CN112402612B - 一种提高肿瘤新抗原疫苗免疫治疗疗效的方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种提高肿瘤新抗原疫苗免疫治疗疗效的方法。本发明提供了靶向药物在制备用于增强新抗原疫苗的免疫效果的药物组合物中的应用。其中,所述增强新抗原疫苗的免疫效果通过如下实现:选择对所述靶向药物敏感的患者,在患者应用所述靶向药物治疗的同时给予所述新抗原疫苗治疗,或者在患者应用所述靶向药物治疗后,再给予所述新抗原疫苗和所述靶向药物联合治疗,或者患者经所述靶向药物治疗耐药后,再给予所述靶向药物和所述新抗原疫苗单独或联合治疗。实验证明本发明给药方法可以进一步提高疫苗疗效,为提高新抗原疫苗的疗效提供了新的方式,为靶向治疗耐药的患者提供了新的治疗选择。
Description
技术领域
本发明涉及分子免疫学和生物医学技术领域,具体涉及一种提高肿瘤新抗原疫苗免疫治疗疗效的方法。
背景技术
恶性肿瘤是一类严重危害人类生命健康的常见病,癌症的早期治疗以手术、放疗、化疗方式为主,都无法做到精准地杀死癌细胞,大量的正常细胞也在治疗的过程中被杀死,于是靶向药物应运而生。靶向药物进入体内会特意地选择致癌位点相结合发生作用,使肿瘤细胞特异性死亡,而不会波及肿瘤周围的正常组织细胞。1997年,美国食品药品监督管理局(FDA)批准了首个分子靶向治疗药物——利妥昔单抗,用于对其他治疗无效的B细胞非霍奇金淋巴瘤的适应证,此后靶向药物就成了癌症治疗药物研究的热点,不断有新的靶向药物诞生并应用于临床。
但是,伴随着分子靶向药的诞生,靶向药物的弊端也逐步凸显。靶向药物由于过于精准地瞄准靶点基因,一旦靶点基因发生突变,靶向药物就会失去作用。很多癌症患者在经过分子靶向治疗之后几年内,都会出现耐药情况,这将使患者的癌症进一步恶化。此外,靶向药物的研发时间长、成本高、价格昂贵,并非所有癌症患者都能承受。当科学家发现靶向药物的弊端,而且暂时无法战胜所有的癌症时,人体内的天然抗癌战士——免疫系统引起了他们的关注,并逐步成为研究的焦点。
肿瘤免疫治疗起源于19世纪末期,但在近30年才得以快速发展。2002年美国肿瘤生物学家Robert Schreiber提出了“肿瘤免疫编辑理论”,指出免疫系统不但具有排除肿瘤细胞的能力,还具有促进肿瘤生长的作用,免疫系统与肿瘤的相互关系分为“清除、均衡、逃逸”三个阶段,为肿瘤免疫治疗提供了新策略。
2012年,美国宾夕法尼亚大学教授Carl June使用第二代CD19 CAR-T细胞治愈了一名患急性淋巴性白血病的7岁女孩,引起了全球轰动。掀起了免疫治疗研发的热潮。
肿瘤免疫治疗被学术界认为是癌症治疗史上的第三次革命,其应用与效果是其他治疗方法无法比拟的。治疗时期范围更广,能治疗已经广泛转移的晚期癌症,特别是对于部分标准疗法全部失败的晚期癌症患者使用免疫治疗后,依然取得了很好的效果;预后好,响应免疫治疗的患者有很大机会能够高质量长期存活;可以治疗多种不同的癌症,使异病同治成为现实。
新抗原免疫治疗是利用肿瘤新抗原的免疫活性,根据肿瘤细胞突变的情况设计合成新抗原疫苗,对患者进行免疫注射,达到治疗的效果。肿瘤细胞在基因变异的基础上产生的带有特异性氨基酸序列变异的蛋白被称为新抗原(neoantigen),这些异常蛋白,如果在细胞内(肿瘤细胞或抗原呈递细胞)被降解成短肽段,与MHC分子结合,并以复合物形式呈递到细胞表面,被T细胞表面表达的T淋巴细胞受体(TCR)识别,引起T细胞活化,进而攻击和清除肿瘤细胞。新抗原疫苗可以克服包含共有的肿瘤抗原疫苗的一些缺点,是肿瘤免疫治疗的理想靶标,因为新抗原只在肿瘤中进行特异性表达,所以几乎不太可能诱导耐受性,损伤正常组织细胞。新抗原疫苗的形式多样包括多肽疫苗、DNA疫苗、RNA疫苗、DC疫苗等,为患者提供了新的治疗选择,但是在如何提高疫苗的疗效上,依然需要进一步探索。
发明内容
本发明的目的是提供一种提高肿瘤新抗原疫苗免疫治疗疗效的方法。
第一方面,本发明要求保护靶向药物在制备用于增强新抗原疫苗的免疫效果(治疗效果)的药物组合物中的应用。
其中,所述增强新抗原疫苗的免疫效果可通过如下任一实现:
(A1)选择对所述靶向药物敏感的患者,在患者应用所述靶向药物治疗的同时给予所述新抗原疫苗进行联合治疗;
(A2)选择对所述靶向药物敏感的患者,在患者应用所述靶向药物治疗后,再同时给予所述靶向药物和所述新抗原疫苗进行联合治疗;
(A3)选择对所述靶向药物敏感的患者,经所述靶向药物治疗耐药后,再给予所述新抗原疫苗进行单独治疗或者同时给予所述靶向药物和所述新抗原疫苗进行联合治疗。
进一步地,所述应用为:靶向药物在制备通过增强新抗原疫苗的免疫效果来治疗肿瘤的药物组合物中的应用。其中,所述药物组合物由所述靶向药物和所述新抗原疫苗组成。
第二方面,本发明要求保护一种能够增强新抗原疫苗的免疫效果(治疗效果)的药物组合物。
本发明所提供的能够增强新抗原疫苗的免疫效果的药物组合物由靶向药物和新抗原疫苗组成。
其中,所述增强新抗原疫苗的免疫效果可通过如下任一实现:
(A1)选择对所述靶向药物敏感的患者,在患者应用所述靶向药物治疗的同时给予所述新抗原疫苗进行联合治疗;
(A2)选择对所述靶向药物敏感的患者,在患者应用所述靶向药物治疗后,再同时给予所述靶向药物和所述新抗原疫苗进行联合治疗;
(A3)选择对所述靶向药物敏感的患者,经所述靶向药物治疗耐药后,再给予所述新抗原疫苗进行单独治疗或者同时给予所述靶向药物和所述新抗原疫苗进行联合治疗。
进一步地,所述药物组合物为:通过增强新抗原疫苗的免疫效果来治疗肿瘤的药物组合物。
第三方面,本发明要求保护靶向药物和新抗原疫苗在制备用于治疗肿瘤的药物组合物中的应用。
第四方面,本发明要求保护物质A和新抗原疫苗在制备用于治疗肿瘤的药物组合物中的应用;
所述物质A为能够增强新抗原疫苗的免疫效果的物质。
进一步地,所述物质A具有如下功能中的全部或部分:
(a1)对于对所述物质A敏感的患者而言,能够促进肿瘤细胞表面HLA分子表达;
(a2)对于对所述物质A敏感的患者而言,能够促进肿瘤部位HLA介导的抗原呈递;
(a3)对于对所述物质A敏感的患者而言,能够促进肿瘤部位的免疫细胞浸润;
(a4)对于对所述物质A敏感的患者而言,能够促进肿瘤部位趋化因子分泌。
其中,患者是否对所述物质A敏感,这是本领域技术人员通过常规技术手段即可判断的(如通过对肿瘤组织或外周血进行基因测序,看其是否存在对所述物质A敏感的基因突变)。
第五方面,本发明要求保护一种能够增强新抗原疫苗的免疫效果(治疗效果)的给药方法,包括如下任一步骤:
(A1)选择对所述靶向药物敏感的患者,在患者应用所述靶向药物治疗的同时给予所述新抗原疫苗进行联合治疗;
(A2)选择对所述靶向药物敏感的患者,在患者应用所述靶向药物治疗后,再同时给予所述靶向药物和所述新抗原疫苗进行联合治疗;
(A3)选择对所述靶向药物敏感的患者,经所述靶向药物治疗耐药后,再给予所述新抗原疫苗进行单独治疗或者同时给予所述靶向药物和所述新抗原疫苗进行联合治疗。
上述联合或序贯治疗方式比单独应用新抗原疫苗治疗能够提高患者免疫反应,加强疫苗作用。
所述给药方法可以用于治疗肿瘤。
肿瘤疫苗的一个关键限制是肿瘤微环境中的免疫抑制,可以以多种方式在肿瘤部位表现,包括预防抗肿瘤免疫细胞浸润,检查点分子或免疫抑制细胞因子的上调,HLA介导的抗原呈递的下调或抑制性免疫细胞亚群的聚集。
新抗原疫苗可以刺激特异性T细胞的扩增,而靶向药物促进肿瘤部位的抗原呈递和趋化因子分泌增强。增加的趋化因子反过来增加免疫细胞(包括活化的T细胞)向肿瘤的运输,其中T细胞识别同源肿瘤抗原刺激肿瘤细胞破坏和IFN-γ的产生。由于IFN-γ可强烈上调抗原呈递和趋化因子的产生,所以新抗原疫苗和靶向药物的组合可刺激初始抗肿瘤T细胞反应,在肿瘤部位维持抗肿瘤免疫反应。
在上述各方面中,所述新抗原疫苗可为根据患者肿瘤组织中含有的基因突变和HLA分型定制的个体化产品,或者根据患者肿瘤组织中含有的基因突变和HLA分型选择的现成产品。
在上述各方面中,所述新抗原疫苗为治疗性疫苗。所述新抗原疫苗可为多肽疫苗、DNA疫苗、RNA疫苗或DC疫苗。所述新抗原疫苗可为针对多个新抗原表位的疫苗混合物或者为针对单个新抗原表位的疫苗。所述新抗原疫苗的剂型可为冻干粉或其他临床常用剂型。
所述新抗原疫苗包括至少针对一种新抗原表位的疫苗活性成分和药学上可接受的辅料。
所述辅料可包括药学上可接受的载体、赋形剂、稀释剂或佐剂中一种或几种。
优选地,所述载体包括病毒载体(腺病毒或慢病毒)或纳米材料。
所述稀释剂可包括生理盐水、PBS、葡萄糖、水、无菌等渗水性缓冲液中的一种或几种。
优选地,所述佐剂包括明矾、铝的其它化合物、弗氏完全佐剂(FCA)、聚-ICLC、STING激动剂、咪喹莫特中的一种或几种。
优选地,所述佐剂可以与所述新抗原疫苗的疫苗活性成分同时使用或依次序使用,例如注射所述新抗原疫苗的疫苗活性成分后涂抹于注射部位。
所述新抗原疫苗使用频次包括一次或多次给药。
所述新抗原疫苗的给药方式包括皮下、肌内、皮内、静脉给予途径中的一种或几种。
所述新抗原疫苗可以经由子组合物给予方式给予。所述子组合物给予方式即将所述新抗原疫苗混合物分成不同的子组合物组,每一子组合组物包含一部分新抗原,并且这些子组合物组可以被给予至受试者或患者身上的不同位置;例如至每一条胳膊或每一条腿,以尽力向患者的每组引流淋巴结递送较少的新抗原,并且从而限制新抗原之间的竞争。且所述不同位置的位置数及由此确定的子组合物组数可以变化。
在上述各方面中,所述靶向药物可为针对EGFR靶点或BRAF靶点的药物。进一步地,所述靶向药物可为吉非替尼、厄洛替尼、埃克替尼、阿法替尼、奥希替尼或达拉菲尼等。
在上述各方面中,患者是否对所述靶向药物敏感,这是本领域技术人员通过常规技术手段即可判断的(如通过对肿瘤组织或外周血进行基因测序,看其是否存在对所述靶向药物敏感的基因突变)。
在上述各方面中,所述肿瘤可为肺癌、结直肠癌、胃癌、胰腺癌或黑色素瘤等。
在本发明的具体实施方式中,所述肿瘤具体为III/IV期非小细胞肺癌。用于治疗肺癌的所述靶向药物具体为EGFR靶点药物,EGFR-TKI类,具体如吉非替尼、厄洛替尼、埃克替尼、阿法替尼、奥希替尼等。所述新抗原疫苗为新抗原多肽疫苗(免疫佐剂为咪奎莫特)。所述新抗原多肽疫苗对应患者的基因突变信息、HLA分型信息以及具体的多肽序列详见表2相关部分。
本发明中,新抗原疫苗与靶向药物联合使用,包括靶向药物耐药后联合使用,实验证明这可以进一步提高疫苗疗效,为提高新抗原疫苗的疗效提供了新的方式,为靶向治疗耐药的患者提供了新的治疗选择。
附图说明
图1为实施例2步骤一蛋白表达实验结果。
图2为实施例2步骤二细胞因子实验结果。
图3为实施例2步骤三细胞迁移实验结果。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
H1975细胞:ATCC(CRL-5908)。
H1299细胞:ATCC(CRL-5803)。
实施例1、新抗原疫苗治疗晚期非小细胞肺癌的临床研究
对24例III-IV期非小细胞肺癌患者进行新抗原多肽疫苗治疗。主要的入组标准为:
(1)III期或IV期,复发的非小细胞肺癌(经病理确诊)患者。
(2)EGFR-TKI治疗或手术或放化疗治疗后进展患者。
(3)年龄≥18岁。
(4)预计生存时间3个月以上
(5)ECOG-PS体力状况为0-3。
(6)活检组织或病理切片可获得,检测到1个以上突变(所有基因,不限制基因类型,突变类型要求为:点突变、插入、缺失、融合)。
(7)既往未接受过免疫治疗。
治疗期间不限制是否联合使用靶向药物,治疗完成后,回顾性分析显示24例患者分为以下3个亚组时,出现不同临床反应和生存情况:仅接受新抗原多肽疫苗的EGFR野生型(WT)患者(第1组);靶向药物耐药后停药,仅接受新抗原多肽疫苗的EGFR突变患者(第2组);靶向药物耐药后,接受新抗原多肽疫苗同时联合靶向药物治疗(新抗原疫苗和靶药同时使用)的EGFR突变患者(第3组)。第2组和第3组患者携带的EGFR基因突变,包括点突变,缺失突变等。所用的靶药为EGFR-TKI类,有吉非替尼、厄洛替尼、埃克替尼、阿法替尼、奥希替尼等。所用的新抗原疫苗是按照本领域公认的方法制备获得的,具体方法如下:由二代测序(NGS)检测患者的肿瘤组织得到非同义突变,检测患者外周血获得HLA分型,根据HLA-肽预测算法(如NetMHC 4.0,NetMHCpan 4.0,NetMHCII 2.3等)评估所得的新抗原序列对患者HLA I类和II类分子的预测结合亲和力。选择免疫新抗原肽主要基于对患者的HLA I类和II类分子的预测的最高结合亲和力。每位患者选择不超过15条长度为9-20个氨基酸的新抗原多肽序列。经Fmoc固相合成生产出多肽疫苗,并混合成2组多肽混合物。
新抗原疫苗:患者每次免疫接种200μg每种肽,每组混合物分别溶解于1ml PBS中分别皮下注射到左右两上肢,注射后用免疫佐剂(咪奎莫特)涂抹于注射部位,每周一次,持续12周(12周后可基于患者意愿及临床获益性决定是否继续进行治疗)。
靶向药物:按临床用法用量使用。
三组患者的临床特征在基线时没有显著差异,第1组的8例患者中,4个在新抗原多肽疫苗治疗3-4个月后肿瘤反应表现为疾病稳定(SD),4个疾病进展(PD)。第2组的7例患者中3例观察到客观的临床反应,包括2例部分缓解(PR)和1例完全缓解(CR)。组3中的9例患者表现为4例PR和4例SD。
与第1组和第2组患者相比,第3组患者的中位OS(13.8个月)和PFS(13.8个月)更长,表现出了明显的临床获益。具体结果见表1。
表1 新抗原疫苗治疗晚期非小细胞肺癌的临床研究
各患者信息详见表2。
表2 患者治疗信息和临床结果汇总表
实施例2、EGFR抑制剂(奥希替尼)能够调节细胞因子表达促进免疫细胞浸润,抗原呈递和T细胞活化
一、蛋白表达实验
用不同浓度(0.1、1、2和5μM)的EGFR抑制剂(奥希替尼)或DMSO处理两种肺癌细胞系H1975(含有EGFR L858R/T790M)和H1299(EGFR-WT),并在处理后的0、12、24小时裂解细胞,收集裂解物。样品在4℃下与以下抗体以500:1稀释度孵育18小时来进行免疫沉淀:anti-phospho-EGFR(EMD Millipore),anti-EGFR,Anti-p44/42MAPK ERK1/2,anti-phospho-p44/42 MAPK ERK1/2和anti-GAPDH(Cell Signaling Technology)。SDS-PAGE梯度凝胶(Invitrogen)跑胶,将蛋白质转移至PVDF膜,5%牛奶封闭后与特异性抗体孵育过夜。使用辣根过氧化物酶底物(Thermo Scientific)显色印迹,并用X射线胶片显现结果。裂解细胞并提取总RNA,使用TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit(Illumina)按照低样品程序制备测序文库,在HiSeq2500(Illumina)上进行测序。处理序列数据并将其转换为FASTQ格式,用Illumina BaseSpace分析软件FASTQ Generation v1.0.0进行分析。
检测发现,经奥希替尼处理的H1975细胞与H1299细胞相比,显示EGFR信号传导减少,此外还有与细胞分裂,细胞周期,细胞凋亡和细胞存活相关的基因的相对转录产物表达水平降低。对免疫相关基因的检测表明,奥希替尼处理H1975细胞增加了与肿瘤坏死因子相关诱导凋亡配体信号传导和HLA I类和II类抗原呈递相关的基因的转录,以及检查点基因的同时减少,抗原呈递和免疫细胞运输相关的免疫相关基因的表达上调。对照细胞H1299处理前后免疫相关基因表达没有变化。
对H1975和H1299细胞系分别进行1μM的EGFR抑制剂(奥希替尼)或DMSO处理6小时、20小时,之后收集细胞并进行人MHC-I抗体染色,清洗后进行4%PFA固定,之后流式检测。结果发现经EGFR抑制剂处理后,H1975细胞表面MHC表达升高,H1299无显著变化,见图1。
二、细胞因子实验
使用Luminex试剂盒(R&D Systems,USA)分析来自未处理和EGFR抑制剂(奥希替尼)处理的H1975和H1299细胞系的上清液样品中CCL2,CXCL1,CXCL2,CXCL8,IP10,IL1RA,IL6,VEGFA,CSF2和CSF3蛋白的存在。向每个孔中加入50μl测试上清液和适当的微粒混合物(1:10稀释),并在室温下在微孔板振荡器中温育2小时。加入50μl生物素-抗体混合物(1:10稀释)并温育1小时。用50μl链霉抗生物素蛋白(1:25稀释)温育30分钟后,重悬于缓冲液中,用Luminex读板仪读板。与测量的基线(0h)浓度相比,H1975细胞上清液的Luminex分析证实了蛋白质水平上10种趋化因子和细胞因子的变化(H1299细胞没有显著变化),见图2。该结果说明抑制剂能够调节细胞因子表达,促进免疫细胞的迁移和浸润。
三、细胞迁移实验
1μM的EGFR抑制剂(奥希替尼)处理H1975细胞24小时,DMSO作为对照。洗涤细胞,收集细胞上清液。在进行迁移测定之前约16小时解冻健康供体PBMC。将650μl H1975细胞上清液置于transwell板(Corning)的底部,并与顶部孔中的3×105PBMC一起温育6小时。收集孔底部的迁移细胞,并在4℃下对CD4,CD8或CD14(Biolegend)染色30分钟,用PBS洗涤并用4%PFA固定。样品在Canto II流式细胞仪上运行并使用FlowJo V10进行分析。
迁移实验表明,EGFR抑制剂处理H1975细胞增加了PBMC单核细胞和CD4+ T细胞的迁移,并激活了CD8+肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)向H1975细胞上清液的迁移,见图3。
Claims (8)
1.靶向药物在制备通过增强新抗原疫苗的免疫效果来对受试者进行肿瘤治疗的药物组合物中的应用;所述药物组合物由所述靶向药物和所述新抗原疫苗组成;
所述受试者为:对所述靶向药物敏感,且经所述靶向药物治疗耐药后,再同时给予所述靶向药物和所述新抗原疫苗进行联合治疗的肿瘤患者;
所述肿瘤为肺癌;
所述靶向药物为针对EGFR靶点的药物。
2.靶向药物和新抗原疫苗在制备用于对受试者进行肿瘤治疗的药物组合物中的应用;
所述受试者为:对所述靶向药物敏感,且经所述靶向药物治疗耐药后,再同时给予所述靶向药物和所述新抗原疫苗进行联合治疗的肿瘤患者;
所述肿瘤为肺癌;
所述靶向药物为针对EGFR靶点的药物。
3.根据权利要求1或2所述的应用,其特征在于:所述新抗原疫苗为根据患者肿瘤组织中含有的基因突变和HLA分型定制的个体化产品,或者根据患者肿瘤组织中含有的基因突变和HLA分型选择的现成产品。
4.根据权利要求1或2所述的应用,其特征在于:所述新抗原疫苗为治疗性疫苗。
5.根据权利要求1或2所述的应用,其特征在于:所述新抗原疫苗为多肽疫苗、DNA疫苗、RNA疫苗或DC疫苗。
6.根据权利要求1或2所述的应用,其特征在于:所述新抗原疫苗为针对多个新抗原表位的疫苗混合物或者为针对单个新抗原表位的疫苗。
7.根据权利要求1或2所述的应用,其特征在于:所述新抗原疫苗的剂型为冻干粉。
8.根据权利要求1或2所述的应用,其特征在于:所述靶向药物为吉非替尼、厄洛替尼、埃克替尼、阿法替尼、奥希替尼或达拉菲尼。
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