TW201339177A - 擬肽巨環化合物 - Google Patents

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Abstract

本文提供擬肽巨環化合物及使用該等巨環化合物治療疾病之方法。

Description

擬肽巨環化合物
人類轉錄因子蛋白質p53回應於DNA損害及細胞應力而誘導細胞週期停滯及細胞凋亡，且藉此在保護細胞免於惡性轉型中起重要作用。E3泛素連接酶MDM2(亦稱為HDM2)經由直接結合相互作用中和p53轉活化活性而負性調節p53功能，引起p53蛋白自細胞核輸出且靶向p53以經由泛素化-蛋白酶體路徑進行降解。p53活性損失(由缺失、突變或MDM2過表現引起)為人類癌症中最常見缺陷。表現野生型p53之腫瘤易受到使活性p53濃度穩定或增加活性p53濃度之藥理劑的攻擊。在此情形下，抑制MDM2活性已成為在活體外及活體內恢復p53活性及再次使癌細胞對細胞凋亡敏感之經驗證方法。最近，MDMX(MDM4)已被鑑別為類似的p53負性調節劑，且研究表明MDM2之p53結合界面與MDMX之p53結合界面之間存在顯著結構同源性。p53-MDM2及p53-MDMX蛋白質-蛋白質相互作用係由p53中同一個含15個殘基的α-螺旋狀轉活化結構域介導，該結構域插入MDM2及MDMX表面上之疏水性間隙中。p53之此結構域內的三個殘基(F19、W23及L26)為與MDM2及MDMX結合所必需的。
對於能夠與p53、MDM2及/或MDMX結合且調節其活性的化合物仍存在相當大的需求。本文中提供基於p53之擬肽巨環化合物，其調節p53之活性。本文中亦提供基於p53之擬肽巨環化合物，其抑制p53、MDM2及/或MDMX蛋白之間的相互作用。此外，本文中提供基 於p53之擬肽巨環化合物，其可用於治療疾病，包括(但不限於)癌症及其他過度增生疾病。
本文中描述與人類p53中之一部分有關的穩定交聯肽(「p53擬肽巨環化合物」)。該等交聯肽含有至少兩個經修飾胺基酸，該至少兩個經修飾胺基酸一起形成分子內交聯，其可有助於使p53中之一部分之α-螺旋狀二級結構穩定，此α-螺旋狀二級結構被認為是對p53與MDM2之結合及p53與MDMX之結合重要的。因此，本文中所描述之交聯多肽與相應未交聯多肽相比可具有改良之生物活性。認為p53擬肽巨環化合物會干擾p53與MDM2之結合及/或p53與MDMX之結合，藉此釋放功能性p53且抑制其損壞。本文中所描述之p53擬肽巨環化合物可用於治療用途，例如治療以p53之不良低含量或低活性為特徵之癌症及其他病症，及/或治療以MDM2或MDMX之不良高活性為特徵之癌症及其他病症。除不適當細胞週期停滯及細胞凋亡之病狀(諸如神經退化及免疫不全)外，p53擬肽巨環化合物亦可適用於治療任何與p53轉錄路徑之調節中斷有關、導致過度細胞存活及增生之病狀的病症，諸如癌症及自體免疫。在一些實施例中，p53擬肽巨環化合物結合於MDM2(例如GenBank®寄存編號：228952；GI：228952)及/或MDMX(亦稱為MDM4；GenBank®寄存編號：88702791；GI：88702791)。
在一個態樣中，本文中提供一種擬肽巨環化合物，其包含與選自由表1、表1a、表1b或表1c中之胺基酸序列組成之群的胺基酸序列具有至少約60%、80%、90%或95%一致性的胺基酸序列。或者，該擬肽巨環化合物之胺基酸序列係選自由表4中之胺基酸序列組成之群。在一些實施例中，擬肽巨環化合物不為如表2a或2b中所展示之肽。在其他情況下，擬肽巨環化合物不包含如表2a或2b中所展示之結 構。在一些實施例中，擬肽巨環化合物具有選自表1之胺基酸序列。在一些實施例中，擬肽巨環化合物具有選自表1a之胺基酸序列。在一些實施例中，擬肽巨環化合物具有選自表1b之胺基酸序列。在一些實施例中，擬肽巨環化合物具有選自表1c之胺基酸序列。
或者，該擬肽巨環化合物之胺基酸序列係如上文所描述而選擇，且此外其中該巨環化合物不包括硫醚或三唑。在一些實施例中，擬肽巨環化合物包含螺旋，諸如α-螺旋。在其他實施例中，擬肽巨環化合物包含在α,α位上經二取代之胺基酸。擬肽巨環化合物可包含連接至少兩個胺基酸之α位的交聯子(crosslinker)。該兩個胺基酸中之至少一者可為在α,α位上經二取代之胺基酸。
在一些實施例中，提供具有下式之擬肽巨環化合物： 其中：各A、C、D及E獨立地為胺基酸； B為胺基酸、、[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH- L3-]；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，其未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環形成連接子(macrocycle-forming linker)L'，該連接子L'連接至該等D或E胺基酸中之一者之α位；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環化合物形成連接子；L1及L2及L3獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，其各視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v及w獨立地為整數1至1000，例如1至500、1至200、1至100、1至50、1至30、1至20或1至10；u為整數1至10，例如1至5、1至3或1至2；x、y及z獨立地為整數0至10，例如x+y+z之總和為2、3或6；及n為整數1至5。
在一些實施例中，w>2且前兩個由E表示之胺基酸各包含不帶電 側鏈或帶負電側鏈。
在一些實施例中，由E表示之第一C端胺基酸及/或第二C端胺基酸包含疏水性側鏈。舉例而言，由E表示之第一C端胺基酸及/或第二C端胺基酸包含疏水性側鏈，例如大型疏水性側鏈。
在一些實施例中，w介於3與1000之間。舉例而言，由E表示之第三胺基酸包含大型疏水性側鏈。
在其他實施例中，所主張之擬肽巨環化合物不含以下序列：Ac-RTQATF$r8NQWAibANle$TNAibTR-NH2、Ac-RTQATF$r8NQWAibANle$TNAibTR-NH2、Ac-$r8SQQTFS$LWRLLAibQN-NH2、Ac-QSQ$r8TFSNLW$LLAibQN-NH2、Ac-QS$r5QTFStNLW$LLAibQN-NH2或Ac-QSQQ$r8FSNLWR$LAibQN-NH2。
在其他實施例中，所主張之擬肽巨環化合物不含以下序列：Ac-Q$r8QQTFSN$WRLLAibQN-NH2。
亦提供具有下式之擬肽巨環化合物：
其中：Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之每一者個別地為胺基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少三者為與序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸，其中各X均為胺基酸；各D及E獨立地為胺基酸； R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，其未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環化合物形成連接子L'，該連接子L'連接至該等D或E胺基酸中之一者之α位；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環化合物形成連接子；L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，其各視情況經R5取代；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v為整數1至1000，例如1至500、1至200、1至100、1至50、1至30、1至20或1至10；w為整數3至1000，例如3至500、3至200、3至100、3至50、3至 30、3至20或3至10；及n為整數1至5。
在一些實施例中，擬肽巨環化合物具有下式：
其中：Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之每一者個別地為胺基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少三者為與序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸，其中各X均為胺基酸；各D獨立地為胺基酸；各E獨立地為胺基酸，例如選自Ala(丙胺酸)、D-Ala(D-丙胺酸)、Aib(α-胺基異丁酸)、Sar(N-甲基甘胺酸)及Ser(絲胺酸)之胺基酸；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，其未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環化合物形成連接子L'，該連接子L'連接至該等D或E胺基酸中之一者之α位；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環化合物形成連接子；L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，其各視情況經R5取代；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環 烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v為整數1至1000，例如1至500、1至200、1至100、1至50、1至30、1至20或1至10；w為整數3至1000，例如3至500、3至200、3至100、3至50、3至30、3至20或3至10；及n為整數1至5。
在一些實施例中，擬肽巨環化合物具有下式：
其中： Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之每一者個別地為胺基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少兩者為與序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸，其中各X均為胺基酸；各D及E獨立地為胺基酸；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，其未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環化合物形成連接子L'，該連接子L'連接至該等D或E胺基酸中之一者之α位；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環化合物形成連接子，其中L包含至少一個呈E組態之雙鍵；L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，其各視情況經R5取代；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分； R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v為整數1至1000；w為整數3至1000；n為整數1至5；及Xaa7為Boc保護之色胺酸。
在本文中所描述之任一式之一些實施例中，[D]v為-Leu1-Thr2。在本文中所描述之各式之其他實施例中，除由E表示之第三胺基酸外，各E為選自Ala(丙胺酸)、D-Ala(D-丙胺酸)、Aib(α-胺基異丁酸)、Sar(N-甲基甘胺酸)及Ser(絲胺酸)之胺基酸；在一些實施例中，w為整數3至10，例如3至6、3至8、6至8或6至10。在一些實施例中，w為3。在其他實施例中，w為6。在一些實施例中，v為整數1至10，例如2至5。在一些實施例中，v為2。
在一些實施例中，本文中揭示之肽結合於至少部分地由L17、V46、M50、Y96(形成袋狀物(pocket)之邊緣)及L99之MDMX胺基酸側鏈限定的結合位點。不受理論約束，結合於該結合位點可改良一或多種性質，諸如結合親和力、誘導細胞凋亡、活體外或活體內抗腫瘤功效或對MDMX之結合親和力相比於對MDM2之結合親和力之比率降低。
在一些實施例中，擬肽巨環化合物與其中w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之對MDM2或MDMX之結合親和力。在其他情況下，擬肽巨環化合物與其中w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比，其對MDMX之結合親和力相比於對MDM2之結合親和力之比率降低。在其他情況下，擬肽巨環化合物與其中w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之針對p53陽性腫瘤細胞株之活體外抗 腫瘤功效。在一些實施例中，擬肽巨環化合物與其中w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比展示改良之活體外誘導p53陽性腫瘤細胞株中之細胞凋亡之作用。在其他情況下，如技術方案1之擬肽巨環化合物，該擬肽巨環化合物與其中w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比，其對p53陽性腫瘤細胞株之活體外抗腫瘤功效相比於對p53陰性或突變型腫瘤細胞株之活體外抗腫瘤功效之比率得以改良。在一些情況下，改良之活體外功效比為1至29、30至49或50。在其他情況下，擬肽巨環化合物與其中w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之針對p53陽性腫瘤之活體內抗腫瘤功效。在一些情況下，改良之活體內功效比為1至29、30至49或50。在其他情況下，擬肽巨環化合物與其中w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之活體內誘導p53陽性腫瘤中之細胞凋亡之作用。在一些實施例中，擬肽巨環化合物與其中w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之細胞滲透性。在其他情況下，擬肽巨環化合物與其中w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之溶解度。
在一些實施例中，Xaa5為Glu或其胺基酸類似物。在一些實施例中，Xaa5為Glu或其胺基酸類似物且其中擬肽巨環化合物與Xaa5為Ala之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之性質，諸如改良之結合親和力、改良之溶解度、改良之細胞功效、改良之細胞滲透性、改良之活體內或活體外抗腫瘤功效或改良之細胞凋亡誘導作用。
在一些實施例中，擬肽巨環化合物與其中Xaa5為Ala之相應擬肽巨環化合物相比，對MDM2或MDMX之結合親和力得以改良。在其他實施例中，擬肽巨環化合物與其中Xaa5為Ala之相應擬肽巨環化合物相比，對MDMX之結合親和力與對MDM2之結合親和力之比率降低。在一些實施例中，擬肽巨環化合物與其中Xaa5為Ala之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之溶解度，或擬肽巨環化合物與其中Xaa5為Ala 之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之細胞功效。
在一些實施例中，Xaa5為Glu或其胺基酸類似物且其中擬肽巨環化合物與其中Xaa5為Ala之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之生物活性，諸如改良之結合親和力、改良之溶解度、改良之細胞功效、改良之螺旋性、改良之細胞滲透性、改良之活體內或活體外抗腫瘤功效或改良之細胞凋亡誘導作用。
在一些實施例中，擬肽巨環化合物對p53+/+細胞株之活性為其對p53-/-細胞株之結合親和力的至少2倍、3倍、5倍、10倍、20倍、30倍、50倍、70倍或100倍。在一些實施例中，擬肽巨環化合物對p53+/+細胞株之活性為其對p53-/-細胞株之結合親和力的1至29倍、30至49倍或50倍。活性可例如以IC50值量測。舉例而言，p53+/+細胞株為SJSA-1、RKO、HCT-116或MCF-7且p53-/-細胞株為RKO-E6或SW-480。在一些實施例中，肽對p53+/+細胞株之IC50小於1 μM。
在一些實施例中，Xaa5為Glu或其胺基酸類似物且擬肽巨環化合物對p53+/+細胞株之活性為其對p53-/-細胞株之結合親和力的至少10倍。
此外，提供一種治療個體之癌症之方法，其包括向個體投與擬肽巨環化合物。在一些實施例中，癌症為頭頸癌、黑素瘤、肺癌、乳癌或神經膠質瘤。
亦提供調節個體中p53或MDM2或MDMX之活性之方法，其包括向個體投與擬肽巨環化合物，或拮抗個體中p53與MDM2及/或MDMX蛋白之間的相互作用之方法，其包括向個體投與該擬肽巨環化合物。
本文中提供製備包含式(I)之擬肽巨環化合物之組合物的方法：
該式(I)之擬肽巨環化合物包含與選自由表1、表1a、表1b或表1c中之胺基酸序列組成之群之胺基酸序列具有約60%至約100%一致性的胺基酸序列，該方法包括用催化劑處理式(II)化合物以產生式I化合物 其中在式(I)及式(II)之化合物中各A、C、D及E獨立地為胺基酸； 各B獨立地為胺基酸、、[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或 [-NH-L3-]； 各R1及R2獨立地為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，其未經取代或經鹵素取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環化合物形成連接子L'，該連接子L'連接至D或E胺基酸中之一者之α位； 各R3獨立地為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取 代；各L'獨立地為式-L1-L2-之巨環化合物形成連接子；各L1、L2及L3獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4'-]n，其各視情況經R5取代；各R4及R4'獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K獨立地為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R7獨立地為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；各R8獨立地為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；各v及w獨立地為整數1至1000；u為整數1至10；各x、y及z獨立地為整數0至10；各n獨立地為整數1至5；各o獨立地為整數1至15；各p獨立地為整數1至15；「(E)」指示反式雙鍵；及式(I)及式(II)之化合物中之胺基酸A、C及/或B(當B為胺基酸時) 中之一或多者具有攜帶保護基之側鏈。
在一些實施例中，保護基為氮原子保護基。
在一些實施例中，保護基為Boc基團。
在一些實施例中，攜帶保護基之胺基酸側鏈包含受保護之吲哚。
在一些實施例中，在側鏈上攜帶保護基之胺基酸為在吲哚氮上受保護基保護的色胺酸(W)。舉例而言，保護基為Boc基團。
在一些實施例中，在式II化合物與催化劑接觸之步驟後，獲得與作為Z異構體的相應化合物相比相等或更多量的式(I)化合物。舉例而言，在式II化合物與催化劑接觸之步驟後，所獲得的式(I)化合物的量為作為Z異構體的相應化合物的量的2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍或10倍。
在一些實施例中，催化劑為釕催化劑。
在一些實施例中，該方法進一步包括用還原劑或氧化劑處理式(I)化合物之步驟。
在一些實施例中，式(II)化合物連接至固體載體。在其他實施例中，式(II)化合物不連接至固體載體。
在一些實施例中，該方法進一步包括自式(I)化合物移除保護基。
在一些實施例中，閉環複分解係在約20℃至約80℃範圍內之溫度下進行。
在一些實施例中，式(I)之擬肽巨環化合物具有下式：
其中：Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之每一者個別地為胺基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少兩者為與序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸，其中各X均為胺基酸；各D及E獨立地為胺基酸；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，其未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環化合物形成連接子L'，該連接子L'連接至該等D或E胺基酸中之一者之α位；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環化合物形成連接子，其中L包含至少一個呈E組態之雙鍵；L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，其各視情況經R5取代；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、- SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v為整數1至1000；w為整數3至1000；n為整數1至5；及Xaa7為Boc保護之色胺酸。
在一些實施例中，式(I)之擬肽巨環化合物包含α-螺旋。
以引用的方式併入
本說明書中所提及之所有公開案、專利及專利申請案均以引用的方式併入本文中，其引用的程度如同特定且個別地指明將各個別公開案、專利或專利申請案以引用的方式併入一般。
本發明之新穎特徵於隨附申請專利範圍中作特徵性闡述。藉由參考以下詳細描述及隨附圖式，將獲得對本發明之特徵及優點之更好理解，以下詳細描述闡述了利用本發明之原理之說明性實施例，在隨附圖式中：圖1展示擬肽巨環化合物46(表2b)之結構，其為與MDMX(Primary SwissProt寄存編號Q7ZUW7；Entry MDM4_DANRE)複合之p53擬肽巨環化合物。
圖2展示結合於MDMX(Primary SwissProt寄存編號Q7ZUW7；Entry MDM4_DANRE)之p53擬肽巨環化合物142(表2b)及SP43之重疊結構。
圖3展示小鼠MCF-7異種移植模型中擬肽巨環化合物SP154對腫瘤生長之作用。
圖4展示小鼠MCF-7異種移植模型中擬肽巨環化合物SP249對腫瘤生長之作用。
圖5展示小鼠MCF-7異種移植模型中擬肽巨環化合物SP315對腫瘤生長之作用。
圖6展示小鼠MCF-7異種移植模型中SP154之點突變產物SP252對腫瘤生長之作用。
圖7展示具有不同C端延長的擬肽巨環化合物之溶解度曲線。
如本文中所用，術語「巨環」係指具有包括由至少9個共價鍵結原子形成之環或環狀物之化學結構的分子。
如本文中所用，術語「擬肽巨環化合物」或「交聯多肽」係指包含由複數個肽鍵及至少一個巨環化合物形成連接子接合之複數個胺基酸殘基的化合物，該至少一個巨環化合物形成連接子在同一分子內的第一天然存在或非天然存在胺基酸殘基(或類似物)與第二天然存在或非天然存在胺基酸殘基(或類似物)之間形成巨環化合物。擬肽巨環化合物包括其中巨環化合物形成連接子將第一胺基酸殘基(或類似物)之α碳連接至第二胺基酸殘基(或類似物)之α碳的實施例。擬肽巨環化合物視情況在一或多個胺基酸殘基及/或胺基酸類似物殘基之間包括一或多個非肽鍵，且除任何形成巨環化合物之胺基酸殘基或胺基酸類似物殘基外，亦視情況包括一或多個非天然存在之胺基酸殘基或胺基酸類似物殘基。「相應未交聯多肽」當在擬肽巨環化合物情形中提及 時應理解為係關於長度與巨環化合物相同且包含與巨環化合物相對應之野生型序列之相等天然胺基酸的多肽。
如本文中所用，術語「穩定性」係指擬肽巨環化合物在溶液中限定之二級結構的保持，如由圓二色性、NMR或另一種生物物理手段量測，或活體外或活體內抗蛋白水解降解性。本文中涵蓋之二級結構之非限制性實例為α-螺旋、310螺旋、β-轉折(β-turn)及β-摺疊片。
如本文中所用，術語「螺旋穩定性」係指擬肽巨環化合物α螺旋結構的保持，如由圓二色性或NMR量測。舉例而言，在一些實施例中，與相應未交聯巨環化合物相比，擬肽巨環化合物之α-螺旋性增加至少1.25倍、1.5倍、1.75倍或2倍，如由圓二色性測定。
術語「胺基酸」係指含有胺基及羧基之分子。合適胺基酸包括(但不限於)天然存在胺基酸之D-異構體及L-異構體，以及由有機合成或其他代謝途徑製備之非天然存在胺基酸。如本文中所用，術語胺基酸包括(但不限於)α-胺基酸、天然胺基酸、非天然胺基酸及胺基酸類似物。
術語「α-胺基酸」係指含有結合至稱為α-碳的碳之胺基及羧基的分子。
術語「β-胺基酸」係指含有呈β組態之胺基及羧基之分子。
術語「天然存在胺基酸」係指在自然界中合成之肽中常見且由單字母縮寫A、R、N、C、D、Q、E、G、H、I、L、K、M、F、P、S、T、W、Y及V指稱的二十種胺基酸中之任一種。
下表展示天然胺基酸之性質之概述：
「疏水性胺基酸」包括小型疏水性胺基酸及大型疏水性胺基酸。「小型疏水性胺基酸」為甘胺酸、丙胺酸、脯胺酸及其類似物。「大型疏水性胺基酸」為纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸、色胺酸及其類似物。「極性胺基酸」為絲胺酸、蘇胺酸、天冬醯胺、麩醯胺酸、半胱胺酸、酪胺酸及其類似物。「帶電胺基酸」為離胺酸、精胺酸、組胺酸、天冬胺酸、麩胺酸及其類似物。
術語「胺基酸類似物」係指在結構上與胺基酸類似且在擬肽巨環化合物形成過程中可取代胺基酸之分子。胺基酸類似物包括(但不限於)β-胺基酸及其中胺基或羧基經類似反應性基團取代(例如用二級胺或三級胺取代一級胺，或用酯取代羧基)之胺基酸。
術語「非天然胺基酸」係指並非自然界中合成之肽中常見且由單字母縮寫A、R、N、C、D、Q、E、G、H、I、L、K、M、F、P、S、T、W、Y及V指稱的二十種胺基酸中之一種的胺基酸。非天然胺基酸或胺基酸類似物包括(但不限於)以下結構：
胺基酸類似物包括β-胺基酸類似物。β-胺基酸類似物之實例包括(但不限於)以下：環狀β-胺基酸類似物；β-丙胺酸；(R)-β-苯丙胺酸；(R)-1,2,3,4-四氫-異喹啉-3-乙酸；(R)-3-胺基-4-(1-萘基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(2,4-二氯苯基)丁酸；(R)-3-胺基-4-(2-氯苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(2-氰基苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(2-氟苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(2-呋喃基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(2-甲基苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(2-萘基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(2-噻吩基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(2-三氟甲基苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(3,4-二氯苯基)丁酸；(R)-3-胺基-4-(3,4-二氟苯基)丁酸；(R)-3-胺基-4-(3-苯并噻吩基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(3-氯苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(3-氰基苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4- (3-氟苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(3-甲基苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(3-吡啶基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(3-噻吩基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(3-三氟甲基苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(4-溴苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(4-氯苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(4-氰基苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(4-氟苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(4-碘基苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(4-甲基苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(4-硝基苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(4-吡啶基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-(4-三氟甲基苯基)-丁酸；(R)-3-胺基-4-五氟-苯基丁酸；(R)-3-胺基-5-己酸；(R)-3-胺基-5-己炔酸；(R)-3-胺基-5-苯基戊酸；(R)-3-胺基-6-苯基-5-己烯酸；(S)-1,2,3,4-四氫-異喹啉-3-乙酸；(S)-3-胺基-4-(1-萘基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(2,4-二氯苯基)丁酸；(S)-3-胺基-4-(2-氯苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(2-氰基苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(2-氟苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(2-呋喃基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(2-甲基苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(2-萘基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(2-噻吩基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(2-三氟甲基苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(3,4-二氯苯基)丁酸；(S)-3-胺基-4-(3,4-二氟苯基)丁酸；(S)-3-胺基-4-(3-苯并噻吩基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(3-氯苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(3-氰基苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(3-氟苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(3-甲基苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(3-吡啶基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(3-噻吩基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(3-三氟甲基苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(4-溴苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(4-氯苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(4-氰基苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(4-氟苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(4-碘基苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(4-甲基苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(4-硝基苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(4-吡啶基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-(4-三氟甲基苯基)-丁酸；(S)-3-胺基-4-五氟-苯基丁酸；(S)-3-胺基-5-己酸；(S)-3-胺基-5-己炔酸；(S)-3-胺基-5-苯基戊酸；(S)-3-胺基-6-苯基-5-己烯酸；1,2,5,6-四氫吡啶-3-甲酸；1,2,5,6-四氫吡啶-4-甲酸；3-胺基-3-(2- 氯苯基)-丙酸；3-胺基-3-(2-噻吩基)-丙酸；3-胺基-3-(3-溴苯基)-丙酸；3-胺基-3-(4-氯苯基)-丙酸；3-胺基-3-(4-甲氧基苯基)-丙酸；3-胺基-4,4,4-三氟-丁酸；3-胺基己二酸；D-β-苯丙胺酸；β-白胺酸；L-β-高丙胺酸；L-β-高天冬胺酸γ-苯甲酯；L-β-高麩胺酸δ-苯甲酯；L-β-高異白胺酸；L-β-高白胺酸；L-β-高甲硫胺酸；L-β-高苯丙胺酸；L-β-高脯胺酸；L-β-高色胺酸；L-β-高纈胺酸；L-Nω-苯甲氧基羰基-β-高離胺酸；Nω-L-β-高精胺酸；O-苯甲基-L-β-高羥基脯胺酸；O-苯甲基-L-β-高絲胺酸；O-苯甲基-L-β-高蘇胺酸；O-苯甲基-L-β-高酪胺酸；γ-三苯甲基-L-β-高天冬醯胺；(R)-β-苯丙胺酸；L-β-高天冬胺酸γ-第三丁酯；L-β-高麩胺酸δ-第三丁酯；L-Nω-β-高離胺酸；Nδ-三苯甲基-L-β-高麩醯胺酸；Nω-2,2,4,6,7-五甲基-二氫苯并呋喃-5-磺醯基-L-β-高精胺酸；O-第三丁基-L-β-高羥基-脯胺酸；O-第三丁基-L-β-高絲胺酸；O-第三丁基-L-β-高蘇胺酸；O-第三丁基-L-β-高酪胺酸；2-胺基環戊烷甲酸；及2-胺基環己烷甲酸。
胺基酸類似物包括丙胺酸、纈胺酸、甘胺酸或白胺酸之類似物。丙胺酸、纈胺酸、甘胺酸及白胺酸之胺基酸類似物之實例包括(但不限於)以下：α-甲氧基甘胺酸；α-烯丙基-L-丙胺酸；α-胺基異丁酸；α-甲基-白胺酸；β-(1-萘基)-D-丙胺酸；β-(1-萘基)-L-丙胺酸；β-(2-萘基)-D-丙胺酸；β-(2-萘基)-L-丙胺酸；β-(2-吡啶基)-D-丙胺酸；β-(2-吡啶基)-L-丙胺酸；β-(2-噻吩基)-D-丙胺酸；β-(2-噻吩基)-L-丙胺酸；β-(3-苯并噻吩基)-D-丙胺酸；β-(3-苯并噻吩基)-L-丙胺酸；β-(3-吡啶基)-D-丙胺酸；β-(3-吡啶基)-L-丙胺酸；β-(4-吡啶基)-D-丙胺酸；β-(4-吡啶基)-L-丙胺酸；β-氯-L-丙胺酸；β-氰基-L-丙胺酸；β-環己基-D-丙胺酸；β-環己基-L-丙胺酸；β-環戊烯-1-基-丙胺酸；β-環戊基-丙胺酸；β-環丙基-L-Ala-OH．二環己基銨鹽；β-第三丁基-D-丙胺酸；β-第三丁基-L-丙胺酸；γ-胺基丁酸；L-α,β-二胺基丙酸；2,4-二 硝基-苯基甘胺酸；2,5-二氫-D-苯基甘胺酸；2-胺基-4,4,4-三氟丁酸；2-氟-苯基甘胺酸；3-胺基-4,4,4-三氟-丁酸；3-氟-纈胺酸；4,4,4-三氟-纈胺酸；4,5-脫氫-L-Leu-OH．二環己基銨鹽；4-氟-D-苯基甘胺酸；4-氟-L-苯基甘胺酸；4-羥基-D-苯基甘胺酸；5,5,5-三氟-白胺酸；6-胺基己酸；環戊基-D-Gly-OH．二環己基銨鹽；環戊基-Gly-OH．二環己基銨鹽；D-α,β-二胺基丙酸；D-α-胺基丁酸；D-α-第三丁基甘胺酸；D-(2-噻吩基)甘胺酸；D-(3-噻吩基)甘胺酸；D-2-胺基己酸；D-2-二氫茚基甘胺酸；D-烯丙基甘胺酸．二環己基銨鹽；D-環己基甘胺酸；D-正纈胺酸；D-苯基甘胺酸；β-胺基丁酸；β-胺基異丁酸；(2-溴苯基)甘胺酸；(2-甲氧基苯基)甘胺酸；(2-甲基苯基)甘胺酸；(2-噻唑基)甘胺酸；(2-噻吩基)甘胺酸；2-胺基-3-(二甲基胺基)-丙酸；L-α,β-二胺基丙酸；L-α-胺基丁酸；L-α-第三丁基甘胺酸；L-(3-噻吩基)甘胺酸；L-2-胺基-3-(二甲基胺基)-丙酸；L-2-胺基己酸二環己基銨鹽；L-2-二氫茚基甘胺酸；L-烯丙基甘胺酸．二環己基銨鹽；L-環己基甘胺酸；L-苯基甘胺酸；L-丙炔基甘胺酸；L-正纈胺酸；N-α-胺基甲基-L-丙胺酸；D-α,γ-二胺基丁酸；L-α,γ-二胺基丁酸；β-環丙基-L-丙胺酸；(N-β-(2,4-二硝基苯基))-L-α,β-二胺基丙酸；(N-β-1-(4,4-二甲基-2,6-二側氧基亞環己-1-基)乙基)-D-α,β-二胺基丙酸；(N-β-1-(4,4-二甲基-2,6-二側氧基亞環己-1-基)乙基)-L-α,β-二胺基丙酸；(N-β-4-甲基三苯甲基)-L-α,β-二胺基丙酸；(N-β-烯丙氧基羰基)-L-α,β-二胺基丙酸；(N-γ-1-(4,4-二甲基-2,6-二側氧基亞環己-1-基)乙基)-D-α,γ-二胺基丁酸；(N-γ-1-(4,4-二甲基-2,6-二側氧基亞環己-1-基)乙基)-L-α,γ-二胺基丁酸；(N-γ-4-甲基三苯甲基)-D-α,γ-二胺基丁酸；(N-γ-4-甲基三苯甲基)-L-α,γ-二胺基丁酸；(N-γ-烯丙氧基羰基)-L-α,γ-二胺基丁酸；D-α,γ-二胺基丁酸；4,5-脫氫-L-白胺酸；環戊基-D-Gly-OH；環戊基-Gly-OH；D-烯丙基甘胺酸；D-高環己基丙胺酸；L-1-芘基丙胺酸；L- 2-胺基己酸；L-烯丙基甘胺酸；L-高環己基丙胺酸；及N-(2-羥基-4-甲氧基-Bzl)-Gly-OH。
胺基酸類似物包括精胺酸或離胺酸之類似物。精胺酸及離胺酸之胺基酸類似物之實例包括(但不限於)以下：瓜胺酸；L-2-胺基-3-胍基丙酸；L-2-胺基-3-脲基丙酸；L-瓜胺酸；Lys(Me)2-OH；Lys(N3)-OH；Nδ-苯甲氧基羰基-L-鳥胺酸；Nω-硝基-D-精胺酸；Nω-硝基-L-精胺酸；α-甲基-鳥胺酸；2,6-二胺基庚二酸；L-鳥胺酸；(Nδ-1-(4,4-二甲基-2,6-二側氧基-亞環己-1-基)乙基)-D-鳥胺酸；(Nδ-1-(4,4-二甲基-2,6-二側氧基-亞環己-1-基)乙基)-L-鳥胺酸；(Nδ-4-甲基三苯甲基)-D-鳥胺酸；(Nδ-4-甲基三苯甲基)-L-鳥胺酸；D-鳥胺酸；L-鳥胺酸；Arg(Me)(Pbf)-OH；Arg(Me)2-OH(不對稱)；Arg(Me)2-OH(對稱)；Lys(ivDde)-OH；Lys(Me)2-OH．HCl；Lys(Me3)-OH氯化物；Nω-硝基-D-精胺酸；及Nω-硝基-L-精胺酸。
胺基酸類似物包括天冬胺酸或麩胺酸之類似物。天冬胺酸及麩胺酸之胺基酸類似物之實例包括(但不限於)以下：α-甲基-D-天冬胺酸；α-甲基-麩胺酸；α-甲基-L-天冬胺酸；γ-亞甲基-麩胺酸；(N-γ-乙基)-L-麩醯胺酸；[N-α-(4-胺基苯甲醯基)]-L-麩胺酸；2,6-二胺基庚二酸；L-α-胺基辛二酸；D-2-胺基己二酸；D-α-胺基辛二酸；α-胺基庚二酸；亞胺基二乙酸；L-2-胺基己二酸；酥-β-甲基-天冬胺酸；γ-羧基-D-麩胺酸γ,γ-二-第三丁酯；γ-羧基-L-麩胺酸γ,γ-二-第三丁酯；Glu(OAll)-OH；L-Asu(OtBu)-OH；及焦麩胺酸。
胺基酸類似物包括半胱胺酸及甲硫胺酸之類似物。半胱胺酸及甲硫胺酸之胺基酸類似物之實例包括(但不限於)Cys(法呢基)-OH、Cys(法呢基)-OMe、α-甲基-甲硫胺酸、Cys(2-羥乙基)-OH、Cys(3-胺基丙基)-OH、2-胺基-4-(乙硫基)丁酸、丁硫胺酸、丁硫胺酸磺醯亞胺、乙硫胺酸、甲硫胺酸甲基鋶氯化物、硒甲硫胺酸、磺基丙胺酸、 [2-(4-吡啶基)乙基]-DL-青黴胺、[2-(4-吡啶基)乙基]-L-半胱胺酸、4-甲氧基苯甲基-D-青黴胺、4-甲氧基苯甲基-L-青黴胺、4-甲基苯甲基-D-青黴胺、4-甲基苯甲基-L-青黴胺、苯甲基-D-半胱胺酸、苯甲基-L-半胱胺酸、苯甲基-DL-高半胱胺酸、胺甲醯基-L-半胱胺酸、羧乙基-L-半胱胺酸、羧甲基-L-半胱胺酸、二苯基甲基-L-半胱胺酸、乙基-L-半胱胺酸、甲基-L-半胱胺酸、第三丁基-D-半胱胺酸、三苯甲基-L-高半胱胺酸、三苯甲基-D-青黴胺、胱硫醚、高胱胺酸、L-高胱胺酸、(2-胺基乙基)-L-半胱胺酸、硒基-L-胱胺酸、胱硫醚、Cys(StBu)-OH及乙醯胺基甲基-D-青黴胺。
胺基酸類似物包括苯丙胺酸及酪胺酸之類似物。苯丙胺酸及酪胺酸之胺基酸類似物之實例包括β-甲基-苯丙胺酸、β-羥基苯丙胺酸、α-甲基-3-甲氧基-DL-苯丙胺酸、α-甲基-D-苯丙胺酸、α-甲基-L-苯丙胺酸、1,2,3,4-四氫異喹啉-3-甲酸、2,4-二氯-苯丙胺酸、2-(三氟甲基)-D-苯丙胺酸、2-(三氟甲基)-L-苯丙胺酸、2-溴-D-苯丙胺酸、2-溴-L-苯丙胺酸、2-氯-D-苯丙胺酸、2-氯-L-苯丙胺酸、2-氰基-D-苯丙胺酸、2-氰基-L-苯丙胺酸、2-氟-D-苯丙胺酸、2-氟-L-苯丙胺酸、2-甲基-D-苯丙胺酸、2-甲基-L-苯丙胺酸、2-硝基-D-苯丙胺酸、2-硝基-L-苯丙胺酸、2；4；5-三羥基-苯丙胺酸、3,4,5-三氟-D-苯丙胺酸、3,4,5-三氟-L-苯丙胺酸、3,4-二氯-D-苯丙胺酸、3,4-二氯-L-苯丙胺酸、3,4-二氟-D-苯丙胺酸、3,4-二氟-L-苯丙胺酸、3,4-二羥基-L-苯丙胺酸、3,4-二甲氧基-L-苯丙胺酸、3,5,3'-三碘-L-甲狀腺胺酸、3,5-二碘-D-酪胺酸、3,5-二碘-L-酪胺酸、3,5-二碘-L-甲狀腺胺酸、3-(三氟甲基)-D-苯丙胺酸、3-(三氟甲基)-L-苯丙胺酸、3-胺基-L-酪胺酸、3-溴-D-苯丙胺酸、3-溴-L-苯丙胺酸、3-氯-D-苯丙胺酸、3-氯-L-苯丙胺酸、3-氯-L-酪胺酸、3-氰基-D-苯丙胺酸、3-氰基-L-苯丙胺酸、3-氟-D-苯丙胺酸、3-氟-L-苯丙胺酸、3-氟-酪胺酸、3-碘-D-苯丙胺酸、3-碘-L-苯丙 胺酸、3-碘-L-酪胺酸、3-甲氧基-L-酪胺酸、3-甲基-D-苯丙胺酸、3-甲基-L-苯丙胺酸、3-硝基-D-苯丙胺酸、3-硝基-L-苯丙胺酸、3-硝基-L-酪胺酸、4-(三氟甲基)-D-苯丙胺酸、4-(三氟甲基)-L-苯丙胺酸、4-胺基-D-苯丙胺酸、4-胺基-L-苯丙胺酸、4-苯甲醯基-D-苯丙胺酸、4-苯甲醯基-L-苯丙胺酸、4-雙(2-氯乙基)胺基-L-苯丙胺酸、4-溴-D-苯丙胺酸、4-溴-L-苯丙胺酸、4-氯-D-苯丙胺酸、4-氯-L-苯丙胺酸、4-氰基-D-苯丙胺酸、4-氰基-L-苯丙胺酸、4-氟-D-苯丙胺酸、4-氟-L-苯丙胺酸、4-碘-D-苯丙胺酸、4-碘-L-苯丙胺酸、高苯基丙胺酸、甲狀腺素、3,3-二苯基丙胺酸、甲狀腺胺酸、乙基-酪胺酸及甲基-酪胺酸。
胺基酸類似物包括脯胺酸之類似物。脯胺酸之胺基酸類似物之實例包括(但不限於)3,4-脫氫-脯胺酸、4-氟-脯胺酸、順-4-羥基-脯胺酸、噻唑啶-2-甲酸及反-4-氟-脯胺酸。
胺基酸類似物包括絲胺酸及蘇胺酸之類似物。絲胺酸及蘇胺酸之胺基酸類似物之實例包括(但不限於)3-胺基-2-羥基-5-甲基己酸、2-胺基-3-羥基-4-甲基戊酸、2-胺基-3-乙氧基丁酸、2-胺基-3-甲氧基丁酸、4-胺基-3-羥基-6-甲基庚酸、2-胺基-3-苯甲氧基丙酸、2-胺基-3-苯甲氧基丙酸、2-胺基-3-乙氧基丙酸、4-胺基-3-羥基丁酸及α-甲基絲胺酸。
胺基酸類似物包括色胺酸之類似物。色胺酸之胺基酸類似物之實例包括(但不限於)以下：α-甲基-色胺酸；β-(3-苯并噻吩基)-D-丙胺酸；β-(3-苯并噻吩基)-L-丙胺酸；1-甲基-色胺酸；4-甲基-色胺酸；5-苯甲氧基-色胺酸；5-溴-色胺酸；5-氯-色胺酸；5-氟-色胺酸；5-羥基-色胺酸；5-羥基-L-色胺酸；5-甲氧基-色胺酸；5-甲氧基-L-色胺酸；5-甲基-色胺酸；6-溴-色胺酸；6-氯-D-色胺酸；6-氯-色胺酸；6-氟-色胺酸；6-甲基-色胺酸；7-苯甲氧基-色胺酸；7-溴-色胺酸；7-甲 基--色胺酸；D-1,2,3,4-四氫-去甲哈爾滿-3-甲酸；6-甲氧基-1,2,3,4-四氫去甲哈爾滿-1-甲酸；7-氮雜色胺酸；L-1,2,3,4-四氫-去甲哈爾滿-3-甲酸；5-甲氧基-2-甲基-色胺酸；及6-氯-L-色胺酸。
在一些實施例中，胺基酸類似物為外消旋物。在一些實施例中，使用胺基酸類似物之D異構體。在一些實施例中，使用胺基酸類似物之L異構體。在其他實施例中，胺基酸類似物包含呈R或S組態之對掌性中心。在其他實施例中，β-胺基酸類似物之胺基經保護基(例如第三丁氧基羰基(BOC基團)、9-茀基甲氧基羰基(FMOC)、甲苯磺醯基及其類似基團)取代。在其他實施例中，β-胺基酸類似物之羧酸官能基受保護，例如呈其酯衍生物形式。在一些實施例中，使用胺基酸類似物之鹽。
「非必需」胺基酸殘基為可自多肽野生型序列發生變化但不消除或實質上改變其基本生物學或生物化學活性(例如受體結合或活化)之殘基。「必需」胺基酸殘基為當自多肽野生型序列發生變化時引起消除或實質上消除多肽之基本生物學或生物化學活性之殘基。
「保守性胺基酸取代」為其中胺基酸殘基由具有類似側鏈之胺基酸殘基置換之取代。具有類似側鏈之胺基酸殘基家族已在此項技術中定義。該等家族包括具有以下側鏈之胺基酸：鹼性側鏈(例如K、R、H)、酸性側鏈(例如D、E)、不帶電極性側鏈(例如G、N、Q、S、T、Y、C)、非極性側鏈(例如A、V、L、I、P、F、M、W)、β-分支鏈側鏈(例如T、V、I)及芳族側鏈(例如Y、F、W、H)。因此，舉例而言，多肽中之預計非必需胺基酸殘基由來自同一側鏈家族之另一胺基酸殘基置換。可接受之取代之其他實例為基於等排考慮的取代(例如正白胺酸取代甲硫胺酸)或基於其他性質的取代(例如2-噻吩基丙胺酸取代苯丙胺酸，或6-Cl-色胺酸取代色胺酸)。
術語「封端基團」係指存在於標的擬肽巨環化合物之多肽鏈之 羧基端或胺基端的化學部分。羧基端之封端基團包括未經修飾之羧酸(亦即-COOH)或具有取代基之羧酸。舉例而言，羧基端可經胺基取代從而在C端產生羧醯胺。各種取代基包括(但不限於)一級胺及二級胺，包括聚乙二醇化二級胺。用於C端之代表性二級胺封端基團包括：
胺基端之封端基團包括未經修飾之胺(亦即-NH2)或具有取代基之胺。舉例而言，胺基端可經醯基取代從而在N端產生羧醯胺。各種取代基包括(但不限於)經取代之醯基，包括C1-C6羰基、C7-C30羰基及聚乙二醇化胺基甲酸酯基。用於N端之代表性封端基團包括(但不限於)4-FBzl(4-氟-苯甲基)及以下基團：
如本文中與巨環化合物或巨環化合物形成連接子結合使用之術語「員」係指形成或可形成巨環化合物之原子且不包括取代基或側鏈原子。以此類推，環癸烷、1,2-二氟-癸烷及1,3-二甲基環癸烷均視為10員巨環化合物，因為氫或氟取代基或甲基側鏈不參與形成巨環化合物。
符號「」當用作分子結構之部分時係指單鍵或反式或順式雙鍵。
術語「胺基酸側鏈」係指連接至胺基酸中之α-碳(或另一主鏈原子)之部分。舉例而言，丙胺酸之胺基酸側鏈為甲基，苯丙胺酸之胺基酸側鏈為苯基甲基，半胱胺酸之胺基酸側鏈為硫甲基，天冬胺酸之胺基酸側鏈為羧甲基，酪胺酸之胺基酸側鏈為4-羥基苯基甲基等。其他非天然存在胺基酸側鏈亦包括例如自然界中存在之胺基酸側鏈(例如胺基酸代謝物)或以合成方式形成之胺基酸側鏈(例如在α,α位上經二取代之胺基酸)。
術語「在α,α位上經二取代之胺基酸」係指含有結合至碳(α-碳)之胺基及羧基之分子或部分，其中該碳連接至兩個天然或非天然胺基酸側鏈。
術語「多肽」涵蓋由共價鍵(例如醯胺鍵)接合的兩個或兩個以上天然或非天然存在胺基酸。本文中所描述之多肽包括全長蛋白質(例如完全加工蛋白質)以及較短胺基酸序列(例如天然存在蛋白質之片段或合成多肽片段)。
術語「第一C端胺基酸」係指最靠近C端的胺基酸。術語「第二C端胺基酸」係指在第一C端胺基酸之N端連接的胺基酸。
如本文中所用術語「巨環化試劑」或「巨環化合物形成試劑」係指任何可用於藉由介導兩個反應基團之間的反應來製備擬肽巨環化合物的試劑。反應基團可為例如疊氮化合物及炔烴，在此情況下，巨環化試劑包括(但不限於)Cu試劑(諸如提供反應性Cu(I)物質之試劑，諸如CuBr、CuI或CuOTf)，以及可藉由添加還原劑(諸如抗壞血酸或抗壞血酸鈉)來原位轉化為活性Cu(I)試劑的Cu(II)鹽(諸如Cu(CO2CH3)2、CuSO4及CuCl2)。此外，巨環化試劑可包括例如此項技術中已知的Ru試劑，諸如Cp*RuCl(PPh3)2、[Cp*RuCl]4，或其他可提供反應性Ru(II)物質的Ru試劑。在其他情況下，反應基團為端烯烴。在該等實施例中，巨環化試劑或巨環化合物形成試劑為複分解催化劑，其包括(但不限於)穩定的後過渡金屬碳烯錯合物催化劑，諸如第VIII族過渡金屬碳烯催化劑。舉例而言，該等催化劑為具有+2氧化態、電子數為16且經五配位之Ru及Os金屬中心。在其他實例中，催化劑具有W或Mo中心。各種催化劑揭示於Grubbs等人，「Ring Closing Metathesis and Related Processes in Organic Synthesis」Acc.Chem.Res.1995,28,446-452，美國專利第5,811,515號；美國專利第7,932,397號；美國專利申請案第2011/0065915號；美國專利申請案第 2011/0245477號；Yu等人，「Synthesis of Macrocyclic Natural Products by Catalyst-Controlled Stereoselective Ring-Closing Metathesis」,Nature 2011,479,88；及Peryshkov等人，「Z-Selective Olefin Metathesis Reactions Promoted by Tungsten Oxo Alkylidene Complexes」,J.Am.Chem.Soc.2011,133,20754中。在其他情況下，反應基團為硫醇基。在該等實施例中，巨環化試劑為例如經兩個硫醇反應基團(諸如鹵素基團)官能化之連接子。
術語「鹵基」或「鹵素」係指氟、氯、溴或碘或其基團。
術語「烷基」係指為直鏈或分支鏈的烴鏈，其含有所指示數目之碳原子。舉例而言，C1-C10指示基團中具有1至10(包括1及10)個碳原子。當不存在任何數值說明時，「烷基」為具有1至20(包括1及20)個碳原子之鏈(直鏈或分支鏈)。
術語「伸烷基」係指二價烷基(亦即-R-)。
術語「烯基」係指具有一或多個碳-碳雙鍵之直鏈或分支鏈烴鏈。烯基部分含有所指示數目之碳原子。舉例而言，C2-C10表示基團中具有2至20(包括2及20)個碳原子。術語「低碳烯基」係指C2-C6烯基鏈。當不存在任何數值說明時，「烯基」為具有2至20(包括2及20)個碳原子之鏈(直鏈或分支鏈)。
術語「炔基」係指具有一或多個碳-碳參鍵之直鏈或分支鏈烴鏈。炔基部分含有所指示數目之碳原子。舉例而言，C2-C10表示基團中具有2至10(包括2及10)個碳原子。術語「低碳炔基」係指C2-C6炔基鏈。當不存在任何數值說明時，「炔基」為具有2至20(包括2及20)個碳原子之鏈(直鏈或分支鏈)。
術語「芳基」係指6碳單環或10碳雙環芳環系統，其中各環中之0、1、2、3或4個原子經取代基取代。芳基之實例包括苯基、萘基及其類似基團。術語「芳基烷氧基」係指經芳基取代之烷氧基。
「芳基烷基」係指如上文所定義之芳基中之一個氫原子經如上文所定義之C1-C5烷基置換之芳基。芳基烷基之代表性實例包括(但不限於)2-甲基苯基、3-甲基苯基、4-甲基苯基、2-乙基苯基、3-乙基苯基、4-乙基苯基、2-丙基苯基、3-丙基苯基、4-丙基苯基、2-丁基苯基、3-丁基苯基、4-丁基苯基、2-戊基苯基、3-戊基苯基、4-戊基苯基、2-異丙基苯基、3-異丙基苯基、4-異丙基苯基、2-異丁基苯基、3-異丁基苯基、4-異丁基苯基、2-第二丁基苯基、3-第二丁基苯基、4-第二丁基苯基、2-第三丁基苯基、3-第三丁基苯基及4-第三丁基苯基。
「芳基醯胺基」係指如上文所定義之芳基中之一個氫原子經一或多個-C(O)NH2基團置換之芳基。芳基醯胺基之代表性實例包括2-C(O)NH2-苯基、3-C(O)NH2-苯基、4-C(O)NH2-苯基、2-C(O)NH2-吡啶基、3-C(O)NH2-吡啶基及4-C(O)NH2-吡啶基。
「烷基雜環」係指如上文所定義之C1-C5烷基中之一個氫原子經雜環置換之C1-C5烷基。烷基雜環基團之代表性實例包括(但不限於)-CH2CH2-嗎啉、-CH2CH2-哌啶、-CH2CH2CH2-嗎啉及-CH2CH2CH2-咪唑。
「烷基醯胺基」係指如上文所定義之C1-C5烷基中之一個氫原子經-C(O)NH2基團置換之C1-C5烷基。烷基醯胺基之代表性實例包括(但不限於)-CH2-C(O)NH2、-CH2CH2-C(O)NH2、-CH2CH2CH2C(O)NH2、-CH2CH2CH2CH2C(O)NH2、-CH2CH2CH2CH2CH2C(O)NH2、-CH2CH(C(O)NH2)CH3、-CH2CH(C(O)NH2)CH2CH3、-CH(C(O)NH2)CH2CH3、-C(CH3)2CH2C(O)NH2、-CH2-CH2-NH-C(O)-CH3、-CH2-CH2-NH-C(O)-CH3-CH3及-CH2-CH2-NH-C(O)-CH=CH2。
「烷醇」係指如上文所定義之C1-C5烷基中之一個氫原子經羥基置換之C1-C5烷基。烷醇基團之代表性實例包括(但不限於)-CH2OH、- CH2CH2OH、-CH2CH2CH2OH、-CH2CH2CH2CH2OH、-CH2CH2CH2CH2CH2OH、-CH2CH(OH)CH3、-CH2CH(OH)CH2CH3、-CH(OH)CH3及-C(CH3)2CH2OH。
「烷基羧基」係指如上文所定義之C1-C5烷基中之一個氫原子經--COOH基團置換之C1-C5烷基。烷基羧基之代表性實例包括(但不限於)-CH2COOH、-CH2CH2COOH、-CH2CH2CH2COOH、-CH2CH2CH2CH2COOH、-CH2CH(COOH)CH3、-CH2CH2CH2CH2CH2COOH、-CH2CH(COOH)CH2CH3、-CH(COOH)CH2CH3及-C(CH3)2CH2COOH。
如本文中所用術語「環烷基」包括具有3至12個碳，較佳3至8個碳且更佳3至6個碳之飽和及部分不飽和環烴基團，其中環烷基另外視情況經取代。一些環烷基包括(但不限於)環丙基、環丁基、環戊基、環戊烯基、環己基、環己烯基、環庚基及環辛基。
術語「雜芳基」係指具有1至3個雜原子(單環)、1至6個雜原子(雙環)或1至9個雜原子(三環)之芳族5至8員單環、8至12員雙環或11至14員三環系統，該等雜原子係選自O、N或S(例如碳原子及1至3個(單環)、1至6個(雙環)或1至9個(三環)O、N或S雜原子)，其中各環中之0、1、2、3或4個原子經取代基取代。雜芳基之實例包括吡啶基、呋喃基(furyl/furanyl)、咪唑基、苯并咪唑基、嘧啶基、噻吩基(thiophenyl/thienyl)、喹啉基、吲哚基、噻唑基及其類似基團。
術語「雜芳基烷基」或術語「雜芳烷基」係指經雜芳基取代之烷基。術語「雜芳基烷氧基」係指經雜芳基取代之烷氧基。
術語「雜芳基烷基」或術語「雜芳烷基」係指經雜芳基取代之烷基。術語「雜芳基烷氧基」係指經雜芳基取代之烷氧基。
術語「雜環基」係指具有1至3個雜原子(單環)、1至6個雜原子(雙環)或1至9個雜原子(三環)之非芳族5至8員單環、8至12員雙環或11 至14員三環系統，該等雜原子係選自O、N或S(例如碳原子及1至3個(單環)、1至6個(雙環)或1至9個(三環)O、N或S雜原子)，其中各環中之0、1、2或3個原子經取代基取代。雜環基之實例包括哌嗪基、吡咯啶基、二噁烷基、嗎啉基、四氫呋喃基及其類似基團。
術語「取代基」係指置換第二原子或基團(諸如任何分子、化合物或部分上之氫原子)的基團。合適取代基包括(但不限於)鹵基、羥基、巰基、側氧基(oxo)、硝基、鹵烷基、烷基、烷芳基、芳基、芳烷基、烷氧基、硫烷氧基、芳氧基、胺基、烷氧基羰基、醯胺基、羧基、烷磺醯基、烷基羰基及氰基。
在一些實施例中，本文所揭示之化合物含有一或多個不對稱中心，且因此以外消旋體及外消旋混合物、單一對映異構體、個別非對映異構體及非對映異構混合物存在。除非另有明確說明，否則包括該等化合物之所有該等異構形式。在一些實施例中，本文所揭示之化合物亦呈多種互變異構形式，在該等情況下，化合物包括本文所述化合物之所有互變異構形式(例如，若環系統之烷基化造成多個位點之烷基化，則本發明包括所有該等反應產物)。除非另有明確說明，否則包括該等化合物之所有該等異構形式。除非另有明確說明，否則包括本文所述化合物之所有晶體形式。
如本文中所用，術語「增加」及「降低」分別意謂引起至少5%的統計學上顯著(亦即p<0.1)增加或降低。
如本文中所用，針對變數列舉數值範圍意欲表示該變數等於該範圍內之任一值。因此，對於固有離散變數，該變數等於該數值範圍內的任一整數值，包括該範圍之端點。類似地，對於固有連續變數，該變數等於該數值範圍內的任一實值，包括該範圍之端點。作為實例且不限制，對於描述為具有介於0與2之間的值的變數，若該變數為固有離散性，則取值0、1或2，且若該變數為固有連續性，則取值0.0、 0.1、0.01、0.001或任何其他0且2之實值。
如本文中所用，除非另有明確說明，否則「或」字係以「及/或」之包含性含義而非「其一/或」之排除性含義使用。
術語「平均」表示由對各數據點進行至少三次獨立重複試驗而獲得的平均值。
術語「生物活性」涵蓋巨環化合物之結構及功能性質。生物活性為例如結構穩定性、α-螺旋性、對目標之親和力、抗蛋白水解降解性、細胞滲透性、細胞內穩定性、活體內穩定性或其任何組合。
術語「結合親和力」係指結合相互作用(例如擬肽巨環化合物與目標之間)之強度。結合親和力可例如以平衡解離常數(「KD」)表示，該常數係以濃度量度的單位(例如M、mM、μM、nM等)表示。數值上，結合親和力與KD值呈相反變化，使得較低結合親和力對應於較高KD值，而較高結合親和力對應於較低KD值。當需要高結合親和力時，「改良」之結合親和力係指較高結合親和力且因此為較低KD值。
術語「活體外功效」係指測試化合物(諸如擬肽巨環化合物)在活體外測試系統或分析中產生有益結果之程度。活體外功效可例如以「IC50」或「EC50」值量測，該值表示測試化合物在測試系統中產生最大作用之50%時之濃度。
術語「活體外功效之比率」或「活體外功效比」係指第一分析之IC50或EC50值(分子)相比於第二分析之IC50或EC50值(分母)之比率。因此，改良之分析1相比於分析2之活體外功效比係指表示為IC50(分析1)/IC50(分析2)或EC50(分析1)/EC50(分析2)之比率的值較低。此概念亦可表徵為分析1相比於分析2之「選擇性改良」，其可由對目標1之IC50或EC50值降低或對目標2之IC50值或EC50值增加引起。
本發明之一或多個特定實施例之細節於隨附圖式及以下說明中 闡述。本發明之其他特徵、目標及優點將自說明及圖式以及申請專利範圍顯而易見。
擬肽巨環化合物
在一些實施例中，擬肽巨環化合物具有式(I)：
其中：各A、C、D及E獨立地為胺基酸(包括天然或非天然胺基酸，及胺基酸類似物)且端D及E獨立地視情況包括封端基團；B為胺基酸(包括天然或非天然胺基酸，及胺基酸類似物)、 、[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]； R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，其未經取代或經鹵基-取代；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代；L為式-L1-L2-之巨環化合物形成連接子；L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，其各視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3； 各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v及w獨立地為整數1至1000，例如1至500、1至200、1至100、1至50、1至30、1至20或1至10；u為整數1至10，例如1至5、1至3或1至2；x、y及z獨立地為整數0至10，例如x+y+z之總和為2、3或6；及n為整數1至5。
在一些實施例中，v及w為介於1至30之間的整數。在一些實施例中，w為整數3至1000，例如3至500、3至200、3至100、3至50、3至30、3至20或3至10。在一些實施例中，x+y+z之總和為3或6。在一些實施例中，x+y+z之總和為3。在其他實施例中，x+y+z之總和為6。
在一些實施例中，亦提供具有下式之擬肽巨環化合物：
其中： Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之每一者個別地為胺基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少三者為與序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸，其中各X均為胺基酸；各D及E獨立地為胺基酸；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，其未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環化合物形成連接子L'，該連接子L'連接至該等D或E胺基酸中之一者之α位；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環化合物形成連接子；L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，其各視情況經R5取代；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環 烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v為整數1至1000，例如1至500、1至200、1至100、1至50、1至30、1至20或1至10；w為整數3至1000，例如3至500、3至200、3至100、3至50、3至30、3至20或3至10；及n為整數1至5。
在一些實施例中，v及w為介於1至30之間的整數。在一些實施例中，w為整數3至1000，例如3至500、3至200、3至100、3至50、3至30、3至20或3至10。在一些實施例中，x+y+z之總和為3或6。在一些實施例中，x+y+z之總和為3。在其他實施例中，x+y+z之總和為6。
在本文中所描述之任一式之一些實施例中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少三者為與序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸。在其他實施例中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少四者為與序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸。在其他實施例中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少五者為與序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸。在其他實施例中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少六者為與序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸。在其他實施例中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少七者為與序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸。
在一些實施例中，擬肽巨環化合物具有下式：
其中：Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之每一者個別地為胺基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少三者為與序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸，其中各X均為胺基酸；各D獨立地為胺基酸；各E獨立地為胺基酸，例如選自Ala(丙胺酸)、D-Ala(D-丙胺酸)、Aib(α-胺基異丁酸)、Sar(N-甲基甘胺酸)及Ser(絲胺酸)之胺基酸；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，其未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環化合物形成連接子L'，該連接子L'連接至該等D或E胺基酸中之一者之α位；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環化合物形成連接子；L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，其各視情況經R5取代；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環 烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v為整數1至1000，例如1至500、1至200、1至100、1至50、1至30、1至20或1至10；w為整數3至1000，例如3至500、3至200、3至100、3至50、3至30、3至20或3至10；及n為整數1至5。
在上式之一些實施例中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少三者為與序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸。在上式之其他實施例中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少四者為與序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸。在上式之其他實施例中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少五者為與序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸。在上式之其他實施例中，Xaa3、Xaa5、 Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少六者為與序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸。在上式之其他實施例中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少七者為與序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12之相應位置處之胺基酸相同的胺基酸。
在一些實施例中，w為整數3至10，例如3至6、3至8、6至8或6至10。在一些實施例中，w為3。在其他實施例中，w為6。在一些實施例中，v為整數1至10，例如2至5。在一些實施例中，v為2。
在本文中所描述之任一式之實施例中，L1及L2(單獨或組合)不形成三唑或硫醚。
在一個實例中，R1及R2中之至少一者為烷基，其未經取代或經鹵基-取代。在另一實例中，R1及R2均獨立地為烷基，其未經取代或經鹵基-取代。在一些實施例中，R1及R2中之至少一者為甲基。在其他實施例中，R1及R2為甲基。
在一些實施例中，x+y+z至少為3。在其他實施例中，x+y+z為1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些實施例中，x+y+z之總和為3或6。在一些實施例中，x+y+z之總和為3。在其他實施例中，x+y+z之總和為6。巨環化合物或巨環化合物前驅體中A、B、C、D或E每次出現時均係獨立地選擇。舉例而言，當x為3時，由式[A]x表示之序列涵蓋其中胺基酸不相同之實施例(例如Gln-Asp-Ala)以及其中胺基酸相同之實施例(例如Gln-Gln-Gln)。此適用於x、y或z在所指示範圍內之任何值。類似地，當u大於1時，各化合物可涵蓋擬肽巨環化合物，其可相同或不同。舉例而言，化合物可包含擬肽巨環化合物，其包含不同連接子長度或化學組成。
在一些實施例中，擬肽巨環化合物包含二級結構(其為α-螺旋)且 R8為-H，從而允許螺旋內氫鍵結。在一些實施例中，A、B、C、D或E中之至少一者為在α,α位上經二取代之胺基酸。在一個實例中，B為在α,α位上經二取代之胺基酸。舉例而言，A、B、C、D或E中之至少一者為2-胺基異丁酸。在其他實施例中，A、B、C、D或E中之至少 一者為。
在其他實施例中，選擇巨環化合物形成連接子L之長度(如自第一個Cα至第二個Cα量測)使所需二級肽結構(諸如由擬肽巨環化合物之殘基(包括(但不必限於)介於第一個Cα至第二個Cα之間的殘基)形成之α-螺旋)穩定。
在一個實施例中，式(I)之擬肽巨環化合物為：
其中各R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，其未經取代或經鹵基-取代。
在相關實施例中，式(I)之擬肽巨環化合物為：
其中各R1'及R2'獨立地為胺基酸。
在其他實施例中，式(I)之擬肽巨環化合物為具有下文所展示之各式中之任一者之化合物：
其中「AA」表示任何天然或非天然胺基酸側鏈且「」為如上文所定義之[D]v、[E]w，且n為介於0與20、50、100、200、300、400或500之間的整數。在一些實施例中，n為0。在其他實施例中，n小於50。
巨環化合物形成連接子之例示性實施例展示於下文中。
在其他實施例中，式I化合物中之D及/或E經進一步修飾以促進細胞吸收。在一些實施例中，使擬肽巨環化合物脂質化或聚乙二醇化可促進細胞吸收、增加生物可用性、增加血液循環、改變藥物動力學、降低免疫原性及/或降低所需投藥頻率。
在其他實施例中，式I化合物中[D]及[E]中之至少一者表示包含其他巨環化合物形成連接子使得擬肽巨環化合物包含至少兩個巨環化合物形成連接子之部分。在一特定實施例中，擬肽巨環化合物包含兩個巨環化合物形成連接子。在一個實施例中，u為2。
在一些實施例中，本文中所描述之任一巨環化合物形成連接子均可與表1、表1a、表1b或表1c中所展示之任一序列以任何組合形式使用且亦可與本文中所指示之任一R取代基一起使用。
在一些實施例中，擬肽巨環化合物包含至少一個α-螺旋主結構。舉例而言，式I化合物中之A、B及/或C包括一或多個α-螺旋。一般而言，α-螺旋每圈包括3至4個胺基酸殘基。在一些實施例中，擬肽巨環化合物之α-螺旋包括1至5個圈且因此包括3至20個胺基酸殘基。在特定實施例中，α-螺旋包括1個圈、2個圈、3個圈、4個圈或5個圈。在一些實施例中，巨環化合物形成連接子使包括在擬肽巨環化合物內之 α-螺旋主結構穩定。因此，在一些實施例中，選擇巨環化合物形成連接子L之長度(第一個Cα至第二個Cα)以增加α-螺旋之穩定性。在一些實施例中，巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之1個圈至5個圈。在一些實施例中，巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約1個圈、2個圈、3個圈、4個圈或5個圈。在一些實施例中，巨環化合物形成連接子之長度為每圈α-螺旋約5 Å至9 Å，或每圈α-螺旋約6 Å至8 Å。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約1個圈時，長度等於約5個碳-碳鍵至13個碳-碳鍵，約7個碳-碳鍵至11個碳-碳鍵，或約9個碳-碳鍵。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約2個圈時，長度等於約8個碳-碳鍵至16個碳-碳鍵，約10個碳-碳鍵至14個碳-碳鍵，或約12個碳-碳鍵。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約3個圈時，長度等於約14個碳-碳鍵至22個碳-碳鍵，約16個碳-碳鍵至20個碳-碳鍵，或約18個碳-碳鍵。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約4個圈時，長度等於約20個碳-碳鍵至28個碳-碳鍵，約22個碳-碳鍵至26個碳-碳鍵，或約24個碳-碳鍵。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約5個圈時，長度等於約26個碳-碳鍵至34個碳-碳鍵，約28個碳-碳鍵至32個碳-碳鍵，或約30個碳-碳鍵。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約1個圈時，鍵含有約4個原子至12個原子，約6個原子至10個原子，或約8個原子。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約2個圈時，鍵含有約7個原子至15個原子，約9個原子至13個原子，或約11個原子。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約3個圈時，鍵含有約13個原子至21個原子，約15個原子至19個原子，或約17個原子。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約4個圈時，鍵含有約19個原子至27個原子，約21個原子至25個原子，或約23個原子。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約5個圈時，鍵含有約25個原子至33個原子，約27個原子至31個原子，或約29個原子。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺 旋之約1個圈時，所得巨環化合物形成含有約17個成員至25個成員，約19個成員至23個成員，或約21個成員之環。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約2個圈時，所得巨環化合物形成含有約29個成員至37個成員，約31個成員至35個成員，或約33個成員之環。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約3個圈時，所得巨環化合物形成含有約44個成員至52個成員，約46個成員至50個成員，或約48個成員之環。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約4個圈時，所得巨環化合物形成含有約59個成員至67個成員，約61個成員至65個成員，或約63個成員之環。當巨環化合物形成連接子跨越α-螺旋之約5個圈時，所得巨環化合物形成含有約74個成員至82個成員，約76個成員至80個成員，或約78個成員之環。
在其他實施例中，提供式(IV)或(IVa)之擬肽巨環化合物：
其中：各A、C、D及E獨立地為天然或非天然胺基酸，且端D及E獨立地視情況包括封端基團； B為天然或非天然胺基酸、胺基酸類似物、、[-NH-L3- CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，其未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環化合物形成連接子L'，該連接子L'連接至該等D或E胺基酸中之一者之α位；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代；L為式-L1-L2-之巨環化合物形成連接子；L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，其各視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，其視情況經R5取代；v及w獨立地為整數1至1000；u為整數1至10；x、y及z獨立地為整數0至10；及n為整數1至5。
在一個實例中，L1及L2(單獨或組合)不形成三唑或硫醚。
在一個實例中，R1及R2中之至少一者為烷基，其未經取代或經鹵 基-取代。在另一實例中，R1及R2均獨立地為烷基，其未經取代或經鹵基-取代。在一些實施例中，R1及R2中之至少一者為甲基。在其他實施例中，R1及R2為甲基。
在一些實施例中，x+y+z至少為1。在其他實施例中，x+y+z至少為2。在其他實施例中，x+y+z為1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。巨環化合物或巨環化合物前驅體中A、B、C、D或E每次出現時均係獨立地選擇。舉例而言，當x為3時，由式[A]x表示之序列涵蓋其中胺基酸不相同之實施例(例如Gln-Asp-Ala)以及其中胺基酸相同之實施例(例如Gln-Gln-Gln)。此適用於x、y或z在所指示範圍內之任何值。
在一些實施例中，擬肽巨環化合物包含二級結構(其為α-螺旋)且R8為-H，從而允許螺旋內氫鍵結。在一些實施例中，A、B、C、D或E中之至少一者為在α,α位上經二取代之胺基酸。在一個實例中，B為在α,α位上經二取代之胺基酸。舉例而言，A、B、C、D或E中之至少一者為2-胺基異丁酸。在其他實施例中，A、B、C、D或E中之至少一者為。
在其他實施例中，選擇巨環化合物形成連接子L之長度(如自第一個Cα至第二個Cα量測)使所需二級肽結構(諸如由擬肽巨環化合物之殘基(包括(但不必限於)介於第一個Cα至第二個Cα之間的殘基)形成之α-螺旋)穩定。
巨環化合物形成連接子-L1-L2-之例示性實施例展示於下文中。
除非另有說明，否則任何化合物(包括擬肽巨環化合物、巨環化合物前驅體及其他組合物)亦意謂涵蓋僅在一或多個同位素增濃原子之存在方面不同之化合物。舉例而言，除氫經氘或氚置換，或碳經13C或14C增濃碳置換外，具有所描述之結構之化合物屬於本發明之範疇內。
在一些實施例中，本文中揭示之化合物可在構成該等化合物之一或多個原子處含有非天然比例之原子同位素。舉例而言，化合物可經放射性同位素(諸如氚(3H)、碘-125(125I)或碳-14(14C))放射性標記。在其他實施例中，一或多個碳原子經矽原子置換。本文中涵蓋本文中所揭示之化合物之所有同位素變化(無論是否為放射性的)。
製備擬肽巨環化合物
可由此項技術中已知的多種方法中之任一種製備擬肽巨環化合物。舉例而言，表1、表1a、表1b或表1c中由「$」或「$r8」表示之殘基中之任一者均可經能夠與同一分子中之第二殘基或該殘基之前驅體形成交聯子的殘基取代。
此項技術中已知多種可實現擬肽巨環化合物形成之方法。舉例而言，式I之擬肽巨環化合物之製備方法描述於Schafmeister等人，J. Am.Chem.Soc.122：5891-5892(2000)；Schafmeister及Verdine,J.Am.Chem.Soc.122：5891(2005)；Walensky等人，Science 305：1466-1470(2004)；美國專利第7,192,713號及PCT申請案WO 2008/121767中。所引用之參考文獻中揭示之在α,α位上經二取代之胺基酸及胺基酸前驅體可用於合成擬肽巨環化合物前驅體多肽。舉例而言，「S5-烯烴胺基酸」為(S)-α-(2'-戊烯基)丙胺酸且「R8烯烴胺基酸」為(R)-α-(2'-辛烯基)丙胺酸。在將該等胺基酸併入前驅體多肽後，使端烯烴與複分解催化劑反應，引起形成擬肽巨環化合物。在多種實施例中，以下胺基酸可用於合成擬肽巨環化合物：
在其他實施例中，擬肽巨環化合物具有式IV或IVa。製備該等巨環化合物之方法描述於例如美國專利第7,202,332號中。
其他預計合適的形成擬肽巨環化合物之方法包括由Mustapa,M.Firouz Mohd等人，J.Org.Chem(2003),68，第8193-8198頁；Yang,Bin等人，Bioorg Med.Chem.Lett.(2004),14，第1403-1406頁；美國專利第5,364,851號；美國專利第5,446,128號；美國專利第5,824,483號；美國專利第6,713,280號；及美國專利第7,202,332號揭示之方法。在該等實施例中，所用胺基酸前驅體在α位含有另一取代基R-。該等胺基酸在所需位置處併入巨環化合物前驅體，其可位於交聯子經取代之位置或位於巨環化合物前驅體之序列中的其他位置。接著根據所指示 方法實現前驅體之環化。
分析
例如藉由使用下文描述之方法分析擬肽巨環化合物之性質。在一些實施例中，擬肽巨環化合物與不含本文中所描述之取代基的相應多肽相比具有改良之生物學性質。
測定α-螺旋性之分析
在溶液中，具有α-螺旋狀結構域之多肽之二級結構將達成無規捲曲結構與α-螺旋結構之間的動態平衡(通常表示為「螺旋性百分比」)。因此，舉例而言，溶液中α-螺旋狀結構域主要呈無規捲曲形式，其中α-螺旋含量通常低於25%。另一方面，具有最佳化連接子之擬肽巨環化合物例如具有為相應未交聯多肽之α-螺旋性的至少兩倍之α-螺旋性。在一些實施例中，巨環化合物將具有大於50%之α-螺旋性。為分析擬肽巨環化合物之螺旋性，將化合物溶解於水溶液(例如50 mM磷酸鉀溶液(pH 7)，或蒸餾H2O中，達到25至50 μM之濃度)中。由分光偏振計(例如Jasco J-710)使用標準量測參數(例如溫度，20℃；波長，190-260 nm；步進解析度，0.5 nm；速率，20奈米/秒；積聚度，10；反應時間，1秒；頻寬，1 nm；路徑長度，0.1 cm)獲得圓二色性(CD)譜圖。藉由將平均殘基橢圓率(例如[Φ]222obs)除以模型螺旋狀十肽之報導值(Yang等人(1986),Methods Enzymol.130：208)來計算各肽之α-螺旋含量。
測定熔融溫度(Tm)之分析
包含二級結構(諸如α-螺旋)之擬肽巨環化合物與相應未交聯多肽相比呈現例如較高熔融溫度。通常，擬肽巨環化合物呈現Tm>60℃，表示在水溶液中高度穩定的結構。為分析巨環化合物形成對熔融溫度之影響，將擬肽巨環化合物或未經修飾之肽溶解於蒸餾H2O中(例如最終濃度為50 μM)且藉由在分光偏振計(例如Jasco J-710)上使用標準參 數(例如波長222 nm；步進解析度，0.5 nm；速率，20奈米/秒；積聚度，10；反應時間，1秒；頻寬，1 nm；溫度升高速率：1℃/分鐘；路徑長度，0.1 cm)量測某一溫度範圍(例如4℃至95℃)內之橢圓率變化來測定Tm。
蛋白酶抗性分析
肽主鏈之醯胺鍵易經蛋白酶水解，藉此使得肽化合物易於在活體內快速降解。然而，肽螺旋形成通常掩蔽醯胺主鏈且因此可使其免於蛋白水解裂解。可使擬肽巨環化合物進行活體外胰蛋白酶蛋白水解以評估與相應未交聯多肽相比之任何降解速率變化。舉例而言，將擬肽巨環化合物及相應未交聯多肽與胰蛋白酶瓊脂糖一起培育且在多個時間點藉由離心淬滅反應，隨後進行HPLC注射以藉由280 nm下之紫外線吸收對殘餘受質進行定量。簡言之，將擬肽巨環化合物及擬肽前驅體(5 mcg)與胰蛋白酶瓊脂糖(Pierce)(S/E為約125)一起培育0、10、20、90及180分鐘。藉由高速台式離心淬滅反應；藉由280 nm下基於HPLC之峰偵測對分離之上清液中的剩餘受質進行定量。蛋白水解反應顯示一級動力學且由ln[S]對時間之關係曲線測定速率常數k(k=-1X斜率)。
離體穩定性分析
具有最佳化連接子之擬肽巨環化合物具有例如為相應未交聯多肽之離體半衰期的至少兩倍之離體半衰期且具有12小時或12小時以上的離體半衰期。對於離體血清穩定性研究，可使用多種分析。舉例而言，將擬肽巨環化合物及相應未交聯多肽(2 mcg)與新鮮小鼠、大鼠及/或人類血清(2 mL)一起在37℃下培育0、1、2、4、8及24小時。為測定完整化合物含量，可使用以下程序：藉由將100 μl血清轉移至2 ml離心管中，接著添加10 μL 50%甲酸及500 μL乙腈且在4±2℃下以14,000 RPM離心10分鐘來萃取樣品。接著將上清液轉移至新鮮的2 ml 管中且用Turbovap在N2<10 psi，37℃下蒸發。樣品在100 μL 50：50乙腈：水中復原且提交用於進行LC-MS/MS分析。
活體外結合分析
為評估擬肽巨環化合物及擬肽前驅體與受體蛋白質之結合及親和力，使用例如螢光偏振分析(FPA)。FPA技術使用偏振光及螢光示蹤劑量測分子取向及遷移率。當用偏振光激發時，連接至具有高表觀分子量之分子之螢光示蹤劑(例如FITC)(例如結合至大型蛋白質之FITC標記之肽)由於其與連接至較小分子之螢光示蹤劑(例如在溶液中游離的FITC標記之肽)相比旋轉速率較慢而發射較高程度之偏振螢光。
舉例而言，將螢光素化擬肽巨環化合物(25 nM)與受體蛋白質(25-1000 nM)一起於結合緩衝液(140 mM NaCl，50 mM Tris-HCL，pH 7.4)中在室溫下培育30分鐘。例如藉由螢光偏振用螢光分光光度計(例如Perkin-Elmer LS50B)量測結合活性。可藉由非線性回歸分析使用例如Graphpad Prism軟體(GraphPad Software,Inc.,San Diego,CA)測定Kd值。在一些實施例中，擬肽巨環化合物與相應未交聯多肽相比展示類似或較低Kd。
表徵肽-蛋白質相互作用拮抗劑之活體外置換分析
為評估拮抗肽與受體蛋白質之間相互作用之化合物的結合及親和力，使用例如螢光偏振分析(FPA)，其利用來源於擬肽前驅體序列之螢光素化擬肽巨環化合物。FPA技術使用偏振光及螢光示蹤劑量測分子取向及遷移率。當用偏陣光激發時，連接至具有高表觀分子量之分子之螢光示蹤劑(例如FITC)(例如結合至大型蛋白質之FITC標記之肽)由於其與連接至較小分子之螢光示蹤劑(例如在溶液中游離的FITC標記之肽)相比旋轉速率較慢而發射較高程度之偏振螢光。將在競爭性結合FPA實驗中偵測拮抗螢光素化擬肽巨環化合物與受體蛋白質之 間相互作用的化合物。
舉例而言，推定拮抗劑化合物(1 nM至1 mM)及螢光素化擬肽巨環化合物(25 nM)與受體蛋白質(50 nM)一起於結合緩衝液(140 mM NaCl，50 mM Tris-HCL，pH 7.4)中在室溫下培育30分鐘。例如藉由螢光偏振用螢光分光光度計(例如Perkin-Elmer LS50B)量測拮抗劑結合活性。可藉由非線性回歸分析使用例如Graphpad Prism軟體(GraphPad Software,Inc.,San Diego,CA)測定Kd值。
任何類別之分子(諸如小型有機分子、肽、寡核苷酸或蛋白質)均可作為此分析中之推定拮抗劑進行檢驗。
藉由親和力選擇-質譜分析進行之蛋白質-配位體結合之分析
為評估測試化合物與蛋白質之結合及親和力，使用例如親和力-選擇質譜分析。使用1 μM擬肽巨環化合物加5 μM hMDM2根據以下針對全系統範圍控制實驗(system-wide control experiment)概述之代表性程序進行蛋白質-配位體結合實驗。將40 μM擬肽巨環化合物儲備溶液之1 μL DMSO等分試樣溶解於19 μL PBS(磷酸鹽緩衝鹽水：50 mM，pH 7.5(含有150 mM NaCl之磷酸鹽緩衝液))中。藉由反覆抽吸來混合所得溶液且藉由在10000g下離心10分鐘使溶液澄清。向所得上清液之4 μL等分試樣中添加4 μL含10 μM hMDM2之PBS。因此，每8.0 μL實驗樣品含有40 pmol(1.5 μg)蛋白質(於PBS中之濃度為5.0 μM)加1 μM擬肽巨環化合物及2.5% DMSO。將由此製備之各濃度點之雙份重複試驗樣品在室溫下培育60分鐘，接著冷卻至4℃，隨後用5.0 μL注射液進行尺寸排阻層析-LC-MS分析。將含有目標蛋白質、蛋白質-配位體複合物及未結合化合物之樣品注射至SEC管柱上，在此管柱上藉由快速SEC步驟使複合物與非結合組分分離。使用UV偵測器監測SEC管柱溶離液以確認早期溶離蛋白質部分(其在SEC管柱之空隙體積中溶離)與保留於管柱上之未結合組分良好解析。在含有蛋白質及蛋白質- 配位體複合物之峰自主UV偵測器溶離後，其進入樣品迴路，在樣品迴路中其與SEC階段之流體分離且經閥門機構(valving mechanism)直接轉移至LC-MS。藉由ESI-MS在預期m/z下觀測擬肽巨環化合物之(M+3H)3+離子，確認偵測到蛋白質-配位體複合物。
蛋白質-配位體K d 滴定實驗之分析
為評估測試化合物與蛋白質之結合及親和力，進行例如蛋白質-配位體Kd滴定實驗。如下進行蛋白質-配位體Kd滴定實驗：製備滴定劑擬肽巨環化合物之連續稀釋儲備溶液之2 μL DMSO等分試樣(5 mM、2.5 mM、...、0.098 mM)，接著溶解於38 μL PBS中。藉由反覆抽吸來混合所得溶液且藉由在10000g下離心10分鐘使溶液澄清。向所得上清液之4.0 μL等分試樣中添加4.0 μL含10 μM hMDM2之PBS。因此，每8.0 μL實驗樣品含有40 pmol(1.5 μg)蛋白質(於PBS中之濃度為5.0 μM)、不同濃度(125 μM、62.5 μM、...0.24 μM)之滴定劑肽及2.5% DMSO。將由此製備之各濃度點之雙份重複試驗樣品在室溫下培育30分鐘，接著冷卻至4℃，隨後用2.0 μL注射液進行SEC-LC-MS分析。藉由ESI-MS觀測(M+H)1+、(M+2H)2+、(M+3H)3+及/或(M+Na)1+離子；對萃取之離子層析圖進行定量，接著與方程式擬合得到結合親和力Kd，如「A General Technique to Rank Protein-Ligand Binding Affinities and Determine Allosteric vs.Direct Binding Site Competition in Compound Mixtures」,Annis,D.A.；Nazef,N.；Chuang,C.C.；Scott,M.P.；Nash,H.M.J.Am.Chem.Soc. 2004,126,15495-15503；及「ALIS：An Affinity Selection-Mass Spectrometry System for the Discovery and Characterization of Protein-Ligand Interactions」,D.A.Annis,C.-C.Chuang及N.Nazef.In Mass Spectrometry in Medicinal Chemistry.Wanner K編，Höfner G：Wiley-VCH；2007：121-184.Mannhold R,Kubinyi H,Folkers G(叢書編輯)：Methods and Principles in Medicinal Chemistry中所描述。
藉由親和力選擇-質譜分析進行之競爭性結合實驗之分析
為測定測試化合物競爭性結合於蛋白質之能力，進行例如親和力選擇質譜分析。藉由將三種化合物各自之400 μM儲備溶液之2 μL等分試樣與14 μL DMSO組合來製備配位體混合物(每組分40 μM)。接著，將此每組分40 μM混合物之1 μL等分試樣與滴定劑擬肽巨環化合物之連續稀釋儲備溶液之1 μL DMSO等分試樣(10 mM、5 mM、2.5 mM、...、0.078 mM)組合。將該等2 μL樣品溶解於38 μL PBS中。藉由反覆抽吸來混合所得溶液且藉由在10000g下離心10分鐘使溶液澄清。向所得上清液之4.0 μL等分試樣中添加4.0 μL含10 μM hMDM2蛋白質之PBS。因此每8.0 μL實驗樣品含有40 pmol(1.5 μg)蛋白質(於PBS中之濃度為5.0 μM)加0.5 μM配位體、2.5% DMSO及不同濃度(125 μM、62.5 μM、...0.98 μM)之滴定劑擬肽巨環化合物。將由此製備之各濃度點之雙份重複試驗樣品在室溫下培育60分鐘，接著冷卻至4℃，隨後用2.0 μL注射液進行SEC-LC-MS分析。關於該等及其他方法之其他詳細描述提供於「A General Technique to Rank Protein-Ligand Binding Affinities and Determine Allosteric vs.Direct Binding Site Competition in Compound Mixtures」,Annis,D.A.；Nazef,N.；Chuang,C.C.；Scott,M.P.；Nash,H.M.J.Am.Chem.Soc. 2004,126,15495-15503；及「ALIS：An Affinity Selection-Mass Spectrometry System for the Discovery and Characterization of Protein-Ligand Interactions」D.A.Annis,C.-C.Chuang及N.Nazef.In Mass Spectrometry in Medicinal Chemistry.Wanner K編，Höfner G：Wiley-VCH；2007：121-184.Mannhold R,Kubinyi H,Folkers G(叢書編輯)：Methods and Principles in Medicinal Chemistry中。
完整細胞中之結合分析
可藉由免疫沈澱實驗量測完整細胞中肽或擬肽巨環化合物與其天然受體之結合。舉例而言，將完整細胞與螢光素化(FITC標記)化合物一起在不存在血清下培育4小時，接著進行血清置換且再培育4-18小時。接著使細胞集結且於溶解緩衝液(50 mM Tris[pH 7.6]、150 mM NaCl、1% CHAPS及蛋白酶抑制劑混合物)中在4℃下培育10分鐘。萃取物在14,000 rpm下離心15分鐘且收集上清液且與10 μl山羊抗FITC抗體一起培育2小時，在4℃下旋轉，接著再與蛋白質A/G瓊脂糖凝膠(50 μl 50%珠粒漿料)一起在4℃下培育2小時。在快速離心後，在含有遞增之鹽濃度(例如150 mM、300 mM、500 mM)之溶解緩衝液中洗滌集結粒。接著珠粒在150 mM NaCl下再平衡，隨後添加含SDS之樣品緩衝液且使其沸騰。在離心後，視情況使用4%-12%梯度Bis-Tris凝膠對上清液進行電泳，接著轉移至Immobilon-P膜中。在阻斷後，墨點視情況與偵測FITC之抗體一起培育且亦與一或多種偵測結合於擬肽巨環化合物之蛋白質之抗體一起培育。
細胞滲透性分析
擬肽巨環化合物與相應未交聯巨環化合物相比具有例如較高的細胞滲透性。舉例而言，具有最佳化連接子之擬肽巨環化合物具有例如為相應未交聯巨環化合物的至少兩倍的細胞滲透性，且通常在4小時後將觀測到20%或20%以上的所施用之擬肽巨環化合物已滲透細胞。為量測擬肽巨環化合物及相應未交聯巨環化合物之細胞滲透性，將完整細胞與螢光標記(例如螢光素化)之擬肽巨環化合物或相應未交聯巨環化合物(10 μM)一起於無血清培養基中在37℃下培育4小時，用培養基洗滌兩次且與胰蛋白酶(0.25%)一起在37℃下培育10分鐘。再次洗滌細胞且再懸浮於PBS中。例如藉由使用FACSCalibur流式細胞儀或Cellomics' KineticScan® HCS讀取器分析細胞螢光。
細胞功效分析
例如在基於細胞之殺死分析(cell-based killing assay)中使用來源於人類或小鼠細胞群體之多種致瘤及非致瘤細胞株及原生細胞測定某些擬肽巨環化合物之功效。在與擬肽巨環化合物(0.5至50 μM)一起培育例如24至96小時期間監測細胞活力以鑑別在EC50<10 μM下殺死細胞之擬肽巨環化合物。量測細胞活力之若干種標準分析可商購且視情況用於評估擬肽巨環化合物之功效。此外，視情況使用量測磷脂結合蛋白V及卡斯蛋白酶活化之分析評估擬肽巨環化合物是否藉由活化細胞凋亡機構來殺死細胞。舉例而言，使用細胞效價-glo分析(Cell Titer-glo assay)，其測定隨細胞內ATP濃度變化之細胞活力。
活體內穩定性分析
為研究擬肽巨環化合物之活體內穩定性，例如藉由靜脈內、腹膜內、經口或吸入途徑向小鼠及/或大鼠投與濃度在0.1至50 mg/kg範圍內之化合物且在注射後0'、5'、15'、30'、1小時、4小時、8小時及24小時抽取血液樣本。接著如上文所述藉由LC-MS/MS量測25 μL新鮮血清中之完整化合物含量。
動物模型中之活體內功效
為測定擬肽巨環化合物之活體內抗癌活性，例如單獨投與(腹膜內、靜脈內、經口、藉由吸入或經鼻途徑)或與次最佳劑量之相關化學療法(例如環磷醯胺、阿黴素(doxorubicin)、依託泊苷(etoposide))組合投與化合物。在一個實例中，在經全身照射3小時後的NOD-SCID小鼠中由尾靜脈注射5×106個穩定表現螢光素酶之RS4；11細胞(自急性淋巴母細胞性白血病患者之骨髓建立)。若保持不作處理，則在此模型中此形式之白血病在3週內即致命。可例如藉由向小鼠注射D-螢光素(60 mg/kg)且對麻醉動物進行成像(例如Xenogen活體內成像系統，Caliper Life Sciences,Hopkinton,MA)來容易地監測白血病。藉由用Living Image軟體(Caliper Life Sciences,Hopkinton,MA)對光子通量 (光子/秒)進行積分來對總體生物發光進行定量。舉例而言，藉由尾靜脈或腹膜內途徑向白血病小鼠(注射後10天/實驗第1天，生物發光範圍為14-16)投與劑量在0.1 mg/kg至50 mg/kg範圍內之擬肽巨環化合物(單獨或與次最佳劑量之相關化學治療劑之組合)持續7至21天。視情況，在整個實驗期間每隔一天對小鼠進行成像且在實驗期間每天監測存活率。死亡小鼠視情況在實驗結束時接受屍檢。另一動物模型為將穩定表現螢光素酶之DoHH2(來源於人類濾泡性淋巴瘤之細胞株)植入NOD-SCID小鼠。該等活體內測試視情況產生初步藥物動力學、藥效學及毒理學數據。
臨床試驗
為測定擬肽巨環化合物用於治療人類之合適性，進行臨床試驗。舉例而言，可選擇經診斷患有癌症且需要治療之患者且將其分為治療組及一或多個對照組，其中向治療組投與擬肽巨環化合物，而對照組接受安慰劑或已知抗癌藥物。可藉由在諸如存活率及生活品質之因素方面進行患者群之比較來評估擬肽巨環化合物之治療安全性及功效。在此實例中，經擬肽巨環化合物治療之患者群與經安慰劑治療之患者對照組相比可展示改良之長期存活率。
醫藥組合物及投藥途徑
本文中揭示之醫藥組合物包括擬肽巨環化合物及其醫藥學上可接受之衍生物或前藥。「醫藥學上可接受之衍生物」意謂本文中揭示之化合物之任何醫藥學上可接受之鹽、酯、酯之鹽、前藥或其他衍生物，其在投與接受者後能夠提供(直接或間接)本文中揭示之化合物。尤其偏好在投與哺乳動物時增加化合物之生物可用性(例如藉由增加經口投與之化合物至血液中之吸收)或使活性化合物至生物代謝區(例如腦或淋巴系統)之傳遞與母物質相比增加的醫藥學上可接受之衍生物。一些醫藥學上可接受之衍生物包括可增加水溶性或跨過腸胃黏膜 之主動轉運的化學基團。
在一些實施例中，藉由共價或非共價接合合適官能基來修飾擬肽巨環化合物以增強選擇性生物學性質。該等修飾包括可增加至指定生物代謝區(例如血液、淋巴系統、中樞神經系統)之生物學滲透作用、增加口服可用性、增加溶解度以允許藉由注射投藥、改變代謝作用及改變排泄速率之修飾。
本文中揭示之化合物之醫藥學上可接受之鹽包括來源於醫藥學上可接受之無機及有機酸及鹼之鹽。合適酸鹽之實例包括乙酸鹽、己二酸鹽、苯甲酸鹽、苯磺酸鹽、丁酸鹽、檸檬酸鹽、二葡糖酸鹽、十二烷基硫酸鹽、甲酸鹽、反丁烯二酸鹽、羥乙酸鹽、半硫酸鹽、庚酸鹽、己酸鹽、鹽酸鹽、氫溴酸鹽、氫碘酸鹽、乳酸鹽、順丁烯二酸鹽、丙二酸鹽、甲烷磺酸鹽、2-萘磺酸鹽、菸鹼酸鹽、硝酸鹽、雙羥萘酸鹽、磷酸鹽、苦味酸鹽、特戊酸鹽、丙酸鹽、水楊酸鹽、丁二酸鹽、硫酸鹽、酒石酸鹽、甲苯磺酸鹽及十一烷酸鹽。來源於合適鹼之鹽包括鹼金屬(例如鈉)鹽、鹼土金屬(例如鎂)鹽、銨鹽及N-(烷基)4 +鹽。
對於由本文中揭示之化合物製備醫藥組合物，醫藥學上可接受之載劑包括固體或液體載劑。固體形式製劑包括散劑、錠劑、丸劑、膠囊、扁膠劑、栓劑及可分散顆粒。固體載劑可為一或多種物質，其亦充當稀釋劑、調味劑、黏合劑、防腐劑、錠劑崩解劑或囊封材料。關於調配及投藥技術之細節詳細描述於科學及專利文獻中，參見例如最新版之Remington's Pharmaceutical Sciences,Maack Publishing Co,Easton PA。
在散劑中，載劑為細粉狀固體，其與細粉狀活性組分混合。在錠劑中，活性組分通常與具有必需結合性質之載劑以合適比例混合且壓實為所需形狀及尺寸。
合適固體賦形劑為碳水化合物或蛋白質填充劑，包括(但不限於)糖，包括乳糖、蔗糖、甘露醇或山梨糖醇；自玉米、小麥、稻米、馬鈴薯或其他植物獲得之澱粉；纖維素，諸如甲基纖維素、羥丙基甲基纖維素或羧甲基纖維素鈉；及膠，包括阿拉伯膠及黃蓍膠；以及蛋白質，諸如明膠及膠原蛋白。視需要可添加崩解劑或增溶劑，諸如交聯聚乙烯吡咯啶酮、瓊脂、褐藻酸或其鹽，諸如褐藻酸鈉。
液體形式製劑包括溶液、懸浮液及乳液，例如水或水/丙二醇溶液。對於非經腸注射，液體製劑可調配為於聚乙二醇水溶液中之溶液形式。
醫藥製劑可呈單位劑型。在該種形式中，製劑經再分為含有適量活性組分之單位劑量。單位劑型可為包裝製劑，該包裝含有離散量之製劑，諸如包裝錠劑、膠囊或小瓶或安瓿中之散劑。單位劑型本身亦可為膠囊、錠劑、扁膠劑或口含錠，或其可為適當數目之呈包裝形式之任何該等劑型。
當本文中揭示之一或多種組合物包含擬肽巨環化合物與一或多種其他治療劑或預防劑之組合時，該化合物及該其他藥劑均應以單藥療法方案中通常投與之劑量之約1%至100%且更佳約5%至95%之劑量含量存在。在一些實施例中，作為多次給藥方案之一部分，其他藥劑係與本文中揭示之一或多種化合物分開投與。或者，該等藥劑為單一劑型之一部分，其與本文中揭示之化合物一起混合於單一組合物中。
使用方法
在一個態樣中，本文中提供新穎擬肽巨環化合物，其適用於在競爭性結合分析中鑑別結合於該等擬肽巨環化合物所模仿之蛋白質或肽之天然配位體的藥劑。舉例而言，在p53/MDMX系統中，經標記之基於p53之擬肽巨環化合物可與競爭性結合於MDMX之小分子一起用於MDMX結合分析中。競爭性結合研究可實現對p53/MDMX系統具有 特異性之候選藥物之快速活體外評估及測定。該等結合研究可使用本文中揭示之任何擬肽巨環化合物及其結合搭配物進行。
此外提供產生針對擬肽巨環化合物之抗體之方法。在一些實施例中，該等抗體特異性結合於擬肽巨環化合物及與擬肽巨環化合物有關之前驅體肽，諸如p53。該等抗體例如破壞原始蛋白質-蛋白質相互作用，例如p53與MDMX之間的結合。
在其他態樣中，本文中提供治療有罹患與包括p53、MDM2或MDMX在內之分子之異常(例如不充分或過度)表現或活性有關之病症的風險(或易患該病症)或已罹患該病症之個體的預防性及治療性方法。
在另一實施例中，病症係至少部分地由p53或MDM2或MDMX含量異常(例如過表現或表現不足)或存在展現異常活性之p53或MDM2或MDMX引起。因此，由來源於p53之擬肽巨環化合物引起之p53或MDM2或MDMX之含量及/或活性降低或p53或MDM2或MDMX之含量及/或活性增強用於例如改善或減少病症之不良症狀。
在另一態樣中，本文中提供藉由干擾結合搭配物之間(例如p53與MDM2之間或p53與MDMX之間)的相互作用或結合來治療或預防疾病(包括過度增生疾病及發炎病症)之方法。該等方法包括向溫血動物(包括人類)投與有效量之化合物。在一些實施例中，投與本文中揭示之一或多種化合物誘導細胞生長停滯或細胞凋亡。
如本文中所用，術語「治療」定義為向患者施用或投與治療劑，或向自已罹患疾病、具有疾病症狀或疾病易感性的患者分離之組織或細胞株施用或投與治療劑，從而達到治癒、醫治、緩和、緩解、改變、補救、改善、改良或影響疾病、疾病症狀或疾病易感性之目的。
在一些實施例中，擬肽巨環化合物可用於治療、預防及/或診斷 癌症及贅生性病狀。如本文中所用，術語「癌症」、「過度增生」及「贅生」係指具有自發生長能力之細胞，亦即以快速增生細胞生長為特徵之異常狀態或病狀。過度增生及贅生性疾病病況可歸類為病理性的(亦即表徵或構成疾病病況)或可歸類為非病理性的(亦即偏離正常狀態但與疾病病況無關)。該術語意謂包括所有類型之癌性生長或致癌過程、轉移性組織或惡性轉型細胞、組織或器官(與組織病理學類型或侵襲階段無關)。轉移性腫瘤可由多種原發腫瘤類型(包括(但不限於)起源於乳房、肺、肝臟、結腸及卵巢之腫瘤)引起。「病理性過度增生」細胞存在於以惡性腫瘤生長為特徵之疾病病況中。非病理性過度增生細胞之實例包括與傷口修復有關之細胞增生。細胞增生性及/或分化性病症之實例包括癌症，例如癌瘤、肉瘤或轉移性病症。在一些實施例中，擬肽巨環化合物為用於控制乳癌、卵巢癌、結腸癌、肺癌、該等癌症及其類似病症之轉移的新穎治療劑。
癌症或贅生性病狀之實例包括(但不限於)纖維肉瘤、肌肉瘤、脂肉瘤、軟骨肉瘤、骨原性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、滑膜瘤、間皮瘤、尤文氏瘤(Ewing's tumor)、平滑肌肉瘤、橫紋肌肉瘤、胃癌、食道癌、直腸癌、胰臟癌、卵巢癌、前列腺癌、子宮癌、頭頸癌、皮膚癌、腦癌、鱗狀細胞癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、囊腺癌、髓性癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝腫瘤、膽管癌、絨膜癌、精原細胞瘤、胚胎癌、威爾姆氏瘤(Wilm's tumor)、子宮頸癌、睪丸癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星形細胞瘤、神經管胚細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果腺瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、少枝膠質瘤、腦膜瘤、黑素瘤、神經母細胞瘤、視網膜母細胞瘤、白血病、淋巴瘤或卡堡氏肉瘤(Kaposi sarcoma)。
在一些實施例中，癌症為頭頸癌、黑素瘤、肺癌、乳癌或神經 膠質瘤。
增生性病症之實例包括造血贅生性病症。如本文中所用，術語「造血贅生性病症」包括與造血起源之增生性/贅生性細胞有關的疾病，例如由骨髓、淋巴或紅血球譜系或其前驅體細胞引起之疾病。疾病可由不良分化型急性白血病(例如紅血球母細胞白血病及急性巨核母細胞白血病)引起。其他例示性骨髓病症包括(但不限於)急性早幼粒細胞白血病(APML)、急性骨髓性白血病(AML)及慢性骨髓性白血病(CML)(評述於Vaickus(1991),Crit Rev.Oncol./Hemotol.11：267-97中)；淋巴惡性疾病包括(但不限於)急性淋巴母細胞性白血病(ALL)(其包括B系ALL及T系ALL)、慢性淋巴細胞性白血病(CLL)、幼淋巴細胞性白血病(PLL)、毛細胞白血病(HLL)及瓦爾登斯特倫巨球蛋白血症(Waldenstrom's macroglobulinemia/WM)。其他形式之惡性淋巴瘤包括(但不限於)非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkin lymphoma)及其變異型、周邊T細胞淋巴瘤、成人T細胞白血病/淋巴瘤(ATL)、皮膚T細胞淋巴瘤(CTCL)、大型粒狀淋巴細胞性白血病(LGF)、霍奇金病(Hodgkin's disease)及里德-斯坦伯格疾病(Reed-Stemberg disease)。
乳房之細胞增生性及/或分化性病症之實例包括(但不限於)增生性乳房疾病，包括例如上皮細胞增生、硬化性腺病及小管乳頭狀瘤；腫瘤，例如基質瘤(諸如纖維腺瘤、葉狀腫瘤及肉瘤)及上皮瘤(諸如大管乳頭狀瘤)；乳房癌瘤，包括原位(非侵襲性)癌瘤，其包括乳腺管原位癌(包括佩吉特氏病(Paget's disease))及小葉原位癌，及侵襲性(浸潤性)癌瘤，包括(但不限於)侵襲性乳腺管癌、侵襲性小葉癌、髓性癌、膠樣(黏液)癌、管狀癌及侵襲性乳頭狀癌，及雜類惡性贅生物。男性乳房病症包括(但不限於)男子女乳症及癌瘤。
皮膚細胞增生性及/或分化性病症之實例包括(但不限於)增生性皮膚病，諸如黑素瘤，包括黏膜黑素瘤、淺表性擴散性黑素瘤、結節 性黑素瘤、雀斑樣痣(例如惡性雀斑樣痣、惡性雀斑樣痣黑素瘤或肢端雀斑樣痣黑素瘤)、無黑色素瘤、促結締組織增生性黑素瘤、具有斯皮茨痣(Spitz nevus)特徵之黑素瘤、具有小痣樣細胞之黑素瘤、息肉狀黑素瘤及軟組織黑素瘤；基底細胞癌，包括小結節性基底細胞癌、淺表性基底細胞癌、結節性基底細胞癌(侵蝕性潰瘍)、囊性基底細胞癌、瘢痕性基底細胞癌、色素性基底細胞癌、異位基底細胞癌、浸潤性基底細胞癌、痣樣基底細胞癌症候群、息肉狀基底細胞癌、孔樣基底細胞癌及平克斯氏纖維上皮瘤(fibroepithelioma of Pinkus)；上皮細胞癌，包括棘皮瘤(大細胞棘皮瘤)、腺樣鱗狀細胞癌、基底樣鱗狀細胞癌、透明細胞鱗狀細胞癌、圖章戒指狀細胞鱗狀細胞癌、梭狀細胞鱗狀細胞癌、馬喬林氏潰瘍(Marjolin's ulcer)、凱拉特紅斑瘤(erythroplasia of Queyrat)及博文氏病(Bowen's disease)；或其他皮膚或皮下腫瘤。
肺部細胞增生性及/或分化性病症之實例包括(但不限於)支氣管癌，包括腫瘤伴生症候群、細支氣管肺泡癌、神經內分泌腫瘤，諸如支氣管類癌、雜類腫瘤及轉移性腫瘤；胸膜病理學，包括發炎性肋膜積液、非炎性肋膜積液、氣胸及胸膜腫瘤，包括孤立性纖維腫瘤(胸膜纖維瘤)及惡性間皮瘤。
結腸細胞增生性及/或分化性病症之實例包括(但不限於)非贅生性息肉、腺瘤、家族性症候群、結腸直腸癌癌發生、結腸直腸癌及類癌。
肝臟細胞增生性及/或分化性病症之實例包括(但不限於)結節性增生、腺瘤及惡性腫瘤，包括原發性肝臟癌及轉移性腫瘤。
卵巢細胞增生性及/或分化性病症之實例包括(但不限於)卵巢腫瘤，諸如體腔上皮腫瘤、血清腫瘤、黏質腫瘤、子宮內膜樣腫瘤、透明細胞腺癌、囊腺纖維瘤、布倫納氏瘤(Brenner tumor)、表面上皮腫 瘤；生殖細胞腫瘤，諸如成熟(良性)畸胎瘤、單胚層畸胎瘤、非成熟惡性畸胎瘤、無性細胞瘤、內胚層竇瘤、絨膜癌；生殖索基質腫瘤，諸如粒層泡膜細胞瘤、卵泡膜纖維瘤、睪丸母細胞瘤、希爾細胞腫瘤(hill cell tumor)及性腺胚細胞瘤；及轉移性腫瘤，諸如柯根勃瘤(Krukenberg tumor)。
儘管本文中已展示並描述本發明之較佳實施例，但熟習此項技術者將顯而易見該等實施例僅以舉例方式提供。熟習此項技術者可在不偏離本發明情況下作出多種變化、改變及取代。應理解，本文中所描述之實施例之各種替代例均可用於實踐本發明。意欲由以下申請專利範圍界定範疇且藉此涵蓋處於申請專利範圍及其等效物之範疇內的方法及結構。
實例 實例1：合成6-氯色胺酸Fmoc胺基酸
6-氯-3-甲醯基-1H-吲哚-1-甲酸第三丁酯，1。在0℃於氬氣下向經攪拌之無水DMF溶液(12 mL)中逐滴添加POCl3(3.92 mL，43 mmol，1.3當量)。在相同溫度攪拌溶液20分鐘，隨後逐滴添加6-氯吲哚(5.0 g，33 mmol，1當量)於無水DMF(30 mL)中之溶液。使所得混合物溫至室溫且再攪拌2.5小時。添加水(50 mL)且溶液用4 M NaOH水 溶液(約pH 8)中和。所得固體濾出，用水洗且在真空下乾燥。此物質未再純化直接用於下一步驟中。在室溫於N2下向經攪拌之粗甲醯基吲哚(33 mmol，1當量)於THF(150 mL)中之溶液中相繼添加Boc2O(7.91 g，36.3 mmol，1.1當量)及DMAP(0.4 g，3.3 mmol，0.1當量)。在室溫下攪拌所得混合物1.5小時且在減壓下蒸發溶劑。將殘餘物溶解於EtOAc中且用1 N HCl洗，乾燥且濃縮得到呈白色固體狀之甲醯基吲哚1(9 g，98%，於2個步驟)。1H NMR(CDCl3)δ：1.70(s,Boc,9H)；7.35(dd,1H)；8.21(m,3H)；10.07(s,1H)。
6-氯-3-(羥甲基)-1H-吲哚-1-甲酸第三丁酯，2。向化合物1(8.86 g，32 mmol，1當量)於乙醇(150 mL)中之溶液中添加NaBH4(2.4 g，63 mmol，2當量)。在室溫下攪拌反應物3小時。濃縮反應混合物且將殘餘物傾入乙醚及水中。有機層分離，經硫酸鎂乾燥且濃縮得到白色固體(8.7 g，98%)。此物質未再純化直接用於下一步驟中。1H NMR(CDCl3)δ：1.65(s,Boc,9H)；4.80(s,2H,CH2)；7.21(dd,1H)；7.53(m,2H)；8.16(bs,1H)。
3-(溴甲基)-6-氯-1H-吲哚-1-甲酸第三丁酯，3。在-40℃於氬氣下向化合物2(4.1 g，14.6 mmol，1當量)於二氯甲烷(50 mL)中之溶液中添加三苯基膦(4.59 g，17.5 mmol，1.2當量)於二氯甲烷(50 mL)中之溶液。在40℃下再攪拌反應溶液30分鐘。接著添加NBS(3.38 g，19 mmol，1.3當量)。使所得混合物溫至室溫且攪拌隔夜。蒸發二氯甲烷，添加四氯化碳(100 mL)且攪拌混合物1小時且過濾。濾液濃縮，裝載至二氧化矽塞中，且用含25% EtOAc之己烷快速溶離。濃縮溶液得到白色泡沫狀物(3.84 g，77%)。1H NMR(CDCl3)δ：1.66(s,Boc,9H)；4.63(s,2H,CH2)；7.28(dd,1H)；7.57(d,1H)；7.64(bs,1H)；8.18(bs,1H)。
αMe-6Cl-Trp(Boc)-Ni-S-BPB，4。在氬氣下向S-Ala-Ni-S-BPB (2.66 g，5.2 mmol，1當量)及KO-tBu(0.87 g，7.8 mmol，1.5當量)中添加50 mL DMF。經由注射器添加含溴化物衍生化合物3(2.68 g，7.8 mmol，1.5當量)之DMF溶液(5.0 mL)。在環境溫度下攪拌反應混合物1小時。溶液接著用5%乙酸水溶液淬滅且用水稀釋。在二氯甲烷中萃取所需產物，乾燥且濃縮。藉由正相急驟層析(固體裝載)使用EtOAc及己烷作為溶離劑純化油性產物4得到紅色固體(1.78 g，45%產率)。αMe-6Cl-Trp(Boc)-Ni-S-BPB,4：M+H計算值775.21,M+H觀測值775.26；1H NMR(CDCl3)δ：1.23(s,3H,αMe)；1.56(m,11H,Boc+CH2)；1.82-2.20(m,4H,2CH2)；3.03(m,1H,CHα)；3.24(m,2H,CH2)；3.57及4.29(AB系統，2H,CH2(苯甲基),J=12.8Hz)；6.62(d,2H)；6.98(d,1H)；7.14(m,2H)；7.23(m,1H)；7.32-7.36(m,5H)；7.50(m,2H)；7.67(bs,1H)；7.98(d,2H)；8.27(m,2H)。
Fmoc-αMe-6Cl-Trp(Boc)-OH，6。在50℃下向3 N HCl/MeOH溶液(1/3，15 mL)中逐滴添加化合物4(1.75 g，2.3 mmol，1當量)於MeOH(5 ml)中之溶液。起始物質在3-4小時內消失。酸性溶液接著用冰浴冷卻至0℃且用Na2CO3水溶液(1.21 g，11.5 mmol，5當量)淬滅。移除甲醇且向懸浮液中再添加8當量Na2CO3(1.95 g，18.4 mmol)。接著添加鎳清除之乙二胺四乙酸二鈉鹽二水合物(1.68 g，4.5 mmol，2當量)且攪拌懸浮液2小時。添加Fmoc-OSu(0.84 g，2.5 mmol，1.1當量)於丙酮(50 mL)中之溶液且攪拌反應物隔夜。接著，反應物用乙醚及1 N HCl稀釋。有機層接著經硫酸鎂乾燥且在真空中濃縮。使用丙酮及二氯甲烷作為溶離劑正相純化所需產物6得到白色泡沫狀物(0.9 g，70%產率)。Fmoc-αMe-6Cl-Trp(Boc)-OH,6：M+H計算值575.19,M+H觀測值575.37；1H NMR(CDCl3)1.59(s,9H,Boc)；1.68(s,3H,Me)；3.48(bs,2H,CH2)；4.22(m,1H,CH)；4.39(bs,2H,CH2)；5.47(s,1H,NH)；7.10(m,1H)；7.18(m,2H)；7.27(m,2H)；7.39(m,2H)；7.50 (m,2H)；7.75(d,2H)；8.12(bs,1H)。
6Cl-Trp(Boc)-Ni-S-BPB，5。在氬氣下向Gly-Ni-S-BPB(4.6 g，9.2 mmol，1當量)及KO-tBu(1.14 g，10.1 mmol，1.1當量)中添加95 mL DMF。經由注射器添加含溴化物衍生化合物3(3.5 g，4.6 mmol，1.1當量)之DMF溶液(10 mL)。在環境溫度下攪拌反應混合物1小時。溶液接著用5%乙酸水溶液淬滅且用水稀釋。在二氯甲烷中萃取所需產物，乾燥且濃縮。藉由正相急驟層析(固體裝載)使用EtOAc及己烷作為溶離劑純化油性產物5得到紅色固體(5 g，71%產率)。6Cl-Trp(Boc)-Ni-S-BPB，5：M+H計算值761.20,M+H觀測值761.34；1H NMR(CDCl3)δ：1.58(m,11H,Boc+CH2)；1.84(m,1H)；1.96(m,1H)；2.24(m,2H,CH2)；3.00(m,1H,CHα)；3.22(m,2H,CH2)；3.45及4.25(AB系統，2H,CH2(苯甲基),J=12.8Hz)；4.27(m,1H,CHα)；6.65(d,2H)；6.88(d,1H)；7.07(m,2H)；7.14(m,2H)；7.28(m,3H)；7.35-7.39(m,2H)；7.52(m,2H)；7.96(d,2H)；8.28(m,2H)。
Fmoc-6Cl-Trp(Boc)-OH，7。在50℃下向3 N HCl/MeOH溶液(1/3，44 mL)中逐滴添加化合物5(5 g，6.6 mmol，1當量)於MeOH(10 ml)中之溶液。起始物質在3-4小時內消失。酸性溶液接著用冰浴冷卻至0℃且用Na2CO3水溶液(3.48 g，33 mmol，5當量)淬滅。移除甲醇且向懸浮液中再添加8當量Na2CO3(5.57 g，52 mmol)。接著添加鎳清除之乙二胺四乙酸二鈉鹽二水合物(4.89 g，13.1 mmol，2當量)且攪拌懸浮液2小時。添加Fmoc-OSu(2.21 g，6.55 mmol，1.1當量)於丙酮(100 mL)中之溶液且攪拌反應物隔夜。接著，反應物用乙醚及1 N HCl稀釋。有機層接著經硫酸鎂乾燥且在真空中濃縮。使用丙酮及二氯甲烷作為溶離劑正相純化所需產物7得到白色泡沫狀物(2.6 g，69%產率)。Fmoc-6Cl-Trp(Boc)-OH,7：M+H計算值561.17,M+H觀測值561.37；1H NMR(CDCl3)1.63(s,9H,Boc)；3.26(m,2H,CH2)；4.19(m, 1H,CH)；4.39(m,2H,CH2)；4.76(m,1H)；5.35(d,1H,NH)；7.18(m,2H)；7.28(m,2H)；7.39(m,3H)；7.50(m,2H)；7.75(d,2H)；8.14(bs,1H)。
實例2：擬肽巨環化合物
如先前所述且如下所述合成、純化並分析擬肽巨環化合物(Schafmeister等人，J.Am.Chem.Soc.122：5891-5892(2000)；Schafmeister及Verdine,J.Am.Chem.Soc.122：5891(2005)；Walensky等人，Science 305：1466-1470(2004)；及美國專利第7,192,713號)。藉由將兩個或兩個以上天然存在胺基酸置換為相應合成胺基酸來設計擬肽巨環化合物。在i及i+4，以及i及i+7位置處進行取代。使用固相條件、林克醯胺AM樹脂(rink amide AM resin)(Novabiochem)及Fmoc主鏈保護基化學來人工或用自動肽合成儀(Applied Biosystems，433A型)進行肽合成。對於天然的Fmoc保護之胺基酸(Novabiochem)之偶合，使用10當量胺基酸及1：1：2莫耳比之偶合試劑HBTU/HOBt(Novabiochem)/DIEA。非天然胺基酸(4當量)與1：1：2莫耳比之HATU(Applied Biosystems)/HOBt/DIEA偶合。將合成肽之N端乙醯化，同時將C端醯胺化。
藉由在逆相C18管柱(Varian)上進行高效液相層析(HPLC)(Varian ProStar)來實現交聯化合物之純化從而得到純化合物。藉由LC/MS質譜分析(與Agilent 1100 HPLC系統連接之Micromass LCT)及胺基酸分析(Applied Biosystems，420A型)確認純產物之化學組成。
使用以下方案合成二炔烴交聯擬肽巨環化合物(包括SP662、SP663及SP664)。用PEG-PS樹脂(0.45 mmol/g載量)以0.2 mmol規模合成完全受保護樹脂結合之肽。藉由用含20%(v/v)哌啶之DMF處理樹脂結合之肽3×10分鐘來脫除臨時性Fmoc保護基。在用NMP(3×)、二氯甲烷(3×)及NMP(3×)洗滌後，藉由與合適預先活化之Fmoc-胺基酸衍 生物一起培育1×60分鐘來實現各連續胺基酸之偶合。將所有受保護之胺基酸(0.4 mmol)溶解於NMP中且用HCTU(0.4 mmol)及DIEA(0.8 mmol)活化，隨後將偶合溶液轉移至脫除保護基之樹脂結合之肽中。在偶合完成後，洗滌樹脂從而為下一個脫除保護基/偶合循環作準備。於NMP中在乙酸酐/DIEA存在下進行胺基端之乙醯化。完成對自完全組合之樹脂結合之肽之等分試樣獲得的裂解及脫除保護基之樣品的LC-MS分析以驗證各偶合完成。在典型實例中，添加四氫呋喃(4 ml)及三乙胺(2 ml)至40 ml玻璃小瓶中之肽樹脂(0.2 mmol)中且震盪10分鐘。接著添加Pd(PPh3)2Cl2(0.014 g，0.02 mmol)及碘化亞銅(0.008 g，0.04 mmol)且機械震盪所得反應混合物16小時同時保持與大氣連通。藉由在室溫下用TFA/H2O/TIS(95/5/5 v/v)處理2.5小時來脫除二炔環化之樹脂結合之肽之保護基且使其自固體載體裂解。在過濾樹脂後，使TFA溶液於冷乙醚中沈澱且離心得到呈固體狀之所需產物。藉由製備型HPLC純化粗產物。
使用以下方案合成單炔烴交聯擬肽巨環化合物(包括SP665)。用林克醯胺MBHA樹脂(0.62 mmol/g載量)以0.1 mmol規模合成完全受保護之樹脂結合之肽。藉由用含25%(v/v)哌啶之NMP處理樹脂結合之肽2×20分鐘來脫除臨時性Fmoc保護基。在用NMP及二氯甲烷廣泛流動洗滌後，藉由與合適預先活化之Fmoc-胺基酸衍生物一起培育1×60分鐘來實現各連續胺基酸之偶合。將所有受保護之胺基酸(1 mmol)溶解於NMP中且用HCTU(1 mmol)及DIEA(1 mmol)活化，隨後將偶合溶液轉移至脫除保護基之樹脂結合之肽中。在偶合完成後，廣泛流動洗滌樹脂從而為下一個脫除保護基/偶合循環作準備。於NMP/NMM中在乙酸酐/DIEA存在下進行胺基端之乙醯化。完成對自完全組合之樹脂結合之肽之等分試樣獲得的裂解及脫除保護基之樣品的LC-MS分析以驗證各偶合完成。在典型實例中，用DCM洗滌肽樹脂(0.1 mmol)。將樹 脂裝載至微波小瓶中。將容器抽成真空且用氮氣吹掃。添加六羰基鉬(0.01當量，Sigma Aldrich 199959)。將無水氯苯添加至反應容器中。接著添加2-氟酚(1當量，Sigma Aldrich F12804)。接著將反應物裝載至微波中且保持在130℃下10分鐘。可能需要延長時間來完成反應。藉由在室溫下用TFA/H2O/TIS(94/3/3 v/v)處理3小時來脫除炔烴複分解之樹脂結合之肽之保護基且使其自固體載體裂解。在過濾樹脂後，使TFA溶液於冷乙醚中沈澱且離心得到呈固體狀之所需產物。藉由製備型HPLC純化粗產物。
表1展示所製備之擬肽巨環化合物之清單。
表1a展示選出之一組擬肽巨環化合物。
表1b展示選出之另一組擬肽巨環化合物。
在上文及其他地方所展示之序列中，使用以下縮寫：「Nle」表示正白胺酸，「Aib」表示2-胺基異丁酸，「Ac」表示乙醯基且「Pr」表 示丙醯基。表示為「$」之胺基酸為由包含一個雙鍵之全碳交聯子連接的α-Me S5-戊烯基-丙胺酸烯烴胺基酸。表示為「$r5」之胺基酸為由包含一個雙鍵之全碳交聯子連接的α-Me R5-戊烯基-丙胺酸烯烴胺基酸。表示為「$s8」之胺基酸為由包含一個雙鍵之全碳交聯子連接之α-Me S8-辛烯基-丙胺酸烯烴胺基酸。表示為「$r8」之胺基酸為由包含雙鍵之全碳交聯子連接之α-Me R8-辛烯基-丙胺酸烯烴胺基酸。「Ahx」表示胺基環己基連接子。交聯子為在各胺基酸之α碳之間包含8或11個碳原子之直鏈全碳交聯子。表示為「$/」之胺基酸為未由任何交聯子連接之α-Me S5-戊烯基-丙胺酸烯烴胺基酸。表示為「$/r5」之胺基酸為未由任何交聯子連接之α-Me R5-戊烯基-丙胺酸烯烴胺基酸。表示為「$/s8」之胺基酸為未由任何交聯子連接之α-Me S8-辛烯基-丙胺酸烯烴胺基酸。表示為「$/r8」之胺基酸為未由任何交聯子連接之α-Me R8-辛烯基-丙胺酸烯烴胺基酸。表示為「Amw」之胺基酸為α-Me色胺酸胺基酸。表示為「Aml」之胺基酸為α-Me白胺酸胺基酸。表示為「Amf」之胺基酸為α-Me苯丙胺酸胺基酸。表示為「2ff」之胺基酸為2-氟-苯丙胺酸胺基酸。表示為「3ff」之胺基酸為3-氟-苯丙胺酸胺基酸。表示為「St」之胺基酸為包含兩個戊烯基-丙胺酸烯烴側鏈之胺基酸，其中各側鏈與所指示之另一胺基酸交聯。表示為「St//」之胺基酸為包含未交聯的兩個戊烯基-丙胺酸烯烴側鏈之胺基酸。表示為「%St」之胺基酸為包含兩個戊烯基-丙胺酸烯烴側鏈之胺基酸，其中各側鏈經由完全飽和烴交聯與所指示之另一胺基酸交聯。表示為「Ba」之胺基酸為β-丙胺酸。交聯胺基酸名稱(例如「$er8」或「$zr8」)中之小寫字母「e」或「z」表示雙鍵之組態(分別為E或Z)。在其他情形中，諸如「a」或「f」之小寫字母表示D胺基酸(例如分別為D-丙胺酸或D-苯丙胺酸)。命名為「NmW」之胺基酸表示N-甲基色胺酸。命名為「NmY」之胺基酸表示N-甲基酪胺酸。 命名為「NmA」之胺基酸表示N-甲基丙胺酸。「Kbio」表示連接至離胺酸殘基之側鏈胺基之生物素基團。命名為「Sar」之胺基酸表示肌胺酸。命名為「Cha」之胺基酸表示環己基丙胺酸。命名為「Cpg」之胺基酸表示環戊基甘胺酸。命名為「Chg」之胺基酸表示環己基甘胺酸。命名為「Cba」之胺基酸表示環丁基丙胺酸。命名為「F4I」之胺基酸表示4-碘苯丙胺酸。「7L」表示N15同位素白胺酸。命名為「F3Cl」之胺基酸表示3-氯苯丙胺酸。命名為「F4cooh」之胺基酸表示4-羧基苯丙胺酸。命名為「F34F2」之胺基酸表示3,4-二氟苯丙胺酸。命名為「6clW」之胺基酸表示6-氯色胺酸。命名為「$rda6」之胺基酸表示α-Me R6-己炔基-丙胺酸炔基胺基酸，其經由二炔烴鍵與第二炔基胺基酸交聯。命名為「$da5」之胺基酸表示α-Me S5-戊炔基-丙胺酸炔基胺基酸，其中炔烴形成與第二炔基胺基酸之二炔烴鍵的一半。命名為「$ra9」之胺基酸表示α-Me R9-壬炔基-丙胺酸炔基胺基酸，其經由炔烴複分解反應與第二炔基胺基酸交聯。命名為「$a6」之胺基酸表示α-Me S6-己炔基-丙胺酸炔基胺基酸，其經由炔烴複分解反應與第二炔基胺基酸交聯。名稱「異構體1」或「異構體2」表示擬肽巨環化合物為單異構體。
命名為「Cit」之胺基酸表示瓜胺酸。命名為「Cou4」、「Cou6」、「Cou7」及「Cou8」之胺基酸分別表示以下結構：
在一些實施例中，例如由於交聯子結構內雙鍵之組態(E相比於Z)，獲得呈一種以上異構體形式之擬肽巨環化合物。該等異構體可由或不可由習知層析法分離。在一些實施例中，一種異構體與其他異構體相比具有改良之生物學性質。在一個實施例中，擬肽巨環化合物之E交聯子烯烴異構體與其Z對應物相比具有較佳的溶解度、較佳的目標親和力、較佳的活體內或活體外功效、較高的螺旋性或改良之細胞滲透性。在另一實施例中，擬肽巨環化合物之Z交聯子烯烴異構體與其E對應物相比具有較佳的溶解度、較佳的目標親和力、較佳的活體內或活體外功效、較高的螺旋性或改良之細胞滲透性。
表1c展示例示性擬肽巨環化合物：
在一些實施例中，擬肽巨環化合物不包括表2a中所展示之擬肽巨環化合物：
在表2a中，X表示S或任何胺基酸。所展示之肽可包含N端封端基團(諸如乙醯基)或處於封端基團與肽序列起點之間的其他連接子(諸如β-丙胺酸)。
在一些實施例中，擬肽巨環化合物不包含如表2a中所展示之擬肽巨環化合物結構。
在其他實施例中，擬肽巨環化合物不包括表2b中所展示之擬肽巨環化合物：
在一些實施例中，本文中揭示之擬肽巨環化合物不包含如表2b中所展示之擬肽巨環化合物結構。
表2c展示包含D-胺基酸之非交聯多肽之實例。
實例3：擬肽巨環化合物與MDMX之複合物之X射線共結晶學
對於與肽46(表2b)之共結晶，將來自於DMSO中之100 mM儲備溶 液之化學計算量的化合物添加至斑馬魚MDMX蛋白溶液中且使其在4℃下靜置隔夜，隨後進行結晶實驗。程序與Popowicz等人描述之程序類似，但具有如下文所指出之一些變化。使用pET15b載體自大腸桿菌(E.coli)BL21(DE3)表現系統獲得蛋白質(殘基15-129，L46V/V95L)。使細胞在37℃下生長且用1 mM IPTG在OD600為0.7下進行誘導。使細胞在23℃下再生長18小時。相繼使用Ni-NT瓊脂糖及用50 mM NaPO4(pH 8.0)、150 mM NaCl、2 mM TCEP緩衝之Superdex 75純化蛋白質，接著濃縮至24 mg/ml。緩衝液換為20 mM Tris(pH 8.0)、50 mM NaCl、2 mM DTT以用於結晶實驗。用Nextal(Qiagen)AMS篩網#94獲得初始晶體且最終最佳化儲集層為2.6 M AMS，75 mM Hepes，pH 7.5。晶體在4℃下常規地生長為薄板形式且藉由使其通過含有濃(3.4 M)丙二酸酯之溶液，接著急驟冷卻來進行冷凍保護，儲存且於液氮中運輸。
在100°K及0.97929 Å波長下用光束線(beamline)31-ID(SGX-CAT)在APS下進行數據收集。光束線配備有Rayonix 225-HE偵測器。為進行數據收集，使用0.8秒曝光時間使晶體以1°增量旋轉180°。使用Mosflm/scala(CCP4；參見The CCP4 Suite：Programs for Protein Crystallography.Acta Crystallogr.D50,760-763(1994)；P.R.Evans.Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter 33,22-24(1997))在空間群C2(單位晶胞：a=109.2786，b=81.0836，c=30.9058 Å，α=90，β=89.8577，γ=90°)中處理並簡化數據。用由Popowicz等人確定之結構之MDMX組分(2Z5S；參見G.M.Popowicz,A.Czarna,U.Rothweiler,A.Szwagierczak,M.Krajewski,L.Weber及T.A.Holak.Cell Cycle 6,2386-2392(2007))進行由程式Molrep(CCP4；參見A.Vagin及A.Teplyakov.J.Appl.Cryst.30,1022-1025(1997))之分子置換且在不對稱單元中鑑別兩個分子。由程式Refmac(CCP4；參見G.N.Murshudov, A.A.Vagin及E.J.Dodson.Acta Crystallogr.D53,240-255(1997))進行之斑馬魚MDMX之上述兩個分子之初始精化產生R因子0.3424(R自由=0.3712)以及鍵(0.018 Å)及角度(1.698°)之rmsd值。裝訂(stapled)之肽組分(自Gln19開始且包括所有脂族釘子(staple))之電子密度極清晰。使用數據藉由CNX(Accelrys)進一步精化至2.3 Å解析度產生良好精化(Rf=0.2601，R自由=0.3162，rmsd鍵=0.007 Å且rmsd角度=0.916°)之模型(包含1448個來自MDMX之原子，272個來自裝訂肽之原子及46個水分子。
此實例之結果展示於圖1及2中。
實例4：α-螺旋性之圓二色性(CD)分析
藉由CD光譜分析使用具有Jasco Spectra Manager Ver.2系統軟體之Jasco J-815分光偏振計(Jasco Inc.,Easton,MD)分析肽溶液。使用Peltier溫度控制器保持光學單元之溫度控制。結果可表示為如由方程式[θ]=θobs．MRW/10×1×c計算之平均莫耳橢圓率[θ](deg cm2 dmol-1),其中θobs為所觀測到之橢圓率(毫度)，MRW為肽之平均殘基重量(肽分子量/殘基數目)，l為單元之光學路徑長度(公分)且c為肽濃度(mg/ml)。藉由胺基酸分析測定肽濃度。在良性CD緩衝液(20 mM磷酸，pH 2)中製備肽之儲備溶液。使用儲備溶液在良性CD緩衝液或具有50%三氟乙醇(TFE)之CD緩衝液中製備0.05 mg/ml之肽溶液以用於在10 mm路徑長度單元中分析。在4℃下以0.2 nm增量及50奈米/分鐘之掃描速率自195 nm至250 nm掃描肽溶液之可變波長量測值。報導6次掃描之平均值。
表3展示所選肽模擬劑巨環化合物之圓二色性數據。
實例5：藉由螢光偏振(FP)進行之MDM2之直接結合分析
根據以下通用方案進行分析：
1.將MDM2(自製，41 kD)在FP緩衝液(高鹽緩衝液-200 mM Nacl，5 mM CHAPS，pH 7.5)中稀釋產生10 mM工作儲備溶液。
2.向96孔黑色HE微板(Molecular Devices)之A1及B1孔中添加30 μl 10 μM蛋白質儲備溶液。
將30 μl FP緩衝液填充至管柱A2至A12、B2至B12、C1至C12及D1至D12中。
將A1、B1中之蛋白質儲備溶液至A2、B2中稀釋2倍或3倍；再將A2、B2中之蛋白質儲備溶液至A3、B3中稀釋2倍或3倍；......；直至在最後稀釋點達到單數位nM濃度。
5.用DMSO將1 mM(於100% DMSO中)經FAM標記之直鏈肽稀釋至100 μM(稀釋度1：10)。接著，用水自100 μM稀釋至10 μM(稀釋度1：10)，接著用FP緩衝液自10 μM稀釋至40 nM(稀釋度1：250)。此為工作溶液，其於孔中將為10 nM濃度(稀釋度1：4)。將稀釋之經FAM標記之肽保存於黑暗中直至使用。
6.向各孔中添加10 μl 10 nM經FAM標記之肽且培育，且在不同 時間點進行讀取。5-FAM-BaLTFEHYWAQLTS-NH2下之Kd為約13.38 nM。
實例6：MDM2之競爭性螢光偏振分析
根據以下通用方案進行分析：
1.將MDMX(自製，40 kD)在FP緩衝液(高鹽緩衝液-200 mM Nacl，5 mM CHAPS，pH 7.5)中稀釋產生300 nM(2×)工作儲備溶液。
2.向96孔黑色HE微板(Molecular Devices)之各孔中添加20 μl 3 nM(2×)蛋白質儲備溶液。
3.用DMSO將1 mM(於100% DMSO中)經FAM標記之直鏈肽稀釋至100 μM(稀釋度1：10)。接著，用水自100 μM稀釋至10 μM(稀釋度1：10)，接著用FP緩衝液自10 μM稀釋至40 nM(稀釋度1：250)。此為工作溶液，其於孔中將為10 nM濃度(稀釋度1：4)。將稀釋之經FAM標記之肽保存於黑暗中直至使用。
4.以5 μM(最終)肽為起始物質且使用以下稀釋流程進行6點5倍連續稀釋，用FP緩衝液製備未經標記之肽劑量板。
5.用DMSO將10 mM(於100% DMSO中)稀釋至5 mM(稀釋度1：2)。接著，用H2O自5 mM稀釋至500 μM(稀釋度1：10)，接著用FP緩衝液自500 μM稀釋至20 μM(稀釋度1：25)。自20 μM(4×)開始進行6點5倍連續稀釋。
6.將10 μl連續稀釋之未經標記之肽轉移至填充有20 μl 3 nM蛋白質之各孔中。
7.向各孔中添加10 μl 10 nM(4×)經FAM標記之肽且培育3小時以進行讀取。
實例5-8之結果展示於表4中。使用以下等級：「+」表示大於1000 nM的值，「++」表示大於100 nM且小於或等於1000 nM的值，「+++」表示大於10 nM且小於或等於100 nM的值，且「++++」表示小於或等 於10 nM的值。
實例7：藉由螢光偏振(FP)進行之MDMX之直接結合分析
根據以下通用方案進行分析：
1.將MDMX(自製，40 kD)在FP緩衝液(高鹽緩衝液-200 mM Nacl，5 mM CHAPS，pH 7.5)中稀釋產生10 μM工作儲備溶液。
2.向96孔黑色HE微板(Molecular Devices)之A1及B1孔中添加30 μl 10 μM蛋白質儲備溶液。
3.將30 μl FP緩衝液填充至管柱A2至A12、B2至B12、C1至C12及D1至D12中。
4.將A1、B1中之蛋白質儲備溶液至A2、B2中稀釋2倍或3倍；再將A2、B2中之蛋白質儲備溶液至A3、b3中稀釋2倍或3倍；......；直至在最後稀釋點達到單數位nM濃度。
5.用DMSO將1 mM(於100% DMSO中)經FAM標記之直鏈肽稀釋至100 μM(稀釋度1：10)。用DMSO將1 mM(於100% DMSO中)經FAM標記之直鏈肽稀釋至100 μM(稀釋度1：10)。接著，用水自100 μM稀釋至10 μM(稀釋度1：10)，接著用FP緩衝液自10 μM稀釋至40 nM(稀釋度1：250)。此為工作溶液，其於孔中將為10 nM濃度(稀釋度1：4)。將稀釋之經FAM標記之肽保存於黑暗中直至使用。
6.向各孔中添加10 μl 10 nM經FAM標記之肽且培育，且在不同時間點進行讀取。
5-FAM-BaLTFEHYWAQLTS-NH2下之Kd為約51 nM。
實例8：MDMX之競爭性螢光偏振分析
根據以下通用方案進行分析：
1.將MDMX(自製，40 kD)在FP緩衝液(高鹽緩衝液-200 mM Nacl，5 mM CHAPS，pH 7.5)中稀釋產生300 nM(2×)工作儲備溶液。
2.向96孔黑色HE微板(Molecular Devices)之各孔中添加20 μl 3 nM(2×)蛋白質儲備溶液。
3.用DMSO將1 mM(於100% DMSO中)經FAM標記之直鏈肽稀釋至100 μM(稀釋度1：10)。接著，用水自100 μM稀釋至10 μM(稀釋度1：10)，接著用FP緩衝液自10 μM稀釋至40 nM(稀釋度1：250)。此為工作溶液，其於孔中將為10 nM濃度(稀釋度1：4)。將稀釋之經FAM標記之肽保存於黑暗中直至使用。
4.以5 μM(最終)肽為起始物質且使用以下稀釋流程進行6點5倍連續稀釋，用FP緩衝液製備未經標記之肽劑量板。
5.用DMSO將10 mM(於100% DMSO中)稀釋至5 mM(稀釋度1：2)。接著，用H2O自5 mM稀釋至500 μM(稀釋度1：10)，接著用FP緩衝液自500 μM稀釋至20 μM(稀釋度1：25)。自20 μM(4×)開始進行6點5倍連續稀釋。
6.將10 μl連續稀釋之未經標記之肽轉移至填充有20 μl 300 nM蛋白質之各孔中。
7.向各孔中添加10 μl 10 nM(4×)經FAM標記之肽且培育3小時以進行讀取。
實例5-8之結果展示於表4中。使用以下等級：「+」表示大於1000 nM的值，「++」表示大於100 nM且小於或等於1000 nM的值，「+++」表示大於10 nM且小於或等於100 nM的值，且「++++」表示小於或等於10 nM的值。
實例9：競爭結合ELISA(MDM2及MDMX)
將p53-His6蛋白(30 nM/孔)在室溫下塗於96孔Immulon板之孔中隔夜。在實驗當天，使用自動ELISA板洗滌器用1×PBS-Tween 20(0.05%)洗滌板，在室溫下用ELISA微孔阻斷劑阻斷30分鐘；藉由用1×PBS-Tween 20(0.05%)洗滌板來洗去過量阻斷劑。肽在無菌水中自10 mM DMSO儲備溶液稀釋至500 μM工作儲備溶液，在0.5% DMSO中進行進一步稀釋以保持各樣品中之DMSO濃度相等。肽在2倍所需濃度下以50 μl體積添加至孔中，接著添加稀釋之GST-MDM2或GST-HMDX蛋白(最終濃度：10 nM)。樣品在室溫下培育2小時，板用PBS-Tween 20(0.05%)洗滌，隨後添加100 μl於HRP-穩定緩衝液中稀釋至0.5 μg/ml之HRP結合抗GST抗體[Hypromatrix,INC]。在與偵測抗體一起培育30分鐘後，洗滌板且與每孔100 μl TMB-E受質溶液一起培育至多30分鐘；使用1 M HCL停止反應且用微板讀取器量測450 nm下之吸光度。使用Graph Pad PRISM軟體分析數據。
實例10：細胞活力分析
根據以下通用方案進行分析：細胞塗佈：在分析前一天用胰蛋白酶處理，計數且以預定密度 將細胞接種於96孔板中。對於各所用細胞株使用以下細胞密度：
．SJSA-1：7500個細胞/孔
．RKO：5000個細胞/孔
．RKO-E6：5000個細胞/孔
．HCT-116：5000個細胞/孔
．SW-480：2000個細胞/孔
．MCF-7：5000個細胞/孔
在研究當天，在室溫下將培養基置換為具有11% FBS之新鮮培養基(分析培養基)。每孔添加180 μL分析培養基。無細胞之對照孔接受200 μl培養基。
肽稀釋物：所有稀釋物均在室溫下製備且在室溫下添加至細胞中。
．製備肽於DMSO中之10 mM儲備溶液。使用DMSO作為稀釋劑，使用1：3稀釋流程連續稀釋儲備溶液得到10、3.3、1.1、0.33、0.11、0.03、0.01 mM溶液。使用無菌水將經DMSO連續稀釋之肽稀釋33.3倍。由此得到一系列10×工作儲備溶液。亦製備DMSO/無菌水(3% DMSO)混合物用於對照孔。
．因此，工作儲備溶液濃度範圍(μM)將為300、100、30、10、3、1、0.3及0 μM。在各稀釋步驟中使用多注式吸液管良好混合。
．H列具有對照物。H1-H3將接受20 μl分析培養基。H4-H9將接受20 μl 3% DMSO-水媒劑。H10-H12將具有無細胞僅含培養基之對照物。
．陽性對照物：使用MDM2小分子抑制劑Nutlin-3a(10 mM)作為陽性對照物。使用與肽相同之稀釋流程稀釋Nutlin。
向細胞中添加工作儲備溶液：
．向合適孔中添加20 μl 10×所需濃度以達到孔中總200 μl體積中 之最終濃度(20 μl於培養基中之300 μM肽+180 μl細胞=孔中200 μl體積中30 μM最終濃度)。使用吸液管溫和混合數次。因此所用最終濃度範圍將為30、10、3、1、0.3、0.1、0.03及0 μM(對於強效肽，包括進一步稀釋)。
．對照物包括不含肽但含有與含肽孔相同濃度之DMSO的孔及不包含細胞之孔。
．於含濕氣的5% CO2氛圍中在37℃下培育72小時。
．使用來自Promega之MTT試劑測定細胞活力。在第3天測定SJSA-1、RKO、RKO-E6、HCT-116細胞之活力，在第5天測定MCF-7細胞之活力且在第6天測定SW-480細胞之活力。在指定培育時間結束時，使板達到室溫。自各孔移除80 μl分析培養基。向各孔添加15 μl解凍之MTT試劑。
．使板於含濕氣的5% CO2氛圍中在37℃下培育2小時且根據製造商方案添加100 μl增溶試劑。在室溫下在攪拌下培育1小時且用Synergy Biotek多板讀取器讀取570 nM下之吸光度。
．使用GraphPad PRISM分析工具參照DMSO對照物來分析細胞活力。
試劑：
．Invitrogen細胞培養基
i.Falcon 96孔透明細胞培養物處理之板(Nunc 353072)
．DMSO(Sigma D 2650)
．RPMI 1640(Invitrogen 72400)
．MTT(Promega G4000)
儀器：用於讀取吸光度之多板讀取器(Synergy 2)。
細胞活力分析之結果展示於表5及6中。使用以下等級：「+」表示大於30 μM的值，「++」表示大於15 μM且小於或等於30 μM的值， 「+++」表示大於5 μM且小於或等於15 μM的值，且「++++」表示小於或等於5 μM的值。「IC50比」表示p53+/+細胞中之平均IC50與p53-/-細胞中之平均IC50之比率。
實例11：P21 ELISA分析
根據以下通用方案進行分析：
細胞塗佈：
．在分析前一天用胰蛋白酶處理，計數且以7500個細胞/100微升/孔之密度將SJSA1細胞接種於96孔板中。
．在研究當天，將培養基置換為新鮮的RPMI-11% FBS(分析培養基)。每孔添加90 μL分析培養基。無細胞之對照孔接受100 μl培養基。
肽稀釋物：
．製備肽於DMSO中之10 mM儲備溶液。使用DMSO作為稀釋劑，使用1：3稀釋流程連續稀釋儲備溶液得到10、3.3、1.1、0.33、0.11、0.03、0.01 mM溶液。使用無菌水將經DMSO連續稀釋之肽稀釋33.3倍。由此得到一系列10×工作儲備溶液。亦製備DMSO/無菌水(3% DMSO)混合物用於對照孔。
．因此，工作儲備溶液之濃度範圍(μM)將為300、100、30、10、3、1、0.3及0 μM。在各稀釋步驟中使用多注式吸液管良好混合。
．H列具有對照物。H1-H3將接受10 μl分析培養基。H4-H9將接受10 μl 3% DMSO-水媒劑。H10-H12將具有無細胞僅含培養基之對照物。
．陽性對照物：使用MDM2小分子抑制劑Nutlin-3a(10 mM)作為陽性對照物。使用與肽相同之稀釋流程稀釋Nutlin。
向細胞中添加工作儲備溶液：
．向合適孔中添加10 μl 10×所需濃度以達到孔中總100 μl體積中之最終濃度(10 μl於培養基中之300 μM肽+90 μl細胞=孔中100 μl體積中30 μM最終濃度)。因此所用最終濃度範圍將為30、10、3、1、0.3、0.1、0.03及0 μM。
．對照物將包括不含肽但含有與含肽孔相同濃度之DMSO的孔及不包含細胞之孔。
．在培育後20小時，吸出培養基；用1×PBS(無Ca++/Mg++)洗滌細胞且細胞在冰上在60 μl 1×細胞溶解緩衝液(Cell signaling technology，10×緩衝液稀釋至1×且補充蛋白酶抑制劑及磷酸酶抑制劑)中溶解30分鐘。
．板在4℃下以5000 rpm速率離心8分鐘；收集澄清上清液且在-80℃下冷凍直至進一步使用。
蛋白質估算：
．使用來自Thermofisher之BCA蛋白質偵測套組及BSA標準量測溶解產物中之總蛋白質含量。通常預計每孔含約6-7 μg蛋白質。
．每孔使用50 μl溶解產物以設置p21 ELISA。
人類完全p21 ELISA：根據製造商說明書進行ELISA分析方案。各孔使用50 μl溶解產物且各孔設置成一式三份。
試劑：
．-基於細胞之分析(-)-Nutlin-3(10 mM)：Cayman Chemicals，目錄號600034
．- OptiMEM，Invitrogen目錄號51985
．-細胞信號傳導溶解緩衝液(10×)，Cell signaling technology，目錄號9803
．-蛋白酶抑制劑混合物錠劑(小型)，Roche Chemicals，目錄號04693124001
．-磷酸酶抑制劑混合物錠劑，Roche Chemicals，目錄號04906837001
．-人類完全p21 ELISA套組，R&D Systems，DYC1047-5
．-停止溶液(1 M HCL)，Cell Signaling Technologies，目錄號7002
儀器：微量離心機-Eppendorf 5415D及用於讀取吸光度之多板讀取器(Synergy 2)
實例12：卡斯蛋白酶3偵測分析：
根據以下通用方案進行分析：細胞塗佈：在分析前一天用胰蛋白酶處理，計數且以7500個細胞/100微升/孔之密度將SJSA1細胞接種於96孔板中。在研究當天，將培養基置換為新鮮的RPMI-11% FBS(分析培養基)。每孔添加180 μL分析培養基。無細胞之對照孔接受200 μl培養基。
肽稀釋物：
．製備肽於DMSO中之10 mM儲備溶液。使用DMSO作為稀釋劑，使用1：3稀釋流程連續稀釋儲備溶液得到10、3.3、1.1、0.33、0.11、0.03、0.01 mM溶液。使用無菌水將經DMSO連續稀釋之肽稀釋33.3倍。由此得到一系列10×工作儲備溶液。亦製備DMSO/無菌水(3% DMSO)混合物用於對照孔。
．因此，工作儲備溶液之濃度範圍(μM)將為300、100、30、10、3、1、0.3及0 μM。在各稀釋步驟中使用多通道吸液管良好混合。向合適孔中添加20 μl 10×工作儲備溶液。
．H列具有對照物。H1-H3將接受20 μl分析培養基。H4-H9將接受20 μl 3% DMSO-水媒劑。H10-H12將具有無細胞僅含培養基之對照物。
．陽性對照物：使用MDM2小分子抑制劑Nutlin-3a(10 mM)作為陽性對照物。使用與肽相同之稀釋流程稀釋Nutlin。
向細胞中添加工作儲備溶液：
．向合適孔中添加10 μl 10×所需濃度以達到孔中總100 μl體積中之最終濃度(10 μl於培養基中之300 μM肽+90 μl細胞=孔中100 μl體積中30 μM最終濃度)。因此所用最終濃度範圍將為30、10、3、1、0.3、0.1、0.03及0 μM。
．對照物將包括不含肽但含有與含肽孔相同濃度之DMSO的孔及不包含細胞之孔。
．在培育後48小時，自各孔中吸出80 μl培養基；每孔添加100 μl卡斯蛋白酶3/7 Glo分析試劑(Promega卡斯蛋白酶3/7 glo分析系統，G8092)，在室溫下在溫和震盪下培育1小時。
．用Synergy Biotek多板讀取器讀取螢光。
．依照相對於經DMSO處理之細胞的卡斯蛋白酶3活化來分析數 據。
實例11及12之結果展示於表7中：
實例13.擬肽巨環化合物之細胞溶解作用
提前一天以7500個細胞/孔用100微升生長培養基/孔將SJSA-1細胞塗於透明平底板(Costar，目錄號353072)中，保持第H列管柱10-12為空的以便僅裝填培養基。在分析當天，將培養基換為RPMI 1% FBS培養基(每孔90 μL培養基)。
在100% DMSO中製備擬肽巨環化合物之10 mM儲備溶液。接著在100% DMSO中連續稀釋擬肽巨環化合物，接著用無菌水再稀釋20倍以製備濃度在500 μM至62.5 μM範圍內之各擬肽巨環化合物於5% DMSO/水中之工作儲備溶液。
將10 μL各化合物添加至90 μL SJSA-1細胞中以使得在含0.5% DMSO之培養基中之最終濃度達到50 μM至6.25 μM。陰性對照(非溶解性)樣品為單獨0.5% DMSO且陽性對照(溶解性)樣品包括10 μM蜜蜂毒及1% Triton X-100。
細胞板在37℃下培育1小時。在培育1小時後，藉由顯微鏡檢驗細胞之形態，接著板在室溫下以1200 rpm離心5分鐘。將40 μL各擬肽巨環化合物之上清液及對照樣品轉移至透明分析板中。使用來自Caymen，目錄號1000882之LDH細胞毒性分析套組量測LDH釋放。
結果展示於表8中：
實例14：p53 GRIP分析
Thermo Scientific* BioImage p53-MDM2再分配分析監測蛋白質與MDM2之相互作用及GFP標記之p53回應於藥物化合物或其他刺激物之細胞易位。重組型CHO-hIR細胞穩定表現與增強型綠色螢光蛋白質(EGFP)之C端融合之人類p53(1-312)及PDE4A4-MDM2(1-124)(PDE4A4與MDM2(1-124)之間的融合蛋白質)。其提供即用型分析系統以用於量測實驗條件對p53與MDM2之相互作用的影響。用HCS平台進行成像及分析。
將CHO-hIR細胞常規維持於補充有1%青黴素(Penicillin)-鏈黴素(Streptomycin)、0.5 mg/ml遺傳黴素(Geneticin)、1 mg/ml勻黴素(Zeocin)及10% FBS之Ham's F12培養基中。在使用培養基進行分析前 18至24小時，以7000個細胞/100微升/孔之密度將細胞接種至96孔板中。第二天，更換新鮮培養基且將PD177添加至細胞中達到3 μM最終濃度以活化灶點形成。對照孔保持無PD-177溶液。在用PD177刺激後24小時，細胞用Opti-MEM培養基洗滌一次且將50 μL補充有PD-177(6 μM)之Opti-MEM培養基添加至細胞中。在無菌水中將肽自10 mM DMSO儲備溶液稀釋至500 μM工作儲備溶液，在0.5% DMSO中進一步稀釋以保持各樣品中之DMSO濃度相等。最終最高DMSO濃度為0.5%且用作陰性對照物。使用Cayman Chemicals基於細胞之分析(-)-Nutlin-3(10 mM)作為陽性對照物。使用與肽相同之稀釋流程稀釋Nutlin。將50 μl 2×所需濃度添加至合適孔中以達到最終所需濃度。接著細胞與肽一起在37℃下於含濕氣的5% CO2氛圍中培育6小時。在培育期後，藉由溫和地吸出培養基且在室溫下經20分鐘每孔添加150 μl固定液來固定細胞。每次每孔用200 μl PBS洗滌固定細胞4次。在最後一次洗滌結束時，添加100 μl 1 μM Hoechst染色溶液。密封之板在黑暗中培育至少30分鐘，用PBS洗滌以移除過量染色液且向各孔中添加PBS。板可於黑暗中在4℃下儲存至多3天。使用Cellomics Arrayscan儀器中之分子易位模組(Molecular translocation module)，使用10×物鏡、XF-100濾鏡集合(Hoechst及GFP)對p53/MDM2之易位進行成像。輸出參數為平均CircRINGAveInten比率(細胞核之平均螢光強度與細胞質之平均螢光強度之比(孔平均值))。將用於成像分析之每孔最低可接受之細胞數目設定為500個細胞。
實例15：使用SP315、SP249及SP154進行MCF-7乳癌研究
在MCF-7乳癌異種移植模型中，進行異種移植研究以測試SP315、SP249及SP154抑制無胸腺小鼠中腫瘤生長之功效。在一個組中亦測試陰性對照裝訂肽SP252(SP154之點突變物(位置19處F突變為A))；此肽在SJSA-1活體外活力分析中未顯示活性。在植入腫瘤細胞 的前一天(第-1天)將緩釋90天0.72 mg 17β-雌二醇丸粒(Innovative Research,Sarasota,FL)皮下(sc)植入頸背部。在第0天，將MCF-7腫瘤細胞皮下植入雌性裸(Crl：NU-Foxnlnu)鼠之側腹。在第18天，使用測徑規量測所得皮下腫瘤以測定其長度及寬度且對小鼠進行稱重。使用公式(長度×寬度2)/2計算腫瘤尺寸且表示為立方毫米(mm3)。剔除腫瘤小於85.3 mm3或大於417.4 mm3的小鼠，不進行後續分組。隨機形成13組小鼠(每組10隻小鼠)，使得組平均腫瘤尺寸基本上相等(組平均值±組標準差=180.7±17.5 mm3)。
由在於10 mM組胺酸緩衝鹽水(pH 7)中含有50 mg/mL濃度之MPEG(2K)-DSPE之媒劑中調配的肽製備SP315、SP249、SP154及SP252給藥溶液。研究期間製備此調配物一次。此媒劑用作後續研究中之媒劑對照物。
對各組指定不同處理方案。第1組(作為媒劑陰性對照組)自第18天至第39天接受每週三次靜脈內(iv)投與8 mL/kg體重的媒劑。第2組及第3組分別接受每週三次30 mg/kg靜脈內注射或每週兩次40 mg/kg靜脈內注射之SP154。第4組接受每週三次靜脈內注射之6.7 mg/kg SP249。第5組、第6組、第7組及第8組分別接受每週三次26.7 mg/kg靜脈內注射、每週兩次20 mg/kg靜脈內注射、每週兩次30 mg/kg靜脈內注射或每週兩次40 mg/kg靜脈內注射之SP315。第9組接受每週三次靜脈內注射之30 mg/kg SP252。
在給藥期間，對小鼠進行稱重且每週量測腫瘤1至2次。腫瘤體積方面的結果展示於圖3-6中且與媒劑組相比之腫瘤生長抑制作用、體重變化及體重減輕20%或死亡之小鼠之數目展示於表9中。腫瘤生長抑制作用(TGI)如下計算：%TGI=100-[(TuVol處理組-第x天-TuVol處理組-第18天)/(TuVol媒劑陰性對照組-第x天-TuVol媒劑陰性對照組-第18天)×100，其中x=評估處理作用之天數。第1組(媒劑陰性對照組)展示此腫瘤模 型之優良腫瘤生長速率。
對於SP154，在每週兩次投與40 mg/kg之組中，2隻小鼠在處理期間死亡，表明給藥方案不可耐受。每週三次30 mg/kg SP154之給藥方案可良好耐受且TGI為84%。
對於SP249，在每週三次投與6.7 mg/kg之組中，4隻小鼠在處理期間死亡，表明給藥方案不可耐受。
用於SP315之所有給藥方案均展示優良可耐受性，無體重減輕或死亡記錄。每週兩次投與40 mg/kg SP315可產生最高TGI(92%)。每週三次26.7 mg/kg SP315、每週兩次20 mg/kg SP315、每週兩次30 mg/kg SP315之給藥方案之TGI分別為86%、82%及85%。
對於SP252(SP154之點突變物，其在活體外分析中未顯示顯著活性)，每週三次投與30 mg/kg可良好耐受，無體重減輕或死亡記錄。儘管至第32天發現TGI為88%，但至第39天TGI降低至41%。
此實例之結果展示於圖3-6中且概述於表9中。
實例21：擬肽巨環化合物之溶解度測定
首先將擬肽巨環化合物溶解於純N,N-二甲基乙醯胺(DMA，Sigma-Aldrich，38840-1L-F)中產生濃度在20至140 mg/mL範圍內之20×儲備溶液。DMA儲備溶液在含有2% Solutol-HS-15、25 mM組胺酸、45 mg/mL甘露醇之水性媒劑中稀釋20倍，使得擬肽巨環化合物於5% DMA、2% Solutol-HS-15、25 mM組胺酸、45 mg/mL甘露醇中之最終濃度為1至7 mg/mL。藉由反覆吸取或光渦旋溫和混合最終溶液，接著在室溫下於超音波水浴中音波處理最終溶液10分鐘。接著使用7×視覺放大器(visual amplifier)在遮光情況下進行仔細目視觀測以確定底部上是否存在沈澱或呈懸浮液形式。視需要測試其他濃度範圍以確定各擬肽巨環化合物之最大溶解度極限。
此實例之結果展示於圖7中。
實例22：使用Boc保護之胺基酸製備擬肽巨環化合物
如實例2中所描述製備擬肽巨環化合物前驅體，其包含位置「i」處之R8胺基酸及位置「i+7」處之S5胺基酸。位置「i+3」處之胺基酸為Boc保護之色胺酸，其係在固相合成期間併入。特定地，在固相合成期間使用下文所展示(且可商購，例如自Novabiochem購得)之Boc保護之色胺酸胺基酸。
使用釕催化劑進行複分解，隨後進行裂解及脫除保護基步驟。藉由HPLC分析確定環化後所獲得的組合物主要含有具有包含反式烯烴之交聯子的擬肽巨環化合物(「異構體2」，包含呈E組態之雙鍵)。意外的是，觀測到反式產物與順式產物之比率為90：10。

Claims (102)

  1. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 其中：各Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10個別地為胺基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少三者為與序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12之相應位置之胺基酸相同的胺基酸，其中各X為胺基酸；各D及E獨立地為胺基酸；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環形成連接子L'，連接至該等D或E胺基酸之一之α位；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環形成連接子；L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，各視情況經R5取代；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基； 各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v為整數1至1000，例如1至500、1至200、1至100、1至50、1至30、1至20，或1至10；w為整數3至1000，例如3至500、3至200、3至100、3至50、3至30、3至20，或3至10；及n為整數1至5。
  2. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 其中：各Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10個別地為胺基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少三者為與序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11- Ala12之相應位置之胺基酸相同的胺基酸，其中各X為胺基酸；各D及E獨立地為胺基酸；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環形成連接子L'，連接至該等D或E胺基酸之一之α位；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環形成連接子；L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，各視情況經R5取代；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v為整數1至1000，例如1至500、1至200、1至100、1至50、1 至30、1至20，或1至10；w為整數3至1000，例如3至500、3至200、3至100、3至50、3至30、3至20，或3至10；及n為整數1至5。
  3. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中該擬肽巨環化合物與w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之對MDM2或MDMX之結合親和力。
  4. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中該擬肽巨環化合物與w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比，對MDMX之結合親和力與對MDM2之結合親和力之比率降低。
  5. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中該擬肽巨環化合物與w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之針對p53陽性腫瘤細胞株之活體外抗腫瘤功效。
  6. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中該擬肽巨環化合物與w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比展示改良之活體外誘導p53陽性腫瘤細胞株之細胞凋亡。
  7. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中該擬肽巨環化合物與w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比，對p53陽性腫瘤細胞株與對p53陰性或突變型腫瘤細胞株之活體外抗腫瘤功效之比率改良。
  8. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中該擬肽巨環化合物與w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之針對p53陽性腫瘤之活體內抗腫瘤功效。
  9. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中該擬肽巨環化合物與w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之活體內誘導p53陽性腫瘤之細胞凋亡。
  10. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中該擬肽巨環化合物與w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之細胞滲透性。
  11. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中該擬肽巨環化合物與w為0、1或2之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之溶解度。
  12. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中Xaa5為Glu或其胺基酸類似物。
  13. 如請求項12之擬肽巨環化合物，其中Xaa5為Glu或其胺基酸類似物，且其中該擬肽巨環化合物與Xaa5為Ala之相應擬肽巨環化合物相比具有改良之性質，諸如改良之結合親和力、改良之溶解度、改良之細胞功效、改良之螺旋性、改良之細胞滲透性、改良之活體內或活體外抗腫瘤功效或改良之細胞凋亡誘導作用。
  14. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中各E獨立地為選自Ala(丙胺酸)、D-Ala(D-丙胺酸)、Aib(α-胺基異丁酸)、Sar(N-甲基甘胺酸)及Ser(絲胺酸)之胺基酸。
  15. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中[D]v為-Leu1-Thr2。
  16. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中w為3至10。
  17. 如請求項16之擬肽巨環化合物，其中w為3至6。
  18. 如請求項16之擬肽巨環化合物，其中w為6至10。
  19. 如請求項16之擬肽巨環化合物，其中w為6。
  20. 如請求項1或2之擬肽巨環化合物，其中v為1至10。
  21. 如請求項20之擬肽巨環化合物，其中v為2至10。
  22. 如請求項20之擬肽巨環化合物，其中v為2至5。
  23. 如請求項20之擬肽巨環化合物，其中v為2。
  24. 一種擬肽巨環化合物，其包含與選自由表1、表1a、表1b或表1c中之胺基酸序列組成之群的胺基酸序列具有至少約60%一致性的胺基酸序列，其中該擬肽巨環化合物具有下式： 其中：各A、C、D及E獨立地為胺基酸； B為胺基酸、、[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH- L3-]；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中至少一者形成巨環形成連接子L'，連接至該等D或E胺基酸之一之α位；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環形成連接子；L1及L2及L3獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，各視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑； 各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v及w獨立地為整數1至1000，例如1至500、1至200、1至100、1至50、1至30、1至20，或1至10；u為整數1至10，例如1至5、1至3，或1至2；x、y及z獨立地為整數0至10，例如x+y+z之總和為2、3或6；n為整數1至5；及其中該擬肽巨環化合物不為表2a或2b中之擬肽巨環化合物。
  25. 如請求項24之擬肽巨環化合物，其中各E獨立地為選自Ala(丙胺酸)、D-Ala(D-丙胺酸)、Aib(α-胺基異丁酸)、Sar(N-甲基甘胺酸)及Ser(絲胺酸)之胺基酸。
  26. 如請求項24之擬肽巨環化合物，其中[D]v為-Leu1-Thr2。
  27. 一種擬肽巨環化合物，其包含與選自由表1、表1a、表1b或表1c中之胺基酸序列組成之群的胺基酸序列具有至少約60%一致性的胺基酸序列，其中該擬肽巨環化合物具有下式： 其中：各A、C、D及E獨立地為胺基酸； B為胺基酸、、[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH- L3-]；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中至少一者形成巨環形成連接子L'，連接至該等D或E胺基酸之一之α位；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環形成連接子；L1及L2及L3獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，各視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑； 各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v及w獨立地為整數1至1000，例如1至500、1至200、1至100、1至50、1至30、1至20，或1至10；u為整數1至10，例如1至5、1至3，或1至2；x、y及z獨立地為整數0至10，例如x+y+z之總和為6；n為整數1至5；其中w>2，且由E表示之前兩個胺基酸各包含不帶電側鏈或帶負電側鏈，限制條件為該擬肽巨環化合物不為表2a中之擬肽巨環化合物且不具有以下序列：Ac-RTQATF$r8NQWAibANle$TNAibTR-NH2、Ac-$r8SQQTFS$LWRLLAibQN-NH2、Ac-QSQ$r8TFSNLW$LLAibQN-NH2、Ac-QS$r5QTFStNLW$LLAibQN-NH2或Ac-QSQQ$r8FSNLWR$LAibQN-NH2，其中Aib表示2-胺基異丁酸，$表示由包含一個雙鍵之全碳交聯子連接之α-Me S5-戊烯基-丙胺酸烯烴胺基酸，$r5表示由包含一個雙鍵之全碳交聯子連接之α-Me R5-戊烯基-丙胺酸烯烴胺基酸，及$r8表示由包含一個雙鍵之全碳交聯子連接之α-Me R8-辛 烯基-丙胺酸烯烴胺基酸。
  28. 如請求項27之擬肽巨環化合物，其中各E獨立地為選自Ala(丙胺酸)、D-Ala(D-丙胺酸)、Aib(α-胺基異丁酸)、Sar(N-甲基甘胺酸)及Ser(絲胺酸)之胺基酸。
  29. 如請求項27之擬肽巨環化合物，其中[D]v為-Leu1-Thr2。
  30. 如請求項27之擬肽巨環化合物，其中由E表示之第一C端胺基酸及/或第二C端胺基酸包含疏水性側鏈。
  31. 如請求項30之擬肽巨環化合物，其中該疏水鏈為大型疏水性側鏈。
  32. 一種擬肽巨環化合物，其包含與選自由表1、表1a、表1b或表1c中之胺基酸序列組成之群的胺基酸序列具有至少約60%一致性的胺基酸序列，其中該擬肽巨環化合物具有下式： 其中：各A、C、D及E獨立地為胺基酸； B為胺基酸、、[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH- L3-]；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，未經取代或經鹵基-取 代；或R1及R2中至少一者形成巨環形成連接子L'，連接至該等D或E胺基酸之一之α位；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環形成連接子；L1及L2及L3獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，各視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v及w獨立地為整數1至1000，例如1至500、1至200、1至100、1至50、1至30、1至20，或1至10；u為整數1至10，例如1至5、1至3，或1至2；x、y及z獨立地為整數0至10，例如x+y+z之總和為6；n為整數1至5；及 w>2，其中由E表示之第三胺基酸包含大型疏水性側鏈，限制條件為該擬肽巨環化合物不為表2a中之擬肽巨環化合物且不具有以下序列：Ac-Q$r8QQTFSN$WRLLAibQN-NH2。
  33. 如請求項32之擬肽巨環化合物，其中除該E表示之第三胺基酸外，各E為選自Ala(丙胺酸)、D-Ala(D-丙胺酸)、Aib(α-胺基異丁酸)、Sar(N-甲基甘胺酸)及Ser(絲胺酸)之胺基酸。
  34. 如請求項32之擬肽巨環化合物，其中[D]v為-Leu1-Thr2。
  35. 如請求項32至34中任一項之擬肽巨環化合物，其中該由E表示之前兩個胺基酸各包含不帶電側鏈或帶負電側鏈。
  36. 如請求項32至34中任一項之擬肽巨環化合物，其中該E表示之第三胺基酸為選自由以下組成之群的胺基酸：異白胺酸(I)、白胺酸(L)、甲硫胺酸(M)、苯丙胺酸(F)、色胺酸(W)及酪胺酸(Y)。
  37. 如請求項1、2及24至34中任一項之擬肽巨環化合物，其中L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基或伸雜環芳基，各視情況經R5取代。
  38. 如請求項37之擬肽巨環化合物，其中L1及L2獨立地為伸烷基或伸烯基。
  39. 如請求項1、2及24至34中任一項之擬肽巨環化合物，其中L為伸烷基、伸烯基或伸炔基。
  40. 如請求項39之擬肽巨環化合物，其中L為伸烷基。
  41. 如請求項40之擬肽巨環化合物，其中L為C3-C16伸烷基。
  42. 如請求項41之擬肽巨環化合物，其中L為C10-C14伸烷基。
  43. 如請求項1、2及24至34中任一項之擬肽巨環化合物，其中R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，未經取代或經鹵基-取代。
  44. 如請求項43之擬肽巨環化合物，其中R1及R2為H。
  45. 如請求項43之擬肽巨環化合物，其中R1及R2獨立地為烷基。
  46. 如請求項45之擬肽巨環化合物，其中R1及R2為甲基。
  47. 如請求項24至34中任一項之擬肽巨環化合物，其中x+y+z=6。
  48. 如請求項24至34中任一項之擬肽巨環化合物，其中u為1。
  49. 如請求項1、2及24至34中任一項之擬肽巨環化合物，其中該擬肽巨環化合物不為表2a或表2b中之巨環化合物。
  50. 如請求項1、2及24至34中任一項之擬肽巨環化合物，其中各E為Ser或Ala或其類似物。
  51. 如請求項1、2及24至34中任一項之擬肽巨環化合物，其包含至少一個胺基酸為胺基酸類似物。
  52. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  53. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  54. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  55. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  56. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  57. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  58. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  59. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  60. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  61. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  62. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  63. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  64. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  65. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  66. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  67. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  68. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  69. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  70. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  71. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  72. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  73. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  74. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  75. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  76. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  77. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  78. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  79. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  80. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  81. 一種擬肽巨環化合物，其具有下式： 或其醫藥學上可接受之鹽。
  82. 一種如請求項1至81中任一項之擬肽巨環化合物之用途，其係用於製造用以治療癌症之藥劑。
  83. 如請求項82之方法，其中該癌症係選自由頭頸癌、黑素瘤、肺癌、乳癌及神經膠質瘤組成之群。
  84. 一種如請求項1至81中任一項之擬肽巨環化合物之用途，其係用於製造用以調節p53及/或MDM2及/或MDMX活性的藥劑。
  85. 一種如請求項1至81中任一項之擬肽巨環化合物之用途，其係用於製造用以拮抗p53與MDM2蛋白之間及/或p53與MDMX蛋白之間相互作用的藥劑。
  86. 一種製備包含式(I)之擬肽巨環化合物之組合物之方法： 該擬肽巨環化合物包含與選自由表1、表1a、表1b及表1c中之胺基酸序列組成之群之胺基酸序列具有約60%至約100%一致性的胺基酸序列，該方法包括用催化劑處理式(II)化合物以產生該式I化合物 其中在該式(I)及式(II)之化合物中各A、C、D及E獨立地為胺基酸； 各B獨立地為胺基酸、、[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3- SO2-]或[-NH-L3-]；各R1及R2獨立地為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，未經取代或經鹵素取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環形成連接子L'，連接至該等D或E胺基酸之一之α位；各R3獨立地為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代；各L'獨立地為式-L1-L2-之巨環形成連接子；各L1、L2及L3獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4'-]n，各視情況經R5取代；各R4及R4'獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K獨立地為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R7獨立地為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；各R8獨立地為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分； 各v及w獨立地為整數1至1000；u為整數1至10；各x、y及z獨立地為整數0至10；各n獨立地為整數1至5；各o獨立地為整數1至15；各p獨立地為整數1至15；「(E)」指示反式雙鍵；及該等式(I)及式(II)之化合物中存在之胺基酸A、C及/或B(當B為胺基酸時)中之一或多者具有攜帶保護基之側鏈。
  87. 如請求項86之方法，其中該保護基為氮原子保護基。
  88. 如請求項87之方法，其中該保護基為Boc基團。
  89. 如請求項88之方法，其中攜帶該保護基之胺基酸之側鏈包含受保護之吲哚。
  90. 如請求項89之方法，其中在側鏈上攜帶該保護基之胺基酸為在吲哚氮上受該保護基保護的色胺酸(W)。
  91. 如請求項90之方法，其中在側鏈上攜帶該保護基之胺基酸為在吲哚氮上受Boc基團保護的色胺酸(W)。
  92. 如請求項86之方法，其中在該式II化合物與催化劑接觸之步驟後，獲得該式(I)化合物，其量等於或大於相應化合物之Z異構體。
  93. 如請求項92之方法，其中在該式II化合物與催化劑接觸之步驟後，獲得該式(I)化合物，其量大於相應化合物之Z異構體2、3、4、5、6、7、8、9或10倍。
  94. 如請求項86之方法，其中該催化劑為釕催化劑。
  95. 如請求項86之方法，其進一步包括用還原劑或氧化劑處理該等式(I)化合物之步驟。
  96. 如請求項86之方法，其中該式(II)化合物連接至固體載體。
  97. 如請求項86之方法，其中該式(II)化合物不連接至固體載體。
  98. 如請求項86之方法，其進一步包括自該等式(I)化合物移除該(等)保護基。
  99. 如請求項86之方法，其中該閉環複分解係在約20℃至約80℃範圍內之溫度進行。
  100. 如請求項86之方法，其中該式(I)之擬肽巨環化合物具有下式： 其中：各Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10個別地為胺基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少兩者為與序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12之相應位置之胺基酸相同的胺基酸，其中各X為胺基酸；各D及E獨立地為胺基酸；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環形成連接子L'，連接至該等D或E胺基酸之一之α位；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環形成連接子，其中L包含至少一個雙鍵呈E組態；L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，各視 情況經R5取代；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v為整數1至1000；w為整數3至1000；n為整數1至5；及Xaa7為Boc保護之色胺酸。
  101. 如請求項86之方法，其中該式(I)之擬肽巨環化合物具有下式： 其中：各Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10個別地為胺基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9及Xaa10中之至少兩者為與序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12之相應位置之胺基酸相同的胺基酸，其中各X為胺基酸；各D及E獨立地為胺基酸；R1及R2獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、環烷基烷基、雜烷基或雜環烷基，未經取代或經鹵基-取代；或R1及R2中之至少一者形成巨環形成連接子L'，連接至該等D或E胺基酸之一之α位；各L或L'獨立地為式-L1-L2-之巨環形成連接子，其中L包含至少一個雙鍵呈E組態；L1及L2獨立地為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸環芳基、伸雜環芳基或[-R4-K-R4-]n，各視情況經R5取代；R3為氫、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、雜烷基、環烷基、雜環烷基、環烷基烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代；各R4為伸烷基、伸烯基、伸炔基、伸雜烷基、伸環烷基、伸雜環烷基、伸芳基或伸雜芳基；各K為O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；各R5獨立地為鹵素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、螢光部分、放射性同位素或治療劑；各R6獨立地為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基烷基、雜環烷基、螢光部分、放射性同位素或治療劑；R7為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代， 或為具有D殘基之環狀結構之一部分；R8為-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、環烷基、雜烷基、環烷基烷基、雜環烷基、環芳基或雜環芳基，視情況經R5取代，或為具有E殘基之環狀結構之一部分；v為整數1至1000；w為整數3至1000；n為整數1至5；及Xaa7為Boc保護之色胺酸。
  102. 如請求項86至101中任一項之方法，其中該式(I)之擬肽巨環化合物包含α-螺旋。
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