫、癌腫およびリンパ腫を含む。様々な実施形態では、白血病（血液のがん）は、固形腫瘍ではない。
用語「有害事象」（ＡＥ）は、本明細書において使用する場合、時間的に研究医薬の投与と関連しようと、またはしなくても、および研究医薬と関連すると考えられても、または考えられなくても、臨床研究の任意の相において起こる身体的徴候、症状、および／または臨床検査値変化によって示されるような、解剖学的機能、生理学的機能、または代謝機能における任意の有害な変化、病理学的変化、または意図しない変化を含む。この定義は、既存の医学的状態もしくは事象の増悪、併発の疾病、過敏症反応、薬物相互作用、または臨床的に問題がある臨床検査所見を含む。ＡＥは、下記を含まない。（ｉ）医療的または外科的手順、例えば、抜歯、輸血、手術（手順に至る医学的状態は、ＡＥとして記録される）；（ｉｉ）研究の開始において存在するか、検出される、悪化しない既存の状態または手順；（ｉｉｉ）待機手術のための、または都合の悪い医学的事象が起こっていない他の状況のための入院；（ｉｖ）治験責任医師によって臨床的に問題がないか、インターベンションを必要としないか、または研究薬物の用量における遅延、中断もしくは変更をもたらさない限り、異常な臨床検査値；（ｖ）徴候／症状を伴わない研究薬物または併用の医薬の過量投与；徴候／症状が起こる場合、最終診断は、ＡＥとして記録されるべきである；（ｖｉ）入院に至る妊娠の間に合併症が起こらない限り、妊娠自体；この場合、入院に至る医学的状態は、ＡＥとして記録される；ならびに（ｖｉｉ）調査中の疾患の相当な悪化であり、これはこの研究において有効性パラメーターとして捕らえられ、したがって、ＡＥとしては記録されない。
重篤な有害事象（ＳＡＥ）という用語は、本明細書において使用する場合、下記の転帰のいずれかをもたらす有害事象を指す。（ｉ）死亡；（ｉｉ）生命を脅かす有害な経験（すなわち、発生した場合、事象からの死亡の当面の危険性；これは、より重篤な形態で起こった場合、死亡をもたらし得た有害事象を含まない）；（ｉｉｉ）持続性または相当な能力障害／無能力化；（ｉｖ）入院または現在の入院の延長；ならびに（ｖ）先天性の異常／出生時に存在している欠陥。死亡をもたらし得ないか、生命を脅かし得ないか、または入院を必要とし得ない重要な医学的事象は、医学的判断に基づいて、これらが患者を危険にさらし得るか、またはこの定義において列挙した転帰の１つを予防する医療介入もしくは外科的介入を必要とし得るとき、重篤であると考えることができる。基礎疾患による入院は、研究薬物との因果関係を疑う理由がない限り、ＳＡＥとして報告されない。
ＡＥまたは可能性が疑われる副作用は、ペプチド模倣大環状分子の治験薬概要書において列挙されていないか、または観察されている特異性もしくは重症度として列挙されていないか、または、プロトコルもしくはその他の場所に記載されている危険性の情報と一致していない場合、「予想されない」と考えられる（予想されない有害事象（ＵＡＥ）と言及される）。例えば、この定義の元で、肝壊死は、治験薬概要書が肝酵素の上昇または肝炎のみに言及されている場合、予想されない（より大きな重症度に基づいて）。同様に、脳血栓塞栓症および脳血管炎は、治験薬概要書が脳血管発作のみを列挙されている場合は、予想されない（より大きな特異性に基づいて）。「予想されない」はまた、この定義において使用するように、治験薬概要書において、あるクラスの薬物によって起こるか、またはペプチド模倣大環状分子の薬理学的特性から予測されると記述されているが、ペプチド模倣大環状分子によって起こると特に記述されていない、ＡＥまたは可能性が疑われる副作用を指す。
「用量規定毒性」（ＤＬＴ）は、本明細書において使用する場合、研究薬物とおそらく、ほぼ確実に、または明確に、関連すると考えられる任意のグレード≧３のＡＥと定義され、下記の例外を伴う。（１）悪心、嘔吐、下痢、発疹、または粘膜炎について、標準的な支持的／薬理学的処置に対して４８時間以内に応答しないグレード≧３のＡＥのみが、ＤＬＴと考えられる。（２）電解質平衡異常について、補正に対して２４時間以内に応答しないグレード≧３のＡＥのみが、ＤＬＴと考えられる。さらに、特定の血液学的ＤＬＴは、
（ｉ）血小板減少−任意の期間のグレード４、≧７日のグレード３、または臨床的に問題がある出血と関連するグレード３；
（ｉｉ）好中球減少−≧３日のグレード４、または任意のグレード≧３の発熱性好中球減少症
と定義される。
上記の基準を使用して、トライアルの全期間に亘って用量低減、遮断または中断に関して個々の患者について決定を行うことができるが、サイクル１の間に起こるＤＬＴを使用して、用量漸増の決断のための安全性および忍容性アセスメントを伝える。
「最大耐用量」（ＭＴＤ）は、本明細書において使用する場合、６人の患者のうち≦１人が、処置が関連するＤＬＴとして見なされる毒性を経験する用量であると定義され、次のより高い用量は、６人までの患者のうち≧２がＤＬＴを経験する。ＭＴＤは、コホートに登録したすべての患者が、サイクル１を完了するか、処置を中断するか、または用量の低減を有するまで確立し得ない。用量レベルの従前に確立された忍容性は、後のサイクルにおいてＤＬＴが観察される場合、再評価される。
「測定可能な疾患」（ＭＤ）は、本明細書において使用する場合、少なくとも１つの測定可能な病変の存在によって定義される。
測定可能な病変は、少なくとも１つの寸法［記録される測定の面において最も長い直径（ＬＤ）］が正確に測定することができるものと定義され、最小サイズは、ＣＴスキャンによって１０ｍｍ（ＣＴスキャンのスライス厚さは、５ｍｍ以下）、臨床検査によるカリパス測定によって１０ｍｍ（カリパスで正確に測定することができない病変は測定不可能として記録することができる）、または胸部Ｘ線によって２０ｍｍである。
「悪性リンパ節」は、ＣＴスキャン（ＣＴスキャンのスライス厚さは、５ｍｍ以下）によってアセスメントしたとき、リンパ節が短軸において≧１５ｍｍである場合、病理学的に肥大しており、測定可能であると考えられる。
「測定可能でない疾患」は、本明細書において使用する場合、測定可能でない疾患と考えられる小さな病変（最も長い直径＜１０ｍｍ、または≧１０から＜１５ｍｍの短軸を有する病的なリンパ節）を含めて、測定可能でないすべての他の病変（または疾患の部位）を含む。真に測定可能でないと考えられる病変は、身体検査によって同定され、ＣＴまたはＭＲＩによって追跡されない、軟髄膜疾患、腹水、胸水／心嚢貯留液、皮膚／肺リンパ管症（lymphangitis cutis/pulmonis）、炎症性乳房疾患、腹部腫瘤／腹部臓器肥大を含む。
「標的病変」は、本明細書において使用する場合、標的病変として同定され、かつベースラインにおいて記録および測定されるすべての関連する器官を代表する、すべての測定可能な病変、器官毎に最大で２つまでの病変および全部で５つの病変を含む。標的病変は、これらのサイズ（最も長い直径を有する病変）およびこれらの正確な繰返しの測定（イメージング技術によってまたは臨床的に）についての適合性に基づいて選択することができる。すべての標的病変についての直径の合計（非結節性病変について最も長い直径、結節性病変について短軸）は、ベースライン合計直径として計算および報告することができる。ベースライン合計直径は、それによって客観的な腫瘍応答を特徴付ける参照として使用することができる。
「非標的病変」は、本明細書において使用する場合、標的病変ではない病的なリンパ節を含めた、すべての他の病変（または疾患の部位）を含む。非標的病変は、非標的病変として同定することができ、またベースラインにおいて記録することができる。これらの病変の測定は必要としなくてもよく、これらの病変は、「存在する」、「存在しない」またはまれに「明解な進行」として追跡することができる。さらに、症例報告書上の単一の項目として同じ器官が関与する複数の非標的病変を記録することが可能であり得る（例えば、「複数の肥大した骨盤リンパ節」または「複数の肝転移」）。
「完全応答」（ＣＲ）は、本明細書において使用する場合、すべての標的病変の消失として定義される。病的なリンパ節（標的または非標的であろうとなかろうと）は、＜１０ｍｍへの短軸における低減を有さなければならない。
「部分応答（ＰＲ）」は、本明細書において使用する場合、ベースライン合計直径を参照として、標的病変の直径の合計における少なくとも３０％の減少として定義される。
「進行性疾患（ＰＤ）」は、本明細書において使用する場合、研究の結果の最も小さな合計を参照として（これはベースラインが最も小さい場合、ベースライン合計を含む）、標的病変の直径の合計における少なくとも２０％の増加として定義される。２０％の相対的な増加に加えて、合計はまた、少なくとも５ｍｍの絶対的な増加を示さなければならない。１つもしくは複数の新規な病変の出現はまた、進行であると考えることができる。
「安定的な疾患」（ＳＤ）は、本明細書において使用する場合、研究中の最も小さな合計直径を参照として、ＰＲに適格である十分な縮小でもなく、ＰＤに適格である十分な増加でもないと定義される。
用語「被験体」または「患者」は、哺乳動物および非哺乳動物を包含する。哺乳動物の例には、これらに限定されないが、ヒト；ヒトではない霊長類、例えば、チンパンジー、ならびに他の類人猿およびサル種；家畜、例えば、ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ブタ；家畜、例えば、ウサギ、イヌ、およびネコ；げっ歯類、例えば、ラット、マウスおよびモルモットを含めた実験動物などが含まれる。非哺乳動物の例には、これらに限定されないが、鳥、魚などが含まれる。本明細書において提供される方法および組成物の一実施形態では、哺乳動物は、ヒトである。
用語「ハプロ不全」は、二倍体生物が遺伝子の単一の機能的コピーのみを有するときに起こる状態を意味し（他のコピーは変異によって不活性化している）、単一の機能的コピーは、異常な状況または病的状況に至る野生型状態を引き起こす十分な遺伝子産物（典型的には、タンパク質）を産生しない。
用語「サイレント変異」は、本明細書において使用する場合、作製されたタンパク質のアミノ酸配列を実際に変化させない遺伝子のコード領域における変異の１タイプである。
本発明の１つまたは複数の特定の実施形態の詳細を、添付の図および以下の説明に記載する。本発明の他の特徴、目的および利点は、説明および図、ならびに特許請求の範囲から明らかである。
概要
一態様において、本開示は、被験体において固形腫瘍を処置する方法を提供する。例えば、本明細書において開示する方法は、ｐ５３陰性ではない固形腫瘍を処置するために使用することができる。場合によって、本明細書において開示する方法は、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定されている固形腫瘍を処置するために使用することができる。本開示の方法をまた使用して、機能獲得型変異体ｐ５３、すなわち、スーパーアポトーシス性ｐ５３を発現している固形腫瘍を処置することができる。他の例では、本開示の方法は、固形腫瘍を処置することにおいて有用であり、固形腫瘍は、部分的な機能喪失型変異を有するｐ５３、コピー喪失変異を有するｐ５３、または１つもしくは複数のサイレント変異を有するｐ５３を発現している。いくつかの例では、固形腫瘍は、コピー喪失変異および不活性化変異を有するｐ５３を発現している。
方法は、被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、ｐ５３およびＭＤＭ２およびＭＤＭＸの間の相互作用を妨げる。
別の態様において、本開示は、被験体において野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を処置する方法を提供する。方法は、被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、ｐ５３およびＭＤＭ２およびＭＤＭＸの間の相互作用を妨げる。
一部の実施形態では、本明細書において開示されている方法によって処置される被験体は、ヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって処置される被験体は、ｐ５３不活性化変異を欠いており、かつ／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、ｐ５３不活性化変異を欠いており、かつ／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を生じやすいか、もしくは影響されやすいヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、ｐ５３不活性化変異を欠いており、かつ／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を発生する危険性があるヒトである。いくつかの例では、ｐ５３不活性化変異は、ｐ５３タンパク質のＤＮＡ−結合ドメインにおける変異でよい。いくつかの例では、ｐ５３不活性化変異は、ミスセンス変異でよい。様々な例では、固形腫瘍は、残基Ｒ１７５、Ｇ２４５、Ｒ２４８、Ｒ２４９、Ｒ２７３、およびＲ２８２の１つもしくは複数における変異から選択される１つもしくは複数のｐ５３不活性化変異を欠いていると決定することができる。ｐ５３不活性化変異の欠如および／または固形腫瘍における野生型ｐ５３の存在は、任意の当技術分野において公知の適切な方法によって、例えば、シークエンシング、アレイをベースとする試験、ＲＮＡ分析および増幅方法、例えば、ＰＣＲによって決定することができる。
ある特定の実施形態では、ヒト被験体は、１つもしくは複数の当技術分野において公知の固形腫瘍の他の標準的な処置に対して難治性および／または不忍容性である。一部の実施形態では、ヒト被験体は、固形腫瘍の少なくとも１つの不成功である従前の処置および／または治療を受けている。
一部の実施形態では、本開示の方法によって処置される被験体は、ｐ５３陰性ではない固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置される被験体は、機能獲得型変異体ｐ５３、すなわち、スーパーアポトーシス性ｐ５３を発現している固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置される被験体は、部分的な機能喪失型変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって処置される被験体は、コピー喪失変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって処置される被験体は、１つもしくは複数のサイレント変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって処置される被験体は、コピー喪失変異および不活性化変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。
一部の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、固形腫瘍と関連する腫瘍を阻害するか、低減させるか、漸減させるか、抑止するか、安定化させる。一部の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、固形腫瘍と関連する腫瘍または１つもしくは複数のその症状において、血流、代謝、または浮腫を阻害するか、低減させるか、漸減させるか、抑止するか、安定化させる。一部の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、腫瘍、腫瘍血流、腫瘍代謝、または腫瘍周囲浮腫、および／または固形腫瘍と関連する１つもしくは複数の症状の退縮をもたらす。一部の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、当業者が利用可能な従来の方法、例えば、超音波、ＣＴスキャン、ＭＲＩ、ダイナミック造影ＭＲＩ、またはＰＥＴスキャンによって測定するように、この方法によってサイズが増加しないように、またはサイズが標準的な治療の投与の後の腫瘍の増加より少なく増加するように、腫瘍のサイズを維持する。特定の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、腫瘍サイズを減少させる。一部の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、腫瘍の形成を低減させる。ある特定の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、固形腫瘍と関連する原発性、局所および／または転移性腫瘍を根絶させるか、除去するか、または制御する。一部の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、固形腫瘍と関連する転移の数またはサイズを減少させる。一部の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、処置に対して完全応答をもたらす。一部の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、処置に対して部分応答をもたらす。一部の実施形態では、本明細書において開示されている方法によって処置される固形腫瘍は、安定的な疾患である。一部の実施形態では、本明細書において開示されている方法によって処置される固形腫瘍は、進行性疾患である。
本明細書において提供される方法によって処置することができる固形腫瘍がんには、これらに限定されないが、肉腫、癌腫、およびリンパ腫が含まれる。特定の実施形態では、記載された方法によって処置することができる固形腫瘍には、これらに限定されないが、乳房、肝臓、神経芽細胞腫、頭部、頸部、目、口、咽喉、食道、食道、胸部、骨、肺、腎臓、結腸、直腸もしくは他の胃腸管器官、胃、脾臓、骨格筋、皮下組織、前立腺、乳房、卵巣、精巣もしくは他の生殖器、皮膚、甲状腺、血液、リンパ節、腎臓、肝臓、膵臓、および脳もしくは中枢神経系のがんが含まれる。
ペプチド模倣大環状分子は、任意の架橋されたペプチド、すなわち、第１のアミノ酸残基（または類似体）および第２のアミノ酸残基の間に大環状分子を形成する少なくとも１個の大環状分子形成リンカーを含む任意のペプチドでよい。例えば、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合することができるペプチド模倣大環状分子でよい。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、式Ｉ
（式中、
Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０のそれぞれは、個々にアミノ酸であり、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも３つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｈｉｓ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０−Ｘ１１−Ｓｅｒ１２（配列番号８）またはＰｈｅ３−Ｘ４−Ｇｌｕ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０／Ｃｂａ１０−Ｘ１１−Ａｌａ１２（配列番号９）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、各Ｘは、アミノ酸であり、
各ＤおよびＥは、独立に、アミノ酸であり、
各Ｒ１およびＲ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルであり（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、またはＲ１およびＲ２の少なくとも１つは、該ＤまたはＥアミノ酸の１つのアルファ位に結合している大環状分子形成リンカーＬ’を形成し、
各ＬまたはＬ’は、独立に、大環状分子形成であり、
各Ｒ５は、独立に、ハロゲン、アルキル、−ＯＲ６、−Ｎ（Ｒ６）２、−ＳＲ６、−ＳＯＲ６、−ＳＯ２Ｒ６、−ＣＯ２Ｒ６、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ６は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ７は、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＤ残基を有する環状構造の一部であり、
各Ｒ８は、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＥ残基を有する環状構造の一部であり、
各ｖは、１〜１０００、例えば、１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり、
各ｗは、０〜１０００、例えば、１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数である）
のペプチド模倣大環状分子でよい。
治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物の投与は、任意の適切な手段によって達成することができる。例えば、医薬組成物は、非経口的に投与することができる。例えば、投与は、静脈内、動脈内、骨内注入、筋肉内、脳内、側脳室内、くも膜下腔内、または皮下でよい。一部の実施形態では、投与は、静脈内に行われる。
一部の実施形態では、本明細書において開示されている方法は、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定された固形腫瘍、または野生型（ＷＴ）ｐ５３タンパク質を発現している固形腫瘍を有する被験体における治療有効量の本開示のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物の安全性および／または忍容性を評価するステップをさらにまたは任意選択で含む。
また本明細書で提供されるのは、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定された固形腫瘍、または野生型（ＷＴ）ｐ５３タンパク質を発現している固形腫瘍を有する被験体における本明細書において開示するペプチド模倣大環状分子の用量規定毒性（ＤＬＴ）および最大耐用量（ＭＴＤ）を決定する方法である。
一部の実施形態では、本明細書において開示されている方法は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の単回投与および／または複数回投与に続く血液中のペプチド模倣大環状分子および／もしくはその代謝物の薬物動態学的（ＰＫ）分析をさらにまたは任意選択で含む。
一部の実施形態では、本明細書において開示されている方法は、腫瘍生検試料（例えば、ｐ２１、カスパーゼ、ＭＤＭ２）および血液試料（例えば、マクロファージ阻害性サイトカイン−１［ＭＩＣ−１］）中の薬力学的バイオマーカーに対するペプチド模倣大環状分子の効果を研究し、これらのバイオマーカーおよび臨床応答の間の可能性のある相関関係をアセスメントするステップをさらにまたは任意選択で含む。
一部の実施形態では、本明細書において開示されている方法は、潜在的な患者のバイオマーカー（例えば、ｐ５３ステータス、ＭＤＭ２およびＭＤＭＸ発現レベル）、これらのバイオマーカーに対するペプチド模倣大環状分子による処置の効果、ならびにこれらのバイオマーカーおよびペプチド模倣大環状分子の臨床応答の間の可能性のある相関関係をアセスメントするステップをさらにまたは任意選択で含む。
本明細書においてまた提供されるのは、用量拡大相において、ｐ５３不活性化変異を欠いており、かつ／またはＷＴ ｐ５３を発現している特定の腫瘍タイプを有する被験体において、ペプチド模倣大環状分子の臨床活性を評価する方法である。
化合物および組成物
ペプチド模倣大環状分子
一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、式（Ｉ）：
（式中、
各Ａ、Ｃ、およびＤは、独立に、アミノ酸であり、
各Ｂは、独立に、アミノ酸、
［−ＮＨ−Ｌ３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ３−ＳＯ２−］、または［−ＮＨ−Ｌ３−］であり、
各Ｅは、独立に、Ａｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）からなる群から選択されるアミノ酸であり、
各Ｒ３は、独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり（Ｒ５により任意選択で置換されている）、
各Ｒ１およびＲ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルであり（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、または該ＤまたはＥアミノ酸の１つのアルファ位に結合している大環状分子形成リンカーＬ’を形成し、
各ＬおよびＬ’は、独立に、大環状分子を形成するリンカーであり、
各Ｌ３は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ４−Ｋ−Ｒ４−］ｎであり、それぞれＲ５により任意選択で置換されており、
各Ｒ４は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり、
各Ｋは、独立に、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、ＣＯ、ＣＯ２、またはＣＯＮＲ３であり、
各Ｒ５は、独立に、ハロゲン、アルキル、−ＯＲ６、−Ｎ（Ｒ６）２、−ＳＲ６、−ＳＯＲ６、−ＳＯ２Ｒ６、−ＣＯ２Ｒ６、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ６は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ７は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＤ残基を有する環式構造の一部であり、
各Ｒ８は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＥ残基を有する環式構造の一部であり、
各ｖは、独立に、整数であり、
各ｗは、独立に、３〜１０００の整数であり、
ｕは、１〜１０の整数であり、
各ｘ、ｙおよびｚは、独立に、０〜１０の整数であり、
各ｎは、独立に、１〜５の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、各ｖおよびｗは、独立に、１〜３０の整数である。一部の実施形態では、ｗは、３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数である。一部の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は、３または６である。一部の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は、３である。他の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は、６である。
また、一部の実施形態では、式
（式中、
Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０のそれぞれは、個々にアミノ酸であり、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも３つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｈｉｓ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０−Ｘ１１−Ｓｅｒ１２（配列番号８）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸であり、各Ｘは、アミノ酸であり、
各ＤおよびＥは、独立に、アミノ酸であり、
各Ｒ１およびＲ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルもしくはヘテロシクロアルキルであるか（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、またはＲ１およびＲ２の少なくとも１つは、前記ＤまたはＥアミノ酸の１つのアルファ位に結合している大環状分子を形成するリンカーＬ’を形成し、
各ＬまたはＬ’は、独立に、大環状分子を形成するリンカーであり、
各Ｒ５は、独立に、ハロゲン、アルキル、−ＯＲ６、−Ｎ（Ｒ６）２、−ＳＲ６、−ＳＯＲ６、−ＳＯ２Ｒ６、−ＣＯ２Ｒ６、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ６は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ７は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＤ残基を有する環状構造の一部であり、
各Ｒ８は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＥ残基を有する環状構造の一部であり、
ｖは、１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０または１〜１０の整数であり、
ｗは、３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数である）
のペプチド模倣大環状分子が提供される。
一部の実施形態では、各ｖおよびｗは、独立に、１〜３０の整数である。一部の実施形態では、ｗは、３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数である。一部の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は、３または６である。一部の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は、３である。他の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は、６である。
本明細書に記載の式のいずれかの一部の実施形態では、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも３つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｈｉｓ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０−Ｘ１１−Ｓｅｒ１２（配列番号８）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸である。他の実施形態では、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも４つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｈｉｓ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０−Ｘ１１−Ｓｅｒ１２（配列番号８）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸である。他の実施形態では、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも５つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｈｉｓ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０−Ｘ１１−Ｓｅｒ１２（配列番号８）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸である。他の実施形態では、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも６つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｈｉｓ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０−Ｘ１１−Ｓｅｒ１２（配列番号８）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸である。他の実施形態では、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも７つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｈｉｓ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０−Ｘ１１−Ｓｅｒ１２（配列番号８）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸である。
一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、式
（式中、
Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０のそれぞれは、個々にアミノ酸であり、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも３つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｇｌｕ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０／Ｃｂａ１０−Ｘ１１−Ａｌａ１２（配列番号９）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸であり、各Ｘは、アミノ酸であり、
各Ｄは、独立に、アミノ酸であり、
各Ｅは、独立に、アミノ酸、例えばＡｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸であり、
各Ｒ１およびＲ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルもしくはヘテロシクロアルキルであるか（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、またはＲ１およびＲ２の少なくとも１つは、前記ＤまたはＥアミノの１つのアルファ位に結合している大環状分子を形成するリンカーＬ’を形成し、
各ＬまたはＬ’は、独立に、大環状分子を形成するリンカーであり、
各Ｒ５は、独立に、ハロゲン、アルキル、−ＯＲ６、−Ｎ（Ｒ６）２、−ＳＲ６、−ＳＯＲ６、−ＳＯ２Ｒ６、−ＣＯ２Ｒ６、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ６は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ７は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＤ残基を有する環状構造の一部であり、
各Ｒ８は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＥ残基を有する環状構造の一部であり、
ｖは、１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり、
ｗは、３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数である）
を有する。
上の式の一部の実施形態では、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも３つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｇｌｕ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０／Ｃｂａ１０−Ｘ１１−Ａｌａ１２（配列番号９）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸である。上の式の他の実施形態では、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも４つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｇｌｕ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０／Ｃｂａ１０−Ｘ１１−Ａｌａ１２（配列番号９）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸である。上の式の他の実施形態では、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも５つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｇｌｕ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０／Ｃｂａ１０−Ｘ１１−Ａｌａ１２（配列番号９）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸である。上の式の他の実施形態では、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも６つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｇｌｕ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０／Ｃｂａ１０−Ｘ１１−Ａｌａ１２（配列番号９）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸である。上の式の他の実施形態では、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも７つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｇｌｕ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０／Ｃｂａ１０−Ｘ１１−Ａｌａ１２（配列番号９）の対応する位置のアミノ酸と同じアミノ酸である。
一部の実施形態では、ｗは、３〜１０、例えば３〜６、３〜８、６〜８、または６〜１０の整数である。一部の実施形態では、ｗは、３である。他の実施形態では、ｗは、６である。一部の実施形態では、ｖは、１〜１０、例えば２〜５の整数である。一部の実施形態では、ｖは、２である。
一部の実施形態では、式（Ｉ）のペプチド模倣大環状分子は、式（Ｉｃ）：
（式中、
各Ａ、Ｃ、Ｄ、およびＥは、独立に、天然または非天然アミノ酸であり、
各Ｂは、独立に、天然または非天然アミノ酸、アミノ酸類似体、
［−ＮＨ−Ｌ３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ３−ＳＯ２−］、または［−ＮＨ−Ｌ３−］であり、
各Ｌは、独立に、大環状分子を形成するリンカーであり、
各Ｌ’は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンもしくはヘテロアリーレンであるか（それぞれＲ５により任意選択で置換されている）または結合であるか、またはＲ１およびＲ１とＬ’の両方が結合する原子と一緒になって、環を形成し、
各Ｌ’’は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンもしくはヘテロアリーレンであるか（それぞれＲ５により任意選択で置換されている）または結合であるか、またはＲ２およびＲ２とＬ’’の両方が結合する原子と一緒になって、環を形成し、
各Ｒ１は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルもしくはヘテロシクロアルキルであるか（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、またはＬ’およびＲ１とＬ’の両方が結合する原子と一緒になって、環を形成し、
各Ｒ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルもしくはヘテロシクロアルキルであるか（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、またはＬ’’およびＲ２とＬ’’の両方が結合する原子と一緒になって、環を形成し、
Ｒ３は、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリール、またはヘテロアリールであり（Ｒ５により任意選択で置換されている）、
各Ｌ３は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、または［−Ｒ４−Ｋ−Ｒ４−］ｎであり、それぞれＲ５により任意選択で置換されており、
各Ｒ４は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり、
各Ｋは、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、ＣＯ、ＣＯ２、またはＣＯＮＲ３であり、
各ｎは、１〜５の整数であり、
各Ｒ５は、独立に、ハロゲン、アルキル、−ＯＲ６、−Ｎ（Ｒ６）２、−ＳＲ６、−ＳＯＲ６、−ＳＯ２Ｒ６、−ＣＯ２Ｒ６、蛍光性部分、放射性同位体、または治療剤であり、
各Ｒ６は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体、または治療剤であり、
各Ｒ７は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＤ残基を有する環式構造の一部であり、
各Ｒ８は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＥ残基を有する環式構造の一部であり、
各ｖおよびｗは、独立に、１〜１０００（例えば、１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜４０、１〜２５、１〜２０、１〜１５または１〜１０）の整数であり、
各ｕ、ｘ、ｙおよびｚは、独立に、０〜１０の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、式（Ｉ）
（式中、
各Ａ、Ｃ、Ｄ、およびＥは、独立に、天然もしくは非天然アミノ酸であり、
各Ｂは、独立に、天然もしくは非天然アミノ酸、アミノ酸類似体、
［−ＮＨ−Ｌ３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ３−ＳＯ２−］、または［−ＮＨ−Ｌ３−］であり、
各Ｒ１およびＲ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルであり（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、
各Ｒ３は、独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリール、もしくはヘテロアリールであり（Ｒ５により任意選択で置換されている）、
各Ｌは、独立に、式
の大環状分子形成リンカーであり、
各Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、または［−Ｒ４−Ｋ−Ｒ４−］ｎであり、それぞれＲ５により任意選択で置換されており、
各Ｒ４は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり、
各Ｋは、独立に、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、ＣＯ、ＣＯ２、またはＣＯＮＲ３であり、
各Ｒ５は、独立に、ハロゲン、アルキル、−ＯＲ６、−Ｎ（Ｒ６）２、−ＳＲ６、−ＳＯＲ６、−ＳＯ２Ｒ６、−ＣＯ２Ｒ６、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ６は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ７は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、もしくはヘテロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＤ残基を有する環状構造の一部であり、
各Ｒ８は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、もしくはヘテロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＥ残基を有する環状構造の一部であり、
各ｖおよびｗは、独立に、１〜１０００の整数であり、
各ｕ、ｘ、ｙおよびｚは、独立に、０〜１０の整数であり、
ｎは、１〜５の整数である）
を有する。
本明細書に記載の式のいずれかの一実施形態では、大環状分子形成リンカー（Ｌ）は、式−Ｌ１−Ｌ２−
（式中、
各Ｌ１およびＬ２は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ４−Ｋ−Ｒ４−］ｎであり、それぞれＲ５により任意選択で置換されており、
各Ｒ４は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり、
各Ｋは、独立に、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、ＣＯ、ＣＯ２、またはＣＯＮＲ３であり、
各Ｒ３は、独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり（Ｒ５により任意選択で置換されている）、
ｎは、１〜５の整数である）
を有する。
本明細書に記載の式における一部の実施形態では、Ｌ（またはＬ’）は、式の大環状分子形成リンカーである。
このような大環状分子形成リンカーＬの例示的な実施形態を、下記に示す。
本明細書に記載の式のいずれかの一実施形態では、Ｌ１およびＬ２は、単独で、または組み合わせて、トリアゾールまたはチオエーテルを形成する。
本明細書に記載の式のいずれかの一実施形態では、Ｌ１およびＬ２は、単独で、または組み合わせて、トリアゾールまたはチオエーテルを形成しない。
一例では、Ｒ１およびＲ２の少なくとも１つは、非置換であるか、またはハロ−で置換されているアルキルである。別の例では、各Ｒ１およびＲ２は、独立に、非置換であるか、またはハロ−で置換されているアルキルである。一部の実施形態では、Ｒ１およびＲ２の少なくとも１つは、メチルである。他の実施形態では、Ｒ１およびＲ２は、メチルである。
一部の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚは、少なくとも３である。他の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である。一部の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は、３または６である。一部の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は、３である。他の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は、６である。大環状分子または大環状分子前駆体におけるＡ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥは、出現するごとに独立に選択される。例えば、式［Ａ］ｘ（ｘが３である場合）によって表される配列は、アミノ酸が同一でない、例えばＧｌｎ−Ａｓｐ−Ａｌａである実施形態、ならびにアミノ酸が同一である、例えばＧｌｎ−Ｇｌｎ−Ｇｌｎである実施形態を包含する。このことは、示されている範囲内のｘ、ｙ、またはｚのいずれの値にも適用される。同様に、ｕが１を超える場合、各化合物は、同じかまたは異なっているペプチド模倣大環状分子を包含することができる。例えば、化合物は、異なるリンカー長さまたは化学的組成を含むペプチド模倣大環状分子を含むことができる。
一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、α−ヘリックスである二次構造を含み、Ｒ８は−Ｈであり、ヘリックス内に水素結合を生じる。一部の実施形態では、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、α，α−二置換アミノ酸である。一例では、Ｂは、α，α−二置換アミノ酸である。例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、２−アミノイソ酪酸である。他の実施形態では、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、
である。
他の実施形態では、第１のＣαから第２のＣαまでを測定した、大環状分子を形成するリンカーＬの長さは、必ずしも限定されないが第１のＣαと第２のＣαの間にあるものを含むペプチド模倣大環状分子の残基によって形成されたα−ヘリックスなどの、所望の二次ペプチド構造を安定化するように選択される。
一実施形態では、式（Ｉ）のペプチド模倣大環状分子は、
（式中、各Ｒ１およびＲ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルである（非置換であるか、またはハロ−で置換されている））である。
関連する実施形態では、式（Ｉ）のペプチド模倣大環状分子は、
（式中、各Ｒ１’およびＲ２’は、独立に、アミノ酸である）である。
他の実施形態では、式（Ｉ）のペプチド模倣大環状分子は、以下に示す式
（式中、「ＡＡ」は、任意の天然または非天然アミノ酸側鎖を表し、
は、上で定義の［Ｄ］ｖ、［Ｅ］ｗであり、ｎは、０〜２０、５０、１００、２００、３００、４００または５００の整数である）のいずれかの化合物である。一部の実施形態では、ｎは、０である。他の実施形態では、ｎは、５０未満である。
大環状分子を形成するリンカーＬの例示的な実施形態を、以下に示す。
他の実施形態では、式Ｉの化合物のＤおよび／またはＥは、細胞の取込みを容易にするためにさらに修飾される。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子を脂質化またはＰＥＧ化すると、細胞の取込みが容易になり、バイオアベイラビリティが増大し、血液循環が増大し、薬物動態が変わり、免疫原性が低下し、かつ／または必要な投与頻度が低下する。
他の実施形態では、式Ｉの化合物の［Ｄ］および［Ｅ］の少なくとも１つは、追加の大環状分子を形成するリンカーを含む部分を表し、したがってペプチド模倣大環状分子は、大環状分子を形成する少なくとも２つのリンカーを含む。特定の一実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、大環状分子を形成する２つのリンカーを含む。一実施形態では、ｕは、２である。
一部の実施形態では、本明細書に記載の大環状分子を形成するリンカーのいずれかは、表３、表３ａ、表３ｂまたは表３ｃに示されている配列のいずれか、および本明細書に示されているＲ−置換基のいずれかとの任意の組合せで使用することができる。
一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、少なくとも１つのα−ヘリックスモチーフを含む。例えば、式Ｉの化合物のＡ、Ｂおよび／またはＣは、１つまたは複数のα−ヘリックスを含む。一般的に、α−ヘリックスは、１ターン当たり３〜４個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子のα−ヘリックスは、１〜５ターンを含み、したがって３〜２０個のアミノ酸残基を含む。特定の実施形態では、α−ヘリックスは、１ターン、２ターン、３ターン、４ターン、または５ターンを含む。一部の実施形態では、大環状分子を形成するリンカーは、ペプチド模倣大環状分子内に含まれるα−ヘリックスモチーフを安定化する。したがって、一部の実施形態では、第１のＣαから第２のＣαまでの大環状分子を形成するリンカーＬの長さは、α−ヘリックスの安定性を増大するように選択される。一部の実施形態では、大環状分子を形成するリンカーは、１ターン〜５ターンのα−ヘリックスをスパンする。一部の実施形態では、大環状分子を形成するリンカーは、およそ１ターン、２ターン、３ターン、４ターン、または５ターンのα−ヘリックスをスパンする。一部の実施形態では、大環状分子を形成するリンカーの長さは、α−ヘリックス１ターン当たりおよそ５Å〜９Åであり、またはα−ヘリックス１ターン当たりおよそ６Å〜８Åである。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ１ターンをスパンする場合、長さは、およそ５個の炭素−炭素結合〜１３個の炭素−炭素結合、およそ７個の炭素−炭素結合〜１１個の炭素−炭素結合、またはおよそ９個の炭素−炭素結合に等しい。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ２ターンをスパンする場合、長さは、およそ８個の炭素−炭素結合〜１６個の炭素−炭素結合、およそ１０個の炭素−炭素結合〜１４個の炭素−炭素結合、またはおよそ１２個の炭素−炭素結合に等しい。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ３ターンをスパンする場合、長さは、およそ１４個の炭素−炭素結合〜２２個の炭素−炭素結合、およそ１６個の炭素−炭素結合〜２０個の炭素−炭素結合、またはおよそ１８個の炭素−炭素結合に等しい。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ４ターンをスパンする場合、長さは、およそ２０個の炭素−炭素結合〜２８個の炭素−炭素結合、およそ２２個の炭素−炭素結合〜２６個の炭素−炭素結合、またはおよそ２４個の炭素−炭素結合に等しい。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ５ターンをスパンする場合、長さは、およそ２６個の炭素−炭素結合〜３４個の炭素−炭素結合、およそ２８個の炭素−炭素結合〜３２個の炭素−炭素結合、またはおよそ３０個の炭素−炭素結合に等しい。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ１ターンをスパンする場合、連結は、およそ４個の原子〜１２個の原子、およそ６個の原子〜１０個の原子、またはおよそ８個の原子を含有する。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ２ターンをスパンする場合、連結は、およそ７個の原子〜１５個の原子、およそ９個の原子〜１３個の原子、またはおよそ１１個の原子を含有する。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ３ターンをスパンする場合、連結は、およそ１３個の原子〜２１個の原子、およそ１５個の原子〜１９個の原子、またはおよそ１７個の原子を含有する。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ４ターンをスパンする場合、連結は、およそ１９個の原子〜２７個の原子、およそ２１個の原子〜２５個の原子、またはおよそ２３個の原子を含有する。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ５ターンをスパンする場合、連結は、およそ２５個の原子〜３３個の原子、およそ２７個の原子〜３１個の原子、またはおよそ２９個の原子を含有する。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ１ターンをスパンする場合、得られる大環状分子は、およそ１７員〜２５員、およそ１９員〜２３員、またはおよそ２１員を含有する環を形成する。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ２ターンをスパンする場合、得られる大環状分子は、およそ２９員〜３７員、およそ３１員〜３５員、またはおよそ３３員を含有する環を形成する。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ３ターンをスパンする場合、得られる大環状分子は、およそ４４員〜５２員、およそ４６員〜５０員、またはおよそ４８員を含有する環を形成する。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ４ターンをスパンする場合、得られる大環状分子は、およそ５９員〜６７員、およそ６１員〜６５員、またはおよそ６３員を含有する環を形成する。大環状分子を形成するリンカーが、α−ヘリックスのおよそ５ターンをスパンする場合、得られる大環状分子は、およそ７４員〜８２員、およそ７６員〜８０員、またはおよそ７８員を含有する環を形成する。
他の実施形態では、式（ＩＶ）または（ＩＶａ）
（式中、
各Ａ、Ｃ、Ｄ、およびＥは、独立に、天然または非天然アミノ酸であり、末端ＤおよびＥは、独立に、任意選択でキャッピング基を含み、
各Ｂは、天然または非天然アミノ酸、アミノ酸類似体、
［−ＮＨ−Ｌ３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ３−ＳＯ２−］、または［−ＮＨ−Ｌ３−］であり、
各Ｒ１およびＲ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルもしくはヘテロシクロアルキルであるか（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、またはＲ１およびＲ２の少なくとも１つは、前記ＤまたはＥアミノ酸の１つのアルファ位に結合している大環状分子を形成するリンカーＬ’を形成し、
各Ｒ３は、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり（Ｒ５により任意選択で置換されている）、
各Ｌは、式−Ｌ１−Ｌ２−の大環状分子を形成するリンカーであり、
各Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ４−Ｋ−Ｒ４−］ｎであり、それぞれＲ５により任意選択で置換されており、
各Ｒ４は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり、
各Ｋは、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、ＣＯ、ＣＯ２、またはＣＯＮＲ３であり、
各Ｒ５は、独立に、ハロゲン、アルキル、−ＯＲ６、−Ｎ（Ｒ６）２、−ＳＲ６、−ＳＯＲ６、−ＳＯ２Ｒ６、−ＣＯ２Ｒ６、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ６は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
各Ｒ７は、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり（Ｒ５により任意選択で置換されている）、
各ｖおよびｗは、独立に、１〜１０００の整数であり、
ｕは、１〜１０の整数であり、
各ｘ、ｙおよびｚは、独立に、０〜１０の整数であり、
各ｎは、１〜５の整数である）
のペプチド模倣大環状分子が提供される。
一例では、Ｌ１およびＬ２は、単独でもまたは組合せでも、トリアゾールまたはチオエーテルを形成しない。
一例では、Ｒ１およびＲ２の少なくとも１つは、非置換であるか、またはハロ−で置換されているアルキルである。別の例では、Ｒ１およびＲ２の両方は、独立に、非置換であるか、またはハロ−で置換されているアルキルである。一部の実施形態では、Ｒ１およびＲ２の少なくとも１つは、メチルである。他の実施形態では、Ｒ１およびＲ２は、メチルである。
一部の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚは、少なくとも１である。他の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚは、少なくとも２である。他の実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である。大環状分子または大環状分子前駆体におけるＡ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥは、出現するごとに独立に選択される。例えば、式［Ａ］ｘ（ｘが３である場合）によって表される配列は、アミノ酸が同一でない、例えばＧｌｎ−Ａｓｐ−Ａｌａである実施形態、ならびにアミノ酸が同一である、例えばＧｌｎ−Ｇｌｎ−Ｇｌｎである実施形態を包含する。このことは、示されている範囲内のｘ、ｙ、またはｚのいずれの値にも適用される。
一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、α−ヘリックスである二次構造を含み、Ｒ８は−Ｈであり、ヘリックス内に水素結合を生じる。一部の実施形態では、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、α，α−二置換アミノ酸である。一例では、Ｂは、α，α−二置換アミノ酸である。例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、２−アミノイソ酪酸である。他の実施形態では、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、
である。
他の実施形態では、第１のＣαから第２のＣαまでを測定した、大環状分子を形成するリンカーＬの長さは、必ずしも限定されないが第１のＣαと第２のＣαの間にあるものを含むペプチド模倣大環状分子の残基によって形成されたα−ヘリックスなどの、所望の二次ペプチド構造を安定化するように選択される。
大環状分子を形成するリンカー−Ｌ１−Ｌ２−の例示的な実施形態を、以下に示す。
別段指定されない限り、任意の化合物（ペプチド模倣大環状分子、大環状分子前駆体、および他の組成物を含む）はまた、１つまたは複数の同位体的に富化された原子の存在だけが異なっている化合物を包含することを意味する。例えば、重水素もしくはトリチウムによって水素が置き換えられているか、または１３Ｃ−もしくは１４Ｃが富化された炭素によって炭素が置き換えられていることを除いて、記載の構造を有する化合物は、本開示の範囲に含まれる。
一部の実施形態では、本明細書に開示の化合物は、このような化合物を構成する原子の１つまたは複数において、非天然の割合の原子の同位体を含有することができる。例えば、化合物は、例えばトリチウム（３Ｈ）、ヨウ素−１２５（１２５Ｉ）または炭素−１４（１４Ｃ）などの放射性同位体で放射標識することができる。他の実施形態では、１つまたは複数の炭素原子は、ケイ素原子で置き換えられる。放射性であろうと放射性でなかろうと、本明細書に開示の化合物のあらゆる同位体変形形態が、本明細書において企図される。
ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約１〜２４時間であり得る。例えば、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約２〜２４時間、４〜２４時間、６〜２４時間、８〜２４時間、１０〜２４時間、１２〜２４時間、１４〜２４時間、１６〜２４時間、１８〜２４時間、２０〜２４時間、２２〜２４時間、１〜２０時間、４〜２０時間、６〜２０時間、８〜２０時間、１０〜２０時間、１２〜２０時間、１４〜２０時間、１６〜２０時間、１８〜２０時間、１〜１６時間、４〜１６時間、６〜１６時間、８〜１６時間、１０〜１６時間、１２〜１６時間、１４〜１６時間、１〜１２時間、４〜１２時間、６〜１２時間、８〜１２時間、１０〜１２時間、１〜８時間、４〜８時間、６〜８時間、または１〜４時間であり得る。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約１〜１２時間、例えば約１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、または１２時間であり得る。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約２時間である。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約４時間である。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約６時間である。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約８時間である。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約１０時間である。
生体組織中のペプチド模倣大環状分子の半減期は、約１〜２４時間であり得る。例えば、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約１〜２４時間、５〜２４時間、１０〜２４時間、１５〜２４時間、２０〜２４時間、１〜２２時間、５〜２２時間、１０〜２２時間、１５〜２２時間、２０〜２２時間、１〜２０時間、５〜２０時間、１５〜２０時間、１〜１８時間、５〜１８時間、１０〜１８時間、１５〜１８時間、１〜１６時間、５〜１６時間、１０〜１６時間、１５〜１６時間、１〜１４時間、５〜１４時間、１０〜１４時間、１〜１２時間、５〜１２時間、１０〜１２時間、１〜１０時間、５〜１０時間、１〜８時間、５〜８時間、１〜６時間、５〜６時間、または１〜４時間であり得る。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約５〜２０時間、例えば約５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間または２０時間であり得る。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約２時間である。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約４時間である。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約６時間である。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約８時間である。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約１０時間である。
ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、生体組織におけるペプチド模倣大環状分子の半減期を超えるか、それに等しいか、またはそれ未満であり得る。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、生体組織におけるペプチド模倣大環状分子の半減期を超え得る。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、生体組織におけるペプチド模倣大環状分子の半減期と等しい場合がある。いくつかの例では、生体組織中のペプチド模倣大環状分子の半減期は、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期を超える。これによって、ペプチド模倣大環状分子をより低い用量および／またはより低い頻度で投与することが容易になり得る。一部の実施形態では、生体組織中のペプチド模倣大環状分子の半減期は、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期よりも少なくとも１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、または１２時間長い。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約４時間であり、生体組織の半減期は、約１０時間である。いくつかの例では、ヒト血中のペプチド模倣大環状分子の循環半減期は、約６時間であり、生体組織中の半減期は、約１０時間である。
ペプチド模倣大環状分子の調製
ペプチド模倣大環状分子は、当技術分野で公知の様々な方法のいずれかによって調製することができる。例えば、表３、表３ａ、表３ｂまたは表３ｃの「＄」または「＄ｒ８」によって示される残基のいずれかは、同じ分子の第２の残基と共にクロスリンカーを形成することができる残基またはこのような残基の前駆体で置換され得る。
ペプチド模倣大環状分子を形成する様々な方法が、当技術分野で公知である。例えば、式Ｉのペプチド模倣大環状分子の調製は、Schafmeisterら、J. Am. Chem. Soc. １２２巻：５８９１〜５８９２頁（２０００年）；SchafmeisterおよびVerdine、J. Am. Chem. Soc. １２２巻：５８９１頁（２００５年）；Walenskyら、Science ３０５巻：１４６６〜１４７０頁（２００４年）；米国特許第７，１９２，７１３号およびＰＣＴ出願ＷＯ２００８／１２１７６７号に記載されている。引用参考文献に開示されているα，α−二置換アミノ酸およびアミノ酸前駆体は、ペプチド模倣大環状分子の前駆体ポリペプチドの合成に用いることができる。例えば、「Ｓ５−オレフィンアミノ酸」は、（Ｓ）−α−（２’−ペンテニル）アラニンであり、「Ｒ８オレフィンアミノ酸」は、（Ｒ）−α−（２’−オクテニル）アラニンである。このようなアミノ酸を前駆体ポリペプチドに組み込んだ後、末端オレフィンがメタセシス触媒と反応すると、ペプチド模倣大環状分子が形成される。様々な実施形態では、以下のアミノ酸：
は、ペプチド模倣大環状分子の合成に用いることができる。
他の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、式ＩＶまたはＩＶａのものである。このような大環状分子を調製する方法は、例えば米国特許第７，２０２，３３２号に記載されている。
適切であると想定されるペプチド模倣大環状分子を形成する追加の方法には、Mustapa,M. Firouz Mohdら、J. Org. Chem（２００３年）、６８巻、８１９３〜８１９８頁；Yang, Binら、Bioorg Med. Chem. Lett.（２００４年）、１４巻、１４０３〜１４０６頁；米国特許第５，３６４，８５１号；米国特許第５，４４６，１２８号；米国特許第５，８２４，４８３号；米国特許第６，７１３，２８０号；および米国特許第７，２０２，３３２号に開示の方法が含まれる。このような実施形態では、アルファ位に追加の置換基Ｒ−を含有するアミノ酸前駆体が使用される。このようなアミノ酸は、大環状分子前駆体の所望の位置に組み込まれ、それによって、クロスリンカーが置換される位置、または、あるいは大環状分子前駆体の配列の他所に存在し得る。次に、示されている方法に従って、前駆体を環化する。
本明細書に記載されているペプチド模倣大環状分子は、化学的ベース、光学的ベース、異性体ベース、鏡像異性ベース、またはジアステレオ異性ベースで、少なくとも１％の純度、少なくとも２％の純度、少なくとも３％の純度、少なくとも４％の純度、少なくとも５％の純度、少なくとも６％の純度、少なくとも７％の純度、少なくとも８％の純度、少なくとも９％の純度、少なくとも１０％の純度、少なくとも１１％の純度、少なくとも１２％の純度、少なくとも１３％の純度、少なくとも１４％の純度、少なくとも１５％の純度、少なくとも１６％の純度、少なくとも１７％の純度、少なくとも１８％の純度、少なくとも１９％の純度、少なくとも２０％の純度、少なくとも２１％の純度、少なくとも２２％の純度、少なくとも２３％の純度、少なくとも２４％の純度、少なくとも２５％の純度、少なくとも２６％の純度、少なくとも２７％の純度、少なくとも２８％の純度、少なくとも２９％の純度、少なくとも３０％の純度、少なくとも３１％の純度、少なくとも３２％の純度、少なくとも３３％の純度、少なくとも３４％の純度、少なくとも３５％の純度、少なくとも３６％の純度、少なくとも３７％の純度、少なくとも３８％の純度、少なくとも３９％の純度、少なくとも４０％の純度、少なくとも４１％の純度、少なくとも４２％の純度、少なくとも４３％の純度、少なくとも４４％の純度、少なくとも４５％の純度、少なくとも４６％の純度、少なくとも４７％の純度、少なくとも４８％の純度、少なくとも４９％の純度、少なくとも５０％の純度、少なくとも５１％の純度、少なくとも５２％の純度、少なくとも５３％の純度、少なくとも５４％の純度、少なくとも５５％の純度、少なくとも５６％の純度、少なくとも５７％の純度、少なくとも５８％の純度、少なくとも５９％の純度、少なくとも６０％の純度、少なくとも６１％の純度、少なくとも６２％の純度、少なくとも６３％の純度、少なくとも６４％の純度、少なくとも６５％の純度、少なくとも６６％の純度、少なくとも６７％の純度、少なくとも６８％の純度、少なくとも６９％の純度、少なくとも７０％の純度、少なくとも７１％の純度、少なくとも７２％の純度、少なくとも７３％の純度、少なくとも７４％の純度、少なくとも７５％の純度、少なくとも７６％の純度、少なくとも７７％の純度、少なくとも７８％の純度、少なくとも７９％の純度、少なくとも８０％の純度、少なくとも８１％の純度、少なくとも８２％の純度、少なくとも８３％の純度、少なくとも８４％の純度、少なくとも８５％の純度、少なくとも８６％の純度、少なくとも８７％の純度、少なくとも８８％の純度、少なくとも８９％の純度、少なくとも９０％の純度、少なくとも９１％の純度、少なくとも９２％の純度、少なくとも９３％の純度、少なくとも９４％の純度、少なくとも９５％の純度、少なくとも９６％の純度、少なくとも９７％の純度、少なくとも９８％の純度、少なくとも９９％の純度、少なくとも９９．１％の純度、少なくとも９９．２％の純度、少なくとも９９．３％の純度、少なくとも９９．４％の純度、少なくとも９９．５％の純度、少なくとも９９．６％の純度、少なくとも９９．７％の純度、少なくとも９９．８％の純度、または少なくとも９９．９％の純度でよい。純度は、例えば、ＨＰＬＣ、ＭＳ、ＬＣ／ＭＳ、融点、またはＮＭＲによってアセスメントすることができる。
２つまたはそれ超のペプチド／ペプチド模倣大環状分子は、ある程度の相同性を共有することができる。１対のペプチド／ペプチド模倣大環状分子は、例えば、約２０％までの対の相同性、約２５％までの対の相同性、約３０％までの対の相同性、約３５％までの対の相同性、約４０％までの対の相同性、約４５％までの対の相同性、約５０％までの対の相同性、約５５％までの対の相同性、約６０％までの対の相同性、約６５％までの対の相同性、約７０％までの対の相同性、約７５％までの対の相同性、約８０％までの対の相同性、約８５％までの対の相同性、約９０％までの対の相同性、約９５％までの対の相同性、約９６％までの対の相同性、約９７％までの対の相同性、約９８％までの対の相同性、約９９％までの対の相同性、約９９．５％までの対の相同性、または約９９．９％までの対の相同性を有することができる。１対のペプチドは、例えば、少なくとも約２０％の対の相同性、少なくとも約２５％の対の相同性、少なくとも約３０％の対の相同性、少なくとも約３５％の対の相同性、少なくとも約４０％の対の相同性、少なくとも約４５％の対の相同性、少なくとも約５０％の対の相同性、少なくとも約５５％の対の相同性、少なくとも約６０％の対の相同性、少なくとも約６５％の対の相同性、少なくとも約７０％の対の相同性、少なくとも約７５％の対の相同性、少なくとも約８０％の対の相同性、少なくとも約８５％の対の相同性、少なくとも約９０％の対の相同性、少なくとも約９５％の対の相同性、少なくとも約９６％の対の相同性、少なくとも約９７％の対の相同性、少なくとも約９８％の対の相同性、少なくとも約９９％の対の相同性、少なくとも約９９．５％の対の相同性、少なくとも約９９．９％の対の相同性を有することができる。
様々な方法およびソフトウェアプログラム、例えば、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴ、Ｃｌｕｓｔａｌ Ｗ、ＭＡＦＦＴ、Ｃｌｕｓｔａｌ Ｏｍｅｇａ、ＡｌｉｇｎＭｅ、Ｐｒａｌｉｎｅ、または別の適切な方法もしくはアルゴリズムを使用して、２つもしくはそれ超のペプチドの間の相同性を決定することができる。
アッセイ
ペプチド模倣大環状分子の特性は、例えば下記の方法を使用することによってアッセイされる。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、本明細書に記載の置換基を有していない対応するポリペプチドと比較して、改善された生物学的特性を有する。
α−ヘリシティを決定するためのアッセイ
溶液中、α−ヘリカルドメインを有するポリペプチドの二次構造は、ランダムコイル構造とα−ヘリカル構造の間の動的平衡に達し、これはしばしば「ヘリシティ百分率（percent helicity）」と表される。したがって、例えばアルファ−ヘリカルドメインは、溶液中、α−ヘリカル含量が通常２５％未満の、主にランダムコイルである。他方では、最適化リンカーを有するペプチド模倣大環状分子は、例えば対応する未架橋のポリペプチドのアルファ−ヘリシティの少なくとも２倍のアルファ−ヘリシティを有する。一部の実施形態では、大環状分子は、５０％超のアルファ−ヘリシティを有する。ペプチド模倣大環状分子のヘリシティをアッセイするために、化合物を、水溶液に溶解させる（例えばｐＨ７の５０ｍＭリン酸カリウム溶液、または蒸留水（distilled H2O）で、濃度２５〜５０μＭまで）。円二色性（ＣＤ）スペクトルを、分光偏光計（例えば、Ｊａｓｃｏ Ｊ−７１０）で、標準測定パラメータ（例えば、温度、２０℃；波長、１９０〜２６０ｎｍ；ステップ分解能、０．５ｎｍ；速度、２０ｎｍ／秒；蓄積、１０；応答、１秒；バンド幅、１ｎｍ；路長、０．１ｃｍ）を使用して得る。各ペプチドのα−ヘリカル含量は、平均残基楕円率（例えば［Φ］２２２ｏｂｓ）を、モデルヘリカルデカペプチドについて記録された値で割ることによって算出される（Yangら（１９８６年）、Methods Enzymol. １３０巻：２０８頁））。
融解温度（Ｔｍ）を決定するためのアッセイ
α−ヘリックスなどの二次構造を含むペプチド模倣大環状分子は、例えば、対応する未架橋ポリペプチドよりも高い融解温度を呈する。典型的に、ペプチド模倣大環状分子は、＞６０℃のＴｍを呈し、これは、水溶液中で高度に安定な構造を表している。融解温度に対する大環状分子の形成の効果をアッセイするために、ペプチド模倣大環状分子または非修飾ペプチドを、蒸留水に溶解させ（例えば最終濃度５０μＭ）、Ｔｍを、分光偏光計（例えば、Ｊａｓｃｏ Ｊ−７１０）で、標準パラメータ（例えば、波長２２２ｎｍ；ステップ分解能、０．５ｎｍ；速度、２０ｎｍ／秒；蓄積、１０；応答、１秒；バンド幅、１ｎｍ；温度上昇速度：１℃／分；路長、０．１ｃｍ）を使用して、ある温度範囲（例えば４〜９５℃）にわたって楕円率の変化を測定することによって決定する。
プロテアーゼ抵抗性アッセイ
ペプチド骨格のアミド結合は、プロテアーゼによる加水分解を受けやすく、それによってペプチド化合物がｉｎ ｖｉｖｏで急速に分解されやすくなる。しかし、ペプチドヘリックスが形成されると、典型的にアミド骨格が埋め込まれ、したがってアミド骨格がタンパク分解的切断から保護され得る。ペプチド模倣大環状分子を、ｉｎ ｖｉｔｒｏでトリプシンタンパク質分解に付して、対応する未架橋ポリペプチドと比較して分解速度の任意の変化について評価することができる。例えば、ペプチド模倣大環状分子および対応する未架橋ポリペプチドを、トリプシンアガロースと共にインキュベートし、遠心分離によって様々な時点で反応をクエンチし、その後ＨＰＬＣ注入処理して、２８０ｎｍの紫外吸収によって残留基質を定量する。簡潔には、ペプチド模倣大環状分子およびペプチド模倣前駆体（５ｍｃｇ）を、トリプシンアガロース（Ｐｉｅｒｃｅ）（Ｓ／Ｅ約１２５）と共に０分間、１０分間、２０分間、９０分間、および１８０分間インキュベートする。反応を、高速の卓上遠心分離によってクエンチし、単離された上清中の残留した基質を、２８０ｎｍにおけるＨＰＬＣベースのピーク検出によって定量する。タンパク分解的反応は、一次反応速度を呈し、速度定数ｋは、ｌｎ［Ｓ］対時間（ｋ＝−１Ｘ勾配）のプロットから決定される。
ｅｘ ｖｉｖｏ安定性アッセイ
最適化リンカーを有するペプチド模倣大環状分子は、例えば、対応する未架橋ポリペプチドのｅｘ ｖｉｖｏ半減期の少なくとも２倍のｅｘ ｖｉｖｏ半減期を有し、１２時間またはそれを超えるｅｘ ｖｉｖｏ半減期を有する。ｅｘ ｖｉｖｏ血清安定性研究のために、様々なアッセイを使用することができる。例えば、ペプチド模倣大環状分子および対応する未架橋ポリペプチド（２ｍｃｇ）を、新鮮なマウス、ラットおよび／またはヒトの血清（２ｍＬ）と共に３７℃で０時間、１時間、２時間、４時間、８時間、および２４時間インキュベートする。無傷化合物のレベルを決定するために、以下の手順を使用することができる。試料を、血清１００μｌを２ｍｌ遠心管に移した後、５０％ギ酸１０μＬおよびアセトニトリル５００μＬを添加し、４±２℃において１４，０００ＲＰＭで１０分間遠心分離処理することによって抽出する。次に、上清を新しい２ｍｌ管に移し、Ｔｕｒｂｏｖａｐで、Ｎ２＜１０ｐｓｉの下で３７℃において蒸発させる。試料を、５０：５０アセトニトリル：水１００μＬで再構成し、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ分析に付す。
ｉｎ ｖｉｔｒｏ結合アッセイ
アクセプタータンパク質へのペプチド模倣大環状分子およびペプチド模倣前駆体の結合および親和性を評価するために、例えば蛍光偏光アッセイ（ＦＰＡ）が使用される。ＦＰＡ技術により、偏光および蛍光トレーサーを使用して分子の配向および可動性を測定する。見かけの高分子量を有する分子に結合している蛍光トレーサー（例えば、ＦＩＴＣ）（例えば、大きいタンパク質に結合したＦＩＴＣ標識ペプチド）は、偏光で励起されると、より小さい分子に結合している蛍光トレーサー（例えば、溶液中で遊離状態であるＦＩＴＣ標識ペプチド）と比較して回転速度が低いことに起因して、より高レベルの偏光蛍光を放射する。
例えば、フルオレセイン化ペプチド模倣大環状分子（２５ｎＭ）を、結合バッファー（１４０ｍＭのＮａＣｌ、５０ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣＬ、ｐＨ７．４）中、アクセプタータンパク質（２５〜１０００ｎＭ）と共に室温で３０分間インキュベートする。結合活性を、例えば発光分光光度計（例えばＰｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ ＬＳ５０Ｂ）で蛍光偏光によって測定する。Ｋｄ値は、非線形回帰分析によって、例えばＧｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，Ｉｎｃ．、カリフォルニア州サンディエゴ）を使用して決定することができる。ペプチド模倣大環状分子は、一部の実施形態では、対応する未架橋ポリペプチドに類似の、またはそれよりも低いＫｄを示す。
ペプチド−タンパク質相互作用のアンタゴニストを特徴付けるためのｉｎ ｖｉｔｒｏディスプレイスメントアッセイ
ペプチドとアクセプタータンパク質の間の相互作用を拮抗する化合物の結合および親和性を評価するために、例えばペプチド模倣前駆体配列から得られた、フルオレセイン化ペプチド模倣大環状分子を利用する蛍光偏光アッセイ（ＦＰＡ）が使用される。ＦＰＡ技術により、偏光および蛍光トレーサーを使用して分子の配向および可動性を測定する。見かけの高分子量を有する分子に結合している蛍光トレーサー（例えば、ＦＩＴＣ）（例えば、大きいタンパク質に結合したＦＩＴＣ標識ペプチド）は、偏光で励起されると、より小さい分子に結合している蛍光トレーサー（例えば、溶液中で遊離状態であるＦＩＴＣ標識ペプチド）と比較して回転速度が低いことに起因して、より高レベルの偏光蛍光を放射する。フルオレセイン化ペプチド模倣大環状分子とアクセプタータンパク質との間の相互作用を拮抗する化合物は、競合的結合ＦＰＡ実験で検出される。
例えば、推定上のアンタゴニスト化合物（１ｎＭ〜１ｍＭ）およびフルオレセイン化ペプチド模倣大環状分子（２５ｎＭ）を、結合バッファー（１４０ｍＭのＮａＣｌ、５０ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣＬ、ｐＨ７．４）中、アクセプタータンパク質（５０ｎＭ）と共に室温で３０分間インキュベートする。アンタゴニスト結合活性を、例えば発光分光光度計（例えばＰｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ ＬＳ５０Ｂ）で蛍光偏光によって測定する。Ｋｄ値は、非線形回帰分析によって、例えばＧｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，Ｉｎｃ．、カリフォルニア州サンディエゴ）を使用して決定することができる。
このアッセイでは、小さい有機分子、ペプチド、オリゴヌクレオチドまたはタンパク質などの任意のクラスの分子を、推定上のアンタゴニストとして調査することができる。
親和性選択−質量分析によるタンパク質−リガンド結合のためのアッセイ
タンパク質に対する試験化合物の結合および親和性を評価するために、例えば親和性選択質量分析アッセイを使用する。タンパク質−リガンド結合実験は、システム全体の対照実験について概説されている以下の代表的手順に従って、１μＭのペプチド模倣大環状分子と５μＭのｈＭＤＭ２を使用して実施する。ペプチド模倣大環状分子の４０μＭ原液のＤＭＳＯアリコート１μＬを、ＰＢＳ１９μＬ（リン酸緩衝食塩水：１５０ｍＭのＮａＣｌを含有する５０ｍＭ、ｐＨ７．５のリン酸緩衝液）に溶解させる。得られた溶液を、反復ピペット操作によって混合し、１００００ｇで１０分間遠心分離処理することによって清澄化する。得られた上清のアリコート４μＬに、ＰＢＳ中１０μＭのｈＭＤＭ２ ４μＬを添加する。したがって、実験試料各８．０μＬは、ＰＢＳ中５．０μＭ濃度のタンパク質４０ｐｍｏｌ（１．５μｇ）と、１μＭペプチド模倣大環状分子および２．５％ＤＭＳＯを含有している。こうして濃度点ごとに調製した二つ組の試料を、室温で６０分間インキュベートし、次に４℃に冷やした後、５．０μＬ注入のサイズ排除クロマトグラフィー−ＬＣ−ＭＳ分析を行う。標的タンパク質、タンパク質−リガンド複合体、および非結合化合物を含有する試料を、ＳＥＣカラム上に注入し、そこで急速なＳＥＣステップによって複合体を非結合構成成分から分離する。ＳＥＣカラム溶離液を、ＵＶ検出器を使用してモニタすると、ＳＥＣカラムのボイドボリュームに溶出する初期溶出タンパク質画分が、カラム上に保持されている非結合構成成分から十分に分離されることが確認される。タンパク質およびタンパク質−リガンド複合体を含有するピークは、一次ＵＶ検出器から溶出した後、試料ループに入り、そこでＳＥＣ段階のフローストリームから切り離され（excised）、弁機序を介してＬＣ−ＭＳに直接移される。ペプチド模倣大環状分子の（Ｍ＋３Ｈ）３＋イオンを、ＥＳＩ−ＭＳによって、予測されるｍ／ｚにおいて観測し、タンパク質−リガンド複合体の検出を確実にする。
タンパク質−リガンドのＫｄ滴定実験のためのアッセイ
タンパク質に対する試験化合物の結合および親和性を評価するために、例えば、タンパク質−リガンドのＫｄ滴定実験を実施する。タンパク質−リガンドのＫｄ滴定実験を、以下の通り実施する。滴定剤ペプチド模倣大環状分子の連続希釈原液（５、２．５、．．．、０．０９８ｍＭ）のＤＭＳＯアリコート２μＬを調製し、次にＰＢＳ３８μＬに溶解させる。得られた溶液を、反復ピペット操作によって混合し、１００００ｇで１０分間遠心分離処理することによって清澄化する。得られた上清のアリコート４．０μＬに、ＰＢＳ中１０μＭのｈＭＤＭ２ ４．０μＬを添加する。したがって、実験試料各８．０μＬは、ＰＢＳ中５．０μＭ濃度のタンパク質４０ｐｍｏｌ（１．５μｇ）、様々な濃度（１２５、６２．５、．．．、０．２４μＭ）の滴定剤ペプチドおよび２．５％ＤＭＳＯを含有している。こうして濃度点ごとに調製した二つ組の試料を、室温で３０分間インキュベートし、次に４℃に冷やした後、２．０μＬ注入のＳＥＣ−ＬＣ−ＭＳ分析を行う。（Ｍ＋Ｈ）１＋、（Ｍ＋２Ｈ）２＋、（Ｍ＋３Ｈ）３＋、および／または（Ｍ＋Ｎａ）１＋イオンは、「A General Technique to Rank Protein-Ligand Binding Affinities andDetermine Allosteric vs. Direct Binding Site Competition in Compound Mixtures.」Annis, D. A.；Nazef, N.；Chuang, C. C.；Scott, M. P.；Nash, H. M. J. Am. Chem. Soc. ２００４年、１２６巻、１５４９５〜１５５０３頁；また「ALIS: An Affinity Selection-Mass Spectrometry System for theDiscovery and Characterization of Protein-Ligand Interactions」D. A. Annis、C.-C. Chuang、およびN. Nazef. In Mass Spectrometry in Medicinal Chemistry. Wanner K、Hoefner G編: Wiley-VCH；２００７年：１２１〜１８４頁。Mannhold R、Kubinyi H、Folkers G(シリーズ編者): Methods and Principles inMedicinal Chemistryに記載の通り、ＥＳＩ−ＭＳによって観測し、抽出されたイオンクロマトグラムを定量し、次に結合親和性Ｋｄを得るための等式にフィットさせる。
親和性選択−質量分析による競合結合実験のためのアッセイ
タンパク質に競合的に結合する試験化合物の能力を決定するために、例えば親和性選択質量分析アッセイを実施する。構成成分１つ当たり４０μＭのリガンド混合物を、３種の化合物のそれぞれの４００μＭ原液のアリコート２μＬをＤＭＳＯ１４μＬと合わせることによって調製する。次に、構成成分の混合物１つ当たりこの４０μＭのアリコート１μＬを、滴定剤ペプチド模倣大環状分子の連続希釈原液（１０、５、２．５、．．．、０．０７８ｍＭ）のＤＭＳＯアリコート１μＬと合わせる。これらの試料２μＬを、ＰＢＳ３８μＬに溶解させる。得られた溶液を、反復ピペット操作によって混合し、１００００ｇで１０分間遠心分離処理することによって清澄化する。得られた上清のアリコート４．０μＬに、ＰＢＳ中１０μＭのｈＭＤＭ２タンパク質 ４．０μＬを添加する。したがって、実験試料各８．０μＬは、ＰＢＳ中５．０μＭ濃度のタンパク質４０ｐｍｏｌ（１．５μｇ）と、０．５μＭのリガンド、２．５％ＤＭＳＯ、および様々な濃度（１２５、６２．５、．．．、０．９８μＭ）の滴定剤ペプチド模倣大環状分子を含有している。こうして濃度点ごとに調製した二つ組の試料を、室温で６０分間インキュベートし、次に４℃に冷やした後、２．０μＬ注入のＳＥＣ−ＬＣ−ＭＳ分析を行う。これらおよび他の方法のさらなる詳細は、「A General Technique to Rank Protein-Ligand Binding Affinities andDetermine Allosteric vs. Direct Binding Site Competition in Compound Mixtures.」Annis, D. A.；Nazef, N.；Chuang, C. C.；Scott, M. P.；Nash, H. M. J. Am. Chem. Soc. ２００４年、１２６巻、１５４９５〜１５５０３頁；また「ALIS: An Affinity Selection-Mass Spectrometry System for theDiscovery and Characterization of Protein-Ligand Interactions」D. A. Annis、C.-C. Chuang、およびN. Nazef. In Mass Spectrometry in Medicinal Chemistry. Wanner K、Hoefner G編: Wiley-VCH；２００７年：１２１〜１８４頁。Mannhold R、Kubinyi H、Folkers G(シリーズ編者): Methods and Principles inMedicinal Chemistryに提示されている。
無傷細胞における結合アッセイ
無傷細胞における、ペプチドまたはペプチド模倣大環状分子とそれらの天然アクセプターの結合を、免疫沈降実験によって測定することが可能である。例えば、無傷細胞は、血清がない状態でフルオレセイン化（ＦＩＴＣ標識された）化合物と共に４時間インキュベートした後、血清代替物と共に、４〜１８時間、さらにインキュベーションする。次に、細胞をペレット化し、溶解緩衝液（５０ｍＭのＴｒｉｓ［ｐＨ７．６］、１５０ｍＭのＮａＣｌ、１％ＣＨＡＰＳおよびプロテアーゼ阻害剤カクテル）中で４℃において１０分間インキュベートする。抽出物を、１４，０００ｒｐｍで１５分間遠心分離処理し、上清を収集し、ヤギ抗−ＦＩＴＣ抗体１０μｌと共に２時間インキュベートし、４℃で回転させた後、タンパク質Ａ／Ｇセファロース（５０％ビーズスラリー５０μｌ）と共に４℃でさらに２時間インキュベートする。急速遠心分離処理した後、ペレットを、漸増塩濃度（例えば、１５０ｍＭ、３００ｍＭ、５００ｍＭ）を含有する溶解緩衝液で洗浄する。次に、ビーズを１５０ｍＭのＮａＣｌで再平衡化した後、ＳＤＳを含有する試料緩衝液を添加し、煮沸させる。遠心分離処理した後、上清を、任意選択で４％〜１２％勾配のＢｉｓ−Ｔｒｉｓゲルを使用して電気泳動させた後、イモビロン−Ｐ膜に移す。ブロッキングした後、ブロットを、任意選択でＦＩＴＣを検出する抗体と共にインキュベートし、また、ペプチド模倣大環状分子に結合するタンパク質を検出する１種または複数種の抗体と共にインキュベートする。
細胞透過性アッセイ
ペプチド模倣大環状分子は、例えば、対応する未架橋大環状分子と比較して、細胞透過性がより高い。最適化リンカーを有するペプチド模倣大環状分子は、例えば、対応する未架橋大環状分子の少なくとも２倍の細胞透過性を有し、適用したペプチド模倣大環状分子のしばしば２０％またはそれ超が、４時間後に細胞を透過したことが観察される。ペプチド模倣大環状分子および対応する未架橋大環状分子の細胞透過性を測定するために、無傷細胞を、蛍光的に標識された（例えばフルオレセイン化）ペプチド模倣大環状分子または対応する未架橋大環状分子（１０μＭ）と共に、無血清培地中で３７℃において４時間インキュベートし、培地で２回洗浄し、トリプシン（０．２５％）と共に３７℃で１０分間インキュベートする。細胞を再び洗浄し、ＰＢＳに再懸濁させる。細胞の蛍光を、例えば、ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターまたはＣｅｌｌｏｍｉｃｓ’ ＫｉｎｅｔｉｃＳｃａｎ（登録商標）ＨＣＳ Ｒｅａｄｅｒのいずれかを使用することによって分析する。
細胞の有効性アッセイ
ある特定のペプチド模倣大環状分子の有効性を、例えば細胞ベースの殺滅アッセイにおいて、様々な腫瘍形成細胞株および非腫瘍形成細胞株、ならびにヒトまたはマウス細胞集団から得られた初代細胞を使用して決定する。細胞生存率を、例えば、ペプチド模倣大環状分子（０．５〜５０μＭ）と共に２４〜９６時間かけてインキュベートしてモニタして、ＥＣ５０＜１０μＭで死滅させる細胞を同定する。細胞生存率を測定するいくつかの標準アッセイは、市販されており、任意選択でペプチド模倣大環状分子の有効性を評価するために使用される。さらに、アネキシンＶおよびカスパーゼ活性化を測定するアッセイは、任意選択でペプチド模倣大環状分子が、アポトーシス機構を活性化することによって細胞を死滅させるかどうかを評価するために使用される。例えば、Ｃｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ−ｇｌｏアッセイを使用し、それによって、細胞生存率を細胞内ＡＴＰ濃度の関数として決定する。
ｉｎ ｖｉｖｏ安定性アッセイ
ペプチド模倣大環状分子のｉｎ ｖｉｖｏ安定性を調査するために、化合物を、例えば０．１〜５０ｍｇ／ｋｇの濃度でＩＶ、ＩＰ、ＰＯまたは吸入経路によってマウスおよび／またはラットに投与し、注射の０分後、５分後、１５分後、３０分後、１時間後、４時間後、８時間後および２４時間後に血液被検物を得る。次に、新鮮な血清２５μＬ中の無傷化合物のレベルを、上の通りＬＣ−ＭＳ／ＭＳによって測定する。
動物モデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ有効性
ペプチド模倣大環状分子のｉｎ ｖｉｖｏでの抗発癌活性を決定するために、化合物を、例えば単独で（ＩＰ、ＩＶ、ＰＯ、吸入、または経鼻経路によって）、または準最適用量の関連化学療法剤（例えば、シクロホスファミド、ドキソルビシン、エトポシド）と組み合わせて投与する。一例では、ルシフェラーゼを安定に発現する５×１０６個のＲＳ４；１１細胞（急性リンパ芽球性白血病の患者の骨髄から樹立された）を、ＮＯＤ−ＳＣＩＤマウスを全身照射に付した３時間後に尾静脈注射する。この白血病の形態は、処置せずにおくと、このモデルでは３週間で致死的なものになる。白血病は、例えばマウスにＤ−ルシフェリン（６０ｍｇ／ｋｇ）を注射し、麻酔下の動物を画像化することによって（例えば、Ｘｅｎｏｇｅｎ Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ、Ｃａｌｉｐｅｒ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、マサチューセッツ州ホプキントン）、容易にモニタされる。全身バイオルミネセンスは、Ｌｉｖｉｎｇ Ｉｍａｇｅ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（Ｃａｌｉｐｅｒ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、マサチューセッツ州ホプキントン）により、光量子束（光子／秒）の積分によって定量される。ペプチド模倣大環状分子は、単独で、または準最適用量の関連化学療法剤と組み合わせて、例えば白血病マウス（バイオルミネセンス範囲１４〜１６で、注射／実験１日目の１０日後）に、尾静脈またはＩＰ経路によって、０．１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇの用量で７〜２１日間投与される。任意選択で、マウスを、実験中２日ごとに画像化し、実験期間中、生存を毎日モニタする。死亡したマウスは、任意選択で実験の最後に剖検する。別の動物モデルは、安定にルシフェラーゼを発現する、ヒト濾胞性リンパ腫から得られた細胞株であるＤｏＨＨ２のＮＯＤ−ＳＣＩＤマウスへの移植である。これらのｉｎ ｖｉｖｏ試験により、任意選択で薬物動態学的、薬力学的および毒性学的な予備データを作成する。
臨床治験
ヒトを処置するためのペプチド模倣大環状分子の適合性を決定するために、臨床治験を実施する。例えば、固形腫瘍を有していると診断され、処置が必要な患者を選択し、処置群と１つまたは複数の対照群に分離することができ、ここで処置群にはペプチド模倣大環状分子を投与し、対照群にはプラセボまたは公知の抗がん薬物を投与する。したがって、ペプチド模倣大環状分子による処置の安全性および有効性は、生存および生活の質などの因子に関して患者群を比較することによって評価することができる。この例では、ペプチド模倣大環状分子で処置した患者群は、プラセボで処置した患者対照群と比較して、改善された生存期間の延長を示し得る。
製剤および投与
投与の様式
有効量の本開示のペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩は、単回用量または複数回用量として、投与の受け入れられている様式によって、医薬組成物中で投与することができる。一部の実施形態では、治療有効量の本開示のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物は、非経口的に、例えば、皮下、筋内、くも膜下腔内、静脈内または硬膜外注射によって投与される。例えば、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物は、静脈内、動脈内、皮下、または注入によって投与される。いくつかの例では、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物は、静脈内に投与される。いくつかの例では、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物は、動脈内に投与される。
選択した投与経路に関わらず、本開示のペプチド模倣大環状分子、および／または本開示の医薬組成物は、当業者には公知の従来の方法によって薬学的に許容される剤形に製剤化される。本開示によるペプチド模倣大環状分子は、他の医薬品から類推して、ヒト医学または獣医学における使用のための、任意の好都合な方法での投与のために製剤化することができる。
一態様において、本開示は、１種もしくは複数の薬学的に許容される担体（添加物質）および／または賦形剤と一緒に製剤化された、治療有効量の上記のペプチド模倣大環状分子の１つもしくは複数を含む医薬組成物を提供する。一実施形態では、本明細書に記載されているペプチド模倣大環状分子の１つもしくは複数は、非経口投与のために製剤化され、１つもしくは複数の本明細書において開示するペプチド模倣大環状分子は、水溶液もしくは非水溶液、分散物、懸濁剤もしくは乳剤、または使用の直前に無菌の注射可能な溶液もしくは分散物に再構成することができる無菌の散剤として製剤化することができる。このような医薬組成物は、糖、アルコール、抗酸化剤、緩衝液、制菌剤、製剤を意図するレシピエントの血液と等張にさせる溶質、または懸濁化剤もしくは増粘剤を含むことができる。医薬組成物はまた、アジュバント、例えば、保存剤、湿潤剤、乳化剤および分散化剤を含有することができる。被験体化合物による微生物の作用の防止は、様々な抗菌剤および抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸などを含むことによって確実にすることができる。医薬組成物中に等張剤、例えば、糖、塩化ナトリウムなどを含むことがまた望ましくてもよい。さらに、注射可能な医薬組成物の長期に亘る吸収は、吸収を遅延させる薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンを含むことによってもたらすことができる。必要に応じて、医薬組成物は、使用の前に、例えば、等張食塩水またはデキストロース溶液で希釈することができる。いくつかの例では、ペプチド模倣大環状分子は水溶液として製剤化され、静脈内に投与される。
投与の量および頻度
投与は、当業者には公知の技術を使用して決定することができる。選択された投与量レベルは、用いられる特定のペプチド模倣大環状分子の活性、投与経路、投与の時間、用いられる特定のペプチド模倣大環状分子の排せつ率または代謝、処置の期間、用いられる特定のペプチド模倣大環状分子と組み合わせて使用される他の薬物、化合物および／または材料、処置される患者の年齢、性別、体重、状態、身体全体の健康および病歴、ならびに医術において周知の同様の要因を含めた種々の要因によって決まり得る。投与量の値はまた、緩和される状態の重症度によって変化することができる。任意の特定の被験体について、特定の投与量レジメンは、個々の必要性、および組成物の投与を投与するかまたは監督する人の専門的な判断によって時間と共に調整することができる。
当技術分野で通常の技量を有する医師または獣医師は、必要とされる医薬組成物の有効量を容易に決定および処方することができる。例えば、医師または獣医師は、医薬組成物中に用いられる本開示の化合物の用量を、所望の治療効果を達成するために必要とされるより低いレベルで開始し、所望の効果が達成されるまで投与量を徐々に増加させることができる。
一部の実施形態では、本開示のペプチド模倣大環状分子の適切な１日用量は、治療効果を生じさせるのに有効な最も低い用量であるペプチド模倣大環状分子のその量でよい。このような有効用量は一般に、上記の要因によって決まる。所与の患者において最も有効な処置を生じさせる投与の正確な時間および任意の特定のペプチド模倣大環状分子の量は、特定のペプチド模倣大環状分子の活性、薬物動態、およびバイオアベイラビリティー、患者の生理学的状態（年齢、性別、疾患のタイプおよび段階、全身的な身体状態、所与の投与量ならびに医薬のタイプに対する応答性を含めた）、投与経路などによって決まる。
投与量は、患者の体重１ｋｇ当たりのペプチド模倣大環状分子の量に基づいてもよい。他の量は当業者には公知であり、容易に決定される。代わりに、本開示の投与量は、ペプチド模倣大環状分子の血漿濃度を参照することによって決定することができる。例えば、最大血漿濃度（Ｃｍａｘ）および０時間から無限大時間までの血漿濃度−時間曲線下面積（ＡＵＣ）を使用することができる。
いくつかの実施形態では、被験体は、ヒト被験体であり、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、０．０１〜１００ｍｇである。例えば、様々な例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、約０．０１〜５０ｍｇ／ヒト被験体の体重ｋｇ、約０．０１〜２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜１０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜１００ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜５０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜１０ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜１００ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜５０ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜２０ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜１０ｍｇ／ｋｇ、約１〜１００ｍｇ／ｋｇ、約１〜５０ｍｇ／ｋｇ、約１〜２０ｍｇ／ｋｇ、約１〜１０ｍｇ／ｋｇである。一実施形態では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．５ｍｇ〜１０ｍｇのペプチド模倣大環状分子が投与される。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．１６ｍｇ、０．３２ｍｇ、０．６４ｍｇ、１．２８ｍｇ、３．５６ｍｇ、７．１２ｍｇ、１４．２４、または２０ｍｇである。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．１６ｍｇ、０．３２ｍｇ、０．６４ｍｇ、１．２８ｍｇ、３．５６ｍｇ、７．１２ｍｇ、または１４．２４ｍｇである。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、０．１６ｍｇである。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、０．３２ｍｇである。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、０．６４ｍｇである。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、１．２８ｍｇである。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、３．５６ｍｇである。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、７．１２ｍｇである。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、１４．２４ｍｇである。
一部の実施形態では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．５〜２０ｍｇまたは０．５〜１０ｍｇのペプチド模倣大環状分子は、週２回投与される。例えば、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．５〜１．０ｍｇ、０．５〜５．０ｍｇ、０．５〜１０．０ｍｇ、０．５〜１５ｍｇ、または１〜５ｍｇ、１〜１０ｍｇ、１〜１５ｍｇ、１〜２０ｍｇ、５〜１０ｍｇ、１〜１５ｍｇ、５〜２０ｍｇ、１０〜１５ｍｇ、１０〜２０ｍｇ、１５〜２０ｍｇのペプチド模倣大環状分子は、週に約２回投与される。いくつかの例では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．０ｍｇ、１．２５ｍｇ、１．５ｍｇ、１．７５ｍｇ、２．０ｍｇ、２．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、２．７５ｍｇ、３．０ｍｇ、３．２５ｍｇ、３．５ｍｇ、３．７５ｍｇ、４．０ｍｇ、４．２５ｍｇ、４．５ｍｇ、４．７５ｍｇ、５．０ｍｇ、５．２５ｍｇ、５．５ｍｇ、５．７５ｍｇ、６．０ｍｇ、６．２５ｍｇ、６．５ｍｇ、６．７５ｍｇ、７．０ｍｇ、７．２５ｍｇ、７．５ｍｇ、７．７５ｍｇ、８．０ｍｇ、８．２５ｍｇ、８．５ｍｇ、８．７５ｍｇ、９．０ｍｇ、９．２５ｍｇ、９．５ｍｇ、９．７５ｍｇ、１０．０ｍｇ、１０．２５ｍｇ、１０．５ｍｇ、１０．７５ｍｇ、１１．０ｍｇ、１１．２５ｍｇ、１１．５ｍｇ、１１．７５ｍｇ、１２．０ｍｇ、１２．２５ｍｇ、１２．５ｍｇ、１２．７５ｍｇ、１３．０ｍｇ、１３．２５ｍｇ、１３．５ｍｇ、１３．７５ｍｇ、１４．０ｍｇ、１４．２５ｍｇ、１４．５ｍｇ、１４．７５ｍｇ、１５．０ｍｇ、１５．２５ｍｇ、１５．５ｍｇ、１５．７５ｍｇ、１６．０ｍｇ、１６．５ｍｇ、１７．０ｍｇ、１７．５ｍｇ、１８．０ｍｇ、１８．５ｍｇ、１９．０ｍｇ、１９．５ｍｇ、または２０．０ｍｇのペプチド模倣大環状分子は、週２回投与される。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、１０．０ｍｇ、または２０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、週２回投与される。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇまたは１０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、週２回投与される。
一部の実施形態では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．５〜２０ｍｇまたは０．５〜１０ｍｇのペプチド模倣大環状分子は、週１回投与される。例えば、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．５〜１．０ｍｇ、０．５〜５．０ｍｇ、０．５〜１０．０ｍｇ、０．５〜１５ｍｇ、または１〜５ｍｇ、１〜１０ｍｇ、１〜１５ｍｇ、１〜２０ｍｇ、５〜１０ｍｇ、１〜１５ｍｇ、５〜２０ｍｇ、１０〜１５ｍｇ、１０〜２０ｍｇ、１５〜２０ｍｇのペプチド模倣大環状分子は、週に約１回投与される。いくつかの例では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．０ｍｇ、１．２５ｍｇ、１．５ｍｇ、１．７５ｍｇ、２．０ｍｇ、２．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、２．７５ｍｇ、３．０ｍｇ、３．２５ｍｇ、３．５ｍｇ、３．７５ｍｇ、４．０ｍｇ、４．２５ｍｇ、４．５ｍｇ、４．７５ｍｇ、５．０ｍｇ、５．２５ｍｇ、５．５ｍｇ、５．７５ｍｇ、６．０ｍｇ、６．２５ｍｇ、６．５ｍｇ、６．７５ｍｇ、７．０ｍｇ、７．２５ｍｇ、７．５ｍｇ、７．７５ｍｇ、８．０ｍｇ、８．２５ｍｇ、８．５ｍｇ、８．７５ｍｇ、９．０ｍｇ、９．２５ｍｇ、９．５ｍｇ、９．７５ｍｇ、１０．０ｍｇ、１０．２５ｍｇ、１０．５ｍｇ、１０．７５ｍｇ、１１．０ｍｇ、１１．２５ｍｇ、１１．５ｍｇ、１１．７５ｍｇ、１２．０ｍｇ、１２．２５ｍｇ、１２．５ｍｇ、１２．７５ｍｇ、１３．０ｍｇ、１３．２５ｍｇ、１３．５ｍｇ、１３．７５ｍｇ、１４．０ｍｇ、１４．２５ｍｇ、１４．５ｍｇ、１４．７５ｍｇ、１５．０ｍｇ、１５．２５ｍｇ、１５．５ｍｇ、１５．７５ｍｇ、１６．０ｍｇ、１６．５ｍｇ、１７．０ｍｇ、１７．５ｍｇ、１８．０ｍｇ、１８．５ｍｇ、１９．０ｍｇ、１９．５ｍｇ、または２０．０ｍｇのペプチド模倣大環状分子は、週１回投与される。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、１０．０ｍｇ、または２０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、週１回投与される。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇまたは１０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、週１回投与される。
一部の実施形態では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．５〜２０ｍｇまたは０．５〜１０ｍｇのペプチド模倣大環状分子は、週に３回、４回、５回、６回、または７回投与される。例えば、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．５〜１．０ｍｇ、０．５〜５．０ｍｇ、０．５〜１０．０ｍｇ、０．５〜１５ｍｇ、または１〜５ｍｇ、１〜１０ｍｇ、１〜１５ｍｇ、１〜２０ｍｇ、５〜１０ｍｇ、１〜１５ｍｇ、５〜２０ｍｇ、１０〜１５ｍｇ、１０〜２０ｍｇ、１５〜２０ｍｇのペプチド模倣大環状分子は、週に３回、４回、５回、６回、または７回投与される。いくつかの例では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．０ｍｇ、１．２５ｍｇ、１．５ｍｇ、１．７５ｍｇ、２．０ｍｇ、２．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、２．７５ｍｇ、３．０ｍｇ、３．２５ｍｇ、３．５ｍｇ、３．７５ｍｇ、４．０ｍｇ、４．２５ｍｇ、４．５ｍｇ、４．７５ｍｇ、５．０ｍｇ、５．２５ｍｇ、５．５ｍｇ、５．７５ｍｇ、６．０ｍｇ、６．２５ｍｇ、６．５ｍｇ、６．７５ｍｇ、７．０ｍｇ、７．２５ｍｇ、７．５ｍｇ、７．７５ｍｇ、８．０ｍｇ、８．２５ｍｇ、８．５ｍｇ、８．７５ｍｇ、９．０ｍｇ、９．２５ｍｇ、９．５ｍｇ、９．７５ｍｇ、１０．０ｍｇ、１０．２５ｍｇ、１０．５ｍｇ、１０．７５ｍｇ、１１．０ｍｇ、１１．２５ｍｇ、１１．５ｍｇ、１１．７５ｍｇ、１２．０ｍｇ、１２．２５ｍｇ、１２．５ｍｇ、１２．７５ｍｇ、１３．０ｍｇ、１３．２５ｍｇ、１３．５ｍｇ、１３．７５ｍｇ、１４．０ｍｇ、１４．２５ｍｇ、１４．５ｍｇ、１４．７５ｍｇ、１５．０ｍｇ、１５．２５ｍｇ、１５．５ｍｇ、１５．７５ｍｇ、１６．０ｍｇ、１６．５ｍｇ、１７．０ｍｇ、１７．５ｍｇ、１８．０ｍｇ、１８．５ｍｇ、１９．０ｍｇ、１９．５ｍｇ、または２０．０ｍｇのペプチド模倣大環状分子は、週に３回、４回、５回、６回、または７回投与される。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、１０．０ｍｇ、または２０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、週に３回、４回、５回、６回、または７回投与される。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇまたは１０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、週に３回、４回、５回、６回、または７回投与される。
一部の実施形態では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．５〜２０ｍｇまたは０．５〜１０ｍｇのペプチド模倣大環状分子は、２週間、３週間、または４週間毎に１回投与される。例えば、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．５〜１．０ｍｇ、０．５〜５．０ｍｇ、０．５〜１０．０ｍｇ、０．５〜１５ｍｇ、または１〜５ｍｇ、１〜１０ｍｇ、１〜１５ｍｇ、１〜２０ｍｇ、５〜１０ｍｇ、１〜１５ｍｇ、５〜２０ｍｇ、１０〜１５ｍｇ、１０〜２０ｍｇ、１５〜２０ｍｇのペプチド模倣大環状分子は、２週間または３週間毎に１回で、３回、４回、５回、６回、または７回投与される。いくつかの例では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．０ｍｇ、１．２５ｍｇ、１．５ｍｇ、１．７５ｍｇ、２．０ｍｇ、２．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、２．７５ｍｇ、３．０ｍｇ、３．２５ｍｇ、３．５ｍｇ、３．７５ｍｇ、４．０ｍｇ、４．２５ｍｇ、４．５ｍｇ、４．７５ｍｇ、５．０ｍｇ、５．２５ｍｇ、５．５ｍｇ、５．７５ｍｇ、６．０ｍｇ、６．２５ｍｇ、６．５ｍｇ、６．７５ｍｇ、７．０ｍｇ、７．２５ｍｇ、７．５ｍｇ、７．７５ｍｇ、８．０ｍｇ、８．２５ｍｇ、８．５ｍｇ、８．７５ｍｇ、９．０ｍｇ、９．２５ｍｇ、９．５ｍｇ、９．７５ｍｇ、１０．０ｍｇ、１０．２５ｍｇ、１０．５ｍｇ、１０．７５ｍｇ、１１．０ｍｇ、１１．２５ｍｇ、１１．５ｍｇ、１１．７５ｍｇ、１２．０ｍｇ、１２．２５ｍｇ、１２．５ｍｇ、１２．７５ｍｇ、１３．０ｍｇ、１３．２５ｍｇ、１３．５ｍｇ、１３．７５ｍｇ、１４．０ｍｇ、１４．２５ｍｇ、１４．５ｍｇ、１４．７５ｍｇ、１５．０ｍｇ、１５．２５ｍｇ、１５．５ｍｇ、１５．７５ｍｇ、１６．０ｍｇ、１６．５ｍｇ、１７．０ｍｇ、１７．５ｍｇ、１８．０ｍｇ、１８．５ｍｇ、１９．０ｍｇ、１９．５ｍｇ、または２０．０ｍｇのペプチド模倣大環状分子は、２週間または３週間毎に１回投与される。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、１０．０ｍｇ、または２０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、２週間毎に１回投与される。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇまたは１０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、２週間毎に１回投与される。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、１０．０ｍｇ、または２０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、３週間毎に１回投与される。いくつかの例では、投与されるペプチド模倣大環状分子の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇまたは１０．０ｍｇであり、ペプチド模倣大環状分子は、３週間毎に１回投与される。
一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、ある期間に亘って徐々に投与される。所望の量のペプチド模倣大環状分子は、約０．１時間〜２４時間の期間に亘り徐々に投与することができる。場合によって、所望の量のペプチド模倣大環状分子は、０．１時間、０．５時間、１時間、１．５時間、２時間、２．５時間、３時間、３．５時間、４時間、４．５時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、または２４時間の期間に亘り徐々に投与される。いくつかの例では、所望の量のペプチド模倣大環状分子は、０．２５〜１２時間の期間に亘り、例えば、０．２５〜１時間、０．２５〜２時間、０．２５〜３時間、０．２５〜４時間、０．２５〜６時間、０．２５〜８時間、０．２５〜１０時間の期間に亘り徐々に投与される。いくつかの例では、所望の量のペプチド模倣大環状分子は、０．２５〜２時間の期間に亘り徐々に投与される。いくつかの例では、所望の量のペプチド模倣大環状分子は、０．２５〜１時間の期間に亘り徐々に投与される。いくつかの例では、所望の量のペプチド模倣大環状分子は、０．２５時間、０．３時間、０．４時間、０．５時間、０．６時間、０．７時間、０．８時間、０．９時間、１．０時間、１．１時間、１．２時間、１．３時間、１．４時間、１．５時間、１．６時間、１．７時間、１．８時間、１．９時間、または２．０時間の期間に亘り徐々に投与される。いくつかの例では、所望の量のペプチド模倣大環状分子は、１時間の期間に亘り徐々に投与される。いくつかの例では、所望の量のペプチド模倣大環状分子は、２時間の期間に亘り徐々に投与される。
ペプチド模倣大環状分子の投与は、固形腫瘍を処置することを必要とする被験体において固形腫瘍を処置するのに必要な限り続けることができる。一部の実施形態では、１つもしくは複数の本開示のペプチド模倣大環状分子は、１日超、１週間超、１カ月超、２カ月超、３カ月超、４カ月超、５カ月超、６カ月超、７カ月超、８カ月超、９カ月超、１０カ月超、１１カ月超、１２カ月超、１３カ月超、１４カ月超、１５カ月超、１６カ月超、１７カ月超、１８カ月超、１９カ月超、２０カ月超、２１カ月超、２２カ月超、２３カ月超、または２４カ月超投与される。一部の実施形態では、１つもしくは複数の本開示のペプチド模倣大環状分子は、１週間未満、１カ月未満、２カ月未満、３カ月未満、４カ月未満、５カ月未満、６カ月未満、７カ月未満、８カ月未満、９カ月未満、１０カ月未満、１１カ月未満、１２カ月未満、１３カ月未満、１４カ月未満、１５カ月未満、１６カ月未満、１７カ月未満、１８カ月未満、１９カ月未満、２０カ月未満、２１カ月未満、２２カ月未満、２３カ月未満、または２４カ月未満投与される。
一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子を、２８日サイクルの１日目、８日目、１５日目および２８日目に投与する。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子を、２８日サイクルの１日目、８日目、１５日目および２８日目に投与し、投与は、２サイクル続けられる。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子を、２８日サイクルの１日目、８日目、１５日目および２８日目に投与し、投与は、３サイクル続けられる。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子を、２８日サイクルの１日目、８日目、１５日目および２８日目に投与し、投与は、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ超のサイクル続けられる。
一部の実施形態では、１つもしくは複数の本開示のペプチド模倣大環状分子は、継続ベースで慢性的に投与される。一部の実施形態では、１つもしくは複数の本開示のペプチド模倣大環状分子の投与は、疾患の進行の文書化、容認できない毒性、または投与を中断する患者もしくは医師の決断まで続けられる。
方法および使用
一態様において、本開示は、被験体において固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、ｐ５３およびＭＤＭ２およびＭＤＭＸの間の相互作用を妨げることができる。一部の実施形態では、本明細書において開示する方法による処置は、ヒト被験体においてｐ５３経路の再活性化、腫瘍細胞増殖の減少、ｐ５３タンパク質の増加、ｐ２１の増加、および／またはアポトーシスの増加をもたらすことができる。
一態様において、本開示は、被験体においてｐ５３不活性化変異を欠いている固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。一部の実施形態では、固形腫瘍は、処置の前にｐ５３変異を欠いていると決定されている。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、ｐ５３およびＭＤＭ２およびＭＤＭＸの間の相互作用を妨げることができる。方法は、ペプチド模倣大環状分子の投与の前に被験体においてｐ５３不活性化変異の欠如を確認するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、本明細書において開示する方法による処置は、ヒト被験体においてｐ５３経路の再活性化、腫瘍細胞増殖の減少、ｐ５３タンパク質の増加、ｐ２１の増加、および／またはアポトーシスの増加をもたらすことができる。
一態様において、本開示は、被験体において野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を処置する方法を提供し、この方法は、被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、ｐ５３およびＭＤＭ２およびＭＤＭＸの間の相互作用を妨げることができる。方法は、ペプチド模倣大環状分子の投与の前に被験体の野生型ｐ５３ステータスを確認するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、本明細書において開示する方法による処置は、ヒト被験体においてｐ５３経路の再活性化、腫瘍細胞増殖の減少、ｐ５３タンパク質の増加、ｐ２１の増加、および／またはアポトーシスの増加をもたらすことができる。
一部の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、固形腫瘍と関連する腫瘍を阻害するか、低減させるか、漸減させるか、抑止するか、安定化させる。他の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、固形腫瘍と関連する腫瘍または１つもしくは複数のその症状において血流、代謝、または浮腫を阻害するか、低減させるか、漸減させるか、抑止するか、安定化させる。いくつかの例では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、腫瘍、腫瘍血流、腫瘍代謝、または腫瘍周囲浮腫、および／または固形腫瘍と関連する１つもしくは複数の症状の退縮をもたらす。他の例では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、腫瘍のサイズを維持し、その結果、当業者が利用可能な従来の方法、例えば、超音波、ＣＴスキャン、ＭＲＩ、ダイナミック造影ＭＲＩ、またはＰＥＴスキャンによって測定するように、腫瘍のサイズは増加しないか、または標準的な治療の投与の後の腫瘍の増加未満だけ増加する。いくつかの例では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、腫瘍サイズを減少させる。いくつかの例では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、腫瘍の形成を低減させる。いくつかの例では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、固形腫瘍と関連する原発性、局所および／または転移性腫瘍を根絶させるか、除去するか、または制御する。いくつかの例では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、固形腫瘍と関連する転移の数またはサイズを減少させる。いくつかの例では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、被験体において、当技術分野で周知の方法、例えば、ＣＴスキャン、ＭＲＩ、ＤＣＥ−ＭＲＩ、またはＰＥＴスキャンによってアセスメントするように、ペプチド模倣大環状分子の投与の前の被験体における腫瘍サイズ（例えば、容量または直径）に対して、約５〜１０％、５〜２０％、１０〜２０％、１５〜２０％、１０〜３０％、２０〜３０％、２０〜４０％、３０〜４０％、１０〜５０％、２０〜５０％、３０〜５０％、４０〜５０％、１０〜６０％、２０〜６０％、３０〜６０％、４０〜６０％、５０〜６０％、１０〜７０％、２０〜７０％、３０〜７０％、４０〜７０％、５０〜７０％、６０〜７０％、１０〜８０％、２０〜８０％、３０〜８０％、４０〜８０％、５０〜８０％、６０〜８０％、７０〜８０％、１０〜９０％、２０〜９０％、３０〜９０％、４０〜９０％、５０〜９０％、６０〜９０％、７０〜９０％、８０〜９０％、１０〜１００％、２０％〜１００％、３０〜１００％、４０〜１００％、５０〜１００％、６０〜１００％、７０〜１００％、８０〜１００％、９０〜１００％、９５〜１００％の範囲の量で、またはその間の任意の範囲の量で、腫瘍体積または腫瘍サイズ（例えば、直径）を低減させる。ある特定の実施形態では、方法は、本明細書において、被験体における腫瘍サイズ（例えば、容量または直径）を、当技術分野で周知の方法、例えば、ＣＴスキャン、ＭＲＩ、ＤＣＥ−ＭＲＩ、またはＰＥＴスキャンによってアセスメントするように、ペプチド模倣大環状分子の投与の前の腫瘍体積または腫瘍サイズ（例えば、直径）に対して、少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％だけ低減させる。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法は、被験体において、当技術分野で周知の方法、例えば、ＭＲＩ、ＤＣＥ−ＭＲＩ、またはＰＥＴスキャンによってアセスメントするように、腫瘍灌流を、ペプチド模倣大環状分子の投与の前の腫瘍灌流に対して、約５〜１０％、５〜２０％、１０〜２０％、１５〜２０％、１０〜３０％、２０〜３０％、２０〜４０％、３０〜４０％、１０〜５０％、２０〜５０％、３０〜５０％、４０〜５０％、１０〜６０％、２０〜６０％、３０〜６０％、４０〜６０％、５０〜６０％、１０〜７０％、２０〜７０％、３０〜７０％、４０〜７０％、５０〜７０％、６０〜７０％、１０〜８０％、２０〜８０％、３０〜８０％、４０〜８０％、５０〜８０％、６０〜８０％、７０〜８０％、１０〜９０％、２０〜９０％、３０〜９０％、４０〜９０％、５０〜９０％、６０〜９０％、７０〜９０％、８０〜９０％、１０〜１００％、２０％〜１００％、３０〜１００％、４０〜１００％、５０〜１００％、６０〜１００％、７０〜１００％、８０〜１００％、９０〜１００％、９５〜１００％の範囲の量で、またはその間の任意の範囲の量で低減させる。ある特定の実施形態では、本明細書において提供される方法は、被験体において、当技術分野で周知の方法、例えば、ＭＲＩ、ＤＣＥ−ＭＲＩ、またはＰＥＴスキャンによってアセスメントするように、腫瘍灌流を、ペプチド模倣大環状分子の投与の前の腫瘍灌流に対して、少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％だけ低減させる。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法は、被験体における腫瘍代謝を、当技術分野で周知の方法によってアセスメントするように、ペプチド模倣大環状分子の投与の前の腫瘍代謝に対して、約５〜１０％、５〜２０％、１０〜２０％、１５〜２０％、１０〜３０％、２０〜３０％、２０〜４０％、３０〜４０％、１０〜５０％、２０〜５０％、３０〜５０％、４０〜５０％、１０〜６０％、２０〜６０％、３０〜６０％、４０〜６０％、５０〜６０％、１０〜７０％、２０〜７０％、３０〜７０％、４０〜７０％、５０〜７０％、６０〜７０％、１０〜８０％、２０〜８０％、３０〜８０％、４０〜８０％、５０〜８０％、６０〜８０％、７０〜８０％、１０〜９０％、２０〜９０％、３０〜９０％、４０〜９０％、５０〜９０％、６０〜９０％、７０〜９０％、８０〜９０％、１０〜１００％、２０％〜１００％、３０〜１００％、４０〜１００％、５０〜１００％、６０〜１００％、７０〜１００％、８０〜１００％、９０〜１００％、９５〜１００％の範囲で、またはその間の任意の範囲で阻害または減少させる。ある特定の実施形態では、本明細書において提供される方法は、被験体における腫瘍代謝を、当技術分野で周知の方法、例えば、ＰＥＴスキャニングによってアセスメントするように、阻害または減少させる。特定の実施形態では、本明細書において提供される方法は、被験体における腫瘍代謝を、当技術分野で周知の方法によってアセスメントするように、ペプチド模倣大環状分子の投与の前の腫瘍代謝に対して、少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％阻害または減少させる。
他の態様では、本開示は、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定された固形腫瘍および／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を有する被験体の生存時間を増加させる方法を提供し、この方法は、被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。いくつかの例では、被験体の生存時間は、被験体が本明細書において提供される方法によって処置されなかった場合の被験体の予想される生存時間より、少なくとも３０日長い。いくつかの例では、被験体の生存時間は、被験体が本明細書において提供される方法によって処置されなかった場合の被験体の予想される生存時間より、１カ月〜約５年長い。例えば、被験体の生存時間は、被験体が本開示において開示する方法によって処置されなかった場合の被験体の予想される生存時間より、少なくとも３カ月、少なくとも６カ月、少なくとも９カ月、少なくとも１２カ月、少なくとも１５カ月、少なくとも１８カ月、少なくとも２１カ月、または少なくとも２４カ月長い。
一態様において、本開示は、固形腫瘍を患っている被験体における、バイオマーカーの存在、不存在または量をアセスメントする方法を提供し、方法は含む。いくつかの例では、バイオマーカーは、患者のバイオマーカー、例えば、被験体のｐ５３ステータス、ならびに被験体におけるＭＤＭ２およびＭＤＭＸの発現レベルを含む。
本開示の方法は、被験体における、本明細書において開示するペプチド模倣大環状分子の安全性および／または忍容性を研究および／または評価するステップをまた任意選択で含むことができる。
本明細書においてまた提供されるのは、ｐ５３不活性化変異を欠いており、かつ／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を有する被験体においてｐ５３経路を再活性化する方法であり、この方法は、被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。
本明細書においてまた提供されるのは、ｐ５３不活性化変異を欠いており、かつ／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を有するヒト被験体において腫瘍細胞増殖を減少させる方法であり、この方法は、被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。
本明細書においてまた提供されるのは、ｐ５３不活性化変異を欠いており、かつ／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を有する被験体においてｐ５３タンパク質を増加させる方法であり、この方法は、被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。
本明細書においてまた提供されるのは、ｐ５３不活性化変異を欠いており、かつ／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を有する被験体においてｐ２１を増加させる方法であり、この方法は、被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。
本明細書においてまた提供されるのは、ｐ５３不活性化変異を欠いており、かつ／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を有する被験体においてアポトーシスを増加させる方法であり、この方法は、被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する。
一部の実施形態では、本開示はまた、ｐ５３不活性化変異を欠いており、かつ／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を有する被験体において、本明細書において開示するペプチド模倣大環状分子の用量規定毒性（ＤＬＴ）および／または最大耐用量（ＭＴＤ）を決定する方法を提供する。
本開示の方法は、本明細書において開示するペプチド模倣大環状分子の薬物動態分析を任意選択で含むことができる。したがって、方法は、１つもしくは複数の特定の時点における被験体からの１つもしくは複数の生体試料を採取し、ペプチド模倣大環状分子および／もしくはその代謝物のレベルについて１つもしくは複数の生体試料を分析するステップをさらに含むことができる。生体試料は、被験体からの血液試料、例えば、ヒト被験体からの血液試料でよい。１つもしくは複数の特定の時点は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の前、後および／または間の時点を含むことができる。一部の実施形態では、１つもしくは複数の生体試料は、被験体へのペプチド模倣大環状分子のそれぞれの投与の前および後に採取した生体試料を含む。一部の実施形態では、薬物動態分析のための生体試料は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の最初の投与前、および被験体へのペプチド模倣大環状分子のそれぞれの投与の後の１つもしくは複数の時点において採取する。被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の前に採取した生体試料は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の開始の前の０〜２４時間以内に行うことができる。例えば、生体試料は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の前の２４時間以内、２３時間以内、２２時間以内、２１時間以内、２０時間以内、１９時間以内、１８時間以内、１７時間以内、１６時間以内、１５時間以内、１４時間以内、１３時間以内、１２時間以内、１１時間以内、１０時間以内、９時間以内、８時間以内、７時間以内、６時間以内、５時間以内、４時間以内、３時間以内、２時間以内、１時間以内、３０分以内、１５分以内、または直前に採取することができる。被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の後に採取した１つもしくは複数の生体試料は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の後０〜約７２時間で、例えば、０分後、５分後、１０分後、２０分後、３０分後、４５分後、６０分後、１．２５時間後、１．５時間後、１．７５時間後、２．０時間後、２．２５時間後、２．５時間後、２．７５時間後、３．０時間後、３．２５時間後、３．５時間後、３．７５時間後、４．０時間後、４．２５時間後、４．５時間後、４．７５時間後、５．０時間後、５．２５時間後、５．５時間後、５．７５時間後、６．０時間後、６．２５時間後、６．５時間後、６．７５時間後、７．０時間後、７．２５時間後、７．５時間後、７．７５時間後、８．０時間後、８．２５時間後、８．５時間後、８．７５時間後、９．０時間後、９．２５時間後、９．５時間後、９．７５時間後、１０．０時間後、１０．２５時間後、１０．５時間後、１０．７５時間後、１１．０時間後、１１．２５時間後、１１．５時間後、１１．７５時間後、１２．０時間後、２０時間後、２４時間後、２８時間後、３２時間後、３６時間後、４０時間後、４４時間後、４８時間後、５２時間後、５６時間後、６０時間後、６４時間後、６８時間後、または７２時間後に採取することができる。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、２８日サイクルの１日目、８日目、１５日目に投与され、生体試料は、１日目の投与の前に、１日目の投与の後に（複数の生体試料を採取することができる、例えば、投与の後、約０分後、約３０分後、約１時間後、約２時間後、約４時間後、約８時間後、約２４時間後、および４８時間後）、８日目の投与の前に、８日目の投与の後に（複数の生体試料を採取することができる、例えば、投与の後、約０分後、約３０分後、約１時間後、約２時間後、および約４時間後）、１５日目の投与の前に、ならびに１５日目の投与の後に（複数の生体試料を採取することができる、例えば、投与の後、約０分後、約３０分後、約１時間後、約２時間後、約４時間後、約８時間後、および約２４時間後）採取する。
本開示の方法は、本明細書において開示するペプチド模倣大環状分子の薬力学的分析を任意選択で含むことができる。したがって、方法は、薬力学的分析のために１つもしくは複数の特定の時点における被験体からの１つもしくは複数の生体試料を採取するステップを含むことができる。薬力学的分析は、生体試料中のＭＩＣ−１、ｐ５３、ＭＤＭ２、ＭＤＭＸ、ｐ２１および／またはケースを含めたバイオマーカーのレベルを分析するステップを含むことができる。生体試料におけるバイオマーカーの検出は、バイオマーカーのタイプを検出するための任意の通常の方法、例えば、直接の測定、免疫組織化学、免疫ブロット、免疫蛍光法、免疫吸収、免疫沈降、タンパク質アレイ、蛍光ｉｎ ｓｉｔｕでのハイブリダイゼーション、ＦＡＣＳ分析、ハイブリダイゼーション、ｉｎ ｓｉｔｕでのハイブリダイゼーション、ノーザンブロット、サザンブロット、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、放射線免疫アッセイ、遺伝子アレイ／チップ、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、または細胞遺伝学的分析によって行うことができる。薬力学的分析のための生体試料は、被験体からの血液試料または腫瘍標本でよく、例えば、薬力学的分析のための生体試料は、ヒト被験体からの血液試料または腫瘍標本でよい。ペプチド模倣大環状分子の薬力学的分析のための生体試料は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の前、間、または後の任意の時に採取することができる。一部の実施形態では、薬物動態分析のための血液試料は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の最初の投与の前に、および被験体へのペプチド模倣大環状分子のそれぞれの投与の後の１つもしくは複数の時点において採取する。被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の前に採取した血液試料は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の開始の前の０〜２４時間以内に行うことができる。例えば、生体試料は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の前の、２４時間以内、２３時間以内、２２時間以内、２１時間以内、２０時間以内、１９時間以内、１８時間以内、１７時間以内、１６時間以内、１５時間以内、１４時間以内、１３時間以内、１２時間以内、１１時間以内、１０時間以内、９時間以内、８時間以内、７時間以内、６時間以内、５時間以内、４時間以内、３時間以内、２時間以内、１時間以内、３０分以内、１５分以内、または直前に採取することができる。被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の後に採取した薬力学的分析のための１種もしくは複数の血液試料は、０〜約７２時間で、例えば、被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の後、約１２時間後、２４時間後、３６時間後または４８時間後に採取することができる。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、２８日サイクルの１日目、８日目、１５日目に投与され、薬力学的分析のための血液試料は、１日目の投与の前に、１日目の投与の後に（複数の試料を、例えば、投与の後、約２４時間後および４８時間後に採取することができる）、８日目の投与の前に、８日目の投与の後に（例えば、約１時間の投与を伴って、複数の試料を採取することができる）、１５日目の投与の前に、ならびに１５日目の投与の後に（例えば、約１時間を伴って、および投与の約４８時間後、複数の試料を採取することができる）、ならびに２２日目に採取される。薬力学的分析のための腫瘍標本は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の投与の前、後または間の任意の時に採取することができる。例えば、ペプチド模倣大環状分子は、２８日サイクルの１日目、８日目、１５日目に投与することができ、薬力学的分析のための腫瘍試料を、１日目の投与の前におよび１４日目〜１８日目に、例えば、１６日目に採取する。
本開示の方法は、本明細書において開示するペプチド模倣大環状分子の臨床活性分析を任意選択で含むことができる。したがって、方法は、１つもしくは複数の特定の時点において被験体から採取した１つもしくは複数の生体試料を分析するステップを含むことができる。任意の適切な分析手順を、生体試料の分析のために使用することができる。例えば、イメージング技術、例えば、Ｘ線写真、超音波、ＣＴスキャン、ＰＥＴスキャン、ＭＲＩスキャン、胸部Ｘ線、腹腔鏡検査、全血球計算（ＣＢＣ）試験、骨スキャニングおよび便潜血検査を使用することができる。使用することができるさらなる分析手順は、血液化学分析、染色体転座分析、針生検、組織生検、蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、検査室バイオマーカー分析、免疫組織化学染色法、フローサイトメトリー、またはこれらの組合せを含む。方法は、分析手順の結果を作表および／またはプロットするステップをさらに含むことができる。
生体試料
本出願において使用するように、「生体試料」は、正常または病的な被験体の体に由来する任意の流体または他の材料、例えば、血液、血清、血漿、リンパ、尿、唾液、涙、脳脊髄液、乳、羊水、胆汁、腹水、膿などを意味する。用語「生体試料」の意味内にまた含まれるのは、器官または組織抽出物、およびその中で被験体からの任意の細胞または組織調製物がインキュベートされている培養液である。生体試料はまた、腫瘍試料または標本を含む。腫瘍試料は、腫瘍組織試料でよい。腫瘍組織試料を得る方法は当技術分野で周知であり、腫瘍のタイプおよび場所、ならびに医師の好みによって変化することができる。一部の実施形態では、腫瘍組織試料は、外科的に切除した組織から得ることができる。組織試料および細胞の試料はまた、侵襲的な手術を伴わずに、例えば、胸壁もしくは腹壁、または乳房の腫瘤、甲状腺または他の部位を細針で穿刺し、細胞材料を引き出す（細針吸引生検）ことによって得ることができる。
得られた生体試料は、試料の性質、使用するアッセイ、およびプラクティショナーの利便性によって、新鮮な、凍結された、または固定された（例えば、パラフィン包埋）形態で使用することができる。新鮮な、凍結された、および固定された材料は様々なＲＮＡおよびタンパク質アッセイに適切であるが、一般に、新鮮な組織がｅｘ ｖｉｖｏでの活性の測定のために好ましくてもよい。
固定された組織試料をまた用いることができる。生検によって得られる組織は、通常、ホルマリン、ホルムアルデヒド、またはグルタルアルデヒド（gluteraldehyde）によって、例えば、またはアルコールへの浸漬によって固定されることが多い。固定された生体試料を、当技術分野において公知のように脱水し、パラフィンまたは他の固体支持体中に包埋することが多い。参照文献であるPlenatら、２００１年、Ann. Pathol.、２１巻：２９〜４７頁を参照されたい。包埋されず固定された組織、および固定され包埋された組織を、本方法において使用することができる。固定された組織を包埋するための固体支持体は、保存された組織のその後の再水和を可能とする有機溶媒で除去することができる。
場合によって、アッセイは、細胞または組織培養のステップを含む。培養方法は、当技術分野で周知である。例えば、生検からの細胞を、酵素（例えば、コラゲナーゼおよびヒアルロニダーゼ）ならびに／または物理的な撹乱（例えば、２５ゲージの針を通して繰り返し通過させること）を使用して脱凝集させ、細胞を解離し、遠心分離によって採取し、培養のために所望の緩衝液または培養培地に再懸濁し、即時に分析するか、またはさらに加工することができる。
被験体／患者集団
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。他の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、固形腫瘍を生じやすいか、もしくは影響されやすいヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、固形腫瘍を発生する危険性があるヒトである。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定されており、かつ／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。他の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定されており、かつ／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を生じやすいか、もしくは影響されやすいヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定されており、かつ／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を発生する危険性があるヒトである。ｐ５３不活性化変異は、本明細書において使用する場合、ｐ５３のｉｎ ｖｉｔｒｏでのアポトーシス活性の喪失（または減少）に至る任意の変異である。ｐ５３不活性化変異の非限定的例を、表１ａにおいて含める。したがって、一部の実施形態では、本明細書において提供されるような組成物によって、固形腫瘍を有する被験体は、ｐ５３不活性化変異、例えば、表１ａにおいて示すものを欠いていると決定された固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、ｐ５３機能獲得型変異を有することが決定された固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。他の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、ｐ５３機能獲得型変異を有することが決定された固形腫瘍を生じやすいか、もしくは影響されやすいヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、ｐ５３機能獲得型変異を有することが決定された固形腫瘍を発生する危険性があるヒトである。ｐ５３機能獲得型変異は、本明細書において使用する場合、変異ｐ５３が、野生型ｐ５３の腫瘍抑制機能より、これらのネガティブドミネイションを超えて発癌機能を発揮するような任意の変異である。ｐ５３機能獲得型変異体タンパク質は、活発に様々な段階の腫瘍進行、および抗がん処置に対する耐性の増加の一因となり得る新規な活性を示し得る。ｐ５３機能獲得型変異の非限定的例を、表１ｂに含める。したがって、一部の実施形態では、本明細書において提供されるような組成物によって、固形腫瘍を有する被験体は、ｐ５３機能獲得型変異、例えば、表１ｂにおいて示すものを有することが決定された固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、ｐ５３陰性ではない固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。他の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、ｐ５３陰性ではない固形腫瘍を生じやすいか、もしくは影響されやすいヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、ｐ５３陰性ではない固形腫瘍を発生する危険性があるヒトである。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、部分的な機能喪失型変異を伴うｐ５３を発現している固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。他の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、部分的な機能喪失型変異を伴うｐ５３を発現している固形腫瘍を生じやすいか、もしくは影響されやすいヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、部分的な機能喪失型変異を伴うｐ５３を発現している固形腫瘍を発生する危険性があるヒトである。本明細書において使用する場合、「部分的なｐ５３機能喪失型」変異は、変異ｐ５３が、正常なｐ５３のあるレベルの機能を示すが、より少ないまたはより遅い程度までであることを意味する。例えば、ｐ５３機能の部分的な喪失は、細胞が細胞分裂においてより少ないまたはより遅い程度まで抑止されることを意味することができる。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、コピー喪失変異および不活性化変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。他の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、コピー喪失変異および不活性化変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を生じやすいか、もしくは影響されやすいヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、コピー喪失変異および不活性化変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を発生する危険性があるヒトである。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、コピー喪失変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。他の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、コピー喪失変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を生じやすいか、もしくは影響されやすいヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、コピー喪失変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を発生する危険性があるヒトである。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、１つもしくは複数のサイレント変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。他の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、１つもしくは複数のサイレント変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を生じやすいか、もしくは影響されやすいヒトである。一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、１つもしくは複数のサイレント変異を有するｐ５３を発現している固形腫瘍を発生する危険性があるヒトである。サイレント変異は、本明細書において使用する場合、コードされたｐ５３アミノ酸配列における変化をもたらさない変異である。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、ドミナントｐ５３不活性化変異を欠いていると決定された固形腫瘍を有するか、もしくは有すると診断されているヒトである。ドミナントｐ５３不活性化変異またはドミナントネガティブ変異は、本明細書において使用する場合、変異ｐ５３が、野生型ｐ５３遺伝子の活性を阻害または妨げる変異である。
表１ａおよび１ｂは、図１に示す野生型ヒトＴＰ５３腫瘍タンパク質ｐ５３の配列を指す。アミノ酸の変化は、野生型ｐ５３配列における置換されているアミノ酸、それに続いて置換されているアミノ酸の位置、それに続いて置換のために使用されるアミノ酸として報告される。例えば、Ｌ３４４Ｐは、野生型配列における３４４位におけるリシン（Ｋ）が、プロリン（Ｐ）で置き換えられていることを示す。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、難治性の患者である。特定の実施形態では、難治性の患者は、標準的な治療（例えば、手術、放射線、抗アンドロゲン治療および／または薬物療法、例えば、化学療法）に対して難治性である患者である。ある特定の実施形態では、固形腫瘍を有する患者は、固形腫瘍が有意に根絶されておらず、かつ／または１つもしくは複数の症状が有意に緩和されていないとき、治療に対して難治性である。患者が難治性かどうかの決定は、固形腫瘍の処置の有効性をアッセイするための当技術分野において公知の任意の方法によってｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏで行うことができる。様々な実施形態では、固形腫瘍を有する患者は、固形腫瘍と関連する１つもしくは複数の腫瘍が減少していないか、または増加しているとき、難治性である。様々な実施形態では、固形腫瘍を有する患者は、１つもしくは複数の腫瘍が転移し、かつ／または別の器官に広がるとき、難治性である。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、本開示のペプチド模倣大環状分子による処置以外の治療に対して難治性であることが証明されてきたヒトであるが、もはやこれらの治療を受けていない。ある特定の実施形態では、本明細書において提供される方法によって固形腫瘍について処置される被験体は、１つもしくは複数の通常の抗がん療法、例えば、手術、薬物療法、例えば、化学療法、抗アンドロゲン治療または放射線を既に受けているヒトである。これらの患者の中には、難治性の患者、通常の治療には若すぎる患者、および既存の治療による処置にも関わらず再発性の腫瘍を有する患者がある。
一部の実施形態では、被験体は、固形腫瘍の少なくとも１つの不成功である従前の処置および／または治療を受けているヒトである。
野生型ｐ５３および／またはｐ５３変異を検出する方法
被験体からの腫瘍試料は、ｐ５３不活性化変異の欠如および／または野生型ｐ５３の発現を決定するために、アッセイにかけることができる。
組織におけるｐ５３野生型遺伝子および／またはｐ５３不活性化変異の欠如を検出するために、組織を周囲の正常組織から自由に単離することが助けになり得る。腫瘍細胞についての組織調製物を濃縮するための手段は、当技術分野において公知である。例えば、組織は、パラフィンまたはクリオスタットセクションから単離することができる。がん細胞はまた、フローサイトメトリーによって、正常細胞から分離することができる。正常細胞から腫瘍を分離するためのこれらおよび他の技術は、当技術分野で周知である。腫瘍組織に正常細胞が高度に混入されている場合、変異の検出はより困難であり得る。
点変異の検出は、当技術分野で周知の技術を使用して、腫瘍組織中に存在するｐ５３対立遺伝子（複数可）を分子クローニングし、その対立遺伝子（複数可）を配列決定することによって達成することができる。代わりに、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して、腫瘍組織からのゲノムＤＮＡ調製物から直接、ｐ５３遺伝子配列を増幅させることができる。次いで、増幅された配列のＤＮＡ配列を決定することができる。ポリメラーゼ連鎖反応自体は、当技術分野で周知である。例えば、Saikiら、Science、第２３９巻、４８７頁、１９８８年；米国特許第４，６８３，２０２号；および米国特許第４，６８３，１９５号を参照されたい。
ｐ５３遺伝子の特定の欠失はまた検出することができる。例えば、ｐ５３遺伝子または周囲のマーカー遺伝子のための制限断片長多型（ＲＦＬＰ）プローブを使用して、ｐ５３対立遺伝子の喪失をスコア化することができる。当技術分野において公知のような欠失を検出するための他の技術を使用することができる。
野生型ｐ５３遺伝子の喪失はまた、ｐ５３遺伝子の野生型発現産物の喪失に基づいて検出することができる。このような発現産物は、ｍＲＮＡおよびｐ５３タンパク質産物自体の両方を含む。点変異は、ｍＲＮＡを直接配列決定することによるか、またはｍＲＮＡから作製したｃＤＮＡの分子クローニングによって検出することができる。クローン化されたｃＤＮＡの配列は、当技術分野で周知であるＤＮＡ配列決定法を使用して決定することができる。ｃＤＮＡはまた、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって配列決定することができる。
代わりに、ミスマッチ検出を使用して、ｐ５３遺伝子またはそのｍＲＮＡ産物における点変異を検出することができる。方法は、ヒト野生型ｐ５３遺伝子と相補的な標識されたリボプローブの使用が関与することができる。リボプローブ、および腫瘍組織から単離したｍＲＮＡまたはＤＮＡを一緒にアニール（ハイブリダイズ）し、それに続いて二本鎖ＲＮＡ構造におけるいくつかのミスマッチを検出することができる酵素ＲＮアーゼＡで消化する。ミスマッチがＲＮアーゼＡによって検出される場合、ＲＮアーゼＡはミスマッチの部位において切断する。このように、アニールされたＲＮＡ調製物が電気泳動ゲルマトリックス上で分離するとき、ミスマッチがＲＮアーゼＡによって検出および切断されている場合、リボプローブのための完全長二本鎖ＲＮＡ、およびｐ５３ｍＲＮＡまたはＤＮＡより小さなＲＮＡ産物が見られる。リボプローブは、完全長のｐ５３ｍＲＮＡまたは遺伝子である必要はなく、いずれかのセグメントでよい。リボプローブがｐ５３ｍＲＮＡまたは遺伝子のセグメントのみを含む場合、いくつかのこれらのプローブを使用して、ミスマッチについての全ｍＲＮＡ配列をスクリーニングすることが望ましい。
同様の様式で、ＤＮＡプローブを使用して、酵素的または化学的切断によってミスマッチを検出することができる。例えば、Cottonら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、第８５巻、４３９７頁、１９８８年；およびShenkら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、第７２巻、９８９頁、１９７５年を参照されたい。代わりに、ミスマッチは、マッチした二本鎖に対するミスマッチの二本鎖の電気泳動移動度のシフトによって検出することができる。例えば、Cariello、Human Genetics、第４２巻、７２６頁、１９８８年を参照されたい。リボプローブまたはＤＮＡプローブによって、変異を含有し得る細胞のｍＲＮＡまたはＤＮＡは、ハイブリダイゼーションの前にＰＣＲ（下記を参照されたい）を使用して増幅させることができる。
ポリメラーゼ連鎖反応の使用によって増幅されてきた腫瘍組織からのｐ５３遺伝子のＤＮＡ配列はまた、対立遺伝子特異的プローブを使用してスクリーニングすることができる。これらのプローブは、核酸オリゴマーであり、これらのそれぞれは、公知の変異を持つｐ５３遺伝子配列の領域を含有する。例えば、１つのオリゴマーは、ｐ５３遺伝子配列のポーションに対応する長さが約３０のヌクレオチドでよい。ｐ５３遺伝子の第１７５のコドンをコードする位置において、オリゴマーは、野生型コドンバリンよりむしろアラニンをコードする。このような対立遺伝子特異的プローブのバッテリーを使用することによって、ＰＣＲ増幅産物をスクリーニングして、ｐ５３遺伝子における従前に同定された変異の存在を同定することができる。増幅されたｐ５３配列を有する対立遺伝子特異的プローブのハイブリダイゼーションは、例えば、ナイロンフィルター上で行うことができる。特定のプローブへのハイブリダイゼーションは、対立遺伝子特異的プローブにおけるように、腫瘍組織における同じ変異の存在を示す。
腫瘍細胞におけるｐ５３遺伝子の構造変化の同定は、高解像度ハイスループットマイクロアレイプラットフォームの多様な系列の開発および適用によって促進されてきた。本質的に２タイプのアレイが存在する。クローン化された核酸（例えば、ｃＤＮＡ、ＢＡＣ、コスミド）からのＰＣＲ産物を担持するもの、およびオリゴヌクレオチドを使用するものである。それぞれは利点および不都合を有するが、ゲノムワイドＤＮＡコピー数異常および発現レベルを調査して、同じ試料において過剰発現および過小発現している遺伝子を有する腫瘍細胞における喪失、獲得および増幅の間の相関関係を得ることが今や可能である。腫瘍におけるｍＲＮＡレベルの推定を実現する遺伝子発現アレイは、遺伝子発現レベル、選択的スプライシング事象およびｍＲＮＡプロセシング変化の両方を同定することができるエクソン特異的アレイを生じさせてきた。オリゴヌクレオチドアレイはまた、連結および会合研究のためにゲノムに亘って一塩基多型（ＳＮＰ）を調べるために使用されており、これらを適応し、コピー数異常およびヘテロ接合性喪失事象が定量化されてきた。最終的に、ＤＮＡシークエンシングアレイは、染色体領域および全ゲノムの再配列決定を可能とする。
ＳＮＰをベースとするアレイまたは他の遺伝子アレイもしくはチップはまた、野生型ｐ５３対立遺伝子の存在、および変異の構造を決定することが意図される。ＤＮＡにおける単一の部位でのバリエーションである一塩基多型（ＳＮＰ）は、ゲノムにおける最も高頻度タイプのバリエーションである。例えば、ヒトゲノムにおいて推定で５〜１０００万のＳＮＰが存在する。ＳＮＰは進化を通しておよび集団内で高度に保存されているため、ＳＮＰのマップは、リサーチのための優れた遺伝子型マーカーとしての役割を果たす。ＳＮＰアレイは、全ゲノムを研究する有用なツールである。
さらに、ＳＮＰアレイを使用して、ヘテロ接合性喪失（ＬＯＨ）を研究することができる。ＬＯＨは、対立遺伝子の完全な喪失から、または他の対立遺伝子に対する１つの対立遺伝子のコピー数の増加からもたらし得るアレル不均衡の一形態である。他のチップをベースとする方法の一方で（例えば、比較ゲノムハイブリダイゼーションは、ゲノムの獲得または欠失のみを検出することができる）、ＳＮＰアレイは、片親性ダイソミー（ＵＰＤ）によるコピー数中立的なＬＯＨを検出するさらなる利点を有する。ＵＰＤにおいて、片方の親からの１つの対立遺伝子または全染色体が欠損しており、他の親の対立遺伝子（片親性＝片親から、二染色体＝複製された）の二重化に至る。疾患の状況において、野生型対立遺伝子（例えば、母親から）が欠損しており、代わりに２コピーのヘテロ接合対立遺伝子（例えば、父親から）が存在するとき、これが起こることは病的であり得る。ＳＮＰアレイのこの利用はがん診断学において莫大な可能性を有する。ＬＯＨは、大部分のヒトがんの顕著な特徴であるためである。ＳＮＰアレイ技術に基づいた最近の研究は、固形腫瘍（例えば、胃がん、肝臓がんなど）だけでなく、血液悪性腫瘍（ＡＬＬ、ＭＤＳ、ＣＭＬなど）も、ゲノムの欠失またはＵＰＤおよびゲノムの獲得によって高率のＬＯＨを有することが示されてきた。本開示において、ＬＯＨを検出する高密度ＳＮＰアレイを使用することによって、野生型ｐ５３対立遺伝子の存在を決定するアレル不均衡のパターンの同定を可能とする（Lipsら、２００５年；Laiら、２００７年）。
現在のｐ５３遺伝子配列および一塩基多型アレイについての例は、ｐ５３遺伝子チップ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ、ＣＡ）、Ｒｏｃｈｅ ｐ５３Ａｍｐｌｉ−チップ（Ｒｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｐｌｅａｓａｎｔｏｎ、ＣＡ）、ＧｅｎｅＣｈｉｐマッピングアレイ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ、ＣＡ）、ＳＮＰアレイ６．０（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ、ＣＡ）、ＢｅａｄＡｒｒａｙｓ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）などを含む。
野生型ｐ５３遺伝子の変異はまた、ｐ５３遺伝子の野生型発現産物の変異に基づいて検出することができる。このような発現産物は、ｍＲＮＡおよびｐ５３タンパク質産物自体の両方を含む。点変異は、ｍＲＮＡを直接配列決定することによって、またはｍＲＮＡから作製したｃＤＮＡの分子クローニングによって検出することができる。クローン化されたｃＤＮＡの配列は、当技術分野で周知であるＤＮＡ配列決定法を使用して決定することができる。ｃＤＮＡはまた、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって配列決定することができる。モノクローナル抗体のパネルを使用することができたが、ここではｐ５３機能に関与しているエピトープのそれぞれは、モノクローナル抗体によって表される。パネルにおけるモノクローナル抗体の結合の喪失または乱れは、ｐ５３タンパク質、したがって、ｐ５３遺伝子自体の変異的な変化を示す。変異ｐ５３遺伝子または遺伝子産物はまた、体の試料、例えば、血清、糞便、または他の体液、例えば、尿および痰において検出することができる。組織中の変異ｐ５３遺伝子または遺伝子産物の検出について上記で考察した同じ技術を、他の体の試料に適用することができる。２．ｐ５３タンパク質レベルのアセスメント
野生型ｐ５３遺伝子の喪失はまた、野生型ｐ５３タンパク質機能の喪失についてスクリーニングすることによって検出することができる。ｐ５３タンパク質が疑いなく有する機能のすべてはまだ解明されていないが、少なくとも２つの特定の機能が公知である。タンパク質ｐ５３は、ＳＶ４０ラージＴ抗原およびアデノウイルスＥ１Ｂ抗原に結合する。これらの抗原のいずれかまたは両方に結合するｐ５３タンパク質の能力の喪失は、タンパク質における変異的な変化を示し、これは遺伝子自体の変異的な変化を反映する。代わりに、モノクローナル抗体のパネルを使用することができたが、ここでは、ｐ５３機能に関与しているエピトープのそれぞれはモノクローナル抗体によって表される。パネルにおけるモノクローナル抗体の結合の喪失または乱れは、ｐ５３タンパク質の、したがってｐ５３遺伝子自体の変異的な変化を示す。変化したｐ５３タンパク質を検出するための任意の手段を使用して、野生型ｐ５３遺伝子の喪失を検出することができる。
変異ｐ５３遺伝子または遺伝子産物はまた、体の試料、例えば、血清、糞便、または他の体液、例えば、尿および痰中で検出することができる。組織における変異ｐ５３遺伝子または遺伝子産物の検出のために上記で考察した同じ技術を、他の体の試料に適用することができる。
固形腫瘍を有する被験体におけるｐ５３不活性化変異の欠如および／または野生型ｐ５３の発現の決定は、ペプチド模倣大環状分子の投与の前、間または後の任意の時に行うことができる。一部の実施形態では、ｐ５３不活性化変異の欠如および／または野生型ｐ５３の発現の決定は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の最初の投与の前に、例えば、被験体へのペプチド模倣大環状分子の最初の投与の前の、約５年〜１カ月、４年〜１カ月、３年〜１カ月、２年〜１カ月、１年〜１カ月、５年〜１週間、４年〜１週間、３年〜１カ月、２年〜１週間、１年〜１週間、５年〜１日、４年〜１日、３年〜１日、２年〜１日、１年〜１日、１５カ月〜１カ月、１５カ月〜１週間、１５カ月〜１日、１２カ月〜１カ月、１２カ月〜１週間、１２カ月〜１日、６カ月〜１カ月、６カ月〜１週間、６カ月〜１日、３カ月〜１カ月、３カ月〜１週間、または３カ月〜１日に行われる。いくつかの例では、ｐ５３不活性化変異の欠如および／または野生型ｐ５３の発現の確認は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の最初の投与の前の、６年まで、５年まで、４年まで、３年まで、２４カ月まで、２３カ月まで、２２カ月まで、２１カ月まで、２０カ月まで、１９カ月まで、１８カ月まで、１７カ月まで、１６カ月まで、１５カ月まで、１４カ月まで、１３カ月まで、１２カ月まで、１１カ月まで、１０カ月まで、９カ月まで、８カ月まで、７カ月まで、６カ月まで、５カ月まで、４カ月まで、３カ月まで、２カ月まで、１カ月まで、４週間（２８日）まで、３週間（２１日）まで、２週間（１４日）まで、１週間（７日）まで、６日まで、５日まで、４日まで、３日まで、２日または１日までに行われる。いくつかの例では、ｐ５３不活性化変異の欠如の確認は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の最初の投与の１カ月以内に行われる。いくつかの例では、ｐ５３不活性化変異の欠如の確認は、被験体へのペプチド模倣大環状分子の最初の投与の２１日以内に行われる。
固形腫瘍
本方法によって処置することができる固形腫瘍には、リンパがん以外の腫瘍および／または転移（どこに位置していようとも）、例えば、脳および他の中枢神経系腫瘍（これらに限定されないが、髄膜、脳、脊髄、脳神経および中枢神経系の他の部分の腫瘍、例えば、神経膠芽腫または髄芽細胞腫を含めた）；頭部および／または頸部がん；乳房腫瘍；循環器系腫瘍（これらに限定されないが、心臓、縦隔および胸膜、ならびに他の胸腔内器官、血管腫瘍および腫瘍が関連する血管組織を含めた）；排出系腫瘍（これらに限定されないが、腎臓、腎盂、尿管、膀胱、その他および不特定の泌尿器の腫瘍を含めた）；胃腸管腫瘍（これらに限定されないが、食道、胃、小腸、結腸、結腸直腸、直腸Ｓ状結腸移行部、直腸、肛門および肛門管の腫瘍；肝臓および肝内胆管、胆嚢、胆管のその他および不特定の部分、膵臓、その他ならびに消化器が関与する腫瘍を含めた）；口腔腫瘍（これらに限定されないが、唇、舌、歯ぐき、口腔底、口蓋、および口の他の部分、耳下腺、および唾液腺の他の部分、扁桃、中咽頭、上咽頭、梨状洞、下咽頭、および唇における他の部位、口腔および咽頭の腫瘍を含めた）；生殖器系腫瘍（これらに限定されないが、外陰部、膣、子宮頸部、子宮体、子宮、卵巣、および女性生殖器官と関係する他の部位、胎盤、陰茎、前立腺、精巣、および男性生殖器官と関係する他の部位の腫瘍を含めた）；気道腫瘍（これらに限定されないが、鼻腔および中耳、副洞、喉頭、気管、気管支および肺の腫瘍、例えば、小細胞肺がんまたは非小細胞肺がんを含めた）；骨格系腫瘍（これらに限定されないが、四肢の骨および関節軟骨、骨の関節軟骨および他の部位の腫瘍を含めた）；皮膚腫瘍（これらに限定されないが、皮膚の悪性黒色腫、非黒色腫皮膚がん、皮膚の基底細胞癌、皮膚の扁平上皮細胞癌、中皮腫、カポジ肉腫を含めた）；ならびに末梢神経および自律神経系、結合組織および軟部組織、後腹膜および腹膜、目および付属器、甲状腺、副腎および他の内分泌腺および関連する構造を含めた他の組織が関与する腫瘍、リンパ節の続発性および不特定の悪性新生物、呼吸器系および消化器系の続発性悪性新生物、ならびに他の部位の続発性悪性新生物が含まれる。
いくつかの例では、本開示の方法によって処置される固形腫瘍は、膵臓がん、膀胱がん、結腸がん、肝臓がん、結腸直腸がん（結腸がんもしくは直腸がん）、乳がん、前立腺がん、腎臓がん、肝細胞がん、肺がん、卵巣がん、子宮頸がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、黒色腫、神経内分泌がん、ＣＮＳがん、脳腫瘍、骨がん、皮膚がん、眼の腫瘍、絨毛癌（胎盤の腫瘍）、肉腫または軟部組織がんである。
いくつかの例では、本開示の方法によって処置される固形腫瘍は、膀胱がん、骨がん、乳がん、子宮頸がん、ＣＮＳがん、結腸がん、眼の腫瘍、腎臓がん、肝臓がん、肺がん、膵臓がん、絨毛癌（胎盤の腫瘍）、前立腺がん、肉腫、皮膚がん、軟部組織がんまたは胃がんから選択される。
いくつかの例では、本開示の方法によって処置される固形腫瘍は、乳がんである。本方法によって処置することができる乳がんの非限定的例には、上皮内腺管癌（ＤＣＩＳまたは腺管内癌）、上皮内小葉癌（ＬＣＩＳ）、浸潤性（または浸潤する）腺管癌、浸潤性（または浸潤する）小葉癌、炎症性乳がん、トリプルネガティブ乳がん、乳頭のパジェット病、葉状腫瘍（葉状の腫瘍（phylloides tumor）または葉状嚢胞肉腫）、血管肉腫、アデノイド嚢胞（または腺様嚢胞）癌、低悪性度腺扁平上皮癌、髄様癌、乳頭状癌、管状癌、化生性癌、微小乳頭状癌、および混合癌腫が含まれる。
いくつかの例では、本開示の方法によって処置される固形腫瘍は、骨がんである。本方法によって処置することができる骨がんの非限定的例には、骨肉腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫ファミリー腫瘍（ＥＳＦＴ）が含まれる。
いくつかの例では、本開示の方法によって処置される固形腫瘍は、皮膚がんである。本方法によって処置することができる皮膚がんの非限定的例には、黒色腫、基底細胞皮膚がん、および扁平上皮細胞皮膚がんが含まれる。
いくつかの例では、本開示の方法によって処置される固形腫瘍は、眼の腫瘍である。本開示の方法によって処置することができる眼の腫瘍の非限定的例は、脈絡膜母斑、脈絡膜黒色腫、脈絡膜転移、脈絡膜血管腫、脈絡膜骨腫、虹彩黒色腫、ブドウ膜黒色腫、眼内リンパ腫、黒色細胞腫、転移 網膜毛細血管腫（metastasis retinal capillary hemangiomas）、ＲＰＥの先天性肥大、ＲＰＥ腺腫または網膜芽細胞腫である眼の腫瘍を含む。
一部の実施形態では、本明細書において開示されている方法によって処置される固形腫瘍は、ＨＰＶ（ヒトパピローマウイルス）と関連することが公知であるがんを除外する。除外された群は、ＨＰＶ陽性子宮頸がん、ＨＰＶ陽性肛門がん、およびＨＰＶ頭頸部がん、例えば、中咽頭がんを含む。
本明細書において開示する方法によるがん処置の有効性および／または応答は、当技術分野において公知の任意の方法によって決定することができる。応答は、完全応答でよく、これは処置に対する客観的な応答、臨床応答、または病理学的応答でよい。例えば、応答は、参照により本明細書にその全体が組み込まれているThereseら、New Guidelines to Evaluate theResponse to Treatment in Solid Tumors、J. of theNational Cancer Institute、９２巻（３号）：２０５〜２０７頁（２０００年）に記載されているように、固形腫瘍の処置に対する応答を評価するための技術に基づいて決定することができる。応答は、生存の期間（もしくはこのような期間の可能性）または無進行間隔でよい。このような事象のタイミングまたは期間は、診断の時から、または処置が開始される時から、または処置が終了する時（例えば、ペプチド模倣大環状分子の最後の投与）から決定することができる。代わりに、応答は、腫瘍サイズ、腫瘍体積、もしくは腫瘍代謝の低減に基づき、または全体的な腫瘍量に基づき、または特に、病態において上昇している場合は、血清マーカーのレベルに基づくことができる。
個々の患者における応答は、これらの用語が当技術分野で理解されているように、完全応答、部分応答、安定的な疾患、および進行性疾患として特徴付けることができる。一部の実施形態では、応答は、完全応答（ＣＲ）である。いくつかの例では、完全応答は、すべての標的病変の消失として定義することができ、すなわち、病的なリンパ節（標的または非標的）は、＜１０ｍｍへの短軸における低減を有しなければならない。ある特定の実施形態では、応答は、部分応答（ＰＲ）である。部分応答は、ベースライン合計直径を参照として、標的病変の直径の合計における少なくとも３０％の減少を意味すると定義することができる。一部の実施形態では、応答は、進行性疾患（ＰＤ）である。進行性疾患は、研究の結果の最も小さな合計を参照として（これは、ベースラインが最も小さい場合、ベースライン合計を含む）、標的病変の直径の合計における少なくとも２０％の増加、および標的病変の直径の合計における少なくとも５ｍｍの絶対的増加として定義することができる。１つもしくは複数の新規な病変の出現はまた、進行と考えることができる。一部の実施形態では、疾患は、安定的な疾患（ＳＤ）でよい。安定的な疾患は、研究中の最も小さな合計直径を参照として、ＰＲに適格である十分な縮小でもなく、ＰＤに適格である十分な増加でもないことによって特徴付けることができる。ある特定の実施形態では、応答は、病理学的な完全応答である。病理学的な完全応答は、例えば、手術または生検の時に除去した組織の検査に続いて病理学者が決定するように、一般に手術標本における浸潤性腫瘍細胞の組織学的エビデンスが存在しないことを指す。
併用処置
本明細書においてまた提供するのは、ｐ５３不活性化変異を欠いており、かつ／または野生型ｐ５３を発現していることが決定された固形腫瘍を有する被験体への、１つもしくは複数のさらなる治療と組み合わせた、本明細書において開示されているペプチド模倣大環状分子の投与が関与する、固形腫瘍の処置のための併用療法である。特定の実施形態では、本明細書において提示されるのは、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定された固形腫瘍および／または野生型ｐ５３を発現している固形腫瘍を有する被験体への、有効量の別の治療と組み合わせた有効量のペプチド模倣大環状分子の投与が関与する固形腫瘍の処置のための併用療法である。
本明細書において使用する場合、用語「組み合わせた」は、ペプチド模倣大環状分子の投与との関連で、固形腫瘍を処置することにおいて使用するための１つもしくは複数のさらなる治療（例えば、薬剤、手術、または放射線）の投与の前の、併行的な、または後の、ペプチド模倣大環状分子の投与を指す。用語「組み合わせた」の使用は、ペプチド模倣大環状分子および１つもしくは複数のさらなる治療が被験体に投与される順序を制限しない。特定の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子の投与、および１つもしくは複数のさらなる治療の投与の間の時間的間隔は、約１〜５分、１〜３０分、３０分〜６０分、１時間、１〜２時間、２〜６時間、２〜１２時間、１２〜２４時間、１〜２日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１５週間、２０週間、２６週間、５２週間、１１〜１５週間、１５〜２０週間、２０〜３０週間、３０〜４０週間、４０〜５０週間、１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、１年、２年、またはその間の任意の期間でよい。ある特定の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子および１つもしくは複数のさらなる治療を、１日未満、１週間未満、２週間未満、３週間未満、４週間未満、１カ月未満、２カ月未満、３カ月未満、６カ月未満、１年未満、２年未満、または５年未満、離して投与する。
一部の実施形態では、本明細書において提供される併用療法は、ペプチド模倣大環状分子を週１〜２回、毎週１回、２週間毎に１回、３週間毎に１回、４週間毎に１回、５週間毎に１回、６週間毎に１回、７週間毎に１回または８週間毎に１回を投与し、かつ１つもしくは複数のさらなる治療を週１回、２週間毎に１回、３週間毎に１回、４週間毎に１回、１カ月毎に１回、２カ月（例えば、概ね８週間）毎に１回、３カ月（例えば、概ね１２週間）毎に１回、または４カ月（例えば、概ね１６週間）毎に１回投与することが関与する。ある特定の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子および１つもしくは複数のさらなる治療は、被験体に周期的に投与される。周期的治療は、ペプチド模倣大環状分子化合物のある期間の投与、それに続く１つもしくは複数のさらなる治療のある期間の投与、およびこの逐次投与を繰り返すことが関与する。ある特定の実施形態では、周期的治療はまた、休止の期間を含むことができ、ペプチド模倣大環状分子またはさらなる治療は、ある期間（例えば、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、１０週間、２０週間、１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、２年、または３年）投与しない。一実施形態では、投与されるサイクルの数は、１〜１２サイクル、２〜１０サイクル、または２〜８サイクルである。
一部の実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍を処置する方法は、さらなる治療と組み合わせたペプチド模倣大環状分子を投与する前に、単一の薬剤としてペプチド模倣大環状分子をある期間投与するステップを含む。ある特定の実施形態では、本明細書において提供されるがんを処置する方法は、さらなる治療と組み合わせたペプチド模倣大環状分子を投与する前に、さらなる治療単独をある期間投与するステップを含む。
一部の実施形態では、本明細書において提示される方法によるペプチド模倣大環状分子および１つもしくは複数のさらなる治療を投与することは、ペプチド模倣大環状分子または前記１つもしくは複数のさらなる治療単独の投与に対して相加効果を有する。一部の実施形態では、本明細書において提示される方法によるペプチド模倣大環状分子および１つもしくは複数のさらなる治療を投与することは、ペプチド模倣大環状分子または前記１つもしくは複数のさらなる治療単独の投与に対して相乗効果を有する。
本明細書において使用する場合、用語「相乗的」は、１つもしくは複数のさらなる治療（例えば、薬剤）と組み合わせたペプチド模倣大環状分子の投与の効果を指し、この組合せは、任意の２つまたはそれ超の単一の治療（例えば、薬剤）の相加効果より有効である。特定の実施形態では、併用療法の相乗効果は、より低い投与量（例えば、最適以下の用量）のペプチド模倣大環状分子もしくはさらなる治療の使用、および／または被験体へのペプチド模倣大環状分子もしくはさらなる治療のより頻繁でない投与を可能とする。ある特定の実施形態では、より低い投与量のペプチド模倣大環状分子もしくはさらなる治療を利用し、かつ／またはペプチド模倣大環状分子もしくは前記さらなる治療をより頻繁でなく投与する能力は、固形腫瘍の処置において、それぞれ、ペプチド模倣大環状分子もしくは前記さらなる治療の有効性を低減させることなく、被験体への、それぞれ、ペプチド模倣大環状分子もしくは前記さらなる治療の投与と関連する毒性を低減させる。一部の実施形態では、相乗効果は、がんを処置することにおいて、ペプチド模倣大環状分子および前記さらなる治療のそれぞれの改善された有効性をもたらす。一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子および１つもしくは複数のさらなる治療の組合せの相乗効果は、任意の単一の治療の使用に関連する有害なまたは望まれない副作用を回避または低減させる。
ペプチド模倣大環状分子および１つもしくは複数のさらなる治療の組合せは、同じ医薬組成物中で被験体に投与することができる。代わりに、ペプチド模倣大環状分子および１つもしくは複数のさらなる治療は、別々の医薬組成物において被験体に併行的に投与することができる。ペプチド模倣大環状分子および１つもしくは複数のさらなる治療は、別々の医薬組成物において被験体に逐次的に投与することができる。ペプチド模倣大環状分子化合物および１つもしくは複数のさらなる治療はまた、同じまたは異なる投与経路によって被験体に投与することができる。
本明細書において提供される併用療法は、それを必要とする被験体に、がんを処置するための通常または公知の治療と組み合わせて、ペプチド模倣大環状分子を投与することが関与する。がんまたはそれと関連する状態についての他の治療は、１つもしくは複数の症状を制御または軽減することを目標にする。したがって、一部の実施形態では、本明細書において提供される併用療法は、それを必要とする被験体に、鎮痛剤、またはそれと関連する１つもしくは複数の症状もしくはそれと関連する状態を緩和もしくは制御することを目的とした他の治療を投与することが関与する。
ペプチド模倣大環状分子と組み合わせて使用することができる抗がん剤の非限定的具体例には、ホルモン剤（例えば、アロマターゼ阻害剤、選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）、およびエストロゲン受容体アンタゴニスト）、化学療法剤（例えば、微小管分解ブロッカー、代謝拮抗物質、トポイソメラーゼ阻害剤、およびＤＮＡ架橋剤またはＤＮＡ損傷剤）、血管形成阻害剤（anti-antigenic agent）（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト、受容体アンタゴニスト、インテグリンアンタゴニスト、血管標的薬剤（ＶＴＡ）／血管破壊剤（ＶＤＡ））、放射線療法、ならびに通常の手術が含まれる。
ペプチド模倣大環状分子と組み合わせて使用することができるホルモン剤の非限定的例には、アロマターゼ阻害剤、ＳＥＲＭ、およびエストロゲン受容体アンタゴニストが含まれる。アロマターゼ阻害剤であるホルモン剤は、ステロイド系または非ステロイド系でよい。非ステロイド系ホルモン剤の非限定的例には、レトロゾール、アナストロゾール、アミノグルテチミド、ファドロゾール、およびボロゾールが含まれる。ステロイド系ホルモン剤の非限定的例には、ａｒｏｍａｓｉｎ（エキセメスタン）、ホルメスタン、およびテストラクトンが含まれる。ＳＥＲＭであるホルモン剤の非限定的例には、タモキシフェン（Ｎｏｌｖａｄｅｘ（登録商標）として商標化／市販されている）、アフィモキシフェン、アルゾキシフェン、バゼドキシフェン、クロミフェン、ｆｅｍａｒｅｌｌｅ、ラソフォキシフェン、オルメロキシフェン、ラロキシフェン、およびトレミフェンが含まれる。エストロゲン受容体アンタゴニストであるホルモン剤の非限定的例には、フルベストラントが含まれる。他のホルモン剤には、これらに限定されないが、アビラテロンおよびロナプリサンが含まれる。
ペプチド模倣大環状分子と組み合わせて使用することができる化学療法剤の非限定的例には、微小管分解ブロッカー、代謝拮抗物質、トポイソメラーゼ阻害剤、およびＤＮＡ架橋剤またはＤＮＡ損傷剤が含まれる。微小管分解ブロッカーである化学療法剤には、これらに限定されないが、タキサン（例えば、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）として商標化／市販されている）、ドセタキセル、アブラキサン、ラロタキセル、オルタタキセル、およびテセタキセル）；エポチロン（例えば、イキサベピロン）；およびビンカアルカロイド（例えば、ビノレルビン、ビンブラスチン、ビンデシン、およびビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標）として商標化／市販されている））が含まれる。
代謝拮抗物質である化学療法剤には、これらに限定されないが、葉酸代謝拮抗物質（folateanitmetabolites）（例えば、メソトレキセート、アミノプテリン、ペメトレキセド、ラルチトレキセド）；プリン代謝拮抗物質（例えば、クラドリビン、クロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ペントスタチン、チオグアニン）；ピリミジン代謝拮抗物質（例えば、５−フルオロウラシル、カペシタビン（capcitabine）、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、シタラビン、デシタビン、フロクスウリジン、テガフル）；ならびにデオキシリボヌクレオチド代謝拮抗物質（例えば、ヒドロキシ尿素）が含まれる。
トポイソメラーゼ阻害剤である化学療法剤には、これらに限定されないが、Ｉ型（ｃａｍｐｔｏｔｈｅｃａ）トポイソメラーゼ阻害剤（例えば、トポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標）として商標化／市販されている）イリノテカン、ルビテカン、およびベロテカン）；ＩＩ型（ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｕｍ）トポイソメラーゼ阻害剤（例えば、エトポシドまたはＶＰ−１６、およびテニポシド）；アントラサイクリン（例えば、ドキソルビシン、エピルビシン、Ｄｏｘｉｌ、アクラルビシン、アムルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、ピラルビシン、バルルビシン、およびゾルビシン）；ならびにアントラセンジオン（例えば、ミトキサントロン、およびピキサントロン）が含まれる。
ＤＮＡ架橋剤（またはＤＮＡ損傷剤）である化学療法剤には、これらに限定されないが、アルキル化剤（例えば、シクロホスファミド、メクロレタミン、イホスファミド（ＩＦＥＸ（登録商標）として商標化／市販されている）、トロホスファミド、クロランブシル、メルファラン、プレドニムスチン、ベンダムスチン、ウラムスチン、エストラムスチン、カルムスチン（ＢｉＣＮＵ（登録商標）として商標化／市販されている）、ロムスチン、セムスチン、ホテムスチン、ニムスチン、ラニムスチン、ストレプトゾシン、ブスルファン、マンノスルファン、トレオスルファン、カルボコン、Ｎ，Ｎ’Ｎ’−トリエチレンチオホスホルアミド、トリアジクォン、トリエチレンメラミン）；アルキル化様剤（例えば、カルボプラチン（ＰＡＲＡＰＬＡＴＩＮ（登録商標）として商標化／市販されている）、シスプラチン、オキサリプラチン、ネダプラチン、四硝酸トリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチン）；非古典的ＤＮＡ架橋剤（例えば、プロカルバジン、ダカルバジン、テモゾロミド（ＴＥＭＯＤＡＲ（登録商標）として商標化／市販されている）、アルトレタミン、ミトブロニトール）；ならびに挿入剤（例えば、アクチノマイシン、ブレオマイシン、マイトマイシン、およびプリカマイシン）が含まれる。
ペプチド模倣大環状分子と組み合わせて被験体に投与することができる他の治療の非限定的例は、（１）スタチン、例えば、ロバスタチン（例えば、ＭＥＶＡＣＯＲ（登録商標）として商標化／市販されている）；（２）ｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ラパマイシンとしてまた公知であるシロリムス（例えば、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標）として商標化／市販されている）、テムシロリムス（例えば、ＴＯＲＩＳＥＬ（登録商標）として商標化／市販されている）、エベロリムス（evorolimus）（例えば、ＡＦＩＮＩＴＯＲ（登録商標）として商標化／市販されている）、およびデフォロリムス；（３）ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、例えば、チピファルニブ；（４）抗線維化剤、例えば、ピルフェニドン；（５）ペグ化インターフェロン、例えば、ＰＥＧ−インターフェロンアルファ−２ｂ；（６）ＣＮＳ刺激物質、例えば、メチルフェニデート（ＲＩＴＡＬＩＮ（登録商標）として商標化／市販されている）；（７）ＨＥＲ−２アンタゴニスト、例えば、抗ＨＥＲ−２抗体（例えば、トラスツズマブ）およびキナーゼ阻害剤（例えば、ラパチニブ）；（８）ＩＧＦ−１アンタゴニスト、例えば、抗ＩＧＦ−１抗体（例えば、ＡＶＥ１６４２およびＩＭＣ−Ａ１１）またはＩＧＦ−１キナーゼ阻害剤；（９）ＥＧＦＲ／ＨＥＲ−１アンタゴニスト、例えば、抗ＥＧＦＲ抗体（例えば、セツキシマブ、パニツムマブ（panitumamab））またはＥＧＦＲキナーゼ阻害剤（例えば、エルロチニブ；ゲフィチニブ）；（１０）ＳＲＣアンタゴニスト、例えば、ボスチニブ；（１１）サイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ）阻害剤、例えば、セリシクリブ；（１２）ヤヌスキナーゼ２阻害剤、例えば、レスタウルチニブ；（１３）プロテアソーム阻害剤、例えば、ボルテゾミブ；（１４）ホスホジエステラーゼ阻害剤、例えば、アナグレリド；（１５）イノシン一リン酸デヒドロゲナーゼ阻害剤、例えば、チアゾフリン；（１６）リポキシゲナーゼ阻害剤、例えば、マソプロコール；（１７）エンドセリンアンタゴニスト；（１８）レチノイド受容体アンタゴニスト、例えば、トレチノインまたはアリトレチノイン；（１９）免疫モジュレーター、例えば、レナリドミド、ポマリドマイド、またはサリドマイド；（２０）キナーゼ（例えば、チロシンキナーゼ）阻害剤、例えば、イマチニブ、ダサチニブ、エルロチニブ、ニロチニブ、ゲフィチニブ、ソラフェニブ、スニチニブ、ラパチニブ、またはＴＧ１００８０１；（２１）非ステロイド性抗炎症剤、例えば、セレコキシブ（ＣＥＬＥＢＲＥＸ（登録商標）として商標化／市販されている）；（２２）ヒト顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、例えば、フィルグラスチム（ＮＥＵＰＯＧＥＮ（登録商標）として商標化／市販されている）；（２３）フォリン酸またはロイコボリンカルシウム；（２４）インテグリンアンタゴニスト、例えば、インテグリンα５β１−アンタゴニスト（例えば、ＪＳＭ６４２７）；（２５）核因子カッパベータ（ＮＦ−κβ）アンタゴニスト、例えば、また抗酸化剤であるＯＴ−５５１、（２６）ヘッジホッグ阻害剤、例えば、ＣＵＲ６１４１４、シクロパミン、ＧＤＣ−０４４９、および抗ヘッジホッグ抗体；（２７）ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害剤、例えば、ＳＡＨＡ（また、ボリノスタット（ＺＯＬＩＮＺＡとして商標化／市販されている）として公知である）、ＰＣＩ−２４７８１、ＳＢ９３９、ＣＨＲ−３９９６、ＣＲＡ−０２４７８１、ＩＴＦ２３５７、ＪＮＪ−２６４８１５８５、またはＰＣＩ−２４７８１；（２８）レチノイド、例えば、イソトレチノイン（例えば、ＡＣＣＵＴＡＮＥ（登録商標）として商標化／市販されている）；（２９）肝細胞成長因子／分散因子（ＨＧＦ／ＳＦ）アンタゴニスト、例えば、ＨＧＦ／ＳＦモノクローナル抗体（例えば、ＡＭＧ１０２）；（３０）合成化学物質、例えば、アンチネオプラストン；（３１）抗糖尿病剤、例えば、ロシグリタゾン（rosaiglitazone）（例えば、ＡＶＡＮＤＩＡ（登録商標）として商標化／市販されている）；（３２）抗マラリア薬および抗アメーバ性薬、例えば、クロロキン（例えば、ＡＲＡＬＥＮ（登録商標）として商標化／市販されている）；（３３）合成ブラジキニン、例えば、ＲＭＰ−７；（３４）血小板由来成長因子受容体阻害剤、例えば、ＳＵ−１０１；（３５）Ｆｌｋ−１／ＫＤＲ／ＶＥＧＦＲ２、ＦＧＦＲ１およびＰＤＧＦＲベータの受容体チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、ＳＵ５４１６およびＳＵ６６６８；（３６）抗炎症剤、例えば、スルファサラジン（例えば、ＡＺＵＬＦＩＤＩＮＥ（登録商標）として商標化／市販されている）；ならびに（３７）ＴＧＦ−ベータアンチセンス治療を含む。
一部の実施形態では、本明細書において開示するペプチド模倣大環状分子は、臨床的に関連性があり得る濃度で、１種もしくは複数の輸送体酵素（例えば、ＯＡＴＰ１Ｂ１、ＯＡＴＰ１Ｂ３、ＢＳＥＰ）を阻害することができる。したがって、本明細書において開示するこのようなペプチド模倣大環状分子は、肝胆道輸送体によって主にクリアランスされる医薬と相互作用することができる。特に、メソトレキセートおよびスタチン（例えば、アトルバスタチン、フルバスタチン、ロバスタチン、ピタバスタチン、プラバスタチン、ロスバスタチンおよびシンバスタチン）は、このようなペプチド模倣大環状分子の投与の４８時間以内、３６時間以内、２４時間以内、または１２時間以内（例えば、２４時間以内）に投与し得ない。このようなペプチド模倣大環状分子の同時の投与によって影響を受けることができる例示的な医薬を、下記に列挙する。様々な実施形態では、表２から選択される医薬の１つもしくは複数は、このようなペプチド模倣大環状分子の投与の４８時間以内、３６時間以内、２４時間以内、または１２時間以内（例えば、２４時間以内）に投与し得ない。
（実施例１）ペプチド模倣大環状分子
ペプチド模倣大環状分子を、既に説明されており、以下に記載されている通りに合成し、精製し、分析した（Schafmeisterら、J. Am. Chem. Soc. １２２巻：５８９１〜５８９２頁（２０００年）；SchafmeisterおよびVerdine、J. Am. Chem. Soc. １２２巻：５８９１頁（２００５年）；Walenskyら、Science ３０５巻：１４６６〜１４７０頁（２００４年）；および米国特許第７，１９２，７１３号）。ペプチド模倣大環状分子は、２つまたはそれを超える天然に存在するアミノ酸を対応する合成アミノ酸で置き換えることによって設計した。置換は、ｉおよびｉ＋４位置、ならびにｉおよびｉ＋７位置で行った。ペプチド合成を、手動または自動化ペプチド合成装置（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、モデル４３３Ａ）のいずれかで、固相条件、ｒｉｎｋ ａｍｉｄｅ ＡＭ樹脂（Ｎｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ）、およびＦｍｏｃ主鎖保護基化学を使用して実施した。天然Ｆｍｏｃ−保護アミノ酸（Ｎｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ）のカップリングのために、１０当量のアミノ酸および１：１：２モル比のカップリング試薬ＨＢＴＵ／ＨＯＢｔ（Ｎｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ）／ＤＩＥＡを用いた。非天然アミノ酸（４当量）を、１：１：２モル比のＨＡＴＵ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）／ＨＯＢｔ／ＤＩＥＡとカップリングさせた。合成ペプチドのＮ末端を、アセチル化し、Ｃ末端をアミド化した。
架橋化合物の精製は、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）（Ｖａｒｉａｎ ＰｒｏＳｔａｒ）によって、逆相Ｃ１８カラム（Ｖａｒｉａｎ）で達成して、純粋な化合物を得た。純粋な生成物の化学的組成を、ＬＣ／ＭＳ質量分析（Ａｇｉｌｅｎｔ １１００ ＨＰＬＣ系と連結させたＭｉｃｒｏｍａｓｓ ＬＣＴ）およびアミノ酸分析（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、モデル４２０Ａ）によって確認した。
以下のプロトコルを、ＳＰ６６２、ＳＰ６６３およびＳＰ６６４を含むジアルキン架橋ペプチド模倣大環状分子の合成において使用した。完全に保護された樹脂結合ペプチドを、ＰＥＧ−ＰＳ樹脂（負荷０．４５ｍｍｏｌ／ｇ）上で０．２ｍｍｏｌのスケールで合成した。一時的Ｆｍｏｃ基の脱保護を、樹脂結合ペプチドを、ＤＭＦ中２０％（ｖ／ｖ）ピペリジンで３×１０分間処理することによって達成した。ＮＭＰ（３×）、ジクロロメタン（３×）およびＮＭＰ（３×）で洗浄した後、連続的な各アミノ酸のカップリングを、予め活性化させた適切なＦｍｏｃ−アミノ酸誘導体と共に１×６０分間インキュベートして達成した。すべての保護アミノ酸（０．４ｍｍｏｌ）を、ＮＭＰに溶解させ、ＨＣＴＵ（０．４ｍｍｏｌ）およびＤＩＥＡ（０．８ｍｍｏｌ）で活性化させた後、カップリング溶液を脱保護した樹脂結合ペプチドに移した。カップリングが完了した後、樹脂を、次の脱保護／カップリングサイクルのための調製において洗浄した。アミノ末端のアセチル化を、ＮＭＰ中、無水酢酸／ＤＩＥＡの存在下で実施した。各カップリングの完了を検証するために、完全に集合した樹脂結合ペプチドのアリコートから得た、切断し脱保護した試料のＬＣ−ＭＳ分析を達成した。典型的な例では、テトラヒドロフラン（４ｍｌ）およびトリエチルアミン（２ｍｌ）を、４０ｍｌのガラスバイアルに入れたペプチド樹脂（０．２ｍｍｏｌ）に添加し、１０分間振とうした。次に、Ｐｄ（ＰＰｈ３）２Ｃｌ２（０．０１４ｇ、０．０２ｍｍｏｌ）およびヨウ化銅（０．００８ｇ、０．０４ｍｍｏｌ）を添加し、得られた反応混合物を、大気に開放した状態で機械的に１６時間振とうした。ジイン環化樹脂結合ペプチドを脱保護し、ＴＦＡ／Ｈ２Ｏ／ＴＩＳ（９５／５／５ｖ／ｖ）で室温において２．５時間処理することによって、固体支持体から切断した。樹脂を濾過した後、ＴＦＡ溶液が冷ジエチルエーテル中で沈殿し、それを遠心分離処理して、所望の生成物を固体として得た。粗製生成物を、分取ＨＰＬＣによって精製した。
以下のプロトコルを、ＳＰ６６５を含む単一のアルキン架橋ペプチド模倣大環状分子の合成に使用した。完全に保護された樹脂結合ペプチドを、Ｒｉｎｋ ａｍｉｄｅ ＭＢＨＡ樹脂（負荷０．６２ｍｍｏｌ／ｇ）上で０．１ｍｍｏｌのスケールで合成した。一時的Ｆｍｏｃ基の脱保護を、樹脂結合ペプチドを、ＮＭＰ中２５％（ｖ／ｖ）ピペリジンで２×２０分間処理することによって達成した。ＮＭＰおよびジクロロメタンで十分に洗い流した後、連続的な各アミノ酸のカップリングを、予め活性化させた適切なＦｍｏｃ−アミノ酸誘導体と共に１×６０分間インキュベートして達成した。すべての保護アミノ酸（１ｍｍｏｌ）を、ＮＭＰに溶解させ、ＨＣＴＵ（１ｍｍｏｌ）およびＤＩＥＡ（１ｍｍｏｌ）で活性化させた後、カップリング溶液を脱保護した樹脂結合ペプチドに移した。カップリングが完了した後、樹脂を、次の脱保護／カップリングサイクルのための調製において十分に洗い流した。アミノ末端のアセチル化を、ＮＭＰ／ＮＭＭ中、無水酢酸／ＤＩＥＡの存在下で実施した。各カップリングの完了を検証するために、完全に集合した樹脂結合ペプチドのアリコートから得た、切断し脱保護した試料のＬＣ−ＭＳ分析を達成した。典型的な例では、ペプチド樹脂（０．１ｍｍｏｌ）を、ＤＣＭで洗浄した。樹脂を、マイクロ波バイアルに入れた。容器を排気し、窒素でパージした。モリブデンヘキサカルボニル（０．０１当量、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ １９９９５９）を添加した。無水クロロベンゼンを反応容器に添加した。次に、２−フルオロフェノール（１当量、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ Ｆ１２８０４）を添加した。次に、反応物をマイクロ波バイアルに入れ、１３０℃で１０分間保持した。反応は、完了するためにその後の時間進める必要がある可能性がある。アルキンメタセシス化された（metathesized）樹脂結合ペプチドを脱保護し、ＴＦＡ／Ｈ２Ｏ／ＴＩＳ（９４／３／３ｖ／ｖ）で室温において３時間処理することによって、固体支持体から切断した。樹脂を濾過した後、ＴＦＡ溶液が冷ジエチルエーテル中で沈殿し、それを遠心分離処理して、所望の生成物を固体として得た。粗製生成物を、分取ＨＰＬＣによって精製した。
表３は、調製するペプチド模倣大環状分子のリストを示す。
表３ａは、ペプチド模倣大環状分子の選択を示す。
表３ｂは、ペプチド模倣大環状分子のさらなる選択を示す。
上記およびその他の場所で示した配列において、下記の略語を使用する。「Ｎｌｅ」は、ノルロイシンを表し、「Ａｉｂ」は、２−アミノイソ酪酸を表し、「Ａｃ」は、アセチルを表し、「Ｐｒ」は、プロピオニルを表す。「＄」として表されるアミノ酸は、１個の二重結合を含む全炭素架橋剤によって結合しているアルファ−Ｍｅ Ｓ５−ペンテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。「＄ｒ５」として表されるアミノ酸は、１個の二重結合を含む全炭素によって結合しているアルファ−Ｍｅ Ｒ５−ペンテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。「＄ｓ８」として表されるアミノ酸は、１個の二重結合を含む全炭素架橋剤によって結合しているアルファ−Ｍｅ Ｓ８−オクテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。「＄ｒ８」として表されるアミノ酸は、１個の二重結合を含む全炭素架橋剤によって結合しているアルファ−Ｍｅ Ｒ８−オクテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。「Ａｈｘ」は、アミノシクロヘキシルリンカーを表す。架橋剤は、各アミノ酸のアルファ炭素の間に８個または１１個の炭素原子を含む全炭素直鎖架橋剤である。「＄／」として表されるアミノ酸は、任意の架橋剤によって結合していないアルファ−Ｍｅ Ｓ５−ペンテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。「＄／ｒ５」として表されるアミノ酸は、任意の架橋剤によって結合していないアルファ−Ｍｅ Ｒ５−ペンテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。「＄／ｓ８」として表されるアミノ酸は、任意の架橋剤によって結合していないアルファ−Ｍｅ Ｓ８−オクテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。「＄／ｒ８」として表されるアミノ酸は、任意の架橋剤によって結合していないアルファ−Ｍｅ Ｒ８−オクテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。「Ａｍｗ」として表されるアミノ酸は、アルファ−Ｍｅトリプトファンアミノ酸である。「Ａｍｌ」として表されるアミノ酸は、アルファ−Ｍｅロイシンアミノ酸である。「Ａｍｆ」として表されるアミノ酸は、アルファ−Ｍｅフェニルアラニンアミノ酸である。「２ｆｆ」として表されるアミノ酸は、２−フルオロ−フェニルアラニンアミノ酸である。「３ｆｆ」として表されるアミノ酸は、３−フルオロ−フェニルアラニンアミノ酸である。「Ｓｔ」として表されるアミノ酸は、これらのそれぞれが示されるように別のアミノ酸に架橋している２個のペンテニル−アラニンオレフィン側鎖を含むアミノ酸である。「Ｓｔ／／」として表されるアミノ酸は、架橋していない２個のペンテニル−アラニンオレフィン側鎖を含むアミノ酸である。「％Ｓｔ」として表されるアミノ酸は、これらのそれぞれが示されるように完全に飽和した炭化水素架橋を介して別のアミノ酸に架橋している２個のペンテニル−アラニンオレフィン側鎖を含むアミノ酸である。「Ｂａ」として表されるアミノ酸は、ベータ−アラニンである。架橋したアミノ酸の表示内の小文字の「ｅ」または「ｚ」（例えば、「＄ｅｒ８」または「＄ｚｒ８」）は、二重結合の立体構造（それぞれ、ＥまたはＺ）を表す。他の文脈において、小文字、例えば、「ａ」または「ｆ」は、Ｄアミノ酸（例えば、それぞれ、Ｄ−アラニン、またはＤ−フェニルアラニン）を表す。「ＮｍＷ」として表示されるアミノ酸は、Ｎ−メチルトリプトファンを表す。「ＮｍＹ」として表示されるアミノ酸は、Ｎ−メチルチロシンを表す。「ＮｍＡ」として表示されるアミノ酸は、Ｎ−メチルアラニンを表す。「Ｋｂｉｏ」は、リシン残基の側鎖アミノ基に付着しているビオチン基を表す。「Ｓａｒ」として表示されるアミノ酸は、サルコシンを表す。「Ｃｈａ」として表示されるアミノ酸は、シクロヘキシルアラニンを表す。「Ｃｐｇ」として表示されるアミノ酸は、シクロペンチルグリシンを表す。「Ｃｈｇ」として表示されるアミノ酸は、シクロヘキシルグリシンを表す。「Ｃｂａ」として表示されるアミノ酸は、シクロブチルアラニンを表す。「Ｆ４Ｉ」として表示されるアミノ酸は、４−ヨードフェニルアラニンを表す。「７Ｌ」は、Ｎ１５同位体のロイシンを表す。「Ｆ３Ｃｌ」として表示されるアミノ酸は、３−クロロフェニルアラニンを表す。「Ｆ４ｃｏｏｈ」として表示されるアミノ酸は、４−カルボキシフェニルアラニンを表す。「Ｆ３４Ｆ２」として表示されるアミノ酸は、３，４−ジフルオロフェニルアラニンを表す。「６ｃｌＷ」として表示されるアミノ酸は、６−クロロトリプトファンを表す。「＄ｒｄａ６」として表示されるアミノ酸は、第２のアルキニルアミノ酸へのジアルキン結合を介して架橋しているアルファ−Ｍｅ Ｒ６−ヘキシニル−アラニンアルキニルアミノ酸を表す。「＄ｄａ５」として表示されるアミノ酸は、アルファ−Ｍｅ Ｓ５−ペンチニル−アラニンアルキニルアミノ酸を表し、アルキンは、第２のアルキニルアミノ酸とのジアルキン結合の半分を形成する。「＄ｒａ９」として表示されるアミノ酸は、第２のアルキニルアミノ酸とのアルキンメタセシス反応を介して架橋しているアルファ−Ｍｅ Ｒ９−ノニニル−アラニンアルキニルアミノ酸を表す。「＄ａ６」として表示されるアミノ酸は、第２のアルキニルアミノ酸とのアルキンメタセシス反応を介して架橋しているアルファ−Ｍｅ Ｓ６−ヘキシニル−アラニンアルキニルアミノ酸を表す。表示「ｉｓｏ１」または「ｉｓｏ２」は、ペプチド模倣大環状分子が単一の異性体であることを示す。
「Ｃｉｔ」として表示されるアミノ酸は、シトルリンを表す。それぞれ、「Ｃｏｕ４」、「Ｃｏｕ６」、「Ｃｏｕ７」および「Ｃｏｕ８」として表示されるアミノ酸は、下記の構造を表す。
一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、例えば、架橋剤の構造内の二重結合の立体構造（Ｅ対Ｚ）によって複数の異性体で得られる。このような異性体は、通常のクロマトグラフ法によって分離可能であってもよいか、分離可能でなくてもよい。一部の実施形態では、１つの異性体は、他の異性体に対して改善された生物学的特性を有する。一実施形態では、ペプチド模倣大環状分子のＥの架橋オレフィン異性体は、そのＺの対応物と比較して、より良好な可溶性、より良好な標的親和性、より良好なｉｎ ｖｉｖｏもしくはｉｎ ｖｉｔｒｏ有効性、より高いヘリシティ、または改善された細胞透過性を有する。別の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子のＺの架橋オレフィン異性体は、そのＥの対応物と比較して、より良好な可溶性、より良好な標的親和性、より良好なｉｎ ｖｉｖｏもしくはｉｎ ｖｉｔｒｏ有効性、より高いヘリシティ、または改善された細胞透過性を有する。
表３ｃは、例示的なペプチド模倣大環状分子を示す。
一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、表４ａにおいて示すペプチド模倣大環状分子を除外する。
表４ａにおいて、Ｘは、Ｓまたは任意のアミノ酸を表す。示されるペプチドは、Ｎ−末端キャッピング基、例えば、アセチルまたはさらなるリンカー、例えば、キャッピング基およびペプチド配列の開始の間のベータ−アラニンを含むことができる。
一部の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、表４ａにおいて示すようなペプチド模倣大環状分子構造を含まない。
他の実施形態では、ペプチド模倣大環状分子は、表４ｂにおいて示されるペプチド模倣大環状分子を除外する。
観測質量は、エレクトロスプレーイオン化質量分析法によって測定した。
一部の実施形態では、本明細書において開示するペプチド模倣大環状分子は、表４ｂにおいて示すようなペプチド模倣大環状分子構造を含まない。
表４ｃは、Ｄ−アミノ酸を含む非架橋のポリペプチドの例を示す。
（実施例２）
細胞生存率アッセイ
細胞を液体窒素に保存した状況から解凍した。細胞を増殖させ、それらの予想される倍加時間で分裂すると、スクリーニングが始まる。細胞を、黒色３８４ウェル組織培養処理プレートの成長培地中に細胞５００個／ウェルで播種した。細胞をアッセイプレートにおいて遠心分離によって平衡化し、処理の前にＤｏｓｉｎｇ Ｍｏｄｕｌｅに取り付けられたインキュベーター中に３７℃にて２４時間入れ、概ね細胞５００個／プレートの細胞密度がもたらされた。処理の時に、一式のアッセイプレート（処理を受けなかった）を採取し、ＡＴＰＬｉｔｅ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を加えることによってＡＴＰレベルを測定した。これらのＴ−ゼロ（Ｔ０）プレートを、Ｅｎｖｉｓｉｏｎプレートリーダー上で超高感度発光を使用して読み取った。自動化の音響分配システムを使用して、アッセイプレートを１０００×ＤＭＳＯストックからの化合物またはペプチドで処理し、１：１０００の標準希釈を達成した。プレートにおける最終の処理濃度は、０μＭ（ビヒクル）、０．００１μＭ、０．００３μＭ、０．０１μＭ、０．０３μＭ、０．１μＭ、０．３μＭ、１μＭ、３μＭ、１０μＭおよび３０μＭであった。アッセイプレート（処理毎に４反復）を、化合物またはペプチドと共に７２時間インキュベートした。７２時間後、プレートを、ＡＴＰＬｉｔｅを使用してエンドポイント分析のために作製した。すべてのデータポイントは、自動化プロセスによって採取し、品質管理し、Ｚａｌｉｃｕｓ専売権付ソフトウェアを使用して分析した。下記の品質管理標準に合格した場合は、アッセイプレートを承認した。相対的ルシフェラーゼ値は、全実験を通して一貫しており、Ｚ−因子スコアは、０．６超であり、未処理／ビヒクル対照は、プレート上で一貫して挙動した。
細胞生存率の尺度として使用した成長阻害（ＧＩ）は、投与時（Ｔ０）および７２時間後（Ｔ７２）において測定した。０％のＧＩ読取りは、成長阻害を表さず、ＧＩ１００％は、完全な成長阻害、細胞増殖抑制効果を表す。ＧＩ２００％は、培養ウェルにおけるすべての細胞の完全な死滅を表す。ＧＩ２００％の活性プラトーに達する化合物は、細胞毒性であると考えた。ＧＩは、下記の試験および数式によって計算した。
式中、Ｔは、試験物品についてのシグナルの尺度であり、Ｖは、ビヒクル処理対照の尺度であり、Ｖ０は、０時間におけるビヒクル対照の尺度である。この式は、国立がん研究所のＮＣＩ−６０ハイスループットスクリーニングにおいて使用される成長阻害計算から導いた。
Cancer Cell Line Encyclopediaから入手可能な情報から、細胞系をｐ５３野生型、変異体、またはヌルとして割り当てた。例示的なｐ５３ペプチド模倣大環状分子についての結果を、下記の表５において示す。
（実施例３）
安全性および／または忍容性研究−Ｉ
研究の目的
この研究は、ＷＴ ｐ５３タンパク質を発現している腫瘍を有する患者を含めた進行した固形腫瘍を有する患者において、（ｉ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の安全性および／または忍容性を評価し、および（ｉｉ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１のＤＬＴおよびＭＴＤを決定するために設計した。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１は、野生型ヒトＰ５３タンパク質のトランス活性化ドメインに由来し、かつ野生型ヒトＰ５３タンパク質のトランス活性化ドメインにおけるのと互いに対して同じ位置においてフェニルアラニン、トリプトファンおよびロイシンアミノ酸を含有する、２０個未満のアミノ酸長のアミノ酸配列を有するアルファヘリカル炭化水素架橋ポリペプチド大環状分子である。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１は、アミノ酸配列のｉからｉ＋７位においてアミノ酸にまたがる単一の架橋を有し、ｉ＋７位およびカルボキシ末端の間に３個超のアミノ酸を有する。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１は、ヒトＭＤＭ２およびＭＤＭ４に結合し、エレクトロスプレーイオン化−質量分析法によって測定するように９５０〜９７５ｍ／ｅの観測質量を有する。
調査計画
試験デザイン
研究は、用量漸増相（ＤＥＰ）および拡大相（ＥＸＰ）からなった。ＤＥＰは、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１のＭＴＤを確立させる「３＋３」用量漸増設計であった。ＥＸＰは、特定の固形腫瘍を有する患者をＭＴＤで登録し、臨床的安全性プロファイルおよび用量レベルの潜在的な有効性をさらに調査した。ＥＸＰについての患者の選択は、ＤＥＰの結果、およびさらなる非臨床薬理学研究からのデータに基づいて最終決定される。後者は、腫瘍タイプに亘るおよび腫瘍タイプ内のＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１に対する細胞系感受性の比較を容易にする、複数の固形がん細胞系（例えば、乳房、膀胱、頭部／頸部、胃腸、肝臓、肺、膵臓、前立腺、肉腫）の調査を含む。
スクリーニングを完了した後、適格の患者は１日目、８日目、および１５日目にＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の単一のＩＶ用量を受け、臨床的評価、臨床検査および薬物動態学的アセスメントのために投与の完了の後概ね８時間クリニックに残った。さらに、生検が患者に対して相当な危険を引き起こさない限り、薬力学的アセスメントのためにサイクル１または２の用量３（最後の用量）の４８時間以内に腫瘍生検を行った。サイクル１または２の選択を、治験責任医師の自由裁量によって行った。患者は、２２日目にさらなる観察および臨床検査アセスメントのために、および２９日目にサイクル終了時のアセスメントのためにクリニックに戻った。
研究の用量漸増相および用量拡大相における患者の処置は、疾患の進行の文書化、容認できない毒性、または治療を中断する患者もしくは医師の決断まで続けた。
登録の前のｐ５３ステータスの決定および腫瘍サンプリングの必要条件：
中央臨床検査室は、次世代配列決定（ＮＧＳ）を使用して、ｐ５３ステータスについて研究に登録したすべての患者からの保管された組織試料または新鮮な生検材料試料の両方を試験した。
ステージ１の最初の３つの用量レベルについて：
ｐ５３ステータスに関わりなく、患者を登録した。それにも関わらず、患者を中央臨床検査室においてｐ５３ステータスについてさらに試験した。このために、保管された組織を使用するか（試料は３年以下のものであった）、または代わりに、生検が患者に対して相当な危険を引き起こさない限り、新鮮な生検材料を考慮した。
ステージ１の用量レベル４で開始（およびＤＥＰのステージ２に登録した患者について）：
ＷＴ ｐ５３タンパク質を発現している腫瘍を有する患者のみを登録した。この重要な組入れ基準は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の提案された作用機序に基づいたが、これはＷＴ ｐ５３タンパク質が薬理学的に活性であることを必要とする。組入れ基準はまた、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの腫瘍成長アッセイの結果によって支持されるが、ここではＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、ｐ５３のヌル−変異を有する細胞においてではなく、ＷＴ ｐ５３タンパク質を発現している腫瘍細胞において活性を示した。患者は、下記のシナリオの１つによってｐ５３の必要条件に適合した。
・患者は、地域の臨床検査室において行った従前のｐ５３遺伝子試験結果に基づいて適格であった。これらの患者を、中央臨床検査室においてＮＧＳを使用してｐ５３ステータスについてさらに試験した。この目的のために、保管された組織を使用する（試料は３年以下のものであった）か、または代わりに、生検が相当な危険を患者に対して引き起こさない限り、新鮮な生検材料を考慮した。保管された組織を有さなかった患者および生検が相当な危険を引き起こした患者は、登録されなかった。
・患者は、中央臨床検査室においてｐ５３について試験した保管された組織（試料は３年以下のものであった）に基づいて適格であったか、または代わりに、生検が患者に対して相当な危険を引き起こさない限り、新鮮な生検材料を考慮した。保管された組織を有さなかった患者および生検が相当な危険を引き起こした患者は、登録された。
ＥＸＰに登録している患者について：
・ｐ５３ ＷＴを発現している腫瘍を有する患者のみが登録され、すべての患者は、登録の前に中央臨床検査室においてＮＧＳを使用してｐ５３ステータスについて試験された。保管された組織を使用するか（試料が１年以下のものであった場合）、または代わりに、生検が患者に対して相当な危険を引き起こさない限り、新鮮な生検材料を考慮した。保管された組織を有さなかった患者および生検が相当な危険を引き起こした患者は、登録されなかった。
ＷＴ ｐ５３タンパク質を発現している腫瘍を有する患者のみが登録された。ｐ５３ステータスの決定を、スクリーニング期間の間に得た腫瘍試料で行った。アッセイは、必要とされる能力を有する研究サイトによって行い、その他の場合は、中央臨床検査室において行った。保管された組織試料からの結果をまた、可能な場合は使用して、ＤＥＰにおける患者の適格性を決定することができた。研究に登録された患者の総数は、ＭＴＤが確立される前の、用量レベルの数および各コホートにおける患者の数によって決まった。安全性ではない理由のために中断した患者のための交替を除いた概ね２７人の成人患者は、ＤＥＰに登録され、概ね３０人のさらなる患者がＥＸＰに登録された。全部で６０人までの患者の登録を、研究のために計画した。米国における６箇所までの臨床サイトを計画した。予想される集積相は、概ね２４カ月である。予想されるフォローアップ相は、最後の患者が登録された後概ね９カ月であり、概ね３３カ月の総研究期間である。
ＷＴ ｐ５３ステータスの文書化を含めたすべての組入れ基準、および除外基準を満足させる患者は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１を受ける３〜６人の患者のコホートに登録した。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１を、それぞれの２８日サイクルの１日目、８日目および１５日目に、１時間（±１５分）に亘るＩＶ注入によって投与した。処置は、疾患の進行、容認できない毒性、または患者もしくは医師の同意の撤回まで続けた。ＭＴＤが確立された後、概ね３０人のさらなる患者は拡大コホートに登録し、この用量レベルにおいて、および特定の患者または腫瘍タイプにおいてさらなる経験を得た。
発生率、重症度、期間、因果関係、重篤度、ＡＥのタイプ、患者の身体診察における変化、バイタルサインおよび臨床検査の結果に基づいて安全性を評価した。治験責任医師は、ＡＥの重症度をアセスメントするためにＮＣＩ ＣＴＣＡＥバージョン４．０を使用した。
この研究の主目的は安全性および薬物動態学に基づいているため、統計分析は本質的に記述的であり、ＲＥＣＩＳＴ１．１に基づいて、完全応答（ＣＲ）もしくは部分応答（ＰＲ）を達成する患者、または安定的な疾患（ＳＤ）を維持している患者を含めて、研究したすべての用量およびすべての観察された応答について考慮した。少なくとも１用量のＡｉｌｅｒｏｎペプチド１を受けた患者は、安全性集団を構成し、すべての安全性分析に含めた。少なくとも１つのサイクルのＡｉｌｅｒｏｎペプチド１を完了し、処置後の客観的な疾患アセスメントを受けた患者は、有効性が評価可能な患者集団を構成した。
患者集団
組入れ基準
すべての患者は、下記の組入れ基準に適うことが必要とされた。（ｉ）男性または女性患者、インフォームドコンセントの時に、１８歳およびそれ超、（ｉｉ）転移性または切除不能であり、かつそのために標準的な治癒的手段が存在しないか、またはもはや有効でない、組織学的または細胞学的に確認された悪性腫瘍；（ｉｉｉ）再発性または処置難治性固体新生物についてＷＴ ｐ５３ステータスは、ＤＥＰのステージ１において用量レベル４およびそれ超に登録する患者について、およびＤＥＰのステージ２またはＥＸＰに登録するすべての患者について必須である；（ｉｖ）ＲＥＣＩＳＴ１．１によって測定可能な少なくとも１つの標的病変；（ｖ）ＥＣＯＧパフォーマンスステータス０〜１；（ｖｉ）≧３カ月の予想される平均余命；（ｖｉｉ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最初の用量の前７日以内に測定した適当な血液学的機能（ＡＮＣ≧１．５×１０９／Ｌ、ヘモグロビン≧９．０ｇ／ｄ、および血小板≧１００×１０９／Ｌとして定義）；（ｖｉｉｉ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最初の用量の前７日以内に測定された適当な肝機能（肝臓における疾患の関与の非存在下で：ビリルビン、施設ＵＬＮの≦１．５倍：ＡＳＴおよびＡＬＴ、ＵＬＮの≦２．５倍；肝臓における疾患の関与の存在下で：ビリルビン、ＵＬＮの≦２倍：ＡＳＴおよびＡＬＴ、ＵＬＮの≦５倍として定義）、（ｉｘ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最初の用量の前の７日以内に測定した適当な腎機能（＋２もしくはそれより高いタンパク尿のエビデンスなし、血清クレアチニン、施設ＵＬＮの≦１．５倍、または計算したクレアチニンクリアランス≧５０ｍＬ／分（コッククロフト−ゴールト式）を伴う尿検査として定義）；（ｘ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最初の用量の前の７日以内に測定した許容される凝固プロファイル（ＰＴまたはＩＮＲ、ＵＬＮの≦１．５倍；ａＰＴＴ、ＵＬＮの≦１．５倍として定義）；（Ｘｉ）従前の化学療法または生物学的療法、放射線療法または手術（胸腔内、腹腔内もしくは骨盤内）から少なくとも４週間であり、従前の治療からの、脱毛症を除いたグレード１または相当な毒性のベースラインへの回復を伴う。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最初の用量の前≦２週間の骨病変のための緩和的放射線療法は、急性毒性が解決した場合、許容される；（ｘｉｉ）子宮摘出術を受けていないか、または連続≧２４カ月間自然に閉経後ではない（すなわち、先行する連続２４カ月のいかなるときも月経がある）性的に成熟している女性として定義される、出産可能の女性について、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最初の用量の前１４日以内の陰性の血清妊娠試験；（ｘｉｉｉ）出産可能のすべての患者（男性および女性）は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最初の用量の２週間前に開始し、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最後の用量の後３０日間、バースコントロールの有効な方法（すなわち、ラテックスコンドーム、ペッサリー、子宮頚管キャップ、ＩＵＤ、経口避妊薬など）を使用することを同意する；（ｘｉｖ）書面のインフォームドコンセントの書類を理解する能力、およびこれにサインをする意向；ならびに前立腺がんを有する患者は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最初の用量の６カ月前にこのような治療を中断しない限り、アンドロゲン除去治療を続けなければならない。
除外基準
スクリーニングまたは１日目において下記の基準のいずれかに適合する患者を除外した。（ｉ）ＭＤＭ２またはＭＤＭＸ活性に影響を与える治験薬による従前の処置；任意の研究薬物の成分に対する既知の過敏症；（ｉｉｉ）既知および未処置の脳転移。処置され、かつ≧３０日間臨床的に安定的であることが示されてきた脳転移を有する患者は、研究の用量漸増ポーションに登録することができる；（ｉｖ）凝固障害、血小板障害の病歴、または非薬物によって誘発される血小板減少の病歴；（ｖ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最初の用量の前の６カ月以内の肺塞栓症の病歴、または未処置のＤＶＴ；（ｖｉ）アスピリン用量≦８１ｍｇ／日、ＤＶＴ予防のための低用量ＳＣヘパリンもしくはＳＣ低分子量ヘパリン、またはＩＶカテーテル開存性を維持するためのヘパリン洗い流しを例外として、抗凝血剤または抗血小板医薬の必要とされる併行使用；（ｖｉｉ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最初の用量の前の６カ月以内の、公知の心血管系の危険の既存の病歴を有する患者（例えば、心筋梗塞、不安定狭心症を含めた急性冠動脈症候群の病歴、冠動脈バイパス移植、血管形成、またはステント留置；収縮期ＢＰ≧１６０ｍｍＨｇおよび／または拡張期ＢＰ≧１００ｍｍＨｇとして定義される制御されていない高血圧；既存の心不全（ニューヨーク心臓協会のクラスＩＩＩ〜ＩＶ）；抗凝血剤に対する心房細動；心房細動および発作性上室性頻拍を例外として臨床的に問題がある制御されない不整脈または処置を必要とする不整脈；重症の弁膜症；男性についてＥＣＧ≧４５０ミリ秒および女性について≧４７０ミリ秒のスクリーニング上での補正ＱＴｃ時間）；（ｖｉｉｉ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最初の用量の前６カ月以内の臨床的に問題がある胃腸出血；（ｉｘ）臨床的に問題がある第三腔体液蓄積（例えば、利尿剤の使用にも関わらず穿刺術を必要とする腹水、または穿刺術を必要とするか、もしくは息切れと関連する胸水）；（ｘ）妊娠中または授乳中の女性；（ｘｉ）患者の安全性、またはこの研究に参加するインフォームドコンセントの提供を妨げ得る、重篤および／または不安定な既存の医学的状態、精神状態または他の状態（検査所見の異常を含めた）のエビデンス；（ｘｉｉ）肝細胞癌の非存在下で、活性の制御されていない感染、ＨＩＶ／ＡＩＤＳの病歴、またはＢ型もしくはＣ型肝炎の病歴。血清中の肝炎陽性を有するが、活性ウイルス性肝炎を示していない原発性肝臓がんを有する患者は、すべての他の組入れ基準に適合し、他の除外基準に適合しない場合、登録について考慮することができる；（ｘｉｉｉ）ＤＥＰのステージ１において用量レベル４およびそれ超での開始（およびＤＥＰのステージ２、またはＥＸＰに登録しているすべての患者について）：公知のヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）との関連を有するがん、例えば、ＨＰＶ−陽性子宮頸がん、ＨＰＶ−陽性中咽頭がんまたはＨＰＶ−陽性肛門がん；（ｘｉｖ）≧２年間寛解期にない別の原発性悪性腫瘍の既知の病歴。非黒色腫皮膚がんおよび子宮頸部上皮内癌または扁平上皮内病変（例えば、ＣＩＮもしくはＰＩＮ）は、許容される；（ｘｖ）研究プロトコルおよびフォローアップスケジュールの順守を潜在的に妨げ得る任意の心理学的、社会学的、または地理的状態；（ｘｖｉ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１注入の２４時間以内の、肝胆道輸送体（例えば、ＯＡＴＰメンバーであるＯＡＴＰ１Ｂ１およびＯＡＴＰ１Ｂ３）によって主にクリアランスされる任意の併用の医薬の必要とされる使用；（ｘｖｉｉ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の最初の用量の前の４週間または５週間の循環半減期以内の任意の治験薬の使用。
研究治療からの患者の排除／交替
患者は、研究治療から下記を含めた種々の理由のために排除された。（ｉ）疾患の進行；（ｉｉ）容認できない有害事象（複数可）；（ｉｉｉ）さらに参加するのを妨げる併発の疾病；（ｉｖ）２週間の投与の遅延、または２回の用量低減の後にも関わらず、臨床的に問題がある毒性；（ｖ）研究を通して処置を続けることを患者が拒絶することおよび／または研究への参加についての同意の撤回；（ｖｉ）患者が研究の必要条件を満たすことができないか、または不本意であること；（ｖｉｉ）妊娠または適当なバースコントロールを使用することができないこと；（ｖｉｉｉ）治験責任医師の判断において、患者をこの研究におけるさらなる処置について容認できないものとさせる、患者の状態における全体的または特定の変化。
登録を完了し、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の用量を受けなかった任意の患者を交替させた。研究の用量漸増ポーションにおいて安全性以外の理由のために最初のサイクルの完了の前に研究を中断した患者を交替させた。研究の用量拡大ポーションにおいて任意の理由のための最初のサイクルの処置の完了の前に研究への参加を中断した患者を交替させた。
処置計画
薬物投与研究−１
研究薬物は、治験薬Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１であった。この治験薬を臨床サイトに分配した。患者は、スクリーニングの開始に続いて２１日以内にＡｉｌｅｒｏｎペプチド１による処置を始めた。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１薬物は、単回使用のガラス製バイアルにおいて供給される凍結された液体生成物であった。注射のためのペプチド模倣大環状分子は、≦−１５℃にて凍結貯蔵された。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１投与溶液として公知の、Ｄ５Ｗを含有するＩＶ注入バッグ中にＡｉｌｅｒｏｎペプチド１を導入し、患者への投与のためにサイトの薬局によって提供した。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１投与溶液に、患者同定番号を標識した。調査スタッフは、この情報、および意図する患者に対するその関連性を確認した。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１を、各２８日の処置サイクルの１日目、８日目および１５日目に、Ｄ５Ｗ中のＩＶ注入によって１時間（±１５分）に亘り投与した。各患者について、各サイクルの開始における体重に基づいて事前に定義した用量を計算した。計画したスケジュール（すなわち、２８日サイクルの１日目、８日目および１５日目に注入）以外で、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１は投与しなかった。もしあれば偏差は、ｅＣＲＦ上に記述した。研究の用量漸増相および用量拡大相における患者の処置は、疾患の進行の文書化、容認できない毒性、または治療を中断する患者もしくは医師の決断まで続けた。
注入が関連する反応の場合、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の注入を一時的に中断した。薬理剤および他の治療的介入を、施設ガイドラインに従って投与した。患者を注意深くアセスメントした後、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の注入を再び開始する決断を行った。
開始用量、用量漸増および用量低減
研究の用量漸増ポーションについての用量レベル
研究の用量漸増ポーションにおいて、３〜６人の患者のコホートにおける増加する用量レベルのＡｉｌｅｒｏｎペプチド１を評価した。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１を、ＩＶ注入によってそれぞれの２８日サイクルの１日目、８日目および１５日目に１時間（±１５分）に亘り投与した。コホート１に登録された患者は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１を用量レベル１（０．１６ｍｇ／ｋｇ）で受けた。非比例的なスケーリングに基づいて、ヒトにおける０．１６ｍｇ／ｋｇ（５０μｇ・時間／ｍＬ）での予測ＡＵＣは、ＳＴＤ１０でラットＡＵＣの概ね９％、およびサルのＨＮＳＴＤでＡＵＣの概ね６％である。
ＤＬＴの非存在下で、３〜６人の患者のそれに続くコホートは、ＭＴＤが確立されるまで漸増する用量を受けた。
２段階用量漸増設計を用いた。最初のステージ１漸増相（表６）の間に、コホートにおける３人の患者のうち≧１が、研究薬物と少なくとも関連する可能性のある任意のグレード≧２のＡＥを経験するまで１００％の用量増大を利用した。それに続いて、ＭＴＤが確立されるまで、３人の患者コホートおよび修正フィボナッチ数列を使用した用量漸増を続けた（すなわち、ステージ２漸増相；表７）。
漸増スキームを、治験責任医師、スポンサーのメディカルモニターおよび安全性に関する医師代表がより保守的な進行について一致する任意のポイントにおいて、ステージ２の漸増スケジュールにスイッチした。
ＤＬＴ（複数可）の観察を使用して、治験の全期間に亘って用量低減、遮断または中断に関して個々の患者について決定を行うことができたが、サイクル１の間に起こるＤＬＴを使用して、用量漸増の決断のための安全性および忍容性アセスメントを通知した。
ＤＬＴが最初のコホートにおいて観察された場合、用量を用量レベル−１に段階縮小した。ＤＬＴが用量レベル−１において観察された場合、用量を用量レベル−２に段階縮小した。ＤＬＴが用量レベル−２において観察された場合、治験責任医師、スポンサーのメディカルモニターおよび安全性に関する医師代表の間の議論の後に、他の用量レベルを考慮および実行した。
少なくとも３人の患者を、各用量レベルで処置した。患者がＤＬＴを経験しない場合、それに続く３人の患者を次の計画した用量レベルで処置した。
ＤＬＴがコホートにおける３人の患者の≧２において観察された場合、さらなる用量漸増を行わず、現在の用量をＭＡＤとして定義した。
ＤＬＴが３人の患者のうち１人において観察された場合、３人までのさらなる患者をその同じ用量レベルで登録した。ＤＬＴが拡大コホートにおいて≧２人の患者において観察された場合、さらなる用量漸増は行わず、現在の用量をＭＡＤとして定義した。
ＭＡＤを定義した後、従前に投与したより低い用量を全部で６人の患者に拡大させるか、または中間（ＭＡＤおよび次のより低い用量レベルの間）を６人までの患者において調査した。コホートにおける６人の患者の少なくとも５人においてＤＬＴを伴わずに許容される最も高い用量は、ＭＴＤとして定義した。
研究の拡大ポーションについての用量レベル
ＭＴＤを定義した後、概ね３０人のさらなる患者を拡大研究に登録し、この用量レベルでのさらなる経験を得て、特定の患者または腫瘍タイプにおいてＡｉｌｅｒｏｎペプチド１の効果を調査した。２つの疾患タイプを評価のために選択し、各疾患タイプの１５人の患者を、拡大研究において２つのコホートのそれぞれに登録した。拡大コホートにおいて患者に投与したＡｉｌｅｒｏｎペプチド１の用量は、研究の用量漸増ポーションにおける患者からの利用可能な安全性および他の情報の評価に由来した。
患者内用量漸増
患者内用量漸増は許容されなかった。
毒性についての用量およびスケジュール調整
サイクルの間に起こった毒性は、処置を続けるために下記で概要を述べるように回復させる必要があった。
ヘモグロビン≧８．５ｇ／ｄＬ；ＡＮＣ≧１．０ １０９／Ｌ；血小板数≧７５×１０９／Ｌ；従前のサイクルの前のグレードに戻る肝機能検査（ＰＴ／ＩＮＲを含む）；他の毒性は、グレード＞１が治験における組入れのために許容された場合、グレード≦１またはベースラインレベルに戻らなければならない。
臨床的に問題があるＡＥが、処置サイクルの間に患者において観察された場合、毒性が許容されるレベルに解消するまで、さらなる投与を遅延させた。処置を２週間まで遅延させて、ＡＥの解消を可能とすることができ、先行するレベルへの用量低減は、スポンサーのメディカルモニターおよび安全性に関する医師代表と協議して治験責任医師の自由裁量によって行うことができる。患者が複数のＡＥを経験する場合、投与遅延または用量低減についての決断は、最も重症のＡＥに基づいた。１回の用量低減の後で、再発性の臨床的に問題があるＡＥを経験した患者は、１回のさらなる用量低減を行った。２週間の遅延または２つの用量低減の後で臨床的に問題がある毒性を経験し続けた患者は、研究を中断した。
用量低減が考慮される有害事象は、基礎疾患または他の医学的状態または併用の処置ともっぱら関連するとして治験責任医師がアセスメントする事象を含まなかった。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１と関連すると考えられるＡＥを経験した患者は、患者が臨床的な利益を受けており、かつ／または治験責任医師が参加の継続が患者の最良の利益であると感じた場合、研究を継続した。このような場合、治験責任医師の自由裁量によって、およびスポンサーのメディカルモニターおよび安全性に関する医師代表と一致して、患者についての用量を先行するより低いレベルに低減させた。
患者について２回までの用量低減を許容し、この後、患者は研究を中断した。
ＤＬＴを経験した患者は、治験責任医師の自由裁量によって、およびスポンサーのメディカルモニターおよび安全性に関する医師代表と一致して、疾患の進行または容認できない毒性まで、先行するより低いレベルにおいて処置を続けた。用量が患者について一旦低減されても、用量は再び漸増させなかった。
毒性グレード評価は、ＮＣＩ ＣＴＣＡＥ ｖ４．０に基づいた。
統計的方法
ＤＥＰおよびＥＸＰについての安全性および有効性の統計分析は、研究の目的がＤＬＴおよびＭＴＤを決定することであったため、主に本質的に記述的であった。これらの目的は、決定性アルゴリズムの結果によって達成された。このように、統計的仮説検定は、この状況内で意図されず、適当でもなかった。連続変数は、記述統計学を使用して要約した［ｎ、平均、標準偏差、中央値、最小、および最大］。各分類内の患者の数および百分率（ｎ、％）を示すカテゴリ変数を要約した。
研究手順
研究事象のスケジュール
スクリーニングで開始して、サイクル１［２８日サイクルの１日目、８日目、および１５日目］を通して継続して行われる、アセスメント、試験、検査、疾患アセスメント、組織標本の提出、および研究薬物投与を含めた研究活動のスケジュールを、表８において概要を述べる。サイクル２［サイクル１の２９日目＝サイクル２の１日目］で開始して行われる研究を、表９において列挙する。
薬物動態分析
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１およびその代謝物のレベルは、下に記載する特定の時点において採取した血液試料において測定する。薬物動態学的データは、個々の患者によって、および集合的に用量レベルによって作表および要約する。有用な場合、結果の解釈において図表による表示を提供する。
薬物動態学的アセスメントのための血液試料は、下記の時点において採取する。
ＳＯＩは、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の注入の開始の略語である。ＥＯＩは、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド１の注入の終了の略語である。
薬力学的分析
ｐ５３、ＭＤＭ２、ＭＤＭＸ、ｐ２１およびカスパーゼのレベルは、処置の開始の前およびサイクル１またはサイクル２終了時に採取した腫瘍標本において測定する。ＭＩＣ−１は、血液試料において測定する。薬力学的アセスメントのための血液および組織採取のための特定の時点を下記に記載する。薬力学的データは、個々の患者によって、および集合的に用量レベルによって作表および要約する。有用な場合、結果の解釈において図表による表示を提供する。
従前の遺伝子およびバイオマーカー試験、ならびにＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の安全性および有効性に関するバイオマーカーについての血液および腫瘍試料のさらなる試験から入手できる結果について、患者の転帰との可能性がある相関関係を調査することができる。
薬力学的アセスメントのための血液試料は、下記の時点において採取する。
ペプチド模倣大環状分子の臨床活性のアセスメント
臨床活性を評価するために、ＲＥＣＩＳＴ１．１または他の適当な基準に基づいた応答率および応答の期間を、ＣＲ、ＰＲまたはＳＤを示すすべての患者のケースバイケースの記載と共に提供する。抗腫瘍活性または他の臨床的な利益の他のエビデンスの記述的分析は、有効性または臨床的抗腫瘍活性の臨床的、エックス線検査または他の適当なアセスメントに基づいて提供する。臨床活性の分析は、２つの患者集団について行う。（１）少なくとも１つのサイクルの治療を受け、少なくとも１つのベースライン後の疾患アセスメントを有する患者のサブセット（有効性が評価可能な集団）、ならびに（２）有効性が評価可能な集団、ならびにサイクル１の終了の前に客観的な疾患の進行を示すか、またはＤＬＴおよび／もしくは容認できない毒性を経験する患者を含む、より大きな群の患者。
関連性のある疾患適応症を有する患者についてのイメージングスキャン、身体診察、および／または臨床検査をベースとするアッセイ（例えば、前立腺特異的抗原）は、ベースライン（サイクル１の１日目の２１日以内）において、ならびに第２のサイクルの処置の後、およびその後の１つおきの処置サイクルの後（サイクル４、サイクル６など）の客観的な腫瘍アセスメントのために得る。同じタイプのイメージング、身体診察、または臨床検査をベースとするアッセイ手順を、患者についての各アセスメントのために使用する。ＲＥＣＩＳＴ１．１を使用して、腫瘍応答および応答の期間をアセスメントする。次の処置サイクルの開始の前に、予定されていたスキャン（および／または他の臨床検査をベースとするアッセイ）を解釈する。ＣＲまたはＰＲについての基準が適合した場合、４週間以内以降のスキャンを繰り返し、応答を確認する。応答する患者（ＣＲ、ＰＲまたはＳＤ）は、疾患の進行、インフォームドコンセントの撤回、または容認できない毒性まで、１つおきのサイクルの後の疾患アセスメントを伴って研究を続ける。
主要な施設の外の地域または他の設備において行ったそれらの手順を含めた、画像処理手順からのフィルムまたは他の記録を、放射線学スタッフが読取り、患者についての対応する主要な研究施設においてレビューする。
薬物投与研究−ＩＩ
研究目的
この第Ｉ相オープンラベル、多施設、用量漸増、２アーム研究は、ＷＴ ｐ５３タンパク質を発現している進行した固形腫瘍またはリンパ腫を有する患者において、２８日または２１日サイクルの２つの異なる投与レジメンを使用したＩＶ注入によって投与したＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の安全性、忍容性、薬物動態学的、薬力学的、および抗腫瘍効果を評価するために設計した（下記のｐ５３ステータスの決定を参照されたい）。患者は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１を２８日サイクルについて連続３週間で週に１回、または２１日サイクルについて連続２週間で週に２回受けた。固形腫瘍またはリンパ腫を有する多くの患者は、末梢血中に循環性腫瘍細胞（ＣＴＣ）を提示し、これはフローサイトメトリーを使用して検出および分析することができる。これは、これらの細胞における研究薬物特異的な標的関与の検出を可能とした。
この研究は、ＤＥＰおよびＥＸＰからなった。ＤＥＰは、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１のＭＴＤまたはＯＢＤを確立するように設計された「３＋３」用量漸増であった。ＥＸＰは、特定の固形腫瘍を有する患者の２つまでの別個の群を登録し、ＭＴＤまたはＯＢＤでのＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の臨床的安全性プロファイルおよび可能性のある有効性をさらに調査した。
開始用量、用量漸増、および用量低減
すべての被験体を、体重に基づいて事前に定義したレベルで投与した。用量レベル（ＤＬ）３で開始して、患者は、２つの処置アームの１つに逐次的に割り当てられた。週１回のＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の用量レジメン（ＤＲ）Ａ試験投与、または週２回のＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の用量レジメン（ＤＲ）Ｂ試験投与。用量レベル３について、ＤＲ−Ａは最初に登録され、ＤＲ−Ｂは第２に登録された。非臨床的毒物学アセスメントからの結果に基づいたＤＥＰにおける開始用量（ＤＬ−１）は、０．１６ｍｇ／ｋｇであった。
最初の２つの用量レベルの間に、２８日サイクルの１日目、８日目、および１５日目に患者はＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１を受けた。ＤＬ３で開始して、ＤＲ−Ａにおける患者は２８日サイクルの１日目、８日目、および１５日目に週１回処置され続け、一方、ＤＲ−Ｂにおける患者は２１日サイクルの１日目および４日目、８日目および１１日目に週２回処置された。この投与スケジュールを、図２において要約する。
コホートにおける３人の患者のうち≧１人が、薬物が関連するグレード≧２の有害事象（ＡＥ）を経験するまで、それに続く用量レベルにおいて用量を倍増させた。薬物が関連するＡＥは、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１におそらく、ほぼ確実に、または明確に、起因する事象である。ＡＥのグレード評価は、ＮＣＩ Ｃｏｍｍｏｎ Ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ Ａｄｖｅｒｓｅ Ｅｖｅｎｔｓ（ＣＴＣＡＥ）バージョン４．０３によって定義された。それに続く用量漸増を、修正フィボナッチ数列を使用して続けた（すなわち、６７％、５０％、４０％、および３３％；図３および４）。
各ＤＲ内の次の用量レベルへの漸増は、ＤＬＴの非存在下でサイクル１の完了時に（処置サイクル＝ＤＲ−Ａについて２８日およびＤＲ−Ｂについて２１日）進行させた。各ＤＲ内の次の用量レベルへの漸増は、すべての患者からのすべての利用可能な安全性情報をレビューした、治験責任医師、スポンサーのメディカルモニター、および安全性に関する医師代表からなる安全性審査委員会（ＳＲＣ）によって決断された。
各用量レジメンコホート内で、ＤＬＴがコホートにおいて観察されない場合、それに続く患者群を、その用量レジメンの次の計画した用量レベルにおいて登録した。ＤＬＴが任意の用量レベルにおける３人の患者のうち≧２人において観察された場合、さらなる用量漸増はそのＤＲにおいて行わず、現在の用量を最大投与用量（ＭＡＤ）として定義した。ＤＬＴが任意の用量レベルにおけるコホートにおいて３人の患者のうち１人において観察された場合、３人までのさらなる患者をその用量レベルにおいて同じＤＲに登録した。ＤＬＴが拡大コホートにおいて２人またはそれ超の患者において観察された場合、さらなる用量漸増は行わず、現在の用量をＭＡＤと定義した。ＭＡＤを定義した後、従前に投与したより低い用量を、全部で６人の患者に拡大させるか、または中間用量（ＭＡＤおよび従前の用量レベルの間）を全部で６人の患者において調査した。６人の患者の少なくとも５人において許容された最も高い用量は、ＭＴＤまたはＯＢＤとして定義した。
２つまでのＥＸＰコホートについての用量レジメンおよび用量レベルの選択は、サイクル１におけるＭＴＤ決定、ならびにＤＥＰにおけるそれに続く処置サイクルにおけるＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の累積的な安全性、有効性および薬物動態学的／薬力学的プロファイルに基づいた。
用量レベルは各コホート内でサイクルの間で増加せず、患者は１つの用量レベルのみに割り当てられた（すなわち、患者内の用量漸増はなし）。
統計的方法
ＤＲ−ＡおよびＤＲ−Ｂからの結果を、すべての用量レベルおよび患者群について比較する。
サイクル１の１日目の前のスクリーニングアセスメントおよび他の必要条件
サイクル１の１日目の前の分子のスクリーニング：分子のスクリーニングは、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の最初の投与の前に下記を包含した（サイクル１の１日目）：（ｉ）分子のスクリーニングについてのサインをしたインフォームドコンセントを集めること；（ｉｉ）ｐ５３試験のための保管された腫瘍試料または新鮮な腫瘍生検（生検が相当な臨床リスクを引き起こさない限り）の採取；（ｉ）ｐ５３ ＷＴであると確認された場合、登録した患者からの組織試料の残りを使用して、薬力学的バイオマーカーについて試験した。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の最初の用量の投与の前のｐ５３ ＷＴステータスの確認は、用量レベル４およびそれ超で開始する患者についてＤＥＰのステージ１における登録、ならびにすべての患者についてＤＥＰおよびＥＸＰのステージ２（必要に応じて）における登録のために必須であった。
ＤＥＰのステージ１における用量レベル４およびそれ超の前の分子のスクリーニング（ならびにＤＥＰのステージ２に登録したすべての患者について）、未知のｐ５３ステータスを有する患者における分子のスクリーニングは、臨床スクリーニングを開始する前に行った。ｐ５３ステータスがＷＴであると分かった場合、これらの患者は臨床スクリーニングに進み、登録し、中央臨床検査室によるｐ５３ ＷＴの確認の前にＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１を受けた。
ＥＸＰにおいて、患者は、登録に進む前に、中央臨床検査室において分子のスクリーニングを完了した。これらの患者は、中央臨床検査室によるｐ５３ ＷＴの確認の後にのみ、登録し、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１を受けた。
ＤＲ−ＡおよびＤＲ−Ｂ、すべての用量レベルについての、サイクル１の１日目の前２１暦日以内の臨床スクリーニング
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の最初の投与（サイクル１の１日目）の前の２１暦日以内（または記述された通り）に行われたスクリーニングアセスメントおよび手順は、サインをしたインフォームドコンセントの回収、病歴（ベースライン徴候および症状の評価）、人口統計特性、適格性アセスメント、ＨＩＶ、Ｂ型およびＣ型肝炎についての血液検査、バイタルサイン（血圧、脈拍、呼吸数、体温を含む）、身体診察、ＥＣＧ、臨床化学（グルコース、カルシウム、アルブミン、総タンパク質、ナトリウム、カリウム、ＣＯ２、クロリド、ホスフェート、ＢＵＮ［血中尿素窒素］、血清クレアチニン、尿酸、ＡＬＰ、ＡＬＴ、ＡＳＴ、総ビリルビンおよび直接ビリルビン）、血液検査（全血球計算値、血小板および分画）、尿検査（尿試験紙測定［ｐＨ、比重、タンパク質、グルコース、ケトン、亜硝酸塩、白血球エステラーゼ］と顕微鏡分析、尿試験紙の結果がさらなる試験を必要とすることを示す場合）、凝固（ＰＴ、ＩＮＲ、ａＰＴＴ）を含めた臨床検査アセスメント；ＥＣＯＧパフォーマンスステータス、疾患アセスメントおよび腫瘍測定のためのＲＥＣＩＳＴ（固形腫瘍患者について）もしくはＩＷＧ（リンパ腫患者について）を遵守したイメージング、ならびにベースラインＰＥＴ−ＦＤＧおよびおそらくＦＬＴ−ＰＥＴスキャン（複数可）を含めた関連性のある疾患適応症を有する患者についての臨床検査をベースとするアッセイ（例えば、前立腺特異的抗原）、併用の医薬（現在の医薬およびサイクル１、１日目の２８日以内に摂取したもの）を含んだ。
ＤＲ−ＡおよびＤＲ−Ｂ、すべての用量レベルについて、サイクル１の１日目の前７暦日以内
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の最初の投与（サイクル１の１日目）の前の７暦日以内に完了したスクリーニングアセスメントは、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の最初の用量の前の２日以内に行われた出産可能の女性について血清または尿の妊娠試験（β−ｈＣＧ）、適格性の確認、バイタルサイン、臨床検査アセスメント（スクリーニング試験が７日前以内に行われた場合、省略することができる）、ＥＣＯＧパフォーマンスステータス、ならびに併用の医薬を含んだ。
サイクル１の間の必要条件
ＤＲ−ＡおよびＤＲ−Ｂ、すべての用量レベルについて、サイクル１の１日目
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の前に行った研究手順は、ＳＯＩの前３０分以内のバイタルサイン、身体診察、ＳＯＩの前３０分以内のＥＣＧ（３連で行った（読取の間に５〜１０分））、ＳＯＩの前の１時間以内の免疫原性のための血液の採取、ＳＯＩの前の１時間以内のすべてのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取、ＳＯＩの前の１時間以内の薬物動態学的アセスメントのための血液の採取、ならびに併用の医薬を含んだ。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の後に行った研究手順は、（注入の間）３０分（±３分）；（注入後）ＥＯＩ（＋５分）、ならびにＥＯＩに続いて１時間（±５分）および２時間（±１０分）でのバイタルサイン；患者が、ａ）＞５００ミリ秒であるか；ｂ）投与前を超えて６０ミリ秒増加するか；またはｃ）投与前の記録より５０ミリ秒減少する、ＱＴｃを有する場合のみ、３連で行う（読取の間に５〜１０分）、ＥＯＩ（＋５分）、ならびにＥＯＩに続いて１時間（±５分）および２時間（±１０分）でのＥＣＧ；ＥＯＩ（＋５分）、ＥＯＩに続いて３０分（±５分）および１時間（±５分）、２時間（±１０分）、４時間（±１０分）および８時間（±１０分）での薬物動態学的アセスメントのための血液の採取；ＥＯＩ（＋５分）、ならびにＥＯＩに続いて１時間（±５分）および２時間、４時間、および８時間（±１０分）でのすべてのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取；併用の医薬；ならびに有害事象（ＡＥ）アセスメントを含んだ。
ＤＲ−ＡおよびＤＲ−Ｂ、すべての用量レベルについての、サイクル１の２日目
行った研究手順は、バイタルサイン、臨床検査アセスメント、１日目のＳＯＩの後２４時間（±４時間）におけるすべてのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取、１日目のＳＯＩの後２４時間（±４時間）における薬物動態学的アセスメントのための血液の採取、併用の医薬、ＡＥアセスメント、およびＴＬＳモニタリング（通例の実験的アセスメント試料による）を含んだ。
ＤＲ−ＡおよびＤＲ−Ｂ、すべての用量レベルについて、サイクル１の３日目
行った研究手順は、バイタルサイン、臨床検査アセスメント（１日目のＳＯＩの後４８時間（±４時間）におけるすべてのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取）、１日目のＳＯＩの後４８時間（±４時間）における薬物動態学的アセスメントのための血液の採取、併用の医薬ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
ＤＲ−Ｂのみ、すべての用量レベルについて、サイクル１の４日目
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の前に行った研究手順は、ＳＯＩの前３０分以内のバイタルサイン、身体診察、３連で行う（読取の間に５〜１０分）、ＳＯＩの前３０分以内のＥＣＧ、臨床検査アセスメント、ＳＯＩの前の１時間以内の免疫原性のための血液の採取、ＳＯＩの前の１時間以内のすべてのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取、ＳＯＩの前の１時間以内の薬物動態学的アセスメントのための血液の採取、併用の医薬、ならびに有害事象（ＡＥ）アセスメントを含んだ。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の後に行った研究手順は、（注入の間）３０分（±３分）；（注入後）ＥＯＩ（＋５分）、ならびにＥＯＩに続いて１時間および２時間（±１０分）でのバイタルサイン；患者が、ａ）＞５００ミリ秒であるか；ｂ）投与前を超えて６０ミリ秒増加するか；またはｃ）投与前の記録より５０ミリ秒減少する、ＱＴｃを有する場合のみ、３連で行う（読取の間に５〜１０分）、ＥＯＩ（＋５分）、ならびにＥＯＩに続いて１時間（±５分）および２時間（±１０分）でのＥＣＧ；臨床検査アセスメント；ＥＯＩの後１時間以内のすべてのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取；ＥＯＩ（＋５分）、ＥＯＩの後、３０分（±５分）および１時間（±５分）、２時間（±１０分）、４時間（±１０分）での薬物動態学的アセスメントのための血液の採取；併用の医薬ならびに有害事象（ＡＥ）アセスメントを含んだ。
ＤＲ−ＡおよびＤＲ−Ｂ、すべての用量レベルについての、サイクル１の８日目
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の前に行った研究手順は、ＳＯＩの前３０分以内のバイタルサイン；身体診察；臨床検査アセスメント、ＳＯＩの前の１時間以内のすべてのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取、ＳＯＩの前の１時間以内の薬物動態学的アセスメントのための血液の採取、ＥＣＯＧパフォーマンスステータス、併用の医薬ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の後に行った研究手順は、（注入の間）３０分（±３分）；（注入後）ＥＯＩ（＋５分）、ならびにＥＯＩに続いて１時間（±５分）および２時間（±１０分）でのバイタルサイン；ＥＯＩの後１時間以内のすべてのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取；ＥＯＩ（＋５分）、ならびにＥＯＩの後、３０分（±５分）、１時間（±５分）、２時間および４時間（±１０分）での薬物動態学的アセスメントのための血液の採取；併用の医薬ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
サイクル１の、ＤＲ−Ａについて１５日目およびＤＲ−Ｂについて１１日目
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の前に行った研究手順は、ＳＯＩの前３０分以内のバイタルサイン；身体診察；臨床検査アセスメント；ＳＯＩの前の１時間以内のすべてのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取；ＳＯＩの前の１時間以内の薬物動態学的アセスメントのための血液の採取；ＥＣＯＧパフォーマンスステータス；併用の医薬ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の後に行った研究手順は、（注入の間）３０分（±３分）；（注入後）ＥＯＩ（＋５分）、ならびにＥＯＩに続いて１時間（±５分）および２時間（±１０分）でのバイタルサイン；ＥＯＩ（＋５分）、ならびにＥＯＩの後、３０分（±５分）、１時間（±５分）；２時間、４時間、および８時間（±１０分）での薬物動態学的アセスメントのための血液の採取；ＥＯＩの１時間（＋５分）以内；ＥＯＩプラス１時間（±５分）；ＥＯＩの後、４時間、および８時間（±１０分）でのすべてのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取；併用の医薬；ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
サイクル１について、１６日目、ＤＲ−Ａおよび１２日目、ＤＲ−Ｂ
行った研究手順は、バイタルサイン；臨床検査アセスメント；前日のＳＯＩの後２４時間（±４時間）でのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取；研究医薬の開始の前に行った成功した研究生検を受けた患者についてのみ：治験責任医師の自由裁量によって、サイクル１の１５日目（ＤＲ−Ａ）もしくは１１日目（ＤＲ−Ｂ）の注入、またはサイクル２の１５日目（ＤＲ−Ａ）もしくは１１日目（ＤＲ−Ｂ）の注入の４８時間以内に行うバイオマーカーアセスメントのための針生検（生検が患者に相当な危険を引き起こさない限り）；１５日目（ＤＲ−Ａ）または１１日目（ＤＲ−Ｂ）ＳＯＩの後２４時間（±４時間）での薬物動態学的アセスメントのための血液の採取；前日のＳＯＩの後２４時間（±４時間）でのすべての薬力学的アセスメントのための血液の採取；併用の医薬；ｃＡＥアセスメント；ならびにスクリーニングにおいてＦＬＴ−ＰＥＴを受け、ＳＵＶ≧５を有する患者についてのＦＬＴ−ＰＥＴを含んだ。
サイクル１の、ＤＲ−Ａについて２２日目およびＤＲ−Ｂについて１８日目
行った研究手順は、バイタルサイン；臨床検査アセスメント−血液検査のみ；すべてのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取；併用の医薬；ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
サイクル１の、ＤＲ−Ａについて２９日目およびＤＲ−Ｂについて２２日目（−１日目から＋３日まで）／サイクル２、１日目
サイクル２で始まるそれに続くサイクルの間の必要条件において下記に列挙した手順を行った。注：「２２日目または２９日目」＝処置を続ける患者について次のサイクルの１日目。サイクル１の２２日目または２９日目／サイクル２の１日目の投与前評価は、次のサイクルの薬物投与の前の３日以内に行った。
患者がサイクル１を超えて処置を続けなかった場合、研究終了の来院のセクションにおける下記に列挙した手順を行った。
サイクル２で始まるそれに続くサイクルの間の必要条件
前のサイクルの、ＤＲ−Ａについて２９日目およびＤＲ−Ｂについて２２日目／サイクル２の１日目およびそれに続くサイクル
注：「２２日目または２９日目」＝処置を続ける患者について次のサイクルの１日目。前のサイクルの２２日目または２９日目／現在のサイクルの１日目の投与前評価は、薬物投与の前の３日以内に行った。
注：ＣＴＣを評価するための血液試料は、サイクル２またはそれに続くサイクルにおいて採取しなかった。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の前に行った研究手順は、ＳＯＩの前３０分以内のバイタルサイン；身体診察；３連で行う（読取の間に５〜１０分）、ＳＯＩの前３０分以内のＥＣＧ；臨床検査アセスメント；ＳＯＩの前の１時間以内の免疫原性のための血液の採取；ＳＯＩの前の１時間以内のバイオマーカーアセスメントのための血液の採取（ＭＩＣ−１のみ）；ＳＯＩの前の１時間以内の薬物動態学的アセスメントのための血液の採取（サイクル２のみ）；ＥＣＯＧパフォーマンスステータス；併用の医薬；ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の後に行った研究手順は、（注入の間）３０分（±３分）；（注入後）ＥＯＩ（＋５分）およびＥＯＩに続いて臨床的に示されるようにバイタルサイン；患者が、ａ）＞５００ミリ秒であるか；ｂ）投与前を超えて６０ミリ秒増加するか；またはｃ）投与前記録より５０ミリ秒減少する、ＱＴｃを有する場合のみ、３連で行う（読取の間に５〜１０分）、ＥＯＩ（＋５分）でのＥＣＧ；ＥＯＩの後１時間以内のバイオマーカーアセスメントのための血液の採取（ＭＩＣ−１のみ）；ＥＯＩ（＋５分）、ならびにＥＯＩの後、３０分（±５分）、１時間（±５分）、２および４時間（±１０分）での薬物動態学的アセスメントのための血液の採取（サイクル２のみ）；併用の医薬；ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
サイクル２およびそれ超の、ＤＲ−Ａの８日目ならびにＤＲ−Ｂの４日目および８日目
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の前に行った研究手順は、ＳＯＩの前３０分以内のバイタルサイン；身体診察；臨床検査アセスメント−血液検査のみ；ＥＣＯＧパフォーマンスステータス；併用の医薬；ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の後に行った研究手順は、（注入の間）３０分（±３分）；（注入後）ＥＯＩ（＋５分）およびＥＯＩに続いて臨床的に示されるようにバイタルサイン；併用の医薬；ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
サイクル２およびそれ超の、ＤＲ−Ａの１５日目およびＤＲ−Ｂの１１日目
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の前に行った研究手順は、ＳＯＩの前３０分以内のバイタルサイン；身体診察；臨床検査アセスメント；ＳＯＩの前の１時間以内のバイオマーカーアセスメントのための血液の採取（ＭＩＣ−１のみ）；ＳＯＩの前の１時間以内の薬物動態学的アセスメントのための血液の採取（サイクル２のみ）；ＥＣＯＧパフォーマンスステータス；併用の医薬；ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の投与の後に行った研究手順は、（注入の間）３０分（±３分）；（注入後）ＥＯＩ（＋５分）およびＥＯＩに続いて臨床的に示されるようにバイタルサイン；ＥＯＩの後１時間以内のバイオマーカーアセスメントのための血液の採取（ＭＩＣ−１のみ）；ＥＯＩ（＋５分）、ならびにＥＯＩの後、３０分（±５分）、１時間（±５分）、２時間および４時間（±１０分）での薬物動態学的アセスメントのための血液の採取（サイクル２のみ）；併用の医薬ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
サイクル２およびそれ超の、１６日目、ＤＲ−ＡおよびＤＲ−Ｂの１２日目
行った研究手順は、バイタルサイン、臨床検査アセスメント、１５日目または１１日目のＳＯＩの後２４時間（±４時間）でのバイオマーカーアセスメントのための血液の採取、１５日目または１１日目のＳＯＩの後２４時間（±４時間）での薬物動態学的アセスメントのための血液の採取（サイクル２のみ）、併用の医薬、ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
偶数サイクルの後
血液を免疫原性のために採取した。関連性のある疾患適応症を有する患者について、ベースライン測定のために使用した同じ手順、例えば、イメージング、身体診察、ならびに臨床検査をベースとするアッセイ（例えば、前立腺特異的抗原）に従って腫瘍のアセスメントを行った。
ＲＥＣＩＳＴまたはＩＷＧ基準によって定義したように「安定的な疾患」を達成した患者について、ＦＤＧ−ＰＥＴスキャンが示されたが、ただし、評価可能なＦＤＧ−ＰＥＴ−スキャンを、研究薬物による処置を開始する前に行った。
ＣＴイメージング
すべての患者は、最初の用量の前にＣＴ画像を受ける。投与レジメン−Ａ（ＤＲ−Ａ）において投与が開始した後、ＣＴ画像を、ＤＲ−Ａにおけるサイクル２およびその後の１つおきのサイクル、例えば、サイクル４、６、および８終了時に得る。投与レジメン−Ｂ（ＤＲ−Ｂ）において、ＣＴ画像は、ＤＲ−Ｂにおけるサイクル３およびその後の２つおきのサイクル、例えば、サイクル６、９、および１２における最後の注入の後に得る。画像は、最後の用量がそれらのサイクルにおいて投与される後ではあるが、１８日目の来院の前に得る。
研究終了時の来院
研究終了時の来院は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の最後の投与または研究からの離脱の後、３０（±２）暦日に行った。行った研究手順は、血清または尿についての妊娠、バイタルサイン、身体診察、ＥＣＧ、臨床検査アセスメント、免疫原性のための血液の採取、バイオマーカーアセスメントのための血液の採取、薬物動態学的アセスメントのための血液の採取、ＥＣＯＧパフォーマンスステータス、関連性のある疾患適応症を有する患者についてベースライン測定のために使用される同じ手順、例えば、イメージング、身体診察、ならびに臨床検査をベースとするアッセイ（例えば、前立腺特異的抗原）に続く腫瘍アセスメント、併用の医薬ならびにＡＥアセスメントを含んだ。
薬力学的アセスメント
薬力学的アセスメントのための血液試料を、下記の時点において採取した。
薬物動態学的（ＰＫ）アセスメント
薬物動態学的アセスメントのための血液試料を、下記の時点において採取した。
（実施例４）
さらなる研究
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１を、標準的な治療に対して難治性であるかもしくは不忍容性であるか、またはそのために標準的な治療が存在しない、ＷＴ ｐ５３を発現している進行した固形腫瘍またはリンパ腫を有する成人患者において安全性、忍容性、薬物動態および薬力学について評価した。図６は、一方向的なＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１が、ＷＴ ｐ５３の再活性化をもたらすＭＤＭＸおよび／またはＭＤＭ２を阻害するように設計されたことを示す。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、細胞膜を透過し、細胞核内に局在化することができた。さらなるＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、細胞内のタンパク質間相互作用、例えば、ｐ５３およびＭＤＭ２およびＭＤＭＸの間の相互作用を妨げることができる。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１のいくつかのｉｎ−ｖｉｖｏおよびｉｎ−ｖｉｔｒｏでの研究を行った。これらの研究において、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、ＭＤＭ２およびＭＤＭＸの両方にナノモル親和性を伴って結合し、遺伝子発現プロファイリングによるｉｎ ｖｉｔｒｏでの特定のオンターゲット機序のエビデンスを示した。さらに、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、ＭＤＭ２／ＭＤＭＸを過剰発現している異種移植片がんモデルにおいて、オンターゲットの薬物動態学的および薬力学的、または薬物動態学的／薬力学的活性との明らかな相関関係を伴って、腫瘍成長の抑制、ｐ５３依存性の細胞周期停止、アポトーシスおよび抗腫瘍活性を示した。
用量漸増相を設計して、固形腫瘍またはリンパ腫を有する患者においてＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１を評価した。用量漸増相は、腫瘍またはリンパ腫のタイプによって制限されなかった。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１を、肉腫、胃がん、非小細胞肺がん、卵巣がんおよび胸腺腫を有する患者に投与した。場合によって、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１を使用して、ＷＴ ｐ５３が５０％超の患者において行き渡っている腫瘍およびリンパ腫を処置した。ｐ５３野生型ステータスは、少なくとも１９の異なる腫瘍タイプに苦しんでいる患者の５０％超において行き渡っている。このように、適応症の可能性は、オーファン適応症または大きな市場機会によって変化することができる。例えば、図７を参照されたい。
ｐ５３シグナル活性化研究を行い、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１が、ＷＴ ｐ５３と比較して変異ｐ５３を有するがん細胞系に対する差次的効果を有したかを決定した。研究において、本発明者らは、種々の異なるがんに亘る３１２の細胞系におけるＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の効果を測定し、変異ｐ５３を有する細胞系およびＷＴ ｐ５３を有する細胞系におけるＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の効果を比較した。図８を参照されたい。２０７の変異ｐ５３細胞系において、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は識別可能な効果を有さなかったが、１０５のＷＴ ｐ５３細胞系において、大半が腫瘍細胞死を示した。図８を参照されたい。腫瘍細胞死を示さなかったＷＴ ｐ５３細胞系は、ヒトパピローマウイルス、またはＨＰＶと関連するＷＴ ｐ５３細胞系、関連するがん、例えば、子宮頸がんおよび頭頸部がんを含んだ。ＷＴ ｐ５３および応答性腫瘍に集中することによって、本発明者らは、本発明者らの生成物候補からの応答のより良好な可能性を有することができる患者集団を予測することができる。
別の研究において、ＭＤＭ２およびＭＤＭＸへのＷＴ ｐ５３およびＭＤＭ２小分子阻害剤の結合親和性に対する、ＭＤＭ２またはＭＤＭＸへのＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の結合親和性を測定した。受容体への薬物の親和性は、どのように効果的にその薬物がその標的に結合するかの尺度であり、オンターゲット効果およびオフターゲット毒性についての可能性についての洞察を提供することができる。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、ＷＴ ｐ５３より高い親和性を伴ってＭＤＭ２および／またはＭＤＭＸに結合するように設計されたが、その結果、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、ｐ５３の代わりにＭＤＭ２および／またはＭＤＭＸに結合することによって、ＷＴ ｐ５３へのＭＤＭ２および／またはＭＤＭＸの結合を妨げる。このような結合は、ｐ５３が放出および活性化されることを可能とすることができる。この研究において、本発明者らはまた、この標的への結合を示さなかったＭＤＭＸへの小分子ＭＤＭ２阻害剤の結合親和性を測定した。下記の表１４は、ＷＴ ｐ５３および小分子ＭＤＭ２阻害剤に対して、ＭＤＭ２およびＭＤＭＸに結合するＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の能力を示す。
Ｉｎ Ｖｉｖｏ
本発明者らは、両方の固形腫瘍におけるＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の効果を研究した。図９ａおよび９ｂにおいて示した研究において、本発明者らは、ＭＤＭＸによって誘起されるＭＣＦ−７乳がん異種移植片モデルにおいて静脈内、またはＩＶ注射によって投与されたＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の効果を評価した。この研究において、本発明者らはＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１およびビヒクルによる処置の異なる用量、スケジュールおよび期間を評価し、腫瘍体積成長に対する効果を決定した。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、これらの用量が２８日の期間の間週２回投与されたとき、２．５ｍｇ／ｋｇから５ｍｇ／ｋｇから１０ｍｇ／ｋｇおよび２０ｍｇ／ｋｇの範囲の用量で統計的に有意な腫瘍成長阻害を示した。図１１ａおよび１１ｂを参照されたい。
毒物学および非臨床的安全性実験
ラットおよびサルにおけるピボタルな４週間の複数用量ＧＬＰ研究は、最初の臨床レジメンとして計画した週に１回のＩＶ投与よりむしろ週に２回のＩＶ投与を利用した。研究は、投与および回復期間の両方の間の用量および曝露が関連するアセスメントを提供し、結果を利用して、最大耐用量（ＭＴＤ）を定義し、ラットの１０％について重度中毒量（ＳＴＤ１０）、およびサルにおける最も高い非重度中毒量（ＨＮＳＴＤ）を推定した。不忍容性のすべての肉眼的および顕微鏡レベルの徴候（例えば、器官重量の低減、複数組織の出血および肝臓の壊死の散発的な所見）、ならびに血清化学パラメーターにおける変化は、両方の種における赤血球（ＲＢＣ）、血小板および／もしくは白血球（ＷＢＣ）の枯渇、または食欲不振症および脱水に続発すると考えられた。回復アセスメントは、髄細胞生存、ならびにすべての関連する血液学的および２次的毒性の可逆性と一致する修復性および代償性変化を明らかにした。
両方の動物種におけるＤＬＴは、骨髄における造血細胞、特に、巨核球系列の細胞の抑制と関連するようであり、末梢血血小板における相当な減少をもたらし、これは投与の休止による回復を示した。図７を参照されたい。
ラットにおけるＳＴＤ１０は、回復の間の血液検査サンプリングのためのサテライト群において、１匹の動物の死亡率に基づいて１０ｍｇ／ｋｇで定義した。サルにおけるＨＮＳＴＤは、この最も低い用量レベルにおける相当な血小板減少の完全な欠如に基づいて、５ｍｇ／ｋｇで定義した。しかし、サルの殆どすべては、中用量および高用量レベルにおいて、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１投与に忍容性良好であった。これらの用量レベルのそれぞれにおける１匹の動物のみが、相当な血小板減少（＜１００，０００×１０６／ｍｌ）を発生させた。
ラットは、最大耐用量における曝露に基づいて、サルよりＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の骨髄および血液学的効果に対してより感受性である。ラットＳＴＤ１０（１０ｍｇ／ｋｇでＡＵＣ０−∞＝５６２μｇ・時間／ｍＬ）における曝露は、サルにおいてＨＮＳＴＤの曝露未満であった（５ｍｇ／ｋｇでＡＵＣ０−∞＝８１３μｇ・時間／ｍＬ）。これらのｉｎ ｖｉｖｏでの結果は、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの発光法による血液毒性アッセイ（ＨＡＬＯ）から得たものと相関する。これらの調査において、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は一般に、サルまたはヒトからのものより大きな程度までラットからの骨髄前駆細胞の誘発された増殖を阻害した。ＩＣ５０値は、サルまたはヒト細胞についてよりラット細胞について約２倍〜８倍高かったが、最も大きな差異が巨核球コロニー形成細胞、血小板前駆体について留意された。これらの結果は、ｉｎ ｖｉｖｏでの所見と相関し、最大耐用量における用量および曝露に基づいて、ラットはサルよりＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の骨髄および血液学的効果に対してより感受性であることを示す。これらの結果はまた、ヒトにおける潜在的な骨髄および血液学的な毒性レベルを予想することに関して、サルの薬物動態学的−薬力学的データが、ラットのデータより臨床的に関連性があり得ることを示唆する。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、バクテリア変異原性（Ａｍｅｓ）、染色体異常（ヒト末梢血リンパ球）およびｉｎ ｖｉｖｏでの小核（ラット骨髄）アッセイを含めた遺伝子毒物学研究において陰性であった。安全性薬理学研究を行って、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのｈＥＲＧカリウムチャネル、およびカニクイザルにおける心機能に対するＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の効果をアセスメントした。これらの研究において有意な有害な所見は存在しなかった。
４週間のＧＬＰ毒性研究において用いられる週に２回のＩＶ投与スケジュールと比較して、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１のファースト−イン−ヒューマン臨床治験は、３週間の週に１回のＩＶ投与を最初にアセスメントする。さらに、Ａｉｌｅｒｏｎ試験ペプチド−１により誘発される血液学的効果の示された可逆性、通例の臨床検査測定でこのような所見を検出する能力、および有効な支持療法の利用可能性、すべては、クリニックにおけるさらなる安全マージンを提供する。
薬物動態および吸収、分布、代謝および排泄
ラットにおいて、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は一般に、ＣｍａｘおよびＡＵＣにおいて直線的な用量比例的増加を示した。４週間のラットＧＬＰ毒性研究において、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１のＣｍａｘは、４９．９〜１８６μｇ／ｍＬの範囲であり、ＡＵＣ０−∞は、９０．５〜５６２μｇ・時間／ｍＬの範囲であり、クリアランスは、１９．２〜２８．３ｍＬ／時間／ｋｇの範囲であった。半減期（ｔ１／２）値は、決定の変数係数（ｒ２＜０．９）によって計算することができなかった。
非ヒト霊長類において、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は一般に、用量と共に比例的に増加した曝露を示したが、４週間のサルＧＬＰ毒性研究において、曝露における明らかなプラトーが、高用量群（２０ｍｇ／ｋｇ）において観察された。研究において、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１のＣｍａｘは、１３３〜５６２μｇ／ｍＬの範囲であり、ｔ１／２は、３．７〜６．０時間の範囲であり、ＡＵＣ０−∞は、８１３〜１，６００μｇ・時間／ｍＬの範囲であり、クリアランスは、６．５〜１３．８ｍＬ／時間／ｋｇの範囲であった。
ＧＬＰ毒性研究において、薬物動態パラメーターにおいて相当な性別に基づく差異は、ラットまたはサルにおいて観察されず、週に２回のスケジュールでの繰返しの用量に続いて蓄積は観察されなかった。
タンパク質分解は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の予想される主要な生体内変換経路である。主な代謝物であるＡｉｌｅｒｏｎペプチド代謝物−１は、３−アミノ酸のトランケーションであり、環状ペプチドポーションは損なわれておらず、同じ代謝物プロファイルは、サル、ラット、マウスおよびヒトの凍結保存された肝細胞によるｉｎ ｖｉｔｒｏでの安定性研究において留意された。単回投与ラット研究において、肝胆道代謝および除去は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１についての主なクリアランス経路を表し、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド代謝物−１は、胆汁において観察される主要な排泄産物である。
Ｉｎ ｖｉｔｒｏでの研究は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１が試験したチトクロムＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームの阻害剤ではないことを明らかにした。ＣＹＰ誘発についてのｉｎ ｖｉｔｒｏでのアッセイはまた、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１による処置が関連する相当な効果を示さなかった。これらの所見に基づいて、ＣＹＰが媒介する機序によってクリアランスされる併用の医薬についての臨床的に関連性がある薬物間相互作用の潜在性は、低いと見なされる。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１を、通常の輸送体に対してｉｎ ｖｉｔｒｏで試験し、臨床的に関連性があり得る濃度（例えば、高用量レベルのＣｍａｘで）での有機アニオン輸送体ポリペプチド（ＯＡＴＰ）メンバーであるＯＡＴＰ１Ｂ１およびＯＡＴＰ１Ｂ３、ならびに胆汁酸塩排泄ポンプ（ＢＳＥＰ）の＞９０％阻害が観察された。これらの知見に基づいて、肝胆道輸送体によって相当にクリアランスされる医薬（例えば、メソトレキセート、スタチン）とのＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１による臨床的に関連性がある薬物間相互作用の潜在性を考慮すべきである。
Ｉｎ Ｖｉｖｏ
オープンラベル、多施設、用量漸増、２アーム研究を使用して、標準的な治療に対して難治性であるかもしくは不忍容性であるか、またはそのために標準的な治療が存在しない、ＷＴ ｐ５３を発現している進行した固形腫瘍またはリンパ腫を有する患者において静脈内（ＩＶ）注入によって投与されたＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の安全性、忍容性、薬物動態学的、薬力学的および抗腫瘍効果を評価するために設計した。研究は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の最大耐用量もしくはＭＴＤまたは最適な生物学的用量もしくはＯＢＤを確立するための用量漸増相、およびＭＴＤまたはＯＢＤにおけるＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の臨床的安全性プロファイルおよび可能性のある有効性を調査する用量拡大相を含んだ。研究の拡大相において、特定の固形腫瘍またはリンパ腫を有する患者の別個の群においてＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１を研究した。固形腫瘍またはリンパ腫の選択は、用量漸増相の結果、およびさらなる非臨床薬理学研究からのデータに基づいて最終決定した。後者は、複数の固形がん細胞系、例えば、乳房、膀胱、頭部／頸部、胃腸、またはＧＩ、肝臓、肺、膵臓、前立腺および肉腫の調査を含み、腫瘍タイプに亘るおよび腫瘍タイプ内のＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１に対する細胞系感受性の比較を容易にした。治験の用量漸増相および用量拡大相における患者の処置は、疾患の進行の文書化、容認できない毒性、または治療を中断する患者もしくは医師の決断まで続けた。
用量漸増相は、「３＋３」用量漸増設計に基づく。用量漸増相において、最初の２用量レベルにおける患者は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１を、２８日毎に３週間、週１回を受けた。より高い用量レベルにおける患者は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１を２８日サイクルについて週に１回連続３週間、または２１日サイクルについて週に２回連続２週間受けた。図１０を参照されたい。
標準的な治療を終了したか、またはそのために標準的な治療が利用可能でなく、用量群４ｂまでの登録を完了し、用量群５ａにおいて登録した患者である、固形腫瘍またはリンパ腫を有する患者は、用量漸増相に登録した。ＨＰＶはＷＴ ｐ５３を不活性化することが公知であるため、既知のＨＰＶ−関連を伴うがんを患っている患者は登録から除外した。このような期日について含まれる腫瘍タイプは、非小細胞肺がん、様々なタイプの肉腫、胆管癌、腺様嚢胞癌、濾胞性非ホジキンリンパ腫、胸腺腫、前立腺がん、子宮内膜がん、および卵巣がんである。本発明者らの治験は主に安全性および忍容性に焦点を当てているため、本発明者らは、相対的に低い用量レベルでの投与を開始し、プロトコルは最初の３つの用量レベルにおける患者がｐ５３−野生型またはＨＰＶ−陰性であることを必要としなかった。
本発明者らの治験のための特定のｐ５３患者を同定するために、本発明者らは、中央検査室を用いて、次世代シークエンシングを使用して、ｐ５３ステータスについて治験に登録した患者からの保管された腫瘍組織試料および新鮮な生検材料試料の両方を試験した。それらの用量レベルに登録された１３人の患者のうち１２人は、ＷＴステータスを有することが確認された。用量レベル４で開始して、ＷＴ ｐ５３ステータスは、必須の適格性基準であった。
この治験において、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１に対する臨床活性または応答を、薬力学的バイオマーカーおよび画像処理アセスメントの両方を使用することによってアセスメントした。薬力学的バイオマーカーは、本発明者らに、オンターゲット活性、特定の患者タイプの応答、および腫瘍に対する効果についての早期の洞察についての情報を提供した。治験の一部として、本発明者らはまた、生体試料の様々な異なる源、例えば、腫瘍生検材料、検出可能である場合は循環性腫瘍細胞、単核血液細胞および血液試料における可能性のある薬力学的バイオマーカーに対するＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１の効果をアセスメントした。試料タイプによって、それらの薬力学的バイオマーカーは、ＭＤＭＸ、ＭＤＭ２、ｐ２１、ｐ５３、アポトーシスおよびマクロファージ阻害性サイトカイン−１、またはＭＩＣ−１の測定を含む。さらに、本発明者らは、投与されるサイクル数によって、患者からの標準的な画像処理アセスメント、例えば、コンピューター断層撮影法、またはＣＴ、磁気共鳴イメージング、骨スキャンおよびＰＥＴスキャンを受け取った。ＣＴ−イメージングは、２８日サイクル群においてサイクル２、およびその後の２サイクル毎終了時に、ならびに２１日サイクル群においてサイクル３、およびその後の３サイクル毎終了時に行った。それによって腫瘍が進行したか、安定化したか、または収縮したかを本発明者らが客観的に評価することを可能とする、固形腫瘍を有する患者のためのＲＥＣＩＳＴ、およびリンパ腫を有する患者のための基準である２０１４ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｗｏｒｋｉｎｇ ＧｒｏｕｐまたはＩＷＧを使用して、本発明者らは抗腫瘍活性を測定した。さらに、抗腫瘍効果は、身体診察または臨床的に検証した血清腫瘍マーカーによって決定することができる。
薬物動態プロファイル
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、肝臓および胃腸の酵素からの代謝的な影響を回避する潜在的な利益、ならびに用量漸増による再現性のある全身的バイオアベイラビリティーについての能力を鑑みて、ＩＶ投与で全身的に送達した。図１１ａにおいて示すように、コホート１（０．１６ｍｇ／ｋｇ）、２（０．３２ｍｇ／ｋｇ）、３ａ（０．６４ｍｇ／ｋｇ）、３ｂ（０．３２ｍｇ／ｋｇ）、４ａ（１．２５ｍｇ／ｋｇ）について、用量レベルにおいて薬物濃度を測定した。患者において、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、観察される最大薬物血清濃度、またはＣｍａｘにおける用量依存的な増加、および８時間〜１０時間のより長い対応する半減期を一貫して生じさせてきた。この半減期は、ＷＴ ｐ５３を再活性化し、遺伝子の転写の調節を開始させるプロセスを始めるのに適当である。
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、患者毎および用量毎の再現性のあるプロファイルを示し、有効性および安全性を予測するより高い用量レベルについての曝露の予想を可能とする。図１１ｂは、用量レベル１（０．１６ｍｇ／ｋｇ）、２（０．３２ｍｇ／ｋｇ）および３（０．６４ｍｇ／ｋｇ）における測定した薬物濃度；ならびに用量レベル４（１．２５ｍｇ／ｋｇ）、５（２．５ｍｇ／ｋｇ）、および６（５．０ｍｇ／ｋｇ）についての予測値を示す。
図１２は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の薬物動態学的モデルを示す。ペプチドは、非線形ミカエリスメンテンクリアランスおよび線形除去を示す。
安全性の結果
Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、治験責任医師によってすべての用量レベルにおいて忍容性良好であると考えられた。報告される用量制限毒性も、研究が関連する重篤な有害事象も存在しなかった。非血液学的安全性から判断すると、最も一般な関連する有害事象は、悪心および疲労である。血液学的安全性から判断すると、最初の２つの用量レベル１および２は、サイクル１および２の間に血球減少を示さず、一方、用量レベル３Ａ、３Ｂおよび４Ａでは、患者は、軽度から中等度の貧血、軽度の血小板減少および軽度の好中球減少の薬物が関連する事象を示した。用量レベル３Ｂでの１人の患者は、治験責任医師が研究医薬とほぼ確実に関連すると報告した、グレード４の好中球減少を経験した。患者の全血球計算値は、グレード２の白血球減少症、グレード１の貧血およびグレード１の血小板減少のトラフ値を提示した。２つの併用の医薬は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１による処置が開始したのと概ね同じ時間に開始したが、これらの両方は、好中球減少が起こることと関連することが疑われた。患者の好中球減少および薬物曝露の間に関連はなく、患者の最後の全血球計算値は、グレード３の好中球減少への改善を示し、好中球減少について処置は投与せず、感染性合併症は報告されなかった。
治験責任医師による４回の公式安全性評価会議は、ＤＬＴを確認しない。ＤＬ１、２および３Ａについて、２倍の用量で漸増させる一致した決断が存在した。ＤＬ３Ｂについて、ＤＬ４Ｂにおけるフィボナッチによって漸増させる一致した決断が存在した。新たな用量は、０．６４ｍｇ／Ｋｇの代わりに０．５３ｍｇ／Ｋｇであり得る。
血液学的および非血液学的有害事象は一般に、本発明者らの前臨床毒物学プロファイルと一致した。
・遺伝毒性なし
・免疫原性なし
・心血管の安全性において関連性のある所見なし
・ＧＩ毒性を示唆する関連性のある所見なし
・用量規定毒性として骨髄抑制なし
バイオマーカーアセスメント
用量漸増相において、本発明者らは、いくつかの探索的バイオマーカーを使用して、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の薬理学的またはオンターゲット生物活性を確認し、患者の補充を助け、用量選択について通知する助けをした。
薬力学的バイオマーカーは、ＭＤＭＸ、ＭＤＭ２、ｐ２１、ｐ５３、アポトーシスおよびＭＩＣ−１について受けた。そのために本発明者らがデータを受けた最初のバイオマーカーは、ＭＩＣ−１である。ＭＩＣ−１は、ｐ５３が活性化されている場合、血液中で容易に測定される分泌されたｐ５３が調節するサイトカインであり、ｐ５３活性化についてのバイオマーカーとしての役割を果たすことができる。通常の条件下で、ｐ５３発現は低いままであり、対応する無視できるレベルのＭＩＣ−１をもたらす。しかし、ＷＴ ｐ５３活性化が腫瘍に応答して起こるとき、これはまた、増加したレベルのＭＩＣ−１に至る。本発明者らは、最初の注入の１時間前、および再び最初の注入の２４時間後にＭＩＣ−１を測定した。用量レベル１から用量レベル４Ａの範囲の用量レベルの患者において、本発明者らは、ＭＩＣ−１の増加において統計的に有意な用量依存的な応答を観察した。図１３を参照されたい。
さらに、４人の患者からの単核血液細胞は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１が細胞膜を透過し、ｐ５３シグナル伝達を活性化させることを確認した。本発明者らは、（ａ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の注入の終了時、（ｂ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の注入の終了後１時間、および（ｃ）Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１の注入の終了後４時間における、４人の患者からの単核血液細胞における細胞内のｐ５３およびｐ２１の量を測定した。図１４において見られるように、細胞内のｐ５３のレベルの１．８倍の増加、および細胞内のｐ２１のレベルの約３倍の増加が観察された。
このように、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は細胞膜を透過し、細胞核内に局在化し、ＷＴ ｐ５３を放出すると本発明者らは結論付ける。ベースラインからのＭＩＣ−１レベルの少なくとも８倍の増加は、ｐ５３再活性化のために必用とされる最小用量についてのガイダンスの役割を果たす。
全体的に、少なくとも２つの独立したバイオマーカー研究は、細胞内のｐ５３シグナル伝達のＡｉｌｅｒｏｎペプチド−１が媒介する活性化を支持する。（ｉ）ＭＩＣ−１血清−タンパク質（ＥＬＩＳＡによって測定するように）：用量応答関係、ならびに（ｉｉ）血液細胞中のｐ５３およびｐ２１の増加（フローサイトメトリーによって測定するように）。
有効性
客観的な腫瘍応答は、治験における有効性についてのエンドポイントである。２８日サイクル群における患者は、ベースラインにおいて、および２サイクルの治療のあと再び、または最初の投与に続いて概ね５６日以内において測定を受ける。２１日サイクル群における患者は、ベースラインにおいて、および３サイクルの治療のあと再び、または最初の投与に続いて概ね６３日以内において測定を受ける。ＲＥＣＩＳＴ基準の定義は下記の通りである。
・安定的な疾患、またはＳＤ：研究中の最も小さな合計直径を参照として、部分応答に適格である十分な縮小でもなく、進行に適格である十分な増加でもない。
・部分応答、またはＰＲ：ベースライン合計直径を参照として、標的病変の直径の合計の少なくとも３０％の減少。
・完全応答、またはＣＲ：すべての標的病変の消失。病的なリンパ節は、標的または非標的であろうとなかろうと、１０ミリメートル未満への短軸における低減を有さなければならない。
少なくとも２サイクルの処置を完了した患者、幾人かの患者は、安定的な疾患を有することを試験は示す。Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１は、安定的な疾患率を示す。図１５を参照されたい。
下記の表１５は、Ａｉｌｅｒｏｎペプチド−１で処置された例示的な患者を示す。これらの患者は、野生型または変異ｐ５３を有する一連の固形腫瘍を包含した。表１６において見られるように、２／３サイクルの処置の後、患者４、５、７、８、１０、１１および１５のそれぞれは安定的な疾患を有する一方、患者２、６および１２のみが、進行性疾患を示した。３／４処置サイクルを完了した後、患者１１は、安定的な疾患を示し続けた。ここで使用するように、安定的な疾患は、研究中の最も小さな合計直径を参照として、部分応答に適格である腫瘍の十分な縮小もなく、進行に適格である十分な増加もない状況を指す。

Claims (227)

  1. ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定された固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体においてｐ５３不活性化変異を欠いていると決定された固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、該ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する、方法。
  2. ｐ５３不活性化変異を欠いている固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体においてｐ５３不活性化変異を欠いている固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、該ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する、方法。
  3. ｐ５３遺伝子においてｐ５３不活性化変異を有する固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体においてｐ５３遺伝子においてｐ５３不活性化変異を有する固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、該ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する、方法。
  4. 固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、該ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、該固形腫瘍は、ｐ５３タンパク質発現について陰性ではない（例えば、野生型ｐ５３タンパク質、または部分的機能性を有する変異ｐ５３タンパク質を発現している固形腫瘍）、方法。
  5. 固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、該ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、該固形腫瘍は、機能獲得型変異を有するｐ５３タンパク質（例えば、スーパーアポトーシス性ｐ５３）を発現している、方法。
  6. 固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、該ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、該固形腫瘍は、機能の部分的な喪失をもたらす変異を有するｐ５３タンパク質を発現している、方法。
  7. 固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、該ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、該固形腫瘍中の細胞は、ｐ５３遺伝子の単一のゲノムコピーのみからのｐ５３を発現している（例えば、該細胞は、コピー喪失変異を有し、例えば、ハプロ不全である）、方法。
  8. 固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、該ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、該固形腫瘍は、１つもしくは複数のサイレント変異を有するｐ５３タンパク質を発現している、方法。
  9. 固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、該ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合し、該固形腫瘍中の細胞は、ｐ５３発現について陰性である、方法。
  10. 前記固形腫瘍中の細胞が、前記ｐ５３遺伝子の１コピーにおいて前記ｐ５３不活性化変異を有する、請求項３に記載の方法。
  11. 前記固形腫瘍中の細胞が、ｐ５３遺伝子の第２のコピーにおける第２のｐ５３不活性化変異を有する、請求項１０に記載の方法。
  12. 前記ｐ５３遺伝子の１コピーにおいて前記ｐ５３不活性化変異が、ｐ５３遺伝子の前記第２のコピーにおける前記第２のｐ５３不活性化変異と同じである、請求項１１に記載の方法。
  13. 前記ｐ５３遺伝子の１コピーにおいて前記ｐ５３不活性化変異が、ｐ５３遺伝子の前記第２のコピーにおける前記第２のｐ５３不活性化変異と異なる、請求項１１に記載の方法。
  14. 前記ｐ５３遺伝子における前記ｐ５３不活性化変異が、該ｐ５３遺伝子からのｐ５３タンパク質発現の欠如、または機能の部分的な喪失を有する部分的なｐ５３タンパク質の発現をもたらす、請求項３または１０から１３に記載の方法。
  15. ｐ５３遺伝子の前記第２のコピーにおける前記第２のｐ５３不活性化変異が、該ｐ５３遺伝子からのｐ５３タンパク質発現の欠如、または機能の部分的な喪失を有する部分的なｐ５３タンパク質の発現をもたらす、請求項３または１０から１３に記載の方法。
  16. 前記固形腫瘍の前記細胞が、ｐ５３遺伝子のコピーにおける少なくとも１つの変異を有し、該変異が、非変異ｐ５３遺伝子のコピーから発現した野生型ｐ５３と比較して、該ｐ５３遺伝子のコピーから発現したｐ５３タンパク質の活性を除去または低減させる、請求項２から１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. 固形腫瘍を処置することを必要とするヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子または治療的同等量の薬学的に許容されるその塩を含む医薬組成物を投与するステップを含み、該ペプチド模倣大環状分子は、ＭＤＭ２タンパク質および／またはＭＤＭＸタンパク質に結合する、方法。
  18. 前記ペプチド模倣大環状分子が、ｐ５３およびＭＤＭ２およびＭＤＭＸの間の相互作用を妨げる、請求項１から１７のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記医薬組成物の投与の前に、前記固形腫瘍における前記ｐ５３不活性化変異の欠如を決定するステップを含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記ｐ５３不活性化変異の欠如を前記決定するステップが、前記固形腫瘍における野生型ｐ５３の存在を確認することを含む、請求項１９に記載の方法。
  21. 前記固形腫瘍におけるｐ５３機能獲得型変異の存在を決定するステップを含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記固形腫瘍におけるｐ５３の不活性化変異の存在を決定するステップを含む、請求項２から１８のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記固形腫瘍におけるｐ５３のコピー喪失変異の存在を決定するステップを含む、請求項２から１８のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記固形腫瘍におけるＰ５３の部分的な機能喪失型変異の存在を決定するステップを含む、請求項２から１８のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記医薬組成物の投与の前に前記固形腫瘍における前記ｐ５３不活性化変異の欠如を確認するステップをさらに含む、請求項１から２４のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記ｐ５３不活性化変異の欠如を前記確認するステップが、前記固形腫瘍における野生型ｐ５３の存在を確認することを含む、請求項２５に記載の方法。
  27. 前記固形腫瘍におけるｐ５３機能獲得型変異の存在を確認するステップを含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。
  28. 前記固形腫瘍におけるｐ５３の不活性化変異の存在を確認するステップを含む、請求項２から１８のいずれか一項に記載の方法。
  29. 前記固形腫瘍におけるｐ５３のコピー喪失変異の存在を確認するステップを含む、請求項２から１８のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記固形腫瘍におけるＰ５３の部分的な機能喪失型変異の存在を確認するステップを含む、請求項２から１８のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記決定するステップまたは前記確認するステップが、前記医薬組成物の投与の前１〜１５カ月以内に行われる、請求項１９から３０のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記決定するステップまたは前記確認するステップが、前記医薬組成物の投与の前１〜１２カ月以内に行われる、請求項１９から３０のいずれか一項に記載の方法。
  33. 前記決定するステップまたは前記確認するステップが、前記医薬組成物の投与の前１〜３カ月以内に行われる、請求項１９から３０のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記決定するステップまたは前記確認するステップが、前記医薬組成物の投与の前１カ月以内に行われる、請求項１９から３０のいずれか一項に記載の方法。
  35. 前記決定するステップまたは前記確認するステップが、前記医薬組成物の投与の前２１日以内に行われる、請求項１９から３０のいずれか一項に記載の方法。
  36. 前記決定するステップまたは前記確認するステップが、前記医薬組成物の投与の最大約１年前に行われる、請求項１９から３０のいずれか一項に記載の方法。
  37. 前記決定するステップまたは前記確認するステップが、前記医薬組成物の投与の最大約２年前に行われる、請求項１９から３０のいずれか一項に記載の方法。
  38. 前記決定するステップまたは前記確認するステップが、前記医薬組成物の投与の最大約３年前に行われる、請求項１９から３０のいずれか一項に記載の方法。
  39. 前記処置が、前記ヒト被験体においてｐ５３経路の再活性化、腫瘍細胞増殖の減少、ｐ５３タンパク質の増加、ｐ２１の増加、および／またはアポトーシスの増加をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  40. ある用量の前記医薬組成物が、週２回または３回投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  41. ある用量の前記医薬組成物が、週２回またはそれ超投与される、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
  42. ある用量の前記医薬組成物が、２週間または３週間毎に１回投与される、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
  43. ある用量の前記医薬組成物が、１週間または２週間毎に１回投与される、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
  44. ある用量の前記医薬組成物が、２８日サイクルの１日目、８日目および１５日目に投与される、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
  45. ある用量の前記医薬組成物が、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目に投与される、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
  46. 投与される前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩の量が、前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．５〜２０ｍｇである、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  47. 投与される前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩の量が、前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．５〜１０ｍｇである、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  48. 投与される前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩の量が、前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．０４ｍｇ、０．０８ｍｇ、０．１６ｍｇ、０．３２ｍｇ、０．６４ｍｇ、１．２８ｍｇ、３．５６ｍｇ、７．１２ｍｇ、または１４．２４ｍｇである、請求項１から４５のいずれか一項に記載の方法。
  49. 投与される前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩の量が、前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、１０．０ｍｇ、または２０．０ｍｇであり、前記医薬組成物が、週２回投与される、請求項１から４５のいずれか一項に記載の方法。
  50. 投与される前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩の量が、前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、または１０．０ｍｇであり、前記医薬組成物が、週２回投与される、請求項１から４５のいずれか一項に記載の方法。
  51. 投与される前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩の量が、前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．３２ｍｇ、０．６４ｍｇ、１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、または５．０ｍｇであり、前記医薬組成物が、週２回投与される、請求項１から４５のいずれか一項に記載の方法。
  52. 投与される前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩が、前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．３２ｍｇ、０．６４ｍｇ、１．２５ｍｇ、２．５ｍｇまたは５．０ｍｇであり、前記医薬組成物が、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目、１１日目に投与される、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
  53. 投与される前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩が、前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約０．１６ｍｇ、０．３２ｍｇ、０．６４ｍｇ、１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇまたは１０ｍｇであり、前記医薬組成物が、２８日サイクルの１日目、８日目、および１５日目に投与される、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
  54. 投与される前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩の量が、前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、１０．０ｍｇ、または２０．０ｍｇであり、前記医薬組成物が、週１回投与される、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
  55. 投与される前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩の量が、前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、または１０．０ｍｇであり、前記医薬組成物が、週１回投与される、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
  56. 投与される前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩の量が、前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、１０．０ｍｇ、または２０．０ｍｇであり、前記医薬組成物が、１日１回、７日の期間において３回、５回または７回投与される、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
  57. 前記医薬組成物が、１日１回、７日の期間において７回静脈内に投与される、請求項３９に記載の方法。
  58. 投与される前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩の量が、前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり、約１．２５ｍｇ、２．５ｍｇ、５．０ｍｇ、または１０．０ｍｇであり、前記医薬組成物が、１日１回、７日の期間において３回、５回または７回投与される、請求項１から４５のいずれか一項に記載の方法。
  59. 前記医薬組成物が、１日１回、７日の期間において７回静脈内に投与される、請求項１から８１２のいずれか一項に記載の方法。
  60. 前記医薬組成物が、０．２５時間、０．５時間、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、または１２時間の期間に亘り投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  61. 前記医薬組成物が、０．２５〜２．０時間の期間に亘り投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  62. 前記医薬組成物が、１時間の期間に亘り徐々に投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  63. 前記医薬組成物が、２時間の期間に亘り徐々に投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  64. 前記処置が、処置の開始の後１カ月の期間以内に、約９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％の腫瘍体積の低減をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  65. 前記処置が、処置の開始の後１カ月の期間以内に、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の腫瘍体積の低減をもたらす、請求項１から６３のいずれか一項に記載の方法。
  66. 前記処置が、処置の開始の後１年の期間以内に、約９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％の腫瘍体積の低減をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  67. 前記処置が、処置の開始の後１年の期間以内に、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の腫瘍体積の低減をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  68. 前記処置が、処置の開始の後６カ月の期間以内に、約９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％の腫瘍体積の低減をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  69. 前記処置が、処置の開始の後６カ月の期間以内に、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の腫瘍体積の低減をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  70. 前記処置が、処置の開始の後３カ月の期間以内に、約９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％の腫瘍体積の低減をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  71. 前記処置が、処置の開始の後３カ月の期間以内に、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の腫瘍体積の低減をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  72. 前記固形腫瘍が、安定的な疾患である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  73. 前記処置が、前記ヒト被験体が前記ペプチド模倣大環状分子で処置されなかった場合に該ヒト被験体の予想される生存時間と比較して、該ヒト被験体の生存時間の増加をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  74. 前記ヒト被験体の前記生存時間の前記増加が、少なくとも３０日である、請求項７３に記載の方法。
  75. 前記ヒト被験体の前記生存時間の前記増加が、少なくとも３カ月である、請求項７３に記載の方法。
  76. 前記ヒト被験体の前記生存時間の前記増加が、少なくとも６カ月である、請求項７３に記載の方法。
  77. 前記ヒト被験体の前記生存時間の前記増加が、少なくとも１年である、請求項７３に記載の方法。
  78. 前記ペプチド模倣大環状分子のｉｎ ｖｉｖｏでの循環半減期が、約１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間または１２時間である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  79. 前記ペプチド模倣大環状分子のｉｎ ｖｉｖｏでの循環半減期が、約４時間である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  80. 前記ペプチド模倣大環状分子のｉｎ ｖｉｖｏでの循環半減期が、約６時間である、請求項１から７８のいずれか一項に記載の方法。
  81. 前記ペプチド模倣大環状分子の生物組織半減期が、約１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間または１２時間である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  82. 前記ペプチド模倣大環状分子の生物組織半減期が、約１０時間である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  83. 前記ヒト被験体が、前記固形腫瘍の１つもしくは複数の他の処置に対して難治性および／または不忍容性である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  84. 前記ヒト被験体が、前記固形腫瘍の少なくとも１つの不成功である従前の処置および／または治療を受けている、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  85. 前記固形腫瘍が、野生型ｐ５３タンパク質を発現している、請求項１、４および１８から８４のいずれか一項に記載の方法。
  86. 前記固形腫瘍が、膵臓がん、膀胱がん、結腸がん、肝臓がん、結腸直腸がん、乳がん、前立腺がん、腎臓がん、肝細胞がん、肺がん、卵巣がん、子宮頸がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、黒色腫、神経内分泌がん、ＣＮＳがん、脳腫瘍、骨がん、皮膚がん、眼の腫瘍、直腸がん、絨毛癌（胎盤の腫瘍）、肉腫および軟部組織がん、精巣がん、胆嚢がん、唾液腺のがん、脂肪肉腫、顎下腺癌、ＧＩＳＴ（肉腫）、子宮内膜がん、平滑筋肉腫、リンパ腫、胸腺腫および胆道がんからなる群から選択される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  87. 前記固形腫瘍が、膀胱がん、骨がん、乳がん、子宮頸がん、ＣＮＳがん、結腸がん、眼の腫瘍、腎臓がん、肝臓がん、肺がん、膵臓がん、絨毛癌（胎盤の腫瘍）、前立腺がん、肉腫、皮膚がん、軟部組織がん、胃がん、胆嚢がん、胆道がん、腎臓がん、新生芽細胞腫、または神経内分泌がんからなる群から選択される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  88. 前記眼の腫瘍が、脈絡膜母斑、脈絡膜黒色腫、脈絡膜転移、脈絡膜血管種、脈絡膜骨腫、虹彩黒色腫、ブドウ膜黒色腫、黒色細胞腫、転移 網膜毛細血管腫、ＲＰＥの先天性肥大、ＲＰＥ腺腫または網膜芽細胞腫である、請求項８６または８７に記載の方法。
  89. 前記固形腫瘍が、非小細胞肺がん、小細胞肺がん、結腸がん、ＣＮＳがん、黒色腫、卵巣がん、腎臓がん、前立腺がんおよび乳がんから選択される、請求項１から８８のいずれか一項に記載の方法。
  90. 前記固形腫瘍が、乳がんである、請求項１から８５のいずれか一項に記載の方法。
  91. 前記固形腫瘍が、胆嚢がんである、請求項１から８８のいずれか一項に記載の方法。
  92. 前記固形腫瘍が、胆道がんである、請求項１から８８のいずれか一項に記載の方法。
  93. 前記固形腫瘍が、神経内分泌がんである、請求項１から８５のいずれか一項に記載の方法。
  94. 前記固形腫瘍が、骨がんである、請求項１から８５のいずれか一項に記載の方法。
  95. 前記骨がんが、骨肉腫である、請求項９４に記載の方法。
  96. 前記固形腫瘍が、皮膚がんである、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  97. 前記皮膚がんが、黒色腫である、請求項９６に記載の方法。
  98. 前記固形腫瘍が、ＨＰＶ陽性がんではない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  99. 前記固形腫瘍が、ＨＰＶ陽性子宮頸がん、ＨＰＶ陽性肛門がんまたはＨＰＶ陽性頭頸部がん、例えば、中咽頭がんではない、請求項９８に記載の方法。
  100. 前記医薬組成物が、静脈内に投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  101. 前記医薬組成物を投与するステップに加えて、治療有効量の少なくとも１種のさらなる治療剤を投与し、かつ／または前記ヒト被験体への治療手順を提供するステップをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  102. 前記ヒト被験体が、前記処置に対して完全応答を示す、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  103. 前記ヒト被験体が、前記処置に対して部分応答を示す、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  104. 前記固形腫瘍が、進行性疾患である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  105. 前記固形腫瘍が、安定的な疾患である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  106. 前記投与された医薬組成物の臨床活性を決定するステップをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  107. 前記臨床活性が、コンピューター断層撮影法（ＣＴ）、磁気共鳴イメージング（ＭＲＩ）、および骨スキャニングからなる群から選択される画像処理方法によって決定される、請求項１０６に記載の方法。
  108. １つもしくは複数の特定の時点における前記ヒト被験体からの生体試料を得て、該生体試料を分析手順で分析するステップをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  109. 前記分析手順が、血液化学分析、染色体転座分析、針生検、組織生検、蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、検査室バイオマーカー分析、免疫組織化学染色法、フローサイトメトリー、またはこれらの組合せを含む群から選択される、請求項１０８に記載の方法。
  110. 前記分析手順の結果を作表および／またはプロットするステップをさらに含む、請求項１０８に記載の方法。
  111. 前記１つもしくは複数の特定の時点が、前記ヒト被験体への前記医薬組成物の投与の前の時点を含む、請求項１０８に記載の方法。
  112. 前記１つもしくは複数の特定の時点が、前記ヒト被験体への前記医薬組成物の投与の後の時点を含む、請求項１０８に記載の方法。
  113. 前記１つもしくは複数の特定の時点が、前記ヒト被験体への前記医薬組成物の投与の前の時点および後の時点を含む、請求項１０８に記載の方法。
  114. 前記ヒト被験体への前記医薬組成物の投与の前および後に採取した前記生体試料を比較するステップをさらに含む、請求項１１３に記載の方法。
  115. 前記１つもしくは複数の特定の時点が、前記ヒト被験体への前記医薬組成物の投与の前および後の複数の時点を含む、請求項１０８に記載の方法。
  116. 前記複数の時点において採取した前記生体試料を比較するステップをさらに含む、請求項１１５に記載の方法。
  117. 前記生体試料が、バイオマーカーのアセスメントのために使用される、請求項１０８に記載の方法。
  118. 前記生体試料が、薬物動態学的アセスメントのために使用される、請求項１０８に記載の方法。
  119. 前記薬物動態学的アセスメントが、前記特定の時点における前記生体試料中の前記ペプチド模倣大環状分子、その薬学的に許容される塩および／または代謝物のレベルを研究することを含む、請求項１１８に記載の方法。
  120. 前記生体試料が、血液試料である、請求項１１９に記載の方法。
  121. 前記生体試料が、薬力学的アセスメントのために使用される、請求項１０８に記載の方法。
  122. 前記薬力学的アセスメントが、前記特定の時点における前記生体試料中のｐ５３、ＭＤＭ２、ＭＤＭＸ、ｐ２１および／またはカスパーゼのレベルを研究することを含む、請求項１２１に記載の方法。
  123. 前記生体試料が、腫瘍標本である、請求項１２２に記載の方法。
  124. 前記生体試料が、免疫原性アッセイのために使用される、請求項１０８に記載の方法。
  125. 前記ヒト被験体への前記医薬組成物の投与の前に該ヒト被験体における少なくとも１つの標的病変を選択および／または同定するステップをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  126. １つもしくは複数の特定の時点における累積直径を測定するステップをさらに含み、該累積直径が、前記特定の時点における前記少なくとも１つの標的病変の直径の合計である、請求項１２５に記載の方法。
  127. ベースライン合計直径を測定するステップをさらに含み、該ベースライン合計直径が、前記ヒト被験体への前記医薬組成物の投与の前に前記少なくとも１つの標的病変の直径の合計である、請求項１２６に記載の方法。
  128. 前記処置が、前記少なくとも１つの標的病変の消失をもたらす、請求項１２５に記載の方法。
  129. 前記処置の後に、前記ヒト被験体におけるすべての病的なリンパ節が、１０ｍｍ未満までの短軸の低減を示す、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  130. 前記１つもしくは複数の特定の時点が、前記処置の後の時点を含む、請求項１２７に記載の方法。
  131. 前記処置の後の前記時点における前記累積直径が、前記ベースライン合計直径より少なくとも３０％小さい、請求項１３０に記載の方法。
  132. 前記処置が、前記ベースライン合計直径を参照として、前記１つもしくは複数の特定の時点における前記累積直径の十分な増加も、十分な減少ももたらさない、請求項１２７に記載の方法。
  133. 前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩が、チトクロムＰ４５０アイソフォームの阻害剤ではない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  134. 前記処置が、本質的に用量制限的な血小板減少をもたらさない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  135. 前記処置が、正常な造血器官および／または組織において本質的に有害作用をもたらさない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  136. 前記処置が、前記ヒト被験体において、前記医薬組成物の投与と関連する本質的に有害事象をもたらさない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  137. 前記処置が、前記ヒト被験体において、前記ペプチド模倣大環状分子の投与と関連する本質的に重篤な有害事象をもたらさない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  138. 前記固形腫瘍におけるｐ５３不活性化変異の欠如が、前記ｐ５３タンパク質をコードする核酸のＤＮＡシークエンシングによって決定される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  139. 前記固形腫瘍におけるｐ５３不活性化変異の欠如が、ＲＮＡアレイをベースとする試験によって決定される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  140. 前記固形腫瘍におけるｐ５３不活性化変異の欠如が、ＲＮＡ分析によって決定される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  141. 前記固形腫瘍におけるｐ５３不活性化変異の欠如が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって決定される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  142. 前記ｐ５３不活性化変異が、前記タンパク質のＤＮＡ結合ドメインにおける変異を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  143. 前記ｐ５３不活性化変異が、ミスセンス変異を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  144. 前記ｐ５３不活性化変異が、ドミナント不活性化変異である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  145. 前記ｐ５３不活性化変異が、表１ａにおいて示す変異の１つもしくは複数を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  146. 前記ｐ５３不活性化変異が、Ｖ１７３Ｌ、Ｒ１７５Ｈ、Ｇ２４５Ｃ、Ｒ２４８Ｗ、Ｒ２４９ＳおよびＲ２７３Ｈからなる群から選択される１つもしくは複数の変異を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  147. ｐ５３機能獲得型変異が、表１ｂにおいて示す変異の１つもしくは複数を含む、請求項５に記載の方法。
  148. ヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、２８日サイクルの１日目、８日目および１５日目に、該ヒト被験体の体重１キログラム当たり０．５〜２０ｍｇのペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩を投与するステップを含む、方法。
  149. 前記固形腫瘍が、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定されている、請求項１４８に記載の方法。
  150. 前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり０．５〜１０ｍｇの前記ペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩が、該ヒト被験体に投与される、請求項１４８または１４９に記載の方法。
  151. ８日目および／または１５日目に入った前記ペプチド模倣大環状分子の量が、１日目に入った前記ペプチド模倣大環状分子の量より多い、請求項１４８から１５０のいずれか一項に記載の方法。
  152. ８日目および／または１５日目に入った前記ペプチド模倣大環状分子の量が、１日目に入った前記ペプチド模倣大環状分子の量と等しい、請求項１４８から１５０のいずれか一項に記載の方法。
  153. １日目および／または８日目に入った前記ペプチド模倣大環状分子の量が、１５日目に入った前記ペプチド模倣大環状分子の量より多い、請求項１４８から１５０のいずれか一項に記載の方法。
  154. 等しい量の前記ペプチド模倣大環状分子が、１日目、８日目および１５日目に投与される、請求項１４８から１５０のいずれか一項に記載の方法。
  155. 前記２８日サイクルが、２回または３回繰り返される、請求項１４８から１５４のいずれか一項に記載の方法。
  156. ヒト被験体において固形腫瘍を処置する方法であって、該ヒト被験体に、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目に、該ヒト被験体の体重１キログラム当たり０．３２〜１０ｍｇのペプチド模倣大環状分子または薬学的に許容されるその塩を投与するステップを含む、方法。
  157. 前記固形腫瘍が、ｐ５３不活性化変異を欠いていると決定されている、請求項１５６に記載の方法。
  158. 前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり０．３２ｍｇの前記ペプチド模倣大環状分子または前記薬学的に許容されるその塩が、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目にそれぞれ、投与される、請求項１５６または１５７のいずれか一項に記載の方法。
  159. 前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり０．６４ｍｇの前記ペプチド模倣大環状分子または前記薬学的に許容されるその塩が、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目にそれぞれ、投与される、請求項１５６または１５７に記載の方法。
  160. 前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり１．２５ｍｇの前記ペプチド模倣大環状分子または前記薬学的に許容されるその塩が、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目にそれぞれ、投与される、請求項１５６または１５７に記載の方法。
  161. 前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり２．５ｍｇの前記ペプチド模倣大環状分子または前記薬学的に許容されるその塩が、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目にそれぞれ、投与される、請求項１５６または１５７のいずれか一項に記載の方法。
  162. 前記ヒト被験体の体重１キログラム当たり５．０ｍｇの前記ペプチド模倣大環状分子または前記薬学的に許容されるその塩が、２１日サイクルの１日目、４日目、８日目および１１日目にそれぞれ、投与される、請求項１５６または１５７のいずれか一項に記載の方法。
  163. 前記ペプチド模倣大環状分子が、表３、表３ａ、表３ｂ、および表３ｃのいずれかにおけるアミノ酸配列と少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％同一であるアミノ酸配列を含み、該ペプチド模倣大環状分子が、以下の式
    （式中、
    各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立に、アミノ酸であり、
    各Ｂは、独立に、アミノ酸、
    、［−ＮＨ−Ｌ３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ３−ＳＯ２−］、または［−ＮＨ−Ｌ３−］であり、
    各Ｒ１およびＲ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルであるか（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、または該ＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に結合している大環状分子形成リンカーＬ’を形成し、
    各Ｒ３は、独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり（Ｒ５により任意選択で置換されている）、
    各ＬおよびＬ’は、独立に、式−Ｌ１−Ｌ２−の大環状分子形成リンカーであり、
    各Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ４−Ｋ−Ｒ４−］ｎであり、それぞれＲ５により任意選択で置換されており、
    各Ｒ４は、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり、
    各Ｋは、独立に、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、ＣＯ、ＣＯ２、またはＣＯＮＲ３であり、
    各Ｒ５は、独立に、ハロゲン、アルキル、−ＯＲ６、−Ｎ（Ｒ６）２、−ＳＲ６、−ＳＯＲ６、−ＳＯ２Ｒ６、−ＣＯ２Ｒ６、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
    各Ｒ６は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
    各Ｒ７は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＤ残基を有する環状構造の一部であり、
    各Ｒ８は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＥ残基を有する環状構造の一部であり、
    各ｖは、独立に、整数であり、
    各ｗは、独立に、３〜１０００の整数であり、
    ｕは、１〜１０の整数であり、
    各ｘ、ｙおよびｚは、独立に、０〜１０の整数であり、
    各ｎは、独立に、１〜５の整数である）
    を有する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  164. 前記ペプチド模倣大環状分子が、以下の式
    （式中、
    Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０のそれぞれは、個々にアミノ酸であり、Ｘａａ３、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、およびＸａａ１０の少なくとも３つは、配列Ｐｈｅ３−Ｘ４−Ｈｉｓ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０−Ｘ１１−Ｓｅｒ１２（配列番号８）またはＰｈｅ３−Ｘ４−Ｇｌｕ５−Ｔｙｒ６−Ｔｒｐ７−Ａｌａ８−Ｇｌｎ９−Ｌｅｕ１０／Ｃｂａ１０−Ｘ１１−Ａｌａ１２（配列番号９）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、各Ｘ４およびＸ１１は、独立に、アミノ酸であり、
    各ＤおよびＥは、独立に、アミノ酸であり、
    各Ｒ１およびＲ２は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルであるか（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、または該ＤまたはＥアミノ酸の１つのアルファ位に結合している大環状分子形成リンカーＬ’を形成し、
    各ＬまたはＬ’は、独立に、大環状分子形成リンカーであり、
    各Ｒ５は、独立に、ハロゲン、アルキル、−ＯＲ６、−Ｎ（Ｒ６）２、−ＳＲ６、−ＳＯＲ６、−ＳＯ２Ｒ６、−ＣＯ２Ｒ６、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
    各Ｒ６は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または治療剤であり、
    各Ｒ７は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＤ残基を有する環状構造の一部であり、
    各Ｒ８は、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであるか（Ｒ５により任意選択で置換されている）、またはＥ残基を有する環状構造の一部であり、
    ｖは、１〜１０００の整数であり、
    ｗは、０〜１０００の整数である）
    を有する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  165. 前記大環状分子形成リンカーの少なくとも１つが、式−Ｌ１−Ｌ２−
    （式中、
    各Ｌ１およびＬ２が、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ４−Ｋ−Ｒ４−］ｎであり、それぞれＲ５により任意選択で置換されており、
    各Ｒ４が、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり、
    各Ｋが、独立に、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、ＣＯ、ＣＯ２、またはＣＯＮＲ３であり、
    各Ｒ３が、独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり（Ｒ５により任意選択で置換されている）、
    各ｎが、独立に、１〜５の整数である）を有する、請求項１６３または１６３に記載の方法。
  166. ｗが、３〜１０００、例えば、３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数である、請求項１６３に記載の方法。
  167. Ｘａａ５が、Ｇｌｕまたはそのアミノ酸類似体である、請求項１６３に記載の方法。
  168. 各Ｅが、独立に、Ａｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）からなる群から選択されるアミノ酸である、請求項１６３から１６７のいずれか一項に記載の方法。
  169. 各Ｅが、独立に、Ａｌａ（アラニン）、Ｓｅｒ（セリン）またはその類似体である、請求項１６３から１６７のいずれか一項に記載の方法。
  170. ［Ｄ］ｖが、−Ｌｅｕ１−Ｔｈｒ２である、請求項１６３から１６９のいずれか一項に記載の方法。
  171. ｗが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０である、請求項１６３から１７０のいずれか一項に記載の方法。
  172. ｗが、３〜１０である、請求項１６３から１７０のいずれか一項に記載の方法。
  173. ｗが、３〜６である、請求項１６３から１７０のいずれか一項に記載の方法。
  174. ｗが、６〜１０である、請求項１６３から１７０のいずれか一項に記載の方法。
  175. ｗが、６である、請求項１６３から１７０のいずれか一項に記載の方法。
  176. ｖが、１〜１０である、請求項１６３から１７５のいずれか一項に記載の方法。
  177. ｖが、２〜１０である、請求項１６３から１７５のいずれか一項に記載の方法。
  178. ｖが、２〜５である、請求項１６３から１７５のいずれか一項に記載の方法。
  179. ｖが、２である、請求項１６３から１７５のいずれか一項に記載の方法。
  180. 各Ｌ１およびＬ２が、独立に、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、またはヘテロシクロアリーレンであり、それぞれＲ５により任意選択で置換されている、請求項１６３または１６３に記載の方法。
  181. Ｌ１およびＬ２が、独立に、アルキレンまたはアルケニレンである、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  182. Ｌが、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンである、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  183. Ｌが、アルキレンである、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  184. Ｌが、Ｃ３〜Ｃ１６アルキレンである、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  185. Ｌが、Ｃ１０〜Ｃ１４アルキレンである、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  186. 各Ｒ１およびＲ２が、独立に、−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルである（非置換であるか、またはハロ−で置換されている）、請求項１６３のいずれか一項に記載の方法。
  187. Ｒ１およびＲ２が、Ｈである、請求項１６３のいずれか一項に記載の方法。
  188. 各Ｒ１およびＲ２が、独立に、アルキルである、請求項１６３のいずれか一項に記載の方法。
  189. Ｒ１およびＲ２が、メチルである、請求項１６３のいずれか一項に記載の方法。
  190. ｘ＋ｙ＋ｚ＝６である、請求項１６３に記載の方法。
  191. ｕが、１である、請求項１６３に記載の方法。
  192. 前記ペプチド模倣大環状分子が、アミノ酸類似体である少なくとも１個のアミノ酸を含む、請求項１６３から１９１のいずれか一項に記載の方法。
  193. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号１６３）、または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  194. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号１２４）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  195. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号１２３）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  196. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号１０８）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  197. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号３９７）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  198. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号３４０）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  199. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号４５４）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  200. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号３６０）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  201. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号８０）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  202. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号７８）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  203. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号１６）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  204. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号１６９）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  205. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号３２４）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  206. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号２５８）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  207. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号４４６）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  208. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号３５８）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  209. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号４６４）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  210. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号４６６）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  211. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号４６７）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  212. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号３７６）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  213. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号４７１）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  214. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号４７３）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  215. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号４７５）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  216. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号４７６）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  217. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号４８１）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  218. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号４８２）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  219. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号４８７）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  220. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号５７２）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  221. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号５７２）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  222. 前記ペプチド模倣大環状分子が、式：
    （配列番号１５００）または薬学的に許容されるその塩を有する、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  223. ｐ５３不活性化変異を欠いているヒト被験体における１つもしくは複数の固形腫瘍バイオマーカーを同定する方法であって、該ヒト被験体に、治療有効量のペプチド模倣大環状分子を含む医薬組成物を投与するステップを含む、方法。
  224. 前記バイオマーカーが、ｐ５３ステータス、ＭＤＭ２発現レベルおよびＭＤＭＸ発現レベルを含む群から選択される、請求項２２３に記載の方法。
  225. 前記医薬組成物が、前記ペプチド模倣大環状分子の薬学的に許容される塩を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  226. 前記薬学的に許容される塩が、ナトリウム塩、カリウム塩またはカルシウム塩である、請求項２２３に記載の方法。
  227. 前記薬学的に許容される塩が、ナトリウム塩である、請求項２２４に記載の方法。
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