JP7524197B2 - 前立腺ネオ抗原及びその使用 - Google Patents

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Description

（関連出願の相互参照）
本出願は、２０１９年１０月１１日出願の米国仮特許出願第６２／９１３，９６９号、２０１９年８月７日出願の米国仮特許出願第６２／８８３，７８６号、２０１９年５月２２日出願の米国仮特許出願第６２／８５１，２７３号、及び２０１９年１月１０日出願の米国仮特許出願第６２／７９０，６７３号の利益を主張し、上述の出願の内容全体が、その全内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
（配列表）
本出願は、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して提出される配列表を含み、その全内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれている。２０１９年１２月１６日に作成されたＡＳＣＩＩテキストファイルは、ＪＢＩ６１６０ＷＯＰＣＴ２＿ＳＴ２５という名称であり、サイズは５５４キロバイトである。
前立腺癌は、男性における最も一般的な非皮膚悪性腫瘍であり、西欧諸国における男性の癌死因の第２位となっている。前立腺癌は、前立腺の異常細胞の制御されない増殖により生じる。前立腺癌の腫瘍が発生すると、テストステロンなどのアンドロゲンが前立腺癌の増殖を促進する。その初期段階において、局在性の前立腺癌は、例えば、前立腺の外科的除去及び放射線治療を含む局所的治療によって治療可能であることが多い。しかしながら、局所療法によって前立腺癌が治癒しない場合、最大で男性の３分の１がそうであるように、疾患は不治の転移性疾患に進行する。
長年にわたって、悪性去勢抵抗性前立腺癌（ｍＣＲＰＣ）を有する男性用の確立された標準的なケアは、ドセタキセル化学療法であった。より最近では、転移性去勢抵抗性前立腺癌の治療について、プレドニゾンと組み合わせた酢酸アビラテロン（ＺＹＴＩＧＡ（登録商標））が承認されている。アンドロゲン受容体（ＡＲ）を標的とする剤、例えばエンザルタミド（ＸＴＡＮＤＩ（登録商標））も、転移性去勢抵抗性前立腺癌の治療について市場に参入している。白金を用いた化学療法は、限定された結果及び有意な毒性を有する、分子的に選択されていない前立腺癌患者における多数の臨床研究で試験されている。しかしながら、これらの治療に対して初期に応答しないか又は不応性（又は抵抗性）である患者の小集団が残される。このような患者に対して利用可能である、承認された治療選択肢はない。
したがって、ホルモン感受性、ホルモンナイーブ高リスク、及び去勢抵抗性前立腺癌を含む前立腺癌に対する治療法が依然として必要とされている。
本開示は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、４５８、４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、４９９、５００、５０１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、若しくは５４０のポリヌクレオチド配列、又はこれらの断片を含む単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、及び４５８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む単離異種ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている単離異種ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のアミノ酸配列、又はこれらの断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む単離異種ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、以下を含むベクターを提供する：
配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のうちの１つ以上のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしているポリヌクレオチド；
配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、若しくは４５８、又はこれらの断片のうちの１つ以上のポリヌクレオチド；
配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド；又は
配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、及び４５８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド。
本開示はまた、本開示のベクターを含む組み換えヒトアデノウイルス（ｒＡｄ）を提供する。
本開示はまた、本開示のベクターを含む組み換え改変ワクシニアアンカラ（ｒＭＶＡ）を提供する。
本開示はまた、本開示のベクターを含む組み換え大型類人猿アデノウイルス（ｒＧＡｄ）を提供する。
本開示はまた、本開示のベクター若しくは本開示の組み換えウイルスを含むか又は本開示のベクター若しくは本開示の組み換えウイルスが形質導入された細胞を提供する。
本開示はまた、本開示のポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示の異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示のポリペプチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示の異種ポリペプチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示のベクターを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示のｒＡｄを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示のｒＭＶＡを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示のｒＧＡｄを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示の細胞を含むワクチンを提供する。
本発明は、本開示のワクチンと、医薬的に許容される担体又はアジュバントと、を含む医薬組成物を提供する。
本開示はまた、本開示の１つ以上のワクチン又は本開示の医薬組成物を含むキットを提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、治療的に有効な量の本開示の１つ以上のワクチン又は本開示の１つ以上の医薬組成物を当該対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、対象における配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のうちの１つ以上のポリペプチド、又はこれらの断片に対する免疫応答を誘導する方法であって、本開示の１つ以上のワクチンを当該対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドをコードしている単離異種ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む単離異種ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、以下を含むベクターを提供する：
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド；
配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、１７８、４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、４９９、５００、５０１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；
配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；
配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；
配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド；
配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド；
配列番号５４２又は配列番号５５１のポリヌクレオチド配列を含む異種ポリヌクレオチド；又は
配列番号５４４又は配列番号５５３のポリヌクレオチド配列を含む異種ポリヌクレオチド。
本開示はまた、以下を含む組み換えヒトアデノウイルス（ｒＡｄ）を提供する：
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド；
配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；
配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；又は
配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド。
本開示はまた、以下を含む組み換え大型類人猿アデノウイルス（ｒＧＡｄ）を提供する：
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド；
配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；
配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；又は
配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド。
本開示はまた、以下を含む組み換え改変ワクシニアアンカラ（ｒＭＶＡ）を提供する：
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド；
配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；
配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；又は
配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド。
本開示はまた、以下を含むｒＡｄを含むワクチンを提供する：
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド；
配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；
配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；又は
配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド。
本開示はまた、以下を含むｒＧＡｄ２０を含むワクチンを提供する：
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド；
配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；
配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；又は
配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド。
本開示はまた、以下を含むｒＭＶＡを含むワクチンを提供する：
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド；
配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；
配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド；又は
配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンの治療的に有効な量を初回免疫として当該対象に投与することと；
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンの治療的に有効な量を追加免疫として当該対象に投与することと；
を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を治療又は予防する方法を提供する。
本開示はまた、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含み、当該第１の異種ポリペプチド及び当該第２の異種ポリペプチドが、異なるアミノ酸配列を有する、方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含み、当該第１の異種ポリペプチド及び当該第２の異種ポリペプチドが、異なるアミノ酸配列を有する、方法を提供する。
本開示はまた、本開示のポリペプチドに特異的に結合する単離タンパク質分子を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を予防又は治療する方法であって、本開示のタンパク質性分子を当該対象に投与することを含む、方法を提供する。
本発明の上記の実施形態は、具体的に列挙されたポリペプチド及びその断片に加えて、具体的に列挙されたものとは異なる１つ以上のポリペプチドを含む追加のポリペプチド配列も含むポリペプチドを包含することを理解されたい。同様に、本発明の上記の実施形態は、具体的に列挙されたポリヌクレオチド及びその断片に加えて、具体的に列挙されたものとは異なる１つ以上のポリヌクレオチドを含む追加のポリヌクレオチド配列も含むポリヌクレオチドを包含する。
遺伝子Ａと遺伝子Ｂとの間のキメラリードスルー融合の模式図を示す。切断点接合部にネオ抗原ペプチド配列が生じる。 ＤＮＡ転座などの染色体変化によって生じる遺伝子融合の模式図を示す。 選択的５’又は３’スプライス部位、保持されたイントロン、除外されたエキソン、又は選択的終止若しくは挿入を有するスプライスバリアントの模式図を示す。 スプライスバリアントを同定するアプローチの模式図を示す。 刺激なし（ＤＭＳＯ）後のＰＢＭＣサンプルにおけるＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度を表すフローサイトメトリードットプロットを示す。 ＣＥＦペプチドで刺激した後のＰＢＭＣサンプルにおけるＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度を表すフローサイトメトリードットプロットを示す。 Ｐ１６で刺激した後のＰＢＭＣサンプルにおけるＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞頻度を表すフローサイトメトリードットプロットを示す。 Ｐ９８で刺激した後のＰＢＭＣサンプルにおけるＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞頻度を表すフローサイトメトリードットプロットを示す。 Ｐ３自己抗原で刺激した後のＰＢＭＣサンプルにおけるＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度を表すフローサイトメトリードットプロットを示す。 ＰＢＭＣサンプルが特定のネオ抗原に対して陽性免疫応答を示した前立腺癌患者の数を示す。Ｐ３、Ｐ６、Ｐ７、Ｐ９、及びＰ９２は、自己抗原を表す。 ＰＢＭＣサンプルが特定のネオ抗原に対して陽性ＣＤ４＋免疫応答を示した前立腺癌患者の数を示す。 ＰＢＭＣサンプルが特定のネオ抗原に対して陽性ＣＤ８＋免疫応答を示した前立腺癌患者の数を示す。
定義
本明細書に引用されている特許及び特許出願を含む（但しそれらに限定されない）全ての刊行物は、完全に記載されているかのように参照により、本明細書に援用される。
本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明するためだけに使用され、限定することを意図するものではないと理解すべきである。特に断らない限り、本明細書において使用される全ての技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野における当業者によって一般的に理解されているものと同じ意味を有する。
本明細書に記載されているものと同様又は同等の任意の方法及び材料を、本開示の試験を実施するために使用することができるが、例示となる材料及び方法を本明細書に記載する。本開示を説明及び特許請求する上で以下の用語が使用される。
本明細書及び添付の「特許請求の範囲」で使用されるとき、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、特にその内容が明確に指示していない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「細胞（a cell）」という言及には、２つ又は３つ以上の細胞の組み合わせ、及びこれに類するものなどが含まれる。
移行句「備える／含む（comprising）」、「から本質的になる（consisting essentially of）」、及び「からなる（consisting）」は、特許用語において一般的に受け入れられている意味を含意することを意図しており、すなわち、（ｉ）「備える／含む（comprising）」は、「含む」、「含有する」、又は「特徴とする」と同義であり、包括的又は非制限的なものであり、その他の列挙されていない要素又は方法工程を除外するものではなく、（ｉｉ）「からなる（consisting of）」は、特許請求の範囲において指定されていない、あらゆる要素、工程、又は成分を除外し、そして、（ｉｉｉ）「から本質的になる（consisting essentially of）」は、指定の材料又は工程、及び特許請求される開示の「基本的かつ新規の特徴に実質的に影響を与えないもの」に、特許請求の範囲の範囲を制限する。句「備える／含む（comprising）」（又はその同等語）に関して記載される実施形態はまた、実施形態として、「からなる」及び「から本質的になる」に関して独立して記載されるものを提供する。
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用するとき、語句「並びにこれらの断片」は、リストに付け加えられている場合、関連するリストのうちの１つ以上のメンバーの断片を含む。リストは、一例として、語句「ペプチドＡ、Ｂ、及びＣ、並びにこれらの断片からなる群」は、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ａの断片、Ｂの断片、及び／又はＣの断片を含むマーカッシュ群を指定又は列挙するように、マーカッシュ群を含んでいてもよい。
「単離」は、組み換え細胞などの分子が産生される系の他の成分から離れて実質的に分離及び／又は精製された分子（例えば、合成ポリヌクレオチド又はポリペプチド）の均質な集団に加えて、少なくとも１つの精製又は単離工程に供されたタンパク質を指す。「単離」は、他の細胞材料及び／又は化学物質を実質的に含まない分子を指し、より高い純度、例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の純度になるまで単離された分子を包含する。
「ポリヌクレオチド」とは、糖－リン酸骨格鎖又は他の等価な共有結合化学によって共有結合しているヌクレオチド鎖を含む合成分子を指す。ｃＤＮＡが、ポリヌクレオチドの典型例である。
「ポリペプチド」又は「タンパク質」とは、ペプチド結合によって連結されてポリペプチドを形成する少なくとも２つのアミノ酸残基を含む分子を指す。アミノ酸５０個未満の小さなポリペプチドは、「ペプチド」と称されることもある。
「免疫原性断片」は、断片がＭＨＣクラスＩ又はＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体であるとき、細胞傷害性Ｔリンパ球、ヘルパーＴリンパ球、又はＢ細胞によって認識されるポリペプチドを指す。
「インフレーム」は、第１のポリヌクレオチドにおけるコドンのリーティングフレームが、互いに接合して異種ポリヌクレオチドを形成する第２のポリヌクレオチドにおけるコドンのリーティングフレームと同じであることを指す。インフレーム異種ポリヌクレオチドは、第１のポリヌクレオチド及び第２のポリヌクレオチドの両方によってコードされている異種ポリペプチドをコードしている。
「免疫原性」は、１つ以上の免疫原性断片を含むポリペプチドを指す。
「異種」は、自然界では互いに対して同じ関係で見出されることのない２つ以上のポリヌクレオチド又は２つ以上のポリペプチドを指す。
「異種ポリヌクレオチド」は、本明細書に記載の２つ以上のネオ抗原をコードしている天然には存在しないポリヌクレオチドを指す。
「異種ポリペプチド」は、本明細書に記載の２つ以上のネオ抗原ポリペプチドを含む天然には存在しないポリペプチドを指す。
「天然には存在しない」とは、自然界に存在しない分子を指す。
「ベクター」とは、生体系内で複製可能な、又はこのような系間を移動することができるポリヌクレオチドを指す。ベクターポリヌクレオチドは、典型的には、生物系内でこれらのポリヌクレオチドの複製又は維持を促進するように機能する複製起点、ポリアデニル化シグナル又は選択マーカーなどの要素を含んでいる。このような生物系の例としては、細胞、ウイルス、動物、植物、及びベクターを複製することができる生物学的成分を利用する再構成生物系を挙げることができる。ベクターを構成するポリヌクレオチドは、ＤＮＡ若しくはＲＮＡ分子又はこれらのハイブリッド分子であり得る。
「発現ベクター」とは、発現ベクター中に存在するポリヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチドの翻訳を導くために生体系又は再構成された生体系において利用することができるベクターを指す。
「ウイルスベクター」とは、ウイルス起源の少なくとも１つのポリヌクレオチドエレメントを含み、ウイルスベクター粒子にパッケージングされる能力を有するベクターコンストラクトを指す。
「ネオ抗原」とは、例えば、腫瘍細胞内の変異又は腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾を介して、非悪性組織中に存在する対応する野生型ポリペプチドとは異ならしめる少なくとも１つの変化を有する、前立腺腫瘍組織内に存在するポリペプチドを指す。変異は、フレームシフト又は非フレームシフト挿入又は欠失、ミスセンス又はナンセンス置換、スプライス部位変化、異常スプライスバリアント、ゲノム再編成若しくは遺伝子融合、又はネオ抗原を生じさせる任意のゲノム若しくは発現の変化を含み得る。
「有病率」とは、前立腺ネオ抗原を保有している、研究された集団の割合を指す。
「組み換え体」とは、組み換え手段によって調製、発現、作製、又は単離されたポリヌクレオチド、ポリペプチド、ベクター、ウイルス、及び他の巨大分子を指す。
「ワクチン」は、レシピエント（例えば、対象）において獲得免疫を誘導するために意図的に投与される、１つ以上の免疫原性ポリペプチド、免疫原性ポリヌクレオチド若しくは断片、又はこれらの任意の組み合わせを含む組成物を指す。
癌などの疾患又は障害を「治療する」、「治療している」、又は「治療」は、以下のうちの１つ以上を達成することを指す：障害の重篤度及び／若しくは期間を低減すること、治療される障害に特徴的な症状の悪化を阻害すること、以前障害を有していた対象における障害の再発を制限若しくは予防すること、又は障害について以前に症候性であった対象における症状の再発を制限若しくは予防すること。
疾患又は障害を「予防する」、「予防している」、「予防」、又は「防止」は、対象において障害が生じるのを予防することを意味する。
「治療有効量」は、必要な投与量及び期間で所望の治療結果を達成するための有効量を指す。治療有効量は、個体の病態、年齢、性別、及び体重などの要因、並びに個体において所望の応答を引き出す１つの治療薬又は治療薬の組み合わせの能力によって様々であってよい。有効な１つの治療薬、又は治療薬の組み合わせの例示的な指標としては、例えば、患者の改善された健康が挙げられる。
「再発性」とは、治療薬による以前の治療後の改善期間後の疾患又は疾患の徴候及び症状の再開を指す。
「難治性」とは、治療に応答しない疾患を指す。難治性疾患は、治療前又は治療開始時に治療に抵抗性であり得るか、又は難治性疾患は、治療中に耐性疾患となり得る。
「対象」は、任意のヒト又は非ヒト動物を含む。「非ヒト動物」は、全ての脊椎動物、例えば、哺乳類及び非哺乳類、例えば、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ニワトリ、両生類、爬虫類などを含む。用語「対象」及び「患者」は、本明細書では互換的に使用することができる。
「と組み合わせて」は、２つ以上の治療剤を、混合物で一緒に、単剤として同時に、又は単剤として任意の順序で逐次、対象に投与することを意味する。
「強化する」又は「誘導する」は、免疫応答に関する場合、免疫応答のスケール及び／若しくは効率を増大させること、又は免疫応答の持続時間を延長することを指す。これらの用語は、「増強する」と互換的に使用される。
「免疫応答」とは、脊椎動物対象の免疫系による免疫原性ポリペプチド又はポリヌクレオチド又は断片に対する任意の応答を指す。例示的な免疫応答としては、局所及び全身の細胞性及び体液性免疫、例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の抗原特異的誘導を含むＣＴＬ応答、Ｔ細胞増殖応答及びサイトカイン放出を含むヘルパーＴ細胞応答、並びに抗体応答を含むＢ細胞応答が挙げられる。
「特異的に結合する」、「特異的結合」、「特異的に結合している」、又は「結合する」とは、タンパク質性分子が、抗原又は当該抗原内のエピトープに（例えば、前立腺ネオ抗原に）、他の抗原に対する親和性よりも高い親和性で結合することを指す。典型的には、タンパク質性分子は、約１×１０－７Ｍ以下、例えば約５×１０－８Ｍ以下、約１×１０－８Ｍ以下、約１×１０－９Ｍ以下、約１×１０－１０Ｍ以下、約１×１０－１１Ｍ以下、又は約１×１０－１２Ｍ以下の平衡解離定数（ＫＤ）で抗原又は当該抗原内のエピトープに結合し、典型的には、当該ＫＤは、非特異的抗原（例えば、ＢＳＡ、カゼイン）に対する結合についてのＫＤよりも少なくとも１００倍小さい。本明細書に記載の前立腺ネオ抗原の文脈において、「特異的結合」とは、タンパク質性分子が、前立腺ネオ抗原がそのバリアントである野生型タンパク質に検出可能には結合することなく、前立腺ネオ抗原に結合することを指す。
「バリアント」、「変異体」、又は「変化」は、１つ以上の改変、例えば、１つ以上の置換、挿入、又は欠失によって参照ポリペプチド又は参照ポリヌクレオチドとは異なるポリペプチド又はポリヌクレオチドを指す。
「抗体」とは、マウス、ヒト、ヒト化、及びキメラモノクローナル抗体を含むモノクローナル抗体、抗原結合断片、二重特異性又は多重特異性抗体、二量体、四量体又は多量体抗体、単鎖抗体、ドメイン抗体、並びに必要とされる特異性の抗原結合部位を含む免疫グロブリン分子の任意の他の改変された構成を含む免疫グロブリン分子を指す。
「完全長抗体」は、ジスルフィド結合により相互接続された２本の重鎖（heavy chain、ＨＣ）及び２本の軽鎖（light chain、ＬＣ）、並びにこれらの多量体（例えば、ＩｇＭ）で構成される。各重鎖は、重鎖可変ドメイン（ＶＨ）及び重鎖定常ドメインで構成され、該重鎖定常ドメインは、サブドメインＣＨ１、ヒンジ、ＣＨ２及びＣＨ３で構成される。各軽鎖は、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）及び軽鎖定常ドメイン（ＣＬ）で構成される。ＶＨ及びＶＬは、フレームワーク領域（framework region、ＦＲ）に散在している相補性決定領域（complementarity determining region、ＣＤＲ）と称される超可変性の領域に更に区分され得る。各ＶＨ及びＶＬは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって以下の順序：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、及びＦＲ４で配置された、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲセグメントで構成される。
「相補性決定領域（ＣＤＲ）」とは、抗原に結合する抗体の領域である。ＶＨには３つのＣＤＲ（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３）が存在し、ＶＬには３つのＣＤＲ（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３）が存在する。ＣＤＲは、以下のような様々な描写を用いて定義することができる：Ｋａｂａｔ （Ｗｕ ｅｔ ａｌ．（１９７０） Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １３２：２１１－５０；Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．，１９９１）、Ｃｈｏｔｈｉａ（Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １９６：９０１－１７），ＩＭＧＴ（Ｌｅｆｒａｎｃ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｄｅｖ Ｃｏｍｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２７：５５－７７）、及びＡｂＭ（Ｍａｒｔｉｎ ａｎｄ Ｔｈｏｒｎｔｏｎ Ｊ Ｂｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２６３：８００－１５，１９９６）。様々な記述と、可変領域の付番との対応が記載されている（例えば、Ｌｅｆｒａｎｃ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｄｅｖ Ｃｏｍｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２７：５５－７７；Ｈｏｎｅｇｇｅｒ ａｎｄ Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ（２００１）３０９：６５７－７０；Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ（ＩＭＧＴ）データベース；ウェブリソース、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ＿ｉｍｇｔ＿ｏｒｇを参照のこと）。ＵＣＬ Ｂｕｓｉｎｅｓｓ ＰＬＣによるａｂＹｓｉｓなどの利用可能なプログラムを使用して、ＣＤＲを描写することができる。本明細書で使用する場合、用語「ＣＤＲ」、「ＨＣＤＲ１」、「ＨＣＤＲ２」、「ＨＣＤＲ３」、「ＬＣＤＲ１」、「ＬＣＤＲ２」、及び「ＬＣＤＲ３」は、明細書で別途明示的に記載のない限り、上述したＫａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＩＭＧＴ、又はＡｂＭの方法のいずれかにより定義されるＣＤＲを含む。
免疫グロブリンは、重鎖定常領域アミノ酸配列に応じて、５つの主要なクラス、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭに割り当てることができる。ＩｇＡ及びＩｇＧは、アイソタイプＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４に更に細分類される。どのような脊椎動物種の抗体軽鎖も、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、２つの明確に異なるタイプ、すなわち、カッパ（κ）及びラムダ（λ）のうちの一方に割り当てることができる。
「抗原結合断片」とは、親完全長抗体の抗原結合特性を保持している免疫グロブリン分子の部分を指す。代表的な抗原結合断片は、重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）１、２及び／又は３、軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）１、２及び／又は３、ＶＨ、ＶＬ、ＶＨ及びＶＬ、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、及びＦｖ断片、並びに１つのＶＨドメイン又は１つのＶＬドメインのいずれかからなるドメイン抗体（ｄＡｂ）である。ＶＨ及びＶＬドメインは、合成リンカーを介して互いに連結されて、ＶＨ／ＶＬドメインが、分子内で、又はＶＨ及びＶＬドメインが別々の鎖によって発現される場合には分子間で対形成して、一本鎖Ｆｖ（single chain Fv、ｓｃＦｖ）などの一価の抗原結合部位又はダイアボディを形成する様々な種類の一本鎖抗体の設計を形成することができる。例えば、国際公開第１９９８／４４００１号、国際公開第１９８８／０１６４９号、国際公開第１９９４／１３８０４号、又は国際公開第１９９２／０１０４７号に記載されている。
「モノクローナル抗体」は、抗体分子の実質的に均質な母集団（すなわち、母集団を構成する個別の抗体が、抗体重鎖からのＣ末端リジンの除去などの可能な周知の変更、あるいはアミノ酸異性化若しくはアミド分解、メチオニン酸化、又はアスパラギン若しくはグルタミンアミド分解などの翻訳後修飾を除いて同一である）から得られた抗体を指す。モノクローナル抗体は、典型的には、１つの抗原性エピトープに結合する。二重特異性モノクローナル抗体は、２つの異なる抗原性エピトープに結合する。モノクローナル抗体は、抗体集団内で不均一なグリコシル化を有し得る。モノクローナル抗体は、単一特異性であってよく、又は、二重特異性などの多重特異性であってよく、一価、二価、又は多価であってよい。
「ヒト化抗体」は、少なくとも１つのＣＤＲが非ヒト種に由来し、少なくとも１つのフレームワークがヒト免疫グロブリン配列に由来する抗体を指す。ヒト化抗体は、フレームワークに置換を含むことができるため、フレームワークは、発現したヒト免疫グロブリン又はヒト免疫グロブリン生殖細胞系列遺伝子配列の厳密なコピーではない場合がある。
「ヒト抗体」とは、ヒト対象に投与されるときに、最小の免疫応答を有するように最適化された抗体を指す。ヒト抗体の可変領域は、ヒト免疫グロブリン配列に由来する。ヒト抗体が定常領域又は定常領域の一部を含む場合、当該定常領域もヒト免疫グロブリン配列に由来する。ヒト抗体は、ヒト抗体の可変領域がヒト生殖系列免疫グロブリン又は再編成された免疫グロブリン遺伝子を使用する系から得られた場合、ヒト起源の配列に「由来する」重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む。このような例示的な系は、ファージにディスプレイされたヒト免疫グロブリン遺伝子ライブラリ、及びヒト免疫グロブリン遺伝子座を保有するトランスジェニック非ヒト動物、例えばマウス又はラットを含む。「ヒト抗体」は、典型的には、ヒト抗体及びヒト免疫グロブリン遺伝子座を得るために使用した系の違い、フレームワーク若しくはＣＤＲへの体細胞変異の導入若しくは置換の意図的な導入、又はこれらの両方により、ヒトで発現した免疫グロブリンと比較したときにアミノ酸の違いを含有する。典型的には、「ヒト抗体」は、ヒト生殖系列免疫グロブリン又は再編成された免疫グロブリン遺伝子によってコードされているアミノ酸配列に対して、アミノ酸配列が少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である。場合によっては、「ヒト抗体」は、例えばＫｎａｐｐｉｋ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２９６：５７－８６に記載のヒトフレームワーク配列分析から得られたコンセンサスフレームワーク配列、又は例えばＳｈｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｊ ＭｏｌＢｉｏｌ ３９７：３８５－９６及び国際公開第２００９／０８５４６２号に記載のファージ上にディスプレイされたヒト免疫グロブリン遺伝子ライブラリに組み込まれた合成ＨＣＤＲ３を含有し得る。少なくとも１つのＣＤＲが非ヒト種に由来する抗体は、「ヒト抗体」の定義には含まれない。
「選択的スカフォールド」は、立体構造の許容度が高い可変ドメインに会合する構造化コアを含有する単鎖タンパク質フレームワークを指す。可変ドメインは、スカフォールドの完全性を損なうことなく導入される多型を許容するため、可変ドメインは、特異的抗原に結合するように遺伝子操作及び選択され得る。
「キメラ抗原受容体」又は「ＣＡＲ」は、Ｔ細胞上にリガンド又は抗原特異性を移植する操作されたＴ細胞受容体（例えば、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、又はこれらの組み合わせ）を指す。ＣＡＲはまた、人工Ｔ細胞受容体、キメラＴ細胞受容体、又はキメラ免疫受容体としても知られている。ＣＡＲは、抗原、膜貫通ドメイン、及び少なくとも１つの細胞内ドメインに結合することができる細胞外ドメインを含む。ＣＡＲ細胞内ドメインは、細胞内の生物学的プロセスの活性化又は阻害を引き起こすシグナルを伝達するドメインとして機能することが知られているポリペプチドを含む。膜貫通ドメインは、細胞膜に及ぶことが知られており、細胞外ドメイン及びシグナル伝達ドメインを結合するように機能し得る任意のペプチド又はポリペプチドを含む。キメラ抗原受容体は、任意で、細胞外ドメインと膜貫通ドメインとの間のリンカーとして機能するヒンジドメインを含んでもよい。
「Ｔ細胞受容体」又は「ＴＣＲ」は、ＭＨＣ分子によって提示されたときにペプチドを認識することができる分子を指す。天然に存在するＴＣＲヘテロ二量体は、Ｔ細胞の約９５％においてはアルファ（α）鎖及びベータ（β）鎖からなり、一方、Ｔ細胞の約５％は、ガンマ（γ）鎖及びデルタ（δ）鎖からなるＴＣＲを有する。天然ＴＣＲの各鎖は、免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーであり、１つのＮ末端免疫グロブリン（Ｉｇ）可変（Ｖ）ドメイン、１つのＩｇ定常（Ｃ）ドメイン、膜横断／細胞膜貫通領域、及びＣ末端に短い細胞質側末端を有する。ＴＣＲのａ鎖及びβ鎖の両方の可変ドメインは、ＭＨＣ上に提示されるプロセシングされた抗原を認識する役割を担う、３つの超可変又は相補性決定領域（ＣＤＲ）、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を有する。
ＴＣＲは、完全長α／β又はγ／δヘテロ二量体であってもよく、又はペプチド／ＭＨＣ複合体の結合を保持するＴＣＲの細胞外ドメインの一部を含む可溶性分子であってもよい。ＴＣＲは、単鎖ＴＣＲに遺伝子操作されてもよい。
「Ｔ細胞受容体複合体」又は「ＴＣＲ複合体」とは、ＴＣＲα及びＴＣＲβ鎖、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、及びＣＤ３ζ分子で構成される既知のＴＣＲ複合体を指す。いくつかの場合では、ＴＣＲα及びＴＣＲβ鎖は、ＴＣＲγ及びＴＣＲδ鎖によって置換される。ＴＣＲ複合体を形成する様々なタンパク質のアミノ酸配列は周知である。
「Ｔ細胞」及び「Ｔリンパ球」は、互換性があり、本明細書において同義的に使用される。Ｔ細胞は、胸腺細胞、ナイーブＴリンパ球、メモリＴ細胞、未成熟Ｔリンパ球、成熟Ｔリンパ球、静止Ｔリンパ球、又は活性化Ｔリンパ球を含む。Ｔ細胞は、Ｔヘルパー（Ｔｈ）細胞、例えば、Ｔヘルパー１（Ｔｈ１）又はＴヘルパー２（Ｔｈ２）細胞であってよい。Ｔ細胞は、ヘルパーＴ細胞（ＨＴＬ；ＣＤ４＋Ｔ細胞）、ＣＤ４＋Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ；ＣＤ８＋Ｔ細胞）、腫瘍浸潤細胞傷害性Ｔ細胞（ＴＩＬ；ＣＤ８＋Ｔ細胞）、ＣＤ４＋ＣＤ８＋Ｔ細胞、又はＴ細胞の任意の他のサブセットであってもよい。また、「ＮＫＴ細胞」も含まれ、これは、半不変αβＴ細胞受容体を発現するだけでなく、ＮＫ１．１などの通常ＮＫ細胞に関連する様々な分子マーカーも発現するＴ細胞の特殊な集団を指す。ＮＫＴ細胞としては、ＮＫ１．１＋及びＮＫ１．１－、並びにＣＤ４＋、ＣＤ４－、ＣＤ８＋、及びＣＤ８細胞が挙げられる。ＮＫＴ細胞上のＴＣＲは、ＭＨＣ Ｉ様分子ＣＤＩｄによって提示される糖脂質抗原を認識するという点で独特である。ＮＫＴ細胞は、炎症又は免疫寛容のいずれかを促進するサイトカインを産生する能力に起因して、保護又は有害な効果のいずれかを有することができる。また、「ガンマ－デルタＴ細胞（γδＴ細胞）」も含まれ、これは、その表面上に異なるＴＣＲを有するＴ細胞の小さなサブセットである特殊な集団を指し、ＴＣＲがα及びβ－ＴＣＲ鎖と表記される２本の糖タンパク質鎖で構成されるＴ細胞の大部分とは異なり、γδＴ細胞におけるＴＣＲは、γ鎖及びδ鎖で構成される。γδＴ細胞は、免疫監視及び免疫調節において役割を果たすことができ、そして、ＩＬ－１７の重要な供給源でありかつロバストなＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導することが見出された。また、異常又は過剰な免疫応答を抑制し、免疫寛容において役割を果たすＴ細胞を指す「調節性Ｔ細胞」又は「Ｔｒｅｇ」も含まれる。Ｔｒｅｇは、典型的には、転写因子Ｆｏｘｐ３陽性ＣＤ４＋Ｔ細胞であり、また、ＩＬ－１０産生ＣＤ４＋Ｔ細胞である転写因子Ｆｏｘｐ３陰性調節性Ｔ細胞も含み得る。
「ナチュラルキラー細胞」又は「ＮＫ細胞」は、ＣＤ１６＋ＣＤ５６＋及び／又はＣＤ５７＋ＴＣＲ－表現型を有する分化リンパ球を指す。ＮＫは、特定の細胞溶解性酵素の活性化によって「自己」ＭＨＣ／ＨＬＡ抗原を発現できない細胞に結合し、殺傷する能力、腫瘍細胞又はＮＫ活性化受容体のリガンドを発現する他の疾患細胞を殺傷する能力、及び免疫応答を刺激又は阻害するサイトカインと呼ばれるタンパク質分子を放出する能力を特徴とする。
「約」は、当業者によって決定される特定の値について許容される誤差範囲内であることを意味し、これは、その値が測定又は決定される方法、すなわち測定システムの制限事項にある程度依存する。特定のアッセイ、結果、又は実施形態の文脈において実施例又は明細書のその他の箇所に別途明示的に記載のない限り、「約」は、当該技術分野の実施に従う１つの標準偏差又は５％までの範囲のいずれか大きい方の範囲内であることを意味する。
「抗原提示細胞」（ＡＰＣ）とは、ＭＨＣクラスＩ若しくはＭＨＣクラスＩＩ分子のいずれか又は両方の主要組織適合性複合体分子と会合してその表面上に抗原を提示する任意の細胞を指す。
「プライム－ブースト」又は「プライム－ブーストレジメン」とは、第１のワクチンでＴ細胞応答を初回免疫し、続いて、第２のワクチンで免疫応答を追加免疫することを含む、対象を治療する方法を指す。第１のワクチン及び第２のワクチンは、典型的には異なる。これらのプライム－ブースト免疫は、同じワクチンで初回免疫及び追加免疫することによって達成され得るよりも大きくかつ広い免疫応答を惹起する。初回免疫工程は、メモリ細胞を開始させ、追加免疫工程は、メモリ応答を拡大する。追加免疫は、１回又は複数回行われ得る。
「促進エレメント」は、ポリヌクレオチド又はポリペプチドに操作可能に連結された任意のポリヌクレオチド又はポリペプチドエレメントを指し、プロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、終止コドン、ヒスチジンタグなどのタンパク質タグなどを含む。本明細書における促進エレメントは、調節エレメントを含む。
ポリペプチド又はポリヌクレオチド配列の文脈における「異なる」は、同一ではないポリペプチド又はポリヌクレオチド配列を指す。
物質の組成
本開示は、前立腺ネオ抗原、それをコードしているポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、ネオ抗原又はネオ抗原をコードしているポリヌクレオチドを含むワクチン、前立腺ネオ抗原に結合するタンパク質性分子、並びにこれらを作製及び使用する方法に関する。本開示はまた、前立腺癌患者の集団において有病率の高い本開示の前立腺ネオ抗原を含むワクチンを提供し、それによって、限局性又は転移性前立腺癌などの前立腺癌の様々なステージであると診断された患者の広範な集団を治療するのに有用であり得る汎ワクチンを提供する。
癌細胞は、ゲノム変化及び異常な転写プログラムから生じるネオ抗原を産生する。患者におけるネオ抗原負荷は、免疫療法に対する応答に関連している（Ｓｎｙｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０１４ Ｄｅｃ ４；３７１（２３）：２１８９－２１９９．ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｏａ１４０６４９８．Ｅｐｕｂ ２０１４ Ｎｏｖ １９；Ｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０１５ Ｊｕｎ ２５；３７２（２６）：２５０９－２０．ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｏａ１５００５９６．Ｅｐｕｂ ２０１５ Ｍａｙ ３０；Ｒｉｚｖｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１５ Ａｐｒ ３；３４８（６２３０）：１２４－８．ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａａａ１３４８．Ｅｐｕｂ ２０１５ Ｍａｒ １２；Ｖａｎ Ａｌｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１５ Ｏｃｔ ９；３５０（６２５７）：２０７－２１１．ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａａｄ００９５．Ｅｐｕｂ ２０１５ Ｓｅｐ １０）。本開示は、前立腺癌患者に共通する前立腺ネオ抗原の同定に少なくとも部分的に基づいており、したがって、広範囲の前立腺癌患者の治療に受け入れられる治療法を開発するために利用することができる。本開示のネオ抗原をコードしている１つ以上のネオ抗原又はポリヌクレオチドは、診断又は予後診断の目的のために使用することもできる。
本開示のポリペプチド及びポリヌクレオチド
本開示は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、若しくは４５８のポリヌクレオチド配列、又はこれらの断片を含む単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、４９９、５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、若しくは５４０のポリヌクレオチド配列、又はこれらの断片を含む単離ポリヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも１８ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも２１ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも２４ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも２７ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも３０ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも３３ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも３６ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも３９ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも４２ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも４５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも４８ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも５１ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも５４ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも５７ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも６０ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも６３ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも６６ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも６９ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも７２ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも７５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約１８ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２１ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２７ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約３０ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約３３ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約３６ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約３９ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約４２ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約４５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約４８ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約５１ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約５４ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約５７ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約６０ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約６３ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約６６ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約６９ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約７２ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約７５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約１８～７５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２１～７５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４～７５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４～７２ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４～６９ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４～６６ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４～６３ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４～６０ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４～５７ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４～５４ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４～５１ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４～４８ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４～４５ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４～４２ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２７～４２ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２７～３９ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２７～３６ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２７～３３ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２７～３０ヌクレオチドを含む。
本開示のポリヌクレオチド及び異種ポリヌクレオチドは、前立腺ネオ抗原及び本明細書に記載の２つ以上の前立腺ネオ抗原を含む異種ポリペプチドをコードしている。本開示のポリヌクレオチド及び異種ポリヌクレオチドは、本開示のポリペプチド、異種ポリペプチド、ベクター、組み換えウイルス、細胞、及びワクチンを作製するのに有用である。本開示のポリヌクレオチド及び異種ポリヌクレオチドは、本明細書に記載のウイルスベクター又は同様に本明細書に記載されている他の送達技術を含む様々な技術を用いて、前立腺癌を有する対象に送達することによって治療薬として利用することができる。
本開示はまた、配列番号１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１のポリペプチド又はその断片は、配列番号２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３のポリペプチド又はその断片は、配列番号４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号５のポリペプチド又はその断片は、配列番号６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号７のポリペプチド又はその断片は、配列番号８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号９のポリペプチド又はその断片は、配列番号１０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１１のポリペプチド又はその断片は、配列番号１２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１３のポリペプチド又はその断片は、配列番号１４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１５のポリペプチド又はその断片は、配列番号１６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１７のポリペプチド又はその断片は、配列番号１８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１９のポリペプチド又はその断片は、配列番号２０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号１９のポリペプチド又はその断片は、配列番号４９７のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号１９のポリペプチド又はその断片は、配列番号５３８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２１のポリペプチド又はその断片は、配列番号２２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２３のポリペプチド又はその断片は、配列番号２４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２３のポリペプチド又はその断片は、配列番号４９８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２３のポリペプチド又はその断片は、配列番号５３９のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２５のポリペプチド又はその断片は、配列番号２６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２７のポリペプチド又はその断片は、配列番号２８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２９のポリペプチド又はその断片は、配列番号３０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３１のポリペプチド又はその断片は、配列番号３２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３３のポリペプチド又はその断片は、配列番号３４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３５のポリペプチド又はその断片は、配列番号３６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３７のポリペプチド又はその断片は、配列番号３８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３９のポリペプチド又はその断片は、配列番号４０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４１のポリペプチド又はその断片は、配列番号４２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４３のポリペプチド又はその断片は、配列番号４４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４７のポリペプチド又はその断片は、配列番号４８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４９のポリペプチド又はその断片は、配列番号５０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号５１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号５１のポリペプチド又はその断片は、配列番号５２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号５３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号５３のポリペプチド又はその断片は、配列番号５４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号５５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号５５のポリペプチド又はその断片は、配列番号５６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号５７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号５７のポリペプチド又はその断片は、配列番号５８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号５９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号５９のポリペプチド又はその断片は、配列番号６０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号６１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号６１のポリペプチド又はその断片は、配列番号６２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号６３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号６３のポリペプチド又はその断片は、配列番号６４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号６５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号６５のポリペプチド又はその断片は、配列番号６６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号６７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号６７のポリペプチド又はその断片は、配列番号６８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号６９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号６９のポリペプチド又はその断片は、配列番号７０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号７１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号７１のポリペプチド又はその断片は、配列番号７２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号７３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号７３のポリペプチド又はその断片は、配列番号７４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号７５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号７５のポリペプチド又はその断片は、配列番号７６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号７７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号７７のポリペプチド又はその断片は、配列番号７８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号７９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号７９のポリペプチド又はその断片は、配列番号８０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号８１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号８１のポリペプチド又はその断片は、配列番号８２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号８３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号８３のポリペプチド又はその断片は、配列番号８４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号８５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号８５のポリペプチド又はその断片は、配列番号８６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号８７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号８７のポリペプチド又はその断片は、配列番号８８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号８９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号８９のポリペプチド又はその断片は、配列番号９０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号９１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号９１のポリペプチド又はその断片は、配列番号９２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号９３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号９３のポリペプチド又はその断片は、配列番号９４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号９５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号９５のポリペプチド又はその断片は、配列番号９６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号９７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号９７のポリペプチド又はその断片は、配列番号９８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号９９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号９９のポリペプチド又はその断片は、配列番号１００のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１０１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１０１のポリペプチド又はその断片は、配列番号１０２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１０３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１０３のポリペプチド又はその断片は、配列番号１０４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１０５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１０５のポリペプチド又はその断片は、配列番号１０６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１０７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１０７のポリペプチド又はその断片は、配列番号１０８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１０９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１０９のポリペプチド又はその断片は、配列番号１１０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１１１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１１１のポリペプチド又はその断片は、配列番号１１２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１１３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１１３のポリペプチド又はその断片は、配列番号１１４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１１５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１１５のポリペプチド又はその断片は、配列番号１１６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１１７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１１７のポリペプチド又はその断片は、配列番号１１８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１１９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１１９のポリペプチド又はその断片は、配列番号１２０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１２１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１２１のポリペプチド又はその断片は、配列番号１２２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１２３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１２３のポリペプチド又はその断片は、配列番号１２４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１２５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１２５のポリペプチド又はその断片は、配列番号１２６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１２７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１２７のポリペプチド又はその断片は、配列番号１２８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１２９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１２９のポリペプチド又はその断片は、配列番号１３０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１３１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１３１のポリペプチド又はその断片は、配列番号１３２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１３３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１３３のポリペプチド又はその断片は、配列番号１３４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１３５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１３５のポリペプチド又はその断片は、配列番号１３６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１３７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１３７のポリペプチド又はその断片は、配列番号１３８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１３９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１３９のポリペプチド又はその断片は、配列番号１４０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１４１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１４１のポリペプチド又はその断片は、配列番号１４２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１４３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１４３のポリペプチド又はその断片は、配列番号１４４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１４５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１４５のポリペプチド又はその断片は、配列番号１４６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１４７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１４７のポリペプチド又はその断片は、配列番号１４８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１４９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１４９のポリペプチド又はその断片は、配列番号１５０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１５１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１５１のポリペプチド又はその断片は、配列番号１５２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１５３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１５３のポリペプチド又はその断片は、配列番号１５４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１５５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１５５のポリペプチド又はその断片は、配列番号１５６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１５７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１５７のポリペプチド又はその断片は、配列番号１５８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１５９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１５９のポリペプチド又はその断片は、配列番号１６０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１６１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１６１のポリペプチド又はその断片は、配列番号１６２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１６３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１６３のポリペプチド又はその断片は、配列番号１６４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１６５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１６５のポリペプチド又はその断片は、配列番号１６６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１６７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１６７のポリペプチド又はその断片は、配列番号１６８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号１６７のポリペプチド又はその断片は、配列番号４９５のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号１６７のポリペプチド又はその断片は、配列番号５３６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１６９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１６９のポリペプチド又はその断片は、配列番号１７０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１７１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１７１のポリペプチド又はその断片は、配列番号１７２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号１７１のポリペプチド又はその断片は、配列番号４９６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号１７１のポリペプチド又はその断片は、配列番号５３７のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１７３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１７３のポリペプチド又はその断片は、配列番号１７４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１７５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１７５のポリペプチド又はその断片は、配列番号１７６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１７７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１７７のポリペプチド又はその断片は、配列番号１７８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号１７７のポリペプチド又はその断片は、配列番号４９９のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号１７７のポリペプチド又はその断片は、配列番号５４０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１７９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１７９のポリペプチド又はその断片は、配列番号１８０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１８１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１８１のポリペプチド又はその断片は、配列番号１８２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１８３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１８３のポリペプチド又はその断片は、配列番号１８４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１８５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１８５のポリペプチド又はその断片は、配列番号１８６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１８７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１８７のポリペプチド又はその断片は、配列番号１８８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１８９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１８９のポリペプチド又はその断片は、配列番号１９０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１９１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１９１のポリペプチド又はその断片は、配列番号１９２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１９３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１９３のポリペプチド又はその断片は、配列番号１９４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１９５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１９５のポリペプチド又はその断片は、配列番号１９６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１９７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１９７のポリペプチド又はその断片は、配列番号１９８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号１９９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号１９９のポリペプチド又はその断片は、配列番号２００のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２０１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２０１のポリペプチド又はその断片は、配列番号２０２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２０３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２０３のポリペプチド又はその断片は、配列番号２０４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２０５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２０５のポリペプチド又はその断片は、配列番号２０６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２０７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２０７のポリペプチド又はその断片は、配列番号２０８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２０９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２０９のポリペプチド又はその断片は、配列番号２１０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２１１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２１１のポリペプチド又はその断片は、配列番号２１２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２１１のポリペプチド又はその断片は、配列番号４８４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２１１のポリペプチド又はその断片は、配列番号５２５のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２１３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２１３のポリペプチド又はその断片は、配列番号２１４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２１３のポリペプチド又はその断片は、配列番号４８６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２１５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２１５のポリペプチド又はその断片は、配列番号２１６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２１５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４８７のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２１５のポリペプチド又はその断片は、配列番号５２８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２１７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２１７のポリペプチド又はその断片は、配列番号２１８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２１９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２１９のポリペプチド又はその断片は、配列番号２２０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２１９のポリペプチド又はその断片は、配列番号４８９のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２１９のポリペプチド又はその断片は、配列番号５３０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２２１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２２１のポリペプチド又はその断片は、配列番号２２２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２２１のポリペプチド又はその断片は、配列番号４８８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２２１のポリペプチド又はその断片は、配列番号５２９のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２２３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２２３のポリペプチド又はその断片は、配列番号２２４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２２３のポリペプチド又はその断片は、配列番号４９４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２２３のポリペプチド又はその断片は、配列番号５３５のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２２５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２２５のポリペプチド又はその断片は、配列番号２２６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２２５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４９０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２２５のポリペプチド又はその断片は、配列番号５３１のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２２７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２２７のポリペプチド又はその断片は、配列番号２２８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２２９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２２９のポリペプチド又はその断片は、配列番号２３０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２３１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２３１のポリペプチド又はその断片は、配列番号２３２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２３３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２３３のポリペプチド又はその断片は、配列番号２３４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２３５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２３５のポリペプチド又はその断片は、配列番号２３６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２３５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４９３のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２３５のポリペプチド又はその断片は、配列番号５３４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２３７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２３７のポリペプチド又はその断片は、配列番号２３８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２３９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２３９のポリペプチド又はその断片は、配列番号２４０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２４１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２４１のポリペプチド又はその断片は、配列番号２４２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２４３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２４３のポリペプチド又はその断片は、配列番号２４４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２４５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２４５のポリペプチド又はその断片は、配列番号２４６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２４５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４７０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２４５のポリペプチド又はその断片は、配列番号５１１のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２４７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２４７のポリペプチド又はその断片は、配列番号２４８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２４９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２４９のポリペプチド又はその断片は、配列番号２５０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２５１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２５１のポリペプチド又はその断片は、配列番号２５２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２５１のポリペプチド又はその断片は、配列番号４６９のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２５１のポリペプチド又はその断片は、配列番号５１０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２５３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２５３のポリペプチド又はその断片は、配列番号２５４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２５３のポリペプチド又はその断片は、配列番号４６４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２５３のポリペプチド又はその断片は、配列番号５０５のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２５５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２５５のポリペプチド又はその断片は、配列番号２５６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２５５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４７４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２５５のポリペプチド又はその断片は、配列番号５１５のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２５７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２５７のポリペプチド又はその断片は、配列番号２５８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２５９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２５９のポリペプチド又はその断片は、配列番号２６０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２６１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２６１のポリペプチド又はその断片は、配列番号２６２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２６１のポリペプチド又はその断片は、配列番号４７１のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２６１のポリペプチド又はその断片は、配列番号５１２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２６３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２６３のポリペプチド又はその断片は、配列番号２６４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２６５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２６５のポリペプチド又はその断片は、配列番号２６６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２６５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４７２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２６５のポリペプチド又はその断片は、配列番号５１３のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２６７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２６７のポリペプチド又はその断片は、配列番号２６８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２６９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２６９のポリペプチド又はその断片は、配列番号２７０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２６９のポリペプチド又はその断片は、配列番号４６３のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２６９のポリペプチド又はその断片は、配列番号５０４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２７１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２７１のポリペプチド又はその断片は、配列番号２７２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２７１のポリペプチド又はその断片は、配列番号４６５のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２７１のポリペプチド又はその断片は、配列番号５０８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２７３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２７３のポリペプチド又はその断片は、配列番号２７４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２７５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２７５のポリペプチド又はその断片は、配列番号２７６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２７５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４５９のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２７５のポリペプチド又はその断片は、配列番号５００のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２７７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２７７のポリペプチド又はその断片は、配列番号２７８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２７７のポリペプチド又はその断片は、配列番号４７５のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２７７のポリペプチド又はその断片は、配列番号５１６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２７９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２７９のポリペプチド又はその断片は、配列番号２８０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２８１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２８１のポリペプチド又はその断片は、配列番号２８２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２８３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２８３のポリペプチド又はその断片は、配列番号２８４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２８５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２８５のポリペプチド又はその断片は、配列番号２８６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２８５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４７７のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２８７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２８７のポリペプチド又はその断片は、配列番号２８８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２８９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２８９のポリペプチド又はその断片は、配列番号２９０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２９１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２９１のポリペプチド又はその断片は、配列番号２９２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２９３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２９３のポリペプチド又はその断片は、配列番号２９４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２９５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２９５のポリペプチド又はその断片は、配列番号２９６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２９７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２９７のポリペプチド又はその断片は、配列番号２９８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２９７のポリペプチド又はその断片は、配列番号４７６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号２９７のポリペプチド又はその断片は、配列番号５１７のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号２９９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号２９９のポリペプチド又はその断片は、配列番号３００のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３０１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３０１のポリペプチド又はその断片は、配列番号３０２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３０３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３０３のポリペプチド又はその断片は、配列番号３０４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３０５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３０５のポリペプチド又はその断片は、配列番号３０６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３０５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４６８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３０５のポリペプチド又はその断片は、配列番号５０９のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３０７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３０７のポリペプチド又はその断片は、配列番号３０８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３０９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３０９のポリペプチド又はその断片は、配列番号３１０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３０９のポリペプチド又はその断片は、配列番号４６５のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３０９のポリペプチド又はその断片は、配列番号５０６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３１１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３１１のポリペプチド又はその断片は、配列番号３１２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３１３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３１３のポリペプチド又はその断片は、配列番号３１４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３１５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３１５のポリペプチド又はその断片は、配列番号３１６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３１７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３１７のポリペプチド又はその断片は、配列番号３１８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３１７のポリペプチド又はその断片は、配列番号４７３のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３１７のポリペプチド又はその断片は、配列番号５１４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３１９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３１９のポリペプチド又はその断片は、配列番号３２０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３２１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３２１のポリペプチド又はその断片は、配列番号３２２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３２３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３２３のポリペプチド又はその断片は、配列番号３２４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３２５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３２５のポリペプチド又はその断片は、配列番号３２６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３２５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４６６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３２５のポリペプチド又はその断片は、配列番号５０７のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３２７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３２７のポリペプチド又はその断片は、配列番号３２８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３２９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３２９のポリペプチド又はその断片は、配列番号３３０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３３１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３３１のポリペプチド又はその断片は、配列番号３３２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３３３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３３３のポリペプチド又はその断片は、配列番号３３４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３３３のポリペプチド又はその断片は、配列番号４６１のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３３５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３３５のポリペプチド又はその断片は、配列番号３３６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３３７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３３７のポリペプチド又はその断片は、配列番号３３８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３３７のポリペプチド又はその断片は、配列番号４６２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３３７のポリペプチド又はその断片は、配列番号５０３のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３３９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３３９のポリペプチド又はその断片は、配列番号３４０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３４１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３４１のポリペプチド又はその断片は、配列番号３４２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３４３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３４３のポリペプチド又はその断片は、配列番号３４４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３４３のポリペプチド又はその断片は、配列番号４８３のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３４３のポリペプチド又はその断片は、配列番号５２４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３４５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３４５のポリペプチド又はその断片は、配列番号３４６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３４５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４９１のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３４５のポリペプチド又はその断片は、配列番号５３２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３４７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３４７のポリペプチド又はその断片は、配列番号３４８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３４９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３４９のポリペプチド又はその断片は、配列番号３５０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３４９のポリペプチド又はその断片は、配列番号４８５のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３５１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３５１のポリペプチド又はその断片は、配列番号３５２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３５３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３５３のポリペプチド又はその断片は、配列番号３５４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３５３のポリペプチド又はその断片は、配列番号４９２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３５３のポリペプチド又はその断片は、配列番号５３３のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３５５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３５５のポリペプチド又はその断片は、配列番号３５６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３５７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３５７のポリペプチド又はその断片は、配列番号３５８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３５９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３５９のポリペプチド又はその断片は、配列番号３６０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３６１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３６１のポリペプチド又はその断片は、配列番号３６２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３６３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３６３のポリペプチド又はその断片は、配列番号３６４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３６５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３６５のポリペプチド又はその断片は、配列番号３６６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３６７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３６７のポリペプチド又はその断片は、配列番号３６８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３６９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３６９のポリペプチド又はその断片は、配列番号３７０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３７１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３７１のポリペプチド又はその断片は、配列番号３７２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３７３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３７３のポリペプチド又はその断片は、配列番号３７４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３７５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３７５のポリペプチド又はその断片は、配列番号３７６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３７９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３７９のポリペプチド又はその断片は、配列番号３８０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３７９のポリペプチド又はその断片は、配列番号４８２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３７９のポリペプチド又はその断片は、配列番号５２３のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３８１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３８１のポリペプチド又はその断片は、配列番号３８２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３８１のポリペプチド又はその断片は、配列番号４６０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号３８１のポリペプチド又はその断片は、配列番号５０１のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３８３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３８３のポリペプチド又はその断片は、配列番号３８４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３８５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号３８５のポリペプチド又はその断片は、配列番号３８６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号３８７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３８８のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３８９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３９０のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３９１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３９２のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３９３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３９４のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３９５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３９６のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３９７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３９８のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３９９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４００のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４０１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４０２のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４０３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４０４のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４０５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４０６のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４０７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４０８のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４２６のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４２７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４２８のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４２９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４３０のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４３１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４３２のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４３３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４３４のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４３５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４３６のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４３７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４３７のポリペプチド又はその断片は、配列番号４４８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号４３７のポリペプチド又はその断片は、配列番号４７８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号４３７のポリペプチド又はその断片は、配列番号５１９のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４３８のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４３８のポリペプチド又はその断片は、配列番号４４９のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４３９のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４３９のポリペプチド又はその断片は、配列番号４５０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号４３９のポリペプチド又はその断片は、配列番号４７９のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号４３９のポリペプチド又はその断片は、配列番号５２０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４４０のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４４０のポリペプチド又はその断片は、配列番号４５１のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４４１のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４４１のポリペプチド又はその断片は、配列番号４５２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４４２のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４４２のポリペプチド又はその断片は、配列番号４５３のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号４４２のポリペプチド又はその断片は、配列番号４８０のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号４４２のポリペプチド又はその断片は、配列番号５２１のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４４３のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４４３のポリペプチド又はその断片は、配列番号４５４のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４４４のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４４４のポリペプチド又はその断片は、配列番号４５５のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号４４４のポリペプチド又はその断片は、配列番号４８１のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。いくつかの実施形態では、配列番号４４４のポリペプチド又はその断片は、配列番号５２２のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４４５のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４４５のポリペプチド又はその断片は、配列番号４５６のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４４６のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４４６のポリペプチド又はその断片は、配列番号４５７のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
本開示はまた、配列番号４４７のポリペプチド又はその断片をコードしている単離ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、配列番号４４７のポリペプチド又はその断片は、配列番号４５８のポリヌクレオチド又はその断片によってコードされている。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、インフレーム異種ポリヌクレオチドである。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている単離異種ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている単離異種ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、及び４５８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む単離異種ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む単離異種ポリヌクレオチドを提供する。
様々な宿主において発現させるために、既知の方法を利用してポリヌクレオチドをコドン最適化してもよい。例えば、アデノウイルス発現の場合、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、又は４９９のポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つを含む異種ポリヌクレオチドを使用してよい。改変ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）における発現の場合、配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、又は５４０のポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つを含む異種ポリヌクレオチドを使用してよい。
本開示はまた、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む単離異種ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む単離異種ポリヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、単離異種ポリヌクレオチドは、インフレーム異種ポリヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、断片は、約６～２４アミノ酸長を含む。
いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも６アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも７アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも８アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも９アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも１０アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも１１アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも１２アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも１３アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも１４アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも１５アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも１６アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも１７アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも１８アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも１９アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも２０アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも２１アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも２２アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも２３アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも２４アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、少なくとも２５アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約６アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約７アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約９アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約１０アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約１１アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約１２アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約１３アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約１４アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約１５アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約１６アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約１７アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約１８アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約１９アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２０アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２１アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２２アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２３アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２４アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約２５アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約６～２５アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約７～２５アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８～２５アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８～２４アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８～２３アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８～２２アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８～２１アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８～２０アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８～１９アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８～１８アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８～１７アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８～１６アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８～１５アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約８～１４アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約９～１４アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約９～１３アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約９～１２アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約９～１１アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、断片は、約９～１０アミノ酸を含む。
いくつかの実施形態では、断片は、配列番号３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、又は６２１を含む。
いくつかの実施形態では、断片は、配列番号３７７、３７８、４１５、４１７、４１８、４２０、５０２、５１８、５２６、５２７、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２、７３３、７３４、７３５、７３６、７３７、７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４、７４５、７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３、７４、７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２、７６３、７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６、７７７、７７８、７７９、７８０、７８１、７８２、７８３、７８４、７８５、７８６、７８７、７８８、７８９、７９０、７９１、７９２、７９３、７９４、７９５、７９６、７９７、７９８、７９９、８００、８０１、８０２、８０３、８０４、８０５、８０６、８０７、８０８、８０９、８１０、８１１、８１２、８１３、８１４、８１５、８１６、８１７、８１８、８１９、８２０、８２１、８２２、８２３、８２４、８２５、８２６、８２７、８２８、８２９、８３０、８３１、８３２、８３３、８３４、８３５、８３６、８３７、８３８、８３９、８４０、８４１、８４２、８４３、８４４、８４５、８４６、４８７、８４８、８４９、８５０、８５１、８５２、８５３、８５４、８５５、８５６、８５７、８５８、８５９、８６０、８６１、８６２、８６３、８６４、８６５、８６６、８６７、８６８、８６９、８７０、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７７、８７８、８７９、８８０、８８１、８８２、８８３、８８４、８８５、８８６、８８７、８８８、８８９、８９０、８９１、８９２、８９３、８９４、８９５、８９６、８９７、８９８、８９９、９００、９０１、９０２、９０３、９０４、９０５、９０６、９０７、９０８、９０９、９１０、９１１、９１２、９１３、９１４、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２１、９２２、９２３、９２４、９２５、９２６、９２７、９２８、９２９、９３０、９３１、９３２、９３３、９３４、９３５、９３６、９３７、９３８、９３９、９４０、９４１、９４２、９４３、９４４、９４５、９４６、９４７、９４８、９４９、９５０、９５１、９５２、９５３、９５４、９５５、９５６、９５７、９５８、９５９、９６０、９６１、９６２、９６３、９６４、９６５、９６６、９６７、９６８、９６９、９７０、９７１、９７２、９７３、９７４、９７５、９７６、９７７、９７８、９７９、９８０、又は５４８を含む。
いくつかの実施形態では、断片は、免疫原性断片である。
免疫原性断片は、一般に、Ｔ細胞を活性化するペプチド、例えば、ＭＨＣ上に提示されたときに細胞傷害性Ｔ細胞を誘導するものである。Ｔ細胞の活性化及び／又は細胞傷害性Ｔリンパ球の誘導を評価するための方法は周知である。例示的なアッセイでは、前立腺癌患者から単離されたＰＢＭＣは、試験ネオ抗原又はその断片及びＩＬ－２５の存在下においてインビトロで培養される。培養物にＩＬ－１５及びＩＬ－２を定期的に補給し、更に１２日間培養してよい。１２日目に、培養物を試験ネオ抗原又はその断片で再刺激し、次の日、対照培養物と比較してＩＦＮγ＋ＴＮＡα＋ＣＤ８＋細胞の割合を測定することによって、Ｔ細胞の活性化を評価することができる。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のアミノ酸配列、又はこれらの断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、若しくは４５８のポリヌクレオチド配列、又はこれらの断片によってコードされている。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、若しくは４９９のポリヌクレオチド配列、又はこれらの断片によってコードされている。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、若しくは５４０のポリヌクレオチド配列、又はこれらの断片によってコードされている。
本開示のポリペプチド及び異種ポリペプチドは、本明細書に記載の１つ以上の前立腺ネオ抗原を含む。本開示のポリペプチド及び異種ポリペプチドは、本開示の組み換えウイルス、細胞、及びワクチン、並びに本開示の１つ以上の前立腺ネオ抗原に特異的に結合するタンパク質性分子を作製するのに有用であるか、又は様々な技術を用いて前立腺癌を有する対象に送達することによって治療剤として直接使用されてもよい。標準的なクローニング方法を使用して、２つ以上のネオ抗原（例えば、ポリペプチド）を任意の順序でワクチンに組み込んでよい。
本開示は、また、配列番号１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
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本開示は、また、配列番号１１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
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本開示は、また、配列番号５１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
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本開示は、また、配列番号１２５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
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本開示は、また、配列番号１２９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１３１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１３３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１３５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
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本開示は、また、配列番号１４１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１４３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１４５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１４７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１４９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１５１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１５３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１５５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１５７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１５９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１６１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１６３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１６５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１６７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１６９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１７１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１７３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１７５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１７７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
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本開示は、また、配列番号１８５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１８７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１８９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１９１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１９３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１９５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１９７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号１９９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２０１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２０３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２０５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２０７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２０９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２１１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２１３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２１５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２１７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２１９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２２１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２２３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２２５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２２７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２２９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２３１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２３３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２３５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２３７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２３９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２４１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２４３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２４５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２４７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２４９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２５１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２５３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２５５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２５７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２５９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２６１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２６３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２６５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２６７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２６９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２７１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２７３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２７５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２７７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２７９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２８１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２８３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２８５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２８７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２８９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２９１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２９３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２９５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２９７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号２９９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３０１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３０３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３０５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３０７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３０９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３１１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３１３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３１５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３１７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３１９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３２１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３２３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３２５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３２７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３２９のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３３１のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３３３のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３３５のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示は、また、配列番号３３７のアミノ酸配列又はその断片を含む単離ポリペプチドを提供する。
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本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む単離異種ポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、異種ポリペプチドは、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、及び４５８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドによってコードされている。
いくつかの実施形態では、断片は、約６～２５アミノ酸長、例えば、約８～２５アミノ酸長である。
いくつかの実施形態では、断片は、配列番号３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、又は６２１のポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、断片は、配列番号３７７、３７８、４１５、４１７、４１８、４２０、５０２、５１８、５２６、５２７、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２、７３３、７３４、７３５、７３６、７３７、７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４、７４５、７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３、７４、７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２、７６３、７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６、７７７、７７８、７７９、７８０、７８１、７８２、７８３、７８４、７８５、７８６、７８７、７８８、７８９、７９０、７９１、７９２、７９３、７９４、７９５、７９６、７９７、７９８、７９９、８００、８０１、８０２、８０３、８０４、８０５、８０６、８０７、８０８、８０９、８１０、８１１、８１２、８１３、８１４、８１５、８１６、８１７、８１８、８１９、８２０、８２１、８２２、８２３、８２４、８２５、８２６、８２７、８２８、８２９、８３０、８３１、８３２、８３３、８３４、８３５、８３６、８３７、８３８、８３９、８４０、８４１、８４２、８４３、８４４、８４５、８４６、４８７、８４８、８４９、８５０、８５１、８５２、８５３、８５４、８５５、８５６、８５７、８５８、８５９、８６０、８６１、８６２、８６３、８６４、８６５、８６６、８６７、８６８、８６９、８７０、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７７、８７８、８７９、８８０、８８１、８８２、８８３、８８４、８８５、８８６、８８７、８８８、８８９、８９０、８９１、８９２、８９３、８９４、８９５、８９６、８９７、８９８、８９９、９００、９０１、９０２、９０３、９０４、９０５、９０６、９０７、９０８、９０９、９１０、９１１、９１２、９１３、９１４、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２１、９２２、９２３、９２４、９２５、９２６、９２７、９２８、９２９、９３０、９３１、９３２、９３３、９３４、９３５、９３６、９３７、９３８、９３９、９４０、９４１、９４２、９４３、９４４、９４５、９４６、９４７、９４８、９４９、９５０、９５１、９５２、９５３、９５４、９５５、９５６、９５７、９５８、９５９、９６０、９６１、９６２、９６３、９６４、９６５、９６６、９６７、９６８、９６９、９７０、９７１、９７２、９７３、９７４、９７５、９７６、９７７、９７８、９７９、９８０、又は５４８のポリペプチドを含む。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む単離異種ポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、異種ポリペプチドは、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドによってコードされている。
いくつかの実施形態では、異種ポリペプチドは、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドによってコードされている。
いくつかの実施形態では、異種ポリペプチドは、配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドによってコードされている。
本開示の遺伝子操作されたポリヌクレオチド、ポリペプチド、異種ポリヌクレオチド、及び異種ポリペプチドのバリアント
ポリヌクレオチド、ポリペプチド、異種ポリヌクレオチド、及び異種ポリペプチドのバリアント、又はこれらの断片は、本開示の範囲内である。例えば、バリアントは、親と比較したときにバリアントが改善された特徴（免疫原性又は安定性など）を保持しているか又は有している限り、１つ以上の置換、欠失、又は挿入を含んでいてよい。いくつかの実施形態では、配列同一性は、親とバリアントとの間で約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％であってよい。いくつかの実施形態では、バリアントは保存的置換により生成される。
いくつかの実施形態では、同一性は、約８０％である。いくつかの実施形態では、同一性は、約８５％である。いくつかの実施形態では、同一性は、約９０％である。いくつかの実施形態では、同一性は、約９１％である。いくつかの実施形態では、同一性は、約９１％である。いくつかの実施形態では、同一性は、約９２％である。いくつかの実施形態では、同一性は、約９３％である。いくつかの実施形態では、同一性は、約９４％である。いくつかの実施形態では、同一性は、９４％である。いくつかの実施形態では、同一性は、約９５％である。いくつかの実施形態では、同一性は、約９６％である。いくつかの実施形態では、同一性は、約９７％である。いくつかの実施形態では、同一性は、約９８％である。いくつかの実施形態では、同一性は、約９９％である。
いくつかの実施形態では、バリアントは、親と比較したときにバリアントが改善された特徴（免疫原性又は安定性など）を保持しているか又は有している限り、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個の置換、欠失、又は挿入を含んでいてよい。
２つの配列間の同一性パーセントは、２つの配列の最適なアライメントのために導入する必要があるギャップの数及び各ギャップの長さを考慮した、配列により共有される同一の位置の数の関数である（即ち、同一性％＝同一の位置の数／位置の総数×１００）。２つのアミノ酸配列間の同一性パーセントは、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれているＥ．Ｍｅｙｅｒｓ及びＷ．Ｍｉｌｌｅｒのアルゴリズム（Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ ４：１１－１７（１９８８））を使用し、ＰＡＭ１２０重み付け残基表、ギャップ長ペナルティ１２、及びギャップペナルティ４を使用して求めることができる。更に、２つのアミノ酸配列間の同一性パーセントは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ＿ｇｃｇ＿ｃｏｍで入手可能）のＧＡＰプログラムに組み込まれているＮｅｅｄｌｅｍａｎ及びＷｕｎｓｃｈのアルゴリズム（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４４－４５３（１９７０））を使用して、Ｂｌｏｓｓｕｍ ６２マトリクス又はＰＡＭ２５０マトリクス、ギャップ重み付け１６、１４、１２、１０、８、６、又は４、長さ重み付け１、２、３、４、５、又は６を使用して決定することもできる。
１つのアミノ酸変化を含有するポリペプチド若しくは異種ポリペプチドのバリアント又はこれらの断片は、一般に、親に対して同様の三次構造及び抗原性を保持している。場合によっては、バリアントはまた、バリアントの抗原性を増大させる、ＴＣＲ若しくは抗体、又は両方に対する結合親和性を増大させる少なくとも１つのアミノ酸変化を含有していてもよい。ポリペプチド又は異種ポリペプチドのバリアントはまた、ＨＬＡ分子に結合する能力が改善されていてもよい。
本開示のバリアントは、保存的置換を含有するように遺伝子操作することができる。保存的置換は、本明細書では、以下の５つのグループのうちの１つ内での交換として定義される：グループ１－小さな脂肪族の非極性又はわずかに極性の残基（Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ）；グループ２－極性の負に帯電した残基及びそのアミド（Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、Ｇｉｎ）；グループ３－極性の正に帯電した残基（Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ）；グループ４－大きな脂肪族の非極性残基（Ｍｅｔ、Ｌｅｕ、ｌｉｅ、Ｖａｌ、Ｃｙｓ）；並びにグループ５－大きな芳香族残基（Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ）。
本開示のバリアントは、それほど保存的ではない置換、例えば、アラニンのイソロイシン残基による置換など、あるアミノ酸の、類似の特徴を有するが大きさが若干異なる別のアミノ酸による置換を含有するように遺伝子操作されていてもよい。本開示のバリアントはまた、極性である、又は更には塩基性の特徴であるものを酸性アミノ酸で置換することを含み得る、高度に非保存的な置換を含有するように遺伝子操作されていてもよい。
本開示のバリアントを作製するために行うことができる更なる置換としては、共通のＬ－アミノ酸以外の構造を伴い得る置換が挙げられる。したがって、Ｄ－アミノ及び非標準アミノ酸（すなわち、一般的な天然に存在するタンパク質原性アミノ酸以外）も、親と比較したときに強化された免疫原性を有するバリアントを生成するために置換目的で使用することができる。
１ヶ所超で置換がみられ、その結果、実質的に等価又はより高い免疫原性を有するポリペプチド又は異種ポリペプチドが得られた場合、これらの置換の組み合わせについて試験して、組み合わされた置換がバリアントの免疫原性に対して相加効果又は相乗効果をもたらすかどうかを判定することができる。
ＴＣＲとの相互作用に実質的に寄与しないアミノ酸残基は、組み込まれてもＴ細胞応答性に実質的に影響を及ぼさず、関連するＭＨＣへの結合を排除しない他のアミノ酸で置換することによって改変され得る。ＴＣＲとの相互作用に実質的に寄与しないアミノ酸残基はまた、Ｔ細胞応答性に実質的に影響を及ぼさず、関連するＭＨＣへの結合を排除しない限り、欠失させてもよい。
加えて、ポリペプチド若しくは異種ポリペプチド、又はこれらの断片、又はバリアントは、より強力な免疫応答を惹起するために、安定性及び／又はＭＨＣ分子に対する結合を改善するように更に改変されてもよい。ペプチド配列のこのように最適化する方法は、当該技術分野において周知であり、例えば、逆ペプチド結合又は非ペプチド結合の導入が挙げられる。逆ペプチド結合では、アミノ酸残基は、ペプチド（－ＣＯ－ＮＨ－）結合によって接合されるのではなく、ペプチド結合が逆である。このようなレトロインベルソ型ペプチド模倣物質は、当該技術分野において既知の方法を使用して作製することができる。このアプローチは、側鎖の配向ではなく、主鎖に関与する変化を含有する疑ペプチドを作製することを伴う。ＣＯ－ＮＨペプチド結合の代わりにＮＨ－ＣＯ結合を含有するレトロインベルソ型ペプチドは、タンパク質分解に対する耐性がはるかに強い。使用することができる追加の非ペプチド結合は、例えば、－ＣＨ２－ＮＨ、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＯＣＨ２－、－ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２－、及び－ＣＨ２ＳＯ－である。
ペプチドの安定性、生物学的利用能、及び／又は親和性を強化するために、アミノ及び／又はカルボキシ末端に追加の化学基が存在する本開示のポリペプチド若しくは異種ポリペプチド、又はこれらの断片、又はバリアントを合成してもよい。例えば、カルボベンゾキシル、ダンシル、又はｔ－ブチルオキシカルボニル基などの疎水性基をアミノ末端に付加してもよい。同様に、アセチル基又は９－フルオレニルメトキシ－カルボニル基をアミノ末端に配置してもよい。更に、疎水基、ｔ－ブチルオキシカルボニル、又はアミド基をカルボキシ末端に付加してもよい。
更に、本開示のポリペプチド若しくは異種ポリペプチド、又はこれらの断片、又はバリアントは、その立体配置を変化させるように合成されてもよい。例えば、通常のＬ－異性体ではなく、ペプチドのアミノ酸残基のうちの１つ以上のＤ－異性体を使用することができる。
同様に、本開示のポリペプチド若しくは異種ポリペプチド、又はこれらの断片、又はバリアントは、本開示のポリペプチド若しくは異種ポリペプチド、又はこれらの断片、又はバリアントを合成する前又は後のいずれかに特定のアミノ酸を反応させることによって化学的に修飾してもよい。このような修飾の例は、当該技術分野において周知であり、例えば、Ｒ．Ｌｕｎｄｂｌａｄ，Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅａｇｅｎｔ ｆｏｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ，３ｒｄ ｅｄ．ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００４（Ｌｕｎｄｂｌａｄ，２００４）にまとめられている。アミノ酸の化学修飾としては、アシル化による修飾、アミド化、リジンのピリドキシル化、還元的アルキル化、２，４，６－トリニトロベンゼンスルホン酸（ＴＮＢＳ）によるアミノ基のトリニトロベンジル化、カルボキシル基のアミド修飾及びシステインのシステイン酸への過ギ酸酸化によるスルフヒドリル修飾、水銀誘導体の形成、他のチオール化合物との混合ジスルフィドの形成、マレイミドとの反応、ヨード酢酸又はヨードアセトアミドによるカルボキシメチル化、並びにアルカリｐＨでのシアン酸によるカルバモイル化が挙げられるが、これらに限定されない。この点に関して、当業者は、タンパク質の化学修飾に関するより広範な方法論についてＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ Ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｅｄｓ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ ＮＹ １９９５－２０００） （Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａ ｌ．，１９９５）のＣｈａｐｔｅｒ１５を参照する。
簡潔に述べると、例えば、タンパク質中のアルギニン残基の修飾は、多くの場合、付加体を形成するための、フェニルグリオキサール、２，３－ブタンジオン、及び１，２－シクロヘキサンジオンなどの近接するジカルボニル化合物の反応に基づく。別の例は、メチルグリオキサールとアルギニン残基との反応である。システインは、リジン及びヒスチジンなどの他の求核部位を同時に修飾することなく修飾することができる。その結果、システインを修飾するために多数の試薬が利用可能である。Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈなどの企業のウェブサイト（ｈｔｔｐ＿：／／ｗｗｗ＿ｓｉｇｍａａｌｄｒｉｃｈ．ｃｏｍ）が、特定の試薬に関する情報を提供している。タンパク質中のジスルフィド結合の選択的還元も一般的である。ジスルフィド結合は、バイオ医薬品の熱処理中に形成され、酸化され得る。ウッドワード試薬Ｋを使用して、特定のグルタミン酸残基を修飾することもできる。Ｎ－（３－（ジメチルアミノ）プロピル）－Ｎ’－エチルカルボジイミドを使用して、リジン残基とグルタミン酸残基との間に分子内架橋を形成することができる。例えば、ジエチルピロカーボネートは、タンパク質中のヒスチジル残基を修飾するための試薬である。ヒスチジンは、４－ヒドロキシ－２－ノネナールを使用して修飾することもできる。リジン残基及び他のα－アミノ基の反応は、例えば、ペプチドの表面への結合又はタンパク質／ペプチドの架橋に有用である。リジンは、ポリ（エチレン）グリコールの結合部位、及びタンパク質のグリコシル化における修飾の主要部位である。タンパク質中のメチオニン残基は、例えば、ヨードアセトアミド、ブロモエチルアミン、及びクロルアミンＴで修飾することができる。チロシン残基の修飾には、テトラニトロメタン及びＮ－アセチルイミダゾールを使用することができる。ジチロシンの形成を介した架橋は、過酸化水素／銅イオンで達成することができる。トリプトファンの修飾に関する最近の研究では、Ｎ－ブロモスクシンイミド、２－ヒドロキシ－５－ニトロベンジルブロミド、又は３－ブロモ－３－メチル－２－（２－ニトロフェニルメルカプト）－３Ｈ－インドール（ＢＰＮＳ－スカトール）が使用されている。治療用タンパク質及びペプチドのＰＥＧによる修飾の成功は、多くの場合、循環半減期の延長に関連するが、ヒドロゲルの調製にはタンパク質とグルタルアルデヒド、ポリエチレングリコールジアクリレート、及びホルムアルデヒドとの架橋が使用される。免疫療法のためのアレルゲンの化学修飾は、多くの場合、シアン酸カリウムによるカルバミン化によって達成される。
本開示は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、又は４４７のポリペプチドと約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一である単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、又は４４７のポリペプチドと比較したとき、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個の置換、欠失、又は挿入を有するポリペプチド配列を含む単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、又は４５８のポリヌクレオチドと約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一である単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、又は６２１のポリペプチドと約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一である単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３７７、３７８、４１５、４１７、４１８、４２０、５０２、５１８、５２６、５２７、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２、７３３、７３４、７３５、７３６、７３７、７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４、７４５、７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３、７４、７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２、７６３、７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６、７７７、７７８、７７９、７８０、７８１、７８２、７８３、７８４、７８５、７８６、７８７、７８８、７８９、７９０、７９１、７９２、７９３、７９４、７９５、７９６、７９７、７９８、７９９、８００、８０１、８０２、８０３、８０４、８０５、８０６、８０７、８０８、８０９、８１０、８１１、８１２、８１３、８１４、８１５、８１６、８１７、８１８、８１９、８２０、８２１、８２２、８２３、８２４、８２５、８２６、８２７、８２８、８２９、８３０、８３１、８３２、８３３、８３４、８３５、８３６、８３７、８３８、８３９、８４０、８４１、８４２、８４３、８４４、８４５、８４６、４８７、８４８、８４９、８５０、８５１、８５２、８５３、８５４、８５５、８５６、８５７、８５８、８５９、８６０、８６１、８６２、８６３、８６４、８６５、８６６、８６７、８６８、８６９、８７０、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７７、８７８、８７９、８８０、８８１、８８２、８８３、８８４、８８５、８８６、８８７、８８８、８８９、８９０、８９１、８９２、８９３、８９４、８９５、８９６、８９７、８９８、８９９、９００、９０１、９０２、９０３、９０４、９０５、９０６、９０７、９０８、９０９、９１０、９１１、９１２、９１３、９１４、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２１、９２２、９２３、９２４、９２５、９２６、９２７、９２８、９２９、９３０、９３１、９３２、９３３、９３４、９３５、９３６、９３７、９３８、９３９、９４０、９４１、９４２、９４３、９４４、９４５、９４６、９４７、９４８、９４９、９５０、９５１、９５２、９５３、９５４、９５５、９５６、９５７、９５８、９５９、９６０、９６１、９６２、９６３、９６４、９６５、９６６、９６７、９６８、９６９、９７０、９７１、９７２、９７３、９７４、９７５、９７６、９７７、９７８、９７９、９８０、又は５４８のポリペプチドと約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一である単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４のポリペプチドと約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一である単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号５４２又は配列番号５５１のポリぺプチドと約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一である単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のポリペプチドと約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一である単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号５４４又は配列番号５５３のポリぺプチドと約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一である単離ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７のアミノ酸配列、並びにこれらの断片を含む単離ポリペプチドであって、１つ以上の逆ペプチド結合を含む、単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、又は６２１のアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドであって、１つ以上の逆ペプチド結合を含む、単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３７７、３７８、４１５、４１７、４１８、４２０、５０２、５１８、５２６、５２７、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２、７３３、７３４、７３５、７３６、７３７、７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４、７４５、７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３、７４、７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２、７６３、７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６、７７７、７７８、７７９、７８０、７８１、７８２、７８３、７８４、７８５、７８６、７８７、７８８、７８９、７９０、７９１、７９２、７９３、７９４、７９５、７９６、７９７、７９８、７９９、８００、８０１、８０２、８０３、８０４、８０５、８０６、８０７、８０８、８０９、８１０、８１１、８１２、８１３、８１４、８１５、８１６、８１７、８１８、８１９、８２０、８２１、８２２、８２３、８２４、８２５、８２６、８２７、８２８、８２９、８３０、８３１、８３２、８３３、８３４、８３５、８３６、８３７、８３８、８３９、８４０、８４１、８４２、８４３、８４４、８４５、８４６、４８７、８４８、８４９、８５０、８５１、８５２、８５３、８５４、８５５、８５６、８５７、８５８、８５９、８６０、８６１、８６２、８６３、８６４、８６５、８６６、８６７、８６８、８６９、８７０、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７７、８７８、８７９、８８０、８８１、８８２、８８３、８８４、８８５、８８６、８８７、８８８、８８９、８９０、８９１、８９２、８９３、８９４、８９５、８９６、８９７、８９８、８９９、９００、９０１、９０２、９０３、９０４、９０５、９０６、９０７、９０８、９０９、９１０、９１１、９１２、９１３、９１４、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２１、９２２、９２３、９２４、９２５、９２６、９２７、９２８、９２９、９３０、９３１、９３２、９３３、９３４、９３５、９３６、９３７、９３８、９３９、９４０、９４１、９４２、９４３、９４４、９４５、９４６、９４７、９４８、９４９、９５０、９５１、９５２、９５３、９５４、９５５、９５６、９５７、９５８、９５９、９６０、９６１、９６２、９６３、９６４、９６５、９６６、９６７、９６８、９６９、９７０、９７１、９７２、９７３、９７４、９７５、９７６、９７７、９７８、９７９、９８０、又は５４８のアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドであって、１つ以上の逆ペプチド結合を含む、単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドであって、１つ以上の逆ペプチド結合を含む、単離異種ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドであって、１つ以上の逆ペプチド結合を含む、単離異種ポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、逆ペプチド結合は、ＮＨ－ＣＯ結合を含む。
いくつかの実施形態では、逆ペプチド結合は、ＣＨ２－ＮＨ、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＯＣＨ２－、－ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２－、又は－ＣＨ２ＳＯ－結合を含む。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７のアミノ酸配列、並びにこれらの断片を含む単離ポリペプチドであって、１つ以上の化学修飾を含む、単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、又は６２１のアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドであって、１つ以上の化学修飾を含む、単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号３７７、３７８、４１５、４１７、４１８、４２０、５０２、５１８、５２６、５２７、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２、７３３、７３４、７３５、７３６、７３７、７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４、７４５、７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３、７４、７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２、７６３、７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６、７７７、７７８、７７９、７８０、７８１、７８２、７８３、７８４、７８５、７８６、７８７、７８８、７８９、７９０、７９１、７９２、７９３、７９４、７９５、７９６、７９７、７９８、７９９、８００、８０１、８０２、８０３、８０４、８０５、８０６、８０７、８０８、８０９、８１０、８１１、８１２、８１３、８１４、８１５、８１６、８１７、８１８、８１９、８２０、８２１、８２２、８２３、８２４、８２５、８２６、８２７、８２８、８２９、８３０、８３１、８３２、８３３、８３４、８３５、８３６、８３７、８３８、８３９、８４０、８４１、８４２、８４３、８４４、８４５、８４６、４８７、８４８、８４９、８５０、８５１、８５２、８５３、８５４、８５５、８５６、８５７、８５８、８５９、８６０、８６１、８６２、８６３、８６４、８６５、８６６、８６７、８６８、８６９、８７０、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７７、８７８、８７９、８８０、８８１、８８２、８８３、８８４、８８５、８８６、８８７、８８８、８８９、８９０、８９１、８９２、８９３、８９４、８９５、８９６、８９７、８９８、８９９、９００、９０１、９０２、９０３、９０４、９０５、９０６、９０７、９０８、９０９、９１０、９１１、９１２、９１３、９１４、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２１、９２２、９２３、９２４、９２５、９２６、９２７、９２８、９２９、９３０、９３１、９３２、９３３、９３４、９３５、９３６、９３７、９３８、９３９、９４０、９４１、９４２、９４３、９４４、９４５、９４６、９４７、９４８、９４９、９５０、９５１、９５２、９５３、９５４、９５５、９５６、９５７、９５８、９５９、９６０、９６１、９６２、９６３、９６４、９６５、９６６、９６７、９６８、９６９、９７０、９７１、９７２、９７３、９７４、９７５、９７６、９７７、９７８、９７９、９８０、又は５４８のアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドであって、１つ以上の化学修飾を含む、単離ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドであって、１つ以上の化学修飾を含む、単離異種ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドであって、１つ以上の化学修飾を含む異種ポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、１つ以上の化学修飾は、カルボベンゾキシル、ダンシル、ｔ－ブチルオキシカルボニル、９－フルオレニルメトキシ－カルボニル、又はアミノ酸のＤ－異性体による修飾を含む。
本開示のポリヌクレオチド及びポリペプチドの作製方法
本開示のポリヌクレオチド又はバリアントは、クローニングによって得られる又は合成的に生成される、ＲＮＡの形態又はＤＮＡの形態であってよい。ＤＮＡは、二本鎖であっても一本鎖であってもよい。
本開示のポリヌクレオチド及び異種ポリヌクレオチド又はバリアントを作製する方法は、当該技術分野において既知であり、化学合成、酵素合成（例えば、インビトロ転写）、より長い前駆体の酵素的又は化学的切断、ポリヌクレオチドのより小さな断片を化学合成した後に断片をライゲーションする、又は既知のＰＣＲ方法が挙げられる。合成されるポリヌクレオチド配列は、所望のアミノ酸配列に適切なコドンを用いて設計することができる。一般に、好ましいコドンは、その配列が発現のために使用される、意図する宿主のために選択してよい。
本開示のポリペプチド及び異種ポリペプチドを作製する方法は、当該技術分野において既知であり、ポリペプチドのクローニング及び発現、並びにポリペプチドの化学合成のための標準的な分子生物学的技術が挙げられる。
ペプチドは、Ｌｕｋａｓら（Ｌｕｋａｓ ｅｔ ａｌ．，１９８１）及び本明細書に開示される参照文献によって開示される固相ペプチド合成のＦｍｏｃ－ポリアミドモードによって合成され得る。９－フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）基によって、一時的なＮ－アミノ基保護が与えられる。この高度に塩基不安定性である保護基の反復開裂は、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド中２０％ピペリジンを用いて行われる。側鎖官能基は、そのブチルエーテル（セリントレオニン及びチロシンの場合）、ブチルエステル（グルタミン酸及びアスパラギン酸の場合）、ブチルオキシカルボニル誘導体（リジン及びヒスチジンの場合）、トリチル誘導体（システインの場合）、及び４－メトキシ－２，３，６－トリメチルベンゼンスルホニル誘導体（アルギニンの場合）として保護され得る。グルタミン又はアスパラギンがＣ末端残基である場合、側鎖アミド官能基を保護するために４，４’－ジメトキシベンズヒドリル基が使用される。固相支持体は、３つのモノマー、ジメチルアクリルアミド（主鎖モノマー）、ビスアクリロイルエチレンジアミン（架橋剤）、及びアクリロイルサルコシンメチルエステル（官能化剤）から構成されるポリジメチル－アクリルアミドポリマーに基づく。使用されるペプチド－樹脂開裂可能連結剤は、酸不安定性の４－ヒドロキシメチル－フェノキシ酢酸誘導体である。全てのアミノ酸誘導体は、アスパラギン及びグルタミンを除いて、その予め形成された対称無水物誘導体として付加され、これは、逆Ｎ，Ｎ－ジシクロヘキシル－カルボジイミド／１ヒドロキシベンゾトリアゾール介在カップリング手順を用いて付加される。全てのカップリング及び脱保護反応は、ニンヒドリン、トリニトロベンゼンスルホン酸、又はイソチン（isotin）試験手順を使用してモニタリングされる。合成が完了すると、５０％スカベンジャーミックスを含有する９５％トリフルオロ酢酸で処理することにより側鎖保護基を除去すると同時に、ペプチドを樹脂支持体から切断する。一般に使用されるスカベンジャーとしては、エタンジチオール、フェノール、アニソール、及び水が挙げられ、的確な選択は、合成されるペプチドの構成アミノ酸に依存する。また、ペプチドを合成するための固相及び液相方法の組み合わせも可能である（例えば、（Ｂｒｕｃｋｄｏｒｆｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００４）及びその中に引用されている参照文献を参照されたい）。
米国特許第４，８９７，４４５号は、標準的な手順によって合成されるポリペプチド含むポリペプチド鎖中の非ペプチド結合（－ＣＨ２－ＮＨ）、及びＮａＣＮＢＨ３の存在下でアミノアルデヒドとアミノ酸とを反応させることによって合成される非ペプチド結合の固相合成方法を提供している。
本開示のベクター及び組み換えウイルス
本開示はまた、本開示のポリヌクレオチド若しくは異種ポリヌクレオチド、又はこれらの断片若しくはバリアントを含むベクターを提供する。
いくつかの実施形態では、ベクターは、発現ベクターである。いくつかの実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。本開示のベクターを利用して、本開示のベクターを含む組み換えウイルスを作製する、又は本開示のポリペプチドを発現させることができる。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のうちの１つ以上のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしているポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のポリペプチド、又はこれらの断片と約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であるポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、若しくは４５８のうちの１つ以上のポリヌクレオチド、又はこれらの断片を含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、若しくは４５８のポリヌクレオチド、又はこれらの断片と約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であるポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、及び４５８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、本開示のベクターを含む組み換えウイルスを提供する。本開示はまた、本開示のベクターを含む組み換えアデノウイルスを提供する。
本開示はまた、本開示のベクターを含む組み換えヒトアデノウイルス（ｒＡｄ）を提供する。
本開示はまた、本開示のベクターを含む血清型２６に由来する組み換えヒトアデノウイルス（ｒＡｄ２６）を提供する。
本開示はまた、本開示のベクターを含む組み換え大型類人猿アデノウイルス（ｒＧＡｄ）を提供する。
いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、ＧＡｄ２０に由来する。いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、ＧＡｄ１９に由来する。いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、ＧＡｄ２１に由来する。いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、ＧＡｄ２５に由来する。いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、ＧＡｄ２６に由来する。いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、ＧＡｄ２７に由来する、いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、ＧＡｄ２８に由来する。いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、ＧＡｄ２９に由来する。いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、ＧＡｄ３０に由来する。いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、ＧＡｄ３１に由来する。ＧＡｄ１９－２１及びＧＡｄ２５－３１は、国際公開第２０１９／００８１１１号に記載されており、一般的なヒト集団において高い免疫原性を有し、既存の免疫は有しない株を表す。ＧＡｄ２０ゲノムのポリヌクレオチド配列は、国際公開第２０１９／００８１１１号に開示の配列番号６２２に示されている。
配列番号６２２
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本開示はまた、本開示のベクターを含む血清型２０に由来する組み換えチンパンジーアデノウイルス（ｒＣｈＡｄ２０）を提供する。
本開示はまた、本開示のベクターを含む組み換え改変ワクシニアアンカラ（ｒＭＶＡ）を提供する。
ベクターは、細菌、酵母、又は哺乳類などの任意の宿主における本開示のポリヌクレオチド又は異種ポリヌクレオチドの発現を意図するベクターであってよい。好適な発現ベクターは、典型的には、エピソームとして、又は宿主染色体ＤＮＡの不可欠な部分として、宿主生物において複製可能である。一般的に、発現ベクターは、所望のＤＮＡ配列で形質転換又は形質導入された細胞の検出を可能にするために、アンピシリン耐性、ハイグロマイシン耐性、テトラサイクリン耐性、カナマイシン耐性、又はネオマイシン耐性などの選択マーカーを含有する。例示的なベクターは、プラスミド、コスミド、ファージ、ウイルスベクター、トランスポゾン、又は人工染色体である。
本開示のベクターは、環状であっても線形であってもよい。これらは、原核生物又は真核生物の宿主細胞において機能的な複製系を含有するように調製され得る。複製系は、例えば、ＣｏｌＥ１、ＳＶ４０、２μプラスミド、λ、ウシパピローマウイルスなどに由来していてよい。
組み換え発現ベクターは、一過性発現、安定発現、又は両方のために設計することができる。また、組み換え発現ベクターは、構成発現又は誘導発現のために作製することができる。
更に、組み換え発現ベクターは、自殺遺伝子を含むように作製してもよい。「自殺遺伝子」は、自殺遺伝子を発現している細胞を死に至らしめる遺伝子を指す。自殺遺伝子は、遺伝子が発現する細胞に対して剤、例えば薬物に対する感受性を付与し、細胞が剤と接触したとき又は剤に曝露されたときに細胞を死に至らしめる遺伝子であり得る。自殺遺伝子は、当該技術分野において既知であり、例えば、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）チミジンキナーゼ（ＴＫ）遺伝子、シトシンデアミナーゼ、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、及びニトロレダクターゼが挙げられる。
ベクターは、当技術分野において周知の選択マーカーを含んでいてもよい。選択マーカーは、陽性及び陰性選択マーカーを含む。マーカー遺伝子としては、殺生物剤耐性、例えば、抗生物質、重金属などに対する耐性、原栄養性を提供するための栄養要求性宿主における相補などが挙げられる。例示的なマーカー遺伝子としては、抗生物質耐性遺伝子（例えば、ネオマイシン耐性遺伝子、ハイグロマイシン耐性遺伝子、カナマイシン耐性遺伝子、テトラサイクリン耐性遺伝子、ペニシリン耐性遺伝子、ヒスチジノール耐性遺伝子、ヒスチジノールｘ耐性遺伝子）、グルタミン合成酵素遺伝子、ガンシクロビル選択用のＨＳＶ－ＴＫ、ＨＳＶ－ＴＫ誘導体、又は６－メチルプリン選択用の細菌プリンヌクレオシドホスホリラーゼ遺伝子が挙げられる（Ｇａｄｉ ｅｔ ａｌ．，７ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１７３８－１７４３ （２０００））。選択マーカーをコードする核酸配列又はクローニング部位は、対象となるポリペプチドをコードする核酸配列又はクローニング部位の上流又は下流にあってもよい。
好適なベクターは既知であり、多くが、組み換えコンストラクトを作製するために市販されている。例えば以下のベクターが提供されている。細菌系：ｐＢｓ、ｐｈａｇｅｓｃｒｉｐｔ、ＰｓｉＸ１７４、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＳＫ、ｐＢｓ ＫＳ、ｐＮＨ８ａ、ｐＮＨ１６ａ、ｐＮＨ１８ａ、ｐＮＨ４６ａ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，Ｃａｌｉｆ．，ＵＳＡ）；ｐＴｒｃ９９Ａ、ｐＫＫ２２３－３、ｐＫＫ２３３－３、ｐＤＲ５４０、及びｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）。真核生物：ｐＷＬｎｅｏ、ｐＳＶ２ｃａｔ、ｐＯＧ４４、ＰＸＲ１、ｐＳＧ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、ｐＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐＭＳＧ、及びｐＳＶＬ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）。トランスポストンベクター：Ｓｌｅｅｐ Ｂｅａｕｔｙトランスポゾン及びＰｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン。
いくつかの実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。ウイルスベクターは、天然に存在するウイルスゲノムに由来し、典型的には複製不全、例えば、非複製性になるように改変される。非複製ウイルスは、複製のためにトランスにタンパク質を提供することを必要とする。典型的には、これらのタンパク質は、ウイルス生成細胞株において安定的に又は一過的に発現し、それによってウイルスの複製を可能にする。したがって、ウイルスベクターは、典型的には感染性及び非複製性である。ウイルスベクターは、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター（例えば、ＡＡＶ５型及び２型）、アルファウイルスベクター（例えば、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＶＥＥ）、シンドビスウイルス（ＳＩＮ）、セムリキ森林ウイルス（ＳＦＶ）、及びＶＥＥ－ＳＩＮキメラ）、ヘルペスウイルスベクター（例えば、アカゲザルサイトメガロウイルス（ＲｈＣＭＶ）のようなサイトメガロウイルスに由来するベクター）、アレナウイルスベクター（例えば、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）ベクター）、麻疹ウイルスベクター、ポックスウイルスベクター（例えば、ワクシニアウイルス、改変ワクシニアウイルアンカラ（ＭＶＡ）、ＮＹＶＡＣ（ワクシニアのコペンハーゲン株に由来）、及びトリポックスベクター：カナリアポックス（ＡＬＶＡＣ）及び鶏痘（ＦＰＶ）ベクター）、水疱性口内炎ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、ウイルス様粒子、バキュロウイルスベクター、及び細菌胞子であってよい。
アデノウイルスベクター
アデノウイルスベクターは、ヒトアデノウイルス（Ａｄ）由来だけでなく、ウシアデノウイルス（例えば、ウシアデノウイルス３、ＢＡｄＶ３）、イヌアデノウイルス（例えばＣＡｄＶ２）、ブタアデノウイルス（例えば、ＰＡｄＶ３又は５）、又はチンパンジー（Ｐａｎ）、ゴリラ（Ｇｏｒｉｌｌａ）、オランウータン（Ｐｏｎｇｏ）、ボノボ（Ｐａｎ ｐａｎｉｓｃｕｓ）、及びナミチンパンジー（Ｐａｎ ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ）などの大型類人猿などの他の種に感染するアデノウイルス由来であってもよい。典型的には、天然に存在する大型類人猿アデノウイルスは、それぞれの大型類人猿の糞便サンプルから単離される。
ヒトアデノウイルスベクターは、様々なアデノウイルス血清型、例えば、ヒトアデノウイルス血清型ｈＡｄ５、ｈＡｄ７、ｈＡｄ１１、ｈＡｄ２６、ｈＡｄ３４、ｈＡｄ３５、ｈＡｄ４８、ｈＡｄ４９、又はｈＡｄ５０（血清型は、Ａｄ５、Ａｄ７、Ａｄ１１、Ａｄ２６、Ａｄ３４、Ａｄ３５、Ａｄ４８、Ａｄ４９、又はＡｄ５０とも称される）に由来していてよい。
大型類人猿アデノウイルスベクターは、様々なアデノウイルス血清型、例えば、大型類人猿アデノウイルス血清型ＧＡｄ２０、Ｇａｄ１９、ＧＡｄ２１、ＧＡｄ２５、ＧＡｄ２６、ＧＡｄ２７、ＧＡｄ２８、ＧＡｄ２９、ＧＡｄ３０、ＧＡｄ３１、ＣｈＡｄ３、ＣｈＡｄ４、ＣｈＡｄ５、ＣｈＡｄ６、ＣｈＡｄ７、ＣｈＡｄ８、ＣｈＡｄ９、ＣｈＡｄ１０、ＣｈＡｄ１１、ＣｈＡｄ１６、ＣｈＡｄＩ７、ＣｈＡｄ１９、ＣｈＡｄ２０、ＣｈＡｄ２２、ＣｈＡｄ２４、ＣｈＡｄ２６、ＣｈＡｄ３０、ＣｈＡｄ３１、ＣｈＡｄ３７、ＣｈＡｄ３８、ＣｈＡｄ４４、ＣｈＡｄ５５、ＣｈＡｄ６３、ＣｈＡｄ７３、ＣｈＡｄ８２、ＣｈＡｄ８３、ＣｈＡｄ１４６、ＣｈＡｄ１４７、ＰａｎＡｄ１、ＰａｎＡｄ２、又はＰａｎＡｄ３に由来していてよい。
アデノウイルスベクターは、当該技術分野において既知である。ヒト及び非ヒトアデノウイルスの大部分の配列は既知であり、その他については、常法を用いて得ることができる。Ａｄ２６の例示的なゲノム配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＥＦ１５３４７４及び国際公開第２００７／１０４７９２号の配列番号１に見出される。Ａｄ３５の例示的なゲノム配列は、国際公開第２０００／７００７１号の図６に見出される。Ａｄ２６に基づくベクターは、例えば、国際公開第２００７／１０４７９２号に記載されている。Ａｄ３５に基づくベクターは、例えば、米国特許第７，２７０，８１１号及び国際公開第２０００／７００７１号に記載されている。ＣｈＡｄ３、ＣｈＡｄ４、ＣｈＡｄ５、ＣｈＡｄ６、ＣｈＡｄ７、ＣｈＡｄ８、ＣｈＡｄ９、ＣｈＡｄ１０、ＣｈＡｄ１１、ＣｈＡｄ１６、ＣｈＡｄ１７、ＣｈＡｄ１９、ＣｈＡｄ２０、ＣｈＡｄ２２、ＣｈＡｄ２４、ＣｈＡｄ２６、ＣｈＡｄ３０、ＣｈＡｄ３１、ＣｈＡｄ３７、ＣｈＡｄ３８、ＣｈＡｄ４４、ＣｈＡｄ６３、及びＣｈＡｄ８２に基づくベクターは、国際公開第２００５／０７１０９３号に記載されている。ＰａｎＡｄ１、ＰａｎＡｄ２、ＰａｎＡｄ３、ＣｈＡｄ５５、ＣｈＡｄ７３、ＣｈＡｄ８３、ＣｈＡｄ１４６、及びＣｈＡｄ１４７に基づくベクターは、国際公開第２０１０／０８６１８９号に記載されている。
アデノウイルスベクターは、アデノウイルス領域Ｅ１、Ｅ２、及びＥ４のうちの１つ以上などのウイルス複製に必須である遺伝子産物の少なくとも１つが機能的に欠失するか又は完全に除去され、それによって、アデノウイルスが複製できなくなるように遺伝子操作される。Ｅｌ領域の欠失は、ＥＩＡ、ＥＩＢ ５５Ｋ、若しくはＥＩＢ ２１Ｋの欠失、又はこれらの任意の組み合わせを含んでいてよい。複製欠損アデノウイルスは、ヘルパープラスミドを利用して欠失領域にコードされているタンパク質を生成細胞によりトランスに提供することによって、又は生成細胞を遺伝子操作して必要なタンパク質を発現させることによって増殖する。アデノウイルスベクターはまた、複製に不要であるＥ３領域に欠失を有していてもよく、したがって、このような欠失は、相補される必要はない。本開示のアデノウイルスベクターは、Ｅ１領域及びＥ３領域の少なくとも一部が機能的に欠失しているか又は完全に除去されていてもよい。本開示のアデノウイルスベクターは、更に、Ｅ４領域及び／又はＥ２領域が機能的に欠失しているか又は完全に除去されていてもよい。利用することができる好適な生成細胞は、Ｅｌによって不死化したヒト網膜細胞、例えば、９１１又はＰＥＲ．Ｃ６細胞（例えば、米国特許第５，９９４，１２８号を参照されたい）、Ｅｌ－形質転換羊膜細胞（例えば、欧州特許第１２３０３５４号を参照されたい）、Ｅ１－形質転換Ａ５４９細胞（例えば、国際公開第１９９８／３９４１１号、米国特許第５，８９１，６９０号を参照されたい）である。使用することができる例示的なベクターは、Ｅ４オープンリーディングフレーム６／７が欠失していない限り、ウイルス複製に十分な機能的Ｅ１コード領域を含み、Ｅ３コード領域が欠失しており、かつＥ４コード領域が欠失しているＡｄ２６である（例えば、米国特許第９，７５０，８０１号を参照されたい）。
いくつかの実施形態では、アデノウイルスベクターは、ヒトアデノウイルス（Ａｄ）ベクターである。いくつかの実施形態では、Ａｄベクターは、Ａｄ５に由来する。いくつかの実施形態では、Ａｄベクターは、Ａｄ１１に由来する。いくつかの実施形態では、Ａｄベクターは、Ａｄ２６に由来する。いくつかの実施形態では、Ａｄベクターは、Ａｄ３４に由来する。いくつかの実施形態では、Ａｄベクターは、Ａｄ３５に由来する。いくつかの実施形態では、Ａｄベクターは、Ａｄ４８に由来する。いくつかの実施形態では、Ａｄベクターは、Ａｄ４９に由来する。いくつかの実施形態では、Ａｄベクターは、Ａｄ５０に由来する。
いくつかの実施形態では、アデノウイルスベクターは、大型類人猿アデノウイルス（ＧＡｄ）ベクターである。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＧＡｄ２０に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＧＡｄ１９に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＧＡｄ２１に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＧＡｄ２５に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＧＡｄ２６に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＧＡｄ２７に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＧＡｄ２８に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＧＡｄ２９に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＧＡｄ３０に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＧＡｄ３１に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ４に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ５に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ６に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ７に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ８に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ９に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ２０に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ２２に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ２４に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ２６に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ３０に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ３１に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ３２に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ３３に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ３７に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ３８に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ４４に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ５５に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ６３に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ６８に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ７３に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ８２に由来する。いくつかの実施形態では、ＧＡｄベクターは、ＣｈＡｄ８３に由来する。
本開示のポリペプチド又は異種ポリペプチドは、得られる組み換えウイルスのウイルス生存能力に影響を及ぼさないベクター内の部位又は領域（挿入領域）に挿入することができる。本開示のポリペプチド又は異種ポリペプチドは、欠失したＥ１領域に平行に（５’→３’に転写）又は逆平行（ベクター主鎖に対して３’→５’方向に転写）の配向で挿入され得る。加えて、使用のためにベクターが調製される哺乳類宿主細胞において本開示のポリペプチド又は異種ポリペプチドの発現を指示することができる適切な転写調節エレメントは、本開示のポリペプチド又は異種ポリペプチドに操作可能に連結され得る。「操作可能に連結された」配列は、この配列が調節する核酸配列に隣接する発現制御配列と、トランスに作用するか又は調節される核酸配列を制御するための距離にある調節配列とを両方含む。
組み換えアデノウイルス粒子は、ウイルス複製に必要な欠損ウイルス遺伝子をトランスに供給する相補細胞株又はヘルパーウイルスを使用して、当該技術分野における任意の従来技術（例えば、国際公開第１９９６／１７０７０号）に従って調製し、増殖させることができる。細胞株２９３（Ｇｒａｈａｍ ｅｔ ａｌ．，１９７７，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．３６：５９－７２）、ＰＥＲ．Ｃ６（例えば、米国特許第５，９９４，１２８号を参照されたい）、Ｅ１ Ａ５４９、及び９１１は、Ｅｌ欠失を相補するために一般的に使用される。他の細胞株は、欠陥ベクターを相補するように遺伝子操作されている（Ｙｅｈ，ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７０：５５９－５６５；Ｋｒｏｕｇｈａｋ ａｎｄ Ｇｒａｈａｍ，１９９５，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．６：１５７５－１５８６；Ｗａｎｇ，ｅｔ ａｌ．，１９９５，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２：７７５－７８３；Ｌｕｓｋｙ，ｅｔ ａｌ．，１９９８，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２：２０２２－２０３；欧州特許第９１９６２７号、及び国際公開第１９９７／０４１１９号）。アデノウイルス粒子は、培養上清からだけでなく、溶解後の細胞からも回収することができ、任意選択で、標準的な技術に従って更に精製してよい（例えば、国際公開第１９９６／２７６７７号、国際公開第１９９８／００５２４号、国際公開第１９９８／２６０４８号、及び国際公開第２０００／５０５７３号に記載されているようなクロマトグラフィー、超遠心分離）。アデノウイルスベクターの構築及び増殖方法は、例えば、米国特許第５，５５９，０９９号、同第５，８３７，５１１号、同第５，８４６，７８２号、同第５，８５１，８０６号、同第５，９９４，１０６号、同第５，９９４，１２８号、同第５，９６５，５４１号、同第５，９８１，２２５号、同第６，０４０，１７４号、同第６，０２０，１９１号及び同第６，１１３，９１３．号に記載されている。
ポックスウイルスベクター
ポックスウイルス（ポックスウイルス科）ベクターは、天然痘ウイルス（痘瘡）、ワクシニアウウイルス、牛痘ウイルス、又はサル痘ウイルスに由来していてよい。例示的なワクシニアウウイルスは、コペンハーゲンワクシニアウイルス（Ｗ）、ニューヨーク弱毒ワクシニアウイルス（ＮＹＶＡＣ）、ＡＬＶＡＣ、ＴＲＯＶＡＣ、及び改変ワクシニアウイルス（ＭＶＡ）である。
ＭＶＡは、Ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（Ａｎｋａｒａ，Ｔｕｒｋｅｙ）において長年維持され、ヒトのワクチン接種の基礎として使用されてきた皮膚ワクシニア株アンカラ（アンカラ絨毛尿膜ワクシニア（ＣＶＡ）ウイルス）を起源とする。しかしながら、ワクシニアウイルス（ＶＡＣＶ）に関連する重度のワクチン後合併症が多いことから、より弱毒化された、より安全な天然痘ワクチンを作製するいくつかの試みが行われた。
ＭＶＡは、ＣＶＡウイルスのニワトリ胚線維芽細胞を５１６回連続継代することによって作製されている（Ｍｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．，７２：１０３１－１０３８ （１９９１）及び米国特許第１０，０３５，８３２号を参照されたい）。これらの長期継代の結果として、得られたＭＶＡウイルスは、そのゲノム配列の約３１キロベースが欠失しており、したがって、高度にトリ細胞に限定された宿主細胞として記載されていた（Ｍｅｙｅｒ，Ｈ．ｅｔ ａｌ．，Ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ｄｅｌｅｔｉｏｎｓ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ ｔｈｅ ｈｉｇｈｌｙ ａｔｔｅｎｕａｔｅｄ ｖａｃｃｉｎｉａ ｖｉｒｕｓ ＭＶＡ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ ｏｎ ｖｉｒｕｌｅｎｃｅ，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．７２，１０３１－１０３８，１９９１；Ｍｅｉｓｉｎｇｅｒ－Ｈｅｎｓｃｈｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｓ ｖａｃｃｉｎｉａ ｖｉｒｕｓ Ａｎｋａｒａ，ｔｈｅ ａｎｃｅｓｔｏｒ ｏｆ ｍｏｄｉｆｉｅｄ ｖａｃｃｉｎｉａ ｖｉｒｕｓ Ａｎｋａｒａ，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．８８，３２４９－３２５９，２００７）。ＭＶＡゲノムをその親ＣＶＡと比較すると、合計３１，０００塩基対のゲノムＤＮＡの６つの主要な欠失（欠失Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、及びＶＩ）が明らかになった。（Ｍｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．７２：１０３１－８ （１９９１））。得られたＭＶＡは著しく弱毒性であることが、様々な動物モデルで示された（Ｍａｙｒ，Ａ．＆ Ｄａｎｎｅｒ，Ｋ．Ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ ｐｏｘ ｄｉｓｅａｓｅｓ ｕｎｄｅｒ ｉｍｍｕｎｏｓｕｐｐｒｅｓｓｉｖｅ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ，Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．Ｓｔａｎｄ．４１：２２５－３４，１９７８）。多くの継代を使用してＭＶＡを弱毒化させることで、ＭＶＡ ４７６ ＭＧ／１４／７８、ＭＶＡ－５７１、ＭＶＡ－５７２、ＭＶＡ－５７４、ＭＶＡ－５７５、及びＭＶＡ－ＢＮなどの、ＣＥＦ細胞における継代数に応じて多数の異なる株又は単離株が存在する。ＭＶＡ ４７６ ＭＧ／１４／７８は、例えば国際公開第２０１９／１１５８１６（Ａ１）号に記載されている。ＭＶＡ－５７２株は、１９９４年１月２７日に寄託番号ＥＣＡＣＣ ９４０１２７０７でＥｕｒｏｐｅａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ （「ＥＣＡＣＣ」），Ｈｅａｌｔｈ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ Ａｇｅｎｃｙ，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ（Ｐｏｒｔｏｎ Ｄｏｗｎ，Ｓａｌｉｓｂｕｒｙ ＳＰ４ ０ＪＧ，Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ （「ＵＫ」））に寄託された。ＭＶＡ－５７５株は、２０００年１２月７日に寄託番号ＥＣＡＣＣ ００１２０７０７でＥＣＡＣＣに寄託された。ＭＶＡ－Ｂａｖａｒｉａｎ Ｎｏｒｄｉｃ（「ＭＶＡ－ＢＮ」）株は、２０００年８月３０日に寄託番号Ｖ０００８００３８でＥＣＡＣＣに寄託された。ＭＶＡ－ＢＮ及びＭＶＡ－５７２のゲノム配列は、ＧｅｎＢａｎｋ（それぞれ、アクセッション番号ＤＱ９８３２３８及びＤＱ９８３２３７）で入手可能である。他のＭＶＡ株のゲノム配列は、標準的なシーケンシング法を用いて得ることができる。
本開示のベクター及びウイルスは、任意のＭＶＡ株又はＭＶＡ株の更なる誘導体に由来し得る。更なる例示的なＭＶＡ株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ （ＡＴＣＣ）（Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ．２０１０８，ＵＳＡ）に寄託された寄託物ＶＲ－１５０８である。
ＭＶＡの「誘導体」は、親ＭＶＡと本質的に同一の特徴を示すが、そのゲノムの１つ以上の部分において相違を示すウイルスを指す。
いくつかの実施形態では、ＭＶＡベクターは、ＭＶＡ ４７６ ＭＧ／１４／７８に由来する。いくつかの実施形態では、ＭＶＡベクターは、ＭＶＡ－５７１に由来する。いくつかの実施形態では、ＭＶＡベクターは、ＭＶＡ－５７２に由来する。いくつかの実施形態では、ＭＶＡベクターは、ＭＶＡ－５７４に由来する。いくつかの実施形態では、ＭＶＡベクターは、ＭＶＡ－５７５に由来する。いくつかの実施形態では、ＭＶＡベクターは、ＭＶＡ－ＢＮに由来する。
本開示のポリヌクレオチド又は異種ポリヌクレオチドは、得られる組み換えウイルスのウイルス生存能力に影響を及ぼさないＭＶＡベクター内の部位又は領域（挿入領域）に挿入することができる。このような領域は、組み換えウイルスのウイルス生存能力に深刻な影響を及ぼすことなく組み換え体形成を可能にする領域について、ウイルスＤＮＡのセグメントを試験することによって容易に同定することができる。チミジンキナーゼ（ＴＫ）遺伝子は、使用することができる挿入領域であり、例えば、全ての調べられたポックスウイルスゲノム中など、多くのウイルスに存在する。更に、ＭＶＡは、６つの天然欠失部位を含有し、これらはそれぞれ、挿入部位として使用され得る（例えば、欠失Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、及びＶＩ；例えば、米国特許第５，１８５，１４６号及び米国特許第６．４４０，４４２号を参照されたい）。ＭＶＡの１つ以上の遺伝子間領域（ＩＧＲ）、例えば、ＩＧＲ ＩＧＲ０７／０８、ＩＧＲ ４４／４５、ＩＧＲ ６４／６５、ＩＧＲ ８８／８９、ＩＧＲ １３６／１３７、及びＩＧＲ １４８／１４９を挿入部位として使用してもよい（例えば、米国特許出願公開第２０１８／００６４８０３号を参照されたい）。更なる好適な挿入部位は、国際公開第２００５／０４８９５７号に記載されている。
ｒＭＶＡなどの組み換えポックスウイルス粒子は、当該技術分野において記載されているように調製される（Ｐｉｃｃｉｎｉ，ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １５３：５４５－５６３；米国特許第４，７６９，３３０号、米国特許第４，７７２，８４８号、米国特許第４，６０３，１１２号、米国特許第５，１００，５８７号、及び米国特許第５，１７９，９９３号を参照されたい）。例示的な方法では、ウイルスに挿入されるＤＮＡ配列を、ＭＶＡのＤＮＡの一部に対して相同なＤＮＡが挿入されている大腸菌プラスミドコンストラクトに入れることができる。別々に、挿入されるＤＮＡ配列をプロモーターにライゲーションすることができる。プロモーター遺伝子連結は、非必須遺伝子座を含有するＭＶＡ ＤＮＡ領域に隣接するＤＮＡ配列に相同なＤＮＡに両末端が隣接するように、プラスミドコンストラクト内に位置していてよい。得られたプラスミドコンストラクトは、大腸菌細菌内で増殖することによって増幅され、単離され得る。挿入されるＤＮＡ遺伝子配列を含有する単離プラスミドを、例えばニワトリ胚線維芽細胞（ＣＥＦ）の細胞培養物にトランスフェクトしてよく、同時に培養物にＭＶＡを感染させる。それぞれプラスミド及びウイルスゲノムにおける相同ＭＶＡ ＤＮＡ間の組み換えによって、外来ＤＮＡ配列の存在によって改変されたＭＶＡを作製することができる。ｒＭＶＡ粒子は、溶解工程（例えば、化学溶解、凍結／解凍、浸透性ショック、超音波処理など）後に培養上清又は培養細胞から回収することができる。溶菌斑の連続精製ラウンドを使用して、夾雑野生型ウイルスを除去することができる。次いで、当該技術分野において既知の技術（例えば、クロマトグラフィー法、又は塩化セシウム若しくはスクロース勾配における超遠心分離）を使用して、ウイルス粒子を精製することができる。
他のウイルスベクター及び組み換えウイルス
他のウイルスベクターとしては、ＡＡＶ－２（アデノ随伴ウイルス２型）などのヒトアデノ随伴ウイルスに由来するベクターが挙げられる。ＡＡＶベクターの魅力的な特徴は、いかなるウイルス遺伝子も発現しないことである。ＡＡＶベクターに含まれる唯一のウイルスＤＮＡ配列は、１４５ｂｐの逆位末端反復（ＩＴＲ）である。したがって、ネイキッドＤＮＡによる免疫においてみられるように、発現する唯一の遺伝子は、抗原又は抗原キメラのものである。加えて、ＡＡＶベクターは、ヒト末梢血単球由来樹状細胞などの分裂及び非分裂細胞の両方を、持続的に導入遺伝子が発現するように、並びに粘膜免疫を生じさせるための経口及び鼻腔内送達が可能であるように形質導入することが知られている。更に、必要とされるＤＮＡの量は、数桁とはるかに少ないと考えられ、５０μｇ又は約１０１５コピーのネイキッドＤＮＡの用量とは対照的に、１０１０～１０１１の粒子又はＤＮＡのコピーの用量で応答が最大になる。ＡＡＶベクターは、ＡＡＶ ＩＴＲキメラタンパク質をコードしているコンストラクトに含まれるＤＮＡと、ＩＴＲを含まずにＡＡＶコード領域（ＡＡＶ ｒｅｐ及びｃａｐ遺伝子）を含有するＡＡＶヘルパープラスミドＡＣＧ２とを好適な細胞株（例えば、ヒト２９３細胞）にコトランスフェクションすることによってパッケージングされる。続いて、細胞にアデノウイルスＡｄ５を感染させる。ベクターは、当該技術分野において既知の方法（例えば、塩化セシウム密度勾配超遠心分離など）を使用して細胞溶解物から精製することができ、（例えば、細胞変性効果バイオアッセイによって）検出可能な複製可能ＡＡＶ又はアデノウイルスを確実に含まないことが検証される。
レトロウイルスベクターを用いてもよい。レトロウイルスは、ウイルスＲＮＡゲノムを複製して、感染細胞（例えば、標的細胞）の染色体ＤＮＡに組み込まれる二本鎖ＤＮＡにするために、ウイルスにコードされている逆転写酵素を使用して複製する統合ウイルスの分類である。このようなベクターとしては、マウス白血病ウイルス、特にモロニー（Ｇｉｌｂｏａ，ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．ＢｉＢｉｏｌ ２４１：２９）又はフレンドＦＢ２９株（国際公開第１９９５／０１４４７号）に由来するものが挙げられる。一般に、レトロウイルスベクターは、ウイルス遺伝子ｇａｇ、ｐｏｌ、及びｅｎｖの全て又は一部が欠失しており、５’及び３’ＬＴＲ並びにキャプシド形成配列は保持している。これらのエレメントは、レトロウイルスベクターの発現レベル又は安定性を増大させるように改変され得る。このような改変としては、ＶＬ３０などのレトロトランスポゾンのうちの１つによるレトロウイルスキャプシド形成配列の置換が挙げられる（例えば、米国特許第５，７４７，３２３号を参照されたい）。本開示のポリヌクレオチドは、レトロウイルスゲノムに対して反対方向など、キャプシド形成配列の下流に挿入されてもよい。レトロウイルス粒子は、ヘルパーウイルスの存在下で、又はレトロウイルスベクターが欠いているレトロウイルス遺伝子（例えば、ｇａｇ／ｐｏｌ及びｅｎｖ）がゲノムに組み込まれている、適切な相補（パッケージング）細胞株において調製される。このような細胞株は、先行技術に記載されている（Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｒｏｓｍａｎ，１９８９，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ７：９８０；Ｄａｎｏｓ ａｎｄ Ｍｕｌｌｉｇａｎ，１９８８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：６４６０；Ｍａｒｋｏｗｉｔｚ，ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｖｉｒｏｌ．１６７：４００）。ｅｎｖ遺伝子の生成物は、標的細胞の表面上に存在するウイルス受容体へのウイルス粒子の結合に関与し、したがって、レトロウイルス粒子の宿主範囲を決定する。したがって、広宿主性エンベロープタンパク質を含有するＰＡ３１７細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ９０７８）又は２９３ＥＩ６（国際公開第９７／３５９９６号）などのパッケージング細胞株を使用して、ヒト及び他の種の標的細胞に感染させられるようにすることができる。レトロウイルス粒子は、培養上清から回収され、任意選択で、標準的な技術（例えば、クロマトグラフィー、超遠心分離）に従って更に精製され得る。
調節エレメント
本開示のポリヌクレオチド又は異種ポリヌクレオチドは、ベクター内の１つ以上の調節エレメントに操作可能に連結され得る。調節エレメントは、プロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、リプレッサーなどを含んでいてよい。
発現ベクター及びウイルスベクターで一般的に使用されるエンハンサー及びプロモーター配列の一部は、例えば、ヒトサイトメガロウイルス（ｈＣＭＶ）、ワクシニアＰ７．５初期／後期プロモーター、ＣＡＧ、ＳＶ４０、マウスＣＭＶ（ｍＣＭＶ）、ＥＦ－ｌ、及びｈＰＧＫプロモーターである。その高い効力及び約０．８ｋＢの中程度の大きさから、ｈＣＭＶプロモーターが、これらのプロモーターのうちで最も一般的に使用されているものの１つである。ｈＰＧＫプロモーターは、小さなサイズ（約０．４ｋＢ）を特徴とするが、ｈＣＭＶプロモーターよりも効力が低い。他方、サイトメガロウイルス初期エンハンサーエレメント、プロモーター、ニワトリベータ－アクチン遺伝子の第１エキソン及びイントロン、並びにウサギベータグロビン遺伝子のスプライス受容体からなるＣＡＧプロモーターは、ｈＣＭＶプロモーターに匹敵する非常に強力な遺伝子発現を指示することができるが、サイズが大きいことから、例えば、アデノウイルスベクター（ＡｄＶ）、アデノ随伴ウイルスベクター（ＡＡＶ）、又はレンチウイルスベクター（ＬＶ）において、空間的制約が重大な懸念となり得るウイルスベクターにはあまり適していない。
使用することができる追加のプロモーターは、国際公開第２０１８／１４６２０５号に記載されているヨザルヘルペスウイルス１主要最初期プロモーター（ＡｏＨＶ－１プロモーター）である。プロモーターは、リプレッサータンパク質の存在下でプロモーターの発現を抑制するために、リプレッサータンパク質が結合することができるリプレッサー作動配列に操作可能に連結され得る。特定の実施形態では、リプレッサー作動配列は、ＴｅｔＯ配列又はＣｕＯ配列である（例えば、米国特許第９７９０２５６号を参照されたい）。
特定の場合では、同じベクターから少なくとも２つの別個のポリペプチドを発現させることが望ましい場合がある。この場合、各ポリヌクレオチドは、同じ又は異なるプロモーター及び／若しくはエンハンサー配列に操作可能に連結されてもよく、又は例えば脳性心筋炎ウイルスからの配列内リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）を利用することによって周知のバイシストロニックな発現系を使用してもよい。あるいは、ｈＣＭＶ－ｒｈＣＭＶプロモーター及び国際公開第２０１７／２２０４９９号に記載の他のプロモーターなどの双方向合成プロモーターを使用してもよい。
ポリアデニル化シグナルは、ＳＶ４０又はウシ成長ホルモン（ＢＧＨ）に由来していてよい。
本開示のベクターは、既知の技術を使用して作製することができる。
ベクターに含まれ得る例示的な調節エレメントは、ワクシニアＰ７．５初期／後期プロモーター（配列番号６３０）、ＴｅｔＯＣＭＶプロモーター（配列番号６２８）、ＢＧＨポリＡ部位（配列番号６２９）、Ｔ細胞エンハンサー（配列番号５４６）を含む。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む単離ウイルスベクターを提供する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、及び４５８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む単離ウイルスベクターを提供する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、アデノウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ヒトアデノウイルスに由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、Ａｄ２６に由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、大型類人猿アデノウイルスに由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＧＡｄ２０に由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＣｈＡｄ２０に由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ポックスウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、改変ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）に由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＧＡｄ１９に由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＧＡｄ２１に由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＧＡｄ２５に由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＧＡｄ２６に由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＧＡｄ２７に由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＧＡｄ２８に由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＧＡｄ２９に由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＧＡｄ３０に由来する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＧＡｄ３１に由来する。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むウイルスベクターを含む組み換えヒトアデノウイルス血清型２６（ｒＡｄ２６）を提供する。
いくつかの実施形態では、ｒＡｄ２６は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、及び４５８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含むウイルスベクターを含む。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＡｄ２６を提供する。
いくつかの実施形態では、ｒＡｄ２６は、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ｒＡｄ２６は、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ｒＡｄ２６は、配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むウイルスベクターを含む組み換え大型類人猿アデノウイルス（ｒＧＡｄ）を提供する。
いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、及び４５８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むウイルスベクターを含む。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄを提供する。
いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ｒＧＡｄは、配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むウイルスベクターを含む組み換え改変ワクシニアアンカラ（ｒＭＶＡ）を提供する。
いくつかの実施形態では、ｒＭＶＡは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、及び４５８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリペプチドを含むウイルスベクターを含む。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。
いくつかの実施形態では、ｒＭＶＡは、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ｒＭＶＡは、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ｒＭＶＡは、配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含む。
本開示の細胞
本開示はまた、本開示の１つ以上のベクター若しくは本開示の１つ以上の組み換えウイルスを含むか又は本開示の１つ以上のベクター若しくは本開示の１つ以上の組み換えウイルスが形質導入された細胞を提供する。いくつかの実施形態では、細胞は、宿主細胞である。
好適な細胞としては、原核細胞及び真核細胞、例えば、Ｈｅｋ ２９３、ＣＨＯ、ＰＥＲ．Ｃ６、ＰＥＲ．Ｃ６ ＴｅｔＯ、又はニワトリ胚線維芽細胞（ＣＥＦ）細胞などの哺乳類細胞、酵母、真菌、及び細菌（例えば、大腸菌）が挙げられる。細胞は、例えば研究のため、又はポリペプチド若しくはウイルスを生成するためにインビトロで使用することができ、あるいは細胞は、インビボで使用することができる。いくつかの実施形態では、細胞は、筋肉細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）である。好適な抗原提示細胞としては、樹状細胞、Ｂリンパ球、単球、及びマクロファージが挙げられる。
「形質導入された」、「形質転換された」、又は「トランスフェクトされた」とは、細胞内部への本開示のポリヌクレオチド、異種ポリヌクレオチド、又はベクターの導入を指す。導入されるポリヌクレオチドは、細胞のゲノムを構成する染色体ＤＮＡに組み込まれてもよく、組み込まれなくてもよい。「細胞」とは、元の細胞と、元の細胞から樹立された任意の後代又はクローン細胞株とを指す。
本開示のポリヌクレオチド又はベクターでトランスフェクトされた細胞は、典型的には、ＡＴＣＣなどの細胞培養リポジトリを介して得ることができる。ＡＰＣは、白血球フェレーシス及び「フィコール／ハイパック」密度勾配遠心分離（フィコール及び不連続なパーコール密度勾配による段階的遠心分離）を使用して末梢血から得ることができる。ＡＰＣは、既知の方法を用いて単離、培養、及び遺伝子操作することができる。例えば、未成熟及び成熟樹状細胞は、既知の方法を使用して末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から生成され得る。例示的な方法では、単離したＰＢＭＣを前処理して、免疫磁気技術によってＴ細胞及びＢ細胞を枯渇させる。次いで、リンパ球が枯渇したＰＢＭＣを、ヒト血漿（好ましくは自家血漿）及びＧＭ－ＣＳＦ／ＩＬ－４を補給したＲＰＭＩ培地９中で培養（例えば、約７日間）して樹状細胞を生成する。樹状細胞は、その単球前駆細胞と比較して非接着性である。したがって、約７日目に、更なる処理のために非接着細胞を収集する。ＧＭ－ＣＳＦ及びＩＬ－４の存在下でＰＢＭＣから誘導された樹状細胞は、非接着特性を失い、サイトカイン刺激が培養から除去された場合にマクロファージ細胞運命に戻ることができるという点で、未成熟である。未成熟状態の樹状細胞は、ＭＨＣクラスＩＩ制限経路のネイティブタンパク質抗原のプロセシングにおいて有効である（Ｒｏｍａｎｉ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６９：１１６９，１９８９）。培養樹状細胞の更なる成熟は、必要な成熟因子を含有するマクロファージ馴化培地（ＣＭ）中で３日間培養することによって達成される。成熟樹状細胞は、提示のために新たなタンパク質を捕捉することはあまりできないが、成長及び分化のための静止Ｔ細胞（ＣＤ４及びＣＤ８の両方）の刺激についてははるかに優れている。成熟樹状細胞は、より多くの運動性細胞質突起の形成などの形態の変化によって、その非接着性によって、以下のマーカー：ＣＤ８３、ＣＤ６８、ＨＬＡ－ＤＲ、若しくはＣＤ８６のうちの少なくとも１つの存在によって、又はＣＤ１１５などのＦｃ受容体の喪失によって、同定することができる（Ｓｔｅｉｎｍａｎ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：２７１，１９９１に概説されている）。成熟樹状細胞は、ＦＡＣＳｃａｎ及びＦＡＣＳｔａｒなどの典型的な細胞蛍光法並びに細胞選別技術及び装置を使用して回収及び分析することができる。フローサイトメトリーに使用される一次抗体は、成熟樹状細胞の細胞表面抗原に特異的なものであり、市販されている。二次抗体は、ビオチン化されたＩｇ、続いて、ＦＩＴＣ又はＰＥコンジュゲートストレプトアビジンであってよい。本開示のベクター及び組み換えウイルスは、トランスフェクション、エレクトロポレーション、融合、マイクロインジェクション、ウイルスベースの送達、又は細胞ベースの送達を含むがこれらに限定されない、当該技術分野において既知の方法を用いて、ＡＰＣを含む細胞に導入することができる。
本開示のワクチン及び医薬組成物
ポリペプチド若しくは異種ポリペプチド、又はこれらの断片、又はこれらをコードしているポリヌクレオチドは、対象に投与するのに好適な任意の既知の送達ビヒクルを利用して対象に送達されてもよい。ポリペプチド、異種ポリペプチド、又はこれらの断片は、使用される送達ビヒクルにかかわらず、対象において免疫原性であることが予想される。様々なウイルス株は、ヒト対象におけるポリペプチド又は異種ポリペプチドの送達を媒介するのに等しく有効であり、したがって互換的であり得ることが予想される。例えば、本明細書に開示される様々なＭＶＡ株は、同じ導入遺伝子カセットによってコードされている抗原に対する免疫応答を強めるのに等しく効率的であることが予想される。同様に、様々なアデノウイルス株は互換的であり、同じ導入遺伝子カセットによってコードされている抗原に対する免疫応答を強める能力が全く又は最小限しか変化しないことが予想される。ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ若しくはＲＮＡ、又はこれらの誘導体であってよい。ＲＮＡは、オリゴヌクレオチドＲＮＡ、ｔＲＮＡ（トランスファーＲＮＡ）、ｓｎＲＮＡ（核内低分子ＲＮＡ）、ｒＲＮＡ（リボソームＲＮＡ）、ｍＲＮＡ（メッセンジャーＲＮＡ）、アンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ（低分子干渉ＲＮＡ）、自己複製ＲＮＡ、リボザイム、キメラ配列、又はこれらの群の誘導体の形態であってよい。
本開示はまた、本開示のポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＤＮＡである。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ｍＲＮＡ又は自己複製ＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、自己複製ＲＮＡである。
本開示はまた、本開示の異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、ＤＮＡである。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、ＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ｍＲＮＡ又は自己複製ＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、自己複製ＲＮＡである。
本開示はまた、本開示のポリペプチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示の異種ポリペプチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示のベクターを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示のｒＡｄ２６を含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示のｒＭＶＡを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示のｒＧＡｄを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示のｒＧＡｄ２０を含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示のＣｈＡｄ２０を含むワクチンを提供する。
本開示はまた、本開示の細胞を含むワクチンを提供する。
ワクチン組成物の調製は周知である。ワクチンは、ワクチン及び医薬的に許容される賦形剤を含む医薬組成物を含んでいてもよく、又は当該医薬組成物に製剤化されてもよい。「医薬的に許容される」とは、使用される投与量及び濃度で、投与される対象において望ましくない効果も有害な効果も引き起こさず、担体、バッファ、安定剤、又は当業者に周知の他の材料を含む賦形剤を指す。担体又は他の材料の厳密な性質は、投与経路、例えば、筋肉内、皮下、経口、静脈内、皮膚、粘膜内（例えば、腸内）、鼻腔内、又は腹腔内経路に依存し得る。水、石油、動物油又は植物油、鉱油又は合成油などの液体担体が含まれていてよい。生理食塩水、デキストロース若しくは他の糖液、又はエチレングリコール、プロピレングリコール若しくはポリエチレングリコールなどのグリコールが含まれていてもよい。例示的なウイルス処方は、アデノウイルス世界標準（Ｈｏｇａｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ，２００２）：２０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８、２５ｍＭ ＮａＣｌ、２．５％グリセロール；又は２０ｍＭ Ｔｒｉｓ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、２５ｍＭ ＮａＣｌ、スクロース１０％ ｗ／ｖ、ポリソルベート８０ ０．０２％ ｗ／ｖ、又は１０～２５ｍＭクエン酸バッファｐＨ５．９～６．２、４～６％（ｗ／ｗ）ヒドロキシプロピル－β－シクロデキストリン（ＨＢＣＤ）、７０～１００ｍＭ ＮａＣｌ、０．０１８～０．０３５％（ｗ／ｗ）ポリソルベート－８０、及び任意選択で０．３～０．４５％（ｗ／ｗ）エタノールである。多くの他のバッファを使用することができ、精製された医薬製剤の保管及び医薬投与のための好適な処方の例が知られている。
ワクチンは、１つ以上のアジュバントを含んでいてもよい。好適なアジュバントとしては、ＱＳ－２１、Ｄｅｔｏｘ－ＰＣ、ＭＰＬ－ＳＥ、ＭｏＧＭ－ＣＳＦ、ＴｉｔｅｒＭａｘ－Ｇ、ＣＲＬ－１００５、ＧＥＲＢＵ、ＴＥＲａｍｉｄｅ、ＰＳＣ９７Ｂ、Ａｄｊｕｍｅｒ、ＰＧ－０２６、ＧＳＫ－Ｉ、ＧｃＭＡＦ、Ｂ－アレチン、ＭＰＣ－０２６、Ａｄｊｕｖａｘ、ＣｐＧ ＯＤＮ、ベータフェクチン、アラム、及びＭＦ５９が挙げられる。使用することができる他のアジュバントとしては、レクチン、成長因子、サイトカイン及びリンホカイン、例えば、アルファインターフェロン、ガンマインターフェロン、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、顆粒球コロニー刺激因子（ｇＣＳＦ）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ｇＭＣＳＦ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、上皮成長因子（ＥＧＦ）、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、又はＴＬＲアゴニストが挙げられる。
「アジュバント」及び「免疫刺激剤」は、本明細書において互換的に使用され、免疫系の刺激を引き起こす１つ以上の物質として定義される。この文脈において、アジュバントは、本明細書に記載のワクチン又はウイルスベクターに対する免疫応答を強化するために使用される。
本開示による医薬組成物は、特定の実施形態では、本開示のワクチンであり得る。
同様に、本開示のポリヌクレオチド、異種ポリヌクレオチド、ポリペプチド、及び異種ポリペプチドは、ポリヌクレオチド、異種ポリヌクレオチド、ポリペプチド、及び異種ポリペプチド、並びに医薬的に許容される賦形剤を含む医薬組成物に製剤化してもよい。
キット
本開示はまた、本開示の１つ以上のワクチンを含むキットを提供する。
本開示はまた、本開示の１つ以上の組み換えウイルスを含むキットを提供する。キットは、本明細書に記載の方法の実施を容易にするために使用することができる。いくつかの実施形態では、キットは、脂質ベースの製剤又はウイルスパッケージング材料などの、本開示のワクチンの細胞への進入を容易にするための試薬を更に含む。
いくつかの実施形態では、キットは、本開示のｒＡｄ２６を含む。いくつかの実施形態では、キットは、本開示のｒＭＶＡを含む。いくつかの実施形態では、キットは、本開示のｒＧＡｄを含む。いくつかの実施形態では、キットは、本開示のｒＡｄ２６及び本開示のｒＭＶＡを含む。いくつかの実施形態では、キットは、本開示のｒＧＡｄ及び本開示のｒＭＶＡを含む。いくつかの実施形態では、キットは、本開示のｒＡｄ２６及び本開示のｒＧＡｄを含む。いくつかの実施形態では、キットは、本開示の１つ以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、キットは、本開示の１つ以上の異種ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、キットは、本開示の１つ以上のポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、キットは、本開示の１つ以上の異種ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、キットは、本開示の１つ以上のベクターを含む。いくつかの実施形態では、キットは、本開示の１つ以上の細胞を含む。
非ウイルス送達ビヒクル
ナノ粒子
本開示のポリペプチド、若しくは異種ポリペプチド、又はこれらの断片、これらをコードしているポリヌクレオチド、又はポリヌクレオチドを含むベクターは、対象に送達するためにナノ粒子に結合させてもよい。ナノ粒子を使用する、ポリペプチド、若しくは異種ポリペプチド、又はこれらの断片、これらをコードしているポリヌクレオチド、又はポリヌクレオチドを含むベクターの送達は、ワクチン組成物中にウイルス又はアジュバントを含める必要性を排除し得る。ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ又はＲＮＡであってよい。ナノ粒子は、ペプチドに対する免疫応答を有効に誘導するのに役立つ免疫危険シグナルを含有し得る。ナノ粒子は、ロバストな免疫応答に必要な樹状細胞（ＤＣ）の活性化及び成熟を誘導し得る。ナノ粒子は、細胞、例えば、抗原提示細胞によるナノ粒子、ひいては、ペプチドの取り込みを改善する非自己成分を含有していてもよい。
ナノ粒子は、典型的には、直径約１ｎｍ～約１００ｎｍ、例えば約２０ｎｍ～約４０ｎｍである。２０～４０ｎｍの平均直径を有するナノ粒子は、ナノ粒子のサイトゾルへの取り込みを促進し得る（例えば、国際公開第２０１９／１３５０８６号を参照されたい）。例示的なナノ粒子は、ポリマーナノ粒子、無機ナノ粒子、リポソーム、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）、又は自己集合タンパク質である。ナノ粒子は、リン酸カルシウムナノ粒子、シリコンナノ粒子、又は金ナノ粒子であり得る。ポリマーナノ粒子は、ポリ（ｄ，ｌ－ラクチド－コ－グリコリド）（ＰＬＧ）、ポリ（ｄ，ｌ－乳酸－コグリコール酸）（ＰＬＧＡ）、ポリ（ｇ－グルタミン酸）（ｇ－ＰＧＡ）ｍポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）、若しくはポリスチレンなどの１つ以上の合成ポリマー、又は多糖類、例えば、プルラン、アルギネート、イヌリン、及びキトサンなどの１つ以上の天然ポリマーを含んでいてよい。ポリマーナノ粒子の使用は、ナノ粒子中に含まれ得るポリマーの特性に起因して有利であり得る。例えば、上に列挙した天然ポリマー及び合成ポリマーは、良好な生体適合性及び生分解性、非毒性の性質、並びに／又は所望の形状及びサイズに加工される能力を有し得る。ポリマーナノ粒子はまた、可撓性メッシュサイズ、多価コンジュゲーションのための大きな表面積、高い含水量、及び抗原についての高い負荷容量を含む好ましい特性を有する、ヒドロゲルナノ粒子、親水性三次元ポリマーネットワークを形成することができる。ポリ（Ｌ－乳酸）（ＰＬＡ）、ＰＬＧＡ、ＰＥＧ、及び多糖類などのポリマーは、ヒドロゲルナノ粒子を形成するのに好適である。無機ナノ粒子は、典型的には、強固な構造を有し、抗原が封入されるシェル、又は抗原が共有結合し得るコアを含む。コアは、金（Ａｕ）、銀（Ａｇ）、銅（Ｃｕ）原子、Ａｕ／Ａｇ、Ａｕ／Ｃｕ、Ａｕ／Ａｇ／Ｃｕ、Ａｕ／Ｐｔ、Ａｕ／Ｐｄ、又はＡｕ／Ａｇ／Ｃｕ／Ｐｄ、又はリン酸カルシウム（ＣａＰ）などの１つ以上の原子を含んでいてよい。
ナノ粒子は、リポソームであってもよい。リポソームは、典型的には、生分解性の非毒性リン脂質から形成され、水性コアを有する自己集合リン脂質二重層シェルを含む。リポソームは、単一のリン脂質二重層を含む単層ベシクル、又は水層によって分離されているいくつかの同心性リン脂質シェルを含む多層ベシクルであってもよい。結果として、リポソームは、リン脂質二重層内の水性コア又は疎水性分子に親水性分子を組み込むように調整され得る。リポソームは、本開示のポリペプチド若しくは異種ポリペプチド、又はこれらの断片などの抗原を、送達のためにコア内に封入し得る。リポソーム及びリポソーム製剤は、標準的な方法に従って調製することができ、当該技術分野において周知であり、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ；Ａｋｉｍａｒｕ，１９９５，Ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．１：１９７－２１０；Ａｌｖｉｎｇ，１９９５，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．１４５：５－３１；Ｓｚｏｋａ，１９８０，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｂｉｏｅｎｇ．９：４６７；米国特許第４，２３５，８７１号、米国特許第４，５０１，７２８号、及び米国特許第４，８３７，０２８号を参照されたい。リポソームは、リポソーム複合体に特定の細胞型を標的とさせるための標的分子を含み得る。標的分子は、血管又は標的組織にみられる細胞の表面上の生体分子（例えば、受容体又はリガンド）の結合パートナー（例えば、リガンド又は受容体）を含んでいてよい。リポソームの電荷は、血液からのリポソームクリアランスにおける重要な決定因子であり、負に帯電したリポソームは、細網内皮系によってより急速に取り込まれ（Ｊｕｌｉａｎｏ，１９７５，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．６３：６５１）、したがって、血流中でより短い半減期を有する。ホスファチジルエタノールアミン誘導体が組み込まれると、リポソームの凝集を防止することにより循環時間が延長される。例えば、Ｎ－（ω－カルボキシ）アシルアミドホスファチジルエタノールアミンをＬ－α－ジステアロイルホスファチジルコリンの大きな単層ベシクルに組み込むと、インビボにおけるリポソーム循環寿命が劇的に増加する（例えば、Ａｈｌ，１９９７，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ １３２９：３７０－３８２）。典型的には、リポソームは、約５～１５モルパーセントの負に帯電したリン脂質、例えば、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルセリン、又はホスファチジルイノシトールを用いて調製される。また、ホスファチジルグリセロールなどの負に帯電したリン脂質の添加は、自発的なリポソーム凝集を防止する機能を有し、したがって、小ぶりのリポソーム凝集体形成のリスクが最小限に抑えられる。少なくとも約５０モルパーセントの濃度のスフィンゴミエリン又は飽和中性リン脂質及び５～１５モルパーセントのモノシアリルガングリオシドなどの膜硬化剤はまた、望ましくは、剛性などのリポソーム特性を付与し得る（例えば、米国特許第４，８３７，０２８号を参照されたい）。加えて、リポソーム懸濁液は、保管時に脂質を遊離ラジカル及び脂質過酸化的損傷から保護する脂質保護剤を含んでいてよい。アルファ－トコフェロールなどの親油性フリーラジカルクエンチャー及びフェリオキシアニンなどの水溶性鉄特異的キレート剤が好ましい。
ナノ粒子は、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）であってもよい。ＬＮＰは、リポソームと類似しているが、わずかに異なる機能及び組成を有する。ＬＮＰは、ＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、及びｓＲＮＡなどのポリヌクレオチドを封入するように設計される。従来のリポソームは、１つ以上の脂質二重層によって取り囲まれた水性コアを含有する。ＬＮＰは、非水性コア内に薬物分子を封入するミセル様構造を想定し得る。ＬＮＰは、典型的には、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、及び粒子の凝集を防止する脂質（例えば、ＰＥＧ－脂質コンジュゲート）を含有する。静脈内（ｉ．ｅ．）注射後に長期にわたる循環寿命を呈し、遠位部位（すなわち、投与部位から物理的に離れている部位）に蓄積するので、ＬＮＰは全身用途に有用である。ＬＮＰは、約５０ｎｍ～約１５０ｎｍ、例えば、約６０ｎｍ～約１３０ｎｍ、又は約７０ｎｍ～約１１０ｎｍ、又は約７０ｎｍ～約９０ｎｍの平均直径を有し得、実質的に非毒性である。ポリヌクレオチドがロードされたＬＮＰの調製は、例えば、米国特許第５，９７６，５６７号、同第５，９８１，５０１号、同第６，５３４，４８４号、同第６，５８６，４１０号、同第６，８１５，４３２号、及び国際公開第９６／４０９６４号に開示されている。ポリヌクレオチド含有ＬＮＰは、例えば、国際公開第２０１９／１９１７８０号に記載されている。
本開示のポリヌクレオチド、異種ポリヌクレオチド、ポリペプチド、及び異種ポリペプチドは、不均一なサイズの多層ビシクルを含み得る。例えば、ベシクル形成脂質を好適な有機溶媒又は溶媒系に溶解させ、真空下又は不活性ガス下で乾燥させて、薄い脂質膜を形成することができる。必要に応じて、膜を三級ブタノールなどの好適な溶媒に再溶解させ、次いで凍結乾燥して、より容易に水和する粉末状の形態であるより均質な脂質混合物を形成することができる。この膜を、ポリペプチド複合体の水溶液で被覆し、典型的には撹拌しながら１５～６０分間にわたって水和させる。得られた多層ベシクルのサイズ分布は、より激しい撹拌条件下で脂質を水和させることによって、又はデオキシコール酸塩などの可溶化洗剤を添加することによって、より小さいサイズにシフトさせることができる。水和培地は、最終的なリポソーム懸濁液中のリポソームの内部容積において望ましい濃度の核酸を含み得る。多層ベシクルを形成するために使用することができる好適な脂質としては、ＤＯＴＭＡ（Ｆｅｉｇｎｅｒ，ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：７４１３－７４１７）、ＤＯＧＳ又はＴｒａｎｓｆｅｃｔａｉｎ（商標）（Ｂｅｈｒ，ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：６９８２－ ６９８６）、ＤＮＥＲＩＥ又はＤＯＲＩＥ（Ｆｅｉｇｎｅｒ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ５：６７－７５）、ＤＣ－ＣＨＯＬ（Ｇａｏ Ａｎｄ Ｈｕａｎｇ，１９９１，ＢＢＲＣ １７９：２８０－２８５）、ＤＯＴＡＰ（商標）（ＭｃＬａｃｈｌａｎ，ｅｔ ａｌ．，１９９５，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ２：６７４－６２２）、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）、及びグリセロ脂質化合物（例えば、欧州特許第９０１４６３号及び国際公開第０９８／３７９１６号を参照されたい）が挙げられる。
ナノ粒子は、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）であってよい。ＩＳＣＯＭは、典型的にはコロイド状サポニン含有ミセルから形成される、かご様粒子である。ＩＳＣＯＭは、コレステロール、リン脂質（ホスファチジルエタノールアミン又はホスファチジルコリンなど）、及びサポニン（ｔｒｅｅ Ｑｕｉｌｌａｉａ ｓａｐｏｎａｒｉａ製のＱｕｉｌ Ａなど）を含み得る。
ナノ粒子は、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）であってもよい。ＶＬＰは、生体適合性カプシドタンパク質の自己集合によって形成される、感染性核酸を有しない自己集合性ナノ粒子である。ＶＬＰの直径は、典型的には約２０～約ｌ５０ｎｍ、例えば、約２０～約４０ｎｍ、約３０～約ｌ４０ｎｍ、約４０～約ｌ３０ｎｍ、約５０～約ｌ２０ｎｍ、約６０～約１１０ｎｍ、約７０～約１００ｎｍ、又は約８０～約９０ｎｍである。ＶＬＰは、有利には、免疫系との相互作用のために天然に最適化されている、進化したウイルス構造の力を利用する。天然に最適化されたナノ粒子サイズ及び反復構造秩序とは、アジュバントの非存在下であってもＶＬＰが強力な免疫応答を誘導することを意味する。
ナノ粒子は、本開示のポリペプチド又は異種ポリペプチドをコードしているレプリコンを含有し得る。レプリコンは、ＤＮＡ又はＲＮＡであってよい。
「レプリコン」とは、それ自体のコピーの生成を指示することができ、ＲＮＡ及びＤＮＡを含むウイルス核酸を指す。例えば、アルテリウイルスゲノムの二本鎖ＤＮＡバージョンを使用して、アルテリウイルスレプリコンを構成する一本鎖ＲＮＡ転写物を生成することができる。一般に、ウイルスレプリコンは、ウイルスの完全なゲノムを含有する。「サブゲノムレプリコン」とは、ウイルスゲノムの遺伝子及び他の機構の完全相補体よりも少ないものを含有するが、それでもなお、それ自体のコピーの生成を指示することができるウイルス核酸を指す。例えば、アデノウイルスのサブゲノムレプリコンは、ウイルスの非構造タンパク質については遺伝子の大部分を含有し得るが、構造タンパク質をコードしている遺伝子の大部分を欠いている。サブゲノムレプリコンは、ウイルス粒子を生成することなく、ウイルスサブゲノムの複製（サブゲノムレプリコンの複製）に必要なウイルス遺伝子の全ての発現を指示することができる。
「ＲＮＡレプリコン」（又は「自己複製ＲＮＡ」とは、許容細胞内でそれ自体の増幅又は自己複製を指示するために必要とされる遺伝情報の全てを含有するＲＮＡを指す。それ自体の複製を指示するために、ＲＮＡ分子は、１）ポリメラーゼ、レプリカーゼ、又はＲＮＡ増幅プロセスを触媒するためにウイルス若しくは宿主細胞に由来するタンパク質、核酸、若しくはリボ核タンパク質と相互作用し得る他のタンパク質をコードしており、かつ２）レプリコンをコードしているＲＮＡの複製及び転写に必要なシス作用性ＲＮＡ配列を含有する。自己複製ＲＮＡは、典型的には、プラス鎖ＲＮＡウイルスのゲノムに由来し、構造若しくは非構造遺伝子をコードしているウイルス配列を置換することにより、又は構造若しくは非構造遺伝子をコードしている配列の５’若しくは３’に外来配列を挿入することによって、宿主細胞への外来配列の導入の基礎として使用することができる。外来配列はまた、アルファウイルスのサブゲノム領域に導入されてもよい。自己複製ＲＮＡは、組み換えアルファウイルス粒子などの組み換えウイルス粒子にパッケージングされてもよく、あるいは脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を使用して宿主に送達されてもよい。自己複製ＲＮＡは、少なくとも１ｋｂ、又は少なくとも２ｋｂ、又は少なくとも３ｋｂ、又は少なくとも４ｋｂ、又は少なくとも５ｋｂ、又は少なくとも６ｋｂ、又は少なくとも７ｋｂ、又は少なくとも８ｋｂ、又は少なくとも１０ｋｂ、又は少なくとも１２ｋｂ、又は少なくとも１５ｋｂ、又は少なくとも１７ｋｂ、又は少なくとも１９ｋｂ、又は少なくとも２０ｋｂのサイズであってもよく、１００ｂｐ～８ｋｂ、又は５００ｂｐ～８ｋｂ、又は５００ｂｐ～７ｋｂ、又は１～７ｋｂ、又は１～８ｋｂ、又は２～１５ｋｂ、又は２～２０ｋｂ、又は５～１５ｋｂ、又は５～２０ｋｂ、又は７～１５ｋｂ、又は７～１８ｋｂ、又は７～２０ｋｂのサイズであってもよい。自己複製ＲＮＡは、例えば、国際公開第２０１７／１８０７７０号、同第２０１８／０７５２３５号、同第２０１９１４３９４９（Ａ２）号に記載されており、
本開示のポリヌクレオチド、異種ポリヌクレオチド、ポリペプチド、及び異種ポリペプチドとの複合体化に好適な他の分子としては、ポリアミドアミンなどのカチオン性分子（Ｈａｅｎｓｌｅｒ ａｎｄ Ｓｚｏｋａ，１９９３，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ．４：３７２－３７９）、樹状ポリリジン（国際公開第１９９５／２４２２１号）、ポリエチレンイリニン若しくはポリプロピレンｈ－ニン（国際公開第１９９６／０２６５５号）、ポリリジン（米国特許第５，５９５，８９７号）、キトサン（米国特許第５，７４４，１６６号）、ＤＮＡゼラチンコアセルベート（例えば、米国特許第６，２０７，１９５号、米国特許第６，０２５，３３７号、米国特許第５，９７２，７０７号を参照されたい）、又はＤＥＡＥデキストラン（Ｌｏｐａｔａ，ｅｔ ａｌ．，１９８４，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．１２：５７０７－５７１７）、デンドリマー（例えば、国際公開第１９９６／１９２４０号を参照されたい）、又はポリエチレンイミン（ＰＥＩ）（例えば、Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｍｏｌ Ｍｅｄ Ｒｅｐ．１０（５）：２６５７－２６６２を参照されたい）が挙げられる。
前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体
本開示はまた、前立腺ネオ抗原及びＨＬＡを含むタンパク質複合体を提供する。本開示はまた、前立腺ネオ抗原の断片及びＨＬＡを含むタンパク質複合体を提供する。本開示はまた、前立腺ネオ抗原のバリアント及びＨＬＡを含むタンパク質複合体を提供する。本開示はまた、前立腺ネオ抗原の断片のバリアント及びＨＬＡを含むタンパク質複合体を提供する。
いくつかの実施形態では、前立腺ネオ抗原は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、又は４４７のポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、前立腺ネオ抗原の断片は、配列番号３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、及び６２１のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、前立腺ネオ抗原の断片は、配列番号３７７、３７８、４１５、４１７、４１８、４２０、５０２、５１８、５２６、５２７、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２、７３３、７３４、７３５、７３６、７３７、７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４、７４５、７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３、７４、７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２、７６３、７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６、７７７、７７８、７７９、７８０、７８１、７８２、７８３、７８４、７８５、７８６、７８７、７８８、７８９、７９０、７９１、７９２、７９３、７９４、７９５、７９６、７９７、７９８、７９９、８００、８０１、８０２、８０３、８０４、８０５、８０６、８０７、８０８、８０９、８１０、８１１、８１２、８１３、８１４、８１５、８１６、８１７、８１８、８１９、８２０、８２１、８２２、８２３、８２４、８２５、８２６、８２７、８２８、８２９、８３０、８３１、８３２、８３３、８３４、８３５、８３６、８３７、８３８、８３９、８４０、８４１、８４２、８４３、８４４、８４５、８４６、４８７、８４８、８４９、８５０、８５１、８５２、８５３、８５４、８５５、８５６、８５７、８５８、８５９、８６０、８６１、８６２、８６３、８６４、８６５、８６６、８６７、８６８、８６９、８７０、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７７、８７８、８７９、８８０、８８１、８８２、８８３、８８４、８８５、８８６、８８７、８８８、８８９、８９０、８９１、８９２、８９３、８９４、８９５、８９６、８９７、８９８、８９９、９００、９０１、９０２、９０３、９０４、９０５、９０６、９０７、９０８、９０９、９１０、９１１、９１２、９１３、９１４、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２１、９２２、９２３、９２４、９２５、９２６、９２７、９２８、９２９、９３０、９３１、９３２、９３３、９３４、９３５、９３６、９３７、９３８、９３９、９４０、９４１、９４２、９４３、９４４、９４５、９４６、９４７、９４８、９４９、９５０、９５１、９５２、９５３、９５４、９５５、９５６、９５７、９５８、９５９、９６０、９６１、９６２、９６３、９６４、９６５、９６６、９６７、９６８、９６９、９７０、９７１、９７２、９７３、９７４、９７５、９７６、９７７、９７８、９７９、９８０、又は５４８のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡは、クラスＩ ＨＬＡである。いくつかの実施形態では、ＨＬＡは、クラスＩＩ ＨＬＡである。いくつかの実施形態では、ＨＬＡは、ＨＬＡ－Ａである。いくつかの実施形態では、ＨＬＡは、ＨＬＡ－Ｂである。いくつかの実施形態では、ＨＬＡは、ＨＬＡ－Ｃである。いくつかの実施形態では、ＨＬＡは、ＨＬＡ－ＤＰである。いくつかの実施形態では、ＨＬＡは、ＨＬＡ－ＤＱである。いくつかの実施形態では、ＨＬＡは、ＨＬＡ－ＤＲである。いくつかの実施形態では、ＨＬＡは、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１、Ａ＊０２：０１、Ａ＊０３：０１、Ａ＊２４：０２、Ｂ＊０７：０２、又はＢ＊０８：０１である。
前立腺ネオ抗原とＨＬＡとの複合体は、例えば、インビトロ又はインビボで同種Ｔ細胞を単離するために使用することができる。前立腺ネオ抗原とＨＬＡとの複合体はまた、検出可能な標識にコンジュゲートさせ、同種ＴＣＲ又は同種ＴＣＲを発現しているＴ細胞を検出、可視化、又は単離するための検出剤として使用してもよい。前立腺ネオ抗原とＨＬＡとの複合体はまた、細胞傷害性剤にコンジュゲートさせ、同種ＴＣＲを発現する細胞を枯渇させるか又は数を減少させるために使用してもよい。複合体は、そのネイティブな構成であってもよく、あるいは、前立腺ネオ抗原及び／又はＨＬＡを遺伝子操作してもよい。
遺伝子操作の概念は、例えば、切断可能であり得る共有結合性リンカーを使用することによって、ペプチドをＨＬＡに共有結合させることを含む。前立腺ネオ抗原及びＨＬＡ複合体は、単量体であっても多量体であってもよい。前立腺ネオ抗原及びＨＬＡ複合体は、毒素又は検出剤に結合させてもよい。様々な遺伝子操作の概念は、例えば可溶性複合体として、共有結合性前立腺ネオ抗原－β２－α２－α１－β１鎖又は前立腺ネオ抗原－β鎖として複合体を発現させることを含む。少なくとも１５アミノ酸長であるリンカーを、前立腺ネオ抗原とＨＬＡとの間で使用することができる。あるいは、複合体は、共有結合した前立腺ネオ抗原単鎖β１－α１として発現させてもよい。前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体はまた、前立腺ネオ抗原がα鎖のＮ末端に共有結合している完全長ＨＬＡαβ鎖として発現させてもよく、あるいは、前立腺ネオ抗原は、非共有結合性相互作用を介してαβ鎖に会合する。様々な発現フォーマットが、米国特許第５９７６５５１号、同第５７３４０２３号、同第５８２０８６６号、同第７１４１６５６（Ｂ２）号、同第６２７０７７２（Ｂ１）号、及び同第７０７４９０５（Ｂ２）号に開示されている。加えて、ＨＬＡは、米国特許第８３７７４４７（Ｂ２）号及び同第８８２８３７９（Ｂ２）号に記載されているように、α１鎖が変異しているか、又はα２及びβ２ドメインを介したジスルフィド結合を介して安定化されている単鎖コンストラクトとして発現させてもよい。前立腺ネオ抗原又はその断片は、米国特許第９０７９９４１（Ｂ２）号に記載の通り、感光性又は過ヨウ素酸感受性の切断可能なリンカーを介して、ＨＬＡに結合し得る。前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体は、多量体フォーマットに遺伝子操作されてもよい。米国特許第７０７４９０４（Ｂ２）号に記載の通り、２つ以上の前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体の架橋を促進するために、ＨＬＡのα又はβ鎖のＣ末端に反応性側鎖を組み込むことによって、多量体フォーマットを作製することができる。あるいは、米国特許第５６３５３６号に記載の通り、ビオチン化認識配列ＢｉｒＡを、後でビオチン化されるＨＬＡのα又はβ鎖のＣ末端に組み込んでもよく、アビジン／ストレプトアビジンに結合することよって多量体が形成される。多量体前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体は、更に、米国特許第６１９７３０２（Ｂ１号）、同第６２６８４１１（Ｂ１号）、米国特許出願公開第２０１５０３２９６１７（Ａ１）号、欧州特許第１６７０８２３（Ｂ１号）、欧州特許第１８８２７００（Ｂ１号）、同第２０６１８０７（Ｂ１号）、米国特許出願公開第２０１２００９３９３４（Ａ１）号、同第２０１３０２８９２５３（Ａ１）号、同第２０１７００９５５４４（Ａ１）号、同第２０１７０００３２８８（Ａ１）号、及び国際公開第２０１７０１５０６４（Ａ１）号に記載されているように、Ｆｃ融合を利用して、前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体をデキストラン担体に結合させて、コイルドコイルドメインを介してオリゴマー化して、追加のビオチン化ペプチドを利用して、又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体をナノ粒子又はキレート担体にコンジュゲートして、作製され得る。
前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に結合するタンパク質性分子
本開示はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のポリペプチド、又はこれらの断片に特異的に結合する抗原結合ドメインを含むタンパク質性分子を提供する。タンパク質性分子は、ネオ抗原が由来する野生型タンパク質とごくわずかな結合しか有しない。
本開示はまた、前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に特異的に結合する抗原結合ドメインを含むタンパク質性分子であって、当該前立腺ネオ抗原が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のポリペプチド、又はこれらの断片を含む、タンパク質性分子を提供する。
例示的な断片は、配列番号３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、又は６２１のアミノ酸配列を含む。
他の例示的な断片は、配列番号３７７、３７８、４１５、４１７、４１８、４２０、５０２、５１８、５２６、５２７、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２、７３３、７３４、７３５、７３６、７３７、７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４、７４５、７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３、７４、７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２、７６３、７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６、７７７、７７８、７７９、７８０、７８１、７８２、７８３、７８４、７８５、７８６、７８７、７８８、７８９、７９０、７９１、７９２、７９３、７９４、７９５、７９６、７９７、７９８、７９９、８００、８０１、８０２、８０３、８０４、８０５、８０６、８０７、８０８、８０９、８１０、８１１、８１２、８１３、８１４、８１５、８１６、８１７、８１８、８１９、８２０、８２１、８２２、８２３、８２４、８２５、８２６、８２７、８２８、８２９、８３０、８３１、８３２、８３３、８３４、８３５、８３６、８３７、８３８、８３９、８４０、８４１、８４２、８４３、８４４、８４５、８４６、４８７、８４８、８４９、８５０、８５１、８５２、８５３、８５４、８５５、８５６、８５７、８５８、８５９、８６０、８６１、８６２、８６３、８６４、８６５、８６６、８６７、８６８、８６９、８７０、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７７、８７８、８７９、８８０、８８１、８８２、８８３、８８４、８８５、８８６、８８７、８８８、８８９、８９０、８９１、８９２、８９３、８９４、８９５、８９６、８９７、８９８、８９９、９００、９０１、９０２、９０３、９０４、９０５、９０６、９０７、９０８、９０９、９１０、９１１、９１２、９１３、９１４、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２１、９２２、９２３、９２４、９２５、９２６、９２７、９２８、９２９、９３０、９３１、９３２、９３３、９３４、９３５、９３６、９３７、９３８、９３９、９４０、９４１、９４２、９４３、９４４、９４５、９４６、９４７、９４８、９４９、９５０、９５１、９５２、９５３、９５４、９５５、９５６、９５７、９５８、９５９、９６０、９６１、９６２、９６３、９６４、９６５、９６６、９６７、９６８、９６９、９７０、９７１、９７２、９７３、９７４、９７５、９７６、９７７、９７８、９７９、９８０、又は５４８のアミノ酸配列を含む。
ＨＬＡは、クラスＩ又はクラスＩＩを含み得る。
ＨＬＡは、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃを含み得る。
ＨＬＡは、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、又はＨＬＡ－ＤＲを含み得る。
ＨＬＡは、クラスＩ対立遺伝子ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１、Ａ＊０２：０１、Ａ＊０３：０１、Ａ＊２４：０２、Ｂ＊０７：０２、又はＢ＊０８：０１を含み得る。
いくつかの実施形態では、タンパク質性分子は、抗体の抗原結合断片である。
いくつかの実施形態では、タンパク質性分子は、多重特異的分子である。いくつかの実施形態では、タンパク質性分子は、二重特異的分子である。いくつかの実施形態では、タンパク質性分子は、三重特異的分子である。いくつかの実施形態では、多重特異的分子は、２つ以上の異なる前立腺ネオ抗原に結合する。いくつかの実施形態では、多重特異性分子は、前立腺ネオ抗原及びＴ細胞受容体（ＴＣＲ）複合体に結合する。いくつかの実施形態では、多重特異性分子は、２つ以上の異なる前立腺ネオ抗原及びＴ細胞受容体（ＴＣＲ）複合体に結合する。
いくつかの実施形態では、タンパク質性分子は、抗体である。
いくつかの実施形態では、タンパク質性分子は、多重特異的抗体である。いくつかの実施形態では、タンパク質性分子は、二重特異的抗体である。いくつかの実施形態では、タンパク質性分子は、三重特異的抗体である。いくつかの実施形態では、タンパク質性分子は、Ｔ細胞リダイレクティング分子である。
本開示の前立腺ネオ抗原がタンパク質の細胞外ドメインの一部である場合、前立腺ネオ抗原は、腫瘍細胞上の前立腺ネオ抗原に選択的に結合する抗原結合ドメインを利用して、Ｔ細胞を腫瘍に動員するか、又はＣＡＲ－Ｔ及び他の細胞療法に腫瘍を標的とさせるための腫瘍関連抗原として使用することができる。
前立腺ネオ抗原が細胞内ドメインの一部である場合、細胞傷害性剤又は治療剤にコンジュゲートした細胞内区画に送達される能力を有する抗原結合ドメインを治療薬として使用することができる。あるいは、前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に結合する同種ＴＣＲを発現するように遺伝子操作された細胞を治療薬として使用してもよい。
いくつかの実施形態では、タンパク質性分子は、選択的スカフォールドである。
いくつかの実施形態では、タンパク質性分子は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）である。
いくつかの実施形態では、タンパク質性分子は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）である。
本開示の前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体へのタンパク質性分子の結合は、任意の好適な方法を用いて実験的に判定され得る。このような方法では、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６、Ｂｉａｃｏｒｅ３０００、若しくはＫｉｎＥｘＡ装置、ＥＬＩＳＡ、又は当業者に公知の競合的結合アッセイを利用することができる。測定される結合は、異なる条件（例えば、オスモル濃度、ｐＨ）下で測定した場合に異なり得る。したがって、親和性及びその他の結合パラメータ（例えば、ＫＤ、Ｋｏｎ、Ｋｏｆｆ）の測定は、典型的には、標準的な条件及び本明細書に記載される緩衝液などの標準化緩衝液を用いて行われる。例えばＢｉａｃｏｒｅ ３０００又はＰｒｏｔｅＯｎを用いた親和性測定での内部誤差（標準偏差（ＳＤ）として測定されるもの）は通常、典型的な検出範囲内で測定した場合、５～３３％の範囲内であり得ることが当業者には分かるであろう。「ごくわずかな（insubstantial）」とは、本開示の前立腺ネオ抗原に対するタンパク質性分子の測定された結合と比較して１００倍未満である結合を指す。本開示のタンパク質性分子は、前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体を発現している細胞を殺傷するタンパク質性分子の能力など、既知の方法及び本明細書に記載されているものを使用して、その活性及び機能を更に特性評価することができる。
抗体及び抗原結合ドメイン
前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に特異的に結合する抗体及び抗原結合ドメインは、既知の方法を使用して作製され得る。このような抗体は、任意の種類（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、及びＩｇＹ）、クラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２）、又はサブクラスの免疫グロブリン分子を含み得る。
例えば、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５，１９７５のハイブリドーマ法を使用してモノクローナル抗体を作製することができる。ハイブリドーマ法では、マウス又は他の宿主動物、例えばハムスター、ラット、若しくはサルを、１つ以上の前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体で免疫した後、標準的な方法を用いて免疫させた動物からの脾臓細胞を骨髄腫細胞と融合させて、ハイブリドーマ細胞を形成する（Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，ｐｐ．５９－１０３ （Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８６））。単一の不死化したハイブリドーマ細胞から発生したコロニーを、本開示の前立腺ネオ抗原に対する結合特異性及び親和性などの所望の特性を有する抗体の生成についてスクリーニングする。
様々な宿主動物を使用して、抗体を生成することができる。例えば、Ｂａｌｂ／ｃマウス、ラット、又はニワトリを使用して、ＶＨ／ＶＬ対を含有する抗体を作製することができ、ラマ及びアルパカを使用して、標準的な免疫化プロトコルを用いて重鎖のみ（ＶＨＨ）抗体を作製することができる。非ヒト動物において作製された抗体を、よりヒトに近い配列を作製するための様々な技術を使用してヒト化してもよい。
ヒト受容体フレームワークの選択を含む例示的なヒト化技術は既知であり、ＣＤＲ移植（米国特許第５，２２５，５３９号）、ＳＤＲ移植（米国特許第６，８１８，７４９号）、リサーフェシング（Ｐａｄｌａｎ，（１９９１）Ｍｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２８：４８９－４９９）、特異性決定残基のリサーフェシング（米国特許出願公開第２０１０／０２６１６２０号）、ヒトフレームワーク適合（米国特許第８，７４８，３５６号）、及び超ヒト化（米国特許第７，７０９，２２６号）が挙げられる。これらの方法では、親フレームワークに対する全体的な相同性に基づいて、ＣＤＲの長さの類似性若しくはカノニカル構造の同一性に基づいて、又はこれらの任意の組み合わせで選択され得るヒトフレームワークに親抗体のＣＤＲを移植する。
ヒト化抗体は、国際公開第１０９０／００７８６１号及び同第１９９２／２２６５３号に記載されているものなどの技術によって、結合親和性を保存するように変化させたフレームワーク支持残基を組み込むことによって（復帰変異）、又は任意のＣＤＲに変異を導入して、例えば抗体の親和性を改善することによって、所望の抗原に対するその選択性又は親和性を改善するように更に最適化させてもよい。
ゲノム中にヒト免疫グロブリン（Ｉｇ）遺伝子座を有するマウス又はラットなどのトランスジェニック動物を使用して、前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に対するヒト抗体を作製することができ、これは、例えば、以下に記載されている：米国特許第６，１５０，５８４号、国際公開第９９／４５９６２号、同第２００２／０６６６３０号、同第２００２／４３４７８号、同第２００２／０４３４７８号、及び同第１９９０／０４０３６号、Ｌｏｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ（１９９４）Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８５６－９；Ｇｒｅｅｎ ｅｔ ａｌ （１９９４） Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔ．７：１３－２１；Ｇｒｅｅｎ ＆ Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ（１９９８）Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１８８：４８３－９５；Ｌｏｎｂｅｒｇ ａｎｄ Ｈｕｓｚａｒ （１９９５） Ｉｎｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ １３：６５－９３；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９１） Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２１：１３２３－ １３２６；Ｆｉｓｈｗｉｌｄ ｅｔ ａｌ．，（１９９６） Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ １４：８４５－８５１；Ｍｅｎｄｅｚ ｅｔ ａｌ．，（１９９７） Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ １５：１４６－１５６；Ｇｒｅｅｎ （１９９９） Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２３１：１１－２３；Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，（１９９９） Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５９：１２３６－１２４３；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ ａｎｄ Ｔａｕｓｓｉｇ （１９９７） Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ８：４５５－４５８。このような動物の内在的な免疫グロブリン遺伝子座を破壊又は欠失させてもよく、相同又は非相同組換えを使用して、導入染色体（transchromosome）を使用して、又はミニ遺伝子を使用して、少なくとも１つの完全な又は部分的なヒト免疫グロブリン遺伝子座を動物のゲノムに挿入してもよい。Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ＿ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ＿ｃｏｍ）、Ｈａｒｂｏｕｒ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ＿ｈａｒｂｏｕｒａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ＿ｃｏｍ）、Ｏｐｅｎ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（ＯＭＴ）（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ＿ｏｍｔｉｎｃ＿ｎｅｔ）、ＫｙＭａｂ（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ＿ｏｍｔｉｎｃ＿ｎｅｔ）、Ｔｒｉａｎｎｉ（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ．ｔｒｉａｎｎｉ＿ｃｏｍ）、及びＡｂｌｅｘｉｓ（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ＿ａｂｌｅｘｉｓ＿ｃｏｍ）などの企業は、上記の技術を使用して、選択抗原を標的としたヒト抗体を提供するべく取り組んでいる場合がある。
ヒト抗体は、ヒト免疫グロブリン又はその一部、例えば、Ｆａｂ、単鎖抗体（ｓｃＦｖ）、ドメイン抗体、又は不対若しくは対合抗体の可変領域を発現するようにファージが遺伝子操作されているファージディスプレイライブラリから選択することができる（Ｋｎａｐｐｉｋ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２９６：５７－８６；Ｋｒｅｂｓ ｅｔ ａｌ．，（２００１） Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈ ２５４：６７－８４；Ｖａｕｇｈａｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９６） Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４：３０９－３１４；Ｓｈｅｅｔｓ ｅｔ ａｌ．，（１９９８） ＰＩＴＡＳ （ＵＳＡ） ９５：６１５７－６１６２；Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ （１９９１） Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２２７：３８１；Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，（１９９１） Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２２２：５８１）。本開示の抗体は、例えば、Ｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ３９７：３８５－９６及び国際公開第０９／０８５４６２号）に記載の通り、バクテリオファージｐＩＸコートタンパク質を含む異種ポリペプチドとして抗体の重鎖及び軽鎖可変領域を発現しているファージディスプレイライブラリから単離され得る。前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に結合するファージについてライブラリをスクリーニングしてよく、得られた陽性クローンを更に特性評価してよく、クローン溶解物からＦａｂを単離し、完全長ＩｇＧとして発現させる。ヒト抗体を単離するためのそのようなファージディスプレイ法は、例えば、米国特許第５，２２３，４０９号、同第５，４０３，４８４号、同第５，５７１，６９８号、同第５，４２７，９０８号、同第５，５８０，７１７号、同第５，９６９，１０８号、同第６，１７２，１９７号、同第５，８８５，７９３号、同第６，５２１，４０４号、同第６，５４４，７３１号、同第６，５５５，３１３号、同第６，５８２，９１５号、及び同第６，５９３，０８１号に記載されている。ＨＬＡ／ネオ抗原複合体又はネオ抗原単独への結合について、抗体を更に試験してもよい。
免疫原性抗原の調製及びモノクローナル抗体の生成は、組み換えタンパク質生成又はペプチドの化学合成などの任意の好適な技術を使用して実施することができる。免疫原性抗原は、精製タンパク質、あるいは全細胞又は細胞若しくは組織抽出物を含むタンパク質混合物の形態で動物に投与されてもよく、あるいは、抗原は、当該抗原又はその一部分をコードしている核酸から動物の体内で新規に（de novo）形成されてもよい。
前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に特異的に結合する抗原結合ドメインは、本明細書に記載の抗体に由来していてもよい。抗原結合ドメインとしては、単鎖抗体、Ｆａｂ断片、Ｆｖ断片、単鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）、ＶＨＨドメイン、ＶＨ、ＶＬ、選択的スカフォールド（例えば、非抗体抗原結合ドメイン）、二価抗体断片、例えば、（Ｆａｂ）２’－断片、Ｆ（ａｂ’）断片、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、イントラボディ、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、及びデカボディが挙げられる。
前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体及び第２の抗原に特異的に結合する二重特異性及び多重特異性抗体は、既知の方法を使用して作製することができる。第２の抗原は、Ｔ細胞受容体複合体（ＴＣＲ複合体）であってよい。第２の抗原は、ＴＣＲ複合体内のＣＤ３であってもよい。本開示の前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体及び第２の抗原に特異的に結合する二重特異性及び多重特異性抗体は、前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体及び第２抗原に特異的に結合する任意の既知の抗原結合ドメインフォーマットを使用して任意の多価フォーマットに遺伝子操作することができる。前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に特異的に結合する抗原結合ドメインは、１つ以上のＦｃドメイン若しくはその断片に、又は任意選択でアルブミン、ＰＥＧ、若しくはトランスフェリンを含む半減期延長部分などの他のスカフォールドにコンジュゲートさせてもよい。
２つ以上の前立腺ネオ抗原に特異的に結合する多重特異性抗体は、前立腺ネオ抗原を発現している腫瘍細胞の標的化における特異性の改善という観点から利益をもたらし得る。
前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に特異的に結合する抗原結合ドメインは、Ｆａｂアーム交換を使用して作製され、インビトロでＦａｂアーム交換を促進するＩｇ定常領域ＣＨ３ドメイン内の２つの単一特異性二価抗体に置換が導入されている完全長多重特異性抗体に遺伝子操作されてもよい。この方法では、ヘテロ二量体の安定性を促進する特定の置換をＣＨ３ドメインに有するように、２つの単一特異性二価抗体を遺伝子操作する。これらの抗体は、ヒンジ領域におけるシステインがジスルフィド結合を異性化させるのに十分な還元条件下において共にインキュベートされ、それにより、Ｆａｂアーム交換により二重特異性抗体が生成される。インキュベート条件は、最適には、非還元条件に戻され得る。使用され得る代表的な還元剤は、２－メルカプトエチルアミン（２－ＭＥＡ）、ジチオスレイトール（ＤＴＴ）、ジチオエリスリトール（ＤＴＥ）、グルタチオン、トリス（２－カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）、Ｌ－システイン、及びβ－メルカプトエタノールであり、好ましくは、２－メルカプトエチルアミン、ジチオスレイトール、及びトリス（２－カルボキシエチル）ホスフィンからなる群から選択される還元剤である。例えば、少なくとも２０℃の温度で、少なくとも２５ｍＭの２－ＭＥＡの存在下又は少なくとも０．５ｍＭのジチオスレイトールの存在下で、ｐＨ５～８、例えばｐＨ７．０又はｐＨ７．４で、少なくとも９０分間のインキュベートを用いることができる。
使用され得るＣＨ３変異としては、ノブインホール変異（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、静電的マッチ変異（Ｃｈｕｇａｉ、Ａｍｇｅｎ、ＮｏｖｏＮｏｒｄｉｓｋ、Ｏｎｃｏｍｅｄ）、鎖交換遺伝子操作ドメインボディ（ＳＥＥＤｂｏｄｙ）（ＥＭＤ Ｓｅｒｏｎｏ）、Ｄｕｏｂｏｄｙ（登録商標）変異（Ｇｅｎｍａｂ）、及び他の非対称変異（例えば、Ｚｙｍｅｗｏｒｋｓ）などの技術が挙げられる。
ノブインホール変異は、例えば、国際公開第１９９６／０２７０１１号に開示されており、小さい側鎖（ホール）を有するアミノ酸が第１のＣＨ３領域に導入され、大きな側鎖（ノブ）を有するアミノ酸が第２のＣＨ３領域に導入され、第１のＣＨ３領域と第２のＣＨ３領域との間に優先的な相互作用をもたらす、ＣＨ３領域の界面上の変異が含まれる。ノブ及びホールを形成する例示的なＣＨ３領域変異は、Ｔ３６６Ｙ／Ｆ４０５Ａ、Ｔ３６６Ｗ／Ｆ４０５Ｗ、Ｆ４０５Ｗ／Ｙ４０７Ａ、Ｔ３９４Ｗ／Ｙ４０７Ｔ、Ｔ３９４Ｓ／Ｙ４０７Ａ、Ｔ３６６Ｗ／Ｔ３９４Ｓ、Ｆ４０５Ｗ／Ｔ３９４Ｓ、及びＴ３６６Ｗ／Ｔ３６６Ｓ＿Ｌ３６８Ａ＿Ｙ４０７Ｖである。
重鎖ヘテロ二量体形成は、米国特許出願公開第２０１０／００１５１３３号、同第２００９／０１８２１２７号、同第２０１０／０２８６３７号、又は同第２０１１／０１２３５３２号に記載のように、第１のＣＨ３領域上の正に荷電した残基及び第２のＣＨ３領域上の負に荷電した残基を置換することにより、静電相互作用を使用することによって促進され得る。
重鎖ヘテロ二量体化を促進するために使用することができる他の非対称変異は、米国特許出願公開第２０１２／０１４９８７６号又は同第２０１３／０１９５８４９号（Ｚｙｍｅｗｏｒｋｓ）に記載のＬ３５１Ｙ＿Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ／Ｔ３９４Ｗ、Ｔ３６６Ｉ＿Ｋ３９２Ｍ＿Ｔ３９４Ｗ／Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ、Ｔ３６６Ｌ＿Ｋ３９２Ｍ＿Ｔ３９４Ｗ／Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ、Ｌ３５１Ｙ＿Ｙ４０７Ａ／Ｔ３６６Ａ＿Ｋ４０９Ｆ、Ｌ３５１Ｙ＿Ｙ４０７Ａ／Ｔ３６６Ｖ＿Ｋ４０９Ｆ、Ｙ４０７Ａ／Ｔ３６６Ａ＿Ｋ４０９Ｆ、又はＴ３５０Ｖ＿Ｌ３５１Ｙ＿Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ／Ｔ３５０Ｖ＿Ｔ３６６Ｌ＿Ｋ３９２Ｌ＿Ｔ３９４Ｗである。
ＳＥＥＤボディ変異は、米国特許出願公開第２００７／０２８７１７０号に記載のように、選択されたＩｇＧ残基をＩｇＡ残基と置換して、重鎖ヘテロ二量体化を促進することを伴う。
使用され得る他の例示的な変異は、国際公開第２００７／１４７９０１号、国際公開第２０１１／１４３５４５号、国際公開第２０１３／１５７９５４号、国際公開第２０１３／０９６２９１号、及び米国特許出願公開第２０１８／０１１８８４９号に記載のＲ４０９Ｄ＿Ｋ３７０Ｅ／Ｄ３９９Ｋ＿Ｅ３５７Ｋ、Ｓ３５４Ｃ＿Ｔ３６６Ｗ／Ｙ３４９Ｃ＿Ｔ３６６Ｓ＿Ｌ３６８Ａ＿Ｙ４０７Ｖ、Ｙ３４９Ｃ＿Ｔ３６６Ｗ／Ｓ３５４Ｃ＿Ｔ３６６Ｓ＿Ｌ３６８Ａ＿Ｙ４０７Ｖ、Ｔ３６６Ｋ／Ｌ３５１Ｄ、Ｌ３５１Ｋ／Ｙ３４９Ｅ、Ｌ３５１Ｋ／Ｙ３４９Ｄ、Ｌ３５１Ｋ／Ｌ３６８Ｅ、Ｌ３５１Ｙ＿Ｙ４０７Ａ／Ｔ３６６Ａ＿Ｋ４０９Ｆ、Ｌ３５１Ｙ＿Ｙ４０７Ａ／Ｔ３６６Ｖ＿Ｋ４０９Ｆ、Ｋ３９２Ｄ／Ｄ３９９Ｋ、Ｋ３９２Ｄ／Ｅ３５６Ｋ、Ｋ２５３Ｅ＿Ｄ２８２Ｋ＿Ｋ３２２Ｄ／Ｄ２３９Ｋ＿Ｅ２４０Ｋ＿Ｋ２９２Ｄ、Ｋ３９２Ｄ＿Ｋ４０９Ｄ／Ｄ３５６Ｋ＿Ｄ３９９Ｋである。
Ｄｕｏｂｏｄｙ（登録商標）変異（Ｇｅｎｍａｂ）は、例えば、米国特許第９１５０６６３号及び米国特許出願公開第２０１４／０３０３３５６号に開示されており、Ｆ４０５Ｌ／Ｋ４０９Ｒ、野生型／Ｆ４０５Ｌ＿Ｒ４０９Ｋ、Ｔ３５０Ｉ＿Ｋ３７０Ｔ＿Ｆ４０５Ｌ／Ｋ４０９Ｒ、Ｋ３７０Ｗ／Ｋ４０９Ｒ、Ｄ３９９ＡＦＧＨＩＬＭＮＲＳＴＶＷＹ／Ｋ４０９Ｒ、Ｔ３６６ＡＤＥＦＧＨＩＬＭＱＶＹ／Ｋ４０９Ｒ、Ｌ３６８ＡＤＥＧＨＮＲＳＴＶＱ／Ｋ４０９ＡＧＲＨ、Ｄ３９９ＦＨＫＲＱ／Ｋ４０９ＡＧＲＨ、Ｆ４０５ＩＫＬＳＴＶＷ／Ｋ４０９ＡＧＲＨ、及びＹ４０７ＬＷＱ／Ｋ４０９ＡＧＲＨの変異が含まれる。
前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に特異的に結合する抗原結合ドメインを組み込むことができる更なる二重特異性又は多重特異性構造としては、二重可変ドメイン免疫グロブリン（ＤＶＤ）（国際公開第２００９／１３４７７６号が挙げられ；ＤＶＤは、ＶＨ１－リンカー－ＶＨ２－ＣＨ構造を有する重鎖と、ＶＬ１－リンカー－ＶＬ２－ＣＬ構造を有する軽鎖とを含む完全長抗体であり、リンカーは任意である）、ロイシンジッパー又はコラーゲン二量化ドメインなどの、異なる特異性を有する２つの抗体アームを結合するための様々な二量化ドメインを含む構造（国際公開第２０１２／０２２８１１号、米国特許第５，９３２，４４８号、米国特許第６，８３３，４４１号）、一緒にコンジュゲートされた２つ又は３つ以上のドメイン抗体（ｄＡｂ）、ダイアボディ、ラクダ科抗体及び操作されたラクダ科抗体などの重鎖のみ抗体、二重標的（ＤＴ）－Ｉｇ（ＧＳＫ／Ｄｏｍａｎｔｉｓ）、２ｉｎ１抗体（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、架橋Ｍａｂ（Ｋａｒｍａｎｏｓ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ）、ｍＡｂ２（Ｆ－Ｓｔａｒ）、及びＣｏｖＸボディ（ＣｏｖＸ／Ｐｆｉｚｅｒ）、ＩｇＧ様二重特異性（ＩｎｎＣｌｏｎｅ／Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、Ｔｓ２Ａｂ（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ／ＡＺ）、及びＢｓＡｂ（Ｚｙｍｏｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＨＥＲＣＵＬＥＳ（Ｂｉｏｇｅｎ Ｉｄｅｃ）、及びＴｖＡｂ（Ｒｏｃｈｅ）、ＳｃＦｖ／Ｆｃ融合体（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎ）、ＳＣＯＲＰＩＯＮ（Ｅｍｅｒｇｅｎｔ ＢｉｏＳｏｌｕｔｉｏｎｓ／Ｔｒｕｂｉｏｎ、Ｚｙｍｏｇｅｎｅｔｉｃｓ／ＢＭＳ）、二重親和性再標的技術（Ｆｃ－ＤＡＲＴ）（ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ）、及び二重（ＳｃＦｖ）２－Ｆａｂ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ－－Ｃｈｉｎａ）、二重活性又はＢｉｓ－Ｆａｂ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、Ｄｏｃｋ－ａｎｄ－Ｌｏｃｋ（ＤＮＬ）（ＩｍｍｕｎｏＭｅｄｉｃｓ）、二価二重特異性（Ｂｉｏｔｅｃｎｏｌ）、及びＦａｂ－Ｆｖ（ＵＣＢ－Ｃｅｌｌｔｅｃｈ）が含まれる。ＳｃＦｖ抗体、ダイアボディに基づく抗体、及びドメイン抗体には、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）（Ｍｉｃｒｏｍｅｔ）、タンデムダイアボディ（Ｔａｎｄａｂ）（Ａｆｆｉｍｅｄ）、二重親和性再標的技術（ＤＡＲＴ）（ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ）、一本鎖ダイアボディ（Ａｃａｄｅｍｉｃ）、ＴＣＲ様抗体（ＡＩＴ、ＲｅｃｅｐｔｏｒＬｏｇｉｃｓ）、ヒト血清アルブミンＳｃＦｖ融合体（Ｍｅｒｒｉｍａｃｋ）、及びＣＯＭＢＯＤＹ（Ｅｐｉｇｅｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、二重標的ナノボディ（Ａｂｌｙｎｘ）、二重標的重鎖のみドメイン抗体が含まれるが、これらに限定されない。
選択的スカフォールド
当該技術分野において既知であり、本明細書に記載されている様々なスカフォールドを使用して、前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に特異的に結合する選択的スカフォールド（抗体模倣物質とも称される）を作製することができる。選択的スカフォールドは、タンパク質スカフォールドとしてのフィブロネクチン若しくはテネイシンのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン（Ｆｎ３）（米国特許第６，６７３，９０１号；同第６，３４８，５８４号）、又は米国特許出願公開第２０１０／０２１６７０８及び同第２０１０／０２５５０５６号に記載のテンコンなどの合成ＦＮ３ドメインを組み込むように設計されたモノボディであってよい。追加の選択的スカフォールドは、Ａｄｎｅｃｔｉｎ（商標）、ｉＭａｂ、Ａｎｔｉｃａｌｉｎ（登録商標）、ＥＥＴＴＩ ＩＩ／ＡＧＲＰ、クニッツドメイン、チオレドキシンペプチドアプタマー、Ａｆｆｉｂｏｄｙ（登録商標）、ＤＡＲＰｉｎ、Ａｆｆｉｌｉｎ、Ｔｅｔｒａｎｅｃｔｉｎ、Ｆｙｎｏｍｅｒ、及びＡｖｉｍｅｒを含む。選択的スカフォールドは、可変ドメイン内の挿入、欠失、又は他の置換を許容する立体構造許容性の高い可変ドメインに会合する高度に構造化されたコアを含有する単鎖ポリペプチドフレームワークである。多様性を１つ以上の可変ドメインに、場合によっては構造化コアに導入するライブラリは、既知のプロトコルを使用して作製することができ、得られたライブラリは、本開示のネオ抗原への結合についてスクリーニングすることができ、同定された結合剤は、既知の方法を使用して、その特異性について更に特性評価することができる。選択的スカフォールドは、プロテインＡ、特にそのＺドメイン（アフィボディ）、ＩｍｍＥ７（免疫タンパク質）、ＢＰＴＩ／ＡＰＰＩ（クニッツドメイン）、Ｒａｓ結合タンパク質ＡＦ－６（ＰＤＺ－ドメイン）、カリブドトキシン（サソリ毒）、ＣＴＬＡ－４、Ｍｉｎ－２３（ノッチン）、リポカリン（アンチカリン）、ネオカリジノスタチン、フィブロネクチンドメイン、アンキリンコンセンサスリピートドメイン、又はチオレドキシン（Ｓｋｅｒｒａ，Ａ．，「Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ Ｎｏｎ－Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｓｃａｆｆｏｌｄｓ ｆｏｒ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ，」 Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１８：２９５－３０４ （２００５）；Ｈｏｓｓｅ ｅｔ ａｌ．，「Ａ Ｎｅｗ Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｉｓｐｌａｙ Ｓｃａｆｆｏｌｄｓ ｆｏｒ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ，」 Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉ．１５：１４－２７ （２００６）；Ｎｉｃａｉｓｅ ｅｔ ａｌ．，「Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ｂｙ ＣＤＲ Ｇｒａｆｔｉｎｇ ｏｎ ａ Ｎｏｎｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ Ｓｃａｆｆｏｌｄ，」 Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉ．１３：１８８２－１８９１ （２００４）；Ｎｙｇｒｅｎ ａｎｄ Ｕｈｌｅｎ，「Ｓｃａｆｆｏｌｄｓ ｆｏｒ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｎｏｖｅｌ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｓｉｔｅｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，」 Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃ．Ｂｉｏｌ．７：４６３－４６９ （１９９７）に由来し得る。
キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）
前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に特異的に結合する抗原結合ドメインをＣＡＲの細胞外ドメインに組み込むことにより、前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に結合するＣＡＲを作製することができる。ＣＡＲは、遺伝的に操作された受容体である。これらの操作された受容体は、当該技術分野で既知の技術に従って、Ｔ細胞を含む免疫細胞に容易に挿入し、それらによって発現させることができる。ＣＡＲによって、単一の受容体は、特定の抗原を認識し、その抗原に結合したときに、免疫細胞を活性化して、その抗原を担持する細胞を攻撃及び破壊するようにプログラミングすることができる。これらの抗原が腫瘍細胞上に存在する場合、ＣＡＲを発現する免疫細胞は、腫瘍細胞を標的とし、それらを殺傷することができる。
ＣＡＲは、典型的には、抗原（例えば、前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＶＡ複合体）に結合する細胞外ドメイン、任意選択のリンカー、膜貫通ドメイン、並びに共刺激ドメイン及び／又はシグナル伝達ドメインを含む細胞質ドメインを含む。
ＣＡＲの細胞外ドメインは、所望の抗原（例えば、前立腺ネオ抗原）に特異的に結合する任意のポリペプチドを含有していてよい。細胞外ドメインは、抗体の一部分又は代替的な足場であるｓｃＦｖを含み得る。ＣＡＲはまた、タンデムに配置され、リンカー配列によって分離され得る２つ以上の所望の抗原に結合するように遺伝子操作されてもよい。例えば、１つ又は２つ以上のドメイン抗体、ｓｃＦｖ、ラマＶＨＨ抗体、又は他のＶＨのみ抗体断片を、リンカーを介してタンデムに構成して、ＣＡＲに二重特異性又は多重特異性を提供してもよい。
ＣＡＲの膜貫通ドメインは、ＣＤ８の膜貫通ドメイン、Ｔ細胞受容体のアルファ、ベータ、若しくはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、ＫＩＲＤＳ２、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＬＦＡ－１（ＣＤＩ ｌａ、ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、４－１ＢＢＬ、ＧＩＴＲ、ＣＤ４０、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ（ＬＩＧＨＴＲ）、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦＩ）、ＣＤ１６０、ＣＤ１９、ＩＬ２Ｒベータ、ＩＬ２Ｒガンマ、ＩＬ７Ｒ ａ、ＩＴＧＡ１、ＶＬＡ１、ＣＤ４９ａ、ＩＴＧＡ４、ＩＡ４、ＣＤ４９Ｄ、ＩＴＧＡ６、ＶＬＡ－６、ＣＤ４９ｆ、ＩＴＧＡＤ、ＣＤＩ Ｉｄ、ＩＴＧＡＥ、ＣＤ１０３、ＩＴＧＡＬ、ＣＤＩ ｌａ、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＡＭ、ＣＤＩ ｌｂ、ＩＴＧＡＸ、ＣＤＩ ｌｃ、ＩＴＧＢ１、ＣＤ２９、ＩＴＧＢ２、ＣＤ１８、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＢ７、ＴＮＦＲ２、ＤＮＡＭ１（ＣＤ２２６）、ＳＬＡＭＦ４（ＣＤ２４４、２Ｂ４）、ＣＤ８４、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＲＴ ＡＭ、Ｌｙ９（ＣＤ２２９）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＰＳＧＬ１、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＳＬＡＭＦ６（ＮＴＢ－Ａ、Ｌｙｌ０８）、ＳＬＡＭ（ＳＬＡＭＦ１、ＣＤ１５０、ＩＰＯ－３）、ＢＬＡＭＥ（ＳＬＡＭＦ８）、ＳＥＬＰＬＧ（ＣＤ１６２）、ＬＴＢＲ、ＰＡＧ／Ｃｂｐ、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４６、ＮＫＧ２Ｄ、及び／又はＮＫＧ２Ｃに由来し得る。
ＣＡＲの細胞内共刺激ドメインは、１つ又は２つ以上の共刺激分子の細胞内ドメインに由来し得る。共刺激分子は、抗原への結合時にＴリンパ球の効率的な活性化及び機能に必要な第２のシグナルを提供する、抗原受容体又はＦｃ受容体以外の周知の細胞表面分子である。ＣＡＲにおいて使用され得る例示的な共刺激ドメインは、４－１ＢＢ、ＣＤ２、ＣＤ７、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤ５４（ＩＣＡＭ）、ＣＤ８３、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５２（ＣＴＬＡ４）、ＣＤ２２３（ＬＡＧ３）、ＣＤ２７０（ＨＶＥＭ）、ＣＤ２７８（ＩＣＯＳ）、ＤＡＰ１０、ＬＡＴ、ＮＫＤ２Ｃ ＳＬＰ７６、ＴＲＩＭ、ＢＴＬＡ、ＧＩＴＲ、ＣＤ２２６、ＨＶＥＭ、及びＺＡＰ７０の細胞内ドメインである。
ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインは、例えば、ＣＤ３ζ、ＣＤ３ε、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ６６ｄ、ＣＤ３９ ＤＡＰ１０、ＤＡＰ１２、Ｆｃ ε受容体Ｉγ鎖（ＦＣＥＲ１Ｇ）、ＦｃＲβ、ＣＤ３δ、ＣＤ３γ、ＣＤ５、ＣＤ２２６、又はＣＤ７９Ｂのシグナル伝達ドメインに由来し得る。「細胞内シグナル伝達ドメイン」とは、エフェクター細胞機能、例えば、活性化、サイトカインの産生、増殖、及び細胞傷害性活性（ＣＡＲに結合している標的細胞への細胞傷害性因子の放出、又は細胞外ＣＡＲドメインへの抗原結合後に惹起される他の細胞応答を含む）を惹起するために、標的抗原に対する有効なＣＡＲ結合のメッセージを免疫エフェクター細胞の内部に伝達することに関与するＣＡＲポリペプチドの一部を指す。
細胞外ドメインと膜貫通ドメインとの間に位置するＣＡＲの任意選択のリンカーは、約２～１００アミノ酸長のポリペプチドであってよい。リンカーは、隣接するタンパク質ドメインが互いに対して自由に移動するように、グリシン及びセリンなどの柔軟性残基を含み得るか、又は当該残基で構成され得る。２つの隣接するドメインが互いに立体的に干渉しないことを確実にすることが望ましい場合、より長いリンカーを使用することができる。リンカーは、開裂可能であっても開裂不可能であってもよい。開裂可能なリンカーの例には、２Ａリンカー（例えば、Ｔ２Ａ）、２Ａ様リンカー、又はこれらの機能的等価物及びこれらの組み合わせが含まれる。リンカーはまた、任意の免疫グロブリンのヒンジ領域又はヒンジ領域の一部分に由来し得る。リンカーの非限定的な例としては、ヒトＣＤ８α鎖の一部、ＣＤ２８の部分的細胞外ドメイン、ＦｃｙＲｌｌｌａ受容体、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、Ｉｇヒンジ、又はこれらの機能断片が挙げられる。
使用することができる例示的なＣＡＲは、例えば、本開示の前立腺ネオ抗原に結合する細胞外ドメイン、ＣＤ８膜貫通ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含有するＣＡＲである。他の例示的なＣＡＲは、本開示の前立腺ネオ抗原に結合する細胞外ドメイン、ＣＤ８又はＣＤ２８膜貫通ドメイン、ＣＤ２８、４１ＢＢ、又はＯＸ４０共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含有する。
ＣＡＲは、標準的な分子生物学的技術によって作製される。所望の抗原に結合する細胞外ドメインは、本明細書に記載の技術を使用して生成された抗体又はそれらの抗原結合断片に由来し得る。
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）
前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に結合するＴＣＲを作製することができる。ＴＣＲは、前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体へのＴ細胞結合、Ｔ細胞の単離、及びＴ細胞で発現したＴＣＲのシーケンシングに基づいて同定することができる。同定されたＴＣＲは、αβＴ細胞又はγδＴ細胞から同定されてもよい。同定されたＴＣＲは、その親和性、安定性、溶解度などを改善するために更に遺伝子操作されてもよい。ＴＣＲは、免疫グロブリンを親和性成熟させるために利用されるのと同じ技術を利用して親和性成熟させることができる。ＴＣＲは、システイン安定化された可溶性ＴＣＲとして発現させてもよく、これらは、遺伝子操作してα／β相互作用表面における変異、例えば、α鎖上のＧ１９２Ｒ及びβ鎖上のＲ２０８Ｇを導入することによって安定化され得る。ＴＣＲは、米国特許第７３２９７３１号、同第７８７１８１７（Ｂ２）号、同第７５６９６６４号、同第９１３３２６４号、同第９６２４２９２号、同第２０１２０２５２７４２（Ａ１）号、同第２０１６／０１３０３１９号、欧州特許第３２１５１６４（Ａ１）号、同第３２８６２１０（Ａ１）号、国際公開第２０１７０９１９０５（Ａ１）号、又は米国特許第９８８４０７５号に記載の通り、ジスルフィド結合を形成するシステイン残基を遺伝子操作してＴＣＲ定常ドメインに導入することによって、α鎖の１１、１３、１９、２１、５３、７６、８９、９１、又は９４位などの疎水性コアに変異を導入することによって、α及びβ鎖Ｖドメイン、膜貫通ドメイン又は定常ドメインの間の交換を含むドメイン交換を利用して、安定化することもできる。
本開示のＣＡＲ又はＴＣＲを発現する細胞
本開示の前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体の本開示の前立腺ネオ抗原に特異的に結合するＣＡＲ又はＴＣＲを発現する細胞は、本開示の範囲内である。本開示はまた、本開示のＣＡＲ又は本開示のＴＣＲを含む単離細胞を提供する。いくつかの実施形態では、単離細胞に本開示のＣＡＲ又はＴＣＲを形質導入し、その結果、本開示のＣＡＲ又はＴＣＲが細胞表面上で構成的に発現する。本開示のＣＡＲ又はＴＣＲを発現する細胞は、１つ以上の共刺激分子を発現するように更に遺伝子操作してもよい。例示的な共刺激分子は、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＬＩＧＨＴ、ＧＩＴＲ、４－１ＢＢ、及びＯＸ４０である。本開示のＣＡＲ又はＴＣＲを発現する細胞は、更に、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－１１、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１７又はＩＬ－２１などの１つ以上のサイトカイン又はケモカイン又は炎症促進性メディエータを産生するよう遺伝子操作してもよい。細胞は、既知の遺伝子編集技術を使用して不活性化された内因性ＴＣＲ遺伝子座及び／又はＨＬＡ遺伝子座を有し得る。いくつかの実施形態では、本開示のＣＡＲ又はＴＣＲを含む細胞は、リンパ系細胞を分化させることができるＴ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）、ヒト胚性幹細胞、リンパ球前駆細胞、Ｔ細胞前駆細胞、多能性幹細胞、又は誘導多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）である。
いくつかの実施形態では、本開示のＣＡＲ又はＴＣＲを含む単離細胞は、Ｔ細胞である。Ｔ細胞は、例えば初代Ｔ細胞などの培養Ｔ細胞、又は例えばＪｕｒｋａｔ、ＳｕｐＴ１などの培養Ｔ細胞株からのＴ細胞、又は哺乳類から得られるＴ細胞などの任意のＴ細胞であってよい。哺乳類から得られる場合、Ｔ細胞は、骨髄、血液、リンパ節、胸腺、又は他の組織若しくは体液を含む任意の供給源から得ることができる。Ｔ細胞はまた、富化又は精製されてもよい。Ｔ細胞は、ヒトＴ細胞であってよい。Ｔ細胞は、ヒトから単離されたＴ細胞であってもよい。Ｔ細胞は、任意の種類のＴ細胞であってよく、ＣＤ４＋ＣＤ８＋二重陽性Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞）、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、例えば、Ｔｈ１及びＴｈ２細胞、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、末梢血白血球（ＰＢＬ）、腫瘍浸潤細胞、メモリＴ細胞、ナイーブＴ細胞などを含む、任意の発生段階であってよい。Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞又はＣＤ４＋Ｔ細胞であってよい。Ｔ細胞は、αβＴ細胞又はγδＴ細胞であってよい。
いくつかの実施形態では、本開示のＣＡＲ又は本開示のＴＣＲを含む単離細胞は、ＮＫ細胞である。
いくつかの実施形態では、本開示のＣＡＲ又は本開示のＴＣＲを含む単離細胞は、αβＴ細胞である。
いくつかの実施形態では、本開示のＣＡＲ又は本開示のＴＣＲを含む単離細胞は、γδＴ細胞である。
いくつかの実施形態では、本開示のＣＡＲ又は本開示のＴＣＲを含む単離細胞は、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球である。
いくつかの実施形態では、本開示のＣＡＲ又は本開示のＴＣＲを含む単離細胞は、ヒト胚性幹細胞である。
いくつかの実施形態では、本開示のＣＡＲ又は本開示のＴＣＲを含む単離細胞は、リンパ球前駆細胞である。
いくつかの実施形態では、本開示のＣＡＲ又は本開示のＴＣＲを含む単離細胞は、多能性幹細胞である。
いくつかの実施形態では、本開示のＣＡＲ又は本開示のＴＣＲを含む単離細胞は、誘導多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）である。
本開示の細胞は、既知の方法を使用して、所望のＣＡＲ又はＴＣＲを含むレンチウイルスベクターを細胞に導入することによって作製することができる。本開示の細胞は、インビボで複製することができ、その結果、持続的な腫瘍制御をもたらし得る長期持続性が得られる。
細胞傷害性剤、薬物、検出可能な標識などとのコンジュゲート
ポリペプチド、異種ポリペプチド、及びこれらに結合するタンパク質性分子は、細胞傷害性剤、治療薬、検出可能な標識などにコンジュゲートさせてもよい。これらの分子は、本明細書では免疫複合体と称される。前立腺ネオ抗原を含む免疫複合体を使用して、前立腺ネオ抗原に結合するＨＬＡ分子を発現している細胞を検出し、ペイロードを送達するか又は殺傷することができる。前立腺ネオ抗原又は前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に特異的に結合する抗体、抗原結合断片、又は選択的スカフォールドを含む免疫複合体を使用して、より大きなタンパク質の状況で若しくはＨＬＡとの複合体で表面上に前立腺ネオ抗原を発現する細胞を検出し、ペイロードを送達するか若しくは殺傷することができる、又は細胞の溶解後に細胞内前立腺ネオ抗原を検出することができる。
いくつかの実施形態では、免疫複合体は、検出可能な標識を含む。
いくつかの実施形態では、免疫複合体は、細胞傷害性剤を含む。
いくつかの実施形態では、免疫複合体は、治療薬を含む。
検出可能な標識としては、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、又は化学的手段を介して可視化することができる組成物が挙げられる。検出可能な標識はまた、細胞傷害性剤を含んでいてもよく、細胞傷害性剤は検出可能な標識を含んでいてもよい。
例示的な検出可能な標識としては、放射性同位体、磁気ビーズ、金属ビーズ、コロイド粒子、蛍光染料、電子密度試薬、酵素（例えば、一般的にＥＬＩＳＡにおいて使用される）、ビオチン、ジゴキシゲニン、ハプテン、発光分子、化学発光分子、蛍光色素、フルオロフォア、蛍光消光剤、有色分子、放射性同位体、シンシレート（scintillates）、アビジン、ストレプトアビジン、プロテインＡ、プロテインＧ、抗体又はその断片、ポリヒスチジン、Ｎｉ２＋、Ｆｌａｇタグ、ｍｙｃタグ、重金属、酵素、アルカリホスファターゼ、ペルオキシダーゼ、ルシフェラーゼ、電子供与体／受容体、アクリジニウムエステル、及び比色基質が挙げられる。
検出可能な標識は、例えば、検出可能な標識が放射性同位体であるときなど、自発的にシグナルを発し得る。他の場合、検出可能な標識は、外部場によって刺激された結果として、シグナルを発する。
例示的な放射性同位体は、γ放出、オージェ放出、β放出、アルファ放出、又はポジトロン放出性の放射性同位体であり得る。例示的な放射性同位体としては、３Ｈ、１１Ｃ、１３Ｃ、１５Ｎ、１８Ｆ、１９Ｆ、５５Ｃｏ、５７Ｃｏ、６０Ｃｏ、６１Ｃｕ、６２Ｃｕ、６４Ｃｕ、６７Ｃｕ、６８Ｇａ、７２Ａｓ、７５Ｂｒ、８６Ｙ、８９Ｚｒ、９０Ｓｒ、９４ｍＴｃ、９９ｍＴｃ、１１５Ｉｎ、１２３１、１２４１、１２５Ｉ、１３１１、２１１Ａｔ、２１２Ｂｉ、２１３Ｂｉ、２２３Ｒａ、２２６Ｒａ、２２５Ａｃ、及び２２７Ａｃが挙げられる。
例示的な金属原子は、２０超の原子番号を有する金属、例えば、カルシウム原子、スカンジウム原子、チタン原子、バナジウム原子、クロム原子、マンガン原子、鉄原子、コバルト原子、ニッケル原子、銅原子、亜鉛原子、ガリウム原子、ゲルマニウム原子、ヒ素原子、セレン原子、臭素原子、クリプトン原子、ルビジウム原子、ストロンチウム原子、イットリウム原子、ジルコニウム原子、ニオブ原子、モリブデン原子、テクネチウム原子、ルテニウム原子、ロジウム原子、パラジウム原子、銀原子、カドミウム原子、インジウム原子、スズ原子、アンチモン原子、テルル原子、ヨウ素原子、キセノン原子、セシウム原子、バリウム原子、ランタン原子、ハフニウム原子、タンタル原子、タングステン原子、レニウム原子、オスミウム原子、イリジウム原子、白金原子、金原子、水銀原子、タリウム原子、鉛原子、ビスマス原子、フランシウム原子、ラジウム原子、アクチニウム原子、セリウム原子、プラセオジム原子、ネオジム原子、プロメチウム原子、サマリウム原子、ユウロピウム原子、ガドリニウム原子、テルビウム原子、ジスプロシウム原子、ホルミウム原子、エルビウム原子、ツリウム原子、イッテルビウム原子、ルテチウム原子、トリウム原子、プロトアクチニウム原子、ウラン原子、ネプツニウム原子、プルトニウム原子、アメリシウム原子、キュリウム原子、バーケリウム原子、カリホルニウム原子、アインスタイニウム原子、フェルミウム原子、メンデレビウム原子、ノーベリウム原子、又はローレンシウム原子である。
いくつかの実施形態では、金属原子は、２０超の原子番号を有するアルカリ土類金属であり得る。
いくつかの実施形態では、金属原子は、ランタニドであり得る。
いくつかの実施形態では、金属原子は、アクチニドであり得る。
いくつかの実施形態では、金属原子は、遷移金属であり得る。
いくつかの実施形態では、金属原子は、卑金属であり得る。
いくつかの実施形態では、金属原子は、金原子、ビスマス原子、タンタル原子、及びガドリニウム原子であり得る。
いくつかの実施形態では、金属原子は、５３（即ち、ヨウ素）～８３（即ち、ビスマス）の原子番号を有する金属であり得る。
いくつかの実施形態では、金属原子は、磁気共鳴映像法に好適な原子であり得る。
金属原子は、＋１、＋２、又は＋３の酸化状態の形態の金属イオン、例えば、Ｂａ２＋、Ｂｉ３＋、Ｃｓ＋、Ｃａ２＋、Ｃｒ２＋、Ｃｒ３＋、Ｃｒ６＋、Ｃｏ２＋、Ｃｏ３＋、Ｃｕ＋、Ｃｕ２＋、Ｃｕ３＋、Ｇａ３＋、Ｇｄ３＋、Ａｕ＋、Ａｕ３＋、Ｆｅ２＋、Ｆｅ３＋、Ｆ３＋、Ｐｂ２＋、Ｍｎ２＋、Ｍｎ３＋、Ｍｎ４＋、Ｍｎ７＋、Ｈｇ２＋、Ｎｉ２＋、Ｎｉ３＋、Ａｇ＋、Ｓｒ２＋、Ｓｎ２＋、Ｓｎ４＋、及びＺｎ２＋であり得る。金属原子は、金属酸化物、例えば、酸化鉄、酸化マンガン、又は酸化ガドリニウムを含み得る。
好適な色素としては、例えば、５（６）－カルボキシフルオレセイン、ＩＲＤｙｅ ６８０ＲＤマレイミド、又はＩＲＤｙｅ ８００ＣＷ、ルテニウムポリピリジル色素などの任意の市販の色素が挙げられる。
好適なフルオロフォアは、フルオレセインイソチオシアネート（fluorescein isothiocyante、ＦＩＴＣ）、フルオレセインチオセミカルバジド、ローダミン、テキサスレッド、ＣｙＤｙｅ（例えば、Ｃｙ３、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５）、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒｓ（例えば、Ａｌｅｘａ４８８、Ａｌｅｘａ５５５、Ａｌｅｘａ５９４、Ａｌｅｘａ６４７）、近赤外（near infrared、ＮＩＲ）（７００～９００ｎｍ）蛍光染料、並びにカルボシアニン及びアミノスチリル染料である。
検出可能な標識を含む免疫複合体は、造影剤として使用することもできる。
いくつかの実施形態では、細胞毒性剤は、化学療法剤、薬物、増殖阻害剤、毒素（例えば、細菌、真菌、植物、若しくは動物由来の酵素活性を有する毒素、又はその断片）、又は放射性同位体（即ち、放射性複合体）である。
いくつかの実施形態では、細胞毒性剤は、ダウノマイシン、ドキソルビシン、メトトレキサート、ビンデシン、ジフテリア毒素などの細菌毒素、リシン、ゲルダナマイシン、マイタンシノイド、又はカリケアマイシンである。細胞毒性剤は、チューブリン結合、ＤＮＡ結合、又はトポイソメラーゼ阻害を含む機構によってその細胞毒性又は細胞増殖抑制作用を引き起こし得る。
いくつかの実施形態では、細胞毒性剤は、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、外毒素Ａ鎖（緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシンＡ鎖、α－サルシン、アレウリテス・フォルディ（Aleurites fordii）タンパク質、ジアンチンタンパク質、フィトラカ・アメリカナ（Phytolaca americana）タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ－Ｓ）、モモルディカ・カランティア（momordica charantia）阻害剤、クルシン、クロチン、サパオナリア・オフィシナリス（sapaonaria officinalis）阻害剤、ゲロニン、ミトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、及びトリコテセンなどの酵素活性を有する毒素である。
いくつかの実施形態では、細胞毒性剤は、２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙ、及び１８６Ｒｅなどの放射性核種である。
いくつかの実施形態では、細胞毒性剤は、ドラスタチン又はドラスタチンのペプチド類似体及び誘導体、アウリスタチン又はモノメチルアウリスタチンフェニルアラニンである。例示的な分子は、米国特許第５，６３５，４８３号及び同第５，７８０，５８８号に開示されている。ドラスタチン及びアウリスタチンは、微小管動態、ＧＴＰの加水分解、並びに核及び細胞の分裂に干渉し（Ｗｏｙｋｅ ｅｔ ａｌ （２００１）Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ Ａｇｅｎｔｓ ａｎｄ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．４５（１２）：３５８０～３５８４）、抗癌及び抗真菌活性を有することが示されている。ドラスタチン及びアウリスタチン薬剤部位は、ペプチド薬剤部位のＮ（アミノ）末端若しくはＣ（カルボキシル）末端を介して（国際公開第０２／０８８１７２号）、又は抗体内に改変により加えられた任意のシステインを介して、本発明の抗体に結合することができる。
免疫複合体は、既知の方法を用いて作製することができる。
いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、キレート剤と複合体を形成している。
検出可能な標識、細胞傷害性剤、又は治療薬は、ポリペプチド、異種ポリペプチド、又は当該ポリペプチド若しくは異種ポリペプチドに結合するタンパク質性分子に直接又はリンカーを介して間接的に連結し得る。好適なリンカーは、当該技術分野において既知であり、例えば、補欠分子族、非フェノールリンカー（Ｎ－スクシミジル－ベンゾエートの誘導体、ドデカボラート）、大環状及び非環式の両キレート剤のキレート部分、例えば、１，４，７，１０－テトラアザシクロドデカン－１，４，７，１０，四酢酸（ＤＯＴＡ）の誘導体、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）の誘導体、Ｓ－２－（４－イソチオシアナトベンジル）－１，４，７－トリアザシクロノナン－１，４，７－三酢酸（ＮＯＴＡ）の誘導体、及び１，４，８，１１－テトラアザシクロドデカン－１，４，８，１１－四酢酸（ＴＥＴＡ）の誘導体、Ｎ－スクシンイミジル－３－（２－ピリジルジチオール）プロピオナート（ＳＰＤＰ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（例えば、ジメチルアジピミダートＨＣｌ）、活性エステル（例えば、ジスクシンイミジルスベラート）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド）、ビスアジド化合物（例えば、ビス（ｐ－アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス－ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス－（ｐ－ジアゾニウムベンゾイル）－エチレンジアミン）、ジイソシアナート（例えば、トルエン２，６－ジイソシアナート）、及びビス－活性フッ素化合物（例えば、１，５－ジフルオロ－２，４－ジニトロベンゼン）、並びに他のキレート部分が挙げられる。好適なペプチドリンカーは周知である。
治療、使用、及び投与の方法
対象に本開示の前立腺ネオ抗原を導入するために使用することができる本開示の様々な分子、例えば、本開示のポリヌクレオチド、異種ポリヌクレオチド、ポリペプチド、異種ポリペプチド、ベクター、組み換えウイルス、及びワクチンは、対象における前立腺癌を治療するために使用することができる。対象に本開示の前立腺ネオ抗原を導入するために使用することができる本開示の様々な分子、例えば、本開示のポリヌクレオチド、異種ポリヌクレオチド、ポリペプチド、異種ポリペプチド、ベクター、組み換えウイルス、及びワクチンは、対象における前立腺癌を予防するために使用することもできる。本開示の前立腺ネオ抗原又は本開示の前立腺ネオ抗原／ＨＬＡ複合体に特異的に結合するタンパク質性分子を使用して、対象における前立腺癌を治療又は予防することができる。
本明細書で同定される前立腺癌ネオ抗原は、前立腺癌を有する対象の集団において、少なくとも約１％以上、約２％以上、約３％以上、約４％以上、約５％以上、約６％以上、約７％以上、約８％以上、約９％以上、約１０％以上、約１１％以上、約１２％以上、約１３％以上、約１４％以上、約１５％以上、約１６％以上、約１７％以上、約１８％以上、約１９％以上、約２０％以上、約２１％以上、約２２％以上、約２３％以上、約２４％以上、約２５％以上、約２６％以上、約２７％以上、約２８％以上、約２９％以上、約３０％以上、約３５％以上、約４０％以上、約４５％以上、約５０％以上、約５５％以上、約６０％以上、約６５％以上、又は約７０％以上の頻度で存在する。
本開示は、治療的に有効な量の本開示の１つ以上のワクチンを対象に投与することを含む、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、本開示のワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬組成物を調製するための、本開示のワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための本開示のワクチンを提供する。
本開示はまた、治療的に有効な量の本開示の１つ以上の医薬組成物を対象に投与することを含む、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、本開示のｒＡｄ２６を含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、本開示のｒＭＶＡを含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、本開示のｒＧＡｄを含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、本開示のｒＧＡｄ２０を含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、本開示のｒＣｈ２０を含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、本開示のｒＡｄ２６及び本開示のｒＭＶＡを含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、本開示のｒＧＡｄ２０及び本開示のｒＭＶＡを含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、本開示の異種ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、本開示の異種ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、本開示のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、本開示のポリペプチドを含む。
「前立腺癌」は、組織病理学的な種類又は侵襲性の段階に関係なく、前立腺内の全ての種類の癌性成長又は発癌プロセス、転移組織又は悪性腫瘍形質転換細胞、組織、又は器官を含むことを意味する。
いくつかの実施形態では、癌は腺癌である。
いくつかの実施形態では、癌は転移性前立腺癌である。いくつかの実施形態では、前立腺癌は、直腸、リンパ節、若しくは骨、又はそれらの任意の組み合わせに転移している。
いくつかの実施形態では、前立腺癌は、再発性又は難治性前立腺癌である。
いくつかの実施形態では、前立腺癌は去勢抵抗性前立腺癌である。
いくつかの実施形態では、前立腺癌は、アンドロゲン除去療法に対して感受性である。
いくつかの実施形態では、前立腺癌は、アンドロゲン除去療法に対して非感受性である。
いくつかの実施形態では、対象は、治療未経験である。
いくつかの実施形態では、対象は、アンドロゲン除去療法を受けたことがある。
いくつかの実施形態では、対象は、上昇したレベルの前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）を有する。ＰＳＡは、レベルが典型的に約≧４．０ｎｇ／ｍＬであるときに、対象において上昇する。場合によっては、上昇したＰＳＡは、≧３．０ｎｇ／ｍＬのレベルオフを指し得る。ＰＳＡレベルは、アンドロゲン除去療法後のレベルと比較してもよい。
アンドロゲン除去療法としては、アビラテロン、ケトコナゾール、エンザルタミド、ガレテロン、ＡＲＮ－５０９、及びオルテロネル（ＴＡＫ－７００）、又は前立腺切除術が挙げられる。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＡｄ２６を含む第１のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの治療的に有効な量を投与することと、を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を治療する方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＧＡｄを含む第１のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの治療的に有効な量を投与することと、を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を治療する方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＧＡｄ２０を含む第１のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を治療する方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を予防する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＡｄ２６を含む第１のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を予防する方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を予防する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＧＡｄを含む第１のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を予防する方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を予防する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＧＡｄ２０を含む第１のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を予防する方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を強化する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＡｄ２６を含む第１のワクチンの免疫学的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの免疫学的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における免疫応答を強化する方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を強化する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＧＡｄを含む第１のワクチンの免疫学的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの免疫学的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における免疫応答を強化する方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を強化する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＧＡｄ２０を含む第１のワクチンの免疫学的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの免疫学的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における免疫応答を強化する方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＡｄ２６を含む第１のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を治療し、当該ｒＡｄ２６及び当該ｒＭＶＡが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のうちの１つ以上のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＧＡｄを含む第１のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を治療し、当該ｒＧＡｄ及び当該ｒＭＶＡが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のうちの１つ以上のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＧＡｄ２０を含む第１のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を治療し、当該ｒＧＡｄ２０及び当該ｒＭＶＡが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のうちの１つ以上のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を予防する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＡｄ２６を含む第１のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を予防し、当該ｒＡｄ２６及び当該ｒＭＶＡが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のうちの１つ以上のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を予防する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＧＡｄを含む第１のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を予防し、当該ｒＧＡｄ及び当該ｒＭＶＡが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のうちの１つ以上のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を予防する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＧＡｄ２０を含む第１のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を予防し、当該ｒＧＡｄ２０及び当該ｒＭＶＡが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のうちの１つ以上のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を強化する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＡｄ２６を含む第１のワクチンの免疫学的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの免疫学的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における免疫応答を強化し、当該ｒＡｄ２６及び当該ｒＭＶＡが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のうちの１つ以上のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を強化する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＧＡｄを含む第１のワクチンの免疫学的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの免疫学的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における免疫応答を強化し、当該ｒＧＡｄ及び当該ｒＭＶＡが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のうちの１つ以上のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を強化する方法であって、免疫応答を初回免疫するために本開示のｒＧＡｄ２０を含む第１のワクチンの免疫学的に有効な量を当該対象に投与することと、免疫応答を追加免疫するために本開示のｒＭＶＡを含む第２のワクチンの免疫学的に有効な量を当該対象に投与することと、を含み、それにより、当該対象における免疫応答を強化し、当該ｒＧＡｄ２０及び当該ｒＭＶＡが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のうちの１つ以上のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、対象は、前立腺癌を有すると疑われるか又は発症すると疑われる。
本開示のワクチンは、典型的には、筋肉内又は皮下注射によって投与され得る。しかしながら、静脈内、皮膚、皮内、又は鼻腔などの他の投与様式も同様に想定され得る。ワクチンの筋肉内投与は、針を使用することによって達成することができる。代替案は、組成物を投与するための無針注射装置（例えば、Ｂｉｏｊｅｃｔｏｒ（商標）の使用）又はワクチンを含有する凍結乾燥粉末の使用である。
静脈内、皮膚若しくは皮下注射、又は罹患部位への注射では、ベクターは、パイロジェンフリーであり、好適なｐＨ、等張性、及び安定性を有する非経口的に許容される水溶液の形態であり得る。当業者は、例えば、塩化ナトリウム注射剤、リンゲル注射剤、乳酸リンゲル注射剤などの等張性ビヒクルを使用して好適な溶液を調製することが可能である。必要に応じて、防腐剤、安定剤、緩衝剤、酸化防止剤、及び／又は他の添加剤を含めることができる。徐放性製剤を使用することもできる。
典型的には、投与は、前立腺癌の症状の発症前に前立腺ネオ抗原に対する免疫応答を生じさせる予防的目的を有する。
本開示のワクチンは、対象に投与されて、対象における免疫応答を引き起こす。検出可能な免疫応答を誘導するためのワクチンの量は、「免疫学的に有効な用量」であると定義される。本開示のワクチンは、体液性及び細胞性免疫応答を誘導し得る。典型的な実施形態では、免疫応答は、保護免疫応答である。
実際の投与量、並びに投与速度及び時間経過は、治療対象の性質及び重篤度によって決まる。治療の処方、例えば、投与量などの決定は、一般開業医及び他の医師の責任の範囲内であり、典型的には、治療される障害、個々の患者の状態、送達部位、投与の方法、及び開業医に既知の他の要因を考慮する。
１つの例示的なレジメンでは、アデノウイルスベクターを、約１０４～１０１２個のウイルス粒子／ｍＬの濃度を含有する約１００μＬ～約１０ｍＬの範囲の体積で（例えば、筋肉内に）投与する。アデノウイルスベクターは、０．２５～１．０ｍＬの範囲の体積、例えば０．５ｍＬの体積で投与してよい。
アデノウイルスは、１回の投与中に、約１０９～約１０１２個のウイルス粒子（ｖｐ）の量で、より典型的には約１０１０～約１０１２個のｖｐ量でヒト対象に投与され得る。
１つの例示的なレジメンでは、本開示のｒＭＶＡを、約ｌ×ｌ０７ＴＣＩＤ５０～ｌ×１０９ＴＣＩＤ５０（５０％組織培養感染量）又はＩｎｆ．Ｕ（感染単位）の用量を含有する、約１００μＬ～約１０ｍＬの範囲の体積の生理食塩水溶液で（例えば、筋肉内に）投与する。ｒＭＶＡは、０．２５～１．０ｍＬの範囲の体積で投与してよい。
追加免疫組成物は、初回免疫組成物の投与の数週間又は数ヶ月後、例えば、初回免疫組成物の投与の約１又は２週間、又は３週間、又は４週間、又は６週間、又は８週間、又は１２週間、又は１６週間、又は２０週間、又は２４週間、又は２８週間、又は３２週間、又は１～２年間後に２回以上投与してよい。更なる追加免疫組成物を、追加免疫工程（ｂ）の６週間～５年間後、例えば、最初の追加免疫接種の６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、若しくは２５週間、又は７、８、９、１０、１１、若しくは１２ヶ月、又は２、３、４、若しくは５年後に投与してもよい。任意選択で、更なる追加免疫工程（ｃ）を必要に応じて１回以上繰り返してもよい。
ワクチン療法のための前立腺ネオ抗原の組み合わせ
本明細書に記載の同定されたネオ抗原は、その汎用前立腺癌ワクチンへの含有について更に検証し、優先順位を付けることができる。含有に関する検討事項は、例えば、正常前立腺組織及び他の正常組織（肝臓、腎臓、膵臓、卵巣、前立腺、乳腺、結腸、胃、骨格筋、及び肺など）に対する前立腺癌組織における高発現、又は正常組織における検出不可能な発現、既知のアッセイにおいてＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を媒介するネオ抗原又はその断片の能力、ＨＬＡへの結合、ネオ抗原に由来するペプチド断片のＨＬＡへの実証されているインビボにおけるプロセシング及び提示、並びに前立腺癌対象における十分な有病率である。
検証プロセスを通じて、４１個のネオ抗原（配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７）が、その発現プロファイル、有病率、及びインビトロにおける免疫原性に基づいて、前立腺癌ワクチンに含めるのに特に有用であると同定された。４１個のネオ抗原の任意の組み合わせを利用して、任意の利用可能な送達ビヒクル及び任意の利用可能な形態、例えば、ペプチド、ＤＮＡ、ＲＮＡ、レプリコンを利用して又はウイルス送達を使用して対象に送達され得る前立腺癌ワクチンを作製することができると予想される。４１個のネオ抗原は、任意のネオ抗原の順序で異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドに組み立ててもよく、ネオ抗原の順序は、様々な送達の選択肢間で異なっていてよい。一般に、特定の順序でのネオ抗原の組み立ては、既知のアルゴリズムを利用した最小数の接合エピトープの作製に基づいていてよい。例示的なネオ抗原の順序は、本明細書及び実施例全体にわたって記載されている通り、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、６２４、５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドを提供する順序である。
本開示は、異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、当該異種ポリペプチドが、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む、ワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
いくつかの実施形態では、断片は、配列番号３８７、３８８、３９０、３９２、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、６２１、６３１、６３２、６３３、６３４、６３５、６３６、６３７、６３８、６３９、６４０、６４１、６４２、６４３、６４４、６４５、６４６、６４７、６４８、６４９、６５０、６５１、６５２、６５３、６５４、６５５、６５６、６５７、６５８、６５９、６６０、６６１、６６２、６６３、６６４、６６５、６６６、６６７、６６８、６６９、６７０、６７１、６７２、６７３、６７４、６７５、６７６、６７７、６７８、６７９、６８０、６８１、６８２、６８３、６８４、６８５、６８６、６８７、６８８、６８９、６９０、６９１、６９２、６９３、６９４、６９５、６９６、６９７、６９８、６９９、７００、７０１、７０２、７０３、７０４、７０５、７０６、７０７、７０８、７０９、７１０、又は７１１のポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、ワクチンが投与された対象における細胞性免疫応答を惹起することができる。
いくつかの実施形態では、細胞性免疫応答は、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、又は１７７のうちの１つ以上のポリペプチドの断片に対して特異的である。
いくつかの実施形態では、細胞性免疫応答は、ワクチン特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、又はＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化であり、当該活性化は、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、又はＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞によるＴＮＦα、ＩＦＮγ、又はＴＮＦα及びＩＦＮγの産生の増加によって評価される。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、プロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化部位、コザック配列、終止コドン、Ｔ細胞エンハンサー（ＴＣＥ）、又はこれらの任意の組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＣＭＶプロモーター又はワクシニアＰ７．５プロモーターを含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＥは、配列番号５４６のポリヌクレオチドによってコードされ、ＣＭＶプロモーターは、配列番号６２８のポリヌクレオチドを含み、ワクシニアＰ７．５プロモーターは、配列番号６３０のポリヌクレオチドを含み、ポリアデニル化部位は、配列番号６２９のウシ成長ホルモンポリアデニル化部位を含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリペプチドは、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５４２又は配列番号５５１のポリヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５４４又は配列番号５５３のポリヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ又はＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ｍＲＮＡ又は自己複製ＲＮＡである。
本開示はまた、配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号６２３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５４２の異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５１の異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５７の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５８の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５９の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号６２５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５４４の異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５３の異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、組み換えワクチンである。
いくつかの実施形態では、組み換えウイルスは、アデノウイルス（Ａｄ）、ポックスウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、又はレトロウイルスに由来する。
いくつかの実施形態では、組み換えウイルスは、ｈＡｄ５、ｈＡｄ７、ｈＡｄ１１、ｈＡｄ２６、ｈＡｄ３４、ｈＡｄ３５、ｈＡｄ４８、ｈＡｄ４９、ｈＡｄ５０、ＧＡｄ２０、Ｇａｄ１９、ＧＡｄ２１、ＧＡｄ２５、ＧＡｄ２６、ＧＡｄ２７、ＧＡｄ２８、ＧＡｄ２９、ＧＡｄ３０、ＧＡｄ３１、ＣｈＡｄ３、ＣｈＡｄ４、ＣｈＡｄ５、ＣｈＡｄ６、ＣｈＡｄ７、ＣｈＡｄ８、ＣｈＡｄ９、ＣｈＡｄ１０、ＣｈＡｄ１１、ＣｈＡｄ１６、ＣｈＡｄ１７、ＣｈＡｄ１９、ＣｈＡｄ２０、ＣｈＡｄ２２、ＣｈＡｄ２４、ＣｈＡｄ２６、ＣｈＡｄ３０、ＣｈＡｄ３１、ＣｈＡｄ３７、ＣｈＡｄ３８、ＣｈＡｄ４４、ＣｈＡｄ５５、ＣｈＡｄ６３、ＣｈＡｄ７３、ＣｈＡｄ８２、ＣｈＡｄ８３、ＣｈＡｄ１４６、ＣｈＡｄ１４７、ＰａｎＡｄ１、ＰａｎＡｄ２、ＰａｎＡｄ３、コペンハーゲンワクシニアウウイルス（Ｗ）、ニューヨーク弱毒ワクシニアウイルス（ＮＹＶＡＣ）、ＡＬＶＡＣ、ＴＲＯＶＡＣ、又は改変ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）に由来する。
いくつかの実施形態では、組み換えウイルスは、ＧＡｄ２０に由来する。
いくつかの実施形態では、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスは、配列番号７１３のポリヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、組み換えウイルスは、ＭＶＡに由来する。
いくつかの実施形態では、組み換えウイルスは、ｈＡｄ２６に由来する。
本開示はまた、配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号６２３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号７１３のポリヌクレオチド配列を含むワクチンであって、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５４２の異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５１の異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５７の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５８の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５９の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号６２５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５４４の異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号５５３の異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスであるワクチンを提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号５５４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号５５５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号５５６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号６２３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号５５７の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号５５８の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号５５９の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号６２５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、配列番号６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの治療的に有効な量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号５５４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号５５５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号５５６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号６２３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号５５７の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号５５８の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号５５９の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号６２５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌を治療又は予防するための医薬を調製するための、配列番号６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンの使用を提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５５４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５５５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５５６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号６２３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５５７の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５５８の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５５９の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号６２５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
いくつかの実施形態では、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンは、初回免疫として投与される。
いくつかの実施形態では、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンは、追加免疫として投与される。
いくつかの実施形態では、配列番号５４１又は５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド配列を含むワクチンは、初回免疫として投与される。
いくつかの実施形態では、配列番号５４３又は５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド配列を含むワクチンは、追加免疫として投与される。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンの治療的に有効な量を初回免疫として当該対象に投与することと；
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンの治療的に有効な量を追加免疫として当該対象に投与することと；
を含み、それにより、当該対象における前立腺癌を治療又は予防する方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含み、当該第１の異種ポリペプチド及び当該第２の異種ポリペプチドが、異なるアミノ酸配列を有する、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、第１の順序及び第２の順序で編成される。
いくつかの実施形態では、第１の順序で編成されるポリペプチドは、配列番号５４１又は配列番号５５０の異種ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、第２の順序で編成されるポリペプチドは、配列番号５４３又は配列番号５５２の異種ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ又はＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ｍＲＮＡ又は自己複製ＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、組み換えワクチンである。
いくつかの実施形態では、組み換えウイルスは、アデノウイルス、ポックスウイルス、アデノ随伴ウイルス、又はレトロウイルスに由来する。
いくつかの実施形態では、第１の順序で編成されるポリペプチドは、配列番号５４２又は配列番号５５１のポリヌクレオチドによってコードされている。
いくつかの実施形態では、第２の順序で編成されるポリペプチドは、配列番号５４４又は配列番号５５３のポリヌクレオチドによってコードされている。
いくつかの実施形態では、初回免疫は、配列番号５４１又は配列番号５５０の異種ポリペプチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含む。
いくつかの実施形態では、追加免疫は、配列番号５４３又は配列番号５５２の異種ポリペプチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含む。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、
配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、
配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、
配列番号５４１のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、
配列番号５４３のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、
配列番号５５０のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、
配列番号５５２のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、
配列番号５４１のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンであって、組み換えＧａｄ２０である第１のワクチンと、
配列番号５４３のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンであって、組み換えＭＶＡである第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、
配列番号５５０のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンであって、組み換えＧＡｄ２０である第１のワクチンと、
配列番号５５２のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンであって、組み換えＭＶＡである第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号５５４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号５５５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号５５６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号６２３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号５５７の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号５５８の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号５５９の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号６２５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、配列番号６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、
配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、
配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、
配列番号５４１のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、
配列番号５４３のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、
配列番号５５０のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、
配列番号５５２のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、
配列番号５４１のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンであって、組み換えＧａｄ２０である第１のワクチンと、
配列番号５４３のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンであって、組み換えＭＶＡである第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、対象における免疫応答を誘導する方法であって、
配列番号５５０のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンであって、組み換えＧＡｄ２０である第１のワクチンと、
配列番号５５２のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンであって、組み換えＭＶＡである第２のワクチンと、
を当該対象に投与することを含む方法を提供する。
本開示はまた、前立腺の治療又は予防において使用するための、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、を提供する。
本開示はまた、前立腺の治療又は予防において使用するための、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、を提供する。
本開示はまた、前立腺の治療又は予防において使用するための、配列番号５４１のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、配列番号５４３のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、を提供する。
本開示はまた、前立腺の治療又は予防において使用するための、配列番号５５０ｍのアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、配列番号５５２のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、を提供する。
本開示はまた、前立腺の治療又は予防において使用するための、配列番号５４１のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンであって、組み換えＧａｄ２０である第１のワクチンと、
配列番号５４３のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンであって、組み換えＭＶＡである第２のワクチンと、を提供する。
本開示はまた、前立腺の治療又は予防において使用するための、配列番号項５５０のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンであって、組み換えＧａｄ２０である第１のワクチンと、配列番号５５２のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンであって、組み換えＭＶＡである第２のワクチンと、を提供する。
本開示はまた、前立腺癌の治療又は予防において使用するための、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５５４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５５５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５５６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号６２３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５５７の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５５８の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５５９の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号６２５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含むワクチンを提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、を提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５４１のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、配列番号５４３のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、を提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５５０のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、配列番号５５２のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンと、を提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５４１のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンであって、組み換えＧａｄ２０である第１のワクチンと、配列番号５４３のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンであって、組み換えＭＶＡである第２のワクチンと、を提供する。
本開示はまた、免疫応答の誘導において使用するための、配列番号５５０のアミノ酸配列を含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンであって、組み換えＧＡｄ２０である第１のワクチンと、
配列番号５５２のアミノ酸配列を含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチンであって、組み換えＭＶＡである第２のワクチンと、を提供する。
いくつかの実施形態では、対象は、前立腺癌を有するか、有すると疑われるか、又は発症すると疑われる。前立腺診断は、免許を持った医師によって行われる。
いくつかの実施形態では、前立腺癌は、再発性前立腺癌、難治性前立腺癌、転移性前立腺癌、若しくは去勢抵抗性前立腺癌、又はこれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、対象は、治療未経験である。
いくつかの実施形態では、対象は、アンドロゲン除去療法を受けたことがある。
いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、対象に１回以上投与される。
いくつかの実施形態では、第２のワクチンは、対象に１回以上投与される。
いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約１～１６週間前の間に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約１週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約２週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約３週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約４週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約５週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約６週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約７週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約８週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約９週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約１０週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約１１週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約１２週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約１３週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約１４週間前に投与される。いくつかの実施形態では、第１のワクチンは、第２のワクチンを投与する約１６週間前に投与される。
いくつかの実施形態では、前立腺癌は、再発性前立腺癌、難治性前立腺癌、転移性前立腺癌、若しくは去勢抵抗性前立腺癌、又はこれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、方法は、追加の癌治療剤を対象に更に投与することを含む。
併用療法
本開示のワクチンは、前立腺癌を治療するための少なくとも１つの追加の癌治療剤と組み合わせて使用してもよい。
追加の癌治療剤は、手術、化学療法、アンドロゲン除去療法、放射線療法、標的治療、若しくはチェックポイント阻害剤、又はこれらの任意の組み合わせであってよい。
例示的な化学療法剤は、アルキル化剤；ニトロソウレア；代謝拮抗薬；抗腫瘍性抗生物質；植物アルキロイド；タキサン；ホルモン剤；並びに種々の剤、例えば、ブスルファン、カルボプラチン、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ダカルバジン、イホスファミド、塩酸メクロレタミン、メルファラン、プロカルバジン、チオテパ、ウラシルマスタード、５－フルオロウラシル、６－メルカプトプリン、カプシタビン、シトシンアラビノシド、フロクスウリジン、フルダラビン、ゲムシタビン、メトトレキサート、チオグアニン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、イダルビシン、マイトマイシンＣ、及びミトキサントロン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、ビノレルビン、パクリタキセル、ドセタキセルである。
例示的なアンドロゲン除去療法としては、酢酸アビラテロン、ケトコナゾール、エンザルタミド、ガレテロン、ＡＲＮ－５０９及びオルテロネル（ＴＡＫ－７００）、並びに精巣の外科切除が挙げられる。
放射線療法は、外部照射療法、内部放射線療法、インプラント放射線、定位放射線手術、全身放射線療法、放射線療法、及び永久的又は一時的な間質近接照射療法を含む、様々な方法を使用して投与され得る。外部照射療法は、照射野が設計されている三次元原体照射療法、局所放射線（例えば、予め選択された標的又は器官を対象とする放射線）、又は集束放射線を含む。集中放射線は、定位放射線手術、分割定位放射線手術、又は強度変調放射線療法から選択され得る。集束放射線は、放射線源として、粒子ビーム（プロトン）、コバルト－６０（光子）直線加速器（Ｘ線）を有し得る（例えば、国際公開第２０１２／１７７６２４号を参照されたい）。「近接照射療法」は、腫瘍又は他の増殖性組織疾患部位又はその付近で体内に挿入された空間的に閉じ込められた放射性材料によって送達される放射線療法を指し、放射性同位体（例えば、Ａｔ－２１１、Ｉ－１３１、Ｉ－１２５、Ｙ－９０、Ｒｅ－１８６、Ｒｅ－１８８、Ｓｍ－１５３、Ｂｉ－２１２、Ｐ－３２、及びＬｕ放射性同位体）への曝露を含む。細胞コンディショナとして使用するのに好適な放射線源は、固体と液体との両方を含む。放射線源は、固体源としてのＩ－１２５、Ｉ－１３１、Ｙｂ－１６９、Ｉｒ－１９２、固体源としてのＩ－１２５などの放射性核種、又は光子、ベータ粒子、ガンマ線、若しくは他の治療用光線を放出する他の放射性核種であり得る。放射性材料はまた、放射性核種の任意の溶液、例えばＩ－１２５若しくはＩ－１３１の溶液から作製された流体であってもよく、又はＡｕ－１９８、Ｙ－９０などの固体放射性核種の小粒子を含有する好適な流体のスラリーを使用して、放射性流体を生成することができる。放射性核種は、ゲル又は放射性ミクロスフィア中で具現化されてもよい。
標的療法としては、抗アンドロゲン療法、ベバシズマブなどの血管新生阻害剤、抗ＰＳＡ若しくは抗ＰＳＭＡ抗体、又はＰＳＡ若しくはＰＳＭＡに対する免疫応答を強化するワクチンが挙げられる。
例示的なチェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＮＬ２、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＨＶＥＭ、ＨＨＬＡ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ－３、ＴＩＭ－３、ＢＴＬＡ、ＣＤ１６０、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＬＡＩＲ１、ＴＧＦβ、ＩＬ－１０、Ｓｉｇｌｅｃファミリータンパク質、ＫＩＲ、ＣＤ９６、ＴＩＧＩＴ、ＮＫＧ２Ａ、ＣＤ１１２、ＣＤ４７、ＳＩＲＰＡ、又はＣＤ２４４のアンタゴニストである。「アンタゴニスト」とは、細胞タンパク質に結合したとき、該タンパク質の天然のリガンドによって誘導される少なくとも１つの反応又は活性を抑制する分子を指す。分子は、該少なくとも１つの反応若しくは活性が、アンタゴニストの非存在下（例えば、陰性対照）で抑制される少なくとも１つの反応若しくは活性よりも少なくとも約３０％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは１００％多く抑制されるとき、又はアンタゴニストの非存在下における抑制と比較して抑制が統計的に有意であるとき、アンタゴニストである。アンタゴニストは、抗体、可溶性リガンド、低分子、ＤＮＡ、又はｓｉＲＮＡなどのＲＮＡであってよい。チェックポイント阻害剤の例示的なアンタゴニストは、米国特許出願公開第２０１７／０１２１４０９号に記載されている。
いくつかの実施形態では、１つ以上のワクチン又は開示は、ＣＴＬＡ－４抗体、ＣＴＬＡ４リガンド、ＰＤ－１軸阻害剤、ＰＤ－Ｌ１軸阻害剤、ＴＬＲアゴニスト、ＣＤ４０アゴニスト、ＯＸ４０アゴニスト、ヒドロキシウレア、ルキソリチニブ、フェドラチニブ、４１ＢＢアゴニスト、ＣＤ２８アゴニスト、ＳＴＩＮＧアンタゴニスト、ＲＩＧ－１アンタゴニスト、ＴＣＲ－Ｔ療法、ＣＡＲ－Ｔ療法、ＦＬＴ３リガンド、硫酸アルミニウム、ＢＴＫ阻害剤、ＣＤ３８抗体、ＣＤＫ阻害剤、ＣＤ３３抗体、ＣＤ３７抗体、ＣＤ２５抗体、ＧＭ－ＣＳＦ阻害剤、ＩＬ－２、ＩＬ－１５、ＩＬ－７、ＣＤ３リダイレクション分子、ポマリミブ、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＴＮＦα、ＶＥＧＦ抗体、ＣＤ７０抗体、ＣＤ２７抗体、ＢＣＭＡ抗体、又はＧＰＲＣ５Ｄ抗体、これらの任意の組み合わせと組み合わせて投与される。
いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、イピリムマブ、セトレリマブ、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、シンチリマブ、セミプリマブ、トリパリマブ、カムレリズマブ、チスレリズマブ、ドストラリマブ、スパルタリズマブ、プロルゴリマブ、ＡＫ－１０５、ＨＬＸ－１０、バルスチリマブ、ＭＥＤＩ－０６８０、ＨＸ－００８、ＧＬＳ－０１０、ＢＩ－７５４０９１、ゲノリムズマブ、ＡＫ－１０４、ＭＧＡ－０１２、Ｆ－５２０、６０９Ａ、ＬＹ－３４３４１７２、ＡＭＧ－４０４、ＳＬ－２７９２５２、ＳＣＴ－Ｉ１０Ａ、ＲＯ－７１２１６６１、ＩＣＴＣＡＲ－０１４、ＭＥＤＩ－５７５２、ＣＳ－１００３、ＸｍＡｂ－２３１０４、Ｓｙｍ－０２１、ＬＺＭ－００９、ｈＡＢ２１、ＢＡＴ－１３０６、ＭＧＤ－０１９、ＪＴＸ－４０１４、ブジガリマブ、ＸｍＡｂ－２０７１７、ＡＫ－１０３、ＭＧＤ－０１３、ＩＢＩ－３１８、ササンリマブ、ＣＣ－９０００６、アベルマブ、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、ＣＳ－１００１、ビントラフスプアルファ、エンバホリマブ、ＣＸ－０７２、ＧＥＮ－１０４６、ＧＳ－４２２４、ＫＬ－Ａ１６７、ＢＧＢ－Ａ３３３、ＳＨＲ－１３１６、ＣＢＴ－５０２、ＩＬ－１０３、ＫＮ－０４６、ＺＫＡＢ－００１、ＣＡ－１７０、ＴＧ＿１５０１、ＬＰ－００２、ＩＮＣＢ－８６５５０、ＡＤＧ－１０４、ＳＨＲ－１７０１、ＢＣＤ－１３５、ＩＭＣ－００１、ＭＳＢ－２３１１、ＦＰＴ－１５５、ＦＡＺ－０５３、ＨＬＸ－２０、ヨーダポリマブ、ＦＳ－１１８、ＢＭＳ－９８６１８９、ＡＫ－１０６、ＭＣＬＡ－１４５、ＩＢＩ－３１８、若しくはＣＫ－３０１、又はこれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本開示の１つ以上のワクチンは、イピリムマブ、セトレリマブ、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、シンチリマブ．セミプリマブ、トリパリマブ、カムレリズマブ、チスレリズマブ、ドストラリマブ、スパルタリズマブ、プロルゴリマブ、バルスチリマブ、ブジガリマブ、ササンリマブ、アベルマブ、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、エンバホリマブ、若しくはヨーダポリマブ、又はこれらの任意の組み合わせと組み合わせて投与される。
キット
本開示はまた、
配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含む第１のワクチンと、
配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含む第２のワクチンと、
を含むキットを提供する。
本開示はまた、
配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含む第１のワクチンと、
配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含む第２ワクチンと、
を含むキットを提供する。
本開示はまた、
配列番号５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含む第１のワクチンと、
配列番号５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含む第２ワクチンと、
を含むキットを提供する。
選択された前立腺ネオ抗原の組み合わせをコードしている異種ポリペプチド又は含む異種ポリペプチド
本開示はまた、以下からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む単離異種ポリペプチドを提供する：
アミノ酸配列ＷＫＦＥＭＳＹＴＶＧＧＰＰＰＨＶＨＡＲＰＲＨＷＫＴＤＲ（配列番号２７５）を含むＡＳ１８；
アミノ酸配列ＹＥＡＧＭＴＬＧＧＫＩＬＦＦＬＦＬＬＬＰＬＳＰＦＳＬＩＦ（配列番号３８１）を含むＰ８７；
アミノ酸配列ＤＧＨＳＹＴＳＫＶＮＣＬＬＬＱＤＧＦＨＧＣＶＳＩＴＧＡＡＧＲＲＮＬＳＩＦＬＦＬＭＬＣＫＬＥＦＨＡＣ（配列番号３３３）を含むＡＳ５５；
アミノ酸配列ＴＧＧＫＳＴＣＳＡＰＧＰＱＳＬＰＳＴＰＦＳＴＹＰＱＷＶＩＬＩＴＥＬ（配列番号３３７）を含むＡＳ５７；
アミノ酸配列ＶＬＲＦＬＤＬＫＶＲＹＬＨＳ（配列番号２６９）を含むＡＳ１５；
アミノ酸配列ＤＹＷＡＱＫＥＫＧＳＳＳＦＬＲＰＳＣ（配列番号２５３）を含むＡＳ７；
アミノ酸配列ＶＰＦＲＥＬＫＮＶＳＶＬＥＧＬＲＱＧＲＬＧＧＰＣＳＣＨＣＰＲＰＳＱＡＲＬＴＰＶＤＶＡＧＰＦＬＣＬＧＤＰＧＬＦＰＰＶＫＳＳＩ（配列番号３０９）を含むＡＳ４３；
アミノ酸配列ＧＭＥＣＴＬＧＱＶＧＡＰＳＰＲＲＥＥＤＧＷＲＧＧＨＳＲＦＫＡＤＶＰＡＰＱＧＰＣＷＧＧＱＰＧＳＡＰＳＳＡＰＰＥＱＳＬＬＤ（配列番号３２５）を含むＡＳ５１；
アミノ酸配列ＧＮＴＴＬＱＱＬＧＥＡＳＱＡＰＳＧＳＬＩＰＬＲＬＰＬＬＷＥＶＲＧ（配列番号２７１）を含むＡＳ１６；
アミノ酸配列ＥＡＦＱＲＡＡＧＥＧＧＰＧＲＧＧＡＲＲＧＡＲＶＬＱＳＰＦＣＲＡＧＡＧＥＷＬＧＨＱＳＬＲ（配列番号３０５）を含むＡＳ４１；
アミノ酸配列ＤＹＷＡＱＫＥＫＩＳＩＰＲＴＨＬＣ（配列番号２５１）を含むＡＳ６；
アミノ酸配列ＶＡＭＭＶＰＤＲＱＶＨＹＤＦＧＬ（配列番号２４５）を含むＡＳ３；
アミノ酸配列ＶＰＦＲＥＬＫＮＱＲＴＡＱＧＡＰＧＩＨＨＡＡＳＰＶＡＡＮＬＣＤＰＡＲＨＡＱＨＴＲＩＰＣＧＡＧＱＶＲＡＧＲＧＰＥＡＧＧＧＶＬＱＰＱＲＰＡＰＥＫＰＧＣＰＣＲＲＧＱＰＲＬＨＴＶＫＭＷＲＡ（配列番号２６１）を含むＡＳ１１；
アミノ酸配列ＫＲＳＦＡＶＴＥＲＩＩ（配列番号２６５）を含むＡＳ１３；
アミノ酸配列ＦＫＫＦＤＧＰＣＧＥＲＧＧＧＲＴＡＲＡＬＷＡＲＧＤＳＶＬＴＰＡＬＤＰＱＴＰＶＲＡＰＳＬＴＲＡＡＡＡＶ（配列番号３１７）を含むＡＳ４７；
アミノ酸配列ＬＶＬＧＶＬＳＧＨＳＧＳＲＬ（配列番号２５５）を含むＡＳ８；
アミノ酸配列ＱＷＱＨＹＨＲＳＧＥＡＡＧＴＰＬＷＲＰＴＲＮ（配列番号２７７）を含むＡＳ１９；
アミノ酸配列ＣＨＬＦＬＱＰＱＶＧＴＰＰＰＨＴＡＳＡＲＡＰＳＧＰＰＨＰＨＥＳＣＰＡＧＲＲＰＡＲＡＡＱＴＣＡＲＲＱＨＧＬＰＧＣＥＥＡＧＴＡＲＶＰＳＬＨＬＨＬＨＱＡＡＬＧＡＧＲＧＲＧＷＧＥＡＣＡＱＶＰＰＳＲＧ（配列番号２９７）を含むＡＳ３７；
アミノ酸配列ＫＩＱＮＫＮＣＰＤ（配列番号２８５）を含むＡＳ２３；
アミノ酸配列ＨＹＫＬＩＱＱＰＩＳＬＦＳＩＴＤＲＬＨＫＴＦＳＱＬＰＳＶＨＬＣＳＩＴＦＱＷＧＨＰＰＩＦＣＳＴＮＤＩＣＶＴＡＮＦＣＩＳＶＴＦＬＫＰＣＦＬＬＨＥＡＳＡＳＱ（配列番号４３７）を含むＭＳ１；
アミノ酸配列ＲＴＡＬＴＨＮＱＤＦＳＩＹＲＬＣＣＫＲＧＳＬＣＨＡＳＱＡＲＳＰＡＦＰＫＰＶＲＰＬＰＡＰＩＴＲＩＴＰＱＬＧＧＱＳＤＳＳＱＰＬＬＴＴＧＲＰＱＧＷＱＤＱＡＬＲＨＴＱＱＡＳＰＡＳＣＡＴＩＴＩＰＩＨＳＡＡＬＧＤＨＳＧＤＰＧＰＡＷＤＴＣＰＰＬＰＬＴＴＬＩＰＲＡＰＰＰＹＧＤＳＴＡＲＳＷＰＳＲＣＧＰＬＧ（配列番号４３９）を含むＭＳ３；
アミノ酸配列ＹＡＹＫＤＦＬＷＣＦＰＦＳＬＶＦＬＱＥＩＱＩＣＣＨＶＳＣＬＣＣＩＣＣＳＴＲＩＣＬＧＣＬＬＥＬＦＬＳＲＡＬＲＡＬＨＶＬＷＮＧＦＱＬＨＣＱ（配列番号４４２）を含むＭＳ６；
アミノ酸配列ＴＭＰＡＩＬＫＬＱＫＮＣＬＬＳＬ（配列番号４４４）を含むＭＳ８；と、
アミノ酸配列ＹＥＡＧＭＴＬＧＥＫＦＲＶＧＮＣＫＨＬＫＭＴＲＰ（配列番号３７９）を含むＰ８２、並びにこれらの断片。
いくつかの実施形態では、単離異種ポリペプチドは、以下からなる群から選択される１つ以上のポリペプチドを更に含む：
アミノ酸配列ＧＶＰＧＤＳＴＲＲＡＶＲＲＭＮＴＦ（配列番号３４３）を含むＰ１６；
アミノ酸配列ＣＧＡＳＡＣＤＶＳＬＩＡＭＤＳＡ（配列番号２１１）を含むＦＵＳ１；
アミノ酸配列ＳＬＹＨＲＥＫＱＬＩＡＭＤＳＡＩ（配列番号３４９）を含むＰ２２；
アミノ酸配列ＴＥＹＮＱＫＬＱＶＮＱＦＳＥＳＫ（配列番号２１３）を含むＦＵＳ２；
アミノ酸配列ＴＥＩＳＣＣＴＬＳＳＥＥＮＥＹＬＰＲＰＥＷＱＬＱ（配列番号２１５）を含むＦＵＳ３；
アミノ酸配列ＣＥＥＲＧＡＡＧＳＬＩＳＣＥ（配列番号２２１）を含むＦＵＳ６；
アミノ酸配列ＮＳＫＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶＳＥ（配列番号２１９）を含むＦＵＳ５；
アミノ酸配列ＷＧＭＥＬＡＡＳＲＲＦＳＷＤＨＨＳＡＧＧＰＰＲＶＰＳＶＲＳＧＡＡＱＶＱＰＫＤＰＬＰＬＲＴＬＡＧＣＬＡＲＴＡＨＬＲＰＧＡＥＳＬＰＱＰＱＬＨＣＴ（配列番号２２５）を含むＦＵＳ８；
アミノ酸配列ＨＶＶＧＹＧＨＬＤＴＳＧＳＳＳＳＳＳＷＰ（配列番号３４５）を含むＦＵＳ１５；
アミノ酸配列ＮＳＫＭＡＬＮＳＬＮＳＩＤＤＡＱＬＴＲＩＡＰＰＲＳＨＣＣＦＷＥＶＮＡＰ（配列番号３５３）を含むＰ３５；
アミノ酸配列ＫＭＨＦＳＬＫＥＨＰＰＰＰＣＰＰ（配列番号２３５）を含むＦＵＳ１９；と、
アミノ酸配列ＬＷＦＱＳＳＥＬＳＰＴＧＡＰＷＰＳＲＲＰＴＷＲＧＴＴＶＳＰＲＴＡＴＳＳＡＲＴＣＣＧＴＫＷＰＳＳＱＥＡＡＬＧＬＧＳＧＬＬＲＦＳＣＧＴＡＡＩＲ（配列番号２２３）を含むＦＵＳ７、並びにこれらの断片。
本開示はまた、以下からなる群から選択される１つ以上のポリペプチドを含む単離異種ポリペプチドを提供する：
アミノ酸配列ＧＶＰＧＤＳＴＲＲＡＶＲＲＭＮＴＦ（配列番号３４３）を含むＰ１６；
アミノ酸配列ＣＧＡＳＡＣＤＶＳＬＩＡＭＤＳＡ（配列番号２１１）を含むＦＵＳ１；
アミノ酸配列ＳＬＹＨＲＥＫＱＬＩＡＭＤＳＡＩ（配列番号３４９）を含むＰ２２；
アミノ酸配列ＴＥＹＮＱＫＬＱＶＮＱＦＳＥＳＫ（配列番号２１３）を含むＦＵＳ２；
アミノ酸配列ＴＥＩＳＣＣＴＬＳＳＥＥＮＥＹＬＰＲＰＥＷＱＬＱ（配列番号２１５）を含むＦＵＳ３；
アミノ酸配列ＣＥＥＲＧＡＡＧＳＬＩＳＣＥ（配列番号２２１）を含むＦＵＳ６；
アミノ酸配列ＮＳＫＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶＳＥ（配列番号２１９）を含むＦＵＳ５；
アミノ酸配列ＷＧＭＥＬＡＡＳＲＲＦＳＷＤＨＨＳＡＧＧＰＰＲＶＰＳＶＲＳＧＡＡＱＶＱＰＫＤＰＬＰＬＲＴＬＡＧＣＬＡＲＴＡＨＬＲＰＧＡＥＳＬＰＱＰＱＬＨＣＴ（配列番号２２５）を含むＦＵＳ８；
アミノ酸配列ＨＶＶＧＹＧＨＬＤＴＳＧＳＳＳＳＳＳＷＰ（配列番号３４５）を含むＦＵＳ１５；
アミノ酸配列ＮＳＫＭＡＬＮＳＬＮＳＩＤＤＡＱＬＴＲＩＡＰＰＲＳＨＣＣＦＷＥＶＮＡＰ（配列番号３５３）を含むＰ３５；
アミノ酸配列ＫＭＨＦＳＬＫＥＨＰＰＰＰＣＰＰ（配列番号２３５）を含むＦＵＳ１９；と、
アミノ酸配列ＬＷＦＱＳＳＥＬＳＰＴＧＡＰＷＰＳＲＲＰＴＷＲＧＴＴＶＳＰＲＴＡＴＳＳＡＲＴＣＣＧＴＫＷＰＳＳＱＥＡＡＬＧＬＧＳＧＬＬＲＦＳＣＧＴＡＡＩＲ（配列番号２２３）を含むＦＵＳ７、並びにこれらの断片。
いくつかの実施形態では、単離異種ポリペプチドは、以下からなる群から選択される１つ以上のポリペプチドを更に含む：
アミノ酸配列ＷＫＦＥＭＳＹＴＶＧＧＰＰＰＨＶＨＡＲＰＲＨＷＫＴＤＲ（配列番号２７５）を含むＡＳ１８；
アミノ酸配列ＹＥＡＧＭＴＬＧＧＫＩＬＦＦＬＦＬＬＬＰＬＳＰＦＳＬＩＦ（配列番号３８１）を含むＰ８７；
アミノ酸配列ＤＧＨＳＹＴＳＫＶＮＣＬＬＬＱＤＧＦＨＧＣＶＳＩＴＧＡＡＧＲＲＮＬＳＩＦＬＦＬＭＬＣＫＬＥＦＨＡＣ（配列番号３３３）を含むＡＳ５５；
アミノ酸配列ＴＧＧＫＳＴＣＳＡＰＧＰＱＳＬＰＳＴＰＦＳＴＹＰＱＷＶＩＬＩＴＥＬ（配列番号３３７）を含むＡＳ５７；
アミノ酸配列ＶＬＲＦＬＤＬＫＶＲＹＬＨＳ（配列番号２６９）を含むＡＳ１５；
アミノ酸配列ＤＹＷＡＱＫＥＫＧＳＳＳＦＬＲＰＳＣ（配列番号２５３）を含むＡＳ７；
アミノ酸配列ＶＰＦＲＥＬＫＮＶＳＶＬＥＧＬＲＱＧＲＬＧＧＰＣＳＣＨＣＰＲＰＳＱＡＲＬＴＰＶＤＶＡＧＰＦＬＣＬＧＤＰＧＬＦＰＰＶＫＳＳＩ（配列番号３０９）を含むＡＳ４３；
アミノ酸配列ＧＭＥＣＴＬＧＱＶＧＡＰＳＰＲＲＥＥＤＧＷＲＧＧＨＳＲＦＫＡＤＶＰＡＰＱＧＰＣＷＧＧＱＰＧＳＡＰＳＳＡＰＰＥＱＳＬＬＤ（配列番号３２５）を含むＡＳ５１；
アミノ酸配列ＧＮＴＴＬＱＱＬＧＥＡＳＱＡＰＳＧＳＬＩＰＬＲＬＰＬＬＷＥＶＲＧ（配列番号２７１）を含むＡＳ１６；
アミノ酸配列ＥＡＦＱＲＡＡＧＥＧＧＰＧＲＧＧＡＲＲＧＡＲＶＬＱＳＰＦＣＲＡＧＡＧＥＷＬＧＨＱＳＬＲ（配列番号３０５）を含むＡＳ４１；
アミノ酸配列ＤＹＷＡＱＫＥＫＩＳＩＰＲＴＨＬＣ（配列番号２５１）を含むＡＳ６；
アミノ酸配列ＶＡＭＭＶＰＤＲＱＶＨＹＤＦＧＬ（配列番号２４５）を含むＡＳ３；
アミノ酸配列ＶＰＦＲＥＬＫＮＱＲＴＡＱＧＡＰＧＩＨＨＡＡＳＰＶＡＡＮＬＣＤＰＡＲＨＡＱＨＴＲＩＰＣＧＡＧＱＶＲＡＧＲＧＰＥＡＧＧＧＶＬＱＰＱＲＰＡＰＥＫＰＧＣＰＣＲＲＧＱＰＲＬＨＴＶＫＭＷＲＡ（配列番号２６１）を含むＡＳ１１；
アミノ酸配列ＫＲＳＦＡＶＴＥＲＩＩ（配列番号２６５）を含むＡＳ１３；
アミノ酸配列ＦＫＫＦＤＧＰＣＧＥＲＧＧＧＲＴＡＲＡＬＷＡＲＧＤＳＶＬＴＰＡＬＤＰＱＴＰＶＲＡＰＳＬＴＲＡＡＡＡＶ（配列番号３１７）を含むＡＳ４７；
アミノ酸配列ＬＶＬＧＶＬＳＧＨＳＧＳＲＬ（配列番号２５５）を含むＡＳ８；
アミノ酸配列ＱＷＱＨＹＨＲＳＧＥＡＡＧＴＰＬＷＲＰＴＲＮ（配列番号２７７）を含むＡＳ１９；
アミノ酸配列ＣＨＬＦＬＱＰＱＶＧＴＰＰＰＨＴＡＳＡＲＡＰＳＧＰＰＨＰＨＥＳＣＰＡＧＲＲＰＡＲＡＡＱＴＣＡＲＲＱＨＧＬＰＧＣＥＥＡＧＴＡＲＶＰＳＬＨＬＨＬＨＱＡＡＬＧＡＧＲＧＲＧＷＧＥＡＣＡＱＶＰＰＳＲＧ（配列番号２９７）を含むＡＳ３７；
アミノ酸配列ＫＩＱＮＫＮＣＰＤ（配列番号２８５）を含むＡＳ２３；
アミノ酸配列ＨＹＫＬＩＱＱＰＩＳＬＦＳＩＴＤＲＬＨＫＴＦＳＱＬＰＳＶＨＬＣＳＩＴＦＱＷＧＨＰＰＩＦＣＳＴＮＤＩＣＶＴＡＮＦＣＩＳＶＴＦＬＫＰＣＦＬＬＨＥＡＳＡＳＱ（配列番号４３７）を含むＭＳ１；
アミノ酸配列ＲＴＡＬＴＨＮＱＤＦＳＩＹＲＬＣＣＫＲＧＳＬＣＨＡＳＱＡＲＳＰＡＦＰＫＰＶＲＰＬＰＡＰＩＴＲＩＴＰＱＬＧＧＱＳＤＳＳＱＰＬＬＴＴＧＲＰＱＧＷＱＤＱＡＬＲＨＴＱＱＡＳＰＡＳＣＡＴＩＴＩＰＩＨＳＡＡＬＧＤＨＳＧＤＰＧＰＡＷＤＴＣＰＰＬＰＬＴＴＬＩＰＲＡＰＰＰＹＧＤＳＴＡＲＳＷＰＳＲＣＧＰＬＧ（配列番号４３９）を含むＭＳ３；
アミノ酸配列ＹＡＹＫＤＦＬＷＣＦＰＦＳＬＶＦＬＱＥＩＱＩＣＣＨＶＳＣＬＣＣＩＣＣＳＴＲＩＣＬＧＣＬＬＥＬＦＬＳＲＡＬＲＡＬＨＶＬＷＮＧＦＱＬＨＣＱ（配列番号４４２）を含むＭＳ６；
アミノ酸配列ＴＭＰＡＩＬＫＬＱＫＮＣＬＬＳＬ（配列番号４４４）を含むＭＳ８；と、
アミノ酸配列ＹＥＡＧＭＴＬＧＥＫＦＲＶＧＮＣＫＨＬＫＭＴＲＰ（配列番号３７９）を含むＰ８２、並びにこれらの断片。
いくつかの実施形態では、単離異種ポリペプチドは、以下からなる群から選択される１つ以上のポリペプチドを更に含む：
アミノ酸配列ＩＡＲＥＬＨＱＦＡＦＤＬＬＩＫＳＨ（配列番号１６７）を含むＭ８４；
アミノ酸配列ＱＰＤＳＦＡＡＬＨＳＳＬＮＥＬＧＥ（配列番号１７１）を含むＭ８６；
アミノ酸配列ＦＶＱＧＫＤＷＧＬＫＫＦＩＲＲＤＦ（配列番号１９）を含むＭ１０；
アミノ酸配列ＦＶＱＧＫＤＷＧＶＫＫＦＩＲＲＤＦ（配列番号２３）を含むＭ１２；と、
アミノ酸配列ＱＮＬＱＮＧＧＧＳＲＳＳＡＴＬＰＧＲＲＲＲＲＷＬＲＲＲＲＱＰＩＳＶＡＰＡＧＰＰＲＲＰＮＱＫＰＮＰＰＧＧＡＲＣＶＩＭＲＰＴＷＰＧＴＳＡＦＴ（配列番号１７７）を含むＦＲ１、並びにこれらの断片。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、以下からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む単離異種ポリヌクレオチドを提供する：
ＴＧＧＡＡＡＴＴＣＧＡＧＡＴＧＡＧＣＴＡＣＡＣＧＧＴＧＧＧＴＧＧＣＣＣＧＣＣＴＣＣＣＣＡＴＧＴＴＣＡＴＧＣＴＡＧＡＣＣＣＡＧＧＣＡＴＴＧＧＡＡＡＡＣＴＧＡＴＡＧＡのポリヌクレオチド配列（配列番号２７６）（ＡＳ１８をコードしている）；
ＴＡＴＧＡＡＧＣＡＧＧＧＡＴＧＡＣＴＣＴＧＧＧＡＧＧＴＡＡＧＡＴＡＣＴＴＴＴＣＴＴＴＣＴＣＴＴＣＣＴＣＣＴＣＣＴＴＣＣＴＣＴＣＴＣＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＴＣＡＴＴＴＴＣのポリヌクレオチド配列（配列番号３８２）（Ｐ８７をコードしている）；
ＧＡＴＧＧＣＣＡＣＴＣＣＴＡＣＡＣＡＴＣＣＡＡＧＧＴＧＡＡＴＴＧＴＴＴＡＣＴＣＣＴＴＣＡＡＧＡＴＧＧＧＴＴＣＣＡＴＧＧＣＴＧＴＧＴＧＡＧＣＡＴＣＡＣＣＧＧＧＧＣＡＧＣＴＧＧＡＡＧＡＡＧＡＡＡＣＣＴＧＡＧＣＡＴＣＴＴＣＣＴＧＴＴＣＴＴＧＡＴＧＣＴＧＴＧＣＡＡＡＴＴＧＧＡＧＴＴＣＣＡＴＧＣＴＴＧＴのポリヌクレオチド配列（配列番号３３４）（ＡＳ５５をコードしている）；
ＡＣＡＧＧＧＧＧＣＡＡＡＡＧＣＡＣＣＴＧＣＴＣＧＧＣＴＣＣＴＧＧＣＣＣＴＣＡＧＴＣＴＣＴＣＣＣＣＴＣＣＡＣＴＣＣＡＴＴＣＴＣＣＡＣＣＴＡＣＣＣＡＣＡＧＴＧＧＧＴＣＡＴＴＣＴＧＡＴＣＡＣＣＧＡＡＣＴＧのポリヌクレオチド配列（配列番号３３８）（ＡＳ５７をコードしている）；
ＧＴＧＣＴＧＣＧＣＴＴＴＣＴＧＧＡＣＴＴＡＡＡＧＧＴＧＡＧＡＴＡＣＣＴＧＣＡＣＴＣＴのポリヌクレオチド配列（配列番号２７０）（ＡＳ１５をコードしている）；
ＧＡＣＴＡＣＴＧＧＧＣＴＣＡＡＡＡＧＧＡＧＡＡＧＧＧＡＴＣＡＴＣＴＴＣＡＴＴＣＣＴＧＣＧＡＣＣＡＴＣＣＴＧＴのポリヌクレオチド配列（配列番号２５４）（ＡＳ７をコードしている）；
ＧＴＧＣＣＣＴＴＣＣＧＧＧＡＧＣＴＣＡＡＧＡＡＣＧＴＧＡＧＴＧＴＣＣＴＧＧＡＧＧＧＧＣＴＣＣＧＴＣＡＡＧＧＣＣＧＧＣＴＴＧＧＧＧＧＴＣＣＣＴＧＴＴＣＡＴＧＴＣＡＣＴＧＣＣＣＡＡＧＡＣＣＴＴＣＣＣＡＧＧＣＣＡＧＧＣＴＣＡＣＧＣＣＡＧＴＧＧＡＴＧＴＧＧＣＡＧＧＴＣＣＣＴＴＣＴＴＧＴＧＴＣＴＧＧＧＧＧＡＴＣＣＴＧＧＧＣＴＧＴＴＣＣＣＣＣＣＡＧＴＣＡＡＧＡＧＣＡＧＴＡＴＣのポリヌクレオチド配列（配列番号３１０）（ＡＳ４３をコードしている）；
ＧＧＣＡＴＧＧＡＧＴＧＣＡＣＣＣＴＧＧＧＧＣＡＧＧＴＧＧＧＴＧＣＣＣＣＧＴＣＣＣＣＴＣＧＧＡＧＧＧＡＧＧＡＧＧＡＣＧＧＴＴＧＧＣＧＴＧＧＧＧＧＣＣＡＣＡＧＣＣＧＡＴＴＣＡＡＧＧＣＴＧＡＴＧＴＡＣＣＡＧＣＡＣＣＧＣＡＧＧＧＡＣＣＣＴＧＣＴＧＧＧＧＴＧＧＣＣＡＡＣＣＴＧＧＣＴＣＴＧＣＣＣＣＣＴＣＣＴＣＡＧＣＴＣＣＴＣＣＴＧＡＡＣＡＧＴＣＡＴＴＡＴＴＡＧＡＴのポリヌクレオチド配列（配列番号３２６）（ＡＳ５１をコードしている）；
ＧＧＣＡＡＣＡＣＣＡＣＣＣＴＣＣＡＧＣＡＧＣＴＧＧＧＴＧＡＧＧＣＣＴＣＣＣＡＧＧＣＧＣＣＣＴＣＡＧＧＣＴＣＣＣＴＣＡＴＣＣＣＴＣＴＧＡＧＧＣＴＧＣＣＴＣＴＧＣＴＣＴＧＧＧＡＡＧＴＧＡＧＧＧＧＣのポリヌクレオチド配列（（配列番号２７２）（ＡＳ１６をコードしている）；
ＧＡＧＧＣＣＴＴＣＣＡＧＡＧＧＧＣＣＧＣＴＧＧＴＧＡＧＧＧＣＧＧＣＣＣＧＧＧＣＣＧＣＧＧＴＧＧＧＧＣＡＣＧＧＣＧＣＧＧＴＧＣＣＡＧＧＧＴＧＴＴＧＣＡＧＡＧＣＣＣＣＴＴＴＴＧＣＡＧＧＧＣＡＧＧＡＧＣＴＧＧＧＧＡＧＴＧＧＴＴＡＧＧＡＣＡＴＣＡＧＴＣＣＣＴＣＡＧＧのポリヌクレオチド配列（配列番号３０６）（ＡＳ４１をコードしている）；
ＧＡＣＴＡＣＴＧＧＧＣＴＣＡＡＡＡＧＧＡＧＡＡＧＡＴＣＡＧＣＡＴＣＣＣＣＡＧＡＡＣＡＣＡＣＣＴＧＴＧＴのポリヌクレオチド配列（配列番号２５２）（ＡＳ６をコードしている）；
ＧＴＴＧＣＴＡＴＧＡＴＧＧＴＴＣＣＴＧＡＴＡＧＡＣＡＧＧＴＴＣＡＴＴＡＴＧＡＣＴＴＴＧＧＡＴＴＧのポリヌクレオチド配列（配列番号２４６）（ＡＳ３をコードしている）；
ＧＴＧＣＣＣＴＴＣＣＧＧＧＡＧＣＴＣＡＡＧＡＡＣＣＡＧＡＧＡＡＣＡＧＣＡＣＡＡＧＧＧＧＣＴＣＣＴＧＧＧＡＴＣＣＡＣＣＡＣＧＣＧＧＣＴＴＣＣＣＣＣＧＴＴＧＣＴＧＣＣＡＡＣＣＴＣＴＧＣＧＡＣＣＣＧＧＣＧＡＧＡＣＡＣＧＣＡＣＡＧＣＡＣＡＣＡＣＧＣＡＴＣＣＣＣＴＧＣＧＧＣＧＣＴＧＧＣＣＡＡＧＴＧＣＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＡＧＧＴＣＣＣＧＡＡＧＣＡＧＧＴＧＧＴＧＧＡＧＴＡＣＴＡＣＡＧＣＣＡＣＡＧＡＧＧＣＣＴＧＣＣＣＣＣＧＡＧＡＡＧＣＣＴＧＧＧＴＧＴＣＣＣＴＧＣＣＧＧＡＧＡＧＧＣＣＡＧＣＣＣＡＧＧＣＴＧＣＡＣＡＣＣＧＴＧＡＡＧＡＴＧＴＧＧＡＧＧＧＣＧのポリヌクレオチド配列（配列番号２６２）（ＡＳ１１をコードしている）；
ＡＡＧＡＧＡＡＧＴＴＴＴＧＣＴＧＴＣＡＣＧＧＡＧＡＧＧＡＴＣＡＴＣのポリヌクレオチド配列（配列番号２６６）（ＡＳ１３をコードしている）；
ＴＴＣＡＡＧＡＡＧＴＴＣＧＡＣＧＧＣＣＣＴＴＧＴＧＧＴＧＡＧＣＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＧＣＧＣＡＣＧＧＣＴＣＧＡＧＣＴＣＴＧＴＧＧＧＣＧＣＧＣＧＧＣＧＡＣＡＧＣＧＴＣＣＴＧＡＣＴＣＣＴＧＣＣＣＴＣＧＡＣＣＣＣＣＡＧＡＣＣＣＣＴＧＴＣＡＧＧＧＣＧＣＣＣＴＣＣＣＴＧＡＣＣＣＧＡＧＣＣＧＣＡＧＣＴＧＣＣＧＴＧのポリヌクレオチド配列（配列番号３１８）（ＡＳ４７をコードしている）；
ＣＴＴＧＴＡＣＴＴＧＧＴＧＴＡＴＴＧＡＧＣＧＧＧＣＡＣＡＧＴＧＧＣＴＣＡＣＧＣＣＴＡのポリヌクレオチド配列（配列番号２５６）（ＡＳ８をコードしている）；
ＣＡＧＴＧＧＣＡＧＣＡＣＴＡＣＣＡＣＣＧＧＴＣＡＧＧＴＧＡＧＧＣＣＧＣＡＧＧＧＡＣＴＣＣＣＣＴＣＴＧＧＡＧＡＣＣＣＡＣＡＡＧＡＡＡＣのポリヌクレオチド配列（配列番号２７８）（ＡＳ１９をコードしている）；
ＴＧＣＣＡＣＣＴＣＴＴＣＣＴＧＣＡＧＣＣＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＡＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＡＣＡＣＴＧＣＣＡＧＴＧＣＴＣＧＡＧＣＣＣＣＣＡＧＴＧＧＴＣＣＡＣＣＣＣＡＣＣＣＴＣＡＴＧＡＡＡＧＴＴＧＣＣＣＴＧＣＡＧＧＧＣＧＡＡＧＡＣＣＴＧＣＧＡＧＡＧＣＴＧＣＧＣＡＧＡＣＡＴＧＴＧＣＡＣＧＣＣＧＡＣＡＧＣＡＣＧＧＡＣＴＴＣＣＴＧＧＣＴＧＴＧＡＡＧＡＧＧＣＴＧＧＴＡＣＡＧＣＧＣＧＴＧＴＴＣＣＣＡＧＣＣＴＧＣＡＣＣＴＧＣＡＣＣＴＧＣＡＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＣＴＣＧＧＡＧＣＡＧＧＡＡＧＧＧＧＣＣＧＴＧＧＧＴＧＧＧＧＡＧＡＧＧＣＣＴＧＴＧＣＣＣＡＡＧＴＡＣＣＣＣＣＣＴＣＡＡＧＡＧＧＣのポリヌクレオチド配列（配列番号２９８）（ＡＳ３７をコードしている）；
ＡＡＡＡＴＴＣＡＧＡＡＴＡＡＡＡＡＴＴＧＴＣＣＡＧＡＣのポリヌクレオチド配列（配列番号２８６）（ＡＳ２３をコードしている）；
ＣＡＣＴＡＣＡＡＡＴＴＡＡＴＴＣＡＡＣＡＡＣＣＣＡＴＡＴＣＣＣＴＣＴＴＣＴＣＣＡＴＣＡＣＴＧＡＴＡＧＧＣＴＣＣＡＴＡＡＧＡＣＧＴＴＣＡＧＴＣＡＧＣＴＧＣＣＣＴＣＧＧＴＣＣＡＴＣＴＣＴＧＣＴＣＡＡＴＣＡＣＣＴＴＣＣＡＧＴＧＧＧＧＡＣＡＣＣＣＧＣＣＣＡＴＴＴＴＣＴＧＣＴＣＡＡＣＡＡＡＴＧＡＴＡＴＣＴＧＴＧＴＣＡＣＧＧＣＣＡＡＣＴＴＣＴＧＣＡＴＣＴＣＧＧＴＣＡＣＡＴＴＣＣＴＴＡＡＡＣＣＧＴＧＣＴＴＣＣＴＣＣＴＡＣＡＴＧＡＧＧＣＡＴＣＴＧＣＣＴＣＡＣＡＧのポリヌクレオチド配列（配列番号４４８）（ＭＳ１をコードしている）；
ＡＧＧＡＣＣＧＣＣＣＴＧＡＣＡＣＡＣＡＡＴＣＡＧＧＡＣＴＴＣＴＣＴＡＴＣＴＡＣＡＧＧＣＴＣＴＧＴＴＧＣＡＡＧＡＧＧＧＧＧＴＣＣＣＴＣＴＧＣＣＡＣＧＣＴＴＣＣＣＡＧＧＣＣＡＧＡＴＣＣＣＣＧＧＣＴＴＴＣＣＣＧＡＡＧＣＣＧＧＴＣＡＧＡＣＣＴＣＴＴＣＣＴＧＣＣＣＣＣＡＴＣＡＣＣＡＧＡＡＴＣＡＣＣＣＣＣＣＡＡＣＴＧＧＧＧＧＧＡＣＡＡＴＣＴＧＡＣＴＣＧＡＧＴＣＡＡＣＣＣＣＴＴＣＴＣＡＣＴＡＣＧＧＧＡＡＧＡＣＣＴＣＡＧＧＧＧＴＧＧＣＡＡＧＡＴＣＡＡＧＣＴＣＴＴＡＧＡＣＡＣＡＣＣＣＡＧＣＡＡＧＣＣＡＧＴＣＣＴＧＣＣＴＣＴＴＧＴＧＣＣＡＣＣＡＴＣＡＣＣＡＴＴＣＣＣＡＴＣＣＡＣＴＣＡＧＣＴＧＣＣＣＴＴＧＧＴＧＡＣＣＡＣＴＣＣＧＧＡＧＡＣＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＣＣＴＧＧＧＡＣＡＣＣＴＧＣＣＣＧＣＣＧＣＴＧＣＣＧＣＴＣＡＣＴＡＣＣＣＴＣＡＴＣＣＣＣＣＧＡＧＣＴＣＣＣＣＣＧＣＣＧＴＡＴＧＧＡＧＡＣＡＧＣＡＣＴＧＣＣＡＧＧＴＣＣＴＧＧＣＣＣＴＣＣＣＧＣＴＧＴＧＧＧＣＣＣＣＴＣＧＧＣのポリヌクレオチド配列（配列番号４５０）（ＭＳ３をコードしている）；
ＴＡＴＧＣＴＴＡＣＡＡＧＧＡＣＴＴＴＣＴＣＴＧＧＴＧＴＴＴＴＣＣＴＴＴＴＴＣＴＴＴＡＧＴＴＴＴＴＣＴＣＣＡＡＧＡＧＡＴＴＣＡＡＡＴＣＴＧＣＴＧＣＣＡＴＧＴＴＡＧＣＴＧＴＣＴＴＴＧＣＴＧＴＡＴＣＴＧＣＴＧＴＡＧＴＡＣＡＣＧＡＡＴＡＴＧＣＣＴＴＧＧＣＴＧＴＴＴＧＣＴＴＧＡＧＣＴＴＴＴＴＣＴＡＴＣＣＣＧＴＧＣＴＣＴＴＣＧＴＧＣＴＣＴＴＣＡＴＧＴＴＣＴＴＴＧＧＡＡＴＧＧＣＴＴＴＣＡＡＣＴＴＣＡＴＴＧＴＣＡＡのポリヌクレオチド配列（配列番号４５３）（ＭＳ６をコードしている）；
ＡＣＣＡＴＧＣＣＴＧＣＴＡＴＴＴＴＡＡＡＧＴＴＡＣＡＧＡＡＧＡＡＴＴＧＴＣＴＴＣＴＣＴＣＣＴＴＡのポリヌクレオチド配列（配列番号４５５）（ＭＳ８をコードしている）；と、
ＴＡＴＧＡＡＧＣＡＧＧＧＡＴＧＡＣＴＣＴＧＧＧＡＧＡＡＡＡＡＴＴＣＣＧＧＧＴＴＧＧＣＡＡＴＴＧＣＡＡＧＣＡＴＣＴＣＡＡＡＡＴＧＡＣＣＡＧＡＣＣＣのポリヌクレオチド配列（配列番号３８０）（Ｐ８２をコードしている）；並びにこれらの断片。
いくつかの実施形態では、単離異種ポリヌクレオチドは、以下からなる群から選択される１つ以上のポリヌクレオチドを更に含む：
ＧＧＡＧＴＴＣＣＡＧＧＡＧＡＴＴＣＡＡＣＣＡＧＧＡＧＡＧＣＡＧＴＧＡＧＧＡＧＡＡＴＧＡＡＴＡＣＣＴＴＣのポリヌクレオチド配列（配列番号３４４）（Ｐ１６をコードしている）；
ＴＧＣＧＧＧＧＣＣＴＣＴＧＣＣＴＧＴＧＡＴＧＴＣＴＣＣＣＴＣＡＴＴＧＣＴＡＴＧＧＡＣＡＧＴＧＣＴのポリヌクレオチド配列（配列番号２１２）（ＦＵＳ１をコードしている）；
ＴＣＣＣＴＣＴＡＣＣＡＣＣＧＧＧＡＧＡＡＧＣＡＧＣＴＣＡＴＴＧＣＴＡＴＧＧＡＣＡＧＴＧＣＴＡＴＣのポリヌクレオチド配列（配列番号３５０）（Ｐ２２をコードしている）；
ＡＣＣＧＡＡＴＡＣＡＡＣＣＡＧＡＡＡＴＴＡＣＡＡＧＴＧＡＡＴＣＡＡＴＴＴＡＧＴＧＡＡＴＣＣＡＡＡのポリヌクレオチド配列（配列番号２１４）（ＦＵＳ２をコードしている）；
ＡＣＡＧＡＡＡＴＴＴＣＡＴＧＴＴＧＣＡＣＣＣＴＧＡＧＣＡＧＴＧＡＧＧＡＧＡＡＴＧＡＡＴＡＣＣＴＴＣＣＡＡＧＡＣＣＡＧＡＧＴＧＧＣＡＧＣＴＣＣＡＧのポリヌクレオチド配列（配列番号２１６）（ＦＵＳ３をコードしている）；
ＴＧＴＧＡＧＧＡＧＣＧＣＧＧＣＧＣＧＧＣＡＧＧＡＡＧＣＣＴＴＡＴＣＡＧＴＴＧＴＧＡＧのポリヌクレオチド配列（配列番号２２２）（ＦＵＳ６をコードしている）；
ＡＡＣＡＧＣＡＡＧＡＴＧＧＣＴＴＴＧＡＡＣＴＣＡＧＡＡＧＣＣＴＴＡＴＣＡＧＴＴＧＴＧＡＧＴＧＡＧのポリヌクレオチド配列（配列番号２２０）（ＦＵＳ５をコードしている）；
ＴＧＧＧＧＧＡＴＧＧＡＧＴＴＧＧＣＡＧＣＧＴＣＴＣＧＧＡＧＧＴＴＣＴＣＣＴＧＧＧＡＣＣＡＣＣＡＣＴＣＣＧＣＣＧＧＧＧＧＧＣＣＧＣＣＣＡＧＡＧＴＧＣＣＡＡＧＣＧＴＣＣＧＡＴＣＣＧＧＣＧＣＣＧＣＣＣＡＡＧＴＧＣＡＧＣＣＣＡＡＧＧＡＣＣＣＧＣＴＣＣＣＧＣＴＣＣＧＣＡＣＣＣＴＧＧＣＡＧＧＣＴＧＣＣＴＡＧＣＣＡＧＧＡＣＴＧＣＧＣＡＣＣＴＧＣＧＣＣＣＴＧＧＧＧＣＧＧＡＧＴＣＣＴＴＡＣＣＣＣＡＡＣＣＣＣＡＧＣＴＴＣＡＣＴＧＣＡＣＡのポリヌクレオチド配列（配列番号２２６）（ＦＵＳ８をコードしている）；
ＣＡＣＧＴＧＧＴＧＧＧＣＴＡＴＧＧＣＣＡＣＣＴＴＧＡＴＡＣＴＴＣＣＧＧＧＴＣＡＴＣＣＴＣＣＴＣＣＴＣＣＴＣＣＴＧＧＣＣＣのポリヌクレオチド配列（配列番号３４６）（ＦＵＳ１５をコードしている）；
ＡＡＣＡＧＣＡＡＧＡＴＧＧＣＴＴＴＧＡＡＣＴＣＡＴＴＡＡＡＣＴＣＣＡＴＴＧＡＴＧＡＴＧＣＡＣＡＧＴＴＧＡＣＡＡＧＡＡＴＴＧＣＣＣＣＴＣＣＡＡＧＡＴＣＴＣＡＴＴＧＣＴＧＴＴＴＣＴＧＧＧＡＡＧＴＡＡＡＣＧＣＴＣＣＴのポリヌクレオチド配列（配列番号３５４）（Ｐ３５をコードしている）；
ＡＡＡＡＴＧＣＡＣＴＴＣＴＣＣＣＴＣＡＡＧＧＡＧＣＡＣＣＣＡＣＣＧＣＣＣＣＣＴＴＧＣＣＣＧＣＣＴのポリヌクレオチド配列（配列番号２３６）（ＦＵＳ１９をコードしている）；と、
ＣＴＧＴＧＧＴＴＣＣＡＧＡＧＣＡＧＴＧＡＧＣＴＧＴＣＣＣＣＧＡＣＧＧＧＡＧＣＧＣＣＡＴＧＧＣＣＣＡＧＣＣＧＣＣＧＣＣＣＧＡＣＧＴＧＧＡＧＧＧＧＧＡＣＧＡＣＴＧＴＣＴＣＣＣＣＧＣＧＴＡＣＣＧＣＣＡＣＣＴＣＴＴＣＴＧＣＣＣＧＧＡＣＣＴＧＣＴＧＣＧＧＧＡＣＡＡＡＧＴＧＧＣＣＴＴＣＡＴＣＡＣＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＴＣＴＧＧＧＡＴＴＧＧＧＴＴＣＣＧＧＡＴＴＧＣＴＧＡＧＡＴＴＴＴＣＡＴＧＣＧＧＣＡＣＧＧＣＴＧＣＣＡＴＡＣＧＧのポリヌクレオチド配列（配列番号２２４）（ＦＵＳ７をコードしている）、並びにこれらの断片。
本開示はまた、以下からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む単離異種ポリヌクレオチドを提供する：
ＧＧＡＧＴＴＣＣＡＧＧＡＧＡＴＴＣＡＡＣＣＡＧＧＡＧＡＧＣＡＧＴＧＡＧＧＡＧＡＡＴＧＡＡＴＡＣＣＴＴＣのポリヌクレオチド配列（配列番号３４４）（Ｐ１６をコードしている）；
ＴＧＣＧＧＧＧＣＣＴＣＴＧＣＣＴＧＴＧＡＴＧＴＣＴＣＣＣＴＣＡＴＴＧＣＴＡＴＧＧＡＣＡＧＴＧＣＴのポリヌクレオチド配列（配列番号２１２）（ＦＵＳ１をコードしている）；
ＴＣＣＣＴＣＴＡＣＣＡＣＣＧＧＧＡＧＡＡＧＣＡＧＣＴＣＡＴＴＧＣＴＡＴＧＧＡＣＡＧＴＧＣＴＡＴＣのポリヌクレオチド配列（配列番号３５０）（Ｐ２２をコードしている）；
ＡＣＣＧＡＡＴＡＣＡＡＣＣＡＧＡＡＡＴＴＡＣＡＡＧＴＧＡＡＴＣＡＡＴＴＴＡＧＴＧＡＡＴＣＣＡＡＡのポリヌクレオチド配列（配列番号２１４）（ＦＵＳ２をコードしている）；
ＡＣＡＧＡＡＡＴＴＴＣＡＴＧＴＴＧＣＡＣＣＣＴＧＡＧＣＡＧＴＧＡＧＧＡＧＡＡＴＧＡＡＴＡＣＣＴＴＣＣＡＡＧＡＣＣＡＧＡＧＴＧＧＣＡＧＣＴＣＣＡＧのポリヌクレオチド配列（配列番号２１６）（ＦＵＳ３をコードしている）；
ＴＧＴＧＡＧＧＡＧＣＧＣＧＧＣＧＣＧＧＣＡＧＧＡＡＧＣＣＴＴＡＴＣＡＧＴＴＧＴＧＡＧのポリヌクレオチド配列（配列番号２２２）（ＦＵＳ６をコードしている）；
ＡＡＣＡＧＣＡＡＧＡＴＧＧＣＴＴＴＧＡＡＣＴＣＡＧＡＡＧＣＣＴＴＡＴＣＡＧＴＴＧＴＧＡＧＴＧＡＧのポリヌクレオチド配列（配列番号２２０）（ＦＵＳ５をコードしている）；
ＴＧＧＧＧＧＡＴＧＧＡＧＴＴＧＧＣＡＧＣＧＴＣＴＣＧＧＡＧＧＴＴＣＴＣＣＴＧＧＧＡＣＣＡＣＣＡＣＴＣＣＧＣＣＧＧＧＧＧＧＣＣＧＣＣＣＡＧＡＧＴＧＣＣＡＡＧＣＧＴＣＣＧＡＴＣＣＧＧＣＧＣＣＧＣＣＣＡＡＧＴＧＣＡＧＣＣＣＡＡＧＧＡＣＣＣＧＣＴＣＣＣＧＣＴＣＣＧＣＡＣＣＣＴＧＧＣＡＧＧＣＴＧＣＣＴＡＧＣＣＡＧＧＡＣＴＧＣＧＣＡＣＣＴＧＣＧＣＣＣＴＧＧＧＧＣＧＧＡＧＴＣＣＴＴＡＣＣＣＣＡＡＣＣＣＣＡＧＣＴＴＣＡＣＴＧＣＡＣＡのポリヌクレオチド配列（配列番号２２６）（ＦＵＳ８をコードしている）；
ＣＡＣＧＴＧＧＴＧＧＧＣＴＡＴＧＧＣＣＡＣＣＴＴＧＡＴＡＣＴＴＣＣＧＧＧＴＣＡＴＣＣＴＣＣＴＣＣＴＣＣＴＣＣＴＧＧＣＣＣのポリヌクレオチド配列（配列番号３４６）（ＦＵＳ１５をコードしている）；
ＡＡＣＡＧＣＡＡＧＡＴＧＧＣＴＴＴＧＡＡＣＴＣＡＴＴＡＡＡＣＴＣＣＡＴＴＧＡＴＧＡＴＧＣＡＣＡＧＴＴＧＡＣＡＡＧＡＡＴＴＧＣＣＣＣＴＣＣＡＡＧＡＴＣＴＣＡＴＴＧＣＴＧＴＴＴＣＴＧＧＧＡＡＧＴＡＡＡＣＧＣＴＣＣＴのポリヌクレオチド配列（配列番号３５４）（Ｐ３５をコードしている）；
ＡＡＡＡＴＧＣＡＣＴＴＣＴＣＣＣＴＣＡＡＧＧＡＧＣＡＣＣＣＡＣＣＧＣＣＣＣＣＴＴＧＣＣＣＧＣＣＴのポリヌクレオチド配列（配列番号２３６）（ＦＵＳ１９をコードしている）；と、
ＣＴＧＴＧＧＴＴＣＣＡＧＡＧＣＡＧＴＧＡＧＣＴＧＴＣＣＣＣＧＡＣＧＧＧＡＧＣＧＣＣＡＴＧＧＣＣＣＡＧＣＣＧＣＣＧＣＣＣＧＡＣＧＴＧＧＡＧＧＧＧＧＡＣＧＡＣＴＧＴＣＴＣＣＣＣＧＣＧＴＡＣＣＧＣＣＡＣＣＴＣＴＴＣＴＧＣＣＣＧＧＡＣＣＴＧＣＴＧＣＧＧＧＡＣＡＡＡＧＴＧＧＣＣＴＴＣＡＴＣＡＣＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＴＣＴＧＧＧＡＴＴＧＧＧＴＴＣＣＧＧＡＴＴＧＣＴＧＡＧＡＴＴＴＴＣＡＴＧＣＧＧＣＡＣＧＧＣＴＧＣＣＡＴＡＣＧＧのポリヌクレオチド配列（配列番号２２４）（ＦＵＳ７をコードしている）。
いくつかの実施形態では、単離異種ポリヌクレオチドは、１つ以上のポリヌクレオチド、又は当該１つ以上のポリヌクレオチドの１つ以上の少なくとも２４ヌクレオチド長の連続断片を更に含み、当該ポリヌクレオチドは、
ＴＧＧＡＡＡＴＴＣＧＡＧＡＴＧＡＧＣＴＡＣＡＣＧＧＴＧＧＧＴＧＧＣＣＣＧＣＣＴＣＣＣＣＡＴＧＴＴＣＡＴＧＣＴＡＧＡＣＣＣＡＧＧＣＡＴＴＧＧＡＡＡＡＣＴＧＡＴＡＧＡのポリヌクレオチド配列（配列番号２７６）（ＡＳ１８をコードしている）；
ＴＡＴＧＡＡＧＣＡＧＧＧＡＴＧＡＣＴＣＴＧＧＧＡＧＧＴＡＡＧＡＴＡＣＴＴＴＴＣＴＴＴＣＴＣＴＴＣＣＴＣＣＴＣＣＴＴＣＣＴＣＴＣＴＣＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＴＣＡＴＴＴＴＣのポリヌクレオチド配列（配列番号３８２）（Ｐ８７をコードしている）；
ＧＡＴＧＧＣＣＡＣＴＣＣＴＡＣＡＣＡＴＣＣＡＡＧＧＴＧＡＡＴＴＧＴＴＴＡＣＴＣＣＴＴＣＡＡＧＡＴＧＧＧＴＴＣＣＡＴＧＧＣＴＧＴＧＴＧＡＧＣＡＴＣＡＣＣＧＧＧＧＣＡＧＣＴＧＧＡＡＧＡＡＧＡＡＡＣＣＴＧＡＧＣＡＴＣＴＴＣＣＴＧＴＴＣＴＴＧＡＴＧＣＴＧＴＧＣＡＡＡＴＴＧＧＡＧＴＴＣＣＡＴＧＣＴＴＧＴのポリヌクレオチド配列（配列番号３３４）（ＡＳ５５をコードしている）；
ＡＣＡＧＧＧＧＧＣＡＡＡＡＧＣＡＣＣＴＧＣＴＣＧＧＣＴＣＣＴＧＧＣＣＣＴＣＡＧＴＣＴＣＴＣＣＣＣＴＣＣＡＣＴＣＣＡＴＴＣＴＣＣＡＣＣＴＡＣＣＣＡＣＡＧＴＧＧＧＴＣＡＴＴＣＴＧＡＴＣＡＣＣＧＡＡＣＴＧのポリヌクレオチド配列（配列番号３３８）（ＡＳ５７をコードしている）；
ＧＴＧＣＴＧＣＧＣＴＴＴＣＴＧＧＡＣＴＴＡＡＡＧＧＴＧＡＧＡＴＡＣＣＴＧＣＡＣＴＣＴのポリヌクレオチド配列（配列番号２７０）（ＡＳ１５をコードしている）；
ＧＡＣＴＡＣＴＧＧＧＣＴＣＡＡＡＡＧＧＡＧＡＡＧＧＧＡＴＣＡＴＣＴＴＣＡＴＴＣＣＴＧＣＧＡＣＣＡＴＣＣＴＧＴのポリヌクレオチド配列（配列番号２５４）（ＡＳ７をコードしている）；
ＧＴＧＣＣＣＴＴＣＣＧＧＧＡＧＣＴＣＡＡＧＡＡＣＧＴＧＡＧＴＧＴＣＣＴＧＧＡＧＧＧＧＣＴＣＣＧＴＣＡＡＧＧＣＣＧＧＣＴＴＧＧＧＧＧＴＣＣＣＴＧＴＴＣＡＴＧＴＣＡＣＴＧＣＣＣＡＡＧＡＣＣＴＴＣＣＣＡＧＧＣＣＡＧＧＣＴＣＡＣＧＣＣＡＧＴＧＧＡＴＧＴＧＧＣＡＧＧＴＣＣＣＴＴＣＴＴＧＴＧＴＣＴＧＧＧＧＧＡＴＣＣＴＧＧＧＣＴＧＴＴＣＣＣＣＣＣＡＧＴＣＡＡＧＡＧＣＡＧＴＡＴＣのポリヌクレオチド配列（配列番号３１０）（ＡＳ４３をコードしている）；
ＧＧＣＡＴＧＧＡＧＴＧＣＡＣＣＣＴＧＧＧＧＣＡＧＧＴＧＧＧＴＧＣＣＣＣＧＴＣＣＣＣＴＣＧＧＡＧＧＧＡＧＧＡＧＧＡＣＧＧＴＴＧＧＣＧＴＧＧＧＧＧＣＣＡＣＡＧＣＣＧＡＴＴＣＡＡＧＧＣＴＧＡＴＧＴＡＣＣＡＧＣＡＣＣＧＣＡＧＧＧＡＣＣＣＴＧＣＴＧＧＧＧＴＧＧＣＣＡＡＣＣＴＧＧＣＴＣＴＧＣＣＣＣＣＴＣＣＴＣＡＧＣＴＣＣＴＣＣＴＧＡＡＣＡＧＴＣＡＴＴＡＴＴＡＧＡＴのポリヌクレオチド配列（配列番号３２６）（ＡＳ５１をコードしている）；
ＧＧＣＡＡＣＡＣＣＡＣＣＣＴＣＣＡＧＣＡＧＣＴＧＧＧＴＧＡＧＧＣＣＴＣＣＣＡＧＧＣＧＣＣＣＴＣＡＧＧＣＴＣＣＣＴＣＡＴＣＣＣＴＣＴＧＡＧＧＣＴＧＣＣＴＣＴＧＣＴＣＴＧＧＧＡＡＧＴＧＡＧＧＧＧＣのポリヌクレオチド配列（（配列番号２７２）（ＡＳ１６をコードしている）；
ＧＡＧＧＣＣＴＴＣＣＡＧＡＧＧＧＣＣＧＣＴＧＧＴＧＡＧＧＧＣＧＧＣＣＣＧＧＧＣＣＧＣＧＧＴＧＧＧＧＣＡＣＧＧＣＧＣＧＧＴＧＣＣＡＧＧＧＴＧＴＴＧＣＡＧＡＧＣＣＣＣＴＴＴＴＧＣＡＧＧＧＣＡＧＧＡＧＣＴＧＧＧＧＡＧＴＧＧＴＴＡＧＧＡＣＡＴＣＡＧＴＣＣＣＴＣＡＧＧのポリヌクレオチド配列（配列番号３０６）（ＡＳ４１をコードしている）；
ＧＡＣＴＡＣＴＧＧＧＣＴＣＡＡＡＡＧＧＡＧＡＡＧＡＴＣＡＧＣＡＴＣＣＣＣＡＧＡＡＣＡＣＡＣＣＴＧＴＧＴのポリヌクレオチド配列（配列番号２５２）（ＡＳ６をコードしている）；
ＧＴＴＧＣＴＡＴＧＡＴＧＧＴＴＣＣＴＧＡＴＡＧＡＣＡＧＧＴＴＣＡＴＴＡＴＧＡＣＴＴＴＧＧＡＴＴＧのポリヌクレオチド配列（配列番号２４６）（ＡＳ３をコードしている）；
ＧＴＧＣＣＣＴＴＣＣＧＧＧＡＧＣＴＣＡＡＧＡＡＣＣＡＧＡＧＡＡＣＡＧＣＡＣＡＡＧＧＧＧＣＴＣＣＴＧＧＧＡＴＣＣＡＣＣＡＣＧＣＧＧＣＴＴＣＣＣＣＣＧＴＴＧＣＴＧＣＣＡＡＣＣＴＣＴＧＣＧＡＣＣＣＧＧＣＧＡＧＡＣＡＣＧＣＡＣＡＧＣＡＣＡＣＡＣＧＣＡＴＣＣＣＣＴＧＣＧＧＣＧＣＴＧＧＣＣＡＡＧＴＧＣＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＡＧＧＴＣＣＣＧＡＡＧＣＡＧＧＴＧＧＴＧＧＡＧＴＡＣＴＡＣＡＧＣＣＡＣＡＧＡＧＧＣＣＴＧＣＣＣＣＣＧＡＧＡＡＧＣＣＴＧＧＧＴＧＴＣＣＣＴＧＣＣＧＧＡＧＡＧＧＣＣＡＧＣＣＣＡＧＧＣＴＧＣＡＣＡＣＣＧＴＧＡＡＧＡＴＧＴＧＧＡＧＧＧＣＧのポリヌクレオチド配列（配列番号２６２）（ＡＳ１１をコードしている）；
ＡＡＧＡＧＡＡＧＴＴＴＴＧＣＴＧＴＣＡＣＧＧＡＧＡＧＧＡＴＣＡＴＣのポリヌクレオチド配列（配列番号２６６）（ＡＳ１３をコードしている）；
ＴＴＣＡＡＧＡＡＧＴＴＣＧＡＣＧＧＣＣＣＴＴＧＴＧＧＴＧＡＧＣＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＧＣＧＣＡＣＧＧＣＴＣＧＡＧＣＴＣＴＧＴＧＧＧＣＧＣＧＣＧＧＣＧＡＣＡＧＣＧＴＣＣＴＧＡＣＴＣＣＴＧＣＣＣＴＣＧＡＣＣＣＣＣＡＧＡＣＣＣＣＴＧＴＣＡＧＧＧＣＧＣＣＣＴＣＣＣＴＧＡＣＣＣＧＡＧＣＣＧＣＡＧＣＴＧＣＣＧＴＧのポリヌクレオチド配列（配列番号３１８）（ＡＳ４７をコードしている）；
ＣＴＴＧＴＡＣＴＴＧＧＴＧＴＡＴＴＧＡＧＣＧＧＧＣＡＣＡＧＴＧＧＣＴＣＡＣＧＣＣＴＡのポリヌクレオチド配列（配列番号２５６）（ＡＳ８をコードしている）；
ＣＡＧＴＧＧＣＡＧＣＡＣＴＡＣＣＡＣＣＧＧＴＣＡＧＧＴＧＡＧＧＣＣＧＣＡＧＧＧＡＣＴＣＣＣＣＴＣＴＧＧＡＧＡＣＣＣＡＣＡＡＧＡＡＡＣのポリヌクレオチド配列（配列番号２７８）（ＡＳ１９をコードしている）；
ＴＧＣＣＡＣＣＴＣＴＴＣＣＴＧＣＡＧＣＣＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＡＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＡＣＡＣＴＧＣＣＡＧＴＧＣＴＣＧＡＧＣＣＣＣＣＡＧＴＧＧＴＣＣＡＣＣＣＣＡＣＣＣＴＣＡＴＧＡＡＡＧＴＴＧＣＣＣＴＧＣＡＧＧＧＣＧＡＡＧＡＣＣＴＧＣＧＡＧＡＧＣＴＧＣＧＣＡＧＡＣＡＴＧＴＧＣＡＣＧＣＣＧＡＣＡＧＣＡＣＧＧＡＣＴＴＣＣＴＧＧＣＴＧＴＧＡＡＧＡＧＧＣＴＧＧＴＡＣＡＧＣＧＣＧＴＧＴＴＣＣＣＡＧＣＣＴＧＣＡＣＣＴＧＣＡＣＣＴＧＣＡＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＣＴＣＧＧＡＧＣＡＧＧＡＡＧＧＧＧＣＣＧＴＧＧＧＴＧＧＧＧＡＧＡＧＧＣＣＴＧＴＧＣＣＣＡＡＧＴＡＣＣＣＣＣＣＴＣＡＡＧＡＧＧＣのポリヌクレオチド配列（配列番号２９８）（ＡＳ３７をコードしている）；
ＡＡＡＡＴＴＣＡＧＡＡＴＡＡＡＡＡＴＴＧＴＣＣＡＧＡＣのポリヌクレオチド配列（配列番号２８６）（ＡＳ２３をコードしている）；
ＣＡＣＴＡＣＡＡＡＴＴＡＡＴＴＣＡＡＣＡＡＣＣＣＡＴＡＴＣＣＣＴＣＴＴＣＴＣＣＡＴＣＡＣＴＧＡＴＡＧＧＣＴＣＣＡＴＡＡＧＡＣＧＴＴＣＡＧＴＣＡＧＣＴＧＣＣＣＴＣＧＧＴＣＣＡＴＣＴＣＴＧＣＴＣＡＡＴＣＡＣＣＴＴＣＣＡＧＴＧＧＧＧＡＣＡＣＣＣＧＣＣＣＡＴＴＴＴＣＴＧＣＴＣＡＡＣＡＡＡＴＧＡＴＡＴＣＴＧＴＧＴＣＡＣＧＧＣＣＡＡＣＴＴＣＴＧＣＡＴＣＴＣＧＧＴＣＡＣＡＴＴＣＣＴＴＡＡＡＣＣＧＴＧＣＴＴＣＣＴＣＣＴＡＣＡＴＧＡＧＧＣＡＴＣＴＧＣＣＴＣＡＣＡＧのポリヌクレオチド配列（配列番号４４８）（ＭＳ１をコードしている）；
ＡＧＧＡＣＣＧＣＣＣＴＧＡＣＡＣＡＣＡＡＴＣＡＧＧＡＣＴＴＣＴＣＴＡＴＣＴＡＣＡＧＧＣＴＣＴＧＴＴＧＣＡＡＧＡＧＧＧＧＧＴＣＣＣＴＣＴＧＣＣＡＣＧＣＴＴＣＣＣＡＧＧＣＣＡＧＡＴＣＣＣＣＧＧＣＴＴＴＣＣＣＧＡＡＧＣＣＧＧＴＣＡＧＡＣＣＴＣＴＴＣＣＴＧＣＣＣＣＣＡＴＣＡＣＣＡＧＡＡＴＣＡＣＣＣＣＣＣＡＡＣＴＧＧＧＧＧＧＡＣＡＡＴＣＴＧＡＣＴＣＧＡＧＴＣＡＡＣＣＣＣＴＴＣＴＣＡＣＴＡＣＧＧＧＡＡＧＡＣＣＴＣＡＧＧＧＧＴＧＧＣＡＡＧＡＴＣＡＡＧＣＴＣＴＴＡＧＡＣＡＣＡＣＣＣＡＧＣＡＡＧＣＣＡＧＴＣＣＴＧＣＣＴＣＴＴＧＴＧＣＣＡＣＣＡＴＣＡＣＣＡＴＴＣＣＣＡＴＣＣＡＣＴＣＡＧＣＴＧＣＣＣＴＴＧＧＴＧＡＣＣＡＣＴＣＣＧＧＡＧＡＣＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＣＣＴＧＧＧＡＣＡＣＣＴＧＣＣＣＧＣＣＧＣＴＧＣＣＧＣＴＣＡＣＴＡＣＣＣＴＣＡＴＣＣＣＣＣＧＡＧＣＴＣＣＣＣＣＧＣＣＧＴＡＴＧＧＡＧＡＣＡＧＣＡＣＴＧＣＣＡＧＧＴＣＣＴＧＧＣＣＣＴＣＣＣＧＣＴＧＴＧＧＧＣＣＣＣＴＣＧＧＣのポリヌクレオチド配列（配列番号４５０）（ＭＳ３をコードしている）；
ＴＡＴＧＣＴＴＡＣＡＡＧＧＡＣＴＴＴＣＴＣＴＧＧＴＧＴＴＴＴＣＣＴＴＴＴＴＣＴＴＴＡＧＴＴＴＴＴＣＴＣＣＡＡＧＡＧＡＴＴＣＡＡＡＴＣＴＧＣＴＧＣＣＡＴＧＴＴＡＧＣＴＧＴＣＴＴＴＧＣＴＧＴＡＴＣＴＧＣＴＧＴＡＧＴＡＣＡＣＧＡＡＴＡＴＧＣＣＴＴＧＧＣＴＧＴＴＴＧＣＴＴＧＡＧＣＴＴＴＴＴＣＴＡＴＣＣＣＧＴＧＣＴＣＴＴＣＧＴＧＣＴＣＴＴＣＡＴＧＴＴＣＴＴＴＧＧＡＡＴＧＧＣＴＴＴＣＡＡＣＴＴＣＡＴＴＧＴＣＡＡのポリヌクレオチド配列（配列番号４５３）（ＭＳ６をコードしている）；
ＡＣＣＡＴＧＣＣＴＧＣＴＡＴＴＴＴＡＡＡＧＴＴＡＣＡＧＡＡＧＡＡＴＴＧＴＣＴＴＣＴＣＴＣＣＴＴＡのポリヌクレオチド配列（配列番号４５５）（ＭＳ８をコードしている）；と、
ＴＡＴＧＡＡＧＣＡＧＧＧＡＴＧＡＣＴＣＴＧＧＧＡＧＡＡＡＡＡＴＴＣＣＧＧＧＴＴＧＧＣＡＡＴＴＧＣＡＡＧＣＡＴＣＴＣＡＡＡＡＴＧＡＣＣＡＧＡＣＣＣのポリヌクレオチド配列（配列番号３８０）（Ｐ８２をコードしている）、並びにこれらの断片を含む。
いくつかの実施形態では、単離異種ポリヌクレオチドは、以下からなる群から選択される１つ以上のポリヌクレオチドを更に含む：
ＡＴＴＧＣＧＡＧＡＧＡＧＣＴＧＣＡＴＣＡＧＴＴＣＧＣＴＴＴＴＧＡＣＣＴＧＣＴＡＡＴＣＡＡＧＴＣＡＣＡＣのポリヌクレオチド配列（配列番号１６８）（Ｍ８４をコードしている）；
ＣＡＧＣＣＣＧＡＣＴＣＣＴＴＴＧＣＡＧＣＣＴＴＧＣＡＣＴＣＴＡＧＣＣＴＣＡＡＴＧＡＡＣＴＧＧＧＡＧＡＧのポリヌクレオチド配列（配列番号１７２）（Ｍ８６をコードしている）；
ＴＴＴＧＴＧＣＡＡＧＧＣＡＡＡＧＡＣＴＧＧＧＧＡＴＴＡＡＡＧＡＡＡＴＴＣＡＴＣＣＧＴＡＧＡＧＡＴＴＴＴのポリヌクレオチド配列（配列番号２０）（Ｍ１０をコードしている）；
ＴＴＴＧＴＧＣＡＡＧＧＣＡＡＡＧＡＣＴＧＧＧＧＡＧＴＣＡＡＧＡＡＡＴＴＣＡＴＣＣＧＴＡＧＡＧＡＴＴＴＴのポリヌクレオチド配列（配列番号２４）（Ｍ１２をコードしている）；と、
ＣＡＧＡＡＣＣＴＧＣＡＧＡＡＴＧＧＡＧＧＧＧＧＧＡＧＣＡＧＧＴＣＴＴＣＡＧＣＣＡＣＡＣＴＧＣＣＧＧＧＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＴＧＧＣＴＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＣＡＧＣＣＡＡＴＡＴＣＡＧＴＡＧＣＴＣＣＴＧＣＧＧＧＧＣＣＣＣＣＴＣＧＣＣＧＡＣＣＡＡＡＣＣＡＡＡＡＡＣＣＡＡＡＣＣＣＡＣＣＴＧＧＣＧＧＴＧＣＧＡＧＧＴＧＴＧＴＧＡＴＴＡＴＧＡＧＡＣＣＡＡＣＧＴＧＧＣＣＡＧＧＡＡＣＣＴＣＣＧＣＡＴＴＣＡＣＡのポリヌクレオチド配列（配列番号１７８）（ＦＲ１をコードしている）；並びにこれらの断片。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを提供する。
本開示はまた、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを提供する。ポリヌクレオチドは、アデノウイルスにおける発現に有用である。
本開示はまた、配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを提供する。ポリヌクレオチドは、ＭＶＡにおける発現に有用である。
例えば、配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている配列番号５４２の異種ポリヌクレオチドを使用して、ｒＧＡｄ２０に基づくものなどのアデノウイルス系前立腺癌ワクチンを作製することができる。あるいは、配列番号５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドをアデノウイルス系ワクチンにおいて使用してもよい。４１個のネオ抗原の組み合わせをコードしている異種ポリヌクレオチドに加えて、調節配列、タグなどの異種ポリヌクレオチドの５’又は３’に更なる促進エレメントが含まれていてもよい。例示的な促進エレメントとしては、ＣＭＶプロモーター、ワクシニアＰ７．５プロモーター、ＴｅｔＯリプレッサー、コザック配列、Ｔ細胞エンハンサー（ＴＣＥ）をコードしているポリヌクレオチド、ヒスチジンタグをコードしているポリヌクレオチド、１つ以上の終止コドン、ポリアデニル化シグナル、又はプロモーター配列が挙げられる。促進エレメントの例示的なポリヌクレオチド配列は、配列番号６２８を含むＣＭＶＴｅｔＯプロモーター、配列番号５４５を含むコザック配列、配列番号５４６を含むＴＣＥをコードしているポリヌクレオチド、配列番号５４７を含むヒスチジンタグをコードしているポリヌクレオチド、配列番号６２９を含むＢＧＨポリアデニル化部位、ＴＡＧＴＡＡのポリヌクレオチド配列を含む１つ以上の終止コドン、配列番号６２８のポリヌクレオチドを含むＣＭＶプロモーター、又は配列番号６３０のポリヌクレオチドを含むワクシニアＰ７．５プロモーターを含む。したがって、１つ以上の追加の促進配列を含む異種ポリヌクレオチドは、配列番号５５０のポリペプチドをコードしている配列番号５５１のポリヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、単離異種ポリぺプチドは、配列番号５４１のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリぺプチドは、配列番号５４２のポリヌクレオチドによってコードされている。
いくつかの実施形態では、異種ポリぺプチドは、１つ以上の促進エレメントを更に含む。
いくつかの実施形態では、促進エレメントは、プロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化部位、コザック配列、終止コドン、Ｔ細胞エンハンサー（ＴＣＥ）、又はこれらの任意の組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、コザック配列は、配列番号５４５を含み、ＴＣＥをコードしているポリヌクレオチドは、配列番号５４６を含み、ヒスチジンタグをコードしているポリヌクレオチドは、配列番号５４７を含み、１つ以上の終止コドンは、ＴＡＧＴＡＡのポリヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＥは、配列番号５４６のポリヌクレオチドによってコードされ、ＣＭＶプロモーターは、配列番号６２８のポリヌクレオチドを含み、ワクシニアＰ７．５プロモーターは、配列番号６３０のポリヌクレオチドを含み、ポリアデニル化部位は、配列番号６２９のウシ成長ホルモンポリアデニル化部位を含む。
本開示はまた、配列番号５５０のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、異種ポリぺプチドは、配列番号５５１のポリヌクレオチドによってコードされている。
本開示はまた、配列番号５５４のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、単離異種ポリぺプチドは、配列番号５５５のアミノ酸配列を含む。
本開示はまた、配列番号５５６のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、単離異種ポリぺプチドは、配列番号６２３のアミノ酸配列を含む。
本開示はまた、配列番号６２４のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、ＤＮＡである。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、ＲＮＡである。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、自己複製ＲＮＡである。
配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている配列番号５４４の異種ポリヌクレオチドを使用して、ＭＶＡベースの前立腺癌ワクチンを遺伝子操作することができる。あるいは、配列番号５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドを使用してもよい。４１個のネオ抗原の組み合わせをコードしている異種ポリヌクレオチドに加えて、調節配列、タグなどの異種ポリヌクレオチドの５’又は３’に更なる促進エレメントが含まれていてもよい。例示的な促進配列としては、コザック配列、Ｔ細胞エンハンサー（ＴＣＥ）をコードしているポリヌクレオチド、ヒスチジンタグをコードしているポリヌクレオチド、１つ以上の終止コドン、ポリアデニル化シグナル、又はプロモーター配列が挙げられる。促進エレメントの例示的なポリヌクレオチド配列は、配列番号５４５を含むコザック配列、配列番号５４６を含むＴＣＥをコードしているポリヌクレオチド、配列番号５４７を含むヒスチジンタグをコードしているポリヌクレオチド、及びＴＡＧＴＡＡのポリヌクレオチド配列を含む１つ以上の終止コドンを含む。したがって、１つ以上の追加の促進エレメントを含む異種ポリヌクレオチドは、配列番号５５２のポリペプチドをコードしている配列番号５５３のポリヌクレオチド配列を含む。
本開示はまた、配列番号５４３のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、異種ポリぺプチドは、配列番号５４４の異種ポリヌクレオチドによってコードされている。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、１つ以上の促進エレメントを更に含む。
いくつかの実施形態では、促進エレメントは、プロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化部位、コザック配列、終止コドン、Ｔ細胞エンハンサー（ＴＣＥ）、又はこれらの任意の組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、コザック配列は、配列番号５４５を含み、ＴＣＥをコードしているポリヌクレオチドは、配列番号５４６を含み、ヒスチジンタグをコードしているポリヌクレオチドは、配列番号５４７を含み、１つ以上の終止コドンは、ＴＡＧＴＡＡのポリヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＥは、配列番号５４６のポリヌクレオチドによってコードされ、ＣＭＶプロモーターは、配列番号６２８のポリヌクレオチドを含み、ワクシニアＰ７．５プロモーターは、配列番号６３０のポリヌクレオチドを含み、ポリアデニル化部位は、配列番号６２９のウシ成長ホルモンポリアデニル化部位を含む。いくつかの実施形態では、単離異種ポリぺプチドは、配列番号５５２のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリぺプチドは、配列番号５５３の異種ポリヌクレオチドによってコードされている。
本開示はまた、配列番号５５７のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号５５８のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号５５９のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号６２５のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、配列番号６２６のアミノ酸配列を含む単離異種ポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、ＤＮＡである。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、ＲＮＡである。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、自己複製ＲＮＡである。
１つ以上の断片が免疫原性である限り、４１個の前立腺ネオ抗原（配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７）のうちの１つ以上の断片を使用して前立腺癌ワクチンを作製することもできる。使用することができる例示的なこのような断片は、配列番号３８７、３８８、３９０、３９２、４０５、４０６、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、６２１、６３１、６３２、６３３、６３４、６３５、６３６、６３７、６３８、６３９、６４０、６４１、６４２、６４３、６４４、６４５、６４６、６４７、６４８、６４９、６５０、６５１、６５２、６５３、６５４、６５５、６５６、６５７、６５８、６５９、６６０、６６１、６６２、６６３、６６４、６６５、６６６、６６７、６６８、６６９、６７０、６７１、６７２、６７３、６７４、６７５、６７６、６７７、６７８、６７９、６８０、６８１、６８２、６８３、６８４、６８５、６８６、６８７、６８８、６８９、６９０、６９１、６９２、６９３、６９４、６９５、６９６、６９７、６９８、６９９、７００、７０１、７０２、７０３、７０４、７０５、７０６、７０７、７０８、７０９のポリペプチドである。断片の免疫原性は、本明細書に記載のアッセイを使用して試験することができる。
いくつかの実施形態では、断片の最初のＮ末端アミノ酸残基は存在しない。
本開示はまた、本開示の異種ポリペプチドをコードしている単離異種ポリヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、断片の最初の５’コドンは存在しない。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。ポリヌクレオチドは、アデノウイルスにおける発現に有用である。
本開示はまた、配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５４２のポリヌクレオチドを含む。
本開示はまた、配列番号５４２の異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５５１のポリヌクレオチドを含む。
本開示はまた、配列番号５５１の異種ポリヌクレオチドを含むベクター提供する。
本開示はまた、配列番号５５４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号５５５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号５５６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号６２３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
いくつかの実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、アデノウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、アデノウイルスベクターは、ヒトアデノウイルス、任意選択で、Ａｄ５、Ａｄ７、Ａｄ１１、Ａｄ２６、Ａｄ３４、Ａｄ３５、Ａｄ４８、Ａｄ４９、又はＡｄ５０に由来する。
いくつかの実施形態では、アデノウイルスベクターは、Ａｄ２６に由来する。
いくつかの実施形態では、アデノウイルスベクターは、大型類人猿アデノウイルスに由来し、任意選択でＧＡｄ２０、ＧＡｄ１９、ＧＡｄ２１、ＧＡｄ２５、ＧＡｄ２６、ＧＡｄ２７、ＧＡｄ２８、ＧＡｄ２９、ＧＡｄ３０、ＧＡｄ３１、ＣｈＡｄ３、ＣｈＡｄ４、ＣｈＡｄ５、ＣｈＡｄ６、ＣｈＡｄ７、ＣｈＡｄ８、ＣｈＡｄ９、ＣｈＡｄ１０、ＣｈＡｄ１、ＣｈＡｄ１６、ＣｈＡｄ１７、ＣｈＡｄ１９、ＣｈＡｄ２０、ＣｈＡｄ２２、ＣｈＡｄ２４、ＣｈＡｄ２６、ＣｈＡｄ３０、ＣｈＡｄ３１、ＣｈＡｄ３７、ＣｈＡｄ３８、ＣｈＡｄ４４、ＣｈＡｄ５５、ＣｈＡｄ６３、ＣｈＡｄ７３、ＣｈＡｄ８２、ＣｈＡｄ８３、ＣｈＡｄ１４６、ＣｈＡｄ１４７、ＰａｎＡｄ１、ＰａｎＡｄ２、又はＰａｎＡｄ３に由来する。
いくつかの実施形態では、アデノウイルスベクターは、ＧＡｄ２０に由来する。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄ２０を提供する。
本開示はまた、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄ２０を提供する。
本開示はまた、配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄ２０を提供する。ポリヌクレオチドは、アデノウイルスにおける発現に有用である。
本開示はまた、配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄ２０を提供する。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５４２を含む。
本開示は、配列番号５４２の異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄ２０を提供する。
本開示はまた、配列番号５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄ２０を提供する。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５５１を含む。
本開示は、配列番号５５１の異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄ２０を提供する。
本開示はまた、配列番号５５４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄ２０を提供する。
本開示はまた、配列番号５５５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄ２０を提供する。
本開示はまた、配列番号５５６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄ２０を提供する。
本開示はまた、配列番号６２３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄ２０を提供する。
本開示はまた、配列番号６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＧＡｄ２０を提供する。
本開示はまた、ｒＧＡｄ２０を含むか又はｒＧＡｄ２０が形質導入された細胞であって、ｒＧＡｄ２０が、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド、
配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５４２の異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５１の異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号６２３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、又は
配列番号６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
を含む、細胞を提供する。
本開示はまた、ｒＧＡｄ２０を含むワクチンであって、ｒＧＡｄ２０が、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリヌクレオチド、
配列番号５４１の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５４２の異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５１の異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号６２３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、又は
配列番号６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
を含む、ワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。ポリヌクレオチドは、ＭＶＡにおける発現に有用である。
本開示はまた、配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５４４を含む。
本開示はまた、配列番号５４４の異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５５３を含む。
本開示は、配列番号５５３の異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号５５７の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号５５８の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号５５９の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号６２５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本開示はまた、配列番号６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
いくつかの実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＭＶＡである。
いくつかの実施形態では、ＭＶＡベクターは、ＭＶＡ ４７６ ＭＧ／１４／７８、ＭＶＡ－５７１、ＭＶＡ－５７２、ＭＶＡ－５７４、ＭＶＡ－５７５、又はＭＶＡ－ＢＮに由来する。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。
本開示はまた、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。
本開示はまた、配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。ポリヌクレオチドは、ＭＶＡにおける発現に有用である。
本開示はまた、配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５４４を含む。
本開示はまた、配列番号５４４の異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。
本開示はまた、配列番号５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５５３を含む。
本開示はまた、配列番号５５３の異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。
本開示はまた、配列番号５５７の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。
本開示はまた、配列番号５５８の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。
本開示はまた、配列番号５５９の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。
本開示はまた、配列番号６２５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。
本開示はまた、配列番号６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むｒＭＶＡを提供する。
本開示はまた、ｒＭＶＡを含むか又はｒＧＡｄ２０が形質導入された細胞であって、ｒＭＶＡが、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む異種ポリヌクレオチド、
配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５４４の異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５３の異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５７の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５８の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５９の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号６２５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、又は
配列番号６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
を含む、細胞を提供する。
本開示はまた、ｒＭＶＡを含むワクチンであって、ＭＶＡが、
配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリヌクレオチド、
配列番号５４３の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５４４の異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５３の異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５７の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５８の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号５５９の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
配列番号６２５の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、又は
配列番号６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド、
を含む、ワクチンを提供する。
本開示はまた、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、又は４１個のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、断片は、配列番号３８７、３８８、３９０、３９２、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、又は６２１のペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリペプチドは、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３又は６２４を含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５４２又は配列番号５５１を含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリペプチドは、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５又は６２６を含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５４４又は配列番号５５３を含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ又はＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ｍＲＮＡ又は自己複製ＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、組み換えワクチンである。
いくつかの実施形態では、組み換えウイルスは、アデノウイルス、ポックスウイルス、アデノ随伴ウイルス、又はレトロウイルスに由来する。
いくつかの実施形態では、組み換えウイルスは、ｈＡｄ５、ｈＡｄ７、ｈＡｄ１１、ｈＡｄ２６、ｈＡｄ３４、ｈＡｄ３５、ｈＡｄ４８、ｈＡｄ４９、ｈＡｄ５０、ＧＡｄ２０、Ｇａｄ１９、ＧＡｄ２１、ＧＡｄ２５、ＧＡｄ２６、ＧＡｄ２７、ＧＡｄ２８、ＧＡｄ２９、ＧＡｄ３０、ＧＡｄ３１、ＣｈＡｄ３、ＣｈＡｄ４、ＣｈＡｄ５、ＣｈＡｄ６、ＣｈＡｄ７、ＣｈＡｄ８、ＣｈＡｄ９、ＣｈＡｄ１０、ＣｈＡｄ１１、ＣｈＡｄ１６、ＣｈＡｄ１７、ＣｈＡｄ１９、ＣｈＡｄ２０、ＣｈＡｄ２２、ＣｈＡｄ２４、ＣｈＡｄ２６、ＣｈＡｄ３０、ＣｈＡｄ３１、ＣｈＡｄ３７、ＣｈＡｄ３８、ＣｈＡｄ４４、ＣｈＡｄ５５、ＣｈＡｄ６３、ＣｈＡｄ７３、ＣｈＡｄ８２、ＣｈＡｄ８３、ＣｈＡｄ１４６、ＣｈＡｄ１４７、ＰａｎＡｄ１、ＰａｎＡｄ２、ＰａｎＡｄ３、コペンハーゲンワクシニアウウイルス（Ｗ）、ニューヨーク弱毒ワクシニアウイルス（ＮＹＶＡＣ）、ＡＬＶＡＣ、ＴＲＯＶＡＣ、又は改変ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）に由来する。
いくつかの実施形態では、組み換えウイルスは、ＧＡｄ２０に由来する。
いくつかの実施形態では、組み換えウイルスは、ＭＶＡに由来する。
いくつかの実施形態では、組み換えウイルスは、Ａｄ２６に由来する。
本開示はまた、配列番号５４１又は５５０の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド配列を含むワクチンを提供する。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５４２又は５５１を含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスである。
本開示はまた、配列番号５４３又は５５２の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチド配列を含むワクチンを提供する。
いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、配列番号５４４又は５５３を含む。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスである。
本明細書にて開示した実施形態のいくつかを更に説明するために、以下の実施例を提供する。これらの実施例は、例示を目的とするものであって、本開示の実施形態を制限するものではない。
実施例１ 一般法
ペプチド合成
ペプチドは、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｐｅｐｔｉｄｅによって合成され、純度は＞８０％であった。凍結乾燥させたペプチドを１００％ ＤＭＳＯに可溶化した。
ネオ抗原のインビトロ免疫原性評価（「患者ＰＢＭＣ再刺激アッセイ」）
転移性去勢抵抗性前立腺癌を有するヒト患者からのＰＢＭＣを、培地（Ｇｌｕｔａｍａｘ、１０％ ＨＩ ＦＢＳ、及び１×ピルビン酸ナトリウムを補給したＲＰＭＩ １６４０）を使用して解凍した。細胞を計数し、２５０，０００生細胞／ウェルの濃度で９６ウェル丸底マイクロプレートにプレーティングした。凍結乾燥させたペプチドを１００％ ＤＭＳＯ中に可溶化し、培地で１０μｇ／ｍＬに希釈した。最終濃度を５μｇ／ｍＬにするために、等体積のネオ抗原ペプチドをＰＢＭＣに添加した。ＣＥＦペプチドプール「Ｐｌｕｓ」（Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｌｔｄ．）を陽性対照として利用し、実験ペプチドと同じ最終濃度のＤＭＳＯを陰性対照として利用した。ヒトＩＬ－１５（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）を最終濃度１０ｎｇ／ｍＬで全てのウェルに添加した。
プレートを３７℃（５％ＣＯ２）で合計１３日間インキュベートした。ＩＬ－１５（最終濃度１０ｎｇ／ｍＬ）及びＩＬ－２（Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓ、最終濃度１０ＩＵ／ｍＬ）を用いて、２日毎に培地を新しくした。１２日目に、１日目のペプチド刺激と同じ濃度の同一の実験ペプチド又は対照でＰＢＭＣを再刺激した。１時間インキュベーションした後、タンパク質阻害剤カクテル（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を全てのウェルに添加し、プレートを一晩インキュベートした。
１３日目に、細胞内フローサイトメトリー分析のために細胞を染色した。細胞をＰＢＳで洗浄し、Ｌｉｖｅ／Ｄｅａｄ Ｆｉｘａｂｌｅ Ａｑｕａ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ ｓｔａｉｎ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で染色した。生／死染色に続いて、Ｂｉｏｔｉｎ－Ｆｒｅｅ Ｆｃ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｂｌｏｃｋｅｒ（Ａｃｃｕｒａｔｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ ＆ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｃｏｒｐ）を使用して細胞をブロッキングした。細胞外細胞流パネル（５０μＬ中１ウェル当たり１μＬ／抗体）は、ＣＤ３ ＰｅｒＣＰ－Ｃｙ５．５（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、ＣＤ４ ＢＶ４２１（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、及びＣＤ８ＡＰＣ－Ｃｙ７（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）からなっていた。細胞外染色後、細胞をＦｏｘｐ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｆａｃｔｏｒ Ｓｔａｉｎｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ Ｓｅｔ（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を使用して固定し、ＴＮＦαＦＩＴＣ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）及びＩＦＮγＢＶ７８５（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）を使用して細胞内タンパク質（１：５０希釈）について染色した。細胞を洗浄し、染色バッファに再懸濁させ、ＢＤ Ｃｅｌｅｓｔａフローサイトメーターを使用して分析した。
ＦｌｏｗＪｏ ｖ１０を使用してフローサイトメトリー細胞染色分析を完了した。細胞を、生細胞、シングレット細胞、ＣＤ３＋細胞でゲーティングした。ＣＤ８＋Ｔ細胞をＴＮＦα／ＩＦＮγ発現について分析し、二重陽性ＴＮＦα／ＩＦＮγＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度を記録した。実験ペプチドによる刺激に起因して、二重陽性ＴＮＦα／ＩＦＮγＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度がその患者のＤＭＳＯのみ陰性対照に対して２倍以上増加した場合、応答が陽性であると評価した。１～７個の患者サンプルにおいてペプチドを分析した。
ネオ抗原のインビトロ免疫原性評価（「外因性自家正常ドナー再刺激アッセイ」）
ヒト正常ＰＢＭＣから単離されたＣＤ１ｃ＋樹状細胞（ＤＣ）を、培地（グルタミン、ＨＥＰＥＳ、５％ヒト血清（Ｓｉｇｍａ）、及び１×Ｐｅｎ－Ｓｔｒｅｐを補給したＩＭＤＭ（Ｇｉｂｃｏ））を使用して解凍した。ＩＬ－４（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ、８０ｎｇ／ｍＬ）及びＧＭ－ＣＳＦ（Ｇｉｂｃｏ、８０ｎｇ／ｍＬ）を補給した培地にＤＣ細胞を再懸濁させ、６ウェルマイクロプレートにプレーティングし、３７℃（５％ＣＯ２）で一晩静置した。次の日、ＤＣ細胞を計数し、３０，０００生細胞／ウェルの濃度で９６ウェル丸底マイクロプレートにプレーティングした。凍結乾燥させたペプチド（１５ｍｅｒ重複ペプチド）を１００％ ＤＭＳＯ中に可溶化し、ネオ抗原により５ｍｇ／ｍＬ～２０ｍｇ／ｍＬになるようにプールした。ネオ抗原ペプチドプールを、最終濃度２．５μｇ／ｍＬ～１０μｇ／ｍＬになるようにＤＣに添加し、３７℃（５％ＣＯ２）で２時間静置した。ＣＥＦペプチドプール「Ｐｌｕｓ」（Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｌｔｄ．）を陽性対照として利用し、実験ペプチドと同じ最終濃度のＤＭＳＯを陰性対照として利用した。２時間後、ＤＣ細胞に５０グレイの電離放射線を照射した。ヒト正常ＰＢＭＣから単離された自家ＣＤ３＋汎Ｔ細胞を、培地を使用して解凍した。照射後、１ウェル当たり３００，０００個の生細胞で、照射されたＤＣに自家汎Ｔ細胞を添加した。ヒトＩＬ－１５（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）を最終濃度１０ｎｇ／ｍＬで全てのウェルに添加した。
プレートを３７℃（５％ＣＯ２）で合計１２日間インキュベートした。ＩＬ－１５（最終濃度１０ｎｇ／ｍＬ）及びＩＬ－２（Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓ、最終濃度１０ＩＵ／ｍＬ）を用いて、２～３日毎に培地を新しくした。１１日目に、１日目のペプチド刺激と同じ濃度の同一の実験ペプチドプール又は対照で細胞を再刺激した。タンパク質阻害剤カクテル（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を全てのウェルに添加し、プレートを３７℃（５％ＣＯ２）で一晩インキュベートした。
１２日目に、細胞内フローサイトメトリー分析のために細胞を染色した。細胞をＰＢＳで洗浄し、Ｌｉｖｅ／Ｄｅａｄ Ｆｉｘａｂｌｅ Ａｑｕａ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ ｓｔａｉｎ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で染色した。生／死染色に続いて、Ｂｉｏｔｉｎ－Ｆｒｅｅ Ｆｃ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｂｌｏｃｋｅｒ（Ａｃｃｕｒａｔｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ ＆ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｃｏｒｐ）を使用して細胞をブロッキングした。細胞外細胞流パネル（５０μＬ中１ウェル当たり１μＬ／抗体）は、ＣＤ３ ＰｅｒＣＰ－Ｃｙ５．５（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、ＣＤ４ ＢＶ４２１（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、及びＣＤ８ＡＰＣ－Ｃｙ７（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）からなっていた。細胞外染色後、細胞をＦｏｘｐ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｆａｃｔｏｒ Ｓｔａｉｎｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ Ｓｅｔ（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を使用して固定し、ＴＮＦαＦＩＴＣ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）及びＩＦＮγＢＶ７８５（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）を使用して細胞内タンパク質（１：５０希釈）について染色した。細胞を洗浄し、染色バッファに再懸濁させ、ＢＤ Ｃｅｌｅｓｔａフローサイトメーターを使用して分析した。
ＦｌｏｗＪｏ ｖ１０を使用してフローサイトメトリー細胞染色分析を完了した。細胞を、生細胞、シングレット細胞、ＣＤ３＋細胞でゲーティングした。ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞をＴＮＦα／ＩＦＮγ発現について分析し、二重陽性ＴＮＦα／ＩＦＮγＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度及び二重陽性ＴＮＦα／ＩＦＮγＣＤ４＋Ｔ細胞の頻度を記録した。実験ペプチドプールによる刺激に起因して、二重陽性ＴＮＦα／ＩＦＮγＣＤ８＋Ｔ細胞又は二重陽性ＴＮＦα／ＩＦＮγＣＤ４＋Ｔ細胞の頻度が、そのドナーのＤＭＳＯのみ陰性対照に対して３倍以上増加し、少なくとも０．０１％であった場合、応答が陽性であると評価した。
ネオ抗原のインビトロ内因性免疫原性評価（「内因性自家正常ドナー再刺激アッセイ」）
ヒト正常ＰＢＭＣから単離されたＣＤ１ｃ＋樹状細胞（ＤＣ）を、培地（グルタミン、ＨＥＰＥＳ、５％ヒト血清（Ｓｉｇｍａ）、及び１×Ｐｅｎ－Ｓｔｒｅｐを補給したＩＭＤＭ（Ｇｉｂｃｏ））を使用して解凍した。ＩＬ－４（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ、８０ｎｇ／ｍＬ）及びＧＭ－ＣＳＦ（Ｇｉｂｃｏ、８０ｎｇ／ｍＬ）を補給した培地にＤＣ細胞を再懸濁させ、６ウェルマイクロプレートにプレーティングし、３７℃（５％ＣＯ２）で一晩静置した。次の日、ＤＣ細胞を計数し、３０，０００生細胞／ウェルの濃度で９６ウェル丸底マイクロプレートにプレーティングした。プラーク形成ユニットに基づいてＭＯＩ（感染多重度）が５０００になるように、Ａｄ５ベクター（Ｖｅｃｔｏｒ Ｂｉｏｌａｂｓ）を培地で希釈した。ＣＥＦプールのＡｄ５ベクター及び「ヌル」を対照として使用した。３７℃（５％ＣＯ２）で一晩、ＤＣにＡｄ５ベクターを形質導入した。次の日、滅菌リン酸緩衝生理食塩水を使用して、３回の連続遠心分離／吸引工程によってプレートからＡｄ５ベクターを洗い流した。最後の洗浄後、形質導入されたＤＣを１００μＬ培地に再懸濁させた。ヒト正常ＰＢＭＣから単離された自家ＣＤ３＋汎Ｔ細胞を、培地を使用して解凍した。１ウェル当たり３００，０００個の生細胞（１００μＬ／ウェル）で、照射されたＤＣに自家汎Ｔ細胞を添加した。ヒトＩＬ－１５（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）を最終濃度１０ｎｇ／ｍＬで全てのウェルに添加した。
プレートを３７℃（５％ＣＯ２）で合計１２日間インキュベートした。ＩＬ－１５（最終濃度１０ｎｇ／ｍＬ）及びＩＬ－２（Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓ、最終濃度１０ＩＵ／ｍＬ）を用いて、２～３日毎に培地を新しくした。１１日目に、凍結乾燥させたペプチド（１５ｍｅｒ重複ペプチド）を１００％ ＤＭＳＯ中に可溶化し、ネオ抗原により５ｍｇ／ｍＬ～２０ｍｇ／ｍＬになるようにプールした。ネオ抗原ペプチドプールを、最終濃度２．５μｇ／ｍＬ～１０μｇ／ｍＬになるように細胞に添加した。ＣＥＦペプチドプール「Ｐｌｕｓ」（Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｌｔｄ．）を陽性対照として利用し、実験ペプチドと同じ最終濃度のＤＭＳＯを陰性対照として利用した。タンパク質阻害剤カクテル（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を全てのウェルに添加し、プレートを３７℃（５％ＣＯ２）で一晩インキュベートした。
１２日目に、細胞内フローサイトメトリー分析のために細胞を染色した。細胞をＰＢＳで洗浄し、Ｌｉｖｅ／Ｄｅａｄ Ｆｉｘａｂｌｅ Ａｑｕａ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ ｓｔａｉｎ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で染色した。生／死染色に続いて、Ｂｉｏｔｉｎ－Ｆｒｅｅ Ｆｃ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｂｌｏｃｋｅｒ（Ａｃｃｕｒａｔｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ ＆ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｃｏｒｐ）を使用して細胞をブロッキングした。細胞外細胞流パネル（５０μＬ中１ウェル当たり１μＬ／抗体）は、ＣＤ３ ＰｅｒＣＰ－Ｃｙ５．５（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、ＣＤ４ ＢＶ４２１（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、及びＣＤ８ＡＰＣ－Ｃｙ７（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）からなっていた。細胞外染色後、細胞をＦｏｘｐ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｆａｃｔｏｒ Ｓｔａｉｎｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ Ｓｅｔ（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を使用して固定し、ＴＮＦαＦＩＴＣ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）及びＩＦＮγＢＶ７８５（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）を使用して細胞内タンパク質（１：５０希釈）について染色した。細胞を洗浄し、染色バッファに再懸濁させ、ＢＤ Ｃｅｌｅｓｔａフローサイトメーターを使用して分析した。
ＦｌｏｗＪｏ ｖ１０を使用してフローサイトメトリー細胞染色分析を完了した。細胞を、生細胞、シングレット細胞、ＣＤ３＋細胞でゲーティングした。ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞をＴＮＦα／ＩＦＮγ発現について分析し、二重陽性ＴＮＦα／ＩＦＮγＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度及び二重陽性ＴＮＦα／ＩＦＮγＣＤ４＋Ｔ細胞の頻度を記録した。実験ペプチドプールによる刺激に起因して、二重陽性ＴＮＦα／ＩＦＮγＣＤ８＋Ｔ細胞又は二重陽性ＴＮＦα／ＩＦＮγＣＤ４＋Ｔ細胞の頻度が、そのドナーのＤＭＳＯのみ陰性対照に対して３倍以上増加し、少なくとも０．０１％であった場合、応答が陽性であると評価した。
クラスＩ ＭＨＣへのネオ抗原のインビトロ結合
バイオインフォマティクス分析により同定された９ｍｅｒペプチドを、６つの共通ＨＬＡクラスＩ対立遺伝子（ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１、Ａ＊０２：０１、Ａ＊０３：０１、Ａ＊２４：０２、Ｂ＊０７：０２、Ｂ＊０８：０１）に対する結合の性質について分析した。方法の原理については以下に簡潔に記載するが、２つの部分からなっており、１つは、紫外線（ＵＶ）放射によって誘導される陽性対照へのペプチドの交換を伴い、２つ目は、安定なＨＬＡ－ペプチド及び空のＨＬＡ複合体を検出するための酵素イムノアッセイである。
ＨＬＡ結合ペプチドは、ＨＬＡ複合体の安定性にとって重要である。ＨＬＡ分子に結合したときにＵＶ照射により切断することができる、各ＨＬＡごとに異なるペプチド（Ｐｏｓ）（Ｐｏｓ：ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１：ＣＴＥＬＫＬＳＤＹ（配列番号４０９）、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１：ＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（配列番号４１０）、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１：ＬＩＹＲＲＲＬＭＫ（配列番号４１１）、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２：ＬＹＳＡＣＦＷＷＬ（配列番号４１２）、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２：ＮＰＫＡＳＬＬＳＬ（配列番号４１３）、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１：ＥＬＲＳＲＹＷＡＩ（配列番号４１４）を利用して、ＵＶ不安定性ペプチドによってコンディショナルＨＬＡクラスＩ複合体を安定化した。切断時に、得られたペプチド断片はＨＬＡクラスＩ複合体から解離したが、その理由は、安定的にＨＬＡに結合するのに不十分な長さになったためである。ペプチド切断を実施した条件（中性ｐＨ、溶けかけの氷上）下で、ペプチドを含まないＨＬＡ複合体は安定したままであった。したがって、選択した別のＨＬＡクラスＩペプチドの存在下で切断を実施した場合、この反応により、切断されたＵＶ不安定性ペプチドＰｏｓと選択されたペプチドとの正味の交換が生じた（Ｒｏｄｅｎｋｏ，Ｂ ｅｔ ａｌ．（２００６） Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ １：１１２０－３２，Ｔｏｅｂｅｓ，Ｍ ｅｔ ａｌ．（２００６） Ｎａｔ Ｍｅｄ １２：２４６－５１，Ｂａｋｋｅｒ，ＡＨ ｅｔ ａｌ．（２００８） Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ １０５：３８２５－３０）。
対象とするペプチドとＰｏｓとの間の交換効率を、ＨＬＡクラスＩ ＥＬＩＳＡを用いて分析した。技術を組み合わせることにより、潜在的に免疫原性である、対象となるＨＬＡ分子のリガンドを同定することが可能になった。
交換対照ペプチドＰｏｓは、関連するＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に対する高親和性結合剤であり、一方、交換対照ペプチドＮｅｇは非結合剤であった。ＵＶ対照は、レスキューペプチドの非存在下におけるコンディショナルＨＬＡクラスＩ複合体の紫外線照射を表していた。交換対照ペプチドＮｅｇ（ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１：ＮＰＫＡＳＬＬＳＬ（配列番号４１３）、ＨＬＡ－Ａ＊０２－０１：ＩＶＴＤＦＳＶＩＫ（配列番号４１６）、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１：ＮＰＫＡＳＬＬＳＬ（配列番号４１３）、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２：ＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（配列番号４１０）、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２：ＬＩＹＲＲＲＬＭＫ（配列番号４１１）、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１：ＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（配列番号４１０）、及び全ての実験ペプチドの結合を、交換対照ペプチドＰｏｓと比較して評価した。後者のペプチドの吸収を１００％に設定した。この手順により、使用したＨＬＡ対立遺伝子ごとに異なる実験ペプチドの親和性を反映した様々な異なる交換率が得られた。
ＨＬＡクラスＩ ＥＬＩＳＡは、（ペプチド安定化）ＨＬＡクラスＩ複合体のβ２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）の検出に基づく酵素イムノアッセイである。この目的のために、ストレプトアビジンをポリスチレンマイクロタイターウェルに結合させた。洗浄及びブロッキング後、交換反応混合物又はＥＬＩＳＡ対照中に存在するＨＬＡ複合体を、そのビオチン化重鎖を介してマイクロタイタープレート上のストレプトアビジンによって捕捉した。非結合材料を洗浄により除去した。続いて、ヒトＢ２Ｍに対する西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）コンジュゲート抗体を添加した。ＨＲＰコンジュゲート抗体は、マイクロタイターウェル中に存在するインタクトなＨＬＡ複合体にのみ結合するが、その理由は、ペプチド交換が不成功であった結果、ＵＶ照射時に元のＵＶ感受性ＨＬＡ複合体が崩壊するためである。後者の場合、洗浄工程中にＢ２Ｍが除去された。洗浄により非結合ＨＲＰコンジュゲートを除去した後、基質溶液をウェルに添加した。サンプル中に存在するインタクトなＨＬＡ複合体の量に比例して、着色生成物が形成された。停止溶液の添加によって反応を終了させた後、マイクロタイタープレートリーダーで吸光度を測定した。交換対照ペプチドの吸光度（１００％を表す）に対して吸光度を正規化した。ＨＬＡクラスＩ分子に対して中～低の親和性を有するペプチドの準最適ＨＬＡ結合もまた、このＥＬＩＳＡ技術（Ｒｏｄｅｎｋｏ，Ｂ ｅｔ ａｌ．（２００６） Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ １：１１２０－３２）により検出することができる。
６つのＨＬＡ対立遺伝子のうちの１つにおいて１０％以上の交換効率を有していたペプチドを、更なる免疫原性試験及び分析のために検討した。
実施例２．バイオインフォマティクスによるネオ抗原の同定
遺伝子融合事象、イントロン保持、選択的にスプライシングされたバリアント、及び発生的にサイレンシングされた遺伝子の異常発現などの異常な転写プログラムから生じた共通の前立腺癌ネオ抗原を同定するために、バイオインフォマティクス手段によって様々な前立腺癌ＲＮＡ－ｓｅｑデータセットを分析するためのコンピュテーショナルフレームワークを開発した。
検索したデータセットは、以下の通りであった：
・ Ｇｅｎｏｔｙｐｅ－Ｔｉｓｓｕｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ （ＧＴＥｘ） Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ。このデータセットは、４９個の正常組織からの６１３７個ＲＮＡ－ｓｅｑデータセットを包含し、正常組織におけるＲＮＡのフィーチャーをアノテーションし、正常組織における潜在的な前立腺ネオ抗原候補の頻度を評価するために使用した。
・ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ Ｐｒｏｓｔａｔｅ Ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ （ＴＣＧＡ ＰＲＡＤ） （Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｎｅｔｗｏｒｋ．Ｃｅｌｌ．２０１５ Ｎｏｖ ５；１６３（４）：１０１１－２５．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０１５．１０．０２５）。このデータセットは、５０８人の前立腺癌対象からのＲＮＡ－ｓｅｑデータセットを包含し、限局性前立腺腺癌におけるネオ抗原候補を同定するために使用した。
・ Ｓｔａｎｄ Ｕｐ Ｔｏ Ｃａｎｃｅｒ （ＳＵ２Ｃ） （Ｒｏｂｉｎｓｏｎ Ｄ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ．２０１５ Ｍａｙ ２１；１６１（５）：１２１５－１２２８．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０１５．０５．００１）。このデータセットは、４３人のｍＣＲＰＣ対象からのＲＮＡ－ｓｅｑデータセットを包含する。
分析前に生データのクオリティコントロール（ＱＣ）を実施した。まず、シーケンシングリードをトリミングしてＩｌｌｕｍｉｎａのアダプター配列を除去し、ヒトｔＲＮＡ及びｒＲＮＡにマッピングされたリードを、下流分析から除去した。また、いずれかの末端における塩基クオリティスコアが低い（＜１０、ＰＨＲＥＤスケール；塩基が１０分の１の確率で不正確であることを示す）塩基のリードもトリミングした。ＰＨＲＥＤクオリティスコアは、自動ＤＮＡシーケンシング機器によって行われた塩基の同定のクオリティを測定する。２５ｂｐ未満のトリミングされたリードをデータセットから除去した。更に、続くＱＣ工程は、クオリティの低いリードを除去するとみなされた：最高塩基クオリティＰＨＲＥＤスコアが＜１５であるリードを除去し、平均塩基クオリティＰＨＲＥＤスコアが＜１０であるリードを除去し、ｐｏｌｙＡＴＣＧレートが＞８０％であるリードを除去し、２つのリードのうちの１つが失敗したＲＮＡ配列を除去する。
ＱＣ基準に合格したリードを、ＡｒｒａｙＳｔｕｄｉｏ（（ｈｔｔｐｓ＿／／ｗｗｗ＿ｏｍｉｃｓｏｆｔ＿ｃｏｍ／ａｒｒａｙ－ｓｔｕｄｉｏ／）プラットフォームを使用してＨｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｕｉｌｄ ３８にマッピングした。新規ＲＮＡのフィーチャーをアノテーションするために、Ｒｅｆｓｅｑ遺伝子モデル（公開日２０１７年６月６日）を使用した。
ここに公開されている結果は、全体又は一部が、ＮＣＩ及びＮＨＧＲＩによって管理されているＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓによって作成されたデータに基づいている。ＴＣＧＡに関する情報は、ｈｔｔｐ：／／＿ｃａｎｃｅｒｇｅｎｍｅ＿ｎｉｈ＿ｇｏｖに見出すことができる。
遺伝子融合事象の同定
ＦｕｓｉｏｎＭａｐアルゴリズム（Ｇｅ Ｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２０１１ Ｊｕｌ １５；２７（１４）：１９２２－８．ｄｏｉ：１０．１０９３／ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ／ｂｔｒ３１０．Ｅｐｕｂ ２０１１ Ｍａｙ １８）を使用して、上記の前立腺癌データセットにおける遺伝子融合事象を同定した。ＦｕｓｉｏｎＭａｐは、リードの中央領域に融合切断点位置を含むシードリードに基づいて融合接合部を検出する。アルゴリズムは、シードリードからのマッピングされた融合接合部の一致に基づいて、疑似融合転写物／配列ライブラリを動的に作成する。次いで、ＦｕｓｉｏｎＭａｐは、マッピングされていない可能性のある融合リードを疑似融合レファレンスにアラインメントして、レスキューされたリードを更に同定する。プログラムは、検出された融合接合部のリスト、サポーティングリードの統計、融合遺伝子対、並びに融合遺伝子を塩基対分解能で総合的に特徴付ける切断点及び接合部の配列のゲノム位置を報告する。
図１に示すようなキメラリードスルー融合を起源とするネオ抗原及び図２に示すような染色体変化から生じた融合を、ＦｕｓｉｏｎＭａｐを使用して同定した。以下の基準を満たしたとき、ネオ抗原を遺伝子融合事象を起源とすると分類した：ゲノムにおけるマッピング位置が異なる少なくとも２つのシードリード、接合部を解析する少なくとも４つのシーケンシングリード（シード及びレスキューリード）、及びリードにまたがる少なくとも１つの接合部によって、融合接合部がサポートされた。上述のデータセットを使用して、腫瘍組織及び正常組織におけるネオ抗原の有病率をクエリした。有病率が少なくとも１つの疾患コホート（ＴＣＧＡ及びＳＵ２Ｃ）において＞１０％でありかつ正常組織（４９個の正常組織からの６１３７個のＲＮＡ－ｓｅｑデータセット）において＜２％であると同定されたとき、ネオ抗原が共通であると同定された。遺伝子融合事象によって新規ペプチド配列の長いストレッチを生成した場合又は遺伝子融合事象が対象遺伝子内に存在していた場合、疾患コホートにおいて１０％未満の有病率を有する遺伝子融合事象が含まれていた。
スプライスバリアントの同定
ペアエンドＲＮＡ－ｓｅｑデータを解析して選択的スプライシング事象から生じる潜在的なネオ抗原を同定するために、カスタムバイオインフォマティックソフトウェアを開発した。開発されたプロセスを利用して、図３に示す通り、選択的５’又は３’スプライス部位、保持されたイントロン、除外されたエキソン、選択的終止、又は新規カセットの挿入を有するスプライスバリアントを同定した。プロセスは、次の２つの主要な機能を介してＲｅｆＳｅｑ遺伝子モデルには存在しなかったスプライスバリアントを同定した。１）６ｂｐ以上のギャップ及びギャップの各側にアラインメントされた少なくとも１５ｂｐの配列を有するリードに基づく新規接合部の同定（以後スプリットマッピングされたリードと称される）。少なくとも５つのスプリットマッピングされたリード及び各末端において接合部に隣接するリードの１メイトペアによって表された場合、新規接合部を報告した。２）アラインメントしたリードのアイランドの同定（以後カバレッジアイランドと称される）。アイランドの境界を決定するために使用されるパラメータに関する更なる詳細を以下に記載する。図４は、アプローチの模式図を示す。
ゲノムＤＮＡ及び／又はプレｍＲＮＡの夾雑とは対照的に、真のスプライシングバリエーションに起因するイントロン領域にマッピングされるリードを識別するために、２つのパラメータを開発して、２００個の高発現ハウスキーピング遺伝子にわたる夾雑分布を確立した。次いで、これらの分布のテールエンドを、関連する新規のスプライスバリアントを見つけるためのカットオフとして使用した。
１． イントロンのカバレッジ深度（ＩＤＣ）：全ハウスキーピングイントロン塩基についての９０パーセンタイルのカバレッジ深度。特定の領域のカバレッジがこの値を下回った場合、これが生じた第１の塩基をカバレッジアイランド境界として定義した。
２． イントロン／エキソンカバレッジ比率（ＩＥＣＲ）：イントロンカバレッジの中央値と全ハウスキーピング遺伝子イントロンの最近接上流エキソンのカバレッジの中央値との比の９０パーセンタイル
報告された全てのスプライスバリアントは、以下の基準を満たすことが必要であった：
選択的３’／５’スプライス部位の同定：
－ 新規スプライス部位は、少なくとも５つのスプリットマッピングされたリード、及び接合部に隣接する１メイトペアのリードによってサポートされた。
－ スプライス部位を使用して得られたイントロン領域（適用可能な場合）はＩＥＣＲを超え、領域全体はＩＤＣを超えていた。
新規カセットの同定：
－ イントロン領域における２つの新規スプライス部位は、少なくとも５つのスプリットマッピングされたリード、及び接合部に隣接する１メイトペアのリードによってサポートされた。
－ ２つのスプライス部位間の領域はＩＥＣＲを超え、領域全体はＩＤＣを超えていた。
イントロン保持の同定：
－ イントロン領域はＩＥＣＲを超え、領域全体はＩＤＣを超えていた。
－ 少なくとも５つのリードが、イントロン－エキソン境界の両方にまたがり、境界の各側に少なくとも１５ｂｐがアラインメントされる。
選択的終止の同定：
－ ３’境界は、カノニカルエキソンの３’末端の６０ｂｐ以内に収まらなかったカバレッジアイランドの縁部として定義される
－ カノニカルエキソンの５’末端と３’境界との間の任意のイントロン領域はＩＥＣＲを超え、領域全体はＩＤＣを超えていた。
エキソン排除の同定：
－ 新規接合部は、少なくとも５つのスプリットマッピングされたリード、及び１つ以上のカノニカルエキソンがスキップされた接合部に隣接する１メイトペアのリードによってサポートされた。
異常なスプライシング事象に由来するネオ抗原は、発生率が疾患コホート（ＴＣＧＡ及びＳＵ２Ｃデータセット）において約＞１０％であり、正常組織（ＧＴＥｘ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍデータセット）において約＜１％であると同定されたときに共通であると同定された。
ＤＮＡ変異（点及びフレームシフト）ベースのネオ抗原の同定
前立腺癌患者からのエキソームシーケンシングデータを含有する上記のＴＣＧＡ、ＳＵ２Ｃ、及び統合ＤＦＣＩ／Ｓｌｏａｎｅ Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇデータセット（Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＦＣＩ／Ｓｌｏａｎｅ Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇデータセット（Ａｒｍｅｎｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ．２０１８ Ｍａｙ；５０（５）：６４５－６５１．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５８８－０１８－００７８－ｚ。Ｅｐｕｂ ２０１８ Ａｐｒ ２）を調べた。これらのデータセットを作成したコンソーシアムによって公開された変異コールをダウンロードし、患者集団の＞１０％に又は前立腺癌のドライバであることが知られている遺伝子（ＡＲなど）内に存在していた遺伝子変異を同定した。選択された各単一点変異について、その中心に変異したアミノ酸を有する１７ｍｅｒペプチドを、更なる検証研究のために同定した。
スプライシングアイソフォームの予測
特定の場合では、ネオエピトープ配列に先行するカノニカルペプチド配列に影響を及ぼし得る、同定されたスプライシング事象の上流に複数のリーティングフレーム及びエキソンが存在していた。これらの遺伝子では、エキソン境界に存在するスプリットマッピングされたリードに基づいて、どのカノニカルなエキソンが各ネオエピトープのフィーチャーに隣接しているかを決定した。予測されるネオエピトープを含有し得る事象の有病率が最も高い疾患コホートにおいて最も高い平均発現を有する最も高発現したアイソフォームを、アイソフォームに関連するオープンリーディングフレームの選択によって、対応するタンパク質への翻訳のために選択した。タンパク質配列のネオエピトープ部分を抽出したところ、最初の変化したアミノ酸の上流に追加の８個のアミノ酸残基が含まれており、その後の検証研究に使用した。同様の手順に従って、ＤＮＡフレームシフト変化から推定免疫原性抗原を同定した。フレームシフト欠失及び挿入の両方について、得られたＤＮＡ配列を、適切なオープンリーディングフレームの選択によって対応するタンパク質に翻訳し、タンパク質配列のフレームシフトが変化した部分を抽出したところ、最初の変化したアミノ酸の上流に追加の８個のアミノ酸残基が含まれていた。
表１は、遺伝子の起源、特異的変異、単一のアミノ酸変異（Ｍ）を有する同定されたネオ抗原のアミノ酸配列、及び患者における頻度を示す。表１では、各変異を太字で表す。表２は、これらに対応するポリヌクレオチド配列を示す。表２では、変異体配列を大文字で表す。表１中の患者頻度（％）は、Ａｒｍｅｎｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ ５０（５）：６４５－６５１，２０１８から入手した。
表３は、遺伝子の起源、特異的フレームシフト変異（ＦＲ）、フレームシフト事象から生じた同定されたネオ抗原のアミノ酸配列、及び患者における変異の頻度を示す。表３では、野生型配列を太字で表し、続いて、フレームシフトによる新規配列を示す。表４は、これらに対応するポリヌクレオチド配列を示す。表４では、変異体配列を大文字で表す。表３中の患者頻度（％）は、Ａｒｍｅｎｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ ５０（５）：６４５－６５１，２０１８から入手した。
表５は、遺伝子の起源、及び遺伝子融合（ＦＵＳ）事象から生じた、同定されたネオ抗原のアミノ酸配列を示す。表６は、これらに対応するポリヌクレオチド配列を示す。表７は、分析したデータベースにおけるＦＵＳネオ抗原の有病率を示す。
表８は、遺伝子の起源、及び選択的スプライシング（ＡＳ）事象から生じた、同定されたネオ抗原のアミノ酸配列を示す。表９は、これらに対応するポリヌクレオチド配列を示す。表１０は、分析したデータベースにおけるＡＳネオ抗原の有病率を示す。
実施例３：バイオインフォマティクスを使用した追加のネオ抗原の同定
実施例２に記載の更なるクエリによって、追加のネオ抗原配列を同定した。表１１に、追加のネオ抗原のアミノ酸配列を示す。表１２は、対応するポリヌクレオチド配列を示す。
実施例４：ＨＬＡ結合予測
実施例３に記載の様々なアプローチを使用して同定されたネオ抗原のアミノ酸配列を、全ての可能な固有の連続する９ｍｅｒアミノ酸断片に分割し、ｎｅｔＭＨＣｐａｎ４．０を用いてこれら９ｍｅｒのそれぞれについて、６つの共通ＨＬＡ対立遺伝子（ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１）に対するＨＬＡの結合予測を実施した。試験したＨＬＡ対立遺伝子のうちの１つ以上に結合する可能性及び前立腺癌患者における有病率によるランキングに基づいて、更なる解析のためにいくつかの９ｍｅｒ断片を選択した。
表１３は、選択された９ｍｅｒ断片及びそのネオ抗原起源のアミノ酸配列を示す。表１４は、分析したコホートにおけるネオ抗原の有病率を示す。
実施例５：ネオ抗原の免疫原性評価
表１３に示す９ｍｅｒ断片を、リードアウトとしてＣＤ８＋Ｔ細胞によるＴＮＦα及びＩＦＮγの産生を使用し、実施例１に記載の患者ＰＢＭＣ再刺激アッセイを使用して、Ｔ細胞を活性化する能力について評価した。表１５に示す自己抗原もアッセイで使用した。図５Ａ、図５Ｂ、図５Ｃ、図５Ｄ、及び図５Ｅは、刺激無し（ＤＭＳＯ陰性対照）後（図５Ａ）、ＣＥＦペプチドによる刺激後（陽性対照（図５Ｂ）、Ｐ１６による刺激後（図５Ｃ）、Ｐ９８による刺激後（図５Ｄ）、及びＰ３による刺激後（図５Ｅ）のＰＢＭＣサンプルにおけるＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度を表すフローサイトメトリードットプロットを示す。表１６は、分析した各ペプチドについて、ＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の最高頻度及び陰性対照に対する最高倍数変化を示し、ペプチドについて評価したＰＢＭＣドナーにわたってＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の最高頻度及び得られた倍数変化を示す。評価したネオ抗原は全て、ＣＤ８＋Ｔ細胞を刺激することが見出された。図６は、ＰＢＭＣサンプルが特定のネオ抗原に対して陽性免疫応答を示した前立腺癌患者の数を示す。１０人の患者からのＰＢＭＣを評価した。
実施例６：ＨＬＡに対するネオ抗原の結合
選択されたネオエピトープのＨＬＡ－Ａ＊０１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２、及びＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１に対する結合を、実施例１に記載のアッセイを用いて評価した。様々なネオ抗原のＨＬＡに対する結合の結果を表１７に示す。試験した各ＨＬＡ対立遺伝子は、対象とするペプチドが交換された対応する陽性対照（Ｐｏｓ）及び陰性対照（Ｎｅｇ）ペプチドを有していた。したがって、Ｐｏｓとの交換率が１００％であることは、対象とするペプチドのＨＬＡ対立遺伝子に対する結合親和性が、陽性対照ペプチドと同じであることを意味する。更なる評価のための基準として、更なる評価のために検討した６つのＨＬＡ対立遺伝子のうちの少なくとも１つについて、対応するＰｏｓペプチドと少なくとも１０％の交換率を有するペプチド。このように同定された２４個のネオ抗原の対立遺伝子特異的なＰｏｓペプチドとの交換率を以下の表１７にまとめる。より高い百分率は、ＨＬＡ対立遺伝子に対するより強力な結合に対応する。
実施例７：前立腺癌組織のＭＨＣ Ｉ－ペプチド複合体のプロファイリングによって、前立腺癌における固有のＭＨＣ Ｉ提示ペプチドを同定した。
ＭＨＣ Ｉ－ペプチド複合体を１１個のヒト前立腺癌のサンプルから単離し、ＭＨＣ Ｉによって提示されたペプチドを不偏質量分析法を用いて同定した。回収時に、対象は、グレード７の腺癌又は間質肉腫と診断され、２人の対象は、侵襲性腺癌を有していた。
ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０３、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０、及びＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１ハプロタイプを有する冷凍ヒト前立腺癌組織を、プロテアーゼ阻害剤を含む非イオン性洗剤中で機械的に破壊し、加工した。汎ＭＨＣ対立遺伝子モノクローナル抗体を使用して、サンプルからＭＨＣ Ｉ－ペプチド複合体を免疫精製した。酸溶出後、ＭＨＣ Ｉ－ペプチド複合体の回復をＥＬＩＳＡによって評価し、回収されたペプチドを脱塩し、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析に供した。
前立腺腫瘍からの生のＬＣ－ＭＳ／ＭＳデータファイルを解析して、１１個のヒト前立腺癌サンプルから得られた対応するＲＮＡｓｅｑデータから作成されたネオ抗原データベースに対して検索した。これらのペプチドは、親イオン（ＭＳ１）の理論的質量及び理論的断片イオンのリスト（ＭＳ２）を有していた。ＭＳ２スキャンをトリガーしたＭＳ１イオンのリストを、ペプチドの理論的リストに対して検索し、質量によってマッチさせた。次いで、セットＭＳ１ ｐｐｍ質量精度（５ｐｐｍ）内の全ての理論的ペプチドは、その親イオンについての実験的ＭＳ２と比較してインシリコＭＳ２スペクトルを有していた（ペプチドスペクトルマッチ又はＰＳＭ）。実験的スペクトルが理論的スペクトルとどれほど厳密に一致するかに基づいてスコアをコンピュータで計算した。各ＬＣ－ＭＳ／ＭＳラン（腫瘍サンプル当たり１つのファイル）から、数千のＰＳＭが生成された。しかしながら、これらペプチドの大部分は、ヒト参照データベース（Ｓｗｉｓｓｐｒｏｔ）にみられたカノニカル配列であった。これらをフィルタリングして除き、対象とするペプチド（推定ネオ抗原）をコンパイルした。このリストから、陽性であることの十分な証拠を有するペプチドを選択した。
表１８は、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳを使用してＭＨＣ Ｉとの複合体で同定されたペプチドのアミノ酸配列及びペプチドの遺伝子起源を示す。
表１９は、ＬＣ／ＭＳ／ＭＳを用いてＭＨＣ Ｉとの複合体で同定されたペプチドの対応するより長いネオ抗原のアミノ酸配列を示す。
表２０は、対応するより長いネオ抗原をコードしているポリヌクレオチド配列を示す。
本明細書に記載のＭＨＣ Ｉ複合体化ペプチドは、前立腺癌異常遺伝子変化に特異的な免疫原性エピトープの発現、プロセシング、及び提示が確認された。ＲＮＡｓｅｑデータベースの評価によって、前立腺癌に存在するより長い異常な転写物内に、同定されたＭＨＣ Ｉ複合体化ペプチドがマッピングされた。したがって、これらのデータから、免疫学的に関連し、適応Ｔ細胞応答を惹起することができる少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープを含有する前立腺癌ネオ抗原が同定された。
実施例８：腫瘍及び正常組織における前立腺ネオ抗原の発現プロファイリング
前立腺癌（腺癌、臨床ステージＩＩ～ＩＶ、グリーソンスコア８～９、対象は、治療未経験であったか、又はＣＡＳＯＤＥＸ（登録商標）（ビカルタミド）、ＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴ（登録商標）（デポー懸濁液用酢酸ロイプロリド）、又はＦＩＲＭＡＧＯＮ（登録商標）（デガレリクス）で治療された）からの約９０個のＦＦＰＥ組織サンプル、肝臓、腎臓、膵臓、卵巣、前立腺、乳腺、結腸、胃、骨格筋、及び肺を含む正常組織のパネル、健常対象から得られたＰＢＭＣ、並びにＤＵ１４５－１、ＭＤＡ－ＭＢ－４３６－１、ＬＲＥＸ－１、２２ＲＶ１－１、Ｈ６６０－１を含む前立腺癌細胞における発現について、同定された前立腺ネオ抗原をプロファイリングした。加えて、ＮＣＩ－Ｈ２１０６－１、Ｌ－３６３－１、ＨＣＩ－Ｎ８７－１、ＯＣＩ－ＡＭＬ５－１、ＭＤＡ－ＰＣａ－２ｂ－１、及びＧＤＭ－１－１を含む他の組織細胞株。キットのプロトコルに従って、ＣＥＬＬＤＡＴＡのＲＮＡｓｔｏｒｍ－ＲＮＡ単離キットを使用して、ホルマリン固定パラフィン包埋組織サンプルから全ＲＮＡを抽出した。標準的な方法を使用し、Ｑｉａｇｅｎ ＲＮＡ単離キットを使用して、培養細胞株及びＰＢＭＣからＲＮＡを単離した。ＦＦＰＥサンプルからの全ＲＮＡ２００ｎｇを使用して、高容量ｃＤＮＡ逆転写キット（ＡＢＩ）及び標準プロトコルを使用してｃＤＮＡを調製した。ｃＤＮＡ３７．５ｎｇを、ＴａｑＭａｎプレ増幅キット（ThermoFisher Scientific）及び標準プロトコルを使用して１５μＬプレ増幅ミックス中の遺伝子マーカーを用いてプレ増幅した。様々なサンプル中の同定されたネオ抗原の遺伝子発現を試験するために、同定された前立腺ネオ抗原のそれぞれについて、切断点配列にまたがるプライマーを設計し、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ Ｂｉｏｍａｒｋ（商標）ＨＤを使用して発現を評価した。前立腺癌サンプルにおいて計算された相対平均ＣＴを用いて、各ネオ抗原についての発現陽性ＦＦＰＥ前立腺癌サンプルのパーセント（％）を記録した。選択されたネオ抗原の発現プロファイリングの結果を表２１に示す。ＴＣＧＡ、ＳＵ２Ｃ、及びＧＴＥｘデータベースにおける各ネオ抗原の有病率を表２２に示す。
実施例１０：同定されたネオ抗原をコードしているウイルスベクターの作製
同定されたネオ抗原を、その汎用前立腺癌ワクチンへの含有について検証し、優先順位を付けた。前立腺癌サンプルにわたる発現、正常組織における低発現、ＨＬＡへの結合、及び免疫原性に基づいて、同定されたネオ抗原のうちの４１個を、発現カセットに含まれるように選択した。選択された４１個のネオ抗原は、表２１及び表２２に示され、以下を含む
ＡＳ１８ （ＷＫＦＥＭＳＹＴＶＧＧＰＰＰＨＶＨＡＲＰＲＨＷＫＴＤＲ；配列番号２７５）、
Ｐ８７ （ＹＥＡＧＭＴＬＧＧＫＩＬＦＦＬＦＬＬＬＰＬＳＰＦＳＬＩＦ；配列番号３８１）、
ＡＳ５５ （ＤＧＨＳＹＴＳＫＶＮＣＬＬＬＱＤＧＦＨＧＣＶＳＩＴＧＡＡＧＲＲＮＬＳＩＦＬＦＬＭＬＣＫＬＥＦＨＡＣ；配列番号３３３）、
ＡＳ５７ （ＴＧＧＫＳＴＣＳＡＰＧＰＱＳＬＰＳＴＰＦＳＴＹＰＱＷＶＩＬＩＴＥＬ；配列番号３３７）、
ＡＳ１５ （ＶＬＲＦＬＤＬＫＶＲＹＬＨＳ；配列番号２６９）、
ＡＳ７ （ＤＹＷＡＱＫＥＫＧＳＳＳＦＬＲＰＳＣ；配列番号２５３）、
ＡＳ４３ （ＶＰＦＲＥＬＫＮＶＳＶＬＥＧＬＲＱＧＲＬＧＧＰＣＳＣＨＣＰＲＰＳＱＡＲＬＴＰＶＤＶＡＧＰＦＬＣＬＧＤＰＧＬＦＰＰＶＫＳＳＩ；配列番号３０９）、
ＡＳ５１ （ＧＭＥＣＴＬＧＱＶＧＡＰＳＰＲＲＥＥＤＧＷＲＧＧＨＳＲＦＫＡＤＶＰＡＰＱＧＰＣＷＧＧＱＰＧＳＡＰＳＳＡＰＰＥＱＳＬＬＤ；配列番号３２５）、
ＡＳ１６ （ＧＮＴＴＬＱＱＬＧＥＡＳＱＡＰＳＧＳＬＩＰＬＲＬＰＬＬＷＥＶＲＧ；配列番号２７１）、
ＡＳ４１ （ＥＡＦＱＲＡＡＧＥＧＧＰＧＲＧＧＡＲＲＧＡＲＶＬＱＳＰＦＣＲＡＧＡＧＥＷＬＧＨＱＳＬＲ；配列番号３０５）、
ＡＳ６ （ＤＹＷＡＱＫＥＫＩＳＩＰＲＴＨＬＣ （配列番号２５１）、
ＡＳ３ （ＶＡＭＭＶＰＤＲＱＶＨＹＤＦＧＬ （配列番号２４５）、
ＡＳ１１ （ＶＰＦＲＥＬＫＮＱＲＴＡＱＧＡＰＧＩＨＨＡＡＳＰＶＡＡＮＬＣＤＰＡＲＨＡＱＨＴＲＩＰＣＧＡＧＱＶＲＡＧＲＧＰＥＡＧＧＧＶＬＱＰＱＲＰＡＰＥＫＰＧＣＰＣＲＲＧＱＰＲＬＨＴＶＫＭＷＲＡ；配列番号２６１）、
ＡＳ１３ （ＫＲＳＦＡＶＴＥＲＩＩ；配列番号２６５）、
ＡＳ４７ （ＦＫＫＦＤＧＰＣＧＥＲＧＧＧＲＴＡＲＡＬＷＡＲＧＤＳＶＬＴＰＡＬＤＰＱＴＰＶＲＡＰＳＬＴＲＡＡＡＡＶ；配列番号３１７）、
ＡＳ８ （ＬＶＬＧＶＬＳＧＨＳＧＳＲＬ；配列番号２５５）、
ＡＳ１９ （ＱＷＱＨＹＨＲＳＧＥＡＡＧＴＰＬＷＲＰＴＲＮ；配列番号２７７）、
ＡＳ３７ （ＣＨＬＦＬＱＰＱＶＧＴＰＰＰＨＴＡＳＡＲＡＰＳＧＰＰＨＰＨＥＳＣＰＡＧＲＲＰＡＲＡＡＱＴＣＡＲＲＱＨＧＬＰＧＣＥＥＡＧＴＡＲＶＰＳＬＨＬＨＬＨＱＡＡＬＧＡＧＲＧＲＧＷＧＥＡＣＡＱＶＰＰＳＲＧ；配列番号２９７）、
ＡＳ２３ （ＫＩＱＮＫＮＣＰＤ；配列番号２８５）、
ＭＳ１ （ＨＹＫＬＩＱＱＰＩＳＬＦＳＩＴＤＲＬＨＫＴＦＳＱＬＰＳＶＨＬＣＳＩＴＦＱＷＧＨＰＰＩＦＣＳＴＮＤＩＣＶＴＡＮＦＣＩＳＶＴＦＬＫＰＣＦＬＬＨＥＡＳＡＳＱ；配列番号４３７）、
ＭＳ３ （ＲＴＡＬＴＨＮＱＤＦＳＩＹＲＬＣＣＫＲＧＳＬＣＨＡＳＱＡＲＳＰＡＦＰＫＰＶＲＰＬＰＡＰＩＴＲＩＴＰＱＬＧＧＱＳＤＳＳＱＰＬＬＴＴＧＲＰＱＧＷＱＤＱＡＬＲＨＴＱＱＡＳＰＡＳＣＡＴＩＴＩＰＩＨＳＡＡＬＧＤＨＳＧＤＰＧＰＡＷＤＴＣＰＰＬＰＬＴＴＬＩＰＲＡＰＰＰＹＧＤＳＴＡＲＳＷＰＳＲＣＧＰＬＧ；配列番号４３９）、
ＭＳ６ （ＹＡＹＫＤＦＬＷＣＦＰＦＳＬＶＦＬＱＥＩＱＩＣＣＨＶＳＣＬＣＣＩＣＣＳＴＲＩＣＬＧＣＬＬＥＬＦＬＳＲＡＬＲＡＬＨＶＬＷＮＧＦＱＬＨＣＱ；配列番号４４２）、
ＭＳ８ （ＴＭＰＡＩＬＫＬＱＫＮＣＬＬＳＬ；配列番号４４４）、
Ｐ８２ （ＹＥＡＧＭＴＬＧＥＫＦＲＶＧＮＣＫＨＬＫＭＴＲＰ；配列番号３７９）．
Ｐ１６ （ＧＶＰＧＤＳＴＲＲＡＶＲＲＭＮＴＦ；配列番号３４３）、
ＦＵＳ１ （ＣＧＡＳＡＣＤＶＳＬＩＡＭＤＳＡ；配列番号２１１）、
Ｐ２２ （ＳＬＹＨＲＥＫＱＬＩＡＭＤＳＡＩ；配列番号３４９）、
ＦＵＳ２ （ＴＥＹＮＱＫＬＱＶＮＱＦＳＥＳＫ；配列番号２１３）、
ＦＵＳ３ （ＴＥＩＳＣＣＴＬＳＳＥＥＮＥＹＬＰＲＰＥＷＱＬＱ；配列番号２１５）、
ＦＵＳ６ （ＣＥＥＲＧＡＡＧＳＬＩＳＣＥ；配列番号２２１）、
ＦＵＳ５ （ＮＳＫＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶＳＥ；配列番号２１９）、
ＦＵＳ８ （ＷＧＭＥＬＡＡＳＲＲＦＳＷＤＨＨＳＡＧＧＰＰＲＶＰＳＶＲＳＧＡＡＱＶＱＰＫＤＰＬＰＬＲＴＬＡＧＣＬＡＲＴＡＨＬＲＰＧＡＥＳＬＰＱＰＱＬＨＣＴ；配列番号２２５）、
ＦＵＳ１５ （ＨＶＶＧＹＧＨＬＤＴＳＧＳＳＳＳＳＳＷＰ；配列番号３４５）、
Ｐ３５ （ＮＳＫＭＡＬＮＳＬＮＳＩＤＤＡＱＬＴＲＩＡＰＰＲＳＨＣＣＦＷＥＶＮＡＰ；配列番号３５３）、
ＦＵＳ１９ （ＫＭＨＦＳＬＫＥＨＰＰＰＰＣＰＰ；配列番号２３５）、及び
ＦＵＳ７ （ＬＷＦＱＳＳＥＬＳＰＴＧＡＰＷＰＳＲＲＰＴＷＲＧＴＴＶＳＰＲＴＡＴＳＳＡＲＴＣＣＧＴＫＷＰＳＳＱＥＡＡＬＧＬＧＳＧＬＬＲＦＳＣＧＴＡＡＩＲ；配列番号２２３）、
Ｍ８４ （ＩＡＲＥＬＨＱＦＡＦＤＬＬＩＫＳＨ；配列番号１６７）、
Ｍ８６ （ＱＰＤＳＦＡＡＬＨＳＳＬＮＥＬＧＥ；配列番号１７１）、
Ｍ１０ （ＦＶＱＧＫＤＷＧＬＫＫＦＩＲＲＤＦ；配列番号１９）、
Ｍ１２ （ＦＶＱＧＫＤＷＧＶＫＫＦＩＲＲＤＦ；配列番号２３）、及び
ＦＲ１ （ＱＮＬＱＮＧＧＧＳＲＳＳＡＴＬＰＧＲＲＲＲＲＷＬＲＲＲＲＱＰＩＳＶＡＰＡＧＰＰＲＲＰＮＱＫＰＮＰＰＧＧＡＲＣＶＩＭＲＰＴＷＰＧＴＳＡＦＴ；配列番号１７７）。
いかなるリンカーもなしで４１個のネオ抗原配列を順々に接合させることによって、ウイルス主鎖改変ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）及び大型類人猿アデノウイルス２０（ＧＡｄ２０）にクローニングするための発現カセットを設計した。各ネオ抗原配列は、ＭＶＡ又はＧＡｄ２０のいずれかで発現するようにコドン最適化した。最適化されたポリヌクレオチド配列を、ＧＡｄ２０発現については表２３に、ＭＶＡ発現については表２４に示す。
合成遺伝子の設計
４１個のネオ抗原アミノ酸配列を、ヘッドトゥーテールで接合させた。ネオ抗原配列の順序は、２つの隣接するネオ抗原ペプチドの並置によって作製され得る予測接合エピトープの形成を最小化する戦略に従って決定した。
この目的のために、カスタムツールを開発して、４１個のネオ抗原を類似の累積長さの４つのより小さなリスト（サブリスト）に分割し、各サブリストごとに、異なるネオ抗原順序を有する合成遺伝子の２００万種のスクランブルレイアウトを作成した。ツールを繰り返し続行した。各ループにおいて、スクランブルされたレイアウトを作製し、既に作成されていたレイアウトと比較した。新たなレイアウトにおける予測接合エピトープの数が、以前の最良のレイアウトの数よりも少なかった場合、新規レイアウトを最良とみなした。各スクランブルされたレイアウトを分析し、ＩＣ５０＜＝１５００ｎＭの９個のクラスＩ ＨＬＡハプロタイプのサブセットのうちの１つに結合すると予測される潜在的な接合エピトープの数を推定した（ＩＥＤＢ ２．１７ソフトウェアに含まれるＩＥＤＢ推奨方法によって予測された９ｍｅｒエピトープのみを検討）。１０００ゲノムプロジェクトにおいて対象についてアノテーションされたハプロタイプを分析することによって推定したとき、９個のクラスＩ ＨＬＡハプロタイプは世界人口の８２％を累積的に網羅している。Ｎ末端Ｔ細胞エンハンサー又はＣ末端ＴＡＧ配列を有する予測接合エピトープを形成したネオ抗原を有するスクランブルされたレイアウトを除外した。更なる制約として、ヒト野生型プロテオームにおいてアノテーションされたタンパク質と一致していた９ｍｅｒペプチドを含有する各レイアウト接合部も除外した。
次いで、４つのサブリストのそれぞれを２００万回スクランブルした後に得られた最良のレイアウトを接合して、全ての４１個のネオ抗原を含む全体的なレイアウトを作成した。最良の４つのレイアウトの全ての可能な組み合わせの中から、新たに形成された接合部によって形成された予測エピトープの数が最小であるものを選択した。
記載した全手順を独立して２回適用して、ＧＡｄ２０又はＭＶＡベクターによって選択的にコードされている２つの人工遺伝子を作製した。ＭＶＡベクターの場合、アデノウイルス導入遺伝子のために選択されたレイアウトに既に存在していた予測接合エピトープを有する接合部を回避するという更なる制約を伴い、スクランブルされたレイアウトを設計した。
ＧＡｄ２０の最適化されたレイアウトのアミノ酸配列を配列番号５４１に示し、ＭＶＡについては配列番号５４３に示す。配列番号５４１のＧＡｄ２０インサートにおけるネオ抗原は以下の順序であった：ＦＲ１－ＡＳ１３－ＡＳ７－ＡＳ６－ＡＳ８－Ｐ８７－ＦＵＳ３－ＡＳ４３－ＡＳ５７－ＡＳ５１－ＡＳ１８－ＡＳ５５－ＡＳ２３－ＡＳ４７－ＭＳ１－ＡＳ３７－ＡＳ１５－ＡＳ１９－ＡＳ１１－ＡＳ３－Ｐ１６－Ｐ８２－ＦＵＳ５－ＦＵＳ１－Ｍ１２－ＭＳ６－ＦＵＳ２－Ｐ２２－ＦＵＳ６－ＭＳ８－ＭＳ３－ＡＳ１６－Ｍ８６－Ｍ８４－Ｍ１０－ＦＵＳ８－ＦＵＳ７－ＦＵＳ１９－ＡＳ４１－ＦＵＳ１５－Ｐ３５。配列番号５４３のＭＶＡインサートにおけるネオ抗原は以下の順序であった：ＦＲ１－ＡＳ５１－ＡＳ６－ＡＳ１８－ＡＳ７－ＡＳ４３－ＦＵＳ３－Ｐ８７－ＡＳ８－ＡＳ１３－ＡＳ５７－ＡＳ５５－ＡＳ１９－ＡＳ３－ＡＳ２３－ＡＳ１５－ＡＳ１１－ＡＳ３７－ＭＳ１－ＡＳ４７－Ｐ１６－ＦＵＳ１－ＦＵＳ６－Ｐ２２－Ｍ１２－ＭＳ８－ＦＵＳ５－Ｐ８２－ＦＵＳ２－ＭＳ３－ＭＳ６－ＡＳ１６－Ｐ３５－Ｍ１０－ＡＳ４１－ＦＵＳ８－Ｍ８４－ＦＵＳ１９－ＦＵＳ１５－Ｍ８６－ＦＵＳ７。
スクランブルしたネオ抗原の５つの追加の選択的な最適化されたレイアウトを、各ベクターについて評価した。５つの選択的なレイアウトは、配列番号５４１及び配列番号５４３と比較して同数の予測接合エピトープを有していた。Ｇａｄ２０の５つの選択的なレイアウトを配列番号５５４、配列番号５５５、配列番号５５６、配列番号６２３、及び配列番号６２４に示す。ＭＶＡの５つの選択的なレイアウトを配列番号５５７、配列番号５５８、配列番号５５９、配列番号６２５、及び配列番号６２６に示す。選択的な最適化されたレイアウトにおけるネオ抗原は、以下の順序であった：
配列番号５５４：ＦＲ１－ＡＳ１３－ＡＳ８－Ｐ８７－ＦＵＳ３－ＡＳ４３－ＡＳ５７－ＡＳ５１－ＡＳ７－ＡＳ６－ＡＳ１８－Ｐ１６－Ｐ８２－ＦＵＳ５－ＦＵＳ１－Ｍ１２－ＭＳ６－ＦＵＳ２－Ｐ２２－ＦＵＳ６－ＭＳ８－ＭＳ３－ＡＳ５５－ＡＳ２３－ＡＳ４７－ＭＳ１－ＡＳ３７－ＡＳ１５－ＡＳ１９－ＡＳ１１－ＡＳ３－ＡＳ１６－Ｍ８６－Ｍ８４－Ｍ１０－ＦＵＳ８－ＦＵＳ７－ＦＵＳ１９－ＡＳ４１－ＦＵＳ１５－Ｐ３５
配列番号５５５：ＦＲ１－ＡＳ１３－ＦＵＳ３－Ｐ８７－ＡＳ７－ＡＳ４３－ＡＳ５７－ＡＳ５１－ＡＳ６－ＡＳ８－ＡＳ１８－ＡＳ５５－ＡＳ２３－ＡＳ４７－ＭＳ１－ＡＳ３７－ＡＳ１５－ＡＳ１９－ＡＳ１１－ＡＳ３－Ｐ１６－Ｐ８２－ＦＵＳ５－ＦＵＳ１－Ｍ１２－ＭＳ６－ＦＵＳ２－Ｐ２２－ＦＵＳ６－ＭＳ８－ＭＳ３－ＡＳ１６－Ｍ８６－Ｍ８４－Ｍ１０－ＦＵＳ８－ＦＵＳ７－ＦＵＳ１９－ＡＳ４１－ＦＵＳ１５－Ｐ３５
配列番号５５６：ＦＲ１－ＡＳ１３－ＡＳ７－ＡＳ４３－ＡＳ８－Ｐ８７－ＦＵＳ３－ＡＳ５７－ＡＳ５１－ＡＳ６－ＡＳ１８－ＡＳ５５－ＡＳ２３－ＡＳ４７－ＭＳ１－ＡＳ３７－ＡＳ１５－ＡＳ１９－ＡＳ１１－ＡＳ３－Ｐ１６－Ｐ８２－ＦＵＳ５－ＦＵＳ１－Ｍ１２－ＭＳ６－ＦＵＳ２－Ｐ２２－ＦＵＳ６－ＭＳ８－ＭＳ３－ＡＳ１６－Ｍ８６－Ｍ８４－Ｍ１０－ＦＵＳ８－ＦＵＳ７－ＦＵＳ１９－ＡＳ４１－ＦＵＳ１５－Ｐ３５
ＩＤ番号６２３：Ｐ１６－Ｐ８２－ＦＵＳ５－ＦＵＳ１－Ｍ１２－ＭＳ６－ＦＵＳ２－Ｐ２２－ＦＵＳ６－ＭＳ８－ＭＳ３－ＡＳ１６－Ｍ８６－Ｍ８４－Ｍ１０－ＦＵＳ８－ＦＵＳ７－ＦＵＳ１９－ＡＳ４１－ＦＵＳ１５－Ｐ３５－ＡＳ５５－ＡＳ２３－ＡＳ４７－ＭＳ１－ＡＳ３７－ＡＳ１５－ＡＳ１９－ＡＳ１１－ＡＳ３－ＦＲ１－ＡＳ１３－ＡＳ８－Ｐ８７－ＦＵＳ３－ＡＳ４３－ＡＳ５７－ＡＳ５１－ＡＳ７－ＡＳ６－ＡＳ１８
配列番号６２４：ＡＳ１６－Ｍ８６－Ｍ８４－Ｍ１０－ＦＵＳ８－ＦＵＳ７－ＦＵＳ１９－ＡＳ４１－ＦＵＳ１５－Ｐ３５－Ｐ１６－Ｐ８２－ＦＵＳ５－ＦＵＳ１－Ｍ１２－ＭＳ６－ＦＵＳ２－Ｐ２２－ＦＵＳ６－ＭＳ８－ＭＳ３－ＡＳ５５－ＡＳ２３－ＡＳ４７－ＭＳ１－ＡＳ３７－ＡＳ１５－ＡＳ１９－ＡＳ１１－ＡＳ３－ＦＲ１－ＡＳ１３－ＦＵＳ３－Ｐ８７－ＡＳ７－ＡＳ４３－ＡＳ５７－ＡＳ５１－ＡＳ６－ＡＳ８－ＡＳ１８
配列番号５５７：ＦＲ１－ＡＳ５１－ＡＳ６－ＡＳ１８－ＡＳ７－ＡＳ４３－ＦＵＳ３－Ｐ８７－ＡＳ８－ＡＳ１３－ＡＳ５７－ＡＳ５５－ＡＳ３７－ＭＳ１－ＡＳ３－ＡＳ２３－ＡＳ１５－ＡＳ１１－ＡＳ１９－ＡＳ４７－Ｐ１６－ＦＵＳ１－ＦＵＳ６－Ｐ２２－Ｍ１２－ＭＳ８－ＦＵＳ５－Ｐ８２－ＦＵＳ２－ＭＳ３－ＭＳ６－ＡＳ１６－Ｐ３５－Ｍ１０－ＡＳ４１－ＦＵＳ８－Ｍ８４－ＦＵＳ１９－ＦＵＳ１５－Ｍ８６－ＦＵＳ７
配列番号５５８：ＡＳ５５－ＡＳ１９－ＡＳ３－ＡＳ１５－ＡＳ２３－ＡＳ１１－ＡＳ３７－ＭＳ１－ＡＳ４７－ＦＲ１－ＡＳ５１－ＡＳ６－ＡＳ１８－ＡＳ７－ＡＳ４３－ＦＵＳ３－Ｐ８７－ＡＳ８－ＡＳ１３－ＡＳ５７－Ｐ１６－ＦＵＳ１－ＦＵＳ６－Ｐ２２－Ｍ１２－ＭＳ８－ＦＵＳ５－Ｐ８２－ＦＵＳ２－ＭＳ３－ＭＳ６－ＡＳ１６－Ｐ３５－Ｍ１０－ＡＳ４１－ＦＵＳ８－Ｍ８４－ＦＵＳ１９－ＦＵＳ１５－Ｍ８６－ＦＵＳ７
ＩＤ番号５５９：ＡＳ１６－Ｐ３５－Ｍ１０－ＡＳ４１－ＦＵＳ８－Ｍ８４－ＦＵＳ１９－ＦＵＳ１５－Ｍ８６－ＦＵＳ７－ＡＳ５５－ＡＳ１９－ＡＳ３－ＡＳ２３－ＡＳ１５－ＡＳ１１－ＡＳ３７－ＭＳ１－ＡＳ４７－Ｐ１６－ＦＵＳ１－ＦＵＳ２－Ｐ８２－ＭＳ８－ＦＵＳ５－ＦＵＳ６－Ｐ２２－Ｍ１２－ＭＳ３－ＭＳ６－ＦＲ１－ＡＳ５１－ＡＳ６－ＡＳ１８－ＡＳ７－ＡＳ４３－ＦＵＳ３－Ｐ８７－ＡＳ８－ＡＳ１３－ＡＳ５７
ＩＤ番号６２５：ＡＳ１６－Ｐ３５－Ｍ１０－ＡＳ４１－ＦＵＳ８－Ｍ８４－ＦＵＳ１９－ＦＵＳ１５－Ｍ８６－ＦＵＳ７－ＦＲ１－ＡＳ５１－ＡＳ６－ＡＳ１８－ＡＳ７－ＡＳ４３－ＦＵＳ３－Ｐ８７－ＡＳ８－ＡＳ１３－ＡＳ５７－ＡＳ５５－ＡＳ１９－ＡＳ３－ＡＳ１５－ＡＳ２３－ＡＳ１１－ＡＳ３７－ＭＳ１－ＡＳ４７－Ｐ１６－ＦＵＳ１－ＦＵＳ６－Ｐ２２－Ｍ１２－ＭＳ８－ＦＵＳ５－Ｐ８２－ＦＵＳ２－ＭＳ３－ＭＳ６
配列番号６２６：ＡＳ５５－ＡＳ１１－ＡＳ１９－ＡＳ２３－ＡＳ３－ＡＳ１５－ＡＳ３７－ＭＳ１－ＡＳ４７－ＦＲ１－ＡＳ５１－ＡＳ６－ＡＳ１８－ＡＳ７－ＡＳ４３－ＦＵＳ３－Ｐ８７－ＡＳ８－ＡＳ１３－ＡＳ５７－ＡＳ１６－Ｐ３５－Ｍ１０－ＡＳ４１－ＦＵＳ８－Ｍ８４－ＦＵＳ１９－ＦＵＳ１５－Ｍ８６－ＦＵＳ７－Ｐ１６－ＦＵＳ１－ＦＵＳ６－Ｐ２２－Ｍ１２－Ｐ８２－ＭＳ８－ＦＵＳ５－ＦＵＳ２－ＭＳ３－ＭＳ６
Ｔ細胞エンハンサー及びＴＡＧ配列の挿入
ニシキテグリ不変鎖からの２８ａａ長を有する小さなペプチド断片（ＭＧＱＫＥＱＩＨＴＬＱＫＮＳＥＲＭＳＫＱＬＴＲＳＳＱＡＶ；配列番号５４９）を、４１個のネオ抗原をコードしている各導入遺伝子のＮ末端に配置した。前臨床データは、この配列がウイルスベクターの免疫応答を増加させることを示していた。７アミノ酸の小さなセグメント（ＴＡＧ配列；配列：ＳＨＨＨＨＨＨ；配列番号６２７）を、コードされている導入遺伝子の発現をモニタリングする目的で、導入遺伝子のＣ末端に付加した。
ＴＣＥ配列を含み、タグ配列を取り除いたＧＡｄ２０について最適化されたレイアウトのアミノ酸配列を配列番号５５０に示し、ＭＶＡについては配列番号５５１に示す。
ヌクレオチド配列への変換及び予測ｍｉＲＮＡ結合部位を除去するための最適化。
以下の機構を可能な限り回避するために追加の制約を適用し、ヒトコドン使用頻度に従ったコドン最適化を使用して、アミノ酸配列からヌクレオチド配列への変換を実施した。
・ 内部ＴＡＴＡボックス、カイ部位、及びリボソーム進入部位
・ ＡＴリッチ又はＧＣリッチ配列ストレッチ
・ ＲＮＡ不安定性モチーフ
・ リピート配列及びＲＮＡ二次構造
・ 高等真核生物における（潜在）スプライスドナー及びアクセプター部位
・ ＭＶＡベクターについてのＴＴＴＴＴｎＴ終止モチーフ
次いで、最適化されたヌクレオチド配列の上流に、ＥｃｏＲ１、ＢａｍＨ１制限部位及びコザック配列を付加した。２つの終止コドンに続いてＡｓｃ１及びＮｏｔ１制限部位を、最適化されたヌクレオチド配列の下流に付加した。
次いで、各導入遺伝子の最適化されたヌクレオチド配列を、合成導入遺伝子の発現をダウンレギュレーションし得る予測ｍｉＲＮＡ標的部位を検出するために、ＰＩＴＡ及びｍｉｒａｎｄａソフトウェアで更に解析した。両方法によって検出された９個のｍｉＲＮＡ結合部位を、対応するコドンに同義変化を導入することによってｍｉＲＮＡ「シード」に結合すると予測される領域のヌクレオチド配列を改変することによって除去した。標準的な方法を用いて、ＧＡｄ２０及びＭＶＡ導入遺伝子の合成を実施した。
配列番号５４１のＧＡｄ２０ネオ抗原レイアウトをコードしているコドン最適化ポリヌクレオチド配列を配列番号５４２に示す。
配列番号５４３のＭＶＡ（ネオＭＶＡ）ネオ抗原レイアウトをコードしているコドン最適化ポリヌクレオチド配列を配列番号５４４に示す。
ＴＣＥ配列を含み、配列番号５５０のＴＡＧ配列を除外するＧＡｄ２０ネオ抗原レイアウトをコードしているコドン最適化ポリヌクレオチド配列を配列番号５５１に示す。
ＴＣＥ配列を含み、配列番号５５２のＴＡＧ配列を除外するＭＶＡネオ抗原レイアウトをコードしているコドン最適化ポリヌクレオチド配列を配列番号５５３．に示す。
コザック配列：ＣＧＣＧＡＣＴＴＣＧＣＣＧＣＣ；配列番号５４５
ＴＣＥをコードしているポリヌクレオチド：ＡＴＧＧＧＣＣＡＧＡＡＡＧＡＧＣＡＧＡＴＣＣＡＣＡＣＡＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＡＣＡＧＣＧＡＧＣＧＧＡＴＧＡＧＣＡＡＧＣＡＧＣＴＧＡＣＣＡＧＡＴＣＴＴＣＴＣＡＧＧＣＣＧＴＧ；配列番号５４６
セリンヒスチジンタグをコードしているポリヌクレオチド：ＡＧＣＣＡＴＣＡＣＣＣＡＣＡＣＣＡＴ；配列番号５４７
２つの終止コドン（ＴＡＧＴＡＡ）
ＴＣＥのポリペプチド配列：ＭＧＱＫＥＱＩＨＴＬＱＫＮＳＥＲＭＳＫＱＬＴＲＳＳＱＡＶ；配列番号５４９
ウイルスベクターの生成
ＧＡｄ２０ウイルスベクターの生成
ＧＡｄ２０導入遺伝子を、ＥＣＯＲ１－ＮＯＴ１制限部位を介して２つのＴｅｔＯリピートを有するＣＭＶプロモーターとＢＧＨポリＡとの間のシャトルプラスミドにサブクローニングした。
得られた発現カセットを、好適な大腸菌株における相同組み換えによってＧＡｄ２０ゲノムに移入し、ＣＭＶ－導入遺伝子－ＢＧＨ ＤＮＡ断片、及びＧＡｄ２０ゲノムを保有するコンストラクトで形質転換させた。
組み換えは、Ｅ１欠失（導入遺伝子の挿入部位）の代わりに、ＧＡｄ２０コンストラクトに既に存在していた相同性アームとしてＣＭＶ及びＢＧＨを含んでいた。次いで、組み換えＧＡｄ２０ベクターを、Ｅ１相補性、ＴｅｔＲ発現Ｍ９細胞のトランスフェクションによってレスキューし、その後の新鮮Ｍ９細胞の再感染によって増幅させた。
ＴｅｔＯ部位を有するＣＭＶプロモーター：配列番号６２８
Ｃｃａｔｔｇｃａｔａｃｇｔｔｇｔａｔｃｃａｔａｔｃａｔａａｔａｔｇｔａｃａｔｔｔａｔａｔｔｇｇｃｔｃａｔｇｔｃｃａａｃａｔｔａｃｃｇｃｃａｔｇｔｔｇａｃａｔｔｇａｔｔａｔｔｇａｃｔａｇｔｔａｔｔａａｔａｇｔａａｔｃａａｔｔａｃｇｇｇｇｔｃａｔｔａｇｔｔｃａｔａｇｃｃｃａｔａｔａｔｇｇａｇｔｔｃｃｇｃｇｔｔａｃａｔａａｃｔｔａｃｇｇｔａａａｔｇｇｃｃｃｇｃｃｔｇｇｃｔｇａｃｃｇｃｃｃａａｃｇａｃｃｃｃｃｇｃｃｃａｔｔｇａｃｇｔｃａａｔａａｔｇａｃｇｔａｔｇｔｔｃｃｃａｔａｇｔａａｃｇｃｃａａｔａｇｇｇａｃｔｔｔｃｃａｔｔｇａｃｇｔｃａａｔｇｇｇｔｇｇａｇｔａｔｔｔａｃｇｇｔａａａｃｔｇｃｃｃａｃｔｔｇｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｔｇｔａｔｃａｔａｔｇｃｃａａｇｔａｃｇｃｃｃｃｃｔａｔｔｇａｃｇｔｃａａｔｇａｃｇｇｔａａａｔｇｇｃｃｃｇｃｃｔｇｇｃａｔｔａｔｇｃｃｃａｇｔａｃａｔｇａｃｃｔｔａｔｇｇｇａｃｔｔｔｃｃｔａｃｔｔｇｇｃａｇｔａｃａｔｃｔａｃｇｔａｔｔａｇｔｃａｔｃｇｃｔａｔｔａｃｃａｔｇｇｔｇａｔｇｃｇｇｔｔｔｔｇｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｔｇｇｇｃｇｔｇｇａｔａｇｃｇｇｔｔｔｇａｃｔｃａｃｇｇｇｇａｔｔｔｃｃａａｇｔｃｔｃｃａｃｃｃｃａｔｔｇａｃｇｔｃａａｔｇｇｇａｇｔｔｔｇｔｔｔｔｇｇｃａｃｃａａａａｔｃａａｃｇｇｇａｃｔｔｔｃｃａａａａｔｇｔｃｇｔａａｃａａｃｔｃｃｇｃｃｃｃａｔｔｇａｃｇｃａａａｔｇｇｇｃｇｇｔａｇｇｃｇｔｇｔａｃｇｇｔｇｇｇａｇｇｔｃｔａｔａｔａａｇｃａｇａｇｃｔｃｔｃｃｃｔａｔｃａｇｔｇａｔａｇａｇａｔｃｔｃｃｃｔａｔｃａｇｔｇａｔａｇａｇａｔｃｇｔｃｇａｃｇａｇｃｔｃｇｔｔｔａｇｔｇａａｃｃｇｔｃａｇａｔｃｇｃｃｔｇｇａｇａｃｇｃｃａｔｃｃａｃｇｃｔｇｔｔｔｔｇａｃｃｔｃｃａｔａｇａａｇａｃａｃｃｇｇｇａｃｃｇａｔｃｃａｇｃｃｔｃｃｇｃｇｇｃｃｇｇｇａａｃｇｇｔｇｃａｔｔｇｇａａｃｇｃｇｇａｔｔｃｃｃｃｇｔｇｃｃａａｇａｇｔｇａ
ＢＧＨ ｐｏｌｙＡ配列番号６２９
ｃｔｇｔｇｃｃｔｔｃｔａｇｔｔｇｃｃａｇｃｃａｔｃｔｇｔｔｇｔｔｔｇｃｃｃｃｔｃｃｃｃｃｇｔｇｃｃｔｔｃｃｔｔｇａｃｃｃｔｇｇａａｇｇｔｇｃｃａｃｔｃｃｃａｃｔｇｔｃｃｔｔｔｃｃｔａａｔａａａａｔｇａｇｇａａａｔｔｇｃａｔｃｇｃａｔｔｇｔｃｔｇａｇｔａｇｇｔｇｔｃａｔｔｃｔａｔｔｃｔｇｇｇｇｇｇｔｇｇｇｇｔｇｇｇｇｃａｇｇａｃａｇｃａａｇｇｇｇｇａｇｇａｔｔｇｇｇａａｇａｃａａｔａｇｃａｇｇｃａｔｇｃｔｇｇｇｇａｔｇｃｇｇｔｇｇｇｃｔｃｔａｔｇｇｃｃ
ＭＶＡウイルスベクターの生成
ＭＶＡ（ＦｌａｎｋＩＩＩ－１及び－２領域）の欠失ＩＩＩ遺伝子座に対して相同な配列の間に、ワクシニアＰ７．５初期／後期プロモーター（配列番号６３０）の制御下で、ＢＡＭＨ１－ＡＳＣ１制限部位を介して、ＭＶＡ導入遺伝子をｐ９４シャトルプラスミドにサブクローニングした。「Ｚ」と命名した反復配列に隣接している、ｅＧＦＰタンパク質のための更なる発現カセットが、Ｆｌａｎｋ ＩＩＩ領域間のｐ９４シャトルプラスミド中に存在していた。
組み換えワクチンウイルスの作製に使用される親ＭＶＡベクターは、欠失ＩＩＩ遺伝子座においてＨｃＲｅｄ１－１蛍光タンパク質導入遺伝子を保有しており、ＭＶＡ－ＲＥＤ ４７６ ＭＧとして示された。
ニワトリ胚線維芽細胞（ＣＥＦ）細胞におけるインビボ組み換えの２つの事象によって、欠失ＩＩＩ遺伝子座に導入遺伝子が挿入されている組み換えＭＶＡが作製された。ＭＶＡ－ＲＥＤ４７６ＭＧに感染し、ｐ９４シャトルプラスミドでトランスフェクトされた細胞において第１の組み換え事象が生じ、その結果、ＨｃＲｅｄタンパク質遺伝子が導入遺伝子／ｅＧＦＰカセットで置換された。ＭＶＡ－Ｇｒｅｅｎ中間体を含有する感染細胞を、緑色細胞のＦＡＣＳ選別によって単離した。第１の組み換えから得られた中間組み換え体ＭＶＡは、導入遺伝子及びｅＧＦＰカセットの両方を保有していたが、反復Ｚ領域の存在に起因して不安定であった。したがって、Ｚ領域に関与して自発的な第２の組み換え事象が生じ、ｅＧＦＰカセットが除去された。得られた組み換え体ＭＶＡは無色であり、ＭＶＡ－ＲＥＤ４７６ＭＧの欠失ＩＩＩ遺伝子座（挿入部位）に導入遺伝子カセットを保有していた。これを、無色の感染細胞のＦＡＣＳ選別によって単離し、新鮮ＣＥＦ細胞の再感染により増幅させた。得られた溶解物を使用してＡｇｅ１細胞を感染させて、研究バッチを作製した。
Ｐ７．５初期／後期プロモーター配列番号６３０
ＧＡＴＣＡＣＴＡＡＴＴＣＣＡＡＡＣＣＣＡＣＣＣＧＣＴＴＴＴＴＡＴＡＧＴＡＡＧＴＴＴＴＴＣＡＣＣＣＡＴＡＡＡＴＡＡＴＡＡＡＴＡＣＡＡＴＡＡＴＴＡＡＴＴＴＣＴＣＧＴＡＡＡＡＧＴＡＧＡＡＡＡＴＡＴＡＴＴＣＴＡＡＴＴＴＡＴＴＧＣＡＣＧＧＴＡＡＧＧＡＡＧＴＡＧＡＡＴＣＡＴＡＡＡＧＡＡＣＡＧＴＧＡＣＧＧＡＴＣ
ネオＧＡｄ２０タンパク質配列番号５４１（ＴＣＥなし、ＨＩＳタグなし）
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ネオＧＡｄ２０ポリヌクレオチド配列番号５４２（ＴＣＥなし、ＨＩＳタグなし）
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ネオＭＶＡタンパク質配列番号５４３（ＴＣＥなし、ＨＩＳタグなし）
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ネオＭＶＡポリヌクレオチド配列番号５４４
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ネオＧＡｄ２０発現カセットタンパク質配列番号５５０
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ネオＧＡｄ２０発現カセットポリヌクレオチド配列番号５５１
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ネオＭＶＡ発現カセットタンパク質配列番号５５２
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ネオＭＶＡ発現カセットポリヌクレオチド配列番号５５３
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ＧＡｄ２０発現についての更なる５つのネオ抗原レイアウトのアミノ酸配列を配列番号５５４、５５５、５５６、６２３、及び６２４に示す。
配列番号５５４
ＭＧＱＫＥＱＩＨＴＬＱＫＮＳＥＲＭＳＫＱＬＴＲＳＳＱＡＶＱＮＬＱＮＧＧＧＳＲＳＳＡＴＬＰＧＲＲＲＲＲＷＬＲＲＲＲＱＰＩＳＶＡＰＡＧＰＰＲＲＰＮＱＫＰＮＰＰＧＧＡＲＣＶＩＭＲＰＴＷＰＧＴＳＡＦＴＫＲＳＦＡＶＴＥＲＩＩＬＶＬＧＶＬＳＧＨＳＧＳＲＬＹＥＡＧＭＴＬＧＧＫＩＬＦＦＬＦＬＬＬＰＬＳＰＦＳＬＩＦＴＥＩＳＣＣＴＬＳＳＥＥＮＥＹＬＰＲＰＥＷＱＬＱＶＰＦＲＥＬＫＮＶＳＶＬＥＧＬＲＱＧＲＬＧＧＰＣＳＣＨＣＰＲＰＳＱＡＲＬＴＰＶＤＶＡＧＰＦＬＣＬＧＤＰＧＬＦＰＰＶＫＳＳＩＴＧＧＫＳＴＣＳＡＰＧＰＱＳＬＰＳＴＰＦＳＴＹＰＱＷＶＩＬＩＴＥＬＧＭＥＣＴＬＧＱＶＧＡＰＳＰＲＲＥＥＤＧＷＲＧＧＨＳＲＦＫＡＤＶＰＡＰＱＧＰＣＷＧＧＱＰＧＳＡＰＳＳＡＰＰＥＱＳＬＬＤＤＹＷＡＱＫＥＫＧＳＳＳＦＬＲＰＳＣＤＹＷＡＱＫＥＫＩＳＩＰＲＴＨＬＣＷＫＦＥＭＳＹＴＶＧＧＰＰＰＨＶＨＡＲＰＲＨＷＫＴＤＲＧＶＰＧＤＳＴＲＲＡＶＲＲＭＮＴＦＹＥＡＧＭＴＬＧＥＫＦＲＶＧＮＣＫＨＬＫＭＴＲＰＮＳＫＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶＳＥＣＧＡＳＡＣＤＶＳＬＩＡＭＤＳＡＦＶＱＧＫＤＷＧＶＫＫＦＩＲＲＤＦＹＡＹＫＤＦＬＷＣＦＰＦＳＬＶＦＬＱＥＩＱＩＣＣＨＶＳＣＬＣＣＩＣＣＳＴＲＩＣＬＧＣＬＬＥＬＦＬＳＲＡＬＲＡＬＨＶＬＷＮＧＦＱＬＨＣＱＴＥＹＮＱＫＬＱＶＮＱＦＳＥＳＫＳＬＹＨＲＥＫＱＬＩＡＭＤＳＡＩＣＥＥＲＧＡＡＧＳＬＩＳＣＥＴＭＰＡＩＬＫＬＱＫＮＣＬＬＳＬＲＴＡＬＴＨＮＱＤＦＳＩＹＲＬＣＣＫＲＧＳＬＣＨＡＳＱＡＲＳＰＡＦＰＫＰＶＲＰＬＰＡＰＩＴＲＩＴＰＱＬＧＧＱＳＤＳＳＱＰＬＬＴＴＧＲＰＱＧＷＱＤＱＡＬＲＨＴＱＱＡＳＰＡＳＣＡＴＩＴＩＰＩＨＳＡＡＬＧＤＨＳＧＤＰＧＰＡＷＤＴＣＰＰＬＰＬＴＴＬＩＰＲＡＰＰＰＹＧＤＳＴＡＲＳＷＰＳＲＣＧＰＬＧＤＧＨＳＹＴＳＫＶＮＣＬＬＬＱＤＧＦＨＧＣＶＳＩＴＧＡＡＧＲＲＮＬＳＩＦＬＦＬＭＬＣＫＬＥＦＨＡＣＫＩＱＮＫＮＣＰＤＦＫＫＦＤＧＰＣＧＥＲＧＧＧＲＴＡＲＡＬＷＡＲＧＤＳＶＬＴＰＡＬＤＰＱＴＰＶＲＡＰＳＬＴＲＡＡＡＡＶＨＹＫＬＩＱＱＰＩＳＬＦＳＩＴＤＲＬＨＫＴＦＳＱＬＰＳＶＨＬＣＳＩＴＦＱＷＧＨＰＰＩＦＣＳＴＮＤＩＣＶＴＡＮＦＣＩＳＶＴＦＬＫＰＣＦＬＬＨＥＡＳＡＳＱＣＨＬＦＬＱＰＱＶＧＴＰＰＰＨＴＡＳＡＲＡＰＳＧＰＰＨＰＨＥＳＣＰＡＧＲＲＰＡＲＡＡＱＴＣＡＲＲＱＨＧＬＰＧＣＥＥＡＧＴＡＲＶＰＳＬＨＬＨＬＨＱＡＡＬＧＡＧＲＧＲＧＷＧＥＡＣＡＱＶＰＰＳＲＧＶＬＲＦＬＤＬＫＶＲＹＬＨＳＱＷＱＨＹＨＲＳＧＥＡＡＧＴＰＬＷＲＰＴＲＮＶＰＦＲＥＬＫＮＱＲＴＡＱＧＡＰＧＩＨＨＡＡＳＰＶＡＡＮＬＣＤＰＡＲＨＡＱＨＴＲＩＰＣＧＡＧＱＶＲＡＧＲＧＰＥＡＧＧＧＶＬＱＰＱＲＰＡＰＥＫＰＧＣＰＣＲＲＧＱＰＲＬＨＴＶＫＭＷＲＡＶＡＭＭＶＰＤＲＱＶＨＹＤＦＧＬＧＮＴＴＬＱＱＬＧＥＡＳＱＡＰＳＧＳＬＩＰＬＲＬＰＬＬＷＥＶＲＧＱＰＤＳＦＡＡＬＨＳＳＬＮＥＬＧＥＩＡＲＥＬＨＱＦＡＦＤＬＬＩＫＳＨＦＶＱＧＫＤＷＧＬＫＫＦＩＲＲＤＦＷＧＭＥＬＡＡＳＲＲＦＳＷＤＨＨＳＡＧＧＰＰＲＶＰＳＶＲＳＧＡＡＱＶＱＰＫＤＰＬＰＬＲＴＬＡＧＣＬＡＲＴＡＨＬＲＰＧＡＥＳＬＰＱＰＱＬＨＣＴＬＷＦＱＳＳＥＬＳＰＴＧＡＰＷＰＳＲＲＰＴＷＲＧＴＴＶＳＰＲＴＡＴＳＳＡＲＴＣＣＧＴＫＷＰＳＳＱＥＡＡＬＧＬＧＳＧＬＬＲＦＳＣＧＴＡＡＩＲＫＭＨＦＳＬＫＥＨＰＰＰＰＣＰＰＥＡＦＱＲＡＡＧＥＧＧＰＧＲＧＧＡＲＲＧＡＲＶＬＱＳＰＦＣＲＡＧＡＧＥＷＬＧＨＱＳＬＲＨＶＶＧＹＧＨＬＤＴＳＧＳＳＳＳＳＳＷＰＮＳＫＭＡＬＮＳＬＮＳＩＤＤＡＱＬＴＲＩＡＰＰＲＳＨＣＣＦＷＥＶＮＡＰ
配列番号５５５
ＭＧＱＫＥＱＩＨＴＬＱＫＮＳＥＲＭＳＫＱＬＴＲＳＳＱＡＶＱＮＬＱＮＧＧＧＳＲＳＳＡＴＬＰＧＲＲＲＲＲＷＬＲＲＲＲＱＰＩＳＶＡＰＡＧＰＰＲＲＰＮＱＫＰＮＰＰＧＧＡＲＣＶＩＭＲＰＴＷＰＧＴＳＡＦＴＫＲＳＦＡＶＴＥＲＩＩＴＥＩＳＣＣＴＬＳＳＥＥＮＥＹＬＰＲＰＥＷＱＬＱＹＥＡＧＭＴＬＧＧＫＩＬＦＦＬＦＬＬＬＰＬＳＰＦＳＬＩＦＤＹＷＡＱＫＥＫＧＳＳＳＦＬＲＰＳＣＶＰＦＲＥＬＫＮＶＳＶＬＥＧＬＲＱＧＲＬＧＧＰＣＳＣＨＣＰＲＰＳＱＡＲＬＴＰＶＤＶＡＧＰＦＬＣＬＧＤＰＧＬＦＰＰＶＫＳＳＩＴＧＧＫＳＴＣＳＡＰＧＰＱＳＬＰＳＴＰＦＳＴＹＰＱＷＶＩＬＩＴＥＬＧＭＥＣＴＬＧＱＶＧＡＰＳＰＲＲＥＥＤＧＷＲＧＧＨＳＲＦＫＡＤＶＰＡＰＱＧＰＣＷＧＧＱＰＧＳＡＰＳＳＡＰＰＥＱＳＬＬＤＤＹＷＡＱＫＥＫＩＳＩＰＲＴＨＬＣＬＶＬＧＶＬＳＧＨＳＧＳＲＬＷＫＦＥＭＳＹＴＶＧＧＰＰＰＨＶＨＡＲＰＲＨＷＫＴＤＲＤＧＨＳＹＴＳＫＶＮＣＬＬＬＱＤＧＦＨＧＣＶＳＩＴＧＡＡＧＲＲＮＬＳＩＦＬＦＬＭＬＣＫＬＥＦＨＡＣＫＩＱＮＫＮＣＰＤＦＫＫＦＤＧＰＣＧＥＲＧＧＧＲＴＡＲＡＬＷＡＲＧＤＳＶＬＴＰＡＬＤＰＱＴＰＶＲＡＰＳＬＴＲＡＡＡＡＶＨＹＫＬＩＱＱＰＩＳＬＦＳＩＴＤＲＬＨＫＴＦＳＱＬＰＳＶＨＬＣＳＩＴＦＱＷＧＨＰＰＩＦＣＳＴＮＤＩＣＶＴＡＮＦＣＩＳＶＴＦＬＫＰＣＦＬＬＨＥＡＳＡＳＱＣＨＬＦＬＱＰＱＶＧＴＰＰＰＨＴＡＳＡＲＡＰＳＧＰＰＨＰＨＥＳＣＰＡＧＲＲＰＡＲＡＡＱＴＣＡＲＲＱＨＧＬＰＧＣＥＥＡＧＴＡＲＶＰＳＬＨＬＨＬＨＱＡＡＬＧＡＧＲＧＲＧＷＧＥＡＣＡＱＶＰＰＳＲＧＶＬＲＦＬＤＬＫＶＲＹＬＨＳＱＷＱＨＹＨＲＳＧＥＡＡＧＴＰＬＷＲＰＴＲＮＶＰＦＲＥＬＫＮＱＲＴＡＱＧＡＰＧＩＨＨＡＡＳＰＶＡＡＮＬＣＤＰＡＲＨＡＱＨＴＲＩＰＣＧＡＧＱＶＲＡＧＲＧＰＥＡＧＧＧＶＬＱＰＱＲＰＡＰＥＫＰＧＣＰＣＲＲＧＱＰＲＬＨＴＶＫＭＷＲＡＶＡＭＭＶＰＤＲＱＶＨＹＤＦＧＬＧＶＰＧＤＳＴＲＲＡＶＲＲＭＮＴＦＹＥＡＧＭＴＬＧＥＫＦＲＶＧＮＣＫＨＬＫＭＴＲＰＮＳＫＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶＳＥＣＧＡＳＡＣＤＶＳＬＩＡＭＤＳＡＦＶＱＧＫＤＷＧＶＫＫＦＩＲＲＤＦＹＡＹＫＤＦＬＷＣＦＰＦＳＬＶＦＬＱＥＩＱＩＣＣＨＶＳＣＬＣＣＩＣＣＳＴＲＩＣＬＧＣＬＬＥＬＦＬＳＲＡＬＲＡＬＨＶＬＷＮＧＦＱＬＨＣＱＴＥＹＮＱＫＬＱＶＮＱＦＳＥＳＫＳＬＹＨＲＥＫＱＬＩＡＭＤＳＡＩＣＥＥＲＧＡＡＧＳＬＩＳＣＥＴＭＰＡＩＬＫＬＱＫＮＣＬＬＳＬＲＴＡＬＴＨＮＱＤＦＳＩＹＲＬＣＣＫＲＧＳＬＣＨＡＳＱＡＲＳＰＡＦＰＫＰＶＲＰＬＰＡＰＩＴＲＩＴＰＱＬＧＧＱＳＤＳＳＱＰＬＬＴＴＧＲＰＱＧＷＱＤＱＡＬＲＨＴＱＱＡＳＰＡＳＣＡＴＩＴＩＰＩＨＳＡＡＬＧＤＨＳＧＤＰＧＰＡＷＤＴＣＰＰＬＰＬＴＴＬＩＰＲＡＰＰＰＹＧＤＳＴＡＲＳＷＰＳＲＣＧＰＬＧＧＮＴＴＬＱＱＬＧＥＡＳＱＡＰＳＧＳＬＩＰＬＲＬＰＬＬＷＥＶＲＧＱＰＤＳＦＡＡＬＨＳＳＬＮＥＬＧＥＩＡＲＥＬＨＱＦＡＦＤＬＬＩＫＳＨＦＶＱＧＫＤＷＧＬＫＫＦＩＲＲＤＦＷＧＭＥＬＡＡＳＲＲＦＳＷＤＨＨＳＡＧＧＰＰＲＶＰＳＶＲＳＧＡＡＱＶＱＰＫＤＰＬＰＬＲＴＬＡＧＣＬＡＲＴＡＨＬＲＰＧＡＥＳＬＰＱＰＱＬＨＣＴＬＷＦＱＳＳＥＬＳＰＴＧＡＰＷＰＳＲＲＰＴＷＲＧＴＴＶＳＰＲＴＡＴＳＳＡＲＴＣＣＧＴＫＷＰＳＳＱＥＡＡＬＧＬＧＳＧＬＬＲＦＳＣＧＴＡＡＩＲＫＭＨＦＳＬＫＥＨＰＰＰＰＣＰＰＥＡＦＱＲＡＡＧＥＧＧＰＧＲＧＧＡＲＲＧＡＲＶＬＱＳＰＦＣＲＡＧＡＧＥＷＬＧＨＱＳＬＲＨＶＶＧＹＧＨＬＤＴＳＧＳＳＳＳＳＳＷＰＮＳＫＭＡＬＮＳＬＮＳＩＤＤＡＱＬＴＲＩＡＰＰＲＳＨＣＣＦＷＥＶＮＡＰ
配列番号５５６
ＭＧＱＫＥＱＩＨＴＬＱＫＮＳＥＲＭＳＫＱＬＴＲＳＳＱＡＶＱＮＬＱＮＧＧＧＳＲＳＳＡＴＬＰＧＲＲＲＲＲＷＬＲＲＲＲＱＰＩＳＶＡＰＡＧＰＰＲＲＰＮＱＫＰＮＰＰＧＧＡＲＣＶＩＭＲＰＴＷＰＧＴＳＡＦＴＫＲＳＦＡＶＴＥＲＩＩＤＹＷＡＱＫＥＫＧＳＳＳＦＬＲＰＳＣＶＰＦＲＥＬＫＮＶＳＶＬＥＧＬＲＱＧＲＬＧＧＰＣＳＣＨＣＰＲＰＳＱＡＲＬＴＰＶＤＶＡＧＰＦＬＣＬＧＤＰＧＬＦＰＰＶＫＳＳＩＬＶＬＧＶＬＳＧＨＳＧＳＲＬＹＥＡＧＭＴＬＧＧＫＩＬＦＦＬＦＬＬＬＰＬＳＰＦＳＬＩＦＴＥＩＳＣＣＴＬＳＳＥＥＮＥＹＬＰＲＰＥＷＱＬＱＴＧＧＫＳＴＣＳＡＰＧＰＱＳＬＰＳＴＰＦＳＴＹＰＱＷＶＩＬＩＴＥＬＧＭＥＣＴＬＧＱＶＧＡＰＳＰＲＲＥＥＤＧＷＲＧＧＨＳＲＦＫＡＤＶＰＡＰＱＧＰＣＷＧＧＱＰＧＳＡＰＳＳＡＰＰＥＱＳＬＬＤＤＹＷＡＱＫＥＫＩＳＩＰＲＴＨＬＣＷＫＦＥＭＳＹＴＶＧＧＰＰＰＨＶＨＡＲＰＲＨＷＫＴＤＲＤＧＨＳＹＴＳＫＶＮＣＬＬＬＱＤＧＦＨＧＣＶＳＩＴＧＡＡＧＲＲＮＬＳＩＦＬＦＬＭＬＣＫＬＥＦＨＡＣＫＩＱＮＫＮＣＰＤＦＫＫＦＤＧＰＣＧＥＲＧＧＧＲＴＡＲＡＬＷＡＲＧＤＳＶＬＴＰＡＬＤＰＱＴＰＶＲＡＰＳＬＴＲＡＡＡＡＶＨＹＫＬＩＱＱＰＩＳＬＦＳＩＴＤＲＬＨＫＴＦＳＱＬＰＳＶＨＬＣＳＩＴＦＱＷＧＨＰＰＩＦＣＳＴＮＤＩＣＶＴＡＮＦＣＩＳＶＴＦＬＫＰＣＦＬＬＨＥＡＳＡＳＱＣＨＬＦＬＱＰＱＶＧＴＰＰＰＨＴＡＳＡＲＡＰＳＧＰＰＨＰＨＥＳＣＰＡＧＲＲＰＡＲＡＡＱＴＣＡＲＲＱＨＧＬＰＧＣＥＥＡＧＴＡＲＶＰＳＬＨＬＨＬＨＱＡＡＬＧＡＧＲＧＲＧＷＧＥＡＣＡＱＶＰＰＳＲＧＶＬＲＦＬＤＬＫＶＲＹＬＨＳＱＷＱＨＹＨＲＳＧＥＡＡＧＴＰＬＷＲＰＴＲＮＶＰＦＲＥＬＫＮＱＲＴＡＱＧＡＰＧＩＨＨＡＡＳＰＶＡＡＮＬＣＤＰＡＲＨＡＱＨＴＲＩＰＣＧＡＧＱＶＲＡＧＲＧＰＥＡＧＧＧＶＬＱＰＱＲＰＡＰＥＫＰＧＣＰＣＲＲＧＱＰＲＬＨＴＶＫＭＷＲＡＶＡＭＭＶＰＤＲＱＶＨＹＤＦＧＬＧＶＰＧＤＳＴＲＲＡＶＲＲＭＮＴＦＹＥＡＧＭＴＬＧＥＫＦＲＶＧＮＣＫＨＬＫＭＴＲＰＮＳＫＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶＳＥＣＧＡＳＡＣＤＶＳＬＩＡＭＤＳＡＦＶＱＧＫＤＷＧＶＫＫＦＩＲＲＤＦＹＡＹＫＤＦＬＷＣＦＰＦＳＬＶＦＬＱＥＩＱＩＣＣＨＶＳＣＬＣＣＩＣＣＳＴＲＩＣＬＧＣＬＬＥＬＦＬＳＲＡＬＲＡＬＨＶＬＷＮＧＦＱＬＨＣＱＴＥＹＮＱＫＬＱＶＮＱＦＳＥＳＫＳＬＹＨＲＥＫＱＬＩＡＭＤＳＡＩＣＥＥＲＧＡＡＧＳＬＩＳＣＥＴＭＰＡＩＬＫＬＱＫＮＣＬＬＳＬＲＴＡＬＴＨＮＱＤＦＳＩＹＲＬＣＣＫＲＧＳＬＣＨＡＳＱＡＲＳＰＡＦＰＫＰＶＲＰＬＰＡＰＩＴＲＩＴＰＱＬＧＧＱＳＤＳＳＱＰＬＬＴＴＧＲＰＱＧＷＱＤＱＡＬＲＨＴＱＱＡＳＰＡＳＣＡＴＩＴＩＰＩＨＳＡＡＬＧＤＨＳＧＤＰＧＰＡＷＤＴＣＰＰＬＰＬＴＴＬＩＰＲＡＰＰＰＹＧＤＳＴＡＲＳＷＰＳＲＣＧＰＬＧＧＮＴＴＬＱＱＬＧＥＡＳＱＡＰＳＧＳＬＩＰＬＲＬＰＬＬＷＥＶＲＧＱＰＤＳＦＡＡＬＨＳＳＬＮＥＬＧＥＩＡＲＥＬＨＱＦＡＦＤＬＬＩＫＳＨＦＶＱＧＫＤＷＧＬＫＫＦＩＲＲＤＦＷＧＭＥＬＡＡＳＲＲＦＳＷＤＨＨＳＡＧＧＰＰＲＶＰＳＶＲＳＧＡＡＱＶＱＰＫＤＰＬＰＬＲＴＬＡＧＣＬＡＲＴＡＨＬＲＰＧＡＥＳＬＰＱＰＱＬＨＣＴＬＷＦＱＳＳＥＬＳＰＴＧＡＰＷＰＳＲＲＰＴＷＲＧＴＴＶＳＰＲＴＡＴＳＳＡＲＴＣＣＧＴＫＷＰＳＳＱＥＡＡＬＧＬＧＳＧＬＬＲＦＳＣＧＴＡＡＩＲＫＭＨＦＳＬＫＥＨＰＰＰＰＣＰＰＥＡＦＱＲＡＡＧＥＧＧＰＧＲＧＧＡＲＲＧＡＲＶＬＱＳＰＦＣＲＡＧＡＧＥＷＬＧＨＱＳＬＲＨＶＶＧＹＧＨＬＤＴＳＧＳＳＳＳＳＳＷＰＮＳＫＭＡＬＮＳＬＮＳＩＤＤＡＱＬＴＲＩＡＰＰＲＳＨＣＣＦＷＥＶＮＡＰ
配列番号６２３
ＭＧＱＫＥＱＩＨＴＬＱＫＮＳＥＲＭＳＫＱＬＴＲＳＳＱＡＶＧＶＰＧＤＳＴＲＲＡＶＲＲＭＮＴＦＹＥＡＧＭＴＬＧＥＫＦＲＶＧＮＣＫＨＬＫＭＴＲＰＮＳＫＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶＳＥＣＧＡＳＡＣＤＶＳＬＩＡＭＤＳＡＦＶＱＧＫＤＷＧＶＫＫＦＩＲＲＤＦＹＡＹＫＤＦＬＷＣＦＰＦＳＬＶＦＬＱＥＩＱＩＣＣＨＶＳＣＬＣＣＩＣＣＳＴＲＩＣＬＧＣＬＬＥＬＦＬＳＲＡＬＲＡＬＨＶＬＷＮＧＦＱＬＨＣＱＴＥＹＮＱＫＬＱＶＮＱＦＳＥＳＫＳＬＹＨＲＥＫＱＬＩＡＭＤＳＡＩＣＥＥＲＧＡＡＧＳＬＩＳＣＥＴＭＰＡＩＬＫＬＱＫＮＣＬＬＳＬＲＴＡＬＴＨＮＱＤＦＳＩＹＲＬＣＣＫＲＧＳＬＣＨＡＳＱＡＲＳＰＡＦＰＫＰＶＲＰＬＰＡＰＩＴＲＩＴＰＱＬＧＧＱＳＤＳＳＱＰＬＬＴＴＧＲＰＱＧＷＱＤＱＡＬＲＨＴＱＱＡＳＰＡＳＣＡＴＩＴＩＰＩＨＳＡＡＬＧＤＨＳＧＤＰＧＰＡＷＤＴＣＰＰＬＰＬＴＴＬＩＰＲＡＰＰＰＹＧＤＳＴＡＲＳＷＰＳＲＣＧＰＬＧＧＮＴＴＬＱＱＬＧＥＡＳＱＡＰＳＧＳＬＩＰＬＲＬＰＬＬＷＥＶＲＧＱＰＤＳＦＡＡＬＨＳＳＬＮＥＬＧＥＩＡＲＥＬＨＱＦＡＦＤＬＬＩＫＳＨＦＶＱＧＫＤＷＧＬＫＫＦＩＲＲＤＦＷＧＭＥＬＡＡＳＲＲＦＳＷＤＨＨＳＡＧＧＰＰＲＶＰＳＶＲＳＧＡＡＱＶＱＰＫＤＰＬＰＬＲＴＬＡＧＣＬＡＲＴＡＨＬＲＰＧＡＥＳＬＰＱＰＱＬＨＣＴＬＷＦＱＳＳＥＬＳＰＴＧＡＰＷＰＳＲＲＰＴＷＲＧＴＴＶＳＰＲＴＡＴＳＳＡＲＴＣＣＧＴＫＷＰＳＳＱＥＡＡＬＧＬＧＳＧＬＬＲＦＳＣＧＴＡＡＩＲＫＭＨＦＳＬＫＥＨＰＰＰＰＣＰＰＥＡＦＱＲＡＡＧＥＧＧＰＧＲＧＧＡＲＲＧＡＲＶＬＱＳＰＦＣＲＡＧＡＧＥＷＬＧＨＱＳＬＲＨＶＶＧＹＧＨＬＤＴＳＧＳＳＳＳＳＳＷＰＮＳＫＭＡＬＮＳＬＮＳＩＤＤＡＱＬＴＲＩＡＰＰＲＳＨＣＣＦＷＥＶＮＡＰＤＧＨＳＹＴＳＫＶＮＣＬＬＬＱＤＧＦＨＧＣＶＳＩＴＧＡＡＧＲＲＮＬＳＩＦＬＦＬＭＬＣＫＬＥＦＨＡＣＫＩＱＮＫＮＣＰＤＦＫＫＦＤＧＰＣＧＥＲＧＧＧＲＴＡＲＡＬＷＡＲＧＤＳＶＬＴＰＡＬＤＰＱＴＰＶＲＡＰＳＬＴＲＡＡＡＡＶＨＹＫＬＩＱＱＰＩＳＬＦＳＩＴＤＲＬＨＫＴＦＳＱＬＰＳＶＨＬＣＳＩＴＦＱＷＧＨＰＰＩＦＣＳＴＮＤＩＣＶＴＡＮＦＣＩＳＶＴＦＬＫＰＣＦＬＬＨＥＡＳＡＳＱＣＨＬＦＬＱＰＱＶＧＴＰＰＰＨＴＡＳＡＲＡＰＳＧＰＰＨＰＨＥＳＣＰＡＧＲＲＰＡＲＡＡＱＴＣＡＲＲＱＨＧＬＰＧＣＥＥＡＧＴＡＲＶＰＳＬＨＬＨＬＨＱＡＡＬＧＡＧＲＧＲＧＷＧＥＡＣＡＱＶＰＰＳＲＧＶＬＲＦＬＤＬＫＶＲＹＬＨＳＱＷＱＨＹＨＲＳＧＥＡＡＧＴＰＬＷＲＰＴＲＮＶＰＦＲＥＬＫＮＱＲＴＡＱＧＡＰＧＩＨＨＡＡＳＰＶＡＡＮＬＣＤＰＡＲＨＡＱＨＴＲＩＰＣＧＡＧＱＶＲＡＧＲＧＰＥＡＧＧＧＶＬＱＰＱＲＰＡＰＥＫＰＧＣＰＣＲＲＧＱＰＲＬＨＴＶＫＭＷＲＡＶＡＭＭＶＰＤＲＱＶＨＹＤＦＧＬＱＮＬＱＮＧＧＧＳＲＳＳＡＴＬＰＧＲＲＲＲＲＷＬＲＲＲＲＱＰＩＳＶＡＰＡＧＰＰＲＲＰＮＱＫＰＮＰＰＧＧＡＲＣＶＩＭＲＰＴＷＰＧＴＳＡＦＴＫＲＳＦＡＶＴＥＲＩＩＬＶＬＧＶＬＳＧＨＳＧＳＲＬＹＥＡＧＭＴＬＧＧＫＩＬＦＦＬＦＬＬＬＰＬＳＰＦＳＬＩＦＴＥＩＳＣＣＴＬＳＳＥＥＮＥＹＬＰＲＰＥＷＱＬＱＶＰＦＲＥＬＫＮＶＳＶＬＥＧＬＲＱＧＲＬＧＧＰＣＳＣＨＣＰＲＰＳＱＡＲＬＴＰＶＤＶＡＧＰＦＬＣＬＧＤＰＧＬＦＰＰＶＫＳＳＩＴＧＧＫＳＴＣＳＡＰＧＰＱＳＬＰＳＴＰＦＳＴＹＰＱＷＶＩＬＩＴＥＬＧＭＥＣＴＬＧＱＶＧＡＰＳＰＲＲＥＥＤＧＷＲＧＧＨＳＲＦＫＡＤＶＰＡＰＱＧＰＣＷＧＧＱＰＧＳＡＰＳＳＡＰＰＥＱＳＬＬＤＤＹＷＡＱＫＥＫＧＳＳＳＦＬＲＰＳＣＤＹＷＡＱＫＥＫＩＳＩＰＲＴＨＬＣＷＫＦＥＭＳＹＴＶＧＧＰＰＰＨＶＨＡＲＰＲＨＷＫＴＤＲ
配列番号６２４
ＭＧＱＫＥＱＩＨＴＬＱＫＮＳＥＲＭＳＫＱＬＴＲＳＳＱＡＶＧＮＴＴＬＱＱＬＧＥＡＳＱＡＰＳＧＳＬＩＰＬＲＬＰＬＬＷＥＶＲＧＱＰＤＳＦＡＡＬＨＳＳＬＮＥＬＧＥＩＡＲＥＬＨＱＦＡＦＤＬＬＩＫＳＨＦＶＱＧＫＤＷＧＬＫＫＦＩＲＲＤＦＷＧＭＥＬＡＡＳＲＲＦＳＷＤＨＨＳＡＧＧＰＰＲＶＰＳＶＲＳＧＡＡＱＶＱＰＫＤＰＬＰＬＲＴＬＡＧＣＬＡＲＴＡＨＬＲＰＧＡＥＳＬＰＱＰＱＬＨＣＴＬＷＦＱＳＳＥＬＳＰＴＧＡＰＷＰＳＲＲＰＴＷＲＧＴＴＶＳＰＲＴＡＴＳＳＡＲＴＣＣＧＴＫＷＰＳＳＱＥＡＡＬＧＬＧＳＧＬＬＲＦＳＣＧＴＡＡＩＲＫＭＨＦＳＬＫＥＨＰＰＰＰＣＰＰＥＡＦＱＲＡＡＧＥＧＧＰＧＲＧＧＡＲＲＧＡＲＶＬＱＳＰＦＣＲＡＧＡＧＥＷＬＧＨＱＳＬＲＨＶＶＧＹＧＨＬＤＴＳＧＳＳＳＳＳＳＷＰＮＳＫＭＡＬＮＳＬＮＳＩＤＤＡＱＬＴＲＩＡＰＰＲＳＨＣＣＦＷＥＶＮＡＰＧＶＰＧＤＳＴＲＲＡＶＲＲＭＮＴＦＹＥＡＧＭＴＬＧＥＫＦＲＶＧＮＣＫＨＬＫＭＴＲＰＮＳＫＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶＳＥＣＧＡＳＡＣＤＶＳＬＩＡＭＤＳＡＦＶＱＧＫＤＷＧＶＫＫＦＩＲＲＤＦＹＡＹＫＤＦＬＷＣＦＰＦＳＬＶＦＬＱＥＩＱＩＣＣＨＶＳＣＬＣＣＩＣＣＳＴＲＩＣＬＧＣＬＬＥＬＦＬＳＲＡＬＲＡＬＨＶＬＷＮＧＦＱＬＨＣＱＴＥＹＮＱＫＬＱＶＮＱＦＳＥＳＫＳＬＹＨＲＥＫＱＬＩＡＭＤＳＡＩＣＥＥＲＧＡＡＧＳＬＩＳＣＥＴＭＰＡＩＬＫＬＱＫＮＣＬＬＳＬＲＴＡＬＴＨＮＱＤＦＳＩＹＲＬＣＣＫＲＧＳＬＣＨＡＳＱＡＲＳＰＡＦＰＫＰＶＲＰＬＰＡＰＩＴＲＩＴＰＱＬＧＧＱＳＤＳＳＱＰＬＬＴＴＧＲＰＱＧＷＱＤＱＡＬＲＨＴＱＱＡＳＰＡＳＣＡＴＩＴＩＰＩＨＳＡＡＬＧＤＨＳＧＤＰＧＰＡＷＤＴＣＰＰＬＰＬＴＴＬＩＰＲＡＰＰＰＹＧＤＳＴＡＲＳＷＰＳＲＣＧＰＬＧＤＧＨＳＹＴＳＫＶＮＣＬＬＬＱＤＧＦＨＧＣＶＳＩＴＧＡＡＧＲＲＮＬＳＩＦＬＦＬＭＬＣＫＬＥＦＨＡＣＫＩＱＮＫＮＣＰＤＦＫＫＦＤＧＰＣＧＥＲＧＧＧＲＴＡＲＡＬＷＡＲＧＤＳＶＬＴＰＡＬＤＰＱＴＰＶＲＡＰＳＬＴＲＡＡＡＡＶＨＹＫＬＩＱＱＰＩＳＬＦＳＩＴＤＲＬＨＫＴＦＳＱＬＰＳＶＨＬＣＳＩＴＦＱＷＧＨＰＰＩＦＣＳＴＮＤＩＣＶＴＡＮＦＣＩＳＶＴＦＬＫＰＣＦＬＬＨＥＡＳＡＳＱＣＨＬＦＬＱＰＱＶＧＴＰＰＰＨＴＡＳＡＲＡＰＳＧＰＰＨＰＨＥＳＣＰＡＧＲＲＰＡＲＡＡＱＴＣＡＲＲＱＨＧＬＰＧＣＥＥＡＧＴＡＲＶＰＳＬＨＬＨＬＨＱＡＡＬＧＡＧＲＧＲＧＷＧＥＡＣＡＱＶＰＰＳＲＧＶＬＲＦＬＤＬＫＶＲＹＬＨＳＱＷＱＨＹＨＲＳＧＥＡＡＧＴＰＬＷＲＰＴＲＮＶＰＦＲＥＬＫＮＱＲＴＡＱＧＡＰＧＩＨＨＡＡＳＰＶＡＡＮＬＣＤＰＡＲＨＡＱＨＴＲＩＰＣＧＡＧＱＶＲＡＧＲＧＰＥＡＧＧＧＶＬＱＰＱＲＰＡＰＥＫＰＧＣＰＣＲＲＧＱＰＲＬＨＴＶＫＭＷＲＡＶＡＭＭＶＰＤＲＱＶＨＹＤＦＧＬＱＮＬＱＮＧＧＧＳＲＳＳＡＴＬＰＧＲＲＲＲＲＷＬＲＲＲＲＱＰＩＳＶＡＰＡＧＰＰＲＲＰＮＱＫＰＮＰＰＧＧＡＲＣＶＩＭＲＰＴＷＰＧＴＳＡＦＴＫＲＳＦＡＶＴＥＲＩＩＴＥＩＳＣＣＴＬＳＳＥＥＮＥＹＬＰＲＰＥＷＱＬＱＹＥＡＧＭＴＬＧＧＫＩＬＦＦＬＦＬＬＬＰＬＳＰＦＳＬＩＦＤＹＷＡＱＫＥＫＧＳＳＳＦＬＲＰＳＣＶＰＦＲＥＬＫＮＶＳＶＬＥＧＬＲＱＧＲＬＧＧＰＣＳＣＨＣＰＲＰＳＱＡＲＬＴＰＶＤＶＡＧＰＦＬＣＬＧＤＰＧＬＦＰＰＶＫＳＳＩＴＧＧＫＳＴＣＳＡＰＧＰＱＳＬＰＳＴＰＦＳＴＹＰＱＷＶＩＬＩＴＥＬＧＭＥＣＴＬＧＱＶＧＡＰＳＰＲＲＥＥＤＧＷＲＧＧＨＳＲＦＫＡＤＶＰＡＰＱＧＰＣＷＧＧＱＰＧＳＡＰＳＳＡＰＰＥＱＳＬＬＤＤＹＷＡＱＫＥＫＩＳＩＰＲＴＨＬＣＬＶＬＧＶＬＳＧＨＳＧＳＲＬＷＫＦＥＭＳＹＴＶＧＧＰＰＰＨＶＨＡＲＰＲＨＷＫＴＤＲ
ＭＶＡ発現についての更なる５つのネオ抗原レイアウトのアミノ酸配列を配列番号５５７、５５８、５５９、６２５、及び６２６に示す。
配列番号５５７
ＭＧＱＫＥＱＩＨＴＬＱＫＮＳＥＲＭＳＫＱＬＴＲＳＳＱＡＶＱＮＬＱＮＧＧＧＳＲＳＳＡＴＬＰＧＲＲＲＲＲＷＬＲＲＲＲＱＰＩＳＶＡＰＡＧＰＰＲＲＰＮＱＫＰＮＰＰＧＧＡＲＣＶＩＭＲＰＴＷＰＧＴＳＡＦＴＧＭＥＣＴＬＧＱＶＧＡＰＳＰＲＲＥＥＤＧＷＲＧＧＨＳＲＦＫＡＤＶＰＡＰＱＧＰＣＷＧＧＱＰＧＳＡＰＳＳＡＰＰＥＱＳＬＬＤＤＹＷＡＱＫＥＫＩＳＩＰＲＴＨＬＣＷＫＦＥＭＳＹＴＶＧＧＰＰＰＨＶＨＡＲＰＲＨＷＫＴＤＲＤＹＷＡＱＫＥＫＧＳＳＳＦＬＲＰＳＣＶＰＦＲＥＬＫＮＶＳＶＬＥＧＬＲＱＧＲＬＧＧＰＣＳＣＨＣＰＲＰＳＱＡＲＬＴＰＶＤＶＡＧＰＦＬＣＬＧＤＰＧＬＦＰＰＶＫＳＳＩＴＥＩＳＣＣＴＬＳＳＥＥＮＥＹＬＰＲＰＥＷＱＬＱＹＥＡＧＭＴＬＧＧＫＩＬＦＦＬＦＬＬＬＰＬＳＰＦＳＬＩＦＬＶＬＧＶＬＳＧＨＳＧＳＲＬＫＲＳＦＡＶＴＥＲＩＩＴＧＧＫＳＴＣＳＡＰＧＰＱＳＬＰＳＴＰＦＳＴＹＰＱＷＶＩＬＩＴＥＬＤＧＨＳＹＴＳＫＶＮＣＬＬＬＱＤＧＦＨＧＣＶＳＩＴＧＡＡＧＲＲＮＬＳＩＦＬＦＬＭＬＣＫＬＥＦＨＡＣＣＨＬＦＬＱＰＱＶＧＴＰＰＰＨＴＡＳＡＲＡＰＳＧＰＰＨＰＨＥＳＣＰＡＧＲＲＰＡＲＡＡＱＴＣＡＲＲＱＨＧＬＰＧＣＥＥＡＧＴＡＲＶＰＳＬＨＬＨＬＨＱＡＡＬＧＡＧＲＧＲＧＷＧＥＡＣＡＱＶＰＰＳＲＧＨＹＫＬＩＱＱＰＩＳＬＦＳＩＴＤＲＬＨＫＴＦＳＱＬＰＳＶＨＬＣＳＩＴＦＱＷＧＨＰＰＩＦＣＳＴＮＤＩＣＶＴＡＮＦＣＩＳＶＴＦＬＫＰＣＦＬＬＨＥＡＳＡＳＱＶＡＭＭＶＰＤＲＱＶＨＹＤＦＧＬＫＩＱＮＫＮＣＰＤＶＬＲＦＬＤＬＫＶＲＹＬＨＳＶＰＦＲＥＬＫＮＱＲＴＡＱＧＡＰＧＩＨＨＡＡＳＰＶＡＡＮＬＣＤＰＡＲＨＡＱＨＴＲＩＰＣＧＡＧＱＶＲＡＧＲＧＰＥＡＧＧＧＶＬＱＰＱＲＰＡＰＥＫＰＧＣＰＣＲＲＧＱＰＲＬＨＴＶＫＭＷＲＡＱＷＱＨＹＨＲＳＧＥＡＡＧＴＰＬＷＲＰＴＲＮＦＫＫＦＤＧＰＣＧＥＲＧＧＧＲＴＡＲＡＬＷＡＲＧＤＳＶＬＴＰＡＬＤＰＱＴＰＶＲＡＰＳＬＴＲＡＡＡＡＶＧＶＰＧＤＳＴＲＲＡＶＲＲＭＮＴＦＣＧＡＳＡＣＤＶＳＬＩＡＭＤＳＡＣＥＥＲＧＡＡＧＳＬＩＳＣＥＳＬＹＨＲＥＫＱＬＩＡＭＤＳＡＩＦＶＱＧＫＤＷＧＶＫＫＦＩＲＲＤＦＴＭＰＡＩＬＫＬＱＫＮＣＬＬＳＬＮＳＫＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶＳＥＹＥＡＧＭＴＬＧＥＫＦＲＶＧＮＣＫＨＬＫＭＴＲＰＴＥＹＮＱＫＬＱＶＮＱＦＳＥＳＫＲＴＡＬＴＨＮＱＤＦＳＩＹＲＬＣＣＫＲＧＳＬＣＨＡＳＱＡＲＳＰＡＦＰＫＰＶＲＰＬＰＡＰＩＴＲＩＴＰＱＬＧＧＱＳＤＳＳＱＰＬＬＴＴＧＲＰＱＧＷＱＤＱＡＬＲＨＴＱＱＡＳＰＡＳＣＡＴＩＴＩＰＩＨＳＡＡＬＧＤＨＳＧＤＰＧＰＡＷＤＴＣＰＰＬＰＬＴＴＬＩＰＲＡＰＰＰＹＧＤＳＴＡＲＳＷＰＳＲＣＧＰＬＧＹＡＹＫＤＦＬＷＣＦＰＦＳＬＶＦＬＱＥＩＱＩＣＣＨＶＳＣＬＣＣＩＣＣＳＴＲＩＣＬＧＣＬＬＥＬＦＬＳＲＡＬＲＡＬＨＶＬＷＮＧＦＱＬＨＣＱＧＮＴＴＬＱＱＬＧＥＡＳＱＡＰＳＧＳＬＩＰＬＲＬＰＬＬＷＥＶＲＧＮＳＫＭＡＬＮＳＬＮＳＩＤＤＡＱＬＴＲＩＡＰＰＲＳＨＣＣＦＷＥＶＮＡＰＦＶＱＧＫＤＷＧＬＫＫＦＩＲＲＤＦＥＡＦＱＲＡＡＧＥＧＧＰＧＲＧＧＡＲＲＧＡＲＶＬＱＳＰＦＣＲＡＧＡＧＥＷＬＧＨＱＳＬＲＷＧＭＥＬＡＡＳＲＲＦＳＷＤＨＨＳＡＧＧＰＰＲＶＰＳＶＲＳＧＡＡＱＶＱＰＫＤＰＬＰＬＲＴＬＡＧＣＬＡＲＴＡＨＬＲＰＧＡＥＳＬＰＱＰＱＬＨＣＴＩＡＲＥＬＨＱＦＡＦＤＬＬＩＫＳＨＫＭＨＦＳＬＫＥＨＰＰＰＰＣＰＰＨＶＶＧＹＧＨＬＤＴＳＧＳＳＳＳＳＳＷＰＱＰＤＳＦＡＡＬＨＳＳＬＮＥＬＧＥＬＷＦＱＳＳＥＬＳＰＴＧＡＰＷＰＳＲＲＰＴＷＲＧＴＴＶＳＰＲＴＡＴＳＳＡＲＴＣＣＧＴＫＷＰＳＳＱＥＡＡＬＧＬＧＳＧＬＬＲＦＳＣＧＴＡＡＩＲ
配列番号５５８
ＭＧＱＫＥＱＩＨＴＬＱＫＮＳＥＲＭＳＫＱＬＴＲＳＳＱＡＶＤＧＨＳＹＴＳＫＶＮＣＬＬＬＱＤＧＦＨＧＣＶＳＩＴＧＡＡＧＲＲＮＬＳＩＦＬＦＬＭＬＣＫＬＥＦＨＡＣＱＷＱＨＹＨＲＳＧＥＡＡＧＴＰＬＷＲＰＴＲＮＶＡＭＭＶＰＤＲＱＶＨＹＤＦＧＬＶＬＲＦＬＤＬＫＶＲＹＬＨＳＫＩＱＮＫＮＣＰＤＶＰＦＲＥＬＫＮＱＲＴＡＱＧＡＰＧＩＨＨＡＡＳＰＶＡＡＮＬＣＤＰＡＲＨＡＱＨＴＲＩＰＣＧＡＧＱＶＲＡＧＲＧＰＥＡＧＧＧＶＬＱＰＱＲＰＡＰＥＫＰＧＣＰＣＲＲＧＱＰＲＬＨＴＶＫＭＷＲＡＣＨＬＦＬＱＰＱＶＧＴＰＰＰＨＴＡＳＡＲＡＰＳＧＰＰＨＰＨＥＳＣＰＡＧＲＲＰＡＲＡＡＱＴＣＡＲＲＱＨＧＬＰＧＣＥＥＡＧＴＡＲＶＰＳＬＨＬＨＬＨＱＡＡＬＧＡＧＲＧＲＧＷＧＥＡＣＡＱＶＰＰＳＲＧＨＹＫＬＩＱＱＰＩＳＬＦＳＩＴＤＲＬＨＫＴＦＳＱＬＰＳＶＨＬＣＳＩＴＦＱＷＧＨＰＰＩＦＣＳＴＮＤＩＣＶＴＡＮＦＣＩＳＶＴＦＬＫＰＣＦＬＬＨＥＡＳＡＳＱＦＫＫＦＤＧＰＣＧＥＲＧＧＧＲＴＡＲＡＬＷＡＲＧＤＳＶＬＴＰＡＬＤＰＱＴＰＶＲＡＰＳＬＴＲＡＡＡＡＶＱＮＬＱＮＧＧＧＳＲＳＳＡＴＬＰＧＲＲＲＲＲＷＬＲＲＲＲＱＰＩＳＶＡＰＡＧＰＰＲＲＰＮＱＫＰＮＰＰＧＧＡＲＣＶＩＭＲＰＴＷＰＧＴＳＡＦＴＧＭＥＣＴＬＧＱＶＧＡＰＳＰＲＲＥＥＤＧＷＲＧＧＨＳＲＦＫＡＤＶＰＡＰＱＧＰＣＷＧＧＱＰＧＳＡＰＳＳＡＰＰＥＱＳＬＬＤＤＹＷＡＱＫＥＫＩＳＩＰＲＴＨＬＣＷＫＦＥＭＳＹＴＶＧＧＰＰＰＨＶＨＡＲＰＲＨＷＫＴＤＲＤＹＷＡＱＫＥＫＧＳＳＳＦＬＲＰＳＣＶＰＦＲＥＬＫＮＶＳＶＬＥＧＬＲＱＧＲＬＧＧＰＣＳＣＨＣＰＲＰＳＱＡＲＬＴＰＶＤＶＡＧＰＦＬＣＬＧＤＰＧＬＦＰＰＶＫＳＳＩＴＥＩＳＣＣＴＬＳＳＥＥＮＥＹＬＰＲＰＥＷＱＬＱＹＥＡＧＭＴＬＧＧＫＩＬＦＦＬＦＬＬＬＰＬＳＰＦＳＬＩＦＬＶＬＧＶＬＳＧＨＳＧＳＲＬＫＲＳＦＡＶＴＥＲＩＩＴＧＧＫＳＴＣＳＡＰＧＰＱＳＬＰＳＴＰＦＳＴＹＰＱＷＶＩＬＩＴＥＬＧＶＰＧＤＳＴＲＲＡＶＲＲＭＮＴＦＣＧＡＳＡＣＤＶＳＬＩＡＭＤＳＡＣＥＥＲＧＡＡＧＳＬＩＳＣＥＳＬＹＨＲＥＫＱＬＩＡＭＤＳＡＩＦＶＱＧＫＤＷＧＶＫＫＦＩＲＲＤＦＴＭＰＡＩＬＫＬＱＫＮＣＬＬＳＬＮＳＫＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶＳＥＹＥＡＧＭＴＬＧＥＫＦＲＶＧＮＣＫＨＬＫＭＴＲＰＴＥＹＮＱＫＬＱＶＮＱＦＳＥＳＫＲＴＡＬＴＨＮＱＤＦＳＩＹＲＬＣＣＫＲＧＳＬＣＨＡＳＱＡＲＳＰＡＦＰＫＰＶＲＰＬＰＡＰＩＴＲＩＴＰＱＬＧＧＱＳＤＳＳＱＰＬＬＴＴＧＲＰＱＧＷＱＤＱＡＬＲＨＴＱＱＡＳＰＡＳＣＡＴＩＴＩＰＩＨＳＡＡＬＧＤＨＳＧＤＰＧＰＡＷＤＴＣＰＰＬＰＬＴＴＬＩＰＲＡＰＰＰＹＧＤＳＴＡＲＳＷＰＳＲＣＧＰＬＧＹＡＹＫＤＦＬＷＣＦＰＦＳＬＶＦＬＱＥＩＱＩＣＣＨＶＳＣＬＣＣＩＣＣＳＴＲＩＣＬＧＣＬＬＥＬＦＬＳＲＡＬＲＡＬＨＶＬＷＮＧＦＱＬＨＣＱＧＮＴＴＬＱＱＬＧＥＡＳＱＡＰＳＧＳＬＩＰＬＲＬＰＬＬＷＥＶＲＧＮＳＫＭＡＬＮＳＬＮＳＩＤＤＡＱＬＴＲＩＡＰＰＲＳＨＣＣＦＷＥＶＮＡＰＦＶＱＧＫＤＷＧＬＫＫＦＩＲＲＤＦＥＡＦＱＲＡＡＧＥＧＧＰＧＲＧＧＡＲＲＧＡＲＶＬＱＳＰＦＣＲＡＧＡＧＥＷＬＧＨＱＳＬＲＷＧＭＥＬＡＡＳＲＲＦＳＷＤＨＨＳＡＧＧＰＰＲＶＰＳＶＲＳＧＡＡＱＶＱＰＫＤＰＬＰＬＲＴＬＡＧＣＬＡＲＴＡＨＬＲＰＧＡＥＳＬＰＱＰＱＬＨＣＴＩＡＲＥＬＨＱＦＡＦＤＬＬＩＫＳＨＫＭＨＦＳＬＫＥＨＰＰＰＰＣＰＰＨＶＶＧＹＧＨＬＤＴＳＧＳＳＳＳＳＳＷＰＱＰＤＳＦＡＡＬＨＳＳＬＮＥＬＧＥＬＷＦＱＳＳＥＬＳＰＴＧＡＰＷＰＳＲＲＰＴＷＲＧＴＴＶＳＰＲＴＡＴＳＳＡＲＴＣＣＧＴＫＷＰＳＳＱＥＡＡＬＧＬＧＳＧＬＬＲＦＳＣＧＴＡＡＩＲ
配列番号５５９
ＭＧＱＫＥＱＩＨＴＬＱＫＮＳＥＲＭＳＫＱＬＴＲＳＳＱＡＶＧＮＴＴＬＱＱＬＧＥＡＳＱＡＰＳＧＳＬＩＰＬＲＬＰＬＬＷＥＶＲＧＮＳＫＭＡＬＮＳＬＮＳＩＤＤＡＱＬＴＲＩＡＰＰＲＳＨＣＣＦＷＥＶＮＡＰＦＶＱＧＫＤＷＧＬＫＫＦＩＲＲＤＦＥＡＦＱＲＡＡＧＥＧＧＰＧＲＧＧＡＲＲＧＡＲＶＬＱＳＰＦＣＲＡＧＡＧＥＷＬＧＨＱＳＬＲＷＧＭＥＬＡＡＳＲＲＦＳＷＤＨＨＳＡＧＧＰＰＲＶＰＳＶＲＳＧＡＡＱＶＱＰＫＤＰＬＰＬＲＴＬＡＧＣＬＡＲＴＡＨＬＲＰＧＡＥＳＬＰＱＰＱＬＨＣＴＩＡＲＥＬＨＱＦＡＦＤＬＬＩＫＳＨＫＭＨＦＳＬＫＥＨＰＰＰＰＣＰＰＨＶＶＧＹＧＨＬＤＴＳＧＳＳＳＳＳＳＷＰＱＰＤＳＦＡＡＬＨＳＳＬＮＥＬＧＥＬＷＦＱＳＳＥＬＳＰＴＧＡＰＷＰＳＲＲＰＴＷＲＧＴＴＶＳＰＲＴＡＴＳＳＡＲＴＣＣＧＴＫＷＰＳＳＱＥＡＡＬＧＬＧＳＧＬＬＲＦＳＣＧＴＡＡＩＲＤＧＨＳＹＴＳＫＶＮＣＬＬＬＱＤＧＦＨＧＣＶＳＩＴＧＡＡＧＲＲＮＬＳＩＦＬＦＬＭＬＣＫＬＥＦＨＡＣＱＷＱＨＹＨＲＳＧＥＡＡＧＴＰＬＷＲＰＴＲＮＶＡＭＭＶＰＤＲＱＶＨＹＤＦＧＬＫＩＱＮＫＮＣＰＤＶＬＲＦＬＤＬＫＶＲＹＬＨＳＶＰＦＲＥＬＫＮＱＲＴＡＱＧＡＰＧＩＨＨＡＡＳＰＶＡＡＮＬＣＤＰＡＲＨＡＱＨＴＲＩＰＣＧＡＧＱＶＲＡＧＲＧＰＥＡＧＧＧＶＬＱＰＱＲＰＡＰＥＫＰＧＣＰＣＲＲＧＱＰＲＬＨＴＶＫＭＷＲＡＣＨＬＦＬＱＰＱＶＧＴＰＰＰＨＴＡＳＡＲＡＰＳＧＰＰＨＰＨＥＳＣＰＡＧＲＲＰＡＲＡＡＱＴＣＡＲＲＱＨＧＬＰＧＣＥＥＡＧＴＡＲＶＰＳＬＨＬＨＬＨＱＡＡＬＧＡＧＲＧＲＧＷＧＥＡＣＡＱＶＰＰＳＲＧＨＹＫＬＩＱＱＰＩＳＬＦＳＩＴＤＲＬＨＫＴＦＳＱＬＰＳＶＨＬＣＳＩＴＦＱＷＧＨＰＰＩＦＣＳＴＮＤＩＣＶＴＡＮＦＣＩＳＶＴＦＬＫＰＣＦＬＬＨＥＡＳＡＳＱＦＫＫＦＤＧＰＣＧＥＲＧＧＧＲＴＡＲＡＬＷＡＲＧＤＳＶＬＴＰＡＬＤＰＱＴＰＶＲＡＰＳＬＴＲＡＡＡＡＶＧＶＰＧＤＳＴＲＲＡＶＲＲＭＮＴＦＣＧＡＳＡＣＤＶＳＬＩＡＭＤＳＡＴＥＹＮＱＫＬＱＶＮＱＦＳＥＳＫＹＥＡＧＭＴＬＧＥＫＦＲＶＧＮＣＫＨＬＫＭＴＲＰＴＭＰＡＩＬＫＬＱＫＮＣＬＬＳＬＮＳＫＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶＳＥＣＥＥＲＧＡＡＧＳＬＩＳＣＥＳＬＹＨＲＥＫＱＬＩＡＭＤＳＡＩＦＶＱＧＫＤＷＧＶＫＫＦＩＲＲＤＦＲＴＡＬＴＨＮＱＤＦＳＩＹＲＬＣＣＫＲＧＳＬＣＨＡＳＱＡＲＳＰＡＦＰＫＰＶＲＰＬＰＡＰＩＴＲＩＴＰＱＬＧＧＱＳＤＳＳＱＰＬＬＴＴＧＲＰＱＧＷＱＤＱＡＬＲＨＴＱＱＡＳＰＡＳＣＡＴＩＴＩＰＩＨＳＡＡＬＧＤＨＳＧＤＰＧＰＡＷＤＴＣＰＰＬＰＬＴＴＬＩＰＲＡＰＰＰＹＧＤＳＴＡＲＳＷＰＳＲＣＧＰＬＧＹＡＹＫＤＦＬＷＣＦＰＦＳＬＶＦＬＱＥＩＱＩＣＣＨＶＳＣＬＣＣＩＣＣＳＴＲＩＣＬＧＣＬＬＥＬＦＬＳＲＡＬＲＡＬＨＶＬＷＮＧＦＱＬＨＣＱＱＮＬＱＮＧＧＧＳＲＳＳＡＴＬＰＧＲＲＲＲＲＷＬＲＲＲＲＱＰＩＳＶＡＰＡＧＰＰＲＲＰＮＱＫＰＮＰＰＧＧＡＲＣＶＩＭＲＰＴＷＰＧＴＳＡＦＴＧＭＥＣＴＬＧＱＶＧＡＰＳＰＲＲＥＥＤＧＷＲＧＧＨＳＲＦＫＡＤＶＰＡＰＱＧＰＣＷＧＧＱＰＧＳＡＰＳＳＡＰＰＥＱＳＬＬＤＤＹＷＡＱＫＥＫＩＳＩＰＲＴＨＬＣＷＫＦＥＭＳＹＴＶＧＧＰＰＰＨＶＨＡＲＰＲＨＷＫＴＤＲＤＹＷＡＱＫＥＫＧＳＳＳＦＬＲＰＳＣＶＰＦＲＥＬＫＮＶＳＶＬＥＧＬＲＱＧＲＬＧＧＰＣＳＣＨＣＰＲＰＳＱＡＲＬＴＰＶＤＶＡＧＰＦＬＣＬＧＤＰＧＬＦＰＰＶＫＳＳＩＴＥＩＳＣＣＴＬＳＳＥＥＮＥＹＬＰＲＰＥＷＱＬＱＹＥＡＧＭＴＬＧＧＫＩＬＦＦＬＦＬＬＬＰＬＳＰＦＳＬＩＦＬＶＬＧＶＬＳＧＨＳＧＳＲＬＫＲＳＦＡＶＴＥＲＩＩＴＧＧＫＳＴＣＳＡＰＧＰＱＳＬＰＳＴＰＦＳＴＹＰＱＷＶＩＬＩＴＥＬ
配列番号６２５
ＭＧＱＫＥＱＩＨＴＬＱＫＮＳＥＲＭＳＫＱＬＴＲＳＳＱＡＶＧＮＴＴＬＱＱＬＧＥＡＳＱＡＰＳＧＳＬＩＰＬＲＬＰＬＬＷＥＶＲＧＮＳＫＭＡＬＮＳＬＮＳＩＤＤＡＱＬＴＲＩＡＰＰＲＳＨＣＣＦＷＥＶＮＡＰＦＶＱＧＫＤＷＧＬＫＫＦＩＲＲＤＦＥＡＦＱＲＡＡＧＥＧＧＰＧＲＧＧＡＲＲＧＡＲＶＬＱＳＰＦＣＲＡＧＡＧＥＷＬＧＨＱＳＬＲＷＧＭＥＬＡＡＳＲＲＦＳＷＤＨＨＳＡＧＧＰＰＲＶＰＳＶＲＳＧＡＡＱＶＱＰＫＤＰＬＰＬＲＴＬＡＧＣＬＡＲＴＡＨＬＲＰＧＡＥＳＬＰＱＰＱＬＨＣＴＩＡＲＥＬＨＱＦＡＦＤＬＬＩＫＳＨＫＭＨＦＳＬＫＥＨＰＰＰＰＣＰＰＨＶＶＧＹＧＨＬＤＴＳＧＳＳＳＳＳＳＷＰＱＰＤＳＦＡＡＬＨＳＳＬＮＥＬＧＥＬＷＦＱＳＳＥＬＳＰＴＧＡＰＷＰＳＲＲＰＴＷＲＧＴＴＶＳＰＲＴＡＴＳＳＡＲＴＣＣＧＴＫＷＰＳＳＱＥＡＡＬＧＬＧＳＧＬＬＲＦＳＣＧＴＡＡＩＲＱＮＬＱＮＧＧＧＳＲＳＳＡＴＬＰＧＲＲＲＲＲＷＬＲＲＲＲＱＰＩＳＶＡＰＡＧＰＰＲＲＰＮＱＫＰＮＰＰＧＧＡＲＣＶＩＭＲＰＴＷＰＧＴＳＡＦＴＧＭＥＣＴＬＧＱＶＧＡＰＳＰＲＲＥＥＤＧＷＲＧＧＨＳＲＦＫＡＤＶＰＡＰＱＧＰＣＷＧＧＱＰＧＳＡＰＳＳＡＰＰＥＱＳＬＬＤＤＹＷＡＱＫＥＫＩＳＩＰＲＴＨＬＣＷＫＦＥＭＳＹＴＶＧＧＰＰＰＨＶＨＡＲＰＲＨＷＫＴＤＲＤＹＷＡＱＫＥＫＧＳＳＳＦＬＲＰＳＣＶＰＦＲＥＬＫＮＶＳＶＬＥＧＬＲＱＧＲＬＧＧＰＣＳＣＨＣＰＲＰＳＱＡＲＬＴＰＶＤＶＡＧＰＦＬＣＬＧＤＰＧＬＦＰＰＶＫＳＳＩＴＥＩＳＣＣＴＬＳＳＥＥＮＥＹＬＰＲＰＥＷＱＬＱＹＥＡＧＭＴＬＧＧＫＩＬＦＦＬＦＬＬＬＰＬＳＰＦＳＬＩＦＬＶＬＧＶＬＳＧＨＳＧＳＲＬＫＲＳＦＡＶＴＥＲＩＩＴＧＧＫＳＴＣＳＡＰＧＰＱＳＬＰＳＴＰＦＳＴＹＰＱＷＶＩＬＩＴＥＬＤＧＨＳＹＴＳＫＶＮＣＬＬＬＱＤＧＦＨＧＣＶＳＩＴＧＡＡＧＲＲＮＬＳＩＦＬＦＬＭＬＣＫＬＥＦＨＡＣＱＷＱＨＹＨＲＳＧＥＡＡＧＴＰＬＷＲＰＴＲＮＶＡＭＭＶＰＤＲＱＶＨＹＤＦＧＬＶＬＲＦＬＤＬＫＶＲＹＬＨＳＫＩＱＮＫＮＣＰＤＶＰＦＲＥＬＫＮＱＲＴＡＱＧＡＰＧＩＨＨＡＡＳＰＶＡＡＮＬＣＤＰＡＲＨＡＱＨＴＲＩＰＣＧＡＧＱＶＲＡＧＲＧＰＥＡＧＧＧＶＬＱＰＱＲＰＡＰＥＫＰＧＣＰＣＲＲＧＱＰＲＬＨＴＶＫＭＷＲＡＣＨＬＦＬＱＰＱＶＧＴＰＰＰＨＴＡＳＡＲＡＰＳＧＰＰＨＰＨＥＳＣＰＡＧＲＲＰＡＲＡＡＱＴＣＡＲＲＱＨＧＬＰＧＣＥＥＡＧＴＡＲＶＰＳＬＨＬＨＬＨＱＡＡＬＧＡＧＲＧＲＧＷＧＥＡＣＡＱＶＰＰＳＲＧＨＹＫＬＩＱＱＰＩＳＬＦＳＩＴＤＲＬＨＫＴＦＳＱＬＰＳＶＨＬＣＳＩＴＦＱＷＧＨＰＰＩＦＣＳＴＮＤＩＣＶＴＡＮＦＣＩＳＶＴＦＬＫＰＣＦＬＬＨＥＡＳＡＳＱＦＫＫＦＤＧＰＣＧＥＲＧＧＧＲＴＡＲＡＬＷＡＲＧＤＳＶＬＴＰＡＬＤＰＱＴＰＶＲＡＰＳＬＴＲＡＡＡＡＶＧＶＰＧＤＳＴＲＲＡＶＲＲＭＮＴＦＣＧＡＳＡＣＤＶＳＬＩＡＭＤＳＡＣＥＥＲＧＡＡＧＳＬＩＳＣＥＳＬＹＨＲＥＫＱＬＩＡＭＤＳＡＩＦＶＱＧＫＤＷＧＶＫＫＦＩＲＲＤＦＴＭＰＡＩＬＫＬＱＫＮＣＬＬＳＬＮＳＫＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶＳＥＹＥＡＧＭＴＬＧＥＫＦＲＶＧＮＣＫＨＬＫＭＴＲＰＴＥＹＮＱＫＬＱＶＮＱＦＳＥＳＫＲＴＡＬＴＨＮＱＤＦＳＩＹＲＬＣＣＫＲＧＳＬＣＨＡＳＱＡＲＳＰＡＦＰＫＰＶＲＰＬＰＡＰＩＴＲＩＴＰＱＬＧＧＱＳＤＳＳＱＰＬＬＴＴＧＲＰＱＧＷＱＤＱＡＬＲＨＴＱＱＡＳＰＡＳＣＡＴＩＴＩＰＩＨＳＡＡＬＧＤＨＳＧＤＰＧＰＡＷＤＴＣＰＰＬＰＬＴＴＬＩＰＲＡＰＰＰＹＧＤＳＴＡＲＳＷＰＳＲＣＧＰＬＧＹＡＹＫＤＦＬＷＣＦＰＦＳＬＶＦＬＱＥＩＱＩＣＣＨＶＳＣＬＣＣＩＣＣＳＴＲＩＣＬＧＣＬＬＥＬＦＬＳＲＡＬＲＡＬＨＶＬＷＮＧＦＱＬＨＣＱ
配列番号６２６
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配列番号７１３ ＧＡｄ２０発現カセットが組み込まれた完全ＧＡｄ２０のポリヌクレオチド配列
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実施例１１ ネオＧＡｄ２０及びネオＭＶＡに組み込まれたネオ抗原は、インビトロで免疫原性である。
ネオＧＡｄ２０及びネオＭＶＡに組み込まれた各ネオ抗原にまたがるように、重複する１５ｍｅｒペプチドを設計して、リードアウトとしてＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞によるＴＮＦα及びＩＦＮγの産生を使用し、プールとして実施例１に記載の外因性自家正常ドナー再刺激アッセイを使用して、Ｔ細胞を活性化する能力を評価した。表２５は、分析したペプチドのプールについて、ＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋及びＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の最高頻度、並びに陰性対照に対する最高倍数変化を示し、ペプチドについて評価した正常ドナーにわたるＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋及びＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の最高頻度及び得られる倍数変化を示す。表２６は、使用したペプチド配列を示す。図７は、選択されたネオ抗原についての各試験したペプチドプールごとの陽性ＣＤ８＋応答を有する患者の数を示す。図８は、選択されたネオ抗原についての各試験したペプチドプールごとの陽性ＣＤ４＋応答を有する患者の数を示す。
実施例１２ ネオＧＡｄ２０及びネオＭＶＡに組み込まれたネオ抗原は、インビトロで内因的に発現したときに免疫原性である。
ネオ抗原のうちの３つについて、正常樹状細胞にネオ抗原を形質導入するようにＡｄ５ベクターを設計した。このアッセイは、リードアウトとしてＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞によるＴＮＦα及びＩＦＮγ産生を利用し、実施例１に記載の内因性自家正常ドナー再刺激アッセイを使用して、重複する１５ｍｅｒペプチドプールの再刺激後に自家Ｔ細胞を活性化する、内在的に発現及び提示されたネオ抗原の能力を評価した。表２７は、分析したペプチドのプールについて、ＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋及びＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の最高頻度、並びに陰性対照に対する最高倍数変化を示し、ペプチドについて評価した正常ドナーにわたるＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋及びＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の最高頻度及び得られる倍数変化を示す。１６人のドナーを使用して、内因性免疫原性を評価した。
実施例１３：ネオ抗原はインビトロで免疫原性である。
様々な追加の同定されたネオ抗原の免疫原性を評価した。実施例１１で行ったものと同様に、各ネオ抗原にまたがるように、重複する１５ｍｅｒペプチドを設計して、リードアウトとしてＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞によるＴＮＦα及びＩＦＮγ産生を使用し、プールとして実施例１に記載の外因性自家正常ドナー再刺激アッセイを使用して、Ｔ細胞を活性化する能力を評価した。表２８は、分析したペプチドのプールについて、ＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋及びＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の最高頻度、並びに陰性対照に対する最高倍数変化を示し、ペプチドについて評価した正常ドナーにわたるＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋及びＴＮＦα＋ＩＦＮγ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の最高頻度及び得られる倍数変化を示す。表２９は、各ネオ抗原についてのアッセイで使用したペプチドのアミノ酸配列を示す。

以下の態様を包含し得る。
［１］ 異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、前記異種ポリペプチドが、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む、ワクチン。
［２］ 前記異種ポリヌクレオチドが、以下を含む、上記［１］に記載のワクチン：
ａ）配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチド；
ｂ）配列番号４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、及び４９９、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチド；又は
ｃ）配列番号５００、５０１、４６１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、４７７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、４８５、４８６、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチド。
［３］ 前記断片が、配列番号３８７、３８８、３９０、３９２、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、６２１、６３１、６３２、６３３、６３４、６３５、６３６、６３７、６３８、６３９、６４０、６４１、６４２、６４３、６４４、６４５、６４６、６４７、６４８、６４９、６５０、６５１、６５２、６５３、６５４、６５５、６５６、６５７、６５８、６５９、６６０、６６１、６６２、６６３、６６４、６６５、６６６、６６７、６６８、６６９、６７０、６７１、６７２、６７３、６７４、６７５、６７６、６７７、６７８、６７９、６８０、６８１、６８２、６８３、６８４、６８５、６８６、６８７、６８８、６８９、６９０、６９１、６９２、６９３、６９４、６９５、６９６、６９７、６９８、６９９、７００、７０１、７０２、７０３、７０４、７０５、７０６、７０７、７０８、７０９、７１０、７１１、又は７１２のポリペプチドを含む、上記［１］に記載のワクチン。
［４］ 前記ワクチンが投与された対象における細胞性免疫応答を惹起することができる、上記［１］～［３］のいずれか一項に記載のワクチン。
［５］ 前記細胞性免疫応答が、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、又は１７７のうちの１つ以上のポリペプチドの断片に対して特異的である、上記［４］に記載のワクチン。
［６］ 前記細胞性免疫応答が、ワクチン特異的なＣＤ８ ＋ Ｔ細胞、ＣＤ４ ＋ Ｔ細胞、又はＣＤ８ ＋ Ｔ細胞及びＣＤ４ ＋ Ｔ細胞の活性化であり、前記活性化が、ＣＤ８ ＋ Ｔ細胞、ＣＤ４ ＋ Ｔ細胞、又はＣＤ８ ＋ Ｔ細胞及びＣＤ４ ＋ Ｔ細胞によるＴＮＦα、ＩＦＮγ、又はＴＮＦα及びＩＦＮγの産生の増加によって評価される、上記［４］又は［５］に記載のワクチン。
［７］ 前記異種ポリヌクレオチドが、プロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化部位、コザック配列、終止コドン、Ｔ細胞エンハンサー（ＴＣＥ）、又はこれらの任意の組み合わせを含む、上記［１］～［６］のいずれか一項に記載のワクチン。
［８］ 前記プロモーターが、ＣＭＶプロモーター又はワクシニアＰ７．５プロモーターを含む、上記［７］に記載のワクチン。
［９］ 前記ＴＣＥが、配列番号５４６のポリヌクレオチドによってコードされており、前記ＣＭＶプロモーターが、配列番号６２８のポリヌクレオチドを含み、前記ワクシニアＰ７．５プロモーターが、配列番号６３０のポリヌクレオチドを含み、前記ポリアデニル化部位が、配列番号６２９のウシ成長ホルモンポリアデニル化部位を含む、上記［７］又は［８］に記載のワクチン。
［１０］ 前記異種ポリペプチドが、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４のアミノ酸配列を含む、上記［１］～［９］のいずれか一項に記載のワクチン。
［１１］ 前記異種ポリヌクレオチドが、配列番号５４２又は配列番号５５１のポリヌクレオチド配列を含む、上記［１０］に記載のワクチン。
［１２］ 前記異種ポリペプチドが、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のアミノ酸配列を含む、上記［１］～［９］のいずれか一項に記載のワクチン。
［１３］ 前記異種ポリヌクレオチドが、配列番号５４４又は配列番号５５３のポリヌクレオチド配列を含む、上記［１２］に記載のワクチン。
［１４］ 前記異種ポリヌクレオチドが、ＤＮＡ又はＲＮＡである、上記［１］～［１３］のいずれか一項に記載のワクチン。
［１５］ ＲＮＡが、ｍＲＮＡ又は自己複製ＲＮＡである、上記［１４］に記載のワクチン。
［１６］ 前記ワクチンが組み換えウイルスである、上記［１］～［１４］のいずれか一項に記載のワクチン。
［１７］ 前記組み換えウイルスが、アデノウイルス（Ａｄ）、ポックスウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、又はレトロウイルスに由来する、上記［１６］に記載のワクチン。
［１８］ 前記組み換えウイルスが、ｈＡｄ５、ｈＡｄ７、ｈＡｄ１１、ｈＡｄ２６、ｈＡｄ３４、ｈＡｄ３５、ｈＡｄ４８、ｈＡｄ４９、ｈＡｄ５０、ＧＡｄ２０、Ｇａｄ１９、ＧＡｄ２１、ＧＡｄ２５、ＧＡｄ２６、ＧＡｄ２７、ＧＡｄ２８、ＧＡｄ２９、ＧＡｄ３０、ＧＡｄ３１、ＣｈＡｄ３、ＣｈＡｄ４、ＣｈＡｄ５、ＣｈＡｄ６、ＣｈＡｄ７、ＣｈＡｄ８、ＣｈＡｄ９、ＣｈＡｄ１０、ＣｈＡｄ１１、ＣｈＡｄ１６、ＣｈＡｄ１７、ＣｈＡｄ１９、ＣｈＡｄ２０、ＣｈＡｄ２２、ＣｈＡｄ２４、ＣｈＡｄ２６、ＣｈＡｄ３０、ＣｈＡｄ３１、ＣｈＡｄ３７、ＣｈＡｄ３８、ＣｈＡｄ４４、ＣｈＡｄ５５、ＣｈＡｄ６３、ＣｈＡｄ７３、ＣｈＡｄ８２、ＣｈＡｄ８３、ＣｈＡｄ１４６、ＣｈＡｄ１４７、ＰａｎＡｄ１、ＰａｎＡｄ２、ＰａｎＡｄ３、コペンハーゲンワクシニアウウイルス（Ｗ）、ニューヨーク弱毒ワクシニアウイルス（ＮＹＶＡＣ）、ＡＬＶＡＣ、ＴＲＯＶＡＣ、又は改変ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）に由来する、上記［１７］に記載のワクチン。
［１９］ 前記組み換えウイルスが、ＧＡｄ２０に由来する、上記［１６］～［１８］のいずれか一項に記載のワクチン。
［２０］ 前記組み換えウイルスが、ＭＶＡに由来する、上記［１６］～［１８］のいずれか一項に記載のワクチン。
［２１］ 前記組み換えウイルスが、ｈＡｄ２６に由来する、上記［１６］～［１８］のいずれか一項に記載のワクチン。
［２２］ 配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチン。
［２３］ 前記異種ポリヌクレオチドが、配列番号５４２又は５５１のポリヌクレオチド配列を含む、上記［２２］に記載のワクチン。
［２４］ 前記ワクチンが、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスである、上記［２２］又は２３］に記載のワクチン。
［２５］ 配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチン。
［２６］ 前記異種ポリヌクレオチドが、配列番号５４４又は５５３のポリヌクレオチド配列を含む、上記［２５］に記載のワクチン。
［２７］ 前記ワクチンが、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスである、上記［２５］又は［２６］に記載のワクチン。
［２８］ 対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、治療的に有効な量の上記［１］～［２７］のいずれか一項に記載の１つ以上のワクチンを前記対象に投与することを含む、方法。
［２９］ 対象における免疫応答を誘導する方法であって、上記［１］～［２７］のいずれか一項に記載の１つ以上のワクチンを前記対象に投与することを含む、方法。
［３０］ 前記対象が、前立腺癌を有する、有すると疑われる、又は発症すると疑われる、上記［２８］又は上記［２９］に記載の方法。
［３１］ 前記前立腺癌が、再発性前立腺癌、難治性前立腺癌、転移性前立腺癌、若しくは去勢抵抗性前立腺癌、又はこれらの任意の組み合わせである、上記［２８］～［３０］のいずれか一項に記載の方法。
［３２］ 前記対象が、治療未経験である、上記［２８］～［３１］のいずれか一項に記載の方法。
［３３］ 前記対象が、アンドロゲン除去療法を受けたことがある、上記［３８］～［３１］のいずれか一項に記載の方法。
［３４］ 前記対象が、上昇したレベルの前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）を有する、上記［２８］～［３３］のいずれか一項に記載の方法。
［３５］ 前記ワクチンが、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスである、上記［２８］～［３４］のいずれか一項に記載の方法。
［３６］ 前記ワクチンが、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスである、上記［２８］～［３５］のいずれか一項に記載の方法。
［３７］ 前記対象に追加の癌治療剤を投与することを含む、上記［２８］～［３６］のいずれか一項に記載の方法。
［３８］ 前記追加の癌治療剤が、手術、化学療法、アンドロゲン除去療法、放射線、チェックポイント阻害剤、標的療法、又はこれらの任意の組み合わせである、上記［３７］に記載の方法。
［３９］ 前記追加の癌治療剤が、ＣＴＬＡ－４抗体、ＣＴＬＡ４リガンド、ＰＤ－１軸阻害剤、ＰＤ－Ｌ１軸阻害剤、ＴＬＲアゴニスト、ＣＤ４０アゴニスト、ＯＸ４０アゴニスト、ヒドロキシウレア、ルキソリチニブ、フェドラチニブ、４１ＢＢアゴニスト、ＣＤ２８アゴニスト、ＳＴＩＮＧアンタゴニスト、ＲＩＧ－１アンタゴニスト、ＴＣＲ－Ｔ療法、ＣＡＲ－Ｔ療法、ＦＬＴ３リガンド、硫酸アルミニウム、ＢＴＫ阻害剤、ＣＤ３８抗体、ＣＤＫ阻害剤、ＣＤ３３抗体、ＣＤ３７抗体、ＣＤ２５抗体、ＧＭ－ＣＳＦ阻害剤、ＩＬ－２、ＩＬ－１５、ＩＬ－７、ＣＤ３リダイレクション分子、ポマリミブ、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＴＮＦα、ＶＥＧＦ抗体、ＣＤ７０抗体、ＣＤ２７抗体、ＢＣＭＡ抗体、若しくはＧＰＲＣ５Ｄ抗体、又はこれらの任意の組み合わせである、上記［３８］に記載の方法。
［４０］ 前記チェックポイント阻害剤が、イピリムマブ、セトレリマブ、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、シンチリマブ．セミプリマブ、トリパリマブ、カムレリズマブ、チスレリズマブ、ドストラリマブ、スパルタリズマブ、プロルゴリマブ、バルスチリマブ、ブジガリマブ、ササンリマブ、アベルマブ、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、エンバホリマブ、若しくはヨーダポリマブ、又はこれらの任意の組み合わせである、上記［３８］に記載の方法。
［４１］ 対象において前立腺癌を治療又は予防する方法であって、前記対象に以下を投与することを含む、方法：
ａ）配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、
ｂ）配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチン。
［４２］ 対象において免疫応答を誘導する方法であって、前記対象に以下を投与することを含む、方法：
ａ）配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第１の異種ポリペプチドをコードしている第１の異種ポリヌクレオチドを含む第１のワクチンと、
ｂ）配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む第２の異種ポリペプチドをコードしている第２の異種ポリヌクレオチドを含む第２のワクチン。
［４３］ 前記第１の異種ポリペプチド及び前記第２の異種ポリペプチドが、異なるアミノ酸配列を有する、上記［４１］又は［４２］に記載の方法。
［４４］ 前記対象が、前立腺癌を有する、有すると疑われる、又は発症すると疑われる、上記［４１］～［４３］のいずれか一項に記載の方法。
［４５］ 前記第１の異種ポリヌクレオチド及び前記第２の異種ポリヌクレオチドが、プロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化部位、コザック配列、終止コドン、ＴＣＥ、又はこれらの任意の組み合わせを含む、上記［４１］～［４４］のいずれか一項に記載のワクチン。
［４６］ 前記第１の異種ポリペプチドが、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４のアミノ酸配列を含む、上記［４１］～［４５］のいずれか一項に記載の方法。
［４７］ 前記第２の異種ポリペプチドが、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のアミノ酸配列を含む、上記［４１］～［４６］のいずれか一項に記載の方法。
［４８］ 前記第１のワクチン及び前記第２のワクチンが、前記第１のワクチン及び前記第２のワクチンが投与された対象における細胞性免疫応答を惹起することができる、上記［４１］～［４７］のいずれか一項に記載の方法。
［４９］ 前記細胞性免疫応答が、配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、若しくは１７７、又はこれらの任意の組み合わせのポリペプチドのうちの１つ以上の断片に対して特異的である、上記［４８］に記載の方法。
［５０］ 前記細胞性免疫応答が、ワクチン特異的なＣＤ８ ＋ Ｔ細胞、ＣＤ４ ＋ Ｔ細胞、又はＣＤ８ ＋ Ｔ細胞及びＣＤ４ ＋ Ｔ細胞の活性化であり、前記活性化が、ＣＤ８ ＋ Ｔ細胞、ＣＤ４ ＋ Ｔ細胞、又はＣＤ８ ＋ Ｔ細胞及びＣＤ４ ＋ Ｔ細胞によるＴＮＦα、ＩＦＮγ、又はＴＮＦα及びＩＦＮγの産生の増加によって評価される、上記［４８］～［４９］のいずれか一項に記載の方法。
［５１］ 前記第１のワクチン、前記第２のワクチン、又は前記第１のワクチン及び前記第２のワクチンの両方が、ＤＮＡワクチンである、上記［４１］～［５０］のいずれか一項に記載の方法。
［５２］ 前記第１のワクチン、前記第２のワクチン、又は前記第１のワクチン及び前記第２のワクチンの両方が、ＲＮＡワクチンである、上記［４１］～［５０］のいずれか一項に記載の方法。
［５３］ 前記第１のワクチン、前記第２のワクチン、又は前記第１のワクチン及び前記第２のワクチンの両方が、組み換えウイルスである、上記［４１］～［５０］のいずれか一項に記載の方法。
［５４］ 前記組み換えウイルスが、Ａｄ、ポックスウイルス、ＡＡＶ、又はレトロウイルスに由来する、上記［５３］に記載の方法。
［５５］ 前記組み換えウイルスが、ｈＡｄ５、ｈＡｄ７、ｈＡｄ１１、ｈＡｄ２６、ｈＡｄ３４、ｈＡｄ３５、ｈＡｄ４８、ｈＡｄ４９、ｈＡｄ５０、ＧＡｄ２０、Ｇａｄ１９、ＧＡｄ２１、ＧＡｄ２５、ＧＡｄ２６、ＧＡｄ２７、ＧＡｄ２８、ＧＡｄ２９、ＧＡｄ３０、ＧＡｄ３１、ＣｈＡｄ３、ＣｈＡｄ４、ＣｈＡｄ５、ＣｈＡｄ６、ＣｈＡｄ７、ＣｈＡｄ８、ＣｈＡｄ９、ＣｈＡｄ１０、ＣｈＡｄ１１、ＣｈＡｄ１６、ＣｈＡｄ１７、ＣｈＡｄＩ９、ＣｈＡｄ２０、ＣｈＡｄ２２、ＣｈＡｄ２４、ＣｈＡｄ２６、ＣｈＡｄ３０、ＣｈＡｄ３１、ＣｈＡｄ３７、ＣｈＡｄ３８、ＣｈＡｄ４４、ＣｈＡｄ５５、ＣｈＡｄ６３、ＣｈＡｄ７３、ＣｈＡｄ８２、ＣｈＡｄ８３、ＣｈＡｄ１４６、ＣｈＡｄ１４７、ＰａｎＡｄ１、ＰａｎＡｄ２、ＰａｎＡｄ３、コペンハーゲンワクシニアウウイルス（Ｗ）、ニューヨーク弱毒ワクシニアウイルス（ＮＹＶＡＣ）、ＡＬＶＡＣ、ＴＲＯＶＡＣ、又はＭＶＡに由来する、上記［５４］に記載の方法。
［５６］ 前記組み換えウイルスが、ＧＡｄ２０に由来する、上記［５５］に記載の方法。
［５７］ 前記組み換えウイルスが、ＭＶＡに由来する、上記［５５］に記載の方法。
［５８］ 前記前立腺癌が、再発性前立腺癌、難治性前立腺癌、転移性前立腺癌、若しくは去勢抵抗性前立腺癌、又はこれらの任意の組み合わせである、上記［４１］～［５７］のいずれか一項に記載の方法。
［５９］ 前記対象が、治療未経験である、上記［４１］～［５８］のいずれか一項に記載の方法。
［６０］ 前記対象が、アンドロゲン除去療法を受けたことがある、上記［４１］～［５８］のいずれか一項に記載の方法。
［６１］ 前記対象が、上昇したレベルのＰＳＡを有する、上記［４１］～［６０］のいずれか一項に記載の方法。
［６２］ 前記第１のワクチンが、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスである、上記［４１］～［６１］のいずれか一項に記載の方法。
［６３］ 前記第２のワクチンが、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスである、上記［４１］～［６２］のいずれか一項に記載の方法。
［６４］ 前記対象に追加の癌治療剤を投与することを含む、上記［４１］～［６３］のいずれか一項に記載の方法。
［６５］ 前記追加の癌治療剤が、手術、化学療法、アンドロゲン除去療法、放射線、チェックポイント阻害剤、標的療法、又はこれらの任意の組み合わせである、上記［６４］に記載の方法。
［６６］ 前記追加の癌治療剤が、ＣＴＬＡ－４抗体、ＣＴＬＡ４リガンド、ＰＤ－１軸阻害剤、ＰＤ－Ｌ１軸阻害剤、ＴＬＲアゴニスト、ＣＤ４０アゴニスト、ＯＸ４０アゴニスト、ヒドロキシウレア、ルキソリチニブ、フェドラチニブ、４１ＢＢアゴニスト、ＣＤ２８アゴニスト、ＳＴＩＮＧアンタゴニスト、ＲＩＧ－１アンタゴニスト、ＴＣＲ－Ｔ療法、ＣＡＲ－Ｔ療法、ＦＬＴ３リガンド、硫酸アルミニウム、ＢＴＫ阻害剤、ＣＤ３８抗体、ＣＤＫ阻害剤、ＣＤ３３抗体、ＣＤ３７抗体、ＣＤ２５抗体、ＧＭ－ＣＳＦ阻害剤、ＩＬ－２、ＩＬ－１５、ＩＬ－７、ＣＤ３リダイレクション分子、ポマリミブ、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＴＮＦα、ＶＥＧＦ抗体、ＣＤ７０抗体、ＣＤ２７抗体、ＢＣＭＡ抗体、若しくはＧＰＲＣ５Ｄ抗体、又はこれらの任意の組み合わせである、上記［６４］に記載の方法。
［６７］ 前記チェックポイント阻害剤が、イピリムマブ、セトレリマブ、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、シンチリマブ．セミプリマブ、トリパリマブ、カムレリズマブ、チスレリズマブ、ドストラリマブ、スパルタリズマブ、プロルゴリマブ、バルスチリマブ、ブジガリマブ、ササンリマブ、アベルマブ、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、エンバホリマブ、若しくはヨーダポリマブ、又はこれらの任意の組み合わせである、上記［６５］に記載の方法。
［６８］ 前記第１のワクチンが、前記対象に１回以上投与される、上記［４１］～［６７］のいずれか一項に記載の方法。
［６９］ 前記第２のワクチンが、前記対象に１回以上投与される、上記［４１］～［６８］のいずれか一項に記載の方法。
［７０］ 前記第１のワクチンが、前記第２のワクチンを投与する約１～１６週間前に投与される、上記［４１］～［６９］のいずれか一項に記載の方法。
［７１］ 配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４の異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含む、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスを含む第１のワクチンと、
配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６の異種ポリペプチドをコードしている異種異種ポリヌクレオチドを含む、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスを含む第２のワクチンと、
を含むキット。
［７２］ 配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドをコードしている単離異種ポリヌクレオチド。
［７３］ 配列番号２７６、３８２、３３４、３３８、２７０、２５４、３１０、３２６、２７２、３０６、２５２、２４６、２６２、２６６、３１８、２５６、２７８、２９８、２８６、４４８、４５０、４５３、４５５、３８０、３４４、２１２、３５０、２１４、２１６、２２２、２２０、２２６、３４６、３５４、２３６、２２４、１６８、１７２、２０、２４、及び１７８、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む、上記［７２］に記載の単離異種ポリヌクレオチド。
［７４］ 配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４のポリペプチドをコードしている、上記［７２］又は［７３］に記載の単離異種ポリヌクレオチド。
［７５］ 配列番号５４２又は配列番号５５１のポリヌクレオチド配列を含む、上記［７４］に記載の単離異種ポリヌクレオチド。
［７６］ 配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のポリペプチドをコードしている、上記［７２］又は［７３］に記載の単離異種ポリヌクレオチド。
［７７］ 配列番号５４４又は配列番号５５３のポリヌクレオチド配列を含む、上記［７６］に記載の単離異種ポリヌクレオチド。
［７８］ 上記［７１］～［７７］のいずれか一項に記載の異種ポリヌクレオチドを含む、ベクター。
［７９］ 前記ベクターが発現ベクターである、上記［７８］に記載のベクター。
［８０］ 前記ベクターが組み換えウイルスベクターである、上記［７８］に記載のベクター。
［８１］ 前記組み換えウイルスベクターが、Ａｄ、ポックスウイルス、ＡＡＶ、又はレトロウイルスに由来する、上記［８０］に記載のベクター。
［８２］ 前記組み換えウイルスベクターが、ｈＡｄ５、ｈＡｄ７、ｈＡｄ１１、ｈＡｄ２６、ｈＡｄ３４、ｈＡｄ３５、ｈＡｄ４８、ｈＡｄ４９、ｈＡｄ５０、ＧＡｄ２０、Ｇａｄ１９、ＧＡｄ２１、ＧＡｄ２５、ＧＡｄ２６、ＧＡｄ２７、ＧＡｄ２８、ＧＡｄ２９、ＧＡｄ３０、ＧＡｄ３１、ＣｈＡｄ３、ＣｈＡｄ４、ＣｈＡｄ５、ＣｈＡｄ６、ＣｈＡｄ７、ＣｈＡｄ８、ＣｈＡｄ９、ＣｈＡｄ１０、ＣｈＡｄ１１、ＣｈＡｄＩ６、ＣｈＡｄＩ７、ＣｈＡｄＩ９、ＣｈＡｄ２０、ＣｈＡｄ２２、ＣｈＡｄ２４、ＣｈＡｄ２６、ＣｈＡｄ３０、ＣｈＡｄ３１、ＣｈＡｄ３７、ＣｈＡｄ３８、ＣｈＡｄ４４、ＣｈＡｄ５５、ＣｈＡｄ６３、ＣｈＡｄ７３、ＣｈＡｄ８２、ＣｈＡｄ８３、ＣｈＡｄ１４６、ＣｈＡｄ１４７、ＰａｎＡｄ１、ＰａｎＡｄ２、ＰａｎＡｄ３、コペンハーゲンワクシニアウウイルス（Ｗ）、ニューヨーク弱毒ワクシニアウイルス（ＮＹＶＡＣ）、ＡＬＶＡＣ、ＴＲＯＶＡＣ、又はＭＶＡに由来する、上記［８１］に記載のベクター。
［８３］ 前記組み換えウイルスが、ＧＡｄ２０に由来する、上記［８０］～［８２］のいずれか一項に記載のベクター。
［８４］ 前記組み換えウイルスが、ＭＶＡに由来する、上記［８０］～［８２］のいずれか一項に記載のベクター。
［８５］ 上記［７２］～［７７］のいずれか一項に記載の異種ポリヌクレオチド又は上記［７８］～［８４］のいずれか一項に記載のベクターを含む、宿主細胞。
［８６］ 前記宿主細胞が、原核細胞又は真核細胞である、上記［８５］に記載の宿主細胞。
［８７］ 前記宿主細胞が、ＰＥＲ．Ｃ６、ＰＥＲ．Ｃ６ ＴｅｔＯ、ニワトリ胚線維芽細胞（ＣＥＦ）、ＣＨＯ、ＨＥＫ、又はＡｇｅ１細胞である、上記［８６］に記載の宿主細胞。
［８８］ ａ）配列番号２７５、３８１、３３３、３３７、２６９、２５３、３０９、３２５、２７１、３０５、２５１、２４５、２６１、２６５、３１７、２５５、２７７、２９７、２８５、４３７、４３９、４４２、４４４、３７９、３４３、２１１、３４９、２１３、２１５、２２１、２１９、２２５、３４５、３５３、２３５、２２３、１６７、１７１、１９、２３、及び１７７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチド；又は
ｂ）配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、６２４、５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のアミノ酸配列、
を含む、単離異種ポリペプチド。
［８９］ 上記［８８］に記載の異種ポリぺプチドを含む、ワクチン。
［９０］ 前記異種ポリペプチドが発現する条件下で上記［８５］～［８７］のいずれか一項に記載の宿主細胞を培養することと、前記異種ポリペプチドを精製することと、を含む、上記［８８］に記載の異種ポリペプチドを作製する方法。
［９１］ 上記［８８］に記載の異種ポリペプチドに特異的に結合する、単離タンパク質性分子。
［９２］ 前記タンパク質性分子が、抗体、選択的スカフォールド、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、又はＴ細胞受容体（ＴＣＲ）である、上記［９１］に記載の単離タンパク質性分子。
［９３］ 上記［９２］に記載のＣＡＲ又はＴＣＲを含む、単離細胞。
［９４］ 対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、上記［８８］に記載の異種ポリペプチド、上記［８９］に記載のワクチン、上記［９１］に記載のタンパク質性分子、又は上記［９３］に記載の細胞を前記対象に投与することを含む、方法。
［９５］ 配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、６２４、５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のポリペプチドの断片と、ＨＬＡと、を含むタンパク質複合体。
［９６］ ａ）前記断片が、約６～約２５アミノ酸長であり、又は
ｂ）前記断片が、配列番号３８７、３８８、３９０、３９２、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、６２１、６３１、６３２、６３３、６３４、６３５、６３６、６３７、６３８、６３９、６４０、６４１、６４２、６４３、６４４、６４５、６４６、６４７、６４８、６４９、６５０、６５１、６５２、６５３、６５４、６５５、６５６、６５７、６５８、６５９、６６０、６６１、６６２、６６３、６６４、６６５、６６６、６６７、６６８、６６９、６７０、６７１、６７２、６７３、６７４、６７５、６７６、６７７、６７８、６７９、６８０、６８１、６８２、６８３、６８４、６８５、６８６、６８７、６８８、６８９、６９０、６９１、６９２、６９３、６９４、６９５、６９６、６９７、６９８、６９９、７００、７０１、７０２、７０３、７０４、７０５、７０６、７０７、７０８、７０９、７１０、７１１、又は７１２のポリペプチドを含む、上記［９５］に記載のタンパク質複合体。
［９７］ 前記断片が、１つ以上の変異、逆ペプチド結合、アミノ酸のＤ－異性体、若しくは化学修飾、又はこれらの任意の組み合わせを含む、上記［９５］又は［９６］に記載のタンパク質複合体。
［９８］ 前記ＨＬＡが、クラスＩ ＨＬＡ又はクラスＩＩ ＨＬＡである、上記［９５～［９７］のいずれか一項に記載のタンパク質複合体。
［９９］ 前記タンパク質複合体が、検出可能な標識又は細胞傷害性剤に更にコンジュゲートされる、上記［９５］～［９８］のいずれか一項に記載のタンパク質複合体。
［１００］ 上記［９５］～［９９］のいずれか一項に記載のタンパク質複合体に特異的に結合する、単離タンパク質性分子。
［１０１］ 前記タンパク質性分子が、抗体、抗原結合断片、選択的スカフォールド、ＣＡＲ、又はＴＣＲである、上記［１００］に記載の単離タンパク質性分子。
［１０２］ 対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、上記［９５］～［９９］のいずれか一項に記載のタンパク質複合体又は上記［１００］若しくは［１０１］に記載のタンパク質性分子を前記対象に投与することを含む、方法。
［１０３］ ａ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のポリペプチド、又はこれらの断片をコードしている；
ｂ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のポリペプチド、又はこれらの断片に対して少なくとも９０％同一であるポリペプチドをコードしている；
ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、４５８、４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、４９９、５００、５０１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、若しくは５４０のポリヌクレオチド配列、又はこれらの断片を含む；又は
ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、４５８、４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、４９９、５００、５０１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、若しくは５４０のポリヌクレオチド配列、又はこれらの断片に対して少なくとも９０％同一であるポリヌクレオチド配列を含む、単離ポリヌクレオチド。
［１０４］ 上記［１０３］に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
［１０５］ 前記ベクターが発現ベクターである、上記［１０４］に記載のベクター。
［１０６］ 前記ベクターがウイルスベクターである、上記［１０４］に記載のベクター。
［１０７］ 上記［１０３］～［１０５］のいずれか一項に記載のベクターを含む、宿主細胞。
［１０８］ ａ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている；又は
ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、４５８、４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、４９９、５００、５０１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む、単離異種ポリヌクレオチド。
［１０９］ 上記［１０８］に記載の異種ポリヌクレオチドを含む、ベクター。
［１１０］ 前記ベクターが、ウイルスベクターである、上記［１０９］に記載のベクター。
［１１１］ 前記ウイルスベクターが、Ａｄベクター、ＡＡＶベクター、ポックスウイルスベクター、ワクシニアベクター、又はＭＶＡベクターである、上記［１１０］に記載のベクター。
［１１２］ 前記アデノウイルスベクターが、ヒトアデノウイルス、任意選択で、ｈＡｄ２６、ｈＡｄ５、ｈＡｄ７、ｈＡｄ１１、ｈＡｄ３４、ｈＡｄ３５、ｈＡｄ４８、ｈＡｄ４９、又はｈＡｄ５０に由来する、上記［１１１］に記載のベクター。
［１１３］ 前記アデノウイルスベクターが、大型類人猿アデノウイルス、任意選択でＧＡｄ２０、Ｇａｄ１９、ＧＡｄ２１、ＧＡｄ２５、ＧＡｄ２６、ＧＡｄ２７、ＧＡｄ２８、ＧＡｄ２９、ＧＡｄ３０、ＧＡｄ３１、ＣｈＡｄ３、ＣｈＡｄ４、ＣｈＡｄ５、ＣｈＡｄ６、ＣｈＡｄ７、ＣｈＡｄ８、ＣｈＡｄ９、ＣｈＡｄ１０、ＣｈＡｄ１１、ＣｈＡｄ１６、ＣｈＡｄ１７、ＣｈＡｄ１９、ＣｈＡｄ２０、ＣｈＡｄ２２、ＣｈＡｄ２４、ＣｈＡｄ２６、ＣｈＡｄ３０、ＣｈＡｄ３１、ＣｈＡｄ３７、ＣｈＡｄ３８、ＣｈＡｄ４４、ＣｈＡｄ５５、ＣｈＡｄ６３、ＣｈＡｄ７３、ＣｈＡｄ８２、ＣｈＡｄ８３、ＣｈＡｄ１４６、ＣｈＡｄ１４７、ＰａｎＡｄ１、ＰａｎＡｄ２、又はＰａｎＡｄ３に由来する、上記［１１２］に記載のベクター。
［１１４］ 前記ＭＶＡベクターが、ＭＶＡ ４７６ ＭＧ／１４／７８、ＭＶＡ－５７１、ＭＶＡ－５７２、ＭＶＡ－５７４、ＭＶＡ－５７５、又はＭＶＡ－ＢＮに由来する、上記［１１３］に記載のベクター。
［１１５］ 上記［１０９］～［１１４］のいずれか一項に記載のベクターを含む、宿主細胞。
［１１６］ 配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のアミノ酸配列、又はこれらの断片を含む単離ポリペプチド。
［１１７］ 配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のポリペプチド、又はこれらの断片に対して少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチド。
［１１８］ 配列番号３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、又は６２１、３７７、３７８、４１５、４１７、４１８、４２０、５０２、５１８、５２６、５２７、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２、７３３、７３４、７３５、７３６、７３７、７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４、７４５、７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３、７４、７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２、７６３、７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６、７７７、７７８、７７９、７８０、７８１、７８２、７８３、７８４、７８５、７８６、７８７、７８８、７８９、７９０、７９１、７９２、７９３、７９４、７９５、７９６、７９７、７９８、７９９、８００、８０１、８０２、８０３、８０４、８０５、８０６、８０７、８０８、８０９、８１０、８１１、８１２、８１３、８１４、８１５、８１６、８１７、８１８、８１９、８２０、８２１、８２２、８２３、８２４、８２５、８２６、８２７、８２８、８２９、８３０、８３１、８３２、８３３、８３４、８３５、８３６、８３７、８３８、８３９、８４０、８４１、８４２、８４３、８４４、８４５、８４６、４８７、８４８、８４９、８５０、８５１、８５２、８５３、８５４、８５５、８５６、８５７、８５８、８５９、８６０、８６１、８６２、８６３、８６４、８６５、８６６、８６７、８６８、８６９、８７０、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７７、８７８、８７９、８８０、８８１、８８２、８８３、８８４、８８５、８８６、８８７、８８８、８８９、８９０、８９１、８９２、８９３、８９４、８９５、８９６、８９７、８９８、８９９、９００、９０１、９０２、９０３、９０４、９０５、９０６、９０７、９０８、９０９、９１０、９１１、９１２、９１３、９１４、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２１、９２２、９２３、９２４、９２５、９２６、９２７、９２８、９２９、９３０、９３１、９３２、９３３、９３４、９３５、９３６、９３７、９３８、９３９、９４０、９４１、９４２、９４３、９４４、９４５、９４６、９４７、９４８、９４９、９５０、９５１、９５２、９５３、９５４、９５５、９５６、９５７、９５８、９５９、９６０、９６１、９６２、９６３、９６４、９６５、９６６、９６７、９６８、９６９、９７０、９７１、９７２、９７３、９７４、９７５、９７６、９７７、９７８、９７９、９８０、又は５４８のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチド。
［１１９］ 配列番号３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、又は６２１、３７７、３７８、４１５、４１７、４１８、４２０、５０２、５１８、５２６、５２７、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２、７３３、７３４、７３５、７３６、７３７、７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４、７４５、７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３、７４、７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２、７６３、７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６、７７７、７７８、７７９、７８０、７８１、７８２、７８３、７８４、７８５、７８６、７８７、７８８、７８９、７９０、７９１、７９２、７９３、７９４、７９５、７９６、７９７、７９８、７９９、８００、８０１、８０２、８０３、８０４、８０５、８０６、８０７、８０８、８０９、８１０、８１１、８１２、８１３、８１４、８１５、８１６、８１７、８１８、８１９、８２０、８２１、８２２、８２３、８２４、８２５、８２６、８２７、８２８、８２９、８３０、８３１、８３２、８３３、８３４、８３５、８３６、８３７、８３８、８３９、８４０、８４１、８４２、８４３、８４４、８４５、８４６、４８７、８４８、８４９、８５０、８５１、８５２、８５３、８５４、８５５、８５６、８５７、８５８、８５９、８６０、８６１、８６２、８６３、８６４、８６５、８６６、８６７、８６８、８６９、８７０、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７７、８７８、８７９、８８０、８８１、８８２、８８３、８８４、８８５、８８６、８８７、８８８、８８９、８９０、８９１、８９２、８９３、８９４、８９５、８９６、８９７、８９８、８９９、９００、９０１、９０２、９０３、９０４、９０５、９０６、９０７、９０８、９０９、９１０、９１１、９１２、９１３、９１４、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２１、９２２、９２３、９２４、９２５、９２６、９２７、９２８、９２９、９３０、９３１、９３２、９３３、９３４、９３５、９３６、９３７、９３８、９３９、９４０、９４１、９４２、９４３、９４４、９４５、９４６、９４７、９４８、９４９、９５０、９５１、９５２、９５３、９５４、９５５、９５６、９５７、９５８、９５９、９６０、９６１、９６２、９６３、９６４、９６５、９６６、９６７、９６８、９６９、９７０、９７１、９７２、９７３、９７４、９７５、９７６、９７７、９７８、９７９、９８０、又は５４８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチド。
［１２０］ 前記ポリペプチドが、１つ以上の逆ペプチド結合、アミノ酸のＤ－異性体、若しくは化学修飾、又はこれらの任意の組み合わせを含む、上記［１１６］～［１１９］のいずれか一項に記載の単離ポリペプチド。
［１２１］ 配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む、単離異種ポリペプチド。
［１２２］ 配列番号３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、又は６２１、３７７、３７８、４１５、４１７、４１８、４２０、５０２、５１８、５２６、５２７、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２、７３３、７３４、７３５、７３６、７３７、７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４、７４５、７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３、７４、７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２、７６３、７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６、７７７、７７８、７７９、７８０、７８１、７８２、７８３、７８４、７８５、７８６、７８７、７８８、７８９、７９０、７９１、７９２、７９３、７９４、７９５、７９６、７９７、７９８、７９９、８００、８０１、８０２、８０３、８０４、８０５、８０６、８０７、８０８、８０９、８１０、８１１、８１２、８１３、８１４、８１５、８１６、８１７、８１８、８１９、８２０、８２１、８２２、８２３、８２４、８２５、８２６、８２７、８２８、８２９、８３０、８３１、８３２、８３３、８３４、８３５、８３６、８３７、８３８、８３９、８４０、８４１、８４２、８４３、８４４、８４５、８４６、４８７、８４８、８４９、８５０、８５１、８５２、８５３、８５４、８５５、８５６、８５７、８５８、８５９、８６０、８６１、８６２、８６３、８６４、８６５、８６６、８６７、８６８、８６９、８７０、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７７、８７８、８７９、８８０、８８１、８８２、８８３、８８４、８８５、８８６、８８７、８８８、８８９、８９０、８９１、８９２、８９３、８９４、８９５、８９６、８９７、８９８、８９９、９００、９０１、９０２、９０３、９０４、９０５、９０６、９０７、９０８、９０９、９１０、９１１、９１２、９１３、９１４、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２１、９２２、９２３、９２４、９２５、９２６、９２７、９２８、９２９、９３０、９３１、９３２、９３３、９３４、９３５、９３６、９３７、９３８、９３９、９４０、９４１、９４２、９４３、９４４、９４５、９４６、９４７、９４８、９４９、９５０、９５１、９５２、９５３、９５４、９５５、９５６、９５７、９５８、９５９、９６０、９６１、９６２、９６３、９６４、９６５、９６６、９６７、９６８、９６９、９７０、９７１、９７２、９７３、９７４、９７５、９７６、９７７、９７８、９７９、９８０、及び５４８からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む、単離異種ポリペプチド。
［１２３］ 前記異種ポリペプチドが、１つ以上の逆ペプチド結合、アミノ酸のＤ－異性体、若しくは化学修飾、又はこれらの任意の組み合わせを含む、上記［１２１］又は［１２２］に記載の単離異種ポリペプチド。
［１２４］ 上記［１１６］～［１２０］のいずれか一項に記載のポリペプチド又は上記［１２１］～［１２３］のいずれか一項に記載の異種ポリペプチドに特異的に結合する、単離タンパク質性分子。
［１２５］ 前記タンパク質性分子が、抗体、選択的スカフォールド、ＣＡＲ、又はＴＣＲである、上記［１２４］に記載の単離タンパク質性分子。
［１２６］ 上記［１２５］に記載のＣＡＲ又はＴＣＲを含む、単離細胞。
［１２７］ 対象における免疫応答を誘導する方法であって、上記［１１６］～［１２０］のいずれか一項に記載のポリペプチド、上記［１２１］～［１２３］のいずれか一項に記載の異種ポリペプチド、上記［１２４］又は１２５］に記載のタンパク質性分子、又は上記［１２６］に記載の細胞を前記対象に投与することを含む、方法。
［１２８］ 対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、上記［１１６］～［１２０］のいずれか一項に記載のポリペプチド、上記［１２１］～［１２３］のいずれか一項に記載の異種ポリペプチド、上記［１２４］又は［１２５］に記載のタンパク質性分子、又は上記［１２６］に記載の細胞を前記対象に投与することを含む、方法。
［１２９］ 配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、若しくは３８５のポリペプチド、又はこれらの断片と、ＨＬＡと、を含むタンパク質複合体。
［１３０］ ａ）前記断片が、約６～約２５アミノ酸長である、又は
ｂ）前記断片が、配列番号３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、５６０、５６１、５６２、５６３、５６４、５６５、５６６、５６７、５６８、５６９、５７０、５７１、５７２、５７３、５７４、５７５、５７６、５７７、５７８、５７９、５８０、５８１、５８２、５８３、５８４、５８５、５８６、５８７、５８８、５８９、５９０、５９１、５９２、５９３、５９４、５９５、５９６、５９７、５９８、５９９、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６０７、６０８、６０９、６１０、６１１、６１２、６１３、６１４、６１５、６１６、６１７、６１８、６１９、６２０、又は６２１、３７７、３７８、４１５、４１７、４１８、４２０、５０２、５１８、５２６、５２７、７１４、７１５、７１６、７１７、７１８、７１９、７２０、７２１、７２２、７２３、７２４、７２５、７２６、７２７、７２８、７２９、７３０、７３１、７３２、７３３、７３４、７３５、７３６、７３７、７３８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７４４、７４５、７４６、７４７、７４８、７４９、７５０、７５１、７５２、７５３、７４、７５５、７５６、７５７、７５８、７５９、７６０、７６１、７６２、７６３、７６４、７６５、７６６、７６７、７６８、７６９、７７０、７７１、７７２、７７３、７７４、７７５、７７６、７７７、７７８、７７９、７８０、７８１、７８２、７８３、７８４、７８５、７８６、７８７、７８８、７８９、７９０、７９１、７９２、７９３、７９４、７９５、７９６、７９７、７９８、７９９、８００、８０１、８０２、８０３、８０４、８０５、８０６、８０７、８０８、８０９、８１０、８１１、８１２、８１３、８１４、８１５、８１６、８１７、８１８、８１９、８２０、８２１、８２２、８２３、８２４、８２５、８２６、８２７、８２８、８２９、８３０、８３１、８３２、８３３、８３４、８３５、８３６、８３７、８３８、８３９、８４０、８４１、８４２、８４３、８４４、８４５、８４６、４８７、８４８、８４９、８５０、８５１、８５２、８５３、８５４、８５５、８５６、８５７、８５８、８５９、８６０、８６１、８６２、８６３、８６４、８６５、８６６、８６７、８６８、８６９、８７０、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７７、８７８、８７９、８８０、８８１、８８２、８８３、８８４、８８５、８８６、８８７、８８８、８８９、８９０、８９１、８９２、８９３、８９４、８９５、８９６、８９７、８９８、８９９、９００、９０１、９０２、９０３、９０４、９０５、９０６、９０７、９０８、９０９、９１０、９１１、９１２、９１３、９１４、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２１、９２２、９２３、９２４、９２５、９２６、９２７、９２８、９２９、９３０、９３１、９３２、９３３、９３４、９３５、９３６、９３７、９３８、９３９、９４０、９４１、９４２、９４３、９４４、９４５、９４６、９４７、９４８、９４９、９５０、９５１、９５２、９５３、９５４、９５５、９５６、９５７、９５８、９５９、９６０、９６１、９６２、９６３、９６４、９６５、９６６、９６７、９６８、９６９、９７０、９７１、９７２、９７３、９７４、９７５、９７６、９７７、９７８、９７９、９８０、又は５４８のポリペプチドを含む、上記［１２９］に記載のタンパク質複合体。
［１３１］ 前記断片が、１つ以上の変異、逆ペプチド結合、アミノ酸のＤ－異性体、若しくは化学修飾、又はこれらの任意の組み合わせを含む、上記［１２９］又は［１３０］に記載のタンパク質複合体。
［１３２］ 前記ＨＬＡが、クラスＩ ＨＬＡ又はクラスＩＩ ＨＬＡである、上記［１２９］～［１３１］のいずれか一項に記載のタンパク質複合体。
［１３３］ 前記タンパク質複合体が、検出可能な標識又は細胞傷害性剤に更にコンジュゲートされる、上記［１２９］～［１３２］のいずれか一項に記載のタンパク質複合体。
［１３４］ 上記［１２９］～［１３３］のいずれか一項に記載のタンパク質複合体に特異的に結合する、単離タンパク質性分子。
［１３５］ 前記タンパク質性分子が、抗体、抗原結合断片、選択的スカフォールド、ＣＡＲ、又はＴＣＲである、上記［１３４］に記載の単離タンパク質性分子。
［１３６］ 対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、上記［１２９］～［１３３］のいずれか一項に記載のタンパク質複合体又は上記［１３４］若しくは［１３５］に記載のタンパク質性分子を前記対象に投与することを含む、方法。
［１３７］ ａ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、若しくは４４７のポリペプチド、又はこれらの断片に対して少なくとも９０％同一であるポリペプチドをコードしている単離ポリヌクレオチド；
ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、４５８、４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、４９９、５００、５０１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、若しくは５４０のポリヌクレオチド配列、又はこれらの断片に対して少なくとも９０％同一であるポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド；
ｃ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７１、３７３、３７５、３７９、３８１、３８３、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１、３９２、３９３、３９４、３９５、３９６、３９７、３９８、３９９、４００、４０１、４０２、４０３、４０４、４０５、４０６、４０７、４０８、４２６、４２７、４２８、４２９、４３０、４３１、４３２、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、４３９、４４０、４４１、４４２、４４３、４４４、４４５、４４６、及び４４７、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドを含む異種ポリペプチドをコードしている単離異種ポリヌクレオチド；又は
ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２、３６４、３６６、３６８、３７０、３７２、３７４、３７６、３８０、３８２、３８４、３８６、４４８、４４９、４５０、４５１、４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７、４５８、４５９、４６０、４６１、４６２、４６３、４６４、４６５、４６６、４６７、４６８、４６９、４７０、４７１、４７２、４７３、４７４、４７５、４７６、４７７、４７８、４７９、４８０、４８１、４８２、４８３、４８４、４８５、４８６、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９４、４９５、４９６、４９７、４９８、４９９、５００、５０１、５０３、５０４、５０５、５０６、５０７、５０８、５０９、５１０、５１１、５１２、５１３、５１４、５１５、５１６、５１７、５１９、５２０、５２１、５２２、５２３、５２４、５２５、５２８、５２９、５３０、５３１、５３２、５３３、５３４、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、及び５４０、並びにこれらの断片からなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドを含む単離異種ポリヌクレオチド、を含むワクチン。
［１３８］ 前記ポリヌクレオチド又は前記異種ポリヌクレオチドが、ＲＮＡ又はＤＮＡである、上記［１３７］に記載のワクチン。
［１３９］ ＲＮＡが、ｍＲＮＡ又は自己複製ＲＮＡである、上記［１３８］に記載のワクチン。
［１４０］ 前記ワクチンが、組み換えウイルスである、上記［１３８］に記載のワクチン。
［１４１］ 前記組み換えウイルスが、Ａｄ、ポックスウイルス、ＡＡＶ、又はレトロウイルスに由来する、上記［１４０］に記載のワクチン。
［１４２］ 前記組み換えウイルスが、ｈＡｄ５、ｈＡｄ７、ｈＡｄ１１、ｈＡｄ２６、ｈＡｄ３４、ｈＡｄ３５、ｈＡｄ４８、ｈＡｄ４９、ｈＡｄ５０、ＧＡｄ２０、Ｇａｄ１９、ＧＡｄ２１、ＧＡｄ２５、ＧＡｄ２６、ＧＡｄ２７、ＧＡｄ２８、ＧＡｄ２９、ＧＡｄ３０、ＧＡｄ３１、ＣｈＡｄ３、ＣｈＡｄ４、ＣｈＡｄ５、ＣｈＡｄ６、ＣｈＡｄ７、ＣｈＡｄ８、ＣｈＡｄ９、ＣｈＡｄ１０、ＣｈＡｄ１１、ＣｈＡｄ１６、ＣｈＡｄ１７、ＣｈＡｄ１９、ＣｈＡｄ２０、ＣｈＡｄ２２、ＣｈＡｄ２４、ＣｈＡｄ２６、ＣｈＡｄ３０、ＣｈＡｄ３１、ＣｈＡｄ３７、ＣｈＡｄ３８、ＣｈＡｄ４４、ＣｈＡｄ５５、ＣｈＡｄ６３、ＣｈＡｄ７３、ＣｈＡｄ８２、ＣｈＡｄ８３、ＣｈＡｄ１４６、ＣｈＡｄ１４７、ＰａｎＡｄ１、ＰａｎＡｄ２、ＰａｎＡｄ３、コペンハーゲンワクシニアウウイルス（Ｗ）、ニューヨーク弱毒ワクシニアウイルス（ＮＹＶＡＣ）、ＡＬＶＡＣ、ＴＲＯＶＡＣ、又はＭＶＡに由来する、上記［１４１］に記載のワクチン。
［１４３］ 上記［１３７］～［１４２］のいずれか一項に記載のワクチンと、医薬的に許容される担体又はアジュバントと、を含む、医薬組成物。
［１４４］ 対象における前立腺癌を治療又は予防する方法であって、治療的に有効な量の上記［１３７］～［１４２］のいずれか一項に記載のワクチン又は上記［１４３］に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、方法。
［１４５］ 対象における上記［１１６］に記載のポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法であって、上記［１３７］～［１４２］のいずれか一項に記載のワクチン又は上記［１４３］に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、方法。
［１４６］ 前記対象が、上記［１１６］に記載の１つ以上のポリペプチドを発現する又は発現すると疑われる、上記［１４４］又は［１４５］に記載の方法。
［１４７］ 上記［１１６］に記載の１つ以上のポリペプチドが、前立腺癌を有する対象集団において、少なくとも約１％以上、約２％以上、約３％以上、約４％以上、約５％以上、約６％以上、約７％以上、約８％以上、約９％以上、約１０％以上、約１１％以上、約１２％以上、約１３％以上、約１４％以上、約１５％以上、約１６％以上、約１７％以上、約１８％以上、約１９％以上、約２０％以上、約２１％以上、約２２％以上、約２３％以上、約２４％以上、約２５％以上、約２６％以上、約２７％以上、約２８％以上、約２９％以上、約３０％以上、約３５％以上、約４０％以上、約４５％以上、約５０％以上、約５５％以上、約６０％以上、約６５％以上、又は約７０％以上の頻度で存在する、上記［１４６］に記載の方法。

Claims (27)

  1. 前立腺癌を治療又は予防することに用いるための、異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、前記異種ポリペプチドが、配列番号５４１、５４３、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、６２４、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６を含む、ワクチン。
  2. 前記ワクチンが投与された対象における細胞性免疫応答を惹起することができる、請求項１に記載のワクチン。
  3. 前記細胞性免疫応答が、ワクチン特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、又はＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化であり、前記活性化が、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、又はＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞によるＴＮＦα、ＩＦＮγ、又はＴＮＦα及びＩＦＮγの産生の増加によって評価される、請求項２に記載のワクチン。
  4. 前記異種ポリヌクレオチドが、プロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化部位、コザック配列、終止コドン、Ｔ細胞エンハンサー（ＴＣＥ）、又はこれらの任意の組み合わせを含む、請求項１～３のいずれか一項に記載のワクチン。
  5. 前記プロモーターが、ＣＭＶプロモーター又はワクシニアＰ７．５プロモーターを含む、請求項４に記載のワクチン。
  6. 前記ＴＣＥが、配列番号５４６のポリヌクレオチドによってコードされており、前記ＣＭＶプロモーターが、配列番号６２８のポリヌクレオチドを含み、前記ワクシニアＰ７．５プロモーターが、配列番号６３０のポリヌクレオチドを含み、前記ポリアデニル化部位が、配列番号６２９のウシ成長ホルモンポリアデニル化部位を含む、請求項４又は５に記載のワクチン。
  7. 前記異種ポリヌクレオチドが、配列番号５４２、配列番号５４４、配列番号５５１、又は配列番号５５３のポリヌクレオチド配列を含む、請求項１～６のいずれか一項に記載のワクチン。
  8. 前記異種ポリヌクレオチドが、ＤＮＡ又はＲＮＡである、請求項１～７のいずれか一項に記載のワクチン。
  9. ＲＮＡが、ｍＲＮＡ又は自己複製ＲＮＡである、請求項８に記載のワクチン。
  10. 前記ワクチンが、組み換えウイルスである、請求項１～８のいずれか一項に記載のワクチン。
  11. 前記組み換えウイルスが、アデノウイルス（Ａｄ）、ポックスウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、又はレトロウイルスに由来する、請求項１０に記載のワクチン。
  12. 前記組み換えウイルスが、ｈＡｄ５、ｈＡｄ７、ｈＡｄ１１、ｈＡｄ２６、ｈＡｄ３４、ｈＡｄ３５、ｈＡｄ４８、ｈＡｄ４９、ｈＡｄ５０、ＧＡｄ２０、ＧＡｄ１９、ＧＡｄ２１、ＧＡｄ２５、ＧＡｄ２６、ＧＡｄ２７、ＧＡｄ２８、ＧＡｄ２９、ＧＡｄ３０、ＧＡｄ３１、ＣｈＡｄ３、ＣｈＡｄ４、ＣｈＡｄ５、ＣｈＡｄ６、ＣｈＡｄ７、ＣｈＡｄ８、ＣｈＡｄ９、ＣｈＡｄ１０、ＣｈＡｄ１１、ＣｈＡｄ１６、ＣｈＡｄ１７、ＣｈＡｄ１９、ＣｈＡｄ２０、ＣｈＡｄ２２、ＣｈＡｄ２４、ＣｈＡｄ２６、ＣｈＡｄ３０、ＣｈＡｄ３１、ＣｈＡｄ３７、ＣｈＡｄ３８、ＣｈＡｄ４４、ＣｈＡｄ５５、ＣｈＡｄ６３、ＣｈＡｄ７３、ＣｈＡｄ８２、ＣｈＡｄ８３、ＣｈＡｄ１４６、ＣｈＡｄ１４７、ＰａｎＡｄ１、ＰａｎＡｄ２、ＰａｎＡｄ３、コペンハーゲンワクシニアウウイルス、ニューヨーク弱毒ワクシニアウイルス（ＮＹＶＡＣ）、ＡＬＶＡＣ、ＴＲＯＶＡＣ、又は改変ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）に由来する、請求項１１に記載のワクチン。
  13. 前記組み換えウイルスが、ＧＡｄ２０に由来する、請求項１２に記載のワクチン。
  14. 前記組み換えウイルスが、ＭＶＡに由来する、請求項１２に記載のワクチン。
  15. 前記組み換えウイルスが、ｈＡｄ２６に由来する、請求項１２に記載のワクチン。
  16. 前立腺癌を治療又は予防することに用いるための、異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、前記異種ポリペプチドが、配列番号５４１、５５０、５５４、５５５、５５６、６２３、又は６２４のアミノ酸配列を含む、ワクチン。
  17. 前記異種ポリヌクレオチドが、配列番号５４２、又は５５１のポリヌクレオチド配列を含む、請求項１６に記載のワクチン。
  18. 前記ワクチンがＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスである、請求項１６又は１７に記載のワクチン。
  19. 前立腺癌を治療又は予防することに用いるための、異種ポリペプチドをコードしている異種ポリヌクレオチドを含むワクチンであって、前記異種ポリペプチドが、配列番号５４３、５５２、５５７、５５８、５５９、６２５、又は６２６のアミノ酸配列を含む、ワクチン。
  20. 前記異種ポリヌクレオチドが、配列番号５４４、又は５５３のポリヌクレオチド配列を含む、請求項１９に記載のワクチン。
  21. 前記ワクチンがＭＶＡに由来する組み換えウイルスである、請求項１９又は２０に記載のワクチン。
  22. 前記異種ポリペプチドが、配列番号５４１のアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のワクチン。
  23. 前記ワクチンが、自己複製ＲＮＡであるか、又はＧＡｄ２０、ＭＶＡ、又はｈＡｄ２６に由来する組み換えウイルスである、請求項２２に記載のワクチン。
  24. 前記ワクチンが、ＧＡｄ２０に由来する組み換えウイルスである、請求項２３に記載のワクチン。
  25. 前記異種ポリペプチドが、配列番号５４３のアミノ酸配列を含む、請求項１９に記載のワクチン。
  26. 前記ワクチンが、自己複製ＲＮＡであるか、又はＧＡｄ２０、ＭＶＡ、又はｈＡｄ２６に由来する組み換えウイルスである、請求項２５に記載のワクチン。
  27. 前記ワクチンが、ＭＶＡに由来する組み換えウイルスである、請求項２５に記載のワクチン。
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