JP5404620B2 - 試験試料の多重化分析 - Google Patents
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Description
[0001]本出願は、2007年7月17日出願の米国仮出願第60/950,281号、2007年7月17日出願の米国仮出願第60/950,293号、2007年7月17日出願の米国仮出願第60/950,283号、2008年2月26日出願の米国仮出願第61/031,420号、および2008年5月8日出願の米国仮出願第61/051,594号の優先権を請求する。本出願はまた、各々、2007年1月16日出願の米国出願第11/623,580号および米国出願第11/623,535号の一部継続出願でもある。これらの参考文献は各々、その全体が本明細書に援用される。
[0002]本発明は、一般的に、試料中のターゲット分子の検出のための方法、デバイス、試薬、およびキットに、そしてより具体的には、試験試料中に含有されうる1以上のターゲット分子の検出および/または定量化に関する。こうした方法は、診断適用において、ならびにバイオマーカー発見、ならびに療法剤の設計および開発において、広い有用性を有する。
[0058]単回捕獲(捕獲2のみ)アフィニティアッセイ
[0059]1つの態様において、捕獲2分配を用いて、単回捕獲アフィニティアッセイを実行する。この方法は、試料マトリックスがそれほど複雑でなく、試料中の他の構成要素がタグに関して競合しない場合によく働く。これはまた、ターゲットが高いコピー数または濃度で存在する試料に関してよく働く。
[0065]二重捕獲アフィニティアッセイは、単回捕獲アフィニティアッセイと類似であり、さらなる分配工程が付加されている。このさらなる分配工程は、一般的に、さらなる感度および特異性を提供する。
[0069]次いで、第一の固体支持体からアプタマー・アフィニティ複合体を遊離させることによって、捕獲1分配を完了する。1つの態様において、第一の遊離可能タグは、第一の遊離可能タグの約90%以上を切断する条件下で、UVランプの照射によって切断される光切断可能部分である。他の態様において、第一の遊離可能タグ中の選択される遊離可能部分に適した方法によって、遊離を達成する。アッセイ中でさらに使用するため、アプタマー・アフィニティ複合体を溶出させ、そして収集してもよいし、または別の固体支持体と接触させて、以下に記載するアッセイの残りの工程を実行してもよい。
[0074]単回捕獲(捕獲2のみ)架橋アッセイ
[0075]1つの態様において、捕獲2分配を用いて、単回捕獲架橋アッセイを実行する。この方法は、試料マトリックスがそれほど複雑でなく、試料中の他の構成要素がタグに関して競合しない場合によく働く。これはまた、ターゲットが高いコピー数または濃度で存在する試料に関してよく働く。いくつかの場合、架橋が実行された後の工程において、よりストリンジェントな洗浄が可能になりうるため、光アプタマーおよびターゲット間の共有結合によって、さらなる利益が提供される。
[0082]二重捕獲光架橋アッセイは、単回捕獲光架橋アッセイと類似であり、さらなる分配工程が付加されている。このさらなる分配工程は、一般的に、さらなる感度および特異性を提供する。
[0088]次いで、第一の固体支持体からアプタマー共有複合体を遊離させることによって、捕獲1分配を完了する。1つの態様において、第一の遊離可能タグは、高いpHなどの、ハイブリダイゼーションリンカーを破壊する条件で混合物を処理することによって切断される。1つの態様において、20mM NaOHを混合物に添加する。他の態様において、第一の遊離可能タグ中の遊離可能部分に適した任意の方法によって、アプタマー共有複合体の遊離を達成する。アッセイ中でさらに使用するため、アプタマー共有複合体を溶出させ、そして収集してもよいし、またはアッセイの残りの工程を実行するため、さらなる固体支持体と接触させてもよい。
[0092]変形:希釈セット
[0093]本明細書に開示する任意の方法において、試験試料を試験試料の2以上の希釈として調製してもよく、これは本明細書に開示する方法によるターゲット検出のダイナミックレンジを増加させうる。個々の希釈試験試料を、アプタマー(または共有)複合体形成までそしてそれを含めて別個にアッセイし、その後、希釈試験試料を残りのアッセイのためにプールし、そして同時に単一の固体支持体上で検出してもよい。1つの態様において、各希釈試験試料には、ユニークなアプタマーが含まれ、それによって、対応するターゲットの単回測定が可能になる。別の態様において、各々、特定のターゲットに関する別個のタグ化アプタマーを接触させる2以上の希釈に、アプタマーを添加して、単一の固体支持体上で、各々、異なる希釈試料に関して特異的なアプタマーシグナルの検出を可能にしてもよい。この方式で希釈した試料をともにつなぐと、多くの桁に渡って、単一のターゲット分子に関するダイナミックレンジが拡張可能となり、そして定量化領域が重複して単一のターゲット濃度の多数の測定が導かれる場合は、正確さが加算される。
[0098]本明細書に開示する任意の方法において、試験試料を参照試料に比較してもよい。「参照試料」は、本明細書において、複数の分子を含有し、そして少なくとも1つのターゲット分子を含むことが知られる、任意の物質、溶液、または混合物を指す。参照試料中に存在する任意のターゲット分子の正確な量または濃度を知ることもまた可能である。用語、参照試料には、本明細書に定義するような、生物学的試料、ならびに、例えば汚染されたかまたは潜在的に汚染されている水および産業廃水などの、環境または毒性試験に使用可能な試料が含まれる。参照試料はまた、準備プロセス、例えば製造プロセスの最終産物、中間産物、または副産物であってもよい。参照試料には、生物から、またはいくつかの他の供給源(例えば環境または産業供給源)から得られた、物質、溶液、または混合物に添加されている、任意の適切なアッセイ培地、緩衝液、または希釈剤が含まれてもよい。
[00102]本明細書記載の任意の方法を用いて、試験試料の多重化分析を行ってもよい。こうした多重化分析には、例えば生物学的試料などの試験試料中の同数のターゲット分子を同時にアッセイするための、少なくとも2つ、少なくとも数十、少なくとも数百または少なくとも数千のアプタマーの使用も含まれてもよい。これらの態様において、各々、異なる分析物を認識しそして場合によってこれに架橋する、複数のアプタマー(またはタグ化光アプタマー)を、試験試料に導入し、そして上述の任意のアッセイを実行してもよい。アプタマーの遊離後、任意の適切な多重化核酸検出法を使用して、遊離している異なるアプタマーを測定してもよい。1つの態様において、固体表面上に別個に配置されている相補的プローブへのハイブリダイゼーションによって、これを達成してもよい。別の態様において、質量分析を用いて、分子量に基づいて、異なるアプタマー各々を検出してもよい。さらに別の態様において、例えばキャピラリー電気泳動における、ゲルにおける、または液体クロマトグラフィーによるなどの電気泳動移動度に基づいて、異なるアプタマー各々を検出してもよい。別の態様において、ユニークなPCRプローブを用い、QPCRを用いて、異なるアプタマー各々を定量化してもよい。別の態様において、質量分析を用いて、分子量に基づいて、異なるアプタマー各々を検出してもよい。
[00104]本明細書に開示するアッセイ各々において、動力学的負荷を用いて、アッセイの特異性を増加させ、そして非特異的結合を減少させる。本明細書記載のアッセイ各々において、場合によって使用してもよい1つの態様において、試験試料と競合剤のプレインキュベーションによるか、または平衡結合中の混合物への競合剤の添加によるかのいずれかで、非特異的結合のさらなる減少を達成してもよい。1つの態様において、4μMのZ−ブロック競合剤オリゴヌクレオチド(5’−(ACZZ)28AC−3’、式中、Z=5−ベンジル−dUTP)を試験混合物と約5分間プレインキュベーションする。
[00106]本開示の別の側面は、試験試料を分析するために、本明細書に開示する任意の方法を好適に実行するのに有用なキットに関する。開示する方法の多用途性を増進するため、試薬の比が、方法およびアッセイの実質的な最適化を提供するように、同じまたは別個の容器中、パッケージングされた組み合わせで、試薬を提供してもよい。試薬の交差反応性および安定性に応じて、試薬は各々、別個の容器中にあってもよいし、または多様な試薬が1以上の容器中で組み合わされてもよい。
[00112]方法
[00113]I.オリゴヌクレオチド
[00114]オリゴヌクレオチド:修飾塩基
[00115]本明細書において、「核酸」、「オリゴヌクレオチド」、および「ポリヌクレオチド」は、交換可能に用いられ、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、そしてこうしたヌクレオチドには、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、および/または類似体、あるいは化学的に修飾されたデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドが含まれてもよい。用語「ポリヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチド」、および「核酸」には、二本鎖または一本鎖分子、ならびに三重らせん分子が含まれる。
[00123]本明細書において、「アプタマー」および「核酸リガンド」は、交換可能に用いられ、ターゲット分子に対する特異的結合アフィニティを有する核酸を指す。アフィニティ相互作用は、程度の問題であることが認識される;が、この文脈では、ターゲットに対するアプタマーの「特異的結合アフィニティ」は、一般的に、試験試料中の他の構成要素に結合するよりも、はるかにより高い度合いのアフィニティで、アプタマーがそのターゲットに結合することを意味する。(単数の)「アプタマー」は、特定のヌクレオチド配列を有する核酸分子の1つのタイプまたは種のコピーセットである。アプタマーには、いかなる適切な数のヌクレオチドが含まれてもよい。「(複数の)アプタマー」はこうした分子セットの1より多くを指す。異なるアプタマーは、同数かまたは異なる数か、いずれのヌクレオチドを有してもよい。本明細書に開示するいかなる方法にも、1以上のアプタマーの使用が含まれてもよい。本明細書に開示するいかなる方法にも、また、同じターゲット分子に特異的に結合する2以上のアプタマーの使用も含まれてもよい。以下にさらに記載するように、アプタマーにはタグが含まれてもよい。アプタマーにタグが含まれる場合、アプタマーのすべてのコピーが同じタグを有する必要はない。さらに、異なるアプタマーに、各々、タグが含まれる場合、これらの異なるアプタマーは、同じタグまたは異なるタグのいずれを有してもよい。
[00130]光アプタマー定義
[00131]架橋法
[00132]本明細書において、「光アプタマー」、「光反応性核酸リガンド」、および「光反応性アプタマー」は交換可能に用いられ、ターゲット分子に共有結合するかまたは該分子と「架橋する」ことも可能な、1以上の光反応性官能基を含有するアプタマーを指す。例えば、天然存在核酸残基を修飾して、適切な波長の照射供給源に対する曝露に際して核酸残基に光反応性を与える、化学的官能基を含ませてもよい。いかなる既知の方法を用いて、光アプタマーを同定し、そして/または調製してもよい。いくつかの態様において、光SELEX法を用いて、光反応性アプタマーを同定する。例えば、米国特許第5,763,177号、米国特許第6,001,577号、および米国特許第6,291,184号、各々、表題「Systematic Evolution of Nucleic Acid Ligands by Exponential Enrichment: Photoselection of Nucleic Acid Ligands and Solution SELEX」を参照されたい;また、例えば、米国特許第6,458,539号、表題「Photoselection of Nucleic Acid Ligands」、および本出願と同時に出願され、そしてその全体が本明細書に援用される、米国出願第12/175,388号、表題「Improved SELEX and PHOTOSELEX」も参照されたい。
[00139]用語「試験試料」は、本明細書において、複数の分子を含有し、そして少なくとも1つのターゲット分子を含みうる、任意の物質、溶液、または混合物を指す。用語、試験試料には、以下に定義するような生物学的試料、ならびに例えば汚染されたかまたは潜在的に汚染された水および産業廃水などの、環境または毒性試験に使用可能な試料が含まれる。試験試料はまた、準備プロセス、例えば製造プロセスの最終産物、中間産物、または副産物であってもよい。試験試料には、生物から、またはいくつかの他の供給源(例えば環境または産業供給源)から得られた、物質、溶液、または混合物に添加されている、任意の適切なアッセイ培地、緩衝液、または希釈剤が含まれてもよい。
[00145]本明細書において、用語「分配」は、試験試料からの1以上の分子種の分離または除去を指す。分配を用いて、感度を増加させそして/またはバックグラウンドを減少させることも可能である。分配は、アプタマー(または共有)複合体形成後、またはアプタマー・アフィニティ複合体が架橋中に導入された共有結合のために不可逆的となった際に、最も有効である。アプタマー・アフィニティ複合体が固定されている任意の工程後、またはすべての工程後に、分配工程を導入してもよい。分配はまた、サイズ示差またはアプタマー・アフィニティ複合体および試験試料の他の構成要素間に示差的に存在する他の特異的特性に頼ってもよい。分配はまた、アプタマーまたはターゲットとの特異的相互作用を通じても達成可能である。分配はまた、アプタマー、ターゲット、アプタマー・アフィニティ複合体またはアプタマー共有複合体の物理的または生化学的特性に基づいても達成可能である。
[00151]本明細書において、「捕獲2」は、ターゲット分子の捕捉に基づくアプタマー・アフィニティ複合体またはアプタマー共有複合体の分配を指す。捕獲2工程の目的は、検出および場合による定量化の前に、未結合または非複合体化アプタマーを試験試料から除去することである。未結合アプタマーを試料から除去すると、任意の適切な核酸検出技術によって、アプタマー・アフィニティまたはアプタマー共有複合体の検出が可能になる。検出および場合による定量化のためにQPCRを用いる場合、ターゲット分子の正確な検出および定量化のため、未結合アプタマーの除去が必要である。
[00160]本明細書において、「競合剤分子」および「競合剤」は、交換可能に用いられ、非ターゲット分子と非特異的複合体を形成して、例えば非ターゲット分子がアプタマーに非特異的に再結合するのを防止しうる任意の分子を指す。(単数の)「競合剤分子」または「競合剤」は、分子の1つのタイプまたは種のコピーセットである。「(複数の)競合剤分子」または「(複数の)競合剤」は、分子のこうしたセットの1より多くを指す。競合剤分子には、オリゴヌクレオチド、ポリアニオン(例えば、ヘパリン、一本鎖サケ精子DNA、およびポリデキストラン(例えば硫酸デキストラン))、脱塩基性ホスホジエステルポリマー、dNTP、およびピロホスフェートが含まれる。競合剤を用いる動力学的負荷の場合、競合剤はまた、未結合アプタマーと非特異的複合体を形成して、例えばそのアプタマーが非ターゲット分子に非特異的に再結合するのを防止しうる任意の分子であってもよい。こうした競合剤分子には、ポリカチオン(例えば、スペルミン、スペルミジン、ポリリジン、およびポリアルギニン)およびアミノ酸(例えばアルギニンおよびリジン)が含まれる。動力学的負荷として競合剤を用いる場合、試料中に存在する総タンパク質または総アプタマーの予期される濃度に比較して、かなり高い濃度を利用する。1つの態様において、動力学的負荷において、競合剤として、10mM硫酸デキストランを用いる。
[00162]いくつかの態様において、結合緩衝液またはアプタマー・アフィニティ複合体の解離天然速度を有意に増加させない任意の他の溶液で、試験試料を希釈することによって、動力学的負荷を実行する。希釈は、約2X、約3X、約4X、約5X、または任意の適切なより大きい希釈であってもよい。より大きい希釈は、希釈後、総タンパク質およびアプタマーの濃度を減少させ、そしてしたがってその再会合速度を減少させることによって、より有効な動力学的負荷を提供する。動力学的負荷を導入するために希釈を用いる場合、アプタマー・アフィニティ複合体を含有する続く試験試料混合物を、さらなるプロセシング前に濃縮してもよい。適用可能な場合、試験試料からのすべての未結合アプタマーの場合による分配および/またはタグ化剤と反応しうる試験試料の他の構成要素の場合による除去に関して、本明細書に記載する方法を用いて、この濃縮を達成してもよい。希釈を動力学的負荷として用いる場合、最初の試験試料体積、および複合体の有意な喪失を招くことなく、最終(希釈)体積からアプタマー・アフィニティ複合体を回収する望ましさの両方を考慮して、出来るだけ高いように希釈量を選択する。
[00164]いくつかの態様において、試料希釈効果および競合剤導入効果が同時に達成される方式で、動力学的負荷を実行する。例えば、試験試料を大量の競合剤で希釈してもよい。これらの2つの動力学的負荷戦略を合わせると、1つの戦略を用いて達成されうるより有効な動力学的負荷が提供されうる。1つの態様において、希釈は、約2X、約3X、約4X、約5X、または任意の適切なより大きい希釈であってもよく、そして競合剤は、10mM硫酸デキストランである。
[00166]多様な態様において、アプタマー内に取り込まれたタグ(アプタマータグ)またはターゲットに付着したタグを用いて、固体支持体上にアプタマー・アフィニティ(または共有)複合体を捕捉するかまたは固定する。例えば、アプタマー上のタグがビオチンである場合、アビジン、ストレプトアビジン、ニュートラアビジン、Extravidin等の捕捉要素を有するビーズを用いて、アプタマー・アフィニティ(または共有)複合体を捕捉してもよい。ビーズを洗浄して、いかなる未結合(非複合体化)ターゲットも除去する。
[00168]本明細書に開示するように、アプタマーは、「タグ」をさらに含んでもよく、タグは、固体支持体にアプタマーを(およびそれに結合したいかなるターゲット分子も)付着させるかまたは固定するための手段を提供する構成要素を指す。(単数の)「タグ」は、「捕捉要素」と会合可能な構成要素の1つのタイプまたは種のコピーセットである。「(複数の)タグ」または「(複数の)捕捉要素」は、構成要素のこうしたセットの1より多くを指す。任意の適切な方法によって、タグをアプタマーに付着させてもよいし、またはタグがアプタマーに含まれてもよい。一般的に、タグは、アプタマーが、固体支持体に付着した捕捉要素または受容体と、直接または間接的にのいずれかで会合することを可能にする。捕捉要素は、典型的には、タグと非常に特異的に相互作用し、そして続くプロセシング工程または方法中、その会合が保持されるように選択(または設計)される。タグは、固体支持体上の空間的に定義されたアドレスに、アプタマー・アフィニティ複合体(または共有アプタマー・アフィニティ複合体)を局在させることを可能にしうる。したがって、異なるタグは、固体支持体上の空間的に定義された異なるアドレスに、異なるアプタマー共有複合体を局在させることを可能にしうる。タグは、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、ビオチン、ポリヒスチジン、あるいはこれらの構造の任意の断片または誘導体、前述のものの任意の組み合わせ、あるいは捕捉要素(または以下に記載するようなリンカー分子)が、特異性を持って結合するかまたは別の方式で会合するように設計されるかまたは設定されうる任意の他の構造であってもよい。一般的に、タグは、分子内で、それ自体と、あるいはそのタグが付着しているかまたはそのタグが一部となっているアプタマーと相互作用しないように設定される。SELEXを用いてアプタマーを同定する場合、SELEX前またはSELEX後のいずれかで、タグをアプタマーに添加してもよい。1つの態様において、SELEX後、アプタマーの5’端上にタグが含まれる。別の態様において、SELEX後、アプタマーの3’端上にタグが含まれる。さらに別の態様において、タグは、SELEX後修飾プロセスにおいて、アプタマーの3’および5’端上の両方に含まれてもよい。別の態様において、タグは、アプタマーの内部であってもよい。
[00179]本明細書において、「捕捉要素」、「プローブ」または「受容体」は、タグと直接または間接的にのいずれかで会合するように設定された分子を指す。(単数の)「捕捉要素」、「プローブ」または「受容体」は、タグと直接または間接的にのいずれかで会合することによって、タグが付着する部分を固体支持体に固定することが可能な、分子の1つのタイプまたは多分子構造の1つのタイプのコピーセットである。「(複数の)捕捉要素」、「(複数の)プローブ」または「(複数の)受容体」は、分子のこうしたセットの1より多くを指す。捕捉要素、プローブまたは受容体は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、ビオチン、ポリヒスチジン、あるいはこれらの構造の任意の断片または誘導体、前述のものの任意の組み合わせ、あるいはタグ(またはリンカー分子)が、特異性を持って結合するかまたは別の方式で会合するように設計されるかまたは設定されうる任意の他の構造であってもよい。任意の適切な方法によって、捕捉要素、プローブまたは受容体を共有的または非共有的のいずれかで、固体支持体に付着させてもよい。
[00186]いくつかの態様において、アプタマー・アフィニティ(または共有)複合体を固体支持体に固定して、アプタマー・アフィニティ(または共有)複合体の単離を可能にし、そして未結合アプタマーを除去することが望ましい。1つの態様において、ターゲット分子と非常に反応性であり、そしてアプタマーと弱く反応性である(または理想的には非反応性である)試薬を用いて、アフィニティ(または共有)複合体のターゲット分子にタグを付加する。この態様において、例えばアフィニティ相互作用と適合するpHおよびイオン強度で、アプタマー・アフィニティ複合体のターゲットタグ化がアフィニティ複合体をほとんどまたはまったく解離させずに達成され、そしてターゲットまたはアプタマーのコンホメーションを変化させず、そしてタグ化の度合いは、アプタマーとの相互作用に影響を及ぼすほど各ターゲット分子上に多数のタグを導入しないように、タグが設計される。アプタマー共有複合体のターゲットタグ化は、これらの制限を共有せず、そして効率的なタグ化に適した任意の条件下で達成可能である。
[00191]本明細書において、リンカーは、2つの官能基または分子構造を連結するのに用いられる分子構造である。本明細書において、「間隔リンカー」またはより簡潔に「スペーサー」は、アプタマー内の2つの異なる官能基間に分離または間隔を提供する、害がない(benign)原子群を指す。本明細書において、「遊離可能」または「切断可能」要素、部分、またはリンカーは、破壊されて、2つの別個の構成要素を産生することが可能な分子構造を指す。遊離可能(または切断可能)要素は、化学結合が破壊可能である単一分子を含む(本明細書において、「インライン切断可能リンカー」と称する)か、あるいは非共有相互作用が破壊または中断可能である2以上の分子を含んでもよい(本明細書において、「ハイブリダイゼーションリンカー」と称する)。
[00193]いくつかの態様において、個々の官能性との干渉を防止するため、特定の官能基を他の官能基から空間的に分離することが必要である。例えば、特定の光の波長を吸収する標識が光切断可能基に近接して存在すると、光切断の効率に干渉しうる。したがって、例えば、こうした基を、光切断の完全な活性を回復するのに十分な空間的分離を提供する非干渉部分で分離することが望ましい。いくつかの態様において、「間隔リンカー」は、標識および光切断官能性の両方とともに、アプタマー内に導入されている。
[00196]本明細書において、「インライン切断可能リンカー」は、遊離可能または切断可能要素を含有する原子群を指す。いくつかの態様において、インライン切断可能リンカーを用いて、タグにアプタマーを連結し、それによって遊離可能タグを形成する。例えば、任意の記載するアッセイにおいて、インライン遊離可能リンカーを利用して、アプタマーおよびビオチン間の遊離可能連結を生成する(例えばアフィニティアッセイおよび架橋アッセイにおいて)か、またはアプタマーおよび光架橋基間の遊離可能連結を生成してもよい(例えば架橋アッセイにおいて)。
[00199]本明細書において、「ハイブリダイゼーションリンカー」は、非共有相互作用が化学的または物理的方法を通じて破壊または中断されうる、2以上の分子を含むリンカーを指す。いくつかの態様において、ハイブリダイゼーションリンカーを用いて、アプタマーをタグに連結し、それによって遊離可能タグを形成する。例えば、任意の記載するアッセイにおいて、ハイブリダイゼーションリンカーを利用して、アプタマーおよびビオチン間の遊離可能連結を生成する(例えばアフィニティアッセイおよび架橋アッセイにおいて)か、またはアプタマーおよび光架橋基間の遊離可能連結を生成してもよい(例えば架橋アッセイにおいて)。
[00203]「固体支持体」は、共有または非共有結合いずれかを通じて、直接または間接的に分子が付着可能な表面を有する、任意の支持体を指す。固体支持体には、表面に付着する捕捉要素またはプローブのために物理的支持を提供可能ないかなる支持体物質も含まれてもよい。物質は、一般的に、表面への捕捉要素またはプローブの付着、およびアッセイの実行中に出会う、いかなる続く処理、取り扱い、またはプロセシングに関連する条件にも耐えることが可能である。物質は、天然存在、合成、または天然存在物質の修飾であってもよい。適切な固体支持体物質には、それのみで、または他の物質と組み合わせて用いられるかいずれかの、シリコン、グラファイト、鏡面、ラミネート、セラミックス、プラスチック(例えばポリ(塩化ビニル)、シクロ−オレフィン・コポリマー、アガロースゲル、ポリアクリルアミド、ポリアクリレート、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリ(4−メチルブテン)、ポリスチレン、ポリメタクリレート、ポリ(テレフタル酸エチレン)、ポリテトラフルオロエチレン(PTFEまたはテフロン(登録商標))、ナイロン、ポリ(酪酸ビニル))、ゲルマニウム、ガリウムヒ素、金、銀等が含まれてもよい。シリカを含み、そしてさらに例えばBioglassとして入手可能なガラスを含む、ガラスなどの、さらなる堅い物質を考慮してもよい。使用してもよい他の物質には、例えば、調節孔ガラスビーズ、架橋ビーズ化セファロースまたはアガロース樹脂、あるいは架橋ビスアクリルアミドおよびアザラクトンのコポリマーなどの多孔物質が含まれる。表面上に取り込まれた、1以上の官能基、例えば任意のアミノ、カルボキシル、チオール、またはヒドロキシル官能基などを有することが可能な、当該技術分野に知られる任意の他の物質もまた、意図される。
[00207]上記に記載してきたように、本発明の1つの目的は、タンパク質シグナルをアプタマーシグナルに変換することである。その結果、収集/検出されたアプタマーの量は、結合したターゲット分子の量および試料中のターゲット分子の量の指標となり、そしてこうした量に正比例しうる。捕獲2分配後、第二の固体支持体からアプタマー・アフィニティまたはアプタマー共有複合体を溶出させることなく、いくつかの検出スキームが使用可能である。検出法の以下の態様に加えて、他の検出法が当業者に知られる。
[00209]多くの検出法は、検出前にアプタマー内に取り込まれるべき明確な標識を必要とする。核酸合成のための標準的技術を用いて、合成中または合成後のいずれかで、蛍光または化学発光色素などのいくつかの標識をアプタマー内に取り込んでもよい。適切な試薬とともに、標準的酵素反応を用いて、合成中または合成後のいずれかで、放射性標識を取り込んでもよい。標識化はまた、当業者に知られる多様な酵素技術を用いることによって、捕獲2分配および溶出後に行ってもよい。例えば、上述の標識を含むプライマーを用いると、PCRは溶出したアプタマーの増幅産物内に標識を取り込むであろう。また、定量化のためにゲル技術を用いると、PCRを用いて異なるサイズの質量標識が取り込まれうる。これらの質量標識はまた、さらなる多重化能のために、異なる蛍光または化学発光色素も取り込み可能である。合成中または合成後のいずれかで、アプタマー内に取り込まれた特異的タグを用いて、そして次いで、タグと会合し、そして標識を所持するプローブを添加することによって、標識を間接的にアプタマーに添加してもよい。この標識には、上記のもの、ならびに例えば、比色読み取りのための標準的アッセイにおいて用いられる酵素が含まれる。
[00211]例えば試験試料と接触させる前に、32Pなどの放射性同位体で、アプタマーを上述のように標識してもよい。4つの基本的アッセイ、および上に論じるようなその変形の任意の1つを使用して、アッセイ終了時、第二の固体支持体上の放射能を定量化することによって、アプタマー検出を簡潔に達成しうる。放射能のカウントは、元来の試験試料中のターゲットの量に正比例するであろう。同様に、試験試料と接触させる前に、アプタマーを上述のように蛍光色素で標識すると、第二の固体支持体上で、直接、単純な蛍光読み取りが可能になる。同様に、アプタマー溶出を必要とせずに、第二の固体支持体からの直接読み取りのため、化学発光標識または量子ドットを使用してもよい。
[00215]第二の固体支持体になお結合している少数のアプタマーの多重化検出のため、異なる励起/発光スペクトルを持つ蛍光色素を使用して、2つ、または3つ、または5つ、または10までの個々のアプタマーを検出し、そして定量化してもよい。同様に、多重化読み取りのため、異なるサイズの量子ドットを使用してもよい。第二の固体支持体から未結合アプタマーを分配した後、量子ドットを導入してもよい。ユニークな量子ドットに付着したアプタマー特異的ハイブリダイゼーション配列を用いることによって、2、3、5、および10までのアプタマーのための多重化読み取りを実行可能である。また、異なるアプタマーを、個々に検出可能な異なる放射性同位体、例えば32P、125I、3H、13C、および35Sで標識すると、限定された多重化読み取りに使用可能である。
[00217]捕獲2の第二の固体支持体から遊離したアプタマーの多重化検出のため、上述のように、各アプタマー内に取り込まれた単一の蛍光色素を、アプタマーレベルの定量化を伴って、アプタマー配列の同定を可能にする定量化法とともに用いてもよい。方法には、限定されるわけではないが、DNAチップハイブリダイゼーション、マイクロビーズハイブリダイゼーション、およびCGE分析が含まれる。
[00219]1つの態様において、標準的DNAハイブリダイゼーションアレイ、またはチップを用いて、Agilentアレイ、Illumina BeadChipアレイ、またはNimbleGenアレイなどのスライドまたはチップ上に固定された、ユニークなまたは一連のユニークなプローブに、各アプタマーまたは光アプタマーをハイブリダイズさせる。ユニークなプローブは各々、アプタマー上の配列に相補的である。相補的配列は、アプタマー中に取り込まれたユニークなハイブリダイゼーションタグ、またはアプタマー配列の部分、または全アプタマー配列であってもよい。捕獲2固体支持体から遊離したアプタマーを適切なハイブリダイゼーション緩衝液に添加し、そして標準的ハイブリダイゼーション法を用いてプロセシングする。例えば、アプタマー溶液をDNAハイブリダイゼーションアレイとともに、約60℃で12時間インキュベーションして、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを確実にする。アレイを洗浄し、そして次いで、蛍光スライドスキャナでスキャンし、アレイの各特徴上にアプタマーハイブリダイゼーション強度の画像を生じる。ArrayVisionなどの画像プロセシングソフトウェアを用いて、画像セグメント化および定量化を達成する。1つの態様において、最大25アプタマー、最大50アプタマー、最大100アプタマー、最大200アプタマー、最大500アプタマー、最大1000アプタマー、および最大10,000アプタマーを用いて、多重化アプタマーアッセイを検出しうる。
[00221]1つの態様において、上述のようなアプタマーに相補的なユニークなDNAプローブを有するアドレス可能マイクロビーズをハイブリダイゼーションに用いる。マイクロビーズは、Luminexビーズ技術などのユニークな蛍光色素を用いてアドレス可能であるし、あるいはIllumina VeraCode技術におけるようにバーコード標識を、またはレーザー装備トランスポンダーを用いてもよい。1つの態様において、捕獲2固体支持体から遊離したアプタマーを適切なハイブリダイゼーション緩衝液に添加して、そして標準的マイクロビーズハイブリダイゼーション法を用いてプロセシングする。例えば、アプタマー溶液をマイクロビーズセットとともに約60℃で2時間インキュベーションして、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを確実にする。次いで、溶液をLuminex装置上でプロセシングし、該装置は、個々のビーズタイプをカウントし、そしてアプタマー蛍光シグナルを定量化する。別の態様において、VeraCodeビーズをアプタマー溶液と接触させ、そして約60℃で2時間ハイブリダイズさせ、そして次いで、グリッド入り表面上に沈着させ、そして同定および蛍光定量化のため、スライドスキャナを用いてスキャンする。別の態様において、トランスポンダー・マイクロビーズをアプタマー試料と約60℃でインキュベーションし、そして次いでトランスポンダー・マイクロビーズに適したデバイスを用いて定量化する。1つの態様において、最大25アプタマー、最大50アプタマー、最大100アプタマー、最大200アプタマー、および最大500アプタマーを用いたマイクロビーズへのハイブリダイゼーションによって、多重化アプタマーアッセイを検出してもよい。
[00223]溶出したアプタマーを含有する試料をプロセシングして、上述のような蛍光標識とともにユニークな質量タグを取り込んでもよい。次いで、質量標識アプタマーを、本質的にはDNA配列決定装置であるCGE装置内に注入して、そしてユニークな質量によって、アプタマーを同定し、そして標識化反応中に取り込まれる色素由来の蛍光を用いて定量化する。この技術の1つの例示的な例が、Althea Technologiesによって開発されてきている。
[00225]上述の方法の多くにおいて、アプタマー溶液を増幅し、そして場合によって定量化前にタグ化してもよい。捕獲2固体支持体から溶出したアプタマーの溶液とともに標準的PCR増幅を用いてもよい。DNAアレイハイブリダイゼーション、マイクロビーズハイブリダイゼーション、およびCGE読み取り前に、こうした増幅を用いてもよい。
[00227]別の態様において、Q−PCRを用いて、アプタマー・アフィニティ複合体(またはアプタマー共有複合体)を検出しそして/または定量化する。本明細書において、「Q−PCR」は、アッセイの結果が定量的である、すなわち、アッセイが、試験試料中に存在するアプタマーの量または濃度を定量化可能であるような方式で、そしてそのように調節された条件下で行う、PCR反応を指す。
[00231]別の態様において、質量分析を用いて、アプタマー・アフィニティ複合体(またはアプタマー共有複合体)を検出しそして/または定量化する。上述の酵素技術を用いて、ユニークな質量タグを導入してもよい。質量分析読み取りのため、検出標識はまったく必要なく、むしろ質量自体を用いて同定し、そして当業者に一般的に用いられる技術を用いて、質量分析中に生じる質量ピークの位置およびピーク下の面積に基づいて定量化を行う。質量分析を用いる例は、Sequinomによって開発されたMassARRAY(登録商標)系である。
[00233]異なる組込み官能性を含むアプタマー構築物を提供する。これらの官能性には、固定のためのタグ、検出のための標識、光反応性基、分離を促進するかまたは調節する手段等が含まれてもよい。1つの態様において、アプタマーには、アプタマー配列中に切断可能または遊離可能部分(要素または構成要素としても記載される)が含まれる。これらのさらなる構成要素または要素は、アプタマー内にさらなる官能性を導入する構造的要素または構成要素であり、そしてしたがって、官能性要素または構成要素である。他の態様において、アプタマーには、1以上の以下のさらなる構成要素が含まれる(官能性または構造的要素または構成要素または部分としても記載される):標識または検出可能構成要素、スペーサー構成要素、切断可能要素、および特異的結合タグまたは固定化要素または構成要素。例えば、光架橋アプタマーの1つの態様において、アプタマーには、図3Lに示すような、切断可能部分を介してアプタマーに連結されるタグ、標識、標識および切断可能部分を分離するスペーサー構成要素、ならびに光架橋部分が含まれる。
[00240]付随する請求項を含めて、本明細書で用いる際、単数形「a」、「an」、および「the」には、内容が明らかに別に指示しない限り、複数の言及も含まれ、そして「少なくとも1つ」および「1以上」と交換可能に用いられる。したがって、「単数のアプタマー(an aptamer)」への言及には、アプタマーの混合物が含まれ、「単数のプローブ(a probe)」への言及には、プローブの混合物が含まれるなどである。
[00243]本明細書において、「会合する(associate、associates)」およびその任意の変形は、所定の複合体化または反応条件下で、タグ−プローブ複合体から、「非会合」または非結合物質、例えば試験試料の非結合構成要素を分離することを可能にするように、十分に安定な複合体を生じる、タグおよびプローブ間の相互作用または複合体化を指す。特異性を持って互いに相互作用して、そして結合することによって、タグおよびプローブは、互いに直接会合しうる。タグおよびプローブはまた、その複合体化がリンカー分子によって仲介される際などに、互いに間接的に会合しうる。
[00248]前述の説明は、多様な態様および実施例に関して、本開示を説明する。特定の態様、実施例、あるいは特定の態様または実施例の要素は、いずれも、請求項のいずれかの決定的な、必要な、または本質的な要素または特徴とは見なされないものとする。
[00251]異なる5’末端官能基を持つアプタマーおよびビオチン化プライマー構築物を産生し、そして図6に相違を示す。アプタマーは、5’末端にCy3蛍光色素(Glen ResearchからのCy3ホスホロアミダイト(−[3−(4−モノメトキシトリチルオキシ)プロピル]−1’−[3−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミジチル]プロピル]−3,3,3’,3’−テトラメチルインドカルボシアニンクロリド))を含有し、そしてプライマーは、2つのビオチン残基((AB)2)、(T)8リンカー、および光切断可能部分(ホスホロアミダイト(−(4,4’−ジメトキシトリチル)−1−(2−ニトロフェニル)−プロパン−1−イル−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト)としてGlen Researchから入手可能なPCリンカー)を含有した。図6に記載する方法では、アプタマーは、5’末端に、ANA(4−アジド−2−ニトロ−アニリン)として本明細書に言及される光反応性架橋基、光切断可能部分(PCリンカー)、およびCy3色素を含有し、そしてプライマーは、2つのビオチン残基および(T)8リンカーを含有した。
[00253]a)緩衝液
[00254]30μLのCy3アプタマー混合物(2nMの各アプタマー)を、SB17T中、30μLの(AB)2−T8−PCプライマー混合物(各プライマーに関して6nM)と合わせて、そして95℃で4分間、37℃で13分間インキュベーションした。別個の反応において、60μLのターゲットタンパク質混合物を調製した(SB17T中、2X濃度)。55μLのターゲットタンパク質混合物を、96ウェルプレート(Omni−Tubeプレート、Abgene#AB0407)中で55μLのアプタマー/プライマー混合物と合わせ、そして37℃で15分間インキュベーションして、結合平衡を達成した。別に示さない限り、以下の工程すべてを、室温で行った。
[00256]30μLのCy3−アプタマー混合物(2nMの各アプタマー)を、SB17T中、30μLの(AB)2−T8−PCプライマー混合物(各プライマーに関して6nM)と合わせて、そして95℃で4分間、37℃で13分間インキュベーションした。別個の反応において、30μLの1x〜2.5x希釈の複雑な生物学的タンパク質混合物(血漿、血清、全血)を、Z−ブロック競合剤オリゴヌクレオチド(5’−(ACZZ)7AC−3’、式中、Z=5−ベンジル−dUTP、4μM)を含有する希釈剤中で調製し、そして5分間インキュベーションした。複雑な生物学的タンパク質混合物を、30μLのターゲットタンパク質混合物(SB17T中、4X濃度)と合わせた。55μLのターゲットタンパク質/生物学的マトリックス混合物を、55μLのアプタマー/プライマー混合物と合わせ、そして37℃で15分間インキュベーションして、結合平衡を達成した。別に示さない限り、以下の工程すべてを、室温で行った。
[00258]133μLのストレプトアビジン−アガロース樹脂(Pierce固定ストレプトアビジン、#20353、7.5%水性スラリー)を、Durapore膜(MultiScreen−HV45、Millipore #MAHVN4550)を通じた真空ろ過によって、200μL SB17Tで2回洗浄した。100μLのアプタマー:タンパク質混合物を、洗浄した樹脂に添加し、そして15分間混合する。真空ろ過によって、10μMビオチン(Sigma−Aldrich, Inc.#B4501−1G)を含有する200μL SB17Tで1回、そして200μL SB17Tで1回、樹脂を洗浄した。
[00260]1.2mM NHS−PEO4−ビオチン(Pierce#21329)を含有する100μLのSB17Tを、洗浄した樹脂に添加し、そして20分間混合した。真空ろ過によって200μL SB17Tで5回、そして遠心分離によって200μL SB17Tで1回、樹脂を洗浄し、10mM硫酸デキストラン(Mr〜5000、Sigma−Aldrich #31404)を含有する75μl SB17T中に再懸濁し、そして混合しながら、UVランプ(2つのSylvania 350 Blacklight電球、15W、試料は電源から5cm)を5分間照射した。Durapore膜を通じて遠心分離によって樹脂を除去し、そして150μL SB17T+10mM硫酸デキストランを含有する1.1mL 96ウェルプレート(1.1mL深底プレート、Marsh Biomedical #DW9611)中に、遊離したアプタマー:タンパク質複合体を含む溶出物を収集した。
[00262]50μLのストレプトアビジン樹脂(DynaBeads MyOneストレプトアビジンC1、Invitrogen #650−03、SB17T中、10mg/mL)をDurapore膜に添加した。225μLのアプタマー:タンパク質混合物を樹脂に添加し、そして15分間混合した。10mM硫酸デキストランを含有する200μL SB17Tで2回、真空ろ過によって200μL SB17Tで1回、そして遠心分離によって200μL SB17Tで1回、樹脂を洗浄した。
[00264]樹脂を90μL溶出緩衝液(2mM NaOH、0.1%TWEEN−20)中に再懸濁し、そして5分間混合した。この間、アプタマーはタンパク質:アプタマー複合体から遊離する。遠心分離によって樹脂を除去し、そして遊離したアプタマーを含む溶出物を収集した。80μLの溶出物を中和し、そして20μL中和緩衝液(8mM HCl、0.5mM Tris−HCl(pH7.5)、0.1%TWEEN−20)で緩衝した。実施例4に記載するようにアプタマーを検出した。
[00266]11のタンパク質分析物(bFGF、エオタキシン−2、FGF7、FGF−16、GDNF、IL−7、IL−20、リンホタクチン、TARC、tPA、VEGF)に関して、各分析物の10nMまたは3nM(bFGF、FGF7、tPA、リンホタクチン)濃度から始めて、そして半対数希釈で(3.1623の希釈係数)33fMまで連続希釈して、緩衝液中の12点の希釈シリーズを生成した。2つのタンパク質不含対照を含めて、総数14試料を生じた。Cy3アプタマー混合物は、希釈シリーズ中に、ターゲットタンパク質に対する11のアプタマー、ならびにターゲットタンパク質が存在しない28の対照アプタマーを含有した。3つの複製希釈シリーズを調製した。結果を図7〜10に示す。
[00273]このプロトコルのすべての工程を最小限の光曝露で実行して、光アプタマーの光活性化を防止した。
[00275]30μLのANA−PC−Cy3−アプタマー混合物(2nMの各アプタマー)を、SB17T緩衝液(40mM HEPES、pH7.5、120mM NaCl、5mM KCl、5mM MgCl2、1mM EDTA、0.05%TWEEN−20)中、30μLの(AB)2−T8−PCプライマー混合物(各プライマーに関して6nM)と合わせて、そして95℃で4分間、37℃で13分間インキュベーションした。別個の反応において、60μLのタンパク質混合物を2X濃度で調製した。55μLのターゲットタンパク質混合物を、96ウェルプレート(Omni−Tubeプレート、Abgene#AB0407)中で55μLのアプタマー/プライマー混合物と合わせ、そして37℃で15分間インキュベーションして、結合平衡を達成した。別に示さない限り、以下の工程すべてを、室温で行った。
[00277]100μLの平衡化試料を、10mM硫酸デキストラン(Mr〜5000、Sigma−Aldrich #31404)を含有する1400μL SB17Tに添加し、そして37℃で15分間インキュベーションした。1.5mL試料に470nm光(Custom LEDアレイ)を37℃で10分間照射して、結合したタンパク質を光アプタマーに共有的に架橋した。
[00279]40μLのストレプトアビジン樹脂(DynaBeads MyOneストレプトアビジンC1、Invitrogen #650−03、SB17T中、10mg/mL)を1.5mL試料に添加し、そして混合しながら25℃で30分間インキュベーションした。遠心分離によって樹脂をペレットにし、そして1.4mLの上清を除去した。樹脂および残った上清をDurapore膜(MultiScreen−HV45、Millipore #MAHVN4550)に移し、そして真空ろ過によって上清を除去した。真空ろ過によって、10μMビオチン(Sigma−Aldrich, Inc.#B4501−1G)を含有する200μL SB17Tで2回、そして200μL SB17Tで1回、樹脂を洗浄した。
[00281]1.2mM NHS−PEO4−ビオチン(Pierce #21329)を含有する100μLのSB17Tを、洗浄した樹脂に添加し、そして20分間混合した。真空ろ過によって、200μLグアニジン洗浄緩衝液(3Mグアニジン、50mM NaCl、40mM HEPES pH7.5、2mM EDTA、0.05%TWEEN−20、1mM TROLOX)で3回、そして200μL HEPES洗浄緩衝液(50mM NaCl、40mM HEPES pH7.5、0.05%TWEEN−20、1mM TROLOX)で2回、樹脂を洗浄した。110μL 20mM NaOH中に樹脂を再懸濁し、そして5分間混合した。遠心分離によって樹脂を除去し、そして遊離したアプタマー:タンパク質複合体を含むNaOH溶出物を収集した。100μLの溶出物を25μL 80mM HClで中和し、そして2M NaClおよび1%TWEEN−20を含有する10μL 55mM HEPES(pH7.5)で緩衝した。
[00283]133μLのストレプトアビジン樹脂(Pierce固定ストレプトアビジン、#20347、10%水性スラリー)を、Durapore PVDF膜を通じた真空ろ過によって、200μL SB17Tで2回洗浄した。135μLのアプタマー:タンパク質混合物を、洗浄した樹脂に添加し、そして20分間混合した。混合しながら50℃で10分間、200μLグアニジン洗浄緩衝液で1回、混合しながら2分間、200μLの20mM NaOHで1回、真空ろ過によって200μL SB17Tで2回、そして遠心分離によって200μL SB17Tで1回、樹脂を洗浄した。
[00285]100μL SB17T中に樹脂を再懸濁し、そして混合しながら、UVランプ(2つのSylvania 350 Blacklight電球、15W、試料は電源から5cm)を20分間照射した。この間に、タンパク質に光架橋されたアプタマーは光切断によって遊離する。Durapore膜を通じた遠心分離によって樹脂を除去し、そして遊離したアプタマーを含む溶出物を収集した。
[00287]a)試料調製
[00288]30μLの4Xハイブリダイゼーション緩衝液(3.638M NaCl、200mM Na−リン酸、pH7.5、1nMコーナーマーカーオリゴ、4mM TROLOX、0.1%TWEEN−20)を90μLのアッセイ試料(実施例2の工程eまたは実施例3の工程fの産物)に添加した。
[00290]ProPlateスライドモジュール(CSW Gasket、FLC接着; Grace Bio−Labs、#204811)を、9mm間隔で14(7x2)アレイを含有するマイクロアレイスライドを含めて組み立てた。各アレイは、アプタマーのランダム領域に相補的な96アミン修飾オリゴヌクレオチドの3つの複製物からなった。社内で、私有の3’x1’ポリマースライド上、コンタクトプリンターを用いて、オリゴヌクレオチドをスポッティングした。
[00292]100μLのブロッキング緩衝液(PBS中のブロッカー・カゼイン、Pierce #37528、1mM TROLOX)をProPlateスライドモジュールのウェルに添加し、そして65℃で15〜30分間インキュベーションした。ブロッキング緩衝液を除去した。
[00294]110μLのアッセイ試料をマイクロアレイに添加して、そして3x1x0.125インチのアルミニウムブロックをProPlateスライドモジュールの最上部に置いた。アセンブリーをアルミホイルで巻いて、そして加湿チャンバー中、混合せずに65℃で16時間インキュベーションした。アルミホイルおよびアルミニウムブロックをアッセイ試料とともに除去し、そしてマイクロアレイを65℃にあらかじめ加熱した200μLの洗浄緩衝液1(50mM Na−リン酸、pH7.5、0.1%TWEEN−20)で1回リンスした。洗浄緩衝液1を除去し、そしてProPlateスライドモジュールを分解した。25mL洗浄緩衝液1(65℃にあらかじめ加熱)を含有するパップ瓶(pap jar)中にマイクロアレイスライドを入れ、そして混合しながら65℃で15分間インキュベーションした。25mL洗浄緩衝液2(50mM Na−リン酸、pH7.5、65℃にあらかじめ加熱)を含有する第二のパップ瓶にマイクロアレイスライドを移し、そして混合しながら65℃で5分間インキュベーションした。25mL洗浄緩衝液2を含有する第三のパップ瓶にマイクロアレイスライドを移し、そして混合しながら65℃で5分間インキュベーションした。洗浄緩衝液2からマイクロアレイスライドを除去し、そして乾燥窒素流中で直ちに乾燥させた。
[00296]マイクロアレイスライドをTECAN LS300 Reloaded蛍光レーザースキャナでスキャンし、そしてソフトウェアパッケージArrayVision(8.0 Rev 3.0、Imaging Research, Inc.)を用いて各特徴上の蛍光シグナルを定量化した。セグメント化および多様なスポット形状とともに、主な手段として密度を用いて、蛍光シグナルを定量化した。さらなるデータ分析のため、xmlエクスポートファイルをデータベース内にインポートした。
[00298]プライマー設計
[00299]プライマーTm最小値=60℃、最適値=65℃、および最大値=70℃、ならびに産物サイズ範囲=50〜100bpを除いて、デフォルトパラメーター設定で、PrimerQuest(Integrated DNA Technologies)を用いて、各アプタマーに関する増幅プライマーを選択した。次いで、内部ヘアピン、ホモ二量体、およびヘテロ二量体3’端相補性に関して、オリゴ濃度=0.2μMを除いて、デフォルトパラメーター設定で、OligoAnalyzer 3.0(Integrated DNA Technologies)を用いて、候補プライマーを分析した。3’端相補性ΔG≦−3.5kcal/molの場合、候補を却下した。
[00301]5μLの中和アッセイ試料(アフィニティアッセイプロトコル(実施例2)の工程5または光架橋アッセイプロトコル(実施例3)の工程6を参照されたい)を、95μL dH2Oで20X希釈した。5μLの希釈アッセイ試料および1X KOD緩衝液(Novagen#)、0.2mM各dATP、dCTP、dGTP、およびdTTP、1X SYBRグリーンI(Invitrogen#)、0.2μM各5’および3’プライマー、および0.025U/μL KOD XL DNAポリメラーゼ(Novagen#)を用いて、20μL増幅反応を調製した。混入物不含試薬を用いて、バイオフード中で試料を調製した。1つのアプタマーの定量化に関して、各反応中、1対のプライマーを用いた。標準曲線を生成するため、既知の量のアプタマーを含む試料もまた調製した。95℃で2分間インキュベーションし、95℃15秒間、その後、72℃60秒間で40回サイクリングすることによって、Bio−Rad iCycler中で試料を増幅した。
[00303]各アプタマーに関して、増幅プロットから、各試料に関して閾値サイクル(Ct)値を決定し、そしてBio−Rad iCyclerとともに供給されるデータ分析ソフトウェアを用いて、各アプタマーに関する標準曲線を生成した。標準曲線を用いて、各アッセイ試料中の各アプタマーのコピー数を決定し、そして希釈係数および試料体積に関して調整した後、アプタマー濃度に変換した。投入タンパク質濃度の関数として、各アッセイ試料中のアプタマー濃度をプロットした。
[00305]13のタンパク質分析物(アンジオゲニン、BLC、C3a、凝固因子V、凝固因子XI、CTACK、エンドスタチン、FGF7、IGFBP−3、プレカリクレイン、PSA−ACT、TIMP−1、およびtPA)に関して、各分析物の10nM濃度から始めて、そして半対数希釈で(3.1623の希釈係数)330fMまで連続希釈して、緩衝液中の10点の希釈シリーズを生成した。4つのタンパク質不含対照を含めて、総数14試料を生じた。Cy3アプタマー混合物は、ターゲットタンパク質が存在しない14の対照アプタマーとともに、希釈シリーズ中に、ターゲットタンパク質に対する13のアプタマーを含有した。光架橋アッセイプロトコル(実施例3)を用いて試料をプロセシングし、そして実施例4に記載するようなマイクロアレイ検出で定量化した。結果を図11に示し、この図は、緩衝液中のターゲットタンパク質アンジオゲニンに関する、濃度に対する相対蛍光単位(RFU)プロットを示す。
[00307]12のタンパク質分析物(アンジオゲニン、C1q、C5b,6複合体、CMP−SAS、EG−VEGF、IP−10、PAI−1、PDGF−BB、プロトロンビン、E−セレクチン、tPA、およびvWF)に関して、各分析物の10nM濃度から始めて、そして半対数希釈で(3.1623の希釈係数)330fMまで連続希釈して、緩衝液中の10点の希釈シリーズを生成した。4つのタンパク質不含対照を含めて、総数14試料を生じた。Cy3アプタマー混合物は、希釈シリーズ中に、ターゲットタンパク質に対する12のアプタマーを含有した。アフィニティアッセイプロトコル(実施例2)を用いて試料をプロセシングし、そしてQPCR(実施例4)によって定量化した。アッセイ試料中のアンジオゲニンアプタマー2175−47の定量化のため、プライマー2175−47−F3(5’−GAGTGTGTGACGAGTGTGGAG−3’)(配列番号___)および2175−47−R3(5’−TCGGTTGTGGTGACGCCCG−3’)(配列番号:___)を用いた。結果を図12に示し、この図は、アンジオゲニンの投入タンパク質濃度に対して検出されたアプタマー濃度の対数プロットを示す。
[00309]アプタマー/プライマー混合物および試験試料の調製
[00310]ビオチンCy3検出標識(各4nM)を、1XSB17T中、3X過剰の捕捉プローブ(ビオチンタグおよび光切断可能要素を含有するアプタマーの3’固定領域に相補的なオリゴヌクレオチド)と混合し、そして95℃で4分間、次いで37℃で13分間加熱し、そして1xSB17T中、1:4に希釈する。55μLのアプタマー/プライマー混合物を、マイクロタイタープレート(Hybaid #AB−0407)に添加し、そしてホイルで密封する。SB17T中で既知の濃度のタンパク質分析物を混合し、そしてSB17Tで連続希釈することによって、マイクロタイタープレート中で試験試料を調製する。
[00312]55μLのアプタマー/プライマー混合物を、55μLの試験試料に添加し、そしてホイルで密封したマイクロタイタープレート中、37℃で15分間インキュベーションする。平衡混合物中の各アプタマーの最終濃度は0.5nMである。別に記載しない限り、平衡化後、この方法のすべての続く工程を室温で実行する。
[00314]DuraPoreろ過プレート(Millipore HVカタログ#MAHVN4550)を真空ろ過によって100μLの1XSB17Tで1回洗浄し、133.3μLの7.5%ストレプトアビジン−アガロース樹脂(Pierce)を各ウェルに添加し、そして200μLの1XSB17Tで2回洗浄する。100μLの平衡化試料を、ストレプトアビジン−アガロース樹脂を含有するDuraporeプレートに移し、そして熱ミキサー(Eppendorf)上、800rpmで5分間インキュベーションする。200μL 1XSB17T+100μMビオチンで1回、そして200μL 1XSB17Tで1回、樹脂を洗浄する。
[00316]使用直前に調製した、SB17T中の100μLの1.2mM NHS−PEO4−ビオチンを、捕捉アプタマーおよびアプタマー:タンパク質複合体とともに樹脂に添加し、そして熱ミキサー上、800rpmで20分間インキュベーションする。真空ろ過によって、200μL 1XSB17Tで樹脂を5回洗浄する。
[00318]DuraPoreプレートの底面から水滴誘導装置(drip director)を除去し、そしてプレートを1mLマイクロタイター収集プレート上に乗せる。1000xgで30秒間遠心分離することによって、200μL 1XSB17Tで1回、樹脂を洗浄する。80μLの1XSB17T+10mM DxSO4を樹脂に添加し、そして熱ミキサー上、800rpmで10分間、BlackRay水銀ランプを照射する。DuraPoreプレートを新しい1mL深底プレートに移し、そして1000xgで30秒間遠心分離して、光切断されたアプタマーおよびタンパク質:アプタマー複合体を収集する。
[00320]50μLのMyOneストレプトアビジンC1常磁性ビーズ(Invitrogen)(1XSB17T中、10mg/mL)をマイクロタイタープレートに添加する。磁石で60秒間ビーズを分離し、そして上清を除去する。225μLの光切断混合物をビーズに添加し、そして5分間混合する。磁気ビーズを分離し、そして洗浄緩衝液を交換することによって、200μL 1XSB17Tで4回、ビーズを洗浄する。最終洗浄緩衝液を除去する。
[00322]100μLのリン酸ナトリウム溶出緩衝液(10mM Na2HPO4、pH11)をビーズに添加し、そして5分間混合する。90μLの溶出物をマイクロタイタープレートに移し、そして10μLのリン酸ナトリウム中和緩衝液(10mM NaH2PO4、pH5)で中和する。
[00324]カスタム顕微鏡スライド支持体上に固定された各アプタマーの可変領域の相補配列で構成されるオリゴヌクレオチドを用いて、DNAアレイを調製する。多数のアレイ(サブアレイ)が各スライド上に存在し、そしてサブアレイは、試料適用のため、ガスケット(Grace)を取り付けることによって、物理的に分離される。アレイを100μLブロッキング緩衝液で前処理し、そして熱ミキサー上、65℃で15分間インキュベーションする。30μLのハイブリダイゼーション緩衝液を、マイクロタイタープレート中、90μLの中和アプタマー溶出物に添加し、熱サイクラー中で95℃で5分間インキュベーションし、そして0.1℃/秒で65℃に冷却する。ブロッキング緩衝液をアレイから除去し、そして110μLのアプタマー試料をアレイに添加し、そして加湿チャンバー中、65℃で20時間インキュベーションする。
[00326]アプタマー試料をアレイから除去し、そしてアレイを200μLのリン酸ナトリウムTween−20洗浄緩衝液で、ガスケットを適所にして65℃で1回洗浄し、そしてガスケットを除去してパップ瓶中、65℃で、25mLリン酸ナトリウム、Tween−20洗浄緩衝液を用いて、3回洗浄する。アレイを窒素銃で乾燥させる。
[00328]アレイスライドをTECAN LS300 Reloaded上、適切なチャネル中で、Cy3検出のためにスキャンし、そして各アレイ特徴上のCy3シグナルを定量化する。
[00330]結果:
[00331]伝統的なSELEX法および材料を用いて、3つの異なるターゲット(bFGF、VEGF、およびミエロペルオキシダーゼ)に特異的なアプタマーを産生した。5位修飾ヌクレオチドを用いて、ターゲットの同じセットに特異的なアプタマーの第二のセットを作製し、そしてそれぞれのターゲットに対する非常に遅い解離速度に関して選択した。伝統的なプロセスで作製されたアプタマーは、5分未満の解離速度と測定された。修飾ヌクレオチドを含んで、そして選択中に、遅い解離速度の濃縮プロセスを用いて作製されたアプタマーは、20分より長い解離速度を有した。2つの異なる方法によって、各ターゲットに関して2セットのアプタマーを作製して、各ターゲットに関して総数4の異なるアプタマー集団を得た。ターゲット濃度のある範囲に渡って、上述のように、これらのアプタマー集団が試験試料中で分析物濃度を測定する能力を評価した。DNAチップ検出からの相対的シグナルを、投入ターゲット濃度に対してプロットした。図13A〜13Cを参照されたい。伝統的なアプタマーの反応曲線は非常に平坦であり、そして検出感度はかなり低い。遅い解離速度のアプタマーとそれぞれのターゲットの検出感度は、非常に優れている。このデータは、分析性能を最大にするため、遅い解離速度のアプタマーを用いる必要性があることを裏付ける。
[00333]実施例7の方法を用いて、1つの血漿試料を68の異なるアリコットに分けた。68試料各々に対して、実施例7のアッセイを実行した。試料のうち34を合わせ、そして再び分けた。残りの34の試料を単純に再試験した。この方式で、アッセイ内およびアッセイ間の一貫性に関して、アッセイの再現性を試験してもよい。試料レイアウトおよび検出スキームを図14に示す。図15は、図14に示すすべての試料の測定値における%CVを示す。プールしていないおよびプールした試料は同じCVを有する。
[00335]a)血漿、血清、または全血とアプタマーの平衡化
[00336]30μlのCy3アプタマー混合物(20nMの各アプタマー)を、SB17T中、30μLの(AB)2−T8−PCプライマー混合物(各プライマーに関して60nM)と合わせて、そして95℃で4分間、そして37℃で13分間インキュベーションする。SB17T中で1:1000に希釈した55μLの複雑な生物学的タンパク質混合物(血漿、血清、または全血)を、55μLのアプタマー/プライマー混合物と合わせ、そして37℃で15分間インキュベーションして、結合平衡を達成する。別に示さない限り、以下の工程すべてを、室温で行う。
[00338]100μLのアプタマー:タンパク質混合物を、500μM NHS−PEO4−ビオチン(Pierce#21329)を含有する10μLのSB17Tと合わせ、そして37℃で20分間インキュベーションする。反応混合物に10μLの200mM TRIS緩衝液(pH7.5)を添加し、そして37℃で10分間インキュベーションすることによって、過剰なNHS試薬を反応停止する。
[00340]100μLのストレプトアビジン樹脂(DynaBeads MyOneストレプトアビジンC1、Invitrogen #650−03、SB17T中、10mg/mL)をDurapore膜に添加して、アプタマー/タンパク質複合体を捕捉する。100μLのアプタマー:タンパク質混合物を樹脂に添加し、15分間混合し、そして真空ろ過して、未結合アプタマーを除去する。真空ろ過によって200μL SB17Tで3回、そして遠心分離によって200μL SB17Tで1回、樹脂を洗浄する。
[00342]樹脂を90μL溶出緩衝液(2mM NaOH、0.1%TWEEN−20)中に再懸濁し、そして5分間混合して、アプタマー/タンパク質複合体からアプタマーを遊離させる。遠心分離によって樹脂を除去し、そして遊離したアプタマーを含有する溶出物を収集する。80μLの溶出物を中和し、そして20μL中和緩衝液(8mM HCl、0.5mM Tris−HCl(pH7.5)、0.1%TWEEN−20)で緩衝する。実施例4に記載するようにアプタマーを検出する。
Claims (25)
- 試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)第一のタグと少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティを有するアプタマーと、試験試料を接触させることによって、混合物を調製し、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティ複合体が形成され;
(b)第一の捕捉要素を含む第一の固体支持体に混合物を曝露し、そして第一のタグが第一の捕捉要素と会合するのを可能にし;
(c)前記の第一の固体支持体と会合していない混合物の構成要素をすべて除去し;
(d)前記の第一の固体支持体からアプタマー・アフィニティ複合体を遊離させ;
(e)アプタマー・アフィニティ複合体中の前記ターゲット分子に第二のタグを付着させ;
(f)遊離したアプタマー・アフィニティ複合体を、第二の捕捉要素を含む第二の固体支持体に曝露し、そして第二のタグが前記の第二の捕捉要素と会合するのを可能にし;
(g)前記アプタマー・アフィニティ複合体から,複合体化されていないアプタマーを分配することによって、複合体化されていないアプタマーを前記混合物からすべて除去し;そして
(h)前記アプタマー・アフィニティ複合体からアプタマーを解離し、次いで前記アプタマー・アフィニティ複合体のアプタマー部分を検出することによって、前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。 - a.第一のタグが第二のタグと同じであり、そして第二のタグが(b)の後および(f)の前の任意の時点でターゲット分子に添加され、そして第二のタグの添加前に第一の捕捉剤をブロッキングする工程を含む、または b.第一のタグが第二のタグと異なり、そして第二のタグが(f)の前の任意の時点でターゲット分子に添加される、
請求項1の方法。 - (a)の後および(d)の前の任意の時点で動力学的負荷を導入する工程をさらに含み、ここで前記動力学的負荷が、アプタマー・アフィニティ複合体を含有する混合物を希釈し、及び/又はアプタマー・アフィニティ複合体を含有する混合物に競合剤を添加し、そして以下のいずれかの時間:
a.約30秒間以上、1分間以上、2分間以上、3分間以上、4分間以上、5分間以上、10分間以上、30分間以上、および60分間以上からなる群より選択される時間;または
b.非特異的複合体の測定レベルに対するアプタマー・アフィニティ複合体の測定レベルの比が増加するような時間;
に渡って、アプタマー・アフィニティ複合体を含有する混合物をインキュベーションする工程を含む、請求項1の方法。 - (a)の後および(d)の前の任意の時点で動力学的負荷を導入する工程をさらに含み、動力学的負荷が、競合剤分子の導入を含み、そして前記競合剤分子が、オリゴヌクレオチド、ヘパリン、ニシン精子DNA、サケ精子DNA、硫酸デキストラン、ポリアニオン、脱塩基ホスホジエステルポリマー、dNTP、およびピロホスフェートからなる群より選択される、請求項3の方法。
- 前記アプタマー・アフィニティ複合体が緩慢な解離速度を有する、請求項1の方法。
- 前記アプタマー・アフィニティ複合体の解離速度(t1/2)が、
a.約30分間以上である;
b.約30分間〜約240分間の間である;またはc.約30分間以上、約60分間以上、約90分間以上、約120分間以上、約150分間以上、約180分間以上、約210分間以上、および約240分間以上からなる群より選択される、
請求項5の方法。 - Q−PCR、MS、およびハイブリダイゼーションからなる群より選択される方法を用いて、前記アプタマーを検出し、そして場合によって定量化する、請求項1の方法。
- TaqMan(登録商標)PCR、PCRプロセス中の挿入蛍光色素、またはPCRプロセス中の分子ビーコンを用いて前記Q−PCRを行う、請求項7の方法。
- アプタマーに検出可能部分を添加する工程をさらに含む、請求項1の方法。
- 前記検出可能部分が、色素、量子ドット、放射標識、電気化学官能基、酵素、および酵素基質からなる群より選択される、請求項9の方法。
- a.前記色素が蛍光色素である、または
b.前記酵素がアルカリホスファターゼまたは西洋ワサビペルオキシダーゼである、
請求項10の方法。 - 前記アプタマーが一本鎖核酸または二本鎖核酸である、請求項1の方法。
- 前記アプタマーがDNA、RNA、またはDNAおよびRNA両方を含む、請求項1の方法。
- 前記の少なくとも1つの修飾ヌクレオチドが、
a.リボース位、デオキシリボース位、リン酸位、および塩基位から独立に選択される1以上の位での化学的置換である、または
b.図(16)に列挙される群より独立に選択される、
請求項1の方法。 - 前記ターゲット分子が、タンパク質、ペプチド、炭水化物、多糖、糖タンパク質、ホルモン、受容体、抗原、抗体、ウイルス、基質、代謝物、遷移状態類似体、補因子、阻害剤、薬剤、色素、栄養物、増殖因子および組織からなる群より選択される、請求項1の方法。
- 前記ターゲット分子がタンパク質またはペプチドである、請求項1の方法。
- 前記試験試料が、
a.生物学的試料、環境試料、化学試料、薬学的試料、食品試料、農業試料、および獣医学的試料からなる群より選択される、
b.全血、白血球、末梢血単核細胞、血漿、血清、痰、息、尿、精液、唾液、髄膜液、羊水、腺液、リンパ液、乳頭吸引液、気管支吸引液、滑液、関節吸引液、細胞、細胞抽出物、糞便、組織、組織抽出物、組織生検、および脳脊髄液からなる群より選択される生物学的試料である、または
c.血漿または血清である、
請求項1の方法。 - a.前記の第一のタグおよび前記の第二のタグが各々、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、ビオチン、アビジン、ストレプアビジン(strepavidin)、Extravidin、ニュートラアビジン、金属、ヒスチジン、および任意のこれらの構造の任意の部分からなる群より独立に選択される、少なくとも1つの構成要素を含む、 b.前記の第一の捕捉要素および前記の第二の捕捉要素が各々、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、ビオチン、アビジン、ストレプアビジン、Extravidin、ニュートラアビジン、金属、ヒスチジン、および任意のこれらの構造の任意の部分から独立に選択される、少なくとも1つの構成要素を含む、
c.前記の第一の固体支持体および第二の固体支持体が各々、ポリマービーズ、アガロースビーズ、ポリスチレンビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、制御孔ビーズ、マイクロタイターウェル、シクロオレフィン・コポリマー支持体、膜、プラスチック支持体、ナイロン、ラングミュア−ボジェット(Langmuir−Blodgett)膜、ガラス、ゲルマニウム支持体、シリコン支持体、シリコンウェハーチップ、フロースルーチップ、マイクロビーズ、ポリテトラフルオロエチレン支持体、ポリスチレン支持体、ガリウムヒ素支持体、金支持体、および銀支持体からなる群より独立に選択される、
請求項1の方法。 - 前記アプタマーを定量化することによって、前記ターゲットを定量化する工程をさらに含む、請求項1の方法。
- アプタマーの検出が、第三の固体支持体にアプタマーをハイブリダイズさせる工程を含み、ここで第三の固体支持体が、複数のアドレス可能特徴を含み、そして前記特徴の少なくとも1つが、アプタマー内に含有される任意の配列に相補的である、該特徴上に配置された捕捉要素を少なくとも含む、請求項1の方法。
- 試料中のターゲット分子の存在を検出するかまたは該分子の量を決定する方法であって:
(i)ターゲット分子に複数のアプタマーを提供し、ここでアプタマーは切断可能捕捉タグと少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含み;
(ii)ターゲット分子を含有する試料と、アプタマーを接触させて、アプタマー−ターゲット分子複合体を含有する混合物を形成し;
(iii)支持体表面に付着したプローブを有する固体支持体を提供し、ここでプローブは切断可能捕捉タグに結合可能であり;
(iv)アプタマー−ターゲット分子複合体が、切断可能捕捉タグおよびプローブの結合を通じて支持体に結合されるように、固体支持体と混合物を接触させ;
(v)固体支持体に結合したアプタマー−ターゲット分子複合体を、混合物の残りから分配し;
(vi)アプタマー−ターゲット分子複合体のターゲット分子構成要素に、第二の捕捉タグを導入し;
(vii)切断可能捕捉タグを切断することによって、固体支持体表面からアプタマー−ターゲット分子複合体を解離させ;
(viii)支持体表面に付着したプローブを有する固体支持体を提供し、ここでプローブはターゲット分子上の第二の捕捉タグに結合可能であり;
(ix)アプタマー−ターゲット分子複合体が、第二の捕捉タグおよびプローブの結合を通じて支持体に結合されるように、(viii)由来の固体支持体と、解離したアプタマー−ターゲット分子を接触させ;
(x)アプタマー−ターゲット分子複合体を解離させて、未結合(free)アプタマーおよび支持体に結合したターゲット分子を生じ;
(xi)未結合アプタマーを検出する
工程を含む、前記方法。 - 固体支持体表面からのアプタマー−ターゲット分子複合体解離後(vii)、解離したアプタマー−ターゲット分子複合体を、
a.過剰な競合剤分子と接触させる、及び/又は
b.希釈する、
請求項21の方法。 - 検出される未結合アプタマーの量を測定する工程をさらに含む、請求項21または22の方法。
- a)関心対象の1以上のターゲットに特異的な少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む1以上のアプタマーであって、ここで1以上のアプタマーは第一のタグを含む;および
b)1以上の固体支持体;および
c)アフィニティ複合体からのアプタマーの遊離のための1以上の試薬であって、ここで1以上の試薬は高塩緩衝液、酸および塩基からなる群から選択される
を含む、キット。 - a.関心対象の1以上のターゲットを誘導体化するための試薬、
b.前記の1以上のアプタマーにおいて、切断可能部分を切断する試薬、
c.動力学的負荷において使用するための試薬であって、ここで試薬は競合剤分子を含み、そして前記競合剤分子が、オリゴヌクレオチド、ヘパリン、ニシン精子DNA、サケ精子DNA、硫酸デキストラン、ポリアニオン、脱塩基ホスホジエステルポリマー、dNTP、およびピロホスフェートからなる群より選択される
のいずれかをさらに含む、請求項24のキット。
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Cited By (1)
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US20070166741A1 (en) | 1998-12-14 | 2007-07-19 | Somalogic, Incorporated | Multiplexed analyses of test samples |
US7947447B2 (en) | 2007-01-16 | 2011-05-24 | Somalogic, Inc. | Method for generating aptamers with improved off-rates |
US8975026B2 (en) | 2007-01-16 | 2015-03-10 | Somalogic, Inc. | Method for generating aptamers with improved off-rates |
US7964356B2 (en) * | 2007-01-16 | 2011-06-21 | Somalogic, Inc. | Method for generating aptamers with improved off-rates |
US8409795B2 (en) | 2007-07-17 | 2013-04-02 | Somalogic, Inc. | Selex and photoSELEX |
US8404830B2 (en) * | 2007-07-17 | 2013-03-26 | Somalogic, Inc. | Method for generating aptamers with improved off-rates |
US8314052B2 (en) * | 2009-03-23 | 2012-11-20 | Base Pair Biotechnologies, Inc. | Methods for simultaneous generation of functional ligands |
US9447461B2 (en) | 2009-03-24 | 2016-09-20 | California Institute Of Technology | Analysis devices, kits, and related methods for digital quantification of nucleic acids and other analytes |
US9464319B2 (en) | 2009-03-24 | 2016-10-11 | California Institute Of Technology | Multivolume devices, kits and related methods for quantification of nucleic acids and other analytes |
EP2412020B1 (en) | 2009-03-24 | 2020-09-30 | University Of Chicago | Slip chip device and methods |
US10196700B2 (en) | 2009-03-24 | 2019-02-05 | University Of Chicago | Multivolume devices, kits and related methods for quantification and detection of nucleic acids and other analytes |
US8569252B2 (en) * | 2009-04-15 | 2013-10-29 | Postech Academy-Industry Foundation | Nucleolin specific aptamer and use thereof |
AU2013203588C1 (en) * | 2009-07-09 | 2016-06-30 | Somalogic Operating Co., Inc. | Method for generating aptamers with improved off-rates |
JP5967687B2 (ja) * | 2009-07-17 | 2016-08-10 | Necソリューションイノベータ株式会社 | スフィンゴシルホスホリルコリンに結合するアプタマー分子 |
US8236570B2 (en) | 2009-11-03 | 2012-08-07 | Infoscitex | Methods for identifying nucleic acid ligands |
US8841429B2 (en) * | 2009-11-03 | 2014-09-23 | Vivonics, Inc. | Nucleic acid ligands against infectious prions |
US9453845B2 (en) | 2010-02-01 | 2016-09-27 | Cell Signaling Technology, Inc. | Mass spectroscopy analysis of mutant polypeptides in biological samples |
US9080171B2 (en) * | 2010-03-24 | 2015-07-14 | RXi Parmaceuticals Corporation | Reduced size self-delivering RNAi compounds |
AU2013202528B2 (en) * | 2010-04-12 | 2015-07-30 | Somalogic Operating Co., Inc. | 5-position modified pyrimidines and their use |
SG184497A1 (en) | 2010-04-12 | 2012-11-29 | Somalogic Inc | 5-position modified pyrimidines and their use |
BR112012032537B8 (pt) * | 2010-07-09 | 2022-10-18 | Somalogic Inc | Métodos para diagnosticar se um indivíduo tem ou não câncer de pulmão de não pequenas células, ou para fornecer informações sobre câncer de pulmão de não pequenas células em um indivíduo |
EP2622104A4 (en) | 2010-09-27 | 2015-04-15 | Somalogic Inc | BIOMARKERS FOR MESOTHELIOMES AND USES THEREOF |
CN103492569B (zh) * | 2010-11-05 | 2020-04-07 | 米拉根医疗公司 | 碱基经修饰的寡核苷酸 |
KR101307616B1 (ko) * | 2011-02-08 | 2013-09-12 | 경희대학교 산학협력단 | Pna 앱타머를 이용하여 금속을 분리하는 방법 |
WO2013099762A1 (ja) | 2011-12-28 | 2013-07-04 | シスメックス株式会社 | 副腎皮質刺激ホルモンと結合する分子およびその利用 |
MX355567B (es) | 2011-12-30 | 2018-04-23 | Quest Diagnostics Invest Inc | Aptameros y metodos de diagnostico para detectar el receptor de egf. |
WO2013149086A1 (en) | 2012-03-28 | 2013-10-03 | Somalogic, Inc. | Aptamers to pdgf and vegf and their use in treating pdgf and vegf mediated conditions |
CN104508492B (zh) * | 2012-05-25 | 2018-07-27 | 北卡罗来纳-查佩尔山大学 | 微流体装置、用于试剂的固体支持体和相关方法 |
SG11201407505XA (en) * | 2012-06-07 | 2014-12-30 | Somalogic Inc | Aptamer-based multiplexed assays |
CN102719430B (zh) * | 2012-06-13 | 2013-06-12 | 湖南大学 | 一种检测组氨酸标签重组蛋白的核酸适配体分子信标探针及其检测方法 |
KR101556339B1 (ko) | 2012-07-02 | 2015-10-13 | 국립대학법인 울산과학기술대학교 산학협력단 | 페리오스틴에 대한 압타머 및 이를 포함하는 항암제 조성물 |
EP2690441A1 (en) * | 2012-07-26 | 2014-01-29 | Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn | Method of determining a protein in a sample |
CN102912020B (zh) * | 2012-10-20 | 2014-02-19 | 江南大学 | 一种测定赭曲霉毒素a的适配体传感器的构建方法 |
BR112015009138A2 (pt) | 2012-10-23 | 2020-10-20 | Caris Life Sciences Switzerland Holdings, S.A.R.L. | métodos para caracterizar um câncer |
US10942184B2 (en) | 2012-10-23 | 2021-03-09 | Caris Science, Inc. | Aptamers and uses thereof |
WO2014074682A1 (en) | 2012-11-07 | 2014-05-15 | Somalogic, Inc. | Chronic obstructive pulmonary disease (copd) biomarkers and uses thereof |
WO2014100434A1 (en) | 2012-12-19 | 2014-06-26 | Caris Science, Inc. | Compositions and methods for aptamer screening |
CN112961860A (zh) | 2013-03-14 | 2021-06-15 | 私募蛋白质体公司 | 结合il-6的适体及其在治疗或诊断il-6介导的疾患中的用途 |
WO2014144744A1 (en) | 2013-03-15 | 2014-09-18 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Aptamer methods and compositions |
US9612248B2 (en) | 2013-03-15 | 2017-04-04 | Somalogic, Inc. | Nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) and nonalcoholic steatohepatitis (NASH) biomarkers and uses thereof |
JP6034261B2 (ja) * | 2013-08-02 | 2016-11-30 | 日本電信電話株式会社 | 生体分子検出用チップの製造方法 |
EP3693472A1 (en) | 2013-09-09 | 2020-08-12 | Somalogic, Inc. | Pdgf and vegf aptamers having improved stability and their use in treating pdgf and vegf mediated diseases and disorders |
BR112016005957A2 (pt) | 2013-09-24 | 2017-09-26 | Somalogic Inc | detecção de alvo multiaptâmero |
ES2714324T3 (es) * | 2013-10-02 | 2019-05-28 | Fabian Tolle | Un método para identificar o producir un aptámero |
KR102290214B1 (ko) | 2013-11-21 | 2021-08-18 | 소마로직, 인크. | 시티딘-5-카르복스아미드 변형된 뉴클레오티드 조성물 및 그와 관련된 방법들 |
EP3108045B1 (en) | 2014-02-18 | 2018-10-31 | Somalogic, Inc. | Compositions and methods for detecting microorganisms |
WO2015164617A1 (en) | 2014-04-24 | 2015-10-29 | Somalogic, Inc. | Tuberculosis biomarkers in urine and uses thereof |
WO2015164616A1 (en) | 2014-04-24 | 2015-10-29 | Somalogic, Inc. | Biomarkers for detection of tuberculosis |
WO2016000216A1 (zh) * | 2014-07-01 | 2016-01-07 | 深圳迈瑞生物医疗电子股份有限公司 | 一种全血样本检测方法及血液检测仪 |
JP2017530356A (ja) | 2014-09-26 | 2017-10-12 | ソマロジック, インコーポレイテッドSomaLogic, Inc. | 心血管系のリスクイベントの予測及びその使用 |
KR101849557B1 (ko) * | 2014-09-29 | 2018-04-17 | 동국대학교 산학협력단 | 신규 세포 타겟 압타머 제조방법 |
ES2768723T3 (es) * | 2014-10-02 | 2020-06-23 | Univ Bonn Rheinische Friedrich Wilhelms | Un método para identificar o producir un aptámero |
RU2708170C2 (ru) | 2014-11-24 | 2019-12-04 | Сомалоджик, Инк. | Соединения нуклеиновой кислоты для связывания ростового фактора дифференцировки 11 |
CN104360077A (zh) * | 2014-11-25 | 2015-02-18 | 重庆市科学技术研究院 | 一种用于检测多西环素残留的适配体核酸探针试剂盒、制备方法及其应用 |
WO2016123058A1 (en) | 2015-01-27 | 2016-08-04 | Somalogic, Inc. | Biomarkers for detection of tuberculosis risk |
US10370669B2 (en) | 2015-02-09 | 2019-08-06 | Somalogic, Inc. | Nucleic acid compounds for binding growth differentiation factor 8 |
WO2016145362A2 (en) | 2015-03-12 | 2016-09-15 | The Regents Of The University Of Michigan | Inhibitors of dek protein and related methods |
WO2016182967A1 (en) | 2015-05-08 | 2016-11-17 | Somalogic, Inc. | Biomarkers for detection of tuberculosis risk |
US20180259533A1 (en) | 2015-09-09 | 2018-09-13 | Somalogic, Inc. | Methods for developing personalized drug treatment plans and targeted drug development based on proteomic profiles |
CN108473574A (zh) * | 2015-10-20 | 2018-08-31 | 索伦托治疗有限公司 | 细胞内递送化合物 |
CN116008563A (zh) | 2016-02-08 | 2023-04-25 | 私募蛋白质体操作有限公司 | 非酒精性脂肪肝疾病(nafld)和非酒精性脂肪性肝炎(nash)生物标记及其用途 |
GB201603789D0 (en) | 2016-03-04 | 2016-04-20 | Apta Biosciences Ltd | Oligonucleotides and methods for preparing |
JP7203613B2 (ja) | 2016-07-01 | 2023-01-13 | ソマロジック オペレーティング カンパニー インコーポレイテッド | 修飾ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチド |
CN106248767B (zh) * | 2016-07-15 | 2018-12-07 | 济南大学 | 一种用于检测癌细胞中h2s的三维纸分析器件的制备方法 |
CN107663220B (zh) * | 2016-07-27 | 2020-10-02 | 上海伯豪医学检验所有限公司 | 修饰碱基、包含修饰碱基的核酸、适配体及其应用 |
EP3502232A4 (en) * | 2016-08-22 | 2020-04-01 | Nissan Chemical Corporation | CELL SCAFFOLDING MATERIAL WITH E-CADHERIN-BINDING NUCLEIC ACID APTAMER |
EP3548621B1 (en) * | 2016-12-01 | 2022-02-23 | Aptitude Medical Systems, Inc. | Methods and systems for identifying candidate nucleic acid agent |
KR101993427B1 (ko) * | 2017-04-26 | 2019-10-01 | 주식회사 압타머사이언스 | 백혈구에 선택적으로 결합하는 압타머 및 이의 용도 |
US11072816B2 (en) | 2017-05-03 | 2021-07-27 | The Broad Institute, Inc. | Single-cell proteomic assay using aptamers |
WO2019113506A1 (en) | 2017-12-07 | 2019-06-13 | The Broad Institute, Inc. | Methods and compositions for multiplexing single cell and single nuclei sequencing |
US10481155B2 (en) * | 2018-03-09 | 2019-11-19 | Somalogic, Inc. | Proteomic assay using quantum sensors |
US11841371B2 (en) | 2018-03-13 | 2023-12-12 | The Broad Institute, Inc. | Proteomics and spatial patterning using antenna networks |
US11231420B2 (en) | 2018-04-09 | 2022-01-25 | Aptalogic, Inc. | Selection and optimization of aptamers to recognize ebola markers |
US20210140977A1 (en) | 2018-04-16 | 2021-05-13 | University Of Cape Town | A three-protein proteomic biomarker for prospective determination of risk for development of active tuberculosis |
US11957695B2 (en) | 2018-04-26 | 2024-04-16 | The Broad Institute, Inc. | Methods and compositions targeting glucocorticoid signaling for modulating immune responses |
AT521238B1 (de) | 2018-05-09 | 2020-02-15 | Lifetaq Analytics Gmbh | In-situ zellanalyse im zellkultursystem |
AU2019290130A1 (en) * | 2018-06-22 | 2021-01-28 | Somalogic Operating Co., Inc. | Improved proteomic multiplex assays |
WO2020037250A2 (en) * | 2018-08-17 | 2020-02-20 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Stem-loop receptor-based field-effect transistor sensor devices target detection for small-molecule under physiological salt concentrations |
JP7245907B2 (ja) * | 2018-09-25 | 2023-03-24 | シーメンス・ヘルスケア・ダイアグノスティックス・インコーポレイテッド | 共役分子トラップを使用して、アッセイからビオチン干渉を取り除く方法および組成物 |
WO2020077236A1 (en) | 2018-10-12 | 2020-04-16 | The Broad Institute, Inc. | Method for extracting nuclei or whole cells from formalin-fixed paraffin-embedded tissues |
US20210317456A1 (en) | 2018-10-15 | 2021-10-14 | Somalogic, Inc. | Nucleic Acid Compounds for Binding Immunoglobulin G |
WO2020117914A1 (en) | 2018-12-04 | 2020-06-11 | Roche Sequencing Solutions, Inc. | Spatially oriented quantum barcoding of cellular targets |
US11739156B2 (en) | 2019-01-06 | 2023-08-29 | The Broad Institute, Inc. Massachusetts Institute of Technology | Methods and compositions for overcoming immunosuppression |
EP3942023A1 (en) | 2019-03-18 | 2022-01-26 | The Broad Institute, Inc. | Compositions and methods for modulating metabolic regulators of t cell pathogenicity |
WO2020236544A1 (en) * | 2019-05-17 | 2020-11-26 | Somalogic, Inc. | Controlling intersample analyte variability in complex biological matrices |
WO2020243661A1 (en) | 2019-05-31 | 2020-12-03 | The Broad Institute, Inc. | Methods for treating metabolic disorders by targeting adcy5 |
US11198908B2 (en) | 2019-06-17 | 2021-12-14 | Biorchestra Co., Ltd. | Method for diagnosis of Alzheimer's disease using microRNA |
KR102113078B1 (ko) * | 2019-07-05 | 2020-05-20 | 광주과학기술원 | 압타머의 선별 방법 |
US20220282333A1 (en) | 2019-08-13 | 2022-09-08 | The General Hospital Corporation | Methods for predicting outcomes of checkpoint inhibition and treatment thereof |
CN110396536A (zh) * | 2019-08-14 | 2019-11-01 | 东南大学 | 一种基于分支滚环扩增的外泌体荧光检测传感器 |
MX2022002314A (es) | 2019-09-03 | 2022-06-02 | Somalogic Operating Co Inc | Prediccion del riesgo de eventos cardiovasculares y sus usos. |
CN110618265B (zh) * | 2019-09-12 | 2023-04-18 | 广东省药品检验所(广东省药品质量研究所、广东省口岸药品检验所) | 一种沙丁胺醇的可视化检测方法 |
US11981922B2 (en) | 2019-10-03 | 2024-05-14 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Methods and compositions for the modulation of cell interactions and signaling in the tumor microenvironment |
US11793787B2 (en) | 2019-10-07 | 2023-10-24 | The Broad Institute, Inc. | Methods and compositions for enhancing anti-tumor immunity by targeting steroidogenesis |
JP2022552192A (ja) | 2019-10-16 | 2022-12-15 | ソマロジック オペレーティング カンパニー インコーポレイテッド | レチノイン酸誘導遺伝子iタンパク質に結合する核酸化合物 |
WO2021112559A1 (ko) * | 2019-12-03 | 2021-06-10 | 김성천 | 시료의 표적분자 집단에 대한 프로파일을 얻는 방법 |
WO2021142200A1 (en) | 2020-01-10 | 2021-07-15 | Somalogic, Inc. | Methods of determining impaired glucose tolerance |
KR20220140727A (ko) | 2020-02-10 | 2022-10-18 | 소마로직 오퍼레이팅 컴퍼니, 인코포레이티드 | 비알코올성 지방간염 (nash) 바이오마커 및 이의 용도 |
CN111304202B (zh) * | 2020-02-26 | 2023-03-28 | 西安交通大学 | 一种用于识别且增强hmgb1生物学活性的核酸适配子及其应用 |
CN113624724A (zh) * | 2020-05-07 | 2021-11-09 | 廖世奇 | 一种适配体分子信标对靶分子的多元检测分析方法 |
WO2021233303A1 (en) * | 2020-05-18 | 2021-11-25 | Shanghai Polaris Biology Co., Ltd. | Microbeads and uses thereof |
CN111735869A (zh) * | 2020-05-29 | 2020-10-02 | 中山大学 | 一种蛋白质的检测试剂及检测方法 |
IL302138A (en) | 2020-10-20 | 2023-06-01 | Somalogic Operating Co Inc | Risk prediction for cardiovascular events |
MX2023012081A (es) | 2021-04-13 | 2023-10-25 | Somalogic Operating Co Inc | Nucleosidos modificados. |
CA3214181A1 (en) | 2021-04-14 | 2022-10-20 | Amy D. GELINAS | Nucleic acid compounds that bind coronavirus proteins |
WO2022235957A2 (en) * | 2021-05-06 | 2022-11-10 | Systems Oncology, Llc | Multitargeting rna immunotherapy compositions |
CA3221353A1 (en) | 2021-06-15 | 2022-12-22 | Laura SAMPSON | Renal insufficiency prediction and uses thereof |
CA3233138A1 (en) | 2021-10-07 | 2023-04-13 | Leigh Alexander | Lung cancer prediction and uses thereof |
CN114058613B (zh) * | 2021-11-18 | 2023-10-27 | 广州血液中心(中国医学科学院输血研究所广州分所、广州器官移植配型中心) | 一种大体积、高灵敏度核酸提取方法 |
CN114295594B (zh) * | 2021-12-06 | 2023-09-19 | 贵州理工学院 | 一种基于分子信标筛选三螺旋DNA嵌入剂的“turn on”型荧光传感器 |
AU2023210219A1 (en) | 2022-01-21 | 2024-06-13 | Somalogic Operating Co., Inc. | Methods for sample quality assessment |
WO2023183873A1 (en) | 2022-03-24 | 2023-09-28 | Mensura Health Inc. | Aptamers and uses thereof |
WO2023211771A1 (en) | 2022-04-24 | 2023-11-02 | Somalogic Operating Co., Inc. | Methods for sample quality assessment |
WO2023211769A1 (en) | 2022-04-24 | 2023-11-02 | Somalogic Operating Co., Inc. | Methods for sample quality assessment |
WO2023211770A1 (en) | 2022-04-24 | 2023-11-02 | Somalogic Operating Co., Inc. | Methods for sample quality assessment |
WO2023211773A1 (en) | 2022-04-24 | 2023-11-02 | Somalogic Operating Co., Inc. | Methods for sample quality assessment |
WO2024015485A1 (en) | 2022-07-14 | 2024-01-18 | Somalogic Operating Co., Inc. | Methods of assessing dementia risk |
WO2024015486A1 (en) | 2022-07-14 | 2024-01-18 | Somalogic Operating Co., Inc. | Methods for sample quality assessment |
WO2024064322A2 (en) | 2022-09-23 | 2024-03-28 | Somalogic Operating Co., Inc. | Methods of assessing tobacco use status |
Family Cites Families (98)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4683195A (en) * | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
DE3587814T2 (de) | 1985-03-30 | 1994-11-10 | Marc Ballivet | Verfahren zum erhalten von dns, rns, peptiden, polypeptiden oder proteinen durch dns-rekombinant-verfahren. |
US4753983A (en) * | 1986-05-07 | 1988-06-28 | Bioprobe International, Inc. | Polymeric matrix for affinity chromatography and immobilization of ligands |
WO1989006694A1 (en) | 1988-01-15 | 1989-07-27 | Trustees Of The University Of Pennsylvania | Process for selection of proteinaceous substances which mimic growth-inducing molecules |
US5035996A (en) * | 1989-06-01 | 1991-07-30 | Life Technologies, Inc. | Process for controlling contamination of nucleic acid amplification reactions |
US5789163A (en) | 1990-06-11 | 1998-08-04 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Enzyme linked oligonucleotide assays (ELONAS) |
US20040132067A1 (en) * | 1990-06-11 | 2004-07-08 | Somalogic, Inc. | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: photoselection of nucleic acid ligands and solution selex |
US6168778B1 (en) | 1990-06-11 | 2001-01-02 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Vascular endothelial growth factor (VEGF) Nucleic Acid Ligand Complexes |
US6346611B1 (en) * | 1990-06-11 | 2002-02-12 | Gilead Sciences, Inc. | High affinity TGfβ nucleic acid ligands and inhibitors |
US5853984A (en) | 1990-06-11 | 1998-12-29 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Use of nucleic acid ligands in flow cytometry |
US5567588A (en) | 1990-06-11 | 1996-10-22 | University Research Corporation | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: Solution SELEX |
US5496938A (en) | 1990-06-11 | 1996-03-05 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid ligands to HIV-RT and HIV-1 rev |
US5874218A (en) * | 1990-06-11 | 1999-02-23 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Method for detecting a target compound in a substance using a nucleic acid ligand |
US6030776A (en) * | 1990-06-11 | 2000-02-29 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Parallel SELEX |
US6001577A (en) | 1998-06-08 | 1999-12-14 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: photoselection of nucleic acid ligands and solution selex |
US5861254A (en) * | 1997-01-31 | 1999-01-19 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Flow cell SELEX |
US6083696A (en) * | 1990-06-11 | 2000-07-04 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Systematic evolution of ligands exponential enrichment: blended selex |
US5874557A (en) | 1990-06-11 | 1999-02-23 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid ligand inhibitors to DNA polymerases |
US5580737A (en) | 1990-06-11 | 1996-12-03 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | High-affinity nucleic acid ligands that discriminate between theophylline and caffeine |
US5707796A (en) | 1990-06-11 | 1998-01-13 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Method for selecting nucleic acids on the basis of structure |
US5705337A (en) | 1990-06-11 | 1998-01-06 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: chemi-SELEX |
ES2259800T3 (es) | 1990-06-11 | 2006-10-16 | Gilead Sciences, Inc. | Procedimientos de uso de ligandos de acido nucleico. |
US5472841A (en) * | 1990-06-11 | 1995-12-05 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Methods for identifying nucleic acid ligands of human neutrophil elastase |
US6232071B1 (en) * | 1990-06-11 | 2001-05-15 | Gilead Sciences, Inc. | Tenascin-C nucleic acid ligands |
US6716580B2 (en) * | 1990-06-11 | 2004-04-06 | Somalogic, Inc. | Method for the automated generation of nucleic acid ligands |
US5962219A (en) * | 1990-06-11 | 1999-10-05 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: chemi-selex |
US5270163A (en) | 1990-06-11 | 1993-12-14 | University Research Corporation | Methods for identifying nucleic acid ligands |
US5459015A (en) * | 1990-06-11 | 1995-10-17 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | High-affinity RNA ligands of basic fibroblast growth factor |
US5693502A (en) | 1990-06-11 | 1997-12-02 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid ligand inhibitors to DNA polymerases |
US5660985A (en) | 1990-06-11 | 1997-08-26 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | High affinity nucleic acid ligands containing modified nucleotides |
US5763173A (en) | 1990-06-11 | 1998-06-09 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid ligand inhibitors to DNA polymerases |
US5763177A (en) | 1990-06-11 | 1998-06-09 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: photoselection of nucleic acid ligands and solution selex |
US5210015A (en) | 1990-08-06 | 1993-05-11 | Hoffman-La Roche Inc. | Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase |
SE501013C2 (sv) | 1990-10-01 | 1994-10-17 | Pharmacia Biosensor Ab | Förfarande för förbättring av analys med bindning till fast fas |
IE920562A1 (en) | 1991-02-21 | 1992-08-26 | Gilead Sciences | Aptamer specific for biomolecules and method of making |
WO1993005182A1 (en) | 1991-09-05 | 1993-03-18 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Determination of oligonucleotides for therapeutics, diagnostics and research reagents |
AU3222793A (en) * | 1991-11-26 | 1993-06-28 | Gilead Sciences, Inc. | Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified pyrimidines |
US5312730A (en) * | 1992-05-27 | 1994-05-17 | Ciba Corning Diagnostics Corp. | Immune complex transfer with lypophilic bridge |
US5756291A (en) * | 1992-08-21 | 1998-05-26 | Gilead Sciences, Inc. | Aptamers specific for biomolecules and methods of making |
US5985548A (en) * | 1993-02-04 | 1999-11-16 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Amplification of assay reporters by nucleic acid replication |
US5719273A (en) | 1993-06-14 | 1998-02-17 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Palladium catalyzed nucleoside modifications methods using nucleophiles and carbon monoxide |
US5428149A (en) | 1993-06-14 | 1995-06-27 | Washington State University Research Foundation | Method for palladium catalyzed carbon-carbon coulping and products |
US5580972A (en) | 1993-06-14 | 1996-12-03 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Purine nucleoside modifications by palladium catalyzed methods |
AU692469B2 (en) | 1993-09-08 | 1998-06-11 | Gilead Sciences, Inc. | Nucleic acid ligands and improved methods for producing the same |
US5998142A (en) * | 1993-09-08 | 1999-12-07 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: chemi-SELEX |
US6458539B1 (en) | 1993-09-17 | 2002-10-01 | Somalogic, Inc. | Photoselection of nucleic acid ligands |
AU692185B2 (en) | 1993-09-17 | 1998-06-04 | Somalogic, Inc. | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: photoselection of nucleic acid ligands and solution selex |
US5925517A (en) | 1993-11-12 | 1999-07-20 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits |
US5610287A (en) * | 1993-12-06 | 1997-03-11 | Molecular Tool, Inc. | Method for immobilizing nucleic acid molecules |
JP4899014B2 (ja) * | 1995-06-02 | 2012-03-21 | イーシー・テクノロジー・エルエルシー | 求核試薬および一酸化炭素を用いるパラジウム触媒ヌクレオシド修飾方法 |
US6183967B1 (en) | 1995-06-07 | 2001-02-06 | Nexstar Pharmaceuticals | Nucleic acid ligand inhibitors to DNA polymerases |
DK2080813T3 (da) | 1995-06-07 | 2011-03-28 | Gilead Sciences Inc | Nukleinsyreligander, som binder til og inhiberer DNA-polymeraser |
US5737498A (en) | 1995-07-11 | 1998-04-07 | Beckman Instruments, Inc. | Process automation method and apparatus |
JPH11513887A (ja) * | 1995-10-27 | 1999-11-30 | ランバーグ,エリオット,アール. | 特定のヌクレオチド配列の検出方法および組成物 |
US5727498A (en) * | 1996-02-13 | 1998-03-17 | The United States Of America As Represented By The Administrator Of The National Aeronautics And Space Administration | Retractable visual indicator assembly |
US5945527A (en) | 1996-05-30 | 1999-08-31 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Palladium catalyzed nucleoside modification methods using nucleophiles and carbon monoxide |
US5866336A (en) * | 1996-07-16 | 1999-02-02 | Oncor, Inc. | Nucleic acid amplification oligonucleotides with molecular energy transfer labels and methods based thereon |
US6426335B1 (en) | 1997-10-17 | 2002-07-30 | Gilead Sciences, Inc. | Vascular endothelial growth factor (VEGF) nucleic acid ligand complexes |
US6051698A (en) | 1997-06-06 | 2000-04-18 | Janjic; Nebojsa | Vascular endothelial growth factor (VEGF) nucleic acid ligand complexes |
US6235471B1 (en) * | 1997-04-04 | 2001-05-22 | Caliper Technologies Corp. | Closed-loop biochemical analyzers |
AU1252099A (en) | 1997-11-26 | 1999-06-15 | Medical Research Council | Improved selex procedure and an anti-cd4 aptamer |
EP1049803A4 (en) | 1997-12-15 | 2002-08-21 | Nexstar Pharmaceuticals Inc | HOMOGENEOUS DETECTION OF TARGET MOLECULES BY LIGAND NUCLEIC ACID AND LIGAND BEACON INTERACTION |
US5989823A (en) | 1998-09-18 | 1999-11-23 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Homogeneous detection of a target through nucleic acid ligand-ligand beacon interaction |
US6242246B1 (en) | 1997-12-15 | 2001-06-05 | Somalogic, Inc. | Nucleic acid ligand diagnostic Biochip |
US20070166741A1 (en) * | 1998-12-14 | 2007-07-19 | Somalogic, Incorporated | Multiplexed analyses of test samples |
US6175001B1 (en) * | 1998-10-16 | 2001-01-16 | The Scripps Research Institute | Functionalized pyrimidine nucleosides and nucleotides and DNA's incorporating same |
US20030054360A1 (en) * | 1999-01-19 | 2003-03-20 | Larry Gold | Method and apparatus for the automated generation of nucleic acid ligands |
US6329145B1 (en) | 1999-02-09 | 2001-12-11 | Gilead Science, Inc. | Determining non-nucleic acid molecule binding to target by competition with nucleic acid ligand |
US6376190B1 (en) | 2000-09-22 | 2002-04-23 | Somalogic, Inc. | Modified SELEX processes without purified protein |
CA2425605A1 (en) * | 2000-10-16 | 2002-04-25 | Gilead Sciences, Inc. | Nucleic acid ligands to the prostate specific membrane antigen |
WO2002044726A1 (fr) * | 2000-12-01 | 2002-06-06 | International Reagents Corporation | Procede de mesure ultrarapide et ultrasensible |
WO2003014369A1 (en) | 2001-08-09 | 2003-02-20 | Somalogic, Inc. | Nucleic acid ligands with intramolecular duplexes |
JP2005517456A (ja) * | 2002-02-15 | 2005-06-16 | ソマロジック・インコーポレーテッド | 核酸リガンドによる標的結合を検出する方法および試薬 |
US20030219801A1 (en) * | 2002-03-06 | 2003-11-27 | Affymetrix, Inc. | Aptamer base technique for ligand identification |
EP1489171B1 (en) * | 2002-03-19 | 2012-10-31 | Fujitsu Limited | Functional molecule and process for producing the same |
US20030228603A1 (en) * | 2002-04-05 | 2003-12-11 | Cload Sharon T. | Compositions selective for caffeine or aspartame and methods of using same |
US7767803B2 (en) * | 2002-06-18 | 2010-08-03 | Archemix Corp. | Stabilized aptamers to PSMA and their use as prostate cancer therapeutics |
DE10241938A1 (de) * | 2002-09-10 | 2004-03-25 | Noxxon Pharma Ag | Verfahren zur Selektion von Nukleinsäureliganden |
CA2407825A1 (en) * | 2002-10-11 | 2004-04-11 | Andrew J. Simmonds | Trap-tagging: a novel method for the identification and purification of rna-protein complexes |
JP2004307464A (ja) * | 2002-10-23 | 2004-11-04 | Sankyo Co Ltd | 糖部s型配座の新規人工核酸 |
GB0226374D0 (en) * | 2002-11-12 | 2002-12-18 | Isis Innovation | Ligands |
CA2513072A1 (en) * | 2003-01-09 | 2004-07-29 | Invitrogen Corporation | Cellular delivery and activation polypeptide-nucleic acid complexes |
US20040235053A1 (en) * | 2003-03-28 | 2004-11-25 | The Regents Of The University Of California | Preparation and application of encoded bead aggregates in combinatorial chemistry |
US7672786B2 (en) | 2003-07-02 | 2010-03-02 | Sergey Krylov | Non-equilibrium capillary electrophoresis of equilibrium mixtures (NECEEM)—based methods for drug and diagnostic development |
JP2007502417A (ja) * | 2003-08-11 | 2007-02-08 | モノグラム バイオサイエンシズ,インコーポレーテッド | 分子複合体の検出および特徴づけ |
KR100540509B1 (ko) * | 2004-01-07 | 2006-01-11 | 학교법인 포항공과대학교 | 수화젤레이터로 사용되는 2'-데옥시우리딘 유도체 |
EP1584923A3 (en) * | 2004-04-07 | 2006-01-04 | Roche Diagnostics GmbH | Stabilization of biomolecules in samples |
JP4839051B2 (ja) * | 2004-10-08 | 2011-12-14 | シスメックス株式会社 | 核酸プローブを用いる被検物質の検出方法 |
CA2600418A1 (en) * | 2005-03-07 | 2006-09-14 | Archemix Corp. | Stabilized aptamers to psma and their use as prostate cancer therapeutics |
JP4368412B2 (ja) * | 2005-06-24 | 2009-11-18 | マグ エアロスペース インダストリーズ インコーポレイテッド | 軽度汚水インターフェイスバルブ装置および方法 |
ATE549624T1 (de) * | 2005-07-01 | 2012-03-15 | Arbor Vita Corp | Verfahren und zusammensetzungen zur diagnose und behandlung von grippe |
WO2007024676A2 (en) * | 2005-08-19 | 2007-03-01 | Nanosphere, Inc. | Methods for preparing hybrid substrates comprising dna and antibodies and uses thereof |
SI1994171T1 (sl) * | 2006-01-17 | 2015-07-31 | Somalogic, Inc. | Multipleksirane analize testnih vzorcev |
WO2008078180A2 (en) * | 2006-12-22 | 2008-07-03 | Archemix Corp. | Materials and methods for the generation of transcripts comprising modified nucleotides |
US20080189609A1 (en) * | 2007-01-23 | 2008-08-07 | Timothy Mark Larson | Method and system for creating customized output |
US8409795B2 (en) * | 2007-07-17 | 2013-04-02 | Somalogic, Inc. | Selex and photoSELEX |
JP2013220095A (ja) * | 2012-04-12 | 2013-10-28 | Toyohiro Fujita | 苗床 |
JP2018078250A (ja) | 2016-11-11 | 2018-05-17 | 株式会社ニューフレアテクノロジー | マルチ荷電粒子ビーム描画装置 |
-
2008
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Cited By (2)
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---|---|---|---|---|
WO2016072758A1 (ko) * | 2014-11-04 | 2016-05-12 | 한국과학기술원 | 표적 물질에 의해 조절되는 핵산 중합효소 활성을 이용한 생체물질의 검출 및 정량 방법 |
US10041111B2 (en) | 2014-11-04 | 2018-08-07 | Korea Advanced Institute Of Science And Technology | Method for detecting and quantifying biomaterials by using activity of nucleic acid polymerase regulated by target material |
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