ES2858151T3 - Conjugados de PROTAC-anticuerpo y procedimientos de uso - Google Patents

Conjugados de PROTAC-anticuerpo y procedimientos de uso Download PDF

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Steven Staben
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Ingrid Wertz
Pragya Adhikari
Nicole Blaquiere
Peter DRAGOVICH
Wayne Fairbrother
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Abstract

Un conjugado que tiene la estructura química Ab-(L1-D)p, en la que, D es una PROTAC que tiene la estructura E3LB-L2-PB; E3LB es un inhibidor de XIAP que es una tetrahidrobenzodiacepinona unida covalentemente a L2 que tiene la fórmula **(Ver fórmula)** en la que **(Ver fórmula)** W y X son iguales o diferentes y cada uno se selecciona independientemente del grupo que consiste en - H, **(Ver fórmula)** - hidroxil-alquilo C1-6 y - alquilo C1-6 que opcionalmente incluye 1-3 átomos de deuterio, o, de forma alternativa, W conjuntamente con el nitrógeno al que está unido e Y conjuntamente con el carbono al que está unido pueden formar un heterociclo C3-9; Y es alquilo C1-6 Z se selecciona del grupo que consiste en - alquilo C1-6 que opcionalmente puede estar sustituido con arilo, - arilo que opcionalmente puede estar sustituido con ciano, alquilo C1-6, alcoxi C1-6, cicloalquilo C3-7, OCD3, halo-alcoxi C1-6, halo, COO-alquilo C1-6, COOH o CON(H, alquilo C1-6) y - heteroarilo que opcionalmente puede estar sustituido con alquilo C1-6, alcoxi C1-6, cicloalquilo C3-7, halo-alcoxi C1-6, halo, COOR9, CONR6R7, oxo o fenilo que opcionalmente puede estar sustituido con ciano, - CONR10R11; R1, R2 y R3 se seleccionan del grupo que consiste en - H, - CN, - halo y - halo-alquilo C1-6; 0 R4 se selecciona del grupo que consiste en - H, - alquilo C1-6 y - arilo; R5 se selecciona del grupo que consiste en - H, - bencilo que opcionalmente puede estar sustituido con acetilo, amido, amino, ciano, alquilo C1-6, alcoxi C1-6, hidroxi-alquilo C1-6, halo y nitro, - arilo que opcionalmente puede estar sustituido con acetilo, amido, amino, ciano, alquilo C1-6, alcoxi C1-6, hidroxi-alquilo C1-6, halo y nitro, - heteroarilo, - alquilo C1-6 que opcionalmente puede estar sustituido con arilo que opcionalmente puede estar sustituido con ciano o alcoxi C1-6, - C(O)R6, - SO2-CH2-SO2-alquilo C1-6, - SO2-N(alquilo C1-6)2, - SO2-NH2,- - SO2-N(H, alquilo C1-6), - SO2-arilo que opcionalmente puede estar sustituido con alcoxi C1-6, nitro, amino, N(H, C(O)-alquilo C1-6) o C(O)-alquilo C1-6, - SO2-alquilo C1-6 y - COO-alquilo C1-6, y R5 opcionalmente se puede unir con Z para formar -C(=O)-(CH2)a-NR12-C(=O)-aril-CH2-, con lo que - - a es 1, 2, 3 o 4, y el resto arilo puede estar opcionalmente sustituido con alcoxi C1-6; R6 se selecciona del grupo que consiste en - 6, alquilo C1-6 que opcionalmente puede estar sustituido con amino, N(H, alquilo C1-6), COOH, nitro o alcoxi C1- - (CH2)i-arilo que opcionalmente puede estar sustituido con amino, ciano, nitro, halo, SO2-alquilo C1-6, C(O)- alquilo C1-6, C(O)-O-alquilo C1-6, C(O)-OH, alcoxi C1-6, C(O)-NH2, C(O)-NH-(CH2)j-cicloalquilo C3-7, N(H, C(O)-alquilo 0 C1-6), N(H, C(O)-O-alquil C1-6-arilo) o alquilo C1-6 que opcionalmente puede estar sustituido con halo e hidroxi, i = 0 o 1 y j = 0 o 1, - (CH2)k-heterociclo que opcionalmente puede estar sustituido con alquilo C1-6, k = 0, 1 o 2, - (CH2)l-heterociclo que opcionalmente puede estar sustituido con alquilo C1-6, cicloalquilo C3-7, fenilo o halo, l = 0, 1 o 2 y el resto arilo puede estar opcionalmente sustituido con CN, - (CH2)m-O-(CH2)n-O-alquilo C1-6, m = 1 o 2, n = 1, 2 o 3, - (CH2)o-(C=O)-NR7R8, o = 0, 1 o 2, - (CH2)p-O-(CH2)q-O-(CH2)r-O-alquilo C1-6, p = 1 o 2, q = 1, 2 o 3, r = 1, 2 o 3, - (CH2)s-(C=O)-alquilo C1-6, s = 1, 2 o 3, - (CH2)t-(C=O)-O-alquilo C1-6, t = 1, 2, 3 o 4, - (CH2)u-cicloalquilo C3-7, u = 1 o 2, - (CH2)v-NH-(C=O)-O-(CH2)w-arilo, v = 1, 2 o 3, w = 1 o 2, y - (CH2)x-SO2-alquilo C1-6, x = 1 o 2, - N(H, alquilo C1-6); - R7 o R8 cada uno seleccionado individualmente del grupo que consiste en - H y- - alquilo C1-6; - R9 se selecciona del grupo que consiste en - H, - R10 se selecciona del grupo que consiste en - H, - R11 se selecciona del grupo que consiste en - arilo y - heteroarilo; - R12 se selecciona del grupo que consiste en - H y alquilo C1-6; o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos; L2 es un conector unido covalentemente a E3LB y a PB; PB es un grupo de unión a proteínas unido covalentemente a L2; Ab es un anticuerpo unido covalentemente a L1; L1 es un conector unido covalentemente a Ab y a D; y p tiene un valor de aproximadamente 1 a aproximadamente 8.

Description

DESCRIPCIÓN
Conjugados de PROTAC-anticuerpo y procedimientos de uso
REFERENCIA CRUZADA A SOLICITUDES RELACIONADAS
Esta solicitud reivindica el beneficio de la prioridad a la solicitud provisional de EE. UU. n.° 62/339.257 presentada el 20 de mayo de 2016.
REFERENCIA A UN LISTADO DE SECUENCIAS REMITIDO COMO ARCHIVO DE TEXTO POR MEDIO DE EFS-WEB
La copia oficial del listado de secuencias se remite electrónicamente a través de EFS-Web como un listado de secuencias en formato ASCII con un archivo denominado SEQLIST.TXT, creado el 20 de mayo de 2016, y que tiene un tamaño de 77 kilobytes y se presenta al mismo tiempo que la memoria descriptiva. El listado de secuencias contenido en este documento con formato ASCII es parte de la memoria descriptiva y se incorpora en el presente documento como referencia en su totalidad. Los SEQ ID NO. 1-6 se omiten deliberadamente.
CAMPO DE LA INVENCIÓN
La materia objeto descrita en el presente documento se refiere en general a moléculas conjugadas de anticuerpo y quimera dirigida a proteólisis (PROTAC) que son útiles para facilitar la degradación intracelular de proteínas diana. ANTECEDENTES
El mantenimiento y el normal funcionamiento de las células requieren una degradación controlada de las proteínas celulares. Por ejemplo, la degradación de proteínas reguladoras desencadena acontecimientos en el ciclo celular, tales como replicación del ADN, segregación cromosómica, etc. En consecuencia, dicha degradación de proteínas tiene implicaciones para la proliferación, diferenciación y muerte de las células.
Aunque los inhibidores de proteínas pueden bloquear o reducir la actividad de las proteínas en una célula, la degradación de proteínas en una célula también puede reducir la actividad o eliminar por completo la proteína diana. Por lo tanto, utilizar la vía de la degradación de proteínas de una célula puede proporcionar un medio para reducir o eliminar la actividad de las proteínas. Una de las principales vías de degradación de las células es conocida como sistema de ubiquitina-complejo endopeptidásico multicatalítico. En este sistema, el complejo endopeptidásico multicatalítico marca una proteína para su degradación mediante la ubiquitinación de la proteína. La ubiquitinación de la proteína se logra mediante una ubiquitina ligasa E3 que se une a una proteína y añade moléculas de ubiquitina a la proteína. La ubiquitina ligasa E3 forma parte de una vía que incluye las ubiquitina ligasas E1 y E2, que hacen que la ubiquitina esté disponible para que la ubiquitina ligasa E3 la añada a la proteína.
Para aprovechar esta vía de degradación, se han desarrollado las PROTAC. Las PROTAC reúnen una ubiquitina ligasa E3 con una proteína que va a ser objeto de degradación. Para facilitar la degradación de una proteína por el complejo endopeptidásico multicatalítico, la PROTAC está compuesto de un grupo que se une a una ubiquitina ligasa E3 y un grupo que se une a la proteína que se desea degradar. Estos grupos están conectados típicamente por un conector. Esta construcción molecular puede llevar la ubiquitina ligasa E3 a las proximidades de la proteína para que sea ubiquitinada y marcada para su degradación.
Existe una necesidad continua en la técnica de un suministro potenciado y dirigido de PROTAC a las células que contienen la proteína diana. El suministro dirigido usando conjugados de anticuerpo-PROTAC puede potenciar el suministro de PROTAC a células particulares usando la especificidad de un anticuerpo y también puede potenciar la farmacocinética del suministro de PROTAC a las células en relación con otros modos de administración de PROTAC, tales como la infusión.
SUMARIO DE LA INVENCIÓN
La invención se define por las reivindicaciones. Cualquier materia objeto que quede fuera del alcance de las reivindicaciones se proporciona solo con propósitos informativos.
En un aspecto, la materia objeto descrita en el presente documento se refiere a un conjugado de PROTAC-anticuerpo (PAC) que tiene la fórmula:
Ab—(L1—D)p,
en la que D es una PROTAC que tiene la estructura E3LB—L2— PB; en la que E3LB es un grupo de unión a ligasa E3 como se define en las reivindicaciones unido covalentemente a L2; L2 es un conector unido covalentemente a E3LB y PB; PB es un grupo de unión a proteínas unido covalentemente a L2; Ab es un anticuerpo unido covalentemente a L1; L1 es un conector unido covalentemente a Ab y a D; y p tiene un valor de aproximadamente 1 a aproximadamente 8.
Otro aspecto de la materia objeto descrita en el presente documento es una composición farmacéutica que comprende un PAC y uno o más excipientes farmacéuticamente aceptables.
Otro aspecto de la materia objeto descrita en el presente documento es el uso de un PAC en procedimientos de tratamiento de afecciones y enfermedades administrando a un sujeto una composición farmacéutica que comprende un PAC.
Otro aspecto de la materia objeto descrita en el presente documento es un procedimiento para preparar un PAC.
Otro aspecto de la materia objeto descrita en el presente documento es un artículo de fabricación que comprende una composición farmacéutica que comprende un PAC, un recipiente y un prospecto o etiqueta que indica que la composición farmacéutica se puede usar para tratar una enfermedad o afección.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS
La figura 1 muestra la detección de ER-a mediante inmunoelectrotransferencia para PROTAC (sin Ab), compuesto P1 y conjugados de PROTAC-anticuerpo (PAC) PAC1 y PAC2.
La figura 2 representa la cuantificación de ER-a determinada por la intensidad de fluorescencia para los PAC Endox-XIAP tratados durante 3 días en una línea de HER2-MCF7 genomanipulada. Medio: CS-FBS al 10 % en RPMI sin rojo de fenol.
DESCRIPCIÓN DETALLADA
En el presente documento se divulgan conjugados de anticuerpo y quimera dirigida a proteólisis, denominados en el presente documento conjugados de PROTAC-anticuerpo (PAC), que son útiles en la degradación de proteínas dirigida y el tratamiento de enfermedades y trastornos relacionados. La materia objeto descrita en el presente documento utiliza el direccionamiento de anticuerpos para dirigir una PROTAC a una célula o tejido diana. Como se describe en el presente documento, se ha demostrado la conexión de un anticuerpo a una PROTAC para formar un PAC para suministrar el PROTAC a una célula o tejido diana. Como se muestra en el presente documento, por ejemplo, en los ejemplos 1 y 2, una célula que expresa un antígeno se puede seleccionar por un PAC específico de antígeno, con lo que la parte PROTAC del PAC se suministra intracelularmente a la célula diana. También como se muestra en el presente documento, los PAC que comprenden un anticuerpo dirigido a un antígeno que no se encuentra en la célula no dan como resultado un suministro intracelular significativo de la PROTAC a la célula.
En consecuencia, la materia objeto descrita en el presente documento se refiere a composiciones de conjugado de PROTAC-anticuerpo (PAC) que dan como resultado la ubiquitinación de una proteína diana y la posterior degradación de la proteína. Las composiciones comprenden un anticuerpo unido covalentemente a un conector (L1), que está unido covalentemente en cualquier punto disponible de unión a una PROTAC, en el que la PROTAC comprende un resto de unión a ubiquitina ligasa E3 (E3LB), en el que el resto E3LB reconoce una proteína ubiquitina ligasa E3 y un resto de unión a proteínas (PB) que reconoce una proteína diana. La materia objeto descrita en el presente documento es útil para regular la actividad de las proteínas y para tratar enfermedades y afecciones relacionadas con la actividad de las proteínas.
I. Definiciones
El término "PROTAC" se refiere a moléculas de quimera dirigida a proteólisis que tienen en general tres componentes, un grupo de unión a ubiquitina ligasa E3 (E3LB), un conector L2 y un grupo de unión a proteínas (PB).
Los términos "residuo", "resto" o "grupo" se refieren a un componente que está unido covalentemente o enlazado a otro componente. Por ejemplo, un "residuo de una PROTAC" se refiere a una PROTAC que está unida covalentemente a uno o más grupos tales como un conector L2, que por sí mismo puede estar unido además opcionalmente a un anticuerpo.
El término "unido covalentemente" o "enlazado covalentemente" se refiere a un enlace químico formado al compartir uno o más pares de electrones.
El término "peptidomimético" o PM, como se usa en el presente documento, significa un resto químico no peptídico. Los péptidos son cadenas cortas de monómeros de aminoácido unidos por enlaces peptídicos (amida), los enlaces químicos covalentes formados cuando el grupo carboxilo de un aminoácido reacciona con el grupo amino de otro. Los péptidos más cortos son dipéptidos, que consisten en 2 aminoácidos unidos por un único enlace peptídico, seguidos de tripéptidos, tetrapéptidos, etc. Un resto químico peptidomimético incluye restos químicos que no son aminoácidos. Un resto químico peptidomimético también puede incluir uno o más aminoácidos que están separados por una o más unidades químicas que no son aminoácidos. Un resto químico peptidomimético no contiene en ninguna parte de su estructura química dos o más aminoácidos contiguos que estén unidos por enlaces peptídicos.
El término "anticuerpo" en el presente documento se usa en el sentido más amplio y abarca específicamente anticuerpos monoclonales, anticuerpos policlonales, dímeros, multímeros, anticuerpos multiespecíficos (por ejemplo, anticuerpos biespecíficos) y fragmentos de anticuerpos, siempre que presenten la actividad biológica deseada (Miller et al. (2003) Jour. of Immunology 170:4854-4861). Los anticuerpos pueden ser murinos, humanos, humanizados, quiméricos o derivados de otras especies. Un anticuerpo es una proteína generada por el sistema inmunitario que puede reconocer y unirse a un antígeno específico. (Janeway, C., Travers, P., Walport, M., Shlomchik (2001) Immuno Biology, 5.a Ed., Garland Publishing, Nueva York). Un antígeno diana tiene en general numerosos sitios de unión, también llamados epítopos, reconocidos por las CDR (regiones determinantes de la complementariedad) en múltiples anticuerpos. Cada anticuerpo que se une específicamente a un epítopo diferente tiene una estructura diferente. Por tanto, un antígeno puede tener más de un anticuerpo correspondiente. Un anticuerpo incluye una molécula de inmunoglobulina de longitud completa o una parte inmunológicamente activa de una molécula de inmunoglobulina de longitud completa, es decir, una molécula que contiene un sitio de unión a antígeno que se une inmunoespecíficamente a un antígeno de una diana de interés o parte de la misma, incluyendo dichas dianas, pero sin limitarse a, células cancerosas o células que producen anticuerpos autoinmunitarios asociados con una enfermedad autoinmunitaria. La inmunoglobulina divulgada en el presente documento puede ser de cualquier tipo (por ejemplo, IgG, IgE, IgM, IgD e IgA), clase (por ejemplo, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 e IgA2) o subclase de molécula de inmunoglobulina. Las inmunoglobulinas se pueden derivar de cualquier especie. En un aspecto, sin embargo, la inmunoglobulina es de origen humano, murino o de conejo.
El término "fragmento(s) de anticuerpo", como se usa en el presente documento, comprende una parte de un anticuerpo de longitud completa, en general la región de unión al antígeno o variable del mismo. Los ejemplos de fragmentos de anticuerpo incluyen fragmentos Fab, Fab', F(ab')2 y Fv; diacuerpos; anticuerpos lineales; minicuerpos (Olafsen et al. (2004) Protein Eng. Design & Sel. 17(4):315-323), fragmentos producidos por una colección de expresión de Fab, anticuerpos antiidiotípicos (anti-Id), CDR (región determinante de la complementariedad) y fragmentos de unión a epítopo de cualquiera de los anteriores que se unen inmunoespecíficamente a antígenos de células cancerosas, antígenos víricos o antígenos microbianos, moléculas de anticuerpo monocatenario; y anticuerpos multiespecíficos formados a partir de fragmentos de anticuerpo.
El término "anticuerpo monoclonal", como se usa en el presente documento, se refiere a un anticuerpo obtenido a partir de una población de anticuerpos sustancialmente homogéneos, es decir, los anticuerpos individuales que comprende la población son idénticos excepto por posibles mutaciones naturales que pueden estar presentes en cantidades menores. Los anticuerpos monoclonales son altamente específicos, estando dirigidos contra un único sitio antigénico. Además, en contraste con las preparaciones de anticuerpos policlonales que incluyen diferentes anticuerpos dirigidos contra diferentes determinantes (epítopos), cada anticuerpo monoclonal se dirige contra un único determinante en el antígeno. Además de su especificidad, los anticuerpos monoclonales son ventajosos, ya que se pueden sintetizar sin contaminarse por otros anticuerpos. El modificador "monoclonal" indica el carácter del anticuerpo como que se obtiene de una población sustancialmente homogénea de anticuerpos, y no se debe interpretar como que requiere la producción del anticuerpo por algún procedimiento particular. Por ejemplo, los anticuerpos monoclonales que se van a usar de acuerdo con la materia objeto descrita en el presente documento se pueden preparar mediante el procedimiento de hibridoma descrito por primera vez por Kohler et al. (1975) Nature, 256:495, o se pueden preparar mediante procedimientos de ADN recombinante (véase, por ejemplo: documento US4816567; documento US5807715). Los anticuerpos monoclonales también se pueden aislar de colecciones de anticuerpos en fagos usando las técnicas descritas en Clackson et al. (1991) Nature, 352:624-628; Marks et al. (1991) J. Mol. Biol., 222:581-597; por ejemplo.
Los anticuerpos monoclonales en el presente documento incluyen específicamente anticuerpos "quiméricos" en los que una parte de la cadena pesada y/o ligera es idéntica u homóloga a las secuencias correspondientes en anticuerpos derivados de una especie particular o que pertenecen a una clase o subclase de anticuerpo particular, mientras que el resto de la(s) cadena(s) es idéntico u homólogo a las secuencias correspondientes en anticuerpos derivados de otra especie o que pertenecen a otra clase o subclase de anticuerpo, así como fragmentos de dichos anticuerpos, siempre que presenten la actividad biológica deseada (documento US 4816567; y Morrison et al. (1984) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855). Los anticuerpos quiméricos de interés en el presente documento incluyen anticuerpos "primatizados" que comprenden secuencias de unión a antígeno del dominio variable derivadas de un primate no humano (por ejemplo, cercopitécidos, simios superiores, etc.) y secuencias de la región constante humana.
El término anticuerpo "quimérico" se refiere a un anticuerpo en el que una parte de la cadena pesada y/o ligera deriva de una fuente o especie particular, mientras que el resto de la cadena pesada y/o ligera deriva de una fuente o especie diferente.
La "clase" de un anticuerpo se refiere al tipo de dominio constante o región constante que posee su cadena pesada. Existen cinco clases principales de anticuerpos: IgA, IgD, IgE, IgG e IgM, y varias de estas se pueden dividir además en subclases (isotipos), por ejemplo, IgG1, IgG2 , IgG3, IgG4, IgA1 e IgA2. Los dominios constantes de la cadena pesada que se corresponden con las diferentes clases de inmunoglobulinas se llaman a, 6, £, y y M, respectivamente.
El término "anticuerpo intacto", como se usa en el presente documento, es uno que comprende dominios VL y VH, así como un dominio constante de la cadena ligera (CL) y dominios constantes de la cadena pesada, CH1, CH2 y CH3. Los dominios constantes pueden ser dominios constantes de secuencia natural (por ejemplo, dominios constantes de secuencia natural humana) o variantes de secuencia de aminoácidos de los mismos. El anticuerpo intacto puede tener una o más "funciones efectoras" que se refieren a aquellas actividades biológicas atribuibles a la región constante Fc (una región Fc de secuencia natural o una región Fc variante de secuencia de aminoácidos) de un anticuerpo. Los ejemplos de funciones efectoras de anticuerpo incluyen la unión a C1q; citotoxicidad dependiente del complemento; unión al receptor de Fc; citotoxicidad celular dependiente de anticuerpos (ADCC); fagocitosis; y regulación por disminución de los receptores de superficie celular tales como el receptor de linfocitos B y BCR.
El término "región Fc", como se usa en el presente documento, significa una región C terminal de una cadena pesada de inmunoglobulina que contiene al menos una parte de la región constante. El término incluye regiones Fc de secuencia natural y regiones Fc variantes. En un modo de realización, una región Fc de la cadena pesada de IgG humana se extiende desde Cys226, o desde Pro230, hasta el extremo carboxílico de la cadena pesada. Sin embargo, la lisina C terminal (Lys447) de la región Fc puede estar o no estar presente. A menos que se especifique de otro modo en el presente documento, la numeración de los residuos de aminoácido en la región Fc o región constante está de acuerdo con el sistema de numeración EU, también llamado índice EU, como se describe en Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5.a ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991.
El término "región estructural" o "FR", como se usa en el presente documento, se refiere a residuos del dominio variable distintos de los residuos de la región hipervariable (HVR). La FR de un dominio variable consiste en general en cuatro dominios de FR: FR1, FR2, FR3 y FR4. En consecuencia, las secuencias de HVR y FR aparecen, en general, en la siguiente secuencia en VH (o VL): FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4.
Los términos "anticuerpo de longitud completa", "anticuerpo intacto" y "anticuerpo completo" se usan en el presente documento de manera intercambiable para referirse a un anticuerpo que tiene una estructura sustancialmente similar a una estructura de anticuerpo natural o que tiene cadenas pesadas que contienen una región Fc como se define en el presente documento.
Un "anticuerpo humano" es uno que posee una secuencia de aminoácidos que se corresponde con la de un anticuerpo producido por un ser humano o una célula humana o derivado de una fuente no humana que utiliza repertorios de anticuerpos humanos u otras secuencias que codifican anticuerpos humanos. Esta definición de un anticuerpo humano excluye específicamente un anticuerpo humanizado que comprende residuos de unión a antígeno no humanos.
Un anticuerpo "humanizado" se refiere a un anticuerpo quimérico que comprende residuos de aminoácido de HVR no humanas y residuos de aminoácido de FR humanas. En determinados modos de realización, un anticuerpo humanizado comprenderá sustancialmente todos de al menos uno, y típicamente dos, dominios variables, en los que todas o sustancialmente todas las HVR (por ejemplo, CDR) se corresponden con las de un anticuerpo no humano, y todas o sustancialmente todas las FR se corresponden con las de un anticuerpo humano. Un anticuerpo humanizado opcionalmente puede comprender al menos una parte de una región constante de anticuerpo derivada de un anticuerpo humano. Una "forma humanizada" de un anticuerpo, por ejemplo, un anticuerpo no humano, se refiere a un anticuerpo que se ha sometido a humanización.
Un anticuerpo "aislado" es uno que se ha separado de un componente de su entorno natural. En algunos modos de realización, se purifica un anticuerpo a más de un 95 % o 99 % de pureza como se determina, por ejemplo, por electroforesis (por ejemplo, SDS-PAGE, isoelectroenfoque (IEF), electroforesis capilar) o cromatografía (por ejemplo, HPLC de intercambio iónico o de fase inversa). Para obtener una revisión de los procedimientos para evaluar la pureza de los anticuerpos, véase, por ejemplo, Flatman et al., J. Chromatogr. B 848:79-87 (2007).
Un ácido nucleico "aislado" se refiere a una molécula de ácido nucleico que se ha separado de un componente de su entorno natural. Un ácido nucleico aislado incluye una molécula de ácido nucleico contenida en células que contienen habitualmente la molécula de ácido nucleico, pero la molécula de ácido nucleico está presente de forma extracromosómica o en una localización cromosómica que es diferente de su localización cromosómica natural.
"Ácido nucleico aislado que codifica un anticuerpo" se refiere a una o más moléculas de ácido nucleico que codifican cadenas pesadas y ligeras de anticuerpo (o fragmentos de las mismas), incluyendo dicha(s) molécula(s) de ácido nucleico en un único vector o vectores separados, y estando dicha(s) molécula(s) de ácido nucleico presente(s) en una o más localizaciones en una célula huésped.
Un "anticuerpo no marcado" se refiere a un anticuerpo que no se conjuga a un resto heterólogo (por ejemplo, un resto citotóxico) o radiomarcador. El anticuerpo no marcado puede estar presente en una formulación farmacéutica.
"Anticuerpos naturales" se refieren a moléculas de inmunoglobulina natural con estructuras variables. Por ejemplo, los anticuerpos IgG naturales son glucoproteínas heterotetraméricas de aproximadamente 150.000 dalton, compuestas de dos cadenas ligeras idénticas y dos cadenas pesadas idénticas que se unen con enlaces disulfuro. Desde el extremo N al C, cada cadena pesada tiene una región variable (VH), también llamada dominio pesado variable o dominio variable de la cadena pesada, seguido de tres dominios constantes (CH1, CH2 y CH3). De forma similar, desde el extremo N al C, cada cadena ligera tiene una región variable (VL), también llamada dominio ligero variable o dominio variable de la cadena ligera, seguido de un dominio ligero constante (CL). La cadena ligera de un anticuerpo se puede asignar a uno de dos tipos, llamados kappa (k) y lambda (A), en base a la secuencia de aminoácidos de su dominio constante.
"Porcentaje (%) de identidad de secuencia de aminoácidos" con respecto a una secuencia polipeptídica de referencia se define como el porcentaje de residuos de aminoácido en una secuencia candidata que son idénticos a los residuos de aminoácido en la secuencia polipeptídica de referencia, después de alinear las secuencias e introducir huecos, si fuera necesario, para lograr el máximo porcentaje de identidad de secuencia, y sin tener en consideración ninguna sustitución conservadora como parte de la identidad de secuencia. Se puede lograr la alineación para los propósitos de determinar el porcentaje de identidad de secuencia de aminoácidos de diversas formas que están dentro de la habilidad en la técnica, por ejemplo, usando un programa informático disponible públicamente, tal como el programa informático BLAST, BLAST-2, ALIGN o Megalign (DNASTAR). Los expertos en la técnica pueden determinar los parámetros apropiados para alinear secuencias, incluyendo cualquier algoritmo necesario para lograr la máxima alineación sobre la longitud completa de las secuencias que se comparan. Sin embargo, para los propósitos en el presente documento, los valores de % de identidad de secuencia de aminoácidos se generan usando el programa informático de comparación de secuencias ALIGN-2. El programa informático de comparación de secuencias ALIGN-2 se creó por Genentech, Inc., y el código fuente se ha presentado con la documentación de usuario en la Oficina de Derechos de Autor de EE. UU., Washington D.C., 20559, donde se ha registrado con el n.° de registro de derechos de autor de EE. UU. TXU510087. El programa ALIGN-2 está disponible públicamente de Genentech, Inc., South San Francisco, California, o se puede compilar a partir del código fuente. El programa ALIGN-2 se debe compilar para su uso en un sistema operativo UNIX, incluyendo UNIX V4.0D digital. Todos los parámetros de comparación de secuencias se establecen por el programa ALIGN-2 y no varían.
En situaciones donde se emplea ALIGN-2 para las comparaciones de secuencias de aminoácidos, el % de identidad de secuencia de aminoácidos de una secuencia de aminoácidos A dada con respecto a, con o frente a una secuencia de aminoácidos B dada (que, de forma alternativa, se puede parafrasear como una secuencia de aminoácidos A dada que tiene o comprende un determinado % de identidad de secuencia de aminoácidos con respecto a, con o frente a una secuencia de aminoácidos B dada) se calcula como sigue:
100 veces la fracción X/Y
donde X es el número de residuos de aminoácido puntuados como emparejamientos idénticos por el programa de alineación de secuencias ALIGN-2 en esa alineación del programa de A y B, y donde Y es el número total de residuos de aminoácido en B. Se apreciará que donde la longitud de la secuencia de aminoácidos A no es igual a la longitud de la secuencia de aminoácidos B, el % de identidad de secuencia de aminoácidos de A con B no igualará el % de identidad de secuencia de aminoácidos de B con A. A menos que se indique específicamente de otro modo, todos los valores de % de identidad de secuencia de aminoácidos usados en el presente documento se obtienen como se describe en el párrafo inmediatamente precedente usando el programa informático ALIGN-2.
Dependiendo de la secuencia de aminoácidos del dominio constante de sus cadenas pesadas, los anticuerpos intactos se pueden asignar a diferentes "clases". Existen cinco clases principales de anticuerpos de inmunoglobulina intacta: IgA, IgD, IgE, IgG e IgM, y varias de ellas se pueden dividir, además, en "subclases" (isotipos), por ejemplo, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA e IgA2. Los dominios constantes de la cadena pesada que se corresponden con las diferentes clases de anticuerpos se llaman a, ó, £, y y M, respectivamente. Las estructuras de las subunidades y las configuraciones tridimensionales de las diferentes clases de inmunoglobulinas son bien conocidas. Las formas de Ig incluyen modificaciones de bisagra o formas sin bisagra (Roux et al. (1998) J. Immunol. 161:4083-4090; Lund et al. (2000)Eur. J. Biochem. 267:7246-7256; documento US 2005/0048572; documento US 2004/0229310).
El término "región estructural consenso humana", como se usa en el presente documento, se refiere a una región estructural que representa los residuos de aminoácidos que se encuentran más comúnmente en una selección de secuencias de región estructural VL o VH de inmunoglobulina humana. En general, la selección de secuencias de VL o VH de inmunoglobulina humana es de un subgrupo de secuencias de dominio variable. En general, el subgrupo de secuencias es un subgrupo como en Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, quinta edición, publicación del NIH 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3. En un modo de realización, para el VL, el subgrupo es el subgrupo kappa I como en Kabat et al., supra. En un modo de realización, para el VH, el subgrupo es el subgrupo III como en Kabat et al., supra.
Una "región estructural humana aceptadora" para los propósitos en el presente documento es una región estructural que comprende la secuencia de aminoácidos de una región estructural del dominio variable de la cadena ligera (VL) o una región estructural del dominio variable de la cadena pesada (VH) derivada de una región estructural de inmunoglobulina humana o una región estructural consenso humana, como se define a continuación. Una región estructural humana aceptadora "derivada de" una región estructural de inmunoglobulina humana o una región estructural consenso humana puede comprender la misma secuencia de aminoácidos de la misma, o puede contener cambios en la secuencia de aminoácidos. En algunos modos de realización, el número de cambios aminoacídicos es de 10 o menos, 9 o menos, 8 o menos, 7 o menos, 6 o menos, 5 o menos, 4 o menos, 3 o menos o 2 o menos. En algunos modos de realización, la región estructural humana aceptadora de VL tiene una secuencia idéntica a la secuencia de la región estructural de inmunoglobulina humana de Vl o la secuencia de la región estructural consenso humana.
El término "región variable" o "dominio variable", como se usa en el presente documento, se refiere al dominio de una cadena ligera o pesada de anticuerpo que está involucrado en la unión del anticuerpo al antígeno. Los dominios variables de la cadena pesada y de la cadena ligera (VH y VL, respectivamente) de un anticuerpo natural tienen, en general, estructuras similares, comprendiendo cada dominio cuatro regiones estructurales (FR) conservadas y tres regiones hipervariables (HVR). (Véase, por ejemplo, Kindt et al. Kuby Immunology, 6.a ed., W.H. Freeman and Co., página 91 (2007)). Un único dominio VH o VL puede ser suficiente para conferir especificidad de unión a antígeno. Además, los anticuerpos que se unen a un antígeno particular se pueden aislar usando un dominio VH o VL de un anticuerpo que se une al antígeno para cribar una colección de dominios VL o VH complementarios, respectivamente. Véase, por ejemplo, Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991).
El término "región hipervariable" o "HVR", como se usa en el presente documento, se refiere a cada una de las regiones de un dominio variable de anticuerpo que son de secuencia hipervariable y/o forman bucles definidos estructuralmente ("bucles hipervariables"). En general, los anticuerpos tetracatenarios naturales comprenden seis HVR; tres en el VH (H1, H2, H3) y tres en el VL (L1, L2, L3). Las HVR comprenden en general residuos de aminoácido de los bucles hipervariables y/o de las "regiones determinantes de la complementariedad" (CDR), siendo las últimas las de variabilidad de secuencia más alta y/o estando implicadas en el reconocimiento antigénico. Los bucles hipervariables ejemplares se producen en los residuos de aminoácido 26-32 (L1), 50-52 (L2), 91-96 (L3), 26-32 (H1), 53-55 (H2) y 96-101 (H3). (Chothia y Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)). Las CDR ejemplares (CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2 y CDR-H3) se producen en los residuos de aminoácido 24-34 de L1, 50-56 de L2, 89-97 de L3, 31-35B de H1, 50-65 de H2 y 95-102 de H3. (Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5.a ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)). Con la excepción de la CDR1 en VH, las CDR comprenden en general los residuos de aminoácido que forman los bucles hipervariables. Las CDR también comprenden "residuos determinantes de la especificidad" o "SDR", que son los residuos que entran en contacto con el antígeno. Los SDR están contenidos dentro de regiones de las CDR llamadas CDR abreviadas o a-CDR. Las a-CDR ejemplares (a-CDR-L1, a-CDR-L2, a-CDR-L3, a-CDR-H1, a-CDR-H2 y a-CDR-H3) se producen en los residuos de aminoácido 31-34 de L1, 50-55 de L2, 89-96 de L3, 31-35B de H1, 50-58 de H2 y 95-102 de H3. (Véase Almagro y Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)). A menos que se indique de otro modo, los residuos de HVR y otros residuos del dominio variable (por ejemplo, los residuos de FR) se numeran en el presente documento de acuerdo con Kabat et al., supra.
"Funciones efectoras" se refieren a aquellas actividades biológicas atribuibles a la región Fc de un anticuerpo, que varían con el isotipo del anticuerpo. Los ejemplos de funciones efectoras de anticuerpo incluyen: unión a C1q y citotoxicidad dependiente del complemento (CDC); unión al receptor de Fc; citotoxicidad celular dependiente de anticuerpos (ADCC); fagocitosis; regulación por disminución de receptores de superficie celular (por ejemplo, el receptor de linfocitos B); y activación de linfocitos B.
El término "epítopo" se refiere al sitio particular en una molécula de antígeno al que se une un anticuerpo.
El "epítopo 4D5" o "4D5" es la región en el dominio extracelular de HER2 a la que se unen el anticuerpo 4D5 (ATCC CRL 10463) y el trastuzumab. Este epítopo está cerca del dominio transmembranario de HER2 y dentro del dominio IV de HER2. Para cribar anticuerpos que se unen al epítopo 4D5, se puede realizar un ensayo de bloqueo cruzado de rutina tal como el descrito en Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Ed. Harlow y David Lane (1988). De forma alternativa, se puede realizar una cartografía de epítopos para evaluar si el anticuerpo se une al epítopo 4D5 de HER2 (por ejemplo, uno cualquiera o más residuos en la región de aproximadamente el residuo 550 a aproximadamente el residuo 610, inclusive, de HER2 (SEQ ID NO: 39).
El "epítopo 2C4" o "2C4" es la región en el dominio extracelular de HER2 a la que se une el anticuerpo 2C4. Para cribar anticuerpos que se unen al epítopo 2C4, se puede realizar un ensayo de bloqueo cruzado de rutina tal como el descrito en Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Ed Harlow y David Lane (1988). De forma alternativa, se puede realizar una cartografía de epítopos para evaluar si el anticuerpo se une al epítopo 2C4 de HER2. El epítopo 2C4 comprende residuos del dominio II en el dominio extracelular de HER2. El anticuerpo 2C4 y el pertuzumab se unen al dominio extracelular de HER2 en el punto de unión de los dominios I, II y III (Franklin et al. Cancer Cell 5:317-328 (2004)).
"Afinidad" se refiere a la fuerza de la suma total de las interacciones no covalentes entre un único sitio de unión de una molécula (por ejemplo, un anticuerpo) y su ligando (por ejemplo, un antígeno). A menos que se indique de otro modo, como se usa en el presente documento, "afinidad de unión" se refiere a la afinidad de unión intrínseca que refleja una interacción 1:1 entre los miembros de un par de unión (por ejemplo, anticuerpo y antígeno). La afinidad de una molécula X por su compañero Y se puede representar en general por la constante de disociación (Kd). Se puede medir la afinidad por procedimientos comunes conocidos en la técnica, incluyendo los descritos en el presente documento. Los modos de realización ilustrativos y ejemplares específicos para medir la afinidad de unión se describen en lo que sigue. En determinados modos de realización, un anticuerpo como se describe en el presente documento tiene una constante de disociación (Kd) de <1 pM, <100 nM, <10 nM, <5 nm, <4 nM, <3 nM, <2 nM, <1 nM, <0,1 nM, <0,01 nM o <0,001 nM (por ejemplo, 10-8 M o menos, por ejemplo, de 10-8 M a 10-13 M, por ejemplo, de 10­ 9 M a 10-13 M).
Un anticuerpo "de afinidad madurada" se refiere a un anticuerpo con una o más alteraciones en una o más regiones hipervariables (HVR), en comparación con un anticuerpo original que no posee dichas alteraciones, dando como resultado dichas alteraciones una mejora en la afinidad del anticuerpo por el antígeno.
El término "vector", como se usa en el presente documento, se refiere a una molécula de ácido nucleico que puede propagar otro ácido nucleico al que se une. El término incluye el vector como una estructura de ácido nucleico autorreplicante, así como el vector incorporado en el genoma de una célula huésped en la que se ha introducido. Determinados vectores pueden dirigir la expresión de los ácidos nucleicos a los que se enlazan de forma funcional. Dichos vectores se denominan en el presente documento "vectores de expresión".
El término "aminoácido de cisteína libre", como se usa en el presente documento, se refiere a un residuo de aminoácido de cisteína que se ha genomanipulado en un anticuerpo original, tiene un grupo funcional tiol (-SH) y no está emparejado como un puente disulfuro intramolecular o intermolecular. El término "aminoácido", como se usa en el presente documento, significa glicina, alanina, valina, leucina, isoleucina, fenilalanina, prolina, serina, treonina, tirosina, cisteína, metionina, lisina, arginina, histidina, triptófano, ácido aspártico, ácido glutámico, asparagina, glutamina o citrulina.
El término "conector", "unidad conectora" o "enlace", como se usa en el presente documento, significa un resto químico que comprende una cadena de átomos que une covalentemente un resto PROTAC a un anticuerpo, o un componente de una PROTAC a otro componente de la PROTAC. En diversos modos de realización, un conector es un radical divalente, especificado como L1 o L2.
Un "paciente" o "individuo" o "sujeto" es un mamífero. Los mamíferos incluyen, pero no se limitan a, animales domesticados (por ejemplo, vacas, ovejas, gatos, perros y caballos), primates (por ejemplo, seres humanos y primates no humanos tales como monos), conejos y roedores (por ejemplo, ratones y ratas). En determinados modos de realización, el paciente, individuo o sujeto es un ser humano. En algunos modos de realización, el paciente puede ser un "paciente con cáncer", es decir, uno que padece o corre el riesgo de padecer uno o más síntomas de cáncer.
Una "población de pacientes" se refiere a un grupo de pacientes con cáncer. Dichas poblaciones se pueden usar para demostrar la eficacia y/o seguridad estadísticamente significativas de un fármaco.
Un paciente "recidivado" es uno que tiene signos o síntomas de cáncer después de la remisión. Opcionalmente, el paciente ha recidivado después del tratamiento posquirúrgico o prequirúrgico.
Una muestra biológica o de cáncer que "presenta expresión, amplificación o activación de HER" es una que, en una prueba de diagnóstico, expresa (incluyendo sobreexpresa) un receptor HER, tiene el gen HER amplificado y/o demuestra de otro modo activación o fosforilación de un receptor HER.
El "tratamiento prequirúrgico" o "tratamiento preoperatorio" en el presente documento se refiere al tratamiento administrado antes de la cirugía. El objetivo del tratamiento prequirúrgico es proporcionar un tratamiento sistémico inmediato, erradicando potencialmente las micrometástasis que, de otro modo, proliferarían si se siguiera la secuencia estándar de cirugía seguida de un tratamiento sistémico. El tratamiento prequirúrgico también puede ayudar a reducir el tamaño del tumor, permitiendo de este modo la resección completa de tumores inicialmente irresecables o conservando partes del órgano y sus funciones. Además, el tratamiento prequirúrgico permite una evaluación in vivo de la eficacia del fármaco, que puede guiar la elección de tratamientos posteriores.
El "tratamiento posquirúrgico" en el presente documento se refiere al tratamiento administrado después de la cirugía definitiva, donde no se puede detectar evidencia de enfermedad residual, para reducir el riesgo de recidiva de la enfermedad. La meta del tratamiento posquirúrgico es evitar la recidiva del cáncer y, por lo tanto, reducir la probabilidad de muerte relacionada con el cáncer. El tratamiento posquirúrgico en el presente documento excluye específicamente el tratamiento prequirúrgico.
"Cirugía definitiva" se usa como ese término se usa dentro de la comunidad médica. La cirugía definitiva incluye, por ejemplo, procedimientos, quirúrgicos o de otro modo, que dan como resultado la extirpación o resección del tumor, incluyendo los que dan como resultado la extirpación o resección de todo el tumor visible de forma macroscópica. La cirugía definitiva incluye, por ejemplo, la resección completa o curativa o la resección macroscópica completa del tumor. La cirugía definitiva incluye procedimientos que se producen en una o más fases, e incluye, por ejemplo, procedimientos quirúrgicos de múltiples fases donde se realizan uno o más procedimientos quirúrgicos u otros procedimientos antes de la resección del tumor. La cirugía definitiva incluye procedimientos para extirpar o resecar el tumor, incluyendo los órganos implicados, partes de los órganos y tejidos, así como los órganos circundantes, tales como los ganglios linfáticos, partes de los órganos o tejidos. La extirpación puede ser incompleta, de modo que células tumorales pueden permanecer a pesar de que no se detecten.
"Supervivencia" se refiere al paciente que sigue vivo e incluye la supervivencia sin enfermedad (SSE), la supervivencia sin progresión (SSP) y la supervivencia global (SG). La supervivencia se puede estimar por el procedimiento de Kaplan-Meier, y cualquier diferencia en la supervivencia se calcula usando la prueba del orden logarítmico estratificada.
"Supervivencia sin progresión" (SSP) es el tiempo desde el primer día de tratamiento hasta la progresión de la enfermedad documentada (incluyendo la progresión en el SNC aislada) o la muerte por cualquier causa en el estudio, lo que se produzca primero.
"Supervivencia sin enfermedad (SSE)" se refiere a que el paciente permanezca con vida, sin reaparición del cáncer, durante un período de tiempo definido, tal como aproximadamente 1 año, aproximadamente 2 años, aproximadamente 3 años, aproximadamente 4 años, aproximadamente 5 años, aproximadamente 10 años, etc., desde el inicio del tratamiento o desde el diagnóstico inicial. En un aspecto de la materia objeto descrita en el presente documento, la SSE se analiza de acuerdo con el principio de intención de tratar, es decir, los pacientes se evalúan sobre la base de su tratamiento asignado. Los acontecimientos usados en el análisis de la SSE pueden incluir recidiva local, regional y a distancia del cáncer, aparición de un cáncer secundario y muerte por cualquier causa en pacientes sin un acontecimiento previo (por ejemplo, recidiva de cáncer de mama o segundo cáncer primario).
"Supervivencia global" se refiere a que el paciente permanezca con vida durante un período de tiempo definido, tal como aproximadamente 1 año, aproximadamente 2 años, aproximadamente 3 años, aproximadamente 4 años, aproximadamente 5 años, aproximadamente 10 años, etc., desde el inicio del tratamiento o desde el diagnóstico inicial.
Por "extender la supervivencia" se quiere decir incrementar la SSE y/o la SG en un paciente tratado en relación con un paciente no tratado, o en relación con un protocolo de tratamiento de control. La supervivencia se vigila durante al menos aproximadamente seis meses, o al menos aproximadamente 1 año, o al menos aproximadamente 2 años, o al menos aproximadamente 3 años, o al menos aproximadamente 4 años, o al menos aproximadamente 5 años, o al menos aproximadamente 10 años, etc., después del inicio del tratamiento o después del diagnóstico inicial.
Por "monoterapia" se quiere decir una pauta terapéutica que incluye solo un único agente terapéutico para el tratamiento del cáncer o tumor durante el transcurso del período de tratamiento.
Por "tratamiento de mantenimiento" se quiere decir una pauta terapéutica que se administra para reducir la probabilidad de recidiva o progresión de la enfermedad. Se puede proporcionar tratamiento de mantenimiento durante cualquier período de tiempo, incluyendo períodos de tiempo prolongados durante toda la vida del sujeto. Se puede proporcionar tratamiento de mantenimiento después del tratamiento inicial o junto con tratamientos iniciales o adicionales. Las dosificaciones usadas para el tratamiento de mantenimiento pueden variar y pueden incluir dosificaciones reducidas en comparación con las dosificaciones usadas para otros tipos de tratamiento.
Los términos "célula huésped", "línea de células huésped" y "cultivo de células huésped" se usan de manera intercambiable y se refieren a células en las que se ha introducido ácido nucleico exógeno, incluyendo la descendencia de dichas células. Las células huésped incluyen "transformantes" y "células transformadas", que incluyen la célula transformada principal y la descendencia derivada de la misma, independientemente del número de pases. La descendencia puede no ser completamente idéntica en contenido de ácido nucleico a una célula original, sino que puede contener mutaciones. La descendencia mutante que tiene la misma función o actividad biológica que la cribada o seleccionada en la célula transformada originalmente se incluye en el presente documento.
Los términos "cáncer" y "canceroso" se refieren a o describen la situación fisiológica en los mamíferos que se caracteriza típicamente por un crecimiento/proliferación de células no regulado. Un "tumor" comprende una o más células cancerosas. Se proporcionan ejemplos de cáncer en otro lugar en el presente documento.
Un cáncer "positivo para HER2" comprende células cancerosas que tienen niveles mayores de lo normal de HER2. Los ejemplos de cáncer positivo para HER2 incluyen cáncer de mama positivo para HER2 y cáncer gástrico positivo para HER2. Opcionalmente, el cáncer positivo para HER2 tiene una puntuación de inmunohistoquímica (IHQ) de 2+ o 3+ y/o una proporción de amplificación de hibridación in situ (HIS) de >2,0. El término "célula positiva para HER2" se refiere a una célula que expresa HER2 en su superficie.
El término "cáncer de mama en fase precoz (CMP)" o "cáncer de mama incipiente" se usa en el presente documento para referirse al cáncer de mama que no se ha extendido más allá de la mama o los ganglios linfáticos axilares. Esto incluye carcinoma ductal in situ y cánceres de mama en estadio I, estadio IIA, estadio IIB y estadio IIIA.
La referencia a un tumor o cáncer como "estadio 0", "estadio I", "estadio II", "estadio III" o "estadio IV", y diversos subestadios dentro de esta clasificación, indica la clasificación del tumor o cáncer usando los procedimientos de agrupación de estadio global o estadificación en números romanos conocidos en la técnica. Aunque el estadio real del cáncer depende del tipo de cáncer, en general, un cáncer en estadio 0 es una lesión in situ, un cáncer en estadio I es un tumor localizado pequeño, un cáncer en estadio II y III es un tumor local avanzado que presenta afectación de los ganglios linfáticos locales y un cáncer en estadio IV representa cáncer metastásico. Los estadios específicos para cada tipo de tumor son conocidos por el médico experto.
El término "cáncer de mama metastásico" quiere decir el estado del cáncer de mama donde las células cancerosas se transmiten desde el sitio original a uno o más sitios en otro lugar del cuerpo, por los vasos sanguíneos o el sistema linfático, para formar uno o más tumores secundarios en uno o más órganos además de la mama.
Un cáncer "avanzado" es aquel que se ha diseminado fuera del sitio u órgano de origen, ya sea por invasión local o metástasis. En consecuencia, el término cáncer "avanzado" incluye tanto la enfermedad localmente avanzada como metastásica. Un cáncer "recidivante" es uno que ha vuelto a crecer, en el sitio inicial o bien en un sitio distante, después de una respuesta al tratamiento inicial, tal como cirugía. Un cáncer "localmente recidivante" es el cáncer que reaparece después del tratamiento en el mismo lugar que un cáncer tratado previamente. Un cáncer "operable" o "resecable" es el cáncer que se limita al órgano primario y es adecuado para la cirugía (resección). Un cáncer "no resecable" o "irresecable" no se puede extirpar (resecar) por cirugía.
El término "agente citotóxico", como se usa en el presente documento, se refiere a una sustancia que inhibe o evita una función celular y/o provoca la muerte o destrucción celular. Los agentes citotóxicos incluyen, pero no se limitan a, isótopos radioactivos (por ejemplo, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212 e isótopos radioactivos de Lu); agentes o fármacos quimioterápicos (por ejemplo, metotrexato, adriamicina, alcaloides de la vinca (vincristina, vinblastina, etopósido), doxorrubicina, melfalán, mitomicina C, clorambucilo, daunorrubicina u otros agentes intercalantes); agentes inhibidores del crecimiento; enzimas y fragmentos de las mismas, tales como enzimas nucleolíticas; antibióticos; toxinas, tales como toxinas micromoleculares o toxinas enzimáticamente activas de origen bacteriano, fúngico, vegetal o animal, incluyendo fragmentos y/o variantes de las mismas; y los diversos agentes antitumorales o antineoplásicos divulgados a continuación.
Un "agente quimioterápico" se refiere a un compuesto químico útil en el tratamiento del cáncer. Los ejemplos de agentes quimioterápicos incluyen agentes alquilantes, tales como tiotepa y ciclosfosfamida (CYTOXAN®); sulfonatos de alquilo, tales como busulfano, improsulfano y piposulfano; aziridinas, tales como benzodopa, carboquona, meturedopa y uredopa; etileniminas y metilamelaminas, incluyendo altretamina, trietilenmelamina, trietilenfosforamida, trietilentiofosforamida y trimetilmelamina; acetogeninas (especialmente bulatacina y bulatacinona); delta-9-tetrahidrocanabinol (dronabinol, MARINOL®); beta-lapachona; lapachol; colchicinas; ácido betulínico; una camptotecina (incluyendo el análogo sintético topotecán) (HYCAm T iN®), CPT-11 (irinotecán, CAMPTOSAR®), acetilcamptotecina, escopolectina y 9-aminocamptotecina); briostatina; calistatina; CC-1065 (incluyendo sus análogos sintéticos adozelesina, carzelesina y bizelesina); podofilotoxina; ácido podofilínico; tenipósido; criptoficinas (en particular, criptoficina 1 y criptoficina 8); dolastatina; duocarmicina (incluyendo los análogos sintéticos, KW-2189 y CB1-TM1); eleuterobina; pancratistatina; una sarcodictina; espongistatina; mostazas nitrogenadas, tales como clorambucilo, clornafazina, clorofosfamida, estramustina, ifosfamida, mecloretamina, clorhidrato de óxido de mecloretamina, melfalán, novembiquina, fenesterina, prednimustina, trofosfamida, uramustina; nitrosoureas, tales como carmustina, clorozotocina, fotemustina, lomustina, nimustina y ranimnustina; antibióticos, tales como los antibióticos enodiinos (por ejemplo, calicheamicina, especialmente calicheamicina gamma 1I y calicheamicina omega II (véase, por ejemplo, Nicolaou et al., Angew. Chem. Intl. Ed. Engl., 33:183-186 (1994)); CDP323, un inhibidor oral de la integrina alfa-4; dinemicina, incluyendo dinemicina A; una esperamicina; así como cromóforo de neocarzinostatina y cromóforos de antibióticos enodiinos de cromoproteína relacionados), aclacinomisinas, actinomicina, autramicina, azaserina, bleomicinas, cactinomicina, carabicina, carminomicina, carzinofilina, cromomicinas, dactinomicina, daunorrubicina, detorrubicina, 6-diazo-5-oxo-L-norleucina, doxorrubicina (que incluye ADRIAMYCIN®, morfolino-doxorrubicina, cianomorfolino-doxorrubicina, 2-pirrolino-doxorrubicina, inyección de liposomas de doxorrubicina HCl (DOXIL®), doxorrubicina liposómica TLC D-99 (MYOCET®), doxorrubicina liposómica pegilada (CAELYX®) y desoxidoxorrubicina), epirrubicina, esorrubicina, idarrubicina, marcelomicina, mitomicinas tales como mitomicina C, ácido micofenólico, nogalamicina, olivomicinas, peplomicina, porfiromicina, puromicina, quelamicina, rodorrubicina, estreptonigrina, estreptozocina, tubercidina, ubenimex, zinostatina, zorrubicina; antimetabolitos tales como metotrexato, gemcitabina (GEMZAR®), tegafur (UFTORAL®), capecitabina (XELODA®), una epotilona y 5-fluorouracilo (5-FU); análogos del ácido fólico tales como denopterina, metotrexato, pteropterina, trimetrexato; análogos de purina tales como fludarabina, 6-mercaptopurina, tiamiprina, tioguanina; análogos de pirimidina tales como ancitabina, azacitidina, 6-azauridina, carmofur, citarabina, didesoxiuridina, doxifluridina, enocitabina, floxuridina; andrógenos tales como calusterona, propionato de dromostanolona, epitiostanol, mepitiostano, testolactona; antisuprarrenales tales como aminoglutetimida, mitotano, trilostano; reforzador de ácido fólico tal como ácido frolínico; aceglatona; glucósido de aldofosfamida; ácido aminolevulínico; eniluracilo; amsacrina; bestrabucilo; bisantreno; edatraxato; defofamina; demecolcina; diaziquona; elfomitina; acetato de eliptinio; una epotilona; etoglúcido; nitrato de galio; hidroxiurea; lentinano; lonidainina; maitansinoides tales como maitansina y ansamitocinas; mitoguazona; mitoxantrona; mopidanmol; nitraerina; pentostatina; phenamet; pirarrubicina; losoxantrona; 2-etilhidracida; procarbazina; complejo de polisacárido PSK® (JHS Natural Products, Eugene, OR); razoxano; rizoxina; sizofirano; espirogermanio; ácido tenuazónico; triaziquona; 2,2',2'-triclorotietilamina; tricotecenos (especialmente toxina T-2, verracurina A, roridina A y anguidina); uretano; vindesina (ELDISINE®, FILDESIN®); dacarbazina; manomustina; mitobronitol; mitolactol; pipobroman; gacitosina; arabinósido ("Ara-C"); tiotepa; taxoide, por ejemplo, paclitaxel (TAXOL®), formulación de nanopartículas de albúmina genomanipulada de paclitaxel (ABRAXANE™) y docetaxel (TAXOTERE®); clorambucilo; 6-tioguanina; mercaptopurina; metotrexato; agentes de platino tales como cisplatino, oxaliplatino (por ejemplo, ELOXATIN®) y carboplatino; vincas, que evitan que la polimerización de tubulina forme microtúbulos, incluyendo vinblastina (VELBAN®), vincristina (ONCOVIN®), vindesina (ELDISINE®, FILDESIN®) y vinorelbina (NAVELBINE®); etopósido (VP-16); ifosfamida; mitoxantrona; leucovorina; novantrona; edatrexato; daunomicina; aminopterina; ibandronato; inhibidor de topoisomerasa RFS2000; difluorometilomitina (DMFO); retinoides tales como el ácido retinoico, incluyendo bexaroteno (TARGRETIN®); bifosfonatos tales como clodronato (por ejemplo, BONEFOS® u OSTAC®), etidronato (DIDROCAL®), NE-58095, ácido zoledrónico/zoledronato (Zo MeTA®), alendronato (FOSAMAX®), pamidronato (AREDIA®), tiludronato (SKELID®) o risedronato (ACTONEL®); troxacitabina (un análogo nucleosídico de citosina de 1,3-dioxolano); oligonucleótidos de antisentido, en particular aquellos que inhiben la expresión de genes en rutas de señalización implicadas en la proliferación celular aberrante, tales como, por ejemplo, PKC-alfa, Raf, H-Ras y receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGF-R); vacunas tales como vacuna THERATOPE® y vacunas de tratamiento génico, por ejemplo, vacuna ALLOVECTIN®, vacuna LEUVECTIN® y vacuna VAXID®; inhibidor de la topoisomerasa 1 (por ejemplo, LURTOTECAN®); rmRH (por ejemplo, ABARELiX®); BAY439006 (sorafenib; Bayer); Su -11248 (sunitinib, SUTENT®, Pfizer); perifosina, inhibidor de COX-2 (por ejemplo, celecoxib o etoricoxib), inhibidor de complejo endopeptidásico multicatalítico (por ejemplo, PS341); bortezomib (VELCADE®); CCI-779; tipifamib (R11577); orafenib, ABT510; inhibidor de Bcl-2 tal como oblimersen sódico (GENASENSE®, un oligonucleótido de antisentido); pixantrona; inhibidores de EGFR (véase la definición a continuación); inhibidores de tirosina cinasa; inhibidores de serina-treonina cinasa tales como rapamicina (sirólimus, RAPAMUNE®); inhibidores de la farnesiltransferasa tales como lonafarnib (SCH6636, SARASAR™); y sales, ácidos o derivados farmacéuticamente aceptables de cualquiera de los anteriores; así como combinaciones de dos o más de los anteriores tales como CHOP, una abreviatura de un tratamiento combinado de ciclofosfamida, doxorrubicina, vincristina y prednisolona; y FOLFOX, una abreviatura de una pauta de tratamiento con oxaliplatino (ELOXATIN™) combinado con 5-FU y leucovorina.
Los agentes quimioterápicos como se definen en el presente documento incluyen "agentes antihormonales" o "tratamientos endocrinos" que actúan para regular, reducir, bloquear o inhibir los efectos de las hormonas que pueden promover el crecimiento del cáncer. Pueden ser hormonas en sí mismas, incluyendo, pero sin limitarse a: antiestrógenos con perfil agonista/antagonista mixto, incluyendo tamoxifeno (NOLVADEX®), 4-hidroxitamoxifeno, toremifeno (FARESTON®), idoxifeno, droloxifeno, raloxifeno (EVISTA®), trioxifeno, keoxifeno y moduladores selectivos de los receptores de estrógenos (SERM), tales como SERM3; antiestrógenos puros sin propiedades agonistas, tales como fulvestrant (FASLODEX®) y EM800 (dichos agentes pueden bloquear la dimerización de receptores de estrógenos (ER), inhibir la unión a ADN, incrementar el recambio de ER y/o inhibir los niveles de ER); inhibidores de la aromatasa, incluyendo inhibidores esteroideos de la aromatasa, tales como formestano y exemestano (AROMASIN®), e inhibidores no esteroideos de la aromatasa, tales como anastrazol (ARIMIDEX®), letrozol (FEMARA®) y aminoglutetimida, y otros inhibidores de la aromatasa incluyen vorozol (RIVISOR®), acetato de megestrol (MEGASE®), fadrozol y 4(5)-imidazoles; agonistas de la hormona liberadora de la hormona luteinizante, incluyendo leuprorelina (LUPRON® y ELIGARD®), goserelina, buserelina y tripterelina; esteroides sexuales, incluyendo progestinas tales como acetato de megestrol y acetato de medroxiprogesterona, estrógenos tales como dietilestilbestrol y premarina, y andrógenos/retinoides tales como fluoximesterona, ácido holo-trans-retinoico y fenretinida; onapristona; antiprogesteronas; reguladores por disminución de los receptores de estrógenos (ERD); antiandrógenos, tales como flutamida, nilutamida y bicalutamida; y sales, ácidos o derivados farmacéuticamente aceptables de cualquiera de los anteriores; así como combinaciones de dos o más de los anteriores.
El término "agente inmunodepresor", como se usa en el presente documento para el tratamiento complementario, se refiere a sustancias que actúan deprimiendo o enmascarando el sistema inmunitario del mamífero que se trata en el presente documento. Esto incluiría sustancias que inhiben la producción de citocinas, regulan por disminución o inhiben la expresión de antígenos propios o enmascaran los antígenos del MHC. Ejemplos de dichos agentes incluyen pirimidinas 2-amino-6-aril-5-sustituidas (véase la patente de EE UU. n.° 4.665.077); fármacos antiinflamatorios no esteroideos (AINE); ganciclovir, tacrólimus, glucocorticoesteroides tales como cortisol o aldosterona, agentes antiinflamatorios tales como un inhibidor de la ciclooxigenasa, un inhibidor de la 5-lipoxigenasa o un antagonista del receptor de leucotrienos; antagonistas de purina tales como azatioprina o micofenolato de mofetilo (MMF); agentes alquilantes tales como ciclofosfamida; bromocriptina; danazol; dapsona; glutaraldehído (que enmascara los antígenos de MHC, como se describe en la patente de Ee . UU. n.° 4.120.649); anticuerpos antiidiotípicos para antígenos de MHC y fragmentos de MHC; ciclosporina A; esteroides tales como corticoesteroides o glucocorticoesteroides o análogos de glucocorticoesteroides, por ejemplo, prednisona, metilprednisolona, incluyendo succinato sódico de metilprednisolona SOLU-MEDROL® y dexametasona; inhibidores de la dihidrofolato reductasa tales como metotrexato (oral o subcutáneo); agentes antipalúdicos tales como cloroquina e hidroxicloroquina; sulfasalazina; leflunomida; anticuerpos de citocinas o receptores de citocinas, incluyendo anticuerpos anti-interferón-alfa, -beta o -gamma, anticuerpos anti-factor de necrosis tumoral (TNF)-alfa (infliximab (REMICADE®) o adalimumab), inmunoadhesina anti-TNF-alfa (etanercept), anticuerpos anti-TNF-beta, anticuerpos anti-interleucina-2 (IL-2) y anticuerpos anti-receptor de IL-2, y anticuerpos y antagonistas anti-receptor de interleucina-6 (IL-6) (tales como ACTEMRa ™ (tocilizumab)); anticuerpos anti-LFA-1, incluyendo anticuerpos anti-CD11a y anti-CD18; anticuerpos anti-L3T4; globulina antilinfocitos heteróloga; anticuerpos pan-T, preferentemente anticuerpos anti-CD3 o anti-CD4/CD4a; péptido soluble que contiene un dominio de unión a LFA-3 (documento WO 90/08187 publicado el 26/7/90); estreptocinasa; factor de crecimiento transformante beta (TGF-beta); estreptodornasa; ARN o ADN del huésped; f K506; RS-61443; clorambucilo; desoxiespergualina; rapamicina; receptor de linfocitos T (Cohen et al., patente de EE. UU. n.° 5.114.721); fragmentos de receptor de linfocitos T (Offner et al., Science, 251: 430-432 (1991); documento WO 90/11294; laneway, Nature, 341: 482 (1989); y documento WO 91/01133); antagonistas de BAFF tales como anticuerpos BAFF y anticuerpos BR3 y antagonistas de zTNF4 (para una revisión, véase Mackay y Mackay, Trends Immunol., 23:113-5 (2002) y véase también la definición a continuación); agentes biológicos que interfieren con las señales de linfocitos T cooperadores, tales como anti-receptor CD40 o anti-ligando de CD40 (CD154), incluyendo anticuerpos bloqueantes de CD40-ligando de CD40 (por ejemplo, Durie et al., Science, 261: 1328-30 (1993); Mohan et al., J. Immunol., 154: 1470-80 (1995)) y CTLA4-Ig (Finck et al., Science, 265: 1225-7 (1994)); y anticuerpos del receptor de linfocitos T (documento EP 340.109) tales como T10B9. Algunos agentes inmunodepresores preferentes en el presente documento incluyen ciclofosfamida, clorambucilo, azatioprina, leflunomida, MMF o metotrexato.
Como se usa en el presente documento, "tratamiento" (y variaciones gramaticales del mismo tales como "tratar" o "que trata") se refiere a la intervención clínica en un intento de alterar la evolución natural del individuo que se está tratando, y se puede realizar para profilaxis o bien durante la evolución de la enfermedad clínica. Los efectos deseables del tratamiento incluyen, pero no se limitan a, prevención de la aparición o recidiva de la enfermedad, alivio de los síntomas, disminución de cualquier consecuencia patológica directa o indirecta de la enfermedad, prevención de metástasis, disminución de la tasa de progresión de la enfermedad, mejora o atenuación del estado de la enfermedad y remisión o mejora del pronóstico. En algunos modos de realización, los anticuerpos de la materia objeto descrita en el presente documento se usan para retrasar el desarrollo de una enfermedad o para ralentizar la progresión de una enfermedad.
Un fármaco que se administra "de forma concurrente" con uno o más de otros fármacos se administra durante el mismo ciclo de tratamiento, el mismo día de tratamiento que el uno o más de otros fármacos y, opcionalmente, al mismo tiempo que el uno o más de otros fármacos. Por ejemplo, para los tratamientos contra el cáncer administrados cada 3 semanas, los fármacos administrados de forma concurrente se administran cada uno el día 1 de un ciclo de 3 semanas.
Una "cantidad eficaz" de un agente, por ejemplo, una formulación farmacéutica, se refiere a una cantidad eficaz, en las dosificaciones y durante los períodos de tiempo necesarios, para lograr el resultado terapéutico o profiláctico deseado. Por ejemplo, una cantidad eficaz del fármaco para tratar el cáncer puede reducir el número de células cancerosas; reducir el tamaño del tumor; inhibir (es decir, ralentizar hasta cierto punto y preferentemente detener) la infiltración de células cancerosas en órganos periféricos; inhibir (es decir, ralentizar hasta cierto punto y preferentemente detener) la metástasis tumoral; inhibir hasta cierto punto el crecimiento tumoral; y/o aliviar hasta cierto punto uno o más de los síntomas asociados con el cáncer. En la medida en que el fármaco puede prevenir el crecimiento de y/o destruir células cancerosas existentes, puede ser citostático y/o citotóxico. La cantidad eficaz puede extender la supervivencia sin progresión (por ejemplo, como se mide por los criterios de evaluación de respuesta para tumores sólidos, RECIST, o cambios en c A-125), dar como resultado una respuesta objetiva (incluyendo una respuesta parcial, RP, o respuesta completa, RC), incrementar el tiempo de supervivencia global y/o mejorar uno o más síntomas de cáncer (por ejemplo, como se evalúa por FOSI).
Como se usa en el presente documento, el término "cantidad terapéuticamente eficaz" significa cualquier cantidad que, en comparación con un sujeto correspondiente que no ha recibido dicha cantidad, da como resultado el tratamiento de una enfermedad, trastorno o efecto secundario, o una disminución en la tasa de avance de una enfermedad o trastorno. El término también incluye dentro de su alcance cantidades eficaces para potenciar la función fisiológica normal. Para su uso en tratamiento, se pueden administrar cantidades terapéuticamente eficaces de un PAC, así como sales del mismo, como producto químico de partida. Además, el ingrediente activo se puede presentar como una composición farmacéutica.
Como se usa en el presente documento, a menos que se defina de otro modo en una reivindicación, el término "opcionalmente" significa que el/los acontecimiento(s) descrito(s) posteriormente puede(n) ocurrir o no, e incluye tanto acontecimiento(s) que ocurre(n) como acontecimiento(s) que no ocurre(n).
Como se usa en el presente documento, a menos que se defina de otro modo, la frase "opcionalmente sustituido", "sustituido" o variaciones de las mismas describen una sustitución opcional, que incluye múltiples grados de sustitución, con uno o más grupos sustituyentes, por ejemplo, uno, dos o tres. La frase no se debe interpretar como una duplicación de las sustituciones descritas y representadas en el presente documento.
El término "formulación farmacéutica" se refiere a una preparación que está en tal forma que permite la actividad biológica de un ingrediente activo contenido en la misma para que sea eficaz, y que no contiene ningún componente adicional que sea inaceptablemente tóxico para un sujeto al que se administrará la formulación.
Un "excipiente farmacéuticamente aceptable" se refiere a un ingrediente en una formulación farmacéutica, distinto de un ingrediente activo, que no es tóxico para un sujeto. Un excipiente farmacéuticamente aceptable incluye, pero no se limita a, un tampón, vehículo, estabilizante o conservante.
La frase "sal farmacéuticamente aceptable", como se usa en el presente documento, se refiere a sales orgánicas o inorgánicas farmacéuticamente aceptables de una molécula. Las sales ejemplares incluyen, pero no se limitan a, sales de sulfato, citrato, acetato, oxalato, cloruro, bromuro, yoduro, nitrato, bisulfato, fosfato, fosfato ácido, isonicotinato, lactato, salicilato, citrato ácido, tartrato, oleato, tanato, pantotenato, bitartrato, ascorbato, succinato, maleato, gentisinato, fumarato, gluconato, glucuronato, sacarato, formiato, benzoato, glutamato, metanosulfonato, etanosulfonato, bencenosulfonato, p-toluenosulfonato y pamoato (es decir, 1,1'-metilen-bis-(2-hidroxi-3-naftoato)). Una sal farmacéuticamente aceptable puede implicar la inclusión de otra molécula tal como un ion acetato, un ion succinato u otro contraión. El contraión puede ser cualquier resto orgánico o inorgánico que estabilice la carga en el compuesto original. Además, una sal farmacéuticamente aceptable puede tener más de un átomo cargado en su estructura. Los casos en los que múltiples átomos cargados forman parte de la sal farmacéuticamente aceptable pueden tener múltiples contraiones. Por tanto, una sal farmacéuticamente aceptable puede tener uno o más átomos cargados y/o uno o más contraiones.
Otras sales, que no son farmacéuticamente aceptables, pueden ser útiles en la preparación de los compuestos descritos en el presente documento y se debe considerar que forman otro aspecto de la materia objeto. Estas sales, tales como oxálico o trifluoroacetato, aunque no son farmacéuticamente aceptables en sí mismas, pueden ser útiles en la preparación de sales útiles como intermedios para obtener los compuestos descritos en el presente documento y sus sales farmacéuticamente aceptables.
Como se usa en el presente documento, el término "pluralidad" se refiere a dos o más conjugados. Cada conjugado puede ser igual o diferente de cualquier otro conjugado de la pluralidad.
Una "molécula pequeña" o "compuesto micromolecular" en general se refiere a una molécula orgánica que tiene un tamaño inferior a aproximadamente 5 kilodalton (kDa). En algunos modos de realización, la molécula pequeña es menor de aproximadamente 4 kDa, 3 kDa, aproximadamente 2 kDa o aproximadamente 1 kDa. En algunos modos de realización, la molécula pequeña es menor de aproximadamente 800 dalton (Da), aproximadamente 600 Da, aproximadamente 500 Da, aproximadamente 400 Da, aproximadamente 300 Da, aproximadamente 200 Da o aproximadamente 100 Da. En algunos modos de realización, una molécula pequeña es menor de aproximadamente 2000 g/mol, menor de aproximadamente 1500 g/mol, menor de aproximadamente 1000 g/mol, menor de aproximadamente 800 g/mol o menor de aproximadamente 500 g/mol. En algunos modos de realización, las moléculas pequeñas no son poliméricas. Las moléculas pequeñas no son proteínas, polipéptidos, oligopéptidos, péptidos, polinucleótidos, oligonucleótidos, polisacáridos, glucoproteínas, proteoglucanos, etc. Un derivado de una molécula pequeña se refiere a una molécula que comparte el mismo núcleo estructural que la molécula pequeña original, pero que se puede preparar por una serie de reacciones químicas a partir de la molécula pequeña original.
El término "alquilo", como se usa en el presente documento, se refiere a un radical hidrocarburo monovalente de cadena lineal o ramificada saturado de cualquier longitud de uno a doce átomos de carbono (C1-C12), en el que el radical alquilo puede estar opcionalmente sustituido independientemente con uno o más sustituyentes descritos a continuación. En otro modo de realización, un radical alquilo es de uno a ocho átomos de carbono (C1-C8), o de uno a seis átomos de carbono (C1-C6 ). Los ejemplos de grupos alquilo incluyen, pero no se limitan a, metilo (Me, -CH3 ), etilo (Et, -CH2CH3), 1 -propilo (n-Pr, n-propilo,-CH2CH2CH3), 2-propilo (i-Pr, i-propilo, -CH(CH3)2), 1 -butilo (n-Bu, nbutilo, -CH2CH2CH2CH3), 2-metil-1 -propilo (i-Bu, i-butilo, -CH2CH(CH3)2), 2-butilo (s-Bu, s-butilo, -CH(CH3)CH2CH3), 2-metil-2-propilo (t-Bu, t-butilo, -C(CH3)3), 1 -pentilo (n-pentilo, -CH2CH2CH2CH2CH3), 2-pentilo (-CH(CH3 )CH2CH2CH3 ), 3-pentilo (-CH(CH2CH3 )2), 2-metil-2-butilo (-C(CH3 )2CH2CH3 ), 3-metil-2-butilo (-CH(CH3)CH(CH3)2), 3-metil-1 -butilo (-CH2CH2CH(CH3)2), 2-metil-1-butilo (-CH2CH(CH3)CH2CH3), 1-hexilo (-CH2CH2CH2CH2CH2CH3 ), 2-hexilo (-CH(CH3 )CH2CH2CH2CH3 ), 3-hexilo (-CH(CH2CH3 )(CH2CH2CH3 )), 2-metil-2-pentilo (-C(CH3 )2CH2CH2CH3 ), 3-metil-2-pentilo (-CH(CH3 )CH(CH3 )CH2CH3 ), 4-metil-2-pentilo (-CH(CHa)CH2CH(CHa)2), 3-metil-3-pentilo (-C(CHa)(CH2CHa)2), 2-metil-3-pentilo (-CH(CH2CHa)CH(CHa)2), 2,3-dimetil-2-butilo (-C(CH3)2CH(CH3)2), 3,3-dimetil-2-butilo (-CH(CH3)C(CH3)3), 1-heptilo,1-octilo y similares.
El término "alquileno", como se usa en el presente documento, se refiere a un radical hidrocarburo divalente de cadena lineal o ramificada saturado de cualquier longitud de uno a doce átomos de carbono (C1-C12), en el que el radical alquileno puede estar opcionalmente sustituido independientemente con uno o más sustituyentes descritos a continuación. En otro modo de realización, un radical alquileno es de uno a ocho átomos de carbono (C1-C8), o de uno a seis átomos de carbono (C1-C6). Los ejemplos de grupos alquileno incluyen, pero no se limitan a, metileno (-CH2-), etileno (-CH2CH2-), propileno (-CH2CH2CH2-) y similares.
El término "alquenilo" se refiere a un radical hidrocarburo monovalente de cadena lineal o ramificada de cualquier longitud de dos a ocho átomos de carbono (C2-C8) con al menos un sitio de insaturación, es decir, un doble enlace sp2 carbono-carbono, en el que el radical alquenilo puede estar opcionalmente sustituido independientemente con uno o más sustituyentes descritos en el presente documento, e incluye radicales que tienen orientaciones "cis" y "trans" o, de forma alternativa, orientaciones "E" y "Z". Los ejemplos incluyen, pero no se limitan a, etilenilo o vinilo (-CH=CH2), alilo (-CH2CH=CH2) y similares.
El término "alquenileno" se refiere a un radical hidrocarburo divalente de cadena ramificada o lineal de cualquier longitud de dos a ocho átomos de carbono (C2-C8) con al menos un sitio de insaturación, es decir, un doble enlace carbono-carbono sp2, en el que el radical alquenileno puede estar opcionalmente sustituido independientemente con uno o más sustituyentes descritos en el presente documento, e incluye radicales que tienen orientaciones "cis" y "trans" o, de forma alternativa, orientaciones "E" y "Z". Los ejemplos incluyen, pero no se limitan a, etilenileno o vinileno (-CH=CH-), alilo (-CH2CH=CH-) y similares.
El término "alquinilo" se refiere a un radical hidrocarburo monovalente lineal o ramificado de cualquier longitud de dos a ocho átomos de carbono (C2-C8) con al menos un sitio de insaturación, es decir, un triple enlace sp carbono-carbono, en el que el radical alquinilo puede estar opcionalmente sustituido independientemente con uno o más sustituyentes descritos en el presente documento. Los ejemplos incluyen, pero no se limitan a, etinilo (-CECH), propinilo (propargilo, -CH2CECH) y similares.
El término "alquinileno" se refiere a un radical hidrocarburo divalente lineal o ramificado de cualquier longitud de dos a ocho átomos de carbono (C2-C8) con al menos un sitio de insaturación, es decir, un triple enlace sp carbono-carbono, en el que el radical alquinileno puede estar opcionalmente sustituido independientemente con uno o más sustituyentes descritos en el presente documento. Los ejemplos incluyen, pero no se limitan a, etinileno (-CEC-), propinileno (propargileno, -CH2CEC-) y similares.
Los términos "carbociclo", "carbociclilo", "anillo carbocíclico" y "cicloalquilo" se refieren a un anillo saturado o parcialmente insaturado no aromático monovalente que tiene de 3 a 12 átomos de carbono (C3-C12) como un anillo monocíclico o de 7 a 12 átomos de carbono como un anillo bicíclico. Los carbociclos bicíclicos que tienen de 7 a 12 átomos se pueden disponer, por ejemplo, como un sistema biciclo [4,5], [5,5], [5,6] o [6,6], y los carbociclos bicíclicos que tienen 9 o 10 átomos de anillo se pueden disponer como un sistema biciclo [5,6] o [6,6], o como sistemas con puente, tales como biciclo[2.2.1]heptano, biciclo[2.2.2]octano y biciclo[3.2.2]nonano. También se incluyen restos espiro dentro del alcance de esta definición. Los ejemplos de carbociclos monocíclicos incluyen, pero no se limitan a, ciclopropilo, ciclobutilo, ciclopentilo, 1-ciclopent-1-enilo, 1-ciclopent-2-enilo, 1-ciclopent-3-enilo, ciclohexilo, 1-ciclohex-1-enilo, 1-ciclohex-2-enilo, 1-ciclohex-3-enilo, ciclohexadienilo, cicloheptilo, ciclooctilo, ciclononilo, ciclodecilo, cicloundecilo, ciclododecilo y similares. Los grupos carbociclilo están opcionalmente sustituidos independientemente con uno o más sustituyentes descritos en el presente documento.
"Arilo" significa un radical hidrocarburo aromático monovalente de 6-20 átomos de carbono (C6-C20) derivado por la retirada de un átomo de hidrógeno de un único átomo de carbono de un sistema de anillos aromáticos original. Algunos grupos arilo se representan en las estructuras ejemplares como "Ar". Arilo incluye radicales bicíclicos que comprenden un anillo aromático fusionado a un anillo saturado, parcialmente insaturado, o anillo carbocíclico aromático. Los grupos arilo típicos incluyen, pero no se limitan a, radicales derivados de benceno (fenilo), bencenos sustituidos, naftaleno, antraceno, bifenilo, indenilo, indanilo, 1,2-dihidronaftaleno, 1,2,3,4-tetrahidronaftilo y similares. Los grupos arilo están opcionalmente sustituidos independientemente con uno o más sustituyentes descritos en el presente documento.
"Arileno" significa un radical hidrocarburo aromático divalente de 6-20 átomos de carbono (C6-C20) derivado por la retirada de dos átomos de hidrógeno de dos átomos de carbono de un sistema de anillos aromáticos original. Algunos grupos arileno se representan en las estructuras ejemplares como "Ar". Arileno incluye radicales bicíclicos que comprenden un anillo aromático fusionado a un anillo saturado, parcialmente insaturado o anillo carbocíclico aromático. Los grupos arileno típicos incluyen, pero no se limitan a, radicales derivados de benceno (fenileno), bencenos sustituidos, naftaleno, antraceno, bifenileno, indenileno, indanileno, 1,2-dihidronaftaleno, 1,2,3,4-tetrahidronaftilo y similares. Los grupos arileno están opcionalmente sustituidos con uno o más sustituyentes descritos en el presente documento.
Los términos "heterociclo", "heterociclilo" y "anillo heterocíclico" se usan de manera intercambiable en el presente documento y se refieren a un radical carbocíclico saturado o uno parcialmente insaturado (es decir, que tiene uno o más dobles y/o triples enlaces dentro del anillo) de 3 a aproximadamente 20 átomos de anillo, en el que al menos un átomo de anillo es un heteroátomo seleccionado de nitrógeno, oxígeno, fósforo y azufre, siendo C los átomos del anillo restantes, donde uno o más átomos del anillo están opcionalmente sustituidos independientemente con uno o más sustituyentes descritos a continuación. Un heterociclo puede ser un monociclo que tiene de 3 a 7 miembros en el anillo (de 2 a 6 átomos de carbono y de 1 a 4 heteroátomos seleccionados de N, O, P y S) o un biciclo que tiene de 7 a 10 miembros en el anillo (de 4 a 9 átomos de carbono y de 1 a 6 heteroátomos seleccionados de N, O, P y S), por ejemplo, un sistema biciclo [4,5], [5,5], [5,6] o [6,6]. Los heterociclos se describen en Paquette, Leo A.; "Principles of Modem Heterocyclic Chemistry" (W.A. Benjamin, Nueva York, 1968), en particular, los capítulos 1,3, 4, 6, 7 y 9; "The Chemistry of Heterocyclic Compounds, A series of Monographs" (John Wiley & Sons, Nueva York, 1950 hasta la fecha), en particular, los volúmenes 13, 14, 16, 19 y 28; y J. Am. Chem. Soc. (1960) 82:5566. "Heterociclilo" también incluye radicales donde los radicales heterociclo se fusionan con un anillo saturado, parcialmente insaturado o un anillo carbocíclico o heterocíclico aromático. Los ejemplos de anillos heterocíclicos incluyen, pero no se limitan a, morfolin-4-ilo, piperidin-1-ilo, piperacinilo, piperacin-4-il-2-ona, piperacin-4-il-3-ona, pirrolidin-1-ilo, tiomorfolin-4-ilo, S-dioxotiomorfolin-4-ilo, azocan-1-ilo, acetidin-1-ilo, octahidropirido[1,2-a]piracin-2-ilo, [1,4]diacepan-1-ilo, pirrolidinilo, tetrahidrofuranilo, dihidrofuranilo, tetrahidrotienilo, tetrahidropiranilo, dihidropiranilo, tetrahidrotiopiranilo, piperidino, morfolino, tiomorfolino, tioxanilo, piperacinilo, homopiperacinilo, acetidinilo, oxetanilo, tietanilo, homopiperidinilo, oxepanilo, tiepanilo, oxacepinilo, diacepinilo, tiacepinilo, 2-pirrolinilo, 3-pirrolinilo, indolinilo, 2H-piranilo, 4H-piranilo, dioxanilo, 1,3-dioxolanilo, pirazolinilo, ditianilo, ditiolanilo, dihidropiranilo, dihidrotienilo, dihidrofuranilo, pirazolidinilimidazolinilo, imidazolidinilo, 3-azabiciclo[3.1.0]hexanilo, 3-azabiciclo[4.1.0]heptanilo, azabiciclo[2.2.2]hexanilo, 3H-indolilo, quinolicinilo y N-piridilureas. También se incluyen restos espiro dentro del alcance de esta definición. Los ejemplos de un grupo heterocíclico en el que 2 átomos del anillo están sustituidos con restos oxo (=O) son pirimidinonilo y 1,1-dioxo-tiomorfolinilo. Los grupos heterociclo en el presente documento están opcionalmente sustituidos independientemente con uno o más sustituyentes descritos en el presente documento.
El término "heteroarilo" se refiere a un radical aromático monovalente de anillos de 5, 6 o 7 miembros, e incluye sistemas de anillos fusionados (siendo al menos uno de ellos aromático) de 5-20 átomos, que contiene uno o más heteroátomos seleccionados independientemente de nitrógeno, oxígeno y azufre. Ejemplos de grupos heteroarilo son piridinilo (incluyendo, por ejemplo, 2-hidroxipiridinilo), imidazolilo, imidazopiridinilo, 1-metil-1H-benzo[d]imidazol, [1,2,4]triazolo[1,5-a]piridina, pirimidinilo (que incluye, por ejemplo, 4-hidroxipirimidinilo), pirazolilo, triazolilo, piracinilo, tetrazolilo, furilo, tienilo, isoxazolilo, tiazolilo, oxadiazolilo, oxazolilo, isotiazolilo, pirrolilo, quinolinilo, isoquinolinil, tetrahidroisoquinolinilo, indolilo, bencimidazolilo, benzofuranilo, cinolinilo, indazolilo, indolicinilo, ftalacinilo, piridacinilo, triacinilo, isoindolilo, pteridinilo, purinilo, oxadiazolilo, tiadiazolilo, tiadiazolilo, furazanilo, benzofurazanilo, benzotiofenilo, benzotiazolilo, benzoxazolilo, quinazolinilo, quinoxalinilo, naftiridinilo y furopiridinilo. Los grupos heteroarilo están opcionalmente sustituidos independientemente con uno o más sustituyentes descritos en el presente documento.
Los grupos heterociclo o heteroarilo pueden estar unidos por carbono (unidos a carbono) o nitrógeno (unidos a nitrógeno) cuando eso sea posible. A modo de ejemplo y sin limitación, los heterociclos o heteroarilos unidos por carbono están unidos en la posición 2, 3, 4, 5 o 6 de una piridina, la posición 3, 4, 5 o 6 de una piridacina, la posición 2, 4, 5 o 6 de una pirimidina, la posición 2, 3, 5 o 6 de una piracina, la posición 2, 3, 4 o 5 de un furano, tetrahidrofurano, tiofurano, tiofeno, pirrol o tetrahidropirrol, la posición 2, 4 o 5 de un oxazol, imidazol o tiazol, la posición 3, 4 o 5 de un isoxazol, pirazol o isotiazol, la posición 2 o 3 de una aciridina, la posición 2, 3 o 4 de una acetidina, la posición 2, 3, 4, 5, 6, 7 u 8 de una quinolina o la posición 1, 3, 4, 5, 6, 7 u 8 de una isoquinolina.
A modo de ejemplo, los heterociclos o heteroarilos unidos por nitrógeno están unidos en la posición 1 de una aciridina, acetidina, pirrol, pirrolidina, 2-pirrolina, 3-pirrolina, imidazol, imidazolidina, 2-imidazolina, 3-imidazolina, pirazol, pirazolina, 2-pirazolina, 3-pirazolina, piperidina, piperacina, indol, indolina, 1H-indazol, la posición 2 de un isoindol o isoindolina, la posición 4 de una morfolina y la posición 9 de un carbazol o p-carbolina.
El término "quiral" se refiere a las moléculas que tienen la propiedad de no superponerse al compañero de su imagen especular, mientras que el término "aquiral" se refiere a las moléculas que son superponibles sobre su compañero de su imagen especular.
El término "estereoisómeros" se refiere a los compuestos que tienen una constitución química idéntica, pero difieren con respecto a la disposición de los átomos o grupos en el espacio.
"Diastereoisómero" se refiere a un estereoisómero con dos o más centros de quiralidad y no siendo sus moléculas imágenes especulares entre sí. Los diastereoisómeros tienen diferentes propiedades físicas, por ejemplo, puntos de fusión, puntos de ebullición, propiedades espectrales y reactividades. Las mezclas de diastereoisómeros se pueden separar con procedimientos analíticos de alta resolución, tales como electroforesis y cromatografía.
"Enantiómeros" se refiere a dos estereoisómeros de un compuesto que son imágenes especulares no superponibles entre sí.
Las definiciones y convenciones estereoquímicas usadas en el presente documento siguen, en general, S. P. Parker, Ed., McGraw-Hill Dictionary of Chemical Terms (1984) McGraw-Hill Book Company, Nueva York; y Eliel, E. y Wilen, S., Stereochemistry of Organic Compounds (1994) John Wiley & Sons, Inc., Nueva York. Muchos compuestos orgánicos existen en formas ópticamente activas, es decir, tienen la capacidad de girar el plano de la luz polarizada en el plano. Al describir un compuesto ópticamente activo se usan los prefijos D y L, o R y S, para indicar la configuración absoluta de la molécula sobre su(s) centro(s) quiral(es). Los prefijos d y l o (+) y (-) se emplean para designar el signo de giro de la luz polarizada en el plano por el compuesto, significando (-) o l que el compuesto es levógiro. Un compuesto con el prefijo (+) o d es dextrógiro. Para una estructura química dada, estos estereoisómeros son idénticos excepto porque son imágenes especulares entre sí. Un estereoisómero específico también se puede denominar enantiómero, y una mezcla de dichos isómeros a menudo se llama mezcla enantiomérica. Una mezcla 50:50 de enantiómeros se denomina mezcla racémica o un racemato, que se puede producir cuando no haya existido ninguna estereoselección o estereoespecificidad en una reacción o proceso químico. Los términos "mezcla racémica" y "racemato" se refieren a una mezcla equimolar de dos especies enantioméricas carentes de actividad óptica.
Otros términos, definiciones y abreviaturas en el presente documento incluyen: De tipo natural ("WT"); anticuerpo mutante genomanipulado con cisteína ("thio"); cadena ligera ("LC"); cadena pesada ("HC"); 6-maleimidocaproilo ("MC"); maleimidopropanoilo ("MP"); valina-citrulina ("val-cit" o "vc"), alanina-fenilalanina ("ala-phe"), p-aminobencilo ("PAB") y p-aminobenciloxicarbonilo ("PABC"); A118C (numeración EU) = A121C (numeración secuencial) = A114C (numeración de Kabat) de K149C de cadena pesada (numeración de Kabat) de la cadena ligera. Se proporcionan otras definiciones y abreviaturas adicionales en otra parte en el presente documento.
II. Conjugado de PROTAC-anticuerpo (PAC)
Las moléculas de conjugado de PROTAC-anticuerpo (PAC) descritas en el presente documento comprenden un anticuerpo conjugado mediante un conector (L1) a una PROTAC, en el que la p Ro TAC comprende un grupo de unión a ubiquitina ligasa E3 ("E3LB"), un conector ("L2") y un grupo de unión a proteínas ("PB"). La fórmula general de un PAC es:
Ab—(L1—D)p,
en la que D es PROTAC que tiene la estructura E3LB— L2— PB; en la que E3LB es un grupo de unión a ligasa E3 como se define en las reivindicaciones unido covalentemente a L2; L2 es un conector unido covalentemente a E3LB y PB; PB es un grupo de unión a proteínas unido covalentemente a L2; Ab es un anticuerpo unido covalentemente a L1; L1 es un conector unido covalentemente a Ab y a D; y p tiene un valor de aproximadamente 1 a aproximadamente 50. La variable p refleja que un anticuerpo puede estar conectado a uno o más grupos L1-D. En un modo de realización, p es de aproximadamente 1 a 8. En otro modo de realización, p es aproximadamente 2.
Las siguientes secciones describen los componentes que comprende el PAC. Para obtener un PAC que tenga una eficacia potente y un índice terapéutico deseable, se proporcionan los siguientes componentes.
1. Anticuerpo (Ab)
Como se describe en el presente documento, los anticuerpos, por ejemplo, anticuerpos monoclonales (mAb) se usan para suministrar una PROTAC a las células diana, por ejemplo, células que expresan la proteína específica a la que va dirigida el anticuerpo. La parte de anticuerpo de un pAc se puede dirigir a una célula que expresa un antígeno con lo que el PAC específico del antígeno se suministra intracelularmente a la célula diana, típicamente a través de endocitosis, mientras que los PAC que comprenden un anticuerpo dirigido a un antígeno que no se encuentra en la superficie celular pueden dar como resultado un suministro intracelular menos específico de la parte PROTAC a la célula, pudiendo el PAC todavía sufrir pinocitosis. Los PAC y el procedimiento de su uso descritos en el presente documento utilizan de forma ventajosa el reconocimiento de anticuerpos de la superficie celular y/o la endocitosis del PAC para suministrar la parte PROTAC dentro de las células.
a. Anticuerpos humanos
En determinados modos de realización, un anticuerpo proporcionado en el presente documento es un anticuerpo humano. Se pueden producir anticuerpos humanos usando diversas técnicas conocidas en la técnica. Los anticuerpos humanos se describen en general en van Dijk y van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5:368-74 (2001) y Lonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008).
Se pueden preparar anticuerpos humanos administrando un inmunógeno a un animal transgénico que se ha modificado para producir anticuerpos humanos intactos o anticuerpos intactos con regiones variables humanas en respuesta a una exposición antigénica. Dichos animales contienen típicamente todo o una parte de los locus de inmunoglobulina humana, que reemplazan los locus de inmunoglobulina endógena, o que están presentes de forma extracromosómica o integrados aleatoriamente en los cromosomas del animal. En dichos ratones transgénicos, los locus de inmunoglobulina endógena en general se han inactivado. Para una revisión de los procedimientos para obtener anticuerpos humanos de animales transgénicos, véase Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005). Véanse también, por ejemplo, las patentes de EE. UU. n.° 6.075.181 y 6.150.584, que describen la tecnología XENOMo Us E™; la patente de EE. UU. n.° 5.770.429, que describe la tecnología Humab®; la patente de EE. UU. n.° 7.041.870, que describe la tecnología K-M MOUSE® y la publicación de solicitud de patente de EE. UU. n.° US2007/0061900, que describe la tecnología VELOCIMOUSE®. Las regiones variables humanas de anticuerpos intactos generados por dichos animales se pueden modificar además, por ejemplo, por combinación con una región constante humana diferente.
También se pueden preparar anticuerpos humanos por procedimientos basados en hibridoma. Se han descrito líneas celulares de mieloma humano y heteromieloma humano-murino para la producción de anticuerpos monoclonales humanos. (Véase, por ejemplo, Kozbor, J. Immunol., 133:3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal AntibodyProduction Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., Nueva York, 1987); y Boerner et al., J. Immunol., 147:86 (1991)). Los anticuerpos humanos generados por medio de tecnología de hibridoma de linfocitos B humanos también se describen en Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006). Los procedimientos adicionales incluyen los descritos, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 7.189.826 (que describe la producción de anticuerpos IgM humanos monoclonales de líneas celulares de hibridoma) y Ni, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006) (que describe hibridomas humano-humano). La tecnología de hibridoma humano (tecnología de trioma) también se describe en Vollmers y Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) y Vollmers y Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3): 185-91 (2005).
También se pueden generar anticuerpos humanos aislando secuencias de dominio variable del clon Fv seleccionadas de colecciones de presentación en fagos derivadas de ser humano. A continuación, se pueden combinar dichas secuencias de dominio variable con un dominio constante humano deseado. Las técnicas para seleccionar anticuerpos humanos de colecciones de anticuerpos se describen a continuación.
b. Anticuerpos derivados de colecciones
Los anticuerpos para su uso en un PAC se pueden aislar cribando colecciones combinatorias para determinar los anticuerpos con la actividad o actividades deseadas. Por ejemplo, una variedad de procedimientos son conocidos en la técnica para generar colecciones de presentación en fagos y cribar dichas colecciones para determinar los anticuerpos que poseen las características de unión deseadas. Dichos procedimientos se revisan, por ejemplo, en Hoogenboom et al. en Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, Nj , 2001) y se describen con más detalle, por ejemplo, en McCafferty et al., Nature 348:552-554; Clackson et al., Nature 352:624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222:581-597 (1992); Marks y Bradbury, en Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004); y Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004).
En determinados procedimientos de presentación en fagos, los repertorios de genes de VH y VL se clonan por separado por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y se recombinan aleatoriamente en colecciones de fagos que, a continuación, se pueden cribar para determinar el fago de unión a antígeno como se describe en Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12:433-455 (1994). Típicamente, los fagos presentan fragmentos de anticuerpo, como fragmentos Fv monocatenarios (scFv) o bien como fragmentos Fab. Las colecciones de fuentes inmunizadas proporcionan anticuerpos de alta afinidad para el inmunógeno sin el requisito de construir hibridomas. De forma alternativa, se puede clonar el repertorio sin exposición previa (por ejemplo, de un ser humano) para proporcionar una única fuente de anticuerpos para una amplia gama de antígenos propios y también no propios sin ninguna inmunización como se describe por Griffiths et al., EMBO J, 12:725-734 (1993). Finalmente, también se pueden preparar sintéticamente colecciones sin exposición previa clonando segmentos génicos V no reordenados a partir de células madre y usando cebadores de PCR que contienen secuencias aleatorias para codificar las regiones CDR3 altamente variables y conseguir el reordenamiento in vitro, como se describe por Hoogenboom y Winter, J. Mol. Biol., 227:381-388 (1992). Las publicaciones de patente que describen colecciones en fagos de anticuerpos humanos incluyen, por ejemplo: la patente de EE. UU. n.° 5.750.373 y las publicaciones de patente de EE. UU. n.° 2005/0079574, 2005/0119455, 2005/0266000, 2007/0117126, 2007/0160598, 2007/0237764, 2007/0292936 y 2009/0002360.
Los anticuerpos o fragmentos de anticuerpo aislados de colecciones de anticuerpos humanos se consideran anticuerpos humanos o fragmentos de anticuerpo humano en el presente documento.
c. Anticuerpos quiméricos y humanizados
En determinados modos de realización, un anticuerpo proporcionado en el presente documento es un anticuerpo quimérico. Se describen determinados anticuerpos quiméricos, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 4.816.567; y Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)). En un ejemplo, un anticuerpo quimérico comprende una región variable no humana (por ejemplo, una región variable derivada de un ratón, rata, hámster, conejo o primate no humano, tal como un mono) y una región constante humana. En otro ejemplo, un anticuerpo quimérico es un anticuerpo "con cambio de clase" en el que se ha cambiado la clase o subclase con respecto a la del anticuerpo original. Los anticuerpos quiméricos incluyen fragmentos de unión a antígeno de los mismos.
En determinados modos de realización, un anticuerpo quimérico es un anticuerpo humanizado. Típicamente, un anticuerpo no humano se humaniza para reducir la inmunogenicidad en seres humanos, mientras conserva la especificidad y afinidad del anticuerpo no humano original. En general, un anticuerpo humanizado comprende uno o más dominios variables en los que las HVR, por ejemplo, las CDR (o partes de las mismas), se derivan de un anticuerpo no humano y las FR (o partes de las mismas) se derivan de secuencias de anticuerpos humanos. Un anticuerpo humanizado también comprenderá opcionalmente al menos una parte de una región constante humana. En algunos modos de realización se sustituyen algunos residuos de FR de un anticuerpo humanizado con los residuos correspondientes de un anticuerpo no humano (por ejemplo, el anticuerpo del que se derivan los residuos de HVR), por ejemplo, para restablecer o mejorar la especificidad o afinidad del anticuerpo.
Los anticuerpos humanizados y los procedimientos para prepararlos se revisan, por ejemplo, en Almagro y Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008), y se describen con más detalle, por ejemplo, en Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989); patentes de EE. UU. n.° 5.821.337, 7.527.791,6.982.321 y 7.087.409; Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005) (que describe el injerto de SDR (a-CDR)); Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991) (que describe el "rebarnizado"); Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005) (que describe el "reordenamiento de FR"); y Osbourn et al., Methods 36:61-68 (2005) y Klimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000) (que describen el enfoque de "selección guiada" para el reordenamiento de FR).
Las regiones estructurales humanas que se pueden usar para la humanización incluyen, pero no se limitan a: regiones estructurales seleccionadas usando el procedimiento de "mejor ajuste" (véase, por ejemplo, Sims et al., J. Immunol.
151:2296 (1993)); regiones estructurales derivadas de la secuencia consenso de anticuerpos humanos de un subgrupo particular de regiones variables de la cadena ligera o pesada (véanse, por ejemplo, Carter et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992); y Presta et al., J. Immunol., 151:2623 (1993)); regiones estructurales maduras (mutadas somáticamente) humanas o regiones estructurales de la estirpe germinal humana (véase, por ejemplo, Almagro y Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)); y regiones estructurales derivadas del cribado de colecciones de FR (véanse, por ejemplo, Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997) y Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)).
d. Anticuerpos multiespecíficos
En determinados modos de realización, un anticuerpo proporcionado en el presente documento es un anticuerpo multiespecífico, por ejemplo, un anticuerpo biespecífico. El término "anticuerpo multiespecífico", como se usa en el presente documento, se refiere a un anticuerpo que comprende un dominio de unión a antígeno que tiene especificidad poliepitópica (es decir, se puede unir a dos o más epítopos diferentes en una molécula o se puede unir a epítopos en dos o más moléculas diferentes).
En algunos modos de realización, los anticuerpos multiespecíficos son anticuerpos monoclonales que tienen especificidades de unión para al menos dos sitios de unión de antígeno diferentes (tal como un anticuerpo biespecífico). En algunos modos de realización, el primer dominio de unión a antígeno y el segundo dominio de unión a antígeno del anticuerpo multiespecífico se pueden unir a los dos epítopos dentro de una misma molécula (unión intramolecular). Por ejemplo, el primer dominio de unión a antígeno y el segundo dominio de unión a antígeno del anticuerpo multiespecífico se pueden unir a dos epítopos diferentes en la misma molécula de proteína. En determinados modos de realización, los dos epítopos diferentes a los que se une un anticuerpo multiespecífico son epítopos que normalmente no se unen al mismo tiempo por un anticuerpo monoespecífico, tal como, por ejemplo, un anticuerpo convencional o un dominio variable único de inmunoglobulina. En algunos modos de realización, el primer dominio de unión a antígeno y el segundo dominio de unión a antígeno del anticuerpo multiespecífico se pueden unir a epítopos localizados dentro de dos moléculas distintas (unión intermolecular). Por ejemplo, el primer dominio de unión a antígeno del anticuerpo multiespecífico se puede unir a un epítopo en una molécula de proteína, mientras que el segundo dominio de unión a antígeno del anticuerpo multiespecífico se puede unir a otro epítopo en una molécula de proteína diferente, reticulando de este modo las dos moléculas.
En algunos modos de realización, el dominio de unión a antígeno de un anticuerpo multiespecífico (tal como un anticuerpo biespecífico) comprende dos unidades VH/VL, en las que una primera unidad VH/VL se une a un primer epítopo y una segunda unidad VH/VL se une a un segundo epítopo, en el que cada unidad VH/VL comprende un dominio variable de la cadena pesada (VH) y un dominio variable de la cadena ligera (VL). Dichos anticuerpos multiespecíficos incluyen, pero no se limitan a, anticuerpos de longitud completa, anticuerpos que tienen dos o más dominios VL y VH, y fragmentos de anticuerpos (tales como Fab, Fv, dsFv, scFv, diacuerpos, diacuerpos y triacuerpos biespecíficos, fragmentos de anticuerpos que se han unido covalentemente o no covalentemente). Una unidad VH/VL que comprende además al menos una parte de una región variable de la cadena pesada y/o al menos una parte de una región variable de la cadena ligera también se puede denominar "brazo" o "hemímero" o "medio anticuerpo". En algunos modos de realización, un hemímero comprende una parte suficiente de una región variable de la cadena pesada para permitir que se formen enlaces disulfuro intramoleculares con un segundo hemímero. En algunos modos de realización, un hemímero comprende una mutación de botón o una mutación de ojal, por ejemplo, para permitir la heterodimerización con un segundo hemímero o medio anticuerpo que comprende una mutación de ojal o mutación de botón complementaria. Las mutaciones de botón y las mutaciones de ojal se analizan adicionalmente a continuación.
En determinados modos de realización, un anticuerpo multiespecífico proporcionado en el presente documento puede ser un anticuerpo biespecífico. El término "anticuerpo biespecífico", como se usa en el presente documento, se refiere a un anticuerpo multiespecífico que comprende un dominio de unión a antígeno que se puede unir a dos epítopos diferentes en una molécula o se puede unir a epítopos en dos moléculas diferentes. En el presente documento también se puede hacer referencia a un anticuerpo biespecífico por tener "especificidad doble" o ser "específico doble". Los anticuerpos biespecíficos ejemplares se pueden unir tanto a proteínas como a cualquier otro antígeno. En determinados modos de realización, una de las especificidades de unión es para proteína y la otra es para CD3. Véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 5.821.337. En determinados modos de realización, los anticuerpos biespecíficos se pueden unir a dos epítopos diferentes de la misma molécula de proteína. En determinados modos de realización, los anticuerpos biespecíficos se pueden unir a dos epítopos diferentes en dos moléculas de proteína diferentes. También se pueden usar anticuerpos biespecíficos para localizar agentes citotóxicos con respecto a las células que expresan proteína. Se pueden preparar anticuerpos biespecíficos como anticuerpos de longitud completa o fragmentos de anticuerpo.
Las técnicas para preparar anticuerpos multiespecíficos incluyen, pero no se limitan a, coexpresión recombinante de dos pares de cadena pesada-cadena ligera de inmunoglobulina que tienen diferentes especificidades (véase Milstein y Cuello, Nature 305:537 (1983), el documento WO 93/08829 y Traunecker et al., EMBO J. 10:3655 (1991)), e ingeniería de "botón en ojal" (véanse, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 5.731.168, los documentos W02009/089004, US2009/0182127, US2011/0287009, Marvin y Zhu, Acta Pharmacol. Sin. (2005) 26(6):649-658, y Kontermann (2005) Acta Pharmacol. Sin., 26:1-9). El término tecnología "botón en ojal" o "KnH", como se usa en el presente documento, se refiere a la tecnología que dirige el emparejamiento de dos polipéptidos entre sí in vitro o in vivo introduciendo una protuberancia (botón) en un polipéptido y una cavidad (ojal) en el otro polipéptido en una interfaz en la que interactúan. Por ejemplo, se han introducido KnH en las interfaces de unión Fc:Fc, las interfases CL:CH1 o las interfases VH/VL de anticuerpos (véanse, por ejemplo, los documentos US 2011/0287009, US2007/0178552, WO 96/027011, WO 98/050431, Zhu et al., 1997, Protein Science 6:781-788 y documento WO2012/106587). En algunos modos de realización, los KnH impulsan el emparejamiento de dos cadenas pesadas diferentes entre sí durante la fabricación de anticuerpos multiespecíficos. Por ejemplo, los anticuerpos multiespecíficos que tienen KnH en sus regiones Fc pueden comprender además dominios variables únicos unidos a cada región Fc, o comprender además diferentes dominios variables de la cadena pesada que se emparejan con dominios variables de la cadena ligera similares o diferentes. La tecnología KnH también se puede usar para emparejar dos dominios extracelulares receptores diferentes entre sí o cualquier otra secuencia polipeptídica que comprenda diferentes secuencias de reconocimiento diana (por ejemplo, incluyendo aficuerpos (moléculas Affibody), pepticuerpos y otras fusiones de Fc).
El término "mutación de botón", como se usa en el presente documento, se refiere a una mutación que introduce una protuberancia (botón) en un polipéptido en una interfaz en la que el polipéptido interactúa con otro polipéptido. En algunos modos de realización, el otro polipéptido tiene una mutación de ojal.
El término "mutación de ojal", como se usa en el presente documento, se refiere a una mutación que introduce una cavidad (ojal) en un polipéptido en una interfaz en la que el polipéptido interactúa con otro polipéptido. En algunos modos de realización, el otro polipéptido tiene una mutación de botón.
Una "protuberancia" se refiere a al menos una cadena lateral de aminoácido que se proyecta desde la interfaz de un primer polipéptido y es, por lo tanto, posicionable en una cavidad compensatoria en la interfaz contigua (es decir, la interfaz de un segundo polipéptido) para estabilizar el heteromultímero y, de este modo, favorecer la formación de heteromultímeros sobre la formación de homomultímeros, por ejemplo. La protuberancia puede existir en la interfaz original o se puede introducir sintéticamente (por ejemplo, alterando el ácido nucleico que codifica la interfaz). En algunos modos de realización, el ácido nucleico que codifica la interfaz del primer polipéptido se altera para codificar la protuberancia. Para lograr esto, el ácido nucleico que codifica al menos un residuo de aminoácido "original" en la interfaz del primer polipéptido se reemplaza por el ácido nucleico que codifica al menos un residuo de aminoácido "importado" que tiene un volumen de cadena lateral mayor que el residuo de aminoácido original. Se apreciará que puede existir más de un residuo original y su correspondiente residuo importado. Los volúmenes de la cadena lateral de los diversos residuos amino se muestran, por ejemplo, en la tabla 1 del documento US2011/0287009. Una mutación para introducir una "protuberancia" se puede denominar "mutación de botón".
En algunos modos de realización, los residuos importados para la formación de una protuberancia son residuos de aminoácido naturales seleccionados de arginina (R), fenilalanina (F), tirosina (Y) y triptófano (W). En algunos modos de realización, un residuo importado es triptófano o tirosina. En algunos modos de realización, el residuo original para la formación de la protuberancia tiene un volumen de cadena lateral pequeño, tal como alanina, asparagina, ácido aspártico, glicina, serina, treonina o valina.
Una "cavidad" se refiere a al menos una cadena lateral de aminoácido que se retrae de la interfaz de un segundo polipéptido y, por lo tanto, aloja una protuberancia correspondiente en la interfaz contigua de un primer polipéptido. La cavidad puede existir en la interfaz original o se puede introducir sintéticamente (por ejemplo, alterando el ácido nucleico que codifica la interfaz). En algunos modos de realización, el ácido nucleico que codifica la interfaz del segundo polipéptido se altera para codificar la cavidad. Para lograr esto, el ácido nucleico que codifica al menos un residuo de aminoácido "original" en la interfaz del segundo polipéptido se reemplaza por el a Dn que codifica al menos un residuo de aminoácido "importado" que tiene un volumen de cadena lateral menor que el residuo de aminoácido original. Se apreciará que puede existir más de un residuo original y su correspondiente residuo importado. En algunos modos de realización, los residuos importados para la formación de una cavidad son residuos de aminoácido naturales seleccionados de alanina (A), serina (S), treonina (T) y valina (V). En algunos modos de realización, un residuo importado es serina, alanina o treonina. En algunos modos de realización, el residuo original para la formación de la cavidad tiene un volumen de cadena lateral grande, tal como tirosina, arginina, fenilalanina o triptófano. Una mutación para introducir una "cavidad" se puede denominar "mutación de ojal".
La protuberancia es "posicionable" en la cavidad, lo que quiere decir que la localización espacial de la protuberancia y la cavidad en la interfaz de un primer polipéptido y segundo polipéptido, respectivamente, y los tamaños de la protuberancia y la cavidad son tales que la protuberancia se puede localizar en la cavidad sin perturbar significativamente la asociación normal del primer y segundo polipéptidos en la interfaz. Puesto que protuberancias tales como Tyr, Phe y Trp típicamente no se extienden perpendicularmente desde el eje de la interfaz y tienen conformaciones preferentes, la alineación de una protuberancia con una cavidad correspondiente se puede basar, en algunos casos, en modelar el par protuberancia/cavidad en base a una estructura tridimensional tal como la obtenida por cristalografía de rayos X o resonancia magnética nuclear (RMN). Esto se puede lograr usando técnicas ampliamente aceptadas en la técnica.
En algunos modos de realización, una mutación de botón en una región constante de IgG1 es T366W (numeración EU). En algunos modos de realización, una mutación de ojal en una región constante de IgG1 comprende una o más mutaciones seleccionadas de T366S, L368A e Y407V (numeración EU). En algunos modos de realización, una mutación de ojal en una región constante de IgG1 comprende T366S, L368A e Y407V (numeración EU).
En algunos modos de realización, una mutación de botón en una región constante de IgG4 es T366W (numeración EU). En algunos modos de realización, una mutación de ojal en una región constante de IgG4 comprende una o más mutaciones seleccionadas de T366S, L368A e Y407V (numeración EU). En algunos modos de realización, una mutación de ojal en una región constante de IgG4 comprende T366S, L368A e Y407V (numeración EU).
También se pueden preparar anticuerpos multiespecíficos modificando los efectos de orientación electrostática para preparar moléculas heterodiméricas de Fc de anticuerpo (documento WO 2009/089004A1); reticulando dos o más anticuerpos o fragmentos (véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 4.676.980, y Brennan et al., Science, 229:81 (1985)); usando cremalleras de leucina para producir anticuerpos biespecíficos (véase, por ejemplo, Kostelny et al., J. Immunol., 148(5): 1547-1553 (1992)); usando tecnología de "diacuerpos" para preparar fragmentos de anticuerpos biespecíficos (véase, por ejemplo, Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)); y usando dímeros de Fv monocatenario (sFv) (véase, por ejemplo, Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)); y preparando anticuerpos específicos como se describe, por ejemplo, en Tutt et al., J. Immunol. 147:60 (1991).
Los anticuerpos genomanipulados con tres o más sitios de unión a antígeno funcionales, incluyendo los "anticuerpos pulpo" o "inmunoglobulinas de dominio variable doble" (DVD) también se incluyen en el presente documento (véase, por ejemplo, el documento US 2006/0025576A1, y Wu et al., Nature Biotechnology (2007)). El anticuerpo o fragmento en el presente documento también incluye un "Fab de doble acción" o "DAF" que comprende un sitio de unión a antígeno que se une a una proteína diana, así como a otro antígeno diferente (véase el documento US 2008/0069820, por ejemplo).
e. Fragmentos de anticuerpo
En determinados modos de realización, un anticuerpo proporcionado en el presente documento es un fragmento de anticuerpo. Los fragmentos de anticuerpo incluyen, pero no se limitan a, los fragmentos Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2 , Fv y scFv, y otros fragmentos descritos a continuación. Para obtener una revisión de determinados fragmentos de anticuerpo, véase Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003). Para una revisión de los fragmentos scFv, véase, por ejemplo, Pluckthün, en The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg y Moore eds., (Springer-Verlag, Nueva York), pp. 269-315 (1994); véase también el documento WO93/16185; y las patentes de EE. UU. n.° 5.571.894 y 5.587.458. Para obtener un análisis de los fragmentos Fab y F(ab')2 que comprenden residuos de epítopos de unión al receptor de rescate y que tienen una semivida in vivo incrementada, véase la patente de EE. UU. n.° 5.869.046.
Los diacuerpos son fragmentos de anticuerpo con dos sitios de unión a antígeno que pueden ser bivalentes o biespecíficos. Véanse, por ejemplo, el documento EP 404.097; el documento WO 1993/01161; Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003); y Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993). Los triacuerpos y tetracuerpos también se describen en Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003).
Los anticuerpos de dominio único son fragmentos de anticuerpo que comprenden todo o una parte del dominio variable de la cadena pesada o todo o una parte del dominio variable de la cadena ligera de un anticuerpo. En determinados modos de realización, un anticuerpo de dominio único es un anticuerpo de dominio único humano (Domantis, Inc., Waltham, MA; véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 6.248.516 B1).
Se pueden preparar fragmentos de anticuerpo mediante diversas técnicas, incluyendo, pero sin limitarse a, digestión proteolítica de un anticuerpo intacto, así como la producción por células huésped recombinantes (por ejemplo, E. coli o fago), como se describe en el presente documento.
f. Variantes de anticuerpo
En determinados modos de realización se contemplan variantes de secuencia de aminoácidos de los anticuerpos proporcionados en el presente documento. Por ejemplo, puede ser deseable mejorar la afinidad de unión y/u otras propiedades biológicas del anticuerpo. Se pueden preparar variantes de secuencia de aminoácidos de un anticuerpo introduciendo modificaciones apropiadas en la secuencia de nucleótidos que codifica el anticuerpo o por síntesis peptídica. Dichas modificaciones incluyen, por ejemplo, deleciones de, y/o inserciones en y/o sustituciones de residuos dentro de las secuencias de aminoácidos del anticuerpo. Se puede realizar cualquier combinación de deleción, inserción y sustitución para llegar a la construcción final, siempre que la construcción final posea las características deseadas, por ejemplo, unión a antígeno.
i. Variantes por sustitución, inserción y deleción
En determinados modos de realización se proporcionan variantes de anticuerpo que tienen una o más sustituciones aminoacídicas. Los sitios de interés para la mutagénesis de sustitución incluyen las HVR y las FR. Se muestran sustituciones conservadoras en la tabla 1 bajo el encabezado "sustituciones preferentes". Se proporcionan cambios más sustanciales en la tabla 1 bajo el encabezado "sustituciones ejemplares" y como se describe además a continuación en referencia a las clases de cadena lateral de aminoácido. Se pueden introducir sustituciones aminoacídicas en un anticuerpo de interés y cribar los productos para determinar una actividad deseada, por ejemplo, conservación/mejora de unión a antígeno, disminución en inmunogenicidad o mejora en la citotoxicidad celular dependiente de anticuerpos (ADCC) o citotoxicidad dependiente del complemento (CDC).
Tabla 1. Sustituciones aminoacídicas.
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Los aminoácidos se pueden agrupar de acuerdo con propiedades de cadena lateral comunes:
(1) hidrófobos: norleucina, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) hidrófilos neutros: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln;
(3) ácidos: Asp, Glu;
(4) básicos: His, Lys, Arg;
(5) residuos que influyen en la orientación de la cadena: Gly, Pro;
(6) aromáticos: Trp, Tyr, Phe.
Las sustituciones no conservadoras conllevarán intercambiar un miembro de una de estas clases por otra clase. Un tipo de variante de sustitución implica sustituir uno o más residuos de la región hipervariable de un anticuerpo original (por ejemplo, un anticuerpo humanizado o humano). En general, la(s) variante(s) resultante(s) seleccionada(s) para estudio adicional tendrá(n) modificaciones (por ejemplo, mejoras) en determinadas propiedades biológicas (por ejemplo, afinidad incrementada, inmunogenicidad reducida) en relación con el anticuerpo original y/o habrá(n) retenido sustancialmente determinadas propiedades biológicas del anticuerpo original. Una variante de sustitución ejemplar es un anticuerpo de afinidad madurada que se puede generar convenientemente, por ejemplo, usando técnicas de maduración de la afinidad basadasen presentación en fagos, tales como las descritas en el presente documento. En resumen, se mutan uno o más residuos de HVR y los anticuerpos variantes se presentan en fagos y se criban para determinar una actividad biológica particular (por ejemplo, afinidad de unión).
Se pueden realizar alteraciones (por ejemplo, sustituciones) en las HVR, por ejemplo, para mejorar la afinidad del anticuerpo. Se pueden realizar dichas alteraciones en "puntos calientes" de la HVR, es decir, residuos codificados por codones que se someten a una mutación con alta frecuencia durante el proceso de maduración somática (véase, por ejemplo, Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)), y/o en las SDR (las a-CDR), sometiendo a prueba el VH o VL variante resultante para determinar su afinidad de unión. La maduración de la afinidad mediante construcción y reselección de colecciones secundarias se ha descrito, por ejemplo, en Hoogenboom et al. en Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, (2001).) En algunos modos de realización de la maduración de la afinidad se introduce diversidad en los genes variables elegidos para la maduración mediante cualquiera de una variedad de procedimientos (por ejemplo, PCR propensa a error, reordenamiento de cadenas o mutagénesis dirigida por oligonucleótidos). A continuación, se crea una segunda colección. A continuación, se criba la colección para identificar cualquier variante de anticuerpo con la afinidad deseada. Otro procedimiento para introducir diversidad implica enfoques dirigidos a HVR, en los que se aleatorizan varios residuos de HVR (por ejemplo, 4-6 residuos a la vez). Se pueden identificar específicamente los residuos de HVR implicados en la unión a antígeno, por ejemplo, usando modelado o mutagénesis por barrido de alanina. A menudo se seleccionan en particular CDR-H3 y CDR-L3.
En determinados modos de realización se pueden producir sustituciones, inserciones o deleciones dentro de una o más HVR, siempre que dichas alteraciones no reduzcan sustancialmente la capacidad del anticuerpo de unirse al antígeno. Por ejemplo, en las HVR se pueden realizar alteraciones conservadoras (por ejemplo, sustituciones conservadoras como se proporciona en el presente documento) que no reduzcan sustancialmente la afinidad de unión. Dichas alteraciones pueden estar fuera de los "puntos calientes" de HVR o SDR. En determinados modos de realización de las secuencias de VH y VL variantes proporcionadas anteriormente, cada HVR está inalterada o bien no contiene más de una, dos o tres sustituciones aminoacídicas.
Un procedimiento útil para la identificación de residuos o regiones de un anticuerpo que se pueden seleccionar para la mutagénesis se llama "mutagénesis por barrido de alanina" como se describe por Cunningham y Wells (1989) Science, 244:1081-1085. En este procedimiento se identifica un residuo o grupo de residuos diana (por ejemplo, residuos cargados, tales como arg, asp, his, lys y glu) y se reemplazan por un aminoácido neutro o cargado negativamente (por ejemplo, alanina o polialanina) para determinar si la interacción del anticuerpo con el antígeno se ve afectada. Se pueden introducir otras sustituciones en las localizaciones de aminoácidos que demuestren sensibilidad funcional a las sustituciones iniciales. De forma alternativa, o adicionalmente, se usa una estructura cristalina de un complejo antígeno-anticuerpo para identificar los puntos de contacto entre el anticuerpo y el antígeno. Dichos residuos de contacto y residuos adyacentes se pueden seleccionar o eliminar como candidatos para sustitución. Se pueden cribar variantes para determinar si contienen las propiedades deseadas.
Las inserciones en la secuencia de aminoácidos incluyen fusiones amino y/o carboxiterminales que varían en longitud desde un residuo hasta polipéptidos que contienen cien o más residuos, así como inserciones intrasecuenciales de residuos de aminoácido únicos o múltiples. Los ejemplos de inserciones terminales incluyen un anticuerpo con un residuo de metionilo N terminal. Otras variantes de inserción de la molécula de anticuerpo incluyen la fusión al extremo N o C del anticuerpo de una enzima (por ejemplo, para el tratamiento con profármacos enzimáticos dirigidos por anticuerpos (ADEPT)) o un polipéptido que incrementa la semivida en suero del anticuerpo.
ii Variantes de anticuerpo genomanipulado con cisteína
En determinados modos de realización puede ser deseable crear anticuerpos genomanipulados con cisteína, por ejemplo, "anticuerpo THIOMAB™", en el que uno o más residuos de un anticuerpo se sustituyen con residuos de cisteína. En modos de realización particulares, los residuos sustituidos se producen en sitios accesibles del anticuerpo. Al sustituir esos residuos con cisteína, los grupos que reaccionan con tiol se sitúan de este modo en sitios accesibles del anticuerpo y se pueden usar para conjugar el anticuerpo a otros restos, tales como grupos L1 -PROTAC, para crear un PAC, como se describe más adelante en el presente documento. En determinados modos de realización se puede sustituir uno cualquiera o más de los siguientes residuos con cisteína: V205 (numeración de Kabat) de la cadena ligera; A140 (numeración UE) de la cadena pesada; L174 (numeración UE) de la cadena pesada; Y373 (numeración UE) de la cadena pesada; K149 (numeración de Kabat) de la cadena ligera; A118 (numeración UE) de la cadena pesada; y S400 (numeración EU) de la región Fc de la cadena pesada. En modos de realización específicos, los anticuerpos descritos en el presente documento comprenden la sustitución con cisteína HC-A140C (numeración EU). En modos de realización específicos, los anticuerpos descritos en el presente documento comprenden la sustitución con cisteína LC-K149C (numeración de Kabat). En modos de realización específicos, los anticuerpos descritos en el presente documento comprenden la sustitución con cisteína HC-A118C (numeración EU).
Se pueden generar anticuerpos genomanipulados con cisteína como se describe, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 7.521.541.
En determinados modos de realización, el anticuerpo comprende una de las siguientes sustituciones con cisteína de la cadena pesada:
Tabla 2. Sustituciones con cisteína en HC.
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En determinados modos de realización, el anticuerpo comprende una de las siguientes sustituciones con cisteína de la cadena ligera:
Tabla 3. Sustituciones con cisteína en LC.
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Un anticuerpo THIOMAB™ K149C de cadena ligera (LC) de hu7C2.v2.2.LA ejemplar no limitante tiene las secuencias de aminoácidos de la cadena pesada y la cadena ligera de SEQ ID NO: 26 y 30, respectivamente. Un anticuerpo THIOMAB™ A118C de cadena pesada (HC) de hu7C2.v2.2.LA ejemplar no limitante tiene las secuencias de aminoácidos de la cadena pesada y la cadena ligera de SEQ ID NO: 31 y 25, respectivamente.
Los PAC incluyen anticuerpos genomanipulados con cisteína en los que uno o más aminoácidos de un anticuerpo original o natural se reemplazan con un aminoácido de cisteína. Cualquier forma de anticuerpo se puede genomanipular, es decir, mutar. Por ejemplo, un fragmento de anticuerpo Fab original se puede modificar para formar un Fab genomanipulado con cisteína, denominado en el presente documento "ThioFab". De manera similar, un anticuerpo monoclonal original se puede modificar para formar un anticuerpo THIOMAB™. Cabe destacar que una mutación de un solo sitio produce un único residuo de cisteína genomanipulado en un ThioFab, mientras que una mutación de un sitio único produce dos residuos de cisteína genomanipulados en un anticuerpo THIOMAB™ debido a la naturaleza dimérica del anticuerpo IgG. Los mutantes con residuos de cisteína (Cys) reemplazados ("genomanipulados") se evalúan para determinar la reactividad de los grupos tiol de cisteína genomanipulados recientemente introducidos. El valor de reactividad de tiol es un término numérico relativo en el intervalo de 0 a 1,0 y se puede medir para determinar cualquier anticuerpo genomanipulado con cisteína. Los valores de reactividad de tiol de los anticuerpos genomanipulados con cisteína para su uso en un PAC están en el intervalo de 0,6 a 1,0; de 0,7 a 1,0; o de 0,8 a 1,0.
Para preparar un anticuerpo genomanipulado con cisteína por mutagénesis, se prepara ADN que codifica una variante de secuencia de aminoácidos del polipéptido de partida mediante una variedad de procedimientos conocidos en la técnica. Estos procedimientos incluyen, pero no se limitan a, preparación mediante mutagénesis dirigida al sitio (o mediada por oligonucleótidos), mutagénesis por PCR y mutagénesis en casete de un ADN preparado anteriormente que codifica el polipéptido. También se pueden construir variantes de anticuerpos recombinantes mediante manipulación de fragmentos de restricción o mediante PCR de extensión solapada con oligonucleótidos sintéticos. Los cebadores mutagénicos codifican el/los reemplazo(s) de codones de cisteína. Se pueden emplear técnicas de mutagénesis estándar para generar ADN que codifique dichos anticuerpos genomanipulados con cisteína mutantes. Se puede encontrar orientación general en Sambrook et al. Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989; y Ausubel et al. Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing y Wiley-Interscience, Nueva York, NY, 1993.
Los aminoácidos de cisteína se pueden genomanipular en sitios reactivos en un anticuerpo y que no forman enlaces disulfuro intracatenarios o intermoleculares (Junutula, et al., 2008b Nature Biotech., 26(8):925-932; Dornan et al. (2009) Blood 114(13):2721-2729; documento US 7521541; documento US 7723485; documento WO2009/052249, Shen et al. (2012) Nature Biotech., 30(2): 184-191; Junutula et al. (2008) Jour of Immun. Methods 332:41-52). Los tioles de cisteína genomanipulados pueden reaccionar con reactivos conectores o con los intermedios de conector L1-PROTAC descritos en el presente documento, que tienen grupos electrófilos que reaccionan con tiol tales como maleimidas, disulfuros activados (tal como un disulfuro de 4-nitropiridilo) o alfa-haloamidas para formar un PAC con anticuerpos genomanipulados con cisteína (anticuerpos THIOMAB™) y el residuo PROTAC. Por tanto, la localización del resto PROTAC se puede diseñar, controlar y conocer. La proporción PROTAC/anticuerpo ("PAR") se puede controlar, ya que los grupos tiol de cisteína genomanipulados reaccionan típicamente con reactivos conectores que reaccionan con tiol o con intermedios de conector L1-PROTAC con alto rendimiento. La genomanipulación de un anticuerpo para introducir un aminoácido de cisteína por sustitución en un único sitio en la cadena pesada o ligera da dos nuevas cisteínas en el anticuerpo simétrico. Se puede lograr una PAR de aproximadamente 2 y casi homogeneidad del producto de conjugación.
Los anticuerpos genomanipulados con cisteína conservan preferentemente la capacidad de unión a antígeno de sus homólogos de anticuerpos originales naturales. Por tanto, los anticuerpos genomanipulados con cisteína se pueden unir, preferentemente de forma específica, a antígenos. Dichos antígenos incluyen, por ejemplo, antígenos asociados a tumores (TAA), proteínas receptoras de superficie celular y otras moléculas de superficie celular, proteínas transmembranarias, proteínas de señalización, factores reguladores de la supervivencia celular, factores reguladores de la proliferación celular, moléculas asociadas con (por ejemplo, que se conoce o se sospecha que contribuyen funcionalmente al) desarrollo o diferenciación de tejidos, linfocinas, citocinas, moléculas implicadas en la regulación del ciclo celular, moléculas implicadas en la vasculogénesis y moléculas asociadas con (por ejemplo, que se conoce o se sospecha que contribuyen funcionalmente a) la angiogénesis. El antígeno asociado a tumores puede ser un factor de grupo de diferenciación (es decir, una proteína CD). Un antígeno al que un anticuerpo genomanipulado con cisteína se puede unir puede ser un miembro de un subconjunto de una de las categorías mencionadas anteriormente, en la que el/los otro(s) subconjunto(s) de dicha categoría comprende(n) otras moléculas/antígenos que tienen una característica distinta (con respecto al antígeno de interés).
Los anticuerpos genomanipulados con cisteína se preparan para la conjugación con intermedios de conector L1 mediante reducción y reoxidación de grupos disulfuro intracatenarios.
iii Variantes de glucosilación
En determinados modos de realización se altera un anticuerpo proporcionado en el presente documento para incrementar o disminuir el grado en el que el anticuerpo se glucosila. La adición o deleción de sitios de glucosilación en un anticuerpo se puede lograr convenientemente alterando la secuencia de aminoácidos de modo que se crean o se retiran uno o más sitios de glucosilación.
Cuando el anticuerpo comprende una región Fc, se puede alterar el carbohidrato unido a la misma. Los anticuerpos naturales producidos por células de mamífero típicamente comprenden un oligosacárido biantenario ramificado que se une, en general, por un enlace N a Asn297 del dominio CH2 de la región Fc. Véase, por ejemplo, Wright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997). El oligosacárido puede incluir diversos carbohidratos, por ejemplo, manosa, N-acetilglucosamina (GlcNAc), galactosa y ácido siálico, así como una fucosa unida a una GlcNAc en el "tallo" de la estructura de oligosacárido biantenario. En algunos modos de realización se pueden preparar modificaciones del oligosacárido en un anticuerpo para crear variantes de anticuerpo con determinadas propiedades mejoradas.
En un modo de realización se proporcionan variantes de anticuerpo que tienen una estructura glucídica que carece de fucosa unida (directa o indirectamente) a una región Fc. Por ejemplo, la cantidad de fucosa en dicho anticuerpo puede ser de un 1 % a un 80 %, de un 1 % a un 65 %, de un 5 % a un 65 % o de un 20 % a un 40 %. La cantidad de fucosa se determina calculando la cantidad promedio de fucosa dentro de la cadena glucídica en Asn297, en relación con la suma de todas las glucoestructuras unidas a Asn297 (por ejemplo, estructuras complejas, híbridas y de alto contenido en manosa) como se mide por espectrometría de masas MALDI-TOF, como se describe en el documento WO 2008/077546, por ejemplo. Asn297 se refiere al residuo de asparagina localizado en aproximadamente la posición 297 de la región Fc (numeración EU de los residuos de la región Fc); sin embargo, la Asn297 también se puede localizar aproximadamente ± 3 aminoácidos en dirección 5' o en dirección 3' de la posición 297, es decir, entre las posiciones 294 y 300, debido a pequeñas variaciones de secuencia en los anticuerpos. Dichas variantes de fucosilación pueden tener una mejora en la función ADCC. Véanse, por ejemplo, las publicaciones de patente de EE. UU. n.° US 2003/0157108 (Presta, L.); US 2004/0093621 (Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd.). Los ejemplos de publicaciones relacionadas con variantes de anticuerpo "desfucosilado" o "carente de fucosa" incluyen: documento US 2003/0157108; documento WO 2000/61739; documento WO 2001/29246; documento US 2003/0115614; documento US 2002/0164328; documento US 2004/0093621; documento US 2004/0132140; documento US 2004/0110704; documento US 2004/0110282; documento US 2004/0109865; documento WO 2003/085119; documento WO 2003/084570; documento WO 2005/035586; documento WO 2005/035778; documento WO2005/053742; documento WO2002/031140; Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87:614 (2004). Los ejemplos de líneas celulares que pueden producir anticuerpos desfucosilados incluyen células CHO Lec13 carente de fucosilación de proteínas (Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986); solicitud de patente de EE. UU. n.° US 2003/0157108 A1, Presta, L; y documento WO 2004/056312 A1, Adams et al., especialmente en el ejemplo 11), y líneas celulares con genes inactivados, tales como células CHO con el gen de la alfa-1,6-fucosiltransferasa, FUT8, inactivado (véase, por ejemplo, Yamane-Ohnuki et al., Biotech. Bioeng. 87:614 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006); y documento WO2003/085107).
Se proporcionan además variantes de anticuerpo con oligosacáridos bisecados, por ejemplo, en las que un oligosacárido biantenario unido a la región Fc del anticuerpo se biseca mediante GlcNAc. Dichas variantes de anticuerpo pueden tener una reducción en la fucosilación y/o una mejora en la función ADCC. Los ejemplos de dichas variantes de anticuerpo se describen, por ejemplo, en el documento WO 2003/011878 (Jean-Mairet et al.); la patente de EE. UU. n.° 6.602.684 (Umana et al.); y el documento US 2005/0123546 (Umana et al.). También se proporcionan variantes de anticuerpo con al menos un residuo de galactosa en el oligosacárido unido a la región Fc. Dichas variantes de anticuerpo pueden tener una mejora en la función CDC. Dichas variantes de anticuerpo se describen, por ejemplo, en el documento WO 1997/30087 (Patel et al.); el documento WO 1998/58964 (Raju, S.); y el documento WO 1999/22764 (Raju, S.).
iv Variantes de la región Fc
En determinados modos de realización se pueden introducir una o más modificaciones de aminoácido en la región Fc de un anticuerpo proporcionado en el presente documento, generando de este modo una variante de la región Fc. La variante de la región Fc puede comprender una secuencia de la región Fc humana (por ejemplo, una región Fc de IgG1, IgG2, IgG3 o IgG4 humana) que comprenda una modificación de aminoácido (por ejemplo, una sustitución) en una o más posiciones de aminoácido.
En determinados modos de realización, la invención se refiere a una variante de anticuerpo que posee algunas, pero no todas las funciones efectoras, lo que le convierte en un candidato deseable para aplicaciones en las que la semivida del anticuerpo in vivo es importante, aunque determinadas funciones efectoras (tales como complemento y ADCC) sean innecesarias o perjudiciales. Se pueden realizar ensayos de citotoxicidad in vitro y/o in vivo para confirmar la reducción/disminución de las actividades de CDC y/o ADCC. Por ejemplo, se realizar ensayos de unión al receptor de Fc (FcR) para garantizar que el anticuerpo carece de unión a FcyR (de ahí que probablemente carezca de actividad de ADCC), pero retiene su capacidad de unión a FcRn. Las células primarias para mediar en la ADCC, los linfocitos NK, expresan solo FcyRIII, mientras que los monocitos expresan FcyRI, FcyRi I y FcyRIII. La expresión de FcR en células hematopoyéticas se resume en la tabla 3 en la página 464 de Ravetch y Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991). Se describen ejemplos no limitantes de ensayos in vitro para evaluar la actividad de ADCC de una molécula de interés en la patente de EE. UU. n.° 5.500.362 (véase, por ejemplo, Hellstrom, I. et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986)) y Hellstrom, I et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985); 5.821.337 (véase Bruggemann, M. et al., J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)). De forma alternativa, se pueden emplear procedimientos de ensayos no radioactivos (véase, por ejemplo, el ensayo de citotoxicidad no radioactivo ACTI™ para citometría de flujo (CellTechnology, Inc. Mountain View, CA); y el ensayo de citotoxicidad no radioactivo CytoTox 96® (Promega, Madison, WI)). Las células efectoras útiles para dichos ensayos incluyen leucocitos monomorfonucleares en la sangre periférica (PBMC) y linfocitos citolíticos naturales (NK). De forma alternativa, o adicionalmente, se puede evaluar in vivo la actividad de ADCC de la molécula de interés, por ejemplo, en un modelo animal tal como el divulgado en Clynes et al. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 95:652-656 (1998). También se pueden llevar a cabo ensayos de unión a C1q para confirmar que el anticuerpo no se puede unir a C1q y por tanto carece de actividad de c Dc . Véase, por ejemplo, ELISA de unión a C1q y C3c en los documentos WO 2006/029879 y WO 2005/100402. Para evaluar la activación del complemento se puede realizar un ensayo de CDC (véanse, por ejemplo, Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996); Cragg, M.S. et al., Blood 101:1045-1052 (2003); y Cragg, M.S. y M.J. Glennie, Blood 103:2738-2743 (2004)). También se pueden realizar la unión a FcRn y determinaciones de la eliminación/semivida in vivo usando procedimientos conocidos en la técnica (véase, por ejemplo, Petkova, S.B. et al., Int'l. Immunol. 18(12): 1759-1769 (2006)).
En algunos modos de realización, se pueden introducir una o más modificaciones de aminoácido en la parte Fc del anticuerpo proporcionado en el presente documento para incrementar la unión de IgG al receptor de Fc neonatal. En determinados modos de realización, el anticuerpo comprende las siguientes tres mutaciones de acuerdo con la numeración EU: M252Y, S254T y T256E (la "mutación YTE") (patente de EE. UU. n.° 8.697.650; véase también Dall'Acqua et al., Journal of Biological Chemistry 281(33):23514-23524 (2006). En determinados modos de realización, la mutación YTE no afecta a la capacidad del anticuerpo para unirse a su antígeno afín. En determinados modos de realización, la mutación YTE incrementa la semivida en suero del anticuerpo en comparación con el anticuerpo natural (es decir, sin mutación YTE). En algunos modos de realización, la mutación YTE incrementa la semivida en suero del anticuerpo en 3 veces en comparación con el anticuerpo natural (es decir, sin mutación YTE). En algunos modos de realización, la mutación YTE aumenta la semivida en suero del anticuerpo en 2 veces en comparación con el anticuerpo natural (es decir, sin mutación YTE). En algunos modos de realización, la mutación YTE incrementa la semivida en suero del anticuerpo en 4 veces en comparación con el anticuerpo natural (es decir, sin mutación YTE).
En algunos modos de realización, la mutación YTE incrementa la semivida en suero del anticuerpo en al menos 5 veces en comparación con el anticuerpo natural (es decir, sin mutación YTE). En algunos modos de realización, la mutación YTE incrementa la semivida en suero del anticuerpo en al menos 10 veces en comparación con el anticuerpo natural (es decir, sin mutación YTE). Véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 8.697.650; véase también Dall'Acqua et al., Journal of Biological Chemistry 281(33):23514-23524 (2006).
En determinados modos de realización, el mutante YTE proporciona un medio para modular la actividad de citotoxicidad celular dependiente de anticuerpos (ADCC) del anticuerpo. En determinados modos de realización, el mutante YTEO proporciona un medio para modular la actividad de ADCC de un anticuerpo IgG humanizado dirigido contra un antígeno humano. Véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 8.697.650; véase también Dall'Acqua et al., Journal of Biological Chemistry 281(33):23514-23524 (2006).
En determinados modos de realización, el mutante YTE permite la modulación simultánea de la semivida en suero, la distribución tisular y la actividad del anticuerpo (por ejemplo, la actividad de ADCC de un anticuerpo IgG). Véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 8.697.650; véase también Dall'Acqua et al., Journal of Biological Chemistry 281(33):23514-23524 (2006).
Los anticuerpos con función efectora reducida incluyen aquellos con sustitución de uno o más de los residuos de la región Fc 238, 265, 269, 270, 297, 327 y 329 de acuerdo con la numeración EU (patente de EE. UU. n.° 6.737.056). Dichos mutantes Fc incluyen mutantes de Fc con sustituciones en dos o más de las posiciones de aminoácido 265, 269, 270, 297 y 327 de acuerdo con la numeración EU, incluyendo el mutante de Fc denominado "DANA" con sustitución de los residuos 265 y 297 por alanina de acuerdo con la numeración EU (es decir, D265A y N297A de acuerdo con la numeración EU) (patente de EE. UU. n.° 7.332.581). En determinados modos de realización, el mutante de Fc comprende las siguientes dos sustituciones aminoacídicas: D265A y N297A. En determinados modos de realización, el mutante de Fc consiste en las siguientes dos sustituciones aminoacídicas: D265A y N297A.
En determinados modos de realización, la prolina en la posición 329 (numeración EU) (P329) de una región Fc humana natural se sustituye con glicina o arginina o un residuo de aminoácido lo suficientemente grande como para destruir la prolina intercalada dentro de la interfaz del receptor de Fc/Fcy, que se forma entre el P329 del Fc y los residuos de triptófano W87 y W110 del FcyRIII (Sondermann et al., Nature 406, 267-273 (20 de julio de 2000)). En otro modo de realización, al menos una sustitución aminoacídica adicional en la variante de Fc es S228P, E233P, L234A, L235A, L235E, L297A, N297D o P331S y, aún en otro modo de realización, dicha al menos una sustitución aminoacídica adicional es L234A y L235A de la región Fc de IgG1 humana o S228P y L235E de la región Fc de IgG4 humana, todos de acuerdo con la numeración EU (patente de EE. UU. n.° 8.969.526).
En determinados modos de realización, un polipéptido comprende la variante de Fc de una región Fc de IgG humana natural en la que el polipéptido tiene la P329 de la región Fc de IgG humana sustituida con glicina y en la que la variante de Fc comprende al menos dos sustituciones aminoacídicas adicionales en L234A y L235A. de la región Fc de IgG1 humana o en S228P y L235E de la región Fc de IgG4 humana, y en la que los residuos se numeran de acuerdo con la numeración EU (patente de EE. UU. n.° 8.969.526). En determinados modos de realización, el polipéptido que comprende las sustituciones P329G, L234A y L235A (numeración EU) presenta una afinidad reducida por el FcyRIIIA y FcyRIIA humanos, para la modulación por disminución de ADCC hasta al menos el 20 % de la ADCC inducida por el polipéptido que comprende la región Fc de IgG humana natural y/o para la modulación por disminución de ADCP (patente de EE. UU. n.° 8.969.526).
En un modo de realización específico, el polipéptido que comprende una variante de Fc de un polipéptido Fc humano natural comprende una triple mutación: una sustitución aminoacídica en la posición Pro329, una mutación L234A y L235A de acuerdo con la numeración EU (P329 / LALA) (patente de EE. UU. n.° 8.969.526). En modos de realización específicos, el polipéptido comprende las siguientes sustituciones aminoacídicas: P329G, L234A y L235A de acuerdo con la numeración EU.
Se describen determinadas variantes de anticuerpo con una mejora o disminución en la unión a FcR. (Véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 6.737.056; el documento WO 2004/056312 y Shields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)).
En determinados modos de realización, una variante de anticuerpo comprende una región Fc con una o más sustituciones aminoacídicas que mejoran la ADCC, por ejemplo, sustituciones en las posiciones 298, 333 y/o 334 de la región Fc (numeración EU).
En algunos modos de realización, las alteraciones se hacen en la región Fc, que dan como resultado una unión a C1q y/o una citotoxicidad dependiente del complemento (CDC) alteradas (es decir, mejoradas o disminuidas), por ejemplo, como se describe en la patente de EE. UU. n.° 6.194.551, el documento WO 99/51642 e Idusogie et al. J. Immunol.
164:4178-4184 (2000).
Los anticuerpos con un incremento en las semividas y una mejora en la unión al receptor de Fc neonatal (FcRn), que es responsable de la transferencia de IgG maternas al feto (Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) y Kim et al., J.
Immunol. 24:249 (1994)) se describen en el documento US2005/0014934A1 (Hinton et al.). Estos anticuerpos comprenden una región Fc con una o más sustituciones en la misma que mejoran la unión de la región Fc a FcRn. Dichas variantes de Fc incluyen aquellas con sustituciones en uno o más de los residuos de la región Fc: 238, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 o 434, por ejemplo, sustitución del residuo 434 de la región Fc (patente de EE. UU. n.° 7.371.826) de acuerdo con la numeración EU. Véanse también Duncan y Winter, Nature 322:738-40 (1988); patente de EE. UU. n.° 5.648.260; patente de EE. UU. n.° 5.624.821; y documento WO 94/29351 en relación con otros ejemplos de variantes de la región Fc.
g. Derivados de anticuerpos
En determinados modos de realización, un anticuerpo proporcionado en el presente documento se puede modificar adicionalmente para que contenga restos no proteínicos adicionales que son conocidos en la técnica y están fácilmente disponibles. Los restos adecuados para la derivatización del anticuerpo incluyen, pero no se limitan a, polímeros solubles en agua. Los ejemplos no limitantes de polímeros solubles en agua incluyen, pero no se limitan a, polietilenglicol (PEG), copolímeros de etilenglicol/propilenglicol, carboximetilcelulosa, dextrano, poli(alcohol vinílico), polivinilpirrolidona, poli-1,3-dioxolano, poli-1,3,6-trioxano, copolímero de etileno/anhídrido maleico, poliaminoácidos (homopolímeros o copolímeros aleatorios) y dextrano o poli(n-vinilpirrolidona)/polietilenglicol, homopolímeros de propilenglicol, copolímeros de óxido de polipropileno/óxido de etileno, polioles polioxietilados (por ejemplo, glicerol), poli(alcohol vinílico) y mezclas de los mismos. El polietilenglicol-propionaldehído puede tener ventajas en la fabricación debido a su estabilidad en agua. El polímero puede ser de cualquier peso molecular y puede estar ramificado o no ramificado. El número de polímeros unidos al anticuerpo puede variar y, si se une más de un polímero, pueden ser moléculas iguales o diferentes. En general, el número y/o tipo de polímeros usados para la derivatización se pueden determinar en base a consideraciones incluyendo, pero sin limitarse a, las propiedades o funciones particulares del anticuerpo que se van a mejorar, si el derivado de anticuerpo se usará en un tratamiento en condiciones definidas, etc.
En otro modo de realización se proporcionan conjugados de un anticuerpo y un resto no proteínico que se pueden calentar de forma selectiva mediante exposición a la radiación. En un modo de realización, el resto no proteínico es un nanotubo de carbono (Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:11600-11605 (2005)). La radiación puede ser de cualquier longitud de onda e incluye, pero no se limita a, las longitudes de onda que no dañan a las células normales, pero que calientan el resto no proteínico a una temperatura en la que se destruyen las células proximales al anticuerporesto no proteínico.
h. Antígenos asociados a tumores
Los anticuerpos, incluyendo, pero sin limitarse a, los anticuerpos genomanipulados con cisteína, que pueden ser útiles en los PAC descritos en el presente documento en el tratamiento del cáncer, incluyen, pero no se limitan a, anticuerpos contra receptores de superficie celular y antígenos asociados a tumores (TAA). Determinados antígenos asociados a tumores son conocidos en la técnica y se pueden preparar para su uso en la generación de anticuerpos usando procedimientos e información que son bien conocidos en la técnica. En un intento por descubrir dianas celulares eficaces para el diagnóstico y tratamiento del cáncer, los investigadores han tratado de identificar polipéptidos transmembranarios o de otro modo asociados a tumores que se expresan específicamente en la superficie de uno o más tipos particulares de células cancerosas en comparación con una o más células normales no cancerosas. A menudo, dichos polipéptidos asociados a tumores se expresan más abundantemente en la superficie de las células cancerosas en comparación con la superficie de las células no cancerosas. La identificación de dichos polipéptidos de antígenos de superficie celular asociados a tumores ha dado lugar a la capacidad de dirigirse más específicamente a las células cancerosas para su destrucción por medio de tratamientos basados en anticuerpos.
Los ejemplos de antígenos asociados a tumores (TAA) incluyen, pero no se limitan a, los enumerados a continuación. Por conveniencia, la información relacionada con estos antígenos, todos ellos conocidos en la técnica, se enumera a continuación e incluye denominaciones, denominaciones alternativas, números de acceso de GenBank y referencias principales, siguiendo las convenciones de identificación de secuencias de proteínas y ácidos nucleicos del Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI). Las secuencias de ácidos nucleicos y proteínas correspondientes a TAA enumeradas a continuación están disponibles en bases de datos públicas tales como GenBank. Los antígenos asociados a tumores a los que se dirigen los anticuerpos incluyen todas las variantes de secuencia de aminoácidos e isoformas que poseen al menos aproximadamente un 70 %, 80 %, 85 %, 90 % o 95 % de identidad de secuencia en relación con las secuencias identificadas en las referencias citadas, y/o que presentan sustancialmente las mismas propiedades o características biológicas que un TAA que tiene una secuencia encontrada en las referencias citadas. Por ejemplo, un TAA que tiene una secuencia variante en general se puede unir específicamente a un anticuerpo que se une específicamente al TAA con la secuencia correspondiente enumerada. Las secuencias y la divulgación en la referencia mencionada específicamente en el presente documento se incorporan expresamente como referencia.
i. Procedimientos y composiciones recombinantes
Se pueden producir anticuerpos usando procedimientos y composiciones recombinantes, por ejemplo, como se describe en la patente de EE. UU. n.° 4.816.567. En un modo de realización se proporciona un ácido nucleico aislado que codifica un anticuerpo descrito en el presente documento. Dicho ácido nucleico puede codificar una secuencia de aminoácidos que comprende el VL y/o una secuencia de aminoácidos que comprende el VH del anticuerpo (por ejemplo, las cadenas ligera y/o pesada del anticuerpo). En otro modo de realización se proporcionan uno o más vectores (por ejemplo, vectores de expresión) que comprenden dicho ácido nucleico. En otro modo de realización se proporciona una célula huésped que comprende dicho ácido nucleico. En un modo de realización de este tipo, una célula huésped comprende (por ejemplo, se ha transformado con): (1) un vector que comprende un ácido nucleico que codifica una secuencia de aminoácidos que comprende el VL del anticuerpo y una secuencia de aminoácidos que comprende el VH del anticuerpo, o (2) un primer vector que comprende un ácido nucleico que codifica una secuencia de aminoácidos que comprende el VL del anticuerpo y un segundo vector que comprende un ácido nucleico que codifica una secuencia de aminoácidos que comprende el VH del anticuerpo. En un modo de realización, la célula huésped es eucariota, por ejemplo, una célula de ovario de hámster chino (CHO) o una célula linfática (por ejemplo, célula Y0, NS0, Sp20). En un modo de realización se proporciona un procedimiento para preparar un anticuerpo, en el que el procedimiento comprende cultivar una célula huésped que comprende un ácido nucleico que codifica el anticuerpo, como se proporciona anteriormente, en condiciones adecuadas para la expresión del anticuerpo y, opcionalmente, recuperar el anticuerpo de la célula huésped (o medio de cultivo de células huésped).
Para la producción recombinante de un anticuerpo, el ácido nucleico que codifica un anticuerpo, por ejemplo, como se describe anteriormente, se aísla e inserta en uno o más vectores para su clonación y/o expresión adicional en una célula huésped. Dicho ácido nucleico se puede aislar y secuenciar fácilmente usando procedimientos convencionales (por ejemplo, usando sondas oligonucleotídicas que se pueden unir específicamente a genes que codifican las cadenas pesada y ligera del anticuerpo).
Las células huésped adecuadas para la clonación o la expresión de vectores que codifican el anticuerpo incluyen las células procariotas o eucariotas descritas en el presente documento. Por ejemplo, se pueden producir anticuerpos en bacterias, en particular, cuando no se necesitan la glucosilación ni la función efectora de Fc. Para la expresión de los fragmentos de anticuerpo y polipéptidos en bacterias, véanse, por ejemplo, las patentes de EE. UU. n.° 5.648.237, 5.789.199 y 5.840.523. (Véase también Charlton, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ, 2003), pp. 245-254, que describe la expresión de fragmentos de anticuerpo en E. coli). Después de la expresión, se puede aislar el anticuerpo de la pasta de células bacterianas en una fracción soluble y se puede purificar adicionalmente.
Además de los procariotas, los microbios eucariotas, tales como hongos filamentosos y levaduras, son huéspedes de clonación o expresión adecuados para vectores que codifican anticuerpos, incluyendo cepas de hongos y levaduras en las que sus vías de glucosilación se han "humanizado", lo que da como resultado la producción de un anticuerpo con un patrón de glucosilación parcial o completamente humano. Véase Gerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004), y Li et al., Nat. Biotech. 24:210-215 (2006).
Las células huésped adecuadas para la expresión del anticuerpo glucosilado también derivan de organismos pluricelulares (invertebrados y vertebrados). Los ejemplos de células de invertebrado incluyen células vegetales y de insecto. Se han identificado numerosas cepas de baculovirus que se pueden usar conjuntamente con células de insecto, en particular para la transfección de células de Spodoptera frugiperda.
También se pueden utilizar cultivos de células vegetales como huéspedes. Véanse, por ejemplo, las patentes de EE. UU. n.° 5.959.177, 6.040.498, 6.420.548, 7.125.978 y 6.417.429 (que describen la tecnología PLANTIBODIES™ para producir anticuerpos en plantas transgénicas).
También se pueden usar células de vertebrado como huéspedes. Por ejemplo, pueden ser útiles líneas de células de mamífero que se adapten a su cultivo en suspensión. Otros ejemplos de líneas de células huésped de mamíferos útiles son la línea CV1 de riñón de mono transformada por SV40 (COS-7); línea de riñón embrionario humano (293 o células 293 como se describe, por ejemplo, en Graham et al., J. Gen Virol. 36:59 (1977); células de riñón de cría de hámster (BHK); células de Sertoli de ratón (células TM4 como se describe, porejemplo, en Mather, Biol. Reprod.
23:243-251 (1980); células de riñón de mono (CV1); células de riñón de mono verde africano (VERO-76); células de carcinoma de cuello uterino humano (HELA); células renales caninas (MDCK; células hepáticas de rata búfalo (BRL 3A); células pulmonares humanas (W138); células hepáticas humanas (Hep G2); tumor mamario de ratón (MMT 060562); células TRI, como se describe, porejemplo, en Mather et al., Annals N.Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982); células MRC 5; y células FS4. Otras líneas de células huésped de mamífero útiles incluyen células de ovario de hámster chino (CHO), incluyendo células CHO DHFR' (Urlaub et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980)); y líneas de células de mieloma, tales como Y0, NS0 y Sp2/0. Para una revisión de determinadas líneas de células huésped de mamífero adecuadas para la producción de anticuerpos, véase, por ejemplo, Yazaki y Wu, Methods in Molecular Biology, Vol.
248 (B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ), pp. 255-268 (2003).
Con referencia ahora a la afinidad del anticuerpo, en los modos de realización, el anticuerpo se une a uno o más antígenos asociados a tumores o receptores de la superficie celular seleccionados de (1 )-(53):
(1) BMPR1B (receptor de proteína morfogénica ósea tipo IB, n.° de acceso de GenBank NM_001203) ten Dijke, P. et al., Science 264 (5155): 101-104 (1994), Oncogene 14 (11): 1377-1382 (1997)); documento WO2004063362 (reivindicación 2); documento WO2003042661 (reivindicación 12);
documento US2003134790-A1 (páginas 38-39); documento WO2002102235 (reivindicación 13; página 296); documento WO2003055443 (páginas 91-92); documento WO200299122 (ejemplo 2; páginas 528-530); documento WO2003029421 (reivindicación 6); documento WO2003024392 (reivindicación 2; figura 112); documento WO200298358 (reivindicación 1; página 183); documento WO200254940 (páginas 100-101); documento WO200259377 (páginas 349-350); documento WO200230268 (reivindicación 27; página 376); documento WO200148204 (ejemplo; figura 4) Np_001194 receptor de proteína morfogénica ósea, tipo IB/pid=NP_001194.1 -Referencias cruzadas: MIM: 603248; NP_001194.1; AY065994
(2) E16 (LAT1, SLC7A5, n.° de acceso de GenBank NM_003486)
Biochem. Biophys. Res. Comun. 255 (2), 283-288 (1999), Nature 395 (6699):288-291 (1998), Gaugitsch, H.W. et al. (1992) J. Biol. Chem. 267 (16): 11267-11273);
documento WO2004048938 (ejemplo 2); documento WO2004032842 (ejemplo IV); documento WO2003042661 (reivindicación 12);
documento WO2003016475 (reivindicación 1); documento WO200278524 (ejemplo 2); documento WO200299074 (reivindicación 19; páginas 127-129); documento WO200286443 (reivindicación 27; páginas 222, 393); documento WO2003003906 (reivindicación 10; página 293); documento WO200264798 (reivindicación 33; páginas 93-95); documento WO200014228 (reivindicación 5; páginas 133-136);
documento US2003224454 (figura 3); documento WO2003025138 (reivindicación 12; página 150);
NP_003477 familia de moléculas transportadoras de solutos 7 (transportador de aminoácidos catiónicos, sistema y+), miembro 5/pid=NP_003477.3 - Homo sapiens
Referencias cruzadas: MIM: 600182; NP_003477.3; NM_015923; NM_003486_1
(3) STEAP1 (antígeno epitelial de seis dominios transmembranarios de próstata, n.° de acceso de GenBank NM_012449)
Cancer Res. 61 (15), 5857-5860 (2001), Hubert, R.S. et al. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96 (25): 14523-14528); documento WO2004065577 (reivindicación 6); documento WO2004027049 (figura 1L);
documento EP1394274 (ejemplo 11); documento WO2004016225 (reivindicación 2); documento WO2003042661 (reivindicación 12);
documento US2003157089 (ejemplo 5); documento US2003185830 (ejemplo 5); documento US2003064397 (figura 2);
documento WO200289747 (ejemplo 5; páginas 618-619); documento WO2003022995 (ejemplo 9; figura 13A, ejemplo 53; página 173, ejemplo 2; figura 2A);
NP_036581 antígeno epitelial de seis dominios transmembranarios de la próstata
Referencias cruzadas: MIM: 604415; NP_036581.1; NM_012449_1
(4) 0772P (CA125, MUC16, n.° de acceso de GenBank AF361486)
J. Biol. Chem. 276 (29):27371-27375 (2001)); documento WO2004045553 (reivindicación 14);
documento WO200292836 (reivindicación 6; figura 12); documento WO200283866 (reivindicación 15; páginas 116­ 121);
documento US2003124140 (ejemplo 16); documento US798959. Referencias cruzadas: GI: 34501467;
AAK74120.3; AF361486_1
(5) MPF (MPF, MSLN, SMR, factor potenciador de megacariocitos, mesotelina, n.° de acceso de GenBank NM_005823) Yamaguchi, N. et al., Biol. Chem. 269 (2), 805-808 (1994), Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96 (20): 11531­ 11536 (1999), Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93 (1): 136-140 (1996), J. Biol. Chem. 270 (37):21984-21990 (1995)); documento WO2003101283 (reivindicación 14); documento WO2002102235 (reivindicación 13; páginas 287-288); documento WO2002101075 (reivindicación 4; páginas 308-309); documento WO200271928 (páginas 320-321); documento WO9410312 (páginas 52-57); Referencias cruzadas: MIM: 601051; NP_005814.2;
NM_005823_1
(6) Napi2b (Napi3b, NAPI-3B, NPTIIb, SLC34A2, familia de moléculas transportadoras de solutos 34 (fosfato de sodio), miembro 2, transportador 3b de fosfato dependiente de sodio de tipo II, n.° de acceso de GenBank NM_006424) J. Biol. Chem. 277 (22): 19665-19672 (2002), Genomics 62 (2):281-284 (1999), Feild, J.A. et al. (1999) Biochem. Biophys. Res. Commun. 258 (3):578-582); documento WO2004022778 (reivindicación 2); documento EP 1394274 (ejemplo 11); documento WO2002102235 (reivindicación 13; página 326); documento Ep875569 (reivindicación 1; páginas 17-19); documento WO200157188 (reivindicación 20; página 329); documento WO2004032842 (ejemplo IV); documento WO200175177 (reivindicación 24; página 139-140);
Referencias cruzadas: MIM: 604217; NP_006415.1; NM_006424_1
(7) Sema 5b (FLJ10372, KIAA1445, Mm.42015, SEMA5B, SEMAG, Semaforina 5b Hlog, dominio sema, siete repeticiones de trombospondina (tipo 1 y similar a tipo 1), dominio transmembranario (TM) y dominio citoplásmico corto, (semaforina) 5B, n.° de acceso de GenBank AB040878)
Nagase T. et al. (2000) DNA Res. 7 (2): 143-150); documento WO2004000997 (reivindicación 1);
documento WO2003003984 (reivindicación 1); documento WO200206339 (reivindicación 1; página 50); documento WO200188133 (reivindicación 1; páginas 41-43, 48-58); documento WO2003054152 (reivindicación 20); documento WO2003101400 (reivindicación 11);
Acceso: Q9P283; EMBL; AB040878; BAA95969.1. Genew; HGNC: 10737;
(8) PSCA hlg (genes 2700050C12Rik, C530008O16Rik, RIKEN ADNc 2700050C12, RIKEN ADNc 2700050C12, n.° de acceso de GenBank AY358628); Ross et al. (2002) Cancer Res. 62:2546-2553; documento US2003129192 (reivindicación 2); documento US2004044180 (reivindicación 12); documento US2004044179 (reivindicación 11); documento US2003096961 (reivindicación 11); documento US2003232056 (ejemplo 5); documento WO2003105758 (reivindicación 12); documento US2003206918 (ejemplo 5); documento EP1347046 (reivindicación 1); documento WO2003025148 (reivindicación 20);
Referencias cruzadas: GI: 37182378; AAQ88991.1; AY358628_1
(9) ETBR (receptor de endotelina de tipo B, n.° de acceso de GenBank AY275463);
Nakamuta M. et al., Biochem. Biophys. Res. Comun. 177, 34-39, 1991; Ogawa Y. et al., Biochem. Biophys. Res. Comun. 178, 248-255, 1991; Arai H et al., Jpn. Circ. J. 56, 1303-1307, 1992; Arai H. et al., J. Biol. Chem. 268, 3463­ 3470, 1993; Sakamoto A., Yanagisawa M. et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 178, 656-663, 1991; Elshourbagy N.A. et al., J. Biol. Chem. 268, 3873-3879, 1993; Haendler B. et al., J. Cardiovasc. Pharmacol. 20, s1-S4, 1992; Tsutsumi M. et al., Gene 228, 43-49, 1999; Strausberg R.L. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 16899-16903, 2002; Bourgeois C. et al., J. Clin. Endocrinol. Metab. 82, 3116-3123, 1997; Okamoto Y. et al., Biol. Chem. 272, 21589-21596, 1997; Verheij J.B. et al., Am. J. Med. Genet. 108, 223-225, 2002; Hofstra R.M.W. et al., Eur. J. Hum. Genet. 5, 180­ 185, 1997; Puffenberger E.G. et al., Cell 79, 1257-1266, 1994; Attie T. et al., Hum. Mol. Genet. 4, 2407-2409, 1995; Auricchio A. et al., Hum. Mol. Genet. 5:351-354, 1996; Amiel J. et al., Hum. Mol. Genet. 5, 355-357, 1996; Hofstra R.M.W. et al., Nat. Genet. 12, 445-447, 1996; Svensson P.J. et al., Hum. Genet. 103, 145-148, 1998; Fuchs S. et al., Mol. Med. 7, 115-124, 2001; Pingault V. et al. (2002) Hum. Genet. 111, 198-206; documento WO2004045516 (reivindicación 1);
documento WO2004048938 (ejemplo 2); documento WO2004040000 (reivindicación 151); documento WO2003087768 (reivindicación 1);
documento WO2003016475 (reivindicación 1); documento WO2003016475 (reivindicación 1); documento WO200261087 (figura 1);
documento WO2003016494 (figura 6); documento WO2003025138 (reivindicación 12; página 144); documento WO200198351 (reivindicación 1; páginas 124-125); documento EP522868 (reivindicación 8; figura 2); documento WO200177172 (reivindicación 1; páginas 297-299);
documento US2003109676; documento US6518404 (figura 3); documento US5773223 (reivindicación 1a; col 31-34); documento WO2004001004;
(10) MSG783 (RNF124, proteína hipotética FLJ20315, n.° de acceso de GenBank NM_017763); documento WO2003104275 (reivindicación 1); documento WO2004046342 (ejemplo 2); documento WO2003042661 (reivindicación 12);
documento WO2003083074 (reivindicación 14; página 61); documento WO2003018621 (reivindicación 1); documento WO2003024392 (reivindicación 2; figura 93); documento WO200166689 (ejemplo 6);
Referencias cruzadas: LocusID:54894; NP_060233.2; NM_017763_1
(11) STEAP2 (HGNC_8639, IPCA-1, PCANAP1, STAMP1, STEAP2, STMP, gen 1 asociado al cáncer de próstata, proteína 1 asociada al cáncer de próstata, antígeno epitelial de seis dominios transmembranarios de la próstata 2, proteína prostática de seis dominios transmembranarios, n.° de acceso de GenBank AF455138) Lab. Invest. 82 (11): 1573-1582 (2002)); documento WO2003087306; documento US2003064397 (reivindicación 1; figura 1);
documento WO200272596 (reivindicación 13; páginas 54-55); documento WO200172962 (reivindicación 1; figura 4B); documento WO2003104270 (reivindicación 11); documento WO2003104270 (reivindicación 16); documento US2004005598 (reivindicación 22); documento WO2003042661 (reivindicación 12); documento US2003060612 (reivindicación 12; figura 10); documento WO200226822 (reivindicación 23; figura 2);
documento WO200216429 (reivindicación 12; figura 10);
Referencias cruzadas: GI:22655488; AAN04080.1; AF455138_1
(12) TrpM4 (BR22450, FLJ20041, TRPM4, TRPM4B, canal catiónico del receptor de potencial transitorio, subfamilia M, miembro 4, n.° de acceso de GenBank NM_017636)
Xu, X.Z. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98 (19): 10692-10697 (2001), Cell 109 (3):397-407 (2002), J. Biol. Chem.
278 (33):30813-30820 (2003)); documento US2003143557 (reivindicación 4);
documento WO200040614 (reivindicación 14; páginas 100-103); documento WO200210382 (reivindicación 1; figura 9A);
documento WO2003042661 (reivindicación 12); documento WO200230268 (reivindicación 27; página 391); documento US2003219806 (reivindicación 4); documento WO200162794 (reivindicación 14; figura 1A-D);
Referencias cruzadas: MIM:606936; NP_060106.2; NM_017636_1
(13) CRIPTO (CR, CR1, CRGF, CRIPTO, TDGF1, factor de crecimiento derivado del teratocarcinoma, n.° de acceso de GenBank NP_003203 o NM_003212)
Ciccodicola, A. et al., EMBO J. 8 (7): 1987-1991 (1989), Am. J. Hum. Gineta. 49 (3): 555-565 (1991)); documento US2003224411 (reivindicación 1); documento WO2003083041 (ejemplo 1); documento WO2003034984 (reivindicación 12); documento WO200288170 (reivindicación 2; páginas 52-53); documento WO2003024392 (reivindicación 2; figura 58);
documento WO200216413 (reivindicación 1; páginas 94-95, 105); documento WO200222808 (reivindicación 2; figura 1); documento US5854399 (ejemplo 2; col 17-18); documento US5792616 (figura 2);
Referencias cruzadas: MIM:187395; NP_003203.1; NM_003212_1
(14) CD21 (CR2 (receptor del complemento 2) o C3DR (receptor del virus de Epstein Barr/C3d) o Hs.73792 n.° de acceso de GenBank M26004)
Fujisaku et al. (1989) J. Biol. Chem. 264 (4):2118-2125); Weis J.J. et al., J. Exp.
Med. 167, 1047-1066, 1988; Moore M. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84, 9194-9198, 1987; Barel M. et al., Mol. Immunol. 35, 1025-1031, 1998; Weis J.J. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 5639-5643, 1986; Sinha S.K. et al. (1993) J. Immunol. 150, 5311-5320; documento WO2004045520 (ejemplo 4); documento US2004005538 (ejemplo 1); documento WO2003062401 (reivindicación 9); documento WO2004045520 (ejemplo 4);
documento WO9102536 (figura 9.1-9.9); documento WO2004020595 (reivindicación 1);
Acceso: P20023; Q13866; Q14212; EMBL; M26004; AAA35786.1.
(15) CD79b (CD79B, CD79p, IGb (beta asociada a inmunoglobulina), B29, n.° de acceso de GenBank NM_000626o 11038674)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2003) 100 (7):4126-4131, Blood (2002) 100 (9):3068-3076, Muller et al. (1992) Eur. J. Immunol. 22 (6): 1621-1625); documento WO2004016225 (reivindicación 2, figura 140); documento WO2003087768, documento US2004101874 (reivindicación 1, página 102); documento WO2003062401 (reivindicación 9); documento WO200278524 (ejemplo 2); documento US2002150573 (reivindicación 5, página 15); documento US5644033;
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(16) FcRH2 (IFGP4, IRTA4, SPAP1A (proteína 1a de anclaje de fosfatasa que contiene el dominio SH2), SPAP1B, SPAP1C, n.° de acceso de GenBank NM_030764, AY358130)
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(17) HER2 (ErbB2, n.° de acceso de GenBank M11730)
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(18) NCA (CEACAM6, n.° de acceso de GenBank M18728);
Barnett T. et al., Genomics 3, 59-66, 1988; Tawaragi Y. et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 150, 89-96, 1988; Strausberg R.L. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99:16899-16903, 2002; documento WO2004063709; documento EP1439393 (reivindicación 7); documento WO2004044178 (ejemplo 4);
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Acceso: P40199; Q14920; EMBL; M29541; AAA59915.1. EMBL; M18728;
(19) MDP (DPEP1, n.° de acceso de GenBank BC017023)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899-16903 (2002)); documento WO2003016475 (reivindicación 1); documento WO200264798 (reivindicación 33; páginas 85-87); documento JP05003790 (figuras 6-8);
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Referencias cruzadas: MIM: 179780; AAH17023.1; BC017023_1
(20) IL20Ra (IL20Ra, ZCYTOR7, n.° de acceso de GenBank AF184971);
Clark H.F. et al., Genome Res. 13, 2265-2270, 2003; Mungall A.J. et al., Nature 425, 805-811, 2003; Blumberg H. et al., Cell 104, 9-19, 2001; Dumoutier L. et al., J. Immunol. 167, 3545-3549, 2001; Parrish-Novak J. et al., J. Biol. Chem.
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Acceso: Q9UHF4; Q6UWA9; Q96SH8; EMBL; AF184971; AAF01320.1.
(21) Brevican (BCAN, BEHAB, n.° de acceso de GenBank AF229053)
Gary S.C. et al., Gene 256, 139-147, 2000; Clark H.F. et al., Genome Res. 13, 2265-2270, 2003; Strausberg R.L. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 16899-16903, 2002; documento US2003186372 (reivindicación 11); documento US2003186373 (reivindicación 11); documento US2003119131 (reivindicación 1; figura 52); documento US2003119122 (reivindicación 1; figura 52); documento US2003119126 (reivindicación 1);
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(22) EphB2R (DRT, ERK, Hek5, EPHT3, Tyro5, n.° de acceso de GenBank NM_004442)
Chan, J. y Watt, V.M., Oncogene 6 (6), 1057-1061 (1991) Oncogene 10 (5):897-905 (1995), Annu. Rev. Neurosci.
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Referencias cruzadas: MIM: 600997; NP_004433.2; NM_004442_1
(23) ASLG659 (B7h, n.° de acceso de GenBank AX092328)
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(24) PSCA (precursor del antígeno de células madre prostáticas, n.° de acceso de GenBank AJ297436) Reiter R.E. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95, 1735-1740, 1998; Gu Z. et al., Oncogene 19, 1288-1296, 2000; Biochem. Biophys. Res. Commun. (2000) 275(3):783-788; documento WO2004022709; documento EP1394274 (ejemplo 11); documento US2004018553 (reivindicación 17); documento WO2003008537 (reivindicación 1); documento WO200281646 (reivindicación 1; página 164);
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Acceso: O43653; EMBL; AF043498; AAC39607.1.
(25) GEDA (n.° de acceso de GenBank AY260763);
AAP14954 proteína de tipo compañero de fusión de lipoma HMGIC /pid=AAP14954.1 - especie Homo sapiens: Homo sapiens (humano)
documento WO2003054152 (reivindicación 20); documento WO2003000842 (reivindicación 1); documento WO2003023013 (ejemplo 3, reivindicación 20); documento US2003194704 (reivindicación 45);
Referencias cruzadas: GF30102449; AAP14954.1; AY260763_1
(26) BAFF-R (receptor del factor de activación de linfocitos B, receptor 3 de BLyS, BR3, n.° de acceso de GenBank AF116456); receptor BAFF/pid = NP_443177.1 - Homo sapiens
Thompson, J.S. et al., Science 293 (5537), 2108-2111 (2001); documento WO2004058309;
documento WO2004011611; documento WO2003045422 (ejemplo; páginas 32-33); documento WO2003014294 (reivindicación 35; figura 6B); documento WO2003035846 (reivindicación 70; páginas 615-616); documento WO200294852 (col 136-137); documento WO200238766 (reivindicación 3; página 133); documento WO200224909 (ejemplo 3; figura 3);
Referencias cruzadas: MIM: 606269; NP_443177.1; NM_052945_1; AF132600
(27) CD22 (isoforma CD22-B del receptor de linfocitos B, BL-CAM, Lyb-8, Lyb8, SIGLEC-2, FLJ22814, n.° de acceso de GenBank AK026467);
Wilson et al. (1991) J. Exp. Med. 173:137-146; documento WO2003072036 (reivindicación 1; figura 1);
Referencias cruzadas: MIM: 107266; NP_001762.1; NM_001771_1
(28) CD79a (CD79A, CD79a, alfa asociada con inmunoglobulina, una proteína específica de linfocitos B que interactúa covalentemente con Ig beta (CD79B) y forma un complejo en la superficie con moléculas de IgM, transduce una señal involucrada en la diferenciación de linfocitos B), pI: 4,84, MW: 25028, TM: 2 [P] Cromosoma génico: 19q 13.2, n.° de registro de GenBank NP_001774.10), documento WO2003088808, documento US20030228319; documento WO2003062401 (reivindicación 9); documento US2002150573 (reivindicación 4, páginas 13-14); documento WO9958658 (reivindicación 13, figura 16); documento WO9207574 (figura 1); documento US5644033; Ha et al. (1992) J. Immunol. 148(5): 1526-1531; Mueller et al. (1992) Eur. J. Biochem. 22:1621-1625;
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(29) CXCR5 (receptor 1 del linfoma de Burkitt, un receptor acoplado a proteína G que se activa por la quimiocina CXCL13, funciona en la migración de linfocitos y la defensa humoral, desempeña un papel en la infección por VIH-2 y quizás en el desarrollo de SIDA, linfoma, mieloma y leucemia); 372 aa, pI: 8,54, MW: 41959, TM: 7 [P] Cromosoma génico: 11q23.3, n.° de acceso de GenBank NP_001707.1)
documento W02004040000; documento WO2004015426; documento US2003105292 (ejemplo 2); documento US6555339 (ejemplo 2);
documento WO200261087 (figura 1); documento WO200157188 (reivindicación 20, página 269); documento WO200172830 (páginas 12-13); documento WO200022129 (ejemplo 1, páginas 152-153, ejemplo 2, páginas 254­ 256); documento WO9928468 (reivindicación 1, página 38); documento US5440021 (ejemplo 2, col 49-52); documento WO9428931 (páginas 56-58);
documento WO9217497 (reivindicación 7, figura 5); Dobner et al. (1992) Eur. J. Immunol. 22:2795-2799; Barella et al. (1995) Biochem. J. 309:773-779;
(30) HLA-DOB (subunidad beta de la molécula MHC de clase II (antígeno la) que se une a los péptidos y los presenta a los linfocitos T CD4+); 273 aa, pl: 6,56, MW: 30820, TM: 1 [P] Cromosoma génico: 6p21.3, n.° de acceso de GenBank NP_002111.1)
Tonnelle et al. (1985) EMBO J. 4(11):2839-2847; Jonsson et al. (1989) Immunogenetics 29(6):411-413; Beck et al. (1992) J. Mol. Biol. 228:433-441; Strausberg et al. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci USA 99:16899-16903; Servenius et al. (1987) J. Biol. Chem. 262:8759-8766; Beck et al. (1996) J. Mol. Biol. 255:1-13; Naruse et al. (2002) Tissue Antigens 59:512-519; documento WO9958658 (reivindicación 13, figura 15); documento US6153408 (col 35-38); documento US5976551 (col 168-170);
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(31) P2X5 (canal iónico 5 controlado por ligando P2X del receptor purinérgico, un canal iónico controlado por ATP extracelular, puede estar implicado en la transmisión sináptica y la neurogénesis, su deficiencia puede contribuir a la fisiopatología de la inestabilidad idiopática del detrusor); 422 aa), pl: 7,63, MW: 47206, TM: 1 [P] Cromosoma génico: 17p13.3, n.° de acceso de GenBank NP_002552.2); Le et al. (1997) FEBS Lett. 418(1-2): 195-199; documento WO2004047749; documento WO2003072035 (reivindicación 10);
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(32) CD72 (antígeno CD72 de diferenciación de linfocitos B, Lyb-2) SECUENCIA DE PROTEÍNA completa maeaity...tafrfpd (1..359; 359 aa), pI: 8,66, MW: 40225, TM: 1 [P] Cromosoma génico: 9p13.3, n.° de acceso de GenBank NP_001773.1)
documento WO2004042346 (reivindicación 65); documento WO2003026493 (páginas 51-52, 57-58); documento WO200075655 (páginas 105-106); Von Hoegen et al. (1990) J. Immunol. 144(12):4870-4877; Strausberg et al. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci USA 99:16899-16903;
(33) LY64 (antígeno linfocitario 64 (RP105), proteína de membrana de tipo I de la familia de repeticiones ricas en leucina (LRR), regula la activación y apoptosis de linfocitos B, la pérdida de función se asocia con una actividad incrementada de la enfermedad en pacientes con lupus eritematoso sistémico); 661 aa, pI: 6,20, MW: 74147, TM: 1 [P] Cromosoma génico: 5q12, n.° de acceso de GenBank NP_005573.1)
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(34) FcRH1 (proteína 1 similar al receptor de Fc, un supuesto receptor para el dominio Fc de inmunoglobulina que contiene dominios ITAM y similares a Ig de tipo C2, puede desempeñar un papel en la diferenciación de linfocitos B); 429 aa, pI: 5,28, MW: 46925, TM: 1 [P] Cromosoma génico: 1q21-1q22, n.° de acceso de GenBank NP_443170.1) documento WO2003077836; documento WO200138490 (reivindicación 6, figuras 18E-1 y 18E-2); Davis et al. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci USA 98(17):9772-9777; documentos WO2003089624 (reivindicación 8); documento EP1347046 (reivindicación 1); documento WO2003089624 (reivindicación 7);
(35) FCRH5 (IRTA2, receptor 2 de la superfamilia de inmunoglobulinas asociado con la translocación, un supuesto inmunorreceptor con posibles funciones en el desarrollo de linfocitos B y linfomagénesis; la desregulación del gen por translocación se produce en algunas neoplasias malignas de linfocitos B); 977 aa, pI: 6,88, MW: 106468, TM: 1 [P] Cromosoma génico: 1q21, n.° de acceso de GenBank
Humano: AF343662, AF343663, AF343664, AF343665, AF369794, AF397453, AK090423, AK090475, AL834187, AY358085; Ratón: AK089756, AY158090, AY506558;
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(36) TENB2 (TMEFF2, tomoregulina, TPEF, HPP1, TR, supuesto proteoglucano transmembranario, relacionado con la familia de EGF/heregulina de factores de crecimiento y folistatina); 374 aa, Acceso en NCBI: AAD55776, AAF91397, AAG49451, RefSeq NCBI: NP_057276; Gen en NCBI: 23671; OMIM: 605734; SwissProt Q9UIK5; n.° de acceso de GenBank AF179274; AY358907, CAF85723, CQ782436
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documento US2003124579; Horie et al. (2000) Genomics 67:146-152; Uchida et al. (1999) Biochem. Biophys. Res. Commun. 266:593-602; Liang et al. (2000) Cancer Res. 60:4907-12; Glynne-Jones et al. (2001) Int J Cancer. Oct 15; 94(2): 178-84;
(37) PMEL17 (homólogo de plata; SILV; D12S53E; PMEL17; SI; SIL); ME20; gp100) BC001414; BT007202; M32295; M77348; NM_006928; McGlinchey, R.P. et al. (2009) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106 (33), 13731-13736; Kummer, M.P. et al. (2009) J. Biol. Chem. 284 (4), 2296-2306;
(38) TMEFF1 (proteína transmembranaria con dominios 1 similares a EGF y dos similares a folistatina; tomoregulina 1); H7365; C9orf2; C90RF2; U19878; X83961; NM_080655; NM_003692; Harms, P.W. (2003) Genes Dev. 17 (21), 2624-2629; Gery, S. et al. (2003) Oncogene 22 (18):2723-2727;
(39) GDNF-Ra1 (receptor alfa 1 de la familia GDNF; GFRA1; GDNFR; GDNFRA; RETL1; TRNR1; RET1L; GDNFR-alfa1; GFR-ALPHA-1); U95847; BC014962; NM_145793 NM_005264; Kim, M.H. et al. (2009) Mol. Cell. Biol.
29 (8), 2264-2277; Treanor, J.J. et al. (1996) Nature 382 (6586):80-83;
(40) Ly6E (complejo de antígeno de linfocitos 6, locus E, Ly67, RIG-E, SCA-2, TSA-1);
NP_002337.1; NM_002346.2; de Nooij-van Dalen, A.G. et al. (2003) Int. J. Cancer 103 (6), 768-774; Zammit, D.J. et al. (2002) Mol. Cell. Biol. 22 (3):946-952; documento WO 2013/17705;
(41) TMEM46 (homólogo 2 de shisa (Xenopuslaevis), SHISA2); NP_001007539.1;
NM_001007538.1; Furushima, K. et al. (2007) Dev. Biol. 306 (2), 480-492; Clark, H.F. et al. (2003) Genome Res. 13 (10):2265-2270;
(42) Ly6G6D (complejo de antígeno de linfocitos 6, locus G6D; Ly6-D, MEGT1); NP_067079.2;
NM_021246.2; Mallya, M. et al. (2002) Genomics 80 (1): 113-123; Ribas, G. et al. (1999) J. Immunol. 163 (1):278-287; (43) LGR5 (receptor 5 acoplado a proteína G que contiene repeticiones ricas en leucina; GPR49, GPR67); NP_003658.1; NM_003667.2; Salanti, G. et al. (2009) Am. J. Epidemiol. 170 (5):537-545; Yamamoto, Y. et al. (2003) Hepatology 37 (3):528-533;
(44) RET (protoncogén ret; MEN2A; HSCR1; MEN2B; MTC1; PTC; CDHF12;
Hs.168114; RET51; RET-ELE1); NP_066124.1; NM_020975.4; Tsukamoto, H. et al. (2009) Cancer Sci. 100 (10): 1895-1901; Narita, N. et al. (2009) Oncogene 28 (34):3058-3068;
(45) LY6K (complejo de antígeno de linfocitos 6, locus K; LY6K; HSJ001348; FLJ35226);
NP_059997.3; NM_017527.3; Ishikawa, N. et al. (2007) Cancer Res. 67 (24): 11601-11611; de Nooij-van Dalen, A.G.
et al. (2003) Int. J. Cáncer 103 (6):768-774;
(46) GPR19 (receptor 19 acoplado a proteína G, Mm 4787); NP_006134.1; NM_006143.2;
Montpetit, A. y Sinnett, D. (1999) Hum. Genet. 105 (1-2): 162-164; O'Dowd, B.F. et al. (1996) FEBS Lett. 394 (3):325-329;
(47) GPR54 (receptor KISS1; KISS1R; GPR54; HOT7T175; AXOR12); NP_115940.2;
NM_032551.4; Navenot, J.M. et al. (2009) Mol. Pharmacol. 75 (6):1300-1306; Hata, K. et al. (2009) Anticancer Res.
29 (2):617-623;
(48) ASPHD1 (dominio 1 que contiene aspartato beta-hidroxilasa; LOC253982);
NP_859069.2; NM_181718.3; Gerhard, D.S. et al. (2004) Genome Res. 14 (10B):2121-2127;
(49) Tirosinasa (TYR; OCAIA; OCA1A; tirosinasa; SHEP3); NP_000363.1; NM_000372.4;
Bishop, D.T. et al. (2009) Nat. Genet. 41 (8):920-925; Nan, H. et al. (2009) Int. J. Cancer 125 (4): 909-917;
(50) TMEM118 (proteína transmembranaria con dedos de cinc de tipo RING 2; RNFT2; FLJ14627);
NP_001103373.1; NM_001109903.1; Clark, H.F. et al. (2003) Genome Res. 13 (10):2265-2270; Scherer, S.E. et al. (2006) Nature 440 (7082):346-351
(51) GPR172A (receptor 172A acoplado a proteína G; GPCR41; FLJ11856; D15Ertd747e);
NP_078807.1; NM_02453E3; Ericsson, T.A. et al. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (11):6759-6764; Takeda, S. et al. (2002) FEBS Lett. 520 (1-3):97-101
(52) CD33, un miembro de la familia de lectinas similares a inmunoglobulina que se unen al ácido siálico, es una proteína transmembranaria glucosilada de 67 kDa. La CD33 se expresa en la mayoría de las células de leucemia mieloide y monocítica, además de en las células progenitoras mielomonocíticas y eritroides comprometidas. No se observa en las primeras células madre pluripotentes, granulocitos maduros, células linfáticas o células no hematopoyéticas (Sabbath et al. (1985) J. Clin. Invest. 75:756-56; Andrews et al. (1986) Blood 68:1030-5). CD33 contiene dos residuos de tirosina en su cola citoplásmica, cada uno de ellos seguido de residuos hidrófobos similares al motivo de inhibición del inmunorreceptor basado en tirosina (ITIM) que se observa en muchos receptores inhibidores.
(53) CLL-1 (CLEC12A, MICL y DCAL2), codifica un miembro de la superfamilia de lectinas de tipo C/dominio similar a lectina de tipo C (CTL/c Tl D). Los miembros de esta familia comparten un plegamiento de las proteínas común y tienen diversas funciones, tales como la adhesión celular, la señalización célula-célula, el recambio de glucoproteínas y sus funciones en la inflamación y la respuesta inmunitaria. La proteína codificada por este gen es un regulador negativo de la función de granulocitos y monocitos. Se han descrito varias variantes de transcripción empalmadas de forma alternativa de este gen, pero no se ha determinado la naturaleza de longitud completa de algunas de estas variantes. Este gen está estrechamente relacionado con otros miembros de la superfamilia CTL/CTLD en la región del complejo del gen de linfocitos citolíticos naturales en el cromosoma 12p 13 (Drickamer K (1999) Curr. Opin. Struct. Biol. 9 (5):585-90; van Rhenen A et al. (2007) Blood 110 (7):2659-66; Chen CH et al. (2006) Blood 107 (4): 1459-67; Marshall AS et al. (2006) Eur. J. Immunol. 36 (8):2159-69; Bakker AB et al. (2005) Cancer Res. 64 (22):8443-50; Marshall AS et al. (2004) J. Biol. Chem. 279 (15): 14792-802). Se ha demostrado que CLL-1 es un receptor transmembranario de tipo II que comprende un solo dominio similar a lectina de tipo C (que no está previsto que se una al calcio ni al glúcido), una región del tallo, un dominio transmembranario y una cola citoplasmática corta que contiene un motivo ITIM.
En un aspecto, el anticuerpo del PAC puede ser un anticuerpo que se dirige a una proteína que se encuentra en numerosos tipos de células o tejidos. Los ejemplos de dichos anticuerpos incluyen gD y EpCAM. En otras palabras, se puede usar un PAC para suministrar una PROTAC a muchas células o tejidos en lugar de tipos de células o tipos de tejidos específicos como cuando se usa un anticuerpo dirigido.
Como se describe en el presente documento, un PAC puede comprender un anticuerpo, por ejemplo, un anticuerpo seleccionado de:
Anticuerpos anti-Ly6E
En determinados modos de realización, un PAC puede comprender anticuerpos anti-Ly6E. El complejo de antígeno de linfocitos 6, locus E (Ly6E), también conocido como gen E inducido por ácido retinoico (RIG-E) y antígeno 2 de células madre (SCA-2). Es una proteína de ~8,4 kDa de 131 aminoácidos de longitud unida a GPI de función desconocida sin ligandos conocidos. Inicialmente se identificó como un transcrito expresado en timocitos inmaduros, células epiteliales medulares tímicas en ratones (Mao et al. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93:5910-5914). En algunos modos de realización, la materia objeto descrita en el presente documento proporciona un PAC que comprende un anticuerpo anti-Ly6E descrito en la publicación PCT n.° WO 2013/177055.
En un modo de realización, la materia objeto descrita en el presente documento proporciona un PAC que comprende un anticuerpo anti-Ly6E que comprende al menos una, dos, tres, cuatro, cinco o seis HVR seleccionadas de (a) HVR-H1, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 12; (b) HVR-H2, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 13; (c) HVR-H3, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 14; (d) HVR-L1, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 9; (e) HVR-L2, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 10; y (f) HVR-L3, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 11.
En un aspecto, la materia objeto descrita en el presente documento proporciona un PAC que comprende un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 12; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 13; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 14. En otro modo de realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 12; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 13; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 14.
En otro aspecto, la materia objeto descrita en el presente documento proporciona un PAC que comprende un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 9; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 10; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 11. En un modo de realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 9; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 10; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 11.
En otro aspecto, un PAC comprende un anticuerpo que comprende (a) un dominio VH que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (i) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 12, (ii) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 13 y (iii) HVR-H3 que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada de SEQ ID NO: 14; y (b) un dominio VL, que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (i) HVR-L1, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 9, (ii) HVR-L2, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 10, y (c) HVR-L3, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 11.
En otro aspecto, la materia objeto descrita en el presente documento proporciona un PAC que comprende un anticuerpo que comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 12; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 13; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 14; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 9; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 10; y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 11.
En cualquiera de los modos de realización anteriores se humaniza un anticuerpo anti-Ly6E de un PAC. En un modo de realización, un anticuerpo anti-Ly6E comprende HVR como en cualquiera de los modos de realización anteriores, y comprende además una región estructural aceptadora humana, por ejemplo, una región estructural de inmunoglobulina humana o una región estructural consenso humana.
En otro aspecto, un anticuerpo anti-Ly6E de un PAC comprende una secuencia de dominio variable de la cadena pesada (VH) que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 8. En determinados modos de realización, una secuencia de VH que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 8 contiene sustituciones (por ejemplo, sustituciones conservadoras), inserciones o deleciones en relación con la secuencia de referencia, pero un anticuerpo anti-Ly6E que comprende esa secuencia conserva la capacidad de unirse a Ly6E. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 10 aminoácidos en SEQ ID NO: 8. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 5 aminoácidos en SEQ ID NO: 8. En determinados modos de realización, las sustituciones, inserciones o deleciones se producen en regiones fuera de las HVR (es decir, en las FR). Opcionalmente, el anticuerpo anti-Ly6E comprende la secuencia de VH de SEQ ID NO: 8, incluyendo modificaciones postraduccionales de esa secuencia. En un modo de realización particular, el VH comprende una, dos o tres HVR seleccionadas de: (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 12; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 13; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 14.
En otro aspecto se proporciona un anticuerpo anti-Ly6E de un PAC, en el que el anticuerpo comprende un dominio variable de la cadena ligera (VL) que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 7. En determinados modos de realización, una secuencia de VL que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 7 contiene sustituciones (por ejemplo, sustituciones conservadoras), inserciones o deleciones en relación con la secuencia de referencia, pero un anticuerpo anti-Ly6E que comprende esa secuencia conserva la capacidad de unirse a Ly6E. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 10 aminoácidos en SEQ ID NO: 7. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 5 aminoácidos en SEQ ID NO: 7. En determinados modos de realización, las sustituciones, inserciones o deleciones se producen en regiones fuera de las HVR (es decir, en las FR). Opcionalmente, el anticuerpo anti-Ly6E comprende la secuencia de VL de SEQ ID NO: 7, incluyendo modificaciones postraduccionales de esa secuencia. En un modo de realización particular, el VL comprende una, dos o tres HVR seleccionadas de (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 9; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 10; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 11.
En otro aspecto se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo anti-Ly6E, en el que el anticuerpo comprende un VH como en cualquiera de los modos de realización proporcionados anteriormente y un VL como en cualquiera de los modos de realización proporcionados anteriormente.
En un modo de realización se proporciona un PAC en el que el anticuerpo comprende las secuencias de VH y VL en SEQ ID NO: 8 y SEQ ID NO: 7, respectivamente, incluyendo modificaciones postraduccionales de esas secuencias.
En otro aspecto se proporcionan en el presente documento PAC que comprenden anticuerpos que se unen al mismo epítopo que un anticuerpo anti-Ly6E proporcionado en el presente documento. Por ejemplo, en determinados modos de realización se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo que se une al mismo epítopo que un anticuerpo anti-Ly6E que comprende una secuencia de VH de SEQ ID NO: 8 y una secuencia de VL de SEQ ID NO: 7, respectivamente.
En otro aspecto, un anticuerpo anti-Ly6E de un PAC de acuerdo con cualquiera de los modos de realización anteriores es un anticuerpo monoclonal, que incluye un anticuerpo humano. En un modo de realización, un anticuerpo anti-Ly6E de un PAC es un fragmento de anticuerpo, por ejemplo, un fragmento Fv, Fab, Fab', scFv, diacuerpo o F(ab')2. En otro modo de realización, el anticuerpo es un anticuerpo sustancialmente de longitud completa, por ejemplo, un anticuerpo IgG1, un anticuerpo IgG2a u otra clase o isotipo de anticuerpo como se define en el presente documento.
En algunos modos de realización, un PAC comprende un anticuerpo anti-Ly6E que comprende una cadena pesada y una cadena ligera que comprenden las secuencias de aminoácidos de SEQ ID NO: 16 y 15, respectivamente.
Tabla 4. Secuencias de anticuerpos anti-Ly6E.
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Figure imgf000040_0001
Anticuerpos anti-HER2
En determinados modos de realización, los PAC comprenden anticuerpos anti-HER2. En un modo de realización, un anticuerpo anti-HER2 de un PAC comprende un anticuerpo anti-HER2 humanizado, por ejemplo, huMAb4D5-1, huMAb4D5-2, huMAb4D5-3, huMAb4D5-4, huMAb4D5-5, huMAb4D5-6, huMAb4D5-7 y huMAb4D5-8, como se describe en la tabla 3 del documento US 5821337. Estos anticuerpos contienen regiones estructurales humanas con las regiones determinantes de la complementariedad de un anticuerpo murino (4D5) que se une a HER2. El anticuerpo humanizado huMAb4D5-8 también se denomina trastuzumab, disponible comercialmente con el nombre comercial HERCEPTIN®. En otro modo de realización, un anticuerpo anti-HER2 de un PAC comprende un anticuerpo anti-HER2 humanizado, por ejemplo, 2C4 humanizado, como se describe en el documento US7862817. Un anticuerpo 2C4 humanizado ejemplar es pertuzumab, disponible comercialmente con el nombre comercial PERJETA®.
En otro modo de realización, un anticuerpo anti-HER2 de un PAC comprende un anticuerpo anti-HER2 7C2 humanizado. Un anticuerpo 7C2 humanizado es un anticuerpo anti-HER2.
En algunos modos de realización se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo anti-HER2 que comprende al menos una, dos, tres, cuatro, cinco o seis HVR seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 22; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 23, 27 o 28; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 24 o 29; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 20; y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 21. En algunos modos de realización se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo anti-HER2 que comprende al menos una, dos, tres, cuatro, cinco o seis HVR seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 22; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 23; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 24; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 20; y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 21.
En un aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 22; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 23, 27 o 28; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 24 o 29. En un aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 22; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 23; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 24. En otro modo realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 68; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 23, 27 o 28; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 24 o 29. En otro modo de realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 22; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de Se Q ID NO: 23; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 24.
En otro aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 20; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 21. En un modo de realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 20; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 21.
En otro aspecto, un PAC comprende un anticuerpo que comprende (a) un dominio VH que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (i) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 22, (ii) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 23, 27 o 28 y (iii) HVR-H3 que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada de SEQ ID NO: 24 o 29; y (b) un dominio VL, que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (i) HVR-L1, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19, (ii) HVR-L2, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 20, y (c) HVR-L3, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 21.
En otro aspecto, un PAC comprende un anticuerpo que comprende (a) un dominio VH que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (i) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 22, (ii) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 23 y (iii) HVR-H3 que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada de SEQ ID NO: 24; y (b) un dominio VL, que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (i) HVR-L1, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19, (ii) HVR-L2, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 20, y (c) HVR-L3, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 21.
En otro aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 22; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 23, 27 o 28; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 24 o 29; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 20; y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 21. En otro aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 22; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 23; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 24; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 20; y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 21.
En cualquiera de los modos de realización anteriores se humaniza un anticuerpo anti-HER2 de un PAC. En un modo de realización, un anticuerpo anti-HER2 de un PAC comprende HVR como en cualquiera de los modos de realización anteriores, y comprende además una región estructural aceptadora humana, por ejemplo, una región estructural de inmunoglobulina humana o una región estructural consenso humana.
En otro aspecto, un anticuerpo anti-HER2 de un PAC comprende una secuencia de dominio variable de la cadena pesada (VH) que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 18. En determinados modos de realización, una secuencia de VH que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 18 contiene sustituciones (por ejemplo, sustituciones conservadoras), inserciones o deleciones en relación con la secuencia de referencia, pero un anticuerpo anti-HER2 que comprende esa secuencia conserva la capacidad de unirse a HER2. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 10 aminoácidos en SEQ ID NO: 18. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 5 aminoácidos en SEQ ID NO: 18. En determinados modos de realización, las sustituciones, inserciones o deleciones se producen en regiones fuera de las HVR (es decir, en las FR). Opcionalmente, el anticuerpo anti-HER2 comprende la secuencia de VH de SEQ ID NO: 18, incluyendo modificaciones postraduccionales de esa secuencia. En un modo de realización particular, el VH comprende una, dos o tres HVR seleccionadas de: (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 22; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de Se Q ID NO: 23; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 24.
En otro aspecto se proporciona un anticuerpo anti-HER2 de un PAC, en el que el anticuerpo comprende un dominio variable de la cadena ligera (VL) que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 17. En determinados modos de realización, una secuencia de VL que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 17 contiene sustituciones (por ejemplo, sustituciones conservadoras), inserciones o deleciones en relación con la secuencia de referencia, pero un anticuerpo anti-HER2 que comprende esa secuencia conserva la capacidad de unirse a HER2. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 10 aminoácidos en SEQ ID NO: 17. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 5 aminoácidos en SEQ ID NO: 17. En determinados modos de realización, las sustituciones, inserciones o deleciones se producen en regiones fuera de las HVR (es decir, en las FR). Opcionalmente, el anticuerpo anti-HER2 comprende la secuencia de VL de SEQ ID NO: 17, incluyendo modificaciones postraduccionales de esa secuencia. En un modo de realización particular, el VL comprende una, dos o tres HVR seleccionadas de (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 20; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 21.
En otro aspecto, se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo anti-HER2, en el que el anticuerpo comprende un VH como en cualquiera de los modos de realización proporcionados anteriormente y un VL como en cualquiera de los modos de realización proporcionados anteriormente.
En un modo de realización se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo, en el que el anticuerpo comprende las secuencias de VH y VL de SEQ ID NO: 18 y SEQ ID NO: 17, respectivamente, incluyendo modificaciones postraduccionales de esas secuencias.
En un modo de realización se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo, en el que el anticuerpo comprende la secuencia de cadena ligera kappa K149C 7C2.v2.2.LA (hu7C2) humanizada de SEQ ID NO: 30
En un modo de realización se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo, en el que el anticuerpo comprende la secuencia de la cadena pesada de IgG1 A118C Hu7C2 de SEQ ID NO: 31
En otro aspecto se proporcionan en el presente documento PAC que comprenden anticuerpos que se unen al mismo epítopo que un anticuerpo anti-HER2 proporcionado en el presente documento. Por ejemplo, en determinados modos de realización se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo que se une al mismo epítopo que un anticuerpo anti-HER2 que comprende una secuencia de VH de SEQ ID NO: 18 y una secuencia de VL de SEQ ID NO: 17, respectivamente.
En otro aspecto, un anticuerpo anti-HER2 de un PAC de acuerdo con cualquiera de los modos de realización anteriores es un anticuerpo monoclonal, que incluye un anticuerpo humano. En un modo de realización, un anticuerpo anti-HER2 de un PAC es un fragmento de anticuerpo, por ejemplo, un fragmento Fv, Fab, Fab', scFv, diacuerpo o F(ab')2. En otro modo de realización, un PAC comprende un anticuerpo que es un anticuerpo sustancialmente de longitud completa, por ejemplo, un anticuerpo IgG1, un anticuerpo IgG2a u otra clase o isotipo de anticuerpos como se define en el presente documento.
Tabla 5, Secuencias de anticuerpo anti-HER2 7C2 humanizado.
Figure imgf000042_0001
Figure imgf000043_0001
Figure imgf000044_0001
Anticuerpos anti-MUC16
En determinados modos de realización, los PAC comprenden anticuerpos anti-MUC16.
En algunos modos de realización se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo anti-MUC16 que comprende al menos una, dos, tres, cuatro, cinco o seis HVR seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 35; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 36; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 37; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 32; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 33 y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 34.
En un aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 35; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 36; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 37. En otro modo de realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 35; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 36; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 37.
En otro aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 32; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 33; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 34. En un modo de realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 32; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 33; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 34.
En otro aspecto, un PAC comprende un anticuerpo que comprende (a) un dominio VH que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (i) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 35, (ii) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 36 y (iii) HVR-H3 que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada de SEQ ID NO: 37; y (b) un dominio VL, que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (i) HVR-L1, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 32, (ii) HVR-L2, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 33, y (c) HVR-L3, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 34.
En otro aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 35; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 36; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 37; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 32; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 33; y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 34.
En cualquiera de los modos de realización anteriores se humaniza un anticuerpo anti-MUC16 de un PAC.
En un modo de realización, un anticuerpo anti-MUC16 comprende HVR como en cualquiera de los modos de realización anteriores, y comprende además una región estructural aceptadora humana, por ejemplo, una región estructural de inmunoglobulina humana o una región estructural consenso humana.
En otro aspecto, un anticuerpo anti-MUC16 de un PAC comprende una secuencia de dominio variable de la cadena pesada (VH) que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 39. En determinados modos de realización, una secuencia de VH que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 39 contiene sustituciones (por ejemplo, sustituciones conservadoras), inserciones o deleciones en relación con la secuencia de referencia, pero un anticuerpo anti-MUC16 que comprende esa secuencia conserva la capacidad de unirse a MUC16. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 10 aminoácidos en SEQ ID NO: 39. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 5 aminoácidos en SEQ ID NO: 39. En determinados modos de realización, las sustituciones, inserciones o deleciones se producen en regiones fuera de las HVR (es decir, en las FR). Opcionalmente, el anticuerpo anti-MUC16 comprende la secuencia de VH de SEQ ID NO: 39, incluyendo modificaciones postraduccionales de esa secuencia. En un modo de realización particular, el VH comprende una, dos o tres HVR seleccionadas de: (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 35; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 36; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 37.
En otro aspecto se proporciona un anticuerpo anti-MUC16 de un PAC, en el que el anticuerpo comprende un dominio variable de la cadena ligera (VL) que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 38. En determinados modos de realización, una secuencia de VL que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 38 contiene sustituciones (por ejemplo, sustituciones conservadoras), inserciones o deleciones en relación con la secuencia de referencia, pero un anticuerpo anti-MUC16 que comprende esa secuencia conserva la capacidad de unirse a MUC16. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 10 aminoácidos en SEQ ID NO: 38. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 5 aminoácidos en SEQ ID NO: 38. En determinados modos de realización, las sustituciones, inserciones o deleciones se producen en regiones fuera de las HVR (es decir, en las FR). Opcionalmente, el anticuerpo anti-MUC16 comprende la secuencia de VL de SEQ ID NO: 38, incluyendo modificaciones postraduccionales de esa secuencia. En un modo de realización particular, el VL comprende una, dos o tres HVR seleccionadas de (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 32; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 33; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 34.
En otro aspecto se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo anti-MUC16, en el que el anticuerpo comprende un VH como en cualquiera de los modos de realización proporcionados anteriormente y un VL como en cualquiera de los modos de realización proporcionados anteriormente.
En un modo de realización se proporciona un PAC en el que el anticuerpo comprende las secuencias de VH y VL en SEQ ID NO: 39 y SEQ ID NO: 38, respectivamente, incluyendo modificaciones postraduccionales de esas secuencias.
En otro aspecto se proporcionan en el presente documento PAC que comprenden anticuerpos que se unen al mismo epítopo que un anticuerpo anti-MUC16 proporcionado en el presente documento. Por ejemplo, en determinados modos de realización se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo que se une al mismo epítopo que un anticuerpo anti-MUC16 que comprende una secuencia de VH de SEQ ID NO: 39 y una secuencia de VL de SEQ ID NO: 38, respectivamente.
En otro aspecto, un anticuerpo anti-MUC16 de un PAC de acuerdo con cualquiera de los modos de realización anteriores es un anticuerpo monoclonal, que incluye un anticuerpo humano. En un modo de realización, un anticuerpo anti-MUC16 de un PAC es un fragmento de anticuerpo, por ejemplo, un fragmento Fv, Fab, Fab', scFv, diacuerpo o F(ab')2. En otro modo de realización, el anticuerpo es un anticuerpo sustancialmente de longitud completa, por ejemplo, un anticuerpo IgG1, un anticuerpo IgG2a u otra clase o isotipo de anticuerpo como se define en el presente documento.
Tabla 6. Secuencias de anticuerpos anti-MUC16.
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Anticuerpos anti-STEAP-1
En determinados modos de realización, los PAC comprenden anticuerpos anti-STEAP-1.
En algunos modos de realización se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo anti-STEAP-1 que comprende al menos una, dos, tres, cuatro, cinco o seis HVR seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 40; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 41; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 42; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 43; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 44 y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 45.
En un aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 40; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 41; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 42. En otro modo de realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 40; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 41; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 42.
En otro aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 43; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 44; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 45. En un modo de realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 43; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 44; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 45.
En otro aspecto, un PAC comprende un anticuerpo que comprende (a) un dominio VH que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (i) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 40, (ii) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 41 y (iii) HVR-H3 que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada de SEQ ID NO: 42; y (b) un dominio VL, que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (i) HVR-L1, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 43, (ii) HVR-L2, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 44, y (c) HVR-L3, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 45.
En otro aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 40; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 41; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 42; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 43; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 44; y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 45.
En cualquiera de los modos de realización anteriores se humaniza un anticuerpo anti-STEAP-1 de un PAC. En un modo de realización, un anticuerpo anti-STEAP-1 comprende HVR como en cualquiera de los modos de realización anteriores, y comprende además una región estructural aceptadora humana, por ejemplo, una región estructural de inmunoglobulina humana o una región estructural consenso humana.
En otro aspecto, un anticuerpo anti-STEAP-1 de un PAC comprende una secuencia de dominio variable de la cadena pesada (VH) que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 46. En determinados modos de realización, una secuencia de VH que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 46 contiene sustituciones (por ejemplo, sustituciones conservadoras), inserciones o deleciones en relación con la secuencia de referencia, pero un anticuerpo anti-STEAP-1 que comprende esa secuencia conserva la capacidad de unirse a STEAP-1. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 10 aminoácidos en SEQ ID NO: 46. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 5 aminoácidos en SEQ ID NO: 46. En determinados modos de realización, las sustituciones, inserciones o deleciones se producen en regiones fuera de las HVR (es decir, en las FR). Opcionalmente, el anticuerpo anti-STEAP-1 comprende la secuencia de VH de SEQ ID NO: 46, incluyendo modificaciones postraduccionales de esa secuencia. En un modo de realización particular, el VH comprende una, dos o tres HVR seleccionadas de: (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 40; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 41; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 42.
En otro aspecto se proporciona un anticuerpo anti-STEAP-1 de un PAC, en el que el anticuerpo comprende un dominio variable de la cadena ligera (VL) que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 47. En determinados modos de realización, una secuencia de VL que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 47 contiene sustituciones (por ejemplo, sustituciones conservadoras), inserciones o deleciones en relación con la secuencia de referencia, pero un anticuerpo anti-STEAP-1 que comprende esa secuencia conserva la capacidad de unirse a STEAP-1. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 10 aminoácidos en SEQ ID NO: 47 En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 5 aminoácidos en SEQ ID NO: 47. En determinados modos de realización, las sustituciones, inserciones o deleciones se producen en regiones fuera de las HVR (es decir, en las FR). Opcionalmente, el anticuerpo anti-STEAP-1 comprende la secuencia de VL en la SEQ ID NO:47, incluyendo modificaciones postraduccionales de esa secuencia. En un modo de realización particular, el VL comprende una, dos o tres HVR seleccionadas de (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 43; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 44; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 45.
En otro aspecto se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo anti-STEAP-1, en el que el anticuerpo comprende un VH como en cualquiera de los modos de realización proporcionados anteriormente y un VL como en cualquiera de los modos de realización proporcionados anteriormente.
En un modo de realización se proporciona un PAC en el que el anticuerpo comprende las secuencias de VH y VL en SEQ ID NO: 46 y SEQ ID NO: 47, respectivamente, incluyendo modificaciones postraduccionales de esas secuencias. En otro aspecto se proporcionan en el presente documento PAC que comprenden anticuerpos que se unen al mismo epítopo que un anticuerpo anti-STEAP-1 proporcionado en el presente documento. Por ejemplo, en determinados modos de realización se proporciona un Pa C que comprende un anticuerpo que se une al mismo epítopo que un anticuerpo anti-STEAP-1 que comprende una secuencia de VH de SEQ ID NO: 46 y una secuencia de VL de SEQ ID NO: 47, respectivamente.
En otro aspecto, un anticuerpo anti-STEAP-1 de un PAC de acuerdo con cualquiera de los modos de realización anteriores es un anticuerpo monoclonal, que incluye un anticuerpo humano. En un modo de realización, un anticuerpo anti-STEAP-1 de un PAC es un fragmento de anticuerpo, por ejemplo, un fragmento Fv, Fab, Fab', scFv, diacuerpo o F(ab')2. En otro modo de realización, el anticuerpo es un anticuerpo sustancialmente de longitud completa, por ejemplo, un anticuerpo IgG1, un anticuerpo IgG2a u otra clase o isotipo de anticuerpo como se define en el presente documento.
Tabla 7. Secuencias de anticuerpos anti-STEAP.
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Anticuerpos anti-NaPi2b
En determinados modos de realización, un PAC comprende anticuerpos anti-NaPi2b.
En algunos modos de realización se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo anti-NaPi2b que comprende al menos una, dos, tres, cuatro, cinco o seis HVR seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 48; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 49; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 50; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 51; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 52 y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 53.
En un aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 48; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 49; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 50. En otro modo de realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 48; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 49; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 50.
En otro aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 51; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 52; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 53. En un modo de realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 51; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 52; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 53.
En otro aspecto, un PAC comprende un anticuerpo que comprende (a) un dominio VH que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (i) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 48, (ii) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 49 y (iii) HVR-H3 que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada de SEQ ID NO: 50; y (b) un dominio VL, que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (i) HVR-L1, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 51, (ii) HVR-L2, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 52, y (c) HVR-L3, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 53.
En otro aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 48; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 49; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 50; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 51; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 52; y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 53.
En cualquiera de los modos de realización anteriores se humaniza un anticuerpo anti-NaPi2b de un PAC. En un modo de realización, un anticuerpo anti-NaPi2b comprende HVR como en cualquiera de los modos de realización anteriores, y comprende además una región estructural aceptadora humana, por ejemplo, una región estructural de inmunoglobulina humana o una región estructural consenso humana.
En otro aspecto, un anticuerpo anti-NaPi2b de un PAC comprende una secuencia de dominio variable de la cadena pesada (VH) que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 54. En determinados modos de realización, una secuencia de VH que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 54 contiene sustituciones (por ejemplo, sustituciones conservadoras), inserciones o deleciones en relación con la secuencia de referencia, pero un anticuerpo anti-NaPi2b que comprende esa secuencia conserva la capacidad de unirse a NaPi2b. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 10 aminoácidos en SEQ ID NO: 54. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 5 aminoácidos en SEQ ID NO: 54. En determinados modos de realización, las sustituciones, inserciones o deleciones se producen en regiones fuera de las HVR (es decir, en las FR). Opcionalmente, el anticuerpo anti-NaPi2b comprende la secuencia de VH de SEQ ID NO: 54, incluyendo modificaciones postraduccionales de esa secuencia. En un modo de realización particular, el VH comprende una, dos o tres HVR seleccionadas de: (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 48; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 49; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 50.
En otro aspecto se proporciona un anticuerpo anti-NaPi2b de un PAC, en el que el anticuerpo comprende un dominio variable de la cadena ligera (VL) que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 55. En determinados modos de realización, una secuencia de VL que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 55 contiene sustituciones (por ejemplo, sustituciones conservadoras), inserciones o deleciones en relación con la secuencia de referencia, pero un anticuerpo anti-NaPi2b que comprende esa secuencia conserva la capacidad de unirse a NaPi2b. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 10 aminoácidos en SEQ ID NO: 55. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 5 aminoácidos en SEQ ID NO: 55. En determinados modos de realización, las sustituciones, inserciones o deleciones se producen en regiones fuera de las HVR (es decir, en las FR). Opcionalmente, el anticuerpo anti-NaPi2b comprende la secuencia de VL de SEQ ID NO: 55, incluyendo modificaciones postraduccionales de esa secuencia. En un modo de realización particular, el VL comprende una, dos o tres HVR seleccionadas de (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 51; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 52; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 53.
En otro aspecto se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo anti-NaPi2b, en el que el anticuerpo comprende un VH como en cualquiera de los modos de realización proporcionados anteriormente y un VL como en cualquiera de los modos de realización proporcionados anteriormente.
En un modo de realización se proporciona un PAC en el que el anticuerpo comprende las secuencias de VH y VL en SEQ ID NO: 54 y SEQ ID NO: 55, respectivamente, incluyendo modificaciones postraduccionales de esas secuencias.
En otro aspecto se proporcionan en el presente documento PAC que comprenden anticuerpos que se unen al mismo epítopo que un anticuerpo anti-NaPi2b proporcionado en el presente documento. Por ejemplo, en determinados modos de realización se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo que se une al mismo epítopo que un anticuerpo anti-NaPi2b que comprende una secuencia de VH de SEQ ID NO: 54 y una secuencia de VL de SEQ ID NO: 55, respectivamente.
En otro aspecto, un anticuerpo anti-NaPi2b de un PAC de acuerdo con cualquiera de los modos de realización anteriores es un anticuerpo monoclonal, que incluye un anticuerpo humano. En un modo de realización, un anticuerpo anti-NaPi2b de un PAC es un fragmento de anticuerpo, por ejemplo, un fragmento Fv, Fab, Fab', scFv, diacuerpo o F(ab')2. En otro modo de realización, el anticuerpo es un anticuerpo sustancialmente de longitud completa, por ejemplo, un anticuerpo IgG1, un anticuerpo IgG2a u otra clase o isotipo de anticuerpo como se define en el presente documento.
Tabla 8. Secuencias de anticuerpos anti-NaPi2b.
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Anticuerpos anti-CD79b
En determinados modos de realización, los PAC comprenden anticuerpos anti-CD79b.
En algunos modos de realización se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo anti-CD79b que comprende al menos una, dos, tres, cuatro, cinco o seis HVR seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 58; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 59; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 60; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 61; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 62 y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 63.
En un aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 58; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 59; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 60. En otro modo de realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 58; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 59; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 60.
En otro aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 61; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 62; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 63. En un modo de realización, el anticuerpo comprende (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 61; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 62; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 63.
En otro aspecto, un PAC comprende un anticuerpo que comprende (a) un dominio VH que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VH seleccionadas de (i) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 58, (ii) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 59 y (iii) HVR-H3 que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada de SEQ ID NO: 60; y (b) un dominio VL, que comprende al menos una, al menos dos o las tres secuencias de HVR de VL seleccionadas de (i) HVR-L1, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 61, (ii) HVR-L2, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 62, y (c) HVR-L3, que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 63.
En otro aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo que comprende (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 58; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 59; (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 60; (d) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 61; (e) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 62; y (f) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 63.
En cualquiera de los modos de realización anteriores se humaniza un anticuerpo anti-CD79b de un PAC. En un modo de realización, un anticuerpo anti-CD79b comprende HVR como en cualquiera de los modos de realización anteriores, y comprende además una región estructural aceptadora humana, por ejemplo, una región estructural de inmunoglobulina humana o una región estructural consenso humana.
En otro aspecto, un anticuerpo anti-CD79b de un PAC comprende una secuencia de dominio variable de la cadena pesada (VH) que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 56. En determinados modos de realización, una secuencia de VH que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 56 contiene sustituciones (por ejemplo, sustituciones conservadoras), inserciones o deleciones en relación con la secuencia de referencia, pero un anticuerpo anti-CD79b que comprende esa secuencia conserva la capacidad de unirse a CD79b. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 10 aminoácidos en SEQ ID NO: 56. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 5 aminoácidos en SEQ ID NO: 56. En determinados modos de realización, las sustituciones, inserciones o deleciones se producen en regiones fuera de las HVR (es decir, en las FR). Opcionalmente, el anticuerpo anti-CD79b comprende la secuencia de VH de SEQ ID NO: 8, incluyendo modificaciones postraduccionales de esa secuencia. En un modo de realización particular, el VH comprende una, dos o tres HVR seleccionadas de: (a) HVR-H1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 58; (b) HVR-H2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 59; y (c) HVR-H3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 60.
En otro aspecto se proporciona un anticuerpo anti-CD79b de un PAC, en el que el anticuerpo comprende un dominio variable de la cadena ligera (VL) que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 57. En determinados modos de realización, una secuencia de VL que tiene al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 57 contiene sustituciones (por ejemplo, sustituciones conservadoras), inserciones o deleciones en relación con la secuencia de referencia, pero un anticuerpo anti-Ly6E que comprende esa secuencia conserva la capacidad de unirse a CD79b. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 10 aminoácidos en SEQ ID NO: 57. En determinados modos de realización se han sustituido, insertado y/o delecionado un total de 1 a 5 aminoácidos en SEQ ID NO: 57. En determinados modos de realización, las sustituciones, inserciones o deleciones se producen en regiones fuera de las HVR (es decir, en las FR). Opcionalmente, el anticuerpo anti-CD79b comprende la secuencia de VL de SEQ ID NO: 57, incluyendo modificaciones postraduccionales de esa secuencia. En un modo de realización particular, el VL comprende una, dos o tres HVR seleccionadas de (a) HVR-L1 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 61; (b) HVR-L2 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 62; y (c) HVR-L3 que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 63.
En otro aspecto se describen en el presente documento PAC que comprenden un anticuerpo anti-CD79b, en el que el anticuerpo comprende un VH como en cualquiera de los modos de realización proporcionados anteriormente y un VL como en cualquiera de los modos de realización proporcionados anteriormente.
En un modo de realización se proporciona un PAC en el que el anticuerpo comprende las secuencias de VH y VL en SEQ ID NO: 56 y SEQ ID NO: 57, respectivamente, incluyendo modificaciones postraduccionales de esas secuencias.
En otro aspecto se proporcionan en el presente documento PAC que comprenden anticuerpos que se unen al mismo epítopo que un anticuerpo anti-CD79b proporcionado en el presente documento. Por ejemplo, en determinados modos de realización se proporciona un PAC que comprende un anticuerpo que se une al mismo epítopo que un anticuerpo anti-CD79b que comprende una secuencia de VH de SEQ ID NO: 56 y una secuencia de VL de SEQ ID NO: 57, respectivamente.
En otro aspecto, un anticuerpo anti-CD79b de un PAC de acuerdo con cualquiera de los modos de realización anteriores es un anticuerpo monoclonal, que incluye un anticuerpo humano. En un modo de realización, un anticuerpo anti-CD79b de un PAC es un fragmento de anticuerpo, por ejemplo, un fragmento Fv, Fab, Fab', scFv, diacuerpo o F(ab')2. En otro modo de realización, el anticuerpo es un anticuerpo sustancialmente de longitud completa, por ejemplo, un anticuerpo IgG1, un anticuerpo IgG2a u otra clase o isotipo de anticuerpo como se define en el presente documento.
Tabla 9. Secuencias de anticuerpos anti-CD79b.
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Figure imgf000053_0001
Anticuerpos anti-CD22
En determinados modos de realización, un PAC puede comprender anticuerpos anti-CD22, que comprenden tres regiones hipervariables de la cadena ligera (HVR-L1, HVR-L2 y HVR-L3) y tres regiones hipervariables de la cadena pesada (HVR-H1, HVR-H2 y HVR-H3). En un modo de realización, el anticuerpo anti-CD22 de un PAC comprende tres regiones hipervariables de la cadena ligera y tres regiones hipervariables de la cadena pesada (SEQ ID NO: 66­ 71), cuyas secuencias se muestran a continuación. En un modo de realización, el anticuerpo anti-CD22 de un PAC comprende la secuencia de la cadena ligera variable de SEQ ID NO: 72 y la secuencia de la cadena pesada variable de SEQ ID NO: 73. En un modo de realización, el anticuerpo anti-CD22 de los PAC de la presente invención comprende la secuencia de la cadena ligera de SEQ ID NO: 74 y la secuencia de la cadena pesada de SEQ ID NO: 75: Tabla 10. Anticuerpos anti-CD22.
Figure imgf000053_0002
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Anticuerpos anti-CD33
En determinados modos de realización, un PAC puede comprender anticuerpos anti-CD33, que comprenden tres regiones hipervariables de la cadena ligera y tres regiones hipervariables de la cadena pesada, cuyas secuencias (SEQ ID NO: 76-81) se muestran a continuación. En un modo de realización, el anticuerpo anti-CD33 de un PAC comprende la secuencia de la cadena ligera variable de SEQ ID NO: 82 y la secuencia de la cadena pesada variable de SEQ ID NO: 83.
Tabla 11.
Figure imgf000054_0002
Figure imgf000055_0001
En un modo de realización, el anticuerpo anti-CD33 de un PAC comprende la secuencia de la cadena ligera de SEQ ID NO: 84 y la secuencia de la cadena pesada de SEQ ID NO: 85. En un modo de realización, el anticuerpo anti-CD33 de un PAC comprende tres regiones hipervariables de la cadena ligera y tres regiones hipervariables de la cadena pesada, cuyas secuencias (SEQ ID NO: 84-89) se muestran a continuación. En un modo de realización, el anticuerpo anti-CD33 de un PAC comprende la secuencia de la cadena ligera variable de SEQ ID NO: 90 y la secuencia de la cadena pesada variable de SEQ ID NO: 91. En un modo de realización, el anticuerpo anti-CD33 de un PAC comprende la secuencia de la cadena ligera variable de SEQ ID NO: 92 y la secuencia de la cadena pesada variable de SEQ ID NO: 93. En un modo de realización, el anticuerpo anti-CD33 de la presente invención comprende la secuencia de la cadena ligera variable de SEQ ID NO: 94 y la secuencia de la cadena pesada variable de s Eq ID NO: 95. En un modo de realización, el anticuerpo anti-CD33 de la presente invención comprende la secuencia de la cadena ligera variable de SEQ ID NO: 96 y la secuencia de la cadena pesada variable de SEQ ID NO: 97.
Tabla 12.
Figure imgf000055_0002
Figure imgf000056_0001
Afinidad de anticuerpos
En determinados modos de realización, un anticuerpo proporcionado en el presente documento tiene una constante de disociación (Kd) de <1 pM, <100 nM, <50 nM, <10 nM, <5 nM, <1 nM, <0,1 nM, <0,01 nM o <0,001 nM, y opcionalmente es >10-13 M (por ejemplo, 10-8 M o menos, por ejemplo, de 10-8 M a 10-13 M, por ejemplo, de 10-9 M a 10-13 M).
En un modo de realización se mide la Kd mediante un ensayo de unión a antígeno radiomarcado (RIA) realizado con la versión Fab de un anticuerpo de interés y su antígeno como se describe mediante el siguiente ensayo. La afinidad de unión en solución de los Fab por el antígeno se mide equilibrando los Fab con una concentración mínima de antígeno marcado con (125I) en presencia de una serie de valoración de antígeno no marcado, capturando a continuación el antígeno unido con una placa recubierta con anticuerpo anti-Fab (véase, por ejemplo, Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881(1999)). Para establecer las condiciones para el ensayo, se recubren placas de múltiples pocillos MICROTITER® (Thermo Scientific) durante la noche con 5 pg/ml de un anticuerpo anti-Fab de captura (Cappel Labs) en carbonato de sodio 50 mM (pH 9,6) y posteriormente se bloquean con seroalbúmina bovina al 2 % (p/v) en PBS durante dos a cinco horas a temperatura ambiente (aproximadamente 23 °C). En una placa no adsorbente (n.° 269620, de Nunc), se mezcla [125I]-antígeno 100 pM o 26 pM con diluciones sucesivas de un Fab de interés (por ejemplo, consecuente con la evaluación del anticuerpo anti-VEGF, Fab-12, en Presta et al., Cáncer Res. 57:4593-4599 (1997)). El Fab de interés se incuba a continuación durante la noche; sin embargo, la incubación puede continuar durante un período más largo (por ejemplo, de aproximadamente 65 horas) para garantizar que se alcanza el equilibrio. Después de esto, se transfieren las mezclas a la placa de captura para su incubación a temperatura ambiente (por ejemplo, durante una hora). A continuación, se retira la solución y se lava la placa ocho veces con polisorbato 20 (TWEEN-20®) al 0,1 % en PBS. Cuando las placas se han secado, se añaden 150 pl/pocillo de centelleador (MICROSCINT-20™; Packard) y las placas se cuentan en un contador gamma TOPCOUNT™ (Packard) durante diez minutos. Se eligen concentraciones de cada Fab que den menos de o igual a un 20 % de unión máxima para su uso en ensayos de unión competitiva.
De acuerdo con otro modo de realización, la Kd se mide usando ensayos de resonancia de plasmón superficial usando un dispositivo BIACORE®-2000 o uno BIACORE®-3000 (BIAcore, Inc., Piscataway, NJ) a 25 °C con chips CM5 de antígeno inmovilizado a ~10 unidades de respuesta (UR). En resumen, se activan chips biosensores de dextrano carboximetilado (CM5, BIACORE, Inc.) con clorhidrato de W-et¡l-W-(3-d¡met¡laminoprop¡l)carbod¡¡m¡da (EDC) y N-hidroxisuccinimida (NHS) de acuerdo con las instrucciones del proveedor. El antígeno se diluye con acetato de sodio 10 mM, pH 4,8, hasta 5 pg/ml (~0,2 pM) antes de la inyección a un caudal de 5 pl/minuto para conseguir aproximadamente 10 unidades de respuesta (UR) de proteína acoplada. Después de la inyección del antígeno, se inyecta etanolamina 1 M para bloquear los grupos sin reaccionar. Para las mediciones cinéticas, se inyectan diluciones 1:2 sucesivas de Fab (de 0,78 nM a 500 nM) en PBS con tensioactivo polisorbato 20 (TWEEN-20™) (PBST) al 0,05 % a 25 °C a un caudal de aproximadamente 25 pl/min. Se calculan las velocidades de asociación (kas) y velocidades de disociación (kd¡s) usando un modelo de Langmuir de unión uno a uno sencillo (programa informático de evaluación de BIACORE®, versión 3.2) ajustando simultáneamente los sensogramas de asociación y disociación. La constante de disociación en equilibrio (Kd) se calcula como la proporción kd¡s/kaso. Véase, por ejemplo, Chen et al., J. Mol. Biol.
293:865-881 (1999). Si la velocidad de asociación excede 106 M'1s'1 por el ensayo de resonancia de plasmón superficial anterior, entonces, se puede determinar la velocidad de asociación usando una técnica de extinción fluorescente que mide el incremento o disminución de la intensidad de emisión de fluorescencia (excitación = 295 nm; emisión = 340 nm, paso de banda de 16 nm) a 25 °C de un anticuerpo anti-antígeno 20 nM (forma Fab) en PBS, pH 7,2, en presencia de concentraciones crecientes de antígeno medidas en un espectrómetro, tal como un espectrofotómetro equipado con detención de flujo (Aviv Instruments) o un espectrofotómetro SLM-AMINCO™ de la serie 8000 (ThermoSpectronic) con una cubeta agitada.
2. Conectores (L1)
Como se describe en el presente documento, un "conector" (L1) es un resto bifuncional o multifuncional que se puede usar para conectar uno o más restos PROTAC (D) a un anticuerpo (Ab) para formar un PAC. En algunos modos de realización, los PAC se pueden preparar usando un L1 que tiene funcionalidades reactivas para unirse covalentemente a la PROTAC y al anticuerpo. Por ejemplo, en algunos modos de realización, un tiol de cisteína de un anticuerpo (Ab) puede formar un enlace con un grupo funcional reactivo de un conector o un grupo conector L1 -PROTAC para producir un PAC. En particular, la estructura química del conector puede tener un impacto significativo tanto en la eficacia como en la seguridad de un PAC (Ducry y Stump, Bioconjugate Chem, 2010, 21, 5-13). La elección del conector correcto influye en el adecuado suministro del fármaco al compartimento celular previsto de las células diana.
Los conectores se pueden dividir en general en dos categorías: escindibles (tales como péptido, hidrazona o disulfuro) o no escindibles (tales como tioéter). Se han usado conectores peptídicos, tales como Valina-Citrulina (Val-Cit), que se pueden hidrolizar mediante enzimas lisosómicas (tales como Catepsina B) para conectar el fármaco con el anticuerpo (documento US 6.214.345). Han sido particularmente útiles, debido en parte a su estabilidad relativa en la circulación sistémica y a la capacidad de liberar eficazmente el fármaco en el tumor. Sin embargo, el espacio químico representado por los péptidos naturales es limitado; por lo tanto, es deseable tener una variedad de conectores no peptídicos que actúen como péptidos y que se puedan escindir eficazmente mediante proteasas lisosómicas. La mayor diversidad de estructuras no peptídicas puede producir propiedades beneficiosas novedosas que no se consiguen con los conectores peptídicos. En el presente documento se proporcionan diferentes tipos de conectores no peptídicos para el conector L1 que se pueden escindir mediante enzimas lisosómicas.
a. Conectores peptidomiméticos
En el presente documento se proporcionan diferentes tipos de conectores peptidomiméticos no peptídicos para PAC que se pueden escindir mediante enzimas lisosómicas. Por ejemplo, el enlace amida en el medio de un dipéptido (por ejemplo, Val-Cit) se reemplazó por un imitador de amida; y/o el aminoácido completo (por ejemplo, aminoácido valina en el dipéptido Val-Cit) se reemplazó por un resto que no es un aminoácido (por ejemplo, estructuras de cicloalquildicarbonilo (por ejemplo, tamaño de anillo = 4 o 5)).
Cuando L1 es un conector peptidomimético, está representado por la siguiente fórmula
—Str—(PM)—Sp— ,
en la que:
Str es una unidad de extensión unida covalentemente a Ab;
Sp es un enlace o unidad espaciadora unida covalentemente a un resto PROTAC; y
PM es un resto químico no peptídico seleccionado del grupo que consiste en:
Figure imgf000058_0001
W es -NH-heterocicloalquilo- o heterocicloalquilo;
Y es heteroarilo, arilo, -C(O)alquileno C1-C6 , alquilen C1-C6-NH2 , alquilen C1-C6-NH-CH3 , alquilen C1-C6-N-(CH3)2, alquenilo C1-C6 o alquilenilo C1-C6 ;
cada R1 es independientemente alquilo C1-C10, alquenilo C1-C10, (alquil C1-C10)NHC(NH)NH2 o (alquil C1-C10)NHC(O)NH2;
R3 y R2 son cada uno independientemente H, alquilo C1-C10, alquenilo C1-C10, arilalquilo o heteroarilalquilo, o R3 y R2 juntos pueden formar un cicloalquilo C3-C7; y
R4 y R5 son cada uno independientemente alquilo C1-C10, alquenilo C1-C10, arilalquilo, heteroarilalquilo, (alquil C1-C10P C H 2-, o R4 y R5 pueden formar un anillo de cicloalquilo C3-C7.
Cabe señalar que L1 se puede conectar a la PROTAC a través de cualquiera de los grupos E3LB, L2 o PB.
En modos de realización, Y es heteroarilo; R4 y R5 juntos forman un anillo de ciclobutilo.
En modos de realización, Y es un resto seleccionado del grupo que consiste en:
Figure imgf000058_0002
En modos de realización, Str es un resto químico representado por la siguiente fórmula:
Figure imgf000058_0003
en la que R6 se selecciona del grupo que consiste en alquileno C1-C10, alquenilo C1-C10, cicloalquilo C3-C8 , (alquilen C1-C8)O- y alquilen C1-C10-C(O)N(Ra)-alquilen C2-C6 , donde cada alquileno puede estar sustituido con uno a cinco sustituyentes seleccionados del grupo que consiste en halo, trifluorometilo, difluorometilo, amino, alquilamino, ciano, sulfonilo, sulfonamida, sulfóxido, hidroxi, alcoxi, éster, ácido carboxílico, alquiltio, cicloalquilo C3-C8 , heterocicloalquilo C4-C7 , arilo, arilalquilo, heteroarilalquilo y heteroarilo, cada Ra es independientemente H o alquilo C1-C6 ; Sp es —Ar— Rb—, en el que Ar es arilo o heteroarilo, Rb es (alquilen C1-C10P -.
En modos de realización, Str tiene la fórmula:
Figure imgf000059_0001
en la que R7 se selecciona de alquileno C1-C10, alquenilo C1-C10, (alquilen C1-C10)O-, N(RC)-(alquilen C2-C6)-N(Rc) y N(Rc)-(alquileno C2-C6); donde cada Rc es independientemente H o alquilo C1-C6; Sp es —Ar—Rb— , en el que Ar es arilo o heteroarilo, Rb es (alquilen C1-C10)O- o Sp -alquilen C1-C6-C(O)Nh -.
En modos de realización, L1 es un resto químico no peptídico representado por la siguiente fórmula
Figure imgf000059_0002
R1 es alquilo C1-C6 , alquenilo C1-C6 , (alquil C1-Ca)NHC(NH)NH2 o (alquil C1-Ca)NHC(O)NH2 ;
R3 y R2 son cada uno independientemente H o alquilo C1-C10.
En modos de realización, L1 es un resto químico no peptídico representado por la siguiente fórmula
Figure imgf000059_0003
R1 es alquilo C1-C6 , (alquil C1-C6)NHC(NH)NH2 o (alquil C1-C6)NHC(O)NH2 ;
R4 y R5 juntos forman un anillo de cicloalquilo C3-C7.
En modos de realización, L1 es un resto químico no peptídico representado por la siguiente fórmula
Figure imgf000059_0004
R1 es alquilo C1-C6 , (alquil C1-C6)NHC(NH)NH2 o (alquil C1-C6)NHC(O)NH2 y W es como se define anteriormente. En algunos modos de realización, el conector puede ser un conector peptidomimético tal como los descritos en los documentos WO2015/095227, WO2015/095124 o WO2015/095223.
b. Conectores no peptidomiméticos
En un aspecto, un conector L1 forma un enlace disulfuro con el anticuerpo. En un aspecto, el conector tiene la estructura:
Figure imgf000060_0001
en la que R1 y R2 se seleccionan independientemente de H y alquilo C1-C6 , o R1 y R2 forman un grupo cicloalquilo o heterociclilo de 3, 4, 5 o 6 miembros. El conector se une covalentemente a un anticuerpo y una PROTAC como sigue:
Figure imgf000060_0002
En un aspecto, el grupo carbonilo del conector está conectado a un grupo amina en la PROTAC. También cabe destacar que el átomo de azufre conectado a Ab es un grupo de azufre de una cisteína en el anticuerpo. En otro aspecto, un conector L1 tiene una funcionalidad que puede reaccionar con una cisteína libre presente en un anticuerpo para formar un enlace covalente. Ejemplos no limitantes de dichas funcionalidades reactivas incluyen maleimida, haloacetamidas, a-haloacetilo, ésteres activados tales como ésteres de succinimida, ésteres de 4-nitrofenilo, ésteres de pentafluorofenilo, ésteres de tetrafluorofenilo, anhídridos, cloruros de ácido, cloruros de sulfonilo, isocianatos e isotiocianatos. Véase, por ejemplo, el procedimiento de conjugación en la página 766 de Klussman et al. (2004), Bioconjugate Chemistry 15(4): 765-773, y los ejemplos en el presente documento.
En algunos modos de realización, un conector tiene una funcionalidad que puede reaccionar con un grupo electrófilo presente en un anticuerpo. Ejemplos de dichos grupos electrófilos incluyen, pero no se limitan a, grupos carbonilo de aldehído y cetona. En algunos modos de realización, un heteroátomo de la funcionalidad reactiva del conector puede reaccionar con un grupo electrófilo en un anticuerpo y formar un enlace covalente con una unidad de anticuerpo. Ejemplos no limitantes de dichas funcionalidades reactivas incluyen, pero no se limitan a, hidracida, oxima, amino, hidracina, tiosemicarbazona, carboxilato de hidracina y arilhidracida.
El conector puede comprender uno o más componentes conectores. Ejemplos de componentes conectores incluyen 6-maleimidocaproilo ("MC"), maleimidopropanoilo ("MP"), valina-citrulina ("val-cit" o "vc"), alanina-fenilalanina ("alaphe"), p-aminobenciloxicarbonilo (un "Pa B"), 4-(2-piridiltio)pentanoato de N-succinimidilo ("SPP") y ciclohexano-1-carboxilato de 4-(N-maleimidometilo) ("MCC"). Se conocen en la técnica diversos componentes conectores, de los que algunos se describen a continuación.
Un conector puede ser un "conector escindible" que facilita la liberación de una PROTAC. Conectores escindibles ejemplares no limitantes incluyen conectores lábiles en ácidos (por ejemplo, que comprenden hidrazona), conectores sensibles a proteasas (por ejemplo, sensibles a peptidasa), conectores fotolábiles o conectores que contienen disulfuro (Chari et al., Cancer Research 52:127-131 (1992); documento US 5208020). En determinados modos de realización, un conector tiene la siguiente fórmula:
—Aa—Ww—Yy—
en la que A es una "unidad de extensión" y a es un número entero de 0 a 1; W es una "unidad de aminoácido" y w es un número entero de 0 a 12; Y es una "unidad espadadora" e y es 0, 1 o 2. Modos de realización ejemplares de dichos conectores se describen en la patente de EE. u U. n.° 7.498.298.
En algunos modos de realización, un componente conector comprende una "unidad de extensión" que conecta un anticuerpo a otro componente conector o a un resto PROTAC. A continuación se muestran unidades de extensión ejemplares no limitantes (en las que la línea ondulada indica sitios de unión covalente a un anticuerpo, PROTAC o componentes conectores adicionales):
Figure imgf000061_0001
3. PROTAC ("D")
Las PROTAC útiles tienen la fórmula general descrita anteriormente. PROTAC particulares se describen en los documentos US 7.208.157, WO2013/106643, WO2013/106646 y WO2015/160845. Las PROTAC incluyen aquellas que tienen los siguientes componentes.
a. Grupos de unión a ubiquitina ligasa E3 (E3LB)
Las ubiquitina ligasas E3 (de las que se conocen más de 600 en seres humanos) confieren especificidad de sustrato para la ubiquitinación. Se conocen ligandos que se unen a estas ligasas. Como se describe en el presente documento, un grupo de unión a ubiquitina ligasa E3 es una molécula pequeña como se define en las reivindicaciones que se puede unir a una ubiquitina ligasa E3.
Las ubiquitina ligasas E3 específicas incluyen: von Hippel-Lindau (VHL); cereblon, XIAP, E3A; MDM2; complejo promotor de anafase (APC); UBR5 (EDD1); SOCS/BC-box/ eloBC/ CUL5/RING; LNXp80; CBX4; CBLL1; HACE1; HECTD1; HECTD2; HECTD3; HECW1; HECW2; HERC1; HERC2; HERC3; HERC4; HUWE1; ITCH; NEDD4; NEDD4L; PPIL2; PRPF19; PIAS1; PIAS2; PIAS3; PIAS4; RANBP2; RNF4; RBX1; SMURF1; SMURF2; STUB1; TOPORS; TRIP12; UBE3A; UBE3B; UBE3C; UBE4A; UBE4B; UBOX5; UBR5; WWP1; WWP2; Parkin; A20/TNFAIP3; AMFR/gp78; ARA54; beta-TrCP1/BTRC; BRCA1; CBL; CHIP/STUB1; E6; E6AP/UBE3A; proteína F-box 15/FBXO15; FBXW7/Cdc4; GRAIL/RNF128; HOIP/RNF31; cIAP-1/HIAP-2; cIAP-2/HIAP-1; cIAP (pan); ITCH/AIP4; KAP1; MARCH8; Mind Bomb 1/MIB1; Mind Bomb 2/MIB2; MuRF1/TRIM63; NDFIP1; NEDD4; NleL; Parkin; RNF2; RNF4; RNF8; RNF168; RNF43; SART1; Skp2; SMURF2; TRAF-1; TRAF-2; TRAF-3; TRAF-4; TRAF-5; TRAF-6; TRIM5; TRIM21; TRIM32; UBR5; y ZNRF3.
Las tablas 13-27 siguientes enumeran determinadas ligasas E3.
Tabla 13. Ligasas E3, tipo HECT.
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Tabla 14. Ligasas E3, tipo RING.
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Tabla 15. Ligasas E3, tipo dedo PARKIN.
Figure imgf000070_0002
Tabla 16. Ligasas E3, tipo variantes de RING.
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Tabla 17. Ligasas E3, tipo U-box.
Figure imgf000071_0002
Tabla 18. E3 Ligasas, tipo dedo A20
Figure imgf000071_0003
Tabla 19. Ligasas E3, tipo dedo PIAS
Figure imgf000071_0004
Tabla 20. Ligasas E3, tipo dedo PHD
Figure imgf000071_0005
Figure imgf000071_0006
Tabla 21. Ligas E3, tipo similar a Sky1
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Tabla 22. Ligasas E3, tipo Cullin
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Tabla 23. Ligasas E3, tipo F-box.
Figure imgf000072_0003
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Tabla 24. Ligas E3, tipo SOCS-box.
Figure imgf000074_0002
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Tabla 25. Ligasas E3, tipo BTB
Figure imgf000075_0003
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Tabla 26. Ligas E3, tipo similar a DDB1
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Tabla 27. Ligasas E3, tipo APC/Ciclosoma.
Figure imgf000078_0003
Una ubiquitina ligasa E3 particular es el inhibidor de la apoptosis ligado al cromosoma X (XIAP). XIAP es una proteína que detiene la muerte celular apoptótica. La desregulación de XIAP se ha asociado con cáncer, trastornos neurodegenerativos y autoinmunidad. En el desarrollo del cáncer de pulmón, la sobreexpresión de XIAP inhibe las caspasas. En el desarrollo de cáncer de próstata, XIAP es uno de los cuatro IAP sobreexpresados en el epitelio prostático. Las mutaciones en el gen XIAP pueden dar como resultado un tipo grave e infrecuente de enfermedad inflamatoria intestinal. Los defectos en el gen XIAP también pueden dar como resultado una afección extremadamente infrecuente llamada enfermedad linfoproliferativa ligada al cromosoma X. La degradación de XIAP puede potenciar la apoptosis al evitar que XIAP se una a las caspasas. Esto permite que prosiga la actividad normal de las caspasas. El E3LB de acuerdo con las reivindicaciones es un inhibidor de XIAP que es un compuesto de tetrahidrobenzodiacepinona de la siguiente fórmula:
Figure imgf000078_0002
como se divulga en el documento WO 2015/071393.
b. Grupo de unión a proteínas (PB)
El componente PB es un grupo que se une a una proteína diana destinada a degradarse. El término "proteína" incluye oligopéptidos y secuencias polipeptídicas de longitud suficiente para que se puedan unir a un grupo PB. Cualquier proteína en un sistema eucariota o un sistema microbiano, incluyendo un virus, bacteria u hongo, como se describe de otro modo en el presente documento, son dianas para la ubiquitinación mediada por los compuestos descritos en el presente documento.
Los grupos PB incluyen, por ejemplo, cualquier resto que se una a una proteína específicamente (se una a una proteína diana) e incluye los siguientes ejemplos no limitantes de restos de proteína diana micromoleculares: inhibidores de Hsp90, inhibidores de cinasa, inhibidores de MDM2, compuestos dirigidos a proteínas que contienen el bromodominio BET humano, inhibidores de HDAC, inhibidores de la metiltransferasa de lisina humana, inhibidores de la angiogénesis, compuestos inmunodepresores y compuestos dirigidos al receptor de hidrocarburos de arilo (AHR), entre muchos otros. Las composiciones descritas a continuación ejemplifican algunos de los miembros de estos nueve tipos de restos de unión a proteína diana micromoleculares. Dichos restos de unión a proteína diana micromoleculares también incluyen sales, enantiómeros, solvatos y polimorfos farmacéuticamente aceptables de estas composiciones, así como otras moléculas pequeñas que se pueden dirigir a una proteína de interés.
En general, las proteínas diana pueden incluir, por ejemplo, proteínas estructurales, receptores, enzimas, proteínas de la superficie celular, proteínas pertinentes para la función integrada de una célula, incluyendo proteínas implicadas en actividad catalítica, actividad aromatasa, actividad motora, actividad helicasa, procesos metabólicos (anabolismo y catabolismo), actividad antioxidante, proteólisis, biosíntesis, proteínas con actividad cinasa, actividad oxidorreductasa, actividad transferasa, actividad hidrolasa, actividad liasa, actividad isomerasa, actividad ligasa, actividad reguladora de enzimas, actividad transductora de señales, actividad de moléculas estructurales, actividad de unión (proteína, lípido, carbohidrato), actividad receptora, motilidad celular, fusión de membranas, comunicación celular, regulación de procesos biológicos, desarrollo, diferenciación celular, respuesta a estímulo, proteínas del comportamiento, proteínas de adhesión celular, proteínas involucradas en la muerte celular, proteínas involucradas en el transporte (incluyendo la actividad transportadora de proteínas, transporte nuclear, actividad transportadora de iones, actividad transportadora de canales, actividad como vehículo, actividad permeasa, actividad de secreción, actividad transportadora de electrones, patogenia, actividad reguladora de chaperonas, actividad de unión de ácidos nucleicos, actividad reguladora de la transcripción, actividad de organización extracelular y biogénesis, actividad reguladora de la traducción. Las proteínas de interés pueden incluir proteínas de eucariotas y procariotas, incluyendo seres humanos como dianas para el tratamiento con fármacos, otros animales, incluyendo los animales domesticados, microbianos para la determinación de dianas para antibióticos y otros antimicrobianos y plantas, e incluso virus, entre muchos otros.
En consecuencia, el componente PB de un PAC es cualquier péptido o molécula pequeña que se une a proteínas diana tales como FoxO1, HDAC, DP-1, E2F, ABL, AMPK, BRK, BRSK I, BRSK2, BTK, CAMKK1, CAMKK alfa, CAMKK beta, Rb, Suv39HI, SCF, p19INK4D, GSK-3, pi 8 INK4, myc, ciclina E, CDK2, CDK9, CDG4/6, ciclina D, p16 INK4A, cdc25A, BMI1, SCF, Akt, CHK1/2, C 1 delta, CK1 gamma, C 2, CLK2, CSK, DDR2, DYRK1A/2/3, EF2K, EPH-A2/A4/B1/B2/B3/B4, EIF2A 3, Smad2, Smad3, Smad4, Smad7, p53, p21 Cipl, PAX, Fyn, CAS, C3G, SOS, Tal, Raptor, RACK-1, CRK, Rapl, Rac, KRas, NRas, HRas, GRB2, FAK, PI3K, spred, Spry, mTOR, MPK, LKB1, PAK 1/2/4/5/6, PDGFRA, PYK2, Src, SRPK1, PLC, PKC, PKA, PKB alfa/beta, PKC alfa/gamma/zeta, PKD, PLK1, PRAK, PRK2, WAVE-2, TSC2, DAPK1, BAD, IMP, C-TAK1, TAK1, TAO1, TBK1, TESK1, TGFBR1, TIE2, TLK1, TrkA, TSSK1, TTBK1/2, TTK, Tpl2/cotl, MEK1, MEK2, PLDL 1, Erk2, Erk5, Erk8, p90RSK, PEA-15, SRF, p27 KIP1, TIF 1a, HMGN1, ER81, MKP-3, c-Fos, FGF-R1, GCK, GSK3 beta, HER4, HIPK1/2/3/, IGF-1R, cdc25, UBF, LAMTOR2, Statl, StaO,CREB, JAK, Src, PTEN, NF-kappaB, HECTH9, Bax, HSP70, HSP90, Apaf-1, Cyto c, BCL-2, Bcl-xL, Smac, XIAP, Caspasa-9, Caspasa-3, Caspasa-6, Caspasa-7, CDC37, TAB, IKK, TRADD, TRAF2, R1P1, FLIP, TAK1, JNK1/2/3, Lck, A-Raf, B-Raf, C-Raf, MOS, MLK1/3, MN 1/2, MSK1, MST2/3/4, MPSK1, MEKK1, ME K4, MEL, ASK1, MINK1, MKK 1 /2/3/4A5/7, NE 2a/6/7, NUAK1, OSR1, SAP, STK33, Syk, Lyn, PDK1, PHK, PIM 1/2/3, Ataxina-1, Mtorc1, MDM2, p21 Waf1, ciclina D1, Lamln A, Tp12, Myc, catenina, Wnt, IKK-beta, IKK-gamma, IKK-alfa, IKK-épsilon, ELK, p65Re1A, IRAKI, IRA 2, IRAK4, IRR, FADD, TRAF6, TRAF3, MKK3, MKK6, ROCK2, RSK1/2, SGK 1, SmMLCK, SIK2/3, ULK1/2, VEGFR1, WNK 1, YES1, ZAP70, MAP4K3, MAP4K5, MAPK1b, MAPKAP-K2 K3, p38 alfa/beta/delta/gamma MAPK, Aurora A, Aurora B, Aurora C, MCAK, Clip, MAPKAPK, FAK, MARK 1/2/3/4, Muc1, SHC, CXCR4, Gap-1, Myc, beta-catenina/TCF, Cbl, BRM, Mcl-1, BRD2, BRD3, BRD4, AR, RAS, ErbB3, EGFR, IRE1, HPK1, RIPK2 y ERa, incluyendo todas las variantes, mutaciones, variantes de empalme, indeles y fusiones de estas proteínas diana enumeradas.
Los grupos PB específicos son compuestos micromoleculares tales como los divulgados en los documentos US2014/0356322 y US2016/0045607. Los compuestos divulgados en los mismos se pueden clasificar como inhibidores de la proteína de choque térmico 90 (HSP90), inhibidores de cinasa y fosfatasa, inhibidores de MDM2, inhibidores de HDAC, inhibidores de la metiltransferasa de lisina humana, inhibidores de la angiogénesis, compuestos inmunodepresores, así como compuestos que se dirigen a: proteínas que contienen el bromodominio BET humano, receptor de hidrocarburos de arilo (AHR), receptor de cinasa REF, FKBP, receptor de andrógenos (AR), receptor de estrógenos (ER), receptor de la hormona tiroidea, proteasa del VIH, integrasa del VIH, proteasa del VHC, tioesterasa 1 y 2 de acilproteína (ApT 1 y APT2).
c. Conector L2
Los grupos E3LB y PB de PROTAC como se describen en el presente documento se pueden conectar con el conector (L2). En determinados modos de realización, el grupo conector L2 es un grupo que comprende una o más unidades estructurales de A conectadas covalentemente (por ejemplo, -A1. . . Aq-), en las que A1 es un grupo acoplado a al menos uno de un E3LB, un PB o una combinación de los mismos. En determinados modos de realización, A1 conecta un E3LB, un PB o una combinación de los mismos directamente a otro E3LB, PB o combinación de los mismos. En otros modos de realización, A1 conecta un EL3B, un PB o una combinación de los mismos indirectamente a otro E3LB, PB o combinación de los mismos a través de Aq.
En determinados modos de realización, A 1 a Aq son, cada uno independientemente, un enlace CRLaRLb, O, S, SO, SO2 , NRLc, SO2NRLc, SONRLc, CONRLc, NRLcCONRLd, NRLcSO2NRLd, CO, CRLa=CRLb, C=C, SiRLaRLb, P(O)RLa, P(O)ORLa, NRLcC(=NCN)NRLd, NRLcC(=NCN), NRLcC(=CNO2)NRLd, cicloalquilo C3-11 opcionalmente sustituido con 0­ 6 grupos RLa y/o RLb, heterociclilo C3-11 opcionalmente sustituido con 0-6 grupos RLa y/o RLb, arilo opcionalmente sustituido con 0-6 grupos RLa y/o RLb, heteroarilo opcionalmente sustituido con 0-6 grupos RLa y/o RLb, donde RLa o RLb, cada uno independientemente, se pueden unir a otros grupos A para formar un resto cicloalquilo y/o heterociclilo que puede estar sustituido adicionalmente con 0-4 grupos RLe; en los que RLa, RLb, RLc, RLd y RLe son, cada uno independientemente, H, halo, alquilo C1-8, O(alquilo C1-8), S(alquilo C1-8), NH(alquilo C1-8), N(alquilo C1-8)2 , cicloalquilo C3-11, arilo, heteroarilo, heterociclilo C3-11, O(cicloalquilo C1-8), S(cicloalquilo C1-8), NH(cicloalquilo C1-8), N(cicloalquilo C1-8)2 , N(cicloalquil C1-8)(alquilo C1-8), OH, NH2 , SH, SO2(alquilo C1-8), P(O)(O(alquil C1-8))(alquilo C1-8), P(O)(O(alquilo C1-8))2 , CC—(alquilo C1-8), CCH, CH=CH(alquilo C1-8), C(alquil C1-8)=CH(alquilo C1-8), C(alquil C1-8)=C(alquilo C1-8)2 , Si(OH)3, Si(alquilo C1-8)3, Si(OH)(alquilo C1-8)2 , CO(alquilo C1-8), CO2H, halógeno, CN, CF3 , CHF2 , CH2F, NO2 , SF5 , SO2NH(alquilo C1-8), SO2N(alquilo C1-8)2 , SONH(alquilo C1-8), SON(alquilo C1-8)2 , CONH(alquilo C1-8), CON(alquilo C1-8)2 , N(alquil C1-8)CONH(alquilo C1-8), N(alquil C1-8)CON(alquilo C1-8)2 , NHCONH(alquilo C1-8), NHCON(alquilo C1-8)2 , NHCONH2 , N(alquil C1-8)SO2NH(alquilo C1-8), N(alquil C1-8)SO2N(alquilo C1-8)2 , NHSO2NH(alquilo C1-8), NHSO2N(alquilo C1-8)2, NHSO2NH2.
En determinados modos de realización, q es un número entero mayor que o igual a 0. En determinados modos de realización, q es un número entero mayor que o igual a 1.
En determinados modos de realización, por ejemplo, donde q es mayor que 2, Aq es un grupo que está conectado a un resto E3LB, y A 1 y Aq están conectados a través de unidades estructurales de A (número de dichas unidades estructurales de A: q-2).
En determinados modos de realización, por ejemplo, donde q es 2, Aq es un grupo que está conectado a A1 y a un resto E3LB.
En determinados modos de realización, por ejemplo, donde q es 1, la estructura del grupo conector L2 es -A1-, y A1 es un grupo que está conectado a un resto E3LB y a un resto PB.
En modos de realización adicionales, q es un número entero de 1 a 100, 1 a 90, 1 a 80, 1 a 70, 1 a 60, 1 a 50, 1 a 40, 1 a 30, 1 a 20 o 1 a 10.
En determinados modos de realización, el conector (L2) se selecciona del grupo que consiste en:
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Figure imgf000082_0001
En modos de realización adicionales, el grupo conector es un (poli)etilenglicol opcionalmente sustituido que tiene entre 1 y aproximadamente 100 unidades de etilenglicol, entre aproximadamente 1 y aproximadamente 50 unidades de etilenglicol, entre 1 y aproximadamente 25 unidades de etilenglicol, entre aproximadamente 1 y 10 unidades de etilenglicol, entre 1 y aproximadamente 8 unidades de etilenglicol y 1 y 6 unidades de etilenglicol, entre 2 y 4 unidades de etilenglicol, o grupos alquilo opcionalmente sustituidos interdispersos con átomos de O, N, S, P o Si opcionalmente sustituidos. En determinados modos de realización, el conector está sustituido con un grupo arilo, fenilo, bencilo, alquilo, alquileno o heterociclo. En determinados modos de realización, el conector puede ser asimétrico o simétrico.
En cualquiera de los modos de realización de los compuestos descritos en el presente documento, el grupo conector puede ser cualquier resto adecuado como se describe en el presente documento. En un modo de realización, el conector es un grupo de polietilenglicol sustituido o no sustituido que varía en tamaño de aproximadamente 1 a aproximadamente 12 unidades de etilenglicol, entre 1 y aproximadamente 10 unidades de etilenglicol, aproximadamente 2 y aproximadamente 6 unidades de etilenglicol, entre aproximadamente 2 y 5 unidades de etilenglicol, entre aproximadamente 2 y 4 unidades de etilenglicol.
Aunque el grupo E3LB y el grupo PB se pueden unir covalentemente al grupo conector a través de cualquier grupo que sea apropiado y estable para la química del conector. El conector está unido covalentemente de forma independiente al grupo E3LB y al grupo PB preferentemente a través de una amida, éster, tioéster, grupo ceto, carbamato (uretano), carbono o éter, cada uno de los cuales se puede insertar en cualquier lugar del grupo E3LB y del grupo PB para proporcionar la máxima unión del grupo E3LB en la ubiquitina ligasa y del grupo PB en la proteína diana que se va a degradar. En determinados aspectos donde el grupo PB es un grupo E3LB, la proteína diana para someterse a degradación puede ser la ubiquitina ligasa en sí misma. En determinados aspectos, el conector puede estar unido a un grupo alquilo, alquileno, alqueno o alquino opcionalmente sustituido, un grupo arilo o un grupo heterocíclico en los grupos E3LB y/o PB. Cabe señalar que puede ser necesario derivatizar un grupo E3LB o un grupo PB para crear un grupo funcional químico que sea reactivo con un grupo funcional químico en el conector. De forma alternativa, puede ser necesario derivatizar el conector para incluir un grupo funcional químico que pueda reaccionar con un grupo funcional que se encuentra en E3LB y/o PB.
L2 también se puede representar mediante la fórmula:
donde Z es un grupo que une E3LB a X; y X es un grupo que une Z al grupo PB.
En modos de realización, Z está ausente (un enlace), es -(CH2)i-O, -(CH2)i-S, -(CH2)i-N-R, un grupo (CH2)i-X1Y1 en el que X1Y1 forma un grupo amida, o un grupo uretano, grupo éster o tioéster, o un
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donde cada R es H, o un alquilo C1-C3 , un grupo alcanol o un heterociclo (incluyendo un heterociclo soluble en agua, preferentemente, un grupo morfolino, piperidina o piperacina para promover la solubilidad en agua del grupo conector); cada Y es independientemente un enlace, O, S o N-R; y cada i es independientemente 0 a 100, 1 a 75, 1 a 60, 1 a 55, 1 a 50, 1 a 45, 1 a 40, 2 a 35, 3 a 30, 1 a 15, 1 a 10, 1 a 8, 1 a 6, 1, 2, 3, 4 o 5.
En modos de realización, X es un
Figure imgf000083_0002
donde cada V es independientemente un enlace (ausente),
Figure imgf000083_0003
j es 1 a 100, 1 a 75, 1 a 60, 1 a 55, 1 a 50, 1 a 45, 1 a 40, 2 a 35, 3 a 30, 1 a 15, 1 a 10, 1 a 8, 1 a 6, 1, 2, 3, 4 o 5; k es 1 a 100, 1 a 75, 1 a 60, 1 a 55, 1 a 50, 1 a 45, 1 a 40, 2 a 35, 3 a 30, 1 a 15, 1 a 10, 1 a 8, 1 a 6, 1, 2, 3, 4 o 5; preferentemente k es 1, 2, 3, 4 o 5;
m' es 1 a 100, 1 a 75, 1 a 60, 1 a 55, 1 a 50, 1 a 45, 1 a 40, 2 a 35, 3 a 30, 1 a 15, 1 a 10, 1 a 8, 1 a 6, 1,2, 3, 4 o 5; n es 1 a 100, 1 a 75, 1 a 60, 1 a 55, 1 a 50, 1 a 45, 1 a 40, 2 a 35, 3 a 30, 1 a 15, 1 a 10, 1 a 8, 1 a 6, 1, 2, 3, 4 o 5; X1 es O, S o N-R, preferentemente O;
Y es igual que anteriormente;
y CON es un grupo conector (que puede ser un enlace) que conecta Z con X, cuando está presente en el grupo conector.
En modos de realización, CON es un enlace (ausente), un heterociclo que incluye un heterociclo soluble en agua tal como un grupo piperacinilo u otro grupo o un grupo
Figure imgf000084_0001
donde X2 es O, S, NR4, S(O), S(O)2 , -S(O)2O, -OS(O)2 u OS(O)2O;
X3 es O, S, CHR4, NR4; y
R es H o un grupo alquilo C1-C3 opcionalmente sustituido con uno o dos grupos hidroxilo, o una sal, enantiómero o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo.
En aspectos alternativos preferentes, el grupo conector es un (poli)etilenglicol que tiene entre 1 y aproximadamente 100 unidades de etilenglicol, entre aproximadamente 1 y aproximadamente 50 unidades de etilenglicol, entre 1 y aproximadamente 25 unidades de etilenglicol, entre aproximadamente 1 y 10 unidades de etilenglicol, entre 1 y aproximadamente 8 unidades de etilenglicol y 1 y 6 unidades de etilenglicol, entre 2 y 4 unidades de etilenglicol.
En modos de realización, CON es
Figure imgf000084_0002
0 un grupo amida.
Aunque el grupo E3LB y el grupo PB se pueden unir covalentemente al grupo conector a través de cualquier grupo que sea apropiado y estable para la química del conector, en aspectos preferentes, el conector está unido covalentemente de forma independiente al grupo E3LB y al grupo PB a través de una amida, éster, tioéster, grupo ceto, carbamato (uretano) o éter, cada uno de los cuales se puede insertar en cualquier lugar del grupo E3LB y del grupo PB para permitir la unión del grupo E3LB a la ubiquitina ligasa y del grupo PB a la proteína diana que se va a degradar. En otras palabras, como se muestra en el presente documento, el conector se puede diseñar y conectar a E3LB y a PB para minimizar, eliminar o neutralizar cualquier impacto que su presencia pueda tener sobre la unión de E3LB y PB a sus respectivos ligandos. En determinados aspectos, la proteína diana para la degradación puede ser una ubiquitina ligasa.
Los conectores adicionales L2 se divulgan en las publicaciones de solicitud de EE. UU. n.° 2016/0058872; 2016/0045607; 2014/0356322; y 2015/0291562 y el documento WO2014/063061.
En referencia ahora a un PAC, un PAC puede comprender un único anticuerpo donde el único anticuerpo puede tener más de una PROTAC, cada PROTAC unida covalentemente al anticuerpo a través de un conector L1. La "carga de PROTAC" es el número promedio de restos PROTAC por anticuerpo. La carga de PROTAC puede variar de 1 a 8 PROTAC (D) por anticuerpo (Ab). Es decir, en la fórmula del PAC, Ab—(L1— D)p, p tiene un valor de aproximadamente 1 a aproximadamente 50, de aproximadamente 1 a aproximadamente 8, de aproximadamente 1 a aproximadamente 5, de aproximadamente 1 a aproximadamente 4 o de aproximadamente 1 a aproximadamente 3. Cada PROTAC unida covalentemente al anticuerpo a través del conector L1 puede ser la misma o diferente PROTAC y puede tener un conector del mismo tipo o de tipo diferente que cualquier otro L1 unido covalentemente al anticuerpo. En un modo de realización, Ab es un anticuerpo genomanipulado con cisteína y p es aproximadamente 2.
El número promedio de PROTAC por anticuerpo en preparaciones de PAC a partir de reacciones de conjugación se puede caracterizar por medios convencionales tales como espectrometría de masas, ensayo ELISA, electroforesis y HPLC. Se puede determinar también la distribución cuantitativa de PAC en términos de p. Mediante ELISA, se puede determinar el valor promedio de p en una preparación de PAC particular (Hamblett et al. (2004) Clin. Cancer Res.
10:7063-7070; Sanderson et al. (2005) Clin. Cancer Res. 11:843-852). Sin embargo, la distribución del valor de p no es discernible por la unión anticuerpo-antígeno y la limitación de detección de ELISA. Además, el ensayo ELISA para la detección de PAC no determina dónde se unen los restos PROTAC al anticuerpo, tal como en los fragmentos de cadena pesada o cadena ligera, ni los residuos de aminoácido particulares. En algunos casos, la separación, purificación y caracterización de PAC homogéneos donde p es un valor determinado de PAC con otras cargas de PROTAC se pueden lograr por medios tales como HPLC de fase inversa o electroforesis.
Para algunos PAC, p puede estar limitado por el número de sitios de unión en el anticuerpo. Por ejemplo, un anticuerpo puede tener solo uno o varios grupos tiol de cisteína, o puede tener solo uno o varios grupos tiol suficientemente reactivos a través de los que se puede unir un conector.
Otro sitio reactivo en un Ab para conectar L1-D es el grupo funcional amina de residuos de lisina. Los valores de p incluyen valores de aproximadamente 1 a aproximadamente 50, de aproximadamente 1 a aproximadamente 8, de aproximadamente 1 a aproximadamente 5, de aproximadamente 1 a aproximadamente 4, de aproximadamente 1 a aproximadamente 3, y donde p es igual a 2. En algunos modos de realización, la materia objeto descrita en el presente documento se refiere a cualquiera de los PAC, en los que p es aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 u 8.
En general, durante una reacción de conjugación se conjuga con un anticuerpo un número de restos PROTAC menor que el valor máximo teórico. Un anticuerpo puede contener, por ejemplo, muchos residuos de lisina que no reaccionan con el grupo conector L1-PROTAC (L1-D) o el reactivo conector. Solo los grupos de lisina más reactivos pueden reaccionar con un reactivo conector que reacciona con amina. Además, solo los grupos tiol de cisteína más reactivos pueden reaccionar con un reactivo conector que reacciona con tiol o un grupo conector L1-PROTAC. En general, los anticuerpos no contienen muchos, si los hay, grupos tiol de cisteína libres y reactivos que se puedan unir a un resto PROTAC. La mayoría de los residuos tiol de cisteína en los anticuerpos de los compuestos existen como puentes disulfuro y se deben reducir con un agente reductor tal como ditiotreitol (DTT) o TCEP en condiciones reductoras parciales o totales. Sin embargo, la carga de PROTAC (proporción PROTAC/anticuerpo, "PAR") de un PAR se puede controlar de varias maneras diferentes, que incluyen: (i) limitar el exceso molar del grupo conector L1 -PROTAC o del reactivo conector en relación con el anticuerpo, (ii) limitar el tiempo o la temperatura de reacción de conjugación, y (iii) usar condiciones reductoras parciales o limitantes para la modificación de tiol de cisteína.
III. Compuestos de L1-PROTAC
Las PROTAC descritas en el presente documento se pueden unir covalentemente a un conector L1 para preparar grupos L1-PROTAC. Estos compuestos tienen la siguiente fórmula general:
(L1—D),
en la que D es una PROTAC que tiene la estructura E3LB—L2— PB; en la que E3LB es un grupo de unión a ligasa E3 unido covalentemente a L2; L2 es un conector unido covalentemente a E3LB y a PB; PB es un grupo de unión a proteínas unido covalentemente a L2; y L1 es un conector, unido covalentemente a D. Los grupos útiles para cada uno de estos componentes son como se describe anteriormente.
En modos de realización particulares, L1 es como se describe en otro lugar en el presente documento, incluyendo un conector peptidomimético. En estos modos de realización, el L1-PROTAC tiene la siguiente fórmula:
Figure imgf000085_0001
en la que
Str es una unidad de extensión;
Sp es un enlace o una unidad espaciadora unida covalentemente a D, es decir, un resto PROTAC;
R1 es alquilo C1-C10, (alquil C1-C10)NHC(NH)NH2 o (alquil C1-C10)NHC(O)NH2 ;
R4 y R5 son cada uno independientemente alquilo C1-C10, arilalquilo, heteroarilalquilo, (alquil C1-C10P C H 2-, o R4 y R5 pueden formar un anillo de cicloalquilo C3-C7 ;
D es un resto PROTAC.
Un compuesto de L1-PROTAC se puede representar mediante la siguiente fórmula:
Figure imgf000086_0001
en la que R6 es alquileno C1-C10; R4 y R5 juntos forman un anillo de cicloalquilo C3-C7 y D es un resto PROTAC. Un compuesto de L1-PROTAC se puede representar mediante la siguiente fórmula:
Figure imgf000086_0002
en la que R1, R4 y R5 son como se describen en otro lugar en el presente documento y D es un resto PROTAC. Un compuesto de L1-PROTAC se puede representar mediante la siguiente fórmula:
Figure imgf000086_0003
en la que
Str es una unidad de extensión;
Sp es una unidad espaciadora opcional unida covalentemente a D, es decir, un resto PROTAC;
Y es heteroarilo, arilo, -C(O)alquileno C1-C6 , alquilen C1-C6-NH2 , alquilen C1-C6-NH-CH3 , alquileno C1-C6-N-(CH3)2, alquenilo C1-C6 o alquilenilo C1-C10;
R1 es alquilo C1-C10, (alquil C1-C10)NHC(NH)NH o (alquil C1-C10)NHC(O)NH2 ;
R3 y R2 son cada uno independientemente H, alquilo C1-C10, arilalquilo o heteroarilalquilo, o R3 y R2 juntos pueden formar un cicloalquilo C3-C7; y
D es un resto PROTAC.
Un compuesto de L1-PROTAC se puede representar mediante la siguiente fórmula:
Figure imgf000086_0004
en la que R6 es alquileno C1-C10, y R1, R2 y R3 son como se describen en otro lugar en el presente documento y D es un resto PROTAC
Un compuesto de L1-PROTAC se puede representar mediante la siguiente fórmula:
Figure imgf000087_0001
En cualquiera de los compuestos de L1-PROTAC anteriores, Str puede tener la siguiente fórmula:
Figure imgf000087_0002
en la que R6 se selecciona del grupo que consiste en alquileno C1-C10, cicloalquilo C3-C8 , O-(alquileno C1-C8) y alquilen C1-C10-C(O)N(Ra)-alquileno C2-C6 , donde cada alquileno puede estar sustituido con uno a cinco sustituyentes seleccionados del grupo que consiste en halo, trifluorometilo, difluorometilo, amino, alquilamino, ciano, sulfonilo, sulfonamida, sulfóxido, hidroxi, alcoxi, éster, ácido carboxílico, alquiltio, cicloalquilo C3-C8, heterocicloalquilo C4-C7 , arilo, arilalquilo, heteroarilalquilo y heteroarilo; cada Ra es independientemente H o alquilo C1-C6 ; Sp es —Ar—Rb— , en la que Ar es arilo o heteroarilo, Rb es (alquilen C1-C10P -.
En determinados compuestos de L1 -PROTAC, R6 es alquileno C1-C10, Sp es —Ar—Rb— , en la que Ar es arilo, Rb es (alquilen C1-C6)O-; o R6 es -(CH2)q es 1-10;
En cualquiera de los compuestos de L1-PROTAC anteriores, Str puede tener la siguiente fórmula:
Figure imgf000087_0003
en la que 7 indica un resto que se puede conjugar con un anticuerpo, R7 se selecciona de alquileno C1-C10, alquilen C1-C10-O, N(Rc)-(alquilen C2-C6)-N(Rc) y N(Rc)-(alquileno C2-C6); donde cada Rc es independientemente H o alquilo C1-C6 ;
Sp es —Ar—Rb—, en la que Ar es arilo o heteroarilo, Rb es (alquilen C1-C10)-O; o en la que R6 es alquileno C1-C10, Sp es —Ar—Rb—, en la que Ar es arilo y Rb es (alquilen C1-C6)O-.
Un L1-PROTAC puede tener las siguientes fórmulas, en las que, en cada caso, D es un resto PROTAC:
Figure imgf000088_0001
Con referencia ahora al grupo PB de la PROTAC, en modos de realización particulares, PB es como se describe en otro lugar en el presente documento, o se selecciona del grupo que consiste en inhibidores de la proteína de choque térmico 90 (HSP90), inhibidores de cinasa y fosfatasa, inhibidores de MDM2, inhibidores de HDAC, inhibidores de la metiltransferasa de lisina humana, inhibidores de la angiogénesis, compuestos inmunodepresores, así como compuestos que se dirigen a: proteínas que contienen el bromodominio BET humano, receptor de hidrocarburos de arilo (AHR), receptor de cinasa REF, FKBp , receptor de andrógenos (AR), receptor de estrógenos (ER), receptor de la hormona tiroidea, proteasa del VIH, integrasa del VIH, proteasa del VHC, tioesterasa 1 y 2 de acilproteína (APT1 y APT2).
En modos de realización particulares, E3LB es como se describe en otro lugar en el presente documento, incluyendo un grupo que se une a XIAP, VHL, cereblon y MDM2.
La materia objeto descrita en el presente documento también se refiere a procedimientos para preparar un PAC a partir de un compuesto de L1-PROTAC, comprendiendo el procedimiento poner en contacto un anticuerpo, o variantes, mutaciones, variantes de empalme, indeles y fusiones del mismo, con un L1-PROTAC en condiciones en las que el anticuerpo se una covalentemente a cualquier punto de unión disponible en un L1-PROTAC, en el que se prepara un PAC. La materia objeto descrita en el presente documento también se refiere a procedimientos para preparar un PAC a partir de una parte Ab-L1, es decir, un anticuerpo, o variantes, mutaciones, variantes de empalme, indeles y fusiones del mismo, unido covalentemente a un L1, comprendiendo los procedimientos poner en contacto una PROTAC con un Ab-L1 en condiciones en las que la PROTAC se una covalentemente a cualquier punto de unión disponible en el Ab-L1, en el que se prepara un PAC. Los procedimientos pueden comprender además el aislamiento y la purificación rutinarios de los PAC.
Con referencia ahora a un PAC y un compuesto de L1-PROTAC, como se describe en el presente documento, estos pueden existir en forma sólida o líquida. En estado sólido, pueden existir en forma cristalina o no cristalina, o como una mezcla de los mismos. El experto en la técnica apreciará que se puedan formar solvatos farmacéuticamente aceptables para compuestos cristalinos o no cristalinos. En los solvatos cristalinos, las moléculas de disolvente se incorporan a la red cristalina durante la cristalización. Los solvatos pueden implicar disolventes no acuosos tales como, pero sin limitarse a, etanol, isopropanol, DMSO, ácido acético, etanolamina o acetato de etilo, o pueden implicar agua como disolvente que se incorpora a la red cristalina. Los solvatos en los que el agua es el disolvente incorporado a la red cristalina se denominan típicamente "hidratos". Los hidratos incluyen hidratos estequiométricos, así como composiciones que contienen cantidades variables de agua. La materia objeto descrita en el presente documento incluye todos dichos solvatos.
El experto en la técnica apreciará además que determinados compuestos y PAC descritos en el presente documento que existen en forma cristalina, incluyendo los diversos solvatos de los mismos, pueden presentar polimorfismo (es decir, la capacidad de presentarse en diferentes estructuras cristalinas). Estas diferentes formas cristalinas se conocen típicamente como "polimorfos". La materia objeto divulgada en el presente documento incluye todos dichos polimorfos. Los polimorfos tienen la misma composición química, pero difieren en la compactación, disposición geométrica y otras propiedades descriptivas del estado sólido cristalino. Los polimorfos, por lo tanto, pueden tener diferentes propiedades físicas tales como conformación, densidad, dureza, deformabilidad, estabilidad y propiedades de disolución. Los polimorfos presentan típicamente diferentes puntos de fusión, espectros IR y patrones de difracción de rayos X en polvo, que se pueden usar para su identificación. El experto en la técnica apreciará que se pueden producir diferentes polimorfos, por ejemplo, cambiando o ajustando las condiciones de reacción o los reactivos usados para preparar el compuesto. Por ejemplo, los cambios en la temperatura, presión o disolvente pueden dar como resultado polimorfos. Además, un polimorfo se puede convertir espontáneamente en otro polimorfo en determinadas condiciones.
Los compuestos y PAC descritos en el presente documento o una sal de los mismos pueden existir en formas estereoisómeras (por ejemplo, contienen uno o más átomos de carbono asimétricos). Los estereoisómeros individuales (enantiómeros y diastereoisómeros) y las mezclas de estos se incluyen dentro del alcance de la materia objeto divulgada en el presente documento. Asimismo, se entiende que un compuesto o sal de fórmula (I) puede existir en formas tautómeras distintas de las mostradas en la fórmula y estas también se incluyen dentro del alcance de la materia objeto divulgada en el presente documento. Se debe entender que la materia objeto divulgada en el presente documento incluye todas las combinaciones y subconjuntos de los grupos particulares descritos en el presente documento. El alcance de la materia objeto divulgada en el presente documento incluye mezclas de estereoisómeros, así como enantiómeros purificados o mezclas enriquecidas enantioméricamente/diastereoisoméricamente. Se debe entender que la materia objeto divulgada en el presente documento incluye todas las combinaciones y subconjuntos de los grupos particulares definidos anteriormente en el presente documento.
La materia objeto divulgada en el presente documento también incluye formas marcadas isotópicamente de los compuestos descritos en el presente documento, salvo por el hecho de que uno o más átomos se reemplazan por un átomo que tiene una masa atómica o número de masa diferente de la masa atómica o número de masa que se encuentra normalmente en la naturaleza. Los ejemplos de isótopos que se pueden incorporar a los compuestos descritos en el presente documento y las sales farmacéuticamente aceptables de los mismos incluyen isótopos de hidrógeno, carbono, nitrógeno, oxígeno, fósforo, azufre, flúor, yodo y cloro, tales como 2H, 3H, 11C, 13C, 14C, 15N, 17O, 18o 31P 32p 35s 18F 36c | 123I y 125I
Los compuestos y PAC como se divulgan en el presente documento y las sales farmacéuticamente aceptables de los mismos que contienen los isótopos mencionados anteriormente y/u otros isótopos de otros átomos están dentro del alcance de la materia objeto divulgada en el presente documento. Los compuestos marcados isotópicamente se divulgan en el presente documento, por ejemplo, aquellos en los que se incorporan isótopos radioactivos tales como 3H, 14C, son útiles en ensayos de distribución de fármacos y/o sustratos en tejidos. Los isótopos tritiados, es decir, 3H, y de carbono 14, es decir, 14C, se usan comúnmente por su facilidad de preparación y detectabilidad. Los isótopos 11C y 18F son útiles en PET (tomografía por emisión de positrones), y los isótopos 125I son útiles en SPECT (tomografía computarizada por emisión de fotón único), todos útiles en la formación de imágenes cerebrales. Además, la sustitución por isótopos más pesados tales como deuterio, es decir, 2H, puede proporcionar determinadas ventajas terapéuticas resultantes de una mayor estabilidad metabólica, por ejemplo, un incremento en la semivida in vivo o una reducción de los requisitos de dosificación y, por tanto, puede ser preferente en algunas circunstancias. Los compuestos de fórmula I marcados isotópicamente se pueden preparar en general llevando a cabo los procedimientos divulgados en los esquemas y/o en los ejemplos a continuación, sustituyendo un reactivo no marcado isotópicamente por un reactivo marcado isotópicamente fácilmente disponible.
IV. Rutas de síntesis
Los PAC y los compuestos descritos en el presente documento se pueden sintetizar mediante rutas sintéticas que incluyen procedimientos análogos a los procedimientos bien conocidos en las técnicas químicas, en particular en vista de la descripción contenida en el presente documento, y a los procedimientos para otros heterociclos descritos en: Comprehensive Heterocyclic Chemistry II, Editores Katritzky y Rees, Elsevier, 1997, por ejemplo, Volumen 3; Liebigs Annalen der Chemie, (9): 1910-16, (1985); Helvetica Chimica Acta, 41:1052-60, (1958); Arzneimittel-Forschung, 40(12): 1328-31, (1990). Los materiales de partida están disponibles, en general, de fuentes comerciales, tales como Aldrich Chemicals (Milwaukee, WI) o se preparan fácilmente usando procedimientos bien conocidos por los expertos en la técnica (por ejemplo, preparados por procedimientos descritos en general en Louis F. Fieser y Mary Fieser, Reagents for Organic Synthesis, v. 1-23, Wiley, N.Y. (1967-2006 ed.), o Beilsteins Handbuch der organischen Chemie, 4.a ed., ed. Springer-Verlag, Berlín, incluyendo los suplementos (también disponibles por medio de la base de datos en línea de Beilstein).
Las transformaciones de química sintética y las metodologías de grupos protectores (protección y desprotección) útiles para sintetizar los PAC y los grupos como se describen en el presente documento y los reactivos e intermedios necesarios son conocidos en la técnica e incluyen, por ejemplo, los descritos en R. Larock, Comprehensive Organic Transformations, VCH Publishers (1989); T. W. Greene y P. G .M. Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 3.a ed., John Wiley & Sons (1999); y L. Paquette, ed., Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis, John Wiley & Sons (1995) y ediciones posteriores de los mismos. Durante la preparación de los PAC y compuestos, puede ser necesaria la protección de una funcionalidad remota (por ejemplo, amina primaria o secundaria) de los intermedios. La necesidad de dicha protección variará dependiendo de la naturaleza de la funcionalidad remota y de las condiciones de los procedimientos de preparación. Los grupos protectores de amino adecuados incluyen acetilo, trifluoroacetilo, tbutoxicarbonilo (BOC), benciloxicarbonilo (CBz o CBZ) y 9-fluorenilmetilenoxicarbonilo (Fmoc). La necesidad de dicha protección se determina fácilmente por un experto en la técnica. Para una descripción general de los grupos protectores y su uso, véase T. W. Greene, Protective Groups in Organic Synthesis, John Wiley & Sons, New York, 1991.
Los procedimientos generales y ejemplos proporcionan procedimientos ejemplares para preparar PAC y compuestos descritos en el presente documento. Los expertos en la técnica apreciarán que se pueden usar otras rutas sintéticas para sintetizar los PAC y los compuestos. Aunque los materiales de partida y reactivos específicos se representan y analizan en los esquemas, procedimientos generales y ejemplos, otros materiales de partida y reactivos pueden sustituirlos fácilmente para proporcionar una variedad de derivados y/o condiciones de reacción. Además, se pueden modificar adicionalmente muchos de los compuestos ejemplares preparados por los procedimientos descritos en vista de la presente divulgación usando una química convencional bien conocida por los expertos en la técnica.
En general, se puede preparar un PAC conectando una PROTAC con un reactivo conector L1 de acuerdo con los procedimientos del documento WO 2013/055987; documento WO 2015/023355; documento WO 2010/009124; documento WO 2015/095227, y conjugándolo con cualquiera de los anticuerpos o variantes, mutaciones, variantes de empalme, indeles y fusiones de los mismos, incluyendo anticuerpos genomanipulados con cisteína, descritos en el presente documento. De forma alternativa, se puede preparar un PAC conectando primero un anticuerpo o variante, mutación, variante de empalme, indel y fusión del mismo, incluyendo un anticuerpo genomanipulado con cisteína, descrito en el presente documento con un reactivo conector L1, y conjugándolo con cualquier PROTAC.
Las siguientes rutas sintéticas describen procedimientos ejemplares para preparar PAC y componentes de los mismos. Otras rutas sintéticas para preparar PAC y componentes de los mismos se divulgan en otro lugar en el presente documento.
1. Conector L1
Con respecto al conector L1, los esquemas 1-4 representan rutas de síntesis para conectores L1 ejemplares para la unión por enlace disulfuro al anticuerpo Ab. El Ab se conecta a L1 a través de un enlace disulfuro y la PROTAC se conecta a L1 a través de cualquier unión disponible en la PROTAC.
Figure imgf000090_0001
Esquema 1
En referencia al esquema 1, se hicieron reaccionar 1,2-di(piridin-2-il)disulfano y 2-mercaptoetanol en piridina y metanol a temperatura ambiente para dar 2-(piridin-2-ildisulfanil)etanol. La acilación con carbonato de 4-nitrofenilo en trietilamina y acetonitrilo dio 2-(piridin-2-ildisulfanil)etil carbonato de 4-nitrofenilo 9.
Figure imgf000091_0001
Esquema 2
En referencia al esquema 2, a una mezcla de 1,2-bis(5-nitropiridin-2-il)disulfano 10 (1,0 g, 3,22 mmol) en DMF/MeOH anhidro (25 ml/25 ml) se le añadió HOAc (0,1 ml), seguido de clorhidrato de 2-aminoetanotiol 11 (183 mg, 1,61 mmol). Después de agitar la mezcla de reacción a t.a. durante la noche, se concentró a vacío para eliminar el disolvente y el residuo se lavó con DCM (30 ml x 4) para dar clorhidrato de 2-((5-nitropiridin-2-il)disulfanil)etanamina 12 como un sólido amarillo pálido (300 mg, 69,6 %). 1H-RMN (400 MHz, DMSO-cfe) 59,28 (d, J = 2,4 Hz, 1H), 8,56 (dd, J = 8,8, 2,4 Hz, 1H), 8,24 (s, 4H), 8,03 (d, J = 8,8 Hz, 1H), 3,15-3,13 (m, 2H), 3,08-3,06 (m, 2H).
Figure imgf000091_0002
14
Esquema 3
En referencia al esquema 3, una solución de 1,2-bis(5-nitropiridin-2-il)disulfano 10 (9,6 g, 30,97 mmol) y 2-mercaptoetanol (1,21 g, 15,49 mmol) en DCM/CH3OH anhidro (250 ml/250 ml) se agitó a t.a. bajo atmósfera de N2 durante 24 h. Después, la mezcla se concentró a vacío y el residuo se diluyó con DCM (300 ml). Se añadió MnO2 (10 g) y se agitó la mezcla a t.a. durante otras 0,5 h. Se purificó la mezcla mediante cromatografía en columna sobre gel de sílice (DCM/MeOH = 100/1 a 100/1) para dar 2-((5-nitropiridin-2-il)disulfanil)etanol 13 (2,2 g, 61,1 %) como un aceite marrón. 1H-RMN (400 MHz, CDCI3) 5 9,33 (d, J = 2,8 Hz, 1H), 8,38-8,35 (dd, J = 9,2, 2,8 Hz, 1H), 7,67 (d, J = 9,2 Hz, 1 H), 4,10 (t, J = 7,2 Hz, 1H), 3,81-3,76 (c, 2H), 3,01 (t, J = 5,2 Hz, 2H).
A una solución de 13 (500 mg, 2,15 mmol) en DMF anhidra (10 ml) se le añadió DIEA (834 mg, 6,45 mmol), seguido de carbonato de PNP (carbonato de bis(4-nitrofenilo), 1,31 g, 4,31 mmol). La solución de reacción se agitó a t.a. durante 4 h y la mezcla se purificó mediante HPLC preparativa (FA) para dar 2-((5-nitropiridin-2-il)disulfanil)etil carbonato de 4-nitrofenilo 14 (270 mg, 33,1 %) como un aceite marrón claro. 1H-Rm N (400 Mh z , CDCI3) 59,30 (d, J = 2,4 Hz, 1H), 8,43-8,40 (dd, J = 8,8, 2,4 Hz, 1H), 8,30-8,28 (m, 2H), 7,87 (d, J = 8,8 Hz, 1H), 7,39-7,37 (m, 2H), 4,56 (t, J = 6,4 Hz, 2H), 3,21 (t, J = 6,4 Hz, 2H).
Figure imgf000092_0001
En referencia al esquema 4, se añadió gota a gota cloruro de sulfurilo (2,35 ml de una solución 1,0 M en DCM, 2,35 mmol) a una suspensión agitada de 5-nitropiridin-2-tiol (334 mg, 2,14 mmol) en DCM seco (7,5 ml) a 0 °C (hielo/acetona) bajo atmósfera de argón. La mezcla de reacción pasó de ser una suspensión amarilla a una solución amarilla y se dejó entibiar hasta temperatura ambiente; a continuación, se agitó durante 2 horas, después de lo cual se eliminó el disolvente por evaporación a vacío para proporcionar un sólido amarillo. El sólido se volvió a disolver en DCM (15 ml) y se trató gota a gota con una solución de (R)-2-mercaptopropan-1-ol (213 mg, 2,31 mmol) en DCM seco (7,5 ml) a 0 °C bajo atmósfera de argón. Se dejó entibiar la mezcla de reacción hasta temperatura ambiente y se agitó durante 20 horas, momento en el que el análisis por CL/EM reveló una formación sustancial de producto a un tiempo de retención de 1,41 minutos (ES+) m/z 247 ([M+H]+, ~100 % intensidad relativa). El precipitado se separó por filtración y el filtrado se evaporó a vacío para dar un sólido naranja que se trató con H2O (20 ml) y se basificó con solución de hidróxido de amonio. Se extrajo la mezcla con DCM (3 x 25 ml) y los extractos combinados se lavaron con H2O (20 ml), salmuera (20 ml), se secaron (MgSO4), se filtraron y se evaporaron a vacío para dar el producto bruto. La purificación por cromatografía ultrarrápida (elución en gradiente en incrementos del 1 %: DCM al 100 % a DCM/MeOH 98:2 v/v) dio (R)-2-((5-nitropiridin-2-il)disulfanil)propan-1-ol 15 como un aceite (111 mg, rendimiento del 21 %).
A una solución de trifosgeno (Cl3COCOOCCÍ3, Sigma Aldrich, n.° reg. CAS 32315-10-9) (241 mg, 0,812 mmol) en DCM (10 ml) se le añadió una solución de (R)-2-((5-nitropiridin-2-il)disulfanil)propan-1-ol 15 (500 mg, 2,03 mmol) y piridina (153 mg, 1,93 mmol) en DCM (10 ml) gota a gota a 20 °C. Después de agitar la mezcla de reacción a 20 °C durante 30 min, se concentró y el clorocarbonato de (R)-2-((5-nitropiridin-2-il)disulfanil)propilo 16 se puede usar directamente sin purificación adicional para unir covalentemente a través del grupo clorocarbonato cualquier grupo disponible en la PROTAC.
2. Anticuerpos genomanipulados con cisteína
Con respecto a los anticuerpos genomanipulados con cisteína para la conjugación por reducción y reoxidación, se pueden preparar en general como sigue. Los aminoácidos de cadena ligera se numeran de acuerdo con Kabat (Kabat et al., Sequences ofproteins ofimmunologicalinterest, (1991) 5.a ed., US Dept of Health and Human Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD). Los aminoácidos de cadena pesada se numeran de acuerdo con el sistema de numeración EU (Edelman et al. (1969) Proc. Natl. Acad. Sci. 63(1):78-85), excepto donde se indica que se emplea el sistema Kabat. Se usan abreviaturas de aminoácidos de una sola letra.
Los anticuerpos monoclonales genomanipulados con cisteína de longitud completa (anticuerpos THIOMAB™) expresados en células CHO portan aductos de cisteína (cistinas) o se glutationilizan en las cisteínas genomanipuladas debido a las condiciones del cultivo celular. Tal como están, los anticuerpos THIOMAB™ purificados de células CHO no se pueden conjugar con intermedios conector L1-PROTAC que reaccionan con Cys. Los anticuerpos genomanipulados con cisteína se pueden hacer reactivos para la conjugación con los intermedios conector-PROTAC descritos en el presente documento mediante tratamiento con un agente reductor tal como DTT (reactivo de Cleland, ditiotreitol) o t Ce P (clorhidrato de tris(2-carboxietil)fosfina; Getz et al. (1999) Anal. Biochem. Vol 273:73-80; Soltec Ventures, Beverly, MA) seguido de la reformación de los enlaces disulfuro intercatenarios (reoxidación) con un oxidante suave tal como ácido deshidroascórbico. Los anticuerpos monoclonales genomanipulados con cisteína de longitud completa (anticuerpos THIOMAB™) expresados en células CHO (Gomez et al. (2010) Biotechnology and Bioeng. 105(4):748-760; Gomez et al. (2010) Biotechnol. Prog. 26:1438-1445) se redujeron, por ejemplo, con un exceso de aproximadamente 50 veces de DTT durante la noche en Tris 50 mM, pH 8,0 con EDTA 2 mM a temperatura ambiente, que elimina los aductos de glutatión y Cys así como reduce los enlaces disulfuro intercatenarios en el anticuerpo. La eliminación de los aductos se monitorizó mediante CL-EM en fase inversa usando una columna PLRP-S. El anticuerpo THIOMAB™ reducido se diluyó y acidificó mediante adición de al menos cuatro volúmenes de tampón succinato sódico 10 mM, pH 5.
De forma alternativa, el anticuerpo se diluyó y acidificó mediante adición de al menos cuatro volúmenes de succinato 10 mM, pH 5 y valoración con ácido acético al 10 % hasta que el pH fue de aproximadamente cinco. El anticuerpo THIOMAB™ diluido y con pH reducido se cargó posteriormente en una columna de intercambio catiónico HiTrap S, se lavó con varios volúmenes de columna de acetato de sodio 10 mM, pH 5 y se eluyó con Tris 50 mM, pH 8,0, cloruro de sodio 150 mM. Se restablecieron los enlaces disulfuro entre los residuos de cisteína presentes en el Mab original mediante reoxidación. El anticuerpo THIOMAB™ reducido eluido descrito anteriormente se trata con ácido deshidroascórbico (DHAA) 15X durante aproximadamente 3 horas o, de forma alternativa, con sulfato de cobre acuoso 200 nM a 2 mM (CuSO4 ) a temperatura ambiente durante la noche. Se pueden usar otros oxidantes, es decir, agentes oxidantes y condiciones oxidantes, que son conocidos en la técnica. La oxidación por aire ambiente también puede ser eficaz. Esta etapa de reoxidación parcial suave forma disulfuros intracatenarios eficazmente con alta fidelidad. La reoxidación se monitorizó mediante CL-EM en fase inversa usando una columna PLRP-S. El anticuerpo THIOMAB™ reoxidado se diluyó con tampón succinato como se describe anteriormente hasta alcanzar un pH de aproximadamente 5 y se llevó a cabo la purificación en una columna S como se describe anteriormente, con la excepción de que la elución se realizó con un gradiente de succinato 10 mM, pH 5, cloruro de sodio 300 mM (tampón B) en succinato 10 mM, pH 5 (tampón A). Al anticuerpo THIOMAB™ eluido, se le añadió EDTA hasta una concentración final de 2 mM y se concentró, si era necesario, para alcanzar una concentración final de más de 5 mg/ml. El anticuerpo THIOMAB™ resultante, listo para la conjugación, se almacenó a -20 °C o -80 °C en alícuotas. La cromatografía de líquidos/análisis espectrométrico de masas se realizó en un instrumento de CL/EM Agilent TOF o QTOF serie 6200. Las muestras se cromatografiaron en una columna de microcalibre PRLP-S®, 1000 A (50 mm x 2,1 mm, Polymer Laboratories, Shropshire, Reino Unido) calentada a 80 °C. Se usó un gradiente lineal de 30-40 % B (disolvente A: TFA al 0,05 % en agua, disolvente B: TFA al 0,04 % en acetonitrilo) y el eluyente se ionizó directamente usando la fuente de electropulverización. Los datos se recopilaron y deconvolucionados por el programa informático MassHunter (Agilent). Antes del análisis por CL/EM, se trataron los anticuerpos o conjugados (50 microgramos) con PNGasa F (2 unidades/ml; PROzyme, San Leandro, CA) durante 2 horas a 37 °C para eliminar los carbohidratos unidos a N.
De forma alternativa, los anticuerpos o conjugados se digirieron parcialmente con LysC (0,25 pg por cada 50 pg (microgramos) de anticuerpo o conjugado) durante 15 minutos a 37 °C para dar un fragmento Fc y Fab para su análisis por CL/EM. Se asignaron y cuantificaron los picos en los espectros de CL/EM deconvolucionados. Las proporciones PROTAC/anticuerpo (PAR) se calcularon calculando la proporción de intensidades del pico o picos correspondientes al anticuerpo conjugado con PROTAC en relación con todos los picos observados.
3. Conjugación del grupo conector L1-PROTAC con anticuerpos
En un procedimiento de conjugación de compuestos de conector L1-PROTAC con anticuerpos, después de los procedimientos de reducción y reoxidación anteriores, se ajusta el pH del anticuerpo genomanipulado con cisteína (anticuerpo THIOMAB™) en succinato 10 mM, pH 5, NaCl 150 mM, EDTA 2 mM, a pH 7,5-8,5 con Tris 1 M. Se disuelve un exceso de aproximadamente 3 molar a 20 equivalentes de un intermedio conector-PROTAC con un grupo que reacciona con tiol (por ejemplo, maleimida o disulfuro de 4-nitropiridilo) en DMF, DMA o propilenglicol y se añade al anticuerpo reducido, reoxidado y con pH ajustado. La reacción se incuba a temperatura ambiente o a 37 °C y se monitoriza hasta que se completa (1 a aproximadamente 24 horas), según se determina mediante análisis por CL-EM de la mezcla de reacción. Cuando se completa la reacción, el conjugado se purifica mediante uno o cualquier combinación de varios procedimientos, siendo el objetivo eliminar el intermedio conector-PROTAC restante que no ha reaccionado y la proteína agregada (si está presente a niveles significativos). Por ejemplo, el conjugado se puede diluir con acetato de histidina 10 mM, pH 5,5 hasta que el pH final sea aproximadamente 5,5 y purificar mediante cromatografía de intercambio catiónico S utilizando columnas HiTrap S conectadas a un sistema de purificación Akta (GE Healthcare) o columnas de centrifugación S maxi (Pierce). De forma alternativa, el conjugado se puede purificar mediante cromatografía de filtración en gel usando una columna S200 conectada a un sistema de purificación Akta o columnas de centrifugación Zeba. De forma alternativa, se puede usar diálisis. Los conjugados anticuerpo THIOMAB™-PROTAC se formularon en His/acetato 20 mM, pH 5, con sacarosa 240 mM usando filtración en gel o diálisis. El conjugado purificado se concentra por ultrafiltración centrífuga y se filtró a través de un filtro de 0,2 pm en condiciones estériles y se congeló para su almacenamiento. Los PAC se caracterizaron mediante un ensayo de BCA para determinar la concentración de proteínas, SEC (cromatografía de exclusión por tamaño) analítica para el análisis de agregación y CL/EM después del tratamiento con endopeptidasa de lisina C (LysC) para calcular la PAR.
La cromatografía de exclusión por tamaño se realiza en los conjugados usando una columna Shodex KW802.5 en fosfato de potasio 0,2 M pH 6,2 con cloruro de potasio 0,25 mM e IPA al 15 % a un caudal de 0,75 ml/min. El estado de agregación del conjugado se determinó mediante integración de la absorbancia del área del pico eluido a 280 nm.
El análisis por CL/EM se puede realizar en los PAC usando un instrumento Agilent ESI QTOF6520. Como ejemplo, el PAR se trata con endoproteinasa LysC (Promega) en Tris 1:500 p/p, pH 7,5 durante 30 min a 37 °C. Los fragmentos de escisión resultantes se cargan en una columna de PLRP-S (poliestireno altamente reticulado) de 1000 A (Angstrom), 8 pm (micrómetros) calentada a 80 °C y se eluye con un gradiente de 30 % B a 40 % B en 5 minutos. La fase móvil A era H2O con TFA al 0,05 % y la fase móvil B era acetonitrilo con TFA al 0,04 %. El caudal fue de 0,5 ml/min. La elución de proteínas se monitorizó mediante detección de absorbancia UV a 280 nm antes de la ionización por electropulverización y el análisis por EM. Normalmente se consiguió la resolución cromatográfica del fragmento Fc no conjugado, Fab no conjugado residual y Fab quimiomodulado. Los espectros de m/z obtenidos se deconvolucionaron utilizando el programa informático Mass Hunter™ (Agilent Technologies) para calcular la masa de los fragmentos de anticuerpos.
V. Formulaciones
Las formulaciones farmacéuticas de conjugados de PROTAC-anticuerpo (PAC) terapéuticos como se describen en el presente documento se pueden preparar para administración parenteral, por ejemplo, inyección intravenosa rápida, inyección intravenosa, inyección intratumoral con un vehículo parenteral farmacéuticamente aceptable y en una forma de dosificación unitaria inyectable. Un PAC que tiene el grado de pureza deseado se mezcla opcionalmente con uno o más excipientes farmacéuticamente aceptables (Remington's Pharmaceutical Sciences (1980) 16.a edición, Osol, A. Ed.), en forma de una formulación liofilizada para su reconstitución o de una solución acuosa.
Los PAC se pueden formular de acuerdo con la práctica farmacéutica estándar como una composición farmacéutica. De acuerdo con este aspecto, se proporciona una composición farmacéutica que comprende un PAC en asociación con uno o más excipientes farmacéuticamente aceptables.
Una formulación típica se prepara mezclando PAC con excipientes, tales como vehículos y/o diluyentes. Los vehículos, diluyentes y otros excipientes adecuados son bien conocidos por los expertos en la técnica e incluyen materiales tales como carbohidratos, ceras, polímeros solubles en agua y/o hinchables, materiales hidrófilos o hidrófobos, gelatina, aceites, disolventes, agua y similares. El vehículo, diluyente u otro excipiente particular utilizado dependerá de los medios y del propósito para el que se aplica el PAC. Los disolventes se seleccionan, en general, en base a disolventes reconocidos por los expertos en la técnica como seguros (GRAS) para su administración a un mamífero.
En general, los disolventes seguros son disolventes acuosos no tóxicos, tales como agua y otros disolventes no tóxicos que sean solubles o miscibles en agua. Los disolventes acuosos adecuados incluyen agua, etanol, propilenglicol, polietilenglicoles (por ejemplo, PEG 400, PEG 300), etc., y mezclas de los mismos. Los diluyentes, vehículos, excipientes y estabilizantes aceptables no son tóxicos para los receptores a las dosificaciones y concentraciones empleadas, e incluyen tampones tales como fosfato, citrato y otros ácidos orgánicos; antioxidantes incluyendo ácido ascórbico y metionina; conservantes (tales como cloruro de octadecildimetilbencilamonio; cloruro de hexametonio; cloruro de benzalconio; cloruro de bencetonio; fenol, alcohol butílico o bencílico; alquilparabenos tales como metil o propilparabeno; catecol; resorcinol; ciclohexanol; 3-pentanol; y m-cresol); polipéptidos de bajo peso molecular (menos de aproximadamente 10 residuos); proteínas tales como seroalbúmina, gelatina o inmunoglobulinas; polímeros hidrófilos tales como polivinilpirrolidona; aminoácidos tales como glicina, glutamina, asparagina, histidina, arginina o lisina; monosacáridos, disacáridos y otros carbohidratos incluyendo glucosa, manosa o dextrinas; agentes quelantes tales como EDTA; glúcidos tales como sacarosa, manitol, trehalosa o sorbitol; contraiones formadores de sales tales como sodio; complejos metálicos (por ejemplo, complejos Zn-proteína); y/o tensioactivos no iónicos tales como TWEEN™, PLURONICS™ o polietilenglicol (PEG).
Las formulaciones también pueden incluir uno o más tampones, agentes estabilizantes, tensioactivos, agentes humectantes, agentes lubricantes, emulsionantes, agentes de suspensión, conservantes, antioxidantes, agentes opacificantes, deslizantes, coadyuvantes de procesamiento, colorantes, edulcorantes, agentes perfumantes, agentes saborizantes y otros aditivos conocidos para proporcionar una presentación elegante del PAC o ayudar en la fabricación del producto farmacéutico. Las formulaciones se pueden preparar usando procedimientos de disolución y mezclado convencionales.
La formulación se puede realizar mezclando a temperatura ambiente, al pH apropiado y en el grado de pureza deseado, con vehículos fisiológicamente aceptables, es decir, vehículos que no sean tóxicos para los receptores a las dosificaciones y concentraciones empleadas. El pH de la formulación depende principalmente del uso particular y de la concentración del compuesto, pero puede variar de aproximadamente 3 a aproximadamente 8. La formulación en un tampón acetato a pH 5 es un modo de realización adecuado.
Las formulaciones de PAC pueden ser estériles. En particular, las formulaciones que se van a usar para su administración in vivo deben ser estériles. Dicha esterilización se consigue fácilmente por filtración a través de membranas de filtración estériles.
Los PAC se pueden almacenar habitualmente como una composición sólida, una formulación liofilizada o como una solución acuosa.
Las composiciones farmacéuticas que comprenden un PAC se pueden formular, dosificar y administrar de una manera, es decir, en cantidades, concentraciones, pautas, evolución, vehículos y vía de administración, consecuente con las buenas prácticas médicas. Los factores que se deben tener en consideración en este contexto incluyen el trastorno particular que se trata, el mamífero particular que se trata, la afección clínica del paciente individual, la causa del trastorno, el sitio de administración del agente, el procedimiento de administración, la programación de la administración y otros factores conocidos por los médicos. La "cantidad terapéuticamente eficaz" del compuesto que se va a administrar estará condicionada por dichas consideraciones, y es la cantidad mínima necesaria para prevenir, mejorar o tratar el trastorno mediado por el factor de coagulación. Dicha cantidad está preferentemente por debajo de la cantidad que es tóxica para el huésped o que hace que el huésped sea significativamente más susceptible al sangrado.
El PAC se puede formular en formas de dosificación farmacéuticas para proporcionar una dosificación fácilmente controlable del fármaco y permitir que el paciente cumpla con la pauta prescrita. La composición (o formulación) farmacéutica para su aplicación se puede envasar en una variedad de modos dependiendo del procedimiento usado para administrar el fármaco. En general, un artículo para su distribución incluye un recipiente en el que se ha depositado la formulación farmacéutica en una forma apropiada. Los recipientes adecuados son bien conocidos por los expertos en la técnica e incluyen materiales tales como frascos (de plástico y vidrio), sobres, ampollas, bolsas de plástico, cilindros de metal y similares. El recipiente también puede incluir un ensamblaje a prueba de manipulación para evitar el acceso indiscreto al contenido del envase. Además, en el recipiente se ha depositado una ficha técnica que describe el contenido del recipiente. La ficha técnica también puede incluir advertencias apropiadas.
Las composiciones farmacéuticas pueden estar en forma de una preparación inyectable estéril, tal como una suspensión acuosa u oleaginosa inyectable estéril. Esta suspensión se puede formular de acuerdo con la técnica conocida usando los agentes dispersantes o humectantes y agentes de suspensión adecuados que se han mencionado anteriormente. La preparación inyectable estéril también puede ser una solución o suspensión inyectable estéril en un diluyente o disolvente parenteralmente aceptable no tóxico, tal como 1,3-butanodiol. La preparación inyectable estéril también se puede preparar como un polvo liofilizado. Entre los vehículos y disolventes aceptables que se pueden emplear están agua, solución de Ringer y solución isotónica de cloruro de sodio. Además, se pueden emplear convencionalmente aceites fijos estériles como un disolvente o medio de suspensión. Para este propósito, se puede emplear cualquier aceite fijo insípido, incluyendo mono o diglicéridos sintéticos. Además, igualmente se pueden usar ácidos grasos, tales como ácido oleico, en la preparación de inyectables.
La cantidad de PAC que se puede combinar con el material de vehículo para producir una única forma farmacéutica variará dependiendo del huésped tratado y del modo de administración particular. Por ejemplo, una formulación de liberación prolongada pretendida para su administración oral a seres humanos puede contener de aproximadamente 1 a 1000 mg de material activo formulado con una cantidad apropiada y conveniente de material de vehículo que puede variar de aproximadamente un 5 a aproximadamente un 95 % de las composiciones totales (peso:peso). La composición farmacéutica se puede preparar para proporcionar cantidades fácilmente mensurables para su administración. Por ejemplo, una solución acuosa pretendida para su infusión intravenosa puede contener de aproximadamente 3 a 500 pg del ingrediente activo por mililitro de solución para que se pueda producir la infusión de un volumen adecuado a una velocidad de aproximadamente 30 ml/h.
Las formulaciones adecuadas para su administración parenteral incluyen soluciones inyectables estériles acuosas y no acuosas que pueden contener antioxidantes, tampones, bacteriostáticos y solutos que hacen que la formulación sea isotónica con la sangre del receptor pretendido; y suspensiones estériles acuosas y no acuosas que pueden incluir agentes de suspensión y agentes espesantes.
Las formulaciones se pueden envasar en recipientes de dosis unitarias o dosis múltiples, por ejemplo, ampollas y viales sellados, y se pueden almacenar en una condición secada por congelación (liofilizada) que solo requiera la adición del vehículo líquido estéril, por ejemplo, agua, para su inyección de inmediato antes de su uso. Las soluciones y suspensiones inyectables extemporáneas se preparan a partir de polvos, gránulos y comprimidos estériles de la clase descrita previamente. Las formulaciones de dosificación unitaria preferentes son las que contienen una dosis diaria o subdosis diaria unitaria, como se enumera anteriormente en el presente documento, o una fracción apropiada de la misma, del ingrediente activo.
La materia objeto proporciona además composiciones veterinarias que comprenden al menos un ingrediente activo como se define anteriormente conjuntamente con un vehículo veterinario por lo tanto. Los vehículos veterinarios son materiales útiles para el propósito de administrar la composición y pueden ser materiales sólidos, líquidos o gaseosos que de otro modo son inertes o aceptables en la técnica veterinaria y son compatibles con el ingrediente activo. Estas composiciones veterinarias se pueden administrar por vía parenteral o por cualquier otra vía deseada.
VI. indicaciones y procedimientos de tratamiento
Se contempla que los conjugados de PROTAC-anticuerpo (PAC) divulgados en el presente documento se puedan usar para tratar diversas enfermedades o trastornos. Los trastornos hiperproliferativos ejemplares incluyen tumores sólidos benignos o malignos y trastornos hematológicos tales como leucemia y neoplasias linfáticas. Otros incluyen trastornos neuronales, gliales, astrocitales, hipotalámicos, glandulares, macrofágicos, epiteliales, estromales, blastocoélicos, inflamatorios, angiogénicos e inmunológicos, incluyendo los autoinmunitarios.
En general, la enfermedad o trastorno que se va a tratar es una enfermedad hiperproliferativa tal como cáncer. Los ejemplos de cáncer que se va a tratar en el presente documento incluyen, pero no se limitan a, carcinoma, linfoma, blastoma, sarcoma y leucemia o neoplasias linfáticas. Los ejemplos más particulares de dichos cánceres incluyen carcinoma de células escamosas (por ejemplo, carcinoma de células escamosas epiteliales), cáncer de pulmón incluyendo carcinoma de pulmón microcítico, carcinoma de pulmón no microcítico, adenocarcinoma de pulmón y carcinoma escamoso de pulmón, cáncer del peritoneo, cáncer hepatocelular, cáncer gástrico o de estómago, incluyendo cáncer gastrointestinal, cáncer pancreático, glioblastoma, cáncer de cuello uterino, cáncer de ovario, cáncer de hígado, cáncer de vejiga, hepatoma, cáncer de mama, cáncer de colón, cáncer rectal, cáncer colorrectal, carcinoma de endometrio o de útero, carcinoma de las glándulas salivales, cáncer de riñón o renal, cáncer de próstata, cáncer vulvar, cáncer de tiroides, carcinoma hepático, carcinoma anal, carcinoma de pene, así como cáncer de cabeza y cuello.
Las enfermedades autoinmunitarias para las que se puede usar el PAC en el tratamiento incluyen trastornos reumatológicos (tales como, por ejemplo, artritis reumatoide, síndrome de Sjogren, esclerodermia, lupus tal como lupus eritematoso sistémico (LES) y nefritis lúpica, polimiositis/dermatomiositis, crioglobulinemia, síndrome de anticuerpos contra fosfolípidos y artritis psoriásica), artrosis, trastornos gastrointestinales y hepáticos autoinmunitarios (tales como, por ejemplo, enfermedades inflamatorias intestinales (por ejemplo, colitis ulcerosa y enfermedad de Crohn), gastritis autoinmunitaria y anemia perniciosa, hepatitis autoinmunitaria, cirrosis biliar primaria, colangitis esclerosante y enfermedad celíaca), vasculitis (tales como, por ejemplo, vasculitis asociada a ANCA, incluyendo vasculitis de Churg-Strauss, granulomatosis de Wegener y poliarteriitis), trastornos neurológicos autoinmunitarios (tales como, por ejemplo, esclerosis múltiple, síndrome de opsoclono-mioclono, miastenia grave, neuromielitis óptica, enfermedad de Parkinson, enfermedad de Alzheimer, y polineuropatías autoinmunitarias), trastornos renales (tales como, por ejemplo, glomerulonefritis, síndrome de Goodpasture y enfermedad de Berger), trastornos dermatológicos autoinmunitarios (tales como, por ejemplo, psoriasis, urticaria, ronchas, pénfigo vulgar, pénfigo vesicular y lupus eritematoso cutáneo), trastornos hematológicos (tales como, por ejemplo, púrpura trombocitopénica, púrpura trombocitopénica trombótica, púrpura postransfusional y anemia hemolítica autoinmunitaria), ateroesclerosis, uveítis, enfermedades auditivas autoinmunitarias (tales como, por ejemplo, enfermedad del oído interno e hipoacusia), enfermedad de Behcet, síndrome de Raynaud, trasplante de órganos y trastornos endocrinos autoinmunitarios (tales como, por ejemplo, enfermedades autoinmunitarias relacionadas con la diabetes tales como diabetes mellitus insulinodependiente (DMID), enfermedad de Addison y enfermedad tiroidea autoinmunitaria (por ejemplo, enfermedad de Graves) y tiroiditis)). Dichas enfermedades más preferentes incluyen, por ejemplo, artritis reumatoide, colitis ulcerosa, vasculitis asociada a ANCA, lupus, esclerosis múltiple, síndrome de Sjogren, enfermedad de Graves, DMID, anemia perniciosa, tiroiditis y glomerulonefritis.
En determinados modos de realización, un PAC que comprende un anticuerpo anti-NaPi2b, tales como los descritos anteriormente, se usa en un procedimiento para tratar tumores sólidos, por ejemplo, de ovario.
En otro modo de realización se usa un PAC que comprende un anticuerpo anti-CD33, tales como los descritos en el presente documento, en un procedimiento para tratar neoplasias malignas hematológicas, tales como linfoma no hodgkiniano (LNH), linfoma hematopoyético grande difuso, linfoma folicular, linfoma de células del manto, leucemia linfocítica crónica, mieloma múltiple, leucemia mielógena aguda (LMA) y leucemia de células mieloides (LCM), e incluyendo cánceres relacionados con linfocitos B y trastornos proliferativos. Véase: documento US 8226945; Li et al. (2013) Mol. Cáncer. Ther. 12(7): 1255-1265; Polson et al. (2010) Leukemia 24:1566-1573; Polson et al. (2011) Expert Opin. Investig. Drugs 20(1):75-85.
En otro modo de realización se usa un PAC que comprende un anticuerpo anti-MUC16, tales como los descritos en el presente documento, en un procedimiento para tratar cánceres de ovario, mama y páncreas. El cáncer puede estar asociado con la expresión o actividad de un polipéptido MUC16/CA125/O772P. Véase: documento WO 2007/001851; documento US 7989595; documento US 8449883; documento US 7723485; Chen et al. (2007) Cancer Res.
67(10):4924-4932; Junutula et al., (2008) Nature Biotech. 26(8):925-932.
En determinados modos de realización se usa un PAC que comprende un anticuerpo anti-HER2, tales como los descritos anteriormente, en un procedimiento para tratar un cáncer, por ejemplo, cáncer de mama o gástrico, más específicamente cáncer de mama o gástrico HER2+, en el que el procedimiento comprende administrar dicho PAC a un paciente que necesite dicho tratamiento. En un modo de realización de este tipo, el PAC comprende el anticuerpo anti-HER2 trastuzumab o pertuzumab.
Un PAC se puede administrar por cualquier vía apropiada para la afección que se va a tratar. El PAC se administrará típicamente por vía parenteral, es decir, por infusión, por vía subcutánea, intramuscular, intravenosa, intradérmica, intratecal y epidural.
Un PAC se puede usar solo o en combinación con otros agentes en un tratamiento. Por ejemplo, un PAC se puede coadministrar con al menos un agente terapéutico adicional. Dichas politerapias indicadas anteriormente engloban la administración combinada (donde se incluyen dos o más agentes terapéuticos en la misma formulación o en formulaciones separadas) y la administración separada, en cuyo caso la administración del PAC se puede producir antes de, simultáneamente a y/o después de la administración del adyuvante y/o agente terapéutico adicional. También se puede usar un PAC en combinación con radioterapia.
Se puede administrar un PAC (y cualquier agente terapéutico adicional) por cualquier medio adecuado, incluyendo la administración parenteral, intrapulmonar e intranasal y, si se desea para tratamiento local, intralesional. Las infusiones parenterales incluyen administración intramuscular, intravenosa, intraarterial, intraperitoneal o subcutánea. La dosificación puede ser por cualquier vía adecuada, por ejemplo, por inyecciones, tales como inyecciones intravenosas o subcutáneas, dependiendo en parte de si la administración es breve o crónica. En el presente documento se contemplan diversas pautas de dosificación que incluyen, pero sin limitarse a, administraciones únicas o múltiples durante diversos puntos temporales, administración en inyección intravenosa rápida e infusión intermitente.
Para la prevención o el tratamiento de la enfermedad, la dosificación apropiada de un PAC (cuando se usa solo o en combinación con uno o más de otros agentes terapéuticos adicionales) dependerá del tipo de enfermedad que se va a tratar, del tipo de PAC, de la gravedad y la evolución de la enfermedad, de si el PAC se administra con propósitos preventivos o terapéuticos, del tratamiento previo, de la anamnesis del paciente y de su respuesta al PAC y del criterio del médico especialista. El PAC se administra adecuadamente al paciente de una vez o durante una serie de tratamientos. Dependiendo del tipo y de la gravedad de la enfermedad, de aproximadamente 1 pg/kg a 15 mg/kg (por ejemplo, 0,1 mg/kg-10 mg/kg) de un PAC puede ser una dosificación inicial candidata para su administración al paciente, ya sea, por ejemplo, mediante una o más administraciones separadas o mediante infusión continua. Una dosificación diaria típica podría variar de aproximadamente 1 pg/kg a 100 mg/kg o más, dependiendo de los factores mencionados anteriormente. Para administraciones repetidas durante varios días o más, dependiendo de la afección, en general, se prolongaría el tratamiento hasta que se produjera una reducción deseada de los síntomas de la enfermedad. Una dosificación ejemplar de un PAC estaría en el intervalo de aproximadamente 0,05 mg/kg a aproximadamente 10 mg/kg. Por tanto, se pueden administrar al paciente una o más dosis de aproximadamente 0,5 mg/kg, 2,0 mg/kg, 4,0 mg/kg o 10 mg/kg (o cualquier combinación de las mismas). Dichas dosis se pueden administrar intermitentemente, por ejemplo, cada semana o cada tres semanas (por ejemplo, de modo que el paciente reciba de aproximadamente dos a aproximadamente veinte o, por ejemplo, aproximadamente seis dosis). Se puede administrar una dosis de carga inicial mayor, seguida de una o más dosis menores. Sin embargo, pueden ser útiles otras pautas de dosificación. La progresión de este tratamiento se supervisa fácilmente por técnicas y ensayos convencionales.
VII. Artículos de fabricación
En otro aspecto, en el presente documento se describen artículos de fabricación, por ejemplo, se proporciona un "kit" que contiene materiales útiles para el tratamiento de las enfermedades y trastornos descritos anteriormente. El kit comprende un recipiente que comprende un PAC. El kit puede comprender además una ficha técnica o prospecto del envase en o asociado con el recipiente. El término "prospecto del envase" se usa para hacer referencia a las instrucciones incluidas habitualmente en los envases comerciales de los productos terapéuticos, que contienen información sobre las indicaciones, uso, dosificación, administración, contraindicaciones y/o advertencias en relación con el uso de dichos productos terapéuticos.
Los recipientes adecuados incluyen, por ejemplo, botellas, viales, jeringas, envases alveolados, etc. Un "vial" es un recipiente adecuado para contener una preparación líquida o liofilizada. En un modo de realización, el vial es un vial de un solo uso, por ejemplo, un vial de 20 cm3 de un solo uso con un tapón. El recipiente se puede formar a partir de una variedad de materiales, tales como vidrio o plástico. El recipiente puede contener un PAC o una formulación del mismo que sea eficaz para tratar la afección y puede tener un orificio de acceso estéril (por ejemplo, el recipiente puede ser una bolsa de solución intravenosa o un vial que tenga un tapón perforable por una aguja de inyección hipodérmica).
Al menos un agente activo en la composición es un PAC. La ficha técnica o prospecto del envase indica que la composición se usa para tratar la afección de elección, tal como cáncer. Además, la ficha técnica o prospecto del envase pueden indicar que el paciente que se va a tratar es uno que tiene un trastorno, tal como un trastorno hiperproliferativo, neurodegeneración, hipertrofia cardíaca, dolor, jaqueca o una enfermedad o acontecimiento neurotraumático. En un modo de realización, la ficha técnica o prospecto del envase indican que la composición que comprende un PAC se puede usar para tratar un trastorno resultante de un crecimiento celular anómalo. La ficha técnica o prospecto del envase también pueden indicar que la composición se puede usar para tratar otros trastornos. De forma alternativa, o adicionalmente, el artículo de fabricación puede comprender además un segundo recipiente que comprenda un tampón farmacéuticamente aceptable, tal como agua bacteriostática para inyectables (BWFI), solución salina tamponada con fosfato, solución de Ringer y solución de dextrosa. Puede incluir además otros materiales deseables desde un punto de vista comercial y del usuario, incluyendo otros tampones, diluyentes, filtros, agujas y jeringas.
El kit puede comprender además instrucciones para la administración del PAC y, si está presente, de la segunda formulación farmacéutica. Por ejemplo, si el kit comprende una primera composición que comprende un PAC y una segunda formulación farmacéutica, el kit puede comprender además instrucciones para la administración simultánea, secuencial o separada de las primera y segunda composiciones farmacéuticas a un paciente que lo necesite.
En otro modo de realización, los kits son adecuados para la administración de formas orales sólidas de un PAC, tales como comprimidos o cápsulas. Dicho kit incluye preferentemente una serie de dosificaciones unitarias. Dichos kits pueden incluir una tarjeta que tenga las dosificaciones orientadas en orden de su uso pretendido. Un ejemplo de dicho kit es un "envase alveolado". Los envases alveolados son bien conocidos en la industria del envasado y se usan ampliamente para envasar formas farmacéuticas de dosificación unitaria. Si se desea, se puede proporcionar una ayuda de recuerdo, por ejemplo, en forma de números, letras u otras marcas o con un encarte de calendario que designe los días en la pauta de tratamiento en los que se pueden administrar las dosificaciones.
De acuerdo con un modo de realización, un kit puede comprender (a) un primer recipiente con un PAC contenido en el mismo; y opcionalmente (b) un segundo recipiente con una segunda formulación farmacéutica contenida en el mismo, en el que la segunda formulación farmacéutica comprende un segundo compuesto con actividad antihiperproliferativa. De forma alternativa, o adicionalmente, el kit puede comprender además un tercer recipiente que comprenda un tampón farmacéuticamente aceptable, tal como agua bacteriostática para inyectables (BWFI), solución salina tamponada con fosfato, solución de Ringer y solución de dextrosa. Puede incluir además otros materiales deseables desde un punto de vista comercial y del usuario, incluyendo otros tampones, diluyentes, filtros, agujas y jeringas.
En otros determinados modos de realización en los que el kit comprende un PAC y un segundo agente terapéutico, el kit puede comprender un recipiente para contener las composiciones separadas, tal como un frasco dividido o una envoltura de aluminio dividida; sin embargo, las composiciones separadas también pueden estar contenidas dentro de un único recipiente no dividido. Típicamente, el kit comprende instrucciones para la administración de los componentes separados. La forma de kit es particularmente ventajosa cuando los componentes separados se administran preferentemente en diferentes formas farmacéuticas (por ejemplo, oral y parenteral), se administran a diferentes intervalos de dosificación, o cuando el médico prescriptor desea la valoración de los componentes individuales de la combinación.
Los siguientes ejemplos se ofrecen a modo de ilustración:
EJEMPLOS
Ejemplo 1
Síntesis de un PAC
A. Síntesis química de una PROTAC:
i. Unión de un conector (L2) a un grupo de unión a ligasa E3 (E3LB)
Figure imgf000098_0001
4-[[(2S,3S)-3-[(2S)-2-[[(terc-Butoxi)carbonil](metil)amino]propanamido]-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1-il]carbonil]benzoato de metilo
A una solución de N-[(1S)-1-[[(3S,4S)-7-ciano-1-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-4-metil-2-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-3-il]carbamoil]etil]-N-metilcarbamato de terc-butilo (3,00 g, 5,25 mmol) en 1,2-dicloroetano (50 ml) se le añadió trietilamina (2,6 g, 25,7 mmol) y 4-(carbonocloridoil)benzoato de metilo (3,10 g, 15,61 mmol) bajo nitrógeno. La solución resultante se agitó durante 5 h a 80 °C y se dejó enfriar a temperatura ambiente. Se añadió agua (100 ml). La solución resultante se extrajo con 3 x 100 ml de diclorometano y las fases orgánicas se combinaron y se secaron sobre sulfato de sodio anhidro y se concentraron a vacío. El residuo se purificó mediante cromatografía ultrarrápida sobre gel de sílice eluyendo con acetato de etilo/éter de petróleo (1:1). Esto dio como resultado 3,10 g (81 %) de 4-[[(2S,3S)-3-[(2S)-2-[[(terc-butoxi)carbonil](metil)amino]propanamido]-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1-il]carbonil]benzoato de metilo como un sólido marrón. EM (ESI):
[M+H]+ = 734,4.
Figure imgf000099_0001
Ácido 4-[[(2S,3S)-3-[(2S)-2-[[(terc-butoxi)carbonil](metil)amino]propanamido]-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1-il]carbonil]benzoico
Se añadió una solución acuosa de LiOH (30 ml, 1 M) a una solución de 4-[[(2S,3S)-3-[(2S)-2-[[(tercbutoxi)carbonil](metil)amino]propanamido]-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1-il]carbonil]benzoato de metilo (3,10 g, 4,22 mmol) en tetrahidrofurano (30 ml) a temperatura ambiente. La solución resultante se agitó durante 5 h a temperatura ambiente. Se añadió éter etílico (20 ml). Se separaron las fases. La fase acuosa se acidificó con una solución de HCl 1 N hasta un pH de aproximadamente 7. Se extrajo la mezcla resultante con 2 x 80 ml de acetato de etilo y las fases orgánicas se combinaron y se secaron sobre sulfato de sodio anhidro y se concentraron a vacío. Esto dio como resultado 2,5 g de ácido 4-[[(2S,3S)-3-[(2S)-2-[[(tercbutoxi)carbonil](metil)amino]propanamido]-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1-il]carbonil]benzoico como un sólido marrón. EM (ESI): [M+H]+ = 720,5.
Figure imgf000099_0002
Clorhidrato de 2-(2-(2-aminoetoxi)etoxi)acetato de metilo
A una solución de clorhidrato de ácido 2-[2-(2-aminoetoxi)etoxi]acético (500 mg, 2,505 mmol) en 2,2-dimetoxipropano (5 ml, 40,327 mmol) se le añadió gota a gota HCl concentrado (0,2 ml) a temperatura ambiente. Se agitó la mezcla de reacción durante 15 h a 25 °C y se concentró a vacío. El residuo se utilizó directamente sin purificación adicional.
Figure imgf000099_0003
2-(2-[2-[(4-[[(2S,3S)-3-[(2S)-2-[[(terc-Butoxi)carbonil](metil)amino]propanamido]-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1-il]carbonil]fenil)formamido]etoxi]etoxi)acetato de metilo
A una solución de ácido [(2S,3S)-3-[(2S)-2-[[(terc-butoxi)carbonil](metil)amino]propanamido]-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1-il]carbonil]benzoico (500 mg, 0,695 mmol) en N,N-dimetilformamida (6 ml) se le añadió sal HCl de 2-[2-(2-aminoetoxi)etoxi]acetato de metilo en bruto de la etapa previa (500 mg), HATU (528 mg, 1,389 mmol) y DIPEA (897 mg, 6,94 mmol) bajo nitrógeno a temperatura ambiente. La solución resultante se agitó durante 1 hora a 25 °C y se inactivó con agua. La solución resultante se extrajo con diclorometano y las fases orgánicas se combinaron. Las fases orgánicas se lavaron con salmuera y se secaron sobre sulfato de sodio anhidro y se concentraron a vacío. El residuo se purificó mediante cromatografía ultrarrápida sobre gel de sílice eluyendo con diclorometano/metanol (20:1). Esto dio como resultado 550 mg (90 %) de 2-(2-[2-[(4-[[(2S,3S)-3-[(2S)-2-[[(terc-butoxi)carbonil](metil)amino]propanamido]-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1
il]carbonil]fenil)formamido]etoxi]etoxi)acetato de metilo como un sólido amarillo. EM (ESI): [M+H]+ = 879,5.
Figure imgf000100_0001
Ácido 2-(2-[2-[(4-[[(2S,3S)-3-[(2S)-2-[[(terc-butoxi)carbonil](metil)amino]propanamido]-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1-il]carbonil]fenil)formamido]etoxi]etoxi)acético
A una solución de 2-(2-[2-[(4-[[(2S,3S)-3-[(2S)-2-[[(terc-butoxi)carbonil](metil)amino]propanamido]-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1-il]carbonil]fenil)formamido]etoxi]etoxi)acetato de metilo (500 mg, 0,569 mmol) en tetrahidrofurano (8 ml) se le añadió una solución de hidróxido de litio monohidrato (95 mg, 2,26 mmol) en agua (1 ml) a temperatura ambiente. Se agitó la mezcla durante 1 hora a 25 °C. Se diluyó la mezcla con agua y se acidificó con ácido cítrico 1 N hasta pH aproximadamente 4, se extrajo con acetato de etilo (2x). Las fases orgánicas se combinaron y se lavaron con salmuera, se secaron sobre sulfato de sodio y se concentraron bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía ultrarrápida de fase inversa sobre gel de sílice C18, fase móvil: NH4HCO3 acuoso 5 mM y CH3CN (0­ 95 %) para dar 370 mg (75 %) de ácido 2-(2-[2-[(4-[[(2S,3S)-3-[(2S)-2-[[(tercbutoxi)carbonil](metil)amino]propanamido]-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1-il]carbonil]fenil)formamido]etoxi]etoxi)acético como un sólido blanco. EM (ESI):
[M+H]+ = 865,5. 1H-RMN (400 MHz, DMSO-d6): ó (ppm) 8,70 (d, J = 8,6 Hz, 1H), 8,46 (t, J = 5,5 Hz, 1H), 8,21 (d, J = 8,7 Hz, 1H), 8,10 (d, J = 8,6 Hz, 1H), 7,95 (d, J = 9,1 Hz, 1H), 7,89 (dd, J = 8,6, 1,9 Hz, 1H), 7,69 (d, J = 8,1 Hz, 1H), 7,50 (d, J = 9,2 Hz, 1H), 7,30 (m, 1H), 7,18 (d, J = 1,9 Hz, 1H), 7,13 (t, J = 7,5 Hz, 1H), 7,00 (d, J = 8,1 Hz, 2H), 6,13 (d, J = 15,1 Hz, 1H), 5,78 (d, J = 8,0 Hz, 2H), 5,51 (d, J = 15,0 Hz, 1H), 5,04 (s an., 1H), 4,61-4,52 (m, 1H), 4,22 (dd, J = 11,9, 8,5 Hz, 1H), 3,99 (s, 2H), 3,96 (s, 3H), 3,68-3,44 (m, 7H), 3,37 (s, 1H), 2,76 (s, 3H), 1,40-1,31 (m, 12H), 1,12 (d, J = 6,1 Hz, 3H).
ii. Conexión de un PB a un E3LB por medio de un conector (L2)
Figure imgf000100_0002
4-((2S,3S)-8-Ciano-5-((2-metoxinaftalen-1-il)metil)-2-metil-3-((S)-2-(metilamino)propanamido)-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-benzo[b][1,4]diacepin-1-carbonil)-N-(2-(2-(2-((2-(4-(1-(4-hidroxifenil)-2-fenilbut-1-en-1-il)fenoxi)etil)(metil)amino)-2-oxoetoxi)etoxi)etil)benzamida ("compuesto P1")
A una solución de ácido 2-[2-[2-[[4-[(3S,4S)-3-[[(2S)-2-[terc-butoxicarbonil(metil)amino]propanoil] amino]-7-ciano-1-[(2-metoxi-1-naftil)metil]-4-metil-2-oxo-3,4-dihidro-1,5-benzodiacepin-5-carbonil]benzoil]amino]etoxi]etoxi]acético (74 mg, 0,0855 mmol) en 2-metiltetrahidrofurano (0,855 ml) se le añadió HATU (1,1 equiv., 36,5 mg, 0,0941 mmol) y N,N-diisopropiletilamina (3,0 equiv., 0,045 ml, 0,257 mmol). Se agitó la mezcla a temperatura ambiente durante 30 minutos, se añadió a continuación una solución de 4-[1-[4-[2-(metilamino)etoxi]fenil]-2-fenil-but-1-enil]fenol (1,05 equiv., 33,5 mg, 0,0898 mmol) en 2-metiltetrahidrofurano (60, 0,5 ml, 400 mg, 5 mmol), seguido de 0,2 ml de DMF. Se agitó la mezcla a temperatura ambiente durante 22 h. Se añadió agua y la solución se extrajo 3 veces con iPrOAc. Las fases orgánicas se combinaron y, a continuación, se secaron con sulfato de sodio y se concentraron a vacío.
El material bruto se disolvió en diclorometano (0,85 ml) y se añadió gota a gota ácido trifluoroacético (0,26 ml). Se agitó la reacción a temperatura ambiente hasta que no se observó desprendimiento de gases. Después de 1 h, la solución se concentró a vacío y se purificó mediante HPLC de fase inversa para obtener 45 mg (45 % de rendimiento en 2 etapas) del producto deseado.
M+H = 560,9, 1120,7; 51H-RMN (400 MHz, DMSO-da) 59,39, 9,14 (s solapado, 1H), 8,85-8,70 (m, 1H), 8,44-8,36 (m, 1H), 8,20 (d, J = 8,8 Hz, 1H), 8,10 (d, J = 8,6 Hz, 1H), 7,97-7,82 (m, 2H), 7,70-7,64 (m, 1H), 7,50-7,44 (m, 1H), 7,34­ 7,27 (m, 1H), 7,21-7,04 (m, 9H), 7,03-6,87 (m, 4H), 6,78-6,67 (m, 2H), 6,62-6,54 (m, 2H), 6,44-6,33 (m, 1H), 6,12 (d, J = 15,1 Hz, 1H), 5,78 (d, J = 8,0 Hz, 2H), 5,52 (d, J = 15,0 Hz, 1H), 4,99-4,89 (m, 1H), 4,33-4,04 (m, 4H), 4,00-3,88 (m, 1H), 3,94 (s, 3H), 3,68-3,61 (m, 1H), 3,60-3,42 (m, 5H), 3,38-3,32 (m, 1H), 3,03-2,78 (m, 3H), 2,45-2,35 (m, 2H), 2,32 (s, 3H), 1,23 (d, J = 6,4 Hz, 3H), 1,11 (d, J = 6,1 Hz, 3H), 0,89-0,76 (m, 4H).
B. Preparación de L1-PROTAC
iii. Unión del conector L1 a PROTAC
Figure imgf000101_0001
N-[(1S)-1-[[(1S)-4-(Carbamoilamino)-1-[(4-[4-[(1Z)-1 -(4-[2-[2-(2-[2-[(4-[[(2S,3S)-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-3-[(2S)-2-(metilamino)propanamido]-4-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1-il]carbonil]fenil)formamido]etoxi]etoxi)-N-metilacetamido]etoxi]fenil)-2-fenilbut-1-en-1-il]fenoximetil]fenil)carbamoil]butil]carbamoil]-2-metilpropil]-6-(2,5-dioxo-2,5-dihidro-1H-pirrol-1-il)hexanamida ("compuesto LP2”)
A una solución de (2S)-N-[(3S,4S)-7-ciano-5-[(4-[[2-(2-[[(2-[4-[(1Z)-1-(4-hidroxifenil)-2-fenilbut-1-en-1-il]fenoxi]etil)(metil)carbamoil]metoxi]etoxi)etil]carbamoil]fenil)carbonil]-1-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-4-metil-2-oxo-2.3.4.5- tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-3-il]-2-(metilamino)propanamida (compuesto P1, 48 mg, 0,043 mmol) y N-[(1S)-1-{[(1S)-4-(carbamoilamino)-1-{[4-(clorometil)fenil]carbamoil}butil]carbamoil}-2-metilpropil]-6-(2,5-dioxo-2,5-dihidro-1H-pirrol-1-il)hexanamida (90 mg, 0,152 mmol) en DMF (0,9 ml) a 0 °C se le añadió K2CO3 (60 mg, 0,43 mmol). Se agitó la mezcla de reacción durante 4 h a 0 °C y se diluyó con DMF preenfriada (0,9 ml). Se filtró el sólido. El filtrado se purificó mediante HPLC preparativa con las siguientes condiciones: Columna: columna SunFire Prep C18 OBD, 19x150 mm 5 pm, 10 nm; fase móvil: agua (TFA al 0,1 %) y CH3CN (CH3CN al 5 % hasta 48 % en 10 min); Detector: UV 254/220 nm para dar 22 mg (31 %) de N-[(1S)-1-[[(1S)-4-(carbamoilamino)-1-[(4-[4-[(1Z)-1-(4-[2-[2-(2-[2-[(4-[[(2S,3S)-8-ciano-5-[(2-metoxinaftalen-1-il)metil]-2-metil-3-[(2S)-2-(metilamino)propanamido]-4-oxo-2.3.4.5- tetrahidro-1H-1,5-benzodiacepin-1-il]carbonil]fenil)formamido]etoxi]etoxi)-N-metilacetamido]etoxi]fenil)-2-fenilbut-1-en-1-il]fenoximetil]fenil)carbamoil]butil]carbamoil]-2-metilpropil]-6-(2,5-dioxo-2,5-dihidro-1H-pirrol-1-il)hexanamida como un sólido blanco. EM (ESI): [M+H]+ = 1675,1; 1H-RMN (400 MHz, DMSO-cfe): 5 (ppm) 10,15 (s, 1H), 9,95-9,72 (m, 1H), 9,52-9,41 (m, 1H), 9,31-9,14 (m, 1H), 8,43 (s an., 1H), 8,20-8,18 (m, 1H), 8,17-8,07 (m, 2H), 7,93 (m, 2H), 7,70 (d, J = 8 Hz, 1H), 7,70-7,65 (m, 3H), 7,48-7,42 (m, 2H), 7,41-7,36 (m, 1H), 7,33-7,28 (m, 1H), 7,23 (m, 1H), 7,18-7,07 (m, 7H), 7,02-7,01 (m, 1H), 6,99 (s, 3H), 6,96-6,92 (m, 2H), 6,76-6,67 (m, 2H), 6,60-6,58 (m, 2H), 6,40 (d, J = 8,4 Hz, 1H), 6,13-6,08 (m, 1H), 5,99 (s, 1H), 5,80 (d, J = 7,6 Hz, 2H), 5,55 (d, J = 15,2 Hz, 1H), 5,44 (s an., 1H), 5,02-4,93 (m, 1H), 7,43-4,36 (m, 3H), 4,26-4,02 (m, 6H), 3,95-3,88 (m, 4H), 3,66-3,63 (m, 3H), 3,57-3,53 (m, 4H), 3,39-3,36 (m, 4H), 3,05-2,81 (m, 5H), 2,68 (s, 2H), 2,42-2,39 (m, 3H), 2,22-2,07 (m, 2H), 2,03-1,91 (m, 1H), 1,71 (s an., 2H), 1,62 (s an., 3H), 1,50-1,36 (m, 6H), 1,21-1,17 (m, 5H), 0,87-0,82 (m, 10H).
C. Preparación de PAC
iv. Unión del anticuerpo (Ab) a PROTAC por medio del conector L1
L a c o n ju g a c ió n d e u n a P R O T A C c o n a n t ic u e rp o s a n t i-H E R 2 y a n t i-B 7 H 4 p a ra p ro p o rc io n a r c o n ju g a d o s d e P R O T A C -a n t ic u e rp o (P A C ) se re a liz ó c o m o s ig u e .
S e a ju s ta e l pH d e un a n t ic u e rp o g e n o m a n ip u la d o c o n c is te ín a (a n t ic u e rp o T H IO M A B ™ ) e n s u c c in a to 10 m M , pH 5, N a C l 150 m M , E D T A 2 m M , a pH 7 ,5 -8 ,5 c o n T r is 1 M . S e d is u e lv e n e n tre t re s y d ie z e q u iv a le n te s d e un c o n e c to r L 1 -P R O T A C c o n un g ru p o q u e re a c c io n a c o n t io l e n D M F o D M A y s e a ñ a d e n al a n t ic u e rp o re d u c id o , re o x id a d o y co n pH a ju s ta d o . L a re a c c ió n s e in c u b a a te m p e ra tu ra a m b ie n te o a 37 °C y se m o n ito r iz a h a s ta q u e s e c o m p le ta (1 a a p ro x im a d a m e n te 24 h o ra s ), s e g ú n s e d e te rm in a m e d ia n te a n á lis is p o r C L -E M d e la m e z c la d e re a c c ió n . C u a n d o se c o m p le ta la re a c c ió n , e l c o n ju g a d o s e p u r if ic a m e d ia n te u n o o c u a lq u ie r c o m b in a c ió n d e v a r io s p ro c e d im ie n to s , s ie n d o e l o b je t iv o e l im in a r e l in te rm e d io c o n e c to r L1 -P R O T A C re s ta n te q u e n o h a re a c c io n a d o y la p ro te ín a a g re g a d a (s i e s tá p re s e n te a n iv e le s s ig n if ic a t iv o s ) . P o r e je m p lo , e l c o n ju g a d o s e p u e d e d ilu ir c o n a c e ta to d e h is t id in a 10 m M , pH 5 ,5 h a s ta q u e e l pH f in a l s e a a p ro x im a d a m e n te 5 ,5 y p u r if ic a r m e d ia n te c ro m a to g ra f ía d e in te rc a m b io c a t ió n ic o S u t il iz a n d o c o lu m n a s H iT ra p S c o n e c ta d a s a un s is te m a d e p u r if ic a c ió n A k ta (G E H e a lth c a re ) o c o lu m n a s d e c e n tr i fu g a c ió n S m a x i (P ie rc e ) . D e fo rm a a lte rn a t iv a , e l c o n ju g a d o s e p u e d e p u r if ic a r m e d ia n te c ro m a to g ra f ía d e f i lt ra c ió n e n g e l u s a n d o u n a c o lu m n a S 200 c o n e c ta d a a un s is te m a d e p u r if ic a c ió n A k ta o c o lu m n a s d e c e n tr i fu g a c ió n Z e b a . D e fo rm a a lte rn a t iv a , s e p u e d e u s a r d iá lis is .
L o s c o n ju g a d o s a n t ic u e rp o T H IO M A B ™ -P R O T A C s e fo rm u la ro n e n H is /a c e ta to 20 m M , pH 5, co n s a c a ro s a 240 m M u s a n d o f i lt ra c ió n e n g e l o d iá lis is . E l c o n ju g a d o p u r if ic a d o s e c o n c e n tra p o r u lt ra f i lt ra c ió n c e n tr í fu g a y s e f i lt ró a t ra v é s d e un f i lt ro d e 0 ,2 p m e n c o n d ic io n e s e s té r ile s y se c o n g e ló p a ra su a lm a c e n a m ie n to .
E je m p lo 2
C a ra c te r iz a c ió n d e P A C
L o s P A C se c a ra c te r iz a ro n p a ra d e te rm in a r la c o n c e n tra c ió n d e p ro te ín a s (p o r e je m p lo , m e d ia n te e n s a y o d e B C A ), el n iv e l d e a g re g a c ió n (m e d ia n te S E C a n a lí t ic o ) y la P A R (p o r e je m p lo , m e d ia n te CL-Em ).
L a c ro m a to g ra f ía d e e x c lu s ió n p o r ta m a ñ o s e re a liz a e n lo s c o n ju g a d o s u s a n d o u n a c o lu m n a S h o d e x K W 802.5 en fo s fa to d e p o ta s io 0 ,2 M pH 6 ,2 c o n c lo ru ro d e p o ta s io 0 ,25 m M e IP A al 15 % a un c a u d a l d e 0 ,75 m l/m in . E l e s ta d o d e a g re g a c ió n d e l c o n ju g a d o s e d e te rm in ó m e d ia n te in te g ra c ió n d e la a b s o rb a n c ia d e l á re a d e l p ic o e lu id o a 280 nm .
E l a n á lis is p o r C L -E M s e re a liz a e n lo s c o n ju g a d o s u s a n d o un in s tru m e n to E S I A g ile n t T O F 6530. C o m o e je m p lo , el P A C s e tra ta c o n e n d o p ro te in a s a L y s C (P ro m e g a ) e n T r is 1 :500 p /p , pH 7 ,5 d u ra n te 30 m in a 37 °C . L o s fra g m e n to s d e e s c is ió n re s u lta n te s se c a rg a n e n u n a c o lu m n a d e P L R P -S (p o lie s t ire n o a lta m e n te re t ic u la d o ) d e 1000 A (A n g s tro m ), 8 p m (m ic ró m e tro s ) c a le n ta d a a 80 °C y s e e lu y e c o n un g ra d ie n te d e 30 % B a 40 % B e n 10 m in u to s . L a fa s e m ó v il A e ra H 2O co n T F A a l 0 ,05 % y la fa s e m ó v il B e ra a c e to n it r ilo c o n T F A a l 0 ,04 % . El c a u d a l fu e d e 0 ,5 m l/m in . L a e lu c ió n d e p ro te ín a s s e m o n ito r iz ó m e d ia n te d e te c c ió n d e a b s o rb a n c ia U V a 280 n m a n te s d e la io n iz a c ió n p o r e le c t ro p u lv e r iz a c ió n y e l a n á lis is p o r E M . N o rm a lm e n te s e c o n s ig u ió la re s o lu c ió n c ro m a to g rá f ic a de l fra g m e n to F c n o c o n ju g a d o , F a b n o c o n ju g a d o re s id u a l y F a b c o n ju g a d o c o n P R O T A C . L o s e s p e c tro s d e m /z o b te n id o s s e d e c o n v o lu c io n a ro n u t il iz a n d o e l p ro g ra m a in fo rm á t ic o M a s s H u n te r™ (A g ile n t T e c h n o lo g ie s ) p a ra c a lc u la r la m a s a d e lo s f ra g m e n to s d e a n tic u e rp o s .
T a b la 28. C a ra c te r iz a c ió n d e v a r io s P A C .
Figure imgf000102_0001
M C -V C -P A B s e re f ie re a (6 -m a le im id o c a p ro il) -(v a lin a -c it ru l in a ) -(p -a m in o b e n c ilo ) .
T h io s ig n if ic a a n t ic u e rp o T H IO M A B ™ .
LC K149C significa que el K en la posición 149 se ha cambiado a C en la cadena ligera
Hu significa humano
Anti-HER2 y Anti-B7-H4 significan anticuerpos que se unen a HER2 y B7-H4, respectivamente.
Ejemplo 3
Detección de los efectos de un PAC que contiene HER-2 sobre la densidad del receptor de estrógenos alfa
El siguiente experimento describe la detección del receptor de estrógenos alfa (ER-a) en líneas celulares MCF7-neo/HER2 mediante inmunoelectrotransferencia después del tratamiento con PROTAC y conjugados de PROTAC-anticuerpo.
Células MCF7 genomanipuladas para expresar el receptor HER2/NEU se sembraron en una placa de 12 pocillos con una densidad celular de 40 x 104 células por pocillo. Para reducir el estradiol, las células se cultivaron en medio RPMI sin rojo de fenol que contenía suero tratado con carbón activo al 10 % (v/v) (Gemini Bio-products), L-glutamina 4 mM, 100 U cada uno de penicilina y estreptomicina y aminoácidos no esenciales (Gibco, Life Technologies). Después de 3 días, las células se tripsinizaron y se volvieron a sembrar a la mitad de la densidad.
Al día siguiente, se añadió PROTAC no conjugado o PROTAC conjugado con anticuerpo (PAC) al medio a 10 pg/ml (= PROTAC 134 nM) y 1 pg/ml (= PROTAC 13,4 nM). Después de 3 días, las células se lavaron una vez con PBS y se lisaron en 100 pl de tampón de lisis de urea (urea 6 M, Tris 20 mM pH 7,5, NaCl 12,5 mM, MgCb 2,5 mM, Triton X-100 al 0,1 %, cóctel inhibidor de proteasa (Roche)). Las concentraciones de proteína total se determinaron por BCA (ThermoFisher). Para cada muestra, se separaron 10 pg de proteína celular total en gel Bis-Tris al 4-12 % y se transfirieron a una membrana de PVDF Invitrolon (Thermofisher). Se bloquearon las membranas en Tween-20 al 0,1 % en PBS que contenía leche desnatada en polvo al 10 % y se exploraron con anticuerpos primarios contra el receptor a de estrógeno (Santa Cruz, SC-8002) y GAPDH (Santa Cruz, SC25778 HRP) a una dilución 1:1000, seguido de anticuerpos secundarios contra IgG de ratón (GE Healthcare) a una dilución 1:5000.
Las bandas de proteínas se visualizaron usando quimioluminiscencia (Perkin Elmer). Los resultados se muestran en la figura 1.
Ejemplo 4
Cuantificación de los efectos de un PAC que contiene HER-2 sobre la densidad del receptor de estrógenos alfa
El siguiente experimento describe la cuantificación de ERa en células MCF7-neo/HER2 después del tratamiento con PROTAC y conjugados de PROTAC-anticuerpo.
Siembra de células en placas: Células neoMCF7/HER2 (CL130220) se descongelaron a 37 °C y, a continuación, se transfirieron a un medio de cultivo (RPMI, suero bovino fetal F2442 (FBS) al 10 %) haciendo girar las células dos veces a 1200 RCF durante tres minutos y de retirar y reemplazar el sobrenadante por medios de cultivo. A continuación, las células se transfirieron a un matraz de 150 cm2 (ref: 431465) y se cultivaron hasta confluencia. Una vez alcanzada la confluencia, las células se lavaron una vez en PBS, se aspiró el PBS y se añadieron al matraz 10 ml de tripsina al 0,5 % 10X (n.° de cat. 15400-054) para cubrir las células. El exceso de tripsina se aspiró de inmediato y el matraz se transfirió a una incubadora a 37 °C durante 5 min. Después de la incubación, se añadieron 20 ml de medio de cultivo (RPMI sin rojo de fenol (n.° de cat. 11835-030), FBS tratado con carbón activo al 10 % (SKU: F6765)) al matraz y se determinó la densidad celular usando un instrumento Vicell. Se añadió medio de cultivo para obtener una densidad celular de 10.000 células/0,05 ml. A continuación, se transfirieron 50 pl de células a cada pocillo de dos placas Greiner de 384 pocillos (ref: 781946), que se almacenaron durante la noche en una incubadora a 37 °C antes del tratamiento con los compuestos al día siguiente.
Tratamiento con compuestos: Los PAC se descongelaron a TA y cada uno se diluyó a 60 pg/ml en medio de cultivo a 37 °C, seguido de una dilución 1:2 sucesiva de 20 puntos a través de una placa de 384 pocillos (ref: 781091). Se transfirieron 10 pl de cada muestra de la dilución sucesiva a los pocillos de las placas de células. La concentración de trabajo más alta de los PAC fue de 10 pg/ml. Las columnas 1, 2, 23 y 24 de la placa de células se dejaron sin tratar para la normalización de datos, mientras que las columnas 3-22 contenían las diluciones de los PAC. Después del tratamiento con los compuestos, las placas de células se almacenaron en una incubadora a 37 °C durante 72 h.
Tinción: Después del tratamiento con los compuestos durante 72 h, las células se fijaron durante 30 min con 15 pl de paraformaldehído al 16 % (n.° de cat. 15710-S) en cada pocillo. Se aspiró el contenido, se añadieron a cada pocillo 50 pl de tampón de permeabilización/bloqueo (PBS, BSA al 0,5 % (p/v), Triton X100 al 0,1 % (v/v)). Después de 10 min, se aspiró el tampón de permeabilización/bloqueo y se lavó dos veces con PBS. A continuación, los pocillos se aspiraron y trataron con 25 pl 1/1000 de mAb anti-ESR1 (clon F10) (Santa Cruz, sc-8002) en tampón de permeabilización/bloqueo y se incubaron a TA durante 2 h antes de lavarlos 4 veces en PBS. El contenido de los p o c ilio s s e v o lv ió a a s p ira r y se tra tó co n 25 p l 1 /1000 d e a n t ic u e rp o a n t i- Ig G d e ra tó n c o n ju g a d o c o n A le x a F lu o r 488 (L ife T e c h n o lo g ie s n .° d e ca t. A 21202 ) y 1 /1000 d e s o lu c ió n d e t in c ió n H o e c h s t 33258 (n .° d e ca t. H 3569 ) y s e in c u b ó d u ra n te 3 h. A c o n t in u a c ió n , la s p la c a s s e la v a ro n 3 v e c e s en P B S y s e s e lla ro n .
R e c o p ila c ió n d e d a to s : S e u s ó C e llo m ic s A r ra y s c a n p a ra re c o p ila r e l re c u e n to d e c é lu la s y la in te n s id a d d e f lu o re s c e n c ia d e E R a (M e a n C irc A v g In te n C h 2 ) , q u e es p ro p o rc io n a l a la c a n t id a d d e E R a p re s e n te e n e l n ú c le o . A c o n t in u a c ió n , lo s d a to s se n o rm a liz a ro n a lo s c o n tro le s d e c é lu la s no tra ta d a s y se re p re s e n ta ro n e n G ra p h P a d P rism . G ra p h P a d P r is m c a lc u ló la s C E 50 u s a n d o la fu n c ió n " la g ( in h ib ito r ) v s . re s p o n s e -V a r ia b le S lo p e " .
L a ta b la 29 p re s e n ta lo s d a to s d e C I50 d e l e x p e r im e n to d e c u a n tif ic a c ió n .
T a b la 29.
Figure imgf000104_0001
L o s re s u lta d o s s e m u e s tra n e n la f ig u ra 2. E l t ra ta m ie n to d e c é lu la s q u e e x p re s a n H E R 2 c o n e l P A C A n t i-H E R 2 (E n d o x -X IA P ) q u e c o n t ie n e a n t ic u e rp o a n t i-H E R 2 d io c o m o re s u lta d o u n a m a rc a d a d is m in u c ió n d e lo s n iv e le s d e re c e p to r d e e s tró g e n o s a lfa (E R a ). E l t ra ta m ie n to d e la s c é lu la s q u e e x p re s a n H E R 2 c o n e l P A C A n t i-B 7 -H 4 (E n d o x -X IA P ) q u e c o n t ie n e a n t ic u e rp o a n t i-B 7 -H 4 n o d io c o m o re s u lta d o u n a d is m in u c ió n s u s ta n c ia l d e lo s n iv e le s d e E R a . S e h a n re a liz a d o e s fu e rz o s p a ra g a ra n t iz a r la e x a c t itu d c o n re s p e c to a lo s n ú m e ro s u s a d o s (p o r e je m p lo , c a n tid a d e s , te m p e ra tu ra , e tc .) , p e ro s e d e b e n te n e r e n c u e n ta a lg u n o s e r ro re s e x p e r im e n ta le s y d e s v ia c io n e s .

Claims (40)

REIVINDICACIONES
1. U n c o n ju g a d o q u e t ie n e la e s tru c tu ra q u ím ic a
A b — (L 1 — D )p,
e n la q u e ,
D e s u n a P R O T A C q u e t ie n e la e s tru c tu ra E 3 L B — L 2 — P B ;
E 3 L B e s un in h ib id o r d e X IA P q u e e s u n a te t ra h id ro b e n z o d ia c e p in o n a u n id a c o v a le n te m e n te a L2 q u e t ie n e la fó rm u la
Figure imgf000152_0001
que
W y X son iguales o diferentes y cada uno se selecciona independientemente del grupo que consiste en
• H,
• hidroxil-alquilo C1-6 y
• alquilo C1-6 que opcionalmente incluye 1-3 átomos de deuterio,
o, de forma alternativa, W conjuntamente con el nitrógeno al que está unido e Y conjuntamente con el carbono al que está unido pueden formar un heterociclo C3-9 ;
Y es alquilo C1-6
Z se selecciona del grupo que consiste en
• alquilo C1-6 que opcionalmente puede estar sustituido con arilo,
• arilo que opcionalmente puede estar sustituido con ciano, alquilo C1-6 , alcoxi C1-6 , cicloalquilo C3-7 , OCD3 , halo-alcoxi C1-6 , halo, COO-alquilo C1-6 , COOH o CON(H, alquilo C1-6) y
• heteroarilo que opcionalmente puede estar sustituido con alquilo C1-6 , alcoxi C1-6 , cicloalquilo C3-7 , halo-alcoxi C1-6 , halo, COOR9, CONR6R7, oxo o fenilo que opcionalmente puede estar sustituido con ciano,
• CONR10R11;
R1, R2 y R3 se seleccionan del grupo que consiste en
• H,
• CN,
• halo y
• halo-alquilo C1-6 ;
R4 se selecciona del grupo que consiste en
• H,
a lq u ilo C i-6 y
a r ilo ;
R 5 s e s e le c c io n a d e l g ru p o q u e c o n s is te en
H,
b e n c ilo q u e o p c io n a lm e n te p u e d e e s ta r s u s t itu id o co n a c e tilo , a m id o , a m in o , c ia n o , a lq u ilo C 1-6, a lc o x i C 1-6, id ro x i-a lq u ilo C 1-6, h a lo y n itro ,
a r ilo q u e o p c io n a lm e n te p u e d e e s ta r s u s t itu id o c o n a c e tilo , a m id o , a m in o , c ia n o , a lq u ilo C 1-6, a lc o x i C 1-6, id ro x i-a lq u ilo C 1-6, h a lo y n itro ,
h e te ro a r ilo ,
a lq u ilo C 1-6 q u e o p c io n a lm e n te p u e d e e s ta r s u s t itu id o c o n a r ilo q u e o p c io n a lm e n te p u e d e e s ta r s u s t itu id o co n ia n o o a lc o x i C 1-6,
C (O )R 6,
S O 2-C H 2-S O 2-a lq u ilo C 1-6,
S O 2-N (a lq u ilo C 1-6)2 ,
S O 2-N H 2 ,
S O 2-N (H , a lq u ilo C 1-6),
S O 2-a r ilo q u e o p c io n a lm e n te p u e d e e s ta r s u s t itu id o c o n a lc o x i C 1-6, n itro , a m in o , N (H , C (O ) -a lq u ilo C 1-6) o C (O ) -a lq u ilo C 1-6,
S O 2-a lq u ilo C 1-6 y
C O O -a lq u ilo C 1-6,
R 5 o p c io n a lm e n te se p u e d e u n ir c o n Z p a ra fo rm a r -C (= O )-(C H 2 )a-N R 12-C (= O ) -a r i l-C H 2-, c o n lo q u e
a e s 1, 2 , 3 o 4 , y
e l re s to a r ilo p u e d e e s ta r o p c io n a lm e n te s u s t itu id o c o n a lc o x i C 1-6;
R 6 s e s e le c c io n a d e l g ru p o q u e c o n s is te en
a lq u ilo C 1-6 q u e o p c io n a lm e n te p u e d e e s ta r s u s t itu id o c o n a m in o , N (H , a lq u ilo C 1-6), C O O H , n itro o a lc o x i C 1-6,
(C H 2 ) i-a r i lo q u e o p c io n a lm e n te p u e d e e s ta r s u s t itu id o c o n a m in o , c ia n o , n itro , h a lo , S O 2-a lq u ilo C 1-6, C (O ) -a lq u ilo C 1-6, C (O ) -O -a lq u ilo C 1-6, C (O ) -O H , a lc o x i C 1-6, C (O ) -N H 2 , C (O ) -N H -(C H 2 )j-c ic lo a lq u ilo C 3-7, N (H , C (O ) -a lq u ilo C 1-6), N (H , C (O ) -O -a lq u il C 1-6-a r ilo ) o a lq u ilo C 1-6 q u e o p c io n a lm e n te p u e d e e s ta r s u s t itu id o c o n h a lo e h id ro x i, i = 0 o y j = 0 o 1,
(C H 2 )k-h e te ro c ic lo q u e o p c io n a lm e n te p u e d e e s ta r s u s t itu id o c o n a lq u ilo C 1-6, k = 0, 1 o 2,
(C H 2 ) l-h e te ro c ic lo q u e o p c io n a lm e n te p u e d e e s ta r s u s t itu id o c o n a lq u ilo C 1-6, c ic lo a lq u ilo C 3-7 , fe n ilo o h a lo , = 0, 1 o 2 y e l re s to a r ilo p u e d e e s ta r o p c io n a lm e n te s u s t itu id o c o n C N ,
(C H 2 )m-O -(C H 2 )n-O -a lq u ilo C 1-6, m = 1 o 2 , n = 1 , 2 o 3,
(C H 2 )o-(C = O )-N R 7R 8, o = 0, 1 o 2,
(C H 2 )p-O -(C H 2 )q-O -(C H 2 )r-O -a lq u ilo C 1-6, p = 1 o 2 , q = 1, 2 o 3, r = 1, 2 o 3,
(C H 2 )s-(C = O )-a lq u ilo C 1-6, s = 1, 2 o 3,
• (C H 2 )t-(C = O )-O -a lq u ilo C i-6, t = 1, 2 , 3 o 4,
• (C H 2 )u-c ic lo a lq u ilo C 3-7, u = 1 o 2,
• (C H 2 )v-N H -(C = O )-O -(C H 2 )w-a r ilo , v = 1 , 2 o 3, w = 1 o 2 , y
• (C H 2 )x-S O 2-a lq u ilo C 1-6, x = 1 o 2,
• N (H , a lq u ilo C 1-6);
R 7 o R 8 c a d a u n o s e le c c io n a d o in d iv id u a lm e n te d e l g ru p o q u e c o n s is te en
• H y
• a lq u ilo C 1-6;
R 9 s e s e le c c io n a d e l g ru p o q u e c o n s is te en
• H,
R 10 s e s e le c c io n a d e l g ru p o q u e c o n s is te en
• H,
R 11 s e s e le c c io n a d e l g ru p o q u e c o n s is te en
• a r ilo y
• h e te ro a r ilo ;
R 12 s e s e le c c io n a d e l g ru p o q u e c o n s is te en
• H y
• a lq u ilo C 1-6;
o u n a sa l fa rm a c é u t ic a m e n te a c e p ta b le d e lo s m is m o s ;
L 2 e s un c o n e c to r u n id o c o v a le n te m e n te a E 3 L B y a P B ;
P B e s un g ru p o d e u n ió n a p ro te ín a s u n id o c o v a le n te m e n te a L 2 ;
A b e s un a n t ic u e rp o u n id o c o v a le n te m e n te a L1;
L1 e s un c o n e c to r u n id o c o v a le n te m e n te a A b y a D ; y
p t ie n e un v a lo r d e a p ro x im a d a m e n te 1 a a p ro x im a d a m e n te 8.
2. E l c o n ju g a d o d e la re iv in d ic a c ió n 1, e n e l q u e P B e s un g ru p o q u e s e u n e a F o x O 1 , H D A C , D P -1 , E 2 F , A B L , A M P K , B R K , B R S K I, B R S K 2 , B T K , C A M K K 1 , C A M K K a lfa , C A M K K b e ta , R b , S u v 39 H I, S C F , p 19 IN K 4 D , G S K -3 , pi 8 IN K 4 , m yc , c ic lin a E, C D K 2 , C D K 9 , C D G 4 /6 , c ic lin a D, p 16 IN K 4 A , c d c 25 A , B M I1 , S C F , A k t, C H K 1 /2 , C 1 d e lta , C K 1 g a m m a , C 2, C L K 2 , C S K , D D R 2 , D Y R K 1 A /2 /3 , E F 2 K , E P H -A 2 /A 4 /B 1 /B 2 /B 3 /B 4 , E IF 2 A 3, S m a d 2 , S m a d 3 , S m a d 4 , S m a d 7 , p 53 , p21 C ip l, P A X , F yn , C A S , C 3 G , S O S , T a l, R a p to r, R A C K -1 , C R K , R a p l, R a c , K R a s , N R a s , H R a s , G R B 2 , F A K , P I3 K , s p re d , S p ry , m T O R , M P K , F K B 1 , P A K 1 /2 /4 /5 /6 , P D G F R A , P Y K 2 , S rc , S R P K 1 , P L C , P K C , P K A , P K B a lfa /b e ta , P K C a lfa /g a m m a /z e ta , P K D , P L K 1 , P R A K , P R K 2 , R IP K 2 , W A V E -2 , T S C 2 , D A P K 1 , B A D , IM P , C -T A K 1 , T A K 1 , T A O 1 , T B K 1 , T E S K 1 , T G F B R 1 , T IE 2 , T F K 1 , T rk A , T S S K 1 , T T B K 1 /2 , T T K , T p l2 /c o t l, M E K 1 , M E K 2 , P L D L E rk1 , E rk2 , E rk5 , E rk8 , p 90 R S K , P E A -15 , S R F , p 27 K IP 1 , T IF 1a, H M G N 1 , E R 81 , M K P -3 , c -F o s , F G F -R 1 , G C K , G S K 3 b e ta , H E R 4 , H IP K 1 /2 /3 /, IG F -1 R , c d c 25 , U B F , L A M T O R 2 , S ta tl, S ta O , C R E B , J A K , S rc , P T E N , N F -k a p p a B , H E C T H 9 , B a x , H S P 70 , H S P 90 , A p a f-1 , C y to c, B C L -2 , B c l-x L , S m a c , X IA P , C a s p a s a -9 , C a s p a s a -3 , C a s p a s a -6 , C a s p a s a -7 , C D C 37 , T A B , IK K , T R A D D , T R A F 2 , R 1 P 1 , F L IP , T A K 1 , J N K 1 /2 /3 , L ck , A -R a f, B -R a f, C -R a f, M O S , M L K 1 /3 , M N 1/2 , M S K 1 , M S T 2 /3 /4 , M P S K 1 , M E K K 1 , M E K 4 , M E L , A S K 1 , M IN K 1 , M K K 1 /2 /3 /4 /6 /7 , N E 2 a /6 /7 , N U A K 1 , O S R 1 , S A P , S T K 33 , S yk , L yn , P D K 1 , P H K , P IM 1 /2 /3 , A ta x in a -1 , m T O R C 1 , M D M 2 , p21 W a fl, c ic lin a D 1 , L a m ln A , T p l2 , M yc , c a te n in a , W n t, IK K -b e ta , IK K -g a m m a , IK K -a lfa , IK K -é p s ilo n , E L K , p 65 R e 1 A , IR A K I, IR A 2, IR A K 4 , IR R , F A D D , T R A F 6 , T R A F 3 , M K K 3 , M K K 6 , R O C K 2 , R S K 1 /2 , S G K 1, S m M L C K , S IK 2 /3 , U L K 1 /2 , V E G F R 1 , W N K 1, Y E S 1 , Z A P 70 , MAP4K3, MAP4K5, MAPKIb, MAPKAP-K2 K3, p38 alfa/beta/delta/gamma MAPK, Aurora A, Aurora B, Aurora C, MCAK, Clip, MAPKAPK, FAK, MARK 1/2/3/4, Muc1, SHC, CXCR4, Gap-1, Myc, beta-catenina/TCF, Cb1, BRM, Mcl1, BRD2, BRD3, BRD4, AR, RAS, ErbB3, EGFR, IRE1, HPK1, RIPK2 and ERa , incluyendo todas las variantes, mutaciones, variantes de empalme, indeles y fusiones de los mismos.
3. El conjugado de la reivindicación 1, en el que PB se selecciona del grupo que consiste en inhibidores de la proteína de choque térmico 90 (HSP90), inhibidores de cinasa y fosfatasa, inhibidores de MDM2, inhibidores de HDAC, inhibidores de la metiltransferasa de lisina humana, inhibidores de la angiogénesis, compuestos inmunodepresores, así como compuestos que se dirigen a: proteínas que contienen el bromodominio BET humano, receptor de hidrocarburos de arilo (AHR), receptor de cinasa REF, FKBP, receptor de andrógenos (AR), receptor de estrógenos (ER), receptor de la hormona tiroidea, proteasa del VIH, integrasa del VIH, proteasa del VHC y tioesterasa 1 y 2 de acilproteína (APT1 y APT2).
4. El conjugado de la reivindicación 1, en el que PB es un grupo que se dirige al receptor de estrógenos alfa (ERa).
5. El conjugado de la reivindicación 1, en el que dicho Ab es un anticuerpo genomanipulado con cisteína o una variante del mismo.
6. El conjugado de la reivindicación 1, en el que Ab se une a uno o más de los polipéptidos seleccionados del grupo que consiste en DLL3, EDAR, CLL1; BMPR1B; E16; STEAP1; 0772P; MPF; NaPi2b; Sema 5b; PSCA hlg; ETBR; MSG783; STEAP2; TrpM4; CRIPTO; CD21; CD79b; FcRH2; B7-H4; HER2; NCA; MDP; IL20Ra ; Brevican; EphB2R; ASLG659; PSCA; GEDA; BAFF-R; CD22; CD79a; CXCR5; HLA-DOB; P2X5; CD72; LY64; FcRH1; IRTA2; TENB2; PMEL17; TMEFF1; GDNF-Ra1; Ly6E; TMEM46; Ly6G6D; LGR5; RET; LY6K; GPR19; GPR54; ASPHD1; Tirosinasa; TMEM118; GPR172A; MUC16 y CD33.
7. El conjugado de la reivindicación 1, en el que Ab se une a uno o más de los polipéptidos seleccionados del grupo que consiste en CLL1, STEAP1, NaPi2b, STEAP2, TrpM4, CRIPTO, CD21, CD79b, FcRH2, B7-H4, HER2, CD22, CD79a, CD72, LY64, Ly6E, MUC16 y CD33.
8. El conjugado de la reivindicación 1, en el que Ab es un anticuerpo que se une a uno o más polipéptidos seleccionados del grupo que consiste en B7-H4, He R2, CLL1, CD33, CD22 y NaPi2b.
9. El conjugado de la reivindicación 1, en el que el anticuerpo se une a HER2 o B7-H4.
10. El conjugado de la reivindicación 1, en el que el anticuerpo se une a HER2.
11. El conjugado de la reivindicación 1, en el que L1 es un conector peptidomimético.
12. El conjugado de la reivindicación 1, en el que L1 es un conector peptidomimético representado por la siguiente fórmula:
—Str—(PM)—Sp—
en la que,
Str es una unidad de extensión unida covalentemente a Ab;
Ab es un anticuerpo;
Sp es un enlace o unidad espaciadora unida covalentemente a un resto PROTAC;
PM es un resto químico no peptídico seleccionado del grupo que consiste en:
Figure imgf000155_0001
Figure imgf000156_0001
W e s -N H -h e te ro c ic lo a lq u ilo - o h e te ro c ic lo a lq u ilo ;
Y e s h e te ro a r ilo , a r ilo , -C (O )a lq u ile n o C 1-C 6 , a lq u ile n C 1-C 6-N H 2 , a lq u ile n C 1-C 6-N H -C H 3 , a lq u ile n C 1-C 6-N - (C H 3)2, a lq u e n ilo C 1-C 6 o a lq u ile n ilo C 1-C 6 ;
c a d a R 1 e s in d e p e n d ie n te m e n te a lq u ilo C 1-C 10, a lq u e n ilo C 1- C 10, (a lq u il C 1-C 6 )N H C (N H )N H 2 , (a lq u il C 1-C 6 )N H C (O )N H 2 , (a lq u il C 1- C 10)N H C (N H )N H 2 o (a lq u il C i- C i0 )N H C (O )N H 2 ;
R 3 y R 2 s o n c a d a u n o in d e p e n d ie n te m e n te H, a lq u ilo C 1- C 10, a lq u e n ilo C 1- C 10, a r ila lq u ilo o h e te ro a r ila lq u ilo , o R 3 y R 2 ju n to s p u e d e n fo rm a r un c ic lo a lq u ilo C 3-C 7; y
R 4 y R 5 s o n c a d a u n o in d e p e n d ie n te m e n te a lq u ilo C 1- C 10, a lq u e n ilo C 1-C 10, a r ila lq u ilo , h e te ro a r ila lq u ilo , (a lq u il C 1-C 10)O C H 2-, o R 4 y R 5 ju n to s p u e d e n fo rm a r un a n il lo d e c ic lo a lq u ilo C 3-C 7.
13. E l c o n ju g a d o d e la re iv in d ic a c ió n 12, e n e l q u e Y es h e te ro a r ilo ; R 4 y R 5 ju n to s fo rm a n un a n il lo d e c ic lo b u tilo .
14. E l c o n ju g a d o d e la s re iv in d ic a c io n e s 12 o 13, e n e l q u e Y e s un re s to s e le c c io n a d o d e l g ru p o q u e c o n s is te en
Figure imgf000156_0002
15. E l c o n ju g a d o d e u n a c u a lq u ie ra d e la s re iv in d ic a c io n e s 12 a 14, e n e l q u e
S t r e s un re s to q u ím ic o re p re s e n ta d o p o r la s ig u ie n te fó rm u la :
Figure imgf000156_0003
e n la q u e R 6 s e s e le c c io n a d e l g ru p o q u e c o n s is te e n a lq u ile n o C 1-C 10, a lq u e n ilo C 1- C 10, c ic lo a lq u ilo C 3-C 8 , (a lq u ile n C 1-C 8 )O - y a lq u ile n C 1-C 10-C (O )N (R a) - a lq u ile n o C 2-C 6 , d o n d e c a d a a lq u ile n o p u e d e e s ta r s u s t itu id o c o n u n o a c in c o s u s t itu y e n te s s e le c c io n a d o s d e l g ru p o q u e c o n s is te e n h a lo , tr i f lu o ro m e ti lo , d if lu o ro m e tilo , a m in o , a lq u ila m in o , c ia n o , s u lfo n ilo , s u lfo n a m id a , s u lfó x id o , h id ro x i, a lc o x i, é s te r, á c id o c a rb o x ílic o , a lq u ilt io , c ic lo a lq u ilo C 3-C 8 , h e te ro c ic lo a lq u ilo C4-C7 , heteroarilalquilo, arilo, arilalquilo, heteroarilalquilo y heteroarilo, en la que cada Ra es independientemente H o alquilo C1-C6; y
Sp es -alquilen C1-C6-C(O)NH- o —Ar—Rb—, en el que Ar es arilo o heteroarilo, y Rb es (alquilen C1-C10)O-.
16. El conjugado de una cualquiera de las reivindicaciones 12 a 15, en el que Str tiene la fórmula:
Figure imgf000157_0001
en la que R7 se selecciona de alquileno C1-C10, alquenilo C1-C10, (alquilen C1-C10)O-, N(Rc)-(alquilen C2-C6)-N(Rc) y N(Rc)-(alquileno C2-C6); donde cada Rc es independientemente H o alquilo C1-C6; y
Sp es -alquilen C1-C6-C(O)NH- o —Ar—Rb—, en el que Ar es arilo o heteroarilo, y Rb es (alquilen C1-C10)O-.
17. El conjugado de la reivindicación 1, en el que L1 tiene la siguiente fórmula
Figure imgf000157_0002
R1 es alquilo C1-C6 , alquenilo C1-C6 , (alquil C1-C6)NHC(NH)NH2 o (alquil C1-C6)NHC(O)NH2 ;
R3 y R2 son cada uno independientemente H, alquilo C1-C10.
18. El conjugado de la reivindicación 1, en el que L1 tiene la siguiente fórmula:
Figure imgf000157_0003
R1 es alquilo C1-C6 , (alquil C1-C6)NHC(NH)NH2 o (alquil C1-C6)NHC(O)NH2 ;
R4 y R5 juntos forman un anillo de cicloalquilo C3-C7.
19. El conjugado de la reivindicación 1, en el que L1 tiene la siguiente fórmula:
Figure imgf000157_0004
R1 es alquilo C1-C6 , (alquil Ci-C6)NHC(NH)NH2 o (alquil C1-C6)NHC(O)NH2.
20. El compuesto conjugado de la reivindicación 1, que tiene la fórmula:
Figure imgf000158_0001
e n la q u e
S p e s un e n la c e o u n id a d e s p a c ia d o ra u n id a c o v a le n te m e n te a un re s to P R O T A C D;
Y e s h e te ro a r ilo , a r ilo , -C (O )a lq u ile n o C 1-C 6 , a lq u ile n C 1-C 6-N H 2 , a lq u ile n C 1-C 6-N H -C H 3 , a lq u ile n C 1-C 6-N - (C H 3)2, a lq u e n ilo C 1-C 6 o a lq u ile n ilo C 1-C 6 ;
R 1 e s in d e p e n d ie n te m e n te a lq u ilo C 1- C 10, a lq u e n ilo C 1-C 10, (a lq u il C 1-C 6 )N H C (N H )N H 2 , (a lq u il C 1-C 6 )N H C (O )N H 2 , (a lq u il C 1-C 10)N H C (N H )N H 2 o (a lq u il C 1- C 10)N H C (O )N H 2 ;
R 3 y R 2 s o n c a d a u n o in d e p e n d ie n te m e n te H, a lq u ilo C 1- C 10, a lq u e n ilo C 1- C 10, a r ila lq u ilo o h e te ro a r ila lq u ilo , o R 3 y R 2 ju n to s p u e d e n fo rm a r un c ic lo a lq u ilo C 3-C 7; y
S tr e s un re s to q u ím ic o re p re s e n ta d o p o r la s ig u ie n te fó rm u la :
Figure imgf000158_0002
R 6 s e s e le c c io n a d e l g ru p o q u e c o n s is te e n a lq u ile n o C 1- C 10 y a lq u ile n C 1-C 10-C (O )N (R a) -a lq u ile n o C 2-C 6 , d o n d e c a d a a lq u ile n o p u e d e e s ta r s u s t itu id o c o n u n o a c in c o s u s t itu y e n te s s e le c c io n a d o s d e l g ru p o q u e c o n s is te e n h a lo , tr i f lu o ro m e ti lo , d if lu o ro m e tilo , a m in o , a lq u ila m in o , c ia n o , s u lfo n ilo , s u lfo n a m id a , s u lfó x id o , h id ro x i, a lc o x i, é s te r, á c id o c a rb o x ílic o , a lq u ilt io , c ic lo a lq u ilo C 3-C 8 , h e te ro c ic lo a lq u ilo C 4-C 7 , h e te ro a r ila lq u ilo , a r ilo , a r ila lq u ilo , h e te ro a r i la lq u ilo y h e te ro a r ilo , e n la q u e c a d a R a e s in d e p e n d ie n te m e n te H o a lq u ilo C 1-C 6 ;
p e s 1, 2 , 3 o 4.
21. E l c o n ju g a d o d e la re iv in d ic a c ió n 1, q u e t ie n e la fó rm u la :
Figure imgf000158_0003
e n la q u e
S p e s un e n la c e o u n id a d e s p a c ia d o ra u n id a c o v a le n te m e n te a un re s to P R O T A C D;
R 4 y R 5 s o n c a d a u n o in d e p e n d ie n te m e n te a lq u ilo C 1- C 10, a lq u e n ilo C 1-C 10, a r ila lq u ilo , h e te ro a r ila lq u ilo , (a lq u il C 1-C 10P C H 2-, o R 4 y R 5 ju n to s p u e d e n fo rm a r un a n il lo d e c ic lo a lq u ilo C 3-C 7
R1 es independientemente alquilo C1-C10, alquenilo C1-C10, (alquil Ci -C6)NHC(NH)NH2 , (alquil Ci-C6)NHC(O)NH2 , (alquil C1-C10)NHC(NH)NH2 o (alquil C1-C10)NHC(O)NH2 ;
Str es un resto químico representado por la siguiente fórmula:
Figure imgf000159_0001
R6 se selecciona del grupo que consiste en alquileno C1-C10, y alquilen C1-C10-C(O)N(Ra)-alquileno C2-C6 , donde cada alquileno puede estar sustituido con uno a cinco sustituyentes seleccionados del grupo que consiste en halo, trifluorometilo, difluorometilo, amino, alquilamino, ciano, sulfonilo, sulfonamida, sulfóxido, hidroxi, alcoxi, éster, ácido carboxílico, alquiltio, cicloalquilo C3-C8 , heterocicloalquilo C4-C7 , arilo, arilalquilo, heteroarilalquilo y heteroarilo, en la que cada Ra es independientemente H o alquilo C1-C6 ;
p es 1, 2, 3 o 4.
22. El conjugado de la reivindicación 20, en el que Y es heteroarilo, arilo o alquenilo; R6 es alquileno C1-C10.
23. El conjugado de la reivindicación 20, en el que Y es
Figure imgf000159_0002
24. El conjugado de la reivindicación
Figure imgf000159_0003
Figure imgf000159_0004
25. El conjugado de la reivindicación
Figure imgf000159_0005
Figure imgf000159_0006
26. El conjugado de la reivindicación 20, en el que
Str es un resto químico representado por la siguiente fórmula:
Figure imgf000159_0007
R6 es alquileno C1-C6 ;
Sp es -alquilen Ci-C6-C(O)NH- o —Ar—Rb—, donde Ar es arilo, Rb es (alquilen Ci-C3)O-.
27. El conjugado de la reivindicación 1, que tiene la fórmula:
Figure imgf000160_0001
en la que
Y es heteroarilo, arilo, -C(O)alquileno C1-C6 , alquilen C1-C6-NH2 , alquilen C1-C6-NH-CH3 , alquilen C1-C6-N-(CH3)2, alquenilo C1-C6 o alquilenilo C1-C6 ;
R1 es alquil C1-C6-NH2 , (alquil C1-C6)NHC(NH)NH2 o (alquil C1-C6)NHC(O)NH2 ;
R3 y R2 son cada uno independientemente H, alquilo C1-C10, alquenilo C1-C10, arilalquilo o heteroarilalquilo, o R3 y R2 juntos pueden formar un cicloalquilo C3-C7; y
p es 1, 2, 3 o 4.
28. El conjugado de la reivindicación 1, que tiene la fórmula:
Figure imgf000160_0002
p es 1, 2, 3 o 4;
R1 es alquil C1-C6-NH2 , (alquil C1-C6)NHC(NH)NH2 o (alquil C1-C6)NHC(O)NH2 ;
R4 y R5 son cada uno independientemente alquilo C1-C6 , en el que dicho alquilo no está sustituido, o R4 y R5 pueden formar un anillo de cicloalquilo C3-C7.
29. El conjugado de la reivindicación 1, en el que L1 tiene la siguiente fórmula:
Figure imgf000161_0001
en la que R1 y R2 se seleccionan independientemente de H y alquilo C1-C6 , o R1 y R2 forman un grupo cicloalquilo o heterociclilo de 3, 4, 5 o 6 miembros.
30. El conjugado de la reivindicación 1 seleccionado del grupo que consiste en PAC1, PAC2, PAC3, PAC4 y PAC5.
31. El conjugado de la reivindicación 1, en el que p es de aproximadamente 1,0 a aproximadamente 3.
32. El conjugado de la reivindicación 1, en el que p es aproximadamente 2.
33. Una composición farmacéutica que comprende un conjugado de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 32 y uno o más excipientes farmacéuticamente aceptables.
34. Un conjugado de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 32 o una composición farmacéutica de la reivindicación 33 para su uso en tratamiento.
35. Un conjugado de la reivindicación 34 para su uso en el tratamiento del cáncer.
36. Un conjugado para su uso de la reivindicación 35, en el que dicho cáncer se selecciona del grupo que consiste en carcinoma, linfoma, blastoma, sarcoma, leucemia, neoplasias malignas linfáticas, cáncer de células escamosas, cáncer de pulmón incluyendo carcinoma de pulmón microcítico, carcinoma de pulmón no microcítico, adenocarcinoma de pulmón y carcinoma escamoso de pulmón, cáncer del peritoneo, cáncer hepatocelular, cáncer gástrico o de estómago incluyendo cáncer gastrointestinal, cáncer pancreático, glioblastoma, cáncer de cuello uterino, cáncer de ovario, cáncer de hígado, cáncer de vejiga, hepatoma, cáncer de mama, cáncer de colon, cáncer rectal, cáncer colorrectal, carcinoma de endometrio o de útero, carcinoma de las glándulas salivales, cáncer de riñón o renal, cáncer de próstata, cáncer vulvar, cáncer de tiroides, carcinoma hepático, carcinoma anal, carcinoma de pene y cáncer de cabeza y cuello.
37. Un conjugado para su uso de la reivindicación 35, en el que dicho cáncer es un cáncer positivo para HER2, en particular cáncer de mama o cáncer gástrico.
38. Un conjugado de la reivindicación 34 para su uso en el tratamiento de una enfermedad autoinmunitaria.
39. Un conjugado para su uso de la reivindicación 38, en el que dicha enfermedad autoinmunitaria se selecciona del grupo que consiste en trastornos reumatológicos, artrosis, trastornos gastrointestinales y hepáticos autoinmunitarios, vasculitis, trastornos neurológicos autoinmunitarios, trastornos renales, trastornos dermatológicos autoinmunitarios, trastornos hematológicos, ateroesclerosis, uveítis, enfermedades auditivas autoinmunitarias, enfermedad de Behcet, síndrome de Raynaud, trasplante de órganos, trastornos endocrinos autoinmunitarios, enfermedad de Addison y enfermedad tiroidea autoinmunitaria.
40. Un conjugado para su uso de la reivindicación 38, en el que dicha enfermedad autoinmunitaria se selecciona del grupo que consiste en artritis reumatoide, colitis ulcerosa, vasculitis asociada a ANCA, lupus, esclerosis múltiple, síndrome de Sjogren, enfermedad de Graves, DMID, anemia perniciosa, tiroiditis y glomerulonefritis.
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