JP2019523635A5

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Publication number: JP2019523635A5
Application number: JP2018558133A
Authority: JP
Filing date: 2017-05-02
Publication date: 2020-06-18
Anticipated expiration: 2037-05-02

Claims

巨大分子を解析するための方法であって、
（ａ）固体支持体に接合した巨大分子および付随する記録タグを用意するステップと；
（ｂ）前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第１の結合性物質であって、前記第１の結合性物質に関する識別情報を有する第１のコーディングタグを含む第１の結合性物質と接触させるステップと；
（ｃ）前記第１のコーディングタグの情報を前記記録タグに移行させて、一次伸長記録タグを生成するステップと；
（ｄ）前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第２の結合性物質であって、前記第２の結合性物質に関する識別情報を有する第２のコーディングタグを含む第２の結合性物質と接触させるステップと；
（ｅ）前記第２のコーディングタグの情報を前記一次伸長記録タグに移行させて、二次伸長記録タグを生成するステップと；
（ｆ）前記二次伸長記録タグを解析するステップと
を含む方法。
ステップ（ｅ）と（ｆ）の間に、
（ｘ）前記第２の結合性物質を、前記巨大分子に結合することが可能な第３の（またはより高次の）結合性物質であって、前記第３の（またはより高次の）結合性物質に関する識別情報を有する第３の（またはより高次の）コーディングタグを含む第３の（またはより高次の）結合性物質に置き換えることにより、ステップ（ｄ）および（ｅ）を１回または複数回繰り返すステップと；
（ｙ）前記第３の（またはより高次の）コーディングタグの情報を前記第２の（またはより高次の）伸長記録タグに移行させて、第３の（またはより高次の）伸長記録タグを生成するステップと
をさらに含み、
ステップ（ｆ）において前記第３の（またはより高次の）伸長記録タグを解析する、請求項１に記載の方法。
ステップ（ａ）が前記固体支持体に接合した複数の巨大分子および付随する記録タグを提供することを含み、
ステップ（ｂ）および（ｄ）のそれぞれが、前記複数の巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第１または第２の複数の結合性物質と接触させることを含み、前記第１または第２の複数の結合性物質が、前記第１または第２の結合性物質に関する識別情報を有する第１または第２の記録タグを含む、
請求項１または請求項２に記載の方法。
前記巨大分子が、タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドである、請求項１から３までのいずれか一項に記載の方法。
前記ペプチドが、生体試料由来のタンパク質を断片化することによって得られる、請求項４に記載の方法。
前記タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドのＮ末端アミノ酸（ＮＴＡＡ）を化学部分で修飾子、修飾されたＮＴＡＡを産生することをさらに含む、請求項４または請求項５に記載の方法。
結合性物質が前記修飾されたＮＴＡＡに結合することが可能である、請求項６に記載の方法。
前記修飾されたＮＴＡＡを除去して、前記タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドの新しいＮＴＡＡを露出させることをさらに含む、請求項４〜７のいずれか一項に記載の方法。
前記記録タグが、ＤＮＡ分子、偽相補的塩基を有するＤＮＡ、ＲＮＡ分子、ＢＮＡ分子、ＸＮＡ分子、ＬＮＡ分子、ＰＮＡ分子、γＰＮＡ分子、またはこれらの組合せであり、および／または
前記コーディングタグが、ＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、ＢＮＡ分子、ＸＮＡ分子、ＬＮＡ分子、ＰＮＡ分子、γＰＮＡ分子、またはこれらの組合せである、
請求項１から８までのいずれか一項に記載の方法。
前記記録タグが、
ユニバーサルプライミング部位、
一意の分子識別子（ＵＭＩ）、
バーコード、
その３’末端におけるスペーサー、および／または
３’ブロック基
を含む、請求項１から９までのいずれか一項に記載の方法。
前記複数の巨大分子の間に前記固体支持体上で平均距離＞５０ｎｍの間隔をあける、請求項３から１０までのいずれか一項に記載の方法。
前記コーディングタグの情報の前記記録タグへの移行が、ＤＮＡリガーゼ、ＤＮＡポリメラーゼまたは化学的ライゲーションによって媒介される、請求項１から１１までのいずれか一項に記載の方法。
前記結合性物質が、前記巨大分子に選択的に結合可能である、請求項１から１２までのいずれか一項に記載の方法。
前記結合性物質が、単一のアミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチドまたは前記ペプチドの翻訳語修飾に結合する、請求項１から１３までのいずれか一項に記載の方法。
前記翻訳語修飾がアシル化、アセチル化、アルキル化、ビオチン化、ブチリル化、カルバミル化、カルボニル化、脱アミド化、脱イミノ化、ジフタミド形成、ジスルフィド架橋形成、エリミニル化、フラビン付着、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル化、グルタミル化、グリシル化、グリコシル化、グリコシルホスファチジルイノシトール付加、ヘムＣ付着、ヒドロキシル化、ハイプシン形成、ヨウ素化、イソプレニル化、脂質付加、リポイル化、マロニル化、メチル化、ミリストイル化、酸化、パルミトイル化、ペグ化、ホスホパンテテイニル化、リン酸化、プレニル化、プロピオニル化、レチニリデンシッフ塩基形成、Ｓ−グルタチオン化、Ｓ−ニトロシル化、Ｓ−スルフェニル化、セレン化、サクシニル化、スルフィン化、ユビキチン化、およびＣ末端アミド化からなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
前記方法が前記翻訳後修飾を除去することをさらに含む、請求項１４または請求項１５に記載の方法。
前記コーディングタグが、スペーサー、結合サイクル特異的配列、一意の分子識別子、ユニバーサルプライミング部位、ターミネーターヌクレオチドまたはこれらに任意の組み合わせをさらに含む、請求項１から１６までのいずれか一項に記載の方法。
前記伸長記録タグの解析が、核酸配列決定法を含む、請求項１から１７までのいずれか一項に記載の方法。
前記伸長記録タグが解析前に増幅される、請求項１から１８までのいずれか一項に記載の方法。
前記固体支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、フィルター、膜、ナイロン、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、マイクロタイターウェル、ＥＬＩＳＡプレート、スピン干渉ディスク、ニトロセルロースメンブレン、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子、またはマイクロスフェアである、請求項１から１９までのいずれか一項に記載の方法。
前記固体支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、制御ポアビーズまたはそれらの組合せである、請求項２０に記載の方法。