JP2003235590A - 核酸類縁体並びに診断薬および分析方法におけるその使用方法 - Google Patents

核酸類縁体並びに診断薬および分析方法におけるその使用方法

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Abstract

(57)【要約】 一つまたはそれ以上の化学的または微生物的個体単位に
ついてその捕捉、認識、検出、同定または定量化に使用
する核酸類縁体であって、(a)主鎖に沿ったそれぞれ
空間を置いた異なる位置において複数のリガンドを有す
るポリアミド主鎖から構成されるペプチド核酸(PN
A)において、前記リガンドがそれぞれ独立して天然の
核酸塩基、非天然の核酸塩基または核酸塩基結合基であ
り、前記リガンドは各々前記主鎖の窒素原子に直接また
は間接に結合せしめられ、かつ前記リガンドが4つから
8つまでの介在する原子によって前記主鎖のなかで相互
に分離された窒素原子を有するものである、前記ペプチ
ド核酸(PNA)、(b)核酸類縁体であって、相補的
配列の核酸とハイブリッド形成して、前記類縁体に相当
する従来公知のデオキシリボヌクレオチドと前記核酸と
の間で形成されたハイブリッドよりも熱による変性に対
する安定性がより高いハイブリッドを形成する能力を有
する前記核酸類縁体;または(c)一本鎖が前記類縁体
に相補的である配列を有する二重鎖核酸とハイブリッド
形成して、かくして前記一本鎖からもう一方の鎖を置換
せしめる能力を有する前記核酸類縁体、及びこれらの核
酸類縁体を診断薬および分析方法に用いる前記方法が記
載される。好ましい化合物は、以下の式を有する: 【化学式III】 なお本式において:Lはそれぞれ独立して、水素、フェ
ニル、例えば一つ、二つまたは三つのリングの異項環、
天然の核酸塩基および非天然の核酸塩基から成る群から
選択される;R7’はそれぞれ独立して、水素および天
然のアルファアミノ酸の側鎖から成る群から選択され
る;nは、1から60までの整数である;k、lおよび
mのそれぞれは独立して、ゼロまたは1から5までの整
数である;好ましくは、kとmとの和は1または2であ
り、最も好ましくは1である;Rhは、OH、NH2ま
たは−NHLysNH2である;およびRiはHまたは
COCH3である。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する分野】本発明は、診断薬の分野におい
て、例えば一つまたはそれ以上の化学的または微生物学
的個体単位についてその捕捉、認識、検出、同定または
定量化などを行うために幾つかの核酸類縁体を使用する
ことに関する。
【0002】
【従来の技術】オリゴジオキシリボヌクレオチド(オリ
ゴ−DNA類)は、診断薬の手法においてますます頻繁
に用いられおり、例えば、特異的な微生物の確認を行う
試験、例えば疾病など一般的な素因を確認するための試
験、法医学分野および微生物学全般などにおいて用いら
れている。このような分野におけるオリゴ−DNA類の
用途は、当然のことながら、かかるオリゴ−DNA類が
相補的核酸の塩基配列とハイブリドを形成することがで
きる能力に依拠している。例として挙げれば、標識した
オリゴ−DNAプロ−ブは、固定化した標的DNA類を
探索して特異的な塩基配列の存在を確認するためのハイ
ブリダイゼ−ション測定法に用いられている。増幅操作
法においては、オリゴ−DNA類の有するこのようなハ
イブリダイゼ−ション特性を利用して、増幅するべき鋳
型分子にオリゴ−DNAプライマ−をハイブリッドさせ
でいるのである。
【0003】
【発明が解決しようとする課題】長さが100塩基対に
達するオリゴ−DNA類は現在、固体支持体法を用いて
合成されており、完全自動合成装置が幾つか市販されて
いる。しかしながら、これまで注目が払われてきたの
は、塩基配列に特異的に天然DNAとハイブリド形成し
ながら、なおDNAそれ自体とは有利に異なる化学的特
性を有する能力がある合成DNA類縁体を構築・構成す
ることが出来るか否かということであった。このような
研究は大半は、 ”アンチセンス”治療薬にこのような
化合物が用いる可能性があるのではないかという動機の
基づいているのであるが、この場合従来のオリゴ−DN
A類を使用すると幾つかの困難が伴うのである。その理
由は、このような非修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレ
ア−ゼが天然に存在するため生体内(インビボ)で半減
期が短く、また量の多少を問わず製造コストが高くしか
も細胞膜透過性能が劣るからである。
【0004】例えば、国際特許出願(PCT)WO86
/0518号において、おそらくは天然の核酸と塩基配
列に特異的にハイブリダイゼ−ションする能力を有する
リガンドの、典型的にはヌクレオチド塩基の配列を有す
る主鎖を持ったDNA類縁体が開示されており、また主
鎖として、異なったものが数多く開示されている。この
ような化合物を提供する方法について、具体的な例示は
一切示されておらず、請求されている化合物のDNAに
対する親和性を示すデ−タも一切ない。国際特許出願
(PCT)WO86/05519号は、同種のDNA類
縁体から成る診断薬試薬および診断薬システムを特許請
求しているが、やはりここでも具体的な例示は全くな
い。
【0005】国際特許出願(PCT)WO89/120
60号においては、合成の原料たる種々の構成単位に基
づいたオリゴヌクレオチド類縁体が記載されている。こ
のような構成単位の例示はなされているが、これら構成
単位からオリゴヌクレオチド類縁体を現実に製造する実
施例は全くなく、従ってこのような類縁体の有する性能
について明示も一切されていない。
【0006】更には、ヌクレア−ゼに対する抵抗性を高
めかつアンチセンセンス治療方法に用いるDNAの安定
性を全般的に改良する目的で、DNA主鎖を修飾するこ
とが知られている。またDNA類縁体を設計する別の試
みも幾つか、上記したWO86/05518の導入部に
おいて議論されている。
【0007】一般的な経験としては、天然DNAの主鎖
を修飾すると、修飾されたオリゴヌクレオチドとその相
補的である通常のオリゴヌクレオチドとの間において形
成されるハイブリッドの安定性は、Tm値の測定によっ
て求めた場合低下する、ということであった。従って、
この領域における従来の知恵は、主鎖を種々に修飾する
と、必ずハイブリッドが不安定になる、即ちTm値が低
下することになるということであり、従って、実現可能
な最良の結果としてTm値を若干低下させたハイブリッ
ドを得るために、このような修飾は出来るだけ少なくす
るべきであるということである。
【0008】
【課題を解決するための手段】本発明は、好ましくは、
相補的配列の従来公知の核酸とハイブリッドを形成し、
而もそのハイブリッドのTm値における安定性を相当す
る配列を持つ従来公知の核酸が形成するハイブリッドよ
りも高くするような特性および/または相当する配列を
持つ前記従来公知の相当する核酸よりも不適合の程度に
関与する配列と比較した相補的配列に対する選択性をよ
り大きくする特性といった、従来知られていない特性を
有する新規な構造の核酸類縁体及びを診断薬または分析
にかかる核酸類縁体を使用する方法に関する。
【0009】
【発明の実施形態】本発明は、一つまたはそれ以上の化
学的または微生物学的個体単位についてその捕捉、認
識、検出、同定または定量化を行うために使用する核酸
類縁体であって、かかる類縁体が以下であるものを提供
する:即ち、(a)主鎖に沿ったそれぞれ空間を置いた
異なる位置において複数のリガンドを有するポリアミド
主鎖から構成されるペプチド核酸(PNA)において、
前記リガンドがそれぞれ独立して天然の核酸塩基、非天
然の核酸塩基または核酸塩基結合基であり、前記リガン
ドは各々前記主鎖の窒素原子に直接または間接に結合せ
しめられ、かつ前記リガンドが4つから8つまでの介在
する原子によって前記主鎖のなかで相互に分離された窒
素原子を有するものである、前記ペプチド核酸(PN
A)、(b)核酸類縁体であって、相補的配列の核酸と
ハイブリッド形成して、前記類縁体に相当する従来公知
のデオキシリボヌクレオチドと前記核酸との間で形成さ
れたハイブリッドよりも熱による変性に対する安定性が
より高いハイブリッドを形成する能力を有する前記核酸
類縁体;または(c)核酸類縁体であって、一本鎖が前
記類縁体に相補的である配列を有する二重鎖核酸とハイ
ブリッド形成して、かくして前記一本鎖からもう一方の
鎖を置換せしめる能力を有する前記核酸類縁体。
【0010】上記第(a)項において定義された核酸類
縁体(PNA類)の主鎖に原子を有する該窒素の分離
は、好ましくは五つの原子によって行われるのが好まし
い。式(I)(下記)を有する核酸類縁体において、か
かる分離によって、DNAに対する親和性が最も強くな
ることが見出されたのである。しかしながら、一つまた
はそれ以上のリガンドを最適以下の間隔で間に入れるこ
とによって、即ち5つ以上の原子の間隔、例えば14個
までの原子おいて間に入れることによって、該PNA類
とDNAとの間の結合力を減少させるのが所望される場
合もある。リガンド間の間隔の25%以下が6個の原子
またはそれ以上であるのが好ましい。更に好ましくは、
リガンド間の間隔の10ないし15%以下が、6個の原
子またはそれ以上である。該リガンドを有する(直接ま
たは結合基を介して)アザ窒素原子はそれ自体は、上記
した間隔においてカウントしない。
【0011】DNA結合力を減少させる別の方法または
もう一つの方法は、このようなリガンドの内幾つかを除
外し、その代わりに例えば水素のようなDNAの結合に
殆どまたは全く寄与しない原子部を導入することであ
る。好ましくは、このようなリガンド位置の25%以下
は、例えば10から25%以下が非結合性原子部によっ
て占められる。
【0012】典型的なリガンドとしては、四つの主要天
然DNA塩基(即ち、チミン、シトシン、アデニンまた
はグアニン)またはその他の天然の核酸塩基(例えば、
イノシン、ウラシル、5−メチルシトシンまたはチオウ
ラシル)または適当な結合基を介してペプチド主鎖に結
合された人工の塩基類(例えば、ブロモウラシル、アザ
アデニン類またはアザグアニン類など)が挙げられる。
【0013】好ましい実施態様において、本発明におい
て使用される核酸類縁体は、以下の一般式(I)を有す
る:
【0014】
【化学式I】
【0015】なお上式において:nは、少なくとも2で
ある、L1−Lnのそれぞれは独立して、水素、ヒドロキ
シ、(C1−C4)アルカノイル、天然の核酸塩基類、非
天然の核酸塩基類、芳香族原子残基、DNA挿入基、核
酸塩基結合基およびリポ−タリガンドから構成される群
から選択されるが、L 1−Lnの内の少なくとも一つは、
天然の核酸塩基、非天然の核酸塩基、DNA挿入基また
は核酸塩基結合基である;A1−Anのそれぞれは、一重
結合、メチレン基または下記式(IIa)又は(II
b)で表される基である:
【0016】
【化学式IIa】
又は
【0017】
【化学式IIb】
【0018】なお本式において;Xは、O、S、Se、
NR3、CH2またはC(CH32である;Yは、一重結
合、O、SまたはNR4である;pおよびqのそれぞれ
は、1から5までの整数であり、p+qの和は、10以
下である;rおよびsのそれぞれは、ゼロまたは1から
5までの整数であり、r+sの和は、10以下である;
1およびR2はそれぞれ独立して、水素、ヒドロキシも
しくはアルコキシもしくはアルキルチオで置換されてい
てもよい(C1−C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキ
シ、アルキルチオ、アミノおよびハロゲンから構成され
る群から選択される;またR3およびR4のそれぞれは独
立して、水素、(C1−C4)アルキル、ヒドロキシもし
くはアルコキシもしくはアルキルチオで置換された(C
1−C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルキル
チオおよびアミノから構成される群から選択される;B
1−Bnのそれぞれは、NまたはR3+であり、ここにお
いてR3は上記において定義された通りである;C1−C
nのそれぞれは、CR67、CHR6CHR7またはCR6
7CH2であり、ここにおいてR6は、水素でありまた
7は、天然のアルファアミノ酸の側鎖から構成される
群から選択され、またはR6およびR7は独立して、水
素、(C2−C6)アルキル、アリ−ル、アラルキル、ヘ
テロアリ−ル、ヒドロキシ、(C1−C6)アルコキシ、
(C1−C6)アルキルチオ、NR34およびSR5から
構成される群から選択されるが、ここにおいてR3およ
びR4は、上記において定義された通りであり、R5は、
水素、(C1−C6)アルキル、ヒドロキシもしくはアル
コキシもしくはアルキルチオで置換された(C1−C6
アルキルであり、またはR6およびR7とは一緒になっ
て、脂環系または異項環系を形成する;D1−Dnのそれ
ぞれは、CR67、CH2CR67またはCHR6CHR
7であり、ここにおいてR6およびR7は、上記において
定義された通りである;G1−Gn-1のそれぞれは、いず
れかの方向での−CONR3−、CSNR3−、−SON
3−または−SO2NR3−であって、なおここにおい
てR3は、上記において定義した通りである;Qは、−
CO2H、−CONR'R"、−SO3Hもしくは−SO2
NR'R"または−CO2Hもしくは−SO3Hの活性化誘
導体である;またIは、−NHR"'R""または−NR"'
C(O)R""であり、ここ においてR'、R"、R'"お
よびR""は独立して、水素、アルキル、アミノ保護基、
リポ−タリガンド、挿入基、キレ−ト化剤、ペプチド、
タンパク質、炭水化物、脂質、ステロイド、オリゴヌク
レオチドならびに可溶および不溶のポリマ−から構成さ
れる群から選択されるものであって、何れも一つの検出
可能な標識を含んで成るか又は該標識に共役複合せしめ
られたものである1
【0019】好ましいペプチド核酸は、以下の一般式
(III)を有する:
【0020】
【化学式III】
【0021】なお本式において:Lはそれぞれ独立し
て、水素、フェニル、天然の核酸塩基および非天然の核
酸塩基から構成される群から選択される;R7'は、水素
および天然のアルファアミノ酸の側鎖から構成される群
から選択される;nは、1から60までの整数である;
kおよびmのそれぞれは独立して、ゼロまたは1であ
る;またlは独立して、ゼロから5である;Rhは、O
H、NH2または−NHLysNH2である;およびRi
は、HまたはCOCH3であって、何れも一つの検出可
能な標識を含んで成るか又は該標識に共役複合せしめら
れたものである.
【0022】特に好ましいのは、式(III)において
Lが独立して、核酸塩基であるチミン(T)、アデニン
(A)、シトシン(C)、グアニン(G)およびウラシ
ル(U)とから成る群から選択され、特にチミンであ
り、またnが1から30 までの整数であり、特に4か
ら20までの整数である化合物である。このような化合
物の一例は第1図に示してあるが、この図によれば、か
かる化合物と一本鎖DNAとの間の構造上の類似性が明
らかである。
【0023】本発明のペプチド核酸類は、溶液中または
固相上の何れかで標準ペプチド合成方法を採用して合成
してもよい。用いたこれらのシントンは、特別に設計し
たモノマ−アミノ酸またはそれらの活性化誘導体であっ
て、標準的な保護基で保護されたものであればよい。こ
のようなオリゴヌクレオチド類縁体はまた、相当する二
酸とジアミンを用いることによって合成することもでき
る。
【0024】即ち、本発明に使用する化合物を得るため
に用いたモノマ−シントンは、以下の一般式(IV)、
(V)及び(VI)でそれぞれ表されるアミノ酸、二酸
およびジアミンから成る群から選択されてもよい。
【0025】
【化学式(IV)、(V)及び(VI)】
【0026】なお本式においてL、A、B、CおよびD
は、上記のいて定義した通りである。但し、本式におけ
るアミノ基は全て、アミノ保護基によって保護されてい
てもよい;Eは、COOH、CSOH、SOOH、SO
2OHまたはこれらの活性化された誘導体であればよ
い;およびFは、NHR3またはNPgR3であり、ここ
においてR3は上記において定義された通りであり、P
gはアミノ保護基である。
【0027】好ましいモノマ−シントンは、以下の式
(VII)を有するアミノ酸である:
【0028】
【化学式VII】
【0029】またはアミノ−保護酸および/またはこれ
らの末端活性化誘導体であるが、ここにおいてLは、水
素、フェニル、異項環、天然の核酸塩基、非天然の核酸
塩基およびこれらの保護された誘導体から成る群から選
択される;およびR7は独立して、水素および天然のア
ルファアミノ酸の側鎖から成る群から選択される。特に
好ましいのは、式(4)においてR7'が水素でありかつ
Lは核酸塩基であるチミン(T)、アデニン(A)、シ
トシン(C)、グアニン(G)およびウラシル(U)な
らびにこれらの保護された誘導体から成る群から選択さ
れるシントンである。
【0030】本発明に従えば、一つまたはそれ以上の化
学的または微生物学的個体単位についてその捕捉、認
識、検出、同定または定量化などを行うために上記にお
いて定義された核酸類縁体を使用することが包含され
る。検出されるかかる個体単位としては先ず第一に、核
酸でありかつ前記固体単位はハイブリダイゼ−ションに
よってその特異的な核酸塩基配列を経由して検出される
ことが、通常は意図される。
【0031】前記において定義された核酸類縁体は、固
体支持体に固定化された本発明において用いられる核酸
類縁体にハイブリッド形成条件下で核酸に接触せしめる
ことから成る核酸を捕捉する方法において、該固定化核
酸類縁体が、補足されるべき前記核酸または核酸類縁体
とハイブリッド形成に適したリガンドの配列を有してい
る前記核酸捕捉方法に使用してもよい。
【0032】該固体支持体は、親和性捕捉に使用する従
来公知のオリゴヌクレオチドを固定化することに関連し
て公知である種々の形態を取ってもよい。固体支持体は
例えば、プレ−ト、フィルタ−、マルチウェルプレ−ト
またはディップスティックであればよく、またビ−ズの
ような個別の粒子の形状を取ってもよく、かかる粒子は
カラムに保持し、次いで核酸を含有する溶液をこのカラ
ムに流して所望の種を溶液から捕捉させればよい。
【0033】捕捉された核酸は、極めて多くの方法によ
って認識され、検出され、同定されまたは定量化される
ことが出来る。洗浄後はかかる捕捉された核酸は系内に
残留する唯一の核酸であり得るので、捕捉された配列に
特異的か否かを問わず、核酸の存在を証明するのに適し
た試薬系であれば如何なるものによっても検出され得
る。即ち、例として挙げれば、捕捉された核酸がDNA
でありかつ比較的短いPNAによって一本鎖の形態で捕
捉された場合、懸垂状態の一重鎖DNAは、ヌクレア−
ゼによって消化してもよく、かつこのような消化物は通
常の方法に依って検出すればよい。このDNAが二本鎖
でありかつ該PNAが再び比較的短い場合は、該DNA
のうち当初の二本鎖の形態で残留している(即ち、PN
Aによって変位・置換されていない)部分は、PNA−
DNA二重らせんには結合しない通常のDNA挿入基に
よって検出することが出来る。核酸を認識する抗体を、
固定化した核酸類縁体に結合せしめた核酸(RNA、d
sDNAまたはssDNA)を検出するために使用して
もよい。
【0034】固体支持体に固定化した通常のオリゴヌク
レオチドを用いて核酸種のアフィニティ−(親和性)捕
捉を行うに際しては、標的核酸を生成することが通常は
必要である。試料中に含まれてもよいヌクレア−ゼは、
固定化した核酸を攻撃する傾向がある。実際において
は、非特異性が極めて高い結合を用いると、特定な結合
は殆ど得られない。更には、当該捕捉が生起しないうち
に、かかるDNAを一本鎖にまで編変性せることが必要
である。
【0035】上記式Iの核酸類縁体は、ヌクレア−ゼの
攻撃を受けにくく、典型的には相補的配列の核酸に対す
る親和性が高いため、固定化した種として通常のオリゴ
ヌクレオチドを用いて得た場合よりもより高度の特異的
結合を与えるのである。更には、本発明に従って使用さ
れた核酸類縁体は定型的には、相補的配列の核酸とハイ
ブリッドを形成する能力を有しているが、かかる核酸を
先ず一本鎖に変性せしめることはない。一旦標的核酸が
捕捉されると、固定化された核酸類縁体および捕捉され
た核酸を例えば加熱とジメチルホルムアミドなどのよう
な脱ハイブリダイゼ−ションの条件に供することによっ
て、固定化された核酸類縁体から開放・放出させればよ
い。
【0036】例として挙げれば、かかる固定化した核酸
類縁体は、mRNAのポリA尾部とハイブリッド形成可
能であってかくして当該mRNAを捕捉する、例えばチ
ミンなど連続リガンドから構成されていればよい。
【0037】本発明は、上記したような固定化した核酸
類縁体から構成される親和性捕捉カラムを包含する。
【0038】すなわち、本発明はまた、固相生化学(例
えば、”Solid−PhaseBiochemist
ry − Analytical and Synth
etic Aspects”、 W.H. Scout
en編著、John Wiley & Sons、Ne
w York、1983を参照)、特に固相バイオシス
テム、特にバイオアッセイまたは種々の固相技法であっ
て、診断的検出/定量化または相補的核酸の親和性生成
に関するもの(例えば、”AffnityChroma
tography − A Practical Ap
proach”、P.D.G. Dean、W.S.J
ohnson and F.A.Middle編著、I
RL Press Ltd.、Oxford 198
6;”Nucleic Acid Hybridiza
tion − A Practical Approa
ch”、B.D. Harnes and S.J.H
iggins、IRL Press Ltd.、Oxf
ord 1987を参照)に係ることが、理解可能であ
ろう。かかるバイオアッセイまたは精製法を実行する今
日的方法は、セルロ−ス、気孔率をコントロ−ルしたも
のを含むガラスビ−ズ(Mizutani、et a
l.。J. Chromatogr.、1986、35
6、202)ビ−ドにした固体支持体、”Sephad
ex”、”Sepharose”、アガロ−ス、ポリア
クリルアミド、多孔性粒状アルミナ、メタアクリル酸ヒ
ドロキシアルキルエステルのゲル、ジオ−ル結合シリ
カ、多孔性セラミック、またはナイロンやニトロセルロ
−スのフィルタ−ディスクなどの連続材料に物理的に吸
着させたかまたは実質的に永久的な共有結合によるアン
カリング結合を介して結合させた”通常の”または若干
修飾したオリゴヌクレオチドを用いるのが殆ど専らであ
る。一つの例において、mRNAを含むポリAテイルを
親和性単離するためのセルロ−スビ−ズ上でオリゴ−d
Tを化学的に合成することを用いている(”Metho
ds in Enzymology”におけるGilh
am、L. GrossmannおよびK. Mold
ave編著、21巻、part D、ペ−ジ191、A
cademic Press、New York an
d London、1971)。上記した方法は全て、
本発明の文脈において適用可能である。しかしながら、
可能ならば、共有結合の方が、該当する分子の物理的吸
着よりも好ましいのである。その理由は、後者の方法に
は、固定化した分子の内のいくつかがハイブリダイゼ−
ションまたは親和性過程において洗い流され得る(脱着
される)という欠点があるからである。すなわち、支持
体材料の表面に吸着された種は、支持体が当該バイオア
ッセイ/精製方法の過程において供される種々の処理の
間において失われるのであるが、そのような逸失の程度
を制御することが殆ど出来ない。このような問題の重大
さは勿論ことながら、吸着された種と”遊離状態の”種
との間における平衡が確立する差異の速度に大幅に依存
して変わるであろう。場合によっては、許容可能な精度
および/または再現性をもって定量的なバイオアッセイ
を実施することは、実際上不可能であるかもしれない。
このような支持体を体液、水性試薬または洗浄媒体で処
理する過程において吸着された種が逸失することは、一
般的にいえば分子量が比較的低い種について最も深刻と
なることが期待されるであろう。オリゴヌクレオチドと
比較して、PNA分子は、強度に求核性および/または
親電子性の中心を包含しているために固体支持体により
付着し易いのである。更には、固体支持体の上において
オリゴヌクレオチドを直接的に組み立て・構築すること
は、固定化した分子をロ−ドするに際して極めてわずか
しかロ−ド出来ないという欠点が生じるのである。その
理由は主として、オリゴヌクレオチドを構築するために
の最高技術水準であるホスホルアミダイト(phosp
horamidite)化学の利用を可能ならしめる種
々の物質・材料の表面性能・能力が低くなるためである
(Beaucage and Caruthers、T
etrahedron Lett.、1981、22、
1859;Caruthers、Science、19
85、232、281)。またこのようなことには、表
面/ロ−ディング性能が高い固体支持体に適している別
のフォスファイトトリエステル法を用いることによって
(Letsinger and Mahadevan、
J.Am.Chem.Soc.、1976、98、36
55)、比較的短いオリゴヌクレオチドしか得ることが
出来ないという事実が伴う。しかしながら、通常の固相
ペプチド合成に関しては、後者の支持体は、固定化した
PNA分子を構築するうえで優れた材料である(側鎖保
護基は、このような鎖を固体支持体に保持するアンカ−
リング結合を開裂させることなく、合成されたPNAか
ら除去することが可能である)。すなわち、PNA種
は、相補的核酸に対する結合親和性が極めて高いことに
関して、上記した固相技法から利点を受け、また二重鎖
構造で存在する核酸をさらにユニ−クに配列特異的に認
識すること(およびかかる核酸に強力な結合すること)
をからも利点を受けるのである。このようなPNA種は
また、大量に固体支持体にロ−ドすることが可能であ
り、かくして当該固相法の感度/能力を増大せしめるこ
とになる。更には、固相生化学でのPNAの使用に関す
るいくつかの種類の研究が、最近報告された”光−指示
された、空間的に取組可能な、平衡化学的合成”技術、
すなわち固相化学と写真石版術とを組み合わせて実質的
に同時に極めて多種の、但し同定可能で、永久的に固定
化された化合物(例えばペプチド)を精製せしめる技法
を利用することによって着手され、容易にされまたは大
いに加速されることが可能である。
【0039】式IのPNA類は、以前では認められたこ
とがなかった特性を示すことが見出されたのである。す
なわち、かかる核酸類縁体が二本鎖の形態で存在する通
常の核酸とハイブリッドを形成する能力を有しておりま
たこのような条件下において、当該類縁体に相補的な配
列を有する鎖とハイブリッドを形成しかつ当初の核酸二
重らせんからもう一方の鎖を置換せしめる能力を有して
いるということである。このような認識は、塩基対とし
て5−60対の長さであるdsDNA配列に対して行い
得るのである。塩基が10と20との間にある配列は、
原核細胞および真核細胞のDNAの独自配列が認められ
る範囲に相当するので、興味深いのである。17−18
の塩基を認識する試薬は、ヒトゲノムにおける独自配列
の長さに相当するので、特に興味の対象となる。
【0040】このようなハイブリダイゼ−ション反応を
溶液中で行うと、該核酸類縁体の最初の鎖配と同じ配列
を有する二番目の鎖もやはり、相補的配列を有する核酸
鎖とハイブリッドを形成し、その結果PNAの二つの鎖
が通常の核酸の単一鎖とハイブリッドせしめられている
三重らせん構造を形成することが見出されたのである。
この最初のPNA鎖が通常の型式の塩基間水素結合によ
ってハイブリダイゼ−ションを行い、他方ではPNAの
二番目の鎖がHoogsteenの対合によって当初の
二重らせんの主要な溝の中で受容されることが観察され
ている。PNAが固体支持体に固定化された場合、二本
鎖核酸とのハイブリダイゼ−ションが、一本鎖がそれか
ら置換・変位さするのを伴って観察されるが、三重らせ
ん構造の形成は、該PNAの固定化によって阻止され得
るのである。
【0041】本発明は、検出可能な標識を包含するかま
たはこれと接合した上記において定義された核酸類縁体
を包含する。目下のところ公知であるペプチド、DNA
および/またはRNAを標識化する方法は、一般的にP
NA類にも適用され得る。すなわち、標識化の方法は、
放射性同位元素標識、酵素標識、ビオチン、スピン標
識、 発蛍光団、化学発光標識、抗原標識または抗体標
識を使用することからなるであろう。
【0042】上記した標識PNA類は、標的核酸を認識
し、検出しまたは定量化する方法において、充分相補的
配列を有する上記において定義した標識核酸類縁体に前
記標的をハイブリダイゼ−ションさせて、かくしてハイ
ブリッドする条件においてハイブリダイゼ−ションを起
こさせ、次いでこうして前記標的にハイブリッドさせた
該核酸類縁体の前記標識を検出するかまたは定量化する
ことから成る前記認識、検出または定量化方法に使用し
てもよい。
【0043】好ましくは、該標的は、該ハイブリダイゼ
−ションを行う前に基質に固定化させてもよい。
【0044】このような方法において、このような標的
は、該標的の第一の領域を前記第一の領域に充分相補的
である配列を有しかつそれ自体前記基質に固定化されて
いる捕捉核酸または核酸類縁体にハイブリダイゼ−ショ
ンさせて、かくしてハイブリッドさせることによって基
質に固定化させてもよく、次いで標識核酸類縁体を該標
的の第二の領域にハイブリッドさせればよい。
【0045】本発明に従った少なくとも好ましい核酸類
縁体が、二本鎖標的核酸とハイブリッドしかつその一本
の鎖を置換させることが出来る能力については、上記に
おいて記載した通りである。本発明は、核酸の二重らせ
んから一本鎖を置換する方法において、前記二重ラセン
から一本鎖を置換することができる程充分な、前記二重
らせんの内のもう一方の鎖に対する親和性を有する上記
において定義した核酸類縁体を前記二重らせんにハイブ
リッドさせることから成る前記置換方法を包含する。
【0046】本発明は、前記において定義した置換核酸
類縁体に相補的な配列を一方の鎖が有する二本鎖標的か
ら他の一本鎖を置換する能力がある前記核酸類縁体を二
本鎖標的にハイブリッドさせるに際して、前記置換核酸
類縁体が、ハイブリダイゼ−ションさせるに充分な、前
記二本鎖標的の内の前記もう一方の鎖に対する相補的配
列を有しており、その結果一本鎖の形態における前記標
的の前記一本鎖を置換するものであり、次いで前記二本
鎖標的からの置換後に前記一本鎖の存在を検出しまたは
これを定量化することから成る、二本鎖標的核酸を検出
し、同定しまたは定量化する方法を包含する。
【0047】このように置換された一本鎖を断片に破断
し、次いで前記斑だの存在を検出してもよい。置換され
た一本鎖は好ましくは、ヌクレア−ゼによる作用によっ
て破断させてもよい。すなわち、特異的な二本鎖標的核
酸配列の存在の検出を、該標的核酸配列に相補的PNA
をハイブリッドさせて鎖置換を行わしめ、かくして該反
応混合物中において一本鎖DNAを生成せしめ、次いで
ヌクレア−ゼを用いて一本鎖DNAを消化させてヌクレ
オチド類を生成させることによって行うことが出来る
が、この際かかるヌルレオチドの存在を、当該標的二本
鎖DNAが当初に存在していたという指標・標識として
検出することが可能である。
【0048】本発明は更には、上記において定義した核
酸類縁体を少なくとも一種組み込んで成り、かつ好まし
くはかかる核酸類縁体を標識化したものを少なくとも一
種、例えば一つの標識PNAおよび前記標識を検出する
のに使用する検出試薬を少なくとも一種とを含んで成る
診断薬に使用出来るキットを包含する。
【0049】一般的にいって、かかる核酸類縁体は、ハ
イブリダイゼ−ション緩衝液として溶液状で提供され
る。このようなキットは通常は、洗浄緩衝溶液を少なく
とも一種包含する。
【0050】該核酸類縁体を例えばビオチンで間接的に
標識化した場合、当該キットは、酵素標識と該核酸類縁
体の標識と結合する能力がある物質、例えばアビジンと
の間の抱合体を含有して成るものであってもよい。
【0051】該核酸類縁体を直接的または間接的に酵素
で標識化した場合は、該キットは、該酵素によって仲介
されるモニタ−可能な反応を行うに適している該酵素の
基質を包含して成るものであってもよい。
【0052】
【発明の好ましい実施態様】式Iで表されるPNA類お
よびその製造に用いたモノマ−シントンにおいて、リガ
ンドLは主として、自然界において見出される位置、す
なわちアデニンまたはグアニンについては9位の位置ま
たチミンまたはシトシンについては1位の位置に結合さ
せた天然の核酸塩基である。その代わりに、これらリガ
ンドLの内のいくつかはそれぞれ、非天然の核酸塩基
(核酸塩基類縁体)、他の塩基結合性原子部、芳香族原
子部、(C1−C4)アルカノイル、ヒドロキシまたは水
素であってもよい。いくつかの典型的な核酸塩基リガン
ドおよび具体的な合成リガンドは、第2図に示してあ
る。更には、Lは、DNA挿入基、例えば発蛍光団、ラ
ジオ標識、スピン標識、ハプテンなどのリポ−タ−リガ
ンド、またはビオチンなどのタンパク質認識リガンドで
あり得る。
【0053】モノマ−シントンにおいては、Lには、保
護基を設けていてもよい。このことは、第4図に図示し
てあるが、本図においてPg1は、酸、塩基または例え
ばt−ブトキシカルボニル(Boc)、フルオレニルメ
チルオキシカルボニル(Fmoc)または2−ニトロベ
ンジル(2Nb)などの水素分解性もしくは光化学的に
開裂可能な保護基である。
【0054】結合基Aは、例えば−CR12CO−、−
CR12CS、CR12Cse−、−CR12CNHR
3−、−CR12C=CHや−CR12C=C(CH3
2−、−なおR1 、R2およびR3は上記において定義し
た通りである−などの種々の基であり得る。Aは、メチ
レンカルボニル(−CH2CO−)である。また、A
は、プロパノイル、ブタノイルまたはペンタノイルなど
のより長鎖の原子部またはそれに相当する誘導体であっ
て、その酸素原子がその他のXで表される原子で置換さ
れるかまたはその原子鎖がR12で置換されるかYを含
む不均一であるものであってもよい。さらに、Aは、
(C2−C6)アルキレン鎖、R12で置換された(C2
−C6)アルキレン鎖であってもよく、またはYを含む
不均一なものであってもよい。場合によっては、Aは単
に一重結合であればよい。
【0055】本発明の好ましい形態においては、Bは窒
素原子であり、かくしてアキラル主鎖の可能性が生じ
る。BはまたR3N+−本式においてR3は上記におい
て定義した通りである−であってもよい。
【0056】本発明の好ましい形態においては、Cは−
CR67−であるが、また二つの炭素単位、すなわち−
CHR6CHR7−または−CR6CR7CH2−−本式に
おいて、R6およびR7は上記において定義された通りで
ある−であってもよい。R6およびR7はまた、例えばピ
ロ−ロリル、フリル、チオニル、イミダゾリル、ピリジ
ル、ピリミジニル、インドリルなどのヘテロアリ−ル基
であってもよく、または両者は共同して例えば1、2−
シクロブタンジイル、1、2−シクロペンタンジイルま
たは1、2−シクロヘキサンヂイルなどの脂環系を形成
してもよい。
【0057】本発明の好ましい形態においては、モノマ
−シントンにおけるEはCOOHまたはその活性化され
た誘導体であり、またオリゴマ−におけるGは、−CO
NR 3−である。(好ましくは、式Iにおける−R3NO
Cの方向において)。上記において定義したように、E
はまた、CSOH、SOOH、SO2OH、またはそれ
らの活性化された誘導体であってもよく、またこの時オ
リゴマ−におけるGは、−CSNR3−、−SONR3
および−SO2NR3−となる。かかる活性化は、例えば
酸無水物または活性エステル誘導体を用いて行えばよ
く、この際Eで表される基における水素は、成長する主
鎖を精製させるために適した解離する基によって置換さ
れている。
【0058】かかる主鎖を形成するアミノ酸は、同じで
もまたは異なっていてもよい。本発明者らは、2−アミ
ノエチルグリシンに基づいたものが本発明の目的に特に
適していることを見出したのである。
【0059】場合によっては、何れかの端末(Q、I)
においてリガンドを結合させて、PNA類の結合特性を
変調させることは興味深いことであり得る。代表的なリ
ガンドとしては、dsDNAの結合を改善するDNA挿
入基または例えばリシンまたはポリリシンなどの、静電
的相互作用によってPNAの結合を強化する塩基性基が
挙げられる。カルボキシやスルフォ基などのマイナスに
荷電した基を減少させる基を使用することも可能であろ
う。シントンの設計によって更には、その他の原子部を
端末でない位置に移動させることもできる。
【0060】PNAオリゴマ−は、例えばヌクレア−ゼ
活性またはアルキル化活性を有するリガンドまたはリポ
−タ−リガンドなどの(発蛍光団、スピン標識、放射性
物質、タンパク質認識リガンド、たとえばビオチンまた
はハプテン)低分子量の作動リガンドに共軛・接合させ
てもよい。本発明のまた別の局面においては、このよう
なPNA類は、ペプチドまたはタンパク質に共軛・接合
させるのであるが、かかるペプチドは信号発信活性を有
しかつかかるタンパク質はたとえば酵素、転写因子また
は抗体である。また、PNA類は、水溶性または非水溶
性のポリマ−に結合させることもできる。本発明の別の
局面において、これらのPNA類は、オリゴヌクレオチ
ドまたは炭水化物に共軛・接合させられる。保証された
場合は、PNAオリゴマ−は、固体支持体に結合された
何らかの原子部(たとえば、ペプチド鎖、リポ−タ−、
挿入基またはその他の種類のリガンド含有基)の上にお
いて合成することも出来る。
【0061】本発明に使用されるこれらのPNA類の合
成は、以下において詳細に議論されるが、ここにおいて
第1図は好ましいPNAの例の一つを表し、その構造を
相補的DNAの構造になぞらえている。
【0062】PNAオリゴマ−およびポリマ−の合成 分子を固体マトリックスにアンカ−止めする原理は、化
学変化の過程において中間生成物を解明するうえで役に
立つのであるが、固相合成またはメリフィ−ルド合成と
して知られている(たとえば、J.Am.Chem.S
oc.、1963、85、2149およびSCIENC
E、1986、232、341を参照のこと)。アミノ
酸を段階的にまたは断片的に組み立ててペプチドにする
方法として確立されているのは通常は、若干架橋処理さ
れたスチレン−ジビニルベンゼンコポリマ−から成るビ
−ズにしたマトリックスを用いるが、このような架橋処
理したコポリマ−は、ジビニルベンゼン類の混合物を添
加したスチレンをパ−ル重合させることによって形成さ
せられたものである。架橋密度・程度として1−2%が
通常は用いられ、かかるマトリックスも、本発明に従っ
て固相PNA合成に使用することが出来る(第1図)。
【0063】このような固相を当初において機能化させ
ることに関して、五十以上の方法が、従来の固相ペプチ
ド合成に関連して記載されている(たとえば、”The
Peptides” Vol.2におけるBaran
y and Merrified、Academic
Press、New York、1979、pp.1−
284、およびStewart and Youn
g、”Solid Phase Peptide Sy
nthesis”、2nd Ed.、PierceCh
emical Company、Illinois、1
984)。クロロメチル官能性(Merrified
resin;クロロメチルメチルエ−テル/SnCl4
反応を経由),アミノメチル官能性(N−ヒドロキシメ
チルフタルイミド反応を経由して;Mitchell
ら、Tetrahedron Lett.、1976、
3795)およびベンゾヒドリルアミノ官能性(Pie
ttaら、J.Chem.Soc.、1970、65
0)を導入する反応が、最も広く用いられている。その
本質如何に拘らず、このような官能性の目的は、通常は
かかるコポリマ−の固体支持体とその固体支持体にカッ
プリング結合させるべき第一のアミノ酸のC−末端との
間にアンカ−止め結合を形成させることである。官能基
の”濃度”をグラム当たりミリモル(mmole/g)
で表すことが一般的には好都合である。当初に導入した
他の反応性官能性としては、4−メチルベンゾヒドリル
アミノおよび4−メトキシベンゾヒドリルアミノが挙げ
られる。これらの確立された方法は全て、原則として本
発明の文脈の範囲内において有用である。PNA合成の
好ましい方法は、当初官能性としてアミノメチルを使用
するが、それは、アミノメチルが、スペ−サ−形成試薬
の一端においてカルボキシル酸へのアミド結合を本質的
に定量的に形成させることに関連してアミノメチル官能
性のアミノ基が持つ反応性が高いために”スペ−サ−”
または”ハンドル(handle)”基を導入すること
に関して有利であるから。該当するスペ−サ−またはハ
ンドル形成性二官能性基について膨大な数の基が記載さ
れている(Barranyら、Int.J.Pepti
de Protein Res.、1987、30、7
05を参照)が、特にたとえばアミノメチル官能におい
て見出されているようなアミノ基に対する反応性の高い
試薬が記載されている。代表的な二官能性試薬として
は、たとえば4−(ブロモメチル)フェニル酢酸などの
4−(ハロアルキル)アリ−ル−低級アルカン酸、たと
えばBoc−アミノアシル−4−(オキシメチル)フェ
ニル酢酸などのBoc−アミノアシル−4−(オキシメ
チル)アリ−ル−低級アルカノン酸、たとえばN−Bo
c−p−グルタロイルベンゾヒドリルアミンなどのN−
Boc−p−アシルベンゾヒドリルアミン、たとえばN
−Boc−4’−メチル−p−グルタロイルベンゾヒド
リルアミンなどのN−Boc−4’−低級アルキル−p
−アシルベンゾヒドリルアミン、たとえばN−Boc−
4’−メトキシ−p−グルタロイル−ベンゾヒドリリル
アミンなどのN−Boc−4’−低級アルコキシ−p−
アシルベンゾヒドリルアミン、および4−ヒドロキシメ
チルフェノキシ酢酸が挙げられる。本発明の文脈の範囲
内において特に該当するスペ−サ−基の一種類は、フェ
ニルアセトアミドメチル(Pam)ハンドル(Mitc
hell and Merrifield、J.Or
g.Chem.、1976、41、2015)であり、
これは4−フェニルアセトアミドメチル基の電子吸引効
果から派生して、Boc−アミノ脱保護試薬であるトリ
フルオロ酢酸(TFA)に対する古典的なベンジルエス
テル結合よりもほぼ100倍安定である。
【0064】PNA鎖のC−末端がアミドの形態となる
ように合成したPNA鎖を固体支持体から開裂させる目
的のために導入させてもよいいくつかの官能性(たとえ
ば、ベンゾヒドリルアミノ、4−メチルベンゾヒドリル
アミノおよび4−メトキシベンゾヒドリルアミノ)は、
スペ−サ−基の導入を一切必要としない。このような官
能性は何れも、有利には本発明の文脈において使用する
ことが出来る。
【0065】スペ−サ−またはハンドル基の導入に関す
るもう一つの戦略は、所謂”予備形成したハンドル”戦
略(Tamら、Synthesis、1979、955
−957を参照)であって、これは、第一のアミノ酸を
カップリング結合させることを完璧に制御することが出
来またペプチドまたはPNA合成に関係しない所望しな
い官能基が存在することから起因する複雑な状況が生ず
る可能性を排除するものである。この戦略においては、
スペ−サ−またはハンドル基は、前記したものと同様の
種類の基であるがこれらを固体支持体に結合させたいと
希望する第一のアミノ酸と反応させるが、該アミノ酸は
N−保護されておりかつ随意には所望のPNA鎖の伸張
について該当しないその他の側鎖において保護される。
すなわち、スペ−サ−またはキハンドル基が望ましい場
合においては、固体支持体にカップリングさせるべき第
一のアミノ酸は、当初に導入した官能性(たとえば、ア
ミノメチル基)に導入させておいたスペ−サ−基の遊離
の反応性末端にカップリング・結合させることが出来る
かまたはスペ−サ−形成試薬と反応させることが出来
る。スペ−サ−形成性試薬は、次いで当初に導入した官
能性と反応させる。他の有用なアンカ−止めスキ−ムと
しては、”多重脱離可能な(multi−detach
able)”樹脂(Tamら、Tetrahedron
Lett.、1979、4935およびJ.Am.C
hem.Soc.、1980、102、611;Ta
m、J.Org.Chem.、1985、50529
1))であり、この樹脂は、一つ以上の放出・解離型式
が可能であり、かくして合成デザインにおいて一層の柔
軟性をもたらすものである。
【0066】N−保護のための適当な選択策としては、
通常は側鎖の保護のためのベンジルに関連した基と組合
せて用いる第三級−ブチルオキシカルボニル(Boc)
基(Carpino、J.Am.Chem.Soc.、
1957、79、4427;McKayら、J.Am.
Chem.Soc.、1957、79、4686;An
dersonら、J.Am.Chem.Soc.、19
57、79、6180)および如何なる側鎖をも保護す
るための第三級ブチル(tBu)と組合せて用いる9−
フルオレニルメチルオキシカルボニル(Fmoc)基
(Carpinoら、J.Am.CHem.Soc.、
1970、92、5748およびJ.Org.Che
m.、1972、37、3404)である。尤も、通常
の固相ペプチド合成において公知であるその他の多くの
可能性がある。すなわち、種々のその他のアミノ保護基
が存在するのであり、その内のいくつかは、Adoc
(Hassら、J.Am.Chem.Soc.、196
6、88、1988)。Bpoc(Sieber、He
lv.Chem.Acta.、1968、51、61
4)、Mcb(Bradyら、J.Org.Che
m.、1977、42、143),Bic(Kepm
ら、Tetrahedron、1975、4624),
o−ニトロフェニルスルフェニル(Nps)(Zerv
esら、J.Am.Chem.Soc.、1963、8
5、3660)およびジチアスクシノイル(Dts)
(Baranyら、J.Am.Chem.Soc,、1
977、99、7363)である。これらのアミノ保護
基は、特にウレタン官能性に基づく保護基は、大半のア
ルファ−アミノ酸のカップリングの過程においてラセミ
化(容易に生成するオキサゾリノン(アスラクトン)中
間体の互変異性化によって仲介される)を成功裏に抑止
する。このようなアミノ保護基以外に、それ以外では”
無用の”非ウレタン型式のアミノ保護基の全体は、PN
A分子、特にアキラル単位から構築したPNA分子を構
築するに際しては適用可能である。すなわち、上記した
アミノ保護基(またはこれらの基から誘導されたもの)
は、本発明の文脈の範囲内において有用であるばかりで
なく、以下の要件をほぼ満たすアミノ保護基の実際上全
てのものが有用である:(1)温和な酸に対する安定性
(カルボキシル基によって有意に攻撃されない);
(2)温和な酸または求核試薬に対する安定性(問題と
なるアミノ基によって有意に攻撃されない);(3)ア
セチル化に対する抵抗性(活性化されたアミノ基によっ
て有意に攻撃されない);さらに(4)該保護基は、重
大な副反応を伴うことなく定量的な除去可能性に近いも
のでなくてはならない;および(5)導入されるアミノ
酸の光学的完全さが、好ましくはカップリングに際して
高度に保存されるべきである。最後に、側鎖保護基の選
択は一般的に、側鎖官能性の保護は繰り返されるアミノ
脱保護サイクルの条件に耐えるものでなくてはならない
ので、アミノ保護基の選択に依存して異なる。PNAを
化学的に構築する全般的な戦略が、たとえばアミノと側
鎖保護基の特異的な酸安定性に依拠しようとも(たとえ
ば上記した”Boc−ベンジル”の手法)、または直交
的な、すなわち化学選択的な保護スキ−ムを用いようと
も(たとえば、上記した”Fmoc−tBu”手法の当
てはまる)、このことは真実である。
【0067】第一のアミノ酸をカップリングさせた後、
固相合成の次ぎの工程は、所望するPNA鎖を系統的に
合成することである。このような合成は、繰り返し行う
脱保護/カップリングサイクルを包含する。たとえばB
ocやFmoc基などの、最後にカップリングしたアミ
ノ酸の暫定的な保護基は、たとえばBocの場合はトリ
フルオロ酢酸を用いた酸分解、Fmocの場合はピペリ
ジンを用いた塩基処理などの適当な処理に依って定量的
に除去し、かくしてN−末端アミノ機能を遊離せしめる
のである。
【0068】所望一歩前のN−保護されたアミノ酸は次
いで、最後にカップリングさせたアミノ酸のN−末端に
カップリングさせる。アミノ酸のC−末端に最後にカッ
プリングさせたアミノ酸のN−末端をこのようにカップ
リングさせることは、いくつかの方法で行い得る。たと
えば、2、4、5−トリクロロフェニルエステル(Pl
essら、Helv.Chim.Acta、1963、
46、1609)、フタルイミドエステル(Nefke
nsら、J.Am.Chem.Sco.、1961、8
3、1263)、ペンタクロロフェニルエステル(Ku
pryszewski、Rocz.Chem.、196
1、35、595)、ペンタフロロフェニルエステル
(Kovacsら、J.Am.Chem.Soc.、1
963、85、183)、o−ニトロフェニルエステル
(Bodanzsky、Nature、1955、17
5、685)、イミダゾ−ルエステル(Liら、J.A
m.Chem.Soc.、1970、92、7608)
および3−ヒドロキシ−4−オキソ−3、4−ジヒドロ
キナゾリン(Dhbt−OH)エステル(Konig
ら、Chem.Ber.、1973、103、2024
および2034)などの活性エステル誘導体を当初に形
成させること、またはたとえば対称無水物などの無水物
を当初に形成させることを含む、いくつかの方法の何れ
を用いてある形態の導入アミノ酸にカルボキシル基を付
与する事によって結合させることが出来る。その代わり
に、導入するアミノ酸のカルボキシル基には直接的に、
たとえばジシクロヘキシルカルボジイミド(Seeha
nら、J.Am.Chem.Soc.、1955、7
7、1076)またはその誘導体などの縮合試薬を用い
て最後にカップリングしたアミノ酸のN−端末と反応さ
せることが出来る。ベンゾトリアゾリル N−オキシト
リス−ジメチルアミノホスホニウム ヘキサフルオロホ
スフェ−ト(BOP)、すなわち”カストロの試薬”
(たとえば、Rivailleら、Tetrahedr
on、1980、36、3413)が、第二級アミノ基
を含むPNA分子を構築する場合勧められる。最後に、
最近報告されたアミノ酸弗化物(Carpino、J.
Am.Chem.Soc.、1990、112、965
1)niruijisita活性化PNAモノマ−も、
PNA合成においても使用できる相当な見込みがある。
【0069】保護基を含む所望のPNA鎖を構築した
後、次ぎの工程は、通常はPNA鎖のアミノ酸部位の脱
保護と合成したPNAを固体支持体から開裂させること
であろう。これらのプロセスは、実質的に同時に生起さ
せて、その結果所望の形状で遊離のPNA分子を得るこ
とが可能である。その代わりに、これら二つの別々に合
成されたPNA鎖を縮合させねばならない場合は、合成
のスタ−ト時に適当なスペ−サ−基を選択して、かくし
て所望のPNA鎖をそれぞれの固体支持体から開裂させ
(両方のペプチド鎖ともなおそれぞれ側鎖保護基を含ん
でいる)、次いで最後に、たとえば二つの側鎖保護され
たペプチド鎖をカップリングさせた後側鎖保護基を除去
して、かくしてより長いPNA鎖を形成せしめることに
よって、このような反応は可能である。
【0070】上記した”Boc−ベンジル”保護スキ−
ムにおいて、側鎖の最終的な脱保護およびPNA分子の
固体支持体からの開放は、たとえば無水HF(Saka
kibaraら、Bull.Chem.Soc.Jp
n.、1965、38、4921)、トリス(トリフル
オロ酢酸)ホウ素(Plessら、Helv.Chi
m.Acta、1973、46、1609)およびトリ
フルオロメタンスルホン酸やメタンスルホン酸(Yaj
imaら、J.Am.Chem.Soc.、Chem.
Comm.、1974、107)などのスルホン酸類な
どの強酸を使用することに依って実施されるのがもっと
も多い。このような通常の強酸(たとえば、無水HF)
による脱保護方法は、極めて反応性の強いカルボカチオ
ンを生成し、それによってPNA鎖の中における敏感な
残基のアルキル化やアシル化が起きる可能性がある。こ
のような副反応は、アニソ−ル、フェノ−ル、ジメチル
サルファイドやメルカプトエタノ−ルなどのスカベンジ
ャ−(捕捉剤)を存在させることによっては部分的にし
か回避出来ないので、従ってサルファイドを用いた酸加
水分解的SN2脱保護法(Tamら、J.Am.Che
m.Soc.、1983、105、6442およびJ.
Am,Chem.Soc.、1986、108、524
2),所謂”低い”方法は、有害なカルボカチオンの前
駆体を除いて、不活性なスルフォニウム塩を形成させる
のであるが、ペプチドやPNA合成においては単独でま
たは”高い”方法と組合せて頻繁に用いられる。それ程
頻繁ではないが、特別の場合には、脱保護することおよ
び/またはPNA−固体支持体との結合を最終的に開裂
させるために用いられる方法としては、たとえば、塩基
接触アルコ−ル分解(Bartonら、J.Am.Ch
em.soc.、1973、95、4501)やアンモ
ニア分解ならびにヒドラジン分解(Bodanszky
ら、Chem.Ind.、1964、1423)、水素
分解(Jones、Tetrahedron Let
t.、1977、2853およびSchlatter
ら、Tetrahedron Lett.、1977、
2861)および光分解(Rich and Gurw
ara、J.Am.Chem.Sco.、1975、9
7、1575)などの方法が挙げられる。
【0071】最後に、”通常の”ペプチドの化学的合成
と異なって、たとえばアミノエチルグリシル主鎖単位に
基づいたPNA類などのアキラルPNA類の段階的鎖構
築は、かかるカップリング反応はラセミ化を伴わないの
で、N−端末またはC−端末の何れかから出発すること
が出来る。
【0072】大半の走査は、固相ペプチド合成の合成サ
イクルにおけるのと同一である(固相PNA合成につい
ても当てはまるように)事実を認識することに基づい
て、新規のマトリックス、すなわちPEPS が多数の
ペプチド類の合成を容易にするために最近導入された
(Bergら、J.Am.Chem.Soc.、198
9、111、8024および国際特許出願WO 90/
02749号)。このようなマトリックスは、長鎖のポ
リスチレン(PS)グラフト(106のオ−ダ−の分子
量)をぶら下げたポリエチレン(PE)フィルムから構
成される。このフィルムのロ−ディングの能力は、ビ−
ズマトリックスと同じ程度に高いが、PEPSには、多
段合成に同時に適合させる別の柔軟性がある。すなわ
ち、新規な固相ペプチド合成方法においては、かかるP
EPSフィルムは、不連続の標識されたシ−トに加工さ
れるが、それぞれのシ−トは、個別の分画部として機能
する。このような合成サイクルの同一の工程の全てにお
いて、これらのシ−トは、単一の反応容器の中において
一体に保持され、かくして通常の方法による単一ペプチ
ドの合成と近似した速度で複数のペプチド合成を同時に
実施せしめることが可能である。
【0073】このPEPSフィルム支持体は、該当する
特殊化学に適合せしめられた結合基またはスペ−サ−基
を含んで成り、複数のPNA分子の合成において特に有
用で貴重であるはずと推定された。それというのも、四
つの”プソイド−ヌクレオチド”単位のそれぞれに対し
て一つずつ、僅かに四つの異なる反応分画部しか通常は
必要とされないので、概念上合成が簡単であるからであ
る。すなわち、PEPSフィルム支持体は、平行したか
つ実質的に同時の態様でかす多くのPNA合成において
試験されて、何れも成功している。PEPSから得られ
た製品の収率と品質は、伝統的なポリスチレンビ−ズ支
持体を使用することによって得られた収率と品質に比肩
し得るものであった。また、たとえば不織フェルト、編
みネット、スティックまたはマイクロウエルプレ−トな
どその他の外観形状のPEPSポリマ−を用いた実験の
意結果では、合成効率に何等の制限もないことが判って
いる。多数のペプチドを同時に合成するために提案され
た他の二つの方法もやはり、多数の異なるPNA分子を
調製製造するために適用され得る。これらの方法の最初
の方法は(Geysenら、Porc.Natl.Ac
ad.Sci,USA、1984、84、3998)、
アクリル酸グラフトポリエチレン製ロッドおよび96個
のマイクロリットルウエルを用いて、成長するペプチド
鎖を固定化しかつ分画化した合成を実施するものであ
る。この方法は、極めて効率がよいものの、マイクログ
ラムのスケ−ルでのみ適用可能であるに過ぎない。第二
の方法は(Houghten、Proc.Natl.A
cad.Sci.USA、1985、82、513
1)、伝統的に使用されてきたポリマ−ビ−ズを用いる
ものである。その他多重ペプチドまたはPNA合成のた
めに提案された方法で、本発明の文脈の範囲内に入る方
法には、密度の異なる二つの相異なる支持体を同時に用
いる方法(Tregaer、”Chemistry a
nd Biology ofPeptides”、J.
Meierhofer編著、Ann ArborSc
i,Publ.、Ann Arbor、1972 p
p.175−178)、マニホルドを介して異なる反応
容器を組み合わせる方法(Gorman、Anal.B
iochem.、1984、136、397)、マルチ
カラム固相合成法(たとえば、Krscnakら、In
t.J.Peptide Protein Res.、
1989、33、209およびHolm and Me
ldal、”Proceedings of the
20th European Peptide Sym
podium”、G.JungおよびE.Bayer編
著、Walter de Gruyter & C
o.、Berlin、1989pp208−210)お
よびセルロ−スペ−パ−を使用する方法(Eichle
rら、Collect.Czech.Chem.Com
mun.、1989、54、1746)がある。従来か
らある架橋スチレン/ジビニルベンゼンコポリマ−マト
リックスおよびPEPS支持体が目下とのところ固相P
NA合成の文脈において好ましいのであるが、該当し得
る固体支持体の例として、これに限定されないリストに
は以下のものが含まれる:すなわち(1)既知量のN−
第三級−ブトキシカルボニル−ベ−タ−アラニル−N’
−ヘキサメチレンジアミンを含むN、N’−ビサクリロ
イルエチレンジアミンで架橋されたジメチルアクリルア
ミドのコポリマ−を用いた粒子。いくつかのスペ−サ−
分子は、典型的にはベ−タアラニル基を介して、次いで
アミノ酸残基によって付加される。また、このベ−タア
ラニル含有モノマ−は、重合過程においてアクロイルサ
ルコシンモノマ−で置換して、樹脂ビ−ズを形成するの
である。かかる重合を行ったあとで、ビ−ズにエチレジ
アミンを反応させて、共有結合で結合させた官能基とし
て一級アミンを含有する樹脂粒子を形成する。このポリ
アクリルアミドを用いた支持体は、相対的にポリスチレ
ンを用いた支持体よりも親水性が高く、ジメチルホルム
アミド、ジメチルアセトアミド、N−メチルピロリドン
などを含む極性の高い、非水性の溶媒とともに通常は使
用される(Athertonら、J.Am.Chem.
Soc.、1975、97、6584、Bioorg.
Chem.、1979、8、351およびJ.C.
S.、Perkin I、538(1981)を参
照);(2)第二の固体支持体のグル−プは、たとえ
ば、多孔質のガラスビ−ズやシリカゲルなどのシリカ含
有粒子を用いるものである。一つの例は、Waters
Associates、Framingham、M
A、USAが”PORASIL”なる商標で市販されて
いるトリクロロ−[3−(−クロロメチル)−フェニ
ル]プロピルシランおよび多孔質のガラスビ−ズとの反
応生成物(Parr and Grohmann、An
gew.Chem.Internal.Ed.、197
2、11、314を参照)である。同様に、1,4−ジ
ヒドロキシメチルベンゼンとシリカとのモノエステル
(Waters Associatesによって”BI
OPAK”なる商標で販売されている)が、有用である
と報告されている(Bayer and Jung、T
etrahedron Lett.、1970、450
3);(3)有用な固体支持体の三番目の種類は、二種
の主要成分を含有しているという意味で複合物と称する
ことが出来る:すなわち、樹脂および使用した有機合成
反応条件に対して実質的にに不活性であるたの材料であ
る。一つの複合物の例は(Scottら、J.Chro
m.Sci、1971、9、577を参照)、疎水性の
架橋処理したクロロメチル基を含むスチレンポリマ−で
被覆したガラス粒子を用いたものであり、Hamde
n、CT、USAのNorthgateLaborat
ories、Inc.によって製造販売されていたもの
である。もう一つの複合物の例は、ポリスチレンがグラ
フトされているフッ素化エチレンポリマ−のコア−を含
有するものである(Kent and Merrifi
eld、Israel J.Chem.、1978、1
7、243およびvanRietschoten,”P
eptides 1974”、Y.Wolman編著、
Wiley and Sons、New York、1
975、pp.113−116を参照);(4)たとえ
ばコトンシ−トなどのPEPS以外の同一種に属する固
体支持体(Lebl and Eichler、Pep
tideRes.、1989、2、232)およびヒド
ロキシプロピルアクリレ−トでコ−トされたポリプロピ
レン膜(Danielsら、Tetrahedron
Lett.、1989、4345)もPNA合成に適し
ている。
【0074】操作が手動または自動であれ、本発明の文
脈における固相PNA合成は、通常はバッチ法で行われ
る。しかしながら、このような合成の大半は、支持体を
カラムに充填して(Bayerら、Tetrahedr
on Lett.、1970、4503およびScot
tら、J.Chromatogr.Sci.、197
1、9、577)連続フロ−の型式で同様に実施しても
よい。連続フロ−固相合成に関して、硬質のポリ(ジメ
チルアクリルアミド)−珪藻土(Kieselguh
r)支持体(Athertonら、J.Chem.So
c.Chem.Commu.、1981、1151)
が、特に成功しているように見えるが、もう一つの有用
で貴重な方法は、標準的なコポリ(スチレン−1%−ジ
ビニルベンゼン)支持体のために工夫されたものに関す
るものである(Krchnakら、Tetrahedr
on Lett.、1987、4469)。
【0075】固相方法は目下のところPNA合成の文脈
において好ましいのであるが、その他の方法論またはた
とえばそれらとこのような固相法との組合せも適用され
る:すなわち、(1)ペプチドの古典的な溶液相法(た
とえば、Bodanszky、”Principles
of Peptide Synthesis”、Sp
ringer−Verlag、Berlin−New
York 1984)であって段階的な構築法によるか
またはセグメント/フラグメント縮合法によるものが、
PNA化合物の特に大規模な製造(グラム。キログラム
またはトンまでも)を考慮する場合に特別に該当する;
(2)所謂”液相”戦略であって、たとえば線状ポリス
チレンなどの溶解性ポリマ−支持体(Shemyaki
nら、Tetrahdron Lett.、1965、
2323)やポリエチレングリコ−ル(PEG)(Mu
tter and Bayer、Angew.Che
m.、Int.Ed.Engl.、1974、13、8
8)を用いるものが有用である;(3)種々の分子量の
(”poly−disperse”)ペプチドまたはP
NA分子を生成するランダム重合(たとえば、Oida
n、”Principles of Polymeri
zation”、 McGraw−Hill、New
York(1970)を参照)抗ウイルス効果のスクリ
−ニングの目的のために特に該当する;(4)ポリマ−
に支持されたアミノ酸の活性エステル(Fridkin
ら、J.Am.Chem.Soc.、1965、87、
4646)を使用した方法であって、”逆Merrif
ield合成法”または”ポリメリック試薬合成法”と
も称される方法には、中間物の単離および精製ができる
という利点があり、従って、中間の大きさの任意に保護
されたPNA分子で、後刻引き続いてフラグメント縮合
してより大きいサイズのPNA分子に変換することが出
来るPNA bunsiを合成するための特に適した方
法を提供し得るものである;(5)PNA分子をたとえ
ばプロテア−ゼまたは新規な特異性を有するその誘導体
(たとえばタンパク質工学などの人工的手段によって得
られる)を用いて酵素的に構築することが見込まれる。
また、数多くのPNAフラグメントを縮合して極めて大
きなPNA分子に変えるための”PNAリガ−ゼ”を開
発することも見込むことが出来る;(6)抗体は、興味
の対象とする実質的に如何なる分子としても生成させる
ことが出来るので、Lerner(Tramantan
oら、Science、1986、234、1566)
とSchultz(Pollackら、Scienc
e、1986、234、1570))のグル−プによっ
て同時に発見された、最近開発された接触抗体(abz
ymes)も、PNA分子を構築するための潜在的な候
補として考慮されるべきであろう。すなわち、アシル−
トランスファ−反応を接触・触媒するabzymesを
産生させるのに顕著な成功が成されている(たとえば、
Shokatら、Nature、1989、338、2
69およびそれに引用されている文献を参照).sai
goni、対細菌Stewartのグル−プ(Han
ら、Science、1990、248、1544)に
よって開拓された完全に人工的な酵素を、PNA合成に
適するように開発することも出来るであろう。
【0076】一般的に適用可能な酵素、リガ−ゼおよび
接触抗体など、特異的なカップリング反応を仲介するこ
とが可能なものの設計は、”通常の”ペプチド合成より
もPNA合成のための方がより容易に実施されるはずで
ある。その理由は、PNA分子は、ペプチドを構成する
二十個の天然の(タンパク質生成性−proteino
genic−)アミノ酸と比較して、僅か四つの異なる
アミノ酸(四つの天然の塩基のそれぞれの一つに対応す
るもの)から構成されている場合が多いからである。結
論として、特異的なPNA分子を合成するためには単一
の戦略では如何なるものも適合することはなく、従って
時にはいくつかの方法の組合せが最善に機能することが
あり得るであろう。
【0077】(a)モノマ−構成単位の合成実験 これらのモノマ−は好ましくは、第8図において概略を
示した一般的スキ−ムによって合成される。この合成
は、実施例21−23において記載した保護/脱保護方
法を用いて(Bocアミノエチル)グリシンのメチルま
たはエチルエステルの何れかの製造を包含して成る。チ
ミンモノマ−の合成は、実施例24−25において記載
されており、また保護されたシトシンモノマ−の合成は
実施例26において記載されている。
【0078】保護されたアデニンモノマ−の合成(第1
4図)は、臭化酢酸エチルによるアルキル化(実施例2
7)およびX線結晶学を用いた置換位置の確認−所望と
する9位−を包含して成るものであった。次いでN6−
アミノ基をN−エチル−ベンジルオキシカルボニルイミ
ダゾ−ル テトラフルオロ硼酸エステル試薬を用いてベ
ンジルオキシカルボニル基で保護した(実施例28)。
このエステル生成物を単に加水分解すると、N6−ベン
ジルオキシカルボニル−9−カルボキシメチルアデニン
が得られ、これを次ぎに標準方法に用いた(実施例10
−11、第8図)。このアデニンモノマ−を構築して、
二つの異なるPNA−オリゴマ−とした(実施例30お
よび31)。
【0079】保護されたG−モノマ−の合成を、第15
図において概略を示してある。この出発物質である2−
アミノ−6−クロロプリンを臭化酢酸でアルキル化し
(実施例32)、次いでこの塩素原子をベンジルオキシ
基で置換した(実施例36)。得られた酸を試薬PyB
roptmを用いて(Bocアミノエチル)グリシンメ
チルエステル(実施例36)とカップリングさせ、次い
で得られれたエステルを加水分解した(実施例23)。
このO6−ベンジル基をPNA−オリゴマ−の合成にお
いて最終のHF−開裂工程で除去した。開裂は、縮合剤
としてジイソプロピルカルボジイミドを用いてPNA−
オリゴマ−に組み込んだ場合、最終のPNA−オリゴマ
−の予期した量を測定することによって確認した(実施
例52)。以下に記載する略記号を実験実施例において
使用する:DMF、N、N−ジメチルホルムアミド;D
CC、N、N−ジシクロヘキシルカルボジイミド;DC
U、N、N−ジシクロヘキシル尿素;THF、テトラヒ
ドロフラン;aeg、N−アセチル(2’−アミノエチ
ル)グリシン;pfp、ペンタフルオロフェニル;Bo
c、第三級−ブトキシカルボニル;Z、ベンジルオキシ
カルボニル;NMR、核磁気共鳴;s、一重項;d、二
重項;t、三重項;q、四重項;m、多重項;b、ブロ
−ド;δ、化学シフト。
【0080】NMRスペクトルは、テトラメチルシラン
を内部標準として用いてJEOLFX 90Q 分光計
またはBruker 250MHzで記録した。質量分
光測定は、VG FAB源およびプロ−ブを備えたMa
ssLab VG 12−250四極子装置で行った。
融点は、Buchi融点測定装置で記録し、補正は行わ
なかった。N、N−ジメチルホルムアミドは、4Åモレ
キュラ−シ−ブで乾燥し、蒸留し次いで4Åモレキュラ
−シ−ブ上で保存した。ピリジン(HPLCグレ−ド)
は、4Åモレキュラ−シ−ブ上で乾燥し、保存した。そ
の他の溶媒は、入手可能な最高級品質のものかまたは使
用前に蒸留した。ジオキサンは、使用前に塩基性アルミ
ナを通した。Boc無水物、4−ニトロフェノ−ル、臭
化酢酸メチル、塩化ベンジルオキシカルボニル、ペンタ
フルオロフェノ−ルは全て、Aldrich Chem
ical Companyを介して入手した。チミン、
シトシン、アデニンは全て、Sigma を介して入手
した。
【0081】薄層クロマトグラフィ−(Tlc)は、以
下の溶媒系を用いて行った:(1)クロロホルム:トリ
エチルアミン:メタノ−ル、7:1:2;(2)塩化メ
チレン:メタノ−ル、9:1;(3)クロロホルム:メ
タノ−ル:酢酸 85:10:5。スポットは、UV
(254nm)によってまたは/および120℃におい
て5分間加熱後ニンヒドリン溶液(100mlの1−ブ
タノ−ルおよび30ml酢酸中に3gニンヒドリン)を
噴霧し次いで噴霧後再度加熱することによって可視化さ
せた。
【0082】鎖延長した主鎖 グル−プA、CおよびD(第16図)の変化は、モノマ
−構成単位を合成し、PNA−オリゴマ−に組み入れる
ことによって証明される。一つの例において、グル−プ
CはCH(CH3)基である。相応するモノマ−の合成
は、第17図において概略を示すが、Boc−保護され
た1−アミノ−2、3−プロパンジオ−ル(実施例3
5)の製造を包含して成り、このものは、過ヨウ素酸塩
で開裂してbocアミノアセトアルデヒドとし、このも
のを直接次の反応に用いる。このbocアミノアセトア
ルデヒドを種々のアミンと縮合させることが出来る;実
施例36において、アラニンエチルエステルを使用し
た。実施例17−19において、相当するチミンモノマ
−類を調製した。このようなモノマ−は、DCC−カッ
プリングプロトコ−ルによって8−量体に組み入れた
(実施例30および31)。
【0083】別の例において、第−グル−プは(C
23である。相当するモノマ−の合成は、第18a図
において概略を示し、かつ実施例40および46におい
て記載してある。
【0084】また別の例において、Cグル−プは、(C
22CO基である。チミンおよび保護されたシトシン
モノマ−の合成は、第19図および実施例46から51
にまでにおいて概略を示してある。一つのユニットを包
含するPNA−オリゴマ−を用いたハイブリダイゼ−シ
ョン実験は、実施例61に記載しており、これによれ
ば、親和性が著しく低下しているが特異性は保持されて
いることが示される。
【0085】
【実施例】
【0086】実施例1 4−ニトロフェニル炭酸第三級−ブチルエステル 炭酸ナトリウム(29.14g;0.275mol)お
よび4−ニトロフェノ−ル(12.75g;91.6m
ol)をジオキサン(250ml)と混合した。Boc
−無水物(20.0g:91.6mol)をジオキサン
(50ml)tとともにこの混合物に移した。この混合
物を1時間還流し、0℃にまで冷却し、ろ過し、1/3
にまで濃縮し、次いで0℃において水(350ml)に
注いだ。1/2時間攪拌した後、この生成物を濾取し、
水で洗浄し、次いで真空下でsicapent上で乾燥
した。収率、21.3g(97%)。m.p.73.0
−74.5℃(litt.78.5−79.5℃)。元
素分析、C1113NO5、実験値(理論値) C:5
5.20(55.23) H:5.61(5.48)
N:5.82(5.85)
【0087】実施例2 (N’−Boc−2’−アミノエチル)グリシン(2) 表題化合物をHeimerらによる方法の変法によって
調製した。N−(2−アミノエチル)グリシン(1、
3.00g;25.4mol)を水(50ml)に溶解
し、ジオキサン(50ml)を加え、次いでpHを2N
水酸化ナトリウムで11.2に調節した。第三級−ブチ
ル−4−ニトロフェノ−ル炭酸エステル(7.29g;
30.5 mmol)をジオキサン(40ml)に溶解
し、2時間かけて滴下したが、この間においてpHは2
N水酸化ナトリウムで11.2に維持した。pHは、3
時間以上定期的に11.2に調節し、次いで溶液を一夜
放置した。溶液を0℃にまで冷却し、pHを注意深く
0.5M塩酸で3.5に調節した。この水溶液を0.5
Mクロロホルム(3 x 200ml)で洗浄し、pH
を2N水酸化ナトリウムで9.5に調節し、この溶液を
真空下で(14mmHg)蒸発乾凅した。残渣をDMF
(25+2x10ml)で抽出し、抽出液をろ過して、
過剰の塩を除去した。こうすることによって、表題化合
物の溶液が収率約60%でかつtlc(溶媒系1、ニン
ヒドリンで可視化した、Rf=0.3)による純度が9
5%以上で得られる。この溶液をこれ以上精製すること
なく以後のBoc−aegの製造に使用した。
【0088】実施例3 N−1−カルボキシメチルチミン(4) この方法は、文献奇さの方法とは異なるが、より容易簡
単であり、高い収率が得られ、製品中に未反応のチミン
が残留しない。DMF(900ml)中にチミン(3、
40.0g;0.317mol)および炭酸カリウム
(87.7g;0.634mmol)を分散させた分散
液に、臭化酢酸メチルエステル(30.00ml;0.
317mmol)を加えた。この混合物を窒素雰囲気下
で一夜激しく攪拌した。この混合物をろ過し、真空下で
蒸発乾凅した。固形の残渣を水(300ml)および4
N塩酸(12ml)で処理し、0℃において15分間攪
拌し、ろ過し、水(2x75ml)で洗浄した。沈殿物
を水(120ml)および2N水酸化ナトリウム(60
ml)で処理し、10分間沸騰させた。この混合物を0
℃に冷却し、ろ過し、次いで純粋の表題化合物を4N塩
酸(70ml)を添加することによって沈殿させた。s
icapent上で真空下乾燥させた後での収率、3
7.1g(64%)。1H− NMR(90MHz;D
MSO−d6):11.33 ppm(s,1H,N
);7.49(d,J=0.92Hz,1H,Ar
);4.38(s,2H,C 2;1.76(d,J
=0.92Hz,T−C 3)。
【0089】実施例4 N−1−カルボキシメチルチミン ペンタフルオロフェ
ニル エステル(5) N−1−カルボキシメチルチミン(4、10.0g;5
4.3mmol)およびペンタフルオロフェノ−ル(1
0.0g;54.3mmol)をDMF(100ml)
中に溶解し、氷水で0℃にまで冷却した。DCC(1
3.45g;65.2mmol)を次ぎに添加した。温
度が5℃以下になったとき、氷浴を取り除き、混合物を
常温で3時間攪拌した。沈殿したDCUをろ過して除去
し、DMF(2 x 10ml)で二度洗浄した。濾液
を合わせてエ−テル(1400ml)に注ぎ、0℃にま
で冷却した。石油エ−テル(1400ml)を添加し、
混合物を一夜放置した。表題化合物をろ過して単離し、
石油エ−テルで完全に洗浄した。収率:14.8g(7
8%)。この製品は、次ぎの反応を実施する出来るほど
純粋であったが、分析用サンプルを2−プロパノ−ルか
ら再結晶して得た。m.p.200.5−206℃。元
素分析、C137524、実験値(理論値)C:4
4.79(44.59) H:2.14(2.01)
N:8.13(8.00)。FAB−MS:443(M
+1+グリセリン)、351(M+1)。 1 H−NMR(90MHz;DMSO−d6):11.
52ppm(s,1H,N);7.64(s,1H,
Ar);4.99(s,2H,C 2);1.76
(s,3H,C 3)。
【0090】実施例5 1−(Boc−seg)チミン(6) DMF−溶液に上から、トリエチルアミン(7/08m
l;50.8mmol)を加え、次いでN−1−カルボ
キシメチルチミン ペンタフルオロフェニルエステル
(5、4.45g;12.7mmol)を加えた。生じ
た溶液は、1時間攪拌し、0℃に冷却しカチオン交換物
質(”Dowex 50W X−8”、40g)で20
分間処理した。このカチオン交換物質をろ過して除去
し、ジクロロメタン(2 x 15ml)で洗浄し、ジ
クロロメタン(150ml)を加えた。生じた溶液を飽
和塩化ナトリウム溶液で洗浄し、硫酸マグネシウム上で
乾燥し、真空下で蒸発乾凅したが、先ず水アスピレ−タ
で、次いでオイルポンプで行った。残渣を水(50m
l)で振盪し、蒸発乾凅した。この方法をもう一度繰り
返した。残渣を次いでメタノ−ル(75ml)に溶解
し、エ−テル(600m)と石油エ−テル(1.4L)
に注いだ。一夜攪拌した後で、白色固体をろ過して単離
し、石油エ−テルで洗浄した。真空下でsicapen
t上で乾燥して、3.50g(71.7%)が得られ
た。m.p.142−147℃。元素分析、C1624
47、実験値(理論値) C:49.59(50.0
0) H:6.43(6.29) N:14.58(1
4.58)。1H−NMR(250MHz,DMSO−
d6)。二級アミド結合の周囲の回転が限定されている
ため、シグナルのいくつかが、2:1の比率で二重化し
た(リストにおいて大きい方はmjでまた小さい方はm
iで示してある)。12.73ppm(b,1H,−C
OOH);11.27ppm(s,mj.,イミド);
11.25ppm(s,mi.,イミド);7.30p
pm(s,mj.,ArH);7.26ppm(s,m
i.,ArH);6.92ppm(unres.t,m
j.,BocNH);6.73ppm(ures.t;
mi.,BocNH)4.64ppm(s,mj.,T
−CH2−CO−);4.47ppm(s,mi.,T
−CH2−CO−);4.19ppm(s,mi.,C
ONRC 2CO2H);3.97ppm(s,mj.,
CONRC 2CO2H);3.41−2.89ppm
(ures.m,−CH2CH2−および水);1.75
ppm(s,3H,T−CH3);1.38ppm
(s,9H,t−Bu);13C−NMR:170.68
ppm(CO);170.34(CO);167.47
(CO;167.08(CO);164.29(C
O);150.9(C5”);141.92(C
6”);108.04(C2’);77.95および7
7.68(Thy−C 2CO);48.96、47.
45および46.70(−C 2 2−およびNC 2
CO2);37.98(Thy−C 3);28.07
(t−Bu)。FAB−MS:407(M+Na+);
385(M+H+)。
【0091】実施例6 1−(Boc−aeg)チミンペンタフルオロフェニル
エステル(7、Boc−Taeg.0Pfp) 1−(Boc−aeg)チミン(6)(2.00g;
5.20mmol)をDMF(5ml)に溶解し、次い
で塩化メチレン(15ml)を加えた。ペンタフルオロ
フェノ−ル(1.05g;5,72mmol)を炭化
し、溶液を氷浴中で0℃にまで冷却した。次いでDDC
を加え(1.29g;6.24mmol)、次いで2分
後に氷浴を取りはずした。常温で攪拌しつつ3時間経過
後、沈殿したDCUをろ過して除去し、塩化メチレンで
洗浄した。濾液を合わせて、重炭酸ナトリウム溶液で二
度洗浄しまた飽和塩化ナトリウム溶液で一度洗浄し、硫
酸マグネシウムで乾燥し、真空化で蒸発乾凅した。固体
の残渣をジオキサン(150ml)に溶解し、0℃で水
(200m)に注いだ。表題化合物をろ過して単離し、
水で洗浄し真空化でsicapent上で乾燥した。収
率:2.20g(77%)。分析用試料を2−プロパノ
−ルから再結晶化して得た。m.p.174−175.
5℃。元素分析、C2223475、実験値(理論
値) C:48.22(50.00) H:4.64
(4.21) N:9.67(10.18)。 1 H−NMR(250MHz、CDCl3):二級アミド
結合の周囲の回転が限定されているため、シグナルのい
くつかが、6:1の比率で二重化した(リストにおいて
大きい方はmjでまた小さい方はmiで示してある)。
7.01ppm(s,mi.,ArH);6.99pp
m(s,mj.,ArH);5.27ppm(unre
s.t,BocN);4.67ppm(s,mj.,
T−CH2−CO−);4.60ppm(s,mi.,
T−CH2−CO−);4.45(s,mj.,CON
RC 2CO2Pfp);4.42ppm(s,mi.,
CONRC 2CO2Pfp);3.64ppm(t,2
H,BocNHCH2 2−);3.87ppm(”
q”,2H,BocNHC 2CH2−);1.44
(s,9H,t−Bu)。FAB−MS:551(1
0;M+1);495(10;M+1−tBu);45
1(80;−Boc).
【0092】実施例7 N4−ベンジルオキシカルボニルシトシン(9) ほぼ1時間かけて、塩化ベンジルオキシカルボニル(5
2ml;0.36mol)を、乾燥ピリジン(1000
ml)にシトシン(8、20.0g;0.18mol)
を分散させた分散液に0℃において、オ−ブンで乾燥さ
せた装置の中で窒素雰囲気中にて滴下した。この溶液を
一夜攪拌し、その後このピリジン分散液を真空下で蒸発
乾凅させた。水(200ml)と4N塩酸を添加して、
pH〜1にした。生じた白色沈殿をろ過して除き、水で
洗浄し、空気をサクションして部分的に乾燥した。まだ
湿潤している沈殿を無水アルコ−ル(500ml)と一
緒に10分間沸騰させ、0℃にまで冷却し、ろ過し、エ
−テルデで 完全に洗浄し、真空下で乾燥した。収率、
24.7g(54%)。m.p.>250℃。元素分
析、C141133、実験値(理論値) C:58.5
9(58.77) H:4.55(4.52) N:1
7.17(17.13)。NMRスペクトルは、本製品
を溶解出来なかったため一切記録しなかった。
【0093】実施例8 N4−ベンジルオキシカルボニル−N1−カルボキシメ
チルシトシン(10) メカニカル攪拌装置と窒素封入装置を備えた三口丸底フ
ラスコに臭化酢酸メチルエステル(7.82ml;8
2.6mmol)およびN4−ベンジルオキシカルボニ
ルシトシン(9、21.0g;82.6mmol)と炭
酸カリウム(11.4g;82.6mmol)を乾燥D
MF(900ml)中に分散させた分散液を入れた。こ
の混合物を一夜激しく攪拌し、ろ過し、真空下で蒸発乾
凅した。水(300ml)と4N塩酸(10ml)とを
加え、混合物を0℃で15分間攪拌し、ろ過し、水(2
x 75ml)で洗浄した。単離した沈殿を水(12
0ml)、2N水酸化ナトリウム(60ml)処理し、
30分間攪拌し、ろ過し、0℃に冷却し4N塩酸(35
ml)を加えた。表題化合物をろ過して単離し、よく水
で洗浄し、メタノ−ル(1000ml)から再結晶し、
よくエ−テルで洗浄した。こうして、7.70g(31
%)の純品を得た。再結晶母液を200mlの容積にま
で濃縮し、0℃に冷却した。こうすることによって、さ
らに2.30gの物質を得たが、このものは、tlcで
純品でありことが判り、淡赤色を呈していた。m.p.
266−274℃。元素分析、C141335、実験値
(理論値) C:55.41(55.45) H:4.
23(4.532) N:14.04(13.86)。
1H− NMR(90MHz;DMSO−d6):
8.02ppm(d,J=7.32Hz,1H,H−
6);7.39(s,5H,Ph);7.01(d,J
=7.32Hz,1H,H−5);5.19(s,2
H,PhC 2−);4.52(s,2H)。
【0094】実施例9 N4−ベンジルオキシカルボニル−N1−カルボキシメ
チルシトシンペンタフルオロフェノ−ルエステル(1
1) N4−ベンジルオキシカルボニル−N−カルボキシメチ
ルシトシン(10、4.00g;13.2mmol)お
よびペンタフルオロフェノ−ル(2.67g;14.5
mmol)をDMF(70m)と混合し、氷浴で0℃に
まで冷却し、DCC(3.27g;15.8mmol)
を添加した。この氷浴を3分後に取りはずし、混合物を
室温で3時間攪拌した。沈殿したDCUをろ過して除去
し、DMFで洗浄し、次いで濾液を真空下で(0.2m
mHg)蒸発乾凅した。固体の残渣を塩化メチレン(2
50ml)で処理し、15分間激しく攪拌し、溶かし、
希重炭酸ナトリウム溶液で二度また飽和塩化ナトリウム
液で一度洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、真空下で
蒸発乾凅した。固体の残渣を2−プロパノ−ル(150
ml)で再結晶し、結晶をよくエ−テルで洗浄した。収
率、3.40g(55%)。m.p.241−245
℃。元素分析、C2012355、実験値(理論値)
C:51.56(51.18) H:2.77(2.
58) N:9.24(8.95)。 1H− N
MR(90MHz;CDCl3):7.66ppm
(d,J=7.63Hz,1H,H−6);7.37
(s,5H,Ph);7.31(d,J=7.63H
z,1H,H−5);5.21(s,2H,PhC 2
−);4.97(s,2H,NC 2)。FAB−M
S:470(M+1)。
【0095】実施例10 N4−ベンジルオキシカルボニル−1−Boc−aeg
−シトシン(12) 上記において調製した(N−Boc−2−アミノエチ
ル)グリシン(2)をDMF に溶かした溶液に、トリ
エチルアミン(7.00ml;50.8mmol)およ
びN4−ベンジルオキシカルボニル−N1−カルボキシ
メチルシトシンペンタフルオロフェノ−ルエステル(1
1、2,70g;5,75mmol))を加えた。この
溶液を室温で1時間攪拌した後、塩化メチレン(150
ml)、飽和塩化ナトリウム液(250ml)、および
pH〜1までの4N塩酸を加えた。有機層を分離し、飽
和塩化ナトリウム液で二度洗浄し、硫酸マグネシウムで
乾燥し、真空下で蒸発乾凅したが、先ず最初は水アスピ
レ−タ−、次ぎにオイルポンプを用いて蒸発乾凅した。
油状の残渣を水(25ml)で処理し、再度、真空下で
蒸発乾凅した。この方法を繰り返した。油状残渣(2.
80g)を次ぎに塩化メチレン(100ml)に溶解
し、石油エ−テル(250ml)を加え、この混合物を
一夜攪拌した。表題化合物をろ過して単離し、石油エ−
テルで洗浄した。Tlc(溶媒系1)の結果、実際量の
ペンタフルオロフェノ−ルが存在することが判ったが、
これを除去しようとする試みは行わなかった。収率:
1,72g(59%)。1H−NMR(250MHz、
CDCl3)。二級アミド結合の周囲の回転が限定され
ているため、シグナルのいくつかが、2:1の比率で二
重化した(リストにおいて大きい方はmjでまた小さい
方はmiで示してある)。7.88ppm(dd,1
H,H−6);7.39(m,5H,Ph);7.00
(dd,1H,H−5);6.92(b,1H,Boc
);6.74(b,1H,ZN)−?;5.19
(s,2H,Ph−C 3);4.81ppm(s,m
j.,Cyt−CH2−CO−);4.62ppm
(s,mi.,Cyt−CH−CO=);4.23
(s,mi.,CONRC 2CO2H);3.98pp
m(s,mj.,CONRC 2CO2H);3.42−
3.02(unres.m,−CH2CH2−および
水);1.37(s,9H,tBu)。FAB−MS:
504(M+1);448(M+1−tBu)。
【0096】実施例11 N4−ベンジルオキシカルボニル−1−Boc−aeg
−シトシンペンタフルオロフェノ−ルエステル(13) N4−ベンジルオキシカルボニル−1−Boc−aeg
−シトシン(12、1.50g;2.98mmol))
およびペンタフルオロフェノ−ル(548mg;2.9
8mmol)をDMF(10m)に溶解し、塩化メチレ
ン(10ml)を添加し、反応混合物を氷浴中で0℃に
まで冷却し、DDC(676mg;3.28mmol)
を添加した。この氷浴を3分後に取り除き、混合物を常
温で3時間攪拌した。沈殿をろ過して単離し、塩化メチ
レンで一度洗浄した。この沈殿を、沸騰ジオキサン(1
50ml)に溶解し、生じた溶液を15℃にまで冷却し
たが、この際DCUが沈殿した。このDCUをろ過して
除去し、生じた濾液を0℃において水(250ml)に
注いだ。表題化合物をろ過して単離し、水で洗浄し真空
下においてsicapent上で乾燥した。収率:1.
30g(65%)。元素分析、C2928585、実
験値(理論値) C:52.63(52.02) H:
4.41(4.22) N:10.55(10.4
6)。1H−NMR(250MHz,DMSO−d6):
本質的の上記酸のスペクトルを示したが、該エステルが
加水分解したことに起因するのが最も可能性が高い。F
AB−MS:670(M+1);614(M+1−tB
u).
【0097】実施例12 4−クロロカルボキシ−9−クロロアクリジン 4−カルボキシアクリジン(6.25g;26.1mm
ol)、塩化チオニル(25ml)および4滴のDMF
を、固体の物質が全て溶解するまで窒素を流しながら緩
やかに加熱した。次いでこの溶液を40分間還流し、過
剰の塩化チオニルを真空下で除去した。塩化チオニルの
最後の痕跡量を乾燥ベンゼン(Na−Pbで乾燥)と一
緒に二度蒸発させて除去した。残留する黄色の粉末を直
接次ぎの反応にそまま用いた。
【0098】実施例13 4−(5−メトキシカルボニルペンチルアミドカルボニ
ル)−9−クロロアクリジン 6−アミノヘキサノン酸メチル塩酸塩(4.70g;2
5.9mmol)を塩化メチレン(90ml)に溶解
し、0℃にまで冷却し、トリエチルアミン(15ml)
を加え、生じた溶液を直ちに酸の塩化物に上から加え
た。この酸塩化物を入れた丸底のフラスコを氷浴中で0
℃にまで冷却した。この混合物を0℃で30分間また室
温で3時間激しく攪拌し、この混合物をろ過して残留す
る固形物除去したが、この固形物を塩化メチレン(20
ml)で洗浄した。この赤−茶色の塩化メチレンろ液を
飽和重炭酸ナトリウムで二度洗浄しまた飽和塩化ナトリ
ウムで一度洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、真空下
で蒸発乾凅した。得られた油状の物質に、乾燥ベンゼン
(35ml)およびリグロイン(60−80℃、Na−
Pbで乾燥)を加えた。この混合物を還流するまで加熱
した。活性炭およびセライトを加えて、この混合物を3
分間還流した。ろ過した後で、表題化合物は、磁気攪拌
下で冷却すると結晶化した。この藻をろ過して単離し、
石油エ−テルで洗浄した。本品は、固形の水酸化カリウ
ム上で保存した。収率:5.0g(50%)。
【0099】実施例14 4−(5−メトキシカルボニルペンチル)アミドカルボ
ニル)−9−[6’−(4”−ニトロベンズアミド)ヘ
キシルアミノ]−アミノアクリジン 4−(5−メトキシカルボニルペンチルアミドカルボニ
ル)−9−クロロアクリジン(1.30g;3.38m
mol)およびフェノ−ル(5g)を、窒素気流下で3
0分間で80℃にまで加熱し、その後6−(4’−ニト
ロベンズアミド)−1−ヘキシルアミン(897mg;
3,38mmol)を加えた。温度は2時間で120℃
まで上昇した。反応混合物を冷却し、塩化メチレン(8
0ml)を加えた。生じた溶液は2N水酸化ナトリウム
(60ml)で三度また水で一度洗浄し、硫酸マグネシ
ウムで乾燥し、真空下で蒸発乾凅した。得た赤色オイル
(1.8g)を塩化メチレン(40ml)に溶解し、0
℃にまで冷却した。エ−テル(120ml)を加え、出
た溶液を一夜攪拌した。こうすることによって、固形物
質とオイルの混合物が得られた。この固形ブツヲろ過し
て単離した。固形物とオイルとを塩化メチレン(80m
l)に再度溶解し、冷エ−テル(150ml)に滴下し
た。20分間攪拌したあと、表題化合物をろ過してオレ
ンジ色の結晶として単離した。本品をエ−テル出洗浄
し、水酸化カリウム上で真空にて乾燥した。収率:1.
60g(77%)。m.p.145−147℃。
【0100】実施例15 4−(5−カルボキシペンチル)アミドカルボニル)−
9−[6’−(4”−ニトロベンズアミド)ヘキシルア
ミノ]−アミノアクリジン 4−(5−メトキシカルボニルペンチル)アミドカルボ
ニル)−9−[6’−(4”−ニトロベンズアミド)ヘ
キシルアミノ]−アミノアクリジン(503mg;0.
82mmol)をDMF(30ml)に溶解し、2N水
酸化ナトリウム(30ml)を添加した。15分間攪拌
した後、2N塩酸(35ml)および水(50ml)を
0℃で加えた。30分間攪拌したあとで、溶液をデカン
トしたところ、オイル状の物質が得られ、これを沸騰メ
タノ−ル(150ml)に溶解し、ろ過し、 1/3の
容積にまで濃縮した。このメタノ−ル溶液に、エ−テル
(125ml)およびエタノ−ルに溶かした塩酸5−6
滴を加えた。この溶液を0℃において1時間攪拌した後
でデカントした。オイル状の物質を再びメタノ−ル(2
5ml)に溶解し、エ−テル(150ml)で沈殿させ
た。一夜攪拌した後で表題化合物が黄色結晶として単離
された。収率:417mg(80%)。m.p.173
℃(分解)。
【0101】実施例16 (a)4−(5−ペンタフルオロフェニルメオシカルボ
ニルペンチル)アミドカルボニル)−9−[6’−
(4”−ニトロベンズアミド)ヘキシルアミノ]−アミ
ノアクリジン(Acr1Opfp) 上記の酸(300mg;0.,480mmol)をDM
F(2ml)と塩化メチレン(8ml)に溶解し、ペン
タフルオロフェノ−ル(97mg;0.53mmol)
を2 x 2mlの塩化メチレンと共に移して添加し
た。生じた溶液を0℃まで冷却し、この後DCC(12
4mg;0.60mmol)を加えた。氷浴を5分後に
取り除き、混合物を一夜攪拌しつつ放置した。沈殿した
DCUを遠心分離して除去し、遠心分離液を真空下で蒸
発乾凅したが、先ず水アスピレ−タで次いでオイルポン
プで蒸発乾凅した。残渣を塩化メチレン(20ml)中
に溶解し、ろ過し、真空にて蒸発乾凅した。残渣を再び
塩化メチレンと石油エ−テル(150ml)に溶解し
た。エ−テル中の5N塩酸1mlを添加し、0℃で30
分間攪拌した後、溶媒をデカンテ−ションで除去した。
残留するオイル状物質を塩化メチレン(100ml)に
溶解し、石油エ−テルを加え、混合物を一夜攪拌しつつ
放置した。翌日、黄色の沈殿結晶物をろ過して単離し、
大量の石油エ−テルで洗浄した。収率:300mg(7
8%)、乾燥後。m.p.97,5℃(分解)。全ての
試料は、帰属するべき元素分析結果、1H−および13
−NMRおよび質量スペクトルを示した。
【0102】(b)PNA化合物の合成実験、第8図を
参照。 材料:Boc−Lys(ClZ)、ベンゾヒドリルアミ
ン−コポリ(スチレン−1%−ジビニルベンゼン)樹脂
(BHA樹脂)およびp−メチルベンゾヒドリルアミン
−コポリ(スチレン−1%−ジビニルベンゼン)樹脂
(MBHA樹脂)をPneinsula Labora
toriesから購入した。その他の試薬および溶媒
は、それぞれ以下から購入した:即ち、Biograd
eのトリフルオロ酢酸は、Halocarbon Pr
oducts社から;ジイソプロピルエチルアミン(9
9%;これ以上蒸留しなかった)およびN−アセチルイ
ミダゾ−ル(98%)は、Aldrich社から;H2
Oは、二度蒸留した;無水HFは、Union Car
bide社から;合成グレ−ドのN、N−ジメチルホル
ムアミドおよび分析グレ−ドの塩化メチレン(これ以上
蒸留しなかった)は、Merck社から;HPLCグレ
−ドのアセトニトリルは、Lab−Scan社から;p
urumグレ−ドのアニソ−ル、N、N−ジシクロヘキ
シルカルボジイミドおよびpuriss.グレ−ドの
2、2、2−トリフルオロエタノ−ルは、Fluka社
から購入した。
【0103】(b)一般的方法および注記 別段に特記しない限り、以下を適用する。PNA化合物
は、”一時的な”N−保護のためにTFA−反応活性な
第三級−ブチルオキシカルボニル(Boc)基を用い
(Merrifield、J.Am.Chem.Sc
o,、1964、86、304)また”永久的な”側鎖
保護のためにもっと酸に安定なベンジルオキシカルボニ
ル(Z)および2−クロロベンジルオキシカルボニル
(ClZ)を用いて段階的固相方法(Merrifie
ld、J.Am.Chem.Soc.、1963、8
5、2149)によって合成した。C−末端アミドを得
るために、PNA類は、HF−反応活性なBHAまたは
MBHA樹脂(このMBHA樹脂は、未置換BHA樹脂
を基準として最終HF開裂を受け易い(Matsued
aら、Peptides、1981、2、45))の上
において構築した。全ての反応は(HF反応を除い
て)、粗いガラスフリットを備えた、手動操作する標準
固相反応容器において行った(Merrifield
ら、Biochemistry、1982、21、50
20)。元来”通常の”アミノ酸を包含するペプチドの
ためにMerrifieldおよびその共同研究者(S
arinら、Anal.Biochem.、1981、
117、147)によって開発された定量的なニンヒド
リン反応が、全ての樹脂に対して”通常”用いられてき
た有効吸光係数ε=15000M-1cm-1を用いると、
うまく適用され、個別のカップリングの完結度ならびに
成長するペプチド鎖の数を測定出来た。カップリング時
の残留基nの理論的置換度Sn−1は(合成サイクルの
過程において脱保護とカップリングが完璧でありかつP
NAの鎖終了もその逸失も一切ないことを前提とす
る)、以下の式から算定される:
【0104】Sn=Sn−1 x (1 + (Sn−
1 xΔMW x 10-3 mmol/mol))-1
【0105】なお本式において、ΔMWは、分子量の増
大分([ΔMW]=g/mol)であり、またSn−1
は、先行する残留基n−1のカップリング時の理論的置
換度である([S]=mmol/g)。個別のカップリ
ングの程度の推定値(%)は、測定した置換度を基準と
して算出され(Sが決定されない限り)かつ先立つサイ
クルのあとの残留する遊離アミノ酸基の数について補正
はしていない。HF反応は、Toho Kasei(O
saka、Japan)製のDiaflonHF装置で
実施した。Vydac C18(5ミクロン、0.46
x 25cmおよび5ミクロン。1 x 25cm)
逆相カラムは、それぞれSP8000計器において分析
用および半−合成用HPLCに用いた。緩衝液液Aは、
1リットル当たり445マイクロリットルのトリフルオ
ロ酢酸を含む60容量%のアセトニトリル/水溶液であ
り、また緩衝液Bは、1リットル当たり390マイクロ
リットルのトリフルオロ酢酸を含む60容量%のアセト
ニトリル/水溶液である。直線勾配は、30分で0−1
00%の緩衝液Bで、流速は1.2ml/分(分析用)
と5ml/分(半製造用)であった。溶出液は215n
m(分析用)と230nm(半製造用)においてモニタ
−した。PNA類の分子量は、最も多い同位元素の平均
値から252Cfプラズマ脱着の飛行時間質量分光測定法
によって決定した。
【0106】実施例17 Acr1−[Taeg]15−NH2およびより短い誘導
体の固相合成 (a)Boc−[Taeg]15−BHA樹脂の段階的合
成 この合成は、事前膨潤させ、中和したBHA樹脂100
mgの上で(定量的ニンヒドリン反応によって0.57
mmol/NH2/g含有する旨決定された)、3.2
等量のBocTaeg−OPfpをほぼ33%のDMF
/CH2Cl2中で用いて開始した。個別のカップリン
グ反応は、手動操作する、6mlの標準固相反応容器内
で少なくとも12時間振盪することによって実施し、未
反応のアミノ基は、合成の選択された段階でアセチル化
することによってブロックした。鎖延長の過程は、定量
的ニンヒドリン反応によっていくつかの段階でモニタ−
した(第I表を参照)。保護されたBoc−[Tae
g]5−BHA、Boc−[Taeg]10−BHAおよ
びBoc−[Taeg]15−BHAの一部を、それぞれ
5、10および15の残基を構築した後で取り出した。
【0107】
【表1】
【0108】(b)Acr1−[Taeg]15−BHA
樹脂の合成 残留Boc−[Taeg]15−BHA樹脂(推定乾燥重
量はほぼ30mg;0.002mmol成長鎖)の脱保
護を行ったあと、3mlの固相反応容器において、H−
[Taeg]15−BHA樹脂を66%ほぼDMF/CH
2Cl21ml中ほぼ50当量(80mg;0.11mm
ol)のAcr1−OPfp(即ち、ペンタフルオロフ
ェノ−ル0.11M溶液)に反応させた。定量的ニンヒ
ドリン反応によって判定されたように、アクリジン部の
カップリングはほぼ定量的に近似していた。
【0109】(c)H−[Taeg]15−NH2の開
裂、精製および同定 保護されたBoc−[Taeg]5−BHA樹脂の一部
を、塩化メチレン中50%のトリフルオロ酢酸と反応さ
せて、HF開裂に先だってN−末端Boc(これは、潜
在的に有害な三級−ブチルの前駆体である)を除去し
た。中和しかつ洗浄し(”合成実験記録”工程2−4の
方法と同様の方法で)次いで真空で2時間乾燥した後、
生じた67.1mg(乾燥重量)のH−[Taeg]15
−BHA樹脂を0℃において60分間攪拌しつつ5ml
のHF:アニソ−ルで開裂させた。HFを除去した後、
残渣を乾燥ジエチルエ−テル(4 x 15ml、それ
ぞれ15分間)とともに攪拌して、アニソ−ルを除去
し、フリット処理したガラス漏とで重力ろ過し、乾燥さ
せた。PNAを次ぎに60ml(4 x 15ml、そ
れぞれ15分間攪拌)の酢酸水溶液に抽出した。この溶
液のいくつかのアリコ−トを分析用逆相HPLCによっ
て分析して、この粗製PNAの純度を測定した。13.
0分における主ピ−クは、前吸光率のほぼ93%を占め
ていた。残りの溶液は、凍らせ、次いで凍結乾燥する
と、粗製物がほぼ22.9mgが得られた。最後に、1
9.0mgのこの粗製物をそれぞれ1mlの水に3.8
mgを含む五つのバッチから精製した。この主ピ−ク
は、半合成用逆相カラムを用いて集めた。アセトニトリ
ルをスピ−ドvacで除き、残留溶液を凍結し(ドライ
アイス)、その後凍結乾燥させると、99%以上の純度
のH−[Taeg]5−NH2が13.1mg得られた。
このPNA分子は、直ちに水に溶解し、質量分光分析に
よる測定に基づいて正確な分子量を有していた。(M+
H)+について、計算したm/z値は1349.3であ
りまた測定したm/z値は1347.8であった。
【0110】(d)H−[Taeg]10−NH2の開
裂、精製および同定 保護したBoc−[Taeg]10−BHAの一部を上記
(c)項において記載したように処理し、18.9mg
の乾燥H−[Taeg]10−BHA樹脂をHF開裂する
と11.0mgの粗製物が得られた。15.5分におけ
る主ピ−クは、全吸光度のほぼ53%を占めていた。ほ
ぼ1mgのこの粗製物を繰り返して(下記する理由によ
って)、少なくとも80%の、恐らくは99%以上の純
度のH−[Taeg]10−NH2がほぼ1mg得られ
た。標的ピ−クの後で溶出しかつ全吸光度のほぼ20%
を占めるもう少しブロ−ドのテイル部は、繰り返し精製
しても除去出来なかった(若干減少しただけ)。質量ス
ペクトルは正確な分子量のH−[Taeg]10−NH2
の存在を確認するものであったが、そのスペクトルから
判定して、このようなテイル現象は、多少とも充分に定
義された、いくつかの凝集/配座状態にある標的分子に
よるものである。従って、この粗製物は、標的分子を上
記した53%以上は含有している可能性がある。H−
[Taeg]10−NH2は、水に容易に溶解する。(M
+H)+については、計算m/z値は2679.6であ
りかつ測定m/z値は2681.5であった。
【0111】(e)H−[Taeg]15−NH2の開
裂、精製および同定 保護したBoc−[Taeg]10−BHA樹脂の一部を
(c)項において記載したと同様に処理して、13.9
mgの乾燥Boc−[Taeg]15−BHA樹脂をHF
開裂して3.2mgの粗製物を得た。22.6分におけ
る主ピ−クは、ブロ−ドな膨れ部に位置し、全吸光度の
ほぼ60%を占めていた(第12a図)。再び(前項を
参照)、この膨れ部は、質量スペクトルによってこの集
積した”膨れ部”を分析したところ、他の分子の存在が
ないことが判ったので、いくつかの凝集/配座状態の標
的分子H−[Taeg]15−NH2によるものである。
この粗製物を全て”膨れ部”を集めて精製したところ、
ほぼ2.8mgの物質を得た。(M+H)+について
は、計算m/z値は4033.9でありかつ測定m/z
値は4032.9であった。
【0112】(f)Acr1−[Taeg]15−NH2
開裂、精製および同定 保護されたAcr1−[Taeg]15−BHA樹脂の一
部を(b)項において記載したように処理して29.7
mgの乾燥Acr1−[Taeg]15−BHA樹脂をH
F開裂して14.3mgの粗製物を得た。全て合わせる
と、23.7に分における主ピ−クおよび29.2分に
おける”ダイマ−”(下記を参照)は、全吸光度のほぼ
40%を占めていた(第12b図)。この粗製物を繰り
返し精製して、恐らくは99%以上の純度のAcr1−
[Taeg]15−NH2 −27.4分、29.2分お
よび最後に100%緩衝液Bで溶出する大きく、ブロ−
ドな膨れ部として溶出する自己凝集分子で”汚染され
た”−がほぼ1mg得られた(第12c図)。このよう
な解釈は、これらのピ−クが酢酸水溶液中において放置
すると(数時間)成長し、最後に定量的に下降するとい
う観察結果と一致する。(M+H)+については、計算
m/z値は4593.6でありかつ測定m/z値は45
88.7であった。
【0113】(g)合成実験記録1 (1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるB
oc−脱保護、3ml、3x1分および1x30分;
(2)CH2Cl2による洗浄、3ml、6x1分;
(3)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)によ
る中和、3ml、3x2分;(4)CH2Cl2による洗
浄、3ml、6x1分、および1分間のドレ−ン;
(5)2−5mgのPNA−樹脂試料を取り出し、完全
に乾燥してニンヒドリン定量分析に供して置換度を測定
する;(6)1mlのCH2Cl2に溶解した3.2当量
の(0.18mmol;100mg)BocTaeg−
OPfpを添加し、次いで0.5mlのDMF(最終の
ペンタフルオロフェノ−ル濃度^0.12M))を添加
する;(7)DMFによる洗浄、3ml、1x2分;
(8)CH 2Cl2による洗浄、3ml、4x1分;
(9)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)によ
る中和、3ml、2x2分;(10)CH2Cl2による
洗浄、3ml、6x1分;(11)2−5mgの保護P
NA樹脂試料を取り出し、迅速ニンヒドリン定量試験に
供し、さらに2−5mgをよく乾燥してニンヒドリン定
量分析に供して、カップリング度を測定する(サイクル
7、10および15の後で、未反応アミノ基を塩化メチ
レン中でN−アセチルイミダゾ−ルによるアセチル化を
行いブロックした)。
【0114】実施例18 Acr1−[Taeg]15−Lys−NH2および短鎖誘
導体の固相合成
【0115】(a)Acr1−[Taeg]15−Lys
(CIZ)−BHA樹脂の段階的構築 この合成は、Boc−Lys(CIZ)を予め膨潤さ
せ、中和したBHA樹脂(0.57mmolNH2
g)100mgに定量的にロ−ディング(純CHCl
中での標準的DCCによるin−situカップリン
グ)することによって開始した。この保護したPNA樹
脂鎖をさらに延長するために、ほぼ33%DMF/CH
2Cl2中3.2当量のBocTaeg−OPfpを用い
て、サイクル1から5までおよび10から15までにつ
いて単一カップリング(”合成実験記録2”)を用い
た。サイクル5から10までは、ほぼ33%SMF/C
2Cl2中遊離の酸BocTaeg−OHをまた別のス
トレ−トDCC(即ち、in situ)カップリング
させる方法を用いた。全てのアカップリング反応を手動
操作式の6ml標準固相反応容器中において少なくとも
12時間振盪することによって実施した。未反応のアミ
ノ基を、実施例17において行ったと同様に、この合成
の同じ段階においてアエチル化することによってブロッ
クした。保護したBoc−[Taeg]5−Lys(C
IZ)−BHA樹脂およびBoc−[Taeg]10−L
ys(CIZ)−BHA樹脂を一部ずつ、5および10
PNA残基を組み立てた後で取り出した。Boc−[T
aeg]10−Lys(CIZ)−BHA樹脂の分析用H
PLCクロマトグラムから判定して((e)項を参
照)、PNA残基5から10までにさらに”遊離酸”カ
ップリングさせても、実施例17における完全単一カッ
プリングした残基と比較して、合成収率は改善されるこ
とはなかった。
【0116】(b)Acr1−[Taeg]10−Lys
(CIZ)−BHA樹脂の合成 Boc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−BHA樹
脂の一部を脱保護した後で(推定乾燥重量はほぼ90m
g;^0.01mmolの成長鎖)、このH−[Tae
g]15−BHA樹脂に3mlの固相反応容器のおいてほ
ぼ66%DMF/CH2Cl2中ほぼ20当量の(141
mg;0.19mmol)のAcr1−OPfpを反応
させた。定量的ニンヒドリン反応から判定して、アクリ
ジン部のカップリングは、定量的に近かった。
【0117】(c)Acr1−[Taeg]15−Lys
(CIZ)−BHA樹脂の合成 残留Boc−[Taeg]15−Lys(CIZ)−BH
A樹脂(推定乾燥重量はほぼ70mg;0.005mm
ol成長鎖)を脱保護したあとで、このH−[Tae
g]15−Lys(CIZ)−BHA樹脂に3mlの固相
反応容器のおいてほぼ66%DMF/CH2Cl2中ほぼ
25当量の(91mg;0.12mmol)のAcr1
−OPfpを反応させた。定量的ニンヒドリン反応から
判定して、アクリジン部のカップリングは、定量的に近
かった。
【0118】(d)H−[Taeg]5−NH2の開裂、
精製および同定 保護したBoc−[Taeg]5−Lys(CIZ)−
BHA樹脂の一部を実施例17cにおいて記載したよう
に処理し、19.0mgの乾燥H−[Taeg]5−L
ys(CIZ)−BHA樹脂をHF開裂すると8.9m
gの粗製物が得られた。12.2分における主ピ−クは
(10%酢酸溶液の代わりに水溶液から注入すると1
4.2分において溶出)、全吸光度のほぼ90%を占め
ていた。ほぼ2.2mgの粗製物を精製すると、99%
純度のH−[Taeg]5−Lys−NH2がほぼ1.
5mg得られた。
【0119】(e)H−[Taeg]10−Lys−NH
2の開裂、精製および同定 保護したBoc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−
BHA樹脂の一部を実施例17cにおいて記載したよう
に処理し、7.0mgの乾燥H−[Taeg] 10−Ly
s(CIZ)−BHA樹脂をHF開裂すると1.7mg
の粗製物が得られた。15.1分における主ピ−クは
(10%酢酸溶液の代わりに水溶液から注入すると1
7.0分において溶出)、全吸光度のほぼ50%を占め
ていた。ほぼ1.2mgの粗製物を精製すると、95%
以上の純度のH−[Taeg]10−Lys−NH2がほ
ぼ0.2mg得られた。(M+H)+については、計算
m/z値は2807.8でありかつ測定m/z値は28
08.2であった。
【0120】(f)Acr1−[Taeg]10−Lys
−NH2の開裂、精製および同定 保護したBoc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−
BHA樹脂の99.1mg(乾燥重量)を実施例17c
において記載したように処理し、42.2mgの粗製物
を得た。25.3分における主ピ−クは(10%酢酸溶
液の代わりに水溶液から注入する23.5分において溶
出)、全吸光度のほぼ45%を占めていた。8.87m
gの粗製物を精製すると、97%以上の純度のH−[T
aeg] 10−Lys−NH2がほぼ5.3mg得られ
た。(M+H)+については、計算m/z値は285
0.8でありかつ測定m/z値は2849.8であっ
た。
【0121】(g)Acr1−[Taeg]15−Lys
−NH2の開裂、精製および同定 保護したAcr1−[Taeg]10−Lys(CIZ)
−BHA樹脂の78.7mg(乾燥重量)を実施例1
(c)項において記載したように開裂させ、34.8m
gの粗製物を得た。23.5分における主ピ−ク(10
%酢酸溶液の代わりに水溶液から注入しても同じ溶出時
刻において溶出)および28.2分における”ダイマ
−”は、全吸光度のほぼ35%を占めていた。ほぼ4.
5mgの粗製物を精製すると、95%以上の純度のH−
[Taeg]10−Lys−NH2がほぼ1.6mg得ら
れた。この化合物は、”ダイマ−”ピ−クを無くすこと
は出来ず、酢酸水溶液中に放置すると増大した。
【0122】(h)合成実験記録2 (1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるB
oc−脱保護、3ml、3x1分および1x30分;
(2)CH2Cl2による洗浄、3ml、6x1分;
(3)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)によ
る中和、3ml、3x2分;(4)CH2Cl2による洗
浄、3ml、6x1分、および1分間のドレ−ン;
(5)2−5mgのPNA−樹脂試料を取り出し、完全
に乾燥してニンヒドリン定量分析に供する;(6)サイ
クル1から5までおよびサイクる10から15までに就
いては、カップリング反応は、1mlのCH2Cl2に溶
解した3.2当量の(0.18mmol;100mg)
BocTaeg−OPfpを添加し、次いで0.5ml
のDMF(最終のペンタフルオロフェノ−ル濃度^0.
12M))を添加することによって実施した;このカッ
プリング反応は、振盪しつつ全体として12−24時間
進行させた;サイクル5から10までは、1.5mlの
DMF/CH2Cl2(1:2、v/v)中で0.12M
BocTaeg−OHをさらに0.12MDCCでカッ
プリングさせた;(7)DMFによる洗浄、3ml、1
x2分;(8)CH2Cl2による洗浄、3ml、4x1
分;(9)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)
による中和、3ml、2x2分;(10)CH2Cl2
による洗浄、3ml、6x1分;(11)2−5mgの
保護PNA樹脂試料を取り出し、迅速ニンヒドリン定量
試験に供し、さらに2−5mgをよく乾燥してニンヒド
リン定量分析に供してる(サイクル7、10および15
の後で、未反応アミノ基を塩化メチレン中でN−アセチ
ルイミダゾ−ルによるアセチル化を行いブロックし
た)。
【0123】実施例19 H−[Taeg]10−Lys−NH2の改善された固相
合成 保護されたPNAをMBHA樹脂の上で、前記実施例に
おいて使用したBHA樹脂のロ−ディングのほぼ半分を
用いて構築した。更には、一つのサイクルを除いて全て
のサイクルは、カップリングしないアミノ基をアセチル
化することによってこれに従った。以下にこの合成法を
詳細に記述する:
【0124】(a)当初置換度が0.3mmol/gの
Boc−Lys(CIZ)−NH−CH(p−CH3
64)−C6H4樹脂(MBHA樹脂)の製造 Boc−Lys(CIZ)−MBHA樹脂の所望の置換
度は0.25−0.30mmol/gであった。この数
値を得るために、1.5mmolのBoc−Lys(C
IZ)を、60mlのCH2Cl2中にて単一in−si
tuカップリング(1.5mmolのDCC)剤を用い
て、中和し、事前に膨潤させたMBHA樹脂(定量ニン
ヒドリン反応によって0.64mmolNH2/gを含
有することが測定された)5.0gにカップリングさせ
た。この反応は、手動操作式の225ml標準固相反応
容器の中において3時間振盪することによって実施し
た。未反応のアミノ基を無水酢酸.ピリジン/CH2
2(1:1:2、v/v/v)の混合物を用いて18
時間アセチル化してブロックした。中和した樹脂の上で
の定量的ニンヒドリン反応を行ったところ、僅か0.0
0093mmol/gの遊離アミンが残留すること(第
I表を参照)、即ち原初のアミノ基の0.15が残留し
ていることが判った。置換度は、脱保護しニンヒドリン
分析して決定したが、中和したH−Lys(CIZ)−
MBHA樹脂について0.32mmol/gであること
が判った。0.30mmolBoc0Lys(CIZ)
/g樹脂なる定量的カップリングに対する最大値0.2
8mmol/gと充分に比肩できるものである(第II
表を参照)。
【0125】(b)Boc−[Taeg]3−Lys
(CIZ)−MBHA樹脂の段階的構築 (a)項で製造したH−Lys(CIZ)−MBHA樹
脂の全バッチをそのまま(同じ反応容器中において)用
いて、2.5当量のBocTaeg−OPfpを純CH
2Cl2中において用いて単一カップリング(”合成実験
記録3”)によってBoc−[Taeg]3−Lys
(CIZ)−MBHA樹脂を構築した。定量的ニンヒド
リン反応を、この合成全体にわたって適用した(第II
表を参照)。
【0126】(c)Boc−[Taeg]8−Lys
(CIZ)−MBHA樹脂の段階的合成 湿潤Boc−[Taeg]3−Lys(CIZ)−MB
HA樹脂ほぼ4.5g(^0.36mmolの成長鎖;
(b)項において製造した全部で19gの湿潤樹脂から
取り出した)を、55mlのSPPS反応容器のなかに
入れた。Boc−[Taeg]8−Lys(CIZ)−
MBHA樹脂を、ほぼ30%DMF/CH2Cl2中にお
いて2.5当量のBocTaeg−OPfpを用いて単
一カップリング(”合成実験記録4”)で構築した。合
成の進行は、全ての段階において定量的ニンヒドリン反
応によってモニタ−した(第II表を参照)。
【0127】(d)Boc−[Taeg]10−Lys
(CIZ)−MBHA樹脂の段階的構築 湿潤Boc−[Taeg]3−Lys(CIZ)−MB
HA樹脂ほぼ1g(0.09mmoloの成長鎖;
(c)項におい手製造した全部で4gの湿潤樹脂から取
り出した)を、20mlのSPPS反応容器のなかに入
れた。Boc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−M
BHA樹脂を、ほぼ30%DMF/CH2Cl2中におい
て2.5当量のBocTaeg−OPfpを用いて前記
した項において使用した単一カップリング合成実験記録
によって構築した。反応容量は3mlであった(激しく
振盪)。合成は、定量的ニンヒドリン反応によってモニ
タ−した(第II表を参照)。
【0128】
【表II】
【0129】(e)Boc−[Taeg]10−Lys
(CIZ)−MBHA樹脂の合成 Boc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−MBHA
樹脂の一部を(推定乾燥重量はほぼ45mg)脱保護し
た後、この樹脂を3mlの固相反応容器の中において無
水酢酸/ピリジン/CH2Cl2(1:1:1、v/v/
v)の混合液2mlを用いて2時間定量的にアセチル化
した。
【0130】(f)H−[Taeg]10−Lys−NH
2の開裂、精製および同定 保護したBoc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−
BHA樹脂の一部を実施例17cにおいて記載したよう
に処理して、76mgの乾燥H−[Taeg] 5−Ly
s(CIZ)−BHA樹脂をHF開裂すると24mgの
粗製物が得られた。15.2分における主ピ−クは(欠
失ペプチドや種々の副生物などの不純物を含む)、全吸
光度のほぼ78%を占めていた。このピ−クはまた、”
主ピ−クおよび欠失ピ−ク”吸光度のほぼ88%を占め
ていたが、このことは、第II表における個別のカップ
リング収率をまとめて得た全推定カップリング収率とし
ての90.1%と用く合致している。7.2mgの粗製
物を二つのバッチから半合成用逆相カラムを用いて精製
した(主ピ−クをドライアイス/2−イソプロパノ−ル
で冷却したビ−カ−に集める)。それぞれは、H2O1
ml中に3.6mgを含有していた。凍結した溶液をそ
のまま凍結乾燥して(speed vacにおいてアセ
トニトリルを予め除去することなく)82%純度のH−
[Taeg] 10−Lys−NH2がほぼ4.2mg得ら
れた。
【0131】(g)Ac−[Taeg]10−Lys−N
2の開裂、精製および同定 保護したAc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−B
HA樹脂の400.0mg(乾燥重量)を実施例17c
において記載したように開裂させたが、TFA処理を行
うことはせずに、11.9mgの粗製物を得た。15.
8分における主ピ−クは、全吸光度のほぼ75%を占め
ていた。4.8mgの粗製物を精製すると、95%以上
の純度のH−[Taeg]10−Lys−NH2がほぼ
3.5mg得られた。(M+H)+については、計算m
/z値は2849.8でありかつ測定m/z値は284
8.8であった。
【0132】(h)合成実験記録3 (1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるB
oc−脱保護、3ml、3x1分および1x30分;
(2)CH2Cl2による洗浄、100ml、6x1分;
(3)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)によ
る中和、100ml、3x2分;(4)CH2Cl2によ
る洗浄、100ml、6x1分、および1分間のドレ−
ン;(5)2−5mgのPNA−樹脂試料を取り出し、
完全に乾燥してニンヒドリン定量分析に供して、置換度
を測定する;(6)35mlのCH2Cl2に溶解した
2.5当量の(3.75mmol;2.064g)Bo
cTaeg−OPfpを添加(最終ペンタフルオロフェ
ノ−ルの濃度は〜0.1M);カップリング反応は、振
盪しつつ合わせて20−24時間進行させた;(7)D
MFによる洗浄、100ml、1x2分(BocTae
g−OHの沈殿を除去するため);(8)CH2Cl2
よる洗浄、100ml、4x1分;(9)DIEA/C
2Cl2(1:19、v/v)による中和、100m
l、2x2分;(10)CH2Cl2による洗浄、100
ml、6x1分;(11)2−5mgの保護PNA樹脂
試料を取り出し、迅速ニンヒドリン定量試験に供し、さ
らに2−5mgをよく乾燥してニンヒドリン定量分析に
供してカップリング度を測定;(12)無水酢酸/ピリ
ジン/CH2Cl2(1:1:1、v/v/v)の混合液
100mlを用いて2時間アセチル化を行って未反応ア
ミノ基をブロックする;(13)CH2Cl2による洗
浄、100ml、6x1分;(14)2 x 2−5m
gの保護PNA樹脂試料を取り出し、DIEA/CH2
Cl2(1:19、v/v)で中和し次いでCH2Cl2
で洗浄してニンヒドリン定性および定量分析に供する。
【0133】(i)合成実験記録4 (1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるB
oc−脱保護、25ml、3x1分および1x30分;
(2)CH2Cl2による洗浄、25ml、6x1分;
(3)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)によ
る中和、25ml、3x2分;(4)CH2Cl2による
洗浄、25ml、6x1分、および1分間のドレ−ン;
(5)2−5mgのPNA−樹脂試料を取り出し、完全
に乾燥してニンヒドリン定量分析に供して、置換度を測
定する;(6)6mlのCH2Cl2に溶解した2.5当
量の(0.92mmol;0.506g)BocTae
g−OPfpを添加si,次いで3mlのDMFを添加
(最終ペンタフルオロフェノ−ルの濃度は〜0.1
M);カップリング反応は、振盪しつつ合わせて20−
24時間進行させた;(7)DMFによる洗浄、25m
l、1x2分;(8)CH2Cl2による洗浄、25m
l、4x1分;(9)DIEA/CH2Cl2(1:1
9、v/v)による中和、100ml、2x2分;(1
0)CH2Cl2による洗浄、25ml、6x1分;(1
1)2−5mgの保護PNA樹脂試料を取り出し、迅速
ニンヒドリン定量試験に供し、さらに2−5mgをよく
乾燥してニンヒドリン定量分析に供してカップリング度
を測定;(12)無水酢酸/ピリジン/CH2Cl
2(1:1:2、v/v/v)の混合液25mlを用い
て2時間アセチル化を行って未反応アミノ基をブロック
する(最初のサイクルの後は除く);(13)CH2
2による洗浄、100ml、6x1分;(14)2
x 2−5mgの保護PNA樹脂試料を取り出し、DI
EA/CH2Cl2(1:19、v/v)で中和し次いで
CH2Cl2で洗浄してニンヒドリン定量分析に供する。
【0134】実施例20 H−[Taeg]5−Caeg−[Taeg]5−Lys
−NH2の固相合成
【0135】(a)Boc−[Taeg]5−Caeg
−[Taeg]5−Lys(CIZ)−MBHA樹脂の
段階的合成 湿潤Boc−[Taeg]3−Caeg−Lys(CI
Z)−MBHA樹脂をほぼ2.5g(残留するほぼ16
gの全湿潤樹脂の〜1/6;〜0.75g乾燥樹脂〜
0.15mmolの成長鎖)6mlのSPPS反応容器
に入れた。Boc−[Taeg]5−Caeg−[Ta
eg]4−Lys(CIZ)−MBHA樹脂を、ほぼ3
0%のDMF/CH2Cl22.5mlの中において通常
の2.5当量のBocTaeg−OPfpを用いて全て
のTaeg残基を二重カップリングさせて構築した。但
し、最初の残基は単一カップルさせた。C(Z)aeg
−残基の導入は、THF/CH2Cl2(1:2、v/
v)中においてBocC(Z)aeg−OPfpの2当
量でカップリングさせて行った。この合成の進行は、定
量的ニンヒドリン反応によって全ての段階でモニタ−し
た(表III)。
【0136】
【表III】
【0137】(b)H−[Taeg]5−Caeg−
[Taeg]4−Lys−NH2の開裂、精製および同定 保護したBoc−[Taeg]5−Caeg−[Tae
g]4−Lys(CIZ)−BHA樹脂の一部を実施例
1の第c項において記載したように処理し、66.9m
gの乾燥したH−[Taeg]5−Caeg−[Tae
g]4−Lys(CIZ)−BHA樹脂をHFで開裂さ
せて14.4mgの粗製物を得た。14.5分における
主ピ−クは、全吸光度のほぼ50%を占めていた。10
0mgの粗製物を精製すると(8バッチ;それぞれ1m
lのH2Oに溶解)、96%の純度のH−[Taeg]5
−Caeg−[Taeg]4−Lys−NH2がほぼ9.
1mg得られた。(M+H)+については、計算m/z
値は2793.8でありかつ測定m/z値は2790.
6であった。
【0138】実施例21 N−ベンジルオキシカルボニル−N−(bocアミノエ
チル)グリシン アミノエチルグリシン(52.86g;0.447mo
l)を水(900ml)に溶解し、ジオキサン(900
ml)を加えた。このpHを2N−NaOHで11.2
に調節した。pHを11.2に保持しつつ、三級−ブチ
ル−p−ニトロフェニル炭酸エステル(128.4g;
0.537mol)をジオキサン(720ml)に溶解
し、2時間かけて滴下した。このpHを少なくともさら
に3時間保持し、次いで攪拌しつつ一夜放置した。黄色
の溶液を0℃に冷却し、次いでpHを2N−HClで
3.5に調節した。混合物をクロロホルム(4 x 1
00ml)で洗浄し、水相のpHを0℃で2N−NaO
Hで再び9.5に調節した。塩化ベンジルオキシカルボ
ニル(73.5ml; 0.515ml)を、pHを2
N−NaOHで9.5に保持しつつ半時間かけて添加し
た。このpHをこの後4時間頻繁に調節し、この溶液を
攪拌しつつ一夜放置した。翌日、この溶液をエ−テル
(3 x 600ml)で洗浄し、そのpHを0℃にお
いて2N−HClで1.5に調節した。表題化合物を酢
酸エチル(5 x 1000ml)で抽出して単離し
た。この酢酸エチル溶液を硫酸マグネシウムで乾燥し、
真空において蒸発乾凅した。こうして138gが得られ
たが、こののもをエ−テル(300ml)に溶解し、石
油エ−テル(1800ml)を加えて沈殿させた。収
率:124.7g(79%)。m.p.64.5−85
℃。C172426の元素分析、測定値(理論値)
C:58.40(57.94);H:7.02(6.8
6);N:7.94(7.95)。1H−NMR(25
0MHz、CDCl3) 7.33 & 7.32(5
H,Ph);5.15 & 5.12(2H,PhCH
2);4.03 & 4.01(2H.NCH2CO
H);3.46(b,2H,BocNHCH2CH2);
3.28(b,2H,BocNHCH2CH2);1.4
3 & 1.40(9H,t−Bu)。HPLC(26
0nm) 20.71min.(80.2%)および2
1.57min.(19.8%)。UV−スペクトル
(200nm−300nm)は同一であり、小さいピ−
クはBis−Z−AEGから成ることが明かとなってい
る。
【0139】実施例22 N’−Boc−アミノエチルグリシネチルエ−テル N−ベンジルオキシカルボニル−N’−(bocアミノ
エチル)グリシン(60.0g;0.170mol)お
よびN,N−ジメチル−4−アミノピリジン(6.00
g)を無水エタノ−ル(500ml)に溶解し、0℃に
冷却して、その後にDCC(42.2g;0.204m
ol)を添加した。5分後に氷浴を取り除いて、攪拌を
さらに2時間継続した。沈殿したDCU(乾燥して3
2.5g)をろ過して除去し、エ−テル(3 x 10
0ml)で洗浄した。濾液を併せて、希硫酸水素ナトリ
ウム液(2 x 400ml)、希炭酸水素ナトリウム
液(2 x 400ml)および飽和塩化ナトリウム液
(1 x 400ml)で次々に洗浄した。有機相をろ
過し、次いで硫酸マグネシウムで乾燥し、真空において
蒸発乾凅し、その結果DCUを含有するオイル状物質6
6.1gが得られた。この油状物を無水エタノ−ル(6
00ml)に溶解し、パラジムカ−ボン(6.6g)を
加えた。この溶液を大気圧で水素添加したが、この際保
存容器は2N−水酸化ナトリウムで満たした。4時間
後、4.2Lの理論値に比較して、3.3Lが費消され
た。この反応混合物をセライトでろ過し、真空において
蒸発乾凅したところ、油状物質が39.5g(94%)
が得られた。この油状物質13gをシリカゲル(600
g SiO2)クロマトグラフィ−で精製した。塩化メ
チレン中20%の石油エ−テル300mlで溶出した後
で、表題化合物を塩化メチレン中5%メタノ−ル170
0mlで溶出させた。溶媒を満足するべき純度のフラク
ションから真空において揮散させた。収率は8.49g
であった。その代わりに、粗製物10gをKugel
Rohr蒸留で精製した。1H−NMR(250MH
z、CD3OD)4.77(b,sNH); 4.18
(q,2H,MeCH2−);3.38(s,2H,N
CH2CO2Et);3.16(t,2H,BocNHC
2CH2);2.68(t,2H.BocNHCH2
2);1.43(s,9H,tBu)および1.26
(t,3H,CH3)。13C−NMR171.4(C
OEt);156.6(CO);78.3((CH3
C);59.9(CH2);49.0(CH2);39.
0(CH2);26.9(CH2)および12.6(CH
3)。
【0140】実施例23 N’−Boc−アミノエチルグリシンエチルエ−テル メタノ−ルをエタノ−ルの代わりに変えて、上記した方
法を用いた。最終製品は、カラム精製法で精製した。
【0141】実施例24 1−(Boc−aeg)チミンエチルエステル N’−Boc−アミノエチルグリシンエチルエ−テル
(13.5g;54.8mmol)、DhbtOH
(9.84g;60.3mmol)および1−カルボキ
シメチルチミン(11.1g;60,3mmol)をD
MF(210ml)に溶解した。塩化メチレン(210
ml)を次に加えた。この溶液をエタノ−ル/氷浴で0
℃にまで冷却し、DCC(13.6g;65.8mmo
l)を加えた。氷浴を1時間後に取り除き、攪拌をさら
に常温で2時間続行した。沈殿したDCUをろ過して除
き、塩化メチレン(2 x 75ml)で二度洗浄し
た。濾液を合わせて、これにさらに塩化メチレン(65
0ml)を加えた。この溶液を稀重炭酸ナトリウム液
(3 x 500ml)、希硫酸水素ナトリウム液(2
x500ml)および飽和塩化ナトリウム液(1 x
500ml)で連続して洗浄した。若干の沈殿をろ過
して有機相から除去し、有機相を硫酸マグネシウムで乾
燥し、真空において蒸発乾凅した。オイル状の残渣を塩
化メチレン(150ml)に溶解し、ろ過し、表題化合
物を0℃において石油エ−テル(300ml)を加えて
沈殿させた。この塩化メチレン/石油エ−テルの方法を
もう一度繰り返し、これによって物質16.0g(71
%)が得られたが、これは、HPLCによって99%以
上の純度であった。
【0142】実施例25 1−(Boc−aeg)チミン 上記で得た物質をTHF(194ml.0.2M溶液が
得られる)中に溶解し、1Mの水酸化リチウム水溶液
(116ml)を加えた。この混合物を常温で45分間
攪拌し、次いでろ過して残留DCUを除去した。水(4
0ml)をこの溶液に加え、次に塩化メチレン(300
ml)で洗浄した。さらに追加の水(30ml)を加
え、このアルカリ性の溶液をさらにもう一度塩化メチレ
ン(150ml)で洗浄した。この水溶液を0℃にまで
冷却し、pHを1N−HCl(ほぼ110ml)を滴下
して2に調節した。表題化合物を酢酸エチル(9 x
200ml)で抽出し、抽出液を併せて、硫酸マグネシ
ウムで乾燥し、真空中において蒸発乾凅した。残渣をも
う一度メタノ−ルから蒸発させて、一夜乾燥させると、
無色のガラス様の固体が得られた。収率:9.57g
(64%)。HPLC>98% RT = 14.8m
in。元素分析、C162447C・0.25H2O、
実験値(理論値) C:49.29(49.42)
H:6.52(6.35); N:14.11(14.
41)。二級アミド結合の周囲の回転が限定されている
ため、シグナルのいくつかが2:1の比率で二重化した
(リストにおいて大きい方はmjでまた小さい方はmi
で示してある)。1H−NMR(250MHz、DMS
O−d6):12.75(b.s,1H,CO2H);1
1.28(s,”1H”,mj.,imideNH);
11.26(b.s..1H,CO 2H);7.30
(s,”1H”,mj.,T H−6);7.26
(s,”1H”,mi.,T H−6);6.92
(b.t.,”1H”,mj.,BocNH));6.
73(b.t.,”1H”,mi.,BcoNH));
4.64(s,”2H”,mj.,C 2CON);
4.46(s,”2H”,mj.,C 2CON);
4.19(s,”2H”,mi.,C 2CO2H);
3.97(s,”2H”,mj.,C 2CO2H);
3.63−3.01(分解されないm,水を含む,C
2 2);1.75(s,3H,C 3)および(s,
9H,tBu)。
【0143】実施例26 N4−ベンジルオキシカルボニル−1−(Boc−ae
g)シトシン N’−Boc−アミノエチルグリシンエチルエステル
(5.00g;20.3mmol)、DhbtOH
(3.64g;22.3mmol)およびN4−ベンジ
ルオキシカルボニル−1−カルボキシメチルシトシン
(6.77g;22.3mmol)をDMF(100m
l)に分散させた。塩化メチレン(100ml)を次に
加え、この溶液を0℃にまで冷却し、DCC(5.03
g;24.4mmol)を添加した。2時間後に氷浴を
取り除き、攪拌を常温でさらに1時間継続した。この反
応混合物を真空において蒸発乾凅し、残渣をエ−テル
(100ml)中に分散させ、30分間激しく攪拌し
た。固形物をろ過して単離し、エ−テル洗浄処理方法を
二度繰り返した。希重炭酸ナトリウム液(ほぼ4%溶
液、100ml)とともに15分間激しく攪拌し、ろ過
して、水で洗浄した。この方法をもう一度繰り返し、乾
燥後、放置すると淡黄色の固体物質が17.9g得られ
た。この固体をジオキサン(200ml)とともに煮沸
し、熱時ろ過した。冷却後、水(200ml)を加え
た。沈殿した物質をろ過して単離し、水で洗浄して、乾
燥した。HPLC(260nmにおいて観察)によれ
ば、この物質は、DCUの他に純度として99%であっ
た。このエステルをTHF(100ml)中に分散さ
せ、0℃にまで冷却して、1N−LiOH(61ml)
を加えた。15分間攪拌した後で、混合物をろ過し、濾
液を塩化メチレン(2 x 150ml)で洗浄した。
このアルカリ性の溶液を0℃にまで冷却し、pHを1N
−HClで2.0に調節した。表題化合物をろ過して単
離して、水で一度洗浄すると、乾燥後に白色の粉体が1
1.3gが得られた。この物質を塩化メチレン(300
ml)中に懸濁させ、石油エ−テル(300ml)を加
えた。ろ過し、次いで洗浄すると、乾燥後で7.1g
(69%)が得られた。HPLCの結果、RT=19.
5分で純度が99%でありまた12.6分において、恐
らくはZ−で保護されたモノマ−である不純物(ほぼ1
%)があることが判った。元素分析、C232958
実験値(理論値) C:54.16(54.87)
H:5.76(5.81); N:13.65(13.
91)。1H−NMR(250MHz、DMSO−
6):10.78(b.s,1H,CO2H);7.8
8(二つのオ−バ−ラップする二重線,”1H”,Cy
tH−5);7.41−7.32(m,5H,Ph);
7.01(二つのオ−バ−ラップする二重線,”1
H”,CytH−5);6.94 & 6.78(un
res.三重線、1H,BocN);5.19(s,
2H,PhC 2));4.81 & 4.62(s,
2H,C 2CON);4.17& 3.98(s,2
H,C 2CO2H);3.42−3.03(m,水を含
有,C 2 2)および1.38 & 1.37(s,
9H,tBu)。13C−NMR、150.88;12
8.52;128.18;127.96;93.90;
66.53;49.58および28.22。IR:周波
数、cm−1(強度)。3423(26.4,3035
(53.2)、2978(41.4))、1736(1
7.3)、1658(3.8)、1563(23.
0)、1501(6。8)および1456(26.2)
【0144】実施例27 9−カルボキシメチルアデニンエチルエステル アデニン(10.0g;74mmol)および炭酸カリ
ウム(10.29g;74.0mmol)をDMFに懸
濁させ、臭化酢酸エチル(8.24ml;74mmo
l)を加えた。この懸濁液を室温で窒素雰囲気下で2.
5時間攪拌し、次いでろ過した。固形の残渣をDMF
(10ml)三酸度洗浄した。濾液を併せて、真空にお
いて蒸発乾凅し、黄−オレンジ色の固形物質を水(20
0ml)に注ぎ、4N−HClをpH〜6になるように
加えた。0℃で10分間攪拌した後で、固形物をろ過し
て除き、水で洗浄し、96%エタノ−ルから再結晶し
た。表題化合物をろ過して単離し、エ−テルでよく洗浄
した.収率:3。4g(20%)。m.p. 215.
−220℃。元素分析、C91152、実験値(理論
値) C:48.86(48.65) H:5.01
(4.91); N:31.66(31.42)。1
−NMR(250MHz、DMSO−d6):(s,2
H,H−2 & H−8);7.25(b.s.,2
H,NH2);5.06(s,2H,NCH2));4.
17(q,2H,J=7.11Hz,OCH2)および
1.21(t,3H,J=7.13Hz,NCH2)。
13C−NMR。152.70、141.30、61.4
1、43.97および14.07。FAB−MS.22
2(MH+)。IR:周波数、cm−1(強度)。38
55(54.3),3274(10.4)、3246
(14.0))、3117(5.3)、2989(2
2.3)、2940(33.9)、2876(43.
4),2753(49.0),2346(56.1),
2106(57.1),1899(55.7),176
2(14.2),1742(14.2),1742
(1.0),1671(1.8),1644(10.
9),1606(0.6),1582(7.1),15
22(43.8),1477(7.2),1445(3
5.8)および1422(8.6)。アルキル化の位置
は、96%エタノ−ルから再結晶して得た結晶について
のX−線結晶学によって確認した。
【0145】実施例28 N6−ベンジルオキシカルボニル−9−カルボキシメチ
ルアデニンエチルエステル 9−カルボキシメチルアデニンエチルエステル(3.4
0g;15.4mmol)を乾燥DMF(50ml)に
緩やかに加熱して溶解させて、20 ℃にまで冷却し塩
化メチレン(50ml)にN−エチルベンジルオキシカ
ルボニルイミダゾ−ルN−エチル テトラフルオロ硼酸
エステル(62mmol)を溶かした溶液に氷で冷却し
ながら15分かけて加えた。若干の沈殿が認められた。
氷浴を取り除いて、溶液を一夜攪拌した。この反応混合
物を飽和重炭酸ナトリウム液(100ml)で処理し、
10分間攪拌した後、二相を分離し、有機相を当量の
水、希流酸水素ナトリウム液(二度)で、および飽和塩
化ナトリウム液で連続して洗浄した。この溶液を硫酸マ
グネシウムで乾燥し、真空において蒸発乾凅したとこ
ろ、油状物11gが得られた。この物質を塩化メチレン
(25ml)に溶解し、0℃に冷却し、石油エ−テル
(50ml)で沈殿させた。この方法をもう一度繰り返
して、表題化合物3.45g(63%)が得られた。
m.p.132−35℃。元素分析、C171754
実験値(理論値) C:56.95(57.46)
H:4.71(4.82); N:19.35(19.
71)。1H−NMR(250MHz、CDCl3):
8.77(s,1H,H−2 & H−8);7.99
(s.,1H,H−2またはH−8);7.45−7.
26(m,5H,Ph);5.31(s,2H,NC
2));4.96(s,2H,Ph−C 2);4.27
(q,2H,J=7.15Hz,C 2CH2)および
1.30(t,3H,J=7.15Hz,CH2
3)。13C−NMR。153.09;143.11;
67.84;62.51;44.24および14.0
9。FAB−MS:356(MH+)および312(M
H+−CO2)。IR:周波数、cm−1(強度)。3
423(52.1);3182(52.8);3115
(52.4));3031(47.9);2981(3
8.6);1747(1.1);1617(4.8),
1587(8.4);1552(25.2);1511
(45.2);1492(37.9);1645(1
4.0)および1413(37.3)。
【0146】実施例29 N6−ベンジルオキシカルボニル−9−カルボキシメチ
ルアデニン N6−ベンジルオキシカルボニル−9−カルボキシメチ
ルアデニンエチルエステル(3.20g;9.01mm
ol)をメタノ−ル(50ml)と混合し、0℃に冷却
した。水酸化ナトリウム溶液(50ml;2N)を加え
たところ、この物質が急速に溶解した。0℃において3
0分経過して、このアルカリ性溶液を塩化メチレン(2
x 50ml)で洗浄し、0℃において4N−JCl
でpH1.0に調節したところ、表題化合物が沈殿し
た。ろ過し、水で洗浄しかつ乾燥後の収率は、3.08
g(104%)であった。この製品は塩を含有してお
り、元素分析にこのことが反映されていた。元素分析、
151354、実験値(理論値) C:46.32
(55.05) H:4.24(4.00); N:1
8.10(21.40)およびC/N:2.57(2.
56)。1H−NMR(250MHz、DMSO−d
6):8.70(s,1H,H−2 & H−8);
7.50−7.35(m,5H,Ph);5.27
(s,2H,NC 2)および5.15(s,2H,p
H−C 2)。13C−NMR。168.77;152.
54;151.36;148.75;145.13;1
28.51;128.17;127.98;66.67
および44.67。IR:周波数、(KBr)。348
4(18.3);3109(15.9);3087(1
5.0));2966(17.1);2927(19.
9);2383(53.8);1960(62.7),
1739(2.5);1688(5.2);1655
(0.9);1594(11.7);1560(12.
3);1530(26.3);1499(30.5);
1475(10.4);1455(14.0);142
9(24.5)および1411(23.6)。FAB−
MS:328(MH+)および284(MH+−C
2)。HPLC(215nm、260nm)、溶媒系
1:15.18分、マイナ−な不純物は全てで2%以
下。
【0147】実施例30 N6−ベンジルオキシカルボニル−1−(Boc−ae
g)アデニンエチルエステル N’−Boc−アミノエチルグリシンエチルエステル
(2.00g;8.12mmol)、DhbtOH
(1.46g;8.93mmol)およびN6−ベンジ
ルオキシカルボニル−9−カルボキシメチルアデニン8
2.92g;8.93mmol)をDMF(15ml)
に溶解した。塩化メチレン(15ml)を加え、この溶
液をエタノ−ル/氷浴で0℃にまで冷却した。DCC
(2.01g;9.74mmol)を加え、2.5時間
後に氷浴を取り除いて常温で1.5時間攪拌を継続し
た。沈殿したDCUを濾して除去し、DMF(15m
l)で一度、塩化メチレン(2 x 15ml)で二度
洗浄した。濾液を併せ、これにさらに塩化メチレン(1
00ml)を添加した。この溶液を希重炭酸ナトリウム
液(2x 100ml)、希流酸水素カリウム液(2
x 100ml)および飽和塩化ナトリウム液(1 X
100 ml)で連続して洗浄した。有機層を真空に
おいて蒸発乾凅し、こうして淡黄色の油状物質3.28
g(73%)が得られた。この粗製物のHPLCの結
果、純度は僅かに66%に過ぎず、主ピ−クよりも極性
が高いかまたは低い不純物がいくつか含まれていること
が判った。油状物を無視エタノ−ル(50ml)に溶解
し、活性炭を加えた。5分間攪拌した後で、溶液をろ過
し、濾液を水(30ml)と混合し一夜攪拌しつつ放置
した。翌日、白色の沈殿をろ過して除去して、水で洗浄
し、乾燥したところ、HPLCによる純度が98%以上
である物質1.16g(26%)が得られた。母液に水
を加えたところ、純度がほぼ95%である物質がさらに
0.53g得られた。元素分析、C263377・H2
O、実験値(理論値) C:55.01(54.4
4);H:6.85(6.15)およびN:16.47
(17.09)。1H−NMR(250MHz、CDC
3):8.74(s,1H,AdeH−2);8.1
8(b.s,1H,ZNH);8.10 & 8.04
(s,1H,H−8);7.46−7.34(m,5
H,Ph);5.63(unres.t,1H,Boc
NH);5.30(s,2H,PhCH2);5.16
& 5.00(s,2H,C 2CON);4.29
& 4.06(s,2H,C 2CO2H);4.20
(q,2H,OC 2CH3);3.67−3.29
(m,4H,C 2 2);1.42(s,9H,tB
u)および1.27(t,3H,OCH 2 3)。スペ
クトルの結果、痕跡量のエタノ−ルおよびDCUの存在
が明となった。
【0148】実施例31 N−ベンジルオキシカルボニル−1−(Boc−ae
g)アデニン N6−ベンジルオキシカルボニル−1−(Boc−ae
g)アデニンエチルエステル(1.48g;2.66m
mol)をTHF(13ml)中に懸濁させ、混合物を
0℃に冷却した。水酸化リチウム(8ml;1N)を添
加し、15分間攪拌した後で反応混合物をろ過し、さら
に水(25ml)を添加し、この溶液を塩化メチレン
(2 x 25ml)で洗浄した。この水溶液のpHを
1N−HClでpH2.0に調節した。沈殿をろ過して
単離して、水で洗浄し、乾燥して、0.82g(58
%)が得られた。本品を塩化メチレン/石油エ−テルで
二度再度沈殿させ、乾燥後0.77g(55%)が得ら
れた。m.p.119℃(分解)。元素分析、C2429
77・H2O、実験値(理論値) C:56.32
(52.84) H:5.71(5.73); N:1
7.68(17.97)。FAB−MS。528.5
(MH+)。1H−NMR(250MHz、DMSO−
6):12.75(very b,1H,CO2H);
10.65(b.s,1H,ZNH);8.59(d,
1H,J=2.14Hz,Ade H−2);8.31
(s,1H,Ade H−8);7.49−7.31
(m,5H,Ph);7.03&6.75(unres
olv.t,1H,BocNH);5.33 & 5.
16(s,2H,CH2CON);5.22(s,2
H,PhC 2));4.34−3.99(s,2H,
CH2CO2H);3.54−3.03(m’s、水を含
有、C 2 2)および1.39 & 1.37(s,
9H,tBu)。13C−NMR。170.4;166.
6;152.3;151.5;149.5;145.
2;128.5;128.0;127.9;66.3
2;47.63;47.03;43.87および28.
24。
【0149】実施例32 2−アミノ−6−クロロ−9−カルボキシメチルプリン 2−アミノ−6−クロロプリン(5.02g;29.6
mmol)と炭酸カリウム(12.91g;93.5m
mol)をDMF(50ml)に溶かした溶液に、臭化
酢酸(4.70g;22.8mmol)を加えた。この
混合物を20時間窒素雰囲気下で激しく攪拌し、水(1
50ml)を添加し、溶液をセライトを通してろ過した
ところ、透明な黄色溶液が得られた。この溶液を4N−
塩酸でpH3に酸性化し、沈殿物をろ過し、sicap
ent上で真空下で乾燥した。収率83.02g;4
4.8%)。1H−NMR(DMSO−d6):d=4.
88ppm(s,2H);6.95(s,2H);8.
10(s,1H)。
【0150】実施例33 2−アミノ−6−ベンジルオキシ−9−カルボキシメチ
ルプリン ナトリム(2.0g;87.0mmol)をベンジルア
ルコ−ル(20ml)に溶解し、130℃で2時間加熱
した。0℃にまで冷却したあとで、2−アミノ−6−ク
ロロ−9−カルボキシメチルプリン(4.05g;1
8.0mmol)をDMF(85ml)中に溶かした溶
液をゆっくりと添加し、生じた懸濁液を20℃において
一夜攪拌した。水酸化ナトリウム溶液(1N、100
m)を加え、、透明な溶液を酢酸エチル(3 x 10
0ml)で洗浄した。水相を4N塩酸でpH3に酸性化
した。沈殿物を酢酸エチル(200ml)にとり、水相
を酢酸エチル(2 x 100ml)で抽出した。有機
層を併せて、飽和塩化ナトリウム液(2 x 75m
l)で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥し、真空下で
蒸発乾凅させた。残渣をエタノ−ルから再結晶化させ
た。真空下でのsicapent上での乾燥後の収率:
2,76g(52%)。m.p.159−65℃。元素
分析、実験値(理論値) C:(56.18;55.9
7) H(4.38;4.32)、 N(23.4;2
3.10)。1H−NMR(250MHz、DMSO−
6):4.82ppm(s,2H);5.51(s,
2H);6.45(2,2H);7.45(m,5
H);7.82(s,1H)。
【0151】実施例34 N−([2−アミノ−6−ベンジルオキシ−プリン−9
イル]−アセチル)−N−(2−Boc−アミノエチ
ル)−グリシン[BocGaeg−OHモノマ−] 2−アミノ−6−ベンジルオキシ−9−カルボキシメチ
ルプリン(0.050g;1.67mmol)、メチル
−N(2−[第三級−ブトキシカルボニルアミノ]エチ
ル)−グリシンエステル(0.65g;2.80mmo
l)、ジイソプロピルエチルアミン(0.54g;4.
19mmol)およびブロモ−トリス−ピロリジノ−ホ
スホニウム−ヘキサフロロホスフェ−ト(PyBroP
(R))(0.798g;1.71mmol)をDMF
(2ml)中で4時間攪拌した。透明な溶液を重炭酸ナ
トリウムの氷冷液(3 x 40 ml)に注ぎ、酢酸
エチル(3 x 40ml)で抽出した。有機相を硫酸
水素カリウム溶液(1N;2 x 40 ml)、重炭
酸ナトリウム溶液(1N;1 x 40ml)および飽
和塩化ナトリウム溶液(60ml)で洗浄した。無水硫
酸ナトリウムで乾燥し、真空下で蒸発したあとで、固形
残渣を酢酸エチル/ヘキサン(20ml(2:1))か
ら再結晶化して、収率63%でメチルエステルを得た
(MS−FAB514(M+1)。このエステルを濃水
酸化ナトリウム液(1ml)を含むエタノ−ル/水(3
0ml(1:2))に溶解することによって加水分解を
行った。2時間攪拌した後で、この溶液をろ過し、4N
−塩酸を酸化してpH3に酸性化した。表題化合物を、
ろ過して得た。収率:370mg(加水分解に対して7
2%)。HPLCによる純度は、99%以上であった。
二級アミドの回転が制限されていたために、シグナルの
いくつかは、2:1の比率で二重化した(リストにおい
ては、主要ピ−クについてmj.でまた小さいピ−クは
mi.で表してある)。1H−NMR(250MHz、
DMSO−d6):d=1.4ppm.(s,9H);
3.2(m,2H);3.6(m,2H);4.1
(s,mj.,CONRC 2COOH);4.4
(s,mi.,CONRC 2COOH);5.0
(s,mj.,Gua−C 2CO−);5.2(s,
mj.,Gua−C 2CO);5.6(s,2H);
6.5(s,2H);6.9(m,mi.,BocN
H);7.1(m.mj.,BocNH);7.5
(m.,3H);7.8(s,1H);12.8(s,
1H)。13C−NMR。170.95;170.52;
167.29;166.85;160.03;159.
78;155.84;154.87;140.63;1
36.76;128.49;128.10;113.0
4;78.19;77.86;66.95;49.2
2;47.70;46.94;45.96;43.6
2;43.31および28.25。
【0152】実施例35 3−Boc−アミノ−1、2−プロパンジオ−ル 3−アミノ−1、2−プロパンジオ−ル(40.00
g;0.440mol、1、0eq.)を水(1000
ml)に溶解し、0℃にまで冷却した。ジ−三級−ブチ
ル炭酸エステル(115.0g、0.526mol、
1,2eq.)を一度に加えた。この反応混合物を攪拌
しつつ水浴上で室温にまで加温した。pHを水(120
ml)に溶かした水酸化ナトリウム(17.56g、
0.440mol,1.0eq.)で10.5に維持し
た。水酸化ナトリウム溶液を添加し終えたとき、反応混
合物を室温で一夜攪拌した。その後、酢酸エチル(75
0ml)を反応混合物に加え、次に0℃に冷却した。p
Hを激しく攪拌しつつ4N−硫酸で2.5に調節した。
二つの相を分離し、水相を別の酢酸エチル(6 x 3
50ml)で洗浄した。有機相の容量を減圧下で蒸発さ
せて900mlにまで減少させた。有機相を飽和硫酸水
素カリウム溶液を二倍量に希釈したもの(1 x100
0ml)および飽和塩化ナトリウム溶液(1 x 50
0ml)で洗浄した。有機相を乾燥させ(MgSO
4)、減圧下で蒸発させて、表題化合物を50.12g
(60%)を得た。このものは、塩化メチレンから蒸発
させ次いで凍結させて、固化させることが出来た。1
−NMR(CDCl3/TMS):d=1.43(s,
9H,Me3C)、3.25(m,2H,CH2)、3.
57(m,2H,CH2)、3.73(m,1H,C
H)、13C−NMR(CDCl3/TMS):d=2
8.2(Me3C)、42.6(CH2)、63.5、7
1.1(CH2OH,CHOH)、79.5(Me
3C)、157(C=O)。
【0153】実施例36 2−(Boc−アミノ)エチル−L−アラニンメチルエ
ステル 3−Boc−アミノ−1、2−プロパンジオ−ル(2
0.76g;0.1090mol。1eq.)を水(1
50ml)に溶解した。m−過ヨウ素酸カリウム(2
4.97g;0.190mol、1eq.)を加え、反
応混合物を窒素雰囲気中で室温で2時間攪拌した。反応
混合物をろ過し、水相をクロロホルム(6x 250m
l)で抽出した。有機相を乾燥し(MgSO2)、蒸発
させると無色の油状物としてBoc−アミノアセトアル
デヒドが殆ど定量的な収率で得られ、このものを精製す
ることなく次の処理法に用いた。パラジウム−カ−ボン
(10%、0.8g)を窒素雰囲気中で冷却し(0℃)
かつ激しく攪拌しつつMeOH(250ml)に加え、
無水酢酸ナトリウム(4.49g;54.7mmol、
2eq.)およびL−アラニンメチルエステル塩酸塩
(3.82g;27.4mmol、1eq.)を加え
た。Boc−アミノアセトアルデヒド(4.79g;3
0.1mmol、1.1eq.)をMeOH(150m
l)に溶かし、反応混合物に加えた。反応混合物を常
圧、常温で、水素吸収が止むまで水素添加した。反応混
合物をセライトを通してろ過させたが、セライトをさら
にMeOHで洗浄した。このMeOHを減圧下で除去
し、残渣を水(150ml)に溶解し、pHを激しく攪
拌しつつ0.5N−NaOHを滴下することによって
8.0に調節した。水相を塩化メチレン(4 x 25
0ml)で抽出し、有機相を乾燥し(MgSO)、セラ
イトでろ過し、減圧下で蒸発させて透明で、若干黄色の
油状物として表題化合物が6.36g(94%)得られ
た。MS(FAB−MS):m/z(%)=247(1
00,M+1,191(90),147(18)。1H
−NMR(250MHz、CDCl3):1.18
(d,J=7.0Hz,3H,Me)、1.36(s,
9H,Me3C)、1.89(b,1H,NH)、2.
51(m,1H,CH2)、2.66(m,1H,C
2)、3.10(m,2H,CH2)、3.27(、J
=7.0Hz,1H,CH)、3.64(s,3H,O
Me)、5.06(b,1H,カルバメ−トNH)。
13C−NMR d=18.8(Me)、28.2(Me
3C)、40.1、47.0(CH2)、51.6(Me
O),56.0(CH),155.8(カルバメ−トC
=O)、175.8(エステルC=O)。
【0154】実施例37 N−(Boc−アミノエチル)−N−(1−チミニルア
セチル)−L−アラニンメチルエステル Boc−アミノエチル−(L)−アラニンメチルエステ
ル(1.23g,5.0mmol)をDMF(10m
l)に溶かした溶液に、Dhbt−OH(0./90
g,5.52mmol)および1−チミニル酢酸(1.
01g,5.48mmol)を添加した。1−チミニル
酢酸が溶解した時に、クロロメタン(10ml)を加
え、溶液を氷浴で冷却した。この反応混合物が0に達し
た時に、DCC(1.24g,601mmol)を加
え、添加後5分でDCUの沈殿が認められた。二時間後
に、TLC分析の結果、反応が完結したのを確認した。
この混合物をろ過し、沈殿をジクロロメタン(199m
l)で洗浄した。得た溶液を5%重炭酸ナトリウム(1
50ml)で二度、また飽和硫酸水素カリウム液(25
ml)を水(100m)に溶かした液で二度洗浄した。
飽和塩化ナトリウム液で最終的に抽出した後、溶液を硫
酸マグネシウムで乾燥し、蒸発させると、白色発泡物を
得た。この発泡物を、メタノ−ル傾斜のジクロロメタン
を溶出溶媒として用いてシリカゲルカラムクロマトグラ
フィ−によって精製した。これによって、純品を得た
(HPLCで99%以上)(1.08g,52.8
%)。FAB−MS*413(M+1)および431
(M+1+水)。1H−NMR(CDCl3):4.5
2(s,2H,CH’2);3.73(s,3H,OM
e);3.2−3.6(m,4H,エチルCH
2‘s)、1.90(s,3H,TにおけるMe);
1.49(d,3H,AlaにおけるMe);1.44
(s,9H,Boc)。
【0155】実施例38 N−(Boc−アミノエチル)0N−(1−チミニルア
セチル)−L−アラニン 表題化合物のメチルエステル(2.07g,5.02m
mol)をメタノ−ル(100ml)に溶解し、氷浴で
冷却し、2N水酸化ナトリウム(100ml)を加え
た。10分間攪拌した後で、混合物のpHを4M−塩化
水素で3に調節した。その後この溶液を酢酸エチル(3
x 100ml)で抽出し、有機抽出液を併せて、硫
酸マグネシウムで乾燥した。蒸発後、得た発泡物を酢酸
エチル(400ml)と数mlのメタノ−ルに溶かし
て、この固形物を溶解した。石油エ−テルを沈殿物が生
成し始めるまで加え、−20℃で一夜放置した後、沈殿
物をろ過して除いた。こうすることによって、純品を
1.01g(50.5%)得た(HPLCで99%以
上)。この化合物を2−プロパノ−ルから再結晶した。
FAB−MS:399(M+1)。1H−NMR(DM
SO−d6):11.35(s,1H,COO);7.
42(s,1H,H’6);4.69(s,2H,C
H’2);1.83(s,3H,TにおけるMe);
1.50−1.40(M、12H、Ala + Boc
におけるMe)。
【0156】実施例39
【0157】(a)N−(Boc−アミノエチル)−N
−(1−チミニルアセチル)−D−アラニンメチルエス
テル Boc−アミノエチルアラニンメチルエステル(2.4
8g;10.1mmol)をDMF(20ml)に溶か
した溶液にDhhbt−OH(1.80g;11.0m
mol)およびチミニル酢酸(2.14g;11.6m
mol)を添加した。1−チミニル酢酸が溶解した後
で、塩化メチレン(20m)を加え、この溶液を氷浴で
冷却した。反応混合物が0℃に達した時に、DCC
(2.88g;14.0mmol)を加えた。添加後5
分でDCUの沈殿が認められた。35分後に、氷浴を取
り除き、3.5時間後に反応混合物をろ過し、沈殿を塩
化メチレン(200ml)で洗浄した。得た溶液を5%
重炭酸ナトリウム液(200ml)で二度、また飽和流
酸水素カリウム水溶液(100ml)で二度抽出し、飽
和塩化ナトリウム液(250ml)で最終的に抽出した
後で、硫酸マグネシウムで乾燥し、蒸発させると油状物
を得た。この油状物をメタノ−ル傾斜の塩化メチレンを
溶出溶媒として用いて、短いカラムシリカゲルクロマト
グラフィ−で精製した。こうすることによって、石油エ
−テルで沈殿させた後でHPLCによる純度が96%の
化合物が得られた(1.05g;25.3%)。FAB
−MS:413(M+1)。1H−NMR(CDC
3):5.64(t,1H,BocNH,J=5.8
9Hz);4.56(d,2H,CH’2);4.35
(q,1,H,AlaにおけるCH,J=7.25);
3.74(s,3H,OMe);3.64−3.27
(m,4H,エチルのH’);1.90(s,3H,T
におけるMe);1.52−1.44(t,12H,A
laにけるBoc+Me)。
【0158】(b)N−(Boc−アミノエチル)−N
−(1−チミニルアセチル)−D−アラニン 表題化合物のメチルエステル(1.57g,3.81m
mol)をメタノ−ル(100ml)に溶解し、氷浴で
冷却し、水酸化ナトリウム(100ml;2M)を加え
た。10分間攪拌した後で、混合物のpHを4M−塩化
水素で3に調節した。その後この溶液を酢酸エチル(3
x 100ml)で抽出し、有機抽出液を併せて、硫
酸マグネシウムで乾燥した。蒸発後、得た油状物を酢酸
エチル(200ml)に溶かし、石油エ−テルを沈殿物
が生成し始めるまで加え、−20℃で一夜放置した後、
沈殿物をろ過して除いた。こうすることによって、表題
化合物を1.02g(67.3%)得たが、純度はHP
LCで99%以上であった。FAB−MS:399(M
+1)。1H−NMR:11.34(s,1H,COO
H);7.42(s,1H,H’6);4.69(s,
2H,CH’2);4.40(q,1H,Alaにおけ
るCH、J=7。20Hz);1.83(s,3H,T
におけるMe);1.52−1.40(m、12H、A
laにおけるBoc+Me)。
【0159】実施例40 N−(N’−Boc−3’−アミノエチル)−N−
[(1−チミニル)アセチル]グリシンメチルエステル N(N’−Boc−3’−アミノプロピル)グリシンメ
チルエステル(2.84g;0.0115mol)をD
MF(35ml)に溶解し、その後DhbtOH(2.
07g;0.0127mol)と1−チミニル酢酸
(2.34g;0.0127mol)を加えた。塩化メ
チレン(35ml)を加えて、混合物を氷浴で0℃に冷
却した。DCC(2.85g;0.0138mol)を
加えた後、混合物を2時間0℃で攪拌し、その後室温で
1時間攪拌した。沈殿したDCUをろ過して除去し、塩
化メチレン(25ml)で洗浄し、更に追加量の塩化メ
チレン(150ml)を濾液に加えた。有機相を重炭酸
ナトリウム(飽和液を当量の水で希釈、6 x 250
ml)で抽出し、硫酸カリウム(飽和液を4倍量の水で
希釈、3 x 250ml)次いで飽和塩化ナトリウム
で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し真空下で蒸発乾凅
した。固体の残渣を塩化メチレン(35ml)に懸濁さ
せて、1時間攪拌した。沈殿したDCUは、ろ過して除
去し、塩化メチレン(25ml)で洗浄した。濾液を真
空下で蒸発乾凅して、残渣をシリカゲルカラムクロマト
グラフィ−で、メタノ−ルと塩化メチレン(塩化メチレ
ン中3−7%メタノ−ルの傾斜)の混合物で溶出して精
製した。こうすることによって、表題化合物を白色固体
として得た(3.05g、64%)。m.p.76−7
9℃(分解)。元素分析、C182847、実験値(理
論値) C:52.03(52.42) H:6.90
(6.84); N:13.21(13.58)。この
化合物は、満足すべき1Hおよび13C−NMRスペクト
ルを示した。
【0160】実施例41 N−(N’−Boc−3’−アミノプロピル)−N−
[(1−チミニル)アセチル]グリシン N−(N’−Boc−3’−アミノプロピル)−N−
[(1−チミニル)アセチル]グリシンメチルエステル
をメタノ−ル(25ml)に溶解し、2M−水酸化ナト
リウム(25ml)と共に1.5時間攪拌した。メタノ
−ルを真空下で蒸発させて除去し、pHを4M−塩酸で
0℃において2に調節した。本製品をろ過して白色結晶
として単離し、水(3 x 10ml)で洗浄し、真空
下でsicapentで乾燥した。収率:2.19(7
5%)。元素分析、C172647・H2O、実験値
(理論値) C:49.95(49.03) H:6.
47(6.29); N:13.43(13.45)。
この化合物は、満足すべき1H−および13C−NMRス
ペクトルを示した。
【0161】実施例42 3−(1−チミニル)−プロパン酸メチルエステル チミン(14.0g;0.11mol)をメタノ−ルに
懸濁させ、メタアクリル酸メチル(39.6ml;0.
44mol)を触媒量の水酸化ナトリウムとともに加え
た。この溶液を45時間暗所で還流させ、真空下におい
て蒸発乾凅させ、残渣を加熱しつつメタノ−ル(8m
l)に溶解させた。氷浴で冷却した後、生成物をエ−テ
ル(20ml)を加えて沈殿させ、ろ過して単離し、エ
−テル(20ml)で洗浄し、真空下でsicapen
t上で乾燥させた。収率;11.23g(48%)。
m.p. 112−119℃。元素分析、C9122
4、実験値(理論値) C:51.14(50.94)
H:5.78(5.70);N:11.52(13.
20)。この化合物は、満足すべき1H−および13C−
NMRスペクトルを示した。
【0162】実施例43 3−(1−チミニル)−プロパン酸 3(1−チミニル)−プロパン酸メチル(1.0g;
0.0047mol)を2M−水酸化ナトリウム(15
ml)に溶解し、10分間煮沸させた。pHを濃塩酸を
用いて0.3に調節した。この溶液を酢酸エチル(10
x 25ml)で抽出し、有機層を飽和塩化ナトリウ
ム液で抽出し、硫酸マグネシウムで乾燥し、真空下で蒸
発乾凅させると、表題化合物が白色固体として得られた
(0.66g;71%)。m.p.118−121℃。
元素分析、C81024、実験値(理論値) C:4
8.38(48.49) H:5.09(5.09);
N:13.98(14.14)。この化合物は、満足
すべき1H−および13C−NMRスペクトルを示した。
【0163】実施例44 N−(N’−Boc−3’−アミノエチル)−N−
[(1−チミニル)プロパノイル]グリシンエチルエス
テル N(N’−Boc−アミノエチル)グリシンエチルエス
テル(1.0g;0.0041mol)をDMF(12
ml)に溶解し、その後DhbtOH(0.73g;
0.0045mol)と1−チミニルプロパン酸(0.
89g;0.0045mol)を加えた。塩化メチレン
(12ml)を加えて、混合物を氷浴で0℃に冷却し
た。DCC(1.01g;0.0049mol)を加え
た後、混合物を2時間0℃で攪拌し、その後室温で1時
間攪拌した。沈殿したDCUをろ過して除去し、塩化メ
チレン(25ml)で洗浄し、更に追加量の塩化メチレ
ン(50ml)を濾液に加えた。有機相を重炭酸ナトリ
ウム(飽和液を当量の水で希釈、6 x 100ml)
で抽出し、硫酸カリウム(飽和液を4倍量の水で希釈、
3 x 100ml)次いで飽和塩化ナトリウム(1
x 100ml)で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し
真空下で蒸発乾凅した。固体の残渣を塩化メチレン(1
5ml)に懸濁させて、1時間攪拌した。沈殿したDC
Uは、ろ過して除去し、塩化メチレン(25ml)で洗
浄した。濾液を真空下で蒸発乾凅して、残渣をシリカゲ
ルカラムクロマトグラフィ−で、メタノ−ルと塩化メチ
レン(塩化メチレン中3−7%メタノ−ルの傾斜)の混
合物で溶出して精製した。こうすることによって、表題
化合物を白色固体として得た(1.02g、59%)。
元素分析C193047、実験値(理論値) C:5
3.15(53.51) H:6.90(7.09);
N:12.76(13.13)。この化合物は、満足
すべき1Hおよび13C−NMRスペクトルを示した。
【0164】実施例45 N−(N’−Boc−3’−アミノエチル)−N−
[(1−チミニル)プロパノイル]グリシン N−(N’−Boc−3’−アミノエチル)−N−
[(1−チミニル)プロパノイル]グリシンエチルエス
テル(0.83g;0.00195mol)をメタノ−
ル(25ml)に溶解した。水酸化ナトリウム(25m
l;2M)を加え、この溶液を1時間攪拌した。メタノ
−ルを真空下で蒸発させて除き、pHを4M−塩酸で0
℃において2に調節した。本品をろ過して単離し、エ−
テル(3 x15ml)で抽出し、真空下でsicap
entの上で乾燥させた。収率:0.769g(99
%)。m.p.213℃(分解)
【0165】実施例46 モノ−Boc−エチレンジアミン(2) 第三級−ブチル−4−ニトロフェニル炭酸エステル
(1)(10.0g;0.0418mol)をDMF
(50ml)に溶解し溶液を、30分かけてエチレンジ
アミン(27.9ml;0.418mol)およびDM
F(50ml)の溶液に加え、一夜攪拌した。この混合
物を真空下で蒸発乾凅させて、得られた油状物を水(2
50ml)に溶解した。0℃に冷却した後、pH を
4M−塩酸で3.5に調節した。この溶液をろ過し、ク
ロロホルム(3 x 250ml)で抽出した。このp
Hを2M−水酸化ナトリウムで0℃において12に調節
し、水溶液を塩化メチレン(3 x 300ml)で抽
出した。飽和塩化ナトリウム水溶液で(250ml)処
理した後で、塩化メチレン溶液を硫酸マグネシウム上で
乾燥し、ろ過して、生じた溶液を真空下で蒸発乾凅し
て、本品(油状物)94.22gが得られた。1H−N
MR(90MHz;CDCl3):δ1.44(s,9
H);2.87(t,2H);3.1(q,2H);
5.62(s,broad)。
【0166】実施例47 (N−Boc−3’−アミノエチル)−β−アラニンメ
チルエステル塩酸塩 モノ−Boc−エチレンジアミン(2)(16.28
g;0.102mol)をアセトニトリル(440m
l)に溶解し、アクリル酸メチル(91.50ml;
1.02mol)をアセトニトリル(200ml)と一
緒にこの混合物に移した。この溶液を暗所で窒素雰囲気
下で一夜還流して、アクリル酸メチルの重合を回避し
た。真空下で蒸発乾凅した後で、水とエ−テルの混合物
(200 + 200ml)を加え、生じた溶液をろ過
して、激しく攪拌した。水相をもう一度エ−テルで抽出
し、次いで凍結乾燥して、黄色の固体を得た。酢酸エチ
ルから再結晶して、表題化合物を13.09gを得た。
m.p.138−140℃。元素分析C112324
l、実験値(理論値) C:46.49(46.72)
H:8.38(8.20); N:9.83(9.9
1);Cl:12.45(12.54)。1H−NMR
(DMSO−d6):δ1.39s,9H);2.9
(m.8H);3.64(s,3H).
【0167】実施例48 N−[(1−チミニル)アセチル]−N’−Boc−ア
ミノエチル−β−アラニンメチルエステル (N−Boc−アミノ−エチル)−β−アラニンメチル
エステル・塩酸塩(3)(2.0g;0.0071mo
l))および1−チミニル酢酸ペンタフルオロフェニル
エステル(5)(2.828g;0.00812mo
l)をDMF(50ml)に溶解した。トリエチルアミ
ン(1.12ml;0.00812mol)を加え、混
合物を一夜攪拌した。塩化メチレン(200ml)を添
加後、有機層を重炭酸ナトリウム水溶液(3 x 25
0ml)、半飽和流酸水素カリウム水溶液(3 x 2
50ml)と飽和塩化ナトリウム水溶液(250ml)
で抽出し、硫酸マグネシウムで乾燥した。ろ過し、次い
で真空下で蒸発乾凅すると、2.9g(99%)の収量
で生成物が得られた(油状物)。1H−NMR(250
MHz;CDCl3:二級アミドの周囲の回転が制限さ
れるため、信号のいくつかが二重化した。δ1.43
(s,9H);1.88(s,3H);2.63(t,
1H);2.74(t,1H);3.25−3.55
(4xt,8H);3.65(2xt,2H);3.6
6(s,1.5);3.72(s,1.5);4.61
(s,1H);5.72(s,2H);5.59(s,
0.5H);5.96(s,0.5H);7.11
(s,1H);10.33(s,1H)。
【0168】実施例49 N−[(1−チミニル)アセチル]−N’−Boc−ア
ミノエチル−β−アラニン N−[(1−チミニル)アセチル]−N’−Boc−ア
ミノエチル−β−アラニンメチルエステル(3.0g;
0.0073mol)を2M−水酸化ナトリウム(30
ml)に溶解し、pHを4M−塩酸で0℃において2に
調節し、溶液を2時間攪拌した。沈殿をろ過して単離
し、冷水で三度洗浄し、真空下においてsicapen
t上で乾燥した。収率、2.23g(77%)。m.
p.170−176℃。元素分析C172647・H2
O、実験値(理論値) C:49.49(49.03)
H:6.31(6.78); N:13.84(1
3.45);1H−NMR(DMSO−d6):δ1.3
8(s,9H);1.76(s,3H);2.44およ
び3.29(m,8H);4.55(s,2H);7.
3(s,1H);11.23(s,1H)。FAB−M
S:399(M+1)
【0169】実施例50 N−[(1−(N4−Z)−シトシル)アセチル]−
N’−Boc−アミノエチル−β−アラニンメチルエス
テル (N−Boc−アミノ−エチル)−β−アラニンメチル
エステル・塩酸塩(3)(2.0g;0.0071mo
l)および1−(N−4−Z)−シトシル酢酸ペンタフ
ルオロフェニルエステル(5)(3.319g;0.0
071mol)をDMF(50ml)に溶解した。トリ
エチルアミン(0.99ml;0.0071mol)w
o加え、混合物を一夜攪拌した。塩化メチレン(20
0,l)を添加した後で、有機層を重炭酸ナトリウム水
溶液(3 x 250ml)、半飽和硫酸水素カリウム
水溶液(3 x 250ml)および飽和塩化ナトリウ
ム水溶液で抽出し、硫酸マグネシウムで乾燥した。ろ過
して、真空下で蒸発乾凅して、3.36gの固体の化合
物が得られたが、このものをメタノ−ルから再結晶し
た。収率:2.42g(64%)。m.p.158−1
61℃。元素分析C25 3358、実験値(理論値)
C:55.19(56.49) H:6.19(6.2
6); N:12.86(13.18)。1H−NMR
(250MHz;CDCl3):二級アミドの周囲の回
転が制限されるため、信号のいくつかが二重化した;δ
1.43(s,9H);2.57(t,1H);3.6
0−3.23(m’s,6H);3.60(s,1.5
H);3.66(s,1.5H);4.80(s,1
H);4.88(s,1H);5.20(s,2H);
7.80−7.25(m’s,7H)。FAB−MS:
532(M+1)
【0170】実施例51 N−[(1−(N4−Z)−シトシル)アセチル]−
N’−Boc−アミノエチル−β−アラニン N−[(1−(N4−Z)−シトシル)アセチル]−
N’−Boc−アミノエチル−β−アラニンメチルエス
テル(0.621g;0.0012mol)を2M−水
酸化ナトリウム(8.5ml)に溶解して2時間攪拌し
た。その後に、pHを4M−塩酸で0℃において2に調
節し、この溶液を2時間攪拌した。沈殿をろ過して単離
して、冷水で三度洗浄し、真空下でsicapent上
で乾燥した。収率:0.326g(54%)。この白色
固体を2−プロパノ−ルから再結晶し、石油エ−テルで
洗浄した。m.p.163第(分解)。元素分析C24
31 58、実験値(理論値) C:49.49(49.
03) H:6.31(6.78); N:13.84
(13.45)。1H−NMR(250MHz;CDC
3):二級アミドの周囲の回転が制限されるため、信
号のいくつかが二重化した;δ1.40(s,9H);
2.57(t,1H);2.65(t,1H);3.6
0−3.32(m’s,6H);4.85(s,1
H);4.98(s,1H);5.21(s,2H);
5.71(s,1H,broad);7.99−7.2
5(m’s,7H)。FAB−MS:518(M+1)
【0171】実施例52 グアニン残基を有するPNA−オリゴマ−の例
【0172】(a)H−[Taeg]−[Gaeg]
−[Taeg]4−Lys−NHの固相合成 保護されたPNAを、置換度がほぼ0.15であるBo
c−Lys(CIZ)で修飾したMBHA樹脂の上で構
築した(定量的ニンヒドリン反応で測定)。カップルし
ていないアミノ基のキャッピングは、BocBaeg−
OHモノマ−を導入する前に初めて行った。
【0173】(b)H−[Taeg]5−[Gaeg]
−[Taeg]4−Lys−NH2の段階的合成(合成実
験記録) 合成は、予備膨潤(DCM中で一夜)させかつ中和した
Boc−Lys(CIZ)−MBHA樹脂102mg
(乾燥重量)において開始した。実施した工程は以下の
通りである:(1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/
v)によるBoc−脱保護、1x2分および1x1/2
時間、3ml;(2)DCMによる洗浄、4x20秒、
3ml;DMFによる洗浄、2x20秒、3ml;DC
Mによる洗浄、2x20秒、3ml、および30秒間の
ドレ−ン;(3)DIEA/DCM(1:19、v/
v)による中和、2x3分、3ml;(4)DCMによ
る洗浄、4x20秒、3mlおよび1分間のドレ−ン;
(5)4当量のジイソプロピルカルボジイミド(0.0
6mmol;9.7μl)および4当量(0.06mm
ol;24mg)のBocTaeg−OHまたは(0.
06mmol;30mg)のBocGaeg−OHを
0.6mlのDCM/DMF(1:1、v/v)に溶解
して添加、このカップリング反応は、室温で振盪させな
がら1/2時間進行させた;(6)サクションを20秒
間適用した;(7)DMFによる洗浄、2x20秒及び
1x2分、3ml;(8)DIEA/DCM(1:1
9、v/v)による中和、2x3分、3ml;(9)D
CMによる洗浄、4x20秒、3mlおよび1分間のド
レ−ン;(10)定性的Kaiser試験;(11)未
反応アミノ基をAc2O/ピリジン/DCM(1:1:
2、v/v)。1x1/2時間、3ml;および(1
2)DCMによる洗浄、4x20秒、2x2分;2x2
0秒。工程1−12は、所望の配列が得られるまで繰り
返した。定性的Kaiser試験は全て、マイナスであ
り(わら様の黄色、ビ−ズには一切着色しない)、カッ
プリング収率はほぼ100%であることを示していた。
PNA−オリゴマ−を開裂させ、通常の方法で精製し
た。FAB−MS:2832.11[M+1](計算値
2832.15)。
【0174】実施例53 H−Taeg−Aaeg−[Taeg]8−Lys−N
H2の固相合成
【0175】(a)Boc−Taeg−A(Z)aeg
−[Taeg]8−Lys(CIZ)−MBHAの固相
合成 湿潤Boc−[Taeg]8−Lys(CIZ)−MB
H樹脂ほぼ0.3gを3mlのSPPS反応容器に入れ
た。Boc−Taeg−A(Z)aeg−[Taeg]
8−Lys(CIZ)−MBHA樹脂を、2.5mlの
50%DMF/CH2Cl2中0.15M−DCCと共に
0.19MのBoc(A)(Z)aeg−OHを用いた
in situDCCカップリング(単一)および純C
H2Cl2中において0.15MのBocTaeg−O
Pfpとの単一カップリングによって組み立て・構築し
た(”合成実験記録5”)。この合成は、定量的ニンヒ
ドリン反応によってモニタ−したが、これによってA
(Z)aegの導入率はほぼ50%でありまたTaeg
の導入率はほぼ96%であることが明らかになった。
【0176】(b)H−Taeg−Aeg−[Tae
g]8−Lys−NH2の開裂、精製および同定 保護されたBoc−Taeg−A(Z)aeg−[Ta
eg]8−Lys(CIZ)−BHA樹脂を実施例40
cにおいて記載したように処理して、乾燥H−Taeg
−A(Z)aeg−[Taeg]8−Lys(CIZ)
−BHA樹脂53.1mgをHF開裂すると粗製物質が
ほぼ15.6mgが得られた。14.4分における主ピ
−クは、全吸光度の50%以下を占めていた。この粗製
物0.5mgを精製して、H−Taeg−Aaeg−
[Taeg]8−Lys−NH2が0.1mg得られた。
(MH+)+について、計算m/z値は、2816.1
6でありかつ測定m/z値は2816.28。
【0177】(c)合成実験記録5 (1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるB
oc−脱保護、2.5ml、3x1分および1x30
分;(2)CH2Cl2による洗浄、2.5ml、6x1
分;(3)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)
による中和、2.5ml、3x2分;(4)CH2Cl2
による洗浄、2.5ml、6x1分、および1分間のド
レ−ン;(5)2−5mgのPNA−樹脂試料を取り出
し、完全に乾燥してニンヒドリン定量分析に供して置換
度を測定する;(6)1.25mlのDMFに溶解した
0.47mmol(0.25g)のBocTaeg−O
Hを添加し、次いで1.25mlのCH2Cl2に溶かし
た0.47mmol(1g)のDCCまたは2.5ml
のCH2Cl2に溶かした0.36mmol(0.20
g)のBocTaeg−OPfpを添加する;カップリ
ング反応は、振盪しつつ全部で20−24時間進行させ
た;(7)DMFによる洗浄、2.5ml、1x2分;
(8)CH2Cl2による洗浄、2.5ml、4x1分;
(9)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)によ
る中和、2.5ml、2x2分;(10)CH2Cl2
よる洗浄、2.5ml、6x1分;(11)2−5mg
の保護PNA樹脂試料を取り出し、よく乾燥してニンヒ
ドリン定量分析に供して、カップリング度を測定する;
(12)未反応アミノ基を無水酢酸/ピリジン/CH2
Cl2(1:1:2、v/v/v)の混合物25ml用
いて2時間アセチル化することによってブロックする
(最後のサイクルを除く);および(13)CH2Cl
2による洗浄、2.5ml、6x1分;(14)保護さ
れたPNA−樹脂の2x2−5mg試料を取り出し、D
IEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和
し、CH2Cl2で洗浄してニンヒドリン分析を行った。
【0178】実施例54 H−[Taeg]2−Aaeg−[Taeg]5−Lys
−NH2の固相合成
【0179】(a)Boc−[Taeg]2−A(Z)
aeg−[Taeg]5−Lys(CIZ)−MBHA
樹脂の段階的合成 湿潤Boc−[Taeg]5−Lys(CIZ)−MB
HA樹脂ほぼ0.5gを5mlのSPPS反応容器に入
れた。Boc−[Taeg]2−A(Z)aeg−[T
aeg]8−Lys(CIZ)−MBHA樹脂を、2m
lの/CH2Cl 2中の当量のDCCと共に0.15Mか
ら0.20Mの保護されたPNAモノマ−(遊離酸)を
用いたA(Z)aegとTaeg残基とのin sit
uDCCカップリングを行うことによって組み立て・構
築した(”合成実験記録6”)。この合成は、定量的ニ
ンヒドリン反応によってモニタ−したが、これによって
三回のカップリングを行った後でA(Z)aegの導入
率はほぼ82%であり(一回目のカップリングでは、導
入率はほぼ50%であった;50%DMF/CH2Cl2
中での四回目のHOBt仲介カップリングでは、全カッ
プリング収率は有意には増大しなかった)またTaeg
残基の導入率は定量的であることが明らかになった。
【0180】(b)H−Taeg−Aeg−[Tae
g]2−Lys−NH2の開裂、精製および同定 保護されたBoc−[Taeg]2−A(Z)aeg−
[Taeg]5−Lys(CIZ)−BHA樹脂を実施
例40cにおいて記載したように処理して、乾燥H−
[Taeg]2−A(Z)aeg−[Taeg]5−Ly
s(CIZ)−BHA樹脂102.5mgをHF開裂す
ると粗製物質がほぼ16.2mgが得られた。この粗製
物の一部を精製した。(MH+)+について、計算m/
z値は、2050.85でありかつ測定m/z値は20
50.90であった。
【0181】(c)合成実験記録6 (1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるB
oc−脱保護,2ml,3x1分および1x30分;
(2)CH2Cl2による洗浄、2ml、6x1分;
(3)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)によ
る中和、2ml、3x2分;(4)CH2Cl2による洗
浄、2.5ml、6x1分、および1分間のドレ−ン;
(5)2−5mgのPNA−樹脂試料を取り出し、完全
に乾燥してニンヒドリン定量分析に供して置換度を測定
する;(6)1.5mlのCH2Cl2に溶解した0.4
4mmol(0.23g)のBocA(Z)aeg−O
Hを添加し、次いで0.5mlのCH2Cl2に溶かした
0.47mmol(1g)のDCCまたは1.5mlの
CH2Cl2に溶かした0.33mmol(0.13g)
のBocTaeg−OHを添加する;カップリング反応
は、振盪しつつ全部で20−24時間進行させた;
(7)DMFによる洗浄、2ml、1x2分;(8)C
2Cl2による洗浄、2ml、4x1分;(9)DIE
A/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、2m
l、2x2分;(10)CH2Cl2による洗浄、2m
l、6x1分;(11)2−5mgの保護PNA樹脂試
料を取り出し、よく乾燥してニンヒドリン定量分析に供
して、カップリング度を測定する;(12)未反応アミ
ノ基を無水酢酸/ピリジン/CH2Cl2(1:1:2、
v/v/v)の混合物25ml用いて2時間アセチル化
することによってブロックする(最後のサイクルを除
く);(13)CH2Cl2による洗浄、2ml、6x1
分;および(14)保護されたPNA−樹脂の2x2−
5mg試料を取り出し、DIEA/CH2Cl2(1:1
9、v/v)による中和し、CH2Cl2で洗浄してニン
ヒドリン分析を行った。
【0182】実施例55 ”ゼロ塩基”置換の例。
【0183】
【化学式VII−1】
【0184】
【表IV】
【0185】即ち、H−T10−LysNH2と比べて、
一つのチミンリガンドをHで置換すると、Tmが73℃
から48℃まで低下することが判る。また単一塩基ミス
マッチを導入する効果も示してある。
【0186】PNAオリゴマ−のいくつかの生化学的/
生物学的性質を、以下の実験によって説明する。
【0187】1.dsDNAレベルの配列識別(実施例
63、第20図) S1−ヌクレア−ゼプロ−ビング技法を用いて、プラス
ミドpUC19のBamHI、SalIまたはPSTI
にクロ−ンした認識配列A10、A5GA4(A9G)&A2
GA2GA4(A82)に対するT10、T5CT4(T
9C)&T2CT2CT 4(T82)PNAの結合の識別を
解析した。この結果(第20図)、三つのPNAは、以
下の相対的な効率でそれぞれの認識配列に結合すること
が判った:PNA−T10:A10>A9G≫A82、PN
A−T9C:A9G>A10≫A82、PNA−T82:A
82≧A9G≫A10。即ち、37℃において、10につ
き1のミスマッチがあると、効率が減少し(5−10倍
と推定)、他方では二つのミスマッチは受け入れられな
い。
【0188】2.PNAsT10/T9C/T82のハイ
ブリダイゼ−ションによるds−DNAからの単一鎖D
NAの置換(第20図)−実施例63。
【0189】3.PNA−T10−dsDNAの鎖置換複
合体形成の速度論(実施例64、第21図) 複合体形成は、PNAと32P−end標識dsDNA
フラグメントを混合した後異なる時点でS1−ヌクレア
−ゼによってプロ−ブした(第21図)。
【0190】4.PNA−dsDNA複合体の安定性 PNA−Tn32P−DSDNA(A10/T10)標識と
の複合体を形成させた(60分、37℃)。これらの複
合体は、過剰のオリゴ−dA10の存在下所望の温度にお
いて培養し、室温に冷却しKMnO4でプロ−ブした。
その結果(第22図)、PNA−dsDNA複合体の熱
安定性はPNAオリゴヌクレオチド複合体の熱安定性
を”Tm”とういう点で反映していることが判る。
【0191】5.PNAによる制限酵素開列の抑制(実
施例64、第23図) プラスミド構成、pT10は、pUC19中のBamH
I部位にクロ−ンしたdA10/dT10 tractを含
有している。即ち、BamHIおよびPvuIIによる
PT10の開裂を行うと、211と111bpなる二つ
の小さいDNAフラグメントが生じる。PNA−T10
存在下では、336bpフラグメントが得られるが、こ
れはPvuIIのみに因る開裂に相当する(第23
図)。即ち、BあMIIによる開裂は、制限酵素部位に
近接して結合したPNAによって抑制される。このよう
な結果も、PNA−dsDNA複合体を100%収率で
形成させることが出来ることを示している。
【0192】6.125I−標識したPNAのオリゴヌク
レチドへの結合(実施例63、第24図) Tyr−PNA−T10−Lys−NH2をNa125Iおよ
びクロラミン−Tを用いて125Iで標識し、HPLCで
精製した。この125I−PNA−T10は、PAGEおよ
びオ−トラジオグラフィ−によってオリゴ−dA10に
結合することが判った。このような結合は、過剰の変成
した子牛胸腺DNAによって拮抗させることが出来た。
【0193】上記(1)項に戻って論じると、dsDN
Aの配列特異的認識は、10のチミン置換2−アミノエ
チルグリシル単位から成るPNA−そのC−終末はリシ
ンアミドでありまたN−終末は複合9−アミノアクリジ
ンリガンド(9−Acr1−(taeg)10−Lys−
NH2、第11aおよび11b図)である−がdA10
dT10標的配列に結合することよって説明される。この
標的は、248 bp32P−end(末端)−標識DN
A−フラグメントに含まれる。 1)この9−Acr1は(第5図)、照射時のDNAの
開裂を確実にするため4−ニトロベンズアミドを付して
おり、その結合部位に極めて近接してDNAを開裂させ
ることが予期されるに過ぎない。上記248 bp D
NAフラグメントとともにPNAを照射すると、dA10
/dT10配列における選択的開裂が認められる(第3a
図)。
【0194】2)所謂ホトフットプリンティング検定に
おいて、合成ジアゾ結合アクリジンは紫外線照射下にお
いて、DNAと相互作用した場合にDNAを開裂させる
(但し、DNAが前記結合性物質で保護されている場合
は除く)。このような実験は、上記した248bpds
DNAを用いて行ったが、その結果PNA結合部位の光
開裂に対する保護が明らかとなった(第3b図)。
【0195】3)様様な種類の実験において、DNA−
開裂性酵素であるMicrococcusヌクレア−ゼ
は、矢張り大抵のDNA−結合性試薬によってその作用
が阻害されるが、T10−標識における開裂を増大させた
(第3c図)。
【0196】4)また別の種類の実験において、一本鎖
チミンリガンドは(二本鎖チミンリガンドとは異なっ
て)過マンガン酸カリウムによる酸化を極めて受け易い
のであるが、この性質を利用した。この試薬の存在下で
248bpを酸化したところ、標的のT10−鎖の酸化の
みが起こることが判った(第3b図)。
【0197】5)同種の証明実験において、S1ヌクレ
ア−ゼが持つ一本鎖特異性によって、標的のT10−鎖の
みが攻撃されたことが判った(第3d図)。
【0198】(Taeg)10、(Taeg)10−Lys
−NH2およびAcr1−(taeg) 10−Lys−NH
2(第5図)が相当するdA10に極めて効率よく結合す
ることは、以下の二つの方法で説明・証明された:
【0199】1.以下の実施例56 におい手示す様
に、PNA−オリゴヌクレオチッド複合体は、ポリアク
リルアミドゲル中での電気泳動を行うと一本鎖オリゴヌ
クレオチッドよりも泳動速度が遅いはずである。従っ
て、このような実験は、Acr1−(Taeg)10−L
ys−NH2および32P−endで標識したdT10につ
いて行った。この結果、通常のdA10/dT10二重らせ
んが安定である条件においてはまたこのような二重らせ
んが不安定である(変成性ゲル)条件下においても泳動
が遅延することが判った。対照実験を、Acr1−(T
aeg)10−Lys−NH232P−endで標識した
dT10との混合物で行ったが、その結果上記した条件下
では全く遅延しないことが判った。
【0200】2.一本鎖DNAからDNA二重らせん
(dsDNA)を形成させると、吸光度係数は減少する
(淡色効果)。即ち、DNAの変性は、吸光率の変化を
たとえば、二重らせんの50%が消失して一本鎖を生じ
る温度であるTmを函数として測定することによって追
跡することができる。二重らせんは、一本鎖オリゴデオ
キシリブヌクレオチドと以下に列挙するPNA類とから
形成した。典型的には、T−リッチ鎖の0.3OD260
を1当量の他の鎖と、90℃において5分間加熱し、次
いで室温にまで冷却することによハイブリダイゼ−ショ
ンさせ、次いで30分間保持し、最後に5℃の冷蔵庫に
少なくとも30分間保存した。使用した緩衝液は全て、
りん酸が10mMかつEDTAが1mKであった。低塩
緩衝液は塩化ナトリウムを一切含有しておらず、一方中
塩緩衝液は、140mMのNaClを含有しまた高塩緩
衝液は500mMのNaClを含有していた。これら緩
衝液の全ては、pHが7.2であった。ハイブリッドの
融点は、Gilford Response装置で測定
した。以下に記載する吸光度係数を用いた:通常のオリ
ゴヌクレオチッドおよびPNAの双方とも、A:15.
4ml/μmol・cm;T:8,8;G:11.7お
よびC:7.3とした。融解曲線を0.5℃/分刻みで
記録した。Tmは、A260と温度との曲線の一次微分係
数も最大値から求めた。
【0201】オリゴデオキシリボヌクレオチッドのリス
ト: 1.5’−AAA−AAA−AA 2.5’−AAA−AAA−AAA−A 3.5’−TTT−TTT−TTT−T 4.5’−AAA−AAG−AAA−A 5.5’−AAG−AAG−AAA−A 6.5’−AAA−AGA−AAA−A 7.5’−AAA−AGA−AGA−A 8.5’−TTT−TCT−TTT−T 9.5’−TTT−TCT−TCT−T 10.5’−TTT−TTC−TTT−T 11.5’−TTT−TTC−TTC−T 12.5’−TTC−TTC−TTT−T 13.5’−TTT−TTT−TTT−TTT−TTT 14.5’−AAA−AAA−AAA−AAA−AAA
【0202】PNA類のリスト a.TTT−TTT−TTT−T−Lys−NH2 b.TTT−TTT−TT−Lys−NH2 c.TTT−TTC−TTT−T−Lys−NH2 d.TTC−TTC−TTT−T−Lys−NH2 e.Acr−TTT−TTT−TTT−T−Lys−N
2 f.Ac−TTC−TTT−TTT−T−Lys−NH
2
【0203】
【表V】
【0204】RNA−A(ポリrA)とPNA−T10
Lys−NH2との間のハイブリッドは、測定出来ない
ほどの高温で融解する(>90℃)。しかし、特異的な
ハイブリダイゼ−ションは、RNA−A−但しG、Cお
よびUではない−と混合した時のA260が大幅に低下す
ることによって証明される。実験は、PNA溶液1ml
とRNA溶液1ml−何れもA260=0.6−とを混合
し、次いで260nmにおける吸光度を測定することに
よって行う。その後、試料を90℃に5分間加熱し、室
温にまで冷却し、この温度に30分間保持子、最後に5
℃において30分間保存する。
【0205】
【表VI】
【0206】上記の測定値から、以下の結論を下すこと
が出来る。融解曲線が認められるので、塩基スタッキン
グがある。PNA−DNAハイブリッドの方が、通常の
DNA−DNAハイブリッドよりも安定性が高く、而も
PNA−RNAはさらにこれよりも安定である。ミスマ
ッチによって、誤対合した塩基がDNA鎖にあるかまた
はPNA鎖にあるかに拘らず、Tmが大幅に低下する。
このTm値は、通常のオリゴヌクレオチドとは異なりイ
オン強度にわずかしか依存していない。
【0207】実施例56 Acr1−(Taeg)10−Lys−NH2 のdA10
の結合(第11a図) Acr1−(Taeg)10−Lys(100ng)を2
0μlのTE緩衝液(10mMトリスHCl、1mME
DTA、pH7.4)中において50cpsの5’−[
32P]−end−で標識したオリゴヌクレオチッドと一
緒に室温で15分間培養した。試料を氷で冷却し(15
分間)、ポリアクリルアミド中でのゲル電気泳動法(P
AGE)で分析した。試料の10μlに、2μlの50
%のグリセリン、5μlのTBE(TBE=90mMト
リス硼酸塩、1mMEDTA、pH8.3)を加え、試
料を4℃においてTBE緩衝液中でのPAGE(15%
アクリルアミド、0.5%ビスアクリルアミド)によっ
て分析した。この試料10μlを凍結乾燥して、10μ
lの80%ホルムアミド、1TBEに再度溶解し、90
℃に加熱(5分間)し、尿素/TBE緩衝液中でのPA
GE(15%アクリルアミド、0.5%ビスアクリルア
ミド)によって分析した。[32P]−含有DNAバンド
を増幅スクリ−ンおよび−80℃において2時間露光し
たアグファクリックス(Agfa Curix)RPI
X−線フィルムを用いて、オ−トラジオグラフィ−で可
視化した。
【0208】オリゴヌクレオチッドを、γ[32P]−A
TP(Amersham、5000Ci/mmol)と
ポリヌクレオチドキナ−ゼで標識したBioserac
h7500DNA合成装置で合成し、標準技法を用いて
PAGEで精製した(Maniatisら、(198
5):A Laboratory Manual、Co
ld Spring Harbor Laborato
ries)。第11a図および第11b図において、
5’−32Pで標識したオリゴヌクレオチド1は、5’−
GASTCCA10Gであり、Acr−T10−Lys−N
2の不存在下(レ−ン1および4)または存在下(レ
−ン2および5、25pmol;レ−ン3および6、7
5pmol))で培養し、また5’−GATCCT10
である”オリゴ−2”の不存在化(レ−ン1から3ま
で)または存在化(レ−ン4から6まで)で培養した。
5’−32Pで標識したオリゴ2は、同じPNAの不存在
下(レ−ン7) または存在下(レ−ン8、25pmo
l;レ−ン9、75pmol)で培養し、上記において
詳細に記載したようなPAGEで分析した。第11a図
に示した結果によれば、PNAでハイブリダイゼ−ショ
ンしたと同様に(レ−ン1から3まで)ssDNAの遅
延化が明らかであり、PNAが、標識した相補オリゴヌ
クレオチド(レ−ン4から6まで)に対してDNAオリ
ゴヌクレオチドと競合・拮抗する能力を有していること
が判る。dsDNAに起因するバンドの強度は、PNA
濃度を上げるに応じてより急速に増大し、泳動速度が遅
いPNA−DNAハイブリッドを表すバンドで置換され
る。レ−ン7から9までは、このPNAは、相補的でな
いT10オリゴDNAには影響を及ぼさないことを示す。
第11b図においては、DNA変成条件で行ったもので
あるが、PNA−DNA二重らせんが未変成のままであ
る。
【0209】実施例57 鎖置換複合体の生成 プラスミドDNAに含有されるdA10−dT10標的配列
を、標準的方法に従い(Maniatisら、198
6)Escherichia coli JM101株
を用いて二つのオリゴヌクレオチド(d(GATCCA
10G)+d(GATCCT10G)))をpUC19のB
amHI制限酵素部位にクロ−ンすることによって構成
した。所望のプラスミド(pT10と称する)を得られ
たクロ−ンの一つから単離し、アルカリ性抽出法および
CsCl遠心分離法(Maniatisら、1986)
によって精製した。dA10/dT10標的配列を含む24
8bpの3’−[32P]−end(末端)で標識したD
NAフラグメントを、このpT10DNAを制限酵素E
coRIおよびPvuIIで開裂し、次にE.coli
DNAポリメラ−ゼ(Boehringer Mann
heim)のKlenowフラグメントを用いてこの開
裂したDNAをα[32P]−dATP(4000Ci/
mmol,Amsterdam)で標識し、248bp
DNAフラグメントをPAEG(15%アクリルアミ
ド、0.5%ビスアクリルアミド、TBE緩衝液)によ
って精製して得た。このDNAフラグメントは、Eco
RIで開裂したpT10プラスミドをバクテリア性アル
カリ性ホスファタ−ゼ(Boehringer Man
nheim)で処理し、このプラスミドDNAを低融点
アガロ−スでのゲル電気泳動法で精製し、次いでγ[32
P]ATPとポリヌクレオチドキナ−ゼで標識すること
によって、5’−endにおける[32P]標識を付して
得た。PvuIIで処理した後、248pbDNAを上
記のように精製した。Acr1−(Taeg)10−Ly
s−NH2と248bpDNAフラグメントとの複合体
を、Acr1−(Taeg)10−Lys−NH250n
gを500cpsのP−標識した248 bpフラグメ
ントと0.5μーgの子牛胸腺DNAとともに、下記に
おいてさらに詳細に述べるように、100μlの25m
MTris−HCl、1mMMgCl2、0.1mMC
aCl2、pH7.4中において37℃において60分
間培養することによって形成させた。
【0210】実施例58 以下を用いた鎖置換複合体のプロ−ビング
【0211】(a)スタフィロコッカスヌクレア−ゼ
(第12b図レ−ン8から10)。鎖置換複合体を上記
したように生成させた。この複合体を20℃において5
分間750 U/mlのスタフィロコッカス(Stap
hylococcus)ヌクレア−ゼ(Boehrin
ger Mannheim)で処理し、この反応をED
TAを25mMまで添加することによって停止させた。
このDNAを2容量のエタノ−ル−2%酢酸カリウム−
で沈殿させ、80%ホルムアミド、TBEに再溶解さ
せ、90℃に加熱し(5分間)、高分解PAGE(10
%アクリルアミド、0.3%ビスアクリルアミド、7M
尿素)とオ−トラジオグラフィ−によって分析した。レ
−ン8は、PNAを含有せず、レ−ン9は40pmol
またレ−ン10は120pmolのPNAを含有してい
る。PNAが含有されているので、フットプリントの生
成が認められ、この結果スタフィロコッカスヌクレア−
ゼによって消化を受け易くなることおよび従ってdsD
NAからssDNAの置換が増大することが判る。
【0212】(b)アフィニティ−光開裂(第12図+
第12b図;何れの場合もレ−ン1から3まで) 複合体をTE緩衝液中で生成させた。Eppendor
f管に入れた試料に300nmにおいて(Philip
s TL)20W/12蛍光灯、243Jm-2/s)3
0分間UV照射した。DNAは、上記したように沈殿さ
せ、1Mピペリジンに取り、90℃にまで20分間加熱
した。凍結乾燥した後で、DNAは、上記したPAGE
によって分析した。もう一度、それぞれの場合におい
て、レ−ン1は、PNAは一切含有せず、レ−ン2およ
び3は、それぞれ40pmolと120pmolのPN
Aを含有する。PNAに結合したDNA鎖(A10鎖)
は、アクリジンエステルの位置において(第12a図の
レ−ン1から3まで)開裂して、新しいバンドを与える
が、またPNAによって置換された鎖は(T10鎖)ラ
ンダムに開裂子、フットプリントを与える。
【0213】(c)過マンガン酸カリウム(第12B図
レ−ン4から6まで) 複合体を100μlのTE中で生成させ、20mMKM
nO4を5μl添加した。20℃において15秒経過
後、1.5M酢酸ナトリウム、pH7.0、1M2−メ
ルカプトエタノ−ルを添加して反応を停止させた。DN
Aを沈殿させ、ピペリジンで処理して、上記した様に分
析した。レ−ン4から6までにおいては、レ−ン1から
3までと同様のPNA濃度を用いた。かくして再び、過
マンガン酸塩により置換されたssDNAの開裂を示す
フットプリントの生成を認める。
【0214】(d)光フットプリンティング(第12a
図レ−ン5から6まで) 複合体を100μlTEにおいて生成させ、ジアゾ−結
合アクリジン(0.1μg/μl)(DHA、Niel
senら(1988)、Nucl.AcidsRes.
16、3877−88)を添加した。試料を365nm
(Philips TL 20W/09N、22Jm-2
/s)で30分間照射し、上記した様に処理して、”ア
フィニティ−光開裂”に供した。PNAの存在下におい
て、(レ−ン6)このDNAは、保護されておりかつ保
護された領域において開裂に相当するバンドは消滅す
る。
【0215】(e)S1−ヌクレア−ゼ(第12c図レ
−ン1から3) 複合体を50mM酢酸ナトリウム、20mMNacl、
0.5%グリセリン、1mMZnCl2、pH4.5に
おいて生成させ、0.5U/mlにおいてヌクレア−ゼ
S1(Boehringer Mannheim)で2
0℃において5分間処理した。反応を停止させ、さらに
上記”スタフィロコッカスヌクレア−ゼ”項において記
載した様に処理した。使用したPNAの量は、ゼロ(レ
−ン1から3まで)または120pmol(レ−ン4か
ら6まで)であり、レ−ン7がサイズの標準を示す。か
くして再び、PNAで置換されたT10DNA鎖の開裂
が認められる。
【0216】実施例59 (1)配向、(2)pHおよび(3)配列ミスマッチに
対するハイブリダイゼ−ションの感度 PNAオリゴマ−H−T42TCTC−LysNH2
合成実験記録6によって製造し、逆相HPLCによって
精製し、FAB−mass分光分析法によって同定し
た;実験値(理論値):2746.8(2447.1
5)。この配列を用いたハイブリダイゼ−ション実験に
よって、実際のところ非対照であるので、配向の問題が
解決される。このような実験によって、Tmの温度依存
性や生成した複合体の化学量論の問題も解決される。P
NA−オリゴマ−H−T42TCTC−LysNH2
用いたハイブリダイゼ−ション実験を以下のように行っ
た:
【0217】
【表VII】
【0218】これらの結果から、真に混合された配列が
明確な輪郭の融解曲線をもたらしたことが明らかとなっ
た。PNA−オリゴマ−は実際に両方の配向において結
合することが可能である(第1列と第4列を比較のこ
と)。尤もN−末端/5’−配向に対する優先性が認め
られる。TまたはCに対向する単一ミスマッチを導入し
た結果、pH 7.2において16℃以上もTmが低下
することになった;pH5.0においては、このTm値
は、27℃以上も低下した。このことは、極めて高度の
配列選択性があることを示している。
【0219】上記したように、Tm 値には極めて強度
のpH依存性が認められ、Hoogstenの塩基対合
がハイブリッドを形成する上で重要であることを示して
いる。従って、化学量論が2:1であることが判明した
ことは、驚くに当たらない。配列に対称性がないことお
よびミスマッチが存在した場合Tmが極めて大きく低下
することは、相補的DNAに結合した場合Watson
−Crick鎖およびHoogsten鎖が平行するこ
とを示している。このことは、双方の配向・方向、即ち
5’/N−末端および3’/N−末端についても当ては
まるのである。
【0220】実施例60 ハイブリダイゼ−ションにおける配列識別 H−T5GT4−LysNH2を用いたデオキシオリゴヌ
クレオチドに対するハイブリダイゼ−ション実験結果を
以下に示す:
【0221】
【表VIII】
【0222】第1、3および6列を第2、4、5および
7列を比較すると明らかなように、Gは、このような態
様においてDNA−鎖におけるC/AとG/Tとを識別
することが可能であり、即ち配列識別が認められる。第
3列における複合体は更には、UV−混合曲線から2P
NA:1DNA複合体であることが決定された。
【0223】実施例61 修飾された主鎖を用いたハイブリダイゼ−ションにおけ
る配列特異性 延長された主鎖(β−アラニン修飾)を有する単一ユニ
ットのPNA−オリゴマ−に対するハイブリダイゼ−シ
ョンデ−タは、以下の通りである:
【0224】
【表IX】
【0225】融点が低下するにつれて、これらのデ−タ
から、塩基特異的認識が保持されていることが明らかで
ある。
【0226】実施例62 ヨウ素化方法−放射能標識 Tyr−PNA−T10−Lys−NH2の5μgを10
0mMりん酸ナトリウム、pH7.0の40μl中に溶
解し、1mCiのNa125Iと2μlのクラミン−T
(CH3CN中50mM)を添加する。この溶液を20
℃に10分間放置し、次いで0.5+5cmのセファデ
ックスG10カラムに通す。放射能を含む最初の二つの
フラクション(それぞれ100μl)を集め、HPLC
で精製する:即ち、1%のC3FCOOH水溶液中0−
60%CH3CN勾配を用いた逆相C−18である。125
I−PNAは、PNAピ−クの直後に溶出する。溶媒は
減圧下で除去する。
【0227】実施例63 二本鎖DNA標的A10/A9G/A82に対するPNA
s−T10/T9C/T82の結合(第20図) 表示したプラスミドの二本鎖、32Pで標識したEcoR
I−PvuIIフラグメント(EcoRI部位の3’−
末端で標識した大きいフラグメント)200cps、キ
ャリア−子牛胸腺DNA0.5μgおよび100μl緩
衝液(200mMNaCl、50mM酢酸ナトリウム、
pH4.5、1mMZnSO4)中の表示したPNA3
00ngから成る混合物を37℃において120分間培
養した。ヌクレア−ゼS1を50単位を加え、20℃に
おいて5分間培養した。0.5MEDTA3μlを添加
することによって反応を停止させ、エタノ−ル中2%の
酢酸カリウム液250μlを加えることによってDNA
を沈殿させた。このDNAを10%ポリアクリルアミド
配列決定ゲルにおける電気泳動法によって分析し、放射
能標識したDNAバンドをオ−トラジオグラフィ−で可
視化した。得られた完全なバンドパタ−ンから、鎖置換
によって一本鎖DNAが生成していることが明らかとな
っているが、このものは、ヌクレア−ゼによって攻撃さ
れ、より短鎖のオリゴヌルレオチドの混合物が得られ
る。それぞれの場合に使用した三種のPNAについて得
られた結果を比較した結果、得られるそれぞれの標的に
対する選択性があることが明らかとなっている。pUC
19に適当なオリゴヌクレオチドをクロ−ンすることに
よって標的プラスミドを調製した。標的A10:BamH
I部位(pT10と称するプラスミド)にクロ−ンしたオ
リゴヌクレオチドGATCCA10G&GATCCT
10G。標的A 5GA4:SalI部位(プラスミドpT9
C)にクロ−ンしたオリゴヌクレオチドTCGACT4
CT5G&TCGACA5GA4G。標的A2GA2GA4
PstI部位(プラスミドpT22)にクロ−ンしたオ
リゴヌクレオチドGA2GA2GA4TGCA&GT4CT
2CT2CTGCA。ゲル中におけるこれらの標的の位置
は、左方へのバ−によって示される。A/Gは、標的P
10のA+G配列ラダ−である。
【0228】実施例64 制限酵素開裂のPNAによる抑制・阻害(第23図) プラスミドpTT10の2μgを20μlのTE緩衝液
(10mMTris−HCl、1mMEDTA、pH
7.4)中のpNA−T10の表示量と混合し、37℃に
おいて120分間培養した。2μl x濃縮緩衝液(1
0mMTris−HCl、pH7.5、10mM、Mg
Cl2、50mMNaCl、1mMDTT)およびPv
uII(2単位)とBamHI(2単位)を添加し、培
養を60分間継続した。このDNAを5%ポリアクリル
アミド中でのゲル電気泳動法によって分析し、このDN
Aを臭化エチジウム染色法によって可視化した。有意比
率のPNAの存在下では(0.2、0.6)、酵素Ba
mHIの開裂パタ−ンは、変化せず、この酵素は開裂部
位に添ってPNAの存在によって抑制阻害されることが
判る。
【0229】実施例65 PNA−T10−dsDNA鎖置換複合体形成の速度論
(第21図) pT10の二本鎖、32Pで標識したEcoRI−Pvu
IIフラグメント(EcoRI部位の3’−末端で標識
した大きいフラグメント)200cps、キャリア−子
牛胸腺DNA0.5μgおよび100μl緩衝液(20
0mMNaCl、50mM酢酸ナトリウム、pH4.
5、1mMZnSO4)中の表示したPNA−T10−L
ysNH2300ngから成る混合物を37℃において
120分間培養した。表示した時間において、ヌクレア
−ゼS1を50単位を7つの試料のそれぞれに加え、2
0℃において5分間培養した。鎖置換によって生成した
一本鎖DNAをこのヌクレア−ゼによって消化した。エ
タノ−ル中2%の酢酸カリウム液250μlを加えるこ
とによってDNAを沈殿させ、10%ポリアクリルアミ
ド配列決定ゲルにおける電気泳動法によって分析した。
鎖置換複合体の量を、標的配列におけるS1−開列の強
度をオ−トラジオグラフをデンシトメ−タ−で走査して
測定し、これに基づいて任意の単位で算定した。時間の
経過とともにこの複合体の生成が認められる。
【0230】実施例66 PNA−dsDNA複合体の安定性(第22) 200cpsの32P−pT10フラグメント(実施例6
5niおけると同様のもの)、子牛胸腺DNA0.5μ
gおよび300ngの所望のPNA(T10−LysNH
2、T8−LYSNH2またはT6−LYSNH2)とから
成る混合物を、100μの200mMNaCl、50m
M酢酸ナトリウム、pH4.5、1mMZnSO4中3
7℃において60分間培養した。オリゴヌクレオチドG
ATCCA10Gを2μgを加え、標識オリゴヌクレオチ
ドに対するPNAと拮抗させ、各試料を表示した温度に
おいて10分間加熱し、氷で10分間冷却し、次いで2
0℃に加温した。S1ヌクレア−ゼを50単位加え、単
一ヌクレオチドとして放出遊離された放射能の量を測定
した。T10DNA二重らせんに対する予期Tm値は、2
0℃であり、またT8については16℃であり、T6につ
いては12℃であった。相当するPNA/DNA値は、
10>70℃であり、T8については60℃であり、ま
たT6については37℃であった。
【0231】実施例67 PNAの固定化 PNA−セファロ−スを製造するために、臭化ジシアン
で活性化したセファロ−ス(Sigma)10mgを1
0μgのPNAとともに50mMりん酸ナトリウム、p
H7.5において37℃で60分間培養した。このセフ
ァロ−スは、遠心分離によって単離し、50mMりん酸
ナトリウム、pH7.5の250μlで三回洗浄した。
【0232】実施例68 PNA−セファロ−スへの5’−32P−末端標識オリ
ゴヌクレオチドの結合 100μのTE中1mgのPNA−セファロ−ス(実施
例67)を32Pで標識したオリゴヌクレオチドの50c
ps(100ng)と共に20℃において16時間培養
した。このセファロ−スを遠心分離して単離し、500
μlのTEで二回洗浄した。結合したオリゴヌルレオチ
ドを、”Cerenkov”方法を用いて液体シンチレ
−ションカウンティングによって求めた。三種の異なる
PNA−セファロ−スと4種のオリゴ−DNAについ
て、得られた結果を下記の表に示す。 この固定
化したPNAによる捕捉の特異性が明確に求められる
が、なお塩基対ミスマッチは一つだけ許容される。
【0233】
【表X】
【0234】この表において、A10は、5’−GAT
CCAAAAAAAAAAGであり、A9Gは、5’−
TCGACAAAAAGAAAAGであり、A8G2
は、5’−GAAGAAGAAACTGACであり、ま
たmixは、5’−GATCACGCGTATACGC
GTある。PNA類は、以下の通り:T10:H−T10
LysNH2、T9C:H−T5CT4−LysNH2、T
8C2:H−T2CT2CT4−LysNH2、なし:エタ
ノ−ルアミン。
【0235】実施例69(第25a、bおよびc図) PNA−セファロ−スへの32P−オリゴヌクレオチドの
結合安定性の温度依存性オリゴヌクレオチド類を実施例
67および68において記載したようにpNA−セファ
ロ−ズに結合した。何れの場合においても、得られたP
−オリゴヌクレオチド−PNA−セファロ−スを高温で
洗浄し、セファロ−スを遠心分離して単離し、放射能
を”Cerenkov”カウンティングによって測定
し、セファロ−スを再び500μlにとり、以下に記載
する温度において培養し、遠心分離した。この図には、
当初結合に正規化した結果を示す。オリゴヌクレオチド
およびセファロ−スは、実施例68の表に記載した通り
であった。これら曲線間における変位は、ミスマッチが
一つ生じた場合オリゴヌクレオチド結合安定性が低下し
たことを示す。
【0236】実施例70 PNAによる転写の抑制・阻害(第26図) 100ngのプラスミドDNA(制限酵素PvuII
(以下を参照)で開裂した)と10mMTris−HC
l、1mMEDTA、pH7.4の15μl中での10
0ngのPNAとを37℃において60分間培養した。
次いで、4μl5x 濃縮緩衝液(0.2MTris−
HCl(pH8.0)、40mMMgCl2、10mM
スペルミジン、125mMNaCl)を1μlのNTP
−mix(10mM ATP、10mM CTP、10
mM GTP、1mM UTP、0.1μCi/μl
32P−UTP、5mM DTT、2μg/ml tR
NA、1μG/mlへパリン)および3単位のRNAポ
リメラ−ゼと混合した。培養を37℃において10分間
継続した。このRNAを−20℃において96%エタノ
−ル中の2%酢酸カリウム液60μlを添加して沈殿さ
せ、8%ポリアクリルアミド配列決定ゲルにおける電気
泳動法によって分析した。RNA転写物をオ−トラジオ
グラフィ−で可視化した。使用したプラスミドは以下の
通りであった:レ−ン1から5まで;pA10KS(A
10標的は、転写された鎖の上に位置する)。レ−ン6
から10まで:pT10KS(A10標的は、転写され
ていない鎖の上に位置する)。このプラスミドは、実験
に先だって以下の制限酵素で処理した:レ−ン1,4,
6および9:PvuII;レ−ン2、5、7および1
0:Xha I;レ−ン3および8:BamII。レ−
ン4、5、9および10の試料は、PNAを含有してい
たが、その他は、含有していなかった。PNAT10をプ
ラスミドの転写された鎖に結合した場合、RNAの転写
は、PNA結合部位において阻止されることが、ゲルか
ら認めることが出来る。このPNAをプラスミドの転写
されていない鎖に結合すると、転写は阻止されないので
ある。
【0237】実施例71 アフィニティPNA−セファロ−ス(第27図) 100μlのTE中のPNA−T10セファロ−ス(実施
例67を参照)1mgを以下の32P−5’−末端標識し
たオリゴヌクレオチドの50cpsと共に20℃におい
て16時間培養した: 1:5’−GAT CCG GCA AAT CGG
CAA TAC GGCATA ACG GCT AA
A CGT CTT TAC GGCTTA
TCG GCT ATT CGG CAT TTC G
GCAAT TCG、 2:5’−GAT CCG GCT TAA CGG
CAA TTC GCTTAT ACG GCA TA
T CGG CTA ATC GGCATT
ACG GCT TTT CGG G、 3:5’−GAC AAA CAT ACA ATT
TCA ACA GAACCA AAA AAA AA
A AAA A、 4:5’−ACT GAC TAC CTA GGT
TTA CCG TGCCAG TCA 5:5’−GAA ACG GAT AGC TGC
A このセファロ−スを遠心分離して単離し、TEで三回洗
浄した。オリゴヌクレオチドを次に温度を上げつつ50
0μlのTEで洗浄して、除去し、1mlのエタノ−
ル、2%酢酸カリウムで沈殿させ、TBE緩衝液中20
%ポリアクリルアミド、7M尿素ゲルにおける電気泳動
法で分析し、オ−トラジオグラフィ−(−70℃、16
時間、増幅スクリ−ン)で検出した。結果を第26図に
示す。
【0238】レ−ン1:セファアデックスに結合してい
ないオリゴヌクレオチド レ−ン2:40℃で洗浄除去したオリゴヌクレオチド レ−ン3:60℃で洗浄除去したオリゴヌクレオチド レ−ン4:80℃で洗浄除去したオリゴヌクレオチド
【0239】プラスミド3のみが、このPNAに相補的
である。80℃までの温度において洗浄すると、相補的
プラスミドのみがPNA−セファロ−ズ上に保持される
ことが、理解することできる。この実施例によって、P
NAを用いたアフィニティ捕捉法によって混合物から一
つのオリゴヌクレオチドを抽出出来ることが証明され
る。
【0240】実施例72 pNA−鎖置換によるdsプラスミド中のDNA配列に
ついての定量的検定 50mMTris−HCl、1mMEDTA、pH7.
4の10μl中で以下に示したそれぞれの制限酵素によ
って消化した3μgのプラスミドDNAを125I−PN
A−T10−Tyr5000cpm(10ng)と以下に
おいて全PNA量として表示した量の冷PNAT10Ty
rと共に37℃において培養した。DNAを25μlの
エタノ−ル、2%酢酸ナトリウムで沈殿させ、TBE緩
衝液中6%ポリアクリルアミドにおける電気泳動法によ
って分析した。このゲルを臭化エチジウムで染色し、そ
の後オ−トラジオグラフィ−に供した(−70℃、16
時間、増幅スクリ−ン)。得られた結果を第28図に示
す。”A”は、エチジウム染色ゲルであり、”b”は、
相当するオ−トラジオグラムである。使用したプラスミ
ドは、以下の通りであった: レ−ン1から3まで:pT10 + HaeIII レ−ン4から6まで:pT10 + Hinfl レ−ン7から9まで:pT10 + PvuII。 それぞれの試料中のPNA−T10−Tyrの全量は、以
下の通りであった: レ−ン1、4および7: 10ng; レ−ン2、5および8: 25ng; レ−ン3、6および9: 250ng; 臭化エチジウムゲル(a)は、生成したDNAフラグメ
ント(DNA−PNAハイブリッドを含む)の大きさを
示す。オ−トラジオグラフ(b)は、ゲル(a)中の何
れのバンドがPNAを含有しているかを示す。鎖置換複
合体の存在は、レ−ン1において認めることが出来る
が、レ−ン2および3において冷PNAの比率を増大さ
せることによってこのバンドの強度に及ぼす影響を認め
ることが出来る。同様の結果がレ−ン4から6までおよ
びレ−ン7から9までにおいて他の二つのプラスミドの
それぞれについて認められる。それぞれの場合における
PNA−DNAバンドの位置は、プラスミドを同定する
ために用いられ、またその強度は、存在するプラスミド
の量を定量化するために用いることが出来る。当業者
は、本発明の好ましい実施態様について多くの変更およ
び修正を行い得ることおよびかかる変更および修正は、
本発明の精神から逸脱することなく行い得ることを理解
するであろう。従って、添付する請求の範囲は、本発明
の真の精神および範囲に含まれる全ての等価の変更を包
含することが意図される。
【図面の簡単な説明】
【図1】天然のデオキシリボヌクレオチド(A)および
本発明のペプチド核酸(PNA)(B)を示す。
【図2】DNA認識のための天然および非天然の核酸塩
基およびリポ−タ−基を示す。
【図3】以下の概略図を示したものである:すなわち、
(a)Acr1−(Taeg)10−Lys−NH2(Ac
rT10Lys−NH2)による光開裂;Acr 1−(Ta
eg)10−Lys−NH2のジアゾ−結合アクリジンに
よるフォトフットプリントおよび好ましいKMnO4
開裂;および(c)S1−ヌクレア−ゼで増進せしめら
れた開裂と(d)Acr1−(Taeg)10−Lys−
NH2結合部位のミクロコッカスヌクレア−ゼによる開
裂。
【図4】PNAモノマ−シントンのいくつかの例を示
す。
【図5】Acr1リガンドおよび一つのPNAであるA
cr1−(Taeg)10−Lys−NH2を示す。
【図6】モノマ−シントンを調製する一般的な概略図で
ある。
【図7】Acr1リガンドを調製する一般的概略図であ
る。
【図8】線状の未保護PNAアミドの調製を図示する固
相PNA合成の一般的概略図である。
【図9】以下の分析HPLCクロマトグラムを示すもの
である:(A)HF−開列後の粗製H−[Taeg]15
−Lys−NH2(凍結乾燥前);(B)HF開裂後の
粗製Acr1−[Taeg]15−Lys−NH2(凍結乾
燥前);および(C)精製Acr1−[Taeg]15
Lys−NH2・緩衝液A、5%CH3CN/95% H
2O/0.0445%TFA;緩衝液B、60%CH3
N/40%H2O/0.0390%TFA;直線勾配、
30分でBが0−100%;流量、 1.2ml/分;
カラム、Vydac C18 (5μm、0.46 x
25cm)。
【図10】以下の分析HPLCクロマトグラムを示す:
すなわち、(A)精製H−[Taeg]10−Lys−N
2および(B)H−[Taeg]5−Caeg−[Ta
eg]4−Lys−NH2−第9図におけると同一条件を
使用。
【図11】第11a図および第11b図は、AcrT10
−LysのdA10・5’−32Pで標識したオリゴヌクレ
オチドへの結合を示す;(1)(5’−GATCCA10
G)をAcrT10−Lysの存在下または不存在下およ
びオリゴヌクレオチドの存在下または不存在下で培養し
た。(2)(5’−GATCCA10G)および試料を”
自然の条件”下(第11a図)または”変性条件”下
(第11b図)でポリアクリルアミドゲル電気泳動法
(PAGE)およびオ−トラジオグラフィ−によって分
析した。
【図12】第12a−c図は、dsDNA−AcrT10
−Lys−NH2錯体についての化学的、光化学的およ
び酵素的プロ−ビングを示す。dsDNA−AcrT10
−Lys−NH2とdA10/dT10標識配列を含む32
−end標識化DNAフラグメントとの間の錯体を、ア
フィニティ−光開裂(第12a図、レ−ン1−3;第1
2b図、レ−ン1−3)、過マンガン酸塩プロ−ビング
(第12b図、レ−ン4−6)またはStaphylo
coccusヌクレア−ゼによるプロ−ビング(第12
b図、レ−ン8−10)もしくはヌクレア−ゼS1によ
るプロ−ビング(第12c図)によってプロ−ブした。
A鎖(第12a図)またはT鎖(第12b図、第12c
図)をプロ−ブした。
【図13】保護PNAシントンを合成する手法を示す。
【図14】保護アデニンモノマ−シントンを合成する手
法を示す。
【図15】保護グアニンモノマ−シントンを合成する手
法を示す。
【図16】PNA主鎖改変のいくつかの例を示す。
【図17】通常のアミノ酸に相当する側鎖を有するチミ
ンモノマ−シントンを合成する手法を示す。
【図18】第18a図および第18図bはそれぞれ、チ
ミンモノマ−シントンのアミノプロピル類縁体およびプ
ロピオニル類縁体を合成する手法を示す。
【図19】チミンモノマ−シントンのアミノエチル−β
−アラニン類縁体を合成する手法を示す。
【図20】PNAs−T10、−T9Cおよび−T8
2が、高い配列特異性をもって二本鎖DNAに結合する
ことを実証するPAGEラジオオ−トグラフを示す。
【図21】A10/T10二本鎖DNA標的に結合した長さ
の異なるPNA類の熱安定性を示すPAGEオ−トラジ
オグラフのデンシトメ−タ−走査に基づくグラフであ
る。
【図22】A10/T10二重鎖DNA標的に結合させ
た、長さの異なるPNAの熱安定性を示す、PAGEオ
ートラジオグラフのデンシトメトリ走査に基くグラフで
ある。
【図23】DNAに対する制限酵素活性が、PNAを制
限酵素認識部位の近位に結合させた場合抑制されること
を実証する電気泳動ゲル染色を示す。
【図24】125Iで標識したPNA−T10が相補的dA
10オリゴヌクレオチドに結合することを実証するPAG
Eオ−トラジオグラフを示す。
【図25】第25a図から第25c図は、固定化したP
NAとマッチするまたは塩基一つがミスマッチしたオリ
ゴ−DNA類との間で異なる温度において実現される結
合の百分率を示す。
【図26】第26図は、転写された鎖へのT10によるR
NAポリメラ−ゼ転写抑制を示すオ−トラジオグラフで
ある。
【図27】標識化プラスミドdsDNA類の一つに相補
的である固定化されたDNAに捕捉されかつ異なる温度
において洗浄された標識化プラスミドdsDNA類の混
合物のオ−トラジオグラフである。
【図28】第28図は、PNAによる鎖置換を用いたプ
ラスミドdsDNAの定量を実証する臭化エチジウムゲ
ルとそのオ−トラジオグラフとを組合せたものである。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (71)出願人 503001850 ニールセン、ピーター・アイギル デンマーク国、2980 コッケダール、ヒョ ルテベンゲト 509番 (71)出願人 503003784 ベルク、ロルフ・ヘンリク デンマーク国、2000 フレデリクスベル ク、 ランゲランドスベイ 20番ベー、3 テーハー (72)発明者 ブカルト、オーレ デンマーク国、3500 フェルレーセ、セン ダーガルドスベイ 73番 (72)発明者 エグホルム、ミカエル デンマーク国、2000 フレデリクスベル ク、シントシュビレベイ 5番、3 テー ベー (72)発明者 ニールセン、ピーター・アイギル デンマーク国、2980 コッケダール、ヒョ ルテベンゲト 509番 (72)発明者 ベルク、ロルフ・ヘンリク デンマーク国、2000 フレデリクスベル ク、 ランゲランドスベイ 20番ベー、3 テーハー Fターム(参考) 4B024 AA11 CA01 CA09 HA13 HA14 HA19 4B063 QA01 QA11 QQ42 QQ52 QR08 QR14 QR33 QR42 QR56 QR58 QR64 QR82 QS03 QS17 QS25 QS34 QS36 QX02 QX07

Claims (39)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 ポリアミド主鎖上において4乃至8つの
    介在原子でそれぞれ分離されたアザ原子上にリガンドと
    して天然の核酸塩基、非天然の核酸塩基または核酸塩基
    結合基を結合して有する、下記一般式を有するペプチド
    核酸(PNA)であって、一つまたはそれ以上の化学的
    または微生物学的個体単位についてその捕捉、認識、検
    出、同定または定量化を行うために使用される核酸類縁
    体: 【化学式I】 但し上式において:nは、少なくとも2である;L1−L
    nのそれぞれは独立して、水素、ヒドロキシ、(C1−C
    4)アルカノイル、天然の核酸塩基類、非天然の核酸塩
    基類、芳香族原子残基、DNA挿入基、核酸塩基結合基
    およびリポ−タリガンドから構成される群から選択され
    るが、L 1−Lnの内の少なくとも一つは、天然の核酸塩
    基、非天然の核酸塩基、DNA挿入基または核酸塩基結
    合基である;A1−Anのそれぞれは、一重結合、メチレ
    ン基または下記式で表される基である: 【化学式IIa】 又は 【化学式IIb】 但し本式において;Xは、O、S、Se、NR3、CH2
    またはC(CH32である;Yは、一重結合、O、Sま
    たはNR4である;pおよびqのそれぞれは、1から5
    までの整数であり、p+qの和は、10以下である;r
    およびsのそれぞれは、ゼロまたは1から5までの整数
    であり、r+sの和は、10以下である;R1およびR2
    はそれぞれ独立して、水素、ヒドロキシもしくはアルコ
    キシもしくはアルキルチオで置換されていてもよい(C
    1−C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルキル
    チオ、アミノおよびハロゲンから構成される群から選択
    される;またR3およびR4のそれぞれは独立して、水
    素、(C1−C4)アルキル、ヒドロキシもしくはアルコ
    キシもしくはアルキルチオで置換された(C1−C4)ア
    ルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルキルチオおよび
    アミノから構成される群から選択される;B1−Bnのそ
    れぞれは、NまたはR3+であり、ここにおいてR3
    上記において定義された通りである;C1−Cnのそれぞ
    れは、CR67、CHR6CHR7またはCR67CH2
    であり、ここにおいてR6は、水素でありまたR7は、天
    然のアルファアミノ酸の側鎖から構成される群から選択
    され、またはR6およびR7は独立して、水素、(C2
    6)アルキル、アリ−ル、アラルキル、ヘテロアリ−
    ル、ヒドロキシ、(C1−C6)アルコキシ、(C1
    6)アルキルチオ、NR34およびSR5から構成され
    る群から選択されるが、ここにおいてR3およびR4は、
    上記において定義された通りであり、R5は、水素、
    (C1−C6)アルキル、ヒドロキシもしくはアルコキシ
    もしくはアルキルチオで置換された(C1−C6)アルキ
    ルであり、またはR6およびR7とは一緒になって、脂環
    系または異項環系を形成する;D1−Dnのそれぞれは、
    CR67、CH2CR67またはCHR6CHR7であ
    り、ここにおいてR6およびR7は、上記において定義さ
    れた通りである;G1−Gn-1のそれぞれは、いずれかの
    方向での−CONR3−、CSNR3−、−SONR3
    または−SO2NR3−であって、なおここにおいてR3
    は、上記において定義した通りである;Qは、−CO2
    H、−CONR'R"、−SO3Hもしくは−SO2NR'
    R"または−CO2Hもしくは−SO3Hの活性化誘導体
    である;またIは、−NHR"'R""または−NR"'C
    (O)R""であり、ここ においてR'、R"、R'"およ
    びR""は独立して、水素、アルキル、アミノ保護基、リ
    ポ−タリガンド、挿入基、キレ−ト化剤、ペプチド、タ
    ンパク質、炭水化物、脂質、ステロイド、オリゴヌクレ
    オチドならびに可溶および不溶のポリマ−から構成され
    る群から選択されるものであって、何れも一つの検出可
    能な標識を含んで成るか又は該標識に共役複合せしめら
    れたものである。
  2. 【請求項2】一つまたはそれ以上の化学的または微生物
    学的個体単位についてその捕捉、認識、検出、同定また
    は定量化を行うために使用する核酸類縁体において、該
    核酸類縁体が、相補的配列を有する核酸にハイブリダイ
    ゼーションして、かくして前記類縁体に相当する従来公
    知のデオキシリボヌクレオチドと前記核酸との間で形成
    されるハイブリッドよりも熱による変性に対して安定性
    がより高いハイブリッドを形成する能力を有する、請求
    項1において記載された核酸類縁体。
  3. 【請求項3】一つまたはそれ以上の化学的または微生物
    学的個体単位についてその捕捉、認識、検出、同定また
    は定量化を行うために使用する核酸類縁体において、該
    核酸類縁体が、一本鎖が前記類縁体に相補的である配列
    を有する二重鎖核酸にハイブリダイゼーションして、か
    くして前記一本鎖からもう一方の鎖を置換せしめる能力
    を有するものである、請求項1において記載された核酸
    類縁体。
  4. 【請求項4】下の一般式を有する核酸類縁体を含んで成
    る、請求の範囲第1項において記載された、標識化され
    た核酸類縁体: 【化学式I】 但し上式において:A1−Anのそれぞれは、一重結合ま
    たは下記式で表される基である: 【化学式IIa】 又は 【化学式IIb】 但し本式において;n、L1乃至Lnのそれぞれ、X、
    Y、p、q、r及びsは、請求項1において定義した通
    りである、R1およびR2はそれぞれ独立して、水素、ヒ
    ドロキシもしくはアルコキシで置換されていてもよい
    (C1−C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アミ
    ノおよびハロゲンから構成される群から選択される;ま
    たR3およびR4のそれぞれは独立して、水素、(C1
    4)アルキル、ヒドロキシもしくはアルコキシで置換
    された(C1−C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ
    およびアミノから構成される群から選択される;B1
    nのそれぞれは、NまたはR3+であり、ここにおい
    てR3は、上記において定義された通りである;C1−C
    nのそれぞれは、CR67、CHR6CHR7またはCH
    67CH2であり、ここにおいて、R6は水素であり、
    またR7は、天然のアルファアミノ酸の側鎖から構成さ
    れる群から選択され、またはR6およびR7は独立して、
    水素、(C2−C6)アルキル、アリ−ル、アラルキル、
    ヘテロアリ−ル、ヒドロキシ、メトキシNR34および
    SR5から構成される群から選択されるが、ここにおい
    てR3およびR4は、上記において定義された通りであ
    り、またR5は、水素、(C1−C6)アルキル、ヒドロ
    キシもしくはアルコキシで置換された(C1−C6)アル
    キルであり、またはR6およびR7とは一緒になって、脂
    環系または異項環系を形成する;D1−Dnのそれぞれ
    は、CH267またはCHR6CHR7であり、ここに
    おいてR6およびR7は、上記において定義された通りで
    ある;G1−Gn-1のそれぞれは、請求項1において定義
    された通りであり、何れも一つの検出可能な標識を含ん
    で成るか又は該標識に共役複合せしめられたものであ
    る。
  5. 【請求項5】以下の一般式を有する核酸類縁体を含んで
    成る、請求項2において記載された核酸類縁体: 【化学式III】 但し本式において:Lはそれぞれ独立して、水素、フェ
    ニル、天然の核酸塩基および非天然の核酸塩基から構成
    される群から選択される;R7'は、水素および天然のア
    ルファアミノ酸の側鎖から構成される群から選択され
    る;nは、1から60までの整数である;kおよびmの
    それぞれは独立して、ゼロまたは1である;またlは独
    立して、ゼロから5である;Rhは、OH、NH2または
    −NHLysNH2である;およびRiは、HまたはCO
    CH3であって、何れも一つの検出可能な標識を含んで
    成るか又は該標識に共役複合せしめられたものである。
  6. 【請求項6】以下の一般式を有する核酸類縁体を含んで
    成る、請求項3において記載された核酸類縁体: 【化学式IX】 但し本式において:L,R7'、RhおよびRi並びにn
    は、請求項3において定義された通りであり、何れも一
    つの検出可能な標識を含んで成るか又は該標識に共役複
    合せしめられたものである。
  7. 【請求項7】請求項6において記載された、標識化され
    た核酸類縁体において:Lがそれぞれ、核酸塩基である
    チミン、アデニン、シトシン、グアニン及びウラシルか
    ら構成される群から選択される;R7'は、水素である;
    またnは、1乃至30の整数である、前記核酸類縁体。
  8. 【請求項8】標識が、放射性同位元素標識、酵素標識、
    ビオチン、発蛍光団、化学発光標識、抗原、抗体または
    スピン標識である、前記請求項の内の何れか一項におい
    て記載された核酸類縁体。
  9. 【請求項9】前記リガンドが、チミン及び/又はシトシ
    ンである、請求項1乃至8の内の何れか一項において記
    載された核酸類縁体。
  10. 【請求項10】ポリアミド主鎖上において4つ乃至8つ介
    在原子でそれぞれ分離されたアザ原子上にリガンドとし
    て天然の核酸塩基、非天然の核酸塩基または核酸塩基結
    合基を結合して有する、下記一般式で表されるペプチド
    核酸(PNA)を、一つまたはそれ以上の化学的または
    微生物学的個体単位についてその捕捉、認識、検出、同
    定または定量化を行うために使用する方法: 【化学式I】 但し上式において:nは、少なくとも2である、 L1−Lnのそれぞれは独立して、水素、ヒドロキシ、
    (C1−C4)アルカノイル、天然の核酸塩基類、非天然
    の核酸塩基類、芳香族原子残基、DNA挿入基、核酸塩
    基結合基およびリポ−タリガンドから構成される群から
    選択されるが、L 1−Lnの内の少なくとも一つは、天然
    の核酸塩基、非天然の核酸塩基、DNA挿入基または核
    酸塩基結合基である;A1−Anのそれぞれは、一重結
    合、メチレン基または下記式で表される基である: 【化学式IIa】 又は 【化学式IIb】 但し本式において;Xは、O、S、Se、NR3、CH2
    またはC(CH32である;Yは、一重結合、O、Sま
    たはNR4である;pおよびqのそれぞれは、1から5
    までの整数であり、p+qの和は、10以下である;r
    およびsのそれぞれは、ゼロまたは1から5までの整数
    であり、r+sの和は、10以下である;R1およびR2
    はそれぞれ独立して、水素、ヒドロキシもしくはアルコ
    キシもしくはアルキルチオで置換されていてもよい(C
    1−C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルキル
    チオ、アミノおよびハロゲンから構成される群から選択
    される;またR3およびR4のそれぞれは独立して、水
    素、(C1−C4)アルキル、ヒドロキシもしくはアルコ
    キシもしくはアルキルチオで置換された(C1−C4)ア
    ルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルキルチオおよび
    アミノから構成される群から選択される;B1−Bnのそ
    れぞれは、NまたはR3+であり、ここにおいてR3
    上記において定義された通りである;C1−Cnのそれぞ
    れは、CR67、CHR6CHR7またはCR67CH2
    であり、ここにおいてR6は、水素でありまたR7は、天
    然のアルファアミノ酸の側鎖から構成される群から選択
    され、またはR6およびR7は独立して、水素、(C2
    6)アルキル、アリ−ル、アラルキル、ヘテロアリ−
    ル、ヒドロキシ、(C1−C6)アルコキシ、(C1
    6)アルキルチオ、NR34およびSR5から構成され
    る群から選択されるが、ここにおいてR3およびR4は、
    上記において定義された通りであり、R5は、水素、
    (C1−C6)アルキル、ヒドロキシもしくはアルコキシ
    もしくはアルキルチオで置換された(C1−C6)アルキ
    ルであり、またはR6およびR7とは一緒になって、脂環
    系または異項環系を形成する;D1−Dnのそれぞれは、
    CR67、CH2CR67またはCHR6CHR7であ
    り、ここにおいてR6およびR7は、上記において定義さ
    れた通りである;G1−Gn-1のそれぞれは、いずれかの
    方向での−CONR3−、CSNR3−、−SONR3
    または−SO2NR3−であって、なおここにおいてR3
    は、上記において定義した通りである;Qは、−CO2
    H、−CONR'R"、−SO3Hもしくは−SO2NR'
    R"または−CO2Hもしくは−SO3Hの活性化誘導体
    である;またIは、−NHR"'R""または−NR"'C
    (O)R""であり、ここ においてR'、R"、R'"およ
    びR""は独立して、水素、アルキル、アミノ保護基、リ
    ポ−タリガンド、挿入基、キレ−ト化剤、ペプチド、タ
    ンパク質、炭水化物、脂質、ステロイド、オリゴヌクレ
    オチドならびに可溶および不溶のポリマ−から構成され
    る群から選択されるものであって、何れも一つの検出可
    能な標識を含んで成るか又は該標識に共役複合せしめら
    れたものである。
  11. 【請求項11】相補的配列を有する核酸にハイブリダイ
    ゼーションして、かくして前記類縁体に相当する従来公
    知のデオキシリボヌクレオチドと前記核酸との間で形成
    されるハイブリッドよりも熱による変性に対して安定性
    がより高いハイブリッドを形成する能力を有する、請求
    項1において記載された核酸類縁体を、一つまたはそれ
    以上の化学的または微生物学的個体単位についてその捕
    捉、認識、検出、同定または定量化を行うために使用す
    る方法。
  12. 【請求項12】一本鎖が核酸類縁体に相補的である配列
    を有する二重鎖核酸にハイブリダイゼーションして、か
    くして前記一本鎖からもう一方の鎖を置換せしめる能力
    を有する、請求項1において記載された核酸類縁体を、
    一つまたはそれ以上の化学的または微生物学的個体単位
    についてその捕捉、認識、検出、同定または定量化を行
    うために使用する方法。
  13. 【請求項13】 該核酸類縁体が、以下の一般式を有す
    るものである、請求項10乃至12の内の何れか一項に
    おいて記載された核酸類縁体を使用する方法: 【化学式I】 なお上式において:A1−Anのそれぞれは、一重結合ま
    たは下記式で表される基である: 【化学式IIa】 又は 【化学式IIb】 但し本式において;n、L1乃至Lnのそれぞれ、X、
    Y、p、q、r及びsは、請求項1において定義した通
    りである、R1およびR2はそれぞれ独立して、水素、ヒ
    ドロキシもしくはアルコキシで置換されていてもよい
    (C1−C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アミ
    ノおよびハロゲンから構成される群から選択される;ま
    たR3およびR4のそれぞれは独立して、水素、(C1
    4)アルキル、ヒドロキシもしくはアルコキシで置換
    された(C1−C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ
    およびアミノから構成される群から選択される;B1
    nのそれぞれは、NまたはR3+であり、ここにおい
    てR3は、上記において定義された通りである;C1−C
    nのそれぞれは、CR67、CHR6CHR7またはCH
    67CH2であり、ここにおいて、R6は水素であり、
    またR7は、天然のアルファアミノ酸の側鎖から構成さ
    れる群から選択され、またはR6およびR7は独立して、
    水素、(C2−C6)アルキル、アリ−ル、アラルキル、
    ヘテロアリ−ル、ヒドロキシ、メトキシNR34および
    SR5から構成される群から選択されるが、ここにおい
    てR3およびR4は、上記において定義された通りであ
    り、またR5は、水素、(C1−C6)アルキル、ヒドロ
    キシもしくはアルコキシで置換された(C1−C6)アル
    キルであり、またはR6およびR7とは一緒になって、脂
    環系または異項環系を形成する;D1−Dnのそれぞれ
    は、CH267またはCHR6CHR7であり、ここに
    おいてR6およびR7は、上記において定義された通りで
    ある;G1−Gn-1のそれぞれは、請求項1において定義
    された通りであり、何れも一つの検出可能な標識を含ん
    で成るか又は該標識に共役複合せしめられたものであ
    る。
  14. 【請求項14】該核酸類縁体が、以下の一般式を有する
    ものである、請求項10において記載された核酸類縁体
    を使用する方法: 【化学式III】 Lはそれぞれ独立して、水素、フェニル、天然の核酸塩
    基および非天然の核酸塩基から成る群から選択される;
    7'はそれぞれ独立して、水素および天然のアルファア
    ミノ酸の側鎖から成る群から選択される;nは、1から
    60までの整数である;kおよびmのそれぞれは独立し
    て、ゼロまたは1である;lは、ゼロから5である;R
    hは、OH、NH2または−NHLysNH2である;お
    よびRiは、HまたはCOCH3である。
  15. 【請求項15】該核酸類縁体が、以下の一般式を有する
    ものである、請求項14において記載された核酸類縁体
    を使用する方法: 【化学式IX】 なお上式において:L,R7',Rh、Riおよびnは、請
    求項15において定義された通りである。
  16. 【請求項16】請求項15において記載された使用方法
    において、 Lがそれぞれ、核酸塩基であるチミン、アデニン、シト
    シン、グアニン及びウラシルから構成される群から選択
    される;R7'は、水素である;およびnは、1乃至30
    の整数である、前記使用方法。
  17. 【請求項17】リガンドが、チミン及び/又はシトシン
    である、請求項10、11又は請求項12乃至16の内
    の何れか一項において記載された核酸類縁体を使用する
    方法。
  18. 【請求項18】該核酸類縁体が、一つの検出可能な標識
    を含んで成るか又は該標識に共役複合せしめられたもの
    である、請求項10乃至17の内の何れか一項において
    記載された核酸類縁体を使用する方法。
  19. 【請求項19】前記標識が、放射性同位元素標識、酵素
    標識、ビオチン、発蛍光団、化学発光標識、抗原、抗体
    またはスピン標識である、請求項18において記載され
    た核酸類縁体を使用する方法。
  20. 【請求項20】核酸を捕捉する方法において、固体支持
    体に固定化した、請求項10乃至19の内の何れか一項
    において記載された核酸類縁体にハイブリッド形成条件
    下において前記核酸を接触させるに際して、該核酸類縁
    体が、前記核酸とハイブリダイゼーションするに適した
    リガンドの配列を有するものである、核酸を捕捉する前
    記方法。
  21. 【請求項21】捕捉された前記核酸が、前記固定化され
    た核酸類縁体に結合された状態にある核酸認識薬剤で処
    理することによって検出され、認識され、定量化されま
    たは同定される、請求項20において記載された方法。
  22. 【請求項22】捕捉された該核酸が、前記固定化された
    核酸類縁体にハイブリダイゼーションされた第一の領域
    およびそのようにハイブリダイゼーションされていない
    第二の領域であって、該第二の領域の少なくとも一部に
    ハイブリダイゼーションするように適合せしめられてい
    る標識核酸または核酸類縁体で処理された第二の領域を
    有しているものである、請求項21において記載された
    方法。
  23. 【請求項23】前記固定化された核酸類縁体が、加水分
    解してmRNAのポリA尾部とハイブリダイゼーション
    して、その結果前記mRNAを捕捉することが可能であ
    る逐次リガンドを含んで成るものである、請求項20に
    おいて記載された、mRNAを捕捉する方法。
  24. 【請求項24】前記逐次リガンドがチミンである、請求
    項20において記載された方法。
  25. 【請求項25】一旦捕捉された前記核酸が、固定化され
    た核酸類縁体と捕捉された核酸とを脱ハイブリダイゼー
    ションする条件に供することによって該固定化核酸類縁
    体から開放・放出される、請求項20、23又は24の
    内の何れか一項において記載された方法。
  26. 【請求項26】固体支持体に固定化された、請求項10
    乃至19の内の何れか一項において記載された核酸類縁
    体。
  27. 【請求項27】アフィニティ捕捉カラムに導入された、
    請求項26において記載された、固定化された核酸類縁
    体。
  28. 【請求項28】ハイブリダイゼーションする条件下にお
    いてハイブリダイゼーションするに充分に相補的な配列
    を有する、請求項1乃至9の内の何れか一項において記
    載された核酸類縁体に標的をハイブリダイゼーションさ
    せ、かつ前記標的にハイブリダイゼーションさせた該核
    酸類縁体の前記標識を検出するかまたは定量化すること
    から成る、標的核酸を認識、検出または定量化する方
    法。
  29. 【請求項29】前記標的核酸が、前記ハイブリダイゼー
    ションに先だって支持体に固定化される、請求項28に
    おいて記載された方法。
  30. 【請求項30】前記標的核酸が、前記支持体に固定化さ
    れるに際して、その第一の領域を、捕捉された核酸また
    は核酸類縁体であって、前記第一の領域に対してハイブ
    リダイゼーションするに充分に相補的である配列を有し
    かつそれ自体が前記支持体に固定化されている該捕捉核
    酸または核酸類縁体にハイブリダイゼーションさせ、か
    つ前記標識された核酸類縁体が、前記標的の第二の領域
    にハイブリダイゼーションする、請求項29において記
    載された方法。
  31. 【請求項31】核酸二重ラセンから一本鎖を置換する方
    法において、前記二重ラセンに対して、前記核酸のもう
    一方の鎖に対するアフィニティ−が前記一本鎖を置換す
    ることが可能であるほどに充分である核酸類類縁体をハ
    イブリダイゼーションさせることから成る前記置換方
    法。
  32. 【請求項32】二本鎖標的核酸を検出し、同定しまたは
    定量化する方法において、置換されない鎖が、置換核酸
    類縁体に相補的な配列を有する二本鎖標的から一本鎖を
    置換することができる置換核酸類縁体を該標的核酸にハ
    イブリダイゼーションさせーなおその際、前記置換核酸
    類縁体の配列が、自らにハイブリダイゼーションするに
    充分に相補的あって、その結果、一本鎖の形態において
    前記標的の一本鎖を置換するものであるー、その後に前
    記置換された一本鎖を存在を検出するかまたは定量化す
    ることから成る、前記検出、同定または定量化する方
    法。
  33. 【請求項33】置換された鎖をフラグメントに切断しか
    つ前記フラグメントの存在を検出する、請求項32にお
    いて記載された方法。
  34. 【請求項34】前記置換された鎖が、ヌクレア−ゼの攻
    撃によって切断される、請求項32において記載された
    方法。
  35. 【請求項35】オリゴヌクレオチド類縁体をある特異的
    核酸を検出するか又は単離するために使用する方法にお
    いて、該オリゴヌクレオチド類縁体が、その相補的な一
    本鎖DNA又はRNA鎖に対して相当するDNA又はR
    NAよりもより強力に結合するものである前記方法。
  36. 【請求項36】請求項1乃至9の内の何れか一項におい
    て記載された少なくとも一つの標識化された核酸類縁体
    および前記標識化された核酸類縁体を検出する少なくと
    も一つの検出試薬とを含んで成る、診断方法において使
    用されるキット。
  37. 【請求項37】請求項10乃至16の内の何れか一項に
    おいて記載された核酸類縁体を更に固体支持体に固定化
    して成る、請求項36において記載されたキット。
  38. 【請求項38】請求項26において記載された、固定化
    された核酸類縁体を、前記核酸類縁体を使用して捕捉さ
    れた核酸の存在を検出する少なくとも一つの核酸認識薬
    剤とを組合せて含んで成るキット。
  39. 【請求項39】該核酸認識薬剤が、標識化された核酸ま
    たは標識化された核酸類縁体である、請求項38におい
    て記載されたキット。
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