JP2021501576A5 - - Google Patents
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これらの図面に示されている例のいずれにおいても、エンコーディングタグおよび/または記録タグ(および/または該当する場合は、ジタグ、コンパートメントタグ、もしくは分配タグ)またはそれらの任意の部分(例えば、ユニバーサルプライマー、スペーサー、UMI、記録タグバーコード、エンコーダー配列、結合サイクル特異的バーコードなど)は、非核酸配列決定可能なポリマーなどの配列決定可能なポリマーを含んでもよく、または置き換えられてもよい。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
(a)
(i)生物学的標的(例えば、タンパク質またはポリペプチド)のセットであって、各生物学的標的に、前記生物学的標的を識別するエンコーディングバーコードを必要に応じて含む記録タグが直接または間接的に付随している、生物学的標的(例えば、タンパク質またはポリペプチド)のセットを、
(ii)作用物質のライブラリーであって、各作用物質が、少なくとも1つの別々の支持体に固定化されており、別々の支持体のそれぞれが、前記支持体に固定化された前記作用物質に関する識別情報を含むコーディングタグをさらに含む、作用物質のライブラリーと
接触させるステップと;
(b)
(i)前記作用物質の1つまたは複数と(直接または間接的に)結合および/または(直接または間接的に)反応する各生物学的標的に付随する前記記録タグと、
(ii)前記1つまたは複数の作用物質のコーディングタグと
の間の情報の移行を可能にするステップであって、
前記情報の移行により、伸長記録タグおよび/または伸長コーディングタグが生成する、ステップと;
(c)前記伸長記録タグおよび/または前記伸長コーディングタグを解析し、それにより、前記生物学的標的のセットと前記作用物質のライブラリーとの間の相互作用(複数可)をアッセイするステップと
を含む方法。
(項目2)
別々の支持体のそれぞれにおいて、同じ作用物質の複数の分子および/または同じコーディングタグの複数の分子が固定化されている、項目1に記載の方法。
(項目3)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された作用物質と前記固定化されたコーディングタグが、コンジュゲートまたは複合体を形成している、項目1または2に記載の方法。
(項目4)
前記固定化された作用物質および/または前記固定化されたコーディングタグが、前記支持体に直接固定化されている、項目3に記載の方法。
(項目5)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された作用物質および前記固定化されたコーディングタグが、前記支持体に(直接または間接的に)独立に固定化されている、項目1または2に記載の方法。
(項目6)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された作用物質と前記固定化されたコーディングタグがリンカーによって(直接または間接的に、共有結合によりまたは非共有結合により)接続されており、前記リンカーが前記支持体に(直接または間接的に)固定化されている、項目1または2に記載の方法。
(項目7)
前記作用物質のライブラリーが、小分子、ペプチドもしくはペプチドの模倣物、ペプチド模倣物(例えば、ペプトイド、β−ペプチド、またはD−ペプチドのペプチド模倣物)、多糖、またはアプタマー(例えば、DNAアプタマーなどの核酸アプタマー、またはペプチドアプタマー)、またはこれらの任意の組合せを含む、項目1から6までのいずれか一項に記載の方法。
(項目8)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記コーディングタグの固定化された分子の密度が、前記作用物質の固定化された分子の密度と等しいまたはそれよりも大きい、項目1から7までのいずれか一項に記載の方法。
(項目9)
前記コーディングタグの固定化された分子の密度が、前記作用物質の固定化された分子の密度の少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約7倍、少なくとも約8倍、少なくとも約9倍、少なくとも約10倍、少なくとも約20倍、少なくとも約50倍、少なくとも約100倍、またはそれよりも大きい、項目8に記載の方法。
(項目10)
少なくとも1つのコーディングタグから少なくとも1つの記録タグに情報が移行され、それにより、少なくとも1つの伸長記録タグを生成する、項目1から9までのいずれか一項に記載の方法。
(項目11)
少なくとも1つの記録タグから少なくとも1つのコーディングタグに情報が移行され、それにより、少なくとも1つの伸長コーディングタグを生成する、項目1から9までのいずれか一項に記載の方法。
(項目12)
前記コーディングタグからの情報と前記記録タグからの情報とを含む少なくとも1つのジタグ構築物が生成される、項目1から11までのいずれか一項に記載の方法。
(項目13)
前記生物学的標的の少なくとも1つが、前記作用物質の2つまたはそれよりも多くと結合および/または反応する、項目1から12までのいずれか一項に記載の方法。
(項目14)
前記伸長記録タグまたは前記伸長コーディングタグが、前記2つまたはそれよりも多くの作用物質に関する識別情報を含む、項目13に記載の方法。
(項目15)
前記生物学的標的の少なくとも1つに2つまたはそれよりも多くの記録タグが付随しており、前記2つまたはそれよりも多くの記録タグが同じであっても異なってもよい、項目1から14までのいずれか一項に記載の方法。
(項目16)
少なくとも1つの別々の支持体が、同じ作用物質についての2つまたはそれよりも多くのコーディングタグを含み、前記2つまたはそれよりも多くのコーディングタグが同じであっても異なってもよい、項目1から15までのいずれか一項に記載の方法。
(項目17)
前記情報の移行が、ライゲーション(例えば、酵素的もしくは化学的ライゲーション、副子ライゲーション、粘着末端ライゲーション、ssDNAライゲーションなどの一本鎖(ss)ライゲーション、またはこれらの任意の組合せ)、ポリメラーゼ媒介性反応(例えば、一本鎖核酸または二本鎖核酸のプライマー伸長)、またはこれらの任意の組合せによって達成される、項目1から16までのいずれか一項に記載の方法。
(項目18)
前記生物学的標的のセットが、プロテオームまたはそのサブセットを含み、
必要に応じて、タンパク質のセットが、ゲノムもしくはそのサブセットのin vitro転写/翻訳、その後のin vitro翻訳を使用して作製される、またはトランスクリプトームもしくはそのサブセットのin vitro翻訳を使用して作製される、項目1から17までのいずれか一項に記載の方法。
(項目19)
前記プロテオームのサブセットが、カイノーム;セクレトーム;レセプトーム(例えば、GPCRome);免疫プロテオーム;栄養プロテオーム;翻訳後修飾(例えば、リン酸化、ユビキチン化、メチル化、アセチル化、グリコシル化、酸化、脂質付加、および/またはニトロシル化)によって規定されるプロテオームサブセット、例えば、リン酸化プロテオーム(例えば、ホスホチロシン−プロテオーム、チロシン−カイノーム、およびチロシン−ホスファトーム)、グリコプロテオームなど;組織もしくは臓器、発生段階、または生理的もしくは病的状態に関連するプロテオームサブセット;細胞周期、分化(または脱分化)、細胞死、老化、細胞遊走、形質転換、または転移などの細胞プロセスに関連するプロテオームサブセット;あるいはこれらの任意の組合せを含む、項目18に記載の方法。
(項目20)
前記生物学的標的のセットが、ヒトなどの哺乳動物、非ヒト動物、魚、無脊椎動物、節足動物、昆虫、または植物、例えば、酵母、細菌、例えば、E.coli、ウイルス、例えば、HIVもしくはHCV、またはこれらの組合せに由来する、項目1から19までのいずれか一項に記載の方法。
(項目21)
前記生物学的標的のセットが、タンパク質複合体またはそのサブユニットを含む、項目1から20までのいずれか一項に記載の方法。
(項目22)
前記記録タグが、核酸、オリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、DNA分子、偽相補的塩基を有するDNA、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはモルホリノ、またはこれらの組合せを含む、項目1から21までのいずれか一項に記載の方法。
(項目23)
前記記録タグが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目1から22までのいずれか一項に記載の方法。
(項目24)
前記記録タグが、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含み、例えば、前記ユニバーサルプライミング部位が、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含む、項目1から23までのいずれか一項に記載の方法。
(項目25)
前記記録タグが、一意の分子識別子(UMI)を含む、項目1から24までのいずれか一項に記載の方法。
(項目26)
前記記録タグが、前記生物学的標的を識別するエンコーディングバーコード、試料バーコード、コンパートメントバーコード、分配バーコード、エラー訂正バーコード、またはこれらの任意の組合せなどのバーコードを含む、項目1から25までのいずれか一項に記載の方法。
(項目27)
前記記録タグが、その3’末端にスペーサーを含む、項目1から26までのいずれか一項に記載の方法。
(項目28)
前記別々の支持体が、剛性固体支持体、可撓性固体支持体、または軟性固体支持体などの固体支持体であり、多孔質支持体または非多孔質支持体を含む、項目1から27までのいずれか一項に記載の方法。
(項目29)
前記別々の支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、磁気ビーズ、常磁性ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、表面、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、スライド、フィルター、ナイロン、チップ、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、ウェル、マイクロタイターウェル、プレート、ELISAプレート、ディスク、スピン干渉ディスク、膜、ニトロセルロース膜、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子(例えば、磁気ナノ粒子(Fe 3 O 4 )、金ナノ粒子、および/または銀ナノ粒子などの金属を含む)、量子ドット、ナノシェル、ナノケージ、マイクロスフェア、またはこれらの任意の組合せを含む、項目1から28までのいずれか一項に記載の方法。
(項目30)
前記支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、磁気ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズ、またはこれらの任意の組合せを含む、項目29に記載の方法。
(項目31)
生物学的標的−作用物質結合マトリックスを創出するために、前記生物学的標的のセットと前記作用物質のライブラリーとの間の相互作用を並行解析するための、項目1から42までのいずれか一項に記載の方法。
(項目32)
前記マトリックスのサイズが、約10 2 、約10 3 、約10 4 、約10 5 、約10 6 、約10 7 、約10 8 、約10 9 、約10 10 、約10 11 、約10 12 、約10 13 、約10 14 、またはそれよりも大きい、例えば、約2×10 13 である、項目31に記載の方法。
(項目33)
前記コーディングタグが、核酸、オリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、DNA分子、偽相補的塩基を有するDNA、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはモルホリノ、またはこれらの組合せを含む、項目1から32までのいずれか一項に記載の方法。
(項目34)
前記コーディングタグが、前記作用物質を識別するエンコーダー配列を含む、項目1から33までのいずれか一項に記載の方法。
(項目35)
前記コーディングタグが、スペーサー、一意の分子識別子(UMI)、ユニバーサルプライミング部位、またはこれらの任意の組合せを含む、項目1から34までのいずれか一項に記載の方法。
(項目36)
前記作用物質と前記コーディングタグが、リンカーまたは結合対によって接合されている、項目1から35までのいずれか一項に記載の方法。
(項目37)
前記作用物質と前記コーディングタグが、前記別々の支持体上に共局在している、項目1から35までのいずれか一項に記載の方法。
(項目38)
別々の支持体のそれぞれにおいて、同じ作用物質の複数の分子および/または同じコーディングタグの複数の分子が固定化されており、前記分子が、共局在していてよく、互いに低密度に間隔をあける必要はない、項目1から37までのいずれか一項に記載の方法。
(項目39)
(a)
(i)生物学的標的(例えば、タンパク質またはポリペプチド)のセットであって、各生物学的標的が、少なくとも1つの別々の支持体に固定化されており、別々の支持体のそれぞれが、前記支持体に固定化された前記生物学的標的に関する識別情報を含む記録タグをさらに含む、生物学的標的(例えば、タンパク質またはポリペプチド)のセットを
(ii)作用物質のライブラリーであって、各作用物質に作用物質に関する識別情報を含むコーディングタグが直接または間接的に付随している、作用物質のライブラリー
と
接触させるステップと;
(b)
(i)前記作用物質の1つまたは複数と(直接または間接的に)結合および/または(直接または間接的に)反応する各生物学的標的に付随する前記記録タグと、
(ii)前記1つまたは複数の作用物質のコーディングタグと
の間の情報の移行を可能にするステップであって、
前記情報の移行により、伸長記録タグおよび/または伸長コーディングタグが生成する、ステップと;
(c)前記伸長記録タグおよび/または前記伸長コーディングタグを解析し、それにより、前記生物学的標的のセットと前記作用物質のライブラリーとの間の相互作用(複数可)をアッセイするステップと
を含む方法。
(項目40)
別々の支持体のそれぞれにおいて、同じ生物学的標的の複数の分子および/または同じ記録タグの複数の分子が固定化されている、項目39に記載の方法。
(項目41)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された生物学的標的と前記固定化された記録タグがコンジュゲートまたは複合体を形成している、項目39または40に記載の方法。
(項目42)
前記固定化された生物学的標的および/または前記固定化された記録タグが、前記支持体に直接固定化されている、項目41に記載の方法。
(項目43)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された生物学的標的および前記固定化された記録タグが前記支持体に(直接または間接的に)独立に固定化されている、項目39または40に記載の方法。
(項目44)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された生物学的標的と前記固定化された記録タグがリンカーによって(直接または間接的に、共有結合によりまたは非共有結合により)接続されており、前記リンカーが前記支持体に(直接または間接的に)固定化されている、項目39または40に記載の方法。
(項目45)
前記作用物質のライブラリーが、小分子、ペプチドもしくはペプチドの模倣物、ペプチド模倣物(例えば、ペプトイド、β−ペプチド、またはD−ペプチドのペプチド模倣物)、多糖、またはアプタマー(例えば、DNAアプタマーなどの核酸アプタマー、またはペプチドアプタマー)、またはこれらの任意の組合せを含む、項目39から44までのいずれか一項に記載の方法。
(項目46)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された記録タグの分子の密度が、前記固定化された生物学的標的の分子の密度と等しいまたはそれよりも大きい、項目39から45までのいずれか一項に記載の方法。
(項目47)
前記固定化された記録タグの分子の密度が、前記固定化された生物学的標的の分子の密度の少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約7倍、少なくとも約8倍、少なくとも約9倍、少なくとも約10倍、少なくとも約20倍、少なくとも約50倍、少なくとも約100倍、またはそれよりも大きい、項目46に記載の方法。
(項目48)
少なくとも1つのコーディングタグから少なくとも1つの記録タグに情報が移行され、それにより、少なくとも1つの伸長記録タグを生成する、項目39から47までのいずれか一項に記載の方法。
(項目49)
少なくとも1つの記録タグから少なくとも1つのコーディングタグに情報が移行され、それにより、少なくとも1つの伸長コーディングタグを生成する、項目39から47までのいずれか一項に記載の方法。
(項目50)
前記コーディングタグからの情報と前記記録タグからの情報とを含む少なくとも1つのジタグ構築物が生成される、項目39から49までのいずれか一項に記載の方法。
(項目51)
前記生物学的標的の少なくとも1つが、前記作用物質の2つまたはそれよりも多くと結合および/または反応する、項目39から50までのいずれか一項に記載の方法。
(項目52)
前記伸長記録タグまたは前記伸長コーディングタグが、前記2つまたはそれよりも多くの作用物質に関する識別情報を含む、項目51に記載の方法。
(項目53)
前記生物学的標的の少なくとも1つに2つまたはそれよりも多くの記録タグが付随しており、前記2つまたはそれよりも多くの記録タグが同じであっても異なってもよい、項目39から52までのいずれか一項に記載の方法。
(項目54)
少なくとも1つの別々の支持体が、同じ生物学的標的についての2つまたはそれよりも多くの記録タグを含み、前記2つまたはそれよりも多くの記録タグが同じであっても異なってもよい、項目39から53までのいずれか一項に記載の方法。
(項目55)
前記情報の移行が、ライゲーション(例えば、酵素的もしくは化学的ライゲーション、副子ライゲーション、粘着末端ライゲーション、ssDNAライゲーションなどの一本鎖(ss)ライゲーション、またはこれらの任意の組合せ)、ポリメラーゼ媒介性反応(例えば、一本鎖核酸または二本鎖核酸のプライマー伸長)、またはこれらの任意の組合せによって達成される、項目39から54までのいずれか一項に記載の方法。
(項目56)
前記生物学的標的のセットが、プロテオームまたはそのサブセットを含み、
必要に応じて、前記タンパク質のセットが、ゲノムもしくはそのサブセットのin vitro転写/翻訳、その後のin vitro翻訳を使用して作製される、またはトランスクリプトームもしくはそのサブセットのin vitro翻訳を使用して作製される、項目39から55までのいずれか一項に記載の方法。
(項目57)
前記プロテオームのサブセットが、カイノーム;セクレトーム;レセプトーム(例えば、GPCRome);免疫プロテオーム;栄養プロテオーム;翻訳後修飾(例えば、リン酸化、ユビキチン化、メチル化、アセチル化、グリコシル化、酸化、脂質付加、および/またはニトロシル化)によって規定されるプロテオームサブセット、例えば、リン酸化プロテオーム(例えば、ホスホチロシン−プロテオーム、チロシン−カイノーム、およびチロシン−ホスファトーム)、グリコプロテオームなど;組織もしくは臓器、発生段階、または生理的もしくは病的状態に関連するプロテオームサブセット;細胞周期、分化(または脱分化)、細胞死、老化、細胞遊走、形質転換、または転移などの細胞プロセスに関連するプロテオームサブセット;あるいはこれらの任意の組合せを含む、項目56に記載の方法。
(項目58)
前記生物学的標的のセットが、ヒトなどの哺乳動物、非ヒト動物、魚、無脊椎動物、節足動物、昆虫、または植物、例えば、酵母、細菌、例えば、E.coli、ウイルス、例えば、HIVもしくはHCV、またはこれらの組合せに由来する、項目39から57までのいずれか一項に記載の方法。
(項目59)
前記生物学的標的のセットが、タンパク質複合体またはそのサブユニットを含む、項目39から58までのいずれか一項に記載の方法。
(項目60)
前記記録タグが、核酸、オリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、DNA分子、偽相補的塩基を有するDNA、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはモルホリノ、またはこれらの組合せを含む、項目39から59までのいずれか一項に記載の方法。
(項目61)
前記記録タグが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目39から60までのいずれか一項に記載の方法。
(項目62)
前記記録タグが、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含み、例えば、前記ユニバーサルプライミング部位が、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含む、項目39から61までのいずれか一項に記載の方法。
(項目63)
前記記録タグが、一意の分子識別子(UMI)を含む、項目39から62までのいずれか一項に記載の方法。
(項目64)
前記記録タグが、前記生物学的標的を識別するエンコーディングバーコード、試料バーコード、コンパートメントバーコード、分配バーコード、エラー訂正バーコード、またはこれらの任意の組合せなどのバーコードを含む、項目39から63までのいずれか一項に記載の方法。
(項目65)
前記記録タグが、その3’末端にスペーサーを含む、項目39から64までのいずれか一項に記載の方法。
(項目66)
前記別々の支持体が、剛性固体支持体、可撓性固体支持体、または軟性固体支持体などの固体支持体であり、多孔質支持体または非多孔質支持体を含む、項目39から65までのいずれか一項に記載の方法。
(項目67)
前記別々の支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、磁気ビーズ、常磁性ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、表面、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、スライド、フィルター、ナイロン、チップ、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、ウェル、マイクロタイターウェル、プレート、ELISAプレート、ディスク、スピン干渉ディスク、膜、ニトロセルロース膜、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子(例えば、磁気ナノ粒子(Fe 3 O 4 )、金ナノ粒子、および/または銀ナノ粒子などの金属を含む)、量子ドット、ナノシェル、ナノケージ、マイクロスフェア、またはこれらの任意の組合せを含む、項目39から66までのいずれか一項に記載の方法。
(項目68)
前記支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、磁気ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズ、またはこれらの任意の組合せを含む、項目67に記載の方法。
(項目69)
生物学的標的−作用物質結合マトリックスを創出するために、前記生物学的標的のセットと前記作用物質のライブラリーとの間の相互作用を並行解析するための、項目39から68までのいずれか一項に記載の方法。
(項目70)
前記マトリックスのサイズが、約10 2 、約10 3 、約10 4 、約10 5 、約10 6 、約10 7 、約10 8 、約10 9 、約10 10 、約10 11 、約10 12 、約10 13 、約10 14 、またはそれよりも大きい、例えば、約2×10 13 である、項目69に記載の方法。
(項目71)
前記コーディングタグが、核酸、オリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、DNA分子、偽相補的塩基を有するDNA、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはモルホリノ、またはこれらの組合せを含む、項目39から70までのいずれか一項に記載の方法。
(項目72)
前記コーディングタグが、前記作用物質を識別するエンコーダー配列を含む、項目39から71までのいずれか一項に記載の方法。
(項目73)
前記コーディングタグが、スペーサー、一意の分子識別子(UMI)、ユニバーサルプライミング部位、またはこれらの任意の組合せを含む、項目39から72までのいずれか一項に記載の方法。
(項目74)
前記作用物質と前記コーディングタグが、リンカーまたは結合対によって接合されている、項目39から73までのいずれか一項に記載の方法。
(項目75)
前記生物学的標的と前記記録タグが、前記別々の支持体上に共局在している、項目39から74までのいずれか一項に記載の方法。
(項目76)
別々の支持体のそれぞれにおいて、同じ生物学的標的の複数の分子および/または同じ記録タグの複数の分子が固定化されており、前記分子が、共局在していてよく、互いに低密度に間隔をあける必要はない、項目39から75までのいずれか一項に記載の方法。
(項目77)
(a)(i)第1のユニバーサルプライマー配列を含む記録タグが直接または間接的に付随する生物学的標的(例えば、タンパク質またはポリペプチド)を、(ii)第1の支持体に固定化された作用物質と接触させるステップであって、前記第1の支持体が、前記支持体に固定化された前記作用物質に関する識別情報を含むコーディングタグをさらに含む、ステップと;
(b)前記生物学的標的と前記固定化された作用物質との間の結合および/または反応時に前記記録タグと前記コーディングタグとの間の情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行により、前記生物学的標的に付随する伸長記録タグが生成する、ステップと;
(c)前記伸長記録タグを、サイクル特異的タグおよび第2のユニバーサルプライマー配列と接触させるステップであって、サイクル特異的タグおよび第2のユニバーサルプライマー配列の両方が第2の支持体に固定化されており、前記第1のユニバーサルプライマー配列および前記第2のユニバーサルプライマー配列の全部または一部が互いと相補的である、ステップと;
(d)前記固定化されたサイクル特異的タグと前記伸長記録タグとの間の情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行により、前記生物学的標的に付随するさらなる伸長記録タグが生成する、ステップと;
(e)前記コーディングタグおよび前記サイクル特異的タグからの情報を含む前記さらなる伸長記録タグを解析するステップと
を含み、ステップ(e)の前にステップ(a)〜(d)を複数回繰り返すことができる方法。
(項目78)
(a)(i)記録タグが直接または間接的に付随した生物学的標的(例えば、タンパク質またはポリペプチド)を、(ii)支持体に固定化された作用物質であって、前記支持体が、前記支持体に固定化された前記作用物質に関する識別情報を含むコーディングタグをさらに含む、作用物質と接触させるステップと;
(b)前記生物学的標的と前記固定化された作用物質との間の結合および/または反応時に前記記録タグと前記コーディングタグとの間の情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行により、前記支持体に固定化された伸長コーディングタグが生成する、ステップと;
(c)前記伸長コーディングタグをサイクル特異的タグと接触させるステップと;
(d)前記伸長コーディングタグと前記サイクル特異的タグとの間の情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行により、前記支持体に固定化されたさらなる伸長コーディングタグが生成する、ステップと;
(e)前記記録タグおよび前記サイクル特異的タグからの情報を含む前記さらなる伸長コーディングタを解析するステップと;
を含み、ステップ(e)の前にステップ(a)〜(d)を複数回繰り返すことができる方法。
(項目79)
前記情報の移行が、ライゲーション(例えば、酵素的もしくは化学的ライゲーション、副子ライゲーション、粘着末端ライゲーション、ssDNAライゲーションなどの一本鎖(ss)ライゲーション、またはこれらの任意の組合せ)、ポリメラーゼ媒介性反応(例えば、一本鎖核酸または二本鎖核酸のプライマー伸長)、またはこれらの任意の組合せによって達成される、項目77または78に記載の方法。
(項目80)
項目1から79までのいずれかに記載の方法において開示および/もしくは使用されている任意の分子、分子複合体もしくはコンジュゲート、試薬(例えば、化学的または生物学的)、作用物質、構造(例えば、支持体、表面、粒子、またはビーズ)、反応中間体、反応産物、結合複合体、または任意の他の製造品、またはこれらの任意の組合せを含むキット。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
(a)
(i)生物学的標的(例えば、タンパク質またはポリペプチド)のセットであって、各生物学的標的に、前記生物学的標的を識別するエンコーディングバーコードを必要に応じて含む記録タグが直接または間接的に付随している、生物学的標的(例えば、タンパク質またはポリペプチド)のセットを、
(ii)作用物質のライブラリーであって、各作用物質が、少なくとも1つの別々の支持体に固定化されており、別々の支持体のそれぞれが、前記支持体に固定化された前記作用物質に関する識別情報を含むコーディングタグをさらに含む、作用物質のライブラリーと
接触させるステップと;
(b)
(i)前記作用物質の1つまたは複数と(直接または間接的に)結合および/または(直接または間接的に)反応する各生物学的標的に付随する前記記録タグと、
(ii)前記1つまたは複数の作用物質のコーディングタグと
の間の情報の移行を可能にするステップであって、
前記情報の移行により、伸長記録タグおよび/または伸長コーディングタグが生成する、ステップと;
(c)前記伸長記録タグおよび/または前記伸長コーディングタグを解析し、それにより、前記生物学的標的のセットと前記作用物質のライブラリーとの間の相互作用(複数可)をアッセイするステップと
を含む方法。
(項目2)
別々の支持体のそれぞれにおいて、同じ作用物質の複数の分子および/または同じコーディングタグの複数の分子が固定化されている、項目1に記載の方法。
(項目3)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された作用物質と前記固定化されたコーディングタグが、コンジュゲートまたは複合体を形成している、項目1または2に記載の方法。
(項目4)
前記固定化された作用物質および/または前記固定化されたコーディングタグが、前記支持体に直接固定化されている、項目3に記載の方法。
(項目5)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された作用物質および前記固定化されたコーディングタグが、前記支持体に(直接または間接的に)独立に固定化されている、項目1または2に記載の方法。
(項目6)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された作用物質と前記固定化されたコーディングタグがリンカーによって(直接または間接的に、共有結合によりまたは非共有結合により)接続されており、前記リンカーが前記支持体に(直接または間接的に)固定化されている、項目1または2に記載の方法。
(項目7)
前記作用物質のライブラリーが、小分子、ペプチドもしくはペプチドの模倣物、ペプチド模倣物(例えば、ペプトイド、β−ペプチド、またはD−ペプチドのペプチド模倣物)、多糖、またはアプタマー(例えば、DNAアプタマーなどの核酸アプタマー、またはペプチドアプタマー)、またはこれらの任意の組合せを含む、項目1から6までのいずれか一項に記載の方法。
(項目8)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記コーディングタグの固定化された分子の密度が、前記作用物質の固定化された分子の密度と等しいまたはそれよりも大きい、項目1から7までのいずれか一項に記載の方法。
(項目9)
前記コーディングタグの固定化された分子の密度が、前記作用物質の固定化された分子の密度の少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約7倍、少なくとも約8倍、少なくとも約9倍、少なくとも約10倍、少なくとも約20倍、少なくとも約50倍、少なくとも約100倍、またはそれよりも大きい、項目8に記載の方法。
(項目10)
少なくとも1つのコーディングタグから少なくとも1つの記録タグに情報が移行され、それにより、少なくとも1つの伸長記録タグを生成する、項目1から9までのいずれか一項に記載の方法。
(項目11)
少なくとも1つの記録タグから少なくとも1つのコーディングタグに情報が移行され、それにより、少なくとも1つの伸長コーディングタグを生成する、項目1から9までのいずれか一項に記載の方法。
(項目12)
前記コーディングタグからの情報と前記記録タグからの情報とを含む少なくとも1つのジタグ構築物が生成される、項目1から11までのいずれか一項に記載の方法。
(項目13)
前記生物学的標的の少なくとも1つが、前記作用物質の2つまたはそれよりも多くと結合および/または反応する、項目1から12までのいずれか一項に記載の方法。
(項目14)
前記伸長記録タグまたは前記伸長コーディングタグが、前記2つまたはそれよりも多くの作用物質に関する識別情報を含む、項目13に記載の方法。
(項目15)
前記生物学的標的の少なくとも1つに2つまたはそれよりも多くの記録タグが付随しており、前記2つまたはそれよりも多くの記録タグが同じであっても異なってもよい、項目1から14までのいずれか一項に記載の方法。
(項目16)
少なくとも1つの別々の支持体が、同じ作用物質についての2つまたはそれよりも多くのコーディングタグを含み、前記2つまたはそれよりも多くのコーディングタグが同じであっても異なってもよい、項目1から15までのいずれか一項に記載の方法。
(項目17)
前記情報の移行が、ライゲーション(例えば、酵素的もしくは化学的ライゲーション、副子ライゲーション、粘着末端ライゲーション、ssDNAライゲーションなどの一本鎖(ss)ライゲーション、またはこれらの任意の組合せ)、ポリメラーゼ媒介性反応(例えば、一本鎖核酸または二本鎖核酸のプライマー伸長)、またはこれらの任意の組合せによって達成される、項目1から16までのいずれか一項に記載の方法。
(項目18)
前記生物学的標的のセットが、プロテオームまたはそのサブセットを含み、
必要に応じて、タンパク質のセットが、ゲノムもしくはそのサブセットのin vitro転写/翻訳、その後のin vitro翻訳を使用して作製される、またはトランスクリプトームもしくはそのサブセットのin vitro翻訳を使用して作製される、項目1から17までのいずれか一項に記載の方法。
(項目19)
前記プロテオームのサブセットが、カイノーム;セクレトーム;レセプトーム(例えば、GPCRome);免疫プロテオーム;栄養プロテオーム;翻訳後修飾(例えば、リン酸化、ユビキチン化、メチル化、アセチル化、グリコシル化、酸化、脂質付加、および/またはニトロシル化)によって規定されるプロテオームサブセット、例えば、リン酸化プロテオーム(例えば、ホスホチロシン−プロテオーム、チロシン−カイノーム、およびチロシン−ホスファトーム)、グリコプロテオームなど;組織もしくは臓器、発生段階、または生理的もしくは病的状態に関連するプロテオームサブセット;細胞周期、分化(または脱分化)、細胞死、老化、細胞遊走、形質転換、または転移などの細胞プロセスに関連するプロテオームサブセット;あるいはこれらの任意の組合せを含む、項目18に記載の方法。
(項目20)
前記生物学的標的のセットが、ヒトなどの哺乳動物、非ヒト動物、魚、無脊椎動物、節足動物、昆虫、または植物、例えば、酵母、細菌、例えば、E.coli、ウイルス、例えば、HIVもしくはHCV、またはこれらの組合せに由来する、項目1から19までのいずれか一項に記載の方法。
(項目21)
前記生物学的標的のセットが、タンパク質複合体またはそのサブユニットを含む、項目1から20までのいずれか一項に記載の方法。
(項目22)
前記記録タグが、核酸、オリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、DNA分子、偽相補的塩基を有するDNA、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはモルホリノ、またはこれらの組合せを含む、項目1から21までのいずれか一項に記載の方法。
(項目23)
前記記録タグが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目1から22までのいずれか一項に記載の方法。
(項目24)
前記記録タグが、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含み、例えば、前記ユニバーサルプライミング部位が、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含む、項目1から23までのいずれか一項に記載の方法。
(項目25)
前記記録タグが、一意の分子識別子(UMI)を含む、項目1から24までのいずれか一項に記載の方法。
(項目26)
前記記録タグが、前記生物学的標的を識別するエンコーディングバーコード、試料バーコード、コンパートメントバーコード、分配バーコード、エラー訂正バーコード、またはこれらの任意の組合せなどのバーコードを含む、項目1から25までのいずれか一項に記載の方法。
(項目27)
前記記録タグが、その3’末端にスペーサーを含む、項目1から26までのいずれか一項に記載の方法。
(項目28)
前記別々の支持体が、剛性固体支持体、可撓性固体支持体、または軟性固体支持体などの固体支持体であり、多孔質支持体または非多孔質支持体を含む、項目1から27までのいずれか一項に記載の方法。
(項目29)
前記別々の支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、磁気ビーズ、常磁性ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、表面、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、スライド、フィルター、ナイロン、チップ、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、ウェル、マイクロタイターウェル、プレート、ELISAプレート、ディスク、スピン干渉ディスク、膜、ニトロセルロース膜、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子(例えば、磁気ナノ粒子(Fe 3 O 4 )、金ナノ粒子、および/または銀ナノ粒子などの金属を含む)、量子ドット、ナノシェル、ナノケージ、マイクロスフェア、またはこれらの任意の組合せを含む、項目1から28までのいずれか一項に記載の方法。
(項目30)
前記支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、磁気ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズ、またはこれらの任意の組合せを含む、項目29に記載の方法。
(項目31)
生物学的標的−作用物質結合マトリックスを創出するために、前記生物学的標的のセットと前記作用物質のライブラリーとの間の相互作用を並行解析するための、項目1から42までのいずれか一項に記載の方法。
(項目32)
前記マトリックスのサイズが、約10 2 、約10 3 、約10 4 、約10 5 、約10 6 、約10 7 、約10 8 、約10 9 、約10 10 、約10 11 、約10 12 、約10 13 、約10 14 、またはそれよりも大きい、例えば、約2×10 13 である、項目31に記載の方法。
(項目33)
前記コーディングタグが、核酸、オリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、DNA分子、偽相補的塩基を有するDNA、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはモルホリノ、またはこれらの組合せを含む、項目1から32までのいずれか一項に記載の方法。
(項目34)
前記コーディングタグが、前記作用物質を識別するエンコーダー配列を含む、項目1から33までのいずれか一項に記載の方法。
(項目35)
前記コーディングタグが、スペーサー、一意の分子識別子(UMI)、ユニバーサルプライミング部位、またはこれらの任意の組合せを含む、項目1から34までのいずれか一項に記載の方法。
(項目36)
前記作用物質と前記コーディングタグが、リンカーまたは結合対によって接合されている、項目1から35までのいずれか一項に記載の方法。
(項目37)
前記作用物質と前記コーディングタグが、前記別々の支持体上に共局在している、項目1から35までのいずれか一項に記載の方法。
(項目38)
別々の支持体のそれぞれにおいて、同じ作用物質の複数の分子および/または同じコーディングタグの複数の分子が固定化されており、前記分子が、共局在していてよく、互いに低密度に間隔をあける必要はない、項目1から37までのいずれか一項に記載の方法。
(項目39)
(a)
(i)生物学的標的(例えば、タンパク質またはポリペプチド)のセットであって、各生物学的標的が、少なくとも1つの別々の支持体に固定化されており、別々の支持体のそれぞれが、前記支持体に固定化された前記生物学的標的に関する識別情報を含む記録タグをさらに含む、生物学的標的(例えば、タンパク質またはポリペプチド)のセットを
(ii)作用物質のライブラリーであって、各作用物質に作用物質に関する識別情報を含むコーディングタグが直接または間接的に付随している、作用物質のライブラリー
と
接触させるステップと;
(b)
(i)前記作用物質の1つまたは複数と(直接または間接的に)結合および/または(直接または間接的に)反応する各生物学的標的に付随する前記記録タグと、
(ii)前記1つまたは複数の作用物質のコーディングタグと
の間の情報の移行を可能にするステップであって、
前記情報の移行により、伸長記録タグおよび/または伸長コーディングタグが生成する、ステップと;
(c)前記伸長記録タグおよび/または前記伸長コーディングタグを解析し、それにより、前記生物学的標的のセットと前記作用物質のライブラリーとの間の相互作用(複数可)をアッセイするステップと
を含む方法。
(項目40)
別々の支持体のそれぞれにおいて、同じ生物学的標的の複数の分子および/または同じ記録タグの複数の分子が固定化されている、項目39に記載の方法。
(項目41)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された生物学的標的と前記固定化された記録タグがコンジュゲートまたは複合体を形成している、項目39または40に記載の方法。
(項目42)
前記固定化された生物学的標的および/または前記固定化された記録タグが、前記支持体に直接固定化されている、項目41に記載の方法。
(項目43)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された生物学的標的および前記固定化された記録タグが前記支持体に(直接または間接的に)独立に固定化されている、項目39または40に記載の方法。
(項目44)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された生物学的標的と前記固定化された記録タグがリンカーによって(直接または間接的に、共有結合によりまたは非共有結合により)接続されており、前記リンカーが前記支持体に(直接または間接的に)固定化されている、項目39または40に記載の方法。
(項目45)
前記作用物質のライブラリーが、小分子、ペプチドもしくはペプチドの模倣物、ペプチド模倣物(例えば、ペプトイド、β−ペプチド、またはD−ペプチドのペプチド模倣物)、多糖、またはアプタマー(例えば、DNAアプタマーなどの核酸アプタマー、またはペプチドアプタマー)、またはこれらの任意の組合せを含む、項目39から44までのいずれか一項に記載の方法。
(項目46)
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された記録タグの分子の密度が、前記固定化された生物学的標的の分子の密度と等しいまたはそれよりも大きい、項目39から45までのいずれか一項に記載の方法。
(項目47)
前記固定化された記録タグの分子の密度が、前記固定化された生物学的標的の分子の密度の少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約7倍、少なくとも約8倍、少なくとも約9倍、少なくとも約10倍、少なくとも約20倍、少なくとも約50倍、少なくとも約100倍、またはそれよりも大きい、項目46に記載の方法。
(項目48)
少なくとも1つのコーディングタグから少なくとも1つの記録タグに情報が移行され、それにより、少なくとも1つの伸長記録タグを生成する、項目39から47までのいずれか一項に記載の方法。
(項目49)
少なくとも1つの記録タグから少なくとも1つのコーディングタグに情報が移行され、それにより、少なくとも1つの伸長コーディングタグを生成する、項目39から47までのいずれか一項に記載の方法。
(項目50)
前記コーディングタグからの情報と前記記録タグからの情報とを含む少なくとも1つのジタグ構築物が生成される、項目39から49までのいずれか一項に記載の方法。
(項目51)
前記生物学的標的の少なくとも1つが、前記作用物質の2つまたはそれよりも多くと結合および/または反応する、項目39から50までのいずれか一項に記載の方法。
(項目52)
前記伸長記録タグまたは前記伸長コーディングタグが、前記2つまたはそれよりも多くの作用物質に関する識別情報を含む、項目51に記載の方法。
(項目53)
前記生物学的標的の少なくとも1つに2つまたはそれよりも多くの記録タグが付随しており、前記2つまたはそれよりも多くの記録タグが同じであっても異なってもよい、項目39から52までのいずれか一項に記載の方法。
(項目54)
少なくとも1つの別々の支持体が、同じ生物学的標的についての2つまたはそれよりも多くの記録タグを含み、前記2つまたはそれよりも多くの記録タグが同じであっても異なってもよい、項目39から53までのいずれか一項に記載の方法。
(項目55)
前記情報の移行が、ライゲーション(例えば、酵素的もしくは化学的ライゲーション、副子ライゲーション、粘着末端ライゲーション、ssDNAライゲーションなどの一本鎖(ss)ライゲーション、またはこれらの任意の組合せ)、ポリメラーゼ媒介性反応(例えば、一本鎖核酸または二本鎖核酸のプライマー伸長)、またはこれらの任意の組合せによって達成される、項目39から54までのいずれか一項に記載の方法。
(項目56)
前記生物学的標的のセットが、プロテオームまたはそのサブセットを含み、
必要に応じて、前記タンパク質のセットが、ゲノムもしくはそのサブセットのin vitro転写/翻訳、その後のin vitro翻訳を使用して作製される、またはトランスクリプトームもしくはそのサブセットのin vitro翻訳を使用して作製される、項目39から55までのいずれか一項に記載の方法。
(項目57)
前記プロテオームのサブセットが、カイノーム;セクレトーム;レセプトーム(例えば、GPCRome);免疫プロテオーム;栄養プロテオーム;翻訳後修飾(例えば、リン酸化、ユビキチン化、メチル化、アセチル化、グリコシル化、酸化、脂質付加、および/またはニトロシル化)によって規定されるプロテオームサブセット、例えば、リン酸化プロテオーム(例えば、ホスホチロシン−プロテオーム、チロシン−カイノーム、およびチロシン−ホスファトーム)、グリコプロテオームなど;組織もしくは臓器、発生段階、または生理的もしくは病的状態に関連するプロテオームサブセット;細胞周期、分化(または脱分化)、細胞死、老化、細胞遊走、形質転換、または転移などの細胞プロセスに関連するプロテオームサブセット;あるいはこれらの任意の組合せを含む、項目56に記載の方法。
(項目58)
前記生物学的標的のセットが、ヒトなどの哺乳動物、非ヒト動物、魚、無脊椎動物、節足動物、昆虫、または植物、例えば、酵母、細菌、例えば、E.coli、ウイルス、例えば、HIVもしくはHCV、またはこれらの組合せに由来する、項目39から57までのいずれか一項に記載の方法。
(項目59)
前記生物学的標的のセットが、タンパク質複合体またはそのサブユニットを含む、項目39から58までのいずれか一項に記載の方法。
(項目60)
前記記録タグが、核酸、オリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、DNA分子、偽相補的塩基を有するDNA、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはモルホリノ、またはこれらの組合せを含む、項目39から59までのいずれか一項に記載の方法。
(項目61)
前記記録タグが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目39から60までのいずれか一項に記載の方法。
(項目62)
前記記録タグが、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含み、例えば、前記ユニバーサルプライミング部位が、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含む、項目39から61までのいずれか一項に記載の方法。
(項目63)
前記記録タグが、一意の分子識別子(UMI)を含む、項目39から62までのいずれか一項に記載の方法。
(項目64)
前記記録タグが、前記生物学的標的を識別するエンコーディングバーコード、試料バーコード、コンパートメントバーコード、分配バーコード、エラー訂正バーコード、またはこれらの任意の組合せなどのバーコードを含む、項目39から63までのいずれか一項に記載の方法。
(項目65)
前記記録タグが、その3’末端にスペーサーを含む、項目39から64までのいずれか一項に記載の方法。
(項目66)
前記別々の支持体が、剛性固体支持体、可撓性固体支持体、または軟性固体支持体などの固体支持体であり、多孔質支持体または非多孔質支持体を含む、項目39から65までのいずれか一項に記載の方法。
(項目67)
前記別々の支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、磁気ビーズ、常磁性ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、表面、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、スライド、フィルター、ナイロン、チップ、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、ウェル、マイクロタイターウェル、プレート、ELISAプレート、ディスク、スピン干渉ディスク、膜、ニトロセルロース膜、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子(例えば、磁気ナノ粒子(Fe 3 O 4 )、金ナノ粒子、および/または銀ナノ粒子などの金属を含む)、量子ドット、ナノシェル、ナノケージ、マイクロスフェア、またはこれらの任意の組合せを含む、項目39から66までのいずれか一項に記載の方法。
(項目68)
前記支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、磁気ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズ、またはこれらの任意の組合せを含む、項目67に記載の方法。
(項目69)
生物学的標的−作用物質結合マトリックスを創出するために、前記生物学的標的のセットと前記作用物質のライブラリーとの間の相互作用を並行解析するための、項目39から68までのいずれか一項に記載の方法。
(項目70)
前記マトリックスのサイズが、約10 2 、約10 3 、約10 4 、約10 5 、約10 6 、約10 7 、約10 8 、約10 9 、約10 10 、約10 11 、約10 12 、約10 13 、約10 14 、またはそれよりも大きい、例えば、約2×10 13 である、項目69に記載の方法。
(項目71)
前記コーディングタグが、核酸、オリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、DNA分子、偽相補的塩基を有するDNA、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子、またはモルホリノ、またはこれらの組合せを含む、項目39から70までのいずれか一項に記載の方法。
(項目72)
前記コーディングタグが、前記作用物質を識別するエンコーダー配列を含む、項目39から71までのいずれか一項に記載の方法。
(項目73)
前記コーディングタグが、スペーサー、一意の分子識別子(UMI)、ユニバーサルプライミング部位、またはこれらの任意の組合せを含む、項目39から72までのいずれか一項に記載の方法。
(項目74)
前記作用物質と前記コーディングタグが、リンカーまたは結合対によって接合されている、項目39から73までのいずれか一項に記載の方法。
(項目75)
前記生物学的標的と前記記録タグが、前記別々の支持体上に共局在している、項目39から74までのいずれか一項に記載の方法。
(項目76)
別々の支持体のそれぞれにおいて、同じ生物学的標的の複数の分子および/または同じ記録タグの複数の分子が固定化されており、前記分子が、共局在していてよく、互いに低密度に間隔をあける必要はない、項目39から75までのいずれか一項に記載の方法。
(項目77)
(a)(i)第1のユニバーサルプライマー配列を含む記録タグが直接または間接的に付随する生物学的標的(例えば、タンパク質またはポリペプチド)を、(ii)第1の支持体に固定化された作用物質と接触させるステップであって、前記第1の支持体が、前記支持体に固定化された前記作用物質に関する識別情報を含むコーディングタグをさらに含む、ステップと;
(b)前記生物学的標的と前記固定化された作用物質との間の結合および/または反応時に前記記録タグと前記コーディングタグとの間の情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行により、前記生物学的標的に付随する伸長記録タグが生成する、ステップと;
(c)前記伸長記録タグを、サイクル特異的タグおよび第2のユニバーサルプライマー配列と接触させるステップであって、サイクル特異的タグおよび第2のユニバーサルプライマー配列の両方が第2の支持体に固定化されており、前記第1のユニバーサルプライマー配列および前記第2のユニバーサルプライマー配列の全部または一部が互いと相補的である、ステップと;
(d)前記固定化されたサイクル特異的タグと前記伸長記録タグとの間の情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行により、前記生物学的標的に付随するさらなる伸長記録タグが生成する、ステップと;
(e)前記コーディングタグおよび前記サイクル特異的タグからの情報を含む前記さらなる伸長記録タグを解析するステップと
を含み、ステップ(e)の前にステップ(a)〜(d)を複数回繰り返すことができる方法。
(項目78)
(a)(i)記録タグが直接または間接的に付随した生物学的標的(例えば、タンパク質またはポリペプチド)を、(ii)支持体に固定化された作用物質であって、前記支持体が、前記支持体に固定化された前記作用物質に関する識別情報を含むコーディングタグをさらに含む、作用物質と接触させるステップと;
(b)前記生物学的標的と前記固定化された作用物質との間の結合および/または反応時に前記記録タグと前記コーディングタグとの間の情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行により、前記支持体に固定化された伸長コーディングタグが生成する、ステップと;
(c)前記伸長コーディングタグをサイクル特異的タグと接触させるステップと;
(d)前記伸長コーディングタグと前記サイクル特異的タグとの間の情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行により、前記支持体に固定化されたさらなる伸長コーディングタグが生成する、ステップと;
(e)前記記録タグおよび前記サイクル特異的タグからの情報を含む前記さらなる伸長コーディングタを解析するステップと;
を含み、ステップ(e)の前にステップ(a)〜(d)を複数回繰り返すことができる方法。
(項目79)
前記情報の移行が、ライゲーション(例えば、酵素的もしくは化学的ライゲーション、副子ライゲーション、粘着末端ライゲーション、ssDNAライゲーションなどの一本鎖(ss)ライゲーション、またはこれらの任意の組合せ)、ポリメラーゼ媒介性反応(例えば、一本鎖核酸または二本鎖核酸のプライマー伸長)、またはこれらの任意の組合せによって達成される、項目77または78に記載の方法。
(項目80)
項目1から79までのいずれかに記載の方法において開示および/もしくは使用されている任意の分子、分子複合体もしくはコンジュゲート、試薬(例えば、化学的または生物学的)、作用物質、構造(例えば、支持体、表面、粒子、またはビーズ)、反応中間体、反応産物、結合複合体、または任意の他の製造品、またはこれらの任意の組合せを含むキット。
Claims (16)
- 生物学的標的のセットと、結合性物質のライブラリーとの相互作用をアッセイするための方法であって、
(a)
(i)前記生物学的標的のセットであって、前記生物学的標的のセット由来の各生物学的標的に、記録タグが直接または間接的に付随している、前記生物学的標的のセットを、
(ii)固体支持体に固定化された前記結合性物質のライブラリーであって、前記結合性物質のライブラリー由来の各固定化された前記結合性物質に、コーディングタグが直接または間接的に付随しており、ポリペプチド、多糖、またはアプタマーを含み;前記記録タグおよび前記コーディングタグが、それぞれ付随する生物学的標的および結合性物質に関する識別情報を含む、一意の分子識別子(UMI)、またはバーコード配列を含む、前記結合性物質のライブラリーと
接触させるステップと;
(b)生物学的標的と結合性物質との結合時に、プライマー伸長またはライゲーションによって、
(i)前記結合性物質の1つと直接的に結合する各生物学的標的に付随する前記記録タグと、
(ii)前記1つの結合性物質に付着したコーディングタグと
の間の識別情報の移行を可能にするステップであって、
前記識別情報の移行により、伸長記録タグおよび/または伸長コーディングタグが生成する、ステップと;
(c)核酸配列決定によって、前記伸長記録タグおよび/または前記伸長コーディングタグを解析し、前記結合性物質に関する前記識別情報、および前記生物学的標的に関する前記識別情報を得て、
それにより、前記生物学的標的のセットと前記結合性物質のライブラリーとの間の相互作用をアッセイし、少なくとも10 2 のサイズを有する生物学的標的−作用物質結合マトリックスを創出するステップと
を含む方法。 - 別々の固体支持体のそれぞれにおいて、同じ結合性物質の複数の分子および同じコーディングタグの複数の分子が固定化されている、請求項1に記載の方法。
- 別々の固体支持体のそれぞれにおいて、異なる結合性物質の複数の分子、および前記固体支持体に固定化された付随するコーディングタグが、少なくとも50nm空間的に分離している、請求項1に記載の方法。
- 前記結合性物質のライブラリー由来の結合性物質が、リボソームまたはmRNA/cDNAディスプレイ形式を使用することによってコーディングタグに付随し、各結合性物質について、UMIまたはバーコード配列を含むコーディングタグを含む領域を有するmRNA/cDNAコーディング配列が、前記結合性物質に付着される、請求項1から3までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的標的のセット由来の生物学的標的が、リボソームまたはmRNA/cDNAディスプレイ形式を使用することによって前記記録タグに付随し、各生物学的標的について、UMIまたはバーコード配列を含む記録タグを含む領域を有するmRNA/cDNAコーディング配列が、前記生物学的標的に付着される、請求項1から4までのいずれか一項に記載の方法。
- 制限酵素についての切断部位が、前記mRNA/cDNAコーディング配列と、前記付随する結合性物質または生物学的標的にそれぞれ付着したコーディングタグまたは記録タグとの間に存在する、請求項4または5に記載の方法。
- 前記制限酵素により前記切断部位を切断し、それにより、前記mRNA/cDNAコーディング配列を除去し、前記付随する結合性物質または生物学的標的にそれぞれ付着したコーディングタグまたは記録タグを生成するステップをさらに含む、請求項6に記載の方法。
- 前記生物学的標的のセットが、生物学的試料由来の免疫グロブリン分子を含み、前記結合性物質のライブラリーが、ポリペプチド抗原を含む、請求項1から7までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記伸長記録タグおよび/または前記伸長コーディングタグを解析するステップが、生物学的試料由来の免疫グロブリン分子の、少なくとも1つのポリペプチド抗原に対する結合についての情報を得るための、前記伸長記録タグおよび/または前記伸長コーディングタグのハイスループット配列決定を含み、前記生物学的標的のセットと前記結合性物質のライブラリーとの相互作用をアッセイするステップが、前記少なくとも1つのポリペプチド抗原に結合することができる前記免疫グロブリン分子を含む前記生物学的試料を識別することを含む、請求項8に記載の方法。
- 前記マトリックスのサイズが、少なくとも10 3 である、請求項1に記載の方法。
- 生物学的標的のセットと、結合性物質のライブラリーとの相互作用をアッセイするための方法であって、
(a)
(i)固体支持体に固定化された前記生物学的標的のセットであって、前記生物学的標的のセット由来の各固定化された前記生物学的標的に、記録タグが直接または間接的に付随している、前記生物学的標的のセットを
(ii)前記結合性物質のライブラリーであって、前記結合性物質のライブラリー由来の各結合性物質にコーディングタグが直接または間接的に付随しており、ポリペプチド、多糖、またはアプタマーを含み;前記記録タグおよび前記コーディングタグが、それぞれ付随する生物学的標的および結合性物質に関する識別情報を含む、一意の分子識別子(UMI)、またはバーコード配列を含む、前記作用物質のライブラリー
と
接触させるステップと;
(b)生物学的標的と結合性物質との結合時に、プライマー伸長またはライゲーションによって、
(i)前記結合性物質の1つと直接的に結合する各生物学的標的に付随する前記記録タグと、
(ii)前記1つの結合性物質に付着したコーディングタグと
の間の識別情報の移行を可能にするステップであって、
前記識別情報の移行により、伸長記録タグおよび/または伸長コーディングタグが生成する、ステップと;
(c)核酸配列決定によって、前記伸長記録タグおよび/または前記伸長コーディングタグを解析し、前記結合性物質に関する前記識別情報、および前記生物学的標的に関する前記識別情報を得て、
それにより、前記生物学的標的のセットと前記結合性物質のライブラリーとの間の相互作用をアッセイし、少なくとも10 2 のサイズを有する生物学的標的−作用物質結合マトリックスを創出するステップと
を含む方法。 - ステップ(b)の後、およびステップ(c)の前に、以下:
(i)前記生物学的標的のセットを、第2の結合性物質のライブラリーと接触させるステップであって、前記第2の結合性物質のライブラリー由来の各結合性物質が、前記結合性物質に関する識別情報を提供する第2のコーディングタグに直接または間接的に付着され、前記第2の結合性物質のライブラリーが、ポリペプチド、多糖、またはアプタマーを含み、前記第2のコーディングタグが、一意の分子識別子(UMI)、またはバーコード配列を含む、ステップ;および
(ii)前記結合性物質に付着した前記第2のコーディングタグから、前記結合性物質に結合する生物学的標的に付随する前記記録タグへの情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行が、伸長記録タグを生成するステップをさらに含む、請求項11に記載の方法。 - 別々の固体支持体のそれぞれにおいて、同じ生物学的標的の複数の分子、および同じ記録タグの複数の分子のいずれかが固定化される、または前記固体支持体に固定された異なる生物学的標的の複数の分子、および付随する記録タグが、少なくとも50nm空間的に分離している、請求項11または請求項12に記載の方法。
- 前記結合性物質のライブラリーが、リボソームまたはmRNA/cDNAディスプレイ形式を使用することによってコーディングタグに付随し、各結合性物質について、UMIまたはバーコード配列を含む記録タグを含む領域を有するmRNA/cDNAコーディング配列が、前記結合性物質に付着される、請求項11から13までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的標的のセットが、生物学的試料由来の免疫グロブリン分子を含み、前記結合性物質のライブラリーが、ポリペプチド抗原を含む、請求項11から14までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記マトリックスのサイズが、少なくとも10 3 である、請求項11に記載の方法。
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