JP7120630B2 - 核酸エンコーディングを使用した巨大分子解析 - Google Patents
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- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6845—Methods of identifying protein-protein interactions in protein mixtures
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- C—CHEMISTRY; METALLURGY
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Description
本出願に付随する配列表は、紙コピーの代わりにテキスト形式で提供され、また、これによって参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名称は、760229_401WO_SEQUENCE_LISTING.txtである。テキストファイルは、38.7KBであり、2017年5月2日に作成され、EFS-Webを介して電子的に提出される。
(a)固体支持体に接合した巨大分子および付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1のコーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(c)前記第1のコーディングタグの情報を前記記録タグに移行させて、一次伸長記録タグを生成するステップと;
(d)前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第2の結合性物質であって、前記第2の結合性物質に関する識別情報を有する第2のコーディングタグを含む第2の結合性物質と接触させるステップと;
(e)前記第2のコーディングタグの情報を前記一次伸長記録タグに移行させて、二次伸長記録タグを生成するステップと;
(f)前記二次伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法である。
(x)前記第2の結合性物質を、前記巨大分子に結合することが可能な第3の(またはより高次の)結合性物質であって、前記第3の(またはより高次の)結合性物質に関する識別情報を有する第3の(またはより高次の)コーディングタグを含む第3の(またはより高次の)結合性物質に置き換えることにより、ステップ(d)および(e)を1回または複数回繰り返すステップと;
(y)前記第3の(またはより高次の)コーディングタグの情報を前記第2の(またはより高次の)伸長記録タグに移行させて、第3の(またはより高次の)伸長記録タグを生成するステップと
をさらに含み、
ステップ(f)において前記第3の(またはより高次の)伸長記録タグを解析する、実施形態1に記載の方法である。
(a)固体支持体に接合した巨大分子、付随する第1の記録タグおよび付随する第2の記録タグを用意するステップと;
(b)前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1のコーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(c)前記第1のコーディングタグの情報を前記第1の記録タグに移行させて、第1の伸長記録タグを生成するステップと;
(d)前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第2の結合性物質であって、前記第2の結合性物質に関する識別情報を有する第2のコーディングタグを含む第2の結合性物質と接触させるステップと;
(e)前記第2のコーディングタグの情報を前記第2の記録タグに移行させて、第2の伸長記録タグを生成するステップと;
(f)前記第1の伸長記録タグおよび第2の伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法である。
(x)前記第2の結合性物質を、前記巨大分子に結合することが可能な第3の(またはより高次の)結合性物質であって、前記第3の(またはより高次の)結合性物質に関する識別情報を有する第3の(またはより高次の)コーディングタグを含む第3の(またはより高次の)結合性物質に置き換えることにより、ステップ(d)および(e)を1回または複数回繰り返すステップと;
(y)前記第3の(またはより高次の)コーディングタグの情報を前記第3の(またはより高次の)記録タグに移行させて、第3の(またはより高次の)伸長記録タグを生成するステップと
をさらに含み、
ステップ(f)において前記第1の伸長記録タグ、前記第2の伸長記録タグおよび前記第3の(またはより高次の)伸長記録タグを解析する、実施形態8に記載の方法である。
(a)固体支持体に接合したペプチドおよび付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記ペプチドのN末端アミノ酸(NTAA)を化学薬剤で修飾するステップと;
(c)前記ペプチドを、修飾された前記NTAAに結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1のコーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(d)前記第1のコーディングタグの情報を前記記録タグに移行させて、伸長記録タグを生成するステップと;
(e)前記伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法である。
(a)固体支持体に接合したペプチドおよび付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記ペプチドのN末端アミノ酸(NTAA)を化学薬剤で修飾して、修飾されたNTAAを得るステップと;
(c)前記ペプチドを、前記修飾されたNTAAに結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1のコーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(d)前記第1のコーディングタグの情報を前記記録タグに移行させて、第1の伸長記録タグを生成するステップと;
(e)前記修飾されたNTAAを除去して、新しいNTAAを露出させるステップと;
(f)前記ペプチドの前記新しいNTAAを化学薬剤で修飾して、新しく修飾されたNTAAを得るステップと;
(g)前記ペプチドを、前記新しく修飾されたNTAAに結合することが可能な第2の結合性物質であって、前記第2の結合性物質に関する識別情報を有する第2のコーディングタグを含む第2の結合性物質と接触させるステップと;
(h)前記第2のコーディングタグの情報を前記第1の伸長記録タグに移行させて、第2の伸長記録タグを生成するステップと;
(i)前記第2の伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法である。
(a)固体支持体に接合したペプチドおよび付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記ペプチドを、前記ペプチドのN末端アミノ酸(NTAA)に結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1のコーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(c)前記第1のコーディングタグの情報を前記記録タグに移行させて、伸長記録タグを生成するステップと;
(d)前記伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法である。
(a)固体支持体に接合したペプチドおよび付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記ペプチドを、前記ペプチドのN末端アミノ酸(NTAA)に結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1のコーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(c)前記第1のコーディングタグの情報を前記記録タグに移行させて、第1の伸長記録タグを生成するステップと;
(d)前記NTAAを除去して、前記ペプチドの新しいNTAAを露出させるステップと;
(e)前記ペプチドを、前記新しいNTAAに結合することが可能な第2の結合性物質であって、前記第2の結合性物質に関する識別情報を有する第2のコーディングタグを含む第2の結合性物質と接触させるステップと;
(h)前記第2のコーディングタグの情報を前記第1の伸長記録タグに移行させて、第2の伸長記録タグを生成するステップと;
(i)前記第2の伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法である。
(b)前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、および/またはポリペプチドを複数のペプチドに断片化するステップと;
(c)前記複数のペプチドと前記複数のコンパートメントタグを、前記複数のペプチドと前記複数のコンパートメント内の前記複数のコンパートメントタグとのアニーリングまたは接合を可能にするのに十分な条件下で接触させ、それにより、複数のコンパートメントタグ付きペプチドを生成するステップと;
(d)前記コンパートメントタグ付きペプチドを前記複数のコンパートメントから収集するステップと;
(e)1つまたは複数のコンパートメントタグ付きペプチドを、実施形態1から21までおよび実施形態26から61までのいずれか1つに記載の方法に従って解析するステップと
を含む方法である。
(a)前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを複数のユニバーサルDNAタグで標識するステップと;
(b)前記試料中の前記複数の標識されたタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを複数のコンパートメントに分配するステップであって、各コンパートメントが、複数のコンパートメントタグを含み、前記複数のコンパートメントタグが、個々のコンパートメント内では同じであり、他のコンパートメントのコンパートメントタグとは異なる、ステップと;
(c)前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドと前記複数のコンパートメントタグを、前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドと前記複数のコンパートメント内の前記複数のコンパートメントタグとのアニーリングまたは接合を可能にするのに十分な条件下で接触させ、それにより、複数のコンパートメントタグ付きタンパク質複合体、タンパク質またはポリペプチドを生成するステップと;
(d)前記コンパートメントタグ付きタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを前記複数のコンパートメントから収集するステップと;
(e)任意選択で前記コンパートメントタグ付きタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドをコンパートメントタグ付きペプチドに断片化するステップと;
(f)1つまたは複数のコンパートメントタグ付きペプチドを、実施形態1から21までおよび実施形態26から61までのいずれか1つに記載の方法に従って解析するステップと
を含む方法である。
(a)固体支持体に接合した複数の巨大分子および付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記複数の巨大分子を、前記複数の巨大分子に結合することが可能な複数の結合性物質であって、各結合性物質が前記結合性物質に関する識別情報を有するコーディングタグを含む複数の結合性物質と接触させるステップと;
(c)(i)前記巨大分子に付随する記録タグの情報を前記巨大分子に結合した前記結合性物質の前記コーディングタグに移行させて、伸長コーディングタグを生成するステップ;または(ii)巨大分子に付随する記録タグおよび前記巨大分子に結合した前記結合性物質のコーディングタグの情報をジタグ構築物に移行するステップと;
(d)前記伸長コーディングタグまたはジタグ構築物を収集するステップと;
(e)任意選択でステップ(b)~(d)を1回または複数回の結合サイクルにわたって繰り返すステップと;
(f)伸長コーディングタグまたはジタグ構築物の収集物を解析するステップと
を含む方法である。
(a)固体支持体に接合した複数の巨大分子および付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記複数の巨大分子を、同類の巨大分子に結合することが可能な複数の結合性物質であって、各結合性物質が前記結合性物質に関する識別情報を有するコーディングタグを含む複数の結合性物質と接触させるステップと;
(c)第1の結合性物質の第1のコーディングタグの情報を第1の巨大分子に付随する第1の記録タグに移行させて、一次伸長記録タグを生成するステップであって、前記第1の結合性物質が前記第1の巨大分子に結合するステップと;
(d)前記複数の巨大分子を、同類の巨大分子に結合することが可能な複数の結合性物質と接触させるステップと;
(e)第2の結合性物質の第2のコーディングタグの情報を前記一次伸長記録タグに移行させて、二次伸長記録タグを生成するステップであって、前記第2の結合性物質が前記第1の巨大分子に結合するステップと;
(f)任意選択でステップ(d)~(e)を「n」回の結合サイクルにわたって繰り返すステップであって、前記第1の巨大分子に結合する各結合性物質の各コーディングタグの情報を前の結合サイクルで生成した伸長記録タグに移行させて、前記第1の巨大分子を表すn次伸長記録タグを生成するステップと;
(g)前記n次伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法。
I.緒言
II.定義
III.巨大分子の解析方法
IV.巨大分子
V.固体支持体
VI.記録タグ
VII.結合性物質およびコーディングタグ
VIII.コーディングタグ情報の記録タグへの周期的移行
IX.記録タグ情報のコーディングタグまたはジタグ構築物への周期的移行
を含む方法が本明細書において提示される。
エドマン様N末端ペプチド分解配列決定を使用してペプチドの直鎖状アミノ酸配列を決定することができるが、代替的な実施形態を使用して、伸長記録タグ、伸長コーディングタグ、およびジタグを利用する方法を用いたペプチドの部分的な組成分析を実施することができる。結合性物質または化学標識を使用してペプチド上のN末端および内部の両方のアミノ酸またはアミノ酸修飾を識別することができる。化学薬剤により、アミノ酸(例えば、標識)を部位特異的に共有結合により修飾することができる(SlettenおよびBertozzi、2009年、Basle、Joubertら、2010年)(SpicerおよびDavis、2014年)。部位特異的に標識されたアミノ酸のコーディングおよびその後の識別を容易にするために、単一のアミノ酸を標的とする化学標識剤にコーディングタグを付着させることができる(図13を参照されたい)。
X.末端アミノ酸(TAA)標識方法
XI.末端アミノ酸切断方法
XII.伸長記録タグ、伸長コーディングタグ、またはジタグの処理および解析
XIII.NTAAの認識、記録タグ伸長、およびNTAAの切断の周期的ラウンドによる巨大分子の特徴付け
XV.単一の細胞のプロテオームの分配または分子サブサンプリング
XVI.組織および単一の細胞の空間的プロテオミクス
プロテイナーゼKによるタンパク質試料の消化
ペプチドのライブラリーを、トリプシン、プロテイナーゼKなどのプロテアーゼで消化することによりタンパク質試料から調製する。トリプシンは、好ましくは、リシンおよびアルギニンのような正電荷のアミノ酸のC末端側を切断するが、プロテイナーゼKは、タンパク質の全体にわたって非選択的に切断する。そのため、プロテイナーゼK消化は、短鎖ペプチド(約30個のアミノ酸)を生成するのに十分なタンパク質分解を提供するが、試料が過剰消化されないような好ましい酵素対ポリペプチドの比を使用して、注意深くタイトレーションすることが必要である。一般的に、所与のプロテイナーゼKロット毎に、機能活性のタイトレーションを実施することが必要である。この例では、タンパク質試料を、1×PBS/1mM EDTA/0.5mM CaCl2/0.5%SDS(pH8.0)中で1:10~1:100(w/w)の酵素:タンパク質比にてプロテイナーゼKを用いて、1時間37℃にて消化する。インキュベーション後、PMSFを、終濃度が5mMになるように添加して、さらなる消化を阻害する。
SP3オンビーズプロテアーゼ消化および標識を使用した試料調製
Hughesら(2014年、Mol Syst Biol、10巻:757頁)により記載されているようなSP3試料調製プロトコールを使用して、タンパク質を抽出し、変性させる。抽出した後、タンパク質ミックス(およびビーズ)を、0.02%SDSで補完された1mM EDTAを有する50mMホウ酸緩衝液(pH8.0)中で1時間37℃で溶解した。タンパク質溶解後、ジスルフィド結合を、終濃度が5mMになるようにDTTを添加し、試料を50℃で10分間インキュベートすることにより還元する。終濃度が10mMになるようにヨードアセトアミドを添加することによりシステインをアルキル化し、室温で20分間、暗所でインキュベートする。反応を、50mMホウ酸緩衝液で2倍に希釈し、Glu-CまたはLys-Cを、1:50(w/w)の最終プロテイナーゼ:タンパク質比で添加する。試料を37℃で一晩(約16時間)インキュベートして、消化を完了した。Hughesら(上記)により記載されているように試料を消化した後、8分間のインキュベーション中、アセトニトリルの終濃度が95%になるように100%アセトニトリルを添加することによりペプチドをビーズに結合させ、アセトニトリルで洗浄する。洗浄した後、5分間のピペット混合ステップにより、10μlの2%DMSO中でビーズからペプチドを溶出する。
記録タグとペプチドとのカップリング
DNA記録タグを、いくつかの方法でペプチドにカップリングする(Aslamら、1998年、Bioconjugation: Protein Coupling Techniques for the Biomedical Sciences, Macmillan Reference LTD;Hermanson GT、1996年、Bioconjugate Techniques、Academic Press Inc.、1996年を参照されたい)。1つの手法では、カルボジイミド(carbdiimide)化学を使用してペプチドのC末端にカップリングされる5’アミン、およびクリック化学を使用してアジドビーズにカップリングされる内部歪みアルキンDBCO-dT(Glen Research、VA)を用いて、オリゴヌクレオチド記録タグを構築する。カルボジイミドカップリングを完了へと駆動し、ペプチド間カップリングを制限するために、大幅に過剰なモル濃度の記録タグを使用して、溶液中で記録タグをペプチドにカップリングする。あるいは、5’歪みアルキン(DBCO-dT)を用いてオリゴヌクレオチドを構築し、アジド誘導体化ペプチドにカップリングし(ペプチドのC末端にカップリングするアジド-PEG-アミンおよびカルボジイミドにより)、その後アルデヒド反応性HyNicヒドラジンビーズにカップリングする。この目的のためには、記録タグオリゴヌクレオチドを、内部アルデヒドホルミルインドール(Trilink)基で容易に標識することができる。あるいは、C末端アミンにカップリングするのではなく、その代わりに、記録タグを、内部リシン残基にカップリングしてもよい(好ましくは、Lys-C消化後、またはその代わりにGlu-C消化後)。1つの手法では、これは、NHS-アジド(または、NHS-PEG-アジド)基を用いてリシンアミンを活性化し、その後5’アミン標識記録タグにカップリングすることにより達成することができる。別の手法では、5’アミン標識記録タグを、DSSなどの過剰なNHSホモ二機能性架橋試薬と反応させて、5’NHS活性化記録タグを創出することができる。この5’NHS活性化記録タグは、ペプチドのリシン残基のε-アミノ基に直接カップリングすることができる。
ペプチドのアミノ酸の部位特異的標識
活性化DNAタグで直接的に(ヘテロ二機能性アミノ酸部位特異的試薬による活性化を使用して)、またはDNAタグの同種クリック部分に付着させるために後に使用されるクリック部分を有するアミノ酸を部位特異的に標識するクリック化学ヘテロ二機能性試薬により間接的に修飾することができる(Lundblad、2014年)タンパク質またはペプチドのアミノ酸の異なる5つの例。典型的なタンパク質入力は、0.1%RapiGest(商標)SF界面活性剤および5mM TCEPを含む50μlの適切な水性緩衝液中に1μgのタンパク質を含む。RapiGest(商標)SDは、標識または消化を向上させるためにタンパク質をポリペプチドへと変性させるための酸分解性界面活性剤として有用である。以下のアミノ酸標識戦略を使用することができる:マレイミド化学を使用したシステイン---200μMのスルホ-SMCC活性化DNAタグを使用して、システインを、100mM MES緩衝液(pH6.5)+1%TX-100中で1時間、部位特異的に標識する;NHS化学を使用したリシン---200μMのDSSまたはBS3活性化DNAタグを使用して、溶液相タンパク質またはビーズ結合ペプチドのリシンを、室温にて1時間、ホウ酸緩衝液(50mM、pH8.5)+1%TX-100中で部位特異的に標識する;チロシンは、4-フェニル-3H-1,2,4-トリアゾリン-3,5(4H)-ジオン(PTAD)で修飾する;またはジアゾニウム化学---ジアゾニウム化学の場合、DNAタグを、EDCおよび4-カルボキシルベンゼンジアゾニウムテトラフルオロボレート(Aikon International、China)で活性化する。タンパク質またはビーズ結合ペプチドを、ホウ酸緩衝液(50mM、pH8.5)+1%TX-100中で、200μMのジアゾニウム誘導体化DNAタグと共に1時間氷上にてインキュベートすることにより、チロシンとのジアゾ連結を創出する(Nguyen、Caoら、2015年)。EDC化学を使用してアスパラテート/グルタメートを修飾する---アミン標識DNAタグを、pH6.5のMES中でビーズ結合ペプチドおよび100mM EDC/50mMイミダゾールと共に、室温で1時間にわたってインキュベートする(Basleら、2010年、Chem. Biol.、17巻:213~227頁)。標識の後、過剰な活性化DNAタグを、C4レジンZipTips(Millipore)からのタンパク結合溶出を使用して除去する。溶出したタンパク質を、1×PBS緩衝液で50μlにする。
歪みアルキン記録タグ標識ペプチドのアジド活性化ビーズへの固定化
市販のアミンDynabeads(登録商標)M-270を、アジドPEG NHSエステルヘテロ二機能性リンカー(JenKem Technology、Tx)と反応させることにより、アジド誘導体化Dynabeads(登録商標)M-270ビーズを生成する。さらに、メトキシまたはヒドロキシルPEG NHSエステルと適切な比で混合することにより、アジドの表面密度をタイトレーションすることができる。所与のペプチド試料毎に、1~2mgのアジド誘導体化Dynabeads(登録商標)M-270ビーズ(約1.3×108個のビーズ)を、100μlのホウ酸緩衝液(50mMホウ酸ナトリウム、pH8.5)で希釈し、1ngの記録タグペプチドを添加し、23~37℃で1時間インキュベートする。200μlのホウ酸緩衝液で3回洗浄する。
ホルミルインドール反応性HyNicビーズの創出
アミンビーズのHyNic誘導体化により、ホルミルインドール反応性ビーズを創出する。20mgのDynabeads(登録商標)M-270アミンビーズ(2.8μm)のアリコートを、200ulのホウ酸緩衝液に懸濁する。短時間の超音波処理後、1~2mgのスルホ-S-HyNic(スクシンイミジル6-ヒドラジノニコチネートアセトンヒドラゾン、SANH)(カタログ#S-1002、Solulink、San Diego)を添加し、反応混合物を室温で1時間にわたって振とうする。その後、ビーズを、ホウ酸緩衝液で2回およびクエン酸緩衝液(200mMクエン酸ナトリウム)で1回洗浄する。ビーズを、終濃度が10mg/mlになるようにクエン酸緩衝液に懸濁する。
記録タグホルミルインドール(formlindole)標識ペプチドの活性化ビーズへの固定化
1~2mgのHyNic活性化Dynabeads(登録商標)M-270ビーズのアリコート(約1.3×108個ビーズ)を、50mMアニリンで補完された100μlのクエン酸緩衝液で希釈し、約1ngの記録タグペプチドコンジュゲートを添加し、37℃で1時間にわたってインキュベートする。ビーズを、200μlのクエン酸緩衝液で3回洗浄し、100μlのホウ酸緩衝液に再懸濁した。
オリゴヌクレオチドモデル系-コーディングタグの識別情報をサイクル様式で記録タグへと移行させることによる結合性物質履歴の記録
核酸コーディングタグおよび記録タグの場合、標準的核酸酵素学を使用したライゲーションまたはプライマー伸長により、結合されている結合性物質のコーディングタグから近位の記録タグへと、情報を移行させることができる。これは、結合性物質標的を表す5’部分および記録タグを表す3’部分を有するオリゴヌクレオチドで構成される単純なモデル系で実証することができる。オリゴヌクレオチドの内部部位を、dT-アルキン修飾(DBCO-dT、Glen Research)によるクリック化学を使用して固定化することができる。図24Aに示されている例では、固定化されたオリゴヌクレオチド(AB標的)は、同種オリゴヌクレオチド「結合性物質」であるAオリゴおよびBオリゴが結合することができる、AおよびBと標識されている2つの標的結合領域を含む。AオリゴおよびBオリゴヌクレオチドは、共通スペーサー(Sp)を介して記録タグと相互作用して、プライマー伸長(またはライゲーション)を開始するコーディングタグ(配列および長さが異なる)に連結されている。Spの長さは、結合性物質結合中の非特異的相互作用を最小限に抑えるために、短く(例えば、6~9塩基)しておくべきである。この特定の例では、コーディングタグの長さは、「A」オリゴ結合事象(10塩基エンコーダー配列)と「B」オリゴ結合事象(20塩基エンコーダー配列)がゲル解析で容易に区別されるように設計されている。
オリゴヌクレオチド-ペプチドモデル系-コーディングタグの識別情報をサイクル様式で記録タグへと移行させることによる結合性物質履歴の記録
オリゴヌクレオチドモデル系を検証した後、例示的な標的オリゴヌクレオチド配列の5’末端にペプチドエピトープタグをコンジュゲートすることにより、オリゴヌクレオチド系からペプチドモデル系を構築する(図26Aおよび26B)。例示的なペプチドエピトープタグとしては以下のものが挙げられる:FLAG(DYKDDDDK)(配列番号171)、V5(GKPIPNPLLGLDST)(配列番号172)、c-Myc(EQKLISEEDL)(配列番号173)、HA(YPYDVPDYA)(配列番号174)、V5(GKPIPNPLLGLDST)(配列番号175)、StrepTag II(NWSHPQFEK)(配列番号176)など。ペプチドエピトープタグをオリゴヌクレオチドにカップリングするための、任意選択のCys-Ser-Glyリンカーが含まれていてもよい。実施例7のABオリゴヌクレオチド鋳型を、A_オリゴヌクレオチド-cMycペプチド構築物に取り替え、実施例7のCDオリゴヌクレオチド鋳型を、C_オリゴヌクレオチド-HAペプチド構築物に取り替える(図26を参照されたい)。また、A_オリゴヌクレオチド-cMycペプチド構築物は、CSGリンカーおよびN末端ホスホチロシンを含む。同様に、同種ペプチド結合性物質であるcMyc抗体およびHA抗体を、それぞれBオリゴヌクレオチドコーディングタグおよびDオリゴヌクレオチドコーディングタグでタグ化する。ホスホチロシン特異的抗体は、別の「E」コーディングタグでタグ化する。このように、ペプチドモデル系は、オリゴヌクレオチド系と対応しており、オリゴ結合および抗体結合の両方が、このモデル系で試験される。
DNA/PNAコーディングタグ相補体を記録タグにライゲーションさせることによるコーディングタグ移行
コーディングタグを、ライゲーションにより直接的または間接的のいずれかで記録タグに移行させて、伸長記録タグを生成する。一実行例では、アニーリングされたコーディングタグの相補体を、記録タグにライゲーションさせる(図25)。このコーディングタグ相補体は、核酸(DNAまたはRNA)であってもよく、ペプチド核酸(PNA)であってもよく、または成長中の記録タグにライゲーションすることが可能ないくつかの他のコードディング分子であってもよい。ライゲーションは、DNAおよびRNAの場合、標準的なATP依存性およびNADH依存性リガーゼを使用して酵素的であってもよく、またはライゲーションは、DNA/RNAおよび特にペプチド核酸PNAの両方の場合、化学媒介性であってもよい。
DNAへのPNA変換
PNA鋳型にアニーリングされたDNAオリゴヌクレオチドのクリック化学媒介性重合を使用して、PNAをDNAへと変換する。DNAオリゴは、DNAポリメラーゼにより複製することが可能なヌクレオチド間トリアゾール連結を創出するために、反応性5’アジドおよび3’アルキンを含む(El-Sagheerら、2011年、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108巻:11338~11343頁)。PNAのあらゆる考え得るコーディングタグに相補的なDNAオリゴの完全なセット(10nM、1×ハイブリダイゼーション緩衝液中:10mM Na-ホウ酸塩(pH8.5)、0.2M NaCl)を、固相に結合されているPNA分子と共に30分間インキュベートする(23~50℃)。アニーリングの後、固相に結合されているPNA-DNA構築物を、アスコルビン酸ナトリウム緩衝液(10mMアスコルビン酸ナトリウム、200mM NaCl)で1回洗浄する。「クリック化学」反応条件は、以下の通りである:ビーズ上のPNA-DNAを、新たなアスコルビン酸ナトリウム緩衝液中でインキュベートし、10mM THPTA+2mM CuSO4のミックスと1:1で組み合わせて、室温で1時間インキュベートする。その後、ビーズを、ハイブリダイゼーション緩衝液で1回、およびPCR緩衝液で2回洗浄する。化学的ライゲーションの後、得られたライゲーションDNA産物を、El-Sagheerら(2011年、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108巻:11338~11343頁)により記載されているような条件下でPCRにより増幅する。
核酸記録およびコーディングタグと適合性の穏やかなN末端エドマン分解
N末端エドマン分解とDNAコーディングとの適合性は、この手法が、ペプチド配列決定で機能することを可能にする。無水TFAが用いられるN末端エドマン分解の標準的条件では、DNAは破壊される。しかしながら、この効果は、より穏やかな切断条件を開発し、より高い酸耐性を有する修飾DNAを開発することにより緩和される。N末端エドマン分解の穏やかな条件を、フェニルチオカルバモイル(PTC)-ペプチドの切断を最適化すること、および切断条件下でDNA/PNAコード付きライブラリーの安定性を測定することの組合せを使用して開発する。さらに、天然DNAは、低pHでの脱プリンを低減する7-デアザプリンなどの塩基修飾、および脱ピリミジン化を低減する5’メチル修飾シトシンを使用することにより、酸加水分解に対して安定化させることができる(SchneiderおよびChait、1995年、Nucleic Acids Res.、23巻:1570~1575頁)。チミンが酸断片化に対して最も安定した塩基であることを考慮すると、T豊富なコーディングタグも有用であり得る。穏やかなN末端エドマン分解の条件は、無水TFA切断の代わりに、Barrettら(その全体が参照により組み込まれる、1985年、Tetrahedron Lett.、26巻:4375~4378頁)により記載されているように、アセトニトリル中のトリエチルアミンアセテートを60℃で使用する穏やかな10分間の塩基切断を使用することである。こうした穏やかな条件は、ほとんどのタイプのDNA記録およびコーディングタグと適合性である。代替選択肢として、PNAは完全に酸安定性であるため、PNAをコーディングタグに使用する(RayおよびNorden、2000年、FASEB J.、14巻:1041~1060頁)。
コンパートメントタグ付きビーズの調製。
封入ビーズおよびタンパク質の生成
コンパートメントタグ付きビーズおよびタンパク質を、エンドプロテアーゼAspN(Endo AspN)などの亜鉛メタロ-エンドペプチダーゼ、任意選択の光ケージ化Znキレート剤(例えば、ZincCleav I)、および遺伝子操作された耐熱性ブテラーゼIホモログ(Bandara、Kennedyら、2009年、Bandara、Walshら、2011年、Cao、Nguyenら、2015年)と組み合わせる。実施例12のコンパートメントタグ付きビーズをタンパク質と混合し、T字路型マイクロ流体または流動フォーカスデバイス(図21を参照されたい)で乳化する。二水流構成では、一方の流動中のタンパク質およびZn2+を、他方の流動からのメタロ-エンドペプチダーゼと組み合わせて、液滴形成時に直ちに消化を開始させることができる。一流動構成では、すべての試薬を予め混合し、一緒に乳化する。これには、任意選択の光ケージ化Znキレート剤(例えば、ZincCleav I)を使用して、液滴形成後に、UV光への曝露によりタンパク質消化を開始させることが必要である。濃度および流動条件は、1液滴当たりのビーズが平均で1つ未満になるように調整する。最適化された実験では、108個のフェムト液滴を、液滴の約10%がビーズを含有する含有率で製作することができる(Shimら、2013年、ACS Nano、7巻:5955~5964頁)。一流動手法では、液滴を形成した後、エマルジョンをUV-365nmの光に曝露して光ケージ化Zn2+を放出させ、Endo AspNプロテアーゼを活性化することにより、プロテアーゼを活性化する。エマルジョンを、37℃で1時間インキュベートして、タンパク質をペプチドへと消化する。消化した後、エマルジョンを80℃で15分間加熱することにより、Endo AspNを不活化する。二流動調合では、2つの流動の組み合わせ中に、Zn2+を液滴内に導入する。この場合、Endo AspNは、キレート剤がUV光への曝露時に活性化される光活性化Zn2+ケージ分子を使用することにより、または2-アルキルマロン酸もしくはEDTA-MOなどの両親媒性Zn2+キレート作用剤を、油相に添加することにより不活化することができる。両親媒性EDTA分子の例としては、EDTA-MO、EDTA-BO、EDTA-BP、DPTA-MO、DPTA-BO、DPTA-BPなど(Ojha、Singhら 2010年、Moghaddam、de Campoら 2012年)が挙げられる。また、エマルジョン油に両親媒性の酸または塩基を添加することにより液滴のpHを変更することを含む、他のモダリティを使用して、液滴内部の反応を制御することができる。例えば、液滴pHは、水/油に可溶性である酢酸を使用して低下させることができる。フルオロ-エマルジョンへの酢酸の添加は、酢酸分子が両親媒性の性質を持つため、液滴コンパートメント内のpHの低下に結び付く(Mashaghiおよびvan Oijen、2015年、Sci Rep、5巻:11837頁)。同様に、塩基であるプロピルアミンを添加すると、液滴内部はアルカリ化される。同様の手法を、油/水に可溶性の酸化還元試薬、還元剤、キレート剤、および触媒などの他のタイプの両親媒性分子に使用することができる。
3プライマー融合エマルジョンPCRにより、アミノ酸特異的コーディングタグで共有結合的に修飾されたペプチドの記録タグを付随させることによるジタグ生成
コンパートメントタグおよび分子UMIで構成される記録タグを有するペプチドを、コーディングタグ部位特異的化学標識で化学的に修飾する。また、コーディングタグは、修飾ペプチド内の所与のタイプのアミノ酸の数を計数することが可能になるようにUMIを含む。TysonおよびArmor(TysonおよびArmour、2012年)の改変プロトコールを使用して、エマルジョンPCRを、1×PHUSION(商標)GC反応緩衝液(Thermo Fisher Scientific)、200μMの各dNTP(New England Biolabs)、1μMプライマーU1、1μMプライマーU2tr、25nMプライマーSp、14単位のPHUSION(商標)高フィデリティーDNAポリメラーゼ(Thermo Fisher Scientific)を含む100μlの総水性容積中で調製する。10μlの水相を、TurnerおよびHurles(2009年、Nat. Protoc.、4巻:1771~1783頁)により以前に記載されているように、2mlクライオバイアル中の軽油(Sigma)に溶解した200μlの油相(4.5%vol/vol)Span80、0.4%vol/volのTween80、および0.05%Triton X-100に、合計5分間にわたって1000rpmで撹拌しながら、5~10秒ごとに添加する。得られたエマルジョンの平均液滴サイズは、約5ミクロンだった。T字路および流動フォーカスの使用などのエマルジョンを生成するための他の方法も用いることができる(Brouzes、Medkovaら、2009年)。エマルジョン生成後、100μlの水/油混合物を0.5mlのPCRチューブに移し、第1ラウンドの増幅を、以下の条件で実施する:98℃で30秒間;98℃で10秒間、70℃で30秒間、および72℃で30秒間を40サイクル;その後72℃で5分間の伸長。第2ラウンドの増幅反応を、以下の条件で実施する:98℃で30秒間;98℃で10秒間、55℃で30秒間、および72℃で30秒間を40サイクル;その後4℃で維持。PCRの最終サイクル後できるだけ早く、200μlのヘキサン(Sigma)をPCRチューブに直接添加し、20秒間ボルテックスし、13,000gで3分間遠心分離することにより、エマルジョンを崩壊させる。
伸長記録タグ、伸長コーディングタグ、またはジタグ構築物の配列決定
記録タグまたはコーディングタグのスペーサー(Sp)またはユニバーサルプライミング部位は、配列の本体に3つの塩基のみ(例えばA、C、およびT)および配列の5’末端に第4の塩基(例えば、G)を使用して設計することができる。合成による配列決定(SBS)の場合、これにより、標準的非発光性(dark)(未標識および非終端化)ヌクレオチド(dATP、dGTP、およびdTTP)および単一ffC色素標識可逆的ターミネーター(例えば、完全に機能的なシトシン三リン酸塩)のミックスを使用して、スペーサー配列全体にわたって非発光性塩基を迅速に組み込むことが可能になる。このようにすると、関連するエンコーダー配列、一意の分子識別子、コンパートメントタグ、伸長リポータータグの結合サイクル配列、伸長コーディングタグ、またはジタグのみがSBS配列決定され、無関連のスペーサーまたはユニバーサルプライミング配列は「スキップ」される。スペーサーの塩基および配列の5’末端の第4の塩基の同一性は、変更してもよく、上記の同一性は、例示のために提供されているに過ぎない。
タンパク質ライセートの調製。
分配タグ付きペプチドの生成。
モデル系のDNA記録タグ-ペプチドコンジュゲートの調製
DNA-ペプチド固定化用の基材の開発。
記録タグ標識ペプチドの基材への固定化。
N末端アミノ酸(NTAA)修飾
化学的NTAAアセチル化:
ペプチドのNTAAを、有機または水性溶液(スルホ-NHS-アセテート)中で、無水酢酸またはNHS-アセテートのいずれかを使用してアセチル化する。無水酢酸誘導体化の場合、DMF中10mMの無水酢酸を、ペプチドと共に室温で30分間インキュベートする(Halpin、Leeら、2004年)。あるいは、100mMの2-(N-モルホリノ)エタンスルホネート(MES)緩衝液(pH6.0)中50mMの無水酢酸および1MのNaClを使用して、室温で30分間、ペプチドを水溶液中でアセチル化する(Tse、Snyderら、2008年)。NHS-アセテート誘導体化の場合、スルホ-NHS-アセテートのストック溶液(DMSO中100mM)を調製し、100mMリン酸ナトリウム緩衝液(pH8.0)または100mMホウ酸緩衝液(pH9.4)に、終濃度が5~10mMになるように添加し、室温で10~30分間インキュベートする(Goodnow、2014年)。
以下の条件を使用して、N-アセチルトランスフェラーゼ(Sulfolobus solfataricusに由来するSsArd1)に曝露することにより、ペプチドのNTAAを酵素的にアセチル化する。ペプチドを、2μMのSsArd1と共に、NAT緩衝液(20mM Tris-HCl、pH8.0、100mM NaCl、1mM EDTA、1mMアセチル-CoA)中で、10分間60℃にてインキュベートする(ChangおよびHsu、2015年)。
ペプチドを、10mM N,N-ビス(tert-ブトキシカルボニル)チオ尿素、20mMトリメチルアミン、および12mM向山試薬(2-クロロ-1-メチルピリジニウムヨージド)のDMF溶液で、30分間室温にてインキュベートする。あるいは、ペプチドを、10mM 1H-ピラゾール-1-カルボキサミジン塩酸塩、10mM DIEAのDMF溶液で、30分間室温にてインキュベートする。標準的脱ブロッキング法を使用して、保護基を除去する。あるいは、ペプチドを、PBS緩衝液(pH8.0)または100mMホウ酸緩衝液(pH8.0)中10mM S-メチルイソチオ尿素で、30分間10℃にてインキュベートする(Tse、Snyderら、2008年)。
ペプチドを、イオン性液体[Bmim][BF4]中5%(vol/vol)のPITCで、5分間室温にてインキュベートする。伸長DNA記録タグに存在するヌクレオチド塩基の環外アミンの異所標識を最小限に抑えつつ、NTAAが定量的にPITCで標識されるように、反応時間を最適化する。
2,4-ジニトロフルオロベンゼン(DNFB)を、メタノール中5mg/mlのストックとして調製する。溶液は、光から保護し、毎日新しく調製する。10mMホウ酸緩衝液(pH8.0)中0.5~5.0ug/mlのDNFBで、5~30分間37℃にてインキュベーションすることにより、ペプチドを標識する。
4-スルホニル-2-ニトロ-フルオロベンゼン(SNFB)を、メタノール中5mg/mlのストックとして調製する。溶液は、光から保護し、毎日新しく調製すべきである。10mMホウ酸緩衝液(pH8.0)中0.5~5.0ug/mlのDNFBで、5~30分間37℃にてインキュベーションすることにより、ペプチドを標識する。
25mM Tris-HCl(pH7.5)中で10uMのアシルペプチドヒドロラーゼ(APH)酵素(Sulfolobus solfataricus由来、SSO2693)と共に、10分間90℃にてインキュベーションすることにより、アセチル化NTAAをペプチドから切断する(Gogliettino、Balestrieriら、2012年)。
アミジン化(グアニジン化)NTAAを、0.1N NaOH中で、10分間37℃にてインキュベーションすることにより、ペプチドから切断する(Hamada、2016年)。
モデル系によるコーディングタグ情報の記録タグへの分子内移行の実証
DNAモデル系を使用して、ビーズに固定化されている記録タグへのコーディングタグ情報の「分子内」移行を試験した(図36Aを参照されたい)。2つの異なるタイプの記録タグオリゴヌクレオチドを使用した。saRT_Abc_v2(配列番号141)は、「A」DNA捕捉配列(配列番号155)(「A’」結合性物質の模倣エピトープ)および対応する「A」バーコード(rtA_BC)を含んでいた。saRT_Bbc_V2(配列番号142)は、「B」DNA捕捉配列(配列番号156)(「B’」結合性物質の模倣エピトープ)および対応する「B」バーコード(rtB_BC)を含んでいた。これらバーコードは、基本的な65セットの15merバーコード(配列番号1~65)およびそれらのリバース相補的配列(配列番号66~130)の組合せだった。rtA_BCは、2つのバーコード、BC_1およびBC_2の同鎖上の組合せであり、rtB_BCは、1つのバーコード、BC_3のみである。同様に、コーディングタグのバーコード(エンコーダー配列)も、65個の15merバーコード(配列番号1~65)の基本的なセットに由来するバーコードで構成されていた。CT_A’-bc_1PEG(配列番号144)およびCT_B’-bc(配列番号147)コーディングタグは、それぞれ相補的捕捉配列A’およびB’で構成され、それぞれ15merバーコードBC_5、およびBC_5&BC_6と割り当てた。記録タグおよびコーディングタグのこの設計設定により、容易なゲル解析が可能になる。所望の「分子内」プライマー伸長は、類似サイズのオリゴヌクレオチド産物を生成するが、望ましくない「分子間」伸長は、「分子内」産物よりも15塩基大きな1つのオリゴ産物および15塩基短い別のオリゴ産物を生成する(図36B)。
/3SpC3/ = 3’ C3 (炭素3個)スペーサー
/5Biosg/ = 5’ビオチン
/iSP18/ = 18原子ヘキサ-エチレングリコールスペーサー
ナノポアシーケンサーでの伸長記録タグ、伸長コーディングタグ、またはジタグ構築物の配列決定
DNAバーコードは、現在の塩基コールエラー率が10%台またはそれよりも高いナノポアに基づくシーケンサーなどの、非常にエラーを起こしやすいNGSシーケンサーでの使用に耐えるように設計することができる。いくつかのエラー訂正コード系が文献に記載されている。こうしたエラー訂正コード系としては、Hammingコード、Reed-Solomonコード、Levenshteinコード、Leeコードなどが挙げられる。エラー耐性バーコードは、選択した設計パラメーターに応じて、挿入エラー、欠失エラー、および置換エラーを訂正することが可能なR Bioconductorパッケージ「DNAbarcodes」を使用した、HammingおよびLevenshteinコードに基づいていた(BuschmannおよびBystrykh、2013年)。65個の異なる15mer Hammingバーコードのセットが、図27Aに示されている(配列番号1~65に示されており、それらのリバース相補的配列はそれぞれ配列番号66~130に示されている)。これらのバーコードは、最小Hamming距離が10であり、4つの置換エラーおよび2つのインデルエラーまでを自己訂正する。これは、10%のエラー率でのナノポアシーケンサーの正確な読み出しに十分過ぎる程である。さらに、これらのバーコードは、予測ナノポア電流シグネチャを使用して、77個のオリジナルバーコードのセットから濾過されている(図27Bを参照されたい)。これらのバーコードは、バーコード全体にわたって大きな電流レベル差を示し、そのセットの他のバーコードと極力相関しないように濾過した。このようにすると、これらバーコードを使用したアッセイからの実際の生ナノポア電流レベルプロットを、塩基コールアルゴリズムを使用せずに、予測バーコードシグネチャに対して直接的にマッピングすることができる(Laszlo、Derringtonら、2014年)。
ゲルビーズへの単一細胞の封入
単一細胞を、標準的技法(TamminenおよびVirta 2015年、Spencer、Tamminenら 2016年)を使用して、液滴(約50μm)に封入する(図38を参照されたい)。ポリアクリルアミド(アクリルアミド:ビスアクリルアミド(29:1)(30%w/vol))、ベンゾフェノンメタクリルアミド(BM)、およびAPSを、細胞と共に不連続相に含有させて、連続油相にTEMEDを添加する(液滴内に拡散する)と重合を起こすことが可能な液滴を創出する。ベンゾフェノンを、ポリアクリルアミドゲル液滴のマトリックスに架橋させる。これは、その後のタンパク質とポリアクリルアミドマトリックスとの光親和性架橋を可能にする(Hughes、Spelkeら 2014年、Kang、Yamauchiら 2016年)。得られた単一細胞ゲルビーズ内に固定化されたタンパク質を、様々な方法を使用して単一細胞バーコード化することができる。一実施形態では、DNAタグを、以前に記載されているようなアミン反応性作用剤または光活性ベンゾフェノンDNAタグを使用して化学的にまたは光化学的に、単一細胞ゲルビーズ内の固定化されているタンパク質に付着させる。単一細胞ゲルビーズは、以前に記載されているようなバーコード付きビーズとの同時封入により、バーコードを含む液滴に封入することができ、タンパク質に移行されたDNAバーコードタグまたはその代わりに単一細胞ゲルビーズ内のタンパク質を、Amini、Cusanovich、およびGundersonら(Amini、Pushkarevら 2014年、Cusanovich、Dazaら 2015年)(Gunderson、Steemersら 2016年)により記載されているような一連のプール・アンド・スプリットステップによりコンビナトリアル的にインデックス化することができる。最も単純な実行例では、単一細胞ゲルビーズ内のタンパク質を、まず「クリック化学」部分で標識し(図40を参照されたい)、その後コンビナトリアルDNAバーコードを、プール・アンド・スプリット手法を使用して、タンパク質試料にクリックする。
参考文献:
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
巨大分子を解析するための方法であって、
(a)固体支持体に接合した巨大分子および付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1のコーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(c)前記第1のコーディングタグの情報を前記記録タグに移行させて、一次伸長記録タグを生成するステップと;
(d)前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第2の結合性物質であって、前記第2の結合性物質に関する識別情報を有する第2のコーディングタグを含む第2の結合性物質と接触させるステップと;
(e)前記第2のコーディングタグの情報を前記一次伸長記録タグに移行させて、二次伸長記録タグを生成するステップと;
(f)前記二次伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法。
(項目2)
接触させるステップ(b)および(d)を逐次的に実施する、項目1に記載の方法。
(項目3)
接触させるステップ(b)および(d)を同時に実施する、項目1に記載の方法。
(項目4)
ステップ(e)と(f)の間に、
(x)前記第2の結合性物質を、前記巨大分子に結合することが可能な第3の(またはより高次の)結合性物質であって、前記第3の(またはより高次の)結合性物質に関する識別情報を有する第3の(またはより高次の)コーディングタグを含む第3の(またはより高次の)結合性物質に置き換えることにより、ステップ(d)および(e)を1回または複数回繰り返すステップと;
(y)前記第3の(またはより高次の)コーディングタグの情報を前記第2の(またはより高次の)伸長記録タグに移行させて、第3の(またはより高次の)伸長記録タグを生成するステップと
をさらに含み、
ステップ(f)において前記第3の(またはより高次の)伸長記録タグを解析する、項目1に記載の方法。
(項目5)
巨大分子を解析するための方法であって、
(a)固体支持体に接合した巨大分子、付随する第1の記録タグおよび付随する第2の記録タグを用意するステップと;
(b)前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1のコーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(c)前記第1のコーディングタグの情報を前記第1の記録タグに移行させて、第1の伸長記録タグを生成するステップと;
(d)前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第2の結合性物質であって、前記第2の結合性物質に関する識別情報を有する第2のコーディングタグを含む第2の結合性物質と接触させるステップと;
(e)前記第2のコーディングタグの情報を前記第2の記録タグに移行させて、第2の伸長記録タグを生成するステップと;
(f)前記第1の伸長記録タグおよび第2の伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法。
(項目6)
接触させるステップ(b)および(d)を逐次的に実施する、項目5に記載の方法。
(項目7)
接触させるステップ(b)および(d)を同時に実施する、項目5に記載の方法。
(項目8)
ステップ(a)が、前記固体支持体に接合した付随する第3の(またはより高次の)記録タグを用意するステップをさらに含む、項目5に記載の方法。
(項目9)
ステップ(e)と(f)の間に、
(x)前記第2の結合性物質を、前記巨大分子に結合することが可能な第3の(またはより高次の)結合性物質であって、前記第3の(またはより高次の)結合性物質に関する識別情報を有する第3の(またはより高次の)コーディングタグを含む第3の(またはより高次の)結合性物質に置き換えることにより、ステップ(d)および(e)を1回または複数回繰り返すステップと;
(y)前記第3の(またはより高次の)コーディングタグの情報を前記第3の(またはより高次の)記録タグに移行させて、第3の(またはより高次の)伸長記録タグを生成するステップと
をさらに含み、
ステップ(f)において前記第1の伸長記録タグ、前記第2の伸長記録タグおよび前記第3の(またはより高次の)伸長記録タグを解析する、項目8に記載の方法。
(項目10)
前記第1のコーディングタグ、前記第2のコーディングタグ、および任意のより高次のコーディングタグが、結合サイクル特異的スペーサー配列を含む、項目5から9までのいずれか一項に記載の方法。
(項目11)
ペプチドを解析するための方法であって、
(a)固体支持体に接合したペプチドおよび付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記ペプチドのN末端アミノ酸(NTAA)を化学薬剤で修飾するステップと;
(c)前記ペプチドを、修飾された前記NTAAに結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1のコーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(d)前記第1のコーディングタグの情報を前記記録タグに移行させて、伸長記録タグを生成するステップと;
(e)前記伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法。
(項目12)
ステップ(c)が、前記ペプチドを、前記第2の(またはより高次の)結合性物質に関する識別情報を有する第2の(またはより高次の)コーディングタグを含む第2の(またはより高次の)結合性物質であって、ステップ(b)の前記修飾されたNTAA以外の修飾されたNTAAに結合することが可能である第2の(またはより高次の)結合性物質と接触させることをさらに含む、項目11に記載の方法。
(項目13)
前記ペプチドの前記第2の(またはより高次の)結合性物質との接触を、前記ペプチドの前記第1の結合性物質との接触後に逐次的に行う、項目12に記載の方法。
(項目14)
前記ペプチドの前記第2の(またはより高次の)結合性物質との接触を、前記ペプチドの前記第1の結合性物質との接触と同時に行う、項目12に記載の方法。
(項目15)
前記化学薬剤が、イソチオシアネート誘導体、2,4-ジニトロベンゼンスルホン酸(dinitrobenzenesulfonic)(DNBS)、4-スルホニル-2-ニトロフルオロベンゼン(SNFB)1-フルオロ-2,4-ジニトロベンゼン、ダンシルクロリド、7-メトキシクマリン酢酸、チオアシル化試薬、チオアセチル化試薬、またはチオベンジル化試薬である、項目11から14までのいずれか一項に記載の方法。
(項目16)
ペプチドを解析するための方法であって、
(a)固体支持体に接合したペプチドおよび付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記ペプチドのN末端アミノ酸(NTAA)を化学薬剤で修飾して、修飾されたNTAAを得るステップと;
(c)前記ペプチドを、前記修飾されたNTAAに結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1のコーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(d)前記第1のコーディングタグの情報を前記記録タグに移行させて、第1の伸長記録タグを生成するステップと;
(e)前記修飾されたNTAAを除去して、新しいNTAAを露出させるステップと;
(f)前記ペプチドの前記新しいNTAAを化学薬剤で修飾して、新しく修飾されたNTAAを得るステップと;
(g)前記ペプチドを、前記新しく修飾されたNTAAに結合することが可能な第2の結合性物質であって、前記第2の結合性物質に関する識別情報を有する第2のコーディングタグを含む第2の結合性物質と接触させるステップと;
(h)前記第2のコーディングタグの情報を前記第1の伸長記録タグに移行させて、第2の伸長記録タグを生成するステップと;
(i)前記第2の伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法。
(項目17)
ペプチドを解析するための方法であって、
(a)固体支持体に接合したペプチドおよび付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記ペプチドを、前記ペプチドのN末端アミノ酸(NTAA)に結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1のコーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(c)前記第1のコーディングタグの情報を前記記録タグに移行させて、伸長記録タグを生成するステップと;
(d)前記伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法。
(項目18)
ステップ(b)が、前記ペプチドを、前記第2の(またはより高次の)結合性物質に関する識別情報を有する第2の(またはより高次の)コーディングタグを含む第2の(またはより高次の)結合性物質であって、前記ペプチドの前記NTAA以外のNTAAに結合することが可能な第2の(またはより高次の)結合性物質と接触させることをさらに含む、項目17に記載の方法。
(項目19)
前記ペプチドの前記第2の(またはより高次の)結合性物質との接触を、前記ペプチドの前記第1の結合性物質との接触後に逐次的に行う、項目18に記載の方法。
(項目20)
前記ペプチドの前記第2の(またはより高次の)結合性物質との接触を、前記ペプチドの前記第1の結合性物質との接触と同時に行う、項目18に記載の方法。
(項目21)
ペプチドを解析するための方法であって、
(a)固体支持体に接合したペプチドおよび付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記ペプチドを、前記ペプチドのN末端アミノ酸(NTAA)に結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1のコーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(c)前記第1のコーディングタグの情報を前記記録タグに移行させて、第1の伸長記録タグを生成するステップと;
(d)前記NTAAを除去して、前記ペプチドの新しいNTAAを露出させるステップと;
(e)前記ペプチドを、前記新しいNTAAに結合することが可能な第2の結合性物質であって、前記第2の結合性物質に関する識別情報を有する第2のコーディングタグを含む第2の結合性物質と接触させるステップと;
(h)前記第2のコーディングタグの情報を前記第1の伸長記録タグに移行させて、第2の伸長記録タグを生成するステップと;
(i)前記第2の伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法。
(項目22)
前記巨大分子が、タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドである、項目1から10までのいずれか一項に記載の方法。
(項目23)
前記巨大分子が、ペプチドである、項目1から10までのいずれか一項に記載の方法。
(項目24)
前記ペプチドが、生体試料由来のタンパク質を断片化することによって得られる、項目11から23までのいずれか一項に記載の方法。
(項目25)
前記巨大分子が、脂質、炭水化物、または大環状分子である、項目1から10までのいずれか一項に記載の方法。
(項目26)
前記記録タグが、DNA分子、偽相補的塩基を有するDNA、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはこれらの組合せである、項目1から25までのいずれか一項に記載の方法。
(項目27)
前記記録タグが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目1から26までのいずれか一項に記載の方法。
(項目28)
前記ユニバーサルプライミング部位が、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含む、項目27に記載の方法。
(項目29)
前記記録タグが、一意の分子識別子(UMI)を含む、項目1から28までに記載の方法。
(項目30)
前記記録タグが、バーコードを含む、項目1から29までのいずれか一項に記載の方法。
(項目31)
前記記録タグが、その3’末端にスペーサーを含む、項目1から30までのいずれか一項に記載の方法。
(項目32)
前記巨大分子および前記付随する記録タグを、前記固体支持体に共有結合により接合させる、項目1から31までのいずれか一項に記載の方法。
(項目33)
前記固体支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、フィルター、膜、ナイロン、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、マイクロタイターウェル、ELISAプレート、スピン干渉ディスク、ニトロセルロースメンブレン、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子、またはマイクロスフェアである、項目1から32までのいずれか一項に記載の方法。
(項目34)
前記固体支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズである、項目33に記載の方法。
(項目35)
複数の巨大分子および付随する記録タグを固体支持体に接合する、項目1から34までのいずれか一項に記載の方法。
(項目36)
前記複数の巨大分子の間に前記固体支持体上で平均距離>50nmの間隔をあける、項目35に記載の方法。
(項目37)
前記結合性物質が、ポリペプチドまたはタンパク質である、項目1から36までのいずれか一項に記載の方法。
(項目38)
前記結合性物質が、改変アミノペプチダーゼ、改変アミノアシルtRNA合成酵素、改変アンチカリン、または改変ClpSである、項目37に記載の方法。
(項目39)
前記結合性物質が、巨大分子に選択的に結合することが可能である、項目1から38までのいずれか一項に記載の方法。
(項目40)
前記コーディングタグが、DNA分子、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはこれらの組合せである、項目1から39までのいずれか一項に記載の方法。
(項目41)
前記コーディングタグが、エンコーダー配列を含む、項目1から40までのいずれか一項に記載の方法。
(項目42)
前記コーディングタグが、スペーサー、結合サイクル特異的配列、一意の分子識別子、ユニバーサルプライミング部位、またはそれらの任意の組合せをさらに含む、項目1から41までのいずれか一項に記載の方法。
(項目43)
前記結合性物質と前記コーディングタグが、リンカーによって接合されている、項目1から42までのいずれか一項に記載の方法。
(項目44)
前記結合性物質と前記コーディングタグが、SpyTag/SpyCatcherまたはSnoopTag/SnoopCatcherペプチド-タンパク質対によって接合されている、項目1から42までに記載の方法。
(項目45)
前記コーディングタグの情報の前記記録タグへの移行が、DNAリガーゼによって媒介される、項目1から44までのいずれか一項に記載の方法。
(項目46)
前記コーディングタグの情報の前記記録タグへの移行が、DNAポリメラーゼによって媒介される、項目1から44までのいずれか一項に記載の方法。
(項目47)
前記コーディングタグの情報の前記記録タグへの移行が、化学的ライゲーションによって媒介される、項目1から44までのいずれか一項に記載の方法。
(項目48)
前記伸長記録タグの解析が、核酸配列決定法を含む、項目1から47までのいずれか一項に記載の方法。
(項目49)
前記核酸配列決定法が、合成による配列決定、ライゲーションによる配列決定、ハイブリダイゼーションによる配列決定、ポロニーシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、またはパイロシーケンシングである、項目48に記載の方法。
(項目50)
前記核酸配列決定法が、単一分子リアルタイムシーケンシング、ナノポアに基づく配列決定、または先端顕微鏡を使用したDNAのダイレクトイメージングである、項目48に記載の方法。
(項目51)
前記伸長記録タグを解析前に増幅する、項目1から50までのいずれか一項に記載の方法。
(項目52)
前記伸長記録タグに含有されるコーディングタグ情報の順序が、前記結合性物質による前記巨大分子への結合の順序に関する情報を提供する、項目1から51までに記載の方法。
(項目53)
前記伸長記録タグに含有される前記コーディングタグ情報の頻度が、前記結合性物質による前記巨大分子への結合の頻度に関する情報を提供する、項目1から52までに記載の方法。
(項目54)
複数の巨大分子を表す複数の伸長記録タグを並行して解析する、項目1から53までに記載の方法。
(項目55)
前記複数の巨大分子を表す複数の伸長記録タグを多重化アッセイで解析する、項目54に記載の方法。
(項目56)
前記複数の伸長記録タグが、解析前に標的濃縮アッセイを受ける、項目1から55までのいずれか一項に記載の方法。
(項目57)
前記複数の伸長記録タグが、解析前にサブトラクションアッセイを受ける、項目1から56までのいずれか一項に記載の方法。
(項目58)
前記複数の伸長記録タグが、極めて豊富な種を減少させるために解析前に正規化アッセイを受ける、項目1から57までのいずれか一項に記載の方法。
(項目59)
前記NTAAを、改変アミノペプチダーゼ、改変アミノ酸tRNA合成酵素、穏やかなエドマン分解、エドマナーゼ(Edmanase)酵素、または無水TFAによって除去する、項目1から58までのいずれか一項に記載の方法。
(項目60)
少なくとも1つの結合性物質が末端アミノ酸残基に結合する、項目1から59までのいずれか一項に記載の方法。
(項目61)
少なくとも1つの結合性物質が翻訳後修飾されたアミノ酸に結合する、項目1から60までのいずれか一項に記載の方法。
(項目62)
複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを含む試料由来の1つまたは複数のペプチドを解析するための方法であって、
(a)前記試料中の前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを複数のコンパートメントに分配するステップであって、各コンパートメントが、任意選択で固体支持体と接合した複数のコンパートメントタグを含み、前記複数のコンパートメントタグが、個々のコンパートメント内では同じであり、他のコンパートメントのコンパートメントタグとは異なる、ステップと;
(b)前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、および/またはポリペプチドを複数のペプチドに断片化するステップと;
(c)前記複数のペプチドと前記複数のコンパートメントタグを、前記複数のペプチドと前記複数のコンパートメント内の前記複数のコンパートメントタグとのアニーリングまたは接合を可能にするのに十分な条件下で接触させ、それにより、複数のコンパートメントタグ付きペプチドを生成するステップと;
(d)前記コンパートメントタグ付きペプチドを前記複数のコンパートメントから収集するステップと;
(e)1つまたは複数のコンパートメントタグ付きペプチドを、項目1から21までおよび項目26から61までのいずれか一項に記載の方法に従って解析するステップとを含む方法。
(項目63)
前記コンパートメントがマイクロ流体液滴である、項目62に記載の方法。
(項目64)
前記コンパートメントがマイクロウェルである、項目62に記載の方法。
(項目65)
前記コンパートメントが、表面上の分離された領域である、項目62に記載の方法。
(項目66)
各コンパートメントが、平均して単一の細胞を含む、項目62から65までのいずれか一項に記載の方法。
(項目67)
複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを含む試料由来の1つまたは複数のペプチドを解析するための方法であって、
(a)前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを複数のユニバーサルDNAタグで標識するステップと;
(b)前記試料中の前記複数の標識されたタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを複数のコンパートメントに分配するステップであって、各コンパートメントが、複数のコンパートメントタグを含み、前記複数のコンパートメントタグが、個々のコンパートメント内では同じであり、他のコンパートメントのコンパートメントタグとは異なる、ステップと;
(c)前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドと前記複数のコンパートメントタグを、前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドと前記複数のコンパートメント内の前記複数のコンパートメントタグとのアニーリングまたは接合を可能にするのに十分な条件下で接触させ、それにより、複数のコンパートメントタグ付きタンパク質複合体、タンパク質またはポリペプチドを生成するステップと;
(d)前記コンパートメントタグ付きタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを前記複数のコンパートメントから収集するステップと;
(e)任意選択で前記コンパートメントタグ付きタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドをコンパートメントタグ付きペプチドに断片化するステップと;
(f)1つまたは複数のコンパートメントタグ付きペプチドを、項目1から21までおよび項目26から61までのいずれか一項に記載の方法に従って解析するステップとを含む方法。
(項目68)
コンパートメントタグ情報を、ペプチドに付随する記録タグにプライマー伸長またはライゲーションによって移行させる、項目62から67までのいずれか一項に記載の方法。
(項目69)
前記固体支持体がビーズを含む、項目62から68までのいずれか一項に記載の方法。
(項目70)
前記ビーズが、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズである、項目69に記載の方法。
(項目71)
前記コンパートメントタグが、一本鎖または二本鎖核酸分子を含む、項目62から70までのいずれか一項に記載の方法。
(項目72)
前記コンパートメントタグが、バーコードおよび任意選択でUMIを含む、項目62から71までのいずれか一項に記載の方法。
(項目73)
前記固体支持体がビーズであり、前記コンパートメントタグがバーコードを含み、さらに、前記複数のコンパートメントタグが接合したビーズを、スプリット・アンド・プール(split-and-pool)合成によって形成する、項目72に記載の方法。
(項目74)
前記固体支持体がビーズであり、前記コンパートメントタグがバーコードを含み、さらに、複数のコンパートメントタグが接合したビーズを、個々の合成または固定化によって形成する、項目72に記載の方法。
(項目75)
前記コンパートメントタグが記録タグ内の成分であり、前記記録タグが任意選択でスペーサー、一意の分子識別子、ユニバーサルプライミング部位、またはそれらの任意の組合せをさらに含む、項目62から74までのいずれか一項に記載の方法。
(項目76)
前記コンパートメントタグが、前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドの内部アミノ酸またはN末端アミノ酸と反応することが可能な機能的部分をさらに含む、項目62から75までのいずれか一項に記載の方法。
(項目77)
前記機能的部分がNHS基である、項目76に記載の方法。
(項目78)
前記機能的部分がアルデヒド基である、項目76に記載の方法。
(項目79)
前記複数のコンパートメントタグが、前記コンパートメントタグを前記コンパートメントに印刷、スポッティング、インク噴射すること、またはその組合せによって形成されたものである、項目62から78までのいずれか一項に記載の方法。
(項目80)
前記コンパートメントタグが、ペプチドをさらに含む、項目62から79までのいずれか一項に記載の方法。
(項目81)
前記コンパートメントタグペプチドが、タンパク質リガーゼ認識配列を含む、項目80に記載の方法。
(項目82)
前記タンパク質リガーゼが、ブテラーゼIまたはそのホモログである、項目81に記載の方法。
(項目83)
前記複数のポリペプチドをプロテアーゼで断片化する、項目62から82までのいずれか一項に記載の方法。
(項目84)
前記プロテアーゼがメタロプロテアーゼである、項目83に記載の方法。
(項目85)
前記メタロプロテアーゼの活性が金属カチオンの光活性化放出によってモジュレートされる、項目84に記載の方法。
(項目86)
前記複数のポリペプチドを前記複数のコンパートメントに分配する前に1つまたは複数の豊富なタンパク質を前記試料からサブトラクションすることをさらに含む、項目62から85までのいずれか一項に記載の方法。
(項目87)
前記複数のペプチドと前記コンパートメントタグを接合する前に前記コンパートメントタグを前記固体支持体から遊離させることをさらに含む、項目62から86までに記載の方法。
(項目88)
ステップ(d)の後に、前記コンパートメントタグ付きペプチドを固体支持体に記録タグを伴って接合させることをさらに含む、項目62に記載の方法。
(項目89)
前記コンパートメントタグ付きペプチド上の前記コンパートメントタグの情報を前記付随する記録タグに移行させることをさらに含む、項目88に記載の方法。
(項目90)
ステップ(e)の前に前記コンパートメントタグを前記コンパートメントタグ付きペプチドから除去することをさらに含む、項目89に記載の方法。
(項目91)
解析されるペプチドが由来する前記単一の細胞の同一性を前記解析されるペプチドのコンパートメントタグ配列に基づいて決定することをさらに含む、項目62から90までのいずれか一項に記載の方法。
(項目92)
解析されるペプチドが由来する前記タンパク質またはタンパク質複合体の同一性を前記解析されるペプチドのコンパートメントタグ配列に基づいて決定することをさらに含む、項目62から90までのいずれか一項に記載の方法。
(項目93)
複数の巨大分子を解析するための方法であって、
(a)固体支持体に接合した複数の巨大分子および付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記複数の巨大分子を、前記複数の巨大分子に結合することが可能な複数の結合性物質であって、各結合性物質が前記結合性物質に関する識別情報を有するコーディングタグを含む複数の結合性物質と接触させるステップと;
(c)(i)前記巨大分子に付随する記録タグの情報を前記巨大分子に結合した前記結合性物質の前記コーディングタグに移行させて、伸長コーディングタグを生成するステップ;または(ii)巨大分子に付随する記録タグおよび前記巨大分子に結合した前記結合性物質のコーディングタグの情報をジタグ構築物に移行するステップと;
(d)前記伸長コーディングタグまたはジタグ構築物を収集するステップと;
(e)任意選択でステップ(b)~(d)を1回または複数回の結合サイクルにわたって繰り返すステップと;
(f)伸長コーディングタグまたはジタグ構築物の収集物を解析するステップと
を含む方法。
(項目94)
前記巨大分子がタンパク質である、項目93に記載の方法。
(項目95)
前記巨大分子が、ペプチドである、項目93に記載の方法。
(項目96)
前記ペプチドが、生体試料由来のタンパク質を断片化することによって得られる、項目95に記載の方法。
(項目97)
前記記録タグが、DNA分子、RNA分子、PNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、γPNA分子、またはこれらの組合せである、項目93から96までのいずれか一項に記載の方法。
(項目98)
前記記録タグが、一意の分子識別子(UMI)を含む、項目93から97までのいずれか一項に記載の方法。
(項目99)
前記記録タグが、コンパートメントタグを含む、項目93から98までに記載の方法。
(項目100)
前記記録タグが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目93から99までのいずれか一項に記載の方法。
(項目101)
前記記録タグが、その3’末端にスペーサーを含む、項目93から100までのいずれか一項に記載の方法。
(項目102)
前記記録タグの3’末端をブロッキングしてポリメラーゼによる前記記録タグの伸長を防止し、巨大分子に付随する記録タグおよび前記巨大分子に結合している前記結合性物質のコーディングタグの情報をジタグ構築物に移行させる、項目93から101までのいずれか一項に記載の方法。
(項目103)
前記コーディングタグが、エンコーダー配列を含む、項目93から102までのいずれか一項に記載の方法。
(項目104)
前記コーディングタグが、UMIを含む、項目93から103までのいずれか一項に記載の方法。
(項目105)
前記コーディングタグが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目93から104までのいずれか一項に記載の方法。
(項目106)
前記コーディングタグが、その3’末端にスペーサーを含む、項目93から105までのいずれか一項に記載の方法。
(項目107)
前記コーディングタグが、結合サイクル特異的配列を含む、項目93から106までのいずれか一項に記載の方法。
(項目108)
前記結合性物質と前記コーディングタグが、リンカーによって接合されている、項目93から107までのいずれか一項に記載の方法。
(項目109)
前記記録タグの情報の前記コーディングタグへの移行が、プライマー伸長によってもたらされる、項目93から108までのいずれか一項に記載の方法。
(項目110)
前記記録タグの情報の前記コーディングタグへの移行が、ライゲーションによってもたらされる、項目93から108までのいずれか一項に記載の方法。
(項目111)
前記ジタグ構築物が、ギャップ充填、プライマー伸長、またはその両方によって生成される、項目93から108までのいずれか一項に記載の方法。
(項目112)
前記ジタグ分子が、前記記録タグに由来するユニバーサルプライミング部位、前記記録タグに由来するコンパートメントタグ、前記記録タグに由来する一意の分子識別子、前記記録タグに由来する任意選択のスペーサー、前記コーディングタグに由来するエンコーダー配列、前記コーディングタグに由来する一意の分子識別子、前記コーディングタグに由来する任意選択のスペーサー、および前記コーディングタグに由来するユニバーサルプライミング部位を含む、項目93から97まで、107、108、および111のいずれか一項に記載の方法。
(項目113)
前記巨大分子および前記付随する記録タグを、前記固体支持体に共有結合により接合させる、項目93から112までのいずれか一項に記載の方法。
(項目114)
前記固体支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、フィルター、膜、ナイロン、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、マイクロタイターウェル、ELISAプレート、スピン干渉ディスク、ニトロセルロースメンブレン、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子、またはマイクロスフェアである、項目113に記載の方法。
(項目115)
前記固体支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズである、項目114に記載の方法。
(項目116)
前記結合性物質が、ポリペプチドまたはタンパク質である、項目93から115までのいずれか一項に記載の方法。
(項目117)
前記結合性物質が、改変アミノペプチダーゼ、改変アミノアシルtRNA合成酵素、改変アンチカリン、または抗体もしくはその結合性断片である、項目116に記載の方法。
(項目118)
前記結合性物質が、単一のアミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチドまたは前記ペプチドの翻訳後修飾に結合する、項目95から117までのいずれか一項に記載の方法。
(項目119)
前記結合性物質が、N末端アミノ酸残基、C末端アミノ酸残基、または内部アミノ酸残基に結合する、項目118に記載の方法。
(項目120)
前記結合性物質が、N末端ペプチド、C末端ペプチド、または内部ペプチドに結合する、項目118に記載の方法。
(項目121)
前記結合性物質がN末端アミノ酸残基に結合し、前記N末端アミノ酸残基が各結合サイクル後に切断される、項目119に記載の方法。
(項目122)
前記結合性物質がC末端アミノ酸残基に結合し、前記C末端アミノ酸残基が各結合サイクル後に切断される、項目119に記載の方法。
(項目123)
N末端アミノ酸残基がエドマン分解によって切断される、項目121に記載の方法。
(項目124)
前記結合性物質が、アミノ酸または翻訳後修飾の部位特異的な共有結合性標識である、項目93に記載の方法。
(項目125)
ステップ(b)の後に、前記巨大分子および付随する結合性物質を含む複合体を前記固体支持体から解離させ、液滴またはマイクロ流体液滴のエマルジョン中に分配する、項目93から124までのいずれか一項に記載の方法。
(項目126)
各マイクロ流体液滴が、平均して、前記巨大分子および前記結合性物質を含む複合体を1つ含む、項目125に記載の方法。
(項目127)
伸長コーディングタグまたはジタグ構築物を生成する前に前記記録タグを増幅する、項目125または126に記載の方法。
(項目128)
エマルジョン融合PCRを使用して、前記記録タグ情報を前記コーディングタグに移行させる、またはジタグ構築物の集団を創出する、項目125から127までに記載の方法。
(項目129)
伸長コーディングタグまたはジタグ構築物の収集物を、解析前に増幅させる、項目93から128までのいずれか一項に記載の方法。
(項目130)
伸長コーディングタグまたはジタグ構築物の収集物の解析が、核酸配列決定法を含む、項目93から129までのいずれか一項に記載の方法。
(項目131)
前記核酸配列決定法が、合成による配列決定、ライゲーションによる配列決定、ハイブリダイゼーションによる配列決定、ポロニーシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、またはパイロシーケンシングである、項目130に記載の方法。
(項目132)
前記核酸配列決定法が、単一分子リアルタイムシーケンシング、ナノポアに基づく配列決定、または先端顕微鏡を使用したDNAのダイレクトイメージングである、項目130に記載の方法。
(項目133)
前記巨大分子の部分的組成を、一意のコンパートメントタグおよび任意選択でUMIを使用する複数の伸長コーディングタグまたはジタグ構築物の解析によって決定する、項目130に記載の方法。
(項目134)
前記解析ステップを、塩基当たりのエラー率が>5%、>10%、>15%、>20%、>25%、または>30%である配列決定法を用いて実施する、項目1から133までのいずれか一項に記載の方法。
(項目135)
コーディングタグ、記録タグ、またはその両方の識別成分が、エラー訂正コードを含む、項目1から134までのいずれか一項に記載の方法。
(項目136)
前記識別成分が、エンコーダー配列、バーコード、UMI、コンパートメントタグ、サイクル特異的配列、またはそれらの任意の組合せから選択される、項目135に記載の方法。
(項目137)
前記エラー訂正コードが、Hammingコード、Lee距離コード、非対称Lee距離コード、Reed-Solomonコード、およびLevenshtein-Tenengoltsコードから選択される、項目135または136に記載の方法。
(項目138)
コーディングタグ、記録タグ、またはその両方の識別成分が、一意の電流またはイオンフラックスまたは光学的シグネチャを生成することが可能であり、前記解析ステップが、前記識別成分を識別するために前記一意の電流またはイオンフラックスまたは光学的シグネチャを検出することを含む、項目1から134までのいずれか一項に記載の方法。
(項目139)
前記識別成分が、エンコーダー配列、バーコード、UMI、コンパートメントタグ、サイクル特異的配列、またはそれらの任意の組合せから選択される、項目138に記載の方法。
(項目140)
複数の巨大分子を解析するための方法であって、
(a)固体支持体に接合した複数の巨大分子および付随する記録タグを用意するステップと;
(b)前記複数の巨大分子を、同類の巨大分子に結合することが可能な複数の結合性物質であって、各結合性物質が前記結合性物質に関する識別情報を有するコーディングタグを含む複数の結合性物質と接触させるステップと;
(c)第1の結合性物質の第1のコーディングタグの情報を第1の巨大分子に付随する第1の記録タグに移行させて、一次伸長記録タグを生成するステップであって、前記第1の結合性物質が前記第1の巨大分子に結合するステップと;
(d)前記複数の巨大分子を、同類の巨大分子に結合することが可能な複数の結合性物質と接触させるステップと;
(e)第2の結合性物質の第2のコーディングタグの情報を前記一次伸長記録タグに移行させて、二次伸長記録タグを生成するステップであって、前記第2の結合性物質が前記第1の巨大分子に結合するステップと;
(f)任意選択でステップ(d)~(e)を「n」回の結合サイクルにわたって繰り返すステップであって、前記第1の巨大分子に結合する各結合性物質の各コーディングタグの情報を前の結合サイクルで生成した伸長記録タグに移行させて、前記第1の巨大分子を表すn次伸長記録タグを生成するステップと;
(g)前記n次伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法。
(項目141)
複数の巨大分子を表す複数のn次伸長記録タグを生成し、解析する、項目140に記載の方法。
(項目142)
前記巨大分子が、タンパク質である、項目140または141に記載の方法。
(項目143)
前記巨大分子が、ペプチドである、項目142に記載の方法。
(項目144)
前記ペプチドが、生体試料由来のタンパク質を断片化することによって得られる、項目143に記載の方法。
(項目145)
前記複数の巨大分子が、多数のプールされた試料由来の巨大分子を含む、項目140から144までのいずれか一項に記載の方法。
(項目146)
前記記録タグが、DNA分子、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはこれらの組合せである、項目140から145までのいずれか一項に記載の方法。
(項目147)
前記記録タグが、一意の分子識別子(UMI)を含む、項目140から146までに記載の方法。
(項目148)
前記記録タグが、コンパートメントタグを含む、項目140から147までに記載の方法。
(項目149)
前記記録タグが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目140から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目150)
前記記録タグが、その3’末端にスペーサーを含む、項目140から149までのいずれか一項に記載の方法。
(項目151)
前記コーディングタグが、エンコーダー配列を含む、項目140から150までのいずれか一項に記載の方法。
(項目152)
前記コーディングタグが、UMIを含む、項目140から151までのいずれか一項に記載の方法。
(項目153)
前記コーディングタグが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目140から152までのいずれか一項に記載の方法。
(項目154)
前記コーディングタグが、その3’末端にスペーサーを含む、項目140から153までのいずれか一項に記載の方法。
(項目155)
前記コーディングタグが、結合サイクル特異的配列を含む、項目140から154までのいずれか一項に記載の方法。
(項目156)
前記コーディングタグが、一意の分子識別子を含む、項目140から155までのいずれか一項に記載の方法。
(項目157)
前記結合性物質と前記コーディングタグが、リンカーによって接合されている、項目140から156までのいずれか一項に記載の方法。
(項目158)
前記記録タグの情報の前記コーディングタグへの移行が、プライマー伸長によって媒介される、項目140から157までのいずれか一項に記載の方法。
(項目159)
前記記録タグの情報の前記コーディングタグへの移行が、ライゲーションによって媒介される、項目140から158までのいずれか一項に記載の方法。
(項目160)
前記複数の巨大分子、前記付随する記録タグ、またはその両方が、前記固体支持体に共有結合により接合している、項目140から159までのいずれか一項に記載の方法。
(項目161)
前記固体支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、フィルター、膜、ナイロン、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、マイクロタイターウェル、ELISAプレート、スピン干渉ディスク、ニトロセルロースメンブレン、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子、またはマイクロスフェアである、項目140から160までのいずれか一項に記載の方法。
(項目162)
前記固体支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズである、項目161に記載の方法。
(項目163)
前記結合性物質が、ポリペプチドまたはタンパク質である、項目140から162までのいずれか一項に記載の方法。
(項目164)
前記結合性物質が、改変アミノペプチダーゼ、改変アミノアシルtRNA合成酵素、改変アンチカリン、または抗体もしくはその結合性断片である、項目163に記載の方法。
(項目165)
前記結合性物質が、単一のアミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチドまたは前記ペプチドの翻訳後修飾に結合する、項目142から164までのいずれか一項に記載の方法。
(項目166)
前記結合性物質が、N末端アミノ酸残基、C末端アミノ酸残基、または内部アミノ酸残基に結合する、項目165に記載の方法。
(項目167)
前記結合性物質が、N末端ペプチド、C末端ペプチド、または内部ペプチドに結合する、項目165に記載の方法。
(項目168)
前記結合性物質が、修飾されたN末端アミノ酸残基、修飾されたC末端アミノ酸残基、または修飾された内部アミノ酸残基の化学標識に結合する、項目142から164までのいずれか一項に記載の方法。
(項目169)
前記結合性物質がN末端アミノ酸残基または前記修飾されたN末端アミノ酸残基の化学標識に結合し、前記N末端アミノ酸残基が各結合サイクル後に切断される、項目166または168に記載の方法。
(項目170)
前記結合性物質がC末端アミノ酸残基または前記修飾されたC末端アミノ酸残基に化学標識に結合し、前記C末端アミノ酸残基が各結合サイクル後に切断される、項目166または168に記載の方法。
(項目171)
前記N末端アミノ酸残基が、エドマン分解、エドマナーゼ、改変アミノペプチダーゼ、または改変アシルペプチドヒドロラーゼによって切断される、項目169に記載の方法
(項目172)
前記結合性物質が、アミノ酸または翻訳後修飾の部位特異的な共有結合性標識である、項目163に記載の方法。
(項目173)
前記複数のn次伸長記録タグを解析前に増幅させる、項目140から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目174)
前記n次伸長記録タグの解析が、核酸配列決定法を含む、項目140から173までのいずれか一項に記載の方法。
(項目175)
複数の巨大分子を表す複数のn次伸長記録タグを並行して解析する、項目174に記載の方法。
(項目176)
前記核酸配列決定法が、合成による配列決定、ライゲーションによる配列決定、ハイブリダイゼーションによる配列決定、ポロニーシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、またはパイロシーケンシングである、項目174または175に記載の方法。
(項目177)
前記核酸配列決定法が、単一分子リアルタイムシーケンシング、ナノポアに基づく配列決定、または先端顕微鏡を使用したDNAのダイレクトイメージングである、項目174または175に記載の方法。
Claims (21)
- 分子を解析するための方法であって、前記分子は、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、核酸、炭水化物、脂質、または大環状分子を含み、前記方法は、
(a)固体支持体に接合した分子および付随する核酸記録タグを用意するステップと;
(b)前記分子を、前記分子に結合することが可能な第1の結合性物質であって、前記第1の結合性物質に関する識別情報を有する第1の核酸コーディングタグを含む第1の結合性物質と接触させるステップと;
(c)前記第1の核酸コーディングタグの情報を前記核酸記録タグに移行させて、一次伸長核酸記録タグを生成するステップであって、前記移行は、プライマー伸長またはライゲーションを含む、ステップと;
(d)前記分子を、前記分子に結合することが可能な第2の結合性物質であって、前記第2の結合性物質に関する識別情報を有する第2の核酸コーディングタグを含む第2の結合性物質と接触させるステップと;
(e)前記第2の核酸コーディングタグの情報を前記一次伸長核酸記録タグに移行させて、二次伸長核酸記録タグを生成するステップであって、前記移行は、プライマー伸長またはライゲーションを含む、ステップと;
(f)前記二次伸長核酸記録タグを解析するステップと
を含み、前記分子の解析は、前記分子の全てまたは一部の特徴付け、識別または定量を含む、方法。 - ステップ(e)と(f)の間に、
前記第2の結合性物質を、前記分子に結合することが可能な第3の結合性物質であって、前記第3の結合性物質に関する識別情報を有する第3の核酸コーディングタグを含む第3の結合性物質に置き換えることにより、ステップ(d)および(e)を1回または複数回繰り返すステップと;
前記第3の核酸コーディングタグの情報を前記二次伸長核酸記録タグに移行させて、三次伸長核酸記録タグを生成するステップであって、前記移行は、プライマー伸長またはライゲーションを含む、ステップと
をさらに含み、
ステップ(f)において前記三次伸長核酸記録タグを解析する、請求項1に記載の方法。 - ステップ(a)が前記固体支持体に接合した複数の分子および付随する核酸記録タグを提供することを含み、
ステップ(b)および(d)のそれぞれが、前記複数の分子を、前記分子に結合することが可能な第1または第2の複数の結合性物質と接触させることを含み、前記第1または第2の複数の結合性物質が、前記第1または第2の結合性物質に関する識別情報を有する第1または第2の核酸コーディングタグを含む、
請求項1または請求項2に記載の方法。 - 前記分子が、タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドである、請求項1から3までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記ペプチドが、生体試料由来のタンパク質を断片化することによって得られる、請求項4に記載の方法。
- 前記タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドのN末端アミノ酸(NTAA)を化学部分で修飾し、修飾されたNTAAを産生することをさらに含む、請求項4または請求項5に記載の方法。
- 前記第1の結合性物質および/または前記第2の結合性物質が前記修飾されたNTAAに結合することが可能である、請求項6に記載の方法。
- 前記修飾されたNTAAを除去して、前記タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドの新しいNTAAを露出させることをさらに含む、請求項6または7に記載の方法。
- 前記核酸記録タグが、DNA分子、偽相補的塩基を有するDNA、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはこれらの組合せであり、および/または
前記核酸コーディングタグが、DNA分子、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはこれらの組合せである、
請求項1から8までのいずれか一項に記載の方法。 - 前記核酸記録タグが、
ユニバーサルプライミング部位、
一意の分子識別子(UMI)、
バーコード、
その3’末端におけるスペーサー、および/または
3’ブロック基
を含む、請求項1から9までのいずれか一項に記載の方法。 - 前記複数の分子の間に前記固体支持体上で平均距離>50nmの間隔をあける、請求項3から10までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記核酸コーディングタグの情報の前記核酸記録タグへの移行が、DNAリガーゼ、DNAポリメラーゼまたは化学的ライゲーションによって媒介される、請求項1から11までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1の結合性物質および/または前記第2の結合性物質が、前記分子に選択的に結合可能である、請求項1から12までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1の結合性物質および/または前記第2の結合性物質が、単一のアミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチドまたは前記ペプチドの翻訳後修飾に結合する、請求項1から13までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記翻訳後修飾がアシル化、アセチル化、アルキル化、ビオチン化、ブチリル化、カルバミル化、カルボニル化、脱アミド化、脱イミノ化、ジフタミド形成、ジスルフィド架橋形成、エリミニル化、フラビン付着、ホルミル化、ガンマ-カルボキシル化、グルタミル化、グリシル化、グリコシル化、グリコシルホスファチジルイノシトール付加、ヘムC付着、ヒドロキシル化、ハイプシン形成、ヨウ素化、イソプレニル化、脂質付加、リポイル化、マロニル化、メチル化、ミリストイル化、酸化、パルミトイル化、ペグ化、ホスホパンテテイニル化、リン酸化、プレニル化、プロピオニル化、レチニリデンシッフ塩基形成、S-グルタチオン化、S-ニトロシル化、S-スルフェニル化、セレン化、サクシニル化、スルフィン化、ユビキチン化、およびC末端アミド化からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
- 前記方法が前記翻訳後修飾を除去することをさらに含む、請求項14または請求項15に記載の方法。
- 前記核酸コーディングタグが、スペーサー、結合サイクル特異的配列、一意の分子識別子、ユニバーサルプライミング部位、ターミネーターヌクレオチドまたはこれらに任意の組み合わせをさらに含む、請求項1から16までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記伸長核酸記録タグの解析が、核酸配列決定法を含む、請求項1から17までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記伸長核酸記録タグが解析前に増幅される、請求項1から18までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記固体支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、フィルター、膜、ナイロン、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、マイクロタイターウェル、ELISAプレート、スピン干渉ディスク、ニトロセルロースメンブレン、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子、またはマイクロスフェアである、請求項1から19までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記固体支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、制御ポアビーズまたはそれらの組合せである、請求項20に記載の方法。
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EP3881078A1 (en) | 2018-11-15 | 2021-09-22 | Quantum-Si Incorporated | Methods and compositions for protein sequencing |
US20220049294A1 (en) | 2018-12-10 | 2022-02-17 | 10X Genomics, Inc. | Imaging system hardware |
US11459607B1 (en) | 2018-12-10 | 2022-10-04 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for processing-nucleic acid molecules from a single cell using sequential co-partitioning and composite barcodes |
US11649485B2 (en) | 2019-01-06 | 2023-05-16 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
US11926867B2 (en) | 2019-01-06 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
CN113474651B (zh) * | 2019-01-08 | 2024-05-17 | 麻省理工学院 | 单分子蛋白质和肽测序 |
US20220127754A1 (en) * | 2019-01-21 | 2022-04-28 | Encodia, Inc. | Methods and compositions of accelerating reactions for polypeptide analysis and related uses |
US12071617B2 (en) | 2019-02-14 | 2024-08-27 | Becton, Dickinson And Company | Hybrid targeted and whole transcriptome amplification |
US11427814B2 (en) | 2019-03-26 | 2022-08-30 | Encodia, Inc. | Modified cleavases, uses thereof and related kits |
KR102567902B1 (ko) * | 2019-03-26 | 2023-08-18 | 엔코디아, 인코포레이티드 | 변형된 클리바아제, 이의 용도 및 관련 키트 |
EP3958727A4 (en) * | 2019-04-23 | 2023-05-03 | Encodia, Inc. | METHODS FOR SPATIAL ANALYSIS OF PROTEINS AND RELATED KITS |
JP2022530966A (ja) * | 2019-04-30 | 2022-07-05 | エンコディア, インコーポレイテッド | 分析物を調製するための方法および関連キット |
WO2020223133A1 (en) * | 2019-04-30 | 2020-11-05 | Encodia, Inc. | Methods and reagents for cleavage of the n-terminal amino acid from a polypeptide |
US11610651B2 (en) | 2019-05-09 | 2023-03-21 | Catalog Technologies, Inc. | Data structures and operations for searching, computing, and indexing in DNA-based data storage |
JP2022533226A (ja) * | 2019-05-20 | 2022-07-21 | エンコディア, インコーポレイテッド | 空間分析のための方法および関連キット |
EP3976820A1 (en) | 2019-05-30 | 2022-04-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample |
WO2020254672A1 (en) * | 2019-06-19 | 2020-12-24 | Therycell Gmbh | Spatial characterisation of target structures in a sample |
US11346842B2 (en) | 2019-06-20 | 2022-05-31 | Massachusetts Institute Of Technology | Single molecule peptide sequencing methods |
CN110689929B (zh) * | 2019-08-29 | 2021-12-17 | 浙江工业大学 | 一种基于接触概率辅助的蛋白质atp对接方法 |
CA3157804A1 (en) | 2019-10-11 | 2021-04-15 | Catalog Technologies, Inc. | Nucleic acid security and authentication |
JP2023500485A (ja) * | 2019-10-28 | 2023-01-06 | クアンタム-エスアイ インコーポレイテッド | 単一細胞タンパク質及び核酸の配列決定の方法 |
MX2022005092A (es) * | 2019-10-28 | 2022-08-15 | Quantum Si Inc | Métodos, kits y dispositivos para preparar muestas para secuenciación de polipéptidos múltiplex. |
WO2021092433A2 (en) | 2019-11-08 | 2021-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Enhancing specificity of analyte binding |
ES2946357T3 (es) | 2019-12-23 | 2023-07-17 | 10X Genomics Inc | Métodos para el análisis espacial usando ligación con molde de ARN |
WO2021141924A1 (en) * | 2020-01-07 | 2021-07-15 | Encodia, Inc. | Methods for stable complex formation and related kits |
WO2021141922A1 (en) * | 2020-01-07 | 2021-07-15 | Encodia, Inc. | Methods for information transfer and related kits |
EP4073263A4 (en) | 2020-01-07 | 2023-11-08 | Encodia, Inc. | METHODS FOR FORMING A STABLE COMPLEX AND ASSOCIATED KITS |
US11702693B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-07-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells |
US11732299B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial assays with perturbed cells |
US12076701B2 (en) | 2020-01-31 | 2024-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Capturing oligonucleotides in spatial transcriptomics |
US11898205B2 (en) | 2020-02-03 | 2024-02-13 | 10X Genomics, Inc. | Increasing capture efficiency of spatial assays |
US11732300B2 (en) | 2020-02-05 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample |
CN116157533A (zh) * | 2020-02-21 | 2023-05-23 | 10X基因组学有限公司 | 使用杂交方法捕获遗传靶标 |
US11891654B2 (en) | 2020-02-24 | 2024-02-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of making gene expression libraries |
KR102376443B1 (ko) * | 2020-02-26 | 2022-03-17 | 포항공과대학교 산학협력단 | 나노구조체, 나노구조체를 포함하는 바이오센서, 및 스크리닝 방법 |
KR102482668B1 (ko) * | 2020-03-10 | 2022-12-29 | 사회복지법인 삼성생명공익재단 | 고유 분자 식별자의 표지 정확도를 증진하는 방법 |
EP4127157A4 (en) * | 2020-03-24 | 2024-04-24 | Encodia, Inc. | MODIFIED DIPEPTIDE CLIVASES, CORRESPONDING USES AND CORRESPONDING KITS |
CN112280829B (zh) * | 2020-04-07 | 2023-12-26 | 南方科技大学 | 一种试剂盒、样本标记方法、单细胞测序方法 |
EP4136255A4 (en) * | 2020-04-16 | 2024-06-05 | Singleron (Nanjing) Biotechnologies, Ltd. | METHODS AND COMPOSITIONS FOR HIGH-THROUGHPUT TARGET SEQUENCING IN SINGLE CELLS |
CN115916999A (zh) | 2020-04-22 | 2023-04-04 | 10X基因组学有限公司 | 用于使用靶向rna耗竭进行空间分析的方法 |
EP4150622B1 (en) | 2020-05-11 | 2024-09-25 | Catalog Technologies, Inc. | Programs and functions in dna-based data storage |
KR20230012052A (ko) | 2020-05-20 | 2023-01-25 | 퀀텀-에스아이 인코포레이티드 | 단백질 시퀀싱을 위한 방법 및 조성물 |
WO2021237087A1 (en) | 2020-05-22 | 2021-11-25 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis to detect sequence variants |
EP4414459A3 (en) | 2020-05-22 | 2024-09-18 | 10X Genomics, Inc. | Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity |
WO2021242834A1 (en) | 2020-05-26 | 2021-12-02 | 10X Genomics, Inc. | Method for resetting an array |
AU2021283174A1 (en) | 2020-06-02 | 2023-01-05 | 10X Genomics, Inc. | Nucleic acid library methods |
US12031177B1 (en) | 2020-06-04 | 2024-07-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods of enhancing spatial resolution of transcripts |
EP4162074B1 (en) | 2020-06-08 | 2024-04-24 | 10X Genomics, Inc. | Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof |
EP4165207B1 (en) | 2020-06-10 | 2024-09-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods for determining a location of an analyte in a biological sample |
CA3182266A1 (en) | 2020-06-11 | 2021-12-16 | Vadim Lobanov | Methods and systems for computational decoding of biological, chemical, and physical entities |
EP4172362B1 (en) | 2020-06-25 | 2024-09-18 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis of dna methylation |
US11761038B1 (en) | 2020-07-06 | 2023-09-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample |
US11981960B1 (en) | 2020-07-06 | 2024-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis utilizing degradable hydrogels |
WO2022015845A2 (en) * | 2020-07-14 | 2022-01-20 | Ancera Llc | Systems, devices and methods for analysis |
EP4121561A4 (en) | 2020-08-06 | 2024-04-17 | Singular Genomics Systems, Inc. | METHODS FOR IN SITU TRANSCRIPTOMICS AND PROTEOMICS |
CA3176922A1 (en) * | 2020-08-19 | 2022-02-24 | Encodia, Inc. | Sequential encoding methods and related kits |
US11981958B1 (en) | 2020-08-20 | 2024-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using DNA capture |
CA3188680A1 (en) * | 2020-08-21 | 2022-02-24 | Arjun Ganesan | Systems, devices and methods for determining most probable number in biological sample analysis |
US11926822B1 (en) | 2020-09-23 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Three-dimensional spatial analysis |
WO2022094148A1 (en) * | 2020-10-30 | 2022-05-05 | Encodia, Inc. | Conjugation reagents and methods using 1,2-cyclohexanediones |
US11692217B2 (en) | 2020-11-11 | 2023-07-04 | Nautilus Subsidiary, Inc. | Affinity reagents having enhanced binding and detection characteristics |
US11827935B1 (en) | 2020-11-19 | 2023-11-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes |
EP4121555A1 (en) | 2020-12-21 | 2023-01-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes |
US20240067956A1 (en) * | 2021-01-13 | 2024-02-29 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Methods and compositions for molecular tracking in individual cells in vivo |
CA3203106A1 (en) | 2021-01-20 | 2022-07-28 | Parag Mallick | Systems and methods for biomolecule quantitation |
CA3203535A1 (en) | 2021-01-21 | 2022-07-28 | Gregory KAPP | Systems and methods for biomolecule preparation |
US11505796B2 (en) | 2021-03-11 | 2022-11-22 | Nautilus Biotechnology, Inc. | Systems and methods for biomolecule retention |
WO2022256503A1 (en) | 2021-06-03 | 2022-12-08 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, kits, and systems for enhancing analyte capture for spatial analysis |
US20220412998A1 (en) | 2021-06-24 | 2022-12-29 | Nautilus Biotechnology, Inc. | Methods and systems for assay refinement |
US11521947B1 (en) * | 2021-07-14 | 2022-12-06 | Nxp Usa, Inc. | Space efficient flip chip joint design |
WO2023034489A1 (en) | 2021-09-01 | 2023-03-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array |
AU2022341171A1 (en) | 2021-09-09 | 2024-02-22 | Nautilus Subsidiary, Inc. | Characterization and localization of protein modifications |
CA3227592A1 (en) | 2021-09-22 | 2023-03-30 | Gregory KAPP | Methods and systems for determining polypeptide interactions |
US20230149883A1 (en) | 2021-11-03 | 2023-05-18 | Nautilus Biotechnology, Inc. | Systems and methods for surface structuring |
WO2023086847A1 (en) | 2021-11-10 | 2023-05-19 | Encodia, Inc. | Methods for barcoding macromolecules in individual cells |
WO2023114732A2 (en) * | 2021-12-14 | 2023-06-22 | Glyphic Biotechnologies, Inc. | Single-molecule peptide sequencing through molecular barcoding and ex-situ analysis |
EP4206674A1 (en) | 2021-12-28 | 2023-07-05 | Encodia, Inc. | High-throughput serotyping and antibody profiling assays |
US12092578B2 (en) | 2022-03-29 | 2024-09-17 | Nautilus Subsidiary, Inc. | Integrated arrays for single-analyte processes |
WO2023212490A1 (en) | 2022-04-25 | 2023-11-02 | Nautilus Subsidiary, Inc. | Systems and methods for assessing and improving the quality of multiplex molecular assays |
WO2023250364A1 (en) | 2022-06-21 | 2023-12-28 | Nautilus Subsidiary, Inc. | Method for detecting analytes at sites of optically non-resolvable distances |
WO2024058967A1 (en) | 2022-09-13 | 2024-03-21 | Nautilus Subsidiary, Inc. | Systems and methods of validating new affinity reagents |
US20240094215A1 (en) | 2022-09-15 | 2024-03-21 | Nautilus Subsidiary, Inc. | Characterizing accessibility of macromolecule structures |
WO2024073599A1 (en) | 2022-09-29 | 2024-04-04 | Nautilus Subsidiary, Inc. | Preparation of array surfaces for single-analyte processes |
CN115951051B (zh) * | 2022-10-18 | 2024-01-12 | 北京卓诚惠生生物科技股份有限公司 | 一种高灵敏度新型冠状病毒抗原胶体金检测试剂盒及其制备方法 |
US20240192202A1 (en) | 2022-12-09 | 2024-06-13 | Nautilus Subsidiary, Inc. | Fluidic media for single-analtye arrays |
WO2024130000A1 (en) | 2022-12-15 | 2024-06-20 | Nautilus Subsidiary, Inc. | Inhibition of photon phenomena on single molecule arrays |
WO2024148174A1 (en) * | 2023-01-05 | 2024-07-11 | Oregon Health & Science University | Peptide sequencer |
WO2024178395A1 (en) * | 2023-02-24 | 2024-08-29 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods of sequencing polypeptides and related compositions |
WO2024177827A1 (en) | 2023-02-24 | 2024-08-29 | Nautilus Subsidiary, Inc. | Modifying, separating and detecting proteoforms |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2007062664A3 (en) | 2005-12-01 | 2007-08-02 | Nuevolution As | Enzymatic encoding methods for efficient synthesis of large libraries |
JP2007524105A (ja) | 2004-02-25 | 2007-08-23 | バイオエンハンスメンツ リミテッド | 結合物質 |
WO2009050261A1 (en) | 2007-10-19 | 2009-04-23 | Pronota N.V. | Preparation of samples for proteome analysis |
Family Cites Families (126)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4863870A (en) | 1988-03-10 | 1989-09-05 | Bio-Affinity Systems, Inc. | Method of thioacylation peptide sequencing with alcoholysis of thiazolinones |
US5484735A (en) | 1989-08-23 | 1996-01-16 | Northwestern University | Immunoassay of glycosylated proteins employing antibody directed to reductively glycosylated N-terminal amino acids |
US5049507A (en) | 1989-12-21 | 1991-09-17 | Applied Biosystems, Inc. | Method of C-terminal peptide sequencing |
CA2118806A1 (en) | 1991-09-18 | 1993-04-01 | William J. Dower | Method of synthesizing diverse collections of oligomers |
US5573905A (en) | 1992-03-30 | 1996-11-12 | The Scripps Research Institute | Encoded combinatorial chemical libraries |
SE9400088D0 (sv) | 1994-01-14 | 1994-01-14 | Kabi Pharmacia Ab | Bacterial receptor structures |
US5834252A (en) | 1995-04-18 | 1998-11-10 | Glaxo Group Limited | End-complementary polymerase reaction |
CA2176414A1 (en) | 1995-05-18 | 1996-11-19 | S. David Kimball | Acyl guanidine and amidine prodrugs |
ATE319477T1 (de) | 1995-08-03 | 2006-03-15 | Univ Leiden | Antigen presentierende bläschen, die von zellen ableiten |
JP3124507B2 (ja) | 1996-05-24 | 2001-01-15 | セイコーインスツルメンツ株式会社 | タンパク質あるいはペプチドのカルボキシ末端からのアミノ酸配列を決定する方法 |
US5900481A (en) | 1996-11-06 | 1999-05-04 | Sequenom, Inc. | Bead linkers for immobilizing nucleic acids to solid supports |
CN1238366C (zh) | 1997-01-21 | 2006-01-25 | 综合医院公司 | 利用rna-蛋白融合体筛选蛋白 |
US6306588B1 (en) | 1997-02-07 | 2001-10-23 | Invitrogen Corporation | Polymerases for analyzing or typing polymorphic nucleic acid fragments and uses thereof |
US6465193B2 (en) | 1998-12-11 | 2002-10-15 | The Regents Of The University Of California | Targeted molecular bar codes and methods for using the same |
US6875851B1 (en) | 1999-03-05 | 2005-04-05 | University Of Georgia Research Foundation, Inc. | Prolyl tripeptidyl peptidases nucleic acid of Porphyromonas gingivalis |
ES2265917T3 (es) * | 1999-03-23 | 2007-03-01 | Biovation Limited | Aislamiento y analisis de proteinas. |
US6515120B1 (en) | 1999-05-25 | 2003-02-04 | Praelux Incorporated | Method for sequencing and characterizing polymeric biomolecules using aptamers and a method for producing aptamers |
CA2377468C (en) | 1999-07-27 | 2010-04-20 | Phylos, Inc. | Peptide acceptor ligation methods |
GB9927320D0 (en) | 1999-11-18 | 2000-01-12 | Chiron Spa | Exosome separation |
US7306904B2 (en) | 2000-02-18 | 2007-12-11 | Olink Ab | Methods and kits for proximity probing |
US6511809B2 (en) | 2000-06-13 | 2003-01-28 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Method for the detection of an analyte by means of a nucleic acid reporter |
CA2314398A1 (en) | 2000-08-10 | 2002-02-10 | Edward Shipwash | Microarrays and microsystems for amino acid analysis and protein sequencing |
EP1360490B1 (en) | 2001-01-23 | 2011-12-21 | President and Fellows of Harvard College | Nucleic-acid programmable protein arrays |
US20030087232A1 (en) | 2001-01-25 | 2003-05-08 | Fred Christians | Methods for screening polypeptides |
WO2002102820A1 (en) | 2001-06-20 | 2002-12-27 | Nuevolution A/S | Nucleoside derivatives for library preparation |
EP1404846B1 (en) | 2001-07-06 | 2013-09-11 | Institut Pasteur | Method for obtaining cells with new properties |
US7169894B2 (en) | 2001-11-14 | 2007-01-30 | Mirari Biosciences, Inc. | Methods and compositions for reverse translation |
CA2462819A1 (en) | 2001-11-23 | 2003-05-30 | Simon Fredriksson | Method and kit for proximity probing with multivalent proximity probes |
KR20050052666A (ko) | 2002-10-10 | 2005-06-03 | 다이버사 코포레이션 | 프로테아제, 이를 암호화하는 핵산, 및 이를 제조하고사용하는 방법 |
US20090246879A1 (en) * | 2002-12-20 | 2009-10-01 | Callida Genomics | Materials and Methods Relating to Nano-Tags and Nano-Brands |
WO2005015239A2 (en) | 2003-08-07 | 2005-02-17 | Cornell Research Foundation, Inc. | Method for n-terminal labeling of proteins |
US7198900B2 (en) | 2003-08-29 | 2007-04-03 | Applera Corporation | Multiplex detection compositions, methods, and kits |
DE602004023960D1 (de) * | 2003-09-18 | 2009-12-17 | Nuevolution As | Methode zur Gewinnung struktureller Informationen kodierter Moleküle und zur Selektion von Verbindungen |
EP1561755A2 (en) | 2003-10-16 | 2005-08-10 | Shimadzu Corporation | Method for derivatizing protein or peptide to sulfonic acid derivative |
BRPI0417830B1 (pt) | 2003-12-17 | 2021-02-17 | Praecis Pharmaceuticals Inc | métodos para síntese de uma molécula compreendendo uma porção funcional operativamente ligada a um oligonucleotídeo de codificação |
DK1730277T3 (da) | 2004-03-22 | 2010-03-01 | Nuevolution As | Kodning ved ligering under anvendelse af byggebloksoligonukleotider |
EP1737982A4 (en) | 2004-04-14 | 2009-09-23 | Harvard College | NUCLEIC ACID PROGRAMMABLE PROTEIN ARRANGEMENTS |
US7393665B2 (en) | 2005-02-10 | 2008-07-01 | Population Genetics Technologies Ltd | Methods and compositions for tagging and identifying polynucleotides |
US20060199279A1 (en) | 2005-03-07 | 2006-09-07 | Viorica Lopez-Avila | Methods for identifying post-translationally modified polypeptides |
US7229769B2 (en) | 2005-03-25 | 2007-06-12 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for detecting protease activity |
US7883848B2 (en) | 2005-07-08 | 2011-02-08 | Olink Ab | Regulation analysis by cis reactivity, RACR |
US20070020640A1 (en) | 2005-07-21 | 2007-01-25 | Mccloskey Megan L | Molecular encoding of nucleic acid templates for PCR and other forms of sequence analysis |
US7611834B2 (en) | 2005-09-30 | 2009-11-03 | Sandia Corporation | Methods and devices for protein assays |
US20070218503A1 (en) | 2006-02-13 | 2007-09-20 | Mitra Robi D | Methods of polypeptide identification, and compositions therefor |
DE102006015001A1 (de) | 2006-03-31 | 2007-10-11 | NMI Naturwissenschaftliches und Medizinisches Institut an der Universität Tübingen | Verfahren zum Nachweis und/oder zur Anreicherung von Analytproteinen und/oder Analytpeptiden aus einer komplexen Proteinmischung |
US8758991B2 (en) | 2006-04-26 | 2014-06-24 | University Of Louisville Research Foundation, Inc. | Isolation of membrane vesicles from biological fluids and methods of using same |
US8349167B2 (en) | 2006-12-14 | 2013-01-08 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays |
WO2009019215A1 (en) | 2007-08-03 | 2009-02-12 | Dkfz Deutsches Krebsforschungszentrum | Method for prenatal diagnosis using exosomes and cd24 as a marker |
WO2010065322A1 (en) | 2008-12-01 | 2010-06-10 | Research Triangle Institute | Concurrent identification of multitudes of polypeptides |
WO2010065531A1 (en) | 2008-12-01 | 2010-06-10 | Robi David Mitra | Single molecule protein screening |
WO2010127186A1 (en) | 2009-04-30 | 2010-11-04 | Prognosys Biosciences, Inc. | Nucleic acid constructs and methods of use |
US9566335B1 (en) | 2009-09-25 | 2017-02-14 | The Governing Council Of The University Of Toronto | Protein sequencing method and reagents |
WO2011056185A2 (en) | 2009-11-04 | 2011-05-12 | President And Fellows Of Harvard College | Reactivity-dependent and interaction-dependent pcr |
AU2011237729B2 (en) * | 2010-04-05 | 2014-04-03 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially encoded biological assays |
US20110245101A1 (en) | 2010-04-05 | 2011-10-06 | Prognosys Biosciences, Inc. | Co-localization affinity assays |
WO2011127219A1 (en) | 2010-04-06 | 2011-10-13 | Caris Life Sciences Luxembourg Holdings | Circulating biomarkers for disease |
WO2011143583A1 (en) * | 2010-05-13 | 2011-11-17 | Illumina, Inc. | Binding assays for markers |
WO2012041633A1 (en) | 2010-09-27 | 2012-04-05 | Vipergen | A method for making an enriched library |
US20130295574A1 (en) | 2010-11-10 | 2013-11-07 | Exosome Diagnostics, Inc. | Method for Isolation of Nucleic Acid Containing Particles and Extraction of Nucleic Acids Therefrom |
GB201101621D0 (en) | 2011-01-31 | 2011-03-16 | Olink Ab | Method and product |
US9150852B2 (en) * | 2011-02-18 | 2015-10-06 | Raindance Technologies, Inc. | Compositions and methods for molecular labeling |
EP3150750B1 (en) | 2011-04-08 | 2018-12-26 | Prognosys Biosciences, Inc. | Peptide constructs and assay systems |
DK3246416T3 (da) | 2011-04-15 | 2024-09-02 | Univ Johns Hopkins | Sikkert sekventeringssystem |
WO2012155014A1 (en) | 2011-05-11 | 2012-11-15 | Exosome Diagnostics, Inc. | Nucleic acid extraction from heterogeneous biological materials |
US9625469B2 (en) | 2011-06-23 | 2017-04-18 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Identifying peptides at the single molecule level |
EP3492606B1 (en) | 2011-08-22 | 2023-10-04 | Exosome Diagnostics, Inc. | Urine biomarkers |
US20130052665A1 (en) | 2011-08-25 | 2013-02-28 | Bruce Xuefeng Ling | Methods for diagnosis of systemic juvenile idiopathic arthritis |
US9335292B2 (en) | 2011-10-13 | 2016-05-10 | Auburn University | Electrochemical proximity assay |
US10174361B2 (en) | 2011-11-10 | 2019-01-08 | Exosome Diagnostics, Inc. | Cerebrospinal fluid assay |
WO2013112745A1 (en) | 2012-01-24 | 2013-08-01 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Peptide identification and sequencing by single-molecule detection of peptides undergoing degradation |
SI3363901T1 (sl) | 2012-02-17 | 2021-04-30 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Sestavki in postopki za natančno identifikacijo mutacij |
WO2013138510A1 (en) | 2012-03-13 | 2013-09-19 | Patel Abhijit Ajit | Measurement of nucleic acid variants using highly-multiplexed error-suppressed deep sequencing |
PT2828218T (pt) | 2012-03-20 | 2020-11-11 | Univ Washington Through Its Center For Commercialization | Métodos para baixar a taxa de erro da sequenciação paralela massiva de adn utilizando sequenciação duplex de consensus |
US9005888B2 (en) | 2012-06-14 | 2015-04-14 | System Biosciences, Llc | Methods for microvesicle isolation and selective removal |
NL2009191C2 (en) | 2012-07-16 | 2014-01-20 | Univ Delft Tech | Single molecule protein sequencing. |
CN113528634A (zh) | 2012-08-14 | 2021-10-22 | 10X基因组学有限公司 | 微胶囊组合物及方法 |
US20140378322A1 (en) * | 2012-08-14 | 2014-12-25 | 10X Technologies, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
WO2014039715A1 (en) * | 2012-09-07 | 2014-03-13 | University Of Rochester | Methods and compositions for site-specific labeling of peptides and proteins |
US20150252428A1 (en) | 2012-10-03 | 2015-09-10 | Exosome Diagnostics, Inc. | Use of microvesicles in diagnosis, prognosis, and treatment of medical diseases and conditions |
CA2928520C (en) | 2012-10-23 | 2023-03-14 | Caris Life Sciences Switzerland Holdings, S.A.R.L. | Aptamers and uses thereof |
EP3611262B1 (en) | 2013-03-15 | 2020-11-11 | Lineage Biosciences, Inc. | Methods of sequencing the immune repertoire |
WO2014142981A1 (en) * | 2013-03-15 | 2014-09-18 | Illumina, Inc. | Enzyme-linked nucleotides |
US9435810B2 (en) | 2013-03-15 | 2016-09-06 | Washington University | Molecules and methods for iterative polypeptide analysis and processing |
US10006919B2 (en) * | 2013-03-15 | 2018-06-26 | Arizona Board Of Regents On Behalf Of Arizona State University | Peptide array quality control |
EP2989214A4 (en) | 2013-04-23 | 2016-12-28 | Harvard College | IN SITU INTERACTION DETERMINATION |
WO2014189768A1 (en) * | 2013-05-19 | 2014-11-27 | The Board Of Trustees Of The Leland | Devices and methods for display of encoded peptides, polypeptides, and proteins on dna |
EP4234716A3 (en) | 2013-06-25 | 2023-12-06 | Prognosys Biosciences, Inc. | Methods for determining spatial patterns of biological targets in a sample |
EP3019514A4 (en) * | 2013-07-10 | 2017-02-22 | President and Fellows of Harvard College | Compositions and methods relating to nucleic acid-protein complexes |
CN105980615A (zh) | 2013-08-28 | 2016-09-28 | 卡里斯生命科学瑞士控股有限公司 | 寡核苷酸探针及其用途 |
WO2015042506A1 (en) | 2013-09-23 | 2015-03-26 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | High-throughput single molecule protein identification |
WO2015070037A2 (en) | 2013-11-08 | 2015-05-14 | Prognosys Biosciences, Inc. | Polynucleotide conjugates and methods for analyte detection |
US9834814B2 (en) * | 2013-11-22 | 2017-12-05 | Agilent Technologies, Inc. | Spatial molecular barcoding of in situ nucleic acids |
SG11201606702SA (en) | 2014-02-27 | 2016-09-29 | Univ Texas | Methods and compositions for isolating exosomes |
WO2015148606A2 (en) | 2014-03-25 | 2015-10-01 | President And Fellows Of Harvard College | Barcoded protein array for multiplex single-molecule interaction profiling |
EP3456846B1 (en) | 2014-04-21 | 2022-06-22 | President and Fellows of Harvard College | Systems and methods for barcoding nucleic acid |
WO2015163818A1 (en) * | 2014-04-24 | 2015-10-29 | Nanyang Technological University | Asx-specific protein ligase |
JP6593710B2 (ja) | 2014-05-02 | 2019-10-23 | Idacセラノスティクス株式会社 | 単一細胞由来核酸の解析方法 |
US20170074855A1 (en) | 2014-05-15 | 2017-03-16 | Two Pore Guys, Inc. | Scaffold Data Storage and Target Detection in a Sample Using a Nanopore |
WO2015200869A1 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-30 | 10X Genomics, Inc. | Analysis of nucleic acid sequences |
EP3161160B1 (en) | 2014-06-26 | 2021-10-13 | 10X Genomics, Inc. | Methods of analyzing nucleic acids from individual cells or cell populations |
WO2016004068A1 (en) * | 2014-06-30 | 2016-01-07 | Jae-Won Shin | Hydrogel compositions comprising encapsulated cells and methods of use thereof |
AU2015287763B2 (en) | 2014-07-09 | 2019-08-08 | Exosome Diagnostics, Inc. | Methods for isolating microvesicles and extracting nucleic acids from biological samples |
US20160060687A1 (en) | 2014-07-18 | 2016-03-03 | Cdi Laboratories, Inc. | Methods and compositions to identify, quantify, and characterize target analytes and binding moieties |
AU2015296029B2 (en) * | 2014-08-01 | 2022-01-27 | Dovetail Genomics, Llc | Tagging nucleic acids for sequence assembly |
CA3208970A1 (en) | 2014-09-15 | 2016-05-06 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Improved single molecule peptide sequencing |
IL299976B1 (en) | 2014-10-17 | 2024-07-01 | Illumina Cambridge Ltd | Continuity-preserving transposition |
US9771412B2 (en) * | 2014-10-31 | 2017-09-26 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Engineered intein for improved production of protein-intein fusions |
RU2717491C2 (ru) | 2015-02-10 | 2020-03-23 | Иллюмина, Инк. | Способ и композиция для анализа клеточных компонентов |
WO2016138496A1 (en) * | 2015-02-27 | 2016-09-01 | Cellular Research, Inc. | Spatially addressable molecular barcoding |
US20180284125A1 (en) | 2015-03-11 | 2018-10-04 | The Broad Institute, Inc. | Proteomic analysis with nucleic acid identifiers |
WO2016164530A1 (en) | 2015-04-07 | 2016-10-13 | University Of Maryland, College Park | Compositions and methods for high throughput protein sequencing |
AU2016276750A1 (en) | 2015-06-09 | 2018-01-18 | The Board Of Regents Of The University Of Texas System | Diagnostic test for early stage cancer |
EP3397764A4 (en) | 2015-12-30 | 2019-05-22 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | DIGITAL QUANTIFICATION OF PROTEINS |
CN108779486B (zh) | 2016-02-17 | 2023-02-28 | 哈佛学院院长及董事 | 分子编程工具 |
KR102516168B1 (ko) | 2016-05-02 | 2023-03-30 | 엔코디아, 인코포레이티드 | 암호화 핵산을 사용한 거대분자 분석 |
CN109312337B (zh) | 2016-05-27 | 2022-10-04 | 哈佛学院院长及董事 | 用于单分子检测的条件性引物延伸 |
WO2018005720A1 (en) | 2016-06-30 | 2018-01-04 | President And Fellows Of Harvard College | Method of determining the molecular binding between libraries of molecules |
US10697974B2 (en) | 2016-07-22 | 2020-06-30 | President And Fellows Of Harvard College | Methods and compositions for protein identification |
CN117512066A (zh) | 2017-01-30 | 2024-02-06 | 10X基因组学有限公司 | 用于基于微滴的单细胞条形编码的方法和系统 |
FI3583214T3 (fi) | 2017-02-02 | 2023-12-19 | New York Genome Center Inc | Menetelmiä ja koostumuksia biologisen näytteen sisältämien kohteiden tunnistamiseksi tai kvantifioimiseksi |
CA3081451A1 (en) | 2017-10-31 | 2019-05-09 | Encodia, Inc. | A method for assaying interactions between biological targets and binding agents |
US20200348307A1 (en) | 2017-10-31 | 2020-11-05 | Encodia, Inc. | Methods and compositions for polypeptide analysis |
KR102556494B1 (ko) | 2017-10-31 | 2023-07-18 | 엔코디아, 인코포레이티드 | 핵산 암호화 및/또는 표지를 이용한 분석용 키트 |
MX2020006803A (es) | 2017-12-29 | 2020-10-28 | Nautilus Biotechnology Inc | Estrategias de descodificacion para identificacion de proteinas. |
EP3740567A4 (en) | 2018-01-18 | 2022-03-09 | Nanosomix Inc. | DETECTION OF EXOSOMES AND EXOSOMAL BIOMARKERS FOR DIAGNOSIS AND PROGNOSIS OF DISEASES AND DISORDERS |
US20190301985A1 (en) | 2018-04-03 | 2019-10-03 | Tymora Analytical Operations, Inc. | Methods for affinity-based non-antibody capture and purification of extracellular vesicles |
-
2017
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Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2007524105A (ja) | 2004-02-25 | 2007-08-23 | バイオエンハンスメンツ リミテッド | 結合物質 |
WO2007062664A3 (en) | 2005-12-01 | 2007-08-02 | Nuevolution As | Enzymatic encoding methods for efficient synthesis of large libraries |
WO2009050261A1 (en) | 2007-10-19 | 2009-04-23 | Pronota N.V. | Preparation of samples for proteome analysis |
Also Published As
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---|---|---|
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