KR960005737B1 - 핵산 배열의 증폭 방법 - Google Patents

핵산 배열의 증폭 방법 Download PDF

Info

Publication number
KR960005737B1
KR960005737B1 KR1019910700408A KR910700408A KR960005737B1 KR 960005737 B1 KR960005737 B1 KR 960005737B1 KR 1019910700408 A KR1019910700408 A KR 1019910700408A KR 910700408 A KR910700408 A KR 910700408A KR 960005737 B1 KR960005737 B1 KR 960005737B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
dna
rna
template
nucleic acid
polymerase
Prior art date
Application number
KR1019910700408A
Other languages
English (en)
Inventor
로렌스 티. 말렉
체릴 데이비
그라함 헨더슨
로이 수크나난
Original Assignee
캔진 코포레이션
1996년05월01일
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 캔진 코포레이션, 1996년05월01일 filed Critical 캔진 코포레이션
Application granted granted Critical
Publication of KR960005737B1 publication Critical patent/KR960005737B1/ko

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6832—Enhancement of hybridisation reaction
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6865—Promoter-based amplification, e.g. nucleic acid sequence amplification [NASBA], self-sustained sequence replication [3SR] or transcription-based amplification system [TAS]
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S435/00—Chemistry: molecular biology and microbiology
    • Y10S435/81—Packaged device or kit
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
    • Y10T436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
    • Y10T436/14—Heterocyclic carbon compound [i.e., O, S, N, Se, Te, as only ring hetero atom]
    • Y10T436/142222—Hetero-O [e.g., ascorbic acid, etc.]
    • Y10T436/143333—Saccharide [e.g., DNA, etc.]

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Networks Using Active Elements (AREA)

Abstract

내용 없음.

Description

[발명의 명칭]
핵산 배열의 증폭 방법
[도면의 간단한 설명]
제1a도는 핵산 증폭 방법의 일반적인 도해이다.
제1b도는 센스(+) RNA 분자로부터 시작하는 핵산 증폭 방법의 예시이다.
제1c도는 제한 리보뉴클레아제에 의해 잘려져서 변성된 dsDNA로부터 시작하는 핵산 증폭 방법의 예시이다.
제1d도는 변성된 dsDNA로부터 시작하는 핵산 증폭 방법의 예시이다.
제2도는 증폭 공정을 시험하는데 사용되는 합성 올리고유클레오티드 DNA 배열을 도시한 것이다.
제2a도는 개그(gag) 시험 배열이고 제2B도는 개그 2 시험 배열이다.
제3도는 다른 템플레이트 농도를 사용한 증폭 반응의 PAGE 분석 오우토라디오그램(autoradiogram)이다.
제4도는 다른 템플레이트 농도를 사용한 증폭 반응의 PAGE 분석 오우토라디오그램이다.
제5도는 증폭 반응시의 Dot-blot 교잡의 오우토라디오그램이다.
제6도는 템플레이트로 제한 프라그먼트(fragments)를 사용하는 증폭 반응의 PAGE 분석 오우토라디오그램이다.
제7도는 불특정생성물(NSPs)에 대한 효과를 나타내는, 0∼2% DMSO를 이용하여 HIV 표적 배열없이(템플레이트가 아님) 증폭 반응의 적정을 위해 아가로오즈겔로 착색된 에티듐 브로마이드(eithidium bromide)이다.
제8도는 NSPs의 제거를 보여주는, 0%(-) 및 15%(+) DMSO를 이용하여 템플레이트 없이(nt) 그리고 104카피의 템플레이트에 증폭 반응의 아가로오즈겔로 착색된 에티듐 브로마이드이다.
제9도는 증가된 재현성 및 감수성을 보여주는, 0%(-) 및 15%(+) DMSO를 이용하여 템플레이트 없이(nt) 그리고 103및 104카피의 템플레이트에 증폭 반응의 slot-blot 교잡 분석한 오우토라디오그램이다.
제10a도는 증폭된 템플레이트의 검출을 위한 BSA와 DMSO 조합에 의한 감수성의 증가를 보여주는, 50㎍/㎖ BSA, 0% DMSO와 0% BSA, 15% DMSO와 100㎍/㎖ BSA, 및 15% DMSO를 이용하여 템플레이트없이(nt) 그리고 104카피의 템플레이트에 증폭 반응의 아가로오즈겔이 착색된 에티듐 브로마이드이다.
제10b도는 증폭된 템플레이트의 검출을 위한 BSA와 DMSO 조합의 증가된 감수성과 DMSO만을 사용하여 증가된 재현성을 보여주는, 50㎍/㎖ BSA, 0% DMSO와 0% BSA, 15% DMSO와 50㎍/㎖, 15% DMSO와 100㎍/㎖ BSA, 및 15% DMSO를 이용하여 템플레이트없이(nt) 그리고 104카피의 템플레이트에 증폭 반응의 slot-blot 교잡 분석의 오우토라디오그램이다.
제11도는 증폭된 템플레이트의 검출을 위한 BSA와 DMSO 조합의 증가된 감수성과 DMSO만을 사용하여 증가된 재현성을 보여주는, 15% DMSO 단독 및 15% DMSO와 100㎍/㎖ BSA를 이용하여 템플레이트없이 그리고 103및 104카피의 템플레이트에 증폭 반응의 slot-blot 교잡 분석의 오우토라디오그램이다.
[발명의 상세한 설명]
[발명의 분야]
본 발명은 특정의 핵산 배열을 증폭시키기 위한 강화된 방법에 관한 것이다.
[발명의 배경]
상보적인(complementary) 배열의 핵산을 갖는 샘플을 프로브(probing)하므로서 샘플내에 존재하는 특정 해간 배열을 검출하는 것은 공지의 진단 방법이다. 핵산은 상보적인 핵산에 결합하는 것이 매우 특수하기 때문에 샘플내에 특정의 핵산이 존재하는지의 여부를 측정하는데 유용하다. 단지 검출되는 특정 핵산의 배열을 알아야만 하며 그 특정 핵산 배열에 대해 상보적인 핵산 배열을 갖는 프로브를 구성해야만 한다.
본 출원에서 "특정의 핵산배열"은 증폭시키기 원하는 단일 사슬(single stranded) 또는 이중 사슬(double stranded)의 핵산을 의미하고, "샘플"은 핵산을 함유하는 혼합물을 의미하며, "충분히 상보적인"은 두개의 핵산, 프라이머 및 템플레이트(template)가 주어진 이온 강도 및 온도 조건하에서 효과적이며, 프라이머 의존성(primer-dependent)이고, 템플레이트 지향적(template directed)인 DNA 합성을 하도록 특수한 상호 작용을 할 수 있는 것을 의미한다. "DMSO"는 사용된 기질 또는 효소에 어떤 악영향(ill-effects)없이 분자 유전학적 반응에 사용되는 순수한 디메틸 설폭사이드를 의미하는데 DMSO 대신에 관능적으로 동등한 알킬설폭사이드를 사용할 수 있다. "BSA"는 분자 생물학적 반응에 사용하기 적당한 품질의 보빈 세륨 알부민(bovine serum albumin)을 의미하는데 어떤 DNases, DNA 닉킹 활동(nicking activity), RNases 및 프로테아제가 없어야 한다. BSA 대신에 관능적으로 동등한, 적당한 캐리어(carrier) 단백질이 사용될 수 있다.
핵산 프로브는 매우 특수하기 때문에 어떤 상황에서는 핵산 배열에 의해 생성된 단백질보다 핵산 배열 그 자체를 프로브하는 것이 바람직하다. 그 예로, 단지 단백질 검출에 의존한 진단 방법은 DNA 게놈(genome)이 결핍된 심각한 수준의 비감염성 항원 입자의 존재로 인하여 B형 간염 바이러스 감염 입자의 존재를 측정하는데 부적합하다. 또 다른 예로서 전압상태 또는 양성의 경부종양 모두에서 발견된 다양한 아형의 인간의 유두종 바이러스는 핵산 프로브 교잡에 의해서만 식별될 수 있다. 또한, AIDS 바이러스의 특수한 유전학적 기질은 AIDS 바이러스의 특정 핵산 배열의 존재에 기초한 평가가 진단학적으로 더 우수하다.
현존하는 핵산 프로브 기술을 적용하는데 가장 어렵고 제한적인 것은 카피수(copy number) 문제이다. 예를 들면, 바이러스 또는 세포에는 통상적으로 단일 카피의 특수한 유전자가 있다. 이 하나의 카피 유전자 생성물 즉, RNA 또는 단백질의 많은 카피를 야기시킨다. 이러한 이유 때문에 진단 기술로서 단백질을 프로빙하는 것이 포함되는데 이것은 검출되는 핵산의 특정 배열이 단백질의 수많은 카피를 일으킬 수 있기 때문이다.
세포당 100,000카피까지의 자연적으로 발생하는 많은 수의 리보좀RNA는 핵산 프로브를 이용한 레지오넬라(Legionella) 및 마이코플라즈마(Mycoplasma)와 같은 세균병원체의 진단에 용이하도록 젠프로브(GenProbe)로 사용되어 왔다. 그러나, 이러한 방법은 바이러스와 같은 비세포성 병원체 또는 낮은 카피수를 갖는 프로브된 핵산 배열에는 사용될 수 없다. AIDS 검출을 위한 핵산 프로브법의 개발에 중대한 문제는 카피수이다. 이는 동화된 프로바이러스(provirus)가 말초 혈액 임파구의 1/10,000보다 더 적게 존재할 수 있기 때문이다. 따라서, 만약 샘플중에 존재하는 것으로 추측되는 특정의 핵산 배열을 증폭시킬 수 있으면 카피수 문제는 해결될 수 있으며 프로브 평가는 쉽게 이용될 수 있다.
단지 소수의 세포만을 함유하며 따라서 소수의 특정 유전자 카피만을 함유하는 표준 생물학적 샘플에서는 카피수 문제를 극복하기 위해 증폭 방법을 이용하는 것이 필요하다.
증폭하기 위한 하나의 방법은 샘플을 그로우 아웃(grow out)하는 것이다. 즉, 샘플에 존재하는 살아 있는 생물학적 물질들이 스스로 중식하도록 조건들을 맞춰주는 것이다. 이 중식은 핵산 배열의 양을 검출될 수 있는 수준까지 증가시킬 수 있다. 예를 들면, 식품공업에서는 제조된 식품 중에서 음식 중독을 일으키는 박테리아 살모넬라(Salmonella)를 검출하기 위해서 음식 샘플을 수일 동안 배양시켜야만 하는데 이는 핵산 카피수의 양을 증가시키기 위해서이다. 임상 샘플에서도 역시 병원체를 적절한 시간 동안 핵산 카피수의 양을 증가시켜야만 한다.
1987년 7월 28일 특허된 세투스 코포레이션(Cetus Corporation)의 미국 특허 제4, 683, 195호 및 1987년 11월 28일 특허된 동사의 미국 특허 제4, 683, 202호는 각각 샘플에 함유된 표적 핵산 배열을 증폭시키는 방법에 관한 것이다. 미국 특허 제4, 683, 195호는 표적 DNA 배열을 함유하는 것으로 생각되는 샘플을 올리고뉴클레오티도(oligonucleotide) 프라이머로 처리하고 프라이머 확장(extension) 생성물을 합성하여 템플레이트로 공급하므로서 표적 DNA 배열을 증폭시키는 방법에 관한 것이다. 프라이머 확장 생성물은 열변성을 이용하여 바람직하게 템플레이트로부터 분리된다. 마찬가지로, 미국 특허 제4, 683, 202호 역시 2개의 별개 상보적인 사슬을 갖는 표적 DNA 배열을 증폭시키는 방법에 관한 것이다. 이 방법은 확장 생성물을 합성하기 위하여 프라이머로 이 사슬들을 처리하고 템플레이트로부터 프라이머 확장 생성물을 분리하고 이어서 템플레이트로서 프라이머 확장 생성물을 사용하는 것이 포함되어 있다.
위의 두 미국 특허는 증폭 공정시에 수공 또는 기계적인 힘 및 사용자에 의한 다단계의 작업이 요구되며 DNA만을 증폭시키는 것이 제한된다. 이 특허들에 포함된 단계들은 사용자가 샘플을 가열하고 냉각시키며 적절한 효소들을 첨가하며 이 단계들을 반복해야 한다. 온도 변화는 효소들의 그 활성을 떨어뜨리기 때문에 사용자가 증폭 공정동안 적절한 수의 효소를 갖는 증폭 혼합물을 반복적으로 보충해야 한다.
또한, 상기 특허들에는 증폭 공정의 각 사이클(cycle)이 제2템플레이트의, 제1템플레이트로부터 합성에 의해 일어나는데 제2템플레이트는 제1템플레이트를 합성하는데 이용된다. 이 과정이 반복되고 따라서, 증폭 공정의 각 싸이클은 하나의 기질로부터 하나의 생성물을 합성하는데 기초가 된다.
선행 기술에서 설명된 증폭 공정에도 불구하고 증폭 공정의 개선점은 존재한다. 증폭 공정에 덜 손이 가고, 이용자에 의해 간단히 조작되며, DNA만을 증폭시키는데 제한을 주지 않는다면 보다 바람직할 것이다. 또한 증폭이 그 공정에 포함된 효소의 활성에 영향을 끼치지 않도록 상대적으로 일정한 상온에서 이루어진다면 보다 잇점이 있을 것이다. 템플레이트가 증폭 공정의 각 싸이클에서 하나의 기질로부터 하나 이상의 생성물을 생성하는데 사용될 수 있다면 보다 편리할 것이다.
[발명의 요약]
본 발명은 통상의 증폭 공정보다 편리하고 덜 손이 가며 조작이 간편한 단일 사슬 RNA(ssRNA), 단일 사슬 DNA(ssDNA) 또는 이중 사슬 DNA(dsDNA)의 증폭 방법에 관한 것이다. 이 증폭은 상대적으로 일정한 상온에서 이루어진다. 또한 이 공정의 각 싸이클은 하나의 안티센스(antisense) RNA 템플레이트로부터 다수의 생성물 카피를 생성한다. 본 발명의 증폭 공정은 특정 핵산의 양을 증가시키는데 사용할 수 있으므로 카피수 문제를 해결한다. 따라서, 프로브 평가가 보다 쉽게 이용될 수 있다. 또한, 이 증폭 공정은 통상의 클로닝 방법론의 대용으로서 특정 핵산 배열의 순도를 높이는데 이용될 수 있다.
본 발명의 하나의 목적은 특정 핵산 배열의 증폭 방법을 제공하는 것이다. 이 방법은 단일 사슬 RNA, 단일 사슬 DNA 및 이중 사슬 DNA의 합성을 포함한다. 단일 사슬 안티센스 RNA는 제2프라이머용 제1템플레이트이고, 단일 사슬 DNA는 제1프라이머용 제2템플레이트이며, 이중 사슬 DNA는 제1템플레이트의 다수 카피들의 합성을 위한 제3템플레이트이다. 제1 또는 제2프라이머의 배열은 특정 핵산 배열에 대해 충분히 상보적이며, 제1 또는 제2프라이머의 배열은 특정 핵산 배열에 대해 충분히 일치한다. 제2프라이머는 제1RNA 템플레이트의 3' 말단에 결합하여 제2DNA 템플레이트를 생성한다. 제1프라이머의 3' 말단은 제2DNA 템플레이트의 3' 말단에 교잡된다(hybridizes). 제2템플레이트는 제1템플레이트로부터 제거되어 상보적인 DNA사슬을 생성하는데 이용된다. 최종의 이중 나선의 DNA는 다수의 제1템플레이트를 합성하기 위한 제3템플레이트로 제공되며 이어서 위에 설명된 싸이클이 반복된다.
본 발명의 특정 핵산 배열을 증폭시키기 위한 또 다른 방법은 아래와 같다.
(a) 제1템플레이트에 제1프라이머를 교잡한다. 제1프라이머는 제1템플레이트의 RNA 배열에 대해 충분히 상보적인 DNA 배열을 갖는다.
(b) 제1프라이머에 공유하게(covalently) 결합되고 제1템플레이트의 RNA 배열에 상보적인 제1DNA 배열을 합성한다. 이 제1DNA 배열 및 제1프라이머는 제2템플레이트를 포함한다.
(c) 제2프라이머가 교잡되도록 제2템플레이트로부터 제1템플레이트를 분리시킨다.
(d) 제2템플레이트에 제2프라이머를 교잡시킨다. 제2프라이머는 제2템플레이트의 DNA 배열에 충분히 상보적인 DNA 배열을 갖는다. 또한 제2프라이머는 상보적인 배열의 촉진 유전자(promoter) 및 RNA 폴리머라제(polymerase)를 위한 상보적인 배열의 전사 개시 부위를 갖는다.
(e) 제2프라이머에 공유하게 결합되고 제2템플레이트의 DNA 배열에 상보적인 제2DNA 배열을 합성하고, 제2템플레이트에 공유하게 결합되고 제2프라이머의 DNA 배열에 상보적인 제3DNA 배열을 합성한다. 제2 및 제3DNA 배열 그리고 제2프라이머 및 제2템플레이트는 제3템플레이트를 포함한다.
(f) 제3템플레이트로부터 제1템플레이트의 다수 카피의 RNA 배열을 합성한다.
선택적으로, 본 발명에 의한 증폭 방법은 하기 단계들을 포함한다. (A) 기능적인 촉진 유전자의 배열을 포함하는 제1올리고데옥시뉴클레오티드 프라이머, 기능적인 촉진 유전자에 상보적인 5' 말단 세그먼트 포함하는 제2올리고데옥시유클레오티드 프라이머, RNA-지향성 폴리머라제, DNA-지향성 DNA 폴리머라제, DNA-지향성 RNA 폴리머라제 단일 또는 이중 사슬의 RNA 또는 DNA를 가수 분해하지 않고 RNA/DNA 잡종의 RNA를 제거하는 리보뉴클레아제(ribonuclease). 리보뉴클레오사이드와 데옥시리보뉴클레오사이드 트리포스페이트 및 최소한 하나의 DMSO 또는 BSA를 함유하는 단일 반응 배지(single reaction medium)를 제공하는 단계. (B) 하나 또는 그 이상의 하기 물질들을 반응 배지에 첨가하는 단계.
(i) (a) 제2프라이머의 3' 말단 부위에 대하여 3' 말단에서 교잡하는 센스 RNA 배열, 또는 (b) 제1프라이머에 의해 3' 말단에 교잡된 안티센스(anti-sense) RNA 배열을 포함하는 단일 사슬 RNA 분자, (ii) (a) 제2프라이머의 3' 말단에 대해 3' 말단에서 교잡하는 제2프라이머 결합 DNA 배열 또는 (b) 기능적인 촉진 유전자에 대해 상보적인 5' 말단 배열을 포함하는 촉진 유전자 상보성 DNA 배열 또는 (c) 제1프라이머에 의해 5' 말단에서 교잡된 제1프라이머 결합 DNA 배열을 포함하는 단일 사슬 DNA 분자, (iii) 증폭 가능한 세그먼트 및 기능적인 촉진 유전자를 포함하는데 기능적인 촉진 유전자가 세그먼트에 인접하며 세그먼트의 전사를 조절하도록 배향된 변성 이중 사슬 DNA 분자. (c) RNA 분자의 일부, 단일 사슬 DNA 분자 및 이중 사슬 DNA 분자로 이루어진 최소한 하나의 군이 하나 이상의 안티센스 RNA 배열의 카피를 생성하기 위한 템플레이트로서 사용되도록 조건을 설정해 주는 단계. 여기에서 안티센스 RNA 배열의 카피를 생성하기 위한 템플레이트로서 사용되도록 조건을 설정해 주는 단계. 여기에서 안티센스 RNA 배열은 반응 배지에서 하기의 단계를 포함하는 순환을 시작한다 : (i) 안티센스 RNA 배열의 3' 말단에 있는 부위에 제1프라이머를 교잡한다. (ii) RNA-지향성 DNA 폴리머라제의 작용에 의해 RNA/DNA 잡종을 형성하는데 RNA/DNA 잡종은 제2DNA 세그먼트를 형성하도록 제1프라이머의 3' 말단에 공유하게 결합된 제1DNA 세그먼트를 포함하며 제1DNA 세그먼트는 안티센스 RNA 배열의 최소한 일부분에 상보적이다. (iii) 안티센스 RNA 배열의 최소한 몇부분에서 리보뉴클레아제의 작용에 의해 제2DNA 세그먼트롤 RAN/DNA 잡종으로부터 방출시킨다. (iv) 이중 나선(duplex)을 형성하도록 제2프라이머의 3' 말단에 제2DNA 세그먼트의 3' 말단을 교잡시키는데 이는 하기 물질들을 생성하도록 DNA-지향성 DNA 폴리머라제에 의해 작용된다. (a) 제2프라이머 3' 말단에 공유적으로 결합되고 제1DNA 세그먼트에 상보적인 제3DNA 세그먼트, (b) 제3DNA 세그먼트와 제1프라이머를 포함하는 제4DNA 세그먼트, (c) 제2DNA 세그먼트에 공유적으로 결합되고 제2프라이머의 이중 나선되지 않는 5' 말단에 상보적인 제5DNA 세그먼트, (d) 제2DNA 세그먼트와 제5DNA 세그먼트를 포함하는 제6DNA 세그먼트, (v) (a) 이중 나선상의 RNA 폴리머라제의 작용에 의해 안티센스 RNA 배열과 일치하는 다수의 RNA 배열 및 (b) 제4DNA 세그먼트 및 제6DNA 세그먼트와 일치하는 다수의 DNA 배열을 생성한다.
제1 또는 제2프라이머의 배열은 특정 핵산 배열에 충분히 상보적이며 제1 또는 제2프라이머의 배열은 특정 핵산 배열과 충분히 일치한다. 제1프라이머의 3' 말단은 상보적인 사슬상으로 제2프라이머의 3' 말단을 향하여 배향되어 있다.
본 발명의 또 다른 방법은 DNA의 제2프라이머가 제2템플레이트의 DNA 배열에 충분히 상보적인 배열을 3' 말단에 갖는다. 제2프라이머는 촉진 유전자의 상보적인 배열 및 RNA 폴리머라제를 위한 전사 개시 부위의 상보적인 배열을 5' 말단에 갖는다.
또한, 제2템플레이트에 공유적으로 결합된 제3DNA 배열이 제2프라이머의 5' 말단에서 DNA 배열에 대해 상보적이다.
본 발명에서 특정 핵산 배열을 증폭시키기 위한 또다른 방법은 샘플에 제1프라이머, 제2프라이머, 리보뉴클레아제 H, RNA-지향성 DNA 폴리머라제, DNA-지향성 DNA 폴리머라제, RNA 폴리머라제, 리보뉴클레오사이드 트리포스페이트 및 데옥시리보뉴클레오타이드 트리포스페이트를 조합시키는 것이다. DNA의 제1프라이머는 RNA의 제1템플레이트에 충분히 상보적인 배열을 갖는다. DNA의 제2프라이머는 DNA의 제2템플레이트에 충분히 상보적인 배열 및 RNA 폴리머라제에 의한 기질로서 인식되는 촉진 유전자의 상보적인 배열과 전사개시 부위의 상보적인 배열을 갖는다. 제1 또는 제2프라이머의 배열은 특정 핵산 배열에 대해 충분히 상보적이며 제1 또는 제2프라이머의 배열은 특정 핵산의 배열과 충분히 일치한다. 제1프라이머의 3' 말단은 상보적인 사슬상으로 제2프라이머의 말단 3'을 향하여 배향되어 있다.
특정 핵산 배열을 증폭시키기 위한 본 발명의 또다른 방법은 샘플에 제1프라이머, 제2프라이머, 아비안 마이오블라스토시스비랄 폴리머라제(avian myoblastosis viral polymerase), 이. 콜리(E. Coli) 리보뉴클레아제 H, 박테리오파이지 T7 RNA 폴리머라제, 리보뉴클레오사이드 트리포스페이트 및 데옥시리보뉴클레오타이드 트리포스페이트를 첨가하는 것이다. DNA의 제1프라이머는 RNA의 제1템플레이트에 충분히 상보적인 배열을 가지며 DNA의 제2프라이머는 제2템플레이트에 충분히 상보적인 배열 및 T7 RNA 폴리머라제에 의해 기질로 인식되는 촉진 유전자의 상보적인 배열 및 전사 개시 부위의 상보적인 배열을 갖는다. 제1 또는 제2프라이머의 배열은 특정 핵산 배열에 충분히 상보적이며 제1 또는 제2프라이머의 배열은 특정 핵산 배열과 충분히 일치한다. 제1프라이머의 3' 말단은 상보적인 사술상으로 제2프라이머의 3' 말단을 향하여 배향되어 있다.
본 발명의 또다른 목적은 핵을 증폭시키기 위한 킷트(kit)를 제공하는 것이다. 이 킷트는 (a) 제1올리고뉴클레오티드 프라이머 용액을 함유하는 리셉터클(receptacle), (b) 제2올리고뉴클레오티드 프라이머 용액을 함유하는 리셉터클, (c) 단일 또는 이중 사슬 RNA 또는 DNA를 가수분해하지 않고 RNA/DNA 잡종의 RNA를 가수분해하는 리보뉴클레아제 용액을 함유하는 리셉터클, (d) RNA-지향성 DNA 폴리머라제 용액을 함유하는 리셉터클, (e) DNA-지향성 RNA 폴리머라제 용액을 함유하는 리셉터클, (f) DNA-지향성 DNA 폴리머라제 용액을 함유하는 리셉터클, (g) 리보뉴클레오사이드 트리포스페이트 용액을 함유하는 리셉터클, (h) 데옥시리보뉴클레오타이드 트리포스페이트 용액을 함유하는 리셉터클, (i) DMSO 용액을 함유하는 리셉터클 및 (j) BSA 용액을 함유하는 리셉터클의 조립으로 구성된다.
본 발명의 또다른 목적은 DMSO를 0∼30% 범위의 농도로 제공하며, BSA를 5∼2500㎍/㎖ 범위의 농도로 제공하는 것이다. 선택적으로, DMSO는 0∼30% 범위의 농도로 제공되며 BSA는 50-500㎍/㎖ 범위의 농도로 제공된다. 또한, DMSO은 15-25%의 농도로 제공되며 BSA는 50-500㎍/㎖ 범위의 농도로 제공된다.
본 발명의 또다른 목적은 DMSO와 BSA로의 증폭은 DMSO 또는 BAS 첨가하지 않은 증폭보다 최소한 10배 이상 증가되도록 하는 것이다. 또다른 목적은 증폭이 DMSO 또는 BAS 없는 증폭보다 최소한 1000배 이상으로 증가되도록 하는 것이다. 본 발명의 또다른 목적은 증폭이 DMSO 또는 BAS 없는 증폭보다 최소한 104배 이상 증가되도록 하는 것이다. 본 발명의 또다른 목적은 증폭이 DMSO 또는 BAS 없는 증폭보다 최소한 106배 이상 증가되도록 하는 것이다. 본 발명의 또다른 목적은 증폭이 DMSO 또는 BSA 없는 증폭보다 최소한 108배 이상 증가되도록 하는 것이다.
[발명의 상세한 설명]
본 발명은 특정 핵산 배열의 증폭 방법에 관한 것이다. 이 증폭은 DNA 및 RNA의 선택적인 합성을 포함하는데 제1a도 내지 제1d도에 일반적이고도 상세하게 설명되어 있다. 이 공정에서 단일 사슬 안티센스(-) RNA는 단일 사슬 DNA로 변환되어 이어서 dsDNA로 변환되며 또다시 원래의 단일 사슬 RNA의 다수 카피 합성을 위한 기능적인 템플레이트가 된다. 제1프라이머 및 제2프라이머가 증폭 공정에 이용되는데 제1프라이머 또는 제2프라이머의 배열은 특정 핵산 배열에 대해 충분히 상보적이며 제1 또는 제2프라이머의 배열은 특정 핵산 배열에 대해 충분히 일치한다. 어떤 경우, 예를 들면 특정 핵산 배열이 이중 사슬 DNA라면 제1프라이머 및 제2프라이머 모두는 특정 핵산 배열에 충분히 상보적이면서 충분히 일치한다.
(-) RNA는 RNA의 3' 말단(제1템플레이트)에 올리고뉴클레오티드 프라이머(제1프라이머)를 교잡시키고 RNA-지향성 DNA 폴리머라제를 사용하여 제1프라이머(제1DNA 배열)로부터 DNA의 상보적인 사슬을 합성시키므로서 단일 사슬의 DNA로 변환된다. 그 결과의 단일 사슬의 DNA(제2템플레이트)는 예를 들면 RNA-DNA 잡종에 대해 특수한 리보핵산뉴클레아제(예를 들면, 리보뉴클레아제 H)를 이용하여 제1템플레이트를 가수 분해하므로서 제1템플레이트로부터 분리된다. 제2템플레이트는 RNA 합성을 할 수 있는 형태로 변환되는데 이것은 제2템플레이트의 3' 말단에 대해 충분히 상보적인 배열을 3' 말단에 함유하며 촉진 유전자의 상보적인 사슬 및 전사개시 부위의 안티센스 배열을 함유하는 배열을 5' 말단에 함유하는 합성 올리고뉴클레오티드(제2프라이머)를 교잡시키고, 템플레이트로 제2템플레이트를 이용하여 제2프라이머의 3' 말단에 공유적으로 결합된 제2DNA 배열을 합성하며, 템플레이트로 제2프라이머를 이용하여 제2템플레이트의 3' 말단에 공유적으로 결합된 제3DNA 배열을 DNA 지향성 DNA 폴리머라제를 이용하여 합성하므로서 변환된다. 제3템플레이트인 제2템플레이트의 기능적 유도체는 촉진 유전자 및 제2프라이머에 의해 한정된 전사 개시부위를 위해 특수한 RNA 폴리머라제를 사용하므로서 RNA의 다수 카피들(제1템플레이트)을 합성하는데 이용된다. 각각의 새롭게 합성된 제1템플레이트는 그 순환을 반복하므로서 추가적인 카피의 제2 및 제3템플레이트로 변환될 수 있다. 추가로, 그 순환의 반복은 이용자에 의한 힘 및 조작이 요구되지 않는다.
증폭 공정은 적절한 반응 조건하에서 적절한 효소, 프라이머 및 보조인자들에 적당한 템플레이트 핵산을 첨가하므로서 개시된다. 이 템플레이트 핵산은 동일하게 계속적인 증폭을 할 수 있으며 제1도에서 설명된 싸이클에서 중간체로서 작용할 수 있는 형태이다. 증폭 공정은 전구물질(프라이머, 리보뉴클레오사이드 트리포스페이트 및 데옥시튜클레오티드 트리포스페이트)의 순소비 및 생성물(RNA 및 DNA)의 순축적을 포함한다. RNA 및 DNA의 합성 공정은 핵산이 검출될 수 있는 충분한 수준으로 합성될 때까지 비동시성으로 진행된다. 증폭 공정은 표식된(labled) 전구물질로부터 표식된 생성물을 합성하므로서 모니터할 수 있다.
증폭은 제1도에 일반적으로 도시된 것에 추가하거나 그 대신에 다른 공정을 포함할 수 있는 것으로 예상된다. 임의적으로 낮은 비율로 발생하는 어떤 역효과적인 효소 반응이 가능한데 이중에 포함되는 것이 첨가되는 템플레이트 핵산 없이 RNA 및/또는 DNA를 합성하는 것이다. 그러한 RNA 및/또는 DNA 생성물은 특정 핵산 배열의 두 프라이밍(priming) 부위 사이에서만 발견되는 특수한 배열이 존재하는지의 여부를 측정하므로서 요구되는 생성물과 구별될 수 있다.
제1프라이머는 제1템플레이트의 3' 말단에 충분히 상보적인 배열을 그 3' 말단에 갖는 올리고데옥시리보뉴클레오티드이다. 제1프라이머의 3' 말단에 있는 배열은 주어진 이온 강도 및 온도 조건하에서 제1DNA 배열이 특수하고 효과적으로 합성되도록 특정한 길이 및 염기 조성을 갖는다. 제1프라이머는 첫번째 싸이클에서 제1템플레이트의 3' 말단에 대해 내부 지역에 충분히 상보적일 수 있다. 이어지는 싸이클에서는 제1프라이머의 5' 말단이 제1템플레이트의 3' 말단에 상보적이다. 제1프라이머는 자연 데옥시리보뉴클레오티드 보다는 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 동족체(analogs)로 부분적 또는 모두 구성될 수 있는 것으로 생각된다. 제1프라이머의 5' 말단은 첫번째 싸이클에서 제1템플레이트에 상보적이지 않는 배열을 함유할 수 있다. 이 비상보적인 배열은 검출을 용이하게 하기 위한 리포터같이 고정화될 수 있거나 유용한 비핵산 성분을 결합시킬 수 있는 핵산에 상보적일 수 있다. 선택적으로, 비상보적인 배열은 유전촉진자의 상보적인 배열 및 전사 개시 부위의 상보적인 배열을 포함할 수 있는데 RNA를 합성하는데 사용될 수 있다. 이 RNA는 제1템플레이트에 상보적인데 다른 증폭 싸이클에서의 중간체로 사용될 수 있다.
제2프라이머는 제2템플레이트의 3' 말단에 대해 충분히 상보적인 배열을 그 3' 말단에 함유하는 올리고데옥시리보뉴클레오티드이다. 제2프라이머는 주어진 이온 강도 및 온도 조건하에서 제2 및 제3DNA 배열이 특수하고 효과적으로 합성되도록 특정한 길이 및 염기조성을 갖는다. 또한, 제2프라이머는 기능적인 촉진 유전자의 안티센스 배열 및 전사 개시 부위의 안티센스 배열을 함유한다. 이 배열은 제3DNA 배열의 합성을 위한 템플레이트로 사용될 때 특수하고 효과적으로 RNA 폴리머라제를 결합하고 소정의 부위에서 전사가 개시되도록 충분한 정보를 함유한다. 촉진 유전자 배열은 기능적인 촉진 유전자의 안티센스배열로부터 유도될 수 있다. 전사 개시 부위는 자연 RNA 전사의 5' 말단 배열로부터 유도될 수 있다. 제2프라이머의 바람직한 5' 말단 배열은 AATTCTAATACGACTCACTATAGGGAG이다. 이 배열은 T7 RNA 폴리머라제를 위한 촉진 유전자의 안티센스 배열 및 전사 개시 부위의 안티센스 배열을 함유한다. 선택적으로 또다른 파아지 RNA 폴리머라제를 위한 전사 개시 부위 및 촉진 유전자가 사용될 수 있다. 또한, 촉진 유전자 기능에 연관되지 않는 배열은 제2프라이머의 5' 말단에 포함되거나 전사 개시 부위와 제2템플레이트에 교잡하는 3' 말단에 있는 배열 사이에 포함될 수 있다. 제2프라이머는 자연 데옥시리보뉴클레오티드 보다는 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 동족체로 부분적 또는 완전히 구성될 수 있다.
본 발명에 사용된 모든 효소는 어떤 실제적인 규격을 충족시켜야 한다. 각 효소 또는 효소 제제는 종종 어떤 DNA 폴리머라제 및 단일 사슬 또는 이중 사슬의 특정 엑소뉴클레아제(exonuclease) 또는 엔도뉴클레아제(endonucleases)와 회합되는 5' 또는 3' 엑소뉴클레아제 활동과 같은 유해한 데옥시리보뉴클레아제("DNase") 활동에 대해 자유로와야 한다. 각 효소 또는 효소제제는 RNA와 DNA의 잡종에 대해 특수한 리보뉴클레아제 활동을 추구하는 것을 제외하고는 유해한 리보뉴클레아제("RNase") 활동에 대해 자유로와야 한다. 또한 각 효소는 다른 효소성의 공정 및 RNA 및 DNA 템플레이트에 올리고뉴클레오티드 프라이머를 교잡시키는 것과 같은 비 효소성의 공정에 이용되는 통상의 반응 조건하에서 알맞게 활동적이어야 한다.
본 발명에 사용된 DNA-지향성 RNA 폴리머라제는 촉진 유전자라고 하는 특정의 DNA 배열을 결합하고 시험관 내에서 촉진 유전자에 거의 근접한 한정된 개시 부위에서 RNA 합성을 본질적으로 개시할 수 있는 효소이다. 촉진 유전자와 개시 부위는 제2프라이머의 일부를 형성한다. 또한, RNA 폴리머라제는 소정의 시간안에 기능적인 템플레이트 카피에 대하여 몇번의 RNA 카피 합성할 수 있어야 한다. 바람직하게는 박테리오파아지 T7 RNA 폴리머라제가 사용된다. 또한, 파아지 T3, 파아지 X II, 살로넬라 파아지 sp6 또는 슈도모나스(Pseudomonas)파아지 gh-1과 같은 다른 박테리오파아지 RNA 폴리머라제가 사용될 수도 있다. 다른 실시예에서는 또다른 프로카리오틱(Prokaryotic) 또는 유카리오틱(eukaryotic) DNA- 지향성 RNa 폴리머라제가 사용될 수 있다. RNA 폴리머라제가 선택적으로 사용된다면 제2프라이머의 촉진 유전자 및 개시 배열에 대한 필요한 변화가 특정 RNA 폴리머라제의 템플레이트 특수성에 따라 이루어져야 한다.
본 발명에서 사용된 RNA-지향성 DNA 폴리머라제는 올리고데옥시리보뉴클레오티드 프라이머와 RNA 템플레이트로부터 DNA를 합성할 수 있는 효소이다. 이 효소는 DNA-지향성 DNA 폴리머라제 및 RNase H를 위한 활동을 포함할 수 있다. 바람직한 실시예에서는, 아비안 마이오블라스토시스 비랄 폴리머라제 ("AMV 역전사효소")가 사용된다. 또한, RNA-지향성 DNA 폴리머라제는 말로니 뮤린 류케미아바이러스(Maloney murine leukemia virus)와 같은 다른 레트로바이러스(retrovirus)가 될 수 있다. 선택적으로, 또다른 유카리오틱 RNA-지향성 DNA 폴리머라제가 사용될 수 있다.
본 발명에 사용된 DNA-지향성 DNA 폴리머라제는 올리고데옥시리보뉴클레오티드 프라이머 및 DNA 템플레이트로부터 DNA를 합성할 수 있는 어떤 효소이다. 이 효소는 많은 형태의 DNA 폴리머라제와 회합되는 5'- 또는 3'-엑소뉴클레아제 활동을 포함해서는 안된다. 바람직한 실시예에서는 AMV 역전사 효소가 사용된다. 그러나, 5'- 또는 3'-엑소뉴클레아제 활동이 자연적으로 없는 다른 DNA-지향성 DNA 폴리머라제는 사용될 수 있다. 이러한 것들은 카프 티머스(calf thymus)와 같이 포유동물의 조직으로부터 분리될 수 있는 B 도오즈 DNA 폴리머라제 또는 DNA 폴리머라제와 같은 어떤 유카리오틱 DNA 폴리머라제를 포함할 수 있다. 한편, 부적당한 DNA 폴리머라제는 적당한 숙주 세포에서 변질된 폴리머라제의 발현에 이어지는 DNA 폴리머라제 유전자의 변질 또는 DNA 폴리머라제 단백질의 화학적 변성에 의해 바람직하지 않은 엑소뉴클레아제를 제거함으로서 유용하게 할 수 있다. DNA 폴리머라제의 변질된 전위(versions)는, 이. 콜리 DNA 폴리머라제 I 또는 박테리오 파아지 T7 DNA 폴리머라제의 클레노우 프라그먼트(Klenow fragment)로 이루어진다. 그러한 선택적인 DNA 지향성 DNA 폴리머라제 활동은 바람직한 실시예에서 RNA-지향성 및 DNA-지향성 폴리머라제 활동이 같은 효소에 의해 공급되기 때문에 RNA-지향성 DNA 폴리머라제에 의해 부여되는 활동을 보조하도록 추가되는 것으로 되어야 한다.
본 발명에 사용될 수 있는 RNase H는 상보적인 DNA로 소환되는(annealed) RNA를 가수분해할 수 있는 어떤 효소일 수 있다. 이 효소는 단일 또는 이중 사슬의 RNA 또는 어떤 DNA를 가수분해할 수 있어서는 안된다. 바람직한 실시예에서는, 이. 콜리 RNase H가 사용된다. 또한, 카프 티머스 RNase H와 같은 다른 RNase H 효소들이 사용될 수 있다. RNase H는 AMV 역전사 효소의 고유 활동이기 때문에 이. 콜리 RNase H는 바람직한 실시예에서 AMV 역전사효소의 RNase H에 의해 보충될 것이다. 선택적으로 제1템플레이트로부터 제2템플레이트를 분리할 수 있는 어떤 다른 효소가 사용될 수 있다. 위에 지적된 효소와 프라이머는 필요한 완충제 및 DNA와 RNA의 합성을 위한 보조인자들을 함유하는 반응 용기내에 함께 혼합된다. 이온 조건 및 반응 온도는 이미 공지된 바와 같이 DNA 및 RNA 템플레이트에 대한 특정의 프라이머 교잡에 알맞어야 한다. 반응 혼합물은 증폭 공정을 방해하는 제제, 특히 효소의 활동을 억제시키거나 프라이머와 템플레이트의 교잡을 방해 또는 핵산 중간체 및 생성물을 비생산적으로 퇴화시키는 물질로부터 자유로워야 한다.
가능한 검출기전(scheme)의 설명은 증폭 공정의 적용에 유용하다. 증폭 공정에서 합성된 핵산을 검출하는데 사용될 수 있는 기전은 여기에 설명된 것에 국한되지 않는 것으로 이해되어야만 하며 다른 방법들도 사용될 수 있는 것으로 생각된다.
하나의 실시예로 표식된 전구 물질을 반응 혼합물에 첨가시킬 수 있다. 증폭은 표식된 생성물의 정성 또는 정량 분석에 의해 측정되는데 공지의 방법을 이용하여 표식된 전구 물질로부터 분리될 수 있다. 표식된 전구 물질은 RNA 합성을 검출하기 위한 리보뉴클레오시드 트리포스페이트가 될 수 있거나 DNA 합성을 검출하기 위한 데옥시뉴클레오시드 트리포스페이트 또는 올리고뉴클레오티드 프라이머가 될 수 있다. 표식의 형태는 항체, 가능하게는 단백질 또는 효소와 결합할 수 있는 합텐(hapten), 비오틴(biotin), 발색단(chromophore) 또는 형광단(fluorophore)과 같은 유용한 화학군 또는 방사성 동위제가 될 수 있다. 표식된 생성물은 용해도, 전하 또는 크기를 기초로 표식된 전구 물질로부터 분리될 수 있다. 또한, 표식된 DNA 또는 RNA는 상보적인 배열을 함유하여 고정될 수 있는 핵산에 교잡될 수 있다.
또다른 실시예로 증폭공정의 생성물은 고정된 지지체에 결합될 수 있으며 상보적인 배열을 함유하는 핵산 프로브에 교잡될 수 있고 용액에 잔류하는 비교잡된 핵산 프로브로부터 분리될 수 있다. 그 생성물, DNA 또는 RNA는 소수성, 정전성 또는 공유성 상호 작용과 같은 어떤 안정한 상호 작용에 의해 고정된 지지체에 직접적으로 결합될 수 있다. 또한 생성물은 고정된 단백질, 예를 들면 아비딘(avidin) 또는 스트렙트아비딘(streptavidin)에 결합할 수 있도록 증폭 공정 동안 생성물에 결합될 수 있는 어떤 화학군, 예를 들면 비오틴을 함유할 수 있다. 또한, 생성물은 상보적인 배열을 함유하며 고정될 수 있는 핵산에 교잡될 수 있다. 핵산 프로브는 교잡 조건 하에서 결합시키고, 비교잡된 핵산 프로브의 제거를 위해 이용되는 조건하에서 지속적으로 결합시킬 수 있도록 증폭 공정의 생성물과 충분히 안정한 상호 작용을 할 수 있는 상보적인 배열을 함유한다.
실시예에서 상보적인 배열은 제1프라이머와 제2프라이머의 배열 사이에 있는 특정 핵산 배열의 일부분으로부터 유도된다. 핵산 프로브는 단일 사슬의 DNA 또는 RNA, 또는 단일 사슬로 될 수 있는 이중 사슬의 DNA 또는 RNA, 또는 데옥시리보뉴클레오티드 및/또는 리보뉴클레오티드로 구성될 수 있는 올리고뉴클레오티드가 될 수 있다. 또한, 핵산 프로브는 적절한 조건하에서 생성물인 DNA 또는 RNA에 공유적으로 결합될 수 있는 화학군을 함유한다. 핵산 프로브는 항체에 결합될 수 있는 합텐, 비오틴, 발색단 또는 형광단과 같은 유용한 화학군 또는 방사성 동위체로 표식될 수 있다. 또한, 핵산 프로브는 단백질 또는 효소, 예를 들면 인산 또는 과산화효소에 접합시킬 수 있으며 시험관 내에서 프로브의 복제가 가능하도록 하는 배열을 함유할 수 있다.
증폭공정의 생성물은 분자 클로닝법으로 강화된 핵산을 분석하는데 이용되는 전형적인 방법으로 분석될 수 있는 것으로 생각된다. 선택적으로 특정 DNA 배열의 합성은 전기이동 분리 및 공지의 방법을 이용한 검출에 이어 제한 엔도뉴클레아제와 합성된 DNA의 소화작용(digestion)에 의해 검출될 수 있다. 다른 선택적으로서 증폭된 RNA의 배열은 RNA-지향성 DNA. 폴리머러제, 제1프라이머 및 디데옥시뉴클레오티드 트리포스페이트를 이용한 DNA 합성에 의해 측정될 수 있다(스토플렛(stoflet) 등, 1988). 또다른 선택적으로서 증폭된 제3템플레이트의 배열은 증폭공정에서 사용된 DNA-지향성 RNA 폴리머라제 및 3'-데옥시리보뉴클레오티드를 이용한 RNA 합성에 의해 측정될 수 있다(엑셀로드(Axelrod)와 크라머(Kramer, 1985), 증폭된 RNA는 시험관내에서 번역(translated)될 수 있는 폴리펩타이드를 암호로 바꿔쓸 수 있다(encode). 생체내에서 번역의 폴리펩타이드 생성물은 항체를 이용하여 분석될 수 있다.
특정 핵산 배열을 함유하거나 함유한 것으로 알려진 예상 샘플은 균일하고, 계속적인 증폭을 할 수 있으며 제1도에 도시된 싸이클에서 어떤 증간체가 될 수 있는 템플레이트 핵산의 형태로 반응 혼합물에 첨가된다. 특히, 템플레이트 핵상은 제2프라이머의 3' 말단에 있는 배열과 충분히 일치하는 배열을 5' 말단에 함유하며 제1프라이머에 충분히 상보적인 배열을 함유하는 단일 사슬 DNA일 수 있다. 이러한 형태의 템플레이트 핵산은 증폭 공정에서 제1템플레이트로 작용한다. 선택적으로, 템플레이트 핵산은 최소한 제2프라이머의 3' 말단에 충분히 상보적인 배열을 3' 말단에 함유하며 제1프라이머의 3' 말단에 있는 배열과 충분히 일치하는 배열을 함유한 단일 사슬 DNA일 수 있다. 이러한 형태의 템플레이트 핵산은 증폭 공정에서 제2템플레이트로 작용한다. 선택적으로, 템플레이트 핵산은 하나의 사슬이 제2프라이머의 전체 배열을 5' 말단에 함유하며 제1프라이머에 대해 충분히 상보적인 배열을 함유하는 이중 사슬 DNA일 수 있다. 이 이중 사슬 DNA는 증폭 공정에서 제3템플레이트로 작용한다.
템플레이트 핵산의 제조는 증폭 공정의 일부가 아님에도 불구하고 템플레이트 핵산을 생성하기 위한 가능한 기전의 설명은 증폭 공정에 적용하는데 유용할 수 있다. 템플레이트 핵산을 얻는데 이용될 수 있는 기전은 아래에 설명될 선택적인 것에 제한되지 않으면 다른 방법을 이용할 수도 있다.
하나의 선택으로서, 제1템플레이트로 작용할 수 있는 템플레이트 핵산은 공지의 특정부위 가수분해법을 이용하므로서 보다 큰 RNA 분자로부터 생성될 수 있는, 자연적으로 발생하는 RNA 또는 RNA 프라그먼트일 수 있다(시바하라(shibahara) 등, 1987).
또다른 선택으로서, 제2템플레이트로 작용할 수 있는 템플레이트 핵산은 제2프라이머의 3' 말단에 충분히 상보적인 배열과 직접적으로 접하는 부위를 갖는 제한 엔도뉴클레아제와의 소화 작용에 의해 이중 사슬 DNA로부터 생성될 수 있다. 결과적인 이중 사슬 DNA프라그먼트는 화학적 또는 열적 변성법을 이용하므로서 단일 사슬로 될 수 있다.
또다른 선택적으로 제2템플레이트로서 작용할 수 있는 템플레이트 핵산은 DNA 합성을 차단할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 교잡시킬 수 있는 단일 사슬 DNA 또는 RNA로부터 생성될 수 있다. 이 차단(blocking) 올리고뉴클레오티드는 적절한 조건하에서 템플레이트에 공유적으로 결합될 수 있는 화학군을 함유할 수 있다. 제1프라이머를 이용하여 이 차단 템플레이트로부터 DNA를 합성하는 것은 제2템플레이트와 같은 3' 말단에 합성될 DNA를 가져올 수 있다. 만약 원래의 템플레이트가 RNA일 경우 결과적인 DNA-RNA 잡종은 템플레이트 핵산으로 직접 사용될 수 있으며, 원래의 템플레이트가 DNA일 경우 결과적인 제2템플레이트의 카피는 화학적 또는 열적 변성법을 사용하므로서 원래의 템플레이트로부터 분리될 수 있다.
또다른 선택으로서, 제3템플레이트로 작용할 수 있는 템플레이트 핵산은 제2프라이머를 이용한 DNA 또는 RNA 템플레이트로부터의 DNA 합성에 의하여 단일 사슬 DNA 또는 RNA로부터 생성될 수 있다. 결과적인 합성된 DNA는 화학적 또는 열적 변성 방법을 사용하므로서 원 템플레이트로 분리될 수 있다. 또한, RNA 템플레이트는 화학적 또는 효소적인 방법을 사용하므로서 가수분해될 수 있다. 결과적인 단일 사슬의 DNA는 그 5' 말단에 공유적으로 결합된 제2플라이머의 배열을 가지며 제1프라이머에 충분히 상보적인 배열을 함유한다. 이 단일 사슬 DNA는 단일 사슬 DNA에 제1프라이머를 교잡시키고, 제1프라이머에 공유적으로 결합되고 단일 사슬 DNA에 상보적인 DNA 배열을 합성시키므로서 전사적으로 기능적인 이중 사슬 DNA로 변환될 수 있다.
또다른 선택으로서, 단일 사슬의 DNA 또는 RNA 템플레이트는 화학적, 열적 또는 효소적인 방법을 사용하므로서 이중 사슬 DNA, 이중 사슬 RNA 또는 DNA-RNA 잡종으로부터 얻어질 수 있다. 따라서, 위에 제안된 선택적인 기전중의 하나를 사용하므로서 결과적인 단일 사슬 DNA 또는 RNA는 제1, 제2 또는 제3템플레이트로 작용할 수 있는 템플레이트 핵산을 생성하는데 이용될 수 있다. 또한, 제1프라이머 및 핵산의 하나의 사슬을 포함하는 선택적 기전과 제2프라이머 및 핵산의 또다른(상보적인) 사슬을 포함하는 또다른 선택적 기전은 템플레이트 핵산을 생성하는데 동시에 이용될 수 있다.
반응 배지에 DMSO와 BSA를 첨가하는 것은 위에 설명된 증폭 공정의 감수성 및 재현성을 매우 증가시킨다는 것이 예상 밖으로 발견되었다. 1-106범위의 표적카피수가 본 발명을 이용하여 검출될 수 있으며 분리될 수 있다. 최종 농도로 0-30% 사이 범위의 DMSO와 최종 농도로 5㎍/㎖∼2500㎍/㎖ 범위의 BSA가 증폭 공정의 감수성 및 재현성을 강호하는데 유용하다. 하나의 실시예로, 50㎍/㎖∼500㎍/㎖ 범위 농도의 BSA와 15∼25% 범위 농도의 DMSO가 사용된다. 또다른 실시예로는 100∼300㎍/㎖ 범위 농도는 BSA 15∼25% 범위 농도의 DMSO가 이용된다.
증폭반응배지에 DMSO와 BSA를 사용하면 DMSO와 BSA가 없는 반응배지를 사용하는 것보다 강화된 감수성 및 재현성을 제공하지만 반응배지 단독으로도 표적 핵산 배열의 검출 및 분리하는데 충분하다. 반응 배지에 DMSO와 BSA을 사용하면 반응 배지의 단독사용보다 최소한 10배의 증폭 수준을 증가시킨다. 하나의 형태에서, 본 발명의 DMSO와 BSA를 사용한 증폭은 최소한 100배까지 증가된다. 또다른 형태에서 DMSO와 BSA를 사용한 증폭된 최소한 1000배까지 증가된다. 또다른 형태에서, DMSO와 BSA를 사용한 증폭된 최소한 10000배까지 증가된다. 또다른 형태에서, DMSO와 BSA를 사용한 증폭된 최소한 106배까지 증가된다. 또다른 형태에서, DMSO와 BSA를 사용한 증폭된 최소한 107배까지 증가된다. 또다른 형태에서, DMSO와 BSA를 사용한 증폭된 최소한 108배까지 증가된다.
선택적으로, DMSO와 BSA 이외에 특정의 강화 화학 물질(SPCs)이 증폭 수준을 증가시키는데 사용될 수 있다.
또한, 본 발명 증폭 공정의 반응 배지에 2∼20% 범위의 DMSO를 첨가하는 것은 예를 들면, 제3도에 설명된 바와 같이 공정의 재현성을 개선시킨다는 것이 예상밖으로 발견되었다. 그러나, DMSO 단독 사용은 반응 배지에서 15% 및 20% DMSO 사이에서 시작하는 증폭수준을 감소시키는 것으로 나타났다.
[물질 및 방법]
물질
올리고뉴클레오티드를 어플라이드 바이오시스템즈(Applied Biosystems)380A DNA 합성기를 이용하여 합성하였다. 올리고뉴클레오티드 합성에 사용될 컬럼, 포스포라마디트(phosphoramadites) 및 시약은 테크니칼 마케팅 어소시에이트(Technical Marketing Associates)를 통하여 어플라이드 바이오시스템즈사(Applied Biosystems, Inc.)로부터 얻었다. 올리고뉴클레오티드를 DEAE 셀룰로오즈 크로마토그래피에 의한 폴리아크릴아미드 겔 전기이동으로 정제했다. 방사성 동위원소[-32p] UTP (800Ci/mmol)은 아머샴(Amersham) 것이다. DNA를 소화시키고 배위자 결합시키기(ligating) 위한 효소는 뉴잉글랜드 바이오랩(New England Biolabs)로부터 구매하였으며 공급자의 충고에 따라 사용했다. DNA 폴리머라제 1[클레노우(Klenow)]의 큰 프라그먼트를 함유하는 제제 또한 뉴잉글랜드 바이오랩으로부터 구매하였다. RNasin 및 RNA 폴리머라제는 바이오/캔 사이언티픽사(Bio/Can Scientific Inc.)를 통하여 프로메가 바이오텍(Promega Biotec)으로부터 구매하였다. 역전사효소 및 RNase H는 파마시아(Pharmacia)로부터 얻었으며 프로티나제 K의 공급자는 베링거 만하임 캐나다사(Boehringer Mannheim Canada)이었다. 이. 콜리 스트레인(strain) HB101 (ATCC 33694)는 모든 형질변환(transformation)을 위해 사용되었다. 플라즈미드 pUC 19[노랜더(Norrander) 등, 1983]은 베데스다 리서어치 래버러토리(Bethesda Research Laboratories)로부터 구매하였다.
[DNA의 분리 및 배열]
이. 콜리 형질 전환체를 50㎍/㎖ 암피실린(ampicillin)을 함유하는 YT 배지[밀러(Miller), 1972]상에서 배양하였다. 플라즈미드 DNA를 래피드 보일링법(rapid boiling method)[홈즈(Holmes)와 퀴글리(Quigley), 1981]으로 정제하였다. DNA 프라그먼트 및 모든 구성을 위해 사용된 벡터들을 저용융점 아가로오즈(agarose)상에서 전기이동에 의해 분리하고 페놀 추출 및 에탄올 침전[매니어티스(Maniatis) 등, 1982]에 의해 용융된 아가로오즈로부터 정제하였다. 플라즈미드 DNA를 디데옥시법[생거(Sanger) 등, 1977]의 수식(modification)[하토리(Hattori) 등, 1985]을 이용하여 배열하였다. -20 유니버셜 프라이머(뉴잉글랜드 바이오랩)을 이용하여 반응시켰다.
[TCA 침전]
증폭반응의 분취량(5㎕)을 20㎕ 10mM EDTA에 켄칭(quenched)시키고 모든 시간 대별 샘플이 수집될 때까지 얼음위에 위치시켰다. 켄칭된 샘플을 글래스 필터 디스크에 붙이고 즉시 임시 혼합물과 함께 얼음같이찬 5% 트리클로로아세트산("TCA")-1% 소듐 피로포스페이트에 10분 동안 담갔다. 5분 동안 두번 얼음같이찬 5% TCA로 세척하고 95% 에탄올로 두번 추가적인 세척을 한 다음 동결 건조하였다. 방사능을 용액 섬광계수기(liquid scintillation counter)로 측정하였다.
[폴리아크릴아미드 겔 전기영동]
샘플(1∼6㎕)를 4∼5㎕ 포름아미드색소(90% 이온화되지 않는 포름아미드, 10mM TrisHCl(pH 8.0), 1mM EDTA, 크실렌 시아놀 및 브로모페놀 블루)와 혼합하고 프리-런(pre-run) 12-㎝-롱(long) 7% 변성 폴리아크릴아미드 겔에 부착시켰다. 겔을 브로모페놀 블루색소가 바닥에 닿을 때까지 350V에 접하게 하였다. 어떤 경우에 있어서는 겔을 방사선 사진을 찍기전에 고정시키고 건조시켰다. 고정하는 것은 10% 메탄올-7% 아세트산으로 15분 세척하는 것을 포함한다. 이 과정에 의해 분리된 RNA 생성물의 프로필(profile)은 실온에서 방사선 사진에 의해 눈으로 볼 수 있다.
[실시예 1]
개그테스트 시스템(Gag Test Bystem)용 올리고뉴클레오티드의 디자인 및 합성
합성 DNA 배열(제2A도)은 EcoRI 부위, T7 파아지 촉진 유전자, T7 RNA 폴리머라제에 의한 전사의 개시를 위해 요구되는 배열 및 19bp 교잡부위(교잡부위 1)를 포함하도록 디자인되었다. 이 요소들의 클로닝에 포함된 47b 안티센스 사슬 올리고뉴클레오티드(T7H1. GAG)는 제1프라이머로 사용된다. 교잡부위 2는 교잡부위 1에서 떨어진 53bp에 위치하는데 길이로 20bp이다. 이 부위(H2. GAG)에서 만들어진 프라이머는 센스 사슬의 20b 올리고유클레오티드 복제(duplicate)인데 클로닝으로 사용되지는 않는다. 교잡부위를 연결하고 포함하는 배열은 AIDS의 원인인자인 HTLV-III 게몬의 개그부분의 92bp 세그먼트이다. 이 특수한 유전자세그먼트는 프라이머가 효과적으로 교잡되는 것으로 예상되고 교잡부위 사이의 거리가 상대적으로 짧기 때문에 선택된다. 또한 XbaI 부위는 클로닝안정을 위한 배열의 밀단에 위치한다. 개그 테스트배열은 재조합의 스크리닝에 도움이 될 수 있는 SphI 및 PstI 부위를 함유한다.
4개의 올리고뉴클레오티드 모두는 이 프라그먼트의 클로닝에 사용된다. 개그테ㅡ트 및 개그 2 테스트 배열에 사용되는 N1. GAG는 안티센스 사슬을 완전하게 하고 클로닝공정에만 사용된다. 마찬가지로 T74. PRO는 T7 촉진 유전자의 센스 사슬 성분이다. 그러나 N2. GAG는 양 테스트 프라그먼트의 구성에 사용되었으며 증폭 싸이클의 2단계에서 중간체(제2템플레이트)로 사용되었다. 전체적인 클론 개그 테스트 프라그먼트는 증폭 싸이클의 중간체(제3템플레이트)를 나타낸다. 적절한 벡터에 클론되자마자 개그테스트 DNA는 3단계에 포함된 증폭 중간체로 유용한 RNA 프로그먼트(제1템플레이트)를 생성하도록 T7 RNA 폴리머라제에 의해 전사될 수 있다. 또한, T7H1. GAG 및 H2. GAG는 테스트 시스템에서 프라이머로 이용된다.
개그 2 테스트 합성 DNA 프라그먼트(제2B도)는 T7 촉진 유전자를 포함하지는 않지만 배열의 잔류배열은 개그테스트 배열과 동일하고, 따라서 N1.GAG 및 N2.GAG는 그 구성에 포함된다. 안티센스 사슬을 와전하게 하는데 요구되는 올리고뉴클레오티드는 H1. GAG라고 불린다. 클론되지마다 개그2테스트 프라그먼트는 템플레이트 핵산으로서 DNA 제한 프라그먼트를 사용하여 증폭을 테스트하기 위한 템플레이트로 사용될 수 있다.
[실시예 2]
개그테스트 플라즈미드의 구성
올리고뉴클레오티드 T74.PRO 및 N1.GAG(각각 2㎍)을 37℃에서 30분동안 70mM Tris-HCl(pH 7.6), 10mM MgCl2, 5mM DTT, 0.5mM ATP 및 5유니트 T4 폴리뉴클레오티드 키나아제를 함유하는 반응물에 개별적으로 인산화 반응시켰다. 인산기가 도입된 T74.PRO 및 N1,GAG(각각 10㎕)을 개그테스트 어셈블리용 최종량 29㎕에 각각 1㎍의 인산기가 도입되지 않는 T7H1.GAG 및 N2.GAG 및 3㎕ 100mM Tris-HCl(PH7.8)-500mM NaCl과 혼합하였다. 개그2테스트 혼합물은 18㎕의 최종량에 10㎕의 인산기가 도입된 N1.GAG 각각 1㎍의 인산기가 도입되지 않은 H1.GAG와 N2.GAG 및 1.8㎕ 100mM Tris-HCl(PH7.8)-500mM NaCl을 함유한다. 올리고뉴클레오티드 혼합물을 90℃에서 10분동안 그들을 위치시키고 실온에서 10-16시간동안 천천히 식히므로서 개별적으로 교잡된다. 50mM Tris-HCl(PH7.8), 10mM MgCl2, 20mM DTT, 1mM APT 및 50㎍/㎖ BSA를 함유하는 60㎕ 반응물은 함께 교잡된 올리고유클레오티드를 결합하는데 사용된다. 400유니트 T4 DNA 리가아제(ligase)는 개그테스트 반응물에 첨가되고 15℃에서 2시간동안 배양되는 반면에 개그2테스트 반응물은 200유니트 T4 DNA 리가아제로 14-16시간동안 배양되었다.
분리정제된 합성 DNA 세그먼트를 폴리링커(poly linker)부위 안에 있는 제한 효소부위에서 소화작용에 의해 선형화되는 플라즈미드 pUC19와 혼합하였다. T4 DNA 리가아제는 pUC10의 ExoRI-XbaI 프라그먼트에 개그테스트 배열을 결합하도록 사용된 반면에 개그 2테스트 배열은 SmaI-XbaI에 결합되었다. 이들 반응이 이.콜리를 변형시키도록 사용된 후에 얻어진 형질전환체로부터의 플라즈미드 DNA는 제한분석에 의해 스크리닝되고 최종 플라즈미드(PGA. TEST 및 PGAG2. TEST)는 배열분석에 의해 정정될 수 있도록 측정되었다.
[실시예 3]
RNA 증폭에 대한 프라이머농도의 효과
개그테스트 올리고뉴클레오티드로부터 전사된 RNA를 증폭시키는데 사용되는 반응혼합물(25㎕)는 50mM Tris-HCl(PH8.45), 6mM MgCl2, 40mM KCl, 10mM 디티오트레이톨, 0.5mM NTP(ATP, CTP, GTP, UTP), 1mM dNTP(dATP, dCTP, dGTP, dTTP), 20유니트 RNasin, 10유니트 T7 RNA 폴리머라제, 10유니트 역전사효소, 0.4유니트 RNase H 및 10μCi[-32p]UTP를 함유한다. 반응물들중 둘은 0.5ng(0.015pmoles) N2. GAG를 함유하는 반면에 다른 두 반응물은 템플레이트를 함유하지 않는다. 프라이머 T7 H1. GAG 및 H2. GAG는 N2. GAG를 함유하거나 템플레이트를 함유하지 않는 반응물들에 3.4μM의 최종농도로 각각 첨가되었다. 그 반응물들은 42℃에서 2시간동안 배양되었다. RNA의 총합성은 30분 간격으로 TCA 비용해 cpm의 조합을 측정함으로서 모니터되었다. 템플레이트-의존성 RNA 합성에 대한 프라이머 농도의 효과는 표1에 도시되었다. 동등한 양의 합성된 RNA를 함유하는 각 반응물의 분취량은 PAGE 및 방사선사진(제3도, 반응물과 동일하게 번호를 붙인 1-4 레인(lanes)).
[표 1]
2시간후의 N2. GAG로부터의 RNA 증폭
반응1이 가장 큰 동위원소의 혼합을 가져오면 반면에 템플레이트 조절이 없는 반응2 역시 높은데(반응1의 73%) 매우 유사한 전기 이동 프로필을 생성시킨다는 것을 알 수 있다. 따라서, 높은 프라이머 농도에서는 예상되는 증폭과 동일한 크기의 RNA전자가 어떤 템플레이트 없이도 나타난다. 프라이머농도가 10배 감소한 샘플을 사용한 결과는 현저히 다르다. 반응3에서 생성된 RNA양은 반응4에 비해 2.6배이지만 실제로 모든 전사가 반응3에서는 예상되는 크기의 단일 띠(band)는 나타나는 반면에 반응4에서는 60-70b보다 더 큰 프라그먼트가 나타나지 않는다. 따라서 프라이머농도는 RNA증폭의 정확성 및 효율성에 중요한 역할을 한다.
증폭시스템(제3도의 레인)에 의해 생성될 수 있는 것으로 예상되는 플라그먼트의 크기를 나타내는데 사용된 조절 RNA전사는 테스트 프라즈미드로부터의 전사에 의해 제조되었다. pGAG. TEST는 XbaI, 처리된 프로티나아제 K[매니아티스(Maniatis) 등, 1982], 추출된 페놀 및 침전된 에탄올과의 소화작용에 의해 직선화되었다. T7 RNA 폴리머라제는 공급자의 충고에 따라 10μCi[-32p] UTP를 함유하는 25㎕ 반응혼합물에서 0.5㎍의 결과적인 프라그먼트를 전사하도록 사용되었다.
[실시예 4]
RNA 증폭시에 템플레이트 농도의 효과
개그테스트 올리고뉴클레오티드로부터 전사된 RNA를 증폭시키는데 사용된 50㎕ 표준 반응혼합물은 0.34μM T7 H1. GAG, 0.34μM H2. GAG, 50mM Tris-HCl(PH8.45), 6mM MgCl2, 40mM KCl, 10mM DTT, 0.5mM NTP, 1mM dNTP, 40유니트 RNasin, 20유니트 T7 RNA 폴리머러제, 20유니트 역전사효소, 0.8유니트 RNase H 및 10-20μCi[-32P]UTP를 함유한다. 반응물은 1ng에서 1fg까지의 다양한 양의 템플레이트(N2. GAG)를 함유한다. 그 반응물을 30분 간격으로 TCA비용해 cpm의 조합을 측정하므로서 총 RNA의 합성을 모니터하면서 3시간동안 42℃에서 배양시켰다. 표2에 나타난 바와 같이 총 RNA 합성은 테스트된 모든 템플레이트 농도에서 템플레이트 조절이 없는 것에서보다 더 높았다. 템플레이트 농도가 감소함에 따라 총 RNA의 합성도 일반적으로 감소되었지만 합성의 이러한 감소가 정량적인 것은 아니다. 따라서, 출발 템플렌이트당 RNA증폭정도는 템플레이트 농도의 감소시에 일반적으로 증가했다. 증폭은 1fg의 N2. GAG 템플레이트로부터 0.8㎍의 RNA를 합성하므로 8×108배 이루어졌다. 1fg의 102-b N2. GAG 올리고뉴클레오티드는 거의 2×104 분자를 나타낸다.
[표 2]
3시간후 N2. GAG로부터의 RNA 증폭
3시간 반응후에 합성된 RNA는 각 템플레이트 농도별도(반응들과 같이 번호가 붙여진 제4도 레인 1-8) PAGE에 의해 분석되었다. 약 100b의 RNA를 나타내는 주 띠(major band)가 1fg 템플레이트 및 템플레이트가 없는 것을 제외하고 모든 반응에서 나타났다. 1fg 템플레이트를 함유한 반응은 3시간에 많은 100b 생성물을 갖지는 않지만 전체 RNA 합성은 보다 높으며 템플레이트가 없는 반응과 질적으로 다르다.
[실시예 5]
RNA 생성물의 교잡분석
1pg에서 0.1fg까지 다양한 양의 N2. GAG 템플레이트를 함유하는 증폭반응이 방사표식된 UTP가 생략된 것을 제외하고는 실시예 4에서와 같이 행해졌다. 그 반응물들은 42℃에서 3시간동안 배양되었다. 분취량은 30분 간격으로 각 반응물로부터 제거하고 나일론막(아머샴)에 부착시켰다. 이 반응 분취량에 함유된 핵산을 자외선에 노출하여 고정시켰다. 그 막은 100㎠당 5mls 용액에 상당하는 양으로 최종농도 50% v/v 포름아미드, 5×SSC 및 5×덴하트 용액(Denhardt's solution)[매니아티스(Maniatis) 등, 1982; 서던(Southern) 등, 1975]으로 구성된 전교잡 완충액(prehybridization buffer)에서 1시간동안 50℃에서 전교잡되고 특정활동도 106cpm/㎖의 교잡용액에 방사표식된 프로브와 교잡되었다. 교잡은 50% 포름아미드, 5×SSC 및 5×덴하트 용액에서 50℃로 16시간동안 행해졌다. 방사표식된 프로브는 T4폴리뉴클레오티드 키나아제와 (-32p) ATP를 이용하여 5' 말단에 표식되어 있는 합성 올리고뉴클레오티드 5' GATCTGGGATAGAGTACATCCA이었다. 그후 그 막을 2×SSC, 0.1% v/v SDS 및 0.2×SSC, 0.1% v/v SDS[서던(Southern) 등, 1975; 매니아티스(Maniatis) 등, 1982; 스조스탁(Szostak) 등, 1979]로 구성된 일련의 2, 3분 세척제로 50℃에서 세척하였다.
제5도는 다른 배양 시간의 샘플인 다양한 양의 N2. GAG템플레이트를 함유하는 증폭반응시에 행해진 교잡분석의 결과를 도시한 것이다.
제5도의 각 컬럼은 다른 시간대(1, 30분; 2, 60분; 3, 90분; 4, 120분; 5, 150분; 6, 180분)를 나타내고 각 열(row)은 다른 양의 첨가된 N2. GAG 템플레이트(1, 1pg; 2, 100fg; 3, 10fg; 4, 1fg; 5, 0.1fg; 6, 템플레이트 없음)를 나타낸다. 표식된 프로브에 교잡한 핵산의 증폭은 열1-3(1pg-10fg)에서 관찰되었지만 열4-5(1fg, 0.1fg)에서 특정핵산에 대한 교잡은 열6(템플레이트 없음)보다 높았다. 열6에서 표식된 프로브의 명백한 비특정 결합은 교잡신호가 증가회수와 함께 증가하기 때문에 DNA 또는 RNA와 연관이 있는 것으로 보인다.
[실시예 6]
템플레이트로서 DNA제한 프라그먼트의 이용
플라즈미드 pGAG.2 TST를 MspI로 소화시키고 프로티나제 K로 처리시킨 다음 페놀추출 및 에탄올 침전법으로 정제하고 5분동안 끊여서 변성시켰다. MspI 소화 pGAG2. TEST를 N2. GAG 올리고뉴클레오티드 대신에 템플레이트로 사용한 것 이외에는 실시예 4에서와 같이 증폭반응을 행하고 분석했다. 각 반응에 첨가된 플라즈미드의 양은 55ng에서 5.5pg까지 그리고 템플레이트 없이 한 것 등 다양하게 했다. 실제 샘플에 존재할 수 있는 DNA를 자극하기 위하여 하나건너씩의 반응물에 마찬가지로 소화되고 정제되었으며 변성된 카프티머스 DNA(calf thymus DNA) 1ng를 함유시켰다. 42℃에서 3시간 배양후에 TCA 침전 및 PAGE 분석법으로 RNA 합성을 측정했다. 표3에 도시된 바와 같이 테스트된 모든 템플레이트 농도에서 템플레이트 없는 대조군보다 RNA합성이 높았다. 증폭정도는 총 플라즈미드 DNA의 1.8%였던 실제 템플레이트로부터의 RNA 합성에 근거하여 계산되었다. 특정의 초기수준 템플레이트 농도로부터의 총 RNA 합성(증폭의 정도) 합성 올리고뉴클레오티드 템플레이트에 대한 것과 비교된 것처럼(표2) 제한 프라그먼트에 대하여 일정하게 낮다. 이것은 사용된 조건하에서 제한 프라그먼트 템플레이트의 상보적인 사슬과의 경쟁때문일 것이다.
[표 3]
MspI-소화 pGAG2. TEST로부터의 RNA 증폭
*[ ]안의 수는 N2. GAG로서의 양을 나타낸 것이다.
**( )안의 수는 1㎍ MspI-소화 카프 티머스 DNA 존재시의 RNA 합성을 나타낸 것이다.
3시간 반응gn에 합성된 RNA를 PAGE에 의해 분석했다(제6도, 반응수와 같이 번호를 붙인 레인 1-6, 11 및 12). 약 100b의 RNA를 나타내는 주띠의 반응(레인) 1-6에서는 나타나지만 템플레이트가 없는 반응(레인 11 및 12)에서는 나타나지 않는다. 레인0에서의 RNA가 표준이었는데 실시예3의 방법에 따라 제조되었다. 추가적인 1㎍의 MspI-소화 카프 티머스 DNA를 가지거나(레인 2, 4 및 6) 갖지 않거나(레인 1, 3 및 5) 간에 합성된 RNA의 명백한 질적 차이는 없다.
[실시예 7]
템플레이트로서 RNA 프라그먼트의 사용
프라즈미드 pGAG. TEST를 XbaI로 소화시키고, 프로티나아제 K로 처리하고, 페놀추출 및 에탄올 침전법으로 정제했다. N2. GAG에 상보적인 배열의 RNA는 T7 RNA 폴리머라제를 사용하여 직선화된 pGAG. TEST로부터 전사되었다. 결과적인 RNA는 DNase(ProMega BioTec, Madison, WI)로의 소화, 이어서 페놀추출 및 에탄올 침전법에 의해 정제되었다. 정제된 RNA는 실시예5의 방법에 따른 증폭반응용 템플레이트로 사용되었다. 다량의 RNA를 55ng부터 5.5pg 그리고 템플레이트가 없는 다양한 각각의 반응물에 첨가하였다. 42℃에서 3시간 배양후에 실시예5의 방법에 따라 표식된 올리고뉴클레오티드 프로브에 교잡하므로서 특정 RNA합성을 측정하였다.
[실시예 8]
템플레이트로서 리보좀 RNA의 사용, 내부 배열의 증폭
두개의 프라이머가 이. 콜린 16S 리보좀 RNA(rRNA)의 일부에 상보적인 RNA 배열을 증폭시키는데 사용되는데 이 프라이머중의 하나인 T7HIRIB3. PR2(AATTCTAATACGACTCACTATAGGGAGTATTACCGCGGCTGCTG)는 T7 촉진 유전자와 개시부위의 안티센스사슬 및 16S rRNA에 상보적인 배열을 함유한다. 다른 프라이머인 RIB8. PR(AATACCTTTGCTCATTGACG)는 프라이머로 T7HIRIB3. PR2 그리고 템플레이트로 16S rRNA를 사용하여 합성된 DNA에 상보적이다. 증폭을 검출할 수 있는 제3합성 올리고뉴클레오티드 RIB5.PR(AGAAGCACCGGCTAAC)는 원 rRNA 템플레이트에 상보적인, 증폭반응의 RNA 생성물에 상보적이다.
반응혼합물(25㎕)을 50mM Tris-HCl(PH8.45), 6mM MgCl2, 40mM KCl, 10mM DTT, 0.5mM NTP, 1mM dNTP, 20유니트 RNasin, 10유니트 T7 RNA 폴리머라제, 10유니트 AMV 역전사효소, 0.4유니트 RNase H, 0.34㎛ T7HIRIB3.PR2 및 0.34㎛ RIB8. PR을 함유한다.
50ng에서부터 50fg까지의 다양한 양의 이. 콜리 rRNA를 반응물에 첨가했다. 이 반응물을 42℃에서 3시간동안 배양하면서 분취량을 30, 60, 120 및 180분에서 제거했다. 이 반응분취량을 켄칭시키고 나일론 막에 고정시킨 다음 실시예5의 방법에 따라 32p 5'-말단표식 RIB5. PR 프로브에 교잡시켰다.
[실시예 9]
5' 템플레이트로서 리보좀 RNA의 사용, 5'-말단배열의 증폭
두개의 프라이머가 이. 콜리 16S rRNA의 일부와 일치하는 RNA 배열을 증폭시키는데 사용되는데 이 프라이머중의 하나인 RIB12. PR(TTACTCACCCGTCCGCC)는 16S rRNA에 상보적이다. 다른 프라이머인 T7HIRIB5.PR(AATTCTAATACGACTCACTATAGGGAGAAATTGAAGAGTTTGATCAT)는 프라이머로 RIB12. PR을 사용하고 템플레이트로 16S rRNA를 사용하여 합성된 DNA의 3' 말단에 상보적이다. 증폭을 검출할 수 있는 제3합성올리고뉴클레오티드 RIB11.PR(GTTCGACTTGCAGTGTTAGGCCTGCCGCCAGCGTTCAATCTGAGCC)는 증폭의 RNA생성물 및 원 rRNA 템플레이트 모두에 상보적이다. rRNA를 위한 증폭반응 및 합성된 RNA의 검출은 T7H1RIB5. PR 및 RIB12. PR가 프라이머로 사용되고(T7H1RIB3. PR2 및 RIB8. PR 위치에) RIB11. PR이 올리고뉴클레오티드 프로브로 사용(RIB5. PR 위치에) 되는 것을 제외하고는 실시예8의 방법에 따라 행해졌다.
본 발명의 실시예에서 상세히 설명되었음에도 불구하고 본 발명의 통상의 기술을 가진자에 의해 본 발명의 범위 안에서 다양한 변화를 가질 수 있다.
[실시예 10]
디메틸설폭사이드(DMSO)와 보빈세륨알부민(BSA)를 이용한 특정 핵산 증폭의 강화
상기 실시예에서 예시된 바와 같이 핵산증폭 공정은 하기의 박테리아성 균주(strain), 플라즈미드 및 RNA템플레이트가 사용되었다. HIV 1(균주 H×B2)로부터의 1450 염기쌍 제한 프라그먼트를 각각 함유하는 pGEM-3-pol 플라즈미드 및 pUC-pol 플라즈미드는 알. 갈로 박사(Dr. R. Gallo)(NCI, NIH, 베데스다, 메릴랜드)의 증여로 얻어진 BamH1EcoR1 서브클론으로부터 구성되었다. 이 제한 프라그먼트는 HIV 1 개그 유전자의 일부 및 HIV 1 pol 유전자의 대부분을 함유한다. 이. 콜리 균주 HB101은 pGEM-3-pol 프라즈미드나 pUC-pol 프라즈미드로 변환되었다. 프라즈미드 DNA는 매니아티스 등의 분자 클로닝 래버러토리 매뉴얼 p. 86 콜드스프링 하버 래버러토리(Maniatis et. al. MOLECULAR CLONING-A LABORATORY MANUAL p.86 Cold Spring Harbor Laboratory)에 설명된 방법으로 개조되었다.
pol-RNA 템플레이트를 얻기 위하여 pGEM-3-pol 프라즈미드를 EcoRI로 직선화시키고 페놀-클로로포름으로 추출한 다음 에탄올에 침전시켰다. EcoRI를 삽입된 pol DNA의 말단에서 정확하게 잘랐다. 정제된 DNA를 멜톤등(Melto et al.)의 Nucleic Acids Res 12 : 7035(1984)의 방법에 따라 SP6 RNA 폴리머라제(적당한 RNA 폴리머라제는 Promega, Madison, WI로부터 입수할 수 있다.)를 이용하여 전사시켰다. RNase-free DNase I(적당한 DNase I 역시 Promega, Madison, WI로부터 입수할 수 있다.)의 5유니트를 첨가하고 그 혼합물을 37℃에서 15분동안 배양시켰다. RNA 생성물을 페놀-클로로포름으로 추출하고 에탄올에 침전시켰다. RNA의 산출량은 분광광도계로 측정하였다.
제7도에 도시된 바와 같이 0-10% 사이의 농도로 DMSO를 증폭을 위해 포함시켜 사용하였는데 이는 비생산적인 다른 방응으로부터의 비 특정 생성물(NSP)을 감소시켰다.
제8도는 P1 : P1 및 P1 : P2가 반응배지에서 15% DMSO의 사용으로 샘플을 함유하는 비표적 배열로부터 NSP의 형태로 제거된 것을 도시한 것이다.
반응배지에 15% DMOS의 존재는 제9도에 도시된 slot-blot에서 설명된 바와 같이 증폭공정을 통하여 샘플의 재현성을 개선하는 효과를 갖는다. 103및 104카피의 표적배열이 이용되었는데 DMSO("+"로 표시됨)는 각 레인의 5개띠로 도시된 바와 같이 재현성을 개선하였으르 뿐만아니라 103카피의 표적배열하에서 "+"와 "-"레인을 비교하여 도시한 바와 같이 감수성도 개선시켰다.
DMSO와 BSA(적당한 BSA는 분자생물학용 특수품질로 배링거 만하임, 인디아나 폴리스, 인디아나로부터 입수할 수 있다.)가 모두 반응배지에 사용되었을때 감수성과 재현성은 제10A도 및 제10B도에서 설명된 바와 같이 매우 증가한다. 50㎍/㎖ 및 100㎍/㎖ 농도의 BSA가 최종농도로 15%의 DMSO와 함께 사용되었다. 이결과 증폭이 DMSO와 BSA를 사용하지 않은 반응배지보다 최소한 100배 증가하였으며 108배까지 증가될 수 있고 표적의 단일카피가 낮은만큼의 검출 및 분리가 이루어질 수 있다.
DMSO의 존재와 부존재 및 표적배열의 카피수에 관련된 RNA와 DNA의 증폭은 제11도에 slot-blot 오우토다이아그램으로 도시되었다. RNA와 DNA는 모두 반응혼합물에서 DMSO와 BSA를 이용한 감수성과 재현성의 증가로 증폭되었다.

Claims (47)

  1. 하기 (A), (B), (C)의 단계를 포함하는, 상대적으로 일정한 온도에서 그리고 일련의 시제의 추가없이 핵산 배열을 증폭시키는 방법.
    (A) 하기 (i) 내지 (viii)의 시제를 함유하는 단일 반응 배지를 제공하는 단계, (i) 제1올리고뉴클레오티드 프라이머, (ii) 촉진 유전자의 안티센스 배열을 함유하는 제2올리고뉴클레오티드 프라이머, (iii) 상기 촉진 유전자를 인식하는 DNA-지향성 RNA 폴리머라제, (iv) RNA-지향성 DNA 폴리머라제, (v) DNA-지향성 DNA 폴리머라제, (vi) 단일-또는 이중 사슬의 RNA 또는 DNA를 가수 분해하지 않고 RNA-DNA 잡종의 RNA를 가수 분해하는 리보뉴클레아제, (vii) 리보뉴클레오사이드 및 데옥시리보뉴클레오사이드 트리포스페이트; 및 (viii) 디메틸설폭사이드, (B) 하기 (i) 내지 (vi)의 순환이 계속되도록 하는 조건하에서 특정 핵산 배열을 포함하는 RNA 제1템플레이트나 특정 핵산 배열에 상보적인 배열을 포함하는 RNA를 상기 반응 배지에 제공하는 단계.
    (i) 제1올리고뉴클레오티드 프라이머를 RNA 제1템플네이트에 교잡하고, (ii) RNA-지향성 폴리머라제가 제1올리고뉴클레오티드 프라이머의 확장에 의해 DNA 제2템플레이트를 합성하도록 RNA 제1템플레이트를 사용하므로서 RNA-DNA 잡종중간체를 형성하도록 하며, (iii) 리보뉴클레아제가 상기 RNA-DNA 잡종 중간체를 포함하는 RNA를 가수분해하고, (iv) 제2올리고뉴클레오티드 프라이머를 DNA 제2템플레이트에 교잡하며, (v) DNA-지향성 DNA 폴리머라제가 DNA 제2템플레이트의 확장에 의해 촉진 유전자를 합성하도록 템플레이트로 제2올리고뉴클레오티드 프라이머를 사용하고, (vi) DNA-지향성 RNA가 상기 기능적인 촉진 유전자를 인식하고 DNA 제2템플레이트를 전사하므로서 RNA 제1템플레이트의 카피를 제공한다.
    (C) 특정 핵산 배열의 소정 증폭을 이루는데 충분한 시간동안 상기 조건들을 유지시키는 단계.
  2. 제1항에 있어서, RNA 제1템플레이트가 특정 핵산 배열을 포함하고 (B) 단계가 하기 (i) 내지 (vi)와 같이 되도록 반응 배지에 단일 사슬 RNA를 제공하는 것을 포함하는 핵산배열의 증폭방법.
    (i) 제1올리고뉴클레오티드 프라이머가 단일 사슬 RNA에 교잡되고, (ii) RNA-지향성 DNA 폴리머라제가 제1올리고뉴클레오티드 프라이머의 확장에 의해 DNA 제2템플레이트를 합성하도록 템플레이트로 단일 사슬 RNA를 사용하므로 RNA-DNA 잡종을 형성하며, (iii) 리보뉴클레오티드 프라이머가 RNA-DNA 잡종을 포함하는 RNA를 가수분해하고, (iv) 제2올리고뉴클레오티드 프라이머가 DNA 제2템플레이트에 교잡되며, (v) DNA-지향성 DNA 폴리머라제가 DNA 제2템플레이트의 확장에 의해 촉진 유전자를 합성하도록 템플레이트로 제2올리고뉴클레오티드 프라이머를 사용하고, (vi) DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 촉진 유전자를 인식하고 DNA 제2템플레이트를 전사하므로서 RNA 제1템플레이트의 카피를 제공한다.
  3. 제1항에 있어서, RNA 제1템플레이트가 특정 핵산 배열에 상보적인 배열을 포함하며 (B)단계가 하기 (i) 내지 (vi)와 같이 되도록 단일 사슬 RNA를 반응 배지에 제공하는 것을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
    (i) 제2올리고뉴클레오티드 프라이머가 단일 사슬 RNA에 교잡되고, (ii) RNA-지향성 DNA 폴리머라제가 제2올리고뉴클레오티드 프라이머의 확장에 의해 상보적인 DNA를 합성하도록 템플레이트로 상기 RNA를 사용하여 RNA-DNA 잡종을 형성하며, (iii) 리보뉴클레아제가 RNA-DNA 잡종을 포함하는 RNA를 가수분해시키고, (iv) 제1올리고뉴클레오티드가 상기 상보적인 DNA에 교잡되며, (v) DNA-지향성 DNA 폴리머라제가 제1올리고뉴클레오티드 프라이머의 확장에 의해 촉진 유전자와 DNA 제2템플레이트를 합성하도록 템플레이트로 상보적인 DNA 사용하고, (vi) DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 촉진 유전자를 인식하고 DNA 제2템플레이트를 전사하므로서 RNA 제1템플레이트의 카피를 제공한다.
  4. 제1항에 있어서, 하기 (i) 내지 (iii)와 같이 되도록 (B)단계가 RNA 폴리머라제에 의해 인식된 촉진 유전자의 안티센스 배열을 포함하는 단일 사슬 DNA를 반응 배지에 첨가하는 것을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
    (i) 제1올리고뉴클레오티드 프라이머가 단일 사슬의 DNA에 교잡되고, (ii) DNA-지향성 DNA 폴리머라제는 제1올리고뉴클레오티드 프라이머의 확장에 의해 촉진 유전자와 DNA 제2템플레이트를 합성하도록 템플레이트로 단일 사슬 RNA를 사용하며, (iii) DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 촉진 유전자를 인식하고 DNA 제2템플레이트를 전사하므로서 RNA 제1템플레이트의 카피를 제공한다.
  5. 제4항에 있어서, (B)단계가 단일 사슬 DNA를 포함하는 RNA-DNA 잡종을 반응배지에 첨가하는 것을 포함하므로서 리보뉴클레아제가 RNA-DNA 잡종을 포함하는 RNA를 가수분해시키는 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  6. 제1항에 있어서, 하기 (i) 내지 (iii)와 같이 되도록 (B)단계가 DNA 제2템플레이트를 포함하는 단일 사슬의 DNA를 반응배지에 첨가하는 것을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
    (i) 제2올리고뉴클레오티드 프라이머는 단일 사슬의 DNA에 교잡되고, (ii) DNA-지향성 DNA 폴리머라제가 DNA 제2템플레이트의 확장에 의해 촉진 유전자를 합성하도록 템플레이트로 제2올리고뉴클레오티드 프라이머를 사용하여, (iii) DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 촉진 유전자를 인식하고 DNA 제2템플레이트를 전사하므로서 RNA 제1템플레이트의 카피를 제공한다.
  7. 제6항에 있어서, (B)단계가 단일 사슬 DNA를 포함하는 RNA-DNA 잡종을 반응 배지에 첨가하는 것을 포함하므로서 리보뉴클레아제가 RNA-DNA 잡종을 포함하는 RNA를 가수분해시키는 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  8. 제2항에 있어서, (B)단계가 촉진 유전자를 포함하는 DNA를 반응배지에 첨가하는 것을 포함하므로서 DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 DNA를 전사하여 단일 사슬 DNA를 합성하도록 하는 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  9. 제3항에 있어서, (B)단계가 촉진 유전자를 포함하는 DNA를 받응배지에 첨가하는 것을 포함하므로서 DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 DNA를 전사하여 단일 사슬 DNA를 합성하도록 하는 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  10. 제1항에 있어서, 제2올리고뉴클레오티드 프라이머가 DNA-지향성 RNA 폴리머라제를 위한 전사개시 부위의 안티센스 배열을 포함하여 이 전사개시 부위의 안티센스 배열이 촉진 유전자의 안티센스 배열에 유동 가능하게 연결되는 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  11. 제10항에 있어서, DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 박테리오파이지 T7 RNA 폴리머라제이며 전사개시 부위의 안티센스 배열 및 촉진 유전자의 안티센스 배열이 뉴클레오티드 배열 AATTCTAATACGACTCACTATAGGGAG를 포함하는 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  12. 제1항에 있어서, (B)단계가 반응배지에 샘플을 첨가하는 것을 포함하는데 이는 샘플이 핵산배열 또는 핵산배열에 상보적인 배열을 포함하는 RNA 제1템플레이트를 포함하는 RNA를 제공하는 경우에 상기 순환이 계속되도록 하는 조건하에서 이루어지며, (C)단계후의 (D)단계가 상기 시제 (i), (ii) 및 (vii)의 소비 또는 상기 순환 생성물을 축적에 대하여 반응배지를 모니터하는 것을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
  13. 제12항에 있어서, (D)단계가 상기 순환의 핵산 생성물을 검출하는 것을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
  14. 제13항에 있어서, (D)단계가 핵산 프로브를 이용하여 핵산 생성물을 검출하는 것을 포함하는 해간 배열의 증폭방법.
  15. 제13항에 있어서, (D)단계가 제한 엔도뉴클레아제 및 전기영동 분리를 이용하여 핵산 생성물을 검출하는 것을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
  16. 제13항에 있어서, (D)단계가 RNA 제1템플레이트의 축적을 모니터하는 것을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
  17. 제13항에 있어서, (D)단계가 DNA 제2템플레이트의 축적을 모니터하는 것을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
  18. 제13항에 있어서, (D)단계가 촉진 유전자를 함유하는 DNA를 모니터하는 것을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
  19. 제13항에 있어서, (D)단계가 RNA-DNA 잡종중간체의 축적을 모니터하는 것을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
  20. 제13항에 있어서, (D)단계가 시제 (i), (ii) 및 (vii)의 소비 또는 순환 생성물의 축적과 특정 핵산배열 및 그에 상보적인 배열이 없는 배지에서의 소비 또는 생성물의 축적을 비교하는 것을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
  21. 제1항에 있어서, 리보뉴클레아제가 이. 콜리 리보뉴클레아제 H를 포함하는 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  22. 제1항에 있어서, 리보뉴클레아제가 카프 티머스 리보뉴클레아제 H를 포함하는 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  23. 제1항에 있어서, 제1올리고뉴클레오티드 프라이머에 대한 제2올리고뉴클레오티드 프라이머가 고정된 지지체에 역으로 결합된 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  24. 제1항에 있어서, DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 박테리오파아지 RNA 폴리머라제인 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  25. 제24항에 있어서, DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 박테리오파아지 T7 폴리머라제인 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  26. 제24항에 있어서, DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 박테리오파아지 T3 폴리머라제인 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  27. 제24항에 있어서, DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 박테리오파아지II 폴리머라제인 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  28. 제24항에 있어서, DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 살모넬라 박테리오파아지 sp6 폴리머라제인 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  29. 제24항에 있어서, DNA-지향성 RNA 폴리머라제가 슈도모나스 박테리오파아지 gh-1 폴리머라제인 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  30. 제1항에 있어서, RNA-지향성 DNA 폴리머라제가 레트로바이러스 역전사 효소인 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  31. 제30항에 있어서, 레트로바이러스 역전사 효소가 아비안 마이오블라스토시스 바이러스 폴리머라제인 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  32. 제30항에 있어서, 레트로바이러스 역전사 효소가 몰로니 뮤린 류케미아 바이러스 폴리머라제인 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  33. 제1항에 있어서, DNA-지향성 DNA 폴리머라제가 엑소-뉴클레아제 활성이 없는 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  34. 제1항에 있어서, 반응 배지에 있는 모든 DNA 폴리머라제가 DNA 엑소뉴클레아제 및 DNA 엔도뉴클레아제 활성이 없는 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  35. 제1항에 있어서, DNA-지향성 DNA 폴리머라제가 아비안 마이오블라스토시스 바이러스 폴리머라제인 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  36. 제1항에 있어서, DNA-지향성 DNA 폴리머라제가 DNA 폴리머라제 α 또는 β인 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  37. 제1항에 있어서, DNA-지향성 DNA 폴리머라제가 카프티머스 DNA 폴리머라제인 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  38. 제1항에 있어서, (C)단계가 30분에서 4시간 사이의 시간 동안 상기 조건들을 유지시키는 것을 특징으로 하는 핵산 배열의 증폭방법.
  39. 제1항에 있어서, 클로닝 벡터에 상기 순환의 DNA 생성물을 결합시키고 DNA 생성물을 클로닝하는 단계를 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
  40. 제39항에 있어서, 발현시스템에서 순환의 DNA 생성물에 의해 인코드된 생성물을 발현시키는 단계를 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
  41. 제1항에 있어서, 디메틸설폭사이드가 2-15% 범위의 최종 농도로 제공되는 핵산 배열의 증폭방법.
  42. 제41항에 있어서, 디메틸설폭사이드가 약 15%의 최종 농도로 제공되는 핵산 배열의 증폭방법.
  43. (A)단계의 단일반응배지가 보빈세륨알부민을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
  44. 제43항에 있어서, 보빈세륨알부민이 50-500㎍/㎖ 범위의 최종 농도로 제공되는 핵산 배열의 증폭방법.
  45. 제1항에 있어서, 디메틸설폭사이드가 약 15%의 최종 농도르 제공되며, (A)단계의 단일반응배지가 50-500㎍/㎖ 범위의 최종 농도로 제공된 보빈세륨알부민을 포함하는 핵산 배열의 증폭방법.
  46. 하기 (a)∼(i)와 같은 리셉터클의 조립으로 된, 핵산 배열을 증폭시키기 위한 킷트.
    (a) 제1올리고뉴클레오티드 프라이머를 함유하는 리셉터클, (b) 촉진 유전자의 안티센스 배열을 포함하는 제2올리고뉴클레오티드 프라이머를 함유하는 리셉터클, (c) 단일-또는 이중 사슬의 RNA 또는 DNA를 가수분해하지 않고 RNA-DNA 잡종의 RNA를 가수 분해하는 리보뉴클레아제를 함유하는 리셉터클, (d) RNA-지향성 DNA 폴리머라제를 함유하는 리셉터클, (e) 촉진 유전자를 인식하는 DNA-지향성 RNA 폴리머라제를 함유하는 리셉터클, (f) DNA-지향성 DNA 폴리머라제를 함유하는 리셉터클, (g) 리보뉴클레오사이드 트리포스페이트를 함유하는 리셉터클, (h) 데옥시리보뉴클레오시드 트리포스페이트를 함유하는 리셉터클, 및 (i) 최소한 하나의 알킬 설폭사이드 및 적당한 캐리어 단백질을 함유하는 리셉터클.
  47. 제46항에 있어서, 보빈세륨알부민을 함유하는 리셉터클을 더 포함하는 킨트.
KR1019910700408A 1989-08-23 1990-08-23 핵산 배열의 증폭 방법 KR960005737B1 (ko)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US07/397,681 US5130238A (en) 1988-06-24 1989-08-23 Enhanced nucleic acid amplification process
US397,681 1989-08-23
PCT/US1990/004733 WO1991002818A1 (en) 1989-08-23 1990-08-23 Enhanced nucleic acid amplification process

Publications (1)

Publication Number Publication Date
KR960005737B1 true KR960005737B1 (ko) 1996-05-01

Family

ID=23572204

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1019910700408A KR960005737B1 (ko) 1989-08-23 1990-08-23 핵산 배열의 증폭 방법

Country Status (13)

Country Link
US (1) US5130238A (ko)
EP (1) EP0487628B1 (ko)
JP (1) JP2648802B2 (ko)
KR (1) KR960005737B1 (ko)
AT (1) ATE154644T1 (ko)
AU (1) AU647411B2 (ko)
CA (1) CA2065003C (ko)
DE (1) DE69030955T2 (ko)
DK (1) DK0487628T3 (ko)
ES (1) ES2104611T3 (ko)
FI (1) FI100192B (ko)
NZ (1) NZ235009A (ko)
WO (1) WO1991002818A1 (ko)

Families Citing this family (864)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1989001050A1 (en) * 1987-07-31 1989-02-09 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Selective amplification of target polynucleotide sequences
US6090591A (en) * 1987-07-31 2000-07-18 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Selective amplification of target polynucleotide sequences
US5622820A (en) * 1988-03-10 1997-04-22 City Of Hope Method for amplification and detection of RNA and DNA sequences
CA2020958C (en) * 1989-07-11 2005-01-11 Daniel L. Kacian Nucleic acid sequence amplification methods
US7009041B1 (en) 1989-07-11 2006-03-07 Gen-Probe Incorporated Oligonucleotides for nucleic acid amplification and for the detection of Mycobacterium tuberculosis
US5545522A (en) * 1989-09-22 1996-08-13 Van Gelder; Russell N. Process for amplifying a target polynucleotide sequence using a single primer-promoter complex
US7049102B1 (en) 1989-09-22 2006-05-23 Board Of Trustees Of Leland Stanford University Multi-gene expression profile
US5194370A (en) * 1990-05-16 1993-03-16 Life Technologies, Inc. Promoter ligation activated transcription amplification of nucleic acid sequences
GB9024005D0 (en) * 1990-11-05 1990-12-19 British Bio Technology Process for amplifying nucleic acid
WO1992018521A1 (en) * 1991-04-10 1992-10-29 Life Technologies, Inc. Method for amplifying and altering an rna sequence
US5981179A (en) * 1991-11-14 1999-11-09 Digene Diagnostics, Inc. Continuous amplification reaction
AU681082B2 (en) * 1992-05-06 1997-08-21 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid sequence amplification method, composition and kit
US5612200A (en) * 1992-06-24 1997-03-18 Gen-Probe Incorporated Method and kit for destroying ability of nucleic acid to be amplified
WO1994002642A1 (en) * 1992-07-17 1994-02-03 Aprogenex, Inc. Background-reducing compounds for probe-mediated in-situ fluorimetric assays
US5521061A (en) * 1992-07-17 1996-05-28 Aprogenex, Inc. Enhancement of probe signal in nucleic acid-mediated in-situ hybridization studies
US5502177A (en) * 1993-09-17 1996-03-26 Gilead Sciences, Inc. Pyrimidine derivatives for labeled binding partners
US6890712B1 (en) * 1993-09-22 2005-05-10 Bioveris Corporation Cycling DNA/RNA amplification electrochemiluminescent probe assay
GB2284209A (en) * 1993-11-25 1995-05-31 Ole Buchardt Nucleic acid analogue-induced transcription of RNA from a double-stranded DNA template
DE69431240T2 (de) * 1993-12-01 2003-04-17 Toyo Boseki Verfahren zur ampflifizierung und zum nachweis bestimmter nukleinsäuresequenzen mittels thermostabiler enzyme
US6071699A (en) 1996-06-07 2000-06-06 California Institute Of Technology Nucleic acid mediated electron transfer
FR2714062B1 (fr) * 1993-12-22 1996-02-16 Bio Merieux Promoteur modifié pour ARN polymérase, sa préparation et ses applications.
CA2140081C (en) 1994-01-13 2008-04-01 Dean L. Engelhardt Process, construct and conjugate for producing multiple nucleic acid copies
US20110097791A1 (en) * 1999-04-16 2011-04-28 Engelhardt Dean L Novel process, construct and conjugate for producing multiple nucleic acid copies
US6986985B1 (en) 1994-01-13 2006-01-17 Enzo Life Sciences, Inc. Process for producing multiple nucleic acid copies in vivo using a protein-nucleic acid construct
US20050123926A1 (en) * 1994-01-13 2005-06-09 Enzo Diagnostics, Inc., In vitro process for producing multiple nucleic acid copies
AU687535B2 (en) 1994-03-16 1998-02-26 Gen-Probe Incorporated Isothermal strand displacement nucleic acid amplification
KR100392551B1 (ko) * 1994-07-15 2003-10-30 아크조 노벨 엔브이 핵산 증폭방법을 개선시키기 위한 rna폴리머라제의 용도
US5500341A (en) 1994-09-19 1996-03-19 Becton, Dickinson And Company Species-specific detection of Mycobacterium kansasii
FR2724934B1 (fr) * 1994-09-26 1997-01-24 Bio Merieux Oligonucleotide chimere et son utilisation dans l'obtention de transcrits d'un acide nucleique
FR2726277B1 (fr) 1994-10-28 1996-12-27 Bio Merieux Oligonucleotide utilisable comme amorce dans une methode d'amplification basee sur une replication avec deplacement de brin
EP1985703A3 (en) 1994-11-02 2009-04-08 Allelix Neuroscience, Inc. Peripheral nervous system specific sodium channels, DNA encoding therefor, crystallization, X-ray diffraction, computer molecular modeling, rational drug design, drug screening, and methods of making and using thereof
US5849879A (en) * 1994-11-03 1998-12-15 The Regents Of The University Of California Methods for the diagnosis of glaucoma
US5789169A (en) * 1994-11-03 1998-08-04 Regents Of The University Of California Methods for the diagnosis of glaucoma
US5606043A (en) * 1994-11-03 1997-02-25 The Regents Of The University Of California Methods for the diagnosis of glaucoma
US5665545A (en) * 1994-11-28 1997-09-09 Akzo Nobel N.V. Terminal repeat amplification method
IL114615A0 (en) 1995-07-16 1995-11-27 Yeda Res & Dev Modulators of the function of fas receptors and other proteins
CA2139070C (en) * 1994-12-23 2010-03-30 Burton W. Blais Method for enhancing detection ability of nucleic acid assays employing polymerase chain reaction
US5925518A (en) * 1995-05-19 1999-07-20 Akzo Nobel N.V. Nucleic acid primers for amplification of a mycobacteria RNA template
US5710029A (en) * 1995-06-07 1998-01-20 Gen-Probe Incorporated Methods for determining pre-amplification levels of a nucleic acid target sequence from post-amplification levels of product
US5705365A (en) * 1995-06-07 1998-01-06 Gen-Probe Incorporated Kits for determining pre-amplification levels of a nucleic acid target sequence from post-amplification levels of product
WO1997003348A1 (en) * 1995-07-13 1997-01-30 Immunological Associates Of Denver Self-contained device integrating nucleic acid extraction, amplification and detection
WO1997019193A2 (en) * 1995-11-21 1997-05-29 Yale University Unimolecular segment amplification and detection
US5854033A (en) 1995-11-21 1998-12-29 Yale University Rolling circle replication reporter systems
US6048688A (en) * 1996-11-12 2000-04-11 Kimberly-Clark Corporation Method for detection of Pseudomonas aeruginosa using polymerase chain reaction
EP0914462A4 (en) * 1996-03-18 2002-05-22 Molecular Biology Resources Amplification of target nucleic acid sequences
US5712127A (en) 1996-04-29 1998-01-27 Genescape Inc. Subtractive amplification
US5876992A (en) * 1996-07-03 1999-03-02 Molecular Biology Resources, Inc. Method and formulation for stabilization of enzymes
US6096273A (en) * 1996-11-05 2000-08-01 Clinical Micro Sensors Electrodes linked via conductive oligomers to nucleic acids
US7014992B1 (en) * 1996-11-05 2006-03-21 Clinical Micro Sensors, Inc. Conductive oligomers attached to electrodes and nucleoside analogs
US7381525B1 (en) * 1997-03-07 2008-06-03 Clinical Micro Sensors, Inc. AC/DC voltage apparatus for detection of nucleic acids
US6025133A (en) * 1996-12-30 2000-02-15 Gen-Probe Incorporated Promoter-sequestered oligonucleoside and method of use
US6171788B1 (en) 1997-01-28 2001-01-09 The Regents Of The University Of California Methods for the diagnosis, prognosis and treatment of glaucoma and related disorders
US6475724B1 (en) 1997-01-28 2002-11-05 The Regents Of The University Of California Nucleic acids, kits, and methods for the diagnosis, prognosis and treatment of glaucoma and related disorders
US7138511B1 (en) 1997-01-28 2006-11-21 The Regents Of The University Of California Nucleic acids, kits and methods for the diagnosis, prognosis and treatment of glaucoma and related disorders
US6534273B2 (en) 1997-05-02 2003-03-18 Gen-Probe Incorporated Two-step hybridization and capture of a polynucleotide
JP4222635B2 (ja) * 1997-05-02 2009-02-12 ジェン−プローブ・インコーポレーテッド ２段階ハイブリダイゼーションおよびポリヌクレオチドの捕捉
US6214563B1 (en) 1997-08-01 2001-04-10 Aurora Biosciences Corporation Photon reducing agents for reducing undesired light emission in assays
US6200762B1 (en) 1997-08-01 2001-03-13 Aurora Biosciences Corporation Photon reducing agents and compositions for fluorescence assays
US6221612B1 (en) * 1997-08-01 2001-04-24 Aurora Biosciences Corporation Photon reducing agents for use in fluorescence assays
DE69933755T2 (de) * 1998-01-23 2007-09-13 bioMérieux B.V. Ef-tu mrna als marker für lebensfähige bakterien
US6686150B1 (en) * 1998-01-27 2004-02-03 Clinical Micro Sensors, Inc. Amplification of nucleic acids with electronic detection
EP1051517A2 (en) * 1998-01-27 2000-11-15 Clinical Micro Sensors, Inc. Amplification of nucleic acids with electronic detection
US20050244954A1 (en) * 1998-06-23 2005-11-03 Blackburn Gary F Binding acceleration techniques for the detection of analytes
US7087148B1 (en) 1998-06-23 2006-08-08 Clinical Micro Sensors, Inc. Binding acceleration techniques for the detection of analytes
JP4438110B2 (ja) * 1998-07-01 2010-03-24 東ソー株式会社 標的核酸の定量方法
US6908770B1 (en) 1998-07-16 2005-06-21 Board Of Regents, The University Of Texas System Fluid based analysis of multiple analytes by a sensor array
WO2000004193A1 (en) 1998-07-20 2000-01-27 Yale University Method for detecting nucleic acids using target-mediated ligation of bipartite primers
JP2002525049A (ja) * 1998-09-15 2002-08-13 イェール ユニバーシティ ローリングサークル増幅を用いる分子クローニング
EP1112385A1 (en) * 1998-09-15 2001-07-04 Yale University Artificial long terminal repeat vectors
ATE250784T1 (de) * 1998-11-27 2003-10-15 Synaptics Uk Ltd Positionssensor
EP1177423A4 (en) * 1999-04-12 2004-10-27 Nanogen Becton Dickinson Partn REINFORCEMENT AND SEPARATION OF NUCLEIC ACID SEQUENCES BY MEANS OF STRAND SHIFT REINFORCEMENT AND BIOELECTRONIC
US6326173B1 (en) * 1999-04-12 2001-12-04 Nanogen/Becton Dickinson Partnership Electronically mediated nucleic acid amplification in NASBA
US6531302B1 (en) * 1999-04-12 2003-03-11 Nanogen/Becton Dickinson Partnership Anchored strand displacement amplification on an electronically addressable microchip
US6238868B1 (en) * 1999-04-12 2001-05-29 Nanogen/Becton Dickinson Partnership Multiplex amplification and separation of nucleic acid sequences using ligation-dependant strand displacement amplification and bioelectronic chip technology
CA2370976C (en) 1999-04-20 2009-10-20 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US20030207295A1 (en) * 1999-04-20 2003-11-06 Kevin Gunderson Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US20060275782A1 (en) 1999-04-20 2006-12-07 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US8080380B2 (en) * 1999-05-21 2011-12-20 Illumina, Inc. Use of microfluidic systems in the detection of target analytes using microsphere arrays
US8481268B2 (en) 1999-05-21 2013-07-09 Illumina, Inc. Use of microfluidic systems in the detection of target analytes using microsphere arrays
US6132997A (en) * 1999-05-28 2000-10-17 Agilent Technologies Method for linear mRNA amplification
US7022517B1 (en) 1999-07-16 2006-04-04 Board Of Regents, The University Of Texas System Method and apparatus for the delivery of samples to a chemical sensor array
DE60031988T2 (de) 1999-07-16 2007-06-14 The Board Of Regents Of The University Of Texas System, Austin Verfahren und vorrichtung zur zuführung von proben zu einer chemischen sensormatrix
DK1238100T3 (da) 1999-07-23 2006-01-23 Gen Probe Inc Polynucleotid-amplifikationsfremgangsmåde
ES2319380T3 (es) 1999-07-26 2009-05-07 Clinical Micro Sensors, Inc. Determinacion de secuencias de acido nucleico usando la deteccion electronica.
AU783873B2 (en) 1999-09-13 2005-12-15 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for linear isothermal amplification of polynucleotide sequences
US6692918B2 (en) 1999-09-13 2004-02-17 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for linear isothermal amplification of polynucleotide sequences
EP1263931A4 (en) * 1999-11-05 2009-07-15 Gerigene Medical Corp INCREASE AND REPAIR OF IMPERFECTIONS OF SOFT TISSUES RELATED TO AGE
US20090074729A2 (en) * 1999-11-05 2009-03-19 Donald Kleinsek Augmentation and repair of spincter defects with cells including fibroblasts
US6361958B1 (en) * 1999-11-12 2002-03-26 Motorola, Inc. Biochannel assay for hybridization with biomaterial
US6875619B2 (en) 1999-11-12 2005-04-05 Motorola, Inc. Microfluidic devices comprising biochannels
US6794138B1 (en) 1999-12-16 2004-09-21 Affymetrix, Inc. Methods of small sample amplification
US6489114B2 (en) 1999-12-17 2002-12-03 Bio Merieux Process for labeling a ribonucleic acid, and labeled RNA fragments which are obtained thereby
US6902891B2 (en) 1999-12-17 2005-06-07 Bio Merieux Process for labeling a nucleic acid
ATE403145T1 (de) * 2000-01-31 2008-08-15 Univ Texas Tragbare vorrichtung mit einer sensor-array- anordnung
US8076063B2 (en) 2000-02-07 2011-12-13 Illumina, Inc. Multiplexed methylation detection methods
US7955794B2 (en) 2000-09-21 2011-06-07 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US20050214825A1 (en) * 2000-02-07 2005-09-29 John Stuelpnagel Multiplex sample analysis on universal arrays
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US6605451B1 (en) 2000-06-06 2003-08-12 Xtrana, Inc. Methods and devices for multiplexing amplification reactions
US7087414B2 (en) 2000-06-06 2006-08-08 Applera Corporation Methods and devices for multiplexing amplification reactions
EP2351853A1 (en) 2000-06-06 2011-08-03 Life Technologies Corporation Method and devices for multiplexing amplification reactions
US6602400B1 (en) 2000-06-15 2003-08-05 Motorola, Inc. Method for enhanced bio-conjugation events
US20060166227A1 (en) * 2000-06-20 2006-07-27 Stephen Kingsmore Protein expression profiling
US7846733B2 (en) 2000-06-26 2010-12-07 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for transcription-based nucleic acid amplification
MXPA02012735A (es) 2000-06-26 2004-04-20 Nugen Tgechnologies Inc Metodos y composiciones para la amplificacion de acido nucleico a base de transcripcion.
EP1299557B1 (en) 2000-06-30 2007-10-03 Qiagen GmbH Signal amplification with lollipop probes
EP1307469B1 (en) * 2000-08-03 2008-01-23 Boehringer Mannheim Gmbh Nucleic acid binding compounds containing pyrazolo¬3,4-d pyrimidine analogues of purin-2,6-diamine and their uses
US6902734B2 (en) 2000-08-07 2005-06-07 Centocor, Inc. Anti-IL-12 antibodies and compositions thereof
US7288390B2 (en) 2000-08-07 2007-10-30 Centocor, Inc. Anti-dual integrin antibodies, compositions, methods and uses
UA81743C2 (uk) 2000-08-07 2008-02-11 Центокор, Инк. МОНОКЛОНАЛЬНЕ АНТИТІЛО ЛЮДИНИ, ЩО СПЕЦИФІЧНО ЗВ'ЯЗУЄТЬСЯ З ФАКТОРОМ НЕКРОЗУ ПУХЛИН АЛЬФА (ФНПα), ФАРМАЦЕВТИЧНА КОМПОЗИЦІЯ, ЩО ЙОГО МІСТИТЬ, ТА СПОСІБ ЛІКУВАННЯ РЕВМАТОЇДНОГО АРТРИТУ
EP2020450B9 (en) 2000-09-01 2011-09-14 Gen-Probe Incorporated Amplification of HIV-1 sequences for detection of sequences associated with drug-resistance mutations
US6558929B2 (en) * 2000-09-15 2003-05-06 Fraunhofer-Gesellschaft Zur Forderung Der Angewandten Forshung E.V. PCR reaction mixture for fluorescence-based gene expression and gene mutation analyses
DE60132924T2 (de) 2000-10-23 2009-03-05 Gen-Probe Inc., San Diego Zusammensetzungen und methoden zur detektion von humanem immundefizienz virus 2 (hiv-2)
CA2426824A1 (en) * 2000-10-24 2002-07-25 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Direct multiplex characterization of genomic dna
US20020192669A1 (en) * 2000-11-10 2002-12-19 Sorge Joseph A. Methods for preparation of nucleic acid for analysis
EP1366191A2 (en) 2000-12-11 2003-12-03 Alexion Pharmaceuticals, Inc. Nested oligonucleotides containing hairpin for nucleic acid amplification
DE60142709D1 (de) 2000-12-13 2010-09-09 Nugen Technologies Inc Methoden und zusammensetzungen zur generierung einer vielzahl von kopien von nukleinsäuresequenzen und methoden zur detektion derselben
US6794141B2 (en) 2000-12-22 2004-09-21 Arcturus Bioscience, Inc. Nucleic acid amplification
US20020197622A1 (en) * 2001-01-31 2002-12-26 Mcdevitt John T. Method and apparatus for the confinement of materials in a micromachined chemical sensor array
CA2439074A1 (en) * 2001-03-09 2002-09-19 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for amplification of rna sequences
US6573051B2 (en) * 2001-03-09 2003-06-03 Molecular Staging, Inc. Open circle probes with intramolecular stem structures
IL153504A0 (en) * 2001-03-09 2003-07-06 Nugen Technologies Inc Methods and compositions for amplification of rna sequences
US20030092157A1 (en) * 2001-03-16 2003-05-15 Hayden Michael R. Compositions, screening systems and methods for modulating HDL cholesterol and triglyceride levels
US7338805B2 (en) 2001-05-04 2008-03-04 Bio Merieux Labeling reagents, methods for synthesizing such reagents and methods for detecting biological molecules
US20050009101A1 (en) * 2001-05-17 2005-01-13 Motorola, Inc. Microfluidic devices comprising biochannels
US8137911B2 (en) * 2001-05-22 2012-03-20 Cellscript, Inc. Preparation and use of single-stranded transcription substrates for synthesis of transcription products corresponding to target sequences
WO2004059289A2 (en) * 2001-05-22 2004-07-15 Epicentre Technologies Target-dependent transcription using deletion mutants of n4 rna polymerase
WO2002097123A2 (en) * 2001-05-25 2002-12-05 Xenon Genetics, Inc. Diagnostic methods for cardiovascular disease, low hdl-cholesterol levels, and high triglyceride levels
MXPA03012075A (es) * 2001-06-22 2005-07-01 Marshfield Clinic Metodos y oligonucleotidos para la deteccion de salmonela sp., e. coli o157:h7 y listeria monocitogenes.
US9261460B2 (en) * 2002-03-12 2016-02-16 Enzo Life Sciences, Inc. Real-time nucleic acid detection processes and compositions
CA2453527A1 (en) 2001-07-12 2003-01-23 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US20030027196A1 (en) * 2001-08-02 2003-02-06 Barnes Wayne M. Magnesium precipitate methods for magnesium dependent enzymes
TWI335938B (en) * 2001-08-15 2011-01-11 Rna replication and amplification
US20120077196A9 (en) * 2001-09-03 2012-03-29 Guido Krupp Universal method for selective amplification of mRNAs
DE10143106C1 (de) * 2001-09-03 2002-10-10 Artus Ges Fuer Molekularbiolog Vermehrung von Ribonukleinsäuren
DE60234369D1 (de) * 2001-09-19 2009-12-24 Alexion Pharma Inc Manipulierte matrizen und ihre verwendung bei der single-primer-amplifikation
US7414111B2 (en) * 2001-09-19 2008-08-19 Alexion Pharmaceuticals, Inc. Engineered templates and their use in single primer amplification
US7045319B2 (en) 2001-10-30 2006-05-16 Ribomed Biotechnologies, Inc. Molecular detection systems utilizing reiterative oligonucleotide synthesis
US20040054162A1 (en) * 2001-10-30 2004-03-18 Hanna Michelle M. Molecular detection systems utilizing reiterative oligonucleotide synthesis
US20030175947A1 (en) * 2001-11-05 2003-09-18 Liu Robin Hui Enhanced mixing in microfluidic devices
US20030119000A1 (en) * 2001-11-05 2003-06-26 Jon Polansky Methods to screen and treat individuals with glaucoma or the propensity to develop glaucoma
ES2624547T3 (es) 2001-11-14 2017-07-14 Janssen Biotech, Inc. Anticuerpos anti il 6, composiciones, métodos y usos
PT1458888E (pt) * 2001-12-10 2011-06-01 Novartis Ag Métodos para tratar a psicose e a esquizofrenia baseados em polimorfismos no gene do cntf
EP1466018B2 (en) 2002-01-08 2015-08-12 Roche Diagnostics GmbH Use of silica material in an amplification reaction
AU2003208959A1 (en) * 2002-01-30 2003-09-02 Id Biomedical Corporation Methods for detecting vancomycin-resistant microorganisms and compositions therefor
EP1470148B1 (en) 2002-02-01 2012-07-18 Life Technologies Corporation Double-stranded oligonucleotides
US20060009409A1 (en) 2002-02-01 2006-01-12 Woolf Tod M Double-stranded oligonucleotides
US7553619B2 (en) 2002-02-08 2009-06-30 Qiagen Gmbh Detection method using dissociated rolling circle amplification
US20050164190A1 (en) 2002-02-20 2005-07-28 Sachiyo Tada Primers for nucleic acid amplification in detecting housekeeping gene mrna and test method using these primers
DE60323067D1 (de) * 2002-03-11 2008-10-02 Nugen Technologies Inc Verfahren zur erzeugung doppelsträngiger dna mit einem 3'-einzelstranganteil und verwendungen dieser komplexe zur rekombination
US9353405B2 (en) 2002-03-12 2016-05-31 Enzo Life Sciences, Inc. Optimized real time nucleic acid detection processes
US7166478B2 (en) * 2002-03-12 2007-01-23 Enzo Life Sciences, Inc., C/O Enzo Biochem, Inc. Labeling reagents and labeled targets, target labeling processes and other processes for using same in nucleic acid determinations and analyses
CA2477670A1 (en) * 2002-03-15 2003-09-25 Arcturus Bioscience, Inc. Improved nucleic acid amplification
US20040241723A1 (en) * 2002-03-18 2004-12-02 Marquess Foley Leigh Shaw Systems and methods for improving protein and milk production of dairy herds
US7498171B2 (en) 2002-04-12 2009-03-03 Anthrogenesis Corporation Modulation of stem and progenitor cell differentiation, assays, and uses thereof
WO2003090605A2 (en) 2002-04-26 2003-11-06 Board Of Regents, The University Of Texas System Method and system for the detection of cardiac risk factors
WO2004011665A2 (en) * 2002-05-17 2004-02-05 Nugen Technologies, Inc. Methods for fragmentation, labeling and immobilization of nucleic acids
US20030219754A1 (en) * 2002-05-23 2003-11-27 Oleksy Jerome E. Fluorescence polarization detection of nucleic acids
ATE519861T1 (de) 2002-06-14 2011-08-15 Gen Probe Inc Zusammensetzungen zum nachweis von hepatitis-b- virus
US20040009574A1 (en) * 2002-07-09 2004-01-15 Nanibhushan Dattagupta Compositions and methods for detecting streptococcus agalactiae capsular polysaccharide synthesis genes
US20040009482A1 (en) * 2002-07-09 2004-01-15 Nanibhushan Dattagupta Compositions and methods for detecting streptococcus agalactiae surface immunogenic protein genes
US20040009483A1 (en) * 2002-07-12 2004-01-15 Ilsley Diane D. Method of linear mRNA amplification using total RNA
US20060073475A1 (en) * 2002-08-09 2006-04-06 Nanibhushan Dattagupta Compositions and methods for detecting pathogenic bacteria expressing chaperonin proteins
US9394332B2 (en) 2002-08-29 2016-07-19 Epigenomics Ag Method for bisulfite treatment
DE10240868A1 (de) * 2002-09-04 2004-03-18 Artus Gesellschaft für molekularbiologische Diagnostik und Entwicklung mbH Verbesserte Verfahren zur Synthese von Nukleinsäuren
CA3081071A1 (en) 2002-10-16 2004-04-29 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting west nile virus
US20040101844A1 (en) * 2002-11-21 2004-05-27 Amorese Douglas A. Methods and compositions for producing linearly amplified amounts of (+) strand RNA
CA2506805A1 (en) 2002-11-21 2004-06-10 Epicentre Technologies Corporation Methods for using primers that encode one strand of a double-stranded promoter
JP4824312B2 (ja) * 2002-11-26 2011-11-30 ユニバーシティ オブ ユタ リサーチ ファンデーション 微小孔物質、被分析物の局在化及び定量の方法、並びに被分析物の局在化及び定量用物品
US7597936B2 (en) * 2002-11-26 2009-10-06 University Of Utah Research Foundation Method of producing a pigmented composite microporous material
EP3000899A1 (en) 2002-12-04 2016-03-30 Applied Biosystems, LLC Multiplex amplification of polynucleotides
US9487823B2 (en) 2002-12-20 2016-11-08 Qiagen Gmbh Nucleic acid amplification
US7560231B2 (en) * 2002-12-20 2009-07-14 Roche Molecular Systems, Inc. Mannitol and glucitol derivatives
US7955795B2 (en) * 2003-06-06 2011-06-07 Qiagen Gmbh Method of whole genome amplification with reduced artifact production
US6977153B2 (en) * 2002-12-31 2005-12-20 Qiagen Gmbh Rolling circle amplification of RNA
US6852494B2 (en) * 2003-01-10 2005-02-08 Linden Technologies, Inc. Nucleic acid amplification
WO2004083806A2 (en) 2003-01-22 2004-09-30 University Of South Florida Autonomous genosensor apparatus and methods for use
ES2294462T5 (es) * 2003-01-29 2015-05-06 Epigenomics Ag Método mejorado para el tratamiento de bisulfito
US6943768B2 (en) 2003-02-21 2005-09-13 Xtellus Inc. Thermal control system for liquid crystal cell
EP2390352A1 (en) 2003-03-18 2011-11-30 Quantum Genetics Ireland Limited Systems and methods for improving protein and milk production of dairy herds
WO2004085670A2 (en) * 2003-03-24 2004-10-07 Perkinelmer Las, Inc. Polarization detection
US8043834B2 (en) 2003-03-31 2011-10-25 Qiagen Gmbh Universal reagents for rolling circle amplification and methods of use
CA2463719A1 (en) * 2003-04-05 2004-10-05 F. Hoffmann-La Roche Ag Nucleotide analogs with six membered rings
US7402386B2 (en) * 2003-04-14 2008-07-22 Nugen Technologies, Inc. Global amplification using random priming by a composite primer
EP1615948B1 (en) * 2003-04-18 2015-04-01 Becton Dickinson and Company Immuno-amplification
CN100480397C (zh) * 2003-05-09 2009-04-22 博奥生物有限公司 用于检测sars病毒的生物芯片
US9708410B2 (en) 2003-05-30 2017-07-18 Janssen Biotech, Inc. Anti-tissue factor antibodies and compositions
FR2855832B1 (fr) 2003-06-03 2007-09-14 Biomerieux Sa Procede de diagnostic et/ou de pronostic d'un syndrome septique
US20040248102A1 (en) * 2003-06-03 2004-12-09 Diane Ilsley-Tyree Methods and compositions for performing template dependent nucleic acid primer extension reactions that produce a reduced complexity product
US20040259100A1 (en) * 2003-06-20 2004-12-23 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
WO2005003304A2 (en) 2003-06-20 2005-01-13 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
US20050181394A1 (en) * 2003-06-20 2005-08-18 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
CN100494399C (zh) * 2003-06-30 2009-06-03 清华大学 一种基于dna芯片的基因分型方法及其应用
US20060057766A1 (en) * 2003-07-08 2006-03-16 Quanxi Jia Method for preparation of semiconductive films
FR2857375B1 (fr) 2003-07-10 2007-11-09 Biomerieux Sa Procede de detection et/ou d'identification de bacteries de genre staphylococcus
WO2005012526A1 (en) 2003-08-04 2005-02-10 The Hospital For Sick Children Lafora's disease gene
US20050059035A1 (en) * 2003-09-09 2005-03-17 Quest Diagnostics Incorporated Methods and compositions for the amplification of mutations in the diagnosis of cystic fibrosis
AU2004272102A1 (en) * 2003-09-12 2005-03-24 University Of Cincinnati Methods for risk assessment, survival prediction and treatment of heart failure and other conditions based on adrenergic receptor polymorphisms
KR100571817B1 (ko) * 2003-09-19 2006-04-17 삼성전자주식회사 태그 서열에 혼성화하는 검출 프로브를 이용하는 표적핵산의 검출방법
CA2482097C (en) * 2003-10-13 2012-02-21 F. Hoffmann-La Roche Ag Methods for isolating nucleic acids
JP2007521018A (ja) * 2003-10-29 2007-08-02 リボメド バイオテクノロジーズ，インコーポレイテッド 反復的オリゴヌクレオチド合成のための組成物、方法、および検出技術
EP2308887A3 (en) 2003-11-12 2011-07-13 Bayer HealthCare LLC Oligonucleotides and methods for detection of west nile virus
US7501240B2 (en) 2003-12-02 2009-03-10 Roche Molecular Systems, Inc. Method for bisulfite treatment
FR2863275B1 (fr) * 2003-12-09 2007-08-10 Biomerieux Sa Procede pour le diagnostic/pronostic du cancer du sein
EP1694871B1 (en) 2003-12-19 2010-08-25 Gen-Probe Incorporated Compositions, methods and kits for detecting the nucleic acids of hiv-1 and hiv-2
US20050136411A1 (en) * 2003-12-22 2005-06-23 Collins Patrick J. Methods and compositions for linear mRNA amplification from small RNA samples
US20050147975A1 (en) * 2003-12-24 2005-07-07 Schembri Carol T. Methods and compositions for amplification of genomic DNA
WO2005065321A2 (en) 2003-12-29 2005-07-21 Nugen Technologies, Inc. Methods for analysis of nucleic acid methylation status and methods for fragmentation, labeling and immobilization of nucleic acids
US20050158710A1 (en) * 2004-01-16 2005-07-21 Shirley Tsang Detection of enterovirus nucleic acid
ES2422583T3 (es) * 2004-02-10 2013-09-12 Hoffmann La Roche Detección de parvovirus B19
US20050202484A1 (en) 2004-02-19 2005-09-15 The Governors Of The University Of Alberta Leptin promoter polymorphisms and uses thereof
US8101431B2 (en) 2004-02-27 2012-01-24 Board Of Regents, The University Of Texas System Integration of fluids and reagents into self-contained cartridges containing sensor elements and reagent delivery systems
US8105849B2 (en) 2004-02-27 2012-01-31 Board Of Regents, The University Of Texas System Integration of fluids and reagents into self-contained cartridges containing sensor elements
WO2005085475A1 (en) 2004-03-01 2005-09-15 Applera Corporation Methods, compositions and kits for use in polynucleotide amplification
US8338578B1 (en) * 2004-03-05 2012-12-25 Quest Diagnostics Investments Incorporated Cystic fibrosis gene mutations
EP1574583A1 (en) * 2004-03-10 2005-09-14 Roche Diagnostics GmbH Methods for isolation of bacteria from biological samples
FR2868071B1 (fr) 2004-03-26 2006-06-09 Biomerieux Sa Reactifs de marquage, procedes de synthese de tels reactifs et procedes de detection de molecules biologiques
FR2868433B1 (fr) 2004-04-06 2008-01-18 Biomerieux Sa Procede pour le pronostic et/ou le diagnostic d'un cancer
US7229800B2 (en) 2004-04-16 2007-06-12 Becton, Dickinson And Company Neisseria gonorrhoeae assay
US20060030037A1 (en) 2004-05-28 2006-02-09 Victor Joseph Thermo-controllable high-density chips for multiplex analyses
US8124334B2 (en) * 2004-07-06 2012-02-28 Enzo Biochem, Inc. Selective detection of oncogenic HPV
CA2573532C (en) 2004-07-13 2014-01-07 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detection of hepatitis a virus nucleic acid
AU2005280162B2 (en) 2004-08-27 2012-04-26 Gen-Probe Incorporated Single-primer nucleic acid amplification methods
US7713697B2 (en) * 2004-08-27 2010-05-11 Gen-Probe Incorporated Methods and kits for amplifying DNA
EP1632578A1 (en) 2004-09-03 2006-03-08 Roche Diagnostics GmbH DNA decontamination method
ATE469245T1 (de) 2004-09-14 2010-06-15 Univ Colorado Auf genetischem targeting basierendes verfahren zur behandlung mit bucindolol
US20100063093A1 (en) * 2007-03-28 2010-03-11 Curt Wolfgang Methods for the administration of iloperidone
CA2929741A1 (en) 2004-09-30 2006-04-13 Gen-Probe Incorporated Assay for detecting and quantifying hiv-1
CA3113166A1 (en) 2004-09-30 2006-04-13 Vanda Pharmaceuticals Inc. Methods for the administration of iloperidone
AU2005333163B2 (en) * 2004-11-09 2011-06-16 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting Group A streptococci
AU2005316930B2 (en) 2004-12-17 2009-06-18 Ventana Medical Systems, Inc. Methods and compositions for a microemulsion-based tissue treatment
US7579153B2 (en) 2005-01-25 2009-08-25 Population Genetics Technologies, Ltd. Isothermal DNA amplification
FR2881437B1 (fr) 2005-01-31 2010-11-19 Biomerieux Sa Procede pour le diagnostic/pronostic d'un syndrome septique
WO2006086438A2 (en) * 2005-02-07 2006-08-17 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting group b streptococci
DK2529619T3 (en) 2005-02-17 2016-01-11 Biogen Ma Inc Treatment of neurological disorders
EP2243832A3 (en) * 2005-02-18 2011-01-05 Gen-Probe Incorporated Sample preparation method incorporating an alkaline shock
JP2008531039A (ja) * 2005-02-28 2008-08-14 バイオクエスト インク 核酸分子が含まれる直接酵素反応方法
WO2006095941A1 (en) 2005-03-05 2006-09-14 Seegene, Inc. Processes using dual specificity oligonucleotide and dual specificity oligonucleotide
KR100977186B1 (ko) 2005-03-05 2010-08-23 주식회사 씨젠 이중 특이성 올리고뉴클레오타이드를 사용한 방법 및 이중특이성 올리고뉴클레오타이드
JP4398886B2 (ja) * 2005-03-07 2010-01-13 ソニー株式会社 通信端末装置、通信システム、通信方法、およびプログラム
US7759469B2 (en) 2005-03-10 2010-07-20 Roche Diagnostics Operations, Inc. Labeling reagent
EP1909108B1 (en) 2005-03-10 2019-05-29 Gen-Probe Incorporated Systems and methods to perform assays for detecting or quantifiying analytes
EP1700922B1 (en) 2005-03-10 2016-08-24 Roche Diagnostics GmbH 3-Substituted 5-Nitroindole derivatives and labeled oligonucleotide probes containing them
EP2322940B1 (en) 2005-03-10 2014-10-29 Gen-Probe Incorporated Systems amd methods to perform assays for detecting or quantifing analytes within samples
JP4658660B2 (ja) * 2005-03-30 2011-03-23 株式会社日立ハイテクノロジーズ 核酸検出法
CN101189023B (zh) 2005-03-31 2013-01-30 通用医疗公司 监测和调制hgf/hgfr活性
EP1863908B1 (de) 2005-04-01 2010-11-17 Qiagen GmbH Reverse transkription und amplifikation von rna bei simultaner degradierung von dna
US20060223071A1 (en) * 2005-04-01 2006-10-05 Wisniewski Michele E Methods, compositions, and kits for detecting nucleic acids in a single vessel
US20060240442A1 (en) * 2005-04-20 2006-10-26 Vevea Dirk N Methods and oligonucleotides for the detection of Salmonella SP., E coli 0157:H7, and Listeria monocytogenes
JO3058B1 (ar) 2005-04-29 2017-03-15 Applied Molecular Evolution Inc الاجسام المضادة لمضادات -اي ال-6,تركيباتها طرقها واستعمالاتها
EP1877418B1 (en) 2005-05-06 2013-11-20 Gen-Probe Incorporated Compositions and assays to detect influenza virus a nucleic acids
US7635594B2 (en) 2005-05-09 2009-12-22 Theranos, Inc. Point-of-care fluidic systems and uses thereof
AU2006246975B2 (en) 2005-05-17 2011-08-11 Ozgene Pty Ltd Sequential cloning system
US8377398B2 (en) 2005-05-31 2013-02-19 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Methods and compositions related to determination and use of white blood cell counts
FR2886735B1 (fr) 2005-06-01 2015-09-11 Biomerieux Sa Procede de marquage ou de traitement d'un echantillon biologique contenant des molecules biologiques d'interet, notamment des acides nucleiques
US7550264B2 (en) 2005-06-10 2009-06-23 Datascope Investment Corporation Methods and kits for sense RNA synthesis
AU2006261953B2 (en) * 2005-06-24 2012-02-23 Board Of Regents, The University Of Texas System Systems and methods including self-contained cartridges with detection systems and fluid delivery systems
HUE042561T2 (hu) 2005-06-30 2019-07-29 Janssen Biotech Inc Anti-IL-23-ellenanyagok, készítmények, eljárások és alkalmazások
US7838646B2 (en) 2005-08-18 2010-11-23 Quest Diagnostics Investments Incorporated Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator gene mutations
US20070054301A1 (en) * 2005-09-06 2007-03-08 Gen-Probe Incorporated Methods, compositions and kits for isothermal amplification of nucleic acids
EP1929046B1 (en) 2005-09-07 2012-07-11 Nugen Technologies, Inc. Improved nucleic acid amplification procedure
EP1762627A1 (de) 2005-09-09 2007-03-14 Qiagen GmbH Verfahren zur Aktivierung einer Nukleinsäure für eine Polymerase-Reaktion
CA2622295C (en) 2005-09-12 2019-01-15 The Regents Of The University Of Michigan Recurrent gene fusions in prostate cancer
US9957569B2 (en) * 2005-09-12 2018-05-01 The Regents Of The University Of Michigan Recurrent gene fusions in prostate cancer
WO2007044671A2 (en) * 2005-10-06 2007-04-19 Lucigen Corporation Thermostable viral polymerases and methods of use
AU2006304721B2 (en) 2005-10-17 2012-01-19 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods to detect Legionella pneumophila nucleic acid
AU2006311612A1 (en) 2005-11-07 2007-05-18 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Chlamydia trachomatis specific oligonucleotide sequences
JP5071987B2 (ja) 2005-11-14 2012-11-14 ジェン−プロウブ インコーポレイテッド パラメトリック較正方法
EP2299267A3 (en) 2005-11-16 2011-05-04 Novartis AG Biomarkers for anti-NogoA antibody treatment in spinal cord injury
EP1788389A1 (en) 2005-11-18 2007-05-23 Universitat De Girona A method for specific detection of Legionella pneumophila
FR2902430B1 (fr) 2005-11-25 2012-11-02 Biomerieux Sa Oligonucleotides, utilisation, methode de detection et kit permettant de diagnostiquer la presence des genes h5 et n1 du virus d'influenza a
US7981606B2 (en) * 2005-12-21 2011-07-19 Roche Molecular Systems, Inc. Control for nucleic acid testing
ES2517420T3 (es) 2005-12-29 2014-11-03 Janssen Biotech, Inc. Anticuerpos anti-IL-23 humanos, composiciones, procedimientos y usos
JP5254040B2 (ja) 2006-01-18 2013-08-07 アルゴス セラピューティクス，インコーポレイティド 閉鎖コンテナ中においてサンプルを処理するためのシステムおよび方法、並びに関連装置
WO2007087262A2 (en) * 2006-01-23 2007-08-02 Population Genetics Technologies Ltd. Selective genome amplification
JP5254949B2 (ja) 2006-03-15 2013-08-07 マイクロニクス， インコーポレイテッド 一体型の核酸アッセイ
US11287421B2 (en) 2006-03-24 2022-03-29 Labrador Diagnostics Llc Systems and methods of sample processing and fluid control in a fluidic system
US8741230B2 (en) 2006-03-24 2014-06-03 Theranos, Inc. Systems and methods of sample processing and fluid control in a fluidic system
CA2638782C (en) 2006-04-07 2020-08-25 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Neisseria gonorrhoeae pivng gene specific oligonucleotide sequences
US8007999B2 (en) 2006-05-10 2011-08-30 Theranos, Inc. Real-time detection of influenza virus
ATE514794T1 (de) * 2006-05-12 2011-07-15 Gen Probe Inc Zusammensetzungen und verfahren für den nachweis von enterokokken-nukleinsäuren
BRPI0712514B1 (pt) 2006-05-25 2018-06-05 Monsanto Technology Llc Processo para seleção de uma planta de soja resistente à ferrugem asiática da soja
US7897747B2 (en) * 2006-05-25 2011-03-01 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Method to produce single stranded DNA of defined length and sequence and DNA probes produced thereby
US11001881B2 (en) 2006-08-24 2021-05-11 California Institute Of Technology Methods for detecting analytes
DK1945821T3 (da) 2006-06-06 2011-03-07 Gen Probe Inc Mærkede oligonukleotider og anvendelse deraf i fremgangsmåder til amplifikation af nukleinsyrer
WO2008005459A2 (en) * 2006-06-30 2008-01-10 Nugen Technologies, Inc. Methods for fragmentation and labeling of nucleic acids
US11525156B2 (en) 2006-07-28 2022-12-13 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
WO2008014485A2 (en) 2006-07-28 2008-01-31 California Institute Of Technology Multiplex q-pcr arrays
AU2007281143B2 (en) 2006-08-01 2011-05-19 Gen-Probe Incorporated Methods of nonspecific target capture of nucleic acids
EP2520935A3 (en) 2006-08-09 2013-02-13 Homestead Clinical Corporation Organ-specific proteins and methods of their use
US11560588B2 (en) 2006-08-24 2023-01-24 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
WO2008030605A2 (en) * 2006-09-08 2008-03-13 The Regents Of The University Of Michigan Herv group ii viruses in lymphoma and cancer
FR2906537A1 (fr) 2006-09-28 2008-04-04 Biomerieux Sa Procede de diagnostic in vitro du cancer broncho-pulmonaire par detection des transcrits majoritaires alternatifs du gene klk8 codant la kallicreine 8 et son utilisation pour le pronostic de survie
US8012744B2 (en) 2006-10-13 2011-09-06 Theranos, Inc. Reducing optical interference in a fluidic device
WO2008058018A2 (en) 2006-11-02 2008-05-15 Mayo Foundation For Medical Education And Research Predicting cancer outcome
US7492312B2 (en) * 2006-11-14 2009-02-17 Fam Adly T Multiplicative mismatched filters for optimum range sidelobe suppression in barker code reception
US20080113391A1 (en) 2006-11-14 2008-05-15 Ian Gibbons Detection and quantification of analytes in bodily fluids
EP1932913B1 (en) 2006-12-11 2013-01-16 Roche Diagnostics GmbH Nucleic acid isolation using polidocanol and derivatives
CA2614069C (en) * 2006-12-11 2016-05-03 F. Hoffmann-La Roche Ag Nucleic acid isolation using polidocanol and derivatives
EP3095873B1 (en) 2006-12-21 2018-04-18 Gen-Probe Incorporated Methods and compositions for nucleic acid amplification
US7794937B2 (en) 2006-12-22 2010-09-14 Quest Diagnostics Investments Incorporated Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator gene mutations
GB0701253D0 (en) 2007-01-23 2007-02-28 Diagnostics For The Real World Nucleic acid amplification and testing
US8183359B2 (en) * 2007-03-01 2012-05-22 Gen-Probe Incorporated Kits for amplifying DNA
EP1978111B1 (en) 2007-04-02 2013-03-27 Gen-Probe Incorporated Compositions, kits and related methods for the detection and/or monitoring of Pseudomonas aeruginosa
CA2629589C (en) 2007-04-20 2016-03-29 F.Hoffmann-La Roche Ag Isolation and purification of nucleic acid molecules with a solid phase
FR2917090B1 (fr) 2007-06-11 2012-06-15 Biomerieux Sa Reactifs de marquage portant des fonctions diazo et nitro, procedes de synthese de tels reactifs et procedes de detection de molecules biologiques
AU2008269201B2 (en) 2007-06-21 2011-08-18 Gen-Probe Incorporated Instrument and receptacles for use in performing processes
WO2009006438A2 (en) 2007-06-29 2009-01-08 Epicentre Technologies Corporation Copy dna and sense rna
WO2009009432A2 (en) 2007-07-06 2009-01-15 The Regents Of The University Of Michigan Recurrent gene fusions in prostate cancer
CA2692793C (en) 2007-07-06 2014-05-20 The Regents Of The University Of Michigan Mipol1-etv1 gene rearrangements
US8158430B1 (en) 2007-08-06 2012-04-17 Theranos, Inc. Systems and methods of fluidic sample processing
US20090263869A1 (en) 2007-08-27 2009-10-22 Lei Xi Methods and Compositions for PCR
SG10201606120XA (en) 2007-10-02 2016-09-29 Theranos Inc Modular Point-Of-Care Devices And Uses Thereof
WO2009049268A1 (en) 2007-10-12 2009-04-16 Rheonix, Inc. Integrated microfluidic device and methods
US20100255482A1 (en) * 2007-11-06 2010-10-07 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Hepatitis B Virus (HBV) Specific Oligonucleotide Sequences
EP2071034A1 (en) 2007-12-12 2009-06-17 bioMérieux Method for treating a solution in order to destroy any ribonucleic acid after amplification
ES2686677T3 (es) 2007-12-21 2018-10-19 Biomerieux Sa Detección de Staphylococcus aureus resistente a meticilina
CA2715991A1 (en) * 2007-12-26 2009-07-09 Gen-Probe Incorporated Amplification oligomers and methods to detect candida albicans 26s rrna or encoding dna
US8034568B2 (en) * 2008-02-12 2011-10-11 Nugen Technologies, Inc. Isothermal nucleic acid amplification methods and compositions
US20090215050A1 (en) * 2008-02-22 2009-08-27 Robert Delmar Jenison Systems and methods for point-of-care amplification and detection of polynucleotides
WO2009117698A2 (en) 2008-03-21 2009-09-24 Nugen Technologies, Inc. Methods of rna amplification in the presence of dna
JP2011518126A (ja) * 2008-03-25 2011-06-23 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミシガン ＩＫＫｉ阻害剤の処置方法およびスクリーニング方法、ならびに関連するＩＫＫｉ診断方法
EP2108699B1 (en) 2008-04-08 2014-06-25 F.Hoffmann-La Roche Ag Analytical processing and detection device
CA3128538C (en) 2008-04-21 2023-08-08 Gen-Probe Incorporated Method for detecting chikungunya virus
JP2009268665A (ja) * 2008-05-07 2009-11-19 Canon Inc 吸入装置
US10316352B2 (en) 2008-05-13 2019-06-11 Gen-Probe Incorporated Methods of capturing a target nucleic acid for amplification and detection using an inactivatable target capture oligomer
EP2297346B1 (en) 2008-05-15 2015-04-15 Ribomed Biotechnologies, Inc. METHODS AND REAGENTS FOR DETECTING CpG METHYLATION WITH A METHYL CpG BINDING PROTEIN (MBP)
CA2725978A1 (en) 2008-05-28 2009-12-03 Genomedx Biosciences, Inc. Systems and methods for expression-based discrimination of distinct clinical disease states in prostate cancer
US10407731B2 (en) 2008-05-30 2019-09-10 Mayo Foundation For Medical Education And Research Biomarker panels for predicting prostate cancer outcomes
US8703421B2 (en) 2008-05-30 2014-04-22 Gen-Probe Incorporated Compositions, kits and related methods for the detection and/or monitoring of Salmonella
EP2130929B1 (en) 2008-06-06 2013-10-09 F. Hoffmann-La Roche AG Internally controlled multiplex detection and quantification of microbial nucleic acids
WO2010009060A2 (en) * 2008-07-13 2010-01-21 Ribomed Biotechnologies, Inc. Molecular beacon-based methods for detection of targets using abscription
FR2934595B1 (fr) 2008-07-29 2013-04-05 Biomerieux Sa Reactifs de marquage ayant un noyau pyridine portant une fonction diazomethyle, procedes de synthese de tels reactifs et procedes de detection de molecules biologiques
GB0814570D0 (en) 2008-08-08 2008-09-17 Diagnostics For The Real World Isolation of nucleic acid
KR20160116056A (ko) 2008-08-14 2016-10-06 테바 파마슈티컬즈 오스트레일리아 피티와이 엘티디 항-ｉｌ-12/ｉｌ-23 항체
US8383345B2 (en) 2008-09-12 2013-02-26 University Of Washington Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads
WO2010030461A2 (en) * 2008-09-12 2010-03-18 Promega Corporation Assessing expression of endogenous and exogenous genes
EP2172563A1 (en) 2008-09-24 2010-04-07 bioMérieux S.A. Method for lowering the dependency towards sequence variation of a nucleic acid target in a diagnostic hybridization assay
US9090948B2 (en) 2008-09-30 2015-07-28 Abbott Molecular Inc. Primers and probes for detecting human papillomavirus and human beta globin sequences in test samples
EP2177271B8 (en) 2008-10-15 2019-12-18 F. Hoffmann-La Roche AG Magnetic separation system comprising flexible magnetic pins and corresponding method
US20100144781A1 (en) * 2008-10-29 2010-06-10 Dong-Jing Fu Methods of treating psychosis and schizophrenia based on polymorphisms in the erbb4 gene
AU2009308935B2 (en) 2008-10-31 2015-02-26 Janssen Biotech, Inc. Fibronectin type III domain based scaffold compositions, methods and uses
EP2189218A1 (en) 2008-11-12 2010-05-26 F. Hoffmann-Roche AG Multiwell plate lid separation
US9495515B1 (en) 2009-12-09 2016-11-15 Veracyte, Inc. Algorithms for disease diagnostics
US10236078B2 (en) 2008-11-17 2019-03-19 Veracyte, Inc. Methods for processing or analyzing a sample of thyroid tissue
WO2010078374A1 (en) 2008-12-30 2010-07-08 Gen-Probe Incorporated Compositions, kits and related methods for the detection and/or monitoring of listeria
FR2940805B1 (fr) 2009-01-05 2015-10-16 Biomerieux Sa Procede d'amplification et/ou de detection d'acides nucleiques, kits et utilisations de ce procede
CN102639709A (zh) 2009-01-09 2012-08-15 密歇根大学董事会 癌症中的复现性基因融合体
JP5586631B2 (ja) 2009-01-30 2014-09-10 ジェン−プローブ・インコーポレーテッド 信号を検出し、信号伝送要素に熱エネルギーを加えるためのシステム及び方法
CN102596992B (zh) 2009-02-12 2015-09-09 詹森生物科技公司 基于ⅲ型纤连蛋白结构域的支架组合物、方法及用途
CA2756659A1 (en) 2009-02-26 2010-09-02 Gen-Probe Incorporated Assay for detection of human parvovirus nucleic acid
US9074258B2 (en) 2009-03-04 2015-07-07 Genomedx Biosciences Inc. Compositions and methods for classifying thyroid nodule disease
CA2755668A1 (en) 2009-03-15 2010-09-23 Ribomed Biotechnologies, Inc. Abscription based molecular detection
US9393564B2 (en) 2009-03-30 2016-07-19 Ibis Biosciences, Inc. Bioagent detection systems, devices, and methods
WO2010126913A1 (en) 2009-04-27 2010-11-04 Gen-Probe Incorporated Methods and kits for use in the selective amplification of target sequences
WO2010129934A2 (en) 2009-05-07 2010-11-11 Veracyte, Inc. Methods and compositions for diagnosis of thyroid conditions
CA2768768C (en) 2009-06-23 2021-08-24 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting nucleic acid from mollicutes
US9169512B2 (en) 2009-07-01 2015-10-27 Gen-Probe Incorporated Methods and compositions for nucleic acid amplification
EP2456887B1 (en) 2009-07-21 2015-11-25 Gen-Probe Incorporated Methods and compositions for quantitative detection of nucleic acid sequences over an extended dynamic range
US8614062B1 (en) 2009-07-24 2013-12-24 University Of South Florida RNA-based system and method to differentiate seafood
US20110059453A1 (en) * 2009-08-23 2011-03-10 Affymetrix, Inc. Poly(A) Tail Length Measurement by PCR
CA2770888C (en) 2009-08-31 2020-04-14 Gen-Probe Incorporated Dengue virus assay
US9512481B2 (en) 2009-09-11 2016-12-06 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate Polymorphisms in the PDE3A gene
JP5800817B2 (ja) 2009-09-17 2015-10-28 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミシガン 前立腺癌における再発性遺伝子融合
FR2950358B1 (fr) 2009-09-18 2015-09-11 Biomerieux Sa Dispositif d'amplification d'acides nucleiques simplifie et son procede de mise en oeuvre
US8862448B2 (en) 2009-10-19 2014-10-14 Theranos, Inc. Integrated health data capture and analysis system
ES2533536T3 (es) 2009-11-19 2015-04-10 Solis Biodyne Oü Composiciones para aumentar la estabilidad y actividad de polipéptidos, y métodos relacionados
WO2011071923A2 (en) 2009-12-07 2011-06-16 Illumina, Inc. Multi-sample indexing for multiplex genotyping
US10446272B2 (en) 2009-12-09 2019-10-15 Veracyte, Inc. Methods and compositions for classification of samples
CA2822747A1 (en) 2009-12-23 2011-06-30 Arca Biopharma, Inc. Use of s-(6-nitro-oxi-hexahydro-furo[3,2-b]thioacetate in the treatment of cardiovascular disorders associated with oxide synthase dysfunction
US20110165568A1 (en) 2009-12-31 2011-07-07 Life Technologies Corporation Sequences of e.coli 055:h7 genome
EP2529026B1 (en) 2010-01-25 2013-11-13 Rd Biosciences Inc. Self-folding amplification of target nucleic acid
KR101851117B1 (ko) 2010-01-29 2018-04-23 마이크로닉스 인코포레이티드. 샘플-투-앤서 마이크로유체 카트리지
WO2011103274A1 (en) 2010-02-17 2011-08-25 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods to detect atopobium vaginae nucleic acid
PE20130192A1 (es) 2010-03-30 2013-02-27 Centocor Ortho Biotech Inc Anticuerpos il-25 humanizados
PL2556171T3 (pl) 2010-04-05 2016-04-29 Prognosys Biosciences Inc Oznaczenia biologiczne kodowane przestrzennie
US20190300945A1 (en) 2010-04-05 2019-10-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially Encoded Biological Assays
US10787701B2 (en) 2010-04-05 2020-09-29 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
CA3011697C (en) 2010-04-21 2020-04-07 Gen-Probe Incorporated Compositions, methods and kits to detect herpes simplex virus nucleic acids
CN103118692A (zh) 2010-04-26 2013-05-22 Atyr医药公司 与半胱氨酰-tRNA合成酶的蛋白片段相关的治疗、诊断和抗体组合物的创新发现
JP6294074B2 (ja) 2010-04-27 2018-03-14 エータイアー ファーマ， インコーポレイテッド イソロイシルｔＲＮＡ合成酵素のタンパク質フラグメントに関連した治療用、診断用および抗体組成物の革新的発見
US8993723B2 (en) 2010-04-28 2015-03-31 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of alanyl-tRNA synthetases
CN103118693B (zh) 2010-04-29 2017-05-03 Atyr 医药公司 与缬氨酰‑tRNA合成酶的蛋白片段相关的治疗、诊断和抗体组合物的创新发现
WO2011150279A2 (en) 2010-05-27 2011-12-01 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of glutaminyl-trna synthetases
US8986680B2 (en) 2010-04-29 2015-03-24 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of Asparaginyl tRNA synthetases
EP2566496B1 (en) 2010-05-03 2018-02-28 aTyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of methionyl-trna synthetases
US8961961B2 (en) 2010-05-03 2015-02-24 a Tyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related protein fragments of arginyl-tRNA synthetases
AU2011248227B2 (en) 2010-05-03 2016-12-01 Pangu Biopharma Limited Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of phenylalanyl-alpha-tRNA synthetases
WO2011140267A2 (en) 2010-05-04 2011-11-10 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of p38 multi-trna synthetase complex
CA2798123C (en) 2010-05-05 2020-06-23 The Governing Council Of The University Of Toronto Method of processing dried samples using digital microfluidic device
CN103200953B (zh) 2010-05-14 2017-02-15 Atyr 医药公司 与苯丙氨酰‑β‑tRNA合成酶的蛋白片段相关的治疗、诊断和抗体组合物的创新发现
KR101223660B1 (ko) 2010-05-20 2013-01-17 광주과학기술원 ＨＩＦ－２α 억제제를 유효성분으로 포함하는 관절염 예방 또는 치료용 약제학적 조성물
KR101176139B1 (ko) 2010-05-20 2012-08-22 광주과학기술원 관절염 동물모델로서 연골 특이적 ＨＩＦ?２α 형질전환 마우스 및 이의 용도
EP2575857B1 (en) 2010-06-01 2018-01-24 aTyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of lysyl-trna synthetases
EP2576815B1 (en) 2010-06-04 2018-02-14 Biomérieux Method for the prognosis of colorectal cancer
ES2569220T3 (es) 2010-06-22 2016-05-09 F. Hoffmann-La Roche Ag Envase de suspensión para partículas de unión para el aislamiento de material biológico
EP2588629B1 (en) 2010-06-30 2017-05-17 Gen-Probe Incorporated Method and apparatus for identifying analyte-containing samples using single-read determination of analyte and process control signals
AU2011274789B2 (en) 2010-07-07 2014-04-10 The Regents Of The University Of Michigan Diagnosis and treatment of breast cancer
EP2593569B1 (en) 2010-07-12 2018-01-03 Gen-Probe Incorporated Compositions and assays to detect seasonal h1 influenza a virus nucleic acids
AU2011289831C1 (en) 2010-07-12 2017-06-15 Pangu Biopharma Limited Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of glycyl-tRNA synthetases
US9663834B2 (en) 2010-07-16 2017-05-30 Tocagen Inc. Retrovirus detection
EP2598655B1 (en) 2010-07-29 2016-10-05 F.Hoffmann-La Roche Ag Qualitative and quantitative detection of microbial nucleic acids
JP5972265B2 (ja) 2010-07-29 2016-08-17 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲーＦ． Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ Ｒｏｃｈｅ Ａｋｔｉｅｎｇｅｓｅｌｌｓｃｈａｆｔ ジェネリックｐｃｒ
EP2598656B1 (en) 2010-07-29 2017-07-12 F. Hoffmann-La Roche AG Control nucleic acids for multiple parameters
CA2802563C (en) 2010-07-29 2018-08-28 F. Hoffmann-La Roche Ag Preparation of nucleic acids from different types of biological fluid samples
US8822663B2 (en) 2010-08-06 2014-09-02 Moderna Therapeutics, Inc. Engineered nucleic acids and methods of use thereof
WO2012027611A2 (en) 2010-08-25 2012-03-01 Atyr Pharma, Inc. INNOVATIVE DISCOVERY OF THERAPEUTIC, DIAGNOSTIC, AND ANTIBODY COMPOSITIONS RELATED TO PROTEIN FRAGMENTS OF TYROSYL-tRNA SYNTHETASES
EP2611932A2 (en) 2010-08-30 2013-07-10 Gen-Probe Incorporated Compositions, methods and reaction mixtures for the detection of xenotropic murine leukemia virus-related virus
EP2426222A1 (en) 2010-09-07 2012-03-07 F. Hoffmann-La Roche AG Generic buffer for amplification
US9110079B2 (en) 2010-09-29 2015-08-18 Biomerieux Method and kit for establishing an in vitro prognosis on a patient exhibiting SIRS
HUE058896T2 (hu) 2010-10-01 2022-09-28 Modernatx Inc N1-metil-pszeudo-uracilt tartalmazó ribonukleinsavak és azok felhasználásai
EP3438289A1 (en) 2010-10-04 2019-02-06 Gen-Probe Prodesse, Inc. Compositions, methods and kits to detect adenovirus nucleic acids
US10093981B2 (en) 2010-10-19 2018-10-09 Northwestern University Compositions and methods for identifying depressive disorders
US10233501B2 (en) 2010-10-19 2019-03-19 Northwestern University Biomarkers predictive of predisposition to depression and response to treatment
US20150225792A1 (en) 2014-01-17 2015-08-13 Northwestern University Compositions and methods for identifying depressive disorders
US20150218639A1 (en) 2014-01-17 2015-08-06 Northwestern University Biomarkers predictive of predisposition to depression and response to treatment
ES2576927T3 (es) 2010-10-22 2016-07-12 T2 Biosystems, Inc. Sistemas de RMN y métodos para la detección rápida de analitos
US8563298B2 (en) 2010-10-22 2013-10-22 T2 Biosystems, Inc. NMR systems and methods for the rapid detection of analytes
CN103282511A (zh) 2010-11-01 2013-09-04 贝克顿·迪金森公司 阴道加特纳菌测定
US9074251B2 (en) 2011-02-10 2015-07-07 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
EP2640854B1 (en) 2010-11-19 2018-02-21 The Regents Of The University Of Michigan PCAT1 ncRNA AND USES THEREOF
US8945556B2 (en) 2010-11-19 2015-02-03 The Regents Of The University Of Michigan RAF gene fusions
EP2465945A1 (en) 2010-12-17 2012-06-20 F. Hoffmann-La Roche AG Generic matrix for control nucleic acids
WO2012090073A2 (en) 2010-12-30 2012-07-05 The Netherlands Cancer Institute Methods and compositions for predicting chemotherapy sensitivity
EP2658970B1 (en) 2010-12-31 2016-09-28 Bioatla LLC Express humanization of antibodies
EP2659270A4 (en) 2010-12-31 2014-05-21 Bioatla Llc GENERATION OF WHOLE MONOCLONAL ANTIBODIES
SG192069A1 (en) 2011-01-21 2013-08-30 Theranos Inc Systems and methods for sample use maximization
CA2826131C (en) 2011-02-02 2019-11-05 Jay Ashok Shendure Massively parallel continguity mapping
US10245255B2 (en) 2011-02-14 2019-04-02 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for the treatment of obesity and related disorders
EP2683833B1 (en) 2011-03-10 2018-09-26 Gen-Probe Incorporated Methods for the selection and optimization of oligonucleotide tag sequences
WO2012129758A1 (en) 2011-03-25 2012-10-04 Biomerieux Method and kit for determining in vitro probability for individual to suffer from colorectal cancer
US8710200B2 (en) 2011-03-31 2014-04-29 Moderna Therapeutics, Inc. Engineered nucleic acids encoding a modified erythropoietin and their expression
US20140296248A1 (en) 2011-04-04 2014-10-02 Stichting het Nederlands Kanker Instiuut-Antoni van Leeuwenhoek ziekenhuis Methods and compositions for predicting resistance to anticancer treatment
US20140287931A1 (en) 2011-04-04 2014-09-25 Stichting Het Nederlands Kanker Instituut - Antoni Van Leeuwenhoek Ziekenhuis Methods and compositions for predicting resistance to anticancer treatment
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
EP3159697B1 (en) 2011-04-15 2019-12-25 Becton, Dickinson and Company Scanning real-time microfluidic thermo-cycler
AU2012249751B2 (en) 2011-04-25 2016-11-03 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting BV-associated bacterial nucleic acid
AP2013007180A0 (en) 2011-04-25 2013-10-31 Advanced Bioscience Lab Inc Truncated HIV envelope proteins (ENV), methods andcompositions related thereto
EP2535712A1 (en) 2011-06-15 2012-12-19 F. Hoffmann-La Roche AG Analytical system for the preparation of biological material
EP2721170A2 (en) 2011-06-17 2014-04-23 Life Technologies Corporation Compositions and methods for detection of cronobacter spp. and cronobacter species and strains
AU2012284307A1 (en) 2011-07-15 2013-05-09 Gen-Probe Incorporated Compositions and method for detecting human parvovirus nucleic acid and for detecting hepatitis A virus nucleic acids in single-plex or multiplex assays
US8778843B1 (en) 2011-08-03 2014-07-15 Fry Laboratories, L.L.C. Semi-pan-protozoal by quantitative PCR
US20130122505A1 (en) 2011-08-24 2013-05-16 Life Technologies Corporation Compositions and methods for detection of multiple microorganisms
US10767208B2 (en) 2011-09-06 2020-09-08 Gen-Probe Incorporated Closed nucleic acid structures
US10752944B2 (en) 2011-09-06 2020-08-25 Gen-Probe Incorporated Circularized templates for sequencing
WO2013036928A1 (en) 2011-09-08 2013-03-14 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting bv-associated bacterial nucleic acid
US9464124B2 (en) 2011-09-12 2016-10-11 Moderna Therapeutics, Inc. Engineered nucleic acids and methods of use thereof
US20140170735A1 (en) 2011-09-25 2014-06-19 Elizabeth A. Holmes Systems and methods for multi-analysis
US8840838B2 (en) 2011-09-25 2014-09-23 Theranos, Inc. Centrifuge configurations
US8435738B2 (en) 2011-09-25 2013-05-07 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-analysis
US8475739B2 (en) 2011-09-25 2013-07-02 Theranos, Inc. Systems and methods for fluid handling
US9268915B2 (en) 2011-09-25 2016-02-23 Theranos, Inc. Systems and methods for diagnosis or treatment
US8380541B1 (en) 2011-09-25 2013-02-19 Theranos, Inc. Systems and methods for collecting and transmitting assay results
US9632102B2 (en) 2011-09-25 2017-04-25 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-purpose analysis
US9664702B2 (en) 2011-09-25 2017-05-30 Theranos, Inc. Fluid handling apparatus and configurations
US9619627B2 (en) 2011-09-25 2017-04-11 Theranos, Inc. Systems and methods for collecting and transmitting assay results
EP2758547B1 (en) 2011-09-21 2015-09-16 Gen-Probe Incorporated Methods for amplifying nucleic acid using tag-mediated displacement
US9250229B2 (en) 2011-09-25 2016-02-02 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-analysis
US10012664B2 (en) 2011-09-25 2018-07-03 Theranos Ip Company, Llc Systems and methods for fluid and component handling
US9810704B2 (en) 2013-02-18 2017-11-07 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-analysis
MX344792B (es) 2011-09-25 2017-01-06 Theranos Inc Sistemas y métodos para múltiples análisis.
WO2013045505A1 (en) 2011-09-28 2013-04-04 Novartis Ag Biomarkers for raas combination therapy
RS62993B1 (sr) 2011-10-03 2022-03-31 Modernatx Inc Modifikovani nukleozidi, nukleotidi, i nukleinske kiseline, i njihove upotrebe
US9416153B2 (en) 2011-10-11 2016-08-16 Enzo Life Sciences, Inc. Fluorescent dyes
EP2769007B1 (en) 2011-10-19 2016-12-07 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for directional nucleic acid amplification and sequencing
US9863004B2 (en) 2011-11-04 2018-01-09 Gen-Probe Incorporated Molecular assay reagents and methods
CA2853760A1 (en) 2011-11-04 2013-05-10 Oslo Universitetssykehus Hf Methods and biomarkers for analysis of colorectal cancer
MX354547B (es) 2011-11-14 2018-03-09 Alfasigma Spa Ensayos y métodos para seleccionar un regimen de tratamiento para un sujeto con depresión.
DE102011120550B4 (de) 2011-12-05 2013-11-07 Gen-Probe Prodesse, Inc. Zusammensetzungen, Verfahren und Kits zur Detektion von Adenovirusnukleinsäuren
EP2791359B1 (en) 2011-12-13 2020-01-15 Decipher Biosciences, Inc. Cancer diagnostics using non-coding transcripts
CN104114572A (zh) 2011-12-16 2014-10-22 现代治疗公司 经修饰的核苷、核苷酸和核酸组合物
EP2795333A4 (en) 2011-12-20 2016-02-17 Univ Michigan PSEUDOGENS AND USES THEREOF
WO2013093629A2 (en) 2011-12-20 2013-06-27 Netherlands Cancer Institute Modular vaccines, methods and compositions related thereto
WO2013096838A2 (en) 2011-12-22 2013-06-27 Ibis Biosciences, Inc. Systems and methods for isolating nucleic acids
WO2013096799A1 (en) 2011-12-22 2013-06-27 Ibis Biosciences, Inc. Systems and methods for isolating nucleic acids from cellular samples
AU2012356749B2 (en) 2011-12-23 2018-08-02 Biomerieux Detection of mecA variant strains of methicillin-resistant Staphylococcus aureus
US9970061B2 (en) 2011-12-27 2018-05-15 Ibis Biosciences, Inc. Bioagent detection oligonucleotides
AU2013208757A1 (en) 2012-01-09 2014-07-24 Oslo Universitetssykehus Hf Methods and biomarkers for analysis of colorectal cancer
SG11201404243WA (en) 2012-01-26 2014-08-28 Nugen Technologies Inc Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library generation
WO2013123432A2 (en) 2012-02-16 2013-08-22 Atyr Pharma, Inc. Histidyl-trna synthetases for treating autoimmune and inflammatory diseases
US9506117B2 (en) 2012-02-21 2016-11-29 Oslo Universitetssykehus Hf Methods and biomarkers for detection and prognosis of cervical cancer
CA2865281C (en) 2012-02-24 2021-11-23 Gen-Probe Prodesse, Inc. Detection of shiga toxin genes in bacteria
WO2013132354A2 (en) 2012-03-06 2013-09-12 Oslo Universitetssykehus Hf Gene signatures associated with efficacy of postmastectomy radiotherapy in breast cancer
JP6224067B2 (ja) 2012-03-29 2017-11-01 ノバルティス アーゲー 診断用薬
EP2831260B1 (en) 2012-03-29 2018-10-17 Becton, Dickinson and Company Nucleic acids for nucleic acid amplification
US9303079B2 (en) 2012-04-02 2016-04-05 Moderna Therapeutics, Inc. Modified polynucleotides for the production of cytoplasmic and cytoskeletal proteins
US9283287B2 (en) 2012-04-02 2016-03-15 Moderna Therapeutics, Inc. Modified polynucleotides for the production of nuclear proteins
DE18200782T1 (de) 2012-04-02 2021-10-21 Modernatx, Inc. Modifizierte polynukleotide zur herstellung von proteinen im zusammenhang mit erkrankungen beim menschen
WO2013151647A1 (en) 2012-04-02 2013-10-10 Life Technologies Corporation Compositions and methods for detection of mycobacterium avium paratuberculosis
US9572897B2 (en) 2012-04-02 2017-02-21 Modernatx, Inc. Modified polynucleotides for the production of cytoplasmic and cytoskeletal proteins
EP2834370B1 (en) 2012-04-03 2019-01-02 The Regents Of The University Of Michigan Biomarker associated with irritable bowel syndrome and crohn's disease
CN104620112B (zh) 2012-04-13 2017-11-28 贝克顿·迪金森公司 使用先前检验的残余材料反射检验样本
AU2013205110B2 (en) 2012-04-24 2016-10-13 Gen-Probe Incorporated Compositions, Methods and Kits to Detect Herpes Simplex Virus Nucleic Acids
AU2013205064B2 (en) 2012-06-04 2015-07-30 Gen-Probe Incorporated Compositions and Methods for Amplifying and Characterizing HCV Nucleic Acid
US9012022B2 (en) 2012-06-08 2015-04-21 Illumina, Inc. Polymer coatings
US8895249B2 (en) 2012-06-15 2014-11-25 Illumina, Inc. Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
WO2013191775A2 (en) 2012-06-18 2013-12-27 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for negative selection of non-desired nucleic acid sequences
WO2014005076A2 (en) 2012-06-29 2014-01-03 The Regents Of The University Of Michigan Methods and biomarkers for detection of kidney disorders
US20140005061A1 (en) 2012-06-29 2014-01-02 Life Technologies Corporation Compositions and methods for detection of multiple microorganisms
WO2014008312A2 (en) 2012-07-02 2014-01-09 Price Lance B Primers, assays and methods for detecting an e. coli subtype
US20150011396A1 (en) 2012-07-09 2015-01-08 Benjamin G. Schroeder Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing
AU2013205087B2 (en) 2012-07-13 2016-03-03 Gen-Probe Incorporated Method for detecting a minority genotype
WO2014015217A1 (en) 2012-07-19 2014-01-23 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Biomarkers for hcv infected patients
EP2877593B1 (en) 2012-07-26 2018-07-18 Illumina, Inc. Compositions and methods for the amplification of nucleic acids
US9932628B2 (en) 2012-07-27 2018-04-03 Gen-Probe Incorporated Dual reference calibration method and system for quantifying polynucleotides
AU2013202793B2 (en) 2012-07-31 2014-09-18 Gen-Probe Incorporated System, method and apparatus for automated incubation
US11035005B2 (en) 2012-08-16 2021-06-15 Decipher Biosciences, Inc. Cancer diagnostics using biomarkers
AU2013308647B2 (en) 2012-08-30 2018-10-18 Gen-Probe Incorporated Multiphase nucleic acid amplification
BR112015005429A2 (pt) 2012-09-11 2017-07-04 Theranos Inc sistemas de gestão de informação e métodos usando uma assinatura biológica
SG11201502618PA (en) 2012-10-04 2015-05-28 Univ Leland Stanford Junior Methods and reagents for detection, quantitation, and serotyping of dengue viruses
AU2013205122B2 (en) 2012-10-11 2016-11-10 Gen-Probe Incorporated Compositions and Methods for Detecting Human Papillomavirus Nucleic Acid
US20160046997A1 (en) 2012-10-18 2016-02-18 Oslo Universitetssykehus Hf Biomarkers for cervical cancer
US9181583B2 (en) 2012-10-23 2015-11-10 Illumina, Inc. HLA typing using selective amplification and sequencing
EP4074834A1 (en) 2012-11-26 2022-10-19 ModernaTX, Inc. Terminally modified rna
KR102174578B1 (ko) 2012-11-27 2020-11-06 폰티피씨아 유니베르시다드 까똘리까 데 칠레 갑상선 종양을 진단하기 위한 조성물 및 방법
CA2892818A1 (en) 2012-11-28 2014-06-05 Abwiz Bio, Inc. Preparation of gene-specific templates for the use in single primer amplification
AU2013205090B2 (en) 2012-12-07 2016-07-28 Gen-Probe Incorporated Compositions and Methods for Detecting Gastrointestinal Pathogen Nucleic Acid
EP3549674B1 (en) 2012-12-21 2020-08-12 PerkinElmer Health Sciences, Inc. Low elasticity films for microfluidic use
WO2014100725A1 (en) 2012-12-21 2014-06-26 Micronics, Inc. Portable fluorescence detection system and microassay cartridge
US10065186B2 (en) 2012-12-21 2018-09-04 Micronics, Inc. Fluidic circuits and related manufacturing methods
US9683230B2 (en) 2013-01-09 2017-06-20 Illumina Cambridge Limited Sample preparation on a solid support
US10077475B2 (en) 2013-01-24 2018-09-18 California Institute Of Technology FRET-based analytes detection and related methods and systems
JP2016509480A (ja) 2013-01-24 2016-03-31 カリフォルニア インスティチュート オブ テクノロジー 発色団に基づく特徴づけおよび検出方法
MX354033B (es) 2013-02-18 2018-02-09 Theranos Ip Co Llc Sistemas y métodos para recolectar y transmitir resultados de ensayos.
US9512422B2 (en) 2013-02-26 2016-12-06 Illumina, Inc. Gel patterned surfaces
US9914979B2 (en) 2013-03-04 2018-03-13 Fry Laboratories, LLC Method and kit for characterizing microorganisms
CA2898453C (en) 2013-03-13 2021-07-27 Illumina, Inc. Multilayer fluidic devices and methods for their fabrication
US10640808B2 (en) 2013-03-13 2020-05-05 Abbott Molecular Inc. Systems and methods for isolating nucleic acids
ES2724824T3 (es) 2013-03-13 2019-09-16 Illumina Inc Métodos para la secuenciación de ácidos nucleicos
AU2013202805B2 (en) 2013-03-14 2015-07-16 Gen-Probe Incorporated System and method for extending the capabilities of a diagnostic analyzer
CN105378107A (zh) 2013-03-14 2016-03-02 雅培分子公司 多重甲基化-特异性扩增系统和方法
CN105378109B (zh) 2013-03-14 2019-06-14 雅培分子公司 使用尿嘧啶-dna-n-糖基化酶使错误最小化
AU2014237563B2 (en) 2013-03-15 2020-06-11 Becton, Dickinson And Company Detection of neisseria gonorrhoeaes
EP2971090B1 (en) 2013-03-15 2020-05-06 Gen-Probe Incorporated Calibration method, apparatus and computer program product
CA2905410A1 (en) 2013-03-15 2014-09-25 Abbott Molecular Inc. Systems and methods for detection of genomic copy number changes
EP2971130A4 (en) 2013-03-15 2016-10-05 Nugen Technologies Inc SEQUENTIAL SEQUENCING
WO2014144495A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Abvitro, Inc. Single cell bar-coding for antibody discovery
US11976329B2 (en) 2013-03-15 2024-05-07 Veracyte, Inc. Methods and systems for detecting usual interstitial pneumonia
WO2014150910A1 (en) 2013-03-15 2014-09-25 Ibis Biosciences, Inc. Dna sequences to assess contamination in dna sequencing
US9255265B2 (en) 2013-03-15 2016-02-09 Illumina, Inc. Methods for producing stranded cDNA libraries
US8980864B2 (en) 2013-03-15 2015-03-17 Moderna Therapeutics, Inc. Compositions and methods of altering cholesterol levels
KR101403507B1 (ko) 2013-03-21 2014-06-09 주식회사 현일바이오 결핵균 및 비결핵 마이코박테리아의 선택적 검출 방법, 그리고 이를 이용한 키트
CN105392892A (zh) 2013-03-27 2016-03-09 六品科技公司 重组噬菌体和细菌检测方法
KR101507505B1 (ko) 2013-04-18 2015-04-07 사회복지법인 삼성생명공익재단 제 1 형 근긴장성 이영양증의 진단 방법
EP3457138A3 (en) 2013-04-30 2019-06-19 Université de Montréal Novel biomarkers for acute myeloid leukemia
WO2014179734A1 (en) 2013-05-02 2014-11-06 The Regents Of The University Of Michigan Deuterated amlexanox
JP6472788B2 (ja) 2013-05-07 2019-02-20 マイクロニクス， インコーポレイテッド 粘土鉱物およびアルカリ性溶液を使用して核酸含有試料を調製するための方法
EP2994750B1 (en) 2013-05-07 2020-08-12 PerkinElmer Health Sciences, Inc. Microfluidic devices and methods for performing serum separation and blood cross-matching
JP6484222B2 (ja) 2013-05-07 2019-03-13 マイクロニクス， インコーポレイテッド 核酸の調製および分析のためのデバイス
US20160186263A1 (en) 2013-05-09 2016-06-30 Trustees Of Boston University Using plexin-a4 as a biomarker and therapeutic target for alzheimer's disease
US10072300B2 (en) 2013-05-21 2018-09-11 Biomerieux Kit for the prognosis of colorectal cancer
CN105492668B (zh) 2013-05-30 2018-10-26 加利福尼亚大学董事会 基本无偏差的基因组扩增
EP3011062A4 (en) 2013-06-19 2017-06-14 Sample6 Technologies Inc. Phage-based bacterial detection assay
CN118240918A (zh) 2013-06-25 2024-06-25 普罗格诺西斯生物科学公司 采用微流控装置的空间编码生物分析
DK3017065T3 (en) 2013-07-01 2018-11-26 Illumina Inc Catalyst-free Surface functionalization and polymer grafting
CN105473737B (zh) 2013-07-25 2019-10-25 德诚分子诊断 用于检测细菌污染的方法和组合物
US9547006B2 (en) 2013-08-08 2017-01-17 Institut Pasteur Correlation of disease activity with clonal expansions of human papillomavirus 16-specific CD8+ T-cells in patients with severe erosive oral lichen planus
JP6898736B2 (ja) 2013-08-14 2021-07-07 ジェン−プローブ・インコーポレーテッド Ｈｅｖ核酸を検出するための組成物および方法
JP6545682B2 (ja) 2013-08-28 2019-07-17 ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニーＢｅｃｔｏｎ， Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ Ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ 大規模並列単一細胞分析
US11545241B1 (en) 2013-09-07 2023-01-03 Labrador Diagnostics Llc Systems and methods for analyte testing and data management
MX2016004249A (es) 2013-10-03 2016-11-08 Moderna Therapeutics Inc Polinulcleotidos que codifican el receptor de lipoproteina de baja densidad.
CN105849264B (zh) 2013-11-13 2019-09-27 纽亘技术公司 用于鉴别重复测序读数的组合物和方法
WO2015071759A1 (en) 2013-11-15 2015-05-21 Institut Pasteur A molecular marker of plasmodium falciparum artemisinin resistance
CA2931533C (en) 2013-12-09 2023-08-08 Illumina, Inc. Methods and compositions for targeted nucleic acid sequencing
US11286519B2 (en) 2013-12-11 2022-03-29 Accuragen Holdings Limited Methods and compositions for enrichment of amplification products
CA2933343A1 (en) 2013-12-11 2015-06-18 Accuragen, Inc. Compositions and methods for detecting rare sequence variants
US11859246B2 (en) 2013-12-11 2024-01-02 Accuragen Holdings Limited Methods and compositions for enrichment of amplification products
WO2017062863A1 (en) 2015-10-09 2017-04-13 Accuragen Holdings Limited Methods and compositions for enrichment of amplification products
WO2015089438A1 (en) 2013-12-13 2015-06-18 Northwestern University Biomarkers for post-traumatic stress states
DK3083994T3 (da) 2013-12-20 2021-09-13 Illumina Inc Bevarelse af genomisk konnektivitetsinformation i fragmenterede genomiske DNA-prøver
US9677132B2 (en) 2014-01-16 2017-06-13 Illumina, Inc. Polynucleotide modification on solid support
EP3094742A1 (en) 2014-01-16 2016-11-23 Illumina, Inc. Amplicon preparation and sequencing on solid supports
WO2015131107A1 (en) 2014-02-28 2015-09-03 Nugen Technologies, Inc. Reduced representation bisulfite sequencing with diversity adaptors
EP3151733B1 (en) 2014-06-06 2020-04-15 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for characterizing and diagnosing periodontal disease
US20150353989A1 (en) 2014-06-09 2015-12-10 Illumina Cambridge Limited Sample preparation for nucleic acid amplification
GB201410420D0 (en) 2014-06-11 2014-07-23 Illumina Cambridge Ltd Methods for estimating cluster numbers
CA2952058A1 (en) 2014-06-13 2015-12-17 Illumina Cambridge Limited Methods and compositions for preparing sequencing libraries
SG11201610910QA (en) 2014-06-30 2017-01-27 Illumina Inc Methods and compositions using one-sided transposition
EP3169793B1 (en) 2014-07-16 2022-07-06 Tangen Biosciences Inc. Isothermal methods for amplifying nucleic acid samples
WO2016026924A1 (en) 2014-08-21 2016-02-25 Illumina Cambridge Limited Reversible surface functionalization
WO2016040602A1 (en) 2014-09-11 2016-03-17 Epicentre Technologies Corporation Reduced representation bisulfite sequencing using uracil n-glycosylase (ung) and endonuclease iv
JP6672310B2 (ja) 2014-09-15 2020-03-25 アブビトロ， エルエルシー ハイスループットヌクレオチドライブラリーシークエンシング
JP6808617B2 (ja) 2014-10-17 2021-01-06 イルミナ ケンブリッジ リミテッド 連続性を維持した転位
PL3212684T3 (pl) 2014-10-31 2020-10-19 Illumina Cambridge Limited Polimery i powłoki z kopolimeru DNA
US11559801B2 (en) 2014-11-03 2023-01-24 Tangen Biosciences, Inc. Apparatus and method for cell, spore, or virus capture and disruption
GB201419731D0 (en) 2014-11-05 2014-12-17 Illumina Cambridge Ltd Sequencing from multiple primers to increase data rate and density
EP3770274A1 (en) 2014-11-05 2021-01-27 Veracyte, Inc. Systems and methods of diagnosing idiopathic pulmonary fibrosis on transbronchial biopsies using machine learning and high dimensional transcriptional data
WO2016077426A1 (en) 2014-11-11 2016-05-19 Abbott Molecular Inc. Hybridization probes and methods
US10865433B2 (en) 2015-01-09 2020-12-15 Gen-Probe Incorporated Reaction mixtures for diagnosing bacterial vaginosis
KR101718800B1 (ko) 2015-01-21 2017-03-24 주식회사 디알나노 약물 및 ｓｉＲＮＡ의 공동―운반용 나노복합체 및 이의 용도
US10208339B2 (en) 2015-02-19 2019-02-19 Takara Bio Usa, Inc. Systems and methods for whole genome amplification
JP6620160B2 (ja) 2015-02-20 2019-12-11 タカラ バイオ ユーエスエー， インコーポレイテッド 単一細胞の迅速かつ正確な分注、視覚化及び解析のための方法
EP3910075A1 (en) 2015-03-16 2021-11-17 Gen-Probe Incorporated Kits for detecting bacterial nucleic acid and diagnosing bacterial vaginosis
US9708647B2 (en) 2015-03-23 2017-07-18 Insilixa, Inc. Multiplexed analysis of nucleic acid hybridization thermodynamics using integrated arrays
CN107532205B (zh) 2015-03-31 2021-06-08 伊卢米纳剑桥有限公司 模板的表面连环化
EP4119677B1 (en) 2015-04-10 2023-06-28 Spatial Transcriptomics AB Spatially distinguished, multiplex nucleic acid analysis of biological specimens
WO2016168174A1 (en) 2015-04-13 2016-10-20 The Translational Genomics Research Institute Predicting the occurrence of metastatic cancer using epigenomic biomarkers and non-invasive methodologies
EP3283512A4 (en) 2015-04-17 2018-10-03 Distributed Bio Inc Method for mass humanization of non-human antibodies
CA3224392A1 (en) 2015-04-24 2016-10-27 Becton, Dickinson And Company Multiplex detection of vulvovaginal candidiasis, trichomoniasis and bacterial vaginosis
CA3160383A1 (en) 2015-05-11 2016-11-17 Illumina, Inc. Platform for discovery and analysis of therapeutic agents
JP6822974B2 (ja) 2015-05-29 2021-01-27 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲーＦ． Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ Ｒｏｃｈｅ Ａｋｔｉｅｎｇｅｓｅｌｌｓｃｈａｆｔ シトラコン酸無水物によって微生物を不活性化する方法
WO2016197106A1 (en) 2015-06-05 2016-12-08 Miroculus Inc. Evaporation management in digital microfluidic devices
WO2016197103A1 (en) 2015-06-05 2016-12-08 Miroculus Inc. Air-matrix digital microfluidics apparatuses and methods for limiting evaporation and surface fouling
JP6840391B2 (ja) 2015-06-19 2021-03-10 セラ プログノスティックス， インコーポレイテッド 早産を予測するためのバイオマーカーの対
ES2877205T3 (es) 2015-07-06 2021-11-16 Illumina Cambridge Ltd Preparación de muestras para la amplificación de ácido nucleico
EP3320399A1 (en) 2015-07-07 2018-05-16 Illumina, Inc. Selective surface patterning via nanoimprinting
WO2017015018A1 (en) 2015-07-17 2017-01-26 Illumina, Inc. Polymer sheets for sequencing applications
EP3124619B1 (en) 2015-07-31 2019-03-06 Menicon Co., Ltd Reagents, method and kit for across and within dog breed glaucoma diagnosis
US9789087B2 (en) 2015-08-03 2017-10-17 Thomas Jefferson University PAR4 inhibitor therapy for patients with PAR4 polymorphism
WO2017037078A1 (en) 2015-09-02 2017-03-09 Illumina Cambridge Limited Systems and methods of improving droplet operations in fluidic systems
US9499861B1 (en) 2015-09-10 2016-11-22 Insilixa, Inc. Methods and systems for multiplex quantitative nucleic acid amplification
KR101651817B1 (ko) 2015-10-28 2016-08-29 대한민국 Ngs 라이브러리 제작용 프라이머 세트 및 이를 이용한 ngs 라이브러리 제작방법 및 키트
CN115927547A (zh) 2015-12-03 2023-04-07 安可济控股有限公司 用于形成连接产物的方法和组合物
CA3010232A1 (en) 2016-01-04 2017-07-13 Gen-Probe Incorporated Methods and compositions for detecting candida species
EP3405559B1 (en) 2016-01-21 2021-11-17 T2 Biosystems, Inc. Rapid antimicrobial susceptibility testing using high-sensitivity direct detection methods
EP3407974A4 (en) 2016-01-29 2019-08-28 The Regents Of The University Of Michigan ANALOGUES OF AMLEXANOX
WO2017155858A1 (en) 2016-03-07 2017-09-14 Insilixa, Inc. Nucleic acid sequence identification using solid-phase cyclic single base extension
CN112892622B (zh) 2016-03-28 2022-08-30 亿明达股份有限公司 多平面微阵列
US10765724B2 (en) 2016-03-29 2020-09-08 Janssen Biotech, Inc. Method of treating psoriasis with increased interval dosing of anti-IL12/23 antibody
CA3020581A1 (en) 2016-04-14 2017-10-19 T2 Biosystems, Inc. Methods and systems for amplification in complex samples
WO2017201102A1 (en) 2016-05-16 2017-11-23 Accuragen Holdings Limited Method of improved sequencing by strand identification
DK3458913T3 (da) 2016-05-18 2021-03-15 Illumina Inc Selvmonteret mønstergenerering ved brug af mønstrede hydrofobiske overflader
AU2017278065B2 (en) 2016-06-10 2020-09-10 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting Zika virus nucleic acid
MA45491A (fr) 2016-06-27 2019-05-01 Juno Therapeutics Inc Épitopes à restriction cmh-e, molécules de liaison et procédés et utilisations associés
CA3028002A1 (en) 2016-06-27 2018-01-04 Juno Therapeutics, Inc. Method of identifying peptide epitopes, molecules that bind such epitopes and related uses
WO2018013509A1 (en) 2016-07-11 2018-01-18 Arizona Board Of Regents On Behalf Of The University Of Arizona Compositions and methods for diagnosing and treating arrhythmias
BR112019000683A2 (pt) 2016-07-15 2019-04-24 Poseida Therapeutics Inc receptores de antígeno quiméricos e métodos para uso
JP2019528044A (ja) 2016-07-15 2019-10-10 ポセイダ セラピューティクス， インコーポレイテッド Ｍｕｃ１に特異的なキメラ抗原受容体（ｃａｒｓ）およびその使用方法
WO2018017892A1 (en) 2016-07-21 2018-01-25 Takara Bio Usa, Inc. Multi-z imaging and dispensing with multi-well devices
US11535883B2 (en) 2016-07-22 2022-12-27 Illumina, Inc. Single cell whole genome libraries and combinatorial indexing methods of making thereof
WO2018029532A1 (en) 2016-08-10 2018-02-15 Institut Pasteur Methods and reagents for detecting piperaquine-resistant plasmodium falciparum malaria
JP6966052B2 (ja) 2016-08-15 2021-11-10 アキュラーゲン ホールディングス リミテッド 稀な配列変異体を検出するための組成物および方法
US10596572B2 (en) 2016-08-22 2020-03-24 Miroculus Inc. Feedback system for parallel droplet control in a digital microfluidic device
EP3504348B1 (en) 2016-08-24 2022-12-14 Decipher Biosciences, Inc. Use of genomic signatures to predict responsiveness of patients with prostate cancer to post-operative radiation therapy
CA3037961A1 (en) 2016-09-30 2018-04-05 Janssen Biotech, Inc. Safe and effective method of treating psoriasis with anti-il23 specific antibody
CA3038178A1 (en) 2016-09-30 2018-04-05 The Governing Council Of The University Of Toronto System for identifying and targeting individual cells within a heterogeneous population for selective extraction of cellular content
KR102447083B1 (ko) 2016-10-06 2022-09-26 포세이다 테라퓨틱스, 인크. 유도성 카스파제 및 사용 방법
US10422012B2 (en) 2016-10-10 2019-09-24 Roche Molecular Systems, Inc. Devices comprising bacteriophage PHI6 internal control compositions
EP3529381B1 (en) 2016-10-19 2022-07-06 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting or quantifying hepatitis c virus
US11031099B2 (en) 2016-11-09 2021-06-08 Roche Molecular Systems, Inc. Detection of sequence variants
JP2020502261A (ja) 2016-11-16 2020-01-23 ヤンセン バイオテツク，インコーポレーテツド 抗ｉｌ２３特異的抗体で乾癬を治療する方法
WO2018094171A1 (en) 2016-11-21 2018-05-24 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting or quantifying hepatitis b virus
WO2018126082A1 (en) 2016-12-28 2018-07-05 Miroculis Inc. Digital microfluidic devices and methods
US10793901B2 (en) 2016-12-28 2020-10-06 Roche Molecular Systems, Inc. Reversibly protected nucleotide reagents with high thermal stability
GB201704754D0 (en) 2017-01-05 2017-05-10 Illumina Inc Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
WO2018127786A1 (en) 2017-01-06 2018-07-12 Oslo Universitetssykehus Hf Compositions and methods for determining a treatment course of action
KR101936799B1 (ko) 2017-01-09 2019-01-11 주식회사 엠이티라이프사이언스 구강전암의 치료용 약학 조성물 및 구강전암 또는 구강암의 예측 또는 진단 방법
WO2018132916A1 (en) 2017-01-20 2018-07-26 Genomedx Biosciences, Inc. Molecular subtyping, prognosis, and treatment of bladder cancer
KR20240038146A (ko) 2017-01-30 2024-03-22 얀센 바이오테크 인코포레이티드 활성 건선성 관절염의 치료를 위한 항-tnf 항체, 조성물, 및 방법
CN110418652A (zh) 2017-02-07 2019-11-05 詹森生物科技公司 用于治疗活动性强直性脊柱炎的抗tnf抗体、组合物和方法
US11873532B2 (en) 2017-03-09 2024-01-16 Decipher Biosciences, Inc. Subtyping prostate cancer to predict response to hormone therapy
CN110650743B (zh) 2017-03-13 2023-12-29 波赛达治疗公司 用于选择性消除和替换造血干细胞的组合物和方法
EP3601617B3 (en) 2017-03-24 2024-03-20 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting or quantifying parainfluenza virus
WO2018175985A1 (en) 2017-03-24 2018-09-27 Gen-Probe Incorporated Cover assembly and related methods of use
US11976337B2 (en) 2017-03-24 2024-05-07 Gen-Probe Incorporated Methods for detection of influenza in samples
WO2018187476A1 (en) 2017-04-04 2018-10-11 Miroculus Inc. Digital microfluidic apparatuses and methods for manipulating and processing encapsulated droplets
EP3607087A4 (en) 2017-04-04 2020-12-30 Omniome, Inc. FLUIDIC APPARATUS AND USEFUL METHODS FOR CHEMICAL AND BIOLOGICAL REACTIONS
CA3059839C (en) 2017-04-23 2023-01-03 Illumina Cambridge Limited Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
FI3842545T3 (fi) 2017-04-23 2023-01-31 Koostumuksia ja menetelmiä näytteiden tunnistuksen parantamiseksi indeksoiduissa nukleiinihappokirjastoissa
EP3872187B1 (en) 2017-04-23 2022-09-21 Illumina Cambridge Limited Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
ES2933132T3 (es) 2017-05-05 2023-02-01 Biomerieux Sa Procedimiento para detectar una respuesta celular inmune
WO2018205035A1 (en) 2017-05-12 2018-11-15 Genomedx Biosciences, Inc Genetic signatures to predict prostate cancer metastasis and identify tumor agressiveness
JP7308187B2 (ja) 2017-05-26 2023-07-13 アブビトロ リミテッド ライアビリティ カンパニー ハイスループットポリヌクレオチドライブラリーシーケンシングおよびトランスクリプトーム解析法
US10995104B2 (en) 2017-05-30 2021-05-04 Roche Molecular System, Inc. Catalysts for reversing formaldehyde adducts and crosslinks
ES2959047T3 (es) 2017-06-07 2024-02-19 Univ Oregon Health & Science Bibliotecas de genoma completo de célula individual para la secuenciación de metilación
JP7292217B2 (ja) 2017-06-07 2023-06-16 ジーイーエヌ－プローブ・インコーポレーテッド 試料中のバベシア種の核酸の検出
US20180363044A1 (en) 2017-06-14 2018-12-20 Roche Molecular Systems, Inc. Compositions and methods for improving the thermal stability of nucleic acid amplification reagents
US11217329B1 (en) 2017-06-23 2022-01-04 Veracyte, Inc. Methods and systems for determining biological sample integrity
CN111032209A (zh) 2017-07-10 2020-04-17 简·探针公司 分析系统和方法
US11413617B2 (en) 2017-07-24 2022-08-16 Miroculus Inc. Digital microfluidics systems and methods with integrated plasma collection device
CN110785813A (zh) 2017-07-31 2020-02-11 伊鲁米那股份有限公司 具有多路生物样本聚合的测序系统
US20220411859A1 (en) 2017-08-01 2022-12-29 Illumina, Inc. Hydrogel beads for nucleotide sequencing
EP4289967A3 (en) 2017-08-01 2024-03-20 Illumina, Inc. Spatial indexing of genetic material and library preparation using hydrogel beads and flow cells
US11859257B2 (en) 2017-08-11 2024-01-02 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting Staphylococcus aureus
US10858701B2 (en) 2017-08-15 2020-12-08 Omniome, Inc. Scanning apparatus and method useful for detection of chemical and biological analytes
CA3073192A1 (en) 2017-08-18 2019-02-21 Sera Prognostics, Inc Pregnancy clock proteins for predicting due date and time to birth
WO2019046860A1 (en) 2017-09-01 2019-03-07 Miroculus Inc. DIGITAL MICROFLUIDIC DEVICES AND METHODS OF USE
WO2019051335A1 (en) 2017-09-07 2019-03-14 Juno Therapeutics, Inc. METHODS OF IDENTIFYING CELLULAR CHARACTERISTICS RELATED TO RESPONSES ASSOCIATED WITH CELL THERAPY
JP2020532987A (ja) 2017-09-08 2020-11-19 ポセイダ セラピューティクス，インコーポレイティド キメラリガンド受容体（ｃｌｒ）介在性の条件遺伝子発現のための組成物および方法
TW201922780A (zh) 2017-09-25 2019-06-16 美商健生生物科技公司 以抗ｉｌ１２／ｉｌ２３抗體治療狼瘡之安全且有效之方法
CA3079411C (en) 2017-10-19 2023-12-05 Omniome, Inc. Simultaneous background reduction and complex stabilization in binding assay workflows
US11099202B2 (en) 2017-10-20 2021-08-24 Tecan Genomics, Inc. Reagent delivery system
WO2019086517A1 (en) 2017-10-31 2019-05-09 Roche Diagnostics Gmbh Improved magnetic particles and uses thereof
US11851679B2 (en) 2017-11-01 2023-12-26 Juno Therapeutics, Inc. Method of assessing activity of recombinant antigen receptors
EP3710595A1 (en) 2017-11-17 2020-09-23 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting c1orf43 nucleic acid
US11078534B2 (en) 2017-11-27 2021-08-03 Roche Molecular Systems, Inc. Photocleavable nucleotide reagents with high stability
JP2021506274A (ja) 2017-12-15 2021-02-22 ジェン−プローブ・インコーポレーテッド 毒素産生Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅを検出するための組成物および方法
MX2020006689A (es) 2017-12-20 2020-11-06 Poseida Therapeutics Inc Composiciones de vcar y metodos de uso.
AU2019212931A1 (en) 2018-01-29 2020-08-27 Gen-Probe Incorporated Analytical systems and methods
CA3067140C (en) 2018-02-13 2023-03-21 Illumina, Inc. Dna sequencing using hydrogel beads
CA3092551A1 (en) 2018-03-05 2019-09-12 Janssen Biotech, Inc. Methods of treating crohn's disease with anti-il23 specific antibody
BR112020018049A2 (pt) 2018-03-07 2020-12-29 Poseida Therapeutics, Inc. Composições de cartirina e métodos para uso
US20190292596A1 (en) 2018-03-21 2019-09-26 Roche Molecular Systems, Inc. Modified nucleoside phosphates with high thermal stability
US11203782B2 (en) 2018-03-29 2021-12-21 Accuragen Holdings Limited Compositions and methods comprising asymmetric barcoding
CA3064622A1 (en) 2018-04-02 2019-10-10 Illumina, Inc. Compositions and methods for making controls for sequence-based genetic testing
FR3080185A1 (fr) 2018-04-16 2019-10-18 Biomerieux Evaluation du risque de complication chez un patient suspecte d'avoir une infection ayant un score sofa inferieur a deux
US20190338352A1 (en) 2018-04-19 2019-11-07 Omniome, Inc. Accuracy of base calls in nucleic acid sequencing methods
KR20240052875A (ko) 2018-04-20 2024-04-23 일루미나, 인코포레이티드 단일 세포를 캡슐화하는 방법, 캡슐화된 세포 및 이의 용도
CA3067435C (en) 2018-05-17 2023-09-12 Illumina, Inc. High-throughput single-cell sequencing with reduced amplification bias
EP3796999A4 (en) 2018-05-23 2022-03-09 Miroculus Inc. CONTROL OF EVAPORATION IN DIGITAL MICROFLUIDICS
BR112020024083A2 (pt) 2018-05-25 2021-05-04 Arca Biopharma Inc. métodos e composições envolvendo bucindolol para o tratamento de fibrilação atrial
US11384376B2 (en) 2018-05-31 2022-07-12 Roche Molecular Systems, Inc. Reagents and methods for post-synthetic modification of nucleic acids
SG11202000905PA (en) 2018-06-04 2020-02-27 Illumina Inc High-throughput single-cell transcriptome libraries and methods of making and of using
AU2019286648B2 (en) 2018-06-13 2023-11-23 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting group B Streptococcus nucleic acid
EP3820616A1 (en) 2018-07-10 2021-05-19 Gen-Probe Incorporated Methods and systems for detecting and quantifying nucleic acids
WO2020016838A2 (en) 2018-07-18 2020-01-23 Janssen Biotech, Inc. Sustained response predictors after treatment with anti-il23 specific antibody
WO2020028631A1 (en) 2018-08-01 2020-02-06 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting nucleic acids of epstein-barr virus
EP3841223A1 (en) 2018-08-08 2021-06-30 Gen-Probe Incorporated Compositions, methods and kits for detecting mycoplasma genitalium
AU2019326462A1 (en) 2018-08-21 2021-03-25 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for amplifying, detecting or quantifying human cytomegalovirus
AU2019324196A1 (en) 2018-08-24 2021-03-18 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting bacterial nucleic acid and diagnosing bacterial vaginosis
US11519033B2 (en) 2018-08-28 2022-12-06 10X Genomics, Inc. Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample
EP3847197A1 (en) 2018-09-05 2021-07-14 Poseida Therapeutics, Inc. Allogeneic cell compositions and methods of use
EP3856934A2 (en) 2018-09-27 2021-08-04 Gen-Probe Incorporated COMPOSITIONS AND METHODS FOR DETECTING BORDETELLA PERTUSSIS AND BORDETELLA
PARAPERTUSSIS NUCLEIC ACID
CN113195743A (zh) 2018-10-22 2021-07-30 简·探针公司 扩增，检测或定量人类多瘤病毒bk病毒的组合物和方法
AU2019364545A1 (en) 2018-10-26 2021-04-29 Illumina, Inc. Modulating polymer beads for DNA processing
US20240011086A1 (en) 2018-11-15 2024-01-11 Omniome, Inc. Electronic detection of nucleic acid structure
KR20210093973A (ko) 2018-11-20 2021-07-28 얀센 바이오테크 인코포레이티드 항-il23 특이적 항체로 건선을 치료하는 안전하고 효과적인 방법
EP4293126A3 (en) 2018-11-30 2024-01-17 Illumina, Inc. Analysis of multiple analytes using a single assay
GB2578528B (en) 2018-12-04 2021-02-24 Omniome Inc Mixed-phase fluids for nucleic acid sequencing and other analytical assays
WO2020128864A1 (en) 2018-12-18 2020-06-25 Janssen Biotech, Inc. Safe and effective method of treating lupus with anti-il12/il23 antibody
FI3899037T3 (fi) 2018-12-19 2023-11-21 Illumina Inc Menetelmiä polynukleotidiklusterin klonaalisuusprioriteetin parantamiseksi
TW202030333A (zh) 2018-12-20 2020-08-16 美商簡 探針公司 用於檢測瘧原蟲物種核酸之組成物及方法
WO2020132350A2 (en) 2018-12-20 2020-06-25 Omniome, Inc. Temperature control for analysis of nucleic acids and other analytes
JP2022513507A (ja) 2018-12-20 2022-02-08 ポセイダ セラピューティクス，インコーポレイティド ナノトランスポゾン組成物および使用方法
WO2020142347A2 (en) 2018-12-31 2020-07-09 Gen-Probe Incorporated Systems and methods for filling multi-well cartridges with solid reagents
US11926867B2 (en) 2019-01-06 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US11649485B2 (en) 2019-01-06 2023-05-16 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
MX2021008537A (es) 2019-01-15 2021-11-12 Janssen Biotech Inc Composiciones de anticuerpos anti-tnf y métodos para el tratamiento de la artritis idiopática juvenil.
KR20210118878A (ko) 2019-01-23 2021-10-01 얀센 바이오테크 인코포레이티드 건선성 관절염의 치료 방법에 사용하기 위한 항-tnf 항체 조성물
US11680950B2 (en) 2019-02-20 2023-06-20 Pacific Biosciences Of California, Inc. Scanning apparatus and methods for detecting chemical and biological analytes
KR20210134598A (ko) 2019-03-01 2021-11-10 일루미나, 인코포레이티드 고-처리량 단일-핵 및 단일-세포 라이브러리 및 이의 제조 및 사용 방법
EP3937780A4 (en) 2019-03-14 2022-12-07 InSilixa, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR TIMED FLUORESCENCE-BASED DETECTION
JP2022526881A (ja) 2019-03-14 2022-05-27 ヤンセン バイオテツク，インコーポレーテツド 抗ｔｎｆ抗体組成物を産生するための方法
US20220153829A1 (en) 2019-03-14 2022-05-19 Janssen Biotech, Inc. Methods for Producing Anti-TNF Antibody Compositions
MA55282A (fr) 2019-03-14 2022-01-19 Janssen Biotech Inc Procédés de fabrication pour la production de compositions d'anticorps anti-tnf
EP3938384A4 (en) 2019-03-14 2022-12-28 Janssen Biotech, Inc. METHODS OF MANUFACTURING FOR PRODUCING ANTI-IL12/IL23 ANTIBODY COMPOSITIONS
US20220098647A1 (en) 2019-03-22 2022-03-31 Gen-Probe Incorporated Compositions and Methods for Detecting Group A Streptococcus
EP3967328A4 (en) 2019-03-29 2022-12-28 Sysmex Corporation NEW ARTIFICIAL NUCLEIC ACID, PROCESS FOR THEIR PRODUCTION AND ITS USE
CA3133124A1 (en) 2019-04-08 2020-10-15 Miroculus Inc. Multi-cartridge digital microfluidics apparatuses and methods of use
EP3963338A2 (en) 2019-05-03 2022-03-09 Gen-Probe Incorporated Receptacle transport system for an analytical system
MX2021014302A (es) 2019-05-23 2022-01-04 Janssen Biotech Inc Metodo para tratar la enfermedad inflamatoria del intestino con una terapia de combinacion de anticuerpos contra il-23 y tnf alfa.
EP3976820A1 (en) 2019-05-30 2022-04-06 10X Genomics, Inc. Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample
WO2020245676A1 (en) 2019-06-03 2020-12-10 Janssen Biotech, Inc. Anti-tnf antibody compositions, and methods for the treatment of psoriatic arthritis
CA3142580A1 (en) 2019-06-03 2020-12-10 Janssen Biotech, Inc. Anti-tnf antibodies, compositions, and methods for the treatment of active ankylosing spondylitis
US11644406B2 (en) 2019-06-11 2023-05-09 Pacific Biosciences Of California, Inc. Calibrated focus sensing
AU2020299621A1 (en) 2019-07-03 2022-02-24 Gen-Probe Incorporated Oligonucleotides for use in determining the presence of Trichomonas vaginalis in a sample.
JP2022540268A (ja) 2019-07-12 2022-09-15 イルミナ ケンブリッジ リミテッド 固体支持体上で固定化されたｃｒｉｓｐｒ／ｃａｓ９を使用する核酸シークエンシングライブラリを調製するための組成物及び方法
AU2020312787A1 (en) 2019-07-12 2021-06-17 Illumina Cambridge Limited Nucleic acid library preparation using electrophoresis
US10656368B1 (en) 2019-07-24 2020-05-19 Omniome, Inc. Method and system for biological imaging using a wide field objective lens
US11524298B2 (en) 2019-07-25 2022-12-13 Miroculus Inc. Digital microfluidics devices and methods of use thereof
WO2021028752A1 (en) 2019-08-15 2021-02-18 Janssen Biotech, Inc. Anti-tfn antibodies for treating type i diabetes
CA3152309A1 (en) 2019-08-23 2021-03-04 Gen-Probe Incorporated Compositions, methods and kits for detecting treponema pallidum
WO2021046270A1 (en) 2019-09-05 2021-03-11 Gen-Probe Incorporated Detection of chlamydia trachomatis nucleic acid variants
CA3149892A1 (en) 2019-09-05 2021-03-11 Eric M. Ostertag Allogeneic cell compositions and methods of use
US11180520B2 (en) 2019-09-10 2021-11-23 Omniome, Inc. Reversible modifications of nucleotides
EP4025711A2 (en) 2019-11-08 2022-07-13 10X Genomics, Inc. Enhancing specificity of analyte binding
WO2021091611A1 (en) 2019-11-08 2021-05-14 10X Genomics, Inc. Spatially-tagged analyte capture agents for analyte multiplexing
WO2021116037A1 (en) 2019-12-09 2021-06-17 F. Hoffmann-La Roche Ag Dicationic fluorescent dyes
CA3163936A1 (en) 2019-12-09 2021-06-17 Gen-Probe Incorporated Quantification of polynucleotide analytes from dried samples
CA3134746A1 (en) 2019-12-19 2021-06-24 Illumina, Inc. High-throughput single-cell libraries and methods of making and of using
US20230079955A1 (en) 2019-12-20 2023-03-16 Poseida Therapeutics, Inc. Anti-muc1 compositions and methods of use
ES2946357T3 (es) 2019-12-23 2023-07-17 10X Genomics Inc Métodos para el análisis espacial usando ligación con molde de ARN
WO2021133916A1 (en) 2019-12-23 2021-07-01 Abbott Laboratories Compositions and methods for detecting picobirnavirus
WO2021138325A1 (en) 2019-12-30 2021-07-08 Abbott Laboratories Compositions and methods for detecting bunyavirus
CA3167112A1 (en) 2020-01-16 2021-07-22 Dnae Diagnostics Limited Compositions, kits and methods for isolating target polynucleotides
US11702693B2 (en) 2020-01-21 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells
US11732299B2 (en) 2020-01-21 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Spatial assays with perturbed cells
US11821035B1 (en) 2020-01-29 2023-11-21 10X Genomics, Inc. Compositions and methods of making gene expression libraries
US11898205B2 (en) 2020-02-03 2024-02-13 10X Genomics, Inc. Increasing capture efficiency of spatial assays
US20230054204A1 (en) 2020-02-04 2023-02-23 Pacific Biosciences Of California, Inc. Flow cells and methods for their manufacture and use
US11732300B2 (en) 2020-02-05 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample
US11835462B2 (en) 2020-02-11 2023-12-05 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for partitioning a biological sample
US11891654B2 (en) 2020-02-24 2024-02-06 10X Genomics, Inc. Methods of making gene expression libraries
US11926863B1 (en) 2020-02-27 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Solid state single cell method for analyzing fixed biological cells
KR20220149588A (ko) 2020-03-04 2022-11-08 포세이다 테라퓨틱스, 인크. 대사성 간 장애의 치료를 위한 조성물 및 방법
WO2021178644A1 (en) 2020-03-04 2021-09-10 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting sars-cov-2 nucleic acid
US11768175B1 (en) 2020-03-04 2023-09-26 10X Genomics, Inc. Electrophoretic methods for spatial analysis
EP4118107A1 (en) 2020-03-11 2023-01-18 Poseida Therapeutics, Inc. Chimeric stimulatory receptors and methods of use in t cell activation and differentiation
AU2021249046A1 (en) 2020-03-30 2022-10-20 Illumina, Inc. Methods and compositions for preparing nucleic acid libraries
KR20230011295A (ko) 2020-04-14 2023-01-20 포세이다 테라퓨틱스, 인크. 암 치료에 사용하기 위한 조성물 및 방법
ES2965354T3 (es) 2020-04-22 2024-04-12 10X Genomics Inc Métodos para análisis espacial que usan eliminación de ARN elegido como diana
EP4146821A1 (en) 2020-05-07 2023-03-15 Grifols Diagnostic Solutions Inc. Methods and compositions for detecting sars-cov-2 nucleic acid
CA3177286A1 (en) 2020-05-12 2021-11-18 Illumina Inc. Generating nucleic acids with modified bases using recombinant terminal deoxynucleotidyl transferase
EP4153775A1 (en) 2020-05-22 2023-03-29 10X Genomics, Inc. Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity
WO2021237087A1 (en) 2020-05-22 2021-11-25 10X Genomics, Inc. Spatial analysis to detect sequence variants
WO2021242834A1 (en) 2020-05-26 2021-12-02 10X Genomics, Inc. Method for resetting an array
WO2021247568A1 (en) 2020-06-02 2021-12-09 10X Genomics, Inc. Spatial trancriptomics for antigen-receptors
WO2021247543A2 (en) 2020-06-02 2021-12-09 10X Genomics, Inc. Nucleic acid library methods
WO2021246820A1 (ko) 2020-06-05 2021-12-09 주식회사 씨젠 호흡기 병원체 검출을 위한 검체수송 키트 및 이를 이용한 호흡기 병원체 검출방법
WO2021252499A1 (en) 2020-06-08 2021-12-16 10X Genomics, Inc. Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof
WO2021252617A1 (en) 2020-06-09 2021-12-16 Illumina, Inc. Methods for increasing yield of sequencing libraries
WO2021252591A1 (en) 2020-06-10 2021-12-16 10X Genomics, Inc. Methods for determining a location of an analyte in a biological sample
WO2021252574A1 (en) 2020-06-10 2021-12-16 Sera Prognostics, Inc. Nucleic acid biomarkers for placental dysfunction
WO2021263111A1 (en) 2020-06-25 2021-12-30 10X Genomics, Inc. Spatial analysis of dna methylation
WO2022006081A1 (en) 2020-06-30 2022-01-06 Illumina, Inc. Catalytically controlled sequencing by synthesis to produce scarless dna
US11761038B1 (en) 2020-07-06 2023-09-19 10X Genomics, Inc. Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample
US11981960B1 (en) 2020-07-06 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Spatial analysis utilizing degradable hydrogels
EP4182482A1 (en) 2020-07-17 2023-05-24 Gen-Probe Incorporated Detection of macrolide-resistant mycoplasma genitalium
KR20230041725A (ko) 2020-08-06 2023-03-24 일루미나, 인코포레이티드 비드-연결된 트랜스포좀을 사용한 rna 및 dna 시퀀싱 라이브러리의 제작
KR20230051508A (ko) 2020-08-18 2023-04-18 일루미나, 인코포레이티드 핵산의 서열-특이적 표적화된 전위 및 선택과 분류
US11981958B1 (en) 2020-08-20 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using DNA capture
MX2023001400A (es) 2020-09-11 2023-04-25 Illumina Cambridge Ltd Metodos para enriquecer una secuencia diana a partir de una genoteca de secuenciación usando adaptadores de horquilla.
US11926822B1 (en) 2020-09-23 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Three-dimensional spatial analysis
JPWO2022065413A1 (ko) 2020-09-25 2022-03-31
WO2022087148A1 (en) 2020-10-21 2022-04-28 Poseida Therapeutics, Inc. Compositions and methods for delivery of nucleic acids
WO2022087257A2 (en) 2020-10-21 2022-04-28 Gen-Probe Incorporated Fluid container management system
AU2021376490A1 (en) 2020-11-05 2023-05-11 Becton, Dickinson And Company Rapid identification and typing of vibrio parahaemolyticus
AU2021374695A1 (en) 2020-11-05 2023-07-13 Becton, Dickinson And Company Multiplex detection and typing of vibrio cholerae
CA3194255A1 (en) 2020-11-05 2022-05-12 Becton, Dickinson And Company Multiplex detection of bacterial respiratory pathogens
US11827935B1 (en) 2020-11-19 2023-11-28 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes
WO2022140028A1 (en) 2020-12-21 2022-06-30 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes
AU2022215582A1 (en) 2021-02-04 2023-08-24 Illumina, Inc. Long indexed-linked read generation on transposome bound beads
EP4298205A1 (en) 2021-02-23 2024-01-03 Poseida Therapeutics, Inc. Genetically modified induced pluripotent stem cells and methods of use thereof
AU2022227607A1 (en) 2021-02-23 2023-08-24 Poseida Therapeutics, Inc. Compositions and methods for delivery of nucleic acids
US20240182921A1 (en) 2021-03-04 2024-06-06 Poseida Therapeutics, Inc. Compositions and methods for the treatment of hemophilia
US20220298236A1 (en) 2021-03-12 2022-09-22 Janssen Biotech, Inc. Safe and Effective Method of Treating Psoriatic Arthritis with Anti-IL23 Specific Antibody
EP4305062A1 (en) 2021-03-12 2024-01-17 Janssen Biotech, Inc. Method of treating psoriatic arthritis patients with inadequate response to tnf therapy with anti-il23 specific antibody
EP4301870A1 (en) 2021-03-18 2024-01-10 10X Genomics, Inc. Multiplex capture of gene and protein expression from a biological sample
US20220333178A1 (en) 2021-03-22 2022-10-20 Illumina Cambridge Limited Methods for improving nucleic acid cluster clonality
AU2022246569A1 (en) 2021-03-29 2023-09-14 Illumina, Inc. Compositions and methods for assessing dna damage in a library and normalizing amplicon size bias
EP4314279A1 (en) 2021-03-29 2024-02-07 Illumina, Inc. Improved methods of library preparation
KR20230161955A (ko) 2021-03-30 2023-11-28 일루미나, 인코포레이티드 등온 상보적 dna 및 라이브러리 제조의 개선된 방법
JP2024511760A (ja) 2021-03-31 2024-03-15 イルミナ インコーポレイテッド エラー補正のための固有分子識別子を有するトランスポゾンベースの技術を使用した指向性タグメンテーション配列決定ライブラリーの調製方法
US20240218469A1 (en) 2021-05-14 2024-07-04 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting human adenovirus nucleic acid
WO2022265994A1 (en) 2021-06-15 2022-12-22 Illumina, Inc. Hydrogel-free surface functionalization for sequencing
WO2023278529A1 (en) 2021-07-01 2023-01-05 Gen-Probe Incorporated Enzyme formulations and reaction mixtures for nucleic acid amplification
AU2022306144A1 (en) 2021-07-09 2024-02-22 Janssen Biotech, Inc. Manufacturing methods for producing anti-tnf antibody compositions
CN117916260A (zh) 2021-07-09 2024-04-19 詹森生物科技公司 用于制备抗il12/il23抗体组合物的制造方法
IL309996A (en) 2021-07-09 2024-03-01 Janssen Biotech Inc Production methods for the production of anti-TNF antibody compositions
WO2023002203A1 (en) 2021-07-21 2023-01-26 Dnae Diagnostics Limited Method and system comprising a cartridge for sequencing target polynucleotides
GB202110485D0 (en) 2021-07-21 2021-09-01 Dnae Diagnostics Ltd Compositions, kits and methods for sequencing target polynucleotides
GB202110479D0 (en) 2021-07-21 2021-09-01 Dnae Diagnostics Ltd Compositions, kits and methods for sequencing target polynucleotides
CN117813391A (zh) 2021-07-23 2024-04-02 因美纳有限公司 制备用于dna测序的基底表面的方法
EP4382621A2 (en) 2021-07-27 2024-06-12 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting c. coli and at least one of salmonella, c. jejuni, shigella, and stec
WO2023021330A1 (en) 2021-08-16 2023-02-23 University Of Oslo Compositions and methods for determining a treatment course of action
EP4196605A1 (en) 2021-09-01 2023-06-21 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array
AU2022360244A1 (en) 2021-10-04 2024-04-11 Poseida Therapeutics, Inc. Transposon compositions and methods of use thereof
KR20240099249A (ko) 2021-10-04 2024-06-28 포세이다 테라퓨틱스, 인크. 트랜스포사제 및 이의 용도
WO2023069927A1 (en) 2021-10-20 2023-04-27 Illumina, Inc. Methods for capturing library dna for sequencing
KR20240090267A (ko) 2021-10-29 2024-06-21 주식회사 씨젠 검체 채취 스왑 도구 및 호흡기 병원체의 검출 방법
KR20240099352A (ko) 2021-10-29 2024-06-28 얀센 바이오테크 인코포레이티드 항-il23 특이적 항체로 크론병을 치료하는 방법
AU2022388887A1 (en) 2021-11-15 2024-07-04 Janssen Biotech, Inc. Methods of treating crohn's disease with anti-il23 specific antibody
US20230159633A1 (en) 2021-11-23 2023-05-25 Janssen Biotech, Inc. Method of Treating Ulcerative Colitis with Anti-IL23 Specific Antibody
CN113981041B (zh) * 2021-11-25 2024-04-30 首都医科大学附属北京安贞医院 靶向富集测序试剂及靶向富集方法
US11772093B2 (en) 2022-01-12 2023-10-03 Miroculus Inc. Methods of mechanical microfluidic manipulation
CA3223362A1 (en) 2022-01-20 2023-07-27 Xiaolin Wu Methods of detecting methylcytosine and hydroxymethylcytosine by sequencing
WO2023141576A1 (en) 2022-01-21 2023-07-27 Poseida Therapeutics, Inc. Compositions and methods for delivery of nucleic acids
WO2023152568A2 (en) 2022-02-10 2023-08-17 Oslo Universitetssykehus Hf Compositions and methods for characterizing lung cancer
WO2023164573A1 (en) 2022-02-23 2023-08-31 Poseida Therapeutics, Inc. Genetically modified cells and methods of use thereof
WO2023175434A1 (en) 2022-03-15 2023-09-21 Diagenode S.A. Detection of methylation status of a dna sample
CA3223722A1 (en) 2022-04-07 2023-10-12 Illumina, Inc. Altered cytidine deaminases and methods of use
WO2023223265A1 (en) 2022-05-18 2023-11-23 Janssen Biotech, Inc. Method for evaluating and treating psoriatic arthritis with il23 antibody
EP4282980A1 (en) 2022-05-23 2023-11-29 Mobidiag Oy Methods for amplifying a nucleic acid
WO2024020360A1 (en) 2022-07-18 2024-01-25 Pairwise Plants Services, Inc. Mustard green plants named 'pwrg-1', 'pwrg-2,' and 'pwsgc'
WO2024054924A1 (en) 2022-09-08 2024-03-14 Gen-Probe Incorporated Method of detecting nucleic acid analytes using dual-specificity primers
WO2024069581A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina Singapore Pte. Ltd. Helicase-cytidine deaminase complexes and methods of use
WO2024073047A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina, Inc. Cytidine deaminases and methods of use in mapping modified cytosine nucleotides
WO2024073043A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina, Inc. Methods of using cpg binding proteins in mapping modified cytosine nucleotides
WO2024081776A1 (en) 2022-10-13 2024-04-18 Gen-Probe Incorporated Cellularity control for nucleic acid assays
WO2024110898A1 (en) 2022-11-22 2024-05-30 Janssen Biotech, Inc. Method of treating ulcerative colitis with anti-il23 specific antibody
US20240209419A1 (en) 2022-12-14 2024-06-27 Illumina, Inc. Systems and Methods for Capture and Enrichment of Clustered Beads on Flow Cell Substrates
WO2024137379A2 (en) 2022-12-19 2024-06-27 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting gastrointestinal pathogens
EP4389887A1 (en) 2022-12-21 2024-06-26 Mobidiag Oy Isolating and lysing cells
EP4389911A1 (en) 2022-12-21 2024-06-26 Mobidiag Oy Methods and systems for isolating an analyte

Family Cites Families (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS57501112A (ko) * 1980-07-08 1982-07-01
ES8706823A1 (es) * 1985-03-28 1987-06-16 Cetus Corp Un procedimiento para detectar la presencia o ausencia de al menos una secuencia especifica de acidos nucleicos en una muestra
US4683202A (en) * 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4683195A (en) * 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
SE8601784L (sv) * 1986-04-18 1987-10-19 Flensburg Carl G A Sett for ileggning av signaturer samt ileggare for utovning av settet
EP0272098A3 (en) * 1986-12-15 1990-06-06 City Of Hope National Medical Center Method for amplification and detection of rna sequences
IL86724A (en) * 1987-06-19 1995-01-24 Siska Diagnostics Inc Methods and kits for amplification and testing of nucleic acid sequences
WO1989001050A1 (en) * 1987-07-31 1989-02-09 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Selective amplification of target polynucleotide sequences
DE3726934A1 (de) * 1987-08-13 1989-02-23 Merck Patent Gmbh Verfahren zum nachweis von nukleinsaeure-sequenzen
CA1340807C (en) * 1988-02-24 1999-11-02 Lawrence T. Malek Nucleic acid amplification process
ZA899593B (en) * 1988-12-16 1990-09-26 Siska Diagnostics Inc Self-sustained,sequence replication system
IE66597B1 (en) * 1989-05-10 1996-01-24 Akzo Nv Method for the synthesis of ribonucleic acid (RNA)

Also Published As

Publication number Publication date
ATE154644T1 (de) 1997-07-15
FI920766A0 (fi) 1992-02-21
JP2648802B2 (ja) 1997-09-03
ES2104611T3 (es) 1997-10-16
NZ235009A (en) 1992-06-25
AU6336590A (en) 1991-04-03
CA2065003C (en) 1998-09-01
AU647411B2 (en) 1994-03-24
EP0487628B1 (en) 1997-06-18
DE69030955D1 (de) 1997-07-24
JPH04507197A (ja) 1992-12-17
DK0487628T3 (da) 1998-01-26
WO1991002818A1 (en) 1991-03-07
FI100192B (fi) 1997-10-15
EP0487628A1 (en) 1992-06-03
DE69030955T2 (de) 1998-01-29
CA2065003A1 (en) 1991-02-24
US5130238A (en) 1992-07-14

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR960005737B1 (ko) 핵산 배열의 증폭 방법
US5409818A (en) Nucleic acid amplification process
US6063603A (en) Nucleic acid amplification process
JP2846018B2 (ja) 核酸配列の増幅および検出
EP0361983B1 (en) RNA template end-linked probe constructs and methods for use
US5215899A (en) Nucleic acid amplification employing ligatable hairpin probe and transcription
EP0623683A1 (en) Transcription-based nucleic acid amplification/detection systems
CA2087256A1 (en) Circular extension for generating multiple nucleic acid complements
EA004327B1 (ru) Способ амплификации последовательности нуклеиновой кислоты
WO1992022663A1 (en) Amplification of nucleic acid molecules
JP2000511058A (ja) Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ｋａｎｓａｓｉｉを検出するための組成物および方法
JPH08297A (ja) バクテリアを検出するためのオリゴヌクレオチドプライマーおよびプローブ
JPH06327500A (ja) 核酸配列の増幅方法および検出方法
Blok Target-dependent amplifiable nucleic acid hybridization probes
Rassart A study of the interaction of E. coli RNA polymerase and bacteriophage S13 DNA
IE892698A1 (en) Nucleic acid amplification process

Legal Events

Date Code Title Description
A201 Request for examination
AMND Amendment
E902 Notification of reason for refusal
AMND Amendment
E601 Decision to refuse application
AMND Amendment
J2X1 Appeal (before the patent court)

Free format text: APPEAL AGAINST DECISION TO DECLINE REFUSAL

G160 Decision to publish patent application
B701 Decision to grant
GRNT Written decision to grant
FPAY Annual fee payment

Payment date: 20100421

Year of fee payment: 15

EXPY Expiration of term