JP2020502255A5 - - Google Patents
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Description
一意識別子は、サンプルのゲノム配列に対して相同でないことがある。サンプルは、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せでありうる。サンプルは、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せでありうる。オリゴヌクレオチドは、バーコード配列(たとえば分子標識配列)、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含みうる。
なお、本発明としては、以下の態様も好ましい。
〔1〕
オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、タンパク質標的に特異的に結合することが可能である、複数の組成物。
〔2〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔1〕に記載の複数の組成物。
〔3〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔1〕または〔2〕に記載の複数の組成物。
〔4〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔3〕に記載の複数の組成物。
〔5〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔3〕に記載の複数の組成物。
〔6〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔3〕に記載の複数の組成物。
〔7〕
複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔1〕〜〔6〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔8〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔1〕〜〔7〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔9〕
前記リンカーが化学基を含む、〔8〕に記載の複数の組成物。
〔10〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔8〕に記載の複数の組成物。
〔11〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔9〕または〔10〕に記載の複数の組成物。
〔12〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔8〕〜〔11〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔13〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔1〕〜〔12〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔14〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔13〕に記載の複数の組成物。
〔15〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔13〕または〔14〕に記載の複数の組成物。
〔16〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔1〕〜〔15〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔17〕
少なくとも100の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔1〕〜〔16〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔18〕
少なくとも1,000の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔1〕〜〔16〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔19〕
少なくとも10,000の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔1〜16のいずれか一項に複数の組成物。
〔20〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも10の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも1つのバーコード配列を含む1つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔17〕〜〔19〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔21〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも100の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも1つのバーコード配列を含む1つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔17〕〜〔19〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔22〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも1つのバーコード配列を含む1つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔17〕〜〔19〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔23〕
前記複数の組成物が、前記オリゴヌクレオチドと結合されない1つ以上の第2のタンパク質結合試薬をさらに含む、〔1〕〜〔22〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔24〕
前記タンパク質結合試薬および前記1つ以上の第2のタンパク質結合試薬が同じである、〔23〕に記載の複数の組成物。
〔25〕
複数のタンパク質標的に特異的に結合することが可能である、〔1〕〜〔24〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔26〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔25〕に記載の複数の組成物。
〔27〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔25〕に記載の複数の組成物。
〔28〕
サンプル中の複数のタンパク質標的の定量分析の方法であって、
複数のタンパク質標的を含むサンプルを提供する工程と;
オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、複数の組成物を提供する工程と;
前記複数のタンパク質標的との特異的結合のために、前記複数の組成物を前記サンプルと接触させる工程と;
結合されていない組成物を除去する工程と;
複数のオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程であって、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する工程と;
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブを、前記複数の組成物の前記オリゴヌクレオチドと接触させる工程と;
前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長して、複数の標識核酸を生成する工程であって、前記標識核酸の各々が、一意識別子およびバーコード配列を含む工程と;
各一意識別子のためのユニークバーコード配列の数を決定し、
それによって、前記サンプル中の各タンパク質標的の量が決定される工程と、
を含む、方法。
〔29〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔28〕に記載の方法。
〔30〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔28〕または〔29〕に記載の方法。
〔31〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔30〕に記載の方法。
〔32〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔30〕に記載の方法。
〔33〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔30〕に記載の方法。
〔34〕
前記複数の組成物が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔28〕〜〔33〕のいずれか一項に記載の方法。
〔35〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔28〕〜〔34〕のいずれか一項に記載の方法。
〔36〕
前記リンカーが化学基を含む、〔35〕に記載の方法。
〔37〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔35〕に記載の方法。
〔38〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔36〕または〔37〕に記載の方法。
〔39〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔35〕〜〔38〕のいずれか一項に記載の方法。
〔40〕
前記サンプルが単一細胞を含む、〔28〕〜〔39〕のいずれか一項に記載の方法。
〔41〕
前記複数のタンパク質標的が、前記単一細胞の表面上で発現される、〔40〕に記載の方法。
〔42〕
前記結合されていない組成物を除去する工程が、前記単一細胞を洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔40〕または〔41〕に記載の方法。
〔43〕
前記単一細胞を溶解する工程を含む、〔42〕に記載の方法。
〔44〕
前記タンパク質結合試薬から前記オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔28〕〜〔43〕のいずれか一項に記載の方法。
〔45〕
前記オリゴヌクレオチドが、UV光切断、化学的処理(ジチオスレイトール)、加熱、酵素処理、またはそれらの任意の組合せによって、前記タンパク質結合試薬から切り離される、〔44〕に記載の方法。
〔46〕
前記オリゴヌクレオチドプローブの各々が、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔28〕〜〔45〕のいずれか一項に記載の方法。
〔47〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)を含む、〔28〕〜〔46〕のいずれか一項に記載の方法。
〔48〕
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブが、固体担体上に固定される、〔28〕〜〔47〕のいずれか一項に記載の方法。
〔49〕
前記固体担体がビーズである、〔48〕に記載の方法。
〔50〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数の標識核酸を増幅する工程をさらに含む、〔28〕〜〔49〕のいずれか一項に記載の方法。
〔51〕
前記増幅が、前記バーコード配列の少なくとも一部、および前記一意識別子の少なくとも一部のPCR増幅を含む、〔50〕に記載の方法。
〔52〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも100のユニークバーコード配列を含む、〔28〕〜〔51〕のいずれか一項に記載の方法。
〔53〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも1,000のユニークバーコード配列を含む、〔28〕〜〔51〕のいずれか一項に記載の方法。
〔54〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも10,000のユニークバーコード配列を含む、〔28〕〜〔51〕のいずれか一項に記載の方法。
〔55〕
前記複数の組成物が、前記オリゴヌクレオチドと結合されない1つ以上の第2のタンパク質結合試薬をさらに含む、〔28〕〜〔54〕のいずれか一項に記載の方法。
〔56〕
前記タンパク質結合試薬および前記1つ以上の第2のタンパク質結合試薬が同じである、〔55〕に記載の方法。
〔57〕
前記複数のアンプリコンをシーケンシングする工程をさらに含む、〔50〕〜〔54〕のいずれか一項に記載の方法。
〔58〕
前記シーケンシングが、前記バーコード配列の少なくとも一部、および前記一意識別子の少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔57〕に記載の方法。
〔59〕
サンプル中の複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子の同時の定量分析の方法であって、
複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子を含むサンプルを提供する工程と;
オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、複数の組成物を提供する工程と;
前記複数のタンパク質標的との特異的結合のために、前記複数の組成物を前記サンプルと接触させる工程と;
結合されていない組成物を除去する工程と;
複数のオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程であって、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する工程と;
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブを、ハイブリダイゼーションのために、前記組成物の前記オリゴヌクレオチドおよび前記複数の核酸標的分子と接触させる工程と;
前記オリゴヌクレオチドおよび核酸標的分子にハイブリダイズされた前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長して、複数の標識核酸を生成する工程であって、前記標識核酸の各々が、一意識別子または核酸標的分子、およびバーコード配列を含む工程と;
各一意識別子および各核酸標的分子のためのユニークバーコード配列の数を決定し、
それによって、前記サンプル中の各タンパク質標的および各核酸標的分子の量が決定される工程と、
を含む、方法。
〔60〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔59〕に記載の方法。
〔61〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔59〕または〔60〕に記載の方法。
〔62〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔61〕に記載の方法。
〔63〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔61〕に記載の方法。
〔64〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔61〕に記載の方法。
〔65〕
前記複数の組成物が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔59〕〜〔64〕のいずれか一項に記載の方法。
〔66〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔59〕〜〔65〕のいずれか一項に記載の方法。
〔67〕
前記リンカーが化学基を含む、〔66〕に記載の方法。
〔68〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔66〕に記載の方法。
〔69〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔67〕または〔68〕に記載の方法。
〔70〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔67〕〜〔69〕のいずれか一項に記載の方法。
〔71〕
前記サンプルが単一細胞を含む、〔59〕〜〔70〕のいずれか一項に記載の方法。
〔72〕
前記複数のタンパク質標的が、前記単一細胞の表面上で発現される、〔71〕に記載の方法。
〔73〕
前記結合されていない組成物を除去する工程が、前記単一細胞を洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔71〕または〔72〕に記載の方法。
〔74〕
前記単一細胞を溶解する工程を含む、〔73〕に記載の方法。
〔75〕
前記タンパク質結合試薬から前記オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔59〕〜〔74〕のいずれか一項に記載の方法。
〔76〕
前記オリゴヌクレオチドが、UV光切断、化学的処理(ジチオスレイトール)、加熱、酵素処理、またはそれらの任意の組合せによって、前記タンパク質結合試薬から切り離される、〔75〕に記載の方法。
〔77〕
前記オリゴヌクレオチドプローブの各々が、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔59〕〜〔76〕のいずれか一項に記載の方法。
〔78〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)を含む、〔59〕〜〔77〕のいずれか一項に記載の方法。
〔79〕
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブが、固体担体上に固定される、〔59〕〜〔78〕のいずれか一項に記載の方法。
〔80〕
前記固体担体がビーズである、〔79〕に記載の方法。
〔81〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数の標識核酸を増幅する工程をさらに含む、〔59〕〜〔80〕のいずれか一項に記載の方法。
〔82〕
前記増幅が、前記バーコード配列の少なくとも一部、前記一意識別子の少なくとも一部、および前記核酸標的分子の少なくとも一部のPCR増幅を含む、〔81〕に記載の方法。
〔83〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも100のユニークバーコード配列を含む、〔59〕〜〔82〕のいずれか一項に記載の方法。
〔84〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも1,000のユニークバーコード配列を含む、〔59〕〜〔82〕のいずれか一項に記載の方法。
〔85〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも10,000のユニークバーコード配列を含む、〔59〕〜〔82〕のいずれか一項に記載の方法。
〔86〕
前記複数の組成物が、前記オリゴヌクレオチドと結合されない1つ以上の第2のタンパク質結合試薬をさらに含む、〔59〕〜〔85〕のいずれか一項に記載の方法。
〔87〕
前記タンパク質結合試薬および前記1つ以上の第2のタンパク質結合試薬が同じである、〔86〕に記載の方法。
〔88〕
前記複数のアンプリコンをシーケンシングする工程をさらに含む、〔81〕〜〔87〕のいずれか一項に記載の方法。
〔89〕
前記シーケンシングが、前記バーコード配列の少なくとも一部、前記一意識別子の少なくとも一部、および前記核酸標的分子の少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔88〕に記載の方法。
〔90〕
サンプル中の複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子の同時の定量分析のためのキットであって、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、タンパク質標的に特異的に結合することが可能である、複数の組成物と、複数のオリゴヌクレオチドプローブと、を含み、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する、キット。
〔91〕
サンプル中の複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子の同時の定量分析のためのキットであって、オリゴヌクレオチドと各々が結合された2つ以上のタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記2つ以上のタンパク質結合試薬のうちの1つのための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、タンパク質標的に特異的に結合することが可能である、複数の組成物と、複数のオリゴヌクレオチドプローブと、を含み、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する、キット。
〔92〕
サンプル中の複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子の同時の定量分析のためのキットであって、オリゴヌクレオチドと各々が結合された2つ以上のタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、タンパク質標的に特異的に結合することが可能である、複数の組成物と、複数のオリゴヌクレオチドプローブと、を含み、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する、キット。
〔93〕
前記オリゴヌクレオチドプローブの各々が、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔90〕〜〔92〕のいずれか一項に記載のキット。
〔94〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)を含む、〔90〕〜〔93〕のいずれか一項に記載のキット。
〔95〕
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブが、固体担体上に固定される、〔90〕〜〔94〕のいずれか一項に記載のキット。
〔96〕
前記固体担体がビーズである、〔95〕に記載のキット。
〔97〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも100のユニークバーコード配列を含む、〔90〕〜〔96〕のいずれか一項に記載のキット。
〔98〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも1,000のユニークバーコード配列を含む、〔90〕〜〔96〕のいずれか一項に記載のキット。
〔99〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも10,000のユニークバーコード配列を含む、〔90〕〜〔96〕のいずれか一項に記載のキット。
〔100〕
少なくとも1,000のオリゴヌクレオチドプローブを含む、〔90〕〜〔99〕のいずれか一項に記載のキット。
〔101〕
少なくとも10,000のオリゴヌクレオチドプローブを含む、〔90〕〜〔99〕のいずれか一項に記載のキット。
〔102〕
少なくとも100,000のオリゴヌクレオチドプローブを含む、〔90〕〜〔99〕のいずれか一項に記載のキット。
〔103〕
少なくとも1,000,000のオリゴヌクレオチドプローブを含む、〔90〕〜〔99〕のいずれか一項に記載のキット。
〔104〕
前記一意識別子が、25〜45のヌクレオチドを含む、〔90〕〜〔103〕のいずれか一項に記載のキット。
〔105〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔90〕〜〔104〕のいずれか一項に記載のキット。
〔106〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔105〕に記載のキット。
〔107〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔105〕に記載のキット。
〔108〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔105〕に記載のキット。
〔109〕
前記複数の組成物が、前記オリゴヌクレオチドと結合されない1つ以上の第2のタンパク質結合試薬をさらに含む、〔90〕〜〔108〕のいずれか一項に記載のキット。
〔110〕
前記タンパク質結合試薬および前記1つ以上の第2のタンパク質結合試薬が同じである、〔109〕に記載のキット。
〔111〕
前記複数の組成物が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔90〕〜〔110〕のいずれか一項に記載のキット。
〔112〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔90〕〜〔111〕のいずれか一項に記載のキット。
〔113〕
前記リンカーが化学基を含む、〔112〕に記載のキット。
〔114〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔112〕に記載のキット。
〔115〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔113〕または〔114〕に記載のキット。
〔116〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔112〕〜〔115〕のいずれか一項に記載のキット。
〔117〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔90〕〜〔116〕のいずれか一項に記載のキット。
〔118〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔117〕に記載のキット。
〔119〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔117〕または〔118〕に記載のキット。
〔120〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔90〕〜〔119〕のいずれか一項に記載のキット。
〔121〕
少なくとも100の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔90〕〜〔120〕のいずれか一項に記載のキット。
〔122〕
少なくとも1,000の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔90〕〜〔120〕のいずれか一項に記載のキット。
〔123〕
少なくとも10,000の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔90〕〜〔120〕のいずれか一項に記載のキット。
〔124〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも10の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも1つのバーコード配列を含む1つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔121〕〜〔123〕のいずれか一項に記載のキット。
〔125〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも100の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも1つのバーコード配列を含む1つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔121〕〜〔123〕のいずれか一項に記載のキット。
〔126〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも1つのバーコード配列を含む1つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔121〕〜〔123〕のいずれか一項に記載のキット。
〔127〕
複数のタンパク質標的に特異的に結合することが可能である、〔90〕〜〔126〕のいずれか一項に記載のキット。
〔128〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔127〕に記載のキット。
〔129〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔127〕に記載のキット。
〔130〕
サンプル中のバイオマーカーを同定する方法であって、
複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子を含むサンプルを提供する工程と;
オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、複数の組成物を提供する工程と;
前記複数のタンパク質標的との特異的結合のために、前記複数の組成物を前記サンプルと接触させる工程と;
結合されていない組成物を除去する工程と;
複数のオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程であって、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する工程と;
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブを、ハイブリダイゼーションのために、前記組成物の前記オリゴヌクレオチドおよび前記複数の核酸標的分子と接触させる工程と;
前記オリゴヌクレオチドおよび核酸標的分子にハイブリダイズされた前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長して、複数の標識核酸を生成する工程であって、前記標識核酸の各々が、一意識別子または核酸標的分子、およびバーコード配列を含む工程と;
各一意識別子および各核酸標的分子のためのユニークバーコード配列の数を決定する工程と;
タンパク質標的の量または核酸標的分子の量を用いて、バイオマーカーを同定する工程と、
を含む、方法。
〔131〕
少なくとも1つのタンパク質標的および少なくとも1つの核酸標的分子の量を決定する工程を含む、〔130〕に記載の方法。
〔132〕
少なくとも1つのタンパク質標的およびその対応する核酸標的分子の量を比較する工程を含む、〔130〕に記載の方法。
〔133〕
タンパク質標的の量が、その対応する核酸標的分子より多い場合、バイオマーカーを同定する工程を含む、〔132〕に記載の方法。
〔134〕
タンパク質標的の量が、その対応する核酸標的分子より少なくとも10倍多い場合、バイオマーカーを同定する工程を含む、〔132〕に記載の方法。
〔135〕
タンパク質標的の対応する核酸標的分子の量が10未満である場合、バイオマーカーを同定する工程を含む、〔132〕に記載の方法。
〔136〕
タンパク質標的の対応する核酸標的分子の量が0である場合、バイオマーカーを同定する工程を含む、〔132〕に記載の方法。
〔137〕
コントロール粒子に関連付けられた複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドを含むコントロール粒子組成物であって、
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの各々が、コントロールバーコード配列およびポリ(dA)領域を含む、コントロール粒子組成物。
〔138〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔137〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔139〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔138〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔140〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔138〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔141〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔138〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔142〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔138〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔143〕
前記コントロールバーコード配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔138〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔144〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔140〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔145〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔140〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔146〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔142〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔147〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔142〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔148〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔137〕〜〔143〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔149〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔143〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔150〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも5つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔137〕〜〔149〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔151〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約10の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔137〕〜〔149〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔152〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約100の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔137〕〜〔149〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔153〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約1000の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔137〕〜〔149〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔154〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも3つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔137〕〜〔153〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔155〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも5つが、異なる配列を含む、〔137〕〜〔153〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔156〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも10個が、異なる配列を含む、〔137〕〜〔153〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔157〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも100個が、異なる配列を含む、〔137〕〜〔153〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔158〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、
第1のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
第2のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
を含み、
前記第1のコントロールバーコード配列および前記第2のコントロールバーコード配列が、異なる配列を有する、〔137〕〜〔157〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔159〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数がほぼ同じである、〔158〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔160〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が異なる、〔158〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔161〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも2倍多い、〔160〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔162〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも10倍多い、〔160〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔163〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より約100倍多い、〔160〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔164〕
前記コントロールバーコード配列が、1つの種のゲノム配列に対して相同でない、〔137〕〜〔163〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔165〕
前記コントロールバーコード配列が、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔137〕〜〔163〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔166〕
前記種が非哺乳動物種である、〔165〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔167〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔166〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔168〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔167〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔169〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、バーコード配列を含む、〔137〕〜〔168〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔170〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔137〕〜〔169〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔171〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、リンカーを介して前記コントロール粒子に関連付けられる、〔137〕〜〔170〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔172〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、前記リンカーを含む、〔171〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔173〕
前記リンカーが化学基を含む、〔171〕〜〔172〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔174〕
前記化学基が、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つに可逆的に結合される、〔173〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔175〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔173〕〜〔174〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔176〕
前記コントロール粒子の直径が、約1〜1000マイクロメートルである、〔137〕〜〔175〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔177〕
前記コントロール粒子の直径が、約10〜100マイクロメートルである、〔137〕〜〔175〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔178〕
前記コントロール粒子の直径が、約7.5マイクロメートルである、〔137〕〜〔175〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔179〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に固定される、〔137〕〜〔178〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔180〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に部分的に固定される、〔137〕〜〔178〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔181〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に封入される、〔137〕〜〔178〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔182〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に部分的に封入される、〔137〕〜〔178〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔183〕
前記コントロール粒子が崩壊性である、〔137〕〜〔182〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔184〕
前記コントロール粒子が、ビーズを含む、〔137〕〜〔183〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔185〕
前記コントロール粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔137〕〜〔184〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔186〕
前記コントロール粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔137〕〜〔185〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔187〕
前記コントロール粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔137〕〜〔186〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔188〕
前記コントロール粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔137〕〜〔187〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔189〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔137〕〜〔188〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔190〕
前記コントロール粒子が、複数の第1のタンパク質結合試薬に関連付けられ、
前記複数の第1のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの1つに関連付けられる、〔137〕〜〔189〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔191〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、第1の抗体を含む、〔190〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔192〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第1のタンパク質結合試薬に結合される、〔190〕〜〔191〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔193〕
前記第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔192〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔194〕
前記リンカーが化学基を含む、〔192〕〜〔193〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔195〕
前記化学基が、前記第1のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔194〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔196〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔194〕〜〔195〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔197〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの2つ以上に関連付けられる、〔190〕〜〔196〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔198〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、異なるコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの2つ以上に関連付けられる、〔190〕〜〔197〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔199〕
前記複数の第1のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドのいずれかに関連付けられない、〔190〕〜〔198〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔200〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた前記第1のタンパク質結合試薬およびいずれのコントロール粒子オリゴヌクレオチドにも関連付けられない前記第1のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔199〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔201〕
前記コントロール粒子が、複数の第2のタンパク質結合試薬に関連付けられる、〔190〕〜〔200〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔202〕
前記複数の第2のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの1つに関連付けられる、〔201〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔203〕
前記第1のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドおよび前記第2のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔202〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔204〕
前記第1のタンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔202〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔205〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、パートナー結合試薬に関連付けられ、前記第1のタンパク質結合試薬が、前記パートナー結合試薬を用いて前記コントロール粒子に関連付けられる、〔190〕〜〔204〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔206〕
前記パートナー結合試薬が、パートナー抗体を含む、〔205〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔207〕
前記パートナー抗体が、抗ネコ抗体、抗ニワトリ抗体、抗ウシ抗体、抗イヌ抗体、抗ロバ抗体、抗ヤギ抗体、抗モルモット抗体、抗ハムスター抗体、抗ウマ抗体、抗ヒト抗体、抗ラマ抗体、抗サル抗体、抗マウス抗体、抗ブタ抗体、抗ウサギ抗体、抗ラット抗体、抗ヒツジ抗体、またはそれらの組合せを含む、〔206〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔208〕
前記パートナー抗体が、免疫グロブリンG(IgG)、F(ab’)フラグメント、F(ab’) 2 フラグメント、それらの組合せ、またはそれらのフラグメントを含む、〔206〕〜〔207〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔209〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔190〕〜〔208〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔210〕
前記第2のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔190〕〜〔209〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔211〕
標的の数を決定するための方法であって、
複数のバーコードを用いて、複数の細胞のうちの1つの細胞の複数の標的および複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き標的および複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含み、
コントロール粒子組成物が、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられたコントロール粒子を含み、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの各々が、コントロールバーコード配列、および前記複数のバーコードの少なくとも1つの前記標的結合領域に実質的に相補的な配列を含む擬似標的領域を含む工程と;
前記複数のバーコード付き標的および前記複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
前記シーケンシングデータ中の前記コントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程と;
前記複数の標的の少なくとも1つの標的について:
前記シーケンシングデータ中の前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程と;
前記標的の数を推定する工程であって、推定された前記標的の数が、カウントされた前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数および前記コントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数と相関する工程と、
を含む、方法。
〔212〕
前記擬似標的領域が、ポリ(dA)領域を含む、〔211〕に記載の方法。
〔213〕
前記擬似標的領域が、前記標的の部分配列を含む、〔211〕〜〔212〕のいずれか一項に記載の方法。
〔214〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔213〕のいずれか一項に記載の方法。
〔215〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔213〕のいずれか一項に記載の方法。
〔216〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔213〕のいずれか一項に記載の方法。
〔217〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔213〕のいずれか一項に記載の方法。
〔218〕
前記コントロールバーコード配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔213〕のいずれか一項に記載の方法。
〔219〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔215〕のいずれか一項に記載の方法。
〔220〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔215〕のいずれか一項に記載の方法。
〔221〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔217〕のいずれか一項に記載の方法。
〔222〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔217〕のいずれか一項に記載の方法。
〔223〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔211〕〜〔218〕のいずれか一項に記載の方法。
〔224〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔218〕のいずれか一項に記載の方法。
〔225〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも5つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔211〕〜〔224〕のいずれか一項に記載の方法。
〔226〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約10の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔211〕〜〔224〕のいずれか一項に記載の方法。
〔227〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約100の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔211〕〜〔224〕のいずれか一項に記載の方法。
〔228〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約1000の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔211〕〜〔224〕のいずれか一項に記載の方法。
〔229〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも3つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔211〕〜〔228〕のいずれか一項に記載の方法。
〔230〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも5つが、異なる配列を含む、〔211〕〜〔228〕のいずれか一項に記載の方法。
〔231〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも10個が、異なる配列を含む、〔211〕〜〔228〕のいずれか一項に記載の方法。
〔232〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも100個が、異なる配列を含む、〔211〕〜〔228〕のいずれか一項に記載の方法。
〔233〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、
第1のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
第2のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
を含み、
前記第1のコントロールバーコード配列および前記第2のコントロールバーコード配列が、異なる配列を有する、〔211〕〜〔232〕のいずれか一項に記載の方法。
〔234〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数がほぼ同じである、〔233〕に記載の方法。
〔235〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が異なる、〔233〕のいずれか一項に記載の方法。
〔236〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも2倍多い、〔235〕に記載の方法。
〔237〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも10倍多い、〔235〕に記載の方法。
〔238〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも100倍多い、〔235〕に記載の方法。
〔239〕
前記シーケンシングデータ中の前記コントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程が、
前記シーケンシングデータ中の前記第1のコントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程と;
前記シーケンシングデータ中の前記第2のコントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程と、
を含む、〔233〕〜〔238〕のいずれか一項に記載の方法。
〔240〕
推定された前記標的の数が、
カウントされた前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、
前記第1のコントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、および
前記第2のコントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数と相関する、〔239〕に記載の方法。
〔241〕
推定された前記標的の数が、
カウントされた前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、
前記コントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、および
前記コントロールバーコード配列を含む前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数と相関する、〔211〕〜〔232〕のいずれか一項に記載の方法。
〔242〕
推定された前記標的の数が、
カウントされた前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、ならびに
前記コントロールバーコード配列を含む前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数、および
前記コントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数
の比率と相関する、〔241〕に記載の方法。
〔243〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記細胞のゲノム配列に対して相同でない、〔211〕〜〔242〕のいずれか一項に記載の方法。
〔244〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記種のゲノム配列に対して相同でない、〔211〕〜〔242〕のいずれか一項に記載の方法。
〔245〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔211〕〜〔242〕のいずれか一項に記載の方法。
〔246〕
前記種が非哺乳動物種である、〔245〕に記載の方法。
〔247〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔246〕に記載の方法。
〔248〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔247〕に記載の方法。
〔249〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記コントロール粒子に結合される、〔211〕〜〔248〕のいずれか一項に記載の方法。
〔250〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、リンカーを介して前記コントロール粒子に関連付けられる、〔249〕に記載の方法。
〔251〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、前記リンカーを含む、〔249〕〜〔250〕のいずれか一項に記載の方法。
〔252〕
前記化学基が、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つに可逆的に結合される、〔251〕に記載の方法。
〔253〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔251〕〜〔252〕のいずれか一項に記載の方法。
〔254〕
前記コントロール粒子の直径が、約1〜1000マイクロメートルである、〔211〕〜〔253〕のいずれか一項に記載の方法。
〔255〕
前記コントロール粒子の直径が、約10〜100マイクロメートルである、〔211〕〜〔253〕のいずれか一項に記載の方法。
〔256〕
前記コントロール粒子の直径が、約7.5マイクロメートルである、〔211〕〜〔253〕のいずれか一項に記載の方法。
〔257〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に固定される、〔211〕〜〔256〕のいずれか一項に記載の方法。
〔258〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に部分的に固定される、〔211〕〜〔256〕のいずれか一項に記載の方法。
〔259〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に封入される、〔211〕〜〔256〕のいずれか一項に記載の方法。
〔260〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に部分的に封入される、〔211〕〜〔256〕のいずれか一項に記載の方法。
〔261〕
前記複数の標的および前記コントロール粒子および前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける前に、前記コントロール粒子から前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つを放出する工程を含む、〔211〕〜〔260〕のいずれか一項に記載の方法。
〔262〕
前記コントロール粒子が崩壊性である、〔211〕〜〔261〕のいずれか一項に記載の方法。
〔263〕
前記コントロール粒子が、コントロール粒子ビーズを含む、〔211〕〜〔262〕のいずれか一項に記載の方法。
〔264〕
前記コントロール粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔211〕〜〔263〕のいずれか一項に記載の方法。
〔265〕
前記コントロール粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔211〕〜〔264〕のいずれか一項に記載の方法。
〔266〕
前記コントロール粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔211〕〜〔265〕のいずれか一項に記載の方法。
〔267〕
前記コントロール粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔211〕〜〔266〕のいずれか一項に記載の方法。
〔268〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔211〕〜〔267〕のいずれか一項に記載の方法。
〔269〕
前記コントロール粒子が、複数の第1のタンパク質結合試薬に関連付けられ、
前記複数の第1のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの1つに関連付けられる、〔211〕〜〔268〕のいずれか一項に記載の方法。
〔270〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、第1の抗体を含む、〔269〕に記載の方法。
〔271〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第1のタンパク質結合試薬に結合される、〔269〕〜〔270〕のいずれか一項に記載の方法。
〔272〕
前記第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔271〕に記載の方法。
〔273〕
前記リンカーが化学基を含む、〔271〕〜〔272〕のいずれか一項に記載の方法。
〔274〕
前記化学基が、前記第1のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔273〕に記載の方法。
〔275〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔273〕〜〔274〕のいずれか一項に記載の方法。
〔276〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの2つ以上に関連付けられる、〔269〕〜〔275〕のいずれか一項に記載の方法。
〔277〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、異なるコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの2つ以上に関連付けられる、〔269〕〜〔276〕のいずれか一項に記載の方法。
〔278〕
前記複数の第1のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドのいずれかに関連付けられない、〔269〕〜〔277〕のいずれか一項に記載の方法。
〔279〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた前記第1のタンパク質結合試薬およびいずれのコントロール粒子オリゴヌクレオチドにも関連付けられない前記第1のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔278〕に記載の方法。
〔280〕
前記コントロール粒子が、複数の第2のタンパク質結合試薬に関連付けられる、〔278〕〜〔279〕のいずれか一項に記載の方法。
〔281〕
前記複数の第2のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの1つに関連付けられる、〔280〕に記載の方法。
〔282〕
前記第1のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドおよび前記第2のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔281〕に記載の方法。
〔283〕
前記第1のタンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔281〕に記載の方法。
〔284〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、パートナー結合試薬に関連付けられ、前記第1のタンパク質結合試薬が、前記パートナー結合試薬を用いて前記コントロール粒子に関連付けられる、〔269〕〜〔283〕のいずれか一項に記載の方法。
〔285〕
前記パートナー結合試薬が、パートナー抗体を含む、〔284〕に記載の方法。
〔286〕
前記パートナー抗体が、抗ネコ抗体、抗ニワトリ抗体、抗ウシ抗体、抗イヌ抗体、抗ロバ抗体、抗ヤギ抗体、抗モルモット抗体、抗ハムスター抗体、抗ウマ抗体、抗ヒト抗体、抗ラマ抗体、抗サル抗体、抗マウス抗体、抗ブタ抗体、抗ウサギ抗体、抗ラット抗体、抗ヒツジ抗体、またはそれらの組合せを含む、〔285〕に記載の方法。
〔287〕
前記パートナー抗体が、免疫グロブリンG(IgG)、F(ab’)フラグメント、F(ab’) 2 フラグメント、それらの組合せ、またはそれらのフラグメントを含む、〔285〕〜〔286〕のいずれか一項に記載の方法。
〔288〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔269〕〜〔287〕のいずれか一項に記載の方法。
〔289〕
前記第2のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔269〕〜〔288〕のいずれか一項に記載の方法。
〔290〕
前記バーコードが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔211〕〜〔287〕のいずれか一項に記載の方法。
〔291〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔211〕〜〔290〕のいずれか一項に記載の方法。
〔292〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔211〕〜〔291〕のいずれか一項に記載の方法。
〔293〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔292〕に記載の方法。
〔294〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔292〕に記載の方法。
〔295〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔292〕に記載の方法。
〔296〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔292〕に記載の方法。
〔297〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔292〕〜〔296〕のいずれか一項に記載の方法。
〔298〕
前記バーコーディング粒子が、バーコーディングビーズを含む、〔292〕〜〔297〕のいずれか一項に記載の方法。
〔299〕
前記バーコーディングビーズが、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔292〕〜〔298〕のいずれか一項に記載の方法。
〔300〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔292〕〜〔299〕のいずれか一項に記載の方法。
〔301〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔292〕〜〔300〕のいずれか一項に記載の方法。
〔302〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔292〕〜〔301〕のいずれか一項に記載の方法。
〔303〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔292〕〜〔302〕のいずれか一項に記載の方法。
〔304〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔292〕〜〔303〕のいずれか一項に記載の方法。
〔305〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔292〕〜〔304〕のいずれか一項に記載の方法。
〔306〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数の標的および前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記複数の標的の標的および前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドのコントロール粒子オリゴヌクレオチドと接触させて、前記標的および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と;
前記標的および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き標的および前記複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔211〕〜〔305〕のいずれか一項に記載の方法。
〔307〕
前記バーコードを伸長する工程が、DNAポリメラーゼ、逆転写酵素、またはそれらの組合せを用いて、前記バーコードを伸長する工程を含む、〔306〕に記載の方法。
〔308〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付き標的および前記複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔211〕〜〔307〕のいずれか一項に記載の方法。
〔309〕
前記複数のバーコード付き標的および前記複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いて、
前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも一部または
前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも一部
を増幅する工程を含む、〔308〕に記載の方法。
〔310〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔308〕〜〔309〕のいずれか一項に記載の方法。
〔311〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、
前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも一部、または
前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも一部
をシーケンシングする工程を含む、〔310〕に記載の方法。
〔312〕
コントロール粒子に関連付けられた複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドを含むコントロール粒子組成物を含むキットであって、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの各々が、コントロールバーコード配列およびポリ(dA)領域を含む、キット。
〔313〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔312〕に記載のキット。
〔314〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔313〕のいずれか一項に記載のキット。
〔315〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔313〕のいずれか一項に記載のキット。
〔316〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔313〕のいずれか一項に記載のキット。
〔317〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔313〕のいずれか一項に記載のキット。
〔318〕
前記コントロールバーコード配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔313〕のいずれか一項に記載のキット。
〔319〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔315〕のいずれか一項に記載のキット。
〔320〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔315〕のいずれか一項に記載のキット。
〔321〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔317〕のいずれか一項に記載のキット。
〔322〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔317〕のいずれか一項に記載のキット。
〔323〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔312〕〜〔318〕のいずれか一項に記載のキット。
〔324〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔318〕のいずれか一項に記載のキット。
〔325〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも5つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔312〕〜〔324〕のいずれか一項に記載のキット。
〔326〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約10の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔312〕〜〔324〕のいずれか一項に記載のキット。
〔327〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約100の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔312〕〜〔324〕のいずれか一項に記載のキット。
〔328〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約1000の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔312〕〜〔324〕のいずれか一項に記載のキット。
〔329〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも3つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔312〕〜〔328〕のいずれか一項に記載のキット。
〔330〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも5つが、異なる配列を含む、〔312〕〜〔328〕のいずれか一項に記載のキット。
〔331〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも10個が、異なる配列を含む、〔312〕〜〔328〕のいずれか一項に記載のキット。
〔332〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも100個が、異なる配列を含む、〔312〕〜〔328〕のいずれか一項に記載のキット。
〔333〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、
第1のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
第2のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと
を含み、
前記第1のコントロールバーコード配列および前記第2のコントロールバーコード配列が、異なる配列を有する、〔312〕〜〔332〕のいずれか一項に記載のキット。
〔334〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数がほぼ同じである、〔333〕に記載のキット。
〔335〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が異なる、〔333〕のいずれか一項に記載のキット。
〔336〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも2倍多い、〔335〕に記載のキット。
〔337〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも10倍多い、〔335〕に記載のキット。
〔338〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より約100倍多い、〔335〕に記載のキット。
〔339〕
前記コントロールバーコード配列が、1つの種のゲノム配列に対して相同でない、〔312〕〜〔338〕のいずれか一項に記載のキット。
〔340〕
前記コントロールバーコード配列が、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔312〕〜〔338〕のいずれか一項に記載のキット。
〔341〕
前記種が非哺乳動物種である、〔340〕に記載のキット。
〔342〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔341〕に記載のキット。
〔343〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔342〕に記載のキット。
〔344〕
前記第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、バーコード配列を含む、〔312〕〜〔343〕のいずれか一項に記載のキット。
〔345〕
前記第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔312〕〜〔344〕のいずれか一項に記載のキット。
〔346〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、リンカーを介して前記コントロール粒子に関連付けられる、〔312〕〜〔345〕のいずれか一項に記載のキット。
〔347〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、前記リンカーを含む、〔346〕に記載のキット。
〔348〕
前記リンカーが化学基を含む、〔346〕〜〔347〕のいずれか一項に記載のキット。
〔349〕
前記化学基が、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つに可逆的に結合される、〔348〕に記載のキット。
〔350〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔348〕〜〔349〕のいずれか一項に記載のキット。
〔351〕
前記コントロール粒子の直径が、約1〜1000マイクロメートルである、〔312〕〜〔350〕のいずれか一項に記載のキット。
〔352〕
前記コントロール粒子の直径が、約10〜100マイクロメートルである、〔312〕〜〔350〕のいずれか一項に記載のキット。
〔353〕
前記コントロール粒子の直径が、約7.5マイクロメートルである、〔312〕〜〔350〕のいずれか一項に記載のキット。
〔354〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に固定される、〔312〕〜〔353〕のいずれか一項に記載のキット。
〔355〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に部分的に固定される、〔312〕〜〔353〕のいずれか一項に記載のキット。
〔356〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に封入される、〔312〕〜〔353〕のいずれか一項に記載のキット。
〔357〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に部分的に封入される、〔312〕〜〔353〕のいずれか一項に記載のキット。
〔358〕
前記コントロール粒子が崩壊性である、〔312〕〜〔357〕のいずれか一項に記載のキット。
〔359〕
前記コントロール粒子が、ビーズを含む、〔312〕〜〔358〕のいずれか一項に記載のキット。
〔360〕
前記ビーズが、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔359〕に記載のキット。
〔361〕
前記コントロール粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、〔312〕〜〔360〕のいずれか一項に記載のキット。
〔362〕
前記コントロール粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔312〕〜〔361〕のいずれか一項に記載のキット。
〔363〕
前記コントロール粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔312〕〜〔362〕のいずれか一項に記載のキット。
〔364〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔312〕〜〔363〕のいずれか一項に記載のキット。
〔365〕
前記コントロール粒子が、複数の第1のタンパク質結合試薬に関連付けられ、
前記複数の第1のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの1つに関連付けられる、〔312〕〜〔364〕のいずれか一項に記載のキット。
〔366〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、第1の抗体を含む、〔365〕に記載のキット。
〔367〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第1のタンパク質結合試薬に結合される、〔365〕〜〔366〕のいずれか一項に記載のキット。
〔368〕
前記第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔367〕に記載のキット。
〔369〕
前記リンカーが化学基を含む、〔367〕〜〔368〕のいずれか一項に記載のキット。
〔370〕
前記化学基が、前記第1のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔369〕に記載のキット。
〔371〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔369〕〜〔370〕のいずれか一項に記載のキット。
〔372〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの2つ以上に関連付けられる、〔365〕〜〔371〕のいずれか一項に記載のキット。
〔373〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、異なるコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの2つ以上に関連付けられる、〔365〕〜〔372〕のいずれか一項に記載のキット。
〔374〕
前記複数の第1のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドのいずれかに関連付けられない、〔365〕〜〔373〕のいずれか一項に記載のキット。
〔375〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた前記第1のタンパク質結合試薬およびいずれのコントロール粒子オリゴヌクレオチドにも関連付けられない前記第1のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔374〕に記載のキット。
〔376〕
前記コントロール粒子が、複数の第2のタンパク質結合試薬に関連付けられる、〔365〕〜〔375〕のいずれか一項に記載のキット。
〔377〕
前記複数の第2のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの1つに関連付けられる、〔376〕に記載のキット。
〔378〕
前記第1のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドおよび前記第2のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔377〕に記載のキット。
〔379〕
前記第1のタンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔377〕に記載のキット。
〔380〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、パートナー結合試薬に関連付けられ、前記第1のタンパク質結合試薬が、前記パートナー結合試薬を用いて前記コントロール粒子に関連付けられる、〔365〕〜〔375〕のいずれか一項に記載のキット。
〔381〕
前記パートナータンパク質結合試薬が、パートナー抗体を含む、〔380〕に記載のキット。
〔382〕
前記パートナー抗体が、抗ネコ抗体、抗ニワトリ抗体、抗ウシ抗体、抗イヌ抗体、抗ロバ抗体、抗ヤギ抗体、抗モルモット抗体、抗ハムスター抗体、抗ウマ抗体、抗ヒト抗体、抗ラマ抗体、抗サル抗体、抗マウス抗体、抗ブタ抗体、抗ウサギ抗体、抗ラット抗体、抗ヒツジ抗体、またはそれらの組合せを含む、〔381〕に記載のキット。
〔383〕
前記第2の抗体が、免疫グロブリンG(IgG)、F(ab’)フラグメント、F(ab’) 2 フラグメント、それらの組合せ、またはそれらのフラグメントを含む、〔381〕〜〔382〕のいずれか一項に記載のキット。
〔384〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔312〕〜〔383〕のいずれか一項に記載のキット。
〔385〕
前記第2のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔312〕〜〔384〕のいずれか一項に記載のキット。
〔386〕
複数のバーコードを含む、〔312〕〜〔383〕のいずれか一項に記載のキット。
〔387〕
前記複数のバーコードのバーコードが、標的結合領域およびバーコード配列を含み、
前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードのバーコード配列が、異なる分子標識配列を含む、〔386〕に記載のキット。
〔388〕
前記バーコードが、細胞標識配列、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔387〕に記載のキット。
〔389〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔387〕〜〔388〕のいずれか一項に記載のキット。
〔390〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔386〕〜〔389〕のいずれか一項に記載のキット。
〔391〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔390〕に記載のキット。
〔392〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔390〕に記載のキット。
〔393〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔390〕に記載のキット。
〔394〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔390〕に記載のキット。
〔395〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔390〕〜〔394〕のいずれか一項に記載のキット。
〔396〕
前記バーコーディング粒子が、第2のビーズを含む、〔390〕〜〔395〕のいずれか一項に記載のキット。
〔397〕
前記バーコーディング粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔390〕〜〔396〕のいずれか一項に記載のキット。
〔398〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、〔390〕〜〔397〕のいずれか一項に記載のキット。
〔399〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔390〕〜〔398〕のいずれか一項に記載のキット。
〔400〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔390〕〜〔399〕のいずれか一項に記載のキット。
〔401〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔390〕〜〔400〕のいずれか一項に記載のキット。
〔402〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔390〕〜〔401〕のいずれか一項に記載のキット。
〔403〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔390〕〜〔402〕のいずれか一項に記載のキット。
〔404〕
DNAポリメラーゼを含む、〔306〕〜〔403〕のいずれか一項に記載のキット。
〔405〕
ポリメラーゼ鎖反応(PCR)用の試薬を含む、〔306〕〜〔404〕のいずれか一項に記載のキット。
〔406〕
シーケンシングコントロールのための方法であって、
複数の細胞の1つ以上の細胞を、複数のコントロール組成物のうちの1つのコントロール組成物と接触させる工程であって、
前記複数の細胞のうちの1つの細胞が、複数の標的および複数のタンパク質標的を含み、
前記複数のコントロール組成物の各々が、コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、前記コントロールオリゴヌクレオチドが、コントロールバーコード配列、および前記複数のバーコードの少なくとも1つの前記標的結合領域に実質的に相補的な配列を含む擬似標的領域を含む工程と;
複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも1つの特性を用いて、前記1つ以上の細胞の少なくとも1つの特性を決定する工程と、
を含む、方法。
〔407〕
前記擬似標的領域が、ポリ(dA)領域を含む、〔406〕に記載の方法。
〔408〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔407〕のいずれか一項に記載の方法。
〔409〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔407〕のいずれか一項に記載の方法。
〔410〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔407〕のいずれか一項に記載の方法。
〔411〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔407〕のいずれか一項に記載の方法。
〔412〕
前記コントロールバーコード配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔407〕のいずれか一項に記載の方法。
〔413〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔409〕のいずれか一項に記載の方法。
〔414〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔409〕のいずれか一項に記載の方法。
〔415〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔411〕のいずれか一項に記載の方法。
〔416〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔411〕のいずれか一項に記載の方法。
〔417〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔406〕〜〔412〕のいずれか一項に記載の方法。
〔418〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔412〕のいずれか一項に記載の方法。
〔419〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔406〕〜〔418〕のいずれか一項に記載の方法。
〔420〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約10の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔406〕〜〔418〕のいずれか一項に記載の方法。
〔421〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約100の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔406〕〜〔418〕のいずれか一項に記載の方法。
〔422〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約1000の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔406〕〜〔418〕のいずれか一項に記載の方法。
〔423〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔406〕〜〔422〕のいずれか一項に記載の方法。
〔424〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも10個が、異なる配列を含む、〔406〕〜〔422〕のいずれか一項に記載の方法。
〔425〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも100個が、異なる配列を含む、〔406〕〜〔422〕のいずれか一項に記載の方法。
〔426〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1000個が、異なる配列を含む、〔406〕〜〔422〕のいずれか一項に記載の方法。
〔427〕
前記1つ以上の細胞の前記少なくとも1つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を決定する工程と;
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程と
を含む、〔406〕〜〔426〕のいずれか一項に記載の方法。
〔428〕
決定された前記1つ以上の細胞の数に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔427〕に記載の方法。
〔429〕
決定された前記1つ以上の細胞の数および前記複数の細胞の数の比率に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔427〕に記載の方法。
〔430〕
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドの前記特性を用いて、前記1つ以上の細胞の前記少なくとも1つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程と;
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔406〕〜〔426〕のいずれか一項に記載の方法。
〔431〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程を含む、〔430〕に記載の方法。
〔432〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程が、
最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数に関連付けられた前記シーケンシングデータ中の細胞標識の数を用いて、最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数のプロットを作成する工程と;
前記1つ以上の細胞の数として前記プロットにおけるカットオフを決定する工程と、
を含む、〔431〕に記載の方法。
〔433〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記複数の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔406〕〜〔432〕のいずれか一項に記載の方法。
〔434〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔406〕〜〔433〕のいずれか一項に記載の方法。
〔435〕
前記種が非哺乳動物種である、〔434〕に記載の方法。
〔436〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔435〕に記載の方法。
〔437〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔436〕に記載の方法。
〔438〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける前に、前記タンパク質結合試薬から前記コントロールオリゴヌクレオチドを放出する工程を含む、〔406〕〜〔433〕のいずれか一項に記載の方法。
〔439〕
前記複数のコントロール組成物の結合されていないコントロール組成物を除去する工程を含む、〔406〕〜〔438〕のいずれか一項に記載の方法。
〔440〕
前記結合されていないコントロール組成物を除去する工程が、前記複数の細胞の前記1つ以上の細胞を、洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔439〕に記載の方法。
〔441〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、フローサイトメトリーを用いて、前記コントロール組成物の少なくとも1つのタンパク質結合試薬に結合された細胞を選択する工程を含む、〔439〕に記載の方法。
〔442〕
前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つが、細胞表面上にある、〔406〕〜〔438〕のいずれか一項に記載の方法。
〔443〕
前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つが、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔406〕〜〔442〕のいずれか一項に記載の方法。
〔444〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体を含む、〔406〕〜〔443〕のいずれか一項に記載の方法。
〔445〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔406〕〜〔444〕のいずれか一項に記載の方法。
〔446〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔445〕に記載の方法。
〔447〕
前記リンカーが化学基を含む、〔445〕〜〔446〕のいずれか一項に記載の方法。
〔448〕
前記化学基が、前記第1のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔447〕に記載の方法。
〔449〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔447〕〜〔448〕のいずれか一項に記載の方法。
〔450〕
前記タンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する2つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔406〕〜〔449〕のいずれか一項に記載の方法。
〔451〕
前記タンパク質結合試薬が、異なる同一のコントロールバーコード配列を有する2つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔406〕〜〔449〕のいずれか一項に記載の方法。
〔452〕
前記複数のコントロール組成物の第2のタンパク質結合試薬は、前記コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられない、〔406〕〜〔451〕のいずれか一項に記載の方法。
〔453〕
前記タンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が同一である、〔452〕に記載の方法。
〔454〕
前記バーコードが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔406〕〜〔453〕のいずれか一項に記載の方法。
〔455〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔406〕〜〔454〕のいずれか一項に記載の方法。
〔456〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔406〕〜〔454〕のいずれか一項に記載の方法。
〔457〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔456〕に記載の方法。
〔458〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔456〕に記載の方法。
〔459〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔456〕に記載の方法。
〔460〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔456〕に記載の方法。
〔461〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔456〕〜〔460〕のいずれか一項に記載の方法。
〔462〕
前記バーコーディング粒子が、バーコーディングビーズを含む、〔456〕〜〔461〕のいずれか一項に記載の方法。
〔463〕
前記バーコーディングビーズが、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔456〕〜〔462〕のいずれか一項に記載の方法。
〔464〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔456〕〜〔463〕のいずれか一項に記載の方法。
〔465〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔456〕〜〔464〕のいずれか一項に記載の方法。
〔466〕
前記バーコーディング粒子が、光学的部分に関連付けられる、〔456〕〜〔465〕のいずれか一項に記載の方法。
〔467〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、光学的部分に関連付けられる、〔456〕〜〔466〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔468〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔456〕〜〔467〕のいずれか一項に記載の方法。
〔469〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔456〕〜〔468〕のいずれか一項に記載の方法。
〔470〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔456〕〜〔469〕のいずれか一項に記載の方法。
〔471〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔456〕〜〔470〕のいずれか一項に記載の方法。
〔472〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔406〕〜〔471〕のいずれか一項に記載の方法。
〔473〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数のコントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記複数のコントロール組成物のコントロールオリゴヌクレオチドと接触させて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と;
前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔406〕〜〔472〕のいずれか一項に記載の方法。
〔474〕
前記バーコードを伸長する工程が、DNAポリメラーゼ、逆転写酵素、またはそれらの組合せを用いて、前記バーコードを伸長する工程を含む、〔473〕に記載の方法。
〔475〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔406〕〜〔474〕のいずれか一項に記載の方法。
〔476〕
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔475〕に記載の方法。
〔477〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔475〕〜〔476〕のいずれか一項に記載の方法。
〔478〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔477〕に記載の方法。
〔479〕
シーケンシングコントロールのための方法であって、
複数の細胞の1つ以上の細胞を、複数のコントロール組成物のうちの1つのコントロール組成物と接触させる工程であって、
前記複数の細胞のうちの1つの細胞が、複数の標的および複数の結合標的を含み、
前記複数のコントロール組成物の各々が、コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた細胞成分結合試薬を含み、前記細胞成分結合試薬が、前記複数の結合標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、前記コントロールオリゴヌクレオチドが、コントロールバーコード配列、および前記複数のバーコードの少なくとも1つの前記標的結合領域に実質的に相補的な配列を含む擬似標的領域を含む工程と;
複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも1つの特性を用いて、前記1つ以上の細胞の少なくとも1つの特性を決定する工程と、
を含む、方法。
〔480〕
前記擬似標的領域が、ポリ(dA)領域を含む、〔479〕に記載の方法。
〔481〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔480〕のいずれか一項に記載の方法。
〔482〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔480〕のいずれか一項に記載の方法。
〔483〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔480〕のいずれか一項に記載の方法。
〔484〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔480〕のいずれか一項に記載の方法。
〔485〕
前記コントロールバーコード配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔480〕のいずれか一項に記載の方法。
〔486〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔482〕のいずれか一項に記載の方法。
〔487〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔482〕のいずれか一項に記載の方法。
〔488〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔484〕のいずれか一項に記載の方法。
〔489〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔484〕のいずれか一項に記載の方法。
〔490〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔479〕〜〔485〕のいずれか一項に記載の方法。
〔491〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔485〕のいずれか一項に記載の方法。
〔492〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔479〕〜〔491〕のいずれか一項に記載の方法。
〔493〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約10の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔479〕〜〔491〕のいずれか一項に記載の方法。
〔494〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約100の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔479〕〜〔491〕のいずれか一項に記載の方法。
〔495〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約1000の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔479〕〜〔491〕のいずれか一項に記載の方法。
〔496〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔479〕〜〔495〕のいずれか一項に記載の方法。
〔497〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも10個が、異なる配列を含む、〔479〕〜〔495〕のいずれか一項に記載の方法。
〔498〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも100個が、異なる配列を含む、〔479〕〜〔495〕のいずれか一項に記載の方法。
〔499〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1000個が、異なる配列を含む、〔479〕〜〔495〕のいずれか一項に記載の方法。
〔500〕
前記1つ以上の細胞の前記少なくとも1つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を決定する工程と;
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔479〕〜〔499〕のいずれか一項に記載の方法。
〔501〕
決定された前記1つ以上の細胞の数に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔500〕に記載の方法。
〔502〕
決定された前記1つ以上の細胞の数および前記複数の細胞の数の比率に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔500〕に記載の方法。
〔503〕
前記1つ以上の細胞の前記少なくとも1つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程と;
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔479〕〜〔499〕のいずれか一項に記載の方法。
〔504〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程を含む、〔503〕に記載の方法。
〔505〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程が、
最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数に関連付けられた前記シーケンシングデータ中の細胞標識の数を用いて、最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数のプロットを作成する工程と;
前記1つ以上の細胞の数として前記プロットにおけるカットオフを決定する工程と、
を含む、〔504〕に記載の方法。
〔506〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記複数の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔479〕〜〔505〕のいずれか一項に記載の方法。
〔507〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔479〕〜〔506〕のいずれか一項に記載の方法。
〔508〕
前記種が非哺乳動物種である、〔507〕に記載の方法。
〔509〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔508〕に記載の方法。
〔510〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔509〕に記載の方法。
〔511〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける前に、前記細胞成分結合試薬から前記コントロールオリゴヌクレオチドを放出する工程を含む、〔479〕〜〔506〕のいずれか一項に記載の方法。
〔512〕
前記複数の結合標的の少なくとも1つが、細胞表面上で発現される、〔479〕〜〔511〕のいずれか一項に記載の方法。
〔513〕
前記複数の結合標的の少なくとも1つが、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔479〕〜〔512〕のいずれか一項に記載の方法。
〔514〕
前記細胞成分結合試薬が、細胞表面結合試薬、抗体、四量体、アプタマー、タンパク質骨格、浸潤、またはそれらの組合せを含む、〔479〕〜〔513〕のいずれか一項に記載の方法。
〔515〕
前記細胞成分結合試薬の結合標的が、10〜100の異なる結合標的を含む群から選択される、〔479〕〜〔514〕のいずれか一項に記載の方法。
〔516〕
前記細胞成分結合試薬の結合標的が、炭水化物、脂質、タンパク質、細胞外タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、細胞内タンパク質、またはそれらの任意の組合せを含む、〔515〕に記載の方法。
〔517〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記細胞成分結合試薬に結合される、〔479〕〜〔516〕のいずれか一項に記載の方法。
〔518〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔517〕に記載の方法。
〔519〕
前記リンカーが化学基を含む、〔517〕〜〔518〕のいずれか一項に記載の方法。
〔520〕
前記化学基が、前記第1の細胞成分結合試薬に可逆的に結合される、〔519〕に記載の方法。
〔521〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔519〕〜〔520〕のいずれか一項に記載の方法。
〔522〕
前記細胞成分結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する2つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔479〕〜〔521〕のいずれか一項に記載の方法。
〔523〕
前記細胞成分結合試薬が、異なる同一のコントロールバーコード配列を有する2つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔479〕〜〔521〕のいずれか一項に記載の方法。
〔524〕
前記複数のコントロール組成物の第2の細胞成分結合試薬は、前記コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられない、〔479〕〜〔523〕のいずれか一項に記載の方法。
〔525〕
前記細胞成分結合試薬および前記第2の細胞成分結合試薬が同一である、〔524〕に記載の方法。
〔526〕
前記バーコードが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔479〕〜〔525〕のいずれか一項に記載の方法。
〔527〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔479〕〜〔526〕のいずれか一項に記載の方法。
〔528〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔479〕〜〔527〕のいずれか一項に記載の方法。
〔529〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔528〕に記載の方法。
〔530〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔528〕に記載の方法。
〔531〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔528〕に記載の方法。
〔532〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔528〕に記載の方法。
〔533〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔529〕〜〔532〕のいずれか一項に記載の方法。
〔534〕
前記バーコーディング粒子が、バーコーディングビーズを含む、〔528〕〜〔533〕のいずれか一項に記載の方法。
〔535〕
前記バーコーディング粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔528〕〜〔534〕のいずれか一項に記載の方法。
〔536〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔528〕〜〔535〕のいずれか一項に記載の方法。
〔537〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔528〕〜〔536〕のいずれか一項に記載の方法。
〔538〕
前記バーコーディング粒子が、光学的部分に関連付けられる、〔528〕〜〔537〕のいずれか一項に記載の方法。
〔539〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、光学的部分に関連付けられる、〔528〕〜〔538〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔540〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔528〕〜〔536〕のいずれか一項に記載の方法。
〔541〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔528〕〜〔540〕のいずれか一項に記載の方法。
〔542〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔528〕〜〔541〕のいずれか一項に記載の方法。
〔543〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔528〕〜〔542〕のいずれか一項に記載の方法。
〔544〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔479〕〜〔543〕のいずれか一項に記載の方法。
〔545〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数のコントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記複数のコントロール組成物のコントロールオリゴヌクレオチドと接触させて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と;
前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔479〕〜〔544〕のいずれか一項に記載の方法。
〔546〕
前記バーコードを伸長する工程が、DNAポリメラーゼ、逆転写酵素、またはそれらの組合せを用いて、前記バーコードを伸長する工程を含む、〔545〕に記載の方法。
〔547〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔479〕〜〔546〕のいずれか一項に記載の方法。
〔548〕
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔547〕に記載の方法。
〔549〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔547〕〜〔548〕のいずれか一項に記載の方法。
〔550〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔549〕に記載の方法。
〔551〕
シーケンシングコントロールのための方法であって、
複数の細胞の1つ以上の細胞を、複数のコントロール組成物のうちの1つのコントロール組成物と接触させる工程であって、
前記複数の細胞のうちの1つの細胞が、複数の標的および複数のタンパク質標的を含み、
前記複数のコントロール組成物の各々が、コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、前記コントロールオリゴヌクレオチドが、コントロールバーコード配列、および前記複数のバーコードの少なくとも1つの前記標的結合領域に実質的に相補的な配列を含む擬似標的領域を含む工程と;
前記複数のコントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも1つの特性を用いて、前記1つ以上の細胞の少なくとも1つの特性を決定する工程と、
を含む、方法。
〔552〕
前記擬似標的領域が、ポリ(dA)領域を含む、〔551〕に記載の方法。
〔553〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔554〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔555〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔556〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔557〕
前記コントロールバーコード配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔558〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔554〕のいずれか一項に記載の方法。
〔559〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔554〕のいずれか一項に記載の方法。
〔560〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔556〕のいずれか一項に記載の方法。
〔561〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔556〕のいずれか一項に記載の方法。
〔562〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔551〕〜〔557〕のいずれか一項に記載の方法。
〔563〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔557〕のいずれか一項に記載の方法。
〔564〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔563〕のいずれか一項に記載の方法。
〔565〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔566〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔567〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔551〕〜〔566〕のいずれか一項に記載の方法。
〔568〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約10の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔551〕〜〔566〕のいずれか一項に記載の方法。
〔569〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約100の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔551〕〜〔566〕のいずれか一項に記載の方法。
〔570〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約1000の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔551〕〜〔566〕のいずれか一項に記載の方法。
〔571〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔551〕〜〔570〕のいずれか一項に記載の方法。
〔572〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも10個が、異なる配列を含む、〔551〕〜〔570〕のいずれか一項に記載の方法。
〔573〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも100個が、異なる配列を含む、〔551〕〜〔570〕のいずれか一項に記載の方法。
〔574〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1000個が、異なる配列を含む、〔551〕〜〔570〕のいずれか一項に記載の方法。
〔575〕
前記1つ以上の細胞の前記少なくとも1つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を決定する工程と;
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔551〕〜〔574〕のいずれか一項に記載の方法。
〔576〕
決定された前記1つ以上の細胞の数に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔575〕に記載の方法。
〔577〕
決定された前記1つ以上の細胞の数および前記複数の細胞の数の比率に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔575〕に記載の方法。
〔578〕
前記1つ以上の細胞の前記少なくとも1つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程と;
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔551〕〜〔574〕のいずれか一項に記載の方法。
〔579〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程を含む、〔578〕に記載の方法。
〔580〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程が、
最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数に関連付けられた前記シーケンシングデータ中の細胞標識の数を用いて、最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数のプロットを作成する工程と;
前記1つ以上の細胞の数として前記プロットにおけるカットオフを決定する工程と、
を含む、〔579〕に記載の方法。
〔581〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記複数の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔551〕〜〔580〕のいずれか一項に記載の方法。
〔582〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔551〕〜〔581〕のいずれか一項に記載の方法。
〔583〕
前記種が非哺乳動物種である、〔582〕に記載の方法。
〔584〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔583〕に記載の方法。
〔585〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔584〕に記載の方法。
〔586〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける前に、前記タンパク質結合試薬から前記コントロールオリゴヌクレオチドを放出する工程を含む、〔551〕〜〔585〕のいずれか一項に記載の方法。
〔587〕
前記複数のコントロール組成物の結合されていないコントロール組成物を除去する工程を含む、〔551〕〜〔586〕のいずれか一項に記載の方法。
〔588〕
前記結合されていないコントロール組成物を除去する工程が、前記複数の細胞の前記1つ以上の細胞を、洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔587〕に記載の方法。
〔589〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、フローサイトメトリーを用いて、前記コントロール組成物の少なくとも1つのタンパク質結合試薬に結合された細胞を選択する工程を含む、〔588〕に記載の方法。
〔590〕
前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つが、細胞表面上で発現される、〔551〕〜〔589〕のいずれか一項に記載の方法。
〔591〕
前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つが、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔551〕〜〔590〕のいずれか一項に記載の方法。
〔592〕
前記タンパク質結合試薬が、炭水化物、脂質、タンパク質、細胞外タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、細胞内タンパク質またはそれらの任意の組合せを含む、〔551〕〜〔591〕のいずれか一項に記載の方法。
〔593〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔592〕に記載の方法。
〔594〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔593〕に記載の方法。
〔595〕
前記リンカーが化学基を含む、〔593〕〜〔594〕のいずれか一項に記載の方法。
〔596〕
前記化学基が、前記第1のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔595〕に記載の方法。
〔597〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔595〕〜〔596〕のいずれか一項に記載の方法。
〔598〕
前記タンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する2つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔551〕〜〔597〕のいずれか一項に記載の方法。
〔599〕
前記タンパク質結合試薬が、異なる同一のコントロールバーコード配列を有する2つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔551〕〜〔597〕のいずれか一項に記載の方法。
〔600〕
前記複数のコントロール組成物の第2のタンパク質結合試薬は、前記コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられない、〔551〕〜〔599〕のいずれか一項に記載の方法。
〔601〕
前記タンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が同一である、〔600〕に記載の方法。
〔602〕
前記バーコードが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔551〕〜〔601〕のいずれか一項に記載の方法。
〔603〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔551〕〜〔602〕のいずれか一項に記載の方法。
〔604〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔551〕〜〔602〕のいずれか一項に記載の方法。
〔605〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔604〕に記載の方法。
〔606〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔604〕に記載の方法。
〔607〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔604〕に記載の方法。
〔608〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔604〕に記載の方法。
〔609〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔604〕〜〔608〕のいずれか一項に記載の方法。
〔610〕
前記バーコーディング粒子が、バーコーディングビーズを含む、〔604〕〜〔609〕のいずれか一項に記載の方法。
〔611〕
前記バーコーディング粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔604〕〜〔610〕のいずれか一項に記載の方法。
〔612〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔604〕〜〔611〕のいずれか一項に記載の方法。
〔613〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔604〕〜〔612〕のいずれか一項に記載の方法。
〔614〕
前記バーコーディング粒子が、光学的部分に関連付けられる、〔604〕〜〔613〕のいずれか一項に記載の方法。
〔615〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、光学的部分に関連付けられる、〔604〕〜〔614〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔616〕
複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程であって、前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
を含む、〔604〕〜〔615〕のいずれか一項に記載の方法。
〔617〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔616〕〜〔612〕のいずれか一項に記載の方法。
〔618〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔616〕〜〔617〕のいずれか一項に記載の方法。
〔619〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔616〕〜〔618〕のいずれか一項に記載の方法。
〔620〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔616〕〜〔619〕のいずれか一項に記載の方法。
〔621〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔616〕〜〔620〕のいずれか一項に記載の方法。
〔622〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数のコントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記複数のコントロール組成物のコントロールオリゴヌクレオチドと接触させて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と;
前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔616〕〜〔621〕のいずれか一項に記載の方法。
〔623〕
前記バーコードを伸長する工程が、DNAポリメラーゼ、逆転写酵素、またはそれらの組合せを用いて、前記バーコードを伸長する工程を含む、〔622〕に記載の方法。
〔624〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔616〕〜〔623〕のいずれか一項に記載の方法。
〔625〕
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔624〕に記載の方法。
〔626〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔624〕〜〔625〕のいずれか一項に記載の方法。
〔627〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔626〕に記載の方法。
〔628〕
細胞同定のための方法であって、
第1の複数の細胞および第2の複数の細胞を、それぞれ複数の細胞同定組成物の2つの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第1の複数の細胞の各々および前記第2の複数の細胞の各々が、1つ以上のタンパク質標的を含み、前記2つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記1つ以上のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記2つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と;
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
得られた前記シーケンシングデータ中の2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の細胞標識配列を同定する工程と;
得られた前記シーケンシングデータから、2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記1つ以上の細胞標識配列に関連付けられた前記シーケンシングデータを除去する工程と、
を含む、方法。
〔629〕
多重同定のための方法であって、
第1の複数の細胞および第2の複数の細胞を、それぞれ複数の細胞同定組成物の2つの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第1の複数の細胞の各々および前記第2の複数の細胞の各々が、1つ以上のタンパク質標的を含み、前記2つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記1つ以上のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記2つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と;
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
得られた前記シーケンシングデータ中の2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の多細胞標識配列を同定する工程と、
を含む、方法。
〔630〕
細胞同定のための方法であって、
第1の複数の細胞および第2の複数の細胞を、それぞれ複数の細胞同定組成物の2つの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第1の複数の細胞の各々および前記第2の複数の細胞の各々が、1つ以上の細胞成分標的を含み、前記2つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられた細胞成分結合試薬を含み、前記細胞成分結合試薬が、前記1つ以上の細胞成分標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記2つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と;
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
得られた前記シーケンシングデータ中の2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の細胞標識配列を同定する工程と;
得られた前記シーケンシングデータから、2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記1つ以上の細胞標識配列に関連付けられた前記シーケンシングデータを除去する工程と、
を含む、方法。
〔631〕
多重同定のための方法であって、
第1の複数の細胞および第2の複数の細胞を、それぞれ複数の細胞同定組成物の2つの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第1の複数の細胞の各々および前記第2の複数の細胞の各々が、1つ以上の細胞成分標的を含み、前記2つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられた細胞成分結合試薬を含み、前記細胞成分結合試薬が、前記1つ以上の細胞成分標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記2つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と;
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
前記シーケンシングデータ中の2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の多細胞標識配列を同定する工程と、
を含む、方法。
〔632〕
前記細胞成分結合試薬が、タンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられ、前記1つ以上の細胞成分標的が、1つ以上のタンパク質標的を含む、〔630〕〜〔631〕のいずれか一項に記載の方法。
〔633〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞を、前記2つの細胞同定組成物のそれぞれと接触させる工程が、
前記第1の複数の細胞を、前記2つの細胞同定組成物の第1の細胞同定組成物と接触させる工程と;
前記第1の複数の細胞を、前記2つの細胞同定組成物の第2の細胞同定組成物と接触させる工程と、
を含む、〔628〕〜〔632〕のいずれか一項に記載の方法。
〔634〕
前記細胞同定配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔633〕のいずれか一項に記載の方法。
〔635〕
前記細胞同定配列が、25〜60ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔636〕
前記細胞同定配列が、約45ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔635〕のいずれか一項に記載の方法。
〔637〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔635〕のいずれか一項に記載の方法。
〔638〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔639〕
前記細胞同定配列が、約128ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔640〕
前記細胞同定配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔641〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔642〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔643〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔644〕
前記細胞同定配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔645〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔646〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも10の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔628〕〜〔645〕のいずれか一項に記載の方法。
〔647〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも100の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔628〕〜〔645〕のいずれか一項に記載の方法。
〔648〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも1000の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔628〕〜〔645〕のいずれか一項に記載の方法。
〔649〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、四量体、アプタマー、タンパク質骨格、インテグリン、またはそれらの組合せを含む、〔628〕および〔632〕〜〔648〕のいずれか一項に記載の方法。
〔650〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔628〕および〔632〕〜〔649〕のいずれか一項に記載の方法。
〔651〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔650〕に記載の方法。
〔652〕
前記リンカーが化学基を含む、〔650〕〜〔651〕のいずれか一項に記載の方法。
〔653〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的にまたは不可逆的に結合される、〔652〕に記載の方法。
〔654〕
前記化学基が、UV光切断性基、ジスルフィド結合、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合またはそれらの任意の組合せを含む、〔652〕〜〔653〕のいずれか一項に記載の方法。
〔655〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の少なくとも1つが、単一細胞を含む、〔628〕〜〔654〕のいずれか一項に記載の方法。
〔656〕
前記1つ以上のタンパク質標的の少なくとも1つが、細胞表面上にある、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔655〕のいずれか一項に記載の方法。
〔657〕
前記2つの細胞同定組成物の結合されていない細胞同定組成物を除去する工程を含む、〔628〕〜〔656〕のいずれか一項に記載の方法。
〔658〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の細胞を、洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔657〕に記載の方法。
〔659〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、フローサイトメトリーを用いて、前記2つの細胞同定組成物の少なくとも1つの細胞成分結合試薬に結合された細胞を選択する工程を含む、〔657〕に記載の方法。
〔660〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の細胞を溶解する工程を含む、〔628〕〜〔659〕のいずれか一項に記載の方法。
〔661〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記タンパク質結合試薬から切り離し可能または切り離し不可能であるように構成される、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔660〕のいずれか一項に記載の方法。
〔662〕
前記タンパク質結合試薬から前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔661〕のいずれか一項に記載の方法。
〔663〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程が、UV光切断、化学的処理、加熱、酵素処理、またはそれらの任意の組合せによって、前記タンパク質結合試薬から前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔662〕に記載の方法。
〔664〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記1つ以上の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔628〕〜〔663〕のいずれか一項に記載の方法。
〔665〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔628〕〜〔664〕のいずれか一項に記載の方法。
〔666〕
前記種が非哺乳動物種である、〔665〕に記載の方法。
〔667〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔666〕に記載の方法。
〔668〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔667〕に記載の方法。
〔669〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の少なくとも1つが、腫瘍細胞または非腫瘍細胞を含む、〔628〕〜〔668〕のいずれか一項に記載の方法。
〔670〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の少なくとも1つが、哺乳動物細胞、細菌細胞、ウイルス細胞、酵母細胞、真菌細胞、またはそれらの任意の組合せを含む、〔628〕〜〔669〕のいずれか一項に記載の方法。
〔671〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードの捕捉配列に相補的な配列を含む、〔628〕〜〔670〕のいずれか一項に記載の方法。
〔672〕
前記バーコードが、前記捕捉配列を含む標的結合領域を含む、〔671〕に記載の方法。
〔673〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔672〕に記載の方法。
〔674〕
前記バーコードの前記捕捉配列に相補的な前記細胞同定オリゴヌクレオチドの配列が、ポリ(dA)領域を含む、〔671〕〜〔673〕のいずれか一項に記載の方法。
〔675〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、バーコード配列を含む、〔628〕〜〔674〕のいずれか一項に記載の方法。
〔676〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔628〕〜〔675〕のいずれか一項に記載の方法。
〔677〕
前記タンパク質標的が、細胞外タンパク質、細胞内タンパク質、またはそれらの任意の組合せを含む、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔676〕のいずれか一項に記載の方法。
〔678〕
前記タンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔677〕に記載の方法。
〔679〕
前記タンパク質標的が、脂質、炭水化物、またはそれらの任意の組合せを含む、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔678〕のいずれか一項に記載の方法。
〔680〕
前記タンパク質標的が、10〜100の異なるタンパク質標的を含む群から選択される、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔679〕のいずれか一項に記載の方法。
〔681〕
前記タンパク質結合試薬が、同一の配列を有する2つ以上の細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔680〕のいずれか一項に記載の方法。
〔682〕
前記タンパク質結合試薬が、異なる細胞同定配列を有する2つ以上の細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔680〕のいずれか一項に記載の方法。
〔683〕
前記複数の細胞同定組成物の前記細胞同定組成物が、前記細胞同定オリゴヌクレオチドと結合されない第2のタンパク質結合試薬を含む、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔682〕のいずれか一項に記載の方法。
〔684〕
前記タンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が同一である、〔683〕に記載の方法。
〔685〕
前記タンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔684〕のいずれか一項に記載の方法。
〔686〕
前記複数のバーコードのバーコードが、標的結合領域およびバーコード配列を含み、
前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードのバーコード配列が、異なる分子標識配列を含む、〔628〕〜〔685〕のいずれか一項に記載の方法。
〔687〕
前記バーコードが、細胞標識配列、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔686〕に記載の方法。
〔688〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔686〕〜〔687〕のいずれか一項に記載の方法。
〔689〕
前記複数のバーコードが、1つの粒子に関連付けられる、〔686〕〜〔688〕のいずれか一項に記載の方法。
〔690〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子上に固定される、〔689〕に記載の方法。
〔691〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子上に部分的に固定される、〔689〕に記載の方法。
〔692〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子に封入される、〔689〕に記載の方法。
〔693〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子に部分的に封入される、〔689〕に記載の方法。
〔694〕
前記粒子が崩壊性である、〔689〕〜〔693〕のいずれか一項に記載の方法。
〔695〕
前記粒子がビーズを含む、〔689〕〜〔694〕のいずれか一項に記載の方法。
〔696〕
前記粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔689〕〜〔695〕のいずれか一項に記載の方法。
〔697〕
前記粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、〔689〕〜〔696〕のいずれか一項に記載の方法。
〔698〕
前記粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔689〕〜〔697〕のいずれか一項に記載の方法。
〔699〕
前記粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔689〕〜〔698〕のいずれか一項に記載の方法。
〔700〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔689〕〜〔699〕のいずれか一項に記載の方法。
〔701〕
前記粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔689〕〜〔700〕のいずれか一項に記載の方法。
〔702〕
前記粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔689〕〜〔701〕のいずれか一項に記載の方法。
〔703〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔689〕〜〔702〕のいずれか一項に記載の方法。
〔704〕
前記粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔689〕〜〔703〕のいずれか一項に記載の方法。
〔705〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記細胞同定オリゴヌクレオチドと接触させて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と;
前記細胞同定オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔628〕〜〔704〕のいずれか一項に記載の方法。
〔706〕
前記バーコードを伸長する工程が、DNAポリメラーゼを用いて、前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔705〕に記載の方法。
〔707〕
前記バーコードを伸長する工程が、逆転写酵素を用いて、前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔705〕に記載の方法。
〔708〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔705〕〜〔707〕のいずれか一項に記載の方法。
〔709〕
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記細胞同定オリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔708〕に記載の方法。
〔710〕
複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドの前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔708〕〜〔709〕のいずれか一項に記載の方法。
〔711〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記細胞同定オリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔710〕に記載の方法。
〔712〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程が、複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔628〕〜〔711〕のいずれか一項に記載の方法。
〔713〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞の複数の標的にバーコードを付けて、複数のバーコード付き標的を生成する工程であって、前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記バーコード付き標的のシーケンシングデータを取得する工程と、
を含む、〔628〕〜〔712〕のいずれか一項に記載の方法。
〔714〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数の標的にバーコードを付けて、前記複数のバーコード付き標的を生成する工程が、
前記標的のコピーを、前記バーコードの標的結合領域と接触させる工程と;
前記複数のバーコードを用いて、前記複数の標的を逆転写して、複数の逆転写された標的を生成する工程と、
を含む、〔713〕に記載の方法。
〔715〕
前記複数のバーコード付き標的の前記シーケンシングデータを取得する前に、前記バーコード付き標的を増幅して、複数の増幅されたバーコード付き標的を生成する工程を含む、〔713〕〜〔714〕のいずれか一項に記載の方法。
〔716〕
前記バーコード付き標的を増幅して、前記複数の増幅されたバーコード付き標的を生成する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)によって前記バーコード付き標的を増幅する工程を含む、〔715〕に記載の方法。
〔717〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞の前記複数の標的にバーコードを付けて、前記複数のバーコード付き標的を生成する工程が、複数のバーコードを用いて、前記細胞の前記複数の標的にバーコードを付けて、複数のバーコード付き標的を生成する工程を含む、〔713〕〜〔716〕のいずれか一項に記載の方法。
〔718〕
細胞同定のための方法であって、
第1の複数の細胞および第2の複数の細胞の各々からの1つ以上の細胞を、複数の2つの細胞同定組成物のそれぞれの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第1の複数の細胞の各々および前記第2の複数の細胞の各々が、1つ以上の抗原標的を含み、前記2つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられた抗原結合試薬を含み、前記抗原結合試薬が、前記1つ以上の抗原標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記2つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と;
2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の細胞を同定する工程と、
を含む、方法。
〔719〕
多重同定のための方法であって、
第1の複数の細胞および第2の複数の細胞の各々からの1つ以上の細胞を、複数の2つの細胞同定組成物のそれぞれの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第1の複数の細胞の各々および前記第2の複数の細胞の各々が、1つ以上の抗原標的を含み、前記2つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられた抗原結合試薬を含み、前記抗原結合試薬が、前記1つ以上の抗原標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記2つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と;
多細胞として2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の細胞を同定する工程と、
を含む、方法。
〔720〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞を、前記2つの細胞同定組成物のそれぞれと接触させる工程が、
前記第1の複数の細胞を、前記2つの細胞同定組成物の第1の細胞同定組成物と接触させる工程と;
前記第1の複数の細胞を、前記2つの細胞同定組成物の第2の細胞同定組成物と接触させる工程と、
を含む、〔718〕〜〔719〕のいずれか一項に記載の方法。
〔721〕
前記細胞同定配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔720〕のいずれか一項に記載の方法。
〔722〕
前記細胞同定配列が、25〜60ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔720〕のいずれか一項に記載の方法。
〔723〕
前記細胞同定配列が、約45ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔720〕のいずれか一項に記載の方法。
〔724〕
前記細胞同定配列が、約128ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔720〕のいずれか一項に記載の方法。
〔725〕
前記細胞同定配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔720〕のいずれか一項に記載の方法。
〔726〕
前記細胞同定配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔720〕のいずれか一項に記載の方法。
〔727〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔722〕のいずれか一項に記載の方法。
〔728〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔722〕のいずれか一項に記載の方法。
〔729〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔725〕のいずれか一項に記載の方法。
〔730〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔725〕のいずれか一項に記載の方法。
〔731〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔718〕〜〔726〕のいずれか一項に記載の方法。
〔732〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔726〕のいずれか一項に記載の方法。
〔733〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも10の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔718〕〜〔732〕のいずれか一項に記載の方法。
〔734〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも100の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔718〕〜〔732〕のいずれか一項に記載の方法。
〔735〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも1000の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔718〕〜〔732〕のいずれか一項に記載の方法。
〔736〕
前記抗原結合試薬が、抗体、四量体、アプタマー、タンパク質骨格、またはそれらの組合せを含む、〔718〕〜〔735〕のいずれか一項に記載の方法。
〔737〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記抗原結合試薬に結合される、〔718〕〜〔736〕のいずれか一項に記載の方法。
〔738〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔737〕に記載の方法。
〔739〕
前記リンカーが化学基を含む、〔737〕〜〔738〕のいずれか一項に記載の方法。
〔740〕
前記化学基が、前記抗原結合試薬に可逆的にまたは不可逆的に結合される、〔739〕に記載の方法。
〔741〕
前記化学基が、UV光切断性基、ジスルフィド結合、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔739〕〜〔740〕のいずれか一項に記載の方法。
〔742〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の少なくとも1つが、単一細胞を含む、〔718〕〜〔741〕のいずれか一項に記載の方法。
〔743〕
前記1つ以上の抗原標的の少なくとも1つが、細胞表面上で発現される、〔742〕に記載の方法。
〔744〕
前記2つの細胞同定組成物の結合されていない細胞同定組成物を除去する工程を含む、〔718〕〜〔743〕のいずれか一項に記載の方法。
〔745〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の細胞を、洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔744〕に記載の方法。
〔746〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、フローサイトメトリーを用いて、前記2つの細胞同定組成物の少なくとも1つの抗原結合試薬に結合された細胞を選択する工程を含む、〔744〕に記載の方法。
〔747〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞のうちの1つ以上の細胞を溶解する工程を含む、〔718〕〜〔746〕のいずれか一項に記載の方法。
〔748〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記抗原結合試薬から切り離し可能または切り離し不可能であるように構成される、〔718〕〜〔747〕のいずれか一項に記載の方法。
〔749〕
前記抗原結合試薬から前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔718〕〜〔748〕のいずれか一項に記載の方法。
〔750〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程が、UV光切断、化学的処理、加熱、酵素処理、またはそれらの任意の組合せによって、前記抗原結合試薬から前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔749〕に記載の方法。
〔751〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記1つ以上の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔718〕〜〔750〕のいずれか一項に記載の方法。
〔752〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔718〕〜〔750〕のいずれか一項に記載の方法。
〔753〕
前記種が非哺乳動物種である、〔752〕に記載の方法。
〔754〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔753〕に記載の方法。
〔755〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔754〕に記載の方法。
〔756〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の少なくとも1つが、腫瘍細胞または非腫瘍細胞を含む、〔718〕〜〔755〕のいずれか一項に記載の方法。
〔757〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の少なくとも1つが、哺乳動物細胞、細菌細胞、ウイルス細胞、酵母細胞、真菌細胞、またはそれらの任意の組合せを含む、〔718〕〜〔756〕のいずれか一項に記載の方法。
〔758〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記細胞同定オリゴヌクレオチドの前記配列を捕捉するように構成された捕捉配列に相補的な配列を含む、〔718〕〜〔757〕のいずれか一項に記載の方法。
〔759〕
前記バーコードが、前記捕捉配列を含む標的結合領域を含む、〔758〕に記載の方法。
〔760〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔759〕に記載の方法。
〔761〕
前記捕捉配列に相補的な前記細胞同定オリゴヌクレオチドの前記配列が、ポリ(dA)領域を含む、〔758〕〜〔760〕のいずれか一項に記載の方法。
〔762〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、バーコード配列を含む、〔758〕〜〔761〕のいずれか一項に記載の方法。
〔763〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔758〕〜〔762〕のいずれか一項に記載の方法。
〔764〕
前記タンパク質標的が、炭水化物、脂質、タンパク質、細胞外タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、細胞内タンパク質またはそれらの任意の組合せを含む、〔718〕〜〔763〕のいずれか一項に記載の方法。
〔765〕
前記タンパク質標的が、10〜100の異なるタンパク質標的を含む群から選択される、〔718〕〜〔764〕のいずれか一項に記載の方法。
〔766〕
前記タンパク質結合試薬が、同一の配列を有する2つ以上の細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔718〕〜〔765〕のいずれか一項に記載の方法。
〔767〕
前記タンパク質結合試薬が、異なる細胞同定配列を有する2つ以上の細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔718〕〜〔765〕のいずれか一項に記載の方法。
〔768〕
前記複数の細胞同定組成物の前記細胞同定組成物が、前記細胞同定オリゴヌクレオチドと結合されない第2のタンパク質結合試薬を含む、〔718〕〜〔767〕のいずれか一項に記載の方法。
〔769〕
前記タンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が同一である、〔768〕に記載の方法。
〔770〕
前記タンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔718〕〜〔769〕のいずれか一項に記載の方法。
〔771〕
2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記1つ以上の細胞を同定する工程が、
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
得られた前記シーケンシングデータ中の2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の細胞標識配列を同定する工程と、
を含む、〔718〕〜〔770〕のいずれか一項に記載の方法。
〔772〕
得られた前記シーケンシングデータから、2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記1つ以上の細胞標識配列に関連付けられた前記シーケンシングデータを除去する工程を含む、〔771〕に記載の方法。
〔773〕
その後の分析から、前記2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記1つ以上の細胞標識配列に関連付けられた前記シーケンシングデータを除外する工程を含む、〔771〕に記載の方法。
〔774〕
前記複数のバーコードのバーコードが、標的結合領域およびバーコード配列を含み、
前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードのバーコード配列が、異なる分子標識配列を含む、〔718〕〜〔770〕のいずれか一項に記載の方法。
〔775〕
前記バーコードが、細胞標識配列、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔774〕に記載の方法。
〔776〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔771〕〜〔775〕のいずれか一項に記載の方法。
〔777〕
前記複数のバーコードが、1つの粒子に関連付けられる、〔771〕〜〔776〕のいずれか一項に記載の方法。
〔778〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子上に固定される、〔777〕に記載の方法。
〔779〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子上に部分的に固定される、〔777〕に記載の方法。
〔780〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子に封入される、〔777〕に記載の方法。
〔781〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子に部分的に封入される、〔777〕に記載の方法。
〔782〕
前記粒子が崩壊性である、〔777〕〜〔781〕のいずれか一項に記載の方法。
〔783〕
前記粒子がビーズを含む、〔777〕〜〔782〕のいずれか一項に記載の方法。
〔784〕
前記粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔777〕〜〔783〕のいずれか一項に記載の方法。
〔785〕
前記粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、〔777〕〜〔784〕のいずれか一項に記載の方法。
〔786〕
前記粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔777〕〜〔785〕のいずれか一項に記載の方法。
〔787〕
前記粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔777〕〜〔786〕のいずれか一項に記載の方法。
〔788〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔777〕〜〔787〕のいずれか一項に記載の方法。
〔789〕
前記粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔777〕〜〔788〕のいずれか一項に記載の方法。
〔790〕
前記粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔777〕〜〔789〕のいずれか一項に記載の方法。
〔791〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔789〕〜〔790〕のいずれか一項に記載の方法。
〔792〕
前記粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔777〕〜〔791〕のいずれか一項に記載の方法。
〔793〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記細胞同定オリゴヌクレオチドと接触させて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と;
前記細胞同定オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔771〕〜〔792〕のいずれか一項に記載の方法。
〔794〕
前記バーコードを伸長する工程が、DNAポリメラーゼを用いて、前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔793〕に記載の方法。
〔795〕
前記バーコードを伸長する工程が、逆転写酵素を用いて、前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔793〕に記載の方法。
〔796〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔793〕〜〔795〕のいずれか一項に記載の方法。
〔797〕
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記細胞同定オリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔796〕に記載の方法。
〔798〕
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドの前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔796〕〜〔797〕のいずれか一項に記載の方法。
〔799〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記細胞同定オリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔798〕に記載の方法。
〔800〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程が、複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔771〕〜〔799〕のいずれか一項に記載の方法。
〔801〕
標識生体分子試薬を調製するのに使用するためのシステムであって、
標識生体分子試薬に対するリクエストを受信するための入力マネージャと;
複数の標識生体分子ストレージ識別子を含むデータセットを記憶するためのメモリと;
前記メモリに通信可能に連結され、前記標識生体分子試薬リクエストの前記構成要素に対応する前記データセットからの1つ以上の標識生体分子ストレージ識別子を同定するように構成される処理モジュールと;
前記同定された標識生体分子ストレージ識別子を提供するための出力マネージャと、
を含む、システム。
〔802〕
標識生体分子試薬に対する前記リクエストが、生体分子リクエストおよび標識リクエストを含む、〔801〕に記載のシステム。
〔803〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔801〕〜〔802〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔804〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔803〕に記載のシステム。
〔805〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔803〕に記載のシステム。
〔806〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔805〕に記載のシステム。
〔807〕
前記標識と結合された前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔805〕に記載のシステム。
〔808〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔807〕に記載のシステム。
〔809〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔807〕に記載のシステム。
〔810〕
前記生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔801〕〜〔809〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔811〕
前記生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔801〕〜〔809〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔812〕
前記生体分子が、少なくとも10,000の異なる生体分子から選択される、〔801〕〜〔809〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔813〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔801〕〜〔812〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔814〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔813〕に記載のシステム。
〔815〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔814〕に記載のシステム。
〔816〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔815〕に記載のシステム。
〔817〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔814〕〜〔816〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔818〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔814〕〜〔817〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔819〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔814〕〜〔818〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔820〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔813〕に記載のシステム。
〔821〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔820〕に記載のシステム。
〔822〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔820〕〜〔821〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔823〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔822〕に記載のシステム。
〔824〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔822〕に記載のシステム。
〔825〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔822〕に記載のシステム。
〔826〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔813〕〜〔825〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔827〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔826〕に記載のシステム。
〔828〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔826〕または〔827〕に記載のシステム。
〔829〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔813〕〜〔828〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔830〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔813〕〜〔829〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔831〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔813〕〜〔829〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔832〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔813〕〜〔829〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔833〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔801〕〜〔832〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔834〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔833〕に記載のシステム。
〔835〕
前記リンカーが化学基を含む、〔834〕に記載のシステム。
〔836〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔835〕に記載のシステム。
〔837〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔835〕〜〔836〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔838〕
標識生体分子試薬に対するリクエストを通信する工程であって、前記リクエストが、
標識生体分子リクエスト;ならびに
生体分子リクエストおよび標識リクエスト
のうちの1つ以上を含む工程と;
1つ以上の標識生体分子試薬を受信する工程であって、各標識生体分子試薬が、リンカーを介して標識に共有結合された生体分子を含む工程と、
を含む、方法。
〔839〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔838〕に記載の方法。
〔840〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔839〕に記載の方法。
〔841〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔839〕に記載の方法。
〔842〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔841〕に記載の方法。
〔843〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔841〕に記載の方法。
〔844〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔843〕に記載の方法。
〔845〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔843〕に記載の方法。
〔846〕
各生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔838〕〜〔845〕のいずれか一項に記載の方法。
〔847〕
各生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔838〕〜〔845〕のいずれか一項に記載の方法。
〔848〕
各生体分子が、少なくとも10,000の異なる分子から選択される、〔838〕〜〔845〕のいずれか一項に記載の方法。
〔849〕
前記1つ以上の標識生体分子試薬が、前記標識に共有結合されない1つ以上の第2の生体分子をさらに含む、〔838〕〜〔848〕のいずれか一項に記載の方法。
〔850〕
前記生体分子および前記1つ以上の第2の生体分子が同じである、〔849〕に記載の方法。
〔851〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、およびオリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔838〕〜〔850〕のいずれか一項に記載の方法。
〔852〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔851〕に記載の方法。
〔853〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔852〕に記載の方法。
〔854〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔853〕に記載の方法。
〔855〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔852〕〜〔854〕のいずれか一項に記載の方法。
〔856〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔852〕〜〔855〕のいずれか一項に記載の方法。
〔857〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔852〕〜〔856〕のいずれか一項に記載の方法。
〔858〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔851〕に記載の方法。
〔859〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔858〕に記載の方法。
〔860〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔858〕〜〔859〕のいずれか一項に記載の方法。
〔861〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔860〕に記載の方法。
〔862〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔860〕に記載の方法。
〔863〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔860〕に記載の方法。
〔864〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔858〕〜〔863〕のいずれか一項に記載の方法。
〔865〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔864〕に記載の方法。
〔866〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔864〕または〔865〕に記載の方法。
〔867〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔858〕〜〔866〕のいずれか一項に記載の方法。
〔868〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔858〕〜〔867〕のいずれか一項に記載の方法。
〔869〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔858〕〜〔867〕のいずれか一項に記載の方法。
〔870〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔858〕〜〔867〕のいずれか一項に記載の方法。
〔871〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔838〕〜〔870〕のいずれか一項に記載の方法。
〔872〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔871〕に記載の方法。
〔873〕
前記リンカーが化学基を含む、〔872〕に記載の方法。
〔874〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔873〕に記載の方法。
〔875〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔873〕〜〔874〕のいずれか一項に記載の方法。
〔876〕
標識生体分子試薬リクエストを受信するための入力マネージャ;
複数の標識生体分子ストレージ識別子を含むデータセットを記憶するためのメモリ;
前記メモリに通信可能に連結され、前記標識生体分子試薬リクエストの前記構成要素に対応する前記データセットからの1つ以上の標識生体分子ストレージ識別子を同定するように構成される処理モジュール;および
前記同定された標識生体分子ストレージ識別子を提供するための出力マネージャ
を含むシステムに、標識生体分子試薬に対するリクエストを通信する工程と;
標識に共有結合された生体分子を含む標識生体分子試薬を受信する工程と、
を含む、方法。
〔877〕
標識生体分子試薬に対する前記リクエストが、生体分子リクエストおよび標識リクエストを含む、〔876〕に記載の方法。
〔878〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔876〕〜〔877〕のいずれか一項に記載の方法。
〔879〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔878〕に記載の方法。
〔880〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔878〕に記載の方法。
〔881〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔880〕に記載の方法。
〔882〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔880〕に記載のシステム。
〔883〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔882〕に記載のシステム。
〔884〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔882〕に記載のシステム。
〔885〕
前記生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔876〕〜〔884〕のいずれか一項に記載の方法。
〔886〕
前記生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔876〕〜〔884〕のいずれか一項に記載の方法。
〔887〕
前記生体分子が、少なくとも10,000の異なる生体分子から選択される、〔876〕〜〔884〕のいずれか一項に記載の方法。
〔888〕
前記標識生体分子試薬を受信する工程が、前記標識に共有結合された前記標識生体分子および前記標識に共有結合されない1つ以上の第2の生体分子を受信する工程を含む、〔876〕〜〔887〕のいずれか一項に記載の方法。
〔889〕
前記標識生体分子および前記1つ以上の第2の生体分子が同じである、〔888〕に記載の方法。
〔890〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔876〕〜〔889〕のいずれか一項に記載の方法。
〔891〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔890〕に記載の方法。
〔892〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔891〕に記載の方法。
〔893〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔892〕に記載の方法。
〔894〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔891〕〜〔893〕のいずれか一項に記載の方法。
〔895〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔891〕〜〔894〕のいずれか一項に記載の方法。
〔896〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔891〕〜〔895〕のいずれか一項に記載の方法。
〔897〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔890〕に記載の方法。
〔898〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔897〕に記載の方法。
〔899〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔897〕〜〔898〕のいずれか一項に記載の方法。
〔900〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔899〕に記載の方法。
〔901〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔899〕に記載の方法。
〔902〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔899〕に記載の方法。
〔903〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔897〕〜〔902〕のいずれか一項に記載の方法。
〔904〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔903〕に記載の方法。
〔905〕
前記リンカーが化学基を含む、〔903〕に記載の方法。
〔906〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔905〕に記載の方法。
〔907〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔905〕〜〔906〕のいずれか一項に記載の方法。
〔908〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔897〕〜〔907〕のいずれか一項に記載の方法。
〔909〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔908〕に記載の方法。
〔910〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔908〕または〔909〕に記載の方法。
〔911〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔897〕〜〔910〕のいずれか一項に記載の方法。
〔912〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔897〕〜〔911〕のいずれか一項に記載の方法。
〔913〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔897〕〜〔911〕のいずれか一項に記載の方法。
〔914〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔897〕〜〔911〕のいずれか一項に記載の方法。
〔915〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔876〕〜〔914〕のいずれか一項に記載の方法。
〔916〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔915〕に記載の方法。
〔917〕
前記リンカーが化学基を含む、〔916〕に記載の方法。
〔918〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔917〕に記載の方法。
〔919〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔917〕〜〔918〕のいずれか一項に記載の方法。
〔920〕
標識生体分子試薬に対するリクエストを受信する工程であって、前記リクエストが、
標識生体分子リクエスト;ならびに
生体分子リクエストおよび標識リクエスト
のうちの1つ以上を含む工程と;
活性化生体分子を、活性化標識と接触させて、前記標識生体分子試薬を生成することによって、前記標識生体分子試薬リクエストに対応する標識生体分子試薬を調製する工程と、
を含む方法であって、
前記調製する工程が、複数の活性化生体分子および複数の活性化標識を含むストレージから、活性化生体分子および活性化標識を選択する工程を含む、方法。
〔921〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔920〕に記載の方法。
〔922〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔921〕に記載の方法。
〔923〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔921〕に記載の方法。
〔924〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔923〕に記載の方法。
〔925〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔923〕に記載のシステム。
〔926〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔925〕に記載のシステム。
〔927〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔925〕に記載のシステム。
〔928〕
前記生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔920〕〜〔927〕のいずれか一項に記載の方法。
〔929〕
前記生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔920〕〜〔927〕のいずれか一項に記載の方法。
〔930〕
前記生体分子が、少なくとも10,000の異なる生体分子から選択される、〔920〕〜〔927〕のいずれか一項に記載の方法。
〔931〕
前記標識生体分子を調製する工程が、前記標識生体分子試薬リクエストに対応する前記標識生体分子試薬を調製する工程と、前記標識に関連付けられない1つ以上の第2の生体分子試薬を調製する工程と、を含む、〔920〕〜〔930〕のいずれか一項に記載の方法。
〔932〕
前記生体分子および前記1つ以上の第2の生体分子が同じである、〔931〕に記載の方法。
〔933〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔920〕〜〔932〕のいずれか一項に記載の方法。
〔934〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔933〕に記載の方法。
〔935〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔934〕に記載の方法。
〔936〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔935〕に記載の方法。
〔937〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔933〕〜〔936〕のいずれか一項に記載の方法。
〔938〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔933〕〜〔937〕のいずれか一項に記載の方法。
〔939〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔933〕〜〔938〕のいずれか一項に記載の方法。
〔940〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔933〕に記載の方法。
〔941〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔940〕に記載の方法。
〔942〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔940〕〜〔941〕のいずれか一項に記載の方法。
〔943〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔942〕に記載の方法。
〔944〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔943〕に記載の方法。
〔945〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔943〕に記載の方法。
〔946〕
前記1つ以上の標識生体分子試薬の生体分子が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔940〕〜〔945〕のいずれか一項に記載の方法。
〔947〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔940〕〜〔946〕のいずれか一項に記載の方法。
〔948〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔947〕に記載の方法。
〔949〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔947〕または〔948〕に記載の方法。
〔950〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔940〕〜〔949〕のいずれか一項に記載の方法。
〔951〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔940〕〜〔950〕のいずれか一項に記載の方法。
〔952〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔940〕〜〔950〕のいずれか一項に記載の方法。
〔953〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔940〕〜〔950〕のいずれか一項に記載の方法。
〔954〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔920〕〜〔953〕のいずれか一項に記載の方法。
〔955〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔954〕に記載の方法。
〔956〕
前記リンカーが化学基を含む、〔955〕に記載の方法。
〔957〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔956〕に記載の方法。
〔958〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔956〕〜〔957〕のいずれか一項に記載の方法。
〔959〕
標識生体分子試薬リクエストを受信する入力マネージャ;
複数の標識生体分子ストレージ識別子を含むデータセットを記憶するためのメモリ;
前記メモリに通信可能に連結され、前記標識生体分子試薬リクエストの前記構成要素に対応する前記データセットからの1つ以上の標識生体分子ストレージ識別子を同定するように構成される処理モジュール;および
出力マネージャ
を含むシステムを用いて、標識生体分子試薬に対するリクエストを受信する工程と;
前記標識生体分子試薬リクエストに対応する前記標識生体分子ストレージ識別子を同定する工程と;
前記同定された標識生体分子試薬ストレージ識別子を出力する工程と、
を含む、方法。
〔960〕
標識生体分子試薬に対する前記リクエストが、生体分子リクエストおよび標識リクエストを含む、〔959〕に記載の方法。
〔961〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔959〕〜〔960〕のいずれか一項に記載の方法。
〔962〕
前記生体分子が核酸である、〔961〕に記載の方法。
〔963〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔962〕に記載の方法。
〔964〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素、またはタンパク質結合試薬である、〔961〕に記載の方法。
〔965〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔964〕に記載の方法。
〔966〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔964〕に記載のシステム。
〔967〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔966〕に記載のシステム。
〔968〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔964〕に記載のシステム。
〔969〕
前記生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔959〕〜〔968〕のいずれか一項に記載の方法。
〔970〕
前記生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔959〕〜〔968〕のいずれか一項に記載の方法。
〔971〕
前記生体分子が、少なくとも10,000の異なる生体分子から選択される、〔959〕〜〔968〕のいずれか一項に記載の方法。
〔972〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、およびオリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔959〕〜〔971〕のいずれか一項に記載の方法。
〔973〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔972〕に記載の方法。
〔974〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔973〕に記載の方法。
〔975〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔974〕に記載の方法。
〔976〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔973〕〜〔975〕のいずれか一項に記載の方法。
〔977〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔973〕〜〔976〕のいずれか一項に記載の方法。
〔978〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔973〕〜〔977〕のいずれか一項に記載の方法。
〔979〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔972〕に記載の方法。
〔980〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔979〕に記載の方法。
〔981〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔980〕に記載の方法。
〔982〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔980〕に記載の方法。
〔983〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔980〕に記載の方法。
〔984〕
前記1つ以上の標識生体分子試薬の生体分子が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔979〕〜〔983〕のいずれか一項に記載の方法。
〔985〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔979〕〜〔984〕のいずれか一項に記載の方法。
〔986〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔985〕に記載の方法。
〔987〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔985〕または〔986〕に記載の方法。
〔988〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔979〕〜〔987〕のいずれか一項に記載の方法。
〔989〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔979〕〜〔988〕のいずれか一項に記載の方法。
〔990〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔979〕〜〔988〕のいずれか一項に記載の方法。
〔991〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔979〕〜〔988〕のいずれか一項に記載の方法。
〔992〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔959〕〜〔991〕のいずれか一項に記載の方法。
〔993〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔992〕に記載の方法。
〔994〕
前記リンカーが化学基を含む、〔993〕に記載の方法。
〔995〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔994〕に記載の方法。
〔996〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔994〕〜〔995〕のいずれか一項に記載の方法。
〔997〕
複数の活性化タンパク質結合試薬を含む複数の活性化生体分子と;
複数の活性化標識と;
標識生体分子試薬を調製するための試薬調製装置と、
を含むシステムであって、
前記試薬調製装置が、
同定された生体分子ストレージ識別子および標識ストレージ識別子を受信し;
前記受信された生体分子ストレージ識別子および前記標識ストレージ識別子に対応する標識生体分子試薬を生成するように構成される、システム。
〔998〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔997〕に記載のシステム。
〔999〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔998〕に記載のシステム。
〔1000〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔998〕に記載のシステム。
〔1001〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔1000〕に記載のシステム。
〔1002〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔1000〕に記載のシステム。
〔1003〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1002〕に記載のシステム。
〔1004〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔1002〕に記載のシステム。
〔1005〕
各生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔997〕〜〔1004〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1006〕
各生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔997〕〜〔1004〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1007〕
各生体分子が、少なくとも10,000の異なる生体分子から選択される、〔997〕〜〔1004〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1008〕
各活性化生体分子が、反応性リンカーを含む、〔997〕〜〔1007〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1009〕
前記システムが、100以上の異なる活性化標識を含む、〔997〕〜〔1007〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1010〕
活性化標識が、反応性リンカーを含む、〔997〕〜〔1009〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1011〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔997〕〜〔1010〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1012〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔1011〕に記載のシステム。
〔1013〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔1012〕に記載のシステム。
〔1014〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔1013〕に記載のシステム。
〔1015〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔1011〕〜〔1014〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1016〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1011〕〜〔1015〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1017〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔1011〕〜〔1016〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1018〕
前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含む、〔1011〕に記載のシステム。
〔1019〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔1018〕に記載のシステム。
〔1020〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔1018〕〜〔1019〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1021〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔1020〕に記載のシステム。
〔1022〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔1020〕に記載のシステム。
〔1023〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔1020〕に記載のシステム。
〔1024〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔1018〕〜〔1023〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1025〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔1024〕に記載のシステム。
〔1026〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔1024〕または〔1025〕に記載のシステム。
〔1027〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔1018〕〜〔1026〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1028〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される配列を有する、〔1018〕〜〔1027〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1029〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔1018〕〜〔1027〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1030〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔1018〕〜〔1027〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1031〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔997〕〜〔1030〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1032〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔1031〕に記載のシステム。
〔1033〕
前記リンカーが化学基を含む、〔1032〕に記載のシステム。
〔1034〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔1033〕に記載のシステム。
〔1035〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔1033〕〜〔1034〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1036〕
複数の活性化生体分子;および複数の活性化標識を含む、ストレージ。
〔1037〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1036〕に記載のストレージ。
〔1038〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔1037〕に記載のストレージ。
〔1039〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔1037〕に記載のストレージ。
〔1040〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔1039〕に記載のストレージ。
〔1041〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔1039〕に記載のストレージ。
〔1042〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1041〕に記載のストレージ。
〔1043〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔1041〕に記載のストレージ。
〔1044〕
各生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔1036〕〜〔1043〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1045〕
各生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔1036〕〜〔1043〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1046〕
各生体分子が、少なくとも10,000の異なる分子から選択される、〔1036〕〜〔1043〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1047〕
各活性化生体分子が、反応性リンカーを含む、〔1036〕〜〔1046〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1048〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、およびナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1036〕〜〔1047〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1049〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔1048〕に記載のストレージ。
〔1050〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔1049〕に記載のストレージ。
〔1051〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔1050〕に記載のストレージ。
〔1052〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔1048〕〜〔1051〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1053〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1048〕〜〔1052〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1054〕
前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含む、〔1048〕に記載のストレージ。
〔1055〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔1054〕に記載のストレージ。
〔1056〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔1054〕〜〔1055〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1057〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔1056〕に記載のストレージ。
〔1058〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔1056〕に記載のストレージ。
〔1059〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔1056〕に記載のストレージ。
〔1060〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔1054〕〜〔1059〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1061〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔1060〕に記載のストレージ。
〔1062〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔1060〕または〔1061〕に記載のストレージ。
〔1063〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔1054〕〜〔1062〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1064〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔1054〕〜〔1063〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1065〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔1054〕〜〔1063〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1066〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔1054〕〜〔1063〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1067〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔1036〕〜〔1066〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1068〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔1067〕に記載のストレージ。
〔1069〕
前記リンカーが化学基を含む、〔1068〕に記載のストレージ。
〔1070〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔1069〕に記載のストレージ。
〔1071〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔1069〕〜〔1070〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1072〕
標識生体分子試薬に対するリクエストを受信するための入力モジュールと;
試薬調製装置と;
包装された標識生体分子を出力するための分配モジュールと、
を含む標識生体分子試薬分配システム。
〔1073〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1072〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1074〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔1073〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1075〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔1073〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1076〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔1075〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1077〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔1075〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1078〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1077〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1079〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔1077〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1080〕
各生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔1072〕〜〔1079〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1081〕
各生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔1072〕〜〔1079〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1082〕
各生体分子が、少なくとも10,000の異なる分子から選択される、〔1072〕〜〔1079〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1083〕
各活性化生体分子が、反応性リンカーを含む、〔1072〕〜〔1082〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1084〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、およびオリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1072〕〜〔1083〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1085〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔1084に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1086〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔1085〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1087〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔1086〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1088〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔1084〕〜〔1087〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1089〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1084〕〜〔1088〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1090〕
前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含む、〔1084〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1091〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔1090〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1092〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔1090〕〜〔1091〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1093〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔1092〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1094〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔1092〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1095〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔1092〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1096〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔1090〕〜〔1095〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム生体分子試薬分配システム。
〔1097〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔1096〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1098〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔1096〕または〔1097〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1099〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔1090〕〜〔1098〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1100〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔1090〕〜〔1099〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1101〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔1090〕〜〔1099〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1102〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔1090〕〜〔1099〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1103〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔1072〕〜〔1102〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1104〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔1103〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1105〕
前記リンカーが化学基を含む、〔1104〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1106〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔1105〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1107〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔1105〕〜〔1106〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
なお、本発明としては、以下の態様も好ましい。
〔1〕
オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、タンパク質標的に特異的に結合することが可能である、複数の組成物。
〔2〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔1〕に記載の複数の組成物。
〔3〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔1〕または〔2〕に記載の複数の組成物。
〔4〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔3〕に記載の複数の組成物。
〔5〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔3〕に記載の複数の組成物。
〔6〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔3〕に記載の複数の組成物。
〔7〕
複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔1〕〜〔6〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔8〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔1〕〜〔7〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔9〕
前記リンカーが化学基を含む、〔8〕に記載の複数の組成物。
〔10〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔8〕に記載の複数の組成物。
〔11〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔9〕または〔10〕に記載の複数の組成物。
〔12〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔8〕〜〔11〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔13〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔1〕〜〔12〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔14〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔13〕に記載の複数の組成物。
〔15〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔13〕または〔14〕に記載の複数の組成物。
〔16〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔1〕〜〔15〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔17〕
少なくとも100の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔1〕〜〔16〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔18〕
少なくとも1,000の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔1〕〜〔16〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔19〕
少なくとも10,000の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔1〜16のいずれか一項に複数の組成物。
〔20〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも10の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも1つのバーコード配列を含む1つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔17〕〜〔19〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔21〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも100の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも1つのバーコード配列を含む1つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔17〕〜〔19〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔22〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも1つのバーコード配列を含む1つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔17〕〜〔19〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔23〕
前記複数の組成物が、前記オリゴヌクレオチドと結合されない1つ以上の第2のタンパク質結合試薬をさらに含む、〔1〕〜〔22〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔24〕
前記タンパク質結合試薬および前記1つ以上の第2のタンパク質結合試薬が同じである、〔23〕に記載の複数の組成物。
〔25〕
複数のタンパク質標的に特異的に結合することが可能である、〔1〕〜〔24〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔26〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔25〕に記載の複数の組成物。
〔27〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔25〕に記載の複数の組成物。
〔28〕
サンプル中の複数のタンパク質標的の定量分析の方法であって、
複数のタンパク質標的を含むサンプルを提供する工程と;
オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、複数の組成物を提供する工程と;
前記複数のタンパク質標的との特異的結合のために、前記複数の組成物を前記サンプルと接触させる工程と;
結合されていない組成物を除去する工程と;
複数のオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程であって、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する工程と;
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブを、前記複数の組成物の前記オリゴヌクレオチドと接触させる工程と;
前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長して、複数の標識核酸を生成する工程であって、前記標識核酸の各々が、一意識別子およびバーコード配列を含む工程と;
各一意識別子のためのユニークバーコード配列の数を決定し、
それによって、前記サンプル中の各タンパク質標的の量が決定される工程と、
を含む、方法。
〔29〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔28〕に記載の方法。
〔30〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔28〕または〔29〕に記載の方法。
〔31〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔30〕に記載の方法。
〔32〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔30〕に記載の方法。
〔33〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔30〕に記載の方法。
〔34〕
前記複数の組成物が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔28〕〜〔33〕のいずれか一項に記載の方法。
〔35〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔28〕〜〔34〕のいずれか一項に記載の方法。
〔36〕
前記リンカーが化学基を含む、〔35〕に記載の方法。
〔37〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔35〕に記載の方法。
〔38〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔36〕または〔37〕に記載の方法。
〔39〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔35〕〜〔38〕のいずれか一項に記載の方法。
〔40〕
前記サンプルが単一細胞を含む、〔28〕〜〔39〕のいずれか一項に記載の方法。
〔41〕
前記複数のタンパク質標的が、前記単一細胞の表面上で発現される、〔40〕に記載の方法。
〔42〕
前記結合されていない組成物を除去する工程が、前記単一細胞を洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔40〕または〔41〕に記載の方法。
〔43〕
前記単一細胞を溶解する工程を含む、〔42〕に記載の方法。
〔44〕
前記タンパク質結合試薬から前記オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔28〕〜〔43〕のいずれか一項に記載の方法。
〔45〕
前記オリゴヌクレオチドが、UV光切断、化学的処理(ジチオスレイトール)、加熱、酵素処理、またはそれらの任意の組合せによって、前記タンパク質結合試薬から切り離される、〔44〕に記載の方法。
〔46〕
前記オリゴヌクレオチドプローブの各々が、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔28〕〜〔45〕のいずれか一項に記載の方法。
〔47〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)を含む、〔28〕〜〔46〕のいずれか一項に記載の方法。
〔48〕
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブが、固体担体上に固定される、〔28〕〜〔47〕のいずれか一項に記載の方法。
〔49〕
前記固体担体がビーズである、〔48〕に記載の方法。
〔50〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数の標識核酸を増幅する工程をさらに含む、〔28〕〜〔49〕のいずれか一項に記載の方法。
〔51〕
前記増幅が、前記バーコード配列の少なくとも一部、および前記一意識別子の少なくとも一部のPCR増幅を含む、〔50〕に記載の方法。
〔52〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも100のユニークバーコード配列を含む、〔28〕〜〔51〕のいずれか一項に記載の方法。
〔53〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも1,000のユニークバーコード配列を含む、〔28〕〜〔51〕のいずれか一項に記載の方法。
〔54〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも10,000のユニークバーコード配列を含む、〔28〕〜〔51〕のいずれか一項に記載の方法。
〔55〕
前記複数の組成物が、前記オリゴヌクレオチドと結合されない1つ以上の第2のタンパク質結合試薬をさらに含む、〔28〕〜〔54〕のいずれか一項に記載の方法。
〔56〕
前記タンパク質結合試薬および前記1つ以上の第2のタンパク質結合試薬が同じである、〔55〕に記載の方法。
〔57〕
前記複数のアンプリコンをシーケンシングする工程をさらに含む、〔50〕〜〔54〕のいずれか一項に記載の方法。
〔58〕
前記シーケンシングが、前記バーコード配列の少なくとも一部、および前記一意識別子の少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔57〕に記載の方法。
〔59〕
サンプル中の複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子の同時の定量分析の方法であって、
複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子を含むサンプルを提供する工程と;
オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、複数の組成物を提供する工程と;
前記複数のタンパク質標的との特異的結合のために、前記複数の組成物を前記サンプルと接触させる工程と;
結合されていない組成物を除去する工程と;
複数のオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程であって、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する工程と;
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブを、ハイブリダイゼーションのために、前記組成物の前記オリゴヌクレオチドおよび前記複数の核酸標的分子と接触させる工程と;
前記オリゴヌクレオチドおよび核酸標的分子にハイブリダイズされた前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長して、複数の標識核酸を生成する工程であって、前記標識核酸の各々が、一意識別子または核酸標的分子、およびバーコード配列を含む工程と;
各一意識別子および各核酸標的分子のためのユニークバーコード配列の数を決定し、
それによって、前記サンプル中の各タンパク質標的および各核酸標的分子の量が決定される工程と、
を含む、方法。
〔60〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔59〕に記載の方法。
〔61〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔59〕または〔60〕に記載の方法。
〔62〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔61〕に記載の方法。
〔63〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔61〕に記載の方法。
〔64〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔61〕に記載の方法。
〔65〕
前記複数の組成物が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔59〕〜〔64〕のいずれか一項に記載の方法。
〔66〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔59〕〜〔65〕のいずれか一項に記載の方法。
〔67〕
前記リンカーが化学基を含む、〔66〕に記載の方法。
〔68〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔66〕に記載の方法。
〔69〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔67〕または〔68〕に記載の方法。
〔70〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔67〕〜〔69〕のいずれか一項に記載の方法。
〔71〕
前記サンプルが単一細胞を含む、〔59〕〜〔70〕のいずれか一項に記載の方法。
〔72〕
前記複数のタンパク質標的が、前記単一細胞の表面上で発現される、〔71〕に記載の方法。
〔73〕
前記結合されていない組成物を除去する工程が、前記単一細胞を洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔71〕または〔72〕に記載の方法。
〔74〕
前記単一細胞を溶解する工程を含む、〔73〕に記載の方法。
〔75〕
前記タンパク質結合試薬から前記オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔59〕〜〔74〕のいずれか一項に記載の方法。
〔76〕
前記オリゴヌクレオチドが、UV光切断、化学的処理(ジチオスレイトール)、加熱、酵素処理、またはそれらの任意の組合せによって、前記タンパク質結合試薬から切り離される、〔75〕に記載の方法。
〔77〕
前記オリゴヌクレオチドプローブの各々が、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔59〕〜〔76〕のいずれか一項に記載の方法。
〔78〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)を含む、〔59〕〜〔77〕のいずれか一項に記載の方法。
〔79〕
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブが、固体担体上に固定される、〔59〕〜〔78〕のいずれか一項に記載の方法。
〔80〕
前記固体担体がビーズである、〔79〕に記載の方法。
〔81〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数の標識核酸を増幅する工程をさらに含む、〔59〕〜〔80〕のいずれか一項に記載の方法。
〔82〕
前記増幅が、前記バーコード配列の少なくとも一部、前記一意識別子の少なくとも一部、および前記核酸標的分子の少なくとも一部のPCR増幅を含む、〔81〕に記載の方法。
〔83〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも100のユニークバーコード配列を含む、〔59〕〜〔82〕のいずれか一項に記載の方法。
〔84〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも1,000のユニークバーコード配列を含む、〔59〕〜〔82〕のいずれか一項に記載の方法。
〔85〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも10,000のユニークバーコード配列を含む、〔59〕〜〔82〕のいずれか一項に記載の方法。
〔86〕
前記複数の組成物が、前記オリゴヌクレオチドと結合されない1つ以上の第2のタンパク質結合試薬をさらに含む、〔59〕〜〔85〕のいずれか一項に記載の方法。
〔87〕
前記タンパク質結合試薬および前記1つ以上の第2のタンパク質結合試薬が同じである、〔86〕に記載の方法。
〔88〕
前記複数のアンプリコンをシーケンシングする工程をさらに含む、〔81〕〜〔87〕のいずれか一項に記載の方法。
〔89〕
前記シーケンシングが、前記バーコード配列の少なくとも一部、前記一意識別子の少なくとも一部、および前記核酸標的分子の少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔88〕に記載の方法。
〔90〕
サンプル中の複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子の同時の定量分析のためのキットであって、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、タンパク質標的に特異的に結合することが可能である、複数の組成物と、複数のオリゴヌクレオチドプローブと、を含み、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する、キット。
〔91〕
サンプル中の複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子の同時の定量分析のためのキットであって、オリゴヌクレオチドと各々が結合された2つ以上のタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記2つ以上のタンパク質結合試薬のうちの1つのための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、タンパク質標的に特異的に結合することが可能である、複数の組成物と、複数のオリゴヌクレオチドプローブと、を含み、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する、キット。
〔92〕
サンプル中の複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子の同時の定量分析のためのキットであって、オリゴヌクレオチドと各々が結合された2つ以上のタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、タンパク質標的に特異的に結合することが可能である、複数の組成物と、複数のオリゴヌクレオチドプローブと、を含み、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する、キット。
〔93〕
前記オリゴヌクレオチドプローブの各々が、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔90〕〜〔92〕のいずれか一項に記載のキット。
〔94〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)を含む、〔90〕〜〔93〕のいずれか一項に記載のキット。
〔95〕
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブが、固体担体上に固定される、〔90〕〜〔94〕のいずれか一項に記載のキット。
〔96〕
前記固体担体がビーズである、〔95〕に記載のキット。
〔97〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも100のユニークバーコード配列を含む、〔90〕〜〔96〕のいずれか一項に記載のキット。
〔98〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも1,000のユニークバーコード配列を含む、〔90〕〜〔96〕のいずれか一項に記載のキット。
〔99〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも10,000のユニークバーコード配列を含む、〔90〕〜〔96〕のいずれか一項に記載のキット。
〔100〕
少なくとも1,000のオリゴヌクレオチドプローブを含む、〔90〕〜〔99〕のいずれか一項に記載のキット。
〔101〕
少なくとも10,000のオリゴヌクレオチドプローブを含む、〔90〕〜〔99〕のいずれか一項に記載のキット。
〔102〕
少なくとも100,000のオリゴヌクレオチドプローブを含む、〔90〕〜〔99〕のいずれか一項に記載のキット。
〔103〕
少なくとも1,000,000のオリゴヌクレオチドプローブを含む、〔90〕〜〔99〕のいずれか一項に記載のキット。
〔104〕
前記一意識別子が、25〜45のヌクレオチドを含む、〔90〕〜〔103〕のいずれか一項に記載のキット。
〔105〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔90〕〜〔104〕のいずれか一項に記載のキット。
〔106〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔105〕に記載のキット。
〔107〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔105〕に記載のキット。
〔108〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔105〕に記載のキット。
〔109〕
前記複数の組成物が、前記オリゴヌクレオチドと結合されない1つ以上の第2のタンパク質結合試薬をさらに含む、〔90〕〜〔108〕のいずれか一項に記載のキット。
〔110〕
前記タンパク質結合試薬および前記1つ以上の第2のタンパク質結合試薬が同じである、〔109〕に記載のキット。
〔111〕
前記複数の組成物が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔90〕〜〔110〕のいずれか一項に記載のキット。
〔112〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔90〕〜〔111〕のいずれか一項に記載のキット。
〔113〕
前記リンカーが化学基を含む、〔112〕に記載のキット。
〔114〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔112〕に記載のキット。
〔115〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔113〕または〔114〕に記載のキット。
〔116〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔112〕〜〔115〕のいずれか一項に記載のキット。
〔117〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔90〕〜〔116〕のいずれか一項に記載のキット。
〔118〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔117〕に記載のキット。
〔119〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔117〕または〔118〕に記載のキット。
〔120〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔90〕〜〔119〕のいずれか一項に記載のキット。
〔121〕
少なくとも100の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔90〕〜〔120〕のいずれか一項に記載のキット。
〔122〕
少なくとも1,000の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔90〕〜〔120〕のいずれか一項に記載のキット。
〔123〕
少なくとも10,000の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔90〕〜〔120〕のいずれか一項に記載のキット。
〔124〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも10の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも1つのバーコード配列を含む1つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔121〕〜〔123〕のいずれか一項に記載のキット。
〔125〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも100の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも1つのバーコード配列を含む1つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔121〕〜〔123〕のいずれか一項に記載のキット。
〔126〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも1つのバーコード配列を含む1つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔121〕〜〔123〕のいずれか一項に記載のキット。
〔127〕
複数のタンパク質標的に特異的に結合することが可能である、〔90〕〜〔126〕のいずれか一項に記載のキット。
〔128〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔127〕に記載のキット。
〔129〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔127〕に記載のキット。
〔130〕
サンプル中のバイオマーカーを同定する方法であって、
複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子を含むサンプルを提供する工程と;
オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、複数の組成物を提供する工程と;
前記複数のタンパク質標的との特異的結合のために、前記複数の組成物を前記サンプルと接触させる工程と;
結合されていない組成物を除去する工程と;
複数のオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程であって、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する工程と;
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブを、ハイブリダイゼーションのために、前記組成物の前記オリゴヌクレオチドおよび前記複数の核酸標的分子と接触させる工程と;
前記オリゴヌクレオチドおよび核酸標的分子にハイブリダイズされた前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長して、複数の標識核酸を生成する工程であって、前記標識核酸の各々が、一意識別子または核酸標的分子、およびバーコード配列を含む工程と;
各一意識別子および各核酸標的分子のためのユニークバーコード配列の数を決定する工程と;
タンパク質標的の量または核酸標的分子の量を用いて、バイオマーカーを同定する工程と、
を含む、方法。
〔131〕
少なくとも1つのタンパク質標的および少なくとも1つの核酸標的分子の量を決定する工程を含む、〔130〕に記載の方法。
〔132〕
少なくとも1つのタンパク質標的およびその対応する核酸標的分子の量を比較する工程を含む、〔130〕に記載の方法。
〔133〕
タンパク質標的の量が、その対応する核酸標的分子より多い場合、バイオマーカーを同定する工程を含む、〔132〕に記載の方法。
〔134〕
タンパク質標的の量が、その対応する核酸標的分子より少なくとも10倍多い場合、バイオマーカーを同定する工程を含む、〔132〕に記載の方法。
〔135〕
タンパク質標的の対応する核酸標的分子の量が10未満である場合、バイオマーカーを同定する工程を含む、〔132〕に記載の方法。
〔136〕
タンパク質標的の対応する核酸標的分子の量が0である場合、バイオマーカーを同定する工程を含む、〔132〕に記載の方法。
〔137〕
コントロール粒子に関連付けられた複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドを含むコントロール粒子組成物であって、
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの各々が、コントロールバーコード配列およびポリ(dA)領域を含む、コントロール粒子組成物。
〔138〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔137〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔139〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔138〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔140〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔138〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔141〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔138〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔142〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔138〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔143〕
前記コントロールバーコード配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔138〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔144〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔140〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔145〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔140〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔146〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔142〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔147〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔142〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔148〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔137〕〜〔143〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔149〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔137〕〜〔143〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔150〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも5つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔137〕〜〔149〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔151〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約10の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔137〕〜〔149〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔152〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約100の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔137〕〜〔149〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔153〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約1000の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔137〕〜〔149〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔154〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも3つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔137〕〜〔153〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔155〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも5つが、異なる配列を含む、〔137〕〜〔153〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔156〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも10個が、異なる配列を含む、〔137〕〜〔153〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔157〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも100個が、異なる配列を含む、〔137〕〜〔153〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔158〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、
第1のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
第2のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
を含み、
前記第1のコントロールバーコード配列および前記第2のコントロールバーコード配列が、異なる配列を有する、〔137〕〜〔157〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔159〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数がほぼ同じである、〔158〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔160〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が異なる、〔158〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔161〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも2倍多い、〔160〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔162〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも10倍多い、〔160〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔163〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より約100倍多い、〔160〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔164〕
前記コントロールバーコード配列が、1つの種のゲノム配列に対して相同でない、〔137〕〜〔163〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔165〕
前記コントロールバーコード配列が、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔137〕〜〔163〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔166〕
前記種が非哺乳動物種である、〔165〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔167〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔166〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔168〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔167〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔169〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、バーコード配列を含む、〔137〕〜〔168〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔170〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔137〕〜〔169〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔171〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、リンカーを介して前記コントロール粒子に関連付けられる、〔137〕〜〔170〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔172〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、前記リンカーを含む、〔171〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔173〕
前記リンカーが化学基を含む、〔171〕〜〔172〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔174〕
前記化学基が、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つに可逆的に結合される、〔173〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔175〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔173〕〜〔174〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔176〕
前記コントロール粒子の直径が、約1〜1000マイクロメートルである、〔137〕〜〔175〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔177〕
前記コントロール粒子の直径が、約10〜100マイクロメートルである、〔137〕〜〔175〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔178〕
前記コントロール粒子の直径が、約7.5マイクロメートルである、〔137〕〜〔175〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔179〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に固定される、〔137〕〜〔178〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔180〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に部分的に固定される、〔137〕〜〔178〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔181〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に封入される、〔137〕〜〔178〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔182〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に部分的に封入される、〔137〕〜〔178〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔183〕
前記コントロール粒子が崩壊性である、〔137〕〜〔182〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔184〕
前記コントロール粒子が、ビーズを含む、〔137〕〜〔183〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔185〕
前記コントロール粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔137〕〜〔184〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔186〕
前記コントロール粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔137〕〜〔185〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔187〕
前記コントロール粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔137〕〜〔186〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔188〕
前記コントロール粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔137〕〜〔187〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔189〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔137〕〜〔188〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔190〕
前記コントロール粒子が、複数の第1のタンパク質結合試薬に関連付けられ、
前記複数の第1のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの1つに関連付けられる、〔137〕〜〔189〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔191〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、第1の抗体を含む、〔190〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔192〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第1のタンパク質結合試薬に結合される、〔190〕〜〔191〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔193〕
前記第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔192〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔194〕
前記リンカーが化学基を含む、〔192〕〜〔193〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔195〕
前記化学基が、前記第1のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔194〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔196〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔194〕〜〔195〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔197〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの2つ以上に関連付けられる、〔190〕〜〔196〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔198〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、異なるコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの2つ以上に関連付けられる、〔190〕〜〔197〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔199〕
前記複数の第1のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドのいずれかに関連付けられない、〔190〕〜〔198〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔200〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた前記第1のタンパク質結合試薬およびいずれのコントロール粒子オリゴヌクレオチドにも関連付けられない前記第1のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔199〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔201〕
前記コントロール粒子が、複数の第2のタンパク質結合試薬に関連付けられる、〔190〕〜〔200〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔202〕
前記複数の第2のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの1つに関連付けられる、〔201〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔203〕
前記第1のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドおよび前記第2のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔202〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔204〕
前記第1のタンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔202〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔205〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、パートナー結合試薬に関連付けられ、前記第1のタンパク質結合試薬が、前記パートナー結合試薬を用いて前記コントロール粒子に関連付けられる、〔190〕〜〔204〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔206〕
前記パートナー結合試薬が、パートナー抗体を含む、〔205〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔207〕
前記パートナー抗体が、抗ネコ抗体、抗ニワトリ抗体、抗ウシ抗体、抗イヌ抗体、抗ロバ抗体、抗ヤギ抗体、抗モルモット抗体、抗ハムスター抗体、抗ウマ抗体、抗ヒト抗体、抗ラマ抗体、抗サル抗体、抗マウス抗体、抗ブタ抗体、抗ウサギ抗体、抗ラット抗体、抗ヒツジ抗体、またはそれらの組合せを含む、〔206〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔208〕
前記パートナー抗体が、免疫グロブリンG(IgG)、F(ab’)フラグメント、F(ab’) 2 フラグメント、それらの組合せ、またはそれらのフラグメントを含む、〔206〕〜〔207〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔209〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔190〕〜〔208〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔210〕
前記第2のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔190〕〜〔209〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔211〕
標的の数を決定するための方法であって、
複数のバーコードを用いて、複数の細胞のうちの1つの細胞の複数の標的および複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き標的および複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含み、
コントロール粒子組成物が、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられたコントロール粒子を含み、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの各々が、コントロールバーコード配列、および前記複数のバーコードの少なくとも1つの前記標的結合領域に実質的に相補的な配列を含む擬似標的領域を含む工程と;
前記複数のバーコード付き標的および前記複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
前記シーケンシングデータ中の前記コントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程と;
前記複数の標的の少なくとも1つの標的について:
前記シーケンシングデータ中の前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程と;
前記標的の数を推定する工程であって、推定された前記標的の数が、カウントされた前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数および前記コントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数と相関する工程と、
を含む、方法。
〔212〕
前記擬似標的領域が、ポリ(dA)領域を含む、〔211〕に記載の方法。
〔213〕
前記擬似標的領域が、前記標的の部分配列を含む、〔211〕〜〔212〕のいずれか一項に記載の方法。
〔214〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔213〕のいずれか一項に記載の方法。
〔215〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔213〕のいずれか一項に記載の方法。
〔216〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔213〕のいずれか一項に記載の方法。
〔217〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔213〕のいずれか一項に記載の方法。
〔218〕
前記コントロールバーコード配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔213〕のいずれか一項に記載の方法。
〔219〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔215〕のいずれか一項に記載の方法。
〔220〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔215〕のいずれか一項に記載の方法。
〔221〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔217〕のいずれか一項に記載の方法。
〔222〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔217〕のいずれか一項に記載の方法。
〔223〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔211〕〜〔218〕のいずれか一項に記載の方法。
〔224〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔211〕〜〔218〕のいずれか一項に記載の方法。
〔225〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも5つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔211〕〜〔224〕のいずれか一項に記載の方法。
〔226〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約10の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔211〕〜〔224〕のいずれか一項に記載の方法。
〔227〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約100の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔211〕〜〔224〕のいずれか一項に記載の方法。
〔228〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約1000の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔211〕〜〔224〕のいずれか一項に記載の方法。
〔229〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも3つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔211〕〜〔228〕のいずれか一項に記載の方法。
〔230〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも5つが、異なる配列を含む、〔211〕〜〔228〕のいずれか一項に記載の方法。
〔231〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも10個が、異なる配列を含む、〔211〕〜〔228〕のいずれか一項に記載の方法。
〔232〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも100個が、異なる配列を含む、〔211〕〜〔228〕のいずれか一項に記載の方法。
〔233〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、
第1のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
第2のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
を含み、
前記第1のコントロールバーコード配列および前記第2のコントロールバーコード配列が、異なる配列を有する、〔211〕〜〔232〕のいずれか一項に記載の方法。
〔234〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数がほぼ同じである、〔233〕に記載の方法。
〔235〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が異なる、〔233〕のいずれか一項に記載の方法。
〔236〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも2倍多い、〔235〕に記載の方法。
〔237〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも10倍多い、〔235〕に記載の方法。
〔238〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも100倍多い、〔235〕に記載の方法。
〔239〕
前記シーケンシングデータ中の前記コントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程が、
前記シーケンシングデータ中の前記第1のコントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程と;
前記シーケンシングデータ中の前記第2のコントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程と、
を含む、〔233〕〜〔238〕のいずれか一項に記載の方法。
〔240〕
推定された前記標的の数が、
カウントされた前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、
前記第1のコントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、および
前記第2のコントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数と相関する、〔239〕に記載の方法。
〔241〕
推定された前記標的の数が、
カウントされた前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、
前記コントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、および
前記コントロールバーコード配列を含む前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数と相関する、〔211〕〜〔232〕のいずれか一項に記載の方法。
〔242〕
推定された前記標的の数が、
カウントされた前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、ならびに
前記コントロールバーコード配列を含む前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数、および
前記コントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数
の比率と相関する、〔241〕に記載の方法。
〔243〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記細胞のゲノム配列に対して相同でない、〔211〕〜〔242〕のいずれか一項に記載の方法。
〔244〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記種のゲノム配列に対して相同でない、〔211〕〜〔242〕のいずれか一項に記載の方法。
〔245〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔211〕〜〔242〕のいずれか一項に記載の方法。
〔246〕
前記種が非哺乳動物種である、〔245〕に記載の方法。
〔247〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔246〕に記載の方法。
〔248〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔247〕に記載の方法。
〔249〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記コントロール粒子に結合される、〔211〕〜〔248〕のいずれか一項に記載の方法。
〔250〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、リンカーを介して前記コントロール粒子に関連付けられる、〔249〕に記載の方法。
〔251〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、前記リンカーを含む、〔249〕〜〔250〕のいずれか一項に記載の方法。
〔252〕
前記化学基が、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つに可逆的に結合される、〔251〕に記載の方法。
〔253〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔251〕〜〔252〕のいずれか一項に記載の方法。
〔254〕
前記コントロール粒子の直径が、約1〜1000マイクロメートルである、〔211〕〜〔253〕のいずれか一項に記載の方法。
〔255〕
前記コントロール粒子の直径が、約10〜100マイクロメートルである、〔211〕〜〔253〕のいずれか一項に記載の方法。
〔256〕
前記コントロール粒子の直径が、約7.5マイクロメートルである、〔211〕〜〔253〕のいずれか一項に記載の方法。
〔257〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に固定される、〔211〕〜〔256〕のいずれか一項に記載の方法。
〔258〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に部分的に固定される、〔211〕〜〔256〕のいずれか一項に記載の方法。
〔259〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に封入される、〔211〕〜〔256〕のいずれか一項に記載の方法。
〔260〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に部分的に封入される、〔211〕〜〔256〕のいずれか一項に記載の方法。
〔261〕
前記複数の標的および前記コントロール粒子および前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける前に、前記コントロール粒子から前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つを放出する工程を含む、〔211〕〜〔260〕のいずれか一項に記載の方法。
〔262〕
前記コントロール粒子が崩壊性である、〔211〕〜〔261〕のいずれか一項に記載の方法。
〔263〕
前記コントロール粒子が、コントロール粒子ビーズを含む、〔211〕〜〔262〕のいずれか一項に記載の方法。
〔264〕
前記コントロール粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔211〕〜〔263〕のいずれか一項に記載の方法。
〔265〕
前記コントロール粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔211〕〜〔264〕のいずれか一項に記載の方法。
〔266〕
前記コントロール粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔211〕〜〔265〕のいずれか一項に記載の方法。
〔267〕
前記コントロール粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔211〕〜〔266〕のいずれか一項に記載の方法。
〔268〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔211〕〜〔267〕のいずれか一項に記載の方法。
〔269〕
前記コントロール粒子が、複数の第1のタンパク質結合試薬に関連付けられ、
前記複数の第1のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの1つに関連付けられる、〔211〕〜〔268〕のいずれか一項に記載の方法。
〔270〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、第1の抗体を含む、〔269〕に記載の方法。
〔271〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第1のタンパク質結合試薬に結合される、〔269〕〜〔270〕のいずれか一項に記載の方法。
〔272〕
前記第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔271〕に記載の方法。
〔273〕
前記リンカーが化学基を含む、〔271〕〜〔272〕のいずれか一項に記載の方法。
〔274〕
前記化学基が、前記第1のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔273〕に記載の方法。
〔275〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔273〕〜〔274〕のいずれか一項に記載の方法。
〔276〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの2つ以上に関連付けられる、〔269〕〜〔275〕のいずれか一項に記載の方法。
〔277〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、異なるコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの2つ以上に関連付けられる、〔269〕〜〔276〕のいずれか一項に記載の方法。
〔278〕
前記複数の第1のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドのいずれかに関連付けられない、〔269〕〜〔277〕のいずれか一項に記載の方法。
〔279〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた前記第1のタンパク質結合試薬およびいずれのコントロール粒子オリゴヌクレオチドにも関連付けられない前記第1のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔278〕に記載の方法。
〔280〕
前記コントロール粒子が、複数の第2のタンパク質結合試薬に関連付けられる、〔278〕〜〔279〕のいずれか一項に記載の方法。
〔281〕
前記複数の第2のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの1つに関連付けられる、〔280〕に記載の方法。
〔282〕
前記第1のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドおよび前記第2のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔281〕に記載の方法。
〔283〕
前記第1のタンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔281〕に記載の方法。
〔284〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、パートナー結合試薬に関連付けられ、前記第1のタンパク質結合試薬が、前記パートナー結合試薬を用いて前記コントロール粒子に関連付けられる、〔269〕〜〔283〕のいずれか一項に記載の方法。
〔285〕
前記パートナー結合試薬が、パートナー抗体を含む、〔284〕に記載の方法。
〔286〕
前記パートナー抗体が、抗ネコ抗体、抗ニワトリ抗体、抗ウシ抗体、抗イヌ抗体、抗ロバ抗体、抗ヤギ抗体、抗モルモット抗体、抗ハムスター抗体、抗ウマ抗体、抗ヒト抗体、抗ラマ抗体、抗サル抗体、抗マウス抗体、抗ブタ抗体、抗ウサギ抗体、抗ラット抗体、抗ヒツジ抗体、またはそれらの組合せを含む、〔285〕に記載の方法。
〔287〕
前記パートナー抗体が、免疫グロブリンG(IgG)、F(ab’)フラグメント、F(ab’) 2 フラグメント、それらの組合せ、またはそれらのフラグメントを含む、〔285〕〜〔286〕のいずれか一項に記載の方法。
〔288〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔269〕〜〔287〕のいずれか一項に記載の方法。
〔289〕
前記第2のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔269〕〜〔288〕のいずれか一項に記載の方法。
〔290〕
前記バーコードが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔211〕〜〔287〕のいずれか一項に記載の方法。
〔291〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔211〕〜〔290〕のいずれか一項に記載の方法。
〔292〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔211〕〜〔291〕のいずれか一項に記載の方法。
〔293〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔292〕に記載の方法。
〔294〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔292〕に記載の方法。
〔295〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔292〕に記載の方法。
〔296〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔292〕に記載の方法。
〔297〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔292〕〜〔296〕のいずれか一項に記載の方法。
〔298〕
前記バーコーディング粒子が、バーコーディングビーズを含む、〔292〕〜〔297〕のいずれか一項に記載の方法。
〔299〕
前記バーコーディングビーズが、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔292〕〜〔298〕のいずれか一項に記載の方法。
〔300〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔292〕〜〔299〕のいずれか一項に記載の方法。
〔301〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔292〕〜〔300〕のいずれか一項に記載の方法。
〔302〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔292〕〜〔301〕のいずれか一項に記載の方法。
〔303〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔292〕〜〔302〕のいずれか一項に記載の方法。
〔304〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔292〕〜〔303〕のいずれか一項に記載の方法。
〔305〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔292〕〜〔304〕のいずれか一項に記載の方法。
〔306〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数の標的および前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記複数の標的の標的および前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドのコントロール粒子オリゴヌクレオチドと接触させて、前記標的および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と;
前記標的および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き標的および前記複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔211〕〜〔305〕のいずれか一項に記載の方法。
〔307〕
前記バーコードを伸長する工程が、DNAポリメラーゼ、逆転写酵素、またはそれらの組合せを用いて、前記バーコードを伸長する工程を含む、〔306〕に記載の方法。
〔308〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付き標的および前記複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔211〕〜〔307〕のいずれか一項に記載の方法。
〔309〕
前記複数のバーコード付き標的および前記複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いて、
前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも一部または
前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも一部
を増幅する工程を含む、〔308〕に記載の方法。
〔310〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔308〕〜〔309〕のいずれか一項に記載の方法。
〔311〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、
前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも一部、または
前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも一部
をシーケンシングする工程を含む、〔310〕に記載の方法。
〔312〕
コントロール粒子に関連付けられた複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドを含むコントロール粒子組成物を含むキットであって、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの各々が、コントロールバーコード配列およびポリ(dA)領域を含む、キット。
〔313〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔312〕に記載のキット。
〔314〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔313〕のいずれか一項に記載のキット。
〔315〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔313〕のいずれか一項に記載のキット。
〔316〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔313〕のいずれか一項に記載のキット。
〔317〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔313〕のいずれか一項に記載のキット。
〔318〕
前記コントロールバーコード配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔313〕のいずれか一項に記載のキット。
〔319〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔315〕のいずれか一項に記載のキット。
〔320〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔315〕のいずれか一項に記載のキット。
〔321〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔317〕のいずれか一項に記載のキット。
〔322〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔317〕のいずれか一項に記載のキット。
〔323〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔312〕〜〔318〕のいずれか一項に記載のキット。
〔324〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔312〕〜〔318〕のいずれか一項に記載のキット。
〔325〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも5つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔312〕〜〔324〕のいずれか一項に記載のキット。
〔326〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約10の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔312〕〜〔324〕のいずれか一項に記載のキット。
〔327〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約100の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔312〕〜〔324〕のいずれか一項に記載のキット。
〔328〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約1000の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔312〕〜〔324〕のいずれか一項に記載のキット。
〔329〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも3つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔312〕〜〔328〕のいずれか一項に記載のキット。
〔330〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも5つが、異なる配列を含む、〔312〕〜〔328〕のいずれか一項に記載のキット。
〔331〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも10個が、異なる配列を含む、〔312〕〜〔328〕のいずれか一項に記載のキット。
〔332〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも100個が、異なる配列を含む、〔312〕〜〔328〕のいずれか一項に記載のキット。
〔333〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、
第1のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
第2のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと
を含み、
前記第1のコントロールバーコード配列および前記第2のコントロールバーコード配列が、異なる配列を有する、〔312〕〜〔332〕のいずれか一項に記載のキット。
〔334〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数がほぼ同じである、〔333〕に記載のキット。
〔335〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が異なる、〔333〕のいずれか一項に記載のキット。
〔336〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも2倍多い、〔335〕に記載のキット。
〔337〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも10倍多い、〔335〕に記載のキット。
〔338〕
前記複数の第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第2のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より約100倍多い、〔335〕に記載のキット。
〔339〕
前記コントロールバーコード配列が、1つの種のゲノム配列に対して相同でない、〔312〕〜〔338〕のいずれか一項に記載のキット。
〔340〕
前記コントロールバーコード配列が、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔312〕〜〔338〕のいずれか一項に記載のキット。
〔341〕
前記種が非哺乳動物種である、〔340〕に記載のキット。
〔342〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔341〕に記載のキット。
〔343〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔342〕に記載のキット。
〔344〕
前記第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、バーコード配列を含む、〔312〕〜〔343〕のいずれか一項に記載のキット。
〔345〕
前記第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔312〕〜〔344〕のいずれか一項に記載のキット。
〔346〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、リンカーを介して前記コントロール粒子に関連付けられる、〔312〕〜〔345〕のいずれか一項に記載のキット。
〔347〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、前記リンカーを含む、〔346〕に記載のキット。
〔348〕
前記リンカーが化学基を含む、〔346〕〜〔347〕のいずれか一項に記載のキット。
〔349〕
前記化学基が、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1つに可逆的に結合される、〔348〕に記載のキット。
〔350〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔348〕〜〔349〕のいずれか一項に記載のキット。
〔351〕
前記コントロール粒子の直径が、約1〜1000マイクロメートルである、〔312〕〜〔350〕のいずれか一項に記載のキット。
〔352〕
前記コントロール粒子の直径が、約10〜100マイクロメートルである、〔312〕〜〔350〕のいずれか一項に記載のキット。
〔353〕
前記コントロール粒子の直径が、約7.5マイクロメートルである、〔312〕〜〔350〕のいずれか一項に記載のキット。
〔354〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に固定される、〔312〕〜〔353〕のいずれか一項に記載のキット。
〔355〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に部分的に固定される、〔312〕〜〔353〕のいずれか一項に記載のキット。
〔356〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に封入される、〔312〕〜〔353〕のいずれか一項に記載のキット。
〔357〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に部分的に封入される、〔312〕〜〔353〕のいずれか一項に記載のキット。
〔358〕
前記コントロール粒子が崩壊性である、〔312〕〜〔357〕のいずれか一項に記載のキット。
〔359〕
前記コントロール粒子が、ビーズを含む、〔312〕〜〔358〕のいずれか一項に記載のキット。
〔360〕
前記ビーズが、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔359〕に記載のキット。
〔361〕
前記コントロール粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、〔312〕〜〔360〕のいずれか一項に記載のキット。
〔362〕
前記コントロール粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔312〕〜〔361〕のいずれか一項に記載のキット。
〔363〕
前記コントロール粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔312〕〜〔362〕のいずれか一項に記載のキット。
〔364〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔312〕〜〔363〕のいずれか一項に記載のキット。
〔365〕
前記コントロール粒子が、複数の第1のタンパク質結合試薬に関連付けられ、
前記複数の第1のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの1つに関連付けられる、〔312〕〜〔364〕のいずれか一項に記載のキット。
〔366〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、第1の抗体を含む、〔365〕に記載のキット。
〔367〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第1のタンパク質結合試薬に結合される、〔365〕〜〔366〕のいずれか一項に記載のキット。
〔368〕
前記第1のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔367〕に記載のキット。
〔369〕
前記リンカーが化学基を含む、〔367〕〜〔368〕のいずれか一項に記載のキット。
〔370〕
前記化学基が、前記第1のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔369〕に記載のキット。
〔371〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔369〕〜〔370〕のいずれか一項に記載のキット。
〔372〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの2つ以上に関連付けられる、〔365〕〜〔371〕のいずれか一項に記載のキット。
〔373〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、異なるコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの2つ以上に関連付けられる、〔365〕〜〔372〕のいずれか一項に記載のキット。
〔374〕
前記複数の第1のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドのいずれかに関連付けられない、〔365〕〜〔373〕のいずれか一項に記載のキット。
〔375〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた前記第1のタンパク質結合試薬およびいずれのコントロール粒子オリゴヌクレオチドにも関連付けられない前記第1のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔374〕に記載のキット。
〔376〕
前記コントロール粒子が、複数の第2のタンパク質結合試薬に関連付けられる、〔365〕〜〔375〕のいずれか一項に記載のキット。
〔377〕
前記複数の第2のタンパク質結合試薬の少なくとも1つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの1つに関連付けられる、〔376〕に記載のキット。
〔378〕
前記第1のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドおよび前記第2のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔377〕に記載のキット。
〔379〕
前記第1のタンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔377〕に記載のキット。
〔380〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、パートナー結合試薬に関連付けられ、前記第1のタンパク質結合試薬が、前記パートナー結合試薬を用いて前記コントロール粒子に関連付けられる、〔365〕〜〔375〕のいずれか一項に記載のキット。
〔381〕
前記パートナータンパク質結合試薬が、パートナー抗体を含む、〔380〕に記載のキット。
〔382〕
前記パートナー抗体が、抗ネコ抗体、抗ニワトリ抗体、抗ウシ抗体、抗イヌ抗体、抗ロバ抗体、抗ヤギ抗体、抗モルモット抗体、抗ハムスター抗体、抗ウマ抗体、抗ヒト抗体、抗ラマ抗体、抗サル抗体、抗マウス抗体、抗ブタ抗体、抗ウサギ抗体、抗ラット抗体、抗ヒツジ抗体、またはそれらの組合せを含む、〔381〕に記載のキット。
〔383〕
前記第2の抗体が、免疫グロブリンG(IgG)、F(ab’)フラグメント、F(ab’) 2 フラグメント、それらの組合せ、またはそれらのフラグメントを含む、〔381〕〜〔382〕のいずれか一項に記載のキット。
〔384〕
前記第1のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔312〕〜〔383〕のいずれか一項に記載のキット。
〔385〕
前記第2のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔312〕〜〔384〕のいずれか一項に記載のキット。
〔386〕
複数のバーコードを含む、〔312〕〜〔383〕のいずれか一項に記載のキット。
〔387〕
前記複数のバーコードのバーコードが、標的結合領域およびバーコード配列を含み、
前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードのバーコード配列が、異なる分子標識配列を含む、〔386〕に記載のキット。
〔388〕
前記バーコードが、細胞標識配列、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔387〕に記載のキット。
〔389〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔387〕〜〔388〕のいずれか一項に記載のキット。
〔390〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔386〕〜〔389〕のいずれか一項に記載のキット。
〔391〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔390〕に記載のキット。
〔392〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔390〕に記載のキット。
〔393〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔390〕に記載のキット。
〔394〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔390〕に記載のキット。
〔395〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔390〕〜〔394〕のいずれか一項に記載のキット。
〔396〕
前記バーコーディング粒子が、第2のビーズを含む、〔390〕〜〔395〕のいずれか一項に記載のキット。
〔397〕
前記バーコーディング粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔390〕〜〔396〕のいずれか一項に記載のキット。
〔398〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、〔390〕〜〔397〕のいずれか一項に記載のキット。
〔399〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔390〕〜〔398〕のいずれか一項に記載のキット。
〔400〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔390〕〜〔399〕のいずれか一項に記載のキット。
〔401〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔390〕〜〔400〕のいずれか一項に記載のキット。
〔402〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔390〕〜〔401〕のいずれか一項に記載のキット。
〔403〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔390〕〜〔402〕のいずれか一項に記載のキット。
〔404〕
DNAポリメラーゼを含む、〔306〕〜〔403〕のいずれか一項に記載のキット。
〔405〕
ポリメラーゼ鎖反応(PCR)用の試薬を含む、〔306〕〜〔404〕のいずれか一項に記載のキット。
〔406〕
シーケンシングコントロールのための方法であって、
複数の細胞の1つ以上の細胞を、複数のコントロール組成物のうちの1つのコントロール組成物と接触させる工程であって、
前記複数の細胞のうちの1つの細胞が、複数の標的および複数のタンパク質標的を含み、
前記複数のコントロール組成物の各々が、コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、前記コントロールオリゴヌクレオチドが、コントロールバーコード配列、および前記複数のバーコードの少なくとも1つの前記標的結合領域に実質的に相補的な配列を含む擬似標的領域を含む工程と;
複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも1つの特性を用いて、前記1つ以上の細胞の少なくとも1つの特性を決定する工程と、
を含む、方法。
〔407〕
前記擬似標的領域が、ポリ(dA)領域を含む、〔406〕に記載の方法。
〔408〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔407〕のいずれか一項に記載の方法。
〔409〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔407〕のいずれか一項に記載の方法。
〔410〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔407〕のいずれか一項に記載の方法。
〔411〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔407〕のいずれか一項に記載の方法。
〔412〕
前記コントロールバーコード配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔407〕のいずれか一項に記載の方法。
〔413〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔409〕のいずれか一項に記載の方法。
〔414〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔409〕のいずれか一項に記載の方法。
〔415〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔411〕のいずれか一項に記載の方法。
〔416〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔411〕のいずれか一項に記載の方法。
〔417〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔406〕〜〔412〕のいずれか一項に記載の方法。
〔418〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔406〕〜〔412〕のいずれか一項に記載の方法。
〔419〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔406〕〜〔418〕のいずれか一項に記載の方法。
〔420〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約10の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔406〕〜〔418〕のいずれか一項に記載の方法。
〔421〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約100の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔406〕〜〔418〕のいずれか一項に記載の方法。
〔422〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約1000の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔406〕〜〔418〕のいずれか一項に記載の方法。
〔423〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔406〕〜〔422〕のいずれか一項に記載の方法。
〔424〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも10個が、異なる配列を含む、〔406〕〜〔422〕のいずれか一項に記載の方法。
〔425〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも100個が、異なる配列を含む、〔406〕〜〔422〕のいずれか一項に記載の方法。
〔426〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1000個が、異なる配列を含む、〔406〕〜〔422〕のいずれか一項に記載の方法。
〔427〕
前記1つ以上の細胞の前記少なくとも1つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を決定する工程と;
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程と
を含む、〔406〕〜〔426〕のいずれか一項に記載の方法。
〔428〕
決定された前記1つ以上の細胞の数に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔427〕に記載の方法。
〔429〕
決定された前記1つ以上の細胞の数および前記複数の細胞の数の比率に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔427〕に記載の方法。
〔430〕
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドの前記特性を用いて、前記1つ以上の細胞の前記少なくとも1つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程と;
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔406〕〜〔426〕のいずれか一項に記載の方法。
〔431〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程を含む、〔430〕に記載の方法。
〔432〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程が、
最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数に関連付けられた前記シーケンシングデータ中の細胞標識の数を用いて、最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数のプロットを作成する工程と;
前記1つ以上の細胞の数として前記プロットにおけるカットオフを決定する工程と、
を含む、〔431〕に記載の方法。
〔433〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記複数の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔406〕〜〔432〕のいずれか一項に記載の方法。
〔434〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔406〕〜〔433〕のいずれか一項に記載の方法。
〔435〕
前記種が非哺乳動物種である、〔434〕に記載の方法。
〔436〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔435〕に記載の方法。
〔437〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔436〕に記載の方法。
〔438〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける前に、前記タンパク質結合試薬から前記コントロールオリゴヌクレオチドを放出する工程を含む、〔406〕〜〔433〕のいずれか一項に記載の方法。
〔439〕
前記複数のコントロール組成物の結合されていないコントロール組成物を除去する工程を含む、〔406〕〜〔438〕のいずれか一項に記載の方法。
〔440〕
前記結合されていないコントロール組成物を除去する工程が、前記複数の細胞の前記1つ以上の細胞を、洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔439〕に記載の方法。
〔441〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、フローサイトメトリーを用いて、前記コントロール組成物の少なくとも1つのタンパク質結合試薬に結合された細胞を選択する工程を含む、〔439〕に記載の方法。
〔442〕
前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つが、細胞表面上にある、〔406〕〜〔438〕のいずれか一項に記載の方法。
〔443〕
前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つが、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔406〕〜〔442〕のいずれか一項に記載の方法。
〔444〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体を含む、〔406〕〜〔443〕のいずれか一項に記載の方法。
〔445〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔406〕〜〔444〕のいずれか一項に記載の方法。
〔446〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔445〕に記載の方法。
〔447〕
前記リンカーが化学基を含む、〔445〕〜〔446〕のいずれか一項に記載の方法。
〔448〕
前記化学基が、前記第1のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔447〕に記載の方法。
〔449〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔447〕〜〔448〕のいずれか一項に記載の方法。
〔450〕
前記タンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する2つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔406〕〜〔449〕のいずれか一項に記載の方法。
〔451〕
前記タンパク質結合試薬が、異なる同一のコントロールバーコード配列を有する2つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔406〕〜〔449〕のいずれか一項に記載の方法。
〔452〕
前記複数のコントロール組成物の第2のタンパク質結合試薬は、前記コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられない、〔406〕〜〔451〕のいずれか一項に記載の方法。
〔453〕
前記タンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が同一である、〔452〕に記載の方法。
〔454〕
前記バーコードが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔406〕〜〔453〕のいずれか一項に記載の方法。
〔455〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔406〕〜〔454〕のいずれか一項に記載の方法。
〔456〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔406〕〜〔454〕のいずれか一項に記載の方法。
〔457〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔456〕に記載の方法。
〔458〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔456〕に記載の方法。
〔459〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔456〕に記載の方法。
〔460〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔456〕に記載の方法。
〔461〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔456〕〜〔460〕のいずれか一項に記載の方法。
〔462〕
前記バーコーディング粒子が、バーコーディングビーズを含む、〔456〕〜〔461〕のいずれか一項に記載の方法。
〔463〕
前記バーコーディングビーズが、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔456〕〜〔462〕のいずれか一項に記載の方法。
〔464〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔456〕〜〔463〕のいずれか一項に記載の方法。
〔465〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔456〕〜〔464〕のいずれか一項に記載の方法。
〔466〕
前記バーコーディング粒子が、光学的部分に関連付けられる、〔456〕〜〔465〕のいずれか一項に記載の方法。
〔467〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、光学的部分に関連付けられる、〔456〕〜〔466〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔468〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔456〕〜〔467〕のいずれか一項に記載の方法。
〔469〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔456〕〜〔468〕のいずれか一項に記載の方法。
〔470〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔456〕〜〔469〕のいずれか一項に記載の方法。
〔471〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔456〕〜〔470〕のいずれか一項に記載の方法。
〔472〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔406〕〜〔471〕のいずれか一項に記載の方法。
〔473〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数のコントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記複数のコントロール組成物のコントロールオリゴヌクレオチドと接触させて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と;
前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔406〕〜〔472〕のいずれか一項に記載の方法。
〔474〕
前記バーコードを伸長する工程が、DNAポリメラーゼ、逆転写酵素、またはそれらの組合せを用いて、前記バーコードを伸長する工程を含む、〔473〕に記載の方法。
〔475〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔406〕〜〔474〕のいずれか一項に記載の方法。
〔476〕
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔475〕に記載の方法。
〔477〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔475〕〜〔476〕のいずれか一項に記載の方法。
〔478〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔477〕に記載の方法。
〔479〕
シーケンシングコントロールのための方法であって、
複数の細胞の1つ以上の細胞を、複数のコントロール組成物のうちの1つのコントロール組成物と接触させる工程であって、
前記複数の細胞のうちの1つの細胞が、複数の標的および複数の結合標的を含み、
前記複数のコントロール組成物の各々が、コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた細胞成分結合試薬を含み、前記細胞成分結合試薬が、前記複数の結合標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、前記コントロールオリゴヌクレオチドが、コントロールバーコード配列、および前記複数のバーコードの少なくとも1つの前記標的結合領域に実質的に相補的な配列を含む擬似標的領域を含む工程と;
複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも1つの特性を用いて、前記1つ以上の細胞の少なくとも1つの特性を決定する工程と、
を含む、方法。
〔480〕
前記擬似標的領域が、ポリ(dA)領域を含む、〔479〕に記載の方法。
〔481〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔480〕のいずれか一項に記載の方法。
〔482〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔480〕のいずれか一項に記載の方法。
〔483〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔480〕のいずれか一項に記載の方法。
〔484〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔480〕のいずれか一項に記載の方法。
〔485〕
前記コントロールバーコード配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔480〕のいずれか一項に記載の方法。
〔486〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔482〕のいずれか一項に記載の方法。
〔487〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔482〕のいずれか一項に記載の方法。
〔488〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔484〕のいずれか一項に記載の方法。
〔489〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔484〕のいずれか一項に記載の方法。
〔490〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔479〕〜〔485〕のいずれか一項に記載の方法。
〔491〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔479〕〜〔485〕のいずれか一項に記載の方法。
〔492〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔479〕〜〔491〕のいずれか一項に記載の方法。
〔493〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約10の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔479〕〜〔491〕のいずれか一項に記載の方法。
〔494〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約100の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔479〕〜〔491〕のいずれか一項に記載の方法。
〔495〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約1000の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔479〕〜〔491〕のいずれか一項に記載の方法。
〔496〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔479〕〜〔495〕のいずれか一項に記載の方法。
〔497〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも10個が、異なる配列を含む、〔479〕〜〔495〕のいずれか一項に記載の方法。
〔498〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも100個が、異なる配列を含む、〔479〕〜〔495〕のいずれか一項に記載の方法。
〔499〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1000個が、異なる配列を含む、〔479〕〜〔495〕のいずれか一項に記載の方法。
〔500〕
前記1つ以上の細胞の前記少なくとも1つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を決定する工程と;
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔479〕〜〔499〕のいずれか一項に記載の方法。
〔501〕
決定された前記1つ以上の細胞の数に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔500〕に記載の方法。
〔502〕
決定された前記1つ以上の細胞の数および前記複数の細胞の数の比率に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔500〕に記載の方法。
〔503〕
前記1つ以上の細胞の前記少なくとも1つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程と;
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔479〕〜〔499〕のいずれか一項に記載の方法。
〔504〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程を含む、〔503〕に記載の方法。
〔505〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程が、
最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数に関連付けられた前記シーケンシングデータ中の細胞標識の数を用いて、最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数のプロットを作成する工程と;
前記1つ以上の細胞の数として前記プロットにおけるカットオフを決定する工程と、
を含む、〔504〕に記載の方法。
〔506〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記複数の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔479〕〜〔505〕のいずれか一項に記載の方法。
〔507〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔479〕〜〔506〕のいずれか一項に記載の方法。
〔508〕
前記種が非哺乳動物種である、〔507〕に記載の方法。
〔509〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔508〕に記載の方法。
〔510〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔509〕に記載の方法。
〔511〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける前に、前記細胞成分結合試薬から前記コントロールオリゴヌクレオチドを放出する工程を含む、〔479〕〜〔506〕のいずれか一項に記載の方法。
〔512〕
前記複数の結合標的の少なくとも1つが、細胞表面上で発現される、〔479〕〜〔511〕のいずれか一項に記載の方法。
〔513〕
前記複数の結合標的の少なくとも1つが、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔479〕〜〔512〕のいずれか一項に記載の方法。
〔514〕
前記細胞成分結合試薬が、細胞表面結合試薬、抗体、四量体、アプタマー、タンパク質骨格、浸潤、またはそれらの組合せを含む、〔479〕〜〔513〕のいずれか一項に記載の方法。
〔515〕
前記細胞成分結合試薬の結合標的が、10〜100の異なる結合標的を含む群から選択される、〔479〕〜〔514〕のいずれか一項に記載の方法。
〔516〕
前記細胞成分結合試薬の結合標的が、炭水化物、脂質、タンパク質、細胞外タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、細胞内タンパク質、またはそれらの任意の組合せを含む、〔515〕に記載の方法。
〔517〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記細胞成分結合試薬に結合される、〔479〕〜〔516〕のいずれか一項に記載の方法。
〔518〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔517〕に記載の方法。
〔519〕
前記リンカーが化学基を含む、〔517〕〜〔518〕のいずれか一項に記載の方法。
〔520〕
前記化学基が、前記第1の細胞成分結合試薬に可逆的に結合される、〔519〕に記載の方法。
〔521〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔519〕〜〔520〕のいずれか一項に記載の方法。
〔522〕
前記細胞成分結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する2つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔479〕〜〔521〕のいずれか一項に記載の方法。
〔523〕
前記細胞成分結合試薬が、異なる同一のコントロールバーコード配列を有する2つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔479〕〜〔521〕のいずれか一項に記載の方法。
〔524〕
前記複数のコントロール組成物の第2の細胞成分結合試薬は、前記コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられない、〔479〕〜〔523〕のいずれか一項に記載の方法。
〔525〕
前記細胞成分結合試薬および前記第2の細胞成分結合試薬が同一である、〔524〕に記載の方法。
〔526〕
前記バーコードが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔479〕〜〔525〕のいずれか一項に記載の方法。
〔527〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔479〕〜〔526〕のいずれか一項に記載の方法。
〔528〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔479〕〜〔527〕のいずれか一項に記載の方法。
〔529〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔528〕に記載の方法。
〔530〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔528〕に記載の方法。
〔531〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔528〕に記載の方法。
〔532〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔528〕に記載の方法。
〔533〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔529〕〜〔532〕のいずれか一項に記載の方法。
〔534〕
前記バーコーディング粒子が、バーコーディングビーズを含む、〔528〕〜〔533〕のいずれか一項に記載の方法。
〔535〕
前記バーコーディング粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔528〕〜〔534〕のいずれか一項に記載の方法。
〔536〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔528〕〜〔535〕のいずれか一項に記載の方法。
〔537〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔528〕〜〔536〕のいずれか一項に記載の方法。
〔538〕
前記バーコーディング粒子が、光学的部分に関連付けられる、〔528〕〜〔537〕のいずれか一項に記載の方法。
〔539〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、光学的部分に関連付けられる、〔528〕〜〔538〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔540〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔528〕〜〔536〕のいずれか一項に記載の方法。
〔541〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔528〕〜〔540〕のいずれか一項に記載の方法。
〔542〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔528〕〜〔541〕のいずれか一項に記載の方法。
〔543〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔528〕〜〔542〕のいずれか一項に記載の方法。
〔544〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔479〕〜〔543〕のいずれか一項に記載の方法。
〔545〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数のコントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記複数のコントロール組成物のコントロールオリゴヌクレオチドと接触させて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と;
前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔479〕〜〔544〕のいずれか一項に記載の方法。
〔546〕
前記バーコードを伸長する工程が、DNAポリメラーゼ、逆転写酵素、またはそれらの組合せを用いて、前記バーコードを伸長する工程を含む、〔545〕に記載の方法。
〔547〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔479〕〜〔546〕のいずれか一項に記載の方法。
〔548〕
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔547〕に記載の方法。
〔549〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔547〕〜〔548〕のいずれか一項に記載の方法。
〔550〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔549〕に記載の方法。
〔551〕
シーケンシングコントロールのための方法であって、
複数の細胞の1つ以上の細胞を、複数のコントロール組成物のうちの1つのコントロール組成物と接触させる工程であって、
前記複数の細胞のうちの1つの細胞が、複数の標的および複数のタンパク質標的を含み、
前記複数のコントロール組成物の各々が、コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、前記コントロールオリゴヌクレオチドが、コントロールバーコード配列、および前記複数のバーコードの少なくとも1つの前記標的結合領域に実質的に相補的な配列を含む擬似標的領域を含む工程と;
前記複数のコントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも1つの特性を用いて、前記1つ以上の細胞の少なくとも1つの特性を決定する工程と、
を含む、方法。
〔552〕
前記擬似標的領域が、ポリ(dA)領域を含む、〔551〕に記載の方法。
〔553〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔554〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔555〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔556〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔557〕
前記コントロールバーコード配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔558〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔554〕のいずれか一項に記載の方法。
〔559〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔554〕のいずれか一項に記載の方法。
〔560〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔556〕のいずれか一項に記載の方法。
〔561〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔556〕のいずれか一項に記載の方法。
〔562〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔551〕〜〔557〕のいずれか一項に記載の方法。
〔563〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔557〕のいずれか一項に記載の方法。
〔564〕
前記コントロールバーコード配列が、25〜45ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔563〕のいずれか一項に記載の方法。
〔565〕
前記コントロールバーコード配列が、約128ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔566〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔551〕〜〔552〕のいずれか一項に記載の方法。
〔567〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔551〕〜〔566〕のいずれか一項に記載の方法。
〔568〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約10の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔551〕〜〔566〕のいずれか一項に記載の方法。
〔569〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約100の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔551〕〜〔566〕のいずれか一項に記載の方法。
〔570〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約1000の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔551〕〜〔566〕のいずれか一項に記載の方法。
〔571〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも2つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔551〕〜〔570〕のいずれか一項に記載の方法。
〔572〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも10個が、異なる配列を含む、〔551〕〜〔570〕のいずれか一項に記載の方法。
〔573〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも100個が、異なる配列を含む、〔551〕〜〔570〕のいずれか一項に記載の方法。
〔574〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも1000個が、異なる配列を含む、〔551〕〜〔570〕のいずれか一項に記載の方法。
〔575〕
前記1つ以上の細胞の前記少なくとも1つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を決定する工程と;
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔551〕〜〔574〕のいずれか一項に記載の方法。
〔576〕
決定された前記1つ以上の細胞の数に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔575〕に記載の方法。
〔577〕
決定された前記1つ以上の細胞の数および前記複数の細胞の数の比率に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔575〕に記載の方法。
〔578〕
前記1つ以上の細胞の前記少なくとも1つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程と;
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔551〕〜〔574〕のいずれか一項に記載の方法。
〔579〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程を含む、〔578〕に記載の方法。
〔580〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記1つ以上の細胞の数を決定する工程が、
最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数に関連付けられた前記シーケンシングデータ中の細胞標識の数を用いて、最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数のプロットを作成する工程と;
前記1つ以上の細胞の数として前記プロットにおけるカットオフを決定する工程と、
を含む、〔579〕に記載の方法。
〔581〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記複数の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔551〕〜〔580〕のいずれか一項に記載の方法。
〔582〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔551〕〜〔581〕のいずれか一項に記載の方法。
〔583〕
前記種が非哺乳動物種である、〔582〕に記載の方法。
〔584〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔583〕に記載の方法。
〔585〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔584〕に記載の方法。
〔586〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける前に、前記タンパク質結合試薬から前記コントロールオリゴヌクレオチドを放出する工程を含む、〔551〕〜〔585〕のいずれか一項に記載の方法。
〔587〕
前記複数のコントロール組成物の結合されていないコントロール組成物を除去する工程を含む、〔551〕〜〔586〕のいずれか一項に記載の方法。
〔588〕
前記結合されていないコントロール組成物を除去する工程が、前記複数の細胞の前記1つ以上の細胞を、洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔587〕に記載の方法。
〔589〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、フローサイトメトリーを用いて、前記コントロール組成物の少なくとも1つのタンパク質結合試薬に結合された細胞を選択する工程を含む、〔588〕に記載の方法。
〔590〕
前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つが、細胞表面上で発現される、〔551〕〜〔589〕のいずれか一項に記載の方法。
〔591〕
前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つが、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔551〕〜〔590〕のいずれか一項に記載の方法。
〔592〕
前記タンパク質結合試薬が、炭水化物、脂質、タンパク質、細胞外タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、細胞内タンパク質またはそれらの任意の組合せを含む、〔551〕〜〔591〕のいずれか一項に記載の方法。
〔593〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔592〕に記載の方法。
〔594〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔593〕に記載の方法。
〔595〕
前記リンカーが化学基を含む、〔593〕〜〔594〕のいずれか一項に記載の方法。
〔596〕
前記化学基が、前記第1のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔595〕に記載の方法。
〔597〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔595〕〜〔596〕のいずれか一項に記載の方法。
〔598〕
前記タンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する2つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔551〕〜〔597〕のいずれか一項に記載の方法。
〔599〕
前記タンパク質結合試薬が、異なる同一のコントロールバーコード配列を有する2つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔551〕〜〔597〕のいずれか一項に記載の方法。
〔600〕
前記複数のコントロール組成物の第2のタンパク質結合試薬は、前記コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられない、〔551〕〜〔599〕のいずれか一項に記載の方法。
〔601〕
前記タンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が同一である、〔600〕に記載の方法。
〔602〕
前記バーコードが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔551〕〜〔601〕のいずれか一項に記載の方法。
〔603〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔551〕〜〔602〕のいずれか一項に記載の方法。
〔604〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔551〕〜〔602〕のいずれか一項に記載の方法。
〔605〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔604〕に記載の方法。
〔606〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔604〕に記載の方法。
〔607〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔604〕に記載の方法。
〔608〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔604〕に記載の方法。
〔609〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔604〕〜〔608〕のいずれか一項に記載の方法。
〔610〕
前記バーコーディング粒子が、バーコーディングビーズを含む、〔604〕〜〔609〕のいずれか一項に記載の方法。
〔611〕
前記バーコーディング粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔604〕〜〔610〕のいずれか一項に記載の方法。
〔612〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔604〕〜〔611〕のいずれか一項に記載の方法。
〔613〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔604〕〜〔612〕のいずれか一項に記載の方法。
〔614〕
前記バーコーディング粒子が、光学的部分に関連付けられる、〔604〕〜〔613〕のいずれか一項に記載の方法。
〔615〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、光学的部分に関連付けられる、〔604〕〜〔614〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔616〕
複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程であって、前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
を含む、〔604〕〜〔615〕のいずれか一項に記載の方法。
〔617〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔616〕〜〔612〕のいずれか一項に記載の方法。
〔618〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔616〕〜〔617〕のいずれか一項に記載の方法。
〔619〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔616〕〜〔618〕のいずれか一項に記載の方法。
〔620〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔616〕〜〔619〕のいずれか一項に記載の方法。
〔621〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔616〕〜〔620〕のいずれか一項に記載の方法。
〔622〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数のコントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記複数のコントロール組成物のコントロールオリゴヌクレオチドと接触させて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と;
前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔616〕〜〔621〕のいずれか一項に記載の方法。
〔623〕
前記バーコードを伸長する工程が、DNAポリメラーゼ、逆転写酵素、またはそれらの組合せを用いて、前記バーコードを伸長する工程を含む、〔622〕に記載の方法。
〔624〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔616〕〜〔623〕のいずれか一項に記載の方法。
〔625〕
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔624〕に記載の方法。
〔626〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔624〕〜〔625〕のいずれか一項に記載の方法。
〔627〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔626〕に記載の方法。
〔628〕
細胞同定のための方法であって、
第1の複数の細胞および第2の複数の細胞を、それぞれ複数の細胞同定組成物の2つの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第1の複数の細胞の各々および前記第2の複数の細胞の各々が、1つ以上のタンパク質標的を含み、前記2つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記1つ以上のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記2つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と;
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
得られた前記シーケンシングデータ中の2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の細胞標識配列を同定する工程と;
得られた前記シーケンシングデータから、2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記1つ以上の細胞標識配列に関連付けられた前記シーケンシングデータを除去する工程と、
を含む、方法。
〔629〕
多重同定のための方法であって、
第1の複数の細胞および第2の複数の細胞を、それぞれ複数の細胞同定組成物の2つの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第1の複数の細胞の各々および前記第2の複数の細胞の各々が、1つ以上のタンパク質標的を含み、前記2つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記1つ以上のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記2つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と;
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
得られた前記シーケンシングデータ中の2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の多細胞標識配列を同定する工程と、
を含む、方法。
〔630〕
細胞同定のための方法であって、
第1の複数の細胞および第2の複数の細胞を、それぞれ複数の細胞同定組成物の2つの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第1の複数の細胞の各々および前記第2の複数の細胞の各々が、1つ以上の細胞成分標的を含み、前記2つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられた細胞成分結合試薬を含み、前記細胞成分結合試薬が、前記1つ以上の細胞成分標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記2つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と;
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
得られた前記シーケンシングデータ中の2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の細胞標識配列を同定する工程と;
得られた前記シーケンシングデータから、2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記1つ以上の細胞標識配列に関連付けられた前記シーケンシングデータを除去する工程と、
を含む、方法。
〔631〕
多重同定のための方法であって、
第1の複数の細胞および第2の複数の細胞を、それぞれ複数の細胞同定組成物の2つの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第1の複数の細胞の各々および前記第2の複数の細胞の各々が、1つ以上の細胞成分標的を含み、前記2つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられた細胞成分結合試薬を含み、前記細胞成分結合試薬が、前記1つ以上の細胞成分標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記2つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と;
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
前記シーケンシングデータ中の2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の多細胞標識配列を同定する工程と、
を含む、方法。
〔632〕
前記細胞成分結合試薬が、タンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられ、前記1つ以上の細胞成分標的が、1つ以上のタンパク質標的を含む、〔630〕〜〔631〕のいずれか一項に記載の方法。
〔633〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞を、前記2つの細胞同定組成物のそれぞれと接触させる工程が、
前記第1の複数の細胞を、前記2つの細胞同定組成物の第1の細胞同定組成物と接触させる工程と;
前記第1の複数の細胞を、前記2つの細胞同定組成物の第2の細胞同定組成物と接触させる工程と、
を含む、〔628〕〜〔632〕のいずれか一項に記載の方法。
〔634〕
前記細胞同定配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔633〕のいずれか一項に記載の方法。
〔635〕
前記細胞同定配列が、25〜60ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔636〕
前記細胞同定配列が、約45ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔635〕のいずれか一項に記載の方法。
〔637〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔635〕のいずれか一項に記載の方法。
〔638〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔639〕
前記細胞同定配列が、約128ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔640〕
前記細胞同定配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔641〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔642〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔643〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔644〕
前記細胞同定配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔645〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔628〕〜〔634〕のいずれか一項に記載の方法。
〔646〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも10の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔628〕〜〔645〕のいずれか一項に記載の方法。
〔647〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも100の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔628〕〜〔645〕のいずれか一項に記載の方法。
〔648〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも1000の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔628〕〜〔645〕のいずれか一項に記載の方法。
〔649〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、四量体、アプタマー、タンパク質骨格、インテグリン、またはそれらの組合せを含む、〔628〕および〔632〕〜〔648〕のいずれか一項に記載の方法。
〔650〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔628〕および〔632〕〜〔649〕のいずれか一項に記載の方法。
〔651〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔650〕に記載の方法。
〔652〕
前記リンカーが化学基を含む、〔650〕〜〔651〕のいずれか一項に記載の方法。
〔653〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的にまたは不可逆的に結合される、〔652〕に記載の方法。
〔654〕
前記化学基が、UV光切断性基、ジスルフィド結合、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合またはそれらの任意の組合せを含む、〔652〕〜〔653〕のいずれか一項に記載の方法。
〔655〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の少なくとも1つが、単一細胞を含む、〔628〕〜〔654〕のいずれか一項に記載の方法。
〔656〕
前記1つ以上のタンパク質標的の少なくとも1つが、細胞表面上にある、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔655〕のいずれか一項に記載の方法。
〔657〕
前記2つの細胞同定組成物の結合されていない細胞同定組成物を除去する工程を含む、〔628〕〜〔656〕のいずれか一項に記載の方法。
〔658〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の細胞を、洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔657〕に記載の方法。
〔659〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、フローサイトメトリーを用いて、前記2つの細胞同定組成物の少なくとも1つの細胞成分結合試薬に結合された細胞を選択する工程を含む、〔657〕に記載の方法。
〔660〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の細胞を溶解する工程を含む、〔628〕〜〔659〕のいずれか一項に記載の方法。
〔661〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記タンパク質結合試薬から切り離し可能または切り離し不可能であるように構成される、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔660〕のいずれか一項に記載の方法。
〔662〕
前記タンパク質結合試薬から前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔661〕のいずれか一項に記載の方法。
〔663〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程が、UV光切断、化学的処理、加熱、酵素処理、またはそれらの任意の組合せによって、前記タンパク質結合試薬から前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔662〕に記載の方法。
〔664〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記1つ以上の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔628〕〜〔663〕のいずれか一項に記載の方法。
〔665〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔628〕〜〔664〕のいずれか一項に記載の方法。
〔666〕
前記種が非哺乳動物種である、〔665〕に記載の方法。
〔667〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔666〕に記載の方法。
〔668〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔667〕に記載の方法。
〔669〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の少なくとも1つが、腫瘍細胞または非腫瘍細胞を含む、〔628〕〜〔668〕のいずれか一項に記載の方法。
〔670〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の少なくとも1つが、哺乳動物細胞、細菌細胞、ウイルス細胞、酵母細胞、真菌細胞、またはそれらの任意の組合せを含む、〔628〕〜〔669〕のいずれか一項に記載の方法。
〔671〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードの捕捉配列に相補的な配列を含む、〔628〕〜〔670〕のいずれか一項に記載の方法。
〔672〕
前記バーコードが、前記捕捉配列を含む標的結合領域を含む、〔671〕に記載の方法。
〔673〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔672〕に記載の方法。
〔674〕
前記バーコードの前記捕捉配列に相補的な前記細胞同定オリゴヌクレオチドの配列が、ポリ(dA)領域を含む、〔671〕〜〔673〕のいずれか一項に記載の方法。
〔675〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、バーコード配列を含む、〔628〕〜〔674〕のいずれか一項に記載の方法。
〔676〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔628〕〜〔675〕のいずれか一項に記載の方法。
〔677〕
前記タンパク質標的が、細胞外タンパク質、細胞内タンパク質、またはそれらの任意の組合せを含む、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔676〕のいずれか一項に記載の方法。
〔678〕
前記タンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔677〕に記載の方法。
〔679〕
前記タンパク質標的が、脂質、炭水化物、またはそれらの任意の組合せを含む、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔678〕のいずれか一項に記載の方法。
〔680〕
前記タンパク質標的が、10〜100の異なるタンパク質標的を含む群から選択される、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔679〕のいずれか一項に記載の方法。
〔681〕
前記タンパク質結合試薬が、同一の配列を有する2つ以上の細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔680〕のいずれか一項に記載の方法。
〔682〕
前記タンパク質結合試薬が、異なる細胞同定配列を有する2つ以上の細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔680〕のいずれか一項に記載の方法。
〔683〕
前記複数の細胞同定組成物の前記細胞同定組成物が、前記細胞同定オリゴヌクレオチドと結合されない第2のタンパク質結合試薬を含む、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔682〕のいずれか一項に記載の方法。
〔684〕
前記タンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が同一である、〔683〕に記載の方法。
〔685〕
前記タンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔628〕〜〔629〕および〔632〕〜〔684〕のいずれか一項に記載の方法。
〔686〕
前記複数のバーコードのバーコードが、標的結合領域およびバーコード配列を含み、
前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードのバーコード配列が、異なる分子標識配列を含む、〔628〕〜〔685〕のいずれか一項に記載の方法。
〔687〕
前記バーコードが、細胞標識配列、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔686〕に記載の方法。
〔688〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔686〕〜〔687〕のいずれか一項に記載の方法。
〔689〕
前記複数のバーコードが、1つの粒子に関連付けられる、〔686〕〜〔688〕のいずれか一項に記載の方法。
〔690〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子上に固定される、〔689〕に記載の方法。
〔691〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子上に部分的に固定される、〔689〕に記載の方法。
〔692〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子に封入される、〔689〕に記載の方法。
〔693〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子に部分的に封入される、〔689〕に記載の方法。
〔694〕
前記粒子が崩壊性である、〔689〕〜〔693〕のいずれか一項に記載の方法。
〔695〕
前記粒子がビーズを含む、〔689〕〜〔694〕のいずれか一項に記載の方法。
〔696〕
前記粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔689〕〜〔695〕のいずれか一項に記載の方法。
〔697〕
前記粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、〔689〕〜〔696〕のいずれか一項に記載の方法。
〔698〕
前記粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔689〕〜〔697〕のいずれか一項に記載の方法。
〔699〕
前記粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔689〕〜〔698〕のいずれか一項に記載の方法。
〔700〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔689〕〜〔699〕のいずれか一項に記載の方法。
〔701〕
前記粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔689〕〜〔700〕のいずれか一項に記載の方法。
〔702〕
前記粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔689〕〜〔701〕のいずれか一項に記載の方法。
〔703〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔689〕〜〔702〕のいずれか一項に記載の方法。
〔704〕
前記粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔689〕〜〔703〕のいずれか一項に記載の方法。
〔705〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記細胞同定オリゴヌクレオチドと接触させて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と;
前記細胞同定オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔628〕〜〔704〕のいずれか一項に記載の方法。
〔706〕
前記バーコードを伸長する工程が、DNAポリメラーゼを用いて、前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔705〕に記載の方法。
〔707〕
前記バーコードを伸長する工程が、逆転写酵素を用いて、前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔705〕に記載の方法。
〔708〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔705〕〜〔707〕のいずれか一項に記載の方法。
〔709〕
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記細胞同定オリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔708〕に記載の方法。
〔710〕
複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドの前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔708〕〜〔709〕のいずれか一項に記載の方法。
〔711〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記細胞同定オリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔710〕に記載の方法。
〔712〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程が、複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔628〕〜〔711〕のいずれか一項に記載の方法。
〔713〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞の複数の標的にバーコードを付けて、複数のバーコード付き標的を生成する工程であって、前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記バーコード付き標的のシーケンシングデータを取得する工程と、
を含む、〔628〕〜〔712〕のいずれか一項に記載の方法。
〔714〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数の標的にバーコードを付けて、前記複数のバーコード付き標的を生成する工程が、
前記標的のコピーを、前記バーコードの標的結合領域と接触させる工程と;
前記複数のバーコードを用いて、前記複数の標的を逆転写して、複数の逆転写された標的を生成する工程と、
を含む、〔713〕に記載の方法。
〔715〕
前記複数のバーコード付き標的の前記シーケンシングデータを取得する前に、前記バーコード付き標的を増幅して、複数の増幅されたバーコード付き標的を生成する工程を含む、〔713〕〜〔714〕のいずれか一項に記載の方法。
〔716〕
前記バーコード付き標的を増幅して、前記複数の増幅されたバーコード付き標的を生成する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)によって前記バーコード付き標的を増幅する工程を含む、〔715〕に記載の方法。
〔717〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞の前記複数の標的にバーコードを付けて、前記複数のバーコード付き標的を生成する工程が、複数のバーコードを用いて、前記細胞の前記複数の標的にバーコードを付けて、複数のバーコード付き標的を生成する工程を含む、〔713〕〜〔716〕のいずれか一項に記載の方法。
〔718〕
細胞同定のための方法であって、
第1の複数の細胞および第2の複数の細胞の各々からの1つ以上の細胞を、複数の2つの細胞同定組成物のそれぞれの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第1の複数の細胞の各々および前記第2の複数の細胞の各々が、1つ以上の抗原標的を含み、前記2つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられた抗原結合試薬を含み、前記抗原結合試薬が、前記1つ以上の抗原標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記2つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と;
2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の細胞を同定する工程と、
を含む、方法。
〔719〕
多重同定のための方法であって、
第1の複数の細胞および第2の複数の細胞の各々からの1つ以上の細胞を、複数の2つの細胞同定組成物のそれぞれの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第1の複数の細胞の各々および前記第2の複数の細胞の各々が、1つ以上の抗原標的を含み、前記2つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられた抗原結合試薬を含み、前記抗原結合試薬が、前記1つ以上の抗原標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記2つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と;
多細胞として2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の細胞を同定する工程と、
を含む、方法。
〔720〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞を、前記2つの細胞同定組成物のそれぞれと接触させる工程が、
前記第1の複数の細胞を、前記2つの細胞同定組成物の第1の細胞同定組成物と接触させる工程と;
前記第1の複数の細胞を、前記2つの細胞同定組成物の第2の細胞同定組成物と接触させる工程と、
を含む、〔718〕〜〔719〕のいずれか一項に記載の方法。
〔721〕
前記細胞同定配列が、少なくとも6ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔720〕のいずれか一項に記載の方法。
〔722〕
前記細胞同定配列が、25〜60ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔720〕のいずれか一項に記載の方法。
〔723〕
前記細胞同定配列が、約45ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔720〕のいずれか一項に記載の方法。
〔724〕
前記細胞同定配列が、約128ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔720〕のいずれか一項に記載の方法。
〔725〕
前記細胞同定配列が、少なくとも128ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔720〕のいずれか一項に記載の方法。
〔726〕
前記細胞同定配列が、約200〜500ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔720〕のいずれか一項に記載の方法。
〔727〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約50ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔722〕のいずれか一項に記載の方法。
〔728〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約100ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔722〕のいずれか一項に記載の方法。
〔729〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約200ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔725〕のいずれか一項に記載の方法。
〔730〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、少なくとも200ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔725〕のいずれか一項に記載の方法。
〔731〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約200〜300ヌクレオチド長未満である、〔718〕〜〔726〕のいずれか一項に記載の方法。
〔732〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約500ヌクレオチド長である、〔718〕〜〔726〕のいずれか一項に記載の方法。
〔733〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも10の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔718〕〜〔732〕のいずれか一項に記載の方法。
〔734〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも100の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔718〕〜〔732〕のいずれか一項に記載の方法。
〔735〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも1000の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔718〕〜〔732〕のいずれか一項に記載の方法。
〔736〕
前記抗原結合試薬が、抗体、四量体、アプタマー、タンパク質骨格、またはそれらの組合せを含む、〔718〕〜〔735〕のいずれか一項に記載の方法。
〔737〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記抗原結合試薬に結合される、〔718〕〜〔736〕のいずれか一項に記載の方法。
〔738〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔737〕に記載の方法。
〔739〕
前記リンカーが化学基を含む、〔737〕〜〔738〕のいずれか一項に記載の方法。
〔740〕
前記化学基が、前記抗原結合試薬に可逆的にまたは不可逆的に結合される、〔739〕に記載の方法。
〔741〕
前記化学基が、UV光切断性基、ジスルフィド結合、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔739〕〜〔740〕のいずれか一項に記載の方法。
〔742〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の少なくとも1つが、単一細胞を含む、〔718〕〜〔741〕のいずれか一項に記載の方法。
〔743〕
前記1つ以上の抗原標的の少なくとも1つが、細胞表面上で発現される、〔742〕に記載の方法。
〔744〕
前記2つの細胞同定組成物の結合されていない細胞同定組成物を除去する工程を含む、〔718〕〜〔743〕のいずれか一項に記載の方法。
〔745〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の細胞を、洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔744〕に記載の方法。
〔746〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、フローサイトメトリーを用いて、前記2つの細胞同定組成物の少なくとも1つの抗原結合試薬に結合された細胞を選択する工程を含む、〔744〕に記載の方法。
〔747〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞のうちの1つ以上の細胞を溶解する工程を含む、〔718〕〜〔746〕のいずれか一項に記載の方法。
〔748〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記抗原結合試薬から切り離し可能または切り離し不可能であるように構成される、〔718〕〜〔747〕のいずれか一項に記載の方法。
〔749〕
前記抗原結合試薬から前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔718〕〜〔748〕のいずれか一項に記載の方法。
〔750〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程が、UV光切断、化学的処理、加熱、酵素処理、またはそれらの任意の組合せによって、前記抗原結合試薬から前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔749〕に記載の方法。
〔751〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記1つ以上の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔718〕〜〔750〕のいずれか一項に記載の方法。
〔752〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、1つの種のゲノム配列に対して相同である、〔718〕〜〔750〕のいずれか一項に記載の方法。
〔753〕
前記種が非哺乳動物種である、〔752〕に記載の方法。
〔754〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔753〕に記載の方法。
〔755〕
前記ファージ種が、T7ファージ、PhiXファージ、またはそれらの組合せである、〔754〕に記載の方法。
〔756〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の少なくとも1つが、腫瘍細胞または非腫瘍細胞を含む、〔718〕〜〔755〕のいずれか一項に記載の方法。
〔757〕
前記第1の複数の細胞および前記第2の複数の細胞の少なくとも1つが、哺乳動物細胞、細菌細胞、ウイルス細胞、酵母細胞、真菌細胞、またはそれらの任意の組合せを含む、〔718〕〜〔756〕のいずれか一項に記載の方法。
〔758〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記細胞同定オリゴヌクレオチドの前記配列を捕捉するように構成された捕捉配列に相補的な配列を含む、〔718〕〜〔757〕のいずれか一項に記載の方法。
〔759〕
前記バーコードが、前記捕捉配列を含む標的結合領域を含む、〔758〕に記載の方法。
〔760〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔759〕に記載の方法。
〔761〕
前記捕捉配列に相補的な前記細胞同定オリゴヌクレオチドの前記配列が、ポリ(dA)領域を含む、〔758〕〜〔760〕のいずれか一項に記載の方法。
〔762〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、バーコード配列を含む、〔758〕〜〔761〕のいずれか一項に記載の方法。
〔763〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔758〕〜〔762〕のいずれか一項に記載の方法。
〔764〕
前記タンパク質標的が、炭水化物、脂質、タンパク質、細胞外タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、細胞内タンパク質またはそれらの任意の組合せを含む、〔718〕〜〔763〕のいずれか一項に記載の方法。
〔765〕
前記タンパク質標的が、10〜100の異なるタンパク質標的を含む群から選択される、〔718〕〜〔764〕のいずれか一項に記載の方法。
〔766〕
前記タンパク質結合試薬が、同一の配列を有する2つ以上の細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔718〕〜〔765〕のいずれか一項に記載の方法。
〔767〕
前記タンパク質結合試薬が、異なる細胞同定配列を有する2つ以上の細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔718〕〜〔765〕のいずれか一項に記載の方法。
〔768〕
前記複数の細胞同定組成物の前記細胞同定組成物が、前記細胞同定オリゴヌクレオチドと結合されない第2のタンパク質結合試薬を含む、〔718〕〜〔767〕のいずれか一項に記載の方法。
〔769〕
前記タンパク質結合試薬および前記第2のタンパク質結合試薬が同一である、〔768〕に記載の方法。
〔770〕
前記タンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔718〕〜〔769〕のいずれか一項に記載の方法。
〔771〕
2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記1つ以上の細胞を同定する工程が、
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と;
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と;
得られた前記シーケンシングデータ中の2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた1つ以上の細胞標識配列を同定する工程と、
を含む、〔718〕〜〔770〕のいずれか一項に記載の方法。
〔772〕
得られた前記シーケンシングデータから、2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記1つ以上の細胞標識配列に関連付けられた前記シーケンシングデータを除去する工程を含む、〔771〕に記載の方法。
〔773〕
その後の分析から、前記2つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記1つ以上の細胞標識配列に関連付けられた前記シーケンシングデータを除外する工程を含む、〔771〕に記載の方法。
〔774〕
前記複数のバーコードのバーコードが、標的結合領域およびバーコード配列を含み、
前記複数のバーコードの少なくとも2つのバーコードのバーコード配列が、異なる分子標識配列を含む、〔718〕〜〔770〕のいずれか一項に記載の方法。
〔775〕
前記バーコードが、細胞標識配列、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔774〕に記載の方法。
〔776〕
前記標的結合領域が、ポリ(dT)領域を含む、〔771〕〜〔775〕のいずれか一項に記載の方法。
〔777〕
前記複数のバーコードが、1つの粒子に関連付けられる、〔771〕〜〔776〕のいずれか一項に記載の方法。
〔778〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子上に固定される、〔777〕に記載の方法。
〔779〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子上に部分的に固定される、〔777〕に記載の方法。
〔780〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子に封入される、〔777〕に記載の方法。
〔781〕
前記複数のバーコードの少なくとも1つのバーコードが、前記粒子に部分的に封入される、〔777〕に記載の方法。
〔782〕
前記粒子が崩壊性である、〔777〕〜〔781〕のいずれか一項に記載の方法。
〔783〕
前記粒子がビーズを含む、〔777〕〜〔782〕のいずれか一項に記載の方法。
〔784〕
前記粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインAコンジュゲートビーズ、プロテインGコンジュゲートビーズ、プロテインA/Gコンジュゲートビーズ、プロテインLコンジュゲートビーズ、オリゴ(dT)コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔777〕〜〔783〕のいずれか一項に記載の方法。
〔785〕
前記粒子が、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、〔777〕〜〔784〕のいずれか一項に記載の方法。
〔786〕
前記粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔777〕〜〔785〕のいずれか一項に記載の方法。
〔787〕
前記粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔777〕〜〔786〕のいずれか一項に記載の方法。
〔788〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔777〕〜〔787〕のいずれか一項に記載の方法。
〔789〕
前記粒子の前記バーコードが、少なくとも1000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔777〕〜〔788〕のいずれか一項に記載の方法。
〔790〕
前記粒子の前記バーコードが、少なくとも10000の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔777〕〜〔789〕のいずれか一項に記載の方法。
〔791〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔789〕〜〔790〕のいずれか一項に記載の方法。
〔792〕
前記粒子が、少なくとも10000のバーコードを含む、〔777〕〜〔791〕のいずれか一項に記載の方法。
〔793〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記細胞同定オリゴヌクレオチドと接触させて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と;
前記細胞同定オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔771〕〜〔792〕のいずれか一項に記載の方法。
〔794〕
前記バーコードを伸長する工程が、DNAポリメラーゼを用いて、前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔793〕に記載の方法。
〔795〕
前記バーコードを伸長する工程が、逆転写酵素を用いて、前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔793〕に記載の方法。
〔796〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔793〕〜〔795〕のいずれか一項に記載の方法。
〔797〕
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記細胞同定オリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔796〕に記載の方法。
〔798〕
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドの前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔796〕〜〔797〕のいずれか一項に記載の方法。
〔799〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記細胞同定オリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔798〕に記載の方法。
〔800〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程が、複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔771〕〜〔799〕のいずれか一項に記載の方法。
〔801〕
標識生体分子試薬を調製するのに使用するためのシステムであって、
標識生体分子試薬に対するリクエストを受信するための入力マネージャと;
複数の標識生体分子ストレージ識別子を含むデータセットを記憶するためのメモリと;
前記メモリに通信可能に連結され、前記標識生体分子試薬リクエストの前記構成要素に対応する前記データセットからの1つ以上の標識生体分子ストレージ識別子を同定するように構成される処理モジュールと;
前記同定された標識生体分子ストレージ識別子を提供するための出力マネージャと、
を含む、システム。
〔802〕
標識生体分子試薬に対する前記リクエストが、生体分子リクエストおよび標識リクエストを含む、〔801〕に記載のシステム。
〔803〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔801〕〜〔802〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔804〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔803〕に記載のシステム。
〔805〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔803〕に記載のシステム。
〔806〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔805〕に記載のシステム。
〔807〕
前記標識と結合された前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔805〕に記載のシステム。
〔808〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔807〕に記載のシステム。
〔809〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔807〕に記載のシステム。
〔810〕
前記生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔801〕〜〔809〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔811〕
前記生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔801〕〜〔809〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔812〕
前記生体分子が、少なくとも10,000の異なる生体分子から選択される、〔801〕〜〔809〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔813〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔801〕〜〔812〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔814〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔813〕に記載のシステム。
〔815〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔814〕に記載のシステム。
〔816〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔815〕に記載のシステム。
〔817〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔814〕〜〔816〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔818〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔814〕〜〔817〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔819〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔814〕〜〔818〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔820〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔813〕に記載のシステム。
〔821〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔820〕に記載のシステム。
〔822〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔820〕〜〔821〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔823〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔822〕に記載のシステム。
〔824〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔822〕に記載のシステム。
〔825〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔822〕に記載のシステム。
〔826〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔813〕〜〔825〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔827〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔826〕に記載のシステム。
〔828〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔826〕または〔827〕に記載のシステム。
〔829〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔813〕〜〔828〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔830〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔813〕〜〔829〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔831〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔813〕〜〔829〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔832〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔813〕〜〔829〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔833〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔801〕〜〔832〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔834〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔833〕に記載のシステム。
〔835〕
前記リンカーが化学基を含む、〔834〕に記載のシステム。
〔836〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔835〕に記載のシステム。
〔837〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔835〕〜〔836〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔838〕
標識生体分子試薬に対するリクエストを通信する工程であって、前記リクエストが、
標識生体分子リクエスト;ならびに
生体分子リクエストおよび標識リクエスト
のうちの1つ以上を含む工程と;
1つ以上の標識生体分子試薬を受信する工程であって、各標識生体分子試薬が、リンカーを介して標識に共有結合された生体分子を含む工程と、
を含む、方法。
〔839〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔838〕に記載の方法。
〔840〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔839〕に記載の方法。
〔841〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔839〕に記載の方法。
〔842〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔841〕に記載の方法。
〔843〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔841〕に記載の方法。
〔844〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔843〕に記載の方法。
〔845〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔843〕に記載の方法。
〔846〕
各生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔838〕〜〔845〕のいずれか一項に記載の方法。
〔847〕
各生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔838〕〜〔845〕のいずれか一項に記載の方法。
〔848〕
各生体分子が、少なくとも10,000の異なる分子から選択される、〔838〕〜〔845〕のいずれか一項に記載の方法。
〔849〕
前記1つ以上の標識生体分子試薬が、前記標識に共有結合されない1つ以上の第2の生体分子をさらに含む、〔838〕〜〔848〕のいずれか一項に記載の方法。
〔850〕
前記生体分子および前記1つ以上の第2の生体分子が同じである、〔849〕に記載の方法。
〔851〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、およびオリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔838〕〜〔850〕のいずれか一項に記載の方法。
〔852〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔851〕に記載の方法。
〔853〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔852〕に記載の方法。
〔854〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔853〕に記載の方法。
〔855〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔852〕〜〔854〕のいずれか一項に記載の方法。
〔856〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔852〕〜〔855〕のいずれか一項に記載の方法。
〔857〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔852〕〜〔856〕のいずれか一項に記載の方法。
〔858〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔851〕に記載の方法。
〔859〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔858〕に記載の方法。
〔860〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔858〕〜〔859〕のいずれか一項に記載の方法。
〔861〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔860〕に記載の方法。
〔862〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔860〕に記載の方法。
〔863〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔860〕に記載の方法。
〔864〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔858〕〜〔863〕のいずれか一項に記載の方法。
〔865〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔864〕に記載の方法。
〔866〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔864〕または〔865〕に記載の方法。
〔867〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔858〕〜〔866〕のいずれか一項に記載の方法。
〔868〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔858〕〜〔867〕のいずれか一項に記載の方法。
〔869〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔858〕〜〔867〕のいずれか一項に記載の方法。
〔870〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔858〕〜〔867〕のいずれか一項に記載の方法。
〔871〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔838〕〜〔870〕のいずれか一項に記載の方法。
〔872〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔871〕に記載の方法。
〔873〕
前記リンカーが化学基を含む、〔872〕に記載の方法。
〔874〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔873〕に記載の方法。
〔875〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔873〕〜〔874〕のいずれか一項に記載の方法。
〔876〕
標識生体分子試薬リクエストを受信するための入力マネージャ;
複数の標識生体分子ストレージ識別子を含むデータセットを記憶するためのメモリ;
前記メモリに通信可能に連結され、前記標識生体分子試薬リクエストの前記構成要素に対応する前記データセットからの1つ以上の標識生体分子ストレージ識別子を同定するように構成される処理モジュール;および
前記同定された標識生体分子ストレージ識別子を提供するための出力マネージャ
を含むシステムに、標識生体分子試薬に対するリクエストを通信する工程と;
標識に共有結合された生体分子を含む標識生体分子試薬を受信する工程と、
を含む、方法。
〔877〕
標識生体分子試薬に対する前記リクエストが、生体分子リクエストおよび標識リクエストを含む、〔876〕に記載の方法。
〔878〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔876〕〜〔877〕のいずれか一項に記載の方法。
〔879〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔878〕に記載の方法。
〔880〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔878〕に記載の方法。
〔881〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔880〕に記載の方法。
〔882〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔880〕に記載のシステム。
〔883〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔882〕に記載のシステム。
〔884〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔882〕に記載のシステム。
〔885〕
前記生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔876〕〜〔884〕のいずれか一項に記載の方法。
〔886〕
前記生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔876〕〜〔884〕のいずれか一項に記載の方法。
〔887〕
前記生体分子が、少なくとも10,000の異なる生体分子から選択される、〔876〕〜〔884〕のいずれか一項に記載の方法。
〔888〕
前記標識生体分子試薬を受信する工程が、前記標識に共有結合された前記標識生体分子および前記標識に共有結合されない1つ以上の第2の生体分子を受信する工程を含む、〔876〕〜〔887〕のいずれか一項に記載の方法。
〔889〕
前記標識生体分子および前記1つ以上の第2の生体分子が同じである、〔888〕に記載の方法。
〔890〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔876〕〜〔889〕のいずれか一項に記載の方法。
〔891〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔890〕に記載の方法。
〔892〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔891〕に記載の方法。
〔893〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔892〕に記載の方法。
〔894〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔891〕〜〔893〕のいずれか一項に記載の方法。
〔895〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔891〕〜〔894〕のいずれか一項に記載の方法。
〔896〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔891〕〜〔895〕のいずれか一項に記載の方法。
〔897〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔890〕に記載の方法。
〔898〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔897〕に記載の方法。
〔899〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔897〕〜〔898〕のいずれか一項に記載の方法。
〔900〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔899〕に記載の方法。
〔901〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔899〕に記載の方法。
〔902〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔899〕に記載の方法。
〔903〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔897〕〜〔902〕のいずれか一項に記載の方法。
〔904〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔903〕に記載の方法。
〔905〕
前記リンカーが化学基を含む、〔903〕に記載の方法。
〔906〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔905〕に記載の方法。
〔907〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔905〕〜〔906〕のいずれか一項に記載の方法。
〔908〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔897〕〜〔907〕のいずれか一項に記載の方法。
〔909〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔908〕に記載の方法。
〔910〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔908〕または〔909〕に記載の方法。
〔911〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔897〕〜〔910〕のいずれか一項に記載の方法。
〔912〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔897〕〜〔911〕のいずれか一項に記載の方法。
〔913〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔897〕〜〔911〕のいずれか一項に記載の方法。
〔914〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔897〕〜〔911〕のいずれか一項に記載の方法。
〔915〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔876〕〜〔914〕のいずれか一項に記載の方法。
〔916〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔915〕に記載の方法。
〔917〕
前記リンカーが化学基を含む、〔916〕に記載の方法。
〔918〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔917〕に記載の方法。
〔919〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔917〕〜〔918〕のいずれか一項に記載の方法。
〔920〕
標識生体分子試薬に対するリクエストを受信する工程であって、前記リクエストが、
標識生体分子リクエスト;ならびに
生体分子リクエストおよび標識リクエスト
のうちの1つ以上を含む工程と;
活性化生体分子を、活性化標識と接触させて、前記標識生体分子試薬を生成することによって、前記標識生体分子試薬リクエストに対応する標識生体分子試薬を調製する工程と、
を含む方法であって、
前記調製する工程が、複数の活性化生体分子および複数の活性化標識を含むストレージから、活性化生体分子および活性化標識を選択する工程を含む、方法。
〔921〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔920〕に記載の方法。
〔922〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔921〕に記載の方法。
〔923〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔921〕に記載の方法。
〔924〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔923〕に記載の方法。
〔925〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔923〕に記載のシステム。
〔926〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔925〕に記載のシステム。
〔927〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔925〕に記載のシステム。
〔928〕
前記生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔920〕〜〔927〕のいずれか一項に記載の方法。
〔929〕
前記生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔920〕〜〔927〕のいずれか一項に記載の方法。
〔930〕
前記生体分子が、少なくとも10,000の異なる生体分子から選択される、〔920〕〜〔927〕のいずれか一項に記載の方法。
〔931〕
前記標識生体分子を調製する工程が、前記標識生体分子試薬リクエストに対応する前記標識生体分子試薬を調製する工程と、前記標識に関連付けられない1つ以上の第2の生体分子試薬を調製する工程と、を含む、〔920〕〜〔930〕のいずれか一項に記載の方法。
〔932〕
前記生体分子および前記1つ以上の第2の生体分子が同じである、〔931〕に記載の方法。
〔933〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔920〕〜〔932〕のいずれか一項に記載の方法。
〔934〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔933〕に記載の方法。
〔935〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔934〕に記載の方法。
〔936〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔935〕に記載の方法。
〔937〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔933〕〜〔936〕のいずれか一項に記載の方法。
〔938〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔933〕〜〔937〕のいずれか一項に記載の方法。
〔939〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔933〕〜〔938〕のいずれか一項に記載の方法。
〔940〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔933〕に記載の方法。
〔941〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔940〕に記載の方法。
〔942〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔940〕〜〔941〕のいずれか一項に記載の方法。
〔943〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔942〕に記載の方法。
〔944〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔943〕に記載の方法。
〔945〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔943〕に記載の方法。
〔946〕
前記1つ以上の標識生体分子試薬の生体分子が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔940〕〜〔945〕のいずれか一項に記載の方法。
〔947〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔940〕〜〔946〕のいずれか一項に記載の方法。
〔948〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔947〕に記載の方法。
〔949〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔947〕または〔948〕に記載の方法。
〔950〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔940〕〜〔949〕のいずれか一項に記載の方法。
〔951〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔940〕〜〔950〕のいずれか一項に記載の方法。
〔952〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔940〕〜〔950〕のいずれか一項に記載の方法。
〔953〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔940〕〜〔950〕のいずれか一項に記載の方法。
〔954〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔920〕〜〔953〕のいずれか一項に記載の方法。
〔955〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔954〕に記載の方法。
〔956〕
前記リンカーが化学基を含む、〔955〕に記載の方法。
〔957〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔956〕に記載の方法。
〔958〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔956〕〜〔957〕のいずれか一項に記載の方法。
〔959〕
標識生体分子試薬リクエストを受信する入力マネージャ;
複数の標識生体分子ストレージ識別子を含むデータセットを記憶するためのメモリ;
前記メモリに通信可能に連結され、前記標識生体分子試薬リクエストの前記構成要素に対応する前記データセットからの1つ以上の標識生体分子ストレージ識別子を同定するように構成される処理モジュール;および
出力マネージャ
を含むシステムを用いて、標識生体分子試薬に対するリクエストを受信する工程と;
前記標識生体分子試薬リクエストに対応する前記標識生体分子ストレージ識別子を同定する工程と;
前記同定された標識生体分子試薬ストレージ識別子を出力する工程と、
を含む、方法。
〔960〕
標識生体分子試薬に対する前記リクエストが、生体分子リクエストおよび標識リクエストを含む、〔959〕に記載の方法。
〔961〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔959〕〜〔960〕のいずれか一項に記載の方法。
〔962〕
前記生体分子が核酸である、〔961〕に記載の方法。
〔963〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔962〕に記載の方法。
〔964〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素、またはタンパク質結合試薬である、〔961〕に記載の方法。
〔965〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔964〕に記載の方法。
〔966〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔964〕に記載のシステム。
〔967〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔966〕に記載のシステム。
〔968〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔964〕に記載のシステム。
〔969〕
前記生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔959〕〜〔968〕のいずれか一項に記載の方法。
〔970〕
前記生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔959〕〜〔968〕のいずれか一項に記載の方法。
〔971〕
前記生体分子が、少なくとも10,000の異なる生体分子から選択される、〔959〕〜〔968〕のいずれか一項に記載の方法。
〔972〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、およびオリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔959〕〜〔971〕のいずれか一項に記載の方法。
〔973〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔972〕に記載の方法。
〔974〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔973〕に記載の方法。
〔975〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔974〕に記載の方法。
〔976〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔973〕〜〔975〕のいずれか一項に記載の方法。
〔977〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔973〕〜〔976〕のいずれか一項に記載の方法。
〔978〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔973〕〜〔977〕のいずれか一項に記載の方法。
〔979〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔972〕に記載の方法。
〔980〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔979〕に記載の方法。
〔981〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔980〕に記載の方法。
〔982〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔980〕に記載の方法。
〔983〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔980〕に記載の方法。
〔984〕
前記1つ以上の標識生体分子試薬の生体分子が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔979〕〜〔983〕のいずれか一項に記載の方法。
〔985〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔979〕〜〔984〕のいずれか一項に記載の方法。
〔986〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔985〕に記載の方法。
〔987〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔985〕または〔986〕に記載の方法。
〔988〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔979〕〜〔987〕のいずれか一項に記載の方法。
〔989〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔979〕〜〔988〕のいずれか一項に記載の方法。
〔990〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔979〕〜〔988〕のいずれか一項に記載の方法。
〔991〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔979〕〜〔988〕のいずれか一項に記載の方法。
〔992〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔959〕〜〔991〕のいずれか一項に記載の方法。
〔993〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔992〕に記載の方法。
〔994〕
前記リンカーが化学基を含む、〔993〕に記載の方法。
〔995〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔994〕に記載の方法。
〔996〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔994〕〜〔995〕のいずれか一項に記載の方法。
〔997〕
複数の活性化タンパク質結合試薬を含む複数の活性化生体分子と;
複数の活性化標識と;
標識生体分子試薬を調製するための試薬調製装置と、
を含むシステムであって、
前記試薬調製装置が、
同定された生体分子ストレージ識別子および標識ストレージ識別子を受信し;
前記受信された生体分子ストレージ識別子および前記標識ストレージ識別子に対応する標識生体分子試薬を生成するように構成される、システム。
〔998〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔997〕に記載のシステム。
〔999〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔998〕に記載のシステム。
〔1000〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔998〕に記載のシステム。
〔1001〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔1000〕に記載のシステム。
〔1002〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔1000〕に記載のシステム。
〔1003〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1002〕に記載のシステム。
〔1004〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔1002〕に記載のシステム。
〔1005〕
各生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔997〕〜〔1004〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1006〕
各生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔997〕〜〔1004〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1007〕
各生体分子が、少なくとも10,000の異なる生体分子から選択される、〔997〕〜〔1004〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1008〕
各活性化生体分子が、反応性リンカーを含む、〔997〕〜〔1007〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1009〕
前記システムが、100以上の異なる活性化標識を含む、〔997〕〜〔1007〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1010〕
活性化標識が、反応性リンカーを含む、〔997〕〜〔1009〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1011〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔997〕〜〔1010〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1012〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔1011〕に記載のシステム。
〔1013〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔1012〕に記載のシステム。
〔1014〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔1013〕に記載のシステム。
〔1015〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔1011〕〜〔1014〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1016〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1011〕〜〔1015〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1017〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔1011〕〜〔1016〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1018〕
前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含む、〔1011〕に記載のシステム。
〔1019〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔1018〕に記載のシステム。
〔1020〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔1018〕〜〔1019〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1021〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔1020〕に記載のシステム。
〔1022〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔1020〕に記載のシステム。
〔1023〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔1020〕に記載のシステム。
〔1024〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔1018〕〜〔1023〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1025〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔1024〕に記載のシステム。
〔1026〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔1024〕または〔1025〕に記載のシステム。
〔1027〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔1018〕〜〔1026〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1028〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される配列を有する、〔1018〕〜〔1027〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1029〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔1018〕〜〔1027〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1030〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔1018〕〜〔1027〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1031〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔997〕〜〔1030〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1032〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔1031〕に記載のシステム。
〔1033〕
前記リンカーが化学基を含む、〔1032〕に記載のシステム。
〔1034〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔1033〕に記載のシステム。
〔1035〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔1033〕〜〔1034〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔1036〕
複数の活性化生体分子;および複数の活性化標識を含む、ストレージ。
〔1037〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1036〕に記載のストレージ。
〔1038〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔1037〕に記載のストレージ。
〔1039〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔1037〕に記載のストレージ。
〔1040〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔1039〕に記載のストレージ。
〔1041〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔1039〕に記載のストレージ。
〔1042〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1041〕に記載のストレージ。
〔1043〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔1041〕に記載のストレージ。
〔1044〕
各生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔1036〕〜〔1043〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1045〕
各生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔1036〕〜〔1043〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1046〕
各生体分子が、少なくとも10,000の異なる分子から選択される、〔1036〕〜〔1043〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1047〕
各活性化生体分子が、反応性リンカーを含む、〔1036〕〜〔1046〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1048〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、およびナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1036〕〜〔1047〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1049〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔1048〕に記載のストレージ。
〔1050〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔1049〕に記載のストレージ。
〔1051〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔1050〕に記載のストレージ。
〔1052〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔1048〕〜〔1051〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1053〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1048〕〜〔1052〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1054〕
前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含む、〔1048〕に記載のストレージ。
〔1055〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔1054〕に記載のストレージ。
〔1056〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔1054〕〜〔1055〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1057〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔1056〕に記載のストレージ。
〔1058〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔1056〕に記載のストレージ。
〔1059〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔1056〕に記載のストレージ。
〔1060〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔1054〕〜〔1059〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1061〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔1060〕に記載のストレージ。
〔1062〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔1060〕または〔1061〕に記載のストレージ。
〔1063〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔1054〕〜〔1062〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1064〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔1054〕〜〔1063〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1065〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔1054〕〜〔1063〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1066〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔1054〕〜〔1063〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1067〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔1036〕〜〔1066〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1068〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔1067〕に記載のストレージ。
〔1069〕
前記リンカーが化学基を含む、〔1068〕に記載のストレージ。
〔1070〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔1069〕に記載のストレージ。
〔1071〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔1069〕〜〔1070〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔1072〕
標識生体分子試薬に対するリクエストを受信するための入力モジュールと;
試薬調製装置と;
包装された標識生体分子を出力するための分配モジュールと、
を含む標識生体分子試薬分配システム。
〔1073〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1072〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1074〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、DNAまたはRNAである、〔1073〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1075〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔1073〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1076〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔1075〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1077〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することが可能である、〔1075〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1078〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1077〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1079〕
前記複数のタンパク質標的が、10〜400の異なるタンパク質標的を含む、〔1077〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1080〕
各生体分子が、少なくとも100の異なる生体分子から選択される、〔1072〕〜〔1079〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1081〕
各生体分子が、少なくとも1,000の異なる生体分子から選択される、〔1072〕〜〔1079〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1082〕
各生体分子が、少なくとも10,000の異なる分子から選択される、〔1072〕〜〔1079〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1083〕
各活性化生体分子が、反応性リンカーを含む、〔1072〕〜〔1082〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1084〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン(SERS)タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、およびオリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1072〕〜〔1083〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1085〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔1084に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1086〕
前記酵素基質が、少なくとも1つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔1085〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1087〕
前記少なくとも1つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔1086〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1088〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔1084〕〜〔1087〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1089〕
前記酵素基質が、6−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−D−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔1084〕〜〔1088〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1090〕
前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含む、〔1084〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1091〕
前記一意識別子が、25〜45ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔1090〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1092〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔1090〕〜〔1091〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1093〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも100の異なる一意識別子を含む、〔1092〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1094〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも1,000の異なる一意識別子を含む、〔1092〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1095〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも10,000の異なる一意識別子を含む、〔1092〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1096〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔1090〕〜〔1095〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム生体分子試薬分配システム。
〔1097〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔1096〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1098〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔1096〕または〔1097〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1099〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)テール、またはそれらの組合せを含む、〔1090〕〜〔1098〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1100〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも10の異なるバーコード配列から選択される、〔1090〕〜〔1099〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1101〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも100の異なるバーコード配列から選択される、〔1090〕〜〔1099〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1102〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも1,000の異なるバーコード配列から選択される、〔1090〕〜〔1099〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1103〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔1072〕〜〔1102〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1104〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔1103〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1105〕
前記リンカーが化学基を含む、〔1104〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1106〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔1105〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔1107〕
前記化学基が、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔1105〕〜〔1106〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
Claims (26)
- (a)複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬を、複数のタンパク質標的を含む複数の細胞と接触させる工程、ここで前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬の各々は、ポリ(A)テールと、前記オリゴヌクレオチドと結合された前記タンパク質結合性試薬のためのユニーク識別子とを含むタンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドを有するタンパク質結合性試薬を含み、且つ、前記タンパク質結合性試薬は前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することができる、
(b)前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬と結合された複数の細胞を複数の区画に分離する工程、ここで、前記複数の区画の区画は、前記オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬と結合された前記複数の細胞からの1つの細胞を含む、
(c)前記1つの細胞を含む前記区画において、バーコーディング粒子を前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドと接触させる工程、ここで、前記バーコーディング粒子は複数のオリゴヌクレオチドプローブを含み、各オリゴヌクレオチドプローブは、ポリ(T)領域と、様々なセットのユニークバーコード配列から選択されるバーコード配列とを含む、
(d)前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドの前記ポリ(A)テールと前記オリゴヌクレオチドプローブの前記ポリ(T)領域との間でのハイブリダイゼーションを介して、前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドにハイブリダイズした前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長させて、複数の標識核酸を生成する工程、ここで、前記標識核酸の各々は、ユニーク識別子又はその相補的な配列と、バーコード配列とを含む、及び
(e)前記複数の標識核酸又はその一部の配列情報を得て、前記複数の細胞の1つ以上における前記複数のタンパク質標的の1つ以上の量を決定する工程
を含む、細胞におけるタンパク質発現の測定方法。 - (i)工程(a)の後に、前記複数の細胞とは結合していないオリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬を除去する工程、
(ii)前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドを前記タンパク質結合性試薬から脱離させる工程、
或いはその両方、
を含む、請求項1に記載の方法。 - 前記複数の細胞を分離する工程が、前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬と結合された前記複数の細胞と、前記バーコーディング粒子を含む複数のバーコーディング粒子を、前記複数の区画に分離することを含み、ここで、前記複数の区画の区画が、オリゴヌクレオチドが結合されたタンパク質結合性試薬と結合された複数の細胞からの1つの細胞と、前記バーコーディング粒子とを含む、
請求項1又は2に記載の方法。 - 前記複数の標識核酸又はその一部の配列情報を得る工程(e)が、前記標識核酸を増幅及びシーケンシングに付すことを含む、
請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。 - (a)複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬を、複数のタンパク質標的及び複数のmRNA標的分子を含む複数の細胞と接触させる工程、ここで、前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬の各々は、ポリ(A)テールと、前記オリゴヌクレオチドと結合された前記タンパク質結合性試薬のためのユニーク識別子とを含む、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬を含み、且つ前記タンパク質結合性試薬は、前記複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することができる、
(b)前記オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬と結合された前記複数の細胞を複数の区画に分離する工程、ここで、前記複数の区画の区画は、前記オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬と結合された前記複数の細胞からの1つの細胞を含む、
(c)前記1つの細胞を含む前記区画において、バーコーディング粒子を前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドと接触させる工程、ここで、前記バーコーディング粒子は、複数のオリゴヌクレオチドプローブを含み、複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々は、ポリ(T)領域と、様々なセットのユニークバーコード配列から選択されるバーコード配列とを含む、
(d)前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドの前記ポリ(A)テール及び前記mRNA標的分子のそれぞれと、前記オリゴヌクレオチドプローブの前記ポリ(T)領域との間のハイブリダイゼーションを介して、前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチド及び前記mRNA標的分子にハイブリダイズした前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長させて、複数の標識核酸を生成する工程、ここで、前記標識核酸の各々は、ユニーク識別子或いはmRNA標的分子の配列又はそれらの相補的な配列のそれぞれとバーコード配列とを含む、及び
(e)前記複数の標識核酸又はその一部の配列情報を得て、前記複数の細胞の1つ以上における、前記複数のタンパク質標的の1つ以上の量及び前記複数のmRNA標的分子の1つ以上の量を決定すること、
を含む、細胞におけるタンパク質及び遺伝子発現の同時測定方法。 - 前記タンパク質結合性試薬が抗体であり、任意に前記抗体がヒト抗体又はマウス抗体であってもよく、更に任意に前記抗体が下記からなる群:
CD21、HLA−DR、CD8、CD34、ADAM10、CD156c、ANO6、ATP1B2、ATP1B3、BSG、CD147、CD109、CD230、CD29、CD298、ATP1B3、CD44、CD45、CD47、CD51、CD59、CD63、CD97、CD98、SLC3A2、CLDND1、HLA−ABC、ICAM1、ITFG3、MPZL1、NA K ATPアーゼα1、ATP1A1、NPTN、PMCA ATPアーゼ、ATP2B1、SLC1A5、SLC29A1、SLC2A1、及びSLC44A2
から選択されるタンパク質標的に特異的に結合することのできる抗体であってもよい、
請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。 - 前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドが、UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン及びそれらの組み合わせからなる群から選択される化学基を介して、前記タンパク質結合性試薬に結合している、
請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。 - 前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞内タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター又はそれらの組み合わせを含む、
請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。 - 前記オリゴヌクレオチドプローブの各々が、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、増幅アダプター、シーケンシングアダプター、又はそれらの組み合わせを含む、
請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。 - 前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドが、分子標識、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、増幅アダプター、シーケンシングアダプター、又はこれらの組み合わせを含む、
請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。 - 前記バーコーディング粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、又はヒドロゲルビーズである、
請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。 - 前記1つの細胞を、前記1つの細胞を含む前記区画内で溶解することを含む、
請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。 - 前記区画が、ウェル又はドロップレットである、
請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。 - 前記複数の細胞が、T細胞、B細胞、腫瘍細胞、骨髄細胞、血液細胞、正常細胞、胎児細胞、母体細胞、又はこれらの混合物を含む、
請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法。 - 複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬を含む、組成物であって、
複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬の各々は、タンパク質結合性試薬に特異的なオリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬を含み、
前記タンパク質結合性試薬に特異的な前記オリゴヌクレオチドは、標的配列のための結合部位、前記オリゴヌクレオチドと結合されるタンパク質結合性試薬のためのユニーク識別子配列、及びユニバーサルプライマーのための結合部位を含み、
前記タンパク質結合性試薬は、複数のタンパク質標的の少なくとも1つに特異的に結合することができ、且つ
前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬の少なくとも20個は、異なるタンパク質結合性試薬を含む、
前記組成物。 - 標的配列のための前記結合部位が、前記タンパク質結合性試薬に特異的な前記オリゴヌクレオチドの3’領域にある、
請求項15に記載の組成物。 - 前記ユニーク識別子配列が、25〜45ヌクレオチド長である、
請求項15又は16に記載の組成物。 - 前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬の少なくとも20個が、異なるタンパク質結合性試薬、異なるユニーク識別子配列、又はその両方を含む、
請求項15〜17のいずれか1項に記載の組成物。 - 前記タンパク質結合性試薬に特異的な前記オリゴヌクレオチドが、
(1)リンカーを介して前記タンパク質結合性試薬に結合されているか、
(2)前記タンパク質結合性試薬に可逆的に結合されているか、或いは
(3)UV光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン又はその組み合わせからなる群から選択される化学基を介して、前記タンパク質結合性試薬と結合されている、
請求項15〜18のいずれか1項に記載の組成物。 - 前記タンパク質結合性試薬に特異的な前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ(A)配列、分子標識配列、細胞標識配列、増幅アダプター、シーケンシングアダプター、ランダムマルチマー配列、又はその組み合わせを含む、
請求項15〜19のいずれか1項に記載の組成物。 - 前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬の少なくとも10個の前記オリゴヌクレオチドが、それぞれ、異なるバーコード配列を含む、
請求項15〜20のいずれか1項に記載の組成物。 - オリゴヌクレオチドと結合していない1個以上の第2のタンパク質結合性試薬をさらに含み、且つ、任意に、前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬におけるオリゴヌクレオチドと結合されている前記タンパク質結合性試薬の1個以上が、前記第2のタンパク質結合性試薬の1個以上と同じであってもよい、
請求項15〜21のいずれか1項に記載の組成物。 - 前記標的配列が、オリゴヌクレオチドプローブ、ポリ(T)領域、又はそれらの組み合わせを含むか、
標的配列のための結合部位がポリ(A)配列を含むか、
或いはその両方である、
請求項15〜22のいずれか1項に記載の組成物。 - 前記タンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞内タンパク質、細胞マーカー、B細胞レセプター、T細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、又はそれらのあらゆる組み合わせである、
請求項15〜23のいずれか1項に記載の組成物。 - 前記ユニバーサルプライマーのための結合部位が、高スループットシークエンシングプラットフォームに関連付けられるシーケンシングプライマーのための結合部位、又はPCRプライマーのための結合部位である、
請求項15〜24のいずれか1項に記載の組成物。 - 前記タンパク質結合性試薬が抗体であり、任意に、前記抗体はヒト抗体又はマウス抗体であってもよく、且つ更に任意に、前記抗体は、下記からなる群:
CD21、HLA−DR、CD8、CD34、ADAM10、CD156c、ANO6、ATP1B2、ATP1B3、BSG、CD147、CD109、CD230、CD29、CD298、ATP1B3、CD44、CD45、CD47、CD51、CD59、CD63、CD97、CD98、SLC3A2、CLDND1、HLA−ABC、ICAM1、ITFG3、MPZL1、NA K ATPアーゼα1、ATP1A1、NPTN、PMCA ATPアーゼ、ATP2B1、SLC1A5、SLC29A1、SLC2A1、及びSLC44A2
から選択されるタンパク質標的に特異的に結合することのできる抗体であってもよい、
請求項15〜25のいずれか1項に記載の組成物。
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