JP2018522822A - 共通ネオ抗原 - Google Patents

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Abstract

本願の一態様で開示されているのは、複数のネオ抗原ペプチドと、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物であって、ネオ抗原ペプチドはそれぞれ、対象のHLAタンパク質に結合することができる腫瘍特異的ネオエピトープを含み、腫瘍特異的ネオエピトープはそれぞれ、腫瘍中に存在する腫瘍特異的突然変異を含み、(a)この組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも1%に存在する腫瘍特異的突然変異を含むネオ抗原ペプチドを含み、(b)この組成物は、集団中の対象の少なくとも5%に存在するHLAタンパク質に結合する腫瘍特異的ネオエピトープを含むネオ抗原ペプチドを含み、(c)この組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも5%に存在する腫瘍に対して免疫応答を誘発することができる少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含む、医薬組成物である。

Description

関連出願及び参照による援用
本出願は、2015年5月20日に出願された米国仮出願第62/179,877号明細書及び2016年2月23日に出願された米国仮出願第62/389,377号明細書の優先権及び利益を主張する。
前述の出願、及び当該出願の又はその審査手続における全ての引用文献(「出願引用文献」)及び出願引用文献で引用又は参照される全ての文献、及び本明細書で引用又は参照される全ての文献(「本明細書引用文献」)、及び本明細書引用文献で引用又は参照される全ての文献は、本明細書又は参照によって本明細書に援用される任意の文献で言及される任意の製品に関する任意の製造者の指示書、説明書、製品仕様書、及びプロダクトシートと共に、本明細書によって参照により本明細書に援用され、及び本発明の実施において用いられ得る。より具体的には、参照される文献は全て、個別の文献それぞれが参照によって援用されることが具体的且つ個別的に示されたものとみなすのと同程度に参照によって援用される。
本発明は、癌に罹患している集団中の対象の相当な割合を処置するのに適している少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを特に使用して、新生物(例えば腫瘍)を処置するための方法及び組成物に関する。
毎年約160万人の米国人が新生物と診断され、2013年には米国内で約58万人がこの疾患により死亡することが予想される。ここ数十年で新生物の検出、診断、及び治療は著しく向上しており、それにより多くの種類の新生物に関して生存率が著しく上昇している。しかしながら、新生物と診断された人のうち、治療開始後5年でなおも生存している者は約60%に過ぎず、そのため新生物は米国における主な死亡原因の第2位となっている。
現在、種々の既存の癌療法が、アブレーション技法(例えば、外科手技、極低温/熱処置、超音波、高周波、及び放射線)及び化学的技法(例えば、医薬品、細胞傷害剤/化学療法剤、モノクローナル抗体、及びそれらの様々な組み合わせ)を含め、いくつも存在している。残念ながら、かかる治療法は多くの場合に深刻なリスク、毒性の副作用、及び極めて高いコストを伴うことに加え、有効性も不確かである。
患者自身の免疫系によって癌性細胞を標的化しようとする癌療法(例えば、癌ワクチン)について、かかる治療法は本明細書に記載する欠点のいくつかを軽減/解消し得ることから、関心が高まっている。癌ワクチンは、典型的には腫瘍抗原及び免疫刺激性分子(例えば、サイトカイン又はTLRリガンド)で構成され、これらが一緒になって働き抗原特異的細胞傷害性T細胞を誘導することで、T細胞が腫瘍細胞を標的化して破壊する。現在の癌ワクチンは、共通腫瘍抗原を含有することがあり、これは多くの個体に見られる腫瘍で選択的に発現又は過剰発現する天然タンパク質(即ち、−個体における全ての正常細胞のDNAによりコードされるタンパク質)である。かかる共通腫瘍抗原は特定の型の腫瘍を同定するには有用であるが、特定の腫瘍型に対するT細胞応答を標的化する免疫原としては、免疫を弱める自己トレランス効果に供されるため理想的でない。腫瘍特異的及び患者特異的ネオ抗原を含有するワクチンは、共通腫瘍抗原を含むワクチンの欠点の幾つかを解消し得る。しかしながら、患者特異的ネオ抗原を使用するためには、個々の対象のゲノムの配列決定と、この個々の対象中に存在するネオ抗原の組み合わせを含む個別化された組成物の製造とが必要である。従って、癌ワクチンを送達するための方法及び組成物の改善の必要性が依然として存在する。
本出願におけるあらゆる文献の引用及び特定は、かかる文献が本発明の先行技術として利用可能であることを認めるものではない。
本発明の好ましい記載(特徴)及び実施形態を本明細書において下記に示す。そのように定義された本発明の各記載及び実施形態は、明確に反対に指示されない限り、あらゆる他の記載及び/実施形態と組み合わされ得る。特に、好ましい又は有利であると示された任意の特徴は、好ましい又は有利であると示された任意の他の特徴又は記載と組み合わされ得る。本明細書には、本発明が、下記の記載及び/又は実施形態のうちの1つ以上と任意の他の記載及び/又は実施形態との任意の1つの又は任意の組み合わせにより具体的に取り込まれている。
本発明の目的は、癌を標的とする免疫応答を誘発することにより癌患者の集団を処置するための方法及び組成物を提供することである。一態様において、本発明は、少なくとも1つのネオ抗原ペプチドと、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物であって、少なくとも1つのネオ抗原ペプチドはそれぞれ、対象のHLAタンパク質に結合することができる腫瘍特異的ネオエピトープを含み、腫瘍特異的ネオエピトープはそれぞれ、腫瘍中に存在する腫瘍特異的突然変異を含む、医薬組成物に関する。本組成物は1つのネオ抗原ペプチドを含むことができる。他の実施形態において、本組成物は100超のネオ抗原ペプチドを含むことができる。好ましくは、本組成物は約20のネオ抗原ペプチドを含む。この少なくとも1つのネオ抗原ペプチドは腫瘍特異的突然変異を含むことができる。この突然変異は反復性であることができる。好ましくは、この突然変異は集団の大部分で存在する。反復突然変異は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも1%の腫瘍中に存在する突然変異をベースとすることができる。本組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも5%に存在するHLAタンパク質に結合する腫瘍特異的ネオエピトープを含む少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含むことができる。加えて、本組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも5%に存在する腫瘍に対して免疫応答を誘発することができる少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含むことができる。免疫応答を誘発する能力は、リンパ球に抗原を提示する免疫系の能力を指す。免疫系が抗原を提示するためには、この抗原が対象のHLAタンパク質により提示される必要がある。腫瘍に対して免疫応答を誘発するためには、この腫瘍が、抗原が発現される突然変異を含む必要がある。本組成物が、それを必要としている集団に利益をもたらすためには、この集団は、本組成物中に存在する少なくとも1つのネオ抗原ペプチドに結合することができるHLA対立遺伝子を発現する対象を含む必要があり、且つこの集団は、ネオ抗原ペプチド中にネオ抗原エピトープが存在する突然変異を有する腫瘍を含む対象を含む必要がある。
本組成物は、ある特徴を共有する癌に罹患している対象の集団に特異的であることができる。この集団は、癌を有してもよいし特定の癌を有してもよい。この集団は、HLAサブタイプの共通のセットを共有することができる。この集団は、民族性に基づいてHLAサブタイプを共有することができる。理論に拘束されないが、ある集団におけるHLAタイプの割合を、検査することなく民族性に基づいて予測することができる。理論に拘束されないが、異なる集団は、異なるネオ抗原ペプチドに結合することができる異なるHLAタイプを発現する。従って、その集団の大部分に利益をもたらすように組成物を製剤化することができるが、この組成物は、別の集団に利益をもたらなさないことになる。理論に拘束されないが、異なる癌は異なる突然変異を含み、そのため、特定の癌に合わせられた組成物を使用して、複数のタイプを含む集団と比較して、1つのタイプの癌を有する集団に大きな利益をもたらすことができる。一実施形態において、この集団は、副腎皮質癌(ACC)、膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma)(BLCA)、湿潤性乳癌(breast invasive carcinoma)(BRCA)、子宮頸部扁平上皮癌及び子宮頸管腺癌(cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma)(CESC)、結腸腺癌(COAD)、慢性リンパ性白血病(CLL)、結腸直腸癌(CRC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、多形性膠芽腫(GBM)、頭頸部扁平上皮癌(HNSC)、腎臓の嫌色素性細胞(kidney chromophobe)(KICH)、腎臓の腎明細胞癌(kidney renal clear cell carcinoma)(KIRC)、腎臓の腎乳頭状細胞癌(kidney renal papillary cell carcinoma)(KIRP)、急性骨髄性白血病(LAML)、肝臓の肝細胞癌(liver hepatocellular carcinoma)(LIHC)、肺腺癌(LUAD)、肺扁平上皮癌(LUSC)、多発性骨髄腫(MM)、卵巣の漿液性嚢胞腺癌(ovarian serous cystadenocarcinoma)(OV)、膵臓腺癌(PAAD)、前立腺腺癌(PRAD)、直腸腺癌(READ)、皮膚の皮膚黒色腫(skin cutaneous melanoma)(SKCM)、胃腺癌(STAD)、精巣の胚細胞腫瘍(testicular germ cell tumor)(TGCT)、甲状腺腺癌(THCA)、子宮体部内膜癌(uterine corpus endometrioid carcinoma)(UCEC)又は子宮癌肉腫(UCS)に罹患している。
一実施形態において、対象の集団はCLLに罹患しており、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「CLL」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの6つからなるセットのうちの少なくとも1つを、CLL集団中の対象の17.49%で見出すことができる。対象の集団がBLCAに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「BLCA」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの6つからなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の26.92%で見出すことができる。対象の集団がBRCAに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「BRCA」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの18からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の36.04%で見出すことができる。対象の集団がCOADに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「COAD」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの3つからなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の27.14%で見出すことができる。対象の集団がGBMに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「GBM」の例示的疾患との任意の組合せを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの14からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の34.36%で見出すことができる。対象の集団がHNSCに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「HNSC」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの10からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の21.61%で見出すことができる。対象の集団がKIRCに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「KIRC」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの4つからなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の6%で見出すことができる。対象の集団がLAMLに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「LAML」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの11からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の47.45%で見出すことができる。対象の集団がLUADに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「LUAD」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの11からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の33.42%で見出すことができる。対象の集団がLUSCに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「LUSC」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの2つからなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の7.87%で見出すことができる。対象の集団がOVに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「OV」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの10からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の22.78%で見出すことができる。対象の集団がREADに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「READ」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの2つからなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の20.51%で見出すことができる。対象の集団がSKCMに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「SKCM」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの64からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の90.91%で見出すことができる。対象の集団がUCECに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「UCEC」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの30からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の67.74%で見出すことができる。対象の集団がACCに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「ACC」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの161からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の50%で見出すことができる。対象の集団がCESCに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「CESC」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの4つからなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の23.71%で見出すことができる。対象の集団がCRCに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「CRC」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの15からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の56.65%で見出すことができる。対象の集団がDLBCLに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「DLBCL」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの2つからなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の13.79%で見出すことができる。対象の集団がKICHに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「KICH」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの24からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の50%で見出すことができる。対象の集団がKIRPに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「KIRP」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの9つからなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の42.24%で見出すことができる。対象の集団がLIHCに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「LIHC」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの2つからなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の6.57%で見出すことができる。対象の集団がMMに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「MM」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの6つからなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の23.9%で見出すことができる。対象の集団がPRADに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「PRAD」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの24からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の39.85%で見出すことができる。対象の集団がSTADに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「STAD」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの150からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の48.79%で見出すことができる。対象の集団がTGCTに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「TGCT」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの14からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の51.61%で見出すことができる。対象の集団がTHCAに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「THCA」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの5つからなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の69.88%で見出すことができる。対象の集団がUCSに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「UCS」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの2つからなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の16.07%で見出すことができる。対象の集団がPAADに罹患している場合があり、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、表8中の突然変異と「PAAD」の例示的疾患との任意の組み合わせを含み、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異のうちの53からなるセットのうちの少なくとも1つを、この集団中の対象の50%で見出すことができる。対象の集団が固形腫瘍に罹患している場合もある。この固形腫瘍は、腎明細胞癌(ccRCC)、メラノーマ、肉腫、又は膀胱、結腸、脳、乳房、頭頸部、子宮内膜、肺、卵巣、膵臓若しくは前立腺の癌であることができる。対象の集団が液性腫瘍に罹患している場合もある。この液性腫瘍は非ホジキンリンパ腫又は白血病であることができる。
別の実施形態において、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、癌に罹患している集団において年間少なくとも500例の患者の発生を有し、少なくとも1つの突然変異は、表9でこの集団に関して列挙された突然変異であることができる。少なくとも1つのネオ抗原ペプチドは、表9で列挙された少なくとも1つのペプチドであることができる。
別の実施形態において、癌に罹患している集団は薬物又は療法で処置されている。この癌に罹患している集団は、イブルチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、トラスツズマブ、ベムラフェニブ、RAF/MEK又は抗エストロゲン療法で既に処置されていてもよいし、現在処置されていてもよいし、処置するために選択されてもよい。
別の実施形態において、本組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%又は99%に存在する腫瘍に対して免疫応答を誘発することができる少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含む。
別の実施形態において、この集団中の対象の少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%又は99%は、本組成物中に存在する少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有し、且つこの集団中の対象の少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%又は99%は、本組成物中に存在する腫瘍特異的ネオエピトープに結合する少なくとも1つのHLAタンパク質を有する。
一実施形態において、腫瘍特異的突然変異は、スプライス−バリアント突然変異、点突然変異及び/又はフレームシフト突然変異を含む。別の実施形態において、腫瘍特異的突然変異は薬物耐性突然変異を含む。一実施形態において、ネオ抗原ペプチドは、結果として生じる突然変異ネオ抗原タンパク質配列だけでなく、この突然変異を囲み且つこの突然変異を含むロングペプチド領域も含み、更にこのロングペプチド内の全ての隣接セグメントを含む(表1〜4を参照されたい)。一実施形態において、腫瘍特異的突然変異は、下記からなる群から選択されるタンパク質をコードする1つ以上の遺伝子中に存在する:プログラム死リガンド1(PD−L1)、アンドロゲン受容体(AR)、ブルトン型チロシンキナーゼ(BTK)、上皮成長因子受容体(EGFR)、BCR−Abl、c−kit、PIK3CA、HER2、EML4−ALK、KRAS、ALK、ROS1、AKT1、BRAF、MEK1、MEK2、NRAS、RAC1及びESR1。一実施形態において、腫瘍特異的突然変異は、本明細書で提示する表のいずれかで列挙されている1つ以上の遺伝子中に存在する。一実施形態において、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、PD−L1又はARの選択的スプライシングに由来する。一実施形態において、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、スプライスバリアントsPD−L1、AR−V1又はAR−V7に由来する。一実施形態において、少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、下記からなる群から選択される薬物耐性突然変異である:BTK/C481S,EGFR/T790M,BCR−Abl/T315I,BCR−Abl/Y253H,BCR−Abl/E255K,BCR−Abl/E255V,c−kit/T670I,PIK3CA/E545K,PIK3CA/E542K,HER2/G776(YVMA),HER2/E545K,EML4−ALK/G1269A,KRAS/G12V/D,ALK/L1196M,ALK/G1202R,ALK/S1206Y,ALK/1151T(ins),ALK/F1174C,ROS1/G2032R,AKT1/E17K,BRAF/V600E,MEK1/Q56P,MEK1/E203K,MEK1/C121S,MEK1/V60E,MEK1/G128V,MEK1/V154I,MEK1/P124S,MEK1/P124L,NRAS/Q61K/L/R,NRAS/T58I,MEK2/C125S,RAC1/P29S,ESR1/S463P,AR/V534E,AR/P535H,AR/L536Q,AR/L536R,AR/Y537C,AR/Y537S,AR/Y537N,AR/D538G及びAR/F876L。一実施形態において、薬物耐性突然変異は、イブルチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、トラスツズマブ、ベムラフェニブ、RAF/MEK又は抗エストロゲン療法による処置により誘発される。別の実施形態において、対象は、処置前に薬物耐性突然変異を有する。
別の実施形態において、本組成物は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20のネオ抗原ペプチドを含む。本組成物は15〜20のネオ抗原ペプチドを含む場合がある。本組成物は100、200又は300を超えるネオ抗原ペプチドを含む場合がある。各ネオ抗原ペプチドは約5〜約50アミノ酸長の場合がある。
別の実施形態において、本医薬組成物は免疫原性又はワクチン組成物である。本医薬組成物は免疫調節薬又はアジュバントをさらに含むことができる。この免疫調節薬又はアジュバントは、ポリICLC、1018 ISS、アルミニウム塩、Amplivax、AS15、BCG、CP−870,893、CpG7909、CyaA、環状ジヌクレオチド、例えばSTING、dSLIM、GM−CSF、IC30、IC31、イミキモド、ImuFact IMP321、IS Patch、ISS、ISCOMATRIX、Juvlmmune、LipoVac、MF59、モノホスホリルリピドA、Montanide IMS 1312、Montanide ISA 206、Montanide ISA 50V、Montanide ISA−51、OK−432、OM−174、OM−197−MP−EC、ONTAK、PepTel(登録商標)、ベクター系、PLGAマイクロパーティクル、レシキモド、SRL172、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、YF−17D、VEGFトラップ、R848、βグルカン、Pam3Cys、並びにAquila社のQS21 stimulonからなる群から選択され得る。
別の実施形態において、本医薬組成物は、表1、2、3又は4で定義した1つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。
一実施形態において、各腫瘍特異的ネオエピトープは、500nM未満のKでHLA−A、−B若しくは−C、又はHLADRB、HLADBM XXXXXに結合する。
別の態様において、本発明は、それを必要としている対象の腫瘍を処置する又は予防する方法であって、本明細書に記載されている任意の医薬組成物を対象に投与することによる方法に関する。
一実施形態において、それを必要としている患者の腫瘍を処置する又は予防する方法であって、少なくとも1つのネオ抗原ペプチドと薬学的に許容可能な担体とを含む組成物を患者に投与することを含み、少なくとも1つのネオ抗原ペプチドはそれぞれ、対象のHLAタンパク質に結合することができる腫瘍特異的ネオエピトープを含み、各腫瘍特異的ネオエピトープは、腫瘍中に存在する腫瘍特異的突然変異を含み、本組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも1%の腫瘍中に存在する腫瘍特異的突然変異を含む少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含み、本組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも5%に存在するHLAタンパク質に結合する腫瘍特異的ネオエピトープを含む少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含み、本組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも5%に存在する腫瘍に対して免疫応答を誘発することができる少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含む、方法が提供される。
一実施形態において、対象の集団は、副腎皮質癌(ACC)、膀胱尿路上皮癌(BLCA)、湿潤性乳癌(BRCA)、子宮頸部扁平上皮癌及び子宮頸管腺癌(CESC)、結腸腺癌(COAD)、慢性リンパ性白血病(CLL)、結腸直腸癌(CRC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、多形性膠芽腫(GBM)、頭頸部扁平上皮癌(HNSC)、腎臓の嫌色素性細胞(KICH)、腎臓の腎明細胞癌(KIRC)、腎臓の腎乳頭状細胞癌(KIRP)、急性骨髄性白血病(LAML)、肝臓の肝細胞癌(LIHC)、肺腺癌(LUAD)、肺扁平上皮癌(LUSC)、多発性骨髄腫(MM)、卵巣の漿液性嚢胞腺癌(OV)、膵臓腺癌(PAAD)、前立腺腺癌(PRAD)、直腸腺癌(READ)、皮膚の皮膚黒色腫(SKCM)、胃腺癌(STAD)、精巣の胚細胞腫瘍(TGCT)、甲状腺腺癌(THCA)、子宮体部内膜癌(uterine corpus endometrioid carcinoma)(UCEC)又は子宮癌肉腫(UCS)に罹患している。一実施形態において、対象の集団は固形腫瘍に罹患している。この固形腫瘍は、腎明細胞癌(ccRCC)、メラノーマ、肉腫、又は膀胱、結腸、脳、乳房、頭頸部、子宮内膜、肺、卵巣、膵臓若しくは前立腺の癌であることができる。一実施形態において、対象の集団は液性腫瘍に罹患している。この液性腫瘍は非ホジキンリンパ腫又は白血病であることができる。
一実施形態において、癌に罹患している集団は、イブルチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、トラスツズマブ、ベムラフェニブ、RAF/MEK又は抗エストロゲン療法で処置された、処置されている、又は処置するために選択される。
一実施形態において、少なくとも1つのネオ抗原ペプチドは、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%又は99%に存在する腫瘍に対して免疫応答を誘発することができる。一実施形態において、この集団中の対象の少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%又は99%は、本組成物中に存在する少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有し、且つこの集団中の対象の少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%又は99%は、本組成物中に存在する腫瘍特異的ネオエピトープに結合する少なくとも1つのHLAタンパク質を有する。
別の実施形態において、腫瘍特異的突然変異は、スプライス−バリアント突然変異、点突然変異及び/又はフレームシフト突然変異を含む。この腫瘍特異的突然変異は薬物耐性突然変異であることができる。この腫瘍特異的突然変異は、下記からなる群から選択されるタンパク質をコードする1つ以上の遺伝子中に存在することができる:プログラム死リガンド1(PD−L1)、アンドロゲン受容体(AR)、ブルトン型チロシンキナーゼ(BTK)、上皮成長因子受容体(EGFR)、BCR−Abl、c−kit、PIK3CA、HER2、EML4−ALK、KRAS、ALK、ROS1、AKT1、BRAF、MEK1、MEK2、NRAS、RAC1及びESR1。この腫瘍特異的突然変異は、表のいずれかで列挙されている1つ以上の遺伝子中に存在することができる。この少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、PD−L1又はARの選択的スプライシングに由来することができる。この少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、スプライスバリアントsPD−L1、AR−V1又はAR−V7に由来することができる。
一実施形態において、少なくとも1つの腫瘍特異的変異は、下記からなる群から選択される薬物耐性突然変異である:BTK/C481S,EGFR/T790M,BCR−Abl/T315I,BCR−Abl/Y253H,BCR−Abl/E255K,BCR−Abl/E255V,c−kit/T670I,PIK3CA/E545K,PIK3CA/E542K,HER2/G776(YVMA),HER2/E545K,EML4−ALK/G1269A,KRAS/G12V/D,ALK/L1196M,ALK/G1202R,ALK/S1206Y,ALK/1151T(ins),ALK/F1174C,ROS1/G2032R,AKT1/E17K,BRAF/V600E,MEK1/Q56P,MEK1/E203K,MEK1/C121S,MEK1/V60E,MEK1/G128V,MEK1/V154I,MEK1/P124S,MEK1/P124L,NRAS/Q61K/L/R,NRAS/T58I,MEK2/C125S,RAC1/P29S,ESR1/S463P,AR/V534E,AR/P535H,AR/L536Q,AR/L536R,AR/Y537C,AR/Y537S,AR/Y537N,AR/D538G及びAR/F876L。この薬物耐性突然変異は、イブルチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、トラスツズマブ、ベムラフェニブ、RAF/MEK又は抗エストロゲン療法による処置により誘発され得る。
別の実施形態において、本組成物は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20のネオ抗原ペプチドを含む。好ましい実施形態において、本組成物は15〜20のネオ抗原ペプチドを含む。
別の実施形態において、各ネオ抗原ペプチドは約5〜約50アミノ酸長である。
別の実施形態において、本組成物は免疫原性又はワクチン組成物である。例えば、この免疫原性又はワクチン組成物は免疫調節薬又はアジュバントを含むことができる。この免疫調節薬又はアジュバントは、下記からなる群から選択され得る:ポリICLC、1018 ISS、アルミニウム塩、Amplivax、AS15、BCG、CP−870,893、CpG7909、CyaA、環状ジヌクレオチド、例えばSTING、dSLIM、GM−CSF、IC30、IC31、イミキモド、ImuFact IMP321、IS Patch、ISS、ISCOMATRIX、Juvlmmune、LipoVac、MF59、モノホスホリルリピドA、Montanide IMS 1312、Montanide ISA 206、Montanide ISA 50V、Montanide ISA−51、OK−432、OM−174、OM−197−MP−EC、ONTAK、PepTel(登録商標)、ベクター系、PLGAマイクロパーティクル、レシキモド、SRL172、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、YF−17D、VEGFトラップ、R848、βグルカン、Pam3Cys、並びにAquila社のQS21 stimulon。
一実施形態において、本組成物は、表1、2、3又は4で定義された1つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。
一実施形態において、各腫瘍特異的ネオエピトープは、500nM未満のKでHLA−A、−B若しくは−C、又はHLADRB、HLADBM XXXXXに結合する。
別の態様において、本発明は、予防的な癌処置の方法であって、それを必要としている患者のために抗癌剤を選択することであり、この薬物を、イブルチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、トラスツズマブ、ベムラフェニブ、RAF/MEK及び抗エストロゲン療法からなる群から選択する、選択すること、並びに選択した抗癌剤と関連する薬物耐性突然変異に由来するネオ抗原ペプチドを含む医薬組成物を、薬物耐性突然変異を検出し得る前に対象に予防的に投与することを含む方法を提供する。
共通ネオ抗原免疫原性組成物は、各々がネオ抗原の一部を含有するサブ組成物によって投与することができ、サブ組成物は対象又は患者の異なる場所に投与することができる;例えば、20の異なるネオ抗原を含む組成物は、各々が20の異なるネオ抗原のうちの5つを含有する4つのサブ組成物で投与することができ、及びこの4つのサブ組成物は、患者又は対象の各流入領域リンパ節により少ないネオ抗原の送達を試みて、患者の個別の流入領域リンパ節、例えば上下肢の各々(例えば、患者の各体側の大腿又は大腿上部又は殿部近傍又は腰部)に各サブ組成物の送達を試みるように投与することができ、これによりネオ抗原間の競合を制限する。当然ながら、位置の数、ひいてはサブ組成物の数は様々であってよく、例えば、当業者は、脾臓又はその近傍に第5の投与点を有するような投与を考えてもよく、当業者は、1つのみ、2つ又は3つ(例えば、各上肢及び片方の下肢、下肢の各々及び片方の上肢、下肢の各々及び上肢なし、又は両上肢のみ)が使用されるように位置を変えることができる。前述の様々な間隔で投与される共通ネオ抗原免疫原性組成物は異なる製剤であってもよく、単回投与の間に対象又は患者の異なる場所に投与されるサブ組成物は異なる組成物であってもよい。例えば、初回投与が全共通ネオ抗原免疫原性組成物であってもよく、及び次の又は以降の投与が、インビボで1つ又は複数の抗原の発現を有するベクター(例えば、ウイルスベクター又はプラスミド)であってもよい。同様に、異なるサブ組成物を患者又は対象の異なる場所に投与するに際しては、一部のサブ組成物が全抗原を含んでもよく、及び一部のサブ組成物が、インビボで1つ又は複数の抗原の発現を有するベクター(例えば、ウイルスベクター又はプラスミド)を含んでもよい。また、一部の組成物及びサブ組成物が、インビボで1つ又は複数の抗原の発現を有するベクター(例えば、ウイルスベクター又はプラスミド)と全抗原との両方を含んでもよい。インビボで1つ又は複数の抗原の発現を有する一部のベクター(例えばポックスウイルス)が免疫刺激効果又はアジュバント効果を有することができ、ひいてはかかるベクターを含有する組成物又はサブ組成物は自己アジュバント性であり得る。また、投与によって免疫系に対する抗原の提示のされ方の性質を切り替えることにより、免疫系を「プライミング」し、次に「ブースト」することができる。また本文書では、「ワクチン」と言うとき、本発明は免疫原性組成物を包含することが意図され、及び患者又は対象と言うとき、かかる個体は本明細書に開示される治療、投与、組成物、及び概して本発明を必要としている患者又は対象であることが意図される。
さらに、本発明は、任意のタイプの発現ベクター、例えばウイルス発現ベクター、例えば、ポックスウイルス(例えば、オルトポックスウイルス又はアビポックスウイルス、例えばワクシニアウイルス、例えば改変ワクシニアアンカラ又はMVA、MVA−BN、国際公開第A−92/15672号パンフレットに係るNYVAC、鶏痘、例えば、TROVAX、カナリア痘、例えば、ALVAC(国際公開第A−95/27780号パンフレット及び国際公開第A−92/15672号パンフレット)、鳩痘、豚痘など)、アデノウイルス、AAV、ヘルペスウイルス、及びレンチウイルス;又はプラスミド又はDNA又は核酸分子ベクターの使用に適用される。ポックスウイルスベクターなどの、細胞質である一部のベクターが有利であり得る。しかしながらアデノウイルス、AAV及びレンチウイルスもまた、本発明の実施において使用するのに有利であり得る。
即時使用可能な、特に再構成される共通ネオ抗原免疫原性組成物において、ベクター、例えばウイルスベクターは、本開示及び当該技術分野における知識(本明細書に引用される特許及び科学文献にあるものなど)からの当業者の範囲内にある分量で存在する。
全抗原又はベクター、例えば組換え生ワクチンは、その保存を可能にするフリーズドライ形態で存在することができ、使用直前に、本明細書で考察するとおりのアジュバントを含み得る溶媒又は賦形剤中に再構成される。
従って本発明の主題はまた、別個に包装されたフリーズドライワクチンと、有利には本明細書で考察するとおりのアジュバント化合物を含む、フリーズドライワクチンの再構成用溶液とを含むワクチン接種又は免疫化セット又はキットである。
本発明の主題はまた、本発明におけるワクチン又は免疫原性組成物を、例えば非経口経路、好ましくは皮下、筋肉内又は皮内経路によるか又は粘膜経路によって1つ以上の投与速度で投与するステップを含むか又はそれから本質的になるか又はそれからなるワクチン接種又は免疫化方法である。任意選択で、この方法は、フリーズドライ共通ネオ抗原免疫原性組成物(例えば、凍結乾燥全抗原又はベクターの場合)を、有利にはアジュバントも含む溶液に再構成する予備ステップを含む。
一実施形態において、共通のネオ抗原免疫原性組成物を、各ネオ抗原ペプチドに関して70kgの個体当たり約10μg〜1mgの用量で投与する。別の実施形態において、共通のネオ抗原免疫原性組成物を、各ネオ抗原ペプチドに関して70kgの個体当たり約10μg〜2000μgの平均週用量レベルで投与する。別の関連する実施形態において、この投与は静脈内である。一実施形態において、共通のネオ抗原免疫原性組成物を静脈内又は皮下投与する。
別の実施形態において、本方法は、(a)各対象から腫瘍組織の試料を得ること、(b)この試料中の腫瘍特異的突然変異のうちの1つ以上を検出すること、及び(c)腫瘍特異的突然変異のうちの少なくとも1つが対象由来の試料中で検出される場合に、少なくとも1つのネオ抗原ペプチドによる処置のために、対象の集団から対象を選択することをさらに含む。
別の実施形態において、本方法は、(a)各対象中に存在するHLAアロタイプを検出すること、及び(b)対象中に存在する1つ以上のHLAアロタイプが、少なくとも1つのネオ抗原ペプチド中に存在する腫瘍特異的ネオエピトープのうちの1つ以上に結合する場合に、少なくとも1つのネオ抗原ペプチドによる処置のために、対象の集団から対象を選択することをさらに含む。
本発明の実施形態は、共通のネオ抗原を使用する組成物及び方法に関し、このネオ抗原は、(腫瘍中で差次的に発現される遺伝子に由来する共通の天然(非突然変異)抗原とは異なり)所望の特性(例えば、中枢性トレランスの免疫を弱める効果を受けないこと、及び高い腫瘍特異性)を有する。これは、ネオ抗原が腫瘍組織中でのみ発現されるからであり、例えば、ネオ抗原が腫瘍特異的突然変異又はスプライシング欠損により生成されるからである。そのようなスプライスバリアント又は突然変異により、様々なHLA対立遺伝子にわたって免疫原性エピトープを生成され得、そのため、集団中の相当な割合がカバーされる。さらに、これらの突然変異は、癌に罹患している対象の相当な割合で存在し得ることから、本明細書に記載されている組成物は対象の全ゲノムの配列決定を必要とせず、複数の対象を処置するための「既製(off−the−shelf)」品として使用され得る。例えば、本方法は、本組成物中に存在する特定の突然変異のうちの1つ以上を対象由来の腫瘍試料から検出すること、及び本組成物を、少なくとも1つの突然変異が存在する対象に投与することを含むだけでよい。これは、各対象の全ゲノム又は全エクソームの配列決定及び個別化された処置用組成物の製造を必要とする患者特異的ネオ抗原混合物を使用する方法とは対照的である。
他の実施形態は、本発明の共通のネオ抗原組成物を使用する処置の方法を現在の薬物レジメンと共に使用する併用療法に関する。この共通のネオ抗原組成物を予防的に投与することができる。一実施形態では、それを必要としている患者を、薬剤耐性突然変異が検出され得る前に共通のネオ抗原免疫原性組成物と組み合わせて化学療法及び/又は標的療法で処置する。この共通のネオ抗原免疫原性組成物は、選択された療法と関連する耐性突然変異に特異的なネオ抗原ペプチドを含むように調整され得る。別の実施形態において、化学療法及び/又は標的療法で対象を処置する前にこの共通のネオ抗原組成物を投与し、薬物耐性突然変異を有する細胞が発達する前にそのような細胞に対して免疫応答を生じさせる。この投与は、連続的若しくは逐次的であることがでる、又は実質的に同時(the same time)若しくは実質的に同時(simultaneously)であることができる。例えば、共通のネオ抗原免疫原性組成物の投与及び癌治療の投与は、ほぼ同時(the same time)又は実質的に同時(simultaneously)であることができる。或いは、共通のネオ抗原免疫原性組成物の投与はワンタイムスケジュール(one time schedule)であることができ、例えば、毎週、隔週、3週毎、毎月、隔月、1年の4分の1毎(3ヵ月毎)、1年の3分の1毎(4ヵ月毎)、5ヵ月毎、年2回(6ヵ月毎)、7ヵ月毎、8ヵ月毎、9ヵ月毎、10ヵ月毎、11ヵ月毎、1年毎等であることができ、癌治療の投与は、対象又は患者が、同時に推移する2つの異なる処置スケジュールを有するような治療に典型的である別のスケジュールであることができ、共通のネオ抗原免疫原壊死組成物の投与及び癌治療の投与は逐次的若しくは連続的であることができる。好ましい実施形態において、対象を、イブルチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、トラスツズマブ、ベムラフェニブ、RAF/MEK又は抗エストロゲン療法で処置することができる。
別の態様において、本発明は、患者試料中での本発明の少なくとも1つのネオ抗原ペプチドの存在を決定することにより、癌の進行を早期に検出するための及び追跡するための診断方法を提供する。この患者試料は、血液、痰、唾液、尿、腫瘍組織、リンパ液、精液又は糞便に由来し得る。
一実施形態において、本診断方法を、本明細書に記載されている共通のネオ抗原組成物を投与する前に使用する。本診断方法は、癌治療及び/又は共通のネオ抗原組成物による処置中に採取した一連の少なくとも2つの試料中の共通のネオ抗原突然変異の量を比較することを含むことができる。理論には拘束されないが、共通のネオ抗原突然変異の増加又は減少を使用して処置の有効性を決定することができる。
一実施形態において、PCRベースの方法又はシーケンシングを使用して突然変異遺伝子を検出することができる。逆転写PCR(RT−PCR)を使用して、転写されたネオ抗原遺伝子中の突然変異を検出することができる。加えて、任意のシーケンシング技術を使用して突然変異の存在を決定することができる。好ましい実施形態において、パイロシーケンシングを使用する。本発明はまた、ネオ抗原突然変異を包含する配列に特異的であるプライマーを含むキットも提供する。
別の実施形態において、この突然変異を免疫学的検出方法により検出する。共通のネオ抗原突然変異に特異的な抗体を使用して、この突然変異(muation)を検出することができる。この抗体をアレイに結合させることができる。このアレイは、本発明の共通のネオ抗原突然変異のうちの2つ以上を検出するための抗体を含むことができる。この抗体を、ELISAアッセイで使用するために構成することができる。従って、本発明の共通のネオ抗原を特異的に認識する抗体を含む組成物又はキットを提供することができる。
別の態様において、本発明は、それを必要としている対象の集団の腫瘍を処置する又は予防する方法であって、この集団中の対象の少なくとも1%の発生率を有する腫瘍特異的突然変異を含む腫瘍特異的ネオエピトープを認識する細胞外リガンド結合ドメインを含む薬剤を対象に投与することを含む方法を提供する。この薬剤は、抗体、抗体断片、抗体薬物コンジュゲート、アプタマー、CAR又はT細胞受容体であることができる。この抗体又は抗体断片は、ヒト化されていてもよいし、完全にヒト化されていてもよいし、キメラであってもよい。この抗体断片は、ナノボディ、Fab、Fab’、(Fab’)2、Fv、ScFv、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、Bis−scFv、ミニボディ、Fab2又はFab3断片であることができる。この腫瘍特異的突然変異は、表9中の任意の集団に関して列挙されている突然変異であることができる。この腫瘍特異的突然変異は、細胞外ドメインを含む遺伝子内であることができる。この腫瘍特異的突然変異は、FGFR3 S249C、ERBB3 V104M、EGFR L858R、MUC4 H4205Q、PDGFRA R483fs、TMEM52 23_26LLPL>L又はPODXL 28_30PSP>Pであることができる。この腫瘍特異的突然変異は細胞外ドメイン内であることができる。この腫瘍特異的突然変異はFGFR3 S249C又はERBB3 V104Mを含む。理論には拘束されないが、細胞外ドメインを有するタンパク質中でのネオエピトープの存在により、このネオエピトープが細胞表面上に存在することが可能になる。理論には拘束されないが、細胞外ドメイン中でのネオエピトープの存在により、このネオエピトープが細胞表面上に存在することが可能になる。
本発明は、下記の番号が付された段落によりさらに記載される。
1.表1〜9で定義された腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離ネオ抗原ペプチドであって、天然ポリペプチドではない単離ネオ抗原ペプチド。
2.表1〜9で定義された腫瘍特異的ネオエピトープを含む100アミノ酸長以下の単離ネオ抗原ペプチド。
3.約5〜約50アミノ酸長である、段落1又は2に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
4.約15〜約35アミノ酸長である、段落1〜3のいずれか一つに記載の単離ネオ抗原ペプチド。
5.約15アミノ酸長以下である、段落4に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
6.約8〜約11アミノ酸長である、段落5に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
7.9又は10アミノ酸長である、段落6に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
8.主要組織適合遺伝子複合体(MHC)クラスIに結合する、段落1〜7のいずれか一つに記載の単離ネオ抗原ペプチド。
9.約500nM未満の結合親和性でMHCクラスIに結合する、段落8に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
10.約30アミノ酸長以下である、段落1〜3のいずれか一つに記載の単離ネオ抗原ペプチド。
11.約6〜約25アミノ酸長である、段落10に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
12.約15〜約24アミノ酸長である、段落11に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
13.約9〜約15アミノ酸長である、段落11に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
14.MHCクラスIIに結合する、段落1〜3及び10〜13のいずれか一つに記載の単離ネオ抗原ペプチド。
15.約1000nM未満の結合親和性でMHCクラスIIに結合する、段落14に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
16.フランキングアミノ酸をさらに含む、段落1〜15のいずれか一つに記載の単離ネオ抗原ペプチド。
17.上記フランキングアミノ酸は天然フランキングアミノ酸ではない、段落16に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
18.少なくとも第2のネオ抗原ペプチドに連結されている、段落1〜17のいずれか一つに記載の単離ネオ抗原ペプチド。
19.ペプチドは、ポリグリシン又はポリセリンリンカーを使用して連結されている、段落18に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
20.上記第2のネオ抗原ペプチドは約1000nM未満の結合親和性でMHCクラスI又はクラスIIに結合する、段落18又は19に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
21.上記第2のネオ抗原ペプチドは約500nM未満の親和性でMHCクラスI又はクラスIIに結合する、段落20に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
22.両方のネオエピトープはヒト白血球抗原(HLA)−A、−B、−C、−DP、−DQ又は−DRに結合する、段落20又は21に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
23.上記単離ネオ抗原ペプチド及び上記第2のネオ抗原ペプチドはクラスI HLAに結合する、又は上記単離ネオ抗原ペプチド及び上記第2のネオ抗原ペプチドはクラスII HLAに結合する、段落20〜22のいずれか一つに記載の単離ネオ抗原ペプチド。
24.上記単離ネオ抗原ペプチドはクラスII HLAに結合し、上記第2のネオ抗原ペプチドはクラスI HLAに結合する、又は上記単離ネオ抗原ペプチドはクラスI HLAに結合し、上記第2のネオ抗原ペプチドはクラスII HLAに結合する、段落20〜22のいずれか一つに記載の単離ネオ抗原ペプチド。
25.インビボでの半減期、細胞ターゲティング、抗原取込み、抗原プロセシング、MHC親和性、MHC安定性又は抗原提示を増加させる改変をさらに含む、段落1〜24のいずれか一つに記載の単離ネオ抗原ペプチド。
26.上記改変は、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、PEG化、ポリシアル化HES化、組換えPEG模倣体、Fc融合、アルブミン融合、ナノ粒子の付着、ナノ粒子のカプセル化、コレステロール融合、鉄融合、アシル化、アミド化、糖鎖付加、側鎖の酸化、リン酸化、ビオチン化、表面活性物質の付加、アミノ酸模倣体の付加、又は非天然アミノ酸の付加である、段落25に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
27.上記標的とされる細胞は抗原提示細胞である、段落25に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
28.上記抗原提示細胞は樹状細胞である、段落27に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
29.上記樹状細胞を、CD141、DEC205又はXCR1マーカーを使用して標的とする、段落29に記載の単離ネオ抗原ペプチド。
30.少なくとも1つのネオ抗原ペプチドと、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物であって、少なくとも1つのネオ抗原ペプチドはそれぞれ、対象のHLAタンパク質に結合することができる腫瘍特異的ネオエピトープを含み、腫瘍特異的ネオエピトープはそれぞれ、腫瘍中に存在する腫瘍特異的突然変異を含み、
(a)上記組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも1%の腫瘍中に存在する腫瘍特異的突然変異を含む少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含む、
(b)上記組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも5%に存在するHLAタンパク質に結合する腫瘍特異的ネオエピトープを含む少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含む、又は
(c)上記組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも5%に存在する腫瘍に対して免疫応答を誘発することができる少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含む、
医薬組成物。
31.上記対象の集団は、副腎皮質癌(ACC)、膀胱尿路上皮癌(BLCA)、湿潤性乳癌(BRCA)、子宮頸部扁平上皮癌及び子宮頸管腺癌(CESC)、結腸腺癌(COAD)、慢性リンパ性白血病(CLL)、結腸直腸癌(CRC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、多形性膠芽腫(GBM)、頭頸部扁平上皮癌(HNSC)、腎臓の嫌色素性細胞(KICH)、腎臓の腎明細胞癌(KIRC)、腎臓の腎乳頭状細胞癌(KIRP)、急性骨髄性白血病(LAML)、肝臓の肝細胞癌(LIHC)、肺腺癌(LUAD)、肺扁平上皮癌(LUSC)、多発性骨髄腫(MM)、卵巣の漿液性嚢胞腺癌(OV)、膵臓腺癌(PAAD)、前立腺腺癌(PRAD)、直腸腺癌(READ)、皮膚の皮膚黒色腫(SKCM)、胃腺癌(STAD)、精巣の胚細胞腫瘍(TGCT)、甲状腺腺癌(THCA)、子宮体部内膜癌(UCEC)又は子宮癌肉腫(UCS)に罹患している、段落30に記載の医薬組成物。
32.上記癌に罹患している集団は、癌治療薬で、任意選択でイブルチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、トラスツズマブ、ベムラフェニブ、RAF/MEK阻害剤又は抗エストロゲン療法で、処置された、処置されている、又は処置するために選択される、段落30又は31に記載の医薬組成物。
33.上記腫瘍特異的突然変異は、スプライスバリアント突然変異、点突然変異及び/又はフレームシフト突然変異を含む、段落30〜33のいずれか一つに記載の医薬組成物。
34.上記少なくとも1つのネオ抗原ペプチドは、上記腫瘍特異的突然変異に隣接する及び上記腫瘍特異的突然変異を含むロングペプチド領域に由来する少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含み、上記ロングペプチド内の全ての隣接セグメントが含まれる、段落30〜33のいずれか一つに記載の医薬組成物。
35.上記腫瘍特異的突然変異は、表1〜9で列挙された1つ以上の遺伝子中に存在する、段落30〜34のいずれか一つに記載の医薬組成物。
36.上記組成物は、表1〜9のいずれかで定義された少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含む、段落30〜35のいずれか一つに記載の医薬組成物。
37.上記腫瘍特異的突然変異は、プログラム死リガンド1(PD−L1)、アンドロゲン受容体(AR)、ブルトン型チロシンキナーゼ(BTK)、上皮成長因子受容体(EGFR)、BCR−Abl、c−kit、PIK3CA、HER2、EML4−ALK、KRAS、ALK、ROS1、AKT1、BRAF、MEK1、MEK2、NRAS、RAC1及びESR1からなる群から選択されるタンパク質をコードする1つ以上の遺伝子中に存在する、段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
38.少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異はPD−L1又はARの選択的スプライシングに由来する、段落37に記載の医薬組成物。
39.少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、スプライスバリアントsPD−L1、AR−V1又はAR−V7に由来する、段落38に記載の医薬組成物。
40.上記腫瘍特異的突然変異は薬物耐性突然変異を含む、段落30〜39のいずれか一つに記載の医薬組成物。
41.少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、BTK/C481S,EGFR/T790M,BCR−Abl/T315I,BCR−Abl/Y253H,BCR−Abl/E255K,BCR−Abl/E255V,c−kit/T670I,PIK3CA/E545K,PIK3CA/E542K,HER2/G776(YVMA),HER2/E545K,EML4−ALK/G1269A,KRAS/G12V/D,ALK/L1196M,ALK/G1202R,ALK/S1206Y,ALK/1151T(ins),ALK/F1174C,ROS1/G2032R,AKT1/E17K,BRAF/V600E,MEK1/Q56P,MEK1/E203K,MEK1/C121S,MEK1/V60E,MEK1/G128V,MEK1/V154I,MEK1/P124S,MEK1/P124L,NRAS/Q61K/L/R,NRAS/T58I,MEK2/C125S,RAC1/P29S,ESR1/S463P,AR/V534E,AR/P535H,AR/L536Q,AR/L536R,AR/Y537C,AR/Y537S,AR/Y537N,AR/D538G及びAR/F876Lからなる群から選択される薬物耐性突然変異である、段落40に記載の医薬組成物。
42.上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、癌に罹患している対象の集団において年間少なくとも500例の患者の発症率を有し、上記少なくとも1つの突然変異は、表9で上記集団に関して列挙された突然変異を含む、段落30〜41のいずれか一つに記載の医薬組成物。
43.上記少なくとも1つのネオ抗原ペプチドは、表9で列挙された少なくとも1つのペプチドを含む、段落42に記載の医薬組成物。
44.(a)上記対象の集団はCLLに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、SF3B1:p.K700E,MYD88:p.L273P,NOTCH1:p.P2514fs,ABCA11P:p.E901D,AHNAK:p.D3823E,ZNF814:p.E348D,AHNAK:p.V1220I,AHNAK:p.H1203N,ANKRD30A:p.A232V,APOOL:p.I138L,EGR2:p.H397N,MKI67:p.H2213D,NRAS:p.Q61R,PLIN4:p.M691V,XPO1:p.E571K,ZCRB1:p.L76F,ZNF700:p.N652H,ZNF700:p.Q654R,ZNF844:p.D458H,AHNAK:p.A4046V,ANKRD36:p.P337R,C1orf170:p.T203I,CAST:p.D639E,EGR2:p.E369K,GPR123:p.L630P,IKZF3:p.L162R,MUC4:p.P4224R,OR9Q1:p.M34L,PKD2:p.Y486F,PRAMEF11:p.R104Q,SYNJ1:p.I681F,TP53:p.R248Q,TP53:p.R248W,TRPV2:p.L627del,ZNF254:p.S498A,ZNF732:p.A459T,ZNF749:p.E530Q,ZNF845:p.M423I,ABCA11P:p.G900E,ACRC:p.E243D,ACRC:p.A244V,ACSL3:p.T188S,ADAMTS2:p.D948N,AGAP6:p.S127I,AHNAK:p.A2114G,ANKRD36:p.D1014Y,ARID3A:p.G550fs,ARID4A:p.D1154E,ATP2B4:p.R183H,ATRNL1:p.L1244F,BNC1:p.Y937N,BRAF:p.K601N,BTLA:p.Q86K,C14orf177:p.G90V,C2orf44:p.N456K,C3orf15:p.R552Q,CACNA2D1:p.Y376N,CALD1:p.E340K,CCDC15:p.P488H,CCDC79:p.N440T,CCNB3:p.A932T,CD109:p.L470Q,CD209:p.Q189L,CKAP2:p.*684K,CMA1:p.I81K,CMIP:p.A230T,CNTNAP4:p.I12F,CRYM:p.*315K,DICER1:p.E1705K,DPCR1:p.L716P,EIF3A:p.M1093L,EIF4G3:p.R8H,ETFDH:p.I281F,EWSR1:p.Y656C,F5:p.L1332P,F5:p.L1253F,FAM50A:p.H317R,FBXL13:p.S102R,FBXW7:p.R465H,FHL1:p.D184E,FILIP1:p.I522K,FRG1B:p.Q39K,GNB1:p.I80T,GPR110:p.R443G,GPR98:p.Y6152F,HDGFL1:p.188_189insA,IGF2BP2:p.T186S,IL1R2:p.L364fs,KIAA1109:p.L4680P,KRAS:p.G13D,KRTAP19−1:p.G61S,MAF:p.G53fs,MAGEC1:p.L609H,MAP2K1:p.K57N,MED12:p.L36R,MED12:p.G44S,METAP2:p.Y137N,METTL9:p.Y57F,MGP:p.V15L,MKI67:p.R2222K,MUC16:p.T11005I,MUC4:p.S3941N,MUC4:p.S3941G,MUC4:p.V3091L,MUC4:p.S2951Y,MUC4:p.A2841S,MUC4:p.S2760A,MUC4:p.T2335M,MUC4:p.T1627K,MUC4:p.T1547S,MUC4:p.H1133Q,MYD88:p.M240T,NEDD4L:p.P194del,NEFH:p.S704T,NRG4:p.G21fs,OR2A25:p.S105C,OR4C16:p.Y63F,OR4N4:p.L150fs,PABPC1:p.K254fs,PIWIL1:p.P372fs,PLCD3:p.E499fs,PLEKHB1:p.S146P,PPIL4:p.S382R,PRDM4:p.*802K,PRG4:p.N675H,PRKAB1:p.P104H,R3HDM2:p.S592G,R3HDM2:p.S588N,R3HDM2:p.R206W,RPS2:p.R200G,RPTN:p.G364S,SF3B1:p.K666E,SF3B1:p.N626Y,SF3B1:p.Y623C,SIX3:p.I27L,SLC39A7:p.L456fs,SLC6A9:p.R94K,TFG:p.A382V,TGOLN2:p.K83R,TGOLN2:p.T80S,TLR2:p.D327V,TNKS2:p.T619fs,TP53:p.R273H,TP53:p.C242F,TP53:p.R175H,TWISTNB:p.H306Q,UBXN7:p.A276V,WDR78:p.N110K,XIRP2:p.V3008E,ZNF382:p.H186Q,ZNF578:p.R306H,ZNF578:p.G311S,ZNF578:p.H334R,ZNF700:p.S649C,ZNF705A:p.D298N,ZNF836:p.K608Q,及びZNF836:p.I571Nからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含み、並びに
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
45.(a)上記対象の集団はBLCAに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、PIK3CA:p.E545K,FGFR3:p.S249C,TP53:p.R248Q,PIK3CA:p.E542K,RXRA:p.S427F,ZNF814:p.D404E,FBXW7:p.R505G,NOTCH2:p.P6fs,TP53:p.E285K,ANKRD30A:p.A353P,C3orf70:p.S6L,EFCAB6:p.R379K,ERCC2:p.N238S,FAM47C:p.Q225E,FOXQ1:p.S135L,HLA−A:p.Q78R,MUC4:p.H4205Q,OTUD4:p.T909I,SLAMF1:p.S277fs,SPRED3:p.S128del,TMCO2:p.S15fs,TP53:p.R280T,TP53:p.E271K,TP53:p.A159V,ZNF706:p.I8N,ZNF706:p.R3P,ACACB:p.E2318Q,ACPP:p.E321K,ACRC:p.A264V,ADAMTS2:p.23_24insL,AFF3:p.E919K,AHNAK:p.S4150F,AHNAK:p.D2889H,AHNAK:p.V1940A,ALX4:p.R126Q,ANKRD12:p.E627K,ANKRD32:p.T999N,ARID1A:p.S614L,ASXL2:p.117_118SS>S,ATP12A:p.R858C,ATP9A:p.R519Q,BCAS3:p.T214M,BPI:p.M255I,CACNG8:p.V146G,CAMSAP1:p.T466fs,CDC27:p.I91fs,CDKN1A:p.E44fs,CEP192:p.S2058L,CGB8:p.T18A,CHRNA3:p.L23del,CHST4:p.D352N,CLIP1:p.S1018fs,COX6A1:p.S8L,CREBBP:p.D1435H,CRIPAK:p.M48fs,CSPG5:p.D119N,CUL1:p.E485K,DLC1:p.S741T,DLL3:p.D318H,DOPEY2:p.E1196K,ECM1:p.E266K,EEF1A2:p.Y418S,EEF2K:p.E673K,EMILIN1:p.R27G,ERBB2:p.S310F,ERBB3:p.M91I,ERBB3:p.V104L,ERBB3:p.D297Y,ERCC2:p.Y14C,FAM155A:p.Q86del,FAM43B:p.E272del,FASTKD3:p.Q625E,FBXW7:p.S546L,FGFR3:p.R248C,FGFR3:p.G380R,FGFRL1:p.H479fs,GBE1:p.M587I,GIMAP1−GIMAP5:p.S311C,GNA13:p.R200G,H1FOO:p.A214fs,HEATR7B2:p.E1109K,HIST1H1D:p.I81M,HRAS:p.G12D,HRCT1:p.H92P,ILF3:p.E484K,KCNK2:p.S6W,KIAA0907:p.Q446P,KIF23:p.E350K,KLF5:p.S118L,KLHL15:p.D185G,LAMA4:p.E639K,LILRA1:p.H410Y,LILRB1:p.L479del,LLGL2:p.P955fs,LPIN1:p.S974L,LRRC16A:p.D227N,LRTM2:p.S139L,LURAP1L:p.55_56insGGG,MAGEC1:p.P553del,MCL1:p.E171del,MN1:p.S472L,MUC7:p.A191V,MVP:p.E412K,NBPF10:p.E3455K,NFE2L2:p.E79K,NFE2L2:p.R34G,NOS1AP:p.Q306del,OR2T35:p.V319fs,OR4N2:p.L150fs,PABPC3:p.K333fs,PAX3:p.S197L,PBX2:p.E70K,PBXIP1:p.H729del,PCDP1:p.E537K,PEX1:p.I370fs,PHLDA3:p.E82K,PLEKHM2:p.S459L,PLVAP:p.A321V,POLR3B:p.L372F,POTEC:p.R477Q,PPL:p.H326Y,PPP1R15A:p.E196K,PRDM16:p.E271Q,PRIC285:p.E1289Q,PRMT8:p.S31P,PUF60:p.S396L,RAB11FIP4:p.S596L,RAD51C:p.D167N,RAD51C:p.Y224H,RALGPS1:p.R381Q,RARS2:p.R6C,RBM26:p.P644A,RERE:p.K176N,RXRA:p.S427Y,SERPINA12:p.R211G,SF3B1:p.E902K,SLC6A9:p.R243W,SLC9A5:p.L447F,SPESP1:p.F121L,SRPRB:p.G14S,SYN2:p.A34del,SYTL2:p.I440M,TAB3:p.R211T,TAF1B:p.R292C,TAOK2:p.L981del,TAS1R3:p.E525K,TAS2R9:p.E163Q,TBC1D1:p.S71F,TBC1D2B:p.R920Q,TFPI2:p.R222C,TM6SF1:p.S15W,TMEM131:p.K640fs,TMEM19:p.G331fs,TP53:p.R273C,TP53:p.R248W,TP53:p.R175H,TP53:p.K132N,TRAM1:p.E41Q,TSKS:p.E513K,TTN:p.C20935G,UBOX5:p.S417L,UGP2:p.D262H,VGF:p.E433K,XAB2:p.E782K,XYLB:p.S87F,ZC3H4:p.E798K,ZNF208:p.K852E,ZNF208:p.I647S,ZNF626:p.G198E,ZNF749:p.Q457E,ZNF761:p.H373R,ZNF799:p.T43A,ZNF799:p.W41G,ZNF799:p.E589G,ZNF844:p.P503R,ZNF845:p.M423T,ZNF845:p.T479M,ZNF860:p.H464R,ZNF878:p.S181R,ZNF91:p.R333H,及びZNF91:p.H305Rからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
46.(a)上記対象の集団はBRCAに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、GATA3:p.L328fs,GATA3:p.N334fs,GATA3:p.L344fs,GATA3:p.H400fs,GATA3:p.S408fs,GATA3:p.S430fs,GATA3:p.H434fs,GATA3:p.H435fs,及びGATA3:p.S408fsからなる群から選択されるフレームシフト突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜43のいずれか一つに記載の医薬組成物。
47.(a)上記対象の集団はBRCAに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、PIK3CA:p.H1047R,PIK3CA:p.E545K,PIK3CA:p.E542K,AKT1:p.E17K,TP53:p.R175H,PIK3CA:p.N345K,PIK3CA:p.H1047L,SF3B1:p.K700E,GATA3:p.S408fs,PIK3CA:p.E726K,TP53:p.Y220C,TP53:p.H193R,PIK3CA:p.Q546R,TP53:p.R273C,TP53:p.R248W,TP53:p.R273H,TP53:p.I195T,TP53:p.H179R,FGFR2:p.N549K,NUP93:p.E14K,PIK3CA:p.C420R,PIK3CA:p.E453K,PIK3CA:p.Q546K,TP53:p.V216M,TP53:p.C176F,CDH1:p.E243K,ERBB2:p.L755S,KRAS:p.G12V,PIK3CA:p.E545A,TBL1XR1:p.I141fs,TP53:p.G266E,TP53:p.R248Q,TP53:p.Y163C,TP53:p.C141Y,TP53:p.G108fs,ACPP:p.R43W,AKT2:p.I289M,ARHGAP9:p.R137C,C9orf174:p.R136W,CDC42BPA:p.P675T,COL12A1:p.S395L,CRISPLD1:p.R222W,CT47B1:p.234_243EKLTEEATEE>E,CYP1A2:p.V483M,DAB2IP:p.E161K,DGKB:p.S13L,DMD:p.K1772N,DPEP1:p.V11L,ERBB2:p.S310F,ERBB2:p.D769Y,ERBB3:p.E928G,ESYT1:p.R816W,FAM179A:p.A831T,FAM58BP:p.A70T,FMN2:p.S751F,GALNTL6:p.K567del,GATA3:p.L328fs,GATA3:p.N334fs,GATA3:p.L344fs,GATA3:p.H400fs,GATA3:p.S408fs,GATA3:p.S430fs,GATA3:p.H434fs,GATA3:p.H435fs,GDAP1:p.T307A,GRB14:p.A300T,GUCY2C:p.G549C,IL17B:p.R34W,KCNB2:p.R231H,KIF1B:p.R1320W,KIF26B:p.V1113M,KLF4:p.K434Q,LY9:p.I69L,MAP2K4:p.S184L,MAP2K4:p.S251I,MAP2K4:p.T261fs,MAP3K1:p.L318fs,MAP3K1:p.I761fs,MAP3K1:p.V1346del,MAP3K1:p.L1384fs,MAPK13:p.E315K,MAPK4:p.V100M,MARCH5:p.R170C,MBP:p.E120K,MEFV:p.R377H,METTL15:p.Q53E,MS4A4A:p.V99M,MUC17:p.R4415H,MYH6:p.T847M,MYO5B:p.A405V,NARS2:p.P240R,NLGN4X:p.D382N,NLRC4:p.R288W,OR13G1:p.R258H,OR2AK2:p.V45I,OTOF:p.T388M,PACSIN2:p.Q331H,PALM2−AKAP2:p.A299T,PCDH19:p.R286C,PCDHGC5:p.D664N,PIK3CA:p.R88Q,PIK3CA:p.E110del,PIK3CA:p.K111del,PIK3CA:p.PVPHGLEDL447del,PIK3CA:p.L455fs,PIK3CA:p.M1004I,PIK3CA:p.M1043I,PIK3CA:p.N1044Y,PIK3R1:p.KPDL567del,PREX2:p.R363Q,PRRX1:p.A196V,PTEN:p.V317fs,RGSL1:p.V222I,RUNX1:p.R142fs,RUNX1:p.D96fs,SCN2A:p.R36K,SLC25A32:p.Q83E,SLC25A45:p.G106C,STRA6:p.Q68R,STX6:p.H153D,TBX3:p.H187Y,TFPT:p.S252C,TINAG:p.R332W,TMEM71:p.R63Q,TP53:p.E286K,TP53:p.R282W,TP53:p.V272M,TP53:p.S241fs,TP53:p.C238fs,TP53:p.C238F,TP53:p.C238Y,TP53:p.Y234C,TP53:p.Y220S,TP53:p.R209fs,TP53:p.G199V,TP53:p.L194R,TP53:p.H193L,TP53:p.H193Y,TP53:p.V173L,TP53:p.V173M,TP53:p.K132N,TP53:p.R110fs,TUBD1:p.A200V,VLDLR:p.R231H,VWA3A:p.V955I,VWF:p.K1720N,XPO1:p.E571K,及びZNF268:p.F901delからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
48.(a)上記対象の集団はCOADに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、KRAS:p.G12D,BRAF:p.V600E,KRAS:p.G12V,ACVR2A:p.K435fs,GRB14:p.KKK295del,SEC63:p.L532fs,TGFBR2:p.E125fs,ATR:p.K771fs,ICA1:p.N204fs,KRAS:p.G12C,TP53:p.R175H,ABCA8:p.R842Q,ACTL7B:p.R354H,ACVR2A:p.K435fs,AIM2:p.K340fs,ALG2:p.S302Y,ANKIB1:p.K144fs,ARSG:p.V131I,ATP10D:p.R311H,AXIN2:p.W663fs,C5orf30:p.D4N,CACNG3:p.V134I,CASP5:p.K78fs,CC2D2A:p.R1284C,CDH10:p.E349K,DNMT1:p.E432K,DOCK2:p.G170R,DOCK5:p.E177K,EGR2:p.R390H,ERBB3:p.V104M,FAM135B:p.R884H,FBXW7:p.R505C,FBXW7:p.R465H,FHDC1:p.R254W,FOXL1:p.N89K,HCN4:p.R525H,HLA−DMA:p.E84K,HTR3B:p.R236C,ITGA4:p.T673M,KIF18A:p.R17C,KIF20B:p.E991K,KLHL5:p.R326C,KRAS:p.A146T,KRAS:p.G13D,LPHN3:p.R1183Q,MAP2K4:p.R287H,MAPK8IP1:p.L217fs,MFSD5:p.R280Q,MUC16:p.R8606H,MYO6:p.D1180N,NAA25:p.S807Y,NBPF14:p.V44L,NRAS:p.Q61K,NRAS:p.G13R,PAX3:p.T424M,PGAM1:p.R240H,PHF3:p.R1410I,PIK3CA:p.R88Q,PIK3CA:p.E545K,PIK3CA:p.H1047R,PLXNA3:p.V14fs,POSTN:p.R508C,PTPRU:p.D1434N,PYGO2:p.Q150fs,RBBP7:p.E274K,SFPQ:p.R611Q,SGSM1:p.F1117L,SLC25A40:p.R96Q,SLC8A1:p.R431H,SLITRK3:p.S298L,SPATA22:p.S150L,SUN3:p.E128K,TGFBR1:p.S241L,TP53:p.R273H,TP53:p.R273C,TP53:p.R248W,TRPV5:p.R492H,USP40:p.S851L,VPS13C:p.D1359Y,ZBTB24:p.L607I,ZNF434:p.R306C,ZNF443:p.R301I,ZNF484:p.R138C,及びZNF770:p.S441Pからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
49.(a)上記対象の集団はGBMに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、HSD17B7P2:p.N175S,IDH1:p.R132H,EGFR:p.A289V,EGFR:p.G598V,WASH3P:p.G175S,ZNF814:p.D404E,RPSA:p.Q111E,NBPF10:p.E3455K,TP53:p.R248Q,BRAF:p.V600E,EGFR:p.A289T,PRB2:p.N230del,RGPD5:p.P1760A,TP53:p.R175H,CHEK2:p.K373E,EGFR:p.R108K,EGFR:p.R222C,PIK3CA:p.E545K,PIK3R1:p.G376R,POTEC:p.K507E,SDHAP2:p.V195E,SLC6A10P:p.K88N,TP53:p.R282W,TP53:p.R273H,CD3EAP:p.K219del,DST:p.R146C,EGFR:p.A289D,EGFR:p.H304Y,FRG1B:p.S71N,GOLGA8DP:p.A116E,KRTAP4−11:p.R121K,KRTAP4−11:p.S48R,MAP3K1:p.P324L,OGDH:p.I78fs,PODXL:p.S162fs,PSPH:p.V145I,SPINT1:p.A316V,TP53:p.R248W,TP53:p.G245S,TP53:p.Y220C,TP53:p.R158H,TSHZ2:p.A222T,UBC:p.L149R,ZDHHC4:p.R300H,ZNF844:p.R447P,AASS:p.T878fs,ABCC10:p.R570W,ADAM29:p.V205I,ADAMTS8:p.V524M,AGAP3:p.R766W,AICDA:p.Y144F,AK7:p.A159V,AK8:p.D243A,ANO2:p.R334C,AOX1:p.A507V,ARHGAP5:p.M691L,CALN1:p.V231I,CARM1:p.A202V,CD163L1:p.V721M,CD1D:p.L25fs,CD209:p.A283T,CDH18:p.A195T,CILP2:p.V553M,CIZ1:p.L89P,CLOCK:p.L123fs,COL6A5:p.T2224M,CSF2RB:p.G298S,CSMD3:p.E171K,CYP2D6:p.H352R,DCAF12L1:p.R335H,DCAF12L2:p.R246H,DPP10:p.V183I,DPY19L2P1:p.R378Q,DQX1:p.R505H,DRD5:p.S275R,DVL2:p.V66G,EFCAB6:p.R379K,EGFR:p.L62R,EGFR:p.R252C,EGFR:p.P596S,EGFR:p.P596L,EGFR:p.G598A,EGFR:p.E709K,EPHA1:p.A184T,ERC2:p.R20H,ESPNP:p.R627Q,FAM126B:p.R382H,FBN3:p.V886I,FGF14:p.T229M,FLG2:p.H1901fs,FLG:p.R2886H,FLNA:p.V1240M,FOXG1:p.H57del,FPR2:p.R54Q,FRG1B:p.K13N,FRG1B:p.A53T,GABRA6:p.V314I,GJB3:p.R160H,GLT8D2:p.A178V,GRM3:p.R183C,HERC1:p.R2330H,HNF1B:p.T417M,HTRA3:p.Q403R,IDH1:p.R132G,IFNA10:p.L80F,IFNA10:p.V79A,JHDM1D:p.R313H,JPH1:p.A395T,KEL:p.V411M,KIAA0907:p.R516fs,KIAA1704:p.D88del,KLK6:p.R120H,KRAS:p.G12D,KRTAP4−7:p.L121V,KRTAP4−7:p.L148V,KRTAP5−4:p.S131C,LAT2:p.L18W,LIMK2:p.R203H,LUM:p.R330C,MCOLN3:p.V141I,MGAT4B:p.T444P,MUC17:p.V77M,MUC17:p.3204_3205insP,MYO1D:p.T109M,MYO6:p.Q914fs,NAP1L5:p.140_141EE>E,NF1:p.F1658fs,NHP2L1:p.R84C,NLRP5:p.R737W,NPTX1:p.A263T,NUFIP2:p.Q29del,ODF4:p.R61C,OR11H12:p.H154P,OR2A7:p.V18I,OR2H1:p.V287I,OR2T12:p.R184H,OR5D13:p.R236C,OR5P2:p.A100V,OR6N2:p.R293C,PASD1:p.A236del,PCDH11X:p.T486M,PCDHB13:p.P221L,PDGFRA:p.E229K,PDGFRB:p.S650L,PHC3:p.T35del,PIK3C2B:p.R287fs,PIK3CA:p.M1V,PIK3CA:p.R88Q,PIK3CA:p.M1043V,PIK3CA:p.H1047R,PIK3R1:p.K379N,PODNL1:p.A150V,POTEE:p.V166M,POTEG:p.R136H,PRKCD:p.G432fs,PROKR2:p.V297I,PTEN:p.C136Y,PTEN:p.S170N,PTEN:p.R173H,PTEN:p.T277I,PTEN:p.V317fs,PTPN14:p.E716del,R3HDM2:p.412_413QQ>Q,RAB11FIP5:p.R170H,RASAL3:p.R82H,RB1:p.N316fs,RDH8:p.A198V,REN:p.15_16LL>L,RIMBP2:p.R830H,SCAF11:p.E926fs,SCN7A:p.R1358H,SCNN1G:p.R564H,SDHAP2:p.R31C,SDHAP3:p.A66T,SEMG2:p.R292C,SH3RF2:p.R318C,SHB:p.A460T,SIGLEC10:p.T250M,SLC13A5:p.Q273P,SLC17A9:p.V324I,SLC22A9:p.R407Q,SLC26A3:p.V88I,SLC5A3:p.A302fs,SLC9A4:p.R631H,SPAM1:p.R346Q,SPEN:p.E803fs,SPTA1:p.A2011V,SUSD5:p.T513M,SYNE1:p.R8468H,TARSL2:p.G366D,TAS2R41:p.A255T,TAT:p.R367H,TFPI2:p.R206C,THSD7B:p.R90C,TMEM147:p.A92V,TMEM156:p.R81C,TMPRSS6:p.V302I,TNFSF9:p.A232T,TP53:p.C238F,TP53:p.C238Y,TP53:p.Y234C,TP53:p.V216M,TP53:p.H179R,TP53:p.T155N,TRAPPC10:p.K133fs,TTN:p.R21402W,TTN:p.V16403M,TUBBP5:p.V102M,TYRP1:p.T352fs,UBC:p.R73L,UGT2B28:p.P289H,USH2A:p.R3719H,WASH6P:p.L211V,ZFP42:p.V227I,ZFP42:p.T264M,ZNF181:p.V305G,ZNF280B:p.E400K,ZNF534:p.N583K,ZNF563:p.W208fs,ZNF844:p.F487L,及びZPBP:p.R154Cからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
50.(a)上記対象の集団はHNSCに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、PIK3CA:p.E545K,PIK3CA:p.E542K,TP53:p.R175H,PIK3CA:p.H1047R,TP53:p.R282W,TP53:p.R248Q,TP53:p.R273H,TP53:p.R248W,TP53:p.G245S,RHOA:p.E40Q,EP300:p.D1399N,HRAS:p.G13V,MB21D2:p.Q311E,NFE2L2:p.E79Q,TP53:p.H179Y,FBXW7:p.R505G,HIST1H2BF:p.E77K,HRAS:p.G12D,MAPK1:p.E322K,NFE2L2:p.D29H,TP53:p.P278S,TP53:p.C242F,TP53:p.Y220C,TP53:p.H193L,TP53:p.H179R,TP53:p.V157F,TP53:p.R110L,AKNAD1:p.K620R,ANXA6:p.R231Q,AP1G2:p.D243N,ATAD5:p.D441N,ATP6AP2:p.E119Q,B2M:p.M1I,BCL11A:p.E579K,C1orf172:p.Y30fs,C7orf57:p.E30K,CCDC135:p.E313K,CDH12:p.P706T,CDH7:p.Q225K,CDK11B:p.E79del,CDKN2A:p.H83Y,CHCHD4:p.T79M,CIRH1A:p.S250I,CLSTN2:p.P759L,CRB1:p.L628fs,DENND5B:p.G1023E,DNAH5:p.Q1797E,DSP:p.R160G,EDA:p.L58F,EFCAB6:p.E1002K,ELF4:p.S415L,EP300:p.C1164Y,EPHA3:p.T802R,EPHA6:p.D952H,ERBB2:p.M916I,ESRRA:p.D219N,FAM101A:p.I89del,FBXO24:p.M553V,FCAR:p.V233M,GPANK1:p.Y351fs,GPR20:p.V300I,GPRASP1:p.S706L,GPRIN3:p.R633fs,GRID2:p.T649fs,GRM3:p.F682L,GUCY2F:p.S404L,HCRTR2:p.D100Y,HIST1H3C:p.K37M,HIST1H4C:p.R68P,HLX:p.S12T,HOXD10:p.Y151C,HPS3:p.K812N,HRAS:p.G12A,HRAS:p.G12S,IFT140:p.E664K,INPPL1:p.T493M,ITGA10:p.R669Q,ITGB1:p.D158N,KIAA1429:p.D1526N,KIAA1429:p.S138F,KPRP:p.E553fs,KSR2:p.T555M,LINGO2:p.P410T,LPCAT1:p.V187del,MAGEB3:p.V75A,MAP3K7:p.E524Q,MAP4K3:p.P657fs,MAP9:p.K485N,MARS2:p.R481Q,MBOAT7:p.R424W,MUC16:p.R12774H,MUC5B:p.T4388M,MYH11:p.E993K,MYOCD:p.T493M,MYOM1:p.R63Q,NANOS3:p.S183L,NCOR1:p.R1561Q,NCOR1:p.Q169E,NCR1:p.D213N,NFE2L2:p.E79K,ODZ1:p.R366M,OPN1MW:p.A285T,OR2M2:p.A95fs,OR2M3:p.M273I,OR2T33:p.R120S,OR6V1:p.I248fs,PABPC5:p.P58L,PACSIN1:p.E359K,PIK3CA:p.M1043V,PIK3CA:p.H1047L,PIWIL1:p.V699M,PLIN5:p.430_431insNG,PLXNA3:p.P58S,PRB1:p.R274fs,PRSS1:p.D107N,RAC1:p.A159V,RGS7:p.L21fs,RPA1:p.R31H,RPL18:p.R178fs,SFI1:p.R821Q,SLC35D3:p.*417S,SLC5A7:p.G336C,SMARCA4:p.P913L,STAT3:p.D661V,SYCP2:p.K474N,SYT6:p.R249H,TBX21:p.E494K,THSD7A:p.R1046C,THSD7A:p.C728F,TMC3:p.R934S,TMTC2:p.T409R,TP53:p.E285K,TP53:p.C275F,TP53:p.R273C,TP53:p.G266E,TP53:p.G262V,TP53:p.R249S,TP53:p.G245V,TP53:p.C238F,TP53:p.M237I,TP53:p.Y236C,TP53:p.Y236D,TP53:p.R196P,TP53:p.PHHERC177del,TP53:p.V173L,TP53:p.V173M,TP53:p.Y163C,TP53:p.P151T,TP53:p.V143M,TP53:p.P58fs,URI1:p.S13fs,ZNF177:p.K384N,ZNF750:p.S96fs,及びZZZ3:p.R5Qからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
51.(a)上記対象の集団はKIRCに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、WASH3P:p.G175S,VHL:p.L89H,VHL:p.S111N,WDR52:p.V1227G,KRT1:p.552_559YGSGGSSY>Y,KRTAP1−1:p.S34C,PALM2−AKAP2:p.1075_1076insEA,ZNF814:p.D404E,DOPEY2:p.Y2048S,KAT2B:p.W111fs,PABPC1:p.E156fs,PCDHGC5:p.G599V,PIK3CA:p.E545K,RRAD:p.A278E,SIRPA:p.D131del,UQCRFS1:p.I83V,VHL:p.P45L,VHL:p.V74D,VHL:p.R82P,VHL:p.L116fs,VHL:p.L158V,VHL:p.L169P,WDR73:p.DGTRSQ315del,ABCA3:p.E95D,ABCC5:p.L1090fs,ACADS:p.R330H,ACAN:p.G952E,ACSM2A:p.L402fs,ADAM23:p.K380M,ADH1A:p.D154V,AFF3:p.SA620del,AGAP6:p.D69fs,AGAP7:p.E71fs,AHNAK:p.5_6insE,AIDA:p.K247M,ALAS1:p.G302R,ANAPC16:p.R95fs,ANK2:p.N453S,ANKRD36:p.K378R,ARHGEF5:p.E487G,ARSD:p.AGV234del,ARSD:p.A234G,ATP2A1:p.G704C,ATP7A:p.Q990fs,AVIL:p.G299fs,AXDND1:p.EQ991del,BAP1:p.N78S,BAP1:p.M1I,BLM:p.H660Q,BMPER:p.RIAL444del,BRK1:p.K70Q,BTRC:p.I416M,C16orf55:p.D118A,C19orf33:p.K102E,C20orf132:p.E382D,C2orf71:p.1225_1226insS,C6orf132:p.173_182PPPLLLEPPP>P,CASP5:p.R23fs,CATSPER4:p.T425M,CCDC120:p.I8V,CCR5:p.S185I,CCZ1:p.E214D,CD7:p.P174fs,CDAN1:p.L646fs,CDH23:p.F1132Y,CDK5RAP2:p.H1592Q,CENPB:p.E410V,CERCAM:p.A85fs,CHEK2:p.K373E,CHIT1:p.P284fs,CLCN2:p.645_645R>RR,CLUL1:p.G463R,CNTNAP4:p.Y436S,CUL9:p.D1726E,CWC25:p.K364E,CXorf51B:p.V43I,DDX39B:p.F149fs,DIRAS1:p.G79C,DISP2:p.F1021S,DNMBP:p.T78P,DOCK8:p.A177fs,DPCR1:p.H383N,DPCR1:p.L768del,EGFR:p.L838M,ENPEP:p.F289C,ESPNP:p.W122fs,FAM105A:p.H126N,FAM186A:p.IPPQAQELEIPL1556del,FAM194B:p.EEEEYL135del,FAM22F:p.S691del,FAM22F:p.P690fs,FAM47A:p.LRPEPPETGVSH235del,FAM47C:p.P388S,FAM78A:p.W192L,FBXO34:p.Q294fs,FGFR3:p.R571fs,FGFR3:p.P716H,FMN2:p.AIPPPPPLPGA956del,FOXD4L4:p.C405fs,FUT6:p.S140fs,GJA1:p.A311fs,GOLGA5:p.L492I,GPM6A:p.A50V,GPRIN1:p.231_239RKEDPGSLR>R,GRAMD1B:p.P356H,GREB1:p.S344Y,GRM6:p.A718fs,GUSB:p.L501V,GUSB:p.C500R,HBB:p.F86C,HDAC6:p.G977D,HEXDC:p.T482P,HNF1B:p.N302K,HNRPLL:p.M327V,HRC:p.P439fs,HSFX2:p.D92E,IL1RAP:p.F50C,IVL:p.EQQEGQLKHP167del,KANK4:p.S253P,KCNJ18:p.E378K,KIAA1751:p.K97N,KRT1:p.SSYGSGG557del,KRT2:p.L299W,KRT4:p.F154fs,KRTAP10−6:p.49_49P>PSCCAP,KRTAP5−7:p.C120Y,KRTAP9−2:p.CCQP140del,LARS:p.P185fs,LCP1:p.P445fs,LOC338651:p.PHRSHSPPWS102del,LRCH2:p.D717G,LTA4H:p.F107L,LYST:p.Q710H,MAFA:p.207_208HH>H,MAGEC1:p.P239del,MAP2K5:p.Q445R,MAPKAPK2:p.T214fs,MARCKS:p.K152fs,MED12L:p.P2071S,MEGF6:p.A582fs,MGST3:p.G143fs,MLXIPL:p.S790R,MOCOS:p.S849P,MST1R:p.M464V,MTOR:p.C1483F,MTOR:p.L1460P,MUC16:p.P11260A,MUC17:p.R1227fs,MUC17:p.H1228fs,MUC2:p.1480_1481insI,MUC6:p.P1569fs,MYO3A:p.N525S,NBPF3:p.D491V,NCOR1P1:p.L52P,NDUFA4L2:p.G3fs,NEFH:p.651_651K>KAKSPEK,NES:p.V611L,NFAT5:p.Q906E,NOXO1:p.G3fs,NR2C1:p.S270I,NSMCE2:p.Q31fs,NUDT21:p.W13fs,ODZ2:p.W628fs,ONECUT1:p.L424M,OR10A3:p.F73V,OR4F4:p.E15G,OR4N2:p.L150fs,OR51B5:p.A66fs,OR7C1:p.F104fs,PABPC1:p.Y408F,PABPC1:p.K333fs,PABPC1:p.A181T,PABPC3:p.P191T,PALLD:p.A996T,PALM2−AKAP2:p.G1118fs,PARD6A:p.G84fs,PASK:p.T62I,PCDH15:p.C1713F,PCNT:p.G136S,PGM5:p.G426fs,PGPEP1L:p.R164fs,PIK3C2B:p.F1473L,PIK3CA:p.N1044K,PIK3R5:p.L371R,PITRM1:p.P816T,PLIN4:p.T347I,PODXL:p.28_30PSP>P,POLR1C:p.K332Q,POTED:p.I214V,PPM1E:p.R311W,PRKCE:p.Q157fs,PROX1:p.V225D,PRRC2C:p.P1883T,PRX:p.P549L,PSD3:p.T563P,PTCH1:p.P689H,RANBP3:p.L386W,RASGEF1C:p.A188T,RGPD6:p.F946L,RHEB:p.Y35N,RIMBP3:p.A396del,RIN3:p.L449V,RLIM:p.S501L,RNF17:p.S351C,RUNX2:p.P466H,SCAF1:p.P208fs,SDK1:p.K508fs,SECISBP2:p.D608E,SERPINB3:p.S209C,SESTD1:p.I306M,SFRP4:p.P325fs,SH3KBP1:p.P563fs,SIPA1L3:p.G777A,SLC13A2:p.L493fs,SLC16A9:p.CVLLGG470del,SLC25A5:p.A118T,SLC44A5:p.V70F,SLC4A8:p.N229K,SLC52A1:p.G370del,SLC52A2:p.G399fs,SLC6A10P:p.K88N,SLC6A14:p.A85fs,SLC9B1:p.V446fs,SON:p.VLESSAVT1359del,SP8:p.G165del,SPAG1:p.353_354insD,SPATA9:p.C189F,SPEG:p.A992fs,SPTB:p.T1864I,SRA1:p.V110L,STAT6:p.P354fs,STK11IP:p.A155E,STXBP3:p.E279G,SVIL:p.M93T,SYNE1:p.R8468S,SYNJ2:p.K832T,SYNPO:p.G619fs,TAOK2:p.Q899fs,TAS2R38:p.I311T,TBC1D12:p.F608Y,TBC1D1:p.H277R,TBC1D3:p.A556fs,TBC1D3C:p.A495fs,TBC1D3F:p.A556fs,TCF7:p.H140P,TDRD10:p.W276C,THRAP3:p.K551R,TMEM102:p.A110P,TMEM161B:p.L142P,TMEM230:p.D140G,TMEM47:p.G87S,TRDN:p.*730Y,TTBK1:p.T1065S,UBE2O:p.R1118fs,UBR5:p.T1306fs,UPK3A:p.G272fs,VHL:p.G39S,VHL:p.S65L,VHL:p.N78D,VHL:p.R79P,VHL:p.W88L,VHL:p.L89P,VHL:p.R107P,VHL:p.S111R,VHL:p.H115N,VHL:p.D121Y,VHL:p.G123fs,VHL:p.D126fs,VHL:p.L128H,VHL:p.L135F,VHL:p.I151T,VHL:p.L153P,VHL:p.L158P,VHL:p.Q164fs,VHL:p.L184P,VHL:p.L188P,WASH6P:p.315_316insAPP,WASH6P:p.T201M,WWP2:p.G458A,ZCCHC6:p.K937N,ZFAND2B:p.I149T,ZFR2:p.Y107N,ZNF273:p.N319K,ZNF462:p.S650T,ZNF516:p.A256D,ZNF519:p.H431Y,ZNF687:p.F858C,ZNF732:p.E227Q,ZNF880:p.Q406R,ZP3:p.V362fs,及びZRANB1:p.*735fsからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
52.(a)上記対象の集団はLAMLに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、NPM1:p.W288fs,DNMT3A:p.R882H,NPM1:p.L287fs,IDH2:p.R140Q,IDH1:p.R132C,FLT3:p.D835Y,DNMT3A:p.R882C,FLT3:p.600_601insFREYEYD,IDH1:p.R132H,NRAS:p.G13D,U2AF1:p.S34F,KIT:p.D816V,FLT3:p.D835E,IDH2:p.R172K,NRAS:p.G12D,WT1:p.S381fs,ABTB1:p.L249fs,DNMT3A:p.R736H,FLT3:p.D835H,KRAS:p.G12D,NPM1:p.L287fs,NRAS:p.Q61H,NRAS:p.Q61K,PHACTR1:p.V251fs,RBBP4:p.E330K,RUNX1:p.R135G,及びU2AF1:p.S34Yからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一項に記載の医薬組成物。
53.(a)上記対象の集団はLUADに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、KRAS:p.G12C,KRAS:p.G12V,EGFR:p.L858R,U2AF1:p.S34F,KRAS:p.G12A,TP53:p.R158L,KRAS:p.G12D,PIK3CA:p.E545K,TP53:p.R273L,EGFR:p.ELREA746del,KRAS:p.G13D,A2ML1:p.S654fs,BRAF:p.G469V,CTNNB1:p.S37F,EGFR:p.G719A,KRAS:p.G13C,MYOF:p.G165fs,EGFR:p.S768I,FAM47C:p.G948W,KRAS:p.Q61L,MYH10:p.L1091fs,NRAS:p.Q61L,OR4C3:p.H130fs,PI15:p.V22F,RAD50:p.D69Y,RIT1:p.M90I,TP53:p.C275F,TP53:p.R249M,TP53:p.R249G,TP53:p.R248P,TP53:p.R175H,TP53:p.Y163C,TP53:p.A159P,TP53:p.V157F,TP53:p.G154V,ABCB1:p.R467L,ACBD3:p.R224L,ACTA1:p.G275C,ACTN2:p.D893Y,ADAM30:p.Q741H,ADAMTS14:p.G238C,ADAMTS20:p.R1251S,ADAMTS20:p.R541L,ADAMTS5:p.L549M,ADAMTS9:p.G659W,ADCY2:p.P1016T,ADCY5:p.G623C,AFP:p.A182G,AHDC1:p.P155Q,AKAP1:p.LDRNEEG317del,ALKBH1:p.K137E,ANK2:p.Q3076L,ANKRD44:p.G339C,ANO3:p.A41S,AP1G1:p.R723L,APBB2:p.T243fs,APOB:p.L973M,APOBR:p.R840L,AQP10:p.Q261L,ARAP3:p.R1226L,ARFIP2:p.R86L,ARHGAP36:p.P16H,ARL13B:p.R358L,ASCC2:p.R365L,ASPM:p.S240F,ASXL3:p.P1470Q,ATRN:p.P197Q,AVIL:p.G64W,AXDND1:p.W101R,B3GAT1:p.R125L,BARX2:p.R68P,BCL9L:p.G980C,BCOR:p.N1459S,BEND2:p.P536Q,BMS1:p.G455V,BRAF:p.V600E,BRAF:p.G466V,BRD9:p.G330W,BRF1:p.V469L,BRWD3:p.H160N,BTRC:p.G260W,C11orf68:p.V135L,C15orf2:p.V753F,C15orf2:p.G906W,C18orf8:p.M61I,C1GALT1:p.G299V,C1orf173:p.G1454S,C1orf173:p.S688Y,C1orf87:p.R541L,C2orf53:p.P272H,C3orf20:p.R740L,C7:p.R687S,C7orf58:p.G140W,C7orf58:p.R238L,CACNA1A:p.S772Y,CACNA1D:p.R1073L,CACNA1E:p.R2089Q,CACNA2D1:p.A352E,CACNG3:p.R232W,CADPS:p.R959S,CALB2:p.R258C,CAMK2B:p.G131V,CARD11:p.I1065M,CCDC111:p.R417L,CCDC141:p.E1204V,CCDC19:p.R279L,CCDC19:p.R207L,CCKAR:p.L271M,CD1B:p.W41L,CDH10:p.S577R,CDH10:p.R472C,CDH10:p.R128S,CDH18:p.A721S,CDH20:p.P433H,CDH6:p.Q237K,CDK13:p.R880S,CDK4:p.R24L,CELF4:p.A309P,CFDP1:p.P129fs,CHN1:p.K264N,CHRNA4:p.S396R,CHRNA9:p.P361Q,CLCNKA:p.P124Q,CLEC12B:p.W217L,CLK4:p.R68L,CNTFR:p.D252Y,CNTN6:p.R807M,CNTNAP2:p.F395L,COL19A1:p.P538Q,COL5A2:p.G612W,COL5A2:p.G516W,COL9A1:p.P211Q,CPE:p.P290Q,CPNE8:p.Q127H,CPSF4:p.P219Q,CRIPAK:p.S180fs,CROT:p.Q580H,CRTC3:p.S363L,CSMD2:p.P1855Q,CSMD3:p.T2810N,CSMD3:p.P2727T,CSMD3:p.Q174H,CUBN:p.G596C,CUL4B:p.R91S,CUL7:p.L371F,CXCL9:p.K122N,CXCR4:p.E345Q,CXorf59:p.R198M,CYP11B1:p.R498G,CYP27A1:p.P112Q,CYP2B6:p.A444E,DACH2:p.R539L,DCC:p.R446H,DDX56:p.R329L,DEFA1:p.W90C,DENND2A:p.R688Q,DENND2A:p.R499L,DMBT1:p.R1521L,DNAH5:p.R3822L,DNAH9:p.S2993R,DNAI2:p.V231L,DPP6:p.L757F,DSG4:p.R128L,DST:p.A4410S,DZIP3:p.M322L,EBF3:p.R231S,EFCAB4B:p.E265Q,EHHADH:p.Q704H,ELAVL2:p.L263F,EMR1:p.R493H,ENAH:p.R514L,ENPP1:p.G738E,EPB41L3:p.A896S,EPG5:p.R2289L,EPHA1:p.G111V,EPHB6:p.R337H,EPRS:p.V1151L,ERBB2:p.S310Y,ERBB2:p.774_775insAYVM,ERBB2:p.776_776G>VC,ERN2:p.T295K,FAM120B:p.P467H,FAM127C:p.F52L,FAM135B:p.W240C,FAM210B:p.L112F,FAM47A:p.R690L,FAM47B:p.W163C,FAM47B:p.L567F,FAM5C:p.R457G,FAM70B:p.P277T,FAM71B:p.L583M,FAM75A6:p.R304S,FAM75A6:p.P54L,FAM75D1:p.R1265S,FARP1:p.R299L,FAT1:p.R4359L,FAT3:p.R1266H,FAT3:p.G1899V,FAT3:p.H3574N,FBXO18:p.M144I,FBXO31:p.G443fs,FCGBP:p.A1022S,FCRL2:p.V505L,FERD3L:p.P92H,FGB:p.E339Q,FGFR2:p.E116K,FGFRL1:p.R243L,FGFRL1:p.V274L,FKBPL:p.R320L,FLG2:p.G1545V,FLG2:p.L572F,FLG:p.P3254H,FLG:p.P2466Q,FMN2:p.P992T,FOLH1:p.A643S,FOXRED1:p.R136L,FRAS1:p.C382F,FRG2B:p.D142Y,FRMPD1:p.E1093Q,FSHB:p.T43N,GABRA5:p.Q224K,GADL1:p.L352I,GAL3ST3:p.A271S,GALNT14:p.D234E,GAS8:p.R313S,GATA3:p.M443I,GCDH:p.R82C,GEM:p.R268L,GFRAL:p.Q308K,GIT2:p.R123L,GJB4:p.R22S,GLB1L2:p.I407M,GLOD4:p.Q223fs,GNAO1:p.P283Q,GPNMB:p.I174M,GPR137B:p.G240C,GPR158:p.P762T,GPR98:p.G4307W,GRB7:p.R239L,GRHL1:p.G608W,GRID1:p.R683L,GRIK1:p.R368Q,GRM5:p.P895fs,GTF2E1:p.R192L,H3F3C:p.R131L,HAO2:p.H12N,HCN1:p.P231Q,HECW1:p.A183S,HGF:p.M686T,HIP1:p.R940L,HIST1H1E:p.R25P,HLA−DMA:p.A236fs,HOXA5:p.G11C,HS3ST3A1:p.G399W,HSD17B6:p.F209L,HSPA13:p.V85L,HSPBAP1:p.R282L,HTR5A:p.W298C,IGHMBP2:p.R615S,IL2:p.R103M,IL2RA:p.G61W,IL32:p.P215T,ING1:p.A220S,INMT:p.G56V,ITGA8:p.G616C,ITGAD:p.L528fs,ITGAX:p.R283H,ITIH1:p.G254W,ITIH2:p.L842V,ITK:p.R29L,ITPR2:p.P358Q,JMJD1C:p.R1198S,KCNA1:p.G376C,KCNH8:p.M455I,KCNJ3:p.L430F,KCNK18:p.G23V,KCNK2:p.R166L,KEAP1:p.G603W,KEAP1:p.R260L,KEAP1:p.S144F,KHDRBS2:p.S203L,KIAA1211:p.P1203Q,KIAA1549:p.L1272F,KIAA1755:p.Q108H,KIF15:p.E252Q,KIF9:p.G480R,KIRREL:p.G604C,KLF5:p.E419Q,KRAS:p.Q61H,KRTAP10−12:p.R64P,KRTAP27−1:p.M124I,KRTAP4−5:p.C91F,KRTAP5−1:p.S193Y,L1CAM:p.R632S,L3MBTL4:p.W162L,LAMA1:p.D1030Y,LAMB1:p.T1610fs,LAMB4:p.G1239W,LAMB4:p.G588W,LEF1:p.I53V,LEKR1:p.Q450K,LIM2:p.S150T,LIPJ:p.P236Q,LPHN3:p.E740D,LPPR4:p.R527S,LRFN5:p.N132K,LRP1B:p.G3563C,LRP2:p.M4039I,LRRC4C:p.Q10L,LRRIQ1:p.W792L,LRRTM4:p.S243Y,MAGEA10:p.R7H,MAGEC2:p.W109C,MAGI1:p.G1156V,MAGI2:p.P1044T,MAK:p.P373Q,MAP2K1:p.K57N,MARCH11:p.R193L,MEPE:p.G142C,MKI67:p.R1081S,MKRN3:p.P448H,MLL3:p.N393K,MLL3:p.Q356K,MMRN1:p.A1013S,MOGAT2:p.Q66fs,MXRA5:p.D324Y,MYH4:p.T790M,MYH8:p.R1117C,MYH8:p.H1006N,MYO5B:p.R708L,MYO7B:p.P2040H,MYO9B:p.R94L,MYT1L:p.P351Q,NAA11:p.T184K,NAB1:p.L72F,NAV1:p.R938L,NBPF15:p.G665E,NCAM2:p.G698C,NCAPD2:p.R220L,NDST3:p.V427I,NEK2:p.R239S,NFIA:p.L294F,NLRP3:p.R157C,NOTCH2:p.R2105L,NR4A2:p.R314L,NRG1:p.V481L,NRXN1:p.R813S,NRXN1:p.A660S,NRXN3:p.P23H,NRXN3:p.R103C,NTM:p.G333C,NUAK1:p.G173C,NYAP2:p.P437L,ODZ3:p.P218Q,OIT3:p.R508S,OOEP:p.R101C

,OPN1LW:p.P283H,OR10H4:p.M199I,OR10J1:p.L157Q,OR10X1:p.L298I,OR10Z1:p.L205F,OR14A16:p.G160C,OR2A25:p.M80I,OR2AG2:p.G249W,OR2AK2:p.W37C,OR2H2:p.L205F,OR2J2:p.G234W,OR2L13:p.M106I,OR2L13:p.T242A,OR2L3:p.M1I,OR2L3:p.L67I,OR2L8:p.R121C,OR2L8:p.R171S,OR2M2:p.F177L,OR2M2:p.F323L,OR2M5:p.V205L,OR2T12:p.M258L,OR2T27:p.D11Y,OR2T33:p.P165Q,OR2T34:p.C246F,OR2T6:p.V213L,OR4C12:p.D309Y,OR4C12:p.M279I,OR4C16:p.L162M,OR4M2:p.A119S,OR4M2:p.A161S,OR51V1:p.P298T,OR5AS1:p.M39I,OR5B12:p.S289C,OR5B17:p.M266I,OR5D14:p.H246N,OR5D16:p.P264T,OR5D18:p.R123H,OR5F1:p.G44V,OR5J2:p.A36S,OR5L1:p.T275N,OR6C65:p.I154fs,OR6C75:p.G94W,OR6K2:p.P79Q,OR8D2:p.R306M,OR9A2:p.R289W,OR9G9:p.R169L,P2RX7:p.P142Q,P2RY10:p.T10K,P2RY10:p.V196L,PABPC5:p.R99S,PAPPA2:p.P917T,PAPPA2:p.P1706H,PBLD:p.P55Q,PCDH10:p.R587S,PCDH10:p.V986L,PCDH11X:p.R1010I,PCDHAC2:p.A742V,PCDHB5:p.P649S,PCDHGC5:p.K12N,PCDHGC5:p.P684H,PCLO:p.P3946T,PCMTD1:p.R271M,PDPR:p.G793W,PDYN:p.G191W,PDZD2:p.R565S,PDZD8:p.S980G,PFKM:p.R118S,PIGM:p.R225L,PIK3CA:p.E542K,PIK3CG:p.V165I,PILRA:p.S291fs,PLCE1:p.G564C,PLCL1:p.M564I,PLEKHA6:p.R110L,PNKP:p.G174W,POGZ:p.G75W,POLE:p.R573L,POM121L12:p.P231T,POM121L12:p.P242H,POTEE:p.V288M,POTEM:p.S78R,POU3F3:p.D321Y,PPT2:p.R265L,PRDM16:p.P1036L,PRELP:p.D201Y,PRPF40B:p.R160S,PRPF6:p.R763L,PTEN:p.R234L,PTPN11:p.G503V,PTPN13:p.E2067K,PTPRJ:p.G334W,PTPRT:p.R928L,PTPRU:p.P559S,PXDNL:p.P1456T,QSOX1:p.R401L,QSOX2:p.R683L,RAB13:p.R167L,RAB8A:p.G20W,RAPGEFL1:p.R356L,RBM19:p.G390W,RCL1:p.P112Q,REG1B:p.W57L,REG3A:p.S150L,REG4:p.G110V,RIMS2:p.R55L,RIT2:p.R85L,RLN2:p.S138C,RNF20:p.P529Q,RORB:p.G94W,RPL10L:p.K187T,RPRD2:p.R97S,RTN1:p.S103W,RUNX2:p.R337M,RYR2:p.K2413N,RYR2:p.M4334I,RYR3:p.P1670T,S100PBP:p.R5L,S1PR1:p.L104F,SAGE1:p.H298Q,SALL1:p.E965K,SALL1:p.R898W,SALL4:p.R187L,SBSPON:p.G133W,SCAF8:p.G740C,SCG2:p.P252Q,SCML4:p.L261F,SCN2A:p.T155K,SEC24D:p.A50fs,SEC61A2:p.G126V,SERPINA12:p.D253Y,SERPINA9:p.M414I,SERPINC1:p.R45L,SGIP1:p.R502L,SH3GL3:p.R174L,SH3PXD2A:p.S759L,SI:p.V1217F,SKOR1:p.Y883C,SLC1A2:p.F348fs,SLC24A5:p.R35S,SLC25A48:p.R101S,SLC35E2:p.R201L,SLC39A12:p.C628S,SLC39A6:p.R53L,SLC4A5:p.I533V,SLC5A1:p.G53W,SLC5A7:p.G442V,SLC6A11:p.W299L,SLC6A2:p.S354C,SLC8A1:p.G433C,SLIT1:p.R1460L,SLITRK5:p.R68L,SLITRK5:p.R468M,SLITRK6:p.N741K,SORL1:p.R205L,SOS1:p.N233Y,SOX9:p.E75K,SPAG16:p.V439L,SPIN4:p.Y171C,SPRR2D:p.P30fs,SPTA1:p.G2367C,SPTA1:p.D2243Y,SSX3:p.P127T,ST18:p.H778Q,STAC3:p.G117W,STOML3:p.D86Y,STX2:p.R107L,SUMF2:p.G110E,SUN3:p.P339Q,SV2C:p.P60Q,SYNDIG1:p.D135Y,SYNE1:p.K8632E,TARS2:p.E199K,TAS2R16:p.Q177H,TCOF1:p.K264R,TCTE1:p.S127I,TDO2:p.Q197H,THSD7A:p.G810W,THSD7A:p.R801L,TIFAB:p.D43E,TIGD4:p.S312F,TLL1:p.P53Q,TMPRSS11E:p.G259C,TMTC1:p.A864D,TMTC1:p.G212V,TMX3:p.R151C,TNNI1:p.R67L,TNR:p.L692I,TOP2A:p.R736L,TP53:p.R337L,TP53:p.E285K,TP53:p.R283P,TP53:p.D281N,TP53:p.C277F,TP53:p.V274F,TP53:p.R273H,TP53:p.I255F,TP53:p.R249S,TP53:p.M237I,TP53:p.S215I,TP53:p.C176F,TP53:p.R110L,TP53:p.G105C,TP53:p.P72fs,TPO:p.E558K,TRAF6:p.R502S,TRIM42:p.Q127K,TRIM48:p.A93D,TRIM4:p.R398L,TRIM51:p.W131C,TRIM9:p.R337S,TRIML1:p.H399Q,TRPM3:p.G298W,TSC1:p.G378C,TSG101:p.R276S,TSHZ1:p.K501N,TSHZ3:p.G677V,TTF2:p.R761S,TUBA3C:p.Q176fs,UBAC1:p.K330N,UBE2J2:p.G193W,UBR1:p.G1647W,UGT2B7:p.M214I,VMP1:p.E369Q,VPS13B:p.G2575W,VSTM2A:p.G75V,VWA3B:p.R557L,WBP11:p.P227fs,WDR52:p.G612C,WDR59:p.R837S,WDR75:p.P287Q,WDR88:p.G100W,ZCCHC5:p.G335W,ZFHX4:p.L811F,ZFHX4:p.T1663N,ZFHX4:p.H2511Q,ZFP14:p.Q17L,ZIC1:p.A112E,ZNF154:p.T408N,ZNF223:p.G23W,ZNF295:p.S732C,ZNF322:p.K106N,ZNF385D:p.T226S,ZNF454:p.S190I,ZNF492:p.P392H,ZNF521:p.G640C,ZNF521:p.P270H,ZNF536:p.G186C,ZNF536:p.G663W,ZNF644:p.G21W,ZNF716:p.H263L,ZNF71:p.V411L,ZNF782:p.G484W,ZNF831:p.Q617K,ZNF98:p.C492F,及びZSWIM2:p.S214Yからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
54.(a)上記対象の集団はLUSCに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、PIK3CA:p.E545K,TP53:p.R158L,KRTAP5−5:p.GCG47del,NFE2L2:p.E79Q,CDKN2A:p.D108Y,DHX9:p.V40G,MAFA:p.207_208HH>H,NFE2L2:p.R34Q,PBX2:p.Y262F,PIK3CA:p.E542K,TP53:p.R273L,TP53:p.C242F,TP53:p.R175G,TP53:p.Y163C,TP53:p.V157F,AICDA:p.R131G,ALPK2:p.D53N,ANKFN1:p.M280I,ARPC1A:p.F212L,ASXL2:p.S1081L,C1orf74:p.D254N,C3orf30:p.D227E,CCDC121:p.W397L,CHN2:p.I43M,CLEC4C:p.R179L,CLN3:p.G206S,CNTN5:p.T178N,COL12A1:p.G2753C,CPS1:p.T855K,CSMD3:p.T1094K,CSMD3:p.Q691K,DDX11:p.R167T,EGFR:p.L861Q,EME1:p.D570H,EP300:p.D1399N,ESYT3:p.S574F,FAM135B:p.L648M,FAM135B:p.Q285H,FAM47A:p.G372W,FBXW7:p.R505G,FGFR3:p.S249C,GALNT13:p.G358C,GNL3L:p.K20N,GPC5:p.R347L,HCN1:p.A714S,HCN1:p.R659L,HCN1:p.G499V,HCN1:p.P326T,HERC2P3:p.A803V,HEXDC:p.T482P,HIST1H3B:p.E74K,HIST2H2BE:p.G54D,IFNA10:p.V79A,IL7R:p.S54L,INADL:p.P1340A,ISX:p.C2F,ITGAX:p.R685H,ITPR1:p.E1883Q,KCNN3:p.80_81insQQ,KEAP1:p.G480W,KEAP1:p.R470C,KEAP1:p.V155F,KIAA1751:p.L63F,KIAA2022:p.C345F,KIR3DL2:p.K229E,KLF5:p.E419Q,LAMA4:p.M1293I,LMLN:p.G199C,LRP2:p.A516V,LRRC66:p.F458L,LSG1:p.R517L,LUM:p.R310L,MB21D2:p.Q311E,MCHR1:p.S306F,MKRN3:p.G270V,MUC16:p.N11594K,NFE2L2:p.G81S,NFE2L2:p.G31A,NFE2L2:p.L30F,NFE2L2:p.D29H,OR2B11:p.G10V,OR2T2:p.F13V,OR4K2:p.C254F,OR51F2:p.R67P,OR51S1:p.R159Q,OR5D18:p.T271K,OR8H2:p.L166F,OR8J3:p.S160L,OR8K3:p.K235N,PCDHB1:p.N568K,PHIP:p.I1681M,PIK3CA:p.E726K,PIK3CA:p.H1047R,PLCE1:p.G439C,PRSS57:p.E39Q,PYHIN1:p.G148A,RANBP6:p.I984L,RBMXL1:p.G305C,REG1B:p.M67I,RGS6:p.W366L,RNF5:p.T136I,RP1:p.S1771L,RRP15:p.L214F,RYR2:p.E711K,SAMD3:p.Q206H,SLITRK3:p.R214L,SON:p.S908L,SP4:p.E11del,STK11:p.G279fs,TARBP1:p.L782V,TBCD:p.R476C,TMPRSS11F:p.R274Q,TP53:p.R337L,TP53:p.E271K,TP53:p.R267P,TP53:p.G245V,TP53:p.Y234C,TP53:p.Y220C,TP53:p.H214R,TP53:p.H193L,TP53:p.H179L,TPTE:p.M541I,TRIM7:p.L332I,TTN:p.T32425M,ZFP36L2:p.D240N,ZNF208:p.H883Q,ZNF48:p.R235H,ZNF626:p.K473R,ZNF676:p.P43T,ZZZ3:p.R162Qからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
55.(a)上記対象の集団はOVに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、TP53:p.R273H,TP53:p.Y220C,TP53:p.R248Q,TP53:p.R175H,TP53:p.R273C,TP53:p.I195T,TP53:p.R248W,TP53:p.R282W,TP53:p.C176Y,TP53:p.V157F,TP53:p.S241F,TP53:p.H179R,TP53:p.G245S,TP53:p.H193R,ADCY2:p.V888I,B2M:p.M1V,BAP1:p.R227C,CYP4A11:p.V185F,DNAH5:p.R3197Q,GART:p.K807fs,GRIN2B:p.R519Q,HRNR:p.M1fs,KLHL29:p.L716fs,KRAS:p.G12V,MGA:p.R2435Q,MYO3A:p.N525S,NPAS2:p.Q201R,NRAS:p.Q61R,PDAP1:p.K55fs,PGAP1:p.F565C,TP53:p.S315fs,TP53:p.C275Y,TP53:p.R273L,TP53:p.V272M,TP53:p.G266V,TP53:p.G266R,TP53:p.D259Y,TP53:p.P250L,TP53:p.G245D,TP53:p.G245V,TP53:p.G244C,TP53:p.C238fs,TP53:p.Y236C,TP53:p.Y234C,TP53:p.V216M,TP53:p.S215R,TP53:p.Y205C,TP53:p.L194R,TP53:p.P191del,TP53:p.Y163C,TP53:p.A159V,TP53:p.K132N,TRPC7:p.D210V,UXS1:p.V100L,WNT11:p.C344Y,及びZNF295:p.E885Aからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
56.(a)上記対象の集団はREADに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、KRAS:p.G12V,TP53:p.R273H,KRAS:p.A146T,KRAS:p.G12D,TP53:p.R175H,AKAP9:p.L3482I,APBA1:p.E624K,BAG5:p.D439N,C17orf97:p.E230D,CDH23:p.F177L,CERS3:p.E95D,DNAH5:p.R982H,ERBB2:p.V842I,GABRB3:p.D500N,KRAS:p.G13D,KRAS:p.G12C,KRAS:p.G12S,LRP6:p.R675Q,MACF1:p.F722L,MBOAT2:p.R43Q,MYO1D:p.E246K,NLRC4:p.E409K,NRAP:p.E327K,NRAS:p.Q61K,PCDH15:p.R1552I,PIK3CA:p.N345K,PIK3CA:p.E545K,POLE:p.S459F,PPP2R2B:p.P326L,SMAD4:p.R361H,TP53:p.R248W,ZFP2:p.R150I,及びZNF563:p.K26Nからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
57.(a)上記対象の集団はSKCMに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、BRAF:p.V600E,NRAS:p.Q61R,NRAS:p.Q61K,HSD17B7P2:p.N175S,BRAF:p.V600K,DISP1:p.G732L,IDH1:p.R132C,NRAS:p.Q61L,MUC16:p.P5119S,RAC1:p.P29S,WASH3P:p.G175S,AGAP9:p.M248V,C15orf23:p.S24F,DNAH5:p.D3236N,SPTLC3:p.R97K,TMC5:p.R276C,CFB:p.R314M,FRG1B:p.A50P,INMT:p.S212F,LOC649330:p.G93E,MAP2K1:p.P124S,RGS7:p.R44C,STK19:p.D89N,ADAM30:p.G97L,ARL16:p.G6R,ARMC4:p.E22K,BRAF:p.K601E,CAPN13:p.P405S,CD1C:p.R89C,CLCC1:p.P406Q,CNTN5:p.S379F,DNAH5:p.R742Q,EEF1B2:p.S43G,FRG1B:p.I59V,GABRG1:p.E205K,IARS2:p.R832C,IL32:p.D218fs,ISX:p.R86C,KLHDC7A:p.E635K,NAP1L4:p.P285Q,NBPF10:p.Q908E,OR2A5:p.S71L,OR4E2:p.R226Q,OR4M1:p.G41E,OR4M2:p.S268F,OR4N2:p.G41E,OR51B2:p.S163L,PCDHGC5:p.R293C,PCLO:p.R4133C,PHGDH:p.G173L,POTEG:p.D51N,PPP6C:p.R301C,PRAMEF11:p.C84S,PSG9:p.E404K,PTPRB:p.D1560N,RNF152:p.P95S,SPAG16:p.P488S,SPATA8:p.E18K,TAF1A:p.R172M,TCEB3C:p.E308K,THSD7B:p.E126K,TTN:p.E12129K,XIRP2:p.D2439N,及びZNF831:p.R1393Qからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
58.(a)上記対象の集団はUCECに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、RPL22:p.K15fs,PTEN:p.R130G,PTEN:p.R130Q,KRAS:p.G12D,KRAS:p.G12V,PIK3CA:p.H1047R,PIK3CA:p.R88Q,PIK3CA:p.E545K,PTEN:p.V317fs,FGFR2:p.S252W,PIK3CA:p.E542K,CTNNB1:p.S37F,POLE:p.P286R,PPP2R1A:p.P179R,CTNNB1:p.S37C,KRAS:p.G13D,CTNNB1:p.D32N,CTNNB1:p.S33F,CTNNB1:p.G34R,KIAA2026:p.R574C,LIMCH1:p.R806fs,PIK3CA:p.H1047L,ALPK2:p.K523fs,CTNNB1:p.S33C,FBXW7:p.R505C,HPD:p.R284fs,KRAS:p.G12A,PIK3CA:p.R93Q,POLE:p.V411L,TP53:p.R248W,ABCA11P:p.R385I,ABI1:p.K445N,ACSM2B:p.K195N,APOB:p.F3102L,ASCC3:p.R136Q,C12orf4:p.R335Q,CCDC132:p.R838C,CHD4:p.R975H,CSDE1:p.R220C,CTNNB1:p.D32Y,CTNNB1:p.S33Y,CTNNB1:p.T41I,EXOC1:p.R588C,FBXW7:p.R465H,FGFR2:p.N549K,FUBP1:p.R430C,GEN1:p.S509L,IK:p.E90fs,KIF20B:p.E54K,MAX:p.H28R,MBOAT2:p.R43Q,METTL14:p.R298P,MFGE8:p.D170N,MS4A8B:p.S3L,NSMCE1:p.D244N,OXR1:p.E122K,PCDH19:p.E530K,PIK3CA:p.R108H,PIK3CA:p.N345K,PIK3CA:p.C420R,PIK3CA:p.Q546P,PIK3CA:p.Q546R,PTEN:p.R130L,RBL2:p.E127K,RXFP1:p.S223Y,SF3B1:p.R957Q,SLC20A1:p.P328fs,SOX17:p.S403I,TNS1:p.Q659del,TP53:p.R273H,TP53:p.R273C,TP53:p.R248Q,TTN:p.D16823N,TXNL1:p.R234C,ZFHX3:p.R1893fs,ZNF180:p.R625I,ZNF257:p.R392I,ZNF354B:p.D609N,ZNF43:p.R280C,ZNF709:p.R468I,ZNF765:p.S254L,ABCA5:p.R1476Q,ACVR1:p.R206H,ADAD1:p.S11L,ADAM9:p.R256Q,ADD3:p.E570K,ADGB:p.S1124L,AGXT2:p.R502C,AMBN:p.S225Y,ANKDD1A:p.R24H,ARHGEF33:p.R46I,ATP10B:p.L1304I,ATP2C1:p.E724K,ATP9A:p.R290Q,ATR:p.R1814fs,AVL9:p.F34L,BMPER:p.R241Q,BTN3A2:p.E153K,C14orf118:p.R279I,C14orf166B:p.F230L,C3orf23:p.R217C,C3orf62:p.R185Q,CACNA1C:p.S710L,CAGE1:p.E539K,CARD10:p.KE272del,CCDC144A:p.S1264L,CCDC168:p.D5020Y,CCDC36:p.R209I,CD55:p.E156K,CEP44:p.S253L,CIITA:p.E728K,CREBBP:p.P2094L,CTNNB1:p.S37A,CTTNBP2:p.S420L,DCT:p.R532Q,DIAPH2:p.E121K,DLG2:p.S624L,DNAH10:p.R1888Q,DNAH14:p.R1367C,DNAH7:p.R2961Q,DNAH8:p.R1347H,DNAJC13:p.E1248K,DNMT1:p.E51K,DST:p.S1767Y,DYNC2H1:p.E883D,EMR1:p.R631Q,EPHX4:p.R282Q,ERCC6L2:p.L445I,F10:p.E117K,FAM155B:p.E158K,FAM83B:p.R206Q,FARP1:p.S383L,FAT3:p.A4159T,FBXW7:p.R689W,FBXW7:p.R465C,FBXW7:p.G423V,FN1:p.R290C,FZD6:p.R416Q,GABRA3:p.R73H,GABRA4:p.R460Q,GALNTL2:p.E395K,GFAP:p.A233T,GGA2:p.A63V,GIGYF2:p.R227H,GNPTAB:p.R1189Q,GPR112:p.S1283Y,GPR98:p.R4142W,GRIA3:p.S646Y,GRM6:p.E363D,HMCN1:p.S133Y,HSPA4L:p.R483C,HTR2A:p.S219L,INTS7:p.R940C,INTS7:p.R106I,ITM2C:p.E167K,JAKMIP2:p.R283I,KCND3:p.S438L,KCNS2:p.D211N,KDM1B:p.F361L,KIAA0556:p.L330I,KIAA1147:p.A149V,KIF23:p.R150Q,KIF27:p.K925N,KIF9:p.R594Q,KLHL13:p.E213K,KLHL28:p.E33K,LIN9:p.R183W,LRBA:p.E2103K,LRP2:p.R2432I,MAGI2:p.L450M,MC5R:p.A109T,MEGF10:p.S1053L,MKI67:p.T1664fs,MKLN1:p.F485L,MMRN1:p.F917L,MSH4:p.E730K,MTOR:p.S2215Y,MUC7:p.S336L,MYBPC2:p.R646H,N4BP2L2:p.R506C,NAPSA:p.R121Q,NCOA7:p.E369D,NCR1:p.R258W,NEK11:p.R374Q,NHEJ1:p.R109Q,NNMT:p.E233K,NOTCH4:p.15_16LL>L,NPY1R:p.A371T,NRAS:p.Q61R,OGDHL:p.R57C,OMA1:p.R445Q,OPRM1:p.R462C,OR4C12:p.F248L,OR5AK2:p.K89N,OSBPL6:p.R577Q,PCDHAC2:p.K138N,PCDHB12:p.R289C,PCDHGC5:p.A70T,PIK3CA:p.R38H,PIK3CA:p.E39K,PIK3CA:p.E110del,PIK3CA:p.K111E,PIK3CA:p.Q546K,PIK3CA:p.M1043V,PIK3CA:p.M1043I,PLA2G3:p.R201Q,PLXNA1:p.E1295K,PON1:p.R306Q,POTEE:p.R303I,POTEF:p.K674N,PPP2R1A:p.S256F,PPP2R3B:p.F310L,PRAM1:p.A268T,PREX1:p.E1246K,PRKCQ:p.A324V,PTEN:p.R130P,PVRL4:p.A358T,RAI2:p.S385Y,RBM39:p.T353I,RELN:p.F2722L,RFPL1:p.R148Q,ROBO2:p.D1018N,ROS1:p.R245I,RPS6KA6:p.S394Y,RSBN1:p.E572K,RYR1:p.A2576T,SACS:p.R2906Q,SCAPER:p.R366Q,SELP:p.R429W,SENP7:p.S673Y,SEPHS1:p.E13K,SFRP4:p.R232Q,SGK1:p.K367del,SIX1:p.E191K,SLC10A7:p.S261L,SLC12A2:p.R828Q,SLC16A14:p.R495Q,SLC7A2:p.R322W,SMCR8:p.E175K,SOS1:p.N233Y,SPOP:p.E50K,STRN3:p.K218N,STXBP6:p.D92N,SULT1E1:p.R77Q,SUN3:p.L124I,SUSD1:p.R343C,SYNM:p.R516Q,TAF1:p.R843W,TDRD3:p.R322Q,THADA:p.S1941L,TLN2:p.S208L,TMEM161B:p.R315Q,TMPRSS3:p.R16Q,TP53:p.Y220C,TPTE:p.S423L,TRANK1:p.E846K,TRPC5:p.S490L,TRPM3:p.R429W,TSSK1B:p.E301K,TTLL7:p.R751H,TTN:p.S20317L,TTN:p.E6404K,TTN:p.R4434Q,TTN:p.R2506Q,UGT8:p.E102K,USF1:p.R52Q,USP16:p.R455Q,USP25:p.R873H,USP33:p.R36Q,VPRBP:p.R802Q,VPS13B:p.R692Q,WDR65:p.F110C,YTHDC2:p.E185K,ZFYVE1:p.R266Q,ZKSCAN1:p.R541fs,ZNF117:p.R157I,ZNF180:p.R569I,ZNF195:p.R59Q,ZNF254:p.K179N,ZNF263:p.R510I,ZNF333:p.R554Q,ZNF354B:p.R402I,ZNF442:p.R309Q,ZNF454:p.R376I,ZNF485:p.R374I,ZNF488:p.R206Q,ZNF559:p.E284K,ZNF594:p.R287I,ZNF611:p.R390I,ZNF645:p.R154C,ZNF649:p.R338Q,ZNF649:p.R198I,ZNF674:p.R405I,ZNF675:p.R220I,ZNF678:p.R564I,ZNF732:p.R354I,ZNF780A:p.R466Q,ZNF823:p.R547I,ZNF836:p.R854I,ZNF836:p.R630I,ZNF841:p.R757I,及びZNF98:p.R370Iからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
59.(a)上記対象の集団はACCに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、ZFPM1:p.EPL444del,GARS:p.P42A,ZNF517:p.V349A,LRIG1:p.L24V,CCDC102A:p.R96W,OPRD1:p.C27F,SOWAHA:p.R124P,LACTB:p.M5L,TOR3A:p.F13L,ZFPM1:p.E444fs,ZNF787:p.D367del,LRIG1:p.L26V,IRX3:p.L422P,TRIOBP:p.H1300R,TUBA1C:p.L146F,ZFPM1:p.P445fs,ZFPM1:p.446_447LA>P,TPO:p.S398T,USP42:p.R779P,ERCC2:p.D312N,GLTPD2:p.D209E,OTOP1:p.LLW104del,RINL:p.P402L,AMDHD1:p.S3G,ASPDH:p.Q266R,KCNK17:p.S21G,TMEM247:p.Q128E,MUC5B:p.D682G,OBSCN:p.R4516W,FAM184B:p.R784W,SEMA5B:p.V840D,ZNF598:p.E25G,ADAD2:p.G44E,C1orf106:p.R538C,ZAR1:p.Q42H,PANK2:p.G126A,PODXL:p.28_30PSP>P,SALL3:p.L593V,THEM4:p.L17R,C2orf81:p.T315P,CLDN23:p.V210M,FAM109A:p.GGG156del,FPGS:p.I22V,HHIPL1:p.V692A,MUC5B:p.M2869T,PLEC:p.R1386Q,SYT8:p.R373W,TAF5:p.S130A,TMEM189−UBE2V1:p.N6D,UQCRFS1:p.S6A,B3GNT6:p.L316fs,CCDC105:p.P499T,CLIC6:p.Q298E,IDUA:p.T374P,NOTCH2:p.C19W,RGS9BP:p.A96S,RREB1:p.G783V,SP8:p.G165del,WDR34:p.W60G,C19orf10:p.G12R,CELSR2:p.16_17insP,FAM75C1:p.71_71H>HLVSQRH,GPRIN2:p.R446H,KBTBD13:p.A81V,OGFR:p.S557T,PODXL:p.30_30P>PSP,BHLHE22:p.L62Q,C4orf32:p.G32E,C5orf65:p.Q245R,KNDC1:p.V806D,KRTAP10−6:p.49_49P>PSCCAP,LRP11:p.P92R,MAP1S:p.S411C,NOL9:p.S58A,RASIP1:p.R601C,RGMB:p.S63R,SARM1:p.R23P,TSC22D2:p.A419T,ZNF628:p.T230A,ZNF814:p.A337V,AATK:p.A541T,BTBD11:p.G265A,CRIPAK:p.C143R,KCTD3:p.F9V,KRT8:p.S59A,MUC5B:p.S681G,NCOR2:p.1846_1847insSSG,OGFR:p.E556K,APOE:p.C130R,C10orf95:p.A85S,C13orf33:p.R59G,CRIPAK:p.C174R,FAM18B2:p.C51Y,GLI3:p.P998L,GLTSCR2:p.Q389R,HECTD2:p.P19A,IRF2BPL:p.123_125QQQ>Q,MEX3C:p.179_182AAAA>A,NEFH:p.EE658del,RNF149:p.S9G,RNF222:p.A133T,SEZ6L2:p.R74P,TNIP2:p.R73G,ARRDC4:p.T79A,B3GNT6:p.P330fs,BAG1:p.G45R,C22orf26:p.P28L,CHDH:p.E40A,COQ2:p.V66L,CTGF:p.H83D,DLEU7:p.A83V,EPPK1:p.D2378H,FAM86C1:p.R30P,FZD1:p.93_94insP,GPRIN2:p.V241M,GPX1:p.11_13AAA>A,HES3:p.P96T,JMJD4:p.A11V,KANK3:p.R359H,LPPR2:p.A186S,NEFH:p.665_666insEE,NOM1:p.R24G,RNF39:p.G263C,SCRT1:p.S133A,SNED1:p.L1228P,TTLL11:p.122_123insKA,ZCCHC3:p.A159del,ZNF219:p.QP233del,ASB16:p.T249A,ASB2:p.H515P,ATP9B:p.S39G,AVL9:p.G7fs,C17orf96:p.L63V,C19orf29:p.A499V,CRB2:p.T1110M,CRIPAK:p.P173R,CRIPAK:p.I190L,CSGALNACT2:p.L362F,CTBS:p.LAL31del,CTNNB1:p.S45P,DMRT1:p.S45T,DOK7:p.G461D,FBRSL1:p.A836V,FEZ2:p.P50L,FRG1:p.S169N,HSD17B1:p.G313S,IBA57:p.S130R,KIF1A:p.E917D,KRTAP9−1:p.160_160Q>QPSCGSSCCQ,LURAP1L:p.55_56insGGG,NMU:p.A19E,NMU:p.A18E,NOXA1:p.D6E,NPTX1:p.G100D,PLIN5:p.R306W,TBP:p.95_96insQ,TMEM200C:p.S498G,TNXB:p.V706fs,VARS:p.P51S,ZC3H12D:p.P405S,及びZZEF1:p.V30Aからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
60.(a)上記対象の集団はCESCに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、PIK3CA:p.E545K,PIK3CA:p.E542K,MAPK1:p.E322K,EP300:p.D1399N,ERBB2:p.S310F,ERBB3:p.V104M,KRAS:p.G12D,ANKRD12:p.E721Q,ANKRD36:p.M1144T,MICA:p.G318fs,PIK3CA:p.E726K,PTEN:p.R130Q,ABCD1:p.S606P,ACTL7B:p.E211K,ADAM21:p.F129C,ADAMTS12:p.P1053A,AKT1:p.E17K,ANKLE1:p.V643L,ANO3:p.M956I,AOAH:p.R326T,APOD:p.S115L,ASCC1:p.H207Y,ATM:p.S800F,AURKA:p.S387L,BAG5:p.M286I,C12orf43:p.E28Q,C16orf3:p.G65S,C3orf70:p.S6L,C4orf21:p.E800Q,CALB2:p.K60N,CALCB:p.R81T,CCDC152:p.E153Q,CCDC53:p.R58C,CDC27:p.P242S,CFHR5:p.R441H,CLOCK:p.L123fs,CMYA5:p.E2733K,CNTRL:p.P185S,CSHL1:p.R117Q,CSMD3:p.H952Y,CTNNB1:p.D32G,CTSH:p.E254Q,DHPS:p.F49L,DMPK:p.R44H,DNAH14:p.F622fs,DNAH3:p.E3367Q,DNAH8:p.E587D,DNASE1L1:p.D212N,ECE2:p.D254N,FAM71B:p.H445D,FAM73A:p.G23V,FAS:p.E261K,FBXW7:p.R505G,FBXW7:p.R465C,FEZF2:p.E82K,FKBPL:p.E161Q,FMNL1:p.E927Q,GPATCH3:p.E275Q,GPR142:p.R304T,GPRIN2:p.T100P,GRAMD2:p.I123M,HERC2:p.S329F,HGF:p.G229A,HIF3A:p.A72T,HIST1H1B:p.K188N,HIST1H2AL:p.R30P,HIST2H2AC:p.R30P,HLA−C:p.N104K,HLA−DPB1:p.G114fs,HRNR:p.G2539S,INVS:p.R799K,JPH3:p.Q433H,JUP:p.S627L,KIAA1211:p.R308fs,KIAA1211:p.E309fs,KLK2:p.E161K,KRAS:p.G13D,KRAS:p.G12V,LIN9:p.E231K,LOC151174:p.P90S,LRRC37A3:p.A406D,LRTM2:p.L176V,MEPE:p.S30T,MUC12:p.R2634C,MUC4:p.S2936L,MYOM2:p.D988N,NFE2L2:p.D29H,NOTCH2:p.R2298W,NPIPL1:p.P250L,NR5A2:p.E80K,NYAP2:p.R197Q,OBSL1:p.E1642K,OR13C2:p.L9V,OSBP:p.Q721H,PAOX:p.H107Y,PDILT:p.E500K,PIAS3:p.D460N,PLEKHO2:p.E351Q,PNRC1:p.R73C,PPP4R1:p.L597F,PREP:p.F469L,PRKDC:p.Q3568E,PSME3:p.R231W,RANBP6:p.R915W,RCAN2:p.D440N,RNPC3:p.E116fs,SDHAP1:p.H66Y,SDHAP2:p.S37fs,SERPINA3:p.K158N,SERPINA4:p.R98C,SF1:p.R255W,SGSM1:p.E818K,SIM1:p.V213M,SLC10A4:p.F281L,SLC25A5:p.I79F,SLC35G2:p.K62fs,SLC4A9:p.R617C,SLCO2A1:p.M479I,SND1:p.Q38E,SPATA17:p.R72K,SRSF12:p.S150C,TADA2B:p.E67K,TCTEX1D2:p.S74L,TEDDM1:p.M166I,TEX15:p.E1652Q,TMC2:p.E92D,TMEM131:p.E1319Q,TNKS2:p.T619fs,TNS1:p.Q659del,TP53:p.E285K,TRAF3:p.S9F,TRIM61:p.K98N,TRPM1:p.M996I,TUFT1:p.L101F,U2AF1:p.S34F,UNC93B1:p.V498M,USP4:p.L259V,VCAN:p.S1308C,WDR17:p.P278S,ZBED4:p.S385L,ZEB2:p.E1094K,ZFYVE9:p.M1147I,ZNF16:p.R452W,ZNF677:p.R131T,及びZSWIM4:p.E407Kからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
61.(a)上記対象の集団はCRCに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、KRAS:p.G12D,KRAS:p.G12V,BRAF:p.V600E,KRAS:p.G13D,TP53:p.R175H,PIK3CA:p.E545K,FBXW7:p.R465H,KRAS:p.A146T,PIK3CA:p.H1047R,TP53:p.R248W,CDC27:p.D555E,SMAD4:p.R361H,TP53:p.R273H,KRAS:p.G12C,NRAS:p.Q61K,ERBB2:p.V842I,ERBB3:p.V104M,FBXW7:p.R465C,PIK3CA:p.R88Q,PIK3CA:p.E542K,TP53:p.R273C,TP53:p.G245S,AXIN2:p.G665fs,C16orf45:p.T106N,C20orf26:p.R1088Q,DNMT1:p.E432K,FBXW7:p.R505C,HLCS:p.E362K,HPSE2:p.K58N,KIF14:p.R598Q,KIF18A:p.R17C,KIF20B:p.E991K,KLHL5:p.R326C,KLK2:p.P57T,KRAS:p.G12A,KRAS:p.G12S,LPHN3:p.R1183Q,LRP6:p.R675Q,MYH8:p.R1048Q,NRAP:p.E327K,NRAS:p.G12C,PIK3CA:p.N345K,POSTN:p.R508C,PPP2R1A:p.R183W,PTEN:p.R130Q,RAF1:p.S257L,SDK1:p.T1181M,SGSM1:p.F1117L,TCF7L2:p.R482fs,TP53:p.R282W,TRIM23:p.R289Q,UGT8:p.E102K,ZNF491:p.R343Q,A2M:p.R732Q,AADACL4:p.A266T,ABCA8:p.E1158K,ABCA8:p.R842Q,ABCA8:p.A696T,ABCB8:p.R345H,ACACA:p.R1731C,ACADM:p.F48C,ACOT9:p.R50Q,ACPP:p.R105Q,ACTL7B:p.R354H,ACTL9:p.R331H,ACVR1:p.S290L,ADAM30:p.S314Y,ADAM32:p.R559Q,ADAMTS16:p.D817N,ADAMTS4:p.R156W,ADCY5:p.R661H,AGMAT:p.V313M,AGPAT4:p.A212T,AKAP12:p.E1282K,AKAP9:p.L3482I,ALB:p.S294L,ALDH1L1:p.A870T,ALG2:p.S302Y,AMOTL1:p.R676Q,AMPD1:p.K502N,AMPH:p.R292W,ANKRD6:p.R479C,APBA1:p.K730N,APBA1:p.E624K,APC:p.E847fs,APC:p.F1354fs,APC:p.M1413fs,APOB:p.R3136C,APOB:p.A43V,APPL1:p.R668W,AQPEP:p.A309T,ARF4:p.R149H,ARFGEF1:p.D1632N,ARHGAP32:p.E1253K,ARHGAP36:p.R128C,ARHGAP36:p.A147V,ARHGAP5:p.D890fs,ARNTL:p.T395M,ARPP21:p.R338H,ARSG:p.V131I,ASCC3:p.R1197Q,ATP10D:p.R311H,ATP6V0A4:p.R191Q,ATP9B:p.R265Q,AXDND1:p.E930D,AXIN2:p.W663fs,B2M:p.L13fs,B3GALNT1:p.R145Q,BACH1:p.R538Q,BAG5:p.D439N,BBOX1:p.F176V,BCL2L11:p.R91Q,BCL7A:p.T52M,BCLAF1:p.R37fs,BEND5:p.R198C,BICD2:p.R162H,BLVRA:p.S44L,BMP3:p.R344W,BNC2:p.R512W,BRPF1:p.R66C,BRWD3:p.R787C,BTBD7:p.S436L,BUB1B:p.F996L,BZRAP1:p.V1627I,C11orf30:p.R1111C,C14orf101:p.E295K,C14orf102:p.D115N,C14orf105:p.R100I,C15orf2:p.V488I,C15orf33:p.D340N,C16orf87:p.R151I,C1RL:p.L351fs,C22orf40:p.P32fs,C3orf39:p.R333W,C5orf30:p.D4N,C5orf4:p.R114Q,C6orf170:p.K724T,C7orf63:p.A10T,CACHD1:p.S720Y,CACNA1A:p.T665M,CACNA2D3:p.A332T,CACNB2:p.R608H,CACNG3:p.V134I,CACNG3:p.A138V,CACNG5:p.G121R,CADM1:p.S190L,CADPS:p.A1073T,CAPRIN2:p.E13K,CARD11:p.R423Q,CASC1:p.R54Q,CASP14:p.R5W,CBFB:p.E152K,CC2D2A:p.R1284C,CCDC18:p.K615N,CCDC60:p.R230H,CCDC81:p.R259I,CCDC88C:p.P1851fs,CCKBR:p.V236M,CD101:p.D283Y,CD101:p.R594Q,CD180:p.N228T,CDC14B:p.R375C,CDCA7L:p.P405fs,CDH10:p.E349K,CDH12:p.D674N,CDH20:p.A134V,CDH23:p.F177L,CDH2:p.D547Y,CDH9:p.F523L,CDK16:p.R108C,CEACAM5:p.L640I,CEP152:p.E21K,CERS3:p.E95D,CHD4:p.R975H,CHD5:p.A801T,CIZ1:p.V668A,CLEC18A:p.R423H,CLTCL1:p.R481W,CMAS:p.R110Q,CNRIP1:p.R102W,COBLL1:p.K732N,COL14A1:p.R1082I,COL17A1:p.P1004L,COL4A6:p.L550I,COL6A3:p.D2792N,COPB1:p.R425C,CORO2A:p.*526R,COX15:p.L86I,CSMD1:p.S781Y,CTCFL:p.E423K,CTDNEP1:p.E126K,CTTNBP2:p.R164C,CYP4B1:p.E434D,DACH2:p.R539C,DBC1:p.V216I,DBF4B:p.S254Y,DCHS2:p.F2149L,DCLK2:p.S549Y,DDI1:p.R275Q,DENND4A:p.P357H,DENND4C:p.R1081Q,DHTKD1:p.R410Q,DISP1:p.R763C,DKK2:p.R230H,DKK4:p.R203Q,DLC1:p.A350V,DLC1:p.E222D,DMD:p.R3195H,DNAH5:p.R982H,DNAH5:p.R224Q,DNAH9:p.D1547N,DNAJC24:p.E61K,DNM1:p.A251T,DNMT1:p.E1531Q,DNMT3B:p.R92W,DOCK10:p.A1830V,DOCK1:p.E864K,DOCK2:p.G170R,DOCK3:p.R1183C,DOCK5:p.E177K,DOK5:p.R274W,DPP8:p.G165R,DPY19L1:p.F378L,DUOX2:p.F880L,DVL2:p.A601fs,EBAG9:p.E187K,EBF3:p.G255fs,EDNRB:p.L450R,EGR2:p.R390H,EHD3:p.E44K,EIF2C1:p.R139Q,ELF3:p.F305fs,ELMOD2:p.T141M,EMR2:p.S75L,ENAM:p.R373H,ENOX2:p.R356W,ENTPD7:p.E327K,EPG5:p.D369N,EPHB2:p.R392H,ERCC6:p.V780I,ERCC6L:p.R505Q,ERRFI1:p.A421T,ESCO1:p.R300Q,ETV6:p.R369W,F8:p.S2269Y,FAM123B:p.F173fs,FAM135B:p.R884H,FAM169B:p.K165N,FAM170A:p.E56K,FAM171B:p.D459N,FAM181A:p.R109H,FAM5B:p.R402C,FBXO11:p.A432V,FBXW7:p.R689W,FBXW7:p.S582L,FBXW7:p.R14Q,FGF14:p.A236V,FHDC1:p.R254W,FHOD3:p.A225T,FHOD3:p.E813K,FMO3:p.F510L,FNDC1:p.R652H,FOXK1:p.R354W,FOXN3:p.P96fs,FPGT−TNNI3K:p.R455H,FZD3:p.D367N,GABRA4:p.R460Q,GABRA5:p.S126N,GABRB3:p.D500N,GALNTL5:p.R262I,GJA1:p.R362Q,GLRA3:p.L454I,GLRA3:p.F132L,GOLGA4:p.Q1536H,GP2:p.S41L,GPC6:p.A214T,GPLD1:p.R717Q,GPR125:p.R113Q,GPR156:p.F754L,GPR158:p.D566N,GPR21:p.R216H,GPR61:p.A62T,GPR98:p.R4142W,GPRC5A:p.V30I,GRAP2:p.E69D,GRIA1:p.R218C,GRIA2:p.R845Q,GRM7:p.R679Q,GTF3A:p.K306N,HAO1:p.R172C,HARS2:p.R168H,HBB:p.F42L,HCN4:p.R525H,HDAC5:p.A1044T,HGF:p.S467Y,HIPK4:p.R280H,HLA−DMA:p.E84K,HMG20A:p.E248D,HPS3:p.S468L,HRSP12:p.R120Q,HS3ST1:p.E287K,HTR3B:p.R236C,HTR5A:p.R152C,HTT:p.D1548N,HYDIN:p.R1187C,HYDIN:p.R939Q,HYDIN:p.R451Q,HYOU1:p.R158C,IFT172:p.A944V,IGJ:p.R77Q,IL17RA:p.Q803fs,IL1RAPL2:p.T647M,IL3:p.A90T,IL5RA:p.L47I,INPP5D:p.R523Q,INPP5K:p.R263C,IRAK3:p.R267Q,IREB2:p.R419Q,ITGA4:p.T673M,ITGA4:p.F900L,ITIH5:p.A912T,ITK:p.E196K,JAG1:p.A462T,JAK1:p.V310I,KAL1:p.V303I,KBTBD8:p.V549I,KCNA3:p.A415V,KCND3:p.S438L,KCNMB4:p.F209L,KCTD20:p.L314fs,KDELC1:p.L447I,KIAA0528:p.R181Q,KIAA0556:p.R1082W,KIAA1109:p.S4937Y,KIAA1804:p.V474M,KIAA1804:p.R477W,KIF16B:p.R145Q,KIF26B:p.A1114V,KPNA4:p.R29Q,KRAS:p.K117N,KRAS:p.Q61L,KRAS:p.Q61K,KRT6B:p.L197P,L1CAM:p.T186M,LALBA:p.A41T,LAMA4:p.A558V,LBX1:p.R176W,LPAR4:p.R145Q,LRP1B:p.K2623N,LRP2:p.R3043C,LRP2:p.S737L,LRRC18:p.R218W,LRRC31:p.K23T,LRRC7:p.R1389H,LZTS2:p.P100fs,MACF1:

p.S292L,MACF1:p.F722L,MAEL:p.R345C,MAGEE1:p.V380M,MAGI1:p.R1198C,MAP1B:p.E2046D,MAP2:p.K530N,MAP2K4:p.R287H,MAP3K4:p.R275Q,MAP7D2:p.R487C,MAPK8IP1:p.L217fs,MBOAT2:p.R43Q,MCF2L2:p.R926Q,MECOM:p.R969C,METTL16:p.R200Q,METTL21A:p.R174Q,METTL6:p.F56L,MFF:p.R162C,MFSD5:p.R280Q,MIA3:p.Q356H,MMAA:p.R326C,MORC1:p.D113Y,MORC2:p.R740H,MPDZ:p.L804I,MR1:p.S46L,MRPL47:p.L234I,MS4A8B:p.S3L,MSH4:p.K464N,MSH6:p.T1085fs,MSH6:p.R1095H,MUC16:p.R8606H,MYH13:p.D311N,MYH7:p.R1689C,MYO1D:p.E246K,MYO3A:p.N525H,MYO6:p.D1180N,MYO9A:p.R2179Q,MYO9A:p.R167Q,MYOZ2:p.E251K,MYT1:p.E226K,NAA25:p.S807Y,NCAM1:p.R474W,NCOA4:p.R562Q,NEB:p.D5434N,NEB:p.L1591I,NEB:p.E1214K,NEDD9:p.A798T,NEDD9:p.A316T,NEK1:p.R608C,NFASC:p.V256I,NINL:p.R1366C,NLRC4:p.D593N,NLRC4:p.E409K,NLRP4:p.V229I,NLRP5:p.R392H,NME9:p.E75K,NOLC1:p.T428M,NPC1:p.E451K,NPSR1:p.R235Q,NRAS:p.Q61L,NRAS:p.G13R,NRAS:p.G12D,NRG2:p.T246M,NTN4:p.E59K,NUB1:p.R373Q,NUDT15:p.S83Y,NUF2:p.S340L,NUP88:p.A302V,ODZ1:p.R2556W,OGDHL:p.A427T,OGFRL1:p.E427K,OLFM4:p.K132N,OPRM1:p.R353H,OR10A3:p.S93Y,OR2M3:p.R235H,OR52W1:p.R133C,OR5AU1:p.R312H,OR5B17:p.R163H,OR8S1:p.A99V,OSTN:p.R115Q,OTOL1:p.V431I,OTUD3:p.R277I,PAN3:p.S580N,PANK3:p.R260I,PAX3:p.T424M,PCBP1:p.L102Q,PCDH10:p.V477M,PCDH15:p.R1552I,PCDHAC2:p.A519T,PCDHAC2:p.E190K,PCDHAC2:p.A266T,PCDHAC2:p.A156V,PCDHAC2:p.E271K,PCDHAC2:p.A736V,PCDHB5:p.D51Y,PCDHB8:p.D235N,PCDHGC5:p.S289L,PCDHGC5:p.V662M,PCNXL2:p.R135Q,PCOLCE2:p.A348V,PCOLCE2:p.R87H,PDE4B:p.S417L,PGAM1:p.R240H,PHF3:p.R1410I,PIAS2:p.S519L,PIGR:p.A580T,PIK3CA:p.D350G,PIK3CA:p.E545A,PIK3CA:p.E545G,PIK3CA:p.Q546K,PIP4K2C:p.R204H,PKHD1L1:p.F1856L,PLA2G4A:p.E443K,PLCG2:p.E544K,PLCG2:p.D973N,PLEKHA6:p.V328fs,PLEKHG4B:p.E384K,PLK1:p.D233G,PLOD3:p.R297fs,PLSCR3:p.E77K,PLXNC1:p.S462L,PLXNC1:p.R819C,POLA1:p.E603D,POLE:p.S459F,POLE:p.V411L,POLQ:p.R860Q,PPP2R2B:p.P326L,PPP2R5C:p.S259Y,PRAMEF4:p.R248H,PREX1:p.V731I,PRKAA2:p.R407Q,PRKAR2B:p.S309L,PRKCI:p.R480C,PRKRA:p.K122N,PSG8:p.R397C,PSG8:p.R320C,PSMD12:p.R201Q,PTPDC1:p.R430W,PTPN12:p.R765Q,PTPN13:p.S887L,PTPRD:p.L1053I,PTPRU:p.D1434N,PXDN:p.P856fs,PXDNL:p.T1312M,QRSL1:p.S226L,RAB7L1:p.R79W,RALGAPA1:p.R398C,RANBP2:p.R1231C,RBBP7:p.E313K,RBBP7:p.E274K,RBFOX2:p.A340T,RBMXL1:p.R331Q,RHOBTB1:p.T464M,RIMS2:p.R599Q,RIN3:p.S708L,RLBP1:p.D281N,RLBP1:p.A72V,RNASET2:p.A127V,RNF113B:p.A172V,RNF150:p.R236Q,RNF150:p.S208L,RNF43:p.S216L,ROR2:p.D672N,RPL6:p.F193C,RPS6KA5:p.E166K,RSPO2:p.R28C,RUVBL1:p.E431K,RUVBL1:p.R117C,RWDD2B:p.R254H,RXFP3:p.R113C,RYR3:p.R2705Q,SAGE1:p.R229C,SCFD2:p.R545W,SCML4:p.R194Q,SCN10A:p.T1570M,SCN11A:p.A1688T,SCN11A:p.V1289I,SCN11A:p.V566I,SCUBE2:p.V342M,SEMA3A:p.D81N,SEMA4D:p.R252Q,SEPHS1:p.R371Q,SEZ6L:p.S207L,SFPQ:p.R611Q,SFSWAP:p.S617Y,SGCG:p.A220V,SGCZ:p.I41M,SH3TC2:p.R89C,SIGLEC11:p.S363F,SIPA1L1:p.R1063Q,SIPA1L1:p.S1227Y,SLC12A1:p.S292L,SLC22A15:p.S201L,SLC24A2:p.A134V,SLC25A40:p.R96Q,SLC2A7:p.A65T,SLC30A9:p.R194H,SLC33A1:p.S542L,SLC35F3:p.A280T,SLC39A7:p.R382C,SLC43A1:p.P133L,SLC43A3:p.R216H,SLC44A5:p.R185H,SLC6A2:p.A562T,SLC8A1:p.R431H,SLFN12L:p.F232fs,SLITRK1:p.R52H,SLITRK3:p.S298L,SMAD2:p.R321Q,SMARCA4:p.R381Q,SOCS5:p.S464L,SORBS1:p.V1156M,SORBS1:p.F570L,SORCS2:p.R320W,SOX6:p.R719W,SPATA22:p.S150L,SPEG:p.A944V,SPTB:p.R86C,SPTBN4:p.A1993V,STIM2:p.R572Q,STT3B:p.D583Y,SULT1C4:p.R85Q,SUN3:p.E128K,SUPT6H:p.A957T,SYNE1:p.I1249L,SYNE1:p.R170W,SYNE2:p.K3103N,SYNGR4:p.R169Q,SYT7:p.T349M,TANK:p.S380L,TAS1R2:p.R270C,TAS2R1:p.F183L,TCF7L2:p.R488C,TDRD10:p.S322L,TECTB:p.L29I,TEKT5:p.R401H,TGFBR1:p.S241L,THAP5:p.S287Y,THSD7B:p.R90H,TLL1:p.T153M,TLL2:p.S872L,TM9SF2:p.R91H,TMCC3:p.R110H,TMEM132A:p.R481C,TMEM132D:p.R578W,TMEM55A:p.R189Q,TMEM74:p.R125Q,TMPRSS11A:p.S288L,TNIP2:p.A139T,TOP2B:p.R656H,TOX:p.S354L,TP53:p.G244D,TP53:p.R175C,TPO:p.A826T,TPR:p.S2155L,TPTE2:p.R258Q,TPTE:p.S423L,TRAK1:p.D627N,TRAPPC11:p.R568Q,TRIM23:p.R396Q,TRIM44:p.D331N,TRIO:p.R661W,TRPA1:p.K54N,TRPC5:p.S490L,TRPM6:p.R995H,TRPM7:p.R1862C,TRPM7:p.R843Q,TRPS1:p.R1125W,TRPV5:p.R492H,TRRAP:p.R3515W,TSHZ1:p.R881M,TTC21A:p.S270Y,TTN:p.R22795C,TTN:p.R3193Q,TTN:p.R328H,TUBA3D:p.R243Q,TUFT1:p.A340T,TXNDC15:p.R343Q,UBE2NL:p.R86I,UBIAD1:p.A97T,UGT2A1:p.N97fs,USH2A:p.F2369L,USP11:p.A286T,USP25:p.R1119Q,USP26:p.R861Q,USP29:p.F81L,USP31:p.D391N,USP40:p.S851L,UTP14A:p.V148I,VAV3:p.E685K,VCAN:p.R1125H,VPS13C:p.D1359Y,WBSCR17:p.R228C,WDR3:p.E841K,WDR52:p.A157T,XKR6:p.R268Q,XPOT:p.R541W,YTHDC1:p.R267Q,YTHDC2:p.E634K,ZBBX:p.R596I,ZBTB24:p.L607I,ZC3H13:p.R103Q,ZCWPW2:p.D144N,ZEB2:p.R156H,ZFHX4:p.E237D,ZFP14:p.R386C,ZFP28:p.R525I,ZFP2:p.R150I,ZFP3:p.R273I,ZFP90:p.R330Q,ZHX2:p.V790I,ZIC4:p.S305L,ZIM3:p.D352N,ZKSCAN4:p.R319Q,ZMYM4:p.R1446Q,ZNF117:p.R185I,ZNF167:p.R683I,ZNF180:p.R401I,ZNF19:p.R349I,ZNF205:p.R384C,ZNF236:p.S1480L,ZNF248:p.R568I,ZNF259:p.R174I,ZNF266:p.R512Q,ZNF266:p.R344Q,ZNF280B:p.E363K,ZNF283:p.R392Q,ZNF32:p.S62L,ZNF345:p.R82Q,ZNF345:p.R334I,ZNF350:p.R310Q,ZNF434:p.R306C,ZNF439:p.E239D,ZNF439:p.R262I,ZNF443:p.R301I,ZNF445:p.L682M,ZNF470:p.R641I,ZNF471:p.R282I,ZNF484:p.R138C,ZNF528:p.R279Q,ZNF563:p.K26N,ZNF573:p.R350I,ZNF583:p.R344I,ZNF585A:p.E638K,ZNF585A:p.E491D,ZNF625:p.R235Q,ZNF652:p.K327N,ZNF677:p.R451I,ZNF678:p.R368I,ZNF699:p.R41I,ZNF70:p.R244I,ZNF770:p.S441P,ZNF774:p.R423Q,ZNF782:p.K247T,ZNF7:

p.R337I,及びZNF831:p.E949Dからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
62.(a)上記対象の集団はDLBCLに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、EZH2:p.Y641F,MYD88:p.L273P,BCL2:p.G33R,CARD11:p.E626K,ADCY2:p.A87V,BCL2:p.N172S,BCL2:p.H20Q,BRAF:p.K601E,BTG1:p.L31F,CACNA1E:p.R1458C,CARD11:p.E93D,CD79B:p.Y197D,CD79B:p.Y197H,CREBBP:p.R1446H,GRID1:p.E622K,HIST1H1C:p.A65V,HIST1H1E:p.G133A,HIST1H3B:p.A48S,KRAS:p.G13D,MYD88:p.S251N,PABPC1:p.R94C,PIM1:p.L164F,PIM1:p.L184F,POU2F2:p.T239A,POU2F2:p.T239S,RELN:p.R2971Q,SLC25A48:p.A67T,STAT6:p.D468H,TNF:p.L47F,及びTRAF7:p.R11Hからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
63.(a)上記対象の集団はKICHに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、ACR:p.W279C,AGRN:p.1284_1285VT>A,C7orf25:p.R384fs,CAMSAP1:p.T466fs,CBWD6:p.E102fs,DOCK8:p.L1111fs,EBPL:p.Q196P,EBPL:p.L189V,GFM1:p.A17fs,GOLGA6L6:p.D570E,ITGA5:p.A48D,LUZP2:p.S154fs,MTMR9:p.K193fs,MUC16:p.P10452fs,MUC4:p.S2832P,ODF2L:p.K407fs,RHBDD3:p.G34fs,RILPL1:p.S358R,TAS2R30:p.L236fs,TRRAP:p.A973S,UBR5:p.K2120fs,URGCP:p.G639fs,ZNF98:p.A222T,及びZSWIM6:p.Q610fsからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
64.(a)上記対象の集団はKIRPに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、FAM18B2:p.C51Y,ZNF598:p.E25G,NEFH:p.E645K,EEF1B2:p.S43G,NEFH:p.AKSPEKEE652del,OBP2B:p.K61N,SKI:p.A62G,C14orf126:p.R6W,KRT8:p.S59A,ACSBG2:p.I250M,ASIC2:p.R46L,CSGALNACT2:p.L362F,FRG1B:p.A50P,IDUA:p.H33Q,KRTAP4−5:p.S74C,SCAF11:p.E926fs,SYN2:p.A34del,ZNF814:p.R322K,BMS1:p.E878D,JMY:p.P822T,KIF1A:p.E917D,KRTAP4−7:p.S57P,LAMA5:p.L2223R,LRP1:p.P1058T,MED16:p.H449Q,MUC2:p.T1488P,MUC5B:p.D682G,NACA2:p.R75K,NEFH:p.665_666insEE,OR2L8:p.S201fs,RGPD5:p.P1760A,RRN3:p.P11S,RRN3:p.R9C,STAG3L2:p.L81fs,ZNF814:p.G320E,ACP6:p.V29G,AHNAK2:p.S2166F,AHNAK2:p.P1215S,AP1G1:p.I782fs,AQP2:p.N68T,BAIAP2L2:p.V396M,BMP6:p.Q118L,BST1:p.G36A,CDR1:p.V31A,CLDN7:p.S172A,CLIP1:p.S1018fs,COL18A1:p.G884fs,CROCC:p.A355P,CTAGE15P:p.A364V,CUBN:p.I2816M,DMRT2:p.T106S,DPY19L1:p.V249L,DSPP:p.D1047N,EBPL:p.L189V,EIF4G1:p.E465del,EXOSC2:p.R11P,FAM216A:p.P36S,FCGR2A:p.V222G,FMOD:p.S331R,FOLR2:p.Q112R,FRG1B:p.L20P,GAGE2B:p.9_10insY,GDPD5:p.G593fs,GIMAP8:p.A544S,GLUD2:p.R300G,GLUD2:p.S496R,GPR135:p.Q5P,HOXD8:p.Q67H,IER5:p.R194G,IL25:p.C168fs,JSRP1:p.V92A,KRAS:p.G12D,KRTAP1−1:p.Y86C,KRTAP4−11:p.L161V,LTBP1:p.L163P,MAML2:p.Q591K,MAPK7:p.A501D,MEF2A:p.P99S,MET:p.H1094Y,MET:p.M1250T,MST1:p.N435fs,MUC2:p.T1582R,MUC2:p.T1722I,MUC4:p.A4222T,MUC4:p.T2335M,MUC4:p.P1138L,MUC5B:p.S1098A,MUC5B:p.S3431N,MYH7:p.A1487T,NBPF10:p.R39fs,NBPF10:p.Y638S,NEFH:p.654_654S>SPEKAKS,PARG:p.A584T,PBX2:p.Y262F,PIP4K2A:p.R219K,RLIM:p.S471P,RUNX2:p.Q71E,SGK223:p.R63S,SMARCB1:p.L365fs,SRCAP:p.Q1875fs,TBC1D2B:p.R920Q,TCF7L2:p.R482fs,TMEM131:p.K640fs,TMEM60:p.K77fs,TPPP:p.R30K,TRPV3:p.A218E,TTBK2:p.C83W,UBXN11:p.S510G,UGT1A1:p.T4A,UTS2R:p.A289E,YBX1:p.P250L,ZNF514:p.V81G,ZNF516:p.A256D,ZNF681:p.K405Q,ZNF814:p.D404E,ZNF814:p.P323H,ZXDB:p.G206Rからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
65.(a)上記対象の集団はLIHCに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、TP53:p.R249S,CTNNB1:p.D32V,CTNNB1:p.D32G,CTNNB1:p.S33P,CTNNB1:p.K335I,CTNNB1:p.H36P,EEF1A1:p.T432L,GNAS:p.R844C,OR2T4:p.V137L,TP53:p.H193R,ATXN1:p.Q217H,CSMD3:p.F2383fs,CTNNB1:p.D32N,CTNNB1:p.S33C,CTNNB1:p.G34V,CTNNB1:p.S45P,CTNNB1:p.N387K,DHRS4:p.I218T,DNM2:p.E378D,F5:p.Q426L,GALNTL5:p.A45T,GPX1:p.P77R,GRM8:p.R852C,IDH1:p.R132C,KIF26B:p.A2033T,KRT8:p.S59A,LOC100132247:p.T532P,NEB:p.D3854H,PIK3CA:p.H1047R,SOLH:p.R714H,TP53:p.R158H,TP53:p.V157F,及びZNF638:p.D400Nからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
66.(a)上記対象の集団はMMに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、NRAS:p.Q61R,KRAS:p.Q61H,KRAS:p.G13D,NRAS:p.Q61K,BRAF:p.V600E,NRAS:p.Q61H,NRAS:p.G13R,ZNF717:p.W315C,ATP13A4:p.V431G,DNAJC12:p.R135K,IRF4:p.K123R,KRAS:p.A146T,KRAS:p.Q61R,KRAS:p.G12A,KRAS:p.G12D,ZNF717:p.N594I,ACTG1:p.A22P,ARL6IP1:p.M75L,BEND2:p.E630K,BRAF:p.G469A,CDHR1:p.R218G,DIS3:p.R780K,DMXL2:p.D2412E,DNAJC10:p.I80K,EGR1:p.Q9H,FGFR3:p.*807S,IDH1:p.R132C,IL6ST:p.P216H,INTS12:p.M1V,KRAS:p.K117N,KRAS:p.A59G,KRAS:p.G12R,MAX:p.R36W,MLL5:p.G492E,NBPF1:p.E810K,NRAS:p.Q61L,NRAS:p.G12D,ODF2L:p.E294K,PADI2:p.T114P,PNLIP:p.T37M,PRDM1:p.S588C,PTPN11:p.E76K,PTPN14:p.E286K,RBM6:p.V675G,SCN10A:p.R1142H,SRGAP1:p.T61M,SUSD1:p.T168P,TAS2R16:p.V231I,TINAG:p.E403K,TRIP12:p.L1775P,及びZNF717:p.C844Sからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
67.(a)上記対象の集団はPRADに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、HSD17B7P2:p.N175S,RGPD5:p.P1760A,FRG1B:p.L52S,EEF1B2:p.S43G,FRG1B:p.I10T,FRG1B:p.A53T,LRRC37A2:p.T102S,NBPF10:p.E3455K,PTH2:p.L22V,CYP2D7P1:p.S32A,FAM47C:p.N648D,MAP3K9:p.E38del,MUC4:p.H4205Q,CHEK2:p.K373E,FRG1B:p.A11T,FRG1B:p.A50P,HLA−J:p.R124W,KRTAP1−5:p.I88T,KRTAP4−9:p.D18V,NPIP:p.A271V,PDGFRA:p.R483fs,ZNF780A:p.Q600H,ZNF845:p.R925H,ZNF91:p.R333H,ARFGAP3:p.N299fs,BTN2A3P:p.P3S,FNBP4:p.TT58del,HLA−A:p.Q78R,LOC554223:p.RAPWMEQ147del,PODXL:p.28_30PSP>P,POLI:p.D17del,SPOP:p.F133L,SYN2:p.A34del,TMEM52:p.23_26LLPL>L,UBC:p.L149R,ZNF208:p.I647S,ZNF799:p.E589G,ZNF814:p.D404E,ASTN2:p.L221del,B4GALNT1:p.G88fs,C16orf74:p.S21del,CCDC15:p.H458P,CD209:p.R129W,CNTNAP1:p.S1029I,DBR1:p.541_542DD>D,FAM22F:p.S691del,FRG1B:p.D32V,FRG1B:p.I34T,FRG1B:p.N55D,FRG1B:p.I59V,FRG1B:p.S71N,KIF25:p.W3R,KRTAP4−11:p.L161V,KRTAP4−11:p.M93V,KRTAP4−11:p.R51K,KRTAP4−6:p.S153Y,LILRB5:p.S598P,LMOD2:p.E124del,LOC645752:p.L40P,LRP1:p.P1058T,LRRIQ3:p.K244fs,LURAP1L:p.55_56insGGG,MLLT10:p.V463E,MYOCD:p.Q310del,NBPF10:p.N1369D,OTUD4:p.T909I,PARG:p.A584T,PEX1:p.I370fs,POTEC:p.K507E,POTEC:p.R477Q,POU4F2:p.68_69insG,PRG4:p.T417P,SDHAP2:p.R31C,SPOP:p.F133C,SPOP:p.W131G,TIMD4:p.T152del,TMEM121:p.P299del,TP53:p.G245S,UBC:p.R73L,UBC:p.I191T,WASH3P:p.G175S,ZMIZ1:p.D1048fs,ZNF709:p.T413I,ACADS:p.R330H,ADAMTS7:p.K1357fs,AFF2:p.R597H,AGAP6:p.S127I,AK302238:p.A44T,AK302879:p.Q191R,ALDH1A2:p.R85C,ANAPC1:p.T537A,ANKRD36C:p.H438R,AP4B1:p.R276W,ARFGAP2:p.S38N,BBS9:p.F268fs,BC139719:p.L133R,BRAF:p.G469A,C22orf43:p.D171del,CANT1:p.K131R,CHD3:p.E35del,CLEC4A:p.R209H,CNOT3:p.E20K,CNPY3:p.17_18LL>L,CNTNAP3B:p.S317T,CNTNAP3B:p.M1247I,CTNNB1:p.T41A,DDX10:p.D788del,DLC1:p.S741T,DPY19L2:p.M210V,EDC4:p.S617del,EFCAB6:p.R379K,ERC2:p.927_928HH>H,FAM111B:p.S269fs,FEM1A:p.L620M,FHOD3:p.A632fs,FLJ43860:p.L850fs,FMN2:p.G59del,FNBP4:p.914_915PP>P,FRG1:p.E86del,FRG1B:p.K13N,FRG1B:p.P42Q,GABRB1:p.R416C,GABRR2:p.A368V,GAGE2B:p.9_10insY,GOLGA8DP:p.N84H,GOT2:p.R355W,GPATCH4:p.K210fs,HDGFL1:p.188_189insA,HLA−DQB2:p.G250S,HLA−DQB2:p.R247H,IDH1:p.R132H,IL27:p.E176del,IRF2BPL:p.123_125QQQ>Q,KANK3:p.DGDS489del,KIAA1462:p.858_859SS>S,KRTAP4−11:p.S48R,KRTAP4−7:p.S57P,KRTAP4−8:p.C95S,LPHN3:p.R826H,LRP10:p.L11del,LRP5:p.S1609P,LRRC16B:p.R787W,MAS1L:p.R324G,MECOM:p.R915Q,MED12:p.L1224F,MED12L:p.Q2115del,MESP2:p.GQGQGQGQ195del,MGAT4C:p.T345M,MLEC:p.E238del,MSLNL:p.T68P,MUC7:p.S173P,MYC:p.Q37del,NBPF10:p.N440D,NLRP6:p.E611del,NOX3:p.C404fs,OR1M1:p.V69I,OR7E24:p.L7fs,OTUD4:p.A153del,PANK2:p.T417fs,PCLO:p.S496P,PCNT:p.S162G,PCSK9:p.23_24insL,PHOSPHO1:p.S32del,POU4F1:p.H108del,PRAMEF8:p.R319H,PRDM7:p.M387L,PRG4:p.T597P,PTPRD:p.R1323C,PTPRF:p.R1174Q,ROBO3:p.RS1367del,ROCK1:p.T518S,RPTN:p.G296S,RTL1:p.152_152E>EE,SIRPA:p.V233I,SLC2A6:p.A230D,SLC8A2:p.E710del,SMG7:p.E846fs,SNAPC4:p.S542del,SP8:p.G165del,SPOP:p.F133I,SPOP:p.F133V,SPOP:p.F102C,SPOP:p.F102V,SRSF11:p.G17fs,SRSF4:p.K396del,SSPO:p.S4198fs,STAG3L2:p.L81fs,STK19:p.R18fs,TBC1D2B:p.R920Q,TBC1D9:p.P1233T,TCHH:p.P1158R,TCOF1:p.K1366del,TNRC18:p.2664_2665SS>S,TP53:p.R248Q,TP53:p.R175H,TP53:p.C141G,TSPAN4:p.L92V,UBXN11:p.GPGPGPSP504del,UTP3:p.E81del,WASH3P:p.L187V,ZAN:p.P717L,ZAN:p.L878P,ZFP90:p.R591fs,ZNF761:p.H373R,及びZNF91:p.H305Rからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
68.(a)上記対象の集団はSTADに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、RNF43:p.G659fs,BZRAP1:p.P1416fs,XYLT2:p.Y526fs,LARP4B:p.T163fs,PGM5:p.I98V,ZBTB20:p.P692fs,ARID1A:p.G1848fs,FHOD3:p.P334fs,KIAA0182:p.T120fs,ATP6V1B1:p.Y383fs,PIK3CA:p.H1047R,FRMD4A:p.P1005fs,PIK3CA:p.E545K,CDC14A:p.N123fs,KRAS:p.G13D,MLL2:p.T172fs,BCORL1:p.S1679fs,PLEKHA6:p.V328fs,C9orf131:p.P342fs,CD4:p.Q164fs,FBXW7:p.R465C,GNG12:p.T68fs,IRS4:p.G591fs,JARID2:p.V422fs,KIAA0195:p.I902fs,MBD6:p.P732fs,MVK:p.P138fs,PAMR1:p.G101fs,WNT16:p.W165fs,ZNF43:p.N251fs,ABCA6:p.L306fs,ADAM28:p.K73fs,AOC3:p.L79fs,ATP2A1:p.R819fs,B2M:p.L13fs,C6orf89:p.P58fs,CNTLN:p.K1305fs,CR2:p.V206fs,DYRK4:p.K468fs,ERBB3:p.V104M,GLI1:p.W272fs,KRAS:p.G12D,MLL2:p.T172fs,MSH6:p.T1085fs,NLK:p.C190fs,OR5M3:p.T89fs,PAX6:p.P375fs,PTEN:p.L265fs,RABGAP1:p.K928fs,RAD51AP2:p.T316fs,SVIL:p.G1862fs,TP53:p.R273H,WNK4:p.G606fs,ARID1A:p.P2139fs,AXIN2:p.G665fs,C13orf33:p.R67fs,C1QTNF5:p.P308fs,CELSR1:p.G614fs,CRYGD:p.G159fs,DCHS1:p.R235fs,DDC:p.I433fs,EDNRB:p.Y383fs,EPHA2:p.P460fs,FOXN3:p.P96fs,HDAC4:p.P901fs,INF2:p.S527fs,KIRREL2:p.V649fs,KLF3:p.I104fs,KLHL14:p.P231fs,MAP7D3:p.Q308fs,OTX2:p.R44fs,PAFAH1B1:p.K302fs,PLAGL2:p.P10fs,POLM:p.P97fs,PRPF40B:p.I31fs,RALGAPB:p.T379fs,SBNO1:p.N1139fs,SERPINI1:p.L81fs,SH3KBP1:p.L574fs,SLC12A7:p.H686fs,SLC27A3:p.P643fs,TBX4:p.S370fs,TP53:p.R273C,TP53:p.R175H,TRAM1L1:p.R345fs,WBP1:p.P138fs,ABCC4:p.L883fs,AKAP13:p.K2785fs,ALDH3A1:p.P562fs,ALPK2:p.L356fs,ARFGEF1:p.P1552fs,ARID1A:p.G1848fs,AVPR1A:p.F351fs,BAX:p.M38fs,C14orf43:p.P313fs,C1QTNF5:p.G194fs,C7orf50:p.L179fs,CDC25C:p.K322fs,CETN3:p.K63fs,CHD3:p.P597fs,CTCF:p.K202fs,CTSC:p.F105fs,DDX17:p.G163fs,DLGAP3:p.G377fs,EBF3:p.G255fs,FHDC1:p.F100fs,FILIP1L:p.K749fs,FLNB:p.W529fs,GBP7:p.G431fs,GCC2:p.E700fs,GPR161:p.G517fs,IWS1:p.S802fs,KIAA0240:p.K895fs,KIAA1967:p.P415fs,LRRC43:p.D558fs,MACF1:p.R707fs,MBD6:p.G780fs,MLL3:p.F4496fs,MPRIP:p.A351fs,MUC6:p.2129_2130SS>S,NOX5:p.P467fs,OPTN:p.P24fs,OR4K5:p.F177fs,PIK3CA:p.N345K,PIK3CA:p.E542K,PLXNA1:p.P1016fs,PNPLA7:p.P1199fs,PODN:p.I301fs,PPP2R3B:p.T389fs,PRSS36:p.L680fs,RGL2:p.G203fs,RHOQ:p.V190fs,RNF111:p.R771fs,RTN2:p.P313fs,SALL4:p.V995fs,SBF1:p.P1076fs,SETDB2:p.R715fs,SNAPC2:p.T292fs,SPG20:p.F232fs,SRCAP:p.P1876fs,STAT2:p.P489fs,TCHP:p.E172fs,TP53:p.R282W,TP53:p.R248Q,USP21:p.K474fs,WDR7:p.G262fs,ZBTB7C:p.E157fs,ZFC3H1:p.K385fs,ZNF124:p.T339fs,ZNF626:p.K115fs,ADNP2:p.S322fs,AGAP1:p.G127fs,ALDH2:p.L286fs,ARHGAP5:p.D890fs,ARHGEF17:p.A615fs,ARID1A:p.Y1324fs,ART1:p.I243fs,ASCL4:p.D35fs,ATXN2L:p.G998fs,B3GNT5:p.F30fs,BCKDHA:p.H37fs,BCL9L:p.P1127fs,BEND3:p.D265fs,BNC2:p.S575R,BRD3:p.P24fs,C12orf51:p.P4235fs,C1R:p.P216fs,C7orf49:p.G130fs,CA2:p.I145fs,CABP5:p.R145fs,CASD1:p.F781fs,CASP8:p.R471fs,CCDC153:p.P200fs,CD93:p.D280fs,CROT:p.L32fs,CSF3R:p.P468fs,CTCF:p.K202fs,ERBB2:p.S310F,FAM46D:p.S69R,FBN3:p.G601fs,FBXO21:p.F144fs,GAS6:p.G150fs,GLYR1:p.G380fs,GXYLT1:p.L223fs,HAUS6:p.S530fs,IGF2R:p.T1314fs,ITGB1:p.L378I,KDM3B:p.P1316fs,KIF13A:p.K1115fs,KLF3:p.S224fs,LARP1:p.A223fs,LRP1:p.G1488fs,LRP1:p.G1488fs,MAGEE2:p.Q45fs,MAMSTR:p.P162fs,MAPK15:p.Q511fs,MLL2:p.P647fs,MOCS2:p.P22fs,MTG1:p.L105fs,MTG1:p.H327fs,MTIF2:p.N109fs,NID2:p.R1035fs,PAX2:p.P395fs,PCCA:p.R230H,PDZD2:p.R101fs,PFKP:p.M593fs,PIK3CA:p.R88Q,PLA2G1B:p.L53fs,PLAU:p.R201fs,PMEPA1:p.P208fs,POP1:p.K750fs,PTCH1:p.P1307fs,PTPRT:p.P1075fs,RDBP:p.P6fs,RNMT:p.K392fs,ROBO2:p.P1080fs,RUNDC3B:p.L6fs,SDAD1:p.K275fs,SLC10A6:p.G109fs,SNAPC1:p.D211fs,SPATA5L1:p.C685fs,SPTA1:p.K1732T,STAT5B:p.P367fs,SYT4:p.M1fs,TAF1L:p.K851fs,TAP2:p.L75fs,TBL1XR1:p.N126fs,THEMIS:p.K406fs,TMEM79:p.P161fs,TP53:p.C176F,TP53BP2:p.K69fs,TP53RK:p.L174fs,UBQLN2:p.A523fs,UHRF1BP1:p.I1330fs,VPRBP:p.K939fs,VPS13B:p.T56fs,WASF3:p.P305fs,YLPM1:p.E1178fs,ZC3H13:p.K1006fs,ZC3H18:p.P825fs,ZC3H4:p.E779Q,ZNF48:p.P247fs,ZNF608:p.A465fs,ZNF878:p.S238fs,ZSCAN18:p.P225fs,ABCB1:p.R527fs,ABCB6:p.G318fs,ACACB:p.G255fs,ACP1:p.Q123fs,ACTL6A:p.L88fs,ADAMTSL4:p.G778fs,AGBL5:p.I420fs,AHI1:p.K303fs,AKAP9:p.M3743fs,AKD1:p.R1209fs,ANKRD40:p.D99E,ARHGEF5:p.S1512fs,ARID1A:p.K1071fs,ARID3A:p.S557G,ARPP21:p.I130fs,ASPN:p.F67fs,ASXL3:p.E873fs,ATP6V1C2:p.R312fs,BEST3:p.P444fs,BRAF:p.P403fs,BRMS1:p.G107fs,BTBD11:p.T451fs,BTBD11:p.A561V,C11orf9:p.S261fs,C14orf102:p.R90fs,C14orf43:p.Q36fs,C15orf52:p.G98fs,C19orf21:p.R262C,C19orf70:p.P50fs,C20orf160:p.P46fs,C3:p.P890fs,CADPS2:p.N468fs,CASC3:p.S232F,CASC3:p.P603L,CASC3:p.P645L,CASC3:p.S658L,CASKIN2:p.P727fs,CBLL1:p.E138fs,CBLN3:p.P69fs,CCDC108:p.P1164fs,CCDC148:p.K420fs,CCDC153:p.P200fs,CCDC169−SOHLH2:p.K162R,CCDC88A:p.K677fs,CD1E:p.F85V,CD3EAP:p.K218fs,CDH11:p.K357T,CDH1:p.D254Y,CDH23:p.V403I,CFI:p.K37fs,CHPF2:p.D645fs,CIC:p.R507fs,CIC:p.A1114fs,CIC:p.A1114fs,CLSTN1:p.T615M,CNBD1:p.L396P,CNGA4:p.K510T,CNOT6:p.S248fs,CNTROB:p.R920fs,COL9A1:p.P283fs,CPAMD8:p.P784fs,CR1L:p.L79fs,CRB1:p.F630V,CSMD1:p.L3410V,CTNNA3:p.K856fs,CTNND1:p.I447fs,CTSD:p.P89fs,CUX1:p.A439fs,CYP7B1:p.K332T,DAB2IP:p.D994fs,DNAH11:p.T871fs,DNAH8:p.K1688fs,DNAJC1:p.K193fs,DNM2:p.P791fs,DSTN:p.F101fs,DYRK1B:p.Q545fs,EAF2:p.V109fs,EDNRB:p.A104V,EEA1:p.N570fs,EFHA1:p.F290fs,EGR1:p.P332fs,EIF4G3:p.K563fs,ELK3:p.S173fs,ENTPD2:p.G204fs,EOMES:p.G332fs,EPHA10:p.P868fs,EPHB6:p.G54fs,EPHX1:p.P132fs,EPPK1:p.G2015fs,ERBB4:p.M1fs,ESF

1:p.T99fs,EXOSC8:p.L160fs,FAM113B:p.R51fs,FAM116A:p.L441fs,FAM135B:p.S645R,FAM151A:p.P117fs,FAM193A:p.D428fs,FAM193A:p.D428fs,FAM214B:p.A42fs,FAM40B:p.R740C,FAM70B:p.S19L,FASTKD1:p.K3fs,FBXW7:p.R479Q,FBXW9:p.G298fs,FER:p.L474fs,FERMT2:p.K152fs,FGGY:p.G138fs,FIGNL1:p.K309fs,FLG:p.K159fs,FLNB:p.W529fs,FOLH1:p.S501fs,FYB:p.G324fs,GABRD:p.Q412fs,GALNTL1:p.W317fs,GANAB:p.L23fs,GCDH:p.L389fs,GIMAP7:p.V276fs,GIPC3:p.G227fs,GLI3:p.P1033fs,GLIPR1L2:p.G92fs,GNPNAT1:p.F54fs,GON4L:p.M134fs,GPATCH4:p.K210fs,GRK4:p.K22fs,GTF3C1:p.S767fs,GTF3C4:p.E562fs,H2AFY2:p.K144fs,HCFC1R1:p.P83fs,HCRTR2:p.S9fs,HCRTR2:p.S9fs,HDLBP:p.G747fs,HECA:p.R333fs,HIVEP3:p.H554fs,HIVEP3:p.P534fs,HLA−C:p.P209fs,HOOK1:p.L361fs,HOXD8:p.P122fs,HTT:p.G697fs,IBTK:p.K1213fs,IDE:p.K37fs,IFT172:p.A837T,INPPL1:p.A974fs,INPPL1:p.P1154fs,INSM2:p.T533fs,INTS12:p.L14fs,INVS:p.R815fs,IPO11:p.S844fs,IRX6:p.A425V,ISG20L2:p.P288fs,ITGB8:p.A7fs,JARID2:p.G394fs,JHDM1D:p.R97fs,KBTBD6:p.G442fs,KCNC1:p.K455fs,KCNH2:p.G149A,KCNJ10:p.P102fs,KCNMB2:p.N151K,KCTD21:p.T6M,KIAA0586:p.A1592fs,KIAA1009:p.F406fs,KIAA1109:p.E1588fs,KIAA2026:p.K690fs,KIF26B:p.S1065fs,KIF6:p.L204fs,KIRREL:p.P335fs,KLC2:p.T568fs,KRAS:p.Q61H,KRAS:p.G12S,MAN1C1:p.G431fs,MAP1A:p.P2063fs,MAP2:p.K1472fs,MAP3K12:p.R449del,MAP7D1:p.A80fs,MGST2:p.K102fs,MKI67:p.T1664fs,MKL1:p.P307fs,MLL2:p.P2354fs,MLL2:p.L656fs,MLL2:p.P647fs,MLL2:p.L1877fs,MMP3:p.I64fs,MPDZ:p.K1582fs,MTUS2:p.R1005W,MUC16:p.A6156T,MYB:p.R481fs,MYEOV:p.L269fs,MYH11:p.K1263del,MYO18A:p.P209fs,MYO7A:p.I539fs,MYOCD:p.G226fs,NAA16:p.H514fs,NBEA:p.V2247fs,NCAPD3:p.Q909fs,NCAPH:p.T466fs,NCOR2:p.P1308fs,NEFM:p.A213V,NEK8:p.V690fs,NF1:p.T676fs,NHLRC1:p.F204fs,NKD1:p.P286fs,NPR3:p.Y138H,NT5M:p.P206fs,NUFIP2:p.R224fs,NUP210:p.L135fs,NYNRIN:p.G113fs,OBSCN:p.G997fs,OGDH:p.Y948fs,OR4C16:p.S135R,OR51A7:p.L124R,OR7C1:p.C179fs,OSBP2:p.H627fs,OTOF:p.E1304K,P2RX1:p.R20fs,PALB2:p.M296fs,PALB2:p.N280fs,PANK1:p.K400fs,PAPD4:p.C225fs,PAPPA2:p.I1683fs,PARP15:p.K461fs,PARP4:p.K847fs,PCDH10:p.N118fs,PCDH10:p.P225fs,PCGF3:p.H63fs,PELI2:p.G197fs,PHACTR1:p.V251fs,PHACTR2:p.S237fs,PHACTR4:p.S354fs,PHKB:p.K642fs,PIAS3:p.H116fs,PIGO:p.P787fs,PIGT:p.A346fs,PIK3R3:p.M341fs,PITPNM1:p.P295fs,PKN2:p.K76fs,PLA2G15:p.W230fs,PLAG1:p.K184fs,PLEKHO1:p.T254fs,PLOD3:p.R297fs,PLOD3:p.P296fs,PLXNA2:p.P464fs,POLQ:p.L1430fs,PPARGC1B:p.P135fs,PPL:p.P454fs,PPM1H:p.P226fs,PPP1R12C:p.P372fs,PREX2:p.R562fs,PRICKLE4:p.Q109fs,PRKAR1B:p.P87fs,PRKCG:p.R345C,PRMT8:p.S28fs,PROX1:p.F592fs,PRRG3:p.R163fs,PSD2:p.G256fs,PTCHD3:p.F588fs,PTPN4:p.N319fs,PTPRC:p.Q895H,PWWP2B:p.S84fs,PYGO2:p.Q150fs,RABGAP1:p.K928fs,RB1CC1:p.N1171fs,RBM6:p.R96fs,RHOA:p.Y42C,RIMS1:p.R71G,RIMS2:p.V401fs,RING1:p.G171fs,RINT1:p.L107fs,RNF43:p.P116fs,ROBO2:p.K1293fs,RPS6KA6:p.K109fs,RRS1:p.N45fs,RSF1:p.K386fs,RUSC2:p.P486fs,RXFP3:p.A60V,SAFB:p.W798fs,SCARF1:p.R614Q,SCLT1:p.K109fs,SERPINB12:p.Q168fs,SGK3:p.L61fs,SGOL2:p.E407fs,SIGLEC1:p.P318fs,SIK1:p.Q678fs,SLC16A6:p.G98fs,SLC25A17:p.F28fs,SLC26A7:p.I629fs,SLC32A1:p.V494I,SLC4A3:p.L1061fs,SLC7A10:p.P157fs,SLC9A2:p.T746fs,SLITRK1:p.K45fs,SND1:p.H721fs,SOAT1:p.F64fs,SORBS2:p.E1158fs,SOX7:p.L309fs,SPAG17:p.Q1264fs,SPTY2D1:p.P485fs,SRCIN1:p.P865fs,SREBF2:p.H763fs,SRRT:p.G102fs,STAB1:p.P1120fs,STRADA:p.R333fs,STX2:p.K252fs,SV2A:p.E138fs,SYCP2:p.M176fs,SYNJ2:p.P1111fs,TAS2R10:p.L196fs,TBC1D22B:p.A175fs,TEAD2:p.P298fs,TFE3:p.G482fs,TGM6:p.T358fs,TIMM44:p.K83fs,TIMP3:p.A199fs,TLR4:p.L498V,TMEM132D:p.P206fs,TMEM41A:p.F156fs,TMEM41B:p.F230fs,TMTC4:p.R611C,TNK2:p.P632fs,TOPBP1:p.I1381fs,TP53:p.E286K,TP53:p.P152fs,TRIP11:p.K541fs,TRPA1:p.T673fs,TRPM8:p.H765fs,TTF1:p.K336fs,TTI1:p.R707H,TTN:p.E15192D,U2AF2:p.L175fs,UBC:p.G684fs,UBR4:p.P2802fs,UPF2:p.E1033D,UPK2:p.P49fs,USP13:p.I116fs,USP15:p.K782fs,VASH1:p.G3fs,VEZF1:p.355_356insN,VPS13A:p.F2883fs,WAPAL:p.R522fs,WDFY3:p.L1842fs,WDR59:p.N160fs,WDR5:p.N214fs,WDR60:p.Q412fs,WDTC1:p.M287fs,WHSC1L1:p.K418fs,WNT1:p.W167fs,XIRP2:p.E1007D,YBX2:p.P226fs,YIF1A:p.R131fs,ZBBX:p.E151del,ZBTB40:p.L262fs,ZBTB7C:p.G342fs,ZBTB7C:p.D154fs,ZC3H18:p.T701fs,ZDHHC5:p.E651del,ZDHHC7:p.P316fs,ZFHX3:p.R1893fs,ZFHX3:p.E763fs,ZFHX4:p.L408fs,ZHX3:p.N249K,ZIM3:p.I384fs,ZKSCAN5:p.D13fs,ZMYM4:p.K345fs,ZNF236:p.T1410M,ZNF23:p.F122fs,ZNF334:p.K426fs,ZNF358:p.T130fs,ZNF701:p.L296fs,ZNF711:p.L737fs,及びZNF831:p.A49fsからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
69.(a)上記対象の集団はTGCTに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、FAM18B2:p.C51Y,BTN2A3P:p.P3S,MUC2:p.G1715S,NBPF10:p.L44V,SP8:p.G156S,DCP1B:p.Q252H,DEK:p.E41D,ERC1:p.K692R,FAM104B:p.D75H,FRG1B:p.M49V,KRTAP10−10:p.V234M,LRRCC1:p.A6V,NRAS:p.Q61R,PNPLA4:p.L223P,ANKLE1:p.C644fs,ANKLE1:p.C644fs,KIT:p.D816H,KIT:p.D816Y,MUC2:p.T1597I,PSMD11:p.A5V,RHPN2:p.V73M,RUNX2:p.Q71E,SP4:p.E7K,TUBA1C:p.L146F,ZNF814:p.Y324H,ADAMTS17:p.N572T,ATRX:p.K1936R,BCL11B:p.E535D,BMP2K:p.Q460H,BMP2K:p.H487Q,C12orf32:p.D60V,C22orf43:p.K19E,CDC27:p.N571I,CDC27:p.P242S,DDX11:p.K208fs,EBPL:p.L189V,EZH2:p.K510R,FAM86A:p.A141T,GAS2L2:p.D189A,GRID2IP:p.LS754del,HGC6.3:p.E171G,KIT:p.D816V,KIT:p.N822Y,KIT:p.N822K,KRAS:p.Q61R,KRAS:p.G12V,KRTAP1−1:p.I116V,LRRC37BP1:p.Y166D,MEF2A:p.R127Q,MFF:p.S7F,MST1:p.R347W,MUC4:p.S3048L,MUC6:p.H2000Q,MUC6:p.P1977H,NAT10:p.I393T,OPLAH:p.A900D,PIEZO1:p.Q749E,PRAMEF4:p.F300V,RBM10:p.E184D,SERINC2:p.T121P,SPIN2A:p.M150V,SRRM2:p.A2257S,SSBP3:p.K6R,ZNF680:p.R501W,ABCC8:p.Y512C,ABCC9:p.L466P,ABCD1:p.H169Q,ABL2:p.P19T,ACVR2B:p.R48C,AHDC1:p.P33fs,AHNAK2:p.L1640M,ALPPL2:p.W31S,AMMECR1:p.G77C,ANK3:p.D1322E,ANKHD1−EIF4EBP3:p.G60S,ANKRD11:p.Y2015S,ANKRD11:p.K369R,ANKRD50:p.V637M,APBB3:p.L450P,ARHGAP24:p.T35A,ARID4B:p.G1076A,ARMC3:p.A514T,ARRB2:p.T99P,ATAD5:p.I305V,ATXN3:p.305_306insQQQQQQQ,AVPR1B:p.G39R,AXDND1:p.E994Q,BAI2:p.A231G,BEST3:p.P383L,BIRC6:p.V414L,BIRC8:p.A225M,BRWD1:p.K1319R,BTN2A2:p.L15F,C12orf51:p.A2644T,C12orf65:p.K143T,C16orf62:p.L244I,C1QBP:p.T225I,C1orf167:p.S123G,C5orf25:p.Y4F,CACNA1E:p.G2080S,CAPNS1:p.LV303del,CCDC159:p.A332S,CDKAL1:p.P409L,CDYL:p.V48A,CDYL:p.A60G,CELSR2:p.L17P,CHD4:p.E138D,CKAP5:p.G576A,CLCC1:p.K52R,CMTM8:p.S26T,CNKSR2:p.P249L,CNTN5:p.I501T,COG5:p.H617R,COL15A1:p.K708R,COL6A3:p.A2378D,CRYGB:p.R143G,CSGALNACT2:p.L362F,CUL4A:p.I438F,CXXC1:p.Q156H,CYP19A1:p.F406L,DCLRE1B:p.F28I,DDX11:p.A376T,DDX11:p.E680D,DEPDC5:p.R1525Q,DLC1:p.S741T,DNMT1:p.R995Q,DOCK11:p.Q169E,DSPP:p.D1047N,E2F7:p.I91S,EBF1:p.D353G,ECI2:p.K55R,EEF1A2:p.Y418S,EIF3J:p.A8G,EML6:p.K805R,EPAS1:p.S474T,EPRS:p.L1335I,ERICH1:p.E327K,FAM101B:p.L5P,FAM104A:p.M1R,FAM110D:p.R71H,FAM155A:p.Q95R,FAM186A:p.G1492E,FAM194B:p.Y139H,FAM21B:p.P1231S,FAM32A:p.K9R,FAM46B:p.H416R,FAM48B1:p.I499V,FAM48B1:p.A516P,FAM5C:p.S425W,FAM86C2P:p.C120Y,FBXL14:p.V48G,FRMPD3:p.Q832del,FRS2:p.L47S,GDF5:p.E105fs,GPNMB:p.C3fs,GPT2:p.R10P,H2AFV:p.Q125R,HDLBP:p.R503C,HERC2:p.R2129C,HIST1H2BJ:p.K13R,HLX:p.N231K,HMGB3:p.E198D,HSF4:p.R169W,HSF4:p.S491P,HYAL4:p.D222N,INO80E:p.P206fs,INTS4:p.S460A,IQCF6:p.R3H,ITPR1:p.M1569I,ITPR3:p.R1698G,KANSL3:p.G376E,KCNA4:p.E627del,KDM5A:p.P423S,KDM6A:p.Y362fs,KIAA0020:p.K63R,KIDINS220:p.N851S,KIT:p.W557G,KLHDC2:p.W321S,KRAS:p.A146T,KRAS:p.Q61H,KRAS:p.Q61L,KRAS:p.G12A,KRAS:p.G12R,KRBA1:p.R839G,KRTAP4−8:p.T63S,L2HGDH:p.P441del,LAMC3:p.P174Q,LHCGR:p.L16Q,LOC401296:p.L144M,LPHN2:p.F906I,LRP12:p.G310C,LTB4R:p.F73L,LTBP3:p.L35del,LUC7L3:p.S148T,LYPD4:p.T64K,MAMLD1:p.Q572L,MAP4K2:p.R341G,MAPK7:p.A501D,MAT2A:p.E166G,MED12L:p.C1292Y,MESP2:p.Q182E,MEX3C:p.R534S,MIER2:p.L131F,MLL5:p.Y66C,MLLT3:p.177_178SS>S,MMS19:p.D1005N,MRPS25:p.E119del,MSH6:p.D576A,MTIF3:p.G65E,MUC17:p.M1807T,MUC17:p.T2279N,MUC17:p.G2474S,MUC2:p.TTPSPP1475del,MUC2:p.T1568M,MUC2:p.T1580N,MUC2:p.T1704I,MUC2:p.T1706M,MUC4:p.H1117D,MUC5B:p.R1097H,MYEF2:p.K323E,MYEOV:p.L302H,MYH8:p.A785V,MYO1A:p.N584K,NAP1L3:p.P353R,NAV1:p.I1433M,NCAM1:p.E131G,NEB:p.D3107N,NEFH:p.V670E,NELL2:p.G170D,NHS:p.D1561N,NKD2:p.H447del,NSD1:p.T461R,NT5C3:p.A3P,NYAP1:p.P480S,OBSCN:p.A908T,OR10J1:p.R244Q,OR1S2:p.M298I,OR2L3:p.K294R,OR6K6:p.F311L,PABPC3:p.V325fs,PBX2:p.Y262F,PCDHB4:p.P255F,PCMTD1:p.V281A,PCP4L1:p.K64R,PDE3A:p.A98E,PDIA6:p.N56K,PDS5A:p.L1309F,PHLDA2:p.R28S,PIGR:p.V183G,PIK3CA:p.E545K,PIK3CD:p.C381R,PKD1:p.T938M,PLEKHM1:p.A895V,PLEKHN1:p.A600D,PLXND1:p.R367L,PMS2:p.K651R,PNMA3:p.E200G,POTEF:p.S112G,PRAMEF8:p.I448V,PRDM2:p.E278D,PRODH:p.L527V,PRPF31:p.R289W,PSME4:p.N495D,PTGR1:p.E40A,PTPRB:p.Q726H,RABGEF1:p.N207D,RAC1:p.P34R,RANBP17:p.M900I,REV3L:p.A30S,RFC3:p.I82N,RFC3:p.K296N,RIMBP3:p.Q1154R,RPL19:p.R151C,RPL5:p.R58fs,RPTN:p.M538I,RRAD:p.A278E,RYR1:p.D668Y,RYR2:p.L2023F,SAFB:p.G799V,SCRIB:p.G332V,SDK1:p.Y2146C,SEC16A:p.T443K,SEC31B:p.P905S,SELO:p.R565Q,SELP:p.A297T,SI:p.I1681K,SLC2A7:p.H268Q,SLC37A1:p.V528I,SLC38A1:p.G100R,SMARCA2:p.D1158A,SMARCA5:p.T156fs,SMC3:p.E970Q,SMG1:p.P2696H,SNRNP200:p.A2129G,SPIN2B:p.M150V,ST6GALNAC1:p.S354N,STAMBPL1:p.Y143H,STARD8:p.G662A,STON1−GTF2A1L:p.N451S,SYMPK:p.A336G,TAS2R8:p.W98C,TCHH:p.W1016R,TET1:p.T1472S,TIAM1:p.G247M,TNS1:p.P183S,TOR1AIP2:p.G146R,TPRX1:p.S216P,TPRX1:p.S200P,TRMT61A:p.S244I,TSPAN4:p.L92V,TTF1:p.Q530R,UBE2M:p.G131D,UBR5:p.R2517S,UGT2B11:p.R447I,UMODL1:p.M559I,UNC93A:p.V445A,USP46:p.Q137R,VWA2:p.G317D,VWA7:p.V792G,WASH3P:p.L187V,WNT5B:p.K327E,WRN:p.E510D,XDH:p.P410S,ZAN:p.S755P,ZC3H11A:p.I777T,ZC3H7A:p.C575S,ZDHHC11:p.H250Q,ZFHX4:p.D3239N,ZKSCAN3:p.K200A,ZMYM4:p.T367I,ZNF174:p.P353T,ZNF322:p.Y353C,ZNF592:p.K324Q,ZNF592:p.P500T,ZNF782:p.C145F,ZNF799:p.C453R,ZNF804B:p.P644S,及びZNRF3:p.R889Wからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
70.(a)上記対象の集団はTHCAに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、BRAF:p.V600E,NRAS:p.Q61R,HRAS:p.Q61R,NRAS:p.Q61K,OTUD4:p.T909I,HRAS:p.Q61K,NLRP6:p.E611G,AKT1:p.E17K,ANKMY1:p.N302I,ATP6V1A:p.L237P,CYP19A1:p.S113I,DCUN1D4:p.L275P,DGCR8:p.E518K,DLC1:p.S741T,DNAH10:p.C1853F,EIF1AX:p.G9D,FAM75D5:p.L222P,FCGRT:p.P40A,KRAS:p.Q61K,LMX1B:p.Q285del,MAS1L:p.R324G,MED15:p.S35I,MEGF6:p.Y393C,ODZ2:p.A1529V,OR5L1:p.R122H,OR6K6:p.F311L,OTX1:p.D315N,POTEE:p.S75G,SCN5A:p.D1978H,TOP2A:p.K1199E,及びTSG101:p.K265Rからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
71.(a)上記対象の集団はUCSに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、TP53:p.R248Q,ZNF814:p.D404E,BTN2A3P:p.P3S,FBXW7:p.R465C,FRG1B:p.G65E,MUC4:p.H4205Q,NBPF10:p.V99F,PIK3CA:p.E545K,PIK3CA:p.H1047R,PPP2R1A:p.P179R,DDX11L2:p.*128Q,FBXW7:p.R479Q,FRG1B:p.K13N,FRG1B:p.L52S,HSD17B7P2:p.N175S,KRAS:p.G12V,LOC283788:p.S37G,TP53:p.R273H,TP53:p.S241Y,ADAMTS12:p.E359K,BCL2L11:p.L187fs,CDC27:p.L460fs,CHEK2:p.K373E,ESPNP:p.W122fs,FBXW7:p.R689W,FBXW7:p.R505G,FBXW7:p.R465H,FCGBP:p.V4019M,FRG1B:p.I10T,FRG1B:p.D32V,FRG1B:p.R37K,KRAS:p.G12D,LOC100233156:p.R21C,LOC283788:p.I46M,LRP1B:p.L1392F,MAMLD1:p.Q572L,MST1P9:p.L319P,MUC4:p.A2390T,MUC4:p.G2172S,NBPF10:p.E3455K,PIK3CA:p.G106V,PODXL:p.28_30PSP>P,POTEC:p.R477Q,PPP2R1A:p.R183W,PPP2R1A:p.S219L,PTPN18:p.TG378del,RGPD3:p.N756D,RPL13AP20:p.G107R,SAMD4B:p.R477W,SMAP1:p.E169fs,TP53:p.H193R,TP53:p.H179R,TP53:p.R175H,TUBBP5:p.R119H,及びU2AF1:p.S34Fからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
72.(a)上記対象の集団はPAADに罹患しており、
(b)上記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、RBM14:p.AAAAAAA286del,KRAS:p.G12D,JMY:p.PPPPPPPPPPPP811del,RIOK1:p.D69del,LCE2A:p.SSGGCCGSSSGGCC47del,KRAS:p.G12V,C1QB:p.GPKGPMGPKGGPGAPGAP90del,ZFHX3:p.V777del,DBR1:p.541_542DD>D,AEBP1:p.K1133del,KRAS:p.G12R,RBM47:p.495_502AAAAAAAA>A,AP3S1:p.K41fs,MLL2:p.AEGPHLSPQPEELHLSPQ792del,RFX1:p.386_401GGGGGGGGGGGGGGSG>G,AXDND1:p.EQ991del,HERC2P3:p.A803V,RGPD3:p.N756D,FNDC1:p.D1180del,ANAPC1:p.T537A,IRS4:p.21_22AA>A,GIGYF2:p.Q1005del,NCOA3:p.Q1253fs,SIK3:p.950_951QQ>Q,GPR6:p.AAAAATAAGGPDTGEWGPPA36del,NBPF12:p.D1323fs,SHROOM4:p.1156_1157EE>E,ZMIZ2:p.VAAAAATATATATAT153del,DGKK:p.PAPP41del,LZTS1:p.RTQDLEGALRTKGLEL432del,CASQ2:p.395_396DD>D,DCP1B:p.251_252insH,ESPNP:p.296_317PPPPSFPPPPPPPGTQLPPPPP>P,KBTBD6:p.T403K,NBPF16:p.D449fs,ANKRD36C:p.H438R,ESPN:p.PPPPPPSFPPPPPPPGTQLPP430del,FCGBP:p.A2493V,KRAS:p.Q61H,NCOA3:p.Q1276del,OR2T2:p.C203fs,TMCC1:p.Q565L,BCKDHA:p.G129fs,ESPNP:p.H64fs,GNAS:p.R844H,NBPF14:p.R25C,OGFOD1:p.G477fs,RBM12:p.P693S,SLC38A10:p.1071_1072II>I,SORBS2:p.P866S,TP53:p.R248W,TP53:p.R175H,及びUBAC1:p.E269delからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
段落30〜36のいずれか一つに記載の医薬組成物。
73.上記組成物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、少なくとも26、少なくとも27、少なくとも28、少なくとも29又は少なくとも30のネオ抗原ペプチドを含む、段落30〜72のいずれか一つに記載の医薬組成物。
74.上記組成物は15〜20のネオ抗原ペプチドを含む、段落73に記載の医薬組成物。
75.個々の患者の腫瘍に特異的である少なくとも1つの追加のネオ抗原ペプチドをさらに含む、段落73又は74に記載の医薬組成物。
76.上記患者に特異的なネオ抗原ペプチドを、上記患者の腫瘍試料のゲノム、エクソーム及び/又はトランスクリプトームと非腫瘍試料のゲノム、エクソーム及び/又はトランスクリプトームとの間の配列差異を同定することにより選択する、段落75に記載の医薬組成物。
77.上記試料は、新鮮な若しくはホルマリン固定パラフィン包埋の腫瘍組織である、新たに単離された細胞である、又は循環腫瘍細胞である、段落75の医薬組成物。
78.上記配列差異を次世代シーケンシングにより決定する、段落75に記載の医薬組成物。
79.各ネオ抗原ペプチドは約5〜約50アミノ酸長である、段落30〜78のいずれか一つに記載の医薬組成物。
80.各ネオ抗原ペプチドは、約15〜約35アミノ酸長である、約15アミノ酸長以下である、約8〜約11アミノ酸長である、又は9若しくは10アミノ酸長である、段落79に記載の医薬組成物。
81.各ネオ抗原ペプチドは主要組織適合遺伝子複合体(MHC)クラスIに結合する、段落79又は80に記載の医薬組成物。
82.各ネオ抗原ペプチドは約500nM未満の結合親和性でMHCクラスIに結合する、又は任意選択で、各ネオ抗原ペプチドは500nM未満のKでHLA−A、−B若しくは−Cに結合する、段落30〜81のいずれか一つに記載の医薬組成物。
83.各ネオ抗原ペプチドは、約30アミノ酸長以下である、約6〜約25アミノ酸長である、約15〜約24アミノ酸長である、又は約9〜約15アミノ酸長である、段落79に記載の医薬組成物。
84.各ネオ抗原ペプチドは主要組織適合遺伝子複合体(MHC)クラスIIに結合する、段落79、82又は83に記載の医薬組成物。
85.各ネオ抗原ペプチドは約500nM未満の結合親和性でMHCクラスIに結合する、又は任意選択で、各ネオ抗原ペプチドは500nM未満のKでHLA−A、−B若しくは−Cに結合する、段落84に記載の医薬組成物。
86.少なくとも1つのネオ抗原ペプチドはフランキングアミノ酸をさらに含む、段落30〜85のいずれか一つに記載の医薬組成物。
87.上記フランキングアミノ酸は天然フランキングアミノ酸ではない、段落86に記載の医薬組成物。
88.少なくとも1つのネオ抗原ペプチドは少なくとも第の2のネオ抗原ペプチドに連結されている、段落30〜87のいずれか一つに記載の医薬組成物。
89.ペプチドは、ポリグリシン又はポリセリンリンカーを使用して連結されている、段落88に記載の医薬組成物。
90.上記第2のネオ抗原ペプチドは約1000nM未満の結合親和性でMHCクラスI又はクラスIIに結合する、段落88又は89に記載の医薬組成物。
91.上記第2のネオ抗原ペプチドは約500nM未満の親和性でMHCクラスI又はクラスIIに結合する、段落88〜90のいずれか一つに記載の医薬組成物。
92.両方のネオエピトープはヒト白血球抗原(HLA)−A、−B、−C、−DP、−DQ又は−DRに結合する、段落88〜91のいずれか一つに記載の医薬組成物。
93.上記単離ネオ抗原ペプチド及び上記第2のネオ抗原ペプチドはクラスI HLAに結合する、又は上記単離ネオ抗原ペプチド及び上記第2のネオ抗原ペプチドはクラスII HLAに結合する、段落88〜92のいずれか一つに記載の医薬組成物。
94.上記単離ネオ抗原ペプチドはクラスII HLAに結合し、上記第2のネオ抗原ペプチドはクラスI HLAに結合する、又は上記単離ネオ抗原ペプチドはクラスI HLAに結合し、上記第2のネオ抗原ペプチドはクラスII HLAに結合する、段落88〜92のいずれか一つに記載の医薬組成物。
95.少なくとも1つのネオ抗原ペプチドは、インビボでの半減期、細胞ターゲティング、抗原取込み、抗原プロセシング、MHC親和性、MHC安定性又は抗原提示を増加させる改変をさらに含む、段落30〜94のいずれか一つに記載の医薬組成物。
96.上記改変は、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、PEG化、ポリシアル化HES化、組換えPEG模倣体、Fc融合、アルブミン融合、ナノ粒子の付着、ナノ粒子のカプセル化、コレステロール融合、鉄融合、アシル化、アミド化、糖鎖付加、側鎖の酸化、リン酸化、ビオチン化、表面活性物質の付加、アミノ酸模倣体の付加、又は非天然アミノ酸の付加である、段落95に記載の医薬組成物。
97.上記標的とされる細胞は抗原提示細胞である、段落95に記載の医薬組成物。
98.上記抗原提示細胞は樹状細胞である、段落97に記載の医薬組成物。
99.上記樹状細胞を、DEC205、XCR1、CD197、CD80、CD86、CD123、CD209、CD273、CD283、CD289、CD184、CD85h、CD85j、CD85k、CD85d、CD85g、CD85a、CD141、CD11c、CD83、TSLPレセプター又はCD1aマーカーを使用して標的とする、段落98に記載の医薬組成物。
100.上記樹状細胞を、CD141、DEC205又はXCR1マーカーを使用して標的とする、段落99に記載の医薬組成物。
101.免疫原性組成物又はワクチン組成物である、段落30〜100のいずれか一つに記載の医薬組成物。
102.免疫調節薬又はアジュバントをさらに含む、段落101に記載の医薬組成物。
103.上記免疫調節薬又はアジュバントは、ポリ(I:C)、ポリICLC、STINGアゴニスト、1018 ISS、アルミニウム塩、Amplivax、AS15、BCG、CP−870,893、CpG7909、CyaA、dSLIM、GM−CSF、IC30、IC31、イミキモド、ImuFact IMP321、IS Patch、ISS、ISCOMATRIX、JuvImmune、LipoVac、MF59、モノホスホリルリピドA、Montanide IMS 1312 VG、Montanide ISA 206 VG、Montanide ISA 50 V2、Montanide ISA 51 VG、OK−432、OM−174、OM−197−MP−EC、ISA−TLR2アゴニスト、ONTAK、PepTel(登録商標)、ベクター系、PLGマイクロパーティクル、レシキモド、SRL172、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、YF−17D、VEGFトラップ、R848、βグルカン、Pam3Cys、Pam3CSK4、アクリルポリマー又はメタクリルポリマー、無水マレイン酸のコポリマー及びQS21 stimulonからなる群から選択される、段落102に記載の医薬組成物。
104.段落1〜24のいずれか一つに記載の単離ネオ抗原ペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド。
105.RNAである、段落104に記載の単離ポリヌクレオチド。
106.上記RNAは改変されて、安定性が増加している、細胞ターゲティングが増加している、翻訳効率、アジュバント活性、サイトゾル到達性が増加している、及び/又は細胞傷害性が低下している、段落105に記載の単離ポリヌクレオチド。
107.上記改変は、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、コドン最適化、GC含有量の増加、改変ヌクレオチドの組込み、5’−キャップ若しくはキャップ類似体の組込み、及び/又は曝露ポリA配列の組込みである、段落106に記載の単離ポリペプチド。
108.段落104〜107のいずれか一つに記載のポリヌクレオチドを含む細胞。
109.段落104〜107のいずれか一つに記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
110.上記ポリヌクレオチドはプロモーターに作動可能に連結されている、段落110に記載のベクター。
111.プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、ウイルス又はウイルス粒子である、段落109又は110に記載のベクター。
112.アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルス又はそれらのシュードタイプである、段落111に記載のベクター。
113.段落104〜107のいずれか一つに記載の単離ポリヌクレオチドを含むインビボ送達システム。
114.上記送達システムは、球状核酸、ウイルス、ウイルス様粒子、プラスミド、細菌性プラスミド又はナノ粒子を含む、段落113に記載の送達システム。
115.段落109〜114のいずれか一つに記載のベクター又は送達システムを含む細胞。
116.抗原提示細胞である、段落115に記載の細胞。
117.樹状細胞である、段落116に記載の細胞。
118.未成熟の樹状細胞である、段落117に記載の細胞。
119.段落104〜107のいずれか一つに記載の少なくとも1つのポリヌクレオチドを含む組成物。
120.上記組成物は、上記単離ポリヌクレオチドのうちの少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、少なくとも26、少なくとも27、少なくとも28、少なくとも29又は少なくとも30を含む、段落119に記載の組成物。
121.上記組成物は約2〜約20のポリヌクレオチドを含む、段落120に記載の組成物。
122.上記組成物は、少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、少なくとも26、少なくとも27、少なくとも28、少なくとも29又は少なくとも30の、追加のネオ抗原ペプチドをコードする追加のネオ抗原ポリヌクレオチドをさらに含む、段落119〜121のいずれか一つに記載の組成物。
123.上記組成物は約4〜約20の追加のネオ抗原ポリヌクレオチドを含む、段落122に記載の組成物。
124.上記単離ポリヌクレオチド及び上記追加のネオ抗原ポリヌクレオチドは連結されている、段落122に記載の組成物。
125.上記ポリヌクレオチドは、ポリグリシン又はポリセリンリンカーをコードする核酸を使用して連結されている、段落124に記載の組成物。
126.上記追加のネオ抗原ペプチドのうちの少なくとも1つは個々の患者の腫瘍に特異的である、段落122〜125のいずれか一つに記載の組成物。
127.上記患者に特異的なネオ抗原ペプチドを、上記患者の腫瘍試料のゲノム、エクソーム及び/又はトランスクリプトームと非腫瘍試料のゲノム、エクソーム及び/又はトランスクリプトームとの間の配列差異を同定することにより選択する、段落126に記載の組成物。
128.上記試料は、新鮮な若しくはホルマリン固定パラフィン包埋の腫瘍組織である、新たに単離された細胞である、又は循環腫瘍細胞である、段落127の組成物。
129.上記配列差異を次世代シーケンシングにより決定する、段落127又は128に記載の組成物。
130.段落1〜27のいずれか一つで列挙されている少なくとも1つのネオ抗原ペプチドに結合することができ、任意選択で、FGFR3 S249C、ERBB3 V104M、EGFR L858R、MUC4 H4205Q、PDGFRA R483fs、TMEM52 23_26LLPL>L又はPODXL 28_30PSP>Pを含むネオ抗原ペプチドに結合することができるT細胞受容体(TCR)。
131.MHCクラスI又はクラスIIとの関連において上記単離ネオ抗原ペプチドに結合することができる、段落130に記載のTCR。
132.(i)T細胞活性化分子と、(ii)膜貫通領域と、(iii)段落1〜27のいずれか一つに記載の単離ネオ抗原ペプチドに結合することができる抗原認識部分とを含むキメラ抗原受容体。
133.CD3−ゼータはT細胞活性化分子である、段落132に記載のキメラ抗原受容体。
134.少なくとも1つの共刺激シグナル伝達ドメインをさらに含む、段落132又は133に記載のキメラ抗原受容体。
135.上記シグナル伝達ドメインはCD28、4−1BB、ICOS、OX40、ITAM又はFcイプシロンRI−ガンマである、段落132〜134のいずれか一つに記載のキメラ抗原受容体。
136.上記抗原認識部分は、MHCクラスI又はクラスIIとの関連において上記単離ネオ抗原ペプチドに結合することができる、段落132〜135のいずれか一つに記載のキメラ抗原受容体。
137.CD3−ゼータ、CD28、CTLA−4、ICOS、BTLA、KIR、LAG3、CD137、OX40、CD27、CD40L、Tim−3、A2aR又はPD−1膜貫通領域を含む、段落132〜136のいずれか一つに記載のキメラ抗原受容体。
138.上記腫瘍特異的エピトープは腫瘍関連ポリペプチドの細胞外ドメイン中に位置しており、任意選択で、上記腫瘍特異的エピトープは、FGFR3 S249C、ERBB3 V104M、EGFR L858R、MUC4 H4205Q、PDGFRA R483fs、TMEM52 23_26LLPL>L又はPODXL 28_30PSP>Pを含む、段落132〜137のいずれか一つに記載のキメラ抗原受容体。
139.段落130〜138のいずれか一つに記載のT細胞受容体又はキメラ抗原受容体を含むT細胞。
140.ヘルパー又は細胞傷害性T細胞である、段落139に記載のT細胞。
141.段落130又は131に記載のT細胞受容体をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結されているプロモーターを含む核酸。
142.上記TCRは、主要組織適合遺伝子複合体(MHC)クラスI又はクラスIIとの関連において上記少なくとも1つのネオ抗原ペプチドに結合することができる、段落141に記載の核酸。
143.段落132〜138のいずれか一つに記載のキメラ抗原受容体をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結されているプロモーターを含む核酸。
144.上記抗原認識部分は、主要組織適合遺伝子複合体(MHC)クラスI又はクラスIIとの関連において上記少なくとも1つのネオ抗原ペプチドに結合することができる、段落143に記載の核酸。
145.上記腫瘍特異的エピトープは腫瘍関連ポリペプチドの細胞外ドメイン中に位置している、段落143又は144に記載の核酸。
146.CD3−ゼータ、CD28、CTLA−4、ICOS、BTLA、KIR、LAG3、CD137、OX40、CD27、CD40L、Tim−3、A2aR又はPD−1膜貫通領域を含む、段落143〜145のいずれか一つに記載の核酸。
147.表1〜9で列挙された少なくとも1つのネオ抗原ペプチドに結合することができる抗体。
148.段落141〜146のいずれか一つに記載の核酸でトランスフェクトされている又は形質導入されている改変細胞。
149.上記改変細胞は、T細胞、腫瘍浸潤リンパ球、NK−T細胞、TCR発現細胞、CD4+T細胞、CD8+T細胞又はNK細胞である、段落148に記載の改変細胞。
150.段落130〜138のいずれか一つに記載のT細胞受容体又はキメラ抗原受容体を含む組成物。
151.段落130〜138のいずれか一つに記載のT細胞受容体又はキメラ抗原受容体を含む自家親T細胞(autologous patient T cell)を含む組成物。
152.免疫チェックポイント阻害剤をさらに含む、段落150又は151に記載の組成物。
153.少なくとも2つの免疫チェックポイント阻害剤をさらに含む、段落150又は151に記載の組成物。
154.上記免疫チェックポイント阻害剤は、CTLA−4、PDL1、PDL2、PD1、B7−H3、B7−H4、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、LAG3、VISTA、KIR、2B4、CD160、CGEN−15049、CHK1、CHK2、A2aR及びB−7ファミリーリガンド又はそれらの組み合わせからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質を阻害する、段落152又は153に記載の組成物。
155.上記免疫チェックポイント阻害剤は、CTLA−4、PDL1、PDL2、PD1、B7−H3、B7−H4、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、LAG3、VISTA、KIR、2B4、CD160、CGEN−15049、CHK1、CHK2、A2aR及びB−7ファミリーリガンド又はそれらの組み合わせからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質のリガンドと相互作用する、段落154に記載の組成物。
156.免疫調節薬又はアジュバントをさらに含む、段落119〜129又は150〜156のいずれか一つに記載の組成物。
157.上記免疫調節薬は、共刺激リガンド、TNFリガンド、Igスーパーファミリーリガンド、CD28、CD80、CD86、ICOS、CD40L、OX40、CD27、GITR、CD30、DR3、CD69又は4−1BBである、段落156に記載の組成物。
158.上記免疫調節薬は少なくとも1つの癌細胞又は癌細胞抽出物である、段落156に記載の組成物。
159.上記癌細胞は、上記組成物を必要とする対象に対して自家である、段落158に記載の組成物。
160.上記癌細胞は溶解している、又はUV放射に曝されている、段落159に記載の組成物。
161.上記組成物はアジュバントをさらに含む、段落156に記載の組成物。
162.上記アジュバントは、ポリ(I:C)、ポリICLC、STINGアゴニスト、1018 ISS、アルミニウム塩、Amplivax、AS15、BCG、CP−870,893、CpG7909、CyaA、dSLIM、GM−CSF、IC30、IC31、イミキモド、ImuFact IMP321、IS Patch、ISS、ISCOMATRIX、JuvImmune、LipoVac、MF59、モノホスホリルリピドA、Montanide IMS 1312 VG、Montanide ISA 206 VG、Montanide ISA 50 V2、Montanide ISA 51 VG、OK−432、OM−174、OM−197−MP−EC、ISA−TLR2アゴニスト、ONTAK、PepTel(登録商標)、ベクター系、PLGマイクロパーティクル、レシキモド、SRL172、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、YF−17D、VEGFトラップ、R848、βグルカン、Pam3Cys、Pam3CSK4、アクリルポリマー又はメタクリルポリマー、無水マレイン酸のコポリマー及びQS21 stimulonからなる群から選択される、段落161に記載の組成物。
163.上記アジュバントは、対象に投与された場合に体液性免疫応答を誘発する、段落161又は162に記載の組成物。
164.上記アジュバントは、対象に投与された場合にTヘルパー細胞1型応答を誘発する、段落162に記載の組成物。
165.段落30〜103のいずれか一つに記載の医薬組成物を含むインビボ送達システム。
166.上記送達システムは、細胞透過性ペプチド、ナノ粒子のカプセル化、ウイルス様粒子又はリポソームを含む、段落165の送達システム。
167.上記細胞透過性ペプチドは、TATペプチド、単純ヘルペスウイルスVP22、トランスポータン又はAntpである、段落166に記載の送達システム。
168.段落1〜29のいずれか一つに記載の単離ネオ抗原ペプチドを含む細胞。
169.抗原提示細胞である、段落168に記載の細胞。
170.樹状細胞である、段落169に記載の細胞。
171.それを必要としている対象の癌を処置する、又は抗腫瘍応答を開始させる、増強する若しくは延長する方法であって、段落1〜164のいずれか一つに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体又は細胞を上記対象に投与することを含む方法。
172.予防的な癌処置の方法であって、
(a)それを必要としている患者のために抗癌剤を選択することであり、上記薬物を、イブルチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、トラスツズマブ、ベムラフェニブ、RAF/MEK阻害剤及び抗エストロゲン療法からなる群から選択する、選択すること、並びに
(b)段落30〜103のいずれか一つに記載の医薬組成物を上記対象に予防的に投与することであり、上記少なくとも1つのネオ抗原ペプチドは、上記選択した抗癌剤と関連する薬物耐性突然変異に由来する、投与すること
を含む方法。
173.それを必要としている対象の集団での腫瘍を処置する又は予防する方法であって、上記集団中の対象の少なくとも1%の発生率を有する腫瘍特異的突然変異を含む腫瘍特異的ネオエピトープを認識する細胞外リガンド結合ドメインを含む薬剤を対象に投与することを含む方法。
174.上記腫瘍特異的突然変異は、表9において任意の集団に関して列挙された突然変異を含む、段落171〜173のいずれか一つに記載の方法。
175.上記腫瘍特異的突然変異は、細胞外ドメインを含む遺伝子内である、段落171〜173のいずれか一つに記載の方法。
176.上記腫瘍特異的突然変異は、FGFR3 S249C、ERBB3 V104M、EGFR L858R、MUC4 H4205Q、PDGFRA R483fs、TMEM52 23_26LLPL>L又はPODXL 28_30PSP>Pを含む、段落175に記載の方法。
177.上記腫瘍特異的突然変異は上記細胞外ドメイン内である、段落176に記載の方法。
178.上記腫瘍特異的突然変異はFGFR3 S249C又はERBB3 V104Mを含む、段落177に記載の方法。
179.上記対象はヒトである、段落171〜178のいずれか一つに記載の方法。
180.上記対象は癌を有する、段落179に記載の方法。
181.上記癌は、泌尿生殖器の、婦人科学的な、肺、胃腸の、頭頸部の癌、悪性の膠芽腫、悪性の中皮腫、非転移性若しくは転移性の乳癌、悪性の黒色腫、Merkel細胞癌若しくは骨及び軟組織肉腫、血液学的新生物、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群及び急性リンパ性白血病、非小細胞肺癌(NSCLC)、乳癌、転移性結腸直腸癌、ホルモン感受性若しくはホルモン抵抗性の前立腺癌、結腸直腸癌、卵巣癌、肝細胞癌、腎細胞癌、膵癌、胃癌、食道癌、肝細胞癌、胆管細胞癌、頭頸部の扁平上皮細胞癌軟組織肉腫、並びに小細胞肺癌からなる群から選択される、段落180に記載の方法。
182.上記対象は上記腫瘍の外科的切除を受けている、段落171〜181のいずれか一つに記載の方法。
183.上記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物又は細胞を、静脈内、腹腔内、腫瘍内、皮内又は皮下投与で投与する、段落171〜182のいずれか一つに記載の方法。
184.上記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物又は細胞を、リンパ節流域(lymph node basin)に流入する解剖学的部位に投与する、段落183に記載の方法。
185.投与は複数のリンパ節流域内である、段落184に記載の方法。
186.投与は皮下又は皮内経路による、段落183〜185のいずれか一つに記載の方法。
187.ペプチドを投与する、段落183に記載の方法。
188.投与は腫瘍内である、段落187に記載の方法。
189.ポリヌクレオチドを投与し、任意選択でRNAを投与する、段落183に記載の方法。
190.上記ポリヌクレオチドを静脈内投与する、段落189に記載の方法。
191.上記細胞はT細胞又は樹状細胞である、段落183に記載の方法。
192.上記ペプチド又はポリヌクレオチドは抗原提示細胞ターゲティング部分を含む、段落191に記載の方法。
193.上記対象に少なくとも1つの免疫チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、段落171〜192のいずれか一つに記載の方法。
194.上記チェックポイント阻害剤は生物学的治療薬又は小分子である、段落193に記載の方法。
195.上記チェックポイント阻害剤は、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、完全ヒト抗体及び融合タンパク質又はそれらの組み合わせからなる群から選択される、段落193又は194に記載の方法。
196.上記チェックポイント阻害剤は、CTLA−4、PDL1、PDL2、PD1、B7−H3、B7−H4、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、LAG3、VISTA、KIR、2B4、CD160、CGEN−15049、CHK1、CHK2、A2aR及びB−7ファミリーリガンド又はそれらの組み合わせからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質を阻害する、段落193〜195のいずれか一つに記載の方法。
197.上記チェックポイント阻害剤は、CTLA−4、PDL1、PDL2、PD1、B7−H3、B7−H4、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、LAG3、VISTA、KIR、2B4、CD160、CGEN−15049、CHK1、CHK2、A2aR及びB−7ファミリーリガンド又はそれらの組み合わせからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質のリガンドと相互作用する、段落193〜196のいずれか一つに記載の方法。
198.2つ以上のチェックポイント阻害剤を投与する、段落193〜197のいずれか一つに記載の方法。
199.上記チェックポイント阻害剤は、(i)イピリムマブ又はトレメリムマブと(ii)ニボルマブとである、段落198に記載の方法。
200.上記チェックポイント阻害剤及び上記組成物を同時に又は任意の順序で逐次的に投与する、段落193〜199のいずれか一つに記載の方法。
201.上記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物又は細胞を上記チェックポイント阻害剤の前に投与する、段落200に記載の方法。
202.上記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物又は細胞を上記チェックポイント阻害剤の後に投与する、段落200に記載の方法。
203.上記チェックポイント阻害剤の投与を、ネオ抗原ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物又は細胞による治療全体を通して継続する、段落200に記載の方法。
204.上記ネオ抗原ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物又は細胞による治療を、チェックポイント阻害剤による治療に部分的にのみ反応する又は反応しない対象に投与する、段落193〜203のいずれか一つに記載の方法。
205.上記チェックポイント阻害剤を静脈内又は皮下投与する、段落193〜204のいずれか一つに記載の方法。
206.上記チェックポイント阻害剤を上記組成物の投与部位の約2cm内に皮下投与する、段落205に記載の方法。
207.上記組成物を上記チェックポイント阻害剤と同じ流入領域リンパ節に投与する、段落206に記載の方法。
208.上記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物又は細胞による処置の前に、同時に、又は後に、上記対象に追加の治療剤を投与することをさらに含む、段落171〜207のいずれか一つに記載の方法。
209.上記追加の薬剤は、化学療法剤、免疫調節薬、免疫代謝改変薬、標的療法、放射線抗血管新生剤、又は免疫抑制を低下させる薬剤である、段落208に記載の方法。
210.上記化学療法剤は、アルキル化剤、トポイソメラーゼ阻害剤、代謝拮抗薬又は抗有糸分裂剤である、段落209に記載の方法。
211.上記追加の薬剤は、抗グルココルチコイド誘導性腫瘍壊死因子ファミリー受容体(GITR)アゴニスト抗体又は抗体断片、イブルチニブ、ドセタキセル(docetaxeol)、シスプラチン又はシクロホスファミドである、段落208に記載の方法。
212.CD4+T細胞免疫応答を誘発する、段落171〜211のいずれか一つに記載の方法。
213.CD4+T細胞免疫応答及びCD8+T細胞免疫応答を誘発する、段落171〜212のいずれか一つに記載の方法。
214.対象の免疫応答を刺激する方法であって、段落30〜103、108、115〜129、139、140、148〜164及び168〜170のいずれか一つに記載の改変細胞又は組成物の有効量を投与することを含む方法。
215.上記免疫応答は細胞傷害性及び/又は体液性免疫応答である、段落214に記載の方法。
216.上記方法は、対象のT細胞媒介性免疫応答を刺激する、段落214に記載の方法。
217.上記T細胞媒介性免疫応答は標的細胞を対象とする、段落216に記載の方法。
218.上記標的細胞は腫瘍細胞である、段落217に記載の方法。
219.上記改変細胞はインビボでトランスフェクトされている、又は形質導入されている、段落214〜218のいずれか一つに記載の方法。
220.上記改変細胞はエキソビボでトランスフェクトされている、又は形質導入されている、段落214〜219のいずれか一つに記載の方法。
221.上記改変細胞は自家親T細胞である、段落214〜220のいずれか一つに記載の方法。
222.上記自家親T細胞を、ネオ抗原ペプチド又は核酸ワクチンが投与されている患者から得る、段落221に記載の方法。
223.上記ネオ抗原ペプチド又は核酸ワクチンは少なくとも1つの個別化されたネオ抗原を含む、段落222に記載の方法。
224.上記ネオ抗原ペプチド又は核酸ワクチンは、表1〜9で列挙された少なくとも1つの追加のネオ抗原ペプチドを含む、段落223に記載の方法。
225.上記患者は、上記ネオ抗原ペプチド又は核酸ワクチンを受ける前及び/又は受ける最中に、化学療法剤、免疫調節薬、免疫代謝改変薬、標的療法又は放射線を受けた、段落224に記載の方法。
226.上記患者は少なくとも1つのチェックポイント阻害剤による処置を受ける、段落222〜225のいずれか一つに記載の方法。
227.上記自家T細胞を、ネオ抗原を含むT細胞療法を既に少なくとも1回受けている患者から得る、段落222〜226のいずれか一つに記載の方法。
228.上記方法は養子T細胞療法を更に含む、段落222〜227のいずれか一つに記載の方法。
229.上記養子T細胞療法は自家T細胞を含む、段落228に記載の方法。
230.上記自家T細胞は腫瘍抗原を標的とする、段落229に記載の方法。
231.上記養子T細胞療法は同種異系T細胞をさらに含む、段落228又は229に記載の方法。
232.上記同種異系T細胞は腫瘍抗原を対象とする、段落231に記載の方法。
233.上記養子T細胞療法を上記チェックポイント阻害剤の前に投与する、段落227〜231のいずれか一つに記載の方法。
234.段落171〜213のいずれか一つの有効性を評価する方法であって、(i)上記改変細胞の投与前に上記対象から得られた第1の試料中の標的細胞の数又は濃度を測定すること、(ii)上記改変細胞の投与後に上記対象から得られた第2の試料中の標的細胞の数濃度を測定すること、及び(iii)上記第1の試料中の標的細胞の数又は濃度と比較して上記第2の試料中の標的細胞の数又は濃度の増加又は減少を決定することを含む方法。
235.臨床転帰;T細胞による抗腫瘍活性の増加、増強若しくは延長;処置前の数と比較した抗腫瘍T細胞若しくは活性化T細胞の数の増加;B細胞活性;CD4 T細胞活性;又はそれらの組み合わせをモニタリングすることにより処置の効果を決定する、段落234に記載の方法。
236.バイオマーカーをモニタリングすることにより処置の効果を決定する、段落235に記載の方法。
237.上記バイオマーカーは、CEA、Her−2/neu、膀胱腫瘍抗原、サイログロブリン、アルファ−フェトプロテイン、PSA、CA125、CA19.9、CA15.3、レプチン、プロラクチン、オステオポンチン、IGF−II、CD98、ファスシン、sPIgR、14−3−3 eta、トロポニンI及びb型ナトリウム利尿ペプチドからなる群から選択される、段落236に記載の方法。
238.臨床転帰は、腫瘍退縮;腫瘍縮小;腫瘍壊死;免疫系による抗腫瘍応答;腫瘍の拡大、再発若しくは拡散;又はそれらの組み合わせからなる群から選択される、段落235に記載の方法。
239.上記処置の効果を、T細胞の存在若しくはT細胞炎症を示す遺伝子サインの存在又はそれらの組み合わせにより予測する、段落235に記載の方法。
240.段落1〜164のいずれか一つに記載のネオ抗原治療薬を含むキット。
従って、本発明の目的は、本出願人らが権利を留保し、且つ任意の以前に公知の製品、プロセス、又は方法のディスクレーマー(disclaimer)を本明細書によって開示するように、以前に公知のいかなる製品、製品の作製プロセス、又は製品の使用方法も本発明の範囲内に包含しないことである。さらに、本発明は、本出願人らが権利を留保し、且つ任意の以前に記載された製品、製品の作製プロセス、又は製品の使用方法のディスクレーマー(disclaimer)を本明細書によって開示するように、米国特許商標庁(USPTO)(米国特許法第112条第一段落)又は欧州特許庁(EPO)(EPC第83条)の明細書の記載及び実施可能要件を満たさないいかなる製品、製品の作製プロセス、又は製品の使用方法も本発明の範囲内に包含しないよう意図されることが注記される。本発明の実施では、Art.53(c)EPC及びRule 28(b)及び(c)EPCに従うことが有利であり得る。本出願の系統若しくはあらゆる他の系統又はあらゆる第三者のあらゆる出願前出願での出願人に付与されたあらゆる特許の対象であるあらゆる実施形態を明確に否認する全ての権利は、明確に保有される。ここで、何も約束として解釈されない。
本開示及び特に特許請求の範囲及び/又は段落において、「含む(comprises)」、「含まれた(comprised)」、「含んでいる(comprising)」などの用語は、米国特許法に帰する意味を有し得る;例えば、それらは、「包含する(includes)」、「包含された(included)」、「包含している(including)」などを意味し得ること;及び「〜から本質的になっている(consisting essentially of)」及び「〜から本質的になる(consists essentially of)」などの用語は、米国特許法に帰する意味を有し、例えば、それらは明示的に記載されない要素を許容するが、先行技術に見られる要素又は本発明の基本的な若しくは新規の特徴に影響を与える要素は除外することが注記される。ここで、何も約束として解釈されない。
これら及び他の実施形態が開示され、又は以下の詳細な説明から明らかであり、及びそこに包含される。
本発明の理解を助けるため、本明細書にいくつかの用語及び語句を定義する。
具体的に記載されるか又は文脈から明らかである場合を除き、本明細書で使用されるとき、用語「約」は、当該技術分野における通常の許容差の範囲内、例えば平均値の2標準偏差以内であると理解される。約は、記載される値の50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.5%、0.1%、0.05%、又は0.01%以内と理解することができる。文脈から別段明らかでない限り、本明細書に提供される全ての数値が約の用語によって修飾されている。
具体的に記載されるか又は文脈から明らかである場合を除き、本明細書で使用されるとき、用語「又は」は、包含的であるものと理解される。具体的に記載されるか又は文脈から明らかである場合を除き、本明細書で使用されるとき、用語「a」、「an」、及び「the」は、単数形又は複数形であるものと理解される。
全ての遺伝子の名称記号は、当該技術分野で一般に知られている遺伝子を指す。遺伝子の記号は、HUGO Gene Nomenclature Committee(HGNC)により言及されるものであってもよい。この遺伝子の記号へのあらゆる言及は、遺伝子全体又はこの遺伝子の変異体への言及である。HUGO Gene Nomenclature Committeeは、ヒト遺伝子の命名ガイドラインの提供並びに新規で固有のヒト遺伝子の名称及び記号の承認に関与する。ヒト遺伝子の全ての名称及び記号を、HGNCウェブサイトであるwww.genenames.orgで検索することができ、この名称及び記号の作成用ガイドラインをこのウェブサイトで入手可能である(www.genenames.org/guidelines)。
「薬剤」とは、任意の小分子化学的化合物、抗体、核酸分子、又はポリペプチド、又はそれらの断片が意味される。
「改善する」とは、疾患(例えば、新生物、腫瘍等)の発症又は進行を低下させ、抑制し、減弱させ、減少させ、停止させ、又は安定化させることが意味される。
「改変」とは、本明細書に記載されるような当該技術分野で公知の標準的な方法により検出するときの遺伝子又はポリペプチドの発現レベル又は活性の変化(増加又は減少)が意味される。本明細書で使用されるとき、改変には、発現レベルの10%の変化、好ましくは発現レベルの25%の変化、より好ましくは40%の変化、及び最も好ましくは50%又はそれ以上の変化が含まれる。
「類似体」とは、同一ではないが、類似の機能的又は構造的特徴を有する分子が意味される。例えば、腫瘍特異的ネオ抗原ポリペプチド類似体は、対応する天然に存在する腫瘍特異的ネオ抗原ポリペプチドの生物学的活性を保持する一方で、天然に存在するポリペプチドと比べて類似体の機能を増強する特定の生化学的修飾を有する。かかる生化学的修飾は、類似体のプロテアーゼ耐性、膜透過性、又は半減期を、例えばリガンド結合を変えることなしに増加させ得る。類似体には非天然アミノ酸が含まれ得る。
「併用療法」は、逐次的な様式での治療剤(例えば、本明細書に記載されているネオ抗原ペプチド)の投与(換言すると、各治療剤は異なる時間に投与される)並びに実質的に同時の様式でのこれらの治療剤又はこれらの治療剤のうちの少なくとも2つの投与を包含することが意図されている。実質的に同時の投与を、例えば、固定比率の各治療剤を有する単一カプセル又はこれらの治療剤それぞれに関する複数の単一カプセルを対象に投与することにより達成することができる。例えば、本発明の一組み合わせは、同一若しくは異なる時間で投与するネオ抗原ペプチドのプールされた試料を含むことができる、又はこの組み合わせを、これらのペプチドを含む単一の同時に製剤化された医薬組成物として製剤化することができる。別の例として、本発明の組み合わせ(例えば、腫瘍特異的ネオ抗原のプールされた試料)を、同一又は異なる時間で投与され得る別個の医薬組成物として製剤化することができる。本明細書で使用されるとき、用語「同時に」は、同時での1つ以上の薬剤の投与を指すことを意味する。例えば、特定の実施形態において、複数のネオ抗原ペプチドを同時に投与する。同時(simultaneously)には、同時(contemporaneously)(換言すると同一期間中)の投与が含まれる。特定の実施形態において、1つ以上の薬剤を同時間中に同時に投与する、又は同日中に同時に投与する。各治療剤の逐次又は実質的に同時の投与を、経口経路、静脈内経路、皮下経路、筋肉内経路、粘膜組織(例えば、鼻、口、膣及び直腸)を介した直接吸収、並びに眼経路(例えば、硝子体内、眼球内等)が挙げられるがこれらに限定されない任意の適切な経路により達成することができる。複数の治療剤を同一経路又は異なる経路により投与することができる。例えば、特定の組み合わせの一成分を静脈内注射で投与することができ、この組み合わせの他の成分を経口投与することができる。これらの成分を任意の治療上有効な順序で投与することができる。語句「組み合わせ」は、併用療法の一部として有用な化合物又は非薬物療法の群を包含する。
用語「ネオ抗原(neoantigen)」又は「ネオ抗原(neoantigenic)」は、ゲノムによりコードされたタンパク質のアミノ酸配列を変更する腫瘍特異的突然変異から生じる腫瘍抗原のクラスを意味する。
「新生物」とは、不適切に高いレベルの細胞分裂、不適切に低いレベルのアポトーシス、又はその両方によって引き起こされるか又はそれをもたらす任意の疾患が意味される。例えば癌は、新生物の例である。癌の例としては、限定なしに、白血病(例えば、急性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病、急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、慢性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病)、真性赤血球増加症、リンパ腫(例えば、ホジキン病、非ホジキン病)、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、重鎖病、及び固形腫瘍、例えば肉腫及び癌腫(例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、膵癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝細胞癌、胆管(nile duct)癌、絨毛癌、セミノーマ、胚性癌腫、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、子宮癌、精巣癌、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫(oligodenroglioma)、シュワン腫、髄膜腫、メラノーマ、神経芽細胞腫、及び網膜芽細胞腫)が挙げられる。リンパ増殖性障害もまた増殖性疾患と考えられる。
用語「ワクチン」は、腫瘍特異的ネオ抗原ペプチド、例えば少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、又はそれ以上のネオ抗原ペプチドのプール試料を指すことが本明細書の文脈において意図される。「ワクチン」は、疾患(例えば、新生物/腫瘍)の予防及び/又は治療用の免疫を生じさせる組成物を意味するものと理解されるべきである。従って、ワクチンは、抗原を含む薬剤であって、ヒト又は動物においてワクチン接種により特定の防御及び保護物質を生じさせるために使用されることが意図される薬剤である。「ワクチン組成物」は、薬学的に許容可能な賦形剤、担体又は希釈剤を含み得る。
用語「薬学的に許容可能」は、ヒトを含めた動物における使用が連邦政府又は州政府の規制当局によって承認済み又は承認見込みであるか、或いは米国薬局方又は他の一般に認められている薬局方に収載されていることを指す。
「薬学的に許容可能な賦形剤、担体又は希釈剤」は、対象に薬剤と共に投与することのできる、且つ治療量の薬剤を送達するのに十分な用量で投与したときにも薬剤の薬理活性を損なわず非毒性である賦形剤、担体又は希釈剤を指す。
本明細書に記載されるとおりのプールされた腫瘍特異的ネオ抗原の「薬学的に許容可能な塩」は、ヒト又は動物の組織と接触して使用しても過度の毒性、刺激作用、アレルギー反応、又は他の問題又は合併症なしに好適であると当該技術分野で一般に考えられている酸性塩又は塩基性塩であってもよい。かかる塩としては、アミンなどの塩基性残基の無機塩類及び有機酸塩類、並びにカルボン酸などの酸性残基のアルカリ塩類又は有機塩類が挙げられる。具体的な薬学的塩としては、限定はされないが、塩酸、リン酸、臭化水素酸、リンゴ酸、グリコール酸、フマル酸、硫酸、スルファミン酸、スルファニル酸、ギ酸、トルエンスルホン酸、メタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、エタンジスルホン酸、2−ヒドロキシエチルスルホン酸、硝酸、安息香酸、2−アセトキシ安息香酸、クエン酸、酒石酸、乳酸、ステアリン酸、サリチル酸、グルタミン酸、アスコルビン酸、パモン酸、コハク酸、フマル酸、マレイン酸、プロピオン酸、ヒドロキシマレイン酸、ヨウ化水素酸、フェニル酢酸、アルカン酸、例えば、酢酸、HOOC−(CH−COOH(式中、nは0〜4である)などの酸の塩が挙げられる。同様に、薬学的に許容可能なカチオンとしては、限定はされないが、ナトリウム、カリウム、カルシウム、アルミニウム、リチウム及びアンモニウムが挙げられる。当業者は、Remington’s Pharmaceutical Sciences,17th ed.,Mack Publishing Company,Easton,PA,p.1418(1985)に掲載されるものを含め、本明細書に提供されるプールされた腫瘍特異的ネオ抗原のさらなる薬学的に許容可能な塩を、この開示及び当該技術分野における知識から認識するであろう。一般に、薬学的に許容可能な酸性塩又は塩基性塩は、任意の従来の化学的方法により、塩基部分又は酸部分を含有する親化合物から合成することができる。簡潔に言えば、かかる塩は、遊離酸又は遊離塩基の形態のこれらの化合物を適切な溶媒中で化学量論量の適切な塩基又は酸と反応させることにより調製し得る。
「ポリペプチド」又は「ペプチド」とは、天然でそれに付随する成分から分離されているポリペプチドが意味される。典型的には、ポリペプチドに天然でそれと結び付いているタンパク質及び天然に存在する有機分子の少なくとも60重量%が存在しないとき、そのポリペプチドは単離されている。好ましくは、この調製物は、少なくとも75重量%、より好ましくは少なくとも90重量%、及び最も好ましくは少なくとも99重量%がポリペプチドである。単離ポリペプチドは、例えば、天然の供給源から抽出することによるか、かかるポリペプチドをコードする組換え核酸を発現させることによるか;又はタンパク質を化学的に合成することによって入手し得る。純度は、任意の適切な方法、例えば、カラムクロマトグラフィー、ポリアクリルアミドゲル電気泳動によるか、又はHPLC分析によって計測することができる。
本明細書で使用されるとき、用語「予防する」、「予防している」、「予防」、「予防的治療」などは、疾患又は病態に罹っていないが、それを発症するリスクがある又はそれを発症し易い対象において疾患又は病態が発症する可能性を低減することを指す。
用語「プライム/ブースト」又は「プライム/ブースト投薬レジメン」は、ワクチン又は免疫原性若しくは免疫学的組成物の逐次投与を指すことが意図される。プライミング投与(プライミング)は、第1のワクチン又は免疫原性若しくは免疫学的組成物タイプの投与であり、1回、2回以上の投与を含み得る。ブースト投与は、第2のワクチン又は免疫原性若しくは免疫学的組成物タイプの投与であり、1回、2回以上の投与を含み得るとともに、例えば、年1回の投与を含み得るか、又はそれから本質的になり得る。特定の実施形態において、新生物ワクチン又は免疫原性組成物の投与はプライム/ブースト投薬レジメンである。
本明細書に提供される範囲は、その範囲内の全ての値の省略表現であると理解される。例えば、1〜50の範囲は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、又は50からなる群からの任意の数、数の組み合わせ、又は部分範囲、並びに前述の整数の間に介在する全ての小数値、例えば、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、及び1.9などを含むものと理解される。部分範囲に関して、その範囲のいずれかの端点から延びる「入れ子の部分範囲」が特に企図される。例えば、1〜50の例示的範囲の入れ子の部分範囲は、一方の向きに1〜10、1〜20、1〜30、及び1〜40、又は他方の向きに50〜40、50〜30、50〜20、及び50〜10を含み得る。
「受容体」は、リガンド結合能を有する生体分子又は分子分類を意味すると理解されるべきである。受容体は、細胞、細胞形成又は生物において情報を伝達する働きをし得る。受容体は少なくとも1つの受容体単位を含み、2つ以上の受容体単位を含むことが多く、ここで各受容体単位は、タンパク質分子、詳細には糖タンパク質分子からなり得る。受容体はリガンドの構造を補完する構造を有し、リガンドを結合パートナーとして複合体を形成し得る。細胞の表面上でリガンドと結合した後、受容体の立体構造が変化することによってシグナル情報が伝達され得る。本発明によれば、受容体は、リガンド、詳細には好適な長さのペプチド又はペプチド断片と受容体/リガンド複合体を形成する能力を有するMHCクラスI及びIIの特定のタンパク質を指し得る。
用語「対象」は、治療、観察、又は実験の対象となる動物を指す。単に例として、対象には、限定はされないが、哺乳動物、例えば限定はされないがヒト又は非ヒト哺乳動物、例えば非ヒト霊長類、ウシ、ウマ、イヌ、ヒツジ、又はネコが含まれる。
用語「処置する(treat)」、「処置される(treated)」、「処置する(treating)」、「処置(treatment)」等は、障害及び/又はこれに関連する症状(例えば新生物若しくは腫瘍)の低減又は寛解を指すことを意味する。「処置する」は、癌の発症又は疑わしい発症の後に対象に治療を投与することを意味する場合がある。「処置する」には、癌に関連する任意の症状若しくは他の悪影響及び/又は癌治療に関連する副作用の発生若しくは再発の頻度又は重症度を減らすことを指す「軽減する」という概念が含まれる。用語「治療すること」にはまた、「管理すること」という概念も包含され、管理とは、患者における特定の疾患又は障害の重症度を低減すること又はその再発を遅延させること、例えば疾患に罹患していたことのある患者における寛解期間を延長させることを指す。除外されるわけではないが、障害又は病態を治療するとは、障害、病態、又はそれに関連する症状の完全な消失を要するものではないことは理解されるであろう。
用語「治療効果」は、障害(例えば、新生物又は腫瘍)の症状の1つ以上又はそれに関連する病理の何らかの軽減程度を指す。「治療有効量」は、本明細書で使用されるとき、かかる治療がない場合に予想される以上に、かかる障害を有する患者の生存を延ばし、障害の1つ以上の徴候又は症状を低減し、予防し又は遅延させるなどにおいて細胞又は対象への単回又は頻回用量投与時に有効となる薬剤の量を指す。「治療有効量」は、治療効果を実現するために必要な量の適格性を決めることが意図される。当該技術分野の通常の技術を有する医師又は獣医師は、必要な医薬組成物の「治療有効量」(例えば、ED50)を容易に決定し及び処方することができる。例えば、医師又は獣医師は、医薬組成物中に用いられる本発明の化合物の用量を、所望の治療効果を実現するために必要な用量より低いレベルで開始し、所望の効果が実現するまで投薬量を徐々に増加させてもよい。
用語「スペーサー」又は「リンカー」は、融合タンパク質に関して使用されるとき、融合タンパク質を含むタンパク質に結合するペプチドを指す。一般に、スペーサーは、結合する又はタンパク質若しくはRNA配列の間である程度の最小距離若しくは他の空間的関係を保持する以外の特定の生物学的活性を有しない。しかしながら、特定の実施形態において、スペーサーの構成アミノ酸は、分子の折り畳み、正味電荷又は疎水性等の分子のいくつかの特性に影響を及ぼすように選択されてもよい。
本発明の実施形態で使用するための適切なリンカーは当業者に公知であり、このリンカーとして、直鎖若しくは分枝鎖の炭素リンカー、複素環式の炭素リンカー又はペプチドリンカーが挙げられるがこれらに限定されない。リンカーは、好ましい実施形態において各ネオ抗原ペプチドが正確に折り畳まれることを確実にするのに十分な距離で2つのネオ抗原ペプチドを離すために使用される。好ましいペプチドリンカー配列は柔軟な拡張コンフォメーションを採用し、規則的な二次構造を発生する傾向を示さない。柔軟なタンパク質領域中の典型的なアミノ酸として、Gly、Asn及びSerが挙げられる。実質的には、Gly、Asn及びSerを含むアミノ酸配列の任意の順列が、リンカー配列に関する上記の基準を満たすと予想されるだろう。他のほぼ中性のアミノ酸(例えばThr及びAla)もリンカー配列で使用することができる。リンカーとして使用され得るさらに他のアミノ酸配列は、Maratea et al.(1985),Gene 40:39−46;Murphy et al.(1986)Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA 83:8258−62;米国特許第4,935,233号明細書;及び同第4,751,180号明細書で開示されている。
本明細書の可変基の任意の定義における化学基のリストの記載には、列挙される基の任意の単一の基又は組み合わせとしての当該可変基の定義が含まれる。本明細書における可変基又は態様に関する実施形態の記載には、任意の単一の実施形態としての実施形態又は任意の他の実施形態若しくはその一部と組み合わせた実施形態が含まれる。
本明細書に提供される任意の組成物又は方法は、本明細書に提供される他の組成物及び方法のいずれかの1つ以上と組み合わせることができる。
本明細書で開示されている療法は、様々なタイプの癌を処置する新規の方法を構成する。本明細書に記載されている療法はまた、許容できないレベルの副作用なしに臨床的利益を達成する治療方法も提供する。
一態様において、本発明は、複数の腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドを含むワクチン又は免疫原性組成物を対象に投与することによる新生物(より具体的には腫瘍)の処置の方法に関する。本明細書でより詳細に記載するように、いくつかの実施形態において、本組成物は、癌に罹患している対象の高い割合において腫瘍の処置に適した腫瘍特異的ネオ抗原の特定の最適化されたサブセットを提供する。いくつかの実施形態において、これらの腫瘍特異的ネオ抗原は、対象の集団に存在するHLAアロタイプの高い全体的な割合に共に結合することができる。
免疫系は、2つの機能的サブシステムに分類することができる:自然免疫系及び獲得免疫系。自然免疫系は感染に対する防御の最前線であり、最も潜在的能力のある病原体が、例えば認識し得る感染を引き起こし得る前にこの系によって速やかに中和される。獲得免疫系は、抗原と称される、侵入生物の分子構造に応答する。獲得免疫応答には、体液性免疫応答及び細胞媒介性免疫応答を含む2種類がある。体液性免疫応答では、B細胞によって体液中に分泌される抗体が病原体由来抗原に結合し、種々の機序、例えば補体媒介性溶解を介した病原体の排除をもたらす。細胞媒介性免疫応答では、他の細胞を破壊する能力を有するT細胞が活性化される。例えば、疾患に関連するタンパク質が細胞中に存在する場合、それらのタンパク質が細胞内でタンパク質分解によってペプチドに断片化される。次にこのように形成された抗原又はペプチドに特定の細胞タンパク質が付着してそれらを細胞の表面に輸送し、そこでそれらの抗原又はペプチドが身体の分子防御機構、詳細にはT細胞に提示される。細胞傷害性T細胞はこれらの抗原を認識し、そうした抗原を有する細胞を死滅させる。
ペプチドを細胞表面に輸送して提示する分子は、主要組織適合遺伝子複合体(MHC)のタンパク質と称される。MHCタンパク質は、MHCクラスI及びMHCクラスIIと称される2種類に分類される。これらの2つのMHCクラスのタンパク質の構造は極めて類似している;しかしながら、これらは非常に異なる機能を有する。MHCクラスIのタンパク質は、多くの腫瘍細胞を含め、体のほぼ全ての細胞の表面上に存在する。MHCクラスIタンパク質には、通常、内因性タンパク質由来又は細胞内に存在する病原体由来の抗原が負荷され、次にそれがナイーブ又は細胞傷害性Tリンパ球(CTL)に提示される。MHCクラスIIタンパク質は、樹状細胞、Bリンパ球、マクロファージ及び他の抗原提示細胞上に存在する。MHCクラスIIタンパク質は主に、外部抗原供給源から、即ち細胞の外側でプロセシングされるペプチドをTヘルパー(Th)細胞に提示する。MHCクラスIタンパク質が結合するペプチドのほとんどは、生物自身の健常宿主細胞に生じる細胞質タンパク質に由来し、通常は免疫応答を刺激しない。従って、クラスIのかかる自己ペプチド提示MHC分子を認識する細胞傷害性Tリンパ球は胸腺(中枢性トレランス)で除去されるか、又は胸腺から放出された後に除去又は不活性化され、即ち寛容化される(末梢性トレランス)。MHC分子は、非寛容化Tリンパ球にペプチドを提示するとき、免疫応答を刺激する能力を有する。細胞傷害性Tリンパ球は、その表面にT細胞受容体(TCR)及びCD8分子の両方を有する。T細胞受容体は、MHCクラスIの分子と複合体化したペプチドを認識及び結合する能力を有する。各細胞傷害性Tリンパ球は、特異的なMHC/ペプチド複合体との結合能を有するユニークなT細胞受容体を発現する。
ペプチド抗原は、細胞表面に提示される前に、小胞体内で競合的親和性結合によってMHCクラスIの分子に付着する。ここで、個々のペプチド抗原の親和性は、そのアミノ酸配列及びアミノ酸配列内の定義された位置における特異的結合モチーフの存在に直接関係する。かかるペプチドの配列が分かっている場合、罹患細胞に対する免疫系を、例えばペプチドワクチンを使用して操作することが可能である。
治癒的且つ腫瘍特異的免疫療法薬の開発を妨げる重大な障害の一つは、自己免疫を回避するための高度に特異的且つ制限的な腫瘍抗原の同定及び選択である。悪性細胞内での遺伝子変化(例えば、逆位、転座、欠失、ミスセンス突然変異、スプライス部位突然変異等)の結果として生じる腫瘍ネオ抗原は、最も腫瘍特異的な抗原クラスに相当する。ネオ抗原は、その同定、最適化されたネオ抗原の選択、及びワクチン又は免疫原性組成物に使用されるネオ抗原の作製が技術的に困難であるため、癌ワクチン又は免疫原性組成物に使用されることはほとんどなかった。これらの問題は以下によって対処され得る:
・ 腫瘍中にDNAレベルで存在するが、癌を有する対象の高い割合からの対応する生殖細胞系試料中には存在しない新生物/腫瘍における突然変異を同定すること;
・ 新生物/腫瘍内で発現され、且つ患者のHLA対立遺伝子の高い割合に結合する複数のネオ抗原T細胞エピトープを生成するために、1つ以上のペプチド−MHC結合予測アルゴリズムにより、同定された突然変異を分析すること;及び
・ 癌を有する対象の高い割合の処置に適した癌ワクチン又は免疫原性組成物で使用するために、全てのネオ抗原ペプチド及び予測結合ペプチドのセットから選択された複数のネオ抗原ペプチドを合成すること。
例えば、シーケンシング情報を治療ワクチンに変えるには、以下が含まれる:
(1)高い割合の個体のHLA分子に結合することができる突然変異ペプチドの予測。どの特定の突然変異を免疫原として利用するべきかを効率的に選択するには、どの突然変異ペプチドが高い割合の患者のHLA対立遺伝子に効率的に結合し得るかを予測する能力が必要である。近年、バリデートされた結合及び非結合ペプチドによるニューラルネットワークベースの学習手法によって、主要なHLA−A及び−B対立遺伝子に関する予測アルゴリズムの精度が進歩している。
(2)薬物をロングペプチドのマルチエピトープワクチンとして製剤化すること。現実に可能な限り多くの突然変異エピトープを標的にすることにより、免疫系の多大な能力が活用され、特定の免疫標的化遺伝子産物の下方制御による免疫エスケープの機会が阻止され、及びエピトープ予測手法の既知の不正確さが補償される。合成ペプチドは、複数の免疫原を効率的に調製し且つ突然変異体エピトープの同定を有効なワクチンに迅速に変えるための特に有用な手段を提供する。ペプチドは夾雑細菌又は動物性物質を含有しない試薬を利用して容易に化学的に合成し、簡単に精製することができる。サイズが小さいため、タンパク質の突然変異領域に明確に焦点を合わせることが可能であり、また、他の成分(非突然変異タンパク質又はウイルスベクター抗原)からの無関係な抗原競合も低下する。
(3)強力なワクチンアジュバントとの併用。有効なワクチンには、免疫応答を惹起する強力なアジュバントが必要である。以下に記載するとおり、TLR3アゴニスト並びにMDA5及びRIG3のRNAヘリカーゼドメインであるポリICLCが、ワクチンアジュバントに望ましい幾つかの特性を示している。それらの特性には、インビボでの免疫細胞の局所及び全身活性化の誘導、刺激ケモカイン及びサイトカインの産生、並びにDCによる抗原提示の刺激が含まれる。さらに、ポリICLCは、ヒトにおいて持続的なCD4+及びCD8+応答を誘導することができる。重要なことに、ポリICLCを伴いワクチン接種した対象と、極めて有効性の高い複製コンピテント黄熱病ワクチンの投与を受けたことがあるボランティアとにおいて、転写経路及びシグナル伝達経路の上方調節の点で顕著な類似性が認められた。さらに、最近の第1相研究では、(Montanideに加えて)NYES0−1ペプチドワクチンと組み合わせてポリICLCで免疫した卵巣癌患者の90%超がCD4+及びCD8+ T細胞の誘導並びにペプチドに対する抗体反応を示した。同時に、ポリICLCは現在までに25件を上回る臨床試験で広範に試験されており、比較的安全な毒性プロファイルを呈している。上述の本発明の利点は本明細書にさらに記載される。
本明細書に記載されるとおり、動物及びヒトの両方において、免疫応答の誘導に突然変異エピトープが有効であること及び自発的腫瘍退縮又は長期生存の症例が突然変異エピトープに対するCD8+ T細胞応答と相関すること(Buckwalter and Srivastava PK.「「それが抗原である、ばかげたことに」及びヒト癌のワクチン療法の10年にわたる他のレッスン(“It is the antigen(s),stupid” and other lessons from over a decade of vaccitherapy of human cancer)」.Seminars in immunology 20:296−300(2008);Karanikas et al,「長期生存肺癌患者の血中におけるHLA四量体で検出可能な腫瘍特異的突然変異抗原に対する細胞溶解性Tリンパ球の高頻度(High frequency of cytolytic T lymphocytes directed against a tumor−specific mutated antigen detectable with HLA tetramers in the blood of a lung carcinoma patient with long survival)」.Cancer Res.61:3718−3724(2001);Lennerz et al,「ヒトメラノーマに対する自己T細胞の応答は突然変異ネオ抗原によって支配される(The response of autologous T cells to a human melanoma is dominated by mutated neo−antigens)」.Proc Natl Acad Sci U S A.102:16013(2005))及びマウス及びヒトにおける優勢な突然変異抗原の発現の改変に対する「免疫編集」を追跡し得ること(Matsushita et al,「癌エクソーム解析は癌免疫編集のT細胞依存性機序を明らかにする(Cancer exome analysis reveals a T−cell−dependent mechanism of cancer immunoediting)」 Nature 482:400(2012);DuPage et al,「腫瘍特異的抗原の発現が癌免疫編集の根底にある(Expression of tumor−specific antigens underlies cancer immunoediting)」 Nature 482:405(2012);及びSampson et al,「新しく診断された膠芽腫患者の上皮成長因子受容体変異体IIIペプチドワクチン接種に伴う長期無進行生存後の免疫エスケープ(Immunologic escape after prolonged progression−free survival with epidermal growth factor receptor variant III peptide vaccination in patients with newly diagnosed glioblastoma)」 J Clin Oncol.28:4722−4729(2010))のエビデンスが多数ある。一実施形態において、癌患者の突然変異エピトープが決定される。
シーケンシング技術により、腫瘍は各々、遺伝子のタンパク質コード内容を改変する複数の患者特異的突然変異を含むことが明らかになっている。かかる突然変異は、単一アミノ酸変化(ミスセンス突然変異によって引き起こされる)から、フレームシフト、終止コドンのリードスルー又はイントロン領域の翻訳(新規オープンリーディングフレーム突然変異;ネオORF)に起因する新規アミノ酸配列の長い領域の付加にまで及ぶ改変タンパク質を作り出す。これらの突然変異タンパク質は、天然タンパク質と異なり自己トレランスの免疫抑制効果を受けないため、腫瘍に対する宿主の免疫応答にとって有用な標的である。従って、突然変異タンパク質は免疫原性である可能性が一層高く、また患者の正常細胞と比較して腫瘍細胞に対する特異性もより高い。
一実施形態において、本組成物中の複数のネオ抗原ペプチドは、複数のMHC分子(例えば、標的集団の大部分を共にカバーするMHC分子)に対する親和性を共に有する。どの特定の突然変異を免疫原として利用するべきかを効率的に選択するには、どの突然変異ペプチドが患者集団に存在するHLA対立遺伝子に効率的に結合し得るかを予測する能力が必要である。近年、バリデートされた結合及び非結合ペプチドによるニューラルネットワークベースの学習手法によって、主要なHLA−A及び−B対立遺伝子に関する予測アルゴリズムの精度が進歩している。どのミスセンス突然変異がコグネイトMHC分子との強力な結合ペプチドを生じるかを予測する近年改良されたアルゴリズムを利用して、患者集団に最適な突然変異エピトープ(ネオORF及びミスセンスの両方)を代表する一組のペプチドを同定し、優先順位を付けることができる(Zhang et al,「免疫学における機械学習競争−HLAクラスI結合ペプチドの予測(Machine learning competition in immunology−Prediction of HLA class I binding peptides)」 J Immunol Methods 374:1(2011);Lundegaard et al 「ニューラルネットワークベースの方法を用いたエピトープの予測(Prediction of epitopes using neural network based methods)」 J Immunol Methods 374:26(2011))。
現実に可能な限り多くの突然変異エピトープを標的にすることにより、免疫系の多大な能力が活用され、特定の免疫標的化遺伝子産物の下方制御による免疫エスケープの機会が阻止され、及びエピトープ予測手法の既知の不正確さが補償される。合成ペプチドは、複数の免疫原を効率的に調製し且つ突然変異体エピトープの同定を有効なワクチン又は免疫原性組成物に迅速に変えるための特に有用な手段を提供する。ペプチドは夾雑細菌又は動物性物質を含有しない試薬を利用して容易に化学的に合成し、簡単に精製することができる。サイズが小さいため、タンパク質の突然変異領域に明確に焦点を合わせることが可能であり、また、他の成分(非突然変異タンパク質又はウイルスベクター抗原)からの無関係な抗原競合も低下する。
一実施形態において、薬物製剤はロングペプチドのマルチエピトープワクチン又は免疫原性組成物である。かかる「ロング」ペプチドは樹状細胞などのプロフェッショナル抗原提示細胞において効率的なインターナリゼーション、プロセシング及び交差提示を受け、且つヒトにおいてCTLを誘導することが示されている(Melief and van der Burg,「合成ロングペプチドワクチンによる樹立された(前)悪性疾患の免疫療法(Immunotherapy of established (pre)malignant disease by synthetic long peptide vaccines)」 Nature Rev Cancer 8:351(2008))。一実施形態において、少なくとも2つのペプチドが免疫化用に調製される。好ましい実施形態において、20以上のペプチドが免疫化用に調製される。いくつかの実施形態において、ネオ抗原ペプチドは約5〜約50アミノ酸長の範囲である。別の実施形態において、約15〜約35アミノ酸長のペプチドが合成される。好ましい実施形態において、ネオ抗原ペプチドは約20〜約35アミノ酸長の範囲である。
腫瘍特異的ネオ抗原の作製
本発明は、少なくとも一部には、患者の免疫系に腫瘍特異的ネオ抗原のプールを提示する能力に基づく。当業者は、本開示及び当該技術分野における知識から、かかる腫瘍特異的ネオ抗原を作製する種々の方法があることを理解するであろう。一般に、かかる腫瘍特異的ネオ抗原は、インビトロ又はインビボのいずれでも作製し得る。腫瘍特異的ネオ抗原はインビトロでペプチド又はポリペプチドとして作製されてもよく、次にそれが新生物ワクチン又は免疫原性組成物に製剤化され、対象に投与されてもよい。本明細書にさらに詳細に記載するとおり、かかるインビトロ作製は、例えば、種々の細菌、真核生物、又はウイルス組換え発現系のいずれかにおけるDNA又はRNA分子からのペプチド/ポリペプチドのペプチド合成又は発現と、続く発現したペプチド/ポリペプチドの精製など、当業者に公知の種々の方法によって行われ得る。或いは、腫瘍特異的ネオ抗原は、腫瘍特異的ネオ抗原をコードする分子(例えば、DNA、RNA、ウイルス発現系など)を対象に導入し、導入後にコードされた腫瘍特異的ネオ抗原が発現することによりインビボで作製されてもよい。ネオ抗原のインビトロ及びインビボ作製方法はまた、本明細書において、それが医薬組成物及び治療の送達方法に関するときさらに記載される。
特定の実施形態において、本発明は、改変されたネオ抗原ペプチドを含む。ネオ抗原ペプチドに関して本明細書で使用されるとき、用語「改変された」、「改変」等は、このネオ抗原ペプチドの所望の特性を増強する1つ以上の変化を指し、この変化は、ネオ抗原ペプチドの一次アミノ酸配列を変更しない。「改変」には、ネオ抗原ペプチド自体の一次アミノ酸配列を変更しない共有結合的な化学改変が含まれる。そのような所望の特性として、例えば、インビボでの半減期の延長、安定性の増加、クリアランスの減少、免疫原性又はアレルゲン性の変更、特定の抗体、細胞ターゲティング、抗原取込み、抗原プロセシング、MHC親和性、MHC安定性又は抗原提示の上昇の可能が挙げられる。実行され得るネオ抗原ペプチドへの変化として、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、PEG化、ポリシアル化HES化、組換えPEG模倣体、Fc融合、アルブミン融合、ナノ粒子の付着、ナノ粒子のカプセル化、コレステロール融合、鉄融合、アシル化、アミド化、糖鎖付加、側鎖の酸化、リン酸化、ビオチン化、表面活性物質の付加、アミノ酸模倣体の付加、又は非天然アミノ酸の付加が挙げられるがこれらに限定されない。
タンパク質治療薬の臨床的有効性は、短い血漿半減期及びプロテアーゼ分解に対する感受性により制限されることが多い。様々な治療用タンパク質(例えばフィルグラスチム)の研究により、そのような困難性は、ポリペプチド配列を様々な非タンパク質性ポリマー(例えば、ポリエチレングリコール(PEG)、ポリプロピレングリコール又はポリオキシアルキレン)のいずれかにコンジュゲートさせる又は連結する(例えば、典型的には、タンパク質及び非タンパク質性ポリマー(例えばPEG)の両方に共有結合する連結部分を介することを参照されたい)等の様々な改変により克服され得ることが分かっている。そのようなPEGコンジュゲート生体分子は、臨床的に有効な特性(例えば、より良好な物理的及び熱的安定性、酵素分解に対する感受性からの保護、溶解性の増大、より長いインビボでの循環半減期及びクリアランスの減少、免疫原性及び抗原性の低下、並びに毒性の低下)を持つことが分かっている。
ポリペプチド配列へのコンジュゲーションに適したPEGは概して、室温で水溶性であり、且つ一般式R(O−CH−CHO−Rを有し、この一般式中、Rは水素又はアルキル基若しくはアルカノール基等の保護基であり、nは1〜1000の整数である。Rが保護基である場合、Rは1〜8個の炭素を一般に有する。ポリペプチド配列にコンジュゲートしたPEGは直鎖又は分枝であることができる。分枝PEG誘導体、「スター−PEG(star−PEG)」及び多アーム(multi−armed)PEGが本開示により企図される。本開示で使用されるPEGの分子量は任意の特定の範囲には限定されないが、特定の実施形態は500〜20,000の分子量を有し、他の実施形態は4,000〜10,000の分子量を有する。
本開示はまた、複数のPEGが異なるn値を有し、そのため様々な異なるPEGが特定の比率で存在するコンジュゲートの組成物も企図する。例えば、いくつかの組成物は、n=1、2、3及び4のコンジュゲートの混合物を含む。いくつかの組成物において、n=1のコンジュゲートの割合は18〜25%であり、n=2のコンジュゲートの割合は50〜66%であり、n=3のコンジュゲートの割合は12〜16%であり、n=4のコンジュゲートの割合は最大5%である。そのような組成物を、当該技術分野で既知の反応条件及び精製法により製造することができる。例えば、陽イオン交換クロマトグラフィーを使用してコンジュゲートを分離することができ、次いで、例えば付着したPEGが所望の数であるコンジュゲートを含む画分を同定し、非改変タンパク質配列及び付着したPEGが他の数であるコンジュゲートを含まないように精製する。
PEGを、末端反応基(スペーサー)を介して本開示のポリペプチドに結合させることができる。このスペーサーは例えば、1つ以上のポリペプチド配列の遊離アミノ又はカルボキシル基とポリエチレングリコールとの間の結合を媒介する末端反応基である。遊離アミノ基に結合され得るスペーサーを有するPEGとして、N−ヒドロキシスクシンイミドでポリエチレングリコールのコハク酸エステルを活性化することにより調製され得るN−ヒドロキシスクシンイミドポリエチレングリコールが挙げられる。遊離アミノ基に結合され得る別の活性化ポリエチレングリコールは、ポリエチレングリコールモノメチルエーテルと塩化シアヌルとを反応させることにより調製され得る2,4−ビス(O−メトキシポリエチレングリコール)−6−クロロ−s−トリアジンである。遊離カルボキシル基に結合される活性化ポリエチレングリコールとしてポリオキシエチレンジアミンが挙げられる。
スペーサーを有するPEGへの本開示のポリペプチド配列のうちの1つ以上のコンジュゲーションを、様々な従来の方法により実行することができる。例えば、このコンジュゲーション反応を、4:1〜30:1の試薬対タンパク質のモル比を用いて、5〜10のpH、4℃〜室温の温度、30分〜20時間にて溶液中で実行することができる。反応条件を選択して、この反応を、主として所望の置換度が生じるように導くことができる。一般に、低温、低pH(pH=5)及び短い反応時間により、付着するPEGの数が減少する傾向があり、より高い温度、中性〜高pH(例えばpH>7)及びより長い反応時間により、付着するPEGの数が増加する傾向がある。当該技術分野で既知の様々な手段を使用して、この反応を停止させることができる。いくつかの実施形態において、反応混合物を酸性化して例えば−20℃で凍結することにより、この反応を停止させる。
本開示はまた、PEG模倣体の使用も企図する。PEGの特質(例えば、血清半減期の延長)を保持しつついくつかの更に有利な特性を付与する組換えPEG模倣体が開発されている。一例として、目的のペプチド又はタンパク質薬剤に既に融合されている、PEGと類似の延長された高次構造を形成することができる単純なポリペプチド鎖(例えば、Ala、Glu、Gly、Pro、Ser及びThrを含む)を、組換えにより製造することができる(例えば、Amunix’XTEN technology;Mountain View,CA)。これは、製造プロセス中の付加的なコンジュゲーション工程を不要にする。さらに、確立された分子生物技術はポリペプチド鎖の側鎖組成の制御を可能にし、免疫原性及び製造特性の最適化が可能になる。
本開示の目的のために、「グリコシル化」は、タンパク質、脂質又は他の有機分子にグリカンを付着させる酵素的プロセスを広く指すことを意味する。本開示と関連した用語「グリコシル化」の使用は概して、(根本のグリコシル化部位を除去することにより又は化学的及び/若しくは酵素的手段によりグリコシル化を欠失させることにより)1つ以上の炭水化物部分を付加する又は欠失させること並びに/又は天然配列中に存在してもよいし存在しなくてもよい1つ以上のグリコシル化部位を付加することを意味することが意図されている。加えて、この語句は、存在する様々な炭水化物部分の性質及び割合の変化を伴う天然タンパク質のグリコシル化での定性的変化を含む。グリコシル化は、タンパク質の物理的特性に劇的に影響を及ぼすことができ、タンパク質の安定性、分泌及び細胞内局在化でも重要であり得る。適切なグリコシル化は生物学的活性にとって必須であり得る。実際には、真核生物由来のいくつかの遺伝子は、グリコシル化タンパク質のための細胞プロセスを欠く細菌(例えば大腸菌(E.coli))中で発現される場合、グリコシル化の欠如によりわずかな活性又は不活性で回収されるタンパク質を生じる。
グリコシル化部位の付加を、アミノ酸配列を改変することにより達成することができる。例えば、1つ以上のセリン若しくはトレオニン残基(O連結グリコシル化部位の場合)又はアスパラギン残基(N連結グリコシル化部位の場合)の付加又はこれらの残基による置換によって、ポリペプチドの改変を行なうことができる。各タイプで見られるN連結及びO連結オリゴ糖並びに糖残基の構造は異なることができる。両方で一般に見られる糖の1つのタイプは、N−アセチルノイラミン酸(以降ではシアル酸と称される)である。シアル酸は通常、N連結及びO連結オリゴ糖の両方の末端残基であり、このシアル酸の負電荷により、糖タンパク質に酸性特性を付与することができる。本開示の特定の実施形態はN−グリコシル化変異体を生成及び使用を含む。
本開示のポリペプチド配列はDNAレベルでの変化により任意選択で改変され得、具体的には、所望のアミノ酸に翻訳されるコドンが生成されるように、予め選択された塩基でポリペプチドをコードするDNAを突然変異させることにより任意選択で改変され得る。ポリペプチド上の炭水化物部分の数を増加させる別の手段は、このポリペプチドへのグリコシドの化学的又は酵素的なカップリングによる。
化学的若しくは酵素的に、又はグリコシル化されるアミノ酸残基をコードするコドンの置換により、炭水化物の除去を達成することができる。化学的グリコシル化技術は既知であり、ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的切断を、様々なエンドグリコシダーゼ及びエキソグリコシダーゼの使用により達成することができる。
ジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)欠損チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞は、組換え糖タンパク質の産生のために一般に使用される宿主細胞である。この細胞は、酵素ベータ−ガラクトシドアルファ−2,6−シアリルトランスフェラーゼを発現せず、従って、アルファ−2,6−連結におけるシアル酸を、この細胞中で産生される糖タンパク質のN−連結オリゴ糖に付加しない。
本開示は、ペプチド及びタンパク質の安定性及びインビボでの薬物動態を改善するための、天然に存在する生分解性a−(2→8)連結ポリシアル酸(「PSA」)へのこのペプチド及びタンパク質のコンジュゲーションであるポリアシル化の使用も企図する。PSAは、高度に親水性である生分解性で非毒性の天然ポリマーであり、血液中において血清半減期を延長させる大きな見掛けの分子量を付与する。加えて、様々なペプチド及びタンパク質治療薬のポリシアル化により、タンパク質分解が著しく減少しており、インビボ活性が保持されており、免疫原性及び抗原性が減少している(例えばG.Gregoriadis et al.,Int.J.Pharmaceutics 300(1−2):125−30を参照されたい)。他のコンジュゲート(例えばPEG)による改変と同様に、部位特異的ポリシアル化のための様々な技術が利用可能である(例えばT.Lindhout et al.,PNAS 108(18)7397−7402(2011)を参照されたい)。
コンジュゲーションのための更なる適切な成分及び分子として、例えば、サイログロブリン;アルブミン、例えばヒト血清アルブミン(HAS);テタヌストキソイド;ジフテリアトキソイド;ポリアミノ酸、例えばポリ(D−リシン:D−グルタミン酸);ロタウイルスのVP6ポリペプチド;インフルエンザウイルスヘマグルチニン、インフルエンザウイルス核タンパク質;キーホールリンペットヘモシアニン(KLH);並びにB型肝炎ウイルスコアタンパク質及び表面抗原;又は上記の任意の組み合わせが挙げられる。
本開示の1つ以上のポリペプチドへのアルブミンの融合を、例えば、HSAをコードするDNA又はその断片が、1つ以上のポリペプチド配列をコードするDNAに接合されるような遺伝子操作により達成することができる。その後、好適な宿主を、融合ポリペプチドを発現するように、例えば好適なプラスミドの形態の融合ヌクレオチド配列で形質転換することができる、又はトランスフェクトすることができる。この発現を、例えば原核細胞若しくは真核細胞からインビトロで達成してもよいし、例えば遺伝子導入生物からインビボで達成してもよい。本開示のいくつかの実施形態において、融合タンパク質の発現を哺乳動物細胞株(例えばCHO細胞株)中で実施する。形質転換は、本明細書において、細胞の周囲からの及び細胞膜を通って取り込まれた外因性の遺伝物質(外因性DNA)の直接的な取込み、組込み及び発現により生じる細胞の遺伝的変更を指すように広く使用される。形質転換はいくつかの細菌種において自然に起こるが、他の細胞中において人工的な手段によっても達成され得る。
さらに、アルブミン自体を、このアルブミンの循環半減期を延長するように改変することができる。1つ以上のポリペプチドへの改変アルブミンの融合を、上述の遺伝子操作技術により又は化学的コンジュゲーションにより達成することができ、結果として生じた融合分子は、非改変アルブミンとの融合物の半減期を超える半減期を有する(国際公開第2011/051489号パンフレットを参照されたい)。
直接融合の代替として、コンジュゲートした脂肪酸鎖を介したアルブミン結合(アシル化)等のいくつかのアルブミン結合戦略が開発されている。血清アルブミンは脂肪酸の輸送タンパク質であることから、アルブミン結合活性を有するこれらの天然リガンドは、小タンパク質治療薬の半減期の延長に使用されている。例えば、糖尿病用の承認された製品であるインスリンデテミル(LEVEMIR)は、遺伝的に改変されたインスリンにコンジュゲートされたミリスチル鎖を含み、長期にわたり作用するインスリン類似体が得られる。
別のタイプの改変は、別のタンパク質(例えば、対象のタンパク質に対して異種であるアミノ酸配列を有するタンパク質)等の、ポリペプチド配列のN末端及び/若しくはC末端で1つ以上の追加の成分若しくは分子又は担体分子をコンジュゲートする(例えば連結する)ことである。そのため、例示的なポリペプチド配列を、別の成分又は分子とのコンジュゲートとして生成することができる。
コンジュゲート改変により、第2の分子のさらなる又は相補的な機能又は活性を伴う活性を保持するポリペプチド配列がもたらされ得る。例えば、ポリペプチドをある分子にコンジュゲートさせて、例えば溶解性、貯蔵、インビボ又は貯蔵半減期又は安定性、免疫原性の減少、インビボでの放出の遅延又は制御等を促進することができる。他の機能又は活性として、非コンジュゲートポリペプチド配列に対する毒性を低下させるコンジュゲート、非コンジュゲートポリペプチド配列よりも効率的に1種の細胞若しくは器官を標的とするコンジュゲート、又は本明細書に記載されている障害若しくは疾患(例えば糖尿病)に関連する原因若しくは効果にさらに対抗するための薬物が挙げられる。
ポリペプチドは、大きくて緩やかに代謝される巨大分子、例えばタンパク質;多糖、例えばセファロース、アガロース、セルロース、セルロースビーズ;ポリマーアミノ酸、例えばポリグルタミン酸、ポリリシン;アミノ酸コポリマー;不活性化されたウイルス粒子;不活性化された細菌毒素、例えば、ジフテリア、テタヌス、コレラ、ロイコトキシン分子からの毒素;不活性化された細菌;及び樹状細胞にもコンジュゲートされ得る。
コンジュゲーションのさらなる候補成分及び分子として、単離又は精製に適したものが挙げられる。特定の非限定的な例として、結合分子、例えばビオチン(ビオチン−アビジン特異的結合対)、抗体、受容体、リガンド、レクチン、又は固体支持体(例えば、プラスチック若しくはポリスチレンビーズ、プレート若しくはビーズ、磁気ビーズ、試験片及び膜が挙げられる)を含む分子が挙げられる。
陽イオン交換クロマトグラフィー等の精製方法を使用して、コンジュゲートをその様々な分子量に効率的に分離する電荷の差異によってコンジュゲートを分離することができる。例えば、陽イオン交換カラムを充填し、次いで−20mMの酢酸ナトリウムpH−4で洗浄し、次いで約3〜5.5のpH(例えばpH−4.5)で緩衝化した直線(0Mから0.5M)NaCl勾配で溶出させることができる。陽イオン交換クロマトグラフィーにより得られた画分の内容物を、従来の方法、例えば質量分析、SDS−PAGE、又は分子量により分子実体を分離するための他の既知の方法を使用して、分子量により同定することができる。
特定の実施形態において、本開示のポリペプチド配列のアミノ末端又はカルボキシル末端を免疫グロブリンFc領域(例えばヒトFc)と融合させて、融合コンジュゲート(又は融合分子)を形成することができる。Fc融合コンジュゲートは生物製剤の全身半減期を延長することが分かっており、そのため、生物製剤製品は頻繁な投与をあまり必要としない場合がある。
Fcは、血管を覆う内皮細胞中の新生児Fc受容体(FcRn)に結合し、結合すると、Fc融合分子は分解から保護されて循環中に再放出され、分子をより長く循環内に保つ。このFc結合は、内因性IgGがその長期の血漿半減期を保持するメカニズムであると考えられる。より近年のFc融合技術は生物薬剤の単一コピーを抗体のFc領域に連結させて、従来のFc融合コンジュゲートと比較して生物製剤の薬物動態及び薬力学特性を最適化する。
本開示は、現在知られている又は将来開発される、1つ以上の特定を改善するためのポリペプチドの他の改変の使用を企図する。本開示のポリペプチドの循環半減期を延長させる、安定性を増加させる、クリアランスを減少させる又は免疫原性若しくはアレルゲン性を改変するそのような一方法は、分子の特性を改変するために他の分子に連結されたヒドロキシエチルデンプン誘導体を利用するヘシル化(hesylation)によるポリペプチド配列の改変を含む。へシル化の様々な態様が例えば米国特許出願公開第2007/0134197号明細書及び同第2006/0258607号明細書に記載されている。
インビトロペプチド/ポリペプチド合成
タンパク質又はペプチドは、標準的な分子生物学的技法によるタンパク質、ポリペプチド又はペプチドの発現、天然供給源からのタンパク質又はペプチドの単離、インビトロ翻訳、又はタンパク質又はペプチドの化学合成を含め、当業者に公知の任意の技法によって作製することができる。様々な遺伝子に対応するヌクレオチド及びタンパク質、ポリペプチド及びペプチド配列は既に開示されており、当業者に公知のコンピュータ化されたデータベースを参照することができる。一つのかかるデータベースは、国立衛生研究所(National Institutes of Health)ウェブサイトにある国立バイオテクノロジー情報センター(National Center for Biotechnology Information)のGenbank及びGenPeptデータベースである。既知の遺伝子のコード領域は、本明細書に開示される技法を用いて、又は当業者に公知であろうとおりに増幅し及び/又は発現させることができる。或いは、様々な市販のタンパク質、ポリペプチド及びペプチド調製物が当業者に公知である。
ペプチドは、夾雑細菌又は動物性物質を含有しない試薬を利用して容易に化学的に合成することができる(Merrifield RB:「固相ペプチド合成I.テトラペプチドの合成(Solid phase peptide synthesis.I.The synthesis of a tetrapeptide)」.J.Am.Chem.Soc.85:2149−54,1963)。特定の実施形態において、ネオ抗原ペプチドは、(1)均一合成及び開裂条件を用いたマルチチャネル機器でのパラレル固相合成;(2)RP−HPLCカラムでのカラムストリッピングによる精製;及びペプチド間での再洗浄、但し交換なし;続いて(3)最も情報価値の高い、限られた一組のアッセイによる分析によって調製される。個々の患者の一組のペプチドに関して医薬品の製造管理及び品質管理に関する基準(GMP)のフットプリントを定義付けることができ、従ってスイート切り替え手順が必要となるのは、異なる患者のペプチド合成間のみである。
或いは、本発明のネオ抗原ペプチドをコードする核酸(例えばポリヌクレオチド)を使用して、ネオ抗原ペプチドをインビトロで作製してもよい。ポリヌクレオチドは、例えば、DNA、cDNA、PNA、CNA、RNA、一本鎖及び/又は二本鎖のいずれかの、又は天然の若しくは安定化した形態のポリヌクレオチド、例えばホスホロチオエート(phosphorothiate)骨格を有するポリヌクレオチドなど、又はそれらの組み合わせであってよく、それがペプチドをコードする限りはイントロンを含んでも、又は含まなくてもよい。一実施形態では、インビトロ翻訳を用いてペプチドが作製される。当業者が利用し得る多くの例示的システムが存在する(例えば、Retic Lysate IVTキット、Life Technologies、Waltham、MA)。
ポリペプチドの発現能を有する発現ベクターもまた調製することができる。種々の細胞型に対する発現ベクターが当該技術分野において周知されており、過度の実験を行うことなく選択し得る。概して、DNAがプラスミドなどの発現ベクターに、発現に適切な向き及び正しいリーディングフレームで挿入される。必要であれば、DNAは、所望の宿主(例えば、細菌)によって認識される適切な転写及び翻訳調節制御ヌクレオチド配列に連結されてもよく、しかしかかる制御は概して発現ベクターにおいて利用可能である。次にベクターは、標準的な技法を用いてクローニング用の宿主細菌に導入される(例えば、Sambrook et al.(1989)Molecular Cloning,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,N.Y.を参照)。
単離ポリヌクレオチドを含む発現ベクター、並びに発現ベクターを含む宿主細胞もまた企図される。ネオ抗原ペプチドは、所望のネオ抗原ペプチドをコードするRNA又はcDNA分子の形態で提供され得る。本発明の1つ以上のネオ抗原ペプチドが、単一の発現ベクターによって提供され得る。
用語「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」は、ポリペプチドのコード配列のみを含むポリヌクレオチド並びにさらなるコード配列及び/又は非コード配列を含むポリヌクレオチドを包含する。ポリヌクレオチドはRNAの形態又はDNAの形態であってもよい。DNAにはcDNA、ゲノムDNA、及び合成DNAが含まれ;二本鎖又は一本鎖であってもよく、一本鎖の場合にはコード鎖又は非コード鎖(アンチセンス鎖)であってもよい。
実施形態において、ポリヌクレオチドは、例えば宿主細胞からのポリペプチドの発現及び/又は分泌を助けるポリヌクレオチド(例えば、細胞からのポリペプチドの輸送を制御するための分泌配列として機能するリーダー配列)と同じリーディングフレームで融合した腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドのコード配列を含み得る。リーダー配列を有するポリペプチドはプレタンパク質であり、成熟形態のポリペプチドを形成するため宿主細胞によって切断されるリーダー配列を有し得る。
実施形態において、ポリヌクレオチドは、例えばコードされたポリペプチドの精製を可能にして、次にそれが個別化された新生物ワクチン又は免疫原性組成物に組み込まれ得るようにするマーカー配列に同じリーディングフレームで融合した腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドのコード配列を含み得る。例えば、マーカー配列は、細菌宿主の場合には、マーカーと融合した成熟ポリペプチドの精製を提供するpQE−9ベクターにより供給されるヘキサヒスチジンタグであってよく、又はマーカー配列は、哺乳類宿主(例えば、COS−7細胞)が使用されるとき、インフルエンザヘマグルチニンタンパク質に由来するヘマグルチニン(HA)タグであってもよい。さらなるタグとしては、限定はされないが、カルモジュリンタグ、FLAGタグ、Mycタグ、Sタグ、SBPタグ、Softag 1、Softag 3、V5タグ、Xpressタグ、イソペプタグ(Isopeptag)、SpyTag、ビオチンカルボキシルキャリアータンパク質(BCCP)タグ、GSTタグ、蛍光タンパク質タグ(例えば、緑色蛍光タンパク質タグ)、マルトース結合タンパク質タグ、Nusタグ、Strepタグ、チオレドキシンタグ、TCタグ、Tyタグなどが挙げられる。
実施形態において、ポリヌクレオチドは、複数のネオ抗原ペプチドの産生能を有する単一のコンカテマー化したネオ抗原ペプチドコンストラクトを作成するため同じリーディングフレームで融合した腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドの1つ以上のコード配列を含み得る。
特定の実施形態において、本発明の腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドをコードするポリヌクレオチドと少なくとも60%同一、少なくとも65%同一、少なくとも70%同一、少なくとも75%同一、少なくとも80%同一、少なくとも85%同一、少なくとも90%同一、少なくとも95%同一、又は少なくとも96%、97%、98%又は99%同一のヌクレオチド配列を有する単離核酸分子が提供され得る。
参照ヌクレオチド配列と少なくとも例えば95%「同一」のヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドとは、ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列が参照配列に対して、ポリヌクレオチド配列に参照ヌクレオチド配列の100ヌクレオチドにつき最大5個の点突然変異が含まれ得ることを除き同一であることが意図される。換言すれば、参照ヌクレオチド配列と少なくとも95%同一のヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを得るには、参照配列中のヌクレオチドの最大5%が欠失しているか又は別のヌクレオチドに置換されていてもよく、又は参照配列中の全ヌクレオチドの最大5%の数のヌクレオチドが参照配列に挿入されていてもよい。参照配列のこれらの突然変異は参照ヌクレオチド配列のアミノ末端又はカルボキシ末端位置又はそれらの末端位置の間のどこかに、参照配列中のヌクレオチド間に個々に散在して、或いは参照配列内で1つ以上の隣接するまとまりとして存在し得る。
実際問題として、任意の特定の核酸分子が参照配列と少なくとも80%同一、少なくとも85%同一、少なくとも90%同一、及び一部の実施形態では、少なくとも95%、96%、97%、98%、又は99%同一であるかどうかは、Bestfitプログラム(ウィスコンシン配列解析パッケージ(Wisconsin Sequence Analysis Package)、バージョン8 Unix版、Genetics Computer Group、University Research Park,575 Science Drive,Madison,WI 53711)などの公知のコンピュータプログラムを使用して従来法で決定することができる。Bestfitは、Smith and Waterman,Advances in Applied Mathematics 2:482−489(1981)の局所的相同性アルゴリズムを使用して2つの配列間における最良の相同性セグメントを見付け出す。Bestfit又は任意の他の配列アラインメントプログラムを使用して特定の配列が本発明に係る参照配列と例えば95%同一であるかどうかを決定するとき、パラメータの設定は、参照ヌクレオチド配列の全長にわたって同一性のパーセンテージが計算され、且つ参照配列中のヌクレオチド総数の最大5%の相同性のギャップが許容されるように行われる。
本明細書に記載される単離された腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドは、当該技術分野において公知の任意の好適な方法によりインビトロで(例えば実験室で)産生することができる。かかる方法は、直接のタンパク質合成方法から、単離ポリペプチド配列をコードするDNA配列を構築し且つそれらの配列を好適な形質転換宿主において発現させるにまでに及ぶ。一部の実施形態では、DNA配列は組換え技術を用いて、目的の野生型タンパク質をコードするDNA配列を単離又は合成することにより構築される。場合により、部位特異的突然変異誘発によって配列に突然変異を誘発し、その機能性類似体を提供し得る。例えば、Zoeller et al.,Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA 81:5662−5066(1984)及び米国特許第4,588,585号明細書を参照のこと。
実施形態において、目的のポリペプチドをコードするDNA配列は、オリゴヌクレオチドシンセサイザーを使用した化学合成によって構築され得る。かかるオリゴヌクレオチドは、所望のポリペプチドのアミノ酸配列に基づき、且つ目的の組換えポリペプチドを産生する宿主細胞に好ましいコドンを選択して設計することができる。目的の単離ポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド配列の合成には、標準方法を適用し得る。例えば、完全なアミノ酸配列を使用して逆翻訳された遺伝子を構築することができる。さらに、特定の単離ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むDNAオリゴマーを合成することができる。例えば、所望のポリペプチドの一部分をコードするいくつかの小型オリゴヌクレオチドを合成し、次にライゲートすることができる。個々のオリゴヌクレオチドは、典型的には相補的アセンブリのための5’又は3’オーバーハングを含む。
アセンブリ(例えば、合成、部位特異的突然変異誘発、又は別の方法による)の後、目的とする特定の単離ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を発現ベクターに挿入し、場合により所望の宿主でのタンパク質の発現に適切な発現制御配列に動作可能に連結される。アセンブリが適切であることは、ヌクレオチドシーケンシング、制限酵素マッピング、及び好適な宿主における生物学的に活性なポリペプチドの発現によって確認することができる。当該技術分野において周知のとおり、宿主においてトランスフェクト遺伝子の高い発現レベルを達成するため、選択の発現宿主で機能する転写及び翻訳発現制御配列に動作可能を遺伝子に連結することができる。
組換え発現ベクターを使用して、腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドをコードするDNAを増幅し及び発現させてもよい。組換え発現ベクターは複製可能なDNAコンストラクトであり、哺乳類、微生物、ウイルス又は昆虫遺伝子に由来する好適な転写又は翻訳調節エレメントに動作可能に連結された腫瘍特異的ネオ抗原ペプチド又は生物学的に同等な類似体をコードする合成の又はcDNA由来のDNA断片を有する。転写単位は概して、本明細書にさらに詳細に記載するとおり、(1)遺伝子発現において調節的役割を有する1つ又は複数の遺伝子エレメント、例えば転写プロモーター又はエンハンサーと、(2)mRNAに転写され且つタンパク質に翻訳される構造配列又はコード配列と、(3)適切な転写及び翻訳開始及び終結配列とのアセンブリを含む。かかる調節エレメントは、転写を制御するオペレーター配列を含み得る。宿主での複製能(通常は複製起点によって付与される)、及び形質転換体の認識を促進するための選択遺伝子が、さらに組み込まれ得る。DNA領域は、それらが互いに機能的に関係しているとき、動作可能に連結されている。例えば、シグナルペプチド(分泌リーダー)のDNAは、それがポリペプチドの分泌に関与する前駆体として発現する場合には、ポリペプチドのDNAに動作可能に連結されている;プロモーターは、それが配列の転写を制御する場合には、コード配列に動作可能に連結されている;又はリボソーム結合部位は、それが翻訳を可能にする位置にある場合には、コード配列に動作可能に連結されている。概して、動作可能に連結されているとは、隣接することを意味し、分泌リーダーの場合には、隣接すること及びリーディングフレームにあることを意味する。酵母発現系での使用が意図される構造エレメントは、宿主細胞による翻訳タンパク質の細胞外分泌を可能にするリーダー配列を含む。或いは、組換えタンパク質がリーダー配列又は輸送配列なしに発現する場合、それはN末端メチオニン残基を含み得る。場合により、発現した組換えタンパク質からこの残基が続いて切断されることで、最終産物がもたらされ得る。
真核生物宿主、特に哺乳動物又はヒトに有用な発現ベクターとしては、例えば、SV40、ウシパピローマウイルス、アデノウイルス及びサイトメガロウイルス由来の発現制御配列を含むベクターが挙げられる。細菌宿主に有用な発現ベクターとしては、公知の細菌プラスミド、例えば、pCR 1、pBR322、pMB9を含む大腸菌(Escherichia coli)由来のプラスミド及びそれらの誘導体、より広い宿主域のプラスミド、例えばM13及び繊維状一本鎖DNAファージが挙げられる。
ポリペプチドの発現に好適な宿主細胞としては、適切なプロモーターの制御下にある原核細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は高等真核細胞が挙げられる。原核生物には、グラム陰性生物又はグラム陽性生物、例えば大腸菌(E.coli)又はバチルス属(Bacilli)が含まれる。高等真核細胞には、哺乳類起源の樹立細胞株が含まれる。無細胞翻訳系もまた用いることができる。細菌、真菌、酵母、及び哺乳類細胞宿主での使用に適切なクローニング及び発現ベクターは、当該技術分野において周知されている(Pouwels et al.,Cloning Vectors:A Laboratory Manual,Elsevier,N.Y.,1985を参照)。
様々な哺乳類又は昆虫細胞培養系もまた、有利には組換えタンパク質を発現させるために用いられる。哺乳類細胞における組換えタンパク質の発現は、かかるタンパク質が概して正しく折り畳まれ、適切に修飾され、且つ完全に機能性であるため、実施することができる。好適な哺乳類宿主細胞系の例としては、Gluzman(Cell 23:175,1981)によって記載されるサル腎細胞のCOS−7系、並びに適切なベクターの発現能を有する他の細胞系、例えば、L細胞、C127、3T3、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)、293、HeLa及びBHK細胞系が挙げられる。哺乳類発現ベクターは非転写エレメント、例えば、複製起点、発現させる遺伝子に連結される好適なプロモーター及びエンハンサー、並びに他の5’又は3’フランキング非転写配列、及び5’又は3’非翻訳配列、例えば必須リボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライス供与・受容部位、及び転写終結配列を含み得る。昆虫細胞において異種タンパク質を産生するためのバキュロウイルスシステムが、Luckow and Summers,Bio/Technology 6:47(1988)によってレビューされている。
形質転換宿主により産生されたタンパク質は、任意の好適な方法により精製することができる。かかる標準方法には、クロマトグラフィー(例えば、イオン交換、アフィニティー及びサイズ排除カラムクロマトグラフィーなど)、遠心、溶解度差、又は任意の他の標準的なタンパク質精製技法によることが含まれる。アフィニティータグ、例えば、ヘキサヒスチジン、マルトース結合ドメイン、インフルエンザコート配列、グルタチオン−S−トランスフェラーゼなどをタンパク質に結合させると、適切なアフィニティーカラムに通すことによる容易な精製が可能となり得る。単離されたタンパク質はまた、タンパク質分解、核磁気共鳴及びX線結晶学などの技法を用いて物理的に特徴付けることができる。
例えば、組換えタンパク質を培養培地中に分泌するシステムからの上清を、初めに、市販のタンパク質濃縮フィルタ、例えばAmicon又はMillipore Pellicon限外ろ過ユニットを使用して濃縮することができる。濃縮ステップの後、濃縮物を好適な精製マトリックスに加えることができる。或いは、陰イオン交換樹脂、例えばペンダントジエチルアミノエチル(DEAE)基を有するマトリックス又は基質を用いることができる。マトリックスは、アクリルアミド、アガロース、デキストラン、セルロース又はタンパク質精製において一般的に用いられる他の種類であってもよい。或いは、陽イオン交換ステップを用いることができる。好適な陽イオン交換体としては、スルホプロピル基又はカルボキシメチル基を含む様々な不溶性マトリックスが挙げられる。最後に、疎水性RP−HPLC媒体、例えばペンダントメチル基又は他の脂肪族基を有するシリカゲルを用いる1つ以上の逆相高速液体クロマトグラフィー(RP−HPLC)ステップを用いて癌幹細胞タンパク質−Fc組成物をさらに精製することができる。前述の精製ステップの一部又は全てを様々な組み合わせで用いて均一な組換えタンパク質を提供することもできる。
細菌培養物において産生された組換えタンパク質は、例えば、初めに細胞ペレットから抽出し、続いて1回以上濃縮し、塩析し、水溶性イオン交換又はサイズ排除クロマトグラフィーステップを行うことにより単離し得る。最終的な精製ステップには高速液体クロマトグラフィー(HPLC)が用いられてもよい。組換えタンパク質の発現に用いられる微生物細胞は、凍結融解サイクリング、音波処理、機械的破壊、又は細胞溶解剤の使用を含む任意の好都合な方法によって破壊することができる。
インビボペプチド/ポリペプチド合成
本発明はまた、ネオ抗原ペプチド/ポリペプチドをそれを必要としている対象に例えばDNA/RNAワクチンの形態でインビボで送達するための媒体としての核酸分子の使用も企図する(例えば、本明細書によって全体として参照により援用される国際公開第2012/159643号パンフレット、及び国際公開第2012/159754号パンフレットを参照)。
一実施形態において、ネオ抗原は、それを必要としている患者にプラスミドを使用して投与され得る。これらは、通常は強力なウイルスプロモーターからなって目的の遺伝子(又は相補DNA)のインビボ転写及び翻訳を駆動するプラスミドである(Mor,et al.,(1995).The Journal of Immunology 155(4):2039−2046)。時に、mRNA安定性を改善し、ひいてはタンパク質発現を増加させるため、イントロンAが含まれ得る(Leitner et al.(1997).The Journal of Immunology 159(12):6112−6119)。プラスミドはまた、ウシ成長ホルモン又はウサギβ−グロブリンポリアデニル化配列などの強力なポリアデニル化/転写終結シグナルも含む(Alarcon et al.,(1999).Adv.Parasitol.Advances in Parasitology 42:343−410;Robinson et al.,(2000).Adv.Virus Res.Advances in Virus Research 55:1−74;Boehmet al.,(1996).Journal of Immunological Methods 193(1):29−40)。時に、2つ以上の免疫原を発現させるため、又は免疫原と免疫刺激性タンパク質とを発現させるため、マルチシストロンベクターが構築される(Lewis et al.,(1999).Advances in Virus Research(Academic Press)54:129−88)。
プラスミドは、免疫原がそこから発現する「媒体」であるため、タンパク質発現が最大となるようにベクター設計を最適化することは必須である(Lewis et al.,(1999).Advances in Virus Research(Academic Press)54:129−88)。タンパク質発現を増強する一つの方法は、病原性mRNAのコドン使用頻度を真核細胞に対して最適化することによる。別の考慮すべき点は、プロモーターの選択である。かかるプロモーターはSV40プロモーター又はラウス肉腫ウイルス(RSV)であり得る。
プラスミドは、幾つもの異なる方法によって動物組織に導入し得る。2つの最も一般的な手法は、標準的な皮下針を使用した生理食塩水中のDNAの注射、及び遺伝子銃送達である。DNAワクチンプラスミドの構築及び続くこれらの2つの方法による宿主へのその送達に関する基本的な概略が、Scientific American(Weiner et al.,(1999)Scientific American 281(1):34−41)に示される。生理食塩水中での注射は、通常、骨格筋において筋肉内に(IM)行われるか、又は皮内に(ID)行われ、DNAは細胞外間隙に送達される。これは電気穿孔によるか、ブピバカインなどのミオトキシンで筋繊維に一時的に損傷を与えることによるか;又は生理食塩水若しくはショ糖の高張液を使用することにより補助し得る(Alarcon et al.,(1999).Adv.Parasitol.Advances in Parasitology 42:343−410)。この送達方法に対する免疫応答は、針の種類、針の位置合わせ、注射速度、注射容積、筋肉型、並びに注射を受ける動物の年齢、性別及び生理的条件を含め、多くの要因の影響を受け得る(Alarcon et al.,(1999).Adv.Parasitol.Advances in Parasitology 42:343−410)。
もう一つの一般的に用いられる送達方法である遺伝子銃送達は、金又はタングステンマイクロパーティクル上に吸着させたプラスミドDNA(pDNA)を、加速剤として圧縮ヘリウムを使用して弾道学的に加速させて標的細胞に入れ込む(Alarcon et al.,(1999).Adv.Parasitol.Advances in Parasitology 42:343−410;Lewis et al.,(1999).Advances in Virus Research(Academic Press)54:129−88)。
代替的な送達方法としては、鼻粘膜及び肺粘膜などの粘膜表面に対するネイキッドDNAのエアロゾル滴下(Lewis et al.,(1999).Advances in Virus Research(Academic Press)54:129−88)、並びに眼及び腟粘膜に対するpDNAの局所投与(Lewis et al.,(1999)Advances in Virus Research(Academic Press)54:129−88)を挙げることができる。粘膜表面送達はまた、カチオン性リポソーム−DNA調製物、生分解性ミクロスフェア、腸粘膜に対する経口投与用の弱毒化シゲラ(Shigella)又はリステリア(Listeria)ベクター、及び組換えアデノウイルスベクターを使用しても達成されている。DNA又はRNAを、細胞を一次的に透過性にする細胞膜の軽度な機械的破壊の後に細胞に送達することもできる。そのような膜の軽度な機械的破壊を、小さい開口を介して細胞を穏やかに押し出すことにより達成することができる(「免疫細胞への機能的巨大分子のエキソビボ細胞質送達(Ex Vivo Cytosolic Delivery of Functional Macromolecules to Immune Cells)」,Sharei et al,PLOS ONE|DOI:10.1371/journal.pone.0118803 April 13,2015)。
有効な免疫応答を生じさせるために必要なDNAの用量は送達方法によって決まる。生理食塩水注射では10μg〜1mgの様々な量のDNAが必要となるが、遺伝子銃送達では有効な免疫応答を生じさせるために筋肉内生理食塩水注射の100〜1000分の1のDNAでよい。概して、0.2μg〜20μgが必要であり、しかしながら16ng程の少ない分量も報告されている。これらの分量は種毎に異なり、例えばマウスで必要なDNAは霊長類の約10分の1である。生理食塩水注射では、DNAが標的組織の細胞外間隙(通常は筋肉)に送達され、そこで細胞によって取り込まれる前に物理的障壁(少し例を挙げるだけでも、基底膜及び大量の結合組織など)を乗り越えなければならないため、より多くのDNAが必要であるが、遺伝子銃送達では、DNAが細胞に直接撃ち込まれ、従って「無駄」は少なくなる(例えば、Sedegah et al.,(1994).Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 91(21):9866−9870;Daheshiaet al.,(1997).The Journal of Immunology 159(4):1945−1952;Chen et al.,(1998).The Journal of Immunology 160(5):2425−2432;Sizemore(1995)Science 270(5234):299−302;Fynan et al.,(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.90(24):11478−82を参照)。
一実施形態において、新生物ワクチン又は免疫原性組成物は、例えば本発明に従い同定されるとおりの1つ以上のネオ抗原ペプチド/ポリペプチドをコードする別個のDNAプラスミドを含み得る。本明細書において考察するとおり、発現ベクターの正確な選択は、発現させるペプチド/ポリペプチドに依存することができ、十分に当業者の技術の範囲内である。DNAコンストラクト(例えば、筋細胞においてエピソーム性、非複製、非組込み形態のもの)の予想される持続性が、防御期間の増加をもたらすと予想される。
本発明の1つ以上のネオ抗原ペプチドは、ウイルスベースのシステム(例えば、アデノウイルスシステム、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター、ポックスウイルス、又はレンチウイルス)を使用してインビボでコードされ及び発現してもよい。一実施形態において、新生物ワクチン又は免疫原性組成物は、例えばアデノウイルスなど、それを必要としているヒト患者で使用されるウイルスベースのベクターを含み得る(例えば、Baden et al.「組換えアデノウイルス血清型26型HIV−1 Envワクチン(IPCAVD 001)の安全性及び免疫原性のファースト・イン・ヒューマン評価(First−in−human evaluation of the safety and immunogenicity of a recombinant adenovirus serotype 26 HIV−1 Env vaccine(IPCAVD 001))」.J Infect Dis.2013 Jan 15;207(2):240−7(本明細書によって全体として参照により援用される)を参照)。アデノ随伴ウイルス、アデノウイルス、及びレンチウイルス送達に使用することのできるプラスミドは、以前記載されている(例えば、米国特許第6,955,808号明細書及び同第6,943,019号明細書、及び米国特許出願公開第20080254008号明細書(本明細書によって参照により援用される)を参照)。
本発明のペプチド及びポリペプチドを、ベクター、例えば、本明細書において考察する核酸分子、例えばRNA又はDNAプラスミド、ウイルスベクター、例えばポックスウイルス、例えばオルソポックスウイルス、アビポックスウイルス、又はアデノウイルス、AAV又はレンチウイルスにより発現させることもできる。この手法は、本発明のペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現させるためのベクターの使用を伴う。急性的若しくは慢性的に感染させた宿主又は非感染宿主に導入すると、ベクターが免疫原性ペプチドを発現し、従って宿主CTL応答が誘発される。
本発明の実施において使用し得るベクターの中でも、レトロウイルス遺伝子導入方法では細胞の宿主ゲノムに組込みが可能であり、多くの場合に、挿入されたトランス遺伝子の長期発現をもたらす。好ましい実施形態において、レトロウイルスはレンチウイルスである。加えて、多くの異なる細胞型及び標的組織において高い形質導入効率が観察されている。レトロウイルスの向性は外来性エンベロープタンパク質を導入して変えることができ、標的細胞の潜在的な標的集団を拡大し得る。レトロウイルスはまた、挿入されたトランス遺伝子の条件付き発現が可能となるように操作することもでき、従って特定の細胞型のみをレンチウイルスに感染させ得る。細胞型特異的プロモーターを使用して特定の細胞型における発現を標的化することができる。レンチウイルスベクターはレトロウイルスベクターである(ひいては本発明の実施においてはレンチウイルスベクター及びレトロウイルスベクターの両方を使用し得る)。さらに、レンチウイルスベクターは、非分裂細胞を形質導入し又は感染させることが可能であり、且つ典型的には高ウイルス価を生じるため好ましい。従ってレトロウイルス遺伝子導入システムの選択は、標的組織に依存し得る。レトロウイルスベクターは、最大6〜10kbの外来配列のパッケージング能力を有するシス作用性長末端反復配列を含む。ベクターの複製及びパッケージングには最小限のシス作用性LTRが十分であり、次にはこれを使用して所望の核酸を標的細胞に組み込むと、永続的な発現がもたらされる。本発明の実施において使用し得る広く用いられているレトロウイルスベクターとしては、マウス白血病ウイルス(MuLV)、テナガザル白血病ウイルス(GaLV)、サル免疫不全ウイルス(SIV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)をベースとするもの、及びそれらの組み合わせが挙げられる(例えば、Buchscher et al.,(1992)J.Virol.66:2731−2739;Johann et al.,(1992)J.Virol.66:1635−1640;Sommnerfelt et al.,(1990)Virol.176:58−59;Wilson et al.,(1998)J.Virol.63:2374−2378;Miller et al.,(1991)J.Virol.65:2220−2224;PCT/US94/05700号明細書を参照)。
また、本発明の実施においては、最小非霊長類レンチウイルスベクター、例えばウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV)をベースとするレンチウイルスベクターも有用である(例えば、Balagaan,(2006)J Gene Med;8:275−285,オンライン発行 21 November 2005 in Wiley InterScience(www.interscience.wiley.com).DOI:10.1002/jgm.845を参照)。このベクターは、標的遺伝子の発現を駆動するサイトメガロウイルス(CMV)プロモーターを有し得る。従って、本発明は、本発明の実施において有用なベクターの中でも特に:レトロウイルスベクター及びレンチウイルスベクターを含むウイルスベクターを企図する。
レンチウイルスベクターはパーキンソン病の処置として開示されており、例えば米国特許出願公開第20120295960号明細書並びに米国特許第7303910号明細書及び同第7351585号明細書を参照されたい。レンチウイルスベクターは脳への送達に関しても開示されており、例えば米国特許出願公開第20110293571号明細書;同第20040013648号明細書、同第20070025970号明細書、同第20090111106号明細書及び米国特許第7259015号明細書を参照されたい。別の実施形態において、レンチウイルスベクターを使用して、疾患のために処置されるものの脳にベクターを送達する。
本発明の実施で有用なレンチウイルスベクターシステムに関しては、米国特許第6428953号明細書、同第6165782号明細書、同第6013516号明細書、同第5994136号明細書、同第6312682号明細書及び同第7,198,784号明細書並びにそれらで引用されている文献で言及されている。
本明細書の一実施形態において、この送達はレンチウイルによる。Zou et al.は、くも膜下腔内カテーテルによって1×10形質導入単位(TU)/mlの力価を有する約10μlの組換えレンチウイルスを投与した。この種の投薬量を、本発明におけるレトロウイル又はレンチウイルスベクターの使用向けに適合させること又は推定することができる。脳等の組織での形質導入のためには、非常に少量の使用が必要であることから、ウイルス調製物を超遠心分離により濃縮する。結果として得られる調製物は、少なくとも10TU/mlを有すべきであり、好ましくは10〜10TU/mlを有すべきであり、より好ましくは少なくとも10TU/mlを有すべきである。限外ろ過又はマトリックスへの結合及びマトリックスからの溶出等の他の濃縮方法を使用してもよい。
他の実施形態において、投与されるレンチウイルスの量は、75kgの平均ヒトの場合の総単回投薬量として、又は対象の体重及びサイズ及び種類に応じて調整された総単回投与量として、1×10若しくは約1×10プラーク形成単位(PFU)、5×10若しくは約5×10PFU、1×10若しくは約1×10PFU、5×10若しくは約5×10PFU、1×10若しくは約1×10PFU、5×10若しくは約5×10PFU、1×10若しくは約1×10PFU、5×10若しくは約5×10PFU、1×10若しくは約1×10PFU、5×10若しくは約5×10PFU、1×1010若しくは約1×1010PFU又は5×1010若しくは約5×1010PFUであることができる。当業者は適切な投薬量を決定することができる。ウイルスの場合の適切な投薬量を経験的に決定することができる。
また、本発明の実施においてはアデノウイルスベクターも有用である。一つの利点は、組換えアデノウイルスがインビトロ及びインビボで種々の哺乳類細胞及び組織において組換え遺伝子を効率的に移入して発現させることが可能で、移入された核酸の高発現をもたらす点である。さらに、静止細胞を生産的に感染させる能力が、組換えアデノウイルスベクターの有用性を広げる。加えて、発現レベルが高く、免疫応答を生じさせるのに十分なレベルの核酸産物の発現が確実となる(例えば、米国特許第7,029,848号明細書(本明細書によって参照により援用される)を参照)。
本発明の実施において有用なアデノウイルスベクターに関しては、米国特許第6,955,808号明細書が言及される。使用されるアデノウイルスベクターを、Ad5、Ad35、Ad11、C6及びC7ベクターからなる群から選択することができる。アデノウイルス5(「Ad5」)ゲノムの配列は公開されている(Chroboczek,J.,Bieber,F.,and Jacrot,B.(1992)「アデノウイルス5型のゲノムの配列及びそのアデノウイルス2型のゲノムとの比較(The Sequence of the Genome of Adenovirus Type 5 and Its Comparison with the Genome of Adenovirus Type 2)」,Virology 186,280−285;その内容は本明細書によって参照により援用される)。Ad35ベクターは、米国特許第6,974,695号明細書、同第6,913,922号明細書及び同第6,869,794号明細書に記載されている。Ad11ベクターは米国特許第6,913,922号明細書に記載されている。C6アデノウイルスベクターは、米国特許第6,780,407号明細書;同第6,537,594号明細書;同第6,309,647号明細書;同第6,265,189号明細書;同第6,156,567号明細書;同第6,090,393号明細書;同第5,942,235号明細書及び同第5,833,975号明細書に記載されている。C7ベクターは米国特許第6,277,558号明細書に記載されている。E1欠損若しくは欠失、E3欠損若しくは欠失及び/又はE4欠損若しくは欠失であるアデノウイルスベクターも使用され得る。E1欠損アデノウイルス突然変異体は非許容細胞において複製欠損であるか、或いはごく最低限でも高度に弱毒化されているため、E1領域に突然変異を有する特定のアデノウイルスは安全性マージンが改善されている。E3領域に突然変異を有するアデノウイルスは、アデノウイルスがMHCクラスI分子を下方調節する機構の破壊によって免疫原性が増強されている場合がある。E4突然変異を有するアデノウイルスは、後期遺伝子発現の抑制に起因して低いアデノウイルスベクターの免疫原性を有することができる。そのようなベクターは、同じベクターを利用した反復的な再ワクチン接種が所望される場合に特に有用であることができる。E1、E3、E4、E1及びE3、並びにE1及びE4が欠失した又は突然変異したアデノウイルスベクターを、本発明に従って使用することができる。さらに、全てのウイルス遺伝子が欠失している「ガットレス(gutless)」アデノウイルスベクターも、本発明に従って使用することができる。そのようなベクターは、その複製にヘルパーウイルスを必要とし、且つ天然の環境には存在しない条件であるE1a及びCreの両方を発現する特定のヒト293細胞株を必要とする。そのような「ガットレス」ベクターは非免疫原性であり、従ってこのベクターは再ワクチン接種のため複数回接種され得る。「ガットレス」アデノウイルスベクターを、本発明のトランス遺伝子等の異種インサート/遺伝子の挿入に使用することができ、さらには、多数の異種インサート/遺伝子の共送達に使用することができる。
本明細書のある実施形態において、送達はアデノウイルスを介し、アデノウイルスは、少なくとも1×10粒子(粒子単位、puとも称される)のアデノウイルスベクターを含有する単一ブースター用量であり得る。本明細書のある実施形態において、用量は、好ましくは少なくとも約1×10粒子(例えば、約1×10〜1×1012粒子)、より好ましくは少なくとも約1×10粒子、より好ましくは少なくとも約1×10粒子(例えば、約1×10〜1×1011粒子又は約1×10〜1×1012粒子)、及び最も好ましくは少なくとも約1×10粒子(例えば、約1×10〜1×1010粒子又は約1×10〜1×1012粒子)、又はさらには少なくとも約1×1010粒子(例えば、約1×1010〜1×1012粒子)のアデノウイルスベクターである。或いは、用量は、約1×1014粒子以下、好ましくは約1×1013粒子以下、さらにより好ましくは約1×1012粒子以下、さらにより好ましくは約1×1011粒子以下、及び最も好ましくは約1×1010粒子以下(例えば、約1×10粒子(articles)以下)を含む。従って、用量は、例えば、約1×10粒子単位(pu)、約2×10pu、約4×10pu、約1×10pu、約2×10pu、約4×10pu、約1×10pu、約2×10pu、約4×10pu、約1×10pu、約2×10pu、約4×10pu、約1×1010pu、約2×1010pu、約4×1010pu、約1×1011pu、約2×1011pu、約4×1011pu、約1×1012pu、約2×1012pu、又は約4×1012puのアデノウイルスベクターを有する単一用量のアデノウイルスベクターを含み得る。例えば、2013年6月4日に付与されたNabel,et.al.に対する米国特許第8,454,972 B2号明細書(参照によって本明細書に援用される)のアデノウイルスベクター、及びその第29欄36〜58行にある投薬量を参照のこと。本明細書のある実施形態において、アデノウイルスは複数回用量で送達される。
インビボ送達の観点では、AAVは宿主ゲノムに組み込まれないため毒性が低く、且つ挿入突然変異誘発を引き起こす可能性が低いことが理由で、他のウイルスベクターと比べて有利である。AAVはパッケージング限界が4.5又は4.75Kbである。コンストラクトが4.5又は4.75Kbより大きいと、ウイルス産生が大幅に低下する。核酸分子発現の駆動に使用することのできるプロモーターが多数ある。AAV ITRはプロモーターとして働くことができ、追加のプロモーターエレメントの必要性がないため有利である。遍在的な発現には、以下のプロモーターを使用することができる:CMV、CAG、CBh、PGK、SV40、フェリチン重鎖又は軽鎖等。脳での発現には、以下のプロモーターを使用することができる:あらゆるニューロンに対するシナプシンI、興奮性ニューロンに対するCaMKIIα、GABA作動性ニューロンに対するGAD67又はGAD65又はVGAT等。RNA合成の駆動に使用されるプロモーターとしては、U6又はH1などのPol IIIプロモーターを挙げることができる。ガイドRNA(gRNA)の発現に、Pol IIプロモーター及びイントロンカセットを使用することができる。
本発明の実施において有用なAAVベクターに関しては、米国特許第5658785号明細書、同第7115391号明細書、同第7172893号明細書、同第6953690号明細書、同第6936466号明細書、同第6924128号明細書、同第6893865号明細書、同第6793926号明細書、同第6537540号明細書、同第6475769号明細書及び同第6258595号明細書、並びにこれらの明細書で引用された文献が言及される。
AAVに関して、AAVはAAV1、AAV2、AAV5又はそれらの任意の組み合わせであってもよい。AAVは、標的とする細胞に関連して選択することができる;例えば、脳又は神経細胞の標的化には、AAV血清型1、2、5又はハイブリッドカプシドAAV1、AAV2、AAV5又はそれらの任意の組み合わせを選択することができ;及び心臓組織の標的化には、AAV4を選択することができる。AAV8は肝臓への送達に有用である。上記のプロモーター及びベクターは、個々に好ましい。
本明細書のある実施形態において、送達はAAVを介する。ヒトに対するAAVのインビボ送達の治療上有効な投薬量は、約1×1010〜約1×1050個の機能性AAV/ml溶液を含有する約20〜約50mlの範囲の生理食塩水であると考えられる。投薬量は、治療利益と任意の副作用との均衡をとるように調整され得る。本明細書のある実施形態において、AAV用量は、概して約1×10〜1×1050ゲノムAAV、約1×10〜1×1020ゲノムAAV、約1×1010〜約1×1016ゲノム、又は約1×1011〜約1×1016ゲノムAAVの濃度範囲にある。ヒト投薬量は約1×1013ゲノムAAVであり得る。かかる濃度は、約0.001ml〜約100ml、約0.05〜約50ml、又は約10〜約25mlの担体溶液で送達され得る。好ましい実施形態において、約2×1013ウイルスゲノム/ミリリットルの力価のAAVが使用され、マウスの線条体半球の各々が1回の500ナノリットル注射を受ける。他の有効な投薬量は、当業者であれば用量反応曲線を作成する常法の試験によって容易に確立することができる。例えば、2013年3月26日に付与されたHajjar,et al.に対する米国特許第8,404,658 B2号明細書、第27欄45〜60行を参照のこと。
別の実施形態において、新生物ワクチン又は免疫原性組成物に対する細胞性免疫応答の有効な活性化は、非病原性微生物においてワクチン又は免疫原性組成物中の関連性のあるネオ抗原が発現することによって実現し得る。かかる微生物の周知されている例は、ウシ型結核菌(Mycobacterium bovis)BCG、サルモネラ属(Salmonella)及びシュードモナス属(Pseudomona)である(米国特許第6,991,797号明細書(本明細書によって全体として参照により援用される)を参照)。
別の実施形態では、新生物ワクチン又は免疫原性組成物にポックスウイルスが使用される。ポックスウイルスには、オルトポックスウイルス、アビポックス、ワクシニア、MVA、NYVAC、カナリア痘、ALVAC、鶏痘、TROVAC等が含まれる(例えば、Verardiet al.,Hum Vaccin Immunother.2012 Jul;8(7):961−70;及びMoss,Vaccine.2013;31(39):4220−4222を参照)。ポックスウイルス発現ベクターは1982年に報告され、すぐにワクチン開発並びに数多くの分野の研究で広く使用されるようになった。このベクターの利点としては、簡単な構築、多量の外来DNAを収容する能力、及び高い発現レベルが挙げられる。
本発明の実施において使用し得るポックスウイルス、例えば、とりわけ、チョルドポックスウイルス亜科(Chordopoxvirinae)ポックスウイルス(脊椎動物のポックスウイルス)、例えば、オルソポックスウイルス及びアビポックスウイルス、例えばワクシニアウイルス(例えば、ワイス株、WR株(例えば、ATCC(登録商標)VR−1354)、コペンハーゲン株、NYVAC、NYVAC.1、NYVAC.2、MVA、MVA−BN)、カナリア痘ウイルス(例えば、ホイートリーC93株、ALVAC)、鶏痘ウイルス(例えば、FP9株、ウェブスター株、TROVAC)、鳩痘(dovepox)、鳩痘(pigeonpox)、ウズラ痘、及びアライグマ痘、その合成の又は天然に存在しない組換え体、その使用、並びにそのような組換え体の作製及び使用方法に関する情報は、以下などの科学文献及び特許文献に見出され得る:
・米国特許第4,603,112号明細書、同第4,769,330号明細書、同第5,110,587号明細書、同第5,174,993号明細書、同第5,364,773号明細書、同第5,762,938号明細書、同第5,494,807号明細書、同第5,766,597号明細書、同第7,767,449号明細書、同第6,780,407号明細書、同第6,537,594号明細書、同第6,265,189号明細書、同第6,214,353号明細書、同第6,130,066号明細書、同第6,004,777号明細書、同第5,990,091号明細書、同第5,942,235号明細書、同第5,833,975,5号明細書、同第766,597号明細書、同第5,756,101号明細書、同第7,045,313号明細書、同第6,780,417号明細書、同第8,470,598号明細書、同第8,372,622号明細書、同第8,268,329号明細書、同第8,268,325号明細書、同第8,236,560号明細書、同第8,163,293号明細書、同第7,964,398号明細書、同第7,964,396号明細書、同第7,964,395号明細書、同第7,939,086号明細書、同第7,923,017号明細書、同第7,897,156号明細書、同第7,892,533号明細書、同第7,628,980号明細書、同第7,459,270号明細書、同第7,445,924号明細書、同第7,384,644号明細書、同第7,335,364号明細書、同第7,189,536号明細書、同第7,097,842号明細書、同第6,913,752号明細書、同第6,761,893号明細書、同第6,682,743号明細書、同第5,770,212号明細書、同第5,766,882号明細書、及び同第5,989,562号明細書、及び
・Panicali,D.Proc.Natl.Acad.Sci.1982;79;4927−493,Panicali D.Proc.Natl.Acad.Sci.1983;80(17):5364−8,Mackett,M.Proc.Natl.Acad.Sci.1982;79:7415−7419,Smith GL.Proc.Natl.Acad.Sci.1983;80(23):7155−9,Smith GL.Nature 1983;302:490−5,Sullivan VJ.Gen.Vir.1987;68:2587−98,Perkus M Journal of Leukocyte Biology 1995;58:1−13,Yilma TD.Vaccine 1989;7:484−485,Brochier B.Nature 1991;354:520−22,Wiktor,TJ.Proc.Natl Acd.Sci.1984;81:7194−8,Rupprecht,CE.Proc.Natl Acd.Sci.1986;83:7947−50,Poulet,H Vaccine 2007;25(Jul):5606−12,Weyer J.Vaccine 2009;27(Nov):7198−201,Buller,RM Nature 1985;317(6040):813−5,Buller RM.J.Virol.1988;62(3):866−74,Flexner,C.Nature 1987;330(6145):259−62,Shida,H.J.Virol.1988;62(12):4474−80,Kotwal,GJ.J.Virol.1989;63(2):600−6,Child,SJ.Virology 1990;174(2):625−9,Mayr A.Zentralbl Bakteriol 1978;167(5,6):375−9,Antoine G.Virology.1998;244(2):365−96,Wyatt,LS.Virology 1998;251(2):334−42,Sancho,MC.J.Virol.2002;76(16);8313−34,Gallego−Gomez,JC.J.Virol.2003;77(19);10606−22),Goebel SJ.Virology 1990;(a,b)179:247−66,Tartaglia,J.Virol.1992;188(1):217−32,Najera JL.J.Virol.2006;80(12):6033−47,Najera,JL.J.Virol.2006;80:6033−6047,Gomez,CE.J.Gen.Virol.2007;88:2473−78,Mooij,P.Jour.Of Virol.2008;82:2975−2988,Gomez,CE.Curr.Gene Ther.2011;11:189−217,Cox,W.Virology 1993;195:845−50,Perkus,M.Jour.Of Leukocyte Biology 1995;58:1−13,Blanchard TJ.J Gen Virology 1998;79(5):1159−67,Amara R.Science 2001;292:69−74,Hel,Z.,J.Immunol.2001;167:7180−9,Gherardi MM.J.Virol.2003;77:7048−57,Didierlaurent,A.Vaccine 2004;22:3395−3403,Bissht H.Proc.Nat.Aca.Sci.2004;101:6641−46,McCurdy LH.Clin.Inf.Dis 2004;38:1749−53,Earl PL.Nature 2004;428:182−85,Chen Z.J.Virol.2005;79:2678−2688,Najera JL.J.Virol.2006;80(12):6033−47,Nam JH.Acta.Virol.2007;51:125−30,Antonis AF.Vaccine 2007;25:4818−4827,B Weyer J.Vaccine 2007;25:4213−22,Ferrier−Rembert A.Vaccine 2008;26(14):1794−804,Corbett M.Proc.Natl.Acad.Sci.2008;105(6):2046−51,Kaufman HL.,J.Clin.Oncol.2004;22:2122−32,Amato,RJ.Clin.Cancer Res.2008;14(22):7504−10,Dreicer R.Invest New Drugs 2009;27(4):379−86,Kantoff PW.J.Clin.Oncol.2010,28,1099−1105,Amato RJ.J.Clin.Can.Res.2010;16(22):5539−47,Kim,DW.Hum.Vaccine.2010;6:784−791,Oudard,S.Cancer Immunol.Immunother.2011;60:261−71,Wyatt,LS.Aids Res.Hum.Retroviruses.2004;20:645−53,Gomez,CE.Virus Research 2004;105:11−22,Webster,DP.Proc.Natl.Acad.Sci.2005;102:4836−4,Huang,X.Vaccine 2007;25:8874−84,Gomez,CE.Vaccine 2007a;25:2863−85,Esteban M.Hum.Vaccine 2009;5:867−871,Gomez,CE.Curr.Gene therapy 2008;8(2):97−120,Whelan,KT.Plos one 2009;4(6):5934,Scriba,TJ.Eur.Jour.Immuno.2010;40(1):279−90,Corbett,M.Proc.Natl.Acad.Sci.2008;105:2046−2051,Midgley,CM.J.Gen.Virol.2008;89:2992−97,Von Krempelhuber,A.Vaccine 2010;28:1209−16,Perreau,M.J.Of Virol.2011;Oct:9854−62,Pantaleo,G.Curr Opin HIV−AIDS.2010;5:391−396
(この各々が参照により本明細書に援用される)。
別の実施形態では、新生物ワクチン又は免疫原性組成物にワクシニアウイルスを使用してネオ抗原を発現させる(Rolph et al.,「ワクチン及び免疫学的ツールとしての組換えウイルス(Recombinant viruses as vaccines and immunological tools)」.Curr Opin Immunol 9:517−524,1997)。組換えワクシニアウイルスは感染宿主細胞の細胞質内での複製能を有し、従って目的のポリペプチドが免疫応答を誘導し得る。さらに、ポックスウイルスが、免疫細胞、詳細には抗原提示細胞に直接感染することにより主要組織適合遺伝子複合体クラスI経路によって処理するためのコードされた抗原を標的化することが可能であるため、またその自己アジュバント能力のため、ワクチン又は免疫原性組成物ベクターとして広く用いられている。
別の実施形態では、ALVACが新生物ワクチン又は免疫原性組成物におけるベクターとして使用される。ALVACは、外来性トランス遺伝子を発現するように修飾することのできるカナリア痘ウイルスであり、原核生物抗原及び真核生物抗原の両方に対するワクチン接種方法として用いられている(Horig H,Lee DS,Conkright W,et al.「ヒト癌胎児性抗原及びB7.1共刺激分子を発現する組換えカナリア痘ウイルス(ALVAC)ワクチンの第I相臨床試験(Phase I clinical trial of a recombinant canarypoxvirus (ALVAC) vaccine expressing human carcinoembryonic antigen and the B7.1 co−stimulatory molecule)」.Cancer Immunol Immunother 2000;49:504−14;von Mehren M,Arlen P,Tsang KY,et al.「再発性CEA発現腺癌患者における癌胎児性抗原(CEA)及びB7.1トランス遺伝子の両方を含むデュアル遺伝子組換えアビポックスワクチンのパイロットスタディ(Pilot study of a dual gene recombinant avipox vaccine containing both carcinoembryonic antigen (CEA) and B7.1 transgenes in patients with recurrent CEA−expressing adenocarcinomas)」.Clin Cancer Res 2000;6:2219−28;Musey L,Ding Y,Elizaga M,et al.「筋肉内投与したHIV−1ワクチン接種はHIV−1未感染個体において全身及び粘膜T細胞免疫の両方を誘発することができる(HIV−1 vaccination administered intramuscularly can induce both systemic and mucosal T cell immunity in HIV−1−uninfected individuals)」.J Immunol 2003;171:1094−101;Paoletti E.「ワクチン接種に対するポックスウイルスベクターの適用:最新情報(Applications of pox virus vectors to vaccination:an update)」.Proc Natl Acad Sci U S A 1996;93:11349−53;米国特許第7,255,862号明細書)。第I相臨床試験では、腫瘍抗原CEAを発現するALVACウイルスが選択された患者において優れた安全性プロファイルを示し、CEA特異的T細胞応答の増加をもたらした;しかしながら、他覚的臨床反応は観察されなかった(Marshall JL,Hawkins MJ,Tsang KY,et al.「ヒト癌胎児性抗原を発現する複製欠損アビポックス組換えワクチンの癌患者における第I相試験(Phase I study in cancer patients of a replication−defective avipox recombinant vaccine that expresses human carcinoembryonic antigen)」.J Clin Oncol 1999;17:332−7)。
別の実施形態では、改変ワクシニアアンカラ(MVA)ウイルスが、ネオ抗原ワクチン又は免疫原性組成物のウイルスベクターとして用いられ得る。MVAはオルトポックスウイルスファミリーのメンバーであり、ニワトリ胚線維芽細胞でワクシニアウイルスのアンカラ株(CVA)を約570代にわたり連続継代することによって作成されている(レビューは、Mayr,A.,et al.,Infection 3,6−14,1975を参照)。このような継代の結果として、得られるMVAウイルスはCVAと比較して31キロベース少ないゲノム情報を含み、極めて宿主細胞制限的である(Meyer,H.et al.,J.Gen.Virol.72,1031−1038,1991)。MVAは、その極度の弱毒化、即ちビルレンス又は感染能の低下によって特徴付けられ、しかし優れた免疫原性はなおも保持している。種々の動物モデルで試験したとき、免疫抑制個体であってもMVAは無毒性であることが証明された。さらに、MVA−BN(登録商標)−HER2が、HER−2陽性乳癌の治療用に設計された免疫療法薬候補であり、現在、臨床試験中である(Mandl et al.,Cancer Immunol Immunother.Jan 2012;61(1):19−29)。組換えMVAを作製及び使用する方法は記載されている(例えば、米国特許第8,309,098号明細書及び同第5,185,146号明細書(本明細書によってその全体が援用される)を参照)。
別の実施形態では、改変ワクシニアウイルスコペンハーゲン株、NYVAC及びNYVAC変種が、ベクターとして用いられる(米国特許第7,255,862号明細書;国際公開第95/30018号パンフレット;米国特許第5,364,773号明細書及び同第5,494,807号明細書(本明細書によって全体として参照により援用される)を参照)。
一実施形態では、ワクチン又は免疫原性組成物の組換えウイルス粒子が、それを必要としている患者に投与される。発現するネオ抗原の投薬量は、数マイクログラム〜数百マイクログラム、例えば5〜500μgの範囲であり得る。ワクチン又は免疫原性組成物は、そのような投薬量レベルで発現を実現するのに好適な任意の量で投与することができる。ウイルス粒子は少なくとも約103.5pfuの量でそれを必要としている患者に投与され、又は細胞にトランスフェクトされ得る;従って、ウイルス粒子は、好ましくは少なくとも約10pfu〜約10pfuでそれを必要としている患者に投与されるか、又は細胞を感染させ若しくは細胞にトランスフェクトされる;しかしながら、それを必要としている患者に少なくとも約10pfuを投与することができ、より好ましい投与量を少なくとも約10pfu〜約10pfuとし得る。NYVACに関する用量は、ALVAC、MVA、MVA−BN、及びアビポックス、例えばカナリア痘及び鶏痘に関して適用可能である。
ワクチン又は免疫原性組成物アジュバント
有効なワクチン又は免疫原性組成物は、有利には、免疫応答を惹起するため強力なアジュバントを含む。本明細書に記載されるとおり、TLR3アゴニスト並びにMDA5及びRIG3のRNAヘリカーゼドメインであるポリICLCが、ワクチン又は免疫原性組成物アジュバントに望ましい幾つかの特性を示している。それらの特性には、インビボでの免疫細胞の局所及び全身活性化の誘導、刺激ケモカイン及びサイトカインの産生、並びにDCによる抗原提示の刺激が含まれる。さらに、ポリICLCは、ヒトにおいて持続的なCD4+及びCD8+応答を誘導することができる。重要なことに、ポリICLCをワクチン接種した対象と、極めて有効性の高い複製コンピテント黄熱病ワクチンの投与を受けたことがあるボランティアとにおいて、転写経路及びシグナル伝達経路の上方調節の点で顕著な類似性が認められた。さらに、最近の第1相研究では、(Montanideに加えて)NY−ESO−1ペプチドワクチンと組み合わせてポリICLCで免疫した卵巣癌患者の90%超がCD4+及びCD8+ T細胞の誘導並びにペプチドに対する抗体反応を示した。同時に、ポリICLCは現在までに25件を上回る臨床試験で広範に試験されており、比較的安全な毒性プロファイルを呈している。強力且つ特異的な免疫原に加え、ネオ抗原ペプチドはアジュバント(例えばポリICLC)又は別の抗新生物剤と併用し得る。理論によって拘束されるものではないが、これらのネオ抗原は中枢性胸腺トレランスを回避し(従ってより強力な抗腫瘍T細胞応答が可能となる)、一方で自己免疫の可能性を(例えば、正常な自己抗原の標的化を回避することにより)低下させるものと予想される。有効な免疫応答は、有利には免疫系を活性化させるため強力なアジュバントを含む(Speiser and Romero,「癌免疫療法のための分子的に定義されたワクチン、及び防御T細胞免疫(Molecularly defined vaccines for cancer immunotherapy,and protective T cell immunity)」 Seminars in Immunol 22:144(2010))。例えば、Toll様受容体(TLR)が、自然免疫系、次には適応免疫系を有効に誘導する、微生物性及びウイルス性病原体「危険シグナル」の強力なセンサーとして登場している(Bhardwaj and Gnjatic,「TLRアゴニスト:それは優れたアジュバントか?(TLR AGONISTS:Are They Good Adjuvants?)」 Cancer J.16:382−391(2010))。TLRアゴニストの中でも、ポリICLC(合成二本鎖RNA模倣体)は、骨髄由来樹状細胞の最も強力なアクチベータの一つである。ヒトボランティア試験において、ポリICLCは安全で、且つ末梢血細胞において、最も強力な弱毒生ウイルスワクチンの一つである黄熱病ワクチンYF−17Dによって誘導されるものと同等の遺伝子発現プロファイルを誘導することが示されている(Caskey et al,「合成二本鎖RNAはヒトにおいて生菌ウイルスワクチンと同様の自然免疫応答を誘導する(Synthetic double−stranded RNA induces innate immune responses similar to a live viral vaccine in humans)」 J Exp Med 208:2357(2011))。好ましい実施形態において、Oncovir,Incにより調製されるポリICLCのGMP製剤であるHiltonol(登録商標)がアジュバントとして利用される。他の実施形態では、本明細書に記載される他のアジュバントが想定される。例えば、水中油、油中水又は多相W/O/W;例えば、米国特許第7,608,279号明細書及びAucouturier et al,Vaccine 19(2001),2666−2672、及びそれらの引用文献を参照のこと。
適応
本明細書の治療によって治療し得る癌及び癌病態の例としては、限定はされないが、癌である、又は癌の発症リスクがあると診断された、それを必要としている患者が挙げられる。対象は、固形腫瘍、例えば、乳房、卵巣、前立腺、肺、腎臓、胃、結腸、精巣、頭頸部、膵臓、脳、メラノーマ、及び他の組織臓器腫瘍、並びに血液腫瘍、例えば、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、T細胞リンパ性白血病、及びB細胞リンパ腫を含めたリンパ腫及び白血病、脳及び中枢神経系の腫瘍(例えば、髄膜、脳、脊髄、脳神経及び他のCNS部位の腫瘍、例えば、膠芽腫又は髄芽細胞腫);頭部及び/又は頸部癌、乳房腫瘍、循環系の腫瘍(例えば、心臓、縦隔及び胸膜、及び他の胸腔内臓器、血管腫瘍、及び腫瘍関連血管組織);血液及びリンパ系の腫瘍(例えば、ホジキン病、非ホジキン病リンパ腫、バーキットリンパ腫、AIDS関連リンパ腫、悪性免疫増殖性疾患、多発性骨髄腫、及び悪性形質細胞新生物、リンパ性白血病、骨髄性白血病、急性又は慢性リンパ性白血病、単球性白血病、特定の細胞型の他の白血病、不特定細胞型の白血病、リンパ組織、造血組織及び関連組織の不特定の悪性新生物、例えばびまん性大細胞型リンパ腫、T細胞リンパ腫又は皮膚T細胞リンパ腫);排泄系(例えば、腎臓、腎盂、尿管、膀胱、及び他の泌尿器)の腫瘍;胃腸管(例えば、食道、胃、小腸、結腸、結腸直腸、直腸S状結腸移行部、直腸、肛門、及び肛門管)の腫瘍;肝臓及び肝内胆管、胆嚢、及び他の胆道部位、膵臓、及び他の消化器に関わる腫瘍;口腔(例えば、口唇、舌、歯肉、口腔底、口蓋、耳下腺、唾液腺、扁桃腺、中咽頭、鼻咽頭、梨状窩(puriform sinus)、下咽頭、及び他の口腔部位)の腫瘍;生殖器系(例えば、外陰部、腟、子宮頸、子宮、卵巣、及び他の女性生殖器関連部位、胎盤、陰茎、前立腺、精巣、及び他の男性生殖器関連部位)の腫瘍;気道(例えば、鼻腔、中耳、副鼻腔、喉頭、気管、気管支及び肺、例えば小細胞肺癌及び非小細胞肺癌)の腫瘍;骨格系(例えば、体肢、骨関節軟骨及び他の部位の骨及び関節軟骨)の腫瘍;皮膚の腫瘍(例えば、皮膚悪性メラノーマ、非メラノーマ皮膚癌、皮膚基底細胞癌、皮膚扁平上皮癌、中皮腫、カポジ肉腫);及び末梢神経及び自律神経系を含む他の組織、結合組織及び軟部組織、後腹膜(retroperitoneoum)及び腹膜、眼、甲状腺、副腎、並びに他の内分泌腺及び関連構造が関わる腫瘍、リンパ節の二次性及び不特定悪性新生物、呼吸器系及び消化器系の二次性悪性新生物及び他の部位の二次性悪性新生物を有し得る。そのため、本明細書に記載されている対象の集団は、上記の癌のタイプのうちの1つに罹患し得る。他の実施形態において、この対象の集団は、全ての対象が固形腫瘍に罹患していてもよいし、全ての対象が液性腫瘍に罹患していてもよい。
特に、非ホジキンリンパ腫(NHL)、腎明細胞癌(ccRCC)、転移性メラノーマ、肉腫、白血病又は膀胱癌、結腸癌、脳癌、乳癌、頭頸部癌、子宮内膜癌、肺癌、卵巣癌、膵癌又は前立腺癌の治療が興味深い。特定の実施形態において、メラノーマは高リスクメラノーマである。
本明細書に記載される治療を使用して治療することのできる癌には、とりわけ、他の化学療法薬による治療に難治性の症例が含まれ得る。用語「難治性」は、本明細書で使用されるとき、別の化学療法剤による治療後に抗増殖反応を全く又はごく弱くしか示さない(例えば、腫瘍成長の阻害が全く又はごく弱くしかない)癌(及び/又はその転移)を指す。これらは、他の化学療法薬では十分に治療できない癌である。難治性の癌には、(i)患者の治療において1つ以上の化学療法薬が既に不奏効となっている癌のみならず、(ii)他の手段、例えば生検及び化学療法薬の存在下における培養によって難治性であることが示され得る癌もまた包含される。
本明細書に記載される治療はまた、それを必要としている患者であって、これまでに治療を受けたことのない患者の治療にも適用可能である。
本明細書に記載される治療はまた、対象に新生物は検出されないものの疾患再発リスクが高い場合にも適用可能である。
また、自家造血幹細胞移植(AHSCT)を受けたことのあるそれを必要としている患者、詳細には、AHSCTを受けた後に残存疾患を示す患者の治療も特に興味深い。AHSCT後の状況は、少量の残存疾患、恒常性増殖状態に対する免疫細胞の注入、及びいかなる再発を遅延させる標準治療もないことによって特徴付けられる。これらの特徴は、特許請求される新生物ワクチン又は免疫原性組成物の組成物を使用して疾患再発を遅延させるまたとない機会を提供する。
医薬組成物/送達方法
本発明はまた、本明細書に記載される1つ以上のネオ抗原ペプチド(その薬学的に許容可能な塩を含む)の有効量を、場合により薬学的に許容可能な担体、賦形剤又は添加剤との組み合わせで含む医薬組成物にも関する。
組み合わせとして投与される場合、治療剤(すなわち、ネオ抗原ペプチド)は、同じ又は異なる時点で投与される別個の組成物として製剤化されてもよく、又は治療剤は単一の組成物として投与されてもよい。
本組成物は、1日1回、1日2回、2日に1回、3日に1回、4日に1回、5日に1回、6日に1回、7日に1回、2週間に1回、3週間に1回、4週間に1回、2ヵ月に1回、6ヵ月に1回、又は1年に1回投与され得る。投与間隔は、個々の患者の必要性に応じて調整することができる。長い投与間隔には、徐放製剤又はデポー製剤を使用することができる。
本発明の組成物は急性の疾患及び疾患病態の治療に使用することができ、また慢性病態の治療にも使用し得る。詳細には、本発明の組成物は、新生物の治療又は予防方法において使用される。特定の実施形態において、本発明の化合物は、2週間、3週間、1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、1年、2年、3年、4年、又は5年、10年、又は15年を超える期間;又は例えば、範囲の下端が14日〜15年の間の任意の期間であり、且つ範囲の上端が15日〜20年の間である日単位、月単位又は年単位の任意の期間範囲(例えば、4週間〜15年、6ヶ月〜20年)にわたり投与される。ある場合には、患者の生涯にわたり本発明の化合物が投与されることが有利であり得る。好ましい実施形態において、患者は疾患又は障害の進行を確認するためモニタされ、それに従い用量が調整される。好ましい実施形態において、本発明に係る治療は、少なくとも2週間、3週間、1ヶ月間、2ヶ月間、3ヶ月間、4ヶ月間、5ヶ月間、6ヶ月間、1年間、2年間、3年間、4年間、又は5年間、10年間、15年間、20年間、又は対象の生涯にわたり有効である。
外科的切除は、手術を使用して縦隔腫瘍、神経原性腫瘍若しくは胚細胞腫瘍又は胸腺腫等の癌の異常組織を除去する。特定の実施形態において、本組成物の投与を腫瘍切除後に開始する。他の実施形態において、新生物ワクチン又は免疫原性組成物の投与を、腫瘍切除の1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15週間後又はそれ以降に開始する。好ましくは、新生物ワクチン又は免疫原性組成物の投与は腫瘍切除の4、5、6、7、8、9、10、11又は12週間後に開始される。
プライム/ブーストレジメンは、ワクチン又は免疫原性若しくは免疫学的組成物の逐次投与を指す。特定の実施形態において、新生物ワクチン又は免疫原性組成物の投与はプライム/ブースト投薬レジメンであり、例えば新生物ワクチン又は免疫原性組成物の投与は、プライミングとしては1週目、2週目、3週目又は4週目であり、及び新生物ワクチン又は免疫原性組成物の投与は、ブーストとしては2ヵ月目、3ヵ月目又は4ヵ月目である。別の実施形態において、異種プライム−ブースト戦略を用いてより高い細胞傷害性T細胞応答が誘発される(Schneider et al.,「異種プライム−ブースト免疫化戦略を用いたCD8+ T細胞の誘導(Induction of CD8+ T cells using heterologous prime−boost immunisation strategies)」,Immunological Reviews Volume 170,Issue 1,pages 29−38,August 1999を参照)。別の実施形態では、ネオ抗原をコードするDNAを使用したプライミングの後に、タンパク質のブーストが続く。別の実施形態では、タンパク質を使用したプライミングの後に、ネオ抗原をコードするウイルスによるブーストが続く。別の実施形態では、ネオ抗原をコードするウイルスを使用してプライミングが行われ、別のウイルスを使用してブーストが行われる。別の実施形態において、タンパク質を使用してプライミングが行われ、DNAを使用してブーストが行われる。好ましい実施形態において、DNAワクチン又は免疫原性組成物を使用してT細胞応答がプライミングされ、組換えウイルスワクチン又は免疫原性組成物を使用してその応答がブーストされる。別の好ましい実施形態において、ウイルスワクチン又は免疫原性組成物はタンパク質又はDNAワクチン又は免疫原性組成物と共投与され、タンパク質又はDNAワクチン又は免疫原性組成物のアジュバントとして働く。次に患者は、ウイルスワクチン又は免疫原性組成物、タンパク質、又はDNAワクチン又は免疫原性組成物のいずれかでブーストされ得る(Hutchings et al.,「タンパク質とウイルスワクチンとの併用は強力な細胞性及び体液性免疫応答並びにマウスマラリア攻撃感染からの防御の増強を誘導する(Combination of protein and viral vaccines induces potent cellular and humoral immune responses and enhanced protection from murine malaria challenge)」.Infect Immun.2007 Dec;75(12):5819−26.Epub 2007 Oct 1を参照)。
医薬組成物は、ヒト及び他の哺乳動物を含めた、それを必要としている患者への投与用医薬剤を作製するための従来の薬学方法に従い処理することができる。
ネオ抗原ペプチドの改変はペプチドの溶解度、バイオアベイラビリティ及び代謝速度に影響を及ぼし、従って活性種の送達の制御をもたらし得る。溶解度は、ネオ抗原ペプチドを調製し、且つ十分に当業者の常法の技術の範囲内にある公知の方法によって試験することにより評価し得る。
本医薬組成物の特定の実施形態において、薬学的に許容可能な担体は水を含む。特定の実施形態において、薬学的に許容可能な担体はデキストロースをさらに含む。特定の実施形態において、薬学的に許容可能な担体はジメチルスルホキシドをさらに含む。特定の実施形態において、本医薬組成物は免疫調節薬又はアジュバントをさらに含む。特定の実施形態において、免疫調節薬(immunodulator)又はアジュバントは、ポリICLC、STINGアゴニスト、1018 ISS、アルミニウム塩、Amplivax、AS15、BCG、CP−870,893、CpG7909、CyaA、dSLIM、GM−CSF、IC30、IC31、イミキモド、ImuFact IMP321、IS Patch、ISS、ISCOMATRIX、JuvImmune、LipoVac、MF59、モノホスホリルリピドA、Montanide IMS 1312、Montanide ISA 206、Montanide ISA 50V、Montanide ISA−51、OK−432、OM−174、OM−197−MP−EC、ONTAK、PEPTEL、ベクター系、PLGAマイクロパーティクル、レシキモド、SRL172、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、YF−17D、VEGFトラップ、R848、βグルカン、Pam3Cys、及びAquila社のQS21 stimulonからなる群から選択される。特定の実施形態において、免疫調節薬又はアジュバントはポリICLCを含む。
キサンテノン誘導体、例えば、バジメザン又はAsA404(5,6−ジメチルキサンテノン(dimethylaxanthenone)−4−酢酸(DMXAA)としても知られる)などもまた、本発明の実施形態に係るアジュバントとして用いられ得る。或いは、かかる誘導体はまた、本発明のワクチン又は免疫原性組成物と並行して例えば全身性又は腫瘍内送達を介して投与され、腫瘍部位で免疫を刺激し得る。理論によって拘束されるものではないが、かかるキサンテノン誘導体は、IFN遺伝子刺激因子(STING)受容体を介してインターフェロン(IFN)産生を刺激することにより作用すると考えられる(例えば、Conlon et al.(2013)「マウスSTINGは血管破裂剤5,6−ジメチルキサンテノン−4−酢酸に応答して結合し及びシグナル伝達するが、ヒトSTINGはこれを行わない(Mouse,but not Human STING,Binds and Signals in Response to the Vascular Disrupting Agent 5,6−Dimethylxanthenone−4−Acetic Acid)」,Journal of Immunology,190:5216−25及びKim et al.(2013)「抗癌フラボノイドはマウス選択的STINGアゴニストである(Anticancer Flavonoids are Mouse−Selective STING Agonists)」,8:1396−1401)を参照)。
ワクチン又は免疫学的組成物はまた、アクリル系又はメタクリル系ポリマー及び無水マレイン酸・アルケニル誘導体共重合体から選択されるアジュバント化合物も含み得る。詳細には、それは、アクリル酸又はメタクリル酸が糖又は多価アルコールのポリアルケニルエーテルで架橋されたポリマー(カルボマー)、詳細にはアリルスクロース又はアリルペンタエリスリトールで架橋されたポリマーである。それはまた、無水マレイン酸及びエチレンが例えばジビニルエーテルで架橋された共重合体であってもよい(米国特許第6,713,068号明細書(本明細書によって全体として参照により援用される)を参照)。
特定の実施形態において、pH調整剤は、本明細書に記載されるとおりのアジュバント又は免疫調節薬を安定化させることができる。
特定の実施形態において、医薬組成物は、1つ〜5つのペプチド、ジメチルスルホキシド(DMSO)、デキストロース、水、コハク酸塩、ポリI:ポリC、ポリ−L−リジン、カルボキシメチルセルロース、及び塩化物を含む。特定の実施形態において、1つ〜5つのペプチドの各々は300μg/mlの濃度で存在する。特定の実施形態において、本医薬組成物は≦3体積%のDMSOを含む。特定の実施形態において、本医薬組成物は水中3.6〜3.7%のデキストロースを含む。特定の実施形態において、本医薬組成物は3.6〜3.7mMのコハク酸塩(例えばコハク酸ナトリウム)又はその塩を含む。特定の実施形態において、本医薬組成物は0.5mg/mlのポリI:ポリCを含む。特定の実施形態において、本医薬組成物は0.375mg/mlのポリ−L−リジンを含む。特定の実施形態において、本医薬組成物は1.25mg/mlのカルボキシメチルセルロースナトリウムを含む。特定の実施形態において、本医薬組成物は0.225%の塩化ナトリウムを含む。
医薬組成物は、本明細書に記載される腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドを、本明細書に記載されている疾患及び病態(例えば、新生物/腫瘍)の治療に治療上有効な量で、場合により薬学的に許容可能な添加剤、担体及び/又は賦形剤と組み合わせて含む。当業者は、本開示及び当該技術分野における知識から、本発明に係る1つ以上の化合物の治療有効量が、治療しようとする病態、その重症度、用いられる治療レジメン、使用する薬剤の薬物動態、並びに治療される患者(動物又はヒト)によって異なり得ることを認識するであろう。
本発明に係る医薬組成物を調製するため、本発明に係る化合物の1つ以上の治療有効量は、好ましくは、用量が作製されるように従来の医薬配合技法に従い薬学的に許容可能な担体と徹底的に混合される。担体は、例えば、数ある中でもとりわけ、眼球、経口、局所又は非経口、例えば、ゲル、クリーム、軟膏、ローション及び時限放出植込み型製剤など、投与に望ましい調製形態に応じて多種多様な形態をとり得る。経口剤形として医薬組成物を調製する際には、任意の通常の医薬媒体が用いられ得る。従って、懸濁液、エリキシル剤及び溶液などの液体経口製剤には、水、グリコール、油、アルコール、香味剤、保存剤、着色剤などを含めた好適な担体及び添加剤が用いられ得る。散剤、錠剤、カプセルなどの固形経口製剤には、及び坐薬などの固形製剤には、デンプン、糖担体、例えばデキストロース、マンニトール、ラクトース及び関連する担体、希釈剤、造粒剤、潤滑剤、結合剤、崩壊剤などを含めた好適な担体及び添加剤が用いられ得る。必要であれば、錠剤又はカプセルは腸溶性コーティングされてもよく、又は標準的な技法によって徐放性であってもよい。
活性化合物は、薬学的に許容可能な担体又は希釈剤中に、治療される患者に重大な毒性作用を引き起こすことなしに所望の徴候に治療上有効な量を患者に送達するのに十分な量で含まれる。
経口組成物は、概して不活性希釈剤又は食用担体を含む。経口組成物はゼラチンカプセルに封入されるか又は錠剤に圧縮され得る。経口治療薬投与の目的上、活性化合物又はそのプロドラッグ誘導体は賦形剤と添合され、錠剤、トローチ、又はカプセルの形態で使用され得る。薬剤適合性を有する結合剤、及び/又は補助剤材料が組成物の一部として含まれてもよい。
錠剤、丸薬、カプセル、トローチなどは、以下の成分、又は類似した性質の化合物のいずれかを含有し得る:微結晶性セルロース、トラガカントゴム又はゼラチンなどの結合剤;デンプン又はラクトースなどの賦形剤、アルギン酸又はコーンスターチなどの分散剤;ステアリン酸マグネシウムなどの潤滑剤;コロイド状二酸化ケイ素などの滑剤;スクロース又はサッカリンなどの甘味剤;又はペパーミント、サリチル酸メチル、又はオレンジ香味料などの香味剤。投薬量単位剤形がカプセルである場合、それは、本明細書に記載される材料に加えて、脂肪油などの液体担体を含有し得る。加えて、投薬量単位剤形は、投薬量単位の物理的形態を修飾する様々な他の材料、例えば、糖、シェラック、又は腸溶剤のコーティングを含有し得る。
経口投与に好適な本発明の製剤は、カプセル、カシェ剤又は錠剤など、各々が所定量の活性成分を含有する個別的な単位として;散剤又は顆粒として;水性液体又は非水性液体中の溶液又は懸濁液として;又は水中油型液体エマルション又は油中水型エマルションとして及びボーラスとして等、提供されてもよい。
錠剤は、圧縮又は成形によって、場合により1つ以上の補助成分を伴い作製されてもよい。圧縮錠剤は、散剤又は顆粒などの自由流動形態の活性成分を、場合により結合剤、潤滑剤、不活性希釈剤、保存剤、表面活性剤又は分散剤と混合して、好適な機械で圧縮することにより調製し得る。成形錠剤は、不活性な液体希釈剤で湿らせた粉末状化合物の混合物を好適な機械で成形することにより作製し得る。錠剤は場合によりコーティングされるか又は割線が入れられてもよく、中の活性成分の持続放出又は制御放出を提供するように製剤化されてもよい。
薬学的に活性な成分のかかる持続放出又は制御放出組成物を製剤化する方法は当該技術分野において公知であり、いくつかの交付済み米国特許に記載されており、その一部としては、限定はされないが、米国特許第3,870,790号明細書;同第4,226,859号明細書;同第4,369,172号明細書;同第4,842,866号明細書及び同第5,705,190号明細書(これらの開示は全体として参照により本明細書に援用される)が挙げられる。コーティングは、化合物を腸に送達するために使用することができる(例えば、米国特許第6,638,534号明細書、同第5,541,171号明細書、同第5,217,720号明細書、及び同第6,569,457号明細書、及びこれらに引用される文献を参照のこと)。
活性化合物又はその薬学的に許容可能な塩はまた、エリキシル剤、懸濁液、シロップ、オブラート、チューインガムなどの構成成分として投与されてもよい。シロップは、活性化合物に加えて、甘味剤としてのスクロース又はフルクトース及び特定の保存剤、色素並びに着色料及び香味料を含有し得る。
眼球、非経口、皮内、皮下、又は局所適用に使用される溶液又は懸濁液は以下の構成成分を含み得る:滅菌希釈剤、例えば注入用水、生理食塩溶液、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール又は他の合成溶媒;抗細菌剤、例えばベンジルアルコール又はメチルパラベン;抗酸化剤、例えばアスコルビン酸又は亜硫酸水素ナトリウム;キレート剤、例えばエチレンジアミン四酢酸;緩衝剤、例えば酢酸塩、クエン酸塩又はリン酸塩及び塩化ナトリウム又はデキストロースなどの張性を調整する薬剤。
特定の実施形態において、薬学的に許容可能な担体は、任意選択で追加的な共溶媒を伴う水性溶媒、即ち水を含む溶媒である。例示的な薬学的に許容可能な担体としては、水、緩衝水溶液(リン酸緩衝生理食塩水(PBS)など、及び5%デキストロース水溶液(D5W)が挙げられる。特定の実施形態において、水性溶媒には、例えば約1〜4%、又は1〜3%の量のジメチルスルホキシド(DMSO)がさらに含まれる。特定の実施形態において、薬学的に許容可能な担体は等張性である(即ち、血漿などの体液と実質的に同じ浸透圧を有する)。
一実施形態において、活性化合物は、インプラント及びマイクロカプセル化されたデリバリーシステムを含め、制御放出製剤など、化合物を体内からの急速な排出から保護する担体と共に調製される。エチレン酢酸ビニル、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、ポリ乳酸、及びポリ乳酸−co−グリコール酸(PLGA)などの生分解性生体適合性ポリマーが用いられてもよい。かかる製剤の調製方法は、この開示及び当該技術分野における知識を考慮して当業者の範囲内である。
当業者は、錠剤に加えて、活性成分の持続放出又は制御放出を提供するため他の剤形を製剤化し得ることを、この開示及び当該技術分野における知識から認識する。かかる剤形としては、限定はされないが、カプセル、顆粒及びジェルキャップが挙げられる。
リポソーム懸濁液もまた薬学的に許容可能な担体であり得る。これは当業者に公知の方法により調製することができる。例えば、リポソーム製剤は、適切な1つ又は複数の脂質を無機溶媒中に溶解し、次に溶媒を蒸発させて、容器の表面に乾燥した脂質の薄膜を残すことにより調製し得る。次に容器に活性化合物の水溶液が導入される。次に容器を手で旋回させて容器の側面から脂質材料を遊離させ、脂質凝集物を分散させると、それによりリポソーム懸濁液が形成される。当業者に周知されている他の調製方法もまた、本発明のこの態様で用いることができる。
製剤は、好都合には単位投薬量剤形で提供されてもよく、従来の製薬技法によって調製されてもよい。かかる技法は、活性成分と1つ又は複数の医薬担体又は1つ又は複数の賦形剤とを会合させるステップを含む。一般に、製剤は、活性成分を液体担体と一様に且つ徹底的に会合させることによるか、又は固体担体を微粉化することによるか又は両方により、及び次に、必要であれば生成物を成形することにより調製される。
口内における局所投与に好適な製剤及び組成物には、香味付けされた基剤、通常スクロース及びアカシア又はトラガカント中に成分を含むロゼンジ;ゼラチン及びグリセリンなどの不活性基剤、又はスクロース及びアカシア中に活性成分を含むトローチ;及び投与しようとする成分を好適な液体担体中に含む洗口剤が含まれる。
皮膚への局所投与に好適な製剤は、投与しようとする成分を薬学的に許容可能な担体中に含む軟膏、クリーム、ゲル及びペーストとして提供され得る。好ましい局所デリバリーシステムは、投与しようとする成分を含有する経皮パッチである。
直腸投与用の製剤は、例えばカカオ脂又はサリチル酸塩を含む好適な基剤を伴う坐薬として提供され得る。
担体が固体である場合の経鼻投与に好適な製剤は、例えば20〜500ミクロンの範囲の粒度を有する粗末を含み、これは、嗅薬の投与方法で、即ち鼻に当てるように保持された粉末の容器から鼻道を介して急速吸入することにより投与される。担体が液体である場合の好適な製剤は、例えば鼻腔内スプレーとして又は点鼻液としての投与用液体であり、活性成分の水性又は油性溶液を含む。
腟内投与に好適な製剤は、活性成分に加えて、当該技術分野において適切であることが知られているとおりの担体を含有するペッサリー、タンポン、クリーム、ゲル、ペースト、泡又はスプレー製剤として提供され得る。
非経口製剤は、ガラス製又はプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジ又は頻回用量バイアルに封入され得る。静脈内投与される場合、好ましい担体としては、例えば生理食塩水又はリン酸緩衝生理食塩水(PBS)が挙げられる。
非経口製剤については、担体は通常、滅菌水又は塩化ナトリウム水溶液を含むが、分散を助けるものを含めた他の成分が含まれてもよい。当然ながら、滅菌水が使用され、且つ無菌のまま維持される場合、組成物及び担体もまた滅菌される。また注射用懸濁液が調製されてもよく、この場合、適切な液体担体、懸濁剤などが用いられ得る。
非経口投与に好適な製剤は、抗酸化剤、緩衝剤、静菌剤及び製剤を意図されるレシピエントの血液と等張性にする溶質を含有し得る水性及び非水性滅菌注射溶液;並びに懸濁剤及び増粘剤を含み得る水性及び非水性滅菌懸濁液を含む。これらの製剤は、単位用量又は複数用量容器、例えば密閉されたアンプル及びバイアルで提供されてもよく、使用直前に滅菌液体担体、例えば注射用水の添加のみを必要とするフリーズドライ(凍結乾燥)状態で保存され得る。即時調合注射溶液及び懸濁液は、これまでに記載されている種類の滅菌粉末、顆粒及び錠剤から調製され得る。
活性化合物の投与は連続投与(静脈内点滴)から1日数回の経口投与(例えば、Q.I.D.)にまで及び得るとともに、眼内又は眼球経路を含め、数ある投与経路の中でもとりわけ、経口、局所、眼内又は眼球、非経口、筋肉内、静脈内、皮下、経皮(浸透促進剤を含み得る)、頬側及び坐薬投与を含み得る。
新生物ワクチン又は免疫原性組成物、及び任意の追加の薬剤は、従来の薬学的に許容可能な担体、補助剤、及び媒体を含有する投薬量単位製剤で、注射により、経口的に、非経口的に、吸入スプレーにより、直腸内に、腟内に、又は局所的に投与されてもよい。用語の非経口とは、本明細書で使用されるとき、1つ又は複数のリンパ節内、皮下、静脈内、筋肉内、胸骨内、輸液法、腹腔内、眼又は眼球、硝子体内、頬内、経皮、鼻腔内、頭蓋内及び硬膜内を含む脳内、足首関節、膝関節、股関節、肩関節、肘関節、手首関節を含む関節内、腫瘍内に直接など、及び坐薬形態を含む。
特定の実施形態において、ワクチン又は免疫原性組成物を静脈内又は皮下投与する。目的の部位に主題の組成物を提供するため、注入、カテーテルの使用、トロカール、プロジェクタイル、プルロニックゲル、ステント、持続性薬物放出ポリマー又は内部アクセスを提供する他の装置など、様々な技法を用いることができる。患者から摘出したため臓器又は組織にアクセス可能である場合、かかる臓器又は組織が主題の組成物を含有する媒体浴中に入れられてもよく、主題の組成物が臓器に塗布されてもよく、又は任意の好都合な方法で適用されてもよい。
腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドは、所望の局所的又は全身性生理又は薬理効果の達成において有効な組成物の制御及び持続放出に好適な装置によって投与され得る。この方法は、薬剤の放出が所望される領域に持続放出型薬物送達システムを位置決めするステップと、薬剤を装置から所望の治療領域へと移動させるステップとを含む。
腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドは、少なくとも1つの公知の他の治療剤、又は前記薬剤の薬学的に許容可能な塩と併用して利用されてもよい。併用治療に用いることのできる公知の治療剤の例としては、限定はされないが、コルチコステロイド(例えば、コルチゾン、プレドニゾン、デキサメタゾン)、非ステロイド系抗炎症薬(NSAIDs)(例えば、イブプロフェン、セレコキシブ、アスピリン、インドメタシン(indomethicin)、ナプロキセン)、アルキル化剤、例えば、ブスルファン、シスプラチン、マイトマイシンC、及びカルボプラチン;抗有糸分裂剤、例えば、コルヒチン、ビンブラスチン、パクリタキセル、及びドセタキセル;トポI阻害薬、例えば、カンプトテシン及びトポテカン;トポII阻害薬、例えば、ドキソルビシン及びエトポシド;及び/又はRNA/DNA代謝拮抗薬、例えば、5−アザシチジン、5−フルオロウラシル及びメトトレキサート;DNA代謝拮抗薬、例えば、5−フルオロ−2’−デオキシ−ウリジン、ara−C、ヒドロキシウレア及びチオグアニン;抗体、例えば、HERCEPTIN及びRITUXANが挙げられる。
本明細書に詳細に挙げた成分に加えて、本発明の製剤は、問題の製剤タイプを考慮した当該技術分野における従来の他の薬剤を含み得ることが理解されなければならず、例えば、経口投与に好適なものが香味剤を含み得る。
薬学的に許容可能な塩の形態は、本発明に係る医薬組成物に含めるのに好ましい化学的形態の本発明に係る化合物であり得る。
本化合物又はその誘導体は、これらの薬剤のプロドラッグ形態を含め、薬学的に許容可能な塩の形態で提供されてもよい。本明細書で使用されるとき、用語の薬学的に許容可能な塩又は複合体とは、親化合物の所望の生物学的活性を保持し且つ正常細胞に対して限られた毒性効果を呈する本発明に係る活性化合物の適切な塩又は複合体を指す。かかる塩の非限定的な例は、とりわけ、(a)無機酸(例えば、塩酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸、硝酸など)と形成される酸付加塩、及び酢酸、シュウ酸、酒石酸、コハク酸、リンゴ酸、アスコルビン酸、安息香酸、タンニン酸、パモン酸、アルギン酸、及びポリグルタミン酸などの有機酸と形成される塩;(b)数ある中でもとりわけ、亜鉛、カルシウム、ナトリウム、カリウムなどの金属カチオンと形成される塩基付加塩などである。
本明細書における化合物は市販されており、又は合成することができる。当業者は理解し得るとおり、本明細書の式の化合物を合成するさらなる方法が当業者には明らかである。加えて、様々な合成のステップを別の順番又は順序で実施して所望の化合物を得てもよい。本明細書に記載される化合物の合成において有用な合成化学変換及び保護基の方法論(保護及び脱保護)は当該技術分野において公知であり、例えば、R.Larock,Comprehensive Organic Transformations,2nd.Ed.,Wiley−VCH Publishers(1999);T.W.Greene and P.G.M.Wuts,Protective Groups in Organic Synthesis,3rd.Ed.,John Wiley and Sons(1999);L.Fieser and M.Fieser,Fieser and Fieser’s Reagents for Organic Synthesis,John Wiley and Sons(1999);及びL.Paquette,ed.,Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis,John Wiley and Sons(1995)、及びこれらの続版に記載されるものが含まれる。
本発明の腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドと共に含まれ得るさらなる薬剤は、1つ以上の不斉中心を含有してもよく、従ってラセミ体及びラセミ混合物、単一エナンチオマー、個々のジアステレオマー及びジアステレオマー混合物として存在し得る。これらの化合物のかかる異性体形態は全て、本発明に明示的に含まれる。本発明の化合物はまた、複数の互変異性型で表されてもよく、そのような場合、本発明は、本明細書に記載される化合物の全ての互変異性型を明示的に含む(例えば、環系のアルキル化は複数の部位のアルキル化をもたらすことができ、本発明はかかる反応生成物の全てのを明示的に含む)。かかる化合物の全てのかかる異性体形態が、本発明に明示的に含まれる。本明細書に記載される化合物の全ての結晶形態が、本発明に明示的に含まれる。
投薬量
本明細書に記載される薬剤が医薬品としてヒト又は動物に投与されるとき、それらはそれ自体で投与することも、又は薬学的に許容可能な担体、賦形剤、若しくは希釈剤と組み合わせた活性成分を含有する医薬組成物として投与することもできる。
本発明の医薬組成物中の活性成分の実際の投薬量レベル及び時間的投与経過は、特定の患者、組成物、及び投与方法について、患者に毒性となることなく所望の治療応答を実現するのに有効な活性成分の量が達成されるように変えることができる。概して、本発明の薬剤又は医薬組成物は、新生物、例えば癌又は腫瘍に関連する症状を軽減し又は消失させるのに十分な量で投与される。
薬剤の好ましい用量は、患者が忍容し得る、且つ重篤な又は許容できない副作用を生じない最大量である。例示的用量範囲としては、1日0.01mg〜250mg、1日0.01mg〜100mg、1日1mg〜100mg、1日10mg〜100mg、1日1mg〜10mg、及び1日0.01mg〜10mgが挙げられる。薬剤の好ましい用量は、患者が忍容し得る、且つ重篤な又は許容できない副作用を生じない最大量である。実施形態において、薬剤は、1日体重1キログラム当たり約10マイクログラム〜約100mg、1日約0.1〜約10mg/kg、又は1日約1.0mg〜約10mg/kg体重の濃度で投与される。
実施形態において、医薬組成物は、1〜10mgの範囲の量、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10mgの薬剤を含む。
実施形態において、治療上有効な投薬量は、約0.1ng/ml乃至約50〜100mg/mlの血清中薬剤濃度を生じる。医薬組成物5は、典型的には1日体重1キログラム当たり約0.001mg〜約2000mgの化合物の投薬量を提供しなければならない。例えば、ヒト患者に対する全身投与の投薬量は、1〜10mg/kg、20〜80mg/kg、5〜50μg/kg、75〜150μg/kg、100〜500mg/kg、250〜750mg/kg、500〜1000mg/kg、1〜10mg/kg、5〜50mg/kg、25〜75mg/kg、50〜100mg/kg、100〜250mg/kg、50〜100mg/kg、250〜500mg/kg、500〜750mg/kg、750〜1000mg/kg、1000〜1500mg/kg、10 1500〜2000mg/kgの範囲、5mg/kg、20mg/kg、50mg/kg、100mg/kg、500mg/kg、1000mg/kg、1500mg/kg、又は2000mg/kgであり得る。医薬投薬量単位剤形は、投薬量単位剤形当たり約1mg〜約5000mg、例えば約100〜約2500mgの化合物又は必須成分の組み合わせを提供するように調製される。
実施形態において、約50nM〜約1μMの薬剤が対象に投与される。関連する実施形態において、約50〜100nM、50〜250nM、100〜500nM、250〜500nM、250〜750nM、500〜750nM、500nM〜1μM、又は750nM〜1μMの薬剤が対象に投与される。
有効量の決定は、特に本明細書に提供される詳細な開示を踏まえれば、十分に当業者の能力の範囲内にある。概して、薬剤の効果のある又は有効な量は、初めに低用量の薬剤を投与し、次に治療対象において所望の効果(例えば、ウイルス感染症又は自己免疫疾患に関連する症状の軽減又は消失)が最小の又は許容される毒性の副作用で観察されるまで投与用量又は投薬量を漸増させることにより決定される。本発明の医薬組成物の投与に適切な用量及び投薬スケジュールを決定するために適用可能な方法は、例えば、Goodman and Gilman’s The Pharmacological Basis of Therapeutics,Goodman et al.,eds.,11th Edition,McGraw−Hill 2005、及びRemington:The Science and Practice of Pharmacy,20th and 21st Editions,Gennaro and University of the Sciences in Philadelphia,Eds.,Lippencott Williams & Wilkins(2003及び2005)(これらの各々が本明細書によって参照により援用される)に記載されている。
好ましい単位投薬量製剤は、投与される成分の1日用量又は単位、本明細書に記載されるとおりの、1日サブ用量、又はそれらの適切な割合を含有するものである。
本発明の腫瘍特異的ネオ抗原ペプチド及び/又は本発明の組成物で障害又は疾患を治療するための投薬量レジメンは、疾患のタイプ、患者の年齢、体重、性別、医学的状態、病態の重症度、投与経路、及び用いられる詳細な化合物を含めた種々の要因に基づく。従って、投薬量レジメンは幅広く異なり得るが、標準方法を用いて常法で決定することができる。
対象に投与される量及び投薬レジメンは、投与方法、治療される病態の性質、治療される対象の体重及び処方医師の判断など、多くの要因に依存し得る;かかる要因は全て、この開示及び当該技術分野における知識から当業者の範囲内にある。
本発明に係る治療活性を有する製剤中に含まれる化合物の量は、疾患又は病態の治療に有効な量である。一般に、剤形中における好ましい本化合物の治療有効量は、通常、使用される化合物、治療される病態又は感染及び投与経路に応じて、患者の約0.025mg/kg/日弱〜約2.5g/kg/日、好ましくは約0.1mg/kg/日〜約100mg/kg/日又はそれよりかなり多い範囲であるが、この投薬量範囲の例外が本発明により企図され得る。その最も好ましい形態では、本発明に係る化合物は約1mg/kg/日〜約100mg/kg/日の範囲の量で投与される。化合物の投薬量は、治療される病態、詳細な化合物、及び他の臨床学的因子、例えば患者の体重及び状態並びに化合物の投与経路に依存し得る。本発明はヒト及び家畜の両方への使用に適用を有することが理解されるべきである。
ヒトへの経口投与について、約0.1〜100mg/kg/日、好ましくは約1〜100mg/kg/日の投薬量が概して十分である。
薬物送達が局所的ではなく全身性である場合、この投薬量範囲は、概して患者において約0.04未満〜約400マイクログラム/cc血液又はそれ以上の範囲の活性化合物の有効血中レベル濃度を生じる。化合物は、好都合には、限定はされないが、単位投薬量剤形当たり0.001〜3000mg、好ましくは0.05〜500mgの活性成分を含有するものを含め、任意の好適な単位投薬量剤形で投与される。10〜250mgの経口投薬量が通常好都合である。
特定の例示的実施形態によれば、本ワクチン又は免疫原性組成物は、ネオ抗原ペプチド当たり約10μg〜1mgの用量で投与される。特定の例示的実施形態によれば、本ワクチン又は免疫原性組成物は、ネオ抗原ペプチド当たり約10μg〜2000μgの平均週用量レベルで投与される。
薬物組成物中の活性化合物の濃度は、薬物の吸収、分布、不活性化、及び排泄率並びに当業者に公知の他の要因に依存し得る。投薬量の値はまた、軽減しようとする病態の重症度によっても変わり得ることに留意すべきである。さらに、任意の特定の対象について、具体的な投薬量レジメンは個別の必要性及び組成物投与の投与者又は監督者の専門的な判断に従い時間とともに調整されなければならないこと、及び本明細書に示す濃度範囲は例示に過ぎず、特許請求される組成物の範囲又は実施を限定する意図はないことが理解されるべきである。活性成分は一度に投与されてもよく、又は複数の少量の用量に分割して種々の時間間隔で投与されてもよい。
本発明は、本明細書に記載される少なくとも1つの腫瘍特異的ネオ抗原を含有する医薬組成物を提供する。実施形態において、この医薬組成物は、薬学的に許容可能な担体、賦形剤、又は希釈剤を含有し、これには、それ自体は組成物の投与を受ける対象に有害な免疫応答の発生を引き起こさない、且つ過度の毒性なしに投与され得る任意の医薬品が含まれる。本明細書で使用されるとき、用語「薬学的に許容可能」は、哺乳動物、より詳細にはヒトでの使用について連邦政府若しくは州政府の規制当局によって承認済みであるか、又は米国薬局方、欧州薬局方若しくは他の一般に認められている薬局方に収載されていることを意味する。これらの組成物はウイルス感染症及び/又は自己免疫疾患の治療及び/又は予防に有用であり得る。
薬学的に許容可能な担体、希釈剤、及び他の賦形剤に関する周到な考察が、Remington’s Pharmaceutical Sciences(17th ed.,Mack Publishing Company)及びRemington:The Science and Practice of Pharmacy(21st ed.,Lippincott Williams & Wilkins)(これらは本明細書によって参照により援用される)に提供されている。医薬組成物の配合は投与方法に適していなければならない。実施形態において、医薬組成物はヒトへの投与に好適であり、無菌、粒子状物質不含及び/又は非発熱性であり得る。
薬学的に許容可能な担体、賦形剤、又は希釈剤としては、限定されないが、生理食塩水、緩衝生理食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノール、滅菌等張緩衝水溶液、及びそれらの組み合わせが挙げられる。
湿潤剤、乳化剤及び潤滑剤、例えばラウリル硫酸ナトリウム及びステアリン酸マグネシウム、並びに着色剤、離型剤、コーティング剤、甘味剤、香味剤及び芳香剤、保存剤、及び抗酸化剤もまた組成物中に存在し得る。
薬学的に許容可能な抗酸化剤の例としては、限定はされないが、以下が挙げられる:(1)水溶性抗酸化剤、例えば、アスコルビン酸、塩酸システイン、重硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウムなど;(2)油溶性抗酸化剤、例えば、パルミチン酸アスコルビル、ブチル化ヒドロキシアニソール(BHA)、ブチル化ヒドロキシトルエン(BHT)、レシチン、没食子酸プロピル、α−トコフェロールなど;及び(3)金属キレート剤、例えば、クエン酸、エチレンジアミン四酢酸(EDTA)、ソルビトール、酒石酸、リン酸など。
実施形態において、医薬組成物は、再構成に好適な凍結乾燥粉末などの固体形態、液体溶液、懸濁液、エマルション、錠剤、丸薬、カプセル、持続放出製剤、又は散剤で提供される。
実施形態において、医薬組成物は液体形態で、例えば、医薬組成物中の活性成分の分量及び濃度を指示する密閉容器内に提供される。関連する実施形態では、液体形態の医薬組成物がハーメチックシール容器に提供される。
本発明の医薬組成物を製剤化する方法は従来どおりであり、当該技術分野において周知されている(Remington及びRemington’sを参照)。当業者は、所望の特性(例えば、投与経路、バイオセーフティ、及び放出プロファイル)を有する医薬組成物を容易に製剤化することができる。
医薬組成物の調製方法は、活性成分と薬学的に許容可能な担体、及び場合により1つ以上の補助成分とを会合させるステップを含む。医薬組成物は、活性成分を液体担体と一様に且つ徹底的に会合させることによるか、又は固体担体を微粉化することによるか、又は両方により、及び次に、必要であれば生成物を成形することにより調製し得る。医薬組成物の調製に関するさらなる方法論が、多層剤形の調製を含め、Ansel’s Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems(9th ed.,Lippincott Williams & Wilkins)(本明細書によって参照により援用される)に記載されている。
経口投与に好適な医薬組成物は、カプセル、カシェ剤、丸薬、錠剤、ロゼンジ(香味付けされた基剤、通常スクロース及びアカシア又はトラガカントを使用する)、散剤、顆粒の形態であっても、或いは水性又は非水性液体中の溶液又は懸濁液として、或いは水中油型又は油中水型液体エマルションとして、又はエリキシル剤又はシロップとして、又はトローチとして(ゼラチン及びグリセリンなどの不活性基剤、又はスクロース及びアカシアを使用する)及び/又は洗口剤としての形態などであってもよく、各々が、1つ又は複数の活性成分として本明細書に記載される1つ又は複数の化合物、その誘導体、又はその薬学的に許容可能な塩又はプロドラッグの所定量を含有する。活性成分はまた、ボーラス、舐剤、又はペーストとして投与されてもよい。
経口投与用の固形剤形(例えば、カプセル、錠剤、丸薬、糖衣剤、散剤、顆粒など)では、活性成分は、1つ以上の薬学的に許容可能な担体、賦形剤、又は希釈剤、例えば、クエン酸ナトリウム又はリン酸二カルシウム、及び/又は以下のいずれかと混合される:(1)充填剤又は増量剤、例えば、デンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、及び/又はケイ酸;(2)結合剤、例えば、カルボキシメチルセルロース、アルギン酸塩、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロース及び/又はアカシアなど;(3)保湿剤、例えば、グリセロール;(4)崩壊剤、例えば、寒天、炭酸カルシウム、ジャガイモ又はタピオカデンプン、アルギン酸、ある種のケイ酸塩、及び炭酸ナトリウム;(5)溶解抑制剤、例えば、パラフィン;(6)吸収促進剤、例えば、第4級アンモニウム化合物;(7)湿潤剤、例えば、アセチルアルコール及びモノステアリン酸グリセロール;(8)吸収剤、例えば、カオリン及びベントナイト粘土;(9)潤滑剤、例えば、タルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固体ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウム、及びそれらの混合物;及び(10)着色剤。カプセル、錠剤、及び丸薬の場合、医薬組成物は緩衝剤も含み得る。同様のタイプの固体組成物はまた、ソフト及びハード充填ゼラチンカプセル中における充填剤、及び賦形剤、例えばラクトース又は乳糖、並びに高分子量ポリエチレングリコールなどを使用して調製することもできる。
錠剤は、圧縮又は成形によって、場合により1つ以上の補助成分を伴い作製されてもよい。圧縮錠剤は、結合剤(例えば、ゼラチン又はヒドロキシプロピルメチルセルロース)、潤滑剤、不活性希釈剤、保存剤、崩壊剤(例えば、デンプングリコール酸ナトリウム又は架橋カルボキシメチルセルロースナトリウム)、表面活性剤、及び/又は分散剤を使用して調製することができる。成形錠剤は、不活性な液体希釈剤で湿らせた粉末状活性成分の混合物を好適な機械で成形することにより作製し得る。
錠剤、並びに糖衣剤、カプセル、丸薬、及び顆粒などの他の固形剤形は、場合により割線が入れられてもよく、又は腸溶性コーティング及び当該技術分野において周知されている他のコーティングなどのコーティング及びシェルを伴い調製されてもよい。
一部の実施形態では、活性成分の効果を延ばすため、皮下又は筋肉内注射からの化合物の吸収を遅延させることが望ましい。これは、難水溶性である結晶性又は非晶質物質の液体懸濁物を使用することにより達成し得る。このとき活性成分の吸収速度はその溶解速度に依存し、次に溶解速度は結晶の大きさ及び結晶形に依存し得る。或いは、非経口投与される活性成分の吸収遅延は、化合物を油媒体中に溶解又は懸濁することにより達成される。加えて、注射用医薬剤形の持続的吸収は、モノステアリン酸アルミニウム及びゼラチンなどの吸収を遅延させる薬剤を取り入れることによりもたらされ得る。
制御放出非経口組成物は、水性懸濁液、マイクロスフェア、マイクロカプセル、磁性マイクロスフェア、油剤、油懸濁液、エマルションの形態であってもよく、又は活性成分が1つ又は複数の生体適合性担体、リポソーム、ナノ粒子、インプラント又は輸液用器具に組み込まれてもよい。
マイクロスフェア及び/又はマイクロカプセルの調製に使用される材料には、生分解性/生体内侵食性ポリマー、例えば、ポリグラクチン、ポリ−(イソブチルシアノアクリレート)、ポリ(2−ヒドロキシエチル−L−グルタミン)及びポリ(乳酸)が含まれる。
制御放出非経口製剤を製剤化する際に用い得る生体適合性担体には、デキストランなどの炭水化物、アルブミン、リポタンパク質又は抗体などのタンパク質が含まれる。
インプラントに使用される材料は、非生分解性、例えば、ポリジメチルシロキサンであるか、又は生分解性、例えば、ポリ(カプロラクトン)、ポリ(乳酸)、ポリ(グリコール酸)又はポリ(オルトエステル)などであり得る。
実施形態において、1つ又は複数の活性成分はエアロゾルによって投与される。これは、化合物を含有する水性エアロゾル、リポソーム製剤、又は固体粒子を調製することにより達成される。非水性(例えば、フルオロカーボン噴射剤)懸濁液が用いられてもよい。医薬組成物はまた、化合物の分解をもたらし得る剪断に薬剤が曝露されることを最小限に抑え得る音波ネブライザーを使用して投与することもできる。
通常、水性エアロゾルは、1つ又は複数の活性成分の水溶液又は水性懸濁液を従来の薬学的に許容可能な担体及び安定剤と共に配合することにより作製される。担体及び安定剤は特定の化合物の要件によって異なるが、典型的には、非イオン性界面活性剤(Tween、Pluronic、又はポリエチレングリコール)、無害のタンパク質、例えば、血清アルブミン、ソルビタンエステル、オレイン酸、レシチン、グリシンなどのアミノ酸、緩衝剤、塩類、糖類又は糖アルコール類を含む。エアロゾルは概して等張液から調製される。
1つ又は複数の活性成分の局所投与又は経皮投与用剤形には、散剤、スプレー、軟膏、ペースト、クリーム、ローション、ゲル、溶液、パッチ及び吸入薬が含まれる。1つ又は複数の活性成分は、無菌条件下で薬学的に許容可能な担体と、及び適宜、任意の保存剤、緩衝剤、又は噴射剤と混合することができる。
本発明での使用に好適な経皮パッチが、Transdermal Drug Delivery:Developmental Issues and Research Initiatives(Marcel Dekker Inc.,1989)及び米国特許第4,743,249号明細書、同第4,906,169号明細書、同第5,198,223号明細書、同第4,816,540号明細書、同第5,422,119号明細書、同第5,023,084号明細書(これらは本明細書によって参照により援用される)に開示されている。経皮パッチはまた、経陰嚢パッチを含め、当該技術分野において周知されている任意の経皮パッチであってよい。かかる経皮パッチ中の医薬組成物は、当該技術分野において周知の1つ以上の吸収促進剤又は皮膚透過促進剤を含有し得る(例えば、米国特許第4,379,454号明細書及び同第4,973,468号明細書(これらは本明細書によって参照により援用される)を参照)。本発明で使用される経皮的治療薬システムは、イオントフォレシス、拡散、又はこれらの2つの効果の併用に基づき得る。
経皮パッチは、身体への1つ又は複数の活性成分の制御送達を提供するというさらなる利点を有する。かかる剤形は、1つ又は複数の活性成分を適切な媒体中に溶解又は分散させることにより作製し得る。吸収促進剤を使用して、皮膚を通じた活性成分のフラックスを増加させることもできる。かかるフラックスの速度は、律速膜を提供するか、或いは1つ又は複数の活性成分をポリマーマトリックス又はゲル中に分散させるかのいずれかによって制御し得る。
かかる医薬組成物は、クリーム、軟膏、ローション、リニメント剤、ゲル、ハイドロゲル、溶液、懸濁液、スティック、スプレー、ペースト、硬膏及び他の種類の経皮薬物デリバリーシステムの形態であってもよい。この組成物はまた、薬学的に許容可能な担体又は賦形剤、例えば、乳化剤、抗酸化剤、緩衝剤、保存剤、保湿剤、浸透促進剤、キレート剤、ゲル形成剤、軟膏基剤、香料、及び皮膚保護剤も含み得る。
乳化剤の例としては、限定はされないが、天然に存在するゴム、例えばアカシアゴム又はトラガカントゴム、天然に存在するホスファチド、例えば大豆レシチン及びモノオレイン酸ソルビタン誘導体が挙げられる。
抗酸化剤の例としては、限定はされないが、ブチル化ヒドロキシアニソール(BHA)、アスコルビン酸及びその誘導体、トコフェロール及びその誘導体、及びシステインが挙げられる。
保存剤の例としては、限定はされないが、パラベン、例えばp−ヒドロキシ安息香酸メチル又はプロピル及び塩化ベンザルコニウムが挙げられる。
保湿剤の例としては、限定はされないが、グリセリン、プロピレングリコール、ソルビトール及び尿素が挙げられる。
浸透促進剤の例としては、限定はされないが、プロピレングリコール、DMSO、トリエタノールアミン、N,N−ジメチルアセトアミド、N,N−ジメチルホルムアミド、2−ピロリドン及びその誘導体、テトラヒドロフルフリルアルコール、プロピレングリコール、モノラウリン酸プロピレングリコール又はラウリン酸メチルを含むジエチレングリコールモノエチル又はモノメチルエーテル、ユーカリプトール、レシチン、TRANSCUTOL、及びAZONEが挙げられる。
キレート剤の例としては、限定はされないが、EDTAナトリウム、クエン酸及びリン酸が挙げられる。
ゲル形成剤の例としては、限定はされないが、カルボポール、セルロース誘導体、ベントナイト、アルギン酸塩、ゼラチン及びポリビニルピロリドンが挙げられる。
1つ又は複数の活性成分に加えて、本発明の軟膏、ペースト、クリーム、及びゲルは、賦形剤、例えば、動物性及び植物性脂肪、油、ワックス、パラフィン、デンプン、トラガカント、セルロース誘導体、ポリエチレングリコール、シリコーン、ベントナイト、ケイ酸、タルク及び酸化亜鉛、又はこれらの混合物を含有し得る。
散剤及びスプレーは、賦形剤、例えば、ラクトース、タルク、ケイ酸、水酸化アルミニウム、ケイ酸カルシウム及びポリアミド粉末、又はこれらの物質の混合物を含有し得る。スプレーは、従来の噴射剤、例えばクロロフルオロ炭化水素、及び揮発性非置換炭化水素、例えばブタン及びプロパンをさらに含有し得る。
注射用デポー形態は、ポリラクチド−ポリグリコリドなどの生分解性ポリマー中に本発明の1つ又は複数の化合物のマイクロカプセルマトリックスを形成することにより作製される。化合物とポリマーの比率、及び用いられる特定のポリマーの性質に応じて、化合物の放出速度を制御することができる。他の生分解性ポリマーの例としては、ポリ(オルトエステル)及びポリ(無水物)が挙げられる。デポー注射用製剤はまた、生体組織と適合性のあるリポソーム又はマイクロエマルション中に薬物を封入することによっても調製される。
皮下インプラントは当該技術分野において周知されており、本発明での使用に好適である。皮下植え込み方法は、好ましくは非刺激性で、機械的に弾性がある。インプラントは、マトリックスタイプ、リザーバタイプ、又はそれらのハイブリッドであってもよい。マトリックスタイプの装置において、担体材料は多孔質又は非多孔質、固体又は半固体、及び1つ又は複数の活性化合物に対して透過性又は不透過性であってもよい。担体材料は生分解性であってもよく、又は投与後にゆっくりと侵食し得る。場合によっては、マトリックスは非分解性であって、しかし代わりに担体材料が分解するマトリックスを通じた活性化合物の拡散に頼る。代替的な皮下インプラント方法はリザーバ装置を利用し、ここでは1つ又は複数の活性化合物が律速膜、例えば、成分濃度と無関係な(ゼロ次動態を有する)膜に取り囲まれている。律速膜に取り囲まれたマトリックスからなる装置もまた使用に好適である。
リザーバタイプ及びマトリックスタイプの両方の装置とも、ポリジメチルシロキサン、例えばSILASTIC、又は他のシリコーンゴムなどを含有し得る。マトリックス材料は、不溶性ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリ塩化ビニル、エチルビニルアセテート、ポリスチレン及びポリメタクリレート、並びにパルミトステアリン酸グリセロール、ステアリン酸グリセロール、及びベヘン酸グリセロールタイプのグリセロールエステルであってもよい。材料は疎水性又は親水性ポリマーであってもよく、場合により可溶化剤を含有する。
皮下インプラント装置は、例えば米国特許第5,035,891号明細書及び同第4,210,644号明細書(これらは本明細書によって参照により援用される)に記載されるとおりの、任意の好適なポリマーで作製された遅延放出カプセルであってもよい。
一般には、放出の律速及び薬物化合物の皮膚透過を提供するために、少なくとも4つの異なる手法を適用することが可能である。これらの手法は以下である:膜による抑制システム、接着拡散制御システム、マトリックス分散型システム及びマイクロリザーバシステム。制御放出性の経皮及び/又は局所組成物は、これらの手法を好適に取り合わせることにより達成し得ることが理解される。
膜による抑制システムでは、活性成分は、金属プラスチックラミネートなどの薬物不透過性ラミネートから成形された浅いコンパートメントと、微孔性又は非多孔質高分子膜、例えばエチレン−酢酸ビニル共重合体などの律速高分子膜とに完全にカプセル化されたリザーバ中に存在する。活性成分は律速高分子膜を通って放出される。薬物リザーバでは、活性成分は固体ポリマーマトリックス中に分散しているか、又はシリコーン液などの浸出不可能な粘稠液体媒体中に懸濁されているかのいずれかであり得る。高分子膜の外表面に接着性ポリマーの薄層が貼り付けられており、この経皮システムと皮膚表面との密着した接触を実現する。接着性ポリマーは、好ましくは、低アレルギー性で且つ活性薬物物質と適合性を有するポリマーである。
接着拡散制御システムでは、活性成分のリザーバは、活性成分を接着性ポリマー中に直接分散させて、次に、例えば溶媒キャスティングにより、活性成分を含有する接着剤を実質的に薬物不透過性の金属プラスチック裏当てのフラットシート上に塗布して薄い薬物リザーバ層を形成することにより形成される。
マトリックス分散型システムは、活性成分を親水性又は親油性ポリマーマトリックス中に実質的に均一に分散させることにより活性成分のリザーバが形成されることを特徴とする。次に薬物含有ポリマーが、実質的に十分に定義された表面積及び制御された厚さを有する円板に成形される。接着性ポリマーが周囲に沿って塗布され、円板の周りに接着剤のストリップが形成される。
マイクロリザーバシステムは、リザーバシステムとマトリックス分散型システムとの組み合わせと考えることができる。この場合、活性物質のリザーバは、初めに薬物固体を水溶性ポリマーの水溶液中に懸濁し、次にこの薬物懸濁液を親油性ポリマー中に分散させて、非常に多数の浸出不可能な微小球体の薬物リザーバを形成することにより形成される。
本明細書に記載の制御放出、長期放出、及び持続放出組成物のいずれも、約30分〜約1週間、約30分〜約72時間、約30分〜24時間、約30分〜12時間、約30分〜6時間、約30分〜4時間、及び約3時間〜10時間で活性成分を放出するように製剤化することができる。実施形態において、1つ又は複数の活性成分の有効濃度は、医薬組成物を対象に投与した後、対象体内で4時間、6時間、8時間、10時間、12時間、16時間、24時間、48時間、72時間、又はそれ以上持続する。
ワクチン又は免疫原性組成物
本発明は、いくつかの態様において、癌の予防又は処置に適した医薬組成物に関する。一実施形態において、本組成物は、少なくとも免疫原性組成物、例えば特定のT細胞応答を上昇させることができる新生物ワクチン又は免疫原性組成物を含む。新生物ワクチン又は免疫原性組成物は、本明細書に記載される腫瘍特異的ネオ抗原に対応するネオ抗原ペプチド及び/又はネオ抗原ポリペプチドを含む。
好適な新生物ワクチン又は免疫原性組成物は、好ましくは複数の腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドを含み得る。ある実施形態において、ワクチン又は免疫原性組成物は、1〜100組のペプチド、より好ましくは1〜50のかかるペプチド、さらにより好ましくは10〜30組のペプチド、さらにより好ましくは15〜25のペプチドを含み得る。別の好ましい実施形態によれば、ワクチン又は免疫原性組成物は、少なくとも1つのペプチド、より好ましくは2つ、3つ、4つ、又は5つのペプチドを含むことができる。特定の実施形態において、ワクチン又は免疫原性組成物は、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30の異なるペプチドを含むことができる。
ワクチン又は免疫原性組成物に含める各ペプチドの最適量及び最適投与レジメンは、当業者が過度の実験を行うことなく決定することができる。例えば、ペプチド又はその変異体は、静脈内(i.v.)注射、皮下(s.c.)注射、皮内(i.d.)注射、腹腔内(i.p.)注射、筋肉内(i.m.)注射用に調製され得る。ペプチド注射の好ましい方法には、s.c、i.d.、i.p.、i.m.、及びi.v.が含まれる。DNA注射の好ましい方法には、i.d.、i.m.、s.c、i.p.及びi.v.が含まれる。例えば、1〜500mg、50μg〜1.5mg、好ましくは10μg〜500μgのペプチド又はDNAの用量が投与されてもよく、それぞれのペプチド又はDNAに依存し得る。この範囲の用量は、過去の試験で成功裏に用いられた(Brunsvig P F,et al.,Cancer Immunol Immunother.2006;55(12):1553−1564;M.Staehler,et al.,ASCO meeting 2007;Abstract No 3017)。ワクチン又は免疫原性組成物の他の投与方法は当業者に公知である。
本発明の一実施形態において、異なる腫瘍特異的ネオ抗原ペプチド及び/又はポリペプチドは、新生物ワクチン又は免疫原性組成物で使用するために、集団中の対象の高い割合で新生物/腫瘍に対する免疫攻撃が生じる可能性が最大となるように選択される。理論によって拘束されるものではないが、多様な腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドを含めると、新生物/腫瘍に対して幅広いスケールの免疫攻撃が生じ得ると考えられる。一実施形態において、選択された腫瘍特異的ネオ抗原ペプチド/ポリペプチドはミスセンス突然変異によりコードされる。第2の実施形態において、選択された腫瘍特異的ネオ抗原ペプチド/ポリペプチドはミスセンス突然変異とネオORF突然変異との組み合わせによりコードされる。第3の実施形態において、選択された腫瘍特異的ネオ抗原ペプチド/ポリペプチドはネオORF突然変異によりコードされる。
選択された腫瘍特異的ネオ抗原ペプチド/ポリペプチドがミスセンス突然変異によりコードされる一実施形態において、ペプチド及び/又はポリペプチドは、集団中の対象の高い割合のMHC分子と会合するその能力に基づき選択される。ネオORF突然変異から誘導されるペプチド/ポリペプチドもまた、患者集団のMHC分子と会合するその能力に基づき選択され得る。
ワクチン又は免疫原性組成物は、特異的な細胞傷害性T細胞応答及び/又は特異的なヘルパーT細胞応答を生じさせる能力を有する。
ワクチン又は免疫原性組成物はアジュバント及び/又は担体をさらに含み得る。有用なアジュバント及び担体の例を本明細書に提供する。組成物中のペプチド及び/又はポリペプチドは、担体、例えば、ペプチドをT細胞に提示する能力を有するタンパク質又は例えば樹状細胞(DC)などの抗原提示細胞と会合することができる。
アジュバントは、ワクチン又は免疫原性組成物に混合すると突然変異体ペプチドに対する免疫応答が増加するか又は他の形で修飾される任意の物質である。担体は、ネオ抗原ペプチドを会合させることが可能な足場構造、例えばポリペプチド又は多糖である。場合により、アジュバントは本発明のペプチド又はポリペプチドと共有結合的又は非共有結合的にコンジュゲートする。
抗原に対する免疫応答を増加させるアジュバントの能力は、典型的には免疫介在性応答の顕著な増加、又は疾患症状の低減に現れる。例えば、体液性免疫の増加は、典型的には抗原に対して生じる抗体の力価の顕著な増加に現れ、T細胞活性の増加は、典型的には細胞増殖、又は細胞傷害性、又はサイトカイン分泌の増加に現れる。アジュバントはまた、例えば、一次体液性応答又はTh2応答を一次細胞性応答又はTh1応答に変化させることにより免疫応答も変え得る。
好適なアジュバントとしては、限定はされないが、1018 ISS、アルミニウム塩、Amplivax、AS15、BCG、CP−870,893、CpG7909、CyaA、dSLIM、GM−CSF、IC30、IC31、イミキモド、ImuFact IMP321、ISパッチ、ISS、ISCOMATRIX、Juvlmmune、LipoVac、MF59、モノホスホリルリピドA、Montanide IMS 1312、Montanide ISA 206、Montanide ISA 50V、Montanide ISA−51、OK−432、OM−174、OM−197−MP−EC、ONTAK、PEPTEL.ベクター系、PLGマイクロパーティクル、レシキモド、SRL172、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、YF−17D、VEGFトラップ、R848、βグルカン、Pam3Cys、サポニンに由来するAquila社のQS21 stimulon(Aquila Biotech、Worcester、Mass.,米国)、マイコバクテリア抽出物及び合成細菌細胞壁模倣体、及び他の専売アジュバント、例えば、RibiのDetox、Quil又はSuperfosが挙げられる。樹状細胞に特異的ないくつかの免疫学的アジュバント(例えば、MF59)及びそれらの製剤が以前記載されている(Dupuis M,et al.,Cell Immunol.1998;186(1):18−27;Allison A C;Dev Biol Stand.1998;92:3−11)。また、サイトカインを使用してもよい。いくつかのサイトカインが、リンパ組織への樹状細胞遊走に影響を及ぼすこと(例えば、TNF−α)、Tリンパ球に効率的な抗原提示細胞への樹状細胞の成熟を加速させること(例えば、GM−CSF、IL−1及びIL−4)(米国特許第5,849,589号明細書(具体的に全体として参照により本明細書に援用される))及び免疫アジュバントとして働くこと(例えば、IL−12)と直接関係付けられている(Gabrilovich D I,et al.,J Immunother Emphasis Tumor Immunol.1996(6):414−418)。
トール様受容体(TLR)もまたアジュバントとして使用することができ、これは、「病原体関連分子パターン」(PAMPs)と称される多くの微生物が共有する保存モチーフを認識するパターン認識受容体(PRR)のファミリーの重要なメンバーである。これらの「危険シグナル」の認識により、自然及び適応免疫系の複数の要素が活性化する。TLRは、樹状細胞(DC)、マクロファージ、T及びB細胞、マスト細胞、及び顆粒球などの自然及び適応免疫系の細胞により発現され、細胞膜、リソソーム、エンドソーム、及びエンドリソソームなどの種々の細胞内コンパートメントに局在する。異なるTLRは別のPAMPsを認識する。例えば、TLR4は、細菌細胞壁に含まれるLPSによって活性化され、TLR9は、非メチル化細菌又はウイルスCpG DNAによって活性化され、及びTLR3は、二本鎖RNAによって活性化される。TLRリガンド結合は1つ以上の細胞内シグナル伝達経路の活性化を引き起こし、最終的に炎症及び免疫に関連する多くの主要分子(特に転写因子NF−κB及びI型インターフェロン)の産生をもたらす。TLR介在性DC活性化は、DC活性化の増進、食作用、活性化及び共刺激マーカー、例えばCD80、CD83、及びCD86の上方制御、流入領域リンパ節へのDCの遊走を可能にし且つT細胞に対する抗原提示を促進するCCR7の発現、並びにI型インターフェロン、IL−12、及びIL−6などのサイトカインの分泌増加を引き起こす。これらの下流イベントは全て、適応免疫応答の誘導に決定的に重要である。
現在臨床開発中の最も有望な癌ワクチン又は免疫原性組成物アジュバントの中には、TLR9アゴニストCpG及び合成二本鎖RNA(dsRNA)TLR3リガンドポリICLCがある。前臨床試験では、ポリICLCが、LPS及びCpGと比較したとき、炎症誘発性サイトカインのその誘導及びIL−10の刺激の欠如、並びにDClにおける高レベルの共刺激分子の維持に起因して最も効力のあるTLRアジュバントであるものと見られる。さらに、ポリICLCは、最近、ヒトパピローマウイルス(HPV)16カプソマーからなるタンパク質ワクチン又は免疫原性組成物のアジュバントとして非ヒト霊長類(アカゲザル)においてCpGと直接比較された(Stahl−Hennig C,Eisenblatter M,Jasny E,et al.「合成二本鎖RNAはアカゲザルにおいてヒトパピローマウイルスに対するTヘルパー1及び体液性免疫応答を誘導するためのアジュバントである(Synthetic double−stranded RNAs are adjuvants for the induction of T helper 1 and humoral immune responses to human papillomavirus in rhesus macaques)」.PLoS pathogens.Apr 2009;5(4))。
CpG免疫刺激オリゴヌクレオチドもまた、ワクチン又は免疫原性組成物セッティングでアジュバントの効果を増強することが報告されている。理論によって拘束されるものではないが、CpGオリゴヌクレオチドは、Toll様受容体(TLR)、主としてTLR9を介して自然(非適応)免疫系を活性化させることにより作用する。CpGにより惹起されたTLR9活性化は、ペプチド又はタンパク質抗原、生ウイルス又は死滅ウイルス、樹状細胞ワクチン、自己細胞ワクチン、並びに予防ワクチン及び治療ワクチンの両方の中の多糖コンジュゲートを含めた多様な抗原に対する抗原特異的体液性及び細胞性応答を増強する。さらに重要なことには、これは樹状細胞成熟及び分化を増強し、CD4 T細胞ヘルプがない場合であっても、Thl細胞の活性化の増進及び強力な細胞傷害性Tリンパ球(CTL)生成をもたらす。TLR9刺激によって誘導されるThlバイアスは、通常Th2バイアスを促進するミョウバン又は不完全フロイントアジュバント(IFA)などのワクチンアジュバントの存在下であっても維持される。CpGオリゴヌクレオチドは、他のアジュバントと共に、又は抗原が比較的弱い場合に強力な応答を誘導するために特に必要な製剤、例えばマイクロパーティクル、ナノ粒子、脂質エマルション又は同様の製剤中にあって製剤化又は共投与されるとき、さらに高いアジュバント活性を示す。CpGオリゴヌクレオチドはまた、免疫応答を加速させ、いくつかの実験におけるCpGを含まない完全用量ワクチンに対する応答と同等の抗体応答で、抗原用量を約2桁低減することも可能にする(Arthur M.Krieg,Nature Reviews,Drug Discovery,5,Jun.2006,471−484)。米国特許第6,406,705 B1号明細書は、CpGオリゴヌクレオチド、非核酸アジュバント及び抗原の併用により抗原特異的免疫応答が誘導されることを記載している。市販のCpG TLR9アンタゴニストはMologen(Berlin、独国)によるdSLIM(double Stem Loop Immunomodulator:二重ステムループ免疫調節薬)であり、これは本発明の医薬組成物の好ましい成分である。他のTLR結合分子、例えば、RNA結合TLR7、TLR8及び/又はTLR9もまた用いられ得る。
有用なアジュバントの他の例としては、限定はされないが、化学的に修飾されたCpG(例えばCpR、Idera)、ポリ(I:C)(例えばポリi:CI2U)、非CpG細菌DNA又はRNA並びに免疫活性小分子及び抗体、例えば、シクロホスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ、セレブレックス、NCX−4016、シルデナフィル、タダラフィル、バルデナフィル、ソラフィニブ(sorafinib)、XL−999、CP−547632、パゾパニブ、ZD2171、AZD2171、イピリムマブ、トレメリムマブ、及びSC58175が挙げられ、これらは治療的に及び/又はアジュバントとして作用し得る。本発明との関連において有用なアジュバント及び添加剤の量及び濃度は、当業者により必要以上に実験を行うことなく容易に決定され得る。さらなるアジュバントとしては、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM−CSF、サルグラモスチム)などのコロニー刺激因子が挙げられる。
ポリICLCは、約5000ヌクレオチドの平均長さのポリI鎖とポリC鎖とからなる合成的に調製された二本鎖RNAであり、ポリリジン及びカルボキシメチルセルロースを添加することにより熱変性及び血清ヌクレアーゼによる加水分解に対して安定化されている。この化合物は、いずれもPAMPsファミリーのメンバーであるTLR3及びMDA5のRNAヘリカーゼドメインを活性化し、DC及びナチュラルキラー(NK)細胞の活性化並びにI型インターフェロン、サイトカイン、及びケモカインの「天然混合物」の産生を引き起こす。さらには、ポリICLCは、2つのIFN誘導性核酵素系2’5’−OAS及びP1/eIF2aキナーゼ(PKR(4−6)としても知られる)、並びにRIG−Iヘリカーゼ及びMDA5によって媒介されるより直接的な、広域宿主が標的化される抗感染効果、及び場合により抗腫瘍効果を及ぼす。
げっ歯類及び非ヒト霊長類において、ポリICLCは、ウイルス抗原に対するT細胞応答、交差プライミング、並びに腫瘍特異的、ウイルス特異的、及び自己抗原特異的CD8T細胞の誘導を増強することが示された。非ヒト霊長類における最近の研究では、ポリICLCは、DC標的化又は非標的化HIV Gag p24タンパク質に対する抗体反応及びT細胞免疫の発生に必須であることが分かっており、ワクチンアジュバントとしてのその有効性が強調される。
ヒト対象では、連続全血試料の転写解析により、ポリICLCの1回の単回皮下投与を受けた8人の健常ヒトボランティア間で遺伝子発現プロファイルが同様であり、プラセボを受ける4人の対象に対してこれらの8人の対象間に最大212個の遺伝子の発現差異があることが明らかになった。顕著なことに、ポリICLC遺伝子発現データを、極めて有効性の高い黄熱病ワクチンYF17Dで免疫されたボランティアからの先行データと比較すると、多数のカノニカルな転写及びシグナル伝達経路が、自然免疫系のものを含め、同じようにピーク時点で上方制御されたことが示された。
つい最近、癌精巣抗原NY−ESO−1由来の合成オーバーラップロングペプチド(OLP)単独によるか又はMontanide−ISA−51との併用、又は1.4mgのポリICLC及びMontanideとの併用による皮下ワクチン接種の第1相研究で治療された2回目又は3回目の完全臨床寛解中の卵巣癌、卵管癌、及び原発性腹膜癌患者に関する免疫学的分析が報告された。ポリICLC及びMontanideを加えると、OLP単独又はOLP及びMontanideと比較してNY−ESO−1特異的CD4及びCD8T細胞の生成及び抗体反応が顕著に増強された。
本発明に係るワクチン又は免疫原性組成物は2つ以上の異なるアジュバントを含み得る。さらに、本発明は、本明細書に記載のもののいずれかを含めた任意のアジュバント物質を含む治療組成物を包含する。また、ペプチド又はポリペプチドとアジュバントとを任意の適切な順番で別個に投与し得ることも企図される。
担体は、アジュバントと独立して存在してもよい。担体は抗原に共有結合的に連結されてもよい。担体はまた、担体をコードするDNAを、抗原をコードするDNAとインフレームで挿入することにより、抗原に付加することもできる。担体の機能は、例えば、安定性を付与すること、生物学的活性を増加させること、又は血清中半減期を増加させることであり得る。半減期の延長は、適用回数を減らし、且つ用量を低減する助けとなり得るため、従って治療上の理由、また経済的理由からも有益である。さらに、担体は、T細胞に対するペプチドの提示を助け得る。担体は、当業者に公知の任意の好適な担体、例えばタンパク質又は抗原提示細胞であってよい。担体タンパク質は、限定はされないが、キーホールリンペットヘモシアニン、血清タンパク質、例えば、トランスフェリン、ウシ血清アルブミン、ヒト血清アルブミン、チログロブリン又はオボアルブミン、免疫グロブリン、又はホルモン、例えば、インスリン又はパルミチン酸であってもよい。ヒトの免疫化には、担体は、ヒトにとって許容可能且つ安全な生理学的に許容可能な担体であってもよい。しかしながら、破傷風トキソイド及び/又はジフテリア(diptheria)トキソイドが、本発明の一実施形態において好適な担体である。或いは、担体はデキストラン、例えばセファロースであってもよい。
細胞傷害性T細胞(CTL)は、インタクトな外来抗原それ自体というよりむしろ、MHC分子に結合したペプチドの形態の抗原を認識する。MHC分子それ自体は抗原提示細胞の細胞表面に位置する。従って、CTLの活性化は、ペプチド抗原、MHC分子、及びAPCの三量体複合体が存在する場合に限り可能である。それに対応して、CTLは、CTLの活性化にペプチドのみが用いられる場合でなく、さらにそれぞれのMHC分子を有するAPCが加わる場合に免疫応答が増強され得る。従って、一部の実施形態では、本発明に係るワクチン又は免疫原性組成物は少なくとも1つの抗原提示細胞をさらに含有する。
抗原提示細胞(又は刺激細胞)は、典型的にはその表面上にMHCクラスI又はII分子を有し、一実施形態では、それ自体はMHCクラスI又はII分子に選択の抗原を負荷する能力を実質的に有しない。本明細書にさらに詳細に記載するとおり、MHCクラスI又はII分子にインビトロで選択の抗原を容易に負荷し得る。
CD8+細胞活性は、CD4+細胞を使用して増進させてもよい。多くの免疫ベースの抗癌療法が、CD8+及びCD4+ Tリンパ球の両方を使用して患者の腫瘍を標的化する場合に有効性が高まり得るため、腫瘍抗原のCD4T+細胞エピトープの同定が関心を集めている。CD4+細胞はCD8 T細胞応答を増強する能力を有する。動物モデルにおける多くの研究で、CD4+及びCD8+ T細胞の両方が抗腫瘍応答に関与するとき結果が良好になることが明確に実証されている(例えば、Nishimura et al.(1999)「生体内での腫瘍根絶における抗原特異的Tヘルパー1型(TH1)及びTh2細胞の特徴的な役割(Distinct role of antigen−specific T helper type 1(TH1) and Th2 cells in tumor eradication in vivo)」.J Ex Med 190:617−27を参照)。異なる種類の癌に対する治療法の開発に適用可能な普遍的なCD4+ T細胞エピトープが同定されている(例えば、Kobayashi et al.(2008)Current Opinion in Immunology 20:221−27を参照)。例えば、破傷風トキソイド由来のHLA−DR制限ヘルパーペプチドをメラノーマワクチンに使用したところ、CD4+ T細胞が非特異的に活性化された(例えば、Slingluff et al.(2007)「アジュバントセッティングにおけるメラノーマに対する2つの多ペプチドワクチンの無作為化第II相試験の免疫学的及び臨床的結果(Immunologic and Clinical Outcomes of a Randomized Phase II Trial of Two Multipeptide Vaccines for Melanoma in the Adjuvant Setting)」,Clinical Cancer Research 13(21):6386−95を参照)。本発明の範囲内で、かかるCD4+細胞は、その腫瘍特異性が異なる3つのレベルで適用可能であり得ることが企図される:1)普遍的CD4+エピトープ(例えば、破傷風トキソイド)を使用してCD8+細胞を増進し得る広域レベル;2)天然の腫瘍関連CD4+エピトープを使用してCD8+細胞を増進し得る中間的レベル;及び3)ネオ抗原CD4+エピトープを使用してCD8+細胞を患者特異的に増進し得る患者特異的レベル。CD4エピトープを予測するための現在のアルゴリズムには正確さに限界があるが、予想されるCD8ネオエピトープを含む多くのロングペプチドはCD4エピトープも含むであろうということが合理的に期待される。CD4エピトープはCD8エピトープと比べて長く、典型的には10〜12アミノ酸長であるが、いくつかはより長い可能性がある(Kreiter et al,「変異体MHCクラスIIエピトープは癌に対する治療免疫応答を駆動する(Mutant MHC Class II epitopes drive therapeutic immune responses to cancer)」,Nature(2015)。そのため、本明細書に記載されているネオ抗原エピトープは、ロングペプチド(>25個のアミノ酸)又はそのようなロングペプチドをコードする核酸のいずれかの形で、腫瘍中で且つ患者に特異的にCD4応答をブーストすることもできる(上記レベル(3))。
CD8+細胞免疫はまた、ネオ抗原を負荷した樹状細胞(DC)ワクチンによっても生じさせ得る。DCはT細胞免疫を惹起する強力な抗原提示細胞であり、目的の1つ以上のペプチドを例えば直接的なペプチド注射によって負荷すると、癌ワクチンとして使用することができる。例えば、新しく転移性メラノーマと診断された患者が、3つのHLA−A*0201限定gp100メラノーマ抗原由来ペプチドに対し、IL−12p70産生患者DCワクチンを用いて、自己ペプチドでパルスしたCD40L/IFN−g活性化成熟DCにより免疫化されることが示された(例えば、Carreno et al(2013)「L−12p70産生患者DCワクチンはTc1分極免疫を誘発する(L−12p70−producing patient DC vaccine elicits Tc1−polarized immunity)」,Journal of Clinical Investigation,123(8):3383−94及びAli et al.(2009)「DCサブセット及びT細胞のインサイチュ調節がマウスにおいて腫瘍退縮を媒介する(In situ regulation of DC subsets and T cells mediates tumor regression in mice)」,Cancer Immunotherapy,1(8):1−10を参照)。本発明の範囲内で、ネオ抗原を負荷したDCは、合成TLR3アゴニストのポリイノシン・ポリシチジン酸−ポリ−L−リジンカルボキシメチルセルロース(ポリICLC)を使用してDCを刺激することで調製され得ることが企図される。ポリICLCは、CD83及びCD86の上方調節、インターロイキン−12(IL−12)、腫瘍壊死因子(TNF)、インターフェロンγ誘導タンパク質10(IP−10)、インターロイキン1(IL−1)、及びI型インターフェロン(IFN)の誘導、及び最小限のインターロイキン10(IL−10)産生によって評価するとき、ヒトDCに対する強力な個別的成熟刺激である。DCは、白血球アフェレーシスによって得られる凍結末梢血単核細胞(PBMC)から分化させることができ、一方PBMCはFicoll勾配遠心法によって単離し、アリコートで凍結し得る。
例示として、以下の7日間活性化プロトコルを使用し得る。1日目−PBMCを解凍して組織培養フラスコにプレーティングし、組織培養インキュベーターにおいて37℃で1〜2時間インキュベートした後、プラスチック表面に接着する単球を選択する。インキュベーション後、リンパ球を洗い流し、接着した単球をインターロイキン−4(IL−4)及び顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM−CSF)の存在下で5日間培養して未熟DCに分化させる。6日目、未熟DCを、ワクチンの品質に関する対照として働き、且つワクチンの免疫原性をブーストし得るキーホールリンペットヘモシアニン(KLH)タンパク質でパルスする。DCは刺激されると成熟し、それにペプチド抗原を負荷して一晩インキュベートする。7日目、細胞を洗浄し、4〜20×10(6)個の細胞を含む1mlアリコートで速度制御フリーザーを使用して凍結する。DCを患者に注入する前に、最小限の規格に適合するようにDCのバッチに対するロット出荷試験を実施し得る(例えば、Sabado et al.(2013)「免疫療法のための腫瘍抗原を負荷した成熟樹状細胞の調製(Preparation of tumor antigen−loaded mature dendritic cells for immunotherapy)」,J.Vis Exp.Aug 1;(78).doi:10.3791/50085を参照)。
DCワクチンを足場システムに組み込み、患者への送達を促進し得る。DCワクチンによる患者の新生物の治療的処置は生体材料システムを利用することができ、これが装置内に宿主樹状細胞を動員する因子を放出し、抗原が放出される間にアジュバント(例えば、危険シグナル)を局所的に提示することにより常在性の未熟DCを分化させ、且つ活性化された抗原負荷DCのリンパ節(又は所望の作用部位)への放出を促進し、そこでDCがT細胞と相互作用して、癌ネオ抗原に対する強力な細胞傷害性Tリンパ球応答が生じ得る。植込み型生体材料を使用して、新生物に対する強力な細胞傷害性Tリンパ球応答を患者特異的に生じさせてもよい。次にこの生体材料常在性樹状細胞が、生体材料からの抗原の放出に合わせて、感染を模倣する危険シグナルへの曝露により活性化され得る。活性化された樹状細胞は、次に生体材料からリンパ節に遊走し、細胞傷害性Tエフェクター応答を誘導する。この手法は、以前、腫瘍生検から調製したライセートを使用した前臨床試験において樹立メラノーマの退縮を引き起こすことが実証されており(例えば、Ali et al.(2209)「DCサブセット及びT細胞のインサイチュ調節がマウスにおいて腫瘍退縮を媒介する(In situ regulation of DC subsets and T cells mediates tumor regression in mice)」,Cancer Immunotherapy 1(8):1−10;Ali et al.(2009)「インサイチュで樹状細胞をプログラムする感染模倣材料(Infection−mimicking materials to program dendritic cells in situ)」.Nat Mater 8:151−8)、かかるワクチンは現在、ダナ・ファーバー癌研究所(Dana−Farber Cancer Institute)で最近開始された第I相臨床試験で試験されているところである。現在の提言では、この手法はまた、C6ラット神経膠腫モデルを使用して24、膠芽腫の退縮、並びに再燃を予防する強力な記憶応答の誘導をもたらすことも示されている。かかる植込み型のバイオマトリックスワクチンデリバリー足場が腫瘍特異的樹状細胞活性化を増幅し及び維持する能力は、従来の皮下又は節内ワクチン投与により達成され得るものと比べてよりロバストな抗腫瘍免疫感作をもたらし得る。
本発明は、樹状細胞上にネオ抗原ペプチドを負荷する任意の方法を含むことできる。本発明に適用可能なそのような方法の一つは、マイクロ流体細胞内送達システムである。そのようなシステムは、ヒト及びマウスの免疫細胞の急速な機械的変形により一次的な膜破壊を引き起こし、そのため生体分子の細胞内送達が可能になる(Sharei et al.,2015,PLOS ONE)。
好ましくは、抗原提示細胞は樹状細胞である。好適には、樹状細胞は、ネオ抗原ペプチドでパルスした自己樹状細胞である。このペプチドは、適切なT細胞応答を生じさせる任意の好適なペプチドであってもよい。腫瘍関連抗原由来のペプチドでパルスした自己樹状細胞を使用するT細胞療法が、Murphy et al.(1996)The Prostate 29,371−380及びTjua et al.(1997)The Prostate 32,272−278に開示されている。特定の実施形態において、樹状細胞を、CD141、DEC205又はXCR1マーカーを使用して標的とする。CD141+XCR1+DCは、抗腫瘍応答の誘発により適し得るサブセットとして同定された(Bachem et al.,J.Exp.Med.207,1273−1281(2010);Crozat et al.,J.Exp.Med.207,1283−1292(2010);及びGallois & Bhardwaj,Nature Med.16,854−856(2010))。
従って、本発明の一実施形態では、少なくとも1つの抗原提示細胞を含有するワクチン又は免疫原性組成物が本発明の1つ以上のペプチドでパルスされるか又はそれを負荷される。或いは、患者から単離された末梢血単核細胞(PBMC)がエキソビボでペプチドを負荷され、患者に注入し戻されてもよい。代替例として、抗原提示細胞が、本発明のペプチドをコードする発現コンストラクトを含む。ポリヌクレオチドは任意の好適なポリヌクレオチドであってもよく、樹状細胞を形質導入する能力を有し、従ってペプチドの提示及び免疫の誘導をもたらすことが好ましい。
本発明の医薬組成物を、この組成物中に存在するペプチドの選択、数及び/又は量が集団中の対象の高い割合をカバーするように作ることができる。選択は、癌の具体的なタイプ、疾患の状態、以前の処置レジメン、及び当然のことならが患者集団中に存在するHLA−ハプロタイプに依存し得る。
本発明のペプチドを含む医薬組成物は、既に癌に罹患している個体に投与され得る。治療上の適用では、組成物は、腫瘍抗原に対する有効なCTL応答を誘発し且つ症状及び/又は合併症を治癒し又は少なくとも部分的に止めるのに十分な量で患者に投与される。これを達成するのに十分な量は、「治療有効用量」として定義される。この用途に有効な量は、例えば、ペプチド組成物、投与方法、治療される疾患の病期及び重症度、患者の体重及び全般的な健康状態、並びに処方医師の判断に依存し得るが、概して(治療的又は予防的投与のための)初回免疫化について、70kgの患者に対し約1.0μg〜約50,000μgのペプチドの範囲であり、ブースト投薬量が続き、又は約1.0μg〜約10,000μgのペプチドの範囲であり、患者の反応及び状態に応じて、及び場合により患者の血中の特定のCTL活性を計測することにより、数週間乃至数ヶ月間にわたりブーストレジメンが続く。本発明のペプチド及び組成物は、概して重篤な病状、即ち生命を脅かす又は潜在的に生命を脅かす状況、特に癌が転移している場合に用いられ得ることに留意しなければならない。治療用途では、腫瘍の検出又は外科的切除後可能な限り早期に投与を開始しなければならない。この後、少なくとも症状が実質的に寛解するまで、及びその後の期間にわたり、ブースト用量が続く。
治療処置用の医薬組成物(例えば、ワクチン組成物)は、非経口、局所、経鼻、経口又は局所投与用であることが意図される。好ましくは、医薬組成物は非経口的に、例えば、静脈内、皮下、皮内、又は筋肉内に投与される。組成物は、腫瘍に対する局所的免疫応答を誘導するため外科的切除部位に投与されてもよい。本発明は、ペプチドの溶液を含む非経口投与用の組成物を提供し、ワクチン又は免疫原性組成物は、許容可能な担体、好ましくは水性担体中に溶解又は懸濁される。種々の水性担体、例えば、水、緩衝用水、0.9%生理食塩水、0.3%グリシン、ヒアルロン酸などを使用し得る。これらの組成物は、従来の周知されている滅菌技法により滅菌され得るか、又は滅菌ろ過され得る。得られた水溶液はそのまま使用するために包装されるか、又は凍結乾燥されてもよく、凍結乾燥製剤は投与前に滅菌溶液と組み合わされる。組成物は、生理学的条件を近似するため必要に応じて薬学的に許容可能な補助物質、例えば、pH調整剤及び緩衝剤、等張化剤、湿潤剤など、例えば、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、ソルビタンモノラウレート、オレイン酸トリエタノールアミン等を含有し得る。
ペプチドを含有するリポソーム懸濁液は、とりわけ、投与方法、送達されるペプチド、及び治療される疾患ステージにより異なる用量で、静脈内投与、局所(locally)投与、局所(topically)投与等され得る。免疫細胞に標的化するため、リガンド、例えば所望の免疫系細胞の細胞表面決定基に特異的な抗体又はその断片などをリポソームに組み込むことができる。
固体組成物には、例えば、医薬品グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、滑石、セルロース、グルコース、スクロース、炭酸マグネシウムなどを含む従来の又はナノ粒子の非毒性固体担体を使用することができる。経口投与に関して、薬学的に許容可能な非毒性組成物は、通常用いられる賦形剤、例えば既に列挙した担体のいずれか、及び略10〜95%の活性成分、即ち本発明の1つ以上のペプチドを、より好ましくは25%〜75%の濃度で添合することにより形成される。
エアロゾル投与には、免疫原性ペプチドは好ましくは界面活性剤及び噴射剤と共に微粉化した形態で提供される。ペプチドの典型的な割合は重量単位で0.01%〜20%、好ましくは1%〜10%である。界面活性剤は当然ながら非毒性であり、好ましくは噴射剤に対して可溶性であり得る。かかる薬剤の代表例は、6〜22個の炭素原子を含有する脂肪酸、例えば、カプロン酸、オクタン酸、ラウリン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、リノール酸、リノレン酸、オレステリック酸(olesteric)及びオレイン酸などと脂肪族多価アルコール又はその環状無水物とのエステル又は部分エステルである。混合エステル、例えば混合又は天然グリセリドが用いられてもよい。界面活性剤は重量単位で組成物の0.1%〜20%、好ましくは0.25〜5%を占め得る。組成物の残りは通常の噴射剤である。例えば鼻腔内送達に対するレシチンのように、担体もまた必要に応じて含まれ得る。
本発明のペプチド及びポリペプチドは、細菌又は動物性物質を含有しない試薬を利用して容易に化学的に合成することができる(Merrifield RB:「固相ペプチド合成I.テトラペプチドの合成(Solid phase peptide synthesis.I.The synthesis of a tetrapeptide)」.J.Am.Chem.Soc.85:2149−54,1963)。
本発明のペプチド及びポリペプチドはまた、ベクター、例えば、本明細書において考察するとおりの核酸分子、例えば、RNA又はDNAプラスミド、ウイルスベクター、例えばポックスウイルス、例えば、オルソポックスウイルス、アビポックスウイルス、又はアデノウイルス、AAV又はレンチウイルスによって発現させてもよい。この手法には、本発明のペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現させるためのベクターの使用が関わる。急性的若しくは慢性的に感染させた宿主又は非感染宿主に導入すると、ベクターが免疫原性ペプチドを発現し、従って宿主CTL応答を誘発する。
治療又は免疫化のため、本発明のペプチドをコードする核酸及び任意選択で本明細書に記載されるペプチドの1つ以上を患者に投与することもできる。核酸を患者に送達するため、多くの方法が好都合に用いられている。例えば、核酸は「ネイキッドDNA」として直接送達することができる。この手法は、例えば、Wolff et al.,Science 247:1465−1468(1990)並びに米国特許第5,580,859号明細書及び同第5,589,466号明細書に記載されている。核酸はまた、例えば米国特許第5,204,253号明細書に記載されるとおりのバリスティックデリバリーを用いて投与されてもよい。DNA単独で構成される粒子が投与されてもよい。或いは、DNAは、金粒子などの粒子に接着させてもよい。概して、ワクチン又は免疫学的組成物のプラスミドは、宿主細胞、例えば哺乳類細胞からの抗原の発現又は発現及び分泌を制御する調節配列に作動可能に連結された抗原(例えば、1つ以上のネオ抗原)をコードするDNAを含むことができる;例えば、上流から下流に、プロモーター、例えば哺乳類ウイルスプロモーター(例えば、hCMV又はmCMVプロモーターなどのCMVプロモーター、例えば初期中間プロモーター、又はSV40プロモーター−有用なプロモーターについては本明細書に引用又は援用される文書を参照)のDNA、分泌のための真核生物リーダーペプチドのDNA(例えば、組織プラスミノーゲン活性化因子)、1つ又は複数のネオ抗原のDNA、及びターミネーターをコードするDNA(例えば、ウシ成長ホルモン即ちbGHポリAをコードする遺伝子由来の3’UTR転写ターミネーター)。組成物は2つ以上のプラスミド又はベクターを含むことができ、従って各ベクターが異なるネオ抗原を含み、及びそれを発現する。また、そのテキストが有用であり得るWasmoenの米国特許第5,849,303号明細書、及びDaleの米国特許第5,811,104号明細書も言及される。DNA又はDNAプラスミド製剤は、カチオン性脂質と共に、又はその中に製剤化することができる;及び、カチオン性脂質、並びにアジュバントに関しては、Loosmoreの米国特許出願公開第2003/0104008号明細書もまた言及される。また、インビボで含み及び発現するDNAプラスミドの構築及び使用において用いることのできるDNAプラスミドの教示に関して、Audonnetの米国特許第6,228,846号明細書及び同第6,159,477号明細書における教示も頼ることができる。
また、カチオン性化合物、例えばカチオン性脂質に複合体化した核酸を送達することもできる。脂質媒介性遺伝子デリバリー方法が、例えば、国際公開第1996/18372号パンフレット;国際公開第1993/24640号パンフレット;Mannino & Gould−Fogerite,BioTechniques 6(7):682−691(1988);米国特許第5,279,833号明細書;国際公開第1991/06309号パンフレット;及びFeigner et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:7413−7414(1987)に記載されている。
目的のペプチドをコードするRNA(例えば、mRNA)もまた送達に使用することができる(例えば、Kiken et al,2011;Su et al,2011を参照;また、米国特許第8278036号明細書;Halabi et al.J Clin Oncol(2003)21:1232−1237;Petsch et al,Nature Biotechnology 2012 Dec 7;30(12):1210−6も参照)。
本明細書に記載されているウイルスベクターを使用して、本発明のネオ抗原ペプチドを送達することもできる。ベクターは、抗原投与によって誘発される用量及び/又は応答と同様のインビボ発現及び応答を有するように共投与することができる。
本発明のペプチドをコードする核酸を投与する好ましい手段では、複数のエピトープをコードするミニ遺伝子コンストラクトが用いられる。ヒト細胞での発現用に選択されたCTLエピトープをコードするDNA配列(ミニ遺伝子)を作成するため、エピトープのアミノ酸配列が逆翻訳される。各アミノ酸のコドン選択の指針とするためヒトコドン使用頻度表を使用する。エピトープをコードするこれらのDNA配列は直接隣接しており、連続的なポリペプチド配列を作り出す。発現及び/又は免疫原性を最適化するため、ミニ遺伝子設計にさらなるエレメントを組み込んでもよい。逆翻訳され、且つミニ遺伝子配列に含めることのできるアミノ酸配列の例としては、以下が挙げられる:ヘルパーTリンパ球、エピトープ、リーダー(シグナル)配列、及び小胞体保留シグナル。加えて、CTLエピトープに隣接する合成の(例えばポリアラニン)又は天然に存在するフランキング配列を含めることにより、CTLエピトープのMHC提示を向上させ得る。
ミニ遺伝子配列は、ミニ遺伝子のプラス鎖及びマイナス鎖をコードするオリゴヌクレオチドをアセンブルすることによりDNAに変換される。オーバーラップオリゴヌクレオチド(30〜100塩基長)が、周知の技法を用いて適切な条件下で合成され、リン酸化され、精製され及びアニールされる。オリゴヌクレオチドの末端は、T4 DNAリガーゼを使用してつなぎ合わされる。CTLエピトープポリペプチドをコードするこの合成ミニ遺伝子は、次に所望の発現ベクターにクローニングされ得る。
標的細胞における発現を確実にするため、当業者に周知の標準的な調節配列がベクターに含められる。いくつかのベクターエレメントが必要である:ミニ遺伝子挿入のための下流クローニング部位を含むプロモーター;効率的な転写終結のためのポリアデニル化シグナル;大腸菌(E.coli)複製起点;及び大腸菌(E.coli)選択可能マーカー(例えばアンピシリン又はカナマイシン耐性)。この目的のため数多くのプロモーター、例えばヒトサイトメガロウイルス(hCMV)プロモーターを使用することができる。他の好適なプロモーター配列に関しては、米国特許第5,580,859号明細書及び同第5,589,466号明細書を参照のこと。
ミニ遺伝子発現及び免疫原性を最適化するため、さらなるベクター修飾が望ましいこともある。ある場合には、効率的な遺伝子発現のためイントロンが必要であり、1つ以上の合成の又は天然に存在するイントロンがミニ遺伝子の転写領域に組み込まれ得る。ミニ遺伝子発現を増加させるため、mRNA安定化配列を含めることもまた考えられ得る。最近、免疫刺激配列(ISS又はCpG)がDNAワクチンの免疫原性において役割を果たすことが提唱されている。これらの配列は、免疫原性を増強させることが見出された場合には、ベクター中、ミニ遺伝子コード配列の外側に含められ得る。
一部の実施形態では、ミニ遺伝子によりコードされるエピトープと、免疫原性を増強又は低下させるために含められる第2のタンパク質との産生を可能にするバイシストロニック発現ベクターを使用することができる。有利には共発現した場合に免疫応答を増強し得るタンパク質又はポリペプチドの例には、サイトカイン(例えば、IL2、IL12、GM−CSF)、サイトカイン誘導分子(例えばLeIF)又は副刺激分子が含まれる。ヘルパー(HTL)エピトープを細胞内標的シグナルにつなぎ合わせ、CTLエピトープと別個に発現させてもよい。これは、CTLエピトープと異なる細胞コンパートメントへのHTLエピトープの誘導を可能にし得る。必要であれば、これはMHCクラスII経路へのHTLエピトープのより効率的な侵入、従ってCTL誘導の向上を促進し得る。CTL誘導と対照的に、免疫抑制分子(例えばTGF−β)の共発現により免疫応答を特に低下させることが、特定の疾患においては有益であり得る。
発現ベクターが選択された後、ミニ遺伝子はプロモーターの下流のポリリンカー領域にクローニングされる。このプラスミドは適切な大腸菌(E.coli)株に形質転換され、標準的な技法を用いてDNAが調製される。ミニ遺伝子並びにベクター中に含まれる他の全てのエレメントの向き及びDNA配列は、制限酵素マッピング及びDNA配列解析を用いて確認される。正しいプラスミドを有する細菌細胞をマスターセルバンク及びワーキングセルバンクとして保存することができる。
精製プラスミドDNAは、種々の製剤を使用して注射用に調製することができる。それらのうち最も単純なものは、滅菌リン酸緩衝生理食塩水(PBS)中での凍結乾燥DNAの再構成である。種々方法が記載されており、新技術が利用可能になり得る。本明細書に記載のとおり、核酸は好都合にはカチオン性脂質と製剤化される。加えて、糖脂質、融合性リポソーム、ペプチド及び保護性相互作用性非縮合性(protective,interactive,non−condensing:PINC)と総称される化合物を複合体化してプラスミドDNAを精製し、安定性、筋内分散、又は特定の臓器若しくは細胞型への輸送などの変数に影響を与えることもできる。
標的細胞感作を、ミニ遺伝子によりコードされるCTLエピトープの発現及びMHCクラスI提示に関する機能アッセイとして用いることができる。プラスミドDNAが、標準的なCTLクロム遊離アッセイの標的として好適な哺乳類細胞系に導入される。使用されるトランスフェクション方法は最終的な製剤に依存する。「ネイキッド」DNAには電気穿孔が使用されてもよく、一方、カチオン性脂質は直接的なインビトロトランスフェクションを可能にする。緑色蛍光タンパク質(GFP)を発現するプラスミドをコトランスフェクトして、蛍光活性化細胞選別(FACS)を用いたトランスフェクト細胞のエンリッチメントを可能にし得る。これらの細胞は、次にクロム−51標識され、エピトープ特異的CTL系の標的細胞として用いられる。51 Cr遊離によって検出される細胞溶解が、ミニ遺伝子によりコードされるCTLエピトープのMHC提示が生じたことを示す。
生体内免疫原性は、ミニ遺伝子DNA製剤の機能を試験する第2の手法である。適切なヒトMHC分子を発現するトランスジェニックマウスをDNA製剤で免疫する。用量及び投与経路は製剤に依存する(例えばPBS中DNAにはIM、脂質複合体化DNAにはIP)。免疫化の21日後、脾細胞を回収し、各被験エピトープをコードするペプチドの存在下で1週間にわたり再刺激する。これらのエフェクター細胞(CTL)を、ペプチドが負荷されたクロム−51標識標的細胞の細胞溶解に関して標準的な技法を用いてアッセイする。ミニ遺伝子によりコードされるエピトープに対応するペプチドのMHC負荷により感作された標的細胞の溶解が、CTLの生体内誘導に関するDNAワクチン機能を実証する。
ペプチドは、エキソビボでCTLを誘発するためにも用いられ得る。得られたCTLを使用して、他の従来型の治療法に応答しないか又はペプチドワクチン治療手法に応答しない、それを必要とする患者の慢性腫瘍を治療することができる。特定の腫瘍抗原に対するエキソビボCTL応答は、組織培養で患者のCTL前駆細胞(CTLp)を抗原提示細胞(APC)供給源及び適切なペプチドと共にインキュベートすることにより誘導される。適切なインキュベーション時間(典型的には1〜4週間)の間にCTLpが活性化され、エフェクターCTLに成熟して拡大した後、細胞が患者に注入し戻され、そこでそれらがその特異的標的細胞(即ち、腫瘍細胞)を破壊する。特定の細胞傷害性T細胞の生成にインビトロ条件を最適化するため、刺激細胞の培養物は適切な無血清培地中に維持される。
活性させる細胞、例えば前駆CD8+細胞と刺激細胞をインキュベートする前、刺激細胞の表面上で発現するヒトクラスI分子に負荷された状態となるのに十分な分量の、ある量の抗原ペプチドが刺激細胞培養物に加えられる。本発明では、ペプチドの十分な量とは、ペプチドが負荷された約200個、及び好ましくは200個以上のヒトクラスI MHC分子を各刺激細胞の表面上で発現させることが可能な量である。好ましくは、刺激細胞は、>2μg/mlのペプチドとインキュベートされる。例えば、刺激細胞は、>3、4、5、10、15μg/ml、又はそれ以上のペプチドとインキュベートされる。
次に静止細胞又は前駆CD8+細胞は、培養下で、CD8+細胞を活性化するのに十分な期間にわたり適切な刺激細胞と共にインキュベートされる。好ましくは、CD8+細胞は抗原特異的様式で活性化される。静止細胞又は前駆CD8+(エフェクター)細胞と刺激細胞との比は個体毎に異なり得るとともに、さらに、培養条件に対する個体のリンパ球の従順さ並びに疾患状態の性質及び重症度又は記載の範囲内の治療様式が用いられる他の条件などの変数に依存し得る。しかしながら、好ましくは、リンパ球:刺激細胞比は約30:1〜300:1の範囲である。エフェクター/刺激培養物は、治療上使用可能な又は有効な数のCD8+細胞を刺激するのに必要な時間にわたり維持され得る。
インビトロでのCTL誘導には、APC上の対立遺伝子特異的MHCクラスI分子に結合しているペプチドの特異的認識が必要である。CTLの、特に一次免疫応答における刺激には、APC当たりの特異的MHC/ペプチド複合体の数が決定的に重要である。細胞当たりのペプチド/MHC複合体は少量であっても、CTLによる溶解を受け易い細胞にしたり、又は二次CTL応答を刺激したりするには十分であるが、一次応答中のCTL前駆体(pCTL)の活性化を成功させるには、大幅に多い数のMHC/ペプチド複合体が必要である。細胞上の空の主要組織適合性複合体分子にペプチドを負荷することにより、一次細胞傷害性Tリンパ球応答の誘導が可能となる。
ヒトMHC対立遺伝子毎に変異細胞系が存在するわけではないため、APCの表面から内因性MHC関連ペプチドを取り除き、次に得られた空のMHC分子に目的の免疫原性ペプチドを負荷する技法を用いることが有利である。形質転換されていない(非腫瘍形成性の)非感染細胞、好ましくは患者の自己細胞をAPCとして使用することが、エキソビボCTL療法の開発に向けたCTL誘導プロトコルの設計に望ましい。本願は、APCの表面から内因性MHC関連ペプチドをストリッピングし、続いて所望のペプチドを負荷する方法を開示する。
安定したMHCクラスI分子は、以下のエレメントで形成される三量体複合体である:1)通常8〜10残基のペプチド、2)そのal及びa2ドメインにペプチド結合部位を有する膜貫通重鎖多型タンパク質鎖、及び3)非共有結合的に会合した非多型軽鎖、p2ミクログロブリン(p2microglobuiin)。複合体から結合したペプチドを取り除き及び/又はp2ミクログロブリンを解離させるとMHCクラスI分子が非機能性になって不安定化し、急速な分解がもたらされる。PBMCから単離される全てのMHCクラスI分子が、それらに結合する内因性ペプチドを有する。従って、第1のステップは、APC上のMHCクラスI分子に結合する全ての内因性ペプチドを、その分解を引き起こすことなく取り除くことであり、その後それらに外来性ペプチドを加えることができる。
MHCクラスI分子から結合したペプチドを取り除く2つの可能な方法として、培養温度を37℃から26℃に一晩下げてp2ミクログロブリンを不安定化させること、及び弱酸処理を用いて細胞から内因性ペプチドをストリッピングすることが挙げられる。これらの方法により、それまで結合していたペプチドが細胞外環境に遊離し、新しい外来性ペプチドが空のクラスI分子に結合することが可能になる。低温インキュベーション方法は、外来性ペプチドをMHC複合体に効率的に結合させることが可能であるが、26℃で一晩インキュベートする必要があり、これが細胞の代謝速度を減速させ得る。また、MHC分子を能動的に合成しない細胞(例えば、静止PBMC)は、低温手順によっては多量の空の表面MHC分子を生じない可能性もある。
苛酷な酸ストリッピングには、トリフルオロ酢酸、pH2によるペプチドの抽出、又はイムノアフィニティー精製クラスI−ペプチド複合体の酸変性が関わる。APCのバイアビリティー及び抗原提示にとって決定的に重要な最適な代謝状態を維持しながら内因性ペプチドを取り除くことが重要であるため、これらの方法はCTL誘導には実現不可能である。グリシン又はクエン酸リン酸緩衝液などのpH3の弱酸性溶液が、内因性ペプチドの同定及び腫瘍関連T細胞エピトープの同定に用いられている。この処理は、MHCクラスI分子のみが不安定化する(及び関連ペプチドが遊離する)一方、MHCクラスII分子を含め、他の表面抗原はインタクトなままである点で特に有効である。最も重要なことに、弱酸性溶液による細胞の処理は細胞のバイアビリティー又は代謝状態に影響を及ぼさない。内因性ペプチドのストリッピングは4℃、2分間で行われ、且つAPCは適切なペプチドが負荷された後直ちにその機能を果たすことのできる状態にあるため、弱酸処理は迅速である。この技法は、本明細書では、一次抗原特異的CTLを生じさせるペプチド特異的APCの作製に利用される。得られるAPCは、ペプチド特異的CD8+ CTLの誘導において効率が良い。
活性化CD8+細胞は、種々の公知の方法の一つを用いて刺激細胞と効果的に分離し得る。例えば、刺激細胞、刺激細胞に負荷されたペプチド、又はCD8+細胞(又はそのセグメント)に特異的なモノクローナル抗体を利用して、その適切な相補リガンドに結合させ得る。次に抗体タグ標識分子を適切な手段、例えば周知されている免疫沈降又はイムノアッセイ方法で刺激エフェクター細胞混合物から抽出し得る。
活性化CD8+細胞の細胞傷害性の有効量は、インビトロ使用とインビボ使用との間で、並びにこれらのキラー細胞の最終的な標的である細胞の量及びタイプによって異なり得る。量はまた、患者の状態に応じても異なり、専門家によりあらゆる適切な要因を考慮して決定されなければならない。しかしながら、好ましくは、マウスで使用される約5×10〜5×10細胞と比較して、成人ヒトに対して約1×10〜約1×1012、より好ましくは約1×10〜約1×1011、さらにより好ましくは約1×10〜約1×1010の活性化CD8+細胞が利用される。
好ましくは、本明細書で考察したとおり、活性化CD8+細胞は、治療しようとする個体にCD8+細胞を投与する前に細胞培養物から回収される。しかしながら、他の現行の提案される治療様式とは異なり、本方法は、非腫瘍形成性の細胞培養系を使用する点に留意することが重要である。従って、刺激細胞及び活性化CD8+細胞の完全な分離が実現される場合、少数の刺激細胞の投与に関連することが知られる固有の危険性はなく、一方、哺乳類腫瘍促進細胞の投与は極めて危険であり得る。
細胞成分を再導入する方法は当該技術分野において公知であり、Honsikらに対する米国特許第4,844,893号明細書及びRosenbergに対する米国特許第4,690,915号明細書に例示されるような手順が挙げられる。例えば、静脈内注入による活性化CD8+細胞の投与が適切である。
本発明の実施には、特に指示されない限り、分子生物学(組換え技術を含む)、微生物学、細胞生物学、生化学及び免疫学の従来技法を使用し、これらは十分に当業者の範囲内である。かかる技法は、“Molecular Cloning:A Laboratory Manual”,second edition(Sambrook,1989);“Oligonucleotide Synthesis”(Gait,1984);“Animal Cell Culture”(Freshney,1987);“Methods in Enzymology” “Handbook of Experimental Immunology”(Wei,1996);“Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells”(Miller and Calos,1987);“Current Protocols in Molecular Biology”(Ausubel,1987);“PCR:The Polymerase Chain Reaction”,(Mullis,1994);“Current Protocols in Immunology”(Coligan,1991)などの文献中に詳しく説明されている。これらの技法は本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドの産生に適用可能であり、従って、本発明の作製及び実施において考慮され得る。詳細な実施形態に特に有用な技法を次節で考察する。
治療法
本発明は、本発明の複数のネオ抗原ペプチド若しくは組成物を対象に投与することによって、対象において新生物/腫瘍特異的免疫応答を誘導する方法、新生物/腫瘍に対するワクチンを接種する方法、対象における癌の症状を治療及び/又は軽減する方法を提供する。
本発明によれば、本明細書に記載される新生物ワクチン又は免疫原性組成物は、癌である、又は癌の発症リスクがあると診断された患者に用いられ得る。
本発明の特許請求された組み合わせを、CTL応答を誘発するのに十分な量で投与する。
追加の療法
本明細書に記載されている腫瘍特異的ネオ抗原ペプチド及び医薬組成物を、別の薬剤(例えば治療薬)との併用療法で投与することもできる。特定の実施形態において、この追加の薬剤は化学療法剤、抗血管新生剤、及び免疫抑制を低下させる薬剤であり得るが、これらに限定されない。
新生物ワクチン又は免疫原性組成物を、追加の薬剤の投与前に、投与中に又は投与後に投与することができる。複数の実施形態において、この新生物ワクチン又は免疫原性組成物を、追加の薬剤の最初の投与前に投与する。他の実施形態において、この新生物ワクチン又は免疫原性組成物を、追加の治療剤の最初の投与後(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14日又は更なる日後)に投与する。複数の実施形態において、この新生物ワクチン又は免疫原性組成物を、追加の治療剤の最初の投与と同時に投与する。
この治療剤は、例えば、化学療法剤若しくは生物学的療法剤、放射線照射又は免疫療法である。特定の癌に任意の適切な治療的処置を投与することができる。化学療法剤及び生物学的療法剤の例として、下記が挙げられるがこれらに限定されない:血管新生阻害剤、例えばヒドロキシアンギオスタチンK1−3、DL−α−ジフルオロメチル−オルニチン、エンドスタチン、フマギリン、ゲニステイン、ミノサイクリン、スタウロスポリン及びサリドマイド;DNA干渉物質/架橋剤、例えばブレオマイシン、カルボプラチン、カルムスチン、クロラムブシル、シクロホスファミド、cis−ジアンミン白金(II)ジクロリド(シスプラチン)、メルファラン、ミトキサントロン及びオキサリプラチン;DNA合成阻害剤、例えば(±)−アメトプテリン(メトトレキサート)、3−アミノ−1,2,4−ベンゾトリアジン1,4−ジオキシド、アミノプテリン、シトシンβ−D−アラビノフラノシド、5−フルオロ−5’−デオキシウリジン、5−フルオロウラシル、ガンシクロビル、ヒドロキシ尿素及びマイトマイシンC;DNA−RNA転写調節剤、例えばアクチノマイシンD、ダウノルビシン、ドキソルビシン、ホモハリントニン及びイダルビシン;酵素阻害剤、例えばS(+)−カンプトテシン、クルクミン、(−)−デグエリン、5,6−ジクロロベンズイミダゾール1−β−D−リボフラノシド、エトポシド、ホルメスタン、フォストリエシン、ヒスピジン、2−イミノ−1−イミダゾリ−ジン酢酸(シクロクレアチン)、メビノリン、トリコスタチンA、チロホスチンAG34及びチロホスチンAG879;遺伝子調節剤、例えば5−アザ−2’−デオキシシチジン、5−アザシチジン、コレカルシフェロール(ビタミンD3)、4−ヒドロキシタモキシフェン、メラトニン、ミフェプリストン、ラロキシフェン、オールトランス−レチナール(ビタミンAアルデヒド)、レチノイン酸オールトランス(ビタミンA酸)、9−cis−レチノイン酸、13−cis−レチノイン酸、レチノール(ビタミンA)、タモキシフェン及びトログリタゾン;微小管重合阻害剤、例えばコルヒチン、ドセタキセル、ドラスタチン15、ノコダゾール、パクリタキセル、ポドフィロトキシン、リゾキシン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン及びビノレルビン(ナベルビン);並びに未分類の治療剤、例えば17−(アリルアミノ)−17−デメトキシゲルダナマイシン、4−アミノ−1,8−ナフタルイミド、アピゲニン、ブレフェルジンA、シメチジン、ジクロロメチレン−ジホスホン酸、リュープロリド(リュープロレリン)、黄体形成ホルモン放出ホルモン、ピフィスリン−α、ラパマイシン、性ホルモン結合グロブリン、タプシガルジン及び尿トリプシン阻害剤断片(ビクニン)。この治療剤は、アルトレタミン、アミホスチン、アスパラギナーゼ、カペシタビン、クラドリビン、シサプリド、シタラビン、ダカルバジン(DTIC)、ダクチノマイシン、ドロナビノール、エポエチンアルファ、フィルグラスチム、フルダラビン、ゲムシタビン、グラニセトロン、イホスファミド、イリノテカン、ランソプラゾール、レバミソール、ロイコボリン、メゲストロール、メスナ、メトクロプラミド、ミトタン、オメプラゾール、オンダンセトロン、ピロカルピン、プロクロロペラジン(prochloroperazine)又は塩酸トポテカンであることができる。この治療剤は、モノクローナル抗体又は小分子であることができ、例えばリツキシマブ(Rituxan(登録商標))、アレムツズマブ(Campath(登録商標))、ベバシズマブ(Avastin(登録商標))、セツキシマブ(Erbitux(登録商標))、パニツムマブ(Vectibix(登録商標))及びトラスツズマブ(Herceptin(登録商標))、ベムラフェニブ(Zelboraf(登録商標))、メシル酸イマチニブ(Gleevec(登録商標))、エルロチニブ(Tarceva(登録商標))、ゲフィチニブ(Iressa(登録商標))、ビスモデギブ(Erivedge(商標))、90Y−イブリツモマブチウキセタン、131I−トシツモマブ、アド−トラスツズマブエムタンシン、ラパチニブ(Tykerb(登録商標))、ペルツズマブ(Perjeta(商標))、アド−トラスツズマブエムタンシン(Kadcyla(商標))、レゴラフェニブ(Stivarga(登録商標))、スニチニブ(Sutent(登録商標))、デノスマブ(Xgeva(登録商標))、ソラフェニブ(Nexavar(登録商標))、パゾパニブ(Votrient(登録商標))、アキシチニブ(Inlyta(登録商標))、ダサチニブ(Sprycel(登録商標))、ニロチニブ(Tasigna(登録商標))、ボスチニブ(Bosulif(登録商標))、オファツムマブ(Arzerra(登録商標))、オビヌツズマブ(Gazyva(商標))、イブルチニブ(Imbruvica(商標))、イデラリシブ(Zydelig(登録商標))、クリゾチニブ(Xalkori(登録商標))、エルロチニブ(Tarceva(登録商標))、アファチニブジマレイン酸塩(Gilotrif(登録商標))、セリチニブ(LDK378/Zykadia)、トシツモマブ及び131I−トシツモマブ(Bexxar(登録商標))、イブリツモマブチウキセタン(Zevalin(登録商標))、ブレンツキシマブベドチン(Adcetris(登録商標))、ボルテゾミブ(Velcade(登録商標))、シルツキシマブ(Sylvant(商標))、トラメチニブ(Mekinist(登録商標))、ダブラフェニブ(Tafinlar(登録商標))、ペンブロリズマブ(Keytruda(登録商標))、カルフィルゾミブ(Kyprolis(登録商標))、ラムシルマブ(Cyramza(商標))、カボザンチニブ(Cometriq(商標))、バンデタニブ(Caprelsa(登録商標))であることができる。任意選択で、この治療剤はネオ抗原である。この治療剤は、サイトカイン、例えばインターフェロン(INF)、インターロイキン(IL)又は造血成長因子であることができる。この治療剤は、INF−アルファ、IL−2、アルデスロイキン、IL−2、エリスロポエチン、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子(GM−CSF)又は顆粒球コロニー刺激因子であることができる。この治療剤は標的療法であることができ、例えばトレミフェン(Fareston(登録商標))、フルベストラント(Faslodex(登録商標))、アナストロゾール(Arimidex(登録商標))、エキセメスタン(Aromasin(登録商標))、レトロゾール(Femara(登録商標))、ziv−アフリベルセプト(Zaltrap(登録商標))、アリトレチノイン(Panretin(登録商標))、テムシロリムス(Torisel(登録商標))、トレチノイン(Vesanoid(登録商標))、デニロイキンジフチトクス(Ontak(登録商標))、ボリノスタット(Zolinza(登録商標))、ロミデプシン(Istodax(登録商標))、ベキサロテン(Targretin(登録商標))、プララトレキサート(Folotyn(登録商標))、レナリオマイド(lenaliomide)(Revlimid(登録商標))、ベリノスタット(Beleodaq(商標))、レナリオマイド(Revlimid(登録商標))、ポマリドマイド(Pomalyst(登録商標))、カバジタキセル(Jevtana(登録商標))、エンザルタミド(Xtandi(登録商標))、酢酸アビラテロン(Zytiga(登録商標))、塩化ラジウム223(Xofigo(登録商標))又はエベロリムス(Afinitor(登録商標))であることができる。加えて、この治療薬はエピジェネティック標的薬であることができ、例えばHDAC阻害剤、キナーゼ阻害剤、DNAメチルトランスフェラーゼ阻害剤、ヒストンデメチラーゼ阻害剤又はヒストンメチル化阻害剤であることができる。このエピジェネティック薬は、アザシチジン(Vidaza)、デシタビン(Dacogen)、ボリノスタット(Zolinza)、ロミデプシン(Istodax)又はルキソリチニブ(Jakafi)であることができる。前立腺癌の処置を目的として、抗CTLA−4を組み合わせることができる好ましい化学療法剤はパクリタキセル(TAXOL)である。
特定の実施形態において、1つ以上の追加の薬剤は、1つ以上の抗グルココルチコイド誘発性腫瘍壊死因子ファミリー受容体(GITR)アゴニスト抗体である。GITRはTリンパ球の共刺激分子であり、先天的な及び適応性の免疫系を調節し、様々な免疫応答及び炎症プロセスに関与することが分かっている。GITRは、デキサメタゾンで処理したマウスT細胞ハイブリドーマからクローニングされた後にNocentini et al.により最初に説明された(Nocentini et al.Proc Natl Acad Sci USA 94:6216−6221.1997)。CD28及びCTLA−4とは異なり、GITRは、未処理のCD4+及びCD8+T細胞で非常に低い基礎的発現を有する(Ronchetti et al.Eur J Immunol 34:613−622.2004)。GITR刺激がインビトロで免疫刺激効果を有し、且つインビボで誘発された自己免疫を有するという観察により、この経路の引き金を引く抗腫瘍効力の調査が促された。癌免疫療法のためのCtla4及びGitrの調節の概要を、「癌の免疫学及び免疫療法(Cancer Immunology and Immunotherapy)」(Avogadri et al.Current Topics in Microbiology and Immunology 344.2011)で見出すことができる。免疫抑制の緩和に寄与し得る他の薬剤として、BTLA、LAG3、ICOS、PDL1又はKIR等のCD28/CDLA4 Igスーパーファミリーの別のメンバーを標的とするチェックポイント阻害剤が挙げられる(Page et a,Annual Review of Medicine 65:27(2014))。さらに追加の実施形態において、チェックポイント阻害剤は、CD40、OX40、CD137、GITR、CD27又はTIM−3等のTNFRスーパーファミリーのメンバーを標的とする。いくつかの場合において、チェックポイント阻害剤のターゲティングは、阻害抗体又は類似の分子により達成される。他の場合において、このターゲティングは、標的に対するアゴニストにより達成され、このクラスの例として、刺激型標的OX40及びGITRが挙げられる。
特定の実施形態において、1つ以上の追加の薬剤は、処置後に免疫原性を増加させるという点において相乗的である。一実施形態において、この追加の薬剤は、追加の治療剤又は本明細書に記載されている併用療法の任意の成分のより低い用量に起因して、より低い毒性及び/又はより低い不快感を可能にする。別の実施形態において、この追加の薬剤は、本明細書に記載されている併用療法の有効性の増加に起因して、より長い寿命をもたらす。患者の免疫応答を増強する化学療法的処置が概説されている(Zitvogel et al.,「癌化学療法の免疫学的側面(Immunological aspects of cancer chemotherapy)」.Nat Rev Immunol.2008 Jan;8(1):59−73)。加えて、化学療法剤を、ワクチンに特異的なT細胞応答を阻害することなく免疫療法と共に安全に投与することができる(Perez et al.,「抗がんペプチドワクチンの新時代(A new era in anticancer peptide vaccines)」.Cancer May 2010)。一実施形態において、追加の薬剤を投与して、本明細書に記載されている療法の有効性を高める。一実施形態において、追加の薬剤は化学療法処置である。一実施形態において、低用量の化学療法は遅延型過敏症(DTH)応答を増強する。一実施形態において、化学療法剤は調節性T細胞を標的とする。一実施形態において、シクロホスファミドは治療剤である。一実施形態において、シクロホスファミドをワクチン接種の前に投与する。一実施形態において、シクロホスファミドをワクチン接種の前に単回用量で投与する(Walter et al.,「単一用量のシクロホスファミド後の癌ワクチンIMA901に対するマルチペプチド免疫応答はより長い患者の生存と関連する(Multipeptide immune response to cancer vaccine IMA901 after single−dose cyclophosphamide associates with longer patient survival)」.Nature Medicine;18:8 2012)。別の実施形態において、シクロホスファミドを、1日用量を1ヵ月にわたり投与する規則正しいプログラムに従って投与する(Ghiringhelli et al.,「メトロノームシクロホスファミドレジメンはCD4+CD25+調節性T細胞を選択的に枯渇させ、末期癌患者のT及びNKエフェクター機能を回復させる(Metronomic cyclophosphamide regimen selectively depletes CD4+CD25+ regulatory T cells and restores T and NK effector functions in end stage cancer patients)」.Cancer Immunol Immunother 2007 56:641−648)。別の実施形態において、ワクチン接種の前にタキサンを投与して、T細胞及びNK細胞の機能を増強する(Zitvogel et al.,2008)。別の実施形態において、低用量の化学療法剤を、本明細書で説明されている治療と共に投与する。一実施形態において、化学療法剤はエストラムスチンである。一実施形態において、癌はホルモン耐性前立腺癌である。個別化されたクチン接種のみにより、進行型のホルモン不応性前立腺癌患者の8.7%では血清前立腺特異的抗原(PSA)の≧50%の減少が見られたが、そのような減少は、個別化されたワクチン接種が低用量のエストラムスチンと組み合わされた場合に患者の54%で見られた(Itoh et al.,「個別化されたペプチドワクチン:癌の新規の治療法(Personalized peptide vaccines:A new therapeutic modality for cancer)」.Cancer Sci 2006;97:970−976)。別の実施形態において、グルココルチコイドを、本明細書に記載されている療法と共に又はこの治療の前に投与する(Zitvogel et al.,2008)。別の実施形態において、グルココルチコイドを、本明細書に記載されている療法の後に投与する。別の実施形態において、ゲムシタビンを、本明細書に記載されている療法の前に、同時に又は後に投与して、腫瘍特異的CTL前駆体の頻度を高める(Zitvogel et al.,2008)。別の実施形態において、ペプチドベースのワクチンと共に相乗効果が見られたことから、5−フルオロウラシルを、本明細書に記載されている療法と共に投与する(Zitvogel et al.,2008)。別の実施形態において、Brafの阻害剤(例えばベムラフェニブ)を追加の薬剤として使用する。Braf阻害は、メラノーマ抗原発現及びT細胞浸潤物の増加並びに処置された患者の腫瘍中での免疫抑制サイトカインの減少と関連することが分かっている(Frederick et al.,「BRAF阻害は、転移性メラノーマの患者におけるメラノーマ抗原発現の増強及びより好ましい腫瘍微小環境と関連する(BRAF inhibition is associated with enhanced melanoma antigen expression and a more favorable tumor microenvironment in patients with metastatic melanoma)」.Clin Cancer Res.2013;19:1225−1231)。別の実施形態において、チロシンキナーゼの阻害剤を追加の薬剤として使用する。一実施形態において、このチロシンキナーゼ阻害剤を、本明細書に記載されている療法によるワクチン接種の前に使用する。一実施形態において、このチロシンキナーゼ阻害剤を、本明細書に記載されている療法と同時に使用する。別の実施形態において、このチロシンキナーゼ阻害剤を使用して、より免疫許容的な環境を作る。別の実施形態において、このチロシンキナーゼ阻害剤はスニチニブ又はイマチニブメシレートである。スニチニブ及び組換えワクチンの連続した毎日の投与による逐次投与により良好な転帰が達成され得ることが既に分かっている(Farsaci et al.,「宿主免疫応答要素に対するスニチニブの投与スケジュールの結果及びワクチン併用療法(Consequence of dose scheduling of sunitinib on host immune response elements and vaccine combination therapy)」.Int J Cancer;130:1948−1959)。スニチニブはまた、50mg/日の1日用量を使用して1型免疫抑制を逆転することも分かっている(Finke et al.,「スニチニブは、腎細胞癌患者において1型免疫抑制を逆転し、T調節性細胞を減少させる(Sunitinib Reverses Type−1 Immune Suppression and Decreases T−Regulatory Cells in Renal Cell Carcinoma Patients)」.Clin Cancer Res 2008;14(20))。別の実施形態において、標的療法を、本明細書に記載されている療法と組み合わせて投与する。標的療法の用量は既に説明されている(Alvarez,「進行型乳癌の治療の現在及び将来の進化(Present and future evolution of advanced breast cancer therapy)」.Breast Cancer Research 2010,12(Suppl 2):S1)。別の実施形態において、テモゾロミドを、本明細書に記載されている療法と共に投与する。一実施形態において、テモゾロミドを、本明細書に記載されている療法との併用療法で4週毎に5日にわたり200mg/日で投与する。同様の戦略の結果は毒性が低いことが分かっている(Kyte et al.,「テモゾロミドと組み合わされたテロメラーゼペプチドワクチン接種:第IVステージの黒色腫患者での臨床試験(Telomerase Peptide Vaccination Combined with Temozolomide:A Clinical Trial in Stage IV Melanoma Patients)」.Clin Cancer Res;17(13)2011)。別の実施形態において、この療法を、リンパ球減少症を引き起こす追加の治療剤と共に投与する。一実施形態において、この追加の薬剤はテモゾロミドである。免疫応答は、この条件下でも依然として誘発され得る(Sampson et al.,「より大きな化学療法誘発型リンパ球減少症は、神経膠芽腫の患者において、EGFRvIII発現腫瘍細胞を除去する腫瘍特異的免疫応答を増強する(Greater chemotherapy−induced lymphopenia enhances tumor−specific immune responses that eliminate EGFRvIII−expressing tumor cells in patients with glioblastoma)」.Neuro−Oncology 13(3):324−333,2011)。
それを必要としている患者は、腫瘍特異的ペプチドの混合物による一連のプライミングワクチン接種を受け得る。加えて、4週間の期間にわたるプライミングの後、維持期の間に2回のブーストが続き得る。ワクチン接種は全て皮下送達される。ワクチン又は免疫原性組成物は、患者における安全性、忍容性、免疫応答及び臨床効果に関して、並びにワクチン又は免疫原性組成物の作製及び適切な時間フレーム内におけるワクチン接種開始の成功の実現可能性に関して評価され得る。第1コホートは5人の患者からなってもよく、安全性が十分に実証された後、10人の患者のさらなるコホートが登録され得る。ペプチド特異的T細胞応答に関して末梢血が広範にモニタされ、疾患再発を評価するため患者は最長2年間にわたり追跡される。
標準治療と調和する併用療法の管理
別の態様では、本明細書に記載されている療法は、それを必要としている患者のために処置される癌の標準治療に関する及びこの標準治療内の併用療法を投与するための適切なポイントを選択することを提供する。本明細書に記載されている研究は、この併用療法が、手術、放射線照射又は化学療法を含む標準治療内であっても効果的に投与され得ることを示す。最も一般的な癌の標準治療を、National Cancer Instituteのウェブサイト(www.cancer.gov/cancertopics)で見ることができる。この標準治療は、特定のタイプの疾患に対する適切な処置として医療専門家により受け入れられており且つ医療従事者により広く使用されている現在の処置である。標準治療はまた、ベストプラクティス、標準的医療及び標準療法とも呼ばれる。癌の標準治療として、一般には、手術、リンパ節切除、放射線照射、化学療法、標的療法、腫瘍を標的とする抗体、及び免疫療法が挙げられる。免疫療法として、チェックポイントブロッカー(CBP)、キメラ抗体受容体(CAR)、及び養子T細胞療法を挙げることができる。本明細書に記載されている併用療法を標準治療に組み込むことができる。本明細書に記載されている併用療法は、医療の進歩により標準治療が変更された場合にも投与され得る。
本明細書に記載されている併用療法の組込みは、免疫系を活性化し得る標準治療での処置工程に依存し得る。併用療法と相乗的に活性化して機能することができる処置工程は本明細書に記載されている。この療法を、免疫系を活性化する処置と同時に又は後に有利に投与することができる。
本明細書に記載されている併用療法の組込みは、免疫系を抑制する標準治療の処置工程に依存し得る。そのような処置工程は、照射、高用量のアルキル化剤及び/又はメトトレキサート、ステロイド(例えばグルコステロイド(glucosteroid))、例えばリンパ節を切除するための手術、メシル酸イマチニブ、高用量のTNF、並びにタキサンを含み得る(Zitvogel et al.,2008)。この併用療法を、そのような工程の前に投与してもよいし後に投与してもよい。
一実施形態において、この併用療法を骨髄移植及び末梢血幹細胞移植の後に投与することができる。骨髄移植及び末梢血幹細胞移植は、高用量の化学療法及び/又は高線量の放射線療法により破壊された幹細胞を回復させる処置である。高用量の抗癌剤及び/又は高線量の放射線による処置の後、採取しておいた幹細胞を患者に移し、この幹細胞が骨髄に移動して新たな血液細胞を作り始める。「ミニ移植」は、毒性の低い低用量の化学療法及び/又は低線量の放射線を使用して患者の移植を準備する。「タンデム移植」は、高用量の化学療法と幹細胞移植との2つの逐次的な経過を伴う。自家移植では、患者に、この患者自身の幹細胞を移す。同系移植では、患者に、この患者の一卵性双生児の幹細胞を移す。同種異系移植では、患者に、この患者の兄弟、姉妹又は親の幹細胞を移す。患者と血縁関係にない人(非血縁ドナー)も使用することができる。ある種の白血病では、同種異系のBMT及びPBSCTの後に生じる移植片対腫瘍(GVT)効果が、処置の有効性に極めて重要である。GVTは、ドナー由来の白血球(移植片)が、化学療法及び/又は放射線療法の後に患者の体内に残る癌細胞(腫瘍)を外来性と同定してこの癌細胞を攻撃する場合に生じる。本明細書に記載されている併用療法による免疫療法は、移植後にワクチン接種することにより、これを利用することができる。加えて、移植された細胞には、移植前に、本明細書に記載されている併用療法のネオ抗原が提示され得る。
一実施形態において、この併用療法を、手術を必要とする癌を有する、それを必要としている患者に投与する。一実施形態において、本明細書に記載されている併用療法を、標準治療が一次手術とそれに続く可能性のある微小転移を除去するための処置とである癌(例えば乳癌)において、それを必要としている患者に投与する。乳癌は通常、この癌のステージ及び悪性度に基づいて、手術、放射線療法、化学療法及びホルモン療法の様々な組み合わせにより処置される。乳癌に対するアジュバント療法は、長期生存の可能性を増加させるための一次療法の後に行なわれる任意の処置である。ネオアジュバント療法は、一次療法の前に行なわれる処置である。乳癌に対するアジュバント療法は、長期にわたる無疾患の生存の可能性を増加させるための一次療法の後に行なわれる任意の処置である。一次療法は、癌を低減するために又は除去するために使用される主要な処置である。乳癌に対する一次療法には通常、手術、乳房切除術(乳房の切除)又は腫瘤摘出術(腫瘍及びこの腫瘍の周囲の小量の正常組織を切除するための手術;乳房温存手術の一種)が含まれる。いずれの種類の手術の間でも、癌細胞がリンパ系に広がっているかどうかを確かめるために1つ以上の隣接リンパ節も切除される。女性が乳房温存手術を受ける場合、一次療法には放射線療法がほぼ常に含まれる。早期乳癌であっても、細胞は原発腫瘍から抜け出して身体の他の部分に広がり得る(転移し得る)。従って、医師は、撮像又は臨床検査により検出することができなかったとしても、広がっている可能性があるあらゆる癌細胞を死滅させるためにアジュバント療法を行なう。
一実施形態において、この併用療法を、非浸潤性乳管癌(DCIS)に対する標準治療と調和して投与する。この乳癌タイプに対する標準療法は下記である:
1.タモキシフェンを伴う又は伴わない乳房温存手術及び放射線療法。
2.タモキシフェンを伴う又は伴わない全乳房切除術。
3.放射線療法を伴わない乳房温存手術。
この併用療法を乳房温存手術又は全乳房切除術の前に投与して、手術前に腫瘍を小さくすることができる。別の実施形態において、この併用療法を、アジュバント療法として投与して、残存するあらゆる癌細胞を除去することができる。
別の実施形態において、ステージI、II、IIIA及び手術可能なIIICの乳癌と診断されている患者を、本明細書で記載されている併用療法で処置する。この乳癌タイプに対する標準治療は下記である:
1.局所的−局部的処置:
・ 乳房温存療法(腫瘤摘出術、乳房放射線照射、及び腋窩の外科的病期判定)。
・ 乳房再建術を伴う又は伴わない非定型的乳房切除術(レベル1〜IIの腋窩郭清を伴う全乳房の除去)。
・ センチネルリンパ節生検。
2.腋窩リンパ節陽性腫瘍における乳房切除術後のアジュバント放射線療法:
・ 1〜3つのリンパ節の場合:局部放射線(鎖骨下/鎖骨上のリンパ節、内胸リンパ節、腋窩リンパ節、及び胸壁)の不明な役割。
・ 4つ超のリンパ節又は節外性病変の場合:局部的放射線療法が推奨される。
3.アジュバント全身療法。
一実施形態において、この併用療法をネオアジュバント療法として投与して、腫瘍を小さくする。別の実施形態において、この併用をアジュバント全身療法として投与する。
別の実施形態において、手術不可能なステージIIIB若しくはIIIC又は炎症性乳癌と診断された患者を、本明細書に記載されている併用療法で処置する。この乳癌に対する標準治療は下記である:
1.治癒目的で投与される集学的治療が、臨床ステージIIIBの疾患の患者に対する標準治療である。
2.初期の手術は概して、組織診断、エストロゲン受容体(ER)及びプロゲステロン受容体(PR)レベル、並びにヒト上皮成長因子受容体2(HER2/neu)の過剰発現の決定を可能にする生検に限定される。アントラサイクリンをベースとする化学療法及び/又はタキサンをベースとする療法による初期の処置が標準である。ネオアジュバント化学療法に応答する患者の場合、局所療法は、腋窩リンパ節郭清を伴う全乳房切除術と、それに続く胸壁及び局部リンパ管に対する術後放射線療法とからなり得る。ネオアジュバント化学療法に対して良好な部分寛解又は完全寛解を得る患者では、乳房温存手術を検討することができる。その後の全身療法は、さらなる化学療法からなり得る。腫瘍がER陽性又は不明である患者に対しては、ホルモン療法を投与するべきである。全ての患者を、集学的レジメン(multimodality regimen)の様々な構成要素を投与する最適な様式を評価するための臨床試験の候補と見なすべきである。
一実施形態において、この併用療法を、集学的レジメンの様々な構成要素の一部として投与する。別の実施形態において、この併用療法を、集学的レジメンの前、同時又は後に投与する。別の実施形態において、この併用療法を、治療法間の相乗効果に基づいて投与する。別の実施形態において、この併用療法を、アントラサイクリンをベースとする化学療法及び/又はタキサンをベースとする療法による処置後に投与する(Zitvogel et al.,2008)。この併用療法を投与した後の処置は、エフェクターT細胞の分裂に負の影響を及ぼし得る。この併用療法を放射線照射後に投与してもよい。
別の実施形態において、本明細書に記載されている併用療法を、標準治療が主に手術ではなく主に全身処置をベースとする癌(例えば慢性リンパ性白血病(CLL))の処置で使用する。
別の実施形態において、ステージI、II、III及びIVの慢性リンパ性白血病と診断された患者を、本明細書に記載されている併用療法で処置する。この癌タイプに対する標準治療は下記である:
1.無症候性の又は罹患が最小限である患者における観察
2.リツキシマブ
3.オファツムマブ(ofatumomab)
4.コルチコステロイドを伴う又は伴わない経口アルキル化剤
5.フルダラビン、2−クロロデオキシアデノシン又はペントスタチン
6.ベンダムスチン
7.レナリドマイド
8.併用化学療法。
併用化学療法レジメンには下記が含まれる:
− フルダラビン+シクロホスファミド+リツキシマブ。
− CLB−9721及びCLB−9011試験で見られるようなフルダラビン+リツキシマブ。
− フルダラビン+シクロホスファミド対フルダラビン+シクロホスファミド+リツキシマブ。
− 例えばMAYO−MC0183試験で見られるようなペントスタチン+シクロホスファミド+リツキシマブ。
− オファツムマブ+フルダラビン+シクロホスファミド。
− CVP:シクロホスファミド+ビンクリスチン+プレドニゾン。
− CHOP:シクロホスファミド+ドキソルビシン+ビンクリスチン+プレドニゾン。
− 例えばE2997試験[NCT00003764]及びLRF−CLL4試験で見られるようなフルダラビン+シクロホスファミド対フルダラビン。
− 例えばCLB−9011試験で見られるようなフルダラビン+クロラムブシル。
9.浸潤領域への放射線療法。
10.アレムツズマブ
11.骨髄及び末梢血幹細胞移植は臨床評価中である。
12.イブルチニブ。
一実施形態において、この併用療法を、リツキシマブ又はオファツムマブ(ofatumomab)による処置の前、同時又は後に投与する。これらはB細胞を標的とするモノクローナル抗体であることから、この併用療法による処置は相乗的であることができる。別の実施形態において、この併用療法を、コルチコステロイドを伴う又は伴わない経口アルキル化剤、及びフルダラビン、2−クロロデオキシアデノシン又はペントスタチンによる処置後に投与する。なぜならば、前に投与される場合には、この処置が免疫系に負の影響を及ぼす可能性があるからである。一実施形態において、本明細書に記載されている前立腺癌の結果に基づいて、ベンダムスチンを低用量でこの併用療法と共に投与する。一実施形態において、この併用療法は、ベンダムスチンによる処置の後に投与する。
別の実施形態において、細胞外ドメインを含む遺伝子における特定の反復突然変異を標的とする療法を、癌に罹患している、それを必要としている患者の処置で使用する。この遺伝子は、有利には、十分に発現される遺伝子であり得る。十分に発現されるということを「100万当たりの転写産物」(TPM)で表すことができる。100超のTPMは十分に発現されると考えられる。十分に発現される遺伝子は、FGFR3、ERBB3、EGFR、MUC4、PDGFRA、MMP12、TMEM52及びPODXLであることができる。この療法は、細胞外ネオ抗原エピトープに結合することができるリガンドであることができる。そのようなリガンドは当該技術分野で公知であり、このリガンドとして、治療用抗体又はその断片、抗体−薬物コンジュゲート、操作されたT細胞、又はアプタマーを挙げることができる。操作されたT細胞はキメラ抗原受容体(CAR)であることができる。抗体は、完全にヒト化されていてもよいし、ヒト化されていてもよいし、キメラであってもよい。抗体断片は、ナノボディ、Fab、Fab’、(Fab’)2、Fv、ScFv、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、Bis−scFv、ミニボディ、Fab2又はFab3断片であることができる。当該技術分野で既知の方法を使用して、腫瘍特異的ネオエピトープに対して抗体を発生させることができる。
養子細胞移入(ACT)
本発明の態様は、腫瘍関連抗原等の選択された抗原に特異的な免疫系細胞(例えばT細胞)の養子移入を含む(Maus et al.,2014,「癌又はウイルスに対する養子免疫療法(Adoptive Immunotherapy for Cancer or Viruses)」,AnnualReview of Immunology,Vol.32:189−225;Rosenberg and Restifo,2015,「ヒト癌のための個別化された免疫療法としての養子細胞移入(Adoptive cell transfer as personalized immunotherapy for human cancer)」,Science Vol.348 no.6230 pp.62−68;Restifo et al.,2015,「癌のための養子免疫療法:T細胞応答を利用する(Adoptive immunotherapy for cancer:harnessing the T cell response)」.Nat.Rev.Immunol.12(4):269−281;及びJenson and Riddell,2014,「キメラ抗原受容体−改変T細胞による養子療法の設計及び実施(Design and implementation of adoptive therapy with chimeric antigen receptor−modified T cells)」.Immunol Rev.257(1):127−144を参照されたい)。例えば、様々な戦略を利用して、例えば選択されたペプチド特異性を有する新規のTCRα及びβ鎖を導入することによってT細胞受容体(TCR)の特異性を変化させることにより、T細胞を遺伝的に改変することができる(米国特許第8,697,854号明細書;国際公開第2003020763号パンフレット、同第2004033685号パンフレット、同第2004044004号パンフレット、同第2005114215号パンフレット、同第2006000830号パンフレット、同第2008038002号パンフレット、同第2008039818号パンフレット、同第2004074322号パンフレット、同第2005113595号パンフレット、同第2006125962号パンフレット、同第2013166321号パンフレット、同第2013039889号パンフレット、同第2014018863号パンフレット、同第2014083173;米国特許第8,088,379号明細書を参照されたい)。
TCR改変の代わりとして、又はTCR改変に加えて、キメラ抗原受容体(CAR)を使用して、記載されている様々な受容体キメラ構築物により、悪性細胞等の選択された標的に特異的な免疫応答細胞(例えばT細胞)を生成することができる(米国特許第5,843,728号明細書;同第5,851,828号明細書;同第5,912,170号明細書;同第6,004,811号明細書;同第6,284,240号明細書;同第6,392,013号明細書;同第6,410,014号明細書;同第6,753,162号明細書;同第8,211,422号明細書;及び国際公開第9215322号パンフレットを参照されたい)。代替CAR構築物は代々属することを特徴とし得る。第一世代のCARは概して、柔軟なリンカーにより(例えば、CD8αヒンジドメイン及びCD8α膜貫通ドメインにより)、CD3ζ又はFcRγのいずれかの膜貫通及び細胞内シグナル伝達ドメインに連結されている、抗原に特異的な抗体の軽鎖可変断片(例えば、特定の抗体のVに連結されたVを含む)からなる(scFv−CD3ζ又はscFv−FcRγ;米国特許第7,741,465号明細書;同第5,912,172号明細書;同第5,906,936号明細書を参照されたい)。第二世代のCARでは、CD28、OX40(CD134)又は4−1BB(CD137)等の1つ以上の共刺激分子の細胞内ドメインがエンドドメイン内に組み込まれている(例えばscFv−CD28/OX40/4−1BB−CD3ζ;米国特許第8,911,993号明細書;同第8,916,381号明細書;同第8,975,071号明細書;同第9,101,584号明細書;同第9,102,760号明細書;同第9,102,761号明細書を参照されたい)。第三世代のCARは、CD3ζ鎖、CD97、GDI 1a−CD18、CD2、ICOS、CD27、CD154、CDS、OX40、4−1BB又はCD28シグナル伝達ドメイン等の共刺激エンドドメインの組み合わせを含む(例えばscFv−CD28−4−1BB−CD3ζ又はscFv−CD28−OX40−CD3ζ;米国特許第8,906,682号明細書;同第8,399,645号明細書;同第5,686,281号明細書;国際公開第2014134165号パンフレット;同第2012079000号パンフレットを参照されたい)。或いは、例えば、付随する共刺激を伴う専門の抗原提示細胞上で抗原により抗原特異的T細胞の天然αβTCRの会合後に活性化され且つ拡大されるように選択される、この抗原特異的T細胞中でCARを発現させることにより、共刺激を編成することができる。加えて、免疫応答細胞上で、追加の操作された受容体を設けて、例えばT細胞攻撃のターゲティングを改善することができる、及び/又は副作用を最小化することができる。
プロトプラスト融合、リポフェクション、トランスフェクション又はエレクトロポレーション等の代替技術を使用して、標的免疫応答細胞を形質転換させることができる。レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、プラスミド又はトランスポゾン等の様々なベクターを使用し、例えばSleeping Beautyトランスポゾン(米国特許第6,489,458号明細書;同第7,148,203号明細書;同第7,160,682号明細書;同第7,985,739号明細書;同第8,227,432号明細書を参照されたい)を使用し、例えば、CD3ζとCD28又はCD137のいずれかとを介して第二世代の抗原特異的CARシグナル伝達を使用してCARを導入することができる。ウイルスベクターとして、例えばHIV、SV40、EBV、HSV又はBPVをベースとするベクターを挙げることができる。
形質転換の標的とされる細胞として、例えばT細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、制御性T細胞、ヒト胚性幹細胞、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)、又はリンパ球系細胞が分化され得る多能性幹細胞を挙げることができる。所望のCARを発現するT細胞を、例えば、γ照射による活性化及び増殖細胞(AaPC)との共培養により選択することができ、この共培養により、癌抗原及び共刺激分子が共発現される。操作されたCAR T細胞を、例えば、IL−2及びIL−21等の可溶性因子の存在下でのAaPcでの共培養により増やすことができる。この増大を、例えばメモリーCAR+T細胞(例えば、非酵素的デジタルアレイ及び/又はマルチパネルフローサイトメトリーによりアッセイされ得る)を生成するように実行することができる。このようにして、抗原担持腫瘍に対して特異的な細胞傷害活性を有するCAR T細胞を、(任意選択で、インターフェロン−γ等の所望のケモカインの産生と共に)生成することができる。この種のCAR T細胞は、例えば腫瘍異種移植片を処置するために例えば動物モデルで使用され得る。
上述したもの等のアプローチは、例えば、選択された抗原に結合する抗原認識受容体を含む免疫応答細胞の有効量を投与することにより疾患(例えば新生物)を有する対象を処置する及び/又は生存を増加させる方法を提供するのに適しており、この結合により免疫応答細胞が活性化され、それにより、疾患(例えば、新生物、病原体感染、自己免疫障害又は同種異系移植反応)が処置される、又は予防される。
一実施形態において、この処置を、免疫抑制処置を受けている患者に投与することができる。少なくとも1つの免疫抑制剤の受容体をコードする遺伝子の不活性化に起因して、細胞又は細胞の集団をそのような免疫抑制剤に対して耐性にすることができる。理論に拘束されないが、この免疫抑制処置は、患者内での本発明に係る免疫応答細胞又はT細胞の選択及び増大を助けるはずである。
本発明に係る細胞又は細胞の集団の投与を任意の好都合な様式で実行することができ、例えばエアロゾル吸入、注射、摂取、輸血、留置又は移植により実行することができる。この細胞又は細胞の集団を、皮下で、皮内で、腫瘍内で、節内で(intranodally)、髄内で、筋肉内で、又は静脈内注射若しくは筋肉内注射により、又は腹腔内で患者に投与することができる。一実施形態において、本発明の細胞組成物を好ましく静脈内注射により投与する。
この細胞又は細胞の集団の投与は、体重1kg当たり10〜10個の細胞の投与からなり得、好ましくは10〜10個の細胞/体重kgの投与からなり得、これらの範囲内の細胞数の全ての整数値が含まれる。例えば、CAR T細胞療法における投薬は、例えばシクロホスファミドによるリンパ球枯渇の経過を伴う又は伴わない、10〜10個の細胞/kgの投与を含むことができる。この細胞又は細胞の集団を、1回以上の用量で投与することができる。別の実施形態において、細胞の有効量を単回用量で投与する。別の実施形態において、細胞の有効量を、ある期間にわたり複数回の用量で投与する。投与のタイミングは管理する医師の判断の範囲内であり、患者の臨床状態によって決まる。この細胞又は細胞の集団を、血液バンク又はドナー等の任意の供給源から得ることができる。個々の必要性は多様ではあるが、特定の疾患又は状態についての所与の細胞型の有効量の最適範囲の決定は、当業者の技術の範囲内である。有効量は、治療上の又は予防上の利益をもたらす量を意味する。投与される投薬量は、レシピエントの年齢、健康状態及び体重、併用処置がある場合にはその種類、処置の頻度、並びに所望の効果の性質によって決まるだろう。
別の実施形態において、細胞又はこの細胞を含む組成物の有効量を非経口で投与する。この投与は静脈内投与であることができる。この投与を、腫瘍内で注射により直接行なうことができる。
起こり得る拒絶反応を監視するために、操作された免疫応答細胞は、特定のシグナルへの曝露に対して細胞を脆弱にする導入遺伝子の形態で遺伝子導入安全スイッチを備えることができる。例えば、例えば幹細胞移植後のドナーリンパ球注入として使用される同種異系Tリンパ球への導入により、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(TK)遺伝子をこのような方法で使用することができる(Greco,et al.,「TK自殺遺伝子による細胞療法の安全性の向上(Improving the safety of cell therapy with the TK−suicide gene)」.Front.Pharmacol.2015;6:95)。そのような細胞では、ガンシクロビル又はアシクロビル等のヌクレオシドプロドラッグの投与により細胞死が起こる。代替的な安全スイッチ構築物は、例えば2つの非機能性icasp9分子(nonfunctional icasp9 molecule)とまとめて酵素活性を形成する小分子二量体の投与により生じる誘発性カスパーゼ9を含む。細胞増殖制御を実行するための多種多様な代替アプローチが説明されている(米国特許出願公開第20130071414号明細書;国際公開第2011146862号パンフレット;同第2014011987号パンフレット;同第2013040371号パンフレット;Zhou et al.BLOOD,2014,123/25:3895−3905;Di Stasi et al.,The New England Journal of Medicine 2011;365:1673−1683;Sadelain M,The New England Journal of Medicine 2011;365:1735−173;Ramos et al.,Stem Cells 28(6):1107−15(2010)を参照されたい)。
養子療法のさらなる改良において、ゲノム編集を使用して代替実行のために免疫応答細胞を調整することができ、例えば編集CAR T細胞を生成する(Poirot et al.,2015,「“既製の”養子T細胞免疫療法のための多重ゲノム編集T細胞製造プラットフォーム(Multiplex genome edited T−cell manufacturing platform for“off−the−shelf”adoptive T−cell immunotherapies)」,Cancer Res 75(18):3853を参照されたい)。当該技術分野で既知であるように、CRISPRシステム、亜鉛フィンガー結合タンパク質、TALE又はTALENが挙げられるがこれらに限定されない任意のDNAターゲティングタンパク質を使用して、細胞を編集することができる。DNAターゲティングタンパク質を、当該技術分野で既知の任意の方法により免疫細胞に送達することができる。好ましい実施形態において、細胞をエキソビボで編集し、それを必要としている対象に移す。免疫応答細胞、CAR T細胞、又は養子細胞移動に使用する任意の細胞を編集することができる。編集を実施して、潜在的なアロ反応性T細胞受容体(TCR)を除去することができる、化学療法剤の標的を破壊することができる、免疫チェックポイントをブロックすることができる、T細胞を活性化することができる、並びに/又は機能的に消耗した若しくは機能障害性のCD8+T細胞の分化及び/若しくは増殖を増加させることができる(国際公開第2013176915号パンフレット、同第2014059173号パンフレット、同第2014172606号パンフレット、同第2014184744号パンフレット及び同第2014191128号パンフレットを参照されたい)。編集により遺伝子を不活性化させることができる。
遺伝子を不活性化することにより、目的の遺伝子が機能的タンパク質形態で発現されないことが意図される。特定の実施形態において、CRISPRシステムは、1つの標的遺伝子中での開裂を特異的に触媒し、それにより前記標的遺伝子を不活性化する。生じた核酸鎖切断は一般に、相同組換え又は非相同末端結合(NHEJ)の別個のメカニズムにより修復される。しかしながら、NHEJは、開裂部位でDNA配列を変化させることが多い不完全な修復プロセスである。非相同末端結合(NHEJ)による修復は、小さい挿入又は欠失(Indel)が起こることが多く、特定の遺伝子ノックアウトの作成に使用され得る。開裂により誘発される突然変異事象が生じている細胞を、当該技術分野で公知の方法により同定することができる、及び/又は選択することができる。
T細胞受容体(TCR)は、抗原の提示に応じてT細胞の活性化に関与する細胞表面受容体である。TCRは概して、会合してヘテロ二量体を形成する2つの鎖α及びβから作られており、CD3形質導入サブユニットに結合して、細胞表面上に存在するT細胞受容体複合体を形成する。TCRのα及びβ鎖はそれぞれ、免疫グロブリンのようなN末端可変(V)及び定常(C)領域、疎水性膜貫通ドメイン、並びに短い細胞質領域からなる。免疫グロブリン分子と同様に、α及びβ鎖の可変領域はV(D)J組換えにより生成され、T細胞の集団内で非常に多様な抗原特異性が生じる。しかしながら、インタクトな抗原を認識する免疫グロブリンとは対照的に、T細胞は、MHC分子と結合した処理ペプチド断片により活性化され、T細胞による抗原認識に、MHC拘束として知られている余分な特質が導入される。T細胞受容体によりドナーとレシピエントとの間のMHC不一致が認識されると、T細胞が増殖し、移植片対宿主病(GVHD)が発症する可能性がある。TCRα又はTCRβの不活性化により、T細胞の表面からTCRが消失してアロ抗原の認識が防止され得、そのためGVHDが防止され得る。しかしながら、TCR破壊により、概してCD3シグナル伝達成分が消失し、さらなるT細胞拡大の手段が変更される。
同種異系細胞は宿主の免疫系により迅速に拒絶される。放射線が照射されていない血液製剤中に存在する同種異系白血球は、わずか5〜6日しか存続し得ないことが実証されている(Boni,Muranski et al.2008 Blood 1;112(12):4746−54)。そのため、同種異系細胞の拒絶反応を防止するためには、通常は宿主の免疫系をある程度まで抑制しなければならない。しかしながら、養子細胞導入の場合、免疫抑制剤の使用は、導入された治療用T細胞にも有害な影響を及ぼす。従って、これらの状態において養子免疫療法のアプローチを効果的に使用するためには、導入される細胞が免疫抑制処置に対して耐性を示す必要があるだろう。そのため、特定の実施形態において、本発明は、好ましくは免疫抑制剤の標的をコードする少なくとも1つの遺伝子を不活性化することにより、T細胞を改変して、このT細胞を免疫抑制剤に対して耐性を示すようにする工程をさらに含む。免疫抑制剤は、いくつかの作用機序のうちの1つにより免疫機能を抑制する薬剤である。免疫抑制剤は、カルシニューリン阻害剤、ラパマイシンの標的、インターロイキン−2受容体α鎖ブロッカー、イノシン一リン酸デヒドロゲナーゼの阻害剤、ジヒドロ葉酸レダクターゼの阻害剤、コルチコステロイド、又は免疫抑制性代謝拮抗剤であり得るがこれらに限定されない。本発明は、T細胞における免疫抑制剤の標的を不活性化することにより、免疫療法のためにT細胞に免疫抑制耐性を付与することを可能にする。非限定的な例として、免疫抑制剤の標的は免疫抑制剤の受容体であることがき、例えばCD52、グルココルチコイド受容体(GR)、FKBPファミリー遺伝子メンバー、及びシクロフィリンファミリー遺伝子メンバーであることができる。
免疫チェックポイントは、免疫反応を減速させ、又は停止させ、免疫細胞の制御されていない活性による組織の過剰な損傷を予防する阻害経路である。特定の実施形態において、標的とされる免疫チェックポイントはプログラム死−1(PD−1又はCD279)遺伝子(PDCD1)である。他の実施形態において、標的とされる免疫チェックポイントは細胞傷害性Tリンパ球関連抗原(CTLA−4)である。追加の実施形態において、標的とされる免疫チェックポイントはCD28及びCTLA4 Igスーパーファミリーの別のメンバーであり、例えばBTLA、LAG3、ICOS、PDL1又はKIRである。さらに追加の実施形態において、標的とされる免疫チェックポイントはTNFRスーパーファミリーのメンバーであり、例えばCD40、OX40、CD137、GITR、CD27又はTIM−3である。
さらなる免疫チェックポイントとして、Src相同2ドメイン含有タンパク質チロシンホスファターゼ1(SHP−1)が挙げられる(Watson HA,et al.,「SHP−1:癌免疫療法のための次のチェックポイント標的?(SHP−1:the next checkpoint target for cancer immunotherapy?)」Biochem Soc Trans.2016 Apr 15;44(2):356−62)。SHP−1は、広く発現されている阻害タンパク質チロシンホスファターゼ(PTP)である。T細胞において、SHP−1は、抗原依存性の活性化及び増殖の不の制御因子である。SHP−1は細胞質タンパク質であり、従って抗体媒介療法には適していないが、活性化及び増殖におけるSHP−1の役割は、キメラ抗原受容体(CAR)T細胞等の養子導入戦略においてSHP−1を遺伝子操作の魅力的な標的とすることである。免疫チェックポイントとして、Ig及びITIMドメインを有するT細胞免疫受容体(TIGIT/Vstm3/WUCAM/VSIG9)並びにVISTAを挙げることもできる(Le Mercier I,et al.,(2015)「CTLA−4及びPD−1を超えて、ネガティブチェックポイントレギュレーターの生成Z(Beyond CTLA−4 and PD−1,the generation Z of negative checkpoint regulators)」.Front.Immunol.6:418)を挙げることもできる。
国際公開第2014172606号パンフレットは、消耗されるCD8+ T細胞の増殖及び/又は活性を増加させるための、並びにCD8+ T細胞の消耗を減少させる(例えば、機能的に消耗した又は応答しないCD8+免疫細胞を減少させる)ための、MT1及び/又はMT1阻害剤の使用に関する。特定の実施形態において、メタロチオネインは、養子導入されたT細胞において遺伝子編集の標的とされる。
特定の実施形態において、遺伝子編集の標的は、免疫チェックポイントタンパク質の発現に関与する少なくとも1つの標的遺伝子座であることができる。そのような標的として下記を挙げることができるがこれらに限定されない:CTLA4,PPP2CA,PPP2CB,PTPN6,PTPN22,PDCD1,ICOS(CD278),PDL1,KIR,LAG3,HAVCR2,BTLA,CD160,TIGIT,CD96,CRTAM,LAIR1,SIGLEC7,SIGLEC9,CD244(2B4),TNFRSF10B,TNFRSF10A,CASP8,CASP10,CASP3,CASP6,CASP7,FADD,FAS,TGFBRII,TGFRBRI,SMAD2,SMAD3,SMAD4,SMAD10,SKI,SKIL,TGIF1,IL10RA,IL10RB,HMOX2,IL6R,IL6ST,EIF2AK4,CSK,PAG1,SIT1,FOXP3,PRDM1,BATF,VISTA,GUCY1A2,GUCY1A3,GUCY1B2,GUCY1B3,MT1,MT2,CD40,OX40,CD137,GITR,CD27,SHP−1又はTIM−3。好ましい実施形態において、PD−1又はCTLA−4遺伝子の発現に関与する遺伝子座が標的とされる。他の好ましい実施形態において、限定されないがPD−1及びTIGIT等の遺伝子の組み合わせが標的とされる。
他の実施形態において、少なくとも2つの遺伝子が編集される。遺伝子の対として下記を挙げることができるがこれらに限定されない:PD1及びTCRα、PD1及びTCRβ、CTLA−4及びTCRα、CTLA−4及びTCRβ、LAG3及びTCRα、LAG3及びTCRβ、Tim3及びTCRα、Tim3及びTCRβ、BTLA及びTCRα、BTLA及びTCRβ、BY55及びTCRα、BY55及びTCRβ、TIGIT及びTCRα、TIGIT及びTCRβ、B7H5及びTCRα、B7H5及びTCRβ、LAIR1及びTCRα、LAIR1及びTCRβ、SIGLEC10及びTCRα、SIGLEC10及びTCRβ、2B4及びTCRα、2B4及びTCRβ。
T細胞の遺伝子改変の前後にかかわらず、例えば米国特許第6,352,694号明細書;同第6,534,055号明細書;同第6,905,680号明細書;同第5,858,358号明細書;同第6,887,466号明細書;同第6,905,681号明細書;同第7,144,575号明細書;同第7,232,566号明細書;同第7,175,843号明細書;同第5,883,223号明細書;同第6,905,874号明細書;同第6,797,514号明細書;同第6,867,041号明細書;及び同第7,572,631号明細書に記載されている方法を概して使用して、T細胞を活性化することができ、且つ増やすことができる。T細胞をインビトロ又はインビボで増やすことができる。
療法から利益を得る可能性が最も高い患者集団の選択
別の態様において、本発明は、本発明の療法から利益を得る可能性が最も高い、それを必要としている患者を選択することを提供する。本発明の組成物及び方法は概して、癌に罹患している対象の高い割合で適用可能であるが、本方法は、利益を得る可能性がある患者を患者集団から選択する1つ以上の工程を更に含むことができる。例えば、本方法は、本組成物中のネオ抗原ペプチドで表される突然変異のうちの1つ以上を腫瘍が含む対象を選択することを含むことができる。別の実施形態において、本方法は、本組成物中のネオ抗原ペプチドで表される1つ以上のネオエピトープに結合する少なくとも1つのHLA対立遺伝子を有する対象を選択することを含むことができる。
ワクチン又は免疫原性組成物キット及び共包装
ある態様において、本発明は、治療の投与を可能にするため本明細書で考察される要素の任意の1つ以上を含むキットを提供する。要素は、個々に又は組み合わせで提供されてもよく、及び任意の好適な容器、例えば、バイアル、ボトル、又はチューブに提供されてもよい。一部の実施形態において、キットは、1つ以上の言語、例えば2つ以上の言語による説明書を含む。一部の実施形態において、キットは、本明細書に記載される要素の1つ以上を利用するプロセスで使用される1つ以上の試薬を含む。試薬は任意の好適な容器中に提供されてもよい。例えば、キットは1つ以上の送達又は保存緩衝液を提供し得る。試薬は、特定のプロセスで使用可能な形態で提供されてもよく、又は使用前に1つ以上の他の構成成分の添加が必要な形態(例えば濃縮形態又は凍結乾燥形態)で提供されてもよい。緩衝液は、限定はされないが、炭酸ナトリウム緩衝液、重炭酸ナトリウム緩衝液、ホウ酸塩緩衝液、トリス緩衝液、MOPS緩衝液、HEPES緩衝液、及びそれらの組み合わせを含めた任意の緩衝液であり得る。一部の実施形態において、緩衝液はアルカリ性である。一部の実施形態において、緩衝液は約7〜約10のpHを有する。一部の実施形態において、キットは、本明細書に記載されるベクター、タンパク質の1つ以上及び/又はポリヌクレオチドの1つ以上を含む。キットは、有利には、本発明のシステムの全ての要素の提供を可能にし得る。キットは、動物、哺乳動物、霊長類、げっ歯類等に投与される1〜50個又はそれ以上のネオ抗原突然変異のRNAを含むか又はそれをコードするベクター及び/又は粒子及び/又はナノ粒子を含むことができ、そのようなキットは、そのような真核生物に対する投与についての説明書を含み、そのようなキットは、本明細書に記載されている抗癌剤のいずれかを任意選択で含むことができる。このキットは、上記の成分(例えば、1〜50個若しくはそれ以上のネオ抗原突然変異のRNAを含むか若しくはそれをコードするベクター及び/若しくは粒子及び/若しくはナノ粒子、ネオ抗原タンパク質、又はペプチド)のいずれかと、本発明の方法のいずれかと使用するための説明書とを含むことができる。
一実施形態において、このキットは、免疫原性組成物又はワクチンが入っている少なくとも1つのバイアルを含む。一実施形態において、このキットは、免疫原性組成物又はワクチンが入っている少なくとも1つのバイアルと、抗癌剤が入っている少なくとも1つのバイアルとを含む。一実施形態において、キットは、混合されて即時投与される即時使用可能成分を含むことができる。一態様において、キットは、即時使用可能な免疫原性又はワクチン組成物と、即時使用可能な抗癌剤とを含む。即時使用可能な免疫原性又はワクチン組成物は、免疫原性組成物の種々のプールが入った別個のバイアルを含むことができる。免疫原性組成物は、ウイルスベクター又はDNAプラスミドが入った1つのバイアルを含むことができ、他のバイアルは免疫原性タンパク質を含むことができる。即時使用可能な抗癌剤は、抗癌剤のカクテル又は単一の抗癌剤を含むことができる。別個のバイアルは異なる抗癌剤を含むことができる。別の実施形態において、キットは、即時使用可能な抗癌剤と、即時再構成可能な形態の免疫原性組成物又はワクチンとを含むことができる。免疫原性又はワクチン組成物は、フリーズドライされていてもよいし凍結乾燥されていてもよい。このキットは、凍結乾燥組成物を即時投与可能にするためそれに加えることができる再構成用緩衝液が入った別個のバイアルを含むことができる。この緩衝液は、有利には本発明に係るアジュバント又はエマルションを含むことができる。別の実施形態において、このキットは、即時再構成可能な抗癌剤と、即時再構成可能な免疫原性組成物又はワクチンとを含むことができる。この態様において、両方とも凍結乾燥されていてもよい。この態様において、それぞれのための別個の再構成用緩衝液をこのキットに含めることができる。この緩衝液は、有利には本発明に係るアジュバント又はエマルションを含むことができる。別の実施形態において、このキットは、ある用量の免疫原性組成物と一緒に投与される抗癌剤とが入った単一のバイアルを含むことができる。別の態様では複数のバイアルが含まれ、1つのバイアルが処置タイムラインに従い投与される。あるバイアルは、ある用量の処置のための抗癌剤のみを含むことができ、別のバイアルは、別の用量の処置のための抗癌剤及び免疫原性組成物の両方を含むことができ、あるバイアルは、更に別の用量のための免疫原性組成物のみを含むことができる。さらなる態様において、バイアルには、それを必要としている患者に対するその適切な投与の表示が付されている。任意の実施形態の免疫原又は抗癌剤は、本明細書に記載されているように、凍結乾燥形態であってもよいし、乾燥形態であってもよいし、水溶液であってもよい。この免疫原は、本明細書に記載されているように、弱毒性生ウイルスであってもよいし、タンパク質であってもよいし、核酸であってもよい。
一実施形態において、抗癌剤は、免疫系を増強して免疫原性組成物又はワクチンの有効性を高めるものである。好ましい実施形態において、抗癌剤はチェックポイント阻害剤である。別の実施形態において、このキットは、処置計画に沿って様々な時間間隔で投与される免疫原性組成物及び抗癌剤の複数のバイアルを含む。別の実施形態において、このキットは、免疫応答のプライミングに使用される免疫原性組成物と、ブーストに使用される別の免疫原性組成物との別個のバイアルを含むことができる。一態様において、プライミング免疫原性組成物はDNA又はウイルスベクターであることができ、ブースト免疫原性組成物はタンパク質であることができる。いずれの組成物も、凍結乾燥されていてもよいし即時投与可能であってもよい。別の実施形態において、少なくとも1つの抗癌剤を含む抗癌剤の様々なカクテルが、処置計画での投与のための異なるバイアルに含まれている。
本発明及びその利点が詳細に記載されているが、添付の特許請求の範囲に定義されるとおりの本発明の趣旨及び範囲から逸脱することなく本明細書において様々な変更、置換及び改変を行い得ることは理解されなければならない。
本発明は以下の実施例にさらに例示され、実施例は例示を目的として提供されるに過ぎず、いかなる形であれ本発明を限定することは意図されない。
実施例1
sPDL1は、様々なHLA対立遺伝子にわたって免疫原性エピトープを生成する。PDL1(CD274)は、T細胞上のPD1(CD279;PDCD1)と相互作用する及び(例えば妊娠中の)天然の免疫抑制の複数の形態に関与し得る膜貫通タンパク質である。PDL1の発現は、宿主の免疫応答を回避するための方法として腫瘍細胞にも利用される。sPDL1は、PDL1遺伝子の選択的スプライシング形態である。この選択的スプライシング形態はエクソン4の末端でのスプライシングの欠如により生じており、4番目のイントロンに読み込まれる。転写産物はイントロン4内で終結する。翻訳産物は、停止コドンに遭遇する前の18個のアミノ酸のフレーム内である。
翻訳された生成物は、PDL1で概して見られる膜貫通ドメインを欠いており、そのため分泌される。この生成物は、イントロンから翻訳されたネオORF内のシステインも含み、培地中で二量体化すると思われる。この分泌形態は、PDL1とPD1との間の結合をブロックすると思われる。
本出願人は、イントロンによりコードされるネオORF領域を含む9及び10merのペプチドの予測される結合可能性を分析した。この分析を、表1の予測される9merのペプチドに関して示す。黄色で強調された値は、指定された集団において>5%の頻度で存在する対立遺伝子である。注目すべきことに、白人集団における共通のHLA対立遺伝子A0210は、適度に厳格な結合ペプチドを有すると予測される。同様の分析から、10merのペプチドもA0201対立遺伝子の場合(85nM)等で潜在的に免疫原性であると予測されることが分かる。そのため、PDL1メッセージの代替形態を発現する腫瘍細胞は、免疫系の標的とされるだろう。
これらのペプチドは、「共通のネオ抗原」として、複数の患者(HLA制限されているか、又はより広くは、患者が、関連するHLA対立遺伝子を含むいくらかの可能性があると予想される場合)にわたり利用され得た。sPDL1のネオORF領域の比較的短いサイズが与えられた場合には、2つ又は3つの長いオーバーラッピングペプチドを混合物として使用して、たとえ希な対立遺伝子であっても任意のHLA対立遺伝子を標的とし得、これらのHLAタイプに基づいて各患者に異なる生成物を調製する必要性を低下させ得たことに留意されたい。
このネオORFはCD4エピトープも含み得るが、CD4エピトープ用の予測アルゴリズムはそれほど正確ではない。CD4エピトープの存在を、ナイーブT細胞により又は患者試料中にてインビトロで評価することができた。
実施例2
アンドロゲン受容体は、様々なHLA対立遺伝子にわたり免疫原性エピトープを生成する。このアンドロゲン受容体を、腫瘍細胞中で特異的に発現され得るネオORFを生じるメッセージの別の選択的スプライシング形態として同定した。選択的スプライシングにより、ネオORFである潜在エクソンをもたらす少なくとも2つのアイソフォームが生じる。
これらの選択的転写産物のうち、AR−V1及びAR−V7は、ホルモン耐性前立腺癌試料で一貫して見られた。
これらのネオORFの免疫原性の可能性は不明であり、そのため本出願人は、多くの一般的なHLA対立遺伝子にわたり予測結合分析を行なった。これらをHLA A対立遺伝子に関して示す(表2)。
再び、sPDL1に関して多くのペプチドが免疫原性結合体であると予測され、これらのペプチドは、患者の大きなサブセットにわたり適用され得る。これらの免疫原性ペプチドを複数の患者にわたり使用することができる。
実施例3
薬物耐性突然変異。様々な化学療法剤による処置、特にチロシンキナーゼ阻害剤等の標的療法による処置により、この療法の活性に抵抗する標的分子で新たな突然変異が頻繁に起こる。この耐性を克服するための複数の戦略が評価されており、例えば、この突然変異の影響を受けない第2世代の療法の開発及びこの耐性突然変異の下流で作用するもの等の複数の薬剤による処置が評価されている。
本出願人は、この耐性突然変異により作られた突然変異ペプチドの免疫原性の可能性を評価しており、いくつかに関しては、様々なHLA対立遺伝子に結合することができる予測免疫原性ペプチドが作られることを発見している。2つの具体例を、様々な耐性変異体に関するデータと共に下記に示す。
BTK/C481S
ブルトン型チロシンキナーゼ(BTK)を標的とし、且つCLL及び特定のリンパ腫に使用される分子であるイブルチニブに対する非常に一般的な突然変異は、481位置でのシステインからセリンへの変化である。この変化により、様々なHLA分子に結合する多くの結合ペプチドが生じる。
示しているのは、9merペプチドに関する結合予測の結果である。10merペプチドに関しても同様の結合ペプチドを見出すことができる(表3)。予測される親和性が150nM未満である突然変異体を有するペプチドのみが含まれる。500nMまでペプチドの範囲を拡大することにより、HLA範囲の数も有意に増加するだろう。
そのようなペプチド免疫原は、任意の既存の若しくは新たに突然変異した細胞を死滅させることができる免疫原性応答を誘発するために好ましくは(耐性疾患の検出前に)予防的に利用される、又は治療後若しくは治療中での疾患の再発の検出時にも使用され得た。これらのペプチドは、複数の患者(HLA制限されているか、又はより広くは、患者が、関連するHLA対立遺伝子を含むいくらかの可能性があると予想される場合)にわたり利用され得た。
EGFR/T790M
上皮成長因子受容体(EGFR)のチロシンキナーゼドメインを標的とするエルロチニブは、肺癌の処置で一般に使用され、治療後には耐性腫瘍が常に発生する。耐性クローンで見られる共通の突然変異は、790位でのトレオニンからメチオニンへの突然変異である。この変化により、様々なHLA分子に結合する多くの結合ペプチドが生じる(表4)。
本明細書で述べるように、そのようなペプチド免疫原は、任意の既存の若しくは新たに突然変異した細胞を死滅させることができる免疫原性応答を誘発するために理想的には(耐性疾患の検出前に)予防的に利用される、又は治療後若しくは治療中での疾患の再発の検出時にも使用される。これらのペプチドは、複数の患者(HLA制限されているか、又はより広くは、患者が、関連するHLA対立遺伝子を含むいくらかの可能性があると予想される場合)にわたり利用され得た。
免疫原として、突然変異したアミノ酸を含み、且つこの突然変異したアミノ酸のどちらかの端部で少なくとも10個のアミノ酸を含む単一の長いペプチドのみが、列挙された全てのエピトープを含有するのに十分であろうということに留意されたい。そのため、示した全てのHLA対立遺伝子及びこの分析で示されていないあらゆる更なる対立遺伝子がカバーされるだろう。白人集団の場合、示したHLA A対立遺伝子は対立遺伝子の集団分布の17%を表し、HLA B対立遺伝子は対立遺伝子の集団分布の16%を表す。各個体は2つのHLA A対立遺伝子及び2つのHLA B対立遺伝子を有することから、白人患者の約50%は、示した対立遺伝子のうちの少なくとも1つを有すると予想され、そのため、この分子を標的とするワクチンによる免疫療法の利益を得るだろう。この理論的根拠は、本明細書で論じるあらゆる他の単一アミノ酸突然変異にも適用される。
他の耐性変異体
本明細書で論じる具体的な耐性症例に加えて、標的療法に対する多くの他の観測された耐性突然変異が存在する。これらをそれぞれ使用して、耐性突然変異を含む細胞を標的とする免疫療法のためのワクチンとして利用される可能性がある免疫原性エピトープも定義する(表5)。
これらの例の多くは、免疫原性エピトープを予測するために使用されている。これらの結果を表6にまとめており、この表6では、各耐性突然変異に関して、各突然変異についての潜在的な結合ペプチド(予測親和性<500nM)の数を複数のヒトHLA対立遺伝子に関して示す。
上記の例の全てにおいて、HLA対立遺伝子のサブセットに関してのみ予測を示す。これらは各民族集団において最も富む対立遺伝子であることが多いが排他的ではない。更なる対立遺伝子が容易に予測される。
さらに、所与の耐性突然変異の場合に耐性変異体を攻撃するように設計されている所与の免疫化の場合、上昇し得る別個の起こり得る耐性変異体をそれぞれ標的とする複数のペプチドを用いて、患者の最も広いセットに利益をもたらす。
実施例4
癌のサブタイプに特異的な免疫原性組成物。表7は、癌のサブタイプに特異的な試料の集団内に見られる突然変異の数に関するデータの概要を示す。各疾患に関するデータセット内で見られる各突然変異により、3つの民族集団(白人、黒人、アジア人)のいずれか1つの少なくとも5%で見られることに基づいて選択された33のHLA対立遺伝子のうちのいずれか1つに対して少なくとも1つの予測結合体が得られる。これらの突然変異により生じるポリペプチドに由来するネオ抗原ペプチドの組み合わせを、免疫原性組成物で使用することができる。選択された突然変異由来のペプチドの数に基づいて、患者のより大きな割合がワクチンから利益を得ることができる。表7は、各癌に特異的なデータセットにおいて反復性である突然変異の数を示す。反復突然変異を選択する場合に少なくとも単一の突然変異を有するであろう各データセット中の患者の割合も示されている。例えば、本明細書に記載されている64の反復突然変異に由来するネオ抗原ペプチドを含むSKCM用の免疫原性組成物は、この集団中の患者の90.91%をカバーし、各対象は、複数のネオ抗原突然変異のうちの少なくとも1つを含む。
表8は、各癌のサブタイプに関する特異的反復突然変異並びに各突然変異により生じるペプチド及びペプチドを含むフランキングペプチドを示す(“ACC”,“BLCA”,“BRCA”,“CESC”,“COAD”,“CLL”,“CRC”,“DLBCL”,“GBM”,“HNSC”,“KICH”,“KIRC”,“KIRP”,“LAML”,“LIHC”,“LUAD”,“LUSC”,“MM”,“OV”,“PAAD”,“PRAD”,“READ”,“SKCM”,“STAD”,“TGCT”,“THCA”,“UCEC”,及び“UCS”)。フレームシフト突然変異を「fs」で示す。「Del」及び「Ins」は欠失及び挿入を示す。特定のHLA対立遺伝子に結合する各突然変異により生じるペプチドの数を示す。反復突然変異はフレームシフト突然変異を含み、且つ多くの対立遺伝子にわたりHLA結合体を生じさせる。
実施例5
癌のサブタイプに特異的な免疫原性組成物のための反復突然変異。Cancer Genome Atlas(TCGA)には、腫瘍試料から癌に関与する遺伝子突然変異のカタログまでの包括的な大規模ゲノムシーケンシングデータが含まれる。免疫原性組成物で使用するための腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドを、多くの基準に基づいて選択するとこができる。第1の基準は遺伝子発現に基づく。100万当たり>10の転写産物で遺伝子を発現する(腫瘍タイプ毎の)患者の割合を決定した。推定値は、(腫瘍タイプ毎の)HLAタイプのランダムな分類対各遺伝子の突然変異状態対遺伝子発現を想定している。国家的な年間発生率を使用して、各ペプチドで処置することができる集団を定量化した。ペプチドを、予想される集団によりランク付けした。分析の結果を表9に示す。
実施例6
細胞外ドメインを含む遺伝子で発現される反復突然変異の治療ターゲティング。癌患者の集団の1%超に存在する腫瘍特異的突然変異は、この突然変異から生じる腫瘍特異的ネオエピトープを認識する薬剤又は療法の標的にされ得る。この突然変異は好ましく細胞外ドメイン内である。この薬物又は療法は、抗体、抗体断片、抗体薬物コンジュゲート、アプタマー、CAR又はT細胞受容体である。抗体又はその断片は、ヒト化されていてもよいし、完全にヒト化されていてもよいし、キメラであってもよい。抗体断片は、ナノボディ、Fab、Fab’、(Fab’)2、Fv、ScFv、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、Bis−scFv、ミニボディ、Fab2又はFab3断片であることができる。
標的化され得る反復突然変異はFGFR3:p.S249Cである。線維芽細胞成長因子受容体3(FGFR3)は、ヒトにおいてFGFR3遺伝子によりコードされるタンパク質である。FGFR3はまた、CD333(分化のクラスター333)とも命名されている。完全長タンパク質は細胞外領域を含み、3つの免疫グロブリン様ドメイン、単一の疎水性膜貫通セグメント及び細胞質チロシンキナーゼドメインで構成されている。この突然変異はタンパク質の細胞外ドメイン中で起こる。この突然変異は、分析した膀胱癌(BLCA)患者の6.92%及び分析した肺扁平上皮癌(LUSC)患者の1.12%に存在する。
標的にされ得る別の反復突然変異はERBB3:p.V104Mである。受容体チロシンタンパク質キナーゼerbB−3(HER3(ヒト上皮成長因子受容体3)としても知られている)は、ヒトではERBB3遺伝子によりコードされる膜結合タンパク質である。ErbB3は、受容体チロシンキナーゼの上皮成長因子受容体(EGFR/ERBB)ファミリーのメンバーである。この突然変異は、分析した結腸直腸癌(CRC)患者の1.72%、結腸腺癌(COAD)患者の2.86%、胃腺癌(STAD)患者の2.42%並びに子宮頸部扁平上皮癌及び子宮頸管腺癌(CESC)患者の2.06%に存在する。
標的にされ得る別の反復突然変異はEGFR:p.L858Rである。上皮成長因子受容体(EGFR;ErbB−1;ヒトではHER1)は、細胞外タンパク質リガンドの上皮成長因子ファミリー(EGFファミリー)のメンバー用の細胞表面受容体である。この突然変異は、分析した肺腺癌(LUAD)患者の3.24%に存在する。
標的にされ得る別の反復突然変異はMUC4:p.H4205Qである。Mucin4(MUC4)は、ヒトにおいてMUC4遺伝子によりコードされるムチンタンパク質である。この遺伝子は、細胞表面上で見出される内在性膜糖タンパク質をコードするが、分泌されたアイソフォームが存在し得る。この突然変異は、分析した前立腺腺癌(PRAD)患者の2.3%、膀胱尿路上皮癌(BLCA)患者の2.31%及び子宮癌肉腫(UCS)患者の7.14%に存在する。
標的とされ得る別の反復突然変異はPDGFRA:p.R483fsである。血小板由来成長因子受容体アルファポリペプチドは、ヒトにおいてPDGFRA遺伝子によりコードされるタンパク質である。この遺伝子は、血小板由来成長因子ファミリーのメンバー用の細胞表面チロシンキナーゼ受容体をコードする。この突然変異は、分析した前立腺腺癌(PRAD)患者の1.92%に存在する。
標的とされ得る別の反復突然変異はTMEM52 23_26LLPL>Lである。膜貫通タンパク質52はTMEM52遺伝子によりコードされる。この突然変異は、分析した前立腺腺癌(PRAD)患者の1.53%に存在する。
標的とされ得る別の反復突然変異はPODXL 28_30PSP>Pである。ポドカリキシン様タンパク質1は、ヒトにおいてPODXL遺伝子によりコードされるタンパク質である。この突然変異は、分析した前立腺腺癌(PRAD)患者の1.53%、副腎皮質癌(ACC)患者の15.56%及び子宮癌肉腫(UCS)患者の3.57%に存在する。
このように本発明の好ましい実施形態が詳細に記載されているが、上記の段落によって定義される本発明は、本発明の趣旨又は範囲から逸脱することなくその多くの明らかな変形例が可能であるため、上記の説明に記載されている特定の詳細に限定されるものではないことが理解されるべきである。

Claims (93)

  1. 少なくとも1つのネオ抗原ペプチドと、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物であって、少なくとも1つのネオ抗原ペプチドはそれぞれ、対象のHLAタンパク質に結合することができる腫瘍特異的ネオエピトープを含み、腫瘍特異的ネオエピトープはそれぞれ、腫瘍中に存在する腫瘍特異的突然変異を含み、
    (a)前記組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも1%の腫瘍中に存在する腫瘍特異的突然変異を含む少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含み、
    (b)前記組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも5%に存在するHLAタンパク質に結合する腫瘍特異的ネオエピトープを含む少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含み、
    (c)前記組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも5%に存在する腫瘍に対して免疫応答を誘発することができる少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含む、
    医薬組成物。
  2. 前記対象の集団は、副腎皮質癌(ACC)、膀胱尿路上皮癌(BLCA)、湿潤性乳癌(BRCA)、子宮頸部扁平上皮癌及び子宮頸管腺癌(CESC)、結腸腺癌(COAD)、慢性リンパ性白血病(CLL)、結腸直腸癌(CRC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、多形性膠芽腫(GBM)、頭頸部扁平上皮癌(HNSC)、腎臓の嫌色素性細胞(KICH)、腎臓の腎明細胞癌(KIRC)、腎臓の腎乳頭状細胞癌(KIRP)、急性骨髄性白血病(LAML)、肝臓の肝細胞癌(LIHC)、肺腺癌(LUAD)、肺扁平上皮癌(LUSC)、多発性骨髄腫(MM)、卵巣の漿液性嚢胞腺癌(OV)、膵臓腺癌(PAAD)、前立腺腺癌(PRAD)、直腸腺癌(READ)、皮膚の皮膚黒色腫(SKCM)、胃腺癌(STAD)、精巣の胚細胞腫瘍(TGCT)、甲状腺腺癌(THCA)、子宮体部内膜癌(UCEC)又は子宮癌肉腫(UCS)に罹患している、請求項1に記載の医薬組成物。
  3. 前記癌に罹患している集団は、イブルチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、トラスツズマブ、ベムラフェニブ、RAF/MEK阻害剤又は抗エストロゲン療法で処置された、処置されている、又は処置するために選択される、請求項1又は2に記載の医薬組成物。
  4. 前記腫瘍特異的突然変異は、スプライスバリアント突然変異、点突然変異及び/又はフレームシフト突然変異を含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  5. 前記少なくとも1つのネオ抗原ペプチドは、前記腫瘍特異的突然変異に隣接する及び前記腫瘍特異的突然変異を含むロングペプチド領域に由来する少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含み、前記ロングペプチド内の全ての隣接セグメントが含まれる、請求項1〜4のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  6. 前記腫瘍特異的突然変異は、いずれかの表で列挙された1つ以上の遺伝子中に存在する、請求項1〜5のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  7. 前記組成物は、いずれかの表で定義された少なくとも1つのネオ抗原ペプチドを含む、請求項1〜6のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  8. 前記腫瘍特異的突然変異は、プログラム死リガンド1(PD−L1)、アンドロゲン受容体(AR)、ブルトン型チロシンキナーゼ(BTK)、上皮成長因子受容体(EGFR)、BCR−Abl、c−kit、PIK3CA、HER2、EML4−ALK、KRAS、ALK、ROS1、AKT1、BRAF、MEK1、MEK2、NRAS、RAC1及びESR1からなる群から選択されるタンパク質をコードする1つ以上の遺伝子中に存在する、請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  9. 少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異はPD−L1又はARの選択的スプライシングに由来する、請求項8に記載の医薬組成物。
  10. 少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、スプライスバリアントsPD−L1、AR−V1又はAR−V7に由来する、請求項9に記載の医薬組成物。
  11. 前記腫瘍特異的突然変異は薬物耐性突然変異を含む、請求項1〜8のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  12. 少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、BTK/C481S,EGFR/T790M,BCR−Abl/T315I,BCR−Abl/Y253H,BCR−Abl/E255K,BCR−Abl/E255V,c−kit/T670I,PIK3CA/E545K,PIK3CA/E542K,HER2/G776(YVMA),HER2/E545K,EML4−ALK/G1269A,KRAS/G12V/D,ALK/L1196M,ALK/G1202R,ALK/S1206Y,ALK/1151T(ins),ALK/F1174C,ROS1/G2032R,AKT1/E17K,BRAF/V600E,MEK1/Q56P,MEK1/E203K,MEK1/C121S,MEK1/V60E,MEK1/G128V,MEK1/V154I,MEK1/P124S,MEK1/P124L,NRAS/Q61K/L/R,NRAS/T58I,MEK2/C125S,RAC1/P29S,ESR1/S463P,AR/V534E,AR/P535H,AR/L536Q,AR/L536R,AR/Y537C,AR/Y537S,AR/Y537N,AR/D538G及びAR/F876Lからなる群から選択される薬物耐性突然変異である、請求項11に記載の医薬組成物。
  13. 前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、癌に罹患している対象の集団において年間少なくとも500例の患者の発症率を有し、前記少なくとも1つの突然変異は、表9で前記集団に関して列挙された突然変異を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  14. 前記少なくとも1つのネオ抗原ペプチドは、表9で列挙された少なくとも1つのペプチドを含む、請求項13に記載の医薬組成物。
  15. (a)前記対象の集団はCLLに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、SF3B1:p.K700E,MYD88:p.L273P,NOTCH1:p.P2514fs,ABCA11P:p.E901D,AHNAK:p.D3823E,ZNF814:p.E348D,AHNAK:p.V1220I,AHNAK:p.H1203N,ANKRD30A:p.A232V,APOOL:p.I138L,EGR2:p.H397N,MKI67:p.H2213D,NRAS:p.Q61R,PLIN4:p.M691V,XPO1:p.E571K,ZCRB1:p.L76F,ZNF700:p.N652H,ZNF700:p.Q654R,ZNF844:p.D458H,AHNAK:p.A4046V,ANKRD36:p.P337R,C1orf170:p.T203I,CAST:p.D639E,EGR2:p.E369K,GPR123:p.L630P,IKZF3:p.L162R,MUC4:p.P4224R,OR9Q1:p.M34L,PKD2:p.Y486F,PRAMEF11:p.R104Q,SYNJ1:p.I681F,TP53:p.R248Q,TP53:p.R248W,TRPV2:p.L627del,ZNF254:p.S498A,ZNF732:p.A459T,ZNF749:p.E530Q,ZNF845:p.M423I,ABCA11P:p.G900E,ACRC:p.E243D,ACRC:p.A244V,ACSL3:p.T188S,ADAMTS2:p.D948N,AGAP6:p.S127I,AHNAK:p.A2114G,ANKRD36:p.D1014Y,ARID3A:p.G550fs,ARID4A:p.D1154E,ATP2B4:p.R183H,ATRNL1:p.L1244F,BNC1:p.Y937N,BRAF:p.K601N,BTLA:p.Q86K,C14orf177:p.G90V,C2orf44:p.N456K,C3orf15:p.R552Q,CACNA2D1:p.Y376N,CALD1:p.E340K,CCDC15:p.P488H,CCDC79:p.N440T,CCNB3:p.A932T,CD109:p.L470Q,CD209:p.Q189L,CKAP2:p.*684K,CMA1:p.I81K,CMIP:p.A230T,CNTNAP4:p.I12F,CRYM:p.*315K,DICER1:p.E1705K,DPCR1:p.L716P,EIF3A:p.M1093L,EIF4G3:p.R8H,ETFDH:p.I281F,EWSR1:p.Y656C,F5:p.L1332P,F5:p.L1253F,FAM50A:p.H317R,FBXL13:p.S102R,FBXW7:p.R465H,FHL1:p.D184E,FILIP1:p.I522K,FRG1B:p.Q39K,GNB1:p.I80T,GPR110:p.R443G,GPR98:p.Y6152F,HDGFL1:p.188_189insA,IGF2BP2:p.T186S,IL1R2:p.L364fs,KIAA1109:p.L4680P,KRAS:p.G13D,KRTAP19−1:p.G61S,MAF:p.G53fs,MAGEC1:p.L609H,MAP2K1:p.K57N,MED12:p.L36R,MED12:p.G44S,METAP2:p.Y137N,METTL9:p.Y57F,MGP:p.V15L,MKI67:p.R2222K,MUC16:p.T11005I,MUC4:p.S3941N,MUC4:p.S3941G,MUC4:p.V3091L,MUC4:p.S2951Y,MUC4:p.A2841S,MUC4:p.S2760A,MUC4:p.T2335M,MUC4:p.T1627K,MUC4:p.T1547S,MUC4:p.H1133Q,MYD88:p.M240T,NEDD4L:p.P194del,NEFH:p.S704T,NRG4:p.G21fs,OR2A25:p.S105C,OR4C16:p.Y63F,OR4N4:p.L150fs,PABPC1:p.K254fs,PIWIL1:p.P372fs,PLCD3:p.E499fs,PLEKHB1:p.S146P,PPIL4:p.S382R,PRDM4:p.*802K,PRG4:p.N675H,PRKAB1:p.P104H,R3HDM2:p.S592G,R3HDM2:p.S588N,R3HDM2:p.R206W,RPS2:p.R200G,RPTN:p.G364S,SF3B1:p.K666E,SF3B1:p.N626Y,SF3B1:p.Y623C,SIX3:p.I27L,SLC39A7:p.L456fs,SLC6A9:p.R94K,TFG:p.A382V,TGOLN2:p.K83R,TGOLN2:p.T80S,TLR2:p.D327V,TNKS2:p.T619fs,TP53:p.R273H,TP53:p.C242F,TP53:p.R175H,TWISTNB:p.H306Q,UBXN7:p.A276V,WDR78:p.N110K,XIRP2:p.V3008E,ZNF382:p.H186Q,ZNF578:p.R306H,ZNF578:p.G311S,ZNF578:p.H334R,ZNF700:p.S649C,ZNF705A:p.D298N,ZNF836:p.K608Q,及びZNF836:p.I571Nからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  16. 前記集団中の対象の少なくとも17.49%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項15に記載の医薬組成物。
  17. (a)前記対象の集団はBLCAに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、PIK3CA:p.E545K,FGFR3:p.S249C,TP53:p.R248Q,PIK3CA:p.E542K,RXRA:p.S427F,ZNF814:p.D404E,FBXW7:p.R505G,NOTCH2:p.P6fs,TP53:p.E285K,ANKRD30A:p.A353P,C3orf70:p.S6L,EFCAB6:p.R379K,ERCC2:p.N238S,FAM47C:p.Q225E,FOXQ1:p.S135L,HLA−A:p.Q78R,MUC4:p.H4205Q,OTUD4:p.T909I,SLAMF1:p.S277fs,SPRED3:p.S128del,TMCO2:p.S15fs,TP53:p.R280T,TP53:p.E271K,TP53:p.A159V,ZNF706:p.I8N,ZNF706:p.R3P,ACACB:p.E2318Q,ACPP:p.E321K,ACRC:p.A264V,ADAMTS2:p.23_24insL,AFF3:p.E919K,AHNAK:p.S4150F,AHNAK:p.D2889H,AHNAK:p.V1940A,ALX4:p.R126Q,ANKRD12:p.E627K,ANKRD32:p.T999N,ARID1A:p.S614L,ASXL2:p.117_118SS>S,ATP12A:p.R858C,ATP9A:p.R519Q,BCAS3:p.T214M,BPI:p.M255I,CACNG8:p.V146G,CAMSAP1:p.T466fs,CDC27:p.I91fs,CDKN1A:p.E44fs,CEP192:p.S2058L,CGB8:p.T18A,CHRNA3:p.L23del,CHST4:p.D352N,CLIP1:p.S1018fs,COX6A1:p.S8L,CREBBP:p.D1435H,CRIPAK:p.M48fs,CSPG5:p.D119N,CUL1:p.E485K,DLC1:p.S741T,DLL3:p.D318H,DOPEY2:p.E1196K,ECM1:p.E266K,EEF1A2:p.Y418S,EEF2K:p.E673K,EMILIN1:p.R27G,ERBB2:p.S310F,ERBB3:p.M91I,ERBB3:p.V104L,ERBB3:p.D297Y,ERCC2:p.Y14C,FAM155A:p.Q86del,FAM43B:p.E272del,FASTKD3:p.Q625E,FBXW7:p.S546L,FGFR3:p.R248C,FGFR3:p.G380R,FGFRL1:p.H479fs,GBE1:p.M587I,GIMAP1−GIMAP5:p.S311C,GNA13:p.R200G,H1FOO:p.A214fs,HEATR7B2:p.E1109K,HIST1H1D:p.I81M,HRAS:p.G12D,HRCT1:p.H92P,ILF3:p.E484K,KCNK2:p.S6W,KIAA0907:p.Q446P,KIF23:p.E350K,KLF5:p.S118L,KLHL15:p.D185G,LAMA4:p.E639K,LILRA1:p.H410Y,LILRB1:p.L479del,LLGL2:p.P955fs,LPIN1:p.S974L,LRRC16A:p.D227N,LRTM2:p.S139L,LURAP1L:p.55_56insGGG,MAGEC1:p.P553del,MCL1:p.E171del,MN1:p.S472L,MUC7:p.A191V,MVP:p.E412K,NBPF10:p.E3455K,NFE2L2:p.E79K,NFE2L2:p.R34G,NOS1AP:p.Q306del,OR2T35:p.V319fs,OR4N2:p.L150fs,PABPC3:p.K333fs,PAX3:p.S197L,PBX2:p.E70K,PBXIP1:p.H729del,PCDP1:p.E537K,PEX1:p.I370fs,PHLDA3:p.E82K,PLEKHM2:p.S459L,PLVAP:p.A321V,POLR3B:p.L372F,POTEC:p.R477Q,PPL:p.H326Y,PPP1R15A:p.E196K,PRDM16:p.E271Q,PRIC285:p.E1289Q,PRMT8:p.S31P,PUF60:p.S396L,RAB11FIP4:p.S596L,RAD51C:p.D167N,RAD51C:p.Y224H,RALGPS1:p.R381Q,RARS2:p.R6C,RBM26:p.P644A,RERE:p.K176N,RXRA:p.S427Y,SERPINA12:p.R211G,SF3B1:p.E902K,SLC6A9:p.R243W,SLC9A5:p.L447F,SPESP1:p.F121L,SRPRB:p.G14S,SYN2:p.A34del,SYTL2:p.I440M,TAB3:p.R211T,TAF1B:p.R292C,TAOK2:p.L981del,TAS1R3:p.E525K,TAS2R9:p.E163Q,TBC1D1:p.S71F,TBC1D2B:p.R920Q,TFPI2:p.R222C,TM6SF1:p.S15W,TMEM131:p.K640fs,TMEM19:p.G331fs,TP53:p.R273C,TP53:p.R248W,TP53:p.R175H,TP53:p.K132N,TRAM1:p.E41Q,TSKS:p.E513K,TTN:p.C20935G,UBOX5:p.S417L,UGP2:p.D262H,VGF:p.E433K,XAB2:p.E782K,XYLB:p.S87F,ZC3H4:p.E798K,ZNF208:p.K852E,ZNF208:p.I647S,ZNF626:p.G198E,ZNF749:p.Q457E,ZNF761:p.H373R,ZNF799:p.T43A,ZNF799:p.W41G,ZNF799:p.E589G,ZNF844:p.P503R,ZNF845:p.M423T,ZNF845:p.T479M,ZNF860:p.H464R,ZNF878:p.S181R,ZNF91:p.R333H,及びZNF91:p.H305Rからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  18. 前記集団中の対象の少なくとも26.92%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項17に記載の医薬組成物。
  19. (a)前記対象の集団は新生物に罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、GATA3のコーディング配列中での少なくとも1つのヌクレオチドの挿入に起因するフレームシフト突然変異を含む、
    請求項1〜14のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  20. (a)前記対象の集団はBRCAに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、GATA3:p.L328fs,GATA3:p.N334fs,GATA3:p.L344fs,GATA3:p.H400fs,GATA3:p.S408fs,GATA3:p.S430fs,GATA3:p.H434fs,GATA3:p.H435fs,及びGATA3:p.S408fsからなる群から選択されるフレームシフト突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項19に記載の医薬組成物。
  21. (a)前記対象の集団はBRCAに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、PIK3CA:p.H1047R,PIK3CA:p.E545K,PIK3CA:p.E542K,AKT1:p.E17K,TP53:p.R175H,PIK3CA:p.N345K,PIK3CA:p.H1047L,SF3B1:p.K700E,GATA3:p.S408fs,PIK3CA:p.E726K,TP53:p.Y220C,TP53:p.H193R,PIK3CA:p.Q546R,TP53:p.R273C,TP53:p.R248W,TP53:p.R273H,TP53:p.I195T,TP53:p.H179R,FGFR2:p.N549K,NUP93:p.E14K,PIK3CA:p.C420R,PIK3CA:p.E453K,PIK3CA:p.Q546K,TP53:p.V216M,TP53:p.C176F,CDH1:p.E243K,ERBB2:p.L755S,KRAS:p.G12V,PIK3CA:p.E545A,TBL1XR1:p.I141fs,TP53:p.G266E,TP53:p.R248Q,TP53:p.Y163C,TP53:p.C141Y,TP53:p.G108fs,ACPP:p.R43W,AKT2:p.I289M,ARHGAP9:p.R137C,C9orf174:p.R136W,CDC42BPA:p.P675T,COL12A1:p.S395L,CRISPLD1:p.R222W,CT47B1:p.234_243EKLTEEATEE>E,CYP1A2:p.V483M,DAB2IP:p.E161K,DGKB:p.S13L,DMD:p.K1772N,DPEP1:p.V11L,ERBB2:p.S310F,ERBB2:p.D769Y,ERBB3:p.E928G,ESYT1:p.R816W,FAM179A:p.A831T,FAM58BP:p.A70T,FMN2:p.S751F,GALNTL6:p.K567del,GATA3:p.L328fs,GATA3:p.N334fs,GATA3:p.L344fs,GATA3:p.H400fs,GATA3:p.S408fs,GATA3:p.S430fs,GATA3:p.H434fs,GATA3:p.H435fs,GDAP1:p.T307A,GRB14:p.A300T,GUCY2C:p.G549C,IL17B:p.R34W,KCNB2:p.R231H,KIF1B:p.R1320W,KIF26B:p.V1113M,KLF4:p.K434Q,LY9:p.I69L,MAP2K4:p.S184L,MAP2K4:p.S251I,MAP2K4:p.T261fs,MAP3K1:p.L318fs,MAP3K1:p.I761fs,MAP3K1:p.V1346del,MAP3K1:p.L1384fs,MAPK13:p.E315K,MAPK4:p.V100M,MARCH5:p.R170C,MBP:p.E120K,MEFV:p.R377H,METTL15:p.Q53E,MS4A4A:p.V99M,MUC17:p.R4415H,MYH6:p.T847M,MYO5B:p.A405V,NARS2:p.P240R,NLGN4X:p.D382N,NLRC4:p.R288W,OR13G1:p.R258H,OR2AK2:p.V45I,OTOF:p.T388M,PACSIN2:p.Q331H,PALM2−AKAP2:p.A299T,PCDH19:p.R286C,PCDHGC5:p.D664N,PIK3CA:p.R88Q,PIK3CA:p.E110del,PIK3CA:p.K111del,PIK3CA:p.PVPHGLEDL447del,PIK3CA:p.L455fs,PIK3CA:p.M1004I,PIK3CA:p.M1043I,PIK3CA:p.N1044Y,PIK3R1:p.KPDL567del,PREX2:p.R363Q,PRRX1:p.A196V,PTEN:p.V317fs,RGSL1:p.V222I,RUNX1:p.R142fs,RUNX1:p.D96fs,SCN2A:p.R36K,SLC25A32:p.Q83E,SLC25A45:p.G106C,STRA6:p.Q68R,STX6:p.H153D,TBX3:p.H187Y,TFPT:p.S252C,TINAG:p.R332W,TMEM71:p.R63Q,TP53:p.E286K,TP53:p.R282W,TP53:p.V272M,TP53:p.S241fs,TP53:p.C238fs,TP53:p.C238F,TP53:p.C238Y,TP53:p.Y234C,TP53:p.Y220S,TP53:p.R209fs,TP53:p.G199V,TP53:p.L194R,TP53:p.H193L,TP53:p.H193Y,TP53:p.V173L,TP53:p.V173M,TP53:p.K132N,TP53:p.R110fs,TUBD1:p.A200V,VLDLR:p.R231H,VWA3A:p.V955I,VWF:p.K1720N,XPO1:p.E571K,及びZNF268:p.F901delからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  22. 前記集団中の対象の少なくとも36.04%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項21に記載の医薬組成物。
  23. (a)前記対象の集団はCOADに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、KRAS:p.G12D,BRAF:p.V600E,KRAS:p.G12V,ACVR2A:p.K435fs,GRB14:p.KKK295del,SEC63:p.L532fs,TGFBR2:p.E125fs,ATR:p.K771fs,ICA1:p.N204fs,KRAS:p.G12C,TP53:p.R175H,ABCA8:p.R842Q,ACTL7B:p.R354H,ACVR2A:p.K435fs,AIM2:p.K340fs,ALG2:p.S302Y,ANKIB1:p.K144fs,ARSG:p.V131I,ATP10D:p.R311H,AXIN2:p.W663fs,C5orf30:p.D4N,CACNG3:p.V134I,CASP5:p.K78fs,CC2D2A:p.R1284C,CDH10:p.E349K,DNMT1:p.E432K,DOCK2:p.G170R,DOCK5:p.E177K,EGR2:p.R390H,ERBB3:p.V104M,FAM135B:p.R884H,FBXW7:p.R505C,FBXW7:p.R465H,FHDC1:p.R254W,FOXL1:p.N89K,HCN4:p.R525H,HLA−DMA:p.E84K,HTR3B:p.R236C,ITGA4:p.T673M,KIF18A:p.R17C,KIF20B:p.E991K,KLHL5:p.R326C,KRAS:p.A146T,KRAS:p.G13D,LPHN3:p.R1183Q,MAP2K4:p.R287H,MAPK8IP1:p.L217fs,MFSD5:p.R280Q,MUC16:p.R8606H,MYO6:p.D1180N,NAA25:p.S807Y,NBPF14:p.V44L,NRAS:p.Q61K,NRAS:p.G13R,PAX3:p.T424M,PGAM1:p.R240H,PHF3:p.R1410I,PIK3CA:p.R88Q,PIK3CA:p.E545K,PIK3CA:p.H1047R,PLXNA3:p.V14fs,POSTN:p.R508C,PTPRU:p.D1434N,PYGO2:p.Q150fs,RBBP7:p.E274K,SFPQ:p.R611Q,SGSM1:p.F1117L,SLC25A40:p.R96Q,SLC8A1:p.R431H,SLITRK3:p.S298L,SPATA22:p.S150L,SUN3:p.E128K,TGFBR1:p.S241L,TP53:p.R273H,TP53:p.R273C,TP53:p.R248W,TRPV5:p.R492H,USP40:p.S851L,VPS13C:p.D1359Y,ZBTB24:p.L607I,ZNF434:p.R306C,ZNF443:p.R301I,ZNF484:p.R138C,及びZNF770:p.S441Pからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  24. 前記集団中の対象の少なくとも27.14%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項23に記載の医薬組成物。
  25. (a)前記対象の集団はGBMに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、HSD17B7P2:p.N175S,IDH1:p.R132H,EGFR:p.A289V,EGFR:p.G598V,WASH3P:p.G175S,ZNF814:p.D404E,RPSA:p.Q111E,NBPF10:p.E3455K,TP53:p.R248Q,BRAF:p.V600E,EGFR:p.A289T,PRB2:p.N230del,RGPD5:p.P1760A,TP53:p.R175H,CHEK2:p.K373E,EGFR:p.R108K,EGFR:p.R222C,PIK3CA:p.E545K,PIK3R1:p.G376R,POTEC:p.K507E,SDHAP2:p.V195E,SLC6A10P:p.K88N,TP53:p.R282W,TP53:p.R273H,CD3EAP:p.K219del,DST:p.R146C,EGFR:p.A289D,EGFR:p.H304Y,FRG1B:p.S71N,GOLGA8DP:p.A116E,KRTAP4−11:p.R121K,KRTAP4−11:p.S48R,MAP3K1:p.P324L,OGDH:p.I78fs,PODXL:p.S162fs,PSPH:p.V145I,SPINT1:p.A316V,TP53:p.R248W,TP53:p.G245S,TP53:p.Y220C,TP53:p.R158H,TSHZ2:p.A222T,UBC:p.L149R,ZDHHC4:p.R300H,ZNF844:p.R447P,AASS:p.T878fs,ABCC10:p.R570W,ADAM29:p.V205I,ADAMTS8:p.V524M,AGAP3:p.R766W,AICDA:p.Y144F,AK7:p.A159V,AK8:p.D243A,ANO2:p.R334C,AOX1:p.A507V,ARHGAP5:p.M691L,CALN1:p.V231I,CARM1:p.A202V,CD163L1:p.V721M,CD1D:p.L25fs,CD209:p.A283T,CDH18:p.A195T,CILP2:p.V553M,CIZ1:p.L89P,CLOCK:p.L123fs,COL6A5:p.T2224M,CSF2RB:p.G298S,CSMD3:p.E171K,CYP2D6:p.H352R,DCAF12L1:p.R335H,DCAF12L2:p.R246H,DPP10:p.V183I,DPY19L2P1:p.R378Q,DQX1:p.R505H,DRD5:p.S275R,DVL2:p.V66G,EFCAB6:p.R379K,EGFR:p.L62R,EGFR:p.R252C,EGFR:p.P596S,EGFR:p.P596L,EGFR:p.G598A,EGFR:p.E709K,EPHA1:p.A184T,ERC2:p.R20H,ESPNP:p.R627Q,FAM126B:p.R382H,FBN3:p.V886I,FGF14:p.T229M,FLG2:p.H1901fs,FLG:p.R2886H,FLNA:p.V1240M,FOXG1:p.H57del,FPR2:p.R54Q,FRG1B:p.K13N,FRG1B:p.A53T,GABRA6:p.V314I,GJB3:p.R160H,GLT8D2:p.A178V,GRM3:p.R183C,HERC1:p.R2330H,HNF1B:p.T417M,HTRA3:p.Q403R,IDH1:p.R132G,IFNA10:p.L80F,IFNA10:p.V79A,JHDM1D:p.R313H,JPH1:p.A395T,KEL:p.V411M,KIAA0907:p.R516fs,KIAA1704:p.D88del,KLK6:p.R120H,KRAS:p.G12D,KRTAP4−7:p.L121V,KRTAP4−7:p.L148V,KRTAP5−4:p.S131C,LAT2:p.L18W,LIMK2:p.R203H,LUM:p.R330C,MCOLN3:p.V141I,MGAT4B:p.T444P,MUC17:p.V77M,MUC17:p.3204_3205insP,MYO1D:p.T109M,MYO6:p.Q914fs,NAP1L5:p.140_141EE>E,NF1:p.F1658fs,NHP2L1:p.R84C,NLRP5:p.R737W,NPTX1:p.A263T,NUFIP2:p.Q29del,ODF4:p.R61C,OR11H12:p.H154P,OR2A7:p.V18I,OR2H1:p.V287I,OR2T12:p.R184H,OR5D13:p.R236C,OR5P2:p.A100V,OR6N2:p.R293C,PASD1:p.A236del,PCDH11X:p.T486M,PCDHB13:p.P221L,PDGFRA:p.E229K,PDGFRB:p.S650L,PHC3:p.T35del,PIK3C2B:p.R287fs,PIK3CA:p.M1V,PIK3CA:p.R88Q,PIK3CA:p.M1043V,PIK3CA:p.H1047R,PIK3R1:p.K379N,PODNL1:p.A150V,POTEE:p.V166M,POTEG:p.R136H,PRKCD:p.G432fs,PROKR2:p.V297I,PTEN:p.C136Y,PTEN:p.S170N,PTEN:p.R173H,PTEN:p.T277I,PTEN:p.V317fs,PTPN14:p.E716del,R3HDM2:p.412_413QQ>Q,RAB11FIP5:p.R170H,RASAL3:p.R82H,RB1:p.N316fs,RDH8:p.A198V,REN:p.15_16LL>L,RIMBP2:p.R830H,SCAF11:p.E926fs,SCN7A:p.R1358H,SCNN1G:p.R564H,SDHAP2:p.R31C,SDHAP3:p.A66T,SEMG2:p.R292C,SH3RF2:p.R318C,SHB:p.A460T,SIGLEC10:p.T250M,SLC13A5:p.Q273P,SLC17A9:p.V324I,SLC22A9:p.R407Q,SLC26A3:p.V88I,SLC5A3:p.A302fs,SLC9A4:p.R631H,SPAM1:p.R346Q,SPEN:p.E803fs,SPTA1:p.A2011V,SUSD5:p.T513M,SYNE1:p.R8468H,TARSL2:p.G366D,TAS2R41:p.A255T,TAT:p.R367H,TFPI2:p.R206C,THSD7B:p.R90C,TMEM147:p.A92V,TMEM156:p.R81C,TMPRSS6:p.V302I,TNFSF9:p.A232T,TP53:p.C238F,TP53:p.C238Y,TP53:p.Y234C,TP53:p.V216M,TP53:p.H179R,TP53:p.T155N,TRAPPC10:p.K133fs,TTN:p.R21402W,TTN:p.V16403M,TUBBP5:p.V102M,TYRP1:p.T352fs,UBC:p.R73L,UGT2B28:p.P289H,USH2A:p.R3719H,WASH6P:p.L211V,ZFP42:p.V227I,ZFP42:p.T264M,ZNF181:p.V305G,ZNF280B:p.E400K,ZNF534:p.N583K,ZNF563:p.W208fs,ZNF844:p.F487L,及びZPBP:p.R154Cからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  26. 前記集団中の対象の少なくとも34.36%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項25に記載の医薬組成物。
  27. (a)前記対象の集団はHNSCに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、PIK3CA:p.E545K,PIK3CA:p.E542K,TP53:p.R175H,PIK3CA:p.H1047R,TP53:p.R282W,TP53:p.R248Q,TP53:p.R273H,TP53:p.R248W,TP53:p.G245S,RHOA:p.E40Q,EP300:p.D1399N,HRAS:p.G13V,MB21D2:p.Q311E,NFE2L2:p.E79Q,TP53:p.H179Y,FBXW7:p.R505G,HIST1H2BF:p.E77K,HRAS:p.G12D,MAPK1:p.E322K,NFE2L2:p.D29H,TP53:p.P278S,TP53:p.C242F,TP53:p.Y220C,TP53:p.H193L,TP53:p.H179R,TP53:p.V157F,TP53:p.R110L,AKNAD1:p.K620R,ANXA6:p.R231Q,AP1G2:p.D243N,ATAD5:p.D441N,ATP6AP2:p.E119Q,B2M:p.M1I,BCL11A:p.E579K,C1orf172:p.Y30fs,C7orf57:p.E30K,CCDC135:p.E313K,CDH12:p.P706T,CDH7:p.Q225K,CDK11B:p.E79del,CDKN2A:p.H83Y,CHCHD4:p.T79M,CIRH1A:p.S250I,CLSTN2:p.P759L,CRB1:p.L628fs,DENND5B:p.G1023E,DNAH5:p.Q1797E,DSP:p.R160G,EDA:p.L58F,EFCAB6:p.E1002K,ELF4:p.S415L,EP300:p.C1164Y,EPHA3:p.T802R,EPHA6:p.D952H,ERBB2:p.M916I,ESRRA:p.D219N,FAM101A:p.I89del,FBXO24:p.M553V,FCAR:p.V233M,GPANK1:p.Y351fs,GPR20:p.V300I,GPRASP1:p.S706L,GPRIN3:p.R633fs,GRID2:p.T649fs,GRM3:p.F682L,GUCY2F:p.S404L,HCRTR2:p.D100Y,HIST1H3C:p.K37M,HIST1H4C:p.R68P,HLX:p.S12T,HOXD10:p.Y151C,HPS3:p.K812N,HRAS:p.G12A,HRAS:p.G12S,IFT140:p.E664K,INPPL1:p.T493M,ITGA10:p.R669Q,ITGB1:p.D158N,KIAA1429:p.D1526N,KIAA1429:p.S138F,KPRP:p.E553fs,KSR2:p.T555M,LINGO2:p.P410T,LPCAT1:p.V187del,MAGEB3:p.V75A,MAP3K7:p.E524Q,MAP4K3:p.P657fs,MAP9:p.K485N,MARS2:p.R481Q,MBOAT7:p.R424W,MUC16:p.R12774H,MUC5B:p.T4388M,MYH11:p.E993K,MYOCD:p.T493M,MYOM1:p.R63Q,NANOS3:p.S183L,NCOR1:p.R1561Q,NCOR1:p.Q169E,NCR1:p.D213N,NFE2L2:p.E79K,ODZ1:p.R366M,OPN1MW:p.A285T,OR2M2:p.A95fs,OR2M3:p.M273I,OR2T33:p.R120S,OR6V1:p.I248fs,PABPC5:p.P58L,PACSIN1:p.E359K,PIK3CA:p.M1043V,PIK3CA:p.H1047L,PIWIL1:p.V699M,PLIN5:p.430_431insNG,PLXNA3:p.P58S,PRB1:p.R274fs,PRSS1:p.D107N,RAC1:p.A159V,RGS7:p.L21fs,RPA1:p.R31H,RPL18:p.R178fs,SFI1:p.R821Q,SLC35D3:p.*417S,SLC5A7:p.G336C,SMARCA4:p.P913L,STAT3:p.D661V,SYCP2:p.K474N,SYT6:p.R249H,TBX21:p.E494K,THSD7A:p.R1046C,THSD7A:p.C728F,TMC3:p.R934S,TMTC2:p.T409R,TP53:p.E285K,TP53:p.C275F,TP53:p.R273C,TP53:p.G266E,TP53:p.G262V,TP53:p.R249S,TP53:p.G245V,TP53:p.C238F,TP53:p.M237I,TP53:p.Y236C,TP53:p.Y236D,TP53:p.R196P,TP53:p.PHHERC177del,TP53:p.V173L,TP53:p.V173M,TP53:p.Y163C,TP53:p.P151T,TP53:p.V143M,TP53:p.P58fs,URI1:p.S13fs,ZNF177:p.K384N,ZNF750:p.S96fs,及びZZZ3:p.R5Qからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  28. 前記集団中の対象の少なくとも21.61%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項27に記載の医薬組成物。
  29. (a)前記対象の集団はKIRCに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、WASH3P:p.G175S,VHL:p.L89H,VHL:p.S111N,WDR52:p.V1227G,KRT1:p.552_559YGSGGSSY>Y,KRTAP1−1:p.S34C,PALM2−AKAP2:p.1075_1076insEA,ZNF814:p.D404E,DOPEY2:p.Y2048S,KAT2B:p.W111fs,PABPC1:p.E156fs,PCDHGC5:p.G599V,PIK3CA:p.E545K,RRAD:p.A278E,SIRPA:p.D131del,UQCRFS1:p.I83V,VHL:p.P45L,VHL:p.V74D,VHL:p.R82P,VHL:p.L116fs,VHL:p.L158V,VHL:p.L169P,WDR73:p.DGTRSQ315del,ABCA3:p.E95D,ABCC5:p.L1090fs,ACADS:p.R330H,ACAN:p.G952E,ACSM2A:p.L402fs,ADAM23:p.K380M,ADH1A:p.D154V,AFF3:p.SA620del,AGAP6:p.D69fs,AGAP7:p.E71fs,AHNAK:p.5_6insE,AIDA:p.K247M,ALAS1:p.G302R,ANAPC16:p.R95fs,ANK2:p.N453S,ANKRD36:p.K378R,ARHGEF5:p.E487G,ARSD:p.AGV234del,ARSD:p.A234G,ATP2A1:p.G704C,ATP7A:p.Q990fs,AVIL:p.G299fs,AXDND1:p.EQ991del,BAP1:p.N78S,BAP1:p.M1I,BLM:p.H660Q,BMPER:p.RIAL444del,BRK1:p.K70Q,BTRC:p.I416M,C16orf55:p.D118A,C19orf33:p.K102E,C20orf132:p.E382D,C2orf71:p.1225_1226insS,C6orf132:p.173_182PPPLLLEPPP>P,CASP5:p.R23fs,CATSPER4:p.T425M,CCDC120:p.I8V,CCR5:p.S185I,CCZ1:p.E214D,CD7:p.P174fs,CDAN1:p.L646fs,CDH23:p.F1132Y,CDK5RAP2:p.H1592Q,CENPB:p.E410V,CERCAM:p.A85fs,CHEK2:p.K373E,CHIT1:p.P284fs,CLCN2:p.645_645R>RR,CLUL1:p.G463R,CNTNAP4:p.Y436S,CUL9:p.D1726E,CWC25:p.K364E,CXorf51B:p.V43I,DDX39B:p.F149fs,DIRAS1:p.G79C,DISP2:p.F1021S,DNMBP:p.T78P,DOCK8:p.A177fs,DPCR1:p.H383N,DPCR1:p.L768del,EGFR:p.L838M,ENPEP:p.F289C,ESPNP:p.W122fs,FAM105A:p.H126N,FAM186A:p.IPPQAQELEIPL1556del,FAM194B:p.EEEEYL135del,FAM22F:p.S691del,FAM22F:p.P690fs,FAM47A:p.LRPEPPETGVSH235del,FAM47C:p.P388S,FAM78A:p.W192L,FBXO34:p.Q294fs,FGFR3:p.R571fs,FGFR3:p.P716H,FMN2:p.AIPPPPPLPGA956del,FOXD4L4:p.C405fs,FUT6:p.S140fs,GJA1:p.A311fs,GOLGA5:p.L492I,GPM6A:p.A50V,GPRIN1:p.231_239RKEDPGSLR>R,GRAMD1B:p.P356H,GREB1:p.S344Y,GRM6:p.A718fs,GUSB:p.L501V,GUSB:p.C500R,HBB:p.F86C,HDAC6:p.G977D,HEXDC:p.T482P,HNF1B:p.N302K,HNRPLL:p.M327V,HRC:p.P439fs,HSFX2:p.D92E,IL1RAP:p.F50C,IVL:p.EQQEGQLKHP167del,KANK4:p.S253P,KCNJ18:p.E378K,KIAA1751:p.K97N,KRT1:p.SSYGSGG557del,KRT2:p.L299W,KRT4:p.F154fs,KRTAP10−6:p.49_49P>PSCCAP,KRTAP5−7:p.C120Y,KRTAP9−2:p.CCQP140del,LARS:p.P185fs,LCP1:p.P445fs,LOC338651:p.PHRSHSPPWS102del,LRCH2:p.D717G,LTA4H:p.F107L,LYST:p.Q710H,MAFA:p.207_208HH>H,MAGEC1:p.P239del,MAP2K5:p.Q445R,MAPKAPK2:p.T214fs,MARCKS:p.K152fs,MED12L:p.P2071S,MEGF6:p.A582fs,MGST3:p.G143fs,MLXIPL:p.S790R,MOCOS:p.S849P,MST1R:p.M464V,MTOR:p.C1483F,MTOR:p.L1460P,MUC16:p.P11260A,MUC17:p.R1227fs,MUC17:p.H1228fs,MUC2:p.1480_1481insI,MUC6:p.P1569fs,MYO3A:p.N525S,NBPF3:p.D491V,NCOR1P1:p.L52P,NDUFA4L2:p.G3fs,NEFH:p.651_651K>KAKSPEK,NES:p.V611L,NFAT5:p.Q906E,NOXO1:p.G3fs,NR2C1:p.S270I,NSMCE2:p.Q31fs,NUDT21:p.W13fs,ODZ2:p.W628fs,ONECUT1:p.L424M,OR10A3:p.F73V,OR4F4:p.E15G,OR4N2:p.L150fs,OR51B5:p.A66fs,OR7C1:p.F104fs,PABPC1:p.Y408F,PABPC1:p.K333fs,PABPC1:p.A181T,PABPC3:p.P191T,PALLD:p.A996T,PALM2−AKAP2:p.G1118fs,PARD6A:p.G84fs,PASK:p.T62I,PCDH15:p.C1713F,PCNT:p.G136S,PGM5:p.G426fs,PGPEP1L:p.R164fs,PIK3C2B:p.F1473L,PIK3CA:p.N1044K,PIK3R5:p.L371R,PITRM1:p.P816T,PLIN4:p.T347I,PODXL:p.28_30PSP>P,POLR1C:p.K332Q,POTED:p.I214V,PPM1E:p.R311W,PRKCE:p.Q157fs,PROX1:p.V225D,PRRC2C:p.P1883T,PRX:p.P549L,PSD3:p.T563P,PTCH1:p.P689H,RANBP3:p.L386W,RASGEF1C:p.A188T,RGPD6:p.F946L,RHEB:p.Y35N,RIMBP3:p.A396del,RIN3:p.L449V,RLIM:p.S501L,RNF17:p.S351C,RUNX2:p.P466H,SCAF1:p.P208fs,SDK1:p.K508fs,SECISBP2:p.D608E,SERPINB3:p.S209C,SESTD1:p.I306M,SFRP4:p.P325fs,SH3KBP1:p.P563fs,SIPA1L3:p.G777A,SLC13A2:p.L493fs,SLC16A9:p.CVLLGG470del,SLC25A5:p.A118T,SLC44A5:p.V70F,SLC4A8:p.N229K,SLC52A1:p.G370del,SLC52A2:p.G399fs,SLC6A10P:p.K88N,SLC6A14:p.A85fs,SLC9B1:p.V446fs,SON:p.VLESSAVT1359del,SP8:p.G165del,SPAG1:p.353_354insD,SPATA9:p.C189F,SPEG:p.A992fs,SPTB:p.T1864I,SRA1:p.V110L,STAT6:p.P354fs,STK11IP:p.A155E,STXBP3:p.E279G,SVIL:p.M93T,SYNE1:p.R8468S,SYNJ2:p.K832T,SYNPO:p.G619fs,TAOK2:p.Q899fs,TAS2R38:p.I311T,TBC1D12:p.F608Y,TBC1D1:p.H277R,TBC1D3:p.A556fs,TBC1D3C:p.A495fs,TBC1D3F:p.A556fs,TCF7:p.H140P,TDRD10:p.W276C,THRAP3:p.K551R,TMEM102:p.A110P,TMEM161B:p.L142P,TMEM230:p.D140G,TMEM47:p.G87S,TRDN:p.*730Y,TTBK1:p.T1065S,UBE2O:p.R1118fs,UBR5:p.T1306fs,UPK3A:p.G272fs,VHL:p.G39S,VHL:p.S65L,VHL:p.N78D,VHL:p.R79P,VHL:p.W88L,VHL:p.L89P,VHL:p.R107P,VHL:p.S111R,VHL:p.H115N,VHL:p.D121Y,VHL:p.G123fs,VHL:p.D126fs,VHL:p.L128H,VHL:p.L135F,VHL:p.I151T,VHL:p.L153P,VHL:p.L158P,VHL:p.Q164fs,VHL:p.L184P,VHL:p.L188P,WASH6P:p.315_316insAPP,WASH6P:p.T201M,WWP2:p.G458A,ZCCHC6:p.K937N,ZFAND2B:p.I149T,ZFR2:p.Y107N,ZNF273:p.N319K,ZNF462:p.S650T,ZNF516:p.A256D,ZNF519:p.H431Y,ZNF687:p.F858C,ZNF732:p.E227Q,ZNF880:p.Q406R,ZP3:p.V362fs,及びZRANB1:p.*735fsからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  30. 前記集団中の対象の少なくとも6%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項29に記載の医薬組成物。
  31. (a)前記対象の集団はLAMLに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、NPM1:p.W288fs,DNMT3A:p.R882H,NPM1:p.L287fs,IDH2:p.R140Q,IDH1:p.R132C,FLT3:p.D835Y,DNMT3A:p.R882C,FLT3:p.600_601insFREYEYD,IDH1:p.R132H,NRAS:p.G13D,U2AF1:p.S34F,KIT:p.D816V,FLT3:p.D835E,IDH2:p.R172K,NRAS:p.G12D,WT1:p.S381fs,ABTB1:p.L249fs,DNMT3A:p.R736H,FLT3:p.D835H,KRAS:p.G12D,NPM1:p.L287fs,NRAS:p.Q61H,NRAS:p.Q61K,PHACTR1:p.V251fs,RBBP4:p.E330K,RUNX1:p.R135G,及びU2AF1:p.S34Yからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  32. 前記集団中の対象の少なくとも47.45%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を含む、請求項31に記載の医薬組成物。
  33. (a)前記対象の集団はLUADに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、KRAS:p.G12C,KRAS:p.G12V,EGFR:p.L858R,U2AF1:p.S34F,KRAS:p.G12A,TP53:p.R158L,KRAS:p.G12D,PIK3CA:p.E545K,TP53:p.R273L,EGFR:p.ELREA746del,KRAS:p.G13D,A2ML1:p.S654fs,BRAF:p.G469V,CTNNB1:p.S37F,EGFR:p.G719A,KRAS:p.G13C,MYOF:p.G165fs,EGFR:p.S768I,FAM47C:p.G948W,KRAS:p.Q61L,MYH10:p.L1091fs,NRAS:p.Q61L,OR4C3:p.H130fs,PI15:p.V22F,RAD50:p.D69Y,RIT1:p.M90I,TP53:p.C275F,TP53:p.R249M,TP53:p.R249G,TP53:p.R248P,TP53:p.R175H,TP53:p.Y163C,TP53:p.A159P,TP53:p.V157F,TP53:p.G154V,ABCB1:p.R467L,ACBD3:p.R224L,ACTA1:p.G275C,ACTN2:p.D893Y,ADAM30:p.Q741H,ADAMTS14:p.G238C,ADAMTS20:p.R1251S,ADAMTS20:p.R541L,ADAMTS5:p.L549M,ADAMTS9:p.G659W,ADCY2:p.P1016T,ADCY5:p.G623C,AFP:p.A182G,AHDC1:p.P155Q,AKAP1:p.LDRNEEG317del,ALKBH1:p.K137E,ANK2:p.Q3076L,ANKRD44:p.G339C,ANO3:p.A41S,AP1G1:p.R723L,APBB2:p.T243fs,APOB:p.L973M,APOBR:p.R840L,AQP10:p.Q261L,ARAP3:p.R1226L,ARFIP2:p.R86L,ARHGAP36:p.P16H,ARL13B:p.R358L,ASCC2:p.R365L,ASPM:p.S240F,ASXL3:p.P1470Q,ATRN:p.P197Q,AVIL:p.G64W,AXDND1:p.W101R,B3GAT1:p.R125L,BARX2:p.R68P,BCL9L:p.G980C,BCOR:p.N1459S,BEND2:p.P536Q,BMS1:p.G455V,BRAF:p.V600E,BRAF:p.G466V,BRD9:p.G330W,BRF1:p.V469L,BRWD3:p.H160N,BTRC:p.G260W,C11orf68:p.V135L,C15orf2:p.V753F,C15orf2:p.G906W,C18orf8:p.M61I,C1GALT1:p.G299V,C1orf173:p.G1454S,C1orf173:p.S688Y,C1orf87:p.R541L,C2orf53:p.P272H,C3orf20:p.R740L,C7:p.R687S,C7orf58:p.G140W,C7orf58:p.R238L,CACNA1A:p.S772Y,CACNA1D:p.R1073L,CACNA1E:p.R2089Q,CACNA2D1:p.A352E,CACNG3:p.R232W,CADPS:p.R959S,CALB2:p.R258C,CAMK2B:p.G131V,CARD11:p.I1065M,CCDC111:p.R417L,CCDC141:p.E1204V,CCDC19:p.R279L,CCDC19:p.R207L,CCKAR:p.L271M,CD1B:p.W41L,CDH10:p.S577R,CDH10:p.R472C,CDH10:p.R128S,CDH18:p.A721S,CDH20:p.P433H,CDH6:p.Q237K,CDK13:p.R880S,CDK4:p.R24L,CELF4:p.A309P,CFDP1:p.P129fs,CHN1:p.K264N,CHRNA4:p.S396R,CHRNA9:p.P361Q,CLCNKA:p.P124Q,CLEC12B:p.W217L,CLK4:p.R68L,CNTFR:p.D252Y,CNTN6:p.R807M,CNTNAP2:p.F395L,COL19A1:p.P538Q,COL5A2:p.G612W,COL5A2:p.G516W,COL9A1:p.P211Q,CPE:p.P290Q,CPNE8:p.Q127H,CPSF4:p.P219Q,CRIPAK:p.S180fs,CROT:p.Q580H,CRTC3:p.S363L,CSMD2:p.P1855Q,CSMD3:p.T2810N,CSMD3:p.P2727T,CSMD3:p.Q174H,CUBN:p.G596C,CUL4B:p.R91S,CUL7:p.L371F,CXCL9:p.K122N,CXCR4:p.E345Q,CXorf59:p.R198M,CYP11B1:p.R498G,CYP27A1:p.P112Q,CYP2B6:p.A444E,DACH2:p.R539L,DCC:p.R446H,DDX56:p.R329L,DEFA1:p.W90C,DENND2A:p.R688Q,DENND2A:p.R499L,DMBT1:p.R1521L,DNAH5:p.R3822L,DNAH9:p.S2993R,DNAI2:p.V231L,DPP6:p.L757F,DSG4:p.R128L,DST:p.A4410S,DZIP3:p.M322L,EBF3:p.R231S,EFCAB4B:p.E265Q,EHHADH:p.Q704H,ELAVL2:p.L263F,EMR1:p.R493H,ENAH:p.R514L,ENPP1:p.G738E,EPB41L3:p.A896S,EPG5:p.R2289L,EPHA1:p.G111V,EPHB6:p.R337H,EPRS:p.V1151L,ERBB2:p.S310Y,ERBB2:p.774_775insAYVM,ERBB2:p.776_776G>VC,ERN2:p.T295K,FAM120B:p.P467H,FAM127C:p.F52L,FAM135B:p.W240C,FAM210B:p.L112F,FAM47A:p.R690L,FAM47B:p.W163C,FAM47B:p.L567F,FAM5C:p.R457G,FAM70B:p.P277T,FAM71B:p.L583M,FAM75A6:p.R304S,FAM75A6:p.P54L,FAM75D1:p.R1265S,FARP1:p.R299L,FAT1:p.R4359L,FAT3:p.R1266H,FAT3:p.G1899V,FAT3:p.H3574N,FBXO18:p.M144I,FBXO31:p.G443fs,FCGBP:p.A1022S,FCRL2:p.V505L,FERD3L:p.P92H,FGB:p.E339Q,FGFR2:p.E116K,FGFRL1:p.R243L,FGFRL1:p.V274L,FKBPL:p.R320L,FLG2:p.G1545V,FLG2:p.L572F,FLG:p.P3254H,FLG:p.P2466Q,FMN2:p.P992T,FOLH1:p.A643S,FOXRED1:p.R136L,FRAS1:p.C382F,FRG2B:p.D142Y,FRMPD1:p.E1093Q,FSHB:p.T43N,GABRA5:p.Q224K,GADL1:p.L352I,GAL3ST3:p.A271S,GALNT14:p.D234E,GAS8:p.R313S,GATA3:p.M443I,GCDH:p.R82C,GEM:p.R268L,GFRAL:p.Q308K,GIT2:p.R123L,GJB4:p.R22S,GLB1L2:p.I407M,GLOD4:p.Q223fs,GNAO1:p.P283Q,GPNMB:p.I174M,GPR137B:p.G240C,GPR158:p.P762T,GPR98:p.G4307W,GRB7:p.R239L,GRHL1:p.G608W,GRID1:p.R683L,GRIK1:p.R368Q,GRM5:p.P895fs,GTF2E1:p.R192L,H3F3C:p.R131L,HAO2:p.H12N,HCN1:p.P231Q,HECW1:p.A183S,HGF:p.M686T,HIP1:p.R940L,HIST1H1E:p.R25P,HLA−DMA:p.A236fs,HOXA5:p.G11C,HS3ST3A1:p.G399W,HSD17B6:p.F209L,HSPA13:p.V85L,HSPBAP1:p.R282L,HTR5A:p.W298C,IGHMBP2:p.R615S,IL2:p.R103M,IL2RA:p.G61W,IL32:p.P215T,ING1:p.A220S,INMT:p.G56V,ITGA8:p.G616C,ITGAD:p.L528fs,ITGAX:p.R283H,ITIH1:p.G254W,ITIH2:p.L842V,ITK:p.R29L,ITPR2:p.P358Q,JMJD1C:p.R1198S,KCNA1:p.G376C,KCNH8:p.M455I,KCNJ3:p.L430F,KCNK18:p.G23V,KCNK2:p.R166L,KEAP1:p.G603W,KEAP1:p.R260L,KEAP1:p.S144F,KHDRBS2:p.S203L,KIAA1211:p.P1203Q,KIAA1549:p.L1272F,KIAA1755:p.Q108H,KIF15:p.E252Q,KIF9:p.G480R,KIRREL:p.G604C,KLF5:p.E419Q,KRAS:p.Q61H,KRTAP10−12:p.R64P,KRTAP27−1:p.M124I,KRTAP4−5:p.C91F,KRTAP5−1:p.S193Y,L1CAM:p.R632S,L3MBTL4:p.W162L,LAMA1:p.D1030Y,LAMB1:p.T1610fs,LAMB4:p.G1239W,LAMB4:p.G588W,LEF1:p.I53V,LEKR1:p.Q450K,LIM2:p.S150T,LIPJ:p.P236Q,LPHN3:p.E740D,LPPR4:p.R527S,LRFN5:p.N132K,LRP1B:p.G3563C,LRP2:p.M4039I,LRRC4C:p.Q10L,LRRIQ1:p.W792L,LRRTM4:p.S243Y,MAGEA10:p.R7H,MAGEC2:p.W109C,MAGI1:p.G1156V,MAGI2:p.P1044T,MAK:p.P373Q,MAP2K1:p.K57N,MARCH11:p.R193L,MEPE:p.G142C,MKI67:p.R1081S,MKRN3:p.P448H,MLL3:p.N393K,MLL3:p.Q356K,MMRN1:p.A1013S,MOGAT2:p.Q66fs,MXRA5:p.D324Y,MYH4:p.T790M,MYH8:p.R1117C,MYH8:p.H1006N,MYO5B:p.R708L,MYO7B:p.P2040H,MYO9B:p.R94L,MYT1L:p.P351Q,NAA11:p.T184K,NAB1:p.L72F,NAV1:p.R938L,NBPF15:p.G665E,NCAM2:p.G698C,NCAPD2:p.R220L,NDST3:p.V427I,NEK2:p.R239S,NFIA:p.L294F,NLRP3:p.R157C,NOTCH2:p.R2105L,NR4A2:p.R314L,NRG1:p.V481L,NRXN1:p.R813S,NRXN1:p.A660S,NRXN3:p.P23H,NRXN3:p.R103C,NTM:p.G333C,NUAK1:p.G173C,NYAP2:p.P437L,ODZ3:p.P218Q,OIT3:p.R508S,OOEP:p.R101C

    ,OPN1LW:p.P283H,OR10H4:p.M199I,OR10J1:p.L157Q,OR10X1:p.L298I,OR10Z1:p.L205F,OR14A16:p.G160C,OR2A25:p.M80I,OR2AG2:p.G249W,OR2AK2:p.W37C,OR2H2:p.L205F,OR2J2:p.G234W,OR2L13:p.M106I,OR2L13:p.T242A,OR2L3:p.M1I,OR2L3:p.L67I,OR2L8:p.R121C,OR2L8:p.R171S,OR2M2:p.F177L,OR2M2:p.F323L,OR2M5:p.V205L,OR2T12:p.M258L,OR2T27:p.D11Y,OR2T33:p.P165Q,OR2T34:p.C246F,OR2T6:p.V213L,OR4C12:p.D309Y,OR4C12:p.M279I,OR4C16:p.L162M,OR4M2:p.A119S,OR4M2:p.A161S,OR51V1:p.P298T,OR5AS1:p.M39I,OR5B12:p.S289C,OR5B17:p.M266I,OR5D14:p.H246N,OR5D16:p.P264T,OR5D18:p.R123H,OR5F1:p.G44V,OR5J2:p.A36S,OR5L1:p.T275N,OR6C65:p.I154fs,OR6C75:p.G94W,OR6K2:p.P79Q,OR8D2:p.R306M,OR9A2:p.R289W,OR9G9:p.R169L,P2RX7:p.P142Q,P2RY10:p.T10K,P2RY10:p.V196L,PABPC5:p.R99S,PAPPA2:p.P917T,PAPPA2:p.P1706H,PBLD:p.P55Q,PCDH10:p.R587S,PCDH10:p.V986L,PCDH11X:p.R1010I,PCDHAC2:p.A742V,PCDHB5:p.P649S,PCDHGC5:p.K12N,PCDHGC5:p.P684H,PCLO:p.P3946T,PCMTD1:p.R271M,PDPR:p.G793W,PDYN:p.G191W,PDZD2:p.R565S,PDZD8:p.S980G,PFKM:p.R118S,PIGM:p.R225L,PIK3CA:p.E542K,PIK3CG:p.V165I,PILRA:p.S291fs,PLCE1:p.G564C,PLCL1:p.M564I,PLEKHA6:p.R110L,PNKP:p.G174W,POGZ:p.G75W,POLE:p.R573L,POM121L12:p.P231T,POM121L12:p.P242H,POTEE:p.V288M,POTEM:p.S78R,POU3F3:p.D321Y,PPT2:p.R265L,PRDM16:p.P1036L,PRELP:p.D201Y,PRPF40B:p.R160S,PRPF6:p.R763L,PTEN:p.R234L,PTPN11:p.G503V,PTPN13:p.E2067K,PTPRJ:p.G334W,PTPRT:p.R928L,PTPRU:p.P559S,PXDNL:p.P1456T,QSOX1:p.R401L,QSOX2:p.R683L,RAB13:p.R167L,RAB8A:p.G20W,RAPGEFL1:p.R356L,RBM19:p.G390W,RCL1:p.P112Q,REG1B:p.W57L,REG3A:p.S150L,REG4:p.G110V,RIMS2:p.R55L,RIT2:p.R85L,RLN2:p.S138C,RNF20:p.P529Q,RORB:p.G94W,RPL10L:p.K187T,RPRD2:p.R97S,RTN1:p.S103W,RUNX2:p.R337M,RYR2:p.K2413N,RYR2:p.M4334I,RYR3:p.P1670T,S100PBP:p.R5L,S1PR1:p.L104F,SAGE1:p.H298Q,SALL1:p.E965K,SALL1:p.R898W,SALL4:p.R187L,SBSPON:p.G133W,SCAF8:p.G740C,SCG2:p.P252Q,SCML4:p.L261F,SCN2A:p.T155K,SEC24D:p.A50fs,SEC61A2:p.G126V,SERPINA12:p.D253Y,SERPINA9:p.M414I,SERPINC1:p.R45L,SGIP1:p.R502L,SH3GL3:p.R174L,SH3PXD2A:p.S759L,SI:p.V1217F,SKOR1:p.Y883C,SLC1A2:p.F348fs,SLC24A5:p.R35S,SLC25A48:p.R101S,SLC35E2:p.R201L,SLC39A12:p.C628S,SLC39A6:p.R53L,SLC4A5:p.I533V,SLC5A1:p.G53W,SLC5A7:p.G442V,SLC6A11:p.W299L,SLC6A2:p.S354C,SLC8A1:p.G433C,SLIT1:p.R1460L,SLITRK5:p.R68L,SLITRK5:p.R468M,SLITRK6:p.N741K,SORL1:p.R205L,SOS1:p.N233Y,SOX9:p.E75K,SPAG16:p.V439L,SPIN4:p.Y171C,SPRR2D:p.P30fs,SPTA1:p.G2367C,SPTA1:p.D2243Y,SSX3:p.P127T,ST18:p.H778Q,STAC3:p.G117W,STOML3:p.D86Y,STX2:p.R107L,SUMF2:p.G110E,SUN3:p.P339Q,SV2C:p.P60Q,SYNDIG1:p.D135Y,SYNE1:p.K8632E,TARS2:p.E199K,TAS2R16:p.Q177H,TCOF1:p.K264R,TCTE1:p.S127I,TDO2:p.Q197H,THSD7A:p.G810W,THSD7A:p.R801L,TIFAB:p.D43E,TIGD4:p.S312F,TLL1:p.P53Q,TMPRSS11E:p.G259C,TMTC1:p.A864D,TMTC1:p.G212V,TMX3:p.R151C,TNNI1:p.R67L,TNR:p.L692I,TOP2A:p.R736L,TP53:p.R337L,TP53:p.E285K,TP53:p.R283P,TP53:p.D281N,TP53:p.C277F,TP53:p.V274F,TP53:p.R273H,TP53:p.I255F,TP53:p.R249S,TP53:p.M237I,TP53:p.S215I,TP53:p.C176F,TP53:p.R110L,TP53:p.G105C,TP53:p.P72fs,TPO:p.E558K,TRAF6:p.R502S,TRIM42:p.Q127K,TRIM48:p.A93D,TRIM4:p.R398L,TRIM51:p.W131C,TRIM9:p.R337S,TRIML1:p.H399Q,TRPM3:p.G298W,TSC1:p.G378C,TSG101:p.R276S,TSHZ1:p.K501N,TSHZ3:p.G677V,TTF2:p.R761S,TUBA3C:p.Q176fs,UBAC1:p.K330N,UBE2J2:p.G193W,UBR1:p.G1647W,UGT2B7:p.M214I,VMP1:p.E369Q,VPS13B:p.G2575W,VSTM2A:p.G75V,VWA3B:p.R557L,WBP11:p.P227fs,WDR52:p.G612C,WDR59:p.R837S,WDR75:p.P287Q,WDR88:p.G100W,ZCCHC5:p.G335W,ZFHX4:p.L811F,ZFHX4:p.T1663N,ZFHX4:p.H2511Q,ZFP14:p.Q17L,ZIC1:p.A112E,ZNF154:p.T408N,ZNF223:p.G23W,ZNF295:p.S732C,ZNF322:p.K106N,ZNF385D:p.T226S,ZNF454:p.S190I,ZNF492:p.P392H,ZNF521:p.G640C,ZNF521:p.P270H,ZNF536:p.G186C,ZNF536:p.G663W,ZNF644:p.G21W,ZNF716:p.H263L,ZNF71:p.V411L,ZNF782:p.G484W,ZNF831:p.Q617K,ZNF98:p.C492F,及びZSWIM2:p.S214Yからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  34. 前記集団中の対象の少なくとも33.42%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項33に記載の医薬組成物。
  35. (a)前記対象の集団はLUSCに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、PIK3CA:p.E545K,TP53:p.R158L,KRTAP5−5:p.GCG47del,NFE2L2:p.E79Q,CDKN2A:p.D108Y,DHX9:p.V40G,MAFA:p.207_208HH>H,NFE2L2:p.R34Q,PBX2:p.Y262F,PIK3CA:p.E542K,TP53:p.R273L,TP53:p.C242F,TP53:p.R175G,TP53:p.Y163C,TP53:p.V157F,AICDA:p.R131G,ALPK2:p.D53N,ANKFN1:p.M280I,ARPC1A:p.F212L,ASXL2:p.S1081L,C1orf74:p.D254N,C3orf30:p.D227E,CCDC121:p.W397L,CHN2:p.I43M,CLEC4C:p.R179L,CLN3:p.G206S,CNTN5:p.T178N,COL12A1:p.G2753C,CPS1:p.T855K,CSMD3:p.T1094K,CSMD3:p.Q691K,DDX11:p.R167T,EGFR:p.L861Q,EME1:p.D570H,EP300:p.D1399N,ESYT3:p.S574F,FAM135B:p.L648M,FAM135B:p.Q285H,FAM47A:p.G372W,FBXW7:p.R505G,FGFR3:p.S249C,GALNT13:p.G358C,GNL3L:p.K20N,GPC5:p.R347L,HCN1:p.A714S,HCN1:p.R659L,HCN1:p.G499V,HCN1:p.P326T,HERC2P3:p.A803V,HEXDC:p.T482P,HIST1H3B:p.E74K,HIST2H2BE:p.G54D,IFNA10:p.V79A,IL7R:p.S54L,INADL:p.P1340A,ISX:p.C2F,ITGAX:p.R685H,ITPR1:p.E1883Q,KCNN3:p.80_81insQQ,KEAP1:p.G480W,KEAP1:p.R470C,KEAP1:p.V155F,KIAA1751:p.L63F,KIAA2022:p.C345F,KIR3DL2:p.K229E,KLF5:p.E419Q,LAMA4:p.M1293I,LMLN:p.G199C,LRP2:p.A516V,LRRC66:p.F458L,LSG1:p.R517L,LUM:p.R310L,MB21D2:p.Q311E,MCHR1:p.S306F,MKRN3:p.G270V,MUC16:p.N11594K,NFE2L2:p.G81S,NFE2L2:p.G31A,NFE2L2:p.L30F,NFE2L2:p.D29H,OR2B11:p.G10V,OR2T2:p.F13V,OR4K2:p.C254F,OR51F2:p.R67P,OR51S1:p.R159Q,OR5D18:p.T271K,OR8H2:p.L166F,OR8J3:p.S160L,OR8K3:p.K235N,PCDHB1:p.N568K,PHIP:p.I1681M,PIK3CA:p.E726K,PIK3CA:p.H1047R,PLCE1:p.G439C,PRSS57:p.E39Q,PYHIN1:p.G148A,RANBP6:p.I984L,RBMXL1:p.G305C,REG1B:p.M67I,RGS6:p.W366L,RNF5:p.T136I,RP1:p.S1771L,RRP15:p.L214F,RYR2:p.E711K,SAMD3:p.Q206H,SLITRK3:p.R214L,SON:p.S908L,SP4:p.E11del,STK11:p.G279fs,TARBP1:p.L782V,TBCD:p.R476C,TMPRSS11F:p.R274Q,TP53:p.R337L,TP53:p.E271K,TP53:p.R267P,TP53:p.G245V,TP53:p.Y234C,TP53:p.Y220C,TP53:p.H214R,TP53:p.H193L,TP53:p.H179L,TPTE:p.M541I,TRIM7:p.L332I,TTN:p.T32425M,ZFP36L2:p.D240N,ZNF208:p.H883Q,ZNF48:p.R235H,ZNF626:p.K473R,ZNF676:p.P43T,ZZZ3:p.R162Qからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  36. 前記集団中の対象の少なくとも7.87%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項35に記載の医薬組成物。
  37. (a)前記対象の集団はOVに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、TP53:p.R273H,TP53:p.Y220C,TP53:p.R248Q,TP53:p.R175H,TP53:p.R273C,TP53:p.I195T,TP53:p.R248W,TP53:p.R282W,TP53:p.C176Y,TP53:p.V157F,TP53:p.S241F,TP53:p.H179R,TP53:p.G245S,TP53:p.H193R,ADCY2:p.V888I,B2M:p.M1V,BAP1:p.R227C,CYP4A11:p.V185F,DNAH5:p.R3197Q,GART:p.K807fs,GRIN2B:p.R519Q,HRNR:p.M1fs,KLHL29:p.L716fs,KRAS:p.G12V,MGA:p.R2435Q,MYO3A:p.N525S,NPAS2:p.Q201R,NRAS:p.Q61R,PDAP1:p.K55fs,PGAP1:p.F565C,TP53:p.S315fs,TP53:p.C275Y,TP53:p.R273L,TP53:p.V272M,TP53:p.G266V,TP53:p.G266R,TP53:p.D259Y,TP53:p.P250L,TP53:p.G245D,TP53:p.G245V,TP53:p.G244C,TP53:p.C238fs,TP53:p.Y236C,TP53:p.Y234C,TP53:p.V216M,TP53:p.S215R,TP53:p.Y205C,TP53:p.L194R,TP53:p.P191del,TP53:p.Y163C,TP53:p.A159V,TP53:p.K132N,TRPC7:p.D210V,UXS1:p.V100L,WNT11:p.C344Y,及びZNF295:p.E885Aからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  38. 前記集団中の対象の少なくとも22.78%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項37に記載の医薬組成物。
  39. (a)前記対象の集団はREADに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、KRAS:p.G12V,TP53:p.R273H,KRAS:p.A146T,KRAS:p.G12D,TP53:p.R175H,AKAP9:p.L3482I,APBA1:p.E624K,BAG5:p.D439N,C17orf97:p.E230D,CDH23:p.F177L,CERS3:p.E95D,DNAH5:p.R982H,ERBB2:p.V842I,GABRB3:p.D500N,KRAS:p.G13D,KRAS:p.G12C,KRAS:p.G12S,LRP6:p.R675Q,MACF1:p.F722L,MBOAT2:p.R43Q,MYO1D:p.E246K,NLRC4:p.E409K,NRAP:p.E327K,NRAS:p.Q61K,PCDH15:p.R1552I,PIK3CA:p.N345K,PIK3CA:p.E545K,POLE:p.S459F,PPP2R2B:p.P326L,SMAD4:p.R361H,TP53:p.R248W,ZFP2:p.R150I,及びZNF563:p.K26Nからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  40. 前記集団中の対象の少なくとも20.51%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項39に記載の医薬組成物。
  41. (a)前記対象の集団はSKCMに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、BRAF:p.V600E,NRAS:p.Q61R,NRAS:p.Q61K,HSD17B7P2:p.N175S,BRAF:p.V600K,DISP1:p.G732L,IDH1:p.R132C,NRAS:p.Q61L,MUC16:p.P5119S,RAC1:p.P29S,WASH3P:p.G175S,AGAP9:p.M248V,C15orf23:p.S24F,DNAH5:p.D3236N,SPTLC3:p.R97K,TMC5:p.R276C,CFB:p.R314M,FRG1B:p.A50P,INMT:p.S212F,LOC649330:p.G93E,MAP2K1:p.P124S,RGS7:p.R44C,STK19:p.D89N,ADAM30:p.G97L,ARL16:p.G6R,ARMC4:p.E22K,BRAF:p.K601E,CAPN13:p.P405S,CD1C:p.R89C,CLCC1:p.P406Q,CNTN5:p.S379F,DNAH5:p.R742Q,EEF1B2:p.S43G,FRG1B:p.I59V,GABRG1:p.E205K,IARS2:p.R832C,IL32:p.D218fs,ISX:p.R86C,KLHDC7A:p.E635K,NAP1L4:p.P285Q,NBPF10:p.Q908E,OR2A5:p.S71L,OR4E2:p.R226Q,OR4M1:p.G41E,OR4M2:p.S268F,OR4N2:p.G41E,OR51B2:p.S163L,PCDHGC5:p.R293C,PCLO:p.R4133C,PHGDH:p.G173L,POTEG:p.D51N,PPP6C:p.R301C,PRAMEF11:p.C84S,PSG9:p.E404K,PTPRB:p.D1560N,RNF152:p.P95S,SPAG16:p.P488S,SPATA8:p.E18K,TAF1A:p.R172M,TCEB3C:p.E308K,THSD7B:p.E126K,TTN:p.E12129K,XIRP2:p.D2439N,及びZNF831:p.R1393Qからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  42. 前記集団中の対象の少なくとも90.91%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項41に記載の医薬組成物。
  43. (a)前記対象の集団はUCECに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、RPL22:p.K15fs,PTEN:p.R130G,PTEN:p.R130Q,KRAS:p.G12D,KRAS:p.G12V,PIK3CA:p.H1047R,PIK3CA:p.R88Q,PIK3CA:p.E545K,PTEN:p.V317fs,FGFR2:p.S252W,PIK3CA:p.E542K,CTNNB1:p.S37F,POLE:p.P286R,PPP2R1A:p.P179R,CTNNB1:p.S37C,KRAS:p.G13D,CTNNB1:p.D32N,CTNNB1:p.S33F,CTNNB1:p.G34R,KIAA2026:p.R574C,LIMCH1:p.R806fs,PIK3CA:p.H1047L,ALPK2:p.K523fs,CTNNB1:p.S33C,FBXW7:p.R505C,HPD:p.R284fs,KRAS:p.G12A,PIK3CA:p.R93Q,POLE:p.V411L,TP53:p.R248W,ABCA11P:p.R385I,ABI1:p.K445N,ACSM2B:p.K195N,APOB:p.F3102L,ASCC3:p.R136Q,C12orf4:p.R335Q,CCDC132:p.R838C,CHD4:p.R975H,CSDE1:p.R220C,CTNNB1:p.D32Y,CTNNB1:p.S33Y,CTNNB1:p.T41I,EXOC1:p.R588C,FBXW7:p.R465H,FGFR2:p.N549K,FUBP1:p.R430C,GEN1:p.S509L,IK:p.E90fs,KIF20B:p.E54K,MAX:p.H28R,MBOAT2:p.R43Q,METTL14:p.R298P,MFGE8:p.D170N,MS4A8B:p.S3L,NSMCE1:p.D244N,OXR1:p.E122K,PCDH19:p.E530K,PIK3CA:p.R108H,PIK3CA:p.N345K,PIK3CA:p.C420R,PIK3CA:p.Q546P,PIK3CA:p.Q546R,PTEN:p.R130L,RBL2:p.E127K,RXFP1:p.S223Y,SF3B1:p.R957Q,SLC20A1:p.P328fs,SOX17:p.S403I,TNS1:p.Q659del,TP53:p.R273H,TP53:p.R273C,TP53:p.R248Q,TTN:p.D16823N,TXNL1:p.R234C,ZFHX3:p.R1893fs,ZNF180:p.R625I,ZNF257:p.R392I,ZNF354B:p.D609N,ZNF43:p.R280C,ZNF709:p.R468I,ZNF765:p.S254L,ABCA5:p.R1476Q,ACVR1:p.R206H,ADAD1:p.S11L,ADAM9:p.R256Q,ADD3:p.E570K,ADGB:p.S1124L,AGXT2:p.R502C,AMBN:p.S225Y,ANKDD1A:p.R24H,ARHGEF33:p.R46I,ATP10B:p.L1304I,ATP2C1:p.E724K,ATP9A:p.R290Q,ATR:p.R1814fs,AVL9:p.F34L,BMPER:p.R241Q,BTN3A2:p.E153K,C14orf118:p.R279I,C14orf166B:p.F230L,C3orf23:p.R217C,C3orf62:p.R185Q,CACNA1C:p.S710L,CAGE1:p.E539K,CARD10:p.KE272del,CCDC144A:p.S1264L,CCDC168:p.D5020Y,CCDC36:p.R209I,CD55:p.E156K,CEP44:p.S253L,CIITA:p.E728K,CREBBP:p.P2094L,CTNNB1:p.S37A,CTTNBP2:p.S420L,DCT:p.R532Q,DIAPH2:p.E121K,DLG2:p.S624L,DNAH10:p.R1888Q,DNAH14:p.R1367C,DNAH7:p.R2961Q,DNAH8:p.R1347H,DNAJC13:p.E1248K,DNMT1:p.E51K,DST:p.S1767Y,DYNC2H1:p.E883D,EMR1:p.R631Q,EPHX4:p.R282Q,ERCC6L2:p.L445I,F10:p.E117K,FAM155B:p.E158K,FAM83B:p.R206Q,FARP1:p.S383L,FAT3:p.A4159T,FBXW7:p.R689W,FBXW7:p.R465C,FBXW7:p.G423V,FN1:p.R290C,FZD6:p.R416Q,GABRA3:p.R73H,GABRA4:p.R460Q,GALNTL2:p.E395K,GFAP:p.A233T,GGA2:p.A63V,GIGYF2:p.R227H,GNPTAB:p.R1189Q,GPR112:p.S1283Y,GPR98:p.R4142W,GRIA3:p.S646Y,GRM6:p.E363D,HMCN1:p.S133Y,HSPA4L:p.R483C,HTR2A:p.S219L,INTS7:p.R940C,INTS7:p.R106I,ITM2C:p.E167K,JAKMIP2:p.R283I,KCND3:p.S438L,KCNS2:p.D211N,KDM1B:p.F361L,KIAA0556:p.L330I,KIAA1147:p.A149V,KIF23:p.R150Q,KIF27:p.K925N,KIF9:p.R594Q,KLHL13:p.E213K,KLHL28:p.E33K,LIN9:p.R183W,LRBA:p.E2103K,LRP2:p.R2432I,MAGI2:p.L450M,MC5R:p.A109T,MEGF10:p.S1053L,MKI67:p.T1664fs,MKLN1:p.F485L,MMRN1:p.F917L,MSH4:p.E730K,MTOR:p.S2215Y,MUC7:p.S336L,MYBPC2:p.R646H,N4BP2L2:p.R506C,NAPSA:p.R121Q,NCOA7:p.E369D,NCR1:p.R258W,NEK11:p.R374Q,NHEJ1:p.R109Q,NNMT:p.E233K,NOTCH4:p.15_16LL>L,NPY1R:p.A371T,NRAS:p.Q61R,OGDHL:p.R57C,OMA1:p.R445Q,OPRM1:p.R462C,OR4C12:p.F248L,OR5AK2:p.K89N,OSBPL6:p.R577Q,PCDHAC2:p.K138N,PCDHB12:p.R289C,PCDHGC5:p.A70T,PIK3CA:p.R38H,PIK3CA:p.E39K,PIK3CA:p.E110del,PIK3CA:p.K111E,PIK3CA:p.Q546K,PIK3CA:p.M1043V,PIK3CA:p.M1043I,PLA2G3:p.R201Q,PLXNA1:p.E1295K,PON1:p.R306Q,POTEE:p.R303I,POTEF:p.K674N,PPP2R1A:p.S256F,PPP2R3B:p.F310L,PRAM1:p.A268T,PREX1:p.E1246K,PRKCQ:p.A324V,PTEN:p.R130P,PVRL4:p.A358T,RAI2:p.S385Y,RBM39:p.T353I,RELN:p.F2722L,RFPL1:p.R148Q,ROBO2:p.D1018N,ROS1:p.R245I,RPS6KA6:p.S394Y,RSBN1:p.E572K,RYR1:p.A2576T,SACS:p.R2906Q,SCAPER:p.R366Q,SELP:p.R429W,SENP7:p.S673Y,SEPHS1:p.E13K,SFRP4:p.R232Q,SGK1:p.K367del,SIX1:p.E191K,SLC10A7:p.S261L,SLC12A2:p.R828Q,SLC16A14:p.R495Q,SLC7A2:p.R322W,SMCR8:p.E175K,SOS1:p.N233Y,SPOP:p.E50K,STRN3:p.K218N,STXBP6:p.D92N,SULT1E1:p.R77Q,SUN3:p.L124I,SUSD1:p.R343C,SYNM:p.R516Q,TAF1:p.R843W,TDRD3:p.R322Q,THADA:p.S1941L,TLN2:p.S208L,TMEM161B:p.R315Q,TMPRSS3:p.R16Q,TP53:p.Y220C,TPTE:p.S423L,TRANK1:p.E846K,TRPC5:p.S490L,TRPM3:p.R429W,TSSK1B:p.E301K,TTLL7:p.R751H,TTN:p.S20317L,TTN:p.E6404K,TTN:p.R4434Q,TTN:p.R2506Q,UGT8:p.E102K,USF1:p.R52Q,USP16:p.R455Q,USP25:p.R873H,USP33:p.R36Q,VPRBP:p.R802Q,VPS13B:p.R692Q,WDR65:p.F110C,YTHDC2:p.E185K,ZFYVE1:p.R266Q,ZKSCAN1:p.R541fs,ZNF117:p.R157I,ZNF180:p.R569I,ZNF195:p.R59Q,ZNF254:p.K179N,ZNF263:p.R510I,ZNF333:p.R554Q,ZNF354B:p.R402I,ZNF442:p.R309Q,ZNF454:p.R376I,ZNF485:p.R374I,ZNF488:p.R206Q,ZNF559:p.E284K,ZNF594:p.R287I,ZNF611:p.R390I,ZNF645:p.R154C,ZNF649:p.R338Q,ZNF649:p.R198I,ZNF674:p.R405I,ZNF675:p.R220I,ZNF678:p.R564I,ZNF732:p.R354I,ZNF780A:p.R466Q,ZNF823:p.R547I,ZNF836:p.R854I,ZNF836:p.R630I,ZNF841:p.R757I,及びZNF98:p.R370Iからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  44. 前記集団中の対象の少なくとも67.74%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項43に記載の医薬組成物。
  45. (a)前記対象の集団はACCに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、ZFPM1:p.EPL444del,GARS:p.P42A,ZNF517:p.V349A,LRIG1:p.L24V,CCDC102A:p.R96W,OPRD1:p.C27F,SOWAHA:p.R124P,LACTB:p.M5L,TOR3A:p.F13L,ZFPM1:p.E444fs,ZNF787:p.D367del,LRIG1:p.L26V,IRX3:p.L422P,TRIOBP:p.H1300R,TUBA1C:p.L146F,ZFPM1:p.P445fs,ZFPM1:p.446_447LA>P,TPO:p.S398T,USP42:p.R779P,ERCC2:p.D312N,GLTPD2:p.D209E,OTOP1:p.LLW104del,RINL:p.P402L,AMDHD1:p.S3G,ASPDH:p.Q266R,KCNK17:p.S21G,TMEM247:p.Q128E,MUC5B:p.D682G,OBSCN:p.R4516W,FAM184B:p.R784W,SEMA5B:p.V840D,ZNF598:p.E25G,ADAD2:p.G44E,C1orf106:p.R538C,ZAR1:p.Q42H,PANK2:p.G126A,PODXL:p.28_30PSP>P,SALL3:p.L593V,THEM4:p.L17R,C2orf81:p.T315P,CLDN23:p.V210M,FAM109A:p.GGG156del,FPGS:p.I22V,HHIPL1:p.V692A,MUC5B:p.M2869T,PLEC:p.R1386Q,SYT8:p.R373W,TAF5:p.S130A,TMEM189−UBE2V1:p.N6D,UQCRFS1:p.S6A,B3GNT6:p.L316fs,CCDC105:p.P499T,CLIC6:p.Q298E,IDUA:p.T374P,NOTCH2:p.C19W,RGS9BP:p.A96S,RREB1:p.G783V,SP8:p.G165del,WDR34:p.W60G,C19orf10:p.G12R,CELSR2:p.16_17insP,FAM75C1:p.71_71H>HLVSQRH,GPRIN2:p.R446H,KBTBD13:p.A81V,OGFR:p.S557T,PODXL:p.30_30P>PSP,BHLHE22:p.L62Q,C4orf32:p.G32E,C5orf65:p.Q245R,KNDC1:p.V806D,KRTAP10−6:p.49_49P>PSCCAP,LRP11:p.P92R,MAP1S:p.S411C,NOL9:p.S58A,RASIP1:p.R601C,RGMB:p.S63R,SARM1:p.R23P,TSC22D2:p.A419T,ZNF628:p.T230A,ZNF814:p.A337V,AATK:p.A541T,BTBD11:p.G265A,CRIPAK:p.C143R,KCTD3:p.F9V,KRT8:p.S59A,MUC5B:p.S681G,NCOR2:p.1846_1847insSSG,OGFR:p.E556K,APOE:p.C130R,C10orf95:p.A85S,C13orf33:p.R59G,CRIPAK:p.C174R,FAM18B2:p.C51Y,GLI3:p.P998L,GLTSCR2:p.Q389R,HECTD2:p.P19A,IRF2BPL:p.123_125QQQ>Q,MEX3C:p.179_182AAAA>A,NEFH:p.EE658del,RNF149:p.S9G,RNF222:p.A133T,SEZ6L2:p.R74P,TNIP2:p.R73G,ARRDC4:p.T79A,B3GNT6:p.P330fs,BAG1:p.G45R,C22orf26:p.P28L,CHDH:p.E40A,COQ2:p.V66L,CTGF:p.H83D,DLEU7:p.A83V,EPPK1:p.D2378H,FAM86C1:p.R30P,FZD1:p.93_94insP,GPRIN2:p.V241M,GPX1:p.11_13AAA>A,HES3:p.P96T,JMJD4:p.A11V,KANK3:p.R359H,LPPR2:p.A186S,NEFH:p.665_666insEE,NOM1:p.R24G,RNF39:p.G263C,SCRT1:p.S133A,SNED1:p.L1228P,TTLL11:p.122_123insKA,ZCCHC3:p.A159del,ZNF219:p.QP233del,ASB16:p.T249A,ASB2:p.H515P,ATP9B:p.S39G,AVL9:p.G7fs,C17orf96:p.L63V,C19orf29:p.A499V,CRB2:p.T1110M,CRIPAK:p.P173R,CRIPAK:p.I190L,CSGALNACT2:p.L362F,CTBS:p.LAL31del,CTNNB1:p.S45P,DMRT1:p.S45T,DOK7:p.G461D,FBRSL1:p.A836V,FEZ2:p.P50L,FRG1:p.S169N,HSD17B1:p.G313S,IBA57:p.S130R,KIF1A:p.E917D,KRTAP9−1:p.160_160Q>QPSCGSSCCQ,LURAP1L:p.55_56insGGG,NMU:p.A19E,NMU:p.A18E,NOXA1:p.D6E,NPTX1:p.G100D,PLIN5:p.R306W,TBP:p.95_96insQ,TMEM200C:p.S498G,TNXB:p.V706fs,VARS:p.P51S,ZC3H12D:p.P405S,及びZZEF1:p.V30Aからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  46. 前記集団中の対象の少なくとも20%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項45に記載の医薬組成物。
  47. (a)前記対象の集団はCESCに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、PIK3CA:p.E545K,PIK3CA:p.E542K,MAPK1:p.E322K,EP300:p.D1399N,ERBB2:p.S310F,ERBB3:p.V104M,KRAS:p.G12D,ANKRD12:p.E721Q,ANKRD36:p.M1144T,MICA:p.G318fs,PIK3CA:p.E726K,PTEN:p.R130Q,ABCD1:p.S606P,ACTL7B:p.E211K,ADAM21:p.F129C,ADAMTS12:p.P1053A,AKT1:p.E17K,ANKLE1:p.V643L,ANO3:p.M956I,AOAH:p.R326T,APOD:p.S115L,ASCC1:p.H207Y,ATM:p.S800F,AURKA:p.S387L,BAG5:p.M286I,C12orf43:p.E28Q,C16orf3:p.G65S,C3orf70:p.S6L,C4orf21:p.E800Q,CALB2:p.K60N,CALCB:p.R81T,CCDC152:p.E153Q,CCDC53:p.R58C,CDC27:p.P242S,CFHR5:p.R441H,CLOCK:p.L123fs,CMYA5:p.E2733K,CNTRL:p.P185S,CSHL1:p.R117Q,CSMD3:p.H952Y,CTNNB1:p.D32G,CTSH:p.E254Q,DHPS:p.F49L,DMPK:p.R44H,DNAH14:p.F622fs,DNAH3:p.E3367Q,DNAH8:p.E587D,DNASE1L1:p.D212N,ECE2:p.D254N,FAM71B:p.H445D,FAM73A:p.G23V,FAS:p.E261K,FBXW7:p.R505G,FBXW7:p.R465C,FEZF2:p.E82K,FKBPL:p.E161Q,FMNL1:p.E927Q,GPATCH3:p.E275Q,GPR142:p.R304T,GPRIN2:p.T100P,GRAMD2:p.I123M,HERC2:p.S329F,HGF:p.G229A,HIF3A:p.A72T,HIST1H1B:p.K188N,HIST1H2AL:p.R30P,HIST2H2AC:p.R30P,HLA−C:p.N104K,HLA−DPB1:p.G114fs,HRNR:p.G2539S,INVS:p.R799K,JPH3:p.Q433H,JUP:p.S627L,KIAA1211:p.R308fs,KIAA1211:p.E309fs,KLK2:p.E161K,KRAS:p.G13D,KRAS:p.G12V,LIN9:p.E231K,LOC151174:p.P90S,LRRC37A3:p.A406D,LRTM2:p.L176V,MEPE:p.S30T,MUC12:p.R2634C,MUC4:p.S2936L,MYOM2:p.D988N,NFE2L2:p.D29H,NOTCH2:p.R2298W,NPIPL1:p.P250L,NR5A2:p.E80K,NYAP2:p.R197Q,OBSL1:p.E1642K,OR13C2:p.L9V,OSBP:p.Q721H,PAOX:p.H107Y,PDILT:p.E500K,PIAS3:p.D460N,PLEKHO2:p.E351Q,PNRC1:p.R73C,PPP4R1:p.L597F,PREP:p.F469L,PRKDC:p.Q3568E,PSME3:p.R231W,RANBP6:p.R915W,RCAN2:p.D440N,RNPC3:p.E116fs,SDHAP1:p.H66Y,SDHAP2:p.S37fs,SERPINA3:p.K158N,SERPINA4:p.R98C,SF1:p.R255W,SGSM1:p.E818K,SIM1:p.V213M,SLC10A4:p.F281L,SLC25A5:p.I79F,SLC35G2:p.K62fs,SLC4A9:p.R617C,SLCO2A1:p.M479I,SND1:p.Q38E,SPATA17:p.R72K,SRSF12:p.S150C,TADA2B:p.E67K,TCTEX1D2:p.S74L,TEDDM1:p.M166I,TEX15:p.E1652Q,TMC2:p.E92D,TMEM131:p.E1319Q,TNKS2:p.T619fs,TNS1:p.Q659del,TP53:p.E285K,TRAF3:p.S9F,TRIM61:p.K98N,TRPM1:p.M996I,TUFT1:p.L101F,U2AF1:p.S34F,UNC93B1:p.V498M,USP4:p.L259V,VCAN:p.S1308C,WDR17:p.P278S,ZBED4:p.S385L,ZEB2:p.E1094K,ZFYVE9:p.M1147I,ZNF16:p.R452W,ZNF677:p.R131T,及びZSWIM4:p.E407Kからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  48. 前記集団中の対象の少なくとも23.71%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項47に記載の医薬組成物。
  49. (a)前記対象の集団はCRCに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、KRAS:p.G12D,KRAS:p.G12V,BRAF:p.V600E,KRAS:p.G13D,TP53:p.R175H,PIK3CA:p.E545K,FBXW7:p.R465H,KRAS:p.A146T,PIK3CA:p.H1047R,TP53:p.R248W,CDC27:p.D555E,SMAD4:p.R361H,TP53:p.R273H,KRAS:p.G12C,NRAS:p.Q61K,ERBB2:p.V842I,ERBB3:p.V104M,FBXW7:p.R465C,PIK3CA:p.R88Q,PIK3CA:p.E542K,TP53:p.R273C,TP53:p.G245S,AXIN2:p.G665fs,C16orf45:p.T106N,C20orf26:p.R1088Q,DNMT1:p.E432K,FBXW7:p.R505C,HLCS:p.E362K,HPSE2:p.K58N,KIF14:p.R598Q,KIF18A:p.R17C,KIF20B:p.E991K,KLHL5:p.R326C,KLK2:p.P57T,KRAS:p.G12A,KRAS:p.G12S,LPHN3:p.R1183Q,LRP6:p.R675Q,MYH8:p.R1048Q,NRAP:p.E327K,NRAS:p.G12C,PIK3CA:p.N345K,POSTN:p.R508C,PPP2R1A:p.R183W,PTEN:p.R130Q,RAF1:p.S257L,SDK1:p.T1181M,SGSM1:p.F1117L,TCF7L2:p.R482fs,TP53:p.R282W,TRIM23:p.R289Q,UGT8:p.E102K,ZNF491:p.R343Q,A2M:p.R732Q,AADACL4:p.A266T,ABCA8:p.E1158K,ABCA8:p.R842Q,ABCA8:p.A696T,ABCB8:p.R345H,ACACA:p.R1731C,ACADM:p.F48C,ACOT9:p.R50Q,ACPP:p.R105Q,ACTL7B:p.R354H,ACTL9:p.R331H,ACVR1:p.S290L,ADAM30:p.S314Y,ADAM32:p.R559Q,ADAMTS16:p.D817N,ADAMTS4:p.R156W,ADCY5:p.R661H,AGMAT:p.V313M,AGPAT4:p.A212T,AKAP12:p.E1282K,AKAP9:p.L3482I,ALB:p.S294L,ALDH1L1:p.A870T,ALG2:p.S302Y,AMOTL1:p.R676Q,AMPD1:p.K502N,AMPH:p.R292W,ANKRD6:p.R479C,APBA1:p.K730N,APBA1:p.E624K,APC:p.E847fs,APC:p.F1354fs,APC:p.M1413fs,APOB:p.R3136C,APOB:p.A43V,APPL1:p.R668W,AQPEP:p.A309T,ARF4:p.R149H,ARFGEF1:p.D1632N,ARHGAP32:p.E1253K,ARHGAP36:p.R128C,ARHGAP36:p.A147V,ARHGAP5:p.D890fs,ARNTL:p.T395M,ARPP21:p.R338H,ARSG:p.V131I,ASCC3:p.R1197Q,ATP10D:p.R311H,ATP6V0A4:p.R191Q,ATP9B:p.R265Q,AXDND1:p.E930D,AXIN2:p.W663fs,B2M:p.L13fs,B3GALNT1:p.R145Q,BACH1:p.R538Q,BAG5:p.D439N,BBOX1:p.F176V,BCL2L11:p.R91Q,BCL7A:p.T52M,BCLAF1:p.R37fs,BEND5:p.R198C,BICD2:p.R162H,BLVRA:p.S44L,BMP3:p.R344W,BNC2:p.R512W,BRPF1:p.R66C,BRWD3:p.R787C,BTBD7:p.S436L,BUB1B:p.F996L,BZRAP1:p.V1627I,C11orf30:p.R1111C,C14orf101:p.E295K,C14orf102:p.D115N,C14orf105:p.R100I,C15orf2:p.V488I,C15orf33:p.D340N,C16orf87:p.R151I,C1RL:p.L351fs,C22orf40:p.P32fs,C3orf39:p.R333W,C5orf30:p.D4N,C5orf4:p.R114Q,C6orf170:p.K724T,C7orf63:p.A10T,CACHD1:p.S720Y,CACNA1A:p.T665M,CACNA2D3:p.A332T,CACNB2:p.R608H,CACNG3:p.V134I,CACNG3:p.A138V,CACNG5:p.G121R,CADM1:p.S190L,CADPS:p.A1073T,CAPRIN2:p.E13K,CARD11:p.R423Q,CASC1:p.R54Q,CASP14:p.R5W,CBFB:p.E152K,CC2D2A:p.R1284C,CCDC18:p.K615N,CCDC60:p.R230H,CCDC81:p.R259I,CCDC88C:p.P1851fs,CCKBR:p.V236M,CD101:p.D283Y,CD101:p.R594Q,CD180:p.N228T,CDC14B:p.R375C,CDCA7L:p.P405fs,CDH10:p.E349K,CDH12:p.D674N,CDH20:p.A134V,CDH23:p.F177L,CDH2:p.D547Y,CDH9:p.F523L,CDK16:p.R108C,CEACAM5:p.L640I,CEP152:p.E21K,CERS3:p.E95D,CHD4:p.R975H,CHD5:p.A801T,CIZ1:p.V668A,CLEC18A:p.R423H,CLTCL1:p.R481W,CMAS:p.R110Q,CNRIP1:p.R102W,COBLL1:p.K732N,COL14A1:p.R1082I,COL17A1:p.P1004L,COL4A6:p.L550I,COL6A3:p.D2792N,COPB1:p.R425C,CORO2A:p.*526R,COX15:p.L86I,CSMD1:p.S781Y,CTCFL:p.E423K,CTDNEP1:p.E126K,CTTNBP2:p.R164C,CYP4B1:p.E434D,DACH2:p.R539C,DBC1:p.V216I,DBF4B:p.S254Y,DCHS2:p.F2149L,DCLK2:p.S549Y,DDI1:p.R275Q,DENND4A:p.P357H,DENND4C:p.R1081Q,DHTKD1:p.R410Q,DISP1:p.R763C,DKK2:p.R230H,DKK4:p.R203Q,DLC1:p.A350V,DLC1:p.E222D,DMD:p.R3195H,DNAH5:p.R982H,DNAH5:p.R224Q,DNAH9:p.D1547N,DNAJC24:p.E61K,DNM1:p.A251T,DNMT1:p.E1531Q,DNMT3B:p.R92W,DOCK10:p.A1830V,DOCK1:p.E864K,DOCK2:p.G170R,DOCK3:p.R1183C,DOCK5:p.E177K,DOK5:p.R274W,DPP8:p.G165R,DPY19L1:p.F378L,DUOX2:p.F880L,DVL2:p.A601fs,EBAG9:p.E187K,EBF3:p.G255fs,EDNRB:p.L450R,EGR2:p.R390H,EHD3:p.E44K,EIF2C1:p.R139Q,ELF3:p.F305fs,ELMOD2:p.T141M,EMR2:p.S75L,ENAM:p.R373H,ENOX2:p.R356W,ENTPD7:p.E327K,EPG5:p.D369N,EPHB2:p.R392H,ERCC6:p.V780I,ERCC6L:p.R505Q,ERRFI1:p.A421T,ESCO1:p.R300Q,ETV6:p.R369W,F8:p.S2269Y,FAM123B:p.F173fs,FAM135B:p.R884H,FAM169B:p.K165N,FAM170A:p.E56K,FAM171B:p.D459N,FAM181A:p.R109H,FAM5B:p.R402C,FBXO11:p.A432V,FBXW7:p.R689W,FBXW7:p.S582L,FBXW7:p.R14Q,FGF14:p.A236V,FHDC1:p.R254W,FHOD3:p.A225T,FHOD3:p.E813K,FMO3:p.F510L,FNDC1:p.R652H,FOXK1:p.R354W,FOXN3:p.P96fs,FPGT−TNNI3K:p.R455H,FZD3:p.D367N,GABRA4:p.R460Q,GABRA5:p.S126N,GABRB3:p.D500N,GALNTL5:p.R262I,GJA1:p.R362Q,GLRA3:p.L454I,GLRA3:p.F132L,GOLGA4:p.Q1536H,GP2:p.S41L,GPC6:p.A214T,GPLD1:p.R717Q,GPR125:p.R113Q,GPR156:p.F754L,GPR158:p.D566N,GPR21:p.R216H,GPR61:p.A62T,GPR98:p.R4142W,GPRC5A:p.V30I,GRAP2:p.E69D,GRIA1:p.R218C,GRIA2:p.R845Q,GRM7:p.R679Q,GTF3A:p.K306N,HAO1:p.R172C,HARS2:p.R168H,HBB:p.F42L,HCN4:p.R525H,HDAC5:p.A1044T,HGF:p.S467Y,HIPK4:p.R280H,HLA−DMA:p.E84K,HMG20A:p.E248D,HPS3:p.S468L,HRSP12:p.R120Q,HS3ST1:p.E287K,HTR3B:p.R236C,HTR5A:p.R152C,HTT:p.D1548N,HYDIN:p.R1187C,HYDIN:p.R939Q,HYDIN:p.R451Q,HYOU1:p.R158C,IFT172:p.A944V,IGJ:p.R77Q,IL17RA:p.Q803fs,IL1RAPL2:p.T647M,IL3:p.A90T,IL5RA:p.L47I,INPP5D:p.R523Q,INPP5K:p.R263C,IRAK3:p.R267Q,IREB2:p.R419Q,ITGA4:p.T673M,ITGA4:p.F900L,ITIH5:p.A912T,ITK:p.E196K,JAG1:p.A462T,JAK1:p.V310I,KAL1:p.V303I,KBTBD8:p.V549I,KCNA3:p.A415V,KCND3:p.S438L,KCNMB4:p.F209L,KCTD20:p.L314fs,KDELC1:p.L447I,KIAA0528:p.R181Q,KIAA0556:p.R1082W,KIAA1109:p.S4937Y,KIAA1804:p.V474M,KIAA1804:p.R477W,KIF16B:p.R145Q,KIF26B:p.A1114V,KPNA4:p.R29Q,KRAS:p.K117N,KRAS:p.Q61L,KRAS:p.Q61K,KRT6B:p.L197P,L1CAM:p.T186M,LALBA:p.A41T,LAMA4:p.A558V,LBX1:p.R176W,LPAR4:p.R145Q,LRP1B:p.K2623N,LRP2:p.R3043C,LRP2:p.S737L,LRRC18:p.R218W,LRRC31:p.K23T,LRRC7:p.R1389H,LZTS2:p.P100fs,MACF1:

    p.S292L,MACF1:p.F722L,MAEL:p.R345C,MAGEE1:p.V380M,MAGI1:p.R1198C,MAP1B:p.E2046D,MAP2:p.K530N,MAP2K4:p.R287H,MAP3K4:p.R275Q,MAP7D2:p.R487C,MAPK8IP1:p.L217fs,MBOAT2:p.R43Q,MCF2L2:p.R926Q,MECOM:p.R969C,METTL16:p.R200Q,METTL21A:p.R174Q,METTL6:p.F56L,MFF:p.R162C,MFSD5:p.R280Q,MIA3:p.Q356H,MMAA:p.R326C,MORC1:p.D113Y,MORC2:p.R740H,MPDZ:p.L804I,MR1:p.S46L,MRPL47:p.L234I,MS4A8B:p.S3L,MSH4:p.K464N,MSH6:p.T1085fs,MSH6:p.R1095H,MUC16:p.R8606H,MYH13:p.D311N,MYH7:p.R1689C,MYO1D:p.E246K,MYO3A:p.N525H,MYO6:p.D1180N,MYO9A:p.R2179Q,MYO9A:p.R167Q,MYOZ2:p.E251K,MYT1:p.E226K,NAA25:p.S807Y,NCAM1:p.R474W,NCOA4:p.R562Q,NEB:p.D5434N,NEB:p.L1591I,NEB:p.E1214K,NEDD9:p.A798T,NEDD9:p.A316T,NEK1:p.R608C,NFASC:p.V256I,NINL:p.R1366C,NLRC4:p.D593N,NLRC4:p.E409K,NLRP4:p.V229I,NLRP5:p.R392H,NME9:p.E75K,NOLC1:p.T428M,NPC1:p.E451K,NPSR1:p.R235Q,NRAS:p.Q61L,NRAS:p.G13R,NRAS:p.G12D,NRG2:p.T246M,NTN4:p.E59K,NUB1:p.R373Q,NUDT15:p.S83Y,NUF2:p.S340L,NUP88:p.A302V,ODZ1:p.R2556W,OGDHL:p.A427T,OGFRL1:p.E427K,OLFM4:p.K132N,OPRM1:p.R353H,OR10A3:p.S93Y,OR2M3:p.R235H,OR52W1:p.R133C,OR5AU1:p.R312H,OR5B17:p.R163H,OR8S1:p.A99V,OSTN:p.R115Q,OTOL1:p.V431I,OTUD3:p.R277I,PAN3:p.S580N,PANK3:p.R260I,PAX3:p.T424M,PCBP1:p.L102Q,PCDH10:p.V477M,PCDH15:p.R1552I,PCDHAC2:p.A519T,PCDHAC2:p.E190K,PCDHAC2:p.A266T,PCDHAC2:p.A156V,PCDHAC2:p.E271K,PCDHAC2:p.A736V,PCDHB5:p.D51Y,PCDHB8:p.D235N,PCDHGC5:p.S289L,PCDHGC5:p.V662M,PCNXL2:p.R135Q,PCOLCE2:p.A348V,PCOLCE2:p.R87H,PDE4B:p.S417L,PGAM1:p.R240H,PHF3:p.R1410I,PIAS2:p.S519L,PIGR:p.A580T,PIK3CA:p.D350G,PIK3CA:p.E545A,PIK3CA:p.E545G,PIK3CA:p.Q546K,PIP4K2C:p.R204H,PKHD1L1:p.F1856L,PLA2G4A:p.E443K,PLCG2:p.E544K,PLCG2:p.D973N,PLEKHA6:p.V328fs,PLEKHG4B:p.E384K,PLK1:p.D233G,PLOD3:p.R297fs,PLSCR3:p.E77K,PLXNC1:p.S462L,PLXNC1:p.R819C,POLA1:p.E603D,POLE:p.S459F,POLE:p.V411L,POLQ:p.R860Q,PPP2R2B:p.P326L,PPP2R5C:p.S259Y,PRAMEF4:p.R248H,PREX1:p.V731I,PRKAA2:p.R407Q,PRKAR2B:p.S309L,PRKCI:p.R480C,PRKRA:p.K122N,PSG8:p.R397C,PSG8:p.R320C,PSMD12:p.R201Q,PTPDC1:p.R430W,PTPN12:p.R765Q,PTPN13:p.S887L,PTPRD:p.L1053I,PTPRU:p.D1434N,PXDN:p.P856fs,PXDNL:p.T1312M,QRSL1:p.S226L,RAB7L1:p.R79W,RALGAPA1:p.R398C,RANBP2:p.R1231C,RBBP7:p.E313K,RBBP7:p.E274K,RBFOX2:p.A340T,RBMXL1:p.R331Q,RHOBTB1:p.T464M,RIMS2:p.R599Q,RIN3:p.S708L,RLBP1:p.D281N,RLBP1:p.A72V,RNASET2:p.A127V,RNF113B:p.A172V,RNF150:p.R236Q,RNF150:p.S208L,RNF43:p.S216L,ROR2:p.D672N,RPL6:p.F193C,RPS6KA5:p.E166K,RSPO2:p.R28C,RUVBL1:p.E431K,RUVBL1:p.R117C,RWDD2B:p.R254H,RXFP3:p.R113C,RYR3:p.R2705Q,SAGE1:p.R229C,SCFD2:p.R545W,SCML4:p.R194Q,SCN10A:p.T1570M,SCN11A:p.A1688T,SCN11A:p.V1289I,SCN11A:p.V566I,SCUBE2:p.V342M,SEMA3A:p.D81N,SEMA4D:p.R252Q,SEPHS1:p.R371Q,SEZ6L:p.S207L,SFPQ:p.R611Q,SFSWAP:p.S617Y,SGCG:p.A220V,SGCZ:p.I41M,SH3TC2:p.R89C,SIGLEC11:p.S363F,SIPA1L1:p.R1063Q,SIPA1L1:p.S1227Y,SLC12A1:p.S292L,SLC22A15:p.S201L,SLC24A2:p.A134V,SLC25A40:p.R96Q,SLC2A7:p.A65T,SLC30A9:p.R194H,SLC33A1:p.S542L,SLC35F3:p.A280T,SLC39A7:p.R382C,SLC43A1:p.P133L,SLC43A3:p.R216H,SLC44A5:p.R185H,SLC6A2:p.A562T,SLC8A1:p.R431H,SLFN12L:p.F232fs,SLITRK1:p.R52H,SLITRK3:p.S298L,SMAD2:p.R321Q,SMARCA4:p.R381Q,SOCS5:p.S464L,SORBS1:p.V1156M,SORBS1:p.F570L,SORCS2:p.R320W,SOX6:p.R719W,SPATA22:p.S150L,SPEG:p.A944V,SPTB:p.R86C,SPTBN4:p.A1993V,STIM2:p.R572Q,STT3B:p.D583Y,SULT1C4:p.R85Q,SUN3:p.E128K,SUPT6H:p.A957T,SYNE1:p.I1249L,SYNE1:p.R170W,SYNE2:p.K3103N,SYNGR4:p.R169Q,SYT7:p.T349M,TANK:p.S380L,TAS1R2:p.R270C,TAS2R1:p.F183L,TCF7L2:p.R488C,TDRD10:p.S322L,TECTB:p.L29I,TEKT5:p.R401H,TGFBR1:p.S241L,THAP5:p.S287Y,THSD7B:p.R90H,TLL1:p.T153M,TLL2:p.S872L,TM9SF2:p.R91H,TMCC3:p.R110H,TMEM132A:p.R481C,TMEM132D:p.R578W,TMEM55A:p.R189Q,TMEM74:p.R125Q,TMPRSS11A:p.S288L,TNIP2:p.A139T,TOP2B:p.R656H,TOX:p.S354L,TP53:p.G244D,TP53:p.R175C,TPO:p.A826T,TPR:p.S2155L,TPTE2:p.R258Q,TPTE:p.S423L,TRAK1:p.D627N,TRAPPC11:p.R568Q,TRIM23:p.R396Q,TRIM44:p.D331N,TRIO:p.R661W,TRPA1:p.K54N,TRPC5:p.S490L,TRPM6:p.R995H,TRPM7:p.R1862C,TRPM7:p.R843Q,TRPS1:p.R1125W,TRPV5:p.R492H,TRRAP:p.R3515W,TSHZ1:p.R881M,TTC21A:p.S270Y,TTN:p.R22795C,TTN:p.R3193Q,TTN:p.R328H,TUBA3D:p.R243Q,TUFT1:p.A340T,TXNDC15:p.R343Q,UBE2NL:p.R86I,UBIAD1:p.A97T,UGT2A1:p.N97fs,USH2A:p.F2369L,USP11:p.A286T,USP25:p.R1119Q,USP26:p.R861Q,USP29:p.F81L,USP31:p.D391N,USP40:p.S851L,UTP14A:p.V148I,VAV3:p.E685K,VCAN:p.R1125H,VPS13C:p.D1359Y,WBSCR17:p.R228C,WDR3:p.E841K,WDR52:p.A157T,XKR6:p.R268Q,XPOT:p.R541W,YTHDC1:p.R267Q,YTHDC2:p.E634K,ZBBX:p.R596I,ZBTB24:p.L607I,ZC3H13:p.R103Q,ZCWPW2:p.D144N,ZEB2:p.R156H,ZFHX4:p.E237D,ZFP14:p.R386C,ZFP28:p.R525I,ZFP2:p.R150I,ZFP3:p.R273I,ZFP90:p.R330Q,ZHX2:p.V790I,ZIC4:p.S305L,ZIM3:p.D352N,ZKSCAN4:p.R319Q,ZMYM4:p.R1446Q,ZNF117:p.R185I,ZNF167:p.R683I,ZNF180:p.R401I,ZNF19:p.R349I,ZNF205:p.R384C,ZNF236:p.S1480L,ZNF248:p.R568I,ZNF259:p.R174I,ZNF266:p.R512Q,ZNF266:p.R344Q,ZNF280B:p.E363K,ZNF283:p.R392Q,ZNF32:p.S62L,ZNF345:p.R82Q,ZNF345:p.R334I,ZNF350:p.R310Q,ZNF434:p.R306C,ZNF439:p.E239D,ZNF439:p.R262I,ZNF443:p.R301I,ZNF445:p.L682M,ZNF470:p.R641I,ZNF471:p.R282I,ZNF484:p.R138C,ZNF528:p.R279Q,ZNF563:p.K26N,ZNF573:p.R350I,ZNF583:p.R344I,ZNF585A:p.E638K,ZNF585A:p.E491D,ZNF625:p.R235Q,ZNF652:p.K327N,ZNF677:p.R451I,ZNF678:p.R368I,ZNF699:p.R41I,ZNF70:p.R244I,ZNF770:p.S441P,ZNF774:p.R423Q,ZNF782:p.K247T,ZNF7:

    p.R337I,及びZNF831:p.E949Dからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  50. 前記集団中の対象の少なくとも56.65%は少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項49に記載の医薬組成物。
  51. (a)前記対象の集団はDLBCLに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、EZH2:p.Y641F,MYD88:p.L273P,BCL2:p.G33R,CARD11:p.E626K,ADCY2:p.A87V,BCL2:p.N172S,BCL2:p.H20Q,BRAF:p.K601E,BTG1:p.L31F,CACNA1E:p.R1458C,CARD11:p.E93D,CD79B:p.Y197D,CD79B:p.Y197H,CREBBP:p.R1446H,GRID1:p.E622K,HIST1H1C:p.A65V,HIST1H1E:p.G133A,HIST1H3B:p.A48S,KRAS:p.G13D,MYD88:p.S251N,PABPC1:p.R94C,PIM1:p.L164F,PIM1:p.L184F,POU2F2:p.T239A,POU2F2:p.T239S,RELN:p.R2971Q,SLC25A48:p.A67T,STAT6:p.D468H,TNF:p.L47F,及びTRAF7:p.R11Hからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  52. 前記集団中の対象の少なくとも13.79%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項51に記載の医薬組成物。
  53. (a)前記対象の集団はKICHに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、ACR:p.W279C,AGRN:p.1284_1285VT>A,C7orf25:p.R384fs,CAMSAP1:p.T466fs,CBWD6:p.E102fs,DOCK8:p.L1111fs,EBPL:p.Q196P,EBPL:p.L189V,GFM1:p.A17fs,GOLGA6L6:p.D570E,ITGA5:p.A48D,LUZP2:p.S154fs,MTMR9:p.K193fs,MUC16:p.P10452fs,MUC4:p.S2832P,ODF2L:p.K407fs,RHBDD3:p.G34fs,RILPL1:p.S358R,TAS2R30:p.L236fs,TRRAP:p.A973S,UBR5:p.K2120fs,URGCP:p.G639fs,ZNF98:p.A222T,及びZSWIM6:p.Q610fsからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  54. 前記集団中の対象の少なくとも50%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項53に記載の医薬組成物。
  55. (a)前記対象の集団はKIRPに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、FAM18B2:p.C51Y,ZNF598:p.E25G,NEFH:p.E645K,EEF1B2:p.S43G,NEFH:p.AKSPEKEE652del,OBP2B:p.K61N,SKI:p.A62G,C14orf126:p.R6W,KRT8:p.S59A,ACSBG2:p.I250M,ASIC2:p.R46L,CSGALNACT2:p.L362F,FRG1B:p.A50P,IDUA:p.H33Q,KRTAP4−5:p.S74C,SCAF11:p.E926fs,SYN2:p.A34del,ZNF814:p.R322K,BMS1:p.E878D,JMY:p.P822T,KIF1A:p.E917D,KRTAP4−7:p.S57P,LAMA5:p.L2223R,LRP1:p.P1058T,MED16:p.H449Q,MUC2:p.T1488P,MUC5B:p.D682G,NACA2:p.R75K,NEFH:p.665_666insEE,OR2L8:p.S201fs,RGPD5:p.P1760A,RRN3:p.P11S,RRN3:p.R9C,STAG3L2:p.L81fs,ZNF814:p.G320E,ACP6:p.V29G,AHNAK2:p.S2166F,AHNAK2:p.P1215S,AP1G1:p.I782fs,AQP2:p.N68T,BAIAP2L2:p.V396M,BMP6:p.Q118L,BST1:p.G36A,CDR1:p.V31A,CLDN7:p.S172A,CLIP1:p.S1018fs,COL18A1:p.G884fs,CROCC:p.A355P,CTAGE15P:p.A364V,CUBN:p.I2816M,DMRT2:p.T106S,DPY19L1:p.V249L,DSPP:p.D1047N,EBPL:p.L189V,EIF4G1:p.E465del,EXOSC2:p.R11P,FAM216A:p.P36S,FCGR2A:p.V222G,FMOD:p.S331R,FOLR2:p.Q112R,FRG1B:p.L20P,GAGE2B:p.9_10insY,GDPD5:p.G593fs,GIMAP8:p.A544S,GLUD2:p.R300G,GLUD2:p.S496R,GPR135:p.Q5P,HOXD8:p.Q67H,IER5:p.R194G,IL25:p.C168fs,JSRP1:p.V92A,KRAS:p.G12D,KRTAP1−1:p.Y86C,KRTAP4−11:p.L161V,LTBP1:p.L163P,MAML2:p.Q591K,MAPK7:p.A501D,MEF2A:p.P99S,MET:p.H1094Y,MET:p.M1250T,MST1:p.N435fs,MUC2:p.T1582R,MUC2:p.T1722I,MUC4:p.A4222T,MUC4:p.T2335M,MUC4:p.P1138L,MUC5B:p.S1098A,MUC5B:p.S3431N,MYH7:p.A1487T,NBPF10:p.R39fs,NBPF10:p.Y638S,NEFH:p.654_654S>SPEKAKS,PARG:p.A584T,PBX2:p.Y262F,PIP4K2A:p.R219K,RLIM:p.S471P,RUNX2:p.Q71E,SGK223:p.R63S,SMARCB1:p.L365fs,SRCAP:p.Q1875fs,TBC1D2B:p.R920Q,TCF7L2:p.R482fs,TMEM131:p.K640fs,TMEM60:p.K77fs,TPPP:p.R30K,TRPV3:p.A218E,TTBK2:p.C83W,UBXN11:p.S510G,UGT1A1:p.T4A,UTS2R:p.A289E,YBX1:p.P250L,ZNF514:p.V81G,ZNF516:p.A256D,ZNF681:p.K405Q,ZNF814:p.D404E,ZNF814:p.P323H,ZXDB:p.G206Rからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  56. 前記集団中の対象の少なくとも42.24%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項55に記載の医薬組成物。
  57. (a)前記対象の集団はLIHCに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、TP53:p.R249S,CTNNB1:p.D32V,CTNNB1:p.D32G,CTNNB1:p.S33P,CTNNB1:p.K335I,CTNNB1:p.H36P,EEF1A1:p.T432L,GNAS:p.R844C,OR2T4:p.V137L,TP53:p.H193R,ATXN1:p.Q217H,CSMD3:p.F2383fs,CTNNB1:p.D32N,CTNNB1:p.S33C,CTNNB1:p.G34V,CTNNB1:p.S45P,CTNNB1:p.N387K,DHRS4:p.I218T,DNM2:p.E378D,F5:p.Q426L,GALNTL5:p.A45T,GPX1:p.P77R,GRM8:p.R852C,IDH1:p.R132C,KIF26B:p.A2033T,KRT8:p.S59A,LOC100132247:p.T532P,NEB:p.D3854H,PIK3CA:p.H1047R,SOLH:p.R714H,TP53:p.R158H,TP53:p.V157F,及びZNF638:p.D400Nからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  58. 前記集団中の対象の少なくとも6.57%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項57に記載の医薬組成物。
  59. (a)前記対象の集団はMMに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、NRAS:p.Q61R,KRAS:p.Q61H,KRAS:p.G13D,NRAS:p.Q61K,BRAF:p.V600E,NRAS:p.Q61H,NRAS:p.G13R,ZNF717:p.W315C,ATP13A4:p.V431G,DNAJC12:p.R135K,IRF4:p.K123R,KRAS:p.A146T,KRAS:p.Q61R,KRAS:p.G12A,KRAS:p.G12D,ZNF717:p.N594I,ACTG1:p.A22P,ARL6IP1:p.M75L,BEND2:p.E630K,BRAF:p.G469A,CDHR1:p.R218G,DIS3:p.R780K,DMXL2:p.D2412E,DNAJC10:p.I80K,EGR1:p.Q9H,FGFR3:p.*807S,IDH1:p.R132C,IL6ST:p.P216H,INTS12:p.M1V,KRAS:p.K117N,KRAS:p.A59G,KRAS:p.G12R,MAX:p.R36W,MLL5:p.G492E,NBPF1:p.E810K,NRAS:p.Q61L,NRAS:p.G12D,ODF2L:p.E294K,PADI2:p.T114P,PNLIP:p.T37M,PRDM1:p.S588C,PTPN11:p.E76K,PTPN14:p.E286K,RBM6:p.V675G,SCN10A:p.R1142H,SRGAP1:p.T61M,SUSD1:p.T168P,TAS2R16:p.V231I,TINAG:p.E403K,TRIP12:p.L1775P,及びZNF717:p.C844Sからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  60. 前記集団中の対象の少なくとも23.9%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項59に記載の医薬組成物。
  61. (a)前記対象の集団はPRADに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、HSD17B7P2:p.N175S,RGPD5:p.P1760A,FRG1B:p.L52S,EEF1B2:p.S43G,FRG1B:p.I10T,FRG1B:p.A53T,LRRC37A2:p.T102S,NBPF10:p.E3455K,PTH2:p.L22V,CYP2D7P1:p.S32A,FAM47C:p.N648D,MAP3K9:p.E38del,MUC4:p.H4205Q,CHEK2:p.K373E,FRG1B:p.A11T,FRG1B:p.A50P,HLA−J:p.R124W,KRTAP1−5:p.I88T,KRTAP4−9:p.D18V,NPIP:p.A271V,PDGFRA:p.R483fs,ZNF780A:p.Q600H,ZNF845:p.R925H,ZNF91:p.R333H,ARFGAP3:p.N299fs,BTN2A3P:p.P3S,FNBP4:p.TT58del,HLA−A:p.Q78R,LOC554223:p.RAPWMEQ147del,PODXL:p.28_30PSP>P,POLI:p.D17del,SPOP:p.F133L,SYN2:p.A34del,TMEM52:p.23_26LLPL>L,UBC:p.L149R,ZNF208:p.I647S,ZNF799:p.E589G,ZNF814:p.D404E,ASTN2:p.L221del,B4GALNT1:p.G88fs,C16orf74:p.S21del,CCDC15:p.H458P,CD209:p.R129W,CNTNAP1:p.S1029I,DBR1:p.541_542DD>D,FAM22F:p.S691del,FRG1B:p.D32V,FRG1B:p.I34T,FRG1B:p.N55D,FRG1B:p.I59V,FRG1B:p.S71N,KIF25:p.W3R,KRTAP4−11:p.L161V,KRTAP4−11:p.M93V,KRTAP4−11:p.R51K,KRTAP4−6:p.S153Y,LILRB5:p.S598P,LMOD2:p.E124del,LOC645752:p.L40P,LRP1:p.P1058T,LRRIQ3:p.K244fs,LURAP1L:p.55_56insGGG,MLLT10:p.V463E,MYOCD:p.Q310del,NBPF10:p.N1369D,OTUD4:p.T909I,PARG:p.A584T,PEX1:p.I370fs,POTEC:p.K507E,POTEC:p.R477Q,POU4F2:p.68_69insG,PRG4:p.T417P,SDHAP2:p.R31C,SPOP:p.F133C,SPOP:p.W131G,TIMD4:p.T152del,TMEM121:p.P299del,TP53:p.G245S,UBC:p.R73L,UBC:p.I191T,WASH3P:p.G175S,ZMIZ1:p.D1048fs,ZNF709:p.T413I,ACADS:p.R330H,ADAMTS7:p.K1357fs,AFF2:p.R597H,AGAP6:p.S127I,AK302238:p.A44T,AK302879:p.Q191R,ALDH1A2:p.R85C,ANAPC1:p.T537A,ANKRD36C:p.H438R,AP4B1:p.R276W,ARFGAP2:p.S38N,BBS9:p.F268fs,BC139719:p.L133R,BRAF:p.G469A,C22orf43:p.D171del,CANT1:p.K131R,CHD3:p.E35del,CLEC4A:p.R209H,CNOT3:p.E20K,CNPY3:p.17_18LL>L,CNTNAP3B:p.S317T,CNTNAP3B:p.M1247I,CTNNB1:p.T41A,DDX10:p.D788del,DLC1:p.S741T,DPY19L2:p.M210V,EDC4:p.S617del,EFCAB6:p.R379K,ERC2:p.927_928HH>H,FAM111B:p.S269fs,FEM1A:p.L620M,FHOD3:p.A632fs,FLJ43860:p.L850fs,FMN2:p.G59del,FNBP4:p.914_915PP>P,FRG1:p.E86del,FRG1B:p.K13N,FRG1B:p.P42Q,GABRB1:p.R416C,GABRR2:p.A368V,GAGE2B:p.9_10insY,GOLGA8DP:p.N84H,GOT2:p.R355W,GPATCH4:p.K210fs,HDGFL1:p.188_189insA,HLA−DQB2:p.G250S,HLA−DQB2:p.R247H,IDH1:p.R132H,IL27:p.E176del,IRF2BPL:p.123_125QQQ>Q,KANK3:p.DGDS489del,KIAA1462:p.858_859SS>S,KRTAP4−11:p.S48R,KRTAP4−7:p.S57P,KRTAP4−8:p.C95S,LPHN3:p.R826H,LRP10:p.L11del,LRP5:p.S1609P,LRRC16B:p.R787W,MAS1L:p.R324G,MECOM:p.R915Q,MED12:p.L1224F,MED12L:p.Q2115del,MESP2:p.GQGQGQGQ195del,MGAT4C:p.T345M,MLEC:p.E238del,MSLNL:p.T68P,MUC7:p.S173P,MYC:p.Q37del,NBPF10:p.N440D,NLRP6:p.E611del,NOX3:p.C404fs,OR1M1:p.V69I,OR7E24:p.L7fs,OTUD4:p.A153del,PANK2:p.T417fs,PCLO:p.S496P,PCNT:p.S162G,PCSK9:p.23_24insL,PHOSPHO1:p.S32del,POU4F1:p.H108del,PRAMEF8:p.R319H,PRDM7:p.M387L,PRG4:p.T597P,PTPRD:p.R1323C,PTPRF:p.R1174Q,ROBO3:p.RS1367del,ROCK1:p.T518S,RPTN:p.G296S,RTL1:p.152_152E>EE,SIRPA:p.V233I,SLC2A6:p.A230D,SLC8A2:p.E710del,SMG7:p.E846fs,SNAPC4:p.S542del,SP8:p.G165del,SPOP:p.F133I,SPOP:p.F133V,SPOP:p.F102C,SPOP:p.F102V,SRSF11:p.G17fs,SRSF4:p.K396del,SSPO:p.S4198fs,STAG3L2:p.L81fs,STK19:p.R18fs,TBC1D2B:p.R920Q,TBC1D9:p.P1233T,TCHH:p.P1158R,TCOF1:p.K1366del,TNRC18:p.2664_2665SS>S,TP53:p.R248Q,TP53:p.R175H,TP53:p.C141G,TSPAN4:p.L92V,UBXN11:p.GPGPGPSP504del,UTP3:p.E81del,WASH3P:p.L187V,ZAN:p.P717L,ZAN:p.L878P,ZFP90:p.R591fs,ZNF761:p.H373R,及びZNF91:p.H305Rからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  62. 前記集団中の対象の少なくとも39.85%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項61に記載の医薬組成物。
  63. (a)前記対象の集団はSTADに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、RNF43:p.G659fs,BZRAP1:p.P1416fs,XYLT2:p.Y526fs,LARP4B:p.T163fs,PGM5:p.I98V,ZBTB20:p.P692fs,ARID1A:p.G1848fs,FHOD3:p.P334fs,KIAA0182:p.T120fs,ATP6V1B1:p.Y383fs,PIK3CA:p.H1047R,FRMD4A:p.P1005fs,PIK3CA:p.E545K,CDC14A:p.N123fs,KRAS:p.G13D,MLL2:p.T172fs,BCORL1:p.S1679fs,PLEKHA6:p.V328fs,C9orf131:p.P342fs,CD4:p.Q164fs,FBXW7:p.R465C,GNG12:p.T68fs,IRS4:p.G591fs,JARID2:p.V422fs,KIAA0195:p.I902fs,MBD6:p.P732fs,MVK:p.P138fs,PAMR1:p.G101fs,WNT16:p.W165fs,ZNF43:p.N251fs,ABCA6:p.L306fs,ADAM28:p.K73fs,AOC3:p.L79fs,ATP2A1:p.R819fs,B2M:p.L13fs,C6orf89:p.P58fs,CNTLN:p.K1305fs,CR2:p.V206fs,DYRK4:p.K468fs,ERBB3:p.V104M,GLI1:p.W272fs,KRAS:p.G12D,MLL2:p.T172fs,MSH6:p.T1085fs,NLK:p.C190fs,OR5M3:p.T89fs,PAX6:p.P375fs,PTEN:p.L265fs,RABGAP1:p.K928fs,RAD51AP2:p.T316fs,SVIL:p.G1862fs,TP53:p.R273H,WNK4:p.G606fs,ARID1A:p.P2139fs,AXIN2:p.G665fs,C13orf33:p.R67fs,C1QTNF5:p.P308fs,CELSR1:p.G614fs,CRYGD:p.G159fs,DCHS1:p.R235fs,DDC:p.I433fs,EDNRB:p.Y383fs,EPHA2:p.P460fs,FOXN3:p.P96fs,HDAC4:p.P901fs,INF2:p.S527fs,KIRREL2:p.V649fs,KLF3:p.I104fs,KLHL14:p.P231fs,MAP7D3:p.Q308fs,OTX2:p.R44fs,PAFAH1B1:p.K302fs,PLAGL2:p.P10fs,POLM:p.P97fs,PRPF40B:p.I31fs,RALGAPB:p.T379fs,SBNO1:p.N1139fs,SERPINI1:p.L81fs,SH3KBP1:p.L574fs,SLC12A7:p.H686fs,SLC27A3:p.P643fs,TBX4:p.S370fs,TP53:p.R273C,TP53:p.R175H,TRAM1L1:p.R345fs,WBP1:p.P138fs,ABCC4:p.L883fs,AKAP13:p.K2785fs,ALDH3A1:p.P562fs,ALPK2:p.L356fs,ARFGEF1:p.P1552fs,ARID1A:p.G1848fs,AVPR1A:p.F351fs,BAX:p.M38fs,C14orf43:p.P313fs,C1QTNF5:p.G194fs,C7orf50:p.L179fs,CDC25C:p.K322fs,CETN3:p.K63fs,CHD3:p.P597fs,CTCF:p.K202fs,CTSC:p.F105fs,DDX17:p.G163fs,DLGAP3:p.G377fs,EBF3:p.G255fs,FHDC1:p.F100fs,FILIP1L:p.K749fs,FLNB:p.W529fs,GBP7:p.G431fs,GCC2:p.E700fs,GPR161:p.G517fs,IWS1:p.S802fs,KIAA0240:p.K895fs,KIAA1967:p.P415fs,LRRC43:p.D558fs,MACF1:p.R707fs,MBD6:p.G780fs,MLL3:p.F4496fs,MPRIP:p.A351fs,MUC6:p.2129_2130SS>S,NOX5:p.P467fs,OPTN:p.P24fs,OR4K5:p.F177fs,PIK3CA:p.N345K,PIK3CA:p.E542K,PLXNA1:p.P1016fs,PNPLA7:p.P1199fs,PODN:p.I301fs,PPP2R3B:p.T389fs,PRSS36:p.L680fs,RGL2:p.G203fs,RHOQ:p.V190fs,RNF111:p.R771fs,RTN2:p.P313fs,SALL4:p.V995fs,SBF1:p.P1076fs,SETDB2:p.R715fs,SNAPC2:p.T292fs,SPG20:p.F232fs,SRCAP:p.P1876fs,STAT2:p.P489fs,TCHP:p.E172fs,TP53:p.R282W,TP53:p.R248Q,USP21:p.K474fs,WDR7:p.G262fs,ZBTB7C:p.E157fs,ZFC3H1:p.K385fs,ZNF124:p.T339fs,ZNF626:p.K115fs,ADNP2:p.S322fs,AGAP1:p.G127fs,ALDH2:p.L286fs,ARHGAP5:p.D890fs,ARHGEF17:p.A615fs,ARID1A:p.Y1324fs,ART1:p.I243fs,ASCL4:p.D35fs,ATXN2L:p.G998fs,B3GNT5:p.F30fs,BCKDHA:p.H37fs,BCL9L:p.P1127fs,BEND3:p.D265fs,BNC2:p.S575R,BRD3:p.P24fs,C12orf51:p.P4235fs,C1R:p.P216fs,C7orf49:p.G130fs,CA2:p.I145fs,CABP5:p.R145fs,CASD1:p.F781fs,CASP8:p.R471fs,CCDC153:p.P200fs,CD93:p.D280fs,CROT:p.L32fs,CSF3R:p.P468fs,CTCF:p.K202fs,ERBB2:p.S310F,FAM46D:p.S69R,FBN3:p.G601fs,FBXO21:p.F144fs,GAS6:p.G150fs,GLYR1:p.G380fs,GXYLT1:p.L223fs,HAUS6:p.S530fs,IGF2R:p.T1314fs,ITGB1:p.L378I,KDM3B:p.P1316fs,KIF13A:p.K1115fs,KLF3:p.S224fs,LARP1:p.A223fs,LRP1:p.G1488fs,LRP1:p.G1488fs,MAGEE2:p.Q45fs,MAMSTR:p.P162fs,MAPK15:p.Q511fs,MLL2:p.P647fs,MOCS2:p.P22fs,MTG1:p.L105fs,MTG1:p.H327fs,MTIF2:p.N109fs,NID2:p.R1035fs,PAX2:p.P395fs,PCCA:p.R230H,PDZD2:p.R101fs,PFKP:p.M593fs,PIK3CA:p.R88Q,PLA2G1B:p.L53fs,PLAU:p.R201fs,PMEPA1:p.P208fs,POP1:p.K750fs,PTCH1:p.P1307fs,PTPRT:p.P1075fs,RDBP:p.P6fs,RNMT:p.K392fs,ROBO2:p.P1080fs,RUNDC3B:p.L6fs,SDAD1:p.K275fs,SLC10A6:p.G109fs,SNAPC1:p.D211fs,SPATA5L1:p.C685fs,SPTA1:p.K1732T,STAT5B:p.P367fs,SYT4:p.M1fs,TAF1L:p.K851fs,TAP2:p.L75fs,TBL1XR1:p.N126fs,THEMIS:p.K406fs,TMEM79:p.P161fs,TP53:p.C176F,TP53BP2:p.K69fs,TP53RK:p.L174fs,UBQLN2:p.A523fs,UHRF1BP1:p.I1330fs,VPRBP:p.K939fs,VPS13B:p.T56fs,WASF3:p.P305fs,YLPM1:p.E1178fs,ZC3H13:p.K1006fs,ZC3H18:p.P825fs,ZC3H4:p.E779Q,ZNF48:p.P247fs,ZNF608:p.A465fs,ZNF878:p.S238fs,ZSCAN18:p.P225fs,ABCB1:p.R527fs,ABCB6:p.G318fs,ACACB:p.G255fs,ACP1:p.Q123fs,ACTL6A:p.L88fs,ADAMTSL4:p.G778fs,AGBL5:p.I420fs,AHI1:p.K303fs,AKAP9:p.M3743fs,AKD1:p.R1209fs,ANKRD40:p.D99E,ARHGEF5:p.S1512fs,ARID1A:p.K1071fs,ARID3A:p.S557G,ARPP21:p.I130fs,ASPN:p.F67fs,ASXL3:p.E873fs,ATP6V1C2:p.R312fs,BEST3:p.P444fs,BRAF:p.P403fs,BRMS1:p.G107fs,BTBD11:p.T451fs,BTBD11:p.A561V,C11orf9:p.S261fs,C14orf102:p.R90fs,C14orf43:p.Q36fs,C15orf52:p.G98fs,C19orf21:p.R262C,C19orf70:p.P50fs,C20orf160:p.P46fs,C3:p.P890fs,CADPS2:p.N468fs,CASC3:p.S232F,CASC3:p.P603L,CASC3:p.P645L,CASC3:p.S658L,CASKIN2:p.P727fs,CBLL1:p.E138fs,CBLN3:p.P69fs,CCDC108:p.P1164fs,CCDC148:p.K420fs,CCDC153:p.P200fs,CCDC169−SOHLH2:p.K162R,CCDC88A:p.K677fs,CD1E:p.F85V,CD3EAP:p.K218fs,CDH11:p.K357T,CDH1:p.D254Y,CDH23:p.V403I,CFI:p.K37fs,CHPF2:p.D645fs,CIC:p.R507fs,CIC:p.A1114fs,CIC:p.A1114fs,CLSTN1:p.T615M,CNBD1:p.L396P,CNGA4:p.K510T,CNOT6:p.S248fs,CNTROB:p.R920fs,COL9A1:p.P283fs,CPAMD8:p.P784fs,CR1L:p.L79fs,CRB1:p.F630V,CSMD1:p.L3410V,CTNNA3:p.K856fs,CTNND1:p.I447fs,CTSD:p.P89fs,CUX1:p.A439fs,CYP7B1:p.K332T,DAB2IP:p.D994fs,DNAH11:p.T871fs,DNAH8:p.K1688fs,DNAJC1:p.K193fs,DNM2:p.P791fs,DSTN:p.F101fs,DYRK1B:p.Q545fs,EAF2:p.V109fs,EDNRB:p.A104V,EEA1:p.N570fs,EFHA1:p.F290fs,EGR1:p.P332fs,EIF4G3:p.K563fs,ELK3:p.S173fs,ENTPD2:p.G204fs,EOMES:p.G332fs,EPHA10:p.P868fs,EPHB6:p.G54fs,EPHX1:p.P132fs,EPPK1:p.G2015fs,ERBB4:p.M1fs,ESF

    1:p.T99fs,EXOSC8:p.L160fs,FAM113B:p.R51fs,FAM116A:p.L441fs,FAM135B:p.S645R,FAM151A:p.P117fs,FAM193A:p.D428fs,FAM193A:p.D428fs,FAM214B:p.A42fs,FAM40B:p.R740C,FAM70B:p.S19L,FASTKD1:p.K3fs,FBXW7:p.R479Q,FBXW9:p.G298fs,FER:p.L474fs,FERMT2:p.K152fs,FGGY:p.G138fs,FIGNL1:p.K309fs,FLG:p.K159fs,FLNB:p.W529fs,FOLH1:p.S501fs,FYB:p.G324fs,GABRD:p.Q412fs,GALNTL1:p.W317fs,GANAB:p.L23fs,GCDH:p.L389fs,GIMAP7:p.V276fs,GIPC3:p.G227fs,GLI3:p.P1033fs,GLIPR1L2:p.G92fs,GNPNAT1:p.F54fs,GON4L:p.M134fs,GPATCH4:p.K210fs,GRK4:p.K22fs,GTF3C1:p.S767fs,GTF3C4:p.E562fs,H2AFY2:p.K144fs,HCFC1R1:p.P83fs,HCRTR2:p.S9fs,HCRTR2:p.S9fs,HDLBP:p.G747fs,HECA:p.R333fs,HIVEP3:p.H554fs,HIVEP3:p.P534fs,HLA−C:p.P209fs,HOOK1:p.L361fs,HOXD8:p.P122fs,HTT:p.G697fs,IBTK:p.K1213fs,IDE:p.K37fs,IFT172:p.A837T,INPPL1:p.A974fs,INPPL1:p.P1154fs,INSM2:p.T533fs,INTS12:p.L14fs,INVS:p.R815fs,IPO11:p.S844fs,IRX6:p.A425V,ISG20L2:p.P288fs,ITGB8:p.A7fs,JARID2:p.G394fs,JHDM1D:p.R97fs,KBTBD6:p.G442fs,KCNC1:p.K455fs,KCNH2:p.G149A,KCNJ10:p.P102fs,KCNMB2:p.N151K,KCTD21:p.T6M,KIAA0586:p.A1592fs,KIAA1009:p.F406fs,KIAA1109:p.E1588fs,KIAA2026:p.K690fs,KIF26B:p.S1065fs,KIF6:p.L204fs,KIRREL:p.P335fs,KLC2:p.T568fs,KRAS:p.Q61H,KRAS:p.G12S,MAN1C1:p.G431fs,MAP1A:p.P2063fs,MAP2:p.K1472fs,MAP3K12:p.R449del,MAP7D1:p.A80fs,MGST2:p.K102fs,MKI67:p.T1664fs,MKL1:p.P307fs,MLL2:p.P2354fs,MLL2:p.L656fs,MLL2:p.P647fs,MLL2:p.L1877fs,MMP3:p.I64fs,MPDZ:p.K1582fs,MTUS2:p.R1005W,MUC16:p.A6156T,MYB:p.R481fs,MYEOV:p.L269fs,MYH11:p.K1263del,MYO18A:p.P209fs,MYO7A:p.I539fs,MYOCD:p.G226fs,NAA16:p.H514fs,NBEA:p.V2247fs,NCAPD3:p.Q909fs,NCAPH:p.T466fs,NCOR2:p.P1308fs,NEFM:p.A213V,NEK8:p.V690fs,NF1:p.T676fs,NHLRC1:p.F204fs,NKD1:p.P286fs,NPR3:p.Y138H,NT5M:p.P206fs,NUFIP2:p.R224fs,NUP210:p.L135fs,NYNRIN:p.G113fs,OBSCN:p.G997fs,OGDH:p.Y948fs,OR4C16:p.S135R,OR51A7:p.L124R,OR7C1:p.C179fs,OSBP2:p.H627fs,OTOF:p.E1304K,P2RX1:p.R20fs,PALB2:p.M296fs,PALB2:p.N280fs,PANK1:p.K400fs,PAPD4:p.C225fs,PAPPA2:p.I1683fs,PARP15:p.K461fs,PARP4:p.K847fs,PCDH10:p.N118fs,PCDH10:p.P225fs,PCGF3:p.H63fs,PELI2:p.G197fs,PHACTR1:p.V251fs,PHACTR2:p.S237fs,PHACTR4:p.S354fs,PHKB:p.K642fs,PIAS3:p.H116fs,PIGO:p.P787fs,PIGT:p.A346fs,PIK3R3:p.M341fs,PITPNM1:p.P295fs,PKN2:p.K76fs,PLA2G15:p.W230fs,PLAG1:p.K184fs,PLEKHO1:p.T254fs,PLOD3:p.R297fs,PLOD3:p.P296fs,PLXNA2:p.P464fs,POLQ:p.L1430fs,PPARGC1B:p.P135fs,PPL:p.P454fs,PPM1H:p.P226fs,PPP1R12C:p.P372fs,PREX2:p.R562fs,PRICKLE4:p.Q109fs,PRKAR1B:p.P87fs,PRKCG:p.R345C,PRMT8:p.S28fs,PROX1:p.F592fs,PRRG3:p.R163fs,PSD2:p.G256fs,PTCHD3:p.F588fs,PTPN4:p.N319fs,PTPRC:p.Q895H,PWWP2B:p.S84fs,PYGO2:p.Q150fs,RABGAP1:p.K928fs,RB1CC1:p.N1171fs,RBM6:p.R96fs,RHOA:p.Y42C,RIMS1:p.R71G,RIMS2:p.V401fs,RING1:p.G171fs,RINT1:p.L107fs,RNF43:p.P116fs,ROBO2:p.K1293fs,RPS6KA6:p.K109fs,RRS1:p.N45fs,RSF1:p.K386fs,RUSC2:p.P486fs,RXFP3:p.A60V,SAFB:p.W798fs,SCARF1:p.R614Q,SCLT1:p.K109fs,SERPINB12:p.Q168fs,SGK3:p.L61fs,SGOL2:p.E407fs,SIGLEC1:p.P318fs,SIK1:p.Q678fs,SLC16A6:p.G98fs,SLC25A17:p.F28fs,SLC26A7:p.I629fs,SLC32A1:p.V494I,SLC4A3:p.L1061fs,SLC7A10:p.P157fs,SLC9A2:p.T746fs,SLITRK1:p.K45fs,SND1:p.H721fs,SOAT1:p.F64fs,SORBS2:p.E1158fs,SOX7:p.L309fs,SPAG17:p.Q1264fs,SPTY2D1:p.P485fs,SRCIN1:p.P865fs,SREBF2:p.H763fs,SRRT:p.G102fs,STAB1:p.P1120fs,STRADA:p.R333fs,STX2:p.K252fs,SV2A:p.E138fs,SYCP2:p.M176fs,SYNJ2:p.P1111fs,TAS2R10:p.L196fs,TBC1D22B:p.A175fs,TEAD2:p.P298fs,TFE3:p.G482fs,TGM6:p.T358fs,TIMM44:p.K83fs,TIMP3:p.A199fs,TLR4:p.L498V,TMEM132D:p.P206fs,TMEM41A:p.F156fs,TMEM41B:p.F230fs,TMTC4:p.R611C,TNK2:p.P632fs,TOPBP1:p.I1381fs,TP53:p.E286K,TP53:p.P152fs,TRIP11:p.K541fs,TRPA1:p.T673fs,TRPM8:p.H765fs,TTF1:p.K336fs,TTI1:p.R707H,TTN:p.E15192D,U2AF2:p.L175fs,UBC:p.G684fs,UBR4:p.P2802fs,UPF2:p.E1033D,UPK2:p.P49fs,USP13:p.I116fs,USP15:p.K782fs,VASH1:p.G3fs,VEZF1:p.355_356insN,VPS13A:p.F2883fs,WAPAL:p.R522fs,WDFY3:p.L1842fs,WDR59:p.N160fs,WDR5:p.N214fs,WDR60:p.Q412fs,WDTC1:p.M287fs,WHSC1L1:p.K418fs,WNT1:p.W167fs,XIRP2:p.E1007D,YBX2:p.P226fs,YIF1A:p.R131fs,ZBBX:p.E151del,ZBTB40:p.L262fs,ZBTB7C:p.G342fs,ZBTB7C:p.D154fs,ZC3H18:p.T701fs,ZDHHC5:p.E651del,ZDHHC7:p.P316fs,ZFHX3:p.R1893fs,ZFHX3:p.E763fs,ZFHX4:p.L408fs,ZHX3:p.N249K,ZIM3:p.I384fs,ZKSCAN5:p.D13fs,ZMYM4:p.K345fs,ZNF236:p.T1410M,ZNF23:p.F122fs,ZNF334:p.K426fs,ZNF358:p.T130fs,ZNF701:p.L296fs,ZNF711:p.L737fs,及びZNF831:p.A49fsからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  64. 前記集団中の対象の少なくとも48.79%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項63に記載の医薬組成物。
  65. (a)前記対象の集団はTGCTに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、FAM18B2:p.C51Y,BTN2A3P:p.P3S,MUC2:p.G1715S,NBPF10:p.L44V,SP8:p.G156S,DCP1B:p.Q252H,DEK:p.E41D,ERC1:p.K692R,FAM104B:p.D75H,FRG1B:p.M49V,KRTAP10−10:p.V234M,LRRCC1:p.A6V,NRAS:p.Q61R,PNPLA4:p.L223P,ANKLE1:p.C644fs,ANKLE1:p.C644fs,KIT:p.D816H,KIT:p.D816Y,MUC2:p.T1597I,PSMD11:p.A5V,RHPN2:p.V73M,RUNX2:p.Q71E,SP4:p.E7K,TUBA1C:p.L146F,ZNF814:p.Y324H,ADAMTS17:p.N572T,ATRX:p.K1936R,BCL11B:p.E535D,BMP2K:p.Q460H,BMP2K:p.H487Q,C12orf32:p.D60V,C22orf43:p.K19E,CDC27:p.N571I,CDC27:p.P242S,DDX11:p.K208fs,EBPL:p.L189V,EZH2:p.K510R,FAM86A:p.A141T,GAS2L2:p.D189A,GRID2IP:p.LS754del,HGC6.3:p.E171G,KIT:p.D816V,KIT:p.N822Y,KIT:p.N822K,KRAS:p.Q61R,KRAS:p.G12V,KRTAP1−1:p.I116V,LRRC37BP1:p.Y166D,MEF2A:p.R127Q,MFF:p.S7F,MST1:p.R347W,MUC4:p.S3048L,MUC6:p.H2000Q,MUC6:p.P1977H,NAT10:p.I393T,OPLAH:p.A900D,PIEZO1:p.Q749E,PRAMEF4:p.F300V,RBM10:p.E184D,SERINC2:p.T121P,SPIN2A:p.M150V,SRRM2:p.A2257S,SSBP3:p.K6R,ZNF680:p.R501W,ABCC8:p.Y512C,ABCC9:p.L466P,ABCD1:p.H169Q,ABL2:p.P19T,ACVR2B:p.R48C,AHDC1:p.P33fs,AHNAK2:p.L1640M,ALPPL2:p.W31S,AMMECR1:p.G77C,ANK3:p.D1322E,ANKHD1−EIF4EBP3:p.G60S,ANKRD11:p.Y2015S,ANKRD11:p.K369R,ANKRD50:p.V637M,APBB3:p.L450P,ARHGAP24:p.T35A,ARID4B:p.G1076A,ARMC3:p.A514T,ARRB2:p.T99P,ATAD5:p.I305V,ATXN3:p.305_306insQQQQQQQ,AVPR1B:p.G39R,AXDND1:p.E994Q,BAI2:p.A231G,BEST3:p.P383L,BIRC6:p.V414L,BIRC8:p.A225M,BRWD1:p.K1319R,BTN2A2:p.L15F,C12orf51:p.A2644T,C12orf65:p.K143T,C16orf62:p.L244I,C1QBP:p.T225I,C1orf167:p.S123G,C5orf25:p.Y4F,CACNA1E:p.G2080S,CAPNS1:p.LV303del,CCDC159:p.A332S,CDKAL1:p.P409L,CDYL:p.V48A,CDYL:p.A60G,CELSR2:p.L17P,CHD4:p.E138D,CKAP5:p.G576A,CLCC1:p.K52R,CMTM8:p.S26T,CNKSR2:p.P249L,CNTN5:p.I501T,COG5:p.H617R,COL15A1:p.K708R,COL6A3:p.A2378D,CRYGB:p.R143G,CSGALNACT2:p.L362F,CUL4A:p.I438F,CXXC1:p.Q156H,CYP19A1:p.F406L,DCLRE1B:p.F28I,DDX11:p.A376T,DDX11:p.E680D,DEPDC5:p.R1525Q,DLC1:p.S741T,DNMT1:p.R995Q,DOCK11:p.Q169E,DSPP:p.D1047N,E2F7:p.I91S,EBF1:p.D353G,ECI2:p.K55R,EEF1A2:p.Y418S,EIF3J:p.A8G,EML6:p.K805R,EPAS1:p.S474T,EPRS:p.L1335I,ERICH1:p.E327K,FAM101B:p.L5P,FAM104A:p.M1R,FAM110D:p.R71H,FAM155A:p.Q95R,FAM186A:p.G1492E,FAM194B:p.Y139H,FAM21B:p.P1231S,FAM32A:p.K9R,FAM46B:p.H416R,FAM48B1:p.I499V,FAM48B1:p.A516P,FAM5C:p.S425W,FAM86C2P:p.C120Y,FBXL14:p.V48G,FRMPD3:p.Q832del,FRS2:p.L47S,GDF5:p.E105fs,GPNMB:p.C3fs,GPT2:p.R10P,H2AFV:p.Q125R,HDLBP:p.R503C,HERC2:p.R2129C,HIST1H2BJ:p.K13R,HLX:p.N231K,HMGB3:p.E198D,HSF4:p.R169W,HSF4:p.S491P,HYAL4:p.D222N,INO80E:p.P206fs,INTS4:p.S460A,IQCF6:p.R3H,ITPR1:p.M1569I,ITPR3:p.R1698G,KANSL3:p.G376E,KCNA4:p.E627del,KDM5A:p.P423S,KDM6A:p.Y362fs,KIAA0020:p.K63R,KIDINS220:p.N851S,KIT:p.W557G,KLHDC2:p.W321S,KRAS:p.A146T,KRAS:p.Q61H,KRAS:p.Q61L,KRAS:p.G12A,KRAS:p.G12R,KRBA1:p.R839G,KRTAP4−8:p.T63S,L2HGDH:p.P441del,LAMC3:p.P174Q,LHCGR:p.L16Q,LOC401296:p.L144M,LPHN2:p.F906I,LRP12:p.G310C,LTB4R:p.F73L,LTBP3:p.L35del,LUC7L3:p.S148T,LYPD4:p.T64K,MAMLD1:p.Q572L,MAP4K2:p.R341G,MAPK7:p.A501D,MAT2A:p.E166G,MED12L:p.C1292Y,MESP2:p.Q182E,MEX3C:p.R534S,MIER2:p.L131F,MLL5:p.Y66C,MLLT3:p.177_178SS>S,MMS19:p.D1005N,MRPS25:p.E119del,MSH6:p.D576A,MTIF3:p.G65E,MUC17:p.M1807T,MUC17:p.T2279N,MUC17:p.G2474S,MUC2:p.TTPSPP1475del,MUC2:p.T1568M,MUC2:p.T1580N,MUC2:p.T1704I,MUC2:p.T1706M,MUC4:p.H1117D,MUC5B:p.R1097H,MYEF2:p.K323E,MYEOV:p.L302H,MYH8:p.A785V,MYO1A:p.N584K,NAP1L3:p.P353R,NAV1:p.I1433M,NCAM1:p.E131G,NEB:p.D3107N,NEFH:p.V670E,NELL2:p.G170D,NHS:p.D1561N,NKD2:p.H447del,NSD1:p.T461R,NT5C3:p.A3P,NYAP1:p.P480S,OBSCN:p.A908T,OR10J1:p.R244Q,OR1S2:p.M298I,OR2L3:p.K294R,OR6K6:p.F311L,PABPC3:p.V325fs,PBX2:p.Y262F,PCDHB4:p.P255F,PCMTD1:p.V281A,PCP4L1:p.K64R,PDE3A:p.A98E,PDIA6:p.N56K,PDS5A:p.L1309F,PHLDA2:p.R28S,PIGR:p.V183G,PIK3CA:p.E545K,PIK3CD:p.C381R,PKD1:p.T938M,PLEKHM1:p.A895V,PLEKHN1:p.A600D,PLXND1:p.R367L,PMS2:p.K651R,PNMA3:p.E200G,POTEF:p.S112G,PRAMEF8:p.I448V,PRDM2:p.E278D,PRODH:p.L527V,PRPF31:p.R289W,PSME4:p.N495D,PTGR1:p.E40A,PTPRB:p.Q726H,RABGEF1:p.N207D,RAC1:p.P34R,RANBP17:p.M900I,REV3L:p.A30S,RFC3:p.I82N,RFC3:p.K296N,RIMBP3:p.Q1154R,RPL19:p.R151C,RPL5:p.R58fs,RPTN:p.M538I,RRAD:p.A278E,RYR1:p.D668Y,RYR2:p.L2023F,SAFB:p.G799V,SCRIB:p.G332V,SDK1:p.Y2146C,SEC16A:p.T443K,SEC31B:p.P905S,SELO:p.R565Q,SELP:p.A297T,SI:p.I1681K,SLC2A7:p.H268Q,SLC37A1:p.V528I,SLC38A1:p.G100R,SMARCA2:p.D1158A,SMARCA5:p.T156fs,SMC3:p.E970Q,SMG1:p.P2696H,SNRNP200:p.A2129G,SPIN2B:p.M150V,ST6GALNAC1:p.S354N,STAMBPL1:p.Y143H,STARD8:p.G662A,STON1−GTF2A1L:p.N451S,SYMPK:p.A336G,TAS2R8:p.W98C,TCHH:p.W1016R,TET1:p.T1472S,TIAM1:p.G247M,TNS1:p.P183S,TOR1AIP2:p.G146R,TPRX1:p.S216P,TPRX1:p.S200P,TRMT61A:p.S244I,TSPAN4:p.L92V,TTF1:p.Q530R,UBE2M:p.G131D,UBR5:p.R2517S,UGT2B11:p.R447I,UMODL1:p.M559I,UNC93A:p.V445A,USP46:p.Q137R,VWA2:p.G317D,VWA7:p.V792G,WASH3P:p.L187V,WNT5B:p.K327E,WRN:p.E510D,XDH:p.P410S,ZAN:p.S755P,ZC3H11A:p.I777T,ZC3H7A:p.C575S,ZDHHC11:p.H250Q,ZFHX4:p.D3239N,ZKSCAN3:p.K200A,ZMYM4:p.T367I,ZNF174:p.P353T,ZNF322:p.Y353C,ZNF592:p.K324Q,ZNF592:p.P500T,ZNF782:p.C145F,ZNF799:p.C453R,ZNF804B:p.P644S,及びZNRF3:p.R889Wからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  66. 前記集団中の対象の少なくとも51.61%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項65に記載の医薬組成物。
  67. (a)前記対象の集団はTHCAに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、BRAF:p.V600E,NRAS:p.Q61R,HRAS:p.Q61R,NRAS:p.Q61K,OTUD4:p.T909I,HRAS:p.Q61K,NLRP6:p.E611G,AKT1:p.E17K,ANKMY1:p.N302I,ATP6V1A:p.L237P,CYP19A1:p.S113I,DCUN1D4:p.L275P,DGCR8:p.E518K,DLC1:p.S741T,DNAH10:p.C1853F,EIF1AX:p.G9D,FAM75D5:p.L222P,FCGRT:p.P40A,KRAS:p.Q61K,LMX1B:p.Q285del,MAS1L:p.R324G,MED15:p.S35I,MEGF6:p.Y393C,ODZ2:p.A1529V,OR5L1:p.R122H,OR6K6:p.F311L,OTX1:p.D315N,POTEE:p.S75G,SCN5A:p.D1978H,TOP2A:p.K1199E,及びTSG101:p.K265Rからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  68. 前記集団中の対象の少なくとも69.88%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項67に記載の医薬組成物。
  69. (a)前記対象の集団はUCSに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、TP53:p.R248Q,ZNF814:p.D404E,BTN2A3P:p.P3S,FBXW7:p.R465C,FRG1B:p.G65E,MUC4:p.H4205Q,NBPF10:p.V99F,PIK3CA:p.E545K,PIK3CA:p.H1047R,PPP2R1A:p.P179R,DDX11L2:p.*128Q,FBXW7:p.R479Q,FRG1B:p.K13N,FRG1B:p.L52S,HSD17B7P2:p.N175S,KRAS:p.G12V,LOC283788:p.S37G,TP53:p.R273H,TP53:p.S241Y,ADAMTS12:p.E359K,BCL2L11:p.L187fs,CDC27:p.L460fs,CHEK2:p.K373E,ESPNP:p.W122fs,FBXW7:p.R689W,FBXW7:p.R505G,FBXW7:p.R465H,FCGBP:p.V4019M,FRG1B:p.I10T,FRG1B:p.D32V,FRG1B:p.R37K,KRAS:p.G12D,LOC100233156:p.R21C,LOC283788:p.I46M,LRP1B:p.L1392F,MAMLD1:p.Q572L,MST1P9:p.L319P,MUC4:p.A2390T,MUC4:p.G2172S,NBPF10:p.E3455K,PIK3CA:p.G106V,PODXL:p.28_30PSP>P,POTEC:p.R477Q,PPP2R1A:p.R183W,PPP2R1A:p.S219L,PTPN18:p.TG378del,RGPD3:p.N756D,RPL13AP20:p.G107R,SAMD4B:p.R477W,SMAP1:p.E169fs,TP53:p.H193R,TP53:p.H179R,TP53:p.R175H,TUBBP5:p.R119H,及びU2AF1:p.S34Fからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  70. 前記集団中の対象の少なくとも16.07%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項69に記載の医薬組成物。
  71. (a)前記対象の集団はPAADに罹患しており、
    (b)前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異は、RBM14:p.AAAAAAA286del,KRAS:p.G12D,JMY:p.PPPPPPPPPPPP811del,RIOK1:p.D69del,LCE2A:p.SSGGCCGSSSGGCC47del,KRAS:p.G12V,C1QB:p.GPKGPMGPKGGPGAPGAP90del,ZFHX3:p.V777del,DBR1:p.541_542DD>D,AEBP1:p.K1133del,KRAS:p.G12R,RBM47:p.495_502AAAAAAAA>A,,AP3S1:p.K41fs,MLL2:p.AEGPHLSPQPEELHLSPQ792del,RFX1:p.386_401GGGGGGGGGGGGGGSG>G,AXDND1:p.EQ991del,HERC2P3:p.A803V,RGPD3:p.N756D,FNDC1:p.D1180del,ANAPC1:p.T537A,IRS4:p.21_22AA>A,GIGYF2:p.Q1005del,NCOA3:p.Q1253fs,SIK3:p.950_951QQ>Q,GPR6:p.AAAAATAAGGPDTGEWGPPA36del,NBPF12:p.D1323fs,SHROOM4:p.1156_1157EE>E,ZMIZ2:p.VAAAAATATATATAT153del,DGKK:p.PAPP41del,LZTS1:p.RTQDLEGALRTKGLEL432del,CASQ2:p.395_396DD>D,DCP1B:p.251_252insH,ESPNP:p.296_317PPPPSFPPPPPPPGTQLPPPPP>P,KBTBD6:p.T403K,NBPF16:p.D449fs,ANKRD36C:p.H438R,ESPN:p.PPPPPPSFPPPPPPPGTQLPP430del,FCGBP:p.A2493V,KRAS:p.Q61H,NCOA3:p.Q1276del,OR2T2:p.C203fs,TMCC1:p.Q565L,BCKDHA:p.G129fs,ESPNP:p.H64fs,GNAS:p.R844H,NBPF14:p.R25C,OGFOD1:p.G477fs,RBM12:p.P693S,SLC38A10:p.1071_1072II>I,SORBS2:p.P866S,TP53:p.R248W,TP53:p.R175H,及びUBAC1:p.E269delからなる群から選択される突然変異の任意の組み合わせを含む、
    請求項1〜7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  72. 前記集団中の対象の少なくとも50%は前記少なくとも1つの腫瘍特異的突然変異を有する、請求項71に記載の医薬組成物。
  73. 前記組成物は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20のネオ抗原ペプチドを含む、請求項1〜72のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  74. 前記組成物は15〜20のネオ抗原ペプチドを含む、請求項73に記載の医薬組成物。
  75. 各ネオ抗原ペプチドは約5〜約50アミノ酸長である、請求項1〜74のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  76. 各腫瘍特異的ネオエピトープは500nM未満のKでHLA−A、−B又は−Cに結合する、請求項1〜75のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  77. 免疫原性組成物又はワクチン組成物である請求項1〜76のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  78. 免疫調節薬又はアジュバントをさらに含む請求項77に記載の医薬組成物。
  79. 前記免疫調節薬又はアジュバントは、ポリICLC、1018 ISS、アルミニウム塩、Amplivax、AS15、BCG、CP−870,893、CpG7909、CyaA、dSLIM、GM−CSF、IC30、IC31、イミキモド、ImuFact IMP321、IS Patch、ISS、ISCOMATRIX、Juvlmmune、LipoVac、MF59、モノホスホリルリピドA、Montanide IMS 1312、Montanide ISA 206、Montanide ISA 50V、Montanide ISA−51、OK−432、OM−174、OM−197−MP−EC、ONTAK、PepTel(登録商標)、ベクター系、PLGAマイクロパーティクル、レシキモド、SRL172、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、YF−17D、VEGFトラップ、R848、βグルカン、Pam3Cys、並びにAquila社のQS21 stimulonからなる群から選択される、請求項78に記載の医薬組成物。
  80. それを必要としている対象の腫瘍を処置する又は予防する方法であって、請求項1〜79のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む方法。
  81. 前記医薬組成物を追加の癌治療との併用療法として投与する、請求項80に記載の方法。
  82. 前記追加の治療はチェックポイント阻害剤である、請求項81に記載の方法。
  83. 前記追加の治療は、手術、化学療法又は標的療法である、請求項81に記載の方法。
  84. 予防的な癌処置の方法であって、
    (a)それを必要としている患者のために抗癌剤を選択することであり、前記薬物を、イブルチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、トラスツズマブ、ベムラフェニブ、RAF/MEK阻害剤及び抗エストロゲン療法からなる群から選択する、選択すること、並びに
    (b)請求項1〜79のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に予防的に投与することであり、前記少なくとも1つのネオ抗原ペプチドは、前記選択した抗癌剤と関連する薬物耐性突然変異に由来する、投与すること
    を含む方法。
  85. それを必要としている対象の集団での腫瘍を処置する又は予防する方法であって、前記集団中の対象の少なくとも1%の発生率を有する腫瘍特異的突然変異を含む腫瘍特異的ネオエピトープを認識する細胞外リガンド結合ドメインを含む薬剤を対象に投与することを含む方法。
  86. 前記薬剤は、抗体、抗体断片、抗体薬物コンジュゲート、アプタマー、CAR又はT細胞受容体を含む、請求項85に記載の方法。
  87. 前記抗体又は抗体断片はヒト化されている、完全にヒト化されている、又はキメラである、請求項86に記載の方法。
  88. 前記抗体断片は、ナノボディ、Fab、Fab’、(Fab’)2、Fv、ScFv、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、Bis−scFv、ミニボディ、Fab2又はFab3断片を含む、請求項86又は87に記載の方法。
  89. 前記腫瘍特異的突然変異は、表9において任意の集団に関して列挙された突然変異を含む、請求項85〜88のいずれか一項に記載の方法。
  90. 前記腫瘍特異的突然変異は、細胞外ドメインを含む遺伝子内である、請求項85〜88のいずれか一項に記載の方法。
  91. 前記腫瘍特異的突然変異は、FGFR3 S249C、ERBB3 V104M、EGFR L858R、MUC4 H4205Q、PDGFRA R483fs、TMEM52 23_26LLPL>L又はPODXL 28_30PSP>Pを含む、請求項90に記載の方法。
  92. 前記腫瘍特異的突然変異は前記細胞外ドメイン内である、請求項90に記載の方法。
  93. 前記腫瘍特異的突然変異はFGFR3 S249C又はERBB3 V104Mを含む、請求項92に記載の方法。
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