JP2018111708A

JP2018111708A - ペプチドミメティック大環状化合物

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Publication number: JP2018111708A
Application number: JP2018041095A
Authority: JP
Inventors: ゲラヴァイス，ヴァンサン; Guerlavais Vincent; エルキン，カール; Elkin Carl; ナッシュ，ヒュー・エム; Huw M Nash; ソーヤー，トミ・ケイ; K Sawyer Tomi; グレイヴズ，ブラッドフォード・ジェイ; J Graves Bradford; フェイファン，エリック; Feyfant Eric
Original assignee: Aileron Therapeutics Inc
Current assignee: Aileron Therapeutics Inc
Priority date: 2012-02-15
Filing date: 2018-03-07
Publication date: 2018-07-19
Anticipated expiration: 2033-02-14
Also published as: JP2015509940A; SG11201404648PA; PH12014501844A1; AU2013221432A1; US20220000968A1; PH12014501844B1; ES2817877T3; BR112014020103A2; EP2822572A4; IL233710B; KR20140122759A; US20150051155A1; SG10201606775YA; AU2013221432B2; RU2014137107A; US10967042B2; MX362492B; IL233710A0; EP3769776A1; CN112500466B

Abstract

【課題】ペプチドミメティック大環状化合物およびそのような大環状化合物を疾患の処置のために用いる方法を提供する。
【解決手段】次式のペプチドミメティック大環状化合物：

【選択図】なし

Description

[0001] ヒト転写因子タンパク質ｐ５３はＤＮＡ損傷および細胞ストレスに反応して細胞周期停止およびアポトーシスを誘導し、それにより細胞の悪性形質転換からの保護において重要な役割を果たしている。Ｅ３ユビキチンリガーゼＭＤＭ２（ＨＤＭ２としても知られている）は、ｐ５３のトランス活性化活性を中和する直接結合相互作用を通してｐ５３の機能を負に制御し、ｐ５３タンパク質の核からの搬出をもたらし、ｐ５３をユビキチン化−プロテアソーム経路による分解へと向ける。欠失、変異、またはＭＤＭ２の過剰発現のいずれかによるｐ５３活性の喪失は、ヒトの癌における最も一般的な欠陥である。野生型ｐ５３を発現する腫瘍は、活性なｐ５３を安定化する、またはその濃度を増大させる薬剤に弱い。この状況において、ＭＤＭ２の活性の阻害はｐ５３活性を回復させて癌細胞をインビトロおよびインビボでアポトーシスに対して再度感受性にするための検証されたアプローチとして現れてきた。ＭＤＭＸ（ＭＤＭ４）はより最近類似のｐ５３の負の制御因子として同定されており、研究はＭＤＭ２およびＭＤＭＸのｐ５３結合接触面の間の著しい構造上の相同性を明らかにしてきた。ｐ５３−ＭＤＭ２およびｐ５３−ＭＤＭＸのタンパク質間相互作用はｐ５３の同じ１５残基のアルファヘリックスのトランス活性化ドメインにより媒介されており、それはＭＤＭ２およびＭＤＭＸの表面上の疎水性の裂溝の中に挿入される。ｐ５３のこのドメイン内の３残基（Ｆ１９、Ｗ２３、およびＬ２６）は、ＭＤＭ２およびＭＤＭＸへの結合に必須である。

[0002] ｐ５３、ＭＤＭ２および／またはＭＤＭＸに結合してその活性を調節することができる化合物に関するかなりの必要性が残っている。本明細書において、ｐ５３の活性を調節するｐ５３に基づくペプチドミメティック大環状化合物（ｐｅｐｔｉｄｏｍｉｍｅｔｉｃｍａｃｒｏｃｙｃｌｅｓ）を提供する。本明細書において、ｐ５３、ＭＤＭ２および／またはＭＤＭＸタンパク質間の相互作用を阻害するｐ５３に基づくペプチドミメティック大環状化合物も提供する。さらに、本明細書において、癌および他の過剰増殖性疾患が含まれるがこれらに限定されない疾患を処置するために用いることができるｐ５３に基づくペプチドミメティック大環状化合物を提供する。

[0003] 本明細書において、ヒトｐ５３の一部に関連する安定に架橋したペプチド（“ｐ５３ペプチドミメティック大環状化合物”）を記載する。これらの架橋したペプチドは、一緒に分子内架橋を形成する少なくとも２つの修飾されたアミノ酸を含有し、それはｐ５３のＭＤＭ２への結合に、およびｐ５３のＭＤＭＸへの結合に重要であると考えられているｐ５３の一部のアルファヘリックス二次構造を安定化するのを助けることができる。従って、本明細書で記載される架橋したポリペプチドは、架橋していない対応するポリペプチドと対比して向上した生物学的活性を有することができる。そのｐ５３ペプチドミメティック大環状化合物は、ｐ５３のＭＤＭ２への、および／またはｐ５３のＭＤＭＸへの結合に干渉し、それにより機能するｐ５３を遊離させ、その破壊を阻害すると考えられている。本明細書で記載されるｐ５３ペプチドミメティック大環状化合物は、療法的に、例えばｐ５３の望ましくなく低いレベルもしくは低い活性を特徴とする癌および他の障害を処置するために、および／またはＭＤＭ２もしくはＭＤＭＸの活性の望ましくなく高いレベルを特徴とする癌および他の障害を処置するために用いることができる。そのｐ５３ペプチドミメティック大環状化合物は、不適切な細胞周期停止およびアポトーシスの病気、例えば神経変性および免疫不全に加えて、過剰な細胞生存および増殖の病気、例えば癌および自己免疫をもたらす、ｐ５３転写経路の制御の混乱と関係するあらゆる障害の処置のためにも有用であり得る。一部の態様において、そのｐ５３ペプチドミメティック大環状化合物はＭＤＭ２（例えばＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）受入番号：２２８９５２；ＧＩ：
２２８９５２）および／またはＭＤＭＸ（ＭＤＭ４とも呼ばれる；ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）受入番号：８８７０２７９１；ＧＩ：８８７０２７９１）に結合する。

[0004] １観点において、本明細書において、表１、表１ａ、表１ｂ、または表１ｃ中のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも約６０％、８０％、９０％、または９５％同一であるアミノ酸配列を含むペプチドミメティック大環状化合物を提供する。あるいは、前記のペプチドミメティック大環状化合物のアミノ酸配列は、表４中のアミノ酸配列からなる群から選択される。一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、表２ａまたは２ｂ中に示されるようなペプチドではない。他の場合において、そのペプチドミメティック大環状化合物は表２ａまたは２ｂ中に示されるような構造を含まない。一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は表１から選択されるアミノ酸配列を有する。一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は表１ａから選択されるアミノ酸配列を有する。一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は表１ｂから選択されるアミノ酸配列を有する。一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は表１ｃから選択されるアミノ酸配列を有する。

[0005] あるいは、前記のペプチドミメティック大環状化合物のアミノ酸配列は上記のように選択され、かつさらにここでその大環状化合物にはチオエーテルもトリアゾールも含まれない。一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物はヘリックス、例えばα−ヘリックスを含む。他の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物はα，α−ジ置換アミノ酸を含む。ペプチドミメティック大環状化合物は、少なくとも２つのアミノ酸のα−位を連結するクロスリンカーを含むことができる。前記の２つのアミノ酸の少なくとも１つはα，α−ジ置換アミノ酸であることができる。

[0006] 一部の態様において、次式のペプチドミメティック大環状化合物が提供される：

［式中：
それぞれのＡ、Ｃ、Ｄ、およびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｂはアミノ酸、

、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＳＯ_２−］、または［−ＮＨ−Ｌ_３−］
であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２およびＬ_３は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖおよびｗは独立して１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｕは１〜１０、例えば１〜５、１〜３または１〜２の整数であり；
ｘ、ｙおよびｚは独立して０〜１０の整数であり、例えばｘ＋ｙ＋ｚの和は２、３、または６であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。

[0007] 一部の態様において、ｗ＞２であり、Ｅにより表される最初の２つのアミノ酸のそれぞれは無電荷の側鎖または負に荷電した側鎖を含む。

[0008] 一部の態様において、Ｅにより表される最初のＣ末端アミノ酸および／または２番目のＣ末端アミノ酸は疎水性側鎖を含む。例えば、Ｅにより表される最初のＣ末端アミノ酸および／または２番目のＣ末端アミノ酸は、疎水性側鎖、例えば大きい疎水性側鎖を含む。

[0009] 一部の態様において、ｗは３〜１０００である。例えば、Ｅにより表される３番目のアミノ酸は大きい疎水性側鎖を含む。

[0010] 他の態様において、特許請求されるペプチドミメティック大環状化合物は次の
配列を除外する：Ａｃ−ＲＴＱＡＴＦ＄ｒ８ＮＱＷＡｉｂＡＮｌｅ＄ＴＮＡｉｂＴＲ−ＮＨ_２、Ａｃ−ＲＴＱＡＴＦ＄ｒ８ＮＱＷＡｉｂＡＮｌｅ＄ＴＮＡｉｂＴＲ−ＮＨ_２、Ａｃ−＄ｒ８ＳＱＱＴＦＳ＄ＬＷＲＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２、Ａｃ−ＱＳＱ＄ｒ８ＴＦＳＮＬＷ＄ＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２、Ａｃ−ＱＳ＄ｒ５ＱＴＦＳｔＮＬＷ＄ＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２、またはＡｃ−ＱＳＱＱ＄ｒ８ＦＳＮＬＷＲ＄ＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２。

[0011] 他の態様において、特許請求されるペプチドミメティック大環状化合物は次の配列を除外する：Ａｃ−Ｑ＄ｒ８ＱＱＴＦＳＮ＄ＷＲＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２。

[0012] 次式のペプチドミメティック大環状化合物も提供される：

［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。

[0013] 一部の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は次式を有する：

［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤは独立してアミノ酸であり；
それぞれのＥは独立してアミノ酸、例えばＡｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、
またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。

[0014] 一部の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は次式を有する：

［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも２つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり、ここでＬはそのＥ立体配置において少なくとも１個の二重結合を含み；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００の整数であり；
ｗは３〜１０００の整数であり；
ｎは１〜５の整数であり；そして
Ｘａａ_７はＢｏｃ−保護されたトリプトファンである］。

[0015] 本明細書で記載される式のいずれかの一部の態様において、［Ｄ］_ｖは−Ｌｅｕ_１−Ｔｈｒ_２である。本明細書で記載される式の他の態様において、Ｅにより表される３番目のアミノ酸以外のそれぞれのＥは、Ａｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸である。

[0016] 一部の態様において、ｗは３〜１０、例えば３〜６、３〜８、６〜８、または６〜１０の整数である。一部の態様において、ｗは３である。他の態様において、ｗは６である。一部の態様において、ｖは１〜１０、例えば２〜５の整数である。一部の態様において、ｖは２である。

[0017] 一部の態様において、本明細書で開示されるペプチドは、少なくとも部分的にＭＤＭＸのＬ１７、Ｖ４６、Ｍ５０、Ｙ９６（ポケットの縁を形成する）およびＬ９９のアミノ酸側鎖により定められる結合部位に結合する。理論によって拘束されるわけではないが、そのような結合部位への結合は、１つ以上の特性、例えば結合親和性、アポトーシスの誘導、インビトロもしくはインビボでの抗腫瘍有効性、またはＭＤＭＸ対ＭＤＭ２への結合親和性の低減した比率を向上させる。

[0018] 一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比してＭＤＭ２またはＭＤＭＸへの向上した結合親和性を有する。他の例において、そのペプチドミメティック大
環状化合物は、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して低減したＭＤＭＸ対ＭＤＭ２への結合親和性の比率を有する。さらに他の例において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したインビトロでのｐ５３陽性腫瘍細胞株に対する抗腫瘍有効性を有する。一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したインビトロでのｐ５３陽性腫瘍細胞株におけるアポトーシスの誘導を示す。他の例において、請求項１のペプチドミメティック大環状化合物であって、ここでそのペプチドミメティック大環状化合物は、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したｐ５３陽性対ｐ５３陰性または変異体腫瘍細胞株に関するインビトロ抗腫瘍有効性比率を有する。一部の例において、その向上したインビトロでの有効性比率は１〜２９、３０以上４９まで、または５０以上である。さらに他の例において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したインビボでのｐ５３陽性腫瘍に対する抗腫瘍有効性を有する。一部の例において、その向上したインビボでの有効性比率は２９まで、３０以上４９まで、または５０以上である。さらに他の例において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したインビボでのｐ５３陽性腫瘍におけるアポトーシスの誘導を有する。一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上した細胞透過性を有する。他の場合において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上した可溶性を有する。

[0019] 一部の態様において、Ｘａａ_５はＧｌｕまたはそのアミノ酸アナログである。一部の態様において、Ｘａａ_５はＧｌｕまたはそのアミノ酸アナログであり、ここでそのペプチドミメティック大環状化合物は、Ｘａａ_５がＡｌａである対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上した特性、例えば向上した結合親和性、向上した可溶性、向上した細胞有効性、向上した細胞透過性、向上したインビボもしくはインビトロ抗腫瘍有効性、または向上したアポトーシスの誘導を有する。

[0020] 一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、Ｘａａ_５がＡｌａである対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したＭＤＭ２またはＭＤＭＸに対する結合親和性を有する。他の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、Ｘａａ_５がＡｌａである対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して低減したＭＤＭＸ対ＭＤＭ２に対する結合親和性の比率を有する。一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物はＸａａ_５がＡｌａである対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上した可溶性を有し、またはそのペプチドミメティック大環状化合物はＸａａ_５がＡｌａである対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上した細胞有効性を有する。

[0021] 一部の態様において、Ｘａａ_５はＧｌｕまたはそのアミノ酸アナログであり、ここでそのペプチドミメティック大環状化合物は、Ｘａａ_５がＡｌａである対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上した生物学的活性、例えば向上した結合親和性、向上した可溶性、向上した細胞有効性、向上したヘリックス性、向上した細胞透過性、向上したインビボもしくはインビトロ抗腫瘍有効性、または向上したアポトーシスの誘導を有する。

[0022] 一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、そのｐ５３−／−細胞株に対する結合親和性よりも少なくとも２倍、３倍、５倍、１０倍、２０倍、
３０倍、５０倍、７０倍、または１００倍大きいｐ５３＋／＋細胞株に対する活性を有する。一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、そのｐ５３−／−細胞株に対する結合親和性よりも１〜２９倍、３０〜４９倍、または５０倍以上大きいｐ５３＋／＋細胞株に対する活性を有する。活性は、例えばＩＣ５０値として測定することができる。例えば、そのｐ５３＋／＋細胞株はＳＪＳＡ−１、ＲＫＯ、ＨＣＴ−１１６、またはＭＣＦ−７であり、ｐ５３−／−細胞株はＲＫＯ−Ｅ６またはＳＷ−４８０である。一部の態様において、そのペプチドは１μＭ未満のｐ５３＋／＋細胞株に対するＩＣ５０を有する。

[0023] 一部の態様において、Ｘａａ_５はＧｌｕまたはそのアミノ酸アナログであり、そのペプチドミメティック大環状化合物はそのｐ５３−／−細胞株に対する結合親和性よりも少なくとも１０倍大きいｐ５３＋／＋細胞株に対する活性を有する。

[0024] 加えて、対象にペプチドミメティック大環状化合物を投与することを含む、対象において癌を処置する方法が提供される。一部の態様において、その癌は頭頚部癌、黒色腫、肺癌、乳癌、または神経膠腫である。

[0025] 対象にペプチドミメティック大環状化合物を投与することを含む、対象においてｐ５３もしくはＭＤＭ２もしくはＭＤＭＸの活性を調節する方法、または対象にそのようなペプチドミメティック大環状化合物を投与することを含む、対象においてｐ５３ならびにＭＤＭ２および／またはＭＤＭＸタンパク質の間の相互作用に拮抗する方法も提供される。

[0026] 本明細書において、表１、表１ａ、表１ｂ、または表１ｃ中のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列と約６０％〜約１００％同一であるアミノ酸配列を含む式（Ｉ）：

のペプチドミメティック大環状化合物を含む組成物を調製する方法が提供され、その方法は式（ＩＩ）：

の化合物を触媒で処理して結果として式Ｉの化合物をもたらすことを含み、
ここで、式（Ｉ）および（ＩＩ）の化合物（単数または複数）において、
それぞれのＡ、Ｃ、Ｄ、およびＥは独立してアミノ酸であり；
それぞれのＢは独立してアミノ酸、

、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＳＯ_２−］、または［−ＮＨ−Ｌ_３−］であり；
それぞれのＲ_１およびＲ_２は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロゲンで置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つはＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＲ_３は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
それぞれのＬ_１、Ｌ_２およびＬ_３は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４’−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４およびＲ_４’は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫは独立してＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または
療法薬であり；
それぞれのＲ_７は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
それぞれのＲ_８は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
それぞれのｖおよびｗは独立して１〜１０００の整数であり；
ｕは１〜１０の整数であり；
それぞれのｘ、ｙおよびｚは独立して１〜１０の整数であり；
それぞれのｎは独立して１〜５の整数であり；
それぞれのｏは独立して１〜１５の整数であり；
それぞれのｐは独立して１〜１５の整数であり；
“（Ｅ）”はトランス二重結合を示し；そして
式（Ｉ）および（ＩＩ）の化合物中に存在するアミノ酸Ａ、Ｃおよび／またはＢ（Ｂがアミノ酸である場合）の１つ以上は、保護基を有する側鎖を有する。

一部の態様において、その保護基は窒素原子保護基である。

[0027] 一部の態様において、その保護基はＢｏｃ基である。

[0028] 一部の態様において、その保護基を有するアミノ酸の側鎖は保護されたインドールを含む。

[0029] 一部の態様において、その側鎖上に保護基を有するアミノ酸はトリプトファン（Ｗ）であり、それはそのインドール窒素上の保護基により保護されている。例えば、その保護基はＢｏｃ基である。

[0030] 一部の態様において、式ＩＩの化合物を触媒と接触させる工程の後、式（Ｉ）の化合物が、Ｚ異性体である対応する化合物と等しい、またはそれよりも多い量で得られる。例えば、式ＩＩの化合物を触媒と接触させる工程の後、式（Ｉ）の化合物が、Ｚ異性体である対応する化合物よりも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０倍多い量で得られる。

[0031] 一部の態様において、その触媒はルテニウム触媒である。

[0032] 一部の態様において、その方法はさらに、式（Ｉ）の化合物を還元剤または酸化剤で処理する工程を含む。

[0033] 一部の態様において、式（ＩＩ）の化合物は固体支持体に付着している。他の態様において、式（ＩＩ）の化合物は固体支持体に付着していない。

[0034] 一部の態様において、その方法はさらに、保護基（単数または複数）を式（Ｉ）の化合物から除去することを含む。

[0035] 一部の態様において、その閉環メタセシス（ｍｅｔａｔｈｅｓｉｓ）は約２０℃から約８０℃までの範囲の温度で実施される。

[0036] 一部の態様において、式（Ｉ）のペプチドミメティック大環状化合物は次式を有する：

［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも２つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり、ここでＬはそのＥ立体配置において少なくとも１個の二重結合を含み；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル
、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００の整数であり；
ｗは３〜１０００の整数であり；
ｎは１〜５の整数であり；そして
Ｘａａ_７はＢｏｃ−保護されたトリプトファンである］。

[0037] 一部の態様において、式（Ｉ）のペプチドミメティック大環状化合物はα−へリックスを含む。

援用
[0038] 本明細書中で言及するすべての刊行物、特許および特許出願を、あたかもそれぞれの刊行物、特許、または特許出願を具体的かつ個々に援用すると示した場合と同じ程度まで本明細書に援用する。

[0039] 本発明の新規の特徴は、添付された特許請求の範囲において詳細に述べられている。本発明の特徴および利点のよりよい理解は、本発明の原理が利用される説明的な態様を述べる以下の詳細な記述、およびその添付の図面への参照により得られるであろう。

[0040] 図１は、ＭＤＭＸ（主なＳｗｉｓｓＰｒｏｔ受入番号Ｑ７ＺＵＷ７；登録ＭＤＭ４＿ＤＡＮＲＥ）と複合体形成したｐ５３ペプチドミメティック大環状化合物であるペプチドミメティック大環状化合物４６（表２ｂ）の構造を示す。 [0041] 図２は、ＭＤＭＸ（主なＳｗｉｓｓＰｒｏｔ受入番号Ｑ７ＺＵＷ７；登録ＭＤＭ４＿ＤＡＮＲＥ）に結合したｐ５３ペプチドミメティック大環状化合物１４２（表２ｂ）およびＳＰ４３の重ね合わせた構造を示す。 [0042] 図３は、ペプチドミメティック大環状化合物ＳＰ１５４のマウスＭＣＦ−７異種移植モデルにおける腫瘍増殖への作用を示す。 [0043] 図４は、ペプチドミメティック大環状化合物ＳＰ２４９のマウスＭＣＦ−７異種移植モデルにおける腫瘍増殖への作用を示す。 [0044] 図５は、ペプチドミメティック大環状化合物ＳＰ３１５のマウスＭＣＦ−７異種移植モデルにおける腫瘍増殖への作用を示す。 [0045] 図６は、ＳＰ１５４の点変異であるＳＰ２５２のマウスＭＣＦ−７異種移植モデルにおける腫瘍増殖への作用を示す。 [0046] 図７は、異なるＣ末端伸長を有するペプチドミメティック大環状化合物に関する溶解度のプロットを示す。

[0047] 本明細書で用いられる際、用語“大環状化合物（ｍａｃｒｏｃｙｃｌｅ）”は、少なくとも９個の共有結合した原子により形成されるリングまたは環が含まれる化学構造を有する分子を指す。

[0048] 本明細書で用いられる際、用語“ペプチドミメティック大環状化合物”または“架橋したポリペプチド”は、複数のペプチド結合ならびに同じ分子内の第１の天然存在または非天然存在アミノ酸残基（またはアナログ）および第２の天然存在または非天然存在アミノ酸残基（またはアナログ）の間で大員環を形成する少なくとも１つの大員環形成リンカーにより連結された複数のアミノ酸残基を含む化合物を指す。ペプチドミメティック大環状化合物には、大員環形成リンカーが第１アミノ酸残基（またはアナログ）のα炭素を第２アミノ酸残基（またはアナログ）のα炭素に連結している態様が含まれる。その
ペプチドミメティック大環状化合物には場合により１個以上のアミノ酸残基および/また
はアミノ酸アナログ残基間に１個以上の非ペプチド結合が含まれ、場合により大員環を形成するいずれかに加えて１個以上の非天然存在アミノ酸残基またはアミノ酸アナログ残基が含まれる。“対応する架橋していないポリペプチド”は、ペプチドミメティック大環状化合物の文脈において言及される場合、その大環状化合物と同じ長さの、その大環状化合物に対応する野生型配列の同等の天然アミノ酸を含むポリペプチドに関するものと理解される。

[0049] 本明細書で用いられる際、用語“安定性”は、円二色性、ＮＭＲもしくは別の生物物理学的測定法により測定した際のペプチドミメティック大環状化合物による溶液中での定められた二次構造の維持、またはインビトロもしくはインビボでのタンパク質分解性の分解への抵抗性を指す。本発明で考慮される二次構造の限定ではない例は、α−ヘリックス、３_１０ヘリックス、β−ターン、およびβ−プリーツシート(β−ｐｌｅａｔｅ
ｄｓｈｅｅｔ）である。

[0050] 本明細書で用いられる際、用語“ヘリックス安定性”は、円二色性またはＮＭＲにより測定した際のペプチドミメティック大環状化合物によるαヘリックス構造の維持を指す。例えば、一部の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は、円二色性により決定した際のα−ヘリックス性において、対応する架橋していない大環状化合物と比較して少なくとも１．２５倍、１．５倍、１．７５倍または２倍の増大を示す。

[0051] 用語“アミノ酸”は、アミノ基およびカルボキシル基の両方を含有する分子を指す。適切なアミノ酸には、限定ではなく、天然存在アミノ酸ならびに有機合成または他の代謝経路により調製された非天然存在アミノ酸のＤ−およびＬ−異性体両方が含まれる。アミノ酸という用語には、本明細書で用いられる際、限定ではなく、α−アミノ酸、天然アミノ酸、非天然アミノ酸、およびアミノ酸アナログが含まれる。

[0052] 用語“α−アミノ酸”は、α−炭素として指定される炭素に結合したアミノ基およびカルボキシル基の両方を含有する分子を指す。

[0053] 用語“β−アミノ酸”は、アミノ基およびカルボキシル基両方をβ配置で含有する分子を指す。

[0054] 用語“天然存在アミノ酸”は、天然において合成されるペプチド中に一般的にあり、１文字略号Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｃ、Ｄ、Ｑ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、ＹおよびＶにより知られる２０種類のアミノ酸のいずれか１つを指す。

[0055] 下記の表は天然アミノ酸の特性の要約を示す。

[0056] “疎水性アミノ酸”には、小疎水性アミノ酸（ｓｍａｌｌｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃａｍｉｎｏａｃｉｄｓ）および大疎水性アミノ酸（ｌａｒｇｅｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃａｍｉｎｏａｃｉｄｓ）が含まれる。“小疎水性アミノ酸”は、グリシン、アラニン、プロリン、およびそのアナログである。“大疎水性アミノ酸”は、バリン、ロイシン、イソロイシン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン、およびそのアナログである。“極性アミノ酸”は、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、チロシン、およびそのアナログである。“荷電アミノ酸”は、リジン、アルギニン、ヒスチジン、アスパラギン酸、グルタミン酸、およびそのアナログである。

[0057] 用語“アミノ酸アナログ”は、構造的にアミノ酸に類似し、ペプチドミメティック大環状化合物の形成においてアミノ酸の代わりに使用することができる分子を指す。アミノ酸アナログには、限定ではなく、β−アミノ酸、およびアミノ基またはカルボキシル基が同様に反応性の基により置換されたアミノ酸（例えば、第一級アミンの第二級もしくは第三級アミンによる置換、またはカルボキシ基のエステルによる置換）が含まれる。

[0058] 用語“非天然アミノ酸”は、天然において合成されるペプチド中に一般的にあり１文字略号Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｃ、Ｄ、Ｑ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、ＹおよびＶにより知られる２０種類のアミノ酸の１つではないアミノ酸を指す。非天然アミノ酸またはアミノ酸アナログには、限定ではなく、下記に従う構造が含まれる。

[0059] アミノ酸アナログにはβ−アミノ酸アナログが含まれる。β−アミノ酸アナログの例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：環状β−アミノ酸アナログ；β−アラニン；（Ｒ）−β−フェニルアラニン；（Ｒ）−１，２，３，４−テトラヒドロ−イソキノリン−３−酢酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（１−ナフチル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２，４−ジクロロフェニル）酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−クロロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−シアノフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−フルオロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−フリル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−メチルフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−ナフチル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−チエニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（２−トリフルオロメチルフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３，４−ジクロロフェニル）酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３，４−ジフルオロフェニル）酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−ベンゾチエニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−クロロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−シアノフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−フルオロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−メチルフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−ピリジル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−チエニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（３−トリフルオロメチルフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−ブロモフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−クロロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−シアノフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−フルオロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−ヨードフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−メチルフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−ニトロフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−ピリジル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−（４−トリフルオロメチルフェニル）−酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−４−ペンタフルオロ−フェニル酪酸；（Ｒ）−３−アミノ−５−ヘキセン酸；（Ｒ）−３−アミノ−５−ヘキシン酸；（Ｒ）−３−アミノ−５−フェ
ニルペンタン酸；（Ｒ）−３−アミノ−６−フェニル−５−ヘキセン酸；（Ｓ）−１，２，３，４−テトラヒドロ−イソキノリン−３−酢酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（１−ナフチル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２，４−ジクロロフェニル）酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−クロロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−シアノフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−フルオロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−フリル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−メチルフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−ナフチル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−チエニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（２−トリフルオロメチルフェニル）−酪酸；
（Ｓ）−３−アミノ−４−（３，４−ジクロロフェニル）酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３，４−ジフルオロフェニル）酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−ベンゾチエニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−クロロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−シアノフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−フルオロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−メチルフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−ピリジル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−チエニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（３−トリフルオロメチルフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−ブロモフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−クロロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−シアノフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−フルオロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−ヨードフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−メチルフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−ニトロフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−ピリジル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−（４−トリフルオロメチルフェニル）−酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−４−ペンタフルオロ−フェニル酪酸；（Ｓ）−３−アミノ−５−ヘキセン酸；（Ｓ）−３−アミノ−５−ヘキシン酸；（Ｓ）−３−アミノ−５−フェニルペンタン酸；（Ｓ）−３−アミノ−６−フェニル−５−ヘキセン酸；１，２，５，６−テトラヒドロピリジン−３−カルボン酸；１，２，５，６−テトラヒドロピリジン−４−カルボン酸；３−アミノ−３−（２−クロロフェニル）−プロピオン酸；３−アミノ−３−（２−チエニル）−プロピオン酸；３−アミノ−３−（３−ブロモフェニル）−プロピオン酸；３−アミノ−３−（４−クロロフェニル）−プロピオン酸；３−アミノ−３−（４−メトキシフェニル）−プロピオン酸；３−アミノ−４，４，４−トリフルオロ−酪酸；３−アミノアジピン酸；Ｄ−β−フェニルアラニン；β−ロイシン；Ｌ−β−ホモアラニン；Ｌ−β−ホモアスパラギン酸 γ−ベンジルエステル；Ｌ−β−ホモグルタミン酸 δ−ベンジルエステル；Ｌ−β−ホモイソロイシン；Ｌ−β−ホモロイシン；Ｌ−β−ホモメチオニン；Ｌ−β−ホモフェニルアラニン；Ｌ−β−ホモプロリン；Ｌ−β−ホモトリプトファン；Ｌ−β−ホモバリン；Ｌ−Ｎω−ベンジルオキシカルボニル−β−ホモリジン；Ｎω−Ｌ−β−ホモアルギニン；Ｏ−ベンジル−Ｌ−β−ホモヒドロキシプロリン；Ｏ−ベンジル−Ｌ−β−ホモセリン；Ｏ−ベンジル−Ｌ−β−ホモトレオニン；Ｏ−ベンジル−Ｌ−β−ホモチロシン；γ−トリチル−Ｌ−β−ホモアスパラギン；（Ｒ）−β−フェニルアラニン；Ｌ−β−ホモアスパラギン酸 γ−ｔ−ブチルエステル；Ｌ−β−ホモグルタミン酸 δ−ｔ−ブチルエステル；Ｌ−Ｎω−β−ホモリジン；Ｎδ−トリチル−Ｌ−β−ホモグルタミン；Ｎω−２，２，４，６，７−ペンタメチル−ジヒドロベンゾフラン−５−スルホニル−Ｌ−β−ホモアルギニン；Ｏ−ｔ−ブチル−Ｌ−β−ホモヒドロキシ−プロリン；Ｏ−ｔ−ブチル−Ｌ−β−ホモセリン；Ｏ−ｔ−ブチル−Ｌ−β−ホモトレオニン；Ｏ−ｔ−ブチル−Ｌ−β−ホモチロシン；２−アミノシクロペンタンカルボン酸；および２−アミノシクロヘキサンカルボン酸。

[0060] アミノ酸アナログには、アラニン、バリン、グリシンまたはロイシンのアナログが含まれる。アラニン、バリン、グリシン、およびロイシンのアミノ酸アナログの例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：α−メトキシグリシン；α−アリル−Ｌ−アラニン；α−アミノイソ酪酸；α−メチル−ロイシン；β−（１−ナフチル）−
Ｄ−アラニン；β−（１−ナフチル）−Ｌ−アラニン；β−（２−ナフチル）−Ｄ−アラニン；β−（２−ナフチル）−Ｌ−アラニン；β−（２−ピリジル）−Ｄ−アラニン；β−（２−ピリジル）−Ｌ−アラニン；β−（２−チエニル）−Ｄ−アラニン；β−（２−チエニル）−Ｌ−アラニン；β−（３−ベンゾチエニル）−Ｄ−アラニン；β−（３−ベンゾチエニル）−Ｌ−アラニン；β−（３−ピリジル）−Ｄ−アラニン；β−（３−ピリジル）−Ｌ−アラニン；β−（４−ピリジル）−Ｄ−アラニン；β−（４−ピリジル）−Ｌ−アラニン；β−クロロ−Ｌ−アラニン；β−シアノ−Ｌ−アラニン；β−シクロヘキシル−Ｄ−アラニン；β−シクロヘキシル−Ｌ−アラニン；β−シクロペンテン−１−イル−アラニン；β−シクロペンチル−アラニン；β−シクロプロピル−Ｌ−Ａｌａ−ＯＨ・ジシクロヘキシルアンモニウム塩；β−ｔ−ブチル−Ｄ−アラニン；β−ｔ−ブチル−Ｌ−アラニン；γ−アミノ酪酸；Ｌ−α，β−ジアミノプロピオン酸；２，４−ジニトロ−フェニルグリシン；２，５−ジヒドロ−Ｄ−フェニルグリシン；２−アミノ−４，４，４−トリフルオロ酪酸；２−フルオロ−フェニルグリシン；３−アミノ−４，４，４−トリフルオロ−酪酸；３−フルオロ−バリン；４，４，４−トリフルオロ−バリン；４，５−デヒドロ−Ｌ−ｌｅｕ−ＯＨ・ジシクロヘキシルアンモニウム塩；４−フルオロ−Ｄ−フェニルグリシン；４−フルオロ−Ｌ−フェニルグリシン；４−ヒドロキシ−Ｄ−フェニルグリシン；５，５，５−トリフルオロ−ロイシン；６−アミノヘキサン酸；シクロペンチル−Ｄ−Ｇｌｙ−ＯＨ・ジシクロヘキシルアンモニウム塩；シクロペンチル−Ｇｌｙ−ＯＨ・ジシクロヘキシルアンモニウム塩；Ｄ−α，β−ジアミノプロピオン酸；Ｄ−α−アミノ酪酸；Ｄ−α−ｔ−ブチルグリシン；Ｄ−（２−チエニル）グリシン；Ｄ−（３−チエニル）グリシン；Ｄ−２−アミノカプロン酸；Ｄ−２−インダニルグリシン；Ｄ−アリルグリシン・ジシクロヘキシルアンモニウム塩；Ｄ−シクロヘキシルグリシン；Ｄ−ノルバリン；Ｄ−フェニルグリシン；β−アミノ酪酸；β−アミノイソ酪酸；（２−ブロモフェニル）グリシン；（２−メトキシフェニル）グリシン；（２−メチルフェニル）グリシン；（２−チアゾイル）グリシン；（２−チエニル）グリシン；２−アミノ−３−（ジメチルアミノ）−プロピオン酸；Ｌ−α，β−ジアミノプロピオン酸；Ｌ−α−アミノ酪酸；Ｌ−α−ｔ−ブチルグリシン；Ｌ−（３−チエニル）グリシン；Ｌ−２−アミノ−３−（ジメチルアミノ）−プロピオン酸；Ｌ−２−アミノカプロン酸ジシクロヘキシル−アンモニウム塩；Ｌ−２−インダニルグリシン；Ｌ−アリルグリシン・ジシクロヘキシル
アンモニウム塩；Ｌ−シクロヘキシルグリシン；Ｌ−フェニルグリシン；Ｌ−プロパルギルグリシン；Ｌ−ノルバリン；Ｎ−α−アミノメチル−Ｌ−アラニン；Ｄ−α，γ−ジアミノ酪酸；Ｌ−α，γ−ジアミノ酪酸；β−シクロプロピル−Ｌ−アラニン；（Ｎ−β−（２，４−ジニトロフェニル））−Ｌ−α，β−ジアミノプロピオン酸；（Ｎ−β−１−（４，４−ジメチル−２，６−ジオキソシクロヘキサ−１−イリデン）エチル）−Ｄ−α，β−ジアミノプロピオン酸；（Ｎ−β−１−（４，４−ジメチル−２，６−ジオキソシクロヘキサ−１−イリデン）エチル）−Ｌ−α，β−ジアミノプロピオン酸；（Ｎ−β−４−メチルトリチル）−Ｌ−α，β−ジアミノプロピオン酸；（Ｎ−β−アリルオキシカルボニル）−Ｌ−α，β−ジアミノプロピオン酸；（Ｎ−γ−１−（４，４−ジメチル−２，６−ジオキソシクロヘキサ−１−イリデン）エチル）−Ｄ−α，γ−ジアミノ酪酸；（Ｎ−γ−１−（４，４−ジメチル−２，６−ジオキソシクロヘキサ−１−イリデン）エチル）−Ｌ−α，γ−ジアミノ酪酸；（Ｎ−γ−４−メチルトリチル）−Ｄ−α，γ−ジアミノ酪酸；（Ｎ−γ−４−メチルトリチル）−Ｌ−α，γ−ジアミノ酪酸；（Ｎ−γ−アリルオキシカルボニル）−Ｌ−α，γ−ジアミノ酪酸；Ｄ−α，γ−ジアミノ酪酸；４，５−デヒドロ−Ｌ−ロイシン；シクロペンチル−Ｄ−Ｇｌｙ−ＯＨ；シクロペンチル−Ｇｌｙ−ＯＨ；Ｄ−アリルグリシン；Ｄ−ホモシクロヘキシルアラニン；Ｌ−１−ピレニルアラニン；Ｌ−２−アミノカプロン酸；Ｌ−アリルグリシン；Ｌ−ホモシクロヘキシルアラニン；およびＮ−（２−ヒドロキシ−４−メトキシ−Ｂｚｌ）−Ｇｌｙ−ＯＨ。

[0061] アミノ酸アナログには、アルギニンまたはリジンのアナログが含まれる。アルギニンおよびリジンのアミノ酸アナログの例には下記のものが含まれるが、これらに限定
されない：シトルリン；Ｌ−２−アミノ−３−グアニジノプロピオン酸；Ｌ−２−アミノ−３−ウレイドプロピオン酸；Ｌ−シトルリン；Ｌｙｓ（Ｍｅ）_２−ＯＨ；Ｌｙｓ（Ｎ_３）−ＯＨ；Ｎδ−ベンジルオキシカルボニル−Ｌ−オルニチン；Ｎω−ニトロ−Ｄ−アルギニン；Ｎω−ニトロ−Ｌ−アルギニン；α−メチル−オルニチン；２，６−ジアミノヘプタン二酸；Ｌ−オルニチン；（Ｎδ−１−（４，４−ジメチル−２，６−ジオキソ−シクロヘキサ−１−イリデン）エチル）−Ｄ−オルニチン；（Ｎδ−１−（４，４−ジメチル−２，６−ジオキソ−シクロヘキサ−１−イリデン）エチル）−Ｌ−オルニチン；（Ｎδ−４−メチルトリチル）−Ｄ−オルニチン；（Ｎδ−４−メチルトリチル）−Ｌ−オルニチン；Ｄ−オルニチン；Ｌ−オルニチン；Ａｒｇ（Ｍｅ）（Ｐｂｆ）−ＯＨ；Ａｒｇ（Ｍｅ）_２−ＯＨ（非対称）；Ａｒｇ（Ｍｅ）_２−ＯＨ（対称）；Ｌｙｓ（ｉｖＤｄｅ）−ＯＨ；Ｌｙｓ（Ｍｅ）_２−ＯＨ・ＨＣｌ；Ｌｙｓ（Ｍｅ_３）−ＯＨクロリド；Ｎω−ニトロ−Ｄ−アルギニン；およびＮω−ニトロ−Ｌ−アルギニン。

[0062] アミノ酸アナログには、アスパラギン酸またはグルタミン酸のアナログが含まれる。アスパラギン酸およびグルタミン酸のアミノ酸アナログの例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：α−メチル−Ｄ−アスパラギン酸；α−メチル−グルタミン酸；α−メチル−Ｌ−アスパラギン酸；γ−メチレン−グルタミン酸；（Ｎ−γ−エチル）−Ｌ−グルタミン；［Ｎ−α−（４−アミノベンゾイル）］−Ｌ−グルタミン酸；２，６−ジアミノピメリン酸；Ｌ−α−アミノスベリン酸；Ｄ−２−アミノアジピン酸；Ｄ−α−アミノスベリン酸；α−アミノピメリン酸；イミノ二酢酸；Ｌ−２−アミノアジピン酸；トレオ−β−メチル−アスパラギン酸；γ−カルボキシ−Ｄ−グルタミン酸 γ，γ−ジ−ｔ−ブチルエステル；γ−カルボキシ−Ｌ−グルタミン酸 γ，γ−ジ−ｔ−ブチルエステル；Ｇｌｕ（ＯＡｌｌ）−ＯＨ；Ｌ−Ａｓｕ（ＯｔＢｕ）−ＯＨ；およびピログルタミン酸。

[0063] アミノ酸アナログには、システインおよびメチオニンのアナログが含まれる。システインおよびメチオニンのアミノ酸アナログの例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：Ｃｙｓ（ファルネシル）−ＯＨ、Ｃｙｓ（ファルネシル）−ＯＭｅ、α−メチル−メチオニン、Ｃｙｓ（２−ヒドロキシエチル）−ＯＨ、Ｃｙｓ（３−アミノプロピル）−ＯＨ、２−アミノ−４−（エチルチオ）酪酸、ブチオニン、ブチオニンスルホキシイミン、エチオニン、メチオニンメチルスルホニウムクロリド、セレノメチオニン、システイン酸、［２−（４−ピリジル）エチル］−ＤＬ−ペニシラミン、［２−（４−ピリジル）エチル］−Ｌ−システイン、４−メトキシベンジル−Ｄ−ペニシラミン、４−メトキシベンジル−Ｌ−ペニシラミン、４−メチルベンジル−Ｄ−ペニシラミン、４−メチルベンジル−Ｌ−ペニシラミン、ベンジル−Ｄ−システイン、ベンジル−Ｌ−システイン、ベンジル−ＤＬ−ホモシステイン、カルバモイル−Ｌ−システイン、カルボキシエチル−Ｌ−システイン、カルボキシメチル−Ｌ−システイン、ジフェニルメチル−Ｌ−システイン、エチル−Ｌ−システイン、メチル−Ｌ−システイン、ｔ−ブチル−Ｄ−システイン、トリチル−Ｌ−ホモシステイン、トリチル−Ｄ−ペニシラミン、シスタチオニン、ホモシスチン、Ｌ−ホモシスチン、（２−アミノエチル）−Ｌ−システイン、セレノ−Ｌ−シスチン、シスタチオニン、Ｃｙｓ（ＳｔＢｕ）−ＯＨ、およびアセトアミドメチル−Ｄ−ペニシラミン。

[0064] アミノ酸アナログには、フェニルアラニンおよびチロシンのアナログが含まれる。フェニルアラニンおよびチロシンのアミノ酸アナログの例には下記のものが含まれる：β−メチル−フェニルアラニン、β−ヒドロキシフェニルアラニン、α−メチル−３−メトキシ−ＤＬ−フェニルアラニン、α−メチル−Ｄ−フェニルアラニン、α−メチル−Ｌ−フェニルアラニン、１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリン−３−カルボン酸、２，４−ジクロロ−フェニルアラニン、２−（トリフルオロメチル）−Ｄ−フェニルアラニン、２−（トリフルオロメチル）−Ｌ−フェニルアラニン、２−ブロモ−Ｄ−フェニル
アラニン、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、２−クロロ−Ｄ−フェニルアラニン、２−クロロ−Ｌ−フェニルアラニン、２−シアノ−Ｄ−フェニルアラニン、２−シアノ−Ｌ−フェニルアラニン、２−フルオロ−Ｄ−フェニルアラニン、２−フルオロ−Ｌ−フェニルアラニン、２−メチル−Ｄ−フェニルアラニン、２−メチル−Ｌ−フェニルアラニン、２−ニトロ−Ｄ−フェニルアラニン、２−ニトロ−Ｌ−フェニルアラニン、２；４；５−トリヒドロキシ−フェニルアラニン、３，４，５−トリフルオロ−Ｄ−フェニルアラニン、３，４，５−トリフルオロ−Ｌ−フェニルアラニン、３，４−ジクロロ−Ｄ−フェニルアラニン、３，４−ジクロロ−Ｌ−フェニルアラニン、３，４−ジフルオロ−Ｄ−フェニルアラニン、３，４−ジフルオロ−Ｌ−フェニルアラニン、３，４−ジヒドロキシ−Ｌ−フェニルアラニン、３，４−ジメトキシ−Ｌ−フェニルアラニン、３，５，３’−トリヨード−Ｌ−チロニン、３，５−ジヨード−Ｄ−チロシン、３，５−ジヨード−Ｌ−チロシン、３，５−ジヨード−Ｌ−チロニン、３−（トリフルオロメチル）−Ｄ−フェニルアラニン、３−（トリフルオロメチル）−Ｌ−フェニルアラニン、３−アミノ−Ｌ−チロシン、３−ブロモ−Ｄ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−クロロ−Ｄ−フェニルアラニン、３−クロロ−Ｌ−フェニルアラニン、３−クロロ−Ｌ−チロシン、３−シアノ−Ｄ−フェニルアラニン、３−シアノ−Ｌ−フェニルアラニン、３−フルオロ−Ｄ−フェニルアラニン、３−フルオロ−Ｌ−フェニルアラニン、３−フルオロ−チロシン、３−ヨード−Ｄ−フェニルアラニン、３−ヨード−Ｌ−フェニルアラニン、３−ヨード−Ｌ−チロシン、３−メトキシ−Ｌ−チロシン、３−メチル−Ｄ−フェニルアラニン、３−メチル−Ｌ−フェニルアラニン、３−ニトロ−Ｄ−フェニルアラニン、３−ニトロ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ニトロ−Ｌ−チロシン、４−（トリフルオロメチル）−Ｄ−フェニルアラニン、４−（トリフルオロメチル）−Ｌ−フェニルアラニン、４−アミノ−Ｄ−フェニルアラニン、４−アミノ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ベンゾイル−Ｄ−フェニルアラニン、４−ベンゾイル−Ｌ−フェニルアラニン、４−ビス（２−クロロエチル）アミノ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｄ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−クロロ−Ｄ−フェニルアラニン、４−クロロ−Ｌ−フェニルアラニン、４−シアノ−Ｄ−フェニルアラニン、４−シアノ−Ｌ−フェニルアラニン、４−フルオロ−Ｄ−フェニルアラニン、４−フルオロ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ヨード−Ｄ−フェニルアラニン、４−ヨード−Ｌ−フェニルアラニン、ホモフェニルアラニン、チロキシン、３，３−ジフェニルアラニン、チロニン、エチル−チロシン、およびメチル−チロシン。

[0065] アミノ酸アナログには、プロリンのアナログが含まれる。プロリンのアミノ酸アナログの例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：３，４−デヒドロ−プロリン、４−フルオロ−プロリン、ｃｉｓ−４−ヒドロキシ−プロリン、チアゾリジン−２−カルボン酸、およびｔｒａｎｓ−４−フルオロ−プロリン。

[0066] アミノ酸アナログには、セリンおよびトレオニンのアナログが含まれる。セリンおよびトレオニンのアミノ酸アナログの例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：３−アミノ−２−ヒドロキシ−５−メチルヘキサン酸、２−アミノ−３−ヒドロキシ−４−メチルペンタン酸、２−アミノ−３−エトキシブタン酸、２−アミノ−３−メトキシブタン酸、４−アミノ−３−ヒドロキシ−６−メチルヘプタン酸、２−アミノ−３−ベンジルオキシプロピオン酸、２−アミノ−３−ベンジルオキシプロピオン酸、２−アミノ−３−エトキシプロピオン酸、４−アミノ−３−ヒドロキシブタン酸、およびα−メチルセリン。

[0067] アミノ酸アナログには、トリプトファンのアナログが含まれる。トリプトファンのアミノ酸アナログの例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：α−メチル−トリプトファン；β−（３−ベンゾチエニル）−Ｄ−アラニン；β−（３−ベンゾチエニル）−Ｌ−アラニン；１−メチル−トリプトファン；４−メチル−トリプトファン
；５−ベンジルオキシ−トリプトファン；５−ブロモ−トリプトファン；５−クロロ−トリプトファン；５−フルオロ−トリプトファン；５−ヒドロキシ−トリプトファン；５−ヒドロキシ−Ｌ−トリプトファン；５−メトキシ−トリプトファン；５−メトキシ−Ｌ−トリプトファン；５−メチル−トリプトファン；６−ブロモ−トリプトファン；６−クロロ−Ｄ−トリプトファン；６−クロロ−トリプトファン；６−フルオロ−トリプトファン；６−メチル−トリプトファン；７−ベンジルオキシ−トリプトファン；７−ブロモ−トリプトファン；７−メチル−トリプトファン；Ｄ−１，２，３，４−テトラヒドロ−ノルハルマン−３−カルボン酸；６−メトキシ−１，２，３，４−テトラヒドロノルハルマン−１−カルボン酸；７−アザトリプトファン；Ｌ−１，２，３，４−テトラヒドロ−ノルハルマン−３−カルボン酸；５−メトキシ−２−メチル−トリプトファン；および６−クロロ−Ｌ−トリプトファン。

[0068] 一部の態様において、アミノ酸アナログはラセミ体である。一部の態様において、アミノ酸アナログのＤ異性体が用いられる。一部の態様において、アミノ酸アナログのＬ異性体が用いられる。他の態様において、アミノ酸アナログはＲまたはＳ立体配置であるキラル中心を含む。さらに他の態様において、β−アミノ酸アナログのアミノ基（単数または複数）を、保護基、例えばｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニル（ＢＯＣ基）、９−フルオレニルメチルオキシカルボニル（ＦＭＯＣ）、トシル等で置換する。さらに他の態様において、β−アミノ酸アナログのカルボン酸官能基を、例えばそのエステル誘導体として保護する。一部の態様において、アミノ酸アナログの塩が用いられる。

[0069] “非必須”アミノ酸残基は、ポリペプチドの野生型配列からその本質的な生物学的または生化学的活性（例えば受容体の結合または活性化）を消失させる、または実質的に変化させることなく変化させることができる残基である。“必須”アミノ酸残基は、そのポリペプチドの野生型配列から変化させた場合に結果的にそのポリペプチドの本質的な生物学的または生化学的活性の消失または実質的な消失をもたらす残基である。

[0070] “保存的アミノ酸置換”は、アミノ酸残基を類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えるアミノ酸置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当技術分野で定められている。これらのファミリーには、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ｋ、Ｒ、Ｈ）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ｄ、Ｅ）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ｇ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｙ、Ｃ）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｐ、Ｆ、Ｍ、Ｗ）、ベータ−分枝側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ｔ、Ｖ、Ｉ）、および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ｈ）が含まれる。従って、例えばポリペプチド中の予測される非必須アミノ酸残基を、同じ側鎖ファミリーからの別のアミノ酸残基で置き換える。許容可能な置換の他の例は、等配電子的（ｉｓｏｓｔｅｒｉｃ）考慮（例えば、メチオニンの代わりにノルロイシン）または他の特性（例えば、フェニルアラニンの代わりに２−チエニルアラニン、またはトリプトファンの代わりに６−Ｃｌ−トリプトファン）に基づく置換である。

[0071] 用語“キャッピング基”は、主題ペプチドミメティック大環状化合物のポリペプチド鎖のカルボキシ末端またはアミノ末端のどちらかに存在する化学的部分を指す。カルボキシ末端のキャッピング基には、非修飾カルボン酸（すなわち−ＣＯＯＨ）、または置換基を有するカルボン酸が含まれる。例えば、カルボキシ末端をアミノ基で置換して、Ｃ末端においてカルボキサミドを生成することができる。多様な置換基には、第一級および第二級アミン（ペグ化第二級アミンが含まれる）が含まれるが、これらに限定されない。Ｃ末端に関する代表的な第二級アミンキャッピング基には下記のものが含まれる。

[0072] アミノ末端のキャッピング基には、非修飾アミン（すなわち−ＮＨ_２）、または置換基を有するアミンが含まれる。例えば、アミノ末端をアシル基で置換して、Ｎ末端においてカルボキサミドを生成することができる。多様な置換基には、置換されたアシル基（Ｃ_１〜Ｃ_６カルボニル、Ｃ_７〜Ｃ_３０カルボニルが含まれる）およびペグ化カルバメートが含まれるが、これらに限定されない。Ｎ末端に関する代表的なキャッピング基には４−ＦＢｚｌ（４−フルオロ−ベンジル）および下記のものが含まれるが、これらに限定されない。

[0073] 用語“員（ｍｅｍｂｅｒ）”は、本明細書で大環状化合物または大員環形成リンカーと合わせて用いられる際、大員環を形成している、または形成することができる原子を指し、置換基または側鎖原子を除外する。類似により、シクロデカン、１，２−ジフルオロ−デカンおよび１，３−ジメチルシクロデカンは、水素もしくはフルオロ置換基またはメチル側鎖は大員環の形成に参加しないため、全て１０員の大環状化合物とみなされる。

[0074] 記号“

”は、分子構造の一部として用いられる場合、単結合またはｔｒａｎｓもしくはｃｉｓ二重結合を指す。

[0075] 用語“アミノ酸側鎖”は、アミノ酸中のα−炭素（または別の主鎖原子）に結合した部分を指す。例えば、アラニンに関するアミノ酸側鎖はメチルであり、フェニルアラニンに関するアミノ酸側鎖はフェニルメチルであり、システインに関するアミノ酸側鎖はチオメチルであり、アスパラギン酸に関するアミノ酸側鎖はカルボキシメチルであり、チロシンに関するアミノ酸側鎖は４−ヒドロキシフェニルメチルである、等。他の非天然存在アミノ酸側鎖、例えば天然において生じるアミノ酸側鎖（例えば、アミノ酸代謝産物
）または合成により作られるアミノ酸側鎖（例えば、α，αジ置換アミノ酸）も含まれる。

[0076] 用語“α，αジ置換アミノ酸”は、２つの天然または非天然アミノ酸側鎖に結合している炭素（α−炭素）に結合したアミノ基およびカルボキシル基の両方を含有する分子または部分を指す。

[0077] 用語“ポリペプチド”は、共有結合（例えば、アミド結合）により連結された２個以上の天然または非天然存在アミノ酸を包含する。本明細書で記載されるようなポリペプチドには、完全長タンパク質（例えば、完全にプロセシングされたタンパク質）ならびにより短いアミノ酸配列（例えば、天然存在タンパク質の断片または合成ポリペプチド断片）が含まれる。

[0078] 用語“最初のＣ末端アミノ酸”は、Ｃ末端に最も近いアミノ酸を指す。用語“２番目のＣ末端アミノ酸”は、最初のＣ末端アミノ酸のＮ末端に結合しているアミノ酸を指す。

[0079] 用語“大環状化試薬（ｍａｃｒｏｃｙｃｌｉｚａｔｉｏｎｒｅａｇｅｎｔ）”または“大員環形成試薬”は、本明細書で用いられる際、２つの反応性基の間の反応を媒介することによりペプチドミメティック大環状化合物を調製するために用いることができるあらゆる試薬を指す。反応性基は、例えばアジドおよびアルキンであることができ、その場合、大環状化試薬には、限定ではなく、Ｃｕ試薬、例えば反応性Ｃｕ（Ｉ）種を供給する試薬、例えばＣｕＢｒ、ＣｕＩまたはＣｕＯＴｆ、ならびに還元剤、例えばアスコルビン酸またはアスコルビン酸ナトリウムの添加によりその場で活性なＣｕ（Ｉ）試薬に変換することができるＣｕ（ＩＩ）塩、例えばＣｕ（ＣＯ_２ＣＨ_３）_２、ＣｕＳＯ_４、およびＣｕＣｌ_２が含まれる。大環状化試薬には、さらに例えば、反応性Ｒｕ（ＩＩ）を供給することができる当技術分野で既知のＲｕ試薬、例えばＣｐ^＊ＲｕＣｌ（ＰＰｈ_３）_２、［Ｃｐ^＊ＲｕＣｌ］_４または他のＲｕ試薬が含まれ得る。他の場合において、その反応性基は末端オレフィンである。そのような態様において、その大環状化試薬または大員環形成試薬はメタセシス触媒であり、これには安定化された後周期遷移金属カルベン錯体触媒、例えばＶＩＩＩ属遷移金属カルベン触媒が含まれるが、これらに限定されない。例えば、そのような触媒は、＋２酸化状態、１６の電子数を有し、５配位した、ＲｕおよびＯｓ金属中心である。他の例では、触媒はＷまたはＭｏ中心を有する。多様な触媒が下記の文献で開示されている：Grubbs et al., “Ring Closing Metathesis and Related Processes in Organic Synthesis” Acc. Chem. Res. 1995, 28, 446-452、米国特許第５，８
１１，５１５号；米国特許第７，９３２，３９７号；米国特許出願公開第２０１１／００６５９１５号；米国特許出願公開第２０１１／０２４５４７７号；Yu et al., “Synthesis of Macrocyclic Natural Products by Catalyst-Controlled Stereoselective Ring-Closing Metathesis”, Nature 2011, 479, 88；およびPeryshkov et al., “Z-Selective
Olefin Metathesis Reactions Promoted by Tungsten Oxo Alkylidene Complexes”, J.
Am. Chem. Soc. 2011, 133, 20754。さらに他の場合において、その反応性基はチオール基である。そのような態様において、その大環状化試薬は、例えば２つのチオール反応性基、例えばハロゲン基で官能化されたリンカーである。

[0080] 用語“ハロ”または“ハロゲン”は、フッ素、塩素、臭素もしくはヨウ素、またはそのラジカルを指す。

[0081] 用語“アルキル”は、示された数の炭素原子を含有する、直鎖または分枝鎖である炭化水素鎖を指す。例えば、Ｃ_１〜Ｃ_１０はその基が１個から１０個まで（１個および１０個を含む）の炭素原子をその中に有することを示す。数値表記が一切ない場合、“
アルキル”は１〜２０個（１個および２０個を含む）の炭素原子をその中に有する鎖（直鎖または分枝鎖）である。

[0082] 用語“アルキレン”は、二価アルキル（すなわち、−Ｒ−）を指す。

[0083] 用語“アルケニル”は、１個以上の炭素−炭素二重結合を有する直鎖または分枝鎖である炭化水素鎖を指す。アルケニル部分は、示された数の炭素原子を含有する。例えば、Ｃ_２〜Ｃ_１０はその基が２個から１０個まで（２個および１０個を含む）の炭素原子をその中に有することを示す。用語“低級アルケニル”は、Ｃ_２〜Ｃ_６アルケニル鎖を指す。数値表記が一切ない場合、“アルケニル”は２〜２０個（２個および２０個を含む）の炭素原子をその中に有する鎖（直鎖または分枝鎖）である。

[0084] 用語“アルキニル”は、１個以上の炭素−炭素三重結合を有する直鎖または分枝鎖である炭化水素鎖を指す。アルキニル部分は、示された数の炭素原子を含有する。例えば、Ｃ_２〜Ｃ_１０はその基が２個から１０個まで（２個および１０個を含む）の炭素原子をその中に有することを示す。用語“低級アルキニル”は、Ｃ_２〜Ｃ_６アルキニル鎖を指す。数値表記が一切ない場合、“アルキニル”は２〜２０個（２個および２０個を含む）の炭素原子をその中に有する鎖（直鎖または分枝鎖）である。

[0085] 用語“アリール”は６炭素単環式または１０炭素二環式の芳香族環系を指し、ここで各環の０、１、２、３または４個の原子が置換基により置換されている。アリール基の例にはフェニル、ナフチル等が含まれる。用語“アリールアルコキシ”は、アリールで置換されたアルコキシを指す。

[0086] “アリールアルキル”は、上記で定義したようなアリール基であって、そのアリール基の水素原子の１個が上記で定義したようなＣ_１〜Ｃ_５アルキル基で置き換えられているアリール基を指す。アリールアルキル基の代表例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：２−メチルフェニル、３−メチルフェニル、４−メチルフェニル、２−エチルフェニル、３−エチルフェニル、４−エチルフェニル、２−プロピルフェニル、３−プロピルフェニル、４−プロピルフェニル、２−ブチルフェニル、３−ブチルフェニル、４−ブチルフェニル、２−ペンチルフェニル、３−ペンチルフェニル、４−ペンチルフェニル、２−イソプロピルフェニル、３−イソプロピルフェニル、４−イソプロピルフェニル、２−イソブチルフェニル、３−イソブチルフェニル、４−イソブチルフェニル、２−ｓｅｃ−ブチルフェニル、３−ｓｅｃ−ブチルフェニル、４−ｓｅｃ−ブチルフェニル、２−ｔ−ブチルフェニル、３−ｔ−ブチルフェニルおよび４−ｔ−ブチルフェニル。

[0087] “アリールアミド”は、上記で定義したようなアリール基であって、そのアリール基の水素原子の１個が１個以上の−Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２基で置き換えられているアリール基を指す。アリールアミド基の代表例には、２−Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２−フェニル、３−Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２−フェニル、４−Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２−フェニル、２−Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２−ピリジル、３−Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２−ピリジル、および４−Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２−ピリジルが含まれる。

[0088] “アルキル複素環”は、上記で定義したようなＣ_１〜Ｃ_５アルキル基であって、そのＣ_１〜Ｃ_５アルキル基の水素原子の１個が複素環で置き換えられているＣ_１〜Ｃ_５アルキル基を指す。アルキル複素環基の代表例には、−ＣＨ_２ＣＨ_２−モルホリン、−ＣＨ_２ＣＨ_２−ピペリジン、−ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２−モルホリン、および−ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２−イミダゾールが含まれるが、これらに限定されない。

[0089] “アルキルアミド”は、上記で定義したようなＣ_１〜Ｃ_５アルキル基であって
、そのＣ_１〜Ｃ_５アルキル基の水素原子の１個が−Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２基で置き換えられているＣ_１〜Ｃ_５アルキル基を指す。アルキルアミド基の代表例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：−ＣＨ_２−Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２、−ＣＨ_２ＣＨ_２−Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２、−ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２、−ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２、−ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２、−ＣＨ_２ＣＨ（Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２）ＣＨ_３、−ＣＨ_２ＣＨ（Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２）ＣＨ_２ＣＨ_３、−ＣＨ（Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２）ＣＨ_２ＣＨ_３、−Ｃ（ＣＨ_３）_２ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２、−ＣＨ_２−ＣＨ_２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−ＣＨ_３、−ＣＨ_２−ＣＨ_２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−ＣＨ_３−ＣＨ_３、および−ＣＨ_２−ＣＨ_２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−ＣＨ＝ＣＨ_２。

[0090] “アルカノール”は、上記で定義したようなＣ_１〜Ｃ_５アルキル基であって、そのＣ_１〜Ｃ_５アルキル基の水素原子の１個がヒドロキシル基で置き換えられているＣ_１〜Ｃ_５アルキル基を指す。アルカノール基の代表例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：−ＣＨ_２ＯＨ、−ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ、−ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ、−ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ、−ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ、−ＣＨ_２ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ_３、−ＣＨ_２ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ_２ＣＨ_３、−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ_３および−Ｃ（ＣＨ_３）_２ＣＨ_２ＯＨ。

[0091] “アルキルカルボキシ”は、上記で定義したようなＣ_１〜Ｃ_５アルキル基であって、そのＣ_１〜Ｃ_５アルキル基の水素原子の１個が−ＣＯＯＨ基で置き換えられているＣ_１〜Ｃ_５アルキル基を指す。アルキルカルボキシ基の代表例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：−ＣＨ_２ＣＯＯＨ、−ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＯＯＨ、−ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＯＯＨ、−ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＯＯＨ、−ＣＨ_２ＣＨ（ＣＯＯＨ）ＣＨ_３、−ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＯＯＨ、−ＣＨ_２ＣＨ（ＣＯＯＨ）ＣＨ_２ＣＨ_３、−ＣＨ（ＣＯＯＨ）ＣＨ_２ＣＨ_３および−Ｃ（ＣＨ_３）_２ＣＨ_２ＣＯＯＨ。

[0092] 用語“シクロアルキル”には、本明細書で用いられる際、３〜１２個の炭素、好ましくは３〜８個の炭素、より好ましくは３〜６個の炭素を有する飽和および部分不飽和環状炭化水素基が含まれ、ここでそのシクロアルキル基はさらに場合により置換されている。いくつかのシクロアルキル基には、限定ではなく、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、およびシクロオクチルが含まれる。

[0093] 用語“ヘテロアリール”は、単環式の場合１〜３個のヘテロ原子、二環式の場合１〜６個のヘテロ原子、または三環式の場合１〜９個のヘテロ原子を有する、芳香族の５〜８員単環式、８〜１２員二環式、または１１〜１４員三環式の環系を指し、前記のヘテロ原子はＯ、ＮまたはＳから選択され（例えば、炭素原子、および単環式、二環式または三環式の場合それぞれ１〜３、１〜６または１〜９個のＯ、ＮまたはＳのヘテロ原子）、ここで各環の０、１、２、３または４個の原子が置換基により置換されている。ヘテロアリール基の例には、ピリジル、フリルまたはフラニル、イミダゾリル、ベンズイミダゾリル、ピリミジニル、チオフェニルまたはチエニル、キノリニル、インドリル、チアゾリル等が含まれる。

[0094] 用語“ヘテロアリールアルキル”または用語“ヘテロアラルキル”は、ヘテロアリールで置換されたアルキルを指す。用語“ヘテロアリールアルコキシ”は、ヘテロアリールで置換されたアルコキシを指す。

[0095] 用語“ヘテロアリールアルキル”または用語“ヘテロアラルキル”は、ヘテロアリールで置換されたアルキルを指す。用語“ヘテロアリールアルコキシ”は、ヘテロアリールで置換されたアルコキシを指す。

[0096] 用語“ヘテロシクリル”は、単環式の場合１〜３個のヘテロ原子、二環式の場合１〜６個のヘテロ原子、または三環式の場合１〜９個のヘテロ原子を有する、非芳香族の５〜８員単環式、８〜１２員二環式、または１１〜１４員三環式の環系を指し、前記のヘテロ原子はＯ、ＮまたはＳから選択され（例えば、炭素原子、および単環式、二環式または三環式の場合それぞれ１〜３、１〜６または１〜９個のＯ、ＮまたはＳのヘテロ原子）、ここで各環の０、１、２または３個の原子が置換基により置換されている。ヘテロシクリル基の例には、ピペラジニル、ピロリジニル、ジオキサニル、モルホリニル、テトラヒドロフラニル等が含まれる。

[0097] 用語“置換基”は、あらゆる分子、化合物または部分上の第２の原子または基、例えば水素原子に置き換わる基を指す。適切な置換基には、限定ではなく、ハロ、ヒドロキシ、メルカプト、オキソ、ニトロ、ハロアルキル、アルキル、アルカリール（ａｌｋａｒｙｌ）、アリール、アラルキル、アルコキシ、チオアルコキシ、アリールオキシ、アミノ、アルコキシカルボニル、アミド、カルボキシ、アルカンスルホニル、アルキルカルボニル、およびシアノ基が含まれる。

[0001] 一部の態様において、本明細書で開示される化合物は１個以上の不斉中心を含有し、従ってラセミ体およびラセミ混合物、単一の鏡像異性体、個々のジアステレオマーおよびジアステレオマー混合物として存在する。別途明記しない限り、これらの化合物の全てのそのような異性型が含まれる。一部の態様において、本明細書で開示される化合物は多数の互変異性型でも表され、そのような場合、その化合物には本明細書で記載される化合物の全ての互変異性型が含まれる（例えば、環系のアルキル化が結果として多数の部位におけるアルキル化をもたらす場合、本発明には全てのそのような反応生成物が含まれる）。別途明記しない限り、そのような化合物の全てのそのような異性型が含まれる。別途明記しない限り、本明細書で記載される化合物の全ての結晶形態が含まれる。

[0098] 本明細書で用いられる際、用語“増大させる”および“減少させる”は、それぞれ少なくとも５％の統計的に有意な（すなわち、ｐ＜０．１）増大または減少を引き起こすことを意味する。

[0099] 本明細書で用いられる際、変数に関する数値範囲の列挙は、その変数がその範囲内の値のいずれかと等しいことを伝えることを意図している。従って、本質的に不連続である変数に関して、その変数はその数値範囲（その範囲の終点を含む）内のいずれかの整数値に等しい。同様に、本質的に連続的である変数に関して、その変数はその数値範囲（その範囲の終点を含む）内のいずれかの実数値に等しい。一例として、限定ではなく、０〜２の値を有すると記載されている変数は、その変数が本質的に不連続である場合は０、１または２の値をとり、その変数が本質的に連続的である場合は０．０、０．１、０．０１、０．００１の値、または≧０かつ≦２であるあらゆる他の実数値をとる。

[00100] 本明細書で用いられる際、別途具体的に示さない限り、語“または”は包含
的な“および／または”の意味で用いられており、排他的な“どちらか／または”の意味では用いられていない。

[00101] 用語“平均して”は、各データ点に関して少なくとも３つの独立した反復（
ｒｅｐｌｉｃａｔｅｓ）を実施することから得られた平均値を表す。

[00102] 用語“生物活性”は、大環状化合物の構造的および機能的特性を包含する。
生物活性は、例えば構造安定性、アルファ−ヘリックス性、標的に関する親和性、タンパク質分解性の分解に対する抵抗性、細胞透過性、細胞内安定性、インビボ安定性、または
それらのあらゆる組み合わせである。

[00103] 用語“結合親和性”は、例えばペプチドミメティック大環状化合物および標
的の間の結合相互作用の強さを指す。結合親和性は、例えば平衡解離定数（“Ｋ_Ｄ”）として表すことができ、それは濃度の尺度である単位（例えばＭ、ｍＭ、μＭ、ｎＭ等）で表される。数値的には、結合親和性およびＫ_Ｄ値は、より低い結合親和性がより高いＫ_Ｄ値に対応し、一方でより高い結合親和性がより低いＫ_Ｄ値に対応するように、逆に変動する。高い結合親和性が望ましい場合、“向上した”結合親和性はより高い結合親和性、従ってより低いＫ_Ｄ値を指す。

[00104] 用語“インビトロ有効性”は、被験化合物、例えばペプチドミメティック大
環状化合物がインビトロの試験系またはアッセイにおいて有益な結果をもたらす程度を指す。インビトロ有効性は、例えば“ＩＣ_５０”または“ＥＣ_５０”の値として測定することができ、それはその試験系における最大の作用の５０％をもたらすその被験化合物の濃度を表す。

[00105] 用語“インビトロ有効性の比率”または“インビトロ有効性比率”は、第１
のアッセイからのＩＣ_５０またはＥＣ_５０値（分子）対第２のアッセイからのＩＣ_５０またはＥＣ_５０値（分母）の比率を指す。従って、向上したアッセイ１対アッセイ２に関するインビトロ有効性比率は、ＩＣ_５０（アッセイ１）／ＩＣ_５０（アッセイ２）として、あるいはＥＣ_５０（アッセイ１）／ＥＣ_５０（アッセイ２）として表される比率に関するより低い値を指す。この概念はアッセイ１対アッセイ２における“向上した選択性”として特性付けることもでき、それは標的１に関するＩＣ_５０もしくはＥＣ_５０値における減少または標的２に関するＩＣ_５０もしくはＥＣ_５０値に関する値における増大のどちらによることもできる。

[00106] 本発明の１以上の特定の態様の詳細を添付の図面および以下の記載において
述べる。本発明の他の特徴、目的、および利点は、その記載および図面から、ならびに特許請求の範囲から明らかであろう。

ペプチドミメティック大環状化合物
[00107] 一部の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は式（Ｉ）を有す
る：

［式中：
それぞれのＡ、Ｃ、Ｄ、およびＥは独立してアミノ酸（天然または非天然アミノ酸、およびアミノ酸アナログが含まれる）であり、末端のＤおよびＥには独立して場合によりキャッピング基が含まれ；
Ｂはアミノ酸（天然または非天然アミノ酸、およびアミノ酸アナログが含まれる）、

、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＳＯ_２−］、または［−ＮＨ−Ｌ_３−］であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、またはハロ−で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
Ｌは式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖおよびｗは独立して１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｕは１〜１０、例えば１〜５、１〜３または１〜２の整数であり；
ｘ、ｙおよびｚは独立して０〜１０の整数であり、例えばｘ＋ｙ＋ｚの和は２、３、または６であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。

[00108] 一部の態様において、ｖおよびｗは１〜３０の整数である。一部の態様にお
いて、ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数である。一部の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの和は３または６である。一部の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの和は３である。他の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの和は６である。

[00109] 一部の態様において、次式のペプチドミメティック大環状化合物も提供され
る：

[00110] 一部の態様において、ｖおよびｗは１〜３０の整数である。一部の態様にお
いて、ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数である。一部の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの和は３または６である。一部の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの和は３である。他の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの和は６である。

[00111] 本明細書で記載される式のいずれかの一部の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａ
ａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも４つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも５つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも６つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも７つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。

[00112] 一部の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は次式を有する：

［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤは独立してアミノ酸であり；
それぞれのＥは独立してアミノ酸、例えばＡｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。

[00113] 上記の式の一部の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７
、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。上記の式の他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも４つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。上記の式の他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも５つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。上記の式
の他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも６つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。上記の式の他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも７つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。

[00114] 一部の態様において、wは３〜１０、例えば３〜６、３〜８、６〜８、または６〜１０の整数である。一部の態様において、ｗは３である。他の態様において、ｗは６である。一部の態様において、ｖは１〜１０、例えば２〜５の整数である。一部の態様において、ｖは２である。

[00115] 本明細書で記述される式のいずれかの１態様において、Ｌ_１およびＬ_２は、
単独または組み合わせのどちらでも、トリアゾールもチオエーテルも形成しない。

[00116] １例において、Ｒ_１およびＲ_２の少なくとも１つはアルキルであり、置換さ
れていないか、またはハロ−で置換されている。別の例において、Ｒ_１およびＲ_２の両方が独立してアルキルであり、置換されていないか、またはハロ−で置換されている。一部の態様において、Ｒ_１およびＲ_２の少なくとも１つはメチルである。他の態様において、Ｒ_１およびＲ_２はメチルである。

[00117] 一部の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも３である。他の態様において
、ｘ＋ｙ＋ｚは１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である。一部の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの和は３または６である。一部の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの和は３である。他の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの和は６である。大環状化合物または大環状化合物前駆体中のＡ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥのそれぞれの存在は独立して選択される。例えば、ｘが３である場合の式［Ａ］_ｘにより表される配列は、アミノ酸が同一ではない態様（例えばＧｌｎ−Ａｓｐ−Ａｌａ）ならびにアミノ酸が同一である態様（例えばＧｌｎ−Ｇｌｎ−Ｇｌｎ）を包含する。これは示した範囲中のｘ、ｙ、またはｚのあらゆる値に当てはまる。同様に、ｕが１より大きい場合、それぞれの化合物は同じまたは異なるペプチドミメティック大環状化合物を包含することができる。例えば、化合物は異なるリンカーの長さまたは化学組成を含むペプチドミメティック大環状化合物を含むことができる。

[00118] 一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物はα−ヘリッ
クスである二次構造を含み、Ｒ_８は−Ｈであり、これはヘリックス内水素結合を可能にする。一部の態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つはα，α−ジ置換アミノ酸である。１例において、Ｂはα，α−ジ置換アミノ酸である。例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは２−アミノイソ酪酸である。他の態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは

である。

[00119] 他の態様において、第１のＣαから第２のＣαまで測定した場合の大員環形
成リンカーＬの長さは、所望の二次ペプチド構造、例えば第１のＣα〜第２のＣαの残基が含まれるが必ずしもこれに限定されないそのペプチドミメティック大環状化合物の残基により形成されるα−ヘリックスを安定化するように選択される。

[00120] １態様において、式（Ｉ）のペプチドミメティック大環状化合物は下記のも
のであり：

式中、それぞれのＲ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、またはハロ−で置換されている。

[00121] 関連する態様において、式（Ｉ）のペプチドミメティック大環状化合物は下
記のものであり：

式中、Ｒ_１’およびＲ_２’は独立してアミノ酸である。

[00122] 他の態様において、式（Ｉ）のペプチドミメティック大環状化合物は下記に
示す式のいずれかの化合物であり：

式中、“ＡＡ”はいずれかの天然または非天然アミノ酸側鎖を表し、

は上記で定めた［Ｄ］_ｖ、［Ｅ］_ｗであり、ｎは０〜２０、５０、１００、２００、３００、４００または５００の整数である。一部の態様において、ｎは０である。他の態様において、ｎは５０未満である。

[00123] 大員環形成リンカーＬの典型的な態様を下記に示す。

[00124] 他の態様において、式Ｉの化合物中のＤおよび／またはＥは細胞による取込
みを促進するためにさらに修飾されている。一部の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物の脂質付加またはＰＥＧ化は細胞による取込みを促進し、生物学的利用能を増大させ、血液循環を増大させ、薬物動態を変化させ、免疫原性を減少させ、および／または必要とされる投与頻度を減少させる。

[00125] 他の態様において、式Ｉの化合物中の［Ｄ］および［Ｅ］の少なくとも１つ
は追加の大員環形成リンカーを含む部分を表し、従ってそのペプチドミメティック大環状化合物は少なくとも２つの大員環形成リンカーを含む。特定の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は２つの大員環形成リンカーを含む。１態様において、ｕは２である。

[00126] 一部の態様において、本明細書で記載される大員環形成リンカーのいずれか
を、表１、表１ａ、表１ｂ、または表１ｃにおいて示される配列のいずれかとのあらゆる組み合わせで用いることができ、本明細書で示されるＲ−置換基のいずれかとのあらゆる組み合わせでも用いることができる。

[00127] 一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は少なくとも
１つのα−ヘリックスモチーフを含む。例えば、式Ｉの化合物中のＡ、Ｂおよび／またはＣには１つ以上のα−ヘリックスが含まれる。一般的な事柄として、α−ヘリックスにはターンあたり３〜４個のアミノ酸残基が含まれる。一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物のα−ヘリックスには１〜５ターンが含まれ、従って３〜２０個のアミノ酸残基が含まれる。特定の態様において、そのα−ヘリックスには１ターン、２ターン、３ターン、４ターン、または５ターンが含まれる。一部の態様において、その大員環形成リンカーはそのペプチドミメティック大環状化合物内に含まれるα−ヘリックスモチーフを安定化する。従って、一部の態様において、第１のＣαから第２のＣαまでの大員環形成リンカーＬの長さは、α−ヘリックスの安定性を増大させるように選択される。一部の態様において、その大員環形成リンカーはそのα−ヘリックスの１ターンから５ターンまでに及ぶ。一部の態様において、その大員環形成リンカーはそのα−ヘリックスのおおよそ１ターン、２ターン、３ターン、４ターン、または５ターンに及ぶ。一部の態様において、その大員環形成リンカーの長さはそのα−ヘリックスのターンあたりおおよそ５Å〜９Å、またはそのα−ヘリックスのターンあたりおおよそ６Å〜８Åである。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ１ターンに及ぶ場合、その長さはおお
よそ５個の炭素−炭素結合〜１３個の炭素−炭素結合、おおよそ７個の炭素−炭素結合〜１１個の炭素−炭素結合、またはおおよそ９個の炭素−炭素結合に等しい。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ２ターンに及ぶ場合、その長さはおおよそ８個の炭素−炭素結合〜１６個の炭素−炭素結合、おおよそ１０個の炭素−炭素結合〜１４個の炭素−炭素結合、またはおおよそ１２個の炭素−炭素結合に等しい。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ３ターンに及ぶ場合、その長さはおおよそ１４個の炭素−炭素結合〜２２個の炭素−炭素結合、おおよそ１６個の炭素−炭素結合〜２０個の炭素−炭素結合、またはおおよそ１８個の炭素−炭素結合に等しい。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ４ターンに及ぶ場合、その長さはおおよそ２０個の炭素−炭素結合〜２８個の炭素−炭素結合、おおよそ２２個の炭素−炭素結合〜２６個の炭素−炭素結合、またはおおよそ２４個の炭素−炭素結合に等しい。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ５ターンに及ぶ場合、その長さはおおよそ２６個の炭素−炭素結合〜３４個の炭素−炭素結合、おおよそ２８個の炭素−炭素結合〜３２個の炭素−炭素結合、またはおおよそ３０個の炭素−炭素結合に等しい。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ１ターンに及ぶ場合、その連結はおおよそ４原子〜１２原子、おおよそ６原子〜１０原子、またはおおよそ８原子を含有する。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ２ターンに及ぶ場合、その連結はおおよそ７原子〜１５原子、おおよそ９原子〜１３原子、またはおおよそ１１原子を含有する。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ３ターンに及ぶ場合、その連結はおおよそ１３原子〜２１原子、おおよそ１５原子〜１９原子、またはおおよそ１７原子を含有する。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ４ターンに及ぶ場合、その連結はおおよそ１９原子〜２７原子、おおよそ２１原子〜２５原子、またはおおよそ２３原子を含有する。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ５ターンに及ぶ場合、その連結はおおよそ２５原子〜３３原子、おおよそ２７原子〜３１原子、またはおおよそ２９原子を含有する。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ１ターンに及ぶ場合、結果として生じる大環状化合物はおおよそ１７員〜２５員、おおよそ１９員〜２３員、またはおおよそ２１員を含有する環を形成する。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ２ターンに及ぶ場合、結果として生じる大環状化合物はおおよそ２９員〜３７員、おおよそ３１員〜３５員、またはおおよそ３３員を含有する環を形成する。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ３ターンに及ぶ場合、結果として生じる大環状化合物はおおよそ４４員〜５２員、おおよそ４６員〜５０員、またはおおよそ４８員を含有する環を形成する。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ４ターンに及ぶ場合、結果として生じる大環状化合物はおおよそ５９員〜６７員、おおよそ６１員〜６５員、またはおおよそ６３員を含有する環を形成する。その大員環形成リンカーがα−ヘリックスのおおよそ５ターンに及ぶ場合、結果として生じる大環状化合物はおおよそ７４員〜８２員、おおよそ７６員〜８０員、またはおおよそ７８員を含有する環を形成する。

[00128] 他の態様において、式（ＩＶ）または（ＩＶａ）のペプチドミメティック大
環状化合物が提供される：

［式中：
それぞれのＡ、Ｃ、Ｄ、およびＥは独立して天然または非天然アミノ酸であり、末端のＤおよびＥには独立して場合によりキャッピング基が含まれ；
Ｂは天然または非天然アミノ酸、アミノ酸アナログ、

、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＳＯ_２−］、または［−ＮＨ−Ｌ_３−］であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
Ｌは式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
ｖおよびｗは独立して１〜１０００の整数であり；
ｕは１〜１０の整数であり；
ｘ、ｙおよびｚは独立して０〜１０の整数であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。

[00129] １例において、Ｌ_１およびＬ_２は、単独または組み合わせのどちらでも、ト
リアゾールもチオエーテルも形成しない。

[00130] １例において、Ｒ_１およびＲ_２の少なくとも１つはアルキルであり、置換さ
れていないか、またはハロ−で置換されている。別の例において、Ｒ_１およびＲ_２の両方が独立してアルキルであり、置換されていないか、またはハロ−で置換されている。一部の態様において、Ｒ_１およびＲ_２の少なくとも１つはメチルである。他の態様において、Ｒ_１およびＲ_２はメチルである。

[00131] 一部の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも１である。他の態様において
、x+y+zは少なくとも２である。他の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは１、２、３、４、５、
６、７、８、９または１０である。大環状化合物または大環状化合物前駆体中のＡ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥのそれぞれの存在は独立して選択される。例えば、ｘが３である場合の式［Ａ］_ｘにより表される配列は、アミノ酸が同一ではない態様（例えばＧｌｎ−Ａｓｐ−Ａｌａ）ならびにアミノ酸が同一である態様（例えばＧｌｎ−Ｇｌｎ−Ｇｌｎ）を包含する。これは示した範囲中のｘ、ｙ、またはｚのあらゆる値に当てはまる。

[00132] 一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物はα−ヘリッ
クスである二次構造を含み、Ｒ_８は−Ｈであり、これはヘリックス内水素結合を可能にする。一部の態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つはα，α−ジ置換アミノ酸である。１例において、Ｂはα，α−ジ置換アミノ酸である。例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは２−アミノイソ酪酸である。他の態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは

である。

[00133] 他の態様において、第１のＣαから第２のＣαまで測定した場合の大員環形
成リンカーＬの長さは、所望の二次ペプチド構造、例えば第１のＣα〜第２のＣαの残基が含まれるが必ずしもこれに限定されないそのペプチドミメティック大環状化合物の残基により形成されるα−ヘリックスを安定化するように選択される。

[00134] 大員環形成リンカー−Ｌ_１−Ｌ_２−の典型的な態様を下記に示す。

[00135] 別途記載しない限り、あらゆる化合物（ペプチドミメティック大環状化合物
、大環状化合物前駆体、および他の組成物が含まれる）は１個以上の同位体濃縮された原子の存在においてのみ異なる化合物を包含することも意味している。例えば、重水素もしくはトリチウムによる水素の置き換え、または^１３Ｃ−もしくは^１４Ｃ−濃縮された炭素による炭素の置き換えを除いて記載された構造を有する化合物は、この発明の範囲内である。

[00136] 一部の態様において、本明細書で開示される化合物は、そのような化合物を
構成する１個以上の原子において、非天然の割合の原子の同位元素を含有することができる。例えば、その化合物は、例えばトリチウム（^３Ｈ）、ヨウ素−１２５（^１２５Ｉ）または炭素−１４（^１４Ｃ）のような放射性同位元素を用いて放射標識することができる。他の態様において、１個以上の炭素原子をケイ素原子で置き換える。本明細書で開示される化合物の全ての同位体的バリエーションは、放射性であろうとなかろうと、本明細書において意図されている。

ペプチドミメティック大環状化合物の調製
[00137] ペプチドミメティック大環状化合物は、当技術分野で既知の多様な方法のい
ずれかにより調製することができる。例えば、表１、表１ａ、表１ｂ、または表１ｃにおいて“＄”または“＄ｒ８”により示される残基のいずれかを、同じ分子中の第２の残基とクロスリンカーを形成することができる残基またはそのような残基の前駆体で置換することができる。

[00138] ペプチドミメティック大環状化合物の形成をもたらすための多様な方法が当
技術分野で知られている。例えば、式Ｉのペプチドミメティック大環状化合物の調製は、Schafmeister et al., J. Am. Chem. Soc. 122:5891-5892 (2000); Schafmeister & Verdine, J. Am. Chem. Soc. 122:5891 (2005); Walensky et al., Science 305:1466-1470 (2004);米国特許第７，１９２，７１３号およびＰＣＴ出願国際公開第２００８／１２１７６７号において記載されている。その引用した参考文献において開示されているα,α−
ジ置換アミノ酸およびアミノ酸前駆体を、ペプチドミメティック大環状化合物前駆体ポリペプチドの合成において用いることができる。例えば、“Ｓ５−オレフィンアミノ酸”は（Ｓ）−α−（２’−ペンテニル）アラニンであり、“Ｒ８オレフィンアミノ酸”は（Ｒ）−α−（２’−オクテニル）アラニンである。そのようなアミノ酸の前駆体ポリペプチド中への組み込みの後、その末端オレフィンをメタセシス触媒を用いて反応させて、ペ
プチドミメティック大環状化合物の形成をもたらす。様々な態様において、下記のアミノ酸をペプチドミメティック大環状化合物の合成において用いることができる：

[00139] 他の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は式ＩＶまたは
ＩＶａのものである。そのような大環状化合物の調製のための方法は、例えば米国特許第７，２０２，３３２号において記載されている。

[00140] 適切であると考えられるペプチドミメティック大環状化合物を形成する追加
の方法には、Mustapa, M. Firouz Mohd et al., J. Org. Chem (2003), 68, pp. 8193-8198; Yang, Bin et al. Bioorg Med. Chem. Lett. (2004), 14, pp. 1403-1406；米国特許第５，３６４，８５１号；米国特許第５，４４６，１２８号；米国特許第５，８２４，４８３号；米国特許第６，７１３，２８０号；および米国特許第７，２０２，３３２号により開示されている方法が含まれる。そのような態様において、アルファ位に追加の置換基Ｒ−を含有するアミノ酸前駆体が用いられる。そのようなアミノ酸をその大環状化合物前駆体中に所望の位置において組み込み、それはそのクロスリンカーが置換される位置、あるいはその大環状化合物前駆体の配列中の他の箇所であることができる。次いで示された方法に従って前駆体の環化をもたらす。

アッセイ
[00141] ペプチドミメティック大環状化合物の特性を、例えば下記に記載する方法を
用いることによりアッセイする。一部の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は、本明細書で記載される置換基を欠いた対応するポリペプチドと対比して向上した生物学的特性を有する。

α−ヘリックス性を決定するためのアッセイ
[00142] 溶液中では、α−ヘリックスドメインを有するポリペプチドの二次構造はラ
ンダムコイル構造およびα−ヘリックス構造の間で動的平衡に達すると考えられ、これはしばしば“ヘリックス性パーセント”として表される。従って、例えば、アルファ−ヘリックスドメインは溶液中で主にランダムコイルであり、α−ヘリックス含量は通常は２５％より下である。一方で、最適化されたリンカーを有するペプチドミメティック大環状化合物は、例えば対応する非架橋ポリペプチドのアルファ−ヘリックス性よりも少なくとも２倍大きいアルファ−ヘリックス性を有する。一部の態様において、大環状化合物は５０％より大きいアルファ−ヘリックス性を有するであろう。ペプチドミメティック大環状化合物のヘリックス性をアッセイするために、その化合物を水溶液中で溶解させる（例えば、ｐＨ７の５０ｍＭリン酸カリウム溶液、または蒸留したＨ_２Ｏ、２５〜５０μＭの濃度にする）。円二色性（ＣＤ）スペクトルを、分光偏光計（例えば、ＪａｓｃｏＪ−７１０）上で、標準的な測定パラメーター（例えば、温度２０℃；波長１９０〜２６０ｎｍ；ステップ解像度０．５ｎｍ；速度２０ｎｍ／秒；蓄積（ａｃｃｕｍｕｌａｔｉｏｎｓ）１
０；応答１秒；バンド幅１ｎｍ；経路長（ｐａｔｈｌｅｎｇｔｈ）０．１ｃｍ）を用いて得る。各ペプチドのα−ヘリックス含量を、平均残基楕円率（ｍｅａｎｒｅｓｉｄｕｅｅｌｌｉｐｔｉｃｉｔｙ）（例えば［Φ］２２２ｏｂｓ）をモデルのヘリックス性デカペプチドに関する報告された値で割ることにより計算する(Yang et al. (1986), Methods Enzymol. 130:208)。

融解温度（Ｔｍ）を決定するためのアッセイ
[00143] α−ヘリックスのような二次構造を含むペプチドミメティック大環状化合物
は、例えば対応する非架橋ポリペプチドよりも高い融解温度を示す。典型的には、ペプチドミメティック大環状化合物は６０℃より高いＴｍを示し、これは水溶液中での高度に安定な構造を表す。大員環形成の融解温度への作用をアッセイするため、ペプチドミメティック大環状化合物または非修飾ペプチドを蒸留Ｈ_２Ｏ中で（例えば５０μＭの終温度で）溶解させ、ある温度範囲（例えば４〜９５℃）にわたって分光偏光計（例えばＪａｓｃｏ
Ｊ−７１０）上で標準的なパラメーター（例えば、波長２２２ｎｍ；ステップ解像度０．５ｎｍ；速度２０ｎｍ／秒；蓄積１０；応答１秒；バンド幅１ｎｍ；温度上昇速度：１℃／分；経路長０．１ｃｍ）を用いて楕円率における変化を測定することによりＴｍを決定する。

プロテアーゼ抵抗性アッセイ
[00144] ペプチド主鎖のアミド結合はプロテアーゼによる加水分解を受けやすく、そ
れによりペプチド系化合物をインビボでの急速な分解に弱くする。しかし、ペプチドヘリックス形成は典型的にはアミド主鎖を埋没させ、従ってそれをタンパク質分解性の切断から遮閉することができる。ペプチドミメティック大環状化合物にインビトロでトリプシンタンパク質分解を施して、対応する非架橋ポリペプチドと比較した分解速度におけるあらゆる変化を評価することができる。例えば、そのペプチドミメティック大環状化合物および対応する非架橋ポリペプチドをトリプシンアガロースと共にインキュベートし、その反応を様々な時点で遠心分離により停止し、続いてＨＰＬＣに注入して２８０ｎｍにおける紫外吸収により残留基質を定量化する。簡潔には、そのペプチドミメティック大環状化合物およびペプチドミメティック前駆体（５ｍｃｇ）をトリプシンアガロース（Ｐｉｅｒｃｅ）（Ｓ／Ｅ約１２５）と共に０、１０、２０、９０、および１８０分間インキュベートする。反応を高速での卓上遠心分離により停止し；分離した上清中の残留基質を２８０ｎｍにおけるＨＰＬＣに基づくピーク検出により定量化する。タンパク質分解反応は一次速度論を示し、速度定数ｋをｌｎ［Ｓ］対時間のプロットから決定する（ｋ＝−１×勾配）。

エクスビボ安定性アッセイ
[00145] 最適化されたリンカーを有するペプチドミメティック大環状化合物は、例え
ば対応する非架橋ポリペプチドのエクスビボ半減期よりも少なくとも２倍長いエクスビボ半減期を有し、１２時間以上のエクスビボ半減期を有する。エクスビボ血清安定性試験のために、多様なアッセイを用いることができる。例えば、ペプチドミメティック大環状化合物および対応する非架橋ポリペプチド（２ｍｃｇ）を、新鮮なマウス、ラットおよび／またはヒトの血清（２ｍＬ）と共に３７℃で０、１、２、４、８、および２４時間インキュベートする。未変化の化合物のレベルを決定するために、下記の手順を用いることができる：１００μｌの血清を２ｍｌの遠心チューブに移し、続いて１０μＬの５０％ギ酸および５００μＬのアセトニトリルを添加し、１４，０００ＲＰＭで１０分間、４±２℃において遠心分離することにより、試料を抽出する。次いで上清を新しい２ｍｌチューブに移し、Ｔｕｒｂｏｖａｐ上でＮ_２＜１０ｐｓｉ、３７℃の下で蒸発させる。その試料を１００μＬの５０：５０アセトニトリル：水中で再構成し、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ分析を行なう。

インビトロ結合アッセイ
[00146] 受容体タンパク質に対するペプチドミメティック大環状化合物およびペプチ
ドミメティック前駆体の結合および親和性を評価するために、例えば蛍光偏光アッセイ（ＦＰＡ）が用いられる。ＦＰＡ技法は、偏光および蛍光トレーサーを用いて分子の配向および運動性を測定する。偏光により励起されると、高い見掛け分子量を有する分子に付着した蛍光トレーサー（例えば、ＦＩＴＣ）（例えば、大きいタンパク質に結合したＦＩＴＣ標識ペプチド）は、より小さな分子に付着した蛍光トレーサー（例えば、溶液中で遊離しているＦＩＴＣ標識ペプチド）と比較してそれらの回転速度がより遅いため、より高いレベルの偏光蛍光を発する。

[00147] 例えば、蛍光標識したペプチドミメティック大環状化合物（２５ｎＭ）を受
容体タンパク質（２５〜１０００ｎＭ）と共に結合用緩衝液（１４０ｍＭＮａＣｌ、５０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣＬ、ｐＨ７．４）中で室温において３０分間インキュベートする。結合活性を、例えばルミネセンス分光光度計（例えば、Ｐｅｒｋｉｎ−ＥｌｍｅｒＬＳ５０Ｂ）上で蛍光偏光により測定する。Ｋｄ値は、例えばＧｒａｐｈｐａｄＰｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄＳｏｆｔｗａｒｅ，Ｉｎｃ．，カリフォルニア州サンディエゴ）を用いる非線形回帰分析により決定することができる。ペプチドミメティック大環状化合物は、一部の態様において、対応する非架橋ポリペプチドと類似の、またはより低いＫｄを示す。

ペプチド−タンパク質相互作用のアンタゴニストを特性付けるためのインビトロ置換アッセイ
[00148] ペプチドおよび受容体タンパク質の間の相互作用に拮抗する化合物の結合お
よび親和性を評価するために、例えばペプチドミメティック前駆体配列に由来する蛍光標識したペプチドミメティック大環状化合物を利用する蛍光偏光アッセイ（ＦＰＡ）が用いられる。そのＦＰＡ技法は、偏光および蛍光トレーサーを用いて分子の配向および運動性を測定する。偏光により励起されると、高い見掛け分子量を有する分子に付着した蛍光トレーサー（例えば、ＦＩＴＣ）（例えば、大きいタンパク質に結合したＦＩＴＣ標識ペプチド）は、より小さな分子に付着した蛍光トレーサー（例えば、溶液中で遊離しているＦＩＴＣ標識ペプチド）と比較してそれらの回転速度がより遅いため、より高いレベルの偏光蛍光を発する。蛍光標識したペプチドミメティック大環状化合物および受容体タンパク質の間の相互作用に拮抗する化合物は、競合結合ＦＰＡ実験で検出されるであろう。

[00149] 例えば、推定アンタゴニスト化合物（１ｎＭ〜１ｍＭ）および蛍光標識した
ペプチドミメティック大環状化合物（２５ｎＭ）を受容体タンパク質（５０ｎＭ）と共に結合緩衝液（１４０ｍＭＮａＣｌ、５０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣＬ、ｐＨ７．４）中で室温において３０分間インキュベートする。アンタゴニスト結合活性を、例えば発光分光光度計（例えば、Ｐｅｒｋｉｎ−ＥｌｍｅｒＬＳ５０Ｂ）上で蛍光偏光により測定する。Ｋｄ値は、例えばＧｒａｐｈｐａｄＰｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄＳｏｆｔｗａｒｅ，Ｉｎｃ．，カリフォルニア州サンディエゴ）を用いる非線形回帰分析により決定することができる。

[00150] あらゆるクラスの分子、例えば小さい有機分子、ペプチド、オリゴヌクレオ
チドまたはタンパク質を、このアッセイで推定アンタゴニストとして調べることができる。

親和性選択−質量分析によるタンパク質−リガンド結合に関するアッセイ
[00151] タンパク質に関する被験化合物の結合および親和性を評価するために、例え
ば親和性選択質量分析アッセイが用いられる。タンパク質−リガンド結合実験は、システムワイド制御実験（ｓｙｓｔｅｍ−ｗｉｄｅｃｏｎｔｒｏｌｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ）
に関して概説される下記の代表的な手順に従って、１μＭのペプチドミメティック大環状化合物＋５μＭのｈＭＤＭ２を用いて実施される。ペプチドミメティック大環状化合物の４０μＭストック溶液の１μＬＤＭＳＯアリコートを、１９μＬのＰＢＳ（リン酸緩衝化生理食塩水：１５０ｍＭのＮａＣｌを含有する５０ｍＭ、ｐＨ７．５のリン酸緩衝液）中で溶解させる。得られた溶液を反復ピペッティングにより混合し、１００００ｇで１０分間の遠心分離により清澄にする。得られた上清の４μＬアリコートに、４μＬのＰＢＳ中１０μＭのｈＭＤＭ２を添加する。従って、それぞれ８．０μＬの実験試料は、ＰＢＳ中５．０μＭ濃度のタンパク質４０ｐｍｏｌ（１．５μｇ）＋１μＭペプチドミメティック大環状化合物および２．５％ＤＭＳＯを含有する。各濃度点に関してこうして調製した二重（Ｄｕｐｌｉｃａｔｅ）試料を室温で６０分間インキュベートし、次いで４℃に冷却した後、５．０μＬ注入液のサイズ排除クロマトグラフィー−ＬＣ−ＭＳ分析を実施する。標的タンパク質、タンパク質−リガンド複合体、および結合していない化合物を含有する試料をＳＥＣカラム上に注入し、ここでその複合体は迅速ＳＥＣ工程により結合していない構成要素から分離される。ＳＥＣカラム溶離液をＵＶ検出器を用いてモニターして、ＳＥＣカラムのボイド容量中に溶離する早期溶離タンパク質画分がカラム上に保持されている結合していない構成要素から十分に分離されていることを確認する。タンパク質およびタンパク質−リガンド複合体を含有するピークが一次ＵＶ検出器から溶離した後、それは試料ループに入り、そこでそれはＳＥＣステージからの流動流（ｆｌｏｗｓｔｒｅａｍ）から切り離されて、バルブ機構（ｖａｌｖｉｎｇｍｅｃｈａｎｉｓｍ）によりＬＣ−ＭＳに直接移される。そのペプチドミメティック大環状化合物の（Ｍ＋３Ｈ）^３＋イオンがＥＳＩ−ＭＳにより予想されたｍ／ｚにおいて観察され、そのタンパク質−リガンド複合体の検出が確証される。

タンパク質−リガンドのＫｄ滴定実験に関するアッセイ
[00152] タンパク質に関する被験化合物の結合および親和性を評価するために、例え
ばタンパク質−リガンドのＫｄ滴定実験が実施される。タンパク質−リガンドのＫ_ｄ滴定実験は下記の通りに実施される：系列希釈した滴定剤ペプチドミメティック大環状化合物のストック溶液（５、２．５、...、０．０９８ｍＭ）の２μＬＤＭＳＯアリコートを
調製し、次いで３８μＬのＰＢＳ中で溶解させる。得られた溶液を反復ピペッティングにより混合し、１００００ｇで１０分間の遠心分離により清澄にする。得られた上清の４．０μＬアリコートに、４．０μＬのＰＢＳ中１０μＭのｈＭＤＭ２を添加する。従って、それぞれ８．０μＬの実験試料は、ＰＢＳ中５．０μＭ濃度のタンパク質４０ｐｍｏｌ（１．５μｇ）、変動濃度（１２５、６２．５、...、０．２４μＭ）の滴定剤ペプチド、
および２．５％のＤＭＳＯを含有する。各濃度点に関してこうして調製した二重試料を室温で３０分間インキュベートし、次いで４℃に冷却した後、２．０μＬ注入液のＳＥＣ−ＬＣ−ＭＳ分析を実施する。（Ｍ＋Ｈ）^１＋、（Ｍ＋２Ｈ）^２＋、（Ｍ＋３Ｈ）^３＋、および／または（Ｍ＋Ｎａ）^１＋イオンをＥＳＩ−ＭＳにより観察し；抽出されたイオンクロマトグラムを定量化し、次いで“A General Technique to Rank Protein-Ligand Binding Affinities and Determine Allosteric vs. Direct Binding Site Competition in Compound Mixtures.” Annis, D. A.; Nazef, N.; Chuang, C. C.; Scott, M. P.; Nash, H. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15495-15503において、また、“ALIS: An Affinity
Selection-Mass Spectrometry System for the Discovery and Characterization of Protein-Ligand Interactions” D. A. Annis, C.-C. Chuang, and N. Nazef. In Mass Spectrometry in Medicinal Chemistry. Wanner K, Hoefner Gによる編集: Wiley-VCH; 2007:121-184. Mannhold R, Kubinyi H, Folkers G (シリーズの編者): Methods and Principles in Medicinal Chemistryにおいても記述されているように、方程式に当てはめて結
合親和性Ｋ_ｄを得る。

親和性選択−質量分析による競合結合実験に関するアッセイ
[00153] 被験化合物がタンパク質に競合結合する能力を決定するために、例えば親和
性選択質量分析アッセイを実施する。３種類の化合物のそれぞれの４００μＭストックの２μＬアリコートを１４μＬのＤＭＳＯと組み合わせることにより、構成要素あたり４０μＭのリガンドの混合物を調製する。次いで、この構成要素あたり４０μＭの混合物の１μＬアリコートを、滴定剤ペプチドミメティック大環状化合物の系列希釈ストック溶液（１０、５、２．５、...、０．０７８ｍＭ）の１μＬＤＭＳＯアリコートと組み合わせ
る。これらの２μＬの試料を３８μＬのＰＢＳ中で溶解させる。得られた溶液を反復ピペッティングにより混合し、１００００ｇで１０分間の遠心分離により清澄にする。得られた上清の４．０μＬアリコートに、４．０μＬのＰＢＳ中１０μＭのｈＭＤＭ２タンパク質を添加する。従って、それぞれ８．０μＬの実験試料は、ＰＢＳ中５．０μＭ濃度のタンパク質４０ｐｍｏｌ（１．５μｇ）＋０．５μＭのリガンド、２．５％のＤＭＳＯ、および変動濃度（１２５、６２．５、...、０．９８μＭ）の滴定剤ペプチドミメティック
大環状化合物を含有する。各濃度点に関してこうして調製した二重試料を室温で６０分間インキュベートし、次いで４℃に冷却した後、２．０μＬ注入液のＳＥＣ−ＬＣ−ＭＳ分析を実施する。これらおよび他の方法に関する追加の詳細が“A General Technique to Rank Protein-Ligand Binding Affinities and Determine Allosteric vs. Direct Binding Site Competition in Compound Mixtures.” Annis, D. A.; Nazef, N.; Chuang, C. C.; Scott, M. P.; Nash, H. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15495-15503において、
また、“ALIS: An Affinity Selection-Mass Spectrometry System for the Discovery and Characterization of Protein-Ligand Interactions” D. A. Annis, C.-C. Chuang, and N. Nazef. In Mass Spectrometry in Medicinal Chemistry. Wanner K, Hoefner Gによる編集: Wiley-VCH; 2007:121-184. Mannhold R, Kubinyi H, Folkers G (シリーズの
編者): Methods and Principles in Medicinal Chemistryにおいても提供されている。

無傷細胞における結合アッセイ
[00154] ペプチドまたはペプチドミメティック大環状化合物の、無傷細胞におけるそ
れらの天然の受容体に対する結合を、免疫沈降実験により測定することができる。例えば、無傷細胞を蛍光標識した（ＦＩＴＣ標識した）化合物と共に血清の非存在下で４時間インキュベートし、続いて血清交換および４〜１８時間にわたるさらなるインキュベーションを行なう。次いで細胞をペレット化し、溶解用緩衝液（５０ｍＭＴｒｉｓ［ｐＨ７．６］、１５０ｍＭＮａＣｌ、１％ＣＨＡＰＳおよびプロテアーゼ阻害剤カクテル）中で４℃において１０分間インキュベートする。抽出液を１４，０００ｒｐｍで１５分間遠心分離し、上清を収集し、１０μｌのヤギ抗ＦＩＴＣ抗体と共に４℃で回転させながら２時間インキュベートし、続いてプロテインＡ／ＧＳｅｐｈａｒｏｓｅ（５０μｌの５０％ビーズスラリー）と共に４℃でさらに２時間インキュベートする。迅速な遠心分離の後、そのペレットを増大する塩濃度（例えば、１５０、３００、５００ｍＭ）を含有する溶解用緩衝液中で洗浄する。次いでそのビーズを１５０ｍＭＮａＣｌで再平衡化した後、ＳＤＳを含有する試料用緩衝液を添加して煮沸する。遠心分離後、上清を場合により４％〜１２％勾配ビス−Ｔｒｉｓゲルを用いて電気泳動し、続いてＩｍｍｏｂｉｌｏｎ−Ｐ膜に転写する。ブロッキング後、ブロットを場合によりＦＩＴＣを検出する抗体と、そしてペプチドミメティック大環状化合物に結合するタンパク質を検出する１種類以上の抗体ともインキュベートする。

細胞透過性アッセイ
[00155] ペプチドミメティック大環状化合物は、例えば対応する非架橋大環状化合物
と比較してより細胞透過性である。最適化されたリンカーを有するペプチドミメティック大環状化合物は、例えば対応する非架橋大環状化合物よりも少なくとも２倍大きい細胞透過性を有し、しばしば適用されるペプチドミメティック大環状化合物の２０％以上が４時間後に細胞に透過していることが観察されるであろう。ペプチドミメティック大環状化合物および対応する非架橋大環状化合物の細胞透過性を測定するために、無傷細胞を、蛍光標識した（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔｌｙ−ｌａｂｅｌｅｄ）（例えば蛍光標識した（ｆｌ
ｕｏｒｅｓｃｅｉｎａｔｅｄ））ペプチドミメティック大環状化合物または対応する非架橋大環状化合物（１０μＭ）と共に、無血清培地中で３７℃において４時間インキュベートし、培地で２回洗浄し、トリプシン（０．２５％）と共に３７℃で１０分間インキュベートする。細胞を再度洗浄し、ＰＢＳ中で再懸濁する。細胞の蛍光を、例えばＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターまたはＣｅｌｌｏｍｉｃｓのＫｉｎｅｔｉｃＳｃａｎ（登録商標）ＨＣＳＲｅａｄｅｒのどちらかを用いることにより分析する。

細胞有効性アッセイ
[00156] 特定のペプチドミメティック大環状化合物の有効性を、例えば様々な腫瘍原
性および非腫瘍原性細胞株ならびにヒトまたはマウス細胞集団に由来する初代細胞を用いる細胞に基づく殺作用アッセイにおいて決定する。細胞生存度を、例えばペプチドミメティック大環状化合物（０．５〜５０μＭ）と共にインキュベートする２４〜９６時間にわたってモニターして、１０μＭ未満のＥＣ_５０で殺すペプチドミメティック大環状化合物を同定する。細胞生存度を測定するいくつかの標準的なアッセイが商業的に利用可能であり、それらは場合によりそのペプチドミメティック大環状化合物の有効性を評価するために用いられる。加えて、場合によりアネキシンＶおよびカスパーゼの活性化を測定するアッセイを用いて、そのペプチドミメティック大環状化合物がアポトーシス機構を活性化することにより細胞を殺すかどうかを評価する。例えば、細胞生存度を細胞内ＡＴＰ濃度の関数として決定するＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−ｇｌｏアッセイを用いる。

インビボ安定性アッセイ
[00157] ペプチドミメティック大環状化合物のインビボ安定性を調べるために、その
化合物を例えばマウスおよび／またはラットにＩＶ、ＩＰ、ＰＯまたは吸入経路により０．１から５０ｍｇ／ｋｇまでの範囲の濃度で投与し、注射後０分、５分、１５分、３０分、１時間、４時間、８時間、および２４時間の時点で血液標本を採取する。次いで２５μＬの新鮮な血清中の未変化の化合物のレベルを、上記のようにＬＣ−ＭＳ／ＭＳにより測定する。

動物モデルにおけるインビボ有効性
[00158] インビボでのペプチドミメティック大環状化合物の抗発癌活性を決定するた
めに、その化合物を例えば単独で（ＩＰ、ＩＶ、ＰＯ、吸入または経鼻経路により）、または最適以下の用量の関連する化学療法（例えばシクロフォスファミド、ドキソルビシン、エトポシド）との組み合わせで与える。１例において、ルシフェラーゼを安定発現する５×１０^６個のＲＳ４；１１細胞（急性リンパ芽球性白血病を有する患者の骨髄から確立された）を、ＮＯＤ−ＳＣＩＤマウスにおいて、それらに全身照射を施した３時間後に尾静脈により注射する。未処置のままにする場合、この形態の白血病はこのモデルにおいて３週間で致死的である。その白血病は、例えばそのマウスにＤ−ルシフェリン（６０ｍｇ／ｋｇ）を注射し、麻酔した動物を画像化する（ｉｍａｇｉｎｇ）（例えば、ＸｅｎｏｇｅｎＩｎＶｉｖｏＩｍａｇｉｎｇＳｙｓｔｅｍ、ＣａｌｉｐｅｒＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ、マサチューセッツ州ホプキントン）ことにより容易にモニターされる。全身生物発光を、ＬｉｖｉｎｇＩｍａｇｅＳｏｆｔｗａｒｅ（ＣａｌｉｐｅｒＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ、マサチューセッツ州ホプキントン）による光子束（光子／秒）の積算により定量化する。単独または最適以下の用量の関連する化学療法剤との組み合わせでのペプチドミメティック大環状化合物を、例えば、白血病マウスに（注射の１０日後／実験の１日目、１４〜１６の生物発光範囲で）尾静脈またはＩＰ経路により、０．１ｍｇ／ｋｇから５０ｍｇ／ｋｇまでの範囲の用量で７〜２１日間投与する。場合により、そのマウスを実験全体を通して１日おきに画像化し、実験の期間の間毎日生存をモニターする。満了したマウスに場合により実験の終了時に剖検を行う。別の動物モデルは、ルシフェラーゼを安定発現する、ヒト濾胞性リンパ腫に由来する細胞株であるＤｏＨＨ２のＮＯＤ−ＳＣＩＤマウス中への移植である。これらのインビボ試験は、場合により予備的な薬
物動態学的、薬力学的および毒物学データをもたらす。

臨床試験
[00159] ヒトの処置に関するペプチドミメティック大環状化合物の適合性を決定する
ために、臨床試験を実施する。例えば、癌を有すると診断され、処置を必要とする患者を選択し、処置群および１以上の対照群に分けることができ、ここでその処置群にはペプチドミメティック大環状化合物を投与し、一方で対照群にはプラセボまたは既知の抗癌薬を与える。このように、ペプチドミメティック大環状化合物の処置の安全性および有効性を、生存率および生活の質のような要因に関して患者群の比較を実施することにより評価することができる。この例では、ペプチドミメティック大環状化合物で処置した患者群はプラセボで処置した患者対照群と比較して向上した長期生存率を示し得る。

医薬組成物および投与経路
[00160] 本明細書で開示される医薬組成物には、ペプチドミメティック大環状化合物
およびその医薬的に許容できる誘導体またはプロドラッグが含まれる。“医薬的に許容できる誘導体”は、レシピエントに投与した際に本明細書で開示される化合物を（直接または間接的に）供給することができる、本明細書で開示される化合物のあらゆる医薬的に許容できる塩、エステル、エステルの塩、プロドラッグまたは他の誘導体を意味する。特に好ましい医薬的に許容できる誘導体は、哺乳類に投与した際に親化合物種と対比してその化合物の生物学的利用能を（例えば、経口投与した化合物の血中への吸収を増大させることにより）増大させる、または活性な化合物の生物学的区画（例えば、脳またはリンパ系）への送達を増大させる誘導体である。一部の医薬的に許容できる誘導体には、水溶性または胃腸粘膜を越える能動輸送を増大させる化学基が含まれる。

[00161] 一部の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は、選択的な生物
学的特性を増強するための適切な官能基を共有結合的に、または非共有結合的に連結することにより修飾される。そのような修飾には、所与の生物学的区画（例えば、血液、リンパ系、中枢神経系）中への生物学的透過を増大させる、経口による利用能を増大させる、溶解性を増大させて注射による投与を可能にする、代謝を変化させる、および排出速度を変化させる修飾が含まれる。

[00162] 本明細書で開示される化合物の医薬的に許容できる塩類には、医薬的に許容
できる無機および有機の酸および塩基から誘導される塩類が含まれる。適切な酸塩の例には下記のものが含まれる：酢酸塩、アジピン酸塩、安息香酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、酪酸塩、クエン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グリコール酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、乳酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、パモ酸塩（ｐａｌｍｏａｔｅ）、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、サリチル酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、トシル酸塩、およびウンデカン酸塩。適切な塩基から誘導される塩類には、アルカリ金属（例えば、ナトリウム）塩、アルカリ土類金属（例えば、マグネシウム）塩、アンモニウム塩、およびＮ−（アルキル）_４ ^＋塩が含まれる。

[00163] 本明細書で開示される化合物からの医薬組成物の調製に関して、医薬的に許
容できるキャリヤーには固体または液体キャリヤーのいずれも含まれる。固形製剤には、散剤、錠剤、丸剤、カプセル剤、カシェ剤、坐剤、および分散性顆粒剤が含まれる。固体キャリヤーは、希釈剤、矯味矯臭剤、結合剤、保存剤、錠剤崩壊剤、または封入材料の役目も果たす１種類以上の物質であることができる。配合および投与に関する技法の詳細は、科学文献および特許文献において十分に記載されており、例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences, Maack Publishing Co，ペンシルベニア州イーストンの最新版を参照
。

[00164] 散剤において、キャリヤーは微粉砕された固体であり、それは微粉砕された
有効構成要素との混合状態にある。錠剤において、有効構成要素は必要な結合特性を有するキャリヤーと適切な割合で混合され、所望の形状および大きさに圧縮される。

[00165] 適切な固体賦形剤は炭水化物またはタンパク質増量剤であり、下記のものが
含まれるが、これらに限定されない：乳糖、ショ糖、マンニトール、またはソルビトールが含まれる糖類；トウモロコシ、コムギ、コメ、ジャガイモ、または他の植物からのデンプン；セルロース、例えばメチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、またはカルボキシメチルセルロースナトリウム；ならびにアラビアガムおよびトラガントガムが含まれるガム；ならびにタンパク質、例えばゼラチンおよびコラーゲン。所望である場合、崩壊剤または可溶化剤、例えば架橋ポリビニルピロリドン、寒天、アルギン酸、またはその塩、例えばアルギン酸ナトリウムが添加される。

[00166] 液状製剤には、液剤、懸濁液剤および乳剤、例えば水溶液または水／プロピ
レングリコール溶液が含まれる。非経口注射のために、液体製剤を水性ポリエチレングリコール溶液中の溶液状に配合することができる。

[00167] 医薬製剤は単位剤形であることができる。そのような形態では、製剤は適量
の有効構成要素を含有する単位用量に小分割される。単位剤形は包装された製剤であることができ、包装は個別の量の製剤を収容している；例えば、パケットされた（ｐａｃｋｅｔｅｄ）錠剤、カプセル剤、およびバイアルまたはアンプル中の散剤。単位剤形はカプセル剤、錠剤、カシェ剤もしくはトローチ剤そのものであることもでき、またはそれは適切な数のこれらのいずれかが包装された形態であることができる。

[00168] 本明細書で開示される１種類以上の組成物がペプチドミメティック大環状化
合物および１種類以上の追加の療法剤または予防剤の組合わせを含む場合、その化合物および追加の薬剤は両方とも、単剤療法計画で通常投与される投与量の約１〜１００％、より好ましくは約５〜９５％の投与レベルで存在すべきである。一部の態様において、その追加の薬剤は本明細書で開示される１種類以上の化合物とは別に、多剤投与計画の一部として投与される。あるいは、それらの薬剤は単一の剤形の一部であり、本明細書で開示される化合物と一緒に単一の組成物中に混合される。

使用方法
[00169] １観点において、本明細書において新規のペプチドミメティック大環状化合
物が提供され、それはそのペプチドミメティック大環状化合物がモデルとしているタンパク質またはペプチドの天然のリガンド（単数または複数）に結合する薬剤を同定するための競合結合アッセイにおいて有用である。例えば、ｐ５３／ＭＤＭＸ系において、標識したｐ５３に基づくペプチドミメティック大環状化合物を、ＭＤＭＸに競合結合する小分子と共にＭＤＭＸ結合アッセイにおいて用いることができる。競合結合試験は、ｐ５３／ＭＤＭＸ系に特異的な薬物候補の迅速なインビトロでの評価および決定を可能にする。そのような結合試験は、本明細書で開示されるペプチドミメティック大環状化合物のいずれかおよびそれらの結合パートナーを用いて実施することができる。

[00170] さらに、そのペプチドミメティック大環状化合物に対する抗体の生成のため
の方法が提供される。一部の態様において、これらの抗体はそのペプチドミメティック大環状化合物およびそのペプチドミメティック大環状化合物が関連する前駆体ペプチド、例えばｐ５３の両方に特異的に結合する。例えばそのような抗体は、例えばｐ５３およびＭＤＭＸの間で結合する天然のタンパク質間相互作用を撹乱する。

[00171] 他の観点において、本明細書において、ｐ５３、ＭＤＭ２またはＭＤＭＸが
含まれる分子の異常な（例えば不十分または過剰な）発現または活性と関係する障害の危険にさらされている（またはそれにかかりやすい）、またはその障害を有する対象を処置する予防的および療法的方法の両方を提供する。

[00172] 別の態様において、障害は少なくとも部分的にはｐ５３もしくはＭＤＭ２も
しくはＭＤＭＸの異常なレベル（例えば過剰発現または過小発現）により、または異常な活性を示すｐ５３もしくはＭＤＭ２もしくはＭＤＭＸの存在により引き起こされる。従って、５３に由来するペプチドミメティック大環状化合物によるｐ５３もしくはＭＤＭ２もしくはＭＤＭＸのレベルおよび／または活性の低減、またはｐ５３もしくはＭＤＭ２もしくはＭＤＭＸのレベルおよび／または活性の増進が、例えばその障害の有害な症状を改善または低減するために用いられる。

[00173] 別の観点において、本明細書において、過剰増殖性疾患および炎症性障害が
含まれる疾患を、結合パートナー間の、例えばｐ５３およびＭＤＭ２またはｐ５３およびＭＤＭＸの間の相互作用または結合を妨げることにより処置または予防するための方法を提供する。これらの方法は、有効量の化合物をヒトが含まれる温血動物に投与することを含む。一部の態様において、本明細書で開示される１種類以上の化合物の投与は、細胞増殖停止またはアポトーシスを誘導する。

[00174] 本明細書で用いられる際、用語“処置”は、疾患、疾患の症状または疾患に
対する素因を治療する、治癒させる、軽減する、緩和する、変化させる、治す、改善する、向上させる、またはそれに影響を及ぼす目的での、療法剤の疾患、疾患の症状または疾患に対する素因を有する患者への適用もしくは投与、または療法剤の患者から分離された組織もしくは細胞株への適用もしくは投与として定義されている。

[00175] 一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、癌および
新生物性の病気を処置、予防、および／または診断するために用いることができる。本明細書で用いられる際、用語“癌”、“過剰増殖性”および“新生物性”は、自律的増殖に関する能力を有する細胞、すなわち急速に増殖する細胞増殖を特徴とする異常な状態または病気を指す。過剰増殖性および新生物性疾患状態は、病的、すなわち疾患状態を特徴とする、もしくは構成することとして分類することができ、または非病的、すなわち正常から逸脱しているが疾患状態とは関係していないこととして分類することができる。その用語は、全てのタイプの癌性増殖または発癌プロセス、転移性組織または悪性形質転換した細胞、組織、もしくは器官を、組織病理学的タイプまたは浸潤性の病期にかかわらず含むことを意味している。転移性腫瘍は、乳房、肺、肝臓、結腸および卵巣由来の腫瘍が含まれるがこれらに限定されない多数の原発腫瘍のタイプから生じ得る。“病的過剰増殖性”細胞は、悪性腫瘍増殖を特徴とする疾患状態において生じる。非病的過剰増殖性細胞の例には、創傷修復と関係する細胞の増殖が含まれる。細胞増殖性および／または分化性障害の例には、癌、例えば癌腫、肉腫、または転移性障害が含まれる。一部の態様において、そのペプチドミメティック大環状化合物は、乳癌、卵巣癌、結腸癌、肺癌、そのような癌の転移等を制御するための新規の療法剤である。

[00176] 癌または新生物性の病気の例には下記のものが含まれるが、これらに限定さ
れない：線維肉腫、筋肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫（ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫（ｌｙｍｐｈａｎｇｉｏｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、胃癌、食道癌、直腸癌、膵臓癌、卵巣癌、前立腺癌、子宮癌、頭頚部の癌、皮膚癌、脳癌、扁平上皮癌、脂腺癌、乳頭状癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺
癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝細胞癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、子宮頚癌、精巣癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣細胞腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、乏突起神経膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、白血病、リンパ腫、またはカポジ肉腫。

[00177] 一部の態様において、その癌は頭頚部癌、黒色腫、肺癌、乳癌、または神経
膠腫である。

[00178] 増殖性障害の例には、造血性新生物性障害が含まれる。本明細書で用いられ
る際、用語“造血性新生物性障害”には、例えば骨髄、リンパもしくは赤血球系列、またはその前駆細胞に起因する、造血系由来の過形成性／新生物性細胞を含む疾患が含まれる。その疾患は、未分化型（ｐｏｏｒｌｙｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ）急性白血病、例えば赤芽球性白血病および急性巨核芽球性白血病に起因し得る。追加の典型的な骨髄性障害には下記のものが含まれるが、これらに限定されず：急性前骨髄性（ｐｒｏｍｙｅｌｏｉｄ）白血病（ＡＰＭＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）および慢性（ＣＭＬ）骨髄性白血病(Vaickus (1991), Crit Rev. Oncol./Hemotol. 11:267-97において総説されている)；リンパ性悪性腫瘍には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：Ｂ−系列Ａ
ＬＬおよびＴ−系列ＡＬＬが含まれる急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、前リンパ性白血病（ＰＬＬ）、有毛細胞白血病（ＨＬＬ）およびワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症（ＷＭ）。悪性リンパ腫の追加の形態には下記のものが含まれるが、これらに限定されない：非ホジキンリンパ腫およびその変種、末梢Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）、大顆粒リンパ球性白血病（ＬＧＦ）、ホジキン病およびリード・スタンバーグ病（Ｒｅｅｄ−Ｓｔｅｍｂｅｒｇｄｉｓｅａｓｅ）。

[00179] 乳房の細胞増殖性および／または分化性障害の例には下記のものが含まれる
が、これらに限定されない：例えば上皮過形成、硬化性乳管増生症、および小管乳頭腫（ｓｍａｌｌｄｕｃｔｐａｐｉｌｌｏｍａｓ）が含まれる増殖性乳房疾患；腫瘍、例えば間質腫瘍、例えば線維腺腫、葉状腫瘍、および肉腫、ならびに上皮性腫瘍、例えば大管乳頭腫（ｌａｒｇｅｄｕｃｔｐａｐｉｌｌｏｍａｓ）；乳管上皮内癌（ページェット病が含まれる）および上皮内小葉癌が含まれる上皮内（非浸潤性）癌、ならびに浸潤性乳管癌、浸潤性小葉癌、髄様癌、膠様（粘液）癌、管状癌、および浸潤性乳頭状癌が含まれるがこれらに限定されない浸潤癌（浸潤する癌）が含まれる乳房の癌、ならびに種々の悪性新生物。男性の乳房における障害には女性化乳房および癌腫が含まれるが、これらに限定されない。

[00180] 皮膚の細胞増殖性および／または分化性障害の例には下記のものが含まれる
が、これらに限定されない：増殖性皮膚疾患、例えば、粘膜黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、黒子（例えば悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、または末端黒子型黒色腫）、メラニン欠乏性黒色腫、線維形成性黒色腫、スピッツ母斑の特徴を有する黒色腫、小型母斑様細胞を有する黒色腫、ポリープ状黒色腫、および軟組織黒色腫が含まれる黒色腫；小結節性基底細胞癌、表在性基底細胞癌、結節性基底細胞癌（侵食性潰瘍）、嚢胞性基底細胞癌、瘢痕性基底細胞癌、色素性基底細胞癌、異常（ａｂｅｒｒａｎｔ）基底細胞癌、浸潤性基底細胞癌、母斑性基底細胞癌症候群、ポリープ状基底細胞癌、細孔様（ｐｏｒｅ−ｌｉｋｅ）基底細胞癌、およびＰｉｎｋｕｓ型線維上皮腫が含まれる基底細胞癌；棘細胞腫（大細胞棘細胞腫）、腺様扁平上皮癌、類基底扁平上皮癌、明細胞扁平上皮癌、印環細胞扁平上皮癌、紡錘細胞扁平上皮癌、マルジョラン潰瘍、ケーラー紅色肥厚症、およびボーエン病が含まれる扁平上皮癌（ｓｑｕａｍｕｓｃｅｌｌｃａｒｃｉｎｏｍａｓ）；または他の皮膚もしくは皮下腫瘍。

[00181] 肺の細胞増殖性および／または分化性障害の例には下記のものが含まれるが
、これらに限定されない：腫瘍随伴症候群、細気管支肺胞癌、神経内分泌腫瘍、例えば気管支カルチノイド、種々の腫瘍、および転移性腫瘍が含まれる気管支原性癌；炎症性胸水、非炎症性胸水、気胸、ならびに孤在性線維性腫瘍（胸膜線維腫）および悪性中皮腫が含まれる胸膜腫瘍が含まれる胸膜の病態。

[00182] 結腸の細胞増殖性および／または分化性障害の例には下記のものが含まれる
が、これらに限定されない：非新生物性ポリープ、腺腫、家族性症候群、結腸直腸発癌現象、結腸直腸癌、およびカルチノイド腫瘍。

[00183] 肝臓の細胞増殖性および／または分化性障害の例には下記のものが含まれる
が、これらに限定されない：結節性過形成、腺腫、ならびに肝臓の原発癌および転移性腫瘍が含まれる悪性腫瘍。

[00184] 卵巣の細胞増殖性および／または分化性障害の例には下記のものが含まれる
が、これらに限定されない：卵巣腫瘍、例えば体腔上皮の腫瘍、漿液性腫瘍、粘液性腫瘍、子宮内膜性腫瘍、明細胞腺癌、嚢胞腺線維腫、ブレンナー腫瘍、表面上皮腫瘍；生殖細胞腫瘍、例えば成熟（良性）奇形腫、単胚葉性奇形腫（ｍｏｎｏｄｅｒｍａｌｔｅｒａｔｏｍａｓ）、未熟悪性奇形腫、未分化胚細胞腫、内胚葉洞腫瘍、絨毛癌；性索−間質腫瘍（ｓｅｘｃｏｒｄ−ｓｔｏｍａｌｔｕｍｏｒｓ）、例えば顆粒膜−莢膜細胞腫、卵胞膜細胞腫線維腫（ｔｈｅｃｏｍａｆｉｂｒｏｍａｓ）、男性胚細胞腫、ヒル細胞腫（ｈｉｌｌｃｅｌｌｔｕｍｏｒｓ）、および生殖腺芽細胞腫；ならびに転移性腫瘍、例えばクルーケンベルグ腫瘍。

[00185] 本発明の好ましい態様を本明細書において示し、記載してきたが、そのよう
な態様は例としてのみ提供されていることは当業者には明らかであろう。ここで、当業者には数多くの変形、変更および置換が本発明から逸脱することなく思い浮かぶであろう。本明細書で記載される態様に対する様々な代替案を本発明の実施において用いることができることは理解されるべきである。下記の特許請求の範囲がその範囲を定めており、これらの特許請求の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物はそれに含まれることが意図されている。

実施例１：６−クロロトリプトファンＦｍｏｃアミノ酸の合成

[00186] ｔｅｒｔ−ブチル６−クロロ−３−ホルミル−１Ｈ−インドール−１−カ
ルボキシレート、１。乾燥ＤＭＦ（１２ｍＬ）の攪拌溶液に、ＰＯＣｌ_３（３．９２ｍＬ、４３ｍｍｏｌ、１．３等量）を０℃においてアルゴンの下で滴加した。その溶液を同じ温度で２０分間攪拌した後、６−クロロインドール（５．０ｇ、３３ｍｍｏｌ、１等量）の乾燥ＤＭＦ（３０ｍＬ）中における溶液を滴加した。得られた混合物を室温まで温まらせ、さらに２．５時間攪拌した。水（５０ｍＬ）を添加し、その溶液を４Ｍ水性ＮａＯＨ（ｐＨ約８）で中和した。結果として生じた固体を濾別し、水で洗浄し、真空下で乾燥させた。この物質をそれ以上精製せずに次の工程において直接用いた。粗製のホルミルインドール（３３ｍｍｏｌ、１等量）のＴＨＦ（１５０ｍＬ）中における攪拌溶液に、Ｂｏｃ_２Ｏ（７．９１ｇ、３６．３ｍｍｏｌ、１．１等量）およびＤＭＡＰ（０．４ｇ、３．３ｍｍｏｌ、０．１等量）を室温においてＮ_２下で連続的に添加した。得られた混合物を室温で１．５時間攪拌し、溶媒を減圧下で蒸発させた。その残留物をＥｔＯＡｃ中で溶解させ、１ＮＨＣｌで洗浄し、乾燥させ、濃縮すると、ホルミルインドール１（９ｇ、２工程にわたって９８％）が白色固体として得られた。¹H NMR (CDCl₃) δ: 1.70 (s, Boc, 9H); 7.35 (dd, 1H); 8.21 (m, 3H); 10.07 (s, 1H)。

[00187] ｔｅｒｔ−ブチル６−クロロ−３−（ヒドロキシメチル）−１Ｈ−インド
ール−１−カルボキシレート、２。化合物１（８．８６ｇ、３２ｍｍｏｌ、１等量）のエタノール（１５０ｍＬ）中における溶液に、ＮａＢＨ_４（２．４ｇ、６３ｍｍｏｌ、２等量）を添加した。その反応を室温で３時間攪拌した。その反応混合物を濃縮し、その残留物をジエチルエーテルおよび水の中に注いだ。有機層を分離し、硫酸マグネシウムで乾燥させ、濃縮すると白色固体が得られた（８．７ｇ、９８％）。この物質をそれ以上精製せずに次の工程において直接用いた。¹H NMR (CDCl₃) δ: 1.65 (s, Boc, 9H); 4.80 (s, 2H, CH₂); 7.21 (dd, 1H); 7.53 (m, 2H); 8.16 (bs, 1H)。

[00188] ｔｅｒｔ−ブチル３−（ブロモメチル）−６−クロロ−１Ｈ−インドール
−１−カルボキシレート、３。化合物２（４．１ｇ、１４．６ｍｍｏｌ、１等量）のジクロロメタン（５０ｍＬ）中におけるアルゴン下の溶液に、トリフェニルホスフィン（４．５９ｇ、１７．５ｍｍｏｌ、１．２等量）のジクロロメタン（５０ｍＬ）中における溶液を−４０℃において添加した。その反応溶液を４０℃でさらに３０分間攪拌した。次いでＮＢＳ（３．３８ｇ、１９ｍｍｏｌ、１．３等量）を添加した。得られた混合物を室温まで温まらせ、一夜攪拌した。ジクロロメタンを蒸発させ、４塩化炭素（１００ｍＬ）を添加し、その混合物を１時間攪拌し、濾過した。その濾液を濃縮し、シリカのプラグに装填し、ヘキサン類中２５％ＥｔＯＡｃで迅速に溶離させた。その溶液を濃縮すると、白色の泡状物質が得られた（３．８４ｇ、７７％）。¹H NMR (CDCl₃) δ: 1.66 (s, Boc, 9H); 4.63 (s, 2H, CH₂); 7.28 (dd, 1H); 7.57 (d, 1H); 7.64 (bs, 1H); 8.18 (bs, 1H)。

[00189] αＭｅ−６Ｃｌ−Ｔｒｐ（Ｂｏｃ）−Ｎｉ−Ｓ−ＢＰＢ、４。Ｓ−Ａｌａ−
Ｎｉ−Ｓ−ＢＰＢ（２．６６ｇ、５．２ｍｍｏｌ、１等量）およびＫＯ−ｔＢｕ（０．８７ｇ、７．８ｍｍｏｌ、１．５等量）に、アルゴン下で５０ｍＬのＤＭＦを添加した。ＤＭＦの溶液（５．０ｍＬ）中の臭化物誘導体化合物３（２．６８ｇ、７．８ｍｍｏｌ、１．５等量）を注射器により添加した。その反応混合物を周囲温度で１時間攪拌した。次いでその溶液を５％水性酢酸で停止し（ｑｕｅｎｃｈｅｄ）、水で希釈した。所望の生成物をジクロロメタン中で抽出し、乾燥させ、濃縮した。油性の生成物４を順相上でのフラッシュクロマトグラフィー（固体装填）によりＥｔＯＡｃおよびヘキサン類を溶離液として用いて精製すると、赤色固体が得られた（１．７８ｇ、収率４５％）。αＭｅ−６Ｃｌ−Ｔｒｐ（Ｂｏｃ）−Ｎｉ−Ｓ−ＢＰＢ、４: M+H 計算値 775.21、M+H 実測値 775.26; ¹H
NMR (CDCl₃) δ: 1.23 (s, 3H, αMe); 1.56 (m, 11H, Boc + CH₂); 1.82-2.20 (m, 4H,
2CH₂); 3.03 (m, 1H, CH_α); 3.24 (m, 2H, CH₂); 3.57および4.29 (AB系, 2H, CH₂ (ベ
ンジル), J= 12.8Hz); 6.62 (d, 2H); 6.98 (d, 1H); 7.14 (m, 2H); 7.23 (m, 1H); 7.32-7.36 (m, 5H); 7.50 (m, 2H); 7.67 (bs, 1H); 7.98 (d, 2H); 8.27 (m, 2H)。

[00190] Ｆｍｏｃ−αＭｅ−６Ｃｌ−Ｔｒｐ（Ｂｏｃ）−ＯＨ、６。３ＮＨＣｌ／
ＭｅＯＨ（１／３、１５ｍＬ）の５０℃の溶液に、化合物４（１．７５ｇ、２．３ｍｍｏｌ、１等量）のＭｅＯＨ（５ｍｌ）中における溶液を滴加した。その出発物質は３〜４時間以内に見えなくなった。次いでその酸性溶液を氷浴で０℃に冷却し、Ｎａ_２ＣＯ_３（１．２１ｇ、１１．５ｍｍｏｌ、５等量）の水溶液で停止した。メタノールを除去し、さらに８等量のＮａ_２ＣＯ_３（１．９５ｇ、１８．４ｍｍｏｌ）をその懸濁液に添加した。次いでニッケルを捕捉する（ｓｃａｖｅｎｇｉｎｇ）ＥＤＴＡ二ナトリウム塩二水和物（１．６８ｇ、４．５ｍｍｏｌ、２等量）を添加し、その懸濁液を２時間攪拌した。Ｆｍｏｃ−ＯＳｕ（０．８４ｇ、２．５ｍｍｏｌ、１．１等量）のアセトン（５０ｍＬ）中における溶液を添加し、その反応を一夜攪拌した。その後、その反応をジエチルエーテルおよび１ＮＨＣｌで希釈した。次いで有機層を硫酸マグネシウムで乾燥させ、真空中で濃縮した。所望の生成物６を順相上でアセトンおよびジクロロメタンを溶離液として用いて精製すると、白色の泡状物質が得られた（０．９ｇ、収率７０％）。Ｆｍｏｃ−αＭｅ−６Ｃｌ−Ｔｒｐ（Ｂｏｃ）−ＯＨ、６: M+H 計算値 575.19、M+H 実測値 575.37; ¹H NMR (CDCl₃) 1.59 (s, 9H, Boc); 1.68 (s, 3H, Me); 3.48 (bs, 2H, CH₂); 4.22 (m, 1H, CH); 4.39 (bs, 2H, CH₂); 5.47 (s, 1H, NH); 7.10 (m, 1H); 7.18 (m, 2H); 7.27 (m, 2H); 7.39 (m, 2H); 7.50 (m, 2H); 7.75 (d, 2H); 8.12 (bs, 1H)。

[00191] ６Ｃｌ−Ｔｒｐ（Ｂｏｃ）−Ｎｉ−Ｓ−ＢＰＢ、５。Ｇｌｙ−Ｎｉ−Ｓ−Ｂ
ＰＢ（４．６ｇ、９．２ｍｍｏｌ、１等量）およびＫＯ−ｔＢｕ（１．１４ｇ、１０．１ｍｍｏｌ、１．１等量）に、アルゴン下で９５ｍＬのＤＭＦを添加した。ＤＭＦの溶液（１０ｍＬ）中の臭化物誘導体化合物３（３．５ｇ、４．６ｍｍｏｌ、１．１等量）を注射器により添加した。その反応混合物を周囲温度で１時間攪拌した。次いでその溶液を５％水性酢酸で停止し（ｑｕｅｎｃｈｅｄ）、水で希釈した。所望の生成物をジクロロメタン中で抽出し、乾燥させ、濃縮した。油性の生成物５を順相上でのフラッシュクロマトグラフィー（固体装填）によりＥｔＯＡｃおよびヘキサン類を溶離液として用いて精製すると、赤色固体が得られた（５ｇ、収率７１％）。６Ｃｌ−Ｔｒｐ（Ｂｏｃ）−Ｎｉ−Ｓ−ＢＰＢ、５: M+H 計算値 761.20、M+H 実測値 761.34; ¹H NMR (CDCl₃) δ: 1.58 (m, 11H,
Boc + CH₂); 1.84 (m, 1H); 1.96 (m, 1H); 2.24 (m, 2H, CH₂); 3.00 (m, 1H, CH_α); 3.22 (m, 2H, CH₂); 3.45および4.25 (AB系, 2H, CH₂ (ベンジル), J= 12.8Hz); 4.27 (m, 1H, CH_α); 6.65 (d, 2H); 6.88 (d, 1H); 7.07 (m, 2H); 7.14 (m, 2H); 7.28 (m, 3H); 7.35-7.39 (m, 2H); 7.52 (m, 2H); 7.96 (d, 2H); 8.28 (m, 2H)。

[00192] Ｆｍｏｃ−６Ｃｌ−Ｔｒｐ（Ｂｏｃ）−ＯＨ、７。３ＮＨＣｌ／ＭｅＯＨ
（１／３、４４ｍＬ）の５０℃の溶液に、化合物５（５ｇ、６．６ｍｍｏｌ、１等量）のＭｅＯＨ（１０ｍｌ）中における溶液を滴加した。その出発物質は３〜４時間以内に見えなくなった。次いでその酸性溶液を氷浴で０℃に冷却し、Ｎａ_２ＣＯ_３（３．４８ｇ、３３ｍｍｏｌ、５等量）の水溶液で停止した。メタノールを除去し、さらに８等量のＮａ_２ＣＯ_３（５．５７ｇ、５２ｍｍｏｌ）をその懸濁液に添加した。ニッケルを捕捉するＥＤＴＡ二ナトリウム塩二水和物（４．８９ｇ、１３．１ｍｍｏｌ、２等量）およびその懸濁液を２時間攪拌した。Ｆｍｏｃ−ＯＳｕ（２．２１ｇ、６．５５ｍｍｏｌ、１．１等量）のアセトン（１００ｍＬ）中における溶液を添加し、その反応を一夜攪拌した。その後、その反応をジエチルエーテルおよび１ＮＨＣｌで希釈した。次いで有機層を硫酸マグネシウムで乾燥させ、真空中で濃縮した。所望の生成物７を順相上でアセトンおよびジクロロメタンを溶離液として用いて精製すると、白色の泡状物質が得られた（２．６ｇ、収率６９％）。Ｆｍｏｃ−６Ｃｌ−Ｔｒｐ（Ｂｏｃ）−ＯＨ、７: M+H 計算値 561.17、M+H
実測値 561.37; ¹H NMR (CDCl₃) 1.63 (s, 9H, Boc); 3.26 (m, 2H, CH₂); 4.19 (m, 1H,
CH); 4.39 (m, 2H, CH₂); 4.76 (m, 1H); 5.35 (d, 1H, NH); 7.18 (m, 2H); 7.28 (m, 2H); 7.39 (m, 3H); 7.50 (m, 2H); 7.75 (d, 2H); 8.14 (bs, 1H)。

実施例２：ペプチドミメティック大環状化合物
[00193] ペプチドミメティック大環状化合物を前記のように、および下記のように合
成、精製および分析した(Schafmeister et al., J. Am. Chem. Soc. 122:5891-5892 (2000); Schafmeister & Verdine, J. Am. Chem. Soc. 122:5891 (2005); Walensky et al., Science 305:1466-1470 (2004)；および米国特許第７，１９２，７１３号）。２個以上の天然存在アミノ酸を対応する合成アミノ酸で置き換えることにより、ペプチドミメティック大環状化合物をデザインした。ｉおよびｉ＋４、ならびにｉおよびｉ＋７の位置において置換を行なった。ペプチド合成を、手動または自動ペプチド合成装置（Ａｐｐｌｉｅｄ
Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、モデル４３３Ａ）上のどちらかで、固相条件、ｒｉｎｋａｍｉｄｅＡＭ樹脂（Ｎｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ）、およびＦｍｏｃ主鎖保護基化学を用いて実施した。天然のＦｍｏｃ保護されたアミノ酸（Ｎｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ）のカップリングに関して、１０当量のアミノ酸および１：１：２のモル比のカップリング試薬ＨＢＴＵ／ＨＯＢｔ（Ｎｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ）／ＤＩＥＡを用いた。非天然アミノ酸（４当量）を１：１：２のモル比のＨＡＴＵ（ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）／ＨＯＢｔ／ＤＩＥＡを用いてカップリングさせた。その合成ペプチドのＮ末端をアセチル化し、一方でＣ末端をアミド化した。

[00194] 架橋した化合物の精製を逆相Ｃ１８カラム（Ｖａｒｉａｎ）上での高速液体
クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）（ＶａｒｉａｎＰｒｏＳｔａｒ）により達成し、純粋な化合物を得た。その純粋な生成物の化学組成をＬＣ／ＭＳ質量分析（Ａｇｉｌｅｎｔ１１００ＨＰＬＣシステムとインターフェースで接続されたＭｉｃｒｏｍａｓｓＬＣＴ）およびアミノ酸分析（ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、モデル４２０Ａ）により確認した。

[00195] 以下のプロトコルを、ＳＰ６６２、ＳＰ６６３およびＳＰ６６４が含まれる
ジアルキン架橋されたペプチドミメティック大環状化合物の合成において用いた。完全に保護された樹脂に結合したペプチドを、ＰＥＧ−ＰＳ樹脂上で（装填０．４５ｍｍｏｌ／ｇ）０．２ｍｍｏｌスケールで合成した。一時的なＦｍｏｃ基の脱保護を、その樹脂に結合したペプチドのＤＭＦ中２０％（ｖ／ｖ）ピペリジンによる３×１０分間の処理により達成した。ＮＭＰ（３回）、ジクロロメタン（３回）およびＮＭＰ（３回）による洗浄後、それぞれの連続するアミノ酸のカップリングを、適切な予め活性化したＦｍｏｃ−アミノ酸誘導体と共に１×６０分間インキュベートすることにより達成した。全ての保護されたアミノ酸（０．４ｍｍｏｌ）をＮＭＰ中で溶解させ、ＨＣＴＵ（０．４ｍｍｏｌ）およびＤＩＥＡ（０．８ｍｍｏｌ）で活性化した後、そのカップリング溶液を脱保護された樹脂に結合したペプチドに移した。カップリングが完了した後、その樹脂を次の脱保護／カップリングサイクルに備えて洗浄した。アミノ末端のアセチル化をＮＭＰ中無水酢酸／ＤＩＥＡの存在下で実施した。それぞれのカップリングの完了を検証するために、完全に組み立てた樹脂に結合したペプチドのアリコートから得た切断および脱保護した試料のＬＣ−ＭＳ分析を成し遂げた。典型的な例では、テトラヒドロフラン（４ｍｌ）およびトリエチルアミン（２ｍｌ）を４０ｍｌガラスバイアル中でそのペプチド樹脂（０．２ｍｍｏｌ）に添加し、１０分間振盪した。次いでＰｄ（ＰＰｈ_３）_２Ｃｌ_２（０．０１４ｇ、０．０２ｍｍｏｌ）およびヨウ化銅（０．００８ｇ、０．０４ｍｍｏｌ）を添加し、得られた反応混合物を大気に開放しながら１６時間機械的に振盪した。ジイン環化した樹脂に結合したペプチドをＴＦＡ／Ｈ_２Ｏ／ＴＩＳ（９５／５／５ｖ／ｖ）を用いた室温で２．５時間の処理により脱保護し、固体支持体から切断した。その樹脂の濾過後、そのＴＦＡ溶液を冷ジエチルエーテル中で沈殿させ、遠心分離すると、所望の生成物が固体として得られた。その粗生成物を分取ＨＰＬＣにより精製した。

[00196] 以下のプロトコルを、ＳＰ６６５が含まれる単一アルキン架橋されたペプチ
ドミメティック大環状化合物の合成において用いた。完全に保護された樹脂に結合したペプチドを、ＲｉｎｋａｍｉｄｅＭＢＨＡ樹脂上で（装填０．６２ｍｍｏｌ／ｇ）０．１ｍｍｏｌスケールで合成した。一時的なＦｍｏｃ基の脱保護を、その樹脂に結合したペプチドのＮＭＰ中２５％（ｖ／ｖ）ピペリジンによる２×２０分間の処理により達成した。ＮＭＰおよびジクロロメタンを大規模に（ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ）流して洗浄した後、それぞれの連続するアミノ酸のカップリングを、適切な予め活性化したＦｍｏｃ−アミノ酸誘導体と共に１×６０分間インキュベートすることにより達成した。全ての保護されたアミノ酸（１ｍｍｏｌ）をＮＭＰ中で溶解させ、ＨＣＴＵ（１ｍｍｏｌ）およびＤＩＥＡ（１ｍｍｏｌ）で活性化した後、そのカップリング溶液を脱保護された樹脂に結合したペプチドに移した。カップリングが完了した後、その樹脂を次の脱保護／カップリングサイクルに備えて大規模に流して洗浄した。アミノ末端のアセチル化をＮＭＰ／ＮＭＭ中無水酢酸／ＤＩＥＡの存在下で実施した。それぞれのカップリングの完了を検証するために、完全に組み立てた樹脂に結合したペプチドのアリコートから得た切断および脱保護した試料のＬＣ−ＭＳ分析を成し遂げた。典型的な例では、そのペプチド樹脂（０．１ｍｍｏｌ）をＤＣＭで洗浄した。樹脂をマイクロ波バイアル中に装填した。その容器を排気し、窒素でパージした。モリブデンヘキサカルボニル（０．０１等量、ＳｉｇｍａＡｌｄｒｉｃｈ１９９９５９）を添加した。無水シクロベンゼンをその反応容器に添加した。次いで２−フルオロフェノール（１等量、ＳｉｇｍａＡｌｄｒｉｃｈＦ１２８０４）を添加した。次いでその反応物をマイクロ波中に装填し、１３０℃で１０分間維持した。反応は完了のために時間を延長する（ｂｅｐｕｓｈｅｄａｓｕｂｓｅｑｕｅｎｔｔｉｍｅ）必要がある可能性がある。そのアルキンメタセシスした樹脂に結合したペプチドを、ＴＦＡ／Ｈ_２Ｏ／ＴＩＳ（９４／３／３ｖ／ｖ）を用いた室温で３時間の処理により脱保護し、固体支持体から切断した。その樹脂の濾過後、そのＴＦＡ溶液を冷ジエチルエーテル中で沈殿させ、遠心分離すると、所望の生成物が固体として得られた。その粗生成物を分取ＨＰＬＣにより精製した。

[00197] 表１は調製したペプチドミメティック大環状化合物のリストを示す。

[00198] 表１ａはペプチドミメティック大環状化合物の選択を示す。

[00199] 表１ｂはペプチドミメティック大環状化合物のさらなる選択を示す。

[00200] 上記および他の箇所で示される配列において、下記の略号を用いる：“Ｎｌ
ｅ”はノルロイシンを表し、“Ａｉｂ”は２−アミノイソ酪酸を表し、“Ａｃ”はアセチルを表し、そして“Ｐｒ”はプロピオニルを表す。“＄”として表されるアミノ酸は、１個の二重結合を含む全炭素（ａｌｌ−ｃａｒｂｏｎ）クロスリンカーにより連結されたアルファ−ＭｅＳ５−ペンテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。“＄ｒ５”として表されるアミノ酸は、１個の二重結合を含む全炭素により連結されたアルファ−Ｍｅ
Ｒ５−ペンテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。“＄ｓ８”として表されるアミノ酸は、１個の二重結合を含む全炭素クロスリンカーにより連結されたアルファ−ＭｅＳ８−オクテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。“＄ｒ８”として表されるアミノ酸は、１個の二重結合を含む全炭素クロスリンカーにより連結されたアルファ−ＭｅＲ８−オクテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。“Ａｈｘ”はアミノシクロヘキシルリンカーを表す。そのクロスリンカーは、それぞれのアミノ酸のアルファ炭素の間に８個または１１個の炭素原子を含む線状全炭素クロスリンカーである。“＄／”として表されるアミノ酸は、クロスリンカーにより一切連結されていないアルファ−Ｍｅ
Ｓ５−ペンテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。“＄／ｒ５”として表され
るアミノ酸は、クロスリンカーにより一切連結されていないアルファ−ＭｅＲ５−ペンテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。“＄／ｓ８”として表されるアミノ酸は、クロスリンカーにより一切連結されていないアルファ−ＭｅＳ８−オクテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。“＄／ｒ８”として表されるアミノ酸は、クロスリンカーにより一切連結されていないアルファ−ＭｅＲ８−オクテニル−アラニンオレフィンアミノ酸である。“Ａｍｗ”として表されるアミノ酸は、アルファ−Ｍｅトリプトファンアミノ酸である。“Ａｍｌ”として表されるアミノ酸は、アルファ−Ｍｅロイシンアミノ酸である。“Ａｍｆ”として表されるアミノ酸は、アルファ−Ｍｅフェニルアラニンアミノ酸である。“２ｆｆ”として表されるアミノ酸は、２−フルオロ−フェニルアラニンアミノ酸である。“３ｆｆ”として表されるアミノ酸は、３−フルオロ−フェニルアラニンアミノ酸である。“Ｓｔ”として表されるアミノ酸は、２個のペンテニル−アラニンオレフィン側鎖を含むアミノ酸であり、そのそれぞれが示したような別のアミノ酸に架橋されている。“Ｓｔ／／”として表されるアミノ酸は、２個の架橋されていないペンテニル−アラニンオレフィン側鎖を含むアミノ酸である。“％Ｓｔ”として表されるアミノ酸は、２個のペンテニル−アラニンオレフィン側鎖を含むアミノ酸であり、そのそれぞれが示したような別のアミノ酸に完全飽和炭化水素架橋により架橋されている。“Ｂａ”として表されるアミノ酸はベータ−アラニンである。架橋されたアミノ酸の表記（例えば“＄ｅｒ８”または“＄ｚｒ８”）内の小文字の“ｅ”または“ｚ”は、二重結合の立体配置（それぞれＥまたはＺ）を表す。他の文脈において、“ａ”または“ｆ”のような小文字は、Ｄアミノ酸（例えばそれぞれＤ−アラニン、またはＤ−フェニルアラニン）を表す。“ＮｍＷ”として表記されるアミノ酸はＮ−メチルトリプトファンを表す。“ＮｍＹ”として表記されるアミノ酸はＮ−メチルチロシンを表す。“ＮｍＡ”として表記されるアミノ酸はＮ−メチルアラニンを表す。“Ｋｂｉｏ”はビオチン基がリジン残基の側鎖のアミノ基に結合したものを表す。“Ｓａｒ”として表記されるアミノ酸はサルコシンを表す。“Ｃｈａ”として表記されるアミノ酸はシクロヘキシルアラニンを表す。“Ｃｐｇ”として表記されるアミノ酸はシクロペンチルグリシンを表す。“Ｃｈｇ”として表記されるアミノ酸はシクロヘキシルグリシンを表す。“Ｃｂａ”として表記されるアミノ酸はシクロブチルアラニンを表す。“Ｆ４Ｉ”として表記されるアミノ酸は４−ヨードフェニルアラニンを表す。“７Ｌ”はＮ１５同位体ロイシンを表す。“Ｆ３Ｃｌ”として表記されるアミノ酸は３−クロロフェニルアラニンを表す。“Ｆ４ｃｏｏｈ”として表記されるアミノ酸は４−カルボキシフェニルアラニンを表す。“Ｆ３４Ｆ２”として表記されるアミノ酸は３，４−ジフルオロフェニルアラニンを表す。“６ｃｌＷ”として表記されるアミノ酸は６−クロロトリプトファンを表す。“＄ｒｄａ６”として表記されるアミノ酸は、ジアルキン結合により第２のアルキニルアミノ酸に架橋されたアルファ−ＭｅＲ６−ヘキシニル−アラニンアルキニルアミノ酸を表す。“＄ｄａ５”として表記されるアミノ酸はアルファ−ＭｅＳ５−ペンチニル−アラニンアルキニルアミノ酸を表し、ここでそのアルキンは第２のアルキニルアミノ酸とのジアルキン結合の半分を形成している。“＄ｒａ９”として表記されるアミノ酸は、アルキンメタセシス反応により第２のアルキニルアミノ酸と架橋されたアルファ−ＭｅＲ９−ノニニル−アラニンアルキニルアミノ酸を表す。“＄ａ６”として表記されるアミノ酸は、アルキンメタセシス反応により第２のアルキニルアミノ酸と架橋されたアルファ−ＭｅＳ６−ヘキシニル−アラニンアルキニルアミノ酸を表す。表記“ｉｓｏ１”または“ｉｓｏ２”は、ペプチドミメティック大環状化合物が単一異性体であることを示す。

[00201] “Ｃｉｔ”として表記されるアミノ酸はシトルリンを表す。“Ｃｏｕ４”、
“Ｃｏｕ６”、“Ｃｏｕ７”および“Ｃｏｕ８”として表記されるアミノ酸は、それぞれ下記の構造を表す：

[00202] 一部の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は、例えばそのク
ロスリンカーの構造内の二重結合の立体配置（Ｅ対Ｚ）のため、１種類より多くの異性体で得られる。そのような異性体は従来のクロマトグラフィー法により分離することができ、または分離することができない。一部の態様において、一方の異性体は他方の異性体と対比して向上した生物学的特性を有する。１態様において、ペプチドミメティック大環状化合物のＥクロスリンカーオレフィン異性体はそのＺカウンターパートと対比してより良好な可溶性、より良好な標的親和性、より良好なインビボもしくはインビトロ有効性、より高いヘリックス性、または向上した細胞透過性を有する。別の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物のＺクロスリンカーオレフィン異性体はそのＥカウンターパートと対比してより良好な可溶性、より良好な標的親和性、より良好なインビボもしくはインビトロ有効性、より高いヘリックス性、または向上した細胞透過性を有する。

[00203] 表１ｃは典型的なペプチドミメティック大環状化合物を示す：

Chemical Formula：化学式
Exact Mass：厳密な質量
Molecular Weight：分子量
[00204] 一部の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は表２ａにおいて
示されるペプチドミメティック大環状化合物を除外する：

表２ａにおいて、ＸはＳまたはあらゆるアミノ酸を表す。示したペプチドはＮ末端キャッピング基、例えばアセチル、またはそのキャッピング基およびそのペプチド配列の開始点の間に追加のリンカー、例えばベータ−アラニンを含むことができる。

[00205] 一部の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は表２ａにおいて
示されるようなペプチドミメティック大員環構造を含まない。

[00206] 他の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は表２ｂにおいて示
されるペプチドミメティック大環状化合物を除外する：

[00207] 一部の態様において、ペプチドミメティック大環状化合物は表２ｂにおいて
示されるようなペプチドミメティック大員環構造を含まない。

[00208] 表２ｃは、Ｄ−アミノ酸を含む非架橋ポリペプチドの例を示す。

実施例３：ＭＤＭＸとの複合体の状態のペプチドミメティック大環状化合物のＸ線共結晶解析
[00209] ペプチド４６（表２ｂ）との共結晶化のために、ＤＭＳＯ中１００ｍＭスト
ック溶液からの化学量論量の化合物をゼブラフィッシュＭＤＭＸタンパク質溶液に添加し、４℃で一夜静置しておいた後、結晶化実験を準備した。手順はＰｏｐｏｗｉｃｚらにより記載された手順に類似しており、下記に記載するように一部を変更した。タンパク質（残基１５〜１２９、Ｌ４６Ｖ／Ｖ９５Ｌ）を大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）発現系からｐＥＴ
１５ｂベクターを用いて得た。細胞を３７℃で増殖させ、０．７のＯＤ_６００において１ｍＭＩＰＴＧで誘導した。細胞を２３℃でさらに１８時間増殖させておいた。タンパク質を、５０ｍＭＮａＰＯ_４、ｐＨ８．０、１５０ｍＭＮａＣｌ、２ｍＭＴＣＥＰで緩衝したＮｉ−ＮＴアガロース、続いてＳｕｐｅｒｄｅｘ７５を用いて精製し、次いで濃縮して２４ｍｇ／ｍｌにした。その緩衝液を結晶化実験のために２０ｍＭＴｒｉｓ、ｐＨ８．０、５０ｍＭＮａＣｌ、２ｍＭＤＴＴに交換した。初期結晶をＮｅｘｔａｌ（Ｑｉａｇｅｎ）ＡＭＳｓｃｒｅｅｎ＃９４を用いて得て、最終的な最適化されたリザーバーは２．６ＭＡＭＳ、７５ｍＭＨｅｐｅｓ、ｐＨ７．５であった。結晶はルーチン的に４℃において薄い平板として成長し、それらを濃縮（３．４Ｍ）マロネートを含有する溶液を通して引き（ｐｕｌｌｉｎｇ）、続いて液体窒素中でフラッシュ冷却、貯蔵、および輸送することによりそれを凍結保護した。

[00210] ＡＰＳにおいて、ビームライン３１−ＩＤ（ＳＧＸ−ＣＡＴ）で１００°Ｋ
および波長０．９７９２９Åでデータ収集を実施した。そのビームラインはＲａｙｏｎｉｘ２２５−ＨＥ検出器を備えていた。データ収集に関して、結晶を、０．８秒の暴露時間を用いて、１８０°を通して１°のきざみ幅で回転させた。データをＭｏｓｆｌｍ／ｓｃａｌａ（ＣＣＰ４;The CCP4 Suite: Programs for Protein Crystallography. Acta Crystallogr. D50, 760-763 (1994); P.R. Evans. Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter 33, 22-24 (1997)を参照）を用いて空間群Ｃ２（単位格子：ａ＝１０９．２７８６、ｂ＝８１．０８３６、ｃ＝３０．９０５８Å、α＝９０、β＝８９．８５７７、γ＝９０°）で処理および整理した。プログラムＭｏｌｒｅｐ（ＣＣＰ４;A.Vagin & A. Teplyakov. J. Appl. Cryst. 30, 1022-1025 (1997)を参照）を用いた分子置換を、Ｐｏｐｏｗｉｃｚ
らにより決定された構造のＭＤＭＸ構成要素（２Ｚ５Ｓ;G.M. Popowicz, A. Czarna, U. Rothweiler, A. Szwagierczak, M. Krajewski, L. Weber & T.A. Holak. Cell Cycle 6, 2386-2392 (2007)を参照）を用いて実施し、非対称単位での２つの分子を同定した。ゼブラフィッシュＭＤＭＸのまさにその２個の分子のプログラムＲｅｆｍａｃ（ＣＣＰ４;G.N. Murshudov, A.A. Vagin & E.J. Dodson. Acta Crystallogr. D53, 240-255 (1997)を参照）を用いた初期精密化は、結果として０．３４２４のＲ因子（Ｒ_ｆｒｅｅ＝０．３７１２）ならびに結合（０．０１８Å）および角度（１．６９８°）に関するｒｍｓｄ値をもたらした。Ｇｌｎ^１９で始まり脂肪族のステープル（ｓｔａｐｌｅ）の全てが含まれるステープルで留められた（ｓｔａｐｌｅｄ）ペプチド構成要素に関する電子密度は非常に明確であった。ＣＮＸ（Ａｃｃｅｌｒｙｓ）による２．３Åの解像度に対するデータを用いたさらなる精密化は、結果として十分に精密化された（Ｒ_ｆ＝０．２６０１、Ｒ_ｆｒｅｅ＝０．３１６２、ｒｍｓｄ結合＝０．００７Åおよびｒｍｓｄ角＝０．９１６°）モデル（ＭＤＭＸからの１４４８個の原子、ステープルで留められたペプチドからの２７２個の原子および４６個の水分子からなる）をもたらした。

[00211] この実施例からの結果を図１および２において示す。

実施例４：アルファ−ヘリックス性の円二色性（ＣＤ）分析
[00212] ペプチド溶液を、ＪａｓｃｏＪ−８１５分光偏光計（ＪａｓｃｏＩｎｃ
．、メリーランド州イーストン）をＪａｓｃｏＳｐｅｃｔｒａＭａｎａｇｅｒＶｅｒ．２システムソフトウェアと共に用いてＣＤ分光法により分析した。ペルチェ温度制御装置を用いて光学セルの温度制御を維持した。結果は等式［θ］＝θｏｂｓ・ＭＲＷ／１０^＊ｌ^＊ｃから計算されるような平均モル楕円率［θ］（ｄｅｇｃｍ２ｄｍｏｌ−１）として表され、ここでθｏｂｓはミリ度での観察された楕円率であり、ＭＲＷはペプチドの平均残基重量（ペプチド分子量／残基数）であり、ｌはセンチメートルでのそのセルの光路長であり、そしてｃはｍｇ／ｍｌでのペプチド濃度である。ペプチド濃度はアミノ酸分析により決定した。ペプチドのストック溶液を穏和な（ｂｅｎｉｇｎ）ＣＤ緩衝液（２０ｍＭリン酸、ｐＨ２）中で調製した。そのストックを用いて、１０ｍｍ経路長セルで
の分析のために、穏和なＣＤ緩衝液または５０％トリフルオロエタノール（ＴＦＥ）を含むＣＤ緩衝液のどちらかにおける０．０５ｍｇ／ｍｌのペプチド溶液を調製した。ペプチド溶液の可変波長測定を、４℃において１９５から２５０ｎｍまで、０．２ｎｍのきざみ幅で、そして走査速度５０ｎｍ／分で走査した。６回の走査の平均を報告した。

[00213] 表３は、選択されたペプチドミメティック大環状化合物に関する円二色性デ
ータを示す：

実施例５：蛍光偏光（ＦＰ）を用いたＭＤＭ２の直接結合アッセイ
[00214] そのアッセイは下記の一般的なプロトコルに従って実施された：
１．ＭＤＭ２（組織内、４１ｋＤ）をＦＰ緩衝液（高塩濃度緩衝液−２００ｍＭＮａＣｌ、５ｍＭＣＨＡＰＳ、ｐＨ７．５）中に希釈して、１０μＭの使用ストック溶液を作る。

２．３０μｌの１０μＭのタンパク質ストック溶液を９６ウェル黒色ＨＥマイクロプレート（ＭｏｌｅｃｕｌａｒＤｅｖｉｃｅｓ）のＡ１およびＢ１ウェルの中に入れる。

３．３０μｌのＦＰ緩衝液を縦列Ａ２〜Ａ１２、Ｂ２〜Ｂ１２、Ｃ１〜Ｃ１２、およびＤ１〜Ｄ１２中に満たす。

４．Ａ１、Ｂ１からＡ２、Ｂ２中に；Ａ２、Ｂ２からＡ３、Ｂ３に；...のタンパク
質ストックの２または３倍系列希釈を、最後の希釈点において１桁ｎＭ濃度に達するように行う。

５．（１００％ＤＭＳＯ中）１ｍＭのＦＡＭ標識した線状ペプチドをＤＭＳＯで１００μＭに希釈する（１：１０希釈）。次いで、水により１００μＭから１０μＭに希釈し（１：１０希釈）、次いでＦＰ緩衝液で１０μＭから４０ｎＭに希釈する（１：２５０希釈）。これが使用溶液であり、それはウェル中で１０ｎＭの濃度であろう（１：４希釈）。その希釈したＦＡＭ標識ペプチドを暗所で使用まで保存する。

６．１０μｌの１０ｎＭのＦＡＭ標識ペプチドをそれぞれのウェル中に添加してインキュベートし、異なる時点で読み取る。５−ＦＡＭ−ＢａＬＴＦＥＨＹＷＡＱＬＴＳ−Ｎ
Ｈ_２に関するＫｄは約１３．３８ｎＭである。

実施例６：ＭＤＭ２に関する競合蛍光偏光アッセイ
[00215] そのアッセイは下記の一般的なプロトコルに従って実施された：
１．ＭＤＭ２（組織内、４１ｋＤ）をＦＰ緩衝液（高塩濃度緩衝液−２００ｍＭＮａＣｌ、５ｍＭＣＨＡＰＳ、ｐＨ７．５）中に希釈して、８４ｎＭ（２×）の使用ストック溶液を作る。

２．２０μｌの８４ｎＭ（２×）のタンパク質ストック溶液を９６ウェル黒色ＨＥマイクロプレート（ＭｏｌｅｃｕｌａｒＤｅｖｉｃｅｓ）のそれぞれのウェルの中に入れる。

３．（１００％ＤＭＳＯ中）１ｍＭのＦＡＭ標識した線状ペプチドをＤＭＳＯで１００μＭに希釈する（１：１０希釈）。次いで、水により１００μＭから１０μＭに希釈し（１：１０希釈）、次いでＦＰ緩衝液で１０μＭから４０ｎＭに希釈する（１：２５０希釈）。これが使用溶液であり、それはウェル中で１０ｎＭの濃度であろう（１：４希釈）。その希釈したＦＡＭ標識ペプチドを暗所で使用まで保存する。

４．未標識のペプチド用量プレートを１μＭ（終濃度）のペプチドを用いて出発してＦＰ緩衝液を用いて作り、以下の希釈スキームを用いて６点に関する５倍系列希釈を作る。

（１００％ＤＭＳＯ中）１０ｍＭをＤＭＳＯで希釈して５ｍＭにする（１：２希釈）。次いで、Ｈ_２Ｏで５ｍＭから５００μＭに希釈し（１：１０希釈）、次いでＦＰ緩衝液で５００μＭから２０μＭに希釈する（１：２５希釈）。４μＭ（４×）から６点に関して５倍系列希釈を作る。

５．１０μｌの系列希釈された未標識ペプチドをそれぞれのウェルに移し、それを２０μｌの８４ｎＭのタンパク質で満たす。

６．１０μｌの１０ｎＭ（４×）のＦＡＭ標識ペプチドをそれぞれのウェル中に添加し、３時間インキュベートして読み取る。

実施例７：蛍光偏光（ＦＰ）を用いたＭＤＭＸの直接結合アッセイ
[00216] そのアッセイは下記の一般的なプロトコルに従って実施された：
１．ＭＤＭＸ（組織内、４０ｋＤ）をＦＰ緩衝液（高塩濃度緩衝液−２００ｍＭＮａＣｌ、５ｍＭＣＨＡＰＳ、ｐＨ７．５）中に希釈して、１０μＭの使用ストック溶液を作る。

５．（１００％ＤＭＳＯ中）１ｍＭのＦＡＭ標識した線状ペプチドをＤＭＳＯで１０
０μＭに希釈する（１：１０希釈）。次いで、水により１００μＭから１０μＭに希釈し（１：１０希釈）、次いでＦＰ緩衝液で１０μＭから４０ｎＭに希釈する（１：２５０希釈）。これが使用溶液であり、それはウェル中で１０ｎＭの濃度であろう（１：４希釈）。その希釈したＦＡＭ標識ペプチドを暗所で使用まで保存する。

６．１０μｌの１０ｎＭのＦＡＭ標識ペプチドをそれぞれのウェル中に添加してインキュベートし、異なる時点で読み取る。

５−ＦＡＭ−ＢａＬＴＦＥＨＹＷＡＱＬＴＳ−ＮＨ_２に関するＫｄは約５１ｎＭである。

実施例８：ＭＤＭＸに関する競合蛍光偏光アッセイ
[00217] そのアッセイは下記の一般的なプロトコルに従って実施された：
１．ＭＤＭＸ（組織内、４０ｋＤ）をＦＰ緩衝液（高塩濃度緩衝液−２００ｍＭＮａＣｌ、５ｍＭＣＨＡＰＳ、ｐＨ７．５）中に希釈して、３００ｎＭ（２×）の使用ストック溶液を作る。

２．２０μｌの３００ｎＭ（２×）のタンパク質ストック溶液を９６ウェル黒色ＨＥマイクロプレート（ＭｏｌｅｃｕｌａｒＤｅｖｉｃｅｓ）のそれぞれのウェルの中に入れる。

４．未標識のペプチド用量プレートを５μＭ（終濃度）のペプチドを用いて出発してＦＰ緩衝液を用いて作り、以下の希釈スキームを用いて６点に関する５倍系列希釈を作る。

５．（１００％ＤＭＳＯ中）１０ｍＭをＤＭＳＯで希釈して５ｍＭにする（１：２希釈）。次いで、Ｈ_２Ｏで５ｍＭから５００μＭに希釈し（１：１０希釈）、次いでＦＰ緩衝液で５００μＭから２０μＭに希釈する（１：２５希釈）。２０μＭ（４×）から６点に関して５倍系列希釈を作る。

６．１０μｌの系列希釈された未標識ペプチドをそれぞれのウェルに移し、それを２０μｌの３００ｎＭのタンパク質で満たす。

７．１０μｌの１０ｎＭ（４×）のＦＡＭ標識ペプチドをそれぞれのウェル中に添加し、３時間インキュベートして読み取る。

実施例５〜８からの結果を表４において示す。下記の尺度を用いる：“＋”は１０００ｎＭより大きい値を表し、“＋＋”は１００ｎＭより大きく１０００ｎＭ以下の値を表し、“＋＋＋”は１０ｎＭより大きく１００ｎＭ以下の値を表し、そして“＋＋＋＋”は１０ｎＭ以下の値を表す。

実施例９：競合結合ＥＬＩＳＡ（ＭＤＭ２＆ＭＤＭＸ）
[00218] ｐ５３−Ｈｉｓ６タンパク質（３０ｎＭ／ウェル）を室温で９６ウェルＩｍ
ｍｕｌｏｎプレートのウェル中で一夜コートする。その実験の日に、プレートを自動化されたＥＬＩＳＡプレート洗浄機を用いて１×ＰＢＳ−Ｔｗｅｅｎ２０（０．０５％）で洗浄し、ＥＬＩＳＡＭｉｃｒｏｗｅｌｌＢｌｏｃｋｉｎｇを用いて室温で３０分間ブロッキングし；過剰なブロッキング剤を、プレートを１×ＰＢＳ−Ｔｗｅｅｎ２０（０．０５％）で洗浄することにより洗い落とす。ペプチドを１０ｍＭＤＭＳＯストックから滅菌水中で５００μＭ使用ストックに希釈し、さらなる希釈はＤＭＳＯの濃度を試料にわたって一定に保つために０．５％ＤＭＳＯ中で行う。そのペプチドをウェルに５０μｌ体積中で２×所望濃度で入れ、続いて希釈したＧＳＴ−ＭＤＭ２またはＧＳＴ−ＨＭＤＸタンパク質（終濃度：１０ｎＭ）を添加する。試料を室温で２時間インキュベートし、プレートをＰＢＳ−Ｔｗｅｅｎ２０（０．０５％）で洗浄した後、ＨＲＰ安定化緩衝
液中で０．５μｇ／ｍｌに希釈した１００μｌのＨＲＰコンジュゲート抗ＧＳＴ抗体［Ｈｙｐｒｏｍａｔｒｉｘ、ＩＮＣ］を添加する。検出抗体と共に３０分間インキュベートした後、プレートを洗浄し、ウェルあたり１００μｌのＴＭＢ−Ｅ基質溶液と共に３０分間までインキュベートし；反応を１ＭＨＣＬを用いて停止し、マイクロプレートリーダー上で４５０ｎｍにおいて吸光度を測定する。データをＧｒａｐｈＰａｄＰＲＩＳＭソフトウェアを用いて分析する。

実施例１０：細胞生存度アッセイ
[00219] そのアッセイは下記の一般的なプロトコルに従って実施された：
細胞を蒔く：アッセイの前日に、細胞をトリプシン処理し、計数し、予め決められた密度で９６ウェルプレートに蒔く。下記の細胞密度を使用するそれぞれの細胞株に関して用いる：
・ＳＪＳＡ−１：７５００細胞／ウェル
・ＲＫＯ：５０００細胞／ウェル
・ＲＫＯ−Ｅ６：５０００細胞／ウェル
・ＨＣＴ−１１６：５０００細胞／ウェル
・ＳＷ−４８０：２０００細胞／ウェル
・ＭＣＦ−７：５０００細胞／ウェル
[00220] 試験の日に、培地を室温において１１％ＦＢＳを含む新しい培地（アッセイ
培地）と取り替える。ウェルあたり１８０μＬのアッセイ培地を添加する。細胞を含まない対照ウェルには２００μｌの培地を入れる。

[00221] ペプチドの希釈：全ての希釈は室温で行われ、室温で細胞に添加される。

・ＤＭＳＯ中でペプチドの１０ｍＭストックを調製する。そのストックを１：３希釈スキームを用いてＤＭＳＯを希釈液として用いて系列希釈して、１０、３．３、１．１、０．３３、０．１１、０．０３、０．０１ｍＭ溶液を得る。その系列ＤＭＳＯ希釈したペプチドを、滅菌水を用いて３３．３倍希釈する。これはある範囲の１０×使用ストックを与える。また、対照ウェルに関してＤＭＳＯ／滅菌水（３％ＤＭＳＯ）混合物も調製する。

・従って、その使用ストック濃度範囲のμＭは３００、１００、３０、１０、３、１、０．３および０μＭであろう。それぞれの希釈工程において、マルチチャンネル（ｍｕｌｔｉｃｈａｎｎｅｌ）を用いてウェルを混合する。

・横列Ｈは対照を有する。Ｈ１〜Ｈ３には２０ｕｌのアッセイ培地を入れるであろう。Ｈ４〜Ｈ９には２０ｕｌの３％ＤＭＳＯ−水ビヒクルを入れるであろう。Ｈ１０〜Ｈ１２は細胞を含まない培地のみの対照を有するであろう。

・陽性対照：ＭＤＭ２小分子阻害剤であるＮｕｔｌｉｎ−３ａ（１０ｍＭ）を陽性対照として用いる。Ｎｕｔｌｉｎはペプチドと同じ希釈スキームを用いて希釈された。

[00222] 使用溶液の細胞への添加：
・２０μｌの１０×所望濃度を適切なウェルに添加して、ウェル中で合計２００μｌの体積中で終濃度を達成する。（２０μｌの３００μＭペプチド＋１８０μｌの培地中の細胞＝ウェル中で２００μｌの体積中で３０μＭの終濃度）。ピペットを用いて穏やかに数回混合する。従って、用いられる終濃度範囲は３０、１０、３、１、０．３、０．１、０．０３および０μＭであろう（強力なペプチドに関してはさらなる希釈が含まれる）。

・対照には、ペプチドを与えられないがペプチドを含有するウェルと同じ濃度のＤＭＳＯを含有するウェル、および細胞を含有しないウェルが含まれる。

・加湿した５％ＣＯ_２の雰囲気中で３７℃で７２時間インキュベートする。

・細胞の生存度をＰｒｏｍｅｇａからのＭＴＴ試薬を用いて決定する。ＳＪＳＡ−１、ＲＫＯ、ＲＫＯ−Ｅ６、ＨＣＴ−１１６細胞の生存度を３日目に決定し、ＭＣＦ−７細胞の生存度を５日目に決定し、ＳＷ−４８０細胞の生存度を６日目に決定する。指定されたインキュベーション時間の終了時に、プレートを室温に至らせる。それぞれのウェルから８０μｌのアッセイ培地を取り出す。１５μｌの解凍したＭＴＴ試薬をそれぞれのウェルに添加する。

・プレートを加湿した５％ＣＯ_２の雰囲気中で３７℃で２時間インキュベートしておき、１００μｌの可溶化試薬を製造業者のプロトコル通りに添加する。攪拌しながら室温で１時間インキュベートし、ＳｙｎｅｒｇｙＢｉｏｔｅｋマルチプレートリーダー上で５７０ｎｍの吸光度に関して読み取る。

・ＧｒａｐｈＰａｄＰＲＩＳＭ分析ツールを用いて、細胞生存度をＤＭＳＯ対照に対して分析する。

[00223] 試薬：
・Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ細胞培養培地
ｉ．Ｆａｌｃｏｎ９６ウェル透明細胞培養処理プレート（Ｎｕｎｃ３５３０７２）
・ＤＭＳＯ（ＳｉｇｍａＤ２６５０）
・ＲＰＭＩ１６４０（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ７２４００）
・ＭＴＴ（ＰｒｏｍｅｇａＧ４０００）
[00224] 機器：吸光度の読み取りのためのマルチプレートリーダー（Ｓｙｎｅｒｇｙ
２）。

[00225] 細胞生存度アッセイからの結果を表５および６において示す。下記の尺度を
用いる：“＋”は３０μＭより大きい値を表し、“＋＋”は１５μＭより大きく３０μＭ以下の値を表し、“＋＋＋”は５μＭより大きく１５μＭ以下の値を表し、そして“＋＋＋＋”は５μＭ以下の値を表す。“ＩＣ５０比”は、ｐ５３−／−細胞における平均ＩＣ５０と対比したｐ５３＋／＋細胞における平均ＩＣ５０の比率を表す。

実施例１１：Ｐ２１ＥＬＩＳＡアッセイ
[00226] そのアッセイは下記の一般的なプロトコルに従って実施された：
細胞を蒔く：
・アッセイの前日に、ＳＪＳＡ１細胞をトリプシン処理し、計数し、９６ウェルプレートにおいて７５００細胞／１００μｌ／ウェルの密度で蒔く。

・試験の日に、培地を新しいＲＰＭＩ−１１％ＦＢＳ（アッセイ培地）と取り替える。ウェルあたり９０μＬのアッセイ培地を添加する。細胞を含まない対照ウェルには１００μｌの培地を入れる。

[00227] ペプチドの希釈：
・ＤＭＳＯ中でペプチドの１０ｍＭストックを調製する。そのストックを１：３希釈スキームを用いてＤＭＳＯを希釈液として用いて系列希釈して、１０、３．３、１．１、０．３３、０．１１、０．０３、０．０１ｍＭ溶液を得る。その系列ＤＭＳＯ希釈したペプチドを、滅菌水を用いて３３．３倍希釈する。これはある範囲の１０×使用ストックを与える。また、対照ウェルに関してＤＭＳＯ／滅菌水（３％ＤＭＳＯ）混合物も調製する。

・従って、その使用ストック濃度範囲のμＭは３００、１００、３０、１０、３、１、０．３および０μＭであろう。それぞれの希釈工程において、マルチチャンネルを用いてウェルを混合する。

・横列Ｈは対照を有する。Ｈ１〜Ｈ３には１０ｕｌのアッセイ培地を入れるであろう。Ｈ４〜Ｈ９には１０ｕｌの３％ＤＭＳＯ−水ビヒクルを入れるであろう。Ｈ１０〜Ｈ１２は細胞を含まない培地のみの対照を有するであろう。

[00228] 使用ストックの細胞への添加：
・１０μｌの１０×所望濃度を適切なウェルに添加して、ウェル中で合計１００μｌの体積中で終濃度を達成する。（１０μｌの３００μＭペプチド＋９０μｌの培地中の細胞＝ウェル中で１００μｌの体積中で３０μＭの終濃度）。従って、用いられる終濃度範囲は３０、１０、３、１、０．３および０μＭであろう。

・対照には、ペプチドを与えられないがペプチドを含有するウェルと同じ濃度のＤＭＳＯを含有するウェル、および細胞を含有しないウェルが含まれるであろう。

・２０時間インキュベートした後、培地を吸引し；細胞を１×ＰＢＳ（Ｃａ^＋＋／Ｍｇ^＋＋を含まない）で洗浄し、６０μｌの１×細胞溶解用緩衝液（ＣｅｌｌＳｉｇｎａｌｉｎｇｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓの１０×緩衝液を１×に希釈し、プロテアーゼ阻害剤およびホスファターゼ阻害剤を補ったもの）中で氷上で３０分間溶解させる。

・プレートを４℃において５０００ｒｐｍの速度で８分間遠心分離し；透明な上清を集め、さらなる使用まで−８０℃で凍結させる。

[00229] タンパク質の推定：
・その溶解物の総タンパク質含有量を、ＴｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒからのＢＣＡタンパク質検出キットおよびＢＳＡ標準を用いて測定する。典型的には、ウェルあたり約６〜７μｇのタンパク質が予想される。

・ウェルあたり５０μｌのその溶解液を用いて、ｐ２１ＥＬＩＳＡを構成する。

[00230] ヒト総ｐ２１ＥＬＩＳＡ：そのＥＬＩＳＡアッセイのプロトコルは、製造
業者の説明書通りに従う。５０μｌの溶解物をそれぞれのウェルに関して用いて、それぞれのウェルを３重（ｔｒｉｐｌｉｃａｔｅ）で構成する。

[00231] 試薬：
・Ｃｅｌｌ−ＢａｓｅｄＡｓｓａｙ（−）−Ｎｕｔｌｉｎ−３（１０ｍＭ）：ＣａｙｍａｎＣｈｅｍｉｃａｌｓ、カタログ番号６０００３４
・ＯｐｔｉＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎカタログ番号５１９８５
・ＣｅｌｌＳｉｇｎａｌｉｎｇ溶解用緩衝液（１０Ｘ）、Ｃｅｌｌｓｉｇｎａｌｉｎｇｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、カタログ番号９８０３
・プロテアーゼ阻害剤カクテル錠（ミニ）、ＲｏｃｈｅＣｈｅｍｉｃａｌｓ、カタログ番号０４６９３１２４００１
・ホスファターゼ阻害剤カクテル錠、ＲｏｃｈｅＣｈｅｍｉｃａｌｓ、カタログ番号０４９０６８３７００１
・ヒト総ｐ２１ＥＬＩＳＡキット、Ｒ＆ＤＳｙｓｔｅｍｓ、ＤＹＣ１０４７−５
・停止溶液（１ＭＨＣＬ）、ＣｅｌｌＳｉｇｎａｌｉｎｇＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ番号７００２
[00232] 機器：微量遠心機−Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ５４１５Ｄおよび吸光度の読み取
りのためのマイクロプレートリーダー（Ｓｙｎｅｒｇｙ２）。

実施例１２：カスパーゼ３検出アッセイ：
[00233] そのアッセイは下記の一般的なプロトコルに従って実施された：
細胞を蒔く：アッセイの前日に、ＳＪＳＡ１細胞をトリプシン処理し、計数し、９６ウェルプレートにおいて７５００細胞／１００μｌ／ウェルの密度で蒔く。試験の日に、培地を新しいＲＰＭＩ−１１％ＦＢＳ（アッセイ培地）と取り替える。ウェルあたり１８０μＬのアッセイ培地を添加する。細胞を含まない対照ウェルには２００μｌの培地を入れる。

[00234] ペプチドの希釈：
・ＤＭＳＯ中でペプチドの１０ｍＭストックを調製する。そのストックを１：３希釈スキームを用いてＤＭＳＯを希釈液として用いて系列希釈して、１０、３．３、１．１、０．３３、０．１１、０．０３、０．０１ｍＭ溶液を得る。その系列ＤＭＳＯ希釈したペプチドを、滅菌水を用いて３３．３倍希釈する。これはある範囲の１０×使用ストックを与える。また、対照ウェルに関してＤＭＳＯ／滅菌水（３％ＤＭＳＯ）混合物も調製する。

・従って、その使用ストック濃度範囲のμＭは３００、１００、３０、１０、３、１、０．３および０μＭであろう。それぞれの希釈工程において、マルチチャンネルを用いてウェルを混合する。２０ｕｌの１０×使用ストックを適切なウェルに添加する。

[00235] 使用ストックの細胞への添加：
・１０μｌの１０×所望濃度を適切なウェルに添加して、ウェル中で合計１００μｌの体積中で終濃度を達成する。（１０μｌの３００μＭペプチド＋９０μｌの培地中の細胞＝ウェル中で１００μｌの体積中で３０μＭの終濃度）。従って、用いられる終濃度範囲は３０、１０、３、１、０．３および０μＭであろう。

・４８時間インキュベートした後、８０μｌの培地をそれぞれのウェルから吸引し；ウェルあたり１００μｌのカスパーゼ３／７Ｇｌｏアッセイ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａカスパーゼ３／７ｇｌｏアッセイシステム、Ｇ８０９２）を添加し、穏やかに振盪しながら室温で１時間インキュベートする。

・ＳｙｎｅｒｇｙＢｉｏｔｅｋマルチプレートリーダー上で蛍光に関して読み取る。

・データをＤＭＳＯ処理した細胞と比較したカスパーゼ３の活性化として分析する。

[00236] 実施例１１および１２からの結果を表７において示す：

実施例１３．ペプチドミメティック大環状化合物による細胞溶解
[00237] ＳＪＳＡ−１細胞を１日前に透明な平底プレート（Ｃｏｓｔａｒ、カタログ
番号３５３０７２）中に７５００細胞／ウェルで１００ｕｌ／ウェルの増殖培地と共に蒔
き、横列Ｈの縦列１０〜１２は培地単独のために空のままにする。アッセイの日に、培地をＲＰＭＩ１％ＦＢＳ培地、ウェルあたり９０ｕＬの培地と交換した。

[00238] ペプチドミメティック大環状化合物の１０ｍＭストック溶液を１００％ＤＭ
ＳＯ中で調製した。次いでペプチドミメティック大環状化合物を１００％ＤＭＳＯ中で系列希釈し、次いで滅菌水中でさらに２０倍希釈して、それぞれのペプチドミメティック大環状化合物の５％ＤＭＳＯ／水中の使用ストック溶液を５００ｕＭから６２．５ｕＭまでの範囲の濃度で調製した。

[00239] １０ｕＬのそれぞれの化合物を９０ｕＬのＳＪＳＡ−１細胞に添加して、０
．５％ＤＭＳＯを含有する培地中で５０ｕＭ〜６．２５ｕＭの終濃度を得た。陰性対照（非溶解性）試料は０．５％ＤＭＳＯのみであり、陽性対照（溶解性）試料には１０ｕＭＭｅｌｉｔｔｉｎおよび１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００が含まれる。

[00240] 細胞プレートを３７℃で１時間インキュベートした。１時間のインキュベー
ション後、その細胞の形態を顕微鏡により調べ、次いでそのプレートを室温において１２００ｒｐｍで５分間遠心分離した。それぞれのペプチドミメティック大環状化合物および対照試料に関する４０ｕＬの上清を透明なアッセイプレートに移す。ＬＤＨの放出をＣａｙｍｅｎからのＬＤＨ細胞毒性アッセイキット（カタログ番号１０００８８２）を用いて測定する。

[00241] 結果を表８において示す：

実施例１４：ｐ５３ＧＲＩＰアッセイ
[00242] ＴｈｅｒｍｏＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ^＊ＢｉｏＩｍａｇｅｐ５３−ＭＤ
Ｍ２再分布アッセイは、薬物化合物または他の刺激に反応したＭＤＭ２とのタンパク質相互作用およびＧＦＰタグ化ｐ５３の細胞内転位置（ｃｅｌｌｕｌａｒｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎ）をモニターする。組み換えＣＨＯ−ｈＩＲ細胞は増強緑色蛍光タンパク質（ＥＧＦＰ）のＣ末端に融合したヒトｐ５３（１−３１２）ならびにＰＤＥ４Ａ４およびＭＤＭ２（１−１２４）の間の融合タンパク質であるＰＤＥ４Ａ４−ＭＤＭ２（１−１２４）を安定発現する。それらは実験条件のｐ５３およびＭＤＭ２の相互作用への作用を測定するためのすぐに使えるアッセイ系を提供する。画像化および分析はＨＣＳプラットフォームを用いて実施する。

[00243] ＣＨＯ−ｈＩＲ細胞を、１％ペニシリン−ストレプトマイシン、０．５ｍｇ
／ｍｌＧｅｎｅｔｉｃｉｎ、１ｍｇ／ｍｌＺｅｏｃｉｎおよび１０％ＦＢＳを補ったＨａｍ’ｓＦ１２培地中で定期的に維持する。細胞を、アッセイを行う１８〜２４時間前に培地を用いてウェルあたり７０００細胞／１００μｌの密度で９６ウェルプレート中に蒔く。次の日に、培地を新しくして、ＰＤ１７７を３μＭの終濃度になるように細胞に添加してフォーカス形成を活性化する。対照ウェルはＰＤ−１７７溶液なしのままにする。ＰＤ１７７による刺激の２４時間後、細胞をＯｐｔｉ−ＭＥＭ培地で１回洗浄し、５０μＬのＰＤ−１７７（６μＭ）を補ったＯｐｔｉ−ＭＥＭ培地を細胞に添加する。ペプチドを１０ｍＭＤＭＳＯストックから滅菌水中で５００μＭの使用ストックに希釈し、さらなる希釈はＤＭＳＯの濃度を試料にわたって一定に保つために０．５％ＤＭＳＯ中で行う。最終的な最も高いＤＭＳＯ濃度は０．５％であり、それを陰性対照として用いる。ＣａｙｍａｎＣｈｅｍｉｃａｌｓのＣｅｌｌ−ＢａｓｅｄＡｓｓａｙ（−）−Ｎｕｔｌｉｎ−３（１０ｍＭ）を陽性対照として用いる。Ｎｕｔｌｉｎをペプチドと同じ希釈スキームを用いて希釈する。５０μｌの２×所望濃度を適切なウェルに添加して、最終的な所望濃度を達成する。次いで細胞をペプチドと共に、加湿した５％ＣＯ２雰囲気中で３７℃において６時間インキュベートする。インキュベーション期間の後、細胞を、培地を穏やかに吸引して除き、ウェルあたり１５０μｌの固定溶液を室温で２０分間添加することにより固定する。固定された細胞を各回ウェルあたり２００μｌのＰＢＳで４回洗浄
する。最後の洗浄の終了時に、１００μｌの１μＭＨｏｅｃｈｓｔ染色溶液を添加する。密封したプレートを暗所で少なくとも３０分間インキュベートし、ＰＢＳで洗浄して過剰な染色液を除去し、ＰＢＳをそれぞれのウェルに添加する。プレートを４℃において暗所で３日間まで保管することができる。ｐ５３／ＭＤＭ２の転位置を、ＣｅｌｌｏｍｉｃｓＡｒｒａｙｓｃａｎ機器上で分子転位置モジュールを用いて、１０×対物レンズ、ＸＦ−１００フィルターセットを用いて、ＨｏｅｃｈｓｔおよびＧＦＰに関して画像化する。出力パラメーターはＭｅａｎ−ＣｉｒｃＲＩＮＧＡｖｅＩｎｔｅｎＲａｔｉｏ（核および細胞質の平均蛍光強度の比率（ウェル平均））であった。画像分析のために用いられたウェルあたりの最小許容可能細胞数は５００細胞に設定した。

実施例１５：ＳＰ３１５、ＳＰ２４９およびＳＰ１５４を用いたＭＣＦ−７乳癌試験
[00244] ＭＣＦ−７乳癌異種移植モデルにおいて胸腺欠損マウスにおける腫瘍増殖の
阻害におけるＳＰ３１５、ＳＰ２４９およびＳＰ１５４の有効性を試験するため、異種移植試験を実施した。陰性対照のステープルで留められたペプチド。ＳＰ１５４の点変異（１９位においてＦがＡに）であるＳＰ２５２も１つの群において試験し；このペプチドはＳＪＳＡ−１インビトロ生存度アッセイにおいて活性を示さなかった。放出の遅い９０日０．７２ｍｇ１７β−エストラジオール植込錠（ＩｎｎｏｖａｔｉｖｅＲｅｓｅａｒｃｈ、フロリダ州サラソータ）を、腫瘍細胞移植の１日前（−１日目）に首の項部上に皮下（ｓｃ）移植した。０日目に、ＭＣＦ−７腫瘍細胞をメスのヌード（Ｃｒｌ：ＮＵ−Ｆｏｘｎ１ｎｕ）マウスの側腹部中にｓｃ移植した。１８日目に、結果として生じたｓｃ腫瘍をカリパスを用いて測定してそれらの長さおよび幅を決定し、マウスの体重を量った。腫瘍サイズを式（長さ×幅^２）／２を用いて計算し、立方ミリメートル（ｍｍ^３）として表した。８５．３ｍｍ^３より小さい、または４１７．３ｍｍ^３より大きい腫瘍を有するマウスはその後の群形成から除外した。１３のマウスの群（群あたり１０匹のマウス）を、ランダム化により、群の平均腫瘍サイズが本質的に同等（群の平均±群の標準偏差＝１８０．７±１７．５ｍｍ^３）であるように形成した。

[00245] ＳＰ３１５、ＳＰ２４９、ＳＰ１５４およびＳＰ２５２の投与溶液を、１０
ｍＭヒスチジン緩衝生理食塩水（ｐＨ７）中で５０ｍｇ／ｍＬの濃度においてＭＰＥＧ（２Ｋ）−ＤＳＰＥを含有するビヒクル中で配合したペプチドから調製した。この配合物をその試験の期間に関して１回調製した。このビヒクルをその後の試験においてビヒクル対照として用いた。

[00246] それぞれの群を異なる処置計画に割り当てた。ビヒクル陰性対照群としての
群１には、１８〜３９日目に週あたり３回８ｍＬ／ｋｇ体重で静脈内（ｉｖ）投与するビヒクルを与えた。群２および３には、ＳＰ１５４をそれぞれ週あたり３回３０ｍｇ／ｋｇまたは週あたり２回４０ｍｇ／ｋｇでのｉｖ注射として与えた。群４には、６．７ｍｇ／ｋｇのＳＰ２４９を週あたり３回ｉｖ注射として与えた。群５、６、７および８には、ＳＰ３１５をそれぞれ週あたり３回２６．７ｍｇ／ｋｇ、週あたり２回２０ｍｇ／ｋｇ、週あたり２回３０ｍｇ／ｋｇ、または週あたり２回４０ｍｇ／ｋｇでのｉｖ注射として与えた。群９には、３０ｍｇ／ｋｇのＳＰ２５２を週あたり３回ｉｖ注射として与えた。

[00247] その投与期間の間、週あたり１〜２回そのマウスの体重を量り、腫瘍を測定
した。腫瘍体積の点での結果を図３〜６において示し、ビヒクル群と比較した腫瘍増殖阻害、体重変化、および２０％以上体重が減少した、または死んだマウスの数を表９において示す。腫瘍増殖阻害（ＴＧＩ）は、％ＴＧＩ＝１００−［（腫瘍体積^{処置（ｘ日目）}−腫瘍体積^{処置（１８日目）}）／（腫瘍体積^{ビヒクル陰性対照（ｘ日目）}−腫瘍体積^{ビヒクル陰性対照（１８日目）}）^＊１００として計算され、ここでｘ＝処置の作用を評価した日である。ビヒクル陰性対照群である群１は、この腫瘍モデルに関して良好な腫瘍増殖速度を示した。

[00248] ＳＰ１５４に関して、週２回４０ｍｇ／ｋｇを投与した群において、２匹の
マウスが処置の間に死に、これはこの投与計画が許容可能ではなかったことを示している。週あたり３回の３０ｍｇ／ｋｇのＳＰ１５４の投与計画は十分に許容され、８４％のＴＧＩをもたらした。

[00249] ＳＰ２４９の週あたり３回６．７ｍｇ／ｋｇを投与した群に関して、４匹の
マウスが処置の間に死に、これはこの投与計画が許容可能ではなかったことを示している。

[00250] ＳＰ３１５に関して用いられた全ての投与計画は良好な許容性を示し、体重
の減少または死亡を示さなかった。週あたり２回の４０ｍｇ／ｋｇのＳＰ３１５の投与は最高のＴＧＩ（９２％）をもたらした。週あたり３回の２６．７ｍｇ／ｋｇのＳＰ３１５、週あたり２回の２０ｍｇ／ｋｇ、週あたり２回の３０ｍｇ／ｋｇの投与計画は、それぞれ８６、８２、および８５％のＴＧＩをもたらした。

[00251] インビトロアッセイで認識可能な活性を示さないＳＰ１５４の点変異である
ＳＰ２５２に関して、週あたり３回の３０ｍｇ／ｋｇの投与は十分に許容され、体重の減少または死亡を示さなかった。３２日目までに８８％のＴＧＩが示されたが、そのＴＧＩは３９日目までに４１％まで低減した。

[00252] この実施例からの結果を図３〜６において示し、表９において要約する。

[00253]

[00254] 実施例２１：ペプチドミメティック大環状化合物に関する可溶性の決定
[00255] ペプチドミメティック大環状化合物をまずニート（ｎｅａｔ）Ｎ，Ｎ−ジメ
チルアセトアミド（ＤＭＡ、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、３８８４０−１Ｌ−Ｆ）中で溶解させて２０〜１４０ｍｇ／ｍＬの濃度範囲にわたる２０×ストック溶液を作る。そのＤＭＡストック溶液を２％Ｓｏｌｕｔｏｌ−ＨＳ−１５、２５ｍＭヒスチジン、４５ｍｇ／ｍＬマンニトールを含有する水性ビヒクル中で２０倍希釈して、５％ＤＭＡ、２％
Ｓｏｌｕｔｏｌ−ＨＳ−１５、２５ｍＭヒスチジン、４５ｍｇ／ｍＬマンニトール中１〜７ｍｇ／ｍＬのペプチドミメティック大環状化合物の終濃度を得る。その最終溶液をピペッティングまたは軽いボルテックスを繰り返すことにより穏やかに混合し、次いでその最終溶液を室温において超音波水浴中で１０分間超音波処理する。次いでフードライト（ｈｏｏｄｌｉｇｈｔ）の下で７×視覚拡大鏡を用いて注意深い目視観測を実施して、沈殿が底の上に、または懸濁液として存在するかどうかを決定する。追加の濃度範囲を必要に応じて試験して、それぞれのペプチドミメティック大環状化合物に関する最大溶解限度を決定する。

[00256] この実施例からの結果を図７において示す。

実施例２２：Ｂｏｃ保護されたアミノ酸を用いるペプチドミメティック大環状化合物の調製
[00257] 位置“i”においてＲ８アミノ酸および位置“ｉ＋７”においてＳ５アミノ酸を含むペプチドミメティック大環状化合物前駆体を、実施例２において記述したように調製した。位置“ｉ＋３”におけるアミノ酸は、固相合成の間に組み込まれたＢｏｃ保護されたトリプトファンであった。具体的には、下記に示したＢｏｃ保護されたトリプトファ
ンアミノ酸（例えばＮｏｖａｂｉｏｃｈｅｍから商業的に入手可能である）を、固相合成の間に用いた：

[00258] メタセシスをルテニウム触媒を用いて実施した後、切断および脱保護工程を
行った。環化後に得られた組成物がトランスオレフィン（“ｉｓｏ２”、Ｅ立体配置における二重構造を含む）を含むクロスリンカーを有するペプチドミメティック大環状化合物を主に含有することを、ＨＰＬＣ分析により決定した。予想外にも、９０：１０の比率がｔｒａｎｓおよびｃｉｓ生成物に関してそれぞれ観察された。

[0010] 他の態様において、特許請求されるペプチドミメティック大環状化合物は次の配列を除外する：Ａｃ−ＲＴＱＡＴＦ＄ｒ８ＮＱＷＡｉｂＡＮｌｅ＄ＴＮＡｉｂＴＲ−ＮＨ_２（配列番号：１）、Ａｃ−ＲＴＱＡＴＦ＄ｒ８ＮＱＷＡｉｂＡＮｌｅ＄ＴＮＡｉｂＴＲ−ＮＨ_２（配列番号：２）、Ａｃ−＄ｒ８ＳＱＱＴＦＳ＄ＬＷＲＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２（配列番号：３）、Ａｃ−ＱＳＱ＄ｒ８ＴＦＳＮＬＷ＄ＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２（配列番号：４）、Ａｃ−ＱＳ＄ｒ５ＱＴＦＳｔＮＬＷ＄ＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２（配列番号：５）、またはＡｃ−ＱＳＱＱ＄ｒ８ＦＳＮＬＷＲ＄ＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２（配列番号：６）。

[0011] 他の態様において、特許請求されるペプチドミメティック大環状化合物は次の配列を除外する：Ａｃ−Ｑ＄ｒ８ＱＱＴＦＳＮ＄ＷＲＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２（配列番号：７）。

［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２（配列番号：８）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、
もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。

［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２（配列番号：９）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤは独立してアミノ酸であり；
それぞれのＥは独立してアミノ酸、例えばＡｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基
と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。

［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも２つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２（配列番号：９）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり、ここでＬはそのＥ立体配置において少なくとも１個の二重結合を含み；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、
もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００の整数であり；
ｗは３〜１０００の整数であり；
ｎは１〜５の整数であり；そして
Ｘａａ_７はＢｏｃ−保護されたトリプトファンである］。

［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも２つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２（配列番号：８）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり、ここでＬはそのＥ立体配置において少なくとも１個の二重結合を含み；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、
もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００の整数であり；
ｗは３〜１０００の整数であり；
ｎは１〜５の整数であり；そして
Ｘａａ_７はＢｏｃ−保護されたトリプトファンである］。

［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２（配列番号：８）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。

[00111] 本明細書で記載される式のいずれかの一部の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａ
ａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２（配列番号：８）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも４つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２（配列番号：８）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも５つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２（配列番号：８）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも６つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２（配列番号：８）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも７つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２（配列番号：８）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。

［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２（配列番号：９）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤは独立してアミノ酸であり；
それぞれのＥは独立してアミノ酸、例えばＡｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル
、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。

[00113] 上記の式の一部の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７
、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２（配列番号：９）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。上記の式の他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも４つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２（配列番号：９）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。上記の式の他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも５つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２（配列番号：９）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。上記の式の他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも６つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２（配列番号：９）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸である。上記の式の他の態様において、Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも７つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２（配列番号：９）の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であ
る。

６．１０μｌの１０ｎＭのＦＡＭ標識ペプチドをそれぞれのウェル中に添加してインキュベートし、異なる時点で読み取る。５−ＦＡＭ−ＢａＬＴＦＥＨＹＷＡＱＬＴＳ−ＮＨ_２（配列番号：９４３）に関するＫｄは約１３．３８ｎＭである。

５−ＦＡＭ−ＢａＬＴＦＥＨＹＷＡＱＬＴＳ−ＮＨ_２（配列番号：９４３）に関するＫｄは約５１ｎＭである。

実施例９：競合結合ＥＬＩＳＡ（ＭＤＭ２＆ＭＤＭＸ）
[00218] ｐ５３−Ｈｉｓ６タンパク質（Ｈｉｓ６は配列番号：１５０１として開示）
（３０ｎＭ／ウェル）を室温で９６ウェルＩｍｍｕｌｏｎプレートのウェル中で一夜コートする。その実験の日に、プレートを自動化されたＥＬＩＳＡプレート洗浄機を用いて１×ＰＢＳ−Ｔｗｅｅｎ２０（０．０５％）で洗浄し、ＥＬＩＳＡＭｉｃｒｏｗｅｌｌＢｌｏｃｋｉｎｇを用いて室温で３０分間ブロッキングし；過剰なブロッキング剤を、プレートを１×ＰＢＳ−Ｔｗｅｅｎ２０（０．０５％）で洗浄することにより洗い落とす。ペプチドを１０ｍＭＤＭＳＯストックから滅菌水中で５００μＭ使用ストックに希釈し、さらなる希釈はＤＭＳＯの濃度を試料にわたって一定に保つために０．５％ＤＭＳＯ中で行う。そのペプチドをウェルに５０μｌ体積中で２×所望濃度で入れ、続いて希釈したＧＳＴ−ＭＤＭ２またはＧＳＴ−ＨＭＤＸタンパク質（終濃度：１０ｎＭ）を添加する。試料を室温で２時間インキュベートし、プレートをＰＢＳ−Ｔｗｅｅｎ２０（０．０５％）で洗浄した後、ＨＲＰ安定化緩衝液中で０．５μｇ／ｍｌに希釈した１００μｌのＨＲＰコンジュゲート抗ＧＳＴ抗体［Ｈｙｐｒｏｍａｔｒｉｘ、ＩＮＣ］を添加する。検出抗体と共に３０分間インキュベートした後、プレートを洗浄し、ウェルあたり１００μｌのＴＭＢ−Ｅ基質溶液と共に３０分間までインキュベートし；反応を１ＭＨＣＬを用いて停止し、マイクロプレートリーダー上で４５０ｎｍにおいて吸光度を測定する。データをＧｒａｐｈＰａｄＰＲＩＳＭソフトウェアを用いて分析する。

・横列Ｈは対照を有する。Ｈ１〜Ｈ３には２０μｌのアッセイ培地を入れるであろう。Ｈ４〜Ｈ９には２０μｌの３％ＤＭＳＯ−水ビヒクルを入れるであろう。Ｈ１０〜Ｈ１２は細胞を含まない培地のみの対照を有するであろう。

[00258] メタセシスをルテニウム触媒を用いて実施した後、切断および脱保護工程を
行った。環化後に得られた組成物がトランスオレフィン（“ｉｓｏ２”、Ｅ立体配置における二重構造を含む）を含むクロスリンカーを有するペプチドミメティック大環状化合物を主に含有することを、ＨＰＬＣ分析により決定した。予想外にも、９０：１０の比率がｔｒａｎｓおよびｃｉｓ生成物に関してそれぞれ観察された。
本明細書は以下の発明の開示を包含する。
［１］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬で
あり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。
［２］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。
［３］ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比してＭＤＭ２またはＭＤＭＸへの向上した結合親和性を有する、［１］または［２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［４］ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して低減したＭＤＭＸ対ＭＤＭ２への結合親和性の比率を有する、［１］または［２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［５］ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したインビトロでのｐ５３陽性腫瘍細胞株に対する抗腫瘍有効性を有する、［１］または［２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［６］ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したインビトロでのｐ５３陽性腫瘍細胞株におけるアポトーシスの誘導を示す、［１］または［２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［７］ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したｐ５３陽性対ｐ５３陰性または変異体腫瘍細胞株に関するインビトロ抗腫瘍有効性比率を有する、［１］または［２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［８］ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したインビボでのｐ５３陽性腫瘍に対する抗腫瘍有効性を有する、［１］または［２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［９］ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したインビボでのｐ５３陽性腫瘍におけるアポトーシスの誘導を有する、［１］または［２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［１０］ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上した細胞透過性を有する、［１］または［２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［１１］ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上した可溶性を有する、［１］または［２
］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［１２］Ｘａａ_５がＧｌｕまたはそのアミノ酸アナログである、［１］〜［１１］のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［１３］Ｘａａ_５がＧｌｕまたはそのアミノ酸アナログであり、該ペプチドミメティック大環状化合物が、Ｘａａ_５がＡｌａである対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上した特性、例えば向上した結合親和性、向上した可溶性、向上した細胞有効性、向上したヘリックス性、向上した細胞透過性、向上したインビボもしくはインビトロ抗腫瘍有効性、または向上したアポトーシスの誘導を有する、［１２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［１４］それぞれのＥが独立してＡｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸である、［１］または［２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［１５］［Ｄ］_ｖが−Ｌｅｕ_１−Ｔｈｒ_２である、［１］または［２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［１６］ｗが３〜１０である、前記の［のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［１７］ｗが３〜６である、［１６］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［１８］ｗが６〜１０である、［１６］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［１９］ｗが６である、［１６］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［２０］ｖが１〜１０である、前記の［のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［２１］ｖが２〜１０である、［２０］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［２２］ｖが２〜５である、［２０］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［２３］ｖが２である、［２０］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［２４］表１、表１ａ、表１ｂ、または表１ｃ中のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも約６０％同一であるアミノ酸配列を含むペプチドミメティック大環状化合物であって、該ペプチドミメティック大環状化合物が次式を有し：
［式中：
それぞれのＡ、Ｃ、Ｄ、およびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｂはアミノ酸、
、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＳＯ_２−］、または［−ＮＨ−Ｌ_３−］
であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２およびＬ_３は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖおよびｗは独立して１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｕは１〜１０、例えば１〜５、１〜３または１〜２の整数であり；
ｘ、ｙおよびｚは独立して０〜１０の整数であり、例えばｘ＋ｙ＋ｚの和は２、３、または６であり；
ｎは１〜５の整数である］；
かつ該ペプチドミメティック大環状化合物が表２ａまたは２ｂのペプチドミメティック大環状化合物ではない、前記ペプチドミメティック大環状化合物。
［２５］それぞれのＥが独立してＡｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸である、［２４］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［２６］［Ｄ］_ｖが−Ｌｅｕ_１−Ｔｈｒ_２である、［２４］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［２７］表１、表１ａ、表１ｂ、または表１ｃ中のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも約６０％同一であるアミノ酸配列を含むペプチドミメティック大環状化合物であって、該ペプチドミメティック大環状化合物が次式を有し：
［式中：
それぞれのＡ、Ｃ、Ｄ、およびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｂはアミノ酸、
、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＳＯ_２−］、または［−ＮＨ−Ｌ_３−］であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２およびＬ_３は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、
もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖおよびｗは独立して１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｕは１〜１０、例えば１〜５、１〜３または１〜２の整数であり；
ｘ、ｙおよびｚは独立して０〜１０の整数であり、例えばｘ＋ｙ＋ｚの和は６であり；
ｎは１〜５の整数である］；
ここで、ｗ＞２であり、Ｅにより表される最初の２つのアミノ酸のそれぞれは無電荷の側鎖または負に荷電した側鎖を含み、
ただし、該ペプチドミメティック大環状化合物は表２ａのペプチドミメティック大環状化合物ではなく、かつ下記の配列を有さず：
Ａｃ−ＲＴＱＡＴＦ＄ｒ８ＮＱＷＡｉｂＡＮｌｅ＄ＴＮＡｉｂＴＲ−ＮＨ_２、
Ａｃ−＄ｒ８ＳＱＱＴＦＳ＄ＬＷＲＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２、
Ａｃ−ＱＳＱ＄ｒ８ＴＦＳＮＬＷ＄ＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２、
Ａｃ−ＱＳ＄ｒ５ＱＴＦＳｔＮＬＷ＄ＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２、または
Ａｃ−ＱＳＱＱ＄ｒ８ＦＳＮＬＷＲ＄ＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２、
ここでＡｉｂは２−アミノイソ酪酸を表し、＄は１個の二重結合を含む全炭素クロスリンカーにより連結されたアルファ−ＭｅＳ５−ペンテニル−アラニンオレフィンアミノ酸を表し、＄ｒ５は１個の二重結合を含む全炭素クロスリンカーにより連結されたアルファ−ＭｅＲ５−ペンテニル−アラニンオレフィンアミノ酸を表し、そして＄ｒ８は１個の二重結合を含む全炭素クロスリンカーにより連結されたアルファ−ＭｅＲ８−オクテニル−アラニンオレフィンアミノ酸を表す、前記ペプチドミメティック大環状化合物。
［２８］それぞれのＥが独立してＡｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸である、［２７］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［２９］［Ｄ］_ｖが−Ｌｅｕ_１−Ｔｈｒ_２である、［２７］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［３０］Ｅにより表される最初のＣ末端アミノ酸および／または２番目のＣ末端アミノ酸が疎水性側鎖を含む、［２７］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［３１］疎水性側鎖が大きい疎水性側鎖である、［３０］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［３２］表１、表１ａ、表１ｂ、または表１ｃ中のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも約６０％同一であるアミノ酸配列を含むペプチドミメティック大環状化合物であって、該ペプチドミメティック大環状化合物が次式を有し：
［式中：
それぞれのＡ、Ｃ、Ｄ、およびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｂはアミノ酸、
、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＳＯ_２−］、または［−ＮＨ−Ｌ_３−］であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２およびＬ_３は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖおよびｗは独立して１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｕは１〜１０、例えば１〜５、１〜３または１〜２の整数であり；
ｘ、ｙおよびｚは独立して０〜１０の整数であり、例えばｘ＋ｙ＋ｚの和は６であり；
ｎは１〜５の整数であり；そして
ｗ＞２である］；ここで、Ｅにより表される３番目のアミノ酸は大きい疎水性側鎖を含み、
ただし、該ペプチドミメティック大環状化合物は表２ａのペプチドミメティック大環状化合物ではなく、かつ下記の配列：
Ａｃ−Ｑ＄ｒ８ＱＱＴＦＳＮ＄ＷＲＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２
を有しない、前記ペプチドミメティック大環状化合物。
［３３］Ｅにより表される３番目のアミノ酸以外のそれぞれのＥが、Ａｌａ（アラニン
）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸である、［３２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［３４］［Ｄ］_ｖが−Ｌｅｕ_１−Ｔｈｒ_２である、［３２］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［３５］Ｅにより表される最初の２つのアミノ酸のそれぞれが無電荷の側鎖または負に荷電した側鎖を含む、［３２］〜［３４］のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［３６］Ｅにより表される３番目のアミノ酸が、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、フェニルアラニン（Ｆ）、トリプトファン（Ｗ）、およびチロシン（Ｙ）からなる群から選択されるアミノ酸である、［３２］〜［３４］のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［３７］Ｌ_１およびＬ_２が独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、またはヘテロシクロアリーレンであり、それぞれが場合によりＲ_５で置換されている、［１］〜［３６］のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［３８］Ｌ_１およびＬ_２が独立してアルキレンまたはアルケニレンである、［１］〜［３６］のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［３９］Ｌがアルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンである、［１］〜［３６］のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［４０］Ｌがアルキレンである、［３９］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［４１］ＬがＣ_３〜Ｃ_１６アルキレンである、［４０］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［４２］ＬがＣ_１０〜Ｃ_１４アルキレンである、［４１］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［４３］Ｒ_１およびＲ_２が独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、またはハロ−で置換されている、［１］〜［４２］のいずれかに記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［４４］Ｒ_１およびＲ_２がＨである、［１］〜［４３］のいずれかに記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［４５］Ｒ_１およびＲ_２が独立してアルキルである、［１］〜［４４］のいずれかに記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［４６］Ｒ_１およびＲ_２がメチルである、［４５］に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［４７］ｘ＋ｙ＋ｚ＝６である、［１］〜［４６］のいずれかに記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［４８］ｕが１である、［１］〜［４７］のいずれかに記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［４９］ペプチドミメティック大環状化合物が表２ａまたは表２ｂの大環状化合物ではない、［１］〜［４８］のいずれかに記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［５０］それぞれのＥがＳｅｒもしくはＡｌａまたはそのアナログである、［１］〜［４９］のいずれかに記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［５１］アミノ酸アナログである少なくとも１個のアミノ酸を含む、［１］〜［５０］のいずれかに記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［５２］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［５３］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［５４］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［５５］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［５６］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［５７］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［５８］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［５９］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［６０］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［６１］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［６２］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［６３］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［６４］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［６５］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［６６］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［６７］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［６８］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［６９］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［７０］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［７１］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［７２］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［７３］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［７４］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［７５］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［７６］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［７７］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［７８］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［７９］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［８０］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［８１］次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
［８２］対象に前記の［のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物を投与することを含む、対象において癌を処置する方法。
［８３］癌が頭頚部癌、黒色腫、肺癌、乳癌、および神経膠腫からなる群から選択される、［８４］に記載の方法。
［８４］対象においてｐ５３および／またはＭＤＭ２および／またはＭＤＭＸの活性を調節する方法であって、該対象に前記の［のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物を投与することを含む、前記方法。
［８５］対象においてｐ５３およびＭＤＭ２の間の、および／またはｐ５３およびＭＤＭＸタンパク質の間の相互作用に拮抗する方法であって、該対象に前記の［のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物を投与することを含む、前記方法。
［８６］表１、表１ａ、表１ｂ、または表１ｃ中のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列と約６０％〜約１００％同一であるアミノ酸配列を含む式（Ｉ）：
のペプチドミメティック大環状化合物を含む組成物を調製する方法であって、該方法が式（ＩＩ）：
の化合物を触媒で処理して結果として式Ｉの化合物をもたらすことを含み、
ここで、式（Ｉ）および（ＩＩ）の化合物（単数または複数）において、
それぞれのＡ、Ｃ、Ｄ、およびＥは独立してアミノ酸であり；
それぞれのＢは独立してアミノ酸、
、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＳＯ_２−］、または［−ＮＨ−Ｌ_３−］であり；
それぞれのＲ_１およびＲ_２は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロゲンで置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つはＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＲ_３は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
それぞれのＬ_１、Ｌ_２およびＬ_３は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４’−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４およびＲ_４’は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫは独立してＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_７は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキ
ル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
それぞれのＲ_８は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
それぞれのｖおよびｗは独立して１〜１０００の整数であり；
ｕは１〜１０の整数であり；
それぞれのｘ、ｙおよびｚは独立して１〜１０の整数であり；
それぞれのｎは独立して１〜５の整数であり；
それぞれのｏは独立して１〜１５の整数であり；
それぞれのｐは独立して１〜１５の整数であり；
“（Ｅ）”はトランス二重結合を示し；そして
式（Ｉ）および（ＩＩ）の化合物中に存在するアミノ酸Ａ、Ｃおよび／またはＢ（Ｂがアミノ酸である場合）の１つ以上は保護基を有する側鎖を有する、前記方法。
［８７］保護基が窒素原子保護基である、［８６］に記載の方法。
［８８］保護基がＢｏｃ基である、［８６］〜［８７］のいずれか１項に記載の方法。
［８９］保護基を有するアミノ酸の側鎖が保護されたインドールを含む、［８７］〜[
８８］のいずれか１項に記載の方法。
［９０］その側鎖上に保護基を有するアミノ酸がトリプトファン（Ｗ）であり、それがそのインドール窒素上の保護基により保護されている、［８９］に記載の方法。
［９１］その側鎖上に保護基を有するアミノ酸がトリプトファン（Ｗ）であり、それがそのインドール窒素上でＢｏｃ基により保護されている、［９０］に記載の方法。
［９２］式ＩＩの化合物を触媒と接触させる工程の後、式（Ｉ）の化合物が、Ｚ異性体である対応する化合物と等しい、またはそれよりも多い量で得られる、［８６］〜［９１］のいずれか１項に記載の方法。
［９３］式ＩＩの化合物を触媒と接触させる工程の後、式（Ｉ）の化合物が、Ｚ異性体である対応する化合物よりも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０倍多い量で得られる、［９２］に記載の方法。
［９４］触媒がルテニウム触媒である、［８６］〜［９３］のいずれか１項に記載の方法。
［９５］さらに式（Ｉ）の化合物を還元剤または酸化剤で処理する工程を含む、［８６］〜［９４］のいずれか１項に記載の方法。
［９６］式（ＩＩ）の化合物が固体支持体に付着している、［８６］〜［９５］のいずれか１項に記載の方法。
［９７］式（ＩＩ）の化合物が固体支持体に付着していない、［８６］〜［９５］のいずれか１項に記載の方法。
［９８］さらに保護基（単数または複数）を式（Ｉ）の化合物から除去することを含む、［８６］〜［９７］のいずれか１項に記載の方法。
［９９］閉環メタセシスが約２０℃から約８０℃までの範囲の温度で実施される、［８６］〜［９８］のいずれか１項に記載の方法。
［１００］式（Ｉ）のペプチドミメティック大環状化合物が次式を有する、［８６］〜［１００］のいずれか１項に記載の方法：
［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも２つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり、ここでＬはそのＥ立体配置において少なくとも１個の二重結合を含み；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００の整数であり；
ｗは３〜１０００の整数であり；
ｎは１〜５の整数であり；そして
Ｘａａ_７はＢｏｃ−保護されたトリプトファンである］。
［１０１］式（Ｉ）のペプチドミメティック大環状化合物が次式を有する、［８６］〜［９９］のいずれか１項に記載の方法：
［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも２つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり、ここでＬはそのＥ立体配置において少なくとも１個の二重結合を含み；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００の整数であり；
ｗは３〜１０００の整数であり；
ｎは１〜５の整数であり；そして
Ｘａａ_７はＢｏｃ−保護されたトリプトファンである］。
［１０２］式（Ｉ）のペプチドミメティック大環状化合物がα−ヘリックスを含む、［８６］〜［１０１］のいずれか１項に記載の方法。

Claims

次式のペプチドミメティック大環状化合物：
［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも３つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基
と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｗは３〜１０００、例えば３〜５００、３〜２００、３〜１００、３〜５０、３〜３０、３〜２０、または３〜１０の整数であり；そして
ｎは１〜５の整数である］。
ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比してＭＤＭ２またはＭＤＭＸへの向上した結合親和性を有する、請求項１または２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して低減したＭＤＭＸ対ＭＤＭ２への結合親和性の比率を有する、請求項１または２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したインビトロでのｐ５３陽性腫瘍細胞株に対する抗腫瘍有効性を有する、請求項１または２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したインビトロでのｐ５３陽性腫瘍細胞株におけるアポトーシスの誘導を示す、請求項１または２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したｐ５３陽性対ｐ５３陰性または変異体腫瘍細胞株に関するインビトロ抗腫瘍有効性比率を有する、請求項１または２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したインビボでのｐ５３陽性腫瘍に対する抗腫瘍有効性を有する、請求項１または２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上したインビボでのｐ５３陽性腫瘍におけるアポトーシスの誘導を有する、請求項１または２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上した細胞透過性を有する、請求項１または２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ペプチドミメティック大環状化合物が、ｗが０、１または２である対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して向上した可溶性を有する、請求項１または２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｘａａ_５がＧｌｕまたはそのアミノ酸アナログである、請求項１〜１１のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｘａａ_５がＧｌｕまたはそのアミノ酸アナログであり、該ペプチドミメティック大環状化合物が、Ｘａａ_５がＡｌａである対応するペプチドミメティック大環状化合物と対比して
向上した特性、例えば向上した結合親和性、向上した可溶性、向上した細胞有効性、向上したヘリックス性、向上した細胞透過性、向上したインビボもしくはインビトロ抗腫瘍有効性、または向上したアポトーシスの誘導を有する、請求項１２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
それぞれのＥが独立してＡｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸である、請求項１または２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［Ｄ］_ｖが−Ｌｅｕ_１−Ｔｈｒ_２である、請求項１または２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ｗが３〜１０である、前記の請求項のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ｗが３〜６である、請求項１６に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ｗが６〜１０である、請求項１６に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ｗが６である、請求項１６に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ｖが１〜１０である、前記の請求項のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ｖが２〜１０である、請求項２０に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ｖが２〜５である、請求項２０に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ｖが２である、請求項２０に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
表１、表１ａ、表１ｂ、または表１ｃ中のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも約６０％同一であるアミノ酸配列を含むペプチドミメティック大環状化合物であって、該ペプチドミメティック大環状化合物が次式を有し：
［式中：
それぞれのＡ、Ｃ、Ｄ、およびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｂはアミノ酸、
、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＳＯ_２−］、または［−ＮＨ−Ｌ_３−］であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２およびＬ_３は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖおよびｗは独立して１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｕは１〜１０、例えば１〜５、１〜３または１〜２の整数であり；
ｘ、ｙおよびｚは独立して０〜１０の整数であり、例えばｘ＋ｙ＋ｚの和は２、３、または６であり；
ｎは１〜５の整数である］；
かつ該ペプチドミメティック大環状化合物が表２ａまたは２ｂのペプチドミメティック大環状化合物ではない、前記ペプチドミメティック大環状化合物。
それぞれのＥが独立してＡｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸である、請求項２４に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［Ｄ］_ｖが−Ｌｅｕ_１−Ｔｈｒ_２である、請求項２４に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
表１、表１ａ、表１ｂ、または表１ｃ中のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも約６０％同一であるアミノ酸配列を含むペプチドミメティック大環状化合物であって、該ペプチドミメティック大環状化合物が次式を有し：
［式中：
それぞれのＡ、Ｃ、Ｄ、およびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｂはアミノ酸、
、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＳＯ_２−］、または［−ＮＨ−Ｌ_３−］であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２およびＬ_３は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または
療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖおよびｗは独立して１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｕは１〜１０、例えば１〜５、１〜３または１〜２の整数であり；
ｘ、ｙおよびｚは独立して０〜１０の整数であり、例えばｘ＋ｙ＋ｚの和は６であり；
ｎは１〜５の整数である］；
ここで、ｗ＞２であり、Ｅにより表される最初の２つのアミノ酸のそれぞれは無電荷の側鎖または負に荷電した側鎖を含み、
ただし、該ペプチドミメティック大環状化合物は表２ａのペプチドミメティック大環状化合物ではなく、かつ下記の配列を有さず：
Ａｃ−ＲＴＱＡＴＦ＄ｒ８ＮＱＷＡｉｂＡＮｌｅ＄ＴＮＡｉｂＴＲ−ＮＨ_２、
Ａｃ−＄ｒ８ＳＱＱＴＦＳ＄ＬＷＲＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２、
Ａｃ−ＱＳＱ＄ｒ８ＴＦＳＮＬＷ＄ＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２、
Ａｃ−ＱＳ＄ｒ５ＱＴＦＳｔＮＬＷ＄ＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２、または
Ａｃ−ＱＳＱＱ＄ｒ８ＦＳＮＬＷＲ＄ＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２、
ここでＡｉｂは２−アミノイソ酪酸を表し、＄は１個の二重結合を含む全炭素クロスリンカーにより連結されたアルファ−ＭｅＳ５−ペンテニル−アラニンオレフィンアミノ酸を表し、＄ｒ５は１個の二重結合を含む全炭素クロスリンカーにより連結されたアルファ−ＭｅＲ５−ペンテニル−アラニンオレフィンアミノ酸を表し、そして＄ｒ８は１個の二重結合を含む全炭素クロスリンカーにより連結されたアルファ−ＭｅＲ８−オクテニル−アラニンオレフィンアミノ酸を表す、前記ペプチドミメティック大環状化合物。
それぞれのＥが独立してＡｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸である、請求項２７に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［Ｄ］_ｖが−Ｌｅｕ_１−Ｔｈｒ_２である、請求項２７に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｅにより表される最初のＣ末端アミノ酸および／または２番目のＣ末端アミノ酸が疎水性側鎖を含む、請求項２７に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
疎水性側鎖が大きい疎水性側鎖である、請求項３０に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
表１、表１ａ、表１ｂ、または表１ｃ中のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも約６０％同一であるアミノ酸配列を含むペプチドミメティック大環状化合物であって、該ペプチドミメティック大環状化合物が次式を有し：
［式中：
それぞれのＡ、Ｃ、Ｄ、およびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｂはアミノ酸、
、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＳＯ_２−］、または［−ＮＨ−Ｌ_３−］であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
Ｌ_１およびＬ_２およびＬ_３は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル
、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖおよびｗは独立して１〜１０００、例えば１〜５００、１〜２００、１〜１００、１〜５０、１〜３０、１〜２０、または１〜１０の整数であり；
ｕは１〜１０、例えば１〜５、１〜３または１〜２の整数であり；
ｘ、ｙおよびｚは独立して０〜１０の整数であり、例えばｘ＋ｙ＋ｚの和は６であり；
ｎは１〜５の整数であり；そして
ｗ＞２である］；ここで、Ｅにより表される３番目のアミノ酸は大きい疎水性側鎖を含み、
ただし、該ペプチドミメティック大環状化合物は表２ａのペプチドミメティック大環状化合物ではなく、かつ下記の配列：
Ａｃ−Ｑ＄ｒ８ＱＱＴＦＳＮ＄ＷＲＬＬＡｉｂＱＮ−ＮＨ_２
を有しない、前記ペプチドミメティック大環状化合物。
Ｅにより表される３番目のアミノ酸以外のそれぞれのＥが、Ａｌａ（アラニン）、Ｄ−Ａｌａ（Ｄ−アラニン）、Ａｉｂ（α−アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ−メチルグリシン）、およびＳｅｒ（セリン）から選択されるアミノ酸である、請求項３２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
［Ｄ］_ｖが−Ｌｅｕ_１−Ｔｈｒ_２である、請求項３２に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｅにより表される最初の２つのアミノ酸のそれぞれが無電荷の側鎖または負に荷電した側鎖を含む、請求項３２〜３４のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｅにより表される３番目のアミノ酸が、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、フェニルアラニン（Ｆ）、トリプトファン（Ｗ）、およびチロシン（Ｙ）からなる群から選択されるアミノ酸である、請求項３２〜３４のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｌ_１およびＬ_２が独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、またはヘテロシクロアリーレンであり、それぞれが場合によりＲ_５で置換されている、請求項１〜３６のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｌ_１およびＬ_２が独立してアルキレンまたはアルケニレンである、請求項１〜３６のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｌがアルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンである、請求項１〜３６のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｌがアルキレンである、請求項３９に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ＬがＣ_３〜Ｃ_１６アルキレンである、請求項４０に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ＬがＣ_１０〜Ｃ_１４アルキレンである、請求項４１に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｒ_１およびＲ_２が独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、またはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、またはハロ−で置換されている、いずれかの前記の請求項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｒ_１およびＲ_２がＨである、いずれかの前記の請求項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｒ_１およびＲ_２が独立してアルキルである、いずれかの前記の請求項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
Ｒ_１およびＲ_２がメチルである、請求項４５に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ｘ＋ｙ＋ｚ＝６である、いずれかの前記の請求項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ｕが１である、いずれかの前記の請求項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
ペプチドミメティック大環状化合物が表２ａまたは表２ｂの大環状化合物ではない、いずれかの前記の請求項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
それぞれのＥがＳｅｒもしくはＡｌａまたはそのアナログである、いずれかの前記の請求項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
アミノ酸アナログである少なくとも１個のアミノ酸を含む、いずれかの前記の請求項に記載のペプチドミメティック大環状化合物。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
次式のペプチドミメティック大環状化合物：
またはその医薬的に許容できる塩。
対象に前記の請求項のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物を投与することを含む、対象において癌を処置する方法。
癌が頭頚部癌、黒色腫、肺癌、乳癌、および神経膠腫からなる群から選択される、請求項８４に記載の方法。
対象においてｐ５３および／またはＭＤＭ２および／またはＭＤＭＸの活性を調節する方法であって、該対象に前記の請求項のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物を投与することを含む、前記方法。
対象においてｐ５３およびＭＤＭ２の間の、および／またはｐ５３およびＭＤＭＸタンパク質の間の相互作用に拮抗する方法であって、該対象に前記の請求項のいずれか１項に記載のペプチドミメティック大環状化合物を投与することを含む、前記方法。
表１、表１ａ、表１ｂ、または表１ｃ中のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列と約６０％〜約１００％同一であるアミノ酸配列を含む式（Ｉ）：
のペプチドミメティック大環状化合物を含む組成物を調製する方法であって、該方法が式（ＩＩ）：
の化合物を触媒で処理して結果として式Ｉの化合物をもたらすことを含み、
ここで、式（Ｉ）および（ＩＩ）の化合物（単数または複数）において、
それぞれのＡ、Ｃ、Ｄ、およびＥは独立してアミノ酸であり；
それぞれのＢは独立してアミノ酸、
、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＣＯ−］、［−ＮＨ−Ｌ_３−ＳＯ_２−］、または［−ＮＨ−Ｌ_３−］であり；
それぞれのＲ_１およびＲ_２は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロゲンで置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つはＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＲ_３は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり；
それぞれのＬ_１、Ｌ_２およびＬ_３は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４’−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４およびＲ_４’は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫは独立してＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_７は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
それぞれのＲ_８は独立して水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
それぞれのｖおよびｗは独立して１〜１０００の整数であり；
ｕは１〜１０の整数であり；
それぞれのｘ、ｙおよびｚは独立して１〜１０の整数であり；
それぞれのｎは独立して１〜５の整数であり；
それぞれのｏは独立して１〜１５の整数であり；
それぞれのｐは独立して１〜１５の整数であり；
“（Ｅ）”はトランス二重結合を示し；そして
式（Ｉ）および（ＩＩ）の化合物中に存在するアミノ酸Ａ、Ｃおよび／またはＢ（Ｂがアミノ酸である場合）の１つ以上は保護基を有する側鎖を有する、前記方法。
保護基が窒素原子保護基である、請求項８６に記載の方法。
保護基がＢｏｃ基である、請求項８６〜８７のいずれか１項に記載の方法。
保護基を有するアミノ酸の側鎖が保護されたインドールを含む、請求項８７〜８８のいずれか１項に記載の方法。
その側鎖上に保護基を有するアミノ酸がトリプトファン（Ｗ）であり、それがそのインドール窒素上の保護基により保護されている、請求項８９に記載の方法。
その側鎖上に保護基を有するアミノ酸がトリプトファン（Ｗ）であり、それがそのインドール窒素上でＢｏｃ基により保護されている、請求項９０に記載の方法。
式ＩＩの化合物を触媒と接触させる工程の後、式（Ｉ）の化合物が、Ｚ異性体である対応する化合物と等しい、またはそれよりも多い量で得られる、請求項８６〜９１のいずれか１項に記載の方法。
式ＩＩの化合物を触媒と接触させる工程の後、式（Ｉ）の化合物が、Ｚ異性体である対応する化合物よりも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０倍多い量で得られる、請求項９２に記載の方法。
触媒がルテニウム触媒である、請求項８６〜９３のいずれか１項に記載の方法。
さらに式（Ｉ）の化合物を還元剤または酸化剤で処理する工程を含む、請求項８６〜９４のいずれか１項に記載の方法。
式（ＩＩ）の化合物が固体支持体に付着している、請求項８６〜９５のいずれか１項に記載の方法。
式（ＩＩ）の化合物が固体支持体に付着していない、請求項８６〜９５のいずれか１項に記載の方法。
さらに保護基（単数または複数）を式（Ｉ）の化合物から除去することを含む、請求項８６〜９７のいずれか１項に記載の方法。
閉環メタセシスが約２０℃から約８０℃までの範囲の温度で実施される、請求項８６〜９８のいずれか１項に記載の方法。
式（Ｉ）のペプチドミメティック大環状化合物が次式を有する、請求項８６〜１００のいずれか１項に記載の方法：
［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも２つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｈｉｓ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０−Ｘ_１１−Ｓｅｒ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり、ここでＬはそのＥ立体配置において少なくとも１個の二重結合を含み；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００の整数であり；
ｗは３〜１０００の整数であり；
ｎは１〜５の整数であり；そして
Ｘａａ_７はＢｏｃ−保護されたトリプトファンである］。
式（Ｉ）のペプチドミメティック大環状化合物が次式を有する、請求項８６〜９９のいずれか１項に記載の方法：
［式中：
Ｘａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_７、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０のそれぞれは個々にアミノ酸であり、ここでＸａａ_３、Ｘａａ_５、Ｘａａ_６、Ｘａａ_８、Ｘａａ_９、およびＸａａ_１０の少なくとも２つは配列Ｐｈｅ_３−Ｘ_４−Ｇｌｕ_５−Ｔｙｒ_６−Ｔｒｐ_７−Ａｌａ_８−Ｇｌｎ_９−Ｌｅｕ_１０／Ｃｂａ_１０−Ｘ_１１−Ａｌａ_１２の対応する位置におけるアミノ酸と同じアミノ酸であり、ここでそれぞれのＸはアミノ酸であり；
それぞれのＤおよびＥは独立してアミノ酸であり；
Ｒ_１およびＲ_２は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキル、もしくはヘテロシクロアルキルであり、置換されていないか、もしくはハロ−で置換されており；またはＲ_１およびＲ_２の少なくとも１つは前記のＤもしくはＥアミノ酸の１つのアルファ位に連結された大員環形成リンカーＬ’を形成しており；
それぞれのＬまたはＬ’は独立して式−Ｌ_１−Ｌ_２−の大員環形成リンカーであり、ここでＬはそのＥ立体配置において少なくとも１個の二重結合を含み；
Ｌ_１およびＬ_２は独立してアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または［−Ｒ_４−Ｋ−Ｒ_４−］_ｎであり、それぞれは場合によりＲ_５で置換されており；
Ｒ_３は水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリール、またはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており；
それぞれのＲ_４はアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンであり；
それぞれのＫはＯ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、ＣＯ、ＣＯ_２、またはＣＯＮＲ_３であり；
それぞれのＲ_５は独立してハロゲン、アルキル、−ＯＲ_６、−Ｎ（Ｒ_６）_２、−ＳＲ_６、−ＳＯＲ_６、−ＳＯ_２Ｒ_６、−ＣＯ_２Ｒ_６、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
それぞれのＲ_６は独立して−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、蛍光性部分、放射性同位体または療法薬であり；
Ｒ_７は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＤ残基と共に環状構造の一部であり；
Ｒ_８は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリール、もしくはヘテロシクロアリールであり、場合によりＲ_５で置換されており、またはＥ残基と共に環状構造の一部であり；
ｖは１〜１０００の整数であり；
ｗは３〜１０００の整数であり；
ｎは１〜５の整数であり；そして
Ｘａａ_７はＢｏｃ−保護されたトリプトファンである］。
式（Ｉ）のペプチドミメティック大環状化合物がα−ヘリックスを含む、請求項８６〜１０１のいずれか１項に記載の方法。