ES2351693T3 - Fagos que presentan epítopes mejorados. - Google Patents
Fagos que presentan epítopes mejorados. Download PDFInfo
- Publication number
- ES2351693T3 ES2351693T3 ES04006079T ES04006079T ES2351693T3 ES 2351693 T3 ES2351693 T3 ES 2351693T3 ES 04006079 T ES04006079 T ES 04006079T ES 04006079 T ES04006079 T ES 04006079T ES 2351693 T3 ES2351693 T3 ES 2351693T3
- Authority
- ES
- Spain
- Prior art keywords
- phage
- protein
- gene
- bpti
- domain
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Lifetime
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/43504—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from invertebrates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K1/00—General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length
- C07K1/04—General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length on carriers
- C07K1/047—Simultaneous synthesis of different peptide species; Peptide libraries
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
- C07K14/24—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Enterobacteriaceae (F), e.g. Citrobacter, Serratia, Proteus, Providencia, Morganella, Yersinia
- C07K14/245—Escherichia (G)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/43504—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from invertebrates
- C07K14/43513—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from invertebrates from arachnidae
- C07K14/43522—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from invertebrates from arachnidae from scorpions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/43504—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from invertebrates
- C07K14/43563—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from invertebrates from insects
- C07K14/43572—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from invertebrates from insects from bees
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/81—Protease inhibitors
- C07K14/8107—Endopeptidase (E.C. 3.4.21-99) inhibitors
- C07K14/811—Serine protease (E.C. 3.4.21) inhibitors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/81—Protease inhibitors
- C07K14/8107—Endopeptidase (E.C. 3.4.21-99) inhibitors
- C07K14/811—Serine protease (E.C. 3.4.21) inhibitors
- C07K14/8114—Kunitz type inhibitors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1037—Screening libraries presented on the surface of microorganisms, e.g. phage display, E. coli display
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N7/00—Viruses; Bacteriophages; Compositions thereof; Preparation or purification thereof
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
- C40B40/02—Libraries contained in or displayed by microorganisms, e.g. bacteria or animal cells; Libraries contained in or displayed by vectors, e.g. plasmids; Libraries containing only microorganisms or vectors
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2800/00—Properties of cosmetic compositions or active ingredients thereof or formulation aids used therein and process related aspects
- A61K2800/40—Chemical, physico-chemical or functional or structural properties of particular ingredients
- A61K2800/57—Compounds covalently linked to a(n inert) carrier molecule, e.g. conjugates, pro-fragrances
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
- C07K2319/02—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a signal sequence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2795/00—Bacteriophages
- C12N2795/00011—Details
- C12N2795/14011—Details ssDNA Bacteriophages
- C12N2795/14022—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Abstract
Un método para identificar proteínas de fijación que se fijan a una diana, comprendiendo el método los pasos de (a) proporcionar una biblioteca de fagos filamentosos, en donde (i) cada fago en la biblioteca presenta en su superficie al menos una copia de una proteína quimérica de la cubierta codificada por un primer gen de fago, en donde la proteína quimérica de la cubierta comprende un dominio de fijación potencial que es un mutante de un dominio proteínico conocido extraño a dicho fago, y en donde dicho fago comprende adicionalmente un segundo gen de fago que codifica la proteína nativa de la cubierta del fago; (ii) cada fago en la biblioteca comprende al menos una copia de una proteína quimérica de la cubierta codificada por un primer gen de fago, en donde la proteína quimérica de la cubierta se presenta en la superficie del fago, en donde la proteína quimérica de la cubierta comprende un dominio de fijación potencial que es un mutante de un dominio proteínico conocido extraño a dicho fago, en donde cada fago comprende un segundo gen de fago que comprende un codón de leucina como codón de iniciación y que codifica la proteína nativa de la cubierta del fago; o (iii) cada fago en la biblioteca presenta en su superficie al menos una copia de una proteína quimérica de la cubierta codificada por un primer gen de fago, en donde la proteína quimérica de la cubierta comprende un dominio de fijación potencial que es un mutante de un dominio proteínico conocido extraño a dicho fago, y en donde la proteína quimérica de la cubierta comprende un fragmento susceptible de ensamblamiento de una proteína de la cubierta de dicho fago sin la porción de pelos de la proteína de la cubierta; (b) poner en contacto dicha biblioteca de fagos filamentosos con la diana; y (c) separar los fagos sobre la base de su afinidad para la diana.
Description
Fagos que presentan epítopes mejorados.
Esta invención se refiere a la expresión y
presentación de bibliotecas de epítopes o dominios proteínicos de
fijación potencial en la superficie de fagos filamentosos, y al
cribado de dichas bibliotecas para identificar epítopes de proteínas
de fijación, respectivamente.
La secuencia de aminoácidos de una proteína
determina su estructura tridimensional (3D), que determina a su vez
la función de la proteína. Algunos residuos en la cadena
polipeptídica son más importantes que otros en la determinación de
la estructura 3D de una proteína. Las sustituciones de aminoácidos
que están expuestos a disolventes tienen menos probabilidad de
afectar a la estructura 3D que las sustituciones en loci
internos.
La "ingeniería de proteínas" es la técnica
de manipular la secuencia de una proteína a fin de alterar sus
características de fijación. Los factores que afectan a la fijación
de las proteínas son conocidos, pero el diseño de nuevas superficies
complementarias ha resultado difícil.
Con el desarrollo de las técnicas de DNA
recombinante, se ha hecho posible obtener una proteína mutante por
mutación del gen que codifica la proteína nativa y expresión
posterior del gen mutado. Se conocen varias estrategias de
mutagénesis. Una de ellas, la "cirugía de proteínas", implica
la introducción de una o más mutaciones predeterminadas en
el gen de elección. Se expresa un solo polipéptido de
secuencia completamente predeterminada, y se evalúan sus
características de fijación.
En el otro extremo se halla la mutagénesis
aleatoria por medio de mutágenos relativamente inespecíficos tales
como radiación y diversos agentes químicos.
Es posible variar aleatoriamente nucleótidos
predeterminados utilizando una mezcla de bases en los ciclos
apropiados de un procedimiento de síntesis de ácido nucleico. La
proporción de bases en la mezcla, para cada posición de un codón,
determinará la frecuencia con la que se encontrará cada aminoácido
en los polipéptidos expresados a partir de la población de DNA
degenerada. Oliphant et al., (OLIP86) y Oliphant y Struhl
(OLIP87) han demostrado la ligación y clonación de oligonucleótidos
fuertemente degenerados, que se utilizaron en la mutación de
promotores. Dichos autores sugirieron que podrían utilizarse métodos
similares en la variación de regiones codificantes de proteínas.
Sin embargo los mismos no explican cómo sería posible:
a) elegir los residuos de proteína a variar, o
b) seleccionar o cribar mutantes con propiedades deseables.
Reidhaar-Olson y Sauer (REID88a) han utilizado
oligonucleótidos sintéticos degenerados para variar simultáneamente
dos o tres residuos de la totalidad de los 20 aminoácidos. Véase
también Vershon et al., (VERS86a; VERS86b).
Reidhaar-Olson y Sauer no describen los límites
acerca de cuántos residuos podrían modificarse de una vez ni
mencionan el problema de la abundancia desigual del DNA codificante
de aminoácidos diferentes.
Varios investigadores han dirigido epítopes
antigénicos extraños no mutados a la superficie de un fago,
fusionado a una proteína nativa de la superficie del fago, y
demostrado que los epítopes eran reconocidos por anticuerpos.
Dulbecco (DULB86) sugiere un procedimiento para
incorporación de un epítope antigénico extraño en una proteína de
la superficie viral de tal modo que la proteína quimérica expresada
se presenta en la superficie del virus de una manera tal que el
epítope extraño es accesible a un anticuerpo. En 1985 Smith (SMIT85)
comunicó la inserción de un segmento no funcional del gen de la
endonucleasa EcoRI en el gen III del bacteriófago f1,
"en fase". La proteína del gen III es una proteína menor de la
cubierta necesaria para la infectividad. Smith demostró que los
fagos recombinantes eran adsorbidos por un anticuerpo inmovilizado
producido contra la endonucleasa EcoRI, y podían ser eluidos
con ácido. De la Cruz et al., (DELA88) han expresado un
fragmento de la región de repetición de la proteína del
circumsporozoíto de Plasmodium falciparum en la superficie de
M13 como una inserción en la proteína del gen III. Dichos
investigadores demostraron que los fagos recombinantes eran a la
vez antigénicos e inmunógenos en los conejos, y que dicho fago
recombinante podía utilizarse para mapeado del epítope B. Los
investigadores sugieren que un fago recombinante similar podría
utilizarse para mapeado del epítope T y para el desarrollo de
vacunas.
vacunas.
McCafferty et al. (MCCA90) expresaron una
fusión de un fragmento Fv de un anticuerpo al terminal N de la
proteína pIII. El fragmento Fv no estaba mutado.
Ladner, Glick y Bird, WO 88/06630 (publicado el
7 de septiembre de 1988 y que tiene prioridad respecto a la
solicitud US 07/021046, asignada a Genex Corp.) (LGB) especulan que
diversos dominios de anticuerpos monocatenarios (SCAD) pueden
cribarse respecto a fijación a un antígeno particular por variación
del DNA codificante de las regiones determinantes de la combinación
de un anticuerpo monocatenario, subclonación del gen SCAD en el gen
gpV del fago lambda de tal modo que se presenta una quimera SCAD/gpV
en la superficie exterior del fago lambda, y selección de los fagos
que se fijan al antígeno por cromatografía de afinidad.
Parmley y Smith (PARM88) sugirieron que una
biblioteca de epítopes que exhibe todos los hexapéptidos posibles
podría construirse y utilizarse para aislar epítopes que se fijan a
anticuerpos. En la exposición de la biblioteca de epítopes, los
autores no sugerían que era deseable equilibrar la representación de
aminoácidos diferentes. Tampoco proponían que la inserción debería
codificar un dominio completo de la proteína exógena. Se considera
que los epítopes son péptidos no estructurados en oposición a las
proteínas estructuradas. Scott y Smith (SCOT90) y Cwirla et
al. (CWIR90) prepararon "bibliotecas de epítopes" en las
cuales epítopes hexapeptídicos potenciales para un anticuerpo diana
eran mutados aleatoriamente por fusión de oligonucleótidos
degenerados, codificación de los epítopes, con el gen III del fago
fd, y expresión del gen fusionado en células infectadas con fago.
Las células fabricaban fago de fusión que presentaba los epítopes en
su superficie; los fagos que se fijaban al anticuerpo inmovilizado
eran eluidos con ácido y estudiados. Devlin et al. (DEVL90)
cribaron análogamente, utilizando el fago M13, respecto a 15
epítopes aleatorios de residuos reconocidos por estreptavidina.
Las bibliotecas de Scott y Smith, Cwirla et
al, y Devlin et al., proporcionaban un muestreo
fuertemente sesgado de los aminoácidos posibles en cada posición.
Su preocupación fundamental en el diseño del oligonucleótido
degenerado que codificaba su reacción variable era asegurarse de que
la totalidad de los 20 aminoácidos eran codificables en cada
posición; una consideración secundaria era la minimización de la
frecuencia de aparición de señales de parada. Como consecuencia,
Scott y Smith y Cwirla et al emplearon NNK (N = mezcla igual
de G, A, T, C; K = mezcla igual de G y T) en tanto que Devlin et
al utilizaron NNS (S = mezcla igual de G y C). No se hizo
intento alguno de minimizar la relación de frecuencias del
aminoácido más favorecido al menos favorecido, o igualar la tasa de
aparición de aminoácidos ácidos y básicos.
Devlin et al caracterizaron varios
péptidos de fijación de estreptavidina seleccionados por afinidad,
pero no midieron las constantes de afinidad para estos péptidos.
Cwirla et al sí determinaron la constante de afinidad para
sus péptidos, pero quedaron decepcionados al encontrar que sus
mejores hexapéptidos óptimos tenían afinidades
(350-300 nM), "órdenes de magnitud" más débiles
que el del epítope nativo Met-Encefalina (7 nM)
reconocido por el anticuerpo diana. Cwirla et al especulaban
que los péptidos portadores de fago con afinidades mayores se
mantenían fijados en condiciones de elución ácida, debido
posiblemente a interacciones multivalentes entre el fago (que
llevaba aproximadamente 4 copias de pIII) y la diana divalente IgG.
Scott y Smith pudieron descubrir péptidos cuya afinidad para el
anticuerpo diana (A2) era comparable a la del epítope de referencia
miohemeritrina (50 nM). Sin embargo, Scott y Smith expresaron
también su preocupación en el sentido de que se perdían algunos
péptidos de afinidad alta, posiblemente por fijación irreversible
del fago de fusión a la diana.
Ladner, et al, WO 90/02809, describen un
proceso para la generación e identificación de nuevas proteínas de
fijación que tienen afinidad para una diana predeterminada. En este
proceso, un gen que codifica un dominio de fijación potencial
(distinto de un péptido meramente epitópico), gen que se obtiene por
mutagénesis aleatoria de un número limitado de codones
predeterminados, se fusiona a un elemento genético que hace que el
producto de expresión quimérica resultante se presente en la
superficie exterior de un virus (especialmente un fago filamentoso)
a una célula. Se utiliza luego selección cromatográfica para
identificar virus o células cuyo genoma incluye un gen fusionado de
esta clase que codificaba la proteína que se fijaba a la diana
cromatográfica. Ladner, et al, exponen varios métodos de
recuperación del gen de interés cuando los virus o células están
fijados tan fuertemente a la diana que no pueden eliminarse por
lavado en forma viable. Éstos se dejan crecer luego in situ
en la matriz cromatográfica, fragmentando la matriz y utilizando la
misma como inoculante en una vasija de cultivo, degradando el
enlace entre la matriz y el material diana, y degradando los virus o
células pero recuperando luego su DNA. Sin embargo, estos métodos
recuperarán también virus o células que están fijados de modo
inespecífico al material diana.
WO 90/02809 abordaba también estrategias para
mutagénesis, con inclusión de una que proporciona la totalidad de
los 20 aminoácidos en proporciones sustancialmente iguales, pero
únicamente en el contexto de mutagénesis de dominios proteínicos, no
de péptidos epitópicos.
La presente invención tiene por objeto resolver
las deficiencias arriba expuestas. La presente invención se refiere
a métodos como se definen en las reivindicaciones. En una
realización, se utiliza una biblioteca de "fago de
presentación" para identificar dominios de fijación con alta
afinidad para una diana predeterminada. Los dominios de fijación
potenciales se presentan en la superficie del fago. Esto se consigue
por expresión de un gen fusionado que codifica una proteína
quimérica de la superficie exterior que comprende el dominio de
fijación potencial y al menos una porción funcional de una proteína
de la cubierta nativa del fago. La realización preferida utiliza un
patrón de mutagénesis semialeatoria, denominado
"diversificación", que enfoca las mutaciones en aquellos
residuos de un dominio de fijación parental que tienen mayor
probabilidad de afectar a sus propiedades de fijación y tienen
probabilidad mínima de destruir su estructura subyacente. Como
resultado, si bien cualquier fago presenta sólo un dominio de
fijación extraño individual (aunque posiblemente en copias
múltiples) la biblioteca de fagos presenta colectivamente millares,
incluso millones, de dominios de fijación diferentes. La biblioteca
de fagos se somete a cribado por técnicas de separación por afinidad
a fin de identificar aquellos fagos que contienen dominios de
fijación exitosos (afinidad alta), y estos fagos se recuperan y
caracterizan a fin de determinar la secuencia de los dominios de
fijación exitosos. Estos dominios de fijación exitosos pueden
servir luego como los dominios de fijación parental para otra tanda
de diversificación por separación y afinidad.
En otra realización de la invención, el fago de
presentación exhibe en su superficie una proteína quimérica de la
superficie exterior que comprende una porción funcional de una
proteína nativa de la superficie exterior y un epítope potencial.
En una biblioteca de epítopes constituida por estos fagos de
presentación, la región correspondiente al epítope extraño es
hipervariable. La biblioteca se somete a cribado con un anticuerpo u
otra proteína de fijación de interés y se identifican los epítopes
de afinidad alta. Las referencias a presentación, mutagénesis y
cribado de dominios de fijación potenciales serían aplicables,
mutatis mutandis, a la presentación, mutagénesis y cribado de
epítopes potenciales, a no ser que se indique otra cosa.
Como se ha mencionado previamente, cuando se
presentan en un solo fago varias copias de la proteína quimérica de
la cubierta, existe un riesgo de que se produzca fijación
irreversible, especialmente si la diana es multivalente (como
sucede en el caso del anticuerpo). En este caso, los fagos eluidos
en último lugar por un gradiente de elución no serán los únicos que
lleven los epítopes o dominios de fijación de afinidad máxima, sino
que más bien serán aquéllos que tengan una afinidad suficientemente
alta para mantenerse en la diana en las condiciones de elución
iniciales, pero no tan alta como para fijarse irreversiblemente.
Como resultado, la metodología conocida en la técnica puede fallar
en cuanto a la recuperación de epítopes o elementos de fijación de
afinidad muy alta, que para muchos propósitos son las especies más
deseables.
Los autores de la presente invención se proponen
hacer frente al problema de la fijación irreversible por
incorporación de una secuencia enlazadora en la proteína quimérica
de la cubierta, entre el epítope o dominio de fijación extraño, y
la secuencia nativa para la proteína de la cubierta de fago de tipo
salvaje, que puede ser escindida por una proteasa específica del
sitio. En este caso, la biblioteca de fagos se incuba con la diana
inmovilizada. Los fagos de menor afinidad son eluidos de la diana y
únicamente se retiene la fase sólida (que lleva el fago de afinidad
alta). La secuencia enlazadora mencionada anteriormente se escinde,
y se liberan las partículas de fago, dejando atrás el epítope o
dominio de fijación fijado atrás. Es posible recuperar luego las
partículas (y secuenciar su DNA para determinar la secuencia del
epítope correspondiente o dominio de fijación) o el péptido fijado
(y secuenciar directamente sus aminoácidos). Se prefiere el primer
método de recuperación, dado que el DNA codificante puede
amplificarse in vitro utilizando PCR o in vivo por
transfección de células hospedadoras adecuadas con el fago de
presentación de afinidad alta. Si bien la producción de proteínas
de fusión con enlazadores escindibles se conoce en la técnica, el
uso de tales enlazadores para facilitar la escisión controlada de
una proteína quimérica de la cubierta de un fago no ha sido
consignado
previamente.
previamente.
Otro método de abordar la fijación irreversible
es apropiado cuando los dominios de fijación son
"mini-proteínas", es decir, péptidos
relativamente pequeños cuya estabilidad estructural es atribuible
fundamentalmente a la presencia de una o más reticulaciones
covalentes, v.g., puentes disulfuro. Como en el ejemplo anterior,
los fagos de afinidad baja se separan en primer lugar. Los fagos
fijados restantes, de afinidad alta, se tratan luego con un
reactivo que destruye la reticulación, tal como ditiotreitol en el
caso de un dominio con enlaces disulfuro, pero no escinde los
enlaces peptídicos o modifica las cadenas laterales de los
aminoácidos que no están reticulados. Esto dará como resultado
usualmente una desnaturalización suficiente para liberar el fago
completamente o para permitir su elución por otros
medios.
medios.
Estos dos métodos, por supuesto, no son
mutuamente excluyentes.
En las bibliotecas de fagos de presentación de
epítopes conocidas previamente, el genoma del fago se alteraba por
reemplazamiento del gen codificante de la proteína del gen
III de M13 de tipo salvaje con uno que codificaba una proteína
quimérica de la cubierta. Como resultado, las 5 copias normales de
la proteína del gen III de tipo salvaje se reemplazaban todas ellas
por la proteína quimérica de la cubierta, con lo cual cada fago
tenía 5 sitios de fijación potenciales para la diana, y por
consiguiente una avidez potencial muy alta. Con epítopes (o dominios
de fijación) de afinidad alta, esto podría contribuir perfectamente
a la fijación irreversible.
Un método de la presente invención para
reducción de la avidez de un fago de presentación, especialmente
fago de presentación de epítopes, por su diana, y por consiguiente
de aliviar el problema de la fijación irreversible, consiste en
modificar por ingeniería genética el fago de modo que contenga
dos genes cada uno de los cuales exprese una proteína de la
cubierta, codificando una la proteína de la cubierta de tipo
salvaje, y el otro la proteína quimérica de la cubierta cognada.
Así, los fagos que llevan epítopes o dominios de fijación idénticos
pueden llevar todavía relaciones diferentes de moléculas de proteína
de tipo salvaje a moléculas de la cubierta quiméricas, y por
consiguiente tener avideces diferentes. La relación media para la
biblioteca dependerá de los niveles relativos de expresión de los
dos genes cognados.
Puede ser ventajoso poder modular la relación de
la proteína quimérica de la cubierta a su proteína de la cubierta
cognada de tipo salvaje. Por ejemplo, al principio del proceso
evolutivo, la afinidad de los dominios de fijación por su diana
puede ser bastante baja, especialmente si aquéllos están basados en
un dominio de fijación parental que no tiene afinidad alguna para la
diana.
La modulación puede conseguirse poniendo el gen
quimérico bajo el control de un promotor regulable.
Si bien puede ser posible poner el gen de tipo
salvaje cognado bajo el control de un segundo promotor, regulado de
modo diferente, esto puede ser inviable si, como ocurre en el gen
III de M13, el gen forma parte de un operón policistrónico. En este
caso, la expresión del gen de tipo salvaje puede reducirse
reemplazando su codón de inicio metionina con un codón de inicio
leucina.
El gen III de M13, como se ha indicado
previamente, codifica una de las proteínas menores de la cubierta de
este fago filamentoso (5 copias por fago). Teniendo en cuenta las
dificultades con la fijación irreversible consignadas por aquéllos
que modifican este gen a fin de que se presente un epítope extraño
en la cubierta del fago, el uso de la proteína principal de
la cubierta de M13 se desincentivaba claramente. No obstante, los
autores de la presente invención han encontrado que las proteínas
quiméricas principales de la cubierta son de hecho útiles para
presentación de dominios de fijación potenciales para propósitos de
cribado aun cuando (de hecho, a veces gracias a que) las mismas se
encuentran en un número superior a 1000 copias de esta proteína por
fago. Se cree que la proteína principal de la cubierta (VIII) podría
ser análogamente útil en la construcción de una biblioteca de fagos
de epítopes.
Los autores de la presente invención han
desarrollado también un enlazador adecuado para la unión de dominios
de fijación potenciales (o péptidos epitópicos) para esta proteína
principal de la cubierta, y quizás también para otras proteínas.
Por último, en la proporción en que algunos de
los problemas experimentados con las bibliotecas de epítopes se han
atribuido al uso de patrones de mutagénesis que conducen a
asignaciones fuertemente sesgadas de aminoácidos, la presente
invención está dirigida también a una diversidad de patrones
mejorados que conducen a bibliotecas de fagos de epítopes menos
sesgadas y por consiguiente más eficientes.
La Figura 1 muestra de qué modo puede utilizarse
un fago como fago genético. En (a) se encuentra una proteína de tipo
salvaje de la pre-cubierta alojada en la bicapa
lipídica. El péptido señal se encuentra en el espacio periplásmico.
En (b) ha quedado atrapado a análogamente una proteína quimérica de
la pre-cubierta, con un dominio de fijación
potencial interpuesto entre el péptido señal y la secuencia de la
proteína madura de la cubierta. En (c) y (d), el péptido señal se ha
escindido de las proteínas de tipo salvaje y quimérica,
respectivamente, pero ciertos residuos de la secuencia de la
proteína de la cubierta interaccionan con la bicapa lipídica para
evitar que la proteína madura pase totalmente al periplasma. En (e)
y (f), la proteína madura de tipo salvaje y la proteína quimérica se
ensamblan en la cubierta de un fago de DNA monocatenario a medida
que emerge el mismo en el espacio periplásmico. El fago pasará a
través de la membrana exterior al medio, donde el mismo puede
recuperarse y evaluarse cromatográficamente.
La Figura 2 muestra los C_{\alpha}s de la
proteína de la cubierta del fago f1.
La presente invención contempla que un dominio
de fijación potencial (pbd) o un epítope potencial se presentará en
la superficie de un fago en la forma de una fusión con una proteína
(de la superficie externa) (OSP) de la cubierta del fago. Esta
proteína quimérica de la superficie externa es el producto procesado
del polipéptido expresado por un gen de presentación injertado en
el genoma del fago; por consiguiente: 1) el genoma del fago tiene
que permitir la introducción del gen de presentación por tolerancia
de material genético adicional o por disponer de material genético
reemplazable; 2) el virión tiene que ser capaz de empaquetar el
genoma después de aceptar la inserción o sustitución del material
genético, y 3) la presentación de la proteína
OSP-IPBD en la superficie del fago no debe destruir
suficientemente la estructura del virión para interferir con la
propagación del fago.
Cuando la partícula viral se ensambla, las
proteínas de su cubierta pueden fijarse por sí mismas al fago: a)
desde el citoplasma, b) desde el periplasma, o c) desde el interior
de la bicapa lipídica. El producto de expresión inmediato del gen
de presentación tiene que exhibir, en su terminal amino, un péptido
señal funcional de secreción, tal como la señal phoA
(MKQSTIALALLPLLFTPVTKA), si la proteína de la cubierta se fija al
fago desde el periplasma o desde el interior de la bicapa lipídica.
Si es necesaria una señal de secreción para la presentación del
dominio de fijación potencial, en una realización especialmente
preferida, la célula bacteriana en la cual se expresa el gen híbrido
es de una cepa "que permite la secreción".
La secuencia de DNA que codifica el epítope o
dominio de fijación extraño debería preceder a la secuencia
codificante de la proteína de la cubierta apropiada si el terminal
amino de la proteína de la cubierta procesada es normalmente su
extremo libre, y debería seguir a aquélla si el terminal carboxi es
el extremo libre normal.
El camino morfogenético del fago determina el
ambiente en el cual el IPBD tendrá oportunidad de plegarse. Se
prefieren fagos ensamblados periplásmicamente cuando los IPBDs
contienen disulfuros esenciales, dado que tales IPBDs no pueden
plegarse en el interior de una célula (estas proteínas pueden
plegarse después que el fago se libera de la célula). Se prefieren
fagos ensamblados intracelularmente cuando el IPBD necesita grupos
prostéticos grandes o insolubles (tales como agrupaciones
Fe_{4}S_{4}), dado que el IPBD no puede plegarse si se secreta
debido a que falta el grupo prostético.
Cuando se introduce diversificación, infecciones
múltiples podrían generar GPs híbridas que llevan el gen para una
PBD, pero teniendo al menos algunas copias de un PBD diferente en
sus superficies; es preferiblemente minimizar esta posibilidad por
infección de las células con fago en condiciones que den como
resultado una multiplicidad de infección (MOI) baja.
Para un bacteriófago dado, la OSP preferida es
usualmente una que está presente en la superficie del fago en el
número máximo de copias, dado que esto permite la flexibilidad
máxima en la variación de la relación de OSP-IPBD a
la OSP de tipo salvaje y proporciona también la máxima probabilidad
de obtención de una separación satisfactoria por afinidad. Además,
una proteína presente en una sola copia o un pequeño número de
copias realiza usualmente una función esencial en la morfogénesis o
la infección; la mutación de una proteína de esta clase por adición
o inserción es probable que dé como resultado una reducción de la
viabilidad de la GP. Sin embargo, una OSP tal como la proteína gIII
de M13 puede ser una elección excelente como OSP para causar la
presentación del PBD.
Se prefiere que el gen osp de tipo
salvaje se preserve. El fragmento del gen ipbd puede
insertarse en una segunda copia del gen osp receptor o en un
gen osp de nueva producción por ingeniería genética. Se
prefiere que el gen osp-ipbd se halle bajo
control de un promotor regulado. El proceso de la presente invención
fuerza la evolución de los PBDs derivados de IPBD de tal modo que
algunos de ellos desarrollan una nueva función, a saber,
fijación a una diana seleccionada. La situación del gen que se
somete a evolución sobre un gen duplicado es una imitación del
escenario generalmente aceptado para la evolución de familias de
proteínas. Está actualmente aceptado en general que la duplicación
de genes es el primer paso en la evolución de una familia de
proteínas a partir de una proteína ancestral. Por contar con dos
copias de un gen, el proceso fisiológico afectado puede tolerar
mutaciones en uno de los genes. Este proceso está perfectamente
entendido y documentado para la familia de las globinas
(véase DICK83, p65ff, y CREI84,
p117-125).
El usuario debe seleccionar un sitio en el gen
OSP candidato para insertar un fragmento de gen ipbd. Las
cubiertas de la mayoría de los bacteriófagos están altamente
ordenadas. El fago filamentoso puede describirse por una red
helicoidal; el fago isométrico, por una red icosaédrica. Cada
monómero de cada proteína principal de la cubierta está situado en
un punto de la red y ejerce interacciones definidas con cada uno de
sus vecinos. Las proteínas que están ajustadas en la red por
realizar algunos de los contactos normales de la red, pero no
todos, tienen probabilidad de desestabilizar el virión de las
maneras siguientes: a) abortando la formación del virión, b)
haciendo inestable el virión, o c) dejando lagunas en el virión de
tal modo que el ácido nucleico no esté protegido. Así, en el
bacteriófago, es importante retener en las proteínas de fusión
OSP-IPBD modificadas por ingeniería genética a
aquellos residuos de la OSP parental que interaccionan con otras
proteínas en el virión. Para M13 gVIII, es preferible retener la
proteína madura entera, mientras que para M13 gIII, podría ser
suficiente retener los últimos 100 residuos (o incluso menos). Una
proteína gIII truncada de esta clase podaría expresarse en paralelo
con la proteína gIII completa, dado que se requiere la proteína gIII
para la infectividad del fago.
El gen de presentación se sitúa aguas abajo de
un promotor conocido, preferiblemente un promotor regulado tal como
lacUV5, tac, o trp.
\vskip1.000000\baselineskip
Los fagos filamentosos, que incluyen M13, f1,
fd, If1, Ike, Xf, Pf1, y Pf3, presentan interés particular. El
ciclo de vida completo del fago filamentoso M13, un vector común de
clonación y secuenciación, es perfectamente conocido. La estructura
genética (SCHA78) de M13 es bien conocida al igual que la estructura
física del virión (BANN81, BOEK80, CHAN79, ITOK79, KAPL78, KUHN85b,
KUHN87, MAKO80, MARV78, MESS78, OHKA81, RASC86, RUSS81, SCHA78,
SMIT85, WEBS78, y ZIMM82); véase RASC86 para una revisión reciente
de la estructura y función de las proteínas del la cubierta.
Marvin y colaboradores (MARV78, MAKO80, BANN81)
han determinado una estructura aproximada en 3D del virión del fago
estrechamente afín f1 por una combinación de genética, bioquímica, y
difracción de rayos X a partir de fibras del virus. La Figura 2
está dibujada conforme al modelo de Banner et al. (BANN81) y
muestra únicamente los C_{\alpha}s de la proteína. Los huecos
aparentes en la vaina cilíndrica están llenados realmente por
grupos laterales de proteína de tal modo que el DNA en su interior
está protegido. El término amino de cada monómero proteínico se
encuentra en el exterior del cilindro, mientras que el término
carboxi se encuentra en un radio menor, próximo al DNA. Aunque
otros fagos filamentosos (v.g. Pf1 o Ike) tienen simetría
helicoidal diferente, todos ellos tienen cubiertas compuestas de
muchos monómeros \alpha-helicoidales cortos con el
término amino de cada monómero en la superficie del virión.
\vskip1.000000\baselineskip
La proteína principal de la cubierta de M13 está
codificada por el gen VIII. La cubierta de la proteína madura de 50
aminoácidos del gen VIII se sintetiza como una
pre-cubierta de 73 aminoácidos (SCHA78; ITOK79). Los
primeros 23 aminoácidos constituyen una secuencia señal típica que
hace que el polipéptido naciente se inserte en la membrana celular
interna. Si la pre-cubierta se inserta en la
membrana por sí misma o debido a la acción de componentes de
secreción del hospedador, tales como SecA y SecY, sigue siendo
cuestión controvertida, pero no tiene efecto alguno sobre la
operación de la presente invención.
Una peptidasa señal de E. coli
(SP-I) reconoce los aminoácidos 18, 21, y 23, y, en
menor grado, el residuo 22, y corta entre los residuos 23 y 24 de
la pre-cubierta (KUHN85a, KUHN85b, OLIV87). Después
de la retirada de la secuencia señal, el término amino de la
cubierta madura está localizado en el lado periplásmico de la
membrana interna; el término carboxi se encuentra en el lado
citoplásmico. Aproximadamente 3000 copias de la proteína madura de
la cubierta de 50 aminoácidos se asocian al lado una de otra en la
membrana interna.
Los autores de la presente invención han
construido un gen tripartito que comprende:
- 1)
- DNA codificante de una secuencia señal que dirige la secreción de las partes (2) y (3) a través de la membrana interna,
- 2)
- DNA codificante de la secuencia BPTI madura, y
- 3)
- DNA codificante de la proteína de M13 gVIII madura.
\vskip1.000000\baselineskip
Este gen es la causa de que BPTI aparezca en
forma activa en la superficie del fago M13.
\vskip1.000000\baselineskip
Un dominio de fijación o epítope introducido
puede presentarse también en un fago filamentoso como una porción
de una proteína quimérica menor de la cubierta. Éstos están
codificados por los genes III, VI, VII y IX, y cada uno de ellos
está presente en aproximadamente 5 copias por virión y está
relacionado con morfogénesis o infección. En contraste, la proteína
principal de la cubierta está presente en más de 2500 copias por
virión. Las proteínas III, VI, VIII y IX de los genes están
presentes en los extremos del virión.
\vskip1.000000\baselineskip
El DNA monocatenario del fago circular está
asociado con aproximadamente 5 copias de la proteína del gen III y
se extrude luego a través del parche de la proteína de la cubierta
asociada a la membrana de tal manera que el DNA está encerrado en
una vaina helicoidal de proteína (WEBS78). El DNA no tiene sus bases
apareadas (lo que podría imponer restricciones severas en el genoma
del virus); en lugar de ello, las bases se intercalan unas con otras
independientemente de la secuencia.
Smith (SMIT85) y de la Cruz et al
(DELA88) han demostrado que las inserciones en el gen III son
causa de que aparezcan nuevos dominios de proteína en la superficie
exterior del virión. El gen de la miniproteína puede estar
fusionado al gen III en el sitio utilizado por Smith y por de
la Cruz et al, en un codón correspondiente a otro límite de
dominio o a un bucle de la superficie de la proteína, o al término
amino de la proteína madura.
Todos los trabajos publicados utilizan un vector
que contiene un solo gen III modificado de fd. Así, la
totalidad de las 5 copias de gIII están modificadas idénticamente.
El gen III es muy grande (1272 p.b. o aproximadamente 20%
del genoma del fago) y es dudoso si un duplicado del gen entero
puede estar insertado de manera estable en el fago. Adicionalmente,
la totalidad de las 5 copias de la proteína gIII se encuentran en un
extremo del virión. Cuando moléculas diana bivalentes (tales como
anticuerpos) se fijan a un fago pentavalente, el complejo
resultante puede ser irreversible. La fijación irreversible del fago
a la diana interfiere fuertemente con el enriquecimiento por
afinidad de las GPs que llevan las secuencias genéticas que
codifican el nuevo polipéptido que tiene la afinidad máxima para la
diana.
Con objeto de reducir la probabilidad de
formación de complejos irreversibles, puede utilizarse un segundo
gen sintético que codifica únicamente la porción del terminal
carboxi de III. Podría, por ejemplo, producirse por
ingeniería genética un gen que comprende (desde 5' a 3'):
- 1)
- un promotor (preferiblemente regulado),
- 2)
- un sitio de fijación de ribosoma,
- 3)
- un codón de inicio,
- 4)
- una secuencia que codifica un péptido señal funcional que dirige la secreción de las partes (5) y (6) a través de la membrana interna,
- 5)
- DNA codificante de un dominio de fijación potencial,
- 6)
- DNA codificante de los residuos 275 a 424 de la proteína gIII de M13,
- 7)
- un codón de parada de la traducción, y
- 8)
- (opcionalmente) una señal de parada de la transcripción.
\vskip1.000000\baselineskip
Obsérvese que en la proteína gIII, el resto
aminoterminal es responsable de la fijación de pelo (a saber, de la
infectividad) y el resto carboxiterminal del empaquetamiento, de tal
modo que la proteína quimérica gIII arriba descrita es capaz de
ensamblarse en la cubierta viral, pero no contribuye a la
infectividad.
Abandonamos el gen III de tipo salvaje de
tal modo que esté presente algo de proteína del gen III
inalterada.
Así pues, el gen híbrido puede comprender DNA
codificante de un dominio de fijación potencial enlazado
operativamente a una secuencia señal (v.g.; la secuencia
señal de los genes bacterianos phoA o bla o la
secuencia señal del gen III del fago M13) y a DNA
codificante de al menos una porción funcional de una proteína de la
cubierta (v.g., las proteínas del gen III o el gen
VIII de M13) de un fago filamentoso (v.g., M13). El
producto de expresión se transporta a la membrana interna (bicapa
lipídica) de la célula hospedadora, con lo cual el péptido señal se
escinde para dejar una proteína híbrida procesada. El término C del
componente semejante a la proteína de la cubierta de esta proteína
híbrida está atrapado en la bicapa lipídica, de tal modo que la
proteína híbrida no escapa al espacio periplásmico. (Esto es típico
de la proteína de la cubierta de tipo salvaje.) A medida que el DNA
monocatenario de la partícula de fago naciente pasa al espacio
periplásmico, el mismo recoge a la vez la proteína de la cubierta
de tipo salvaje y la proteína híbrida de la bicapa lipídica. La
proteína híbrida está por tanto fagocitada en la vaina superficial
del fago filamentoso, dejando el dominio de fijación potencial
expuesto en su superficie externa.
\vskip1.000000\baselineskip
Construcciones similares podrían hacerse con
otros fagos filamentosos. Pf3 es un fago filamentoso bien conocido
que infecta las células de Pseudomonas aeruginosa que alojan
un plásmido IncP-1. El genoma entero ha sido
secuenciado (LUIT85) y las señales genéticas implicadas en la
replicación y el ensamblaje se conocen (LUIT87). La proteína
principal de la cubierta de PF3 es inusual en el sentido de que no
posee péptido señal alguno que dirija su secreción. La secuencia
tiene residuos cargados ASP_{7}, ARG_{37}, LYS_{40} y
PHE_{44}-COO^{-}, lo cual es coherente con el
hecho de que el término amino se encuentre expuesto. Por ello, para
hacer que un IPPD aparezca en la superficie de Pf3, los autores de
la presente invención han construido un gen tripartito que
comprende:
- 1)
- una secuencia señal que se sabe causa la secreción en P. aeruginosa (conocida preferiblemente por causar secreción de IPBD) fusionada en marco a,
- 2)
- un fragmento del gen que codifica la secuencia IPBD, fusionado en marco a,
- 3)
- DNA codificante de la proteína madura de la cubierta de Pf3.
\vskip1.000000\baselineskip
Opcionalmente, se introduce DNA codificante de
un enlazador flexible de 1 a 10 aminoácidos entre el fragmento del
gen ipbd y el gen de la proteína de la cubierta de
Pf3. Opcionalmente, el DNA que codifica el sitio de reconocimiento
para una proteasa específica, tal como el activador del plasminógeno
tisular o el factor Xa de la coagulación de la sangre, se introduce
entre el fragmento del gen ipbd y el gen de la proteína de
la cubierta de Pf3. Los aminoácidos que forman el sitio de
reconocimiento para una proteasa específica pueden servir también
para la función de un enlazador flexible. Este gen tripartito se
introduce en Pf3 de tal modo que no interfiere con la expresión de
cualesquiera genes Pf3. Para reducir la posibilidad de recombinación
genética, la parte (3) está diseñada de modo que tenga numerosas
mutaciones silenciosas con relación al gen de tipo salvaje. Una vez
que se ha escindido la secuencia señal, el IPBD se encuentra en el
periplasma y la proteína madura de la cubierta actúa como ancla y
señal de ensamblaje del fago. Es indiferente que esta proteína de
fusión se detenga en la bicapa lipídica por una ruta diferente de la
ruta seguida por la proteína de la cubierta de tipo salvaje.
\vskip1.000000\baselineskip
La secuencia codificante estructural del gen de
presentación codifica una proteína quimérica de la cubierta y
cualquier señal de secreción requerida. Una "proteína quimérica de
la cubierta" es una fusión de una primera secuencia de
aminoácidos (que corresponde esencialmente a al menos una porción
funcional de una proteína de la cubierta del fago) con una segunda
secuencia de aminoácidos, v.g., un dominio extraño a y no
sustancialmente homólogo con cualquier dominio de la primera
proteína. Una proteína quimérica puede presentar un dominio extraño
que se encuentra (si bien en una proteína diferente) en un organismo
que expresa también la primera proteína, o puede ser una fusión
"interespecífica", "intergenérica", etc. de estructuras
proteínicas expresadas por clases de organismos diferentes. El
dominio extraño puede aparecer en el terminal amino o el terminal
carboxi de la primera secuencia de aminoácidos (con o sin un
espaciador intercalado), o puede interrumpir la primera secuencia
de aminoácidos. La primera secuencia de aminoácidos puede
corresponder exactamente a una proteína de la superficie del fago, o
puede estar modificada, v.g., para facilitar la presentación
del dominio de fijación.
Un sitio preferido para inserción del gen
ipbd en el gen del fago osp es uno en el cual: a) el
IPBD está plegada en su forma original, b) los dominios OSP están
plegados en sus formas originales, y c) no existe interferencia
alguna entre los dos dominios.
Si existe un modelo del fago que indica que el
término amino o carboxi de una OSP está expuesto a disolvente,
entonces el término expuesto de dicha OSP madura se convierte en el
candidato principal para inserción del gen ipbd. Es
suficiente un modelo 3D de baja resolución.
En ausencia de una estructura 3D, los términos
amino y carboxi de la OSP madura son los candidatos óptimos para
inserción del gen ipbd. Una fusión funcional puede requerir
residuos adicionales entre los dominios IPBD y OSP para evitar
interacciones indeseables entre los dominios. Un DNA de secuencia
aleatoria o DNA codificante de una secuencia específica de una
proteína homóloga al IPBD o la OSP puede estar insertado entre el
fragmento osp y el fragmento ipbd en caso
necesario.
La fusión en un límite de dominio dentro de la
OSP es también un enfoque adecuado para obtener una fusión
funcional. Smith aprovechó un límite de esta clase cuando subclonó
de DNA heterólogo en el gen III de f1 (SMIT85).
Los criterios para identificación de dominios
OSP adecuados para causar la presentación de un IPBD son algo
diferentes de los utilizados para identificar un IPBD. Cuando se
identifica una OSP, el tamaño no es tan importante debido que el
dominio OSP no aparecerá en la molécula de fijación final ni será
necesario sintetizar el gen repetidas veces en cada tanda de
diversificación. Los problemas principales de diseño son que: a) la
fusión OSP:: IPBD causa la presentación de IPBD, b) la construcción
genética inicial sea razonablemente conveniente, y c) el gen
osp::ipbd sea genéticamente estable y se manipule fácilmente.
Existen varios métodos de identificación de dominios. Los métodos
que están basados en las coordenadas atómicas han sido revisados por
Janin y Chothia (JANI85). Estos métodos utilizan matrices de
distancias entre carbonos_{\alpha} (C_{\alpha}), planos de
división (cf. ROSE85), o superficie oculta (RASH84). Chothia
y colaboradores han correlacionado el comportamiento de muchas
proteínas naturales con la estructura de dominios (de acuerdo con su
definición). Rashin predijo correctamente la estabilidad de un
dominio que comprendía los residuos 206-316 de la
termolisina (VITA84, RASH84).
Muchos investigadores han utilizado proteólisis
parcial y análisis de la secuencia de proteínas para aislar e
identificar dominios estables. (Véase, por ejemplo, VITA84, POTE83,
SCOT87a, y PABO79.) PABO et al., utilizaron calorimetría
como indicador de que el represor CI del colifago)\ contiene dos
dominios; dichos investigadores utilizaron luego proteólisis
parcial para determinar la localización del límite de dominio.
Si la única información estructural disponible
es la secuencia de aminoácidos de la OSP candidato, es posible
utilizar la secuencia para predecir vueltas y bucles. Hay una gran
probabilidad de que algunos de los bucles y vueltas sean predichos
correctamente (cf. Chou y Fasman (CHOU74)); estas
localizaciones son también candidatos para inserción del fragmento
del gen ipbd.
La fusión de uno o más dominios nuevos a una
proteína puede hacer que la capacidad de la nueva proteína para ser
exportada de la célula sea distinta de la capacidad de la proteína
parental. El péptido señal de la proteína de la cubierta de tipo
salvaje puede funcionar como polipéptido auténtico, pero ser incapaz
de exportación directa de una fusión. Para utilizar el camino
dependiente de Sec, puede ser necesario un péptido señal diferente.
Así, para expresar y presentar una proteína quimérica del gen VIII
de BPTI/M13, los autores de la invención encontraron necesario
utilizar un péptido señal heterólogo (el de phoA).
Los fagos que presentan péptidos que tienen
afinidad alta para la diana pueden ser muy difíciles de eluir de la
diana, en particular una diana multivalente. Es posible introducir
un sitio de escisión para una proteasa específica, tal como el
Factor Xa de coagulación de la sangre, en la proteína de fusión de
tal modo que el dominio de fijación pueda ser escindido del paquete
genético. Dicha escisión tiene la ventaja de que todos los fagos
resultantes tienen proteínas idénticas de la cubierta y por
consiguiente son igualmente infectivos, aun cuando los fagos
presentadores del polipéptido pueden ser eluidos de la matriz de
afinidad sin escisión. Este paso permite la recuperación de genes
valiosos que podrían perderse en caso contrario. De acuerdo con el
conocimiento de los autores de la presente invención, nadie ha
descrito o sugerido la utilización de una proteasa específica como
medio para recuperar un paquete genético que contenga información o
convertir una población de fagos que varíe en infectividad en fagos
que tengan infectividad idéntica.
Existen cierto número de proteasas muy
específicas. Si bien la invención no reside en la elección de
ninguna proteasa particular, la proteasa es con preferencia
suficientemente específica de tal modo que en las condiciones de
escisión, la misma escindirá el enlazador pero no ningún otro
polipéptido esencial para la viabilidad del fago, o (excepto en
casos raros) el dominio de fijación potencial de epítope. Es posible
que la elección de condiciones de escisión particulares, v.g.,
temperatura baja, pueda hacer factible la utilización de una
proteasa que en caso contrario sería inadecuada.
Los sistemas de coagulación de la sangre y de
complementación contienen cierto número de proteasas muy
específicas. Usualmente, las enzimas en las etapas iniciales de una
cascada son más específicas que las últimas. Por ejemplo, el Factor
X, (F.X_{a}) es más específico que lo es la trombina (CP. Tabla
10-2 de COLM87). El F.X_{a} bovino escinde
después de la secuencia
Ile-Glu-Gly-Arg,
mientras que F.X_{a} humano escinde después de
Ile-Asp-Gly-Arg. En
caso deseado, puede utilizarse cualquier par
proteasa-enlazador. Si se utiliza trombina, los
enlazadores sensibles a trombina más preferidos son los encontrados
en fibrinógeno, Factor XIII y protrombina. Preferiblemente, se
tomaría la secuencia enlazadora de la especie de la que se obtiene
la trombina; por ejemplo, si va a utilizarse trombina de bovino,
entonces se utilizará un enlazador tomado de fibrinógeno de bovino o
F.XIII de bovino.
El Factor XI_{a} humano escinde el Factor IX
humano en dos sitios (COLM87, p.42):
Q T S K L T R_{145}/ A E A V F y
S F N D F T R_{180}/ V V G G E.
\vskip1.000000\baselineskip
Así pues, podría incorporarse cualquiera de
estas secuencias (especialmente las porciones subrayadas) como
enlazador entre el PBD y el dominio de anclaje de superficie GP
(GPSAD) y utilizar F.XI_{a} humano para escindirlos.
La calicreína humana corta el F.XII humano en
R_{353} (COLM87, p. 258):
L F S S M T R_{353}/ V V G G L V.
\vskip1.000000\baselineskip
Esta secuencia tiene una similitud significativa
con los sitios hF.XI_{a} anteriores. Sería posible incorporar la
secuencia SSMTRVVG como enlazador entre PBD y GPSAD, y escindir PBD
de la GP con calicreína humana.
El F.XII_{a} humano corta F.XI humano en
R_{369} (COLM87, p. 256):
K I K P R_{369}/ I V G G T.
\vskip1.000000\baselineskip
Podría incorporarse KIKPRIVG como enlazador
entre PBD y GPSAD. PBD podría escindirse luego de GP con
hF.XII_{a}.
Otras proteasas que se han utilizado para
escindir proteínas de fusión incluyen enteroquinasa, colagenasa,
quimosina, uroquinasa, renina, y ciertas peptidasas señal. Véase
Rutter, US 4769326.
Cuando se busca un inhibidor de proteasa, la
proteasa diana y otras proteasas que tienen especificidad de
sustrato similar no se prefieren para escindir el PBD de la GP. Se
prefiere que un enlazador que se asemeja al sustrato de la proteasa
diana no se incorpore en ningún sitio en el fago de
presentación debido a que esto podría hacer innecesariamente más
difícil la separación de ligantes excelentes del resto de la
población.
Si existe impedimento estérico de la escisión
del enlazador especifica del sitio, el enlazador puede modificarse
de tal manera que el sitio de escisión se vea más expuesto, v.g.,
por interposición de glicinas (para flexibilidad adicional) o
prolinas (para elongación máxima) entre el sitio de escisión y la
mayor parte de la proteína GUAN91 mejoró la escisión de trombina de
una proteína de fusión GST por introducción de un enlazador rico en
glicina (PGISGGGGG) inmediatamente detrás del sitio de escisión de
trombina (LVPRGS). Un enlazador adecuado puede identificarse también
por diversificación y selección.
Las secuencias de partes reguladoras del gen se
toman de las secuencias de elementos reguladores naturales: a)
promotores, b) secuencias Shine-Dalgarno, y c)
terminadores de la transcripción. Los elementos reguladores podrían
diseñarse también a partir del conocimiento de secuencias de
consenso de regiones reguladoras naturales. Las secuencias de estos
elementos reguladores están conectadas a las regiones codificantes;
se insertan también sitios de restricción en o adyacentes a las
regiones reguladoras para transmitir una manipulación
conveniente.
La función esencial de la separación por
afinidad es separar las GPs que llevan PBDs (derivados de IPBD) que
tienen afinidad alta para la diana de las GPs que llevan PBDs que
tienen afinidad baja para la diana. Si el volumen de elución de un
fago depende del número de PBDs en la superficie del fago, entonces
un fago que contenga muchos PBDs con afinidad baja,
GP(PBD_{w}), podría co-eluirse con un fago
que contenga menos PBDs con afinidad alta, GP (PBD_{s}). La
regulación del gen de presentación es preferiblemente tal que la
mayor parte de los fagos presenten suficiente PBD para efectuar una
separación satisfactoria de acuerdo con afinidad. El uso de un
promotor regulable para controlar el nivel de expresión del gen de
presentación permite un ajuste fino del comportamiento
cromatográfico de la población diversificada.
La inducción de la síntesis de genes modificados
por ingeniería genética en células vegetativas bacterianas ha sido
realizada por el uso de promotores regulados tales como
lacUV5, trpP, o tac (MANI82). Los
factores que regulan la cantidad de proteína sintetizada son
suficientemente bien conocidos de tal modo que pueden producirse
ahora una gran variedad de proteínas heterólogas en E. coli, B.
subtilis y otras células hospedadoras en cantidades al menos en
cantidades moderadas (SKER88, BETT88). Preferiblemente, el promotor
para el gen de presentación está sujeto a regulación por un
inductor químico pequeño. Por ejemplo, el promotor lac y el
promotor híbrido trp-lac (tac) son
regulables con isopropil-tiogalactosido (IPTG). El
promotor para el gen construido no precisa proceder de un gen
osp natural; puede utilizarse cualquier promotor regulable
funcional en bacterias. Se prefiere un promotor que no fugue.
Las porciones codificantes de los genes a
sintetizar se diseñan al nivel de proteína y se codifican luego en
DNA. Si bien la consideración primaria en el diseño de las
secuencias de DNA es la obtención de la población diversa de
dominios de fijación potenciales (o epítopes) deseada, se presta
también consideración a proporcionar sitios de restricción que
faciliten la manipulación ulterior de los genes, minimización del
potencial para recombinación y mutación espontánea, y consecución
de una traducción eficiente en las células hospedadoras
seleccionadas.
La presente invención no está limitada a ningún
método particular de síntesis o construcción de DNA. Pueden
utilizarse sintetizadores de DNA convencionales, con modificaciones
apropiadas de reactivos para la producción de DNA diversificado
(similares a los utilizados actualmente para la producción de sondas
mixtas).
Los fagos se modifican por ingeniería genética
y se transfectan luego a las células hospedadoras, v.g. E. coli,
B. subtilis, o P. aeruginosa, adecuadas para
amplificación. La presente invención no está limitada a ningún
método de transformación de células con DNA o a ninguna célula
hospedadora particular.
\vskip1.000000\baselineskip
En virtud de la presente invención, pueden
obtenerse proteínas que se pueden fijar específicamente a dianas
distintas de los sitios de combinación de antígeno de los
anticuerpos. Para los propósitos de las reivindicaciones adjuntas,
una proteína P es una proteína de fijación si para cualquier
diana distinta del dominio variable de un anticuerpo, la constante
de disociación K_{D} (P, A) es < 10^{-6} moles/litro
(preferiblemente, < 10^{-7} moles/litro). La exclusión del
"dominio variable de un anticuerpo" tiene por objeto dejar
claro que para los propósitos de esta invención, una proteína no
debe considerarse como una "proteína de fijación" meramente
porque la misma sea antigénica. No obstante, un antígeno puede
calificarse sin embargo como una proteína de fijación porque el
mismo se fije específicamente a una sustancia distinta de un
anticuerpo, v.g., una enzima a su sustrato, o una hormona a
su receptor celular. Adicionalmente, debería señalarse que la
expresión "proteína de fijación" puede incluir una proteína
que se fija específicamente al Fc de un anticuerpo, v.g., la
proteína estafilocócica A.
Si bien la presente invención puede utilizarse
para desarrollar nuevos anticuerpos por diversificación de codones
correspondientes a la región hipervariable del dominio variable de
un anticuerpo, su utilidad primaria reside en el desarrollo de
proteínas de fijación que no son anticuerpos o incluso dominios
variables de anticuerpos. Pueden obtenerse nuevos anticuerpos por
técnicas inmunológicas; en cambio, no se pueden obtener nuevas
enzimas, hormonas, etc.
La mayor parte de las proteínas de gran tamaño
se pliegan en glóbulos distinguibles denominados dominios. La
estrategia de presentación se perfecciona primeramente por
modificación de un fago genético de modo que presente un dominio
estructurado estable (el "dominio de fijación potencial
inicial", IPBD) para el cual puede obtenerse una molécula de
afinidad (que puede ser un anticuerpo). El éxito de las
modificaciones se mide fácilmente mediante, v.g.,
determinación de si el fago genético modificado se fija a la
molécula de afinidad. Para el propósito de identificación de IPBDs,
las definiciones de "dominio" que acentúan la estabilidad
-retención de la estructura global frente a fuerzas perturbadoras
tales como temperaturas elevadas o agentes caotrópicos- se ven
favorecidas, aunque no se ignoran por completo las coordenadas
atómicas y la homología de secuencias de proteína. Cuando un
dominio de una proteína es responsable fundamentalmente de la
capacidad de la proteína para fijarse específicamente a una diana
dada, se hace referencia al mismo en esta memoria como un "dominio
de fijación" (BD).
El IPBD se selecciona con vistas a su tolerancia
para mutagénesis extensa. Una vez que se sabe que el IPBD puede
presentarse en la superficie de un fago y someterse a selección por
afinidad, el gen que codifica el IPBD se somete a un patrón
especial de mutagénesis múltiple, denominado en esta memoria
"diversificación" que, después de pasos apropiados de
clonación y amplificación conduce a la producción de una población
de fagos, cada uno de los cuales presenta un solo dominio de
fijación potencial (un mutante del IPBD), pero que presenta
colectivamente una multitud de dominios de fijación potenciales
diferentes aunque estructuralmente afines (PBDs). Cada fago
genético lleva la versión del gen pbd que codifica el PBD
presentada en la superficie de dicho fago particular. Se utiliza
luego selección por afinidad para identificar el fago de
presentación que lleva los PBDs con las características de fijación
deseadas, y estos fagos de presentación pueden amplificarse luego.
Después de uno o más ciclos de enriquecimiento por selección de
afinidad y amplificación, el DNA que codifica los dominios de
fijación exitosos (SBDs) puede recuperarse luego del fago
seleccionado.
En caso necesario, el DNA del fago que contiene
el SBD puede "diversificarse" ulteriormente, utilizando un SBD
de la última tanda de diversificación como el "dominio de fijación
parental potencial" (PPBD) para la generación siguiente de PBDs,
y el proceso continúa hasta que el experto en la técnica está
satisfecho con el resultado. En dicho momento, el SBD puede
producirse por cualquier medio convencional, con inclusión de
síntesis química.
\newpage
El dominio de fijación potencial inicial puede
ser: 1) un dominio de una proteína existente naturalmente, 2) un
dominio no existente naturalmente que corresponde sustancialmente en
secuencia a un dominio existente naturalmente, pero que difiere del
mismo en secuencia por una o más sustituciones, inserciones o
deleciones, 3) un dominio que corresponde sustancialmente en
secuencia a un híbrido de subsecuencias de dos o más proteínas
existentes naturalmente, o 4) un dominio artificial diseñado
totalmente sobre bases teóricas fundamentado en el conocimiento de
las geometrías de los aminoácidos y la evidencia estadística de
preferencias de estructura secundaria de los aminoácidos. (No
obstante, las limitaciones de un diseño a priori de la
proteína impulsaron la presente invención.) Usualmente, el dominio
será un dominio de fijación conocido, o al menos un homólogo del
mismo, pero puede derivarse de una proteína que, si bien no posee
una actividad de fijación conocida, posee una estructura secundaria
o superior que se presta por sí misma a actividad de fijación
(hendiduras, ranuras, etc.). La proteína a la que es afín el
IPBD no precisa tener afinidad específica alguna para el material
diana.
En la determinación de si debería considerarse
que las secuencias "se corresponden sustancialmente", deberían
considerarse las cuestiones siguientes: el grado de semejanza de
secuencia cuando las secuencias están alineadas para ajuste óptimo
de acuerdo con algoritmos estándar, la similitud en los patrones de
conectividad de cualesquiera reticulaciones (v.g., enlaces
disulfuro), el grado hasta el cual las proteínas tienen estructuras
tridimensionales similares, como se indica, v.g., por análisis de
difracción de rayos X o NMR, y el grado en el que las proteínas
secuenciadas tienen actividad biológica similar. En este contexto,
debe indicarse que entre los inhibidores de
serina-proteasa, existen familias de proteínas
reconocidas como homólogas en las cuales existen pares de miembros
con una homología de secuencia tan pequeña como 30%.
Un IPBD candidato debería satisfacer los
criterios siguientes:
- 1)
- que existe un dominio que se mantendrá estable en las condiciones de su uso propuesto (el dominio puede comprender la proteína entera que se insertará, v.g., BPTI, \alpha-conotoxina GI o CMTI-III),
- 2)
- que puede obtenerse el conocimiento de la secuencia de aminoácidos, y
- 3)
- que puede obtenerse una molécula que tiene afinidad específica y elevada para el IPBD, AfM(IPBD).
\vskip1.000000\baselineskip
Preferiblemente, con objeto de guiar la
estrategia de diversificación, puede obtenerse el conocimiento de la
identidad de los residuos en la superficie exterior del dominio, y
sus reacciones espaciales; sin embargo, esta consideración es menos
importante si el dominio de fijación es pequeño, v.g.,
inferior a 40 residuos.
Preferiblemente, el IPBD no es mayor que lo
necesario, dado que pueden sintetizarse químicamente SBDs pequeños
(por ejemplo inferiores a 40 aminoácidos) y que es más fácil
disponer sitios de restricción en secuencias de aminoácidos más
pequeñas. Para PBDs inferiores a aproximadamente 40 residuos, una
ventaja adicional es que el gen pbd diversificado entero
puede sintetizarse en una sola pieza. En dicho caso, es preciso
disponer únicamente sitios de restricción adecuados en el gen
osp. Una proteína más pequeña minimiza la tensión metabólica
en el fago o el hospedador de la GP. El IPBD es preferiblemente más
pequeño que aproximadamente 200 residuos. El IPBD tiene que ser
también suficientemente grande para tener una afinidad de fijación y
especificidad aceptable. Para un IPBD que carezca de reticulaciones
covalentes, tales como enlaces disulfuro, el IPBD tiene
preferiblemente al menos 40 residuos; el mismo puede ser tan
pequeño como 6 residuos si contiene una reticulación.
Existen muchos IPBDs candidatos, por ejemplo, el
inhibidor de la tripsina pancreática bovina (BPTI, 58 residuos),
CMTI-III (29 residuos), crambina (46 residuos), el
tercer dominio de ovomucoide (56 residuos), la enterotoxina
termoestable (ST-Ia de E. coli) (18
residuos), \alpha-Conotoxina GI (13 residuos),
\mu-Conotoxina GIII (22 residuos), la
miniproteína Conus King-Kong (27 residuos), la
lisozima T4 (164 residuos), y la azurina (128 residuos). La Tabla 50
enumera varios IPBDs preferidos.
En algunos casos, una proteína que tenga cierta
afinidad para la diana puede ser un IPBD preferido aun cuando no se
cumplan óptimamente algunos otros criterios. Por ejemplo, el dominio
V1 de CD4 es una buena elección como IPBD para una proteína que se
fija a gp120 de HIV. Es sabido que las mutaciones en la región 42 a
55 de V1 afectan notablemente a la fijación de gp120 y que otras
mutaciones tienen mucho menos efecto o destruyen por completo la
estructura de V1. Análogamente, el factor de necrosis tumoral (TNF)
sería una elección inicial satisfactoria si se desea una molécula
semejante a TNF que tenga mayor afinidad para el receptor de
TNF.
Dado que incluso mutaciones superficiales pueden
reducir la estabilidad del PBD, el IPBD seleccionado debería tener
una temperatura de fusión elevada (50ºC es aceptable, cuanto más
alta mejor; BPTI funde a 95ºC) y ser estable en un amplio intervalo
de pH (8,0 a 3,0 es aceptable; se prefiere 11,0 a 2,0), a fin de que
los SBDs derivados del IPBD seleccionado por mutación y
selección-por-fijación retengan
estabilidad suficiente. Preferiblemente, las sustituciones en el
IPBD que producen los diversos PBDs no reducen el punto de fusión
del dominio por debajo de \approx 40ºC. Pueden presentarse
mutaciones que aumenten la estabilidad de los SBDs con relación al
IPBD, pero el proceso de la presente invención no depende de que
ocurra esto. Las proteínas que contienen reticulaciones covalentes,
tales como disulfuros múltiples, son suficientemente estables por
regla general. Una proteína que tenga al menos dos disulfuros y
tenga como mínimo un disulfuro por cada 20 residuos puede suponerse
que será suficientemente estable.
\global\parskip0.900000\baselineskip
Si la diana es una proteína u otra
macromolécula, una realización preferida del IPBD es una proteína
pequeña tal como el inhibidor III de la tripsina de Cucurbita
máxima (29 residuos), BPTI de Bos taurus (58 residuos),
crambina de semilla de colza (46 residuos), o el tercer dominio del
ovomucoide de Coturnix coturnis Japonica (codorniz japonesa)
(56 residuos), dado que las dianas de esta clase tienen hendiduras y
ranuras que pueden acomodar proteínas pequeñas de maneras muy
específicas. Si la diana es una macromolécula que carece de una
estructura compacta, tal como almidón, la misma debería tratarse
como si fuera una molécula pequeña. Las macromoléculas extendidas
con estructura 3D definida, tales como el colágeno, deberían
tratarse como moléculas grandes.
Si la diana es una molécula pequeña, tal como un
esteroide, una realización preferida del IPBD es una proteína de
aproximadamente 80-200 residuos, tal como
ribonucleasa de Bos taurus (124 residuos), ribonucleasa de
Aspergillus oryzae (104 residuos), lisozima de clara de
huevo de Gallus gallus (129 residuos), azurina de
Pseudomonas aeruginosa (128 residuos) o lisozima T4 (164
residuos), dado que tales proteínas tienen hendiduras y ranuras en
las cuales pueden encajar las moléculas diana pequeñas. El Banco de
Datos de Proteínas de Brookhaven contiene estructuras 3D para todas
las proteínas enumeradas. Genes que codifican proteínas tan grandes
como la lisozima T4 pueden manipularse por técnicas estándar para
los propósitos de esta invención.
Si la diana es un mineral, insoluble en agua, se
considera la naturaleza de la superficie molecular del mineral. Los
minerales que tienen superficies lisas, tales como el silicio
cristalino, se abordan mejor con proteínas medianas a grandes,
tales como ribonucleasa, como IPBD con objeto de disponer de área de
contacto y especificidad suficientes. Los minerales con superficies
rugosas y con ranuras, tales como las zeolitas, podrían ser fijados
por moléculas pequeñas, tales como BPTI, o proteínas mayores tales
como la lisozima T4.
BPTI es un IPBD especialmente preferido debido a
que cumple o supera todos los criterios: es una proteína pequeña muy
estable con una estructura 3D bien conocida.
Los polipéptidos pequeños tienen ventajas
potenciales sobre los polipéptidos mayores cuando se utilizan como
agentes terapéuticos o diagnósticos, con inclusión (pero sin
carácter limitante) de:
- a)
- mejor penetración en los tejidos,
- b)
- eliminación más rápida de la circulación (importante para agentes de formación de imágenes),
- c)
- menor antigenicidad, y
- d)
- mayor actividad por unidad de masa.
\vskip1.000000\baselineskip
Así pues, sería deseable poder emplear la
combinación de diversificación y selección por afinidad para
identificar pequeños polipéptidos que se fijen a una diana de
elección.
Sin embargo, los polipéptidos de este tamaño
presentan desventajas como moléculas de fijación. De acuerdo con
Olivera et al. (OLIV90a): "Peptides in this size range
normally equilibrate among many conformations (in order to have a
fixed conformation, proteins generally have to be much larger)."
La fijación específica de un péptido a una molécula diana requiere
que el péptido asuma una conformación que es complementaria al sitio
de fijación.
En una realización, la presente invención
resuelve estos problemas, en tanto que retiene las ventajas de los
polipéptidos más pequeños, por fomento de la biosíntesis de nuevas
mini-proteínas que tienen las características de
fijación deseadas. Las mini-proteínas son
polipéptidos pequeños (usualmente con menos de aproximadamente 60
residuos, más preferiblemente menos de 40 residuos
("micro-proteínas")) que, si bien son demasiado
pequeñas para tener una conformación estable como resultado de
fuerzas no covalentes exclusivamente, están reticuladas
covalentemente (v.g., por enlaces disulfuro) en una
conformación estable y por consiguiente tienen actividades
biológicas más típicas de moléculas proteínicas mayores que de
polipéptidos no restringidos de tamaño comparable.
Cuando se diversifican las
mini-proteínas, los residuos que están reticulados
covalentemente en la molécula parental quedan inalterados,
estabilizando con ello la conformación. Por ejemplo, en la
diversificación de una mini-proteína unida con
disulfuro, ciertas cisteínas son invariantes, de tal modo que en las
condiciones de expresión y presentación, se forman reticulaciones
covalentes (v.g., enlaces disulfuro entre uno o más pares de
cisteínas), y constriñen sustancialmente la conformación que puede
ser adoptada por los aminoácidos linealmente hipervariables
intermedios. Dicho de otro modo, se crea por ingeniería genética un
entramado restrictivo en polipéptidos que en caso contrario están
aleatorizados extensamente.
Una vez que se ha caracterizado una
mini-proteína con características de fijación
deseadas, la misma puede producirse, no sólo por técnicas de DNA
recombinante, sino también por métodos de síntesis no
biológicos.
Para el propósito de las reivindicaciones
adjuntas, una mini-proteína tiene entre
aproximadamente 8 y aproximadamente 60 residuos. Un puente
disulfuro intracatenario que conecta los aminoácidos 3 y 8 de un
polipéptido de 16 residuos se dirá en esta memoria que tiene una
extensión de 4. Si los aminoácidos 4 y 12 están también unidos por
disulfuro, entonces su puente tiene una extensión de 7. En conjunto,
las 4 cisteínas dividen el polipéptido en 4 segmentos
intercisteínicos (1-2, 5-7,
9-11, y 13-16). (Obsérvese que no
existe segmento alguno entre Cys3 y Cys4.)
\global\parskip1.000000\baselineskip
El patrón de conectividad de una
mini-proteína reticulada es una descripción simple
de la localización relativa de los términos de las reticulaciones.
Por ejemplo, para una mini-proteína con dos enlaces
disulfuro, el patrón de conectividad "1-3,
2-4" significa que la primera cisteína reticulada
está unida por disulfuro a la tercera cisteína reticulada (en la
secuencia primaria), y la segunda a la cuarta.
Las mini-proteínas
diversificadas unidas por disulfuro descritas en esta memoria se
clasifican en varias clases.
Las mini-proteínas de clase
I son aquéllas que exhiben un solo par de cisteínas capaz de
interaccionar para formar un enlace disulfuro, teniendo dicho
enlace una extensión de no más de 9 residuos. Este puente disulfuro
tiene preferiblemente una extensión de al menos dos residuos; esto
es función de la geometría del enlace disulfuro. Cuando el
espaciamiento es de dos o tres residuos, un residuo es
preferiblemente glicina a fin de reducir la tensión en los residuos
puenteados. El límite superior del espaciamiento es menos preciso;
sin embargo, en general, cuanto mayor es el espaciamiento, tanto
menor es la restricción de la conformación impuesta sobre los
residuos de aminoácidos linealmente intermedios por el enlace
disulfuro.
Se prefiere especialmente un puente disulfuro
con una extensión de 4 ó 5. Si la extensión se aumenta a 6, la
influencia restrictiva se reduce. En este caso, se prefiere que al
menos uno de los residuos incluidos sea un aminoácido que impone
restricciones en cuanto a la geometría de la cadena principal. La
prolina impone la máxima restricción. Valina e isoleucina
restringen la cadena principal en menor proporción. La posición
preferida para este residuo no cisteína restrictivo es adyacente a
una de las cisteínas invariables; sin embargo, puede ser uno de los
otros residuos puenteados. Si la extensión es de siete, se prefiere
incluir dos aminoácidos que limiten la conformación de la cadena
principal. Estos aminoácidos podrían encontrarse en cualquiera de
las siete posiciones, pero preferiblemente son los dos residuos
puenteados que son inmediatamente adyacentes a las cisteínas. Si la
extensión es de ocho o nueve, pueden proporcionarse aminoácidos de
restricción adicionales.
Pueden aparecer aminoácidos adicionales en el
lado amino de la primera cisteína o el lado carboxi de la segunda
cisteína. Solamente los aminoácidos "no extendidos"
inmediatamente próximos es probable que posean un efecto
significativo sobre la conformación de la extensión.
Las mini-proteínas de clase
II son aquéllas que exhiben un solo enlace disulfuro que tiene
una extensión mayor que 9 aminoácidos. Los aminoácidos puenteados
forman estructuras secundarias que contribuyen a estabilizar su
conformación. Preferiblemente, estos aminoácidos intermedios forman
estructuras supersecundarias en horquilla tales como las
esquematizadas a continuación:
En el diseño de una estructura en horquilla
adecuada, puede copiarse una estructura real de una proteína cuya
conformación tridimensional sea conocida, diseñarse la estructura
utilizando datos de tendencia de estructuras secundarias para los
aminoácidos individuales, etc., o combinarse los dos métodos.
Preferiblemente, se utilizan como modelo una o más estructuras
reales, y utilizarse los datos de frecuencia para determinar qué
mutaciones pueden hacerse sin destruir la estructura.
Preferiblemente, no más de tres aminoácidos se
encuentran entre la cisteína y el comienzo o el final de la hélice
\alpha o la cadena \beta.
Son también posibles estructuras más complejas
(tales como una doble horquilla).
Las mini-proteínas de clase
III son aquéllas que exhiben una pluralidad de enlaces
disulfuro. Las mismas pueden exhibir también opcionalmente
estructuras secundarias tales como las expuestas anteriormente con
relación a las mini-proteínas de Clase II. Dado que
el número de topologías posibles de los enlaces disulfuro aumenta
rápidamente con el número de enlaces (2 enlaces, 3 topologías; 3
enlaces, 15 topologías; 4 enlaces, 105 topologías) el número de
enlaces disulfuro no excede preferiblemente de 4. Son preferibles
dos enlaces disulfuro a 3, y 3 a 4. Con 2 o más enlaces disulfuro,
las extensiones de los puentes disulfuro no exceden preferiblemente
de 30, y el mayor segmento de cadenas intercisteínicas no excede
preferiblemente de 20.
Las mini-proteínas de clase III
existentes naturalmente, tales como la enterotoxina termoestable
ST-Ia, tienen frecuentemente pares de cisteínas que
están agrupados (-C-C- o
-C-X-C-) en la secuencia de
aminoácidos. El agrupamiento reduce el número de topologías
realizables, y puede ser ventajoso.
Mini-Proteínas con Dedos
Metálicos. Las mini-proteínas pueden ser las
reticuladas por enlaces disulfuro. Otra clase importante de
mini-proteínas son análogos de proteínas de dedo.
Las proteínas de dedo se caracterizan por estructuras de dedo en
las cuales un ion metálico está coordinado por dos residuos Cys y
dos His, formando una configuración tetraédrica a su alrededor. El
ion metálico es en la mayoría de los casos cinc (II), pero puede
ser hierro, cobre, cobalto, etc. El "dedo" tiene la secuencia
de consenso (Phe o Tyr) - (1
AA)-Cys-(2-4
AAs)-Cys-(3 AAs)-Phe- (5
AAs)-Leu-(2 AAs)-His-(3
AAs)-His-(5 AAs) (BERG88; GIBS88). La presente
descripción abarca mini-proteínas con uno o dos
dedos.
Puede introducirse diversidad adicional en una
biblioteca de fagos de presentación con dominios de fijación
potenciales por tratamiento del fago con enzimas (preferiblemente no
tóxicas) y/o reactivos químicos que puedan modificar selectivamente
ciertos grupos laterales de las proteínas, y afectar con ello a las
propiedades de fijación de los PBDs presentados. Utilizando métodos
de separación por afinidad, los autores de la invención han
enriquecido las GPs modificadas que se fijan a la diana
predeterminada. Dado que el dominio de fijación activo no está
especificado por completo genéticamente, es preciso repetir la
modificación post-morfogénesis en cada tanda de
enriquecimiento. Este enfoque
es particularmente apropiado con IPBDs de mini-proteínas dado que se pretende la síntesis química de estos SBDs.
es particularmente apropiado con IPBDs de mini-proteínas dado que se pretende la síntesis química de estos SBDs.
\vskip1.000000\baselineskip
La presente invención se refiere también a la
identificación de péptidos epitópicos que se fijan a una diana que
es el sitio de fijación de epítope de un anticuerpo, lectina,
enzima, u otra proteína de fijación. En el caso de un anticuerpo,
el péptido epitópico tendrá al menos 4 aminoácidos y más
preferiblemente 6 u 8 aminoácidos como mínimo. Usualmente, el mismo
tendrá menos de 20 aminoácidos, pero no existe límite superior
alguno fijado. En general, sin embargo, el péptido epitópico será
un epítope "lineal" o "secuencial". Típicamente, en la
construcción de una biblioteca para presentación de péptidos
epitópicos, se modificarán la totalidad o la mayoría de las
posiciones de los aminoácidos del epítope potencial. No obstante, es
deseable que entre aquellos aminoácidos permitidos en una posición
particular, exista una representación relativamente igual, como se
expone más adelante en el contexto de la mutagénesis de dominios
proteínicos.
\vskip1.000000\baselineskip
Cuando el número de secuencias de aminoácidos
diferentes que pueden obtenerse por mutación del dominio es grande
en comparación con el número de dominios diferentes que se pueden
presentar en cantidades detectables, la eficiencia de la evolución
forzada se incrementa notablemente por elección cuidadosa los
residuos que deben modificarse. En primer lugar, se identifican los
residuos de una proteína conocida que se sabe afectarán
probablemente a su actividad de fijación (v.g., residuos
superficiales) y no degradarán probablemente en grado excesivo su
estabilidad. A continuación, la totalidad o algunos de los codones
que codifican estos residuos se modifican simultáneamente para
producir una población diversificada de DNA. La población de DNA
diversificada se utiliza para expresar una diversidad de dominios
de fijación potenciales, cuya capacidad para fijarse a la diana de
interés puede evaluarse a continuación.
El método de la presente invención se distingue
por tanto adicionalmente de otros métodos en la naturaleza de la
población altamente diversificada que se produce y de la cual se
seleccionan las nuevas proteínas de fijación. Se fuerza el dominio
de fijación potencial presentado para muestrear el "espacio de
secuencia" próximo de secuencias de aminoácidos afines de una
manera eficiente y organizada. Cuatro son los objetivos que guían
los diversos planes de diversificación utilizados en esta memoria,
preferiblemente: 1) que esté disponible un número muy grande
(v.g. 10^{7}) de variantes; 2) que aparezca realmente un
porcentaje muy alto de las variantes posibles en cantidades
detectables, 3) que la frecuencia de aparición de las variantes
deseadas sea relativamente uniforme, y 4) que la variación ocurra
únicamente en un número limitado de residuos de aminoácidos, muy
preferiblemente en residuos que tengan grupos laterales dirigidos
hacia una región común en la superficie del dominio de fijación
potencial.
Esto debe diferenciarse del simple uso de
agentes mutágenos indiscriminados tales como radiación e
hidroxilamina para modificar un gen, en los cuales no existe
control alguno (o muy oblicuo) en cuanto al sitio de mutación.
Muchas de las mutaciones afectarán a residuos que no forman parte
del dominio de fijación. Además, dado que a un nivel de mutagénesis
razonable, cualquier codón modificado es probable que se caracterice
por un solo cambio de base, únicamente se explorarán una gama
limitada y sesgada de posibilidades. Igualmente remoto es el uso de
técnicas de mutagénesis orientada que emplean oligonucleótidos
mutagénicos de secuencia no aleatorizada, dado que estas técnicas
no se prestan en sí mismas a la producción y el testado de un gran
número de variantes. Si bien se conocen técnicas de mutagénesis
aleatoria enfocadas, la importancia del control de la distribución
de la variación ha sido en gran parte pasada por alto.
El término "DNA diversificado" (vgDNA) se
refiere a una mezcla de moléculas de DNA de la misma o similar
longitud que, una vez alineadas, varían en ciertos codones de tal
modo que codifican en cada uno de dichos codones una pluralidad de
aminoácidos diferentes, pero que codifican únicamente un solo
aminoácido en otras posiciones de codón. Debe entenderse
adicionalmente que en el DNA diversificado, los codones que son
variables, y la gama y frecuencia de aparición de los diferentes
aminoácidos que codifica un codón variable dado, se determinan
previamente por el sintetizador del DNA, aun cuando el método de
síntesis no permite conocer a priori la secuencia de
cualquier molécula de DNA individual en la mezcla. El número de
codones variables diseñados en el DNA diversificado preferiblemente
no es mayor que 20 codones, y más preferiblemente no mayor que
5-10 codones. La mezcla de aminoácidos codificada
en cada codón variable puede diferir de un codón a otro. Una
población de fagos de presentación en la cual se ha introducido DNA
diversificado se dice análogamente que está
"diversificada".
Cuando el DNA que codifica una porción de un
dominio conocido de una proteína se diversifica, el dominio original
se conoce como el parental de los dominios de fijación potenciales
(PPBD), y la multitud de dominios mutantes codificados como
resultado de la diversificación se designan colectivamente como los
"dominios de fijación potenciales" (PBD), dado que su capacidad
de fijación a la diana predeterminada no se conoce entonces.
A continuación se considerará la manera en la
que se genera una población diversa de dominios de fijación
potenciales a fin de facilitar la selección de un fago portador de
PBD que se fija con la afinidad requerida a la diana de elección.
Los dominios de fijación potenciales se diseñan primeramente al
nivel de aminoácidos. Una vez que se ha modificado qué residuos
deben mutagenizarse, y qué mutaciones se permitirán en dichas
posiciones, es posible diseñar luego el DNA diversificado que debe
codificar los diversos PBDs a fin de asegurarse de que existe una
probabilidad razonable de que si un PBD tiene afinidad para la
diana, se detectará el mismo. Por supuesto, el número de
transformantes independientes obtenidos y la sensibilidad de la
tecnología de separación por afinidad impondrán límites en cuanto
a la extensión de la diversificación posible dentro de cualquier
tanda de diversificación individual.
Existen muchas vías para generar diversidad en
una proteína. En un extremo, se modifican unos pocos residuos de la
proteína todo lo posible ("Mutagénesis Enfocada"), v.g., se
selecciona una serie de 5 a 7 residuos y se varía cada uno de ellos
por 13-20 posibilidades. Un plan alternativo de
mutagénesis ("Mutagénesis Difusa") consiste en variar muchos
más residuos por una serie de elecciones más limitada (véase VERS86a
y PAKU86). El patrón de diversificación adoptado puede caer entre
estos extremos.
No existe límite fijo alguno en cuanto al número
de codones que pueden mutarse simultáneamente. No obstante, es
deseable adoptar una estrategia de mutagénesis que dé como resultado
una probabilidad razonable de que una secuencia PBD posible sea
presentada de hecho por al menos un fago. Preferiblemente, la
probabilidad de que una muteína codificada por el vgDNA y compuesta
por los aminoácidos menos favorecidos en cada posición
diversificada sea presentada por al menos un transformante
independiente en la biblioteca es al menos 0,50, y más
preferiblemente al menos 0,90. (Las muteínas compuestas de
aminoácidos más favorecidos tendrían por supuesto más probabilidad
de existir en la misma biblioteca.)
Preferiblemente, la diversificación es tal que
haga que una población típica de transformantes presente
10^{6}-10^{7} secuencias de aminoácidos
diferentes por medio de, preferiblemente, no más de 10 veces más
(más preferiblemente no más de 3 veces más) secuencias de DNA
diferentes.
Para una mini-proteína que
carece de hélices \alpha y cadenas \beta, se diversificará
preferiblemente, en cualquier tanda de mutación dada, cada uno de
4-6 codones no cisteínicos de tal modo que cada uno
de ellos codifique al menos 8 de los 20 aminoácidos posibles. La
diversificación en cada codón podría estar hecha a la medida para
dicha posición. Preferiblemente, la cisteína no es una de las
sustituciones potenciales, aunque no se excluye.
Cuando la mini-proteína es una
proteína de dedos metálicos, en una estrategia de diversificación
típica, los dos residuos Cys y dos residuos His, y opcionalmente
también los residuos Phe/Tyr, Phe y Leu mencionados anteriormente,
se mantienen invariables y se varían una pluralidad (usualmente
5-10) de los otros residuos.
Cuando la mini-proteína es del
tipo que exhiba una sola o más hélices \alpha y cadenas \beta,
el conjunto de modificaciones potenciales de aminoácidos en
cualquier posición dada se selecciona para favorecer aquéllas que
tienen menos probabilidad de destruir la estructura secundaria en
dicha posición. Dado que el número de posibilidades en cada
aminoácido variable es más limitado, el número total de aminoácidos
variables puede ser mayor sin alterar la eficiencia de muestreo del
proceso de selección.
Para la última clase mencionada de
mini-proteínas, así como dominios distintos de
mini-proteínas, se diversificarán preferiblemente no
más de 20 y más preferiblemente 5-10 codones. No
obstante, si se emplea mutagénesis difusa, el número de codones que
se diversifican puede ser mayor.
La decisión en cuanto a cuáles son los residuos
a modificar se facilita por el conocimiento de qué residuos se
encuentran en la superficie del dominio y cuales están ocultos en el
interior.
Los residuos a modificar en el PPBD se
seleccionan por consideración de varios factores, que incluyen: a)
la estructura 3D del PPBD, b) secuencias homólogas a PPBD, y c)
modelización del PPBD y mutantes del PPBD. Cuando el número de
residuos que podrían influir fuertemente en la fijación sin impedir
el plegado normal del PPBD es mayor que el número que debería
variarse simultáneamente, el usuario debería seleccionar un
subconjunto de dichos residuos para variar al mismo tiempo. El
usuario selecciona los niveles de diversificación de prueba y
calcula las abundancias de diversas secuencias. La lista de residuos
modificados y el nivel de diversificación en cada residuo
modificado se ajustan hasta que la diversificación compuesta es
compatible con la sensibilidad de la separación por afinidad y el
número de transformantes independientes que pueden producirse.
Una vez seleccionados los residuos a modificar,
se decide a continuación la gama de aminoácidos a permitir en cada
residuo variable. El nivel de diversificación total es el producto
del número de variantes en cada residuo modificado. Cada residuo
modificado puede tener un esquema de diversificación diferente,
produciendo 2 a 20 posibilidades distintas. El conjunto de
aminoácidos que son codificados potencialmente por un codón
diversificado dado se conoce como "conjunto de
sustitución".
La computadora que controla un sintetizador de
DNA, tal como la Milligen 7500, puede programarse para sintetizar
cualquier base de un oligonucleótido (nt) con cualquier distribución
de nucleótidos tomando algunos sustratos nt (v.g.
nt-fosforamiditos) de cada uno de dos o más
depósitos. Alternativamente, los sustratos nt pueden mezclarse en
cualesquiera relaciones y disponerse en uno de los depósitos
suplementarios para la denominada síntesis de "botella sucia".
Cada codón podría programarse de modo diferente. La "mezcla" de
bases en cada posición de nucleótido del codón determina la
frecuencia relativa de aparición de los diferentes aminoácidos
codificados por dicho codón.
Los codones diversificados sencillamente son
aquéllos en los cuales las posiciones de nucleótidos que están
degeneradas se obtienen a partir de una mezcla de dos o más bases
mezcladas en proporciones equimolares. Estas mezclas se describen
en la presente memoria descriptiva por medio del código
estandarizado de "nucleótidos ambiguos". En este código, por
ejemplo, en el codón degenerado "SNT", "S" denota una
mezcla equimolar de bases G y C, "N", una mezcla equimolar de
la totalidad de las 4 bases, y "T", la base simple invariable
timidina.
Los codones diversificados de manera compleja
son aquéllos en los cuales al menos una de las tres posiciones está
ocupada por una base de una mezcla no equimolar de dos o más
bases.
Pueden utilizarse codones diversificados de
manera simple o compleja para conseguir el conjunto de sustitución
deseado.
Si no se dispone de información alguna que
indique que un aminoácido o clase de aminoácidos particular es
apropiado, se procura sustituir todos los aminoácidos con la misma
probabilidad debido a que la representación de una
mini-proteína por encima del nivel detectable es
antieconómica. Cantidades iguales de cada uno de los cuatro
nucleótidos en cada posición en un codón (NNN) produce la
distribución de aminoácidos en la cual cada aminoácido está
presente en proporción al número de codones que lo codifican. Esta
distribución presenta la desventaja de dar dos residuos básicos por
cada residuo ácido. Adicionalmente, existen 6 veces más R, S, y L
que W o M. Si se sintetizan 5 codones con esta distribución, cada
una de las 243 secuencias que codifican cualquier combinación de L,
R y S son 7776 veces más abundantes que cada una de las 32
secuencias que codifican cualquier combinación de W y M. Para tener
5 Ws presentes a niveles detectables, es necesario tener cada una de
las secuencias (L, R, S) presentes en un exceso de 7776 veces.
Está aceptado generalmente que la secuencia de
aminoácidos en una proteína o polipéptido determina la estructura
tridimensional de la molécula, con inclusión de la posibilidad de
una estructura no definida. Entre los polipéptidos de longitud y
secuencia definidas, algunos de ellos tienen una estructura
terciaria definida y la mayoría carecen de ella.
Residuos de aminoácidos particulares pueden
influir en la estructura terciaria de un polipéptido definido de
diversas maneras, entre las cuales se incluyen las siguientes:
- a)
- por afectación a la flexibilidad de la cadena principal del polipéptido,
- b)
- por adición de grupos hidrófobos,
- c)
- por adición de grupos cargados,
- d)
- por adición de enlaces de hidrógeno, y
- e)
- por formación de reticulaciones, tales como disulfuros, quelación con iones metálicos, o unión a grupos prostéticos.
\vskip1.000000\baselineskip
Flexibilidad:
GLY es el aminoácido más pequeño, que tiene dos
hidrógenos unidos al C_{\alpha}. Dado que GLY no tiene C_{\beta}
alguno, el mismo confiere la flexibilidad máxima a la cadena
principal. Así pues, GLY aparece con gran frecuencia en las vueltas
inversas, particularmente en asociación con PRO, ASP, ASN, SER, y
THR.
Los aminoácidos ALA, SER, CYS, ASP, ASN, LEU,
MET, PHE, TYR, TRP, ARG, HIS, GLU, GLN, y LYS tienen carbonos
\beta no ramificados. De éstos, los grupos laterales de SER, ASP,
y ASN establecen frecuentemente enlaces de hidrógeno con la cadena
principal, y por consiguiente pueden adoptar conformaciones de la
cadena principal que son energéticamente desfavorables respecto a
las otras. VAL, ILE y THR tienen carbonos \beta ramificados, lo
cual hace más favorable la conformación extendida de la cadena
principal. Así, VAL e ILE se observan más a menudo en las hojas
\beta. Dado que el grupo lateral de THR puede formar fácilmente
enlaces de hidrógeno con la cadena principal, el mismo tiene menos
tendencia a existir en una hoja \beta.
La cadena principal de prolina está restringida
particularmente por el grupo cíclico lateral. El ángulo \varphi
está siempre próximo a -60º. La mayoría de las prolinas se
encuentran cerca de la superficie de la proteína.
\vskip1.000000\baselineskip
\global\parskip0.950000\baselineskip
Carga:
LYS y ARG llevan una sola carga positiva para
cualquier pH inferior a 10,4 ó 12,0, respectivamente. No obstante,
los grupos metileno, cuatro y tres respectivamente, de estos
aminoácidos son susceptibles de interacciones hidrófobas. El grupo
guanidinio de ARG es capaz de donar 5 hidrógenos simultáneamente,
mientras que el grupo amino de LYS puede donar solamente 3.
Adicionalmente, las geometrías de estos grupos son muy diferentes,
por lo que dichos grupos a menudo no son intercambiables.
ASP y GLU llevan una sola carga negativa para
cualquier valor de pH superior a \approx 4,5 y 4,6,
respectivamente. Dado que ASP tiene un solo grupo metileno, son
posibles pocas interacciones hidrófobas. La geometría de ASP se
presta por si misma a la formación de enlaces hidrógeno con los
nitrógenos de la cadena principal, lo cual es coherente con el
hecho de que ASP se encuentre muy a menudo en vueltas inversas y al
comienzo de las hélices. GLU se encuentra más a menudo en hélices
\alpha y particularmente en la porción aminoterminal de estas
hélices, dado que la carga negativa del grupo lateral tiene una
interacción estabilizadora con el dipolo de la hélice (NICH88,
SALI88).
HIS tiene un pK de ionización en el campo
fisiológico, a saber 6,2. Este pK puede verse alterado por la
proximidad de grupos cargados o de donantes o aceptores de
hidrógeno. HIS es capaz de formar enlaces con iones metálicos tales
como cinc, cobre, y hierro.
\vskip1.000000\baselineskip
Enlaces de hidrógeno:
Aparte de los aminoácidos cargados, SER, THR,
ASN, GLN, TYR y TRP pueden participar en enlaces de hidrógeno.
\vskip1.000000\baselineskip
Reticulaciones:
La forma de reticulación más importante es el
enlace disulfuro formado entre dos tioles, y especialmente los
tioles de residuos CYS. En un ambiente adecuadamente oxidante, estos
enlaces se forman espontáneamente. Dichos enlaces pueden
estabilizar en gran medida una conformación particular de una
proteína o mini-proteína. Cuando está presente una
mezcla de reactivos tiol oxidados y reducidos, tienen lugar
reacciones de intercambio que permiten que predomine la
conformación más estable. En relación con los disulfuros en
proteínas y péptidos, véase también KATZ90, MATS89, PERR84, PERR86,
SAUE86, WELL86, JANA89, HORV89, KISH85, Y SCHN86.
Otras reticulaciones que se forman sin necesidad
de enzimas específicas incluyen:
- 1) (CYS)_{4}:Fe
- Rubredoxina (en CREI84, P.376)
- 2) (CYS)_{4}:Zn
- Aspartato-Transcarbamilasa (en CREI84, P.376) y dedos de Zn (HARD90)
- 3) (HIS)_{2}(MET)(CYS):
- Cu Azurina (en CREI84, P.376) y Proteína de pepino Basic "Blue" Cu (GUSS88)
- 4) (HIS)_{4}:Cu
- CuZn superóxido-dismutasa
- 5) (CYS)_{4}:(Fe_{4}S_{4})
- Ferredoxina (en CREI84, P.376)
- 6) (CYS)_{2}(HIS)_{2}:Zn
- Dedos de Zn (GIBS88)
- 7) (CYS)_{3}(HIS):Zn
- Dedos de Zn (GAUS87, GIBS88)
\vskip1.000000\baselineskip
Las reticulaciones que tienen
(HIS)_{2}(MET)(CYS):Cu presentan la ventaja
potencial de que HIS y MET no pueden formar otras reticulaciones sin
Cu.
\vskip1.000000\baselineskip
Los codones siguientes diversificados
simplemente son útiles debido a que codifican un conjunto
relativamente equilibrado de aminoácidos:
- 1)
- SNT, que codifica el conjunto [L, P, H, R, V, A, D, G]: a) un (D) ácido y un (R) básico, b) ambos alifáticos (L, V) e hidrófobos aromáticos (H), c) grupos laterales grandes (L, R, H) y pequeños (G, A), d) aminoácidos rígidos (P) y flexibles (G), e) cada aminoácido codificado una sola vez.
\global\parskip1.000000\baselineskip
- 2)
- RNG, que codifica el conjunto [M, T, K, R, V, A, E, G]: a) uno ácido y dos básicos (no óptimo, pero aceptable), b) hidrófilos e hidrófobos, c) cada aminoácido codificado una sola vez.
- 3)
- RMG, que codifica el conjunto [T, K, A, E]: a) uno ácido, uno básico, uno hidrófilo neutro, b) 3 hélices \alpha favorables, c) cada aminoácido codificado una sola vez.
- 4)
- VNT, que codifica el conjunto [L, P, H, R, I, T, N, S, V, A, D, G]: a) uno ácido, uno básico, b) todas las clases: cargados, neutros, hidrófilos, hidrófobos, rígidos y flexibles, etc, c) cada aminoácido codificado una sola vez.
- 5)
- RRS, que codifica el conjunto [N, S, K, R, D, E, G^{2}]: a) dos ácidos, dos básicos, b) dos hidrófilos neutros, c) únicamente glicina codificada dos veces.
- 6)
- NNT, que codifica el conjunto [F, S, Y, C, L, P, H, R, I, T, N, V, A, D, G]: a) 16 secuencias de DNA que proporcionan 15 aminoácidos diferentes; únicamente se repite serina, y todos los demás están presentes en cantidades iguales (esto permite un muestreo muy eficiente de la biblioteca.), b) existen números iguales de aminoácidos ácidos y básicos (D, y R, una sola vez cada uno), c) todas las clases principales de aminoácidos están presentes: ácidos, básicos, hidrófobos alifáticos, hidrófobos aromáticos, e hidrófilos neutros.
- 7)
- NNG, que codifica el conjunto [L^{2}, R^{2}, S, W, P, Q, M, T, K, V, A, E, G, parada]: a) una preponderancia considerable de residuos que favorecen la formación de hélices \alpha [L, M, A, Q, K, E; y, en menor proporción, S, R, T]; b) codifica 13 aminoácidos diferentes. (VHG codifica un subconjunto del conjunto codificado por NNG que codifica 9 aminoácidos en 9 secuencias de DNA diferentes, con ácidos y bases iguales, y siendo 5/9 favorables para hélice \alpha.)
\vskip1.000000\baselineskip
Para la diversificación inicial, se prefiere NNT
en la mayoría de los casos. Sin embargo, cuando el codón codifica un
aminoácido a incorporar en una hélice \alpha, se prefiere NNG.
A continuación, se analizan varias
diversificaciones simples en cuanto a la eficiencia con la que
pueden muestrearse las bibliotecas.
Se han consignado bibliotecas de hexapéptidos
aleatorios codificados por (NNK)^{6} (SCOT90, CWIR90). La
Tabla 130 muestra el comportamiento esperado de dichas bibliotecas.
NNK produce codones simples para PHE, TYR, CYS, TRP, HIS, GLN, ILE,
MET, ASN, LYS, ASP, y GLU (conjunto \alpha); dos codones - para
cada uno de VAL, ALA, PRO, THR y GLY (conjunto \varphi), y tres
codones para cada uno de LEU, ARG, y SER (conjunto \Omega). Se
han separado los 64.000.000 de secuencias posibles en 28 clases, que
se muestran en la Tabla 130A, basadas en el número de aminoácidos
de cada uno de estos conjuntos. La clase mayor es
\varphi\Omega\alpha\alpha\alpha\alpha con \approx
14,6% de las secuencias posibles. Aparte de cualquier selección, la
totalidad de las secuencias comprendidas en una clase tienen la
misma probabilidad de producirse. La Tabla 130B muestra la
probabilidad de que una secuencia de DNA dada tomada de la
biblioteca (NNK)^{6} codifique un hexapéptido perteneciente
a una de las clases definidas; obsérvese que únicamente \approx
6,3% de las secuencias de DNA pertenecen a la clase
\varphi\Omega\alpha\alpha\alpha\alpha.
La Tabla 130C muestra los números esperados de
secuencias en cada clase para bibliotecas que contienen números
variables de transformantes independientes (a saber 10^{6},
3\cdot10^{6}, 10^{7}, 3\cdot10^{7}, 10^{8},
3\cdot10^{8}, 10^{9}, y 3\cdot10^{9}). Para 10^{6}
transformantes independientes (ITs), se espera encontrar 56% de la
clase \Omega\Omega\Omega\Omega\Omega\Omega, pero sólo
0,1% de la clase \alpha\alpha\alpha\alpha\alpha\alpha.
La gran mayoría de las secuencias observadas proceden de clases
para las cuales se muestrea menos del 10% de la clase. Supóngase que
se aísla un péptido de, por ejemplo, la clase
\varphi\varphi\Omega\Omega\alpha\alpha por
fraccionamiento de la biblioteca para fijación a una diana.
Considérese cuánto se conoce acerca de péptidos que están
relacionados con la secuencia aislada. Dado que únicamente se
muestreó el 4% de la clase
\varphi\varphi\Omega\Omega\alpha\alpha, no se puede
llegar a la conclusión de que los aminoácidos del conjunto \Omega
sean de hecho los óptimos del conjunto \Omega. Podría disponerse
LEU en la posición 2, pero podrían ser mejores ARG o SER. Aun cuando
se aislara un péptido de la clase
\Omega\Omega\Omega\Omega\Omega\Omega, existe una
probabilidad apreciable de que no estuvieron presentes en la
biblioteca miembros mejores de la clase.
Con una biblioteca de 10^{7} ITs, se observa
que varias clases se han muestreado completamente, pero que la
clase \alpha\alpha\alpha\alpha\alpha\alpha está
muestreada solamente en un 1,1%. Para 7,6\cdot10^{7} ITs, se
espera una presentación del 50% de todas las secuencias de
aminoácidos, pero las clases que contienen 3 o más aminoácidos del
conjunto \alpha están todavía deficientemente muestreadas.
Conseguir una toma de muestras completa de la biblioteca
(NNK)^{6} requiere aproximadamente 3\cdot10^{9} ITs, 10
veces más que la mayor biblioteca (NNK)^{6} consignada
hasta ahora.
La Tabla 131 muestra las expectativas de una
biblioteca codificada por
(NNT)^{4}(NNG)^{2}. Las expectativas de
abundancia son independientes del orden de los codones o de codones
intercalados no modificados. Esta biblioteca codifica 0,133 veces
tantas secuencias de aminoácidos, pero se encuentran solamente
0,0165 veces tantas secuencias de DNA. Así, 5,0\cdot10^{7} ITs
(es decir 60 veces menos que el valor requerido para
(NNK)^{6}) proporciona un muestreado prácticamente
completo de la biblioteca. Los resultados serían ligeramente mejores
para (NNT)^{6} y ligeramente, pero no mucho, peores para
(NNG)^{6}. el factor controlador es la relación de
secuencias de DNA a secuencias de aminoácidos.
La Tabla 132 muestra la relación de # secuencias
de DNA/# secuencias de AA para los codones NNK, NNT, y NNG. Para
NNK y NNG, se ha supuesto que el PBD se presenta como parte de un
gen esencial, tal como el gen III en el fago Ff, como se
indica por la frase "suponiendo que las paradas desaparecen".
No es necesario en modo alguno que se utilice dicho gen esencial.
Si se utiliza un gen no esencial, el análisis sería ligeramente
diferente; el muestreo de NNK y NNG sería ligeramente menos
eficiente. Obsérvese que (NNT)^{6} proporciona un número
3,6 veces mayor de secuencias de aminoácidos que (NNK)^{5},
pero requiere 1,7 veces menos secuencias de DNA. Obsérvese también
que (NNT)^{7} proporciona dos veces más secuencias
de aminoácidos que (NNT)^{6}, pero 3,3 veces menos
secuencias de DNA.
Así pues, si bien es posible utilizar una mezcla
simple (NNS, NNK, o NNN) para obtener la totalidad de los 20
aminoácidos en una posición particular, estas mezclas simples
conducen a un conjunto fuertemente sesgado de aminoácidos
codificados. Este problema puede resolverse por el uso de codones
diversificados de manera compleja.
Se presentará a continuación en primer lugar la
mezcla calculada (véase WO 90/02809) para minimizar la relación de
aminoácido más favorecido a aminoácido menos favorecido cuando la
distribución de nt está sometida a dos restricciones: abundancias
iguales de aminoácidos ácidos y básicos y el número menor posible de
codones de parada. Se ha simplificado la búsqueda de una
disminución óptima de nt por limitación de la tercera base a T o G
(C o G es equivalente). No obstante, debe indicarse que la presente
invención abarca el uso de codones diversificados de manera
compleja, en los cuales la tercera base no está limitada a T
o G (o a C o G).
La distribución óptima (el codón "fxS") se
muestra en la Tabla 10A y produce moléculas de DNA que codifican
cada aminoácido tipo con las abundancias indicadas. Obsérvese que
esta química codifica la totalidad de los 20 aminoácidos, siendo
equiprobables los aminoácidos ácidos y básicos, y que el aminoácido
más favorecido (serina) está codificado sólo 2.454 veces más a
menudo que el aminoácido menos favorecido (triptófano). El codón
"fxS" vg mejora la toma de muestras óptimamente para péptidos
que contienen varios de los aminoácidos [F, Y, C, W, H, Q, I, M, N,
K, D, E] para los cuales NNK o NNS proporcionan un solo codón. Sus
ventajas de muestreo son más acusadas cuando la biblioteca es
relativamente pequeña.
Los resultados de búsqueda de sólo el codón
diversificado de manera compleja que minimiza la relación de
aminoácido más favorecido a menos favorecido, sin limitaciones
adicionales, se muestran en la Tabla 10B. Los cambios son pequeños,
lo que indica que la insistencia en la igualdad de ácidos y bases y
la minimización de codones de parada es poco costosa. Obsérvese
también que, sin restricción de la utilización, la prevalencia de
aminoácidos ácidos y básicos resulta apreciablemente próxima. Por
otra parte, la relajación de la restricción deja una distribución en
la cual el aminoácido menos favorecido es sólo 0,412 veces tan
prevalente como SER.
Las ventajas de un codón NNT se exponen en otro
lugar de la presente solicitud. El NNT no optimizado proporciona 15
aminoácidos codificados por sólo 16 secuencias de DNA. Es posible
mejorar NNT con el codón diversificado de manera compleja que se
muestra en la Tabla 10C. Esto proporciona 5 aminoácidos (SER, LEU,
HIS, VAL, ASP) en cantidades muy aproximadamente iguales. Ocho
aminoácidos más (PHE, TYR, ILE, ASN, PRO, ALA, ARG, GLY) están
presentes con 78% de la abundancia de SER. THR y CYS se mantienen
aproximadamente con la mitad de la abundancia de SER. Cuando se
diversifica DNA para mini-proteínas unidas por
disulfuro, a menudo es deseable reducir la prevalencia de CYS. Esta
distribución permite que se observen 13 aminoácidos a nivel alto y
no proporciona parada alguna; la distribución optimizada de fxS
permite solamente 11 aminoácidos con prevalencia alta.
El codón NNG puede optimizarse también. Cuando
se utilizan T, C, A, G equimolares en NNG, se obtienen dosis dobles
de LEU y ARG. La Tabla 10D muestra un codón NNG aproximadamente
optimizado. En esta diversificación, existen 4 aminoácidos
igualmente más favorecidos: LEU, ARG, ALA, y GLU. Obsérvese que
existe un solo aminoácido ácido y un solo aminoácido básico en este
conjunto. Existen dos aminoácidos igualmente menos favorecidos: TRP
y MET. La relación de lfaa/mfaa es 0,5258. Si se repite 6 veces este
codón, los péptidos compuestos totalmente por TRP y MET son 2% tan
comunes como los péptidos compuestos enteramente por los aminoácidos
más favorecidos. Se hace referencia a esto como "la prevalencia de
(TRP/MET)^{6} en el NNG^{6} vgDNA optimizado".
Cuando se sintetiza vgDNA por el método de la
"botella sucia", algunas veces es deseable utilizar sólo un
número limitado de mezclas. Una mezcla muy útil se conoce como la
"mezcla NNS optimizada", para la cual se dan los promedios de
las dos primeras posiciones de la mezcla fxS: T_{1} = 0,24 C_{1}
= 0,17, A_{1} = 0,33, G_{1} = 0,26, siendo la segunda posición
idéntica a la primera, C_{3} = G_{3} = 0,5. Esta distribución
proporciona los aminoácidos ARG, SER, LEU, GLY, VAL, THR, ASN, y LYS
en una proporción mayor que 5%, y ALA, ASP, GLU, ILE, MET, y TYR en
una proporción mayor que 4%.
Presenta interés un codón adicional
diversificado de manera compleja. Este codón es idéntico al codón
optimizado NNT en las dos primeras posiciones y tiene T:G::90:10 en
la tercera posición. Este codón proporciona 13 aminoácidos (ALA,
ILE, ARG, SER, ASP, LEU, VAL, PHE, ASN, GLY, PRO, TYR y HIS) en
proporción mayor que 5,5%. THR con 4,3% y CYS con 3,9% son más
comunes que los LFAAs de NNK (3,125%). Los 5 aminoácidos restantes
están presentes en proporción menor que 1%. Este codón tiene la
característica de que están presentes todos los aminoácidos; las
secuencias que tienen más de 2 de los aminoácidos de abundancia baja
son raras. Cuando se aísla un SBD utilizando este codón, se puede
tener una seguridad razonable de que se han testado los 13 primeros
aminoácidos en cada posición. Podría utilizarse un codón similar,
basado en NNG optimizado.
Varios de los codones diversificados simples o
complejos preferidos codifican un conjunto de aminoácidos que
incluye cisteína. Esto significa que algunos de los dominios de
fijación codificados presentarán una o más cisteínas además de las
cisteínas invariantes unidas por disulfuro. Por ejemplo, en cada
posición codificada por NNT, existe una probabilidad de 1 en 16 de
obtener cisteína. Si se modifican así 6 codones, la fracción de
dominios que contienen cisteínas adicionales es 0,33. Los números
impares de cisteínas pueden conducir a complicaciones, véase Perry
y Wetzel (PERR84). Por el contrario, muchas proteínas que contienen
disulfuro contienen cisteínas que no forman disulfuros, v.g.
tripsina. La posibilidad de cisteínas desapareadas puede abordarse
de diversas maneras:
En primer lugar, la población de fagos
diversificada puede hacerse pasar sobre un reactivo inmovilizado que
se une fuertemente a los tioles libres, tal como SulfoLink (número
de catálogo 44895 H de Pierce Chemical Company, Rockford, Illinois,
61105). Otro producto de Pierce es
TNB-tiol-agarosa (número de catálogo
20409H). BioRad vende Affi-gel 401 (catálogo
153-4599) para este propósito.
En segundo lugar, puede utilizarse una
diversificación que excluye cisteínas, tal como:
NHT que da [F,S,Y,L,P,H,I,T,N,V,A,D],
VNS que da
[L^{2},P^{2},H,Q,R^{3},I,M,T^{2},N,K,S,V^{2},A^{2},E,D,G^{2}],
NNG que da
[L^{2},S,W,P,Q,R^{2},M,T,K,R,V,A,E,G, parada],
SNT que da [L,P,H,R,V,A,D,G],
RNG que da [M,T,K,R,V,A,E,G],
RMG que da [T,K,A,E],
VNT que da [L,P,H,R,I,T,N,S,V,A,D,G], o
RRS que da [N,S,K,R,D,E,G^{2}]
\vskip1.000000\baselineskip
Sin embargo, cada uno de estos esquemas tiene
una o más desventajas, con relación a NNT: a) se permiten menos
aminoácidos, b) los aminoácidos no se proporcionan uniformemente, c)
los aminoácidos ácidos y básicos no son igualmente probables, o d)
existen codones de parada. No obstante, NNG, NHT, y VNT son casi tan
útiles como NNT. NNG codifica 13 aminoácidos diferentes y una sola
señal de parada. Únicamente dos aminoácidos aparecen dos veces en la
mezcla 16 veces mayor.
En tercer lugar, es posible enriquecer la
población respecto a fijación a la diana preseleccionada, y evaluar
post hoc las secuencias seleccionadas respecto a cisteínas
suplementarias. Aquéllas que contienen más cisteínas que las
cisteínas proporcionadas por restricción estructural pueden ser
perfectamente utilizables. Es posible que aparezca un enlace
disulfuro distinto del diseñado. Esto no significa que el dominio de
fijación definido por la secuencia de DNA aislada sea en modo
alguno inadecuado. La idoneidad de los dominios aislados se
determina óptimamente por evaluación química y bioquímica de los
péptidos sintetizados químicamente.
En último lugar, es posible bloquear los tioles
libres con reactivos, tales como reactivo de Ellman, yodoacetato, o
yoduro de metilo, que fijan específicamente los tioles libres y que
no reaccionan con los disulfuros, y dejan luego el fago modificado
en la población. Debe entenderse que el agente de bloqueo puede
alterar las propiedades de fijación de la
mini-proteína; por ello, podría utilizarse una
diversidad de reactivos de bloqueo en la expectativa de que se
encuentren dominios de fijación diferentes. La población
diversificada de fagos de presentación bloqueada por tiol se
fracciona respecto a fijación. Si la secuencia de DNA de la
mini-proteína de fijación aislada contiene un
número impar de cisteínas, se utilizan entonces medios sintéticos
para preparar mini-proteínas que tengan todos los
enlaces posibles y en las cuales el tiol impar esté bloqueado
adecuadamente. Nishiuchi (NISH82, NISH86, y los artículos citados
en dichos documentos) describen métodos de síntesis de péptidos que
contienen una pluralidad de cisteínas de tal modo que cada tiol está
protegido con un tipo diferente de grupo de bloqueo. Estos grupos
pueden eliminarse selectivamente de tal modo que puede controlarse
el apareamiento de los disulfuros. Se contempla la utilización de
un esquema de esta clase con la alteración de que un solo tiol
permanece bloqueado, o se desbloquea y se bloquea de nuevo después
con un reactivo diferente.
El uso de codones NNT o NNG diversificados
conduce a un muestreo muy eficiente de bibliotecas diversificadas
debido a que la relación de (secuencias de aminoácidos
diferentes)/(secuencias de DNA diferentes) está mucho más próxima a
la unidad que lo está para NNK o incluso para el codón vg optimizado
(fxS). Sin embargo, en cada caso se suprimen unos cuantos
aminoácidos. Tanto NNT como NNG permiten miembros de todas las
clases importantes de aminoácidos: hidrófobos, hidrófilos, ácidos,
básicos, neutros hidrófilos, pequeños, y grandes. Después de
seleccionar un dominio de fijación, puede ser deseable una
diversificación y selección subsiguientes para conseguir una mayor
afinidad o especificidad. Durante esta segunda diversificación,
pueden investigarse las posibilidades de aminoácidos pasados por
alto en la diversificación precedente.
En la segunda tanda de diversificación, una
estrategia preferida consiste en variar cada posición por un nuevo
conjunto de residuos que incluye el o los aminoácidos que se
encontraban en dicha posición en los dominios de fijación exitosos,
y que incluyen el mayor número posible de los residuos que se
excluyeron en la primera tanda de diversificación.
Así pues, las tandas de diversificación
posteriores testan tanto las posiciones de aminoácidos no mutadas
previamente, como las sustituciones de aminoácidos en una posición
previamente mutada que no estaban dentro del conjunto de sustitución
previo.
Si la primera tanda de diversificación es
totalmente infructuosa, debería utilizarse un patrón de
diversificación diferente. Por ejemplo, puede definirse si más de
un conjunto de interacción dentro de un dominio, los residuos
modificados en la tanda de diversificación siguiente deberían ser de
un conjunto diferente que el sondado en la diversificación inicial.
Si se encuentran fallos repetidos, puede cambiarse a un IPBD
diferente.
\vskip1.000000\baselineskip
En la presente invención se utiliza inicialmente
separación por afinidad para comprobar que el sistema de
presentación está funcionando, es decir, que una proteína quimérica
de la superficie externa ha sido expresada y transportada a la
superficie del fago y está orientada de tal manera que el dominio de
fijación insertado es accesible al material diana. Cuando se
utiliza para este propósito, el dominio de fijación es un dominio
de fijación conocido para una diana particular y dicha diana es la
molécula de afinidad utilizada en el proceso de separación por
afinidad. Por ejemplo, un sistema de presentación puede validarse
utilizando inserción de DNA codificante de BPTI en un gen que
codifica una proteína de la superficie externa del fago de interés,
y testando la fijación a anhidro-tripsina, que es
fijada normalmente por BPTI.
Si el fago se fija a la diana, entonces se
tendrá la confirmación de que el dominio de fijación correspondiente
es de hecho presentado por el fago. Los fagos que presentan el
dominio de fijación (y que por consiguiente se fijan a la diana) se
separan de aquéllos que no lo hacen.
Después que se ha validado el sistema de
presentación, es posible utilizar una población diversificada de
fagos que presenten una diversidad de dominios de fijación potencial
diferentes, y utilizar tecnología de separación por afinidad para
determinar lo bien que se fijan los mismos a una o más dianas. Esta
diana no precisa ser una diana fijada por un dominio de fijación
conocido que es parental respecto a los dominios de fijación
presentados, es decir, puede seleccionarse para fijación a una nueva
diana.
Por ejemplo, puede diversificarse un dominio de
fijación de BPTI y testarse respecto a fijación, no a tripsina, sino
a otra serina-proteasa, tal como elastasa de los
neutrófilos humanos o catepsina G, o incluso a una diana totalmente
inconexa, tal como mioglobina de corazón de caballo.
El término "medios de separación por
afinidad" incluye, pero sin carácter limitante: a) cromatografía
en columna de afinidad, b) elución discontinua de un material
matriz de afinidad, c) elución discontinua de un material de
afinidad fijado a una placa, d) clasificación de células activada
por fluorescencia, y e) electroforesis en presencia de material
diana. "Material de afinidad" se utiliza con el significado de
un material con afinidad para el material a purificar, denominado
el "analito". En la mayoría de los casos, la asociación del
material de afinidad y el analito es reversible de tal manera que
el analito puede liberarse del material de afinidad una vez que se
han eliminado las impurezas.
Si se va a utilizar cromatografía de afinidad,
entonces:
- 1)
- las moléculas del material diana deben ser de tamaño y reactividad química suficientes para ser aplicables a un soporte sólido adecuado para separación por afinidad,
- 2)
- después de la aplicación a una matriz, el material diana no reacciona preferiblemente con el agua,
- 3)
- después de la aplicación a una matriz, el material diana preferiblemente no se fija a o degrada las proteínas de manera inespecífica, y
- 4)
- las moléculas del material diana tienen que ser suficientemente grandes para que la fijación del material a una matriz permita una superficie inalterada suficiente (generalmente al menos 500 \ring{A}^{2}, con exclusión del átomo que está conectado al enlazador) para la fijación de proteína.
\vskip1.000000\baselineskip
La cromatografía de afinidad es el medio de
separación preferido, pero pueden utilizarse también FACS,
electroforesis, u otros medios.
La presente invención hace uso de separación por
afinidad de fagos para enriquecer una población en aquellos fagos
portadores de genes que codifican proteínas con propiedades de
fijación deseables.
La presente invención puede utilizarse para
seleccionar dominios de fijación que se fijan a uno o más materiales
diana, y/o que fallan en cuanto a la fijación a uno o más
materiales diana. La especificidad, por supuesto, es la capacidad
de una molécula de fijación para fijarse fuertemente a un conjunto
limitado de materiales diana, en tanto que se fija más débilmente o
no se fija en absoluto a otro conjunto de materiales diana de los
cuales debe distinguirse el primer conjunto.
Puede utilizarse como diana prácticamente
cualquier molécula que sea adecuada para separación por afinidad.
Dianas posibles incluyen, pero sin carácter limitante, péptidos,
proteínas solubles e insolubles, ácidos nucleicos, lípidos,
carbohidratos, otras moléculas orgánicas (monómeras o polímeras),
compuestos inorgánicos, y compuestos organometálicos. Las
serina-proteasas son una clase especialmente
interesante de materiales diana potenciales.
Para cromatografía, FACS, o electroforesis puede
ser necesario enlazar covalentemente el material diana a una
segunda entidad química. Para cromatografía, la segunda entidad es
una matriz, para FACS es un colorante fluorescente, y para
electroforesis la segunda entidad es una molécula fuertemente
cargada. En muchos casos, no se requiere acoplamiento alguno dado
que el material diana tiene ya la propiedad deseada de: a)
inmovilidad, b) fluorescencia, o c) carga. En otros casos, se
requiere acoplamiento químico o físico.
No es necesario que el material diana real se
utilice en la preparación del análogo inmovilizado o marcado que va
a ser utilizado en la separación por afinidad; en lugar de ello,
pueden ser más convenientes análogos reactivos adecuados del
material diana. Los materiales diana que no tienen grupos
funcionales reactivos pueden inmovilizarse creando primeramente un
grupo funcional reactivo por el uso de cualquier reactivo potente,
tal como un halógeno. En algunos casos, los grupos reactivos del
material diana real pueden ocupar una parte de la molécula diana
que debe dejarse inalterada. En tal caso, pueden introducirse grupos
funcionales adicionales por química de síntesis.
Se utilizan ampliamente dos métodos muy
generales de inmovilización. El primero consiste en biotinilar el
compuesto de interés y fijar luego el derivado biotinilado a avidina
inmovilizada. El segundo método consiste en generar anticuerpos
para el material diana, inmovilizar los anticuerpos por cualquiera
de numerosos métodos, y fijar luego el material diana a los
anticuerpos inmovilizados. El uso de anticuerpos es más apropiado
para materiales diana de mayor tamaño; las dianas pequeñas
(aquéllas que comprenden, por ejemplo, 10 o menos átomos distintos
de hidrógeno) pueden estar sumergidas tan completamente en un
anticuerpo que quede expuesta una porción muy pequeña de la diana en
el complejo diana-anticuerpo.
Puede utilizarse también inmovilización no
covalente de moléculas hidrófobas sin recurrir a anticuerpos. Un
compuesto, tal como 2,3,3-trimetildecano se mezcla
con un precursor de matriz, tal como alginato de sodio, y la mezcla
se extrude en una solución endurecedora. Las perlas resultantes
tendrán 2,3,3-trimetildecano dispersado
completamente y expuesto en la superficie.
Otros métodos de inmovilización dependen de la
presencia de funcionalidades químicas particulares. Un polipéptido
presentará -NH_{2} (N-terminal; lisinas), -COOH
(C-terminal; ácidos aspárticos, ácidos glutámicos),
-OH (serinas; treoninas; tirosinas), y -SH (cisteínas). Un
polisacárido tiene grupos -OH libres, al igual que el DNA, que tiene
una cadena principal de azúcar.
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(Tabla pasa a página
siguiente)
\newpage
La tabla siguiente es una revisión no exhaustiva
de grupos funcionales capaces de reaccionar y reactivos de
inmovilización potenciales:
La extensa bibliografía sobre cromatografía de
afinidad y técnicas afines proporcionarán ejemplos adicionales.
Matrices adecuadas para uso como materiales de
soporte incluyen poliestireno, vidrio, agarosa y otros soportes
cromatográficos, y pueden fabricarse en perlas, hojas, columnas,
pocillos, y otras formas en caso deseado. Suministradores de
material soporte para cromatografía de afinidad incluyen: Applied
Protein Technologies Cambridge, MA; Bio-Rad
Laboratories, Rockville Center, NY; Pierce Chemical Company,
Rockford, IL. Los materiales diana se fijan a la matriz de acuerdo
con las instrucciones del fabricante de cada preparación de matriz
prestando consideración a la presentación satisfactoria de la
diana.
Al principio del proceso de selección, pueden
aplicarse concentraciones relativamente altas de materiales diana a
la matriz para facilitar la fijación; las concentraciones de la
diana pueden reducirse subsiguientemente a fin de seleccionar SBDs
de mayor afinidad.
La población del fago de presentación se aplica
a una matriz de afinidad en condiciones compatibles con el uso
propuesto de la proteína de fijación y la población se fracciona por
paso de un gradiente de algún soluto a través de la columna. El
proceso enriquece los PBDs que tienen afinidad para la diana y para
los cuales la afinidad para la diana se ve menos afectada por los
eluyentes utilizados. Las fracciones enriquecidas son aquéllas que
contienen fagos de presentación viables que se eluyen de la columna
para concentración mayor del eluyente.
Preferiblemente, los eluyentes son capaces de
debilitar las interacciones no covalentes entre los PBDs presentados
y el material diana inmovilizado. Preferiblemente, los eluyentes no
destruyen el fago; el mensaje genético correspondiente a las
miniproteínas exitosas se amplifica muy convenientemente por
reproducción del fago más bien que por procedimientos in
vitro tales como la PCR. La lista de eluyentes potenciales
incluye sales (con inclusión de Na+, NH_{4}+, Rb+,
SO_{4}- -, H_{2}PO_{4}-, citrato, K+, Li+, Cs+,
HSO_{4}-, CO_{3}- -, Ca++, Sr++, Cl-,
PO_{4}- - -, HCO_{3}-, Mg++, Ba++, Br-,
HPO_{4}- - y acetato), ácido, calor, compuestos conocidos
que se fijan a la diana, y material soluble de la diana (o análogos
de los mismos).
Los solutos neutros, tales como etanol, acetona,
éter, o urea, se utilizan frecuentemente en la purificación de
proteínas y se sabe que debilitan las interacciones no covalentes
entre proteínas y otras moléculas. Muchas de estas especies son,
sin embargo, muy nocivas para las bacterias y bacteriófagos. Se sabe
que la urea no deteriora M13 hasta 8M. La sal común es un soluto
preferido para la formación de gradientes en la mayoría de los
casos. La disminución del pH es también un eluyente muy preferido.
En algunos casos, la matriz preferida no es estable a pH bajo, por
lo que sal común y urea son los reactivos más preferidos. Pueden
utilizarse también otros solutos que debilitan generalmente la
interacción no covalente entre las proteínas y el material diana de
interés.
Los fagos de presentación no eluidos contienen
DNA que codifica dominios de fijación que tienen una afinidad
suficientemente alta para el material diana como para resistir las
condiciones de elución. El DNA que codifica tales dominios de
fijación exitosos puede recuperarse de una diversidad de maneras.
Preferiblemente, los fagos de presentación fijados se eluyen
simplemente por medio de un cambio en las condiciones de elución.
Alternativamente, es posible cultivar el fago in situ o
extraer la matriz que contiene la diana con fenol (u otro disolvente
adecuado) y amplificar el DNA por PCR o por técnicas de DNA
recombinante. O bien, si un sitio para una proteasa específica se
ha modificado por ingeniería genética en el vector de presentación,
la proteasa específica se utiliza para escindir el dominio de
fijación de la GP.
La variación del material soporte (poliestireno,
vidrio, agarosa, celulosa, etc.) en el análisis de los clones que
llevan SBDs se utiliza para distinguir fagos que se fijan al
material soporte más bien que a la diana.
Los fagos cosechados se enriquecen luego en el
fenotipo de fijación a la diana por el uso de separación por
afinidad que implica el material diana inmovilizado en una matriz de
afinidad. Los fagos que no logran fijarse al material diana se
eliminan por lavado. Puede ser deseable incluir en el tampón un
agente bactericida, tal como azida, para evitar el crecimiento
bacteriano. Los tampones utilizados en cromatografía incluyen: a)
cualesquiera iones u otros solutos necesarios para estabilizar la
diana, y b) cualesquiera iones u otros solutos necesarios para
estabilizar los PBDs derivados del IPBD.
La recuperación de fagos que presentan fijación
a una columna de afinidad se consigue típicamente por recogida de
las fracciones eluidas de la columna con un gradiente de un agente
caotrópico como se ha descrito arriba, o del material diana en forma
soluble; las fracciones que se eluyen más tarde en el gradiente
están enriquecidas en el fago de afinidad alta. Los fagos eluidos se
amplifican luego en células hospedadoras adecuadas.
Si algún fago de afinidad alta no puede eluirse
de la diana en forma viable, es posible:
- 1)
- saturar la matriz con un medio nutriente y cultivar el fago deseado in situ,
- 2)
- separar partes de la matriz y utilizarlas para inocular el medio de crecimiento,
- 3)
- degradar química o enzimáticamente el enlace que mantiene unida la diana a la matriz a fin de que las GPs unidas todavía a la diana se eluyan, o
- 4)
- degradar el fago y recuperar el DNA con fenol u otro disolvente adecuado; el DNA recuperado se utiliza para transformar células que regeneran GPs.
\vskip1.000000\baselineskip
Es posible utilizar combinaciones de estos
métodos. Debe recordarse que lo que se desea recuperar de la matriz
de afinidad no es el fago per se, sino la información
contenida en él en cuanto a la secuencia del epítope o dominio de
fijación exitoso.
Como se describe en WO 90/02809, es posible
modificar la separación por afinidad del método descrito a fin de
seleccionar una molécula que se fije al material A pero no al
material B, o que se fije a la vez a A y B en sitios competidores o
no competidores, o que no se fije a las dianas
seleccionadas.
\vskip1.000000\baselineskip
Utilizando el método de la presente invención,
es posible obtener un fago replicable que presenta un nuevo dominio
de proteína que tiene afinidad y especificidad altas para un
material diana de interés. Un fago de este tipo lleva a la vez
realizaciones de aminoácidos del dominio de proteínas de fijación y
una realización de DNA del gen que codifica el nuevo dominio de
fijación. La presencia del DNA facilita la expresión de una proteína
que comprende el nuevo dominio de proteína de fijación dentro de un
sistema de expresión de nivel alto, que no precisa ser el mismo
sistema utilizado durante el proceso de desarrollo.
Es posible proceder a la producción de la nueva
proteína de fijación de diversas maneras, que incluyen: a)
alteración del gen codificante del dominio de fijación de tal modo
que el dominio de fijación se exprese con una proteína soluble, no
fijada a un fago (sea por deleción de codones 5' de aquéllos que
codifican el dominio de fijación o por inserción de codones de
parada 3' de aquéllos que codifican el dominio de fijación), b)
desplazamiento del DNA codificante del dominio de fijación a un
sistema de expresión conocido, y c) utilización del fago como un
sistema de purificación. (Si el dominio es suficientemente pequeño,
puede ser factible preparar el mismo por métodos convencionales de
síntesis de péptidos).
Como se ha mencionado previamente, una ventaja
inherente del uso de una mini-proteína como un IPBD
es que es probable que el SBD derivado se comporte también como una
mini-proteína y pueda obtenerse por medio de
síntesis química. (El término "síntesis química", como se
utiliza en esta memoria, incluye el uso de agentes enzimáticos en un
ambiente exento de células).
Los péptidos pueden sintetizarse químicamente en
solución o sobre soportes. Pueden emplearse diversas combinaciones
de síntesis gradual y condensación de fragmentos.
Durante la síntesis, las cadenas laterales de
los aminoácidos se protegen para impedir la ramificación. Varios
grupos protectores diferentes son útiles para la protección de los
grupos tiol de las cisteínas:
- 1)
- 4-metoxibencilo (MBzl; Mob) (NISH82; ZAFA88), eliminable con HF;
- 2)
- acetamidometilo (Acm) (NISH82; NISH86; BECK89c), eliminable con yodo; iones mercurio (v.g., acetato mercúrico); nitrato de plata; y
- 3)
- S-para-metoxibencilo.
\vskip1.000000\baselineskip
Otros grupos protectores de tiol pueden
encontrarse en trabajos estándar de referencia tales como Greene,
PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS (1981).
Una vez que la cadena de polipéptido se ha
sintetizado, tienen que formarse los enlaces disulfuro. Agentes
oxidantes posibles incluyen aire (NISH86), ferricianuro (NISH82),
yodo (NISH82), y ácido perfórmico. Temperatura, pH, disolvente, y
productos químicos caotrópicos pueden afectar al curso de la
oxidación.
Un gran número de mini-proteínas
con una pluralidad de enlaces disulfuro han sido sintetizadas
químicamente en forma biológicamente activa.
Los dominios de fijación exitosos pueden, solos
o como parte de una proteína de mayor tamaño, utilizarse para
cualquier propósito para el cual sean adecuadas las proteínas de
fijación, con inclusión de aislamiento o detección de materiales
diana. En apoyo de este propósito, las nuevas proteínas de fijación
pueden acoplarse directa o indirectamente, covalente o no
covalentemente, a un marcador, vehículo o soporte.
Cuando se utilizan como producto farmacéutico,
las nuevas proteínas de fijación pueden estar contenidas con
vehículos o adyuvantes adecuados.
Todas las células utilizadas en los ejemplos que
siguen son células de E. coli.
\vskip1.000000\baselineskip
El Ejemplo I implica la presentación de BPTI en
M13 como una fusión a la proteína madura de la cubierta del gen
VIII. Cada construcción de DNA se confirmó por digestión con
restricción y secuenciación del DNA.
\newpage
Los vectores de clonación operativos son M13 y
fagémidos derivados de M13. La construcción inicial se realizó en el
fagémido basado en f1 pGEM-3Zf (-)^{TM} (Promega
Corp., Madison, WI.).
Se construyó un gen que codificaba,
sucesivamente: i) un promotor lacUV5 modificado, ii) una
secuencia Shine-Dalgarno, iii) la secuencia señal de
VIII de M13, iv) BPTI maduro, v) proteína madura de la
cubierta del gen VIII de M13, vi) codones de parada múltiples, y
vii) un terminador de la transcripción. Este gen se ilustra en la
Tabla 102. El operador de lacUV5 es el lacO simétrico
que permita una represión más fuerte en ausencia de IPTG. El
segmento más largo que es idéntico al gen VIII de tipo
salvaje está minimizado de tal modo que la recombinación genética
con el gen VIII coexistente es improbable.
\vskip1.000000\baselineskip
pGEM-3Zf^{TM} (Promega Corp.,
Madison, WI.) es un vector que contiene el gen amp, el origen
de replicación bacteriano, el origen de replicación del bacteriófago
f1, un operón lacZ que contiene una secuencia de sitios de
clonación múltiples, y las secuencias de fijación de las polimerasas
T7 y SP6.
Se introdujeron sitios BamHI y
SalI en los límites del operón lacZ (para facilitar la
eliminación del operón lacZ y su reemplazamiento con el gen
sintético); este vector se denomina pGEM-MB3/4.
\vskip1.000000\baselineskip
M13mp18 (YANI85) es un vector (New England
Biolabs, Beverly, MA.) constituido por el total del genoma del fago
más un operón lacZ que contiene un sitio de clonación
múltiple (MESS67). Se introdujeron los sitios BamHI y
SalI en M13mp18 en los extremos 5' y 3' del operón
lacZ; este vector se denomina M13-MB1/2.
\vskip1.000000\baselineskip
Se construyó un gen sintético (secuencia
señal VIII::bpti maduro::proteína madura de la cubierta de VIII)
a partir de 16 oligonucleótidos sintéticos, sintetizados por Genetic
Designs Inc. Houston, Texas, por un método similar a los indicados
en KIMH89 y ASHM89. La Tabla 102 contiene una versión anotada de
esta secuencia. Se fosforilaron los oligonucleótidos, con la
excepción de las moléculas más próximas a 5', utilizando métodos
estándar; se reasociaron y se ligaron por etapas. Los salientes se
rellenaron con DNA polimerasa T4 y el DNA se clonó en el sitio
HincII de pGEM-3Zf(-); el constructo inicial
es pGEM-MB1. El DNA bicatenario de
pGEM-MB1 se cortó con PstI, se rellenó con
DNA-polimerasa T4 y se ligó a un enlazador
SalI (New England Biolabs) de tal modo que el gen sintético
está limitado por sitios BamHI y SalI (Tabla 102). El
gen sintético se obtuvo en una casete BamHI-SalI y se
clonó en pGEM-MB3/4 y M13-MB1/2
utilizando los sitios BamHI y SalI introducidos, para
generar pGEM-MB16 y M13-MB15,
respectivamente. La inserción sintética se secuenció. El Sitio de
Fijación de Ribosoma (RBS) original era erróneo (AGAGG en lugar del
AGGAGG diseñado) y se detectó que no expresaba proteína alguna in
vivo o in vitro.
\vskip1.000000\baselineskip
En pGEM-MB16, se reemplazó un
fragmento de DNA SacI-NheI (que contenía el RBS) con
un oligonucleótido que codificaba un nuevo RBS muy similar al RBS de
E. coli phoA que se sabe funciona.
RBS original supuesto
(5'-a-3')
Nuevo RBS
(5'-a-3')
Los RBSs supuestos se escriben con minúsculas y
el codón de inicio metionina está subrayado y en negrilla. El
producto resultante es pGEM-MB20. La expresión in
vitro del gen transportado por pGEM-MB20 produjo
una nueva especie de proteína del tamaño esperado, aproximadamente
14,5 kd.
\vskip1.000000\baselineskip
Para obtener mayor expresión de la proteína de
fusión, el promotor lacUV5 se cambió a un promotor
tac. En pGEM-MB16, se reemplazó un fragmento
BamHI-HpaII (que contenía el promotor lacUV5)
con un oligonucleótido que contenía la secuencia -35 del promotor
trp (compárese RUSS82) convirtiendo el promotor lacUV5
en tac. El vector se denomina pGEM-MB22.
\vskip1.000000\baselineskip
Las variantes de promotor y RBS del gen de la
proteína de fusión se construyeron como sigue:
\vskip1.000000\baselineskip
Los genes sintéticos de
pGEM-MB20 y pGEM-MB26 se clonaron de
nuevo en el vector de fago alterado M13-MB1/2 para
generar los fagos M13-MB27 y
M13-MB28 respectivamente.
\vskip1.000000\baselineskip
La expresión in vitro del gen sintético
regulado por tac y el "nuevo" RBS produjo una nueva
proteína del tamaño esperado para la proteína no procesada
(\approx 16 kd). La expresión in vivo produjo también una
nueva proteína de tamaño completo; no pudo apreciarse proteína
procesada alguna en el fago o en los extractos de células por
tinción con plata o por análisis Western con anticuerpo
anti-BPTI.
Por ello se analizó la secuencia señal de la
fusión. La Tabla 106 muestra cierto número de secuencias señal
típicas. Se cree generalmente que los residuos cargados que son de
mayor importancia y se representan en negrilla y
subrayados. Cada secuencia señal contiene un tramo largo de
residuos sin carga que son en su mayoría hidrófobos; éstos se
representan en minúsculas. A la derecha, entre paréntesis, se
muestra la longitud del tramo de residuos sin carga. Puede verse
que las fusiones de la señal del gen VIII a BPTI y la señal
del gen III a BPTI tienen segmentos sin carga relativamente
cortos. Estos segmentos cortos sin carga pueden reducir o impedir el
procesamiento de los péptidos de fusión. Es sabido que la secuencia
señal del gen III es capaz de dirigir: a) la inserción del
péptido que comprende (BPTI maduro)::(proteína madura del gen
III) en la bicapa lipídica, y b) la translocación de BPTI y
la mayor parte de la proteína madura del gen III a través de la
bicapa lipídica (véase más adelante). El hecho de que el gen III se
mantiene anclado en la bicapa lipídica hasta que se ensambla el fago
está dirigido por la región de anclaje desprovista de carga próxima
al término carboxi de la proteína madura del III (véase Tabla 116)
y no por la secuencia señal de secreción. La secuencia señal
phoA puede dirigir la secreción de BPTI maduro al periplasma
de E. coli (MARK86). Adicionalmente, existe controversia
acerca del mecanismo por el cual la proteína madura auténtica del
gen VIII viene a estar en la bicapa lipídica antes del ensamblaje
del fago.
Así pues, se reemplazó el DNA codificante del
gen VIII - secuencia señal supuesta por cada uno de los DNAs
codificantes de: 1) la secuencia señal phoA, 2) la secuencia
señal bla y 3) la señal del gen III de M13. Cada uno de
estos reemplazamientos produce un gen tripartito que codifica una
proteína de fusión que comprende, sucesivamente: (a) un péptido
señal que dirige la secreción al periplasma de las partes (b) y (c),
derivadas de un primer gen; (b) un dominio de fijación inicial
potencial (BPTI en este caso), derivado de un segundo gen en (este
caso, el segundo gen es un gen animal); y (c) una señal estructural
de empaquetamiento (la proteína madura de la cubierta del gen VIII),
derivada de un tercer gen.
El proceso por el cual la fusión IPBD::señal de
empaquetamiento llega a la superficie del fago se ilustra en la
Figura 1. En la Figura 1a, se observa que la proteína auténtica del
gen VIII aparece (por el proceso que sea) en la bicapa lipídica de
tal modo que tanto el término amino como el término carboxi se
encuentran en el citoplasma. La peptidasa señal I escinde la
proteína del gen VIII liberando el péptido señal (que es absorbido
por la célula) y la proteína madura de la cubierta del gen VIII que
abarca la bicapa lipídica. Muchas copias de la proteína madura de la
cubierta del gen VIII se acumulan en la bicapa lipídica en espera
del ensamblaje del fago (Figura 1c). Algunas secuencias señal son
capaces de dirigir la translocación de proteínas muy grandes a
través de la bicapa lipídica. Si se insertan codones adicionales
detrás de los codones que codifican el sitio de escisión de la
peptidasa señal I de una secuencia señal potente de esta clase, los
aminoácidos codificados se translocarán a través de la bicapa
lipídica como se muestra en la figura 1b. Después de la escisión por
la peptidasa señal I, los aminoácidos codificados por los codones
añadidos se encontrarán en el periplasma pero anclados a la bicapa
lipídica por la proteína madura de la cubierta del gen VIII, Figura
1d. El DNA del fago circular monocatenario se extrude a través de
una parte de la bicapa lipídica que contiene una concentración
elevada de la proteína madura de la cubierta del gen VIII; el
término carboxi de cada molécula de proteína de la cubierta se
empaqueta cerca del DNA, mientras que el término amino está
empaquetado en el exterior. Dado que la proteína de fusión es
idéntica a la proteína madura de la cubierta del gen VIII dentro del
dominio trans-bicapa, la proteína de fusión se
co-ensamblara con la proteína madura autentica de la
cubierta del gen VIII como se muestra en la Figura 1e.
En cada caso, el resto de la proteína madura de
la cubierta del gen VIII tiene por objeto coensamblarse con la
proteína autentica madura de la cubierta de VIII para producir
partículas de fago que tienen dominios BPTI presentados en la
superficie. La fuente y el carácter de la secuencia señal de
secreción no son importantes dado que la secuencia señal se corta y
se degrada. La señal estructural de empaquetamiento, sin embargo, es
muy importante porque tiene que co-ensamblarse con
la proteína auténtica de la cubierta para producir una vaina de
virus activa.
\vskip1.000000\baselineskip
El constructo pGEM-MB26 contiene
un fragmento SacI-AccIII que contiene el nuevo RBS y
secuencias que codifican la metionina de inicio y el péptido señal
de la pro-proteína VIII del gen M13. Este fragmento
se reemplazó con un dúplex (reasociado a partir de cuatro
oligonucleótidos) que contenían el RBS y DNA codificante de la
metionina de inicio y el péptido señal de PhoA (INOU82); el fago es
pGEM-MB42. M13MB48 es un derivado deGemMB42. Un
fragmento de DNA BamHI-SalI de GenMB42, que contenía
el constructo génico, se ligó en un vector M13MB1/2 escindido
análogamente, dando lugar a M13MB48.
PhoA RBS y secuencia del péptido señal
\vskip1.000000\baselineskip
Para permitir la transferencia del promotor de
\beta-lactamasa (amp) y DNA codificante del
péptido señal en el gen (BPTI maduro)::(proteína madura de la
cubierta de VIII), se introdujo primeramente un sitio AccIII
el gen amp adyacente a los codones para el sitio de escisión
del péptido señal de \beta-lactamasa
(C_{2504}\rightarrowT y A_{2501}\rightarrowG); el vector es
pGEM-MB40. Se ligó luego un enlazador BamHI
en el sitio AatII en el nucleótido 2260, 5' respecto al
promotor; el vector es pGEM-MB45. El fragmento
BamHI-AccIII contiene ahora el promotor amp,
amp RBS, la metionina de inicio y el péptido señal de
\beta-lactamasa. Este fragmento se utilizo para
reemplazar el fragmento correspondiente de pGEM-MB26
a fin de generar un constructo pGEM-MB46.
\newpage
Secuencias del promotor del gen amp y el
péptido señal
\vskip1.000000\baselineskip
Puede construirse también
M13-MB51 que podría transportar un gen Km^{R} y un
fragmento del gen M13-gen
III-péptido señal fusionado al fragmento del gen
BPTI::proteína madura de la cubierta de VIII, descrito
previamente. Dado que M13-MB51 no contiene cantidad
alguna del gen III, el fago no puede formar placas, pero
puede hacer dar células Km^{R}. Pueden obtenerse partículas de
fago infeccioso por la vía de un fago adyuvante. La secuencia señal
del gen III es capaz de dirigir (BPTI)::proteína madura del
gen III) a la superficie del fago (véase más adelante).
Sumario de variantes de la proteína de fusión
del péptido señal
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
Se utilizo un sistema procariota acoplado de
transcripción/traducción (Amersham Corp., Arlington Heights, IL)
para el análisis in vitro de los productos proteínicos
codificados por el gen sintético BPTI/VIII y los derivados.
\newpage
La Tabla 107 enumera los productos proteínicos
codificados por los vectores enumerados que se visualizan por
fluorografía estándar después de síntesis in vitro en
presencia de ^{35}S-metionina y separación de los
productos utilizando electroforesis en gel de
SDS-poliacrilamida. En cada muestra, puede verse un
producto de pre-\beta-lactamasa
(\approx31 kd). Éste se deriva del gen amp que es el gen de
selección común para los vectores. Adicionalmente, pueden verse,
como se indica, un producto (pre-BPTI/VIII)
codificado por el gen sintético y variantes. la migración de estas
especies (\approx14,5 kd) es coherente con el tamaño esperado de
las proteínas codificadas.
\vskip1.000000\baselineskip
Los vectores detallados en las secciones (B) y
(C) se transfectaron recientemente en la cepa de E. coli
XL1-Blue^{(TM)} (Stratagene, La Jolla, CA) y en
la cepa SEF'. La cepa de E. coli SE6004 (LISS85) lleva la
mutación pr1A4 y es más permisiva en secreción que las cepas
que llevan el pr1A de tipo salvaje. SE6004 es F^{-} y se
deleciona por lacI; así pues, las células no pueden ser
infectadas por M13 y los promotores lacUV5 y tac no
pueden ser regulados con IPTG. La cepa SEF' se deriva de la cepa
SE6004 (LISS85) por cruzamiento con
XL1-Blue^{(TM)}; la F' en
XL1-Blue^{(TM)} lleva Tc^{R} y
lacI^{q}. SE6004 es estreptomicina^{R}, Tc^{S}
mientras que XL1-Blue^{(TM)} es
estreptomicina^{S}, Tc^{R} de tal modo que ambas cepas
parentales pueden ser destruidas con la combinación de Tc y
estreptomicina. SEF' retiene el fenotipo permisivo en secreción de
la cepa parental, SE6004 (pr1A4).
Los transfectantes recientes se cultivaron en
medio NZYCM (SAMB89) durante 1 hora. Se añadió IPTG a lo largo del
intervalo de 1,0 \muM a 0,5 mM (para desreprimir lacUV5 y
tac) y se dejaron en cultivo durante 1,5 horas más.
Partes alícuotas de células que expresaban las
proteínas purificadas por la inserción sintética junto con
controles (sin vector alguno, con vector falso, y sin IPTG) se
lisaron en tampón de carga del gel SDS y se sometieron a
electroforesis en geles con 20% de poliacrilamida que contenían SDS
y urea. Los geles duplicados se tiñeron con plata (Daiichi, Tokio,
Japón) o se electrotransfirieron a una matriz de nailon (Immobilon
de Millipore, Bedford, MA) para análisis Western utilizando
anticuerpos policlonales anti-BPTI de conejo.
La Tabla 108 enumera las proteínas interesantes
observadas por tinción con plata y análisis Western de geles
idénticos. Puede verse claramente por análisis Western que existen
especies de proteínas inducibles por IPTG que contienen epítopes de
BPTI en las cepas de test que están ausentes de las cepas de
control. En XL1-Blue^{(TM)}, la migración de esta
especie es predominantemente la de la forma no procesada de la
pro-proteína, aunque una pequeña proporción de la
proteína parece migrar en un tamaño coherente con el de una forma
totalmente procesada. En SEF', predomina la forma procesada,
existiendo solamente una banda débil que corresponde a la especie no
procesada.
Así pues, en la cepa SEF', se ha producido una
proteína de fusión tripartita que es escindida específicamente
detrás de la secuencia señal de secreción. Los autores de la
invención creen que la proteína madura comprende BPTI seguido por
la proteína de la cubierta del gen VIII y que el resto de proteína
de la cubierta se extiende a través de la membrana. Una o más
copias, quizás centenares de copias, de esta proteína se
co-ensamblaran en el fago derivado de M13 o
fagémidos semejantes a M13. Esta construcción permitirá a)
mutagenizar el dominio BPTI, b) presentar cada una de las variantes
en la cubierta de uno o más fagos (un solo tipo por fago), y c)
recuperar aquellos fagos que presenten variantes que tengan nuevas
propiedades de fijación con respecto a los materiales diana de
elección por los autores de la invención.
Rasched y Oberer (RASC86) comunican que los
fagos producidos en células que expresan dos alelos del gen
VIII, que tienen diferencias dentro de los primeros 11
residuos de la proteína madura de la cubierta, contienen algo de
cada una de las proteínas. Así, dado que se ha conseguido el
procesamiento in vivo del gen de fusión phoA (señal)
::BPTI::VIII madura, es muy probable que la
co-expresión de este gen con VIII de tipo
salvaje llegue a la producción de dominios BPTI portadores
de fago en su superficie. La mutagénesis del dominio BPTI de estos
genes proporcionara una población de fago, llevando cada fago un gen
que codifica la variante de BPTI presentada en la superficie del
fago.
\vskip1.000000\baselineskip
El OCV puede cultivarse en
XL1-Blu^{(TM)} en ausencia de IPTG. Típicamente,
se toma un taco de una placa y se cultiva en 2 ml de medio, que
contiene células diluidas recientemente, durante 6 a 8 horas.
Después de la centrifugación de este cultivo, se titula el
sobrenadante. Se mantiene éste como un stock de fago para infección
ulterior, producción del fago, y presentación del producto génico de
interés.
Una dilucion de 100 veces de un cultivo nocturno
reciente de células SEF' en 500 ml de medio NZCYM se deja en
cultivo hasta una densidad de células de 0,4 (Ab 600 nm) en una
máquina de sacudidas a 37ºC. Se añade a este cultivo una cantidad
suficiente del stock de fago para dar una MOI de 10 junto con IPTG
para dar una concentración final de 0,5 mM. El cultivo se mantiene
durante 2 horas más.
\vskip1.000000\baselineskip
El cultivo bacteriano productor de fago se
centrifuga para separar el fago en el sobrenadante del sedimento
bacteriano. Se añade al sobrenadante una cuarta parte, en volumen,
de solución de precipitación de fago (20% PEG, acetato de amonio
3,75M) y PMSF hasta una concentración final de 1 mM. Se deja la
misma en hielo durante dos horas, después de lo cual se recupera el
fago precipitado por centrifugación. Se redisuelve el sedimento de
fago en TrisEDTA que contiene 0,1% de Sarkosyl y se deja a 4ºC
durante 1 hora, después de lo cual se separan por centrifugación
cualesquiera bacterias y residuos bacterianos. El fago en el
sobrenadante se reprecipita con PEG durante una noche a 4ºC. El
sedimento de fago se resuspende en medio LB y se reprecipita otras
dos veces para eliminar el detergente. El fago se guarda en medio
LB a 4ºC, se titula, y se utiliza para análisis y estudios de
fijación.
Un esquema más severo de purificación del fago
implica centrifugación en un gradiente de CsCl (3,86 g de CsCl
disueltos en tampón NET (NaCl 0,1M, EDTA 1 mM, Tris 0,1M, pH 7,7)
para completar 10 ml). Se mezclan 10^{12} a 10^{13} fagos en
tampón TE Sarkosyl con 5 ml de tampón NET de CsCl y se centrifugan
durante una noche a 34K rpm en, por ejemplo, una ultracentrífuga
Sorvall OTD-65B. Se separan cuidadosamente partes
alícuotas de 400 \mul. Se separan partes alícuotas de 5 \mul de
las fracciones y se analizan por electroforesis en gel de agarosa
después de calentar a 65ºC durante 15 minutos junto con el tampón de
carga de gel que contiene 0,1% de SDS. Las fracciones que contienen
el fago se agrupan, se reprecipita el fago y se redisuelve
finalmente en medio LB hasta una concentración de 10^{12} a
10^{13} fagos por ml.
\vskip1.000000\baselineskip
Los fagos de presentación se analizan utilizando
métodos estándar de electroforesis en gel de poliacrilamida y
tinción con plata del gel o electrotransferencia a una matriz de
nailon seguida por análisis con antisuero anti-BPTI
(análisis Western). La presentación de proteínas heterólogas se
cuantifica por comparación con diluciones seriadas de la proteína
de partida, por ejemplo BPTI, junto con las muestras de fago de
presentación en la electroforesis y los análisis Western. Un método
alternativo implica correr una dilucion seriada de dos veces de un
fago en la cual tanto la proteína principal de la cubierta como la
proteína de fusión se tiñen con plata. La comparación de las
relaciones de las dos especies proteínicas permite estimar el número
de proteínas de fusión por fago, dado que el número de proteínas
codificadas por el gen VIII por fago (\approx3000) es
conocido.
\vskip1.000000\baselineskip
La expresión in vivo de la proteína de
fusión BPTI:VIII procesada, codificada por los vectores GemMB42 y
M13MB48, indicaba que el producto de fusión procesado está
localizado probablemente en el interior de la membrana celular. Así,
el mismo podría ser incorporado en el fago y sería posible que el
resto BPTI se presentara en la superficie del fago.
Se infectaron células SEF' con M13MB48 o
M13mp18, como control. Los fagos resultantes se sometieron a
electroforesis (\approx10^{11} fagos por pista) en un gel de
poliacrilamida al 20% que contenía urea, seguido por
electrotransferencia a una matriz de nailon y análisis Western
utilizando suero de conejo anti-BPTI. Se observo una
sola especie de proteína en el fago derivado de infección con el
fago de stock M13MB48 que no se observaba en la infección de
control.
Esta proteína migraba a un tamaño aparente de
\approx12 kd, coherente con el de la proteína de fusión totalmente
procesada.
El análisis Western del lisado bacteriano de
SEF' con o sin infección de fago demostró otra especie de proteína
de aproximadamente 20 kd. Esta especie está presente también, en
menor grado, en preparaciones de fago que se precipitaron
simplemente con PEG sin purificación ulterior (por ejemplo,
utilizando detergente no iónico o por centrifugación en gradiente
de CsCl). Una comparación de las preparaciones de fago M13MB48
realizadas en presencia o ausencia de detergente a1, demostró que
el tratamiento con Sarkosyl y la purificación en gradiente de CsCl
eliminaban el contaminante bacteriano mientras que no tenían efecto
alguno sobra la presencia de la proteína de fusión BPTI:VIII. Esto
indica que la proteína de fusión se ha incorporado y es un
constituyente del cuerpo del fago.
La evolución temporal de la producción de fagos
y la incorporación de BPTI:VIII se siguió después de la infección y
después de la inducción con IPTG. La producción de fago y la
incorporación de la proteína de fusión parecían ser máximas al cabo
de dos horas. Esta evolución temporal se utilizó en las producciones
y análisis del fago ulteriores.
La electroforesis en poliacrilamida de las
preparaciones de fago, seguida por tinción con plata, demostró que
las preparaciones estaban esencialmente exentas de especies de
proteínas contaminantes, y que estaba presente una banda proteínica
suplementaria en el fago derivado de M13MB48, que no estaba presente
en el fago de control. El tamaño de la nueva proteína era coherente
con el observado por análisis Western. Un análisis similar de un
fago BPTI:VIII incorporado diluido serialmente demostró que la
relación de proteína de fusión a proteína principal de la cubierta
era por regla general aproximadamente 1:150. Dado que el fago
contiene aproximadamente 3000 copias del producto del gen VIII, la
población de fago contiene, por término medio, 10's de copias de
proteína de fusión por fago.
\vskip1.000000\baselineskip
El OCV M13MB48 contiene el gen sintético que
codifica la proteína de fusión BPTI:VIII en la región intergénica
del vector de fago M13mp18 modificado. El resto del vector está
constituido por el genoma de M13. Para aumentar la incorporación en
el fago de la proteína de fusión, se decidió reducir la producción
del producto natural del gen VIII por alteración del codón de
metionina de inicio de este gen a CTG. En tales casos, la metionina
se incorpora, pero la velocidad de inicio se reduce. El cambio se
realizó por mutagénesis de oligonucleótidos orientada.
Los análisis del fago derivado de este vector
modificado indicaban que existía un aumento significativo en la
relación de proteína de fusión a proteína principal de la cubierta.
Estimaciones cuantitativas indicaron que en una población de fagos
se incorporaban tantas como 100 copias de la fusión
BPTI-VIII por fago.
\vskip1.000000\baselineskip
Se había demostrado que la proteína de fusión
BPTI:VIII está incorporada en el cuerpo del fago. Este fago se
analizó ulteriormente para demostrar que el resto BPTI estaba
accesible a anticuerpos específicos y por tanto se presentaba en la
superficie del fago.
Se añadió IgG anti-BPTI
policlonal purificada de conejo a un título conocido de fago.
Después de la incubación, se añaden perlas de proteína
A-agarosa para fijar la IgG y se dejan incubar
durante una noche. Las perlas de IgG-proteína A y
cualquier fago fijado se separan por centrifugación seguido por una
nueva titulación del sobrenadante a fin de determinar la pérdida de
fago. El fago fijado a las perlas puede eluirse también con ácido y
titularse. El ensayo incluye controles, tales como un stock de fago
WT (M13mp18) e IgG purificada de suero normal
pre-inmune de conejo.
La Tabla 140 muestra que si bien el título del
fago WT no se altera por IgG anti-BPTI,
BPTI-IIIMK (control positivo, véase más
adelante), demostraba una caída significativa en el título con o
sin la adición suplementaria de perlas de proteína A. (Obsérvese
que, dado que el resto BPTI forma parte de gIIIp que fija el fago a
los pili bacterianos, esto es de esperar). Dos lotes de fago
M13MB48 (que contenían la proteína de fusión BPTI:VIII) demostraron
una reducción significativa en el título, a juzgar por las pfus,
cuando se añadieron anticuerpos anti-BPTI y perlas
de proteína A. La caída inicial en el título con el anticuerpo solo,
difiere algo entre los dos lotes de fago. La recuperación del fago
inmunoprecipitado, si bien no era cuantitativa, era significativa
cuando se comparó con el control de fago WT.
En la Tabla 141 y la Tabla 142 se muestran
controles adicionales. Los datos demostraban que la pérdida de
título observada por el fago que contenía BPTI:VIII es resultado de
la presentación de epítopes de BPTI por estos fagos y la
interacción específica con anticuerpo anti-BPTI. No
pudo demostrarse interacción alguna significativa con perlas
proteína-agarosa o IgG purificada a partir de suero
normal de conejo. La mayor caída de título para el lote M13MB48
cinco refleja el mayor nivel de incorporación de la proteína de
fusión en esta preparación.
\vskip1.000000\baselineskip
Las dos secciones anteriores demostraron que la
proteína de fusión BPTI:VIII se ha incorporado en el cuerpo del
fago y que el resto BPTI se presenta en la superficie del fago. Para
demostrar que la molécula presentada es funcional, se realizaron
experimentos de fijación de una manera prácticamente idéntica a la
descrita en la sección previa excepto que se utilizaron proteasas
en lugar de anticuerpos. El fago de presentación y los controles se
dejaron interaccionar con proteasas inmovilizadas o proteasas
desactivadas inmovilizadas. La fijación se evalúa por la pérdida de
título del fago de presentación o por determinación del fago fijado
a las perlas.
La Tabla 143 muestra los resultados de un
experimento en el cual se dejó que el fago de presentación de
BPTI.VIII, M13MB48, se fijara a perlas de
anhidro-tripsina-agarosa. Había una
caída de título significativa comparada con el fago WT (BPTI no
presentado). Una agrupación de fagos (agrupación 5AA), contiene cada
uno una extensión diversificada de 5 aminoácidos en la interfaz
BPTI:proteína principal de la cubierta, demostraba una caída
similar en el título. En el control (Tabla 143), se observó muy poca
fijación inespecífica del fago de presentación, llevando las perlas
de agarosa una proteína inconexa (estreptavidina).
La fijación real del fago de presentación se
demuestra por los datos presentados para los experimentos en la
Tabla 144. El control negativo es M13mp18 y el control positivo es
BPTI-IIIMK, un fago en el cual se ha demostrado que
se presenta y es funcional el resto BPTI, unido a la proteína del
gen III. M13MB48 y M13MB56 se fijan ambos a las perlas de
anhidro-tripsina de una manera comparable a la del
control positivo, siendo 40 a 60 veces mejores que el control
negativo (fago no presentado). Por tanto, se demostró la
funcionalidad del resto BPTI, en la proteína principal de fusión de
la cubierta.
Adicionalmente, la Tabla 145 compara la fijación
a tripsina activa y desactivada por un fago. Los fagos de control,
M13mp18 y BPTI-III MK, demostraron fijación similar
a la detallada en otro lugar en la presente solicitud. Obsérvese
que la fijación relativa se mejora con tripsina debido a la aparente
reducción acusada en la fijación inespecífica del fago WT a la
proteasa activa. M13.3X7 y M13.3X11, cada uno de los cuales contiene
extensiones del enlazador "EGGGS" en la interfaz del dominio,
se fijaban a anhidro-tripsina y tripsina de una
manera similar al fago BPTI-IIIMK. La fijación, con
relación a un fago sin presentación, era \approx100 veces mayor en
el ensayo de fijación de anhidro-tripsina y al
menos 1000 veces mayor en el ensayo de fijación de tripsina. La
fijación de otra variante del enlazador "EGGGS" (M13.3Xd) era
similar a la de M13.3X7.
Para demostrar la especificidad de fijación, se
repitieron los ensayos con perlas de elastasa de neutrófilos
humanos (HNE) y se compararon con lo observado con las perlas de
tripsina, Tabla 146. BPTI tiene una afinidad muy alta para tripsina
y una afinidad baja para HNE, por lo que un fago de presentación
BPTI debería reflejar estas afinidades cuando se utiliza en ensayos
de fijación con estas perlas. Los controles negativo y positivo
para fijación de tripsina eran como ya se ha descrito arriba,
incluyéndose un control positivo adicional para las perlas de HNE,
BPTI (K15L, MGNG)-III MA. Los resultados,
presentados en la Tabla 146, confirmaron esta predicción. Los fagos
M13MB48, M13.3X7 y M13.3X11 demostraron una fijación satisfactoria a
la tripsina, con relación al fago WT y el control HNE
(BPTI(K15L,MGNG)-III MA), siendo comparable
al fago BPTI-III MK. Inversamente, tenía lugar una
fijación insuficiente cuando se utilizaron perlas HNE, con la
excepción del fago de control HNE-positivo.
Tomados en su conjunto, los datos acumulados
demostraban que cuando BPTI forma parte de una proteína de fusión
con la proteína principal de la cubierta del fago M13, la molécula
se presenta a la vez en la superficie del fago y una proporción
importante del mismo es funcional con una manera de fijación
específica de proteasa.
\vskip1.000000\baselineskip
Se condujeron manipulaciones del DNA de acuerdo
con procedimientos estándar como se describen en Maniatis et
al. (MANI82) O Sambrook et al.(SAMB89. Primeramente se
separó el gen lacZ de M13-MB1/2. Se cortó
M13-MB1/2RF con BamHI y SalI y se
aisló el fragmento grande. El fragmento recuperado de 6819 pb se
rellenó con enzima Klenow, se ligó a un enlazador HindIII
8mero, y se utilizó para transfectar células
XL1-Blue^{(TM)} (Stratagene, La Jolla, CA) que se
extendieron subsiguientemente en placas respecto a formación de
calvas. Se preparó el RF DNA a partir de calvas seleccionadas y se
eligió un clon, M13-MB1/2-delta, que
contenía sitios regenerados BamHI y SalI y un nuevo
sitio HindIII, todos ellos 500 pb aguas arriba del sitio
BglII (6935).
Se introdujo un sitio NarI singular en los
codones 17 y 18 del gen III (cambiando los aminoácidos de
H-S a G-A, Cf. Tabla 110) en
M13-MB1/2-delta:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
La presencia de un sitio singular NarI en
el nucleótido 1630 se confirmó por análisis con enzimas de
restricción; el nuevo vector es
M13-MB1/2-delta-NarI.
Se preparó el fago MK por clonación del fragmento de 1,3 kb
BamHI Km^{R} del plásmido pUC4K (Pharmacia, Piscataway, NJ)
en
M13-MB1/2-delta-NarI.
El fago MK se desarrolla satisfactoriamente como M13 de tipo
salvaje, lo que indica que los cambios en el sitio de escisión de la
proteína del gen III no son detectablemente deletéreos para el
fago.
\newpage
Se construyó el vector de expresión
BPTI-III por medios estándar. La fusión sintética
bpti-VIII contiene un sitio NarI que
comprende los dos últimos codones de la región codificante de BPTI.
Se introdujo un segundo sitio NarI aguas arriba de la región
codificante de BPTI por ligación del adaptador que se muestra a
M13-MB26 cortado con AccIII:
La muestra de ligación se cortó luego con
NarI y un fragmento de DNA de 180 pb que codificaba BPTI. El
RF DNA del fago MK se digirió con NarI, se desfosforiló, y se ligó
al fragmento de 180 pb. Se utilizaron muestras de ligación para
transfectar XL1-Blue^{(TM)} que se extendieron en
placas para calvas Km^{R}. El DNA, aislado del fago derivado de
las calvas, se testó respecto a hibridación a una sonda de DNA
bicatenario fosforilada con ^{32}P, correspondiente al gen BPTI.
Se hicieron preparaciones RF en gran escala para clones que
exhibieran una señal de hibridación fuerte. El análisis por
digestión con enzimas de restricción confirmó la inserción de una
sola copia del gen sintético BPTI en el gen III de MK para
generar el fago MK-BPTI. La secuenciación
subsiguiente del DNA confirmó que la secuencia del gen de fusión
bpti-III es correcta y que el marco de
lectura correcto se mantiene. la Tabla 116 muestra la región
codificante entera, la traducción en secuencia de proteínas, y las
partes funcionales de la cadena polipeptídica.
\vskip1.000000\baselineskip
Se añadió RF DNA de MK-BPTI a un
extracto procariota acoplado de
transcripción-traducción (Amersham). Se produjeron
proteínas radiomarcadas recién sintetizadas y se separaron
subsiguientemente por electroforesis en un gel de
SDS-poliacrilamida al 15%. El DNA de
MK-BPTI dirige la síntesis de una proteína de fusión
del gen III no procesada que es 7 Kd más larga que el gen III WT,
coherentemente con la inserción de 58 aminoácidos de BPTI en la
proteína del gen III. Se inmunoprecipitaron las proteínas
radiomarcadas a partir del extracto procariota exento de células.
Ni la IgG anti(proteína VIII del gen M13) de conejo, ni la
IgG normal de conejo eran capaces de inmunoprecipitar la proteína
del gen III codificada por MK o por MK-BPTI. Sin
embargo, la IgG anti-BPTI de conejo es capaz de
precipitar la proteína del gen III codificada por
MK-BPTI pero no por MK. Esto confirma que el
aumento en tamaño de la proteína III codificada por
MK-BPTI es atribuible a la inserción de la proteína
BPTI.
\vskip1.000000\baselineskip
Se recuperaron fagos de cultivos por
precipitación con PEG. Para separar las células residuales, los
fagos recuperados se resuspendieron en un tampón rico en sal y se
centrifugaron, de acuerdo con las instrucciones para el kit de
mutagénesis MUTA-GENE^{(R)} M13 in vitro
(Número de Catálogo 170-3571,
Bio-Rad, Richmond, CA). Se sometieron a
electroforesis partes alícuotas de fago (que contenían hasta 40
\mug de proteína) en un gen de
SDS-urea-poliacrilamida al 12,5% y
las proteínas se electrotransfirieron a una hoja de Immobilon. Se
desarrollaron transferencias Western utilizando suero de conejo
anti-BPTI, que se había incubado previamente con un
extracto de E. coli, seguido por anticuerpo
anti-conejo de cabra conjugado a fosfatasa alcalina.
Se detecta una proteína inmunoreactiva de 67 Kd en las
preparaciones del fago MK-BPTI pero no en las del
fago MK. El tamaño de la proteína inmunoreactiva es coherente con
el tamaño predicho de una proteína de fusión
BPTI-III procesada (6,4 Kd + 60 Kd). Estos datos
indican que los epítopes específicos de BPTI se presentan en la
superficie del fago MK-BPTI pero no en la del fago
MK.
\vskip1.000000\baselineskip
La anhidro-tripsina es un
derivado de tripsina que tiene el sitio activo serina convertido en
deshidroalanina. La anhidro-tripsina retiene la
fijación específica de tripsina pero no la actividad de proteasa. Al
contrario que los anticuerpos policlonales, no se espera que la
anhidro-tripsina fije BPTI no plegado o fragmentos
incompletos.
Los fagos MK-BPTI y MK se
diluyeron a una concentración de 1,4\cdot10^{12} partículas por
ml en tampón TBS (PARM88) que contenía 1,0 mg/ml de BSA. Se
añadieron 30 \mul de fago diluido a 2, 5 ó 10 \mul de una
suspensión espesa al 50% de anhidro-tripsina
inmovilizada en agarosa (Pierce Chemical Co., Rockford, IL) en
tampón TBS/BSA. Después de la incubación a 25ºC, se separaron partes
alícuotas, se diluyeron en caldo LB enfriado en hielo y se
titularon respecto a unidades formadoras de calvas en un césped de
células XL1-Blue^{(TM)}. La Tabla 114 muestra que
la incubación del fago MK-BPTI con
anhidro-tripsina inmovilizada da como resultado una
pérdida muy importante de título durante un periodo de 4 horas,
mientras que no se observa dicho efecto con el fago MK (control).
La reducción en el título de fago es también proporcional a la
cantidad de anhidro-tripsina inmovilizada añadida
al fago MK-BPTI. La incubación con 5 \mul de una
suspensión al 50% de estreptavidina inmovilizada en agarosa (Sigma,
St. Louis, MO) en tampón TBS/BSA no reduce el título de ninguno de
los fagos MK-BPTI o MK. Estos datos son coherentes
con la presentación de una proteína BPTI funcional correctamente
plegada en la superficie del fago MK-BPTI pero no en
la del fago MK. Los dominios BPTI desplegados o incompletos no se
espera que fijen anhidro-tripsina. Adicionalmente,
los dominios BPTI desplegados se espera que sean inespecíficamente
adherentes.
\vskip1.000000\baselineskip
Los fagos MK-BPTI y MK se
diluyeron a una concentración de 4\cdot10^{8} unidades
formadoras de calvas por ml en caldo LB. Se añadieron 15 \mul de
fago diluido a un volumen equivalente de suero
anti-BPTI de conejo o suero normal de conejo
(diluidos ambos 10 veces en caldo LB). Después de incubación a 37ºC,
se tomaron partes alícuotas, se diluyeron por 10^{4} en caldo LB
enfriado en hielo y se titularon respecto a pfus en un césped de
XL1-Blue^{(TM)}. La incubación del fago
MK-BPTI con suero anti-BPTI da como
resultado una pérdida continua del título a lo largo de un periodo
de dos horas, mientras que no se observa dicho efecto con el fago
MK. Como era de esperar, el suero normal de conejo no reduce el
título de ninguno de los fagos MK-BPTI o MK. Antes
de la incubación del suero anti-BPTI con proteína
BPTI auténtica pero no con una cantidad equivalente de proteína de
E. coli, se bloquea la capacidad del suero para reducir el
título del fago MK-BPTI. Estos datos con coherentes
con la presentación de epítopes específicos de BPTI en la superficie
del fago MK-BPTI pero no en la del fago MK. Dicho
de un modo más específico, los datos indican que estos epítopes BPTI
están asociados con la proteína del gen III y que la asociación de
esta proteína de fusión con un anticuerpo anti-BPTI
bloquea su capacidad para mediar la infección de las células.
\vskip1.000000\baselineskip
Los fagos MK-BPTI y MK se
diluyeron a una concentración de 4\cdot10^{8} unidades
formadoras de calvas por ml en caldo LB. Los fagos diluidos se
añadieron a un volumen equivalente de tripsina diluido a diversas
concentraciones en caldo LB. Después de la incubación a 37ºC, se
separaron partes alícuotas, se diluyeron por 10^{4} en caldo LB
enfriado en hielo y se titularon respecto a unidades formadoras de
calvas en un césped de XL1-Blue^{(TM)}. La
incubación del fago MK-BPTI con 0,15 \mug de
tripsina da como resultado una pérdida del 70% en el título después
de 2 horas, mientras que se observa solamente una pérdida de 15% en
el título para el fago MK. Una reducción en la cantidad de tripsina
añadida al fago da como resultado una reducción en la pérdida de
título. Sin embargo, para todas las concentraciones de tripsina
investigadas, los fagos MK-BPTI son más sensibles a
la incubación con tripsina que el fago MK. Por tanto, la asociación
de la proteína de fusión BPTI-III presentada en la
superficie del fago MK-BPTI con tripsina bloquea su
capacidad para mediar la infección de las células.
La reducción en el título de fago MK por
tripsina es un ejemplo de un fenómeno que es probablemente general:
las proteasas, en caso de estar presentes en cantidad suficiente,
degradarán las proteínas en el fago y reducirán su infectividad. La
presente solicitud enumera varios medios que pueden utilizarse para
resolver este problema.
\vskip1.000000\baselineskip
Los fagos MK-BPTI y MK se
diluyeron a una concentración de 1,4\cdot10^{12} partículas por
ml en tampón TBS (PARM88) que contenía 1,0 mg/ml de BSA. Se
añadieron 4,0 x 10^{10} fagos a 5 \mul de una suspensión al 50%
de perlas de anhidro-tripsina inmovilizadas en
agarosa (Pierce Chemical Co.) o perlas de estreptavidina
inmovilizadas en agarosa (Sigma) en TBS/BSA. Después de una
incubación de tres horas a la temperatura ambiente, se redujeron
las perlas a un sedimento por centrifugación durante 30 segundos a
5000 rpm en una microcentrífuga y se recogió la fracción
sobrenadante. Las perlas se lavaron 5 veces con tampón TBS/Tween
(PARM88) y después de cada lavado se redujeron las perlas a un
sedimento por centrifugación y se retiró el sobrenadante.
Finalmente, se resuspendieron las perlas en tampón de elución (HCl
0,1N que contenía 1,0 mg/ml de BSA ajustado a pH 2,2 con glicina) y
después de una incubación de 5 minutos a la temperatura ambiente, se
redujeron las perlas a un sedimento por centrifugación. El
sobrenadante se separó y se neutralizó por adición de tampón
Tris-HCl 1,0M, pH 8,0.
Se aplicaron partes alícuotas de las muestras de
fago a una membrana Nytran utilizando un equipo de filtración
Minifold de Schleicher y Schuell (Keene, NH) y se inmovilizó el DNA
de fago en la membrana Nytran por estufado a 80ºC durante 2 horas.
El filtro tratado en la estufa se incubó a 42ºC durante 1 hora en
solución de prelavado (MANI82) y solución de
pre-hibridación (5Prima-3Prima, West
Chester, PA). El fragmento de DNA de 1,0 Kb NarI (base
1630)/XmnI (base 2646) de MK RF se marcó radiactivamente con
^{32}P-dCTP utilizando un kit de oligomarcación
(Pharmacia, Piscataway, NJ). La sonda radiactiva se añadió al filtro
Nytran en solución de hibridación (5Prima-3Prima)
y, después de incubación durante una noche a 42ºC, se lavó y se
autorradiografió el filtro.
La eficiencia de este sistema de selección por
afinidad puede determinarse semi-cuantitativamente
utilizando un procedimiento de hibridación puntual. La exposición
de las perlas de anhidro-tripsina tratadas con fago
MK-BPTI a tampón de elución libera el fago
MK-BPTI fijado. Las perlas de estreptavidina no
retienen el fago MK-BPTI. Las perlas de
anhidro-tripsina no retienen el fago MK. En el
experimento representado en la Tabla 115, se estima que 20% de los
fagos MK-BPTI totales estaban fijados a 5 \mul de
la anhidro-tripsina inmovilizada y se recuperaban
subsiguientemente por lavado de las perlas con tampón de elución (pH
2,2 HCl/glicina). En las mismas condiciones, no se fijaba fago
MK-BPTI detectable alguno y se recuperaba
subsiguientemente de las perlas de estreptavidina. La cantidad de
fago MK-BPTI recuperada en la fracción de elución es
proporcional a la cantidad de anhidro-tripsina
inmovilizada añadida al fago. No se fijaba fago MK detectable alguno
a las perlas inmovilizadas de anhidro-tripsina o
estreptavidina y no se recuperó fago alguno con tampón de elución.
Estos datos indican que el sistema de selección por afinidad arriba
descrito puede utilizarse para seleccionar respecto a fagos que
presentan una proteína específica plegada
(en este caso, BPTI). No es de esperar que los dominios BPTI desplegados o incompletos fijen anhidro-tripsina.
(en este caso, BPTI). No es de esperar que los dominios BPTI desplegados o incompletos fijen anhidro-tripsina.
\vskip1.000000\baselineskip
Los fagos MK-BPTI y MK se
diluyeron a una concentración de 1\cdot10^{10} partículas por ml
en solución salina tamponada con Tris (PARM88) que contenía 1,0
mg/ml de BSA. Se añadieron 2\cdot10^{8} fagos a 2,5 \mug de
IgG anti-BPTI biotinilada de conejo en TBS/BSA o
anticuerpo IgG biotinilado anti-ratón de conejo
(Sigma) en TBS-BSA, y se incubaron durante una noche
a 4ºC. Una suspensión al 50% de
estreptavidina-agarosa (Sigma) se lavó tres veces
con tampón TBS antes de incubación con 30 mg/ml de BSA en tampón TBS
durante 60 minutos a la temperatura ambiente, se lavó tres veces
con tampón TBS-Tween (PARM88) y se resuspendió a una
concentración final de 50% en este tampón. Las muestras que
contenían fago e IgG biotinilada se diluyeron con TBS/Tween antes
de la adición de estreptavidina-agarosa en tampón
TBS/Tween. Después de una incubación de 60 minutos a la temperatura
ambiente, las perlas de estreptavidina-agarosa se
redujeron a un sedimento por centrifugación durante 30 segundos y
se recogió la fracción sobrenadante. Las perlas se lavaron 5 veces
con tampón TBS/Tween y, después de cada lavado, se redujeron las
perlas a un sedimento por centrifugación y se separó el
sobrenadante. Finalmente, las perlas
estreptavidina-agarosa se resuspendieron en tampón
de elución (HCl 0,1N que contenía 1,0 mg/ml de BSA ajustado a pH
2,2 con glicina), se incubaron 5 minutos a la temperatura ambiente,
y se peletizaron por centrifugación. Se retiró el sobrenadante y se
neutralizó por adición de tampón Tris-HCl 1,0M, pH
8,0.
Se aplicaron partes alícuotas de las muestras de
fago a una membrana Nytran utilizando un aparato Minifold
Schleicher y Schuell. Se inmovilizó el DNA de fago en la membrana
Nytran por estufado a 80ºC durante 2 horas. Se lavaron los filtros
durante 60 minutos en solución de prelavado (MANI82) a 42ºC y se
incubaron luego a 42ºC durante 60 minutos en solución de
pre-hibridación Southern
(5Prima-3Prima). El fragmento de DNA de 1,0 Kd
NarI (1630 pb)/XmnI (2646 pb) de MK RF se marcó
radiactivamente con ^{32}P-\alpha dCTP
utilizando un kit de oligomarcación (Pharmacia, Piscataway, NJ).
Las membranas Nytran se transfirieron de la solución de
pre-hibridación a una solución de hibridación
Southern (5Prima-3Prima) a 42ºC. Se añadió la sonda
radioactiva a la solución de hibridación y, después de incubación
durante una noche a 42ºC, se lavó el filtro tres veces 2 x SSC,
0,1% SDS a la temperatura ambiente y una sola vez a 65ºC en 2 x SSC,
0,1% SDS. Las membranas Nytran se sometieron a autorradiografía. La
eficiencia del sistema de selección por afinidad puede determinarse
semi-cuantitativamente utilizando el procedimiento
de hibridación puntual anterior. La comparación de las manchas A1 y
B1 o C1 y D1 indica que la mayoría del fago no se pegaba a las
perlas estreptavidina-agarosa. El lavado con tampón
TBS/Tween separa la mayor parte de los fagos que están asociados
inespecíficamente con perlas de estreptavidina. La exposición de
las perlas de estreptavidina a tampón de elución libera el fago
fijado únicamente en el caso de los fagos MK-BPTI
que se han incubado previamente con IgG anti-BPTI
biotinilada de conejo. Estos datos indican que el sistema de
selección por afinidad arriba descrito puede utilizarse para
seleccionar fago que presente un antígeno específico (en este caso
BPTI). Se estima un factor de enriquecimiento de al menos 40 veces
basado en el cálculo:
Para aumentar la flexibilidad entre BPTI y
gVIIIp maduro, se introdujeron codones para extensiones peptídicas
entre estos dominios.
\vskip1.000000\baselineskip
El producto del gen III de M13 contiene regiones
"semejantes a tallos" como implica la visualización
micrográfica electrónica del bacteriófago (LOPE85). La secuencia de
aminoácidos predicha de esta proteína contiene motivos repetitivos,
que incluyen:
glu.gly.gly.gly.ser (EGGGS) siete veces
gly.gly.gly.ser (GGGS) tres veces
glu.gly.gly.gly.thr (EGGGT) una vez.
\vskip1.000000\baselineskip
La finalidad de esta sección fue insertar, en la
interfaz del dominio, extensiones de unidades múltiples que
reflejaran especularmente los motivos repetitivos observados en el
producto del gen III.
Se sintetizaron dos oligonucleótidos sintéticos.
Se seleccionó la tercera base de estos codones a fin de que la
traducción del oligonucleótido en la dirección opuesta produjera
SER. Cuando se reasocian los oligonucleótidos sintéticos, dan la
secuencia dúplex unitaria siguiente (un enlazador EGGGS):
El dúplex tiene un saliente 5' común de dos
pares de bases (GC) en ambos extremos del enlazador, lo que permite
para ambos la ligación de unidades múltiples y la posibilidad de
clonarse en la secuencia de reconocimiento singular NarI
presente en los OCV's M13MB48 y Gem MB42. Este sitio está
posicionado a la distancia de 1 codón del DNA que codifica la
interfaz. La clonación de un enlazador EGGGS (o enlazador múltiple)
en el sitio del vector NarI destruye esta secuencia de
reconocimiento. La inserción del enlazador EGGGS en orientación
inversa conduce a la inserción de GSSSL en la proteína de
fusión.
La adición de un solo enlazador EGGGS en el
sitio NarI del gen representado en la Tabla 113 conduce al
gen siguiente:
Obsérvese que no existe preselección alguna para
la orientación del o de los enlazadores insertados en el OCV y que
podrían existir enlazadores múltiples de cualquier orientación (con
la secuencia de aminoácidos predicha EGGGS o GSSSL) o una mezcla de
orientaciones (repeticiones invertidas de DNA).
Se estableció una escalera de enlazadores
múltiples de longitud creciente por reasociación y ligación de los
dos oligonucleótidos de partida que contenían diferentes
proporciones de extremos 5' fosforilados y no fosforilados. La
lógica subyacente en este contexto es que la ligación procede desde
el extremo 3' no fosforilado de un oligonucleótido al extremo 5'
fosforilado de otro. El uso de una mezcla de oligonucleótidos
fosforilados y no fosforilados permite la formación de un elemento
de control en toda la extensión de la formación del enlazador
múltiple. Una escalera que muestra una gama de tamaños de inserción
era detectada fácilmente por electroforesis en gel de agarosa que
abarcaba 15 pb (1 unidad dúplex-5 aminoácidos) hasta
más de 600 pares de bases (40 enlazadores
ligados-200 aminoácidos).
Repeticiones invertidas largas pueden conducir a
inestabilidad genética. Por ello, los autores de la invención
seleccionaron eliminarlas, antes de ligación al OCV, por digestión
de la población de enlazadores múltiples con las enzimas de
restricción AccIII o XhoI, dado que los enlazadores,
cuando se ligan "cabeza con cabeza" o "cola con cola",
generan estas secuencias de reconocimiento. Dicha digestión reduce
significativamente el intervalo de tamaños de los enlazadores
múltiples a un valor comprendido entre 1 y 8 unidades enlazadoras
(es decir entre 5 y 40 aminoácidos en pasos de 5), como se evaluó
por electroforesis en gel de agarosa.
Los enlazadores se ligaron (como una agrupación
de tamaños de inserción diferentes o como fragmentos discretos
purificados en gel) en los OCVs escindidos con NarI M13MK48 o
GemMB42 utilizando métodos estándar. Después de ligación, se añadió
la enzima de restricción NarI para separar el OCV
auto-ligante de partida (dado que la inserción del
enlazador destruye la secuencia de reconocimiento de NarI).
Se utilizó esta mezcla para transformar células XL-1
Blue y se extendió adecuadamente para calvas (OCV M13MB48) o
colonias resistentes a ampicilina (OCV GemMB42).
Los transformantes se cribaron utilizando
análisis de DNA por hibridación puntual con una de dos sondas
oligonucleotídicas marcadas con ^{32}P. Una sonda estaba
constituida por una secuencia complementaria al DNA codificante del
bucle P1 de PBTI, mientras que la segunda tenía una secuencia
complementaria al DNA codificante de la región interfaz del dominio.
Los candidatos enlazadores adecuados se sondarían positivamente con
la primera sonda y negativamente o deficientemente con la segunda.
Se utilizaron clones purificados de calvas para generar stocks de
fago para análisis de fijación y presentación de BPTI, mientras que
el RF DNA derivado de células infectadas con fago se utilizó para
análisis con enzimas de restricción y secuenciación. Las secuencias
de inserción representativas de clones seleccionados analizadas son
como sigue:
Se cree que estos enlazadores oligómeros, muy
flexibles, son útiles para unir un dominio de fijación a la proteína
principal de la cubierta (gen VIII) de fagos filamentosos a fin de
facilitar la presentación del dominio de fijación en la superficie
del fago. Los mismos pueden ser también útiles en la construcción de
OSPs quiméricos asimismo para otros paquetes genéticos.
\vskip1.000000\baselineskip
Se utilizó una agrupación de fagos que contenía
una extensión pentapeptídica diversificada en la interfaz
BPTI:proteína de la cubierta para infectar células SEF'. Utilizando
los criterios de la sección anterior, se determinó que las proteínas
de fusión extendidas se incorporaban en el fago. La electroforesis
en gel del fago generado, seguida por tinción con plata o análisis
Western con suero de conejo anti-BPTI, mostró
proteínas de fusión que migraban análogamente a, pero de modo
sensiblemente más lento que, la proteína de fusión de partida.
Con relación a las extensiones de "enlazador
EGGGS" de la interfaz de dominio, se analizaron de manera análoga
stocks de fago individuales que se había predicho contendrían una o
más extensiones de unidades de 5 aminoácidos. La migración de las
proteínas de fusión extendidas era fácilmente distinguible de la
proteína de fusión parental cuando se examinaba por análisis Western
o tinción con plata. Los clones analizados con mayor detalle
incluían M13.3x4 (que contiene un solo enlazador EGGGS invertido con
una secuencia de aminoácidos predicha de GSSSL), M13.3x7 (que
contiene un enlazador correctamente orientado con una secuencia de
aminoácidos predicha de EGGGS), M13.3x11 (que contiene tres
enlazadores con una inversión y una secuencia de aminoácidos
predicha para la extensión de EGGGSGSSSLGSSSL) y M13.3xd que
contiene una extensión constituida por al menos 5 enlazadores de 25
aminoácidos.
Las proteínas de fusión extendidas se
incorporaron todas ellas en fago a niveles altos (como promedio
estaban presentes 10's de copias por fago y, cuando se analizaron
por electroforesis en gel, migraban en tasas coherentes con el
tamaño predicho de la extensión). Los clones M13.3x4 y M13.3x7
migraban a una posición muy similar pero discerniblemente diferente
de la proteína de fusión parental, mientras que M13.3x11 y M13.3xd
eran notablemente mayores.
\vskip1.000000\baselineskip
En los ejemplos que siguen se utilizaron los
materiales y métodos siguientes.
\vskip1.000000\baselineskip
HPQ6, una mini-proteína supuesta
enlazada por disulfuros, se presentaba en el fago M13 como una
inserción en la proteína del gen III (gIIIp). M13 tiene
aproximadamente 5 copias de gIIIp por virión. Los fagos se
construyeron por métodos estándar. HPQ6 incluye la secuencia
CHPQFPRC característica del péptido E de fijación de estreptavidina
de Devlin (DEVL90), así como un sitio de reconocimiento F.X_{a}
(véase la Tabla 820). Se demostró que los fagos HPQ6 se fijaban a
estreptavidina.
Se utilizó como control un fago de presentación
inconexo sin afinidad alguna para estreptavidina, MKTN.
\vskip1.000000\baselineskip
Disponible comercialmente, inmovilizada en
perlas de agarosa (Pierce). La estreptavidina (StrAv) inmovilizada
en perlas de agarosa al 6% a una concentración de 1 a 2 mg por ml de
gel, se proporcionó como una suspensión espesa al 50%. Disponible
también como proteína libre (Pierce) con una actividad específica de
14,6 unidades por mg (1 unidad fijará 1 \mug de biotina). Se
prepara una solución stock de 1 mg por ml en PBS que contiene 0,01%
de azida.
\vskip1.000000\baselineskip
Disponible comercialmente (Boehringer Mannheim)
en forma cristalizada. Se prepara una solución stock de 4 mM.
\vskip1.000000\baselineskip
Se utilizan tiras o placas Immulon (#2 o #4). Se
añaden 100 \mul de stock StrAv a cada pocillo de 250 \mul de
capacidad y se incuban durante una noche a 4ºC. Se retira el stock y
se reemplaza con 250 \mul de PBS que contiene BSA a una
concentración de 1 mg por ml, y se deja a 4ºC durante una hora más.
Antes de utilizarlos en un ensayo de fijación de fagos, los pocillos
se lavan rápidamente 5 veces con 250 \mul de PBS que contiene 0,1%
de Tween.
\vskip1.000000\baselineskip
Entre 10 y 20 \mul de la suspensión de perlas
StrAv (5 a 10 \mul de volumen de perlas) se lavan 3 veces con
tampón de fijación (TBS que contiene BSA a una concentración de 1 mg
por ml) inmediatamente antes del ensayo de fijación. Se añaden a
cada microtubo 50 a 100 \mul de tampón de fijación que contiene
fago de control o fago de presentación de péptido (10^{8} a
10^{11} unidades totales formadoras de calvas - pfu's). Se
deja que transcurra la fijación durante 1 hora a la temperatura
ambiente utilizando un rotor punta con punta. Las perlas se
centrifugan brevemente y se retira el sobrenadante. Se lavan las
perlas cinco veces más con 1 ml de TBS que contiene 0,1% de Tween,
consistiendo cada lavado en una incubación de 5 minutos y una
centrifugación breve. Finalmente, los fagos fijados se eluyen de las
perlas StrAv por una incubación de 10 minutos con tampón de citrato
de Ph 2 que contiene 1 mg por ml de BSA, y que se neutraliza
subsiguientemente con 260 \mul de Tris 1M de pH 8. El número de
fagos presente en cada paso se determina como unidades formadoras de
calvas (pfu's) después de diluciones apropiadas y extensión en
placas en un césped de F' que contiene E. coli.
\vskip1.000000\baselineskip
Se añaden a cada pocillo recubierto con StrAv
100 \mul de tampón de fijación (PBS con 1 mg por ml de BSA) que
contiene una cantidad conocida de fago (entre 10^{8} y 10^{11}
pfu's). La incubación transcurre durante 1 hora a la temperatura
ambiente, seguida por eliminación del fago no fijado y 10 lavados
rápidos con PBS y 0,1% de Tween. Los fagos fijados se eluyen con 250
\mul de tampón de citrato de pH 2 que contiene 1 mg por ml de BSA
y neutralización con 60 \mul de Tris 1M de pH 8. El número de
fagos presentes en cada paso se determina como unidades formadoras
de calvas (pfu's) después de diluciones apropiadas y extensión en
placas en un césped de F' que contiene E. coli.
\vskip1.000000\baselineskip
Se determinó que la capacidad de fijación de las
perlas de agarosa StrAv para biotina conjugada con HRP era
\approx1 \mug (equivalente a \approx150 pmol de biotina) por
cada 5 \mul de perlas (la cantidad utilizada en estos
experimentos).
\vskip1.000000\baselineskip
Se incubaron 5 \mul de perlas StrAv con 10 ng
de biotina-HRP en tampón de fijación
(TBS-BSA) en presencia de cantidades variables de
DTT (reducidas al menos en un 99%). Después de una incubación de 15
minutos a la temperatura ambiente, se lavaron dos veces las perlas
en tampón de fijación y se añadió un sustrato de HRP. Se dejó que
transcurriera el revelado del color y se anotó de una manera
semicuantitativa. La Tabla 827 muestra que la fijación de la
peroxidasa de rábano picante biotinilada (HRP) no se ve afectada en
gran medida por concentraciones de DTT inferiores a 20 mM.
N.B. Las concentraciones de DTT de 20 y 50 mM inhibían
también la interacción de HRP y sustrato en ausencia de perlas de
StrAv, teniendo por tanto un efecto general negativo en este
sistema.
\vskip1.000000\baselineskip
Se añadieron 10^{8} pfu's de HPQ6 a tampón de
fijación (TBS-BSA) en presencia de diferentes
concentraciones de DTT. Se incubaron a la temperatura ambiente
durante 1 hora y luego se diluyeron y se extendieron en placas para
determinar el título como pfu's. La Tabla 828 muestra el efecto de
DTT sobre la infectividad del fago HPQ6. Por tanto, o bien DTT no
tiene efecto alguno sobre las infectividades de los fagos a lo largo
de esta gama de concentraciones, o los efectos se invierten por
dilución del fago. A partir de estos experimentos de control resulta
evidente que puede utilizarse DTT a concentraciones inferiores a 10
mM en estudios acerca del efecto de los agentes reductores sobre la
fijación del fago de presentación de péptido a StrAv.
La Tabla 829 muestra el efecto de DTT sobre la
fijación de los fagos HPQ6 y MKTN a las perlas StrAv. El efecto más
significativo de DTT sobre la fijación de HPQ6 a StrAv ocurría entre
0,1 y 1,0 mM DTT, una concentración para la cual no se observaba
efecto negativo alguno en los experimentos de control preliminares.
Estos resultados indican claramente que, en el caso del fago de
presentación HPQ6, DTT tiene un efecto acusado sobre la fijación a
StrAv y que la presencia de un potente disulfuro en el péptido
presentado es un requerimiento para una buena fijación.
\vskip1.000000\baselineskip
El fago HPQ6 contiene un sitio de reconocimiento
F.X_{a} de bovino (YIEGR/IV). En muchos casos, IEGR es un
sitio de reconocimiento suficiente para F.X_{a}, pero los autores
de la invención han extendido el sitio en ambas direcciones para
facilitar una escisión eficiente. El efecto de la preincubación del
fago HPQ6 con F.X_{a} en cuanto a la fijación a las perlas StrAv
se muestra en la Tabla 832. Así, si bien esta concentración de
F.X_{a} (2,5 unidades) no tenía efecto medible alguno sobre el
título del fago de presentación tratado, la misma tenía un efecto
muy acusado sobre la capacidad del fago de presentación tratado para
fijarse a StrAv. Esto es coherente con la secuencia de
reconocimiento de StrAv que se separa por la acción de F.X_{a},
reconociendo y escindiendo la secuencia YIEGR/IV.
La Tabla 833 muestra el efecto del tratamiento
con F.X_{a} de HPQ6 después de fijación a StrAv. ¿Es posible
separar el fago de presentación fijado a su diana por el uso de
F.X_{a} en lugar de pH o elución de agente caotrópico? Se dejó que
los fagos de presentación HPQ6 se fijaran a StrAv y se incubaron
luego o bien en tampón F.X_{a} o en el mismo tampón junto con 2,5
unidades de F.X_{a} durante 3 horas. La cantidad eluida se comparó
con el número total de fagos fijado a juzgar por una elución a pH 2.
Por consiguiente, mientras los fagos de presentación se separan
lentamente en el tampón solo, la presencia de F.X_{a} aumenta
significativamente esta tasa.
La eliminación del fago de presentación HPQ6 de
StrAv por F.X_{a} se estudió también como función de la cantidad
de enzima añadida y el tiempo de incubación, como se muestra en la
Tabla 834. N.B. para concentraciones mayores de la enzima
(1,2 U durante 1 hora o 2,5 U durante 2 horas), se observó una
pérdida de infectividad del fago tratado tal como se midió por
pfu's.
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(Tabla pasa a página
siguiente)
Anótense las equivalencias de enzima
siguientes:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
- ASHM89:
- Ashman, Matthews, and Frank (\underbar{1989}) Protein Engineering 2(5): 387-91.
- BANN81:
- Banner, DW, C Nave, and DA Marvin, Nature (\underbar{1981}), 289: 814-816.
- BECK89c:
- Becker, S, E Atherton, and RD Gordon, Eur J Biochem, (Oct 20 1989), 185(1)79-84.
- BERG88:
- Berg, JM, Proc Natl Acad Sci USA (\underbar{1988}), 85: 99-102.
- BETT88:
- Better, M, CP Chang, RR Robinson, and AH Horwitz, Science (\underbar{1988}), 240: 1041-1043.
- BOEK80:
- Boeke, JD, M Russel, and P Model, J Mol Biol (\underbar{1980}), 144: 103-116.
- CHAN79:
- Chang, CN, P Model, and G Blobel, Proc Natl Acad Sci USA (\underbar{1979}), 76: 1251-1255.
- CHOU74:
- Chou, PY, and GD Fasman, Biochemistry (\underbar{1974}), 13: (2) 222-45.
- COLM87:
- Hemostasis and Thrombosis, Second Edition, Editors Colman, Hirsh, Marder, and Salzman, Published by Pippincott, Philadelphia, PA, 1987, ISBN 0-397-50679-1.
- CREI84:
- Creighton, TE, Proteins: Structures and Molecular Principles, W H Freeman & Co, New York, \underbar{1984}.
- CWIR90:
- Cwirla, SE, EA Peters, RW Barrett, and WJ Dower, Proc Natl Acad Sci USA, (August 1990), 87: 6378-6382.
- DELA88:
- de la Cruz, VF, AA Lal and TF McCutchan, J Biol Chem, (\underbar{1988}), 263(9)4318-22.
- DEVL90:
- Devlin, JJ, LC Panganiban, and PE Devlin, Science, (27 July 1990), 249: 404-406.
- DICK83:
- Dickerson, RE, and I Geis, Hemoglobin: Structure, Function, Evolution, and Pathology, The Bejamin/Cummings Publishing Co, Menlo Park, CA, \underbar{1983}.
- DULB86:
- Dulbecco, R, US Patent 4,593,002, June 3, 1986.
- GAUS87:
- Gauss, P, KB Krassa, DS McPheeters, MA Nelson, and L Gold, Proc Natl Acad Sci USA (\underbar{1987}), 84: 8515-19.
- GIBS88:
- Gibson, TJ, JPM Postma, RS Brown, and P Argos, Protein Engineering (\underbar{1988}), 2(3)209-218.
- GUAN91:
- Guan, KL and Dixon JE, Anal. Biochem, (\underbar{1991}), 192: 262-67.
- HARD90:
- Hard, T, E Kellenbach, R Boelens, BA Maler, K Dahlman, LP Freedman, J Carlstedt-Duke, KR Yamamoto, J-A Gustafsson, and R Kaptein, Science (13 July 1990), 249: 157-60.
- HORV89:
- Horvat, S, B Grgas, N Raos, and VI Simeon, Int J Peptide Protein Res (\underbar{1989}), 34: 346-51.
- INOU82:
- Inouye, H, W Barnes, and J Beckwith, J Bacteriol (\underbar{1982}), 149(2)434-439.
- ITOK79:
- Ito, K, G Mandel, and W Wickner, Proc Natl Acad Sci USA (\underbar{1979}), 76: 1199-1203.
- JANA89:
- Janatova, J, KBM Reid, and AC Willis, Biochem (\underbar{1989}), 28: 4754-61.
- JANI85:
- Janin, J, and C Chothia, Methods in Enzymology (\underbar{1985}), 115(28)420-430.
- KAPL78:
- Kaplan, DA, L Greenfield, and G Wilcox, in The Single-Stranded DNA Phages, Denhardt, DT, D Dressler, and DS Ray editors, Cold Spring Harbor Laboratory, \underbar{1978}., p461-467.
- KATZ90:
- Katz, B, and AA Kossiakoff, Proteins, Struct, Funct, and Genet (\underbar{1990}), 7: 343-57.
- KIMH89:
- Kim, et al., Protein Engineering (\underbar{1989}), 2(1): 379-86.
- KISH85:
- Kishore, R, and P Balaram, Biopolymers (\underbar{1985}), 24: 2041-43.
- KUHN85a:
- Kuhn, A, and W Wickner, J Biol Chem (\underbar{1985}), 260: 15914-15918.
- KUHN85b:
- Kuhn, A, and W Wickner, J Biol Chem (\underbar{1985}), 260: 15907-15913.
- KUHN87:
- Kuhn, A, Science (\underbar{1987}), 238: 1413-1415.
- LISS85:
- Liss, LR, BL Johnson, and DB Oliver, J Bacteriol (\underbar{1985}), 164(2)925-8.
- LOPE85a:
- Lopez, J, and RE Webster, J Bacteriol (\underbar{1985}), 163(3)1270-4.
- LUIT85:
- Luiten, RGM, DG Putterman, JGG Schoenmakers, RNH Konings, and LA Day, J Virology, (\underbar{1985}), 56(1)268-276.
- LUIT87:
- Luiten, RGM, RIL Eggen, JGG Schoenmakers, and RNH Konings, DNA (\underbar{1987}), 6(2)129-37.
- MAKO80:
- Makowski, L, DLD Caspar, and DA Marvin, J Mol Biol (\underbar{1980}), 140: 149-181.
- MANI82:
- Maniatis, T, EF Fritsch, and J Sambrook, Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratory, \underbar{1982}.
- MARK86:
- Marks, CB, M Vasser, P Ng, W Henzel, and S Anderson, J Biol Chem (\underbar{1986}), 261:7115-7118.
- MARV78:
- Marvin, DA, in The Single-Stranded DNA Phages, Denhardt, DT, D Dressler, and DS Ray editors, Cold Spring Harbor Laboratory, \underbar{1978}., p583-603.
- MATS89:
- Matsumura, M, WJ Becktel, M Levitt, and BW Matthews, Proc Natl Acad Sci USA (\underbar{1989}), 86: 6562-6.
- MCCA90:
- McCafferty, J, AD Griffiths, G Winter, and DJ Chiswell, Nature, (6 Dec 1990), 348: 552-4.
- MESS77:
- Messing, J, B Gronenborn, B Muller-Hill, and PH Hofschneider, Proc Natl Acad Sci USA (\underbar{1977}), 74: 3642-6.
- MESS78:
- Messing, J, and B Gronenborn, in The Single-Stranded DNA Phages, Denhardt, DT, D Dressler, and DS Ray editors, Cold Spring Harbor Laboratory, \underbar{1978}., p449-453.
- NICH88:
- Nicholson, H, WJ Becktel, and BW MAtthews, Nature (\underbar{1988}), 336: 651-56.
- NISH82:
- Nishiuchi, Y, and S Sakakibara, FEBS Lett (\underbar{1982}), 148: 260-2.
- NISH86:
- Nishiuchi, Y, K Kumagaye, Y Noda, TX Watanabe, and S Sakakibara, Biopolymers, (\underbar{1986}), 25: S61-8.
- OHKA81:
- Ohkawa, I, and RE Webster, J Biol Chem (\underbar{1981}), 256: 9951-9958.
- OLIV90a:
- Olivera, BM, J Rivier, C Clark, CA Ramilo, GP Corpuz, FC Abogadie, EE Mena, SR Woodward, DR Hillyard, LJ Cruz, Science, (20 July 1990), 249: 257-263.
- PABO79:
- Pabo, CO, RT Sauer, JM Sturtevant, and M Ptashne, Proc Natl Acad Sci USA (\underbar{1979}), 76: 1608-1612.
- PARM88:
- Parmley, SF, and GP Smith, Gene (\underbar{1988}), 73: 305-318.
- PERR84:
- Perry, LJ, and R Wetzel, Science (\underbar{1984}), 226: 555-7.
- PERR86:
- Perry, LJ, and R Wetzel, Biochem (\underbar{1986}), 25: 733-39.
- POTE83:
- Poteete, AR, J Mol Biol (\underbar{1983}), 171: 401-418.
- RASC86:
- Rasched, I, and E Oberer, Microbiol Rev (\underbar{1986}) 50: 401-427.
- RASH84:
- Rashin, A, Biochemistry (\underbar{1984}), 23: 5518.
- ROSE85:
- Rose, GD, Methods in Enzymololgy (\underbar{1985}), 115(29)430-440.
- RUSS81:
- Russel, M, and P Model, Proc Natl Acad Sci USA (\underbar{1981}), 78: 1717-1721.
- RUSS82:
- Russel and Model, Cell (\underbar{1982}), 28(1): 177-84.
- SALI88:
- Sali, D, M Bycroft, and AR Fersht, Nature (\underbar{1988}), 335: 740-3.
- SAMB89:
- Sambrook, J, EF Fritsch, and T Maniatis, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory, \underbar{1989}.
- SAUE86:
- Sauer, RT, K Hehir, RS Stearman, MA Weiss, A Jeitler-Nilsson, EG Suchanek, and CO Pabo, Biochem (\underbar{1986}), 25: 5992-98.
- SCHA78:
- Schaller, H, E Beck, and M Takanami, in The Single-Stranded DNA Phages, Denhardt, D.T., D. Dressler, and D.S. Ray editors, Cold Spring Harbor Laboratory, \underbar{1978}., p139-163.
- SCHN86:
- Schnabel, E, W Schroeder, and G Reinhardt, Biol Chem Hoppe-Seyler (\underbar{1986}), 367: 1167-76.
- SCOT87a:
- Scott, MJ, CS Huckaby, I Kato, WJ Kohr, M Laskowski Jr., M-J Tsai and BW O'Malley, J Biol Chem (\underbar{1987}), 262(12)5899-5907.
- SCOT90:
- Scott, JK, and GP Smith, Science, (27 July 1990), 249: 386-390.
- SMIT85:
- Smith GP, Science (\underbar{1985}), 228: 1315-1317.
- SUMM91:
- Summers, J. Cell Biochem. (\underbar{1991}), 45(1): 41-8.
- VITA84:
- Vita, C, D Dalzoppo, and A Fontana, Biochemistry (\underbar{1984}), 23: 5512-5519.
- WEBS78:
- Webster, RE, and JS Cashman, in The Single-Stranded DNA Phages, Denhardt, DT, D Dressler, and DS Ray editors, Cold Spring Harbor Laboratory, \underbar{1978}., p557-569.
- WELL86:
- Wells, JA, and DB Powers, J Biol Chem (\underbar{1986}), 261: 6564-70.
- YANI85:
- Yanisch-Perron, C, J Vieira, and J Messing, Gene, (\underbar{1985}), 33: 103-119.
- ZAFA88:
- Zafaralla, GC, C Ramilo, WR Gray, R Karlstrom, BM Olivera, and LJ Cruz, Biochemistry, (\underbar{1988}), 27(18)7102-5.
- ZIMM82:
- Zimmermann, R, C Watts, and W Wickner, J Biol Chem (\underbar{1982}), 257: 6529-6536.
\vskip1.000000\baselineskip
Las páginas 140-148 siguientes
se refieren a realizaciones preferidas de la invención, en donde el
término "reivindicación" quiere decir "realización".
Claims (23)
1. Un método para identificar proteínas de
fijación que se fijan a una diana, comprendiendo el método los pasos
de
(a) proporcionar una biblioteca de fagos
filamentosos, en donde
- (i)
- cada fago en la biblioteca presenta en su superficie al menos una copia de una proteína quimérica de la cubierta codificada por un primer gen de fago, en donde la proteína quimérica de la cubierta comprende un dominio de fijación potencial que es un mutante de un dominio proteínico conocido extraño a dicho fago, y en donde dicho fago comprende adicionalmente un segundo gen de fago que codifica la proteína nativa de la cubierta del fago;
- (ii)
- cada fago en la biblioteca comprende al menos una copia de una proteína quimérica de la cubierta codificada por un primer gen de fago, en donde la proteína quimérica de la cubierta se presenta en la superficie del fago, en donde la proteína quimérica de la cubierta comprende un dominio de fijación potencial que es un mutante de un dominio proteínico conocido extraño a dicho fago, en donde cada fago comprende un segundo gen de fago que comprende un codón de leucina como codón de iniciación y que codifica la proteína nativa de la cubierta del fago;
- o
- (iii)
- cada fago en la biblioteca presenta en su superficie al menos una copia de una proteína quimérica de la cubierta codificada por un primer gen de fago, en donde la proteína quimérica de la cubierta comprende un dominio de fijación potencial que es un mutante de un dominio proteínico conocido extraño a dicho fago, y en donde la proteína quimérica de la cubierta comprende un fragmento susceptible de ensamblamiento de una proteína de la cubierta de dicho fago sin la porción de pelos de la proteína de la cubierta;
(b) poner en contacto dicha biblioteca de fagos
filamentosos con la diana; y
(c) separar los fagos sobre la base de su
afinidad para la diana.
\vskip1.000000\baselineskip
2. El método de la reivindicación 1, alternativa
(i), en donde el dominio de fijación potencial comprende un epítope
potencial.
3. El método de cualquiera de la reivindicación
1, alternativa (i), y la reivindicación 2, en donde el primer gen de
fago comprende adicionalmente una secuencia señal de secreción
citoplásmica que codifica un péptido señal, en donde la secuencia
señal de secreción se selecciona del grupo constituido por las
secuencias señal de los genes phoA, bla y geneIII.
4. El método de la reivindicación 3, en donde el
péptido señal dirige una proteína codificada por el primer gen de
fago a la membrana interna de la célula hospedadora bacteriana
infectada por dicho fago, en donde el péptido señal se separa, dando
como resultado una proteína madura quimérica de la cubierta.
5. El método de la reivindicación 4, en donde la
proteína madura quimérica de la cubierta comprende al menos una
porción de una proteína del gen VIII del fago.
6. El método de la reivindicación 5, en donde
dicha proteína quimérica se ensambla con una proteína de tipo
salvaje de la cubierta del fago en la cubierta del fago.
7. El método de la reivindicación 1, alternativa
(ii), en donde el dominio de fijación potencial comprende un epítope
potencial.
8. El método de cualquiera de la reivindicación
1, alternativas (i) o (ii), y las reivindicaciones
2-7, en donde los dominios de fijación potenciales
comprenden al menos una variación parcialmente aleatoria de una o
más posiciones predeterminadas de aminoácidos de dicho dominio
conocido para obtener aleatoriamente en cada una de dichas
posiciones un aminoácido perteneciente a un conjunto predeterminado
de dos o más aminoácidos, presentándose los aminoácidos de cada
conjunto en dicha posición en proporciones predeterminadas
esperadas, dando así como resultado una diferenciación entre los
dominios de fijación potenciales.
9. El método de la reivindicación 8, en donde la
diferenciación entre dichos dominios de fijación potenciales de
dicha biblioteca está limitada a no más de aproximadamente 20
residuos de aminoácidos predeterminados de una secuencia de
aminoácidos que codifica el dominio.
10. El método de la reivindicación 9, en donde
para cada conjunto, la relación de la probabilidad de aparición del
aminoácido más favorecido a la del aminoácido menos favorecido es
menor que aproximadamente 2,6.
11. El método de cualquiera de la reivindicación
1, alternativas (i) o (ii), y las reivindicaciones
2-10, en donde para cualquier dominio de fijación
potencial, la probabilidad de que el mismo sea presentado por al
menos un fago en dicha población es al menos 50%.
12. El método de cualquiera de la reivindicación
1, alternativas (i) o (ii), y las reivindicaciones
2-11, en donde para cualquier dominio de fijación
potencial, la probabilidad de que el mismo sea presentado por al
menos un fago en dicha población es al menos 90%.
13. El método de cualquiera de la reivindicación
1, alternativas (i) o (ii), y las reivindicaciones
2-12, en donde dicha biblioteca de fagos
filamentosos se caracteriza por la presentación de al menos
10^{5} dominios de fijación potenciales diferentes.
14. El método de cualquiera de la reivindicación
1, alternativas (i) o (ii), y las reivindicaciones
2-13, en donde el dominio de fijación potencial se
selecciona del grupo constituido por (a) dominios de fijación de
inhibidor de la tripsina pancreática de bovino, crambina, inhibidor
III de la tripsina de Cucurbita maxima, una enterotoxina
termoestable de Escherichia coli, una alfa-, mu- u
omega-conotoxina, apamina, caribdotoxina, inhibidor
de la proteasa secretora de los leucocitos, cistatina, eglina,
inhibidor de la proteasa de cebada, ovomucoide, lisozima T4,
lisozima de clara de huevo de gallina, ribonucleasa, azurina, factor
de necrosis tumoral, y CD4, y (b) dominios al menos sustancialmente
homólogos con cualquiera de los dominios precedentes y que tienen un
punto de fusión de al menos 50ºC.
15. Un método para identificar epítopes que se
fijan en una diana, comprendiendo el método los pasos de
- (a)
- proporcionar una biblioteca de fagos filamentosos, en donde cada fago en la biblioteca comprende un primer gen de fago y un segundo gen de fago, en donde cada fago expresa en su superficie al menos una copia de una proteína quimérica de la cubierta que comprende un epítope potencial, en donde la proteína quimérica de la cubierta está codificada por el primer gen de fago, y en donde cada fago expresa en su superficie la proteína de tipo salvaje de la cubierta del fago codificada por el segundo gen de fago;
- o
- cada fago en la biblioteca expresa en su superficie al menos una copia de una proteína quimérica de la cubierta que comprende un epítope potencial, en donde la proteína quimérica de la cubierta está codificada por un primer gen de fago, y en donde cada fago comprende adicionalmente un segundo gen de fago que comprende un codón de leucina como codón de iniciación y que codifica la proteína nativa de la cubierta del fago;
- (b)
- poner en contacto dicha biblioteca de fagos filamentosos con la diana; y
- (c)
- separar los fagos sobre la base de su afinidad para la diana.
\vskip1.000000\baselineskip
16. El método de cualquiera de la reivindicación
15, alternativas primera y segunda, en donde el primer gen de fago
comprende una secuencia señal de secreción citoplásmica que codifica
un péptido señal, en donde la secuencia señal de secreción se
selecciona del grupo constituido por las secuencias señal de los
genes phoA, bla y geneIII.
17. El método de la reivindicación 16, en donde
el péptido señal dirige una proteína codificada por el primer gen de
fago a la membrana interna de la célula hospedadora bacteriana
infectada por dicho fago, en donde el péptido señal se separa, dando
como resultado una proteína madura quimérica de la cubierta.
18. El método de la reivindicación 17, en donde
la proteína madura quimérica de la cubierta comprende al menos una
porción de una proteína del gen VIII del fago.
19. El método de la reivindicación 17, en donde
dicha proteína quimérica está ensamblada con una proteína de tipo
salvaje de la cubierta del fago en la cubierta del fago.
20. El método de la reivindicación 1,
alternativa (i), en donde la proteína quimérica de la cubierta
comprende un fragmento susceptible de ensamblamiento de una proteína
de la cubierta de dicho fago sin la producción de pelos de la
proteína de la cubierta.
21. El método de la reivindicación 1,
alternativa (i), en donde el segundo gen de fago comprende
adicionalmente un codón de leucina como codón de iniciación.
22. El método de la reivindicación 1,
alternativa (iii), en donde cada fago comprende adicionalmente un
segundo gen de fago que codifica la proteína nativa de la cubierta
del fago.
23. El método de la reivindicación 1,
alternativa (iii), en donde cada fago comprende adicionalmente un
segundo gen de fago que comprende un codón de leucina como codón de
iniciación y que codifica la proteína nativa de la cubierta del
fago.
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US664989 | 1991-03-01 | ||
US07/664,989 US5223409A (en) | 1988-09-02 | 1991-03-01 | Directed evolution of novel binding proteins |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
ES2351693T3 true ES2351693T3 (es) | 2011-02-09 |
Family
ID=24668274
Family Applications (4)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
ES07010609T Expired - Lifetime ES2330052T3 (es) | 1991-03-01 | 1992-02-27 | Proteina quimerica que comprende micro-proteinas que tienen dos o mas puentes disulfuro y relaizaciones de las mismas. |
ES02015673T Expired - Lifetime ES2287206T3 (es) | 1991-03-01 | 1992-02-27 | Proceso para el desarrollo de mini-proteinas de union. |
ES04006079T Expired - Lifetime ES2351693T3 (es) | 1991-03-01 | 1992-02-28 | Fagos que presentan epítopes mejorados. |
ES92908799T Expired - Lifetime ES2219638T3 (es) | 1991-03-01 | 1992-02-28 | Fago que presenta epitopos mejorados. |
Family Applications Before (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
ES07010609T Expired - Lifetime ES2330052T3 (es) | 1991-03-01 | 1992-02-27 | Proteina quimerica que comprende micro-proteinas que tienen dos o mas puentes disulfuro y relaizaciones de las mismas. |
ES02015673T Expired - Lifetime ES2287206T3 (es) | 1991-03-01 | 1992-02-27 | Proceso para el desarrollo de mini-proteinas de union. |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
ES92908799T Expired - Lifetime ES2219638T3 (es) | 1991-03-01 | 1992-02-28 | Fago que presenta epitopos mejorados. |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US7893007B2 (es) |
EP (6) | EP1279731B1 (es) |
JP (6) | JP4146512B2 (es) |
AT (4) | ATE363532T1 (es) |
AU (2) | AU1545692A (es) |
CA (2) | CA2105300C (es) |
DE (4) | DE69233697T2 (es) |
DK (4) | DK1279731T3 (es) |
ES (4) | ES2330052T3 (es) |
WO (2) | WO1992015677A1 (es) |
Families Citing this family (641)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5223409A (en) | 1988-09-02 | 1993-06-29 | Protein Engineering Corp. | Directed evolution of novel binding proteins |
US7413537B2 (en) | 1989-09-01 | 2008-08-19 | Dyax Corp. | Directed evolution of disulfide-bonded micro-proteins |
US5498538A (en) * | 1990-02-15 | 1996-03-12 | The University Of North Carolina At Chapel Hill | Totally synthetic affinity reagents |
US5747334A (en) * | 1990-02-15 | 1998-05-05 | The University Of North Carolina At Chapel Hill | Random peptide library |
US5723286A (en) | 1990-06-20 | 1998-03-03 | Affymax Technologies N.V. | Peptide library and screening systems |
DE69233697T2 (de) | 1991-03-01 | 2008-01-24 | Dyax Corp., Cambridge | Verfahren zur Entwicklung von bindenden Mikroproteinen |
US5270170A (en) * | 1991-10-16 | 1993-12-14 | Affymax Technologies N.V. | Peptide library and screening method |
US5733731A (en) * | 1991-10-16 | 1998-03-31 | Affymax Technologies N.V. | Peptide library and screening method |
US6610656B1 (en) | 1993-12-30 | 2003-08-26 | President And Fellows Of Harvard College | Method of promoting chondrocyte differentiation with hedgehog related polypeptides |
US6884775B1 (en) | 1993-12-30 | 2005-04-26 | President And Fellows Of Harvard College | Methods and compositions for regulating skeletogenic formation |
US6165747A (en) | 1993-12-30 | 2000-12-26 | President & Fellows Of Harvard College | Nucleic acids encoding hedgehog proteins |
US6261786B1 (en) | 1993-12-30 | 2001-07-17 | Imperial Cancer Res. Technology | Screening assays for hedgehog agonists and antagonists |
US6384192B1 (en) | 1993-12-30 | 2002-05-07 | President & Fellows Of Harvard College | Vertebrate embryonic pattern-inducing proteins |
US20030186357A1 (en) | 1993-12-30 | 2003-10-02 | Philip W. Ingham | Vertebrate embryonic pattern-inducing proteins, and uses related thereto |
US7060450B1 (en) | 1993-12-30 | 2006-06-13 | President And Fellows Of Harvard College | Screening assays for agonists and antagonists of the hedgehog signaling pathway |
DK0744958T3 (da) | 1994-01-31 | 2003-10-20 | Univ Boston | Polyklonale antistofbiblioteker |
US5565327A (en) * | 1994-03-25 | 1996-10-15 | Duke University | Methods of diagnosing parasitic infections and of testing drug susceptibility of parasites |
EP0699750A1 (en) * | 1994-06-07 | 1996-03-06 | Gesellschaft für biotechnologische Forschung mbH (GBF) | A collection of phagemids, a collection of Escherichia coli cells carrying the phagemids, a collection of phagemid particles produced from said collection and phagemid particles obtained according to the process |
US6576236B1 (en) | 1994-07-01 | 2003-06-10 | Dana Farber Cancer Institute | Methods for stimulating T cell responses by manipulating a common cytokine receptor γ chain |
US5885577A (en) * | 1994-09-21 | 1999-03-23 | Cytogen Corporation | Antigen binding peptides (abtides) from peptide libraries |
JPH10506463A (ja) * | 1994-09-21 | 1998-06-23 | サイトーゲン コーポレーション | ペプチドライブラリー由来の抗原結合性ペプチド(アブチド) |
US6475806B1 (en) | 1995-06-07 | 2002-11-05 | Praecis Pharmaceuticals, Inc. | Anchor libraries and identification of peptide binding sequences |
US6090382A (en) | 1996-02-09 | 2000-07-18 | Basf Aktiengesellschaft | Human antibodies that bind human TNFα |
ATE230850T1 (de) * | 1996-10-08 | 2003-01-15 | Bisys B V U | Verfahren und mittel zur auswahl von peptiden und proteinen mit spezifischer affinität zu einem zielmolekül |
AU773394B2 (en) * | 1996-10-08 | 2004-05-27 | U-Bisys B.V. | Methods and means for selecting peptides and proteins having specific affinity for a target |
SE9700291D0 (sv) | 1997-01-31 | 1997-01-31 | Pharmacia & Upjohn Ab | Selection method and prodcts resulting therefrom |
US6420518B1 (en) | 1997-04-04 | 2002-07-16 | Genetech, Inc. | Insulin-like growth factor agonist molecules |
US6121416A (en) * | 1997-04-04 | 2000-09-19 | Genentech, Inc. | Insulin-like growth factor agonist molecules |
ES2285768T5 (es) | 1997-04-16 | 2011-12-22 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Proteínas crsp (proteínas segregadas ricas en cisteína), moléculas de ácido nucleico que codifican para las mismas y uso. |
AU8173098A (en) | 1997-06-27 | 1999-01-19 | Ontogeny, Inc. | Neuroprotective methods and reagents |
US7144997B2 (en) | 1997-07-24 | 2006-12-05 | Curis, Inc. | Vertebrate embryonic patterning-inducing proteins, compositions and uses related therto |
US6639051B2 (en) | 1997-10-20 | 2003-10-28 | Curis, Inc. | Regulation of epithelial tissue by hedgehog-like polypeptides, and formulations and uses related thereto |
US7163682B2 (en) | 1998-04-13 | 2007-01-16 | The Forsyth Institute | Glucan binding protein and glucosyltransferase immunogens |
US7056517B2 (en) | 1998-04-13 | 2006-06-06 | The Forsyth Institute | Glucosyltransferase immunogens |
GB2361237A (en) * | 1998-05-13 | 2001-10-17 | Diversys Ltd | Selection system |
AU5762699A (en) * | 1998-09-19 | 2000-04-10 | Sang Jun Lee | Dna cassette encoding a multimer of a biologically active peptide and a cleavable linker attached thereto and process for preparing the biologically active peptide |
US6420110B1 (en) | 1998-10-19 | 2002-07-16 | Gpc Biotech, Inc. | Methods and reagents for isolating biologically active peptides |
US6884770B1 (en) | 1998-11-06 | 2005-04-26 | Curis, Inc. | Methods and compositions for treating or preventing peripheral neuropathies |
US20040009535A1 (en) | 1998-11-27 | 2004-01-15 | Celltech R&D, Inc. | Compositions and methods for increasing bone mineralization |
DK1721979T3 (da) | 1998-11-27 | 2010-12-13 | Ucb Pharma Sa | Sammensætninger og fremgangsmåder til forøgelse af knoglemineralisering |
DK1141014T3 (da) | 1999-01-06 | 2005-04-11 | Genentech Inc | Insulinlignende vækstfaktor (IGF) i mutantvariant |
WO2000050443A2 (en) | 1999-02-26 | 2000-08-31 | Millennium Pharmaceutcals, Inc. | Secreted proteins and uses thereof |
AU772069B2 (en) * | 1999-03-23 | 2004-04-08 | Merck Patent Gesellschaft Mit Beschrankter Haftung | Protein isolation and analysis |
DE19915057A1 (de) | 1999-04-01 | 2000-10-19 | Forschungszentrum Borstel | Monoklonale Antikörper gegen das humane Mcm3 Protein, Verfahren zu ihrer Herstellung und ihre Verwendung |
US6911429B2 (en) | 1999-04-01 | 2005-06-28 | Transition Therapeutics Inc. | Compositions and methods for treating cellular response to injury and other proliferating cell disorders regulated by hyaladherin and hyaluronans |
US6864235B1 (en) | 1999-04-01 | 2005-03-08 | Eva A. Turley | Compositions and methods for treating cellular response to injury and other proliferating cell disorders regulated by hyaladherin and hyaluronans |
GB9908195D0 (en) | 1999-04-09 | 1999-06-02 | Microbiological Res Authority | Treatment of intracellular infection |
WO2004009618A2 (en) | 2002-07-18 | 2004-01-29 | Crucell Holland B.V. | Recombinant production of mixtures of antibodies |
US20040001826A1 (en) | 1999-06-30 | 2004-01-01 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Glycoprotein VI and uses thereof |
US7291714B1 (en) | 1999-06-30 | 2007-11-06 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Glycoprotein VI and uses thereof |
HU228477B1 (en) | 1999-08-23 | 2013-03-28 | Dana Farber Cancer Inst Inc | Pd-1, a receptor for b7-4, and uses therefor |
US8168178B2 (en) | 1999-11-30 | 2012-05-01 | Curis, Inc. | Methods and compositions for regulating lymphocyte activity |
US6951839B1 (en) | 1999-11-30 | 2005-10-04 | Curis, Inc. | Methods and compositions for regulating lymphocyte activity |
EP1626056B1 (en) | 1999-12-30 | 2012-03-28 | President and Fellows of Harvard College | Methods and compositions relating to modulation of hepatocyte growth, plasma cell differentiation or T cell subset activity by modulation of XBP-1 activity |
HUP0300423A3 (en) | 2000-02-10 | 2008-07-28 | Abbott Lab | Antibodies that bind human interleukin-18 and methods of making and using |
US7351540B1 (en) | 2000-03-17 | 2008-04-01 | Merck Patent Gmbh | Protein isolation and analysis |
EP1282437B1 (en) | 2000-05-16 | 2008-03-19 | Genentech, Inc. | Treatment of cartilage disorders |
EP1714661A3 (en) | 2000-05-19 | 2012-03-14 | The Center for Blood Research, INC. | Methods for diagnosing and treating hemostatic disorders by modulating p-selectin activity |
EP2251026A1 (en) | 2000-06-08 | 2010-11-17 | Immune Disease Institute, Inc. | Methods and compositions for inhibiting immunoglobulin-mediated reperfusion injury |
WO2001098366A2 (en) * | 2000-06-19 | 2001-12-27 | Dyax Corp. | Enterokinase cleavage sequences and their use |
AU7309601A (en) | 2000-06-28 | 2002-01-08 | Genetics Inst | Pd-l2 molecules: novel pd-1 ligands and uses therefor |
WO2002028893A2 (en) | 2000-07-14 | 2002-04-11 | Cropdesign N.V. | Plant cyclin-dependent kinase inhibitors |
ATE448306T1 (de) | 2000-09-01 | 2009-11-15 | Blood Res Center | Veränderte, in gewünschter konformation stabilisierte polypeptide und verfahren zu deren herstellung |
EP1339427A4 (en) | 2000-11-01 | 2004-09-15 | Elusys Therapeutics Inc | PROCESS FOR PRODUCING BISPECIFIC MOLECULES BY TRANSEPISSANCE OF PROTEINS |
US7666995B2 (en) | 2000-11-03 | 2010-02-23 | Pestka Biomedical Laboratories | Interferons, uses and compositions related thereto |
CA2429749A1 (en) | 2000-11-28 | 2002-06-06 | Wyeth | Expression analysis of kiaa nucleic acids and polypeptides useful in the diagnosis and treatment of prostate cancer |
WO2002044418A2 (en) | 2000-11-28 | 2002-06-06 | Wyeth | Expression analysis of fkbp nucleic acids and polypeptides useful in the diagnosis and treatment of prostate cancer |
US20060057651A1 (en) | 2000-12-08 | 2006-03-16 | Bowdish Katherine S | Polypeptides and antibodies derived from chronic lymphocytic leukemia cells and uses thereof |
US9249229B2 (en) | 2000-12-08 | 2016-02-02 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Polypeptides and antibodies derived from chronic lymphocytic leukemia cells and uses thereof |
US7408041B2 (en) | 2000-12-08 | 2008-08-05 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Polypeptides and antibodies derived from chronic lymphocytic leukemia cells and uses thereof |
CA2436595C (en) | 2000-12-08 | 2011-11-08 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Chronic lymphocytic leukemia cell line and its use for producing an antibody |
NZ569856A (en) | 2001-01-05 | 2010-03-26 | Pfizer | Antibodies to insulin-like growth factor 1 receptor |
EP1377664A2 (en) | 2001-02-23 | 2004-01-07 | DSM IP Assets B.V. | Genes encoding proteolytic enzymes from aspargilli |
ES2360205T3 (es) | 2001-03-02 | 2011-06-01 | Agennix Ag | Sistema de ensayo de tres híbridos. |
WO2002076196A1 (en) | 2001-03-22 | 2002-10-03 | Abbott Gmbh & Co. Kg | Transgenic animals expressing antibodies specific for genes of interest and uses thereof |
MXPA03008959A (es) | 2001-04-02 | 2004-10-15 | Wyeth Corp | Pd-1, un receptor para b7-4 y sus usos. |
CN1636062A (zh) | 2001-04-16 | 2005-07-06 | 惠氏控股公司 | 编码多肽抗原的新肺炎链球菌可读框及其应用 |
WO2002090600A2 (en) | 2001-05-08 | 2002-11-14 | Darwin Molecular Corporation | A method for regulating immune function in primates using the foxp3 protein |
CA2385745C (en) | 2001-06-08 | 2015-02-17 | Abbott Laboratories (Bermuda) Ltd. | Methods of administering anti-tnf.alpha. antibodies |
EP2270186A3 (en) | 2001-06-22 | 2012-04-18 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Defensin polynucleotides and methods of use |
US6833441B2 (en) | 2001-08-01 | 2004-12-21 | Abmaxis, Inc. | Compositions and methods for generating chimeric heteromultimers |
US20040142325A1 (en) | 2001-09-14 | 2004-07-22 | Liat Mintz | Methods and systems for annotating biomolecular sequences |
US7175983B2 (en) | 2001-11-02 | 2007-02-13 | Abmaxis, Inc. | Adapter-directed display systems |
AR039067A1 (es) | 2001-11-09 | 2005-02-09 | Pfizer Prod Inc | Anticuerpos para cd40 |
WO2003051917A2 (en) | 2001-12-18 | 2003-06-26 | Endocube Sas | Novel death associated proteins of the thap family and related par4 pathways involved in apoptosis control |
US7858297B2 (en) | 2001-12-18 | 2010-12-28 | Centre National De La Recherche Scientifique Cnrs | Chemokine-binding protein and methods of use |
AU2002359721A1 (en) | 2001-12-19 | 2003-07-09 | Bristol-Myers Squibb Company | Pichia pastoris formate dehydrogenase and uses therefor |
JP2005531511A (ja) | 2002-03-07 | 2005-10-20 | ザ フォーシス インスティチュート | グルカン結合タンパク質の免疫原性 |
US7745192B2 (en) | 2002-04-03 | 2010-06-29 | Venomics Pty Limited | Prothrombin activating protein |
US20030206898A1 (en) | 2002-04-26 | 2003-11-06 | Steven Fischkoff | Use of anti-TNFalpha antibodies and another drug |
DK1506291T3 (da) | 2002-05-21 | 2010-10-18 | Dsm Ip Assets Bv | Nye phospholipaser og anvendelser deraf |
USRE47770E1 (en) | 2002-07-18 | 2019-12-17 | Merus N.V. | Recombinant production of mixtures of antibodies |
CN102755646A (zh) | 2002-07-19 | 2012-10-31 | 艾博特生物技术有限公司 | TNF α相关疾病的治疗 |
US7250551B2 (en) | 2002-07-24 | 2007-07-31 | President And Fellows Of Harvard College | Transgenic mice expressing inducible human p25 |
EA200500330A1 (ru) | 2002-08-10 | 2006-06-30 | Йейл Юниверсити | Антагонисты nogo рецепторов |
PL375355A1 (en) | 2002-08-19 | 2005-11-28 | Dsm Ip Assets B.V. | Novel lipases and uses thereof |
WO2004018505A1 (en) | 2002-08-20 | 2004-03-04 | Yeda Research And Development Co. Ltd. | Akap84 and its use for visualization of biological structures |
JP2006514823A (ja) | 2002-08-20 | 2006-05-18 | ミレニアム ファーマスーティカルズ インク | 子宮頸癌の同定、評価、予防および治療を行うための組成物、キットおよび方法 |
CN100363054C (zh) | 2002-09-04 | 2008-01-23 | 生物聚合物工程有限公司 | 全葡聚糖颗粒在抗癌药物中的应用 |
EP2258724A1 (en) | 2002-11-21 | 2010-12-08 | Celltech R & D, Inc. | Modulating immune responses using multimerized anti-CD83 antibodies |
CA2512590A1 (en) | 2003-01-07 | 2004-07-29 | Dyax Corporation | Kunitz domain library |
DE10303974A1 (de) | 2003-01-31 | 2004-08-05 | Abbott Gmbh & Co. Kg | Amyloid-β(1-42)-Oligomere, Verfahren zu deren Herstellung und deren Verwendung |
US20040180387A1 (en) | 2003-03-13 | 2004-09-16 | Fujirebio Diagnostics, Inc. | Detection of urinary mesothelin-/megakaryocyte potentiating factor-related peptides for assessment of ovarian cancer |
US20050014932A1 (en) | 2003-05-15 | 2005-01-20 | Iogenetics, Llc | Targeted biocides |
EP1639009B1 (en) | 2003-05-30 | 2013-02-27 | Merus B.V. | Fab library for the preparation of a mixture of antibodies |
US20100069614A1 (en) | 2008-06-27 | 2010-03-18 | Merus B.V. | Antibody producing non-human mammals |
EP1635763B1 (en) | 2003-06-09 | 2012-08-08 | Alnylam Pharmaceuticals Inc. | Method of treating neurodegenerative disease |
HN2004000285A (es) | 2003-08-04 | 2006-04-27 | Pfizer Prod Inc | ANTICUERPOS DIRIGIDOS A c-MET |
AR045563A1 (es) | 2003-09-10 | 2005-11-02 | Warner Lambert Co | Anticuerpos dirigidos a m-csf |
CA2761987A1 (en) | 2003-10-07 | 2005-04-21 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid molecules and proteins for the identification, assessment, prevention, and therapy of ovarian cancer |
US20050100965A1 (en) | 2003-11-12 | 2005-05-12 | Tariq Ghayur | IL-18 binding proteins |
CA2552523C (en) | 2004-01-09 | 2019-11-26 | Pfizer Inc. | Monoclonal antibodies to mucosal addressin cell adhesion molecule(madcam) |
DK1737971T3 (da) | 2004-01-20 | 2017-11-13 | Merus Nv | Blandinger af bindingsproteiner |
EP1714151A4 (en) | 2004-01-21 | 2009-06-10 | Fujirebio America Inc | DETECTION OF PEPTIDES RELATED TO MESOTHELIN / MEGAKARYOCYTIC POTENTIAL FACTOR IN PERITONEAL LIQUID FOR THE ASSESSMENT OF THE PERITONEUM AND PERITONEAL CAVE |
AU2005219839B9 (en) | 2004-03-01 | 2011-12-22 | Immune Disease Institute, Inc | Natural IgM antibodies and inhibitors thereof |
KR20080075045A (ko) | 2004-03-24 | 2008-08-13 | 트리패스 이미징, 인코포레이티드 | 자궁경부 질환의 검사 방법 및 조성물 |
TWI439284B (zh) | 2004-04-09 | 2014-06-01 | Abbvie Biotechnology Ltd | 用於治療TNFα相關失調症之多重可變劑量療法 |
CN101133157A (zh) | 2004-06-03 | 2008-02-27 | 阿什洛米克斯控股有限公司 | 诊断应激的药物和方法 |
GB0414054D0 (en) | 2004-06-23 | 2004-07-28 | Owen Mumford Ltd | Improvements relating to automatic injection devices |
CN101014365B (zh) | 2004-07-16 | 2011-04-13 | 辉瑞产品公司 | 使用抗-igf-1r抗体联合治疗非血液的恶性肿瘤 |
US7342093B2 (en) | 2004-07-23 | 2008-03-11 | University Of Massachusetts | Compounds that inhibit Hsp90 protein-protein interactions with IAP proteins |
GT200600031A (es) | 2005-01-28 | 2006-08-29 | Formulacion anticuerpo anti a beta | |
ME03528B (me) | 2005-03-23 | 2020-04-20 | Genmab As | Antitijela protiv cd38 za liječenje multiplog mijeloma |
PE20061395A1 (es) | 2005-04-25 | 2007-01-15 | Amgen Fremont Inc | Anticuerpos contra miostatina |
AU2006238930B2 (en) | 2005-04-26 | 2010-12-23 | Pfizer Inc. | P-cadherin antibodies |
US7595380B2 (en) | 2005-04-27 | 2009-09-29 | Tripath Imaging, Inc. | Monoclonal antibodies and methods for their use in the detection of cervical disease |
KR101465456B1 (ko) | 2005-05-16 | 2014-11-27 | 애브비 바이오테크놀로지 리미티드 | 미란성 다발관절염의 치료를 위한 tnf 억제제의 용도 |
PT1899364T (pt) | 2005-05-17 | 2020-05-20 | Univ Connecticut | Composições e métodos para imunomodulação num organismo |
ES2507069T3 (es) | 2005-05-27 | 2014-10-14 | Biogen Idec Ma Inc. | Anticuerpos de unión a TWEAK |
MY144484A (en) | 2005-06-17 | 2011-09-30 | Wyeth Corp | Methods of purifying anti a beta antibodies |
EP1907421A4 (en) | 2005-06-30 | 2012-03-28 | Abbott Lab | IL-12 / P40 BINDING PROTEINS |
JP5142458B2 (ja) | 2005-06-30 | 2013-02-13 | キヤノン株式会社 | 標的物質捕捉分子、標的物質捕捉用の素子、これらを用いた標的物質検出用の装置及びキット、並びに、標的物質の検出方法 |
WO2007006091A1 (en) | 2005-07-07 | 2007-01-18 | Athlomics Pty Ltd | Polynucleotide marker genes and their expression, for diagnosis of endotoxemia |
GB2428293A (en) * | 2005-07-13 | 2007-01-24 | Domantis Ltd | Phage display libraries |
US7612181B2 (en) | 2005-08-19 | 2009-11-03 | Abbott Laboratories | Dual variable domain immunoglobulin and uses thereof |
MY169746A (en) | 2005-08-19 | 2019-05-14 | Abbvie Inc | Dual variable domain immunoglobulin and uses thereof |
EP2500356A3 (en) | 2005-08-19 | 2012-10-24 | Abbott Laboratories | Dual variable domain immunoglobulin and uses thereof |
US20070041905A1 (en) | 2005-08-19 | 2007-02-22 | Hoffman Rebecca S | Method of treating depression using a TNF-alpha antibody |
ES2546069T3 (es) | 2005-09-07 | 2015-09-18 | Amgen Fremont Inc. | Anticuerpos monoclonales humanos para quinasa-1 de tipo receptor de activina (ALK-1) |
ES2542501T3 (es) | 2005-09-30 | 2015-08-06 | Abbvie Deutschland Gmbh & Co Kg | Dominios de unión de proteínas de la familia de proteínas de moléculas de orientación repulsiva (RGM) y fragmentos funcionales de las mismas, así como su uso |
US8597646B2 (en) | 2005-10-25 | 2013-12-03 | The Johns Hopkins University | Methods and compositons featuring TGF-beta antagonists for the treatment of marfan syndrome and associated disorders |
TWI424161B (zh) | 2005-11-01 | 2014-01-21 | Abbvie Biotechnology Ltd | 利用生物標記診斷關節黏連脊椎炎之方法及組合物 |
WO2007059166A2 (en) | 2005-11-14 | 2007-05-24 | Weber Georg F | Peptide sequence that promotes tumor invasion |
EP2410335A1 (en) | 2005-11-30 | 2012-01-25 | Massachusetts Institute of Technology (MIT) | Pathogen detection biosensor |
ES2527661T3 (es) | 2005-11-30 | 2015-01-28 | Abbvie Inc. | Método de exploración, proceso para purificar oligómeros Abeta no difundibles, anticuerpos selectivos contra dichos oligómeros Abeta no difundibles y un proceso para fabricar dichos anticuerpos |
AU2006320392B2 (en) | 2005-11-30 | 2013-01-17 | AbbVie Deutschland GmbH & Co. KG | Monoclonal antibodies against amyloid beta protein and uses thereof |
US10183986B2 (en) | 2005-12-15 | 2019-01-22 | Industrial Technology Research Institute | Trimeric collagen scaffold antibodies |
US20070264687A1 (en) | 2005-12-15 | 2007-11-15 | Min-Yuan Chou | Recombinant triplex scaffold-based polypeptides |
US8014957B2 (en) | 2005-12-15 | 2011-09-06 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Genes associated with progression and response in chronic myeloid leukemia and uses thereof |
US7632498B2 (en) | 2005-12-19 | 2009-12-15 | Tripath Imaging, Inc. | MCM6 and MCM7 monoclonal antibodies and methods for their use in the detection of cervical disease |
EP1803814A1 (en) | 2005-12-27 | 2007-07-04 | SIGMA-TAU Industrie Farmaceutiche Riunite S.p.A. | Method of improving the antibody selection capacity in phage-display library |
KR20140091765A (ko) | 2006-01-12 | 2014-07-22 | 알렉시온 파마슈티칼스, 인코포레이티드 | Ox-2/cd200에 대한 항체 및 이들의 용도 |
US20070212721A1 (en) | 2006-01-27 | 2007-09-13 | Tripath Imaging, Inc. | Methods for identifying patients with an increased likelihood of having ovarian cancer and compositions therefor |
CA2640423C (en) | 2006-01-27 | 2016-03-15 | Biogen Idec Ma Inc. | Nogo receptor antagonists |
TWI417301B (zh) | 2006-02-21 | 2013-12-01 | Wyeth Corp | 對抗人類介白素-22(il-22)之抗體及其用途 |
TW200744634A (en) | 2006-02-21 | 2007-12-16 | Wyeth Corp | Methods of using antibodies against human IL-22 |
US8278421B2 (en) | 2006-03-20 | 2012-10-02 | Xoma Techolology Ltd. | Human antibodies specific for gastrin materials and methods |
EP3088410A3 (en) | 2006-04-05 | 2016-12-28 | AbbVie Biotechnology Ltd | Antibody purification |
CA2564435A1 (en) | 2006-04-10 | 2007-10-10 | Abbott Biotechnology Ltd. | Methods for monitoring and treating intestinal disorders |
EP2666472A3 (en) | 2006-04-10 | 2014-04-02 | Abbott Biotechnology Ltd | Uses and compositions for treatment of psoriatic arthritis |
EP2666478A3 (en) | 2006-04-10 | 2014-10-22 | AbbVie Biotechnology Ltd | Uses and compositions for treatment of psoriasis |
US10522240B2 (en) | 2006-05-03 | 2019-12-31 | Population Bio, Inc. | Evaluating genetic disorders |
US7702468B2 (en) | 2006-05-03 | 2010-04-20 | Population Diagnostics, Inc. | Evaluating genetic disorders |
EP2043711A4 (en) | 2006-06-30 | 2017-08-30 | AbbVie Biotechnology Ltd | Automatic injection device |
WO2008045148A2 (en) | 2006-07-05 | 2008-04-17 | Catalyst Biosciences, Inc. | Protease screening methods and proteases identified thereby |
WO2008005529A2 (en) * | 2006-07-07 | 2008-01-10 | The Trustees Columbia University In The City Of New York | Cell-mediated directed evolution |
EP2054444B1 (en) | 2006-08-04 | 2016-11-02 | MedImmune Limited | Antibodies to erbb2 |
CN101512008B (zh) | 2006-09-08 | 2015-04-01 | 艾伯维巴哈马有限公司 | 白介素-13结合蛋白 |
US20080124355A1 (en) | 2006-09-22 | 2008-05-29 | David Gordon Bermudes | Live bacterial vaccines for viral infection prophylaxis or treatment |
PL2081595T3 (pl) | 2006-09-26 | 2019-11-29 | Genmab As | Anty-cd38 wraz z kortykosteroidami wraz ze środkiem chemioterapeutycznym niebędącym kortykosteroidem, do leczenia guzów nowotworowych |
JP2010506839A (ja) | 2006-10-12 | 2010-03-04 | ワイス エルエルシー | 乳光の低減を伴う方法および組成物 |
EP2395077A1 (en) | 2006-11-03 | 2011-12-14 | Wyeth LLC | Glycolysis-inhibiting substances in cell culture |
EP2514439A1 (en) | 2006-11-15 | 2012-10-24 | Functional Genetics, Inc. | Anti-TSG101antibodies and their uses for treatment of viral infections |
US7488807B2 (en) | 2006-11-22 | 2009-02-10 | 3M Innovative Properties Company | Antibody with protein A selectivity |
US8455626B2 (en) | 2006-11-30 | 2013-06-04 | Abbott Laboratories | Aβ conformer selective anti-aβ globulomer monoclonal antibodies |
US8637244B2 (en) | 2006-12-05 | 2014-01-28 | Decode Genetics Ehf. | Genetic markers for risk management of atrial fibrillation, atrial flutter, and stroke |
CN103405768A (zh) | 2006-12-20 | 2013-11-27 | 爱克索马技术有限公司 | 用于治疗IL-1β相关疾病的方法 |
SI2079760T1 (sl) | 2006-12-27 | 2016-11-30 | Emory University | Sestavki in metode za zdravljenje okužb |
NZ579401A (en) | 2007-02-07 | 2012-03-30 | Decode Genetics Ehf | Genetic variants contributing to risk of prostate cancer |
JP5646179B2 (ja) | 2007-02-21 | 2014-12-24 | デコード・ジェネティクス・イーエイチエフ | 循環器疾患に関連する遺伝的感受性変異体 |
US20100311767A1 (en) | 2007-02-27 | 2010-12-09 | Abbott Gmbh & Co. Kg | Method for the treatment of amyloidoses |
WO2008114020A2 (en) | 2007-03-22 | 2008-09-25 | Heptares Therapeutics Limited | Mutant g-protein coupled receptors and methods for selecting them |
WO2008123999A2 (en) | 2007-04-02 | 2008-10-16 | Amgen Fremont Inc. | Anti-ige antibodies |
SI2147096T1 (sl) | 2007-04-13 | 2015-07-31 | Catalyst Biosciences, Inc., | Modificirani polipeptidi faktorja VII in njihove uporabe |
CN101772578A (zh) | 2007-05-25 | 2010-07-07 | 解码遗传学私营有限责任公司 | 作为标记物用在乳腺癌风险评估、诊断、预后和治疗中的在CHR 5p12和10q26上的遗传变异体 |
EP2171451A4 (en) | 2007-06-11 | 2011-12-07 | Abbott Biotech Ltd | METHOD FOR TREATING JUVENILIAN IDIOPATHIC ARTHRITIS |
TWI478939B (zh) | 2007-06-15 | 2015-04-01 | Deutsches Krebsforsch | 使用特定抗-l1抗體治療腫瘤 |
MX2010000979A (es) | 2007-07-25 | 2010-03-26 | Alexion Pharma Inc | Metodos y composiciones para tratar enfermedad autoinmune. |
US8697360B2 (en) | 2007-11-30 | 2014-04-15 | Decode Genetics Ehf. | Genetic variants on CHR 11Q and 6Q as markers for prostate and colorectal cancer predisposition |
GB0724051D0 (en) | 2007-12-08 | 2008-01-16 | Medical Res Council | Mutant proteins and methods for producing them |
GB0724860D0 (en) | 2007-12-20 | 2008-01-30 | Heptares Therapeutics Ltd | Screening |
EP2391650B1 (en) | 2007-12-20 | 2014-10-15 | Xoma (Us) Llc | Methods for the treatment of gout |
EA036059B1 (ru) | 2007-12-28 | 2020-09-21 | Протена Байосайенсиз Лимитед | Способ получения антитела или его фрагмента, которое специфически связывается с агрегированным амилоидным белком |
GB0802474D0 (en) | 2008-02-11 | 2008-03-19 | Heptares Therapeutics Ltd | Mutant proteins and methods for selecting them |
US8828657B2 (en) | 2008-02-14 | 2014-09-09 | Decode Genetics Ehf. | Susceptibility variants for lung cancer |
EP2271366A4 (en) | 2008-02-28 | 2012-06-20 | 3M Innovative Properties Co | ANTIBODIES DIFFICULT CLOSTRIDIUM SPORES AND USES THEREOF |
US8962803B2 (en) | 2008-02-29 | 2015-02-24 | AbbVie Deutschland GmbH & Co. KG | Antibodies against the RGM A protein and uses thereof |
WO2009109572A2 (en) * | 2008-03-03 | 2009-09-11 | Ablynx Nv | Monovalent phage display of single variable domains |
AU2009233327B2 (en) | 2008-04-01 | 2014-11-13 | Decode Genetics Ehf | Susceptibility variants for peripheral arterial disease and abdominal aortic aneurysm |
KR101634719B1 (ko) | 2008-04-25 | 2016-06-29 | 다이액스 코포레이션 | Fcrn에 대한 항체 및 이들의 용도 |
KR20110014607A (ko) | 2008-04-29 | 2011-02-11 | 아보트 러보러터리즈 | 이원 가변 도메인 면역글로불린 및 이의 용도 |
NZ588713A (en) | 2008-05-09 | 2012-10-26 | Abbott Gmbh & Co Kg | Antibodies to receptor of advanced glycation end products (rage) and uses thereof |
BRPI0913366A8 (pt) | 2008-06-03 | 2017-07-11 | Abbott Lab | Imunoglobulinas de domínio variável duplo e seus usos |
TW201008580A (en) | 2008-06-03 | 2010-03-01 | Abbott Lab | Dual variable domain immunoglobulin and uses thereof |
CN102144036B (zh) | 2008-07-07 | 2014-07-16 | 解码遗传学私营有限责任公司 | 用于乳腺癌风险评估的遗传变型 |
WO2010006059A1 (en) | 2008-07-08 | 2010-01-14 | Abbott Laboratories | Prostaglandin e2 binding proteins and uses thereof |
US8822645B2 (en) | 2008-07-08 | 2014-09-02 | Abbvie Inc. | Prostaglandin E2 dual variable domain immunoglobulins and uses thereof |
US8058406B2 (en) | 2008-07-09 | 2011-11-15 | Biogen Idec Ma Inc. | Composition comprising antibodies to LINGO or fragments thereof |
EP3199630B1 (en) | 2008-09-05 | 2019-05-08 | President and Fellows of Harvard College | Continuous directed evolution of proteins and nucleic acids |
CA2739357A1 (en) | 2008-09-23 | 2010-04-08 | Wyeth Llc | Methods for predicting production of activating signals by cross-linked binding proteins |
WO2010039536A2 (en) | 2008-09-23 | 2010-04-08 | President And Fellows Of Harvard College | Sirt4 and uses thereof |
EP3133086B1 (en) | 2008-09-26 | 2018-08-01 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Human anti-pd-1, pd-l1, and pd-l2 antibodies and uses thereof |
EP2364359A2 (en) | 2008-09-26 | 2011-09-14 | Wyeth LLC | Compatible display vector systems |
PL3335728T3 (pl) | 2008-10-10 | 2020-06-29 | Children's Medical Center Corporation | Biochemicznie stabilizowana szczepionka zawierająca trimer env wirusa HIV-1 |
EP2349329A4 (en) | 2008-10-14 | 2012-10-31 | Dyax Corp | USE OF IGF-II / IGF-II BINDING FOR THE TREATMENT AND PREVENTION OF SYSTEMIC SCLEROSIS ASSOCIATED WITH LUNG FIBROSIS |
CN102257006A (zh) | 2008-10-20 | 2011-11-23 | 雅培制药有限公司 | 使用a蛋白亲和层析分离和纯化抗体 |
KR101581986B1 (ko) | 2008-10-29 | 2016-01-04 | 아블린쓰 엔.브이. | 단일 도메인 항원 결합 분자의 제형 |
CN102272154A (zh) | 2008-10-29 | 2011-12-07 | 惠氏有限责任公司 | 单域抗原结合性分子的纯化方法 |
WO2010051105A1 (en) | 2008-10-29 | 2010-05-06 | China Synthetic Rubber Corporation | Methods and agents for the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma |
EP3101031A1 (en) | 2008-11-10 | 2016-12-07 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Methods and compositions for treating complement-associated disorders |
CA2744555A1 (en) | 2008-11-26 | 2010-06-03 | Five Prime Therapeutics, Inc. | Compositions and methods for regulating collagen and smooth muscle actin expression by serpine2 |
JP5520961B2 (ja) | 2008-11-28 | 2014-06-11 | エモリー ユニバーシティ | 感染症および腫瘍を処置するための方法 |
JP5985826B2 (ja) | 2008-12-16 | 2016-09-06 | ノバルティス アーゲー | 酵母ディスプレイ系 |
US9181315B2 (en) | 2009-01-08 | 2015-11-10 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions and methods for induced brown fat differentiation |
KR20110110349A (ko) | 2009-01-29 | 2011-10-06 | 아보트 러보러터리즈 | Il-1 결합 단백질 |
US8241623B1 (en) | 2009-02-09 | 2012-08-14 | David Bermudes | Protease sensitivity expression system |
US8030026B2 (en) | 2009-02-24 | 2011-10-04 | Abbott Laboratories | Antibodies to troponin I and methods of use thereof |
EP2772269A3 (en) | 2009-03-05 | 2015-01-14 | Abbvie Inc. | IL-17 binding proteins |
EP2403880A1 (en) | 2009-03-05 | 2012-01-11 | Tripath Imaging, Inc. | Matrix metalloproteinase-7 (mmp-7) monoclonal antibodies and methods for their use in the detection of ovarian cancer |
CA2753713A1 (en) | 2009-03-06 | 2010-09-10 | Tripath Imaging, Inc | Glycodelin monoclonal antibodies and methods for their use in the detection of ovarian cancer |
WO2010104114A1 (ja) * | 2009-03-10 | 2010-09-16 | 独立行政法人産業技術総合研究所 | ポリペプチドライブラリーを調製する方法 |
NZ595918A (en) | 2009-04-03 | 2013-07-26 | Decode Genetics Ehf | Genetic markers for risk management of atrial fibrillation and stroke |
WO2010127146A1 (en) | 2009-04-29 | 2010-11-04 | Abbott Biotechnology Ltd | Automatic injection device |
JP5925116B2 (ja) | 2009-04-29 | 2016-05-25 | ザ・ヘンリー・エム・ジャクソン・ファンデイション・フォー・ジ・アドヴァンスメント・オヴ・ミリタリー・メディシン、インコーポレイテッド | Ergモノクローナル抗体 |
CN102459591B (zh) | 2009-05-20 | 2015-05-13 | 诺维莫尼公司 | 合成性的多肽文库以及用于建立具有天然多样性的多肽变体的方法 |
AU2010252939B2 (en) | 2009-05-29 | 2014-06-26 | Morphosys Ag | A collection and methods for its use |
EP2261242A1 (en) | 2009-06-10 | 2010-12-15 | Universite Catholique De Louvain | Aspartate-N-acetyltransferase enzyme, diagnostic method and therapeutic method |
GB0910725D0 (en) | 2009-06-22 | 2009-08-05 | Heptares Therapeutics Ltd | Mutant proteins and methods for producing them |
EP2272979A1 (en) | 2009-06-30 | 2011-01-12 | Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Method for testing a subject thought to be predisposed to having cancer |
WO2011003996A1 (en) | 2009-07-09 | 2011-01-13 | F. Hoffmann-La Roche Ag | In vivo tumor vasculature imaging |
US8796182B2 (en) | 2009-07-10 | 2014-08-05 | Decode Genetics Ehf. | Genetic markers associated with risk of diabetes mellitus |
US9259476B2 (en) | 2009-07-31 | 2016-02-16 | Wayne State University | Monophosphorylated lipid A derivatives |
WO2011014771A1 (en) | 2009-07-31 | 2011-02-03 | Wayne State University | Monophosphorylated lipid a derivatives |
KR20120089659A (ko) | 2009-08-29 | 2012-08-13 | 아보트 러보러터리즈 | 치료용 dll4 결합 단백질 |
WO2011028811A2 (en) | 2009-09-01 | 2011-03-10 | Abbott Laboratories | Dual variable domain immunoglobulins and uses thereof |
WO2011035205A2 (en) | 2009-09-18 | 2011-03-24 | Calmune Corporation | Antibodies against candida, collections thereof and methods of use |
EP3187877A1 (en) | 2009-09-25 | 2017-07-05 | XOMA Technology Ltd. | Screening methods |
CN103403026B (zh) | 2009-09-25 | 2016-05-11 | 美国政府(由卫生和人类服务部的部长所代表) | Hiv-1中和抗体及其用途 |
US8926976B2 (en) | 2009-09-25 | 2015-01-06 | Xoma Technology Ltd. | Modulators |
EP2483407A2 (en) | 2009-09-30 | 2012-08-08 | President and Fellows of Harvard College | Methods for modulation of autophagy through the modulation of autophagy-enhancing gene products |
CN102666875A (zh) | 2009-10-15 | 2012-09-12 | 雅培制药有限公司 | 双重可变结构域免疫球蛋白及其用途 |
JP5914342B2 (ja) | 2009-10-20 | 2016-05-11 | アッヴィ・インコーポレイテッド | プロテインaアフィニティークロマトグラフィーを利用した抗il−13抗体の単離精製 |
US20110098862A1 (en) | 2009-10-27 | 2011-04-28 | ExxonMobil Research Engineering Company Law Department | Multi-stage processes and control thereof |
UY32979A (es) | 2009-10-28 | 2011-02-28 | Abbott Lab | Inmunoglobulinas con dominio variable dual y usos de las mismas |
US8420083B2 (en) | 2009-10-31 | 2013-04-16 | Abbvie Inc. | Antibodies to receptor for advanced glycation end products (RAGE) and uses thereof |
EP2499491B1 (en) | 2009-11-11 | 2015-04-01 | Gentian AS | Immunoassay for assessing related analytes of different origin |
CA2778953C (en) | 2009-11-13 | 2020-01-14 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions, kits, and methods for the diagnosis, prognosis, monitoring, treatment and modulation of post-transplant lymphoproliferative disorders and hypoxia associated angiogenesis disorders using galectin-1 |
CN113717286A (zh) | 2009-12-08 | 2021-11-30 | Abbvie德国有限责任两合公司 | 用于在视网膜神经纤维层变性治疗中使用的针对rgm a蛋白质的单克隆抗体 |
SG181862A1 (en) | 2009-12-23 | 2012-07-30 | Affinity Biosciences Pty Ltd | Protein display |
PT2521568T (pt) | 2010-01-06 | 2018-10-26 | Dyax Corp | Proteínas de ligação à calicreína plasmática |
WO2011085343A1 (en) | 2010-01-11 | 2011-07-14 | Alexion Pharmaceuticals, Inc | Biomarkers of immunomodulatory effects in humans treated with anti-cd200 antibodies |
WO2011088163A1 (en) | 2010-01-14 | 2011-07-21 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for modulating skeletal remodeling and patterning by modulating shn2 activity, shn3 activity, or shn2 and shn3 activity in combination |
US10429384B2 (en) | 2010-01-22 | 2019-10-01 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of metabolic disorders |
WO2011097301A2 (en) | 2010-02-02 | 2011-08-11 | Abbott Biotechnology Ltd. | METHODS AND COMPOSITIONS FOR PREDICTING RESPONSIVENESS TO TREATMENT WITH TNF-α INHIBITOR |
TWI518325B (zh) | 2010-02-04 | 2016-01-21 | 自治醫科大學 | 對alk抑制劑具有先抗性或後抗性癌症的識別、判斷和治療 |
US8524220B1 (en) | 2010-02-09 | 2013-09-03 | David Gordon Bermudes | Protease inhibitor: protease sensitivity expression system composition and methods improving the therapeutic activity and specificity of proteins delivered by bacteria |
US9597379B1 (en) | 2010-02-09 | 2017-03-21 | David Gordon Bermudes | Protease inhibitor combination with therapeutic proteins including antibodies |
US8771669B1 (en) | 2010-02-09 | 2014-07-08 | David Gordon Bermudes | Immunization and/or treatment of parasites and infectious agents by live bacteria |
MX348312B (es) | 2010-03-02 | 2017-06-06 | Abbvie Inc | Proteínas terapéuticas de enlace dll4. |
EP2550529B1 (en) | 2010-03-23 | 2021-11-17 | Iogenetics, LLC. | Bioinformatic processes for determination of peptide binding |
EP2558494B1 (en) | 2010-04-15 | 2018-05-23 | AbbVie Inc. | Amyloid-beta binding proteins |
KR101539684B1 (ko) | 2010-05-14 | 2015-07-27 | 애브비 인코포레이티드 | Il-1 결합 단백질 |
HUE039740T2 (hu) | 2010-06-03 | 2019-01-28 | Abbvie Biotechnology Ltd | Alkalmazások és készítmények hidradenitis suppurativa (HS) kezelésére |
BR112012032206A2 (pt) | 2010-06-16 | 2016-10-04 | Abbvie Inc | comparações de amostras de proteínas |
US20120009196A1 (en) | 2010-07-08 | 2012-01-12 | Abbott Laboratories | Monoclonal antibodies against hepatitis c virus core protein |
UY33492A (es) | 2010-07-09 | 2012-01-31 | Abbott Lab | Inmunoglobulinas con dominio variable dual y usos de las mismas |
EP2593476A2 (en) | 2010-07-16 | 2013-05-22 | Ablynx N.V. | Modified single domain antigen binding molecules and uses thereof |
WO2012018387A2 (en) | 2010-08-02 | 2012-02-09 | Population Diagnotics, Inc. | Compositions and methods for discovery of causative mutations in genetic disorders |
CN103298834A (zh) | 2010-08-03 | 2013-09-11 | Abbvie公司 | 双重可变结构域免疫球蛋白及其用途 |
WO2012019061A2 (en) | 2010-08-05 | 2012-02-09 | Stem Centrx, Inc. | Novel effectors and methods of use |
EP2420250A1 (en) | 2010-08-13 | 2012-02-22 | Universitätsklinikum Münster | Anti-Syndecan-4 antibodies |
MX358739B (es) | 2010-08-14 | 2018-09-03 | Abbvie Inc Star | Proteinas de union a amiloide beta. |
HRP20220405T1 (hr) | 2010-08-19 | 2022-05-27 | Zoetis Belgium S.A. | Protutijela protiv ngf i njihova upotreba |
US9046513B2 (en) | 2010-08-26 | 2015-06-02 | Abbvie Inc. | Dual variable domain immunoglobulins and uses thereof |
CA2809369A1 (en) | 2010-08-27 | 2012-03-01 | Stem Centrx, Inc. | Notum protein modulators and methods of use |
CN103476429B (zh) | 2010-09-03 | 2016-08-24 | 施特姆森特克斯股份有限公司 | 新型调节剂及使用方法 |
RU2608499C2 (ru) | 2010-09-20 | 2017-01-18 | Эббви Инк. | Очистка антител с помощью хроматографии с псевдодвижущимся слоем |
WO2012044921A1 (en) | 2010-10-01 | 2012-04-05 | St. Jude Children's Research Hospital | Methods and compositions for typing molecular subgroups of medulloblastoma |
WO2012052391A1 (en) | 2010-10-19 | 2012-04-26 | Glaxo Group Limited | Polypeptide with jmjd3 catalytic activity |
WO2012068463A2 (en) | 2010-11-18 | 2012-05-24 | Beth Israel Deaconess Medicall Center, Inc. | Methods of treating obesity by inhibiting nicotinamide n-methyl transferase (nnmt) |
JP6253986B2 (ja) | 2010-11-19 | 2017-12-27 | モルフォシス・アーゲー | コレクション及びその使用方法 |
AU2011360938B2 (en) | 2010-12-08 | 2016-07-28 | Abbvie Stemcentrx Llc | Novel modulators and methods of use |
CA2821976A1 (en) | 2010-12-21 | 2012-09-13 | Abbvie Inc. | Il-1 -alpha and -beta bispecific dual variable domain immunoglobulins and their use |
TW201307388A (zh) | 2010-12-21 | 2013-02-16 | Abbott Lab | Il-1結合蛋白 |
WO2012088381A2 (en) | 2010-12-22 | 2012-06-28 | President And Fellows Of Harvard College | Continuous directed evolution |
US20140038842A1 (en) | 2010-12-28 | 2014-02-06 | Xoma Technology | Cell surface display using pdz domains |
EP2658869B1 (en) | 2010-12-30 | 2019-06-12 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Antigen binding formats for use in therapeutic treatments or diagnostic assays |
EP2667918B1 (en) | 2011-01-24 | 2017-03-01 | AbbVie Biotechnology Ltd | Automatic injection devices having overmolded gripping surfaces |
US9447187B2 (en) | 2011-02-03 | 2016-09-20 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Use of an anti-CD200 antibody for prolonging the survival of allografts |
US9956236B2 (en) | 2011-02-07 | 2018-05-01 | Cornell University | Methods for increasing immune responses using agents that directly bind to and activate IRE-1 |
SA112330278B1 (ar) | 2011-02-18 | 2015-10-09 | ستيم سينتركس، انك. | مواد ضابطة جديدة وطرق للاستخدام |
MX358408B (es) | 2011-03-02 | 2018-08-20 | Berg Llc | Ensayos interrogatorios basados en celulas y usos de los mismos. |
WO2012122219A2 (en) | 2011-03-07 | 2012-09-13 | University Of Louisville Research Foundation | Predictive marker of dnmt1 inhibitor therapeutic efficacy and methods of using the marker |
US20120238730A1 (en) | 2011-03-15 | 2012-09-20 | Abbott Laboratories | Integrated approach to the isolation and purification of antibodies |
EP2689250A1 (en) | 2011-03-23 | 2014-01-29 | AbbVie Inc. | Methods and systems for the analysis of protein samples |
CN103547592A (zh) | 2011-03-30 | 2014-01-29 | 埃博灵克斯股份有限公司 | 使用针对TNFα的单结构域抗体治疗免疫病症的方法 |
JPWO2012133914A1 (ja) | 2011-03-31 | 2014-07-28 | オリエンタル酵母工業株式会社 | Ranklアンタゴニストを含む癌免疫増強剤 |
US9777332B2 (en) | 2011-03-31 | 2017-10-03 | St. Jude Children's Research Hospital | Methods and compositions for identifying minimal residual disease in acute lymphoblastic leukemia |
EP2694975A1 (en) | 2011-04-08 | 2014-02-12 | Biogen Idec MA Inc. | Biomarkers predictive of therapeutic responsiveness to ifnbeta and uses thereof |
WO2012142164A1 (en) | 2011-04-12 | 2012-10-18 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health & Human Services | Human monoclonal antibodies that bind insulin-like growth factor (igf) i and ii |
BR112013030352B1 (pt) | 2011-06-02 | 2020-05-19 | Dyax Corp | anticorpo anti-fcrn isolado, composição farmacêutica que compreende o dito anticorpo, ácido nucleico isolado, vetor, célula e uso terapêutico do dito anticorpo |
KR102577578B1 (ko) | 2011-06-03 | 2023-09-11 | 조마 테크놀로지 리미티드 | Tgf-베타에 특이적인 항체 |
EP2726652B1 (en) | 2011-06-29 | 2016-09-28 | Affinity Biosciences Pty Ltd | Method of protein display |
EP3574919A1 (en) | 2011-07-13 | 2019-12-04 | AbbVie Inc. | Methods and compositions for treating asthma using anti-il-13 antibodies |
EP2748192B2 (en) | 2011-08-23 | 2022-04-20 | Foundation Medicine, Inc. | Kif5b-ret fusion molecules and uses thereof |
US20130058947A1 (en) | 2011-09-02 | 2013-03-07 | Stem Centrx, Inc | Novel Modulators and Methods of Use |
US10093705B2 (en) | 2011-09-13 | 2018-10-09 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions and methods for brown fat induction and activity using FNDC5 |
EP2771349B1 (en) | 2011-09-16 | 2020-02-26 | Iogenetics, LLC. | Bioinformatic processes for determination of peptide binding |
DK2766483T3 (da) | 2011-10-10 | 2022-04-19 | Hospital For Sick Children | Fremgangsmåder og sammensætninger til screening for og behandling af udviklingsforstyrrelser |
JP2014534218A (ja) | 2011-10-24 | 2014-12-18 | アッヴィ・インコーポレイテッド | Tnfを標的とする免疫結合剤 |
CN104203978A (zh) | 2011-10-24 | 2014-12-10 | 艾伯维股份有限公司 | 针对硬化蛋白的免疫结合剂 |
WO2013067268A1 (en) | 2011-11-03 | 2013-05-10 | Tripath Imaging, Inc. | Methods and compositions for preparing samples for immunostaining |
DK2773779T3 (da) | 2011-11-04 | 2020-11-23 | Population Bio Inc | Fremgangsmåder og sammensætninger til diagnosticering, prognose og forebyggelse af neurologiske tilstande |
MX2014005570A (es) | 2011-11-08 | 2014-05-30 | Pfizer | El uso de anticuerpos anti factor estimulante de la colonia de macrofagos para tratar trastornos inflamatorios. |
EP2786156A2 (en) | 2011-11-30 | 2014-10-08 | AbbVie Deutschland GmbH & Co KG | Methods and compositions for determining responsiveness to treatment with a tnf-alpha inhibitor |
CA2855840C (en) | 2011-12-14 | 2023-08-29 | AbbVie Deutschland GmbH & Co. KG | Composition and method for the diagnosis and treatment of iron-related disorders |
EP2791175A2 (en) | 2011-12-14 | 2014-10-22 | Abbvie Deutschland GmbH & Co. KG | Composition and method for the diagnosis and treatment of iron-related disorders |
US20150017157A1 (en) | 2011-12-19 | 2015-01-15 | Xoma (Us) Llc | Methods for treating acne |
JP2015508994A (ja) | 2011-12-30 | 2015-03-26 | アッヴィ・インコーポレイテッド | Il−13および/またはil−17に対する二重可変ドメイン免疫グロブリン |
US20130330347A1 (en) | 2012-01-27 | 2013-12-12 | Abbvie Inc. | Composition and method for the diagnosis and treatment of diseases associated with neurite degeneration |
WO2013120018A1 (en) | 2012-02-09 | 2013-08-15 | Population Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for screening and treating developmental disorders |
ES2812849T3 (es) | 2012-02-24 | 2021-03-18 | Abbvie Stemcentrx Llc | Anticuerpos anti-DLL3 y procedimientos de utilización de los mismos |
SG10201608234UA (en) | 2012-04-02 | 2016-11-29 | Berg Llc | Interrogatory cell-based assays and uses thereof |
WO2013158275A1 (en) | 2012-04-20 | 2013-10-24 | Abbvie Inc. | Cell culture methods to reduce acidic species |
LT2838918T (lt) | 2012-04-20 | 2019-09-10 | Merus N.V. | Būdai ir priemonės heterodimerinių ig-tipo molekulių gamybai |
US9181572B2 (en) | 2012-04-20 | 2015-11-10 | Abbvie, Inc. | Methods to modulate lysine variant distribution |
WO2013158279A1 (en) | 2012-04-20 | 2013-10-24 | Abbvie Inc. | Protein purification methods to reduce acidic species |
US9169304B2 (en) | 2012-05-01 | 2015-10-27 | Pfenex Inc. | Process for purifying recombinant Plasmodium falciparum circumsporozoite protein |
MX2014013950A (es) | 2012-05-14 | 2015-02-17 | Biogen Idec Inc | Antagonistas de proteina que interactua con el receptor nogo 2 que contiene repeticion rica en leucina y dominio de inmunoglobulina (lingo-2) para el tratamiento de afecciones que involucran neuronas motoras. |
US20140010820A1 (en) | 2012-05-21 | 2014-01-09 | Abbvie, Inc. | Novel purification of non-human antibodies using protein a affinity chromatography |
WO2013176754A1 (en) | 2012-05-24 | 2013-11-28 | Abbvie Inc. | Novel purification of antibodies using hydrophobic interaction chromatography |
JP6629069B2 (ja) | 2012-06-06 | 2020-01-15 | ゾエティス・エルエルシー | イヌ化抗ngf抗体およびその方法 |
BR112014032916A2 (pt) | 2012-06-28 | 2017-08-01 | Pfizer | anticorpos anti-fármacos e usos destes para o monitoramento de fármaco |
AR091755A1 (es) | 2012-07-12 | 2015-02-25 | Abbvie Inc | Proteinas de union a il-1 |
EP3613765A1 (en) | 2012-08-03 | 2020-02-26 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Antibody against repulsive guidance molecule b (rgmb) |
CA2881431C (en) * | 2012-08-08 | 2021-10-19 | Daiichi Sankyo Company, Limited | Peptide library and use thereof |
US9737493B2 (en) | 2012-09-07 | 2017-08-22 | University Of Louisville Research Foundation, Inc. | Compositions and methods for modulating DNMT1 inhibitor activity |
US9976180B2 (en) | 2012-09-14 | 2018-05-22 | Population Bio, Inc. | Methods for detecting a genetic variation in subjects with parkinsonism |
WO2014052855A1 (en) | 2012-09-27 | 2014-04-03 | Population Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for screening and treating developmental disorders |
MX2015004436A (es) | 2012-10-09 | 2015-06-24 | Biogen Idec Inc | Tratamientos conjuntos y usos para tratar trastornos desmielinizantes. |
RU2636043C2 (ru) | 2012-11-01 | 2017-11-17 | Эббви Инк. | Анти-vegf/dll4-иммуноглобулины с двойными вариабельными доменами и их применения |
AU2013337277B2 (en) | 2012-11-05 | 2018-03-08 | Foundation Medicine, Inc. | Novel NTRK1 fusion molecules and uses thereof |
WO2014074942A1 (en) | 2012-11-08 | 2014-05-15 | Illumina, Inc. | Risk variants of alzheimer's disease |
WO2014074905A1 (en) | 2012-11-08 | 2014-05-15 | Eleven Biotherapeutics, Inc. | Il-6 antagonists and uses thereof |
US9902775B2 (en) | 2012-12-10 | 2018-02-27 | Biogen Ma Inc. | Anti-blood dendritic cell antigen 2 antibodies and uses thereof |
CN104955961B (zh) * | 2012-12-11 | 2017-03-08 | 塞勒密斯株式会社 | 利用密码子随机化和诱变来合成基因文库的方法 |
US9550986B2 (en) | 2012-12-21 | 2017-01-24 | Abbvie Inc. | High-throughput antibody humanization |
US10717965B2 (en) | 2013-01-10 | 2020-07-21 | Gloriana Therapeutics, Inc. | Mammalian cell culture-produced neublastin antibodies |
WO2014113729A2 (en) | 2013-01-18 | 2014-07-24 | Foundation Mecicine, Inc. | Methods of treating cholangiocarcinoma |
US9593339B1 (en) | 2013-02-14 | 2017-03-14 | David Gordon Bermudes | Bacteria carrying bacteriophage and protease inhibitors for the treatment of disorders and methods of treatment |
ME03394B (me) | 2013-02-22 | 2020-01-20 | Medimmune Ltd | Antidllз-antitelo-pbd konjugati i nihovа upotreba |
CA2899308C (en) | 2013-03-14 | 2017-04-18 | Abbvie Inc. | Low acidic species adalimumab compositions and uses thereof |
US9194873B2 (en) | 2013-03-14 | 2015-11-24 | Abbott Laboratories | HCV antigen-antibody combination assay and methods and compositions for use therein |
CN105209616A (zh) | 2013-03-14 | 2015-12-30 | 雅培制药有限公司 | 用于改进的抗体检测的hcv ns3重组抗原及其突变体 |
EP2971046A4 (en) | 2013-03-14 | 2016-11-02 | Abbott Lab | MONOCLONAL ANTIBODIES WITH LIPID BINDING TO THE HEART OF HCV |
SG11201507563SA (en) | 2013-03-14 | 2015-10-29 | Parkash Gill | Cancer treatment using antibodies that bind cell surface grp78 |
WO2014142882A1 (en) | 2013-03-14 | 2014-09-18 | Abbvie Inc. | Protein purification using displacement chromatography |
CA2899449A1 (en) | 2013-03-14 | 2014-10-02 | Abbvie Inc. | Low acidic species compositions and methods for producing the same using displacement chromatography |
CA2903546A1 (en) | 2013-03-15 | 2014-09-25 | Biogen Ma Inc. | Treatment and prevention of acute kidney injury using anti-alpha v beta 5 antibodies |
AU2014227732A1 (en) | 2013-03-15 | 2015-09-17 | Abbvie Inc. | Dual specific binding proteins directed against IL-1 beta and IL-17 |
EP2968508B1 (en) | 2013-03-15 | 2022-04-27 | Sanofi Pasteur Biologics, LLC | Antibodies against clostridium difficile toxins and methods of using the same |
US9469686B2 (en) | 2013-03-15 | 2016-10-18 | Abbott Laboratories | Anti-GP73 monoclonal antibodies and methods of obtaining the same |
EP2983711A4 (en) | 2013-04-08 | 2016-11-23 | Cytodyn Inc | FELLINED ANTIBODIES AND METHODS OF TREATING RETROVIRAL INFECTIONS IN FELINES |
US20160122829A1 (en) | 2013-06-06 | 2016-05-05 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions and Methods for Identification, Assessment, Prevention, and Treatment of Cancer Using PD-L1 Isoforms |
ES2753419T3 (es) | 2013-06-07 | 2020-04-08 | Univ Duke | Inhibidores del factor H del complemento |
EP3027225B1 (en) | 2013-07-31 | 2021-03-24 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions and methods for modulating thermogenesis using transforming growth factor alpha |
WO2015026846A1 (en) | 2013-08-19 | 2015-02-26 | Biogen Idec Ma Inc. | Control of protein glycosylation by culture medium supplementation and cell culture process parameters |
AU2014312215B2 (en) | 2013-08-28 | 2020-02-27 | Abbvie Stemcentrx Llc | Site-specific antibody conjugation methods and compositions |
WO2015031541A1 (en) | 2013-08-28 | 2015-03-05 | Stem Centrx, Inc. | Novel sez6 modulators and methods of use |
ES2900425T3 (es) | 2013-09-25 | 2022-03-16 | Bioverativ Therapeutics Inc | Métodos de inactivación vírica en columna |
US9957506B2 (en) | 2013-09-25 | 2018-05-01 | Cornell University | Compounds for inducing anti-tumor immunity and methods thereof |
EP3757130A1 (en) | 2013-09-26 | 2020-12-30 | Costim Pharmaceuticals Inc. | Methods for treating hematologic cancers |
WO2015057939A1 (en) | 2013-10-18 | 2015-04-23 | Biogen Idec Ma Inc. | Anti-s1p4 antibodies and uses thereof |
EP3777980B1 (en) | 2013-10-29 | 2023-12-06 | President and Fellows of Harvard College | Nuclear factor erythroid 2-like 2 (nrf2) for use in treatment of age-related macular degeneration |
US20160272674A1 (en) | 2013-11-07 | 2016-09-22 | Abbvie Inc. | Isolation and purification of antibodies |
DK2891722T3 (en) | 2013-11-12 | 2019-01-07 | Population Bio Inc | METHODS AND COMPOSITIONS FOR DIAGNOSTICING, PROGRAMMING AND TREATMENT OF ENDOMETRIOSIS |
WO2015071759A1 (en) | 2013-11-15 | 2015-05-21 | Institut Pasteur | A molecular marker of plasmodium falciparum artemisinin resistance |
WO2015090230A1 (en) | 2013-12-19 | 2015-06-25 | Novartis Ag | Human mesothelin chimeric antigen receptors and uses thereof |
US20160289633A1 (en) | 2013-12-20 | 2016-10-06 | Biogen Ma Inc. | Use of Perfusion Seed Cultures to Improve Biopharmaceutical Fed-Batch Production Capacity and Product Quality |
US11708411B2 (en) | 2013-12-20 | 2023-07-25 | Wake Forest University Health Sciences | Methods and compositions for increasing protective antibody levels induced by pneumococcal polysaccharide vaccines |
EP2960252A1 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-30 | Institut Pasteur | Phospholipase for treatment of immunosuppression |
EP3097196B1 (en) | 2014-01-20 | 2019-09-11 | President and Fellows of Harvard College | Negative selection and stringency modulation in continuous evolution systems |
JOP20200094A1 (ar) | 2014-01-24 | 2017-06-16 | Dana Farber Cancer Inst Inc | جزيئات جسم مضاد لـ pd-1 واستخداماتها |
JOP20200096A1 (ar) | 2014-01-31 | 2017-06-16 | Children’S Medical Center Corp | جزيئات جسم مضاد لـ tim-3 واستخداماتها |
US9212217B2 (en) | 2014-02-11 | 2015-12-15 | Visterra, Inc. | Antibody molecules to dengue virus and uses thereof |
KR20170008202A (ko) | 2014-02-21 | 2017-01-23 | 애브비 스템센트알엑스 엘엘씨 | 흑색종에 사용하기 위한 항-dll3 항체 및 약물 접합체 |
BR112016018408A2 (pt) | 2014-03-14 | 2017-12-26 | Immutep Sas | moléculas de anticorpo à lag-3 e usos das mesmas |
WO2015148515A1 (en) | 2014-03-24 | 2015-10-01 | Biogen Ma Inc. | Methods for overcoming glutamine deprivation during mammalian cell culture |
EP3142689B1 (en) | 2014-05-13 | 2020-11-11 | Bavarian Nordic A/S | Combination therapy for treating cancer with a poxvirus expressing a tumor antigen and a monoclonal antibody against tim-3 |
RU2764981C1 (ru) | 2014-06-03 | 2022-01-24 | ИксБиотеч Инк. | Композиции и способы лечения и предупреждения инфекций, вызванных Staphylococcus aureus |
WO2015200519A2 (en) | 2014-06-25 | 2015-12-30 | Ting-Yu Yeh | Disease control of the plant bacterial pathogens causing citrus canker and rice blight |
CN107109419B (zh) | 2014-07-21 | 2020-12-22 | 诺华股份有限公司 | 使用cd33嵌合抗原受体治疗癌症 |
EP3172228B1 (en) | 2014-07-25 | 2019-02-27 | Theravectys | Lentiviral vectors for regulated expression of a chimeric antigen receptor molecule |
WO2016025880A1 (en) | 2014-08-14 | 2016-02-18 | Novartis Ag | Treatment of cancer using gfr alpha-4 chimeric antigen receptor |
JP7084138B2 (ja) | 2014-08-19 | 2022-06-14 | ノバルティス アーゲー | 癌処置に使用するための抗cd123キメラ抗原受容体(car) |
WO2016036403A1 (en) | 2014-09-05 | 2016-03-10 | Population Diagnostics Inc. | Methods and compositions for inhibiting and treating neurological conditions |
WO2016040882A1 (en) | 2014-09-13 | 2016-03-17 | Novartis Ag | Combination therapies of egfr inhibitors |
IL250902B (en) | 2014-09-16 | 2022-08-01 | Symphogen As | Anti-met antibodies and preparations |
KR102554634B1 (ko) | 2014-09-30 | 2023-07-11 | 도이체스크레브스포르슝스젠트룸스티프퉁데스외펜트리헨레크츠 | L1cam에 결합하는 신규한 결합 분자 특히 항체(cd171) |
EP3662903A3 (en) | 2014-10-03 | 2020-10-14 | Novartis AG | Combination therapies |
SG11201702401RA (en) | 2014-10-14 | 2017-04-27 | Novartis Ag | Antibody molecules to pd-l1 and uses thereof |
MA41685A (fr) | 2014-10-17 | 2017-08-22 | Biogen Ma Inc | Supplémentation en cuivre pour la régulation de la glycosylation dans un procédé de culture cellulaire de mammifère |
US10920208B2 (en) | 2014-10-22 | 2021-02-16 | President And Fellows Of Harvard College | Evolution of proteases |
MA40864A (fr) | 2014-10-31 | 2017-09-05 | Biogen Ma Inc | Hypotaurine, gaba, bêta-alanine et choline pour la régulation de l'accumulation de sous-produits résiduaires dans des procédés de culture de cellules mammifères |
EP3215527A4 (en) | 2014-11-05 | 2018-04-18 | Annexon, Inc. | Humanized anti-complement factor c1q antibodies and uses thereof |
MX2017005992A (es) | 2014-11-07 | 2017-09-15 | Eleven Biotherapeutics Inc | Anticuerpos mejorados contra il-6. |
WO2016073894A1 (en) | 2014-11-07 | 2016-05-12 | Eleven Biotherapeutics, Inc. | Therapeutic agents with increased ocular retention |
WO2016081835A2 (en) | 2014-11-21 | 2016-05-26 | University Of Maryland, Baltimore | Targeted structure-specific particulate delivery systems |
CA2968352A1 (en) | 2014-12-08 | 2016-06-16 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Methods for upregulating immune responses using combinations of anti-rgmb and anti-pd-1 agents |
WO2016094881A2 (en) | 2014-12-11 | 2016-06-16 | Abbvie Inc. | Lrp-8 binding proteins |
WO2016100882A1 (en) | 2014-12-19 | 2016-06-23 | Novartis Ag | Combination therapies |
WO2016112270A1 (en) | 2015-01-08 | 2016-07-14 | Biogen Ma Inc. | Lingo-1 antagonists and uses for treatment of demyelinating disorders |
WO2016141111A1 (en) | 2015-03-03 | 2016-09-09 | Xoma (Us) Llc | Treatment of post-prandial hyperinsulinemia and hypoglycemia after bariatric surgery |
US20180042998A1 (en) | 2015-03-10 | 2018-02-15 | University Of Massachusetts | Targeting gdf6 and bmp signaling for anti-melanoma therapy |
JP6901400B2 (ja) | 2015-04-03 | 2021-07-14 | ゾーマ テクノロジー リミテッド | TGF−β及びPD−1の阻害物質を使用する癌の治療法 |
WO2016168631A1 (en) | 2015-04-17 | 2016-10-20 | President And Fellows Of Harvard College | Vector-based mutagenesis system |
WO2016170022A1 (en) | 2015-04-21 | 2016-10-27 | Institut Gustave Roussy | Therapeutic methods, products and compositions inhibiting znf555 |
EP3294334B1 (en) | 2015-05-11 | 2020-07-08 | The Johns Hopkins University | Autoimmune antibodies for use in inhibiting cancer cell growth |
AR104809A1 (es) | 2015-05-29 | 2017-08-16 | Abbvie Inc | Anticuerpos anti-cd40 y usos de los mismos |
TW201710286A (zh) | 2015-06-15 | 2017-03-16 | 艾伯維有限公司 | 抗vegf、pdgf及/或其受體之結合蛋白 |
WO2017015545A1 (en) | 2015-07-22 | 2017-01-26 | President And Fellows Of Harvard College | Evolution of site-specific recombinases |
US11524983B2 (en) | 2015-07-23 | 2022-12-13 | President And Fellows Of Harvard College | Evolution of Bt toxins |
US20180207273A1 (en) | 2015-07-29 | 2018-07-26 | Novartis Ag | Combination therapies comprising antibody molecules to tim-3 |
EP3964528A1 (en) | 2015-07-29 | 2022-03-09 | Novartis AG | Combination therapies comprising antibody molecules to lag-3 |
US10612011B2 (en) | 2015-07-30 | 2020-04-07 | President And Fellows Of Harvard College | Evolution of TALENs |
US10253101B2 (en) | 2015-08-06 | 2019-04-09 | Xoma (Us) Llc | Antibody fragments against the insulin receptor and uses thereof to treat hypoglycemia |
EP3341415B1 (en) | 2015-08-28 | 2021-03-24 | H. Hoffnabb-La Roche Ag | Anti-hypusine antibodies and uses thereof |
CA3036652A1 (en) | 2015-09-15 | 2017-03-23 | Scholar Rock, Inc. | Anti-pro/latent-myostatin antibodies and uses thereof |
EP3362074B1 (en) | 2015-10-16 | 2023-08-09 | President and Fellows of Harvard College | Regulatory t cell pd-1 modulation for regulating t cell effector immune responses |
WO2017075329A2 (en) | 2015-10-29 | 2017-05-04 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Methods for identification, assessment, prevention, and treatment of metabolic disorders using pm20d1 and n-lipidated amino acids |
EP3374391B1 (en) | 2015-11-10 | 2024-04-17 | Visterra, Inc. | Antibody molecule-drug conjugates that specifically binds to lipopolysaccharide and uses thereof |
MY197345A (en) | 2015-11-25 | 2023-06-14 | Visterra Inc | Antibody molecules to april and uses thereof |
CN108495651A (zh) | 2015-12-17 | 2018-09-04 | 诺华股份有限公司 | 抗pd-1的抗体分子及其用途 |
CN108697794A (zh) | 2015-12-17 | 2018-10-23 | 诺华股份有限公司 | C-met抑制剂和抗pd-1抗体分子的组合及其用途 |
KR20180094110A (ko) | 2016-01-08 | 2018-08-22 | 스칼러 락, 인크. | 항-프로/잠재성 미오스타틴 항체 및 그의 사용 방법 |
JP2019509282A (ja) | 2016-02-29 | 2019-04-04 | ファウンデーション・メディシン・インコーポレイテッド | 癌の治療方法 |
KR20180122397A (ko) | 2016-03-11 | 2018-11-12 | 스칼러 락, 인크. | TGFβ1-결합 이뮤노글로불린 및 그의 용도 |
WO2017160599A1 (en) | 2016-03-14 | 2017-09-21 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Use of cd300b antagonists to treat sepsis and septic shock |
CA3017813C (en) | 2016-03-17 | 2021-12-07 | Oslo Universitetssykehus Hf | Fusion proteins targeting tumour associated macrophages for treating cancer |
WO2017165464A1 (en) | 2016-03-21 | 2017-09-28 | Elstar Therapeutics, Inc. | Multispecific and multifunctional molecules and uses thereof |
US20170274076A1 (en) | 2016-03-25 | 2017-09-28 | Visterra, Inc. | Formulations of antibody molecules to dengue virus |
KR102611444B1 (ko) | 2016-04-08 | 2023-12-06 | 지엘바이오, 인크. | 플렉틴-1 결합 항체 및 그의 용도 |
WO2017181098A2 (en) | 2016-04-15 | 2017-10-19 | Visterra, Inc. | Antibody molecules to zika virus and uses thereof |
WO2018005559A1 (en) | 2016-06-27 | 2018-01-04 | Juno Therapeutics, Inc. | Method of identifying peptide epitopes, molecules that bind such epitopes and related uses |
MA45491A (fr) | 2016-06-27 | 2019-05-01 | Juno Therapeutics Inc | Épitopes à restriction cmh-e, molécules de liaison et procédés et utilisations associés |
US20200031924A1 (en) | 2016-07-13 | 2020-01-30 | Biogen Ma Inc. | Dosage Regimens of Lingo-1 Antagonists and Uses for Treatment of Demyelinating Disorders |
CN110461315A (zh) | 2016-07-15 | 2019-11-15 | 诺华股份有限公司 | 使用与激酶抑制剂组合的嵌合抗原受体治疗和预防细胞因子释放综合征 |
EP3487880A1 (en) | 2016-07-25 | 2019-05-29 | Biogen MA Inc. | Anti-hspa5 (grp78) antibodies and uses thereof |
EP3490600A1 (en) | 2016-08-01 | 2019-06-05 | Xoma (Us) Llc | Parathyroid hormone receptor 1 (pth1r) antibodies and uses thereof |
SG11201900616UA (en) | 2016-08-02 | 2019-02-27 | Visterra Inc | Engineered polypeptides and uses thereof |
CA3032146A1 (en) | 2016-08-03 | 2018-02-08 | Bio-Techne Corporation | Identification of vsig3/vista as a novel immune checkpoint and use thereof for immunotherapy |
US11673971B2 (en) | 2016-09-23 | 2023-06-13 | Marengo Therapeutics, Inc. | Multispecific antibody molecules comprising lambda and kappa light chains |
CN110087681A (zh) | 2016-09-28 | 2019-08-02 | 佐马美国有限公司 | 结合白细胞介素-2的抗体和其用途 |
AU2017339858B2 (en) | 2016-10-03 | 2022-02-17 | Abbott Laboratories | Improved methods of assessing GFAP status in patient samples |
EP3523331A1 (en) | 2016-10-07 | 2019-08-14 | Novartis AG | Chimeric antigen receptors for the treatment of cancer |
WO2018071576A1 (en) | 2016-10-14 | 2018-04-19 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Treatment of tumors by inhibition of cd300f |
WO2018075408A1 (en) | 2016-10-17 | 2018-04-26 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Methods of treating acute myeloid leukemia (aml) with combinations of anti-cd200 antibodies, cytarabine, and daunorubicin |
WO2018102594A1 (en) | 2016-12-01 | 2018-06-07 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Methods of treating solid tumors with anti-cd200 antibodies |
US11129906B1 (en) | 2016-12-07 | 2021-09-28 | David Gordon Bermudes | Chimeric protein toxins for expression by therapeutic bacteria |
US11180535B1 (en) | 2016-12-07 | 2021-11-23 | David Gordon Bermudes | Saccharide binding, tumor penetration, and cytotoxic antitumor chimeric peptides from therapeutic bacteria |
RU2019123063A (ru) | 2016-12-23 | 2021-01-26 | Вистерра, Инк. | Связывающие полипептиды и способы их получения |
PT3565592T (pt) | 2017-01-06 | 2023-05-31 | Scholar Rock Inc | Tratamento de doenças metabólicas através da inibição da ativação da miostatina |
CN110382530A (zh) | 2017-01-06 | 2019-10-25 | 供石公司 | 亚型特异性、背景许可性TGFβ1抑制剂及其用途 |
US11155611B2 (en) | 2017-01-06 | 2021-10-26 | Scholar Rock, Inc. | Compositions and methods for making and using anti-myostatin antibodies |
US11382983B2 (en) | 2017-01-13 | 2022-07-12 | Academia Sinica | Reloadable hydrogel system for treating brain conditions |
WO2018130660A1 (en) | 2017-01-13 | 2018-07-19 | Academia Sinica | Reloadable hydrogel system for treating myocardial infarction |
KR20190112003A (ko) | 2017-01-18 | 2019-10-02 | 비스테라, 인크. | 항체 분자-약물 접합체 및 이의 용도 |
US10240205B2 (en) | 2017-02-03 | 2019-03-26 | Population Bio, Inc. | Methods for assessing risk of developing a viral disease using a genetic test |
BR112019016143A2 (pt) | 2017-02-06 | 2020-04-07 | Australian Meat & Live Stock | composições imunoestimulantes e usos das mesmas |
US20200291089A1 (en) | 2017-02-16 | 2020-09-17 | Elstar Therapeutics, Inc. | Multifunctional molecules comprising a trimeric ligand and uses thereof |
WO2018158719A1 (en) | 2017-03-02 | 2018-09-07 | Novartis Ag | Engineered heterodimeric proteins |
WO2018169976A1 (en) * | 2017-03-13 | 2018-09-20 | Duke University | Antigen display system and methods for characterizing antibody responses |
JP7346300B2 (ja) | 2017-03-23 | 2023-09-19 | アボット・ラボラトリーズ | 早期バイオマーカーであるユビキチンカルボキシ末端ヒドロラーゼl1を使用する、ヒト対象における外傷性脳損傷の程度の診断及び決定の一助となるための方法 |
WO2018176019A1 (en) | 2017-03-24 | 2018-09-27 | The Regents Of The University Of California | Proteoglycan irregularities in abnormal fibroblasts and therapies based therefrom |
EP3606960A1 (en) | 2017-04-03 | 2020-02-12 | Oncologie, Inc. | Methods for treating cancer using ps-targeting antibodies with immuno-oncology agents |
US20230192839A1 (en) | 2017-04-12 | 2023-06-22 | Pfizer Inc. | Antibodies having conditional affinity and methods of use thereof |
EP3610268A1 (en) | 2017-04-15 | 2020-02-19 | Abbott Laboratories | Methods for aiding in the hyperacute diagnosis and determination of traumatic brain injury in a human subject using early biomarkers |
US20200071417A1 (en) | 2017-04-19 | 2020-03-05 | Elstar Therapeutics, Inc. | Multispecific molecules and uses thereof |
US20200385472A1 (en) | 2017-04-28 | 2020-12-10 | Elstar Therapeutics, Inc. | Multispecific molecules comprising a non-immunoglobulin heterodimerization domain and uses thereof |
AU2018256845B2 (en) | 2017-04-28 | 2024-03-14 | Abbott Laboratories | Methods for aiding in the hyperacute diagnosis and determination of traumatic brain injury using early biomarkers on at least two samples from the same human subject |
US10865238B1 (en) | 2017-05-05 | 2020-12-15 | Duke University | Complement factor H antibodies |
CN110753703B (zh) | 2017-05-23 | 2024-04-09 | 德国亥姆霍兹慕尼黑中心健康与环境研究中心(有限公司) | 新的cd73抗体、其制备和用途 |
JP7416625B2 (ja) | 2017-05-25 | 2024-01-17 | アボット・ラボラトリーズ | 早期バイオマーカーを使用する、頭部への損傷を負ったヒト対象又は負った可能性があるヒト対象に対して、イメージングを実施するかどうかの決定の一助となるための方法 |
JP7269183B2 (ja) | 2017-05-30 | 2023-05-08 | アボット・ラボラトリーズ | 心臓トロポニンiを使用する、ヒト対象における軽度外傷性脳損傷を診断及び査定する一助となるための方法 |
WO2018222901A1 (en) | 2017-05-31 | 2018-12-06 | Elstar Therapeutics, Inc. | Multispecific molecules that bind to myeloproliferative leukemia (mpl) protein and uses thereof |
JP2020523018A (ja) | 2017-06-09 | 2020-08-06 | プロビデンス ヘルス アンド サービシーズ−オレゴン | がんの処置のための腫瘍反応性ヒトt細胞の同定のためのcd39およびcd103の使用 |
EP3642240A1 (en) | 2017-06-22 | 2020-04-29 | Novartis AG | Antibody molecules to cd73 and uses thereof |
WO2019005817A2 (en) | 2017-06-26 | 2019-01-03 | Bio-Techne Corporation | HYBRIDOMIC CLONES, MONOCLONAL ANTIBODIES DIRECTED AGAINST VSIG-4, AND METHODS OF MAKING AND USING SAME |
KR20200022447A (ko) | 2017-06-27 | 2020-03-03 | 노파르티스 아게 | 항-tim-3 항체의 투여 요법 및 그의 용도 |
EP3649474A1 (en) | 2017-07-03 | 2020-05-13 | Abbott Laboratories | Improved methods for measuring ubiquitin carboxy-terminal hydrolase l1 levels in blood |
WO2019010164A1 (en) | 2017-07-06 | 2019-01-10 | President And Fellows Of Harvard College | EVOLUTION OF ARNT SYNTHÉTASES |
CR20200076A (es) | 2017-07-14 | 2020-06-10 | Pfizer | ANTICUERPOS CONTRA MAdCAM |
EP3431496A1 (en) | 2017-07-19 | 2019-01-23 | Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. | Anti- isoasp7 amyloid beta antibodies and uses thereof |
AU2018302283A1 (en) | 2017-07-20 | 2020-02-06 | Novartis Ag | Dosage regimens of anti-LAG-3 antibodies and uses thereof |
CA3071427A1 (en) | 2017-07-28 | 2019-01-31 | Scholar Rock, Inc. | Ltbp complex-specific inhibitors of tgf-beta 1 and uses thereof |
WO2019035938A1 (en) | 2017-08-16 | 2019-02-21 | Elstar Therapeutics, Inc. | MULTISPECIFIC MOLECULES BINDING TO BCMA AND USES THEREOF |
US11624130B2 (en) | 2017-09-18 | 2023-04-11 | President And Fellows Of Harvard College | Continuous evolution for stabilized proteins |
WO2019067499A1 (en) | 2017-09-27 | 2019-04-04 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | BIOMARKER SIGNATURE FOR PREDICTING A TUMOR RESPONSE TO ANTI-CD200 THERAPY |
ES2759622T3 (es) | 2017-10-02 | 2020-05-11 | Certest Biotec S L | Anticuerpos anti-Dps y dispositivos de prueba para la detección de bacterias del género Campylobacter |
WO2019070726A1 (en) | 2017-10-02 | 2019-04-11 | Visterra, Inc. | CD73 BINDING ANTIBODY MOLECULES AND USES THEREOF |
KR20210027230A (ko) | 2017-10-04 | 2021-03-10 | 옵코 파마슈티칼스, 엘엘씨 | 암의 개인 맞춤형 치료에 관한 물품 및 방법 |
BR112020007046A2 (pt) | 2017-10-19 | 2020-11-17 | Debiopharm International S.A. | produto de combinação para o tratamento do câncer |
WO2019077165A1 (en) | 2017-10-20 | 2019-04-25 | Institut Curie | DAP10 / 12-BASED CHIMERIC ANTIGENIC RECEPTORS (CAR) ADAPTED FOR RUSH |
JP2021503478A (ja) | 2017-11-16 | 2021-02-12 | ノバルティス アーゲー | 組み合わせ治療 |
US20200377571A1 (en) | 2017-12-08 | 2020-12-03 | Elstar Therapeutics, Inc. | Multispecific molecules and uses thereof |
CA3067055A1 (en) | 2017-12-09 | 2019-06-13 | Abbott Laboratories | Methods for aiding in diagnosing and evaluating a traumatic brain injury in a human subject using a combination of gfap and uch-l1 |
BR112019028254A2 (pt) | 2017-12-09 | 2020-07-14 | Abbott Laboratories | métodos para ajudar no diagnóstico e avaliação de um paciente que sofreu uma lesão ortopédica e que sofreu ou pode ter sofrido uma lesão na cabeça, tal como uma lesão cerebral traumática (lct) leve, usando a proteína ácida fibrilar glial (gfap) e/ou a hidrolase carbóxi-terminal da ubiquitina l1 (uch-l1) |
WO2019126536A1 (en) | 2017-12-20 | 2019-06-27 | Alexion Pharmaceuticals Inc. | Humanized anti-cd200 antibodies and uses thereof |
WO2019126133A1 (en) | 2017-12-20 | 2019-06-27 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Liquid formulations of anti-cd200 antibodies |
CN111868082A (zh) | 2018-02-02 | 2020-10-30 | 博奥泰克尼公司 | 调节vista和vsig3的相互作用的化合物及其制备和使用方法 |
KR20200130696A (ko) | 2018-03-12 | 2020-11-19 | 조에티스 서비시즈 엘엘씨 | 항-ngf 항체 및 이의 방법 |
WO2019178362A1 (en) | 2018-03-14 | 2019-09-19 | Elstar Therapeutics, Inc. | Multifunctional molecules that bind to calreticulin and uses thereof |
US20210009711A1 (en) | 2018-03-14 | 2021-01-14 | Elstar Therapeutics, Inc. | Multifunctional molecules and uses thereof |
WO2019180272A1 (en) | 2018-03-23 | 2019-09-26 | Fundación Instituto De Investigación Sanitaria De Santiago De Compostela | Anti-leptin affinity reagents for use in the treatment of obesity and other leptin-resistance associated diseases |
ES2950740T3 (es) | 2018-03-26 | 2023-10-13 | Glycanostics S R O | Medios y métodos para el glicoperfilado de una proteína |
JP7331000B2 (ja) | 2018-03-26 | 2023-08-22 | アレクシオン ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド | 補体c3転換酵素のプロテアーゼ活性を測定するためのスループットの高い方法 |
US20210147547A1 (en) | 2018-04-13 | 2021-05-20 | Novartis Ag | Dosage Regimens For Anti-Pd-L1 Antibodies And Uses Thereof |
AR126019A1 (es) | 2018-05-30 | 2023-09-06 | Novartis Ag | Anticuerpos frente a entpd2, terapias de combinación y métodos de uso de los anticuerpos y las terapias de combinación |
WO2019241649A1 (en) | 2018-06-14 | 2019-12-19 | President And Fellows Of Harvard College | Evolution of cytidine deaminases |
JP7472119B2 (ja) | 2018-06-19 | 2024-04-22 | アターガ,エルエルシー | 補体第5成分に対する抗体分子およびその使用 |
CA3100962A1 (en) * | 2018-06-20 | 2019-12-26 | Hofseth Biocare Asa | Fish protein hydrolysate powder and a composition comprising said powder for use as a medicament |
AU2019297451A1 (en) | 2018-07-03 | 2021-01-28 | Marengo Therapeutics, Inc. | Anti-TCR antibody molecules and uses thereof |
WO2020008083A1 (es) | 2018-07-05 | 2020-01-09 | Consejo Superior De Investigaciones Científicas | Diana terapéutica en receptores de quimiocinas para la selección de compuestos útiles para el tratamiento de procesos patológicos que implican la señalización de quimiocinas |
MA52165A (fr) | 2018-07-11 | 2021-06-02 | Scholar Rock Inc | Inhibiteurs sélectifs de l'isoforme tgfbeta1 et utilisation associée |
TW202005981A (zh) | 2018-07-11 | 2020-02-01 | 美商供石公司 | 高親和性、異構體選擇性之TGFβ1抑制劑及其用途 |
EP3820896A1 (en) | 2018-07-11 | 2021-05-19 | Scholar Rock, Inc. | TGFbeta1 INHIBITORS AND USE THEREOF |
WO2020021465A1 (en) | 2018-07-25 | 2020-01-30 | Advanced Accelerator Applications (Italy) S.R.L. | Method of treatment of neuroendocrine tumors |
CA3108807A1 (en) | 2018-08-08 | 2020-02-13 | Pml Screening, Llc | Methods for assessing the risk of developing progressive multifocal leukoencephalopathy caused by john cunningham virus by genetic testing |
WO2020069372A1 (en) | 2018-09-27 | 2020-04-02 | Elstar Therapeutics, Inc. | Csf1r/ccr2 multispecific antibodies |
WO2020070303A1 (en) | 2018-10-05 | 2020-04-09 | Bavarian Nordic A/S | Combination therapy for treating cancer with an intravenous administration of a recombinant mva and an immune checkpoint antagonist or agonist |
UY38407A (es) | 2018-10-15 | 2020-05-29 | Novartis Ag | Anticuerpos estabilizadores de trem2 |
KR20210080465A (ko) | 2018-10-23 | 2021-06-30 | 스칼러 락, 인크. | RGMc-선택적인 억제제 및 그의 용도 |
WO2020086408A1 (en) | 2018-10-26 | 2020-04-30 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | A high-yield perfusion-based transient gene expression bioprocess |
WO2020104531A1 (en) | 2018-11-20 | 2020-05-28 | Bavarian Nordic A/S | Therapy for treating cancer with an intratumoral and/or intravenous administration of a recombinant mva encoding 4-1bbl (cd137l) and/or cd40l |
US20220098310A1 (en) | 2018-12-06 | 2022-03-31 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Anti-alk2 antibodies and uses thereof |
WO2020128894A1 (en) | 2018-12-20 | 2020-06-25 | Novartis Ag | Combinations of a hdm2-p53 interaction inhibitor and a bcl2 inhibitor and their use for treating cancer |
CR20210416A (es) | 2019-01-30 | 2021-09-14 | Scholar Rock Inc | INHIBIDORES ESPECIFICOS DEL COMPLEJO DE LTBP DE TGFß Y USOS DE LOS MISMOS |
US11738050B2 (en) | 2019-02-01 | 2023-08-29 | Regents Of The University Of Minnesota | Compounds binding to fibroblast activation protein alpha |
EP3693063A1 (en) | 2019-02-06 | 2020-08-12 | Diaccurate | Methods and compositions for treating cancer |
EP3696191A1 (en) | 2019-02-14 | 2020-08-19 | Fundación Instituto de Investigación contra la Leucemia Josep Carreras (IJC) | Car t-cells for the treatment of cd1a-positive cancer |
US10871640B2 (en) | 2019-02-15 | 2020-12-22 | Perkinelmer Cellular Technologies Germany Gmbh | Methods and systems for automated imaging of three-dimensional objects |
AU2020226893A1 (en) | 2019-02-21 | 2021-09-23 | Marengo Therapeutics, Inc. | Multifunctional molecules that bind to T cell related cancer cells and uses thereof |
CN114127111A (zh) | 2019-02-21 | 2022-03-01 | 马伦戈治疗公司 | 与nkp30结合的抗体分子及其用途 |
SG11202109033XA (en) | 2019-02-21 | 2021-09-29 | Marengo Therapeutics Inc | Multifunctional molecules that bind to t cells and uses thereof to treat autoimmune disorders |
WO2020172601A1 (en) | 2019-02-21 | 2020-08-27 | Elstar Therapeutics, Inc. | Multifunctional molecules that bind to calreticulin and uses thereof |
SG11202109122SA (en) | 2019-02-21 | 2021-09-29 | Marengo Therapeutics Inc | Anti-tcr antibody molecules and uses thereof |
EP3946593A1 (en) | 2019-03-29 | 2022-02-09 | Atarga, LLC | Anti fgf23 antibody |
CN114269786A (zh) | 2019-06-17 | 2022-04-01 | 威特拉公司 | Cd138人源化抗体分子及其用途 |
EP4004025A1 (en) | 2019-07-26 | 2022-06-01 | Visterra, Inc. | Interleukin-2 agents and uses thereof |
US20220267459A1 (en) | 2019-08-02 | 2022-08-25 | Fundacio Clinic Per A La Recerca Biomedica | Car t-cells against bcma for the treatment of multiple myeloma |
WO2021023860A1 (en) | 2019-08-07 | 2021-02-11 | Db Biotech, As | Improved horseradish peroxidase polypeptides |
EP4025303A1 (en) | 2019-09-04 | 2022-07-13 | Deutsches Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen e.V. (DZNE) | Herv inhibitors for use in treating tauopathies |
TW202124446A (zh) | 2019-09-18 | 2021-07-01 | 瑞士商諾華公司 | 與entpd2抗體之組合療法 |
EP4031578A1 (en) | 2019-09-18 | 2022-07-27 | Novartis AG | Entpd2 antibodies, combination therapies, and methods of using the antibodies and combination therapies |
BR112022007179A2 (pt) | 2019-10-21 | 2022-08-23 | Novartis Ag | Inibidores de tim-3 e usos dos mesmos |
WO2021079188A1 (en) | 2019-10-21 | 2021-04-29 | Novartis Ag | Combination therapies with venetoclax and tim-3 inhibitors |
AU2020387646A1 (en) | 2019-11-20 | 2022-05-19 | Bavarian Nordic A/S | Recombinant MVA viruses for intratumoral and/or intravenous administration for treating cancer |
US20230056470A1 (en) | 2019-12-20 | 2023-02-23 | Novartis Ag | Uses of anti-tgf-beta antibodies and checkpoint inhibitors for the treatment of proliferative diseases |
WO2021138407A2 (en) | 2020-01-03 | 2021-07-08 | Marengo Therapeutics, Inc. | Multifunctional molecules that bind to cd33 and uses thereof |
AU2021205433A1 (en) | 2020-01-11 | 2022-08-18 | Scholar Rock, Inc. | Tgfß inhibitors and use thereof |
CA3166328A1 (en) | 2020-01-11 | 2021-07-15 | Scholar Rock, Inc. | Tgf-beta inhibitors and use thereof |
TW202140553A (zh) | 2020-01-13 | 2021-11-01 | 美商威特拉公司 | C5ar1抗體分子及其用途 |
US20230058489A1 (en) | 2020-01-17 | 2023-02-23 | Novartis Ag | Combination comprising a tim-3 inhibitor and a hypomethylating agent for use in treating myelodysplastic syndrome or chronic myelomonocytic leukemia |
US20230061973A1 (en) | 2020-02-05 | 2023-03-02 | Larimar Therapeutics, Inc. | Tat peptide binding proteins and uses thereof |
EP4117789A1 (en) | 2020-03-11 | 2023-01-18 | Fundació Institut de Recerca Contra la Leucèmia Josep Carreras | Cd22 targeting-moiety for the treatment of b-cell acute lymphoblastic leukemia (b-all) |
EP4126064A1 (en) | 2020-04-03 | 2023-02-08 | Visterra, Inc. | Antibody molecule-drug conjugates and uses thereof |
EP4136459A1 (en) | 2020-04-13 | 2023-02-22 | Abbott Laboratories | Methods, complexes and kits for detecting or determining an amount of a ss-coronavirus antibody in a sample |
KR20230028242A (ko) | 2020-04-24 | 2023-02-28 | 마렝고 테라퓨틱스, 인크. | T 세포 관련 암 세포에 결합하는 다중기능성 분자 및 그것의 용도 |
WO2021220218A1 (en) | 2020-05-01 | 2021-11-04 | Novartis Ag | Immunoglobulin variants |
US20230242647A1 (en) | 2020-05-01 | 2023-08-03 | Novartis Ag | Engineered immunoglobulins |
WO2021239666A1 (en) | 2020-05-26 | 2021-12-02 | Diaccurate | Therapeutic methods |
US20230235080A1 (en) | 2020-06-03 | 2023-07-27 | Bionecure Therapeutics, Inc. | Trophoblast cell-surface antigen-2 (trop-2) antibodies |
TW202216195A (zh) | 2020-06-24 | 2022-05-01 | 美商威特拉公司 | April抗體分子及其用途 |
EP4178624A2 (en) | 2020-07-07 | 2023-05-17 | Bionecure Therapeutics, Inc. | Maytansinoids as adc payloads and their use for the treatment of cancer |
WO2022026592A2 (en) | 2020-07-28 | 2022-02-03 | Celltas Bio, Inc. | Antibody molecules to coronavirus and uses thereof |
US20220043000A1 (en) | 2020-08-04 | 2022-02-10 | Abbott Laboratories | Methods and kits for detecting sars-cov-2 protein in a sample |
CN116761818A (zh) | 2020-08-26 | 2023-09-15 | 马伦戈治疗公司 | 检测trbc1或trbc2的方法 |
CA3190755A1 (en) | 2020-08-26 | 2022-03-03 | Andreas Loew | Multifunctional molecules that bind to calreticulin and uses thereof |
EP4204096A2 (en) | 2020-08-26 | 2023-07-05 | Marengo Therapeutics, Inc. | Antibody molecules that bind to nkp30 and uses thereof |
WO2022043558A1 (en) | 2020-08-31 | 2022-03-03 | Advanced Accelerator Applications International Sa | Method of treating psma-expressing cancers |
WO2022043557A1 (en) | 2020-08-31 | 2022-03-03 | Advanced Accelerator Applications International Sa | Method of treating psma-expressing cancers |
WO2022081718A1 (en) | 2020-10-14 | 2022-04-21 | Five Prime Therapeutics, Inc. | Anti-c-c chemokine receptor 8 (ccr8) antibodies and methods of use thereof |
WO2022115538A1 (en) | 2020-11-24 | 2022-06-02 | Bio-Techne Corporation | Anti-severe acute respiratory syndrome coronavirus antibodies |
WO2022119841A1 (en) | 2020-12-01 | 2022-06-09 | Abbott Laboratories | Use of one or more biomarkers to determine traumatic brain injury (tbi) in a subject having received a head computerized tomography scan that is negative for a tbi |
WO2023102384A1 (en) | 2021-11-30 | 2023-06-08 | Abbott Laboratories | Use of one or more biomarkers to determine traumatic brain injury (tbi) in a subject having received a head computerized tomography scan that is negative for a tbi |
MX2023006599A (es) | 2020-12-04 | 2023-06-19 | Visterra Inc | Metodos de uso de agentes de interleucina-2. |
KR20230132470A (ko) | 2020-12-18 | 2023-09-15 | 키닉사 파마슈티컬스, 리미티드 | 단백질 조성물 및 이를 생산하는 방법 및 사용하는방법 |
WO2022147147A1 (en) | 2020-12-30 | 2022-07-07 | Abbott Laboratories | Methods for determining sars-cov-2 antigen and anti-sars-cov-2 antibody in a sample |
WO2022159590A1 (en) | 2021-01-20 | 2022-07-28 | Visterra, Inc. | Interleukin-2 mutants and uses thereof |
JP2024505049A (ja) | 2021-01-29 | 2024-02-02 | ノバルティス アーゲー | 抗cd73及び抗entpd2抗体のための投与方式並びにその使用 |
WO2022182872A2 (en) | 2021-02-24 | 2022-09-01 | Alladapt Immunotherapeutics, Inc. | Compositions and methods for identification of cross-reactive allergenic proteins and treatment of allergies |
US20240041978A1 (en) | 2021-03-03 | 2024-02-08 | The U.S.A., As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | La protein as a novel regulator of osteoclastogenesis |
WO2022195551A1 (en) | 2021-03-18 | 2022-09-22 | Novartis Ag | Biomarkers for cancer and methods of use thereof |
WO2022204581A2 (en) | 2021-03-26 | 2022-09-29 | Scholar Rock, Inc. | Tgf-beta inhibitors and use thereof |
TW202304979A (zh) | 2021-04-07 | 2023-02-01 | 瑞士商諾華公司 | 抗TGFβ抗體及其他治療劑用於治療增殖性疾病之用途 |
AU2022255506A1 (en) | 2021-04-08 | 2023-11-09 | Marengo Therapeutics, Inc. | Multifunctional molecules binding to tcr and uses thereof |
WO2022235929A1 (en) | 2021-05-05 | 2022-11-10 | Radius Pharmaceuticals, Inc. | Animal model having homologous recombination of mouse pth1 receptor |
CA3216320A1 (en) | 2021-05-18 | 2022-11-24 | Abbott Laboratories | Methods of evaluating brain injury in a pediatric subject |
EP4348260A2 (en) | 2021-06-03 | 2024-04-10 | Scholar Rock, Inc. | Tgf-beta inhibitors and therapeutic use thereof |
EP4351595A1 (en) | 2021-06-07 | 2024-04-17 | Providence Health & Services - Oregon | Cxcr5, pd-1, and icos expressing tumor reactive cd4 t cells and their use |
WO2022261183A2 (en) | 2021-06-08 | 2022-12-15 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions and methods for treating and/or identifying an agent for treating intestinal cancers |
US20240118279A1 (en) | 2021-06-14 | 2024-04-11 | Abbott Laboratories | Methods of diagnosing or aiding in diagnosis of brain injury caused by acoustic energy, electromagnetic energy, an over pressurization wave, and/or blast wind |
CN113403690B (zh) * | 2021-06-21 | 2022-07-19 | 吉林大学 | 一种dna编码化合物库药物分子垂钓方法 |
AU2022299185A1 (en) | 2021-06-23 | 2024-01-25 | Scholar Rock, Inc. | A myostatin pathway inhibitor in combination with a glp-1 pathway activator for use in treating metabolic disorders |
IL309957A (en) | 2021-07-14 | 2024-03-01 | 2Seventy Bio Inc | Transgenic T cell receptors attached to antibody binding sites |
IL310535A (en) | 2021-08-10 | 2024-03-01 | Byomass Inc | Anti-GDF15 antibodies, compositions and uses thereof |
CA3228822A1 (en) | 2021-08-26 | 2023-03-02 | Jan Tkac | Glycoprotein biomarkers for diagnosing cancer |
AU2022339759A1 (en) | 2021-08-31 | 2024-03-07 | Abbott Laboratories | Methods and systems of diagnosing brain injury |
CA3231890A1 (en) | 2021-09-14 | 2023-03-23 | Jan Tkac | Use of lectins to determine mammaglobin-a glycoforms in breast cancer |
WO2023044094A1 (en) | 2021-09-20 | 2023-03-23 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Inhibin subunit beta e (inhbe) modulator compositions and methods of use thereof |
WO2023044483A2 (en) | 2021-09-20 | 2023-03-23 | Voyager Therapeutics, Inc. | Compositions and methods for the treatment of her2 positive cancer |
AU2022354059A1 (en) | 2021-09-30 | 2024-03-28 | Abbott Laboratories | Methods and systems of diagnosing brain injury |
WO2023069421A1 (en) | 2021-10-18 | 2023-04-27 | Byomass Inc. | Anti-activin a antibodies, compositions and uses thereof |
WO2023092004A1 (en) | 2021-11-17 | 2023-05-25 | Voyager Therapeutics, Inc. | Compositions and methods for the treatment of tau-related disorders |
WO2023097254A1 (en) | 2021-11-24 | 2023-06-01 | Visterra, Inc. | Engineered antibody molecules to cd138 and uses thereof |
WO2023097119A2 (en) | 2021-11-29 | 2023-06-01 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Methods and compositions to modulate riok2 |
US20240041981A1 (en) | 2021-12-01 | 2024-02-08 | Visterra, Inc. | Methods of using interleukin-2 agents |
WO2023114978A1 (en) | 2021-12-17 | 2023-06-22 | Abbott Laboratories | Systems and methods for determining uch-l1, gfap, and other biomarkers in blood samples |
WO2023122213A1 (en) | 2021-12-22 | 2023-06-29 | Byomass Inc. | Targeting gdf15-gfral pathway cross-reference to related applications |
WO2023118508A1 (en) | 2021-12-23 | 2023-06-29 | Bavarian Nordic A/S | Recombinant mva viruses for intraperitoneal administration for treating cancer |
US20230213536A1 (en) | 2021-12-28 | 2023-07-06 | Abbott Laboratories | Use of biomarkers to determine sub-acute traumatic brain injury (tbi) in a subject having received a head computerized tomography (ct) scan that is negative for a tbi or no head ct scan |
WO2023147107A1 (en) | 2022-01-31 | 2023-08-03 | Byomass Inc. | Myeloproliferative conditions |
WO2023150652A1 (en) | 2022-02-04 | 2023-08-10 | Abbott Laboratories | Lateral flow methods, assays, and devices for detecting the presence or measuring the amount of ubiquitin carboxy-terminal hydrolase l1 and/or glial fibrillary acidic protein in a sample |
US20230383010A1 (en) | 2022-02-07 | 2023-11-30 | Visterra, Inc. | Anti-idiotype antibody molecules and uses thereof |
WO2023212518A1 (en) | 2022-04-25 | 2023-11-02 | Visterra, Inc. | Antibody molecules to april and uses thereof |
WO2023220695A2 (en) | 2022-05-13 | 2023-11-16 | Voyager Therapeutics, Inc. | Compositions and methods for the treatment of her2 positive cancer |
EP4296279A1 (en) | 2022-06-23 | 2023-12-27 | Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. | Anti-transthyretin (ttr) binding proteins and uses thereof |
WO2024006876A1 (en) | 2022-06-29 | 2024-01-04 | Abbott Laboratories | Magnetic point-of-care systems and assays for determining gfap in biological samples |
WO2024030976A2 (en) | 2022-08-03 | 2024-02-08 | Voyager Therapeutics, Inc. | Compositions and methods for crossing the blood brain barrier |
WO2024059708A1 (en) | 2022-09-15 | 2024-03-21 | Abbott Laboratories | Biomarkers and methods for differentiating between mild and supermild traumatic brain injury |
WO2024062038A1 (en) | 2022-09-21 | 2024-03-28 | Elthera Ag | Novel binding molecules binding to l1cam |
Family Cites Families (71)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPS53133684A (en) | 1977-04-26 | 1978-11-21 | Noda Sangyo Kagaku Kenkyusho | Novel bacteriophage and fabricating same |
DE2814039C3 (de) | 1978-03-31 | 1981-02-19 | Gesellschaft Fuer Biotechnologische Forschung Mbh (Gbf), 3300 Braunschweig | Verfahren zur Herstellung von Hybrid-Bakterien |
US4411994A (en) | 1978-06-08 | 1983-10-25 | The President And Fellows Of Harvard College | Protein synthesis |
JPS5558096A (en) | 1978-10-25 | 1980-04-30 | Noda Sangyo Kagaku Kenkyusho | Method of making novel recombined dna |
JPS5561798A (en) | 1978-10-30 | 1980-05-09 | Noda Sangyo Kagaku Kenkyusho | Preparation of novel recombination dna |
US4528266A (en) | 1979-10-01 | 1985-07-09 | George Pieczenik | Method of inserting unique DNA sequences into DNA vectors |
US4359535A (en) | 1979-10-01 | 1982-11-16 | George Pieczenik | Autonomously replicating DNA containing inserted DNA sequences |
US4769326A (en) | 1980-02-29 | 1988-09-06 | The Regents Of The University Of California | Expression linkers |
US4338397A (en) | 1980-04-11 | 1982-07-06 | President And Fellows Of Harvard College | Mature protein synthesis |
DE3126021A1 (de) * | 1981-07-02 | 1983-07-28 | Basf Ag, 6700 Ludwigshafen | Verfahren zur herstellung optisch reiner d- oder l-milchsaeure |
US4603112A (en) | 1981-12-24 | 1986-07-29 | Health Research, Incorporated | Modified vaccinia virus |
US4593002A (en) | 1982-01-11 | 1986-06-03 | Salk Institute Biotechnology/Industrial Associates, Inc. | Viruses with recombinant surface proteins |
EP0088994B1 (en) | 1982-03-15 | 1991-06-19 | Schering Corporation | Hybrid dna, binding composition prepared thereby and processes therefor |
US4508826A (en) | 1982-04-15 | 1985-04-02 | Merck & Co., Inc. | Bacteriophage DNA cloning vector TG1 and microorganisms containing TG1 |
US4595658A (en) | 1982-09-13 | 1986-06-17 | The Rockefeller University | Method for facilitating externalization of proteins synthesized in bacteria |
US4757013A (en) | 1983-07-25 | 1988-07-12 | The Research Foundation Of State University Of New York | Cloning vehicles for polypeptide expression in microbial hosts |
AU560584B2 (en) | 1983-07-28 | 1987-04-09 | Bayer Aktiengesellschaft | Homologues of aprotinin |
EP0146743B1 (en) | 1983-11-08 | 1992-07-29 | Teijin Limited | Gene fragments derived from human immunoglobulin gene |
US4703004A (en) | 1984-01-24 | 1987-10-27 | Immunex Corporation | Synthesis of protein with an identification peptide |
US4797363A (en) | 1984-03-19 | 1989-01-10 | Board Of Trustees, University Of Illinois | Bacteriophages as recognition and identification agents |
JPS61104788A (ja) | 1984-10-26 | 1986-05-23 | Teijin Ltd | 核酸塩基配列 |
JPS61134325A (ja) | 1984-12-04 | 1986-06-21 | Teijin Ltd | ハイブリツド抗体遺伝子の発現方法 |
US4774180A (en) | 1986-02-26 | 1988-09-27 | Massachusetts Institute Of Technology | Construction and application of polyproteins |
US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
EP0221923A4 (en) | 1985-03-29 | 1990-03-22 | Bioteknika International | SECRETION VECTOR. |
DE3546807C2 (es) | 1985-03-30 | 1991-03-28 | Marc Genf/Geneve Ch Ballivet | |
IL79881A (en) | 1985-08-28 | 1995-12-08 | Pieczenik George | Populations of random coding series of oligonucleotides and peptides |
US5866363A (en) | 1985-08-28 | 1999-02-02 | Pieczenik; George | Method and means for sorting and identifying biological information |
US4908773A (en) | 1987-04-06 | 1990-03-13 | Genex Corporation | Computer designed stabilized proteins and method for producing same |
GB2188322A (en) | 1986-03-26 | 1987-09-30 | Bayer Ag | Aprotinin and analogues thereof produced by a recombinant host |
US5225539A (en) | 1986-03-27 | 1993-07-06 | Medical Research Council | Recombinant altered antibodies and methods of making altered antibodies |
GB2188933A (en) | 1986-04-10 | 1987-10-14 | Bayer Ag | Expression vectors for production of polypeptides, method for enhanced expression of polypeptides, hosts containing the expression vectors, products manufactured thereby |
US4829052A (en) | 1986-06-11 | 1989-05-09 | Monsanto Company | Serine protease inhibitors |
DE3785186T2 (de) | 1986-09-02 | 1993-07-15 | Enzon Lab Inc | Bindungsmolekuele mit einzelpolypeptidkette. |
US4704692A (en) | 1986-09-02 | 1987-11-03 | Ladner Robert C | Computer based system and method for determining and displaying possible chemical structures for converting double- or multiple-chain polypeptides to single-chain polypeptides |
IL85035A0 (en) | 1987-01-08 | 1988-06-30 | Int Genetic Eng | Polynucleotide molecule,a chimeric antibody with specificity for human b cell surface antigen,a process for the preparation and methods utilizing the same |
WO1988006601A1 (en) | 1987-03-02 | 1988-09-07 | Genex Corporation | Gene repressors |
WO1988006630A1 (en) | 1987-03-02 | 1988-09-07 | Genex Corporation | Method for the preparation of binding molecules |
DE286239T1 (de) | 1987-03-10 | 1994-02-24 | New England Biolabs Inc | Herstellung und Reinigung eines Proteins, das mit einem Bindungsprotein fusioniert ist. |
EP0285123A3 (en) | 1987-04-03 | 1989-02-01 | Stabra AG | A method for complete mutagenesis of nucleic acids |
DE3724570A1 (de) | 1987-06-27 | 1989-01-05 | Bayer Ag | Human-aprotinin, dessen lys-rest in position 15 gegen einen anderen protogenen aminosaeurerest ausgetauscht ist |
GB2208511A (en) | 1987-08-07 | 1989-04-05 | Bayer Ag | Variants of bovine pancreatic trypsin inhibitor produced by recombinant dna technology |
DK450187D0 (da) | 1987-08-28 | 1987-08-28 | Novo Industri As | Fremgangsmaade til fremstilling af proteiner |
DK225488D0 (da) | 1988-04-26 | 1988-04-26 | Novo Industri As | Polypeptid |
DE3731874A1 (de) * | 1987-09-18 | 1989-03-30 | Schering Ag | Verfahren zur herstellung von peptiden durch spezifische spaltung von gentechnisch gewonnenen fusionsproteinen mit collagenasen |
DK172110B1 (da) | 1988-04-15 | 1997-10-27 | Gen Hospital Corp | Fremgangsmåde til isolation af mutanter af DNA-sekvenser og anvendelsen heraf til identifikation af celleoverfladeproteiner |
US5010175A (en) | 1988-05-02 | 1991-04-23 | The Regents Of The University Of California | General method for producing and selecting peptides with specific properties |
EP1541682A3 (en) | 1988-09-02 | 2005-07-06 | Dyax Corp. | Generation and selection of recombinant varied binding proteins |
US5223409A (en) | 1988-09-02 | 1993-06-29 | Protein Engineering Corp. | Directed evolution of novel binding proteins |
US6291158B1 (en) | 1989-05-16 | 2001-09-18 | Scripps Research Institute | Method for tapping the immunological repertoire |
US7413537B2 (en) | 1989-09-01 | 2008-08-19 | Dyax Corp. | Directed evolution of disulfide-bonded micro-proteins |
US5747334A (en) | 1990-02-15 | 1998-05-05 | The University Of North Carolina At Chapel Hill | Random peptide library |
US5498538A (en) | 1990-02-15 | 1996-03-12 | The University Of North Carolina At Chapel Hill | Totally synthetic affinity reagents |
US5427908A (en) | 1990-05-01 | 1995-06-27 | Affymax Technologies N.V. | Recombinant library screening methods |
AU8081491A (en) | 1990-06-01 | 1991-12-31 | Cetus Corporation | Compositions and methods for identifying biologically active molecules |
US5723286A (en) * | 1990-06-20 | 1998-03-03 | Affymax Technologies N.V. | Peptide library and screening systems |
GB9015198D0 (en) | 1990-07-10 | 1990-08-29 | Brien Caroline J O | Binding substance |
AU8740491A (en) | 1990-09-28 | 1992-04-28 | Protein Engineering Corporation | Proteinaceous anti-dental plaque agents |
IL99552A0 (en) | 1990-09-28 | 1992-08-18 | Ixsys Inc | Compositions containing procaryotic cells,a kit for the preparation of vectors useful for the coexpression of two or more dna sequences and methods for the use thereof |
IL99553A0 (en) | 1990-09-28 | 1992-08-18 | Ixsys Inc | Compositions containing oligonucleotides linked to expression elements,a kit for the preparation of vectors useful for the expression of a diverse population of random peptides and methods utilizing the same |
ATE177782T1 (de) | 1990-12-20 | 1999-04-15 | Ixsys Inc | Optimierung von bindenden proteinen |
CA2105304C (en) | 1991-03-01 | 2005-10-04 | Arthur C. Ley | Inhibitors of human neutrophil elastase and human cathepsin g |
DE69233697T2 (de) | 1991-03-01 | 2008-01-24 | Dyax Corp., Cambridge | Verfahren zur Entwicklung von bindenden Mikroproteinen |
PT891982E (pt) | 1992-03-06 | 2007-07-27 | Innogenetics Nv | Péptidos de hiv |
WO1994011533A1 (en) | 1992-11-12 | 1994-05-26 | The Government Of The United States, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | METHODS FOR DETERMINING THE PRESENCE OF FUNCTIONAL p53 IN MAMMALIAN CELLS |
US5679548A (en) | 1993-02-02 | 1997-10-21 | The Scripps Research Institute | Methods for producing polypeptide metal binding sites and compositions thereof |
US5432155A (en) | 1993-06-29 | 1995-07-11 | The Salk Institute For Biological Studies | Conotoxins I |
WO1995019431A1 (en) | 1994-01-18 | 1995-07-20 | The Scripps Research Institute | Zinc finger protein derivatives and methods therefor |
JP4118327B2 (ja) | 1994-08-20 | 2008-07-16 | ゲンダック・リミテッド | Dna認識のための結合タンパク質におけるまたはそれに関連する改良 |
US5789538A (en) | 1995-02-03 | 1998-08-04 | Massachusetts Institute Of Technology | Zinc finger proteins with high affinity new DNA binding specificities |
US5955582A (en) | 1997-09-26 | 1999-09-21 | Beckman Coulter, Inc. | Antibody against a 3-aminophenylboronic-glycated protein complex and its use in an immunoassay |
-
1992
- 1992-02-27 DE DE69233697T patent/DE69233697T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-27 ES ES07010609T patent/ES2330052T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-27 AT AT02015673T patent/ATE363532T1/de active
- 1992-02-27 EP EP02015673A patent/EP1279731B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-27 AU AU15456/92A patent/AU1545692A/en not_active Abandoned
- 1992-02-27 DE DE69233769T patent/DE69233769D1/de not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-27 ES ES02015673T patent/ES2287206T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-27 AT AT07010609T patent/ATE439435T1/de active
- 1992-02-27 WO PCT/US1992/001456 patent/WO1992015677A1/en not_active Application Discontinuation
- 1992-02-27 EP EP92908057A patent/EP0575485A1/en not_active Withdrawn
- 1992-02-27 DK DK02015673T patent/DK1279731T3/da active
- 1992-02-27 JP JP50755892A patent/JP4146512B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-27 DK DK07010609T patent/DK1820858T3/da active
- 1992-02-27 CA CA002105300A patent/CA2105300C/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-27 EP EP07010609A patent/EP1820858B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-28 ES ES04006079T patent/ES2351693T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-28 AT AT92908799T patent/ATE262036T1/de active
- 1992-02-28 AT AT04006079T patent/ATE478949T1/de active
- 1992-02-28 DE DE69233795T patent/DE69233795D1/de not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-28 AU AU15787/92A patent/AU1578792A/en not_active Abandoned
- 1992-02-28 ES ES92908799T patent/ES2219638T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-28 DK DK04006079.0T patent/DK1452599T3/da active
- 1992-02-28 CA CA002105303A patent/CA2105303A1/en not_active Abandoned
- 1992-02-28 DE DE69233325T patent/DE69233325T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-28 EP EP04006079A patent/EP1452599B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-28 EP EP10004494A patent/EP2224001A1/en not_active Withdrawn
- 1992-02-28 JP JP50821692A patent/JP3447731B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-28 WO PCT/US1992/001539 patent/WO1992015679A1/en active IP Right Grant
- 1992-02-28 EP EP92908799A patent/EP0573611B9/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-02-28 DK DK92908799T patent/DK0573611T3/da active
-
2002
- 2002-08-19 JP JP2002238311A patent/JP2003159086A/ja active Pending
-
2003
- 2003-05-09 JP JP2003130929A patent/JP4451611B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2008
- 2008-04-25 JP JP2008115016A patent/JP4618570B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 2008-10-22 US US12/255,793 patent/US7893007B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2010
- 2010-03-31 JP JP2010081857A patent/JP2010183908A/ja active Pending
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
ES2351693T3 (es) | Fagos que presentan epítopes mejorados. | |
US6979538B2 (en) | Directed evolution of novel binding proteins | |
US20070259417A1 (en) | Directed evolution of novel binding proteins | |
US7413537B2 (en) | Directed evolution of disulfide-bonded micro-proteins | |
IL91501A (en) | Generation of a variegated library of mutant potential binding proteins and screening of said library for proteins with a desired binding activity | |
IL120939A (en) | Method for obtaining nucleic acid encoding a proteinaceous binding domain |